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C T 108.44 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0544387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.658;QD=13.1437;RBI=0.0544661;REFB=-0.00758811;REVB=0.00172973;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158921;STB=0.612735;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0132395;OID=.;OPOS=897738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:20:20:12:13:0.393939:6:6:7:13:6:7:7:13 chr1 898467 . C T 400.18 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00484619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142;QD=21.3429;RBI=0.0185665;REFB=-0.020608;REVB=0.0179229;RO=35;SAF=17;SAR=23;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217557;STB=0.619928;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0289113;OID=.;OPOS=898467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:23:17:24:11:23:17:24:11 chr1 900505 . G C 389.53 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0107868;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.918;QD=16.5756;RBI=0.0168452;REFB=-0.0156018;REVB=0.0129386;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359569;STB=0.536568;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0181562;OID=.;OPOS=900505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:53:41:41:0.43617:19:22:25:25:19:22:25:28 chr1 900972 . T G 109.94 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0041933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2264;QD=7.32908;RBI=0.0546481;REFB=0.0133275;REVB=-0.054487;RO=44;SAF=7;SAR=9;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156088;STB=0.594924;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0385452;OID=.;OPOS=900972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:9:7:25:19:9:7:25:19 chr1 901023 . T C 128.7 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0233423;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4321;QD=10.0943;RBI=0.0236138;REFB=-0.0116102;REVB=0.00357079;RO=33;SAF=4;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379009;STB=0.742268;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0163809;OID=.;OPOS=901023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:33:35:16:16:0.313725:12:4:19:14:12:4:21:14 chr1 901046 . ACC A 42.12 PASS AF=0.243902;AO=7;DP=42;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0920511;FXX=0.0465008;HRUN=4;LEN=2;MLLD=33.4775;QD=4.1096;RBI=0.107004;REFB=-0.0291096;REVB=-0.0545577;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367919;STB=0.791487;STBP=0.061;TYPE=del;VARB=0.0820326;OID=.;OPOS=901047;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902:7:42:10:41:31:2:8:18:13:42:30:2:5:18:12 chr1 906271 . CA C,CC 39.2 PASS AF=0.266667,0.133333;AO=2,4;DP=16;FAO=4,2;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1,0;FSAR=3,2;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.140293,-0.136044;FXX=0.062461;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.158,204.248;QD=10.4524;RBI=0.141783,0.136955;REFB=-0.00949814,-0.00515748;REVB=-0.020499,-0.0157681;RO=9;SAF=0,1;SAR=2,3;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.516343;STB=0.799246,0.5;STBP=0.831,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0169276,0.0650841;OID=.,.;OPOS=906272,906272;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.133333:2,4:16:4,2:15:9:1,0:3,2:0:9:18:9:0,1:2,3:0:9 chr1 907718 . G A 112.78 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0101536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.697;QD=11.5669;RBI=0.0114051;REFB=-0.0125024;REVB=0.00519431;RO=25;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4951;STB=0.738768;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0180988;OID=.;OPOS=907718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:25:13:14:0.358974:2:11:11:14:3:11:11:14 chr1 909238 . G C 230.86 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0104602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.79;QD=17.7584;RBI=0.0108267;REFB=-0.0178388;REVB=-0.0027931;RO=27;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889548;STB=0.550214;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.019659;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:17:8:11:16:17:8:11:16 chr1 909309 . T C 592.08 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.173;QD=60.7265;RBI=0.00968032;REFB=0;REVB=0.00112874;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64595e-05;OID=.;OPOS=909309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr1 909363 . A C 177.87 PASS AF=0.408163;AO=18;DP=47;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0222719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.171;QD=14.5197;RBI=0.0245881;REFB=-0.0185351;REVB=-0.0104182;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134157;STB=0.570177;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0226165;OID=.;OPOS=909363;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:25:29:18:20:0.408163:11:7:13:12:12:8:15:14 chr1 909768 . A G 2226.04 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.77588e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.741;QD=63.1502;RBI=0.0395448;REFB=0;REVB=-0.0395448;RO=0;SAF=52;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09406e-05;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:88:52:0:0:88:53:0:0 chr1 911595 . A G 572.32 PASS AF=0.404908;AO=56;DP=165;FAO=66;FDP=163;FR=.;FRO=97;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=-0.0186354;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9772;QD=14.0445;RBI=0.037193;REFB=-0.0458989;REVB=-0.0321876;RO=80;SAF=19;SAR=37;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962245;STB=0.577396;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0708171;OID=.;OPOS=911595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:80:97:56:66:0.404908:37:19:34:46:47:19:39:58 chr1 911916 . C T 464.5 PASS AF=0.511111;AO=42;DP=88;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00256313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2701;QD=20.6445;RBI=0.132066;REFB=-0.0153523;REVB=0.132041;RO=46;SAF=24;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594151;STB=0.533966;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0174707;OID=.;OPOS=911916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:46:44:42:46:0.511111:18:24:26:20:22:24:26:18 chr1 914876 . T C 1092.36 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026752;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.282;QD=59.8556;RBI=0.0533568;REFB=0;REVB=-0.0532896;RO=0;SAF=65;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32452e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58092e-05;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:6:65:0:0:6:67:0:0 chr1 915227 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.634;QD=51.1834;RBI=0.0291853;REFB=0;REVB=-0.00536648;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193242;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr1 915861 . CT CG,C 140.05 PASS AF=0,0.692308;AO=5,10;DP=26;FAO=0,18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=0,2;FSAR=0,16;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00074572,0.142829;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=49.2817,15.7521;QD=21.5464;RBI=0.0915649,0.157082;REFB=0.00469536,-0.0596723;REVB=-0.0915618,0.0653795;RO=10;SAF=0,1;SAR=5,9;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.670252,-0.190473;STB=0.5,0.510626;STBP=1,0.933;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0648548;OID=.,.;OPOS=915862,915862;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.692308:5,10:26:0,18:26:8:0,2:0,16:1:7:42:10:0,1:5,9:2:8 chr1 948921 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9174;QD=54.5173;RBI=0.12591;REFB=0;REVB=-0.125877;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00247;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr1 949608 . G A 792.4 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.04;QD=63.3916;RBI=0.0270446;REFB=0;REVB=0.019455;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209097;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020619;OID=.;OPOS=949608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:22:27:0:1:23:27:0:0 chr1 949654 . A G 706.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4554;QD=62.783;RBI=0.0483526;REFB=0;REVB=0.0349204;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524489;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:26:19:0:0 chr1 981931 . A C,G 490.23 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,32;DP=34;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269925,0.0132905;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.876,54.2115;QD=57.674;RBI=0.0324011,0.021637;REFB=0,0;REVB=-0.0179231,-0.017074;RO=0;SAF=1,9;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.02243e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.150844,-0.00879547;OID=.,.;OPOS=981931,981931;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:2,32:2,32:0.0588235,0.941176:1,23:1,9:0:0:1,23:1,9:0:0 chr1 982994 . T C 544.86 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0577286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5864;QD=57.354;RBI=0.121419;REFB=-0.113608;REVB=-0.106818;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.510633;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00295024;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:23:14:0:0:23:14:0:1 chr1 984302 . T C 358.53 PASS AF=0.387387;AO=41;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0136034;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.35;QD=12.9198;RBI=0.014334;REFB=-0.0284328;REVB=0.00451802;RO=69;SAF=15;SAR=26;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264608;STB=0.655172;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0369725;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:68:41:43:0.387387:26:15:42:27:28:15:41:27 chr1 986443 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.851;QD=44.6897;RBI=0.0555449;REFB=0;REVB=0.00106715;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113754;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr1 987200 . C T 1047.71 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491574;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.065;QD=59.8691;RBI=0.0509732;REFB=0;REVB=0.013484;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180752;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr1 990280 . C T 304.09 PASS AF=0.395349;AO=33;DP=90;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0017244;FXX=0.054939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0585;QD=14.1435;RBI=0.0150578;REFB=-0.0130688;REVB=-0.0149587;RO=47;SAF=11;SAR=22;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253502;STB=0.645074;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0280389;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:86:47:52:33:34:0.395349:22:11:27:20:23:11:29:23 chr1 990806 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0581409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.256;QD=56.0119;RBI=0.075834;REFB=0.00559137;REVB=0.0486871;RO=1;SAF=25;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183382;STB=0.509798;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000187442;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:9:25:1:0:9:25:1:0 chr1 1007203 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0293328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.51;QD=12.3964;RBI=0.0312508;REFB=0.021704;REVB=0.0107795;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389209;STB=0.726606;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0279449;OID=.;OPOS=1007203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:0:5:3:2:0:5 chr1 1026707 . C A 433.59 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00469571;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.342;QD=26.2782;RBI=0.0199498;REFB=-0.00245475;REVB=0.0193893;RO=24;SAF=24;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302645;STB=0.509859;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00139128;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:25:41:41:0.621212:17:24:13:11:17:24:14:11 chr1 1078138 . G A 162.31 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00444214;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.102;QD=18.5501;RBI=0.00448992;REFB=-0.0197766;REVB=-0.000653308;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265834;STB=0.515134;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0158378;OID=.;OPOS=1078138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:9:9:9:8:9:9 chr1 1120431 . G A 197.71 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00983602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.496;QD=14.6454;RBI=0.0430276;REFB=-0.0153014;REVB=0.0418883;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161409;STB=0.592509;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0172381;OID=.;OPOS=1120431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:7:16:17:14:7:16:17:14 chr1 1147422 . C T 255.35 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.148;QD=51.0694;RBI=0.00735466;REFB=0;REVB=0.0068541;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31721e-05;OID=.;OPOS=1147422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:2:16:0:0:4:16:0:0 chr1 1156131 . T C 322.64 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.336;QD=53.7724;RBI=0.0264372;REFB=0;REVB=-0.0227972;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12311e-05;OID=.;OPOS=1156131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:18:5:0:0:18:6:0:0 chr1 1158631 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.34;QD=63.5821;RBI=0.0387157;REFB=0;REVB=0.00171861;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06732e-05;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr1 1220954 . G A 2950.96 PASS AF=0.994737;AO=186;DP=194;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=106;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.040578;FXX=0.0206175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9885;QD=62.1255;RBI=0.0676049;REFB=-0.106604;REVB=0.0540727;RO=1;SAF=105;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00584203;STB=0.502347;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00162331;OID=.;OPOS=1220954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:194:190:1:1:186:189:0.994737:81:105:0:1:83:106:1:0 chr1 1222266 . CG C,CC 351.34 PASS AF=0.115385,0.884615;AO=3,24;DP=27;FAO=3,23;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=3,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429456,0.0390996;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.169,209.704;QD=54.0528;RBI=0.0435011,0.0394753;REFB=0,0;REVB=0.00693019,0.00543393;RO=0;SAF=0,1;SAR=3,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.66402e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0076172,0.00205791;OID=.,.;OPOS=1222267,1222267;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.115385,0.884615:3,24:27:3,23:26:0:0,1:3,22:0:0:8:0:0,1:3,23:0:0 chr1 1223385 . G C 1449.38 PASS AF=0.95;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0687364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.722;QD=57.975;RBI=0.0707167;REFB=-0.190862;REVB=0.0166181;RO=2;SAF=43;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215415;STB=0.527467;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00175669;OID=.;OPOS=1223385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:100:100:2:5:95:95:0.95:52:43:2:0:52:43:5:0 chr1 1226292 . G A 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00392148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.028;QD=24.2041;RBI=0.0405383;REFB=-0.0232679;REVB=0.0403481;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153285;OID=.;OPOS=1226292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:6:6:9:9:6:6 chr1 1226346 . TCC TC,TCG 135.67 PASS AF=0.266667,0.666667;AO=3,9;DP=15;FAO=4,10;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3;FSAR=4,7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.143061,-0.0521102;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.947,122.539;QD=36.1788;RBI=0.299529,0.0670793;REFB=-0.0168034,-0.0069251;REVB=-0.263157,-0.0422392;RO=1;SAF=0,3;SAR=3,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.5,0;SSSB=-0.727144,-0.126211;STB=0.995941,0.57128;STBP=0.078,0.275;TYPE=del,snp;VARB=0.00667467,0.0316397;OID=.,.;OPOS=1226347,1226348;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TC,TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.266667,0.666667:3,9:15:4,10:15:1:0,3:4,7:1:0:19:1:0,3:3,6:1:0 chr1 1242468 . G A 36.42 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00613194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.528;QD=10.4043;RBI=0.033799;REFB=0.0122354;REVB=-0.0332381;RO=8;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5176;STB=0.832221;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0122483;OID=.;OPOS=1242468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:14:14:8:8:5:6:0.428571:1:4:2:6:1:5:2:6 chr1 1246004 . A G 694.83 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.07;QD=61.7624;RBI=0.0374695;REFB=0;REVB=0.0246458;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275138;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:39:45:1:17:22:0:0:19:26:0:0 chr1 1249747 . T C,TG 37.65 PASS AF=0,0.132653;AO=4,14;DP=109;FAO=0,13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=0,5;FSAR=0,8;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0117761,0.0480046;FXX=0.092584;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.7982,19.6938;QD=1.53674;RBI=0.0491269,0.0486914;REFB=-0.00581701,-0.0561302;REVB=-0.0476946,0.00814952;RO=87;SAF=2,4;SAR=2,10;SRF=43;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00491347,-0.265266;STB=0.5,0.585854;STBP=1,0.517;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.162585;OID=.,.;OPOS=1249747,1249748;OREF=T,-;OALT=C,G;OMAPALT=C,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:109:98:87:85:4,14:0,13:0,0.132653:2,10:2,4:43:44:0,8:0,5:41:44 chr1 1254436 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.396;QD=57.0004;RBI=0.0186082;REFB=0;REVB=0.0162098;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75043e-05;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:38:16:0:0:38:16:0:0 chr1 1254443 . G A 771.84 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0129119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.452;QD=55.1315;RBI=0.0516779;REFB=-0.135412;REVB=0.0500389;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.51428;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000672192;OID=.;OPOS=1254443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:0:1:55:55:0.982143:38:17:0:0:38:17:1:0 chr1 1254465 . G A 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0299536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.62;QD=16.661;RBI=0.0369571;REFB=-0.0321378;REVB=0.0216474;RO=32;SAF=6;SAR=22;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227619;STB=0.629417;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0389978;OID=.;OPOS=1254465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:22:6:13:19:22:6:13:19 chr1 1254841 . C G 69.06 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00383185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.5909;QD=30.6933;RBI=0.0244705;REFB=-0.0376001;REVB=-0.0241686;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00430395;OID=.;OPOS=1254841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:0:1:4:4:0:1 chr1 1262966 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.18;QD=47.8222;RBI=0.106504;REFB=0;REVB=0.045413;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308831;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr1 1263144 . G A 699.9 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222925;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.368;QD=54.8944;RBI=0.0262808;REFB=-0.0691631;REVB=0.0139184;RO=1;SAF=34;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136468;STB=0.507243;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000225435;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:16:34:1:0:16:34:1:0 chr1 1269554 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.763;QD=59.8386;RBI=0.0628106;REFB=0;REVB=0.0626419;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294178;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr1 1271770 . TC GT,T 31.52 PASS AF=0,0.264706;AO=2,4;DP=35;FAO=0,9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=0,4;FSAR=0,5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0294325,0.00577915;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=22.1757,12.0079;QD=3.7086;RBI=0.0955955,0.0945087;REFB=-0.00932305,-0.0339257;REVB=-0.0909518,-0.0943318;RO=26;SAF=2,1;SAR=0,3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.445644,-0.361699;STB=0.5,0.58423;STBP=1,0.578;TYPE=mnp,del;VARB=0.0753731,0.0356338;OID=.,.;OPOS=1271770,1271771;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:35:34:26:25:2,4:0,9:0,0.264706:0,3:2,1:15:11:0,5:0,4:14:11 chr1 1273116 . A G 1589.7 PASS AF=0.990826;AO=105;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0605261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9618;QD=58.3377;RBI=0.0694034;REFB=-0.111122;REVB=-0.0339621;RO=1;SAF=33;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141619;STB=0.506848;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0023509;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:109:1:1:105:108:0.990826:72:33:1:0:72:36:1:0 chr1 1277533 . T C 1022.67 PASS AF=0.935065;AO=72;DP=78;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.016166;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.2906;QD=53.1258;RBI=0.0261235;REFB=-0.0236834;REVB=0.0205207;RO=4;SAF=45;SAR=27;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039319;STB=0.51546;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.000351443;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:78:77:4:5:72:72:0.935065:27:45:1:3:27:45:2:3 chr1 1310074 . C G 617.47 PASS AF=1;AO=28;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.403;QD=61.7465;RBI=0.0866743;REFB=0;REVB=0.0680043;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355365;OID=.;OPOS=1310074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:28:40:1:7:21:0:0:17:23:0:0 chr1 1361633 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.085;QD=55.0982;RBI=0.033655;REFB=0;REVB=0.0250332;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144389;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:22:4:0:0:22:4:0:0 chr1 1361641 . C T 234.24 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312162;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.8724;QD=46.8473;RBI=0.0342368;REFB=-0.0930853;REVB=0.0140609;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517223;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00174917;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:18:19:0.95:13:5:0:0:14:5:0:1 chr1 1375810 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.959;QD=37.488;RBI=0.0466482;REFB=0;REVB=0.0466482;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701815;OID=.;OPOS=1375810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr1 1376214 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.736;QD=45.8068;RBI=0.0369798;REFB=0;REVB=0.027787;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302857;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 1376567 . A G 747.98 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.082;QD=63.6575;RBI=0.0474411;REFB=0;REVB=0.0422654;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103564;OID=.;OPOS=1376567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:26:19:0:0:28:19:0:0 chr1 1378173 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0932483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.897;QD=60.2296;RBI=0.0932992;REFB=0;REVB=0.00308077;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191253;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:29:8:0:0:29:8:0:0 chr1 1387764 . G A 321.67 PASS AF=0.382979;AO=35;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0177032;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.389;QD=13.6879;RBI=0.0388933;REFB=-0.0100417;REVB=0.0346306;RO=57;SAF=18;SAR=17;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512567;STB=0.54253;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0142986;OID=.;OPOS=1387764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:58:35:36:0.382979:17:18:32:25:18:18:33:25 chr1 1390875 . C T 192.67 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0222741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.458;QD=14.821;RBI=0.0232628;REFB=-0.0117803;REVB=0.00670974;RO=30;SAF=4;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286821;STB=0.666496;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0156147;OID=.;OPOS=1390875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:18:4:12:18:18:4:12:18 chr1 1396238 . G T 224.0 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0352568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0258;QD=17.5687;RBI=0.0545563;REFB=-0.0469822;REVB=0.0416335;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106564;STB=0.548979;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.033931;OID=.;OPOS=1396238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:12:12:10:16:12:12:11:16 chr1 1418004 . T C 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.010595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9776;QD=9.62201;RBI=0.0576526;REFB=-0.000847739;REVB=-0.0566707;RO=39;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109733;STB=0.557559;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.003363;OID=.;OPOS=1418004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:39:40:19:19:0.322034:12:7:18:21:12:7:18:22 chr1 1421531 . C A 132.66 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00620149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2544;QD=15.1612;RBI=0.00661756;REFB=-0.0201654;REVB=0.00230946;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329428;STB=0.519058;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0265121;OID=.;OPOS=1421531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:10:10:7:8:10:10 chr1 1421991 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00935437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.731;QD=23.2183;RBI=0.00935437;REFB=-0.0620773;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156628;OID=.;OPOS=1421991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr1 1423267 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.000634739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.345;QD=17.5413;RBI=0.025633;REFB=-0.0177882;REVB=-0.0256251;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213067;STB=0.512179;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0249904;OID=.;OPOS=1423267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:11:5:5:10:11:5 chr1 1425700 . T C 270.41 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0510015;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3241;QD=16.6405;RBI=0.051774;REFB=0.00199272;REVB=-0.00891044;RO=33;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858846;STB=0.566515;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00438107;OID=.;OPOS=1425700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:35:30:30:0.461538:11:19:18:15:11:19:18:17 chr1 1426003 . G A 180.03 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0788125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2035;QD=23.2297;RBI=0.0812189;REFB=-0.0277002;REVB=0.0196238;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157894;STB=0.602725;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0323216;OID=.;OPOS=1426003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:8:10:4:8:8:10:4:9 chr1 1451380 . T C 89.84 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.012371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.823;QD=11.979;RBI=0.12845;REFB=-0.0360527;REVB=-0.127853;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475298;STB=0.550477;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0576801;OID=.;OPOS=1451380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:29:30:18:18:11:12:0.4:5:6:9:9:5:7:9:9 chr1 1458255 . T G 64.9 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0717664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8214;QD=10.3846;RBI=0.0786678;REFB=-0.0192485;REVB=-0.0322212;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117295;STB=0.571265;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0171587;OID=.;OPOS=1458255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:7:9:6:3:7:9 chr1 1458954 . C T 192.79 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0177594;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3067;QD=15.7378;RBI=0.0275566;REFB=-0.0421418;REVB=-0.0210706;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150516;STB=0.573701;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0399909;OID=.;OPOS=1458954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:19:20:0.408163:12:7:7:22:13:7:7:22 chr1 1479333 . A G 480.49 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.883;QD=58.2416;RBI=0.044819;REFB=0;REVB=0.0397126;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274662;OID=.;OPOS=1479333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:28:33:1:10:18:0:0:14:19:0:0 chr1 1510801 . C T 218.26 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9863;QD=45.9489;RBI=0.0600491;REFB=-0.143978;REVB=-0.0589806;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00830994;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:19:19:1:0:18:19:1:8:10:1:0:8:11:0:0 chr1 1511104 . G C 306.03 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0261485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6886;QD=47.0808;RBI=0.031371;REFB=0.0625004;REVB=-0.017332;RO=3;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309352;STB=0.503223;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0252846;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:3:2:23:24:0.923077:12:11:1:2:13:11:1:1 chr1 1562437 . C G 168.52 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0130188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4987;QD=16.0499;RBI=0.0499094;REFB=-0.0221979;REVB=-0.0481816;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0024826;STB=0.508371;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0272552;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:7:11:14:9:7:11:15:9 chr1 1588670 . G A 227.16 PASS AF=0.293578;AO=31;DP=111;FAO=32;FDP=109;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0228786;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.098;QD=8.33619;RBI=0.0403391;REFB=-0.018294;REVB=-0.0332237;RO=71;SAF=18;SAR=13;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546092;STB=0.521423;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.049908;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:71:77:31:32:0.293578:13:18:38:33:14:18:41:36 chr1 1588717 . G A 230.01 PASS AF=0.244604;AO=33;DP=138;FAO=34;FDP=139;FR=.;FRO=105;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.00452771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.88;QD=6.61898;RBI=0.00584805;REFB=-0.00606397;REVB=0.0037013;RO=105;SAF=22;SAR=11;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196716;STB=0.603071;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0157598;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:105:105:33:34:0.244604:11:22:54:51:12:22:54:51 chr1 1588737 . C T 180.48 PASS AF=0.218045;AO=29;DP=133;FAO=29;FDP=133;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=0.00412211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.614;QD=5.42805;RBI=0.0184292;REFB=-0.00786366;REVB=-0.0179623;RO=104;SAF=17;SAR=12;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097634;STB=0.560398;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0104099;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:104:104:29:29:0.218045:12:17:53:51:12:17:53:51 chr1 1588743 . A T 108.84 PASS AF=0.164062;AO=21;DP=125;FAO=21;FDP=128;FR=.;FRO=107;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.00751037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.033;QD=3.40138;RBI=0.0287383;REFB=-0.00778956;REVB=-0.0277396;RO=104;SAF=14;SAR=7;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24898;STB=0.666508;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0414642;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:104:107:21:21:0.164062:7:14:49:55:7:14:50:57 chr1 1588744 . AGCG A 89.41 PASS AF=0.151261;AO=18;DP=123;FAO=18;FDP=119;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0191188;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=3;MLLD=280.51;QD=3.00544;RBI=0.0191313;REFB=0.000105299;REVB=-0.000691972;RO=99;SAF=14;SAR=4;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40947;STB=0.768637;STBP=0.024;TYPE=del;VARB=-0.00126078;OID=.;OPOS=1588745;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.151261:18:123:18:119:101:14:4:47:54:89:99:14:4:45:54 chr1 1597295 . C T 385.95 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00103479;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.135;QD=17.7448;RBI=0.035555;REFB=-0.0374492;REVB=0.0355399;RO=47;SAF=15;SAR=24;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125398;STB=0.575183;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0382389;OID=.;OPOS=1597295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:47:39:40:0.45977:24:15:24:23:25:15:24:23 chr1 1599888 . A G 58.24 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0225314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8413;QD=4.75406;RBI=0.022625;REFB=-0.00426902;REVB=0.00205606;RO=39;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834854;STB=0.565466;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0368565;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:39:40:9:9:0.183673:4:5:19:20:4:5:19:21 chr1 1647814 . T C 408.31 PASS AF=0.35;AO=49;DP=140;FAO=49;FDP=140;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=34;FWDB=0.0162725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.877;QD=11.6661;RBI=0.0220683;REFB=-0.0121166;REVB=-0.0149069;RO=90;SAF=27;SAR=22;SRF=56;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823044;STB=0.54998;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0244862;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:90:91:49:49:0.35:22:27:56:34:22:27:57:34 chr1 1647871 . T C 422.71 PASS AF=0.344371;AO=52;DP=151;FAO=52;FDP=151;FR=.;FRO=99;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=0.00269672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4279;QD=11.1976;RBI=0.0211419;REFB=-0.0104316;REVB=0.0209692;RO=97;SAF=16;SAR=36;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212587;STB=0.623327;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.023034;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:97:99:52:52:0.344371:36:16:47:50:36:16:48:51 chr1 1647893 . C CTTTCTT 158.33 PASS AF=0.220339;AO=22;DP=133;FAO=26;FDP=118;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.0135295;FXX=0.0406471;HRUN=3;LEN=6;MLLD=174.59;QD=5.36703;RBI=0.0362577;REFB=-0.00670676;REVB=-0.0336389;RO=95;SAF=6;SAR=16;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20607;STB=0.672502;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.0194541;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220339:22:133:26:118:92:6:20:39:53:99:95:6:16:40:55 chr1 1650787 . T C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00174492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.912;QD=14.6577;RBI=0.0329245;REFB=-0.0309829;REVB=-0.0328783;RO=17;SAF=12;SAR=1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411762;STB=0.749499;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0251892;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:1:12:12:5:1:12:12:5 chr1 1650797 . A G 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0120237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.068;QD=19.0007;RBI=0.0154697;REFB=-0.0190393;REVB=0.00973356;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131328;STB=0.575127;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.011606;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:4:13:11:6:4:13:11:6 chr1 1650801 . T C 157.06 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0177894;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.133;QD=16.1087;RBI=0.0223909;REFB=-0.015048;REVB=-0.0135975;RO=21;SAF=13;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120553;STB=0.560709;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0151699;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:4:13:14:7:4:13:15:7 chr1 1650807 . T C 241.81 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0132414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6497;QD=22.4943;RBI=0.0165198;REFB=-0.015641;REVB=-0.00987774;RO=19;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040151;STB=0.530536;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.011761;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:7:16:14:5:7:16:15:5 chr1 1650832 . A G 177.78 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00892327;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.305;QD=12.2606;RBI=0.0235632;REFB=-0.00690109;REVB=0.0218083;RO=35;SAF=17;SAR=5;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310627;STB=0.690626;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0226806;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:35:36:22:22:0.37931:5:17:18:17:5:17:18:18 chr1 1650845 . G A 400.12 PASS AF=0.6;AO=37;DP=64;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0700708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.85;QD=24.6225;RBI=0.0701779;REFB=-0.00759722;REVB=0.00387647;RO=23;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164239;STB=0.551155;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0015777;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:23:26:37:39:0.6:20:17:16:7:20:19:16:10 chr1 1654038 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00562924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.755;QD=26.0262;RBI=0.0415722;REFB=0.0129981;REVB=0.0411893;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.599655;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000282051;OID=.;OPOS=1654038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:0:1:2:4:0:1 chr1 1654058 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000193352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.583;QD=30.5927;RBI=0.0267646;REFB=0.0523367;REVB=0.0267639;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00322081;OID=.;OPOS=1654058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:1:1:5:5:1:1 chr1 1654064 . A T 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00543433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.098;QD=27.3836;RBI=0.0325489;REFB=-0.0287961;REVB=0.0320921;RO=3;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680236;STB=0.538385;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0145417;OID=.;OPOS=1654064;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:5:5:2:1:5:5:2:1 chr1 1654065 . AGCG A 95.29 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00915231;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=3;MLLD=325.813;QD=31.7637;RBI=0.0169867;REFB=-0.0129283;REVB=0.0143103;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00396616;OID=.;OPOS=1654066;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:10:13:10:12:2:5:5:1:1:10:2:5:5:1:1 chr1 1666175 . C T 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00230626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.421;QD=11.8289;RBI=0.0043777;REFB=-0.00702267;REVB=0.00372094;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792561;STB=0.520511;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.012901;OID=.;OPOS=1666175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:29:17:18:11:11:0.37931:4:7:12:5:4:7:12:6 chr1 1666251 . G A 49.38 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0607444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8858;QD=4.20231;RBI=0.0638303;REFB=-0.017403;REVB=-0.0196067;RO=39;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109643;STB=0.574286;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0308759;OID=.;OPOS=1666251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:4:4:23:16:4:4:23:16 chr1 1684472 . C T 95.15 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0443509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7262;QD=11.1939;RBI=0.0553327;REFB=0.00697019;REVB=-0.0330864;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418302;STB=0.524958;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0117856;OID=.;OPOS=1684472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:12:10:5:7:12:10 chr1 1823922 . A G 497.61 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.196;QD=58.5422;RBI=0.0434095;REFB=0;REVB=0.0427176;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299754;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:21:12:0:0:21:13:0:0 chr1 1846765 . G A 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00369246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.196;QD=12.5627;RBI=0.00600889;REFB=-0.0179384;REVB=0.00474052;RO=35;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217514;STB=0.625925;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0255546;OID=.;OPOS=1846765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:7:15:17:18:7:15:17:18 chr1 1849529 . A G 163.74 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0553138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.486;QD=13.3666;RBI=0.0556769;REFB=-0.00534776;REVB=-0.00634835;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13961;STB=0.580562;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00641841;OID=.;OPOS=1849529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:12:6:7:24:12:6:7:24 chr1 1854109 . A G 179.67 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0176244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.204;QD=15.6232;RBI=0.0387308;REFB=0.00814653;REVB=-0.0344885;RO=25;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134948;STB=0.626184;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.0106513;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:27:19:19:0.413043:16:3:6:19:16:3:8:19 chr1 1859131 . C T 503.66 PASS AF=0.44;AO=54;DP=124;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.00444352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.694;QD=16.1171;RBI=0.0110418;REFB=-0.0102716;REVB=-0.0101083;RO=67;SAF=30;SAR=24;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179404;STB=0.596507;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0147577;OID=.;OPOS=1859131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:67:70:54:55:0.44:24:30:25:42:25:30:26:44 chr1 1861582 . C T 339.76 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00349287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.654;QD=15.4435;RBI=0.00557536;REFB=-0.0203879;REVB=0.00434563;RO=51;SAF=13;SAR=24;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24446;STB=0.638144;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0240019;OID=.;OPOS=1861582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:24:13:30:21:24:13:30:21 chr1 1873514 . A G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.085854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6466;QD=18.0505;RBI=0.0898656;REFB=-0.0349449;REVB=-0.0265503;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175521;STB=0.599822;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0192192;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:3:7:7:1:3:7:7:1 chr1 1873525 . T C 72.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0416474;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8071;QD=17.0928;RBI=0.0462755;REFB=0.0160149;REVB=0.0201722;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174375;STB=0.618816;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0169853;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:3:6:6:1:3:6:7:1 chr1 1875858 . CA GG 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0340965;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.109;QD=15.8821;RBI=0.0366617;REFB=-0.0508891;REVB=-0.0134727;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0381799;OID=.;OPOS=1875858;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:5:5:5:5:5:5 chr1 1886859 . C T 57.84 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0494445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.914;QD=13.6104;RBI=0.0497356;REFB=-0.0489578;REVB=-0.00537353;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347252;STB=0.703751;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0107674;OID=.;OPOS=1886859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:7:2:5:3:7:2 chr1 1887019 . A G 115.83 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.615;QD=42.1188;RBI=0.0571749;REFB=0;REVB=0.0557698;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386282;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr1 1887245 . G A 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.012499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7783;QD=16.4525;RBI=0.0258418;REFB=-0.00516045;REVB=0.022618;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960619;STB=0.5054;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0063951;OID=.;OPOS=1887245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:16:17:21:19:16:17:21:19 chr1 1888193 . C A 430.88 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0061419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.749;QD=15.9585;RBI=0.0063569;REFB=-0.0142587;REVB=-0.00163929;RO=60;SAF=21;SAR=27;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953409;STB=0.553342;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0212546;OID=.;OPOS=1888193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:27:21:32:28:27:21:32:28 chr1 1896440 . G A 239.16 PASS AF=0.386667;AO=27;DP=72;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0177373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8561;QD=12.7553;RBI=0.0223384;REFB=-0.0295747;REVB=0.0135791;RO=45;SAF=10;SAR=17;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292408;STB=0.643148;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0579323;OID=.;OPOS=1896440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:45:46:27:29:0.386667:17:10:29:16:17:12:30:16 chr1 1900106 . T TCTC 378.08 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00608454;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=3;MLLD=221.972;QD=15.7533;RBI=0.00630545;REFB=-0.022391;REVB=-0.00165444;RO=57;SAF=15;SAR=25;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212507;STB=0.615125;STBP=0.075;TYPE=ins;VARB=0.0351605;OID=.;OPOS=1900107;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:40:100:40:96:56:15:25:32:24:99:57:15:25:33:24 chr1 1900232 . T C 217.89 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0249571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.297;QD=13.6179;RBI=0.0281585;REFB=-0.0169531;REVB=-0.0130402;RO=38;SAF=6;SAR=20;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385239;STB=0.721469;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0246517;OID=.;OPOS=1900232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:20:6:22:16:20:6:22:16 chr1 1957037 . T C 152.81 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0310629;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.626;QD=13.0048;RBI=0.0312985;REFB=0.00168471;REVB=-0.00383259;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853542;STB=0.539953;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.0022301;OID=.;OPOS=1957037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:31:30:17:17:0.361702:8:9:14:17:8:9:14:16 chr1 1987993 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0196534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.261;QD=9.0996;RBI=0.0202405;REFB=-0.0047892;REVB=-0.00483998;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407925;STB=0.751486;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0171843;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:2:7:8:11:2:7:8:11 chr1 1991014 . A G 534.19 PASS AF=0.561798;AO=49;DP=88;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00160125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.995;QD=24.0087;RBI=0.0125174;REFB=-0.0156484;REVB=-0.0124146;RO=39;SAF=13;SAR=36;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225088;STB=0.626421;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0147766;OID=.;OPOS=1991014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:39:39:49:50:0.561798:36:13:20:19:37:13:20:19 chr1 2005740 . T C 310.32 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390412;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.8;QD=53.9678;RBI=0.019463;REFB=0;REVB=0.0190674;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201906;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 2113818 . C T 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.020053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5257;QD=20.8111;RBI=0.0488261;REFB=-0.0124386;REVB=-0.0445181;RO=23;SAF=18;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152375;STB=0.586385;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0148992;OID=.;OPOS=2113818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:5:18:15:8:5:18:15:8 chr1 2144788 . A G 187.0 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0143783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.489;QD=19.6841;RBI=0.0186748;REFB=-0.0033738;REVB=0.0119169;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100257;STB=0.554854;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00276753;OID=.;OPOS=2144788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:18:19:18:19:0.5:7:11:9:9:7:12:10:9 chr1 2144982 . G C,T 742.5 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=2,50;DP=52;FAO=2,51;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=2,33;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130862,0.0656888;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.0725,105.964;QD=56.0376;RBI=0.0574142,0.094909;REFB=0,0;REVB=0.055903,0.0685033;RO=0;SAF=2,33;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.56458e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.113717,-0.000758098;OID=.,.;OPOS=2144982,2144982;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:53:0:0:2,50:2,51:0.0377358,0.962264:0,17:2,33:0:0:0,18:2,33:0:0 chr1 2145524 . G A 55.98 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0123643;FXX=0.039984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.802;QD=9.33031;RBI=0.0130739;REFB=-0.0241447;REVB=-0.00424865;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16722;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0292456;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:24:13:16:8:8:0.333333:5:3:3:10:5:3:5:11 chr1 2286920 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0311512;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.714;QD=16.9316;RBI=0.0323841;REFB=-0.018088;REVB=-0.00885025;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282867;STB=0.661906;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0142861;OID=.;OPOS=2286920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:9:3:7:5:9:3 chr1 2399119 . A G 646.49 PASS AF=0.492424;AO=64;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00163604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.74;QD=19.5906;RBI=0.00217207;REFB=-0.0149975;REVB=0.00142873;RO=52;SAF=27;SAR=37;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961808;STB=0.543232;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0145358;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:52:66:64:65:0.492424:37:27:28:24:38:27:33:33 chr1 2436052 . C T 245.9 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0190849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2223;QD=13.474;RBI=0.0566039;REFB=-0.00353241;REVB=0.0532894;RO=43;SAF=11;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141168;STB=0.587835;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00468191;OID=.;OPOS=2436052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:18:11:22:21:18:11:23:21 chr1 2436267 . T G,TG 40.02 PASS AF=0,0.227273;AO=3,5;DP=46;FAO=0,10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=0,3;FSAR=0,7;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.00946969,-0.0305883;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.049,17.5352;QD=3.63798;RBI=0.0105227,0.0953293;REFB=-0.00936247,-0.0659024;REVB=0.00458821,0.0902887;RO=38;SAF=1,3;SAR=2,2;SRF=27;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.370233,-0.141092;STB=0.5,0.81804;STBP=1,0.048;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.157692;OID=.,.;OPOS=2436267,2436268;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:46:44:38:34:3,5:0,10:0,0.227273:2,2:1,3:27:11:0,7:0,3:26:8 chr1 2441358 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.822;QD=51.9146;RBI=0.015509;REFB=0;REVB=-0.00126584;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71849e-05;OID=.;OPOS=2441358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr1 2452569 . T C 1251.69 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3581;QD=60.3226;RBI=0.0126373;REFB=-0.104324;REVB=-0.0100079;RO=1;SAF=28;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177411;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:83:83:1:0:82:83:1:54:28:1:0:54:29:0:0 chr1 2488153 . A G 2850.24 PASS AF=0.904977;AO=200;DP=221;FAO=200;FDP=221;FR=.;FRO=21;FSAF=96;FSAR=104;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00319204;FXX=0.0045043;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.596;QD=51.588;RBI=0.00720888;REFB=-0.00599736;REVB=-0.00646366;RO=19;SAF=96;SAR=104;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00972525;STB=0.504896;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.000255667;OID=.;OPOS=2488153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:221:221:19:21:200:200:0.904977:104:96:8:11:104:96:9:12 chr1 2490898 . C A 239.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.973;QD=50.4047;RBI=0.00801766;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=19;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2481e-05;OID=.;OPOS=2490898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:0:19:0:0:0:19:0:0 chr1 2490942 . C A 365.14 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.155853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3891;QD=52.1631;RBI=0.186263;REFB=-0.123685;REVB=0.101999;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488676;STB=0.526296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0122186;OID=.;OPOS=2490942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:9:18:0:1:9:18:0:1 chr1 2491205 . C T 1560.98 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0004874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.121;QD=63.0699;RBI=0.0144674;REFB=0;REVB=0.0144591;RO=1;SAF=47;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998494;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80903e-05;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:99:99:1:0:98:99:1:51:47:1:0:51:48:0:0 chr1 2535613 . C A 347.91 PASS AF=0.529412;AO=34;DP=66;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0101154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.676;QD=20.4652;RBI=0.0548218;REFB=-0.035976;REVB=0.0538805;RO=32;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144734;STB=0.579082;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0363373;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:32:32:34:36:0.529412:15:19:23:9:16:20:23:9 chr1 2541269 . A G 284.58 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=29;FWDB=0.0128415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7223;QD=17.7862;RBI=0.0374968;REFB=-0.00972362;REVB=-0.0352293;RO=31;SAF=8;SAR=23;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166201;STB=0.601099;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0217958;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:31:33:31:31:0.484375:23:8:4:27:23:8:4:29 chr1 2560839 . GCCCCCCCT GCCCCCCGT,GCCCCCCT,GCCCCCCTC 109.93 PASS AF=0,0.875,0;AO=2,15,3;DP=34;FAO=0,28,0;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=0,17,0;FSAR=0,11,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0153043,0.147501,0.0450545;FXX=0.0302939;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=44.1237,6.7865,12.7356;QD=13.7408;RBI=0.0542941,0.245876,0.142452;REFB=-0.0323833,-0.15786,-0.151255;REVB=0.0520925,0.196719,-0.13514;RO=6;SAF=2,10,0;SAR=0,5,3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.524163,-0.100199,-0.754726;STB=0.5,0.513943,0.5;STBP=1,0.707,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.129654,0;OID=.,.,.;OPOS=2560846,2560840,2560846;OREF=C,C,CT;OALT=G,-,TC;OMAPALT=GCCCCCCGT,GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.875,0:2,15,3:34:0,28,0:32:4:0,17,0:0,11,0:2:2:10:6:2,10,0:0,5,3:5:1 chr1 2560882 . G A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00801018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.944;QD=9.85814;RBI=0.0709366;REFB=-0.00936779;REVB=0.0704829;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228504;STB=0.637472;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0121754;OID=.;OPOS=2560882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:8:5:17:12:8:5:17:12 chr1 2560903 . T G 127.42 PASS AF=0.380952;AO=14;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.000870115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.668;QD=12.1355;RBI=0.0157094;REFB=-0.0171621;REVB=-0.0156852;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121095;STB=0.54756;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0438536;OID=.;OPOS=2560903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:26:14:16:0.380952:8:6:13:11:8:8:15:11 chr1 2573199 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.721;QD=59.855;RBI=0.0190918;REFB=0;REVB=0.0190519;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48839e-05;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr1 2984087 . C A 604.1 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0961004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.854;QD=54.9183;RBI=0.0979735;REFB=-0.173741;REVB=0.0190664;RO=3;SAF=15;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040871;STB=0.521831;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00308044;OID=.;OPOS=2984087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:44:44:3:3:41:41:0.931818:26:15:2:1:26:15:2:1 chr1 3328358 . T C 223.1 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.246;QD=49.5775;RBI=0.066101;REFB=0;REVB=-0.0378759;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143623;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr1 3328728 . CG CC,C 253.39 PASS AF=0,1;AO=4,14;DP=33;FAO=0,40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.262653,-0.0498614;FXX=0.0476077;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=6.08142,9.25742;QD=25.3391;RBI=0.276106,0.171539;REFB=0,0;REVB=0.0851347,0.164132;RO=11;SAF=0,0;SAR=4,14;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.657755,-0.813783;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0251595,-0.00275525;OID=.,.;OPOS=3328729,3328729;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:4,14:33:0,40:40:0:0,11:0,29:0:0:4:11:0,0:4,14:4:7 chr1 3352009 . G A 344.32 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=-0.0380363;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.398;QD=21.5197;RBI=0.0380439;REFB=-0.0267208;REVB=-0.000758282;RO=28;SAF=6;SAR=29;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981957;STB=0.527672;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0194906;OID=.;OPOS=3352009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:28:29:35:35:0.546875:29:6:3:25:29:6:4:25 chr1 3353890 . A G 1087.1 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384956;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.024;QD=60.3943;RBI=0.0409618;REFB=0;REVB=0.0139985;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183306;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:73:72:1:30:43:0:0:29:43:0:0 chr1 3353949 . A G 932.19 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.199;QD=57.3655;RBI=0.0348013;REFB=0;REVB=0.00751984;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530141;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:27:36:0:0:29:36:0:0 chr1 3354595 . T C 977.07 PASS AF=0.985714;AO=63;DP=88;FAO=69;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00873685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.2133;QD=55.8324;RBI=0.0185122;REFB=-0.0391456;REVB=0.0163208;RO=3;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149691;STB=0.505745;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000819517;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:70:3:1:63:69:0.985714:31:32:1:2:43:26:0:1 chr1 3354615 . T C 1079.89 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0121003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.887;QD=56.0982;RBI=0.0121088;REFB=-0.0379344;REVB=0.000454448;RO=3;SAF=27;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497048;STB=0.526309;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=6.60557e-05;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:74:74:0.961039:47:27:3:0:47:27:3:0 chr1 3383898 . A G 1085.99 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.732;QD=59.5063;RBI=0.033457;REFB=0;REVB=-0.013994;RO=1;SAF=28;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08223e-05;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:1:0:72:73:1:44:28:1:0:44:29:0:0 chr1 3389727 . C T 515.1 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000111171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.035;QD=58.8684;RBI=0.0294732;REFB=0;REVB=0.029473;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011365;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:15:19:0:0:15:20:0:0 chr1 3394456 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.444;QD=59.0182;RBI=0.00782607;REFB=0;REVB=0.00709591;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68034e-05;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:16:18:0:0 chr1 3395039 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.71;QD=62.6708;RBI=0.0186144;REFB=0;REVB=0.0129093;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48201e-05;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr1 3413868 . C G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0441426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9922;QD=10.0339;RBI=0.0441826;REFB=0.00166119;REVB=-0.00187782;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542846;STB=0.81731;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00281269;OID=.;OPOS=3413868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:0:7:2:3:0:7 chr1 3414105 . C T 262.01 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0147445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.0981;QD=19.7741;RBI=0.0150994;REFB=-0.0189731;REVB=0.00325453;RO=21;SAF=19;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769806;STB=0.520533;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0164957;OID=.;OPOS=3414105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:25:27:28:0.528302:8:19:13:8:9:19:16:9 chr1 3416449 . C A 738.98 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.214;QD=54.7392;RBI=0.0912002;REFB=-0.131172;REVB=0.0871608;RO=1;SAF=16;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285316;STB=0.515146;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00348093;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:37:16:1:0:37:16:1:0 chr1 3417203 . C T 589.91 PASS AF=0.568627;AO=56;DP=100;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0319804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4686;QD=23.1338;RBI=0.0397889;REFB=-0.0218392;REVB=0.023673;RO=44;SAF=21;SAR=35;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175874;STB=0.574923;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0183937;OID=.;OPOS=3417203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:44:44:56:58:0.568627:35:21:26:18:35:23:25:19 chr1 3418391 . C T 678.49 PASS AF=0.472222;AO=68;DP=146;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=61;FSRR=15;FWDB=0.0408186;FXX=0.0204068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4829;QD=18.8468;RBI=0.0421419;REFB=-0.00528424;REVB=-0.0104777;RO=76;SAF=41;SAR=27;SRF=61;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210012;STB=0.615251;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00114979;OID=.;OPOS=3418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:76:76:68:68:0.472222:27:41:61:15:27:41:61:15 chr1 3421897 . A G 84.58 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0523998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.572;QD=10.9138;RBI=0.0544911;REFB=-0.0261158;REVB=-0.0149513;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122057;STB=0.524954;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0380726;OID=.;OPOS=3421897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:20:20:10:11:0.354839:7:3:8:12:7:4:8:12 chr1 3425183 . G A 389.18 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.020547;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7593;QD=12.9725;RBI=0.0207253;REFB=-0.0290442;REVB=-0.0027126;RO=72;SAF=17;SAR=29;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221457;STB=0.505811;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0434932;OID=.;OPOS=3425183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:72:74:46:46:0.383333:29:17:28:44:29:17:28:46 chr1 3428160 . T G 410.59 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=-0.00548469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.056;QD=14.6641;RBI=0.0234268;REFB=-0.0106389;REVB=-0.0227757;RO=65;SAF=33;SAR=14;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120308;STB=0.506772;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00935974;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:47:47:0.419643:14:33:45:20:14:33:45:20 chr1 3496479 . T C 730.03 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.622;QD=56.1562;RBI=0.0557551;REFB=0;REVB=0.0203439;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236816;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:26:26:0:0 chr1 3545612 . A G 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0117546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.517;QD=17.3234;RBI=0.0161139;REFB=-0.0237233;REVB=-0.0110222;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18336;STB=0.604294;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0385278;OID=.;OPOS=3545612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:9:16:9:11:9:16 chr1 3548136 . T C 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.279;QD=57.1721;RBI=0.0372631;REFB=0;REVB=0.00710327;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168634;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:16:35:0:0:16:35:0:0 chr1 3607520 . G A 3023.37 PASS AF=1;AO=189;DP=191;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397799;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.615;QD=63.6499;RBI=0.0216923;REFB=0;REVB=0.0213244;RO=0;SAF=73;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246569;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:190:0:0:189:190:1:116:73:0:0:116:74:0:0 chr1 3638674 . C T 577.12 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0804495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.262;QD=52.4656;RBI=0.0957698;REFB=-0.133165;REVB=0.0519589;RO=1;SAF=13;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347063;STB=0.517894;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00287646;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:44:44:1:4:40:40:0.909091:27:13:1:0:27:13:2:2 chr1 3644715 . C T 815.61 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0266707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.352;QD=52.6199;RBI=0.0268019;REFB=-0.0179767;REVB=-0.00264933;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.511987;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=4.10341e-05;OID=.;OPOS=3644715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:0:3:59:59:0.951613:34:25:0:0:34:25:2:1 chr1 3644754 . T C 857.14 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000556008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.191;QD=56.2058;RBI=0.00223443;REFB=0;REVB=-0.00216415;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019026;OID=.;OPOS=3644754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:58:61:1:38:20:0:0:41:20:0:0 chr1 3649403 . G A 1533.66 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.447;QD=61.9662;RBI=0.122483;REFB=0;REVB=0.100267;RO=3;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260849;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823056;OID=.;OPOS=3649403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:99:99:3:0:96:99:1:53:43:0:3:56:43:0:0 chr1 3649562 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.043;QD=49.5992;RBI=0.0567784;REFB=0;REVB=0.0285257;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400797;OID=.;OPOS=3649562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr1 3659742 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.183;QD=58.4189;RBI=0.0262457;REFB=0;REVB=0.0231557;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63167e-05;OID=.;OPOS=3659742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr1 3669201 . A G 959.19 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532594;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.264;QD=59.027;RBI=0.0458164;REFB=0;REVB=0.0455058;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206105;OID=.;OPOS=3669201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr1 3669205 . C G 923.89 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0940543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4276;QD=56.8545;RBI=0.112334;REFB=-0.114301;REVB=0.0614232;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00219338;OID=.;OPOS=3669205;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:0:1:63:64:0.984615:32:31:0:0:32:32:0:1 chr1 3677933 . T C 613.58 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.344;QD=61.3582;RBI=0.0342586;REFB=0;REVB=0.0327886;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135622;OID=.;OPOS=3677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:16:22:0:0:17:23:0:0 chr1 3743319 . G A 739.39 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.676;QD=56.876;RBI=0.0232267;REFB=0;REVB=0.0229226;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79439e-05;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:33:16:0:0:36:16:0:0 chr1 3745924 . G A 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3063;QD=61.5353;RBI=0.014002;REFB=0;REVB=0.00380374;RO=0;SAF=27;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54708e-05;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:54:27:0:0:54:27:0:0 chr1 3800242 . A G 192.86 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0158791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.601;QD=23.3765;RBI=0.0249964;REFB=-0.0289908;REVB=0.0193048;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946752;STB=0.553134;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0345026;OID=.;OPOS=3800242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:13:6:6:8:13:6:6:8 chr1 4772053 . T C 225.26 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=40;FWDB=-0.0383057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.281;QD=11.2629;RBI=0.0383058;REFB=-0.0166907;REVB=-0.000109204;RO=50;SAF=6;SAR=22;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00934855;STB=0.515614;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0259821;OID=.;OPOS=4772053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:52:28:28:0.35:22:6:11:39:22:6:12:40 chr1 4772716 . C T 287.1 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0166793;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8205;QD=17.944;RBI=0.0348032;REFB=0.0191254;REVB=0.0305461;RO=31;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00428867;OID=.;OPOS=4772716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:31:33:31:31:0.484375:18:13:13:18:18:13:13:20 chr1 4772717 . G A 267.91 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0132173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.018;QD=16.237;RBI=0.0224625;REFB=-0.00520293;REVB=0.0181622;RO=35;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509428;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00667969;OID=.;OPOS=4772717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:18:12:14:21:18:12:15:21 chr1 4847845 . G A 251.78 PASS AF=0.489796;AO=19;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0141963;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.027;QD=20.5535;RBI=0.0679248;REFB=-0.0308262;REVB=-0.0664248;RO=14;SAF=16;SAR=3;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137681;STB=0.537282;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0325823;OID=.;OPOS=4847845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:14:25:19:24:0.489796:3:16:13:1:8:16:15:10 chr1 4847990 . C T 54.92 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.100388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.689;QD=24.4074;RBI=0.118427;REFB=-0.0223246;REVB=-0.0628275;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.599732;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00924399;OID=.;OPOS=4847990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:2:0:3:4:2:0 chr1 5937168 . G A 2272.48 PASS AF=0.993377;AO=149;DP=150;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0071;QD=60.1981;RBI=0.0172303;REFB=0.0250307;REVB=-0.00242958;RO=1;SAF=98;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00482908;STB=0.502512;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00103141;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:151:1:1:149:150:0.993377:51:98:1:0:51:99:1:0 chr1 5948677 . G A 854.1 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.075;QD=56.0068;RBI=0.0293244;REFB=0.111699;REVB=-0.0152215;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132943;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00111084;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:35:25:0:1:35:25:0:1 chr1 6149053 . C T 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.535;QD=63.1947;RBI=0.0483953;REFB=0;REVB=0.0483342;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5874e-05;OID=.;OPOS=6149053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr1 6149122 . G A 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.911;QD=62.0066;RBI=0.0589537;REFB=0;REVB=0.0545838;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30495e-05;OID=.;OPOS=6149122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr1 6158562 . A G 1584.04 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177649;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4072;QD=64.0015;RBI=0.0328474;REFB=0;REVB=0.0276289;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292048;OID=.;OPOS=6158562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:43:55:0:0:43:56:0:0 chr1 6162054 . T C 125.68 PASS AF=0.8125;AO=11;DP=15;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0726205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2738;QD=31.4196;RBI=0.106725;REFB=-0.0578302;REVB=-0.0782084;RO=3;SAF=0;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.836521;STB=0.799398;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0142935;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:16:3:3:11:13:0.8125:11:0:3:0:12:1:3:0 chr1 6184092 . A G 748.6 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503683;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.792;QD=62.3837;RBI=0.0509513;REFB=0;REVB=-0.0507017;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27322e-05;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:48:0:0:47:48:1:14:33:0:0:14:34:0:0 chr1 6313938 . C T 829.58 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114533;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.813;QD=58.216;RBI=0.0201976;REFB=0;REVB=0.0166363;RO=0;SAF=15;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320897;OID=.;OPOS=6313938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:57:0:0:57:57:1:42:15:0:0:42:15:0:0 chr1 6314822 . T C 803.5 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362137;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8964;QD=57.3932;RBI=0.0457781;REFB=0;REVB=0.0280036;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751573;OID=.;OPOS=6314822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr1 6557009 . A C 927.32 PASS AF=0.438596;AO=103;DP=228;FAO=100;FDP=228;FR=.;FRO=128;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=80;FSRR=48;FWDB=9.8363e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.025;QD=16.2688;RBI=0.0258416;REFB=-0.0137985;REVB=-0.0258414;RO=122;SAF=49;SAR=54;SRF=80;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175538;STB=0.575576;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0362837;OID=.;OPOS=6557009;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:122:128:103:100:0.438596:54:49:80:42:51:49:80:48 chr1 6614535 . G A 171.14 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00856558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.968;QD=17.5524;RBI=0.12664;REFB=-0.00333283;REVB=0.12635;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142722;STB=0.581725;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00824601;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:11:10:6:12:11:10 chr1 6631157 . T C 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00425341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5409;QD=18.2996;RBI=0.0161251;REFB=0.00448491;REVB=0.015554;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185001;STB=0.604551;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00852551;OID=.;OPOS=6631157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:7:16:10:10:7:16 chr1 6634693 . T C 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00957504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.75;QD=15.9163;RBI=0.0246745;REFB=0.0102241;REVB=0.022741;RO=14;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18945;STB=0.599828;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00594882;OID=.;OPOS=6634693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:2:11:10:4:2:11:11:4 chr1 6634764 . A G 205.38 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.011312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.924;QD=12.8362;RBI=0.0221258;REFB=-0.00933957;REVB=-0.0190154;RO=39;SAF=18;SAR=7;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263675;STB=0.652221;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0286454;OID=.;OPOS=6634764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:7:18:19:20:7:18:19:20 chr1 6634901 . A C 145.56 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0126635;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.898;QD=15.7364;RBI=0.0159305;REFB=-0.00518001;REVB=-0.00966524;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171002;STB=0.612104;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00767906;OID=.;OPOS=6634901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:21:16:16:0.432432:6:10:9:11:6:10:9:12 chr1 6635231 . A G 188.26 PASS AF=0.85;AO=18;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00280113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2274;QD=37.6515;RBI=0.0385112;REFB=0.018711;REVB=0.0384092;RO=2;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338663;STB=0.503222;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0118932;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:2:3:18:17:0.85:6:12:1:1:6:11:2:1 chr1 6636662 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.000701857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.517;QD=12.0517;RBI=0.00756503;REFB=-0.0111096;REVB=0.0075324;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517204;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0161714;OID=.;OPOS=6636662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:6:3:4:8:6:3:4:9 chr1 6646959 . GCCTGCCTTC G 61.63 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0228871;FXX=0.0769083;HRUN=2;LEN=9;MLLD=274.928;QD=5.13614;RBI=0.0279117;REFB=-0.00721393;REVB=0.0159764;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381002;STB=0.758672;STBP=0.044;TYPE=del;VARB=0.0156177;OID=.;OPOS=6646960;OREF=CCTGCCTTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270833:13:47:13:48:35:4:9:24:11:61:31:4:9:20:11 chr1 6659505 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0216077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.172;QD=12.7389;RBI=0.022169;REFB=-0.0203168;REVB=0.00495697;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119124;STB=0.571247;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0307017;OID=.;OPOS=6659505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:5:5:5:3:5:5 chr1 6693097 . A G 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0123891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.086;QD=21.0138;RBI=0.014616;REFB=-0.0099068;REVB=-0.00775487;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815107;STB=0.524199;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00803511;OID=.;OPOS=6693097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:9:7:4:8:9:7:5:8 chr1 6695244 . A G 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0426363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9661;QD=15.5703;RBI=0.0473048;REFB=-0.0149889;REVB=-0.0204912;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51721;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0135396;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:7:4:4:7:7:4:4:8 chr1 6695703 . TG GT,TGT 35.13 PASS AF=0,0.125;AO=7,7;DP=64;FAO=0,8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.135134,-0.141757;FXX=0;HRUN=6,0;LEN=2,1;MLLD=66.0573,59.662;QD=2.1958;RBI=0.135153,0.141757;REFB=-7.59927e-05,-0.00226414;REVB=0.00229787,0.000332384;RO=48;SAF=5,0;SAR=2,7;SRF=22;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.30205,-0.638684;STB=0.5,0.852002;STBP=1,0.054;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0266856,0.0549389;OID=.,.;OPOS=6695703,6695705;OREF=TG,-;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:64:64:48:56:7,7:0,8:0,0.125:2,7:5,0:22:26:0,7:0,1:28:28 chr1 6704635 . A G 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0199576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8875;QD=11.3681;RBI=0.0468844;REFB=0.0108166;REVB=0.0424245;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276589;STB=0.674268;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0143914;OID=.;OPOS=6704635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:5:6:5:13:5:6:5:14 chr1 6711146 . T C 170.1 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0305502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.11;QD=14.7908;RBI=0.0316643;REFB=-0.0266189;REVB=-0.00832563;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222065;STB=0.508227;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0796109;OID=.;OPOS=6711146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:26:27:18:19:0.413043:10:8:11:15:11:8:11:16 chr1 7723534 . G A 172.1 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0078388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.623;QD=18.1156;RBI=0.0161399;REFB=-0.0180909;REVB=-0.0141085;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895477;STB=0.550843;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0231346;OID=.;OPOS=7723534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:7:13:10:8:7:13 chr1 7723957 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0601153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.582;QD=18.7441;RBI=0.0632601;REFB=0.00973466;REVB=-0.0196975;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00466505;OID=.;OPOS=7723957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:1:3:5:2:1:3 chr1 7811014 . G A 249.25 PASS AF=0.426471;AO=27;DP=66;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00148473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.482;QD=14.6619;RBI=0.0134909;REFB=-0.0118408;REVB=0.0134089;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0080169;STB=0.502536;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0197822;OID=.;OPOS=7811014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:38:39:27:29:0.426471:14:13:18:20:15:14:19:20 chr1 7870048 . T C 387.81 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0220589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1693;QD=18.4673;RBI=0.027434;REFB=0.0133294;REVB=0.0163103;RO=43;SAF=13;SAR=27;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497144;STB=0.517848;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.0124155;OID=.;OPOS=7870048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:27:13:12:31:27:13:13:31 chr1 7887248 . G A 786.88 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.698;QD=55.2195;RBI=0.0240173;REFB=-0.00605291;REVB=0.0165877;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000203567;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:30:26:0:1:30:26:0:1 chr1 7887404 . C T 223.1 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=37;FWDB=0.000423231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.113;QD=12.5689;RBI=0.0128449;REFB=-0.0215451;REVB=0.0128379;RO=40;SAF=5;SAR=22;SRF=5;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113933;STB=0.527708;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0288189;OID=.;OPOS=7887404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:44:27:27:0.380282:22:5:5:35:22:5:7:37 chr1 7887493 . T C 1344.07 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00795592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7216;QD=61.094;RBI=0.0552837;REFB=-0.145404;REVB=0.0547082;RO=1;SAF=19;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00702016;STB=0.503649;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00119282;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:86:87:0.988636:67:19:0:1:68:19:0:1 chr1 7887605 . G A 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00543652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.762;QD=19.7025;RBI=0.0071635;REFB=-0.00996762;REVB=0.00466476;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326819;STB=0.518497;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00930057;OID=.;OPOS=7887605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:6:10:10:7:6:10 chr1 7889941 . C T 310.56 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=7;FWDB=0.0155756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.866;QD=16.5629;RBI=0.0506451;REFB=-0.0187632;REVB=0.0481905;RO=39;SAF=22;SAR=12;SRF=32;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194595;STB=0.616453;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0289544;OID=.;OPOS=7889941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:41:34:34:0.453333:12:22:32:7:12:22:34:7 chr1 7906476 . G T 468.89 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144028;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6686;QD=58.6116;RBI=0.0247379;REFB=0;REVB=0.0201127;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495816;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:15:17:0:0 chr1 7909737 . C T 175.69 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0048075;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1538;QD=13.2599;RBI=0.0148769;REFB=-0.0329177;REVB=0.0140787;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169402;STB=0.609124;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0365833;OID=.;OPOS=7909737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:32:21:21:0.396226:13:8:7:23:13:8:7:25 chr1 7990367 . G A 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0357684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8628;QD=28.5228;RBI=0.103498;REFB=-0.028812;REVB=0.0971212;RO=6;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247046;STB=0.636198;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0174728;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:7:8:6:0:7:8:6:0 chr1 8031054 . G A 360.15 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.00427515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.278;QD=17.785;RBI=0.0209745;REFB=-0.0336089;REVB=0.0205341;RO=42;SAF=19;SAR=19;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202513;STB=0.617226;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0309835;OID=.;OPOS=8031054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:19:19:12:30:19:19:12:31 chr1 8042970 . G T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00193251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.768;QD=9.91651;RBI=0.0265093;REFB=-0.0120952;REVB=0.0264388;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153571;STB=0.593016;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0216041;OID=.;OPOS=8042970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:10:7:5:4:10:7 chr1 8390888 . G A 1453.39 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.086;QD=63.1909;RBI=0.0127102;REFB=0;REVB=-0.00803644;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80189e-06;OID=.;OPOS=8390888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:55:37:0:0:55:37:0:0 chr1 8412935 . C T 402.63 PASS AF=0.493976;AO=38;DP=80;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.000402508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.773;QD=19.4038;RBI=0.00334613;REFB=-0.0149055;REVB=0.00332183;RO=38;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473374;STB=0.517943;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0149599;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:38:42:38:41:0.493976:19:19:17:21:21:20:19:23 chr1 8412989 . A G 871.25 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00754278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.129;QD=56.2094;RBI=0.00835881;REFB=-0.00220188;REVB=0.00360225;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136821;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000176797;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:34:27:0:1:34:27:0:1 chr1 8418644 . C A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0333033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.802;QD=9.49166;RBI=0.0361755;REFB=-0.0231668;REVB=-0.0141266;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125693;STB=0.576108;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.036975;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:6:12:5:4:6:12 chr1 8418650 . T C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0237848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.786;QD=7.95468;RBI=0.0520236;REFB=-0.0086437;REVB=-0.046268;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00792354;STB=0.504938;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0396178;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:7:12:5:3:7:12 chr1 8928125 . G T 137.95 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00802105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.015;QD=19.0272;RBI=0.0127563;REFB=-0.0215011;REVB=-0.00991898;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940743;STB=0.553418;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0169804;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:5:9:8:7:5:9 chr1 9009444 . A C 64.11 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.029601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1958;QD=9.86366;RBI=0.0434812;REFB=0.0106124;REVB=-0.0318496;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30146;STB=0.685825;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0132273;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:8:9:7:2:8:9 chr1 9009451 . G C 64.39 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000856558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1351;QD=9.90566;RBI=0.0107737;REFB=0.00165823;REVB=0.0107396;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30146;STB=0.685825;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00226182;OID=.;OPOS=9009451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:8:9:7:2:8:9 chr1 9009470 . G C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0310154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.224;QD=9.19978;RBI=0.0312722;REFB=-0.00172404;REVB=-0.00399932;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34615;STB=0.713673;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00362858;OID=.;OPOS=9009470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:8:5:5:2:8:5 chr1 9011586 . T G 1109.08 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.13;QD=59.1509;RBI=0.0412355;REFB=0;REVB=0.0348142;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222688;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:32:40:0:0:33:42:0:0 chr1 9011627 . G A 267.8 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0158718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3106;QD=13.9119;RBI=0.0196781;REFB=-0.00328326;REVB=-0.0116324;RO=46;SAF=11;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201327;STB=0.614784;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00296394;OID=.;OPOS=9011627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:20:11:25:21:20:11:25:21 chr1 9011722 . G T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.354;QD=58.5851;RBI=0.0298785;REFB=0;REVB=0.0136442;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5204e-05;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr1 9039704 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.218;QD=33.4285;RBI=0.0692554;REFB=0;REVB=0.0298704;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244572;OID=.;OPOS=9039704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 9165685 . G A 230.19 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.028214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.843;QD=11.8045;RBI=0.0376754;REFB=-0.0194736;REVB=0.0249681;RO=48;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133519;STB=0.586149;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0287993;OID=.;OPOS=9165685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:50:28:28:0.358974:16:12:15:33:16:12:15:35 chr1 9171238 . G T 495.4 PASS AF=0.348571;AO=61;DP=176;FAO=61;FDP=175;FR=.;FRO=114;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=68;FWDB=0.00787667;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9616;QD=11.3235;RBI=0.00792867;REFB=-0.00963553;REVB=-0.000906544;RO=114;SAF=35;SAR=26;SRF=46;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192228;STB=0.609676;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.021249;OID=.;OPOS=9171238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:114:114:61:61:0.348571:26:35:46:68:26:35:46:68 chr1 9323910 . G A 210.7 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=23;FWDB=0.0618735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.271;QD=19.1549;RBI=0.0618749;REFB=-0.0202738;REVB=-0.000423799;RO=23;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335957;STB=0.682424;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0114241;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:20:1:0:23:20:1:0:23 chr1 9324571 . T C 231.43 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.015535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.132;QD=14.4643;RBI=0.0206221;REFB=-0.0111512;REVB=0.0135623;RO=36;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261496;STB=0.648666;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.010571;OID=.;OPOS=9324571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:36:37:26:27:0.421875:8:18:16:20:8:19:17:20 chr1 9416151 . G A 260.78 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073607;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.074;QD=52.1566;RBI=0.0334058;REFB=0;REVB=0.0325848;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127503;OID=.;OPOS=9416151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr1 9427842 . A G 996.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.006;QD=58.6379;RBI=0.0671396;REFB=0;REVB=0.00605993;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694665;OID=.;OPOS=9427842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:44:22:0:0:44:24:0:0 chr1 9427869 . G A 787.25 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0866785;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.963;QD=57.2548;RBI=0.0867314;REFB=0;REVB=0.00303055;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297997;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr1 9670834 . C T 515.57 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=0.0376074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2545;QD=16.1114;RBI=0.0376208;REFB=-0.0146223;REVB=-0.00100145;RO=71;SAF=26;SAR=30;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143279;STB=0.574804;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0160074;OID=.;OPOS=9670834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:72:56:56:0.4375:30:26:23:48:30:26:24:48 chr1 9787380 . G C 315.44 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0565731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4055;QD=24.2647;RBI=0.0567872;REFB=-0.0280403;REVB=0.00492588;RO=21;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563639;STB=0.503104;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00999796;OID=.;OPOS=9787380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:15:16:11:10:15:16:11:10 chr1 9791952 . C T 266.69 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0129946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.514;QD=13.5033;RBI=0.0138332;REFB=-0.00231713;REVB=-0.0047431;RO=48;SAF=24;SAR=6;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369632;STB=0.718235;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00261298;OID=.;OPOS=9791952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:48:48:30:31:0.392405:6:24:24:24:6:25:24:24 chr1 9888202 . C T 305.48 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000857109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.713;QD=53.1274;RBI=0.00891147;REFB=0;REVB=-0.00887016;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31903e-05;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr1 10511589 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00604449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.783;QD=62.0215;RBI=0.00697279;REFB=0;REVB=0.00347621;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.40229e-06;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr1 10521569 . C T 81.26 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0405974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.939;QD=8.1262;RBI=0.0426788;REFB=-0.00323938;REVB=0.0131657;RO=29;SAF=8;SAR=3;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996605;STB=0.562044;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00741305;OID=.;OPOS=10521569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:3:8:19:10:3:8:19:10 chr1 10521649 . C T 96.93 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0297067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.232;QD=15.5088;RBI=0.0303344;REFB=-0.056481;REVB=-0.00613924;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428568;STB=0.736388;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0349085;OID=.;OPOS=10521649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:24:25:11:12:9:10:0.4:3:6:2:9:3:7:3:9 chr1 10697842 . G A 204.99 PASS AF=0.42;AO=22;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.00217898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4091;QD=16.399;RBI=0.00787527;REFB=-0.047107;REVB=0.00756782;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250046;STB=0.658406;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0352677;OID=.;OPOS=10697842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:22:21:0.42:13:9:5:23:12:9:5:24 chr1 10699093 . TCCG GCCT 59.9 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00541961;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=152.427;QD=18.43;RBI=0.0459328;REFB=-0.0266731;REVB=-0.045612;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443891;STB=0.805371;STBP=0.089;TYPE=mnp;VARB=-0.00690921;OID=.;OPOS=10699093;OREF=TCCG;OALT=GCCT;OMAPALT=GCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:13:13:4:5:6:6:0.461538:1:5:1:3:1:5:1:4 chr1 11008497 . G C 415.85 PASS AF=0.5;AO=36;DP=80;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.105327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.606;QD=19.3419;RBI=0.106874;REFB=-0.0249365;REVB=0.0181194;RO=41;SAF=6;SAR=30;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241224;STB=0.541728;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0245292;OID=.;OPOS=11008497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:41:43:36:43:0.5:30:6:14:27:31:12:15:28 chr1 11008695 . T C 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00488167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.917;QD=16.1561;RBI=0.00616209;REFB=-0.0114607;REVB=0.0037604;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103096;STB=0.558039;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0146857;OID=.;OPOS=11008695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:20:12:13:14:20:12 chr1 11014118 . C T 389.13 PASS AF=0.686275;AO=34;DP=50;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0497672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4465;QD=30.5199;RBI=0.0652031;REFB=-0.0353203;REVB=0.0421269;RO=15;SAF=21;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029416;STB=0.519989;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0165952;OID=.;OPOS=11014118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:15:16:34:35:0.686275:13:21:10:5:13:22:11:5 chr1 11015165 . A G 428.68 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0150767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.883;QD=17.1473;RBI=0.0155897;REFB=-0.0239938;REVB=0.00396627;RO=56;SAF=17;SAR=27;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219554;STB=0.623021;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0261833;OID=.;OPOS=11015165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:44:44:0.44:27:17:34:22:27:17:34:22 chr1 11082462 . C T 100.05 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0125617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.821;QD=15.3927;RBI=0.0239034;REFB=-0.0032612;REVB=-0.0203365;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021604;OID=.;OPOS=11082462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:7:7:6:6:7:7 chr1 11087065 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00492039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.269;QD=24.1276;RBI=0.00797158;REFB=-0.0276952;REVB=-0.00627183;RO=11;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314641;STB=0.6775;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0124643;OID=.;OPOS=11087065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:13:4:7:4:13:4:7:4 chr1 11087524 . G A 295.17 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0450061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.349;QD=22.2769;RBI=0.0474183;REFB=-0.0131396;REVB=0.0149312;RO=23;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217647;STB=0.624442;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0072377;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:23:29:30:0.566038:18:11:15:8:19:11:15:8 chr1 11090897 . A G 138.69 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.03403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6081;QD=12.0598;RBI=0.049602;REFB=-0.00379479;REVB=0.0360877;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424159;STB=0.524969;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00376845;OID=.;OPOS=11090897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:9:7:12:18:9:7:12:18 chr1 11097867 . C T 307.89 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0309224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3861;QD=14.6612;RBI=0.0310886;REFB=-0.0194483;REVB=-0.00321095;RO=49;SAF=20;SAR=15;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228272;STB=0.628691;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0455226;OID=.;OPOS=11097867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:15:20:17:32:15:20:17:32 chr1 11107310 . G T 871.68 PASS AF=0.483871;AO=87;DP=183;FAO=90;FDP=186;FR=.;FRO=96;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=58;FWDB=-0.0329899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5177;QD=18.7459;RBI=0.0617381;REFB=-0.0266532;REVB=-0.0521849;RO=95;SAF=43;SAR=44;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892909;STB=0.548145;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0291028;OID=.;OPOS=11107310;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:186:95:96:87:90:0.483871:44:43:38:57:46:44:38:58 chr1 11132217 . G A 267.19 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0113049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.224;QD=14.6405;RBI=0.0113049;REFB=-0.00984567;REVB=-2.11099e-05;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310199;STB=0.500446;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0107111;OID=.;OPOS=11132217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:30:31:0.424658:17:13:19:22:17:14:19:23 chr1 11137426 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0194573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.701;QD=10.0348;RBI=0.0216837;REFB=-0.0164696;REVB=-0.00957069;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00795397;OID=.;OPOS=11137426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:5:2:2:3:5:2 chr1 11137619 . T G 135.21 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0190241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.0905;QD=16.9012;RBI=0.0692411;REFB=0.0132516;REVB=-0.0665764;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22794;STB=0.594918;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0182412;OID=.;OPOS=11137619;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:17:14:15:0.46875:8:6:12:6:8:7:11:6 chr1 11137629 . T C 124.27 PASS AF=0.483871;AO=12;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0104512;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.568;QD=16.0342;RBI=0.0300173;REFB=-0.0137606;REVB=0.0281391;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122388;STB=0.58109;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0176395;OID=.;OPOS=11137629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:16:12:15:0.483871:6:6:10:6:8:7:10:6 chr1 11137661 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00384534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.755;QD=15.2625;RBI=0.014451;REFB=-0.019068;REVB=-0.01393;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664503;STB=0.521244;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0254175;OID=.;OPOS=11137661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:7:6:8:7:7:6:8:8 chr1 11140620 . A C 44.91 PASS AF=0.75;AO=3;DP=10;FAO=6;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0796858;FXX=0.1998;HRUN=11;LEN=1;MLLD=69.3989;QD=22.4529;RBI=0.0818151;REFB=-0.0515463;REVB=-0.0185438;RO=1;SAF=2;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163246;STB=0.666027;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0201279;OID=.;OPOS=11140620;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:10:8:1:1:3:6:0.75:1:2:1:0:1:5:0:1 chr1 11141187 . C G 206.7 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7677;QD=48.6358;RBI=0.0342075;REFB=0;REVB=-0.0200795;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294256;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr1 11150682 . C T 179.75 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0356074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.835;QD=16.3407;RBI=0.0571149;REFB=-0.0350104;REVB=-0.0446567;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973127;STB=0.510991;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0405121;OID=.;OPOS=11150682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:25:19:19:0.431818:8:11:13:6:8:11:14:11 chr1 11159823 . T C 528.1 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=0.0102298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.317;QD=18.6937;RBI=0.0117274;REFB=-0.0234257;REVB=-0.0057345;RO=54;SAF=34;SAR=22;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110495;STB=0.532948;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0278266;OID=.;OPOS=11159823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:54:57:56:56:0.495575:22:34:39:15:20:36:40:17 chr1 11166713 . T C 314.66 PASS AF=0.55;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.012664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4268;QD=20.9774;RBI=0.0303346;REFB=-0.026678;REVB=0.0275647;RO=28;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094972;STB=0.568487;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0179239;OID=.;OPOS=11166713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:27:32:33:0.55:15:17:18:10:16:17:18:9 chr1 11167146 . G A 555.17 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00602757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8587;QD=25.2348;RBI=0.0178868;REFB=-0.012034;REVB=0.0168406;RO=36;SAF=21;SAR=30;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151164;STB=0.577151;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00700101;OID=.;OPOS=11167146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:37:51:51:0.579545:30:21:22:14:30:21:22:15 chr1 11171226 . C T 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.3459;QD=48.6246;RBI=0.03409;REFB=-0.0166047;REVB=0.0149791;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00113985;OID=.;OPOS=11171226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:0:1:10:12:0:1 chr1 11255008 . T C 442.36 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.606;QD=57.0783;RBI=0.00938679;REFB=0;REVB=0.00598967;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111621;OID=.;OPOS=11255008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:13:18:0:0 chr1 11255026 . C T 148.97 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0141661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3458;QD=18.6214;RBI=0.0466466;REFB=-0.0366517;REVB=0.0444435;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0371575;OID=.;OPOS=11255026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:10:6:6:10:10:6 chr1 11270895 . A G 236.31 PASS AF=0.560976;AO=21;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00838826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3708;QD=23.0548;RBI=0.0279944;REFB=-0.0495977;REVB=0.0267081;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104819;STB=0.533869;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.060299;OID=.;OPOS=11270895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:21:23:0.560976:9:12:8:10:11:12:8:10 chr1 11288758 . G A 575.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.515;QD=60.5991;RBI=0.0103227;REFB=0;REVB=0.00979426;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51041e-05;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr1 11301714 . A G 1548.41 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.792;QD=63.8519;RBI=0.0340952;REFB=0;REVB=-0.0287176;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37472e-05;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:52:45:0:0:52:45:0:0 chr1 11579504 . G C 222.93 PASS AF=0.369863;AO=30;DP=72;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0086939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6987;QD=12.2151;RBI=0.0414819;REFB=-0.007578;REVB=-0.0405606;RO=39;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223659;STB=0.70923;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00499408;OID=.;OPOS=11579504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:46:30:27:0.369863:11:19:16:23:8:19:17:29 chr1 11589911 . G A 443.09 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0178276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.932;QD=20.1403;RBI=0.0195282;REFB=-0.0186293;REVB=0.00797031;RO=44;SAF=17;SAR=27;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427054;STB=0.523696;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0172465;OID=.;OPOS=11589911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:27:17:19:25:27:17:19:25 chr1 11710561 . T G 785.1 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.299;QD=57.098;RBI=0.0340991;REFB=0;REVB=-0.0163703;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82669e-05;OID=.;OPOS=11710561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:30:25:0:0 chr1 11766424 . C T 313.23 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.100758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2336;QD=50.1164;RBI=0.119462;REFB=-0.088238;REVB=0.0641795;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0113118;OID=.;OPOS=11766424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:0:1:15:9:0:1 chr1 11810674 . G A 210.27 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0148523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.554;QD=15.5759;RBI=0.0375084;REFB=-0.0248093;REVB=0.0344425;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125424;STB=0.571368;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0341118;OID=.;OPOS=11810674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:23:24:0.444444:14:9:15:14:15:9:15:15 chr1 11810691 . C T 233.0 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0122821;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.038;QD=14.5624;RBI=0.0192367;REFB=0.0104423;REVB=-0.0148054;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201908;STB=0.61485;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0200324;OID=.;OPOS=11810691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:37:27:27:0.421875:17:10:21:16:17:10:21:16 chr1 11810765 . T A 1103.01 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230019;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0393;QD=59.6222;RBI=0.0330083;REFB=0;REVB=0.0236741;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000888386;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:71:74:1:35:36:0:0:36:38:0:0 chr1 11810844 . A G 177.93 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0188705;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.918;QD=11.8621;RBI=0.0219805;REFB=-0.0195015;REVB=0.0112715;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439122;STB=0.516652;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0202064;OID=.;OPOS=11810844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:38:22:22:0.366667:11:11:17:20:11:11:18:20 chr1 11826630 . C T 109.07 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0029871;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=222.465;QD=36.3581;RBI=0.00324026;REFB=-0.0289213;REVB=0.0012556;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000219916;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:0:1:6:5:0:1 chr1 11827304 . A G 145.18 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6366;QD=44.6693;RBI=0.0514608;REFB=0;REVB=-0.0392295;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000818328;OID=.;OPOS=11827304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr1 11828238 . G A 305.61 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.339;QD=53.15;RBI=0.0920952;REFB=0;REVB=0.0893572;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343904;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:11:10:0:0:12:11:0:0 chr1 11828319 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.481;QD=57.2026;RBI=0.0530286;REFB=0;REVB=0.0347215;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255513;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 11831615 . C T 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00845981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.164;QD=57.1041;RBI=0.00971844;REFB=0;REVB=-0.00478327;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.172e-05;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr1 11832311 . G C 288.67 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0304936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6819;QD=20.9941;RBI=0.0601899;REFB=-0.0257633;REVB=0.0518938;RO=24;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290505;STB=0.503266;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0213276;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:25:30:30:0.545455:11:19:16:8:11:19:16:9 chr1 11835556 . C T 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00186301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.88;QD=17.8594;RBI=0.00216087;REFB=-0.0169465;REVB=-0.00109479;RO=37;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308563;STB=0.517231;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0173111;OID=.;OPOS=11835556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:13:21:24:13:13:21:24:13 chr1 11836628 . T C 674.52 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321402;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.682;QD=62.7459;RBI=0.0337553;REFB=0;REVB=0.0103163;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101554;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr1 11836670 . C A 123.69 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.000376877;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.84;QD=15.461;RBI=0.0398799;REFB=-0.0260484;REVB=-0.0398781;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117074;STB=0.583212;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.043555;OID=.;OPOS=11836670;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:18:13:14:0.4375:5:8:9:9:5:9:9:9 chr1 11836682 . C T 151.13 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00873199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.747;QD=20.1512;RBI=0.0363858;REFB=-0.0358784;REVB=0.0353225;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117832;STB=0.566585;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.020457;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:9:5:8:8:9:5 chr1 11838841 . A G 476.6 PASS AF=0.528736;AO=44;DP=85;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0486067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.105;QD=21.9126;RBI=0.0511625;REFB=-0.0320866;REVB=-0.0159682;RO=41;SAF=21;SAR=23;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940708;STB=0.540213;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0196591;OID=.;OPOS=11838841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:41:41:44:46:0.528736:23:21:24:17:23:23:24:17 chr1 11838848 . G T 381.53 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.04133;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.33;QD=19.3179;RBI=0.0418855;REFB=-0.0218984;REVB=-0.00679903;RO=40;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102031;STB=0.547259;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0391022;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:38:39:0.493671:14:24:21:19:15:24:21:19 chr1 11839009 . C T 99.62 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0323867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.927;QD=26.5642;RBI=0.0570505;REFB=-0.0181969;REVB=0.0469665;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591994;STB=0.533274;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0086602;OID=.;OPOS=11839009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:4:7:3:1:4:7:3:1 chr1 11839034 . G A 114.72 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0338833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.4959;QD=20.8573;RBI=0.148361;REFB=-0.0598266;REVB=0.14444;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203205;STB=0.615207;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0260686;OID=.;OPOS=11839034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:3:6:5:8:3:6 chr1 11839923 . C T 208.01 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00134412;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.03;QD=23.773;RBI=0.048921;REFB=-0.0244154;REVB=0.0489025;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539316;STB=0.530091;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0186323;OID=.;OPOS=11839923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:15:20:20:0.571429:12:8:5:10:12:8:5:10 chr1 11839966 . G A 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0082923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.647;QD=18.7764;RBI=0.0353053;REFB=0.00303536;REVB=0.0343177;RO=26;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217795;STB=0.622544;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00235416;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:8:18:12:14:8:18:12:14 chr1 11839998 . T C 655.57 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319991;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.098;QD=62.4354;RBI=0.00624251;REFB=0;REVB=0.00535999;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.59112e-06;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr1 11844330 . C T 436.38 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0146384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.784;QD=21.2866;RBI=0.0158931;REFB=-0.0152133;REVB=-0.00618925;RO=38;SAF=23;SAR=19;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153041;STB=0.583061;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.018352;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:38:39:42:43:0.52439:19:23:14:24:20:23:14:25 chr1 11845222 . T C 303.12 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0450916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8394;QD=22.045;RBI=0.0489467;REFB=-0.0285742;REVB=-0.0190403;RO=24;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209497;STB=0.615314;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.022718;OID=.;OPOS=11845222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:16:15:18:6:16:15:18:6 chr1 11847449 . G A 183.86 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00938115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1801;QD=17.9373;RBI=0.0675735;REFB=0.00344972;REVB=0.0669191;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131428;STB=0.58433;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00143246;OID=.;OPOS=11847449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:10:9:7:14:10:9:7:15 chr1 11848068 . G C 71.71 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0139129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.88;QD=8.43668;RBI=0.0157187;REFB=-0.0176051;REVB=-0.00731492;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626681;STB=0.558707;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0388989;OID=.;OPOS=11848068;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:33:34:23:24:9:10:0.294118:5:4:9:14:5:5:10:14 chr1 11849447 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.708;QD=58.1407;RBI=0.0173596;REFB=0;REVB=0.0171877;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31683e-05;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr1 11854457 . G A 689.27 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.854;QD=62.661;RBI=0.0103203;REFB=0;REVB=-0.00506719;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05304e-05;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr1 11884555 . A G 444.32 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.904;QD=57.3322;RBI=0.0289128;REFB=0;REVB=0.0280639;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514701;OID=.;OPOS=11884555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:27:31:1:14:13:0:0:16:15:0:0 chr1 11968230 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.682;QD=55.6558;RBI=0.0606104;REFB=0;REVB=0.0358025;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174621;OID=.;OPOS=11968230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:23:27:1:16:7:0:0:17:10:0:0 chr1 11968273 . A G 519.08 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8993;QD=59.3236;RBI=0.0317441;REFB=0;REVB=0.0171305;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820618;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:21:14:0:0 chr1 11968316 . T A,TA 365.75 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=2,22;DP=28;FAO=2,25;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020437,-0.0243142;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=219.036,235.875;QD=54.185;RBI=0.0334344,0.0330613;REFB=0,0;REVB=0.0264611,0.0224024;RO=1;SAF=0,10;SAR=2,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0439896;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0287991,-0.0049307;OID=.,.;OPOS=11968316,11968317;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:28:27:1:0:2,22:2,25:0.0740741,0.925926:2,12:0,10:1:0:2,13:0,12:0:0 chr1 11969917 . A G 255.47 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.762;QD=51.0946;RBI=0.0151419;REFB=0;REVB=-0.00744485;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38705e-05;OID=.;OPOS=11969917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr1 11983206 . A G 249.71 PASS AF=0.952381;AO=12;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0794358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.346;QD=47.5647;RBI=0.0794468;REFB=-0.0666754;REVB=0.00132536;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000627444;OID=.;OPOS=11983206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:12:20:0.952381:9:3:0:0:9:11:0:1 chr1 12004646 . C T 181.37 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00150045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.354;QD=12.9547;RBI=0.01175;REFB=0.0132119;REVB=-0.0116538;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218802;STB=0.624893;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0254623;OID=.;OPOS=12004646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:11:11:10:24:11:11:10:24 chr1 12004694 . C T 152.7 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.017721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5984;QD=13.5736;RBI=0.0626567;REFB=0.00658031;REVB=-0.0600985;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392564;STB=0.733084;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0128109;OID=.;OPOS=12004694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:28:17:17:0.377778:6:11:7:20:6:11:7:21 chr1 12009955 . C T 208.58 PASS AF=0.538462;AO=19;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0317546;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.732;QD=21.3931;RBI=0.0322397;REFB=-0.000470384;REVB=-0.0055718;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385552;STB=0.5045;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.000427943;OID=.;OPOS=12009955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:18:19:21:0.538462:13:6:5:13:15:6:5:13 chr1 12024235 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00131959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1223;QD=21.2665;RBI=0.0694141;REFB=-0.0197788;REVB=0.0694015;RO=14;SAF=15;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322517;STB=0.68601;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00728114;OID=.;OPOS=12024235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:2:15:9:5:2:15:9:5 chr1 12034805 . T C 353.8 PASS AF=0.405941;AO=40;DP=100;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0249479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.634;QD=14.0118;RBI=0.0453949;REFB=-0.0110287;REVB=-0.0379249;RO=57;SAF=18;SAR=22;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105641;STB=0.548143;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.035068;OID=.;OPOS=12034805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:57:60:40:41:0.405941:22:18:20:37:22:19:23:37 chr1 12049390 . C T 229.11 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0527412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.046;QD=28.6392;RBI=0.0528465;REFB=-0.0211185;REVB=0.00333494;RO=10;SAF=5;SAR=16;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120579;STB=0.592498;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0103296;OID=.;OPOS=12049390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:11:21:21:0.65625:16:5:4:6:16:5:5:6 chr1 12056309 . A T 174.3 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0203718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.728;QD=11.6198;RBI=0.020493;REFB=-0.0303741;REVB=-0.00222565;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173308;STB=0.599913;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0451951;OID=.;OPOS=12056309;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:11:11:25:13:11:11:25:13 chr1 12065841 . C T 346.32 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00480871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.208;QD=16.8935;RBI=0.00516032;REFB=-0.0148103;REVB=-0.00187221;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975174;STB=0.547594;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0169667;OID=.;OPOS=12065841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:19:18:17:27:19:18:18:27 chr1 12082334 . A T 120.78 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0176975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5704;QD=14.6394;RBI=0.0332428;REFB=0.000584204;REVB=0.0281404;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892394;STB=0.539114;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00102312;OID=.;OPOS=12082334;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:5:9:10:8:5:9:11:8 chr1 12082461 . C T 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.000976507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.093;QD=8.40215;RBI=0.0161476;REFB=-0.0162896;REVB=0.0161181;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129363;STB=0.578785;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0337876;OID=.;OPOS=12082461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:3:6:16:5:3:6:16:5 chr1 12082926 . A G 499.59 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0300222;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.025;QD=54.0099;RBI=0.0381806;REFB=-0.124018;REVB=0.0235887;RO=2;SAF=17;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518702;STB=0.527762;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0083936;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:37:2:2:34:35:0.945946:17:17:2:0:18:17:2:0 chr1 12089142 . C G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0242459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.79;QD=14.7015;RBI=0.0277077;REFB=-0.024547;REVB=0.0134109;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149752;OID=.;OPOS=12089142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:10:5:4:8:10:5 chr1 12089163 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0241233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.251;QD=16.1193;RBI=0.024139;REFB=-0.0173641;REVB=-0.000868477;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261872;STB=0.515126;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0180898;OID=.;OPOS=12089163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:9:4:4:8:9:4 chr1 12089845 . C T 109.91 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00760137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.81;QD=14.6551;RBI=0.026261;REFB=-0.0224076;REVB=-0.0251369;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276679;STB=0.516104;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.033594;OID=.;OPOS=12089845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:7:10:8:5:7:10 chr1 12089851 . C T 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00423744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4796;QD=14.0958;RBI=0.00653568;REFB=0.0244968;REVB=-0.00497586;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448006;STB=0.502614;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.032754;OID=.;OPOS=12089851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:7:11:8:5:7:11 chr1 12089946 . C G 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0335886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.05;QD=12.7389;RBI=0.0347744;REFB=-0.0153465;REVB=-0.00900342;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153362;STB=0.609128;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0103169;OID=.;OPOS=12089946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:5:3:2:7:5:3:2:8 chr1 12090154 . C T 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0481511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4813;QD=18.1168;RBI=0.0575937;REFB=-0.0112304;REVB=0.0315991;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171901;STB=0.509793;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0222843;OID=.;OPOS=12090154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:12:6:7:13:12:6:7:13 chr1 12096849 . A C 72.87 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0118939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.057;QD=8.57238;RBI=0.0244786;REFB=-0.00815644;REVB=0.0213948;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529808;STB=0.518482;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0252024;OID=.;OPOS=12096849;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:34:24:24:9:10:0.294118:3:6:15:9:4:6:15:9 chr1 12175729 . C T 574.97 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.416;QD=60.5236;RBI=0.0339648;REFB=0;REVB=0.00400424;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460488;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:34:38:1:22:12:0:0:22:16:0:0 chr1 12401868 . A C 246.08 PASS AF=0.510204;AO=19;DP=45;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0504382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.979;QD=20.088;RBI=0.0504743;REFB=-0.0246483;REVB=0.00190812;RO=24;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254427;STB=0.6476;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0242488;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:49:24:24:19:25:0.510204:5:14:12:12:6:19:12:12 chr1 12628188 . T C 997.31 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932376;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.991;QD=59.541;RBI=0.0814918;REFB=0;REVB=0.0809566;RO=0;SAF=47;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126871;OID=.;OPOS=12628188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:20:47:0:0:20:47:0:0 chr1 12628459 . G A 439.55 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.16771;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.848;QD=54.9433;RBI=0.176911;REFB=-0.0790079;REVB=0.0563116;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00481183;OID=.;OPOS=12628459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:0:1:17:14:0:1 chr1 12638964 . T C 556.87 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3606;QD=60.2017;RBI=0.0342698;REFB=0;REVB=0.0200817;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416231;OID=.;OPOS=12638964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr1 12639168 . A G 137.02 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180826;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.578;QD=45.6722;RBI=0.0185459;REFB=0;REVB=0.0041195;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272788;OID=.;OPOS=12639168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr1 12639309 . G C 989.84 PASS AF=0.958333;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0254848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.918;QD=54.9909;RBI=0.0328229;REFB=-0.0656616;REVB=0.0206849;RO=3;SAF=43;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00294624;STB=0.50193;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00250396;OID=.;OPOS=12639309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:72:3:3:68:69:0.958333:25:43:2:1:26:43:2:1 chr1 12776344 . A T 258.06 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00439262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.149;QD=13.9491;RBI=0.0238577;REFB=-0.0066197;REVB=-0.0234499;RO=44;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047474;STB=0.527009;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0157533;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:15:15:24:20:15:15:24:20 chr1 12779560 . T C 821.14 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.822;QD=53.8452;RBI=0.0924323;REFB=0.0240111;REVB=0.0886657;RO=1;SAF=25;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184984;STB=0.509801;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000470042;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:34:25:1:0:35:25:1:0 chr1 12779563 . C T 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0359571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.811;QD=9.40181;RBI=0.0400676;REFB=0.00640626;REVB=0.0176778;RO=42;SAF=5;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35653;STB=0.705667;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.025236;OID=.;OPOS=12779563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:43:20:20:0.31746:15:5:23:19:15:5:23:20 chr1 12779618 . T C 1063.57 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.556;QD=59.9193;RBI=0.040011;REFB=0;REVB=0.00447389;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94941e-05;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:44:23:0:0:44:27:0:0 chr1 12785295 . C T 353.51 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.00729138;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.664;QD=15.5388;RBI=0.00868296;REFB=0.00318102;REVB=-0.00471482;RO=48;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162798;STB=0.590118;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00436545;OID=.;OPOS=12785295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:48:53:38:38:0.417582:20:18:15:33:20:18:17:36 chr1 12785494 . G T 601.26 PASS AF=1;AO=28;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.899;QD=60.1257;RBI=0.025002;REFB=0;REVB=0.0114686;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323465;OID=.;OPOS=12785494;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:28:40:1:18:10:0:0:24:16:0:0 chr1 12799736 . C T 1048.07 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0653247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.135;QD=58.2261;RBI=0.065327;REFB=-0.073139;REVB=0.000548595;RO=1;SAF=22;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210027;STB=0.511108;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00119702;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:48:22:1:0:49:22:1:0 chr1 12820870 . T C 600.22 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0478042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.13;QD=58.5578;RBI=0.0557746;REFB=0.0356277;REVB=0.0287326;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000743419;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:0:1:21:19:0:1 chr1 12835168 . C A 332.0 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00237364;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.829;QD=21.7703;RBI=0.00247027;REFB=-0.0158712;REVB=-0.000684149;RO=28;SAF=23;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845673;STB=0.557487;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0107304;OID=.;OPOS=12835168;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:27:33:34:0.557377:10:23:17:11:10:24:16:11 chr1 12835868 . T C 365.94 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0190843;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.52;QD=18.5285;RBI=0.0233294;REFB=-0.0404608;REVB=0.0134183;RO=41;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113451;STB=0.506326;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0427997;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:19:19:21:20:19:19:21:20 chr1 12837471 . A G 36.56 PASS AF=0.0978261;AO=10;DP=93;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0424128;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.863;QD=1.58975;RBI=0.0435205;REFB=-0.00213042;REVB=-0.00975688;RO=82;SAF=1;SAR=9;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541908;STB=0.892254;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.014781;OID=.;OPOS=12837471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:92:82:83:10:9:0.0978261:9:1:46:36:8:1:46:37 chr1 12837634 . T A 424.27 PASS AF=0.456311;AO=46;DP=111;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00914064;FXX=0.0720656;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0141;QD=16.4765;RBI=0.0578511;REFB=-0.00282306;REVB=-0.0571244;RO=55;SAF=29;SAR=17;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225113;STB=0.612374;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00373637;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:103:55:56:46:47:0.456311:17:29:22:33:18:29:23:33 chr1 12837720 . G A 32.88 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0211277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.545;QD=2.98938;RBI=0.0441155;REFB=-0.00030436;REVB=-0.0387272;RO=38;SAF=5;SAR=1;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410915;STB=0.805376;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00508981;OID=.;OPOS=12837720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:1:5:19:19:1:5:19:19 chr1 12837728 . G A 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0234263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.564;QD=3.43667;RBI=0.0319734;REFB=-0.0111364;REVB=-0.0217602;RO=33;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376593;STB=0.775687;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0389075;OID=.;OPOS=12837728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:1:5:18:15:1:5:18:15 chr1 12854428 . C T 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.031669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.256;QD=35.1475;RBI=0.0426315;REFB=-0.000713324;REVB=0.0285398;RO=4;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585141;STB=0.532126;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.000123565;OID=.;OPOS=12854428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:10:7:1:3:10:7:1:3 chr1 12854530 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6323;QD=35.5759;RBI=0.0850732;REFB=0;REVB=0.0844915;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00467412;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 12854544 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0731389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.059;QD=23.2189;RBI=0.0769083;REFB=-0.0327155;REVB=0.0237821;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00528976;OID=.;OPOS=12854544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr1 12855835 . C G 169.77 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7444;QD=45.2723;RBI=0.0740301;REFB=0;REVB=-0.0166427;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00722507;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:11:4:0:0 chr1 12855844 . GG AC,GC 171.78 PASS AF=0.466667,0.533333;AO=7,7;DP=14;FAO=7,8;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=6,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220483,-0.0115861;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=92.2677,93.3174;QD=45.8068;RBI=0.0267539,0.0261404;REFB=0,0;REVB=-0.0151541,-0.0234326;RO=0;SAF=1,2;SAR=6,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0298871,0.0220561;OID=.,.;OPOS=12855844,12855845;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:14:15:0:0:7,7:7,8:0.466667,0.533333:6,5:1,2:0:0:6,5:1,3:0:0 chr1 12855878 . A C 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0121957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.648;QD=30.8214;RBI=0.033342;REFB=-0.0380324;REVB=0.0310315;RO=3;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986653;STB=0.555456;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0140554;OID=.;OPOS=12855878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:10:2:1:2:10:2:1:2 chr1 12855962 . C T 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00178168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.006;QD=5.21554;RBI=0.0329363;REFB=-0.0117498;REVB=-0.0328881;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212559;STB=0.635978;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0459502;OID=.;OPOS=12855962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:17:4:2:4:17:4 chr1 12855990 . C G 69.77 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=9;FWDB=0.00336462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.81;QD=4.98391;RBI=0.0202042;REFB=-0.00140698;REVB=-0.019922;RO=45;SAF=10;SAR=1;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268698;STB=0.684515;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0116722;OID=.;OPOS=12855990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:1:10:36:9:1:10:36:9 chr1 12855995 . CA TG 75.85 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=11;FWDB=-0.0155682;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=124.629;QD=4.46179;RBI=0.0658205;REFB=0.0062615;REVB=-0.0639528;RO=55;SAF=12;SAR=1;SRF=44;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317688;STB=0.719565;STBP=0.232;TYPE=mnp;VARB=-0.0200908;OID=.;OPOS=12855995;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:13:13:0.191176:1:12:44:11:1:12:44:11 chr1 12856010 . C G 263.84 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=9;FWDB=0.000494225;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4479;QD=12.7153;RBI=0.0197425;REFB=-0.0200862;REVB=-0.0197363;RO=49;SAF=22;SAR=9;SRF=40;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150278;STB=0.596275;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0522439;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:49:52:31:31:0.373494:9:22:40:9:9:22:43:9 chr1 12856106 . A G 213.23 PASS AF=0.3375;AO=26;DP=78;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0658004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.549;QD=10.6616;RBI=0.0760228;REFB=-0.0191061;REVB=-0.0380758;RO=51;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143288;STB=0.592219;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0442301;OID=.;OPOS=12856106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:51:53:26:27:0.3375:12:14:21:30:12:15:22:31 chr1 12856111 . C T 157.26 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00643028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.365;QD=7.96232;RBI=0.00740913;REFB=-0.013368;REVB=0.00368058;RO=56;SAF=11;SAR=11;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857712;STB=0.544264;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0390282;OID=.;OPOS=12856111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:57:22:22:0.278481:11:11:24:32:11:11:25:32 chr1 12856146 . G A 58.55 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.017301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.458;QD=4.87893;RBI=0.030194;REFB=-0.00901656;REVB=-0.0247458;RO=39;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035939;STB=0.523758;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.045196;OID=.;OPOS=12856146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:6:3:12:27:6:3:12:27 chr1 12887549 . T C 902.58 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00696596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4116;QD=58.231;RBI=0.0124397;REFB=0;REVB=-0.0103064;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187679;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr1 12888601 . G GC 110.21 PASS AF=0.75;AO=12;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.155308;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.7951;QD=22.0427;RBI=0.210145;REFB=0.00315058;REVB=-0.141564;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203483;STB=0.620525;STBP=0.085;TYPE=ins;VARB=-0.0149049;OID=.;OPOS=12888602;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:12:20:15:20:5:5:10:4:1:27:6:4:8:4:2 chr1 12907379 . T C 349.04 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00426201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.613;QD=22.8882;RBI=0.0219392;REFB=-0.0270587;REVB=0.0215212;RO=24;SAF=25;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777406;STB=0.549421;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00742637;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:24:26:35:35:0.57377:10:25:15:9:10:25:16:10 chr1 12907449 . C G 321.4 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0232275;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.626;QD=28.5688;RBI=0.0380542;REFB=-0.0604486;REVB=0.0301431;RO=13;SAF=17;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148878;STB=0.552807;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0264822;OID=.;OPOS=12907449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:17:27:28:0.622222:10:17:5:8:11:17:8:9 chr1 12907496 . T C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000196609;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.135;QD=17.3782;RBI=0.00322566;REFB=-0.0338507;REVB=-0.00321966;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116602;STB=0.567442;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0268215;OID=.;OPOS=12907496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:5:5:7:4:5:5 chr1 12907507 . CT TC 59.83 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0152088;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=47.9567;QD=14.958;RBI=0.0260587;REFB=-0.0397379;REVB=-0.02116;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359217;STB=0.760088;STBP=0.102;TYPE=mnp;VARB=0.0273608;OID=.;OPOS=12907507;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:16:16:7:8:8:8:0.5:7:1:3:4:7:1:4:4 chr1 12907533 . T C 57.64 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0208092;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.877;QD=12.8085;RBI=0.0251773;REFB=-0.00815722;REVB=-0.014173;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298237;STB=0.666171;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0118848;OID=.;OPOS=12907533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:9:10:8:8:0.444444:7:1:3:6:7:1:3:7 chr1 12907633 . G A 470.19 PASS AF=0.711864;AO=42;DP=59;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0102986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.459;QD=31.8776;RBI=0.0189949;REFB=-0.00995029;REVB=0.0159607;RO=17;SAF=19;SAR=23;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976691;STB=0.505286;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00690107;OID=.;OPOS=12907633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:17:42:42:0.711864:23:19:8:9:23:19:8:9 chr1 12907762 . T C 654.68 PASS AF=0.433735;AO=72;DP=168;FAO=72;FDP=166;FR=.;FRO=94;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.0059084;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.535;QD=15.7755;RBI=0.0128856;REFB=-0.0142366;REVB=-0.0114512;RO=90;SAF=34;SAR=38;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278564;STB=0.526592;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0156402;OID=.;OPOS=12907762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:166:90:94:72:72:0.433735:38:34:40:50:38:34:40:54 chr1 12907777 . T C 910.79 PASS AF=0.526316;AO=90;DP=171;FAO=90;FDP=171;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.0136573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.234;QD=21.305;RBI=0.0392691;REFB=-0.00996301;REVB=0.0368177;RO=78;SAF=44;SAR=46;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669278;STB=0.544545;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0100563;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:78:81:90:90:0.526316:46:44:32:46:46:44:32:49 chr1 12907837 . C T 92.02 PASS AF=0.128834;AO=21;DP=163;FAO=21;FDP=163;FR=.;FRO=142;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=65;FSRR=77;FWDB=-0.018529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.657;QD=2.25807;RBI=0.0417009;REFB=-0.00528492;REVB=-0.0373583;RO=142;SAF=7;SAR=14;SRF=65;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160861;STB=0.612656;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0482548;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:163:163:142:142:21:21:0.128834:14:7:65:77:14:7:65:77 chr1 12907843 . T G 108.81 PASS AF=0.148649;AO=22;DP=148;FAO=22;FDP=148;FR=.;FRO=126;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=73;FWDB=0.00442455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.65;QD=2.94088;RBI=0.0541924;REFB=-0.00469545;REVB=-0.0540115;RO=124;SAF=15;SAR=7;SRF=53;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317258;STB=0.715801;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0381317;OID=.;OPOS=12907843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:124:126:22:22:0.148649:7:15:53:71:7:15:53:73 chr1 12907848 . G C 83.26 PASS AF=0.134328;AO=18;DP=133;FAO=18;FDP=134;FR=.;FRO=116;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=65;FWDB=-0.0235563;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5206;QD=2.48542;RBI=0.0334319;REFB=-0.00612192;REVB=-0.0237233;RO=112;SAF=12;SAR=6;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273376;STB=0.692474;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0385443;OID=.;OPOS=12907848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:133:134:112:116:18:18:0.134328:6:12:50:62:6:12:51:65 chr1 12907885 . T C 361.98 PASS AF=0.338346;AO=45;DP=133;FAO=45;FDP=133;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.00846713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.159;QD=10.8867;RBI=0.00923092;REFB=-0.00869933;REVB=-0.00367662;RO=88;SAF=29;SAR=16;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292587;STB=0.668129;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0141861;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:88:88:45:45:0.338346:16:29:34:54:16:29:34:54 chr1 12908080 . C T 173.36 PASS AF=0.452381;AO=17;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0836144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.7914;QD=16.5108;RBI=0.115567;REFB=-0.0274131;REVB=0.0797767;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550525;STB=0.57349;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0409211;OID=.;OPOS=12908080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:23:17:19:0.452381:9:8:10:14:9:10:9:14 chr1 12908130 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0363173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.948;QD=10.0751;RBI=0.0426176;REFB=0.00199702;REVB=-0.0223006;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283525;STB=0.674535;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00931209;OID=.;OPOS=12908130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:7:7:6:2:7:7 chr1 12918891 . A C 193.68 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0171153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.239;QD=14.0858;RBI=0.0306611;REFB=-0.0129286;REVB=-0.0254395;RO=32;SAF=16;SAR=6;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301039;STB=0.538429;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0172431;OID=.;OPOS=12918891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:32:22:23:0.418182:6:16:24:8:7:16:24:8 chr1 12919064 . T G 530.48 PASS AF=0.531915;AO=48;DP=92;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0541462;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.902;QD=22.5736;RBI=0.0545455;REFB=-0.0211551;REVB=0.00658803;RO=44;SAF=25;SAR=23;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174956;STB=0.593872;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0179904;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:44:44:48:50:0.531915:23:25:14:30:24:26:14:30 chr1 12919111 . G A 379.44 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0466479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1197;QD=19.2123;RBI=0.0466535;REFB=0.000373797;REVB=0.000724935;RO=40;SAF=21;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102997;STB=0.557252;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00138968;OID=.;OPOS=12919111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:18:21:17:23:18:21:17:23 chr1 12919872 . T G 744.59 PASS AF=0.583333;AO=70;DP=121;FAO=70;FDP=120;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00903726;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.751;QD=24.8195;RBI=0.0146256;REFB=-0.00258609;REVB=0.0114994;RO=49;SAF=18;SAR=52;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18809;STB=0.608663;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00156344;OID=.;OPOS=12919872;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:49:50:70:70:0.583333:52:18:23:26:52:18:24:26 chr1 12919891 . G T 823.31 PASS AF=0.6;AO=75;DP=127;FAO=75;FDP=125;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00452321;FXX=0.0157468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.667;QD=26.346;RBI=0.0218435;REFB=-0.0219586;REVB=-0.02137;RO=47;SAF=24;SAR=51;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130792;STB=0.569813;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0206694;OID=.;OPOS=12919891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:47:50:75:75:0.6:51:24:23:24:51:24:24:26 chr1 12919934 . A G 761.43 PASS AF=0.5625;AO=72;DP=128;FAO=72;FDP=128;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0295286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1724;QD=23.7948;RBI=0.0317094;REFB=0.0123034;REVB=-0.0115563;RO=54;SAF=31;SAR=41;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405371;STB=0.51498;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00818172;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:54:56:72:72:0.5625:41:31:26:28:41:31:26:30 chr1 12921127 . A G 366.56 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0111789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.411;QD=24.4375;RBI=0.0130358;REFB=-0.00540458;REVB=0.0067056;RO=24;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710801;STB=0.539012;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00261352;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:16:20:11:13:16:20:11:13 chr1 12921229 . A C 80.51 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0399746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.246;QD=10.388;RBI=0.0438494;REFB=-0.0160291;REVB=0.0180222;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905072;STB=0.572359;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0565527;OID=.;OPOS=12921229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:31:31:19:20:9:9:0.290323:5:4:10:9:5:4:11:9 chr1 12921241 . A G 85.8 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00181092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.333;QD=11.8341;RBI=0.0207107;REFB=-0.0039516;REVB=-0.0206314;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361346;STB=0.712216;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0100511;OID=.;OPOS=12921241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:13:5:7:4:13:5 chr1 12921332 . TG CA,CG 52.19 PASS AF=0.217391,0.130435;AO=4,3;DP=22;FAO=5,3;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2,1;FSAR=3,2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0398777,-0.0531548;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=127.2,70.8522;QD=9.07595;RBI=0.0493925,0.0611796;REFB=-0.016311,-0.0175567;REVB=0.0291443,0.0302906;RO=15;SAF=1,1;SAR=3,2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.190249,-0.0780786;STB=0.5,0.559591;STBP=1,0.916;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0508047,0.112873;OID=.,.;OPOS=12921332,12921332;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:22:23:15:15:4,3:5,3:0.217391,0.130435:3,2:1,1:6:9:3,2:2,1:6:9 chr1 13001312 . C G 283.93 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0191683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.789;QD=36.6358;RBI=0.0227657;REFB=0.00752035;REVB=-0.0122823;RO=7;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650611;STB=0.535489;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00208875;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:10:14:3:4:10:14:3:4 chr1 13052789 . G A 250.58 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.000439626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1397;QD=10.1245;RBI=0.011431;REFB=-0.01108;REVB=-0.0114226;RO=68;SAF=23;SAR=8;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13315;STB=0.578563;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0168848;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:68:68:31:31:0.313131:8:23:44:24:8:23:44:24 chr1 13052871 . C T 663.99 PASS AF=0.464052;AO=70;DP=152;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=0.00335264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.401;QD=17.3592;RBI=0.00732041;REFB=-0.0225666;REVB=-0.00650755;RO=80;SAF=37;SAR=33;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571096;STB=0.533733;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0264248;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:80:82:70:71:0.464052:33:37:47:33:33:38:49:33 chr1 13052907 . T C 2092.17 PASS AF=1;AO=129;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.091;QD=62.453;RBI=0.027509;REFB=0;REVB=-0.00858191;RO=0;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41586e-05;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:129:134:1:65:64:0:0:66:68:0:0 chr1 13183439 . T C 2222.76 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00120409;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.784;QD=62.6129;RBI=0.0140924;REFB=-0.0151545;REVB=0.0140408;RO=0;SAF=61;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504065;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000416296;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:142:0:1:141:141:0.992958:80:61:0:0:80:61:1:0 chr1 13183472 . G A 715.34 PASS AF=0.469136;AO=74;DP=160;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=62;FWDB=0.0311338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8186;QD=17.6627;RBI=0.0674772;REFB=0.00392113;REVB=0.0598653;RO=86;SAF=46;SAR=28;SRF=24;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323582;STB=0.674987;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00440122;OID=.;OPOS=13183472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:86:86:74:76:0.469136:28:46:24:62:29:47:24:62 chr1 13183492 . T C 147.83 PASS AF=0.178808;AO=26;DP=150;FAO=27;FDP=151;FR=.;FRO=124;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=74;FWDB=-0.0104013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.917;QD=3.91613;RBI=0.0149219;REFB=-0.00324438;REVB=-0.0106994;RO=108;SAF=11;SAR=15;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371334;STB=0.503558;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0200259;OID=.;OPOS=13183492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:108:124:26:27:0.178808:15:11:46:62:16:11:50:74 chr1 13183511 . T C 453.28 PASS AF=0.382353;AO=51;DP=135;FAO=52;FDP=136;FR=.;FRO=84;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0118757;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.407;QD=13.3317;RBI=0.0130788;REFB=-0.0176641;REVB=-0.0054795;RO=83;SAF=10;SAR=41;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408753;STB=0.734357;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0207508;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:83:84:51:52:0.382353:41:10:44:39:42:10:44:40 chr1 13183528 . A C 336.9 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0550863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.409;QD=12.3632;RBI=0.055153;REFB=-0.011545;REVB=-0.00271181;RO=67;SAF=7;SAR=34;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416154;STB=0.737797;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0310548;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:67:68:41:41:0.376147:34:7:33:34:34:7:33:35 chr1 13183532 . CC TT 387.08 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0277334;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=2;MLLD=205.262;QD=15.6394;RBI=0.0278337;REFB=-0.0106184;REVB=0.00236007;RO=57;SAF=7;SAR=34;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369014;STB=0.717446;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.0124992;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:57:58:41:41:0.414141:34:7:26:31:34:7:27:31 chr1 13183567 . C T 139.43 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0172525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.319;QD=9.14322;RBI=0.0188018;REFB=-0.00958175;REVB=0.00747383;RO=42;SAF=4;SAR=15;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296636;STB=0.678805;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0232536;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:15:4:18:24:15:4:18:24 chr1 13183573 . G T 239.66 PASS AF=0.5;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00132816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.77;QD=20.8403;RBI=0.00986166;REFB=-0.00805784;REVB=0.00977181;RO=22;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150783;STB=0.523593;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00938558;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:23:23:0.5:15:8:8:14:15:8:9:14 chr1 13183578 . G C 222.15 PASS AF=0.55;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0526056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.528;QD=22.2145;RBI=0.0526824;REFB=0.00747071;REVB=-0.00284362;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174984;STB=0.512184;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00494242;OID=.;OPOS=13183578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:17:18:21:22:0.55:14:7:6:11:14:8:7:11 chr1 13183615 . T C 115.91 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.452;QD=42.1478;RBI=0.0431745;REFB=0;REVB=-0.0135531;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340556;OID=.;OPOS=13183615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 13219048 . T G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00076937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.118;QD=23.2183;RBI=0.00076937;REFB=0.00996109;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0259385;OID=.;OPOS=13219048;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr1 13448283 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.907;QD=50.4129;RBI=0.0275833;REFB=0;REVB=0.0254907;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178338;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr1 13448351 . T C 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7984;QD=47.8148;RBI=0.0614285;REFB=0;REVB=0.0193651;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00319224;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr1 13474934 . G A 88.32 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.262;QD=39.2555;RBI=0.272273;REFB=0;REVB=0.270436;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105069;OID=.;OPOS=13474934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:3:4:0:0:5:4:0:0 chr1 13474951 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.751;QD=45.8057;RBI=0.0527785;REFB=0;REVB=0.00490222;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392352;OID=.;OPOS=13474951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr1 13474974 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.156;QD=55.0987;RBI=0.0603261;REFB=0;REVB=0.0601707;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202625;OID=.;OPOS=13474974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr1 13695787 . C G 272.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.548;QD=51.9046;RBI=0.0294903;REFB=0;REVB=-0.00739674;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106185;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr1 13695816 . G A 537.96 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.743;QD=59.7736;RBI=0.0293885;REFB=0;REVB=0.0284734;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766095;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:16:16:0:0:20:16:0:0 chr1 13716842 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.517;QD=33.4285;RBI=0.0334135;REFB=0;REVB=0.0276489;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718668;OID=.;OPOS=13716842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 13716855 . T C 49.94 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.604;QD=33.2921;RBI=0.0685643;REFB=0;REVB=0.00148574;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935344;OID=.;OPOS=13716855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:3:2:0:0:3:3:0:0 chr1 13802325 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.693;QD=57.3851;RBI=0.0503933;REFB=0;REVB=0.0216017;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166349;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr1 13802437 . G A 283.86 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.043862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.79;QD=19.92;RBI=0.0438707;REFB=-0.0398851;REVB=0.000873792;RO=26;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430478;STB=0.507038;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0318025;OID=.;OPOS=13802437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:27:30:30:0.526316:14:16:14:12:14:16:14:13 chr1 13910417 . C T 866.82 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0284455;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=180.349;QD=53.3426;RBI=0.0291532;REFB=0.0794791;REVB=0.00638435;RO=2;SAF=10;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017815;STB=0.514014;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000217356;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:2:3:62:62:0.953846:52:10:0:2:52:10:0:3 chr1 13940864 . C G 1283.4 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.539;QD=61.8506;RBI=0.01557;REFB=0;REVB=0.00784978;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29754e-05;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr1 13944236 . C CTT 470.35 PASS AF=1;AO=38;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026909;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=2;MLLD=40.1038;QD=47.0348;RBI=0.0483782;REFB=0;REVB=0.0402039;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000105195;OID=.;OPOS=13944237;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:42:40:40:0:26:14:0:0:9:0:25:13:0:0 chr1 14106394 . A ACTC 275.17 PASS AF=0.581395;AO=22;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0221261;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=182.143;QD=25.5973;RBI=0.0374364;REFB=-0.0300173;REVB=0.030198;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594698;STB=0.538287;STBP=0.555;TYPE=ins;VARB=0.0250789;OID=.;OPOS=14106395;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=ACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581395:22:43:25:43:18:13:12:11:7:99:21:13:9:11:10 chr1 14143003 . A G 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.096;QD=62.1611;RBI=0.0226732;REFB=0;REVB=0.022077;RO=0;SAF=26;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10611e-05;OID=.;OPOS=14143003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:59:26:0:0:59:26:0:0 chr1 14149622 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.668;QD=56.7063;RBI=0.0251602;REFB=0;REVB=-0.00569193;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09466e-05;OID=.;OPOS=14149622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr1 14150709 . C T 1719.49 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0268759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.076;QD=58.7858;RBI=0.0438285;REFB=-0.0818304;REVB=0.0346212;RO=2;SAF=36;SAR=79;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703389;STB=0.503704;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000905281;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:115:115:0.982906:79:36:1:1:79:36:1:1 chr1 14150714 . G A 1375.87 PASS AF=0.911504;AO=101;DP=112;FAO=103;FDP=113;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0424843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2679;QD=48.7033;RBI=0.0790386;REFB=-0.0915318;REVB=0.0666498;RO=7;SAF=33;SAR=68;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258933;STB=0.512338;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.020813;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:112:113:7:10:101:103:0.911504:68:33:1:6:70:33:2:8 chr1 14150740 . G T 1497.87 PASS AF=0.989583;AO=96;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116239;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.843;QD=62.4114;RBI=0.0449814;REFB=-0.100828;REVB=0.0434536;RO=0;SAF=31;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000242255;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:0:1:96:95:0.989583:65:31:0:0:64:31:0:1 chr1 14150992 . T C,G 1261.53 PASS AF=0.963855,0.0361446;AO=78,4;DP=82;FAO=80,3;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43,2;FSAR=37,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854445,0.00640589;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.476,112.812;QD=60.7967;RBI=0.0445997,0.0311474;REFB=0,0;REVB=0.0437736,0.0304816;RO=0;SAF=43,2;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.91087e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00256658,0.063314;OID=.,.;OPOS=14150992,14150992;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:82:83:0:0:78,4:80,3:0.963855,0.0361446:35,2:43,2:0:0:37,1:43,2:0:0 chr1 14220186 . A G 341.71 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00270753;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.354;QD=15.5321;RBI=0.0249414;REFB=-0.0212488;REVB=0.024794;RO=50;SAF=17;SAR=20;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819487;STB=0.551781;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0290517;OID=.;OPOS=14220186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:50:51:37:37:0.420455:20:17:27:23:20:17:28:23 chr1 14450771 . G A 414.92 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0125426;FXX=0.029997;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.207;QD=17.1101;RBI=0.0221669;REFB=-0.0212145;REVB=-0.0182771;RO=50;SAF=15;SAR=28;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170451;STB=0.587664;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.029006;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:50:54:43:43:0.443299:28:15:26:24:28:15:27:27 chr1 14507057 . A G 106.16 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00761136;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.209;QD=10.8887;RBI=0.00846029;REFB=-0.000394519;REVB=-0.00369374;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24905;STB=0.65091;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.000179492;OID=.;OPOS=14507057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:10:3:11:15:10:3:11:15 chr1 15438990 . G A 414.22 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00228008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7627;QD=24.7295;RBI=0.0168703;REFB=-0.0302593;REVB=0.0167156;RO=26;SAF=20;SAR=20;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194459;STB=0.596968;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0227707;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:27:40:40:0.597015:20:20:6:20:20:20:7:20 chr1 15441090 . C T 119.57 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0218896;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5436;QD=12.5868;RBI=0.0383291;REFB=-0.0128494;REVB=-0.0314637;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893784;STB=0.552557;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0343831;OID=.;OPOS=15441090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:14:10:7:7:14:10 chr1 15495110 . A G 201.82 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0219585;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.313;QD=11.8714;RBI=0.0421068;REFB=0.0148634;REVB=-0.0359279;RO=44;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189562;STB=0.602946;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0182982;OID=.;OPOS=15495110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:44:43:25:25:0.367647:11:14:17:27:11:14:17:26 chr1 15497727 . T C 650.71 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.451;QD=61.9725;RBI=0.0519016;REFB=0;REVB=0.0284894;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343745;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:19:21:0:0:21:21:0:0 chr1 15546077 . G A 84.5 PASS AF=0.34375;AO=12;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0126933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.837;QD=10.5625;RBI=0.0129425;REFB=-0.0113768;REVB=-0.00252746;RO=20;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27758;STB=0.649023;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0171563;OID=.;OPOS=15546077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:12:11:0.34375:11:1:4:16:10:1:4:17 chr1 15687059 . A G 143.58 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-7.22773e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2567;QD=15.114;RBI=0.00967452;REFB=-0.00851741;REVB=-0.00967425;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629161;STB=0.536378;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0115211;OID=.;OPOS=15687059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:11:11:9:7:11:11 chr1 15708540 . A G 199.38 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00318166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.032;QD=27.5001;RBI=0.017109;REFB=-0.0259143;REVB=0.0168106;RO=10;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111712;STB=0.561978;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0134669;OID=.;OPOS=15708540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:8:11:4:6:8:11:4:6 chr1 15710411 . G C 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0226339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6875;QD=13.5746;RBI=0.0512529;REFB=0.0052331;REVB=-0.0459844;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958068;STB=0.505609;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.011872;OID=.;OPOS=15710411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:6:13:9:4:6:13 chr1 15714842 . G C 42.5 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0303832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.4117;QD=14.1678;RBI=0.0633716;REFB=-0.0606183;REVB=-0.0556132;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00834865;OID=.;OPOS=15714842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:12:5:5:5:5:0.416667:2:3:2:3:2:3:2:3 chr1 15723843 . G A 307.7 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0168069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.923;QD=16.8602;RBI=0.0198257;REFB=-0.0491382;REVB=-0.010516;RO=39;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865901;STB=0.504852;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0443641;OID=.;OPOS=15723843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:18:16:18:21:18:16:18:21 chr1 15754484 . T C 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000104364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.008;QD=61.6946;RBI=0.0370001;REFB=0;REVB=0.0369999;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05135e-05;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr1 15788269 . A C 799.38 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0061;QD=57.0983;RBI=0.0274282;REFB=0;REVB=0.0240617;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84332e-05;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:25:29:0:0:27:29:0:0 chr1 15808198 . C T 1211.88 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0686792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6846;QD=59.846;RBI=0.110812;REFB=-0.115035;REVB=-0.086962;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.505617;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000527861;OID=.;OPOS=15808198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:36:44:0:0:36:44:1:0 chr1 15808767 . G A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00956701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.127;QD=51.5078;RBI=0.0440489;REFB=-0.0320226;REVB=0.0429974;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265471;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000448393;OID=.;OPOS=15808767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:9:17:1:0:9:17:1:0 chr1 15808872 . G A 1264.48 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.584;QD=61.6817;RBI=0.0291007;REFB=0;REVB=0.008832;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66339e-05;OID=.;OPOS=15808872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr1 15809876 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.886;QD=56.191;RBI=0.0313592;REFB=0;REVB=0.028626;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16784e-05;OID=.;OPOS=15809876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:24:4:0:0:24:4:0:0 chr1 15812432 . A G 1283.27 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.403;QD=61.8444;RBI=0.0181914;REFB=0;REVB=0.0166329;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69503e-05;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:41:42:0:0 chr1 15832543 . T C 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.458;QD=56.9965;RBI=0.0277291;REFB=0;REVB=0.0169667;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67868e-05;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr1 15844615 . A G 1095.39 PASS AF=1;AO=67;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.7136;QD=57.6521;RBI=0.0722175;REFB=0;REVB=0.050295;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00581581;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:67:76:1:45:22:0:0:48:28:0:0 chr1 15850613 . G A 563.93 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.8479;QD=57.8392;RBI=0.0551125;REFB=-0.0586296;REVB=0.0503078;RO=1;SAF=31;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623004;STB=0.533315;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00123416;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:7:31:0:1:7:31:0:1 chr1 15904246 . G A 88.77 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0386895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7878;QD=14.795;RBI=0.0491858;REFB=-0.0142854;REVB=0.0303705;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126336;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0182454;OID=.;OPOS=15904246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:4:7:6:6:4:7:6:7 chr1 15909850 . C G 695.12 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.04086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.9356;QD=60.4455;RBI=0.0428425;REFB=-0.0426238;REVB=-0.0128816;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00024223;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:20:25:0:1:20:25:0:1 chr1 16096934 . C T 213.04 PASS AF=0.863636;AO=17;DP=20;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.15101;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.6399;QD=38.734;RBI=0.246651;REFB=-0.13333;REVB=0.195021;RO=3;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101694;STB=0.551672;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0277069;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:20:22:3:3:17:19:0.863636:5:12:3:0:6:13:3:0 chr1 16256007 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0272377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.944;QD=15.8391;RBI=0.032406;REFB=-0.0177884;REVB=-0.0175573;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122922;STB=0.571264;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0116148;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:1:6:6:2:1:6 chr1 16259813 . A G 113.76 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0543769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5828;QD=9.89224;RBI=0.0628999;REFB=-0.00469178;REVB=0.0316157;RO=32;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398641;STB=0.733448;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0145007;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:6:8:7:25:6:8:7:25 chr1 16272250 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0429591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6549;QD=14.6579;RBI=0.0463196;REFB=-0.0314967;REVB=0.0173212;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957353;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0319005;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:6:7:7:9:6:7:8:9 chr1 16330816 . C T 180.9 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00543559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.488;QD=12.9217;RBI=0.00660486;REFB=-0.0109718;REVB=-0.00375213;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142791;STB=0.571365;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0212885;OID=.;OPOS=16330816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:34:22:22:0.392857:11:11:21:12:11:11:21:13 chr1 16332571 . C T 216.21 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0501493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1442;QD=22.1758;RBI=0.0501506;REFB=-0.0371594;REVB=-0.000362548;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062401;STB=0.518779;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0336055;OID=.;OPOS=16332571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:12:9:6:11:12:9:7:11 chr1 16341649 . C T 607.61 PASS AF=0.872727;AO=48;DP=55;FAO=48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0274789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.727;QD=44.1897;RBI=0.0650447;REFB=-0.184467;REVB=0.0589553;RO=4;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815651;STB=0.553508;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00259476;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:55:55:4:7:48:48:0.872727:21:27:0:4:21:27:1:6 chr1 16341733 . T C 710.45 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0970365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.463;QD=54.6497;RBI=0.098802;REFB=-0.0205178;REVB=0.0185944;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000305479;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:52:0:1:49:51:0.980769:31:18:0:0:32:19:1:0 chr1 16342237 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.861;QD=57.2021;RBI=0.0149389;REFB=0;REVB=0.0108216;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98921e-06;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr1 16344360 . A G 2398.32 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.748;QD=61.1036;RBI=0.0546043;REFB=0;REVB=0.0454967;RO=0;SAF=85;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10193e-05;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:157:0:0:153:157:1:68:85:0:0:70:87:0:0 chr1 16344402 . G A 2596.0 PASS AF=0.982659;AO=170;DP=173;FAO=170;FDP=173;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0479776;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5767;QD=60.0231;RBI=0.0690551;REFB=-0.014958;REVB=0.0496663;RO=3;SAF=70;SAR=100;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267258;STB=0.501404;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00268229;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:173:173:3:3:170:170:0.982659:100:70:1:2:100:70:1:2 chr1 16344494 . G A 810.01 PASS AF=0.936508;AO=57;DP=62;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0359959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1929;QD=51.4295;RBI=0.176375;REFB=-0.251599;REVB=0.172663;RO=5;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345955;STB=0.511328;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0170275;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:62:63:5:4:57:59:0.936508:33:24:1:4:34:25:1:3 chr1 16344625 . C G 1157.92 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00238075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0866;QD=59.3808;RBI=0.00876045;REFB=-0.146766;REVB=0.00843075;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.505746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000810793;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:43:34:0:0:43:34:0:1 chr1 16344664 . G A 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.015437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.309;QD=15.0112;RBI=0.0180534;REFB=-0.0121801;REVB=0.00936076;RO=52;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986057;STB=0.510424;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0157478;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:53:37:37:0.411111:21:16:22:30:21:16:22:31 chr1 16344683 . C T 621.4 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=92;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0272194;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.788;QD=27.3141;RBI=0.0317333;REFB=-0.0299156;REVB=0.0163128;RO=36;SAF=25;SAR=30;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00739953;STB=0.504031;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0222183;OID=.;OPOS=16344683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:36:36:55:55:0.604396:30:25:16:20:30:25:16:20 chr1 16345735 . C T 198.67 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00524833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3139;QD=19.3829;RBI=0.0281952;REFB=-0.019642;REVB=0.0277025;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938773;STB=0.568054;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.027603;OID=.;OPOS=16345735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:13:7:9:11:13:7:10:11 chr1 16351275 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.552;QD=60.9776;RBI=0.0319416;REFB=0;REVB=0.0234882;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41162e-06;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr1 16356501 . G A 699.27 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0859885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7308;QD=54.8448;RBI=0.0907387;REFB=-0.0879245;REVB=0.0289741;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00310396;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:22:28:0:0:22:28:1:0 chr1 16358932 . T C 276.0 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.92;QD=48.0002;RBI=0.0415821;REFB=0.0364934;REVB=0.0354928;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.526292;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000699377;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:13:8:1:0:13:9:1:0 chr1 16373124 . A G 484.49 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.77;QD=58.7256;RBI=0.087295;REFB=0;REVB=0.013353;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526405;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:26:33:1:19:7:0:0:21:12:0:0 chr1 16374533 . G C 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.913;QD=61.511;RBI=0.0178422;REFB=0.0373537;REVB=0.00246452;RO=0;SAF=10;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36352e-08;STB=0.506491;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-8.19619e-05;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:38:10:0:0:38:10:0:1 chr1 16374994 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235279;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.637;QD=40.6388;RBI=0.033562;REFB=-0.0496754;REVB=0.0239341;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478651;STB=0.526279;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.000935917;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:5:9:1:0:5:9:1:0 chr1 16375063 . CA GC 124.82 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.102505;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.536;QD=33.2853;RBI=0.138015;REFB=-0.0878111;REVB=0.0924173;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.571319;STBP=0.232;TYPE=mnp;VARB=0.00436916;OID=.;OPOS=16375063;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:1:2:13:13:0.866667:6:7:0:1:6:7:0:2 chr1 16376191 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5908;QD=44.6888;RBI=0.0148908;REFB=0;REVB=0.0131512;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270135;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr1 16376319 . T C 861.66 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9146;QD=57.4438;RBI=0.0532746;REFB=0;REVB=0.0191545;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136053;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:23:36:0:0:23:37:0:0 chr1 16380196 . T C 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0177457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.7;QD=10.3654;RBI=0.0177639;REFB=0.00167508;REVB=0.000805572;RO=39;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997027;STB=0.558562;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00276518;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:12:8:19:20:12:8:19:20 chr1 16380243 . A G 95.89 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0189723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.297;QD=8.33842;RBI=0.10706;REFB=-0.00542805;REVB=-0.105366;RO=32;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339034;STB=0.700776;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0369885;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:45:46:32:33:13:13:0.282609:10:3:16:16:10:3:16:17 chr1 16380252 . C T 80.05 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.159082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9494;QD=7.27727;RBI=0.182683;REFB=-0.0227361;REVB=-0.0898107;RO=23;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245766;STB=0.738649;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.040985;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:23:33:11:11:0.25:9:2:8:15:9:2:15:18 chr1 16382958 . T C 453.57 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0355392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.1597;QD=25.1982;RBI=0.0466133;REFB=-0.0180291;REVB=0.0301623;RO=28;SAF=33;SAR=10;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565005;STB=0.535196;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0085489;OID=.;OPOS=16382958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:29:43:43:0.597222:10:33:23:5:10:33:24:5 chr1 16383682 . G C 83.95 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00433888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7234;QD=5.78958;RBI=0.0583156;REFB=-0.000104315;REVB=0.0581539;RO=45;SAF=10;SAR=3;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382935;STB=0.743414;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00374054;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:58:58:45:45:13:13:0.224138:3:10:21:24:3:10:21:24 chr1 16383742 . C G 39.88 PASS AF=0.0909091;AO=11;DP=120;FAO=11;FDP=121;FR=.;FRO=110;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=0.0136546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4629;QD=1.3183;RBI=0.083338;REFB=-0.00146486;REVB=-0.0822118;RO=108;SAF=7;SAR=4;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158817;STB=0.632289;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00823652;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:120:121:108:110:11:11:0.0909091:4:7:54:54:4:7:54:56 chr1 16385175 . G A 95.64 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00546967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.953;QD=11.5932;RBI=0.0226555;REFB=-0.00797696;REVB=0.0219854;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149667;STB=0.588097;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0163186;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:15:6:5:7:15:6 chr1 16386008 . T C 132.69 PASS AF=0.441176;AO=11;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0187903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.6108;QD=15.6103;RBI=0.159097;REFB=-0.0326808;REVB=0.157984;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210453;STB=0.533289;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0529336;OID=.;OPOS=16386008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:19:11:15:0.441176:3:8:8:7:7:8:9:10 chr1 16386416 . G A 45.32 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.014221;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.401;QD=6.97284;RBI=0.0333445;REFB=-0.00711629;REVB=-0.0301598;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409635;STB=0.526239;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0307969;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:13:6:2:5:13:6 chr1 16388646 . T C 575.48 PASS AF=0.658228;AO=50;DP=77;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00468696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.964;QD=29.1384;RBI=0.00643849;REFB=-0.0216668;REVB=0.00441435;RO=25;SAF=27;SAR=23;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112682;STB=0.538064;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0187431;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:25:27:50:52:0.658228:23:27:18:7:23:29:18:9 chr1 16451767 . G A 164.34 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00377369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7799;QD=21.2054;RBI=0.0377543;REFB=9.99839e-05;REVB=0.0375652;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259739;STB=0.533859;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.000675269;OID=.;OPOS=16451767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:11:5:4:10:11:6:4:10 chr1 16459745 . G A 262.67 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.000582147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9704;QD=15.0098;RBI=0.0442117;REFB=-0.00452828;REVB=0.0442079;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532616;STB=0.534942;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00663663;OID=.;OPOS=16459745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:40:30:30:0.428571:21:9:10:29:21:9:10:30 chr1 16460339 . G A 179.86 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00309951;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.8292;QD=11.0681;RBI=0.0236927;REFB=-0.0203221;REVB=0.0234891;RO=41;SAF=9;SAR=14;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187177;STB=0.601254;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0305591;OID=.;OPOS=16460339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:41:42:23:23:0.353846:14:9:23:18:14:9:23:19 chr1 16577794 . C T 215.09 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0217135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1059;QD=21.5093;RBI=0.0249899;REFB=-0.0220916;REVB=-0.0123701;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132995;STB=0.521718;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0202107;OID=.;OPOS=16577794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:9:12:10:8:9:12:10:9 chr1 16577908 . G C 319.35 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0113756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.223;QD=13.4465;RBI=0.0166447;REFB=-0.0167452;REVB=-0.0121507;RO=58;SAF=14;SAR=22;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122286;STB=0.565077;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0321508;OID=.;OPOS=16577908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:59:36:36:0.378947:22:14:29:29:22:14:29:30 chr1 16641899 . C T 206.45 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0170053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.621;QD=23.5945;RBI=0.0173308;REFB=-0.033164;REVB=-0.00334335;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299533;STB=0.516762;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.024133;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:14:6:5:10:14:6:5:10 chr1 16723084 . G A 444.64 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.0276315;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.641;QD=17.9653;RBI=0.0286353;REFB=-0.0157368;REVB=0.00751526;RO=54;SAF=16;SAR=24;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155764;STB=0.571116;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0242864;OID=.;OPOS=16723084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:40:45:0.454545:24:16:14:40:28:17:14:40 chr1 16730308 . G T 190.27 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00720083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.883;QD=15.2216;RBI=0.0166979;REFB=-0.000447757;REVB=0.0150654;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175547;STB=0.510111;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00072176;OID=.;OPOS=16730308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:11:9:13:17:11:9:13:17 chr1 16752057 . G A 211.78 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.00567767;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=330.083;QD=18.4158;RBI=0.00567787;REFB=0.00442503;REVB=-4.70559e-05;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218163;STB=0.62175;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00639553;OID=.;OPOS=16752057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:25:25:21:21:0.456522:15:6:3:22:15:6:3:22 chr1 16840665 . G A 54.87 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0207488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5785;QD=2.81385;RBI=0.0305535;REFB=-0.00365389;REVB=-0.0224278;RO=67;SAF=3;SAR=8;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309942;STB=0.716583;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0288284;OID=.;OPOS=16840665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:67:67:11:11:0.141026:8:3:35:32:8:3:35:32 chr1 16840730 . C T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00188864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.104;QD=18.0506;RBI=0.0176415;REFB=-0.0250031;REVB=0.0175401;RO=8;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.646198;STB=0.877228;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0153718;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:9:1:7:1:9:1:7:1 chr1 16840756 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0942836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.047;QD=12.8607;RBI=0.0945005;REFB=-0.0182941;REVB=-0.00639985;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353209;STB=0.699618;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0228629;OID=.;OPOS=16840756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:0:8:6:1:0:8 chr1 16858909 . G C 1008.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00444184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.971;QD=59.3163;RBI=0.00444954;REFB=0;REVB=-0.000261757;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.28007e-06;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr1 16860633 . G A 149.57 PASS AF=0.18239;AO=25;DP=161;FAO=29;FDP=159;FR=.,HEALED;FRO=130;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=0.0656004;FXX=0.0124216;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0926;QD=3.76281;RBI=0.180905;REFB=-0.0288593;REVB=-0.168592;RO=109;SAF=6;SAR=19;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398189;STB=0.611182;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.134165;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:109:130:25:29:0.18239:19:6:60:49:19:10:62:68 chr1 16860652 . A C 397.99 PASS AF=0.285714;AO=54;DP=189;FAO=54;FDP=189;FR=.;FRO=135;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=0.0357444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3337;QD=8.42309;RBI=0.0365614;REFB=-0.00970038;REVB=-0.00768572;RO=135;SAF=24;SAR=30;SRF=60;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0168746;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:135:135:54:54:0.285714:30:24:60:75:30:24:60:75 chr1 16860695 . G T 269.68 PASS AF=0.233333;AO=42;DP=180;FAO=42;FDP=180;FR=.;FRO=138;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=84;FWDB=0.0116982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5269;QD=5.99287;RBI=0.0223184;REFB=-0.00398802;REVB=-0.019007;RO=138;SAF=19;SAR=23;SRF=54;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787874;STB=0.547661;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00830895;OID=.;OPOS=16860695;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:138:138:42:42:0.233333:23:19:54:84:23:19:54:84 chr1 16861772 . A G 70.75 PASS AF=0.14;AO=14;DP=99;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=59;FSRR=27;FWDB=-0.00958843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.573;QD=2.83017;RBI=0.0278895;REFB=0.0015273;REVB=-0.0261894;RO=85;SAF=11;SAR=3;SRF=58;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16203;STB=0.610938;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00726894;OID=.;OPOS=16861772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:99:100:85:86:14:14:0.14:3:11:58:27:3:11:59:27 chr1 16861804 . G A 89.62 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=94;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0208586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.6;QD=3.77353;RBI=0.020949;REFB=-0.0122105;REVB=0.00194434;RO=78;SAF=12;SAR=4;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22476;STB=0.656595;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0362215;OID=.;OPOS=16861804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:94:95:78:79:16:16:0.168421:4:12:46:32:4:12:46:33 chr1 16861847 . A T 49.65 PASS AF=0.107143;AO=12;DP=112;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=-0.0047195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.081;QD=1.77335;RBI=0.029855;REFB=-0.00668032;REVB=-0.0294797;RO=100;SAF=5;SAR=7;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182027;STB=0.634285;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0562794;OID=.;OPOS=16861847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:112:112:100:100:12:12:0.107143:7:5:57:43:7:5:57:43 chr1 16861849 . A G 48.3 PASS AF=0.104348;AO=12;DP=115;FAO=12;FDP=115;FR=.;FRO=103;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=0.00898112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.73;QD=1.68015;RBI=0.0324563;REFB=-0.00246974;REVB=-0.031189;RO=103;SAF=5;SAR=7;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161843;STB=0.62069;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0533799;OID=.;OPOS=16861849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:115:115:103:103:12:12:0.104348:7:5:57:46:7:5:57:46 chr1 16862282 . G A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0396693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.981;QD=16.4077;RBI=0.0396812;REFB=-0.00758648;REVB=0.000973514;RO=29;SAF=16;SAR=5;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09777;STB=0.555506;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0138991;OID=.;OPOS=16862282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:5:16:24:5:5:16:24:5 chr1 16862454 . T G 807.01 PASS AF=0.383333;AO=92;DP=241;FAO=92;FDP=240;FR=.;FRO=148;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=91;FSRR=57;FWDB=-0.00271452;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.314;QD=13.4502;RBI=0.0504976;REFB=-0.00711746;REVB=0.0504245;RO=147;SAF=46;SAR=46;SRF=90;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12278;STB=0.570818;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0339586;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:147:148:92:92:0.383333:46:46:90:57:46:46:91:57 chr1 16862461 . T A 941.17 PASS AF=0.437229;AO=90;DP=236;FAO=101;FDP=231;FR=.;FRO=130;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=91;FSRR=39;FWDB=-0.00190802;FXX=0.0609731;HRUN=6;LEN=1;MLLD=158.31;QD=16.2973;RBI=0.00463066;REFB=-0.0213514;REVB=-0.00421929;RO=98;SAF=43;SAR=47;SRF=66;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184052;STB=0.630272;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0106757;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:231:98:130:90:101:0.437229:47:43:66:32:54:47:91:39 chr1 16862472 . G C 54.59 PASS AF=0.077821;AO=20;DP=258;FAO=20;FDP=257;FR=.;FRO=237;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=139;FSRR=98;FWDB=-0.0583383;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0009;QD=0.849651;RBI=0.0610042;REFB=-0.000105569;REVB=-0.0178367;RO=233;SAF=10;SAR=10;SRF=137;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101294;STB=0.579689;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000518191;OID=.;OPOS=16862472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:258:257:233:237:20:20:0.077821:10:10:137:96:10:10:139:98 chr1 16862502 . A G 1730.47 PASS AF=0.545763;AO=159;DP=294;FAO=161;FDP=295;FR=.;FRO=134;FSAF=77;FSAR=84;FSRF=83;FSRR=51;FWDB=-0.0120936;FXX=0.00337826;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6697;QD=23.464;RBI=0.0539467;REFB=0.00352132;REVB=-0.0525736;RO=132;SAF=76;SAR=83;SRF=82;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119045;STB=0.563869;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00245208;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:295:132:134:159:161:0.545763:83:76:82:50:84:77:83:51 chr1 16862566 . G A 86.85 PASS AF=0.0872093;AO=30;DP=344;FAO=30;FDP=344;FR=.;FRO=314;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=149;FSRR=165;FWDB=-0.0135088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.065;QD=1.00985;RBI=0.0480452;REFB=-0.00569429;REVB=-0.046107;RO=314;SAF=12;SAR=18;SRF=149;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887117;STB=0.568858;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0651995;OID=.;OPOS=16862566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:344:344:314:314:30:30:0.0872093:18:12:149:165:18:12:149:165 chr1 16863304 . T C 37.97 PASS AF=0.08;AO=12;DP=150;FAO=12;FDP=150;FR=.;FRO=138;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=88;FWDB=0.00133067;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.15;QD=1.01244;RBI=0.0179955;REFB=-0.00185236;REVB=-0.0179463;RO=137;SAF=5;SAR=7;SRF=50;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615201;STB=0.552241;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0162381;OID=.;OPOS=16863304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:150:150:137:138:12:12:0.08:7:5:50:87:7:5:50:88 chr1 16863308 . G T 55.71 PASS AF=0.0986842;AO=15;DP=153;FAO=15;FDP=152;FR=.;FRO=137;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=86;FWDB=-0.021898;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6317;QD=1.46598;RBI=0.0228988;REFB=-0.00553351;REVB=0.00669567;RO=135;SAF=6;SAR=9;SRF=51;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279395;STB=0.526281;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0308789;OID=.;OPOS=16863308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:153:152:135:137:15:15:0.0986842:9:6:51:84:9:6:51:86 chr1 16863313 . CA CG,TG 69.3 PASS AF=0.0828025,0.0382166;AO=12,6;DP=158;FAO=13,6;FDP=157;FR=.;FRO=138;FSAF=4,3;FSAR=9,3;FSRF=52;FSRR=86;FWDB=0.0113428,-0.0123035;FXX=0.00632871;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=224.637,120.963;QD=1.76569;RBI=0.0137263,0.0212556;REFB=-0.000254324,0.000408359;REVB=0.00772991,0.0173328;RO=137;SAF=4,3;SAR=8,3;SRF=52;SRR=85;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0562741,0.107115;STB=0.570024,0.617685;STBP=0.601,0.605;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0158591,0.00633321;OID=.,.;OPOS=16863314,16863313;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:158:157:137:138:12,6:13,6:0.0828025,0.0382166:8,3:4,3:52:85:9,3:4,3:52:86 chr1 16863328 . T G 115.36 PASS AF=0.150327;AO=23;DP=152;FAO=23;FDP=153;FR=.;FRO=130;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=78;FWDB=-0.0289026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.604;QD=3.01587;RBI=0.0299881;REFB=-0.00770769;REVB=-0.00799529;RO=127;SAF=9;SAR=14;SRF=51;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136381;STB=0.507722;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0573303;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:127:130:23:23:0.150327:14:9:51:76:14:9:52:78 chr1 16863352 . C T 130.96 PASS AF=0.171429;AO=24;DP=139;FAO=24;FDP=140;FR=.;FRO=116;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=68;FWDB=-0.0186328;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8407;QD=3.74183;RBI=0.0245524;REFB=-0.00911545;REVB=-0.0159888;RO=115;SAF=8;SAR=16;SRF=47;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102654;STB=0.571367;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0190988;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:115:116:24:24:0.171429:16:8:47:68:16:8:48:68 chr1 16874206 . A C 710.2 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0762564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6449;QD=54.631;RBI=0.099188;REFB=0.0259328;REVB=0.0634288;RO=2;SAF=23;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391845;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00120191;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:2:1:50:51:0.980769:27:23:2:0:27:24:1:0 chr1 16890598 . T A 700.05 PASS AF=0.496454;AO=68;DP=139;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0185701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.604;QD=19.8595;RBI=0.0194878;REFB=-0.0136895;REVB=0.00590975;RO=70;SAF=29;SAR=39;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385399;STB=0.517667;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0131733;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:70:71:68:70:0.496454:39:29:27:43:40:30:28:43 chr1 16890602 . T G 53.59 PASS AF=0.102941;AO=14;DP=134;FAO=14;FDP=136;FR=.;FRO=122;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=-0.00598454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.77;QD=1.57627;RBI=0.0177713;REFB=-0.00348327;REVB=-0.0167333;RO=119;SAF=4;SAR=10;SRF=55;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219988;STB=0.656782;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0395229;OID=.;OPOS=16890602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:134:136:119:122:14:14:0.102941:10:4:55:64:10:4:55:67 chr1 16890639 . C T 108.48 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.024301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.861;QD=5.86388;RBI=0.0278195;REFB=-0.00845006;REVB=-0.013542;RO=56;SAF=6;SAR=11;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22641;STB=0.634456;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.027607;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:57:17:17:0.22973:11:6:30:26:11:6:30:27 chr1 16890644 . C T 150.28 PASS AF=0.327869;AO=19;DP=60;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00373474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.943;QD=9.85436;RBI=0.0201831;REFB=-0.0132058;REVB=-0.0198345;RO=41;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118798;STB=0.524566;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0271522;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:41:41:19:20:0.327869:10:9:19:22:10:10:19:22 chr1 16890671 . TG CA 162.13 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0116527;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.584;QD=17.528;RBI=0.017686;REFB=-0.0142071;REVB=0.0133045;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417334;STB=0.534843;STBP=0.677;TYPE=mnp;VARB=0.0142814;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:7:10:12:7:7:10:13:7 chr1 16893700 . C T 38.03 PASS AF=0.0556901;AO=23;DP=413;FAO=23;FDP=413;FR=.;FRO=390;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=205;FSRR=185;FWDB=0.00872764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.225;QD=0.368375;RBI=0.0436517;REFB=-0.00204703;REVB=-0.0427703;RO=389;SAF=16;SAR=7;SRF=205;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175282;STB=0.664932;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0362364;OID=.;OPOS=16893700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:413:413:389:390:23:23:0.0556901:7:16:205:184:7:16:205:185 chr1 16893721 . A C 116.98 PASS AF=0.0873181;AO=42;DP=481;FAO=42;FDP=481;FR=.;FRO=439;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=253;FSRR=186;FWDB=0.00878678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.623;QD=0.972825;RBI=0.00887602;REFB=0.00133289;REVB=0.00125549;RO=437;SAF=15;SAR=27;SRF=253;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258704;STB=0.693613;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0138054;OID=.;OPOS=16893721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:481:437:439:42:42:0.0873181:27:15:253:184:27:15:253:186 chr1 16893841 . C T 41.75 PASS AF=0.0696721;AO=17;DP=244;FAO=17;FDP=244;FR=.;FRO=227;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=106;FSRR=121;FWDB=-0.015123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.834;QD=0.684504;RBI=0.0188832;REFB=-0.000508271;REVB=-0.011308;RO=223;SAF=4;SAR=13;SRF=103;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259203;STB=0.727086;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00665819;OID=.;OPOS=16893841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:244:244:223:227:17:17:0.0696721:13:4:103:120:13:4:106:121 chr1 16901668 . T C 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0299026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1134;QD=23.21;RBI=0.0400051;REFB=-0.115328;REVB=0.0265752;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0289858;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:1:4:0:0:1:4:1:0 chr1 16907328 . G T 5870.65 PASS AF=0.757525;AO=452;DP=598;FAO=453;FDP=598;FR=.;FRO=145;FSAF=188;FSAR=265;FSRF=59;FSRR=86;FWDB=0.00954036;FXX=0.00333328;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.607;QD=39.2685;RBI=0.0102544;REFB=-0.00320124;REVB=-0.00375946;RO=144;SAF=188;SAR=264;SRF=59;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00290867;STB=0.502027;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00101423;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:598:598:144:145:452:453:0.757525:264:188:59:85:265:188:59:86 chr1 16909052 . C T 734.83 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.922;QD=62.5388;RBI=0.0445904;REFB=0;REVB=0.0303111;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01601e-05;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:47:0:0:42:47:1:12:30:0:0:12:35:0:0 chr1 16913612 . G A 367.25 PASS AF=0.648148;AO=34;DP=55;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0248514;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8368;QD=27.2034;RBI=0.0335242;REFB=-0.00111883;REVB=0.0225007;RO=18;SAF=12;SAR=22;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135472;STB=0.575605;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00424338;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:18:19:34:35:0.648148:22:12:3:15:23:12:3:16 chr1 16913633 . G T 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.000893627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.825;QD=4.28886;RBI=0.00856341;REFB=0.00176821;REVB=0.00851666;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660187;STB=0.504492;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00690765;OID=.;OPOS=16913633;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:5:2:9:23:5:2:9:23 chr1 16914252 . C T 142.02 PASS AF=0.145631;AO=30;DP=206;FAO=30;FDP=206;FR=.;FRO=176;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=104;FSRR=72;FWDB=-0.0577673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8814;QD=2.75766;RBI=0.0578942;REFB=-0.00950304;REVB=-0.00383096;RO=175;SAF=13;SAR=17;SRF=104;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203551;STB=0.632146;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0573212;OID=.;OPOS=16914252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:175:176:30:30:0.145631:17:13:104:71:17:13:104:72 chr1 16918502 . A G 357.59 PASS AF=0.402062;AO=37;DP=96;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.000985347;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.374;QD=14.7461;RBI=0.00404721;REFB=-0.00353426;REVB=0.00392543;RO=55;SAF=20;SAR=17;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140503;STB=0.507664;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00873834;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:55:58:37:39:0.402062:17:20:29:26:19:20:29:29 chr1 17004785 . A C 526.66 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0232265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.61;QD=56.9358;RBI=0.0320492;REFB=-0.0646089;REVB=-0.0220836;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00160139;OID=.;OPOS=17004785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:22:14:1:0:22:14:1:0 chr1 17017717 . C T 143.32 PASS AF=0.259259;AO=19;DP=79;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0230826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.169;QD=7.07729;RBI=0.030459;REFB=-0.00867297;REVB=-0.0198732;RO=60;SAF=12;SAR=7;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261736;STB=0.647602;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.022657;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:60:60:19:21:0.259259:7:12:25:35:8:13:25:35 chr1 17017734 . C T 84.47 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00767448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.979;QD=4.96862;RBI=0.0151807;REFB=-0.0140059;REVB=-0.0130979;RO=54;SAF=11;SAR=3;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429753;STB=0.775241;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0505388;OID=.;OPOS=17017734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:54:54:14:14:0.205882:3:11:24:30:3:11:24:30 chr1 17022952 . C A 809.58 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1636;QD=54.8869;RBI=0.0911783;REFB=-0.0862821;REVB=0.0764149;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188926;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:0:0:57:59:1:30:27:0:0:30:29:0:0 chr1 17023110 . G A 175.51 PASS AF=0.243243;AO=27;DP=111;FAO=27;FDP=111;FR=.;FRO=84;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=57;FWDB=-0.0109898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4043;QD=6.32473;RBI=0.0153897;REFB=-0.00957732;REVB=0.0107735;RO=84;SAF=10;SAR=17;SRF=27;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669472;STB=0.540511;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0345641;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:84:84:27:27:0.243243:17:10:27:57:17:10:27:57 chr1 17023143 . C T 513.86 PASS AF=0.521277;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.00968987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.561;QD=21.8665;RBI=0.00971009;REFB=-0.00848749;REVB=-0.000626278;RO=45;SAF=22;SAR=26;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152124;STB=0.578658;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00841669;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:45:45:48:49:0.521277:26:22:13:32:27:22:13:32 chr1 17023182 . C G 308.13 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.00397385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0009;QD=20.8904;RBI=0.0605931;REFB=-0.0274128;REVB=-0.0604626;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283379;STB=0.655802;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0224109;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:15:17:5:22:15:17:5:22 chr1 17023376 . C T 410.47 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0443155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.091;QD=13.3487;RBI=0.0607867;REFB=-0.0206357;REVB=0.0416073;RO=74;SAF=21;SAR=27;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202859;STB=0.506719;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0306854;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:75:48:48:0.390244:27:21:31:43:27:21:32:43 chr1 17023403 . G A 75.84 PASS AF=0.125;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0135539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.595;QD=3.15991;RBI=0.0212812;REFB=0.000770542;REVB=-0.0164067;RO=76;SAF=8;SAR=4;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267669;STB=0.68541;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0119474;OID=.;OPOS=17023403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:96:96:76:80:12:12:0.125:4:8:34:42:4:8:36:44 chr1 17026043 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.020894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.396;QD=12.7385;RBI=0.020894;REFB=0.00261294;REVB=0;RO=10;SAF=8;SAR=0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00205183;OID=.;OPOS=17026043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:0:8:10:0:0:8:10:0 chr1 17026087 . G A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0011744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.569;QD=16.6156;RBI=0.133966;REFB=-0.0170574;REVB=0.133961;RO=21;SAF=16;SAR=1;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348535;STB=0.707644;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0171731;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:1:16:17:4:1:16:17:4 chr1 17029462 . A G 73.82 PASS AF=0.12782;AO=17;DP=126;FAO=17;FDP=133;FR=.;FRO=116;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=-0.117394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4422;QD=2.22025;RBI=0.153577;REFB=-0.00153266;REVB=-0.0990184;RO=109;SAF=6;SAR=11;SRF=49;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124609;STB=0.608211;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00476842;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:126:133:109:116:17:17:0.12782:11:6:49:60:11:6:55:61 chr1 17030504 . T A 426.71 PASS AF=0.251969;AO=64;DP=256;FAO=64;FDP=254;FR=.;FRO=190;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=113;FSRR=77;FWDB=-0.0110997;FXX=0.00781219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6936;QD=6.71986;RBI=0.0131095;REFB=-0.026003;REVB=-0.00697539;RO=189;SAF=39;SAR=25;SRF=113;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150527;STB=0.511439;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0396329;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:254:189:190:64:64:0.251969:25:39:113:76:25:39:113:77 chr1 17030515 . G A 377.73 PASS AF=0.234818;AO=58;DP=246;FAO=58;FDP=247;FR=.;FRO=189;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=108;FSRR=81;FWDB=-0.0305986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3384;QD=6.11705;RBI=0.0489363;REFB=-0.00469941;REVB=-0.0381901;RO=188;SAF=32;SAR=26;SRF=108;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029245;STB=0.515284;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.023511;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:188:189:58:58:0.234818:26:32:108:80:26:32:108:81 chr1 17030518 . CT TG 351.94 PASS AF=0.223577;AO=55;DP=248;FAO=55;FDP=246;FR=.;FRO=191;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=108;FSRR=83;FWDB=-0.0634207;FXX=0.0159994;HRUN=1;LEN=2;MLLD=78.6545;QD=5.7226;RBI=0.0847346;REFB=-0.0131113;REVB=-0.056194;RO=182;SAF=32;SAR=23;SRF=104;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134998;STB=0.513002;STBP=0.826;TYPE=mnp;VARB=0.0327013;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:246:182:191:55:55:0.223577:23:32:104:78:23:32:108:83 chr1 17030590 . G A 231.41 PASS AF=0.22093;AO=38;DP=172;FAO=38;FDP=172;FR=.;FRO=134;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=57;FSRR=77;FWDB=0.00909035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3967;QD=5.38173;RBI=0.0152056;REFB=-0.00615175;REVB=0.0121892;RO=133;SAF=15;SAR=23;SRF=57;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443329;STB=0.524702;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0297403;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:133:134:38:38:0.22093:23:15:57:76:23:15:57:77 chr1 17033805 . C T 274.82 PASS AF=0.244186;AO=42;DP=173;FAO=42;FDP=172;FR=.;FRO=130;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=68;FSRR=62;FWDB=-0.00129009;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.801;QD=6.3912;RBI=0.0160083;REFB=-0.00950729;REVB=-0.0159562;RO=122;SAF=22;SAR=20;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00923361;STB=0.500555;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0403009;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:122:130:42:42:0.244186:20:22:63:59:20:22:68:62 chr1 17033854 . C T 843.3 PASS AF=0.561151;AO=78;DP=139;FAO=78;FDP=139;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00615665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.705;QD=24.2677;RBI=0.00979391;REFB=-0.0440754;REVB=-0.00761684;RO=60;SAF=25;SAR=53;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098991;STB=0.558897;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0261582;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:60:61:78:78:0.561151:53:25:26:34:53:25:27:34 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 78.72 PASS AF=0.16129;AO=14;DP=95;FAO=15;FDP=93;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0104713;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=8;MLLD=244.436;QD=3.3859;RBI=0.0107932;REFB=-0.00173463;REVB=0.00261629;RO=71;SAF=8;SAR=6;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809771;STB=0.541794;STBP=0.727;TYPE=del;VARB=0.00698261;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16129:14:95:15:93:78:9:6:43:35:78:71:8:6:36:35 chr1 17046456 . T C 206.85 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0252465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2099;QD=9.09237;RBI=0.0562266;REFB=-0.0029893;REVB=-0.0502399;RO=64;SAF=11;SAR=16;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367108;STB=0.521723;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00498513;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:64:27:27:0.296703:16:11:28:36:16:11:28:36 chr1 17053766 . G A 1537.83 PASS AF=0.76875;AO=121;DP=158;FAO=123;FDP=160;FR=.;FRO=37;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.013626;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.358;QD=38.4456;RBI=0.0312155;REFB=-0.0403093;REVB=0.0280845;RO=36;SAF=62;SAR=59;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292366;STB=0.518436;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00714042;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:36:37:121:123:0.76875:59:62:16:20:60:63:16:21 chr1 17053782 . C A,G 1607.73 PASS AF=0.216374,0.561404;AO=37,96;DP=174;FAO=37,96;FDP=171;FR=.;FRO=38;FSAF=15,49;FSAR=22,47;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0107464,-0.0400168;FXX=0.0172404;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=123.33,61.1448;QD=37.6077;RBI=0.0131106,0.0438421;REFB=-0.0251117,-0.0129806;REVB=0.00751022,-0.0179106;RO=37;SAF=15,49;SAR=22,47;SRF=14;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.025341,0.0685074;STB=0.505615,0.532767;STBP=0.933,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.0287972,0.00423053;OID=.,.;OPOS=17053782,17053782;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:174:171:37:38:37,96:37,96:0.216374,0.561404:22,47:15,49:14:23:22,47:15,49:15:23 chr1 17053809 . C T 253.54 PASS AF=0.232558;AO=40;DP=171;FAO=40;FDP=172;FR=.;FRO=132;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=83;FWDB=-0.035474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6633;QD=5.8962;RBI=0.0487327;REFB=-0.0229238;REVB=-0.0334137;RO=131;SAF=15;SAR=25;SRF=49;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00128436;STB=0.503104;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0715736;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:131:132:40:40:0.232558:25:15:49:82:25:15:49:83 chr1 17053826 . C T 196.02 PASS AF=0.215278;AO=31;DP=145;FAO=31;FDP=144;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=79;FWDB=-0.0267041;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.49;QD=5.44508;RBI=0.0338501;REFB=-0.0110151;REVB=-0.0208019;RO=113;SAF=6;SAR=25;SRF=34;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183474;STB=0.615681;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0351129;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:113:113:31:31:0.215278:25:6:34:79:25:6:34:79 chr1 17053834 . A AC 411.7 PASS AF=0.477273;AO=60;DP=136;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=17;FSRR=52;FWDB=-0.00346804;FXX=0.0434751;HRUN=0;LEN=1;MLLD=280.265;QD=12.4757;RBI=0.0067899;REFB=-0.00505912;REVB=0.00583742;RO=73;SAF=16;SAR=44;SRF=20;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00915261;STB=0.5352;STBP=0.495;TYPE=ins;VARB=0.0035909;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:60:136:63:132:69:19:44:17:52:99:73:16:44:20:53 chr1 17053861 . C T 560.96 PASS AF=0.54902;AO=47;DP=93;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0350122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.463;QD=21.9985;RBI=0.0447392;REFB=-0.0216773;REVB=0.0278522;RO=45;SAF=16;SAR=31;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291921;STB=0.534562;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0197508;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:102:45:46:47:56:0.54902:31:16:14:31:35:21:14:32 chr1 17083888 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00436551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.424;QD=30.7904;RBI=0.0155851;REFB=-0.0418383;REVB=-0.0149612;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00431573;OID=.;OPOS=17083888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:6:2:0:1:6:2:0:1 chr1 17084510 . G A 490.12 PASS AF=0.378205;AO=58;DP=155;FAO=59;FDP=156;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=0.0550377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6257;QD=12.5671;RBI=0.0640537;REFB=-0.00378122;REVB=0.0327677;RO=94;SAF=31;SAR=27;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608589;STB=0.53599;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00728972;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:94:97:58:59:0.378205:27:31:45:49:27:32:47:50 chr1 17084536 . TGGAACA T 140.2 PASS AF=0.298969;AO=28;DP=102;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00571186;FXX=0.0396;HRUN=2;LEN=6;MLLD=315.002;QD=5.78139;RBI=0.00804425;REFB=-0.0115667;REVB=-0.00566434;RO=70;SAF=12;SAR=16;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0.20438;SSSB=-0.0520991;STB=0.50538;STBP=0.945;TYPE=del;VARB=0.0256637;OID=.;OPOS=17084537;OREF=GGAACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298969:28:102:29:97:68:13:16:31:37:99:70:12:16:33:37 chr1 17084968 . G C 136.73 PASS AF=0.265823;AO=18;DP=77;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0146238;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.252;QD=6.9229;RBI=0.0150457;REFB=-0.0180465;REVB=0.00353826;RO=56;SAF=0;SAR=18;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.780167;STB=0.924012;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0447131;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:56:58:18:21:0.265823:18:0:29:27:20:1:29:29 chr1 17085006 . C T 201.47 PASS AF=0.211921;AO=29;DP=151;FAO=32;FDP=151;FR=.;FRO=119;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=78;FWDB=-0.00541069;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.773;QD=5.33705;RBI=0.00589596;REFB=-0.00767191;REVB=-0.00234238;RO=101;SAF=18;SAR=11;SRF=36;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324317;STB=0.68901;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0390773;OID=.;OPOS=17085006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:101:119:29:32:0.211921:11:18:36:65:13:19:41:78 chr1 17085412 . C T 114.4 PASS AF=0.123348;AO=28;DP=228;FAO=28;FDP=227;FR=.;FRO=199;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=63;FSRR=136;FWDB=0.00770046;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.203;QD=2.01587;RBI=0.00774274;REFB=-0.00799222;REVB=0.000808116;RO=197;SAF=5;SAR=23;SRF=63;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229297;STB=0.662861;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0522214;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:197:199:28:28:0.123348:23:5:63:134:23:5:63:136 chr1 17085427 . T C 119.81 PASS AF=0.125;AO=29;DP=232;FAO=29;FDP=232;FR=.;FRO=203;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=65;FSRR=138;FWDB=0.00129382;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.613;QD=2.06574;RBI=0.00336351;REFB=-0.00648692;REVB=0.00310471;RO=201;SAF=6;SAR=23;SRF=65;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183823;STB=0.628221;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.04205;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:201:203:29:29:0.125:23:6:65:136:23:6:65:138 chr1 17085502 . T C 1422.17 PASS AF=0.969072;AO=90;DP=95;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.035598;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.555;QD=58.6462;RBI=0.0357149;REFB=-0.064333;REVB=-0.00288722;RO=3;SAF=37;SAR=53;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00491183;STB=0.503235;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00155313;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:97:3:3:90:94:0.969072:53:37:1:2:53:41:1:2 chr1 17085834 . G C,T 577.4 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=2,37;DP=39;FAO=2,37;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435543,0.0279464;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=85.2523,165.065;QD=59.2203;RBI=0.0166947,0.0396912;REFB=0,0;REVB=-0.0161166,0.0281849;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.68991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.158577,-0.000977796;OID=.,.;OPOS=17085834,17085834;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:0:0:2,37:2,37:0.0512821,0.948718:0,18:2,19:0:0:0,18:2,19:0:0 chr1 17087244 . AC A,ACC 114.52 PASS AF=0.40625,0.015625;AO=23,9;DP=65;FAO=26,1;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=6,0;FSAR=20,1;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.0368237,-0.0417891;FXX=0.0153822;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=14.7381,9.40603;QD=7.15759;RBI=0.205404,0.21223;REFB=0.0837015,-0.0887707;REVB=0.202076,-0.208075;RO=28;SAF=6,0;SAR=17,9;SRF=7;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0.366667,0;SSSB=0.0137425,-0.692051;STB=0.535688,0.984149;STBP=0.69,0.523;TYPE=del,ins;VARB=-0.0590398,-0.125388;OID=.,.;OPOS=17087245,17087245;OREF=C,-;OALT=-,C;OMAPALT=A,ACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625,0.015625:23,9:65:26,1:64:37:6,0:20,1:7:30:99:28:6,0:17,9:7:21 chr1 17087262 . C T 74.05 PASS AF=0.155556;AO=14;DP=90;FAO=14;FDP=90;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=55;FWDB=0.0630632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1985;QD=3.29104;RBI=0.0934207;REFB=0.0115891;REVB=0.0689237;RO=76;SAF=3;SAR=11;SRF=21;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104016;STB=0.57132;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0532747;OID=.;OPOS=17087262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:90:90:76:76:14:14:0.155556:11:3:21:55:11:3:21:55 chr1 17087365 . C G 577.89 PASS AF=0.614583;AO=47;DP=84;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0038675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3474;QD=24.0789;RBI=0.0334819;REFB=-0.0287914;REVB=0.0332577;RO=35;SAF=25;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803457;STB=0.507327;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0256061;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:96:35:37:47:59:0.614583:22:25:15:20:33:26:17:20 chr1 17087465 . G A 61.26 PASS AF=0.12069;AO=14;DP=116;FAO=14;FDP=116;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=-0.0242042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.503;QD=2.11242;RBI=0.0246978;REFB=-0.00546055;REVB=0.00491313;RO=101;SAF=8;SAR=6;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160161;STB=0.51513;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0371151;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:116:116:101:102:14:14:0.12069:6:8:59:42:6:8:60:42 chr1 17087521 . G A 63.35 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=96;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.0523851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.9969;QD=2.58584;RBI=0.0610201;REFB=-0.00400355;REVB=-0.0312931;RO=83;SAF=6;SAR=7;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15902;STB=0.608534;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.032789;OID=.;OPOS=17087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:96:98:83:85:13:13:0.132653:7:6:49:34:7:6:50:35 chr1 17087582 . G A 51.3 PASS AF=0.125;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.000943708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.695;QD=2.33163;RBI=0.00775754;REFB=-0.00272254;REVB=0.00769992;RO=76;SAF=3;SAR=8;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148268;STB=0.615163;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.017688;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:88:76:77:11:11:0.125:8:3:29:47:8:3:30:47 chr1 17186685 . T C 68.51 PASS AF=0.121212;AO=16;DP=132;FAO=16;FDP=132;FR=.;FRO=116;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=0.0208092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7273;QD=2.07598;RBI=0.0423897;REFB=0.000234639;REVB=0.0369305;RO=115;SAF=9;SAR=7;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825288;STB=0.562422;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.000209398;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:132:132:115:116:16:16:0.121212:7:9:57:58:7:9:57:59 chr1 17186719 . T G 254.13 PASS AF=0.233918;AO=40;DP=170;FAO=40;FDP=171;FR=.;FRO=131;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=64;FSRR=67;FWDB=0.00387298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3988;QD=5.94455;RBI=0.0535185;REFB=0.000590971;REVB=0.0533782;RO=130;SAF=18;SAR=22;SRF=63;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438093;STB=0.529639;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.000923809;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:130:131:40:40:0.233918:22:18:63:67:22:18:64:67 chr1 17186742 . C T 297.2 PASS AF=0.27044;AO=44;DP=159;FAO=43;FDP=159;FR=.;FRO=116;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=-0.0149957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.68;QD=7.47661;RBI=0.015048;REFB=-0.00230214;REVB=0.00125371;RO=113;SAF=16;SAR=28;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132484;STB=0.570275;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00552387;OID=.;OPOS=17186742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:113:116:44:43:0.27044:28:16:53:60:27:16:54:62 chr1 17197563 . G T 144.59 PASS AF=0.219048;AO=23;DP=105;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=68;FSRR=14;FWDB=-0.0243901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7168;QD=5.50819;RBI=0.0423951;REFB=-0.0115494;REVB=-0.0346766;RO=80;SAF=11;SAR=12;SRF=66;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448169;STB=0.768063;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0419698;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:80:82:23:23:0.219048:12:11:66:14:12:11:68:14 chr1 17197571 . G A 67.74 PASS AF=0.128205;AO=15;DP=117;FAO=15;FDP=117;FR=.;FRO=102;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=76;FSRR=26;FWDB=-0.0280224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.933;QD=2.31595;RBI=0.0297889;REFB=-0.0037267;REVB=-0.0101056;RO=101;SAF=9;SAR=6;SRF=75;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201103;STB=0.638936;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0392016;OID=.;OPOS=17197571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:117:117:101:102:15:15:0.128205:6:9:75:26:6:9:76:26 chr1 17197595 . A C 159.87 PASS AF=0.2;AO=27;DP=135;FAO=27;FDP=135;FR=.;FRO=108;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=79;FSRR=29;FWDB=-0.00918103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.801;QD=4.73673;RBI=0.0537075;REFB=-0.00359248;REVB=-0.052917;RO=108;SAF=20;SAR=7;SRF=79;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151681;STB=0.509547;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0266623;OID=.;OPOS=17197595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:108:108:27:27:0.2:7:20:79:29:7:20:79:29 chr1 17197609 . T C 178.52 PASS AF=0.211679;AO=26;DP=137;FAO=29;FDP=137;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=78;FSRR=30;FWDB=-0.0011611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.686;QD=5.21214;RBI=0.0239331;REFB=-0.00264487;REVB=0.0239049;RO=107;SAF=19;SAR=7;SRF=77;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178012;STB=0.537622;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00988372;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:107:108:26:29:0.211679:7:19:77:30:7:22:78:30 chr1 17197615 . C A 187.99 PASS AF=0.215827;AO=30;DP=140;FAO=30;FDP=139;FR=.;FRO=109;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=78;FSRR=31;FWDB=0.0114456;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.957;QD=5.40987;RBI=0.01784;REFB=-0.00876867;REVB=0.0136844;RO=109;SAF=23;SAR=7;SRF=77;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098632;STB=0.552778;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0119862;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:109:109:30:30:0.215827:7:23:77:32:7:23:78:31 chr1 17197619 . A G 207.44 PASS AF=0.22695;AO=31;DP=140;FAO=32;FDP=141;FR=.;FRO=109;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=77;FSRR=32;FWDB=0.00108056;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.279;QD=5.88482;RBI=0.00688077;REFB=-0.00977384;REVB=0.00679539;RO=108;SAF=24;SAR=7;SRF=76;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115895;STB=0.577213;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0235294;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:108:109:31:32:0.22695:7:24:76:32:7:25:77:32 chr1 17199074 . T C 246.45 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0064526;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.265;QD=17.9238;RBI=0.00779834;REFB=-0.0195566;REVB=-0.00437928;RO=28;SAF=18;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592885;STB=0.533308;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0451923;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:28:27:27:0.490909:9:18:17:11:9:18:17:11 chr1 17199076 . T A 237.52 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00240435;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.139;QD=17.5937;RBI=0.00915053;REFB=-0.0164407;REVB=-0.00882901;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307934;STB=0.51514;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0192012;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:23:28:25:26:0.481481:10:15:13:10:10:16:18:10 chr1 17200206 . C CT 31.79 PASS AF=0.133803;AO=15;DP=144;FAO=19;FDP=142;FR=.;FRO=123;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=67;FSRR=56;FWDB=-0.0160198;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.8526;QD=0.895427;RBI=0.0482808;REFB=0.000888873;REVB=0.0455456;RO=127;SAF=6;SAR=9;SRF=69;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171529;STB=0.65087;STBP=0.183;TYPE=ins;VARB=-0.0262992;OID=.;OPOS=17200207;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133803:15:144:19:142:123:7:12:67:56:31:127:6:9:69:58 chr1 17200227 . C A 252.44 PASS AF=0.1875;AO=45;DP=241;FAO=45;FDP=240;FR=.;FRO=195;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=94;FSRR=101;FWDB=-0.00807747;FXX=0.00414921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3366;QD=4.20741;RBI=0.0128424;REFB=0.00429774;REVB=-0.00998407;RO=193;SAF=14;SAR=31;SRF=94;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233599;STB=0.644276;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0305017;OID=.;OPOS=17200227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:193:195:45:45:0.1875:31:14:94:99:31:14:94:101 chr1 17200270 . T G 2067.94 PASS AF=0.497596;AO=206;DP=417;FAO=207;FDP=416;FR=.;FRO=209;FSAF=95;FSAR=112;FSRF=107;FSRR=102;FWDB=0.0192863;FXX=0.00715973;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9041;QD=19.8841;RBI=0.0468284;REFB=-0.0375053;REVB=0.0426724;RO=209;SAF=95;SAR=111;SRF=107;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467917;STB=0.5267;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0450812;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:416:209:209:206:207:0.497596:111:95:107:102:112:95:107:102 chr1 17200288 . T A 298.84 PASS AF=0.145374;AO=62;DP=452;FAO=66;FDP=454;FR=.;FRO=388;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=185;FSRR=203;FWDB=-0.000824319;FXX=0.00438587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.88;QD=2.63293;RBI=0.00416617;REFB=-0.0125329;REVB=0.00408381;RO=346;SAF=35;SAR=27;SRF=178;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650143;STB=0.584317;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0323468;OID=.;OPOS=17200288;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:452:454:346:388:62:66:0.145374:27:35:178:168:28:38:185:203 chr1 17200289 . C T 2368.82 PASS AF=0.526316;AO=209;DP=415;FAO=240;FDP=456;FR=.;FRO=216;FSAF=118;FSAR=122;FSRF=107;FSRR=109;FWDB=-0.0367582;FXX=0.00436672;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5068;QD=20.7791;RBI=0.0763877;REFB=-0.0343312;REVB=0.066962;RO=206;SAF=120;SAR=89;SRF=96;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986815;STB=0.501755;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0997952;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:456:206:216:209:240:0.526316:89:120:96:110:122:118:107:109 chr1 17216233 . C A 252.16 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0238473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.953;QD=10.3982;RBI=0.0270899;REFB=-0.0110246;REVB=-0.0128518;RO=66;SAF=9;SAR=22;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980824;STB=0.557565;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.023864;OID=.;OPOS=17216233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:66:31:31:0.319588:22:9:24:42:22:9:24:42 chr1 17248532 . A G 100.6 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.566;QD=40.2405;RBI=0.0494319;REFB=0;REVB=0.0282207;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337818;OID=.;OPOS=17248532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:4:6:0:0 chr1 17250836 . A G 35.53 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0222275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.178;QD=5.68475;RBI=0.0408346;REFB=-0.033808;REVB=-0.034255;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913776;STB=0.559803;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0762087;OID=.;OPOS=17250836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:11:8:3:3:11:8 chr1 17263290 . G A 385.13 PASS AF=0.345588;AO=47;DP=134;FAO=47;FDP=136;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.0103559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.378;QD=11.3274;RBI=0.0115494;REFB=-0.0144696;REVB=-0.00511331;RO=87;SAF=16;SAR=31;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115906;STB=0.56059;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.032688;OID=.;OPOS=17263290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:87:89:47:47:0.345588:31:16:38:49:31:16:38:51 chr1 17264920 . C T 179.06 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.049039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.233;QD=10.852;RBI=0.0519355;REFB=-0.0260526;REVB=0.0171018;RO=43;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161469;STB=0.594082;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0210511;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:9:14:20:23:9:14:20:23 chr1 17264939 . T C 190.62 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.000164608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.852;QD=11.5525;RBI=0.0477539;REFB=-0.0158112;REVB=-0.0477536;RO=41;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203532;STB=0.610594;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0184939;OID=.;OPOS=17264939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:9:15:18:23:9:15:19:23 chr1 17265560 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00109077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.762;QD=8.8111;RBI=0.0332831;REFB=0.00559866;REVB=0.0332652;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194949;STB=0.6187;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0146835;OID=.;OPOS=17265560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:9:2:2:4:9:2 chr1 17270751 . G A 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0468459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7119;QD=5.44231;RBI=0.0803664;REFB=-0.0122407;REVB=0.0653009;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251436;STB=0.666112;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0677988;OID=.;OPOS=17270751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:11:9:4:2:11:9 chr1 17273396 . A G 116.68 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0102009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.094;QD=11.6679;RBI=0.0144808;REFB=-0.0256166;REVB=0.0102779;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161655;STB=0.595609;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0334212;OID=.;OPOS=17273396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:11:15:6:8:11:15 chr1 17273444 . G A 54.84 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00875659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.963;QD=9.13966;RBI=0.0106476;REFB=-0.0250876;REVB=-0.00605758;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703661;STB=0.543368;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0548116;OID=.;OPOS=17273444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:9:7:3:5:9:7 chr1 17275365 . G A 221.82 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0604491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.1692;QD=18.4853;RBI=0.0662577;REFB=-0.0282145;REVB=0.0271291;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205612;STB=0.616751;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0333448;OID=.;OPOS=17275365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:14:8:15:11:14:8:15:11 chr1 17295679 . T C,G 525.57 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=33,3;DP=36;FAO=33,3;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=22,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000624886,-0.0734439;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.437,51.3766;QD=58.3963;RBI=0.00928156,0.0734652;REFB=0,0;REVB=0.0092605,-0.00177149;RO=0;SAF=11,0;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00179767,0.102378;OID=.,.;OPOS=17295679,17295679;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:36:36:0:0:33,3:33,3:0.916667,0.0833333:22,3:11,0:0:0:22,3:11,0:0:0 chr1 17312743 . C T 88.18 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0731275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4926;QD=14.1089;RBI=0.0750552;REFB=-0.0240051;REVB=-0.0169013;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419712;STB=0.733058;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0480436;OID=.;OPOS=17312743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:0:14:8:3:0:14 chr1 17313343 . G A 257.08 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0061446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3522;QD=23.9148;RBI=0.0263749;REFB=0.00318542;REVB=0.0256491;RO=19;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116908;STB=0.565354;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0016123;OID=.;OPOS=17313343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:17:7:8:11:17:7:8:11 chr1 17313454 . G A 97.9 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0110041;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.143;QD=13.5034;RBI=0.0199202;REFB=0.0045424;REVB=0.0166049;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264459;STB=0.651955;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0055454;OID=.;OPOS=17313454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:3:14:7:5:3:14 chr1 17314702 . C T 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.010265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.37;QD=21.3769;RBI=0.0327162;REFB=-0.00497587;REVB=0.0310641;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680693;STB=0.538112;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00589413;OID=.;OPOS=17314702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:15:7:9:14:15:7 chr1 17314942 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00480692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3164;QD=21.9704;RBI=0.0177498;REFB=0.006983;REVB=-0.0170865;RO=17;SAF=3;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404328;STB=0.730914;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00436495;OID=.;OPOS=17314942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:17:3:9:8:17:3:9:8 chr1 17318282 . G A 216.3 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0221939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6096;QD=22.1846;RBI=0.0351509;REFB=0.00975078;REVB=-0.0272583;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110708;STB=0.561985;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00671601;OID=.;OPOS=17318282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:11:10:11:7:11:10:11:7 chr1 17319011 . G A 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0180559;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.47;QD=27.859;RBI=0.0186311;REFB=-0.00336286;REVB=-0.00459345;RO=8;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230969;STB=0.628418;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00168137;OID=.;OPOS=17319011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:11:6:6:2:11:6:6:2 chr1 17380497 . G T 1833.72 PASS AF=0.954198;AO=123;DP=132;FAO=125;FDP=131;FR=.;FRO=6;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0827773;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.186;QD=55.9914;RBI=0.0872516;REFB=-0.02872;REVB=0.0275821;RO=6;SAF=61;SAR=62;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290631;STB=0.515445;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00123233;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:132:131:6:6:123:125:0.954198:62:61:1:5:62:63:1:5 chr1 17394613 . T C 790.09 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276305;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.114;QD=64.4972;RBI=0.0106507;REFB=0;REVB=0.0102861;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89794e-06;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr1 17394623 . C T 725.98 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9479;QD=63.1291;RBI=0.0564491;REFB=0;REVB=-0.00820667;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308172;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr1 17395480 . G A 183.92 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0322827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4193;QD=17.9435;RBI=0.0323281;REFB=-0.0227541;REVB=-0.00171131;RO=21;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674485;STB=0.529039;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0244928;OID=.;OPOS=17395480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:6:13:13:8:6:13:14:8 chr1 17395521 . G A 225.14 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00120916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.953;QD=15.2636;RBI=0.056294;REFB=-0.0277852;REVB=0.056281;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00891358;STB=0.516766;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0327246;OID=.;OPOS=17395521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:33:26:26:0.440678:11:15:17:12:11:15:20:13 chr1 17396703 . T C 210.21 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0226515;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.115;QD=18.2794;RBI=0.023226;REFB=-0.0170665;REVB=0.00513347;RO=25;SAF=5;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335737;STB=0.692287;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0115237;OID=.;OPOS=17396703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:25:21:21:0.456522:16:5:14:11:16:5:14:11 chr1 17402255 . C T 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0586749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.695;QD=16.6181;RBI=0.0594114;REFB=-0.0136781;REVB=-0.00932591;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262089;STB=0.646943;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0274054;OID=.;OPOS=17402255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:12:11:6:22:12:11:6:22 chr1 17405809 . G A 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0183054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.088;QD=12.5787;RBI=0.0194593;REFB=-0.0120038;REVB=0.00660108;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183377;STB=0.607911;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0231882;OID=.;OPOS=17405809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:11:6:16:15:11:6:16:15 chr1 17413121 . A C 777.14 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.402;QD=63.4398;RBI=0.0346479;REFB=0;REVB=0.0262518;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655402;OID=.;OPOS=17413121;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:43:49:1:27:16:0:0:30:19:0:0 chr1 17419024 . G A 687.78 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0301;QD=62.5257;RBI=0.0483833;REFB=0;REVB=0.029963;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403446;OID=.;OPOS=17419024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:24:17:0:0:25:19:0:0 chr1 17557133 . A C 117.37 PASS AF=0.411765;AO=11;DP=30;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00450621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.279;QD=13.8077;RBI=0.0130642;REFB=-0.0147749;REVB=0.0122625;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359763;STB=0.517217;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0252077;OID=.;OPOS=17557133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:34:19:20:11:14:0.411765:6:5:8:11:8:6:8:12 chr1 17565146 . C T 306.41 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.00135276;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9168;QD=12.1351;RBI=0.0210713;REFB=-0.0311838;REVB=0.0210279;RO=62;SAF=15;SAR=22;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274891;STB=0.645964;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0468257;OID=.;OPOS=17565146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:62:64:37:37:0.366337:22:15:41:21:22:15:41:23 chr1 17597655 . C T 234.35 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00854119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.193;QD=13.0197;RBI=0.0237072;REFB=-0.0144467;REVB=-0.0221151;RO=44;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218986;STB=0.624913;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0246992;OID=.;OPOS=17597655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:12:16:16:28:12:16:16:28 chr1 17609448 . G T 269.54 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00584691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.6;QD=14.1862;RBI=0.00783149;REFB=-0.0151906;REVB=0.00521017;RO=45;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600301;STB=0.534038;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0174642;OID=.;OPOS=17609448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:19:12:15:30:19:12:15:30 chr1 17661128 . A C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0554537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.33;QD=9.19972;RBI=0.0586413;REFB=0.0173038;REVB=0.0190706;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351603;STB=0.711799;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00321279;OID=.;OPOS=17661128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:3:10:3:4:3:10 chr1 17662662 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0454786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5285;QD=16.6189;RBI=0.0732822;REFB=-0.0213825;REVB=-0.0574628;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232604;STB=0.631381;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0308436;OID=.;OPOS=17662662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:9:19:10:13:9:19 chr1 17707601 . T C 181.62 PASS AF=0.407407;AO=20;DP=52;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00426483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.908;QD=13.4533;RBI=0.0542229;REFB=-0.039601;REVB=0.0540549;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133273;STB=0.574008;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0736558;OID=.;OPOS=17707601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:32:32:20:22:0.407407:10:10:20:12:11:11:20:12 chr1 17718671 . AG A 716.59 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.6234;QD=45.4976;RBI=0.101216;REFB=0;REVB=0.0544391;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00359666;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:63:63:63:0:25:38:0:0:13:0:25:35:0:0 chr1 17733267 . ATGT A 128.41 PASS AF=0.22093;AO=16;DP=91;FAO=19;FDP=86;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.00204008;FXX=0.0652103;HRUN=1;LEN=3;MLLD=159.14;QD=5.97232;RBI=0.0375875;REFB=0.00816125;REVB=0.0375321;RO=55;SAF=12;SAR=4;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51162;STB=0.795173;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=-0.01733;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22093:16:91:19:86:67:14:5:22:45:99:55:12:4:17:38 chr1 17735466 . A G 152.95 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00144354;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.958;QD=13.9046;RBI=0.00880756;REFB=0.00108905;REVB=0.00868846;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194495;STB=0.625866;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00288275;OID=.;OPOS=17735466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:16:17:0.386364:10:6:15:12:11:6:15:12 chr1 17961345 . C T 401.48 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0246436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9027;QD=14.7331;RBI=0.0256396;REFB=-0.000334722;REVB=-0.0070771;RO=61;SAF=20;SAR=26;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107906;STB=0.551619;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.000704889;OID=.;OPOS=17961345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:61:63:46:46:0.422018:26:20:33:28:26:20:33:30 chr1 17991052 . T C 190.83 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.123;QD=47.7069;RBI=0.0231718;REFB=0;REVB=-0.00855006;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97857e-05;OID=.;OPOS=17991052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:5:10:0:0:5:11:0:0 chr1 18023365 . C T 579.81 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.457;QD=59.4676;RBI=0.0471654;REFB=0;REVB=0.0452592;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480113;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:7:29:0:0:10:29:0:0 chr1 18023509 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.246;QD=62.0204;RBI=0.0408688;REFB=0;REVB=-8.17567e-05;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208579;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:25:17:0:0 chr1 18023690 . AT GC,GT 674.12 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,42;DP=44;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221759,0.0159642;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=123.808,143.876;QD=61.2835;RBI=0.0265998,0.0197589;REFB=0,0;REVB=-0.0146894,-0.0116429;RO=0;SAF=2,17;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,2.98888e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00996803,2.93842e-05;OID=.,.;OPOS=18023690,18023690;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:2,42:2,42:0.0454545,0.954545:0,25:2,17:0:0:0,25:2,17:0:0 chr1 18807897 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.075;QD=33.4285;RBI=0.0177545;REFB=0;REVB=0.00835337;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111984;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 18808291 . GC G,GA 400.99 PASS AF=0.103448,0.896552;AO=3,26;DP=29;FAO=3,26;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409428,0.0299714;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.455,208.836;QD=55.309;RBI=0.0504187,0.0376142;REFB=0,0;REVB=0.0294234,0.0227275;RO=0;SAF=2,7;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.63811e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00689736,-0.000346774;OID=.,.;OPOS=18808292,18808292;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.103448,0.896552:3,26:29:3,26:29:0:2,7:1,19:0:0:13:0:2,7:1,19:0:0 chr1 18808465 . T A 1162.0 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.043;QD=60.3637;RBI=0.0268858;REFB=0;REVB=0.0247815;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70036e-05;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:36:40:0:0:36:41:0:0 chr1 18808526 . A C 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.01;QD=60.546;RBI=0.0322848;REFB=0;REVB=-0.0217644;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34313e-06;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr1 18808711 . G C 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.903;QD=55.6477;RBI=0.0050061;REFB=0;REVB=-0.00233799;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20536e-06;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr1 18809896 . A T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.317;QD=56.7063;RBI=0.0125109;REFB=0;REVB=-0.0124205;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27364e-05;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr1 18810344 . G T 374.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.192;QD=55.5086;RBI=0.087892;REFB=0;REVB=0.0618299;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869346;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr1 18810484 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749395;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.537;QD=60.228;RBI=0.0213956;REFB=0;REVB=0.0200403;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207827;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:33:37:1:18:15:0:0:23:14:0:0 chr1 18810486 . A C 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00400865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.047;QD=54.513;RBI=0.0049469;REFB=-0.0241056;REVB=0.00289872;RO=2;SAF=13;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666971;STB=0.535694;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=9.95403e-05;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:23:13:2:0:23:13:2:0 chr1 18811668 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.592;QD=33.4285;RBI=0.0294826;REFB=0;REVB=-0.0278029;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343071;OID=.;OPOS=18811668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 19018405 . G A 260.9 PASS AF=0.441176;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0242123;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9011;QD=15.347;RBI=0.0374812;REFB=-0.00315538;REVB=0.0286112;RO=40;SAF=8;SAR=21;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899455;STB=0.533957;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00748408;OID=.;OPOS=19018405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:38:29:30:0.441176:21:8:14:26:22:8:12:26 chr1 19018432 . A C 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0179756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.598;QD=17.4544;RBI=0.0227371;REFB=-0.00723814;REVB=-0.0139232;RO=29;SAF=6;SAR=21;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108749;STB=0.561449;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00764728;OID=.;OPOS=19018432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:21:6:9:20:21:6:9:20 chr1 19027239 . A G 214.58 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0463396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5337;QD=22.0081;RBI=0.0587708;REFB=-0.0139126;REVB=-0.0361475;RO=15;SAF=1;SAR=20;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253932;STB=0.695407;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0236697;OID=.;OPOS=19027239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:18:21:21:0.538462:20:1:2:13:20:1:3:15 chr1 19186129 . G C 940.85 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0449623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.691;QD=57.0211;RBI=0.049432;REFB=-0.0307426;REVB=0.0205406;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141005;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00041304;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:32:33:1:0:32:33:1:0 chr1 19401405 . G A 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0105646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.77;QD=53.9319;RBI=0.0135449;REFB=0.0488761;REVB=0.00847674;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000419572;OID=.;OPOS=19401405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:1:0:13:17:1:0 chr1 19411129 . A G 817.43 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2869;QD=57.3637;RBI=0.0412624;REFB=0;REVB=-0.0364115;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000653378;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:33:24:0:0 chr1 19413261 . T A 1142.45 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.55;QD=60.1288;RBI=0.0362987;REFB=0;REVB=0.0338864;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021988;OID=.;OPOS=19413261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:49:26:0:0:49:27:0:0 chr1 19415304 . C T 902.23 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.226;QD=58.2086;RBI=0.0286861;REFB=0;REVB=0.0215143;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174884;OID=.;OPOS=19415304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:42:19:0:0:43:19:0:0 chr1 19433449 . A G 888.97 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.058708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9798;QD=56.4425;RBI=0.0591647;REFB=-0.0116635;REVB=0.00733682;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140874;STB=0.50704;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=3.95506e-05;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:60:62:0.984127:33:27:0:1:35:27:0:1 chr1 19447843 . C G 650.85 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8566;QD=61.9854;RBI=0.0221459;REFB=0;REVB=-0.00331697;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376846;OID=.;OPOS=19447843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr1 19510394 . A G 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.827;QD=54.6513;RBI=0.0234571;REFB=-0.0798208;REVB=-0.0150381;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018468;STB=0.5098;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.000325338;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:0:1:25:27:0:1 chr1 19565344 . C G 588.66 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5909;QD=60.3755;RBI=0.0779324;REFB=0;REVB=0.0506943;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197353;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:35:39:1:20:15:0:0:24:15:0:0 chr1 19595137 . C T 582.33 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00946637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8125;QD=58.2325;RBI=0.010296;REFB=-0.0593012;REVB=-0.00404912;RO=1;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176923;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00147101;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:26:13:0:1:26:13:0:1 chr1 19596124 . C T 1426.81 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972382;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8529;QD=62.0352;RBI=0.0101477;REFB=0;REVB=-0.00290225;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274355;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:92:0:0:90:92:1:45:45:0:0:47:45:0:0 chr1 19596156 . G T 1016.98 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0691569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2889;QD=56.499;RBI=0.0751729;REFB=-0.205452;REVB=0.0294667;RO=2;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352954;STB=0.501607;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0176454;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:72:2:2:69:70:0.972222:39:30:1:1:39:31:1:1 chr1 19609254 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00335749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.935;QD=56.9567;RBI=0.0444855;REFB=0;REVB=0.0443587;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86531e-05;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:21:30:0:0:21:31:0:0 chr1 19611241 . T C 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5041;QD=62.3468;RBI=0.0651375;REFB=0;REVB=-0.0472768;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48274e-05;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr1 19612477 . C T 657.79 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0966106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2686;QD=59.7992;RBI=0.0982774;REFB=-0.104754;REVB=0.0180229;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208513;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00483278;OID=.;OPOS=19612477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:44:1:0:41:44:1:22:19:0:1:23:21:0:0 chr1 19726807 . C G 205.58 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0136302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.639;QD=17.496;RBI=0.0169772;REFB=0.0015462;REVB=-0.0101215;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105214;STB=0.547126;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00200546;OID=.;OPOS=19726807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:9:11:17:9:9:12:17:9 chr1 19726907 . A T 94.69 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0255633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.01;QD=10.8218;RBI=0.0258387;REFB=0.00625636;REVB=-0.00376248;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887244;STB=0.571306;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0257479;OID=.;OPOS=19726907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:4:8:13:9:4:8:13:10 chr1 19750909 . G T 223.14 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0179321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.108;QD=16.529;RBI=0.0183874;REFB=-0.0228873;REVB=0.0040666;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276792;STB=0.507686;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0204509;OID=.;OPOS=19750909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:29:25:25:0.462963:15:10:12:16:15:10:12:17 chr1 19810808 . T A 249.09 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0185182;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5565;QD=18.4511;RBI=0.0191366;REFB=-0.0103397;REVB=-0.00482535;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133047;STB=0.57453;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0155949;OID=.;OPOS=19810808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:11:16:12:15:11:16:12:15 chr1 19953118 . G T 708.49 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7454;QD=62.9771;RBI=0.0511393;REFB=0;REVB=-0.0258336;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00086831;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr1 19992513 . C T 311.6 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0069435;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.958;QD=13.5476;RBI=0.0103444;REFB=-0.0280515;REVB=-0.00766769;RO=54;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164176;STB=0.583964;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0358879;OID=.;OPOS=19992513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:57:35:35:0.380435:18:17:18:36:18:17:20:37 chr1 20009737 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0159459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.022;QD=15.1721;RBI=0.0324024;REFB=-0.0157462;REVB=0.0282071;RO=23;SAF=2;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443131;STB=0.7765;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0310354;OID=.;OPOS=20009737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:15:2:10:13:15:2:11:13 chr1 20020993 . AC GC,GT 766.54 PASS AF=0.5,0.5;AO=25,25;DP=50;FAO=25,25;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14,12;FSAR=11,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513238,0.0200046;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=105.366,123.582;QD=61.3229;RBI=0.017083,0.0200848;REFB=0,0;REVB=-0.0162938,0.00179396;RO=0;SAF=14,12;SAR=11,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.99383e-08,-3.94263e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00766264,0.000106809;OID=.,.;OPOS=20020993,20020993;OREF=A,AC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:50:50:0:0:25,25:25,25:0.5,0.5:11,13:14,12:0:0:11,13:14,12:0:0 chr1 20097941 . G T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0365533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.579;QD=25.4671;RBI=0.0394863;REFB=-0.024079;REVB=0.0149339;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204298;STB=0.615147;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00420397;OID=.;OPOS=20097941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:0:3:5:4:0:3 chr1 20141528 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00223158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.478;QD=14.2616;RBI=0.0239791;REFB=-0.0022421;REVB=-0.023875;RO=24;SAF=12;SAR=4;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.83577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00469016;OID=.;OPOS=20141528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:4:12:18:6:4:12:18:6 chr1 20224092 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.032937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.374;QD=8.69141;RBI=0.0499629;REFB=-0.0283215;REVB=-0.0375691;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377676;STB=0.734096;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0512514;OID=.;OPOS=20224092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:10:7:6:2:10:7 chr1 20297566 . G A 415.74 PASS AF=0.65;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00861982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.152;QD=27.716;RBI=0.0201558;REFB=-0.0267554;REVB=0.0182196;RO=20;SAF=22;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403217;STB=0.514278;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0127544;OID=.;OPOS=20297566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:20:21:39:39:0.65:17:22:10:10:17:22:11:10 chr1 20297723 . C T 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0282623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.15;QD=21.5104;RBI=0.0329461;REFB=-0.00300551;REVB=0.0169318;RO=19;SAF=3;SAR=18;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383914;STB=0.719753;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0026924;OID=.;OPOS=20297723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:18:3:9:10:18:3:9:10 chr1 20442054 . T C 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.313;QD=58.961;RBI=0.0858191;REFB=0;REVB=0.0852535;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207001;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr1 20471184 . T C 240.46 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0231266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.799;QD=21.3743;RBI=0.0231439;REFB=-0.00281053;REVB=-0.000894825;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525437;STB=0.538112;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00199732;OID=.;OPOS=20471184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:14:9:7:14:14:9:7:15 chr1 20490518 . T C 372.93 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.000293337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.823;QD=20.4346;RBI=0.00801962;REFB=-0.0127398;REVB=-0.00801425;RO=32;SAF=15;SAR=23;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16559;STB=0.598646;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0152368;OID=.;OPOS=20490518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:35:38:38:0.520548:23:15:19:13:23:15:21:14 chr1 20639362 . C T 193.62 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0498285;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3149;QD=22.7783;RBI=0.0498458;REFB=-0.0244083;REVB=0.00131298;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583233;STB=0.532676;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0159223;OID=.;OPOS=20639362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:6:9:10:9:6:9 chr1 20656843 . G A 505.29 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0293012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.442;QD=22.7099;RBI=0.029309;REFB=-0.0160064;REVB=-0.000676858;RO=41;SAF=19;SAR=29;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139702;STB=0.576945;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0163277;OID=.;OPOS=20656843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:29:19:23:18:29:19:23:18 chr1 20827665 . C A 113.7 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00752951;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.0912;QD=16.2432;RBI=0.032135;REFB=-0.00672645;REVB=0.0312405;RO=13;SAF=1;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52848;STB=0.82694;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0245477;OID=.;OPOS=20827665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:15:13:13:0.464286:12:1:6:7:12:1:7:8 chr1 20880905 . A G 227.32 PASS AF=0.46;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00240238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.322;QD=18.1856;RBI=0.00462271;REFB=-0.0107319;REVB=0.00394943;RO=28;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277022;STB=0.623265;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0159027;OID=.;OPOS=20880905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:27:22:23:0.46:6:16:13:15:7:16:13:14 chr1 20881309 . T A 410.13 PASS AF=0.678571;AO=37;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0156422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.748;QD=29.2947;RBI=0.0597379;REFB=0.00819005;REVB=-0.0576536;RO=18;SAF=15;SAR=22;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221729;STB=0.622138;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00625423;OID=.;OPOS=20881309;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:18:37:38:0.678571:22:15:14:4:23:15:14:4 chr1 20972048 . G A 838.8 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154328;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3587;QD=56.8674;RBI=0.0337422;REFB=0;REVB=0.030006;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022428;OID=.;OPOS=20972048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:19:38:0:0:19:40:0:0 chr1 20972111 . G A 325.84 PASS AF=0.545455;AO=32;DP=68;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0032482;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5175;QD=19.748;RBI=0.00409632;REFB=-0.0270381;REVB=-0.0024958;RO=24;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489193;STB=0.530286;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0279715;OID=.;OPOS=20972111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:24:30:32:36:0.545455:18:14:12:12:18:18:17:13 chr1 20977000 . A C 203.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0189218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.069;QD=21.972;RBI=0.019076;REFB=-0.0244803;REVB=0.00242081;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26868;STB=0.664635;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0303652;OID=.;OPOS=20977000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:6:14:6:10:6:14:6:11 chr1 20987873 . G C 777.76 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.422;QD=63.4905;RBI=0.0555784;REFB=0;REVB=0.00663187;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233448;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:30:19:0:0 chr1 20992819 . G C 233.54 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0316667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3349;QD=24.5827;RBI=0.0709974;REFB=0.00899589;REVB=0.0635442;RO=15;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296306;STB=0.672754;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00386907;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:22:22:0.578947:12:10:13:2:12:10:14:2 chr1 21011346 . A G 160.07 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0166084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.525;QD=15.2452;RBI=0.0222055;REFB=-0.0313045;REVB=-0.0147394;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674181;STB=0.540938;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0478454;OID=.;OPOS=21011346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:24:17:18:0.428571:7:10:12:11:7:11:13:11 chr1 21012575 . G A 358.86 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0279516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.2423;QD=25.1831;RBI=0.0354423;REFB=-0.0307236;REVB=0.0217913;RO=22;SAF=18;SAR=17;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105847;STB=0.557967;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0176457;OID=.;OPOS=21012575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:17:18:8:14:17:18:8:14 chr1 21024901 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.415;QD=55.0982;RBI=0.0231699;REFB=0;REVB=0.0139705;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21051e-05;OID=.;OPOS=21024901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr1 21031046 . C T 529.27 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0532932;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5306;QD=20.1626;RBI=0.0544338;REFB=-0.0196823;REVB=-0.0110848;RO=51;SAF=28;SAR=26;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421834;STB=0.523264;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0189969;OID=.;OPOS=21031046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:51:51:54:54:0.514286:26:28:24:27:26:28:24:27 chr1 21042094 . G A 621.32 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.00770778;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.961;QD=19.7245;RBI=0.00842647;REFB=-0.0247392;REVB=0.00340523;RO=61;SAF=23;SAR=40;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011479;STB=0.508518;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0208287;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:61:63:63:63:0.5:40:23:23:38:40:23:24:39 chr1 21044161 . A G 74.86 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.721;QD=37.4321;RBI=0.165567;REFB=0;REVB=-0.00945398;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260019;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:5:3:0:0 chr1 21050958 . C T 1026.2 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.445;QD=59.4896;RBI=0.0741332;REFB=0;REVB=0.0695918;RO=0;SAF=49;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173107;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:19:49:0:0:19:50:0:0 chr1 21099996 . A AG 35.0 PASS AF=0.0970149;AO=20;DP=134;FAO=13;FDP=134;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=56;FSRR=65;FWDB=-0.00919546;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=64.9209;QD=1.04472;RBI=0.0820698;REFB=-0.00639406;REVB=-0.0815531;RO=112;SAF=16;SAR=4;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455744;STB=0.845622;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.139874;OID=.;OPOS=21099997;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0970149:20:134:13:134:121:11:2:56:65:34:112:16:4:49:63 chr1 21167404 . A G 823.23 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417804;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.772;QD=57.7706;RBI=0.0432902;REFB=0;REVB=0.0113333;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09265e-05;OID=.;OPOS=21167404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr1 21325360 . C A 71.45 PASS AF=0.37037;AO=7;DP=24;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00374809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.732;QD=10.5858;RBI=0.0141331;REFB=-0.0235254;REVB=-0.013627;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65795e-08;STB=0.531188;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.038539;OID=.;OPOS=21325360;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:24:27:14:17:7:10:0.37037:3:4:8:6:4:6:11:6 chr1 21808159 . G A 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0269;QD=49.5946;RBI=0.0340059;REFB=0;REVB=0.0220048;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156816;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr1 21808207 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.070159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.676;QD=33.4285;RBI=0.0701594;REFB=0;REVB=-0.000248826;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101903;OID=.;OPOS=21808207;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 21889635 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7908;QD=57.2356;RBI=0.0360593;REFB=0;REVB=-0.0331669;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151019;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:17:39:0:0:17:39:0:0 chr1 21894735 . T C 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0187716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.473;QD=18.7763;RBI=0.0286776;REFB=-0.00898493;REVB=0.0216801;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685819;STB=0.538432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0139582;OID=.;OPOS=21894735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:14:12:14:12:14:12 chr1 21900171 . A G 237.75 PASS AF=0.490196;AO=23;DP=49;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0132429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.621;QD=18.647;RBI=0.0218023;REFB=-0.0066767;REVB=0.0173196;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285464;STB=0.671268;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00775163;OID=.;OPOS=21900171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:26:23:25:0.490196:15:8:17:9:17:8:17:9 chr1 21904267 . A G 511.68 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0144254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4646;QD=21.1004;RBI=0.0144867;REFB=-0.022326;REVB=0.00133068;RO=46;SAF=35;SAR=14;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261676;STB=0.656184;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0148961;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:48:49:49:0.505155:14:35:20:26:14:35:20:28 chr1 21932625 . G A 595.15 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.316;QD=61.0415;RBI=0.0987706;REFB=0;REVB=0.0953367;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028402;OID=.;OPOS=21932625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:36:39:1:10:26:0:0:12:27:0:0 chr1 21935433 . G T 619.63 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.893;QD=59.0127;RBI=0.0197509;REFB=0.0384557;REVB=0.0163674;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.000301984;OID=.;OPOS=21935433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:0:1:18:23:0:1 chr1 21943820 . G A 749.76 PASS AF=0.934426;AO=56;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00235667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7518;QD=49.1644;RBI=0.156675;REFB=-0.186359;REVB=0.156657;RO=3;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463114;STB=0.531239;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0272316;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:61:61:3:4:56:57:0.934426:29:27:0:3:30:27:0:4 chr1 22141030 . C T 374.97 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0852825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.393;QD=49.9958;RBI=0.0944741;REFB=-0.154655;REVB=0.040648;RO=2;SAF=7;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115702;STB=0.562453;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00315479;OID=.;OPOS=22141030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:21:7:2:0:21:7:2:0 chr1 22149935 . T C 743.13 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.567;QD=63.2446;RBI=0.0298729;REFB=0;REVB=0.0216594;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81366e-05;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:18:26:0:0:20:27:0:0 chr1 22150120 . C T 415.73 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527347;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.027;QD=57.3415;RBI=0.109167;REFB=0;REVB=0.0955848;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110106;OID=.;OPOS=22150120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr1 22150160 . G T 517.88 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0307171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.779;QD=54.5132;RBI=0.0321378;REFB=-0.0840947;REVB=0.00944987;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228293;STB=0.523796;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00310358;OID=.;OPOS=22150160;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:16:20:1:0:16:20:2:0 chr1 22154845 . A G 801.21 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8826;QD=57.2291;RBI=0.0356958;REFB=0;REVB=-0.00500616;RO=0;SAF=41;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295232;OID=.;OPOS=22154845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:15:41:0:0:15:41:0:0 chr1 22159008 . C A 888.34 PASS AF=0.955882;AO=64;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0127892;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.7921;QD=52.2555;RBI=0.0364108;REFB=-0.0379233;REVB=0.0340908;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.504387;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0147132;OID=.;OPOS=22159008;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:0:3:64:65:0.955882:27:37:0:0:28:37:2:1 chr1 22161275 . G A 357.96 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.01;QD=55.0714;RBI=0.0726748;REFB=0;REVB=0.0676787;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618539;OID=.;OPOS=22161275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 22165901 . A G 519.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8314;QD=59.4121;RBI=0.0125726;REFB=0;REVB=0.0115509;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68484e-05;OID=.;OPOS=22165901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr1 22165987 . G A 597.94 PASS AF=1;AO=35;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1638;QD=59.794;RBI=0.156268;REFB=0;REVB=0.0806996;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00571022;OID=.;OPOS=22165987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:35:40:1:15:20:0:0:16:24:0:0 chr1 22168534 . TG GT,T 46.71 PASS AF=0,0.326531;AO=2,19;DP=48;FAO=0,16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=0,3;FSAR=0,13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0295135,0.00326195;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=31.2231,7.1346;QD=3.81306;RBI=0.0738904,0.023372;REFB=-0.0434188,-0.103267;REVB=-0.0677403,-0.0231433;RO=24;SAF=1,6;SAR=1,13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0.5625;SSSB=0.0390199,-0.149948;STB=0.5,0.748939;STBP=1,0.033;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.190323;OID=.,.;OPOS=22168534,22168535;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:48:49:24:33:2,19:0,16:0,0.326531:1,13:1,6:11:13:0,13:0,3:17:16 chr1 22174426 . T G 708.41 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.78;QD=62.9695;RBI=0.0337641;REFB=0;REVB=0.03356;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1884e-05;OID=.;OPOS=22174426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr1 22199245 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.919;QD=55.0965;RBI=0.0427156;REFB=0;REVB=0.0392088;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159728;OID=.;OPOS=22199245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr1 22206649 . T C 558.03 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6226;QD=60.3279;RBI=0.0490566;REFB=0;REVB=0.0393106;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840794;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:15:19:0:0:16:21:0:0 chr1 22206942 . G A 732.27 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501407;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.307;QD=55.2659;RBI=0.068793;REFB=-0.0673386;REVB=0.0470998;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493628;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:28:25:0:0 chr1 22207235 . T C,G 564.12 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=36,2;DP=38;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392356,-0.0297984;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.949,107.577;QD=59.3808;RBI=0.0454674,0.0298391;REFB=0,0;REVB=0.022975,0.00155825;RO=0;SAF=19,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00336422,0.121741;OID=.,.;OPOS=22207235,22207235;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:0:0:36,2:36,2:0.947368,0.0526316:17,0:19,2:0:0:17,0:19,2:0:0 chr1 22216574 . C A 563.82 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.033282;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.255;QD=57.8279;RBI=0.041497;REFB=-0.0288336;REVB=0.0247854;RO=1;SAF=4;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103551;STB=0.555524;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000408845;OID=.;OPOS=22216574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:34:4:1:0:34:4:1:0 chr1 22216604 . C G 392.43 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0934071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.507;QD=50.6356;RBI=0.105839;REFB=-0.165935;REVB=0.0497694;RO=0;SAF=3;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518506;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00382273;OID=.;OPOS=22216604;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:0:2:29:29:0.935484:26:3:0:0:26:3:0:2 chr1 22217108 . G A 831.68 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0283119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7147;QD=51.9798;RBI=0.0533175;REFB=0.024155;REVB=0.0451795;RO=3;SAF=13;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575479;STB=0.535702;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00403901;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:64:64:3:2:61:62:0.96875:48:13:2:1:49:13:2:0 chr1 22307340 . C T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3928;QD=35.5707;RBI=0.0377356;REFB=0;REVB=0.015862;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149087;OID=.;OPOS=22307340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr1 22307358 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7415;QD=39.2065;RBI=0.0206499;REFB=0;REVB=0.020554;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761127;OID=.;OPOS=22307358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr1 22307538 . C T 833.98 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0262623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.988;QD=52.9508;RBI=0.0264615;REFB=-0.170369;REVB=0.00324051;RO=2;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307191;STB=0.510397;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0013834;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:63:63:2:3:60:60:0.952381:33:27:1:1:33:27:2:1 chr1 22310262 . G C 807.19 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.044746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1643;QD=53.8129;RBI=0.0455542;REFB=0.0310091;REVB=-0.00854262;RO=2;SAF=20;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107504;STB=0.505701;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00835298;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:38:20:1:1:38:20:1:1 chr1 22310725 . G C 798.63 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2796;QD=57.0449;RBI=0.0897488;REFB=0;REVB=0.0760142;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150364;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:52:56:1:29:23:0:0:31:25:0:0 chr1 22310824 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.911;QD=58.4193;RBI=0.0289654;REFB=0;REVB=0.025895;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02142e-05;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr1 22313161 . T C 272.49 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.835;QD=51.9021;RBI=0.0501134;REFB=0;REVB=0.00348925;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728637;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr1 22315738 . C T 115.67 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0373915;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=184.728;QD=30.8446;RBI=0.0500195;REFB=-0.174819;REVB=0.0332238;RO=2;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812822;STB=0.599822;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0056964;OID=.;OPOS=22315738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:15:15:2:3:12:12:0.8:9:3:1:1:9:3:2:1 chr1 22329062 . CC GT 125.67 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0111151;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=190.512;QD=13.9629;RBI=0.023466;REFB=-0.00716172;REVB=0.0206666;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256116;STB=0.720725;STBP=0.056;TYPE=mnp;VARB=0.00821031;OID=.;OPOS=22329062;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:21:12:13:0.361111:4:8:5:8:5:8:5:16 chr1 22329535 . G A 258.95 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0100327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4285;QD=16.9805;RBI=0.0132001;REFB=-0.0173202;REVB=-0.00857824;RO=32;SAF=23;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400446;STB=0.726759;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.01115;OID=.;OPOS=22329535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:6:23:13:19:6:23:13:19 chr1 22332008 . T C 107.45 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0104007;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.009;QD=6.82199;RBI=0.0259388;REFB=-0.00451021;REVB=0.0237623;RO=47;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116665;STB=0.571341;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0119671;OID=.;OPOS=22332008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:47:47:16:16:0.253968:8:8:19:28:8:8:19:28 chr1 22336277 . C G 492.09 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0495387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6718;QD=51.7989;RBI=0.0515785;REFB=0.00393061;REVB=0.0143618;RO=3;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184065;STB=0.509858;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00531673;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:19:16:1:2:19:16:1:2 chr1 22337181 . TG CC,CG 401.0 PASS AF=0.896552,0.103448;AO=26,3;DP=29;FAO=26,3;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=21,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140258,-0.016057;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=177.877,141.576;QD=55.3097;RBI=0.021511,0.0179976;REFB=0,0;REVB=0.0214652,0.00812918;RO=0;SAF=5,0;SAR=21,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00453545,-0.0433161;OID=.,.;OPOS=22337181,22337181;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:29:29:0:0:26,3:26,3:0.896552,0.103448:21,3:5,0:0:0:21,3:5,0:0:0 chr1 22443887 . G T 210.77 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00241585;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.753;QD=13.8208;RBI=0.0183493;REFB=-0.00566852;REVB=-0.0181895;RO=36;SAF=19;SAR=6;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12161;STB=0.569941;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0086383;OID=.;OPOS=22443887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:36:25:25:0.409836:6:19:24:12:6:19:24:12 chr1 22445991 . C T 400.53 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.00960604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.254;QD=13.351;RBI=0.0135212;REFB=0.000303263;REVB=-0.00951567;RO=73;SAF=29;SAR=18;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164127;STB=0.593071;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.000520114;OID=.;OPOS=22445991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:73:73:47:47:0.391667:18:29:34:39:18:29:34:39 chr1 22835677 . A G 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.377;QD=63.8872;RBI=0.0492743;REFB=0;REVB=0.0467688;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49112e-05;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:51:46:0:0:51:46:0:0 chr1 22846709 . G A 746.83 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.128;QD=63.5602;RBI=0.0437131;REFB=0;REVB=0.0269261;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229379;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr1 22854070 . A G 551.83 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0175588;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.4;QD=19.5338;RBI=0.0248126;REFB=0.00275809;REVB=0.0175316;RO=54;SAF=23;SAR=34;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151213;STB=0.574981;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00295924;OID=.;OPOS=22854070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:56:57:57:0.504425:34:23:31:23:34:23:31:25 chr1 22902772 . C T 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0320439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.443;QD=12.7849;RBI=0.0320543;REFB=-0.00132523;REVB=0.000818644;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819444;STB=0.546956;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00165845;OID=.;OPOS=22902772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:14:13:24:19:14:13:24:19 chr1 22903102 . C T 75.02 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.166474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.925;QD=10.7168;RBI=0.167818;REFB=-0.0580238;REVB=0.0212009;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196337;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0956799;OID=.;OPOS=22903102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:28:28:17:18:10:10:0.357143:6:4:10:7:6:4:10:8 chr1 22915753 . T C 167.71 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0202358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.071;QD=15.6007;RBI=0.062022;REFB=-0.0160143;REVB=-0.058628;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171901;STB=0.590061;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0221465;OID=.;OPOS=22915753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:25:18:18:0.418605:6:12:13:7:6:12:13:12 chr1 22915858 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00876065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.945;QD=14.9786;RBI=0.0134328;REFB=-0.00623785;REVB=-0.0101828;RO=11;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539815;STB=0.814204;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00547622;OID=.;OPOS=22915858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:2:8:2:9:2:8:2:9 chr1 22919904 . C T 399.86 PASS AF=0.418182;AO=45;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=0.0202542;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.118;QD=14.5402;RBI=0.0250549;REFB=-0.00926875;REVB=0.0147483;RO=63;SAF=23;SAR=22;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18405;STB=0.602783;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0114989;OID=.;OPOS=22919904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:64:45:46:0.418182:22:23:21:42:22:24:22:42 chr1 22927408 . G A 95.8 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0506131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1205;QD=22.5415;RBI=0.150961;REFB=-0.0232564;REVB=0.142223;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287382;STB=0.662866;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0222225;OID=.;OPOS=22927408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:4:7:1:5:4:7:1:5 chr1 22965438 . A G 599.61 PASS AF=0.435897;AO=63;DP=154;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0110454;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.739;QD=15.3747;RBI=0.0119327;REFB=-0.023402;REVB=0.00451525;RO=88;SAF=28;SAR=35;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343735;STB=0.518555;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0252084;OID=.;OPOS=22965438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:88:88:63:68:0.435897:35:28:42:46:37:31:43:45 chr1 23208925 . G A 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0113197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.851;QD=15.6421;RBI=0.0228641;REFB=-0.0107152;REVB=-0.0198653;RO=29;SAF=15;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300043;STB=0.673972;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0183148;OID=.;OPOS=23208925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:5:15:14:15:5:15:14:15 chr1 23219493 . T C,G 730.92 PASS AF=0.946429,0.0357143;AO=52,3;DP=56;FAO=53,2;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=18,0;FSAR=35,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0963011,-0.028277;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=91.081,12.6646;QD=52.2087;RBI=0.105019,0.0766857;REFB=-0.0439595,0.0434293;REVB=0.0418941,-0.0712819;RO=1;SAF=18,0;SAR=34,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0254452,-0.727144;STB=0.513508,0.993266;STBP=0.282,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.00132505,0.135353;OID=.,.;OPOS=23219493,23219493;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:56:1:1:52,3:53,2:0.946429,0.0357143:34,3:18,0:1:0:35,2:18,0:1:0 chr1 23280424 . G T 190.68 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.011073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.719;QD=15.2541;RBI=0.0151314;REFB=-0.0176472;REVB=-0.0103124;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111039;STB=0.55097;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.034043;OID=.;OPOS=23280424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:9:11:19:10:9:11:19:11 chr1 23380266 . T C 415.22 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.000502168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.656;QD=19.3126;RBI=0.0251431;REFB=-0.0301967;REVB=0.0251381;RO=44;SAF=23;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230472;STB=0.512814;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0329631;OID=.;OPOS=23380266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:19:23:23:21:19:23:23:21 chr1 23413027 . T C 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.000287957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.652;QD=13.7269;RBI=0.00453184;REFB=-0.00996477;REVB=-0.00452269;RO=35;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510196;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0133836;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:15:10:14:21:15:10:15:21 chr1 23415438 . G A 406.32 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0122865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.538;QD=21.1075;RBI=0.022695;REFB=-0.0276438;REVB=0.0190815;RO=36;SAF=16;SAR=25;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715363;STB=0.539549;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0329984;OID=.;OPOS=23415438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:25:16:17:19:25:16:17:19 chr1 23418153 . C T 330.83 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0461923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6427;QD=18.6385;RBI=0.0565086;REFB=-0.0151518;REVB=-0.0325499;RO=36;SAF=8;SAR=27;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310041;STB=0.674268;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0337186;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:27:8:19:17:27:8:19:17 chr1 23419261 . G A 131.02 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.120134;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2626;QD=20.1568;RBI=0.120333;REFB=-0.00384815;REVB=0.0069112;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361914;STB=0.699784;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00537918;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:0:12:9:5:0:12 chr1 23419374 . G T 281.74 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0762855;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1323;QD=19.1007;RBI=0.0821284;REFB=-0.00623811;REVB=-0.0304235;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935263;STB=0.541497;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00905265;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:29:29:30:0.508475:17:12:15:14:17:13:15:14 chr1 23419383 . C T 276.21 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0153412;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9789;QD=17.8199;RBI=0.0265199;REFB=0.00576444;REVB=-0.0216322;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463825;STB=0.534684;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00663152;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:32:30:30:0.483871:17:13:15:16:17:13:16:16 chr1 23419855 . T C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0627047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5145;QD=21.2675;RBI=0.0647126;REFB=-0.00795063;REVB=0.0159951;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128419;STB=0.572433;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00426688;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:10:7:8:6:10:7:8:6 chr1 23519633 . A G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00825644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.237;QD=16.1724;RBI=0.0112283;REFB=0.0129746;REVB=-0.00760964;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369908;STB=0.52125;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0164029;OID=.;OPOS=23519633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:12:8:7:9:12:8 chr1 23688933 . A G 168.69 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0121083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.25;QD=16.4571;RBI=0.0137895;REFB=-0.00965063;REVB=0.00659845;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333225;STB=0.519104;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0128243;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:12:11:8:10:12:11 chr1 23710805 . A G 62.1 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0601906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9116;QD=7.52672;RBI=0.065418;REFB=-0.0147194;REVB=-0.0256242;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391836;STB=0.54045;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0210871;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:33:23:24:9:9:0.272727:5:4:11:12:5:4:12:12 chr1 23884780 . T C 157.03 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00568894;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.241;QD=15.3199;RBI=0.0189892;REFB=-0.000873616;REVB=0.018117;RO=24;SAF=3;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424737;STB=0.748839;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00103508;OID=.;OPOS=23884780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:24:24:17:17:0.414634:14:3:13:11:14:3:13:11 chr1 23885498 . T C 239.7 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00263443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.705;QD=11.985;RBI=0.0289981;REFB=-0.0128531;REVB=-0.0288782;RO=50;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315535;STB=0.523627;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0306349;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:51:29:29:0.3625:16:13:21:29:16:13:21:30 chr1 23885599 . T C 161.07 PASS AF=0.586207;AO=15;DP=27;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0851656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.214;QD=22.2169;RBI=0.0859357;REFB=-0.0294016;REVB=-0.0114791;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166822;STB=0.571344;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0127605;OID=.;OPOS=23885599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:27:29:11:12:15:17:0.586207:10:5:6:5:10:7:7:5 chr1 23965704 . A C 1358.55 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0586;QD=62.4621;RBI=0.0150816;REFB=0;REVB=-0.00702517;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21646e-05;OID=.;OPOS=23965704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr1 23966894 . T TAAG 325.93 PASS AF=0.961538;AO=20;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0252706;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=145.446;QD=50.1429;RBI=0.0312895;REFB=0.0416802;REVB=0.0184507;RO=5;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969435;STB=0.52379;STBP=0.292;TYPE=ins;VARB=-0.00199926;OID=.;OPOS=23966895;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538:20:26:25:26:1:10:15:1:0:5:5:7:13:3:2 chr1 24018277 . C G 944.1 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2798;QD=56.3642;RBI=0.0380161;REFB=-0.15931;REVB=0.0275782;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00230187;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:67:0:1:65:66:0.985075:43:22:0:0:44:22:0:1 chr1 24083494 . C T 264.77 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.01427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3498;QD=20.7662;RBI=0.0172048;REFB=0.0214321;REVB=0.00961111;RO=24;SAF=7;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194397;STB=0.609051;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0195447;OID=.;OPOS=24083494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:20:7:11:13:20:7:11:13 chr1 24121601 . C T 86.61 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0136361;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=206.528;QD=12.3735;RBI=0.019836;REFB=-0.00968227;REVB=0.0144057;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15055;STB=0.588087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.010896;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:4:13:7:4:4:13 chr1 24134721 . T C 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00939603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1019;QD=17.6895;RBI=0.0311178;REFB=0.0231419;REVB=0.0296653;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275555;STB=0.656992;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0207899;OID=.;OPOS=24134721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:14:7:16:10:14:7:16:10 chr1 24180962 . T C 402.77 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00538752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.658;QD=19.1797;RBI=0.00646207;REFB=-0.0210942;REVB=-0.00356832;RO=43;SAF=18;SAR=23;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109584;STB=0.560946;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0243985;OID=.;OPOS=24180962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:23:18:24:19:23:18:24:19 chr1 24201162 . G A 312.94 PASS AF=0.622222;AO=26;DP=43;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0272597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.764;QD=27.8168;RBI=0.0298295;REFB=-0.0293253;REVB=0.0121123;RO=17;SAF=9;SAR=17;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417512;STB=0.526297;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0171125;OID=.;OPOS=24201162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:17:17:26:28:0.622222:17:9:5:12:18:10:5:12 chr1 24288432 . C T 1116.76 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1556;QD=60.3656;RBI=0.0545692;REFB=0;REVB=0.0242201;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016732;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr1 24392600 . G A 197.67 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0498079;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.462;QD=12.9619;RBI=0.0498465;REFB=-0.0362233;REVB=-0.00196252;RO=37;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00716611;STB=0.504115;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0464538;OID=.;OPOS=24392600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:37:24:24:0.393443:17:7:11:26:17:7:11:26 chr1 24392671 . T C 209.32 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0186248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4637;QD=13.7262;RBI=0.0274234;REFB=-0.0174855;REVB=0.0201286;RO=36;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104491;STB=0.559395;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0354003;OID=.;OPOS=24392671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:15:10:11:25:15:10:11:25 chr1 24393563 . C T 825.17 PASS AF=0.47486;AO=82;DP=179;FAO=85;FDP=179;FR=.;FRO=94;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.00323575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.59;QD=18.4395;RBI=0.0246409;REFB=-0.0261736;REVB=-0.0244275;RO=93;SAF=26;SAR=56;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150681;STB=0.565086;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.04076;OID=.;OPOS=24393563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:93:94:82:85:0.47486:56:26:43:50:56:29:43:51 chr1 24394811 . A G 72.18 PASS AF=0.416667;AO=7;DP=22;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0218484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.677;QD=12.0301;RBI=0.0406968;REFB=-0.039447;REVB=-0.0343348;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152225;STB=0.541584;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0702198;OID=.;OPOS=24394811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:22:24:14:14:7:10:0.416667:4:3:8:6:5:5:8:6 chr1 24409165 . C T 268.97 PASS AF=0.321739;AO=34;DP=110;FAO=37;FDP=115;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.0377155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.601;QD=9.35529;RBI=0.0406887;REFB=-0.00110453;REVB=-0.015268;RO=76;SAF=11;SAR=23;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155404;STB=0.55822;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00281082;OID=.;OPOS=24409165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:115:76:78:34:37:0.321739:23:11:34:42:23:14:36:42 chr1 24416058 . GT GC,GG 676.5 PASS AF=0.788462,0.153846;AO=34,7;DP=52;FAO=41,8;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=14,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305671,-0.0312144;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=37.1952,22.9692;QD=52.0389;RBI=0.0674227,0.0432769;REFB=0,0;REVB=0.0600955,0.0299759;RO=0;SAF=24,0;SAR=10,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.011432,0.153239;OID=.,.;OPOS=24416059,24416059;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.788462,0.153846:34,7:52:41,8:52:0:27,1:14,7:0:0:30:0:24,0:10,7:0:0 chr1 24416133 . C T 195.41 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0130362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.042;QD=10.5625;RBI=0.0201475;REFB=-0.0230937;REVB=-0.0153616;RO=46;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230224;STB=0.650677;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0360802;OID=.;OPOS=24416133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:49:25:25:0.337838:10:15:18:28:10:15:18:31 chr1 24418768 . T C 64.13 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0771849;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2874;QD=9.16209;RBI=0.0835715;REFB=0.0279552;REVB=0.0320418;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310768;STB=0.693228;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.010233;OID=.;OPOS=24418768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:28:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:9:10:7:2:9:10 chr1 24419496 . A G 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0223528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.191;QD=10.4359;RBI=0.0250055;REFB=-0.0140422;REVB=-0.0112084;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120461;STB=0.571738;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.035365;OID=.;OPOS=24419496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:8:7:12:21:8:7:12:21 chr1 24421474 . G A 132.79 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0148531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.42;QD=7.81103;RBI=0.0156771;REFB=-0.00603046;REVB=-0.00501551;RO=46;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194258;STB=0.60725;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0122783;OID=.;OPOS=24421474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:49:19:19:0.279412:8:11:19:27:8:11:21:28 chr1 24421950 . C G 122.27 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0351841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6377;QD=15.7771;RBI=0.0394385;REFB=0.00214251;REVB=0.0178178;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150849;STB=0.587032;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.000384557;OID=.;OPOS=24421950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:7:10:6:8:7:10 chr1 24447468 . G C 267.98 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0383233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7995;QD=14.104;RBI=0.0414908;REFB=-0.0356641;REVB=-0.0158999;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620871;STB=0.535296;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0659326;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:14:17:22:23:14:17:22:23 chr1 24460797 . T G 1116.77 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5504;QD=60.3659;RBI=0.00700123;REFB=0;REVB=0.00689675;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65078e-05;OID=.;OPOS=24460797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr1 24465113 . C T 415.03 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00562133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.707;QD=24.7779;RBI=0.00569391;REFB=-0.0139066;REVB=-0.000906234;RO=27;SAF=19;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499805;STB=0.527368;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0135633;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:21:19:11:16:21:19:11:16 chr1 24658063 . C G 269.53 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00458472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.349;QD=14.1859;RBI=0.0369519;REFB=-0.0283049;REVB=-0.0366663;RO=44;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143137;STB=0.587139;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0516902;OID=.;OPOS=24658063;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:45:31:31:0.407895:14:17:18:26:14:17:18:27 chr1 24680915 . C T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0450456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1286;QD=15.7813;RBI=0.0453912;REFB=0.0198058;REVB=-0.00559133;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114669;STB=0.565161;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0329844;OID=.;OPOS=24680915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:16:13:13:10:16:13 chr1 24681641 . C T 207.19 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0236793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3968;QD=11.0499;RBI=0.0237317;REFB=-0.0209571;REVB=-0.00157666;RO=48;SAF=20;SAR=6;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310906;STB=0.689498;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0254456;OID=.;OPOS=24681641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:49:26:26:0.346667:6:20:25:23:6:20:25:24 chr1 24706113 . G A 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2868;QD=58.4186;RBI=0.0483864;REFB=0;REVB=0.0248422;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114548;OID=.;OPOS=24706113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr1 24706269 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.969;QD=60.3767;RBI=0.0371429;REFB=0;REVB=0.0259687;RO=0;SAF=20;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.808e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013977;OID=.;OPOS=24706269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:54:20:0:0:54:20:0:0 chr1 24706292 . T C 848.2 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.193;QD=57.5051;RBI=0.0336014;REFB=0;REVB=0.0126451;RO=0;SAF=11;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26628e-05;OID=.;OPOS=24706292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:56:59:1:45:11:0:0:48:11:0:0 chr1 24718075 . T C 944.7 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.058;QD=58.1354;RBI=0.0609356;REFB=0;REVB=-0.0260238;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182095;OID=.;OPOS=24718075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:62:65:1:40:22:0:0:40:25:0:0 chr1 24785393 . C T 682.91 PASS AF=0.929825;AO=51;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0203997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8448;QD=47.9236;RBI=0.0602396;REFB=-0.03528;REVB=0.0566804;RO=5;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518861;STB=0.516892;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0233071;OID=.;OPOS=24785393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:57:57:5:4:51:53:0.929825:25:26:1:4:27:26:1:3 chr1 24859617 . G A,C 385.62 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=25,2;DP=27;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405246,-0.0056858;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.689,111.258;QD=55.0883;RBI=0.109583,0.0175439;REFB=0,0;REVB=0.109508,-0.0165969;RO=0;SAF=12,1;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-4.44411e-05,0.126999;OID=.,.;OPOS=24859617,24859617;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:28:0:0:25,2:26,2:0.928571,0.0714286:13,1:12,1:0:0:14,0:12,2:0:0 chr1 24859665 . G A 699.01 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.078;QD=54.8244;RBI=0.0182656;REFB=-0.103714;REVB=-0.00576671;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000177984;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:32:18:0:0:32:18:1:0 chr1 24861704 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.842;QD=51.9162;RBI=0.0223553;REFB=0;REVB=0.0146529;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281024;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr1 25291010 . A T 1301.84 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5948;QD=61.9925;RBI=0.0424117;REFB=0;REVB=0.0229407;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28372e-05;OID=.;OPOS=25291010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr1 26131654 . G A 710.25 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00693676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.451;QD=54.6343;RBI=0.0769388;REFB=-0.0225041;REVB=0.0766255;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000321761;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:22:29:0:0:22:29:0:1 chr1 26138261 . CT CC,C 564.69 PASS AF=0.973684,0.0263158;AO=26,11;DP=38;FAO=37,1;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.224472,-0.088536;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=34.4973,18.8109;QD=59.4411;RBI=0.2245,0.0885757;REFB=0,0;REVB=0.00358133,-0.00265166;RO=0;SAF=7,11;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.63811e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00360246,-0.0402865;OID=.,.;OPOS=26138262,26138262;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.973684,0.0263158:26,11:38:37,1:38:0:18,0:19,1:0:0:4:0:7,11:19,0:0:0 chr1 26140573 . C A 629.09 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7307;QD=61.3749;RBI=0.0456123;REFB=0;REVB=-0.0124068;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267872;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250343;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:1:0:40:41:1:23:17:1:0:23:18:0:0 chr1 26144674 . G A 169.85 PASS AF=0.375;AO=20;DP=57;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00721501;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.534;QD=12.1324;RBI=0.0200207;REFB=-0.0183931;REVB=0.0186754;RO=34;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683688;STB=0.564997;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.016969;OID=.;OPOS=26144674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:35:20:21:0.375:13:7:10:24:13:8:10:25 chr1 26146884 . C G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.984;QD=30.7903;RBI=0.0958953;REFB=0.0141925;REVB=-0.0920799;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00728025;OID=.;OPOS=26146884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:9:0:1:8:8:0.888889:1:7:0:0:1:7:1:0 chr1 26158962 . A G 433.2 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018058;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.013;QD=57.7601;RBI=0.0447335;REFB=0;REVB=0.0409267;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104815;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:14:16:0:0 chr1 26290745 . G C 393.6 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.281;QD=56.2285;RBI=0.0571053;REFB=0;REVB=0.0554346;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127419;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:17:11:0:0 chr1 26357656 . C A 189.87 PASS AF=0.358209;AO=23;DP=66;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00555869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.846;QD=11.3355;RBI=0.0193577;REFB=-0.00900893;REVB=-0.0185424;RO=43;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137476;STB=0.590495;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0108912;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:43:43:23:24:0.358209:10:13:19:24:10:14:19:24 chr1 26357667 . G A 395.58 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0346674;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.941;QD=25.5211;RBI=0.0351708;REFB=-0.0035577;REVB=-0.00592927;RO=24;SAF=14;SAR=24;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155654;STB=0.58532;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.002383;OID=.;OPOS=26357667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:24:24:38:38:0.612903:24:14:14:10:24:14:14:10 chr1 26385003 . T C 493.65 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00356923;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.8695;QD=23.5069;RBI=0.0780718;REFB=0.00283982;REVB=-0.0779902;RO=36;SAF=30;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918051;STB=0.545435;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0033946;OID=.;OPOS=26385003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:37:47:47:0.559524:17:30:19:17:17:30:20:17 chr1 26450714 . A G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0344237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3502;QD=17.9559;RBI=0.0380653;REFB=-0.0295658;REVB=0.0162472;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831558;STB=0.547469;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0267351;OID=.;OPOS=26450714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:8:9:7:9:8:9 chr1 26488019 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.636;QD=44.6898;RBI=0.0403969;REFB=0;REVB=0.0387116;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231079;OID=.;OPOS=26488019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr1 26496651 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.496;QD=49.5979;RBI=0.0190079;REFB=0;REVB=-0.00376034;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308973;OID=.;OPOS=26496651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr1 26504035 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0368278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.304;QD=18.8207;RBI=0.0386151;REFB=-0.0331114;REVB=0.0116123;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511116;STB=0.529361;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0283979;OID=.;OPOS=26504035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:7:3:3:9:7:3 chr1 26529009 . TAAAAAAC TAAAAACA 45.97 PASS AF=0.555556;AO=3;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.174353;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=23.4396;QD=20.4295;RBI=0.254041;REFB=-0.0543367;REVB=0.184765;RO=2;SAF=0;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.692188;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=mnp;VARB=0.125212;OID=.;OPOS=26529015;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=TAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:3:9:5:9:2:1:4:1:1:12:2:0:3:1:1 chr1 26582091 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0199387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.34;QD=17.4277;RBI=0.0264277;REFB=-0.00467135;REVB=-0.0173457;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165359;STB=0.593814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00611868;OID=.;OPOS=26582091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:7:16:10:9:7:16 chr1 26609259 . C T 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.036963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.208;QD=32.352;RBI=0.0370387;REFB=-0.0146943;REVB=0.00236598;RO=2;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399473;STB=0.522347;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00211304;OID=.;OPOS=26609259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:7:4:1:1:7:4:1:1 chr1 26610891 . A C 152.78 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0301527;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.27;QD=16.0816;RBI=0.0407274;REFB=-0.0317508;REVB=-0.0273776;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235652;STB=0.525517;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0390869;OID=.;OPOS=26610891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:16:17:0.447368:11:5:7:14:12:5:7:14 chr1 26646726 . A G 233.32 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0414926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.975;QD=24.5595;RBI=0.0418485;REFB=-0.0311218;REVB=0.00544653;RO=15;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918485;STB=0.565158;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0367379;OID=.;OPOS=26646726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:22:22:0.578947:9:13:7:8:9:13:7:9 chr1 26646730 . A G 231.97 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0131278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.718;QD=23.7924;RBI=0.0135792;REFB=-0.0389559;REVB=-0.00347201;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140481;STB=0.578383;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0138896;OID=.;OPOS=26646730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:9:13:7:10:9:13:7:10 chr1 26648551 . G C 140.88 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00535437;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.407;QD=13.1051;RBI=0.0227354;REFB=-0.0126083;REVB=-0.022096;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00530213;STB=0.503102;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0174873;OID=.;OPOS=26648551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:6:10:17:10:6:10:17:10 chr1 26670312 . C T 400.79 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.000478333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5371;QD=18.2178;RBI=0.0565256;REFB=-0.0166893;REVB=0.0565236;RO=46;SAF=24;SAR=17;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613177;STB=0.526303;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0177829;OID=.;OPOS=26670312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:41:42:0.477273:17:24:24:22:18:24:24:22 chr1 26670444 . G T 326.15 PASS AF=0.523077;AO=32;DP=63;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0117221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.049;QD=20.0706;RBI=0.0232796;REFB=-0.0079251;REVB=0.0201129;RO=30;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175089;STB=0.565675;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0106903;OID=.;OPOS=26670444;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:30:31:32:34:0.523077:22:10:15:15:22:12:15:16 chr1 26671970 . CTTTTTTTTA CTTTTTTT,CTTTTTTTA 47.22 PASS AF=0,0.611111;AO=4,4;DP=19;FAO=0,11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=0,6;FSAR=0,5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0264293,-0.154671;FXX=0.09995;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=171.043,9.89998;QD=10.4927;RBI=0.0270631,0.174592;REFB=0.0124696,0.0196595;REVB=-0.00582243,-0.0809892;RO=6;SAF=4,0;SAR=0,4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.65814,-0.776095;STB=0.5,0.566892;STBP=1,0.493;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0240041;OID=.,.;OPOS=26671978,26671971;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTTTTT,CTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.611111:4,4:19:0,11:18:7:0,6:0,5:5:2:27:6:4,0:0,4:5:1 chr1 26691174 . C A 284.47 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0459049;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.245;QD=19.9627;RBI=0.0506801;REFB=-0.0167146;REVB=0.0214759;RO=28;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884831;STB=0.556738;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0170954;OID=.;OPOS=26691174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:27:30:30:0.526316:11:19:15:13:11:19:14:13 chr1 26694245 . T C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00281665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.211;QD=16.728;RBI=0.0111704;REFB=-0.0180347;REVB=-0.0108095;RO=18;SAF=1;SAR=15;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439634;STB=0.788985;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0224041;OID=.;OPOS=26694245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:15:1:5:13:15:1:6:13 chr1 26694260 . T C 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0966892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.802;QD=16.6278;RBI=0.0993272;REFB=0.00666366;REVB=0.0227398;RO=14;SAF=1;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559849;STB=0.834126;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00537925;OID=.;OPOS=26694260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:12:1:7:7:12:1:7:7 chr1 26700795 . T C 789.43 PASS AF=1;AO=41;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.411;QD=56.3881;RBI=0.0738785;REFB=0;REVB=0.0150526;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703344;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:41:56:1:28:13:0:0:33:23:0:0 chr1 26755919 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317427;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.788;QD=49.5992;RBI=0.0101964;REFB=0;REVB=-0.00968975;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63681e-05;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr1 26786627 . G A 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.812;QD=60.6039;RBI=0.0348102;REFB=0;REVB=-0.00449309;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244094;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr1 26879376 . T C 152.17 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8184;QD=40.5782;RBI=0.0630525;REFB=-0.0510814;REVB=0.0630525;RO=1;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0218495;OID=.;OPOS=26879376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:14:0:0:1:14:0:0:1 chr1 26879920 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.03;QD=54.5177;RBI=0.022164;REFB=0;REVB=0.0188234;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84257e-05;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr1 26887592 . T C 261.69 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196751;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.948;QD=52.3386;RBI=0.0323887;REFB=0;REVB=0.0323289;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726485;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr1 26900735 . C G 785.67 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1613;QD=64.1361;RBI=0.0599268;REFB=0;REVB=0.0504281;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903756;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr1 26901319 . G A 715.14 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0516664;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0585;QD=60.8633;RBI=0.0667414;REFB=-0.114085;REVB=0.0422492;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00366477;OID=.;OPOS=26901319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:0:1:46:46:0.978723:20:26:0:0:20:26:1:0 chr1 27210721 . T C 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.07;QD=55.0913;RBI=0.0766913;REFB=0;REVB=0.0108089;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242053;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:21:5:0:0:21:5:0:0 chr1 27240148 . AGGGGG AGAGGG,AGGG,AGGGG,AGGGGC,CAGGGG 115.93 PASS AF=0.0384615,0.0641026,0.307692,0.0384615,0;AO=4,9,12,4,4;DP=79;FAO=3,5,24,3,0;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=0,0,16,3,0;FSAR=3,5,8,0,0;FSRF=43;FSRR=0;FWDB=-0.0317831,-0.0236873,-0.0467286,0.0196459,-0.0101544;FXX=0.0126566;HRUN=5,5,5,5,1;LEN=1,2,1,1,2;MLLD=155.981,20.5268,10.5814,14.129,77.5244;QD=5.94492;RBI=0.112436,0.112342,0.202178,0.102842,0.0754057;REFB=-0.00642416,-0.0721528,-0.141259,-0.11096,-0.0127346;REVB=-0.10785,-0.109816,-0.196703,-0.100948,-0.0747189;RO=36;SAF=0,0,11,3,4;SAR=4,9,1,1,0;SRF=36;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.884611,-0.887929,-0.563972,-0.764529,0;STB=0.999562,0.999582,0.786532,0.5,0.5;STBP=0,0,0.031,1,1;TYPE=snp,del,del,snp,mnp;VARB=0.0984313,0.0233216,-0.0225564,0.124152,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=27240150,27240149,27240149,27240153,27240148;OREF=G,GG,G,G,AG;OALT=A,-,-,C,CA;OMAPALT=AGAGGG,AGGG,AGGGG,AGGGGC,CAGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:53:79:78:36:43:4,9,12,4,4:3,5,24,3,0:0.0384615,0.0641026,0.307692,0.0384615,0:4,9,1,1,0:0,0,11,3,4:36:0:3,5,8,0,0:0,0,16,3,0:43:0 chr1 27339103 . G T 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5083;QD=37.4813;RBI=0.209517;REFB=0;REVB=0.0340792;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00923739;OID=.;OPOS=27339103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 27426796 . T C 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0087;QD=57.2317;RBI=0.0386215;REFB=0;REVB=-0.0382567;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300696;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr1 27427041 . T C 437.3 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0108078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2675;QD=51.4464;RBI=0.028944;REFB=0.0322956;REVB=-0.0268504;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.524985;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00814006;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:1:2:31:32:0.941176:19:12:0:1:19:13:0:2 chr1 27622864 . C T 427.27 PASS AF=0.448598;AO=46;DP=105;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.00875387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.7;QD=15.9726;RBI=0.00894553;REFB=-0.00972568;REVB=0.00184181;RO=58;SAF=27;SAR=19;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169924;STB=0.505616;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0120412;OID=.;OPOS=27622864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:58:59:46:48:0.448598:19:27:35:23:20:28:35:24 chr1 27688633 . G A 982.89 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=76;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0185546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.94;QD=51.7311;RBI=0.0579614;REFB=-0.191791;REVB=0.0549113;RO=3;SAF=47;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000418793;STB=0.514626;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00156295;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:76:76:3:6:70:70:0.921053:23:47:2:1:23:47:5:1 chr1 27709020 . T C 153.73 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=3.96169e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.324;QD=14.6407;RBI=0.00321773;REFB=-0.0317125;REVB=-0.00321772;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110759;STB=0.599886;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0538964;OID=.;OPOS=27709020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:25:16:17:0.404762:8:8:9:14:8:9:9:16 chr1 27876482 . C A 1441.89 PASS AF=0.969072;AO=93;DP=100;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00610552;FXX=0.029997;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.255;QD=59.4595;RBI=0.0125078;REFB=-0.0402475;REVB=0.0109164;RO=1;SAF=17;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270659;STB=0.509675;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.000464443;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:97:1:3:93:94:0.969072:76:17:1:0:76:18:0:3 chr1 28020307 . G C 149.49 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00554594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.718;QD=15.3327;RBI=0.0194398;REFB=-0.0105688;REVB=-0.018632;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217889;STB=0.625253;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0181836;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:16:17:0.435897:11:5:11:10:12:5:11:11 chr1 28060574 . A G 98.27 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.105876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.319;QD=14.0386;RBI=0.106263;REFB=-0.0235202;REVB=-0.00905269;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317216;STB=0.650922;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.018828;OID=.;OPOS=28060574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:11:12:0.428571:7:4:11:5:7:5:11:5 chr1 28149924 . A T 178.65 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0665439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0848;QD=22.3312;RBI=0.0724152;REFB=-0.0434307;REVB=-0.0285635;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435261;STB=0.524448;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0344482;OID=.;OPOS=28149924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:7:7:10:8:7:7 chr1 28173614 . C G 229.6 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0676577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7097;QD=22.3997;RBI=0.0692131;REFB=-0.00535265;REVB=-0.0145903;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138884;STB=0.577909;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00426653;OID=.;OPOS=28173614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:14:8:10:9:14:8:10:9 chr1 28209305 . A G 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00980168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.512;QD=17.6172;RBI=0.0166997;REFB=-0.0412376;REVB=-0.0135206;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197938;STB=0.611559;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.039881;OID=.;OPOS=28209305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:17:10:14:10:17:10 chr1 28209362 . T C 149.34 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0635674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9281;QD=18.6671;RBI=0.0643587;REFB=-0.048019;REVB=-0.0100613;RO=16;SAF=2;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398136;STB=0.732208;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0302758;OID=.;OPOS=28209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:14:2:7:9:14:2:7:9 chr1 28209366 . A G 149.22 PASS AF=0.5;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.124998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3784;QD=18.6529;RBI=0.155515;REFB=-0.0562682;REVB=-0.0925238;RO=14;SAF=2;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375392;STB=0.732208;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0448908;OID=.;OPOS=28209366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:14:16:16:16:0.5:14:2:6:8:14:2:7:9 chr1 28268835 . A C 184.33 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00540111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.657;QD=17.5548;RBI=0.0080347;REFB=0.00527274;REVB=-0.00594848;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129043;STB=0.57349;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00666708;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:9:14:9:10:9:14 chr1 28282206 . C T 263.78 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.0158447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9957;QD=12.8673;RBI=0.0548124;REFB=-0.00143269;REVB=-0.0524723;RO=50;SAF=20;SAR=11;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662231;STB=0.528366;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00139289;OID=.;OPOS=28282206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:51:31:31:0.378049:11:20:35:15:11:20:35:16 chr1 28282292 . T C 290.4 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0147751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.028;QD=19.6878;RBI=0.0307646;REFB=-0.0319028;REVB=-0.0269844;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00873579;STB=0.521725;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0185868;OID=.;OPOS=28282292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:28:30:31:0.525424:13:17:15:11:13:18:15:13 chr1 28422847 . C T 497.72 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0782693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4052;QD=53.8072;RBI=0.105545;REFB=-0.214403;REVB=0.0708071;RO=2;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424662;STB=0.521727;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0149433;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:37:2:2:34:35:0.945946:21:13:0:2:22:13:0:2 chr1 28527011 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00495397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.11;QD=12.1823;RBI=0.00655936;REFB=-0.0157347;REVB=-0.00429923;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.599808;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0280042;OID=.;OPOS=28527011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:5:10:5:5:5:10 chr1 28564252 . A G 152.7 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0231368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4381;QD=21.062;RBI=0.0352019;REFB=0.0162514;REVB=0.0265304;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193001;STB=0.510903;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0121924;OID=.;OPOS=28564252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:7:6:7:9:7:6 chr1 28564279 . A G 231.54 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0108879;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.642;QD=22.5889;RBI=0.0219064;REFB=-0.0198888;REVB=0.0190091;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809674;STB=0.55747;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0153857;OID=.;OPOS=28564279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:19:22:22:0.536585:12:10:11:9:12:10:11:8 chr1 28586376 . C G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.075614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0007;QD=10.3794;RBI=0.0915017;REFB=0.0243725;REVB=0.0515275;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318917;STB=0.689278;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0460396;OID=.;OPOS=28586376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:4:12:4:5:4:12 chr1 28598287 . C T 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.0121258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.74;QD=13.2585;RBI=0.024412;REFB=-0.0231854;REVB=0.0211874;RO=45;SAF=16;SAR=13;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176172;STB=0.599935;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0361197;OID=.;OPOS=28598287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:13:16:32:13:13:16:32:13 chr1 28638859 . A T 502.75 PASS AF=0.401408;AO=56;DP=141;FAO=57;FDP=142;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.00598143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.258;QD=14.162;RBI=0.0061916;REFB=-0.0204187;REVB=0.00159948;RO=84;SAF=28;SAR=28;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101449;STB=0.564959;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0213525;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:84:85:56:57:0.401408:28:28:34:50:28:29:34:51 chr1 28733993 . G T 254.34 PASS AF=0.405405;AO=27;DP=71;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00513084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.393;QD=13.748;RBI=0.0137735;REFB=-0.025862;REVB=0.0127822;RO=43;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223353;STB=0.506325;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0375662;OID=.;OPOS=28733993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:43:44:27:30:0.405405:12:15:23:20:14:16:23:21 chr1 28800380 . C A 57.81 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0519328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.129;QD=13.602;RBI=0.0519505;REFB=-0.0051483;REVB=-0.00135431;RO=6;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266181;STB=0.599716;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0101321;OID=.;OPOS=28800380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:6:9:8:8:0.470588:7:1:0:6:7:1:2:7 chr1 28861636 . G A 279.68 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0546406;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4599;QD=18.6451;RBI=0.0740325;REFB=0.00761067;REVB=0.0499522;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160019;STB=0.601746;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0041904;OID=.;OPOS=28861636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:30:30:30:0.5:14:16:20:8:14:16:22:8 chr1 28921199 . A C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0156803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.055;QD=16.8839;RBI=0.0172752;REFB=-0.0234111;REVB=0.00724985;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163235;STB=0.593102;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0266139;OID=.;OPOS=28921199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:5:12:8:7:5:12 chr1 29138975 . G T 49.26 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.537;QD=32.8382;RBI=0.0286229;REFB=0;REVB=0.023895;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000764461;OID=.;OPOS=29138975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:3:2:0:0:3:3:0:0 chr1 29189597 . C T 503.52 PASS AF=0.5;AO=51;DP=108;FAO=53;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0335231;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0074;QD=19.0006;RBI=0.0357541;REFB=-0.0153171;REVB=-0.0124323;RO=38;SAF=31;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127161;STB=0.533646;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0182982;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:38:52:51:53:0.5:20:31:17:21:20:33:29:23 chr1 29320009 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0194038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.492;QD=19.1804;RBI=0.0213827;REFB=-0.0166025;REVB=0.00898412;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271432;STB=0.655383;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0144642;OID=.;OPOS=29320009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:4:7:4:9:4:7 chr1 29446332 . AT A 85.34 PASS AF=0.604167;AO=22;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0371057;FXX=0.020404;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.79637;QD=7.11143;RBI=0.0736433;REFB=0.0254583;REVB=0.0636121;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183289;STB=0.531003;STBP=0.624;TYPE=del;VARB=0.0519524;OID=.;OPOS=29446333;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.604167:22:48:29:48:19:13:16:10:9:36:19:13:9:7:12 chr1 29446811 . A G 374.49 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00558568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7457;QD=44.058;RBI=0.0306978;REFB=-0.0116022;REVB=0.0301854;RO=3;SAF=16;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796686;STB=0.537165;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0339832;OID=.;OPOS=29446811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:34:3:5:29:29:0.852941:13:16:3:0:13:16:4:1 chr1 29475341 . C T 331.99 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0049485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.102;QD=22.1326;RBI=0.0117691;REFB=-0.0619467;REVB=0.0106782;RO=25;SAF=24;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236776;STB=0.507038;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0437997;OID=.;OPOS=29475341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:26:34:34:0.566667:10:24:17:8:10:24:18:8 chr1 29475394 . C G 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.00251124;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.387;QD=21.3618;RBI=0.00374601;REFB=-0.0544612;REVB=-0.00277962;RO=33;SAF=25;SAR=15;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641631;STB=0.545433;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0464875;OID=.;OPOS=29475394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:35:40:40:0.533333:15:25:23:10:15:25:25:10 chr1 29475648 . T G 60.66 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0258131;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.511;QD=15.1647;RBI=0.026713;REFB=-0.0361495;REVB=-0.00687512;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0316404;OID=.;OPOS=29475648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:16:8:8:8:8:0.5:4:4:4:4:4:4:4:4 chr1 29529699 . T C 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00337206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1836;QD=20.2679;RBI=0.0272295;REFB=0.0124999;REVB=0.0270199;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129307;STB=0.573015;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.01264;OID=.;OPOS=29529699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:8:13:10:11:8:13:10:11 chr1 29542637 . A G 136.65 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.09306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8193;QD=8.67619;RBI=0.134155;REFB=-0.0184854;REVB=-0.0966299;RO=43;SAF=3;SAR=16;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304382;STB=0.697008;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0588124;OID=.;OPOS=29542637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:44:19:19:0.301587:16:3:15:28:16:3:16:28 chr1 29631909 . A G 248.43 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0331432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.259;QD=13.9961;RBI=0.0450824;REFB=0.00118385;REVB=0.0305606;RO=41;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259395;STB=0.640289;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00162791;OID=.;OPOS=29631909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:29:29:0.408451:11:18:15:26:11:18:16:26 chr1 31188089 . C T 405.66 PASS AF=0.5125;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0182388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.64;QD=20.2828;RBI=0.0309189;REFB=-0.0167599;REVB=-0.0249664;RO=38;SAF=20;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023126;STB=0.500305;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128491;OID=.;OPOS=31188089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:38:39:40:41:0.5125:20:20:20:18:20:21:20:19 chr1 31188901 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.842;QD=62.6144;RBI=0.00965662;REFB=0;REVB=0.000983326;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.20743e-06;OID=.;OPOS=31188901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr1 31215364 . T C 464.24 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.796;QD=58.03;RBI=0.0145976;REFB=0;REVB=0.00810923;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55042e-05;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr1 31346197 . GCG CGA,GCA 73.93 PASS AF=0,0.357143;AO=2,10;DP=28;FAO=0,10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=0,3;FSAR=0,7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0390596,-0.0703744;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=3,1;MLLD=61.4131,45.2914;QD=10.5619;RBI=0.048257,0.0718093;REFB=0.0112488,-0.0208428;REVB=0.0283388,0.0142836;RO=14;SAF=0,4;SAR=2,6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.497441,0.044472;STB=0.5,0.524949;STBP=1,0.87;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0563982;OID=.,.;OPOS=31346197,31346199;OREF=GCG,G;OALT=CGA,A;OMAPALT=CGA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:73:28:28:14:18:2,10:0,10:0,0.357143:2,6:0,4:5:9:0,7:0,3:6:12 chr1 31347399 . C T 359.36 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.034169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1898;QD=19.9645;RBI=0.0780749;REFB=-0.013962;REVB=0.0702009;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228697;STB=0.622159;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0152826;OID=.;OPOS=31347399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:34:35:36:37:0.513889:17:19:9:25:17:20:10:25 chr1 31351513 . G A 386.95 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0142253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.979;QD=23.8121;RBI=0.0260009;REFB=-0.0317919;REVB=0.0217644;RO=27;SAF=19;SAR=19;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154397;STB=0.584572;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.018215;OID=.;OPOS=31351513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:19:19:8:19:19:19:8:19 chr1 31426815 . A G 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0600099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.091;QD=15.4997;RBI=0.060283;REFB=-0.0215227;REVB=0.00573194;RO=40;SAF=7;SAR=24;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213139;STB=0.621536;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0161024;OID=.;OPOS=31426815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:24:7:16:24:24:7:16:24 chr1 31445932 . C G 873.65 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5979;QD=56.3647;RBI=0.0390407;REFB=-0.139922;REVB=0.0242513;RO=1;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241918;STB=0.512816;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00130828;OID=.;OPOS=31445932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:19:42:0:1:19:42:0:1 chr1 31732892 . G A 228.63 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.119426;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.833;QD=17.2548;RBI=0.120304;REFB=-0.0227801;REVB=-0.0145094;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22563;STB=0.564467;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.01889;OID=.;OPOS=31732892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:24:28:25:25:0.471698:15:10:4:20:15:10:8:20 chr1 31733926 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.851;QD=59.0174;RBI=0.0262897;REFB=0;REVB=-0.025962;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112266;OID=.;OPOS=31733926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr1 31837174 . C G 589.21 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=128;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0158731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.817;QD=18.4128;RBI=0.0195953;REFB=0.000417388;REVB=0.01149;RO=67;SAF=37;SAR=24;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530067;STB=0.529402;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000462555;OID=.;OPOS=31837174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:67:67:61:61:0.476562:24:37:37:30:24:37:37:30 chr1 31837320 . T C 527.87 PASS AF=0.597561;AO=48;DP=81;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0102004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8997;QD=25.7496;RBI=0.0107095;REFB=0.00293946;REVB=0.00326263;RO=33;SAF=17;SAR=31;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0076916;STB=0.501607;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00138266;OID=.;OPOS=31837320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:33:33:48:49:0.597561:31:17:12:21:31:18:12:21 chr1 31883295 . T C 282.41 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=68;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.0301974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.726;QD=15.6894;RBI=0.03199;REFB=-0.0440291;REVB=0.0105582;RO=40;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157669;STB=0.576568;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0624042;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:40:40:28:32:0.444444:18:10:9:31:21:11:9:31 chr1 31897643 . G A 970.49 PASS AF=0.510753;AO=93;DP=184;FAO=95;FDP=186;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=0.00581659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.787;QD=20.8707;RBI=0.0266937;REFB=-0.0285411;REVB=0.0260523;RO=91;SAF=34;SAR=59;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392901;STB=0.514266;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0225004;OID=.;OPOS=31897643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:91:91:93:95:0.510753:59:34:37:54:59:36:37:54 chr1 31898234 . T C 121.79 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0087247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1191;QD=8.39946;RBI=0.0411861;REFB=0.00586758;REVB=-0.0402514;RO=39;SAF=2;SAR=15;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345902;STB=0.704406;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0168521;OID=.;OPOS=31898234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:41:17:17:0.293103:15:2:12:27:15:2:12:29 chr1 31905889 . A ACAG 143.45 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0403222;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=3;MLLD=192.197;QD=8.31615;RBI=0.0444306;REFB=-0.0497634;REVB=-0.0186602;RO=50;SAF=6;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248221;STB=0.642054;STBP=0.144;TYPE=ins;VARB=0.121745;OID=.;OPOS=31905890;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289855:20:72:20:69:49:6:14:24:25:99:50:6:14:25:25 chr1 31906014 . C T 519.02 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0147257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.981;QD=25.6308;RBI=0.017673;REFB=-0.0438762;REVB=-0.00977182;RO=31;SAF=22;SAR=26;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993367;STB=0.551703;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0341913;OID=.;OPOS=31906014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:33:48:48:0.592593:26:22:10:21:26:22:11:22 chr1 31907457 . A G 218.56 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00292326;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7402;QD=15.6114;RBI=0.0662783;REFB=-0.0199244;REVB=-0.0662138;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337527;STB=0.507457;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00959044;OID=.;OPOS=31907457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:30:31:25:25:0.446429:15:10:11:19:15:10:12:19 chr1 31973122 . GTGGAGTCTGTC G,GTGGAGTGTGTC 103.46 PASS AF=0.34375,0.0625;AO=11,2;DP=32;FAO=11,2;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6,0;FSAR=5,2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.018346,-0.0411093;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=11,1;MLLD=323.066,45.4634;QD=12.9328;RBI=0.0214119,0.0762659;REFB=-0.0149236,0.0134463;REVB=-0.0110406,-0.064238;RO=18;SAF=6,0;SAR=5,2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0475298,-0.521726;STB=0.512173,0.994802;STBP=0.949,0.177;TYPE=del,snp;VARB=0.0292398,0.0193342;OID=.,.;OPOS=31973123,31973129;OREF=TGGAGTCTGTC,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTGGAGTGTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375,0.0625:11,2:32:11,2:32:19:6,0:5,2:10:9:87:18:6,0:5,2:9:9 chr1 31973138 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00744551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.835;QD=11.3693;RBI=0.0332243;REFB=0.00924525;REVB=0.0323793;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131313;STB=0.578172;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00562246;OID=.;OPOS=31973138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:8:11:5:6:8:11 chr1 31973348 . A C 193.39 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0109907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.245;QD=16.8167;RBI=0.0339914;REFB=-0.0161031;REVB=-0.0321655;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190708;STB=0.609264;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.015756;OID=.;OPOS=31973348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:7:13:12:14:7:13:12:14 chr1 31973409 . G A 174.44 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00690874;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.9;QD=12.9212;RBI=0.0146039;REFB=-0.0175321;REVB=0.0128663;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601501;STB=0.534726;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0322209;OID=.;OPOS=31973409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:33:21:21:0.388889:12:9:16:17:12:9:16:17 chr1 31973440 . G A 194.93 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00825706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.882;QD=17.3275;RBI=0.0297033;REFB=-0.0253809;REVB=-0.0285325;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494707;STB=0.528189;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0295244;OID=.;OPOS=31973440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:10:15:11:9:10:15 chr1 32127953 . G A 465.05 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.171;QD=58.1318;RBI=0.0123459;REFB=0;REVB=0.00671847;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43344e-05;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:11:20:0:0:11:21:0:0 chr1 32148571 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.606;QD=55.6542;RBI=0.0329296;REFB=0;REVB=0.0213171;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6943e-05;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr1 32157042 . AG A 30.09 PASS AF=0.470588;AO=6;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0140414;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.1958;QD=7.08083;RBI=0.141228;REFB=-0.055912;REVB=0.140528;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427406;STB=0.538364;STBP=0.794;TYPE=del;VARB=0.0962224;OID=.;OPOS=32157043;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:6:17:8:17:9:5:3:5:4:29:8:4:2:5:3 chr1 32158374 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00364052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.908;QD=12.9744;RBI=0.00802586;REFB=-0.00554229;REVB=-0.00715269;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478176;STB=0.775118;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0131545;OID=.;OPOS=32158374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:15:3:8:4:15:3 chr1 32158732 . C A 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00420175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.385;QD=18.6416;RBI=0.0425267;REFB=-0.00807641;REVB=0.0423186;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217335;STB=0.62253;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0100412;OID=.;OPOS=32158732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:17:7:11:10:17:7 chr1 32164206 . T G 298.72 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0165722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7049;QD=23.8978;RBI=0.063343;REFB=-0.0243899;REVB=-0.0611367;RO=23;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018431;STB=0.510261;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0176527;OID=.;OPOS=32164206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:17:10:9:14:17:10:9:14 chr1 32165495 . G T 171.82 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00765284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.53;QD=11.0854;RBI=0.0368272;REFB=-0.013773;REVB=0.0360232;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225534;STB=0.522915;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0153893;OID=.;OPOS=32165495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:40:22:22:0.354839:13:9:14:22:13:9:15:25 chr1 32256590 . G A 152.88 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0124114;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=65.3479;QD=10.7282;RBI=0.0205408;REFB=-0.00392681;REVB=0.0163671;RO=36;SAF=16;SAR=4;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514008;STB=0.805253;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0287899;OID=.;OPOS=32256590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:37:20:20:0.350877:4:16:12:24:4:16:12:25 chr1 32263928 . G C 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00907406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.746;QD=24.0731;RBI=0.0649485;REFB=0.0189116;REVB=0.0643115;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161289;STB=0.509077;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0106472;OID=.;OPOS=32263928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:4:9:5:2:4:9:5:2 chr1 32280610 . T C 1510.35 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0159513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7839;QD=56.4616;RBI=0.0371556;REFB=-0.0400604;REVB=-0.0335574;RO=3;SAF=47;SAR=57;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293241;STB=0.515461;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00061442;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:3:3:104:104:0.971963:57:47:3:0:57:47:3:0 chr1 33065947 . G C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.683;QD=52.6112;RBI=0.0140975;REFB=0;REVB=-0.0110982;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73768e-05;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr1 33099637 . A G 125.77 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0429701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.587;QD=18.6331;RBI=0.0595595;REFB=-0.011529;REVB=0.041242;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324097;STB=0.518492;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00942456;OID=.;OPOS=33099637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:7:6:7:7:7:6 chr1 33133968 . T C 399.44 PASS AF=0.935484;AO=31;DP=33;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00372008;FXX=0.0605877;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.564;QD=51.5404;RBI=0.00979192;REFB=-0.201072;REVB=-0.00905775;RO=2;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517742;STB=0.527759;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00185106;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:31:2:2:31:29:0.935484:17:14:0:2:17:12:0:2 chr1 33160878 . C T 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00281186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.537;QD=23.2362;RBI=0.0276861;REFB=-0.0113918;REVB=0.0275429;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.57135;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00538134;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:5:8:8:10:5:8 chr1 33161212 . T C 180.45 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0283394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5566;QD=16.0403;RBI=0.0346333;REFB=-0.0196631;REVB=-0.0199084;RO=23;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342129;STB=0.714041;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0255013;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:26:19:19:0.422222:4:15:11:12:4:15:12:14 chr1 33235626 . G A 235.21 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00526919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.298;QD=25.4285;RBI=0.0162988;REFB=-0.0135453;REVB=0.0154236;RO=13;SAF=17;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300129;STB=0.698436;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0133904;OID=.;OPOS=33235626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:15:22:22:0.594595:5:17:5:8:5:17:5:10 chr1 33299673 . TAAAC ATAAC,ATAAT,TAAC,TAACA,TAATA 427.4 PASS AF=0,0.122449,0.734694,0.0408163,0.0816327;AO=3,3,17,3,3;DP=50;FAO=0,6,36,2,4;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,25,0,0;FSAR=0,6,11,2,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0895863,-0.0230722,0.312649,0.145736,-0.0234291;FXX=0.019996;HRUN=1,1,3,3,3;LEN=2,5,1,2,2;MLLD=8.61018,133.625,14.079,9.97256,121.517;QD=34.8896;RBI=0.198225,0.0234702,0.387708,0.175115,0.0352692;REFB=-0.0448305,0.00349779,-0.0637888,-0.00880677,0.0236291;REVB=0.176826,-0.00430386,0.229277,0.0970884,-0.0263628;RO=15;SAF=0,0,14,1,0;SAR=3,3,3,2,3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.682659,-0.682659,0.189718,-0.353583,-0.682659;STB=0.5,0.5,0.521727,0.5,0.5;STBP=1,1,0.178,1,1;TYPE=mnp,mnp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.171418,0.0791273,-0.160455,0.0530299;OID=.,.,.,.,.;OPOS=33299673,33299673,33299674,33299676,33299676;OREF=TA,TAAAC,A,AC,AC;OALT=AT,ATAAT,-,CA,TA;OMAPALT=ATAAC,ATAAT,TAAC,TAACA,TAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:21:50:49:15:1:3,3,17,3,3:0,6,36,2,4:0,0.122449,0.734694,0.0408163,0.0816327:3,3,3,2,3:0,0,14,1,0:10:5:0,6,11,2,4:0,0,25,0,0:0:1 chr1 33328165 . G A 1729.97 PASS AF=0.951613;AO=118;DP=124;FAO=118;FDP=124;FR=.;FRO=6;FSAF=69;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0129581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.256;QD=55.8056;RBI=0.0137223;REFB=-0.100243;REVB=-0.00451527;RO=2;SAF=69;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135669;STB=0.52083;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000450973;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:124:124:2:6:118:118:0.951613:49:69:2:0:49:69:6:0 chr1 33475750 . A G 34.16 PASS AF=0.123077;AO=6;DP=63;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0047324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.378;QD=2.10224;RBI=0.00836311;REFB=-0.00879562;REVB=0.00689536;RO=56;SAF=2;SAR=4;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112149;STB=0.666223;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0478175;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:63:65:56:57:6:8:0.123077:4:2:24:32:6:2:24:33 chr1 33475767 . G A 40.24 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0145139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.217;QD=2.51516;RBI=0.0146093;REFB=-0.0134635;REVB=-0.00166654;RO=56;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230793;STB=0.671956;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0742744;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:56:56:8:8:0.125:6:2:24:32:6:2:24:32 chr1 33476474 . TTA T,TAA 102.56 PASS AF=0.764706,0;AO=6,3;DP=21;FAO=13,0;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7,0;FSAR=6,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0242349,-0.104215;FXX=0.260756;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.2094,9.77222;QD=24.1322;RBI=0.232866,0.150107;REFB=-0.0271499,0.123276;REVB=-0.231601,0.108034;RO=4;SAF=3,3;SAR=3,0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.168827,0.729277;STB=0.567464,0.5;STBP=0.366,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.128772,0;OID=.,.;OPOS=33476475,33476475;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706,0:6,3:21:13,0:17:4:7,0:6,0:1:3:22:4:3,3:3,0:1:3 chr1 33490073 . CT C 166.83 PASS AF=1;AO=18;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.279066;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.54554;QD=21.5268;RBI=0.291502;REFB=-0.0534184;REVB=0.0842345;RO=7;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0.417163;SSEP=0;SSSB=-0.00814684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0312376;OID=.;OPOS=33490074;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:18:31:31:31:0:16:15:0:0:3:7:10:8:4:3 chr1 33646950 . A G 273.02 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0461265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.415;QD=45.5033;RBI=0.0461269;REFB=-0.185158;REVB=0.000190689;RO=2;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921477;STB=0.549954;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0102258;OID=.;OPOS=33646950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:9:13:0:2:9:13:0:2 chr1 33789588 . T C 160.53 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0147989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.742;QD=18.3457;RBI=0.0189832;REFB=-0.0280586;REVB=-0.0118892;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807695;STB=0.54602;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0258166;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:9:9:10:7:9:9 chr1 33802351 . C T 200.79 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0320426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.661;QD=15.1542;RBI=0.0452019;REFB=-0.0239989;REVB=-0.0318823;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981261;STB=0.555872;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0255289;OID=.;OPOS=33802351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:13:10:16:14:13:10:16:14 chr1 33832865 . A G 257.78 PASS AF=0.338235;AO=20;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00201304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.536;QD=15.1637;RBI=0.0235991;REFB=-0.0208313;REVB=-0.0235131;RO=37;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129967;STB=0.581459;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.029111;OID=.;OPOS=33832865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:20:23:0.338235:9:11:16:21:10:13:16:21 chr1 33832933 . G A 222.8 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00183414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.146;QD=18.9615;RBI=0.00480055;REFB=-0.0130125;REVB=0.00443635;RO=25;SAF=16;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100743;STB=0.530777;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0189712;OID=.;OPOS=33832933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:21:22:0.468085:5:16:17:8:6:16:17:8 chr1 33957152 . T G 558.03 PASS AF=1;AO=31;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.143;QD=60.3274;RBI=0.165511;REFB=0;REVB=0.162163;RO=0;SAF=31;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130062;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:31:37:1:0:31:0:0:6:31:0:0 chr1 33959960 . A G 78.02 PASS AF=0.588235;AO=8;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0541317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5261;QD=18.3582;RBI=0.0645036;REFB=-0.0139659;REVB=-0.035078;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446316;STB=0.529353;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0129707;OID=.;OPOS=33959960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:7:7:8:10:0.588235:3:5:4:3:5:5:4:3 chr1 33960062 . A G 143.12 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0180832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.875;QD=14.679;RBI=0.0231076;REFB=-0.00878446;REVB=-0.0143862;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827523;STB=0.524241;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0174052;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:15:16:0.410256:6:9:12:11:7:9:12:11 chr1 33961722 . C T 132.67 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0721284;FXX=0.0499875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6373;QD=13.9654;RBI=0.0733713;REFB=-0.0202237;REVB=0.0134477;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350945;STB=0.533289;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0411229;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:23:15:15:0.394737:7:8:12:12:7:8:11:12 chr1 33992812 . C T 334.19 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0157097;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.542;QD=21.5606;RBI=0.0195708;REFB=-0.0221084;REVB=-0.0116714;RO=27;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210469;STB=0.502855;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0252135;OID=.;OPOS=33992812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:28:34:34:0.548387:18:16:12:15:18:16:13:15 chr1 34015796 . G C 296.83 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0113305;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.765;QD=15.4197;RBI=0.0140543;REFB=-0.0123158;REVB=0.00831523;RO=45;SAF=14;SAR=19;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177996;STB=0.607107;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0182802;OID=.;OPOS=34015796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:44:33:33:0.428571:19:14:27:18:19:14:27:17 chr1 34090679 . T C 704.08 PASS AF=0.482759;AO=69;DP=143;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=22;FWDB=-0.0119988;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.443;QD=19.4229;RBI=0.0125691;REFB=-0.0235159;REVB=-0.00374312;RO=71;SAF=51;SAR=18;SRF=49;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564672;STB=0.514134;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0234402;OID=.;OPOS=34090679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:71:75:69:70:0.482759:18:51:49:22:19:51:53:22 chr1 34090751 . T A 1131.4 PASS AF=0.523364;AO=112;DP=208;FAO=112;FDP=214;FR=.;FRO=102;FSAF=69;FSAR=43;FSRF=66;FSRR=36;FWDB=-0.0247373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7854;QD=21.1476;RBI=0.0324681;REFB=-0.0380084;REVB=-0.0210295;RO=96;SAF=69;SAR=43;SRF=62;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267951;STB=0.515722;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.041562;OID=.;OPOS=34090751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:214:96:102:112:112:0.523364:43:69:62:34:43:69:66:36 chr1 34189888 . G A 205.78 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0129239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.626;QD=10.8308;RBI=0.0269233;REFB=0.00321172;REVB=0.0236186;RO=43;SAF=8;SAR=18;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387791;STB=0.680841;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00755381;OID=.;OPOS=34189888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:50:26:26:0.342105:18:8:29:14:18:8:29:21 chr1 34270498 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.974;QD=63.8712;RBI=0.0307226;REFB=0;REVB=-0.000344431;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36822e-05;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr1 34285342 . G A 1405.96 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0352173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2985;QD=60.4712;RBI=0.0434398;REFB=-0.0338303;REVB=-0.0254313;RO=2;SAF=49;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189511;STB=0.509802;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00524046;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:93:2:2:90:91:0.978495:41:49:2:0:41:50:2:0 chr1 34285381 . C T 1457.44 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.99;QD=57.7203;RBI=0.0288494;REFB=0;REVB=0.0264839;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261251;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:101:0:0:96:101:1:39:57:0:0:41:60:0:0 chr1 34329897 . T C 520.02 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.673;QD=59.4308;RBI=0.016802;REFB=0;REVB=-0.0093567;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54772e-05;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:17:18:0:0 chr1 34330067 . A C 504.63 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00897458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.581;QD=50.4629;RBI=0.0209582;REFB=-0.0518733;REVB=0.0189394;RO=4;SAF=24;SAR=12;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718749;STB=0.538441;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.010031;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:40:40:4:4:36:36:0.9:12:24:4:0:12:24:4:0 chr1 34578613 . A G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00299778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.758;QD=18.6412;RBI=0.00959351;REFB=-0.0149881;REVB=-0.00911311;RO=23;SAF=5;SAR=20;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256447;STB=0.685549;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0197843;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:26:25:25:0.490196:20:5:10:13:20:5:13:13 chr1 34643450 . G A 400.34 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0104082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.3;QD=16.1754;RBI=0.0128954;REFB=-0.0158171;REVB=0.00761315;RO=57;SAF=15;SAR=27;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879076;STB=0.549594;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0240095;OID=.;OPOS=34643450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:27:15:25:32:27:15:25:32 chr1 34663208 . C G 250.97 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00928017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.426;QD=19.6836;RBI=0.00954877;REFB=-0.0183901;REVB=-0.00224886;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222163;STB=0.623978;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0208559;OID=.;OPOS=34663208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:11:15:8:17:11:15:8:17 chr1 35184033 . C T 293.68 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152294;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.123;QD=53.3956;RBI=0.0153141;REFB=0;REVB=-0.00160841;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.96587e-06;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr1 35223913 . A C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0157697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.665;QD=18.4435;RBI=0.0167171;REFB=-0.0148864;REVB=-0.00554772;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43326;STB=0.76476;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0125027;OID=.;OPOS=35223913;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:8:9:11:11:0.55:8:3:7:1:8:3:8:1 chr1 35321242 . A C 464.32 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0482653;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4507;QD=21.8502;RBI=0.0595912;REFB=-0.0209191;REVB=-0.034951;RO=41;SAF=22;SAR=23;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431134;STB=0.518317;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0248907;OID=.;OPOS=35321242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:41:40:45:45:0.529412:23:22:18:23:23:22:18:22 chr1 35562965 . G A 103.53 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.024885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.232;QD=18.8244;RBI=0.0318774;REFB=-0.0221057;REVB=0.0199225;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579899;STB=0.533277;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0128303;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:4:6:8:4:4:6 chr1 35563206 . C G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0308399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.612;QD=16.3859;RBI=0.0485974;REFB=-0.0410428;REVB=0.0375581;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571344;STB=0.53326;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0223721;OID=.;OPOS=35563206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:5:3:4:5:5:3 chr1 36225948 . T C 464.75 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0135457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1415;QD=22.1308;RBI=0.0464678;REFB=0.00196822;REVB=0.0444496;RO=38;SAF=21;SAR=24;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713903;STB=0.533319;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.000878404;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:39:45:45:0.535714:24:21:21:17:24:21:21:18 chr1 36316571 . A C 319.88 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0397107;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.884;QD=23.2642;RBI=0.0410623;REFB=-0.0190774;REVB=0.0104487;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973538;STB=0.535447;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0130474;OID=.;OPOS=36316571;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:25:23:32:32:0.581818:18:14:14:11:18:14:12:11 chr1 36553673 . A G 785.24 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.289;QD=64.1015;RBI=0.0584931;REFB=0;REVB=0.032184;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047579;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr1 36636835 . C T 287.13 PASS AF=0.375;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.00106051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.399;QD=13.0515;RBI=0.0224749;REFB=-0.0162383;REVB=0.0224498;RO=52;SAF=11;SAR=22;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380251;STB=0.520995;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0229495;OID=.;OPOS=36636835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:52:55:33:33:0.375:22:11:19:33:22:11:20:35 chr1 36642420 . T C 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.045284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.347;QD=13.3409;RBI=0.0514289;REFB=-0.0172544;REVB=-0.0243781;RO=31;SAF=3;SAR=18;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151226;STB=0.610991;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0209552;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:18:3:7:24:18:3:8:24 chr1 36755040 . C G 43.66 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00804063;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.85;QD=17.4653;RBI=0.0244497;REFB=-0.00938858;REVB=-0.0230898;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279564;STB=0.66611;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00634075;OID=.;OPOS=36755040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:1:3:2:4:1:3 chr1 36793959 . G A 292.84 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0316526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.589;QD=27.2407;RBI=0.0347175;REFB=-0.0227976;REVB=0.0142624;RO=17;SAF=4;SAR=22;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473597;STB=0.764986;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00635031;OID=.;OPOS=36793959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:22:4:12:5:22:4:12:5 chr1 36794138 . G A 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0694842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.873;QD=9.19891;RBI=0.0720325;REFB=0.0111077;REVB=0.0189902;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343745;STB=0.71926;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0167028;OID=.;OPOS=36794138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:5:8:6:1:5:8 chr1 36805478 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0238549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.652;QD=16.3859;RBI=0.0278387;REFB=-0.0169983;REVB=-0.0143506;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14199;STB=0.583142;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0107322;OID=.;OPOS=36805478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:4:4:6:3:4:4 chr1 36820927 . G A 1526.31 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392644;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3075;QD=59.8552;RBI=0.0454182;REFB=0;REVB=-0.0228281;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84646e-05;OID=.;OPOS=36820927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:48:54:0:0:48:54:0:0 chr1 36888462 . A G 263.51 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0240963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2071;QD=17.5674;RBI=0.0495823;REFB=0.0264162;REVB=0.0433333;RO=31;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257792;STB=0.521724;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0153288;OID=.;OPOS=36888462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:31:28:29:0.483333:11:17:18:13:11:18:18:13 chr1 36889005 . G A 193.0 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0279607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.203;QD=13.7858;RBI=0.0283011;REFB=-0.00995706;REVB=0.00437614;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174917;STB=0.599914;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0166744;OID=.;OPOS=36889005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:10:13:13:20:10:13:13:20 chr1 36893968 . A G 113.75 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0331265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.022;QD=18.2002;RBI=0.0561733;REFB=0.00342148;REVB=0.045366;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293034;STB=0.664126;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00532571;OID=.;OPOS=36893968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:11:1:5:8:11:1 chr1 36926853 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00010844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.193;QD=16.8229;RBI=0.027022;REFB=-0.0117139;REVB=-0.0270218;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0115488;OID=.;OPOS=36926853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:1:4:4:3:1:4 chr1 36927733 . G A 767.4 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0428833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8423;QD=54.8144;RBI=0.0688663;REFB=0.0408888;REVB=0.053885;RO=1;SAF=19;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241485;STB=0.512191;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000199905;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:1:1:53:55:0.982143:34:19:1:0:35:20:1:0 chr1 36937059 . A G 241.61 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00462766;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.072;QD=12.2335;RBI=0.0123698;REFB=-0.010839;REVB=-0.0114715;RO=50;SAF=14;SAR=15;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128642;STB=0.573863;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0184737;OID=.;OPOS=36937059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:50:50:29:29:0.367089:15:14:30:20:15:14:30:20 chr1 37948137 . C T 140.59 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0182438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9933;QD=13.0784;RBI=0.0410227;REFB=-0.0302422;REVB=0.0367427;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146985;STB=0.596423;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0542209;OID=.;OPOS=37948137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:9:7:15:11:9:7:16:11 chr1 38006359 . A G 722.78 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143236;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.737;QD=61.5132;RBI=0.0338491;REFB=-0.127212;REVB=-0.0306691;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218529;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0030837;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:47:1:1:45:46:0.978723:24:21:1:0:24:22:1:0 chr1 38019747 . C T 342.52 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0213132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.871;QD=48.9319;RBI=0.0953649;REFB=-0.103555;REVB=0.0929528;RO=2;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712357;STB=0.538432;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00229034;OID=.;OPOS=38019747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:27:28:2:2:25:26:0.928571:12:13:0:2:12:14:0:2 chr1 38077420 . A ACC,C 100.31 PASS AF=0.2,0.8;AO=2,8;DP=10;FAO=2,8;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910362,-0.0327089;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=2,1;MLLD=237.116,87.1548;QD=40.1254;RBI=0.00910362,0.0327089;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=2,8;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0567567,0.0317829;OID=.,.;OPOS=38077421,38077420;OREF=-,A;OALT=CC,C;OMAPALT=ACC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:10:10:0:0:2,8:2,8:0.2,0.8:0,0:2,8:0:0:0,0:2,8:0:0 chr1 38148765 . A G 1735.37 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4615;QD=60.3608;RBI=0.09162;REFB=0;REVB=0.0620005;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614651;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:115:0:0:112:115:1:57:55:0:0:60:55:0:0 chr1 38158647 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0394444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.959;QD=9.75969;RBI=0.0417375;REFB=4.13046e-05;REVB=-0.0136442;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286112;STB=0.681208;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000473393;OID=.;OPOS=38158647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:6:1:4:8:6:1:4:8 chr1 38173983 . TTTC T 472.21 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768681;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=3;MLLD=187.229;QD=47.2206;RBI=0.0281615;REFB=0;REVB=-0.0270921;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.30099e-06;OID=.;OPOS=38173984;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:39:40:40:0:21:19:0:0:9:0:21:16:0:0 chr1 38182304 . GTC CGT,GT 41.02 PASS AF=0.0263158,0.210526;AO=3,6;DP=40;FAO=1,8;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=1,2;FSAR=0,6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0451338,0.039158;FXX=0.0499875;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=100.97,15.9786;QD=4.31747;RBI=0.0574443,0.0844679;REFB=-0.0010098,-0.0149212;REVB=-0.0355358,-0.0748431;RO=24;SAF=3,1;SAR=0,5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0.34;SSEP=0,0;SSSB=0.558418,-0.457624;STB=0.988257,0.75936;STBP=0.466,0.122;TYPE=mnp,del;VARB=0.108641,0.0221589;OID=.,.;OPOS=38182304,38182306;OREF=GTC,C;OALT=CGT,-;OMAPALT=CGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:40:38:24:29:3,6:1,8:0.0263158,0.210526:0,5:3,1:13:11:0,6:1,2:17:12 chr1 38203661 . T TG 193.86 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080011;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.0768;QD=45.6136;RBI=0.0837865;REFB=0;REVB=-0.0834036;RO=2;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00365501;OID=.;OPOS=38203662;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:17:17:17:0:6:11:0:0:4:2:6:9:0:2 chr1 38227086 . A T 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9142;QD=53.9062;RBI=0.0215859;REFB=0;REVB=0.0215394;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034635;OID=.;OPOS=38227086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:21:3:0:0:21:3:0:0 chr1 38227268 . G T 103.39 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00846392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.989;QD=18.7977;RBI=0.0344293;REFB=-0.0298127;REVB=0.0333727;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221878;STB=0.626659;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0190491;OID=.;OPOS=38227268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:7:3:7:5:7:3 chr1 38266725 . AACTG A 184.92 PASS AF=0.4;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00716944;FXX=0.0476134;HRUN=2;LEN=4;MLLD=245.723;QD=9.24611;RBI=0.0177833;REFB=-0.0160546;REVB=-0.016274;RO=40;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577204;STB=0.506489;STBP=0.933;TYPE=del;VARB=0.021465;OID=.;OPOS=38266726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:31:81:32:80:48:13:19:19:29:99:40:13:18:17:23 chr1 38280680 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00655297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.285;QD=12.8603;RBI=0.0220817;REFB=0.00516579;REVB=0.021087;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308464;STB=0.685728;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00249832;OID=.;OPOS=38280680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:5:3:5:2:5:3 chr1 38327935 . CAG C 490.33 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.00564241;FXX=0.049995;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.236;QD=20.6454;RBI=0.0129811;REFB=-0.0123245;REVB=-0.0116907;RO=48;SAF=21;SAR=26;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126021;STB=0.569627;STBP=0.222;TYPE=del;VARB=0.0105091;OID=.;OPOS=38327936;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494737:47:97:47:95:48:21:26:15:33:99:48:21:26:15:33 chr1 38327982 . G T 456.27 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0847637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1927;QD=20.0558;RBI=0.085307;REFB=-0.0336364;REVB=-0.009612;RO=46;SAF=22;SAR=23;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149365;STB=0.582603;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0393081;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:23:22:15:31:23:22:15:31 chr1 38338795 . A G 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0242318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.557;QD=18.3009;RBI=0.0242363;REFB=0.00210681;REVB=0.000471199;RO=23;SAF=1;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.64266;STB=0.8798;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00287709;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:19:1:11:12:19:1:11:12 chr1 38423853 . G C 1207.78 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.423;QD=61.1536;RBI=0.0310475;REFB=0;REVB=-0.00152165;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92836e-05;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:42:36:0:0:42:37:0:0 chr1 38442547 . G A 323.53 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5763;QD=53.9219;RBI=0.0131339;REFB=0;REVB=0.00746505;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367231;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:7:16:0:0:7:17:0:0 chr1 38450367 . A G 514.67 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109095;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9717;QD=58.8193;RBI=0.139989;REFB=0;REVB=0.0877216;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00396572;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:12:20:0:0:13:22:0:0 chr1 38462898 . T A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0107243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.098;QD=23.2184;RBI=0.0107243;REFB=0.132605;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175927;OID=.;OPOS=38462898;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr1 38462905 . C G 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0977991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0333;QD=35.5652;RBI=0.163472;REFB=0;REVB=-0.13099;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0199352;OID=.;OPOS=38462905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr1 38463504 . C T 705.8 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9148;QD=55.3565;RBI=0.0260819;REFB=0;REVB=-0.0162555;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117071;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:21:27:0:0:24:27:0:0 chr1 38862336 . T A 357.58 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6474;QD=55.0123;RBI=0.0760948;REFB=0;REVB=-0.0587576;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00256027;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr1 39329700 . G T 60.28 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0298447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8025;QD=17.2218;RBI=0.030776;REFB=-0.0385232;REVB=-0.00751397;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0261206;OID=.;OPOS=39329700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:3:3:4:4:3:3 chr1 39775999 . G A 272.75 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0310712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7033;QD=14.9454;RBI=0.033814;REFB=-0.0219555;REVB=-0.0133405;RO=42;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981495;STB=0.55542;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0341322;OID=.;OPOS=39775999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:17:14:15:27:17:14:15:27 chr1 39806610 . C T 545.89 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000589079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.439;QD=57.4623;RBI=0.0271652;REFB=-0.0560931;REVB=0.0271588;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00244863;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:17:19:1:0:17:20:1:0 chr1 39812822 . C A 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9536;QD=58.1391;RBI=0.0165397;REFB=0;REVB=-0.00410697;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146633;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr1 39881040 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1495;QD=33.4285;RBI=0.0318716;REFB=0;REVB=-0.0318716;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00287074;OID=.;OPOS=39881040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr1 39882001 . C G 94.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0426108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9257;QD=10.2496;RBI=0.0427132;REFB=-0.017459;REVB=-0.0029551;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112421;STB=0.567457;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0416481;OID=.;OPOS=39882001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:37:37:25:25:12:12:0.324324:6:6:10:15:6:6:10:15 chr1 39908506 . G A 750.43 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329605;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.323;QD=63.8664;RBI=0.0231137;REFB=0;REVB=0.0228775;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01023e-05;OID=.;OPOS=39908506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:23:24:0:0 chr1 39914363 . G C 192.01 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.021453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1333;QD=13.0176;RBI=0.0314171;REFB=-0.0138469;REVB=-0.0229522;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024448;STB=0.535021;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0389235;OID=.;OPOS=39914363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:23:24:0.40678:13:10:14:20:13:11:14:21 chr1 40092677 . C T 591.41 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0179264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.265;QD=24.3879;RBI=0.0350217;REFB=-0.0248675;REVB=0.0300859;RO=42;SAF=22;SAR=32;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368883;STB=0.526224;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.019335;OID=.;OPOS=40092677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:43:54:54:0.556701:32:22:19:23:32:22:20:23 chr1 40098328 . T C 476.01 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.290727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.778;QD=56.0009;RBI=0.29146;REFB=0;REVB=-0.0206647;RO=2;SAF=3;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686643;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:2:0:32:34:1:29:3:2:0:29:5:0:0 chr1 40145297 . C T 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.427;QD=62.3461;RBI=0.0407016;REFB=0;REVB=0.0155741;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538763;OID=.;OPOS=40145297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr1 40149642 . G T 1738.37 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.505;QD=60.465;RBI=0.0736651;REFB=0;REVB=0.066372;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119712;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:115:0:0:112:115:1:59:53:0:0:60:55:0:0 chr1 40363054 . G C 393.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2177;QD=56.1762;RBI=0.102367;REFB=0;REVB=0.0622542;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333112;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr1 40430907 . C T 116.12 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0225365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.286;QD=11.3289;RBI=0.0259414;REFB=-0.00888515;REVB=-0.0128477;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126125;STB=0.510623;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0176992;OID=.;OPOS=40430907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:27:14:14:0.341463:8:6:11:14:8:6:12:15 chr1 40533266 . T G 483.16 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.299;QD=58.5651;RBI=0.0620321;REFB=0;REVB=-0.0220566;RO=0;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259746;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:27:5:0:0:27:6:0:0 chr1 40533287 . T G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.721;QD=54.5145;RBI=0.0466687;REFB=0;REVB=-0.0113644;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236014;OID=.;OPOS=40533287;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:24:1:0:0:24:1:0:0 chr1 40533315 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.814;QD=45.8063;RBI=0.00927151;REFB=0;REVB=0.00927151;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112673;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr1 40533320 . T G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.325;QD=44.687;RBI=0.0128669;REFB=0;REVB=0.000823278;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257981;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr1 40533326 . T G 134.61 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17159;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1513;QD=44.869;RBI=0.171715;REFB=0;REVB=-0.00653419;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00856123;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr1 40533347 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.873;QD=42.1826;RBI=0.0785279;REFB=0;REVB=0.0641841;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244532;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr1 40643607 . G C 240.52 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0230846;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4073;QD=13.9433;RBI=0.032481;REFB=-0.0214024;REVB=0.02285;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153836;STB=0.59993;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0335117;OID=.;OPOS=40643607;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:41:28:28:0.405797:15:13:24:15:15:13:26:15 chr1 40702570 . C T 139.9 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00673779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4901;QD=20.7262;RBI=0.0405279;REFB=-0.0274769;REVB=-0.0399639;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00912176;STB=0.514832;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0310284;OID=.;OPOS=40702570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:8:7:5:6:8:7:6:6 chr1 40704937 . C G 51.5 PASS AF=0.275862;AO=7;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0158644;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7702;QD=7.10385;RBI=0.0320071;REFB=-0.0263167;REVB=0.0277988;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113585;STB=0.57126;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0913626;OID=.;OPOS=40704937;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:29:29:19:21:7:8:0.275862:2:5:15:4:3:5:15:6 chr1 40704963 . TTA T,TAA 59.78 PASS AF=0.3125,0;AO=6,2;DP=35;FAO=10,0;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8,0;FSAR=2,0;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.232564,-0.111684;FXX=0.0302939;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=21.7733,17.8822;QD=7.47224;RBI=0.24566,0.114254;REFB=-0.0448495,0.0259816;REVB=-0.0791373,0.0240953;RO=21;SAF=4,1;SAR=2,1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.171939,-0.0228352;STB=0.75621,0.5;STBP=0.068,1;TYPE=del,snp;VARB=0.133896,0;OID=.,.;OPOS=40704964,40704964;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125,0:6,2:35:10,0:32:22:8,0:2,0:10:12:60:21:4,1:2,1:11:10 chr1 40705399 . T C 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0253841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.289;QD=13.4541;RBI=0.0283615;REFB=-0.00769371;REVB=-0.0126499;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141797;STB=0.583184;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0120185;OID=.;OPOS=40705399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:6:9:5:6:6:9 chr1 40705522 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0405406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6824;QD=11.9195;RBI=0.0819788;REFB=0.0300075;REVB=0.0712529;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0273377;OID=.;OPOS=40705522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:3:6:5:2:3:6 chr1 40768344 . C T 789.35 PASS AF=0.520548;AO=73;DP=144;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00999286;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.863;QD=21.6261;RBI=0.0148145;REFB=-0.020199;REVB=0.0109367;RO=70;SAF=27;SAR=46;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144968;STB=0.558483;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0143431;OID=.;OPOS=40768344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:70:70:73:76:0.520548:46:27:37:33:46:30:36:34 chr1 40769584 . T C 60.32 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0182606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.369;QD=17.2355;RBI=0.0358469;REFB=-0.0143698;REVB=0.0308473;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661115;STB=0.571253;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00947659;OID=.;OPOS=40769584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:4:4:2:3:4:4:2:4 chr1 40770456 . A T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0214281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.174;QD=13.6609;RBI=0.0446369;REFB=-0.00984078;REVB=-0.0391572;RO=21;SAF=12;SAR=2;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504148;STB=0.79952;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0115501;OID=.;OPOS=40770456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:2:12:9:12:2:12:9:12 chr1 40773123 . G C 414.83 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0259489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.879;QD=21.8332;RBI=0.0260357;REFB=0.0179265;REVB=-0.00212505;RO=35;SAF=29;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153373;STB=0.584971;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0155905;OID=.;OPOS=40773123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:12:29:19:16:12:29:19:16 chr1 40773149 . T C 311.55 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00815801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.263;QD=16.6162;RBI=0.00991241;REFB=-0.0258538;REVB=-0.00563051;RO=39;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202672;STB=0.617102;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0353567;OID=.;OPOS=40773149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:39:41:33:34:0.453333:18:15:26:13:19:15:27:14 chr1 40773175 . G C 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0274231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.908;QD=14.4326;RBI=0.028122;REFB=-0.0301322;REVB=-0.00623076;RO=44;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143137;STB=0.581145;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0444624;OID=.;OPOS=40773175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:17:14:26:18:17:14:26:18 chr1 40777800 . T G 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0108093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0371;QD=9.09913;RBI=0.0433169;REFB=0.00977671;REVB=-0.0419466;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217768;STB=0.633843;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0225227;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:9:10:3:6:9:10 chr1 40840353 . A G 116.35 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.038249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9138;QD=11.635;RBI=0.0398636;REFB=-0.00236685;REVB=-0.0112305;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615386;STB=0.503644;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359573;OID=.;OPOS=40840353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:11:15:8:6:11:15 chr1 40881041 . C G 1221.43 PASS AF=0.933333;AO=83;DP=88;FAO=84;FDP=90;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0435466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4736;QD=54.2859;RBI=0.124653;REFB=-0.109141;REVB=0.116799;RO=4;SAF=39;SAR=44;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262849;STB=0.508784;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0272053;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:88:90:4:6:83:84:0.933333:44:39:2:2:45:39:2:4 chr1 41285087 . T C 670.64 PASS AF=0.425287;AO=74;DP=174;FAO=74;FDP=174;FR=.;FRO=100;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.0276484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.547;QD=15.417;RBI=0.0278116;REFB=-0.0370152;REVB=0.00300857;RO=99;SAF=45;SAR=29;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138367;STB=0.574719;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.057862;OID=.;OPOS=41285087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:99:100:74:74:0.425287:29:45:47:52:29:45:48:52 chr1 41285585 . G A 566.9 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00214724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.022;QD=22.905;RBI=0.0206341;REFB=-0.013998;REVB=0.0205221;RO=45;SAF=18;SAR=35;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150803;STB=0.578832;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0175689;OID=.;OPOS=41285585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:46:53:53:0.535354:35:18:23:22:35:18:23:23 chr1 41285591 . A G 556.61 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0154516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5733;QD=22.7187;RBI=0.0236197;REFB=-0.00414868;REVB=-0.0178645;RO=44;SAF=17;SAR=35;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17274;STB=0.586722;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00371314;OID=.;OPOS=41285591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:44:46:52:52:0.530612:35:17:23:21:35:17:23:23 chr1 41976017 . C G,T 367.01 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=2,25;DP=27;FAO=2,25;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140178,-0.00678984;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.428,121.273;QD=54.3723;RBI=0.0144813,0.00755425;REFB=0,0;REVB=-0.00363465,0.0033113;RO=0;SAF=1,17;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.104706,0.00215535;OID=.,.;OPOS=41976017,41976017;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:2,25:2,25:0.0740741,0.925926:1,8:1,17:0:0:1,8:1,17:0:0 chr1 41978566 . T G 2158.47 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.9635;QD=62.1143;RBI=0.0803482;REFB=0;REVB=0.0478052;RO=0;SAF=45;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130063;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:139:0:0:131:139:1:86:45:0:0:88:51:0:0 chr1 41978825 . C G 817.5 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.055;QD=57.3682;RBI=0.0552336;REFB=0;REVB=0.0414256;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68927e-05;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:28:27:0:0:29:28:0:0 chr1 42047300 . A T 240.02 PASS AF=0.5;AO=20;DP=43;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0030939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.706;QD=20.8716;RBI=0.0184509;REFB=-0.00602211;REVB=-0.0181896;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613768;STB=0.565161;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00569267;OID=.;OPOS=42047300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:23:23:20:23:0.5:10:10:10:13:10:13:10:13 chr1 42048745 . T C 470.94 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196741;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0887;QD=58.867;RBI=0.0636357;REFB=0;REVB=0.060518;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229088;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr1 42049032 . G A 3222.87 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400417;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.348;QD=61.9783;RBI=0.0581888;REFB=0;REVB=0.0422209;RO=0;SAF=130;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128477;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:208:0:0:209:208:1:79:130:0:0:79:129:0:0 chr1 42049140 . C G 1572.52 PASS AF=0.981818;AO=107;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0565777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.858;QD=57.1824;RBI=0.0626903;REFB=-0.166193;REVB=0.0270007;RO=2;SAF=66;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141647;STB=0.507352;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000517688;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:2:2:107:108:0.981818:41:66:2:0:41:67:2:0 chr1 42049603 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.024222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4902;QD=14.7985;RBI=0.0311047;REFB=0.00542267;REVB=0.0195141;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659235;STB=0.538392;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00258948;OID=.;OPOS=42049603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:5:8:6:5:5:8 chr1 42050366 . C T 199.67 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00943593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.051;QD=15.6607;RBI=0.0687901;REFB=-0.0215329;REVB=-0.0681399;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411415;STB=0.523445;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0205405;OID=.;OPOS=42050366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:10:12:17:12:10:12:17:12 chr1 42619139 . A G 739.25 PASS AF=0.537879;AO=71;DP=132;FAO=71;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0198075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.905;QD=22.4015;RBI=0.0208854;REFB=-0.0374944;REVB=-0.00662289;RO=45;SAF=37;SAR=34;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153397;STB=0.516801;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0275178;OID=.;OPOS=42619139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:45:61:71:71:0.537879:34:37:33:12:34:37:34:27 chr1 42619152 . C A 555.58 PASS AF=0.413793;AO=60;DP=146;FAO=60;FDP=145;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.020701;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.836;QD=15.3264;RBI=0.0560066;REFB=-0.0232971;REVB=0.0520405;RO=85;SAF=36;SAR=24;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136258;STB=0.576576;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0116106;OID=.;OPOS=42619152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:85:85:60:60:0.413793:24:36:40:45:24:36:40:45 chr1 42693597 . A G 426.69 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0182259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.69;QD=19.177;RBI=0.0365361;REFB=-0.0163174;REVB=-0.0316656;RO=46;SAF=16;SAR=27;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688194;STB=0.538181;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0176795;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:27:16:14:32:27:16:14:32 chr1 42880516 . T C 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0170055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3316;QD=14.9776;RBI=0.0415864;REFB=-0.0266885;REVB=0.0379505;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501495;STB=0.529352;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.032355;OID=.;OPOS=42880516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:5:6:6:4:5:6 chr1 42898843 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00989601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.556;QD=16.1065;RBI=0.0107835;REFB=-0.00438211;REVB=-0.00428399;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243853;STB=0.612558;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00456484;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:6:11:18:3:6:11:18:4 chr1 42925688 . T G 304.38 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.028389;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8609;QD=14.6688;RBI=0.0292423;REFB=-0.0132415;REVB=-0.00701274;RO=44;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620372;STB=0.52495;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0197524;OID=.;OPOS=42925688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:44:49:34:34:0.409639:18:16:18:26:18:16:21:28 chr1 43034740 . T C 136.07 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0116532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6419;QD=17.5579;RBI=0.0162522;REFB=-0.0202272;REVB=-0.0113286;RO=16;SAF=12;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419651;STB=0.742508;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0155364;OID=.;OPOS=43034740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:3:12:6:10:3:12:6:10 chr1 43119603 . T C 283.59 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.01104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9035;QD=19.901;RBI=0.0231772;REFB=0.0179254;REVB=0.0203789;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882131;STB=0.540609;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0099163;OID=.;OPOS=43119603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:13:17:12:14:13:17:13:14 chr1 43201534 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0164898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.253;QD=15.2623;RBI=0.0390891;REFB=-0.0240729;REVB=0.0354407;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957353;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0302039;OID=.;OPOS=43201534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:7:9:6:7:7:9 chr1 43212111 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0130907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.916;QD=11.0194;RBI=0.014949;REFB=-0.026259;REVB=0.00721849;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912889;STB=0.555379;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0414136;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:6:2:2:4:6:2 chr1 43212424 . C CG 395.47 PASS AF=0.979798;AO=16;DP=131;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0848386;FXX=0.214269;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.13179;QD=15.9787;RBI=0.151613;REFB=-0.034425;REVB=0.125654;RO=114;SAF=15;SAR=1;SRF=77;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466954;STB=0.506249;STBP=0.566;TYPE=ins;VARB=0.0515627;OID=.;OPOS=43212425;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.979798:16:131:97:99:2:79:18:2:0:3:114:15:1:77:37 chr1 43212430 . GA GC,GG 1949.9 PASS AF=0.0757576,0.893939;AO=8,85;DP=132;FAO=10,118;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9,81;FSAR=1,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155597,0.0977696;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.4946,43.1457;QD=59.088;RBI=0.155827,0.0977776;REFB=0,0;REVB=0.00846675,-0.00124804;RO=0;SAF=3,59;SAR=5,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.017375,0.00835014;OID=.,.;OPOS=43212431,43212431;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0757576,0.893939:8,85:132:10,118:132:0:9,81:1,37:0:0:30:0:3,59:5,26:0:0 chr1 43212869 . A T 274.69 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0383644;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.472;QD=20.3474;RBI=0.0398029;REFB=-0.029089;REVB=0.010604;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197056;STB=0.609065;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0249845;OID=.;OPOS=43212869;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:25:29:29:0.537037:14:15:7:18:14:15:7:18 chr1 43215571 . A G 1073.47 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3627;QD=58.0252;RBI=0.10391;REFB=0;REVB=0.10304;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00438148;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:74:0:0:67:74:1:34:33:0:0:41:33:0:0 chr1 43309842 . G C,T 713.24 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=44,2;DP=46;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145983,-0.0974944;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.731,80.9709;QD=62.0212;RBI=0.0189632,0.0979097;REFB=0,0;REVB=0.0121033,-0.00900866;RO=0;SAF=19,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00178589,0.218291;OID=.,.;OPOS=43309842,43309842;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:46:46:0:0:44,2:44,2:0.956522,0.0434783:25,2:19,0:0:0:25,2:19,0:0:0 chr1 43395635 . C T 188.29 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0125351;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.754;QD=19.8202;RBI=0.0126675;REFB=-0.0252386;REVB=0.00182672;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144364;STB=0.531116;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0268602;OID=.;OPOS=43395635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:19:19:19:0.5:13:6:3:14:13:6:5:14 chr1 43396414 . G A 243.25 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00254687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2664;QD=23.1671;RBI=0.0305711;REFB=-0.0184746;REVB=0.0304649;RO=19;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193355;STB=0.608403;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0219725;OID=.;OPOS=43396414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:16:7:10:9:16:7:10:9 chr1 43408966 . G A 842.54 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0334228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.988;QD=54.3577;RBI=0.052928;REFB=-0.00870425;REVB=0.04104;RO=2;SAF=25;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362622;STB=0.519224;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000175313;OID=.;OPOS=43408966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:35:25:2:0:35:25:2:0 chr1 43457145 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0289014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.216;QD=20.8925;RBI=0.0414257;REFB=0.0152021;REVB=-0.0296782;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251221;STB=0.644436;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0093737;OID=.;OPOS=43457145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:2:4:3:7:2:4 chr1 43457170 . T C 167.88 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.549;QD=44.7689;RBI=0.0271221;REFB=0;REVB=0.00149224;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00360221;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:13:15:1:8:5:0:0:8:7:0:0 chr1 43610910 . T G 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0091129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.076;QD=9.83021;RBI=0.0100018;REFB=-0.0272342;REVB=-0.00412212;RO=26;SAF=9;SAR=3;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162394;STB=0.596013;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0506191;OID=.;OPOS=43610910;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:3:9:22:4:3:9:22:4 chr1 43649336 . T C 624.32 PASS AF=0.516393;AO=62;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.00936843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4777;QD=20.4696;RBI=0.0229476;REFB=0.00197903;REVB=0.0209482;RO=59;SAF=36;SAR=26;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269716;STB=0.511449;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00138242;OID=.;OPOS=43649336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:59:59:62:63:0.516393:26:36:36:23:26:37:36:23 chr1 43649393 . T C 423.38 PASS AF=0.457143;AO=37;DP=97;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0361342;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.508;QD=16.1287;RBI=0.0372505;REFB=-0.0369259;REVB=0.00905068;RO=58;SAF=23;SAR=14;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169367;STB=0.631654;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0439737;OID=.;OPOS=43649393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:105:58:57:37:48:0.457143:14:23:27:31:15:33:26:31 chr1 43649508 . A G 254.38 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0135874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7211;QD=15.4169;RBI=0.035998;REFB=0.0224012;REVB=0.0333352;RO=37;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214245;STB=0.620176;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0330524;OID=.;OPOS=43649508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:15:14:10:27:15:14:10:27 chr1 43652442 . G C 335.64 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.000782519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.046;QD=20.655;RBI=0.0207755;REFB=-0.0229899;REVB=0.0207608;RO=30;SAF=21;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185202;STB=0.6067;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0160554;OID=.;OPOS=43652442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:30:34:35:0.538462:13:21:12:18:13:22:12:18 chr1 43662106 . G C 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=9.2508e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.488;QD=13.2112;RBI=0.00117672;REFB=-0.00812356;REVB=-0.00117308;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151967;STB=0.555477;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0151682;OID=.;OPOS=43662106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:22:14:14:0.388889:7:7:7:13:7:7:9:13 chr1 43675467 . G A 174.47 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0118101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3055;QD=11.6312;RBI=0.0626101;REFB=-0.034825;REVB=0.0614861;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293764;STB=0.668973;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0569724;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:9:13:12:26:9:13:12:26 chr1 43771016 . TAAAGA TAAGA,TAAGAG 135.09 PASS AF=0.62963,0;AO=13,2;DP=28;FAO=17,0;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=5,0;FSAR=12,0;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.091721,0.0718292;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=16.6488,13.9576;QD=20.0134;RBI=0.107531,0.0796877;REFB=-0.0277041,-0.0326786;REVB=0.0561256,-0.0345066;RO=9;SAF=5,0;SAR=8,2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.128523,-0.502622;STB=0.502615,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.015539,0.0385483;OID=.,.;OPOS=43771017,43771019;OREF=A,AGA;OALT=-,GAG;OMAPALT=TAAGA,TAAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62963,0:13,2:28:17,0:27:10:5,0:12,0:3:7:57:9:5,0:8,2:2:7 chr1 43779564 . T C 380.11 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0120746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.481;QD=14.9064;RBI=0.0309713;REFB=-0.0145217;REVB=0.0285206;RO=59;SAF=15;SAR=28;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135168;STB=0.576316;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0271757;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:28:15:28:31:28:15:28:31 chr1 43784956 . A G 270.81 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0305346;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.651;QD=20.8314;RBI=0.0317261;REFB=-0.0321039;REVB=-0.00861327;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598752;STB=0.541637;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0272676;OID=.;OPOS=43784956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:24:28:28:0.538462:13:15:14:9:13:15:15:9 chr1 43825644 . T C 304.92 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0274772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.875;QD=26.5145;RBI=0.0326759;REFB=-0.0228261;REVB=0.0176839;RO=19;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506519;STB=0.528032;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0143501;OID=.;OPOS=43825644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:11:16:10:9:11:16:10:9 chr1 43886494 . C T 262.33 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00692161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.522;QD=12.492;RBI=0.0113203;REFB=-0.00715057;REVB=0.00895767;RO=48;SAF=15;SAR=16;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105685;STB=0.563512;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0135153;OID=.;OPOS=43886494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:48:53:31:31:0.369048:16:15:28:20:16:15:31:22 chr1 43906895 . A AG 48.58 PASS AF=0.35;AO=4;DP=40;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00743768;FXX=0.499875;HRUN=0;LEN=1;MLLD=142.358;QD=9.71624;RBI=0.0246719;REFB=-0.00687271;REVB=-0.0235241;RO=36;SAF=0;SAR=4;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.686563;STB=0.788742;STBP=0.077;TYPE=ins;VARB=0.0124701;OID=.;OPOS=43906896;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:4:40:7:20:13:2:5:10:3:48:36:0:4:26:10 chr1 43906896 . A G 313.2 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.000109496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.922;QD=30.5558;RBI=0.0102505;REFB=-0.0256065;REVB=0.01025;RO=14;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797904;STB=0.543695;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00981002;OID=.;OPOS=43906896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:11:16:10:4:11:16:10:4 chr1 43909265 . T C 140.33 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.013681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.325;QD=16.5091;RBI=0.0148409;REFB=-0.0461898;REVB=0.00575164;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109898;STB=0.526283;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0432203;OID=.;OPOS=43909265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:6:9:11:7:7:9:11:7 chr1 43917066 . AG AC,A 51.02 PASS AF=0.129032,0.193548;AO=5,6;DP=30;FAO=4,6;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4,5;FSAR=0,1;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.04063,-0.0839694;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=124.218,16.6141;QD=6.58339;RBI=0.0408363,0.0992254;REFB=-0.0152484,-0.108319;REVB=0.00409935,-0.0528661;RO=19;SAF=5,5;SAR=0,1;SRF=5;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.763434,0.602509;STB=0.997804,0.86096;STBP=0.008,0.08;TYPE=snp,del;VARB=0.189185,0.103258;OID=.,.;OPOS=43917067,43917067;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.129032,0.193548:5,6:30:4,6:31:21:4,5:0,1:7:14:28:19:5,5:0,1:5:14 chr1 43917637 . G A 150.96 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0119531;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.4592;QD=20.1282;RBI=0.0358823;REFB=-0.0273;REVB=0.0338328;RO=12;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182627;STB=0.514688;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0122041;OID=.;OPOS=43917637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:14:16:16:0.533333:5:11:8:4:5:11:10:4 chr1 44058265 . C A 401.83 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00367171;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.446;QD=34.9417;RBI=0.0290949;REFB=-0.0611231;REVB=0.0288622;RO=13;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946455;STB=0.562461;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0204766;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:13:14:32:32:0.695652:18:14:8:5:18:14:9:5 chr1 44071221 . G A 636.69 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756777;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.811;QD=62.1156;RBI=0.0127139;REFB=0;REVB=0.0102163;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00109e-05;OID=.;OPOS=44071221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:17:24:0:0 chr1 44072018 . C T 418.1 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.00676045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0305;QD=14.4173;RBI=0.0132426;REFB=-0.0189206;REVB=0.0113869;RO=67;SAF=21;SAR=27;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148958;STB=0.579366;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.026113;OID=.;OPOS=44072018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:68:48:48:0.413793:27:21:39:28:27:21:39:29 chr1 44072066 . C T 297.44 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0526074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.748;QD=13.3679;RBI=0.0526435;REFB=-0.00313724;REVB=0.00194986;RO=55;SAF=12;SAR=22;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134984;STB=0.577302;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00489798;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:22:12:26:29:22:12:26:29 chr1 44083507 . T C 617.23 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179409;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.333;QD=61.7234;RBI=0.0455167;REFB=0;REVB=0.0418318;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273442;OID=.;OPOS=44083507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr1 44083519 . G A 656.99 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3725;QD=59.726;RBI=0.0232644;REFB=-0.0658445;REVB=0.0165598;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268199;STB=0.514279;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.015884;OID=.;OPOS=44083519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:26:17:1:0:26:17:1:0 chr1 44084739 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2876;QD=47.822;RBI=0.106288;REFB=0;REVB=0.087104;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342116;OID=.;OPOS=44084739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr1 44086831 . C T 526.82 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0307013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.725;QD=56.9535;RBI=0.0354619;REFB=0.0303661;REVB=-0.0177475;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.521727;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.000197141;OID=.;OPOS=44086831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:11:25:0:0:11:25:0:1 chr1 44137257 . C A 868.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.936;QD=57.8827;RBI=0.0211622;REFB=0;REVB=0.0170186;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08302e-05;OID=.;OPOS=44137257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:40:19:0:0:41:19:0:0 chr1 44395786 . C T 536.11 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.745;QD=59.5678;RBI=0.0793367;REFB=0;REVB=0.0542547;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664377;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr1 44401384 . A G 663.34 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.96;QD=61.7064;RBI=0.0765018;REFB=0;REVB=0.0671078;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065062;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:21:20:0:0:23:20:0:0 chr1 44415415 . C T 542.79 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00586058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.386;QD=54.2785;RBI=0.0067335;REFB=-0.0184058;REVB=0.00331566;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322723;STB=0.533316;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000389261;OID=.;OPOS=44415415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:37:38:0.95:23:14:1:0:24:14:2:0 chr1 44457305 . G A 1260.03 PASS AF=0.955056;AO=82;DP=86;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0112984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.456;QD=56.6306;RBI=0.0868235;REFB=-0.066795;REVB=0.0860852;RO=4;SAF=48;SAR=34;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014959;STB=0.508486;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000853459;OID=.;OPOS=44457305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:86:89:4:4:82:85:0.955056:34:48:3:1:37:48:3:1 chr1 44595113 . G C 729.34 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8125;QD=54.0254;RBI=0.0329298;REFB=0.0458593;REVB=0.0134939;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000221455;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:24:29:0:0:24:29:1:0 chr1 44595410 . A G 167.31 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0661753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7799;QD=41.8285;RBI=0.0665522;REFB=-0.00027225;REVB=0.00707364;RO=1;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296964;STB=0.666386;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00153826;OID=.;OPOS=44595410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:1:14:0:1:1:14:0:1 chr1 44595426 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.673;QD=52.613;RBI=0.0379854;REFB=0;REVB=0.0368815;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290038;OID=.;OPOS=44595426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr1 44686217 . C T 158.72 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0215131;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.609;QD=9.92001;RBI=0.0229591;REFB=0.00117095;REVB=0.00801901;RO=44;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499829;STB=0.522914;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00208128;OID=.;OPOS=44686217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:44:43:21:21:0.328125:12:9:17:27:12:9:17:26 chr1 44788397 . CA C,CT 449.79 PASS AF=0.125,0.875;AO=4,27;DP=32;FAO=4,28;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=4,10;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337792,0.0297175;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.015,139.597;QD=56.2234;RBI=0.0339084,0.0297347;REFB=0,0;REVB=0.00295691,-0.00101288;RO=0;SAF=4,10;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0818338,0.00790524;OID=.,.;OPOS=44788398,44788398;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:4,27:32:4,28:32:0:4,10:0,18:0:0:18:0:4,10:0,17:0:0 chr1 45162768 . A G 184.39 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0255228;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.212;QD=24.5854;RBI=0.0339974;REFB=-0.0315942;REVB=0.0224591;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161286;OID=.;OPOS=45162768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:31:30:11:12:18:18:0.6:9:9:5:6:9:9:6:6 chr1 45187478 . T C 306.23 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.013876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2717;QD=47.1124;RBI=0.0210167;REFB=-0.000285637;REVB=0.0157848;RO=2;SAF=7;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115254;STB=0.562446;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00127671;OID=.;OPOS=45187478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:17:7:2:0:17:7:2:0 chr1 45285631 . G A 477.06 PASS AF=0.945946;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0124955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4095;QD=51.5738;RBI=0.0985013;REFB=-0.0173654;REVB=0.0977055;RO=4;SAF=9;SAR=22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526473;STB=0.545428;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0117013;OID=.;OPOS=45285631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:37:4:2:31:35:0.945946:22:9:2:2:25:10:2:0 chr1 45285664 . G A 505.39 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540192;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6831;QD=59.4576;RBI=0.0592761;REFB=0;REVB=0.0244048;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180748;OID=.;OPOS=45285664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:35:34:1:25:10:0:0:24:10:0:0 chr1 45553636 . G T 476.82 PASS AF=0.434426;AO=52;DP=121;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00623994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.492;QD=15.6335;RBI=0.0137412;REFB=-0.00561526;REVB=-0.0122427;RO=68;SAF=19;SAR=33;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226306;STB=0.633883;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00934585;OID=.;OPOS=45553636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:68:69:52:53:0.434426:33:19:40:28:34:19:41:28 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC 1311.89 PASS AF=0,0.992481;AO=28,90;DP=131;FAO=0,132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=0,112;FSAR=0,20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0465133,-0.190066;FXX=0.00746213;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=188.132,16.5097;QD=39.4555;RBI=0.0476714,0.242549;REFB=0.0542788,0.0196304;REVB=0.010444,0.150682;RO=4;SAF=27,78;SAR=1,12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.336364,0.336364;SSSB=0.527507,0.0988349;STB=0.5,0.502222;STBP=1,0.625;TYPE=del,del;VARB=0,0.00592083;OID=.,.;OPOS=45793374,45793372;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.992481:28,90:131:0,132:133:1:0,112:0,20:1:0:16:4:27,78:1,12:1:3 chr1 45805566 . G C 643.85 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.084946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.508;QD=61.3188;RBI=0.0932689;REFB=0;REVB=0.0385132;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310187;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:31:42:1:24:7:0:0:32:10:0:0 chr1 45962137 . T C 434.45 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.577;QD=56.0582;RBI=0.0572269;REFB=0;REVB=0.0538863;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392987;OID=.;OPOS=45962137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr1 45973928 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.327;QD=53.9109;RBI=0.0352704;REFB=0;REVB=0.0348901;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193581;OID=.;OPOS=45973928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr1 45974697 . A G 30.73 PASS AF=0.0980392;AO=2;DP=51;FAO=5;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.118215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.4264;QD=2.41032;RBI=0.244596;REFB=-0.0159273;REVB=-0.214132;RO=38;SAF=1;SAR=1;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190869;STB=0.679203;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.113302;OID=.;OPOS=45974697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:51:51:38:44:2:5:0.0980392:1:1:27:11:1:4:28:16 chr1 46073489 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9124;QD=57.6792;RBI=0.0532017;REFB=0;REVB=0.0518373;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815629;OID=.;OPOS=46073489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr1 46078854 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.204;QD=39.2062;RBI=0.019715;REFB=0;REVB=0.0129268;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515138;OID=.;OPOS=46078854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr1 46078884 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000720249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.204;QD=42.1826;RBI=0.019116;REFB=0;REVB=0.0191024;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186852;OID=.;OPOS=46078884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr1 46086077 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00221125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.987;QD=16.1988;RBI=0.0724314;REFB=0.00484227;REVB=0.0723976;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361596;STB=0.713517;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00138561;OID=.;OPOS=46086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:0:3:2:3:0:3 chr1 46087577 . G A 1418.54 PASS AF=0.978947;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00739565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.096;QD=59.728;RBI=0.0599554;REFB=-0.158525;REVB=0.0594975;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512497;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00135113;OID=.;OPOS=46087577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:95:0:2:91:93:0.978947:38:53:0:0:39:54:0:2 chr1 46379518 . A G 867.87 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9326;QD=57.8582;RBI=0.0263187;REFB=0;REVB=-0.0246391;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.44529e-05;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:35:24:0:0:36:24:0:0 chr1 46476587 . T G 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5703;QD=60.6065;RBI=0.0644019;REFB=0;REVB=0.0358089;RO=0;SAF=3;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107824;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:35:3:0:0:35:3:0:0 chr1 46493460 . T G 1161.52 PASS AF=0.848485;AO=83;DP=98;FAO=84;FDP=99;FR=.;FRO=15;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0327524;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5849;QD=46.9301;RBI=0.0346515;REFB=-0.0136053;REVB=0.0113138;RO=15;SAF=56;SAR=27;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18526;STB=0.598746;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0119421;OID=.;OPOS=46493460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:98:99:15:15:83:84:0.848485:27:56:1:14:27:57:1:14 chr1 46496709 . A G 1899.45 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223385;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9;QD=61.7709;RBI=0.0229302;REFB=0;REVB=0.00517543;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75978e-05;OID=.;OPOS=46496709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:63:60:0:0:63:60:0:0 chr1 46498375 . A G 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0061;QD=57.1727;RBI=0.00626712;REFB=0;REVB=-0.00193054;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18318e-05;OID=.;OPOS=46498375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr1 46506146 . T C 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00323326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.08;QD=16.2726;RBI=0.0126898;REFB=-0.0046913;REVB=0.012271;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508299;STB=0.521114;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00671725;OID=.;OPOS=46506146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:16:16:21:17:16:16:21:18 chr1 46521517 . G A 367.51 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.681;QD=54.4452;RBI=0.0331412;REFB=0;REVB=0.0105038;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000950631;OID=.;OPOS=46521517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr1 46521559 . A T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.399;QD=56.7048;RBI=0.00725172;REFB=0;REVB=0.00383448;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59327e-06;OID=.;OPOS=46521559;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 46655158 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.573;QD=57.8843;RBI=0.0151485;REFB=0;REVB=0.0112618;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41272e-06;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:23:36:0:0:23:37:0:0 chr1 46810530 . A G 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4461;QD=48.724;RBI=0.0611656;REFB=0;REVB=0.0562179;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112747;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 46871986 . T C 713.75 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408792;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9259;QD=63.4445;RBI=0.0414971;REFB=0;REVB=-0.00713438;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157237;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr1 46972694 . C T 917.65 PASS AF=1;AO=51;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203443;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.183;QD=58.2635;RBI=0.0204587;REFB=0;REVB=0.00216043;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84222e-05;OID=.;OPOS=46972694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:51:63:1:25:26:0:0:30:33:0:0 chr1 46972695 . G T 33.98 PASS AF=0.109375;AO=8;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00103497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.7183;QD=2.12383;RBI=0.0162051;REFB=-0.00241827;REVB=0.016172;RO=56;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211448;STB=0.601483;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00373819;OID=.;OPOS=46972695;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:56:57:8:7:0.109375:5:3:31:25:4:3:31:26 chr1 47059934 . T C 911.58 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0194244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.328;QD=55.2472;RBI=0.0413149;REFB=-0.0431754;REVB=0.0364638;RO=2;SAF=23;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393066;STB=0.520827;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00285739;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:41:23:2:0:41:23:2:0 chr1 47078637 . T C 1475.52 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055251;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.407;QD=63.4634;RBI=0.0716614;REFB=0;REVB=0.0456365;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204628;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr1 47080679 . G A 519.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00018914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9253;QD=59.4247;RBI=0.0263003;REFB=0;REVB=0.0262996;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311965;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr1 47101015 . C A 370.35 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00206745;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.216;QD=19.4921;RBI=0.0148575;REFB=-0.0137219;REVB=-0.0147129;RO=38;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128976;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:38:38:38:38:0.5:18:20:20:18:18:20:20:18 chr1 47131319 . A T 390.58 PASS AF=0.481928;AO=39;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0115173;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.924;QD=18.8229;RBI=0.0177367;REFB=-0.0165671;REVB=-0.0134886;RO=43;SAF=16;SAR=23;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181934;STB=0.604128;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0147251;OID=.;OPOS=47131319;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:39:40:0.481928:23:16:26:17:23:17:27:16 chr1 47138819 . T G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0409509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.896;QD=18.744;RBI=0.051226;REFB=-0.0225197;REVB=-0.0307754;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149414;STB=0.58797;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0316509;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:2:2:5:2:2:2 chr1 47279175 . C T 537.52 PASS AF=0.397436;AO=48;DP=142;FAO=62;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=94;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=-0.00270135;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.502;QD=13.7824;RBI=0.0114846;REFB=-0.0154461;REVB=-0.0111624;RO=68;SAF=35;SAR=13;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244935;STB=0.608102;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0182143;OID=.;OPOS=47279175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:156:68:94:48:62:0.397436:13:35:35:33:27:35:36:58 chr1 47280746 . GAT G 224.03 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0090399;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.123;QD=19.4811;RBI=0.0188198;REFB=-0.0194084;REVB=0.0165065;RO=25;SAF=16;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335737;STB=0.652215;STBP=0.065;TYPE=del;VARB=0.0258841;OID=.;OPOS=47280747;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:21:47:22:46:24:16:6:11:13:99:25:16:5:11:14 chr1 47280859 . G A 381.84 PASS AF=0.386555;AO=43;DP=118;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00615149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.029;QD=12.8348;RBI=0.0474637;REFB=-0.0247597;REVB=-0.0470634;RO=70;SAF=27;SAR=16;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217381;STB=0.624945;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0288505;OID=.;OPOS=47280859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:70:73:43:46:0.386555:16:27:30:40:16:30:33:40 chr1 47280884 . C T 476.64 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=0.0219801;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.644;QD=15.1316;RBI=0.0239771;REFB=-0.00232194;REVB=0.00957992;RO=73;SAF=32;SAR=21;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238567;STB=0.641079;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0063523;OID=.;OPOS=47280884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:73:73:53:53:0.420635:21:32:27:46:21:32:26:47 chr1 47282772 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00204126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.095;QD=17.0892;RBI=0.00747812;REFB=-0.00818071;REVB=0.00719413;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122833;STB=0.569222;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00803286;OID=.;OPOS=47282772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:16:12:14:11:16:12 chr1 47395973 . G A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00498939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.61;QD=13.7472;RBI=0.0175918;REFB=-0.00951233;REVB=-0.0168694;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189576;STB=0.608598;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.012331;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:9:13:13:19:9:13:13:19 chr1 47398496 . A G 397.46 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0491518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7635;QD=15.1414;RBI=0.0507383;REFB=0.00395587;REVB=0.0125891;RO=60;SAF=16;SAR=29;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118225;STB=0.566577;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0061786;OID=.;OPOS=47398496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:60:45:45:0.428571:29:16:28:32:29:16:28:32 chr1 47399967 . G A 158.65 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0144362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.124;QD=17.1515;RBI=0.0454355;REFB=-0.0130643;REVB=-0.0430811;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672545;STB=0.538417;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0129999;OID=.;OPOS=47399967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:12:8:8:9:12:8 chr1 47571902 . C T 208.69 PASS AF=0.9;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0220748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.727;QD=41.7383;RBI=0.0259764;REFB=-0.0559917;REVB=0.0136922;RO=2;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00567123;STB=0.505612;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00695448;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:20:2:2:17:18:0.9:9:8:1:1:10:8:1:1 chr1 47571905 . C T 188.03 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0734604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6712;QD=37.6059;RBI=0.131307;REFB=-0.00538706;REVB=0.108835;RO=3;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708443;STB=0.538876;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00746745;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:10:7:2:1:10:7:2:1 chr1 47607281 . C T 1017.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372351;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.155;QD=58.9784;RBI=0.0372818;REFB=0;REVB=-0.00186628;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432041;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr1 47607785 . G A 451.2 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953001;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.641;QD=58.2196;RBI=0.0661866;REFB=0;REVB=0.0654969;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018583;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:16:15:0:0 chr1 47607851 . A T 638.79 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0380688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.609;QD=59.422;RBI=0.0429428;REFB=-0.0750511;REVB=0.0198709;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00063298;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:1:0:23:19:1:0 chr1 47608983 . G T 723.79 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00109578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8362;QD=54.6255;RBI=0.031465;REFB=0.0107818;REVB=-0.031446;RO=1;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140577;STB=0.50746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000582645;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:33:18:0:1:33:19:0:1 chr1 47609489 . T C 1221.76 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220186;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.783;QD=61.0878;RBI=0.0274392;REFB=0;REVB=-0.0273507;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199425;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:44:35:0:0:45:35:0:0 chr1 47610065 . A C 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.030705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.818;QD=13.2238;RBI=0.0347346;REFB=-0.0250015;REVB=-0.0162388;RO=36;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045822;STB=0.526294;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0222088;OID=.;OPOS=47610065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:15:9:15:21:15:9:15:21 chr1 47610590 . A C 151.45 PASS AF=0.247191;AO=22;DP=89;FAO=22;FDP=89;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0177493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.645;QD=6.80694;RBI=0.0177617;REFB=-0.018683;REVB=-0.000664214;RO=67;SAF=11;SAR=11;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829942;STB=0.550516;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.041574;OID=.;OPOS=47610590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:67:67:22:22:0.247191:11:11:38:29:11:11:38:29 chr1 47611598 . T C 1812.12 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7013;QD=60.9116;RBI=0.0212846;REFB=0;REVB=0.0113821;RO=0;SAF=65;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001287;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:117:119:1:52:65:0:0:53:66:0:0 chr1 47685455 . T C 493.76 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149316;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.831;QD=56.4291;RBI=0.0202393;REFB=-0.0332525;REVB=0.013663;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000314301;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:0:1:15:19:0:1 chr1 47717189 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.917;QD=57.2024;RBI=0.0287473;REFB=0;REVB=0.0193138;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100975;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 47834209 . G T 165.64 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00677829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4615;QD=11.4236;RBI=0.0158622;REFB=-0.00921357;REVB=-0.014341;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245471;STB=0.635163;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0211311;OID=.;OPOS=47834209;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:14:7:20:16:14:7:20:17 chr1 47842431 . G A 864.77 PASS AF=0.914286;AO=60;DP=67;FAO=64;FDP=70;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0475904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3292;QD=49.4155;RBI=0.0576075;REFB=-0.014184;REVB=0.0324618;RO=7;SAF=26;SAR=34;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296438;STB=0.507796;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0134372;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:67:70:7:6:60:64:0.914286:34:26:2:5:37:27:2:4 chr1 47842666 . A T 704.49 PASS AF=1;AO=44;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207565;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.4485;QD=48.5857;RBI=0.0207762;REFB=0;REVB=-0.000904263;RO=1;SAF=9;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132374;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001934;OID=.;OPOS=47842666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:58:1:0:44:58:1:35:9:0:1:43:15:0:0 chr1 47883019 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.247;QD=49.5992;RBI=0.0186893;REFB=0;REVB=0.0185952;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03873e-05;OID=.;OPOS=47883019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr1 47883024 . A G 327.27 PASS AF=1;AO=12;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.57;QD=52.3639;RBI=0.0737136;REFB=0;REVB=0.0259977;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259575;OID=.;OPOS=47883024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:12:25:1:11:1:0:0:15:10:0:0 chr1 47883025 . C G 86.89 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0168839;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=112.149;QD=12.8729;RBI=0.0296944;REFB=-0.028922;REVB=0.0244273;RO=16;SAF=9;SAR=0;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.855068;STB=0.883833;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00153928;OID=.;OPOS=47883025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:27:16:16:9:11:0.407407:0:9:1:15:2:9:1:15 chr1 47906338 . G A 1571.47 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.528;QD=58.7466;RBI=0.0197561;REFB=0;REVB=0.00174007;RO=0;SAF=29;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103397;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:107:0:0:105:107:1:76:29:0:0:78:29:0:0 chr1 48241061 . G A 214.22 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.026672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.571;QD=45.098;RBI=0.0475861;REFB=0.0852298;REVB=0.0394086;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831815;STB=0.545402;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00151923;OID=.;OPOS=48241061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:5:13:0:1:5:13:0:1 chr1 48697733 . T G 1309.83 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0143841;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.673;QD=59.5379;RBI=0.0228945;REFB=-0.0992261;REVB=0.0178116;RO=2;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000769245;STB=0.50053;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000306194;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:88:2:2:85:86:0.977273:41:44:1:1:41:45:1:1 chr1 48713394 . C T 341.0 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.217;QD=54.5597;RBI=0.075952;REFB=0;REVB=0.0710156;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552376;OID=.;OPOS=48713394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chr1 49113319 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00687022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.214;QD=10.3786;RBI=0.00687045;REFB=-0.00140643;REVB=-5.67885e-05;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469885;STB=0.545355;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00204036;OID=.;OPOS=49113319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:4:5:9:6:4:5:10:6 chr1 49224584 . G T 86.29 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00134176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.373;QD=12.3278;RBI=0.00881371;REFB=-0.0205287;REVB=0.00871098;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235598;STB=0.637358;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0217847;OID=.;OPOS=49224584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:13:4:5:6:13:4 chr1 49224751 . T C 333.41 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00127326;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5932;QD=20.5177;RBI=0.00153326;REFB=-0.0331877;REVB=0.000854227;RO=30;SAF=23;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187078;STB=0.591858;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0230757;OID=.;OPOS=49224751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:30:34:35:0.538462:11:23:14:16:12:23:14:16 chr1 49511424 . A G 123.96 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.0621784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6634;QD=7.51274;RBI=0.0629556;REFB=0.00396615;REVB=0.0098622;RO=47;SAF=13;SAR=5;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176415;STB=0.512434;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00839553;OID=.;OPOS=49511424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:48:18:18:0.272727:5:13:34:13:5:13:34:14 chr1 50661411 . C T 729.88 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0690473;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=113.338;QD=58.39;RBI=0.0705102;REFB=-0.0726596;REVB=0.0142886;RO=2;SAF=7;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116884;STB=0.523246;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000597606;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:47:48:0.96:40:7:2:0:40:8:1:1 chr1 50666515 . C T 1246.64 PASS AF=0.913978;AO=85;DP=93;FAO=85;FDP=93;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.018191;FXX=0.0312467;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.8683;QD=53.619;RBI=0.0527526;REFB=-0.179939;REVB=0.049517;RO=8;SAF=33;SAR=52;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400753;STB=0.521229;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0149291;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:93:93:8:8:85:85:0.913978:52:33:5:3:52:33:5:3 chr1 51873951 . G A,T 824.37 PASS AF=0.915254,0.0847458;AO=54,4;DP=58;FAO=54,5;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=12,3;FSAR=42,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132131,-0.0942104;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.059,18.1906;QD=55.8897;RBI=0.0141738,0.0977811;REFB=0,0;REVB=0.0051296,-0.026183;RO=0;SAF=12,3;SAR=42,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000457949,0.154485;OID=.,.;OPOS=51873951,51873951;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:58:59:0:0:54,4:54,5:0.915254,0.0847458:42,1:12,3:0:0:42,2:12,3:0:0 chr1 52264064 . A G 682.87 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0178576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9762;QD=52.5286;RBI=0.030351;REFB=-0.134134;REVB=-0.0245415;RO=2;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027679;STB=0.5147;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0195479;OID=.;OPOS=52264064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:33:17:0:2:33:17:0:2 chr1 52266350 . C T 340.08 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.513;QD=54.4121;RBI=0.0559558;REFB=0;REVB=-0.0123727;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000499138;OID=.;OPOS=52266350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr1 52306063 . ATCT A 96.19 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447075;FXX=0.181653;HRUN=1;LEN=3;MLLD=170.195;QD=42.7532;RBI=0.098776;REFB=0;REVB=0.0880792;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00255488;OID=.;OPOS=52306064;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:10:9:9:0:6:3:0:0:3:0:6:2:0:0 chr1 52439127 . CG CGT,GT 1475.8 PASS AF=0.957895,0.0421053;AO=83,4;DP=96;FAO=91,4;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=60,4;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552574,0.0478688;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=183.866,153.782;QD=62.1388;RBI=0.0553218,0.0499063;REFB=0,0;REVB=0.00266858,0.0141143;RO=7;SAF=55,4;SAR=28,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00850813,0.668993;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00241361,-0.0402514;OID=.,.;OPOS=52439129,52439127;OREF=-,CG;OALT=T,GT;OMAPALT=CGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:96:95:7:0:83,4:91,4:0.957895,0.0421053:28,0:55,4:5:2:31,0:60,4:0:0 chr1 52991638 . C T 534.54 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0546932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.372;QD=54.8242;RBI=0.054793;REFB=0.0150394;REVB=-0.00330485;RO=2;SAF=12;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183196;STB=0.510199;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00283689;OID=.;OPOS=52991638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:39:2:2:36:37:0.948718:24:12:1:1:25:12:1:1 chr1 53072454 . T C 995.09 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000965455;FXX=0.0289813;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.279;QD=59.4084;RBI=0.000978806;REFB=0;REVB=-0.000161112;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29308e-06;OID=.;OPOS=53072454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:46:21:0:0:46:21:0:0 chr1 53250650 . G A 1441.72 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6052;QD=62.0095;RBI=0.0967089;REFB=0;REVB=0.0493829;RO=1;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012204;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:93:1:0:91:93:1:37:54:0:1:39:54:0:0 chr1 53380922 . T G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0108952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.888;QD=13.4858;RBI=0.0171945;REFB=-0.0191141;REVB=0.0133021;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947861;STB=0.505605;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0228948;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:5:6:5:4:5:6 chr1 53519270 . C T 378.52 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0191165;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7636;QD=19.1653;RBI=0.0291445;REFB=-0.00501036;REVB=-0.0219991;RO=39;SAF=14;SAR=24;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403712;STB=0.508192;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0066663;OID=.;OPOS=53519270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:38:39:0.493671:24:14:16:23:24:15:16:24 chr1 53532535 . G C 144.57 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.00907428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.557;QD=7.05208;RBI=0.00919062;REFB=0.00783452;REVB=0.00145774;RO=61;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159201;STB=0.59622;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0207021;OID=.;OPOS=53532535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:61:61:21:21:0.256098:10:11:24:37:10:11:24:37 chr1 53535478 . G A 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0486584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.834;QD=20.8709;RBI=0.071471;REFB=0.00237135;REVB=0.0523494;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190131;STB=0.606796;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.000444519;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:12:9:13:7:12:9:13:7 chr1 53537266 . G A 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.549;QD=61.6796;RBI=0.0642078;REFB=0;REVB=0.0480842;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552566;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr1 53544289 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0137958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.018;QD=18.8866;RBI=0.021705;REFB=-0.0132643;REVB=-0.0167565;RO=5;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2967;STB=0.676889;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00536397;OID=.;OPOS=53544289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:1:7:3:2:1:7:3:2 chr1 53547800 . A G 114.39 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.103442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3267;QD=19.0645;RBI=0.103444;REFB=-0.0181236;REVB=0.000555705;RO=11;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302124;STB=0.666479;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00282415;OID=.;OPOS=53547800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:2:11:11:0:2:11:11:0 chr1 53553702 . A G 1135.15 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.41;QD=60.5414;RBI=0.00691027;REFB=0;REVB=0.00606595;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29835e-05;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:48:27:0:0:48:27:0:0 chr1 53558270 . A G 640.01 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0043543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5874;QD=60.9536;RBI=0.0722621;REFB=0;REVB=0.0721308;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108248;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:18:24:0:0 chr1 53676448 . G A 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0196669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.206;QD=17.4265;RBI=0.021137;REFB=-0.0165285;REVB=0.00774503;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517297;STB=0.538422;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0179549;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:12:7:7:15:12:7:7:16 chr1 53679878 . T C 120.84 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0504919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.893;QD=14.6477;RBI=0.0508802;REFB=0.0157891;REVB=-0.0062744;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369535;STB=0.701463;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0175328;OID=.;OPOS=53679878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:4:10:6:12:4:10:7:12 chr1 53684524 . GC G,GG 186.33 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=4,11;DP=15;FAO=1,15;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596831,0.00915941;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=224.743,231.505;QD=46.5828;RBI=0.036403,0.0379093;REFB=0,0;REVB=0.0359104,0.0367862;RO=0;SAF=1,5;SAR=3,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0223752,0.00283666;OID=.,.;OPOS=53684525,53684525;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.9375:4,11:15:1,15:16:0:0,6:1,9:0:0:7:0:1,5:3,6:0:0 chr1 53716416 . G A 321.15 PASS AF=0.465753;AO=32;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.056878;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.86;QD=17.5971;RBI=0.0671287;REFB=-0.0329222;REVB=0.0356533;RO=37;SAF=21;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906298;STB=0.543833;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0359834;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:37:39:32:34:0.465753:11:21:21:16:13:21:21:18 chr1 53792651 . A C 533.16 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0400885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.623;QD=23.1807;RBI=0.0413909;REFB=-0.0130037;REVB=-0.0103013;RO=41;SAF=21;SAR=29;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159609;STB=0.504009;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0141992;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:42:50:50:0.543478:29:21:18:23:29:21:18:24 chr1 53995515 . G A 1232.46 PASS AF=1;AO=68;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.3818;QD=60.1199;RBI=0.16249;REFB=0;REVB=0.16128;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203127;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:68:82:1:38:30:0:0:47:35:0:0 chr1 54354658 . T G 193.63 PASS AF=0.944444;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0688259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.5625;QD=43.0297;RBI=0.0834247;REFB=-0.0806982;REVB=0.0471452;RO=1;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314901;STB=0.515134;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0108573;OID=.;OPOS=54354658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:18:1:1:15:17:0.944444:14:1:0:1:16:1:0:1 chr1 54606804 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.22;QD=60.6101;RBI=0.0266734;REFB=0;REVB=0.0261027;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49009e-05;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr1 54607051 . A G 519.8 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.328;QD=59.4061;RBI=0.0429791;REFB=0;REVB=0.0256582;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114179;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:22:11:0:0:23:12:0:0 chr1 54637167 . T C 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00824528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.935;QD=26.6375;RBI=0.0145292;REFB=0.0264765;REVB=0.011963;RO=8;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115989;STB=0.564438;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00860343;OID=.;OPOS=54637167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:7:9:6:2:7:9:6:2 chr1 54637202 . C T 162.52 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00351909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0939;QD=19.6996;RBI=0.0382701;REFB=0.0329121;REVB=-0.0381079;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769282;STB=0.543674;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0331325;OID=.;OPOS=54637202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:9:7:6:11:9:7 chr1 54637417 . G A 203.93 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0377417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.859;QD=12.5497;RBI=0.0395104;REFB=-0.0311736;REVB=-0.0116894;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048122;STB=0.527653;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0426396;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:13:12:21:19:13:12:21:19 chr1 54637697 . A G 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00102503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.692;QD=11.8413;RBI=0.0107874;REFB=-0.0193377;REVB=-0.0107385;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517869;STB=0.537782;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0345321;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:23:23:0.370968:12:11:20:18:12:11:21:18 chr1 54661150 . C T 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0130023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5515;QD=11.095;RBI=0.0544896;REFB=-0.00531334;REVB=-0.0529155;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000588682;OID=.;OPOS=54661150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr1 54683856 . C G 979.34 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0872227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5879;QD=57.6083;RBI=0.115598;REFB=0;REVB=0.0758629;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00678371;OID=.;OPOS=54683856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:0:0:64:68:1:23:41:0:0:26:42:0:0 chr1 54683925 . G A 726.71 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332947;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.831;QD=56.9972;RBI=0.068466;REFB=0;REVB=0.0598252;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114732;OID=.;OPOS=54683925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr1 54686374 . T C 754.21 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4262;QD=56.9218;RBI=0.0369401;REFB=0;REVB=-0.0266126;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626303;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 54686464 . C T 779.31 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0576062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4703;QD=54.6881;RBI=0.0579692;REFB=-0.121715;REVB=0.00647704;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.003309;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:55:56:0.982456:29:26:1:0:30:26:1:0 chr1 54690954 . T C 93.66 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0334438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.1093;QD=14.9857;RBI=0.034053;REFB=-0.0170722;REVB=-0.00641247;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268212;STB=0.666444;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0224149;OID=.;OPOS=54690954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:24:25:13:13:11:12:0.48:8:3:1:12:8:4:1:12 chr1 54704629 . C T 209.84 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00116373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.644;QD=26.2306;RBI=0.0588002;REFB=0.000681227;REVB=-0.0587887;RO=12;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762501;STB=0.542213;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.000616442;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:13:7:3:9:13:7:3:9 chr1 55060251 . C T 404.74 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00272837;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.789;QD=16.8643;RBI=0.00787335;REFB=-0.0245432;REVB=0.00738551;RO=52;SAF=31;SAR=11;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259726;STB=0.638571;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0271212;OID=.;OPOS=55060251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:52:54:42:42:0.4375:11:31:26:26:11:31:28:26 chr1 55064980 . G A 555.88 PASS AF=0.56;AO=54;DP=102;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0066499;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6752;QD=22.2354;RBI=0.0123207;REFB=-0.0353522;REVB=-0.010372;RO=43;SAF=34;SAR=20;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392963;STB=0.518861;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0292799;OID=.;OPOS=55064980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:43:44:54:56:0.56:20:34:29:14:20:36:30:14 chr1 55075062 . C T 205.54 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00605212;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.9242;QD=24.9145;RBI=0.0122007;REFB=-0.0118991;REVB=-0.0105938;RO=8;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694295;STB=0.522161;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00148919;OID=.;OPOS=55075062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:33:8:12:18:19:0.575758:9:9:5:3:9:10:7:5 chr1 55075122 . C G 289.4 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0079154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3959;QD=25.7244;RBI=0.0774772;REFB=-0.0038371;REVB=-0.0770719;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110566;STB=0.561356;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00214103;OID=.;OPOS=55075122;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:10:16:9:10:10:16:9:10 chr1 55118566 . C G 1095.06 PASS AF=1;AO=56;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.458;QD=60.0034;RBI=0.0792303;REFB=0;REVB=0.0419579;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066169;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:56:73:1:41:15:0:0:46:27:0:0 chr1 55119515 . T G 743.04 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125962;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.475;QD=63.2378;RBI=0.0343155;REFB=0;REVB=0.0342923;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22598e-05;OID=.;OPOS=55119515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:19:28:0:0 chr1 55119545 . GA G,GG 715.74 PASS AF=0.130435,0.869565;AO=10,34;DP=44;FAO=6,40;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=5,19;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629356,0.0691181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.218,234.361;QD=62.2379;RBI=0.0657,0.0724067;REFB=0,0;REVB=0.0188576,0.0215735;RO=0;SAF=7,14;SAR=3,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.48532e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0217711,0.00539559;OID=.,.;OPOS=55119546,55119546;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.130435,0.869565:10,34:44:6,40:46:0:5,19:1,21:0:0:28:0:7,14:3,20:0:0 chr1 55136529 . T C 1840.36 PASS AF=0.976;AO=122;DP=127;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00333264;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9742;QD=58.8914;RBI=0.0845531;REFB=-0.116348;REVB=0.0844874;RO=0;SAF=55;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510947;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00191397;OID=.;OPOS=55136529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:125:0:3:122:122:0.976:67:55:0:0:67:55:0:3 chr1 55139741 . A G 1472.4 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.76;QD=63.3288;RBI=0.0130497;REFB=0;REVB=0.00709236;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41955e-05;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:50:42:0:0:50:43:0:0 chr1 55167773 . T A 1899.55 PASS AF=0.976562;AO=120;DP=125;FAO=125;FDP=128;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.018621;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9888;QD=59.361;RBI=0.0955973;REFB=-0.0133417;REVB=0.0937662;RO=2;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01439;STB=0.51079;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000621114;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:128:2:3:120:125:0.976562:65:55:0:2:68:57:0:3 chr1 55182300 . T A 1000.72 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.026559;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3786;QD=57.1842;RBI=0.0293129;REFB=-0.0501255;REVB=-0.0124041;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00112486;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:67:69:0.985714:32:35:0:1:32:37:0:1 chr1 55251689 . T C 803.85 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.452;QD=55.438;RBI=0.0635088;REFB=-0.117272;REVB=0.0584649;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016546;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000358902;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:0:1:28:29:0:1 chr1 55266797 . G C 364.77 PASS AF=0.418605;AO=34;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0304964;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.2838;QD=16.9662;RBI=0.048964;REFB=-0.0684458;REVB=0.0383071;RO=33;SAF=13;SAR=21;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199501;STB=0.55536;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0120903;OID=.;OPOS=55266797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:33:44:34:36:0.418605:21:13:6:27:22:14:13:31 chr1 55271845 . C T 734.23 PASS AF=0.450867;AO=78;DP=175;FAO=78;FDP=173;FR=.;FRO=95;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.0157528;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9863;QD=16.9765;RBI=0.0437769;REFB=-0.0169227;REVB=-0.0408445;RO=91;SAF=52;SAR=26;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196153;STB=0.599164;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0226779;OID=.;OPOS=55271845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:91:95:78:78:0.450867:26:52:43:48:26:52:47:48 chr1 55277599 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2131;QD=56.1896;RBI=0.143192;REFB=0;REVB=-0.139118;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00398553;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr1 55280690 . G A 87.27 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0145579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.075;QD=13.4269;RBI=0.0240586;REFB=-0.0247962;REVB=-0.0191542;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671499;STB=0.736458;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0603603;OID=.;OPOS=55280690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:5:15:10:11:0.423077:3:7:3:2:4:7:3:12 chr1 55307332 . G T 211.59 PASS AF=0.323232;AO=21;DP=99;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00377422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7025;QD=8.54924;RBI=0.0121596;REFB=-0.0215181;REVB=0.0115591;RO=58;SAF=2;SAR=19;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542228;STB=0.62355;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0778987;OID=.;OPOS=55307332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:67:21:32:0.323232:19:2:26:32:21:11:35:32 chr1 55307501 . A G 61.15 PASS AF=0.346154;AO=7;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0108094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0651;QD=9.40784;RBI=0.0276158;REFB=-0.0139776;REVB=-0.0254124;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192881;STB=0.521691;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0262954;OID=.;OPOS=55307501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:25:26:17:17:7:9:0.346154:4:3:7:10:5:4:7:10 chr1 55457710 . G A 211.22 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.0186935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.191;QD=12.07;RBI=0.0187168;REFB=-0.013476;REVB=0.000933267;RO=44;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163269;STB=0.593154;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0237994;OID=.;OPOS=55457710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:16:10:11:33:16:10:11:33 chr1 55518054 . C T 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00405006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.605;QD=18.9993;RBI=0.0119698;REFB=-0.0204044;REVB=-0.0112638;RO=16;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236955;STB=0.626698;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0206032;OID=.;OPOS=55518054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:3:14:10:6:3:14:11:6 chr1 55523033 . A G 1480.99 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00817572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1035;QD=58.653;RBI=0.0190763;REFB=-0.163065;REVB=-0.0172355;RO=1;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784092;STB=0.504131;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0020234;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:101:1:1:99:100:0.990099:60:39:0:1:60:40:0:1 chr1 55524197 . A G 829.48 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.010943;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.359;QD=56.2356;RBI=0.0215224;REFB=0.0127895;REVB=-0.0185328;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.50769;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000162275;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:59:0:1:58:58:0.983051:32:26:0:0:32:26:0:1 chr1 55524237 . G A 1269.41 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016938;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.567;QD=61.9225;RBI=0.0432041;REFB=0;REVB=0.0397455;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49883e-05;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:50:32:0:0:50:32:0:0 chr1 55529187 . G A 1316.77 PASS AF=0.966667;AO=85;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0427953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.505;QD=58.5231;RBI=0.0433551;REFB=-0.065605;REVB=0.00694457;RO=2;SAF=41;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225456;STB=0.51685;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000868231;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:3:85:87:0.966667:44:41:2:0:44:43:3:0 chr1 55541174 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.952;QD=56.1902;RBI=0.0774734;REFB=0;REVB=0.0762337;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872956;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr1 55638075 . G A 846.2 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.014;QD=55.4887;RBI=0.0571704;REFB=-0.181353;REVB=-0.0541141;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00123517;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:0:1:58:60:0.983607:36:22:0:0:37:23:1:0 chr1 55842312 . G C 701.3 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.014987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.847;QD=51.9481;RBI=0.0185978;REFB=-0.207033;REVB=0.0110121;RO=2;SAF=24;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037631;STB=0.519992;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00149958;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:54:2:2:51:52:0.962963:27:24:2:0:28:24:2:0 chr1 55864258 . C T 708.76 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.011118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8882;QD=54.5199;RBI=0.0175744;REFB=-0.072083;REVB=-0.0136107;RO=0;SAF=9;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50588;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00200276;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:52:0:1:50:51:0.980769:41:9:0:0:42:9:0:1 chr1 56714833 . C T 364.51 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0267629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.945;QD=18.6928;RBI=0.0269198;REFB=-0.0155476;REVB=-0.00290197;RO=40;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00121407;STB=0.500676;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0132911;OID=.;OPOS=56714833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:20:18:19:21:20:18:19:21 chr1 56961756 . A G 248.16 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0339253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.4035;QD=16.2728;RBI=0.0345577;REFB=-0.00400354;REVB=0.00658096;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112381;STB=0.563335;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00752949;OID=.;OPOS=56961756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:16:12:18:15:16:12:18:15 chr1 57209695 . T G 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0247848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.72;QD=16.5359;RBI=0.0399703;REFB=-0.0344707;REVB=0.0313582;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235989;STB=0.634008;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0378016;OID=.;OPOS=57209695;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:17:6:9:9:17:6 chr1 57221553 . GA G,GT,TG 656.6 PASS AF=0.93617,0.0638298,0;AO=6,8,31;DP=46;FAO=44,3,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0,0;FSAR=19,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251895,-0.0264258,-0.0234183;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,1,2;MLLD=21.0014,12.7446,8.63782;QD=55.8805;RBI=0.181399,0.110163,0.118007;REFB=0,0,0;REVB=-0.179642,-0.106946,-0.11566;RO=0;SAF=4,0,20;SAR=2,8,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.00656883,0.0310285,0.0226801;OID=.,.,.;OPOS=57221554,57221554,57221553;OREF=A,A,GA;OALT=-,T,TG;OMAPALT=G,GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:46:47:0:0:6,8,31:44,3,0:0.93617,0.0638298,0:2,8,11:4,0,20:0:0:19,3,0:25,0,0:0:0 chr1 57254697 . G A 859.93 PASS AF=0.54902;AO=83;DP=153;FAO=84;FDP=153;FR=.;FRO=69;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0187891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9633;QD=22.4818;RBI=0.0636033;REFB=-0.00598669;REVB=0.0607647;RO=69;SAF=52;SAR=31;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090518;STB=0.551443;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00541792;OID=.;OPOS=57254697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:69:69:83:84:0.54902:31:52:36:33:31:53:36:33 chr1 57257817 . T C 1430.81 PASS AF=0.927273;AO=100;DP=109;FAO=102;FDP=110;FR=.;FRO=8;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0134431;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.796;QD=52.0295;RBI=0.0227;REFB=-0.218505;REVB=0.0182913;RO=8;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788101;STB=0.540808;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00151974;OID=.;OPOS=57257817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:109:110:8:8:100:102:0.927273:44:56:0:8:45:57:0:8 chr1 57340727 . C A 595.29 PASS AF=0.568421;AO=53;DP=93;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.017964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.192;QD=25.0649;RBI=0.021374;REFB=-0.0156914;REVB=0.0115819;RO=37;SAF=23;SAR=30;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806604;STB=0.568893;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00948211;OID=.;OPOS=57340727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:37:41:53:54:0.568421:30:23:20:17:31:23:24:17 chr1 57422484 . C T 1230.94 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000146275;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.899;QD=61.5472;RBI=0.020153;REFB=0;REVB=0.0201525;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16292e-06;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr1 58939634 . G A 1940.74 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0284529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.889;QD=60.1779;RBI=0.0299502;REFB=-0.0324304;REVB=0.00935126;RO=2;SAF=65;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000348118;STB=0.500183;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000493674;OID=.;OPOS=58939634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:2:2:127:127:0.984496:62:65:1:1:62:65:1:1 chr1 59125683 . C T 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3405;QD=45.7979;RBI=0.0463764;REFB=0;REVB=-0.0393009;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00281406;OID=.;OPOS=59125683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr1 59142713 . T C 951.4 PASS AF=0.932432;AO=68;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.019087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.3214;QD=51.4268;RBI=0.0200769;REFB=-0.190147;REVB=0.00622627;RO=3;SAF=35;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121383;STB=0.521733;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00303617;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:74:74:3:5:68:69:0.932432:33:35:2:1:33:36:1:4 chr1 59147926 . T C 1111.72 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848938;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3665;QD=60.093;RBI=0.103097;REFB=0;REVB=0.102746;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781048;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr1 59148118 . A T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.03;QD=57.2367;RBI=0.00903681;REFB=0;REVB=-0.00818342;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56303e-05;OID=.;OPOS=59148118;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr1 59213743 . G A 671.72 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00226764;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.628;QD=59.7084;RBI=0.0243508;REFB=-0.130495;REVB=0.024245;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208598;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000628639;OID=.;OPOS=59213743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:45:1:1:42:44:0.977778:20:22:1:0:20:24:1:0 chr1 59248813 . G C 204.72 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.31;QD=48.1701;RBI=0.012606;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=17;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2932e-05;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:0:17:0:0:0:17:0:0 chr1 59249031 . T G 2371.29 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.433;QD=61.1945;RBI=0.0602566;REFB=0;REVB=0.0364053;RO=0;SAF=69;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32203e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:155:0:0:148:155:1:79:69:0:0:80:75:0:0 chr1 59249347 . G C 3075.56 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.479;QD=63.7421;RBI=0.0471437;REFB=0;REVB=0.00551533;RO=0;SAF=116;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73701e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62452e-05;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:193:0:0:193:193:1:77:116:0:0:77:116:0:0 chr1 59364918 . G A 747.69 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0675409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1484;QD=54.3775;RBI=0.0833599;REFB=-0.145434;REVB=0.0488579;RO=0;SAF=6;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55111e-08;STB=0.505261;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00358471;OID=.;OPOS=59364918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:0:1:53:54:0.981818:47:6:0:0:47:7:0:1 chr1 60466814 . T C 929.13 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.082583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.134;QD=55.4704;RBI=0.0831441;REFB=0.0111475;REVB=-0.00964316;RO=3;SAF=11;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696644;STB=0.541653;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00129967;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:3:2:64:65:0.970149:53:11:2:1:54:11:2:0 chr1 60506762 . G A 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0538763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.013;QD=13.119;RBI=0.0649588;REFB=-0.0192423;REVB=-0.0362904;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499562;STB=0.512061;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0240564;OID=.;OPOS=60506762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:34:38:25:25:0.396825:12:13:16:18:12:13:19:19 chr1 61869783 . G A 854.02 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0400379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4672;QD=56.0011;RBI=0.0400436;REFB=0.0410652;REVB=-0.000679083;RO=1;SAF=33;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140874;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00121276;OID=.;OPOS=61869783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:27:33:1:0:27:33:1:0 chr1 62232031 . C T 1555.63 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.593;QD=63.495;RBI=0.0374541;REFB=0;REVB=0.0212649;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034711;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:59:38:0:0:59:39:0:0 chr1 62232130 . T C 1012.0 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00774325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7123;QD=57.8283;RBI=0.0110281;REFB=-0.114805;REVB=-0.00785252;RO=1;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160211;STB=0.508472;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00223681;OID=.;OPOS=62232130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:29:40:0:1:29:40:0:1 chr1 62257036 . A C 1142.18 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176848;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.457;QD=59.334;RBI=0.0180055;REFB=-0.103572;REVB=0.00338333;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126164;STB=0.506665;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000148946;OID=.;OPOS=62257036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:37:38:0:1:37:39:0:1 chr1 62318192 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.133215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.669;QD=49.5989;RBI=0.135177;REFB=0;REVB=0.0229503;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127627;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr1 62330080 . T G 508.36 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.533;QD=56.4843;RBI=0.0243545;REFB=-0.0493021;REVB=0.0195939;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0037364;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:17:18:0:0:17:18:0:1 chr1 62380298 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.000339038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=371.846;QD=17.2298;RBI=0.00473645;REFB=-0.00168684;REVB=-0.0047243;RO=6;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260084;STB=0.655787;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00124281;OID=.;OPOS=62380298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:7:1:2:4:7:1:2:4 chr1 62456014 . G A 545.31 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.028;QD=57.4011;RBI=0.039104;REFB=-0.13699;REVB=0.0240651;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00281453;OID=.;OPOS=62456014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:13:24:0:0:13:24:0:1 chr1 62516683 . G C 872.15 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.535;QD=57.1903;RBI=0.049459;REFB=0;REVB=0.0473775;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137232;OID=.;OPOS=62516683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:27:31:0:0:28:33:0:0 chr1 62538252 . G A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0119911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.834;QD=10.1417;RBI=0.0133079;REFB=-0.00759145;REVB=-0.00577173;RO=25;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149143;STB=0.588104;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0174112;OID=.;OPOS=62538252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:9:3:4:21:9:3:4:21 chr1 62579823 . G A 297.01 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0159579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7254;QD=18.2775;RBI=0.0665273;REFB=-0.0404693;REVB=0.064585;RO=33;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156968;STB=0.508766;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0418403;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:14:18:18:15:14:18:18:15 chr1 62594593 . C T 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00145688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2114;QD=14.2702;RBI=0.0449579;REFB=0.00213376;REVB=-0.0449343;RO=32;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306666;STB=0.665102;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00236078;OID=.;OPOS=62594593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:9:15:10:22:9:15:11:22 chr1 62603421 . C T 848.9 PASS AF=0.515152;AO=85;DP=166;FAO=85;FDP=165;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.00935036;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.611;QD=20.5793;RBI=0.0225365;REFB=-0.00921687;REVB=-0.0205052;RO=80;SAF=36;SAR=49;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238377;STB=0.513086;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00710298;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:80:80:85:85:0.515152:49:36:36:44:49:36:36:44 chr1 62603544 . C T 185.5 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0113043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1286;QD=13.7406;RBI=0.0145371;REFB=-0.00521227;REVB=0.00914003;RO=32;SAF=5;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287184;STB=0.666502;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.009621;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:17:5:15:17:17:5:15:17 chr1 62644118 . A G 654.82 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421168;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.291;QD=62.3634;RBI=0.0125716;REFB=0;REVB=0.0118452;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87177e-05;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr1 62672546 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00807018;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.422;QD=13.9591;RBI=0.0080936;REFB=-0.000483479;REVB=0.000615219;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119504;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.000403891;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:3:4:3:4:3:4 chr1 62713224 . C G 1937.48 PASS AF=0.977099;AO=127;DP=131;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00311402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.328;QD=59.1598;RBI=0.00878343;REFB=-0.00830489;REVB=0.00821289;RO=3;SAF=66;SAR=61;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00645447;STB=0.503463;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.000239041;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:131:3:3:127:128:0.977099:61:66:2:1:62:66:2:1 chr1 62713246 . G A 1713.5 PASS AF=0.983051;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0370243;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6489;QD=58.0846;RBI=0.0383578;REFB=-0.150797;REVB=0.0100258;RO=2;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155643;STB=0.508063;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00322201;OID=.;OPOS=62713246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:118:118:2:2:115:116:0.983051:60:55:0:2:61:55:0:2 chr1 62728784 . A G 937.14 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0756;QD=58.5709;RBI=0.0398865;REFB=0;REVB=-0.0393845;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351058;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr1 62728838 . T C 1556.48 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9366;QD=59.8647;RBI=0.0324127;REFB=0;REVB=0.0123072;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132922;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr1 62728861 . T C 1500.88 PASS AF=0.990654;AO=98;DP=104;FAO=106;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00487822;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.6126;QD=56.1077;RBI=0.00783606;REFB=-0.0767597;REVB=0.00613244;RO=1;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106577;STB=0.504853;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0030272;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:107:1:1:98:106:0.990654:44:54:0:1:51:55:0:1 chr1 62728918 . G A 1455.18 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.026906;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.03;QD=56.5117;RBI=0.0372022;REFB=-0.181883;REVB=0.0256918;RO=3;SAF=56;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126778;STB=0.50107;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000831429;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:3:2:100:101:0.980583:44:56:1:2:45:56:1:1 chr1 62738904 . T C 2632.81 PASS AF=1;AO=169;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150814;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.443;QD=61.9484;RBI=0.0574896;REFB=0;REVB=0.0554762;RO=0;SAF=56;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106129;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:169:170:1:113:56:0:0:113:57:0:0 chr1 62739198 . G A 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.472;QD=53.9056;RBI=0.142698;REFB=0;REVB=0.141411;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00406481;OID=.;OPOS=62739198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr1 62740065 . A G 618.35 PASS AF=1;AO=30;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8623;QD=60.3271;RBI=0.0036938;REFB=0;REVB=-0.00325982;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55803e-05;OID=.;OPOS=62740065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:30:41:1:16:14:0:0:27:14:0:0 chr1 62740446 . T C,G 656.54 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212778,-0.0356447;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.3802,124.192;QD=61.0733;RBI=0.00475655,0.0360898;REFB=0,0;REVB=0.0042541,-0.00565054;RO=0;SAF=16,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.1719e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000900282,0.166713;OID=.,.;OPOS=62740446,62740446;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:25,2:16,0:0:0:25,2:16,0:0:0 chr1 62740449 . T C 597.84 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278332;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8977;QD=61.3172;RBI=0.0279741;REFB=0;REVB=0.00280453;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07416e-05;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr1 63078453 . T C 423.81 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0166647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.561;QD=21.1904;RBI=0.0202036;REFB=-0.00872984;REVB=0.0114226;RO=38;SAF=20;SAR=22;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00215828;STB=0.501193;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0100487;OID=.;OPOS=63078453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:22:20:18:20:22:20:18:20 chr1 63881552 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000472086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.022;QD=52.6132;RBI=0.0103519;REFB=0;REVB=0.0103411;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53167e-05;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr1 63912546 . G T 67.2 PASS AF=0.27027;AO=11;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0361423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3699;QD=7.26441;RBI=0.0530122;REFB=-0.0464866;REVB=-0.0387818;RO=19;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456177;STB=0.742512;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0260814;OID=.;OPOS=63912546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:37:37:19:27:11:10:0.27027:10:1:7:12:9:1:8:19 chr1 63991267 . T C 157.46 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0117824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3633;QD=11.247;RBI=0.0317757;REFB=-0.00601112;REVB=-0.0295105;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171336;STB=0.5999;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0228811;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:12:8:20:16:12:8:20:16 chr1 63997633 . A T 223.39 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0110818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.749;QD=14.8926;RBI=0.032537;REFB=-0.00640078;REVB=-0.0305916;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954085;STB=0.516654;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00865548;OID=.;OPOS=63997633;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:34:25:26:0.433333:13:12:16:18:13:13:16:18 chr1 63999826 . C T 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0140102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0153;QD=8.6872;RBI=0.0854683;REFB=0.0115596;REVB=-0.0843122;RO=40;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927199;STB=0.555491;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0278349;OID=.;OPOS=63999826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:8:9:18:22:8:9:18:22 chr1 63999868 . T C 68.21 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00854852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.036;QD=5.56796;RBI=0.0153359;REFB=-0.00140377;REVB=-0.0127324;RO=39;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450769;STB=0.529352;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00437174;OID=.;OPOS=63999868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:6:4:17:22:6:4:17:22 chr1 64015217 . G A 446.86 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2227;QD=57.6597;RBI=0.0517661;REFB=0;REVB=-0.0169643;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00077489;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr1 64021096 . G A 304.04 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0227451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0249;QD=19.9372;RBI=0.0258969;REFB=-0.00289107;REVB=0.012382;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162737;STB=0.590109;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00318379;OID=.;OPOS=64021096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:16:16:9:20:16:16:9:20 chr1 64038107 . G T 297.65 PASS AF=0.275168;AO=40;DP=149;FAO=41;FDP=149;FR=.;FRO=108;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=-0.0127878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.434;QD=7.99066;RBI=0.0145228;REFB=-0.00861928;REVB=-0.00688371;RO=107;SAF=23;SAR=17;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294225;STB=0.510767;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0207103;OID=.;OPOS=64038107;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:107:108:40:41:0.275168:17:23:59:48:18:23:59:49 chr1 64097432 . C T 199.9 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00670755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.626;QD=13.5523;RBI=0.0144987;REFB=-0.00937219;REVB=-0.0128538;RO=35;SAF=6;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351874;STB=0.702526;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0181965;OID=.;OPOS=64097432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:18:6:20:15:18:6:20:15 chr1 64125793 . G A 607.42 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0429945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.706;QD=23.5891;RBI=0.04447;REFB=-0.0162127;REVB=-0.0113602;RO=42;SAF=24;SAR=35;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117469;STB=0.56065;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00979565;OID=.;OPOS=64125793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:42:44:59:59:0.572816:35:24:11:31:35:24:12:32 chr1 64608329 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.83;QD=45.8067;RBI=0.0347601;REFB=0;REVB=0.0107182;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003546;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr1 64624842 . A G 242.82 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00548196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.217;QD=22.5874;RBI=0.0173661;REFB=-0.0371423;REVB=-0.0164781;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183616;STB=0.602324;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0253894;OID=.;OPOS=64624842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:6:14:11:12:6:14 chr1 64643277 . C T 282.99 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0233519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.889;QD=14.8944;RBI=0.0244747;REFB=-0.0109513;REVB=-0.00732805;RO=44;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776835;STB=0.543892;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0065655;OID=.;OPOS=64643277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:18:14:16:28:18:14:16:28 chr1 65016349 . A T 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.058;QD=57.199;RBI=0.045231;REFB=0;REVB=0.018595;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562334;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr1 65113568 . T C 1981.68 PASS AF=0.984733;AO=128;DP=130;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0165678;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.48;QD=60.5093;RBI=0.0206701;REFB=-0.0209223;REVB=0.0123595;RO=2;SAF=58;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00138231;STB=0.500777;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000199546;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:131:2:2:128:129:0.984733:70:58:1:1:71:58:1:1 chr1 65147002 . C T 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0302003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.39;QD=14.8959;RBI=0.0446687;REFB=0.00223691;REVB=-0.0329126;RO=44;SAF=10;SAR=22;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843899;STB=0.54794;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00460464;OID=.;OPOS=65147002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:22:10:17:27:22:10:17:27 chr1 65158724 . C T 1020.23 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997555;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.815;QD=59.1436;RBI=0.0124649;REFB=0;REVB=0.00747417;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176057;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:41:28:0:0 chr1 65280520 . A G 1049.44 PASS AF=0.558659;AO=99;DP=179;FAO=100;FDP=179;FR=.;FRO=79;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.000922879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4385;QD=23.4512;RBI=0.0516283;REFB=-0.0809125;REVB=-0.0516201;RO=79;SAF=47;SAR=52;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466977;STB=0.527585;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0652228;OID=.;OPOS=65280520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:79:79:99:100:0.558659:52:47:33:46:52:48:33:46 chr1 65299621 . G A 45.19 PASS AF=0.129032;AO=13;DP=93;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0367015;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.735;QD=1.94354;RBI=0.040257;REFB=-0.00133412;REVB=-0.0165417;RO=77;SAF=1;SAR=12;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.606719;STB=0.914312;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.106659;OID=.;OPOS=65299621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:93:93:77:81:13:12:0.129032:12:1:43:34:11:1:45:36 chr1 65310489 . T C,G 974.72 PASS AF=0.940299,0.0597015;AO=65,3;DP=68;FAO=63,4;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42,3;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165736,0.0043796;FXX=0.0147037;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.7391,124.805;QD=58.1922;RBI=0.0477789,0.0243134;REFB=0,0;REVB=0.0477501,0.0239157;RO=0;SAF=42,3;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.35381e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00439237,0.0648318;OID=.,.;OPOS=65310489,65310489;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:68:67:0:0:65,3:63,4:0.940299,0.0597015:23,0:42,3:0:0:21,1:42,3:0:0 chr1 65523519 . A G 453.81 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8139;QD=55.0078;RBI=0.0440867;REFB=0.0440776;REVB=0.0371757;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00231014;OID=.;OPOS=65523519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:0:1:18:14:0:1 chr1 65591719 . GC G 194.49 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673733;FXX=0.0587889;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.0403;QD=48.6224;RBI=0.193086;REFB=0;REVB=-0.180951;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.374101;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0211748;OID=.;OPOS=65591720;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:17:16:16:0:9:7:0:0:4:0:9:7:0:0 chr1 65690461 . G A 1110.39 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103299;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.097;QD=59.2207;RBI=0.012959;REFB=0;REVB=0.0129177;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628032;OID=.;OPOS=65690461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:36:37:0:0:38:37:0:0 chr1 65858145 . G A 394.32 PASS AF=0.526316;AO=36;DP=73;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.023654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5565;QD=20.7539;RBI=0.0237654;REFB=-0.0380599;REVB=-0.00229878;RO=35;SAF=25;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223011;STB=0.629146;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0517376;OID=.;OPOS=65858145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:35:36:36:40:0.526316:11:25:16:19:12:28:16:20 chr1 65858151 . C T 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0261124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.844;QD=16.0054;RBI=0.0268724;REFB=-0.0145074;REVB=-0.00634572;RO=45;SAF=17;SAR=18;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15825;STB=0.588855;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.014502;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:18:17:29:16:18:17:29:16 chr1 65860660 . T C 479.72 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0219904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7491;QD=18.2752;RBI=0.0236834;REFB=-0.0179206;REVB=-0.00879343;RO=52;SAF=25;SAR=26;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261503;STB=0.523551;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.025794;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:54:51:51:0.485714:26:25:24:28:26:25:24:30 chr1 65860687 . A C 1417.66 PASS AF=0.978947;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0396555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8678;QD=59.6908;RBI=0.0485403;REFB=-0.0273671;REVB=0.0279929;RO=3;SAF=37;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016236;STB=0.512818;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00724534;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:95:3:2:91:93:0.978947:54:37:2:1:55:38:2:0 chr1 65867519 . G A 280.06 PASS AF=0.426667;AO=30;DP=74;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.00629483;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.723;QD=14.9365;RBI=0.0128518;REFB=-0.0166891;REVB=-0.0112046;RO=43;SAF=6;SAR=24;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845489;STB=0.530016;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0278081;OID=.;OPOS=65867519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:43:43:30:32:0.426667:24:6:11:32:25:7:11:32 chr1 65879252 . A G 109.9 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00713586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9371;QD=14.6531;RBI=0.0365472;REFB=-0.00622001;REVB=0.0358438;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048982;STB=0.528454;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0106375;OID=.;OPOS=65879252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:7:10:7:6:7:10 chr1 65886398 . T C 1434.32 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.053;QD=63.047;RBI=0.0685886;REFB=0;REVB=0.040228;RO=0;SAF=59;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76798e-05;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:31:59:0:0:31:60:0:0 chr1 65886448 . T C 1769.91 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00517886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.587;QD=59.997;RBI=0.0414139;REFB=0.0463056;REVB=-0.0410888;RO=0;SAF=66;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11903e-08;STB=0.503759;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000280812;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:0:1:117:117:0.991525:51:66:0:0:51:66:1:0 chr1 66058513 . A G 324.47 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.000916104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.812;QD=19.6651;RBI=0.0189017;REFB=-0.00358759;REVB=-0.0188795;RO=32;SAF=9;SAR=25;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166315;STB=0.509232;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00301067;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:25:9:8:24:25:9:8:24 chr1 66067109 . T C 266.48 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0370386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.185;QD=15.909;RBI=0.0465852;REFB=-0.0260936;REVB=0.0282547;RO=37;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142021;STB=0.579747;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0249636;OID=.;OPOS=66067109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:14:16:25:12:14:16:25:12 chr1 66226961 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00679031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.584;QD=18.645;RBI=0.022959;REFB=-0.0179989;REVB=-0.0219318;RO=13;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185034;STB=0.60673;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0127073;OID=.;OPOS=66226961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:3:11:8:5:3:11:8:5 chr1 66831370 . G A 1693.22 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.605;QD=60.4722;RBI=0.0263357;REFB=0;REVB=0.00952934;RO=0;SAF=63;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10557e-05;OID=.;OPOS=66831370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:112:0:0:108:112:1:45:63:0:0:47:65:0:0 chr1 67266756 . T A 680.85 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4918;QD=61.8958;RBI=0.0600388;REFB=0;REVB=-0.00619907;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314829;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chr1 67288045 . C T 117.48 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00395107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.522;QD=7.5795;RBI=0.0122811;REFB=-0.00584811;REVB=0.0116282;RO=44;SAF=7;SAR=10;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314596;STB=0.693223;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0200338;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:45:17:17:0.274194:10:7:30:14:10:7:31:14 chr1 67313249 . G A 274.61 PASS AF=0.432432;AO=30;DP=72;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00336588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.286;QD=14.8439;RBI=0.0366001;REFB=-0.0320384;REVB=-0.036445;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559515;STB=0.52217;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0458526;OID=.;OPOS=67313249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:41:42:30:32:0.432432:17:13:20:21:18:14:20:22 chr1 67390416 . G C 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.707;QD=58.0592;RBI=0.0100448;REFB=0;REVB=-0.00796918;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95218e-06;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr1 67390468 . C G 701.29 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0117388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.486;QD=51.0031;RBI=0.015603;REFB=-0.206319;REVB=0.0102788;RO=2;SAF=21;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427606;STB=0.514796;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00123614;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:55:2:3:52:52:0.945455:31:21:2:0:31:21:2:1 chr1 67558739 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.937;QD=49.5991;RBI=0.0125766;REFB=0;REVB=-0.000253998;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419046;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr1 67558756 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0323571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6882;QD=20.4863;RBI=0.0333133;REFB=-0.0414241;REVB=0.00792419;RO=10;SAF=12;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366468;STB=0.738062;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0144994;OID=.;OPOS=67558756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:2:12:5:5:2:12:5:6 chr1 67558763 . A G 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0181476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.304;QD=18.6432;RBI=0.0364388;REFB=0.0179738;REVB=-0.0315982;RO=13;SAF=12;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428521;STB=0.749583;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0120452;OID=.;OPOS=67558763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:2:12:6:7:2:12:6:7 chr1 67560956 . C T 1802.98 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.594;QD=61.118;RBI=0.0462222;REFB=0;REVB=-0.0183892;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98787e-05;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:57:61:0:0:57:61:0:0 chr1 67561090 . T C 243.33 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0300071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7995;QD=12.8068;RBI=0.0300684;REFB=-0.00428869;REVB=0.00191953;RO=47;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719221;STB=0.541138;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0102675;OID=.;OPOS=67561090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:16:13:18:29:16:13:18:29 chr1 67568351 . C T 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00481726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.146;QD=15.1954;RBI=0.00493031;REFB=-0.00813785;REVB=0.00104978;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198113;STB=0.613517;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0199663;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:8:18:9:9:8:18 chr1 67579386 . A G 167.13 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9751;QD=41.7815;RBI=0.087893;REFB=-0.0957278;REVB=0.0873214;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434393;STB=0.523778;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00834853;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:16:1:1:15:15:0.9375:10:5:0:1:10:5:0:1 chr1 67579395 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0394118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6191;QD=11.2566;RBI=0.0417929;REFB=-0.0222868;REVB=0.0139052;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102563;STB=0.562336;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.053234;OID=.;OPOS=67579395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:4:8:6:2:4:8 chr1 67633812 . G T 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00824332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.693;QD=18.4271;RBI=0.00826147;REFB=-0.00211237;REVB=-0.00054731;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331479;STB=0.518554;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00195419;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:17:11:12:16:17:11:12:16 chr1 67635147 . CATTTTTA CATTTTA,CATTTTAT,TCATTTTA 45.35 PASS AF=0.387097,0,0;AO=8,2,3;DP=32;FAO=12,0,0;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0697484,-0.101048,-0.0836481;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,3;MLLD=11.1217,25.8813,22.3242;QD=5.85213;RBI=0.123717,0.103214,0.111834;REFB=-0.132314,-0.0658951,-0.0752669;REVB=-0.102181,-0.0210333,-0.0742288;RO=16;SAF=6,2,0;SAR=2,0,3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.228754,0.510523,-0.63787;STB=0.535459,0.5,0.5;STBP=0.806,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.176278,0,0;OID=.,.,.;OPOS=67635149,67635153,67635147;OREF=T,TA,CAT;OALT=-,AT,TCA;OMAPALT=CATTTTA,CATTTTAT,TCATTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:32:31:16:19:8,2,3:12,0,0:0.387097,0,0:2,0,3:6,2,0:9:7:5,0,0:7,0,0:10:9 chr1 67685387 . T C 393.17 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.552;QD=56.1669;RBI=0.0207492;REFB=0;REVB=0.0206357;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59239e-05;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr1 67733346 . G A 693.25 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000119788;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.798;QD=63.0231;RBI=0.00582094;REFB=0;REVB=0.00581971;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81325e-05;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:28:16:0:0 chr1 67795319 . T C 1264.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.35758e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.693;QD=61.6937;RBI=0.0168279;REFB=0;REVB=0.0168278;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46092e-05;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr1 68006815 . T C 214.11 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00286003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.524;QD=45.0752;RBI=0.0407813;REFB=-0.00957481;REVB=0.0406808;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523783;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.020629;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:8:10:0:0:8:10:1:0 chr1 68462247 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.943;QD=57.6806;RBI=0.0559598;REFB=0;REVB=0.0490653;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331373;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr1 68591253 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.925;QD=61.3348;RBI=0.013697;REFB=0;REVB=-0.00839866;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65851e-05;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:11:28:0:0:12:28:0:0 chr1 68624878 . C T 1480.96 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331596;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8369;QD=63.697;RBI=0.0387467;REFB=0;REVB=0.0200436;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935869;OID=.;OPOS=68624878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr1 68940883 . T TTA 673.17 PASS AF=0.393782;AO=71;DP=203;FAO=76;FDP=193;FR=.;FRO=117;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=72;FWDB=0.00768689;FXX=0.0153053;HRUN=3;LEN=2;MLLD=195.768;QD=13.9517;RBI=0.0133017;REFB=-0.0158527;REVB=-0.0108557;RO=126;SAF=34;SAR=37;SRF=50;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930077;STB=0.562202;STBP=0.191;TYPE=ins;VARB=0.0242074;OID=.;OPOS=68940884;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393782:71:203:76:193:117:37:39:45:72:99:126:34:37:50:76 chr1 68941207 . A G 222.63 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0326478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8376;QD=12.5422;RBI=0.0660434;REFB=0.00539277;REVB=0.0574096;RO=44;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220034;STB=0.626067;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00848222;OID=.;OPOS=68941207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:11:16:17:27:11:16:17:27 chr1 70034372 . G A 187.75 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0260104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.152;QD=20.2969;RBI=0.035824;REFB=-0.0416502;REVB=0.0246338;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211812;STB=0.589388;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00418583;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:13:6:2:15:13:6:3:15 chr1 70345344 . A G 205.37 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0457021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5136;QD=12.8354;RBI=0.0465366;REFB=0.00679746;REVB=0.00877348;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116208;STB=0.566572;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0154914;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:12:13:16:23:12:13:16:23 chr1 70460238 . C T 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00214639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.423;QD=14.5588;RBI=0.0125557;REFB=-0.0211433;REVB=0.0123709;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276873;STB=0.647241;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0180606;OID=.;OPOS=70460238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:11:15:10:24:11:15:11:24 chr1 70611347 . A G 557.25 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.494;QD=60.2433;RBI=0.0625735;REFB=0;REVB=0.0623118;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020847;OID=.;OPOS=70611347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:17:16:0:0:21:16:0:0 chr1 70646053 . A G 179.98 PASS AF=0.422222;AO=17;DP=43;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0626307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4847;QD=15.9984;RBI=0.0661941;REFB=-0.0325668;REVB=0.0214256;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132039;STB=0.568003;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0289598;OID=.;OPOS=70646053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:24:26:17:19:0.422222:10:7:13:11:11:8:14:12 chr1 70831841 . C T 896.6 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.972;QD=57.8449;RBI=0.0210033;REFB=0;REVB=0.0148563;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31859e-05;OID=.;OPOS=70831841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:58:62:1:30:28:0:0:31:31:0:0 chr1 70904800 . G T 259.22 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00749852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2842;QD=16.7236;RBI=0.0150614;REFB=-0.0279278;REVB=-0.013062;RO=33;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116462;STB=0.565366;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0346038;OID=.;OPOS=70904800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:14:15:13:20:14:15:13:20 chr1 71331430 . G A 280.54 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0766348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.283;QD=16.7483;RBI=0.0796017;REFB=-0.0272226;REVB=-0.0215299;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245045;STB=0.513771;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0275988;OID=.;OPOS=71331430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:16:20:18:13:16:20 chr1 71331497 . GA G,GG 259.42 PASS AF=0.0909091,0.863636;AO=7,14;DP=21;FAO=2,19;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=0,7;FSAR=2,12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0668883,0.0601317;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.828,186.719;QD=47.1668;RBI=0.0920839,0.0936543;REFB=-0.146961,-0.149097;REVB=0.0632883,0.0718004;RO=0;SAF=2,5;SAR=5,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.519979;STBP=1,0.53;TYPE=del,snp;VARB=0.0201205,0.0136051;OID=.,.;OPOS=71331498,71331498;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.863636:7,14:21:2,19:22:1:0,7:2,12:0:1:9:0:2,5:5,9:0:0 chr1 71419499 . C T 632.45 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534843;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.231;QD=61.7023;RBI=0.0603911;REFB=0;REVB=0.0280449;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182041;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:19:19:0:0:20:21:0:0 chr1 72058552 . G A 1122.88 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6888;QD=59.8867;RBI=0.0337898;REFB=0;REVB=-0.0293748;RO=0;SAF=59;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.86739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746958;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:15:59:0:0:16:59:0:0 chr1 74506942 . G A 157.85 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0164105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.102;QD=12.1424;RBI=0.0174075;REFB=-0.00329752;REVB=-0.00580654;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121719;STB=0.507092;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00579551;OID=.;OPOS=74506942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:10:9:16:17:10:9:16:17 chr1 74507315 . C T 325.07 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0213798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7446;QD=24.5339;RBI=0.0228195;REFB=-0.0251679;REVB=-0.00797731;RO=21;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292721;STB=0.509428;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0168441;OID=.;OPOS=74507315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:21:31:32:0.603774:16:15:11:10:16:16:11:10 chr1 74575182 . C T 1305.53 PASS AF=1;AO=75;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.617;QD=61.4367;RBI=0.0343404;REFB=0;REVB=-0.00318631;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12582e-05;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:75:85:1:49:26:0:0:58:27:0:0 chr1 74648408 . C T 572.73 PASS AF=0.6375;AO=51;DP=80;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0496277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9119;QD=28.6364;RBI=0.0685292;REFB=0.0227712;REVB=-0.0472583;RO=29;SAF=26;SAR=25;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410156;STB=0.522284;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0159097;OID=.;OPOS=74648408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:29:29:51:51:0.6375:25:26:13:16:25:26:13:16 chr1 74665493 . G A 88.44 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0268037;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.35;QD=13.1019;RBI=0.0391858;REFB=-1.78243e-05;REVB=0.0285847;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185847;STB=0.611425;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=4.79539e-05;OID=.;OPOS=74665493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:27:16:16:11:11:0.407407:9:2:5:11:9:2:5:11 chr1 74671519 . A G 116.97 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0205566;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.969;QD=10.8809;RBI=0.0287525;REFB=-0.0189451;REVB=-0.020103;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404376;STB=0.53686;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0332121;OID=.;OPOS=74671519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:29:14:14:0.325581:6:8:15:13:6:8:15:14 chr1 74941210 . C T 840.01 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104059;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.793;QD=56.0007;RBI=0.0270247;REFB=-0.101771;REVB=0.024941;RO=1;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119466;STB=0.506327;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00159619;OID=.;OPOS=74941210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:59:59:0.983333:39:20:0:1:39:20:0:1 chr1 74941293 . G A 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.467;QD=59.8341;RBI=0.0165928;REFB=0;REVB=-0.0132413;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.62157e-06;OID=.;OPOS=74941293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:28:8:0:0:28:8:0:0 chr1 75035240 . C T 207.08 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0141212;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.327;QD=13.5788;RBI=0.0238755;REFB=-0.00610766;REVB=-0.0192518;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116822;STB=0.576098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.01287;OID=.;OPOS=75035240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:36:24:25:0.409836:14:10:19:17:15:10:19:17 chr1 75036812 . C T 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.014;QD=61.3746;RBI=0.0213118;REFB=0;REVB=0.0210201;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23939e-05;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr1 75037091 . C T 290.28 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0327919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5697;QD=14.1601;RBI=0.0356983;REFB=0.0125336;REVB=0.014109;RO=48;SAF=11;SAR=22;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160176;STB=0.586153;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0239387;OID=.;OPOS=75037091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:49:33:33:0.402439:22:11:23:25:22:11:23:26 chr1 75037845 . A G 193.48 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0397563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3122;QD=32.2463;RBI=0.0697321;REFB=-0.0510564;REVB=-0.0572887;RO=6;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513498;STB=0.528271;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0231866;OID=.;OPOS=75037845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:10:8:2:4:10:8:2:4 chr1 75038228 . A C 376.22 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.00110568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.133;QD=21.1953;RBI=0.0235127;REFB=-0.0393733;REVB=-0.0234867;RO=33;SAF=19;SAR=19;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21766;STB=0.619659;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0278451;OID=.;OPOS=75038228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:19:19:8:25:19:19:8:25 chr1 75038829 . C T 204.05 PASS AF=0.404762;AO=13;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00239679;FXX=0.0232504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=151.021;QD=19.4337;RBI=0.0715022;REFB=-0.037306;REVB=-0.071462;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173529;STB=0.519062;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0233744;OID=.;OPOS=75038829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:12:14:13:17:0.404762:9:4:6:6:9:8:6:8 chr1 75055419 . T C 171.06 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0186063;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.143;QD=12.441;RBI=0.0216359;REFB=-0.0170178;REVB=0.0110417;RO=32;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829241;STB=0.55258;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0229834;OID=.;OPOS=75055419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:34:21:21:0.381818:14:7:13:19:14:7:14:20 chr1 75175886 . T C 207.42 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00698975;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.419;QD=16.932;RBI=0.00700526;REFB=-0.0229427;REVB=0.000465821;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192957;STB=0.589657;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0165662;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:20:21:0.428571:13:7:15:13:13:8:15:13 chr1 75190452 . C T 123.09 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0326652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.373;QD=16.4123;RBI=0.0937227;REFB=-0.0160455;REVB=-0.087846;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270067;STB=0.656332;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0468608;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:9:7:10:4:9:7 chr1 75214441 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0279388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.098;QD=12.0517;RBI=0.030762;REFB=-0.0250436;REVB=0.0128734;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555787;STB=0.533258;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.028265;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:5:8:6:3:5:8 chr1 75672376 . A G 1576.26 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664524;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.191;QD=60.0481;RBI=0.0665314;REFB=0;REVB=0.00324221;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88893e-05;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:58:47:0:0:58:47:0:0 chr1 75681511 . T C 726.24 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0483534;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4887;QD=54.8105;RBI=0.0484406;REFB=-0.0489869;REVB=0.00290612;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229599;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00201354;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:51:52:0.981132:31:20:1:0:31:21:1:0 chr1 75716925 . C T 1375.72 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0767;QD=61.8302;RBI=0.0949984;REFB=0;REVB=-0.00298853;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332246;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chr1 76257892 . A T 758.78 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0040711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.684;QD=53.2479;RBI=0.0302983;REFB=0.0205616;REVB=-0.0300236;RO=2;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392347;STB=0.520826;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0011669;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:23:32:0:2:23:32:0:2 chr1 76344705 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000475645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.489;QD=61.335;RBI=0.0206225;REFB=0;REVB=0.020617;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34375e-05;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr1 76344711 . A T 635.89 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257805;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.245;QD=62.0379;RBI=0.0277292;REFB=0;REVB=0.0102113;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144021;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr1 77093180 . C A 205.05 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00682798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.586;QD=16.4038;RBI=0.0166193;REFB=-0.00957745;REVB=-0.0151519;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104249;STB=0.544289;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0150847;OID=.;OPOS=77093180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:8:13:20:8:8:13:20:9 chr1 77555481 . C T 228.99 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00970975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.941;QD=16.0698;RBI=0.00976306;REFB=-0.0120983;REVB=0.00101889;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183276;STB=0.612949;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0115769;OID=.;OPOS=77555481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:31:26:26:0.45614:17:9:16:14:17:9:17:14 chr1 77634948 . G A 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.486;QD=57.2353;RBI=0.0049462;REFB=0;REVB=0.000174119;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45084e-05;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:19:37:0:0:19:37:0:0 chr1 77763542 . G A 1012.11 PASS AF=1;AO=66;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.897;QD=57.835;RBI=0.0396343;REFB=0;REVB=0.0250813;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141028;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447354;OID=.;OPOS=77763542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:1:0:66:70:1:33:33:1:0:36:34:0:0 chr1 78024284 . T C 416.63 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373723;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.32;QD=57.466;RBI=0.0406712;REFB=0;REVB=0.0160455;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218302;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr1 78024345 . C CTAT 425.33 PASS AF=0.842105;AO=32;DP=40;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00376951;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=3;MLLD=252.762;QD=44.7711;RBI=0.015683;REFB=-0.00611153;REVB=0.0152233;RO=8;SAF=14;SAR=18;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115578;STB=0.536401;STBP=0.289;TYPE=ins;VARB=0.00188064;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.842105:32:40:32:38:6:14:18:4:2:34:8:14:18:6:2 chr1 78162073 . A G 182.08 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00445806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4801;QD=16.9377;RBI=0.0229438;REFB=-0.0149534;REVB=0.0225065;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149948;STB=0.586113;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0319786;OID=.;OPOS=78162073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:11:13:13:6:11:13 chr1 78392446 . G A 347.59 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00609975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.862;QD=51.4951;RBI=0.00946555;REFB=-0.0177587;REVB=0.00723807;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00111837;OID=.;OPOS=78392446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:1:0:15:11:1:0 chr1 78560583 . G A 930.96 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276293;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.483;QD=58.1848;RBI=0.0526723;REFB=0;REVB=0.044844;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137654;OID=.;OPOS=78560583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:28:36:0:0 chr1 78585086 . T C 556.99 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.627;QD=60.2152;RBI=0.052433;REFB=0;REVB=0.0419778;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041924;OID=.;OPOS=78585086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 79093818 . A G 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00670789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.017;QD=15.4088;RBI=0.00962321;REFB=-0.00722255;REVB=-0.00690003;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157422;STB=0.588676;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00917856;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:23:11:13:14:23:11 chr1 79093910 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0130398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.511;QD=14.6982;RBI=0.0136184;REFB=-0.00975824;REVB=0.00392723;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481707;STB=0.777445;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00766782;OID=.;OPOS=79093910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:12:4:17:6:12:4:17:6 chr1 79094081 . T A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0014413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.576;QD=17.247;RBI=0.00792122;REFB=-0.0107099;REVB=-0.00778899;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682584;STB=0.538885;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00960418;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:11:16:11:10:11:16 chr1 79115905 . T C 300.87 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00636341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4941;QD=24.5605;RBI=0.044934;REFB=0.018256;REVB=0.0444811;RO=21;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161707;STB=0.600539;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0285238;OID=.;OPOS=79115905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:10:17:9:12:10:17:9:13 chr1 79128570 . G GT 963.64 PASS AF=1;AO=74;DP=84;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655592;FXX=0.0374953;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.322;QD=50.0591;RBI=0.0250243;REFB=0;REVB=-0.0241503;RO=6;SAF=44;SAR=30;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.97189e-07;OID=.;OPOS=79128571;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:84:77:77:0:45:32:0:0:16:6:44:30:4:2 chr1 79392756 . C A 411.73 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.105;QD=56.7898;RBI=0.0321908;REFB=0;REVB=0.0321295;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272709;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:13:13:0:0:16:13:0:0 chr1 82421596 . C T 276.55 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301761;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.319;QD=52.6767;RBI=0.0486304;REFB=0;REVB=0.0381355;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002324;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr1 82457662 . G A 769.35 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.547;QD=56.9885;RBI=0.0231974;REFB=0;REVB=-0.00239433;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.89634e-05;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr1 84376849 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0136376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.35;QD=15.7842;RBI=0.0293337;REFB=-0.00868492;REVB=-0.0259708;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139967;STB=0.580533;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00816519;OID=.;OPOS=84376849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:11:6:7:7:11:6 chr1 84640691 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545246;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.815;QD=44.6898;RBI=0.0721055;REFB=0;REVB=0.0471834;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554292;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr1 84810815 . A G 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.173;QD=59.0086;RBI=0.0668677;REFB=0;REVB=0.0173006;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209252;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr1 84853957 . A T 805.48 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000687663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6921;QD=51.1414;RBI=0.0355127;REFB=-0.0687436;REVB=0.035506;RO=4;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308942;STB=0.516401;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0308163;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:63:4:4:59:59:0.936508:29:30:1:3:29:30:1:3 chr1 84878228 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0288763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.197;QD=16.2717;RBI=0.0382827;REFB=-0.0185309;REVB=0.0251342;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298139;STB=0.670372;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0197916;OID=.;OPOS=84878228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:13:5:9:6:13:5 chr1 84944989 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.975;QD=61.3335;RBI=0.0365307;REFB=0;REVB=0.0216147;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12976e-05;OID=.;OPOS=84944989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr1 85028969 . C A 345.43 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0634178;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3873;QD=17.0582;RBI=0.0666699;REFB=-0.0124824;REVB=0.0205684;RO=42;SAF=16;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099125;STB=0.573578;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0147684;OID=.;OPOS=85028969;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:44:36:37:0.45679:20:16:23:19:21:16:25:19 chr1 85113203 . T C 1397.37 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384309;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2661;QD=62.8033;RBI=0.0227283;REFB=0;REVB=0.0224011;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65728e-05;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:40:48:0:0:40:49:0:0 chr1 85113229 . A G 1057.16 PASS AF=0.972973;AO=66;DP=72;FAO=72;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0476362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8576;QD=57.1439;RBI=0.0519779;REFB=-0.0112853;REVB=0.0207965;RO=2;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269815;STB=0.513885;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0011715;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:74:2:2:66:72:0.972973:34:32:0:2:35:37:0:2 chr1 85121255 . A G 1979.87 PASS AF=0.984848;AO=127;DP=131;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0154961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.032;QD=59.9961;RBI=0.0199475;REFB=-0.0972659;REVB=0.0125609;RO=0;SAF=45;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502269;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000419329;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:132:0:2:127:130:0.984848:82:45:0:0:83:47:1:1 chr1 85488030 . G A 132.37 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0241025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0623;QD=9.99029;RBI=0.0329719;REFB=-0.0321715;REVB=-0.0224993;RO=34;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112436;STB=0.572775;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0356721;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:36:17:17:0.320755:12:5:13:21:12:5:14:22 chr1 85537706 . T C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.106375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.686;QD=17.3789;RBI=0.106527;REFB=-0.0133201;REVB=-0.00567847;RO=36;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117501;STB=0.572002;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0201556;OID=.;OPOS=85537706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:37:33:33:0.471429:16:17:14:22:16:17:14:23 chr1 85559452 . A G 439.98 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0486027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5988;QD=19.5545;RBI=0.0560285;REFB=-0.00715537;REVB=-0.0278742;RO=46;SAF=26;SAR=18;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00375664;STB=0.502087;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00796426;OID=.;OPOS=85559452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:18:26:27:19:18:26:27:19 chr1 85589842 . A G 318.67 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00871283;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.414;QD=13.1411;RBI=0.00883176;REFB=-0.0139713;REVB=0.00144447;RO=61;SAF=22;SAR=14;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20268;STB=0.615936;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0211729;OID=.;OPOS=85589842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:61:61:36:36:0.371134:14:22:26:35:14:22:26:35 chr1 85594392 . T C 100.28 PASS AF=0.571429;AO=10;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0117202;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5306;QD=19.101;RBI=0.0817472;REFB=-0.00902183;REVB=0.0809027;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916023;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147847;OID=.;OPOS=85594392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:22:21:10:9:10:12:0.571429:6:4:3:7:8:4:3:6 chr1 85594466 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.000564231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.64;QD=13.456;RBI=0.00974135;REFB=-0.0364544;REVB=-0.009725;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141797;STB=0.583184;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0247167;OID=.;OPOS=85594466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:6:9:5:6:6:9 chr1 85598596 . G A 289.21 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0400833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4927;QD=26.2917;RBI=0.0478062;REFB=-0.0223783;REVB=-0.0260531;RO=18;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404797;STB=0.522371;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0349131;OID=.;OPOS=85598596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:10:16:12:6:10:16:12:6 chr1 85599563 . A C 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.087474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.388;QD=10.8836;RBI=0.0875387;REFB=-0.0115623;REVB=0.00336623;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435168;STB=0.747;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0259506;OID=.;OPOS=85599563;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:14:15:9:9:0.375:7:2:9:5:7:2:9:6 chr1 85624549 . C T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.382;QD=58.0598;RBI=0.0161972;REFB=0;REVB=0.00992967;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.15764e-06;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr1 85624864 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00250203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.127;QD=58.5878;RBI=0.0174032;REFB=0;REVB=0.0172224;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.151e-05;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr1 85648620 . C T 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.503;QD=56.9973;RBI=0.0292742;REFB=0;REVB=-0.00759678;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99331e-05;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr1 85655916 . G A 269.49 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0390882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.065;QD=14.1838;RBI=0.0426287;REFB=0.00140365;REVB=-0.0170093;RO=44;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141971;STB=0.571632;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00205189;OID=.;OPOS=85655916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:45:31:31:0.407895:17:14:14:30:17:14:15:30 chr1 85724283 . C T 377.94 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00507151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6062;QD=18.8971;RBI=0.0256238;REFB=-0.023265;REVB=0.0251169;RO=41;SAF=14;SAR=25;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123518;STB=0.568906;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0257334;OID=.;OPOS=85724283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:25:14:20:21:25:14:20:21 chr1 85742023 . C A 175.19 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0244339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.735;QD=20.0216;RBI=0.030586;REFB=-0.0198878;REVB=0.0183981;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586403;STB=0.512806;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0164062;OID=.;OPOS=85742023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:10:8:7:9:10:8:8:9 chr1 85785751 . T C 389.19 PASS AF=0.356061;AO=47;DP=132;FAO=47;FDP=132;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.00359429;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.627;QD=11.7935;RBI=0.00695878;REFB=-0.0125237;REVB=0.00595867;RO=85;SAF=21;SAR=26;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536691;STB=0.530673;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0267392;OID=.;OPOS=85785751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:85:85:47:47:0.356061:26:21:34:51:26:21:34:51 chr1 85786981 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0297091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133;QD=14.7977;RBI=0.0332481;REFB=0.0111668;REVB=-0.0149267;RO=13;SAF=10;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276261;STB=0.666295;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00908507;OID=.;OPOS=85786981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:1:10:10:3:1:10:10:3 chr1 86202016 . C T 956.2 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.287;QD=57.9515;RBI=0.00858963;REFB=0;REVB=0.00458674;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14906e-05;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:30:35:0:0:30:36:0:0 chr1 86202102 . C A 412.73 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00330622;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.305;QD=26.205;RBI=0.00896715;REFB=-0.0265327;REVB=-0.00833539;RO=24;SAF=17;SAR=22;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434125;STB=0.523718;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0155889;OID=.;OPOS=86202102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:24:24:39:39:0.619048:22:17:9:15:22:17:9:15 chr1 86375654 . C G 949.43 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.722;QD=58.4264;RBI=0.035548;REFB=0;REVB=-0.00277507;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06522e-05;OID=.;OPOS=86375654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:29:34:0:0:29:36:0:0 chr1 86487981 . G A 247.16 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=-0.0287125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.047;QD=15.9459;RBI=0.029272;REFB=-0.0126133;REVB=0.00569616;RO=34;SAF=4;SAR=23;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526546;STB=0.535688;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0132794;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:34:27:28:0.451613:23:4:6:28:24:4:6:28 chr1 86487992 . A AACAG 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0204817;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=253.599;QD=14.7947;RBI=0.0273803;REFB=-0.00299806;REVB=0.0181709;RO=30;SAF=2;SAR=16;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130654;STB=0.633489;STBP=0.273;TYPE=ins;VARB=0.00404707;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:18:49:18:45:27:2:16:6:21:99:30:2:16:5:25 chr1 86590915 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.63;QD=57.2024;RBI=0.0127676;REFB=0;REVB=0.0126002;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70002e-05;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr1 86591837 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0157445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.646;QD=18.7436;RBI=0.115426;REFB=-0.0101756;REVB=0.114347;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295447;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0107232;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:3:4:7:7:0.636364:5:2:1:2:5:2:1:3 chr1 86818572 . T C 144.37 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0178147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.385;QD=11.5499;RBI=0.0254161;REFB=-0.00444157;REVB=0.0181277;RO=33;SAF=12;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160322;STB=0.595183;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0172997;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:5:12:19:14:5:12:19:14 chr1 86820267 . C T 546.91 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0481887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.67;QD=17.3623;RBI=0.0581606;REFB=-0.013391;REVB=-0.0325654;RO=68;SAF=31;SAR=27;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090335;STB=0.550228;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.018102;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:58:58:0.460317:27:31:30:38:27:31:30:38 chr1 86822170 . T C 258.36 PASS AF=0.483333;AO=27;DP=58;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.031186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4732;QD=17.2238;RBI=0.0495545;REFB=-0.00612101;REVB=0.0385107;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150947;STB=0.596945;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0148707;OID=.;OPOS=86822170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:31:31:27:29:0.483333:18:9:15:16:20:9:15:16 chr1 86838158 . C T 1627.99 PASS AF=0.475362;AO=164;DP=345;FAO=164;FDP=345;FR=.;FRO=181;FSAF=105;FSAR=59;FSRF=109;FSRR=72;FWDB=-0.00162746;FXX=0.00289009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.215;QD=18.8753;RBI=0.0242083;REFB=-0.012961;REVB=-0.0241535;RO=181;SAF=105;SAR=59;SRF=109;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388464;STB=0.521395;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0150271;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:181:181:164:164:0.475362:59:105:109:72:59:105:109:72 chr1 86852621 . A G 635.96 PASS AF=0.5;AO=61;DP=127;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00316749;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.88;QD=19.8738;RBI=0.0185922;REFB=-0.0328952;REVB=-0.0183204;RO=64;SAF=36;SAR=25;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702451;STB=0.548178;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0357438;OID=.;OPOS=86852621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:64:64:61:64:0.5:25:36:33:31:25:39:33:31 chr1 86900332 . T C 227.74 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0150984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1086;QD=12.4791;RBI=0.0283568;REFB=-0.0283454;REVB=0.024003;RO=39;SAF=8;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248621;STB=0.608614;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0290322;OID=.;OPOS=86900332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:45:28:28:0.383562:20:8:20:19:20:8:20:25 chr1 86900372 . C G 237.54 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00893471;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.504;QD=13.5738;RBI=0.0142875;REFB=-0.0133187;REVB=-0.0111492;RO=42;SAF=8;SAR=20;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192863;STB=0.610776;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0153551;OID=.;OPOS=86900372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:42:42:28:28:0.4:20:8:19:23:20:8:19:23 chr1 86913265 . C T 200.88 PASS AF=0.367647;AO=24;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0186679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3476;QD=11.8163;RBI=0.0199292;REFB=-0.0115934;REVB=0.00697727;RO=43;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018387;STB=0.501192;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0169198;OID=.;OPOS=86913265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:24:25:0.367647:11:13:24:19:11:14:24:19 chr1 86920904 . A G 385.96 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00331488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.296;QD=17.9515;RBI=0.00331634;REFB=-0.0132235;REVB=9.81092e-05;RO=45;SAF=22;SAR=18;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481812;STB=0.520037;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0131018;OID=.;OPOS=86920904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:40:40:0.465116:18:22:27:18:18:22:27:19 chr1 86939130 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.629;QD=63.2867;RBI=0.0172964;REFB=0;REVB=0.00897047;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89013e-05;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr1 86947975 . A T 325.66 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0183644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4203;QD=13.158;RBI=0.0198091;REFB=-0.0052323;REVB=-0.00742625;RO=62;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241554;STB=0.637609;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0135311;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:62:37:37:0.373737:15:22:23:39:15:22:23:39 chr1 86952324 . A G 1608.92 PASS AF=1;AO=98;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.7875;QD=57.9792;RBI=0.0516025;REFB=0;REVB=0.0376501;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0090919;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:98:111:1:55:43:0:0:67:44:0:0 chr1 86959173 . T C 2677.6 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.685;QD=62.2697;RBI=0.0242635;REFB=0;REVB=0.000418463;RO=0;SAF=75;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30566e-05;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:172:0:0:171:172:1:96:75:0:0:97:75:0:0 chr1 86965419 . T C 746.7 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.616;QD=63.5489;RBI=0.0280569;REFB=0;REVB=0.0215048;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015351;OID=.;OPOS=86965419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:14:33:0:0:14:33:0:0 chr1 87045896 . TCCTACA T,TCCTACT 493.92 PASS AF=0.911765,0.0882353;AO=30,4;DP=34;FAO=31,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153602,0.0127418;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=246.157,206.628;QD=58.1077;RBI=0.015484,0.0156493;REFB=0,0;REVB=0.00195366,0.00908562;RO=0;SAF=24,2;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00647586,-0.0217694;OID=.,.;OPOS=87045897,87045902;OREF=CCTACA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCCTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.911765,0.0882353:30,4:34:31,3:34:0:25,1:6,2:0:0:24:0:24,2:6,2:0:0 chr1 87101375 . C G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00303499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.801;QD=18.2507;RBI=0.0138799;REFB=-0.0168783;REVB=0.0135441;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268385;STB=0.66642;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0431212;OID=.;OPOS=87101375;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:15:15:15:0.5:12:3:6:7:12:3:7:8 chr1 87101649 . T C 232.94 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0264589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2782;QD=15.0281;RBI=0.0517806;REFB=-0.00295198;REVB=0.0445103;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10489;STB=0.550618;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00487378;OID=.;OPOS=87101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:14:13:20:14:14:13:20:15 chr1 87208953 . T A 312.22 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0243959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.58;QD=16.6514;RBI=0.0426003;REFB=-0.0360553;REVB=-0.0349232;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111312;STB=0.562464;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.039002;OID=.;OPOS=87208953;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:16:18:17:24:16:18:17:24 chr1 87333798 . G A,GA 69.25 PASS AF=0,0.280488;AO=13,12;DP=94;FAO=0,23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=0,8;FSAR=0,15;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0067214,0.0601474;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=234.853,11.551;QD=3.37799;RBI=0.00788766,0.0633176;REFB=-0.00231472,-0.048627;REVB=0.0041277,0.0197842;RO=66;SAF=8,1;SAR=5,11;SRF=29;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.217562,-0.523453;STB=0.5,0.519613;STBP=1,0.858;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.105561;OID=.,.;OPOS=87333798,87333799;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:70:94:82:66:59:13,12:0,23:0,0.280488:5,11:8,1:29:37:0,15:0,8:22:37 chr1 87599697 . G A 702.21 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277626;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1737;QD=62.4185;RBI=0.0285683;REFB=-0.0115587;REVB=-0.00673691;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094561;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr1 89225976 . T C 231.11 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0499364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6239;QD=14.6739;RBI=0.0866749;REFB=0.00331878;REVB=0.0708442;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462359;STB=0.537163;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00137418;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:36:26:27:0.428571:12:14:21:15:13:14:21:15 chr1 89271574 . T C 200.74 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0255913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.142;QD=13.8443;RBI=0.0257475;REFB=-0.0281226;REVB=-0.00283224;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131337;STB=0.575158;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0428493;OID=.;OPOS=89271574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:9:15:17:17:9:15:17:17 chr1 89301123 . C T 411.83 PASS AF=0.488372;AO=40;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0375317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1939;QD=19.1548;RBI=0.0416846;REFB=0.00368967;REVB=0.0181377;RO=44;SAF=15;SAR=25;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034513;STB=0.521935;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00536332;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:44:40:42:0.488372:25:15:15:29:26:16:15:29 chr1 89322982 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.038;QD=59.839;RBI=0.0374964;REFB=0;REVB=0.0173983;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93062e-05;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr1 89518623 . C T 411.33 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.000878407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.603;QD=21.0939;RBI=0.012289;REFB=-0.0230273;REVB=-0.0122575;RO=37;SAF=17;SAR=24;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392841;STB=0.521728;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0211823;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:24:17:17:20:24:17:17:20 chr1 89522646 . G C 372.1 PASS AF=0.365854;AO=45;DP=124;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.00523324;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.966;QD=12.1009;RBI=0.0200487;REFB=-0.0117658;REVB=-0.0193536;RO=76;SAF=28;SAR=17;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207487;STB=0.61834;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.032096;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:76:78:45:45:0.365854:17:28:33:43:17:28:34:44 chr1 89579941 . T C 1171.84 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.352;QD=60.875;RBI=0.043022;REFB=0;REVB=-0.0267169;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019971;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr1 89582690 . G C 1212.78 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00113233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.105;QD=59.8901;RBI=0.010243;REFB=-0.07353;REVB=0.0101802;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=1.85797e-05;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:33:47:0:0:33:47:1:0 chr1 89599037 . A G 78.05 PASS AF=0.13913;AO=13;DP=116;FAO=16;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=99;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=-0.0758354;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.935;QD=2.71472;RBI=0.0778534;REFB=-0.00906663;REVB=-0.0176109;RO=75;SAF=2;SAR=11;SRF=22;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242899;STB=0.576778;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0560542;OID=.;OPOS=89599037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:116:115:75:99:13:16:0.13913:11:2:22:53:11:5:39:60 chr1 89599070 . T C 55.05 PASS AF=0.12;AO=12;DP=100;FAO=12;FDP=100;FR=.;FRO=88;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0245916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.822;QD=2.20219;RBI=0.0255336;REFB=-0.00261664;REVB=-0.00687152;RO=88;SAF=5;SAR=7;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328638;STB=0.52377;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0238089;OID=.;OPOS=89599070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:100:100:88:88:12:12:0.12:7:5:39:49:7:5:39:49 chr1 89637578 . G A 1491.21 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.938;QD=63.4556;RBI=0.0525651;REFB=0;REVB=0.023441;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188328;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:41:53:0:0:41:53:0:0 chr1 89652078 . A T 179.08 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.0163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.878;QD=10.853;RBI=0.0197833;REFB=-0.0201507;REVB=-0.0112112;RO=40;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591308;STB=0.550856;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0309866;OID=.;OPOS=89652078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:43:23:23:0.348485:15:8:12:28:15:8:12:31 chr1 89652087 . CC TG 160.29 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0352603;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=2;MLLD=112.648;QD=10.1769;RBI=0.0365349;REFB=-0.00674659;REVB=-0.00956591;RO=42;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521376;STB=0.518055;STBP=0.881;TYPE=mnp;VARB=0.0141251;OID=.;OPOS=89652087;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:20:21:0.333333:13:7:13:29:14:7:13:29 chr1 89652090 . T G 156.13 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0174408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1585;QD=9.46255;RBI=0.023748;REFB=-0.00800811;REVB=0.016118;RO=45;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059317;STB=0.534851;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0129462;OID=.;OPOS=89652090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:14:7:13:32:14:7:13:32 chr1 89652094 . G A 145.15 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0384648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.321;QD=8.7969;RBI=0.0394358;REFB=-0.013773;REVB=-0.00869745;RO=46;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602633;STB=0.53568;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0525291;OID=.;OPOS=89652094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:13:7:14:32:13:7:14:32 chr1 89652097 . C T 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.0195126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.735;QD=8.89847;RBI=0.0225208;REFB=-0.00558861;REVB=-0.0112447;RO=48;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115365;STB=0.567914;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0230205;OID=.;OPOS=89652097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:13:8:14:34:13:8:14:34 chr1 89652102 . A T 166.69 PASS AF=0.328358;AO=21;DP=66;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.0133708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.747;QD=9.95161;RBI=0.0151914;REFB=-0.00693494;REVB=-0.0072111;RO=44;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146626;STB=0.590693;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0190213;OID=.;OPOS=89652102;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:44:45:21:22:0.328358:14:7:10:34:14:8:11:34 chr1 89844035 . T C 227.01 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00508984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.978;QD=11.3504;RBI=0.0417717;REFB=-0.0018278;REVB=0.0414605;RO=51;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646357;STB=0.542406;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00262955;OID=.;OPOS=89844035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:52:28:28:0.35:16:12:19:32:16:12:19:33 chr1 89847372 . G T 481.63 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0456531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.79;QD=53.5148;RBI=0.0504363;REFB=-0.219694;REVB=0.0214388;RO=2;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491206;STB=0.524985;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0026406;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:2:2:33:34:0.944444:18:15:0:2:19:15:0:2 chr1 89847411 . C T 423.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.533;QD=54.7043;RBI=0.0359565;REFB=0;REVB=0.0109604;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308755;OID=.;OPOS=89847411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:19:10:0:0:19:12:0:0 chr1 89847444 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9083;QD=57.2011;RBI=0.0431124;REFB=0;REVB=0.0410167;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072919;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:18:12:0:0 chr1 89849268 . T C 139.85 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0406643;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4464;QD=19.2899;RBI=0.0684514;REFB=-0.0027737;REVB=0.0550638;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149262;STB=0.585249;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00438906;OID=.;OPOS=89849268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:15:15:0.517241:5:10:7:7:5:10:7:7 chr1 89849742 . A T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.306;QD=53.9323;RBI=0.0289803;REFB=-0.0434501;REVB=0.0270463;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00206643;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:30:30:0.967742:9:21:0:0:9:21:1:0 chr1 90171835 . C T 817.22 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2776;QD=57.3488;RBI=0.0697002;REFB=0;REVB=-0.0671308;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343402;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr1 90178743 . A G 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5059;QD=52.6085;RBI=0.0442084;REFB=0;REVB=-0.0301494;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04047e-05;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr1 90179532 . A G 81.44 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0472552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0612;QD=8.35233;RBI=0.0601862;REFB=-0.0130629;REVB=-0.0372737;RO=27;SAF=8;SAR=3;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774944;STB=0.520921;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0379408;OID=.;OPOS=90179532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:27:28:11:11:0.282051:3:8:21:6:3:8:21:7 chr1 90486412 . T G 429.67 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00104822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.713;QD=16.6861;RBI=0.00128697;REFB=-0.0247947;REVB=0.000746684;RO=56;SAF=16;SAR=31;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110095;STB=0.561617;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0326643;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:31:16:25:31:31:16:25:31 chr1 90493026 . G A 79.61 PASS AF=0.625;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.105056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8984;QD=19.9016;RBI=0.113806;REFB=-0.0249767;REVB=-0.0437606;RO=5;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519961;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0426026;OID=.;OPOS=90493026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:5:6:10:10:0.625:8:2:1:4:8:2:1:5 chr1 91405699 . G A 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00280566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.787;QD=16.6186;RBI=0.0177245;REFB=-0.0127034;REVB=0.0175011;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417333;STB=0.735437;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00741349;OID=.;OPOS=91405699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:16:7:21:7:16:7:21:7 chr1 91728053 . G A 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00462893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.917;QD=56.4169;RBI=0.0316634;REFB=-0.0561834;REVB=0.0313232;RO=1;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016002;STB=0.508472;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0011991;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:29:33:0:1:29:33:0:1 chr1 91781413 . T G 1435.93 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0502426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.837;QD=59.8303;RBI=0.0552945;REFB=-0.211602;REVB=0.0230904;RO=1;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093882;STB=0.500667;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00293527;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:96:96:1:2:93:94:0.979167:50:43:0:1:50:44:1:1 chr1 91851253 . T C 385.71 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000173758;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.857;QD=48.2142;RBI=0.0103203;REFB=-0.0747698;REVB=0.0103188;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.50779;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.000675577;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:1:3:29:29:0.90625:17:12:1:0:17:12:1:2 chr1 91853111 . A C 2296.46 PASS AF=0.946108;AO=158;DP=167;FAO=158;FDP=167;FR=.;FRO=9;FSAF=54;FSAR=104;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0393695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.656;QD=55.0051;RBI=0.0402739;REFB=0.0639586;REVB=0.00848704;RO=6;SAF=54;SAR=104;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121741;STB=0.519219;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00452981;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:167:167:6:9:158:158:0.946108:104:54:3:3:104:54:6:3 chr1 91859795 . T C 942.51 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409304;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8278;QD=58.9066;RBI=0.00883917;REFB=0;REVB=0.00783441;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290169;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chr1 91870410 . G C 763.18 PASS AF=0.452514;AO=81;DP=180;FAO=81;FDP=179;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.082578;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.429;QD=17.0543;RBI=0.0828575;REFB=-0.0177544;REVB=-0.00680011;RO=96;SAF=47;SAR=34;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129708;STB=0.566562;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0317311;OID=.;OPOS=91870410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:96:98:81:81:0.452514:34:47:43:53:34:47:45:53 chr1 91980447 . A G 249.99 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0130853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.453;QD=12.0475;RBI=0.0199431;REFB=0.00154149;REVB=-0.0150499;RO=52;SAF=22;SAR=8;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173696;STB=0.608779;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00225194;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:52:53:30:30:0.361446:8:22:31:21:8:22:31:22 chr1 92108899 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00419383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.166;QD=19.3698;RBI=0.0226255;REFB=0.00482737;REVB=0.0222334;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283782;STB=0.516109;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00259;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:8:7:8:8:8:7 chr1 92174260 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.47;QD=59.1432;RBI=0.0153091;REFB=0;REVB=-0.0120121;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19562e-05;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr1 92185657 . C T 231.38 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0068333;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.504;QD=22.5734;RBI=0.0121254;REFB=0.00912143;REVB=0.0100166;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17956;STB=0.609661;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00957515;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:19:22:22:0.536585:11:11:5:13:11:11:5:14 chr1 92262874 . T C 234.19 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00959653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.698;QD=15.8772;RBI=0.0184561;REFB=-0.0194359;REVB=-0.015765;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776654;STB=0.560656;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0231076;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:26:27:0.457627:13:13:13:18:13:14:13:19 chr1 92295565 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.000321493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.227;QD=8.25458;RBI=0.00623179;REFB=-0.00600968;REVB=0.00622349;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528478;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0163188;OID=.;OPOS=92295565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:4:8:1:5:4:8 chr1 92327045 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0175102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4455;QD=17.8273;RBI=0.107588;REFB=-0.00728382;REVB=-0.106153;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107737;STB=0.56194;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00321885;OID=.;OPOS=92327045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:5:6:5:7:5:6 chr1 92428495 . C A 517.32 PASS AF=0.538462;AO=48;DP=90;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0136348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.246;QD=22.7392;RBI=0.0141252;REFB=-0.0242076;REVB=-0.00368973;RO=41;SAF=30;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138511;STB=0.575049;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0204907;OID=.;OPOS=92428495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:41:42:48:49:0.538462:18:30:19:22:19:30:19:23 chr1 92442695 . A C 357.07 PASS AF=0.433735;AO=31;DP=86;FAO=36;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.011314;FXX=0.0459717;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.669;QD=17.208;RBI=0.0159606;REFB=-0.0608062;REVB=-0.0112576;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270675;STB=0.517232;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.037976;OID=.;OPOS=92442695;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:83:33:42:31:36:0.433735:15:16:18:15:20:16:20:22 chr1 92457843 . C T 438.3 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00828673;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.509;QD=18.8517;RBI=0.0173882;REFB=-0.0184989;REVB=-0.0152866;RO=49;SAF=16;SAR=28;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017155;STB=0.50955;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0184258;OID=.;OPOS=92457843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:49:49:44:44:0.473118:28:16:17:32:28:16:17:32 chr1 92646021 . G A 76.25 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0299963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.809;QD=11.2961;RBI=0.0306742;REFB=-0.0159444;REVB=0.00641284;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365691;STB=0.723463;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0290206;OID=.;OPOS=92646021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:26:27:15:14:7:8:0.296296:1:6:9:6:1:7:9:5 chr1 92647223 . A G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0125237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.537;QD=21.0133;RBI=0.0334893;REFB=-0.0110214;REVB=0.0310595;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224559;STB=0.628965;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00690317;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:4:3:8:3:4:3 chr1 92647532 . C A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.621;QD=59.4334;RBI=0.0305714;REFB=0;REVB=-0.0223079;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160089;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr1 92889408 . C T 109.6 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0290952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8399;QD=16.8613;RBI=0.0336796;REFB=0.00859926;REVB=0.0169643;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171635;STB=0.596854;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0111862;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:13:12:13:0.5:9:3:5:7:10:3:5:8 chr1 92946479 . G A 190.88 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.099;QD=47.7202;RBI=0.0375069;REFB=0;REVB=0.0267444;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216869;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr1 92974595 . G A 1419.37 PASS AF=0.98913;AO=77;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.623;QD=61.7115;RBI=0.017136;REFB=0.000990763;REVB=0.00653651;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=2.93411e-05;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:77:91:0.98913:32:45:0:0:40:51:1:0 chr1 92979124 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0511583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.894;QD=12.8604;RBI=0.0511583;REFB=-0.00534148;REVB=0;RO=8;SAF=7;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00708064;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:0:7:8:0:0:7:8:0 chr1 92979354 . A G 530.38 PASS AF=0.925;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000362482;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.809;QD=53.0377;RBI=0.0071349;REFB=0.0204676;REVB=0.00712568;RO=3;SAF=11;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00602569;STB=0.503224;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00118472;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:41:40:3:3:37:37:0.925:26:11:1:2:26:11:1:2 chr1 93073228 . C A 314.44 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0242158;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.752;QD=19.6527;RBI=0.024934;REFB=-0.0145656;REVB=0.00594162;RO=31;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00257564;STB=0.501432;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0171409;OID=.;OPOS=93073228;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:31:31:33:33:0.515625:15:18:17:14:15:18:17:14 chr1 93089823 . T C 746.95 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7881;QD=63.5703;RBI=0.0952881;REFB=0;REVB=0.0777336;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185799;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:13:33:0:0:14:33:0:0 chr1 93160902 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7185;QD=50.4109;RBI=0.079092;REFB=0;REVB=-0.0184787;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109241;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr1 93297634 . C G 353.09 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00312641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5489;QD=18.8317;RBI=0.0574698;REFB=-0.0186591;REVB=-0.0573847;RO=38;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122972;STB=0.506846;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0183746;OID=.;OPOS=93297634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:18:19:19:19:18:19:19:19 chr1 93306317 . G A 325.33 PASS AF=0.382353;AO=37;DP=100;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0209813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3719;QD=12.7582;RBI=0.0262171;REFB=-0.022491;REVB=0.01572;RO=63;SAF=13;SAR=24;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901287;STB=0.563347;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0384906;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:63:63:37:39:0.382353:24:13:27:36:26:13:27:36 chr1 93307908 . T A 629.2 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0137447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.978;QD=57.1997;RBI=0.0218945;REFB=-0.122967;REVB=0.0170427;RO=2;SAF=14;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062438;STB=0.533317;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00193751;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:28:14:2:0:28:14:2:0 chr1 93311661 . T C 347.43 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.014214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6554;QD=17.1572;RBI=0.0313467;REFB=0.000469803;REVB=-0.0279388;RO=44;SAF=16;SAR=21;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238193;STB=0.632958;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00078106;OID=.;OPOS=93311661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:21:16:30:14:21:16:30:14 chr1 93311707 . C T 322.18 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.039527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.632;QD=16.7365;RBI=0.040131;REFB=-0.0340863;REVB=-0.0069362;RO=42;SAF=11;SAR=23;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249835;STB=0.627199;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0258028;OID=.;OPOS=93311707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:34:35:0.454545:23:11:24:18:23:12:24:18 chr1 93580581 . G C 955.77 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.018;QD=58.8165;RBI=0.0453414;REFB=0;REVB=0.0440063;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121441;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:23:40:0:0:25:40:0:0 chr1 93581024 . T C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.113;QD=62.3489;RBI=0.0415891;REFB=0;REVB=0.0390191;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156866;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr1 93603177 . T C 101.17 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00637278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.618;QD=9.1976;RBI=0.0126999;REFB=-0.0180345;REVB=0.0109852;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719628;STB=0.553111;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0597614;OID=.;OPOS=93603177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:31:13:13:0.295455:6:7:18:12:6:7:19:12 chr1 93603183 . C CAT,T 707.22 PASS AF=0.5,0.5;AO=22,24;DP=52;FAO=23,23;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12,15;FSAR=11,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257323,-0.0388114;FXX=0.079984;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=96.3044,59.9381;QD=61.4975;RBI=0.0405768,0.130655;REFB=0,0;REVB=-0.031374,-0.124758;RO=6;SAF=11,16;SAR=11,8;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.130914,-0.0707963;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00974512,0.024411;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:52:46:6:0:22,24:23,23:0.5,0.5:11,8:11,16:5:1:11,8:12,15:0:0 chr1 93617546 . T C 655.05 PASS AF=1;AO=37;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518306;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0003;QD=62.3854;RBI=0.0846239;REFB=0;REVB=0.0668939;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00526364;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:37:42:1:19:18:0:0:23:19:0:0 chr1 93620393 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.401;QD=50.4123;RBI=0.0299836;REFB=0;REVB=-0.0278796;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000413785;OID=.;OPOS=93620393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr1 93646207 . T C 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0684775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5292;QD=37.4781;RBI=0.135403;REFB=0;REVB=-0.116811;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0139601;OID=.;OPOS=93646207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 93672723 . A C 714.65 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00238542;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=118.792;QD=57.172;RBI=0.0377628;REFB=0.0354275;REVB=0.0376874;RO=3;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721518;STB=0.538445;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000248515;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:18:29:0:3:18:29:0:3 chr1 93851295 . T C 481.17 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0147017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.328;QD=53.4632;RBI=0.014709;REFB=-0.0599209;REVB=-0.000462707;RO=2;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00618158;STB=0.503309;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00609302;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:19:15:1:1:19:15:1:1 chr1 94037329 . C T 455.63 PASS AF=0.706897;AO=41;DP=58;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0421822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.15;QD=31.4231;RBI=0.0422323;REFB=0.00360798;REVB=0.00205667;RO=17;SAF=15;SAR=26;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599133;STB=0.532486;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00190002;OID=.;OPOS=94037329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:17:17:41:41:0.706897:26:15:8:9:26:15:8:9 chr1 94341267 . A G 676.75 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0191384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.937;QD=50.1299;RBI=0.0242681;REFB=0.0859152;REVB=0.0149219;RO=4;SAF=25;SAR=25;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000634892;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:4:3:50:51:0.944444:25:25:2:2:26:25:2:1 chr1 94341984 . AAT AAA,AA,A 62.2 PASS AF=0,0,0.25641;AO=4,5,10;DP=46;FAO=0,0,10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=0,0,5;FSAR=0,0,5;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0241651,-0.187105,-0.161574;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=24.2543,13.8561,26.966;QD=6.37905;RBI=0.0251327,0.197017,0.171912;REFB=0.00539781,-0.0548277,-0.0605229;REVB=-0.00690664,-0.0617049,-0.0587171;RO=24;SAF=0,4,6;SAR=4,1,4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.661284,0.286911,0.0197651;STB=0.5,0.5,0.69198;STBP=1,1,0.183;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0,0.172419;OID=.,.,.;OPOS=94341986,94341986,94341985;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.25641:4,5,10:46:0,0,10:39:29:0,0,5:0,0,5:22:7:60:24:0,4,6:4,1,4:14:10 chr1 94342564 . C A 700.14 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.274;QD=54.9127;RBI=0.0260895;REFB=-0.150292;REVB=0.0094906;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017117;STB=0.509087;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00133955;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:51:1:1:50:50:0.980392:27:23:0:1:27:23:0:1 chr1 94343023 . A G 816.69 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.913;QD=54.4458;RBI=0.0190006;REFB=-0.0395022;REVB=0.000773538;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.509088;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00141801;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:60:0:1:57:59:0.983333:31:26:0:0:32:27:1:0 chr1 94343233 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.852;QD=61.695;RBI=0.041472;REFB=0;REVB=0.0407131;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9731e-05;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:30:52:0:0:30:52:0:0 chr1 94344716 . C T 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.659;QD=56.9931;RBI=0.0551023;REFB=0;REVB=0.0386231;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120163;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr1 94471075 . A G 725.67 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1878;QD=63.1013;RBI=0.0454542;REFB=0;REVB=0.0393848;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861285;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:23:23:0:0 chr1 94578548 . T C 638.48 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404538;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.129;QD=60.808;RBI=0.0559;REFB=0;REVB=0.0385785;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287803;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:42:0:0:41:42:1:29:12:0:0:30:12:0:0 chr1 94639337 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.255;QD=46.848;RBI=0.0377315;REFB=0;REVB=-0.0294649;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95464e-05;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 94639447 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00021121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.984;QD=43.4859;RBI=0.0361478;REFB=0;REVB=0.0361471;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378149;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr1 94639740 . T C 218.63 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.00992256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2548;QD=11.66;RBI=0.0421347;REFB=-0.0302475;REVB=-0.0409497;RO=48;SAF=19;SAR=8;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00616593;STB=0.50356;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.043526;OID=.;OPOS=94639740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:8:19:34:14:8:19:34:14 chr1 94643531 . T C 267.35 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0117463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.851;QD=18.4381;RBI=0.01338;REFB=-0.00635893;REVB=-0.00640698;RO=29;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985918;STB=0.555234;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00888426;OID=.;OPOS=94643531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:10:19:16:13:10:19:16:13 chr1 94930345 . G A 392.89 PASS AF=0.482759;AO=31;DP=88;FAO=42;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0401404;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.4458;QD=18.0639;RBI=0.109074;REFB=-0.0437954;REVB=0.101419;RO=44;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735366;STB=0.580318;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0502191;OID=.;OPOS=94930345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:44:45:31:42:0.482759:17:14:23:21:26:16:24:21 chr1 95001600 . A C 1117.11 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891011;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.641;QD=60.3845;RBI=0.00970391;REFB=0;REVB=0.00384393;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139308;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:72:74:1:38:34:0:0:39:35:0:0 chr1 95291479 . A C 180.09 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0251562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.553;QD=11.0822;RBI=0.0253;REFB=-0.0155917;REVB=0.00269379;RO=42;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10647;STB=0.572215;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0260201;OID=.;OPOS=95291479;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:22:23:0.353846:15:7:17:25:16:7:17:25 chr1 95294089 . T C 320.15 PASS AF=0.357143;AO=39;DP=111;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00413915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.148;QD=11.4339;RBI=0.00827305;REFB=-0.00709606;REVB=-0.00716316;RO=72;SAF=19;SAR=20;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120582;STB=0.508924;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00883661;OID=.;OPOS=95294089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:72:72:39:40:0.357143:20:19:35:37:20:20:35:37 chr1 95330372 . G A 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.683;QD=58.0594;RBI=0.0255563;REFB=0;REVB=0.00622996;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52403e-05;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr1 95709821 . T C 765.09 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8743;QD=63.7577;RBI=0.0308248;REFB=0;REVB=0.0295134;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512139;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr1 95709939 . T G 1072.65 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00686217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.79;QD=57.2078;RBI=0.0268564;REFB=-0.19334;REVB=0.0259649;RO=2;SAF=28;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00619769;STB=0.503277;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00101022;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:75:2:2:73:73:0.973333:45:28:1:1:45:28:1:1 chr1 97189091 . G A 230.95 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00632781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.179;QD=16.4961;RBI=0.0259649;REFB=0.00518119;REVB=-0.025182;RO=29;SAF=18;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00290899;STB=0.515911;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00858017;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:30:26:26:0.464286:8:18:20:9:8:18:20:10 chr1 97915624 . A G 541.98 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0571177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.096;QD=22.5826;RBI=0.0755906;REFB=0.0076491;REVB=-0.0495128;RO=42;SAF=26;SAR=25;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704098;STB=0.531902;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00884305;OID=.;OPOS=97915624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:42:45:51:51:0.53125:25:26:25:17:25:26:26:19 chr1 98348885 . G A 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.513;QD=62.0073;RBI=0.0205717;REFB=0;REVB=0.0193781;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75355e-05;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr1 99127392 . T C 564.03 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0401567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6462;QD=55.0272;RBI=0.0665297;REFB=-0.0657575;REVB=0.0530437;RO=1;SAF=28;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164445;STB=0.515339;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00291886;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:38:39:0.95122:10:28:1:0:10:29:1:1 chr1 99225627 . G A 1061.55 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.511;QD=59.8058;RBI=0.0681989;REFB=0;REVB=0.000244667;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195178;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:41:29:0:0:41:30:0:0 chr1 100203648 . C T 276.04 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0165343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7252;QD=13.3032;RBI=0.0168326;REFB=-0.017949;REVB=-0.00315473;RO=51;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359334;STB=0.520535;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0259416;OID=.;OPOS=100203648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:18:14:24:27:18:14:24:27 chr1 100203693 . G A 366.93 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0493386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7754;QD=12.7629;RBI=0.0544285;REFB=-0.00873122;REVB=-0.0229819;RO=70;SAF=21;SAR=23;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400038;STB=0.518378;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0135017;OID=.;OPOS=100203693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:70:71:44:44:0.382609:23:21:36:34:23:21:36:35 chr1 100327026 . C T 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00141639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.604;QD=19.4078;RBI=0.0175648;REFB=-0.0224822;REVB=-0.0175076;RO=28;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271788;STB=0.515141;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0278265;OID=.;OPOS=100327026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:13:17:15:13:13:17:15:13 chr1 100336361 . C T 180.62 PASS AF=0.347826;AO=23;DP=68;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00386727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.463;QD=10.4708;RBI=0.0139363;REFB=-0.0169538;REVB=-0.0133889;RO=42;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249387;STB=0.66006;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0254014;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:45:23:24:0.347826:8:15:18:24:8:16:19:26 chr1 100361925 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00868003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.79;QD=16.8246;RBI=0.011141;REFB=-0.0084699;REVB=-0.00698419;RO=26;SAF=5;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213582;STB=0.607965;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0126535;OID=.;OPOS=100361925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:26:28:21:21:0.428571:16:5:11:15:16:5:11:17 chr1 100376325 . G A 475.73 PASS AF=0.52809;AO=45;DP=87;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00804216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2176;QD=21.381;RBI=0.024106;REFB=-0.0262428;REVB=-0.0227249;RO=42;SAF=22;SAR=23;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512467;STB=0.53749;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0148543;OID=.;OPOS=100376325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:42:42:45:47:0.52809:23:22:23:19:25:22:23:19 chr1 100436133 . A G 178.6 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00605532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.705;QD=15.5305;RBI=0.0253989;REFB=-0.0155396;REVB=0.0246666;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0021328;STB=0.501227;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0140339;OID=.;OPOS=100436133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:10:17:12:7:10:17 chr1 100472604 . A G 174.27 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00968959;FXX=0.0158705;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.4654;QD=11.2433;RBI=0.0192894;REFB=0.000200654;REVB=0.0166791;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107598;STB=0.552192;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000877493;OID=.;OPOS=100472604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:40:22:22:0.354839:12:10:14:25:12:10:15:25 chr1 100488177 . C T 67.58 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00137234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1639;QD=12.2874;RBI=0.00756498;REFB=0.0117121;REVB=-0.00743946;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604717;STB=0.536003;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0294452;OID=.;OPOS=100488177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:5:8:5:4:5:8 chr1 100547994 . T C 331.28 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00965344;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.748;QD=18.4042;RBI=0.0138273;REFB=-0.0217164;REVB=0.00989982;RO=37;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590307;STB=0.53298;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0130732;OID=.;OPOS=100547994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:37:35:35:0.486111:22:13:16:21:22:13:16:21 chr1 100575933 . G A 447.25 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0118894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.525;QD=18.4434;RBI=0.0137333;REFB=-0.00701412;REVB=-0.00687357;RO=48;SAF=26;SAR=19;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149341;STB=0.602682;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00606865;OID=.;OPOS=100575933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:52:45:45:0.463918:19:26:20:28:19:26:20:32 chr1 100598866 . GC AT 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00452298;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.692;QD=23.8368;RBI=0.0200545;REFB=-0.0101033;REVB=0.0195378;RO=22;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901714;STB=0.549623;STBP=0.399;TYPE=mnp;VARB=0.00693785;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:17:15:13:9:17:15:13:9 chr1 100617938 . T C 224.63 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00345532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.247;QD=19.9675;RBI=0.0511043;REFB=0.00511687;REVB=0.0509874;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145295;STB=0.508189;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0024677;OID=.;OPOS=100617938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:7:15:16:7:7:15:16:7 chr1 100672060 . T C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.824;QD=63.1954;RBI=0.0413048;REFB=0;REVB=0.0321231;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49659e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr1 101005855 . T C 955.27 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.019;QD=57.8951;RBI=0.0272467;REFB=0;REVB=0.00540494;RO=1;SAF=24;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192744;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564294;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:1:0:65:66:1:41:24:1:0:41:25:0:0 chr1 101006577 . A G 736.26 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2149;QD=54.5375;RBI=0.106318;REFB=-0.0406062;REVB=-0.00210841;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00477623;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:52:54:1:26:26:1:0:26:28:0:0 chr1 101007055 . C T 793.69 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1995;QD=63.4955;RBI=0.0271742;REFB=0;REVB=-0.0162436;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391642;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:21:29:0:0 chr1 101203827 . G A 990.42 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.374;QD=59.1296;RBI=0.0349569;REFB=0;REVB=0.0346609;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45452e-05;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:30:37:0:0 chr1 101431420 . A G 355.87 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.000477429;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.642;QD=12.4867;RBI=0.0248513;REFB=-0.0195532;REVB=0.0248467;RO=70;SAF=18;SAR=25;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120149;STB=0.564188;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0372973;OID=.;OPOS=101431420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:70:71:43:43:0.377193:25:18:37:33:25:18:37:34 chr1 103352451 . A G 327.88 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0183163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9398;QD=20.4922;RBI=0.018591;REFB=-0.0110787;REVB=0.00318429;RO=29;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475349;STB=0.51755;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0197663;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:30:34:34:0.53125:18:16:12:17:18:16:13:17 chr1 103354115 . T C 404.07 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0700952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7243;QD=14.9655;RBI=0.0715224;REFB=0.0196316;REVB=-0.0142166;RO=62;SAF=24;SAR=22;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879191;STB=0.549376;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0264139;OID=.;OPOS=103354115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:22:24:27:35:22:24:27:35 chr1 103354138 . A G 637.5 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.000937191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.461;QD=22.1738;RBI=0.0336526;REFB=-0.0194691;REVB=0.0336395;RO=50;SAF=27;SAR=36;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906391;STB=0.549984;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0194139;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:52:63:63:0.547826:36:27:27:23:36:27:28:24 chr1 103354428 . A G 270.56 PASS AF=0.380952;AO=31;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00544467;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.4924;QD=12.8839;RBI=0.024203;REFB=-0.0175067;REVB=0.0235827;RO=53;SAF=15;SAR=16;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487567;STB=0.543064;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0225753;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:53:52:31:32:0.380952:16:15:28:25:17:15:28:24 chr1 103379918 . G A 370.88 PASS AF=0.47561;AO=37;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0651554;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1963;QD=18.0917;RBI=0.0719571;REFB=-0.0216682;REVB=-0.0305384;RO=44;SAF=14;SAR=23;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390478;STB=0.533183;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0234125;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:43:37:39:0.47561:23:14:15:29:24:15:14:29 chr1 103444679 . T G 1342.97 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.55;QD=61.0441;RBI=0.0542497;REFB=-0.0771778;REVB=0.0222189;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123057;STB=0.506492;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000390681;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:38:49:0:1:38:49:0:1 chr1 103471456 . CCAT C 827.27 PASS AF=0.597826;AO=87;DP=203;FAO=110;FDP=184;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=108;FSRF=18;FSRR=56;FWDB=-0.155753;FXX=0.384603;HRUN=2;LEN=3;MLLD=189.279;QD=17.9842;RBI=0.155945;REFB=-0.0253122;REVB=-0.00774713;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.868062;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0214412;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.597826:87:203:110:184:74:2:108:18:56:99:0:30:57:0:0 chr1 107600869 . G A 331.32 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.000537798;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.497;QD=13.6626;RBI=0.0109856;REFB=-0.0069017;REVB=-0.0109724;RO=59;SAF=18;SAR=19;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128588;STB=0.51227;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00980111;OID=.;OPOS=107600869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:60:37:37:0.381443:19:18:28:31:19:18:28:32 chr1 107979396 . A C 2227.45 PASS AF=0.974026;AO=149;DP=154;FAO=150;FDP=154;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.013262;FXX=0.0128197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.075;QD=57.8558;RBI=0.0346583;REFB=-0.110988;REVB=0.0320206;RO=4;SAF=67;SAR=82;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00252638;STB=0.501222;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.000408418;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:154:154:4:4:149:150:0.974026:82:67:2:2:82:68:2:2 chr1 108023589 . A C 219.03 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0279574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.472;QD=23.0555;RBI=0.0348085;REFB=-0.0418537;REVB=0.0207369;RO=13;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111381;STB=0.514498;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0519468;OID=.;OPOS=108023589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:17:21:21:0.552632:8:13:6:7:8:13:10:7 chr1 108113526 . C G 160.27 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.965;QD=45.7924;RBI=0.0377303;REFB=0;REVB=0.018293;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769305;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr1 108115145 . T C 1243.6 PASS AF=0.976744;AO=76;DP=78;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0274024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4299;QD=57.8421;RBI=0.0701726;REFB=-0.0177343;REVB=0.0646011;RO=2;SAF=32;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00392447;STB=0.501992;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0045081;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:86:2:2:76:84:0.976744:44:32:1:1:49:35:1:1 chr1 108307727 . T A 423.62 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0236378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0082;QD=16.1378;RBI=0.0276749;REFB=-0.00158378;REVB=0.0143929;RO=58;SAF=21;SAR=26;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086651;STB=0.548458;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00329221;OID=.;OPOS=108307727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:26:21:31:27:26:21:31:27 chr1 108313258 . C T 161.56 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0265337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3532;QD=8.85284;RBI=0.0440247;REFB=-0.00192063;REVB=0.0351303;RO=47;SAF=13;SAR=9;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445882;STB=0.543686;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00228037;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:47:51:22:22:0.30137:9:13:26:21:9:13:27:24 chr1 108742660 . T C 277.4 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=108;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0447207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5583;QD=10.2742;RBI=0.0695876;REFB=-0.00648111;REVB=-0.053315;RO=72;SAF=20;SAR=16;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08004;STB=0.546366;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0117474;OID=.;OPOS=108742660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:72:72:36:36:0.333333:16:20:35:37:16:20:35:37 chr1 108771721 . T C 150.15 PASS AF=0.168605;AO=29;DP=172;FAO=29;FDP=172;FR=.;FRO=143;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=75;FSRR=68;FWDB=-0.0349419;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.113;QD=3.49173;RBI=0.0355839;REFB=-0.000570176;REVB=-0.00672877;RO=141;SAF=16;SAR=13;SRF=76;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164276;STB=0.522776;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00203479;OID=.;OPOS=108771721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:141:143:29:29:0.168605:13:16:76:65:13:16:75:68 chr1 109010230 . G A 233.35 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0151773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0884;QD=10.8534;RBI=0.0308019;REFB=-0.0182066;REVB=-0.0268032;RO=57;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012118;STB=0.507037;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.028552;OID=.;OPOS=109010230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:17:12:23:34:17:12:23:34 chr1 109172200 . T C 325.73 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00870615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.541;QD=14.8057;RBI=0.0711556;REFB=-0.00715648;REVB=0.0706209;RO=50;SAF=16;SAR=20;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138758;STB=0.588924;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0119161;OID=.;OPOS=109172200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:52:36:36:0.409091:20:16:29:21:20:16:31:21 chr1 109173708 . AGG AGA,GAA,GGA 154.03 PASS AF=0.439024,0,0;AO=9,2,3;DP=41;FAO=18,0,0;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.027379,0.00885414,-0.00326858;FXX=0;HRUN=2,5,5;LEN=1,3,3;MLLD=42.1624,46.599,21.3914;QD=15.0271;RBI=0.224309,0.169238,0.266247;REFB=0.0280944,0.00892427,-0.00202736;REVB=-0.222631,-0.169007,-0.266227;RO=15;SAF=5,0,0;SAR=4,2,3;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.271745,-0.691135,-0.741484;STB=0.634008,0.5,0.5;STBP=0.14,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=-0.0463508,0,0;OID=.,.,.;OPOS=109173710,109173708,109173708;OREF=G,AGG,AGG;OALT=A,GAA,GGA;OMAPALT=AGA,GAA,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:23:9,2,3:18,0,0:0.439024,0,0:4,2,3:5,0,0:12:3:9,0,0:9,0,0:17:6 chr1 109265029 . G T 366.34 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00098247;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7729;QD=21.5496;RBI=0.00623578;REFB=-0.0118972;REVB=-0.0061579;RO=30;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109082;STB=0.553044;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0124414;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:37:37:0.544118:21:16:17:13:21:16:17:14 chr1 109268573 . T C 110.43 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0273724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0417;QD=9.3984;RBI=0.0279282;REFB=-0.00897411;REVB=0.0055443;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528139;STB=0.531869;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0838847;OID=.;OPOS=109268573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:15:18:7:7:15:18 chr1 109273456 . A G 257.89 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0587355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.067;QD=23.4449;RBI=0.0603815;REFB=-0.0332224;REVB=0.0140023;RO=20;SAF=4;SAR=19;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366097;STB=0.526293;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.023963;OID=.;OPOS=109273456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:20:23:24:0.545455:19:4:4:16:20:4:4:16 chr1 109338861 . G C 286.34 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0320196;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.407;QD=23.8619;RBI=0.0324873;REFB=-0.0478949;REVB=-0.00549247;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138035;STB=0.576864;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.026796;OID=.;OPOS=109338861;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:22:22:26:26:0.541667:15:11:13:9:15:11:13:9 chr1 109351501 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00846473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.215;QD=7.46508;RBI=0.0177872;REFB=-0.00845982;REVB=-0.015644;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552525;STB=0.832592;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00644761;OID=.;OPOS=109351501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:3:14:2:5:3:14 chr1 109363232 . T C 709.02 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.9978;QD=63.024;RBI=0.0612769;REFB=0;REVB=0.0456577;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067032;OID=.;OPOS=109363232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:24:21:0:0 chr1 109369915 . G T 297.3 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.38;QD=51.705;RBI=0.0207875;REFB=0;REVB=0.0120465;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52914e-05;OID=.;OPOS=109369915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:14:7:0:0:15:8:0:0 chr1 109377070 . C A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00762817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.045;QD=15.5772;RBI=0.010075;REFB=-0.0122544;REVB=0.00658148;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137954;STB=0.578156;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0167047;OID=.;OPOS=109377070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:11:13:12:18:11:13:12:18 chr1 109395105 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.754;QD=60.6098;RBI=0.0404267;REFB=0;REVB=0.0150054;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193377;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr1 109656946 . T C 707.36 PASS AF=0.61;AO=61;DP=100;FAO=61;FDP=100;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0065166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.136;QD=28.2942;RBI=0.0209299;REFB=-0.0345814;REVB=0.0198895;RO=39;SAF=25;SAR=36;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380038;STB=0.520649;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0196867;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:39:39:61:61:0.61:36:25:14:25:36:25:14:25 chr1 109704618 . A G 156.99 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.699;QD=44.8552;RBI=0.0373336;REFB=0;REVB=-0.0133464;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022228;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:9:5:0:0 chr1 109735298 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.408;QD=59.8394;RBI=0.00310028;REFB=0;REVB=-0.000337816;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58042e-06;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr1 109735416 . A C 415.77 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123007;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.761;QD=57.3479;RBI=0.124314;REFB=0;REVB=0.0179773;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206707;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:21:7:0:0:21:8:0:0 chr1 109737063 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.375;QD=56.1912;RBI=0.0606748;REFB=0;REVB=0.0564828;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034623;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr1 109737090 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.673;QD=56.1897;RBI=0.00757921;REFB=0;REVB=0.00320162;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24638e-05;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr1 109737132 . T C 374.91 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.061;QD=55.5419;RBI=0.0293133;REFB=0;REVB=4.88004e-05;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349571;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:9:17:0:0:9:18:0:0 chr1 109737172 . C T 372.9 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.712;QD=55.245;RBI=0.0259992;REFB=0;REVB=-0.00568138;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175472;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr1 109742485 . G A 750.64 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0190369;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.825;QD=51.7683;RBI=0.030247;REFB=-0.101965;REVB=0.0235048;RO=2;SAF=37;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128995;STB=0.500356;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00111019;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:59:58:2:3:55:55:0.948276:18:37:1:1:18:37:2:1 chr1 109745618 . T C 1134.65 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8321;QD=60.5145;RBI=0.0318068;REFB=0;REVB=0.020146;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171311;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr1 109771063 . T C 906.17 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170364;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.505;QD=58.4625;RBI=0.0549355;REFB=0;REVB=0.0522271;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152277;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr1 109794252 . T C 728.8 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7283;QD=57.1611;RBI=0.0385302;REFB=0;REVB=0.0274812;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516564;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr1 109806834 . C T 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0374267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.845;QD=45.1021;RBI=0.0405722;REFB=-0.0152185;REVB=-0.0156634;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517223;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00330362;OID=.;OPOS=109806834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:14:4:0:0:14:4:0:1 chr1 109807099 . G A 723.53 PASS AF=0.901639;AO=54;DP=60;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.000177051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.711;QD=47.4445;RBI=0.000247287;REFB=-0.00955809;REVB=-0.000172637;RO=4;SAF=41;SAR=13;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124941;STB=0.593713;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000140848;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:60:61:4:6:54:55:0.901639:13:41:0:4:13:42:0:6 chr1 109816176 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.975;QD=42.1823;RBI=0.0648545;REFB=0;REVB=-0.0417926;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55005e-05;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr1 109818263 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.688;QD=60.2042;RBI=0.0277797;REFB=0;REVB=0.0167743;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07796e-05;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr1 109825360 . C T 494.73 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00121978;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.546;QD=56.5401;RBI=0.0158331;REFB=-0.0746513;REVB=0.015786;RO=1;SAF=8;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548779;STB=0.529394;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00107214;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:34:34:0.971429:26:8:1:0:26:8:1:0 chr1 109836842 . C G 323.37 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.006;QD=53.8944;RBI=0.0171454;REFB=0;REVB=0.014183;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161436;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr1 109838918 . C T 1300.13 PASS AF=0.988372;AO=82;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000304873;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.521;QD=60.4713;RBI=0.037187;REFB=-0.0335631;REVB=0.0371857;RO=1;SAF=53;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885259;STB=0.504503;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000853731;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:82:85:0.988372:29:53:1:0:30:55:1:0 chr1 109839433 . A G 1414.7 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.592;QD=62.8756;RBI=0.0296206;REFB=0;REVB=0.0290732;RO=1;SAF=46;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97772e-05;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:1:0:88:90:1:42:46:1:0:42:48:0:0 chr1 109853027 . T C 350.86 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00443228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.151;QD=20.639;RBI=0.0593243;REFB=-0.0270751;REVB=0.0591585;RO=32;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443355;STB=0.518262;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0196238;OID=.;OPOS=109853027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:32:35:36:0.529412:16:19:19:13:16:20:19:13 chr1 109856306 . G A 521.62 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00935042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2236;QD=18.4643;RBI=0.022423;REFB=-0.0252317;REVB=0.0203804;RO=58;SAF=21;SAR=34;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00246231;STB=0.501364;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0240215;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:55:55:0.486726:34:21:22:36:34:21:22:36 chr1 109856384 . CAA C 118.62 PASS AF=0.44;AO=12;DP=48;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.11895;FXX=0.0384541;HRUN=6;LEN=2;MLLD=23.4739;QD=9.48979;RBI=0.122155;REFB=-0.0124094;REVB=-0.0278008;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305498;STB=0.61755;STBP=0.196;TYPE=del;VARB=0.0179989;OID=.;OPOS=109856385;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:12:48:22:50:28:9:13:6:22:99:22:2:10:1:21 chr1 109884775 . T G 289.3 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=-0.00770013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4987;QD=13.9423;RBI=0.112804;REFB=0.00531792;REVB=0.112541;RO=50;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237119;STB=0.633411;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00671932;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:18:15:12:38:18:15:12:38 chr1 109897100 . T C 351.01 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00599846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.039;QD=23.4008;RBI=0.00857594;REFB=-0.019791;REVB=-0.00612905;RO=25;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168986;STB=0.592542;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00791873;OID=.;OPOS=109897100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:16:19:19:6:16:19:19:6 chr1 109897103 . A G 205.35 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0343717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.768;QD=12.8346;RBI=0.0355564;REFB=-0.0121324;REVB=-0.00910177;RO=38;SAF=19;SAR=6;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328508;STB=0.684053;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.044211;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:39:25:25:0.390625:6:19:18:20:6:19:19:20 chr1 110019439 . A G 538.61 PASS AF=0.5;AO=52;DP=108;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00356248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.269;QD=19.236;RBI=0.0125022;REFB=-0.0277984;REVB=0.0119839;RO=53;SAF=19;SAR=33;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169367;STB=0.609335;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0246925;OID=.;OPOS=110019439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:53:56:52:56:0.5:33:19:29:24:36:20:32:24 chr1 110023432 . G A 406.93 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00690412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.356;QD=20.0953;RBI=0.0110523;REFB=-0.0289215;REVB=-0.00863056;RO=40;SAF=9;SAR=32;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152216;STB=0.585011;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0234587;OID=.;OPOS=110023432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:32:9:14:26:32:9:14:26 chr1 110050734 . GA G 38.42 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.082049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.308;QD=8.53821;RBI=0.0974609;REFB=-0.0683802;REVB=0.0525983;RO=11;SAF=7;SAR=0;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.80062;STB=0.847546;STBP=0.025;TYPE=del;VARB=0.10449;OID=.;OPOS=110050735;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:7:18:8:18:10:7:1:3:7:38:11:7:0:3:8 chr1 110136458 . A G 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.377;QD=55.2225;RBI=0.048417;REFB=0.0081478;REVB=0.0432439;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=5.7826e-05;OID=.;OPOS=110136458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:26:30:1:0:26:30:1:0 chr1 110148974 . C T 1130.91 PASS AF=0.974359;AO=74;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000857905;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.254;QD=57.9954;RBI=0.00867398;REFB=-0.114904;REVB=-0.00863145;RO=1;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119765;STB=0.500338;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000463154;OID=.;OPOS=110148974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:78:1:2:74:76:0.974359:39:35:0:1:39:37:1:1 chr1 110170896 . T C,G 1075.21 PASS AF=0.958904,0.0410959;AO=70,3;DP=73;FAO=70,3;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1;FSAR=36,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190914,-0.00259544;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.5668,83.5188;QD=58.9158;RBI=0.0352584,0.0261539;REFB=0,0;REVB=0.0296425,0.0260248;RO=0;SAF=34,1;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00699657,0.204183;OID=.,.;OPOS=110170896,110170896;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:73:73:0:0:70,3:70,3:0.958904,0.0410959:36,2:34,1:0:0:36,2:34,1:0:0 chr1 110201699 . T C 872.49 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00522485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6828;QD=52.0889;RBI=0.0914015;REFB=-0.0897243;REVB=-0.091252;RO=4;SAF=26;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388545;STB=0.520614;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0031967;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:67:67:4:4:63:63:0.940299:37:26:3:1:37:26:3:1 chr1 110201809 . G T 1044.29 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.556;QD=59.6739;RBI=0.0264411;REFB=0;REVB=-0.00173149;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72276e-05;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:48:22:0:0:48:22:0:0 chr1 110201812 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.491;QD=59.5015;RBI=0.0706068;REFB=0;REVB=0.0474855;RO=0;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423522;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:47:22:0:0:47:22:0:0 chr1 110210780 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.314;QD=50.4119;RBI=0.0519104;REFB=0;REVB=-0.020876;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183106;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr1 110282971 . CG CT,GT 562.94 PASS AF=0.85,0.125;AO=33,5;DP=40;FAO=34,5;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=7,5;FSAR=27,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.111588,0.122059;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=113.74,65.0251;QD=56.2936;RBI=0.111717,0.122407;REFB=-0.0399951,0.040506;REVB=-0.00538516,0.00922132;RO=0;SAF=7,5;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.44409e-08,0;STB=0.533313,0.5;STBP=0.111,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00147537,0.0891547;OID=.,.;OPOS=110282972,110282971;OREF=G,CG;OALT=T,GT;OMAPALT=CT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:40:40:0:1:33,5:34,5:0.85,0.125:26,0:7,5:0:0:27,0:7,5:1:0 chr1 110295772 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.361;QD=58.9627;RBI=0.0602847;REFB=0;REVB=0.0589285;RO=1;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192744;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113273;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:1:0:65:66:1:24:41:0:1:25:41:0:0 chr1 110300504 . A G 714.74 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.013191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8381;QD=52.944;RBI=0.0269554;REFB=-0.0703269;REVB=-0.0235072;RO=2;SAF=28;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324593;STB=0.517235;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0042698;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:54:2:2:52:52:0.962963:24:28:2:0:24:28:2:0 chr1 110301260 . C T 184.47 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0012105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5412;QD=18.4465;RBI=0.0228719;REFB=-0.0345742;REVB=0.0228398;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462776;STB=0.526288;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.02165;OID=.;OPOS=110301260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:11:10:10:9:11:10 chr1 110466338 . C A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.010381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.137;QD=15.2931;RBI=0.0248731;REFB=-0.00139797;REVB=-0.0226032;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34898;STB=0.695347;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00131307;OID=.;OPOS=110466338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:7:2:0:9:7:2:0:9 chr1 110466709 . T C 3370.36 PASS AF=0.990909;AO=218;DP=220;FAO=218;FDP=220;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0255884;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1388;QD=61.2792;RBI=0.026882;REFB=-0.0749585;REVB=0.00823874;RO=2;SAF=76;SAR=142;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006663;STB=0.503521;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00296429;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:220:220:2:2:218:218:0.990909:142:76:0:2:141:77:0:2 chr1 110467745 . A G 893.53 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00919875;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.401;QD=56.7319;RBI=0.0215119;REFB=-0.141015;REVB=-0.0194459;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016002;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000552843;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:33:29:1:0:33:29:1:0 chr1 110656067 . A C 52.96 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0932733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.114;QD=7.30511;RBI=0.0991302;REFB=0.0105367;REVB=0.0335693;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137469;STB=0.585998;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.0301318;OID=.;OPOS=110656067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:8:13:4:4:8:13 chr1 110888913 . TTC T,TCC 43.53 PASS AF=0.203125,0;AO=11,6;DP=76;FAO=13,0;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=8,0;FSAR=5,0;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0555265,0.0299258;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=14.7124,12.4978;QD=2.72057;RBI=0.113532,0.0366169;REFB=-0.0335358,-0.0110976;REVB=0.0990271,-0.0211008;RO=46;SAF=7,5;SAR=4,1;SRF=25;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118028,0.363189;STB=0.526951,0.5;STBP=0.897,1;TYPE=del,snp;VARB=0.135742,0;OID=.,.;OPOS=110888914,110888914;OREF=TC,T;OALT=-,C;OMAPALT=T,TCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203125,0:11,6:76:13,0:64:51:8,0:5,0:33:18:44:46:7,5:4,1:25:21 chr1 110921715 . T G 286.51 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.108269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5548;QD=13.3258;RBI=0.117052;REFB=0.0083556;REVB=0.0444864;RO=53;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518706;STB=0.529646;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00845152;OID=.;OPOS=110921715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:14:19:28:25:14:19:28:25 chr1 110949720 . C T 216.63 PASS AF=0.383562;AO=27;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00368319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6911;QD=11.8702;RBI=0.0233122;REFB=-0.00347846;REVB=-0.0230194;RO=45;SAF=16;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065632;STB=0.523792;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0060672;OID=.;OPOS=110949720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:27:28:0.383562:11:16:24:21:12:16:24:21 chr1 110950439 . C T 577.26 PASS AF=0.529915;AO=54;DP=107;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0380546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4302;QD=19.7352;RBI=0.0786784;REFB=-0.043587;REVB=0.0688632;RO=53;SAF=32;SAR=22;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109619;STB=0.5365;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0582087;OID=.;OPOS=110950439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:117:53:55:54:62:0.529915:22:32:25:28:29:33:25:30 chr1 110998854 . G A 705.76 PASS AF=0.962264;AO=41;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0494609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.457;QD=53.2651;RBI=0.0545932;REFB=-0.041505;REVB=0.0231092;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177076;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0030405;OID=.;OPOS=110998854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:41:51:0.962264:26:15:0:1:27:24:0:1 chr1 111060669 . T C 979.32 PASS AF=1;AO=50;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.24827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.8641;QD=58.4666;RBI=0.251323;REFB=0;REVB=0.0390533;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000737661;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:50:67:1:30:20:0:0:31:36:0:0 chr1 111061062 . T C 1462.04 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00409964;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=317.383;QD=56.2324;RBI=0.0123841;REFB=-0.0023725;REVB=-0.0116859;RO=2;SAF=66;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622699;STB=0.500421;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-1.01345e-05;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:2:3:101:101:0.971154:35:66:1:1:35:66:2:1 chr1 111061653 . A G 775.91 PASS AF=0.532374;AO=74;DP=139;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0386896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.134;QD=22.3283;RBI=0.0387166;REFB=-0.0134125;REVB=-0.00144707;RO=61;SAF=30;SAR=44;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386788;STB=0.510119;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00998791;OID=.;OPOS=111061653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:61:65:74:74:0.532374:44:30:22:39:44:30:25:40 chr1 111144661 . A G 450.85 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0112913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.895;QD=19.1851;RBI=0.0291223;REFB=0.00894214;REVB=-0.0268443;RO=49;SAF=27;SAR=18;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858548;STB=0.547805;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00806042;OID=.;OPOS=111144661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:18:27:25:24:18:27:25:24 chr1 111441829 . C T 561.7 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0166179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9652;QD=23.9021;RBI=0.0682283;REFB=0.00201986;REVB=-0.0661736;RO=42;SAF=16;SAR=36;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130183;STB=0.571659;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0029922;OID=.;OPOS=111441829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:36:16:19:23:36:16:19:23 chr1 111773568 . G A,C 490.22 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,32;DP=34;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.150497,0.00988483;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.055,61.7171;QD=57.6733;RBI=0.15096,0.0105304;REFB=0,0;REVB=-0.0118137,0.0036305;RO=0;SAF=0,6;SAR=2,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0850774,0.00400475;OID=.,.;OPOS=111773568,111773568;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:2,32:2,32:0.0588235,0.941176:2,26:0,6:0:0:2,26:0,6:0:0 chr1 111783996 . A G 1555.8 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274209;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.503;QD=62.8606;RBI=0.0310019;REFB=0.00776349;REVB=0.0144641;RO=1;SAF=50;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093921;STB=0.504949;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=2.5771e-05;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:98:98:0.989899:48:50:1:0:48:50:1:0 chr1 111833488 . C CCT 1931.27 PASS AF=0.943262;AO=123;DP=146;FAO=133;FDP=141;FR=.;FRO=8;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0206187;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=2;MLLD=240.608;QD=54.7878;RBI=0.0312003;REFB=-0.0675591;REVB=0.0234164;RO=14;SAF=56;SAR=67;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364224;STB=0.524163;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.0026186;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.943262:123:146:133:141:8:60:73:7:1:19:14:56:67:9:5 chr1 111833517 . G A 2346.01 PASS AF=0.993289;AO=145;DP=147;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0192751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8206;QD=62.9802;RBI=0.0495106;REFB=-0.0843634;REVB=0.0456045;RO=1;SAF=62;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760856;STB=0.502958;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000393876;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:149:1:1:145:148:0.993289:83:62:1:0:84:64:0:1 chr1 111857154 . T C 912.09 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017479;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.792;QD=57.0055;RBI=0.0309546;REFB=-0.139731;REVB=0.0255474;RO=1;SAF=24;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192676;STB=0.510201;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000455841;OID=.;OPOS=111857154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:39:24:1:0:39:24:1:0 chr1 111858444 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.946;QD=55.6548;RBI=0.0271804;REFB=0;REVB=0.000969467;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187108;OID=.;OPOS=111858444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr1 111861841 . A G 1037.09 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0364106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.542;QD=56.8267;RBI=0.0431689;REFB=-0.0669672;REVB=0.0231909;RO=1;SAF=26;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178383;STB=0.503939;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00103484;OID=.;OPOS=111861841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:73:1:2:71:71:0.972603:45:26:1:0:45:26:1:1 chr1 111861974 . T C 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00217622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.211;QD=55.4105;RBI=0.0142758;REFB=-0.0100918;REVB=0.0141089;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=5.60207e-05;OID=.;OPOS=111861974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:24:33:0:1:24:33:0:1 chr1 111862952 . T G 1011.38 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0398817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9878;QD=57.7933;RBI=0.0405737;REFB=-0.0623422;REVB=0.00746155;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00050392;OID=.;OPOS=111862952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:0:1:69:69:0.985714:40:29:0:0:40:29:1:0 chr1 111893958 . A G 697.4 PASS AF=0.962264;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0182966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.45;QD=52.634;RBI=0.0299384;REFB=-0.0624175;REVB=0.0236969;RO=2;SAF=24;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03761;STB=0.518511;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000990236;OID=.;OPOS=111893958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:53:2:2:49:51:0.962264:25:24:2:0:25:26:2:0 chr1 111957097 . C G 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.396;QD=62.0177;RBI=0.0527935;REFB=0;REVB=-0.0373471;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12309e-07;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:11:31:0:0:11:31:0:0 chr1 111957311 . G C 519.66 PASS AF=1;AO=24;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186908;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.7798;QD=59.3898;RBI=0.0540081;REFB=0;REVB=0.0506708;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432942;OID=.;OPOS=111957311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:24:35:1:12:12:0:0:23:12:0:0 chr1 111957693 . A G 1076.5 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0032525;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.691;QD=58.189;RBI=0.0167593;REFB=0.0127272;REVB=0.0164407;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119732;STB=0.506171;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000237064;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:72:73:0.986486:39:33:0:1:40:33:0:1 chr1 111968121 . C T 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.907;QD=62.0189;RBI=0.0227707;REFB=0;REVB=-0.0102872;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55862e-05;OID=.;OPOS=111968121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr1 111969294 . A G 549.87 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0234205;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.208;QD=53.6462;RBI=0.0277251;REFB=-0.16405;REVB=-0.0148378;RO=3;SAF=12;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103653;STB=0.559967;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00172385;OID=.;OPOS=111969294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:41:3:3:38:38:0.926829:26:12:3:0:27:11:3:0 chr1 111969432 . C G 130.83 PASS AF=1;AO=8;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0881417;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.3367;QD=43.6111;RBI=0.19447;REFB=0;REVB=0.173349;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016757;OID=.;OPOS=111969432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:1:0:8:12:1:5:3:1:0:9:3:0:0 chr1 111969719 . A G 272.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.487;QD=51.9755;RBI=0.0786072;REFB=0;REVB=0.0587321;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429057;OID=.;OPOS=111969719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:6:14:0:0:7:14:0:0 chr1 111991845 . C A 1941.97 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0181102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.89;QD=60.2161;RBI=0.0376711;REFB=-0.0554124;REVB=0.0330322;RO=2;SAF=78;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354525;STB=0.501866;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000243566;OID=.;OPOS=111991845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:2:2:127:127:0.984496:49:78:1:1:49:78:1:1 chr1 111992095 . C T 2208.32 PASS AF=0.980132;AO=148;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0218824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5004;QD=58.4985;RBI=0.0222357;REFB=-0.0340369;REVB=0.00394834;RO=3;SAF=83;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00406095;STB=0.502136;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00321701;OID=.;OPOS=111992095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:151:3:3:148:148:0.980132:65:83:2:1:65:83:2:1 chr1 112029193 . A G 696.87 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137704;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.418;QD=54.6564;RBI=0.0421065;REFB=0.0602742;REVB=0.0397911;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.511107;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000502576;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:27:22:1:0:28:22:1:0 chr1 112033285 . G C 180.29 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00469914;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8532;QD=10.9266;RBI=0.00505038;REFB=0.0257829;REVB=0.00185052;RO=43;SAF=12;SAR=11;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935368;STB=0.55433;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0467018;OID=.;OPOS=112033285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:43:43:23:23:0.348485:11:12:26:17:11:12:26:17 chr1 112042632 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.191;QD=58.06;RBI=0.0526531;REFB=0;REVB=0.0267667;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714858;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr1 112255583 . G T 73.66 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0365668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6548;QD=9.50453;RBI=0.0952793;REFB=-0.00648939;REVB=-0.0879831;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257359;STB=0.657393;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00338126;OID=.;OPOS=112255583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:11:10:7:3:11:10 chr1 112269872 . G A 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.972;QD=58.1282;RBI=0.0177025;REFB=0;REVB=0.0161482;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13846e-05;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr1 112533649 . C G 284.47 PASS AF=0.526316;AO=31;DP=58;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.014352;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.5799;QD=19.9625;RBI=0.0143599;REFB=0.0123854;REVB=-0.00047537;RO=27;SAF=10;SAR=21;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0256682;OID=.;OPOS=112533649;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:27:27:31:30:0.526316:21:10:9:18:20:10:9:18 chr1 112533728 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00931089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.914;QD=9.11039;RBI=0.0639094;REFB=-0.0240682;REVB=-0.0632275;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608567;STB=0.874063;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0370236;OID=.;OPOS=112533728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:1:7:5:11:1:7:5:11 chr1 112539061 . A G 113.12 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00548192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.753;QD=15.603;RBI=0.00911293;REFB=-0.0144035;REVB=0.0072797;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194659;STB=0.613455;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0125651;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:8:8:4:9:8:8 chr1 112991623 . T C 158.55 PASS AF=0.53125;AO=15;DP=29;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0189454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.5411;QD=19.819;RBI=0.0457056;REFB=-0.00830238;REVB=-0.0415941;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208276;STB=0.650978;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00748094;OID=.;OPOS=112991623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:32:14:15:15:17:0.53125:5:10:6:8:5:12:6:9 chr1 112999227 . G A 730.58 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0323303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4234;QD=58.4461;RBI=0.0570218;REFB=0.0130278;REVB=-0.0469706;RO=2;SAF=31;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135605;STB=0.506349;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00376803;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:47:48:0.96:16:31:1:1:17:31:1:1 chr1 113000565 . A G 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.996;QD=59.4247;RBI=0.0512869;REFB=0.00237877;REVB=0.0390702;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019159;STB=0.510199;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000179067;OID=.;OPOS=113000565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:18:24:1:0:18:24:1:0 chr1 113000946 . GGTCA G 486.48 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.04085;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=276.493;QD=44.2256;RBI=0.0432387;REFB=-0.0722788;REVB=-0.0141726;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.507;TYPE=del;VARB=0.00174359;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.977273:42:44:43:44:1:22:21:1:0:4:0:21:21:0:0 chr1 113063125 . A G 625.06 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.318;QD=59.5298;RBI=0.0455977;REFB=-0.103783;REVB=0.0315117;RO=1;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302497;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433408;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:1:0:41:42:1:15:26:0:1:16:26:0:0 chr1 113083439 . C T 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4579;QD=47.8124;RBI=0.0538438;REFB=0;REVB=0.0393671;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057703;OID=.;OPOS=113083439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr1 113098534 . C T 213.95 PASS AF=0.40625;AO=23;DP=61;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0288264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2582;QD=13.3716;RBI=0.0296782;REFB=-0.0117783;REVB=-0.00705936;RO=37;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234828;STB=0.664375;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0279962;OID=.;OPOS=113098534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:37:38:23:26:0.40625:7:16:18:19:7:19:18:20 chr1 113236681 . C T 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0109559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.301;QD=22.5821;RBI=0.0141649;REFB=-0.037654;REVB=-0.00897842;RO=24;SAF=17;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13857;STB=0.577609;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0100878;OID=.;OPOS=113236681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:9:17:12:12:9:17:12:12 chr1 113237171 . A G 137.35 PASS AF=0.483871;AO=13;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0163566;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.558;QD=17.7229;RBI=0.0175663;REFB=-0.0232665;REVB=-0.00640603;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385084;STB=0.680613;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0186147;OID=.;OPOS=113237171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:16:13:15:0.483871:4:9:4:11:5:10:5:11 chr1 113239382 . G A 510.19 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00904251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.755;QD=23.7299;RBI=0.00939532;REFB=-0.0166184;REVB=0.00255051;RO=38;SAF=22;SAR=26;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159569;STB=0.587464;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.012362;OID=.;OPOS=113239382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:26:22:25:13:26:22:25:13 chr1 113241052 . T C 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0144686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.5;QD=18.7957;RBI=0.0163294;REFB=-0.0095269;REVB=-0.00757023;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735483;STB=0.541631;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0122758;OID=.;OPOS=113241052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:12:15:11:12:12:15 chr1 113243048 . C T 255.16 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0313502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2984;QD=15.7021;RBI=0.0331458;REFB=-0.0166807;REVB=-0.0107617;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314642;STB=0.517749;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0214465;OID=.;OPOS=113243048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:13:16:21:15:13:16:21:15 chr1 113247713 . G A 166.39 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0199115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.359;QD=17.5151;RBI=0.0306366;REFB=-0.00975866;REVB=-0.0232838;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209548;STB=0.592487;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0113312;OID=.;OPOS=113247713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:17:18:0.473684:5:12:10:10:6:12:10:10 chr1 113255389 . C T 601.42 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00113118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.213;QD=58.6748;RBI=0.0114603;REFB=-0.12783;REVB=-0.0114044;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000186724;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:16:24:0:0:16:24:0:1 chr1 113456546 . A T 1828.75 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484086;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.891;QD=61.4707;RBI=0.0142228;REFB=0;REVB=-0.0133736;RO=0;SAF=67;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12204e-05;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:119:119:1:52:67:0:0:52:67:0:0 chr1 113657092 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.979;QD=44.6898;RBI=0.0201085;REFB=0;REVB=0.0157989;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139941;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr1 114196495 . A G 357.98 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.0355462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.415;QD=19.6156;RBI=0.049482;REFB=-0.0201316;REVB=-0.0344228;RO=36;SAF=26;SAR=11;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416168;STB=0.730427;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0289812;OID=.;OPOS=114196495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:11:26:8:28:11:26:8:28 chr1 114240319 . T TA 149.65 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=58;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0647013;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.3822;QD=11.0853;RBI=0.0821421;REFB=-0.000163926;REVB=-0.050607;RO=34;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502374;STB=0.509546;STBP=0.914;TYPE=ins;VARB=-0.00995634;OID=.;OPOS=114240320;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:19:58:24:54:30:14:10:18:12:99:34:12:7:20:14 chr1 114301256 . TAA AAA,TAAA,TA,T 47.6 PASS AF=0.0227273,0.0113636,0.329545,0.0113636;AO=5,10,19,9;DP=89;FAO=2,1,29,1;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=2,1,14,0;FSAR=0,0,15,1;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.00532096,-0.102461,0.0748716,0.0384593;FXX=0.0434735;HRUN=1,8,8,8;LEN=1,1,1,2;MLLD=187.819,5.13202,6.52443,13.3769;QD=2.16352;RBI=0.0285556,0.198527,0.18272,0.095012;REFB=-0.00317625,0.0870336,-0.0771561,-0.0390329;REVB=0.0280554,0.170043,-0.166676,-0.0868801;RO=39;SAF=5,7,12,0;SAR=0,3,7,9;SRF=26;SRR=13;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.559498,0.0470717,-0.0436174,-0.767266;STB=0.993412,0.987109,0.611672,0.992949;STBP=0.312,0.508,0.15,0.26;TYPE=snp,ins,del,del;VARB=-0.113817,0.0634667,0.0398084,0.0855248;OID=.,.,.,.;OPOS=114301256,114301257,114301257,114301257;OREF=T,-,A,AA;OALT=A,A,-,-;OMAPALT=AAA,TAAA,TA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:38:89:88:39:55:5,10,19,9:2,1,29,1:0.0227273,0.0113636,0.329545,0.0113636:0,3,7,9:5,7,12,0:26:13:0,0,15,1:2,1,14,0:36:19 chr1 114301335 . C T 582.01 PASS AF=0.417722;AO=66;DP=158;FAO=66;FDP=158;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.0106108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.985;QD=14.7344;RBI=0.0106124;REFB=-0.0277888;REVB=-0.000186418;RO=90;SAF=37;SAR=29;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284019;STB=0.516474;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0335092;OID=.;OPOS=114301335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:90:92:66:66:0.417722:29:37:48:42:29:37:49:43 chr1 114377568 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.633;QD=51.9154;RBI=0.0591748;REFB=0;REVB=0.0210867;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508597;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 114424601 . C T 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8128;QD=59.4331;RBI=0.03261;REFB=0;REVB=-0.0263105;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000856818;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr1 114448389 . C T 404.97 PASS AF=0.415929;AO=46;DP=112;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0117339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.556;QD=14.3354;RBI=0.0187832;REFB=0.00101994;REVB=0.0146671;RO=65;SAF=9;SAR=37;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362047;STB=0.706158;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000750646;OID=.;OPOS=114448389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:65:66:46:47:0.415929:37:9:32:33:38:9:32:34 chr1 114449662 . T C 553.98 PASS AF=0.533333;AO=54;DP=104;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00755365;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.375;QD=21.1041;RBI=0.0135939;REFB=-0.0118504;REVB=0.0113021;RO=49;SAF=26;SAR=28;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104634;STB=0.50596;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0101701;OID=.;OPOS=114449662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:49:49:54:56:0.533333:28:26:23:26:29:27:23:26 chr1 114505000 . G A 272.66 PASS AF=0.47619;AO=28;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0446239;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1709;QD=17.3115;RBI=0.0737672;REFB=-0.0113719;REVB=-0.0587393;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192849;STB=0.603706;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00634582;OID=.;OPOS=114505000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:28:30:0.47619:13:15:11:22:14:16:11:22 chr1 114515717 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0253809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.216;QD=23.3982;RBI=0.0299391;REFB=-0.00571983;REVB=0.0158795;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141139;STB=0.581188;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00280513;OID=.;OPOS=114515717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:2:1:5:3:2:1 chr1 114632109 . GTTTTTTA GTTTTTA,GTTTTTT,GTTTTTTT 140.64 PASS AF=0,0.711111,0;AO=6,19,2;DP=51;FAO=0,32,0;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=0,11,0;FSAR=0,21,0;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.755599,0.154984,0.467344;FXX=0.117624;HRUN=6,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=10.643,8.14722,7.13034;QD=12.501;RBI=0.759068,0.188384,0.476787;REFB=0.16047,-0.144433,-0.161631;REVB=0.072487,-0.107092,-0.0944226;RO=7;SAF=6,0,0;SAR=0,19,2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0.392857,0,0;SSSB=0.787422,-0.8404,-0.539624;STB=0.5,0.512969,0.5;STBP=1,0.8,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.137139,0;OID=.,.,.;OPOS=114632110,114632116,114632116;OREF=T,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTTTTTA,GTTTTTT,GTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.711111,0:6,19,2:51:0,32,0:45:13:0,11,0:0,21,0:5:8:37:7:6,0,0:0,19,2:2:5 chr1 115119392 . T C 563.8 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00311088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.299;QD=57.8251;RBI=0.0196651;REFB=-0.111157;REVB=0.0194175;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.514278;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000280908;OID=.;OPOS=115119392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:17:21:0:0:17:21:0:1 chr1 115260852 . A G 30.79 PASS AF=0.0882353;AO=3;DP=35;FAO=3;FDP=34;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=27;FSAF=2;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.00950869;FXX=0.0285633;HRUN=10;LEN=1;MLLD=222.946;QD=3.62181;RBI=0.0101137;REFB=0.00209046;REVB=0.00344567;RO=14;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.749401;STB=0.887506;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00474593;OID=.;OPOS=115260852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:35:34:14:27:3:3:0.0882353:1:2:0:14:1:2:4:23 chr1 115537933 . A G 684.83 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0455558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8995;QD=50.7284;RBI=0.0621123;REFB=-0.0696917;REVB=0.0422209;RO=3;SAF=19;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438616;STB=0.502332;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0260991;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:32:19:1:2:32:19:1:2 chr1 115576023 . A G 917.08 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.926;QD=56.4359;RBI=0.0258004;REFB=-0.119442;REVB=0.0164534;RO=1;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160049;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00111729;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:29:34:0:1:30:34:0:1 chr1 115590998 . T C 2351.01 PASS AF=0.911111;AO=162;DP=180;FAO=164;FDP=180;FR=.;FRO=16;FSAF=80;FSAR=84;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0270742;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.251;QD=52.2447;RBI=0.0425543;REFB=-0.052806;REVB=0.0328308;RO=16;SAF=79;SAR=83;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512584;STB=0.526741;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00451005;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:180:180:16:16:162:164:0.911111:83:79:3:13:84:80:3:13 chr1 115604798 . C T 732.51 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0242638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.808;QD=51.4044;RBI=0.0441064;REFB=-0.067626;REVB=0.0368326;RO=3;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202528;STB=0.510759;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.000929082;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:54:54:0.947368:25:29:1:2:25:29:1:2 chr1 116149152 . G A 1590.48 PASS AF=0.973451;AO=109;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0101511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.805;QD=56.3002;RBI=0.0377632;REFB=-0.0892437;REVB=0.0363733;RO=4;SAF=51;SAR=58;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216422;STB=0.505414;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000671408;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:113:113:4:3:109:110:0.973451:58:51:2:2:59:51:2:1 chr1 116234313 . A G 226.72 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0397914;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.034;QD=20.1532;RBI=0.039997;REFB=-0.020403;REVB=0.00405011;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040868;STB=0.510195;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0145266;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:23:22:22:0.488889:12:10:9:13:12:10:10:13 chr1 116234505 . A G 266.82 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0114529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.729;QD=18.4011;RBI=0.0357743;REFB=-0.0331854;REVB=-0.0338915;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319937;STB=0.517867;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0366503;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:11:18:17:12:11:18 chr1 116236351 . T G 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00761793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.849;QD=13.0149;RBI=0.00827726;REFB=-0.016046;REVB=-0.0032373;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184477;STB=0.60636;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0252993;OID=.;OPOS=116236351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:11:9:20:12:11:9:20:12 chr1 116239751 . A G 276.99 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0522713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.848;QD=13.5118;RBI=0.0523222;REFB=-0.0149231;REVB=0.00230667;RO=49;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204392;STB=0.503953;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0163377;OID=.;OPOS=116239751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:50:32:32:0.390244:19:13:19:30:19:13:20:30 chr1 116243877 . G A 78.59 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0475513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9071;QD=10.8403;RBI=0.0477731;REFB=-0.0040618;REVB=0.00459837;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309114;STB=0.702709;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0103739;OID=.;OPOS=116243877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:28:29:18:18:10:11:0.37931:8:2:8:10:9:2:8:10 chr1 116260532 . A T 298.21 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.000502122;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.028;QD=15.6954;RBI=0.0103213;REFB=-0.0159059;REVB=-0.0103091;RO=41;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138892;STB=0.588184;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0163577;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:43:33:33:0.434211:18:15:13:28:18:15:13:30 chr1 116310967 . T C 495.08 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0151259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.662;QD=20.6284;RBI=0.0270501;REFB=-0.00490711;REVB=0.0224258;RO=48;SAF=27;SAR=21;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578393;STB=0.531987;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00590647;OID=.;OPOS=116310967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:21:27:30:18:21:27:30:18 chr1 116382318 . A G 1433.74 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5206;QD=63.0216;RBI=0.0260183;REFB=0;REVB=-0.0258;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127077;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr1 116382511 . A T 643.69 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3327;QD=59.8784;RBI=0.0275666;REFB=-0.0674169;REVB=0.0246426;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177857;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:28:15:0:0 chr1 116382778 . T C 1047.65 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067443;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8817;QD=59.8658;RBI=0.114876;REFB=0;REVB=0.0929947;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109053;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr1 116383300 . T C 62.12 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0947489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5864;QD=35.4984;RBI=0.104023;REFB=0;REVB=-0.0429358;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00403811;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 116384089 . AG A,AA 861.12 PASS AF=0.0166667,0.983333;AO=9,51;DP=60;FAO=1,59;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343246,0.0364375;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.335,211.921;QD=57.4079;RBI=0.0374917,0.0390003;REFB=0,0;REVB=0.0150815,0.0139044;RO=0;SAF=7,20;SAR=2,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.13361e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.041481,0.00400843;OID=.,.;OPOS=116384090,116384090;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0166667,0.983333:9,51:60:1,59:60:0:0,27:1,32:0:0:4:0:7,20:2,31:0:0 chr1 116384580 . C T 235.73 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00337476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3702;QD=13.8662;RBI=0.018463;REFB=-0.0420746;REVB=0.018152;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633553;STB=0.517229;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0642087;OID=.;OPOS=116384580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:39:40:27:28:0.411765:15:12:15:24:16:12:16:24 chr1 116384773 . A G 286.24 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00450074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6835;QD=18.174;RBI=0.0171842;REFB=-0.00761817;REVB=0.0165843;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561805;STB=0.539543;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00730973;OID=.;OPOS=116384773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:32:30:31:0.492063:16:14:13:19:16:15:13:19 chr1 116385122 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0456455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.774;QD=17.4023;RBI=0.0509741;REFB=0.00877527;REVB=-0.0226902;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722219;STB=0.541339;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00922059;OID=.;OPOS=116385122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:4:9:8:5:4:9 chr1 116385171 . C T 50.95 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0120931;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.035;QD=14.5572;RBI=0.0171372;REFB=-0.0100942;REVB=0.0121426;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125462;STB=0.574264;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00656841;OID=.;OPOS=116385171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:14:7:7:7:7:0.5:4:3:2:5:4:3:2:5 chr1 116385288 . C T 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0109469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.317;QD=20.4841;RBI=0.0189016;REFB=-0.00636997;REVB=0.015409;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248773;STB=0.639815;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.014365;OID=.;OPOS=116385288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:9:2:7:7:9:2 chr1 116385309 . C A 107.78 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00951317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5074;QD=12.6801;RBI=0.088728;REFB=-0.0247608;REVB=-0.0882165;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166256;STB=0.614335;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0437995;OID=.;OPOS=116385309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:21:21:12:13:0.382353:3:9:13:8:3:10:13:8 chr1 116385467 . A G 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0157112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.462;QD=26.3985;RBI=0.0193425;REFB=-0.0185031;REVB=-0.0112823;RO=10;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240404;STB=0.633994;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00511184;OID=.;OPOS=116385467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:6:12:3:7:6:12:3:7 chr1 116386105 . G A 265.67 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0740379;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1444;QD=15.1811;RBI=0.100608;REFB=-0.0150681;REVB=-0.0681195;RO=39;SAF=22;SAR=8;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192668;STB=0.618963;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0223612;OID=.;OPOS=116386105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:40:30:30:0.428571:8:22:22:17:8:22:22:18 chr1 116386139 . G A 1342.54 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6106;QD=61.7262;RBI=0.0746325;REFB=0;REVB=0.0468874;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352846;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:87:0:0:79:87:1:33:46:0:0:38:49:0:0 chr1 116386243 . C T 653.74 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=136;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0161601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.709;QD=19.2275;RBI=0.0168001;REFB=0.00182933;REVB=-0.00459283;RO=70;SAF=23;SAR=43;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658368;STB=0.536457;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0144344;OID=.;OPOS=116386243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:70:70:66:66:0.485294:43:23:29:41:43:23:29:41 chr1 116386244 . C T 700.75 PASS AF=0.507353;AO=69;DP=136;FAO=69;FDP=136;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.00191589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.633;QD=20.6102;RBI=0.00593089;REFB=-0.0112296;REVB=-0.00561291;RO=66;SAF=28;SAR=41;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534375;STB=0.524525;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00221871;OID=.;OPOS=116386244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:66:67:69:69:0.507353:41:28:23:43:41:28:24:43 chr1 116534852 . C T 842.91 PASS AF=0.528302;AO=84;DP=159;FAO=84;FDP=159;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=0.0343459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.975;QD=21.2053;RBI=0.0381336;REFB=-0.0285306;REVB=0.0165691;RO=74;SAF=34;SAR=50;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479259;STB=0.522088;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.02161;OID=.;OPOS=116534852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:74:75:84:84:0.528302:50:34:26:48:50:34:27:48 chr1 116569530 . G C 1661.86 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224134;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8829;QD=60.4312;RBI=0.0302723;REFB=0;REVB=0.0301892;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352312;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:52:58:0:0:52:58:0:0 chr1 116610388 . A G 764.7 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00573702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7164;QD=63.7249;RBI=0.0414569;REFB=0;REVB=-0.0410581;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208402;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr1 117102649 . C T 115.17 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00712813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5024;QD=10.7138;RBI=0.0480638;REFB=-0.0117076;REVB=-0.0475323;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327671;STB=0.694268;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0214901;OID=.;OPOS=117102649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:5:9:10:19:5:9:10:19 chr1 117122130 . T C 292.86 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0100397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.992;QD=17.4841;RBI=0.017348;REFB=0.0012368;REVB=-0.0141476;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201724;STB=0.506088;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00140807;OID=.;OPOS=117122130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:35:32:32:0.477612:15:17:15:12:15:17:19:16 chr1 117131407 . G A 282.65 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00605597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.253;QD=15.924;RBI=0.0456419;REFB=-0.0103739;REVB=-0.0452383;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135761;STB=0.566129;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0131773;OID=.;OPOS=117131407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:39:31:32:0.450704:17:14:23:16:17:15:23:16 chr1 117142613 . C T 55.32 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0065823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2999;QD=3.51216;RBI=0.00709254;REFB=-0.00238479;REVB=-0.00264148;RO=53;SAF=9;SAR=1;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456392;STB=0.827666;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0180432;OID=.;OPOS=117142613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:1:9:32:21:1:9:32:21 chr1 117142641 . G A 150.84 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00144073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.368;QD=6.7041;RBI=0.0418967;REFB=-0.0114431;REVB=-0.0418719;RO=67;SAF=14;SAR=8;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1441;STB=0.583256;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.027792;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:67:68:22:22:0.244444:8:14:35:32:8:14:36:32 chr1 117142700 . C A 452.69 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00736168;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.478;QD=14.4861;RBI=0.0123674;REFB=-0.0188478;REVB=0.00993778;RO=74;SAF=32;SAR=19;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109049;STB=0.561561;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0288538;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:74:51:51:0.408:19:32:39:35:19:32:39:35 chr1 117142736 . A G 461.56 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00967261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.381;QD=14.6525;RBI=0.0097829;REFB=-0.0116887;REVB=-0.00146481;RO=73;SAF=29;SAR=23;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673007;STB=0.534057;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0141688;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:73:74:52:52:0.412698:23:29:36:37:23:29:37:37 chr1 117142855 . C T 153.3 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0880403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.646;QD=9.15214;RBI=0.0904866;REFB=-0.0528962;REVB=-0.020898;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654683;STB=0.597607;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0590857;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:46:21:21:0.313433:13:8:10:21:13:8:24:22 chr1 117142868 . CA TG 89.9 PASS AF=0.225806;AO=13;DP=63;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00972485;FXX=0.0461467;HRUN=3;LEN=2;MLLD=153.795;QD=5.7997;RBI=0.0100258;REFB=0.00344462;REVB=-0.00243812;RO=40;SAF=4;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240235;STB=0.627723;STBP=0.296;TYPE=mnp;VARB=-0.00875371;OID=.;OPOS=117142868;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:63:62:40:48:13:14:0.225806:9:4:20:20:9:5:25:23 chr1 117146319 . C T 332.1 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0369286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4296;QD=13.9832;RBI=0.0416819;REFB=-0.0317904;REVB=0.0193303;RO=58;SAF=24;SAR=13;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109483;STB=0.562465;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0474857;OID=.;OPOS=117146319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:13:24:32:26:13:24:32:26 chr1 117146504 . G A 52.26 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.000217872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.581;QD=3.07388;RBI=0.0138014;REFB=-0.00142314;REVB=0.0137997;RO=56;SAF=7;SAR=3;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366193;STB=0.746726;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00912653;OID=.;OPOS=117146504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:68:56:58:10:10:0.147059:3:7:22:34:3:7:23:35 chr1 117146563 . G A 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00676199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.463;QD=5.19142;RBI=0.0385697;REFB=-0.0143498;REVB=0.0379724;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196324;STB=0.647706;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0709517;OID=.;OPOS=117146563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:25:26:7:7:0.212121:2:5:14:11:2:5:14:12 chr1 117146571 . A G 34.58 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0473511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.229;QD=4.46179;RBI=0.0555294;REFB=-0.0200109;REVB=-0.0290068;RO=25;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404966;STB=0.782104;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0542174;OID=.;OPOS=117146571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:1:5:13:12:1:5:13:12 chr1 117146585 . G A 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0274488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.285;QD=5.44257;RBI=0.044222;REFB=-0.00271395;REVB=0.0346721;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463449;STB=0.809726;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0247028;OID=.;OPOS=117146585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:1:5:9:11:1:5:9:11 chr1 117150928 . C T 123.38 PASS AF=0.298246;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0159243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.845;QD=8.65808;RBI=0.0159705;REFB=-0.00707859;REVB=0.00121495;RO=38;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148618;STB=0.605805;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0127547;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:38:40:16:17:0.298246:10:6:19:19:11:6:20:20 chr1 117150933 . G A 132.49 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00403237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.678;QD=9.99913;RBI=0.0106352;REFB=-0.0298163;REVB=-0.00984115;RO=33;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118802;STB=0.602617;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0251161;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:33:36:17:17:0.320755:11:6:15:18:11:6:18:18 chr1 117156459 . C T 130.17 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0765776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6934;QD=7.33341;RBI=0.0789365;REFB=-0.0173975;REVB=0.0191528;RO=52;SAF=17;SAR=2;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464279;STB=0.791997;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0529535;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:2:17:32:20:2:17:32:20 chr1 117156490 . T C 126.58 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.012315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7502;QD=6.57558;RBI=0.0771711;REFB=-0.013641;REVB=-0.0761822;RO=54;SAF=16;SAR=3;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395633;STB=0.762845;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0418566;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:54:58:19:19:0.246753:3:16:31:23:3:16:32:26 chr1 117156584 . TG CA 52.47 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.00999512;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.746;QD=2.46922;RBI=0.070198;REFB=-0.016882;REVB=-0.0694828;RO=41;SAF=5;SAR=6;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189051;STB=0.531397;STBP=0.853;TYPE=mnp;VARB=0.0648979;OID=.;OPOS=117156584;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:86:85:41:74:11:11:0.129412:6:5:25:16:6:5:31:43 chr1 117156600 . T C 44.83 PASS AF=0.116279;AO=10;DP=86;FAO=10;FDP=86;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.0214758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.391;QD=2.08505;RBI=0.0383949;REFB=-0.000183137;REVB=-0.031827;RO=73;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159619;STB=0.604451;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000570045;OID=.;OPOS=117156600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:86:86:73:76:10:10:0.116279:5:5:27:46:5:5:29:47 chr1 117311147 . C A 212.6 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0667094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.07;QD=20.2477;RBI=0.0891006;REFB=-0.0102809;REVB=0.0590659;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126199;STB=0.571039;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0134251;OID=.;OPOS=117311147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:11:10:13:8:11:10:13:8 chr1 117487710 . AT GA 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276097;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=288.862;QD=48.7373;RBI=0.0285842;REFB=0;REVB=0.00740022;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00016074;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr1 117503940 . G A 376.13 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00599165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.623;QD=17.4942;RBI=0.00621818;REFB=-0.0101059;REVB=-0.00166312;RO=46;SAF=20;SAR=19;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963274;STB=0.559646;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0117442;OID=.;OPOS=117503940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:46:46:39:40:0.465116:19:20:19:27:19:21:19:27 chr1 117529458 . G A 1434.09 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.447;QD=63.0368;RBI=0.0197467;REFB=0;REVB=0.0160017;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51518e-05;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:37:54:0:0:37:54:0:0 chr1 117530273 . A G 513.76 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937692;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0023;QD=58.7152;RBI=0.0984277;REFB=0;REVB=-0.0299224;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108953;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:13:20:0:0:13:22:0:0 chr1 117532291 . A G 327.62 PASS AF=0.418605;AO=35;DP=85;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00620056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.249;QD=15.2383;RBI=0.00637164;REFB=-0.0201311;REVB=0.00146658;RO=50;SAF=18;SAR=17;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267394;STB=0.523243;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0322101;OID=.;OPOS=117532291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:50:50:35:36:0.418605:17:18:27:23:18:18:27:23 chr1 117532790 . C T 92.57 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00444413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.258;QD=9.25723;RBI=0.0136806;REFB=0.0119802;REVB=-0.0129386;RO=28;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190871;STB=0.617437;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0294219;OID=.;OPOS=117532790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:9:3:11:17:9:3:11:17 chr1 117532798 . C G 92.33 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00969777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.695;QD=9.00746;RBI=0.0107406;REFB=-0.0100737;REVB=0.00461658;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222686;STB=0.633564;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0264079;OID=.;OPOS=117532798;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:26:29:12:12:0.292683:9:3:11:15:9:3:12:17 chr1 117559726 . A G 709.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.766;QD=63.0407;RBI=0.0237235;REFB=0;REVB=-0.0235044;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150072;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:29:15:0:0:29:16:0:0 chr1 117560818 . A G 99.25 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0106021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1374;QD=10.7298;RBI=0.0233314;REFB=-0.0185485;REVB=0.0207834;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872131;STB=0.551788;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0301519;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:13:11:7:6:13:11 chr1 117560929 . C A 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0346141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.68;QD=14.7401;RBI=0.0346197;REFB=-0.00668759;REVB=0.00062352;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120416;STB=0.568179;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00815112;OID=.;OPOS=117560929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:16:14:24:17:16:14:24:17 chr1 117602960 . C A 254.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0277268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6736;QD=15.677;RBI=0.0299269;REFB=-0.0315644;REVB=0.0112626;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125757;STB=0.563592;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0401037;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:36:29:29:0.446154:12:17:16:19:12:17:17:19 chr1 117603156 . G T 442.74 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0100767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.362;QD=22.7046;RBI=0.0160193;REFB=-0.0165839;REVB=0.012453;RO=35;SAF=10;SAR=33;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584165;STB=0.532243;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0142518;OID=.;OPOS=117603156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:33:10:10:25:33:10:10:25 chr1 117617705 . A G 570.18 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6711;QD=60.0188;RBI=0.0340593;REFB=0;REVB=-0.00703379;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000653266;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr1 117618067 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.684;QD=43.4854;RBI=0.0361857;REFB=0;REVB=0.0332622;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823383;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr1 117659352 . C T 294.13 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.00712215;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.115;QD=11.6489;RBI=0.00737522;REFB=-0.0022068;REVB=0.00191543;RO=61;SAF=12;SAR=24;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16394;STB=0.587363;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00289066;OID=.;OPOS=117659352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:65:36:36:0.356436:24:12:29:32:24:12:30:35 chr1 117715026 . C T 593.94 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00555843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.234;QD=57.9457;RBI=0.0111588;REFB=-0.112191;REVB=-0.00967583;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00057133;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:24:15:0:1:24:16:0:1 chr1 117785931 . G A 205.24 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0077212;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2928;QD=18.6584;RBI=0.00993432;REFB=-0.0237148;REVB=-0.00625091;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191347;STB=0.611399;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0108093;OID=.;OPOS=117785931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:23:20:21:0.477273:6:14:10:10:6:15:12:11 chr1 117785979 . T C 517.61 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.014736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3156;QD=54.4848;RBI=0.0160633;REFB=-0.023301;REVB=0.00639396;RO=2;SAF=19;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467499;STB=0.524986;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00791036;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:17:19:2:0:17:19:2:0 chr1 118165691 . C T 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00612352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.723;QD=21.4745;RBI=0.0159405;REFB=-0.0216039;REVB=0.0147174;RO=25;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142272;STB=0.578464;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0106918;OID=.;OPOS=118165691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:14:17:18:7:14:17:18:7 chr1 118166704 . T C 154.07 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00584566;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3381;QD=13.3974;RBI=0.00924976;REFB=-0.0126462;REVB=-0.00716842;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145043;STB=0.585004;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0246163;OID=.;OPOS=118166704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:14:15:11:6:14:15 chr1 118166877 . C T 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00488754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.414;QD=20.7382;RBI=0.0615585;REFB=-0.0049893;REVB=-0.0613641;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983768;STB=0.555494;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0051057;OID=.;OPOS=118166877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:7:9:8:10:7:9 chr1 118167199 . A G 338.48 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0230566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.998;QD=15.2125;RBI=0.0489166;REFB=-0.0217221;REVB=0.0431419;RO=51;SAF=12;SAR=25;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159664;STB=0.597105;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0212311;OID=.;OPOS=118167199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:52:37:37:0.41573:25:12:24:27:25:12:25:27 chr1 118168234 . C T 152.08 PASS AF=0.263158;AO=14;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00298243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.916;QD=10.672;RBI=0.00743934;REFB=-0.00202771;REVB=0.00681535;RO=34;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353396;STB=0.683303;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.016405;OID=.;OPOS=118168234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:57:57:34:37:14:15:0.263158:4:10:14:20:5:10:15:22 chr1 118168804 . T C,TC 96.76 PASS AF=0.0909091,0.30303;AO=3,10;DP=33;FAO=3,10;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=0,5;FSAR=3,5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0137456,0.00366378;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=37.5873,26.009;QD=11.7287;RBI=0.0281723,0.0793072;REFB=0.00812223,0.0055067;REVB=0.0245914,0.0792226;RO=20;SAF=0,5;SAR=3,5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.594329,0;STB=0.99625,0.5;STBP=0.064,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0517035,-0.0159915;OID=.,.;OPOS=118168804,118168805;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:70:33:33:20:20:3,10:3,10:0.0909091,0.30303:3,5:0,5:10:10:3,5:0,5:10:10 chr1 118169462 . C T 237.14 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0185321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.743;QD=19.7618;RBI=0.0239786;REFB=-0.00499967;REVB=-0.0152162;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293246;STB=0.645044;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00250793;OID=.;OPOS=118169462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:25:22:23:0.479167:12:10:18:5:12:11:19:6 chr1 118169463 . G A 237.12 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0201688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.342;QD=19.7597;RBI=0.0235012;REFB=-0.00550393;REVB=0.0120634;RO=25;SAF=18;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321622;STB=0.68337;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0133355;OID=.;OPOS=118169463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:5:18:12:13:5:18:12:13 chr1 118449207 . A G 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0663312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.554;QD=12.7805;RBI=0.0847933;REFB=-0.0583102;REVB=0.0528212;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044472;STB=0.526264;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0470895;OID=.;OPOS=118449207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:5:9:6:4:5:9 chr1 118449215 . G A 91.67 PASS AF=0.55;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.025589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.737;QD=18.3341;RBI=0.0276873;REFB=-0.0184944;REVB=0.0105731;RO=8;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461553;STB=0.658211;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00958813;OID=.;OPOS=118449215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:20:8:9:10:11:0.55:9:1:4:4:9:2:4:5 chr1 118483474 . C G 333.72 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0142396;FXX=0.0344788;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.504;QD=15.8913;RBI=0.0154179;REFB=0.0125329;REVB=0.00591149;RO=48;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115989;STB=0.565182;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0142518;OID=.;OPOS=118483474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:48:48:36:36:0.428571:20:16:16:32:20:16:16:32 chr1 118491102 . G A 307.17 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0119557;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.203;QD=17.807;RBI=0.0120168;REFB=-0.0240733;REVB=-0.00121047;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186709;STB=0.5968;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0176244;OID=.;OPOS=118491102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:36:33:33:0.478261:19:14:22:13:19:14:22:14 chr1 118495153 . T G 260.85 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0137217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.827;QD=25.4485;RBI=0.0169394;REFB=0.00160106;REVB=0.00993271;RO=17;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926173;STB=0.535684;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.000842879;OID=.;OPOS=118495153;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:23:24:0.585366:7:16:10:7:8:16:10:7 chr1 118509278 . G A 223.27 PASS AF=0.298969;AO=27;DP=95;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=21;FWDB=-0.0102694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.141;QD=9.20711;RBI=0.0362171;REFB=-0.00585403;REVB=0.0347306;RO=67;SAF=12;SAR=15;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30425;STB=0.666098;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00856287;OID=.;OPOS=118509278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:67:68:27:29:0.298969:15:12:47:20:16:13:47:21 chr1 118509284 . G T 251.5 PASS AF=0.319588;AO=30;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=-0.00546219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.274;QD=10.3711;RBI=0.01576;REFB=-0.0112802;REVB=0.0147832;RO=66;SAF=15;SAR=15;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251911;STB=0.653831;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0265484;OID=.;OPOS=118509284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:66:30:31:0.319588:15:15:47:19:16:15:47:19 chr1 118516082 . A T 795.55 PASS AF=0.463687;AO=82;DP=178;FAO=83;FDP=179;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.0143017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.673;QD=17.7777;RBI=0.0145114;REFB=0.000597045;REVB=-0.00245841;RO=96;SAF=31;SAR=51;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811163;STB=0.540425;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000626728;OID=.;OPOS=118516082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:96:96:82:83:0.463687:51:31:44:52:51:32:44:52 chr1 118530796 . C T 266.55 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00313228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.735;QD=15.9137;RBI=0.0102076;REFB=0.00011324;REVB=-0.00971515;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124752;STB=0.570251;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.000168076;OID=.;OPOS=118530796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:22:15:16:14:22:15 chr1 118537074 . A G 616.62 PASS AF=0.504;AO=59;DP=121;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0102856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.847;QD=19.7319;RBI=0.0128619;REFB=-0.0130946;REVB=0.00772237;RO=60;SAF=31;SAR=28;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232196;STB=0.503816;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0113147;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:125:60:62:59:63:0.504:28:31:30:30:30:33:32:30 chr1 118624123 . C T 268.75 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.040193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.354;QD=22.3954;RBI=0.0425375;REFB=-0.00572288;REVB=-0.0139269;RO=23;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113563;STB=0.506347;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00417299;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:16:9:8:15:16:9:8:15 chr1 118628623 . G C 366.15 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0157256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4308;QD=16.2732;RBI=0.0162979;REFB=-0.00392179;REVB=-0.00428115;RO=51;SAF=15;SAR=24;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891728;STB=0.550238;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00580913;OID=.;OPOS=118628623;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:24:15:24:27:24:15:24:27 chr1 118629599 . G A 227.29 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00318269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.552;QD=14.9044;RBI=0.0100261;REFB=-0.023145;REVB=-0.00950754;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195426;STB=0.605318;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0324148;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:33:34:26:27:0.442623:13:13:10:23:14:13:10:24 chr1 118644430 . A G 311.01 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00458381;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0987;QD=17.772;RBI=0.0301464;REFB=-0.0324795;REVB=-0.0297958;RO=35;SAF=12;SAR=21;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194175;STB=0.620441;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0330751;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:33:34:0.485714:21:12:20:15:22:12:21:15 chr1 118693217 . T C 223.73 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.00508741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.295;QD=14.2049;RBI=0.00513466;REFB=-0.0286571;REVB=-0.000694962;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367531;STB=0.550727;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0202398;OID=.;OPOS=118693217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:37:26:26:0.412698:17:9:10:22:17:9:10:27 chr1 118807059 . T C 648.07 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000406764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.221;QD=57.6062;RBI=0.0117873;REFB=-0.00922071;REVB=0.0117803;RO=2;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000970065;STB=0.500517;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=8.63742e-05;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:21:22:1:1:21:22:1:1 chr1 119923724 . T C 634.59 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0240606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.171;QD=21.5116;RBI=0.024691;REFB=-0.0179146;REVB=0.00554389;RO=55;SAF=33;SAR=30;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279523;STB=0.515342;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0155728;OID=.;OPOS=119923724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:55:63:63:0.533898:30:33:27:28:30:33:27:28 chr1 120057158 . C T 766.3 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.985;QD=63.858;RBI=0.0218976;REFB=0;REVB=-0.0141854;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81906e-06;OID=.;OPOS=120057158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:25:23:0:0 chr1 120057246 . C A 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2566;QD=57.1953;RBI=0.08029;REFB=0;REVB=-0.0630496;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300748;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr1 120164738 . C T 1379.64 PASS AF=0.96875;AO=91;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0322755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.8171;QD=57.4848;RBI=0.0998069;REFB=-0.165179;REVB=0.0944442;RO=5;SAF=36;SAR=55;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202534;STB=0.513041;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00913429;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:5:3:91:93:0.96875:55:36:1:4:56:37:0:3 chr1 120166681 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.011;QD=47.8224;RBI=0.0357166;REFB=0;REVB=0.0179782;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514928;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr1 120285546 . G A 504.73 PASS AF=0.402878;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=30;FWDB=0.0032765;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.945;QD=14.5247;RBI=0.0164849;REFB=-0.00362004;REVB=-0.016156;RO=82;SAF=20;SAR=36;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300761;STB=0.665595;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00880964;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:82:83:56:56:0.402878:36:20:53:29:36:20:53:30 chr1 120291724 . G A 168.7 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00284908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.792;QD=16.0661;RBI=0.0537907;REFB=-0.029703;REVB=0.0537152;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198847;STB=0.599886;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0348086;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:24:17:18:0.428571:5:12:12:11:6:12:12:12 chr1 120378678 . C T 1309.22 PASS AF=0.956044;AO=88;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00885298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.172;QD=57.548;RBI=0.0242583;REFB=-0.0891234;REVB=-0.0225852;RO=3;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350606;STB=0.524994;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0135725;OID=.;OPOS=120378678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:3:4:88:87:0.956044:39:49:0:3:38:49:0:4 chr1 120384205 . A G 1029.76 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1703;QD=58.0148;RBI=0.0394476;REFB=-0.0447731;REVB=-0.0116338;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015007;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00112109;OID=.;OPOS=120384205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:39:31:1:0:39:31:1:0 chr1 120387120 . G A 1381.14 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0746593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2797;QD=61.3842;RBI=0.0797416;REFB=0.0331395;REVB=0.0280126;RO=1;SAF=31;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150409;STB=0.507935;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000236688;OID=.;OPOS=120387120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:58:31:1:0:58:31:1:0 chr1 120468425 . G A 260.1 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00894297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.321;QD=18.9162;RBI=0.011511;REFB=-0.00874772;REVB=0.00724756;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271321;STB=0.507457;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00749804;OID=.;OPOS=120468425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:17:11:11:15:17:11:11:16 chr1 120539331 . C T 824.37 PASS AF=0.52;AO=78;DP=150;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0141758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.584;QD=21.9831;RBI=0.0154068;REFB=-0.0157303;REVB=0.00603458;RO=72;SAF=37;SAR=41;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830006;STB=0.545536;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0150322;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:72:72:78:78:0.52:41:37:41:31:41:37:41:31 chr1 120611554 . TT CG 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.011776;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=249.066;QD=7.34929;RBI=0.0192306;REFB=-0.0109781;REVB=-0.0152034;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0333833;OID=.;OPOS=120611554;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:8:5:15:24:8:5:15:24 chr1 120611876 . C T 35.31 PASS AF=0.625;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-4.03045e-05;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.385;QD=17.6562;RBI=0.0634125;REFB=-0.0122412;REVB=0.0634125;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361596;STB=0.713517;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0146786;OID=.;OPOS=120611876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:9:8:3:3:5:5:0.625:3:2:3:0:3:2:3:0 chr1 120611964 . G C 66.33 PASS AF=0.8;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0354768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.212;QD=26.533;RBI=0.0382634;REFB=-0.049025;REVB=0.0143346;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145918;STB=0.571264;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0127693;OID=.;OPOS=120611964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:10:2:2:7:8:0.8:5:2:0:2:6:2:0:2 chr1 121116688 . A G 290.39 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00844233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4215;QD=16.8339;RBI=0.0362669;REFB=-0.0151775;REVB=0.0352706;RO=36;SAF=23;SAR=8;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11954;STB=0.584015;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0453492;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:31:32:0.463768:8:23:23:13:8:24:23:14 chr1 121116733 . A G 263.63 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0207286;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.97;QD=11.1001;RBI=0.0259802;REFB=-0.00954944;REVB=-0.015662;RO=50;SAF=19;SAR=12;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146002;STB=0.544384;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0237296;OID=.;OPOS=121116733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:50:62:31:31:0.326316:12:19:30:20:12:19:34:28 chr1 142667306 . C T 169.52 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00463671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.237;QD=25.1139;RBI=0.0152307;REFB=-0.00248495;REVB=0.0145077;RO=10;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269162;STB=0.656366;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000409183;OID=.;OPOS=142667306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:10:10:16:17:0.62963:12:4:6:4:13:4:6:4 chr1 144014051 . G A 349.33 PASS AF=0.361345;AO=43;DP=119;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.0213657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6484;QD=11.7424;RBI=0.0271643;REFB=0.00672123;REVB=0.0167752;RO=76;SAF=13;SAR=30;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130675;STB=0.575127;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0114593;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:76:76:43:43:0.361345:30:13:31:45:30:13:31:45 chr1 144014068 . T C 720.02 PASS AF=0.648936;AO=61;DP=94;FAO=61;FDP=94;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0136387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.418;QD=30.6392;RBI=0.0209275;REFB=-0.0453273;REVB=0.0158727;RO=33;SAF=19;SAR=42;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606595;STB=0.532899;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0199202;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:33:33:61:61:0.648936:42:19:13:20:42:19:13:20 chr1 144534038 . A G 50.58 PASS AF=0.0952381;AO=14;DP=147;FAO=14;FDP=147;FR=.;FRO=133;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=78;FSRR=55;FWDB=-0.00455125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.242;QD=1.37643;RBI=0.0196319;REFB=-0.000300605;REVB=-0.0190971;RO=132;SAF=8;SAR=6;SRF=77;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014404;STB=0.513924;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00243356;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:147:147:132:133:14:14:0.0952381:6:8:77:55:6:8:78:55 chr1 144534045 . T C 1004.12 PASS AF=0.598726;AO=93;DP=156;FAO=94;FDP=157;FR=.;FRO=63;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.00772109;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.664;QD=25.5827;RBI=0.0290124;REFB=-0.0345842;REVB=0.0279661;RO=63;SAF=53;SAR=40;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620674;STB=0.535791;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0241913;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:63:63:93:94:0.598726:40:53:41:22:41:53:41:22 chr1 144534053 . G A 106.59 PASS AF=0.141104;AO=23;DP=164;FAO=23;FDP=163;FR=.;FRO=140;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=83;FSRR=57;FWDB=-0.00140238;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.529;QD=2.61558;RBI=0.0537828;REFB=-0.00631124;REVB=0.0537645;RO=141;SAF=14;SAR=9;SRF=83;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026352;STB=0.514178;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0233993;OID=.;OPOS=144534053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:141:140:23:23:0.141104:9:14:83:58:9:14:83:57 chr1 144534076 . G A 203.77 PASS AF=0.172566;AO=39;DP=226;FAO=39;FDP=226;FR=.;FRO=187;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=109;FSRR=78;FWDB=0.00471628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.075;QD=3.60647;RBI=0.00763402;REFB=-0.000396857;REVB=-0.00600292;RO=183;SAF=27;SAR=12;SRF=108;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142287;STB=0.598175;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00113171;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:183:187:39:39:0.172566:12:27:108:75:12:27:109:78 chr1 144534082 . TC CT,TT 2833.16 PASS AF=0.156379,0.728395;AO=38,164;DP=244;FAO=38,177;FDP=243;FR=.;FRO=28;FSAF=25,101;FSAR=13,76;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00141844,-0.0086615;FXX=0.00409819;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=200.798,50.1437;QD=46.6364;RBI=0.0231733,0.0378353;REFB=0.00112582,-0.0114362;REVB=-0.0231298,0.0368306;RO=26;SAF=25,94;SAR=13,70;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0344995,-0.0111831;STB=0.523548,0.505097;STBP=0.66,0.71;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00264258,0.0284434;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:244:243:26:28:38,164:38,177:0.156379,0.728395:13,70:25,94:16:10:13,76:25,101:17:11 chr1 144534092 . G A 2347.28 PASS AF=0.67354;AO=193;DP=291;FAO=196;FDP=291;FR=.;FRO=95;FSAF=108;FSAR=88;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=0.000285577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.351;QD=32.265;RBI=0.00631527;REFB=-0.0147372;REVB=-0.00630881;RO=78;SAF=108;SAR=85;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519062;STB=0.512717;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0161465;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:78:95:193:196:0.67354:85:108:51:27:88:108:56:39 chr1 144534096 . T C 2529.24 PASS AF=0.667702;AO=214;DP=322;FAO=215;FDP=322;FR=.;FRO=107;FSAF=114;FSAR=101;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=-0.0029397;FXX=0.00309588;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.64;QD=31.4192;RBI=0.00294158;REFB=-0.0172309;REVB=-0.000105183;RO=102;SAF=113;SAR=101;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126983;STB=0.503945;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0106523;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:102:107:214:215:0.667702:101:113:56:46:101:114:58:49 chr1 144534186 . TCG T 478.14 PASS AF=0.190065;AO=75;DP=470;FAO=88;FDP=463;FR=.;FRO=375;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=148;FSRR=227;FWDB=-0.0035198;FXX=0.0127929;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.682;QD=4.13081;RBI=0.0184893;REFB=-0.00959678;REVB=-0.0181511;RO=322;SAF=28;SAR=47;SRF=141;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866612;STB=0.502589;STBP=0.954;TYPE=del;VARB=0.0352988;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190065:75:470:88:463:375:35:53:148:227:99:322:28:47:141:181 chr1 144615245 . A AAAG 31.44 PASS AF=0.555556;AO=3;DP=14;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00209847;FXX=0.181653;HRUN=3;LEN=3;MLLD=214.126;QD=13.9713;RBI=0.0321835;REFB=0.000498307;REVB=0.032115;RO=10;SAF=1;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766313;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=ins;VARB=-0.00519712;OID=.;OPOS=144615246;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:3:14:5:9:4:2:3:2:2:25:10:1:2:4:6 chr1 144617251 . A G 236.03 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00651426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2378;QD=17.4836;RBI=0.0249849;REFB=-0.0316302;REVB=-0.0241207;RO=27;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12463;STB=0.555514;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0260234;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:16:10:7:20:16:10:8:20 chr1 144618123 . C T 231.62 PASS AF=0.196078;AO=40;DP=204;FAO=40;FDP=204;FR=.;FRO=164;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=72;FSRR=92;FWDB=0.00606164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.274;QD=4.54162;RBI=0.0159841;REFB=-0.0134564;REVB=-0.0147902;RO=162;SAF=12;SAR=28;SRF=70;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181728;STB=0.620191;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0576738;OID=.;OPOS=144618123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:162:164:40:40:0.196078:28:12:70:92:28:12:72:92 chr1 144618144 . A G 2220.16 PASS AF=0.987097;AO=143;DP=151;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0214235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.878;QD=57.2946;RBI=0.0590225;REFB=-0.148737;REVB=0.0549971;RO=3;SAF=62;SAR=81;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0039878;STB=0.500992;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000956748;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:155:3:2:143:153:0.987097:81:62:1:2:88:65:1:1 chr1 144619346 . G A 931.93 PASS AF=0.917808;AO=49;DP=73;FAO=67;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0186846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.155;QD=51.0648;RBI=0.101223;REFB=-0.0277972;REVB=0.0994838;RO=6;SAF=33;SAR=16;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11265;STB=0.531818;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0019279;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:73:73:6:6:49:67:0.917808:16:33:1:5:30:37:1:5 chr1 144619354 . C T 423.99 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0340003;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.76;QD=18.0421;RBI=0.0350543;REFB=-0.0235477;REVB=-0.00853116;RO=46;SAF=21;SAR=22;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511541;STB=0.50099;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0177798;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:46:51:43:43:0.457447:22:21:25:21:22:21:25:26 chr1 144621504 . T G 34.73 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0133975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4924;QD=2.27765;RBI=0.0138845;REFB=-0.00949204;REVB=-0.00364492;RO=54;SAF=4;SAR=3;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316788;STB=0.502385;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0677105;OID=.;OPOS=144621504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:54:54:7:7:0.114754:3:4:31:23:3:4:31:23 chr1 144621509 . A G 39.67 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00894038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.522;QD=2.44144;RBI=0.021996;REFB=0.000608426;REVB=-0.0200972;RO=57;SAF=3;SAR=5;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239854;STB=0.673739;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00629982;OID=.;OPOS=144621509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:57:57:8:8:0.123077:5:3:33:24:5:3:33:24 chr1 144621522 . A C 34.74 PASS AF=0.0927835;AO=9;DP=97;FAO=9;FDP=97;FR=.;FRO=88;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0410882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0214;QD=1.43248;RBI=0.0463415;REFB=-0.00121615;REVB=0.0214311;RO=88;SAF=3;SAR=6;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253267;STB=0.69756;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0219029;OID=.;OPOS=144621522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:97:97:88:88:9:9:0.0927835:6:3:49:39:6:3:49:39 chr1 144621526 . G A 32.58 PASS AF=0.0882353;AO=10;DP=102;FAO=9;FDP=102;FR=.;FRO=93;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.0249018;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.87;QD=1.27768;RBI=0.0642166;REFB=-0.0100606;REVB=-0.0591918;RO=91;SAF=3;SAR=7;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299799;STB=0.691891;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0563241;OID=.;OPOS=144621526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:102:102:91:93:10:9:0.0882353:7:3:51:40:6:3:51:42 chr1 144621555 . A G 151.59 PASS AF=0.18;AO=26;DP=151;FAO=27;FDP=150;FR=.;FRO=123;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=79;FSRR=44;FWDB=-0.00163203;FXX=0.032256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.913;QD=4.04235;RBI=0.0666301;REFB=-0.00410987;REVB=-0.0666101;RO=109;SAF=7;SAR=19;SRF=70;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453852;STB=0.793159;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0577974;OID=.;OPOS=144621555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:109:123:26:27:0.18:19:7:70:39:20:7:79:44 chr1 144811836 . G A 211.64 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0144223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.081;QD=35.2735;RBI=0.0386337;REFB=-0.0260889;REVB=0.0358407;RO=5;SAF=16;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293266;STB=0.516112;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0153272;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:3:16:4:1:3:16:4:1 chr1 144811924 . T G 1893.99 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8803;QD=60.6076;RBI=0.0303011;REFB=0;REVB=0.00219715;RO=1;SAF=76;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102151;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436402;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:1:0:122:125:1:46:76:0:1:48:77:0:0 chr1 144852390 . C T 67.61 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.000916081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.472;QD=3.97676;RBI=0.00226126;REFB=-0.0114762;REVB=-0.00206739;RO=56;SAF=5;SAR=7;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104023;STB=0.56885;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0692204;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:56:56:12:12:0.176471:7:5:28:28:7:5:28:28 chr1 144852476 . TG CA,CG 177.84 PASS AF=0.0789474,0.421053;AO=3,16;DP=38;FAO=3,16;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=2,9;FSAR=1,7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0297557,-0.00533697;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=139.602,130.468;QD=18.7203;RBI=0.0301718,0.0344646;REFB=-0.0284452,-0.0233325;REVB=0.0049934,0.0340489;RO=19;SAF=2,9;SAR=1,7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.370679,0.230244;STB=0.776211,0.631421;STBP=0.422,0.189;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00601651,0.0129559;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:38:38:19:19:3,16:3,16:0.0789474,0.421053:1,7:2,9:6:13:1,7:2,9:6:13 chr1 144854180 . T C 318.18 PASS AF=0.188119;AO=57;DP=303;FAO=57;FDP=303;FR=.;FRO=246;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=101;FSRR=145;FWDB=-0.00965714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4275;QD=4.20041;RBI=0.0115467;REFB=-0.00632794;REVB=-0.0063298;RO=245;SAF=33;SAR=24;SRF=101;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213011;STB=0.634209;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0241411;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:245:246:57:57:0.188119:24:33:101:144:24:33:101:145 chr1 144854528 . A G 567.08 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0184492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.192;QD=25.2037;RBI=0.0187794;REFB=-0.0470696;REVB=-0.00350606;RO=38;SAF=22;SAR=30;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435533;STB=0.5238;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0256357;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:38:38:52:52:0.577778:30:22:14:24:30:22:14:24 chr1 144854537 . T C 623.48 PASS AF=0.582524;AO=60;DP=103;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0215591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.685;QD=24.2129;RBI=0.0231494;REFB=-0.0347049;REVB=-0.00843222;RO=43;SAF=28;SAR=32;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912576;STB=0.549722;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0278521;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:43:43:60:60:0.582524:32:28:15:28:32:28:15:28 chr1 144854564 . G A 118.22 PASS AF=0.154362;AO=23;DP=150;FAO=23;FDP=149;FR=.;FRO=126;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=70;FWDB=-0.0249847;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.64;QD=3.17372;RBI=0.027197;REFB=-0.00246897;REVB=0.0107443;RO=123;SAF=14;SAR=9;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213762;STB=0.63698;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0180763;OID=.;OPOS=144854564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:123:126:23:23:0.154362:9:14:54:69:9:14:56:70 chr1 144854581 . T C 112.45 PASS AF=0.136612;AO=25;DP=182;FAO=25;FDP=183;FR=.;FRO=158;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=84;FWDB=0.0605783;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8085;QD=2.45781;RBI=0.0699511;REFB=-0.00280497;REVB=-0.0349774;RO=155;SAF=11;SAR=14;SRF=72;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313108;STB=0.524672;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0147352;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:155:158:25:25:0.136612:14:11:72:83:14:11:74:84 chr1 144854594 . G T 118.38 PASS AF=0.138298;AO=25;DP=188;FAO=26;FDP=188;FR=.;FRO=162;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=68;FSRR=94;FWDB=-0.0214822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.042;QD=2.51863;RBI=0.0230285;REFB=-0.0127096;REVB=-0.00829615;RO=160;SAF=12;SAR=13;SRF=68;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701093;STB=0.569097;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0493087;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:160:162:25:26:0.138298:13:12:68:92:13:13:68:94 chr1 144854597 . T C 1120.9 PASS AF=0.705202;AO=67;DP=179;FAO=122;FDP=173;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0464385;FXX=0.0648614;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.329;QD=25.9169;RBI=0.0465414;REFB=-0.0864615;REVB=0.00309373;RO=43;SAF=22;SAR=45;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106837;STB=0.518743;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0606767;OID=.;OPOS=144854597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:173:43:48:67:122:0.705202:45:22:20:23:69:53:24:24 chr1 144854608 . T G 91.9 PASS AF=0.115578;AO=24;DP=198;FAO=23;FDP=199;FR=.;FRO=176;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=74;FSRR=102;FWDB=-0.0158765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4446;QD=1.84723;RBI=0.0405313;REFB=-0.00396138;REVB=0.0372924;RO=173;SAF=13;SAR=11;SRF=73;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148973;STB=0.625861;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0338357;OID=.;OPOS=144854608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:198:199:173:176:24:23:0.115578:11:13:73:100:10:13:74:102 chr1 144855782 . C T 62.57 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.126544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.993;QD=4.55054;RBI=0.129171;REFB=-0.0137449;REVB=-0.0259156;RO=45;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163612;STB=0.608479;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0596347;OID=.;OPOS=144855782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:4:6:21:24:4:6:21:24 chr1 144855812 . T C 96.51 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0110922;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8669;QD=11.0294;RBI=0.0110997;REFB=-0.00106229;REVB=-0.000409214;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385999;STB=0.726918;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00157295;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:35:22:23:11:12:0.342857:4:7:6:16:4:8:7:16 chr1 144863320 . T C 75.85 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00111532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.382;QD=4.46181;RBI=0.0259439;REFB=-0.00336033;REVB=-0.0259199;RO=55;SAF=5;SAR=8;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200787;STB=0.513044;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0149782;OID=.;OPOS=144863320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:13:13:0.191176:8:5:22:33:8:5:22:33 chr1 144864143 . G A 30.92 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.0195775;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5267;QD=1.74178;RBI=0.0215479;REFB=-0.00440238;REVB=-0.00900165;RO=61;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276132;STB=0.728514;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0345822;OID=.;OPOS=144864143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:71:61:64:7:7:0.0985915:6:1:20:41:6:1:21:43 chr1 144865850 . G T 1010.74 PASS AF=0.475113;AO=104;DP=223;FAO=105;FDP=221;FR=.;FRO=116;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=-0.0198953;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.097;QD=18.2938;RBI=0.019946;REFB=-0.00525041;REVB=-0.00142134;RO=119;SAF=57;SAR=47;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506631;STB=0.52257;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00575298;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:221:119:116:104:105:0.475113:47:57:59:60:48:57:58:58 chr1 144866643 . G A 455.12 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.00322964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.91;QD=18.0247;RBI=0.00448948;REFB=-0.0219517;REVB=0.00311847;RO=53;SAF=20;SAR=28;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133483;STB=0.573884;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0169463;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:28:20:15:38:28:20:15:38 chr1 144866662 . T C 666.02 PASS AF=0.662791;AO=57;DP=85;FAO=57;FDP=86;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0134429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.749;QD=30.9774;RBI=0.0166003;REFB=-0.0297698;REVB=0.00973955;RO=28;SAF=20;SAR=37;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120091;STB=0.555023;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.012979;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:28:29:57:57:0.662791:37:20:5:23:37:20:6:23 chr1 144868170 . C T 466.53 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.00230717;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.08;QD=22.2156;RBI=0.0153024;REFB=-0.0170125;REVB=-0.0151275;RO=39;SAF=11;SAR=34;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690484;STB=0.538179;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0258613;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:39:39:45:45:0.535714:34:11:12:27:34:11:12:27 chr1 144871738 . C A 224.03 PASS AF=0.278261;AO=32;DP=113;FAO=32;FDP=115;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.00874501;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.215;QD=7.7925;RBI=0.0166023;REFB=-0.0178184;REVB=-0.0141125;RO=81;SAF=15;SAR=17;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295778;STB=0.507914;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0499473;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:81:83:32:32:0.278261:17:15:36:45:17:15:38:45 chr1 144871755 . A T 142.34 PASS AF=0.226804;AO=21;DP=97;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00635472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4506;QD=5.86981;RBI=0.0092429;REFB=-0.00556557;REVB=-0.00671183;RO=71;SAF=2;SAR=19;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563663;STB=0.874887;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0237479;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:71:75:21:22:0.226804:19:2:34:37:20:2:38:37 chr1 144871782 . A G 170.53 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.0186117;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.971;QD=8.8587;RBI=0.024929;REFB=-0.0144588;REVB=-0.0165849;RO=50;SAF=5;SAR=18;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154978;STB=0.574399;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.026443;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:50:54:23:23:0.298701:18:5:16:34:18:5:16:38 chr1 144871829 . C T 59.92 PASS AF=0.2;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=31;FWDB=0.00510486;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.847;QD=5.32595;RBI=0.00805614;REFB=0.00142427;REVB=-0.00623232;RO=36;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170268;STB=0.607795;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00669036;OID=.;OPOS=144871829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:46:45:36:36:9:9:0.2:7:2:5:31:7:2:5:31 chr1 144873887 . C T 804.69 PASS AF=0.433673;AO=85;DP=196;FAO=85;FDP=196;FR=.;FRO=111;FSAF=78;FSAR=7;FSRF=86;FSRR=25;FWDB=-0.0219676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5951;QD=16.4222;RBI=0.04442;REFB=-0.00530315;REVB=-0.0386078;RO=108;SAF=78;SAR=7;SRF=86;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286913;STB=0.684907;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00525074;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:108:111:85:85:0.433673:7:78:86:22:7:78:86:25 chr1 144874760 . T C 387.36 PASS AF=0.383333;AO=44;DP=120;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.000624443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.153;QD=12.912;RBI=0.00293006;REFB=-0.0184834;REVB=-0.00286275;RO=74;SAF=24;SAR=20;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070103;STB=0.553588;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0307013;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:74:74:44:46:0.383333:20:24:45:29:22:24:45:29 chr1 144874815 . T C 319.26 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.023066;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.554;QD=12.1622;RBI=0.0235947;REFB=-0.0206803;REVB=-0.00496689;RO=65;SAF=22;SAR=17;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00571219;STB=0.502232;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0326089;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:65:66:39:39:0.371429:17:22:37:28:17:22:37:29 chr1 144875979 . G C 98.88 PASS AF=0.163793;AO=19;DP=116;FAO=19;FDP=116;FR=.;FRO=97;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.00263772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.029;QD=3.40971;RBI=0.0309246;REFB=-0.00450449;REVB=-0.0308119;RO=96;SAF=11;SAR=8;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346067;STB=0.527646;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0200836;OID=.;OPOS=144875979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:116:116:96:97:19:19:0.163793:8:11:53:43:8:11:53:44 chr1 144877176 . C T 191.43 PASS AF=0.227273;AO=30;DP=133;FAO=30;FDP=132;FR=.;FRO=102;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0140599;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.504;QD=5.80103;RBI=0.0489938;REFB=-0.00536108;REVB=-0.046933;RO=96;SAF=13;SAR=17;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707668;STB=0.529062;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0176422;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:96:102:30:30:0.227273:17:13:47:49:17:13:48:54 chr1 144879090 . T C 150.47 PASS AF=0.236559;AO=19;DP=93;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0105572;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.957;QD=6.47188;RBI=0.0112497;REFB=-0.00668395;REVB=0.00388597;RO=52;SAF=7;SAR=12;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161598;STB=0.57192;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.020317;OID=.;OPOS=144879090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:71:19:22:0.236559:12:7:26:26:12:10:39:32 chr1 144879264 . A G 2858.36 PASS AF=1;AO=162;DP=170;FAO=183;FDP=183;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165434;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.428;QD=62.4779;RBI=0.0520031;REFB=0;REVB=0.0493015;RO=0;SAF=72;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4686e-05;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:170:183:0:0:162:183:1:90:72:0:0:108:75:0:0 chr1 144879375 . T C 651.96 PASS AF=0.436364;AO=72;DP=165;FAO=72;FDP=165;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.0826581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2205;QD=15.805;RBI=0.0833468;REFB=-0.0220937;REVB=-0.0106924;RO=93;SAF=21;SAR=51;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133492;STB=0.574763;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.026981;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:93:93:72:72:0.436364:51:21:38:55:51:21:38:55 chr1 144879485 . G C 73.55 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0447938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3057;QD=9.48979;RBI=0.0537582;REFB=-0.00926633;REVB=-0.029723;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138367;STB=0.584246;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0129141;OID=.;OPOS=144879485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:10:11:4:6:10:11 chr1 144880832 . T C 126.03 PASS AF=0.20202;AO=20;DP=99;FAO=20;FDP=99;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0119541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.997;QD=5.09215;RBI=0.0168091;REFB=-0.0100474;REVB=-0.0118172;RO=77;SAF=12;SAR=8;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536625;STB=0.535234;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0441097;OID=.;OPOS=144880832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:77:79:20:20:0.20202:8:12:43:34:8:12:44:35 chr1 144880864 . T A 196.26 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0374907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.62;QD=10.7539;RBI=0.0391598;REFB=-0.0120256;REVB=-0.0113106;RO=48;SAF=11;SAR=14;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206654;STB=0.619777;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0234224;OID=.;OPOS=144880864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:14:11:30:18:14:11:30:18 chr1 144882581 . A G 526.59 PASS AF=0.372781;AO=60;DP=167;FAO=63;FDP=169;FR=.;FRO=106;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.00841288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4345;QD=12.4637;RBI=0.0166327;REFB=-0.00943576;REVB=-0.0143482;RO=106;SAF=31;SAR=29;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609239;STB=0.518701;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0168225;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:106:106:60:63:0.372781:29:31:49:57:32:31:49:57 chr1 144882823 . C T 405.09 PASS AF=0.441176;AO=44;DP=101;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=-0.0193302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.417;QD=15.8859;RBI=0.0193484;REFB=-0.0149571;REVB=-0.00083966;RO=56;SAF=5;SAR=39;SRF=14;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256314;STB=0.661071;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0261657;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:56:57:44:45:0.441176:39:5:14:42:40:5:15:42 chr1 144886197 . A T 435.67 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0154362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.33;QD=18.5393;RBI=0.0170245;REFB=-0.0298117;REVB=0.00718032;RO=50;SAF=14;SAR=30;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202774;STB=0.613444;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.029735;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:30:14:26:24:30:14:26:24 chr1 144892089 . G T 141.25 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0373282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4485;QD=13.4521;RBI=0.0713381;REFB=-0.00735137;REVB=-0.0607926;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24468;STB=0.644875;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00724798;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:26:16:16:0.380952:11:5:13:11:11:5:14:12 chr1 144892149 . G A 246.28 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00180728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.304;QD=13.4949;RBI=0.00439037;REFB=-0.00755501;REVB=-0.00400114;RO=41;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114694;STB=0.560814;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00606089;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:44:29:29:0.39726:18:11:20:21:18:11:21:23 chr1 144909956 . G A 156.75 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0758328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4267;QD=9.64637;RBI=0.0792996;REFB=-0.0345652;REVB=-0.0231907;RO=44;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107944;STB=0.563142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0680386;OID=.;OPOS=144909956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:13:8:13:31:13:8:13:31 chr1 144912153 . A G 2205.23 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637717;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.934;QD=63.0065;RBI=0.0416501;REFB=0;REVB=0.041159;RO=0;SAF=82;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45381e-05;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:140:0:0:137:140:1:55:82:0:0:57:83:0:0 chr1 144912233 . C T 403.86 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00189281;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.742;QD=13.8072;RBI=0.00235921;REFB=-0.00251074;REVB=0.00140824;RO=70;SAF=19;SAR=28;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573344;STB=0.532425;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00459308;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:70:70:47:47:0.401709:28:19:32:38:28:19:32:38 chr1 144915561 . G A 1012.52 PASS AF=0.495;AO=99;DP=200;FAO=99;FDP=200;FR=.;FRO=101;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.0241905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.414;QD=20.2504;RBI=0.046659;REFB=-0.022839;REVB=-0.0398984;RO=99;SAF=56;SAR=43;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279315;STB=0.520899;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0221148;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:99:101:99:99:0.495:43:56:53:46:43:56:53:48 chr1 144915623 . AG A,AA 605.82 PASS AF=0.282895,0.190789;AO=40,29;DP=152;FAO=43,29;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=18,16;FSAR=25,13;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0216863,-0.0225898;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.166,136.461;QD=15.9425;RBI=0.0399882,0.0375974;REFB=-0.0252698,-0.0212172;REVB=-0.0335971,-0.0300544;RO=79;SAF=17,16;SAR=23,13;SRF=35;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0211159,0.132234;STB=0.520824,0.574256;STBP=0.72,0.372;TYPE=del,snp;VARB=0.0374397,0.0243695;OID=.,.;OPOS=144915624,144915624;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282895,0.190789:40,29:152:43,29:152:80:18,16:25,13:36:44:99:79:17,16:23,13:35:44 chr1 144916748 . C G 279.49 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0217974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8759;QD=14.1512;RBI=0.0311458;REFB=-0.00553507;REVB=0.0222472;RO=47;SAF=7;SAR=25;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18993;STB=0.609063;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00530453;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:25:7:17:30:25:7:17:30 chr1 144917546 . A G 698.67 PASS AF=0.567797;AO=67;DP=118;FAO=67;FDP=118;FR=.;FRO=51;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0147363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7618;QD=23.6838;RBI=0.0174994;REFB=-0.00836503;REVB=-0.00943784;RO=50;SAF=39;SAR=28;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033653;STB=0.523213;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00661158;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:50:51:67:67:0.567797:28:39:27:23:28:39:27:24 chr1 144917841 . T C 684.09 PASS AF=0.62766;AO=59;DP=94;FAO=59;FDP=94;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00407301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.125;QD=29.1103;RBI=0.014678;REFB=-0.0321467;REVB=0.0141016;RO=35;SAF=26;SAR=33;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048491;STB=0.526307;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0183285;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:35:35:59:59:0.62766:33:26:13:22:33:26:13:22 chr1 144918957 . T A 317.02 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00312222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.7;QD=17.8604;RBI=0.0230468;REFB=-0.000706631;REVB=0.0228343;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155042;STB=0.586867;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000973142;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:22:12:19:18:22:12:19:18 chr1 144921924 . G A 327.82 PASS AF=0.25;AO=46;DP=193;FAO=48;FDP=192;FR=.;FRO=144;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=82;FSRR=62;FWDB=-0.0358879;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2208;QD=6.82964;RBI=0.0402236;REFB=-0.00539996;REVB=-0.0181658;RO=139;SAF=24;SAR=22;SRF=80;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678186;STB=0.521044;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0193965;OID=.;OPOS=144921924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:139:144:46:48:0.25:22:24:80:59:22:26:82:62 chr1 144922583 . G A 657.83 PASS AF=0.482014;AO=62;DP=134;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0039108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1852;QD=18.9302;RBI=0.00561366;REFB=-0.00926572;REVB=0.00402726;RO=72;SAF=32;SAR=30;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382264;STB=0.501737;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0070442;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:139:72:72:62:67:0.482014:30:32:40:32:30:37:40:32 chr1 144923728 . GT G 228.75 PASS AF=0.268293;AO=63;DP=250;FAO=66;FDP=246;FR=.;FRO=180;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=81;FSRR=99;FWDB=0.0649515;FXX=0.0199195;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.7481;QD=3.7195;RBI=0.0903065;REFB=0.00106491;REVB=-0.062742;RO=174;SAF=32;SAR=31;SRF=78;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739762;STB=0.525554;STBP=0.616;TYPE=del;VARB=-0.000226353;OID=.;OPOS=144923729;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268293:63:250:66:246:180:32:34:81:99:99:174:32:31:78:96 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 1166.69 PASS AF=1;AO=77;DP=143;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305821;FXX=0.306279;HRUN=1;LEN=14;MLLD=335.436;QD=60.6075;RBI=0.032257;REFB=0;REVB=0.0102588;RO=41;SAF=24;SAR=53;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000208705;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:143:77:77:0:24:53:0:0:6:41:24:53:29:12 chr1 144930596 . C A 338.2 PASS AF=0.372727;AO=40;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0189275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.942;QD=12.2982;RBI=0.0212579;REFB=-0.0120345;REVB=-0.00967716;RO=55;SAF=22;SAR=18;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189051;STB=0.541854;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0183192;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:68:40:41:0.372727:18:22:40:15:19:22:41:27 chr1 144930940 . T C 215.81 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0611806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8732;QD=13.4878;RBI=0.0666281;REFB=-0.0222117;REVB=-0.0263862;RO=38;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161309;STB=0.592035;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0292062;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:11:15:16:22:11:15:16:22 chr1 144931330 . C T 605.77 PASS AF=0.456522;AO=63;DP=138;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.00402597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6997;QD=17.5586;RBI=0.0137866;REFB=-0.0112499;REVB=0.0131857;RO=75;SAF=40;SAR=23;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903123;STB=0.55031;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.01145;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:75:75:63:63:0.456522:23:40:41:34:23:40:41:34 chr1 144931392 . G A 427.11 PASS AF=0.378788;AO=50;DP=132;FAO=50;FDP=132;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0213903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3076;QD=12.9428;RBI=0.0402506;REFB=-0.00920397;REVB=-0.0340964;RO=80;SAF=26;SAR=24;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543458;STB=0.502731;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0174626;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:80:82:50:50:0.378788:24:26:42:38:24:26:43:39 chr1 144931461 . A T 101.58 PASS AF=0.197674;AO=17;DP=86;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0397804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6312;QD=4.72477;RBI=0.0407782;REFB=-0.00789788;REVB=0.00896577;RO=69;SAF=10;SAR=7;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00775306;STB=0.504945;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.045911;OID=.;OPOS=144931461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:69:69:17:17:0.197674:7:10:41:28:7:10:41:28 chr1 144952207 . C T 259.66 PASS AF=0.253165;AO=40;DP=158;FAO=40;FDP=158;FR=.;FRO=118;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=85;FSRR=33;FWDB=0.00788353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3366;QD=6.57374;RBI=0.0651868;REFB=-0.0140272;REVB=-0.0647083;RO=116;SAF=25;SAR=15;SRF=83;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125539;STB=0.57891;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0499537;OID=.;OPOS=144952207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:116:118:40:40:0.253165:15:25:83:33:15:25:85:33 chr1 144952220 . C T 414.73 PASS AF=0.33557;AO=49;DP=148;FAO=50;FDP=149;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=72;FSRR=27;FWDB=-0.00935699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.668;QD=11.1336;RBI=0.0145395;REFB=-0.0194482;REVB=-0.0111286;RO=98;SAF=32;SAR=17;SRF=72;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108882;STB=0.551417;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0392739;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:98:99:49:50:0.33557:17:32:72:26:17:33:72:27 chr1 144952255 . G C 60.77 PASS AF=0.119658;AO=14;DP=117;FAO=14;FDP=117;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=70;FSRR=33;FWDB=-0.0338569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.973;QD=2.07774;RBI=0.033994;REFB=-0.0048517;REVB=0.00304983;RO=102;SAF=8;SAR=6;SRF=69;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137725;STB=0.599867;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0381872;OID=.;OPOS=144952255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:117:117:102:103:14:14:0.119658:6:8:69:33:6:8:70:33 chr1 144994658 . C A 471.03 PASS AF=0.385714;AO=54;DP=140;FAO=54;FDP=140;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=59;FSRR=27;FWDB=0.0157167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7871;QD=13.4579;RBI=0.0167388;REFB=-0.026679;REVB=0.00575966;RO=86;SAF=42;SAR=12;SRF=59;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130916;STB=0.574707;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0470189;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:86:86:54:54:0.385714:12:42:59:27:12:42:59:27 chr1 145014103 . G C 292.58 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00103892;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.533;QD=19.505;RBI=0.0348359;REFB=-0.0420904;REVB=0.0348204;RO=28;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187025;STB=0.609078;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0305395;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:31:31:0.516667:13:18:22:6:13:18:23:6 chr1 145014263 . C T 426.72 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0138375;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5819;QD=21.0726;RBI=0.0210707;REFB=-0.0186755;REVB=0.0158902;RO=39;SAF=26;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161537;STB=0.577228;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0227737;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:39:39:42:42:0.518519:16:26:17:22:17:25:17:22 chr1 145015972 . T C 164.76 PASS AF=0.155251;AO=34;DP=221;FAO=34;FDP=219;FR=.;FRO=185;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=93;FSRR=92;FWDB=-0.00419956;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.807;QD=3.00929;RBI=0.0168203;REFB=-0.00382225;REVB=0.0162876;RO=186;SAF=20;SAR=14;SRF=94;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106839;STB=0.572621;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.022562;OID=.;OPOS=145015972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:219:186:185:34:34:0.155251:14:20:94:92:14:20:93:92 chr1 145018023 . G T 255.06 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00853257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0639;QD=14.3696;RBI=0.00901798;REFB=-0.0192369;REVB=0.00291876;RO=38;SAF=9;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160133;STB=0.613653;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0716739;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:38:41:30:30:0.422535:21:9:17:21:22:8:18:23 chr1 145038952 . C T 345.91 PASS AF=0.355932;AO=40;DP=119;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.00375291;FXX=0.0406471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.261;QD=11.7257;RBI=0.00592057;REFB=-0.0110534;REVB=0.00457917;RO=76;SAF=22;SAR=18;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175254;STB=0.58923;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0184707;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:76:76:40:42:0.355932:18:22:30:46:19:23:31:45 chr1 145038954 . G T 105.24 PASS AF=0.168;AO=20;DP=118;FAO=21;FDP=125;FR=.;FRO=104;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=-0.0383546;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.4436;QD=3.36757;RBI=0.0529573;REFB=-0.0184821;REVB=0.0365157;RO=97;SAF=13;SAR=7;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343217;STB=0.673915;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0759753;OID=.;OPOS=145038954;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:125:97:104:20:21:0.168:7:13:36:61:8:13:42:62 chr1 145039562 . C T 149.42 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0270787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7274;QD=9.63971;RBI=0.054912;REFB=-0.0107811;REVB=-0.047771;RO=42;SAF=15;SAR=5;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177255;STB=0.605656;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0185664;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:5:15:26:16:5:15:26:16 chr1 145074975 . G A 91.84 PASS AF=0.114428;AO=23;DP=201;FAO=23;FDP=201;FR=.;FRO=178;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=97;FSRR=81;FWDB=-0.0139794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.139;QD=1.82761;RBI=0.0154409;REFB=-0.000812251;REVB=0.0065574;RO=178;SAF=11;SAR=12;SRF=97;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823791;STB=0.558811;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00800337;OID=.;OPOS=145074975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:201:201:178:178:23:23:0.114428:12:11:97:81:12:11:97:81 chr1 145075683 . C T 338.07 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.016641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.295;QD=28.7723;RBI=0.0216102;REFB=-0.0553853;REVB=0.0137868;RO=18;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00269498;STB=0.501483;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0365533;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:13:16:10:8:13:16:10:8 chr1 145075854 . G C 145.03 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00164577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.289;QD=16.5747;RBI=0.00755972;REFB=-0.0127977;REVB=0.0073784;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167604;STB=0.61137;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0122453;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:17:19:14:16:0.457143:9:5:9:8:10:6:11:8 chr1 145103947 . T C 306.87 PASS AF=0.27673;AO=44;DP=159;FAO=44;FDP=159;FR=.;FRO=115;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=-0.0170384;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.702;QD=7.71994;RBI=0.0445182;REFB=-0.00614888;REVB=0.0411287;RO=110;SAF=26;SAR=18;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562708;STB=0.544482;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0137231;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:110:115:44:44:0.27673:18:26:60:50:18:26:61:54 chr1 145109549 . G T 283.51 PASS AF=0.142222;AO=64;DP=448;FAO=64;FDP=450;FR=.;FRO=386;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=187;FSRR=199;FWDB=-0.0170334;FXX=0.00221725;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.759;QD=2.52006;RBI=0.0170683;REFB=0.00147012;REVB=0.00109056;RO=382;SAF=32;SAR=32;SRF=185;SRR=197;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202393;STB=0.513329;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0105175;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:450:382:386:64:64:0.142222:32:32:185:197:32:32:187:199 chr1 145109583 . C A 1484.41 PASS AF=0.391403;AO=161;DP=440;FAO=173;FDP=442;FR=.;FRO=269;FSAF=79;FSAR=94;FSRF=98;FSRR=171;FWDB=0.00902386;FXX=0.00674142;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4271;QD=13.4336;RBI=0.0445484;REFB=-0.00286102;REVB=0.0436248;RO=264;SAF=71;SAR=90;SRF=97;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834773;STB=0.557176;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00375928;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:440:442:264:269:161:173:0.391403:90:71:97:167:94:79:98:171 chr1 145109661 . G A 299.66 PASS AF=0.165746;AO=59;DP=361;FAO=60;FDP=362;FR=.;FRO=302;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=107;FSRR=195;FWDB=-0.0187676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.455;QD=3.31114;RBI=0.018808;REFB=-0.00302796;REVB=0.00123249;RO=300;SAF=18;SAR=41;SRF=107;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752674;STB=0.551685;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0182977;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:362:300:302:59:60:0.165746:41:18:107:193:42:18:107:195 chr1 145112414 . T C 128.81 PASS AF=0.201923;AO=21;DP=105;FAO=21;FDP=104;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.00593298;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8733;QD=4.95418;RBI=0.0119425;REFB=-0.00847953;REVB=0.0103645;RO=82;SAF=12;SAR=9;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290025;STB=0.523654;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0241438;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:82:83:21:21:0.201923:9:12:45:37:9:12:45:38 chr1 145112420 . C T 147.77 PASS AF=0.226415;AO=22;DP=103;FAO=24;FDP=106;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0159221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1052;QD=5.57618;RBI=0.0244631;REFB=-0.00349554;REVB=-0.0185724;RO=81;SAF=11;SAR=11;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544311;STB=0.505542;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0130707;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:81:82:22:24:0.226415:11:11:44:37:11:13:45:37 chr1 145112428 . C T 128.38 PASS AF=0.201923;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=104;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0508761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.32;QD=4.9377;RBI=0.0538676;REFB=-0.00377133;REVB=-0.0177014;RO=82;SAF=11;SAR=10;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628034;STB=0.543738;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0111414;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:82:83:21:21:0.201923:10:11:47:35:10:11:48:35 chr1 145112485 . C T 106.11 PASS AF=0.18;AO=18;DP=100;FAO=18;FDP=100;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.0561644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9648;QD=4.24432;RBI=0.0612474;REFB=-0.00148008;REVB=-0.0244295;RO=80;SAF=10;SAR=8;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249829;STB=0.524859;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00293442;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:80:82:18:18:0.18:8:10:46:34:8:10:48:34 chr1 145112501 . C T 175.75 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=88;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0299955;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9571;QD=7.98856;RBI=0.0399819;REFB=-0.00651458;REVB=-0.0264352;RO=58;SAF=11;SAR=13;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151335;STB=0.575267;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0131532;OID=.;OPOS=145112501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:64:24:24:0.272727:13:11:34:24:13:11:36:28 chr1 145115810 . A G 1540.01 PASS AF=0.490566;AO=156;DP=318;FAO=156;FDP=318;FR=.;FRO=162;FSAF=72;FSAR=84;FSRF=77;FSRR=85;FWDB=0.00144488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.231;QD=19.3711;RBI=0.00838614;REFB=-0.0191234;REVB=0.00826073;RO=161;SAF=72;SAR=84;SRF=77;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155455;STB=0.507048;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0191521;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:161:162:156:156:0.490566:84:72:77:84:84:72:77:85 chr1 145115820 . T C 308.93 PASS AF=0.184818;AO=56;DP=303;FAO=56;FDP=303;FR=.;FRO=247;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=122;FSRR=125;FWDB=-0.0268756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.003;QD=4.0783;RBI=0.0269075;REFB=-0.00261353;REVB=0.00130972;RO=247;SAF=23;SAR=33;SRF=122;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10832;STB=0.568333;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0284426;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:247:247:56:56:0.184818:33:23:122:125:33:23:122:125 chr1 145116147 . T TA 43.16 PASS AF=0.144737;AO=17;DP=153;FAO=22;FDP=152;FR=.;FRO=130;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=77;FSRR=53;FWDB=0.00451994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.7697;QD=1.13587;RBI=0.0307695;REFB=-0.00351577;REVB=-0.0304357;RO=135;SAF=12;SAR=5;SRF=81;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140399;STB=0.628372;STBP=0.242;TYPE=ins;VARB=0.00744052;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.144737:17:153:22:152:130:16:6:77:53:43:135:12:5:81:54 chr1 145116311 . G T 148.17 PASS AF=0.394737;AO=11;DP=32;FAO=15;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0135634;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.321;QD=15.5967;RBI=0.0187952;REFB=-0.0092046;REVB=0.0130113;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201167;STB=0.752581;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0191732;OID=.;OPOS=145116311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:38:16:22:11:15:0.394737:4:7:7:9:3:12:9:13 chr1 145116319 . G T 95.04 PASS AF=0.387097;AO=10;DP=28;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0100423;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.943;QD=12.2636;RBI=0.0197134;REFB=-0.00407131;REVB=0.0169638;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092771;STB=0.535459;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00355494;OID=.;OPOS=145116319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:28:31:17:19:10:12:0.387097:5:5:10:7:5:7:10:9 chr1 145116327 . G T 235.0 PASS AF=0.777778;AO=20;DP=25;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0110504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.032;QD=34.8149;RBI=0.0234382;REFB=0.00281484;REVB=0.0206697;RO=4;SAF=13;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128158;STB=0.540501;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00125781;OID=.;OPOS=145116327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:27:4:6:20:21:0.777778:7:13:1:3:7:14:3:3 chr1 145273302 . A G 662.85 PASS AF=0.382353;AO=78;DP=204;FAO=78;FDP=204;FR=.;FRO=126;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=30;FSRR=96;FWDB=-0.0123162;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.293;QD=12.997;RBI=0.0315587;REFB=-0.0116431;REVB=-0.0290562;RO=123;SAF=30;SAR=48;SRF=30;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169853;STB=0.599976;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0168469;OID=.;OPOS=145273302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:123:126:78:78:0.382353:48:30:30:93:48:30:30:96 chr1 145273345 . T C 917.78 PASS AF=0.372822;AO=106;DP=286;FAO=107;FDP=287;FR=.;FRO=180;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=40;FSRR=140;FWDB=-0.0100852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.571;QD=12.7914;RBI=0.0145192;REFB=-0.0118866;REVB=0.010445;RO=178;SAF=41;SAR=65;SRF=40;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201477;STB=0.612365;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0142502;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:287:178:180:106:107:0.372822:65:41:40:138:66:41:40:140 chr1 145273431 . A G 345.11 PASS AF=0.219124;AO=55;DP=251;FAO=55;FDP=251;FR=.;FRO=196;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=59;FSRR=137;FWDB=-0.0799477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3415;QD=5.49969;RBI=0.0890204;REFB=-0.00785287;REVB=-0.0391534;RO=195;SAF=11;SAR=44;SRF=59;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174932;STB=0.607333;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0264916;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:195:196:55:55:0.219124:44:11:59:136:44:11:59:137 chr1 145277376 . A G 32.92 PASS AF=0.08;AO=10;DP=125;FAO=10;FDP=125;FR=.;FRO=115;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=0.00845448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.276;QD=1.05344;RBI=0.00859278;REFB=-0.00161897;REVB=-0.00153547;RO=114;SAF=7;SAR=3;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225399;STB=0.68944;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0185574;OID=.;OPOS=145277376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:125:125:114:115:10:10:0.08:3:7:57:57:3:7:57:58 chr1 145277384 . T C 33.17 PASS AF=0.0806452;AO=10;DP=124;FAO=10;FDP=124;FR=.;FRO=114;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.029406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.225;QD=1.07015;RBI=0.0303406;REFB=-0.00159755;REVB=0.00747264;RO=114;SAF=7;SAR=3;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243148;STB=0.6996;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0624662;OID=.;OPOS=145277384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:124:124:114:114:10:10:0.0806452:3:7:55:59:3:7:55:59 chr1 145277398 . A G 48.76 PASS AF=0.105263;AO=12;DP=114;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=0.00847205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.996;QD=1.71105;RBI=0.0128719;REFB=-0.000409735;REVB=-0.00969078;RO=102;SAF=9;SAR=3;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323648;STB=0.742954;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00243982;OID=.;OPOS=145277398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:114:114:102:102:12:12:0.105263:3:9:49:53:3:9:49:53 chr1 145277402 . A G 69.93 PASS AF=0.132743;AO=13;DP=103;FAO=15;FDP=113;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=-0.0337362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.18;QD=2.47557;RBI=0.0407887;REFB=-0.00997346;REVB=-0.0229257;RO=89;SAF=10;SAR=3;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422889;STB=0.790973;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0302294;OID=.;OPOS=145277402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:103:113:89:98:13:15:0.132743:3:10:37:52:3:12:46:52 chr1 145277411 . G A 91.05 PASS AF=0.160377;AO=17;DP=106;FAO=17;FDP=106;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0076096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.866;QD=3.43589;RBI=0.0139399;REFB=0.00187688;REVB=-0.0116797;RO=87;SAF=14;SAR=3;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457782;STB=0.811911;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0118164;OID=.;OPOS=145277411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:106:106:87:89:17:17:0.160377:3:14:41:46:3:14:41:48 chr1 145277430 . T C 200.81 PASS AF=0.25641;AO=30;DP=117;FAO=30;FDP=117;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.0179698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.226;QD=6.8653;RBI=0.0248628;REFB=-0.00462081;REVB=0.0171827;RO=87;SAF=27;SAR=3;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.626216;STB=0.881428;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.024473;OID=.;OPOS=145277430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:87:87:30:30:0.25641:3:27:37:50:3:27:37:50 chr1 145277457 . A G 220.42 PASS AF=0.264463;AO=33;DP=120;FAO=32;FDP=121;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.0108076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.43;QD=7.28646;RBI=0.0907929;REFB=-0.0044068;REVB=-0.0901474;RO=87;SAF=29;SAR=4;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.591184;STB=0.88931;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.018594;OID=.;OPOS=145277457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:87:89:33:32:0.264463:4:29:37:50:3:29:37:52 chr1 145277469 . G A 223.11 PASS AF=0.260163;AO=32;DP=123;FAO=32;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=90;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=-0.0274743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.464;QD=7.2555;RBI=0.0525927;REFB=-0.0192699;REVB=-0.0448459;RO=63;SAF=29;SAR=3;SRF=16;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.719382;STB=0.891068;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0455664;OID=.;OPOS=145277469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:90:32:32:0.260163:3:29:16:47:3:29:37:53 chr1 145277481 . A G 182.07 PASS AF=0.223077;AO=29;DP=130;FAO=29;FDP=130;FR=.;FRO=101;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=65;FWDB=-0.0137161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.926;QD=5.60205;RBI=0.0631897;REFB=-0.00798244;REVB=-0.0616831;RO=100;SAF=26;SAR=3;SRF=36;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659847;STB=0.904542;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0443059;OID=.;OPOS=145277481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:100:101:29:29:0.223077:3:26:36:64:3:26:36:65 chr1 145281408 . C T 357.11 PASS AF=0.216912;AO=58;DP=271;FAO=59;FDP=272;FR=.;FRO=213;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=131;FSRR=82;FWDB=-0.0147565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.531;QD=5.25156;RBI=0.0147565;REFB=-0.00819044;REVB=-1.87544e-05;RO=213;SAF=28;SAR=30;SRF=131;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169629;STB=0.59639;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0357564;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:272:213:213:58:59:0.216912:30:28:131:82:30:29:131:82 chr1 145281543 . C T 368.42 PASS AF=0.26;AO=52;DP=199;FAO=52;FDP=200;FR=.;FRO=148;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=86;FWDB=-0.0135646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.234;QD=7.36831;RBI=0.0264413;REFB=-0.0134012;REVB=-0.0226968;RO=145;SAF=24;SAR=28;SRF=60;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599419;STB=0.53187;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0365865;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:145:148:52:52:0.26:28:24:60:85:28:24:62:86 chr1 145281656 . A T 100.79 PASS AF=0.14;AO=21;DP=150;FAO=21;FDP=150;FR=.;FRO=129;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=80;FSRR=49;FWDB=-0.028928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7688;QD=2.68762;RBI=0.036889;REFB=-0.00901199;REVB=-0.0228904;RO=128;SAF=4;SAR=17;SRF=80;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520452;STB=0.843671;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0274172;OID=.;OPOS=145281656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:128:129:21:21:0.14:17:4:80:48:17:4:80:49 chr1 145290409 . G A 61.46 PASS AF=0.101266;AO=15;DP=159;FAO=16;FDP=158;FR=.;FRO=142;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=73;FSRR=69;FWDB=-0.0107588;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.885;QD=1.55601;RBI=0.0107615;REFB=-0.000873636;REVB=0.000241315;RO=135;SAF=6;SAR=9;SRF=67;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115303;STB=0.568635;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00655523;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:159:158:135:142:15:16:0.101266:9:6:67:68:9:7:73:69 chr1 145290498 . T G 64.8 PASS AF=0.138298;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=94;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.0182026;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.137;QD=2.75734;RBI=0.0184614;REFB=-0.00497816;REVB=0.00308049;RO=81;SAF=5;SAR=8;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913219;STB=0.563659;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0395841;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:95:94:81:81:13:13:0.138298:8:5:37:44:8:5:37:44 chr1 145293425 . C A 52.51 PASS AF=0.0754717;AO=20;DP=264;FAO=20;FDP=265;FR=.;FRO=245;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=166;FSRR=79;FWDB=-5.5557e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.1;QD=0.792616;RBI=0.0109224;REFB=0.00139732;REVB=-0.0109223;RO=240;SAF=10;SAR=10;SRF=162;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206309;STB=0.664004;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0202131;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:264:265:240:245:20:20:0.0754717:10:10:162:78:10:10:166:79 chr1 145293428 . G C 211.35 PASS AF=0.161049;AO=43;DP=269;FAO=43;FDP=267;FR=.;FRO=224;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=150;FSRR=74;FWDB=-0.0170428;FXX=0.00743467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4594;QD=3.16634;RBI=0.0213065;REFB=0.00546985;REVB=0.0127872;RO=224;SAF=26;SAR=17;SRF=150;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905609;STB=0.558391;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0238038;OID=.;OPOS=145293428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:267:224:224:43:43:0.161049:17:26:150:74:17:26:150:74 chr1 145293490 . G C 132.72 PASS AF=0.0860034;AO=51;DP=594;FAO=51;FDP=593;FR=.;FRO=542;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=302;FSRR=240;FWDB=-0.0255216;FXX=0.00168347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5566;QD=0.895248;RBI=0.0283503;REFB=-0.0013598;REVB=-0.0123446;RO=528;SAF=31;SAR=20;SRF=297;SRR=231;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553499;STB=0.547536;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0234711;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:594:593:528:542:51:51:0.0860034:20:31:297:231:20:31:302:240 chr1 145293498 . G C 97.85 PASS AF=0.0740103;AO=42;DP=587;FAO=43;FDP=581;FR=.;FRO=538;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=301;FSRR=237;FWDB=-0.0175365;FXX=0.0102213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1664;QD=0.673669;RBI=0.0175433;REFB=-0.00107194;REVB=0.00048672;RO=525;SAF=25;SAR=17;SRF=295;SRR=230;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038623;STB=0.520696;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0160377;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:587:581:525:538:42:43:0.0740103:17:25:295:230:18:25:301:237 chr1 145293510 . C G 129.2 PASS AF=0.0846287;AO=49;DP=580;FAO=49;FDP=579;FR=.;FRO=530;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=298;FSRR=232;FWDB=-0.0345251;FXX=0.00172411;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1045;QD=0.89254;RBI=0.0346555;REFB=-0.00322413;REVB=-0.00300358;RO=526;SAF=29;SAR=20;SRF=296;SRR=230;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350973;STB=0.527718;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.044048;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:580:579:526:530:49:49:0.0846287:20:29:296:230:20:29:298:232 chr1 145293515 . A G 283.43 PASS AF=0.127013;AO=71;DP=559;FAO=71;FDP=559;FR=.;FRO=488;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=265;FSRR=223;FWDB=-0.00812371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.538;QD=2.02812;RBI=0.0191037;REFB=-0.00545299;REVB=-0.0172904;RO=484;SAF=50;SAR=21;SRF=263;SRR=221;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214359;STB=0.648376;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.040101;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:559:559:484:488:71:71:0.127013:21:50:263:221:21:50:265:223 chr1 145293566 . G A 703.32 PASS AF=0.258228;AO=102;DP=395;FAO=102;FDP=395;FR=.;FRO=293;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=166;FSRR=127;FWDB=-0.0121741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.257;QD=7.12221;RBI=0.0151304;REFB=-0.00371172;REVB=0.00898447;RO=292;SAF=55;SAR=47;SRF=166;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370474;STB=0.520465;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0102942;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:395:292:293:102:102:0.258228:47:55:166:126:47:55:166:127 chr1 145296372 . A G 340.79 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0441392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.26;QD=15.6684;RBI=0.0454378;REFB=-0.0190367;REVB=-0.0107854;RO=49;SAF=18;SAR=19;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651646;STB=0.542161;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.023356;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:50:37:37:0.425287:19:18:27:22:19:18:28:22 chr1 145296478 . G T 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.168;QD=51.1751;RBI=0.0845483;REFB=0;REVB=-0.0168281;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684621;OID=.;OPOS=145296478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr1 145311083 . A C 611.33 PASS AF=0.371134;AO=65;DP=187;FAO=72;FDP=194;FR=.;FRO=122;FSAF=56;FSAR=16;FSRF=100;FSRR=22;FWDB=0.00777817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.3;QD=12.6048;RBI=0.0158767;REFB=-0.0169067;REVB=0.0138408;RO=120;SAF=55;SAR=10;SRF=100;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272936;STB=0.539782;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0245125;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:194:120:122:65:72:0.371134:10:55:100:20:16:56:100:22 chr1 145311110 . G C 247.91 PASS AF=0.218579;AO=40;DP=184;FAO=40;FDP=183;FR=.;FRO=143;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=116;FSRR=27;FWDB=0.00659665;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6738;QD=5.41869;RBI=0.0254349;REFB=-0.0215208;REVB=0.0245646;RO=137;SAF=29;SAR=11;SRF=110;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135126;STB=0.591357;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0438159;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:137:143:40:40:0.218579:11:29:110:27:11:29:116:27 chr1 145311828 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00053596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.575;QD=44.6895;RBI=0.0289781;REFB=0;REVB=0.0289731;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489427;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr1 145368461 . A C 186.66 PASS AF=0.209459;AO=29;DP=146;FAO=31;FDP=148;FR=.;FRO=117;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=52;FWDB=-0.00992576;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.95;QD=5.04484;RBI=0.0133712;REFB=-0.0108416;REVB=-0.0089592;RO=117;SAF=15;SAR=14;SRF=65;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490743;STB=0.556486;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0407448;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:117:117:29:31:0.209459:14:15:65:52:16:15:65:52 chr1 145368518 . C T 54.01 PASS AF=0.0867347;AO=17;DP=195;FAO=17;FDP=196;FR=.;FRO=179;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=111;FWDB=-0.0522435;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9126;QD=1.10229;RBI=0.061199;REFB=-0.00222692;REVB=-0.0318737;RO=173;SAF=12;SAR=5;SRF=65;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372462;STB=0.776493;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.018943;OID=.;OPOS=145368518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:195:196:173:179:17:17:0.0867347:5:12:65:108:5:12:68:111 chr1 145379324 . C A 41.2 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0692534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.048;QD=3.83236;RBI=0.0692583;REFB=-0.00201009;REVB=0.000821307;RO=36;SAF=4;SAR=3;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15907;STB=0.608106;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00729424;OID=.;OPOS=145379324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:3:4:25:11:3:4:25:11 chr1 145379371 . TCACCATTA T 50.0 PASS AO=33;DP=211;LEN=8;RO=178;SAF=20;SAR=21;SRF=89;SRR=81;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=145379372;OREF=CACCATTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:211:178:33:21:20:89:81 chr1 145395604 . T C 189.41 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=-0.0369093;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.128;QD=10.6709;RBI=0.0410626;REFB=-0.00805116;REVB=0.0179955;RO=45;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416132;STB=0.732575;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0157184;OID=.;OPOS=145395604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:45:47:24:24:0.338028:10:14:9:36:10:14:10:37 chr1 145397942 . A T 147.26 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00922337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.779;QD=21.0365;RBI=0.0365715;REFB=-0.0297371;REVB=-0.0353893;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113156;STB=0.536535;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0296405;OID=.;OPOS=145397942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:10:12:15:15:0.535714:11:4:4:6:11:4:4:8 chr1 145397947 . A G 151.13 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0242129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7841;QD=20.1509;RBI=0.0298351;REFB=0.00545654;REVB=0.0174318;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382512;STB=0.521711;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00584041;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:12:4:4:10:12:4:4:10 chr1 145399229 . C T 112.2 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0338072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.489;QD=16.6215;RBI=0.03736;REFB=-0.0255713;REVB=0.0159011;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677773;STB=0.55483;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0468605;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:6:7:8:5:6:7:9:5 chr1 145442254 . G C 303.53 PASS AF=0.542373;AO=25;DP=53;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0765814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.477;QD=20.5785;RBI=0.0774367;REFB=-0.0171897;REVB=0.0114777;RO=27;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10966;STB=0.535017;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0586093;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:59:27:27:25:32:0.542373:19:6:9:18:19:13:9:18 chr1 145532549 . T C 881.68 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0106081;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.203;QD=55.1049;RBI=0.0126449;REFB=-0.0631075;REVB=-0.00688199;RO=1;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125907;STB=0.513154;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000155058;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:64:1:2:62:62:0.96875:37:25:0:1:37:25:0:2 chr1 145562087 . G A 60.15 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00441426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1631;QD=17.1865;RBI=0.0140194;REFB=0.0139164;REVB=0.0133063;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21129;STB=0.624664;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0422926;OID=.;OPOS=145562087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:3:3:6:2:3:3 chr1 145562293 . G C 97.93 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00210491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0662;QD=13.5081;RBI=0.0152476;REFB=-0.0123815;REVB=-0.0151017;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162153;STB=0.549915;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0192542;OID=.;OPOS=145562293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:17:17:11:12:0.413793:3:8:10:7:4:8:10:7 chr1 145562881 . T C 284.66 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0123285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5304;QD=15.1819;RBI=0.0187053;REFB=-0.0111335;REVB=0.0140675;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831353;STB=0.538438;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00967705;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:18:14:15:27:18:14:16:27 chr1 145586309 . C T 1677.38 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.854;QD=60.4461;RBI=0.0349483;REFB=0;REVB=0.0341683;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91064e-05;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:49:61:0:0:50:61:0:0 chr1 145586403 . G T 2331.58 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386832;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.41;QD=63.8789;RBI=0.0264652;REFB=0;REVB=0.0261809;RO=0;SAF=64;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515586;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:146:0:0:142:146:1:78:64:0:0:80:66:0:0 chr1 146057292 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.872;QD=62.4654;RBI=0.00423314;REFB=0;REVB=0.0026611;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69194e-06;OID=.;OPOS=146057292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:32:53:0:0:32:55:0:0 chr1 146246193 . G A 147.95 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0429673;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.218;QD=7.58726;RBI=0.0433542;REFB=0.00580575;REVB=-0.00577933;RO=56;SAF=5;SAR=16;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150383;STB=0.6014;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0223363;OID=.;OPOS=146246193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:57:21:21:0.269231:16:5:19:37:16:5:20:37 chr1 146395447 . A G 72.97 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00166333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.594;QD=3.99855;RBI=0.0106817;REFB=-0.0095737;REVB=-0.0105514;RO=59;SAF=9;SAR=4;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1339;STB=0.597098;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0380152;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:72:73:59:60:13:13:0.178082:4:9:35:24:4:9:35:25 chr1 146408086 . A G 295.51 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0266334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6379;QD=17.9095;RBI=0.0727494;REFB=-0.00310363;REVB=0.0676989;RO=34;SAF=20;SAR=11;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950873;STB=0.546408;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00542219;OID=.;OPOS=146408086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:34:31:32:0.484848:11:20:25:9:11:21:25:9 chr1 146494502 . C G 118.54 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0395012;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.41;QD=12.1582;RBI=0.0396497;REFB=0.00200433;REVB=0.00342783;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196687;STB=0.615228;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00137845;OID=.;OPOS=146494502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:17:8:7:7:17:8 chr1 146494510 . T C 613.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.163;QD=61.3259;RBI=0.0948012;REFB=0;REVB=0.0928451;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055287;OID=.;OPOS=146494510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr1 146626922 . T C 112.8 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0742306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.938;QD=17.3535;RBI=0.0744361;REFB=0.0263879;REVB=-0.00552729;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170674;STB=0.576354;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0310858;OID=.;OPOS=146626922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:6:7:4:8:6:7:5:8 chr1 146650058 . T C 234.79 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0475497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.091;QD=18.7835;RBI=0.0480138;REFB=-0.0118411;REVB=0.00665986;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109826;STB=0.562444;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0160674;OID=.;OPOS=146650058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:16:7:11:16:16:7:11:16 chr1 146672906 . C T 1053.99 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159574;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.621;QD=60.2279;RBI=0.0236306;REFB=0;REVB=-0.0174289;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006503;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr1 146714392 . G C 226.01 PASS AF=0.448276;AO=24;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00240963;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.358;QD=15.587;RBI=0.010191;REFB=-0.0104801;REVB=0.00990207;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130998;STB=0.598854;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0143941;OID=.;OPOS=146714392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:32:24:26:0.448276:14:10:18:15:16:10:18:14 chr1 146728162 . T TA 514.98 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.0466;QD=44.7809;RBI=0.0627703;REFB=0;REVB=-0.0541051;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00225536;OID=.;OPOS=146728163;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:46:46:46:0:25:21:0:0:10:0:25:21:0:0 chr1 146751782 . A C 1207.41 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.126;QD=61.1345;RBI=0.0603465;REFB=0;REVB=0.0563736;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53926e-05;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:35:43:0:0:36:43:0:0 chr1 146767149 . G T 1160.98 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.497;QD=60.3104;RBI=0.0300641;REFB=0;REVB=0.0257834;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141563;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:43:32:0:0:45:32:0:0 chr1 147119273 . G A 272.94 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0110916;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.568;QD=23.7338;RBI=0.0251218;REFB=-0.00722874;REVB=-0.0225407;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145316;STB=0.589405;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00667221;OID=.;OPOS=147119273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:21:25:25:0.543478:12:13:14:6:12:13:15:6 chr1 147121977 . C T 1474.13 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309773;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6665;QD=63.4033;RBI=0.0353669;REFB=0;REVB=0.0170653;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130313;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr1 147124310 . T G 1264.28 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3199;QD=61.6723;RBI=0.027238;REFB=0;REVB=0.0109938;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154105;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:46:35:0:0:46:36:0:0 chr1 147229299 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.292;QD=43.4856;RBI=0.0450663;REFB=0;REVB=-0.0447799;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00200517;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr1 147735828 . C T 563.41 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0527171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5418;QD=57.7861;RBI=0.0590372;REFB=0.0782837;REVB=-0.0265762;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302093;STB=0.51612;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00449505;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:1:0:23:15:1:0 chr1 147781062 . A G 192.21 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0570544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.342;QD=9.85717;RBI=0.0573717;REFB=-0.0173845;REVB=0.00602504;RO=53;SAF=5;SAR=20;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21114;STB=0.625739;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0389041;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:53:25:25:0.320513:20:5:18:35:20:5:18:35 chr1 147806874 . G C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.000561509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.712;QD=19.1095;RBI=0.0117528;REFB=-0.027276;REVB=-0.0117393;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175275;STB=0.509797;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0279122;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:12:14:14:13:12:14 chr1 147806880 . T C 800.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6875;QD=64.0085;RBI=0.0691942;REFB=0;REVB=0.0669212;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512487;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr1 147825732 . C G 290.65 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.019043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.913;QD=19.3769;RBI=0.0234916;REFB=-0.0222511;REVB=0.0137556;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10892;STB=0.567525;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0199689;OID=.;OPOS=147825732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:29:30:31:0.516667:16:14:10:19:16:15:10:19 chr1 147825763 . G A 193.2 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0137516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.007;QD=16.4425;RBI=0.0137686;REFB=-0.00286231;REVB=0.000683721;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323801;STB=0.683065;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00382076;OID=.;OPOS=147825763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:6:21:9:11:6:21 chr1 147825765 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0614759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1853;QD=17.3254;RBI=0.0617349;REFB=0.00332162;REVB=-0.00564907;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373709;STB=0.709497;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00846778;OID=.;OPOS=147825765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:4:21:9:11:4:21 chr1 147994268 . T C 102.85 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0288877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1023;QD=6.04977;RBI=0.0379873;REFB=-0.00369704;REVB=0.0246685;RO=52;SAF=6;SAR=10;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616966;STB=0.538413;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0160331;OID=.;OPOS=147994268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:10:6:22:30:10:6:22:30 chr1 148000824 . T C 293.06 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0170625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.867;QD=16.7463;RBI=0.0171371;REFB=-0.0198601;REVB=-0.0015973;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808598;STB=0.55955;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0211628;OID=.;OPOS=148000824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:37:32:33:0.471429:15:17:17:21:15:18:16:21 chr1 148000850 . A G 166.31 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00741796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.6747;QD=9.92922;RBI=0.0695011;REFB=0.0297601;REVB=0.0691041;RO=44;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33278;STB=0.700755;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.057219;OID=.;OPOS=148000850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:44:45:22:22:0.328358:7:15:17:27:7:15:17:28 chr1 148009510 . G A 90.09 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0149847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.46;QD=7.66724;RBI=0.0242259;REFB=-0.00205805;REVB=-0.0190356;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213106;STB=0.616837;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00719469;OID=.;OPOS=148009510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:34:35:12:12:0.255319:6:6:11:23:6:6:12:23 chr1 148009517 . C A 49.56 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0238688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.341;QD=4.30919;RBI=0.0328966;REFB=-0.00415355;REVB=-0.0226377;RO=38;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451113;STB=0.817278;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0173474;OID=.;OPOS=148009517;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:7:1:17:21:7:1:17:21 chr1 148016393 . A C 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.11495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1345;QD=10.3899;RBI=0.118824;REFB=0.0124571;REVB=0.0300936;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184599;STB=0.613693;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.026101;OID=.;OPOS=148016393;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:6:5:2:5:6:5 chr1 148342488 . T C 174.92 PASS AF=0.189349;AO=31;DP=170;FAO=32;FDP=169;FR=.;FRO=137;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=77;FSRR=60;FWDB=-0.00455788;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.662;QD=4.14018;RBI=0.00470059;REFB=-0.00721565;REVB=-0.00114946;RO=136;SAF=15;SAR=16;SRF=77;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105413;STB=0.550265;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0365077;OID=.;OPOS=148342488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:136:137:31:32:0.189349:16:15:77:59:16:16:77:60 chr1 149155848 . C T 327.19 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00939644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9038;QD=17.6862;RBI=0.00942931;REFB=-0.00160886;REVB=-0.000786651;RO=39;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183807;STB=0.602916;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00235817;OID=.;OPOS=149155848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:13:22:17:22:13:22:17:22 chr1 149211962 . T C 81.18 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0153018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.42;QD=4.21718;RBI=0.0164472;REFB=-0.0112103;REVB=-0.00603033;RO=62;SAF=2;SAR=12;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509854;STB=0.832829;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0435504;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:76:77:62:63:14:14:0.181818:12:2:33:29:12:2:33:30 chr1 149211967 . G A 80.03 PASS AF=0.181818;AO=13;DP=77;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0192591;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.163;QD=4.1576;RBI=0.0195735;REFB=-0.00558181;REVB=0.00349421;RO=62;SAF=2;SAR=11;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490041;STB=0.832829;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0218739;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:77:77:62:63:13:14:0.181818:11:2:33:29:12:2:33:30 chr1 149211975 . C A 111.94 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.00685631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4205;QD=5.26767;RBI=0.0153082;REFB=-0.004634;REVB=-0.0136869;RO=67;SAF=4;SAR=14;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375395;STB=0.73861;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0181512;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:67:67:18:18:0.211765:14:4:34:33:14:4:34:33 chr1 149211992 . G A 232.2 PASS AF=0.301887;AO=31;DP=105;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0332016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.901;QD=8.76241;RBI=0.0358109;REFB=0.00384602;REVB=0.013419;RO=73;SAF=11;SAR=20;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153076;STB=0.594036;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00874846;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:73:74:31:32:0.301887:20:11:35:38:21:11:35:39 chr1 149211998 . T G 260.55 PASS AF=0.3125;AO=35;DP=112;FAO=35;FDP=112;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0371894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.74;QD=9.30543;RBI=0.0457255;REFB=-0.0196027;REVB=-0.0266039;RO=73;SAF=13;SAR=22;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971606;STB=0.568226;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0331099;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:73:77:35:35:0.3125:22:13:33:40:22:13:36:41 chr1 149215180 . T C 260.67 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0311692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.252;QD=24.8253;RBI=0.0314106;REFB=-0.0445826;REVB=0.00388713;RO=18;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749028;STB=0.541632;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0310273;OID=.;OPOS=149215180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:11:13:8:10:11:13:8:10 chr1 149224148 . G A 217.79 PASS AF=0.234043;AO=33;DP=141;FAO=33;FDP=141;FR=.;FRO=108;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=0.0101463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.031;QD=6.1783;RBI=0.0139371;REFB=0.000131974;REVB=-0.00955475;RO=108;SAF=21;SAR=12;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250899;STB=0.652527;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.000438795;OID=.;OPOS=149224148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:108:108:33:33:0.234043:12:21:47:61:12:21:47:61 chr1 149224185 . C A 341.57 PASS AF=0.347107;AO=37;DP=122;FAO=42;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.0291345;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.798;QD=11.2917;RBI=0.0307291;REFB=0.00268805;REVB=-0.00977021;RO=62;SAF=10;SAR=27;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303629;STB=0.717843;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00597774;OID=.;OPOS=149224185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:62:76:37:42:0.347107:27:10:33:29:31:11:45:31 chr1 149286469 . C G 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0434472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.807;QD=12.9144;RBI=0.0455915;REFB=0.0021298;REVB=0.0138176;RO=36;SAF=1;SAR=23;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463252;STB=0.798873;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00290747;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:24:24:0.393443:23:1:7:29:23:1:8:29 chr1 149287392 . T G 1251.21 PASS AF=0.694805;AO=107;DP=155;FAO=107;FDP=154;FR=.;FRO=47;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0148536;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.478;QD=32.499;RBI=0.015686;REFB=-0.0149048;REVB=0.00504193;RO=47;SAF=46;SAR=61;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118743;STB=0.563704;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00730476;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:47:47:107:107:0.694805:61:46:30:17:61:46:30:17 chr1 149294658 . G A 483.55 PASS AF=0.597403;AO=42;DP=73;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0158336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.775;QD=25.1192;RBI=0.0161145;REFB=-0.0044484;REVB=0.00299559;RO=29;SAF=20;SAR=22;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208786;STB=0.501991;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00283051;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:29:31:42:46:0.597403:22:20:13:16:25:21:14:17 chr1 149294693 . G C 505.2 PASS AF=0.594937;AO=46;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0133369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.346;QD=25.5796;RBI=0.0192033;REFB=-0.0136149;REVB=-0.0138164;RO=31;SAF=21;SAR=25;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202478;STB=0.512953;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00612092;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:32:46:47:0.594937:25:21:15:16:25:22:16:16 chr1 149298603 . G A 109.5 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0189136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.755;QD=8.11086;RBI=0.0257026;REFB=-0.0115415;REVB=-0.0174039;RO=38;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18368;STB=0.597866;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0282367;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:38:39:15:15:0.277778:8:7:12:26:8:7:13:26 chr1 149334339 . G C 1143.79 PASS AF=0.497817;AO=113;DP=230;FAO=114;FDP=229;FR=.;FRO=115;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=0.0132276;FXX=0.00865763;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.706;QD=19.9788;RBI=0.01348;REFB=-0.00841041;REVB=0.00259602;RO=115;SAF=49;SAR=64;SRF=47;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233848;STB=0.510855;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00865939;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:115:115:113:114:0.497817:64:49:47:68:65:49:47:68 chr1 149334350 . G A 289.1 PASS AF=0.196154;AO=49;DP=258;FAO=51;FDP=260;FR=.;FRO=209;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=78;FSRR=131;FWDB=-0.00704273;FXX=0.00383127;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.772;QD=4.44769;RBI=0.0114623;REFB=-0.00303664;REVB=-0.00904349;RO=206;SAF=9;SAR=40;SRF=77;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300981;STB=0.654225;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0148264;OID=.;OPOS=149334350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:260:206:209:49:51:0.196154:40:9:77:129:40:11:78:131 chr1 149398890 . G T 75.81 PASS AF=0.428571;AO=7;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0711433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.182;QD=14.4404;RBI=0.0780423;REFB=-0.0135915;REVB=0.0320818;RO=11;SAF=0;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.715058;STB=0.533262;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0204709;OID=.;OPOS=149398890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:21:21:11:11:7:9:0.428571:7:0:2:9:7:2:2:9 chr1 149664423 . A G 521.67 PASS AF=0.409722;AO=56;DP=141;FAO=59;FDP=144;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.027388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.219;QD=14.4907;RBI=0.0335926;REFB=-0.00163139;REVB=-0.0194514;RO=83;SAF=28;SAR=28;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121501;STB=0.587339;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00340387;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:83:85:56:59:0.409722:28:28:32:51:28:31:32:53 chr1 149676264 . T C 49.81 PASS AF=0.114286;AO=11;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0135142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0206;QD=1.89754;RBI=0.0135554;REFB=-0.000107442;REVB=0.00105698;RO=93;SAF=4;SAR=7;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947428;STB=0.599829;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00603566;OID=.;OPOS=149676264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:105:105:93:93:11:12:0.114286:7:4:41:52:8:4:41:52 chr1 149676401 . A G 194.07 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0316661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.605;QD=16.8759;RBI=0.0452324;REFB=-0.0152629;REVB=-0.0322991;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115914;STB=0.566446;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0173651;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:13:7:12:14:13:7:12:14 chr1 149680227 . A G 765.24 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0360978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.825;QD=51.8806;RBI=0.0363283;REFB=-0.0761057;REVB=-0.00408614;RO=3;SAF=30;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126145;STB=0.506697;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.000508856;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:26:30:2:1:26:30:2:1 chr1 149684119 . TA T,TT 772.08 PASS AF=0.979592,0.0204082;AO=46,3;DP=49;FAO=48,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00880826,-0.008367;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=221.138,198.954;QD=63.0268;RBI=0.0172344,0.0169611;REFB=0,0;REVB=-0.0148135,-0.0147537;RO=0;SAF=22,0;SAR=24,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000731169,0.0138441;OID=.,.;OPOS=149684120,149684120;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.979592,0.0204082:46,3:49:48,1:49:0:22,0:26,1:0:0:5:0:22,0:24,3:0:0 chr1 149684166 . G A 113.62 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0321808;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9015;QD=7.97302;RBI=0.0814724;REFB=-0.01013;REVB=-0.0748475;RO=41;SAF=4;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32874;STB=0.700671;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0208994;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:41:41:16:16:0.280702:12:4:21:20:12:4:21:20 chr1 149684169 . G A 122.46 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0139596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.957;QD=8.4456;RBI=0.0178481;REFB=-0.0141923;REVB=-0.0111213;RO=40;SAF=4;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359352;STB=0.710897;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0269022;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:40:41:17:17:0.293103:13:4:21:19:13:4:21:20 chr1 149684171 . A T 122.34 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0152381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.976;QD=8.43695;RBI=0.0331315;REFB=-0.027316;REVB=0.0294193;RO=41;SAF=4;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347875;STB=0.710897;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0242287;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:13:4:21:20:13:4:21:20 chr1 149711815 . G A 57.94 PASS AF=0.116667;AO=14;DP=121;FAO=14;FDP=120;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=42;FWDB=-0.000155765;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.856;QD=1.93128;RBI=0.00749063;REFB=0.002106;REVB=-0.00748901;RO=100;SAF=6;SAR=8;SRF=61;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22102;STB=0.650958;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0345536;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:121:120:100:106:14:14:0.116667:8:6:61:39:8:6:64:42 chr1 149711845 . C A 55.1 PASS AF=0.111111;AO=12;DP=117;FAO=13;FDP=117;FR=.;FRO=104;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=-0.0163128;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5202;QD=1.88365;RBI=0.0223588;REFB=-0.00764556;REVB=0.0152907;RO=104;SAF=5;SAR=7;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189059;STB=0.66642;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0480455;OID=.;OPOS=149711845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:117:117:104:104:12:13:0.111111:7:5:60:44:8:5:60:44 chr1 149719835 . T C 89.64 PASS AF=0.152542;AO=18;DP=118;FAO=18;FDP=118;FR=.;FRO=100;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=0.000311263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.212;QD=3.03879;RBI=0.0318632;REFB=-0.00518418;REVB=-0.0318616;RO=100;SAF=14;SAR=4;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403849;STB=0.771558;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0252996;OID=.;OPOS=149719835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:118:118:100:100:18:18:0.152542:4:14:46:54:4:14:46:54 chr1 149914683 . G A 115.15 PASS AF=1;AO=7;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.6894;QD=41.8724;RBI=0.182693;REFB=0;REVB=0.159439;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0204132;OID=.;OPOS=149914683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:1:0:7:11:1:3:4:0:1:4:7:0:0 chr1 150128261 . TA TAA,T 32.46 PASS AF=0,0.32;AO=3,4;DP=20;FAO=0,8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=0,6;FSAR=0,2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.125511,0.117641;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.6906,15.2849;QD=5.19326;RBI=0.127372,0.120268;REFB=-0.018052,0.0221671;REVB=0.0216968,-0.0249996;RO=13;SAF=3,1;SAR=0,3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0.32;SSEP=0,0;SSSB=0.620235,-0.327008;STB=0.5,0.627564;STBP=1,0.454;TYPE=ins,del;VARB=0.0145217,0.0331799;OID=.,.;OPOS=150128262,150128262;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=TAA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.32:3,4:20:0,8:25:17:0,6:0,2:10:7:32:13:3,1:0,3:7:6 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCATCCTCCTCT,CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 480.38 PASS AF=0.0588235,0.411765,0.529412;AO=4,13,16;DP=34;FAO=2,14,18;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1,16;FSAR=1,13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.079605,0.0125471,0.0398601;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=4,6,1;MLLD=142.605,103.662,52.0695;QD=56.5149;RBI=0.0796915,0.0128452,0.0711342;REFB=0,0,0;REVB=-0.00371205,-0.00275126,0.0589173;RO=0;SAF=1,2,14;SAR=3,11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0372588,0.00755272,0.0207678;OID=.,.,.;OPOS=150199042,150199040,150199051;OREF=CTCT,TCCTCT,T;OALT=ATCC,-,C;OMAPALT=CTCATCCTCCTCT,CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0588235,0.411765,0.529412:4,13,16:34:2,14,18:34:0:1,1,16:1,13,2:0:0:51:0:1,2,14:3,11,2:0:0 chr1 150199123 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.452;QD=40.7629;RBI=0.0582153;REFB=0;REVB=0.0338649;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000439439;OID=.;OPOS=150199123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr1 150259355 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00776289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.484;QD=19.5232;RBI=0.0178135;REFB=-0.031859;REVB=0.0160331;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460702;STB=0.526277;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0259619;OID=.;OPOS=150259355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:4:8:10:4:4:8 chr1 150278741 . G GTC 105.75 PASS AF=0.6;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00181604;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.808;QD=21.1509;RBI=0.0268455;REFB=-0.0143893;REVB=0.026784;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362939;STB=0.677144;STBP=0.074;TYPE=ins;VARB=0.00534569;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:11:20:12:20:8:5:7:7:1:56:8:4:7:7:1 chr1 150526044 . G C 93.35 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0202022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9945;QD=10.3727;RBI=0.059678;REFB=-0.00284579;REVB=-0.0561546;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256455;STB=0.64127;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00716138;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:36:23:24:12:12:0.333333:8:4:13:10:8:4:13:11 chr1 150530554 . C T 442.37 PASS AF=0.567568;AO=39;DP=75;FAO=42;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0163719;FXX=0.0133316;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.752;QD=23.912;RBI=0.0397774;REFB=-0.00908823;REVB=-0.036252;RO=21;SAF=12;SAR=27;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120172;STB=0.60947;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00874913;OID=.;OPOS=150530554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:21:31:39:42:0.567568:27:12:10:11:28:14:18:13 chr1 150531008 . T C 650.41 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8375;QD=60.503;RBI=0.0469059;REFB=0;REVB=0.0436197;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747857;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:18:23:0:0:20:23:0:0 chr1 150531049 . CG AC,CA 783.92 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,30;DP=55;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960016,-0.00974885;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=65.4339,95.3051;QD=55.9942;RBI=0.0525254,0.0758221;REFB=0,0;REVB=0.0516406,0.0751928;RO=0;SAF=1,18;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.119088,0.00287836;OID=.,.;OPOS=150531049,150531050;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:56:0:0:2,30:2,54:0.0357143,0.964286:1,12:1,18:0:0:1,25:1,29:0:0 chr1 150531170 . C T 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2041;QD=57.196;RBI=0.0262697;REFB=0;REVB=0.00285385;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215372;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr1 150541729 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0517451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.013;QD=14.6539;RBI=0.052309;REFB=-0.0209054;REVB=-0.00766025;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117469;STB=0.568802;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0161085;OID=.;OPOS=150541729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:2:6:5:3:2:6 chr1 150548887 . C CCTAT,T 62.08 PASS AF=1,0;AO=3,2;DP=7;FAO=7,0;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501143,0.000370711;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=199.25,62.6078;QD=35.4762;RBI=0.0502222,0.0183839;REFB=0,0;REVB=0.00329002,0.0183802;RO=1;SAF=3,1;SAR=0,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000490059,0;OID=.,.;OPOS=150548888,150548887;OREF=-,C;OALT=CTAT,T;OMAPALT=CCTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:1:0:3,2:7,0:1,0:0,1:3,1:1:0:1,0:6,0:0:0 chr1 150597890 . G A 37.58 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0295028;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.209;QD=6.53523;RBI=0.0430126;REFB=-0.0146618;REVB=-0.0312996;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703916;STB=0.565004;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0394894;OID=.;OPOS=150597890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:23:16:17:6:6:0.26087:3:3:9:7:3:3:10:7 chr1 150771703 . T C 781.87 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.845;QD=56.8634;RBI=0.0922084;REFB=0;REVB=-0.0143769;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81528e-05;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:24:31:0:0 chr1 150779755 . C T 1433.87 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.908;QD=63.0274;RBI=0.0264199;REFB=0;REVB=-0.0261113;RO=1;SAF=45;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104166;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201432;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:1:0:90:91:1:45:45:1:0:45:46:0:0 chr1 150782797 . C T 162.61 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0342127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1863;QD=13.2745;RBI=0.0402583;REFB=-0.0181402;REVB=-0.0212185;RO=31;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273899;STB=0.66083;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.046355;OID=.;OPOS=150782797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:13:5:16:15:13:5:16:15 chr1 150789952 . A T 49.17 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.100332;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=21.0864;QD=9.36582;RBI=0.121881;REFB=-0.0268127;REVB=0.0691994;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538331;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0349671;OID=.;OPOS=150789952;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:20:21:12:13:6:6:0.285714:4:2:4:8:4:2:5:8 chr1 150789961 . A T 45.83 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-9.12663e-10;FXX=0.0832639;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.996;QD=16.6661;RBI=0.0533266;REFB=-0.0967508;REVB=0.0533266;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0306148;OID=.;OPOS=150789961;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:12:11:4:3:5:6:0.545455:5:0:0:4:6:0:0:3 chr1 150937766 . ATTTTT ATTTT,ATTTTA 1022.54 PASS AF=0.139535,0.860465;AO=15,34;DP=87;FAO=12,74;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=9,52;FSAR=3,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844833,-0.1533;FXX=0.0227247;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=15.6414,17.6654;QD=47.5601;RBI=0.0900954,0.16747;REFB=-0.0211289,0.0342878;REVB=0.0313011,0.0674193;RO=3;SAF=6,23;SAR=9,11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0822223,0.00169195;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0493655,0.0553787;OID=.,.;OPOS=150937767,150937771;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.139535,0.860465:15,34:87:12,74:86:0:9,52:3,22:0:0:21:3:6,23:9,11:2:1 chr1 150955580 . C G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0382596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.825;QD=21.9436;RBI=0.0389484;REFB=-0.0162082;REVB=-0.0072927;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219838;STB=0.624832;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00982068;OID=.;OPOS=150955580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:12:4:6:6:12:4:6:6 chr1 150960350 . A C 128.87 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00804293;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.233;QD=9.5457;RBI=0.00814881;REFB=-0.0279688;REVB=-0.00130939;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204064;STB=0.620554;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0421366;OID=.;OPOS=150960350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:37:37:17:17:0.314815:9:8:24:13:9:8:24:13 chr1 150969567 . A G 994.48 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7093;QD=57.6508;RBI=0.0520407;REFB=-0.143122;REVB=0.0457167;RO=1;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106189;STB=0.505375;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00092351;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:69:1:1:66:68:0.985507:44:22:0:1:46:22:0:1 chr1 150969992 . T C 87.87 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.59;QD=39.0538;RBI=0.164989;REFB=0;REVB=0.145958;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232105;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:9:0:0:7:9:1:0:7:0:0:2:7:0:0 chr1 150970577 . G T 669.52 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.473;QD=62.281;RBI=0.0734812;REFB=0;REVB=0.0245112;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000969723;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:23:17:0:0:23:20:0:0 chr1 150975108 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.000409499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.852;QD=14.666;RBI=0.000409816;REFB=-0.00253921;REVB=-1.61123e-05;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327351;STB=0.668886;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00887532;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:7:8:4:16:7:8:5:16 chr1 150995236 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.371;QD=33.4285;RBI=0.100197;REFB=0;REVB=0.0976434;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466195;OID=.;OPOS=150995236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr1 150999737 . A G 131.0 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00498923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1359;QD=14.1624;RBI=0.0902802;REFB=-0.0092072;REVB=0.0901423;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172385;STB=0.59987;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0232657;OID=.;OPOS=150999737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:14:8:8:7:14:8 chr1 151006537 . G A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0173156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.118;QD=6.929;RBI=0.031542;REFB=-0.00871968;REVB=0.0263641;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323033;STB=0.71347;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0243934;OID=.;OPOS=151006537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:1:5:9:6:1:5:9:6 chr1 151006539 . C A 36.37 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0232898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4749;QD=6.92814;RBI=0.0625921;REFB=-0.0184555;REVB=-0.0580978;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323033;STB=0.71347;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0217259;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:1:5:9:6:1:5:9:6 chr1 151019180 . A G 545.17 PASS AF=0.909091;AO=39;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00120034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.5437;QD=49.5607;RBI=0.0412804;REFB=-0.113133;REVB=0.041263;RO=5;SAF=20;SAR=19;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185118;STB=0.522716;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.012972;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:44:44:5:4:39:40:0.909091:19:20:3:2:20:20:3:1 chr1 151040435 . G A 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00826512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.946;QD=15.1659;RBI=0.00872402;REFB=-0.0114014;REVB=0.00279218;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232604;STB=0.610927;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00804941;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:30:23:23:0.433962:10:13:9:19:10:13:11:19 chr1 151089885 . G C 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.010154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.427;QD=11.8817;RBI=0.0192828;REFB=-0.0244602;REVB=-0.0163927;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435883;STB=0.753321;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0386717;OID=.;OPOS=151089885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:5:10:7:21:5:10:7:21 chr1 151089888 . A C 118.53 PASS AF=0.357143;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0327061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.511;QD=11.2885;RBI=0.0426194;REFB=-0.0212771;REVB=0.0273262;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429905;STB=0.764397;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0151776;OID=.;OPOS=151089888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:14:15:0.357143:5:9:6:20:5:10:6:21 chr1 151104950 . G A 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00473899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.788;QD=17.378;RBI=0.00664255;REFB=-0.0243611;REVB=0.00465462;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578471;STB=0.533274;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0239106;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:3:7:7:4:3:7 chr1 151105170 . A AG 40.97 PASS AF=0.448276;AO=8;DP=35;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0053232;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.2754;QD=5.65165;RBI=0.173536;REFB=-0.0481458;REVB=-0.173454;RO=26;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271472;STB=0.582665;STBP=0.515;TYPE=ins;VARB=0.0195907;OID=.;OPOS=151105171;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:8:35:13:29:16:4:9:3:13:39:26:1:7:7:19 chr1 151105178 . C G 123.26 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0121527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6982;QD=17.0018;RBI=0.0941996;REFB=-0.0325675;REVB=0.0934124;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998555;STB=0.556885;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0401071;OID=.;OPOS=151105178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:10:4:3:12:10:4:3:12 chr1 151105824 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.517;QD=33.4248;RBI=0.0626406;REFB=0;REVB=-0.0526503;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000770298;OID=.;OPOS=151105824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 151106942 . G A 142.59 PASS AF=0.625;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0199375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.798;QD=23.7647;RBI=0.0250546;REFB=-0.0336594;REVB=0.0151733;RO=9;SAF=0;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.816304;STB=0.736425;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0300831;OID=.;OPOS=151106942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:23:24:9:9:14:15:0.625:14:0:3:6:14:1:3:6 chr1 151108137 . T G 624.92 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.8925;QD=60.9677;RBI=0.0225908;REFB=0;REVB=-0.0185968;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.60999e-05;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:21:18:0:0:22:19:0:0 chr1 151112483 . T C 151.01 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00324591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.523;QD=12.5844;RBI=0.0221847;REFB=-0.0112147;REVB=-0.021946;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146336;STB=0.508589;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0115054;OID=.;OPOS=151112483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:8:9:16:15:8:9:16:15 chr1 151209063 . C T 446.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.588;QD=57.6689;RBI=0.0349221;REFB=0;REVB=-0.0274468;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20489e-05;OID=.;OPOS=151209063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr1 151239051 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.503;QD=58.5877;RBI=0.0401248;REFB=0;REVB=0.0179888;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015091;OID=.;OPOS=151239051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr1 151254041 . T C 708.31 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.892;QD=62.9607;RBI=0.0423739;REFB=0;REVB=0.0271397;RO=0;SAF=6;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44635e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110755;OID=.;OPOS=151254041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:39:6:0:0:39:6:0:0 chr1 151263024 . C T 80.15 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0041997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2464;QD=16.8742;RBI=0.0845155;REFB=-0.0551464;REVB=0.0844111;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136379;STB=0.578793;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0206259;OID=.;OPOS=151263024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:3:6:5:5:3:6 chr1 151288172 . G A 272.4 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0480386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.208;QD=43.5846;RBI=0.0707057;REFB=-0.153125;REVB=0.0518805;RO=3;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645038;STB=0.522708;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00240214;OID=.;OPOS=151288172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:25:3:2:22:23:0.92:20:2:0:3:21:2:0:2 chr1 151288391 . A G 704.6 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.529;QD=61.2695;RBI=0.0419443;REFB=0;REVB=0.0226987;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060297;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:20:26:0:0 chr1 151316161 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0233676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.596;QD=30.7899;RBI=0.08207;REFB=0.0463277;REVB=-0.078673;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.538369;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00558689;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:2:6:0:0:2:6:1:0 chr1 151372138 . G A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.000870142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.922;QD=20.8995;RBI=0.00141087;REFB=-0.0178362;REVB=0.00111059;RO=24;SAF=7;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166082;STB=0.592952;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0107264;OID=.;OPOS=151372138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:21:7:10:14:21:7:10:14 chr1 151374025 . T C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.045279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.815;QD=12.5696;RBI=0.0452824;REFB=-0.0181286;REVB=0.000552287;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153548;STB=0.589362;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0388281;OID=.;OPOS=151374025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:9:6:7:19:9:6:7:19 chr1 151512895 . A G 200.24 PASS AF=0.373134;AO=23;DP=65;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0216446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.095;QD=11.9548;RBI=0.0217966;REFB=-0.00905131;REVB=-0.00256885;RO=42;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698382;STB=0.533715;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0161989;OID=.;OPOS=151512895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:42:42:23:25:0.373134:14:9:19:23:15:10:19:23 chr1 151675414 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0745822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6644;QD=37.4882;RBI=0.116557;REFB=0;REVB=0.0895709;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108536;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr1 151686983 . T A 714.67 PASS AF=0.979167;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0910811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8133;QD=59.5557;RBI=0.0911119;REFB=-0.0015565;REVB=0.00236598;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.50943;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00223176;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:48:1:1:44:47:0.979167:24:20:0:1:26:21:0:1 chr1 151733335 . T G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6526;QD=23.2196;RBI=0.0154661;REFB=0.016014;REVB=0.0154661;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00296533;OID=.;OPOS=151733335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:5:0:0:0:5:0:0:1 chr1 151735576 . T C 98.2 PASS AF=0.48;AO=10;DP=23;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0145514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.242;QD=15.7117;RBI=0.0292334;REFB=-0.0360756;REVB=-0.0253545;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943118;STB=0.52377;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0410659;OID=.;OPOS=151735576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:25:12:13:10:12:0.48:4:6:6:6:5:7:7:6 chr1 151740666 . T C 952.41 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0368;QD=56.8605;RBI=0.0356844;REFB=-0.141974;REVB=0.0201828;RO=1;SAF=18;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994696;STB=0.505262;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00406313;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:47:18:0:1:47:19:0:1 chr1 151746202 . T A 484.29 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0121801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.877;QD=23.6237;RBI=0.0121818;REFB=-0.0187575;REVB=0.000200369;RO=36;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791518;STB=0.543459;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0157123;OID=.;OPOS=151746202;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:25:21:20:16:25:21:20:16 chr1 151746235 . C T 306.14 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0116239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6198;QD=15.307;RBI=0.0329313;REFB=-0.00263656;REVB=0.0308116;RO=44;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682381;STB=0.524985;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00426245;OID=.;OPOS=151746235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:46:34:34:0.425:17:17:19:25:17:17:21:25 chr1 151803449 . G T 1176.5 PASS AF=0.489712;AO=116;DP=243;FAO=119;FDP=243;FR=.;FRO=124;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.024683;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8686;QD=19.3662;RBI=0.0285302;REFB=-0.0154333;REVB=-0.014308;RO=124;SAF=51;SAR=65;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418597;STB=0.528567;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0225994;OID=.;OPOS=151803449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:124:124:116:119:0.489712:65:51:60:64:68:51:60:64 chr1 151814234 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7452;QD=49.5983;RBI=0.0169479;REFB=0;REVB=0.00451231;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481005;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr1 151820298 . G C 728.15 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162651;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9902;QD=57.1098;RBI=0.0583869;REFB=0;REVB=0.0560756;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100595;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr1 151820324 . T C 673.59 PASS AF=0.956522;AO=36;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0369659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5096;QD=58.5726;RBI=0.0800316;REFB=-0.100121;REVB=0.070983;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.511106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00780487;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:36:44:0.956522:18:18:0:1:22:22:0:1 chr1 151825991 . G T 498.4 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0137773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.697;QD=53.8805;RBI=0.0588728;REFB=-0.00492795;REVB=0.057238;RO=2;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445069;STB=0.523796;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000362982;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:20:15:0:2:20:15:0:2 chr1 151845569 . A G 911.75 PASS AF=0.969697;AO=49;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0267949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.803;QD=55.2574;RBI=0.0280952;REFB=-0.0506925;REVB=-0.00844818;RO=0;SAF=48;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33141e-08;STB=0.509997;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00199831;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:0:2:49:64:0.969697:1:48:0:0:16:48:1:1 chr1 151845650 . G C 77.3 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0470686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1241;QD=13.4437;RBI=0.0655665;REFB=-0.0132166;REVB=-0.0456456;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11072;STB=0.565089;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0164379;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:8:5:5:5:8:5 chr1 151862661 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0092267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.767;QD=18.7442;RBI=0.0257614;REFB=0.0189753;REVB=-0.0240524;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346644;STB=0.699489;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0111477;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:4:0:4:3:4:0 chr1 151867560 . G A 754.38 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00782166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.139;QD=54.8642;RBI=0.0104995;REFB=-0.105296;REVB=-0.00700434;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000787622;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:25:29:1:0:25:29:1:0 chr1 151955747 . A G 524.34 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0562409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.423;QD=19.0668;RBI=0.0580411;REFB=-0.0148204;REVB=0.0143433;RO=54;SAF=22;SAR=33;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015298;OID=.;OPOS=151955747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:55:55:55:0.5:33:22:21:33:33:22:22:33 chr1 152079989 . T G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.96;QD=57.1774;RBI=0.0121631;REFB=0;REVB=0.00203128;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04687e-05;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr1 152081921 . G C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.675;QD=57.6758;RBI=0.0264477;REFB=0;REVB=0.0248392;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194717;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr1 152085505 . A C 940.76 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.608;QD=57.0155;RBI=0.120663;REFB=0.0355422;REVB=0.113613;RO=1;SAF=39;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119601;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000660178;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:26:39:1:0:26:39:1:0 chr1 152129087 . T C 636.34 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0431138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.776;QD=59.194;RBI=0.0682726;REFB=0.0957062;REVB=0.0529373;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.000307093;OID=.;OPOS=152129087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:41:42:0.976744:28:13:0:0:29:13:0:1 chr1 152129094 . A G 557.91 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.698;QD=60.3146;RBI=0.0889658;REFB=0;REVB=0.0462532;RO=0;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439659;OID=.;OPOS=152129094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:33:37:1:27:6:0:0:29:8:0:0 chr1 152129100 . CA TG 43.75 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.133012;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=2;MLLD=156.771;QD=4.86097;RBI=0.134251;REFB=-0.0195926;REVB=-0.0182027;RO=26;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171699;STB=0.666111;STBP=0.458;TYPE=mnp;VARB=0.0780539;OID=.;OPOS=152129100;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:37:36:26:29:7:7:0.194444:6:1:6:20:6:1:8:21 chr1 152129115 . T C 65.57 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=51;FWDB=-0.00110843;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0168;QD=3.64255;RBI=0.0123729;REFB=-0.0255565;REVB=0.0123232;RO=59;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327888;STB=0.52582;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0401717;OID=.;OPOS=152129115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:73:72:59:60:12:12:0.166667:10:2:9:50:10:2:9:51 chr1 152185750 . G A 333.83 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0117791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0177;QD=22.2556;RBI=0.0137799;REFB=-0.0345354;REVB=0.00715103;RO=25;SAF=19;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301363;STB=0.508923;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0221587;OID=.;OPOS=152185750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:26:34:34:0.566667:15:19:13:12:15:19:14:12 chr1 152185762 . C G 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0174297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.18;QD=11.8154;RBI=0.0246898;REFB=0.0128875;REVB=-0.0174868;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148254;STB=0.575103;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.023511;OID=.;OPOS=152185762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:11:13:27:13:11:13:27:14 chr1 152185768 . T G 155.94 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00710996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.502;QD=10.9433;RBI=0.0230642;REFB=-0.00549411;REVB=-0.021941;RO=37;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812799;STB=0.54736;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00662467;OID=.;OPOS=152185768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:9:11:23:14:9:11:23:14 chr1 152185774 . A G 143.02 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0108888;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.904;QD=10.7939;RBI=0.0168831;REFB=0.00918178;REVB=-0.0129024;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707403;STB=0.529882;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0106868;OID=.;OPOS=152185774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:8:10:21:13:8:10:21:14 chr1 152185780 . G A 122.47 PASS AF=0.307692;AO=15;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00789929;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.693;QD=9.42053;RBI=0.00791759;REFB=0.000270428;REVB=0.000538053;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147281;STB=0.554389;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.000618508;OID=.;OPOS=152185780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:15:16:0.307692:7:8:23:12:7:9:23:13 chr1 152185790 . T C 105.5 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0131762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.911;QD=8.11568;RBI=0.0140251;REFB=-0.00243782;REVB=0.00480523;RO=36;SAF=9;SAR=5;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106816;STB=0.53349;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00739458;OID=.;OPOS=152185790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:38:14:14:0.269231:5:9:26:10:5:9:26:12 chr1 152185792 . G A 98.02 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0119453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.345;QD=7.68817;RBI=0.0185598;REFB=-0.0068434;REVB=-0.0142048;RO=38;SAF=9;SAR=4;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472702;STB=0.529366;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0740862;OID=.;OPOS=152185792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:4:9:25:13:4:9:25:13 chr1 152185796 . A G 81.57 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0108978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.562;QD=6.04185;RBI=0.0169989;REFB=-0.00368517;REVB=-0.0130461;RO=42;SAF=8;SAR=4;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033351;STB=0.521092;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0156961;OID=.;OPOS=152185796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:4:8:29:13:4:8:29:13 chr1 152186141 . C T 33.39 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.122986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6132;QD=19.0816;RBI=0.123114;REFB=-0.0298093;REVB=-0.00560165;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0156912;OID=.;OPOS=152186141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:1:1:4:1:1:1 chr1 152187183 . C A 74.17 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.114178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.534;QD=10.2305;RBI=0.115255;REFB=0.00873337;REVB=0.0157189;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200623;STB=0.621967;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0269116;OID=.;OPOS=152187183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:3:7:10:9:3:7:10:9 chr1 152188109 . T A 110.98 PASS AF=0.172131;AO=21;DP=121;FAO=21;FDP=122;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.0115632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4543;QD=3.63872;RBI=0.0739125;REFB=-0.00961327;REVB=-0.0730024;RO=99;SAF=7;SAR=14;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147636;STB=0.589508;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0655716;OID=.;OPOS=152188109;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:99:101:21:21:0.172131:14:7:44:55:14:7:44:57 chr1 152188176 . G A 101.06 PASS AF=0.132184;AO=23;DP=170;FAO=23;FDP=174;FR=.;FRO=151;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=67;FSRR=84;FWDB=-0.0241631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5306;QD=2.32322;RBI=0.0502203;REFB=-0.0042155;REVB=-0.0440252;RO=147;SAF=9;SAR=14;SRF=67;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829472;STB=0.546721;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0150517;OID=.;OPOS=152188176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:174:147:151:23:23:0.132184:14:9:67:80:14:9:67:84 chr1 152188463 . G A 247.78 PASS AF=0.223464;AO=40;DP=178;FAO=40;FDP=179;FR=.;FRO=139;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=81;FSRR=58;FWDB=-0.0390961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5042;QD=5.53695;RBI=0.0549659;REFB=-0.00719015;REVB=0.0386361;RO=136;SAF=19;SAR=21;SRF=79;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133768;STB=0.583131;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0244952;OID=.;OPOS=152188463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:136:139:40:40:0.223464:21:19:79:57:21:19:81:58 chr1 152190835 . G A 36.76 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0297873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0194;QD=7.73865;RBI=0.0337081;REFB=-0.0213618;REVB=0.0157781;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298785;STB=0.683679;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0340167;OID=.;OPOS=152190835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:3:10:3:3:3:10 chr1 152191709 . C G 291.63 PASS AF=0.542373;AO=29;DP=57;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0175516;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7405;QD=19.7715;RBI=0.0236626;REFB=-0.00717016;REVB=-0.0158701;RO=26;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076687;STB=0.552174;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00372155;OID=.;OPOS=152191709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:26:27:29:32:0.542373:16:13:14:12:19:13:14:13 chr1 152191879 . G A 245.47 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0485256;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9058;QD=19.2523;RBI=0.0492712;REFB=-0.00949352;REVB=-0.00853929;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112094;STB=0.550421;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00858781;OID=.;OPOS=152191879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:25:26:26:0.509804:14:12:8:16:14:12:9:16 chr1 152192114 . C T 200.05 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.00767642;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.981;QD=9.41422;RBI=0.0213433;REFB=0.000397031;REVB=-0.0199151;RO=57;SAF=9;SAR=17;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071841;STB=0.532785;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.000957377;OID=.;OPOS=152192114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:57:59:26:26:0.305882:17:9:23:34:17:9:23:36 chr1 152192163 . G T 129.7 PASS AF=0.222222;AO=20;DP=90;FAO=20;FDP=90;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.0147361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9699;QD=5.76448;RBI=0.0164784;REFB=-0.00883738;REVB=0.00737452;RO=70;SAF=6;SAR=14;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614729;STB=0.538422;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0445989;OID=.;OPOS=152192163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:70:70:20:20:0.222222:14:6:24:46:14:6:24:46 chr1 152192219 . G C 81.29 PASS AF=0.121019;AO=19;DP=157;FAO=19;FDP=157;FR=.;FRO=138;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=86;FWDB=0.00966655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.061;QD=2.07109;RBI=0.0379966;REFB=-0.00944573;REVB=-0.0367464;RO=137;SAF=6;SAR=13;SRF=52;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865368;STB=0.559283;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0664116;OID=.;OPOS=152192219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:157:157:137:138:19:19:0.121019:13:6:52:85:13:6:52:86 chr1 152192293 . C T 428.99 PASS AF=0.288557;AO=58;DP=201;FAO=58;FDP=201;FR=.;FRO=143;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=58;FSRR=85;FWDB=0.0129076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.275;QD=8.53715;RBI=0.0229451;REFB=-0.0116291;REVB=0.0189702;RO=143;SAF=30;SAR=28;SRF=58;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135399;STB=0.579064;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0305954;OID=.;OPOS=152192293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:143:143:58:58:0.288557:28:30:58:85:28:30:58:85 chr1 152192395 . G A 458.08 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.029178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7107;QD=15.9333;RBI=0.0387804;REFB=-0.00725397;REVB=0.0255454;RO=64;SAF=29;SAR=22;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175897;STB=0.598203;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00918625;OID=.;OPOS=152192395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:51:51:0.443478:22:29:25:39:22:29:25:39 chr1 152192555 . T C 330.53 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00999727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.051;QD=23.6091;RBI=0.0259628;REFB=-0.0333028;REVB=0.0239608;RO=23;SAF=21;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21714;STB=0.619599;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.015785;OID=.;OPOS=152192555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:12:21:8:15:12:21:8:15 chr1 152192631 . C T 216.65 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0216105;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.417;QD=13.1304;RBI=0.0233611;REFB=-0.0113101;REVB=-0.0088727;RO=40;SAF=8;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335522;STB=0.69216;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0313443;OID=.;OPOS=152192631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:40:40:26:26:0.393939:18:8:25:15:18:8:25:15 chr1 152192687 . T C 898.97 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.781;QD=57.998;RBI=0.0455448;REFB=0;REVB=0.00760712;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124784;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:34:26:0:0:34:28:0:0 chr1 152192825 . C T 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0218903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4667;QD=13.3356;RBI=0.0235807;REFB=-0.00157805;REVB=0.00876726;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628468;STB=0.536793;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00369103;OID=.;OPOS=152192825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:13:11:6:9:13:11 chr1 152192978 . T C 1375.9 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0280942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.108;QD=59.1787;RBI=0.0477615;REFB=-0.0490356;REVB=-0.0386248;RO=2;SAF=34;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027061;STB=0.509861;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000291956;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:2:3:90:90:0.967742:56:34:2:0:56:34:2:1 chr1 152193052 . A G 1377.3 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000277769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9837;QD=62.6047;RBI=0.000279352;REFB=0;REVB=2.97022e-05;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.43436e-07;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:55:33:0:0:55:33:0:0 chr1 152193121 . G T 345.1 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00118161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.236;QD=16.6314;RBI=0.0438738;REFB=-0.00597115;REVB=0.0438578;RO=46;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094362;STB=0.552913;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00674691;OID=.;OPOS=152193121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:19:18:18:28:19:18:18:28 chr1 152193286 . G T 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00743839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.24;QD=15.5688;RBI=0.0263061;REFB=-0.00484588;REVB=-0.0252325;RO=35;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748848;STB=0.54214;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00432332;OID=.;OPOS=152193286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:19:9:9:26:19:9:9:26 chr1 152193291 . G T 210.51 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0180252;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.672;QD=14.2716;RBI=0.0313697;REFB=-0.0232118;REVB=0.0256739;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162061;STB=0.587012;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0217041;OID=.;OPOS=152193291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:24:25:0.423729:13:11:10:23:14:11:10:24 chr1 152193544 . A G 171.96 PASS AF=0.45;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00885651;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5351;QD=17.1958;RBI=0.0122233;REFB=0.00173069;REVB=-0.00842449;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235989;STB=0.62487;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00381758;OID=.;OPOS=152193544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:22:18:18:0.45:9:9:17:6:9:9:16:6 chr1 152193547 . G A 582.6 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.753;QD=58.2597;RBI=0.0310402;REFB=-0.1753;REVB=0.0281457;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00124964;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:15:24:1:0:15:24:1:0 chr1 152193851 . C T 112.9 PASS AF=0.75;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.646;QD=28.2253;RBI=0.0139036;REFB=0.0297588;REVB=-0.0139036;RO=4;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0248671;OID=.;OPOS=152193851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:11:12:0.75:11:0:0:4:12:0:0:4 chr1 152276149 . C T 395.48 PASS AF=0.445545;AO=43;DP=98;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0188666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.852;QD=15.6624;RBI=0.0511629;REFB=-0.025436;REVB=-0.0475572;RO=51;SAF=13;SAR=30;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286276;STB=0.672989;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0524151;OID=.;OPOS=152276149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:51:56:43:45:0.445545:30:13:30:21:32:13:33:23 chr1 152276659 . TG CC 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00473565;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.324;QD=2.79775;RBI=0.00593854;REFB=-0.00100581;REVB=0.00358328;RO=57;SAF=1;SAR=8;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521955;STB=0.875452;STBP=0.033;TYPE=mnp;VARB=0.00488713;OID=.;OPOS=152276659;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:57:57:9:9:0.136364:8:1:30:27:8:1:30:27 chr1 152276671 . C T 86.27 PASS AF=0.185185;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00328957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.582;QD=4.26035;RBI=0.0032914;REFB=-0.000301527;REVB=-0.000109656;RO=65;SAF=2;SAR=13;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542806;STB=0.851235;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0056196;OID=.;OPOS=152276671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:81:65:66:15:15:0.185185:13:2:36:29:13:2:36:30 chr1 152276699 . A G 48.72 PASS AF=0.105263;AO=12;DP=114;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.0237988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0569;QD=1.70964;RBI=0.0269662;REFB=-0.00385838;REVB=-0.0126805;RO=102;SAF=5;SAR=7;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996456;STB=0.574655;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0450381;OID=.;OPOS=152276699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:114:114:102:102:12:12:0.105263:7:5:51:51:7:5:51:51 chr1 152276772 . C A 848.24 PASS AF=0.552448;AO=77;DP=141;FAO=79;FDP=143;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.00304765;FXX=0.0137922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.573;QD=23.7269;RBI=0.016241;REFB=-0.0379351;REVB=0.0159525;RO=63;SAF=34;SAR=43;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419162;STB=0.524469;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0301196;OID=.;OPOS=152276772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:63:64:77:79:0.552448:43:34:31:32:45:34:31:33 chr1 152276870 . CA TG 326.14 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0358984;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=2;MLLD=158.066;QD=17.1653;RBI=0.0442692;REFB=-0.00522846;REVB=-0.025905;RO=41;SAF=20;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137183;STB=0.507688;STBP=0.924;TYPE=mnp;VARB=0.00447449;OID=.;OPOS=152276870;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:41:35:35:0.460526:15:20:24:17:15:20:24:17 chr1 152276889 . A G 264.0 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00507652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.256;QD=15.3045;RBI=0.0166362;REFB=-0.00392606;REVB=-0.0158427;RO=39;SAF=19;SAR=11;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191828;STB=0.510851;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00601065;OID=.;OPOS=152276889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:11:19:24:15:11:19:24:15 chr1 152277055 . C G 321.9 PASS AF=0.5;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0424764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.785;QD=18.9353;RBI=0.0454436;REFB=-0.0278199;REVB=-0.0161517;RO=32;SAF=11;SAR=23;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190772;STB=0.608511;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0257041;OID=.;OPOS=152277055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:34:34:34:0.5:23:11:17:15:23:11:18:16 chr1 152277168 . A G 442.42 PASS AF=0.453704;AO=47;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=-0.00290516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.31;QD=16.386;RBI=0.00291393;REFB=-0.0223725;REVB=0.000225858;RO=55;SAF=21;SAR=26;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11887;STB=0.57022;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0299049;OID=.;OPOS=152277168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:59:47:49:0.453704:26:21:18:37:28:21:18:41 chr1 152277345 . C T 184.16 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0595023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3882;QD=10.0912;RBI=0.0676243;REFB=-0.000928995;REVB=0.0321327;RO=49;SAF=7;SAR=17;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283792;STB=0.666919;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00458132;OID=.;OPOS=152277345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:17:7:26:23:17:7:26:23 chr1 152277396 . T C 266.7 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0112176;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.324;QD=13.3351;RBI=0.0114385;REFB=-0.0178174;REVB=0.00223679;RO=50;SAF=14;SAR=17;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523523;STB=0.523486;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0294285;OID=.;OPOS=152277396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:50:49:31:31:0.3875:17:14:25:25:17:14:24:25 chr1 152277717 . C A 107.56 PASS AF=0.242857;AO=14;DP=67;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00161412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.563;QD=6.14628;RBI=0.00441114;REFB=-0.0203776;REVB=-0.00410521;RO=50;SAF=6;SAR=8;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112913;STB=0.500842;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0548299;OID=.;OPOS=152277717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:50:53:14:17:0.242857:8:6:26:24:8:9:28:25 chr1 152278555 . T C 45.32 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00194398;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.1;QD=6.973;RBI=0.018514;REFB=-0.0266103;REVB=-0.0184116;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338709;STB=0.545327;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.118154;OID=.;OPOS=152278555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:20:19:7:7:0.269231:3:4:12:8:3:4:12:7 chr1 152278689 . C A 668.08 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=112;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0263813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.714;QD=22.8403;RBI=0.0328661;REFB=-0.0437189;REVB=0.0196012;RO=52;SAF=28;SAR=32;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866681;STB=0.563121;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0300879;OID=.;OPOS=152278689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:117:52:52:60:65:0.555556:32:28:19:33:32:33:19:33 chr1 152278814 . C T 112.05 PASS AF=0.126829;AO=26;DP=205;FAO=26;FDP=205;FR=.;FRO=179;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=98;FSRR=81;FWDB=-0.0618527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.861;QD=2.18641;RBI=0.06282;REFB=-0.00463279;REVB=0.0109816;RO=177;SAF=8;SAR=18;SRF=96;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293232;STB=0.70651;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0200301;OID=.;OPOS=152278814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:177:179:26:26:0.126829:18:8:96:81:18:8:98:81 chr1 152278856 . T G 68.09 PASS AF=0.120301;AO=16;DP=133;FAO=16;FDP=133;FR=.;FRO=117;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=67;FSRR=50;FWDB=-0.00825693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.962;QD=2.04775;RBI=0.0178684;REFB=-0.00873976;REVB=-0.0158462;RO=116;SAF=11;SAR=5;SRF=66;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154136;STB=0.6079;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0601283;OID=.;OPOS=152278856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:133:133:116:117:16:16:0.120301:5:11:66:50:5:11:67:50 chr1 152279019 . G A 204.19 PASS AF=0.196629;AO=31;DP=175;FAO=35;FDP=178;FR=.;FRO=143;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=68;FSRR=75;FWDB=-0.00420794;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.613;QD=4.58849;RBI=0.0150767;REFB=-0.00322677;REVB=-0.0144776;RO=141;SAF=17;SAR=14;SRF=67;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937236;STB=0.576879;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0115841;OID=.;OPOS=152279019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:178:141:143:31:35:0.196629:14:17:67:74:15:20:68:75 chr1 152279729 . C T 613.49 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=148;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0111254;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.57;QD=16.6935;RBI=0.0140147;REFB=-0.0133048;REVB=-0.0085227;RO=81;SAF=22;SAR=42;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144725;STB=0.588757;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0167394;OID=.;OPOS=152279729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:81:83:64:64:0.435374:42:22:39:42:42:22:41:42 chr1 152279841 . G C 395.39 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0112033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.863;QD=17.5729;RBI=0.0203255;REFB=-0.0171818;REVB=0.0169591;RO=49;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497666;STB=0.527855;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0123443;OID=.;OPOS=152279841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:18:23:25:24:18:23:25:24 chr1 152279920 . A G 513.71 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.012141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5479;QD=21.8601;RBI=0.0121562;REFB=-0.033105;REVB=-0.000606498;RO=45;SAF=15;SAR=34;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089304;STB=0.549052;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0255965;OID=.;OPOS=152279920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:34:15:10:35:34:15:10:35 chr1 152280032 . T C 1004.97 PASS AF=0.60274;AO=88;DP=148;FAO=88;FDP=146;FR=.;FRO=58;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0140466;FXX=0.0135126;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9596;QD=27.5333;RBI=0.0164662;REFB=-0.0621996;REVB=0.00859233;RO=57;SAF=55;SAR=33;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616536;STB=0.530568;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0353114;OID=.;OPOS=152280032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:57:58:88:88:0.60274:33:55:31:26:33:55:32:26 chr1 152280170 . C G 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.070742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5713;QD=17.0585;RBI=0.0713685;REFB=0.0126335;REVB=-0.00943551;RO=37;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073087;STB=0.546847;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0126443;OID=.;OPOS=152280170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:15:18:23:14:15:18:24:14 chr1 152280471 . C G 40.64 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0571798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8319;QD=3.45854;RBI=0.0573366;REFB=-0.00388518;REVB=0.00423813;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20393;STB=0.642467;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0176002;OID=.;OPOS=152280471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:4:3:24:16:4:3:24:16 chr1 152280736 . T C 100.02 PASS AF=0.121212;AO=24;DP=198;FAO=24;FDP=198;FR=.;FRO=174;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=86;FSRR=88;FWDB=-0.0152727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.932;QD=2.02062;RBI=0.0203873;REFB=-0.00585214;REVB=-0.0135051;RO=174;SAF=12;SAR=12;SRF=86;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00716855;STB=0.505046;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0349088;OID=.;OPOS=152280736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:174:174:24:24:0.121212:12:12:86:88:12:12:86:88 chr1 152280759 . A G 150.94 PASS AF=0.176101;AO=28;DP=159;FAO=28;FDP=159;FR=.;FRO=131;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=60;FSRR=71;FWDB=-0.00992167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.336;QD=3.79718;RBI=0.0305614;REFB=-0.00618473;REVB=-0.028906;RO=129;SAF=14;SAR=14;SRF=58;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645835;STB=0.534567;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0189346;OID=.;OPOS=152280759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:129:131:28:28:0.176101:14:14:58:71:14:14:60:71 chr1 152280782 . A G 674.72 PASS AF=0.590909;AO=63;DP=109;FAO=65;FDP=110;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0128237;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0104;QD=24.5351;RBI=0.0229391;REFB=-0.00691744;REVB=-0.0190199;RO=42;SAF=28;SAR=35;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411198;STB=0.508472;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0101673;OID=.;OPOS=152280782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:42:45:63:65:0.590909:35:28:21:21:36:29:21:24 chr1 152280788 . T G 146.94 PASS AF=0.230769;AO=19;DP=92;FAO=21;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.0592238;FXX=0.0108684;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.341;QD=6.45891;RBI=0.059444;REFB=-0.0102736;REVB=0.00511157;RO=50;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458475;STB=0.709029;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00840421;OID=.;OPOS=152280788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:50:70:19:21:0.230769:6:13:14:36:7:14:27:43 chr1 152280864 . A G 283.61 PASS AF=0.590909;AO=24;DP=42;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00389944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.477;QD=25.7827;RBI=0.00830685;REFB=-0.037722;REVB=0.00733472;RO=18;SAF=5;SAR=19;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766944;STB=0.552589;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0246842;OID=.;OPOS=152280864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:18:18:24:26:0.590909:19:5:5:13:21:5:5:13 chr1 152280900 . T G 130.02 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0118178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6659;QD=8.66768;RBI=0.0145618;REFB=-0.00285497;REVB=-0.00850802;RO=42;SAF=5;SAR=13;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24878;STB=0.649825;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0132283;OID=.;OPOS=152280900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:13:5:20:22:13:5:20:22 chr1 152281007 . AA GG 240.02 PASS AF=0.248227;AO=35;DP=136;FAO=35;FDP=141;FR=.;FRO=106;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=-0.0158571;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=2;MLLD=97.2032;QD=6.80907;RBI=0.0388006;REFB=-0.0124502;REVB=-0.0354124;RO=100;SAF=19;SAR=16;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0089034;STB=0.518101;STBP=0.803;TYPE=mnp;VARB=0.03572;OID=.;OPOS=152281007;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:141:100:106:35:35:0.248227:16:19:55:45:16:19:55:51 chr1 152281039 . G A 406.06 PASS AF=0.281407;AO=54;DP=199;FAO=56;FDP=199;FR=.;FRO=143;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=74;FSRR=69;FWDB=-0.00211379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.273;QD=8.16195;RBI=0.067886;REFB=-0.011648;REVB=0.0678531;RO=142;SAF=26;SAR=28;SRF=73;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400177;STB=0.538199;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0316314;OID=.;OPOS=152281039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:142:143:54:56:0.281407:28:26:73:69:30:26:74:69 chr1 152281228 . C G 68.77 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0699112;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4935;QD=4.16784;RBI=0.0738045;REFB=-0.01094;REVB=-0.0236543;RO=51;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315577;STB=0.66642;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0354083;OID=.;OPOS=152281228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:68:66:51:54:12:12:0.181818:6:6:13:38:6:6:16:38 chr1 152281290 . A G 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0193818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.579;QD=4.01757;RBI=0.0231566;REFB=-0.00725382;REVB=-0.0126718;RO=26;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051409;STB=0.605668;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0276445;OID=.;OPOS=152281290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:26:28:6:6:0.176471:5:1:5:21:5:1:7:21 chr1 152281304 . A C 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0853886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.504;QD=4.30334;RBI=0.0863749;REFB=-0.0163861;REVB=-0.0130153;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284016;STB=0.686963;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0552716;OID=.;OPOS=152281304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:7:19:3:3:7:19 chr1 152281479 . G T 1281.77 PASS AF=0.629834;AO=112;DP=181;FAO=114;FDP=181;FR=.;FRO=67;FSAF=78;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=-0.0119;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0723;QD=28.3263;RBI=0.0319399;REFB=-0.0331766;REVB=0.0296403;RO=68;SAF=77;SAR=35;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324487;STB=0.511672;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.025166;OID=.;OPOS=152281479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:68:67:112:114:0.629834:35:77:44:24:36:78:44:23 chr1 152281523 . A C 507.03 PASS AF=0.342105;AO=57;DP=179;FAO=65;FDP=190;FR=.;FRO=125;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=72;FSRR=53;FWDB=0.047836;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.748;QD=10.6744;RBI=0.0483904;REFB=-0.010561;REVB=-0.00730448;RO=122;SAF=36;SAR=21;SRF=72;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515096;STB=0.572008;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0237441;OID=.;OPOS=152281523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:190:122:125:57:65:0.342105:21:36:72:50:21:44:72:53 chr1 152281534 . A T 447.03 PASS AF=0.323864;AO=56;DP=177;FAO=57;FDP=176;FR=.;FRO=119;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=69;FSRR=50;FWDB=-0.000141967;FXX=0.0167588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.466;QD=10.1597;RBI=0.00619503;REFB=0.00517267;REVB=-0.00619341;RO=118;SAF=40;SAR=16;SRF=69;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169347;STB=0.605872;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0165125;OID=.;OPOS=152281534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:118:119:56:57:0.323864:16:40:69:49:16:41:69:50 chr1 152281690 . C T 738.37 PASS AF=0.487342;AO=77;DP=158;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0315554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.475;QD=18.6928;RBI=0.036406;REFB=-0.0164983;REVB=-0.0181564;RO=80;SAF=35;SAR=42;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159042;STB=0.505225;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0182411;OID=.;OPOS=152281690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:80:81:77:77:0.487342:42:35:35:45:42:35:36:45 chr1 152281948 . G A 275.2 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00464509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.208;QD=13.1046;RBI=0.00498521;REFB=-0.0263541;REVB=0.00180981;RO=50;SAF=9;SAR=23;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166844;STB=0.599094;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0305449;OID=.;OPOS=152281948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:52:32:32:0.380952:23:9:21:29:23:9:22:30 chr1 152282267 . G A 224.38 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0182563;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.567;QD=14.476;RBI=0.0350142;REFB=-0.0215711;REVB=0.0298781;RO=35;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103886;STB=0.570192;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0471333;OID=.;OPOS=152282267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:35:36:26:26:0.419355:18:8:14:21:18:8:15:21 chr1 152282311 . C T 178.84 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0642072;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8003;QD=14.9036;RBI=0.0935947;REFB=-0.00670349;REVB=-0.0680986;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251598;STB=0.6469;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0232327;OID=.;OPOS=152282311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:27:29:19:19:0.395833:13:6:15:12:13:6:16:13 chr1 152282917 . G T 406.78 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0203259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.188;QD=17.4959;RBI=0.0229123;REFB=-0.0211489;REVB=-0.010575;RO=51;SAF=16;SAR=26;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166544;STB=0.593316;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0206261;OID=.;OPOS=152282917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:26:16:28:23:26:16:28:23 chr1 152283199 . C T 208.57 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0892853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.719;QD=15.7408;RBI=0.0892964;REFB=-0.00939553;REVB=-0.00140708;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298357;STB=0.651039;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00824132;OID=.;OPOS=152283199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:29:23:24:0.45283:15:8:19:10:15:9:19:10 chr1 152283236 . T C 134.15 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0196222;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.553;QD=15.3312;RBI=0.041107;REFB=-0.0198009;REVB=0.0361215;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244948;STB=0.653639;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.02968;OID=.;OPOS=152283236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:14:15:0.428571:5:9:8:12:5:10:8:12 chr1 152283283 . C T 124.66 PASS AF=0.4;AO=12;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00695299;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.59;QD=14.2472;RBI=0.0768633;REFB=-0.040117;REVB=-0.0765482;RO=16;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488622;STB=0.834277;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.019254;OID=.;OPOS=152283283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:21:12:14:0.4:2:10:6:10:2:12:7:14 chr1 152283862 . G C 257.42 PASS AF=0.422535;AO=27;DP=68;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0136079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.877;QD=14.5025;RBI=0.0244712;REFB=-0.0173939;REVB=0.0203388;RO=41;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020184;STB=0.501886;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.026904;OID=.;OPOS=152283862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:41:41:27:30:0.422535:12:15:22:19:14:16:22:19 chr1 152283975 . A G 374.93 PASS AF=0.421053;AO=38;DP=93;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0141292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.998;QD=15.7864;RBI=0.0152609;REFB=-0.0335769;REVB=0.00576715;RO=53;SAF=11;SAR=27;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125127;STB=0.553929;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0314274;OID=.;OPOS=152283975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:53:55:38:40:0.421053:27:11:21:32:28:12:21:34 chr1 152284854 . A G 481.87 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.00137246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.459;QD=15.9297;RBI=0.00914359;REFB=-0.0125557;REVB=0.00904;RO=64;SAF=29;SAR=24;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463459;STB=0.540251;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0117534;OID=.;OPOS=152284854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:64:68:53:53:0.438017:24:29:38:26:24:29:42:26 chr1 152285099 . C T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0102633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.945;QD=16.5274;RBI=0.0311129;REFB=-0.0125076;REVB=0.0293714;RO=29;SAF=5;SAR=20;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257986;STB=0.647488;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0163683;OID=.;OPOS=152285099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:20:5:12:17:20:5:12:17 chr1 152285930 . G A 1036.05 PASS AF=0.616438;AO=90;DP=146;FAO=90;FDP=146;FR=.;FRO=56;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0143757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.17;QD=28.3849;RBI=0.0144624;REFB=-0.00803067;REVB=0.00158127;RO=56;SAF=54;SAR=36;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00789239;STB=0.504273;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00473543;OID=.;OPOS=152285930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:56:56:90:90:0.616438:36:54:33:23:36:54:33:23 chr1 152286002 . T C 426.1 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0208182;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9019;QD=19.1505;RBI=0.0259794;REFB=-0.0259784;REVB=-0.0155412;RO=46;SAF=23;SAR=20;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110677;STB=0.561413;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.021409;OID=.;OPOS=152286002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:20:23:30:16:20:23:30:16 chr1 152286032 . C T 421.3 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0198895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.547;QD=14.7823;RBI=0.0199632;REFB=-0.015251;REVB=-0.00171465;RO=65;SAF=21;SAR=27;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554892;STB=0.534817;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0204426;OID=.;OPOS=152286032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:66:48:48:0.421053:27:21:25:40:27:21:25:41 chr1 152286126 . A G 208.59 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00990515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.409;QD=33.3741;RBI=0.0408936;REFB=-0.00194788;REVB=-0.0396759;RO=6;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165312;STB=0.509081;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.000174245;OID=.;OPOS=152286126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:7:12:4:2:7:12:4:2 chr1 152286367 . C A 277.37 PASS AF=0.395062;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00800056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.261;QD=13.6971;RBI=0.0105461;REFB=-0.0175253;REVB=0.00687103;RO=48;SAF=13;SAR=18;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042228;STB=0.526507;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0270419;OID=.;OPOS=152286367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:48:49:31:32:0.395062:18:13:22:26:19:13:22:27 chr1 152323132 . G T 379.78 PASS AF=0.470588;AO=38;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0184397;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.428;QD=17.8721;RBI=0.0390434;REFB=-0.011574;REVB=-0.0344146;RO=42;SAF=19;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447761;STB=0.504423;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0178376;OID=.;OPOS=152323132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:45:38:40:0.470588:19:19:23:19:19:21:24:21 chr1 152325732 . G A 370.77 PASS AF=0.434783;AO=39;DP=91;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00518153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.489;QD=16.1203;RBI=0.0071038;REFB=-0.0025155;REVB=-0.0048596;RO=52;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133955;STB=0.513507;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00348102;OID=.;OPOS=152325732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:52:52:39:40:0.434783:23:16:22:30:24:16:22:30 chr1 152327469 . C T 325.5 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0137224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.71;QD=16.2751;RBI=0.015465;REFB=-0.0381508;REVB=-0.00713164;RO=44;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436924;STB=0.524553;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0475583;OID=.;OPOS=152327469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:22:14:19:25:22:14:19:25 chr1 152327502 . A G 115.64 PASS AF=0.288462;AO=14;DP=51;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00563672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.18;QD=8.89505;RBI=0.0254043;REFB=-0.0144337;REVB=-0.024771;RO=37;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221136;STB=0.594465;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0497695;OID=.;OPOS=152327502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:37:37:14:15:0.288462:10:4:17:20:10:5:17:20 chr1 152329435 . C T 233.63 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0290508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.569;QD=24.5921;RBI=0.0346124;REFB=-0.0204933;REVB=-0.0188167;RO=16;SAF=5;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864358;STB=0.548341;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0126081;OID=.;OPOS=152329435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:17:5:5:11:17:5:5:11 chr1 152331240 . G A 243.16 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00925344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.075;QD=15.1978;RBI=0.0213262;REFB=-0.025537;REVB=-0.0192141;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609048;STB=0.535688;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0303625;OID=.;OPOS=152331240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:36:27:28:0.4375:17:10:15:20:18:10:15:21 chr1 152382120 . C T 216.07 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.001681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0718;QD=21.6074;RBI=0.0172572;REFB=-0.0470468;REVB=0.0171751;RO=17;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301208;STB=0.671473;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.057304;OID=.;OPOS=152382120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:19:21:21:0.525:15:6:11:6:15:6:12:7 chr1 152382252 . TG CT,TC,T 30.13 PASS AF=0.0185185,0,0.203704;AO=3,5,10;DP=52;FAO=1,0,11;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=0,0,9;FSAR=1,0,2;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0625346,-0.211342,-0.143447;FXX=0;HRUN=1,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=127.116,81.1846,14.7046;QD=2.23193;RBI=0.0662246,0.211934,0.14944;REFB=-0.0261635,-0.0173355,-0.140132;REVB=-0.0217972,-0.0158218,-0.041894;RO=33;SAF=0,5,9;SAR=3,0,1;SRF=11;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.33945;SSSB=-0.471293,0.70237,0.654341;STB=0.989066,0.5,0.800147;STBP=0.466,1,0.035;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.132294,0,0.185612;OID=.,.,.;OPOS=152382252,152382253,152382253;OREF=TG,G,G;OALT=CT,C,-;OMAPALT=CT,TC,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:27:52:54:33:42:3,5,10:1,0,11:0.0185185,0,0.203704:3,0,1:0,5,9:11:22:1,0,2:0,0,9:19:23 chr1 152484129 . G A 294.99 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=34;FWDB=-0.0112234;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.321;QD=17.3525;RBI=0.0115265;REFB=-0.0196189;REVB=0.00262583;RO=35;SAF=2;SAR=30;SRF=2;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218211;STB=0.516119;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0268473;OID=.;OPOS=152484129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:30:2:2:33:30:2:2:34 chr1 152484590 . A C 133.82 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00962465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2157;QD=16.2205;RBI=0.0355873;REFB=-0.0102531;REVB=0.0342611;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788801;STB=0.565128;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0170235;OID=.;OPOS=152484590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:10:5:7:10:10:5:8:10 chr1 152487979 . C T 73.01 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0683862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2324;QD=20.8588;RBI=0.12157;REFB=-0.123848;REVB=0.100512;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964512;STB=0.555432;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0478858;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:4:5:2:3:4:5:2:3 chr1 152488063 . C T 761.84 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3637;QD=62.1909;RBI=0.110163;REFB=0;REVB=0.089052;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171015;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259059;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:49:1:0:47:49:1:27:20:0:1:28:21:0:0 chr1 152488338 . A T 197.71 PASS AF=0.271186;AO=12;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00718254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.797;QD=13.4044;RBI=0.014226;REFB=-0.00794212;REVB=-0.0122797;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157706;STB=0.543423;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0172631;OID=.;OPOS=152488338;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:59:59:28:32:12:16:0.271186:4:8:15:13:6:10:18:14 chr1 152488428 . T C 726.8 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0623267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3605;QD=52.858;RBI=0.0653182;REFB=-0.171485;REVB=0.0195408;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5147;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00591634;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:55:0:2:53:53:0.963636:33:20:0:0:33:20:0:2 chr1 152732106 . A T 280.79 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0207324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.419;QD=28.0791;RBI=0.041908;REFB=-0.0208106;REVB=-0.0364205;RO=15;SAF=19;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824287;STB=0.545654;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00881605;OID=.;OPOS=152732106;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:6:19:10:5:6:19:10:5 chr1 152732876 . C T 136.9 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0150098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.821;QD=18.2529;RBI=0.0221085;REFB=-0.0296025;REVB=0.0162325;RO=14;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104493;STB=0.548951;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0179492;OID=.;OPOS=152732876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:12:3:4:10:12:3:4:11 chr1 152882610 . A G 179.68 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0439353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.352;QD=23.185;RBI=0.0440544;REFB=-0.0382484;REVB=0.00323661;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195324;STB=0.525519;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0308367;OID=.;OPOS=152882610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:10:13:17:18:0.580645:9:8:5:5:10:8:5:8 chr1 152883608 . G A 33.59 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0217639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.555;QD=19.1945;RBI=0.13511;REFB=-0.0661793;REVB=0.133345;RO=2;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0385305;OID=.;OPOS=152883608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:7:2:2:4:5:0.714286:2:2:1:1:3:2:1:1 chr1 152883680 . A G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0194307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.374;QD=18.7672;RBI=0.0373189;REFB=-0.0293868;REVB=-0.0318614;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194334;STB=0.614989;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0137429;OID=.;OPOS=152883680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:1:2:2:4:1:2 chr1 152883711 . G C 54.86 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0325936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.792;QD=24.3822;RBI=0.114129;REFB=-0.222865;REVB=0.109376;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0349635;OID=.;OPOS=152883711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:1:1:2:5:1:1 chr1 152884111 . G A 342.98 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0572084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2398;QD=19.0546;RBI=0.0677446;REFB=-0.0101098;REVB=-0.0362841;RO=32;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146186;STB=0.513881;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0105325;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:36:35:36:0.5:18:17:15:17:18:18:19:17 chr1 152884246 . GA TG 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00840954;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.713;QD=22.9824;RBI=0.00940943;REFB=-0.0284143;REVB=0.00422102;RO=21;SAF=3;SAR=22;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388308;STB=0.736883;STBP=0.012;TYPE=mnp;VARB=0.0277234;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:22:3:9:12:22:3:10:12 chr1 152944594 . C T 191.32 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00419886;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5503;QD=13.4259;RBI=0.0403794;REFB=0.00943384;REVB=0.0401605;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205201;STB=0.62452;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0104334;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:34:23:23:0.403509:10:13:12:21:10:13:12:22 chr1 152957832 . C A 49.01 PASS AF=0.5;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0548555;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.4255;QD=14.0021;RBI=0.0582253;REFB=-0.0582965;REVB=0.0195209;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372308;STB=0.705189;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0565047;OID=.;OPOS=152957832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:6:7:7:7:0.5:6:1:3:3:6:1:3:4 chr1 152958238 . A G 461.76 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00933244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0501;QD=21.7298;RBI=0.0142102;REFB=-0.026415;REVB=-0.0107161;RO=39;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057862;STB=0.526304;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0266392;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:40:45:45:0.529412:25:20:20:19:25:20:20:20 chr1 152958267 . T C 356.81 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0398494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9134;QD=22.6545;RBI=0.0575023;REFB=-0.0225176;REVB=-0.0414553;RO=27;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014406;STB=0.507932;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0190047;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:18:18:13:14:18:18:13:14 chr1 152975495 . G A 164.8 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0149827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6184;QD=21.2643;RBI=0.026845;REFB=-0.0243473;REVB=0.0222749;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805621;STB=0.545401;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.020582;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:8:6:9:8:8:6 chr1 152975715 . C T 44.98 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0509581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.634;QD=7.82302;RBI=0.050959;REFB=-0.00249166;REVB=-0.000290846;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418932;STB=0.752361;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00913998;OID=.;OPOS=152975715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:3:13:3:4:3:13 chr1 152975829 . A G 38.87 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0162353;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2384;QD=9.14633;RBI=0.0517922;REFB=-0.00660101;REVB=0.0491817;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359862;STB=0.730829;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.024195;OID=.;OPOS=152975829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:11:11:6:6:0.352941:1:5:6:5:1:5:6:5 chr1 152975941 . C G 146.96 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0115107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.297;QD=17.289;RBI=0.0130334;REFB=-0.00712249;REVB=-0.00611332;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102873;STB=0.558751;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0163507;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:11:7:8:8:11:7 chr1 152976108 . C T 175.0 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00156607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.863;QD=19.9994;RBI=0.00706317;REFB=-0.0222827;REVB=0.00688737;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205323;STB=0.511615;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0131375;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:10:7:7:11:10:7 chr1 152976114 . G C 218.07 PASS AF=0.567568;AO=22;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00655989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3517;QD=23.5746;RBI=0.0468876;REFB=-0.0292545;REVB=-0.0464264;RO=15;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729464;STB=0.51678;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00780535;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:22:21:0.567568:11:11:9:6:10:11:9:7 chr1 152976306 . T G 196.74 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0210218;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.758;QD=17.4883;RBI=0.021306;REFB=-0.0227828;REVB=-0.00346826;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156291;STB=0.589196;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0365066;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:14:11:12:8:14:11 chr1 153004983 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0451479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.375;QD=9.44605;RBI=0.0451895;REFB=-0.02876;REVB=0.00193918;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219799;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0473575;OID=.;OPOS=153004983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:4:2:5:4:4:2:6:4 chr1 153005156 . C T 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0152167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9534;QD=15.2611;RBI=0.0337215;REFB=-0.01199;REVB=-0.0300931;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522596;STB=0.530339;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0146081;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:7:9:8:5:7:9 chr1 153066072 . T C 112.46 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0155081;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.041;QD=6.61541;RBI=0.0155462;REFB=-0.00789718;REVB=0.00108727;RO=49;SAF=10;SAR=7;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303079;STB=0.53065;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0216555;OID=.;OPOS=153066072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:51:17:17:0.25:7:10:30:19:7:10:32:19 chr1 153085029 . G T 788.89 PASS AF=0.496933;AO=81;DP=163;FAO=81;FDP=163;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0127023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.52;QD=19.3593;RBI=0.029244;REFB=-0.0232081;REVB=-0.0263413;RO=81;SAF=40;SAR=41;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112132;STB=0.503105;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0229386;OID=.;OPOS=153085029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:81:82:81:81:0.496933:41:40:41:40:41:40:41:41 chr1 153113139 . G A 116.15 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0750091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3499;QD=20.1991;RBI=0.107322;REFB=-0.00805265;REVB=0.0767571;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156207;STB=0.588109;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.015227;OID=.;OPOS=153113139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:2:8:8:5:2:8 chr1 153277423 . C T 984.07 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00620058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0016;QD=56.2328;RBI=0.00659506;REFB=0.0260631;REVB=0.00224669;RO=2;SAF=39;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004054;STB=0.502145;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00141151;OID=.;OPOS=153277423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:70:70:2:2:68:68:0.971429:29:39:1:1:29:39:1:1 chr1 153304140 . AG A 148.4 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0157517;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.6;QD=19.7867;RBI=0.0160206;REFB=-0.0231641;REVB=0.00292291;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385658;STB=0.655547;STBP=0.094;TYPE=del;VARB=0.0162493;OID=.;OPOS=153304141;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:15:34:16:30:14:10:6:4:10:99:17:10:5:4:13 chr1 153314153 . C A 929.67 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325517;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.559;QD=58.1046;RBI=0.0252941;REFB=0;REVB=0.0250838;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29971e-05;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:35:29:0:0 chr1 153315579 . A G 918.3 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.2762;QD=57.3939;RBI=0.0134939;REFB=0;REVB=-0.00699796;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03409e-05;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:24:39:0:0:25:39:0:0 chr1 153320334 . T C 270.46 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0163333;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.144;QD=43.2736;RBI=0.0288351;REFB=-0.0224944;REVB=-0.0237631;RO=3;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368142;STB=0.501741;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00106385;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:25:25:3:2:22:23:0.92:11:11:2:1:11:12:1:1 chr1 153320372 . T G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2069;QD=56.7033;RBI=0.0527403;REFB=0;REVB=-0.0481817;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000607381;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr1 153410822 . C A 499.88 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.517;QD=58.8096;RBI=0.00855061;REFB=0;REVB=0.00756137;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22847e-05;OID=.;OPOS=153410822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:15:17:0:0:15:19:0:0 chr1 153412392 . T G 380.91 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177417;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.278;QD=56.4312;RBI=0.0177962;REFB=0;REVB=0.00139183;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535888;OID=.;OPOS=153412392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr1 153431406 . C G 1566.03 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034192;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4265;QD=59.6582;RBI=0.0398056;REFB=0;REVB=-0.0203811;RO=0;SAF=36;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501462;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:104:105:1:68:36:0:0:68:37:0:0 chr1 153588279 . G A 386.27 PASS AF=0.547945;AO=35;DP=69;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0115182;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.748;QD=21.1656;RBI=0.073939;REFB=-0.00301072;REVB=0.0730363;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119671;STB=0.525717;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00297585;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:32:33:35:40:0.547945:17:18:12:20:22:18:13:20 chr1 153588340 . C T 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0150202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.399;QD=18.0083;RBI=0.0215872;REFB=-0.0186914;REVB=0.0155049;RO=41;SAF=13;SAR=24;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148823;STB=0.508316;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0173007;OID=.;OPOS=153588340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:24:13:15:26:24:13:15:26 chr1 153604029 . C T 209.24 PASS AF=0.446809;AO=22;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0155152;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6902;QD=17.8078;RBI=0.0494361;REFB=-0.0133557;REVB=0.0469384;RO=24;SAF=2;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510755;STB=0.800848;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0220543;OID=.;OPOS=153604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:26:22:21:0.446809:20:2:11:13:19:2:12:14 chr1 153643809 . T C,TC 209.38 PASS AF=0.0483871,0.435484;AO=6,21;DP=64;FAO=3,27;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=1,12;FSAR=2,15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00871899,-0.110477;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=25.5668,19.1921;QD=13.5084;RBI=0.0650137,0.130781;REFB=-0.00621746,-0.029161;REVB=-0.0644264,-0.0699891;RO=36;SAF=1,11;SAR=5,10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.413288,0.0259128;STB=0.678068,0.547135;STBP=0.554,0.543;TYPE=snp,ins;VARB=0.0589552,0.0244377;OID=.,.;OPOS=153643809,153643810;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:64:62:36:32:6,21:3,27:0.0483871,0.435484:5,10:1,11:18:18:2,15:1,12:17:15 chr1 153676713 . C A 341.36 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00270252;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.342;QD=20.6882;RBI=0.0066327;REFB=-0.011283;REVB=0.00605715;RO=30;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911885;STB=0.542833;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00848354;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:19:16:17:13:19:16:17:14 chr1 153743234 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.899;QD=55.6557;RBI=0.0328152;REFB=0;REVB=0.0267055;RO=0;SAF=2;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11185e-05;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:25:2:0:0:25:2:0:0 chr1 153906724 . C G 556.42 PASS AF=0.389222;AO=65;DP=167;FAO=65;FDP=167;FR=.;FRO=102;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.00667521;FXX=0.00595203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.215;QD=13.3274;RBI=0.0497309;REFB=-0.010182;REVB=-0.0492809;RO=100;SAF=37;SAR=28;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962566;STB=0.55447;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0152411;OID=.;OPOS=153906724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:100:102:65:65:0.389222:28:37:48:52:28:37:49:53 chr1 153913770 . A G 693.09 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0177033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2312;QD=52.3088;RBI=0.0377675;REFB=-0.0348395;REVB=0.0333613;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165215;STB=0.501866;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0196998;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:23:28:1:0:23:28:1:1 chr1 154108387 . G A,T 1140.75 PASS AF=0.986842,0.0131579;AO=72,4;DP=76;FAO=75,1;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156634,-0.034811;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.711,37.5369;QD=60.0396;RBI=0.02406,0.0413486;REFB=0,0;REVB=-0.0182631,-0.0223137;RO=0;SAF=36,3;SAR=36,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000761909,0.116544;OID=.,.;OPOS=154108387,154108387;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:76:76:0:0:72,4:75,1:0.986842,0.0131579:36,1:36,3:0:0:36,1:39,0:0:0 chr1 154144673 . GAAAAAAAA GAAAAAAAAA,GAAAAAAAAT,GAAAAAAAT 125.19 PASS AF=0.35,0,0.6;AO=3,4,4;DP=22;FAO=7,0,12;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=3,0,6;FSAR=4,0,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.361236,0.0104954,0.0150421;FXX=0.0475964;HRUN=11,2,11;LEN=1,1,1;MLLD=2.9462,291.999,296.348;QD=25.0378;RBI=0.429331,0.021652,0.0264594;REFB=-0.235271,-0.00174962,0.00174769;REVB=0.23202,-0.0189383,-0.0217678;RO=3;SAF=1,3,1;SAR=2,1,3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.305979,-0.0725463;STB=0.5554,0.5,0.538398;STBP=0.526,1,0.538;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0758685,0.0406949,0.0135192;OID=.,.,.;OPOS=154144674,154144682,154144681;OREF=-,-,A;OALT=A,T,T;OMAPALT=GAAAAAAAAA,GAAAAAAAAT,GAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.35,0,0.6:3,4,4:22:7,0,12:20:1:3,0,6:4,0,6:0:1:27:3:1,3,1:2,1,3:1:2 chr1 154184994 . T A 523.73 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00585376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.09;QD=19.9516;RBI=0.0155107;REFB=-0.029655;REVB=-0.0143637;RO=51;SAF=26;SAR=28;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111002;STB=0.561159;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0190104;OID=.;OPOS=154184994;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:28:26:31:20:28:26:31:20 chr1 154231438 . G A 286.4 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0209549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6537;QD=13.3208;RBI=0.0216689;REFB=-0.00990432;REVB=-0.00551667;RO=53;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587465;STB=0.533612;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0139393;OID=.;OPOS=154231438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:21:12:22:31:21:12:22:31 chr1 154293675 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00796166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.309;QD=25.3616;RBI=0.0339555;REFB=-0.0256363;REVB=0.0330089;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995014;STB=0.555484;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0134735;OID=.;OPOS=154293675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:9:6:2:6:9:6:2:6 chr1 154295592 . C T 397.4 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0760143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.779;QD=20.644;RBI=0.0760827;REFB=-0.0215973;REVB=-0.00322552;RO=35;SAF=14;SAR=26;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120608;STB=0.582048;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0162988;OID=.;OPOS=154295592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:37:40:40:0.519481:26:14:17:18:26:14:19:18 chr1 154303976 . T C 269.22 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00171351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1671;QD=13.9853;RBI=0.0140316;REFB=-0.0103124;REVB=-0.0139266;RO=43;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888467;STB=0.516203;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0190517;OID=.;OPOS=154303976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:46:31:31:0.402597:19:12:17:26:19:12:19:27 chr1 154310048 . C G 178.03 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0206048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.11;QD=10.6287;RBI=0.0206071;REFB=-0.0138687;REVB=-0.000304506;RO=44;SAF=6;SAR=17;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794485;STB=0.546582;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0358384;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:17:6:14:30:17:6:14:30 chr1 154313689 . G A 259.28 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0224094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.334;QD=24.1189;RBI=0.0469991;REFB=-0.0161898;REVB=-0.0413127;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107798;STB=0.548978;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0158083;OID=.;OPOS=154313689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:14:10:10:8:14:10:10:9 chr1 154316434 . C T 121.76 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.00739938;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.519;QD=13.9148;RBI=0.0411134;REFB=-0.0165395;REVB=-0.0404421;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482787;STB=0.774955;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0148001;OID=.;OPOS=154316434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:21:14:14:0.4:5:9:3:18:5:9:3:18 chr1 154317153 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.031766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.574;QD=19.4666;RBI=0.0384826;REFB=-0.0487164;REVB=0.0217217;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204856;STB=0.615893;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0238507;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:8:14:10:14:8:14:10:14 chr1 154320942 . A G 367.19 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0102578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.84;QD=19.075;RBI=0.0189925;REFB=-0.0195912;REVB=-0.0159842;RO=39;SAF=16;SAR=22;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130397;STB=0.572564;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.01641;OID=.;OPOS=154320942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:22:16:22:17:22:16:22:17 chr1 154426970 . A C 92.12 PASS AF=0.44;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0175857;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.535;QD=14.7399;RBI=0.0462251;REFB=-0.00394583;REVB=-0.0427493;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435331;STB=0.525501;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00618914;OID=.;OPOS=154426970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:27:25:14:14:11:11:0.44:6:5:7:7:6:5:7:7 chr1 154437896 . T C 128.44 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.012305;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.895;QD=15.1102;RBI=0.0239811;REFB=-0.0189821;REVB=-0.0205835;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307077;STB=0.681614;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0171455;OID=.;OPOS=154437896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:9:5:2:17:9:5:2:18 chr1 154438880 . T C 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0130104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2016;QD=14.698;RBI=0.0207423;REFB=0.0219662;REVB=0.0161546;RO=23;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231016;STB=0.513353;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0472212;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:13:3:4:19:13:3:4:19 chr1 154474131 . C G 198.45 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.4;QD=44.1008;RBI=0.0425151;REFB=-0.144111;REVB=0.0406615;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00119269;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:1:0:8:9:1:0 chr1 154516477 . G A 447.77 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00930021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.901;QD=21.3225;RBI=0.012984;REFB=-0.0101159;REVB=0.00906035;RO=39;SAF=24;SAR=20;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128038;STB=0.562886;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.008905;OID=.;OPOS=154516477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:40:44:44:0.52381:20:24:27:12:20:24:27:13 chr1 154516571 . T C 623.31 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.551;QD=60.8111;RBI=0.0254628;REFB=0;REVB=0.0131187;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37393e-05;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:30:8:0:0:32:9:0:0 chr1 154516578 . G A 129.43 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.00723188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.422;QD=12.9428;RBI=0.00956855;REFB=-0.0161286;REVB=0.00626555;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825213;STB=0.555984;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0587916;OID=.;OPOS=154516578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:11:4:5:19:11:4:5:20 chr1 154561925 . C T 381.88 PASS AF=0.965517;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.472;QD=52.6724;RBI=0.0388903;REFB=-0.0943615;REVB=-0.0294111;RO=1;SAF=8;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545422;STB=0.523792;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0024048;OID=.;OPOS=154561925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:29:1:1:26:28:0.965517:18:8:1:0:18:10:1:0 chr1 154574820 . T C 1033.67 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106326;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.532;QD=58.235;RBI=0.0186552;REFB=-0.105591;REVB=0.0153285;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000423778;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:27:43:0:0:26:44:0:1 chr1 154575040 . C T 582.77 PASS AF=0.911111;AO=39;DP=43;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00488177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.017;QD=51.8016;RBI=0.0205135;REFB=-0.240385;REVB=0.0199241;RO=2;SAF=13;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667942;STB=0.562469;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00996495;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:45:2:4:39:41:0.911111:26:13:2:0:27:14:4:0 chr1 154600372 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.557;QD=46.8478;RBI=0.169754;REFB=0;REVB=-0.103179;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531115;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr1 154744852 . A G 153.52 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.130095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.449;QD=21.9308;RBI=0.130466;REFB=-0.0181776;REVB=-0.00982704;RO=12;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182627;STB=0.510296;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0245991;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:11:5:4:8:11:5:4:8 chr1 154917314 . G A 1189.38 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.616;QD=60.9936;RBI=0.0217638;REFB=0;REVB=-0.0152181;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49256e-06;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr1 154919080 . C T 669.46 PASS AF=0.957447;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0187417;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.509;QD=56.9752;RBI=0.0397848;REFB=-0.128857;REVB=0.0350939;RO=2;SAF=24;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375364;STB=0.519222;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000854652;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:47:2:2:43:45:0.957447:19:24:2:0:20:25:2:0 chr1 154987526 . C T 70.43 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0266015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2229;QD=17.6065;RBI=0.090971;REFB=-0.0171618;REVB=0.0869947;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041038;STB=0.523757;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0207584;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:2:5:6:3:2:5 chr1 155006091 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0209045;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.637;QD=18.645;RBI=0.0409033;REFB=-0.0173281;REVB=-0.035158;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930297;STB=0.553115;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0087382;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:6:7:6:8:6:7 chr1 155006141 . C T 122.05 PASS AF=0.538462;AO=12;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0253882;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=241.345;QD=18.7774;RBI=0.0370494;REFB=-0.0175177;REVB=0.0269832;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670073;STB=0.571326;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0116047;OID=.;OPOS=155006141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:26:26:10:12:12:14:0.538462:7:5:5:5:8:6:7:5 chr1 155006999 . C T 86.84 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00487309;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3155;QD=10.5258;RBI=0.0530634;REFB=-0.0161948;REVB=0.0528392;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385422;STB=0.705559;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0452719;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:34:33:21:22:11:11:0.333333:5:6:4:17:5:6:5:17 chr1 155019710 . A C 623.04 PASS AF=0.647059;AO=53;DP=85;FAO=55;FDP=85;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0249109;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.078;QD=29.3196;RBI=0.028569;REFB=-0.0139836;REVB=-0.0139868;RO=30;SAF=25;SAR=28;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480223;STB=0.525808;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00851625;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:30:30:53:55:0.647059:28:25:12:18:29:26:12:18 chr1 155026854 . G C 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0195718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.229;QD=18.7958;RBI=0.019836;REFB=-0.0113875;REVB=-0.00322697;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969451;STB=0.554559;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0129319;OID=.;OPOS=155026854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:16:7:6:21:16:7:6:21 chr1 155026942 . AG CG,CT 250.79 PASS AF=0.9,0.1;AO=18,2;DP=20;FAO=18,2;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185432,0.0246385;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=124.355,77.5067;QD=50.1578;RBI=0.0385747,0.0248695;REFB=0,0;REVB=0.0338253,0.00338206;RO=0;SAF=8,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00113125,0.0380352;OID=.,.;OPOS=155026942,155026942;OREF=A,AG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:20:20:0:0:18,2:18,2:0.9,0.1:10,2:8,0:0:0:10,2:8,0:0:0 chr1 155033317 . T C 44.04 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0215941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.389;QD=6.52445;RBI=0.0310237;REFB=-0.0133633;REVB=-0.0222747;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420719;STB=0.778308;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.036973;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:6:1:9:11:6:1:9:11 chr1 155041387 . AG A,GA 41.85 PASS AF=0.173077,0.0961538;AO=10,7;DP=52;FAO=9,5;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=2,3;FSAR=7,2;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.138379,0.0918523;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=8.76334,17.2996;QD=3.21932;RBI=0.216375,0.189926;REFB=-0.104332,-0.0571513;REVB=-0.166342,-0.166238;RO=28;SAF=2,4;SAR=8,3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.312968,0.169404;STB=0.684337,0.653951;STBP=0.247,0.501;TYPE=del,mnp;VARB=0.104238,0.135468;OID=.,.;OPOS=155041388,155041387;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:52:52:28:38:10,7:9,5:0.173077,0.0961538:8,3:2,4:12:16:7,2:2,3:16:22 chr1 155059851 . A G 573.12 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.014596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.583;QD=55.9137;RBI=0.0196392;REFB=-0.150019;REVB=0.0131399;RO=2;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778705;STB=0.541645;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00111204;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:11:28:0:2:11:28:0:2 chr1 155106697 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.549;QD=59.4346;RBI=0.0219419;REFB=0;REVB=0.00360945;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40745e-05;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr1 155149718 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.996;QD=55.0986;RBI=0.0384837;REFB=0;REVB=0.0177494;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13419e-05;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 155162067 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.939;QD=45.8057;RBI=0.0113963;REFB=0;REVB=0.000601805;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201079;OID=.;OPOS=155162067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr1 155178610 . ACCCCCCCG ACCCCCCG,ACCCCCCGC 38.84 PASS AF=0.214286,0.0357143;AO=6,5;DP=57;FAO=12,2;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=6,2;FSAR=6,0;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0615175,-0.0443638;FXX=0.0175408;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.02796,21.3452;QD=2.77458;RBI=0.0898399,0.16032;REFB=-0.0791272,-0.0442018;REVB=-0.0654738,-0.154059;RO=31;SAF=3,4;SAR=3,1;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0962443,0.432293;STB=0.573953,0.995713;STBP=0.55,0.096;TYPE=del,mnp;VARB=0.0660622,0.0485883;OID=.,.;OPOS=155178611,155178617;OREF=C,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=ACCCCCCG,ACCCCCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286,0.0357143:6,5:57:12,2:56:42:6,2:6,0:17:25:28:31:3,4:3,1:13:18 chr1 155178745 . AGG GAG,GTA 43.7 PASS AF=0.15942,0;AO=11,3;DP=73;FAO=11,0;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=1,0;FSAR=10,0;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0199067,-0.0162925;FXX=0.054787;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=30.7777,151.449;QD=2.53351;RBI=0.0374418,0.0412814;REFB=-0.036243,-0.00346465;REVB=-0.0317114,-0.0379303;RO=53;SAF=1,0;SAR=10,3;SRF=27;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.563574,-0.464005;STB=0.884186,0.5;STBP=0.012,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.152156,0;OID=.,.;OPOS=155178745,155178745;OREF=AG,AGG;OALT=GA,GTA;OMAPALT=GAG,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:73:69:53:58:11,3:11,0:0.15942,0:10,3:1,0:27:26:10,0:1,0:29:29 chr1 155178782 . A T 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2689;QD=63.2798;RBI=0.0607224;REFB=0;REVB=0.0256251;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700652;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr1 155186729 . T C 2182.11 PASS AF=0.967532;AO=146;DP=152;FAO=149;FDP=154;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=95;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0496804;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2678;QD=56.6782;RBI=0.0506479;REFB=0.0114011;REVB=-0.00985193;RO=3;SAF=53;SAR=93;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125192;STB=0.508306;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00308989;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:152:154:3:5:146:149:0.967532:93:53:2:1:95:54:3:2 chr1 155186742 . G A 2262.11 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256821;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.629;QD=63.2758;RBI=0.082849;REFB=-0.0456105;REVB=0.0828092;RO=0;SAF=53;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310217;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:145:143:0:0:143:143:1:90:53:0:0:90:53:0:0 chr1 155217436 . GGA ATT,GTT 299.06 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=20,3;DP=23;FAO=20,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=12,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199824,0.0032612;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=148.639,104.055;QD=52.0108;RBI=0.0669995,0.0950523;REFB=0,0;REVB=0.0639503,0.0949963;RO=0;SAF=8,0;SAR=12,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0105206,-0.084147;OID=.,.;OPOS=155217436,155217437;OREF=GGA,GA;OALT=ATT,TT;OMAPALT=ATT,GTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:23:23:0:0:20,3:20,3:0.869565,0.130435:12,3:8,0:0:0:12,3:8,0:0:0 chr1 155230131 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127501;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=232.433;QD=50.4135;RBI=0.0282184;REFB=0;REVB=0.0251736;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26478e-05;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr1 155258752 . G A 851.06 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.072;QD=57.6988;RBI=0.0485013;REFB=0;REVB=0.0291799;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65666e-05;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:31:28:0:0 chr1 155258756 . C T 707.08 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00540909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7972;QD=49.6195;RBI=0.0165884;REFB=-0.0371381;REVB=0.0156817;RO=3;SAF=25;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019688;STB=0.519542;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00101311;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:3:4:53:53:0.929825:28:25:2:1:28:25:3:1 chr1 155260383 . G T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.189;QD=56.1901;RBI=0.0363888;REFB=0;REVB=0.029394;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140497;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr1 155291721 . GGC G,GG 35.08 PASS AF=0.304348,0;AO=4,3;DP=23;FAO=7,0;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6,0;FSAR=1,0;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.105995,-0.0350914;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=31.8131,16.8186;QD=6.10062;RBI=0.142498,0.0898623;REFB=-0.0381442,-0.0271243;REVB=0.0952403,0.0827274;RO=16;SAF=3,3;SAR=1,0;SRF=5;SRR=11;SSEN=0.625,0;SSEP=0,0.625;SSSB=0.46666,0.687676;STB=0.866454,0.5;STBP=0.032,1;TYPE=del,del;VARB=0.125201,0.0142451;OID=.,.;OPOS=155291722,155291723;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348,0:4,3:23:7,0:23:16:6,0:1,0:5:11:32:16:3,3:1,0:5:11 chr1 155294274 . A G 180.83 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671016;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.474;QD=48.2208;RBI=0.0695741;REFB=0;REVB=0.0183826;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180972;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr1 155408635 . T C 669.93 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438777;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7741;QD=62.3194;RBI=0.0698234;REFB=0;REVB=0.0543144;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148143;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr1 155532316 . T C 101.29 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.044;QD=40.5164;RBI=0.0498413;REFB=0;REVB=-0.0289191;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00495953;OID=.;OPOS=155532316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr1 155532325 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2905;QD=37.4854;RBI=0.10273;REFB=0;REVB=0.00678242;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0078748;OID=.;OPOS=155532325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr1 155532332 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2528;QD=37.4844;RBI=0.00872303;REFB=0;REVB=0.0081437;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357572;OID=.;OPOS=155532332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:6:1:0:0:7:1:0:0 chr1 155532341 . T C 57.0 PASS AF=0.875;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.115673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5583;QD=28.5013;RBI=0.117421;REFB=-0.169938;REVB=-0.0201885;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0236221;OID=.;OPOS=155532341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:6:7:0.875:5:1:0:0:6:1:0:1 chr1 155581311 . T C 487.29 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000266129;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.467;QD=59.0655;RBI=0.00864453;REFB=0;REVB=0.00864044;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21996e-05;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr1 155658085 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.846;QD=58.1421;RBI=0.0108376;REFB=0;REVB=0.0107895;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06888e-05;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 155735012 . T C 708.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.278;QD=62.9616;RBI=0.0214491;REFB=0;REVB=0.0176999;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11973e-05;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr1 155736193 . C T 164.34 PASS AF=0.38;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0754479;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1185;QD=13.1471;RBI=0.0761047;REFB=-0.0126545;REVB=-0.00997694;RO=31;SAF=18;SAR=1;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.669289;STB=0.902122;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0164056;OID=.;OPOS=155736193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:31:31:19:19:0.38:1:18:15:16:1:18:15:16 chr1 155755097 . G A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.64;QD=60.9765;RBI=0.0261423;REFB=0;REVB=-0.00548989;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192827;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr1 155823124 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0296369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.032;QD=21.5108;RBI=0.0310309;REFB=-0.00276564;REVB=-0.00919651;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172371;STB=0.597587;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00371954;OID=.;OPOS=155823124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:5:13:8:7:5:13:8:7 chr1 155837865 . G C 340.55 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3166;QD=54.4882;RBI=0.0712359;REFB=0;REVB=0.0369038;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216418;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr1 155838267 . T C 134.65 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216679;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.901;QD=44.883;RBI=0.0517764;REFB=0;REVB=0.0470244;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179714;OID=.;OPOS=155838267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr1 155880573 . C G 465.84 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.529;QD=58.2303;RBI=0.0387503;REFB=0;REVB=0.030368;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82854e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:15:15:0:0:17:15:0:0 chr1 155904177 . T C 1508.03 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652832;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1475;QD=59.7239;RBI=0.00691569;REFB=0;REVB=0.00228208;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1276e-05;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:56:44:0:0:56:45:0:0 chr1 155912486 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4946;QD=51.912;RBI=0.0449401;REFB=0;REVB=-0.023756;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180492;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr1 156044415 . AG A 36.36 PASS AF=0.44;AO=7;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.119887;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9358;QD=5.81775;RBI=0.123986;REFB=-0.113661;REVB=0.0316154;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885977;STB=0.689811;STBP=0.111;TYPE=del;VARB=0.130403;OID=.;OPOS=156044416;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:7:25:11:25:14:4:7:10:4:36:14:5:2:9:5 chr1 156202173 . A G 673.98 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0502687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.595;QD=58.6073;RBI=0.121454;REFB=-0.0574847;REVB=0.110563;RO=1;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302851;STB=0.508471;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00310643;OID=.;OPOS=156202173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:15:29:0:1:16:29:1:0 chr1 156206121 . G A 252.5 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0147298;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2347;QD=17.1183;RBI=0.0156534;REFB=0.00522175;REVB=-0.00529744;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135404;STB=0.575706;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0101999;OID=.;OPOS=156206121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:22:9:12:16:22:9 chr1 156212567 . C A 37.08 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0399076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.754;QD=8.24066;RBI=0.0440676;REFB=-0.0123748;REVB=-0.0186905;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264239;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.054823;OID=.;OPOS=156212567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:5:7:2:4:5:7 chr1 156213921 . C T 72.9 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0214908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.621;QD=20.829;RBI=0.021506;REFB=-0.0442999;REVB=0.000809246;RO=5;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143326;STB=0.583134;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0115678;OID=.;OPOS=156213921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:7:2:2:3:7:2:2:3 chr1 156215899 . G A 443.23 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=0.0143744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.549;QD=15.0248;RBI=0.0234656;REFB=-0.0119779;REVB=0.0185475;RO=67;SAF=39;SAR=11;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145109;STB=0.589295;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0118316;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:68:50:50:0.423729:11:39:45:22:11:39:45:23 chr1 156220056 . T C 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0288848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.053;QD=11.1296;RBI=0.0929758;REFB=-0.0225241;REVB=-0.0883752;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638208;STB=0.538383;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0277368;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:11:6:3:7:11:6 chr1 156222714 . C T 236.65 PASS AF=0.410959;AO=28;DP=69;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.143424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6603;QD=12.9674;RBI=0.155553;REFB=-0.0532783;REVB=-0.0602174;RO=41;SAF=15;SAR=13;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130488;STB=0.56571;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0754272;OID=.;OPOS=156222714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:41:43:28:30:0.410959:13:15:27:14:13:17:29:14 chr1 156252453 . TGGGGGGG TCGGGGGG,TGGGGGG,TGGGGGGC 59.59 PASS AF=0.0147059,0.308824,0.0441176;AO=3,14,3;DP=68;FAO=1,21,3;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=0,12,0;FSAR=1,9,3;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0383455,-0.0734037,0.127771;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=76.5508,7.12332,19.7638;QD=3.5052;RBI=0.0384242,0.146441,0.17616;REFB=-0.00918914,-0.114997,-0.0755687;REVB=-0.00245914,0.126715,0.121272;RO=31;SAF=0,8,0;SAR=3,6,3;SRF=10;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.476991,0.280272,-0.476991;STB=0.986704,0.660726,0.995397;STBP=0.506,0.079,0.155;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0409271,0.0804532,0.136938;OID=.,.,.;OPOS=156252454,156252454,156252460;OREF=G,G,G;OALT=C,-,C;OMAPALT=TCGGGGGG,TGGGGGG,TGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0147059,0.308824,0.0441176:3,14,3:68:1,21,3:68:43:0,12,0:1,9,3:14:29:46:31:0,8,0:3,6,3:10:21 chr1 156339149 . A C 161.13 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00784922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.6452;QD=15.3458;RBI=0.0302678;REFB=-0.0492676;REVB=-0.0292323;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283849;STB=0.647513;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0608459;OID=.;OPOS=156339149;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:24:18:18:0.428571:8:10:6:17:8:10:7:17 chr1 156347834 . T A 558.96 PASS AF=0.491525;AO=56;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=0.076425;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5384;QD=18.9478;RBI=0.102615;REFB=-0.0392815;REVB=0.068476;RO=59;SAF=21;SAR=35;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881883;STB=0.544379;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0410948;OID=.;OPOS=156347834;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:59:60:56:58:0.491525:35:21:17:42:37:21:17:43 chr1 156351699 . G A 1597.77 PASS AF=0.956522;AO=110;DP=115;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0527115;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.061;QD=55.5748;RBI=0.0699525;REFB=-0.103432;REVB=0.0459875;RO=3;SAF=76;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00142872;STB=0.505575;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00049279;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:115:115:3:5:110:110:0.956522:34:76:2:1:34:76:4:1 chr1 156354293 . A G 223.14 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.000532358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.253;QD=10.5008;RBI=0.00342528;REFB=-0.0123173;REVB=-0.00338366;RO=53;SAF=11;SAR=17;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174433;STB=0.578667;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0322978;OID=.;OPOS=156354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:57:28:28:0.329412:17:11:29:24:17:11:29:28 chr1 156354367 . A G 953.41 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6005;QD=58.6712;RBI=0.0826457;REFB=0;REVB=0.00180929;RO=0;SAF=15;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798196;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:49:15:0:0:50:15:0:0 chr1 156446903 . T C 51.98 PASS AF=0.230769;AO=5;DP=40;FAO=9;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0260386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1524;QD=5.33114;RBI=0.0278367;REFB=-0.000305811;REVB=-0.00984235;RO=25;SAF=1;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454542;STB=0.833544;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.000556624;OID=.;OPOS=156446903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:40:39:25:30:5:9:0.230769:4:1:15:10:7:2:21:9 chr1 156450719 . G A 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0225161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.332;QD=28.226;RBI=0.0228326;REFB=-0.113925;REVB=-0.00378879;RO=4;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807907;STB=0.545377;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0388377;OID=.;OPOS=156450719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:4:8:2:2:4:8:2:2 chr1 156496298 . T C 382.92 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.0358558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.463;QD=17.4055;RBI=0.035982;REFB=0.0105251;REVB=-0.0030108;RO=47;SAF=10;SAR=30;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593827;STB=0.529397;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0121137;OID=.;OPOS=156496298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:40:40:0.454545:30:10:14:33:30:10:14:34 chr1 156499969 . T C 176.15 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0555223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3028;QD=10.2115;RBI=0.0632312;REFB=-0.000463131;REVB=-0.0302567;RO=46;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154465;STB=0.572264;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.000399864;OID=.;OPOS=156499969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:22:23:0.333333:13:9:25:21:13:10:25:21 chr1 156518379 . G A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0373872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.129;QD=13.8498;RBI=0.0499168;REFB=-0.0249711;REVB=-0.0330739;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154199;STB=0.589948;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0291369;OID=.;OPOS=156518379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:13:12:10:6:13:12 chr1 156526387 . C G 489.45 PASS AF=0.575;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0248658;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6544;QD=24.4725;RBI=0.0528272;REFB=-0.0139888;REVB=-0.046609;RO=33;SAF=22;SAR=24;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120217;STB=0.559021;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00883526;OID=.;OPOS=156526387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:33:34:46:46:0.575:24:22:21:12:24:22:21:13 chr1 156526444 . T C 864.9 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.183;QD=57.6603;RBI=0.0407274;REFB=0;REVB=0.0385162;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61026e-05;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:35:23:0:0:36:24:0:0 chr1 156532977 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0780097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1584;QD=49.5948;RBI=0.0787284;REFB=0;REVB=0.0106136;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0022258;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr1 156536221 . G C 609.24 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00737337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.134;QD=56.6737;RBI=0.0255361;REFB=-0.0946084;REVB=-0.0244484;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390665;STB=0.520823;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000880858;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:23:18:0:2:23:18:0:2 chr1 156536251 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.937;QD=56.9376;RBI=0.0308682;REFB=0;REVB=0.0300976;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43845e-05;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:32:21:0:0 chr1 156556321 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.087;QD=51.9165;RBI=0.0204829;REFB=0;REVB=0.00198954;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018169;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr1 156561651 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.277;QD=40.7629;RBI=0.0232273;REFB=0;REVB=0.00994504;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204765;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr1 156563375 . G A 324.44 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0283163;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.119;QD=46.348;RBI=0.0713847;REFB=-0.0878939;REVB=0.0655283;RO=2;SAF=18;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488216;STB=0.524981;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000834168;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:28:28:2:2:25:26:0.928571:7:18:2:0:7:19:2:0 chr1 156563726 . A C 1699.42 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0151444;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6312;QD=59.6288;RBI=0.0251098;REFB=0.0663721;REVB=0.0200287;RO=1;SAF=64;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736174;STB=0.503875;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000286772;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:49:64:1:0:49:64:1:0 chr1 156563813 . G A 1020.1 PASS AF=1;AO=61;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.32;QD=59.136;RBI=0.086961;REFB=0;REVB=0.024343;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647617;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:61:69:1:30:31:0:0:29:40:0:0 chr1 156563852 . C T 919.94 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.586;QD=58.4091;RBI=0.0121548;REFB=0;REVB=-0.0058884;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35393e-05;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr1 156564922 . C T 90.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0439853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.956;QD=16.4234;RBI=0.0461899;REFB=0.00411573;REVB=0.0140998;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.640795;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00199873;OID=.;OPOS=156564922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:6:5:2:8:6:5:2:9 chr1 156565049 . A AAC,AC 143.93 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=12,2;DP=15;FAO=12,1;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5,1;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023538,0.0035948;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=253.221,239.224;QD=44.2873;RBI=0.0455249,0.0388387;REFB=0,0;REVB=0.0389676,0.038672;RO=1;SAF=5,2;SAR=7,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0818676,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00176987,-0.0263762;OID=.,.;OPOS=156565050,156565050;OREF=-,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.923077,0.0769231:12,2:15:12,1:13:0:5,1:7,0:0:0:4:1:5,2:7,0:1:0 chr1 156595447 . G A 901.64 PASS AF=0.928571;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0137107;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=238.523;QD=51.5223;RBI=0.0147504;REFB=-0.0907076;REVB=-0.00543974;RO=5;SAF=55;SAR=10;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410389;STB=0.521733;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00041249;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:70:70:5:5:65:65:0.928571:10:55:5:0:10:55:5:0 chr1 156615917 . T C 154.3 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0102734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.433;QD=10.6416;RBI=0.0138233;REFB=-0.0120357;REVB=0.00924877;RO=38;SAF=12;SAR=8;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614039;STB=0.503594;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0204318;OID=.;OPOS=156615917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:8:12:23:15:8:12:23:15 chr1 156639753 . G A 256.73 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173247;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.327;QD=48.9017;RBI=0.0284801;REFB=-0.102993;REVB=0.0226047;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510917;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:21:1:0:20:21:1:13:7:0:1:14:7:0:0 chr1 156640156 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233805;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.028;QD=42.1826;RBI=0.0378049;REFB=0;REVB=0.029708;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228745;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr1 156640678 . G A 457.2 PASS AF=0.945946;AO=32;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00118493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.6316;QD=49.4274;RBI=0.00786453;REFB=0.0502173;REVB=0.00777476;RO=1;SAF=3;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158349;STB=0.515143;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.000227937;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:36:37:1:2:32:35:0.945946:29:3:0:1:32:3:0:2 chr1 156647045 . G C,GC 55.02 PASS AF=0,0.189873;AO=10,10;DP=79;FAO=0,15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=0,2;FSAR=0,13;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0278523,-0.0597163;FXX=0.0124984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.447,15.7385;QD=2.78568;RBI=0.0304942,0.144977;REFB=-0.00628611,-0.077974;REVB=-0.0124155,-0.132107;RO=58;SAF=0,1;SAR=10,9;SRF=27;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.680367,-0.50436;STB=0.5,0.78991;STBP=1,0.022;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.190613;OID=.,.;OPOS=156647045,156647046;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:79:79:58:64:10,10:0,15:0,0.189873:10,9:0,1:27:31:0,13:0,2:27:37 chr1 156705593 . G C 975.82 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101738;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.146;QD=59.1404;RBI=0.104091;REFB=0;REVB=0.0220079;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199262;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr1 156713512 . C T 405.73 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8905;QD=52.3516;RBI=0.138847;REFB=-0.110261;REVB=0.0207651;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170156;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:31:1:0:29:31:1:14:15:1:0:14:17:0:0 chr1 156752048 . C G 347.59 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0475683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8118;QD=51.494;RBI=0.0517925;REFB=0.118063;REVB=0.0204871;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0249498;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:0:1:11:15:0:1 chr1 156784982 . T C 688.3 PASS AF=0.962963;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0687355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.277;QD=50.9854;RBI=0.0697868;REFB=-0.115747;REVB=0.0120675;RO=1;SAF=10;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116265;STB=0.51219;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00124312;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:54:1:2:50:52:0.962963:40:10:0:1:40:12:0:2 chr1 156785617 . G A 457.47 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0513202;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.15;QD=55.4512;RBI=0.0618224;REFB=-0.195587;REVB=0.0344709;RO=1;SAF=24;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190623;STB=0.510198;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00657465;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:8:24:1:0:8:24:1:0 chr1 156814027 . G A 443.74 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0175647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6939;QD=18.1118;RBI=0.0176703;REFB=0.000136969;REVB=-0.00192854;RO=53;SAF=21;SAR=24;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232028;STB=0.512955;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.000673404;OID=.;OPOS=156814027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:24:21:26:27:24:21:26:27 chr1 156877457 . T C 489.12 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0434048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7037;QD=55.8999;RBI=0.0461728;REFB=-0.0599721;REVB=0.0157465;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00965211;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:12:22:1:0:12:22:1:0 chr1 156883493 . G A 314.19 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00185678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.91;QD=17.2157;RBI=0.0301508;REFB=-0.0242022;REVB=-0.0300936;RO=38;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138206;STB=0.571268;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0298534;OID=.;OPOS=156883493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:21:13:20:18:21:13:20:19 chr1 156883546 . A G 837.19 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1446;QD=55.8125;RBI=0.0187184;REFB=-0.119556;REVB=-0.00261733;RO=1;SAF=19;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241821;STB=0.512816;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000873162;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:40:19:1:0:40:19:1:0 chr1 156902259 . G A 639.71 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0578998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3479;QD=55.6269;RBI=0.0632709;REFB=-0.0820607;REVB=0.025511;RO=3;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511606;STB=0.52726;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00917957;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:26:17:0:3:26:17:0:3 chr1 156907081 . T C,G 564.26 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=36,2;DP=38;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000978572,-0.00733684;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.797,118.365;QD=59.3957;RBI=0.0491615,0.0623829;REFB=0,0;REVB=0.0491518,-0.06195;RO=0;SAF=23,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.21415e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00435828,0.0902437;OID=.,.;OPOS=156907081,156907081;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:38:38:0:0:36,2:36,2:0.947368,0.0526316:13,0:23,2:0:0:13,0:23,2:0:0 chr1 156907115 . T C 680.65 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4062;QD=61.8777;RBI=0.128873;REFB=0;REVB=0.123559;RO=0;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123619;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:44:0:0:39:44:1:9:30:0:0:14:30:0:0 chr1 157095470 . A G 982.89 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00883318;FXX=0.0285673;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.898;QD=57.8173;RBI=0.0456926;REFB=-0.070735;REVB=0.0448307;RO=1;SAF=23;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200972;STB=0.510635;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000624432;OID=.;OPOS=157095470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:43:23:1:0:44:23:1:0 chr1 157508882 . C T 347.65 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00129287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1899;QD=51.5031;RBI=0.0185144;REFB=-0.0775945;REVB=0.0184692;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0026688;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:9:17:0:0:9:17:1:0 chr1 157509025 . C T 954.29 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000143476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.785;QD=58.7253;RBI=0.00764831;REFB=0;REVB=0.00764696;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40883e-05;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr1 157514091 . C T 377.62 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0394802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9765;QD=21.5783;RBI=0.0652529;REFB=-0.0093134;REVB=-0.0519543;RO=32;SAF=21;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696035;STB=0.538441;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00534711;OID=.;OPOS=157514091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:17:21:15:17:17:21:15:17 chr1 157514097 . A G 994.16 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.743;QD=57.6325;RBI=0.0516484;REFB=0.0704311;REVB=-0.0139529;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136989;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000858981;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:34:34:0:1:34:34:0:1 chr1 157517127 . C T 173.87 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00154097;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.504;QD=18.3025;RBI=0.00514036;REFB=0.000496314;REVB=-0.00490395;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516387;STB=0.550966;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.000533426;OID=.;OPOS=157517127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:20:18:18:0.473684:6:12:15:6:6:12:15:5 chr1 157557701 . G A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.423;QD=51.1785;RBI=0.0230145;REFB=0;REVB=-0.00661993;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303442;OID=.;OPOS=157557701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr1 157567751 . A G 191.7 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.826;QD=47.9247;RBI=0.105676;REFB=0;REVB=0.104369;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158672;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:4:10:0:0:6:10:0:0 chr1 157668390 . T C 143.31 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0383602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7954;QD=9.88349;RBI=0.042986;REFB=-0.0157695;REVB=0.0193982;RO=39;SAF=8;SAR=11;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218637;STB=0.62844;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0296941;OID=.;OPOS=157668390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:11:8:24:15:11:8:24:15 chr1 157670290 . C G 325.69 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0108349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9029;QD=14.974;RBI=0.0110047;REFB=-0.00206179;REVB=0.00192557;RO=50;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900565;STB=0.556302;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00531987;OID=.;OPOS=157670290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:36:36:0.413793:19:17:28:22:19:17:29:22 chr1 157768000 . G C 227.46 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.000827917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.383;QD=15.687;RBI=0.0350655;REFB=-0.0333441;REVB=0.0350557;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161163;STB=0.598854;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0369755;OID=.;OPOS=157768000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:32:25:26:0.448276:15:10:18:14:16:10:18:14 chr1 157802979 . C T 103.13 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00511664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.135;QD=11.4589;RBI=0.0161139;REFB=-0.00462888;REVB=0.01528;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166153;STB=0.561308;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0112324;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:23:23:12:13:0.361111:8:4:11:12:8:5:11:12 chr1 158057633 . C G 252.27 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00250898;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.0319;QD=19.039;RBI=0.0175367;REFB=-0.0217107;REVB=-0.0173563;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162503;STB=0.509797;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0129676;OID=.;OPOS=158057633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:13:13:13:14:14:12 chr1 158224904 . C T 292.67 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0154013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1531;QD=17.216;RBI=0.0381609;REFB=-0.0190816;REVB=-0.0349149;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08181;STB=0.545843;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0113135;OID=.;OPOS=158224904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:15:17:16:20:15:17:16:20 chr1 158225019 . C G 314.79 PASS AF=0.378641;AO=37;DP=99;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=48;FWDB=-0.00470634;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4869;QD=12.2249;RBI=0.0347541;REFB=-0.00736835;REVB=-0.0344339;RO=62;SAF=11;SAR=26;SRF=15;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754756;STB=0.560577;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0132775;OID=.;OPOS=158225019;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:62:64:37:39:0.378641:26:11:15:47:26:13:16:48 chr1 158263011 . T C 679.45 PASS AF=0.485714;AO=68;DP=140;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0151697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.211;QD=19.4129;RBI=0.0281625;REFB=-0.0201549;REVB=-0.0237278;RO=71;SAF=32;SAR=36;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467452;STB=0.522281;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0191653;OID=.;OPOS=158263011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:71:72:68:68:0.485714:36:32:37:34:36:32:37:35 chr1 158324425 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.034312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.648;QD=11.8306;RBI=0.0357906;REFB=-0.000986932;REVB=-0.0101809;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226518;STB=0.642115;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00269891;OID=.;OPOS=158324425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:7:4:3:14:7:4:3:15 chr1 158368315 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0389206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5716;QD=17.2279;RBI=0.0400583;REFB=-0.00475682;REVB=-0.00947943;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.519183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00148675;OID=.;OPOS=158368315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:2:4:5:3:2:4 chr1 158368541 . A G 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0173528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.075;QD=10.4384;RBI=0.0565952;REFB=-0.00671954;REVB=-0.0538692;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152082;STB=0.591298;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.013582;OID=.;OPOS=158368541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:5:8:13:14:5:8:13:14 chr1 158368846 . T C 343.13 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00587399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.2619;QD=24.0795;RBI=0.0231554;REFB=0.00720294;REVB=-0.022398;RO=23;SAF=8;SAR=26;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674176;STB=0.537167;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00463502;OID=.;OPOS=158368846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:26:8:7:16:26:8:7:16 chr1 158390252 . T G 400.25 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00662639;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.919;QD=18.4022;RBI=0.00854153;REFB=-0.0107463;REVB=0.00538968;RO=46;SAF=14;SAR=27;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292635;STB=0.51634;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0127733;OID=.;OPOS=158390252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:46:46:41:41:0.471264:27:14:17:29:27:14:17:29 chr1 158390501 . G A 113.09 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0149661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.255;QD=16.7543;RBI=0.0150145;REFB=-0.0459864;REVB=-0.00120518;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237804;STB=0.661981;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0316052;OID=.;OPOS=158390501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:10:3:6:7:10:3:7:7 chr1 158436299 . T C 189.34 PASS AF=0.352941;AO=23;DP=67;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0109684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.716;QD=11.1375;RBI=0.110614;REFB=-0.00700311;REVB=0.110069;RO=44;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225334;STB=0.524979;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0150666;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:44:44:23:24:0.352941:13:10:20:24:14:10:20:24 chr1 158450238 . G A 190.9 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.023117;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.371;QD=14.685;RBI=0.0256563;REFB=-0.0107187;REVB=-0.0111287;RO=28;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159396;STB=0.542333;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0168632;OID=.;OPOS=158450238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:30:22:22:0.423077:16:6:8:20:16:6:10:20 chr1 158450314 . A G 190.6 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1073;QD=47.651;RBI=0.0334704;REFB=0;REVB=-0.0330829;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108837;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr1 158450382 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.567;QD=56.1916;RBI=0.0155922;REFB=0;REVB=0.0155348;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99523e-05;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr1 158517142 . C T 126.68 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.024186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.482;QD=11.2605;RBI=0.0379188;REFB=-0.0109091;REVB=-0.029204;RO=29;SAF=12;SAR=3;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166226;STB=0.618873;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0218921;OID=.;OPOS=158517142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:30:15:15:0.333333:3:12:20:9:3:12:20:10 chr1 158517353 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00690876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.847;QD=15.9166;RBI=0.00849618;REFB=-0.009414;REVB=-0.0049451;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121144;STB=0.569728;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0105857;OID=.;OPOS=158517353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:5:10:7:6:5:10 chr1 158533140 . A G 556.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0570536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2017;QD=60.1178;RBI=0.0867187;REFB=0;REVB=-0.0653072;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00223319;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr1 158533224 . A G 709.38 PASS AF=0.979167;AO=43;DP=45;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0326186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8759;QD=59.1153;RBI=0.0342243;REFB=-0.00702251;REVB=0.0103601;RO=2;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000970065;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000272835;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:48:2:1:43:47:0.979167:21:22:1:1:23:24:1:0 chr1 158549264 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.3;QD=60.9786;RBI=0.00446937;REFB=0;REVB=0.00392695;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07266e-05;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr1 158549420 . C T 1157.38 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00491832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8412;QD=59.3526;RBI=0.0172085;REFB=0.0229196;REVB=-0.0164907;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000300559;OID=.;OPOS=158549420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:45:32:0:0:45:32:0:1 chr1 158549492 . C T 944.3 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135468;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.95;QD=57.2306;RBI=0.0353572;REFB=-0.0228572;REVB=0.0326591;RO=1;SAF=12;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00883198;STB=0.504671;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.000155267;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:53:12:0:1:53:12:0:1 chr1 158549511 . A G 711.51 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.82;QD=55.8046;RBI=0.0250268;REFB=0;REVB=0.0178338;RO=0;SAF=11;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134874;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:39:11:0:0:39:12:0:0 chr1 158577109 . A C 167.08 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0124695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.319;QD=15.1893;RBI=0.0408122;REFB=-0.0184808;REVB=-0.0388606;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036135;STB=0.532958;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0285546;OID=.;OPOS=158577109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:10:8:12:13:10:8:13:13 chr1 158582646 . T C 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0247407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.992;QD=14.8163;RBI=0.0274809;REFB=-0.0272388;REVB=-0.0119624;RO=39;SAF=7;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229885;STB=0.631481;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0267715;OID=.;OPOS=158582646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:22:7:17:22:22:7:17:22 chr1 158584091 . A G 111.37 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0534428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.487;QD=10.3602;RBI=0.0537997;REFB=-0.00385684;REVB=0.00618621;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313347;STB=0.511611;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0148691;OID=.;OPOS=158584091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:28:29:13:14:0.325581:7:6:13:15:7:7:14:15 chr1 158587390 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00987384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.555;QD=19.1094;RBI=0.0101983;REFB=-0.0274075;REVB=-0.00255187;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13319;STB=0.568916;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0204515;OID=.;OPOS=158587390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:26:27:27:0.509434:12:15:17:7:12:15:18:8 chr1 158587858 . G A 275.0 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0038972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3101;QD=18.0327;RBI=0.098422;REFB=0.0151957;REVB=-0.0983448;RO=30;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629163;STB=0.52837;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.0141447;OID=.;OPOS=158587858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:19:11:13:17:19:11:13:18 chr1 158592935 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0149255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.774;QD=12.8683;RBI=0.0172025;REFB=0.00206505;REVB=0.00855303;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122544;STB=0.507233;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00319715;OID=.;OPOS=158592935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:6:10:7:4:6:10 chr1 158597507 . G C 206.13 PASS AF=0.431034;AO=23;DP=56;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0268653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.675;QD=14.2156;RBI=0.0269993;REFB=-0.021227;REVB=0.00268636;RO=33;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160199;STB=0.511173;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0297642;OID=.;OPOS=158597507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:33:33:23:25:0.431034:16:7:10:23:17:8:10:23 chr1 158606449 . G T 520.0 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0177322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.838;QD=23.1111;RBI=0.0401786;REFB=-0.0202337;REVB=-0.0360539;RO=40;SAF=30;SAR=19;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154958;STB=0.590892;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0176771;OID=.;OPOS=158606449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:41:49:49:0.544444:19:30:17:23:19:30:17:24 chr1 158612236 . A G 1098.53 PASS AF=0.4375;AO=118;DP=271;FAO=119;FDP=272;FR=.;FRO=153;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=73;FSRR=80;FWDB=0.00377856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.203;QD=16.1548;RBI=0.0158305;REFB=-0.0184563;REVB=0.015373;RO=150;SAF=64;SAR=54;SRF=73;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562673;STB=0.534152;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0278535;OID=.;OPOS=158612236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:272:150:153:118:119:0.4375:54:64:73:77:55:64:73:80 chr1 158619728 . A C 1757.38 PASS AF=0.983193;AO=83;DP=120;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00511233;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.247;QD=59.0717;RBI=0.0192722;REFB=0.0204359;REVB=0.0185818;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.509432;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000138867;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:119:0:2:83:117:0.983193:35:48:0:0:65:52:2:0 chr1 158647495 . A T 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00613505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.931;QD=61.511;RBI=0.0100589;REFB=0.0405256;REVB=0.00797138;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00191579;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:29:19:0:0:29:19:1:0 chr1 158647522 . A G 799.57 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1739;QD=57.1124;RBI=0.0770642;REFB=0;REVB=0.0589929;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000942094;OID=.;OPOS=158647522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr1 158655036 . G A 932.59 PASS AF=0.984848;AO=61;DP=61;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0960381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6772;QD=56.5207;RBI=0.10048;REFB=-0.15018;REVB=-0.029544;RO=0;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.89926e-08;STB=0.511624;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0011121;OID=.;OPOS=158655036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:66:0:1:61:65:0.984848:44:17:0:0:44:21:1:0 chr1 158656281 . T C 1105.3 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0035581;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.695;QD=58.9495;RBI=0.0169605;REFB=-0.0820032;REVB=0.0165831;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=8.85136e-05;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:0:1:74:74:0.986667:30:44:0:0:30:44:1:0 chr1 158687163 . G A 307.57 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00466224;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.648;QD=18.0926;RBI=0.0106834;REFB=-0.0213357;REVB=-0.00961243;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120495;STB=0.573668;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0185795;OID=.;OPOS=158687163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:16:17:13:21:16:17:13:22 chr1 158687224 . G A 75.07 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0347811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9611;QD=11.1214;RBI=0.0593488;REFB=-0.0178197;REVB=-0.048089;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638208;STB=0.538383;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0222021;OID=.;OPOS=158687224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:6:11:7:3:6:11 chr1 158736215 . G A 76.26 PASS AF=0.282051;AO=8;DP=36;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.115482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9197;QD=7.82179;RBI=0.120402;REFB=-0.0253627;REVB=-0.0340678;RO=28;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275222;STB=0.737225;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0786357;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:36:39:28:28:8:11:0.282051:2:6:15:13:2:9:15:13 chr1 158746678 . T C 333.7 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0192766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.858;QD=24.2688;RBI=0.0273632;REFB=0.00479361;REVB=0.0194204;RO=22;SAF=9;SAR=24;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284384;STB=0.657043;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000932611;OID=.;OPOS=158746678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:24:9:14:8:24:9:14:8 chr1 158746847 . A G 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0265163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.201;QD=11.7808;RBI=0.0468078;REFB=-0.00652231;REVB=-0.0385728;RO=30;SAF=4;SAR=12;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480133;STB=0.772866;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00793915;OID=.;OPOS=158746847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:12:4:21:9:12:4:21:10 chr1 158813819 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.299;QD=59.839;RBI=0.0397959;REFB=0;REVB=0.00132466;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15947e-05;OID=.;OPOS=158813819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:14:22:0:0 chr1 158990247 . A G 880.34 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00207625;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.676;QD=55.0211;RBI=0.0237534;REFB=0.0203945;REVB=0.0236625;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50371;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00120299;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:64:0:2:62:62:0.96875:38:24:0:0:38:24:1:1 chr1 159024668 . A T 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0414095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.416;QD=41.6802;RBI=0.0539901;REFB=-0.0596409;REVB=0.0346437;RO=1;SAF=3;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130187;STB=0.555489;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00357132;OID=.;OPOS=159024668;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:1:2:18:18:0.9:15:3:1:0:15:3:1:1 chr1 159169641 . T C 428.85 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.391;QD=57.1802;RBI=0.016953;REFB=0;REVB=-0.0125416;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201414;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr1 159275976 . C T 533.17 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0400695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4853;QD=19.9314;RBI=0.0617627;REFB=-0.0190739;REVB=-0.0470007;RO=51;SAF=17;SAR=38;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629927;STB=0.531251;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0131832;OID=.;OPOS=159275976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:52:55:55:0.514019:38:17:19:32:38:17:19:33 chr1 159283494 . T C 186.72 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0213164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4127;QD=19.6545;RBI=0.107304;REFB=-0.0125451;REVB=-0.105165;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165474;STB=0.604289;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0117332;OID=.;OPOS=159283494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:10:9:12:6:10:9:13:6 chr1 159283746 . T C 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0726023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.545;QD=6.52646;RBI=0.0727754;REFB=-0.00214742;REVB=0.00501674;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826548;STB=0.553039;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00447129;OID=.;OPOS=159283746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:10:10:4:3:10:10 chr1 159409734 . G T 702.44 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0231838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2789;QD=59.7824;RBI=0.0235304;REFB=-0.0270904;REVB=-0.00402393;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00141116;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:44:46:0.978723:25:19:0:1:25:21:0:1 chr1 159410007 . C T 418.21 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0187214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8092;QD=17.4255;RBI=0.031369;REFB=-0.00728849;REVB=0.02517;RO=53;SAF=21;SAR=22;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950462;STB=0.553167;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00880976;OID=.;OPOS=159410007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:22:21:31:22:22:21:31:22 chr1 159558258 . A G 375.07 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.388;QD=55.5656;RBI=0.0481386;REFB=0;REVB=-0.0151068;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000523282;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:5:21:0:0:6:21:0:0 chr1 159776366 . G A 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0100567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.542;QD=11.1105;RBI=0.0109305;REFB=-0.00374641;REVB=-0.00428226;RO=44;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464946;STB=0.527004;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00860534;OID=.;OPOS=159776366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:11:13:22:22:11:13:22:22 chr1 159778910 . G A 236.59 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.00301157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.523;QD=11.2662;RBI=0.00530337;REFB=-0.0196704;REVB=-0.00436534;RO=49;SAF=14;SAR=15;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253153;STB=0.623391;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0286994;OID=.;OPOS=159778910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:55:29:29:0.345238:15:14:35:14:15:14:37:18 chr1 159778983 . T C 429.89 PASS AF=0.421053;AO=36;DP=115;FAO=48;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0160189;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.829;QD=15.0839;RBI=0.0210699;REFB=-0.0379726;REVB=-0.0136871;RO=50;SAF=17;SAR=19;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130895;STB=0.561245;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0337281;OID=.;OPOS=159778983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:50:63:36:48:0.421053:19:17:30:20:28:20:33:30 chr1 159785413 . C T 220.74 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00718381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.119;QD=12.0952;RBI=0.00901112;REFB=-0.00314309;REVB=-0.00543996;RO=44;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110114;STB=0.506168;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00562847;OID=.;OPOS=159785413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:46:27:27:0.369863:12:15:24:20:12:15:26:20 chr1 159785425 . A G 197.08 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0150187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.599;QD=12.9232;RBI=0.0162217;REFB=-0.00994676;REVB=-0.00613049;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724974;STB=0.5429;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0137934;OID=.;OPOS=159785425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:37:24:24:0.393443:10:14:18:17:10:14:19:18 chr1 159824967 . G C 1255.96 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6228;QD=61.2663;RBI=0.0507224;REFB=0;REVB=0.0506564;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019958;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:53:28:0:0:54:28:0:0 chr1 159854251 . T C 343.02 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0146255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4295;QD=24.0714;RBI=0.0149412;REFB=-0.00868552;REVB=0.00305536;RO=23;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819107;STB=0.545047;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00625241;OID=.;OPOS=159854251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:20:14:12:11:20:14:12:11 chr1 159897559 . G T 582.02 PASS AF=0.458647;AO=60;DP=132;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00642484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.022;QD=17.5043;RBI=0.0195276;REFB=-0.0245918;REVB=-0.0184404;RO=71;SAF=32;SAR=28;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530724;STB=0.529751;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0318803;OID=.;OPOS=159897559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:71:72:60:61:0.458647:28:32:34:37:28:33:35:37 chr1 159898100 . A G 310.34 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887525;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0233;QD=53.9723;RBI=0.0164835;REFB=0;REVB=-0.0138901;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00061062;OID=.;OPOS=159898100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 159898497 . GC G 60.01 PASS AF=0.407407;AO=8;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0202705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.7797;QD=8.8907;RBI=0.0444802;REFB=-0.07882;REVB=0.0395928;RO=16;SAF=8;SAR=0;SRF=6;SRR=10;SSEN=0.306306;SSEP=0;SSSB=0.786697;STB=0.853937;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.119644;OID=.;OPOS=159898498;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:8:27:11:27:16:10:1:7:9:59:16:8:0:6:10 chr1 159912899 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0561298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.171;QD=16.4544;RBI=0.057183;REFB=-0.00546808;REVB=-0.0109246;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42622;STB=0.749247;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00460882;OID=.;OPOS=159912899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:0:4:2:4:0:4 chr1 159923111 . T G 556.94 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.117;QD=60.2092;RBI=0.00610492;REFB=0;REVB=0.00576108;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6723e-05;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr1 160134205 . C T 277.39 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0098882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.841;QD=18.4928;RBI=0.064551;REFB=-0.00488688;REVB=-0.0637892;RO=30;SAF=5;SAR=25;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3499;STB=0.698378;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.007902;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:25:5:14:16:25:5:14:16 chr1 160136350 . G A 189.14 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00408129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8058;QD=13.044;RBI=0.00451688;REFB=-0.00405528;REVB=-0.00193528;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130914;STB=0.575276;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0105411;OID=.;OPOS=160136350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:9:14:17:18:9:14:17:18 chr1 160141196 . C T 720.8 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4907;QD=62.6786;RBI=0.0529751;REFB=0;REVB=0.0207685;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00378449;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:23:21:0:0:25:21:0:0 chr1 160303416 . G A 172.4 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0202374;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.652;QD=16.8191;RBI=0.0248552;REFB=-0.0286041;REVB=0.0144302;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280681;STB=0.67029;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0306196;OID=.;OPOS=160303416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:17:18:0.439024:12:5:13:10:13:5:13:10 chr1 160341142 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0227218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.511;QD=14.0437;RBI=0.0232704;REFB=-0.0224246;REVB=-0.00502294;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0229515;OID=.;OPOS=160341142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:1:3:3:2:1:3 chr1 160341876 . G A 99.13 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00478016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.497;QD=14.6861;RBI=0.0213306;REFB=-0.00777718;REVB=-0.0207881;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121912;STB=0.592443;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00866409;OID=.;OPOS=160341876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:15:15:11:12:0.444444:6:5:5:10:6:6:5:10 chr1 160342015 . T G 990.06 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.817;QD=59.1083;RBI=0.0760658;REFB=0;REVB=0.070529;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255795;OID=.;OPOS=160342015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:65:67:1:31:34:0:0:31:36:0:0 chr1 160390930 . C T 111.14 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0022422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.987;QD=11.6987;RBI=0.0160543;REFB=-0.0285849;REVB=-0.0158969;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244389;STB=0.644944;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0528404;OID=.;OPOS=160390930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:10:4:12:12:10:4:12:12 chr1 160516542 . A T 324.76 PASS AF=0.564516;AO=32;DP=59;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0176445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.938;QD=20.9523;RBI=0.0184159;REFB=-0.00988891;REVB=-0.00527394;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976323;STB=0.542833;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00747036;OID=.;OPOS=160516542;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:27:27:32:35:0.564516:18:14:15:12:19:16:15:12 chr1 160585554 . C G 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.751;QD=60.605;RBI=0.0476542;REFB=0;REVB=0.0474885;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282456;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr1 160650913 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7213;QD=55.0953;RBI=0.120816;REFB=0;REVB=0.107708;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130407;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr1 160793442 . A G 530.75 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7458;QD=58.9727;RBI=0.0154796;REFB=0;REVB=0.00813491;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160549;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:16:20:0:0 chr1 160793560 . A G 486.18 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932341;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9864;QD=58.9303;RBI=0.00941488;REFB=0;REVB=-0.00130921;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9422e-05;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr1 160793962 . G C 1231.38 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000422293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.798;QD=60.0671;RBI=0.0299807;REFB=0.0205601;REVB=0.0299777;RO=1;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956538;STB=0.504949;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.000114102;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:49:31:0:1:50:31:0:1 chr1 160971146 . A G 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7123;QD=57.1977;RBI=0.0670448;REFB=0;REVB=-0.0644002;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000962352;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr1 160990875 . TC CA 349.51 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334318;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=97.5178;QD=53.7712;RBI=0.053992;REFB=0;REVB=0.0423964;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00213955;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:11:11:0:0:14:12:0:0 chr1 160990878 . C T 330.44 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.91;QD=50.8367;RBI=0.0546371;REFB=-0.0302996;REVB=0.0380737;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00187438;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:14:10:1:0:14:11:1:0 chr1 161163036 . CTG C,CCC,CCG,CG 635.59 PASS AF=0,0,0.954545,0.0454545;AO=7,2,26,7;DP=44;FAO=0,0,42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,25,2;FSAR=0,0,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204209,0.042441,0.0289706,0.0175975;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,2,1,1;MLLD=100.385,98.9873,124.094,113.534;QD=57.7807;RBI=0.206013,0.0884044,0.0343823,0.0419032;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.204998,-0.0775507,-0.0185162,-0.038029;RO=0;SAF=1,0,18,7;SAR=6,2,8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,4.28381e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,snp,del;VARB=-2.61258e-05,0.0317743,0.0161001,-0.0575881;OID=.,.,.,.;OPOS=161163037,161163037,161163037,161163037;OREF=TG,TG,T,T;OALT=-,CC,C,-;OMAPALT=C,CCC,CCG,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.954545,0.0454545:7,2,26,7:44:0,0,42,2:44:0:0,0,25,2:0,0,17,0:0:0:6:0:1,0,18,7:6,2,8,0:0:0 chr1 161168004 . C T 676.57 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00845728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.152;QD=49.205;RBI=0.047485;REFB=-0.0932668;REVB=0.0467258;RO=3;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532155;STB=0.518881;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00215998;OID=.;OPOS=161168004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:55:55:3:4:51:51:0.927273:25:26:0:3:25:26:1:3 chr1 161202605 . G A 181.39 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00147761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.977;QD=32.9803;RBI=0.0338946;REFB=-0.0130643;REVB=-0.0338624;RO=5;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511849;STB=0.528268;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00340216;OID=.;OPOS=161202605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:5:12:3:2:5:12:3:2 chr1 161254280 . G C 1539.12 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0343795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8539;QD=58.6332;RBI=0.0413009;REFB=-0.118404;REVB=-0.022887;RO=1;SAF=55;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855017;STB=0.504504;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000914449;OID=.;OPOS=161254280;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:49:55:1:0:49:55:1:0 chr1 161275943 . C T 137.3 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0198236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.7512;QD=15.6915;RBI=0.0424543;REFB=-0.0203899;REVB=0.0375418;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184737;STB=0.629067;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0329957;OID=.;OPOS=161275943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:18:19:15:16:0.457143:9:6:4:14:9:7:4:15 chr1 161284224 . A AGT 124.92 PASS AF=0.326531;AO=13;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0016763;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=286.881;QD=10.1978;RBI=0.0550598;REFB=-0.00207276;REVB=-0.0550343;RO=33;SAF=11;SAR=2;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49815;STB=0.66037;STBP=0.143;TYPE=ins;VARB=0.00312288;OID=.;OPOS=161284225;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326531:13:49:16:49:33:11:5:15:18:99:33:11:2:15:18 chr1 161333191 . A G 45.67 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0442077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.641;QD=26.0952;RBI=0.0454502;REFB=-0.102373;REVB=0.0105546;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00336056;OID=.;OPOS=161333191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:1:0:4:2:1:0 chr1 161337604 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0126921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.073;QD=17.5418;RBI=0.0176414;REFB=-0.0112711;REVB=-0.0122528;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241378;STB=0.613893;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0122608;OID=.;OPOS=161337604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:8:7:3:12:8:7:4:12 chr1 161369479 . G A 96.47 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0105441;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.825;QD=11.3498;RBI=0.0109;REFB=-0.0111126;REVB=-0.0027625;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0240695;OID=.;OPOS=161369479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:11:11:6:6:11:11 chr1 161369571 . G A 211.63 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00711497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.909;QD=19.6863;RBI=0.00885628;REFB=-0.0134252;REVB=0.00527361;RO=22;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170602;STB=0.596918;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0122495;OID=.;OPOS=161369571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:15:6:10:12:15:6:10:12 chr1 161410044 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.643;QD=42.1826;RBI=0.0332073;REFB=0;REVB=0.00252918;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240627;OID=.;OPOS=161410044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 161450431 . G A 114.18 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0579391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8012;QD=18.2684;RBI=0.0799652;REFB=0.0235036;REVB=0.0551135;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181889;STB=0.616277;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0156874;OID=.;OPOS=161450431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:25:11:12:13:13:0.52:8:5:2:9:8:5:2:10 chr1 161479745 . A G 442.39 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0108016;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.235;QD=18.2428;RBI=0.0254252;REFB=-0.0116132;REVB=0.0230167;RO=50;SAF=14;SAR=30;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202774;STB=0.618437;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0214026;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:50:52:44:45:0.463918:30:14:26:24:31:14:27:25 chr1 161495477 . A T 136.47 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0220478;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.649;QD=6.90994;RBI=0.0454762;REFB=0.00165708;REVB=0.0397741;RO=56;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210774;STB=0.630012;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00569855;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:56:59:20:20:0.253165:9:11:21:35:9:11:22:37 chr1 161495571 . G T 96.14 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0665975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.26;QD=14.7902;RBI=0.0667878;REFB=-0.0192542;REVB=-0.00503837;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498728;STB=0.526273;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.020291;OID=.;OPOS=161495571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:26:26:14:14:11:12:0.461538:9:2:3:11:9:3:3:11 chr1 161495885 . T C 213.91 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.6116;QD=45.0326;RBI=0.0373331;REFB=0.0283352;REVB=-0.0286466;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340316;STB=0.518498;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.0275243;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:5:13:1:0:5:13:1:0 chr1 161496530 . C G 262.1 PASS AF=0.418919;AO=28;DP=71;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00339754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.276;QD=14.1676;RBI=0.00533015;REFB=-0.0076528;REVB=0.00410697;RO=42;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254145;STB=0.527045;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0108928;OID=.;OPOS=161496530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:42:43:28:31:0.418919:16:12:19:23:18:13:20:23 chr1 161500130 . A G 149.37 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0683174;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7937;QD=17.5725;RBI=0.0683242;REFB=0.00136288;REVB=0.000964011;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380381;STB=0.521712;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.000503308;OID=.;OPOS=161500130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:13:5:5:11:13:5 chr1 161500975 . A G 175.82 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00302142;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.393;QD=19.5355;RBI=0.0565951;REFB=0.0130807;REVB=-0.0565144;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126213;STB=0.58428;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0414455;OID=.;OPOS=161500975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:18:18:18:0.5:11:7:10:9:11:7:10:8 chr1 161501904 . A T 292.65 PASS AF=0.327586;AO=37;DP=117;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00400972;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.868;QD=10.0914;RBI=0.0279879;REFB=0.0042852;REVB=0.0276992;RO=79;SAF=13;SAR=24;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127534;STB=0.575775;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0105528;OID=.;OPOS=161501904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:79:78:37:38:0.327586:24:13:36:43:25:13:35:43 chr1 161514542 . A C 205.8 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00244588;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=317.435;QD=10.8313;RBI=0.00391494;REFB=0.00882955;REVB=-0.00305687;RO=50;SAF=9;SAR=17;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889904;STB=0.551907;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0154093;OID=.;OPOS=161514542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:17:9:21:29:17:9:21:29 chr1 161518214 . T C 79.52 PASS AF=0.15;AO=15;DP=100;FAO=15;FDP=100;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0255543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.253;QD=3.18061;RBI=0.0541964;REFB=-0.0106893;REVB=0.0477936;RO=85;SAF=10;SAR=5;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176736;STB=0.620525;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0652892;OID=.;OPOS=161518214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:100:100:85:85:15:15:0.15:5:10:45:40:5:10:45:40 chr1 161518336 . C T 100.63 PASS AF=0.108871;AO=26;DP=249;FAO=27;FDP=248;FR=.;FRO=221;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=107;FSRR=114;FWDB=-0.0269827;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.644;QD=1.6231;RBI=0.0383336;REFB=-0.0028117;REVB=-0.0272286;RO=223;SAF=11;SAR=15;SRF=107;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697309;STB=0.568966;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0443544;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:248:223:221:26:27:0.108871:15:11:107:116:16:11:107:114 chr1 161569569 . C T 115.47 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.089093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.674;QD=10.9972;RBI=0.092688;REFB=-0.0299578;REVB=-0.0255639;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410956;STB=0.524441;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0501226;OID=.;OPOS=161569569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:6:8:17:11:6:8:17:11 chr1 161574628 . A G 529.62 PASS AF=0.478632;AO=55;DP=116;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0242255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7665;QD=18.1066;RBI=0.0314261;REFB=-0.00995732;REVB=0.0200181;RO=61;SAF=24;SAR=31;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415882;STB=0.51879;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0105116;OID=.;OPOS=161574628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:61:61:55:56:0.478632:31:24:24:37:32:24:24:37 chr1 161574654 . G A 383.17 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.0206966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.738;QD=17.4169;RBI=0.0222212;REFB=-0.0200996;REVB=0.0080891;RO=46;SAF=17;SAR=23;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143456;STB=0.576064;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0170923;OID=.;OPOS=161574654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:48:40:40:0.454545:23:17:13:33:23:17:14:34 chr1 161591548 . C T 204.4 PASS AF=0.4375;AO=19;DP=45;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.036201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.592;QD=17.0332;RBI=0.0362499;REFB=-0.0082747;REVB=-0.00188208;RO=25;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015873;STB=0.542818;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0127532;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:25:27:19:21:0.4375:15:4:5:20:16:5:5:22 chr1 161599693 . T C 178.42 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0186838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9982;QD=31.0291;RBI=0.0253344;REFB=-0.0392501;REVB=0.0171099;RO=6;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197436;STB=0.60901;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0241418;OID=.;OPOS=161599693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:10:7:5:1:10:7:5:1 chr1 161600995 . C T 161.65 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0292895;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.808;QD=11.9739;RBI=0.0292914;REFB=-0.0185248;REVB=0.000337506;RO=35;SAF=4;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330882;STB=0.68448;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0267068;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:35:34:20:20:0.37037:16:4:16:19:16:4:15:19 chr1 161643269 . C T 141.28 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0278046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7856;QD=21.7351;RBI=0.0608272;REFB=-0.0152423;REVB=-0.0541004;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194206;STB=0.622885;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.006062;OID=.;OPOS=161643269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:10:11:15:15:0.576923:8:7:2:8:8:7:2:9 chr1 161680258 . G A 329.8 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.010064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2992;QD=15.7046;RBI=0.0109588;REFB=-0.00691989;REVB=0.004337;RO=48;SAF=22;SAR=14;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083348;STB=0.54685;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0182679;OID=.;OPOS=161680258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:14:22:33:15:14:22:33:15 chr1 161681780 . A G 155.6 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0019957;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9633;QD=11.969;RBI=0.0335253;REFB=-0.000118556;REVB=-0.0334658;RO=32;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160105;STB=0.615248;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000496434;OID=.;OPOS=161681780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:16:3:8:24:16:3:9:24 chr1 161683136 . G A 196.14 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00549306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.082;QD=18.6798;RBI=0.0247355;REFB=-0.00534888;REVB=0.0241178;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156859;STB=0.58938;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00919703;OID=.;OPOS=161683136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:6:14:12:10:6:14:12:10 chr1 161695639 . G T 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6613;QD=46.8384;RBI=0.0800365;REFB=0;REVB=0.0413735;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284301;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr1 161696782 . G C 101.96 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0577223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6901;QD=17.7324;RBI=0.0588515;REFB=-0.0225969;REVB=-0.0114731;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139753;STB=0.581247;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0891715;OID=.;OPOS=161696782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:11:11:12:12:0.521739:10:2:3:8:10:2:3:8 chr1 161697072 . G C 354.95 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0174473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.094;QD=16.3195;RBI=0.0465204;REFB=-0.00873251;REVB=-0.0431247;RO=49;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204879;STB=0.615323;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0232523;OID=.;OPOS=161697072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:14:24:21:28:14:24:21:28 chr1 161697149 . G T 376.74 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=89;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.013399;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.709;QD=17.1244;RBI=0.0150741;REFB=-0.00794768;REVB=0.0069062;RO=47;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126451;STB=0.55679;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0113568;OID=.;OPOS=161697149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:47:48:39:40:0.454545:19:20:18:29:20:20:19:29 chr1 161721707 . C T 204.95 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00413909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3644;QD=22.7727;RBI=0.0265756;REFB=-0.0155872;REVB=-0.0262513;RO=16;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32223;STB=0.681625;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0135954;OID=.;OPOS=161721707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:15:5:10:6:15:5:10:6 chr1 161748056 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0247113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3216;QD=11.954;RBI=0.0331178;REFB=-0.00271905;REVB=-0.0220485;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380618;STB=0.729141;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00704708;OID=.;OPOS=161748056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:4:7:2:6:4:7 chr1 161751741 . A G 414.24 PASS AF=0.443396;AO=46;DP=107;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0182068;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.895;QD=15.6315;RBI=0.0203167;REFB=-0.0228898;REVB=0.0090156;RO=59;SAF=18;SAR=28;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337992;STB=0.511199;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.024505;OID=.;OPOS=161751741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:59:59:46:47:0.443396:28:18:25:34:28:19:25:34 chr1 161753802 . T C 232.65 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.018147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.145;QD=18.2474;RBI=0.0230224;REFB=-0.0241672;REVB=-0.0141675;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709782;STB=0.529111;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0248662;OID=.;OPOS=161753802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:26:24:25:0.490196:12:12:15:11:12:13:15:11 chr1 161753841 . G A 183.16 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00753226;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.474;QD=17.0377;RBI=0.0211782;REFB=-0.0528154;REVB=0.0197935;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612775;STB=0.531986;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0466388;OID=.;OPOS=161753841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:24:19:19:0.44186:9:10:13:9:9:10:14:10 chr1 161761276 . G C 132.81 PASS AF=0.327273;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.00438802;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.629;QD=9.65856;RBI=0.0065995;REFB=-0.00737888;REVB=0.00492937;RO=38;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316455;STB=0.690728;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0137995;OID=.;OPOS=161761276;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:37:17:18:0.327273:9:8:8:30:9:9:8:29 chr1 161761312 . C T 109.51 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.015956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9782;QD=8.11219;RBI=0.0431827;REFB=0.00773388;REVB=-0.0401267;RO=38;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320875;STB=0.694442;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0207741;OID=.;OPOS=161761312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:38:39:15:15:0.277778:8:7:8:30:8:7:8:31 chr1 161823011 . T A 114.04 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00435107;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.046;QD=15.7292;RBI=0.0392638;REFB=-0.00253995;REVB=-0.0390219;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301131;STB=0.636714;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00252708;OID=.;OPOS=161823011;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:18:16:13:13:0.448276:3:10:9:9:3:10:9:7 chr1 161928327 . A G 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00139311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.768;QD=18.4985;RBI=0.0153294;REFB=-0.0380055;REVB=-0.0152659;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514262;STB=0.518556;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0247389;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:14:13:11:15:14:13:12:15 chr1 161967681 . A G 761.4 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9942;QD=63.4502;RBI=0.0399557;REFB=0;REVB=0.0383157;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056799;OID=.;OPOS=161967681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:42:48:1:9:33:0:0:15:33:0:0 chr1 161976234 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.875;QD=52.6127;RBI=0.03835;REFB=0;REVB=0.0381876;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212986;OID=.;OPOS=161976234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr1 161993192 . T C 97.12 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00737773;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.74;QD=9.96055;RBI=0.0163502;REFB=-0.0307804;REVB=-0.014591;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109589;STB=0.613877;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.119629;OID=.;OPOS=161993192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:37:39:24:26:12:13:0.333333:8:4:6:18:8:5:6:20 chr1 162313735 . C T 87.23 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0291543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.774;QD=12.9235;RBI=0.0320966;REFB=-0.0396958;REVB=0.0134245;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659235;STB=0.586057;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0412142;OID=.;OPOS=162313735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:27:13:16:11:11:0.407407:6:5:5:8:6:5:5:11 chr1 162344102 . C T 314.83 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.011255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.364;QD=14.8155;RBI=0.0185225;REFB=-0.0237135;REVB=-0.0147108;RO=50;SAF=11;SAR=24;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985511;STB=0.556021;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0432867;OID=.;OPOS=162344102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:24:11:20:30:24:11:20:30 chr1 162345091 . G A 2265.31 PASS AF=0.993464;AO=149;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031284;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.148;QD=59.2239;RBI=0.102494;REFB=-0.0923123;REVB=0.0976027;RO=0;SAF=86;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.78262e-08;STB=0.503759;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00119553;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:153:153:0:1:149:152:0.993464:63:86:0:0:66:86:0:1 chr1 162354803 . G C 684.63 PASS AF=0.428571;AO=75;DP=175;FAO=75;FDP=175;FR=.;FRO=100;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.0113004;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.312;QD=15.6486;RBI=0.0205686;REFB=-0.0221899;REVB=-0.0171863;RO=99;SAF=37;SAR=38;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325288;STB=0.515231;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0258897;OID=.;OPOS=162354803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:99:100:75:75:0.428571:38:37:52:47:38:37:52:48 chr1 162467014 . C G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.442;QD=60.8835;RBI=0.0362567;REFB=0;REVB=0.018916;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96517e-05;OID=.;OPOS=162467014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr1 162493009 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.251;QD=53.2756;RBI=0.0319123;REFB=0;REVB=0.0313979;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442614;OID=.;OPOS=162493009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr1 162737116 . C G 387.18 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.00777422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1582;QD=15.9663;RBI=0.00990428;REFB=-0.0088983;REVB=-0.00613647;RO=55;SAF=14;SAR=27;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00450645;STB=0.501398;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0123207;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:27:14:19:36:27:14:19:37 chr1 162740327 . T C 1185.38 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9593;QD=60.0194;RBI=0.0766873;REFB=0;REVB=0.064467;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657507;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:31:47:0:0:32:47:0:0 chr1 162765475 . G C 72.4 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.057;QD=36.2006;RBI=0.0180547;REFB=0;REVB=-0.0146638;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00820351;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:4:4:0:0 chr1 162782145 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00289209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.836;QD=14.6657;RBI=0.00902223;REFB=-0.0111828;REVB=-0.00854613;RO=21;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439963;STB=0.754183;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0160434;OID=.;OPOS=162782145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:4:11:6:15:4:11:6:15 chr1 163044483 . G A 457.38 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0088252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3998;QD=17.7621;RBI=0.0164404;REFB=-0.0177994;REVB=-0.0138709;RO=54;SAF=26;SAR=23;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811186;STB=0.545077;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0163764;OID=.;OPOS=163044483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:23:26:24:30:23:26:24:30 chr1 163045860 . A C 263.43 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.103986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9681;QD=19.5133;RBI=0.109052;REFB=-0.0328358;REVB=0.0328515;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193382;STB=0.60803;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.015485;OID=.;OPOS=163045860;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:18:10:15:11:18:10:15:11 chr1 163309219 . A T 145.92 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.000838354;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.212;QD=10.4228;RBI=0.0197382;REFB=-0.0139933;REVB=-0.0197204;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104406;STB=0.561372;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0302802;OID=.;OPOS=163309219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:8:11:18:19:8:11:18:19 chr1 163479278 . G A 415.43 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00340339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.284;QD=19.3225;RBI=0.0109444;REFB=-0.00751943;REVB=-0.0104018;RO=44;SAF=29;SAR=13;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342477;STB=0.690385;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0125504;OID=.;OPOS=163479278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:13:29:14:30:13:29:14:30 chr1 163893042 . G A 443.67 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0145436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9861;QD=17.2299;RBI=0.0236362;REFB=-0.0197357;REVB=-0.0186321;RO=54;SAF=23;SAR=25;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374193;STB=0.515979;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0142079;OID=.;OPOS=163893042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:55:48:48:0.466019:25:23:28:26:25:23:28:27 chr1 164529120 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00904296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.043;QD=19.646;RBI=0.0163795;REFB=0.00501186;REVB=0.0136569;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897445;STB=0.551626;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00163201;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:3:5:8:3:3:5 chr1 164608825 . G A 952.3 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108313;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.535;QD=58.603;RBI=0.051231;REFB=0;REVB=0.050073;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136646;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:37:27:0:0:37:28:0:0 chr1 165172696 . G A 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0199792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.324;QD=11.1307;RBI=0.0322255;REFB=0.00294987;REVB=-0.0252847;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092771;STB=0.555446;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0059292;OID=.;OPOS=165172696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:7:10:5:5:7:10 chr1 165173216 . A G 890.49 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221582;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4576;QD=58.3926;RBI=0.0651099;REFB=0;REVB=0.0650721;RO=0;SAF=48;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393476;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:13:48:0:0:13:48:0:0 chr1 165218792 . G A 164.38 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0174823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8265;QD=13.698;RBI=0.0268613;REFB=0.0173694;REVB=0.0203936;RO=30;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153427;STB=0.590253;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.0278006;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:14:4:10:20:14:4:10:20 chr1 165377552 . G A 326.26 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00941584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.217;QD=17.6357;RBI=0.0288623;REFB=0.0172767;REVB=0.0272833;RO=37;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735518;STB=0.551971;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0242492;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:39:35:35:0.472973:20:15:13:24:20:15:13:26 chr1 165398115 . T C 262.8 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0154236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.171;QD=15.017;RBI=0.0167103;REFB=0.00121997;REVB=-0.00643021;RO=38;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236785;STB=0.649597;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00171499;OID=.;OPOS=165398115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:40:30:30:0.428571:21:9:20:18:21:9:22:18 chr1 165601466 . G A 242.67 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00602347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.531;QD=14.9337;RBI=0.0256908;REFB=-0.00832056;REVB=-0.0249747;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693084;STB=0.545423;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.011225;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:16:12:13:23:16:12:13:24 chr1 165624799 . G T 191.9 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00404813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2953;QD=15.9918;RBI=0.0267712;REFB=-0.0263319;REVB=-0.0264633;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137497;STB=0.570104;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0380498;OID=.;OPOS=165624799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:13:7:13:14:13:7:13:15 chr1 165630698 . A G 676.74 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.093995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3795;QD=60.1549;RBI=0.0941494;REFB=0.0238269;REVB=0.00538983;RO=1;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136207;STB=0.507243;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00064551;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:34:10:0:1:34:10:0:1 chr1 165652273 . A G 526.59 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0515634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7508;QD=56.9281;RBI=0.0754024;REFB=-0.0692867;REVB=-0.0550159;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208029;STB=0.511105;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0106537;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:14:22:1:0:14:22:1:0 chr1 165737704 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.389;QD=56.7066;RBI=0.0222882;REFB=0;REVB=0.0124442;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52993e-05;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr1 166591271 . T C 376.45 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0380835;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0852;QD=18.1422;RBI=0.0488102;REFB=-0.0021408;REVB=0.03053;RO=43;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358727;STB=0.52474;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00434676;OID=.;OPOS=166591271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:24:15:15:28:24:15:15:29 chr1 166818566 . A G 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0145859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.885;QD=20.8118;RBI=0.0146908;REFB=-0.0291923;REVB=0.00175312;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0159218;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:12:11:11:12:12:11 chr1 166825797 . A ACAGATCCAG 88.79 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0274967;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=274.095;QD=6.45733;RBI=0.0282606;REFB=-0.0101523;REVB=-0.00652623;RO=42;SAF=1;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601373;STB=0.888198;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0335895;OID=.;OPOS=166825798;OREF=-;OALT=CAGATCCAG;OMAPALT=ACAGATCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236364:13:55:13:55:42:1:12:21:21:88:42:1:12:21:21 chr1 166826655 . C T 136.43 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0260112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.844;QD=13.9932;RBI=0.0303772;REFB=-0.0416681;REVB=-0.0156905;RO=23;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263104;STB=0.658273;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0600348;OID=.;OPOS=166826655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:14:14:0.358974:12:2:7:16:12:2:7:16 chr1 166826773 . C T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0149931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.584;QD=15.1566;RBI=0.0228434;REFB=-0.0276728;REVB=-0.0172345;RO=29;SAF=6;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162691;STB=0.57365;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.017732;OID=.;OPOS=166826773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:32:25:25:0.438596:19:6:11:18:19:6:11:21 chr1 166958601 . T C 443.24 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=0.00551498;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5159;QD=14.8989;RBI=0.00963002;REFB=-0.0165354;REVB=0.00789444;RO=69;SAF=34;SAR=16;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324928;STB=0.518285;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0223187;OID=.;OPOS=166958601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:69:50:50:0.420168:16:34:45:24:16:34:45:24 chr1 166958710 . T G 644.67 PASS AF=0.598039;AO=61;DP=102;FAO=61;FDP=102;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0433513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.862;QD=25.281;RBI=0.0447321;REFB=-0.0175396;REVB=-0.0110286;RO=41;SAF=35;SAR=26;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099987;STB=0.55446;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.016753;OID=.;OPOS=166958710;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:41:41:61:61:0.598039:26:35:18:23:26:35:18:23 chr1 166974295 . G GT,T 37.38 PASS AF=0.294118,0;AO=8,4;DP=34;FAO=10,0;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8,0;FSAR=2,0;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0796706,0.00380595;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=11.7277,213.521;QD=4.39766;RBI=0.113252,0.00588946;REFB=-0.0711404,0.0053448;REVB=-0.08049,-0.0044945;RO=22;SAF=4,3;SAR=4,1;SRF=17;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.326529,-0.0356888;STB=0.624724,0.5;STBP=0.42,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.16097,0;OID=.,.;OPOS=166974296,166974295;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:34:34:22:24:8,4:10,0:0.294118,0:4,1:4,3:17:5:2,0:8,0:16:8 chr1 167095163 . G C 1626.89 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0482964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.1904;QD=58.1033;RBI=0.0505252;REFB=-0.160903;REVB=0.0148411;RO=2;SAF=60;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00155326;STB=0.500818;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0015271;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:50:60:1:1:50:60:1:1 chr1 167095765 . G A 911.72 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00527568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.003;QD=55.2556;RBI=0.0434567;REFB=-0.103158;REVB=0.0431353;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154834;STB=0.50095;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00297452;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:30:34:0:1:30:34:1:1 chr1 167095881 . G A 1018.98 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0791746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.18;QD=56.6098;RBI=0.095227;REFB=-0.156133;REVB=0.052911;RO=1;SAF=18;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918066;STB=0.509431;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00242989;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:69:70:0.972222:51:18:0:1:52:18:0:2 chr1 167097739 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.568;QD=45.805;RBI=0.0527983;REFB=0;REVB=0.0462102;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101912;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr1 167408565 . G T 274.6 PASS AF=0.5;AO=29;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00390125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.915;QD=17.7161;RBI=0.0246446;REFB=-0.0175991;REVB=0.0243339;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186836;STB=0.614983;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0160662;OID=.;OPOS=167408565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:29:31:0.5:18:11:18:13:20:11:18:13 chr1 167510996 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.01;QD=56.188;RBI=0.0623727;REFB=0;REVB=0.0352493;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185337;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr1 167511035 . C G 155.32 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0288518;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9051;QD=19.4151;RBI=0.0302689;REFB=-0.0195624;REVB=0.00915287;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270594;STB=0.653657;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0242237;OID=.;OPOS=167511035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:16:16:16:16:0.5:10:6:11:5:10:6:11:5 chr1 167817639 . A G 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.884;QD=60.3757;RBI=0.0341044;REFB=0;REVB=-0.0325616;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100768;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr1 167825485 . T C 1177.48 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123543;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.045;QD=61.1677;RBI=0.028015;REFB=0;REVB=0.0251438;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134779;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:32:44:0:0:32:45:0:0 chr1 167825606 . A G 424.84 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0111326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.329;QD=24.2764;RBI=0.0525048;REFB=-0.00212884;REVB=-0.051311;RO=28;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035462;STB=0.512189;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.000446705;OID=.;OPOS=167825606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:28:29:41:41:0.585714:21:20:15:13:21:20:15:14 chr1 167839578 . G A 238.06 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0036288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.325;QD=11.6126;RBI=0.00462941;REFB=-0.00512113;REVB=0.00287458;RO=49;SAF=13;SAR=16;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133964;STB=0.599433;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00904899;OID=.;OPOS=167839578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:53:29:29:0.353659:16:13:28:21:16:13:32:21 chr1 167849414 . A G 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00822704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.261;QD=16.0645;RBI=0.00826429;REFB=-0.0186853;REVB=-0.000783792;RO=29;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618301;STB=0.519759;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0202561;OID=.;OPOS=167849414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:31:26:26:0.45614:16:10:13:16:16:10:13:18 chr1 167874261 . CA C 35.33 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0285293;FXX=0.0768935;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.1483;QD=5.88839;RBI=0.0350282;REFB=-0.026899;REVB=-0.0203237;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199998;STB=0.624687;STBP=0.428;TYPE=del;VARB=0.0330205;OID=.;OPOS=167874262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:26:8:24:16:5:3:7:9:35:13:5:2:7:6 chr1 167893759 . G A 121.36 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00422702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.047;QD=15.1698;RBI=0.00579511;REFB=0.00116337;REVB=0.00396429;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861396;STB=0.551811;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00125833;OID=.;OPOS=167893759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:18:13:14:0.4375:8:5:8:9:9:5:8:10 chr1 167906239 . A C 1585.15 PASS AF=1;AO=103;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165995;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.072;QD=59.258;RBI=0.0443419;REFB=0;REVB=0.0411176;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194888;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:103:107:1:54:49:0:0:55:52:0:0 chr1 167973976 . C T 348.4 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.015697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6659;QD=17.4199;RBI=0.0245929;REFB=-0.018721;REVB=0.0189319;RO=42;SAF=11;SAR=26;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292781;STB=0.670289;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0144114;OID=.;OPOS=167973976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:26:11:25:17:26:11:26:17 chr1 168013850 . T C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00758811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.214;QD=12.2126;RBI=0.0351792;REFB=0.00721109;REVB=0.0343511;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600665;STB=0.535657;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0103326;OID=.;OPOS=168013850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:10:3:6:16:10:3:6:16 chr1 168059866 . A G 200.11 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0640294;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2433;QD=19.5226;RBI=0.127961;REFB=0.00394481;REVB=-0.11079;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143471;STB=0.603682;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00294916;OID=.;OPOS=168059866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:21:20:20:0.487805:14:6:3:15:14:6:3:18 chr1 168073976 . G A 40.61 PASS AF=0.104348;AO=12;DP=115;FAO=12;FDP=115;FR=.;FRO=103;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.0333452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7302;QD=1.41269;RBI=0.0335394;REFB=-0.00175277;REVB=0.00360414;RO=99;SAF=11;SAR=1;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556724;STB=0.914632;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0798447;OID=.;OPOS=168073976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:115:115:99:103:12:12:0.104348:1:11:45:54:1:11:47:56 chr1 168511284 . T C 90.1 PASS AF=0.255319;AO=11;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0268727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.398;QD=7.66791;RBI=0.029311;REFB=-0.0162273;REVB=-0.0117042;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108433;STB=0.553104;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0340652;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:33:35:11:12:0.255319:6:5:18:15:6:6:20:15 chr1 168513129 . C T 1343.54 PASS AF=0.824;AO=98;DP=120;FAO=103;FDP=125;FR=.;FRO=22;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=0.0124651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.856;QD=42.9932;RBI=0.0640087;REFB=-0.0141536;REVB=0.0627833;RO=22;SAF=64;SAR=34;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100805;STB=0.554021;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00402487;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:125:22:22:98:103:0.824:34:64:20:2:38:65:20:2 chr1 169101935 . C T 301.43 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=34;FWDB=-0.0177366;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.612;QD=16.2932;RBI=0.0225359;REFB=-0.0208791;REVB=-0.0139025;RO=35;SAF=9;SAR=24;SRF=3;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248561;STB=0.576117;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0199768;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:41:33:33:0.445946:24:9:3:32:24:9:7:34 chr1 169272451 . A T 1100.19 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0619818;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.4942;QD=57.1529;RBI=0.0651139;REFB=-0.122855;REVB=0.019952;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0012144;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:77:0:1:74:76:0.987013:37:37:0:0:38:38:0:1 chr1 169272453 . G A 1137.76 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229724;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8108;QD=60.6804;RBI=0.0310203;REFB=0;REVB=0.0208454;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54243e-05;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr1 169345868 . A G 241.66 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00119322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5815;QD=21.9688;RBI=0.0232495;REFB=0.0143219;REVB=0.0232188;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156049;STB=0.587351;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00966155;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:8:13:10:13:8:13 chr1 169366516 . G A 833.03 PASS AF=0.450777;AO=79;DP=187;FAO=87;FDP=193;FR=.;FRO=106;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=68;FWDB=0.0266684;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.473;QD=17.2648;RBI=0.0322626;REFB=-0.0125623;REVB=0.0181569;RO=108;SAF=31;SAR=48;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240261;STB=0.525257;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0157637;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:193:108:106:79:87:0.450777:48:31:40:68:52:35:38:68 chr1 169391154 . A G 457.21 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.011379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.927;QD=15.4987;RBI=0.0119742;REFB=0.00188152;REVB=-0.0037281;RO=66;SAF=27;SAR=24;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000900781;STB=0.503998;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00377101;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:67:51:51:0.432203:24:27:35:31:24:27:35:32 chr1 169435027 . C T 613.15 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.07;QD=61.3145;RBI=0.0334787;REFB=0;REVB=-0.0231542;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43846e-06;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr1 169498975 . T C 165.35 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00229847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3312;QD=9.7262;RBI=0.0577988;REFB=-0.011418;REVB=0.0577531;RO=46;SAF=10;SAR=12;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151339;STB=0.58878;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0294137;OID=.;OPOS=169498975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:12:10:27:19:12:10:27:19 chr1 169511017 . G T 802.49 PASS AF=0.596774;AO=74;DP=124;FAO=74;FDP=124;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0287782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.018;QD=25.8867;RBI=0.0288452;REFB=-0.0154429;REVB=-0.00196482;RO=50;SAF=31;SAR=43;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00082352;STB=0.500448;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.012434;OID=.;OPOS=169511017;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:50:50:74:74:0.596774:43:31:21:29:43:31:21:29 chr1 169511555 . T C 182.7 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.015293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2997;QD=17.3999;RBI=0.0482995;REFB=-0.019111;REVB=-0.0458145;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972164;STB=0.555497;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0232655;OID=.;OPOS=169511555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:11:12:8:11:11:12 chr1 169511734 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0213805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.281;QD=17.8402;RBI=0.0214119;REFB=-0.00158934;REVB=0.00115791;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452578;STB=0.760252;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00073957;OID=.;OPOS=169511734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:11:3:10:4:11:3:10:4 chr1 169512027 . T C 282.57 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0341389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1507;QD=14.8719;RBI=0.0415537;REFB=0.00098199;REVB=-0.0236907;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101339;STB=0.557341;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00257497;OID=.;OPOS=169512027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:17:15:25:19:17:15:25:19 chr1 169512093 . A G 148.57 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0101078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.18;QD=10.8052;RBI=0.0223194;REFB=0.0031714;REVB=0.0198995;RO=36;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122627;STB=0.572248;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00432121;OID=.;OPOS=169512093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:13:6:15:21:13:6:15:21 chr1 169512120 . G A 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00544163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.182;QD=10.3434;RBI=0.0128172;REFB=-0.00874319;REVB=-0.0116047;RO=41;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150109;STB=0.588059;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0186696;OID=.;OPOS=169512120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:13:8:21:20:13:8:21:20 chr1 169519049 . T C 888.03 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024737;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.267;QD=58.2312;RBI=0.0160694;REFB=0;REVB=0.0158778;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92534e-05;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr1 169519112 . C T 482.04 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00363285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.268;QD=20.5124;RBI=0.00894672;REFB=-0.00307601;REVB=-0.00817596;RO=47;SAF=20;SAR=27;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058308;STB=0.532311;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00294382;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:27:20:23:24:27:20:23:24 chr1 169529826 . C A 1713.26 PASS AF=0.983051;AO=97;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0329413;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.982;QD=58.0766;RBI=0.0363961;REFB=0.114003;REVB=0.0154774;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508619;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000175382;OID=.;OPOS=169529826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:118:118:0:2:97:116:0.983051:46:51:0:0:57:59:0:2 chr1 169529973 . C T 1508.42 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01309;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.075;QD=58.5795;RBI=0.0380297;REFB=-0.0771633;REVB=0.0357059;RO=1;SAF=28;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063694;STB=0.503355;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000941818;OID=.;OPOS=169529973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:103:1:1:102:102:0.990291:74:28:0:1:74:28:0:1 chr1 169562904 . C T 696.08 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.833;QD=60.5288;RBI=0.0307921;REFB=-0.069703;REVB=0.00807194;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000716445;OID=.;OPOS=169562904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:25:20:1:0:25:20:1:0 chr1 169566313 . C T 1409.13 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142957;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.079;QD=62.628;RBI=0.0187547;REFB=0;REVB=0.0121397;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241372;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:46:43:0:0:46:44:0:0 chr1 169578860 . C T 214.29 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0220333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.972;QD=12.7933;RBI=0.0220803;REFB=-0.0151715;REVB=0.00143994;RO=41;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081182;STB=0.536937;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.041073;OID=.;OPOS=169578860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:25:26:0.38806:16:9:12:29:17:9:12:29 chr1 169768033 . T C 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00871418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1039;QD=7.04935;RBI=0.0511668;REFB=-0.0190856;REVB=0.0504193;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408161;STB=0.525721;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0462805;OID=.;OPOS=169768033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:4:6:17:13:4:6:17:13 chr1 169768080 . C A 139.01 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0304232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.059;QD=12.0882;RBI=0.030589;REFB=-0.0189068;REVB=-0.00318045;RO=30;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119572;STB=0.539722;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0345436;OID=.;OPOS=169768080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:30:15:16:0.347826:5:10:17:13:6:10:17:13 chr1 169823509 . T C 298.01 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00248348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.714;QD=18.3388;RBI=0.00280358;REFB=-0.0311048;REVB=-0.00130093;RO=32;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221771;STB=0.630252;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0278499;OID=.;OPOS=169823509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:13:19:11:21:13:19:11:22 chr1 169823718 . T C 380.3 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0144143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.182;QD=24.9375;RBI=0.0230186;REFB=-0.0276658;REVB=-0.0179467;RO=22;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077539;STB=0.543241;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0136619;OID=.;OPOS=169823718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:24:37:37:0.606557:21:16:12:10:21:16:13:11 chr1 169829071 . G A 90.65 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0264364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0536;QD=17.2664;RBI=0.0763531;REFB=-0.0629459;REVB=-0.0716304;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13078;STB=0.575089;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0597608;OID=.;OPOS=169829071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:3:7:6:5:3:7 chr1 169927228 . T G,TG 536.37 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=2,33;DP=38;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502183,0.096228;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.473,27.1112;QD=56.4596;RBI=0.0539725,0.137908;REFB=0,0;REVB=0.0197777,0.0987866;RO=3;SAF=2,23;SAR=0,10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.666583,0.0648917;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0778913,0.00549781;OID=.,.;OPOS=169927228,169927229;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:38:38:3:0:2,33:1,37:0.0263158,0.973684:0,10:2,23:1:2:0,12:1,25:0:0 chr1 169951997 . C T 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00497418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.546;QD=11.5639;RBI=0.00498933;REFB=-0.0123646;REVB=-0.000388494;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135344;STB=0.580534;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.019746;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:10:5:13:16:10:5:13:16 chr1 170024446 . AT A 42.31 PASS AF=0.282051;AO=28;DP=79;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0243373;FXX=0.0249969;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.1308;QD=2.16961;RBI=0.103663;REFB=-0.127179;REVB=0.100765;RO=41;SAF=27;SAR=1;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.755101;STB=0.879614;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.155988;OID=.;OPOS=170024447;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282051:28:79:22:78:56:20:2:25:31:42:41:27:1:16:25 chr1 170501384 . G GC 162.19 PASS AF=1;AO=6;DP=39;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277359;FXX=0.499868;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.1267;QD=34.1451;RBI=0.0731598;REFB=0;REVB=0.0676984;RO=32;SAF=0;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.693766;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000728491;OID=.;OPOS=170501385;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:39:19:19:0:6:13:0:0:4:32:0:6:18:14 chr1 170501385 . A C,G 548.36 PASS AF=0.973684,0.0263158;AO=31,7;DP=38;FAO=37,1;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357269,0.0083465;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.122,68.7333;QD=57.7222;RBI=0.0793926,0.0127237;REFB=0,0;REVB=0.0708997,-0.00960351;RO=0;SAF=17,0;SAR=14,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000820105,0.194964;OID=.,.;OPOS=170501385,170501385;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:38:38:0:0:31,7:37,1:0.973684,0.0263158:14,7:17,0:0:0:20,1:17,0:0:0 chr1 170521376 . G A 884.74 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8352;QD=58.0158;RBI=0.0351297;REFB=0;REVB=0.0308048;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023923;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:25:35:0:0:25:36:0:0 chr1 170705685 . CTATATATATA C 327.97 PASS AF=0.603774;AO=30;DP=47;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0584763;FXX=0.23185;HRUN=1;LEN=10;MLLD=246.567;QD=24.7526;RBI=0.0691561;REFB=-0.0354448;REVB=0.0369201;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.622569;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=0.00809641;OID=.;OPOS=170705686;OREF=TATATATATA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.603774:30:47:32:53:21:16:16:17:4:99:0:20:10:0:0 chr1 170916646 . G T 219.59 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0381623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8889;QD=13.9425;RBI=0.0433451;REFB=-0.0272427;REVB=-0.0205532;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16345;STB=0.523791;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0379559;OID=.;OPOS=170916646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:37:25:26:0.412698:12:13:20:9:13:13:20:17 chr1 170928671 . T C 325.95 PASS AF=0.486111;AO=33;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0637078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8685;QD=18.1082;RBI=0.0644926;REFB=-0.0355194;REVB=-0.0100306;RO=38;SAF=10;SAR=23;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431937;STB=0.510632;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0314689;OID=.;OPOS=170928671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:37:33:35:0.486111:23:10:13:25:23:12:12:25 chr1 171168584 . CA TG 129.29 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.015318;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=302.279;QD=8.47773;RBI=0.0177077;REFB=-0.0125095;REVB=-0.00888387;RO=42;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131783;STB=0.571348;STBP=0.466;TYPE=mnp;VARB=0.0288626;OID=.;OPOS=171168584;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:43:18:18:0.295082:7:11:21:21:7:11:22:21 chr1 171178152 . A G 292.85 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00364852;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.404;QD=19.5233;RBI=0.0166334;REFB=-0.00960385;REVB=0.0162283;RO=29;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182774;STB=0.601238;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00821862;OID=.;OPOS=171178152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:29:31:31:0.516667:16:15:8:21:16:15:8:21 chr1 171461787 . G A 323.38 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.603;QD=53.8969;RBI=0.060666;REFB=0;REVB=-0.0393769;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09821e-05;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr1 171509327 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3438;QD=33.4264;RBI=0.0722253;REFB=0;REVB=0.0463519;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000953854;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 171511039 . C G 163.25 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0459104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.724;QD=36.2776;RBI=0.0845539;REFB=-0.168447;REVB=-0.0710042;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.549939;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0140432;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:18:1:2:16:16:0.888889:9:7:0:1:9:7:0:2 chr1 171514731 . C G 362.03 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189272;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.377;QD=55.6972;RBI=0.0189366;REFB=0;REVB=-0.000595008;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30017e-05;OID=.;OPOS=171514731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr1 171526570 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.191;QD=51.9167;RBI=0.0348313;REFB=0;REVB=0.0300942;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92304e-05;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr1 171556165 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.12;QD=58.1421;RBI=0.0261771;REFB=0;REVB=0.025801;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67527e-05;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr1 171558516 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.484;QD=51.9167;RBI=0.0320667;REFB=0;REVB=0.0205208;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197638;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr1 171621525 . C T 639.08 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0533316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.807;QD=59.4496;RBI=0.0588315;REFB=-0.0330428;REVB=0.0248372;RO=0;SAF=9;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54184e-08;STB=0.507933;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00030116;OID=.;OPOS=171621525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:43:0:1:40:42:0.976744:31:9:0:0:31:11:0:1 chr1 171751236 . T C 1249.79 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814845;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7825;QD=61.7178;RBI=0.0831209;REFB=0;REVB=0.0164126;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579001;OID=.;OPOS=171751236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr1 171753039 . A G 868.16 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.94;QD=57.8775;RBI=0.0234217;REFB=0;REVB=0.0184952;RO=0;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120646;OID=.;OPOS=171753039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:18:42:0:0:18:42:0:0 chr1 171755170 . G A 710.13 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226301;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.53;QD=61.7502;RBI=0.0395241;REFB=0;REVB=0.0324042;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027436;OID=.;OPOS=171755170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:19:27:0:0 chr1 171810960 . A G 501.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.579;QD=59.001;RBI=0.0513564;REFB=0;REVB=-0.00696679;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146512;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr1 172356437 . A G 783.55 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9459;QD=56.9854;RBI=0.0123377;REFB=0;REVB=0.00957843;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100903;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr1 172378883 . TG GT,TGT 471.96 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=2,41;DP=49;FAO=1,47;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,37;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625594,-0.00313946;FXX=0.020404;HRUN=2,5;LEN=2,1;MLLD=13.8251,13.0436;QD=39.3303;RBI=0.0550019,0.0690891;REFB=0.0068387,-0.025135;REVB=0.054645,-0.0690177;RO=1;SAF=2,33;SAR=0,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0140107;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0927126,-0.000873221;OID=.,.;OPOS=172378883,172378885;OREF=TG,-;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:49:48:1:0:2,41:1,47:0.0208333,0.979167:0,8:2,33:1:0:0,10:1,37:0:0 chr1 172411768 . T C 479.87 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0967888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5569;QD=58.1659;RBI=0.102173;REFB=0;REVB=0.0327304;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125536;OID=.;OPOS=172411768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr1 172412845 . C A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397286;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.823;QD=57.1062;RBI=0.0493727;REFB=0;REVB=0.0293138;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65068e-05;OID=.;OPOS=172412845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr1 172422209 . C T 1253.1 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0256248;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1687;QD=60.3905;RBI=0.0528427;REFB=-0.0951996;REVB=0.0462139;RO=1;SAF=26;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178613;STB=0.509089;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00148968;OID=.;OPOS=172422209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:81:82:0.987952:55:26:1:0:55:27:1:0 chr1 172437592 . G A 1262.46 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.664;QD=60.8414;RBI=0.0484169;REFB=0;REVB=0.00939923;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122662;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:83:0:0:75:83:1:37:38:0:0:43:40:0:0 chr1 173429995 . G A 237.19 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00879697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.191;QD=15.5536;RBI=0.00982667;REFB=-0.0152319;REVB=0.00437914;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115646;STB=0.572075;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0196183;OID=.;OPOS=173429995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:13:14:21:12:13:14:22:12 chr1 173457017 . C T 527.06 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0168988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.904;QD=21.9607;RBI=0.0169307;REFB=-0.0135199;REVB=0.00103784;RO=45;SAF=30;SAR=20;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605629;STB=0.526305;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0113282;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:46:50:50:0.520833:20:30:30:15:20:30:30:16 chr1 173474429 . T C 851.09 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9846;QD=57.701;RBI=0.0529575;REFB=0;REVB=0.0157004;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071005;OID=.;OPOS=173474429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr1 173516871 . G A,C 582.21 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=2,37;DP=39;FAO=2,37;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416466,0.0427743;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.315,196.383;QD=59.7139;RBI=0.0428478,0.0427752;REFB=0,0;REVB=-0.0100745,0.000274837;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.91909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00563832,0.00203349;OID=.,.;OPOS=173516871,173516871;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:39:39:0:0:2,37:2,37:0.0512821,0.948718:0,14:2,23:0:0:0,14:2,23:0:0 chr1 173516903 . A G 396.1 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3659;QD=54.6343;RBI=0.178939;REFB=0;REVB=0.0157533;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00406325;OID=.;OPOS=173516903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:28:29:1:11:17:1:0:11:18:0:0 chr1 175046789 . A G 103.44 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0133598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.964;QD=9.85164;RBI=0.0200629;REFB=-0.00691541;REVB=0.0149678;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391726;STB=0.680587;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.010007;OID=.;OPOS=175046789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:29:13:13:0.309524:4:9:9:18:5:8:10:19 chr1 175054548 . C T 232.44 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00770213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.5403;QD=15.2417;RBI=0.00816685;REFB=-0.0038315;REVB=0.00271563;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254685;STB=0.644336;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00875104;OID=.;OPOS=175054548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:18:9:20:14:18:9:20:14 chr1 175092674 . C T 163.33 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=55;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.01085;FXX=0.0535619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.472;QD=12.3271;RBI=0.0145839;REFB=-0.00454012;REVB=-0.00974519;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454997;STB=0.509425;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0084968;OID=.;OPOS=175092674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:29:33:19:20:0.377358:10:9:15:14:10:10:17:16 chr1 175096157 . C T 371.75 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00490265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.428;QD=17.4941;RBI=0.0270907;REFB=-0.0120334;REVB=-0.0266434;RO=45;SAF=22;SAR=16;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193102;STB=0.592767;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00711444;OID=.;OPOS=175096157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:46:38:39:0.458824:16:22:17:28:17:22:18:28 chr1 175097864 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0435159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.929;QD=20.2097;RBI=0.0441584;REFB=-0.0108398;REVB=-0.00750515;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848985;STB=0.547876;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00685475;OID=.;OPOS=175097864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:11:2:1:9:11:2:1:9 chr1 175105996 . C T 370.59 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0135291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8407;QD=14.1176;RBI=0.0135317;REFB=0.00127743;REVB=-0.000265785;RO=62;SAF=19;SAR=24;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610824;STB=0.534505;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.000445202;OID=.;OPOS=175105996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:43:43:0.409524:24:19:31:31:24:19:31:31 chr1 175113578 . T C 1543.58 PASS AF=1;AO=100;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260469;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.158;QD=59.9449;RBI=0.043695;REFB=0;REVB=0.035083;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146497;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:100:103:1:49:51:0:0:50:53:0:0 chr1 175129946 . C T 394.71 PASS AF=0.506329;AO=38;DP=82;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00302278;FXX=0.0595167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.676;QD=19.9851;RBI=0.00396728;REFB=-0.0536661;REVB=0.00256945;RO=43;SAF=15;SAR=23;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219901;STB=0.593862;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0456073;OID=.;OPOS=175129946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:79:43:39:38:40:0.506329:23:15:27:16:24:16:23:16 chr1 175299301 . T C 486.11 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00685679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6137;QD=55.5552;RBI=0.0150213;REFB=-0.0390455;REVB=-0.013365;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00806432;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:20:13:1:0:20:14:1:0 chr1 175324651 . A G 1034.34 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156494;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.957;QD=59.962;RBI=0.0165049;REFB=0;REVB=-0.0052449;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254619;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr1 175335234 . C T 393.17 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=50;FWDB=0.00235186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.755;QD=13.6756;RBI=0.00946666;REFB=-0.0148798;REVB=0.00916987;RO=68;SAF=13;SAR=33;SRF=19;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00417018;STB=0.505384;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0253136;OID=.;OPOS=175335234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:69:46:46:0.4:33:13:19:49:33:13:19:50 chr1 175348723 . C T 536.12 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.033381;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9875;QD=15.8849;RBI=0.0456856;REFB=0.0223702;REVB=-0.031191;RO=76;SAF=35;SAR=23;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394838;STB=0.526515;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0229378;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:77:58:58:0.42963:23:35:43:33:23:35:43:34 chr1 175355391 . A G 544.0 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0341083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0705;QD=21.9799;RBI=0.03942;REFB=-0.0142613;REVB=0.0197625;RO=42;SAF=27;SAR=25;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621671;STB=0.526306;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0123349;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:47:52:52:0.525253:25:27:25:17:25:27:27:20 chr1 175375469 . C A 402.54 PASS AF=0.436893;AO=43;DP=100;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00339316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.251;QD=15.6328;RBI=0.00341059;REFB=-0.00378749;REVB=-0.000344306;RO=56;SAF=25;SAR=18;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102877;STB=0.502182;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00403947;OID=.;OPOS=175375469;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:56:58:43:45:0.436893:18:25:32:24:20:25:32:26 chr1 175375683 . T C 258.32 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0230281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.78;QD=13.9633;RBI=0.023029;REFB=-0.0164941;REVB=-0.000201926;RO=44;SAF=18;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584661;STB=0.533311;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0244043;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:12:18:24:20:12:18:24:20 chr1 175375802 . T C 73.9 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0362046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.85;QD=10.1924;RBI=0.0381644;REFB=-0.00967844;REVB=-0.0120726;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189901;STB=0.573776;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0204805;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:29:19:19:9:10:0.344828:7:2:4:15:7:3:4:15 chr1 176103053 . TAC T 611.5 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133276;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.84;QD=61.1503;RBI=0.0282601;REFB=0;REVB=0.02492;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.48601e-05;OID=.;OPOS=176103054;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:41:40:40:0:21:19:0:0:4:0:20:19:0:0 chr1 176118219 . G A 272.14 PASS AF=0.595238;AO=21;DP=38;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0397317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.483;QD=25.9177;RBI=0.0407351;REFB=-0.0347695;REVB=0.00898525;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11484;STB=0.59992;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0170724;OID=.;OPOS=176118219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:16:17:21:25:0.595238:10:11:6:10:10:15:6:11 chr1 176833497 . G C 291.86 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0835626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6565;QD=15.1615;RBI=0.0843377;REFB=0.0183093;REVB=0.0114079;RO=44;SAF=23;SAR=10;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166951;STB=0.594768;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.0221631;OID=.;OPOS=176833497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:10:23:24:20:10:23:24:20 chr1 176863775 . G C 260.62 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0290659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.323;QD=15.3308;RBI=0.0296746;REFB=-0.0249655;REVB=-0.00597923;RO=38;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130481;STB=0.573481;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0301263;OID=.;OPOS=176863775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:15:15:14:24:15:15:14:24 chr1 176863836 . G C 784.9 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0671;QD=64.0734;RBI=0.0343521;REFB=0;REVB=0.0231953;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350436;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:18:30:0:0:18:31:0:0 chr1 176863842 . C T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00482477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3676;QD=13.3415;RBI=0.00498316;REFB=-0.00182801;REVB=0.00124639;RO=32;SAF=16;SAR=5;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209543;STB=0.621905;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00400201;OID=.;OPOS=176863842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:5:16:19:13:5:16:19:13 chr1 176863867 . T C 820.39 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269978;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1678;QD=57.5715;RBI=0.053084;REFB=0;REVB=0.0457059;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157644;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr1 177908852 . C T 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.786;QD=58.8003;RBI=0.0142262;REFB=-0.0578948;REVB=0.0036137;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133249;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000868602;OID=.;OPOS=177908852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:35:39:0:1:35:39:0:1 chr1 177915474 . A C 316.48 PASS AF=0.453333;AO=32;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0633832;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.175;QD=16.8791;RBI=0.0635438;REFB=-0.017543;REVB=0.00451435;RO=30;SAF=20;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140845;STB=0.518508;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0297708;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:41:32:34:0.453333:12:20:14:16:13:21:24:17 chr1 177929521 . G A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.000680828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.939;QD=22.9084;RBI=0.00834826;REFB=-0.00537437;REVB=-0.00832045;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120525;STB=0.575989;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0033155;OID=.;OPOS=177929521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:20:21:0.552632:10:10:6:11:10:11:6:11 chr1 177929554 . C T 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0119643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0141;QD=9.47545;RBI=0.0372322;REFB=-0.00435294;REVB=-0.0352576;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264681;STB=0.516097;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00730456;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:10:11:5:5:10:11 chr1 177929987 . T C 650.79 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1179;QD=61.9802;RBI=0.0694678;REFB=0;REVB=0.0671064;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654775;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr1 177937009 . G A 523.45 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00463779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1235;QD=21.3652;RBI=0.00748208;REFB=-0.00728739;REVB=0.00587132;RO=48;SAF=37;SAR=13;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239545;STB=0.633153;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0069331;OID=.;OPOS=177937009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:13:37:24:24:13:37:24:24 chr1 178062359 . G A 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0546893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.153;QD=16.4804;RBI=0.0553273;REFB=-0.00243981;REVB=-0.0083774;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668713;STB=0.565686;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00178763;OID=.;OPOS=178062359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:25:19:19:0.431818:12:7:10:13:12:7:12:13 chr1 178483231 . G A 157.7 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0096679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.327;QD=11.2644;RBI=0.0241971;REFB=-0.021401;REVB=0.0221818;RO=36;SAF=4;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291041;STB=0.672375;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0341782;OID=.;OPOS=178483231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:16:4:15:21:16:4:15:21 chr1 178489978 . T G 207.62 PASS AF=0.3;AO=27;DP=90;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.004196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.668;QD=9.22768;RBI=0.0286939;REFB=-0.00732415;REVB=-0.0283854;RO=58;SAF=9;SAR=18;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12127;STB=0.604571;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0200554;OID=.;OPOS=178489978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:63:27:27:0.3:18:9:25:33:18:9:30:33 chr1 178492447 . T A 321.35 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0233406;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.987;QD=16.0675;RBI=0.0244963;REFB=-0.015545;REVB=-0.00743556;RO=45;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155985;STB=0.587889;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.022815;OID=.;OPOS=178492447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:45:45:35:35:0.4375:21:14:25:20:21:14:25:20 chr1 178514165 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0402418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.901;QD=11.0197;RBI=0.0407357;REFB=-0.0131228;REVB=-0.00632429;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0167461;OID=.;OPOS=178514165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:5:3:4:2:5:3 chr1 178514560 . A AT 140.54 PASS AF=0.76;AO=18;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0309565;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.7913;QD=22.4866;RBI=0.0420713;REFB=0.0168083;REVB=-0.0284902;RO=7;SAF=3;SAR=15;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200741;STB=0.542122;STBP=0.579;TYPE=ins;VARB=-0.0137522;OID=.;OPOS=178514561;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.76:18:25:19:25:6:4:15:2:4:28:7:3:15:3:4 chr1 178514622 . C T 262.26 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0535492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6899;QD=15.2036;RBI=0.0844496;REFB=0.009285;REVB=-0.0653009;RO=39;SAF=21;SAR=9;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386127;STB=0.717806;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0169231;OID=.;OPOS=178514622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:9:21:12:27:9:21:12:27 chr1 178646884 . C T 204.16 PASS AF=0.3375;AO=24;DP=77;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0111491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.195;QD=10.2082;RBI=0.0111678;REFB=-0.0184207;REVB=-0.000645694;RO=50;SAF=8;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241751;STB=0.655346;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0353515;OID=.;OPOS=178646884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:50:53:24:27:0.3375:16:8:27:23:18:9:30:23 chr1 178820159 . C A 183.03 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0152404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6282;QD=13.3112;RBI=0.0946979;REFB=-0.0135873;REVB=-0.0934635;RO=33;SAF=3;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312308;STB=0.683607;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0181525;OID=.;OPOS=178820159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:19:3:11:22:19:3:11:22 chr1 179044723 . A G 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0144962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0604;QD=22.7235;RBI=0.0323055;REFB=0.0208981;REVB=0.0288705;RO=16;SAF=3;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374557;STB=0.713491;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0251897;OID=.;OPOS=179044723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:17:3:8:8:17:3:8:8 chr1 179095548 . C T 408.43 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0055863;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.82;QD=18.3563;RBI=0.0149166;REFB=-0.0186551;REVB=-0.013831;RO=47;SAF=26;SAR=16;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203247;STB=0.501133;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0211793;OID=.;OPOS=179095548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:47:47:42:42:0.47191:16:26:29:18:16:26:29:18 chr1 179170643 . A G 273.92 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00773354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.251;QD=15.2179;RBI=0.0109039;REFB=-0.0149487;REVB=-0.00768686;RO=41;SAF=17;SAR=13;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708321;STB=0.54974;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0166126;OID=.;OPOS=179170643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:30:31:0.430556:13:17:26:15:14:17:26:15 chr1 179312752 . C T 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0204868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.721;QD=14.668;RBI=0.0205343;REFB=-0.0129267;REVB=0.00139668;RO=32;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146274;STB=0.583264;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0160421;OID=.;OPOS=179312752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:10:14:14:18:10:14:14:18 chr1 179319541 . C G 302.06 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00888039;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.719;QD=24.6576;RBI=0.0229245;REFB=-0.00180019;REVB=-0.0211346;RO=19;SAF=19;SAR=10;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315579;STB=0.664223;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000709871;OID=.;OPOS=179319541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:19:20:29:29:0.591837:10:19:4:15:10:19:5:15 chr1 179347832 . T C 204.21 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.007323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.192;QD=10.4724;RBI=0.014326;REFB=-0.00353114;REVB=-0.0123129;RO=51;SAF=14;SAR=12;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103008;STB=0.551961;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00728887;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:52:26:26:0.333333:12:14:32:19:12:14:32:20 chr1 179363143 . G T 251.57 PASS AF=0.545455;AO=22;DP=42;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0104246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.484;QD=22.87;RBI=0.0107798;REFB=-0.00861369;REVB=-0.00274429;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134517;STB=0.590836;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0073417;OID=.;OPOS=179363143;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:20:20:22:24:0.545455:12:10:6:14:12:12:6:14 chr1 179398730 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0227846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.2795;QD=16.627;RBI=0.0494434;REFB=-0.0236985;REVB=-0.0438807;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262873;STB=0.515128;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0301488;OID=.;OPOS=179398730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:5:9:8:5:5:9 chr1 179452275 . G A 355.37 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0365903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0933;QD=16.153;RBI=0.0368643;REFB=-0.0152679;REVB=-0.00448667;RO=49;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976105;STB=0.5489;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0156804;OID=.;OPOS=179452275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:50:38:38:0.431818:20:18:28:21:20:18:28:22 chr1 179504043 . C G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0250495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3875;QD=14.6526;RBI=0.0258108;REFB=-0.0553551;REVB=0.00622247;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333798;STB=0.691819;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0225115;OID=.;OPOS=179504043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:0:5:4:2:0:5 chr1 179504130 . G A 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00682581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.344;QD=19.0003;RBI=0.019916;REFB=-0.0094569;REVB=-0.0187097;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205145;STB=0.616303;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0121666;OID=.;OPOS=179504130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:6:11:7:10:6:11 chr1 179520151 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.149;QD=57.8847;RBI=0.019651;REFB=0;REVB=0.0192463;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30623e-05;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr1 179604864 . C T 864.26 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.079;QD=57.617;RBI=0.0253081;REFB=0;REVB=0.0223275;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114651;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:33:27:0:0 chr1 179604987 . G A 558.2 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.00110984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.797;QD=22.7838;RBI=0.0241833;REFB=-0.0184499;REVB=0.0241579;RO=44;SAF=27;SAR=25;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983448;STB=0.562773;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0185281;OID=.;OPOS=179604987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:46:52:52:0.530612:25:27:28:16:25:27:30:16 chr1 179609589 . G T 227.98 PASS AF=0.35;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00839071;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.084;QD=11.3991;RBI=0.0157048;REFB=-0.0119308;REVB=-0.0132754;RO=52;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134932;STB=0.507807;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0201322;OID=.;OPOS=179609589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:52:52:28:28:0.35:18:10:18:34:18:10:18:34 chr1 179852074 . T C 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0213326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.448;QD=21.0645;RBI=0.022475;REFB=-0.00630194;REVB=0.00707424;RO=24;SAF=5;SAR=19;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00514891;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:19:5:5:19:19:5:5:19 chr1 179858444 . G A 485.39 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00577413;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.456;QD=14.9349;RBI=0.00597368;REFB=-0.0202447;REVB=-0.00153112;RO=75;SAF=27;SAR=27;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621218;STB=0.538447;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0237144;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:75:76:54:54:0.415385:27:27:42:33:27:27:43:33 chr1 179876988 . C G 325.62 PASS AF=0.38;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00594254;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.426;QD=13.0246;RBI=0.00972983;REFB=-0.00585799;REVB=0.00770427;RO=53;SAF=17;SAR=21;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196988;STB=0.548362;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00691483;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:53:62:38:38:0.38:21:17:14:39:21:17:23:39 chr1 179883190 . G A 266.76 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00821811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.773;QD=18.3969;RBI=0.00895787;REFB=-0.0210391;REVB=-0.00356457;RO=27;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024212;STB=0.518843;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0176085;OID=.;OPOS=179883190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:29:29:29:0.5:19:10:10:17:19:10:11:18 chr1 179887125 . G A 164.09 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.05424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1516;QD=12.8697;RBI=0.0665354;REFB=0.00779164;REVB=-0.0385355;RO=32;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365329;STB=0.713146;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0124595;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:5:14:13:19:5:14:13:19 chr1 180010911 . A G 228.59 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0277362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1366;QD=16.625;RBI=0.039539;REFB=-0.0329987;REVB=0.0281787;RO=29;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397878;STB=0.522371;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0286488;OID=.;OPOS=180010911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:16:10:10:19:16:10:10:19 chr1 180145088 . A G 322.63 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0388299;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2436;QD=13.729;RBI=0.0425405;REFB=-0.0213195;REVB=-0.0173762;RO=58;SAF=16;SAR=20;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20707;STB=0.617652;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.034359;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:58:58:36:36:0.382979:20:16:37:21:20:16:37:21 chr1 180167414 . C G 568.51 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0166026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3983;QD=24.9893;RBI=0.0506827;REFB=-0.0256873;REVB=-0.0478863;RO=39;SAF=36;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153646;STB=0.584382;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0150293;OID=.;OPOS=180167414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:39:52:52:0.571429:16:36:20:19:16:36:20:19 chr1 180854067 . A G 811.91 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.838;QD=56.9759;RBI=0.00961848;REFB=0;REVB=-0.000891474;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161253;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:26:28:0:0:27:30:0:0 chr1 180885430 . T C 658.71 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.863;QD=61.2754;RBI=0.0290138;REFB=0;REVB=0.0176914;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65542e-05;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:26:15:0:0:27:16:0:0 chr1 180897569 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.018;QD=62.6693;RBI=0.0457458;REFB=0;REVB=0.0456133;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94065e-05;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr1 180905694 . C T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4295;QD=50.4111;RBI=0.0473893;REFB=0;REVB=0.0472216;RO=0;SAF=1;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010001;OID=.;OPOS=180905694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:18:1:0:0:18:1:0:0 chr1 180913592 . A AG 276.89 PASS AF=1;AO=7;DP=38;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.266;QD=31.6449;RBI=0.252101;REFB=-0.0417798;REVB=-0.242968;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000240143;OID=.;OPOS=180913593;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:38:35:35:0:17:18:0:0:4:30:2:5:15:15 chr1 180913597 . A G 504.5 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.0757;QD=56.0559;RBI=0.0623762;REFB=-0.0280754;REVB=-0.0216877;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288857;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:36:0:0:32:36:1:17:15:0:0:18:18:0:0 chr1 180944532 . T TAA 486.43 PASS AF=1;AO=35;DP=46;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500941;FXX=0.0454442;HRUN=3;LEN=2;MLLD=27.8901;QD=46.327;RBI=0.0282474;REFB=0;REVB=0.0277997;RO=7;SAF=18;SAR=17;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000148749;OID=.;OPOS=180944533;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:46:42:42:0:19:23:0:0:9:7:18:17:2:5 chr1 180953853 . A G 752.3 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00203589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.017;QD=61.4124;RBI=0.0293469;REFB=-0.161721;REVB=0.0292762;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154257;STB=0.508193;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0144501;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:30:18:0:1:30:18:0:1 chr1 181018236 . A G 787.94 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7216;QD=63.0356;RBI=0.0226765;REFB=0;REVB=0.010924;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195236;OID=.;OPOS=181018236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:22:28:0:0 chr1 181024404 . G A 940.81 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234794;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.306;QD=58.8003;RBI=0.0289463;REFB=0;REVB=0.0169294;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26314e-05;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr1 181768186 . T C 1006.78 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4256;QD=59.2224;RBI=0.0174107;REFB=0;REVB=0.000815361;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154693;OID=.;OPOS=181768186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr1 182356399 . A G 786.58 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4292;QD=64.2102;RBI=0.0754051;REFB=0;REVB=0.0398782;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633176;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:25:24:0:0 chr1 182369078 . G A 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00648811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.851;QD=54.6372;RBI=0.035133;REFB=0.0967731;REVB=0.0345287;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000301049;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:28:23:1:0:28:23:1:0 chr1 182369233 . A G 359.62 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644341;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4003;QD=55.3266;RBI=0.0833526;REFB=0;REVB=0.0528762;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185358;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:26:0:0:23:26:1:11:12:0:0:11:15:0:0 chr1 182443462 . T C 115.1 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0126161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5256;QD=10.707;RBI=0.0501047;REFB=-0.0103022;REVB=0.0484903;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194423;STB=0.511611;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0419412;OID=.;OPOS=182443462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:7:7:15:14:7:7:15:14 chr1 182496829 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0553649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1219;QD=18.4385;RBI=0.0555965;REFB=0.00141625;REVB=-0.00506879;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130912;STB=0.572816;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000325791;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:12:17:21:8:12:17:21:8 chr1 182551337 . A C 1183.08 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0164243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.856;QD=58.4236;RBI=0.0164965;REFB=-0.151073;REVB=0.00154161;RO=1;SAF=37;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126212;STB=0.513155;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00075192;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:81:1:2:78:79:0.975309:41:37:1:0:42:37:2:0 chr1 182554557 . C T 1768.28 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225852;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.861;QD=60.4542;RBI=0.02656;REFB=0;REVB=0.0139766;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367328;OID=.;OPOS=182554557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:114:117:1:53:61:0:0:55:62:0:0 chr1 182568204 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.774;QD=57.8849;RBI=0.0269619;REFB=0;REVB=0.0177322;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93145e-05;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr1 182569626 . T C,G 637.92 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563725,-0.0393783;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.0865,113.412;QD=60.7543;RBI=0.0574753,0.0434606;REFB=0,0;REVB=0.011205,0.0183895;RO=0;SAF=11,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.97233e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00123577,0.154268;OID=.,.;OPOS=182569626,182569626;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:29,2:11,0:0:0:29,2:11,0:0:0 chr1 182778367 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.881;QD=55.6561;RBI=0.0251285;REFB=0;REVB=0.0149821;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7728e-05;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr1 182850727 . T C 1169.53 PASS AF=0.9875;AO=75;DP=78;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00527774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7858;QD=58.4767;RBI=0.0727376;REFB=0.0104535;REVB=0.0725459;RO=1;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955959;STB=0.504949;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000512433;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:80:1:1:75:79:0.9875:49:26:0:1:50:29:0:1 chr1 182993025 . C T 2404.87 PASS AF=0.965318;AO=163;DP=173;FAO=167;FDP=173;FR=.;FRO=6;FSAF=107;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0189352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6945;QD=55.604;RBI=0.0474078;REFB=-0.111245;REVB=0.0434622;RO=9;SAF=107;SAR=56;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588664;STB=0.511501;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.014198;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:173:173:9:6:163:167:0.965318:56:107:1:8:60:107:2:4 chr1 183072590 . T C 1163.67 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320662;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2794;QD=60.4502;RBI=0.0432388;REFB=0;REVB=0.029006;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035182;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:78:77:1:40:38:0:0:39:38:0:0 chr1 183085755 . A G 1423.35 PASS AF=0.989796;AO=89;DP=96;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.103062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.968;QD=58.0958;RBI=0.103126;REFB=-0.0709726;REVB=0.00363006;RO=7;SAF=37;SAR=52;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816388;STB=0.505493;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00317064;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:98:7:1:89:97:0.989796:52:37:7:0:52:45:1:0 chr1 183086757 . A C 989.16 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.985;QD=59.0541;RBI=0.0193356;REFB=0;REVB=0.0133405;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54529e-05;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr1 183093875 . T C 1542.71 PASS AF=1;AO=95;DP=100;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010001;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.696;QD=64.2795;RBI=0.0209385;REFB=0;REVB=0.0183957;RO=0;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196115;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:96:0:0:95:96:1:61:34:0:0:62:34:0:0 chr1 183094547 . T C 761.37 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.392;QD=63.4478;RBI=0.0250597;REFB=0;REVB=0.0228062;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014231;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr1 183105534 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.233;QD=35.5745;RBI=0.0512704;REFB=0;REVB=0.00582434;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00191096;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 183105705 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.45;QD=63.2864;RBI=0.0413663;REFB=0;REVB=0.0372315;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243708;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 183112041 . G C 809.09 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9981;QD=56.778;RBI=0.0546374;REFB=0;REVB=0.0394523;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943208;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:39:17:0:0:40:17:0:0 chr1 183112412 . A G 570.53 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.161469;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.94;QD=55.6612;RBI=0.16219;REFB=-0.120445;REVB=-0.01527;RO=2;SAF=14;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623005;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0291285;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:41:2:1:37:40:0.97561:23:14:2:0:23:17:1:0 chr1 183112505 . T C 886.97 PASS AF=0.902778;AO=65;DP=72;FAO=65;FDP=72;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0175212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.616;QD=49.2762;RBI=0.0384656;REFB=-0.0514409;REVB=0.0342434;RO=7;SAF=25;SAR=40;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115463;STB=0.561384;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00127497;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:7:7:65:65:0.902778:40:25:7:0:40:25:7:0 chr1 183112566 . T C 987.73 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.035;QD=58.9691;RBI=0.0166492;REFB=0;REVB=0.0102753;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60903e-05;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:34:33:0:0 chr1 183112764 . A G 459.32 PASS AF=0.894737;AO=33;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0121009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.409;QD=48.3498;RBI=0.0255776;REFB=-0.070618;REVB=0.022534;RO=2;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05184;STB=0.549971;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00641405;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:38:38:2:4:33:34:0.894737:17:16:0:2:18:16:0:4 chr1 183114634 . G A 1030.36 PASS AF=0.960526;AO=67;DP=70;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0246899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.508;QD=54.2296;RBI=0.0257885;REFB=-0.0100352;REVB=-0.00744685;RO=3;SAF=21;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00186889;STB=0.500204;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.000581383;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:70:76:3:3:67:73:0.960526:46:21:1:2:49:24:1:2 chr1 183155482 . C A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00909167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.646;QD=13.7844;RBI=0.00957879;REFB=-0.0199857;REVB=-0.00301573;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268977;STB=0.514006;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0262927;OID=.;OPOS=183155482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:33:23:23:0.410714:11:12:17:14:11:12:18:15 chr1 183184616 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00705792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.67;QD=16.728;RBI=0.0326761;REFB=0.000610625;REVB=0.0319047;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581634;STB=0.548326;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.000336131;OID=.;OPOS=183184616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:7:9:9:9:7:9:9:10 chr1 183187603 . C T 865.91 PASS AF=0.457711;AO=91;DP=200;FAO=92;FDP=201;FR=.;FRO=109;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=0.029761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.739;QD=17.2321;RBI=0.0406066;REFB=-0.0159382;REVB=-0.0276258;RO=109;SAF=44;SAR=47;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516112;STB=0.53147;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0187173;OID=.;OPOS=183187603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:109:109:91:92:0.457711:47:44:47:62:47:45:47:62 chr1 183192304 . T G 302.9 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=60;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.0591042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0726;QD=19.8625;RBI=0.0689364;REFB=-0.0234822;REVB=0.0354814;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368836;STB=0.705763;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0231429;OID=.;OPOS=183192304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:29:31:32:0.52459:19:12:24:5:20:12:24:5 chr1 183206573 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00668158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.194;QD=12.7914;RBI=0.00854375;REFB=-0.00353575;REVB=-0.00532468;RO=22;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143497;STB=0.5758;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00445311;OID=.;OPOS=183206573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:3:11:15:7:3:11:16:7 chr1 183212548 . T G 206.73 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.022142;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6958;QD=22.9705;RBI=0.0270004;REFB=-0.0131373;REVB=0.0154517;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01535;OID=.;OPOS=183212548;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:8:8:10:10:8:8 chr1 183262006 . G C 251.82 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0394835;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8374;QD=12.2838;RBI=0.04459;REFB=-0.0186512;REVB=-0.02072;RO=52;SAF=14;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015586;STB=0.508966;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0327308;OID=.;OPOS=183262006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:52:52:30:30:0.365854:16:14:25:27:16:14:25:27 chr1 183486859 . G A 1590.43 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201404;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.1;QD=60.0164;RBI=0.0245946;REFB=0;REVB=0.0141159;RO=0;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.66382e-05;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:104:106:1:57:47:0:0:59:47:0:0 chr1 183592594 . A G 220.1 PASS AF=0.412698;AO=24;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00918924;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.236;QD=13.9745;RBI=0.0162628;REFB=-0.0209669;REVB=-0.0134178;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116822;STB=0.592521;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0181027;OID=.;OPOS=183592594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:37:24:26:0.412698:14:10:19:17:16:10:20:17 chr1 183596703 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0026293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.28;QD=14.3343;RBI=0.0103631;REFB=-0.0181086;REVB=-0.010024;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138165;STB=0.581216;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0116591;OID=.;OPOS=183596703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:4:6:4:5:4:6 chr1 183599638 . C T 328.39 PASS AF=0.507042;AO=33;DP=67;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00186959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4154;QD=18.501;RBI=0.0186546;REFB=-0.0293313;REVB=-0.0185606;RO=30;SAF=25;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308776;STB=0.663624;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0124609;OID=.;OPOS=183599638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:30:35:33:36:0.507042:8:25:13:17:11:25:13:22 chr1 183616884 . C T 146.09 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0546074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.957;QD=8.99009;RBI=0.0547904;REFB=-0.0174547;REVB=0.00447427;RO=45;SAF=12;SAR=8;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829055;STB=0.548972;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0328725;OID=.;OPOS=183616884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:8:12:30:15:8:12:30:15 chr1 183616926 . T C 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.0124578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.771;QD=12.9979;RBI=0.0169102;REFB=-0.00303145;REVB=0.0114349;RO=57;SAF=19;SAR=15;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122101;STB=0.569581;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00566111;OID=.;OPOS=183616926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:15:19:38:19:15:19:38:19 chr1 183617094 . G A 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0153792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5138;QD=15.5761;RBI=0.0447669;REFB=0.0137084;REVB=0.0420423;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979372;STB=0.546836;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0188772;OID=.;OPOS=183617094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:10:14:14:15:10:14:15:15 chr1 183617105 . A G 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0135072;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=312.895;QD=14.2704;RBI=0.0136585;REFB=-0.0011371;REVB=0.00202748;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039205;STB=0.522369;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00167415;OID=.;OPOS=183617105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:10:14:18:15:10:14:18:15 chr1 183617311 . T A 47.67 PASS AF=0.4375;AO=8;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0458986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4516;QD=11.9172;RBI=0.0616557;REFB=0.0742905;REVB=0.0411672;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117469;STB=0.622323;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0973061;OID=.;OPOS=183617311;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:8:7:0.4375:5:3:2:6:4:3:2:7 chr1 183617413 . T C 125.06 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00715571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2268;QD=12.506;RBI=0.00969706;REFB=-0.0326056;REVB=0.00654438;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112654;STB=0.596359;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0930679;OID=.;OPOS=183617413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:25:15:15:0.375:5:10:13:10:5:10:13:12 chr1 183617693 . G A 422.96 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.000603023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.158;QD=18.3896;RBI=0.01938;REFB=-0.00492087;REVB=0.0193706;RO=48;SAF=18;SAR=25;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105436;STB=0.56277;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00386593;OID=.;OPOS=183617693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:43:43:0.467391:25:18:15:33:25:18:15:34 chr1 184020945 . G A 1455.48 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.126;QD=57.6427;RBI=0.151271;REFB=-0.179695;REVB=0.144304;RO=1;SAF=74;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00636801;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258087;OID=.;OPOS=184020945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:0:99:101:1:25:74:1:0:25:76:0:0 chr1 184023529 . A C 1695.57 PASS AF=0.966387;AO=115;DP=120;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00776899;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.95;QD=56.9939;RBI=0.00779749;REFB=-0.0551933;REVB=-0.000666023;RO=2;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153135;STB=0.51587;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00672686;OID=.;OPOS=184023529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:120:119:2:4:115:115:0.966387:61:54:0:2:61:54:0:4 chr1 184660198 . ATTTTTC ATTTTCA 378.79 PASS AF=1;AO=2;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0947463;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=168.089;QD=52.2462;RBI=0.116677;REFB=0;REVB=-0.0680924;RO=25;SAF=1;SAR=1;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00308638;OID=.;OPOS=184660203;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=ATTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:30:29:29:0:10:19:0:0:3:25:1:1:10:15 chr1 184660205 . T A 357.5 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000468653;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.149;QD=49.3101;RBI=0.0109208;REFB=-0.0450983;REVB=-0.0109108;RO=2;SAF=9;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237803;STB=0.512811;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.000150369;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:18:9:1:1:18:9:1:1 chr1 184662181 . C T 629.16 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.557;QD=61.3818;RBI=0.0415932;REFB=0;REVB=0.0412066;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401743;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:36:41:1:15:21:0:0:18:23:0:0 chr1 184663537 . A C 728.88 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.519;QD=57.1673;RBI=0.059683;REFB=0;REVB=0.0585669;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290785;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr1 184663581 . T C 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.316;QD=50.1328;RBI=0.0505805;REFB=-0.011616;REVB=0.0109049;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00182425;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:0:1:13:11:0:1 chr1 184675814 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00395173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.34;QD=58.2396;RBI=0.00930993;REFB=0;REVB=-0.00842962;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8432e-05;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr1 184677464 . G A 817.6 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.094;QD=57.3754;RBI=0.0235563;REFB=0;REVB=-0.018588;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282681;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr1 184706212 . GTT GT,GTA 679.31 PASS AF=0.94,0.06;AO=42,7;DP=52;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=21,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411893,-0.0505255;FXX=0.0384541;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.1066,11.5721;QD=54.3446;RBI=0.07455,0.0834774;REFB=0,0;REVB=-0.0621382,-0.0664503;RO=0;SAF=23,2;SAR=19,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00553233,0.0542272;OID=.,.;OPOS=184706213,184706214;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.94,0.06:42,7:52:47,3:50:0:26,0:21,3:0:0:14:0:23,2:19,5:0:0 chr1 184764066 . C CG 529.88 PASS AF=1;AO=5;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138907;FXX=0.0222173;HRUN=0;LEN=1;MLLD=138.734;QD=48.1704;RBI=0.144375;REFB=0;REVB=-0.0393571;RO=41;SAF=0;SAR=5;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578782;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00327613;OID=.;OPOS=184764067;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:46:44:44:0:16:28:0:0:3:41:0:5:17:24 chr1 184764067 . C CG,G 607.74 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=5,35;DP=47;FAO=3,39;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=3,14;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195637,0.0206351;FXX=0.0869376;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=175.562,171.441;QD=57.8797;RBI=0.0199803,0.0210472;REFB=-0.0424061,-0.0803778;REVB=0.00405863,0.00414435;RO=7;SAF=5,12;SAR=0,23;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.798302,0.0704534;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0263456,0.00161443;OID=.,.;OPOS=184764068,184764067;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:47:42:7:0:5,35:3,39:0.0714286,0.928571:0,23:5,12:1:6:0,25:3,14:0:0 chr1 184777177 . C A 168.14 PASS AF=0.365079;AO=17;DP=58;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.012828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.47;QD=10.6753;RBI=0.0142089;REFB=-0.0452427;REVB=-0.00611025;RO=40;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1218;STB=0.522219;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0708456;OID=.;OPOS=184777177;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:40:40:17:23:0.365079:9:8:23:17:9:14:23:17 chr1 184801065 . T C 87.6 PASS AF=0.272727;AO=11;DP=43;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=28;FWDB=0.0175825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9298;QD=7.96398;RBI=0.0238393;REFB=-0.0117816;REVB=0.0160987;RO=32;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510044;STB=0.772408;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0697948;OID=.;OPOS=184801065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:43:44:32:32:11:12:0.272727:5:6:4:28:6:6:4:28 chr1 185135745 . A G 137.84 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0606328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3857;QD=19.012;RBI=0.0635742;REFB=-0.0102894;REVB=-0.0191139;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208427;STB=0.618031;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00921671;OID=.;OPOS=185135745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:4:10:7:8:4:10 chr1 185137452 . C CCTAAATGATAGA 57.56 PASS AF=0.163934;AO=7;DP=62;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.0134619;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=12;MLLD=348.867;QD=3.77451;RBI=0.0327865;REFB=-0.00293267;REVB=-0.0298954;RO=55;SAF=6;SAR=1;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219325;STB=0.761251;STBP=0.127;TYPE=ins;VARB=0.0122425;OID=.;OPOS=185137453;OREF=-;OALT=CTAAATGATAGA;OMAPALT=CCTAAATGATAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.163934:7:62:10:61:51:9:1:36:15:57:55:6:1:40:15 chr1 185137461 . A T 179.5 PASS AF=0.396552;AO=25;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0146646;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.205;QD=12.379;RBI=0.0287803;REFB=-0.0143334;REVB=0.024764;RO=32;SAF=19;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128896;STB=0.643926;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0270575;OID=.;OPOS=185137461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:35:25:23:0.396552:6:19:21:11:4:19:23:12 chr1 185137463 . TT AA,TTAA 167.8 PASS AF=0.12069,0.258621;AO=7,10;DP=60;FAO=7,15;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=6,12;FSAR=1,3;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0253885,-0.0189597;FXX=0.0333278;HRUN=3,1;LEN=2,2;MLLD=54.0834,32.9459;QD=11.5724;RBI=0.0569969,0.067343;REFB=-0.0187213,-0.00437683;REVB=-0.0510301,-0.0646189;RO=36;SAF=6,8;SAR=1,2;SRF=26;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.237791,0.130115;STB=0.742551,0.646248;STBP=0.228,0.243;TYPE=mnp,ins;VARB=0.122126,-0.0105617;OID=.,.;OPOS=185137463,185137465;OREF=TT,-;OALT=AA,AA;OMAPALT=AA,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:82:60:58:36:36:7,10:7,15:0.12069,0.258621:1,2:6,8:26:10:1,3:6,12:23:13 chr1 185143721 . A G 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00201428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9036;QD=18.9662;RBI=0.0020143;REFB=-0.0125072;REVB=7.83858e-06;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00369256;STB=0.50209;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0133838;OID=.;OPOS=185143721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:8:14:16:9:8:14:16:9 chr1 185984517 . T C 442.63 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0169932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.031;QD=22.6992;RBI=0.0217335;REFB=-0.00975092;REVB=-0.013549;RO=35;SAF=23;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865024;STB=0.547597;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00839021;OID=.;OPOS=185984517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:20:23:15:20:20:23:15:20 chr1 186026474 . T C 474.79 PASS AF=0.49505;AO=48;DP=99;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00226064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.153;QD=18.8036;RBI=0.0470003;REFB=-0.0167313;REVB=0.0469459;RO=49;SAF=24;SAR=24;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278968;STB=0.524931;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0326911;OID=.;OPOS=186026474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:49:51:48:50:0.49505:24:24:26:23:26:24:27:24 chr1 186031041 . C T 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0783829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.051;QD=14.0468;RBI=0.0784852;REFB=-0.00379508;REVB=0.00400596;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270009;STB=0.656967;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00314342;OID=.;OPOS=186031041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:12:6:17:12:12:6:17:12 chr1 186050417 . A G 520.41 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0129393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.697;QD=16.7874;RBI=0.0208238;REFB=0.00638564;REVB=-0.0163159;RO=67;SAF=32;SAR=24;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485389;STB=0.531457;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00786616;OID=.;OPOS=186050417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:67:68:56:56:0.451613:24:32:35:32:24:32:35:33 chr1 186052064 . C A 90.39 PASS AF=0.166667;AO=31;DP=172;FAO=29;FDP=174;FR=.;FRO=145;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=87;FSRR=58;FWDB=-0.0382455;FXX=0.0224706;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4352;QD=2.07786;RBI=0.103534;REFB=-0.0134091;REVB=-0.096211;RO=127;SAF=19;SAR=12;SRF=74;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401611;STB=0.518135;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.147682;OID=.;OPOS=186052064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:172:174:127:145:31:29:0.166667:12:19:74:53:11:18:87:58 chr1 186052065 . CA C,CC 565.53 PASS AF=0.4625,0.2125;AO=56,29;DP=160;FAO=74,34;FDP=160;FR=.;FRO=52;FSAF=40,19;FSAR=34,15;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0680892,0.0719183;FXX=0.0751402;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.0527,17.1118;QD=14.1383;RBI=0.0683778,0.114092;REFB=-0.126552,-0.105936;REVB=-0.00627593,0.0885699;RO=51;SAF=29,15;SAR=27,14;SRF=30;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0611784,-0.0789473;STB=0.523184,0.522999;STBP=0.566,0.754;TYPE=del,snp;VARB=0.0769822,0.0997729;OID=.,.;OPOS=186052066,186052066;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4625,0.2125:56,29:160:74,34:160:52:40,19:34,15:31:21:99:51:29,15:27,14:30:21 chr1 186101539 . A G 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00309092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.322;QD=21.4742;RBI=0.00606342;REFB=-0.0375847;REVB=0.00521644;RO=25;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836201;STB=0.546189;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0318914;OID=.;OPOS=186101539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:13:18:17:8:13:18:17:8 chr1 186273994 . C T 52.53 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0945891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.284;QD=6.77813;RBI=0.0946451;REFB=-0.00319998;REVB=0.00325637;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166673;STB=0.510611;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0153565;OID=.;OPOS=186273994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:6:2:6:17:6:2:6:17 chr1 186277088 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4948;QD=39.2064;RBI=0.0381826;REFB=0;REVB=0.000864979;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0020272;OID=.;OPOS=186277088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr1 186326757 . TA AT,T 84.63 PASS AF=0.0294118,0.529412;AO=2,16;DP=37;FAO=1,18;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=0,5;FSAR=1,13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0539744,-0.0629403;FXX=0.0810592;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=90.3051,12.063;QD=9.95689;RBI=0.0606394,0.113669;REFB=-0.0116747,-0.101922;REVB=-0.0276389,-0.0946531;RO=15;SAF=1,4;SAR=1,12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.10165,-0.154064;STB=0.987755,0.565142;STBP=0.48,0.461;TYPE=mnp,del;VARB=0.0814912,0.0603527;OID=.,.;OPOS=186326757,186326758;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:79:37:34:15:15:2,16:1,18:0.0294118,0.529412:1,12:1,4:6:9:1,13:0,5:6:9 chr1 186341806 . G C 323.78 PASS AF=0.473684;AO=34;DP=73;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0371249;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4934;QD=17.0411;RBI=0.0387729;REFB=-0.0232834;REVB=-0.011184;RO=39;SAF=4;SAR=30;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367026;STB=0.727118;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0262548;OID=.;OPOS=186341806;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:39:40:34:36:0.473684:30:4:14:25:32:4:15:25 chr1 186363119 . C G 295.92 PASS AF=0.4125;AO=32;DP=82;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0433847;FXX=0.0804505;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2063;QD=14.7962;RBI=0.0541466;REFB=-0.0224781;REVB=0.0323979;RO=46;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113076;STB=0.560086;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0498295;OID=.;OPOS=186363119;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:46:47:32:33:0.4125:16:16:18:28:17:16:18:29 chr1 186418600 . C T 1414.91 PASS AF=0.476667;AO=139;DP=293;FAO=143;FDP=300;FR=.;FRO=157;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=73;FSRR=84;FWDB=-0.022928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.23;QD=18.8654;RBI=0.0235809;REFB=-0.0285375;REVB=-0.00551076;RO=150;SAF=64;SAR=75;SRF=71;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122333;STB=0.505494;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.029216;OID=.;OPOS=186418600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:300:150:157:139:143:0.476667:75:64:71:79:78:65:73:84 chr1 186648197 . C G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00826232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.738;QD=19.668;RBI=0.0444464;REFB=-0.0132975;REVB=0.0436717;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19931;STB=0.611657;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00698782;OID=.;OPOS=186648197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:4:15:11:8:4:15 chr1 186946912 . G A 1153.36 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2139;QD=59.1468;RBI=0.045303;REFB=0;REVB=-0.0449208;RO=1;SAF=26;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178505;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177847;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:1:0:76:78:1:50:26:1:0:51:27:0:0 chr1 187610537 . AC AG,GG 784.42 PASS AF=0.368421,0.631579;AO=20,36;DP=57;FAO=21,36;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=4,20;FSAR=17,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002737,0.0052349;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=259.945,272.667;QD=55.0469;RBI=0.00353427,0.00527173;REFB=0,0;REVB=0.00223604,-0.000622016;RO=0;SAF=4,20;SAR=16,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.9376e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00907819,-0.00371027;OID=.,.;OPOS=187610538,187610537;OREF=C,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:57:57:0:0:20,36:21,36:0.368421,0.631579:16,16:4,20:0:0:17,16:4,20:0:0 chr1 187610852 . A C,T 440.33 PASS AF=0.40625,0.59375;AO=12,19;DP=31;FAO=13,19;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5,10;FSAR=8,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067846,0.0434902;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.185,129.63;QD=55.0416;RBI=0.0726377,0.0500016;REFB=0,0;REVB=0.0259454,0.0246732;RO=0;SAF=5,10;SAR=7,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00495932,-0.000850793;OID=.,.;OPOS=187610852,187610852;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:97:31:32:0:0:12,19:13,19:0.40625,0.59375:7,9:5,10:0:0:8,9:5,10:0:0 chr1 192781172 . C G 266.46 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00766728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.6;QD=15.9079;RBI=0.0441312;REFB=-0.0229551;REVB=-0.0434601;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236656;STB=0.640145;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0268343;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:11:19:14:22:11:19:14:23 chr1 192844886 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.702;QD=47.8221;RBI=0.0532675;REFB=0;REVB=0.0379435;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102276;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr1 193054154 . G A 459.13 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0135469;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.975;QD=20.6351;RBI=0.024079;REFB=-0.00494911;REVB=-0.0199068;RO=41;SAF=19;SAR=26;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993664;STB=0.572254;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00440081;OID=.;OPOS=193054154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:44:45:45:0.505618:26:19:22:19:26:19:25:19 chr1 193074651 . T A 368.78 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00516671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2134;QD=17.3545;RBI=0.0161963;REFB=-0.00325468;REVB=0.0153501;RO=46;SAF=32;SAR=7;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3767;STB=0.713631;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00406503;OID=.;OPOS=193074651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:7:32:23:23:7:32:23:23 chr1 193701055 . G C 769.2 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.608;QD=56.9775;RBI=0.0133431;REFB=0;REVB=-0.0020824;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60443e-05;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr1 193701480 . G A 1156.72 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00892907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.033;QD=59.319;RBI=0.0228495;REFB=-0.00948309;REVB=0.0210326;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.506848;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000137208;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:41:36:0:0:41:36:1:0 chr1 193701489 . C T 1087.39 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0396056;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0634;QD=58.778;RBI=0.0528048;REFB=0.0662693;REVB=0.0349247;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129584;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00143545;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:37:36:1:0:37:36:1:0 chr1 194457292 . T C 877.74 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000671817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.034;QD=54.8589;RBI=0.0386437;REFB=-0.143324;REVB=0.0386378;RO=1;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136847;STB=0.501525;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.000780266;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:62:62:0.96875:34:28:0:1:34:28:1:1 chr1 196227526 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.872;QD=61.0493;RBI=0.0126776;REFB=0;REVB=-0.0125838;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23156e-05;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:40:37:0:0:41:37:0:0 chr1 196654324 . A C 1216.31 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0362621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.068;QD=56.5726;RBI=0.0363297;REFB=-0.0226509;REVB=-0.00221641;RO=4;SAF=41;SAR=41;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125969;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:86:4:4:82:82:0.953488:41:41:2:2:41:41:2:2 chr1 196659237 . C T 1116.85 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1402;QD=60.3703;RBI=0.0247802;REFB=0;REVB=0.0247557;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114546;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr1 196695742 . A G 1708.13 PASS AF=0.982906;AO=114;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0254928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.536;QD=58.3976;RBI=0.0435174;REFB=-0.0936181;REVB=0.0352687;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.501134;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000570878;OID=.;OPOS=196695742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:0:2:114:115:0.982906:64:50:0:0:65:50:1:1 chr1 196709774 . G T 1836.2 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018907;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4558;QD=60.2034;RBI=0.0222295;REFB=-0.0916943;REVB=0.0116907;RO=0;SAF=72;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50505;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000235538;OID=.;OPOS=196709774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:0:1:121:121:0.991803:49:72:0:0:49:72:0:1 chr1 196757392 . C T 928.57 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278681;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.878;QD=58.9566;RBI=0.0278927;REFB=0;REVB=-0.00116994;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69384e-05;OID=.;OPOS=196757392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr1 196757874 . G A 649.35 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00369276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.363;QD=61.8427;RBI=0.0200313;REFB=0;REVB=-0.019688;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127372;OID=.;OPOS=196757874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr1 196757881 . G T 686.38 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.384;QD=62.3986;RBI=0.0294513;REFB=0;REVB=-0.0100874;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32692e-05;OID=.;OPOS=196757881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:21:21:0:0:22:22:0:0 chr1 196874356 . G T 1253.79 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116903;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.838;QD=59.002;RBI=0.0129224;REFB=-0.0158434;REVB=0.00550686;RO=1;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104081;STB=0.505493;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000242178;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:82:84:0.988235:45:37:0:1:45:39:0:1 chr1 196876458 . A G 713.97 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0329895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.294;QD=50.9979;RBI=0.0504555;REFB=-0.219117;REVB=0.0381765;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00389137;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:0:3:53:53:0.946429:27:26:0:0:27:26:2:1 chr1 196884258 . A T 406.95 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.089529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.121;QD=38.7573;RBI=0.0907303;REFB=0.00550358;REVB=-0.0147157;RO=10;SAF=10;SAR=22;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043858;STB=0.523794;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00123707;OID=.;OPOS=196884258;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:10:10:32:32:0.761905:22:10:4:6:22:10:4:6 chr1 196920148 . C T 538.44 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.638;QD=59.8261;RBI=0.057946;REFB=0;REVB=-0.0579288;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345793;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:23:12:0:0:23:13:0:0 chr1 197009798 . A G 937.31 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3689;QD=58.5819;RBI=0.133987;REFB=0;REVB=-0.0146513;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629898;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr1 197030201 . T C 547.93 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.015;QD=59.236;RBI=0.0222763;REFB=0;REVB=-0.000123846;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04484e-05;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:20:14:0:0:20:17:0:0 chr1 197031021 . C T 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000330118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.717;QD=58.9613;RBI=0.00111042;REFB=0;REVB=-0.00106022;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8774e-06;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr1 197070776 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.511;QD=49.5986;RBI=0.0305865;REFB=0;REVB=0.0279112;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500365;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr1 197070815 . T C 463.78 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00487537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.35;QD=53.0032;RBI=0.108626;REFB=-0.0974419;REVB=0.108517;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283046;STB=0.529394;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00158982;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:35:35:1:2:33:33:0.942857:17:16:1:0:17:16:2:0 chr1 197070901 . A G 738.95 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1827;QD=54.7366;RBI=0.0409754;REFB=-0.106246;REVB=0.0347832;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149574;STB=0.507934;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00347599;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:31:22:0:1:31:22:0:1 chr1 197091537 . A T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.252;QD=61.6836;RBI=0.066412;REFB=0;REVB=0.0265134;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329782;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr1 197112533 . G A 676.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0133513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.765;QD=60.1562;RBI=0.017857;REFB=0.107044;REVB=0.0118582;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017728;STB=0.50943;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00091144;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:18:26:1:0:18:26:1:0 chr1 197112801 . G T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0180846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.17;QD=11.1312;RBI=0.0289561;REFB=0.00781819;REVB=0.0226142;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128126;STB=0.507677;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.0149328;OID=.;OPOS=197112801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:4:6:10:7:4:6:10:7 chr1 197127491 . A C 1396.54 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.005;QD=62.7658;RBI=0.0513309;REFB=0;REVB=0.0296256;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.81316e-05;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:56:32:0:0:57:32:0:0 chr1 197128726 . G A 445.33 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0637513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7629;QD=52.3919;RBI=0.0687859;REFB=-0.12541;REVB=0.0258316;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522713;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.010418;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:34:34:0:2:32:32:0.941176:21:11:0:0:21:11:0:2 chr1 197390368 . A G 1047.74 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103317;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.296;QD=59.8711;RBI=0.0170546;REFB=0;REVB=-0.0135689;RO=0;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.34831e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:47:23:0:0:47:23:0:0 chr1 197446702 . G T 245.25 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.031412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4819;QD=14.8639;RBI=0.0482499;REFB=0.00712404;REVB=-0.0366244;RO=37;SAF=18;SAR=10;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00634438;STB=0.516767;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.0104086;OID=.;OPOS=197446702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:37:28:29:0.439394:10:18:24:13:11:18:24:13 chr1 197480927 . C T 293.1 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00942849;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5777;QD=14.4738;RBI=0.0295136;REFB=-0.0271737;REVB=0.0279671;RO=44;SAF=24;SAR=9;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334186;STB=0.657438;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.032323;OID=.;OPOS=197480927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:47:33:34:0.419753:9:24:18:26:10:24:21:26 chr1 197704717 . C T 405.5 PASS AF=0.5;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00311703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.77;QD=19.7805;RBI=0.0505213;REFB=-0.00722968;REVB=-0.050425;RO=41;SAF=25;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380375;STB=0.525904;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00457794;OID=.;OPOS=197704717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:40:41:0.5:15:25:24:17:15:26:24:17 chr1 197742171 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0634834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.802;QD=57.2016;RBI=0.0655572;REFB=0;REVB=0.0163584;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283648;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr1 197874949 . T C 1116.87 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.223;QD=59.5664;RBI=0.034205;REFB=0;REVB=0.00584445;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127868;OID=.;OPOS=197874949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:38:34:0:0:39:36:0:0 chr1 198248154 . GT GG,G 37.27 PASS AF=0.0533333,0.186667;AO=5,13;DP=66;FAO=4,14;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=4,8;FSAR=0,6;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0541972,-0.147374;FXX=0.0131562;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=21.3067,9.1073;QD=1.98784;RBI=0.0677526,0.156189;REFB=-0.0681452,-0.0988608;REVB=0.040658,0.0517286;RO=41;SAF=5,7;SAR=0,6;SRF=18;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.634037,0.120351;STB=0.997226,0.536533;STBP=0.035,0.716;TYPE=snp,del;VARB=0.115077,0.00256647;OID=.,.;OPOS=198248155,198248155;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0533333,0.186667:5,13:66:4,14:75:57:4,8:0,6:30:27:29:41:5,7:0,6:18:23 chr1 198505830 . C T 236.99 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.021745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0575;QD=19.7491;RBI=0.0904527;REFB=-0.00224334;REVB=-0.0878;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00489109;STB=0.50276;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-6.13333e-05;OID=.;OPOS=198505830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:10:13:14:11:10:13:14:11 chr1 198671653 . A G 590.22 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508949;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.42;QD=59.022;RBI=0.0743937;REFB=-0.15809;REVB=0.0542599;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00407752;OID=.;OPOS=198671653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:40:40:1:0:39:40:1:16:23:1:0:16:24:0:0 chr1 198703306 . C T 317.18 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.362;QD=52.8639;RBI=0.00719936;REFB=0;REVB=0.00463437;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178829;OID=.;OPOS=198703306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:10:14:0:0 chr1 198704294 . C T 2564.96 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358993;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.109;QD=61.8064;RBI=0.00460439;REFB=0;REVB=0.00288319;RO=0;SAF=76;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1215e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203679;OID=.;OPOS=198704294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:165:166:1:89:76:0:0:90:76:0:0 chr1 199977636 . C A 1347.6 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.956;QD=61.2545;RBI=0.0794633;REFB=0;REVB=0.0300931;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016609;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:88:0:0:84:88:1:46:38:0:0:48:40:0:0 chr1 199977724 . G T 767.42 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00853128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8762;QD=54.8155;RBI=0.0408355;REFB=0.0318784;REVB=-0.0399344;RO=1;SAF=19;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241545;STB=0.512816;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00206216;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:35:19:1:0:36:19:1:0 chr1 200143281 . C T 145.8 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00895233;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.492;QD=15.3477;RBI=0.031587;REFB=-0.00402294;REVB=0.0302919;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108015;STB=0.562422;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00695046;OID=.;OPOS=200143281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:12:10:9:7:12:10 chr1 200182834 . A G 1207.52 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2319;QD=60.3762;RBI=0.0707523;REFB=0;REVB=0.0486517;RO=0;SAF=53;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473722;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:0:0:79:80:1:26:53:0:0:26:54:0:0 chr1 200183398 . C A 976.8 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387685;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.395;QD=59.2001;RBI=0.0418353;REFB=0;REVB=-0.0157223;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95316e-05;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr1 200311868 . C G 884.83 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6333;QD=58.0219;RBI=0.083958;REFB=0;REVB=0.0295781;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711105;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr1 200534248 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00998522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.877;QD=12.7818;RBI=0.0116972;REFB=-0.0145634;REVB=0.00609256;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212892;STB=0.624765;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00715021;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:4:10:5:5:4:10 chr1 200558363 . T C 422.3 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=-0.00902986;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.117;QD=23.1399;RBI=0.0170917;REFB=-0.0198758;REVB=-0.0145117;RO=28;SAF=16;SAR=20;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348386;STB=0.672992;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0321856;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:28:29:36:37:0.506849:20:16:25:3:20:17:25:4 chr1 200618238 . T C 793.32 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.33;QD=63.4659;RBI=0.0465551;REFB=0;REVB=0.0228619;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310441;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:31:18:0:0:31:19:0:0 chr1 200776641 . C T 255.76 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0127187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.221;QD=15.739;RBI=0.0212326;REFB=-0.023768;REVB=-0.0170017;RO=35;SAF=5;SAR=24;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324149;STB=0.680709;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0269163;OID=.;OPOS=200776641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:24:5:15:20:24:5:15:21 chr1 200880978 . C T 102.05 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.218014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3272;QD=40.8195;RBI=0.219811;REFB=0;REVB=0.0280453;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119869;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:1:0:9:10:1:5:4:1:0:5:5:0:0 chr1 200881172 . C A 64.89 PASS AF=0.888889;AO=6;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0924944;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.7691;QD=28.8391;RBI=0.171827;REFB=-0.0505915;REVB=-0.144807;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.545344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0131463;OID=.;OPOS=200881172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:6:8:0.888889:5:1:0:0:5:3:0:1 chr1 200941755 . G A 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6677;QD=49.5921;RBI=0.0751735;REFB=0;REVB=0.0647179;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185225;OID=.;OPOS=200941755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 200941934 . T C 1226.89 PASS AF=1;AO=79;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00995287;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8593;QD=60.5873;RBI=0.0685917;REFB=0;REVB=0.0678658;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158614;OID=.;OPOS=200941934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:79:81:1:45:34:0:0:47:34:0:0 chr1 200973866 . TG GT,T 89.28 PASS AF=0.0322581,0.516129;AO=3,13;DP=31;FAO=1,16;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=1,5;FSAR=0,11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0221787,0.0566339;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=130.28,11.0249;QD=11.5204;RBI=0.0736316,0.0848161;REFB=-0.0128911,-0.15371;REVB=-0.0702119,-0.0631377;RO=14;SAF=3,2;SAR=0,11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0.657143;SSEP=0,0;SSSB=0.563498,-0.540573;STB=0.986952,0.657918;STBP=0.516,0.084;TYPE=mnp,del;VARB=0.176887,0.162944;OID=.,.;OPOS=200973866,200973867;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:67:31:31:14:14:3,13:1,16:0.0322581,0.516129:0,11:3,2:10:4:0,11:1,5:9:5 chr1 201060865 . G A 178.86 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0185085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5167;QD=15.2218;RBI=0.0291183;REFB=-0.00288482;REVB=0.0224792;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210678;STB=0.620721;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00827885;OID=.;OPOS=201060865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:10:9:19:9:10:9:19:9 chr1 201112981 . A G 53.97 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0410055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5404;QD=8.30291;RBI=0.0639102;REFB=-0.0104327;REVB=-0.0490211;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801251;STB=0.549873;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0224782;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:10:8:3:5:10:8 chr1 201122947 . T G 650.97 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0219;QD=61.997;RBI=0.0573165;REFB=0;REVB=-0.0406906;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116085;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr1 201166383 . G A 769.27 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1757;QD=56.983;RBI=0.012953;REFB=0;REVB=-0.00743002;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197571;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr1 201166435 . T C 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.167;QD=61.6744;RBI=0.0403343;REFB=0;REVB=0.0058639;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255711;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr1 201168803 . G T 108.62 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0464247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4153;QD=13.5769;RBI=0.0673189;REFB=-0.0178542;REVB=0.0487502;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27693;STB=0.66015;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0186136;OID=.;OPOS=201168803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:14:5:7:6:14:5 chr1 201175227 . C A 354.25 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0213665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9612;QD=21.4699;RBI=0.0214269;REFB=0.0182753;REVB=0.00160796;RO=30;SAF=29;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160939;STB=0.589659;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0151467;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:7:29:20:10:7:29:20:10 chr1 201175274 . A G 352.43 PASS AF=0.396396;AO=38;DP=106;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.0175287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.014;QD=12.7;RBI=0.0321154;REFB=-0.0223158;REVB=0.0269099;RO=66;SAF=21;SAR=17;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951447;STB=0.585548;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.038144;OID=.;OPOS=201175274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:111:66:67:38:44:0.396396:17:21:42:24:22:22:43:24 chr1 201175715 . G T 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00445812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.103;QD=10.4727;RBI=0.012809;REFB=-0.00276627;REVB=-0.0120081;RO=35;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180233;STB=0.606617;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0057894;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:7:10:15:20:7:10:15:20 chr1 201176018 . A G 103.38 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0313218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.168;QD=18.7965;RBI=0.0666078;REFB=-0.00634763;REVB=-0.0587838;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297241;STB=0.668853;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0115132;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:8:2:7:5:8:2 chr1 201176108 . G A 184.8 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0215824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.751;QD=18.4795;RBI=0.0277559;REFB=-0.0225638;REVB=0.0174525;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418943;STB=0.523785;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0388261;OID=.;OPOS=201176108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:9:12:10:9:9:12 chr1 201176968 . A G 170.28 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0325618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138;QD=17.0278;RBI=0.0430049;REFB=-0.00592401;REVB=-0.0280919;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281921;STB=0.679918;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0157015;OID=.;OPOS=201176968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:22:18:18:0.45:11:7:14:6:11:7:16:6 chr1 201177246 . T C 282.18 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0303364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.902;QD=19.8017;RBI=0.0327447;REFB=-0.00738091;REVB=0.0123255;RO=26;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160582;STB=0.520534;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0112884;OID=.;OPOS=201177246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:11:19:16:10:11:19:16:11 chr1 201177278 . C T 336.94 PASS AF=0.45;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0151864;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9734;QD=16.8471;RBI=0.0194529;REFB=-0.0134088;REVB=-0.0121568;RO=39;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111253;STB=0.555525;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0217112;OID=.;OPOS=201177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:39:44:36:36:0.45:16:20:17:22:16:20:20:24 chr1 201177538 . G T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0259906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.656;QD=14.1699;RBI=0.0313806;REFB=-0.0233619;REVB=-0.0175849;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38819;STB=0.723744;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0248429;OID=.;OPOS=201177538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:10:2:6:4:10:2 chr1 201181217 . A G 238.99 PASS AF=0.560976;AO=21;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00804706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3868;QD=23.316;RBI=0.0964333;REFB=-0.0418809;REVB=0.096097;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118849;STB=0.582208;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0424659;OID=.;OPOS=201181217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:18:21:23:0.560976:10:11:12:6:12:11:12:6 chr1 201181223 . A G 517.86 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0352647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.11;QD=54.5114;RBI=0.035307;REFB=-0.0455387;REVB=-0.0017291;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.501465;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00330523;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:17:19:0:1:17:19:1:1 chr1 201181920 . G T 208.01 PASS AF=0.5;AO=14;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.1379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.092;QD=19.8103;RBI=0.140433;REFB=-0.0412552;REVB=0.0265548;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236955;STB=0.542674;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0428894;OID=.;OPOS=201181920;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:14:21:0.5:7:7:14:5:8:13:14:6 chr1 201183363 . C T 347.91 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0152215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.654;QD=14.8049;RBI=0.020434;REFB=-0.0109877;REVB=0.0136329;RO=56;SAF=20;SAR=18;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857588;STB=0.548508;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0149168;OID=.;OPOS=201183363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:18:20:34:22:18:20:34:22 chr1 201183402 . T C 349.28 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00997944;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.133;QD=13.5643;RBI=0.010581;REFB=-0.00575076;REVB=0.00351681;RO=60;SAF=20;SAR=21;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477694;STB=0.536406;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0056068;OID=.;OPOS=201183402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:60:62:41:41:0.398058:21:20:32:28:21:20:34:28 chr1 201184275 . C T 177.73 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00950232;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.701;QD=12.2574;RBI=0.0107472;REFB=-0.0028445;REVB=-0.00502069;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190939;STB=0.511031;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00352345;OID=.;OPOS=201184275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:36:22:22:0.37931:12:10:17:19:12:10:17:19 chr1 201187764 . T C 903.04 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.559;QD=58.2609;RBI=0.0302142;REFB=0;REVB=0.0276741;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33681e-05;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:34:28:0:0 chr1 201190732 . G A 563.83 PASS AF=0.578947;AO=47;DP=95;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00940003;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.661;QD=23.7403;RBI=0.00951058;REFB=-0.073898;REVB=0.00144593;RO=25;SAF=15;SAR=32;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057993;STB=0.566347;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0413727;OID=.;OPOS=201190732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:25:40:47:55:0.578947:32:15:10:15:32:23:23:17 chr1 201195119 . C T 668.89 PASS AF=0.492647;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.030948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.753;QD=19.6733;RBI=0.0391052;REFB=-0.0267514;REVB=0.0239047;RO=69;SAF=35;SAR=32;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798561;STB=0.544036;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0313471;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:69:69:67:67:0.492647:32:35:42:27:32:35:42:27 chr1 201252866 . C T 281.4 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0127797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.402;QD=19.4069;RBI=0.0550986;REFB=-0.0271504;REVB=0.053596;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961608;STB=0.553453;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.02352;OID=.;OPOS=201252866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:16:14:10:18:16:14:10:18 chr1 201285759 . A G 962.71 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0239851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.323;QD=53.4838;RBI=0.0314346;REFB=0.0337119;REVB=0.0203187;RO=1;SAF=37;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126038;STB=0.502468;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.000348286;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:72:1:4:68:68:0.944444:31:37:1:0:31:37:2:2 chr1 201289422 . C T 775.63 PASS AF=0.51634;AO=79;DP=154;FAO=79;FDP=153;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=57;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0198517;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.061;QD=20.278;RBI=0.0689539;REFB=-0.00263895;REVB=-0.0660344;RO=74;SAF=22;SAR=57;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204173;STB=0.612646;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00294871;OID=.;OPOS=201289422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:74:74:79:79:0.51634:57:22:36:38:57:22:36:38 chr1 201299263 . A G 1519.17 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368488;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9971;QD=63.2986;RBI=0.0427129;REFB=0;REVB=0.0215998;RO=1;SAF=54;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870097;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05813e-05;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:1:0:95:96:1:41:54:1:0:41:55:0:0 chr1 201331554 . T G 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0788115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.112;QD=19.9917;RBI=0.0912445;REFB=-0.0291881;REVB=-0.0459815;RO=23;SAF=4;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255726;STB=0.646259;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0258174;OID=.;OPOS=201331554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:18:4:9:14:18:4:9:14 chr1 201334382 . G A 259.69 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.00285107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2188;QD=16.7543;RBI=0.00788013;REFB=-0.00156578;REVB=0.00734629;RO=31;SAF=9;SAR=20;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578105;STB=0.523793;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00180781;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:33:29:29:0.467742:20:9:8:23:20:9:9:24 chr1 201341175 . CAGAAG C 171.4 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0262245;FXX=0.0694348;HRUN=1;LEN=5;MLLD=192.047;QD=10.2329;RBI=0.0368392;REFB=-0.0192755;REVB=0.0258728;RO=34;SAF=17;SAR=5;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200784;STB=0.654742;STBP=0.091;TYPE=del;VARB=0.0394076;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328358:22:70:22:67:45:17:5:26:19:99:34:17:5:21:13 chr1 201351421 . T A 73.05 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0301863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8542;QD=9.13133;RBI=0.0345542;REFB=-0.00411198;REVB=0.016816;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280965;STB=0.666389;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00718926;OID=.;OPOS=201351421;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:4:18:6:4:4:18 chr1 201355522 . T C 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00546662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.442;QD=59.7968;RBI=0.00905971;REFB=-0.101312;REVB=-0.00722456;RO=1;SAF=38;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122022;STB=0.50649;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000978782;OID=.;OPOS=201355522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:5:38:1:0:5:38:1:0 chr1 201355761 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0228276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.826;QD=11.257;RBI=0.0228594;REFB=-0.0135458;REVB=0.00120434;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488136;STB=0.755272;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00743977;OID=.;OPOS=201355761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:11:12:8:8:0.4:5:3:10:1:5:3:10:2 chr1 201355943 . C T 1206.59 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.995;QD=61.093;RBI=0.0622212;REFB=0;REVB=0.0433994;RO=0;SAF=53;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44966e-05;OID=.;OPOS=201355943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:25:53:0:0:26:53:0:0 chr1 201356001 . CCCA C 148.63 PASS AF=0.371429;AO=24;DP=71;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0199186;FXX=0.0410903;HRUN=3;LEN=3;MLLD=214.033;QD=8.49327;RBI=0.0369878;REFB=-0.0235007;REVB=-0.0311664;RO=38;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832539;STB=0.509022;STBP=0.903;TYPE=del;VARB=0.040141;OID=.;OPOS=201356002;OREF=CCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:24:71:26:70:44:11:15:18:26:99:38:10:14:13:25 chr1 201358304 . C A 233.96 PASS AF=0.415385;AO=24;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=0.0144736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.447;QD=14.3974;RBI=0.0213685;REFB=-0.0198122;REVB=0.0157203;RO=17;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355624;STB=0.655231;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0351058;OID=.;OPOS=201358304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:17:37:24:27:0.415385:13:11:16:1:13:14:29:8 chr1 201360281 . A G 77.13 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0195204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2934;QD=14.023;RBI=0.055379;REFB=-0.0261009;REVB=-0.0518246;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769224;STB=0.545364;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0118613;OID=.;OPOS=201360281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:11:12:9:10:0.454545:4:5:7:4:5:5:7:5 chr1 201383643 . A C 247.35 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0133963;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.402;QD=16.2194;RBI=0.0184794;REFB=-0.0135014;REVB=-0.012729;RO=33;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127613;STB=0.572075;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0205004;OID=.;OPOS=201383643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:33:33:28:28:0.459016:10:18:17:16:10:18:17:16 chr1 201777568 . C G 103.43 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0395595;FXX=0.0344709;HRUN=6;LEN=1;MLLD=111.37;QD=14.7751;RBI=0.0626686;REFB=-0.030989;REVB=0.0486045;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218735;STB=0.562399;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0423473;OID=.;OPOS=201777568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:10:16:11:12:0.428571:5:6:8:2:5:7:11:5 chr1 201791200 . G A 333.87 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00546424;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.887;QD=21.54;RBI=0.0220354;REFB=0.00650471;REVB=-0.0213471;RO=27;SAF=25;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407467;STB=0.729753;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00882082;OID=.;OPOS=201791200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:27:27:30:30:0.483871:5:25:12:15:5:25:12:15 chr1 201851671 . T C 41.72 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=104;FAO=12;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=0.074911;FXX=0.0288434;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.4038;QD=1.65209;RBI=0.0983754;REFB=-0.0210289;REVB=-0.0637658;RO=74;SAF=2;SAR=10;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356733;STB=0.750518;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.148678;OID=.;OPOS=201851671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:104:101:74:89:12:12:0.118812:10:2:31:43:10:2:36:53 chr1 201860626 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.2;QD=53.2769;RBI=0.0616682;REFB=0;REVB=-0.0120217;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516492;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr1 201865763 . A G 318.65 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.186961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.674;QD=53.1082;RBI=0.18777;REFB=0;REVB=0.0174087;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00533939;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:14:10:0:0 chr1 201938995 . C T 1062.93 PASS AF=0.986301;AO=67;DP=68;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0595778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.374;QD=58.243;RBI=0.065764;REFB=-0.16187;REVB=0.0278458;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154913;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000478997;OID=.;OPOS=201938995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:73:1:1:67:72:0.986301:30:37:0:1:30:42:0:1 chr1 201952574 . T C 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0135921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.923;QD=14.3909;RBI=0.0376579;REFB=0.00257024;REVB=-0.0351194;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622421;STB=0.535286;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00341253;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:18:15:19:29:18:15:19:29 chr1 201952598 . G A 314.41 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.000174992;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.478;QD=14.2914;RBI=0.0186446;REFB=-0.00849792;REVB=0.0186438;RO=51;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179908;STB=0.519989;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.012695;OID=.;OPOS=201952598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:53:35:35:0.397727:20:15:21:30:20:15:21:32 chr1 201970562 . T C 1455.68 PASS AF=0.971154;AO=99;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00601704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.824;QD=55.9878;RBI=0.0177286;REFB=-0.0178183;REVB=0.0166763;RO=2;SAF=45;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172095;STB=0.503828;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.000135607;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:104:104:2:3:99:101:0.971154:54:45:1:1:54:47:1:2 chr1 201973565 . G A 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.363;QD=59.142;RBI=0.0346834;REFB=0;REVB=0.00367772;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82302e-05;OID=.;OPOS=201973565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr1 201981862 . T C 288.2 PASS AF=1;AO=13;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.232;QD=52.4005;RBI=0.0583247;REFB=0;REVB=-0.00352373;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72541e-05;OID=.;OPOS=201981862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:13:22:1:8:5:0:0:14:8:0:0 chr1 202092360 . G A 299.82 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.087;QD=52.1421;RBI=0.0237103;REFB=0;REVB=0.0229552;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70584e-05;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:5:17:0:0:5:18:0:0 chr1 202092415 . A G 557.68 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.078;QD=60.2901;RBI=0.0278922;REFB=0;REVB=0.0230841;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31335e-05;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:16:21:0:0 chr1 202092580 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.929;QD=58.9624;RBI=0.0547747;REFB=0;REVB=0.0445776;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07132e-05;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr1 202129821 . C T 564.98 PASS AF=0.409396;AO=61;DP=149;FAO=61;FDP=149;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.00774526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.282;QD=15.1673;RBI=0.0155479;REFB=-0.0373044;REVB=0.0134814;RO=88;SAF=26;SAR=35;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113615;STB=0.563872;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0411064;OID=.;OPOS=202129821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:88:88:61:61:0.409396:35:26:47:41:35:26:47:41 chr1 202129826 . T C 569.12 PASS AF=0.421053;AO=64;DP=152;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.00929946;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.439;QD=14.9768;RBI=0.0166171;REFB=-0.0298754;REVB=-0.0137712;RO=86;SAF=27;SAR=37;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116214;STB=0.558732;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0332507;OID=.;OPOS=202129826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:86:88:64:64:0.421053:37:27:46:40:37:27:46:42 chr1 202155543 . A C 1542.47 PASS AF=1;AO=76;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115591;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.245;QD=64.2695;RBI=0.12728;REFB=0;REVB=0.0532811;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212457;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:76:96:1:49:27:0:0:51:45:0:0 chr1 202156628 . A C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.883;QD=58.4196;RBI=0.00889856;REFB=0;REVB=0.000578388;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21628e-05;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:43:20:0:0:43:20:0:0 chr1 202200799 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.689;QD=42.1826;RBI=0.0226881;REFB=0;REVB=0.00884972;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.65118e-05;OID=.;OPOS=202200799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr1 202276494 . C T 1126.99 PASS AF=0.928571;AO=77;DP=84;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0430481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.416;QD=53.6663;RBI=0.0581321;REFB=-0.174499;REVB=0.0390666;RO=5;SAF=37;SAR=40;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929112;STB=0.510108;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00146842;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:84:84:5:6:77:78:0.928571:40:37:2:3:41:37:2:4 chr1 202287206 . T C 1045.38 PASS AF=1;AO=56;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.383;QD=58.8948;RBI=0.0475746;REFB=0;REVB=0.0411488;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204015;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:56:71:1:30:26:0:0:36:35:0:0 chr1 202287537 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.181;QD=57.6791;RBI=0.0922958;REFB=0;REVB=0.0922879;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543925;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr1 202287813 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.535;QD=35.5758;RBI=0.0575196;REFB=0;REVB=0.0316043;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149513;OID=.;OPOS=202287813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 202287955 . C T 161.63 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.028804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.477;QD=19.015;RBI=0.0340241;REFB=-0.00739952;REVB=0.0181099;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348757;STB=0.53;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00296723;OID=.;OPOS=202287955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:16:17:15:17:0.5:9:6:7:9:10:7:8:9 chr1 202531741 . C T 1696.49 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.967;QD=59.526;RBI=0.0328439;REFB=0;REVB=0.0325133;RO=0;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919706;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:114:0:0:109:114:1:48:61:0:0:53:61:0:0 chr1 202574784 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.713;QD=62.6707;RBI=0.0486588;REFB=0;REVB=0.0471281;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164429;OID=.;OPOS=202574784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr1 202705455 . G C 1452.54 PASS AF=0.969072;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0199874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6097;QD=59.8986;RBI=0.0966588;REFB=-0.218363;REVB=0.0945697;RO=3;SAF=48;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108297;STB=0.505484;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00705043;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:96:97:3:3:93:94:0.969072:45:48:1:2:46:48:1:2 chr1 202715284 . G A 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.379;QD=60.2239;RBI=0.0247726;REFB=0;REVB=0.023317;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01213e-05;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr1 202718202 . G A 496.56 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4928;QD=58.4193;RBI=0.0230041;REFB=0;REVB=-0.0035928;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281751;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:19:15:0:0 chr1 202733238 . C T 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0016539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.856;QD=54.5121;RBI=0.00389006;REFB=-0.018231;REVB=-0.00352096;RO=2;SAF=12;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183196;STB=0.509798;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000723065;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:24:12:1:1:24:12:1:1 chr1 202861342 . A G 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00691125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.628;QD=17.3254;RBI=0.00808189;REFB=-0.00670836;REVB=-0.00418946;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244683;STB=0.63968;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00896797;OID=.;OPOS=202861342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:7:13:10:15:7:13:10:15 chr1 202884063 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0234363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.59;QD=19.3698;RBI=0.0308909;REFB=-0.0245879;REVB=-0.0201242;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106233;STB=0.578413;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0334418;OID=.;OPOS=202884063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:6:10:7:7:6:10:7:8 chr1 202888947 . T C 131.27 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0194312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.105;QD=14.1913;RBI=0.0234677;REFB=-0.00828038;REVB=0.0131591;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149229;STB=0.58684;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0134127;OID=.;OPOS=202888947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:10:12:6:9:10:12 chr1 202932154 . G A 400.41 PASS AF=0.425926;AO=45;DP=107;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=-0.0134008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.394;QD=14.8301;RBI=0.0261647;REFB=-0.0117246;REVB=0.0224725;RO=62;SAF=33;SAR=12;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508017;STB=0.516627;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0179942;OID=.;OPOS=202932154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:62:62:45:46:0.425926:12:33:43:19:13:33:43:19 chr1 202932219 . C A 509.29 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=19;FWDB=-0.0232763;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8889;QD=16.4288;RBI=0.0464148;REFB=-0.0188363;REVB=-0.0401566;RO=69;SAF=43;SAR=12;SRF=50;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789388;STB=0.544287;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0202097;OID=.;OPOS=202932219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:69:69:55:55:0.443548:12:43:50:19:12:43:50:19 chr1 202935911 . T C 230.03 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.028391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.864;QD=14.3769;RBI=0.0291949;REFB=0.000333149;REVB=0.00680397;RO=37;SAF=18;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216808;STB=0.623562;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.000851474;OID=.;OPOS=202935911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:9:18:17:20:9:18:17:20 chr1 202977809 . G A 69.01 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.799;QD=21.2353;RBI=0.0170415;REFB=-0.0335739;REVB=0.0170415;RO=4;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0195536;OID=.;OPOS=202977809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:13:13:4:4:8:9:0.692308:8:0:0:4:9:0:0:4 chr1 203003870 . G A 683.59 PASS AF=1;AO=42;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2368;QD=59.4429;RBI=0.15011;REFB=0;REVB=0.149849;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022402;OID=.;OPOS=203003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:0:0:42:46:1:21:21:0:0:23:23:0:0 chr1 203008174 . G C 688.76 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.878;QD=62.6147;RBI=0.0313345;REFB=0;REVB=0.0311993;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252708;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:38:44:1:11:27:0:0:16:28:0:0 chr1 203008286 . C G 1154.49 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0940337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.026;QD=59.2048;RBI=0.096465;REFB=-0.0824049;REVB=0.0215211;RO=1;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141217;STB=0.50704;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.001147;OID=.;OPOS=203008286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:75:77:0.987179:33:42:0:1:35:42:0:1 chr1 203053768 . T C 377.79 PASS AF=0.421569;AO=42;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.00411287;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.266;QD=14.8153;RBI=0.036144;REFB=-0.00685386;REVB=-0.0359092;RO=58;SAF=32;SAR=10;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117292;STB=0.559475;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0166043;OID=.;OPOS=203053768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:59:42:43:0.421569:10:32:39:19:11:32:39:20 chr1 203054985 . G A 224.8 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0279731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.581;QD=13.0318;RBI=0.0297527;REFB=-0.0306373;REVB=0.0101353;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284357;STB=0.667244;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0464205;OID=.;OPOS=203054985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:42:27:27:0.391304:11:16:13:28:11:16:13:29 chr1 203098275 . T G 325.13 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0232583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.632;QD=17.1122;RBI=0.0487103;REFB=-0.0145864;REVB=0.0427989;RO=41;SAF=13;SAR=22;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920561;STB=0.551694;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0163534;OID=.;OPOS=203098275;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:22:13:19:22:22:13:19:22 chr1 203135840 . CT C 1276.19 PASS AF=1;AO=107;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405579;FXX=0.0258598;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.8172;QD=45.1749;RBI=0.0586291;REFB=-0.0751464;REVB=0.042337;RO=2;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163608;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00597333;OID=.;OPOS=203135841;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:107:114:113:113:0:50:63:0:0:18:2:50:57:0:2 chr1 203137784 . A ACT 915.97 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=71;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00585911;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=2;MLLD=271.333;QD=53.1;RBI=0.0403076;REFB=-0.0567574;REVB=0.0398795;RO=5;SAF=50;SAR=15;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314709;STB=0.521466;STBP=0.208;TYPE=ins;VARB=0.0035294;OID=.;OPOS=203137785;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.942029:65:71:65:69:4:50:15:2:2:14:5:50:15:3:2 chr1 203144489 . G A 191.74 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0631272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.3706;QD=16.673;RBI=0.0712671;REFB=-0.0227556;REVB=0.033075;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143808;STB=0.577428;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0311767;OID=.;OPOS=203144489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:19:20:0.434783:12:7:6:19:13:7:6:20 chr1 203148633 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.032;QD=53.9097;RBI=0.00925673;REFB=0;REVB=0.00848924;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136669;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr1 203152801 . T C 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.010932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.997;QD=15.5688;RBI=0.0110179;REFB=-0.0139708;REVB=0.00137337;RO=35;SAF=9;SAR=19;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851678;STB=0.548271;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.020088;OID=.;OPOS=203152801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:19:9:14:21:19:9:14:21 chr1 203155703 . A T 210.46 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0372582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2207;QD=27.1565;RBI=0.0374631;REFB=0.00323457;REVB=0.00391334;RO=11;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00293581;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00167006;OID=.;OPOS=203155703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:9:11:6:5:9:11:6:5 chr1 203186975 . TCTG AGAC,CATG 42.98 PASS AF=0.181818,0.136364;AO=4,3;DP=22;FAO=4,3;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=0,0;FSAR=4,3;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=291.161,95.5881;QD=7.81484;RBI=0.0147055,0.0113639;REFB=0.00286523,-0.00221797;REVB=0.0147055,0.0113639;RO=15;SAF=0,0;SAR=4,3;SRF=0;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00324553,-0.0296428;OID=.,.;OPOS=203186975,203186975;OREF=TCTG,TC;OALT=AGAC,CA;OMAPALT=AGAC,CATG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:22:22:15:15:4,3:4,3:0.181818,0.136364:4,3:0,0:0:15:4,3:0,0:0:15 chr1 203309880 . G A 412.82 PASS AF=0.442308;AO=43;DP=103;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00687985;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.537;QD=15.8778;RBI=0.0188673;REFB=-0.0109061;REVB=-0.0175682;RO=28;SAF=15;SAR=28;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141089;STB=0.612282;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0144551;OID=.;OPOS=203309880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:28:58:43:46:0.442308:28:15:15:13:29:17:33:25 chr1 203309966 . G C 1596.79 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4676;QD=63.8717;RBI=0.0815086;REFB=0;REVB=-0.029398;RO=0;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304882;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:63:35:0:0:63:37:0:0 chr1 203317162 . C T 352.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.802;QD=54.1753;RBI=0.0149055;REFB=0;REVB=0.00288432;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95479e-05;OID=.;OPOS=203317162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:5:21:0:0:5:21:0:0 chr1 203652444 . A G 714.13 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00183711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.486;QD=60.7772;RBI=0.00999471;REFB=-0.0698668;REVB=0.00982442;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000957486;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:1:0:22:24:1:0 chr1 203667409 . T C 791.49 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0546012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8627;QD=53.66;RBI=0.054697;REFB=-0.0359895;REVB=-0.00323523;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.514701;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00210513;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:33:24:0:1:33:24:0:2 chr1 203681085 . T C 237.53 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.000501508;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.19;QD=19.3901;RBI=0.0007276;REFB=-0.0284779;REVB=0.000527154;RO=26;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265334;STB=0.650512;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0270445;OID=.;OPOS=203681085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:7:16:11:15:7:16:11:15 chr1 203766964 . A G 344.04 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00800609;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.348;QD=49.1487;RBI=0.0131502;REFB=-0.00916065;REVB=-0.0104322;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505614;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000539291;OID=.;OPOS=203766964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:28:0:2:26:26:0.928571:11:15:0:0:11:15:1:1 chr1 203787700 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000634308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.516;QD=57.1761;RBI=0.00340094;REFB=0;REVB=0.00334126;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89467e-06;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr1 204110334 . A G 490.69 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.060727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8421;QD=56.0791;RBI=0.0619511;REFB=-0.0278535;REVB=0.0122547;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00808631;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:33:34:0.971429:17:16:0:1:17:17:0:1 chr1 204230581 . G A 1268.62 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.047;QD=60.4106;RBI=0.0435524;REFB=-0.00549107;REVB=0.0221007;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133394;STB=0.507041;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=8.70858e-05;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:48:35:1:0:48:35:1:0 chr1 204237416 . C T 1392.21 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0141065;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.882;QD=60.5308;RBI=0.0185844;REFB=-0.0741269;REVB=0.012099;RO=2;SAF=35;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263104;STB=0.513886;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000125515;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:92:2:2:90:90:0.978261:55:35:2:0:55:35:2:0 chr1 204242837 . CA C,CC 1322.39 PASS AF=0.0116279,0.988372;AO=17,68;DP=85;FAO=1,85;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=1,51;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312791,0.0239535;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=221.383,232.893;QD=61.5063;RBI=0.0557059,0.0530544;REFB=0,0;REVB=0.0460951,0.0473391;RO=0;SAF=3,49;SAR=14,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.53656e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.055618,0.0011349;OID=.,.;OPOS=204242838,204242838;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0116279,0.988372:17,68:85:1,85:86:0:1,51:0,34:0:0:4:0:3,49:14,19:0:0 chr1 204379617 . T C 1472.44 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.678;QD=63.3306;RBI=0.0182324;REFB=0;REVB=0.00426078;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83294e-05;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr1 204418364 . G A 176.19 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00960549;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.864;QD=13.2974;RBI=0.0122454;REFB=-0.0225248;REVB=-0.00759501;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057938;STB=0.533302;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0341763;OID=.;OPOS=204418364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:12:9:12:20:12:9:12:20 chr1 204428998 . G C 223.47 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0111256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.502;QD=26.291;RBI=0.0292855;REFB=-0.0341691;REVB=-0.0270899;RO=13;SAF=14;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251622;STB=0.639864;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0131126;OID=.;OPOS=204428998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:7:14:4:9:7:14:4:9 chr1 204438334 . C T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0572709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.827;QD=21.9445;RBI=0.062434;REFB=-0.000939238;REVB=-0.0248607;RO=12;SAF=3;SAR=13;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265199;STB=0.514907;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00106067;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:13:3:2:10:13:3:2:10 chr1 204438643 . G T 71.55 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.013296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.269;QD=19.0812;RBI=0.0383674;REFB=-0.0155684;REVB=0.0359899;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152681;STB=0.588041;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00805777;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:4:2:5:4:4:2 chr1 204475654 . C T 195.31 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0193874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3591;QD=10.5573;RBI=0.0292831;REFB=-0.0129349;REVB=-0.021946;RO=49;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586867;STB=0.534175;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0127979;OID=.;OPOS=204475654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:13:12:21:28:13:12:21:28 chr1 204531567 . C T 181.35 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.033039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2003;QD=32.9731;RBI=0.0482491;REFB=0.00266751;REVB=0.0351625;RO=5;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511849;STB=0.528268;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00123618;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:12:5:2:3:12:5:2:3 chr1 204531623 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0165721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.181;QD=12.9748;RBI=0.0168622;REFB=-0.0186162;REVB=0.0031142;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292886;STB=0.517213;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0232971;OID=.;OPOS=204531623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:7:11:7:5:7:11 chr1 204587240 . G A 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00824479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.91;QD=20.6457;RBI=0.010339;REFB=-0.00265;REVB=0.00623849;RO=36;SAF=20;SAR=20;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119109;STB=0.558413;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00145651;OID=.;OPOS=204587240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:40:40:0.519481:20:20:13:23:20:20:14:23 chr1 204589150 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0135955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5704;QD=14.0785;RBI=0.0789368;REFB=-0.0123262;REVB=-0.0777572;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270626;STB=0.659715;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0335259;OID=.;OPOS=204589150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:8:8:3:9:8:8 chr1 204590044 . G A 1514.17 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.811;QD=57.6827;RBI=0.0608837;REFB=-0.09019;REVB=0.0407308;RO=2;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166407;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482113;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:104:105:2:0:101:105:1:56:45:0:2:59:46:0:0 chr1 204591237 . A G 673.91 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126541;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.177;QD=62.689;RBI=0.0444011;REFB=0;REVB=0.0425597;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119791;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr1 204966690 . G A 1099.14 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.044;QD=60.2271;RBI=0.0443728;REFB=0;REVB=0.0397232;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7438e-05;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:31:39:0:0:34:39:0:0 chr1 204978533 . A G 113.03 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0119928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.047;QD=16.7456;RBI=0.0165419;REFB=-0.0010398;REVB=-0.0113933;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428589;STB=0.5384;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.000712171;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:14:12:13:0.481481:9:3:4:10:10:3:4:10 chr1 205027737 . G A 1724.34 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.294;QD=59.9772;RBI=0.0561223;REFB=0;REVB=0.0254363;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589371;OID=.;OPOS=205027737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:104:115:0:0:103:115:1:55:48:0:0:62:53:0:0 chr1 205031116 . C T 2488.16 PASS AF=0.976331;AO=165;DP=169;FAO=165;FDP=169;FR=.;FRO=4;FSAF=101;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0502157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0694;QD=58.8915;RBI=0.0627921;REFB=-0.0593147;REVB=0.0376993;RO=2;SAF=101;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00932958;STB=0.509708;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00547452;OID=.;OPOS=205031116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:169:169:2:4:165:165:0.976331:64:101:2:0:64:101:4:0 chr1 205041158 . C T 2307.73 PASS AF=0.993631;AO=150;DP=152;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0505771;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.633;QD=58.7957;RBI=0.0679132;REFB=-0.0337605;REVB=0.0453229;RO=1;SAF=61;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531475;STB=0.502793;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00115723;OID=.;OPOS=205041158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:157:1:1:150:156:0.993631:89:61:0:1:89:67:0:1 chr1 205052939 . G A 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259484;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.146;QD=53.3338;RBI=0.0259621;REFB=0;REVB=-0.000842624;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171404;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr1 205053219 . C T 933.63 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.481;QD=58.3517;RBI=0.038381;REFB=0;REVB=0.0372893;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197111;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:26:37:0:0:27:37:0:0 chr1 205056844 . T A,TTA 161.31 PASS AF=0,0.842105;AO=2,12;DP=21;FAO=0,16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=0,8;FSAR=0,8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0319209,-0.0398178;FXX=0.049975;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=198.05,220.288;QD=33.9602;RBI=0.0386903,0.0469203;REFB=-0.0673325,-0.0640332;REVB=-0.0218631,-0.0248206;RO=5;SAF=2,7;SAR=0,5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.544828,-0.119488;STB=0.5,0.578851;STBP=1,0.13;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00973591;OID=.,.;OPOS=205056844,205056845;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:15:21:19:5:3:2,12:0,16:0,0.842105:0,5:2,7:4:1:0,8:0,8:3:0 chr1 205113595 . AG CA 530.83 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204355;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=201.204;QD=58.9815;RBI=0.034117;REFB=0;REVB=0.0273196;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000189606;OID=.;OPOS=205113595;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:16:20:0:0 chr1 205130413 . A G 864.9 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9141;QD=55.7999;RBI=0.0239533;REFB=0;REVB=0.0235839;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270205;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:1:0:60:62:1:29:31:1:0:30:32:0:0 chr1 205272926 . C T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0308721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.399;QD=28.6827;RBI=0.100677;REFB=0.0257601;REVB=-0.0958271;RO=2;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990128;STB=0.555441;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00969581;OID=.;OPOS=205272926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:1:8:2:0:1:8:2:0 chr1 205272983 . C G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0601077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.804;QD=21.1726;RBI=0.0634499;REFB=-0.0341524;REVB=0.0203215;RO=8;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551717;STB=0.5312;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0232246;OID=.;OPOS=205272983;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:2:10:7:1:2:10:7:1 chr1 205275421 . A G 589.3 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.513;QD=58.9298;RBI=0.0440175;REFB=0;REVB=0.0258165;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155707;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:20:17:0:0:20:20:0:0 chr1 205492756 . A G 275.66 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00114018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.661;QD=32.4302;RBI=0.0107259;REFB=-0.0222317;REVB=0.0106652;RO=10;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700319;STB=0.538429;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00750328;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:15:9:5:5:15:9:5:5 chr1 205501843 . A G 316.92 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=39;FWDB=0.0538915;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0448;QD=16.2522;RBI=0.0625144;REFB=-0.0112801;REVB=-0.0316822;RO=42;SAF=7;SAR=28;SRF=4;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180916;STB=0.603553;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0137588;OID=.;OPOS=205501843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:43:35:35:0.448718:28:7:4:38:28:7:4:39 chr1 205564196 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.904;QD=51.9167;RBI=0.0418179;REFB=0;REVB=-0.0410868;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109504;OID=.;OPOS=205564196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr1 205626995 . C G 146.22 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00686533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3106;QD=16.7104;RBI=0.0302837;REFB=0.0102994;REVB=0.0294952;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326378;STB=0.684912;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0108713;OID=.;OPOS=205626995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:15:4:9:7:15:4 chr1 205627101 . ACCCCCCCT ACCCCCCT,ACCCCCCTC,ACCCCCT 50.58 PASS AF=0.403509,0,0;AO=19,2,7;DP=56;FAO=23,0,0;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11,0,0;FSAR=12,0,0;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0931074,-0.0987346,-0.0459463;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,2;MLLD=7.05593,77.1698,13.9836;QD=3.54943;RBI=0.163325,0.10357,0.0842118;REFB=-0.11237,-0.0335491,-0.0549133;REVB=-0.134186,-0.0312759,-0.0705731;RO=23;SAF=10,2,4;SAR=9,0,3;SRF=16;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.165359,0.421418,-0.155554;STB=0.634331,0.5,0.5;STBP=0.121,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.091085,0,0;OID=.,.,.;OPOS=205627102,205627108,205627102;OREF=C,CT,CC;OALT=-,TC,-;OMAPALT=ACCCCCCT,ACCCCCCTC,ACCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403509,0,0:19,2,7:56:23,0,0:57:34:11,0,0:12,0,0:24:10:51:23:10,2,4:9,0,3:16:7 chr1 205738110 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00836605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.876;QD=8.69138;RBI=0.0259866;REFB=-0.0120964;REVB=-0.0246031;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424152;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0218737;OID=.;OPOS=205738110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:10:7:3:5:10:7 chr1 205738166 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.236;QD=53.9074;RBI=0.0385156;REFB=0;REVB=0.0183186;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002101;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr1 205779231 . G A 155.93 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0283619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.771;QD=10.9425;RBI=0.0350977;REFB=-0.0256658;REVB=-0.0206749;RO=37;SAF=9;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159482;STB=0.592952;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.025731;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:11:9:22:15:11:9:22:15 chr1 205810947 . C T 1588.27 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.99;QD=59.9348;RBI=0.0734082;REFB=0;REVB=-0.0715763;RO=0;SAF=44;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000501975;OID=.;OPOS=205810947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:62:44:0:0:62:44:0:0 chr1 205814497 . T C 670.14 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7837;QD=62.3384;RBI=0.0387473;REFB=0;REVB=0.0379042;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328621;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr1 205817018 . T C 118.86 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0514211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.76;QD=33.9598;RBI=0.0593649;REFB=-0.0455008;REVB=0.0296659;RO=2;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179011;STB=0.599828;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0180331;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:8:4:2:0:8:4:2:0 chr1 205819039 . C T 785.75 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.279;QD=64.143;RBI=0.04941;REFB=0;REVB=0.0454246;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357451;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr1 205819104 . G A 792.4 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.003;QD=63.3918;RBI=0.028388;REFB=0;REVB=0.0240731;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15487e-05;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr1 206516261 . C T 235.97 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0323079;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5435;QD=21.452;RBI=0.0323705;REFB=-0.0106199;REVB=0.00201175;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260497;STB=0.630958;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00982377;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:9:13:6:15:10:13:6:15 chr1 206566195 . C T 276.8 PASS AF=0.20524;AO=47;DP=228;FAO=47;FDP=229;FR=.;FRO=182;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=125;FWDB=-0.0312801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1853;QD=4.8349;RBI=0.0314182;REFB=0.000800037;REVB=-0.00294243;RO=180;SAF=15;SAR=32;SRF=56;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119321;STB=0.505471;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00273162;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:180:182:47:47:0.20524:32:15:56:124:32:15:57:125 chr1 206566903 . GT AC,GC 430.86 PASS AF=0.0446429,0.410714;AO=5,43;DP=113;FAO=5,46;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=4,30;FSAR=1,16;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0181495,-0.00943583;FXX=0.00884877;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=180.13,149.454;QD=15.3878;RBI=0.0331832,0.0549914;REFB=-0.0176394,-0.0290311;REVB=0.0277799,0.0541758;RO=59;SAF=4,29;SAR=1,14;SRF=31;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.30138,0.162426;STB=0.768105,0.576396;STBP=0.288,0.176;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0283043,0.0279345;OID=.,.;OPOS=206566903,206566904;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:113:112:59:61:5,43:5,46:0.0446429,0.410714:1,14:4,29:31:28:1,16:4,30:32:29 chr1 206626607 . G A 261.31 PASS AF=0.422535;AO=28;DP=69;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00453462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9882;QD=14.7216;RBI=0.0151311;REFB=-0.00927202;REVB=0.0144356;RO=40;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125408;STB=0.554271;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.011555;OID=.;OPOS=206626607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:40:41:28:30:0.422535:16:12:22:18:16:14:23:18 chr1 206635570 . C T 419.44 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00270562;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.796;QD=17.6606;RBI=0.00308084;REFB=-0.00236944;REVB=0.0014735;RO=52;SAF=26;SAR=17;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281584;STB=0.515761;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00303515;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:43:43:0.452632:17:26:30:22:17:26:30:22 chr1 206637395 . C T 202.94 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0169425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.96;QD=15.0328;RBI=0.0184901;REFB=-0.0121405;REVB=-0.00740496;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353687;STB=0.532785;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0180593;OID=.;OPOS=206637395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:30:23:24:0.444444:10:13:18:12:11:13:18:12 chr1 206647742 . A G 1354.82 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00246244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1774;QD=60.8908;RBI=0.0484759;REFB=0.0240507;REVB=-0.0484133;RO=1;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101897;STB=0.506023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000649888;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:46:41:0:1:47:41:1:0 chr1 206647787 . T C 1549.21 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.405;QD=63.8848;RBI=0.0339581;REFB=0;REVB=0.0339361;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02719e-05;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:55:42:0:0:55:42:0:0 chr1 206651107 . G A 277.77 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00816286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.733;QD=18.5179;RBI=0.0346521;REFB=-0.0227822;REVB=0.033677;RO=29;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215798;STB=0.633244;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0255108;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:30:29:30:0.5:18:11:18:11:19:11:19:11 chr1 206665052 . C T 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0416831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7661;QD=17.0324;RBI=0.050613;REFB=-0.000367472;REVB=-0.0287088;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970462;STB=0.555494;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00111613;OID=.;OPOS=206665052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:12:10:10:8:12:10 chr1 206665837 . G A 403.7 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0465527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.056;QD=22.1204;RBI=0.0615055;REFB=-0.043499;REVB=0.0401967;RO=33;SAF=22;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127452;STB=0.570224;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0228871;OID=.;OPOS=206665837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:18:22:13:20:18:22:13:20 chr1 206665896 . C G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00526105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.243;QD=13.4591;RBI=0.0106451;REFB=-0.0164248;REVB=-0.00925412;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395556;STB=0.731411;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0201203;OID=.;OPOS=206665896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:26:16:16:0.380952:12:4:15:9:12:4:16:10 chr1 206757857 . C A 216.6 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0113918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2884;QD=13.3293;RBI=0.0114655;REFB=-0.0149133;REVB=-0.00129809;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273486;STB=0.507686;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0306609;OID=.;OPOS=206757857;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:13:13:18:20:13:13:19:20 chr1 206773659 . A G 1455.02 PASS AF=1;AO=73;DP=83;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.24;QD=63.2616;RBI=0.107211;REFB=0;REVB=0.0940094;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176026;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:83:92:0:0:73:92:1:33:40:0:0:41:51:0:0 chr1 207074905 . T C 195.66 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.01029;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.978;QD=12.0408;RBI=0.0351906;REFB=-0.0131092;REVB=0.0336525;RO=40;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910805;STB=0.588161;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00994114;OID=.;OPOS=207074905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:40:41:24:24:0.369231:14:10:20:20:15:9:21:20 chr1 207087435 . C T 112.21 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0731987;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.076;QD=16.6235;RBI=0.0732882;REFB=0.0106552;REVB=0.00362;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106228;STB=0.561308;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0102408;OID=.;OPOS=207087435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:7:7:8:5:7:7 chr1 207110936 . T C 200.78 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0450574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.395;QD=20.593;RBI=0.0472229;REFB=-0.0162717;REVB=0.0141362;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199125;STB=0.612133;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0106964;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:12:7:12:8:12:7 chr1 207132345 . A G 152.32 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0190204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.0018;QD=21.0096;RBI=0.0778207;REFB=-0.0421619;REVB=-0.0754605;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179039;STB=0.611525;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0148655;OID=.;OPOS=207132345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:12:13:16:16:0.551724:10:6:2:10:10:6:2:11 chr1 207140440 . C T 137.82 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0120412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.225;QD=10.0234;RBI=0.0120968;REFB=-0.00814061;REVB=0.00115913;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770415;STB=0.545405;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.010449;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:10:8:14:23:10:8:14:23 chr1 207143422 . A G 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00186701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.377;QD=10.4716;RBI=0.0172407;REFB=0.00075663;REVB=-0.0171393;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299495;STB=0.681497;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00138654;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:12:12:9:3:12:12 chr1 207195779 . A G 238.05 PASS AF=0.875;AO=20;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.066013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0378;QD=39.6755;RBI=0.0914484;REFB=-0.0171734;REVB=0.0632858;RO=4;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523787;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00808492;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:24:24:4:3:20:21:0.875:10:10:2:2:11:10:2:1 chr1 207217184 . T C 206.49 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0281346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.776;QD=18.772;RBI=0.062804;REFB=-0.0404456;REVB=0.0561497;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247949;STB=0.640125;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0335096;OID=.;OPOS=207217184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:8:15:8:13:8:15 chr1 207263829 . A G 183.91 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00463775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.789;QD=17.9428;RBI=0.0087514;REFB=-0.0164675;REVB=-0.00742147;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202439;STB=0.628892;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.026895;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:19:19:0.463415:13:6:11:10:13:6:12:10 chr1 207269919 . C T 154.76 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0258484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3;QD=14.7391;RBI=0.0260489;REFB=-0.0035764;REVB=-0.0032256;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031474;STB=0.518251;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00390651;OID=.;OPOS=207269919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:8:17:12:5:8:17 chr1 207653395 . C A 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0575505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.096;QD=60.9744;RBI=0.0726246;REFB=0;REVB=0.0442975;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84969e-05;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr1 207679307 . A G 2501.21 PASS AF=0.95977;AO=167;DP=177;FAO=167;FDP=174;FR=.;FRO=7;FSAF=82;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0179784;FXX=0.0169482;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.284;QD=57.499;RBI=0.0184209;REFB=-0.0972001;REVB=-0.00401296;RO=7;SAF=82;SAR=85;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266455;STB=0.514016;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00124573;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:177:174:7:7:167:167:0.95977:85:82:1:6:85:82:1:6 chr1 207753621 . A G 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00991663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.308;QD=12.7896;RBI=0.0234235;REFB=-0.0038212;REVB=0.0212208;RO=45;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00257103;STB=0.501474;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0106785;OID=.;OPOS=207753621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:15:13:21:24:15:13:21:24 chr1 207760773 . C T 285.76 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00739271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.306;QD=16.566;RBI=0.00864066;REFB=-0.0190291;REVB=0.00447313;RO=37;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138848;STB=0.517549;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0255223;OID=.;OPOS=207760773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:37:31:32:0.463768:13:18:22:15:14:18:22:15 chr1 207782916 . AC TC,TT 738.45 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=45,2;DP=47;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=28,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129221,0.00204383;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=97.6093,69.5778;QD=54.7;RBI=0.0456481,0.0324083;REFB=0,0;REVB=0.0456298,0.0323438;RO=0;SAF=23,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00182052,0.0463208;OID=.,.;OPOS=207782916,207782916;OREF=A,AC;OALT=T,TT;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:54:0:0:45,2:52,2:0.962963,0.037037:22,2:23,0:0:0:28,2:24,0:0:0 chr1 207782931 . A G 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00522687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8322;QD=22.534;RBI=0.00602973;REFB=-0.028906;REVB=0.00300625;RO=24;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489193;STB=0.52701;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0221221;OID=.;OPOS=207782931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:18:14:12:12:18:14:12:12 chr1 207790088 . C G 926.88 PASS AF=0.575342;AO=84;DP=146;FAO=84;FDP=146;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0127714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.034;QD=25.394;RBI=0.0134302;REFB=-0.0130834;REVB=-0.00415473;RO=61;SAF=32;SAR=52;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498549;STB=0.531328;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00870956;OID=.;OPOS=207790088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:61:62:84:84:0.575342:52:32:27:34:52:32:28:34 chr1 207795320 . A G 1498.17 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183906;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5011;QD=59.9267;RBI=0.0378827;REFB=0;REVB=0.0331193;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225586;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:48:52:0:0:48:52:0:0 chr1 207851611 . A G 754.95 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.937;QD=56.9776;RBI=0.070778;REFB=0;REVB=0.0453475;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252434;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:20:30:0:0:21:32:0:0 chr1 207881557 . A G 1715.34 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178141;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.218;QD=59.1498;RBI=0.0216216;REFB=0;REVB=0.0122535;RO=1;SAF=55;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773476;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:116:1:0:111:116:1:56:55:1:0:57:59:0:0 chr1 207884105 . C A 1567.92 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0767234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2932;QD=63.9966;RBI=0.0781206;REFB=0;REVB=0.0147088;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038119;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:57:41:0:0:57:41:0:0 chr1 207884107 . G A 1567.78 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.976;QD=63.991;RBI=0.0408349;REFB=0;REVB=0.0287904;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20497e-08;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:57:41:0:0:57:41:0:0 chr1 207885881 . C T 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.534;QD=61.3735;RBI=0.0484486;REFB=0;REVB=-0.0440459;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6411e-05;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr1 207886150 . C T 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.197;QD=61.5359;RBI=0.0388676;REFB=0;REVB=0.0107955;RO=0;SAF=25;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.381e-05;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:56:25:0:0:56:25:0:0 chr1 207888739 . G T 2578.46 PASS AF=0.994083;AO=165;DP=171;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00875638;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.975;QD=61.0286;RBI=0.0101505;REFB=-0.0168184;REVB=-0.00513401;RO=1;SAF=68;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488107;STB=0.502512;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00180623;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:169:1:1:165:168:0.994083:97:68:0:1:99:69:0:1 chr1 207933015 . T C 126.16 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0290706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8193;QD=10.9704;RBI=0.0295883;REFB=0.000396721;REVB=-0.00551072;RO=31;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177104;STB=0.605915;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00299317;OID=.;OPOS=207933015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:10:5:15:16:10:5:15:16 chr1 207941190 . AG A,AT 727.49 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=10,35;DP=47;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412468,0.0446821;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.799,157.866;QD=61.9142;RBI=0.0487901,0.0607169;REFB=0,0;REVB=0.026061,0.0411102;RO=0;SAF=8,11;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0319308,0.00321633;OID=.,.;OPOS=207941191,207941191;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0425532,0.957447:10,35:47:2,45:47:0:2,17:0,28:0:0:7:0:8,11:2,24:0:0 chr1 208390086 . G C 131.25 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00473354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.82;QD=7.50002;RBI=0.00947699;REFB=-0.0120937;REVB=-0.00821017;RO=51;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137592;STB=0.582874;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0333954;OID=.;OPOS=208390086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:9:10:21:30:9:10:21:30 chr1 208390469 . C T 46.35 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00323891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.91;QD=9.75737;RBI=0.036521;REFB=-0.0172043;REVB=-0.0363771;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205271;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00821924;OID=.;OPOS=208390469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:11:12:7:7:0.368421:4:3:7:4:4:3:7:5 chr1 209782343 . A G 834.08 PASS AF=1;AO=38;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179068;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.162;QD=56.548;RBI=0.0188353;REFB=0;REVB=-0.00584083;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135093;OID=.;OPOS=209782343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:38:59:1:19:19:0:0:26:33:0:0 chr1 209788703 . T C 416.12 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0416973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.978;QD=28.2113;RBI=0.0567971;REFB=-0.0111477;REVB=-0.0385648;RO=20;SAF=22;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714572;STB=0.538913;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00767197;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:20:39:39:0.661017:17:22:9:11:17:22:9:11 chr1 209791929 . G T 547.99 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0196254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.349;QD=19.0604;RBI=0.0337519;REFB=-0.00758772;REVB=-0.0274596;RO=57;SAF=30;SAR=27;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961968;STB=0.556767;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0071534;OID=.;OPOS=209791929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:58:57:57:0.495652:27:30:36:21:27:30:37:21 chr1 209797198 . A G 268.5 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0208709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.167;QD=21.9186;RBI=0.0212626;REFB=-0.0325463;REVB=-0.00406273;RO=23;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219162;STB=0.633788;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0191707;OID=.;OPOS=209797198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:8:17:10:13:8:17:10:14 chr1 209797253 . T C 266.67 PASS AF=0.537037;AO=27;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0244696;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.703;QD=19.7529;RBI=0.0360546;REFB=-0.0145365;REVB=-0.0264797;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105362;STB=0.57247;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.011001;OID=.;OPOS=209797253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:27:29:0.537037:14:13:9:16:14:15:9:16 chr1 209799205 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.054635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.937;QD=10.6345;RBI=0.0662173;REFB=-0.00264494;REVB=-0.0374133;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752617;STB=0.545344;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.000754266;OID=.;OPOS=209799205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:9:4:3:5:9:4 chr1 209799253 . A G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00794804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0553;QD=8.25466;RBI=0.165005;REFB=-0.0372153;REVB=-0.164814;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137104;STB=0.587912;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0619485;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:9:3:1:5:9:3 chr1 209800230 . C T 509.59 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.00615863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.614;QD=17.129;RBI=0.0153683;REFB=-0.0237319;REVB=-0.0140803;RO=64;SAF=37;SAR=18;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276246;STB=0.653897;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.02735;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:64:55:55:0.462185:18:37:25:39:18:37:25:39 chr1 209807815 . T C 192.8 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.0363056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8582;QD=14.8306;RBI=0.0474517;REFB=-0.00617876;REVB=-0.0305543;RO=30;SAF=7;SAR=15;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460085;STB=0.759591;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00682305;OID=.;OPOS=209807815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:15:7:24:6:15:7:24:6 chr1 209823354 . G A 241.68 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0124834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8333;QD=21.9709;RBI=0.0207729;REFB=-0.014043;REVB=-0.0166036;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176574;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118504;OID=.;OPOS=209823354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:11:10:11:12:11:10 chr1 209849399 . AG A 410.51 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.403;QD=56.6214;RBI=0.0876369;REFB=0;REVB=0.0870293;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000440415;OID=.;OPOS=209849400;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:29:29:29:0:14:15:0:0:4:0:14:15:0:0 chr1 209849406 . T G 437.05 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.689;QD=56.3939;RBI=0.0349405;REFB=0;REVB=0.0259761;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130042;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr1 209849417 . AGGGGGC AGGGGC,AGGGGCG 32.67 PASS AF=0.3125,0;AO=10,3;DP=34;FAO=10,0;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.157123,-0.0920041;FXX=0.0588062;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.2894,22.5015;QD=4.08436;RBI=0.22295,0.0980437;REFB=-0.0930864,-0.0473293;REVB=0.158175,-0.0338793;RO=16;SAF=5,0;SAR=5,3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.615578;STB=0.859476,0.5;STBP=0.016,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.161549,0.0234215;OID=.,.;OPOS=209849418,209849422;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=AGGGGC,AGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125,0:10,3:34:10,0:32:22:1,0:9,0:12:10:31:16:5,0:5,3:8:8 chr1 209933540 . A G 154.57 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00561262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.609;QD=14.7212;RBI=0.0321203;REFB=-0.0373267;REVB=-0.0316262;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194869;STB=0.602183;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0601847;OID=.;OPOS=209933540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:11:6:13:11:11:6:13:12 chr1 209936466 . A G 162.37 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0112737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.3919;QD=19.6811;RBI=0.0128149;REFB=-0.0308293;REVB=-0.00609307;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331936;STB=0.687287;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0352403;OID=.;OPOS=209936466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:4:12:6:11:4:12 chr1 209936673 . C G 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.028157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0147;QD=10.7922;RBI=0.0326291;REFB=-0.00272269;REVB=-0.0164874;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110127;STB=0.564782;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00997494;OID=.;OPOS=209936673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:10:8:19:16:10:8:19:16 chr1 209936914 . C T 137.88 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0590686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4331;QD=11.4897;RBI=0.0754825;REFB=0.0040139;REVB=-0.0469947;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141128;STB=0.583232;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.011975;OID=.;OPOS=209936914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:8:8:12:20:8:8:12:20 chr1 209950760 . C G 883.29 PASS AF=0.452381;AO=94;DP=209;FAO=95;FDP=210;FR=.;FRO=115;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=70;FSRR=45;FWDB=0.0177049;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.306;QD=16.8246;RBI=0.0240144;REFB=-0.0205703;REVB=0.0162243;RO=113;SAF=41;SAR=53;SRF=68;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16211;STB=0.59051;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0247675;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:113:115:94:95:0.452381:53:41:68:45:53:42:70:45 chr1 209964080 . C T 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0152547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.956;QD=20.8112;RBI=0.0328844;REFB=-0.00552054;REVB=0.0291321;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117974;STB=0.566415;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0107528;OID=.;OPOS=209964080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:14:9:12:11:14:9:12:11 chr1 209968684 . C A 324.79 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00874183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.516;QD=17.0944;RBI=0.00944369;REFB=-0.00769153;REVB=-0.00357263;RO=41;SAF=11;SAR=24;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31038;STB=0.674159;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0121001;OID=.;OPOS=209968684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:24:11:26:15:24:11:26:15 chr1 210004199 . C G 322.36 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0379829;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.28;QD=26.8637;RBI=0.0380418;REFB=-0.00165945;REVB=-0.00211517;RO=20;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919726;STB=0.550862;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=3.97672e-05;OID=.;OPOS=210004199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:20:20:28:28:0.583333:16:12:11:9:16:12:11:9 chr1 210006603 . C T 240.21 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0104268;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.315;QD=16.5664;RBI=0.0148498;REFB=-0.0207148;REVB=0.0105735;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161364;STB=0.589288;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0195125;OID=.;OPOS=210006603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:31:27:27:0.465517:15:12:18:11:15:12:19:12 chr1 210335028 . T C 93.5 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0208332;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=82.1117;QD=19.6849;RBI=0.0918693;REFB=-0.0201546;REVB=-0.0894759;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585073;STB=0.553098;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0162693;OID=.;OPOS=210335028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:19:19:7:8:11:11:0.578947:7:4:2:5:7:4:2:6 chr1 210335066 . G A 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.028098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.236;QD=27.3089;RBI=0.0288607;REFB=-0.0168595;REVB=0.00659117;RO=19;SAF=10;SAR=19;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232716;STB=0.520491;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0100887;OID=.;OPOS=210335066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:20:29:29:0.591837:19:10:6:13:19:10:6:14 chr1 210337043 . A G 262.62 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1764;QD=50.0227;RBI=0.115391;REFB=0;REVB=0.0870377;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019294;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:19:21:1:11:8:0:0:12:9:0:0 chr1 210407031 . G T 855.93 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285939;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.22;QD=58.029;RBI=0.0610506;REFB=0;REVB=0.0539404;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312612;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr1 210547505 . C G 112.33 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0142484;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.463;QD=7.74659;RBI=0.0147522;REFB=-0.00520088;REVB=-0.00382245;RO=41;SAF=6;SAR=10;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353724;STB=0.716966;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0144089;OID=.;OPOS=210547505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:42:16:16:0.275862:10:6:28:13:10:6:29:13 chr1 210547517 . C T 138.39 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.00380024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.88;QD=8.92859;RBI=0.00380094;REFB=7.5357e-05;REVB=7.28507e-05;RO=42;SAF=9;SAR=10;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250924;STB=0.653118;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.000232106;OID=.;OPOS=210547517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:42:43:19:19:0.306452:10:9:29:13:10:9:30:13 chr1 210577873 . G C 365.55 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00959738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.643;QD=18.9894;RBI=0.0389218;REFB=-0.00465924;REVB=-0.03772;RO=39;SAF=17;SAR=21;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822584;STB=0.545685;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00441252;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:21:17:14:25:21:17:14:25 chr1 210577884 . G A 408.0 PASS AF=0.5125;AO=40;DP=79;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0186732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.37;QD=20.4001;RBI=0.0187133;REFB=-0.0165749;REVB=0.001224;RO=39;SAF=17;SAR=23;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847808;STB=0.552953;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0165489;OID=.;OPOS=210577884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:39:40:41:0.5125:23:17:13:26:23:18:13:26 chr1 210857457 . A G 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0302245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.089;QD=24.1898;RBI=0.0449619;REFB=-0.00477969;REVB=-0.0332875;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116132;STB=0.565115;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00732763;OID=.;OPOS=210857457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:8:4:1:5:8:4:1:5 chr1 211380770 . T C 261.04 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0102981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.217;QD=14.7063;RBI=0.0281235;REFB=-0.020684;REVB=0.0261702;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256426;STB=0.63372;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0210954;OID=.;OPOS=211380770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:29:30:0.422535:15:14:30:11:15:15:30:11 chr1 211447625 . G A 446.62 PASS AF=0.5;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0328159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5604;QD=19.8499;RBI=0.0328273;REFB=-0.00617297;REVB=-0.000865341;RO=45;SAF=9;SAR=35;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159853;STB=0.592548;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0108478;OID=.;OPOS=211447625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:44:45:0.5:35:9:15:30:36:9:15:30 chr1 211846876 . A G 807.99 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5944;QD=56.7011;RBI=0.0341703;REFB=0;REVB=-0.00772669;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212644;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr1 211922603 . G A 383.31 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00425636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.514;QD=20.4432;RBI=0.029234;REFB=-0.00902785;REVB=-0.0289225;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370966;STB=0.520537;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00951942;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:20:19:16:20:20:19:16:20 chr1 212273639 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.817;QD=60.2292;RBI=0.0242816;REFB=0;REVB=-0.0110241;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94131e-05;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr1 212274413 . A C 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0177233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.537;QD=42.7089;RBI=0.0177688;REFB=-0.0407202;REVB=-0.00127001;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.513355;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00237129;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:19:19:0.904762:12:7:1:0:12:7:1:1 chr1 212560327 . A G 488.06 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0443407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0349;QD=55.7784;RBI=0.0601916;REFB=0.0224386;REVB=-0.0407055;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301269;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0025822;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:15:18:0:1:15:19:0:1 chr1 212798977 . A G 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0382981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.605;QD=17.4264;RBI=0.0436699;REFB=-0.0132773;REVB=0.0209837;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124548;STB=0.571351;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0122751;OID=.;OPOS=212798977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:6:13:13:10:6:13:13:10 chr1 212799870 . A G 168.66 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0225574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6329;QD=10.7084;RBI=0.031817;REFB=-0.0144099;REVB=0.0224384;RO=41;SAF=3;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44603;STB=0.772355;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0207427;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:41:21:22:0.349206:18:3:19:22:19:3:19:22 chr1 212870410 . G A 740.27 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00154117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.963;QD=60.4302;RBI=0.033304;REFB=0.109964;REVB=0.0332683;RO=2;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412433;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.000497829;OID=.;OPOS=212870410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:2:1:47:48:0.979592:26:21:1:1:27:21:1:0 chr1 212900487 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.16;QD=57.106;RBI=0.0361832;REFB=0;REVB=0.0213124;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2862e-05;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr1 212911836 . T C 1226.05 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.887;QD=61.3026;RBI=0.0473852;REFB=0;REVB=0.0257021;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170704;OID=.;OPOS=212911836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:52:28:0:0:52:28:0:0 chr1 213009469 . A G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00432638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.961;QD=56.4873;RBI=0.021655;REFB=-0.110128;REVB=0.0212184;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.509798;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00129693;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:25:10:0:0:25:10:0:1 chr1 213031948 . G C 430.44 PASS AF=1;AO=24;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139899;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.9239;QD=55.5401;RBI=0.179519;REFB=0;REVB=-0.112495;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00399304;OID=.;OPOS=213031948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:24:31:1:14:10:0:0:17:14:0:0 chr1 213068595 . C T 293.15 PASS AF=0.92;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0350658;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.558;QD=46.9045;RBI=0.0423935;REFB=-0.0556088;REVB=-0.0238242;RO=2;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978817;STB=0.505296;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00361817;OID=.;OPOS=213068595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:26:25:2:2:23:23:0.92:10:13:1:1:10:13:1:1 chr1 214492286 . G A 686.7 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8597;QD=62.4276;RBI=0.0278769;REFB=0;REVB=0.021618;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509064;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr1 214542819 . T C 651.03 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0485;QD=62.0032;RBI=0.0581988;REFB=0;REVB=0.0349407;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137245;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr1 214564340 . T C 669.94 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00742623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.008;QD=62.3195;RBI=0.0236101;REFB=0;REVB=0.0224118;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86209e-05;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr1 214571251 . A C 36.77 PASS AF=0.3;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0350379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8689;QD=7.35466;RBI=0.0774746;REFB=-0.02816;REVB=-0.0690989;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883056;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.117612;OID=.;OPOS=214571251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:12:14:6:6:0.3:3:3:7:5:3:3:7:7 chr1 214826196 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5116;QD=46.8468;RBI=0.035141;REFB=0;REVB=0.000273642;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000763702;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr1 214830617 . A G 255.75 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.267;QD=51.15;RBI=0.0265446;REFB=0;REVB=0.0190842;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95025e-06;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr1 214837110 . C G 553.45 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.934;QD=59.8325;RBI=0.0254195;REFB=0;REVB=0.0229022;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201251;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:24:13:0:0 chr1 215256779 . GACCCCCCCT CGACCCCCCT,GACCCCCCT,GACCCCCCTC 108.69 PASS AF=0,0.630435,0;AO=3,19,2;DP=46;FAO=0,29,0;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=0,3,0;FSAR=0,26,0;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.000114297,-0.197927,0.0187442;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=3,1,2;MLLD=56.9729,7.16963,18.2011;QD=9.45148;RBI=0.00800935,0.211362,0.0241083;REFB=-0.0143443,-0.0764672,-0.0566935;REVB=0.00800854,0.0741549,-0.0151613;RO=14;SAF=1,1,0;SAR=2,18,2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0611145,-0.451322,-0.475704;STB=0.5,0.645843,0.5;STBP=1,0.058,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.0702294,0;OID=.,.,.;OPOS=215256779,215256781,215256787;OREF=GAC,C,CT;OALT=CGA,-,TC;OMAPALT=CGACCCCCCT,GACCCCCCT,GACCCCCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:46:46:14:17:3,19,2:0,29,0:0,0.630435,0:2,18,2:1,1,0:4:10:0,26,0:0,3,0:5:12 chr1 215793834 . G A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0210225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.416;QD=12.0144;RBI=0.0305533;REFB=-0.0035923;REVB=0.0221711;RO=34;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228982;STB=0.633719;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.012318;OID=.;OPOS=215793834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:14:6:17:17:14:6:17:17 chr1 215802248 . G A 439.25 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=70;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0129134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6317;QD=24.7463;RBI=0.0536732;REFB=0.00358078;REVB=-0.0520966;RO=29;SAF=20;SAR=21;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482404;STB=0.530816;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00257789;OID=.;OPOS=215802248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:29:29:41:42:0.591549:21:20:16:13:22:20:16:13 chr1 215848587 . T C 234.53 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.01037;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.07;QD=15.1312;RBI=0.0238041;REFB=-0.00658868;REVB=-0.0214266;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117746;STB=0.566618;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0075411;OID=.;OPOS=215848587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:35:35:27:27:0.435484:13:14:14:21:13:14:14:21 chr1 215848641 . T C 1226.43 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.013778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.062;QD=57.7143;RBI=0.032869;REFB=-0.044566;REVB=0.0298419;RO=2;SAF=45;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0022194;STB=0.504203;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00130184;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:2:3:82:82:0.964706:37:45:1:1:37:45:2:1 chr1 215901492 . C T 117.22 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0849665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0459;QD=12.0225;RBI=0.0912079;REFB=-0.00389367;REVB=-0.0331597;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031811;STB=0.51877;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000890015;OID=.;OPOS=215901492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:10:15:8:6:10:15 chr1 216172380 . A G,T 627.5 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=35,7;DP=42;FAO=35,7;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=23,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901722,0.0259412;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.687,141.544;QD=59.7619;RBI=0.00944272,0.0346461;REFB=0,0;REVB=0.00280263,0.0229654;RO=0;SAF=12,2;SAR=23,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0127124,0.0334955;OID=.,.;OPOS=216172380,216172380;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:43:42:42:0:0:35,7:35,7:0.833333,0.166667:23,5:12,2:0:0:23,5:12,2:0:0 chr1 216219781 . A G 348.6 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00249186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9789;QD=17.4302;RBI=0.0320595;REFB=-0.0346813;REVB=0.0319625;RO=43;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120643;STB=0.567531;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0347074;OID=.;OPOS=216219781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:21:16:24:19:21:16:24:19 chr1 216348764 . C T 1362.35 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0486315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1297;QD=61.2291;RBI=0.060806;REFB=-0.00247403;REVB=-0.0365013;RO=1;SAF=28;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783357;STB=0.504131;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.000340873;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:60:28:0:1:60:28:0:1 chr1 216498911 . A C 195.32 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0380071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.447;QD=17.7565;RBI=0.0384217;REFB=-0.0172566;REVB=0.00562949;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150284;STB=0.504583;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0224387;OID=.;OPOS=216498911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:24:19:20:0.454545:9:10:13:11:9:11:13:11 chr1 216592003 . T C 1461.37 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0190413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.489;QD=57.3086;RBI=0.0194181;REFB=-0.10944;REVB=0.00380636;RO=2;SAF=42;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291046;STB=0.501609;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000672537;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:102:2:2:99:100:0.980392:57:42:1:1:58:42:1:1 chr1 216595306 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.844;QD=56.9378;RBI=0.0151157;REFB=0;REVB=0.00420722;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16727e-05;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr1 216692669 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.869;QD=56.938;RBI=0.0470198;REFB=0;REVB=0.00221306;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.8821e-05;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr1 217856622 . A G 373.97 PASS AF=0.371901;AO=45;DP=122;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0449639;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.988;QD=12.3627;RBI=0.0464615;REFB=-0.0163833;REVB=0.011701;RO=76;SAF=18;SAR=27;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15433;STB=0.588001;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0218116;OID=.;OPOS=217856622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:76:76:45:45:0.371901:27:18:41:35:27:18:41:35 chr1 217947738 . G A 604.45 PASS AF=0.684211;AO=46;DP=72;FAO=52;FDP=76;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0227031;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.195;QD=31.8132;RBI=0.0527891;REFB=-0.0300016;REVB=0.0476578;RO=26;SAF=23;SAR=23;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510435;STB=0.508219;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0126779;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:26:24:46:52:0.684211:23:23:11:15:29:23:10:14 chr1 218683528 . A G 247.54 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00128361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4572;QD=11.5134;RBI=0.0592647;REFB=-0.0190866;REVB=0.0592508;RO=56;SAF=10;SAR=20;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135148;STB=0.578459;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0310821;OID=.;OPOS=218683528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:20:10:25:31:20:10:25:31 chr1 219383866 . G GC 331.43 PASS AF=1;AO=8;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854166;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=170.934;QD=53.029;RBI=0.157431;REFB=0;REVB=0.132245;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.720446;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00294704;OID=.;OPOS=219383867;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:25:25:25:0:16:9:0:0:4:17:1:7:15:2 chr1 219383867 . T C 182.52 PASS AF=0.642857;AO=17;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0079599;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.35;QD=26.0735;RBI=0.0301596;REFB=-0.0867005;REVB=-0.0290902;RO=11;SAF=15;SAR=2;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.616414;STB=0.789125;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00247814;OID=.;OPOS=219383867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:28:11:10:17:18:0.642857:2:15:1:10:3:15:1:9 chr1 219383905 . A G 723.7 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00180197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.394;QD=60.3079;RBI=0.0193654;REFB=-0.0445967;REVB=0.0192814;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170959;STB=0.508768;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000218545;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:46:47:0.979167:27:19:0:1:28:19:0:1 chr1 220136115 . A G 282.05 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0217;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.065;QD=16.5914;RBI=0.021791;REFB=0.000733574;REVB=-0.0019893;RO=36;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112371;STB=0.510441;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00126917;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:37:30:31:0.455882:12:18:22:14:12:19:22:15 chr1 220154768 . C T 152.88 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0344804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.98;QD=11.9907;RBI=0.0352251;REFB=-0.0184008;REVB=-0.0072049;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240491;STB=0.526286;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.054682;OID=.;OPOS=220154768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:33:18:18:0.352941:8:10:16:14:8:10:17:16 chr1 220162004 . C T 217.96 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0359529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6171;QD=15.5688;RBI=0.0403189;REFB=0.00172794;REVB=-0.0182484;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507457;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00520704;OID=.;OPOS=220162004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:31:25:25:0.446429:15:10:12:18:15:10:12:19 chr1 220197625 . G T 834.7 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6305;QD=57.5658;RBI=0.11555;REFB=0;REVB=0.115472;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00074796;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:21:35:0:0:22:36:0:0 chr1 220239448 . T C 198.6 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0522376;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.658;QD=19.8597;RBI=0.0522465;REFB=-0.00772091;REVB=-0.000965732;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132146;STB=0.574553;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0092782;OID=.;OPOS=220239448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:12:8:11:9:12:8 chr1 220578893 . AACACACACACACACACACACACACACAC AACAACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACAC 379.55 PASS AF=0.366667,0.233333,0.4;AO=7,3,7;DP=30;FAO=11,7,12;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,2;FSAR=11,0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00912092,-0.00656427,-0.0355172;FXX=0.0908816;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,4;MLLD=98.5003,86.6953,85.1435;QD=50.6069;RBI=0.0819528,0.0564899,0.0474018;REFB=-0.144557,-0.153862,-0.0814978;REVB=0.0814436,0.0561072,0.031392;RO=0;SAF=0,3,1;SAR=7,0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0168858,0.0110904,0.0489952;OID=.,.,.;OPOS=220578897,220578919,220578894;OREF=C,CAC,ACAC;OALT=-,-,-;OMAPALT=AACAACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.366667,0.233333,0.4:7,3,7:30:11,7,12:30:0:0,7,2:11,0,10:0:0:88:0:0,3,1:7,0,6:0:0 chr1 220603314 . A T 47.74 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0524406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.8088;QD=11.9343;RBI=0.088147;REFB=-0.0765322;REVB=0.0708511;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402505;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.101981;OID=.;OPOS=220603314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:5:2:6:2:5:2:6:3 chr1 220607685 . G A 483.29 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0711;QD=58.5807;RBI=0.115796;REFB=0;REVB=0.0118971;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781517;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:17:16:0:0 chr1 220789355 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTA 295.54 PASS AF=0.277778,0.722222;AO=7,16;DP=55;FAO=15,39;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=4,7;FSAR=11,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.337884,-0.190298;FXX=0.0181785;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.60728,7.4572;QD=21.8918;RBI=0.342877,0.193228;REFB=0.0390568,0.0329174;REVB=-0.0583029,0.0335199;RO=3;SAF=1,2;SAR=6,14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.175667,0.0885071;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.137509,0.0923747;OID=.,.;OPOS=220789356,220789362;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.277778,0.722222:7,16:55:15,39:54:0:4,7:11,32:0:0:27:3:1,2:6,14:0:3 chr1 220935081 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.429;QD=54.5169;RBI=0.0346294;REFB=0;REVB=-0.00155387;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208651;OID=.;OPOS=220935081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr1 220960457 . A C 143.75 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0128807;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.789;QD=22.1157;RBI=0.0130323;REFB=-0.0654935;REVB=0.00198143;RO=11;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244687;STB=0.639793;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0274049;OID=.;OPOS=220960457;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:26:11:11:15:15:0.576923:12:3:5:6:12:3:5:6 chr1 220964843 . G C 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00177865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.999;QD=18.1182;RBI=0.0114116;REFB=-0.0100755;REVB=0.0112722;RO=20;SAF=16;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524852;STB=0.805795;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00678932;OID=.;OPOS=220964843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:2:16:9:11:2:16:9:11 chr1 220970028 . A G 770.11 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102659;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.447;QD=57.0453;RBI=0.0167968;REFB=0;REVB=0.0132945;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161712;OID=.;OPOS=220970028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr1 220971263 . G A 140.62 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0154971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.309;QD=9.3745;RBI=0.066929;REFB=0.00219479;REVB=0.0651101;RO=41;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310705;STB=0.684017;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00306888;OID=.;OPOS=220971263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:6:13:17:24:6:13:17:24 chr1 221055463 . G A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.016169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.244;QD=20.5467;RBI=0.0162411;REFB=-0.0119683;REVB=-0.00152876;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137164;STB=0.576679;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0112072;OID=.;OPOS=221055463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:14:8:5:17:14:8:5:17 chr1 221057646 . C T 66.61 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.000231398;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.0158;QD=12.1115;RBI=0.0150288;REFB=-0.016988;REVB=0.015027;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409692;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0747259;OID=.;OPOS=221057646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:23:22:14:13:8:9:0.409091:6:2:9:5:6:3:8:5 chr1 221057662 . G A 65.26 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0152318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.673;QD=11.3493;RBI=0.0392009;REFB=-0.0313834;REVB=0.0361207;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34871;STB=0.646728;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0406124;OID=.;OPOS=221057662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:14:14:8:9:0.391304:6:2:8:6:6:3:8:6 chr1 221509332 . G A 341.72 PASS AF=0.408602;AO=36;DP=91;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0145003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.339;QD=14.6975;RBI=0.020572;REFB=-0.0133805;REVB=-0.0145927;RO=55;SAF=28;SAR=8;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406908;STB=0.697401;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0210391;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:55:55:36:38:0.408602:8:28:23:32:10:28:23:32 chr1 221912361 . T C,G 774.92 PASS AF=0.98,0.02;AO=46,2;DP=49;FAO=49,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116729,-0.0160834;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=152.966,10.8652;QD=61.9934;RBI=0.0166815,0.0727689;REFB=0,0;REVB=0.0119171,-0.0709693;RO=0;SAF=27,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-5.88208e-05,0.209782;OID=.,.;OPOS=221912361,221912361;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:49:50:0:0:46,2:49,1:0.98,0.02:19,2:27,0:0:0:20,1:29,0:0:0 chr1 221912808 . T C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.444;QD=56.0119;RBI=0.0199911;REFB=-0.0503144;REVB=0.00878785;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00173104;OID=.;OPOS=221912808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:1:0:16:18:1:0 chr1 222649341 . A C 190.31 PASS AF=1;AO=12;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8738;QD=47.5784;RBI=0.280263;REFB=0;REVB=0.279222;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00934778;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:12:16:1:4:8:0:0:8:8:0:0 chr1 222713503 . C G 268.54 PASS AF=0.447761;AO=28;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00390541;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.271;QD=16.0323;RBI=0.00522703;REFB=-0.0309014;REVB=0.00347413;RO=39;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722787;STB=0.548748;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0313863;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:37:28:30:0.447761:17:11:18:21:18:12:18:19 chr1 222713631 . G C 161.44 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0437945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2865;QD=8.84586;RBI=0.0504532;REFB=-0.022145;REVB=-0.0250513;RO=50;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172223;STB=0.516358;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0461155;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:51:22:22:0.30137:12:10:22:28:12:10:22:29 chr1 222721288 . C T 109.04 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.887;QD=36.346;RBI=0.0334435;REFB=-0.0698447;REVB=0.0309512;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0188202;OID=.;OPOS=222721288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:12:1:1:10:11:0.916667:6:4:0:1:7:4:0:1 chr1 222734803 . G C 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0185187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4739;QD=11.9712;RBI=0.0562114;REFB=-0.00381608;REVB=-0.0530733;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159798;STB=0.509423;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00791038;OID=.;OPOS=222734803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:8:9:17:16:8:9:17:16 chr1 222798106 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.901;QD=62.0219;RBI=0.0317504;REFB=0;REVB=0.0256112;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60828e-05;OID=.;OPOS=222798106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr1 222802006 . A G 600.41 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.814;QD=60.0409;RBI=0.06005;REFB=0;REVB=0.0278453;RO=1;SAF=5;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848288;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418252;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:38:40:1:33:5:1:0:34:6:0:0 chr1 222802803 . T G 47.74 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0303113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.353;QD=10.6084;RBI=0.0346389;REFB=0.00663273;REVB=-0.0167654;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163877;STB=0.555391;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00835943;OID=.;OPOS=222802803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:18:9:11:7:7:0.388889:2:5:5:4:2:5:7:4 chr1 222802926 . CGA AGA,TAG,TGA 278.88 PASS AF=0.130435,0.0434783,0.826087;AO=3,2,15;DP=23;FAO=3,1,19;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3,1,8;FSAR=0,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011195,0.0259584,0.015753;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=47.9101,94.65,120.146;QD=48.5011;RBI=0.0416844,0.0364574,0.0299504;REFB=0,0,0;REVB=-0.040153,-0.0255988,-0.025473;RO=0;SAF=3,2,5;SAR=0,0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.0441759,0.00911694,-6.84304e-05;OID=.,.,.;OPOS=222802926,222802926,222802926;OREF=C,CGA,C;OALT=A,TAG,T;OMAPALT=AGA,TAG,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:14:23:23:0:0:3,2,15:3,1,19:0.130435,0.0434783,0.826087:0,0,10:3,2,5:0:0:0,0,11:3,1,8:0:0 chr1 222803204 . A G 249.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.24;QD=49.9798;RBI=0.0363107;REFB=0;REVB=0.0331697;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023167;OID=.;OPOS=222803204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr1 222823529 . A C 367.17 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0243345;FXX=0.0675584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8131;QD=21.2855;RBI=0.0700134;REFB=-0.0363528;REVB=0.0656484;RO=26;SAF=18;SAR=18;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176463;STB=0.58106;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0306025;OID=.;OPOS=222823529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:26:32:36:37:0.536232:18:18:19:7:18:19:22:10 chr1 222825403 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0845047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.736;QD=50.4135;RBI=0.0893072;REFB=0;REVB=-0.0288916;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0026244;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr1 222833601 . T C 1187.78 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6914;QD=60.1409;RBI=0.0413398;REFB=0;REVB=0.0263421;RO=0;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267168;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:51:27:0:0:52:27:0:0 chr1 222838214 . CTC CT,CTT,TCT 464.6 PASS AF=0,0.969697,0.030303;AO=4,25,2;DP=33;FAO=0,32,1;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,1;FSAR=0,19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223739,0.0215015,0.0224193;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=176.253,187.543,162.329;QD=56.3154;RBI=0.0411725,0.0401182,0.0292849;REFB=0,0,0;REVB=0.0345628,0.0338697,0.018841;RO=0;SAF=4,8,0;SAR=0,17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0143828,-5.04864e-05,0.0127414;OID=.,.,.;OPOS=222838216,222838216,222838214;OREF=C,C,CTC;OALT=-,T,TCT;OMAPALT=CT,CTT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:4:33:33:0:0:4,25,2:0,32,1:0,0.969697,0.030303:0,17,2:4,8,0:0:0:0,19,0:0,13,1:0:0 chr1 222886119 . A G 337.89 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0519545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.587;QD=17.5528;RBI=0.0654885;REFB=-0.00296573;REVB=-0.0398682;RO=41;SAF=19;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148523;STB=0.508311;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00286983;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:17:19:21:20:17:19:21:20 chr1 222919895 . T G 119.76 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00162039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.126;QD=9.39301;RBI=0.00215813;REFB=-0.0157939;REVB=0.00142544;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103629;STB=0.562417;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0367179;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:7:8:16:20:7:8:16:20 chr1 222923351 . A G 491.39 PASS AF=0.490566;AO=51;DP=105;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.03247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9854;QD=18.543;RBI=0.0335878;REFB=-0.0174215;REVB=-0.00859299;RO=54;SAF=19;SAR=32;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774725;STB=0.548571;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00971828;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:54:54:51:52:0.490566:32:19:16:38:32:20:16:38 chr1 223116472 . G A 123.94 PASS AF=0.295455;AO=9;DP=47;FAO=13;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.110452;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.92;QD=11.267;RBI=0.110521;REFB=-0.0134916;REVB=-0.00390473;RO=22;SAF=0;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.726351;STB=0.671982;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0244575;OID=.;OPOS=223116472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:22:29:9:13:0.295455:9:0:7:15:10:3:13:16 chr1 223116474 . G T 129.26 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0409766;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.979;QD=11.0011;RBI=0.0429014;REFB=0.00801926;REVB=-0.0127063;RO=32;SAF=4;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283275;STB=0.670493;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00770849;OID=.;OPOS=223116474;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:32:32:15:15:0.319149:11:4:16:16:11:4:16:16 chr1 223177574 . A G 604.9 PASS AF=0.606742;AO=54;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0758731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2622;QD=27.1867;RBI=0.0759204;REFB=-0.015482;REVB=-0.00267818;RO=35;SAF=23;SAR=31;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166108;STB=0.590443;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00431238;OID=.;OPOS=223177574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:35:35:54:54:0.606742:31:23:23:12:31:23:23:12 chr1 223178561 . A C 109.83 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0188127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.595;QD=14.6444;RBI=0.0214993;REFB=-0.0141012;REVB=-0.0104069;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660375;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0147837;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:9:8:7:6:9:8 chr1 223283910 . A G 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.389;QD=55.0448;RBI=0.025806;REFB=-0.00463719;REVB=0.0224351;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.506491;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000163096;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:17:38:0:0:17:38:1:0 chr1 223284250 . C G 181.25 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00993967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4067;QD=16.4774;RBI=0.0292035;REFB=-0.0114869;REVB=-0.0274599;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256938;STB=0.503593;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0281905;OID=.;OPOS=223284250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:10:9:12:12:10:9:12:13 chr1 223394228 . T C 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0369247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2973;QD=15.1656;RBI=0.0392181;REFB=-0.00945886;REVB=-0.0132146;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299422;STB=0.675795;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0102905;OID=.;OPOS=223394228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:12:3:9:11:12:3:9:11 chr1 223396838 . G T 238.3 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.021478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2724;QD=12.7094;RBI=0.0250491;REFB=-0.0204571;REVB=0.0128901;RO=45;SAF=8;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199787;STB=0.623247;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0640957;OID=.;OPOS=223396838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:45:46:29:29:0.386667:21:8:20:25:21:8:21:25 chr1 223567803 . G A 293.54 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00269765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.361;QD=19.9008;RBI=0.0286243;REFB=-0.0353044;REVB=0.0284969;RO=27;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203016;STB=0.605312;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0288923;OID=.;OPOS=223567803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:20:11:16:11:20:11:16:12 chr1 223715248 . GT G 269.77 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0564797;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.455;QD=12.6952;RBI=0.0645639;REFB=-0.0184419;REVB=-0.0312816;RO=43;SAF=13;SAR=27;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242747;STB=0.513507;STBP=0.831;TYPE=del;VARB=0.0179634;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482353:40:86:41:85:44:14:27:14:30:99:43:13:27:13:30 chr1 223717484 . G A 134.51 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0127901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9755;QD=16.3046;RBI=0.0147168;REFB=-0.0205324;REVB=0.00728001;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.548323;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0296265;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:6:8:8:10:7:8:8:10 chr1 223718651 . G A 273.56 PASS AF=0.483871;AO=22;DP=64;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.00641259;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.132;QD=17.6491;RBI=0.00745108;REFB=-0.0097287;REVB=-0.00379437;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24672;STB=0.598815;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0133845;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:27:32:22:30:0.483871:14:8:4:23:17:13:8:24 chr1 223718670 . G A 189.78 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00499094;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.195;QD=14.3233;RBI=0.0140642;REFB=-0.0147776;REVB=-0.0131488;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833208;STB=0.547487;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0177641;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:53:31:31:22:22:0.415094:14:8:9:22:14:8:9:22 chr1 223722780 . G A 259.18 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.000774555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.696;QD=24.1099;RBI=0.0103353;REFB=-0.0203855;REVB=-0.0103062;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541937;STB=0.540242;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.018661;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:13:11:7:11:13:11:7:12 chr1 223813586 . G T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.027;QD=55.0976;RBI=0.0365493;REFB=0;REVB=0.00748442;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382664;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr1 223877789 . T C 1188.11 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5357;QD=60.1577;RBI=0.083128;REFB=0;REVB=0.0134626;RO=1;SAF=19;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242498;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781214;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:1:0:76:79:1:57:19:1:0:58:21:0:0 chr1 223877820 . TAAAAAAAAAAT AAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAT 137.76 PASS AF=0.0909091,0.545455,0.272727;AO=2,6,6;DP=24;FAO=2,12,6;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=1,1,2;FSAR=1,11,4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00876972,0.100922,-0.256755;FXX=0.0832986;HRUN=5,1,10;LEN=12,1,1;MLLD=262.887,263.016,3.96481;QD=25.0467;RBI=0.0114652,0.101224,0.262612;REFB=0.00595758,0.00480131,-0.0720769;REVB=0.00738532,0.00781559,0.0551547;RO=2;SAF=1,0,2;SAR=1,6,4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.767694,-0.0772509;STB=0.5,0.646759,0.545299;STBP=1,0.131,0.788;TYPE=mnp,snp,del;VARB=-0.0110022,-0.00377093,0.240685;OID=.,.,.;OPOS=223877820,223877831,223877821;OREF=TAAAAAAAAAAT,T,A;OALT=AAAAAAAAAAAA,A,-;OMAPALT=AAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:29:24:22:2:2:2,6,6:2,12,6:0.0909091,0.545455,0.272727:1,6,4:1,0,2:1:1:1,11,4:1,1,2:1:1 chr1 223900408 . C G 1190.35 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4603;QD=61.0438;RBI=0.0819241;REFB=0;REVB=0.0748965;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407982;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:28:50:0:0:28:50:0:0 chr1 223905532 . G A 94.48 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0147798;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.282;QD=18.8965;RBI=0.0200346;REFB=-0.00371601;REVB=-0.0135256;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897445;STB=0.589302;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00640126;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:20:20:8:9:11:11:0.55:3:8:5:3:3:8:5:4 chr1 223933094 . C T 188.66 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=-0.0145352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.866;QD=9.09224;RBI=0.0170579;REFB=-0.01571;REVB=-0.0089274;RO=56;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826525;STB=0.511234;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0435697;OID=.;OPOS=223933094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:58:25:25:0.301205:18:7:16:40:18:7:17:41 chr1 223934720 . G A 822.77 PASS AF=0.983607;AO=57;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00885343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.317;QD=53.9518;RBI=0.0109258;REFB=-0.021235;REVB=-0.00640232;RO=3;SAF=40;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340681;STB=0.50588;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000388877;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:3:1:57:60:0.983607:17:40:3:0:18:42:1:0 chr1 223954080 . A C 322.22 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00126435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3115;QD=16.5242;RBI=0.0131986;REFB=-0.0446224;REVB=0.0131379;RO=43;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143897;STB=0.58074;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0540721;OID=.;OPOS=223954080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:16:19:17:26:16:19:17:26 chr1 223989966 . C T 125.69 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0127292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3652;QD=9.6684;RBI=0.0144663;REFB=-0.016581;REVB=-0.00687324;RO=34;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123758;STB=0.558748;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0379898;OID=.;OPOS=223989966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:34:36:16:16:0.307692:11:5:14:20:11:5:14:22 chr1 224492746 . C T 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.123;QD=46.0579;RBI=0.0198505;REFB=0.0395983;REVB=-0.0106142;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.024689;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:0:1:9:10:0:1 chr1 224495852 . C T 1387.41 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0175998;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6797;QD=61.6627;RBI=0.0992676;REFB=-0.0966331;REVB=-0.097695;RO=1;SAF=43;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108931;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00163239;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:88:89:0.988889:45:43:1:0:45:44:1:0 chr1 224505570 . T TAA 460.19 PASS AF=1;AO=34;DP=40;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.089007;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=2;MLLD=33.9383;QD=49.7506;RBI=0.123896;REFB=0;REVB=0.0861855;RO=3;SAF=13;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000156984;OID=.;OPOS=224505571;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:40:37:37:0:15:22:0:0:8:3:13:21:3:0 chr1 224517842 . C T 534.53 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3687;QD=59.3923;RBI=0.0329772;REFB=0;REVB=-0.0030763;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614738;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:18:16:0:0:19:17:0:0 chr1 224575373 . G A 951.4 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125409;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.75;QD=58.5474;RBI=0.105535;REFB=0;REVB=0.104788;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435893;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:64:65:1:36:28:0:0:37:28:0:0 chr1 225230608 . C T 257.84 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00473316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.94;QD=19.834;RBI=0.0110786;REFB=-0.0256642;REVB=-0.0100166;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095988;STB=0.505356;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0210034;OID=.;OPOS=225230608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:10:17:16:9:10:17:16:9 chr1 225266966 . C G 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0138622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6697;QD=11.3234;RBI=0.0238429;REFB=0.0108189;REVB=-0.0193991;RO=40;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125969;STB=0.580445;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.020367;OID=.;OPOS=225266966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:41:23:23:0.359375:13:10:22:18:13:10:23:18 chr1 225268343 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0805758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1683;QD=9.44476;RBI=0.109105;REFB=0.00392235;REVB=-0.0735624;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195996;STB=0.62453;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0211392;OID=.;OPOS=225268343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:3:7:5:1:3:7 chr1 225268346 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0113956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0844;QD=9.44443;RBI=0.011564;REFB=0.000782973;REVB=-0.00196585;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887268;STB=0.62453;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00325921;OID=.;OPOS=225268346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:5:1:2:7:5:1:3:7 chr1 225270408 . A AT 87.14 PASS AF=0.52;AO=3;DP=30;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0072473;FXX=0.166611;HRUN=0;LEN=1;MLLD=151.102;QD=13.9418;RBI=0.0461293;REFB=-0.0210546;REVB=-0.0455564;RO=27;SAF=2;SAR=1;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823519;STB=0.558527;STBP=0.595;TYPE=ins;VARB=0.0267668;OID=.;OPOS=225270409;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:3:30:13:25:12:9:4:7:5:87:27:2:1:16:11 chr1 225270409 . A T 111.62 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0153003;FXX=0.0322477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.603;QD=14.8832;RBI=0.0154447;REFB=-0.0253711;REVB=-0.00210717;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783935;STB=0.550186;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0237829;OID=.;OPOS=225270409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:17:13:13:0.433333:5:8:8:7:5:8:9:8 chr1 225273248 . G T 248.58 PASS AF=0.520833;AO=21;DP=45;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0148142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.52;QD=20.7154;RBI=0.0234312;REFB=-0.0228999;REVB=0.0181538;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144454;STB=0.561413;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.026766;OID=.;OPOS=225273248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:22:23:21:25:0.520833:11:10:14:8:13:12:14:9 chr1 225288534 . A C 207.98 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0138864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.709;QD=17.7008;RBI=0.021825;REFB=-0.0156693;REVB=-0.0168374;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061468;STB=0.513172;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0174146;OID=.;OPOS=225288534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:26:21:21:0.446809:10:11:11:13:10:11:13:13 chr1 225373072 . C T 375.09 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0127821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.018;QD=20.8383;RBI=0.0196054;REFB=-0.0168941;REVB=0.0148657;RO=33;SAF=11;SAR=26;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121744;STB=0.550461;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0130276;OID=.;OPOS=225373072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:34:37:38:0.527778:26:11:14:19:26:12:14:20 chr1 225463772 . A G 171.97 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0201489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1344;QD=18.1016;RBI=0.0430363;REFB=0.00082134;REVB=0.0380282;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886335;STB=0.55026;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000247899;OID=.;OPOS=225463772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:6:14:11:7:6:14 chr1 225506294 . A G 467.89 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=86;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0253834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6734;QD=21.2675;RBI=0.0317491;REFB=-0.00536961;REVB=0.0190707;RO=41;SAF=24;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0028197;STB=0.509439;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00559055;OID=.;OPOS=225506294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:41:42:45:46:0.522727:21:24:22:19:21:25:22:20 chr1 225528183 . C A 90.64 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.003493;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.749;QD=6.47449;RBI=0.00349645;REFB=-0.00559537;REVB=0.00015535;RO=43;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173998;STB=0.608534;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0175085;OID=.;OPOS=225528183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:56:56:43:43:13:13:0.232143:6:7:17:26:6:7:17:26 chr1 225533684 . A G 332.57 PASS AF=0.362832;AO=40;DP=111;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.00328625;FXX=0.00877116;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.006;QD=11.7725;RBI=0.0425594;REFB=-0.00359943;REVB=0.0424323;RO=71;SAF=20;SAR=20;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102334;STB=0.569489;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00821428;OID=.;OPOS=225533684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:71:72:40:41:0.362832:20:20:42:29:21:20:43:29 chr1 225533731 . T A 610.04 PASS AF=0.572917;AO=54;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0181701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.309;QD=25.4181;RBI=0.0230326;REFB=-0.0213739;REVB=-0.0141545;RO=41;SAF=29;SAR=25;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579538;STB=0.527821;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0156302;OID=.;OPOS=225533731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:41:54:55:0.572917:25:29:25:16:25:30:25:16 chr1 225534219 . T C 222.72 PASS AF=0.55;AO=20;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0305704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1813;QD=22.2723;RBI=0.0998588;REFB=-0.0583791;REVB=0.0950644;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523046;STB=0.509425;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0477111;OID=.;OPOS=225534219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:18:20:22:0.55:11:9:7:11:13:9:7:11 chr1 225534348 . G A 238.57 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00172329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.63;QD=27.2645;RBI=0.0035552;REFB=-0.0589955;REVB=-0.00310962;RO=13;SAF=6;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899249;STB=0.549953;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0427034;OID=.;OPOS=225534348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:16:6:5:8:16:6:5:8 chr1 225541899 . C T 295.6 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.024618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.314;QD=15.3561;RBI=0.0268851;REFB=-0.0266959;REVB=-0.0108056;RO=43;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340547;STB=0.513056;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0354759;OID=.;OPOS=225541899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:15:18:22:21:15:18:23:21 chr1 225565015 . T C 737.22 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183719;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1549;QD=61.4351;RBI=0.022122;REFB=0.0479904;REVB=0.012323;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240991;STB=0.51219;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00887435;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:19:27:0:1:20:27:0:1 chr1 225565073 . C T 620.7 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.246;QD=60.5565;RBI=0.0237608;REFB=0;REVB=0.00814726;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08912e-05;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:23:18:0:0 chr1 225569241 . T G 1237.51 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0135939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.317;QD=58.9292;RBI=0.0176259;REFB=0.0187684;REVB=0.0112196;RO=1;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114095;STB=0.511902;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-5.03787e-05;OID=.;OPOS=225569241;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:81:82:0.97619:41:40:0:1:41:41:0:2 chr1 225601647 . C T 319.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.456;QD=53.2276;RBI=0.0677896;REFB=0;REVB=0.0677364;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681132;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:9:13:0:0:11:13:0:0 chr1 225607144 . C T 403.32 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.166;QD=55.6307;RBI=0.0227426;REFB=0;REVB=-0.00544083;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393043;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:23:5:0:0:24:5:0:0 chr1 225609884 . A G 1871.78 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.413;QD=61.3697;RBI=0.0350851;REFB=0;REVB=0.0349278;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19581e-05;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:122:0:0:114:122:1:64:50:0:0:70:52:0:0 chr1 225611661 . C T 1547.3 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.945;QD=63.8062;RBI=0.0588325;REFB=0;REVB=0.0305385;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141541;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:45:49:0:0:45:52:0:0 chr1 225682560 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.579;QD=53.2769;RBI=0.0417222;REFB=0;REVB=0.0235854;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436809;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 226019653 . G A 344.64 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00724126;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.362;QD=55.1428;RBI=0.0100888;REFB=0;REVB=0.0070248;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.05748e-07;OID=.;OPOS=226019653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:26:25:1:19:7:0:0:18:7:0:0 chr1 226027659 . C T 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00373055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.5353;QD=12.303;RBI=0.0305417;REFB=-6.53062e-05;REVB=-0.030313;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990658;STB=0.51235;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.000228162;OID=.;OPOS=226027659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:14:12:19:23:14:12:19:24 chr1 226033030 . G C 197.43 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0491705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2194;QD=26.3245;RBI=0.0749447;REFB=0.000312736;REVB=-0.0565595;RO=11;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211577;STB=0.618341;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.000854737;OID=.;OPOS=226033030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:30:30:11:11:19:19:0.633333:14:5:6:5:14:5:6:5 chr1 226034774 . C T 241.72 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0308619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.274;QD=21.9742;RBI=0.0338856;REFB=-0.039794;REVB=0.013992;RO=20;SAF=21;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491202;STB=0.777469;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0220104;OID=.;OPOS=226034774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:2:21:11:9:2:21:12:9 chr1 226036634 . A G 50.98 PASS AF=0.307692;AO=6;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0429684;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5204;QD=7.84336;RBI=0.10498;REFB=-0.00878152;REVB=-0.095784;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61859;STB=0.849313;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0106812;OID=.;OPOS=226036634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:26:26:11:18:6:8:0.307692:1:5:2:9:2:6:3:15 chr1 226054333 . G A 208.64 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0190322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7005;QD=15.4552;RBI=0.0419866;REFB=-0.0157083;REVB=0.0374252;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309745;STB=0.670525;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0310382;OID=.;OPOS=226054333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:30:24:24:0.444444:14:10:21:7:14:10:22:8 chr1 226055595 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0120752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.476;QD=18.6447;RBI=0.0129885;REFB=-0.0207834;REVB=-0.00478435;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21949;STB=0.624826;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0188634;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:4:9:6:8:4:9 chr1 226074563 . T G 158.24 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00331178;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4068;QD=14.7201;RBI=0.13013;REFB=-0.0331951;REVB=-0.130087;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706433;STB=0.506768;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.04138;OID=.;OPOS=226074563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:8:10:15:9:7:11:15:10 chr1 226420811 . G A 72.17 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0187768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.813;QD=8.24758;RBI=0.0231735;REFB=-0.00582522;REVB=0.013581;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233732;STB=0.666349;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0121583;OID=.;OPOS=226420811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:35:23:25:10:10:0.285714:6:4:14:9:6:4:16:9 chr1 226474132 . G A 1355.57 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.451;QD=62.3252;RBI=0.00933006;REFB=0;REVB=0.00589149;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29129e-05;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:47:38:0:0:48:39:0:0 chr1 226555302 . A G 273.94 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0577517;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3316;QD=15.0106;RBI=0.0581711;REFB=-0.0126695;REVB=0.00697307;RO=42;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188033;STB=0.510651;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0141783;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:42:31:31:0.424658:19:12:17:25:19:12:17:25 chr1 226570840 . T C 51.0 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0024349;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.644;QD=5.36828;RBI=0.00391317;REFB=-0.00569047;REVB=-0.00306336;RO=29;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178945;STB=0.635999;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0256356;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:37:38:29:30:8:8:0.210526:6:2:11:18:6:2:12:18 chr1 226573364 . A G 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.226;QD=48.7298;RBI=0.0257284;REFB=0;REVB=0.0232911;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031869;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr1 226589833 . T C 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0101462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.047;QD=27.1542;RBI=0.0101503;REFB=7.71221e-05;REVB=0.000288049;RO=6;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894563;STB=0.549929;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-1.22814e-05;OID=.;OPOS=226589833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:7:7:2:4:7:7:2:4 chr1 226589958 . G A 116.2 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0249157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.808;QD=11.337;RBI=0.0253847;REFB=-0.0287625;REVB=0.00485683;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220981;STB=0.63139;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0482216;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:5:9:12:15:5:9:12:15 chr1 226613287 . A G 296.29 PASS AF=0.571429;AO=18;DP=44;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0371378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7426;QD=24.187;RBI=0.0707206;REFB=-0.0671708;REVB=0.0601846;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046583;STB=0.505356;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0548719;OID=.;OPOS=226613287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:49:16:21:18:28:0.571429:8:10:8:8:17:11:8:13 chr1 226923505 . G T 392.8 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.592;QD=56.1143;RBI=0.028541;REFB=0;REVB=0.0281805;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44132e-05;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:18:9:0:0:18:10:0:0 chr1 227069677 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.298;QD=56.7065;RBI=0.0152886;REFB=0;REVB=-0.0121933;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26976e-06;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr1 227069737 . C T 256.17 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7463;QD=48.7939;RBI=0.0930714;REFB=0;REVB=0.0466775;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267376;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:19:21:1:13:6:0:0:13:8:0:0 chr1 227071525 . C T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1644;QD=56.9376;RBI=0.0172784;REFB=0;REVB=-0.0102485;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018273;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr1 227172290 . C T 283.79 PASS AF=0.526316;AO=28;DP=55;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0451429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9833;QD=19.9148;RBI=0.0459526;REFB=-0.00484251;REVB=-0.00858843;RO=27;SAF=19;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362087;STB=0.70718;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0073074;OID=.;OPOS=227172290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:27:27:28:30:0.526316:9:19:7:20:9:21:7:20 chr1 227174210 . T C 302.97 PASS AF=0.471429;AO=34;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00801042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.238;QD=17.3128;RBI=0.0153877;REFB=-0.0217832;REVB=0.0131383;RO=34;SAF=21;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550013;STB=0.521101;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0272521;OID=.;OPOS=227174210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:37:34:33:0.471429:13:21:19:15:13:20:21:16 chr1 227177731 . A T 226.96 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0182377;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.743;QD=15.6525;RBI=0.0203043;REFB=-0.0131602;REVB=-0.0089248;RO=31;SAF=6;SAR=20;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151302;STB=0.580139;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.021555;OID=.;OPOS=227177731;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:20:6:11:20:20:6:11:21 chr1 227178127 . A G 59.41 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00342998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.252;QD=15.8437;RBI=0.0517415;REFB=-0.0214905;REVB=0.0516277;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330584;STB=0.705493;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.011299;OID=.;OPOS=227178127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:3:5:6:0:3:5:7:0 chr1 227178948 . G A 117.5 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00493774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4872;QD=10.4448;RBI=0.00697738;REFB=0.00281749;REVB=0.00492976;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011734;STB=0.523334;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00763257;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:14:15:0.333333:9:5:11:19:9:6:11:19 chr1 227178962 . T C 71.96 PASS AF=0.238095;AO=11;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00513177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2278;QD=6.853;RBI=0.0436512;REFB=-0.00714497;REVB=-0.0433485;RO=31;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154092;STB=0.564382;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0451796;OID=.;OPOS=227178962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:42:42:31:32:11:10:0.238095:8:3:12:19:7:3:12:20 chr1 227182033 . G A 689.43 PASS AF=1;AO=33;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000350002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.154;QD=62.6755;RBI=0.0723322;REFB=0;REVB=0.0723314;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909569;OID=.;OPOS=227182033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:33:44:1:9:24:0:0:19:25:0:0 chr1 227182575 . A G 264.78 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0267108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8592;QD=20.7671;RBI=0.028682;REFB=0.000950885;REVB=-0.0104495;RO=24;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183682;STB=0.602661;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00128414;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:18:9:13:11:18:9:13:11 chr1 227216662 . T C 538.82 PASS AF=0.904762;AO=37;DP=41;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0426588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8408;QD=51.3163;RBI=0.0429957;REFB=-0.0332502;REVB=-0.00537182;RO=4;SAF=18;SAR=19;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00246183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256482;OID=.;OPOS=227216662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:41:42:4:4:37:38:0.904762:19:18:2:2:19:19:2:2 chr1 227216775 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.828;QD=64.1537;RBI=0.0214916;REFB=0;REVB=0.0207458;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99653e-05;OID=.;OPOS=227216775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr1 227221123 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00057126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.453;QD=14.3346;RBI=0.0429338;REFB=-0.00104161;REVB=-0.04293;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475274;STB=0.773671;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=6.79898e-05;OID=.;OPOS=227221123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:1:9:3:6:1:9 chr1 227504794 . T C 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0012832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.743;QD=19.1479;RBI=0.00424516;REFB=0.00562155;REVB=0.00404658;RO=36;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151432;STB=0.584328;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00639613;OID=.;OPOS=227504794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:22:14:20:16:22:14:20:16 chr1 227681475 . T C 2781.91 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152928;FXX=0.0326069;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.066;QD=62.5149;RBI=0.103665;REFB=0;REVB=0.102531;RO=0;SAF=103;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179543;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:178:0:0:175:178:1:72:103:0:0:72:106:0:0 chr1 227920103 . G A 317.63 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0113434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1001;QD=15.494;RBI=0.0628516;REFB=-0.00363437;REVB=0.0618195;RO=45;SAF=26;SAR=9;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27881;STB=0.671629;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00551679;OID=.;OPOS=227920103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:47:35:35:0.426829:9:26:22:23:9:26:22:25 chr1 227922918 . A C 74.08 PASS AF=0.47619;AO=8;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0254653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.924;QD=14.1107;RBI=0.0363564;REFB=0.0089991;REVB=0.0259481;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250633;STB=0.571288;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0102561;OID=.;OPOS=227922918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:21:21:9:11:8:10:0.47619:4:4:2:7:5:5:4:7 chr1 227935444 . A G 159.6 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00686408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.436;QD=17.7329;RBI=0.00802469;REFB=-0.0190796;REVB=-0.00415692;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286962;STB=0.501637;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0154352;OID=.;OPOS=227935444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:9:10:9:8:9:10 chr1 227946825 . A T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.018435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.483;QD=15.6262;RBI=0.0187526;REFB=-0.000956052;REVB=-0.00343665;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228457;STB=0.63144;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00134327;OID=.;OPOS=227946825;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:11:16:7:12:11:16 chr1 227963491 . G T 158.12 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00307815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.606;QD=9.88265;RBI=0.00611577;REFB=-0.0154634;REVB=-0.00528466;RO=43;SAF=6;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221121;STB=0.630937;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0301519;OID=.;OPOS=227963491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:15:6:20:23:15:6:20:23 chr1 228003839 . C T 373.09 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00558882;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.866;QD=20.1671;RBI=0.00567418;REFB=-0.0400905;REVB=-0.000980525;RO=36;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997252;STB=0.555208;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0328173;OID=.;OPOS=228003839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:36:36:38:38:0.513514:20:18:13:23:20:18:13:23 chr1 228033197 . A G 813.2 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909764;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7629;QD=57.0666;RBI=0.0772255;REFB=0;REVB=0.0766877;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272812;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:25:32:0:0 chr1 228113046 . C T 585.99 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00219787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.703;QD=26.6359;RBI=0.0309674;REFB=-0.0359103;REVB=0.0308893;RO=35;SAF=15;SAR=38;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276954;STB=0.515114;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0214475;OID=.;OPOS=228113046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:35:53:53:0.602273:38:15:11:24:38:15:11:24 chr1 228113163 . A G 820.53 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00758274;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.599;QD=57.5811;RBI=0.0243025;REFB=0;REVB=0.0230893;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28931e-08;OID=.;OPOS=228113163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:31:26:0:0 chr1 228284991 . C T 113.62 PASS AF=0.5;AO=11;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0268566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.098;QD=17.4795;RBI=0.0269318;REFB=-0.0442762;REVB=0.00201183;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501661;STB=0.774171;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0221237;OID=.;OPOS=228284991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:10:13:11:13:0.5:1:10:5:5:2:11:5:8 chr1 228347352 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.303;QD=37.4885;RBI=0.0217491;REFB=0;REVB=0.00306367;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285051;OID=.;OPOS=228347352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 228352160 . T C 182.77 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9661;QD=45.6915;RBI=0.0336467;REFB=0;REVB=0.0208523;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00861182;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:12:4:0:0 chr1 228391808 . G T 300.78 PASS AF=0.4;AO=35;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0352839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9545;QD=14.1542;RBI=0.0378902;REFB=-0.00872385;REVB=0.0138098;RO=47;SAF=14;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113823;STB=0.535945;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0282138;OID=.;OPOS=228391808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:51:35:34:0.4:21:14:24:23:20:14:24:27 chr1 228399482 . C G 803.71 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.771;QD=55.4284;RBI=0.0317836;REFB=-0.171739;REVB=0.0268743;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.515146;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000613863;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:58:0:1:56:57:0.982759:16:40:0:0:16:41:0:1 chr1 228399766 . T C 455.71 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.161;QD=56.964;RBI=0.0367001;REFB=0;REVB=0.0100638;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153961;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:20:12:0:0 chr1 228402047 . A G 2364.14 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1322;QD=61.01;RBI=0.0308864;REFB=0;REVB=-0.0297049;RO=0;SAF=86;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60781e-05;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:155:0:0:153:155:1:67:86:0:0:67:88:0:0 chr1 228402121 . A G 1576.62 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0925028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.06;QD=59.4953;RBI=0.0925098;REFB=0;REVB=0.00113169;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63487e-05;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:43:62:0:0:44:62:0:0 chr1 228412227 . T C 156.89 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0106208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.786;QD=16.0908;RBI=0.0558429;REFB=-0.00779878;REVB=-0.0548236;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124079;STB=0.586103;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00545302;OID=.;OPOS=228412227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:11:6:10:11:11:6:11:11 chr1 228412308 . G A 216.12 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0199045;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.193;QD=16.6247;RBI=0.0263411;REFB=-0.0122728;REVB=0.0172531;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072395;STB=0.531224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0123;OID=.;OPOS=228412308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:23:24:0.461538:14:9:9:19:15:9:9:19 chr1 228431095 . A G 854.15 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110781;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.248;QD=57.9086;RBI=0.0154928;REFB=0;REVB=-0.0108306;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88512e-05;OID=.;OPOS=228431095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr1 228433217 . A G 555.9 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.732;QD=60.0973;RBI=0.0378625;REFB=0;REVB=-0.0110237;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134859;OID=.;OPOS=228433217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr1 228433346 . C T 131.92 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0470188;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2336;QD=21.9862;RBI=0.0470389;REFB=-0.000691206;REVB=0.00137203;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120515;STB=0.512178;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00101165;OID=.;OPOS=228433346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:8:10:14:14:0.583333:8:6:2:6:8:6:4:6 chr1 228434395 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.657;QD=58.0608;RBI=0.0390178;REFB=0;REVB=0.034191;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010116;OID=.;OPOS=228434395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr1 228434467 . T C,G 575.56 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=33,4;DP=37;FAO=36,3;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014872,-0.00207558;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=193.963,154.491;QD=59.0317;RBI=0.0521948,0.0622307;REFB=0,0;REVB=0.0521736,0.0621961;RO=0;SAF=12,3;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00508788,0.0509635;OID=.,.;OPOS=228434467,228434467;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:39:0:0:33,4:36,3:0.923077,0.0769231:21,1:12,3:0:0:22,1:14,2:0:0 chr1 228437772 . G A 150.96 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0140375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5188;QD=11.1821;RBI=0.0363859;REFB=-0.00502839;REVB=0.0335691;RO=35;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502701;STB=0.529381;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00965329;OID=.;OPOS=228437772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:9:10:20:15:9:10:20:15 chr1 228444565 . T A 533.81 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.193;QD=59.3117;RBI=0.047541;REFB=0;REVB=0.0404294;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024656;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:33:36:1:17:16:0:0:20:16:0:0 chr1 228451826 . C T 582.23 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0797697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3889;QD=58.2229;RBI=0.0838037;REFB=-0.0896255;REVB=0.0256876;RO=1;SAF=29;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158949;STB=0.50847;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00436396;OID=.;OPOS=228451826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:10:29:1:0:10:29:1:0 chr1 228452032 . G A 179.7 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00273575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.789;QD=15.2936;RBI=0.0223974;REFB=-0.0149338;REVB=0.0222297;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624681;STB=0.527889;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0136985;OID=.;OPOS=228452032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:19:19:0.404255:13:6:10:17:13:6:10:18 chr1 228456147 . T C 554.67 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0145014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6672;QD=55.467;RBI=0.0328111;REFB=-0.0306111;REVB=-0.0294326;RO=2;SAF=24;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374593;STB=0.51999;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00814725;OID=.;OPOS=228456147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:14:24:2:0:14:24:2:0 chr1 228461129 . A G 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.14;QD=60.5998;RBI=0.00768049;REFB=0;REVB=0.0062343;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36114e-06;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr1 228463292 . G A 131.59 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.236008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6666;QD=15.0389;RBI=0.237485;REFB=0.00683011;REVB=0.0264429;RO=21;SAF=1;SAR=13;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210336;STB=0.543805;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.000375229;OID=.;OPOS=228463292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:20:14:15:0.428571:13:1:3:18:13:2:2:18 chr1 228463433 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00279485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3627;QD=12.8609;RBI=0.0398624;REFB=-0.00890129;REVB=-0.0397643;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162992;STB=0.599679;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00389918;OID=.;OPOS=228463433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:2:6:6:1:2:6 chr1 228464248 . T G 393.83 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.937;QD=56.2614;RBI=0.051965;REFB=0;REVB=0.0369241;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025413;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:14:14:0:0 chr1 228464276 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.378;QD=56.1915;RBI=0.0333773;REFB=0;REVB=0.0276016;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011001;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr1 228467711 . G A 519.88 PASS AF=0.445312;AO=55;DP=124;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0161274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.625;QD=16.2462;RBI=0.0188925;REFB=-0.0289036;REVB=-0.00984049;RO=67;SAF=20;SAR=35;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718729;STB=0.5317;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0365074;OID=.;OPOS=228467711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:67:71:55:57:0.445312:35:20:29:38:36:21:30:41 chr1 228468244 . G A 142.69 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0316779;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.954;QD=12.6834;RBI=0.0344732;REFB=-0.0114195;REVB=-0.0135983;RO=26;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427778;STB=0.773863;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0306816;OID=.;OPOS=228468244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:29:16:16:0.355556:4:12:9:17:4:12:9:20 chr1 228468458 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0120778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.038;QD=18.9482;RBI=0.0136536;REFB=-0.0343998;REVB=0.00636764;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162654;STB=0.509084;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0335615;OID=.;OPOS=228468458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:14:14:13:14:14:14:13:14 chr1 228469870 . C T 494.87 PASS AF=0.514851;AO=49;DP=98;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0385649;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.075;QD=19.5989;RBI=0.0389734;REFB=-0.0315449;REVB=0.00562789;RO=45;SAF=23;SAR=26;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0023697;STB=0.504949;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0267066;OID=.;OPOS=228469870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:45:49:49:52:0.514851:26:23:21:24:26:26:24:25 chr1 228469903 . AG TT 399.29 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00745399;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.364;QD=21.0151;RBI=0.00752486;REFB=-0.00923084;REVB=0.00103033;RO=36;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033419;STB=0.523798;STBP=0.72;TYPE=mnp;VARB=0.00730634;OID=.;OPOS=228469903;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:36:36:39:40:0.526316:18:21:18:18:18:22:18:18 chr1 228475848 . G A 180.46 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00133414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.533;QD=16.0405;RBI=0.0934699;REFB=-0.0171845;REVB=0.0934604;RO=26;SAF=14;SAR=4;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662459;STB=0.548119;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0165293;OID=.;OPOS=228475848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:18:19:0.422222:4:14:19:7:4:15:19:7 chr1 228476414 . G A 178.24 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0302455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9118;QD=23.7654;RBI=0.0400065;REFB=-0.0254244;REVB=0.0261864;RO=12;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481926;STB=0.526996;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0457073;OID=.;OPOS=228476414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:5:13:8:4:5:13:8:4 chr1 228480282 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.155;QD=62.0212;RBI=0.0087363;REFB=0;REVB=-0.00789148;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20965e-05;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:9:33:0:0:9:33:0:0 chr1 228482010 . C T 420.24 PASS AF=0.428571;AO=47;DP=111;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.00718528;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.401;QD=15.0086;RBI=0.00996315;REFB=-0.00542884;REVB=0.00690189;RO=62;SAF=21;SAR=26;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00815528;OID=.;OPOS=228482010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:62:64:47:48:0.428571:26:21:27:35:27:21:28:36 chr1 228492044 . G A 165.84 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.000415063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7965;QD=22.1125;RBI=0.0536285;REFB=-0.0460342;REVB=0.0536269;RO=13;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782386;STB=0.533942;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0389321;OID=.;OPOS=228492044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:13:16:17:0.566667:5:11:10:3:5:12:10:3 chr1 228494696 . G A 260.86 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00464242;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.46;QD=18.9714;RBI=0.0235947;REFB=-0.0337429;REVB=0.0231335;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470588;STB=0.526297;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0243944;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:16:12:13:14:16:12:13:14 chr1 228494790 . G A 293.51 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0131762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.986;QD=19.8987;RBI=0.0134734;REFB=-0.0186967;REVB=0.00281428;RO=28;SAF=9;SAR=22;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165366;STB=0.592349;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0160897;OID=.;OPOS=228494790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:22:9:13:15:22:9:13:15 chr1 228503677 . A G 676.7 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.93;QD=60.1508;RBI=0.0600664;REFB=0.0050152;REVB=-0.0499264;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199884;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000224459;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:21:23:1:0:21:23:1:0 chr1 228504472 . T C 804.62 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8533;QD=64.3692;RBI=0.0556458;REFB=0;REVB=0.0239655;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015953;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830581;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:20:29:1:0:20:30:0:0 chr1 228504670 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0253413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.738;QD=19.0183;RBI=0.0288645;REFB=-0.00636285;REVB=0.0138196;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268408;STB=0.651396;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0133546;OID=.;OPOS=228504670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:11:3:8:7:11:3 chr1 228505204 . G A 288.19 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0303757;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0072;QD=20.9596;RBI=0.0984441;REFB=-0.0584099;REVB=0.0936406;RO=24;SAF=22;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141714;STB=0.592003;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.057439;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:25:30:30:0.545455:8:22:14:10:8:22:14:11 chr1 228505668 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.066;QD=60.9783;RBI=0.0321546;REFB=0;REVB=-0.031645;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125162;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr1 228505699 . T C 185.46 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.8645;QD=46.3656;RBI=0.112579;REFB=0;REVB=0.112417;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00445299;OID=.;OPOS=228505699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr1 228505727 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.029534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.282;QD=12.9748;RBI=0.0295492;REFB=-0.0298912;REVB=0.000948238;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210525;STB=0.621445;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0507788;OID=.;OPOS=228505727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:3:15:8:4:3:15 chr1 228509427 . A G 882.82 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437574;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.4668;QD=57.8896;RBI=0.0437783;REFB=0;REVB=-0.00135241;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274375;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:57:61:1:18:39:0:0:19:42:0:0 chr1 228520973 . C G 278.53 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0460581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1943;QD=22.2821;RBI=0.0473106;REFB=-0.017337;REVB=0.0108144;RO=24;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288315;STB=0.516117;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0257257;OID=.;OPOS=228520973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:16:10:10:14:16:10:10:14 chr1 228524961 . C A 336.3 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0151646;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.958;QD=13.0604;RBI=0.0223122;REFB=-0.0189966;REVB=0.0163668;RO=62;SAF=24;SAR=16;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914207;STB=0.547595;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0321827;OID=.;OPOS=228524961;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:62:63:40:40:0.38835:16:24:32:30:16:24:33:30 chr1 228526665 . T C 2929.9 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.699;QD=63.0085;RBI=0.0592841;REFB=0;REVB=0.00979438;RO=0;SAF=77;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39748e-05;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:186:0:0:186:186:1:109:77:0:0:109:77:0:0 chr1 228528563 . C G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.013;QD=56.9551;RBI=0.0600257;REFB=0;REVB=-0.00380188;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001006;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr1 228548197 . G A 126.67 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.015821;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.431;QD=14.9022;RBI=0.0248855;REFB=-0.0191165;REVB=0.0192089;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123178;STB=0.562417;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0227743;OID=.;OPOS=228548197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:19:14:15:0.441176:8:6:10:8:8:7:11:8 chr1 228550426 . C T 395.85 PASS AF=0.44086;AO=40;DP=89;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0129256;FXX=0.0210504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.1097;QD=17.0256;RBI=0.0194568;REFB=-0.0228657;REVB=0.0145429;RO=49;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828992;STB=0.531101;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0231495;OID=.;OPOS=228550426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:49:52:40:41:0.44086:22:18:18:31:23:18:20:32 chr1 228558891 . CCGGG CCCGG,CCGG,CCGGC,CGG 429.29 PASS AF=0,1,0,0;AO=2,24,2,6;DP=39;FAO=0,37,0,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,0,0;FSAR=0,23,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.340319,0.144422,-0.0277171,-0.19263;FXX=0.0512689;HRUN=3,3,3,3;LEN=1,1,1,2;MLLD=5.50737,15.1493,5.89351,6.59922;QD=46.4101;RBI=0.346887,0.242811,0.169483,0.233349;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0671847,0.195191,0.167201,0.131703;RO=5;SAF=0,4,2,6;SAR=2,20,0,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.384615,0,0.416667;SSSB=-0.64233,-0.207784,0.589598,0.751961;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,del;VARB=0,0.0126513,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=228558893,228558893,228558895,228558892;OREF=G,G,G,CG;OALT=C,-,C,-;OMAPALT=CCCGG,CCGG,CCGGC,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0,0:2,24,2,6:39:0,37,0,0:37:0:0,14,0,0:0,23,0,0:0:0:3:5:0,4,2,6:2,20,0,0:3:2 chr1 228559735 . G A 169.73 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0252459;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9162;QD=11.1297;RBI=0.0253883;REFB=-0.00267452;REVB=-0.00268527;RO=31;SAF=4;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329181;STB=0.670413;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00566673;OID=.;OPOS=228559735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:39:21:22:0.360656:17:4:14:17:18:4:15:24 chr1 228559994 . C T 408.33 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0065148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.495;QD=20.4164;RBI=0.00830371;REFB=-0.0341979;REVB=-0.00514868;RO=39;SAF=13;SAR=28;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063371;STB=0.535001;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0138194;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:28:13:10:29:28:13:10:29 chr1 228560139 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.918;QD=47.8214;RBI=0.0230434;REFB=0;REVB=0.0172924;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269164;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:1:0:15:16:1:5:10:0:1:6:10:0:0 chr1 228560700 . T C 801.27 PASS AF=0.377049;AO=92;DP=243;FAO=92;FDP=244;FR=.;FRO=152;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=62;FSRR=90;FWDB=-0.073773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1363;QD=13.1356;RBI=0.10257;REFB=-0.0233648;REVB=-0.0712606;RO=150;SAF=40;SAR=52;SRF=61;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315879;STB=0.517112;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.040084;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:244:150:152:92:92:0.377049:52:40:61:89:52:40:62:90 chr1 228564884 . G A 305.47 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.041992;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.144;QD=25.997;RBI=0.0509965;REFB=-0.0349449;REVB=0.0289365;RO=19;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177188;STB=0.502391;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0239737;OID=.;OPOS=228564884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:19:20:27:27:0.574468:15:12:8:11:15:12:9:11 chr1 228597103 . C A 154.06 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00223377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.609;QD=14.3315;RBI=0.0118429;REFB=-0.00624825;REVB=0.0116303;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717456;STB=0.541499;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0227142;OID=.;OPOS=228597103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:17:9:7:10:17:9 chr1 228602660 . G C 518.12 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0151665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4031;QD=19.3689;RBI=0.0209379;REFB=-0.0363019;REVB=-0.0144352;RO=53;SAF=21;SAR=33;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470569;STB=0.525957;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0314474;OID=.;OPOS=228602660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:33:21:18:35:33:21:18:35 chr1 228612838 . G T 195.79 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0182968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.4;QD=17.7991;RBI=0.0205978;REFB=-0.0152576;REVB=-0.00946036;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798477;STB=0.545409;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0241703;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:10:10:10:14:10:10:10:14 chr1 228699477 . T C 239.24 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00527768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.238;QD=20.8032;RBI=0.0145619;REFB=-0.0152201;REVB=-0.0135719;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965742;STB=0.565161;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00784507;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:10:13:10:12:10:13:10:13 chr1 228743499 . C A 2237.78 PASS AF=0.979592;AO=141;DP=144;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=96;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0789421;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2112;QD=60.8919;RBI=0.0794834;REFB=-0.178891;REVB=0.00926055;RO=3;SAF=95;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147769;STB=0.507691;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00183239;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:144:147:3:3:141:144:0.979592:46:95:3:0:48:96:3:0 chr1 228783671 . C T 259.02 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00433901;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.583;QD=15.9397;RBI=0.031038;REFB=-0.00511289;REVB=0.0307332;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174591;STB=0.598644;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00447939;OID=.;OPOS=228783671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:11:18:16:20:11:18:16:20 chr1 228871693 . C T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.02246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.167;QD=6.81377;RBI=0.0254491;REFB=-0.00605371;REVB=0.0119669;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253539;STB=0.64662;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0196863;OID=.;OPOS=228871693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:18:19:7:7:0.269231:5:2:9:9:5:2:9:10 chr1 229663064 . GAGGAAAGGA GAGGA,GAGG 177.58 PASS AF=0.857143,0;AO=15,2;DP=19;FAO=18,0;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=4,0;FSAR=14,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0122504,-0.0280213;FXX=0.0454339;HRUN=3,3;LEN=5,6;MLLD=189.563,175.969;QD=33.8247;RBI=0.0371281,0.0341869;REFB=-0.0367109,-0.0278863;REVB=0.0350489,0.0195844;RO=0;SAF=3,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.583234,0.5;STBP=0.114,1;TYPE=del,del;VARB=0.00719472,0;OID=.,.;OPOS=229663065,229663068;OREF=AGGAA,AAAGGA;OALT=-,-;OMAPALT=GAGGA,GAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143,0:15,2:19:18,0:21:3:4,0:14,0:2:1:13:0:3,1:12,1:0:0 chr1 229730452 . G A 113.84 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00161802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1671;QD=18.2135;RBI=0.00681813;REFB=-0.0514271;REVB=-0.00662336;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322932;STB=0.51849;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0289848;OID=.;OPOS=229730452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:6:6:7:6:6:6 chr1 229737680 . C T 141.92 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0104717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.144;QD=9.62151;RBI=0.0136686;REFB=-0.013495;REVB=-0.00878488;RO=39;SAF=5;SAR=14;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160688;STB=0.589374;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0351284;OID=.;OPOS=229737680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:14:5:15:24:14:5:15:25 chr1 229738170 . T G 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.058;QD=59.4993;RBI=0.0235473;REFB=0;REVB=0.0188642;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107387;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr1 229738235 . C CA 750.04 PASS AF=1;AO=6;DP=52;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751982;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=114.683;QD=61.2281;RBI=0.0760514;REFB=0;REVB=0.0113601;RO=46;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259921;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.39307e-05;OID=.;OPOS=229738236;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:52:49:49:0:17:32:0:0:4:46:1:5:16:30 chr1 229738236 . G A 579.43 PASS AF=0.867925;AO=46;DP=53;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00245237;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=137.264;QD=43.7302;RBI=0.0197726;REFB=-0.196081;REVB=0.0196199;RO=7;SAF=16;SAR=30;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568921;STB=0.530374;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00194133;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:53:53:7:7:46:46:0.867925:30:16:1:6:30:16:1:6 chr1 229772693 . T G 208.44 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0133099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.324;QD=41.6877;RBI=0.0311224;REFB=-0.110792;REVB=0.0281327;RO=2;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338663;STB=0.518498;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00530564;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:12:6:1:1:12:6:1:1 chr1 229772932 . A G 318.22 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0197207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.272;QD=15.3359;RBI=0.024413;REFB=-0.0191798;REVB=-0.0143907;RO=47;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176266;STB=0.604052;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0266006;OID=.;OPOS=229772932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:48:35:35:0.421687:17:18:16:31:17:18:16:32 chr1 229773441 . C T 272.37 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0215643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4807;QD=13.1264;RBI=0.0235298;REFB=0.00116889;REVB=0.00941447;RO=49;SAF=14;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106288;STB=0.568378;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00222909;OID=.;OPOS=229773441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:51:31:32:0.385542:17:14:27:22:18:14:28:23 chr1 229773702 . G A 247.38 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0106294;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.849;QD=13.3719;RBI=0.0214148;REFB=-0.0350269;REVB=0.0185906;RO=42;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672959;STB=0.544156;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0484077;OID=.;OPOS=229773702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:45:29:29:0.391892:15:14:23:19:15:14:25:20 chr1 229790048 . A G 2404.52 PASS AF=0.987578;AO=159;DP=161;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00535582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8179;QD=59.7397;RBI=0.029307;REFB=0.0321705;REVB=-0.0288135;RO=2;SAF=69;SAR=90;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00158816;STB=0.500835;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00317622;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:161:2:2:159:159:0.987578:90:69:1:1:90:69:1:1 chr1 230384937 . T C 165.02 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00506953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.345;QD=12.4541;RBI=0.0280877;REFB=-0.0235696;REVB=0.0276264;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181891;STB=0.605717;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0416014;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:13:7:17:16:13:7:17:16 chr1 230415148 . G A 216.44 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00694006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.544;QD=13.3194;RBI=0.00758544;REFB=-0.0162251;REVB=0.00306179;RO=39;SAF=7;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323686;STB=0.686028;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0352257;OID=.;OPOS=230415148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:19:7:22:17:19:7:22:17 chr1 230415293 . C T 127.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0177281;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.18;QD=18.9404;RBI=0.0294261;REFB=-0.00194511;REVB=-0.0234864;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106175;STB=0.560356;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00166503;OID=.;OPOS=230415293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:4:9:8:6:4:9 chr1 230416319 . A C 538.67 PASS AF=0.432836;AO=57;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00060736;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.329;QD=16.0798;RBI=0.00190381;REFB=-0.0251441;REVB=-0.00180433;RO=75;SAF=27;SAR=30;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470107;STB=0.524683;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0295195;OID=.;OPOS=230416319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:75:76:57:58:0.432836:30:27:39:36:30:28:40:36 chr1 230417557 . T C 375.47 PASS AF=0.933333;AO=24;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00198405;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.143;QD=50.0623;RBI=0.0239053;REFB=-0.0654838;REVB=0.0238229;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319609;STB=0.53331;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0012306;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:30:30:1:2:24:28:0.933333:10:14:1:0:14:14:2:0 chr1 230417560 . A G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6446;QD=57.1992;RBI=0.0451969;REFB=0;REVB=0.0217084;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843868;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr1 230461079 . G A 803.82 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213393;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.394;QD=57.4154;RBI=0.0733532;REFB=0;REVB=0.0701807;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288685;OID=.;OPOS=230461079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr1 230810756 . T A 271.13 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00978028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.764;QD=15.493;RBI=0.00982941;REFB=-0.0082309;REVB=-0.000981516;RO=39;SAF=22;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267867;STB=0.657035;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0124022;OID=.;OPOS=230810756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:39:30:31:0.442857:8:22:19:20:8:23:19:20 chr1 230829139 . A G 105.31 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.043448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.707;QD=11.0854;RBI=0.0866631;REFB=-0.00621499;REVB=0.074985;RO=24;SAF=2;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408339;STB=0.761917;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0125489;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:11:2:11:13:11:2:12:13 chr1 230841687 . T C,G 1284.65 PASS AF=0.954023,0.0344828;AO=79,7;DP=87;FAO=83,3;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=48,0;FSAR=35,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00503558,-0.00446876;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.7256,20.7789;QD=59.0645;RBI=0.048558,0.034372;REFB=-0.0812171,-0.019085;REVB=-0.0482962,-0.0340803;RO=0;SAF=48,0;SAR=31,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.507041,0.5;STBP=0.282,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00127498,0.1336;OID=.,.;OPOS=230841687,230841687;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:87:87:0:1:79,7:83,3:0.954023,0.0344828:31,7:48,0:0:0:35,3:48,0:0:1 chr1 230845794 . A G 650.94 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.694;QD=61.9946;RBI=0.026095;REFB=0;REVB=-0.0246714;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.62928e-05;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr1 230898494 . C T 598.15 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0203964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.865;QD=25.727;RBI=0.0206015;REFB=-0.00132979;REVB=-0.00289983;RO=39;SAF=24;SAR=30;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467677;STB=0.525538;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000994105;OID=.;OPOS=230898494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:39:54:54:0.580645:30:24:15:24:30:24:15:24 chr1 230914729 . A C 338.71 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00149561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.634;QD=25.0895;RBI=0.0179554;REFB=-0.02279;REVB=-0.017893;RO=20;SAF=20;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00436034;STB=0.505297;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00957191;OID=.;OPOS=230914729;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:20:21:33:33:0.611111:13:20:12:8:13:20:13:8 chr1 230974609 . C T 1314.62 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.784;QD=61.8644;RBI=0.0304672;REFB=0;REVB=0.0297112;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79825e-05;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:34:49:0:0:34:51:0:0 chr1 231057246 . GA G,GC,GT 763.12 PASS AF=0.0181818,0.0181818,0.963636;AO=10,2,40;DP=55;FAO=1,1,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,23;FSAR=1,1,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515851,0.101308,0.153183;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=26.9965,17.0323,64.0537;QD=55.4997;RBI=0.0765416,0.175191,0.155838;REFB=0,0,0;REVB=0.0565473,0.142928,0.0286467;RO=1;SAF=3,0,18;SAR=7,2,22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.126911,-0.697199,-0.0253417;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00422042,0.0160453,0.000121454;OID=.,.,.;OPOS=231057247,231057247,231057247;OREF=A,A,A;OALT=-,C,T;OMAPALT=G,GC,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0181818,0.0181818,0.963636:10,2,40:55:1,1,53:55:0:0,0,23:1,1,30:0:0:5:1:3,0,18:7,2,22:1:0 chr1 231057248 . C T 86.57 PASS AF=0.236364;AO=11;DP=52;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0839154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5059;QD=6.2962;RBI=0.0844678;REFB=-0.0405532;REVB=0.00964437;RO=41;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959717;STB=0.617722;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0916531;OID=.;OPOS=231057248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:52:55:41:42:11:13:0.236364:7:4:18:23:9:4:19:23 chr1 231473068 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.936;QD=16.199;RBI=8.78061e-05;REFB=-0.0230846;REVB=8.78061e-05;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.020507;OID=.;OPOS=231473068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:5:0:0:3:5:0:0:3 chr1 231488524 . C T 898.58 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0479242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0466;QD=55.2975;RBI=0.0487468;REFB=-0.120704;REVB=0.00891762;RO=1;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116608;STB=0.506022;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00292907;OID=.;OPOS=231488524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:65:65:1:1:63:64:0.984615:40:23:0:1:41:23:0:1 chr1 231903010 . C T 260.12 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00070573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.378;QD=24.7731;RBI=0.0314435;REFB=-0.0203565;REVB=-0.0314356;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117313;STB=0.565163;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0205673;OID=.;OPOS=231903010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:13:11:11:7:13:11:11:7 chr1 231906589 . C T 137.35 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0298145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.852;QD=11.2124;RBI=0.0452007;REFB=-0.00849963;REVB=-0.0339734;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881603;STB=0.552364;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.031599;OID=.;OPOS=231906589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:7:9:16:17:7:9:16:17 chr1 232534957 . T C 315.35 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0545883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.458;QD=18.5501;RBI=0.0600766;REFB=-0.0363721;REVB=0.025086;RO=34;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108399;STB=0.560462;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0307428;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:21:13:17:17:21:13:17:17 chr1 232539219 . C T 305.39 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00977254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7889;QD=17.7035;RBI=0.0171957;REFB=-0.0399329;REVB=-0.0141489;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107369;STB=0.566889;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0395619;OID=.;OPOS=232539219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:15:18:15:20:15:18:15:21 chr1 232574921 . T C 190.88 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0684544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6531;QD=11.5687;RBI=0.0686437;REFB=0.00129311;REVB=0.00509414;RO=41;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126174;STB=0.581326;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00398606;OID=.;OPOS=232574921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:9:15:21:20:9:15:21:21 chr1 232650750 . A G 1194.75 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292514;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.877;QD=60.4937;RBI=0.0315208;REFB=0;REVB=-0.0117438;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754285;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:48:28:0:0:49:30:0:0 chr1 232650867 . C T 152.8 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0200544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.313;QD=16.9781;RBI=0.039355;REFB=-0.0355222;REVB=-0.033862;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405501;STB=0.761475;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0267228;OID=.;OPOS=232650867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:35:36:18:19:11:12:0.333333:3:8:6:12:3:9:6:13 chr1 232944569 . C T 154.82 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0137048;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.953;QD=14.0745;RBI=0.0150849;REFB=-0.0104976;REVB=-0.0063033;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234306;STB=0.646886;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0223401;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:27:17:17:0.386364:6:11:12:16:6:11:11:16 chr1 232944926 . A T 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00551007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.635;QD=15.3799;RBI=0.00559;REFB=-0.022084;REVB=-0.000941904;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378846;STB=0.731348;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0250489;OID=.;OPOS=232944926;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:8:4:10:3:8:4:11:3 chr1 232967889 . T C 613.1 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.481;QD=61.3104;RBI=0.0258552;REFB=0;REVB=0.0123097;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52148e-05;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:29:10:0:0:29:11:0:0 chr1 233086456 . T C 114.49 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.13493;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0216;QD=8.17802;RBI=0.137764;REFB=-0.0128359;REVB=-0.027801;RO=40;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167898;STB=0.599886;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.028539;OID=.;OPOS=233086456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:40:40:16:16:0.285714:10:6:10:30:10:6:10:30 chr1 233120192 . G A 242.05 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0155606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.964;QD=22.0049;RBI=0.0202597;REFB=-0.0231771;REVB=0.0129739;RO=19;SAF=2;SAR=21;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463253;STB=0.777469;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.022602;OID=.;OPOS=233120192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:21:23:23:0.522727:21:2:8:11:21:2:9:12 chr1 233121791 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00866802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.585;QD=13.5052;RBI=0.0193178;REFB=-0.00098354;REVB=-0.0172639;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448506;STB=0.762282;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00157329;OID=.;OPOS=233121791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:9:3:12:5:9:3:12:5 chr1 233122127 . C T 154.71 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00416681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.935;QD=14.7338;RBI=0.00417058;REFB=-0.0161966;REVB=0.000177463;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507581;STB=0.529377;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.028656;OID=.;OPOS=233122127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:12:13:8:9:12:13 chr1 233134086 . C T 393.45 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=101;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00868215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.79;QD=15.4295;RBI=0.0187954;REFB=-0.0223173;REVB=0.01667;RO=57;SAF=16;SAR=27;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141938;STB=0.575736;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0202484;OID=.;OPOS=233134086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:57:58:43:44:0.431373:27:16:29:28:27:17:30:28 chr1 233515413 . G A 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0106646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.79;QD=10.6681;RBI=0.0374746;REFB=-0.00664865;REVB=-0.0359251;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409998;STB=0.749464;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0210866;OID=.;OPOS=233515413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:2:8:8:10:2:8:8:10 chr1 233518983 . G GT,T 501.42 PASS AF=0.419355,0;AO=53,6;DP=157;FAO=65,0;FDP=155;FR=.;FRO=90;FSAF=25,0;FSAR=40,0;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0241418,-0.0293962;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=22.5905,27.7807;QD=12.9398;RBI=0.025118,0.0675984;REFB=-0.0329964,-0.0184836;REVB=-0.00693444,-0.060872;RO=98;SAF=18,2;SAR=35,4;SRF=51;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.210229,-0.18274;STB=0.562099,0.5;STBP=0.217,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0395366,0;OID=.,.;OPOS=233518984,233518983;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:98:90:53,6:65,0:0.419355,0:35,4:18,2:51:47:40,0:25,0:44:46 chr1 233518998 . C T 568.19 PASS AF=0.421053;AO=64;DP=149;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.00607016;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.277;QD=14.9523;RBI=0.042368;REFB=-0.00898735;REVB=-0.0419309;RO=83;SAF=26;SAR=38;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114252;STB=0.54852;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0183789;OID=.;OPOS=233518998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:83:88:64:64:0.421053:38:26:43:40:38:26:43:45 chr1 233520845 . T C 120.84 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00501166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.952;QD=14.6466;RBI=0.00510507;REFB=-0.0107208;REVB=0.000972119;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971452;STB=0.556441;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0167683;OID=.;OPOS=233520845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:10:9:8:6:10:9 chr1 233520860 . T A 31.26 PASS AF=0.147059;AO=5;DP=34;FAO=5;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0763184;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.4155;QD=3.67786;RBI=0.113792;REFB=-0.0182094;REVB=0.0844043;RO=21;SAF=2;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197248;STB=0.614004;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0120342;OID=.;OPOS=233520860;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:21:28:5:5:0.147059:3:2:12:9:3:2:15:13 chr1 233785716 . T G 527.45 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0450451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.418;QD=24.5328;RBI=0.0450681;REFB=-0.0207353;REVB=0.00143816;RO=36;SAF=31;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849634;STB=0.54167;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0154901;OID=.;OPOS=233785716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:37:49:49:0.569767:18:31:19:17:18:31:20:17 chr1 234040897 . G A 505.04 PASS AF=0.585366;AO=47;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.016853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.791;QD=24.6359;RBI=0.016853;REFB=-0.0213372;REVB=-1.92265e-05;RO=35;SAF=15;SAR=32;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210438;STB=0.504585;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0143149;OID=.;OPOS=234040897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:34:47:48:0.585366:32:15:12:23:32:16:11:23 chr1 234509259 . G C 695.94 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8036;QD=61.8612;RBI=0.0814577;REFB=0;REVB=0.0785167;RO=0;SAF=34;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165766;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:10:34:0:0:10:35:0:0 chr1 234509972 . A G 414.46 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0242109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.932;QD=21.8136;RBI=0.0304871;REFB=-0.0105541;REVB=0.0185282;RO=34;SAF=20;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100291;STB=0.512189;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0097896;OID=.;OPOS=234509972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:21:20:17:17:21:20:18:17 chr1 234529552 . C T 196.1 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.030638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.325;QD=18.2416;RBI=0.0360791;REFB=-0.0316638;REVB=0.019053;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814281;STB=0.555765;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0169409;OID=.;OPOS=234529552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:11:9:8:14:11:9:8:15 chr1 234529570 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.0109689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.227;QD=12.3283;RBI=0.0222464;REFB=0.00314029;REVB=-0.0193542;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396301;STB=0.724118;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00548119;OID=.;OPOS=234529570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:1:16:7:4:1:16 chr1 234546245 . C T 225.29 PASS AF=0.6;AO=17;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0264656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0024;QD=25.7477;RBI=0.0308413;REFB=0.0130229;REVB=-0.0158353;RO=10;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810739;STB=0.55314;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0154131;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:10:13:17:21:0.6:5:12:6:4:7:14:7:6 chr1 234563060 . T C 738.99 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.062;QD=54.7402;RBI=0.0412305;REFB=-0.103918;REVB=0.0358709;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149574;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000631333;OID=.;OPOS=234563060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:22:31:1:0:22:31:1:0 chr1 234606998 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.308;QD=46.848;RBI=0.0638887;REFB=0;REVB=-0.00369275;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631154;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr1 235040004 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.02823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.939;QD=14.6502;RBI=0.0314808;REFB=-0.0206224;REVB=-0.0139323;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295851;STB=0.683291;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0220008;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:5:9:6:12:5:9:6:13 chr1 235652513 . T C 209.23 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0343237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6968;QD=13.7199;RBI=0.0479695;REFB=-0.0228142;REVB=0.0335105;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147297;STB=0.584027;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0341899;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:11:14:15:21:11:14:15:21 chr1 235705001 . G T 1108.36 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00144922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3057;QD=57.5774;RBI=0.0164871;REFB=-0.101568;REVB=-0.0164233;RO=2;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219966;STB=0.511625;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0160285;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:42:33:0:2:42:33:0:2 chr1 235715523 . A G 710.41 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.801;QD=54.6466;RBI=0.0386072;REFB=-0.101752;REVB=-0.00604531;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.507689;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00128765;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:32:19:0:0:32:19:0:1 chr1 236175327 . C A 696.59 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0728932;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.489;QD=54.6346;RBI=0.0728944;REFB=-0.103384;REVB=0.000414621;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192104;STB=0.5102;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000296568;OID=.;OPOS=236175327;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:26:24:1:0:26:24:1:0 chr1 236175339 . T C 657.74 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0383741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5765;QD=59.7946;RBI=0.0396805;REFB=-0.167333;REVB=-0.0100984;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00574001;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:1:0:20:23:1:0 chr1 236208773 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.521;QD=58.5873;RBI=0.0185754;REFB=0;REVB=-0.0182192;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00528e-05;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr1 236381825 . G C 722.05 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6435;QD=56.6316;RBI=0.0319238;REFB=0;REVB=0.0278017;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014879;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:23:28:0:0 chr1 236389999 . C T 689.98 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.564;QD=61.3318;RBI=0.0239102;REFB=0;REVB=0.0237859;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129337;OID=.;OPOS=236389999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:44:45:1:21:23:0:1:22:23:0:0 chr1 236557771 . G A 552.39 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000789984;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.663;QD=55.2389;RBI=0.0121828;REFB=-0.0869661;REVB=0.0121571;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253186;STB=0.501319;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000710776;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:20:18:1:0:20:18:1:1 chr1 236557804 . G A 79.48 PASS AF=0.25;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0771081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4455;QD=7.22525;RBI=0.105122;REFB=-0.0183073;REVB=-0.071449;RO=29;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19343;STB=0.655607;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0442678;OID=.;OPOS=236557804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:40:44:29:33:11:11:0.25:5:6:11:18:5:6:11:22 chr1 236702210 . A G 297.8 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0174637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6749;QD=15.8829;RBI=0.0260602;REFB=-0.00905118;REVB=0.0193431;RO=42;SAF=15;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068863;STB=0.538811;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00933207;OID=.;OPOS=236702210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:18:15:22:20:18:15:22:20 chr1 236706278 . G T 227.27 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0241551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.395;QD=15.6738;RBI=0.0243535;REFB=-0.00861926;REVB=-0.00310252;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070653;STB=0.503997;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00659462;OID=.;OPOS=236706278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:14:12:15:17:14:12:15:17 chr1 236706283 . G A 218.03 PASS AF=0.446429;AO=26;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0413067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4847;QD=15.5739;RBI=0.0694314;REFB=0.0046262;REVB=-0.0558075;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240421;STB=0.506507;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0106892;OID=.;OPOS=236706283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:31:26:25:0.446429:15:11:13:16:14:11:14:17 chr1 236706300 . T A 220.9 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0258255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.566;QD=18.033;RBI=0.0417805;REFB=-0.0100839;REVB=-0.0328428;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262375;STB=0.514912;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0184537;OID=.;OPOS=236706300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:13:14:12:10:13:14 chr1 236706780 . C T 359.0 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00894925;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.851;QD=19.4053;RBI=0.0496631;REFB=-0.00111214;REVB=-0.0488501;RO=37;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245114;STB=0.513626;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.000922647;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:37:37:37:0.5:20:17:16:21:20:17:16:21 chr1 236706862 . G C 545.1 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0351505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0111;QD=21.1691;RBI=0.0390282;REFB=-0.0124263;REVB=0.0169601;RO=48;SAF=26;SAR=29;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122437;STB=0.50673;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.010311;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:48:55:55:0.533981:29:26:22:26:29:26:22:26 chr1 236719135 . T C 602.49 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5031;QD=60.2487;RBI=0.00661977;REFB=0;REVB=0.00567156;RO=0;SAF=34;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327549;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:5:34:0:0:6:34:0:0 chr1 236721610 . G A 72.24 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0139616;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5941;QD=9.63207;RBI=0.0382318;REFB=-0.00977565;REVB=-0.0355913;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549448;STB=0.533267;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0589329;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:31:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:9:11:5:5:9:11 chr1 236721660 . T C 153.35 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00681445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.547;QD=13.9408;RBI=0.0405252;REFB=-0.0137287;REVB=0.0399482;RO=27;SAF=3;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416129;STB=0.74576;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.043192;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:14:3:14:13:14:3:14:13 chr1 236721731 . T C 750.45 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9956;QD=54.578;RBI=0.0644408;REFB=-0.119271;REVB=0.0619866;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171263;STB=0.5098;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00389364;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:55:1:1:52:54:0.981818:27:25:0:1:29:25:1:0 chr1 236723074 . G C 219.78 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0251881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.943;QD=11.8799;RBI=0.0272127;REFB=-0.00754854;REVB=0.0103;RO=47;SAF=12;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962455;STB=0.555514;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00863509;OID=.;OPOS=236723074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:15:12:25:22:15:12:25:22 chr1 236723108 . C T 143.4 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0102504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.057;QD=8.43554;RBI=0.0102993;REFB=-0.0297658;REVB=0.00100244;RO=47;SAF=8;SAR=12;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131194;STB=0.585713;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0639595;OID=.;OPOS=236723108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:48:20:20:0.294118:12:8:24:23:12:8:25:23 chr1 236724504 . G A 42.03 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0132181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.023;QD=8.84856;RBI=0.0156383;REFB=-0.00234544;REVB=0.00835689;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535609;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00518119;OID=.;OPOS=236724504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:19:19:12:12:6:7:0.368421:4:2:4:8:5:2:4:8 chr1 236732427 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00763376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.608;QD=13.7525;RBI=0.00975517;REFB=-0.00875979;REVB=-0.00607363;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202117;STB=0.619542;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0323284;OID=.;OPOS=236732427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:12:3:8:15:12:3:8:15 chr1 236737983 . A G 523.26 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0242189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.638;QD=18.6878;RBI=0.0245012;REFB=-0.0171884;REVB=-0.00370843;RO=57;SAF=17;SAR=38;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131138;STB=0.572837;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0225199;OID=.;OPOS=236737983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:55:55:0.491071:38:17:25:32:38:17:25:32 chr1 236746443 . C T 506.22 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0139278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.951;QD=25.6316;RBI=0.0221202;REFB=-0.0250646;REVB=0.0171849;RO=32;SAF=29;SAR=18;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289738;STB=0.657982;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0124614;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:32:47:47:0.594937:18:29:7:25:18:29:7:25 chr1 236748433 . G A 188.87 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.011759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.175;QD=11.1099;RBI=0.0464739;REFB=-0.0193193;REVB=-0.0449616;RO=44;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684179;STB=0.539768;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0405428;OID=.;OPOS=236748433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:14:10:21:23:14:10:21:23 chr1 236748505 . T C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0159993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.543;QD=10.9407;RBI=0.0269352;REFB=-0.00653496;REVB=0.0216686;RO=19;SAF=1;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499997;STB=0.825715;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0189551;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:10:1:8:11:10:1:9:11 chr1 236749626 . C T 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0144596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7902;QD=21.9716;RBI=0.040291;REFB=-0.0340461;REVB=-0.037607;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525437;STB=0.529387;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0318438;OID=.;OPOS=236749626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:14:9:7:14:14:9:7:14 chr1 236749730 . C T 120.2 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0592504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3845;QD=14.1416;RBI=0.0599563;REFB=-0.00731094;REVB=-0.00917348;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192804;STB=0.636159;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00484212;OID=.;OPOS=236749730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:20:14:14:0.411765:10:4:8:9:10:4:10:10 chr1 236755837 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.012665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.534;QD=11.0197;RBI=0.0238936;REFB=-0.00160789;REVB=-0.0202608;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270951;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:4:4:3:3:4:4 chr1 236758887 . T C 132.56 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0351143;FXX=0.0850883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.081;QD=12.3308;RBI=0.0403843;REFB=-0.0302573;REVB=0.0199469;RO=28;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181641;STB=0.605931;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0598192;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:43:28:28:15:15:0.348837:9:6:7:21:9:6:7:21 chr1 236767330 . A G 394.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00362401;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.739;QD=19.4934;RBI=0.0258063;REFB=-0.0254595;REVB=-0.0255506;RO=40;SAF=19;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505879;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0220266;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:40:40:0.493827:21:19:19:21:21:19:19:22 chr1 236882303 . T C 855.13 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00395098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.912;QD=56.0741;RBI=0.0516703;REFB=-0.153579;REVB=0.051519;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000983513;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:38:22:0:0:38:22:0:1 chr1 236883421 . C T 785.64 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.912;QD=64.1337;RBI=0.00870345;REFB=0;REVB=0.00406874;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01392e-05;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr1 236898942 . G C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0160455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.809;QD=14.3345;RBI=0.0179379;REFB=0.0035057;REVB=-0.00801937;RO=25;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322092;STB=0.700347;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.012435;OID=.;OPOS=236898942;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:13:4:13:12:13:4:14:12 chr1 236899899 . TC T 107.35 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0384101;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.7361;QD=5.88229;RBI=0.169224;REFB=-0.00979726;REVB=-0.164807;RO=32;SAF=10;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142774;STB=0.56643;STBP=0.376;TYPE=del;VARB=-0.0299893;OID=.;OPOS=236899900;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424658:31:74:31:73:42:10:21:18:24:99:32:10:21:15:17 chr1 236911004 . C T 328.49 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0267024;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6942;QD=20.5306;RBI=0.0340142;REFB=-0.0329772;REVB=-0.0210701;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894292;STB=0.531232;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.034553;OID=.;OPOS=236911004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:29:30:33:34:0.53125:16:17:18:11:17:17:17:13 chr1 236925844 . G A 1398.64 PASS AF=0.600939;AO=128;DP=213;FAO=128;FDP=213;FR=.;FRO=85;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=0.00995717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.95;QD=26.2656;RBI=0.0170065;REFB=-0.0184909;REVB=-0.0137868;RO=85;SAF=58;SAR=70;SRF=28;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930654;STB=0.550269;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00955822;OID=.;OPOS=236925844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:85:85:128:128:0.600939:70:58:28:57:70:58:28:57 chr1 236926445 . T C 246.31 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.000718531;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.651;QD=19.3185;RBI=0.0161655;REFB=-0.0338585;REVB=0.0161496;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572013;STB=0.531957;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0273512;OID=.;OPOS=236926445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:15:11:9:16:15:11:9:16 chr1 237054569 . A G 1356.74 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.538;QD=62.3788;RBI=0.0152096;REFB=0;REVB=0.0130388;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66286e-06;OID=.;OPOS=237054569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:41:44:0:0:43:44:0:0 chr1 237058744 . C A 1097.22 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.139;QD=60.1218;RBI=0.0855335;REFB=0;REVB=0.0661773;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363634;OID=.;OPOS=237058744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:41:30:0:0:42:31:0:0 chr1 237058828 . C T 428.71 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.705;QD=57.1611;RBI=0.107124;REFB=0;REVB=0.00893192;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558154;OID=.;OPOS=237058828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:20:10:0:0 chr1 237061056 . A C 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.271;QD=53.2683;RBI=0.0023015;REFB=0;REVB=8.64206e-05;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12916e-05;OID=.;OPOS=237061056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr1 237063504 . A G 803.47 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.128;QD=64.2776;RBI=0.0487494;REFB=0;REVB=0.0142984;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363572;OID=.;OPOS=237063504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:23:27:0:0 chr1 237433625 . C T 729.57 PASS AF=0.555556;AO=69;DP=125;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0144417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.534;QD=23.1611;RBI=0.018922;REFB=-0.0340023;REVB=-0.0122261;RO=56;SAF=24;SAR=45;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243101;STB=0.508597;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0202277;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:56:56:69:70:0.555556:45:24:21:35:45:25:21:35 chr1 237617757 . C T 942.07 PASS AF=0.970588;AO=63;DP=65;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0300928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.69;QD=55.4158;RBI=0.0305286;REFB=-0.0362751;REVB=0.00514011;RO=2;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00624921;STB=0.502278;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00130584;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:68:2:2:63:66:0.970588:38:25:1:1:38:28:1:1 chr1 237711797 . A G 905.28 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0722532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1851;QD=56.5802;RBI=0.0908727;REFB=-0.148183;REVB=0.0551118;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00419932;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:35:28:0:0:35:28:0:1 chr1 237766753 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.344;QD=59.8366;RBI=0.0434534;REFB=0;REVB=-0.0155683;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146323;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr1 237801770 . T C 1181.59 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0332434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9025;QD=58.3503;RBI=0.0415665;REFB=-0.114593;REVB=0.0249531;RO=1;SAF=26;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178571;STB=0.518514;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00611127;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:1:2:79:79:0.975309:53:26:1:0:53:26:2:0 chr1 237814783 . C T 179.68 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171843;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.476;QD=47.9138;RBI=0.028659;REFB=0;REVB=-0.0229355;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000426161;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 237863718 . T G 489.79 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0010368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.963;QD=55.9764;RBI=0.0189425;REFB=-0.0311439;REVB=0.0189141;RO=1;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190857;STB=0.510198;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00195625;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:24:10:0:1:24:10:0:1 chr1 237881770 . C T 1988.88 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.712;QD=62.1526;RBI=0.019131;REFB=0;REVB=-0.0162312;RO=0;SAF=66;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.97857e-06;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:126:128:1:60:66:0:0:61:67:0:0 chr1 237890437 . C T 1379.59 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00376758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8078;QD=61.3152;RBI=0.00435452;REFB=-0.0979461;REVB=-0.00218338;RO=1;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101908;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00245949;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:88:89:0.988889:46:42:0:1:47:42:0:1 chr1 237997087 . A G 229.23 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0584218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.319;QD=29.5785;RBI=0.0645985;REFB=-0.0241466;REVB=0.0275656;RO=10;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105038;STB=0.558083;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0134313;OID=.;OPOS=237997087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:14:7:5:5:14:7:5:5 chr1 238107035 . C G 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0100898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.374;QD=21.1302;RBI=0.0144447;REFB=-0.0132264;REVB=-0.0103365;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107592;STB=0.560291;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0134289;OID=.;OPOS=238107035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:7:14:12:10:7:14 chr1 238109695 . A G 94.45 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0887389;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.721;QD=18.8891;RBI=0.0887782;REFB=-0.027337;REVB=0.00264088;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512816;STB=0.52936;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0139989;OID=.;OPOS=238109695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:2:7:8:3:2:7 chr1 238114860 . G A 204.16 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0292568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.055;QD=10.4695;RBI=0.0296239;REFB=-0.00245918;REVB=-0.00464919;RO=51;SAF=13;SAR=13;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100466;STB=0.551243;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00615487;OID=.;OPOS=238114860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:52:26:26:0.333333:13:13:30:21:13:13:30:22 chr1 238114934 . G A 259.33 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00313601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.204;QD=14.2099;RBI=0.0044756;REFB=-0.00307115;REVB=0.00319318;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127407;STB=0.580709;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00317748;OID=.;OPOS=238114934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:43:29:30:0.410959:15:14:26:17:16:14:26:17 chr1 238114936 . A G 205.36 PASS AF=0.361111;AO=29;DP=71;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00243678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.731;QD=11.4088;RBI=0.0252066;REFB=-0.0121819;REVB=0.0250885;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148733;STB=0.59315;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00995119;OID=.;OPOS=238114936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:46:29:26:0.361111:15:14:24:14:14:12:28:18 chr1 240073226 . C T 477.42 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0222612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.808;QD=22.2055;RBI=0.0298545;REFB=-0.0245018;REVB=0.019893;RO=40;SAF=16;SAR=30;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256602;STB=0.641486;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00937907;OID=.;OPOS=240073226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:30:16:26:14:30:16:26:14 chr1 240074981 . A G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.101917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0068;QD=17.2291;RBI=0.11;REFB=-0.022088;REVB=0.0413869;RO=6;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492481;STB=0.79459;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0384897;OID=.;OPOS=240074981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:7:1:4:2:7:1:4:2 chr1 240076975 . G A 192.67 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0215891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.5554;QD=23.3534;RBI=0.0828995;REFB=-0.0312428;REVB=0.080039;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705339;STB=0.541358;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0237237;OID=.;OPOS=240076975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:13:14:18:19:0.575758:8:10:6:7:9:10:6:8 chr1 240077023 . A G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00180326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.562;QD=21.0153;RBI=0.0197133;REFB=-0.0225469;REVB=0.0196307;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51722;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.016636;OID=.;OPOS=240077023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:8:8:6:6:8:8:7:6 chr1 240341268 . A G 128.67 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0305413;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1737;QD=8.3013;RBI=0.0925398;REFB=0.0033131;REVB=0.0873547;RO=44;SAF=4;SAR=14;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14601;STB=0.588679;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00310205;OID=.;OPOS=240341268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:44:44:18:18:0.290323:14:4:14:30:14:4:14:30 chr1 240492734 . G A 1047.58 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375125;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.81;QD=59.8618;RBI=0.0387068;REFB=0;REVB=0.00954104;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84921e-05;OID=.;OPOS=240492734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:41:28:0:0:42:28:0:0 chr1 240497265 . A C 1524.75 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.664;QD=63.5314;RBI=0.0633847;REFB=0;REVB=-0.00458535;RO=0;SAF=34;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5877e-05;OID=.;OPOS=240497265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:62:34:0:0:62:34:0:0 chr1 240939104 . G A 222.26 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0111899;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.548;QD=16.4634;RBI=0.0161466;REFB=0.00268164;REVB=0.0116405;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259277;STB=0.611801;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00337963;OID=.;OPOS=240939104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:29:25:25:0.462963:17:8:17:12:17:8:15:14 chr1 240939152 . A G 199.71 PASS AF=0.5;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0407092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.893;QD=19.9712;RBI=0.0409763;REFB=-0.0467343;REVB=0.00467089;RO=20;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111802;STB=0.532225;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0409327;OID=.;OPOS=240939152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:19:20:0.5:15:4:6:14:15:5:6:14 chr1 241712134 . C T 525.79 PASS AF=0.4;AO=58;DP=145;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=31;FWDB=-0.00557582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.522;QD=14.5045;RBI=0.0208501;REFB=-0.00984687;REVB=-0.0200907;RO=87;SAF=41;SAR=17;SRF=56;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779438;STB=0.544082;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0179679;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:87:87:58:58:0.4:17:41:56:31:17:41:56:31 chr1 241907817 . T C 304.72 PASS AF=0.471429;AO=31;DP=68;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00378186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.278;QD=17.4123;RBI=0.00876149;REFB=0.0039564;REVB=0.00790325;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394976;STB=0.535692;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00396075;OID=.;OPOS=241907817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:37:37:31:33:0.471429:18:13:17:20:20:13:17:20 chr1 242030151 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0148432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.424;QD=11.9196;RBI=0.109475;REFB=-0.00960841;REVB=0.108464;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757329;STB=0.54533;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00809202;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:7:2:2:5:7:2 chr1 242042374 . G C 226.33 PASS AF=0.261905;AO=33;DP=126;FAO=33;FDP=126;FR=.;FRO=93;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.000505588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.285;QD=7.18491;RBI=0.00653215;REFB=-0.00786556;REVB=0.00651256;RO=93;SAF=17;SAR=16;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277612;STB=0.516616;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0294573;OID=.;OPOS=242042374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:93:93:33:33:0.261905:16:17:50:43:16:17:50:43 chr1 242042545 . A G 798.69 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.852;QD=63.8955;RBI=0.0305576;REFB=0;REVB=0.00828451;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233846;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:50:0:0:45:50:1:29:16:0:0:31:19:0:0 chr1 242045275 . C T 687.45 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=124;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00221117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.355;QD=22.1757;RBI=0.00367052;REFB=-0.00660339;REVB=-0.00292975;RO=57;SAF=28;SAR=39;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106416;STB=0.558342;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00733237;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:57:57:67:67:0.540323:39:28:31:26:39:28:31:26 chr1 242045283 . T A 528.07 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0383219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5682;QD=17.0344;RBI=0.0520415;REFB=-0.0141673;REVB=-0.0352101;RO=67;SAF=31;SAR=26;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107518;STB=0.559798;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0107167;OID=.;OPOS=242045283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:67:57:57:0.459677:26:31:29:38:26:31:29:38 chr1 242053042 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0138117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.784;QD=18.8287;RBI=0.0167569;REFB=-0.00528223;REVB=0.00948848;RO=22;SAF=2;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574321;STB=0.832936;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00694292;OID=.;OPOS=242053042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:18:2:13:9:18:2:13:9 chr1 242222754 . A G 372.22 PASS AF=0.416667;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0125575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.458;QD=15.5093;RBI=0.0125595;REFB=-0.00695704;REVB=0.000225602;RO=54;SAF=25;SAR=14;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149699;STB=0.574828;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0112104;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:54:56:39:40:0.416667:14:25:27:27:15:25:28:28 chr1 242253024 . T C 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0257745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.84;QD=8.86078;RBI=0.0265469;REFB=-0.0021075;REVB=0.006357;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154589;STB=0.594448;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00984834;OID=.;OPOS=242253024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:5:8:16:17:5:8:16:17 chr1 243328887 . G T 54.13 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0206492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.935;QD=3.93691;RBI=0.0266478;REFB=0.00072114;REVB=0.016844;RO=45;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842376;STB=0.564177;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.0417543;OID=.;OPOS=243328887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:45:46:9:9:0.163636:5:4:17:28:5:4:17:29 chr1 243329049 . G A 315.25 PASS AF=0.397849;AO=34;DP=96;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=0.00786259;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.703;QD=13.5591;RBI=0.0107827;REFB=-0.0276619;REVB=0.00737882;RO=54;SAF=21;SAR=13;SRF=41;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170134;STB=0.561037;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0342596;OID=.;OPOS=243329049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:54:56:34:37:0.397849:13:21:41:13:14:23:40:16 chr1 243329075 . T C 233.17 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=12;FWDB=0.00196194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0586;QD=10.8451;RBI=0.0480273;REFB=-0.0237644;REVB=-0.0479872;RO=56;SAF=16;SAR=13;SRF=44;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282544;STB=0.664613;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0423311;OID=.;OPOS=243329075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:56:57:29:29:0.337209:13:16:44:12:13:16:45:12 chr1 243493907 . A T 326.92 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.0459116;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.553;QD=12.2213;RBI=0.046128;REFB=0.00429443;REVB=-0.00446276;RO=65;SAF=14;SAR=26;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227599;STB=0.525771;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00772736;OID=.;OPOS=243493907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:65:67:40:40:0.373832:26:14:24:41:26:14:26:41 chr1 243507569 . A G 96.79 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00936968;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.504;QD=14.8911;RBI=0.0646733;REFB=-0.0536346;REVB=0.063991;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420621;STB=0.764832;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0387936;OID=.;OPOS=243507569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:26:26:14:14:8:8:0.307692:1:7:8:6:1:7:8:6 chr1 243579112 . G A 330.24 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0145616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8532;QD=50.806;RBI=0.0227984;REFB=-0.0447619;REVB=0.0175422;RO=1;SAF=6;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711625;STB=0.53843;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0176749;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:19:6:1:0:19:6:1:0 chr1 244219563 . A G 492.22 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.425;QD=54.6907;RBI=0.0161801;REFB=-0.0453507;REVB=0.012467;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000282076;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:16:18:1:0:16:19:0:1 chr1 244653781 . AT A,TA 111.0 PASS AF=0.472727,0.0181818;AO=24,2;DP=57;FAO=26,1;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=7,0;FSAR=19,1;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.120708,-0.0576576;FXX=0.0350816;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=10.1505,24.3417;QD=8.073;RBI=0.153236,0.0581078;REFB=-0.0664627,-0.0251628;REVB=0.0943972,-0.00721958;RO=20;SAF=6,1;SAR=18,1;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0525437,0.206011;STB=0.554939,0.9872;STBP=0.492,0.476;TYPE=del,mnp;VARB=0.071958,-0.061768;OID=.,.;OPOS=244653782,244653781;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:20:28:24,2:26,1:0.472727,0.0181818:18,1:6,1:6:14:19,1:7,0:10:18 chr1 244773784 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.085;QD=58.5877;RBI=0.0396217;REFB=0;REVB=0.0109023;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164447;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:15:18:0:0 chr1 244773803 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.095;QD=59.8375;RBI=0.0555069;REFB=0;REVB=0.0246185;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469233;OID=.;OPOS=244773803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr1 245133662 . G C 36.89 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0114564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0359;QD=7.76562;RBI=0.0116528;REFB=-0.0302622;REVB=0.00213013;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224315;STB=0.642374;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0587481;OID=.;OPOS=245133662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:6:7:2:4:6:7 chr1 245245378 . T C 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00892701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.435;QD=11.5637;RBI=0.00921078;REFB=0.00306135;REVB=0.00226866;RO=29;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550721;STB=0.532666;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00460029;OID=.;OPOS=245245378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:6:9:16:13:6:9:16:13 chr1 245245402 . C T 141.88 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00612964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.621;QD=13.8415;RBI=0.0163305;REFB=-0.00689839;REVB=-0.0151364;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209208;STB=0.51218;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0220819;OID=.;OPOS=245245402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:13:12:8:8:13:12 chr1 245703990 . G T 1241.6 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.449;QD=61.3134;RBI=0.0160952;REFB=0;REVB=0.0142271;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93707e-05;OID=.;OPOS=245703990;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:81:0:0:75:81:1:41:34:0:0:44:37:0:0 chr1 245704130 . G C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00756025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.933;QD=21.6305;RBI=0.00759813;REFB=-0.00254383;REVB=0.000757726;RO=24;SAF=5;SAR=25;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381303;STB=0.714122;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00150829;OID=.;OPOS=245704130;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:25:5:13:11:25:5:13:11 chr1 245851304 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.21;QD=42.1826;RBI=0.0400258;REFB=0;REVB=-0.024284;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08218e-05;OID=.;OPOS=245851304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr1 246670481 . C G 1263.36 PASS AF=0.461268;AO=130;DP=283;FAO=131;FDP=284;FR=.;FRO=153;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=77;FSRR=76;FWDB=0.0317627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6842;QD=17.7938;RBI=0.0329863;REFB=-0.0081696;REVB=0.00890064;RO=148;SAF=60;SAR=70;SRF=73;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306886;STB=0.524448;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00634615;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:284:148:153:130:131:0.461268:70:60:73:75:71:60:77:76 chr1 246720798 . G A 538.39 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3021;QD=59.8205;RBI=0.0389772;REFB=0;REVB=-0.0363202;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369605;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr1 246755124 . T C 347.66 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0184605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3194;QD=51.505;RBI=0.0441255;REFB=-0.036675;REVB=0.0400783;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.523791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00376694;OID=.;OPOS=246755124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:16:10:0:0:16:10:1:0 chr1 246829616 . T C 246.75 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00365647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.783;QD=11.3447;RBI=0.0221615;REFB=-0.00850865;REVB=-0.0218578;RO=57;SAF=14;SAR=16;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796519;STB=0.504612;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0163177;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:16:14:27:30:16:14:27:30 chr1 246939856 . G A 240.73 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0228514;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0978;QD=14.3721;RBI=0.0427051;REFB=0.00452345;REVB=-0.0360768;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325598;STB=0.522372;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0142635;OID=.;OPOS=246939856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:39:27:28:0.41791:14:13:19:18:14:14:21:18 chr1 246939943 . T C 332.69 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00584566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6909;QD=16.4292;RBI=0.0324769;REFB=-0.0393771;REVB=-0.0319465;RO=43;SAF=9;SAR=27;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362976;STB=0.69525;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0479388;OID=.;OPOS=246939943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:43:45:36:36:0.444444:27:9:26:17:27:9:26:19 chr1 247004031 . T C 771.76 PASS AF=0.524823;AO=73;DP=141;FAO=74;FDP=141;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=56;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.0239986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3606;QD=21.8938;RBI=0.0363921;REFB=-0.00300081;REVB=-0.0273579;RO=66;SAF=17;SAR=56;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11297;STB=0.56053;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00450095;OID=.;OPOS=247004031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:66:67:73:74:0.524823:56:17:22:44:56:18:23:44 chr1 247012943 . G A 186.89 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0067192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.531;QD=10.6796;RBI=0.0503499;REFB=-0.013478;REVB=-0.0498995;RO=46;SAF=13;SAR=11;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205648;STB=0.501198;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0162809;OID=.;OPOS=247012943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:11:13:25:21:11:13:25:21 chr1 247021085 . G C 134.25 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0156588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.216;QD=16.2726;RBI=0.0179382;REFB=0.00740651;REVB=0.00875105;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745182;STB=0.542801;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0036884;OID=.;OPOS=247021085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:11:7:7:8:11:7 chr1 247025286 . T A 310.63 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.000479056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.055;QD=16.349;RBI=0.00157946;REFB=-0.00973364;REVB=0.00150505;RO=41;SAF=13;SAR=21;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198031;STB=0.617578;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0072527;OID=.;OPOS=247025286;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:42:34:34:0.447368:21:13:24:17:21:13:25:17 chr1 247048834 . T C 463.91 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.94;QD=57.9889;RBI=0.0424312;REFB=0;REVB=0.0396307;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000753255;OID=.;OPOS=247048834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr1 247150740 . T C 325.21 PASS AF=0.617021;AO=28;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0243343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3681;QD=27.6772;RBI=0.0270482;REFB=-0.0316799;REVB=-0.0118087;RO=19;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855762;STB=0.532088;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0190804;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:18:28:29:0.617021:16:12:6:13:17:12:6:12 chr1 247162658 . C T 205.43 PASS AF=0.442308;AO=21;DP=50;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0244976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.404;QD=15.8019;RBI=0.027222;REFB=-0.0314135;REVB=-0.0118702;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226474;STB=0.644354;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0374095;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:29:21:23:0.442308:7:14:13:16:7:16:13:16 chr1 247241850 . G C 758.37 PASS AF=0.51773;AO=73;DP=142;FAO=73;FDP=141;FR=.;FRO=68;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=21;FWDB=0.00446251;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.981;QD=21.514;RBI=0.00503723;REFB=-0.0125133;REVB=-0.00233659;RO=69;SAF=47;SAR=26;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364197;STB=0.525246;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00865755;OID=.;OPOS=247241850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:69:68:73:73:0.51773:26:47:47:22:26:47:47:21 chr1 247267274 . C A 261.74 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0218851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.171;QD=17.1631;RBI=0.0227601;REFB=-0.0249747;REVB=0.0062504;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110572;STB=0.562101;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0261978;OID=.;OPOS=247267274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:17:15:17:12:17:15 chr1 247322298 . G T 837.12 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039479;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.221;QD=57.7326;RBI=0.04059;REFB=0;REVB=-0.00943177;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52069e-06;OID=.;OPOS=247322298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr1 247419509 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.207;QD=57.2012;RBI=0.0246516;REFB=0;REVB=0.00624755;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013761;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr1 247419664 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.898;QD=46.848;RBI=0.0342049;REFB=0;REVB=0.030759;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368433;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 247420421 . C T 71.63 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0633422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.734;QD=19.1007;RBI=0.0636112;REFB=-0.12024;REVB=-0.00584432;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341797;STB=0.699519;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0215448;OID=.;OPOS=247420421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:4:2:7:2:4:2 chr1 247587477 . G A 973.31 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0088333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.663;QD=54.8341;RBI=0.0550011;REFB=-0.157201;REVB=0.0542871;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512638;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000625988;OID=.;OPOS=247587477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:71:71:0:3:68:68:0.957746:26:42:0:0:26:42:1:2 chr1 247587531 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.635;QD=55.6559;RBI=0.0731991;REFB=0;REVB=-0.00494591;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261252;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr1 247588053 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0405246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.06;QD=7.83672;RBI=0.040987;REFB=-0.00311502;REVB=0.00613955;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310646;STB=0.695633;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00962591;OID=.;OPOS=247588053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:9:7:5:2:9:7 chr1 247597507 . C T 322.99 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0346653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.548;QD=21.8973;RBI=0.0361533;REFB=-0.0249119;REVB=0.0102655;RO=25;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848369;STB=0.552601;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.018202;OID=.;OPOS=247597507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:25:26:33:33:0.559322:11:22:19:6:11:22:20:6 chr1 247612202 . T A 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00637899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.647;QD=10.8531;RBI=0.0238391;REFB=0.000809392;REVB=-0.0229698;RO=39;SAF=7;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150442;STB=0.588149;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00190556;OID=.;OPOS=247612202;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:14:7:18:21:14:7:18:21 chr1 247614386 . T C 117.83 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.000958759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.348;QD=12.4031;RBI=0.0183564;REFB=-0.0176693;REVB=0.0183313;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109875;STB=0.56512;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0260194;OID=.;OPOS=247614386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:4:10:15:9:4:10:15:9 chr1 247614407 . G A 129.53 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0324449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.854;QD=17.8665;RBI=0.0333327;REFB=-0.0318638;REVB=-0.00764211;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294556;STB=0.690557;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0122576;OID=.;OPOS=247614407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:14:14:15:0.517241:4:10:6:9:4:11:5:9 chr1 247614553 . C T 296.18 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00708315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.533;QD=22.3532;RBI=0.0198086;REFB=-0.0193565;REVB=-0.0184989;RO=23;SAF=19;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771368;STB=0.547912;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0169722;OID=.;OPOS=247614553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:23:29:30:0.566038:10:19:13:10:10:20:13:10 chr1 247614693 . C T 523.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.507;QD=56.6239;RBI=0.0253084;REFB=-0.143202;REVB=0.00315126;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.512188;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-7.13789e-05;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:16:20:0:0:16:20:1:0 chr1 247615261 . GA G 343.13 PASS AF=0.39011;AO=68;DP=182;FAO=71;FDP=182;FR=.;FRO=111;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=73;FWDB=0.0839249;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.4953;QD=7.54133;RBI=0.163109;REFB=-0.0289149;REVB=-0.139861;RO=109;SAF=27;SAR=41;SRF=36;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775826;STB=0.542353;STBP=0.409;TYPE=del;VARB=0.0431725;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.39011:68:182:71:182:111:29:42:38:73:99:109:27:41:36:73 chr1 247694949 . G C 175.79 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0032164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.149;QD=11.918;RBI=0.0128777;REFB=-0.00147866;REVB=0.0124696;RO=36;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179256;STB=0.612397;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0044022;OID=.;OPOS=247694949;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:8:14:17:19:8:14:17:20 chr1 247694958 . G A 217.9 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0222898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.422;QD=13.6185;RBI=0.0237744;REFB=0.00124845;REVB=0.00826955;RO=38;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134622;STB=0.576864;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0040874;OID=.;OPOS=247694958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:11:15:17:21:11:15:17:21 chr1 247695612 . G A 673.59 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00945074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.226;QD=52.8306;RBI=0.0113983;REFB=0.0159628;REVB=-0.00637212;RO=2;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348301;STB=0.518511;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.000104892;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:2:2:49:49:0.960784:26:23:0:2:26:23:0:2 chr1 247695756 . T C 145.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7186;QD=44.6754;RBI=0.0482081;REFB=0;REVB=-0.0123085;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775588;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr1 247752019 . G C 835.57 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0125557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.599;QD=53.9075;RBI=0.0219708;REFB=-0.0128771;REVB=0.0180297;RO=2;SAF=31;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294689;STB=0.515146;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000206303;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:62:2:2:59:60:0.967742:28:31:2:0:28:32:2:0 chr1 247752161 . T C 40.62 PASS AF=0.6;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00124965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.695;QD=16.2485;RBI=0.0241103;REFB=-0.0221682;REVB=-0.0240779;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0288575;OID=.;OPOS=247752161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:10:4:4:5:6:0.6:3:2:2:2:3:3:2:2 chr1 247752367 . A G 349.47 PASS AF=0.474359;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.015217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.661;QD=17.9217;RBI=0.0155822;REFB=-0.0152522;REVB=-0.00335375;RO=40;SAF=23;SAR=13;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313034;STB=0.65706;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0142617;OID=.;OPOS=247752367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:41:36:37:0.474359:13:23:12:28:14:23:13:28 chr1 247769592 . C T 158.82 PASS AF=0.418605;AO=16;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0302771;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7499;QD=14.7736;RBI=0.0615375;REFB=0.00789232;REVB=-0.0535739;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194019;STB=0.590061;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00950036;OID=.;OPOS=247769592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:25:16:18:0.418605:6:10:8:11:6:12:13:12 chr1 247769752 . A G 248.58 PASS AF=0.466667;AO=26;DP=58;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00105799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.066;QD=16.5721;RBI=0.00852097;REFB=-0.016979;REVB=0.00845503;RO=32;SAF=8;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257711;STB=0.633236;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0299008;OID=.;OPOS=247769752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:32:32:26:28:0.466667:18:8:18:14:19:9:18:14 chr1 247835950 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.152;QD=57.6801;RBI=0.0356434;REFB=0;REVB=-0.00553019;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375924;OID=.;OPOS=247835950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr1 247921100 . T G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.887;QD=51.1793;RBI=0.068733;REFB=0;REVB=-0.0681299;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000530033;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr1 247921352 . C T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.24;QD=51.5077;RBI=0.0477986;REFB=-0.0670792;REVB=0.0423537;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00134178;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:9:17:0:0:9:17:1:0 chr1 247921717 . C A 646.15 PASS AF=1;AO=37;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.596;QD=61.5384;RBI=0.0337863;REFB=0;REVB=0.0263224;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727883;OID=.;OPOS=247921717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:37:42:1:22:15:0:0:25:17:0:0 chr1 247921888 . C T 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8781;QD=55.092;RBI=0.0710766;REFB=0;REVB=-0.0626624;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456521;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr1 247978319 . A G 1004.6 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0282617;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.69;QD=56.5973;RBI=0.0531883;REFB=-0.203862;REVB=0.0450585;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502748;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00125031;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:71:0:2:69:69:0.971831:28:41:0:0:28:41:1:1 chr1 247978541 . AAGG A 195.36 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145239;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=3;MLLD=269.064;QD=48.8403;RBI=0.0170043;REFB=0;REVB=0.0088432;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.26388e-05;OID=.;OPOS=247978542;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:17:16:16:0:7:9:0:0:4:0:7:9:0:0 chr1 248004614 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.457;QD=49.5992;RBI=0.017403;REFB=0;REVB=0.00877274;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76084e-05;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr1 248004686 . GC G,GG 142.85 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=2,11;DP=13;FAO=2,11;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587996,0.0554773;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=239.291,258.073;QD=43.9544;RBI=0.0588919,0.0565309;REFB=0,0;REVB=-0.00329658,0.0108634;RO=0;SAF=1,6;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00519614,-0.00156956;OID=.,.;OPOS=248004687,248004687;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.153846,0.846154:2,11:13:2,11:13:0:1,6:1,5:0:0:8:0:1,6:1,5:0:0 chr1 248004775 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.772;QD=45.8067;RBI=0.0337365;REFB=0;REVB=-0.014758;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150533;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr1 248004848 . G C 175.58 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7913;QD=46.82;RBI=0.0435077;REFB=0;REVB=0.039286;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023804;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr1 248004877 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.771;QD=50.4128;RBI=0.037182;REFB=0;REVB=0.00332118;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420031;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr1 248004884 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.429;QD=51.9161;RBI=0.0139414;REFB=0;REVB=0.00950012;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117153;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr1 248005213 . G C 347.65 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3819;QD=51.5042;RBI=0.0226134;REFB=-0.0828909;REVB=-0.00527484;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488217;STB=0.526295;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00195407;OID=.;OPOS=248005213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:1:0:17:9:1:0 chr1 248020556 . G C 62.38 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.2048;QD=35.646;RBI=0.142009;REFB=0;REVB=0.12102;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105712;OID=.;OPOS=248020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:1:5:0:0:1:6:0:0 chr1 248059476 . A C 676.13 PASS AF=0.575221;AO=65;DP=113;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0252079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6002;QD=23.9339;RBI=0.0318935;REFB=-0.0249666;REVB=-0.0195386;RO=48;SAF=45;SAR=20;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227;STB=0.624238;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0193702;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:48:48:65:65:0.575221:20:45:20:28:20:45:20:28 chr1 248059779 . G GA 76.66 PASS AF=0.4375;AO=5;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.020075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5335;QD=9.58284;RBI=0.0208889;REFB=-0.0399377;REVB=0.00577395;RO=28;SAF=2;SAR=3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342436;STB=0.714668;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=0.051415;OID=.;OPOS=248059780;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:5:33:14:32:18:3:11:10:8:76:28:2:3:12:16 chr1 248059782 . G A 61.77 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0275286;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.5633;QD=7.7207;RBI=0.0281215;REFB=-0.0376288;REVB=0.00574447;RO=22;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496771;STB=0.844662;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.10051;OID=.;OPOS=248059782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:31:32:22:23:8:9:0.28125:7:1:11:11:8:1:12:11 chr1 248059804 . C T 210.84 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.014073;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.23;QD=19.6126;RBI=0.0254608;REFB=-0.0129053;REVB=0.0212179;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234446;STB=0.605164;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0116788;OID=.;OPOS=248059804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:22:20:21:0.488372:8:12:8:15:9:12:8:14 chr1 248060029 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.624;QD=45.8067;RBI=0.0473039;REFB=0;REVB=0.00596952;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437797;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr1 248084434 . G A 449.92 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0389234;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.706;QD=21.1725;RBI=0.0389415;REFB=-0.0205202;REVB=-0.00118794;RO=38;SAF=31;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209909;STB=0.60207;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0239208;OID=.;OPOS=248084434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:38:41:44:44:0.517647:13:31:18:20:13:31:21:20 chr1 248084464 . T C 1077.44 PASS AF=0.948718;AO=73;DP=79;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0145166;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.712;QD=55.2535;RBI=0.0152563;REFB=0.0206987;REVB=-0.00469271;RO=5;SAF=47;SAR=26;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047708;STB=0.520403;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00112882;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:79:78:5:4:73:74:0.948718:26:47:5:0:27:47:4:0 chr1 248084511 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0199365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.414;QD=17.3212;RBI=0.0208763;REFB=-0.0218006;REVB=0.00619316;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790844;STB=0.545396;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0248917;OID=.;OPOS=248084511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:11:7:5:11:11:7 chr1 248085011 . C G 50.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5108;QD=33.4151;RBI=0.0975602;REFB=0;REVB=0.0495766;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147477;OID=.;OPOS=248085011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 248085124 . G A 461.07 PASS AF=0.777778;AO=34;DP=43;FAO=35;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0106323;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9917;QD=40.9839;RBI=0.0174397;REFB=-0.01403;REVB=-0.0138238;RO=9;SAF=11;SAR=23;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098583;STB=0.546203;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00421323;OID=.;OPOS=248085124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:43:45:9:10:34:35:0.777778:23:11:5:4:24:11:5:5 chr1 248112627 . T C 1243.42 PASS AF=0.977273;AO=84;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0642261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8106;QD=56.5191;RBI=0.0726347;REFB=-0.206815;REVB=0.0339234;RO=4;SAF=43;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00409982;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:4:2:84:86:0.977273:41:43:1:3:43:43:1:1 chr1 248112745 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.234;QD=54.5177;RBI=0.0218277;REFB=0;REVB=-0.00921278;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184413;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr1 248112762 . TG CA 312.52 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272694;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.901;QD=54.3518;RBI=0.00463982;REFB=0;REVB=-0.0037539;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.91671e-05;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr1 248112771 . C T 372.1 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.362;QD=55.1259;RBI=0.0509405;REFB=0;REVB=0.0492583;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208984;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:11:13:0:0:13:14:0:0 chr1 248112809 . A G 487.22 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844191;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.097;QD=59.0568;RBI=0.0849047;REFB=0;REVB=-0.00906824;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040379;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr1 248112836 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.303;QD=57.6785;RBI=0.0578268;REFB=0;REVB=0.0447519;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634802;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr1 248113026 . T A 830.64 PASS AF=0.983333;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.052021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.024;QD=55.3759;RBI=0.0566594;REFB=-0.118062;REVB=0.0224522;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000429605;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:60:1:1:56:59:0.983333:26:30:1:0:28:31:1:0 chr1 248113040 . A G 828.09 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0593324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9482;QD=54.3007;RBI=0.0701818;REFB=-0.0702775;REVB=0.0374853;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.508194;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00527106;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:61:1:1:59:60:0.983607:29:30:0:1:30:30:0:1 chr1 248129240 . G A 1311.89 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502237;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.992;QD=62.4712;RBI=0.0106981;REFB=0;REVB=0.00944596;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297967;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:84:84:1:32:52:0:0:32:52:0:0 chr1 248224569 . G T 43.95 PASS AF=0.0944882;AO=11;DP=128;FAO=12;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=115;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=66;FSRR=49;FWDB=-0.0865102;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.271;QD=1.38437;RBI=0.107414;REFB=-0.0110704;REVB=-0.0636698;RO=90;SAF=7;SAR=4;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163915;STB=0.588737;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0517841;OID=.;OPOS=248224569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:128:127:90:115:11:12:0.0944882:4:7:45:45:4:8:66:49 chr1 248224595 . C T 37.29 PASS AF=0.0827068;AO=10;DP=134;FAO=11;FDP=133;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=71;FSRR=51;FWDB=-0.0299629;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.492;QD=1.12152;RBI=0.0302862;REFB=-0.00418071;REVB=0.00441355;RO=118;SAF=7;SAR=3;SRF=67;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153823;STB=0.552271;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0491992;OID=.;OPOS=248224595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:134:133:118:122:10:11:0.0827068:3:7:67:51:4:7:71:51 chr1 248264018 . C T 1362.62 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0144966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.828;QD=61.2414;RBI=0.0169819;REFB=0.00383509;REVB=-0.00884505;RO=1;SAF=39;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119955;STB=0.506328;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00019074;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:49:39:1:0:49:39:1:0 chr1 248285470 . C G 285.31 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00696906;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.164;QD=15.2166;RBI=0.0374976;REFB=-0.0126586;REVB=0.0368443;RO=42;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265908;STB=0.643476;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.013923;OID=.;OPOS=248285470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:43:32:32:0.426667:12:20:15:27:12:20:16:27 chr1 248343543 . C T 407.0 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0137299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4663;QD=15.3586;RBI=0.0502652;REFB=-0.00603604;REVB=0.0483537;RO=60;SAF=17;SAR=29;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101761;STB=0.557191;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.008516;OID=.;OPOS=248343543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:29:17:28:32:29:17:28:32 chr1 248343945 . C G 549.51 PASS AF=0.409091;AO=62;DP=153;FAO=63;FDP=154;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.0271582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0099;QD=14.2729;RBI=0.0690322;REFB=-0.012571;REVB=0.0634656;RO=90;SAF=36;SAR=26;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050646;STB=0.529452;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0237842;OID=.;OPOS=248343945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:90:91:62:63:0.409091:26:36:48:42:26:37:49:42 chr1 248343990 . T C 376.27 PASS AF=0.351145;AO=44;DP=131;FAO=46;FDP=131;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.017943;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.713;QD=11.4892;RBI=0.0300314;REFB=-0.0108015;REVB=-0.0240818;RO=83;SAF=21;SAR=23;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00842681;STB=0.511445;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0225305;OID=.;OPOS=248343990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:83:85:44:46:0.351145:23:21:39:44:23:23:41:44 chr1 248366702 . G A 1775.68 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.329;QD=60.1924;RBI=0.0508672;REFB=0;REVB=0.0435033;RO=0;SAF=67;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198193;OID=.;OPOS=248366702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:118:0:0:112:118:1:45:67:0:0:46:72:0:0 chr1 248402758 . C T 1094.46 PASS AF=1;AO=46;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.349;QD=59.1601;RBI=0.0524091;REFB=0;REVB=-0.0153883;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177752;OID=.;OPOS=248402758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:46:74:1:34:12:0:0:50:24:0:0 chr1 248436611 . G A 393.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.391;QD=56.2201;RBI=0.0411421;REFB=0;REVB=0.0397939;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617264;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:16:12:0:0 chr1 248436616 . A G 365.91 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0087015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.808;QD=52.2726;RBI=0.030079;REFB=-0.155781;REVB=0.0287929;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00149043;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:0:1:15:12:0:1 chr1 248436805 . T G 102.06 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.196;QD=40.8253;RBI=0.0884208;REFB=0;REVB=0.0554875;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105943;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:8:1:0:0:9:1:0:0 chr1 248457979 . C A 1000.84 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00778016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.824;QD=56.3854;RBI=0.0510982;REFB=0.00159587;REVB=0.0505024;RO=2;SAF=42;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606353;STB=0.503208;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00010395;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:27:42:1:1:27:42:1:1 chr1 248458676 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.023;QD=62.022;RBI=0.0589663;REFB=0;REVB=0.0502251;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586496;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr1 248458689 . A G 817.42 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.301;QD=57.3629;RBI=0.0238479;REFB=0;REVB=0.0132141;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16203e-05;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:40:17:0:0:40:17:0:0 chr1 248458717 . C G 1194.12 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1078;QD=59.7062;RBI=0.036617;REFB=0.0124198;REVB=-0.0103007;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00112335;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:51:28:0:0:51:28:0:1 chr1 248487300 . C T 2045.95 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.975;QD=62.4718;RBI=0.0636155;REFB=0;REVB=0.0621293;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14029e-05;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:68:62:0:0:69:62:0:0 chr1 248487338 . C A 2091.11 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.38;QD=62.4211;RBI=0.040592;REFB=0;REVB=0.0388553;RO=0;SAF=72;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107449;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:132:134:1:60:72:0:0:62:72:0:0 chr1 248487638 . A G 1970.77 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.436;QD=62.0716;RBI=0.0207952;REFB=0;REVB=0.0204414;RO=0;SAF=74;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34012e-05;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:52:74:0:0:53:74:0:0 chr1 248487768 . A G 784.79 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0341028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.0503;QD=55.073;RBI=0.123119;REFB=-0.159246;REVB=-0.118302;RO=0;SAF=41;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47831e-08;STB=0.50588;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00177082;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:55:56:0.982456:14:41:0:0:14:42:1:0 chr1 248512094 . C T 506.9 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00905775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.031;QD=20.4807;RBI=0.0192615;REFB=-0.0208109;REVB=-0.0169989;RO=49;SAF=22;SAR=27;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0124668;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:50:49:49:0.494949:27:22:22:27:27:22:23:27 chr1 248512498 . A G 220.4 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00839294;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.346;QD=17.2859;RBI=0.00861825;REFB=-0.0108924;REVB=0.00195774;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15568;STB=0.596933;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0123714;OID=.;OPOS=248512498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:27:24:24:0.470588:15:9:15:13:15:9:15:12 chr1 248512637 . C T 554.4 PASS AF=0.530612;AO=51;DP=97;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00950389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.939;QD=22.6284;RBI=0.009542;REFB=-0.0417781;REVB=0.000851948;RO=45;SAF=37;SAR=14;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382991;STB=0.532869;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0344199;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:45:46:51:52:0.530612:14:37:31:14:14:38:31:15 chr1 248512749 . G A 73.06 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0276145;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.114;QD=8.34956;RBI=0.0280702;REFB=-0.00975818;REVB=-0.00503767;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114355;STB=0.516745;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0200506;OID=.;OPOS=248512749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:35:24:25:10:10:0.285714:7:3:7:17:7:3:8:17 chr1 248512767 . G T 91.18 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00694501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9599;QD=9.8572;RBI=0.0213105;REFB=-0.0172443;REVB=0.0201471;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45341e-08;STB=0.526271;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0454437;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:37:37:24:25:12:12:0.324324:9:3:6:18:9:3:7:18 chr1 248525100 . G A 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8238;QD=4.04943;RBI=0.0732449;REFB=0.00735217;REVB=-0.014477;RO=33;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189469;STB=0.627489;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.0300315;OID=.;OPOS=248525100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:33:34:7:7:0.170732:1:6:25:8:1:6:26:8 chr1 248525135 . G A 69.16 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0609298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.507;QD=6.1474;RBI=0.0820433;REFB=-0.0117627;REVB=-0.0549424;RO=34;SAF=7;SAR=3;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990562;STB=0.540905;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0757285;OID=.;OPOS=248525135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:34:35:10:10:0.222222:3:7:26:8:3:7:26:9 chr1 248525138 . C T 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0226662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.981;QD=4.50886;RBI=0.0311852;REFB=-0.00975123;REVB=-0.0214188;RO=42;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633133;STB=0.54276;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0311242;OID=.;OPOS=248525138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:3:6:26:16:3:6:26:16 chr1 248525146 . C T 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.077739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2303;QD=2.84574;RBI=0.0781304;REFB=-0.00480847;REVB=-0.00781085;RO=47;SAF=2;SAR=5;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423376;STB=0.796366;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0542963;OID=.;OPOS=248525146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:5:2:31:16:5:2:31:16 chr1 248525330 . A G 57.02 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=-0.0562514;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.808;QD=2.45263;RBI=0.0577863;REFB=-0.00466746;REVB=0.0132304;RO=79;SAF=9;SAR=3;SRF=23;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522674;STB=0.838401;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0506713;OID=.;OPOS=248525330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:93:93:79:81:12:12:0.129032:3:9:23:56:3:9:25:56 chr1 248525638 . CA C 257.22 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0329597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5579;QD=18.7072;RBI=0.0331672;REFB=-0.0596485;REVB=0.00370429;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109602;STB=0.568078;STBP=0.313;TYPE=del;VARB=0.021792;OID=.;OPOS=248525639;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527273:29:54:29:55:26:13:16:8:18:99:25:13:16:8:17 chr1 248525647 . C A 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0189873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.054;QD=13.7267;RBI=0.0191646;REFB=-0.0329834;REVB=-0.00260098;RO=36;SAF=7;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27206;STB=0.656251;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0753711;OID=.;OPOS=248525647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:18:7:19:17:18:7:19:17 chr1 248525650 . C T 212.01 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00578421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.217;QD=14.3733;RBI=0.0134131;REFB=-0.035865;REVB=0.0121018;RO=33;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224011;STB=0.637993;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0285047;OID=.;OPOS=248525650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:18:7:16:17:18:7:17:17 chr1 248525657 . G A 205.1 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0241085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.428;QD=14.6499;RBI=0.025542;REFB=-0.00157679;REVB=0.00843663;RO=32;SAF=7;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224499;STB=0.628505;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00396388;OID=.;OPOS=248525657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:17:7:16:16:17:7:16:16 chr1 248525780 . C T 217.07 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0121721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.018;QD=13.3583;RBI=0.0233038;REFB=-0.0157324;REVB=0.0198722;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273486;STB=0.523059;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0214274;OID=.;OPOS=248525780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:13:13:18:20:13:13:18:21 chr1 248550970 . A G 385.39 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00387099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.737;QD=23.357;RBI=0.0056494;REFB=-0.0138462;REVB=0.00411474;RO=28;SAF=20;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102669;STB=0.556409;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00697915;OID=.;OPOS=248550970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:18:20:11:17:18:20:11:17 chr1 248550976 . T G 1002.93 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.79;QD=58.9959;RBI=0.0553711;REFB=0;REVB=0.0363209;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187631;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:36:29:0:0:37:31:0:0 chr1 248551203 . T C 88.07 PASS AF=0.55;AO=7;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.129725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1554;QD=17.6146;RBI=0.129895;REFB=-0.0439552;REVB=-0.00664892;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922775;STB=0.636115;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.110072;OID=.;OPOS=248551203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:7:11:0.55:4:3:3:6:4:7:3:6 chr1 248551560 . C T 335.73 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.028432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6061;QD=19.749;RBI=0.0641416;REFB=0.00692865;REVB=0.0574958;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272727;STB=0.515143;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0066693;OID=.;OPOS=248551560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:17:18:18:15:17:18:18:15 chr1 248551636 . T G 515.68 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.000731485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.033;QD=20.0264;RBI=0.00159643;REFB=-0.0389055;REVB=-0.00141898;RO=50;SAF=27;SAR=26;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622135;STB=0.534299;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0345053;OID=.;OPOS=248551636;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:26:27:29:21:26:27:29:21 chr1 248569369 . A G 288.24 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0175256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.48;QD=13.7256;RBI=0.0462318;REFB=-0.0106569;REVB=0.0427813;RO=51;SAF=24;SAR=9;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29064;STB=0.666561;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.014373;OID=.;OPOS=248569369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:9:24:24:27:9:24:24:27 chr1 248616401 . G A 930.47 PASS AF=0.431624;AO=99;DP=233;FAO=101;FDP=234;FR=.;FRO=133;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=66;FSRR=67;FWDB=0.00342468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.354;QD=15.9054;RBI=0.00411097;REFB=-0.0110124;REVB=-0.00227412;RO=126;SAF=49;SAR=50;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00290826;STB=0.50495;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0135984;OID=.;OPOS=248616401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:126:133:99:101:0.431624:50:49:62:64:50:51:66:67 chr1 248616408 . C T 921.51 PASS AF=0.421941;AO=100;DP=238;FAO=100;FDP=237;FR=.;FRO=137;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=69;FSRR=68;FWDB=0.0130994;FXX=0.0042015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8378;QD=15.553;RBI=0.0203946;REFB=0.00577871;REVB=-0.0156316;RO=136;SAF=51;SAR=49;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179296;STB=0.503671;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00882161;OID=.;OPOS=248616408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:136:137:100:100:0.421941:49:51:67:69:49:51:69:68 chr1 248616741 . ATC A 95.21 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0174973;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.827;QD=34.6201;RBI=0.0189419;REFB=-0.165557;REVB=0.00725542;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=del;VARB=0.018181;OID=.;OPOS=248616742;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:10:11:10:11:1:6:4:1:0:6:0:6:4:0:0 chr1 248637046 . G A 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0258424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.122;QD=19.9276;RBI=0.0258426;REFB=-0.0291056;REVB=-0.000104513;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879115;STB=0.571312;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.013075;OID=.;OPOS=248637046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:6:6:5:3:6:6:6:3 chr1 248637362 . C T 202.96 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0200861;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4238;QD=12.1171;RBI=0.0322377;REFB=-0.0127778;REVB=-0.0252154;RO=39;SAF=17;SAR=8;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132922;STB=0.589143;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0183762;OID=.;OPOS=248637362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:42:25:25:0.373134:8:17:22:17:8:17:23:19 chr1 248637416 . GC CT 298.86 PASS AF=0.275641;AO=42;DP=156;FAO=43;FDP=156;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=66;FSRR=47;FWDB=-0.00872206;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.913;QD=7.66311;RBI=0.0328408;REFB=-0.015206;REVB=-0.0316614;RO=112;SAF=22;SAR=20;SRF=65;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698943;STB=0.535967;STBP=0.583;TYPE=mnp;VARB=0.0436722;OID=.;OPOS=248637416;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:112:113:42:43:0.275641:20:22:65:47:20:23:66:47 chr1 248637543 . C T 297.03 PASS AF=0.27044;AO=43;DP=159;FAO=43;FDP=159;FR=.;FRO=116;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=81;FSRR=35;FWDB=-0.0130677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.389;QD=7.47234;RBI=0.0203227;REFB=-0.0154696;REVB=0.0155643;RO=114;SAF=27;SAR=16;SRF=79;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881041;STB=0.556497;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0550407;OID=.;OPOS=248637543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:114:116:43:43:0.27044:16:27:79:35:16:27:81:35 chr1 248651959 . C T 80.9 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00155385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.469;QD=7.89288;RBI=0.0185594;REFB=-0.0066403;REVB=0.0184943;RO=30;SAF=1;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.611803;STB=0.88593;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0388495;OID=.;OPOS=248651959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:10:1:17:13:10:1:17:13 chr1 248652037 . A G 96.36 PASS AF=0.478261;AO=9;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0361841;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.328;QD=16.758;RBI=0.0363111;REFB=-0.0119967;REVB=0.00303429;RO=10;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.588969;STB=0.788919;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0292707;OID=.;OPOS=248652037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:24:23:10:11:9:11:0.478261:1:8:3:7:2:9:3:8 chr1 248685253 . T C 1109.83 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.463;QD=59.9908;RBI=0.0446434;REFB=0;REVB=0.0423411;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63632e-05;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:36:36:0:0:38:36:0:0 chr1 248722671 . T A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.148;QD=39.2068;RBI=0.00928786;REFB=0;REVB=0.00815015;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4301e-05;OID=.;OPOS=248722671;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr1 248722739 . G C 121.9 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0723596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0693;QD=15.238;RBI=0.0742493;REFB=-0.0131624;REVB=0.0166445;RO=19;SAF=12;SAR=1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567282;STB=0.85462;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.02017;OID=.;OPOS=248722739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:18:13:14:0.4375:1:12:10:9:1:13:9:9 chr1 248722777 . T A 247.02 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00591535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4032;QD=24.7016;RBI=0.00744966;REFB=-0.0125799;REVB=0.00452838;RO=17;SAF=18;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32664;STB=0.68337;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00829526;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:5:18:7:10:5:18:7:10 chr1 248737329 . C T 216.19 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00889847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.379;QD=22.1732;RBI=0.0696713;REFB=-0.006415;REVB=0.0691007;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503607;STB=0.528274;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00966236;OID=.;OPOS=248737329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:14:7:7:11:14:7:7:11 chr1 248737343 . C T 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0354822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.778;QD=2.6434;RBI=0.0464956;REFB=-0.00729669;REVB=-0.0300476;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210134;STB=0.6526;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0619673;OID=.;OPOS=248737343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:3:3:14:29:3:3:14:29 chr1 248737454 . A G 155.32 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0299029;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.481;QD=7.57644;RBI=0.0307158;REFB=-0.00987844;REVB=0.00701977;RO=60;SAF=9;SAR=13;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506946;STB=0.530584;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0318398;OID=.;OPOS=248737454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:60:60:22:22:0.268293:13:9:27:33:13:9:27:33 chr1 248789504 . T C 861.41 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712354;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.962;QD=57.4274;RBI=0.013011;REFB=0;REVB=-0.0108877;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142207;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:20:39:0:0:21:39:0:0 chr1 248790075 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.464;QD=51.1832;RBI=0.0486845;REFB=0;REVB=0.0191104;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484836;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr1 248801592 . C T 573.09 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0487439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.2434;QD=55.9111;RBI=0.0773595;REFB=-0.00923938;REVB=0.060071;RO=2;SAF=27;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020432;STB=0.510911;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000858797;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:12:27:1:1:12:27:1:1 chr1 248801602 . T A,TCA 547.27 PASS AF=0,1;AO=2,34;DP=40;FAO=0,40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247831,0.00856609;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=122.37,117.38;QD=54.7268;RBI=0.0266539,0.0763523;REFB=0,0;REVB=0.00980967,0.0758702;RO=3;SAF=0,23;SAR=2,11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.74993,-0.0571746;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000853121;OID=.,.;OPOS=248801602,248801603;OREF=T,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:40:40:3:0:2,34:0,40:0,1:2,11:0,23:3:0:0,13:0,27:0:0 chr1 248801610 . GC AT 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456858;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.986;QD=60.6103;RBI=0.0900788;REFB=0;REVB=0.0776338;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000617105;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr1 248801633 . A G 474.27 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0643388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.234;QD=51.2722;RBI=0.0649567;REFB=-0.137567;REVB=0.00893796;RO=2;SAF=21;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424662;STB=0.533314;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00727079;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:2:3:34:34:0.918919:13:21:2:0:13:21:3:0 chr1 248801778 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.089;QD=33.4285;RBI=0.028111;REFB=0;REVB=0.0253504;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191502;OID=.;OPOS=248801778;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 248801897 . G A 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0308886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3052;QD=6.59545;RBI=0.0544578;REFB=0.0179857;REVB=0.0448503;RO=28;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370518;STB=0.746988;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0521923;OID=.;OPOS=248801897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:8:1:9:19:8:1:9:19 chr1 248801944 . TCAGCACG T,TCAGCAGG 97.71 PASS AF=0.5625,0.125;AO=9,2;DP=17;FAO=9,2;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=2,0;FSAR=7,2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0292483,-0.0463135;FXX=0.0587889;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=282.277,85.6708;QD=24.4267;RBI=0.0303158,0.0751139;REFB=-0.0246758,-0.0418371;REVB=0.00797403,-0.0591368;RO=5;SAF=2,0;SAR=7,2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.234244,0;STB=0.631339,0.5;STBP=0.332,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0183833,0.0118659;OID=.,.;OPOS=248801945,248801950;OREF=CAGCACG,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TCAGCAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625,0.125:9,2:17:9,2:16:5:2,0:7,2:0:5:33:5:2,0:7,2:0:5 chr1 248814052 . T A 357.9 PASS AF=0.848485;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0255493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.367;QD=43.3815;RBI=0.0291166;REFB=0.00208635;REVB=0.0139646;RO=5;SAF=17;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209661;STB=0.501133;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.000130263;OID=.;OPOS=248814052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:33:33:5:5:28:28:0.848485:11:17:3:2:11:17:3:2 chr1 248814080 . A C 521.88 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00147082;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.445;QD=50.9152;RBI=0.0248431;REFB=-0.0677708;REVB=0.0247995;RO=4;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705271;STB=0.537806;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00261586;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:41:4:4:37:37:0.902439:14:23:1:3:14:23:1:3 chr1 248814126 . G A 653.9 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236042;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.872;QD=62.2759;RBI=0.0262956;REFB=0;REVB=-0.0115887;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352622;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr1 248845097 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.025;QD=44.6897;RBI=0.0514783;REFB=0;REVB=-0.0057967;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462583;OID=.;OPOS=248845097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr1 248845411 . G A 629.59 PASS AF=0.924528;AO=48;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0549315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.311;QD=47.5164;RBI=0.0586673;REFB=-0.0363101;REVB=0.0206006;RO=3;SAF=22;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231269;STB=0.503886;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.000841935;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:53:53:3:4:48:49:0.924528:26:22:2:1:27:22:2:2 chr1 248845458 . C T 706.32 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00321049;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2844;QD=61.4192;RBI=0.052602;REFB=-0.0772486;REVB=0.0525039;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00300749;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:46:1:1:45:45:0.978261:24:21:0:1:24:21:0:1 chr1 248845471 . T C 708.29 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.88;QD=62.9591;RBI=0.0319831;REFB=0;REVB=0.0262687;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74897e-05;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr1 248845499 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.663;QD=59.4333;RBI=0.122259;REFB=0;REVB=0.113112;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135742;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr1 249105163 . T C 1299.49 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7652;QD=61.8803;RBI=0.0176236;REFB=0;REVB=0.0164624;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30519e-05;OID=.;OPOS=249105163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:41:41:0:0:41:43:0:0 chr1 249142169 . C T 39.54 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00471538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.4123;QD=13.1785;RBI=0.00473192;REFB=-0.0713448;REVB=0.000395363;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202122;STB=0.624529;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0679886;OID=.;OPOS=249142169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:4:2:1:5:4:2 chr1 249150116 . G C 277.24 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0107604;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.977;QD=15.4024;RBI=0.0163901;REFB=-0.0240403;REVB=0.0123632;RO=40;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720892;STB=0.531578;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0305378;OID=.;OPOS=249150116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:40:41:31:31:0.430556:18:13:14:26:18:13:15:26 chr1 249168107 . G C 183.87 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0070391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.685;QD=17.9388;RBI=0.0108449;REFB=-0.00813305;REVB=0.00825;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115783;STB=0.506589;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0120927;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:8:11:13:9:8:11:13:9 chr1 249168516 . A G 708.51 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.039466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0345;QD=54.5007;RBI=0.0483038;REFB=-0.0746178;REVB=-0.0278512;RO=1;SAF=11;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408723;STB=0.52173;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00831181;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:39:11:1:0:40:11:1:0 chr1 249208772 . C T 211.7 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0224279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.325;QD=19.6933;RBI=0.024365;REFB=-0.034361;REVB=-0.00952056;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611111;STB=0.534489;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0295947;OID=.;OPOS=249208772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:11:10:9:13:11:10:9:13 chr2 224919 . AC GC,GT 734.24 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=43,2;DP=45;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=31,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328883,-0.049551;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=117.009,45.6259;QD=62.4889;RBI=0.047486,0.0511439;REFB=0,0;REVB=0.0342532,-0.0126647;RO=0;SAF=14,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.13233e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-1.40327e-05,0.020449;OID=.,.;OPOS=224919,224919;OREF=A,AC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:47:0:0:43,2:45,2:0.957447,0.0425532:29,2:14,0:0:0:31,2:14,0:0:0 chr2 242793 . G C 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9221;QD=45.1025;RBI=0.0187252;REFB=-0.114456;REVB=0.000602471;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831815;STB=0.545402;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00999297;OID=.;OPOS=242793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:5:13:0:1:5:13:0:1 chr2 264019 . C A 710.15 PASS AF=1;AO=48;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.27835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.291;QD=52.6033;RBI=0.278488;REFB=0;REVB=0.00875117;RO=5;SAF=12;SAR=36;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141571;OID=.;OPOS=264019;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:54:5:0:48:54:1:36:12:5:0:37:17:0:0 chr2 272203 . C T 1905.53 PASS AF=0.992063;AO=122;DP=125;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0613686;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1231;QD=60.493;RBI=0.0647531;REFB=-0.0882785;REVB=-0.0206605;RO=2;SAF=45;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206419;STB=0.505262;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000762246;OID=.;OPOS=272203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:126:2:1:122:125:0.992063:77:45:2:0:78:47:1:0 chr2 277003 . A G 689.16 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.884;QD=62.6506;RBI=0.0278874;REFB=0;REVB=0.00730056;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69932e-05;OID=.;OPOS=277003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr2 676177 . C G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.266;QD=59.6792;RBI=0.0427767;REFB=0;REVB=0.0205307;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114816;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr2 1099077 . A T 55.13 PASS AF=0.105882;AO=3;DP=84;FAO=9;FDP=85;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=73;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0058817;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.177;QD=2.59428;RBI=0.00588841;REFB=-0.00517491;REVB=0.000281117;RO=33;SAF=1;SAR=2;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242234;STB=0.621572;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0177374;OID=.;OPOS=1099077;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:84:85:33:73:3:9:0.105882:2:1:19:14:6:3:34:39 chr2 1271230 . A G 264.82 PASS AF=0.413333;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0142892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.811;QD=14.1237;RBI=0.0204675;REFB=-0.0132032;REVB=-0.0146538;RO=44;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00340999;STB=0.514589;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0269785;OID=.;OPOS=1271230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:44:44:30:31:0.413333:19:11:16:28:19:12:16:28 chr2 1320143 . C T 1192.75 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621257;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9983;QD=61.1664;RBI=0.0626265;REFB=0;REVB=-0.00790429;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403218;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr2 1481155 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.356;QD=40.7629;RBI=0.0273091;REFB=0;REVB=0.0273091;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329948;OID=.;OPOS=1481155;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr2 1546327 . C G 677.03 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00837772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6158;QD=56.4191;RBI=0.0209193;REFB=-0.0240087;REVB=0.0191685;RO=3;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023512;STB=0.512529;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00895893;OID=.;OPOS=1546327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:21:24:1:2:21:24:1:2 chr2 1636904 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0144305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.45;QD=19.3436;RBI=0.0179158;REFB=-0.0137456;REVB=-0.0106178;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128418;OID=.;OPOS=1636904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:7:11:11:7:7:11 chr2 1647171 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00849796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.368;QD=57.237;RBI=0.00899481;REFB=0;REVB=-0.00294811;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2718e-05;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr2 1652459 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0389601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.606;QD=12.8688;RBI=0.0398971;REFB=-0.0309265;REVB=0.00859599;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122544;STB=0.507233;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0263254;OID=.;OPOS=1652459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:6:10:7:4:6:10 chr2 1652822 . T G 1767.59 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.504;QD=60.9513;RBI=0.023135;REFB=0;REVB=0.0178937;RO=0;SAF=68;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49707e-06;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:48:68:0:0:48:68:0:0 chr2 1652891 . G A 628.44 PASS AF=0.588235;AO=60;DP=102;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.000546686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.31;QD=24.6448;RBI=0.0335966;REFB=-0.0487258;REVB=0.0335921;RO=41;SAF=32;SAR=28;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124264;STB=0.562479;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0248487;OID=.;OPOS=1652891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:41:42:60:60:0.588235:28:32:15:26:28:32:16:26 chr2 1664654 . A G 1370.41 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131617;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.746;QD=63.0073;RBI=0.0510523;REFB=0;REVB=0.0493266;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104608;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr2 1842968 . T C 498.56 PASS AF=0.486239;AO=52;DP=108;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=0.0134737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.554;QD=18.2956;RBI=0.0253136;REFB=-0.0219804;REVB=-0.0214298;RO=55;SAF=24;SAR=28;SRF=15;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179678;STB=0.597617;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0154295;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:55:56:52:53:0.486239:28:24:15:40:29:24:15:41 chr2 1926437 . G T 769.6 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122287;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.769;QD=57.0075;RBI=0.0138241;REFB=0;REVB=0.00644713;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19719e-05;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr2 1946914 . A G 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00281513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.483;QD=16.6186;RBI=0.0313262;REFB=-0.0258882;REVB=-0.0311995;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1884;STB=0.605975;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0321118;OID=.;OPOS=1946914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:21:7:10:13:21:7 chr2 1946968 . C T 283.18 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=0.00416858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0427;QD=12.727;RBI=0.0245528;REFB=-0.0270684;REVB=0.0241963;RO=55;SAF=22;SAR=11;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532858;STB=0.534462;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0566409;OID=.;OPOS=1946968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:56:33:33:0.370787:11:22:39:16:11:22:40:16 chr2 3212704 . C A 215.17 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0230092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.755;QD=37.421;RBI=0.023838;REFB=-0.0122651;REVB=0.00623116;RO=2;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834716;STB=0.504582;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00155005;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:2:4:19:19:0.826087:9:10:2:0:9:10:2:2 chr2 3392075 . T C 382.61 PASS AF=0.965517;AO=25;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0342446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.265;QD=52.7733;RBI=0.0378102;REFB=-0.102482;REVB=0.0160287;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00160277;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:25:28:0.965517:20:5:0:0:21:7:0:1 chr2 3392295 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.16;QD=57.1775;RBI=0.0425015;REFB=0;REVB=0.0389381;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72466e-05;OID=.;OPOS=3392295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr2 3392513 . TT CA 617.01 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00128237;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=2;MLLD=170.977;QD=61.7007;RBI=0.011412;REFB=0;REVB=-0.0113397;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.81792e-05;OID=.;OPOS=3392513;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr2 3425514 . G C 1242.42 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.364;QD=61.3542;RBI=0.0321181;REFB=0;REVB=-0.0214244;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120306;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:35:45:0:0:35:46:0:0 chr2 3425729 . C T 747.53 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.479;QD=55.3724;RBI=0.0814769;REFB=0;REVB=0.0275521;RO=0;SAF=11;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142731;OID=.;OPOS=3425729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:39:11:0:0:39:15:0:0 chr2 3469463 . G C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.333;QD=57.236;RBI=0.023209;REFB=0;REVB=0.0230002;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08205e-05;OID=.;OPOS=3469463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr2 3470115 . T C 731.63 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335646;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3435;QD=63.6197;RBI=0.0414553;REFB=0;REVB=-0.0243303;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29422e-05;OID=.;OPOS=3470115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:34:11:0:0:34:12:0:0 chr2 3470124 . G A 642.92 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.885;QD=61.2301;RBI=0.0468513;REFB=0;REVB=0.0236079;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700343;OID=.;OPOS=3470124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:32:9:0:0:32:10:0:0 chr2 3483205 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.138;QD=44.6898;RBI=0.027178;REFB=0;REVB=0.0238962;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08712e-05;OID=.;OPOS=3483205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr2 3488502 . A G 1325.46 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.901;QD=61.6493;RBI=0.0404994;REFB=0;REVB=0.0323966;RO=0;SAF=55;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161561;OID=.;OPOS=3488502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:29:55:0:0:29:57:0:0 chr2 3504687 . A G 1312.88 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.967;QD=61.7827;RBI=0.0407187;REFB=0;REVB=0.0322463;RO=0;SAF=26;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160997;OID=.;OPOS=3504687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:58:26:0:0:58:27:0:0 chr2 3605468 . A G 284.39 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.118542;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.595;QD=21.8762;RBI=0.118748;REFB=-0.00802447;REVB=0.0070055;RO=23;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657034;STB=0.536399;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0148797;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:23:23:29:29:0.557692:14:15:10:13:14:15:10:13 chr2 3652616 . G C 1847.94 PASS AF=0.991935;AO=114;DP=118;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0492118;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2735;QD=59.6111;RBI=0.058439;REFB=-0.130035;REVB=0.0315168;RO=1;SAF=73;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646095;STB=0.503401;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0013631;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:124:1:1:114:123:0.991935:41:73:1:0:50:73:1:0 chr2 3653844 . T C 462.39 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.081;QD=57.7989;RBI=0.0385765;REFB=0;REVB=0.0206785;RO=0;SAF=2;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232242;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:27:2:0:0:27:5:0:0 chr2 3800383 . C T 432.05 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00346889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.508;QD=20.3319;RBI=0.0823957;REFB=-0.0255732;REVB=-0.0823226;RO=42;SAF=23;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523569;STB=0.529012;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0243933;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:20:23:20:22:20:23:20:22 chr2 5837455 . A C 1383.8 PASS AF=0.534694;AO=130;DP=244;FAO=131;FDP=245;FR=.;FRO=114;FSAF=54;FSAR=77;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=-0.0121424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0091;QD=22.5927;RBI=0.0212475;REFB=-0.0249945;REVB=-0.0174361;RO=111;SAF=54;SAR=76;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303098;STB=0.512608;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0183649;OID=.;OPOS=5837455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:111:114:130:131:0.534694:76:54:50:61:77:54:50:64 chr2 5838030 . G A 84.93 PASS AF=0.37931;AO=9;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0155701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.782;QD=11.7148;RBI=0.015571;REFB=-0.0200444;REVB=0.000171392;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191462;STB=0.662304;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0155652;OID=.;OPOS=5838030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:28:29:18:18:9:11:0.37931:4:5:13:5:6:5:13:5 chr2 5838915 . CT C 60.79 PASS AF=0.52381;AO=20;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0583118;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.67299;QD=5.78964;RBI=0.120947;REFB=-0.0867966;REVB=0.105962;RO=17;SAF=2;SAR=18;SRF=7;SRR=10;SSEN=0.390244;SSEP=0;SSSB=-0.421236;STB=0.691846;STBP=0.046;TYPE=del;VARB=0.118787;OID=.;OPOS=5838916;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:20:42:22:42:20:3:19:8:12:60:17:2:18:7:10 chr2 5839686 . A G 182.88 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00169884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4818;QD=17.4173;RBI=0.015846;REFB=-0.0140613;REVB=-0.0157547;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439952;STB=0.50251;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0252434;OID=.;OPOS=5839686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:12:11:9:10:12:11 chr2 5839811 . T C 114.43 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0120244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.513;QD=14.7655;RBI=0.0260937;REFB=-0.000808869;REVB=0.023158;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723649;STB=0.543414;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00177866;OID=.;OPOS=5839811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:17:13:14:0.451613:9:4:6:10:10:4:6:11 chr2 5840461 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.214;QD=16.4542;RBI=0.0143353;REFB=0.0102418;REVB=0.0143353;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00269743;OID=.;OPOS=5840461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:10:4:4:5:6:0.6:5:0:0:4:6:0:0:4 chr2 6990020 . C T 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0153641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.148;QD=12.8691;RBI=0.0153969;REFB=-0.00561036;REVB=0.0010032;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12369;STB=0.571361;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00787871;OID=.;OPOS=6990020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:12:9:18:15:12:9:18:15 chr2 6990033 . T C 342.24 PASS AF=0.545455;AO=33;DP=63;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0108912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.9336;QD=20.742;RBI=0.0153201;REFB=0.0269346;REVB=0.0107744;RO=30;SAF=20;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204579;STB=0.624718;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0221709;OID=.;OPOS=6990033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:30:30:33:36:0.545455:13:20:11:19:13:23:11:19 chr2 7137067 . A G 410.55 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00785856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.289;QD=14.6623;RBI=0.0304742;REFB=-0.00694244;REVB=0.0294435;RO=65;SAF=25;SAR=22;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227505;STB=0.512796;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0114855;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:47:47:0.419643:22:25:36:29:22:25:36:29 chr2 7154632 . T C 1098.29 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.941;QD=60.1805;RBI=0.0460991;REFB=0;REVB=0.0445383;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115181;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:45:27:0:0:46:27:0:0 chr2 7164578 . A G 298.24 PASS AF=0.395349;AO=35;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0582876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7799;QD=13.8717;RBI=0.0825372;REFB=-0.0157991;REVB=-0.0584375;RO=51;SAF=20;SAR=15;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105709;STB=0.576878;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0373673;OID=.;OPOS=7164578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:52:35:34:0.395349:15:20:24:27:14:20:24:28 chr2 7181560 . G A 199.86 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0769089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2213;QD=13.5496;RBI=0.0823468;REFB=0.00365488;REVB=-0.029428;RO=32;SAF=8;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264003;STB=0.658958;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00823018;OID=.;OPOS=7181560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:35:24:24:0.40678:16:8:19:13:16:8:21:14 chr2 7716984 . A G 255.6 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0637854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5773;QD=16.2289;RBI=0.0654373;REFB=-0.0114236;REVB=-0.0146103;RO=33;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214585;STB=0.628047;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0119477;OID=.;OPOS=7716984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:11:18:13:20:11:18:13:21 chr2 7717019 . G A 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0707892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6262;QD=13.7268;RBI=0.0707953;REFB=0.0345317;REVB=0.000922651;RO=36;SAF=7;SAR=18;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348627;STB=0.699569;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0588214;OID=.;OPOS=7717019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:18:7:22:14:18:7:22:14 chr2 8871342 . C A 68.12 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00822469;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.168;QD=12.3848;RBI=0.00830205;REFB=-0.00349484;REVB=-0.00113067;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104179;STB=0.533258;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00455288;OID=.;OPOS=8871342;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:22:13:13:8:9:0.409091:5:3:5:8:6:3:5:8 chr2 9002428 . GT G,TG 64.01 PASS AF=0.225352,0.056338;AO=22,3;DP=71;FAO=16,4;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=3,0;FSAR=13,4;FSRF=38;FSRR=13;FWDB=0.0620744,0.00184766;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.772,143.746;QD=3.60621;RBI=0.270176,0.104595;REFB=-0.11682,-0.00930056;REVB=-0.262949,-0.104579;RO=42;SAF=5,0;SAR=17,3;SRF=33;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.579365,-0.664512;STB=0.871953,0.998457;STBP=0.004,0.001;TYPE=del,mnp;VARB=0.118681,0.113432;OID=.,.;OPOS=9002429,9002428;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:71:71:42:51:22,3:16,4:0.225352,0.056338:17,3:5,0:33:9:13,4:3,0:38:13 chr2 9491017 . C T 1240.3 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9041;QD=60.5026;RBI=0.0229403;REFB=0;REVB=-0.0214799;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390159;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:38:42:0:0:40:42:0:0 chr2 9880827 . A G 237.01 PASS AF=0.376623;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0531219;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2222;QD=12.3123;RBI=0.0570718;REFB=-0.0108547;REVB=-0.0208629;RO=48;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13749;STB=0.580649;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0279165;OID=.;OPOS=9880827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:48:48:28:29:0.376623:14:14:18:30:15:14:17:31 chr2 9880897 . G A 189.01 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0158284;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.255;QD=15.7508;RBI=0.0184644;REFB=-0.0252129;REVB=-0.00950771;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14559;STB=0.583252;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0326386;OID=.;OPOS=9880897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:10:18:10:10:10:18 chr2 9983716 . A C 726.02 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.155;QD=56.943;RBI=0.040237;REFB=0;REVB=0.0394025;RO=0;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88995e-05;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:46:51:1:37:9:0:0:42:9:0:0 chr2 10045014 . C T 345.07 PASS AF=0.427083;AO=37;DP=106;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.00745775;FXX=0.142844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3571;QD=14.378;RBI=0.064638;REFB=-0.00223635;REVB=-0.0642063;RO=41;SAF=17;SAR=20;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230915;STB=0.602916;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00449228;OID=.;OPOS=10045014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:96:41:55:37:41:0.427083:20:17:29:12:20:21:38:17 chr2 10045024 . G A 1842.86 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064001;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.938;QD=60.4216;RBI=0.03781;REFB=0;REVB=0.0372644;RO=0;SAF=74;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15375e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15529e-05;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:119:122:1:45:74:0:0:48:74:0:0 chr2 10050947 . T C 347.68 PASS AF=0.354839;AO=31;DP=117;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0316113;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.357;QD=11.2154;RBI=0.0320611;REFB=-0.0265792;REVB=-0.00535126;RO=61;SAF=7;SAR=24;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39989;STB=0.552259;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0345064;OID=.;OPOS=10050947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:124:61:80:31:44:0.354839:24:7:34:27:25:19:41:39 chr2 10050960 . A G 363.92 PASS AF=0.343511;AO=45;DP=131;FAO=45;FDP=131;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.0213035;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.6554;QD=11.1122;RBI=0.0215226;REFB=-0.00792774;REVB=0.00306312;RO=83;SAF=21;SAR=24;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309269;STB=0.506637;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0177179;OID=.;OPOS=10050960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:83:86:45:45:0.343511:24:21:41:42:24:21:41:45 chr2 10053412 . C T 136.17 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0764163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5852;QD=8.51069;RBI=0.0827234;REFB=-0.0169587;REVB=0.0316814;RO=44;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156968;STB=0.601898;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0313471;OID=.;OPOS=10053412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:45:19:19:0.296875:12:7:22:22:12:7:23:22 chr2 10059770 . G T 122.3 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0317822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.78;QD=15.7812;RBI=0.03566;REFB=-0.0113595;REVB=0.0161717;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837908;STB=0.548319;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0238346;OID=.;OPOS=10059770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:7:10:7:7:7:10 chr2 10094992 . A G 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.967;QD=56.6979;RBI=0.10695;REFB=0;REVB=0.00923448;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874708;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr2 10126330 . G A 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.533;QD=57.7089;RBI=0.0374923;REFB=0;REVB=0.0235329;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101605;OID=.;OPOS=10126330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr2 10188649 . A T 648.84 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.087;QD=61.7946;RBI=0.0390823;REFB=0;REVB=0.0372152;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122476;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:16:25:0:0:16:26:0:0 chr2 10262920 . T G 137.82 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0320257;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.482;QD=15.7509;RBI=0.0343581;REFB=-0.0302293;REVB=0.0124433;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299422;STB=0.675795;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0374596;OID=.;OPOS=10262920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:15:15:0.428571:12:3:9:11:12:3:9:11 chr2 10267211 . T C 407.94 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0317822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7637;QD=17.7364;RBI=0.0356378;REFB=-0.0158868;REVB=0.0161227;RO=50;SAF=15;SAR=27;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850917;STB=0.547674;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0245771;OID=.;OPOS=10267211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:27:15:22:28:27:15:22:28 chr2 10295277 . C T 377.92 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0143666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9668;QD=24.3817;RBI=0.0313797;REFB=0.00845567;REVB=-0.0278979;RO=25;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246178;STB=0.513506;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00671973;OID=.;OPOS=10295277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:19:18:13:12:19:18:13:12 chr2 10580967 . G A 165.5 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0281793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.18;QD=9.59437;RBI=0.0318718;REFB=-0.00739011;REVB=-0.0148908;RO=41;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225494;STB=0.651034;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0124107;OID=.;OPOS=10580967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:69:41:47:22:22:0.318841:10:12:14:27:10:12:15:32 chr2 10717806 . C T 233.46 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0348864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6788;QD=15.0622;RBI=0.0381236;REFB=-0.0248139;REVB=0.0153735;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307469;STB=0.673535;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.032116;OID=.;OPOS=10717806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:17:10:24:11:17:10:24:11 chr2 10808776 . C A,CAA 1740.36 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=10,104;DP=122;FAO=4,112;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=1,63;FSAR=3,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149002,-0.00750692;FXX=0.00854628;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=32.7065,124.869;QD=60.0126;RBI=0.0191701,0.0290367;REFB=0,0;REVB=-0.0120614,0.0280495;RO=5;SAF=7,56;SAR=3,48;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.235067,-0.0405005;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0289476,0.00036712;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:122:116:5:0:10,104:4,112:0.0344828,0.965517:3,48:7,56:5:0:3,49:1,63:0:0 chr2 10908893 . A G 100.22 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.000974518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8237;QD=15.4189;RBI=0.0231404;REFB=-0.0107925;REVB=-0.0231198;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312947;STB=0.691067;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0238702;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:14:14:11:12:0.461538:5:6:3:11:5:7:3:11 chr2 10928906 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0325195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.44;QD=8.25459;RBI=0.0390258;REFB=-0.0051292;REVB=0.0215754;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883056;STB=0.555373;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00736349;OID=.;OPOS=10928906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:5:7:3:3:5:7 chr2 10930903 . T C 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00117569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.853;QD=24.9761;RBI=0.00119141;REFB=-0.0145275;REVB=-0.000192893;RO=21;SAF=15;SAR=18;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874228;STB=0.547917;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00882397;OID=.;OPOS=10930903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:18:15:7:14:18:15:7:14 chr2 10933249 . C T 183.67 PASS AF=0.475;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0372029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2936;QD=18.3668;RBI=0.0410695;REFB=0.0117621;REVB=0.0173967;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113833;STB=0.575837;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0117426;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:21:19:19:0.475:10:9:12:8:10:9:13:8 chr2 10942687 . C T 257.41 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.000944137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3716;QD=17.7522;RBI=0.00596284;REFB=-0.0488138;REVB=0.00588762;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263653;STB=0.645457;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00435704;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:29:25:26:0.448276:16:9:18:10:17:9:18:11 chr2 11053020 . A G 455.25 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.284;QD=56.9059;RBI=0.0616592;REFB=0;REVB=0.0616505;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874981;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:28:32:1:11:17:0:0:14:18:0:0 chr2 11053740 . C T 275.13 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=0.00557753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2866;QD=13.1015;RBI=0.0164647;REFB=-0.0020939;REVB=-0.0154912;RO=52;SAF=23;SAR=9;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162263;STB=0.509271;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00430565;OID=.;OPOS=11053740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:9:23:38:14:9:23:38:14 chr2 11264830 . G A 1175.03 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0219466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.07;QD=59.4951;RBI=0.0294074;REFB=-0.0930237;REVB=0.0195739;RO=1;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101798;STB=0.505375;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00728417;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:46:32:0:1:46:32:0:1 chr2 11696806 . C T 495.49 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=-0.00548031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.039;QD=23.317;RBI=0.0162583;REFB=0.00823626;REVB=-0.0153068;RO=38;SAF=31;SAR=16;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123341;STB=0.567415;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00772747;OID=.;OPOS=11696806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:16:31:30:8:16:31:30:8 chr2 11706693 . T C 451.84 PASS AF=0.442478;AO=38;DP=114;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.00122959;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7926;QD=15.9944;RBI=0.0269785;REFB=-0.0369777;REVB=-0.0269505;RO=50;SAF=17;SAR=21;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197099;STB=0.601731;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0149014;OID=.;OPOS=11706693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:50:63:38:50:0.442478:21:17:13:37:25:25:20:43 chr2 11725049 . T C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.189;QD=58.5843;RBI=0.035892;REFB=0;REVB=0.0265636;RO=0;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62458e-05;OID=.;OPOS=11725049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:27:6:0:0:27:6:0:0 chr2 11727507 . G A 791.98 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0418;QD=55.5773;RBI=0.0531272;REFB=-0.0608365;REVB=0.0496584;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297855;OID=.;OPOS=11727507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:57:1:0:55:57:1:28:27:0:1:30:27:0:0 chr2 11733134 . C G 369.6 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.00521274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8004;QD=22.4;RBI=0.0112709;REFB=0.0134525;REVB=0.00999305;RO=27;SAF=23;SAR=14;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199295;STB=0.600863;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0115882;OID=.;OPOS=11733134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:29:37:37:0.560606:14:23:23:4:14:23:24:5 chr2 11738091 . T C 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1729;QD=56.6976;RBI=0.00610533;REFB=0;REVB=-0.00297404;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83482e-05;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr2 11752635 . T C 1732.57 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.033985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9808;QD=59.7439;RBI=0.0396931;REFB=-0.0793636;REVB=0.0205076;RO=1;SAF=46;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102112;STB=0.505375;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000766468;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:1:1:115:115:0.991379:69:46:1:0:69:46:1:0 chr2 11798620 . TG T 36.61 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0629527;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.9573;QD=4.06777;RBI=0.101323;REFB=-0.0533875;REVB=0.0793934;RO=21;SAF=10;SAR=1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510626;STB=0.664092;STBP=0.239;TYPE=del;VARB=0.0927593;OID=.;OPOS=11798621;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:11:36:11:36:25:9:2:16:9:36:21:10:1:12:9 chr2 11817812 . G C 1465.22 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00137729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1893;QD=61.0508;RBI=0.00577493;REFB=-0.181146;REVB=0.00560828;RO=2;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206044;STB=0.510867;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00414817;OID=.;OPOS=11817812;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:45:49:0:2:45:49:0:2 chr2 11965541 . A G 725.57 PASS AF=0.854839;AO=52;DP=62;FAO=53;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00823503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.2516;QD=46.8107;RBI=0.0184838;REFB=-0.0604508;REVB=-0.016548;RO=3;SAF=23;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232558;STB=0.504834;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00300544;OID=.;OPOS=11965541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:62:62:3:6:52:53:0.854839:29:23:2:1:29:24:3:3 chr2 12864766 . C T 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0112485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.834;QD=15.773;RBI=0.019196;REFB=-0.0213422;REVB=-0.015555;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173626;STB=0.597284;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0249593;OID=.;OPOS=12864766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:16:11:8:25:16:11:8:25 chr2 12877501 . G A,GA 1867.39 PASS AF=0.031746,0.968254;AO=13,103;DP=128;FAO=4,122;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=3,79;FSAR=1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175392,0.027527;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=58.6238,75.9667;QD=59.2822;RBI=0.0340835,0.037429;REFB=0,0;REVB=0.0292243,0.0253614;RO=3;SAF=11,67;SAR=2,36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.105798,-0.000955259;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0518257,0.00460633;OID=.,.;OPOS=12877501,12877502;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:128:126:3:0:13,103:4,122:0.031746,0.968254:2,36:11,67:2:1:1,43:3,79:0:0 chr2 12882822 . ATC A 1567.28 PASS AF=1;AO=94;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251771;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.348;QD=58.0475;RBI=0.0268077;REFB=0;REVB=0.00920694;RO=0;SAF=31;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.09915e-06;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:94:108:108:108:0:39:69:0:0:9:0:31:63:0:0 chr2 14779829 . A G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0225067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.386;QD=19.6682;RBI=0.0235165;REFB=-0.00457215;REVB=0.00681726;RO=19;SAF=17;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386867;STB=0.724825;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00486522;OID=.;OPOS=14779829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:2:17:12:7:2:17:12:7 chr2 14780038 . T G 384.63 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0579433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7312;QD=18.1003;RBI=0.0933871;REFB=-0.00776409;REVB=0.0732375;RO=45;SAF=21;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972197;STB=0.554225;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0105632;OID=.;OPOS=14780038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:19:21:19:26:19:21:19:26 chr2 15533779 . G A 129.2 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0200272;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6252;QD=12.6046;RBI=0.0207734;REFB=-0.00539164;REVB=-0.0055178;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225933;STB=0.640849;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00634683;OID=.;OPOS=15533779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:26:15:15:0.365854:8:7:17:8:8:7:18:8 chr2 15542337 . C G 125.68 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0515226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7956;QD=10.6962;RBI=0.0691857;REFB=0.00865172;REVB=0.0461745;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107174;STB=0.563555;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.0242844;OID=.;OPOS=15542337;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:6:9:22:10:6:9:22:10 chr2 15555762 . C G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0558008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1666;QD=17.0325;RBI=0.0709814;REFB=0.00747481;REVB=0.0438705;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210182;STB=0.620552;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00531132;OID=.;OPOS=15555762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:12:6:12:10:12:6:12:10 chr2 15555832 . A G 175.14 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0568505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.678;QD=20.0159;RBI=0.0571463;REFB=-0.0145842;REVB=0.00580655;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384797;STB=0.521715;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0130237;OID=.;OPOS=15555832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:5:12:12:6:5:12 chr2 15601441 . C T 302.51 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.00697821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.481;QD=12.2224;RBI=0.0126536;REFB=-0.0145072;REVB=-0.0105555;RO=64;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860336;STB=0.549329;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0338242;OID=.;OPOS=15601441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:21:14:21:43:21:14:21:43 chr2 15613460 . T C 252.75 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0292309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9064;QD=21.0624;RBI=0.0333032;REFB=-0.0134532;REVB=-0.015958;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148268;STB=0.583264;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0165506;OID=.;OPOS=15613460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:14:10:14:10:14:10 chr2 15614404 . T C 233.01 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0193722;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.127;QD=14.7944;RBI=0.0208523;REFB=-0.0250968;REVB=0.00771574;RO=37;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124656;STB=0.560275;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0279558;OID=.;OPOS=15614404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:37:36:27:27:0.428571:19:8:15:22:19:8:14:22 chr2 15618339 . G A 88.48 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0063584;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.828;QD=13.1081;RBI=0.00745657;REFB=-0.0303362;REVB=0.00389501;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119984;STB=0.571292;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0438137;OID=.;OPOS=15618339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:6:10:8:3:6:10 chr2 15698746 . G C 558.33 PASS AF=0.410256;AO=64;DP=156;FAO=64;FDP=156;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.00468713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.237;QD=14.3162;RBI=0.00764741;REFB=0.0098024;REVB=0.00604266;RO=91;SAF=23;SAR=41;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883298;STB=0.546999;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0123082;OID=.;OPOS=15698746;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:91:92:64:64:0.410256:41:23:40:51:41:23:40:52 chr2 15735648 . T C 296.56 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00120159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.605;QD=13.1804;RBI=0.00330826;REFB=-0.0154779;REVB=-0.00308233;RO=56;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210459;STB=0.620085;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0280544;OID=.;OPOS=15735648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:14:20:22:34:14:20:22:34 chr2 15747393 . C T 148.59 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00101293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.561;QD=10.8066;RBI=0.00913982;REFB=0.0054815;REVB=-0.00908352;RO=35;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390469;STB=0.691814;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0172729;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:18:19:0.345455:5:13:13:22:6:13:14:22 chr2 15840522 . G T 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0148251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.911;QD=28.9132;RBI=0.0254485;REFB=-0.0101785;REVB=0.0206844;RO=15;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161182;STB=0.588717;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00539151;OID=.;OPOS=15840522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:15:11:10:5:15:11:10:5 chr2 15840623 . A G 396.6 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0148113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.273;QD=17.8246;RBI=0.015861;REFB=-0.00341376;REVB=0.00567428;RO=48;SAF=26;SAR=15;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727111;STB=0.540708;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00401015;OID=.;OPOS=15840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:15:26:27:21:15:26:27:21 chr2 15840645 . T C 457.85 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0105492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5976;QD=20.8113;RBI=0.0510859;REFB=-0.0312238;REVB=0.0499848;RO=43;SAF=24;SAR=21;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845159;STB=0.546687;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0310206;OID=.;OPOS=15840645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:21:24:27:16:21:24:27:16 chr2 16090820 . T C 93.44 PASS AF=0.578947;AO=12;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.017004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8495;QD=19.6709;RBI=0.0310034;REFB=0.021578;REVB=0.0259244;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335038;STB=0.747224;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0187551;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:19:19:7:8:12:11:0.578947:4:8:1:6:3:8:1:7 chr2 17304295 . A G 1069.11 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0518636;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5014;QD=58.5814;RBI=0.0532778;REFB=-0.0662187;REVB=0.012194;RO=1;SAF=32;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145499;STB=0.50769;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00150592;OID=.;OPOS=17304295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:40:32:1:0:40:32:1:0 chr2 17696573 . C T 2225.89 PASS AF=0.980519;AO=150;DP=154;FAO=151;FDP=154;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0231882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.536;QD=57.8152;RBI=0.0277553;REFB=-0.170091;REVB=-0.0152534;RO=3;SAF=75;SAR=75;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186424;STB=0.509676;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00120034;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:154:154:3:3:150:151:0.980519:75:75:3:0:75:76:3:0 chr2 17698678 . A G 1624.42 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000202472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.883;QD=60.1638;RBI=0.00346451;REFB=0;REVB=0.00345859;RO=0;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21422e-06;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:57:50:0:0:58:50:0:0 chr2 17906605 . T C 195.48 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00802061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4652;QD=17.7713;RBI=0.03841;REFB=-0.0292312;REVB=0.0375632;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118016;STB=0.577903;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0465594;OID=.;OPOS=17906605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:24:19:20:0.454545:8:11:11:13:8:12:11:13 chr2 17942775 . T A 750.13 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3844;QD=56.6133;RBI=0.0604319;REFB=0;REVB=0.00371945;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456985;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:34:18:0:0:34:19:0:0 chr2 17954027 . G A 1245.51 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0733801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7304;QD=61.5065;RBI=0.0772885;REFB=0;REVB=-0.0242667;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000536381;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr2 17954421 . C G 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.487;QD=59.854;RBI=0.0522343;REFB=0;REVB=0.0411296;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322457;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr2 17962450 . A G 725.91 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0233929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4462;QD=52.7935;RBI=0.0569224;REFB=-0.0529616;REVB=-0.0518935;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177765;STB=0.518512;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0138219;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:2:53:53:0.963636:26:27:0:1:26:27:0:2 chr2 17962518 . C A,T 610.68 PASS AF=0.0731707,0.926829;AO=2,38;DP=40;FAO=3,38;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00264763,-0.00507515;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.144,121.193;QD=59.5789;RBI=0.0132083,0.00773802;REFB=0,0;REVB=0.0129402,-0.00584121;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.76123e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0711786,-0.00546058;OID=.,.;OPOS=17962518,17962518;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:40:41:0:0:2,38:3,38:0.0731707,0.926829:0,24:2,14:0:0:1,24:2,14:0:0 chr2 18112473 . G A 1568.41 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8787;QD=59.749;RBI=0.129747;REFB=0;REVB=0.128327;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079411;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:105:0:0:99:105:1:56:43:0:0:61:44:0:0 chr2 18113508 . G A 127.21 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0425193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.348;QD=11.5643;RBI=0.0425241;REFB=-0.0232131;REVB=0.000641787;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173186;STB=0.603033;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0243748;OID=.;OPOS=18113508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:10:5:14:15:10:5:14:15 chr2 18113623 . A G 238.86 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.894;QD=50.2862;RBI=0.0284947;REFB=0;REVB=0.022333;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575763;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr2 18757501 . G C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00256267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.357;QD=9.18858;RBI=0.00543538;REFB=-0.0127065;REVB=-0.00479334;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917324;STB=0.566892;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0235787;OID=.;OPOS=18757501;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:6:5:9:15:6:5:9:16 chr2 18768850 . A G 235.12 PASS AF=0.611111;AO=19;DP=33;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0107685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4952;QD=26.1239;RBI=0.0404839;REFB=-0.0153707;REVB=0.0390254;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199634;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0194574;OID=.;OPOS=18768850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:14:14:19:22:0.611111:9:10:7:7:11:11:7:7 chr2 20101487 . G A 978.99 PASS AF=0.971831;AO=66;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0118094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.265;QD=55.1544;RBI=0.0702898;REFB=0.00898467;REVB=0.0692907;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141028;STB=0.51351;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-1.30773e-05;OID=.;OPOS=20101487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:1:2:66:69:0.971831:33:33:0:1:36:33:0:2 chr2 20101507 . G A 482.03 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0258961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.827;QD=20.5118;RBI=0.0279304;REFB=-0.0254661;REVB=0.010464;RO=47;SAF=25;SAR=22;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209736;STB=0.615716;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0366479;OID=.;OPOS=20101507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:22:25:14:33:22:25:14:33 chr2 20135283 . T C 921.22 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00369961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.428;QD=56.6903;RBI=0.00708631;REFB=0.0127124;REVB=-0.00604389;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160078;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00282998;OID=.;OPOS=20135283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:29:35:0:1:29:35:0:1 chr2 20205680 . C T 975.24 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0523051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7302;QD=57.367;RBI=0.0524513;REFB=-0.059209;REVB=-0.00391368;RO=1;SAF=18;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255251;STB=0.513509;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.001093;OID=.;OPOS=20205680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:49:18:1:0:49:18:1:0 chr2 20205848 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.862;QD=62.9828;RBI=0.0149806;REFB=0;REVB=0.0147389;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93627e-05;OID=.;OPOS=20205848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr2 20403794 . A T 681.3 PASS AF=1;AO=28;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156586;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3517;QD=61.9366;RBI=0.055857;REFB=0;REVB=0.0536173;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125411;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:28:44:1:5:23:0:0:21:23:0:0 chr2 20648211 . G T 142.06 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.541;QD=43.7109;RBI=0.0917145;REFB=0;REVB=0.0791223;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186795;OID=.;OPOS=20648211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:8:5:0:0 chr2 20680665 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.513;QD=51.1846;RBI=0.0674085;REFB=0;REVB=0.0655943;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291683;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr2 20680693 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4831;QD=51.9161;RBI=0.0509696;REFB=0;REVB=-0.00889891;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183541;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr2 20818454 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.043;QD=51.9167;RBI=0.027251;REFB=0;REVB=0.019213;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243817;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr2 20823724 . T C 542.15 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462336;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.298;QD=60.239;RBI=0.0496178;REFB=0;REVB=0.0180105;RO=0;SAF=7;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248532;OID=.;OPOS=20823724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:29:7:0:0:29:7:0:0 chr2 20824559 . C T 336.01 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.01575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.9765;QD=15.812;RBI=0.023812;REFB=-0.0250166;REVB=-0.0178592;RO=47;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120114;STB=0.56175;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0347417;OID=.;OPOS=20824559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:37:37:0.435294:16:21:21:26:16:21:22:26 chr2 20838318 . G A 387.93 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0213782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.938;QD=21.5516;RBI=0.0217441;REFB=-0.00336205;REVB=-0.0039721;RO=30;SAF=20;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210919;STB=0.524613;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00411434;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:30:33:38:39:0.541667:18:20:15:15:18:21:16:17 chr2 20885387 . T C 182.51 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0240038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3202;QD=16.9777;RBI=0.0644971;REFB=-0.0492354;REVB=0.0598639;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439071;STB=0.50251;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0314461;OID=.;OPOS=20885387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:14:10:8:11:14:10 chr2 21225281 . C T 215.1 PASS AF=0.525;AO=22;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.013491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.763;QD=21.5095;RBI=0.0136866;REFB=-0.0118626;REVB=-0.00230552;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168745;STB=0.529384;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0129102;OID=.;OPOS=21225281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:22:21:0.525:9:13:11:7:9:12:12:7 chr2 21225753 . C T 152.65 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0183117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.918;QD=14.5379;RBI=0.0237691;REFB=-0.00269262;REVB=-0.0151543;RO=25;SAF=12;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917819;STB=0.565136;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00431405;OID=.;OPOS=21225753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:25:16:17:0.404762:4:12:17:8:4:13:17:8 chr2 21231524 . G A 275.63 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0111957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.945;QD=18.0738;RBI=0.0129917;REFB=-0.0272217;REVB=0.00659095;RO=31;SAF=5;SAR=25;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246687;STB=0.639894;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0249318;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:25:5:11:20:25:5:11:20 chr2 21232803 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.621;QD=53.2747;RBI=0.0380665;REFB=0;REVB=0.0164671;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349027;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr2 21235475 . T C 1406.25 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0167682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.871;QD=60.484;RBI=0.0578916;REFB=-0.0595136;REVB=0.05541;RO=2;SAF=37;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249297;STB=0.513155;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000500491;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:54:37:2:0:54:37:2:0 chr2 21250914 . G A 731.83 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432459;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.372;QD=63.6374;RBI=0.00595534;REFB=0;REVB=0.00409438;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80387e-05;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr2 21360583 . A G 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0283917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.185;QD=16.1176;RBI=0.0289794;REFB=-0.019623;REVB=-0.00580681;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222009;STB=0.610921;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0329202;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:4:8:5:7:4:8:6:7 chr2 21366324 . G C 269.44 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0053387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1118;QD=22.931;RBI=0.0362588;REFB=-0.0125248;REVB=0.0358637;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927583;STB=0.551741;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00713267;OID=.;OPOS=21366324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:9:13:12:13:9:13 chr2 23865260 . T C 3134.55 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178622;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.393;QD=61.7646;RBI=0.0199971;REFB=0;REVB=0.00899012;RO=0;SAF=118;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76242e-05;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:203:0:0:203:203:1:85:118:0:0:85:118:0:0 chr2 23865369 . C G 274.41 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=32;FWDB=-0.00477997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.184;QD=17.4226;RBI=0.0137334;REFB=-0.00237132;REVB=0.0128747;RO=31;SAF=2;SAR=28;SRF=1;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145192;STB=0.588185;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00198606;OID=.;OPOS=23865369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:31:33:30:30:0.47619:28:2:1:30:28:2:1:32 chr2 23865908 . G C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0821743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3262;QD=11.1038;RBI=0.0874853;REFB=-0.00232042;REVB=0.0300178;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487741;STB=0.777266;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0122506;OID=.;OPOS=23865908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:10:0:3:4:10:0 chr2 23919375 . C T 714.99 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0848689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.85;QD=60.8498;RBI=0.0911214;REFB=0.0121892;REVB=0.0331719;RO=1;SAF=13;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347865;STB=0.51851;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.000245421;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:33:13:1:0:33:13:1:0 chr2 23926659 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7334;QD=63.286;RBI=0.019841;REFB=0;REVB=-0.015955;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018423;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr2 23973799 . T C 1055.64 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0843;QD=59.4724;RBI=0.06038;REFB=0;REVB=0.0398834;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118809;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:37:34:0:0 chr2 24055058 . G C 429.0 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6375;QD=57.2003;RBI=0.0575996;REFB=0;REVB=-0.0563157;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470815;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:12:18:0:0 chr2 24108652 . T C 1080.49 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.257;QD=60.0273;RBI=0.0582638;REFB=0;REVB=0.0440861;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222784;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr2 24369674 . C T 586.25 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00736691;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.906;QD=58.6251;RBI=0.0119523;REFB=-0.147694;REVB=-0.00941197;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00151021;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:1:0:23:16:1:0 chr2 24384424 . T C 545.29 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0533734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4942;QD=57.3986;RBI=0.0642069;REFB=-0.0275958;REVB=0.0356903;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283532;STB=0.515143;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00247045;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:16:20:0:1:16:21:0:1 chr2 24387178 . G GC 512.89 PASS AF=1;AO=42;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.4463;QD=45.5902;RBI=0.0910842;REFB=0;REVB=0.060394;RO=4;SAF=14;SAR=28;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00410415;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:46:45:45:0:17:28:0:0:9:4:14:28:4:0 chr2 24390517 . G A 1309.07 PASS AF=0.93617;AO=88;DP=94;FAO=88;FDP=94;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00527434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.516;QD=55.7052;RBI=0.0111346;REFB=-0.0869822;REVB=0.00980613;RO=2;SAF=49;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00242264;STB=0.50367;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.000714704;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:94:94:2:6:88:88:0.93617:39:49:1:1:39:49:3:3 chr2 24402127 . C A,CAA 347.83 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,22;DP=31;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00155373,0.0327588;FXX=0.137883;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=69.9492,143.305;QD=55.6535;RBI=0.0323599,0.0400677;REFB=0,0;REVB=-0.0323225,0.0230713;RO=6;SAF=2,10;SAR=0,12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.658493,0.0481785;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0480862,0.00279287;OID=.,.;OPOS=24402127,24402128;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:31:25:6:0:2,22:2,23:0.08,0.92:0,12:2,10:2:4:0,12:2,11:0:0 chr2 24587571 . A G 908.47 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441042;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.875;QD=58.6109;RBI=0.047384;REFB=0;REVB=-0.0173224;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258298;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:44:18:0:0:44:18:0:0 chr2 24899185 . C G 67.95 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00528118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0502;QD=14.3058;RBI=0.00595342;REFB=-0.047321;REVB=-0.00274817;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15627;STB=0.592381;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.03815;OID=.;OPOS=24899185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:5:5:6:3:5:5 chr2 24899204 . A G 46.76 PASS AF=0.35;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00890093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.428;QD=9.35114;RBI=0.0298258;REFB=0.00012848;REVB=-0.0284667;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116701;STB=0.521677;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.012273;OID=.;OPOS=24899204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:20:11:13:7:7:0.35:4:3:6:5:4:3:6:7 chr2 24905927 . G C 676.59 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089387;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.58;QD=62.939;RBI=0.089721;REFB=0;REVB=0.0077346;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015672;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:32:10:0:0:33:10:0:0 chr2 24974945 . T G 482.28 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.04037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.914;QD=55.1172;RBI=0.0428423;REFB=-0.0538872;REVB=0.0143431;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444293;STB=0.521726;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00110915;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:23:10:1:0:23:11:1:0 chr2 25022598 . A G 144.09 PASS AF=0.4;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0150737;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.841;QD=14.4086;RBI=0.0174125;REFB=0.00564189;REVB=0.00871665;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140771;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0078387;OID=.;OPOS=25022598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:24:16:16:0.4:12:4:6:19:12:4:6:18 chr2 25046090 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.81;QD=49.5992;RBI=0.0509159;REFB=0;REVB=0.0494587;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282056;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr2 25047408 . A G 92.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00662961;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.573;QD=16.7876;RBI=0.00684777;REFB=-0.0118103;REVB=0.00171472;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0255712;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:6:5:5:6:6:5 chr2 25050977 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.755;QD=59.8394;RBI=0.0364822;REFB=0;REVB=0.021179;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170492;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr2 25064193 . G A 1601.6 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493973;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.321;QD=58.2401;RBI=0.0664619;REFB=-0.148958;REVB=0.0444644;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000915879;OID=.;OPOS=25064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:110:0:0:108:110:1:57:51:0:0:57:53:0:0 chr2 25141538 . A G 228.01 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0324569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8562;QD=21.7153;RBI=0.155947;REFB=-0.0229302;REVB=-0.152532;RO=20;SAF=17;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183356;STB=0.603723;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0181622;OID=.;OPOS=25141538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:5:17:12:8:5:17:12:8 chr2 25194741 . G A 768.32 PASS AF=0.479042;AO=79;DP=156;FAO=80;FDP=167;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0252249;FXX=0.0118336;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.665;QD=18.403;RBI=0.0278104;REFB=-0.0338472;REVB=-0.0117099;RO=73;SAF=36;SAR=43;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151746;STB=0.534513;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0337659;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:167:73:87:79:80:0.479042:43:36:46:27:43:37:46:41 chr2 25281086 . A T 180.95 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00574563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6126;QD=13.1597;RBI=0.0320876;REFB=-0.0122946;REVB=-0.031569;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968991;STB=0.555506;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0398859;OID=.;OPOS=25281086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:12:10:12:21:12:10:12:21 chr2 25314186 . T C 830.88 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0493156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.388;QD=52.7543;RBI=0.0751698;REFB=0.0164345;REVB=-0.0567316;RO=3;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513911;STB=0.527264;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00140514;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:3:3:60:60:0.952381:26:34:0:3:26:34:0:3 chr2 25359422 . G A 437.73 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.135;QD=56.4816;RBI=0.019531;REFB=0;REVB=-0.00635045;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462075;OID=.;OPOS=25359422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr2 25377176 . T C 649.47 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.364;QD=61.8547;RBI=0.017505;REFB=0;REVB=0.0155293;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90056e-05;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr2 25469502 . C T 3675.98 PASS AF=0.991525;AO=232;DP=235;FAO=234;FDP=236;FR=.;FRO=2;FSAF=134;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0174188;FXX=0.00421923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.194;QD=62.3048;RBI=0.027127;REFB=-0.0764944;REVB=0.0207957;RO=2;SAF=132;SAR=100;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00114502;STB=0.500629;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.000258923;OID=.;OPOS=25469502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:235:236:2:2:232:234:0.991525:100:132:1:1:100:134:1:1 chr2 25919967 . A G 67.44 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0489162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2546;QD=13.487;RBI=0.0523903;REFB=-0.0601966;REVB=0.0187603;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255081;STB=0.652961;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0849181;OID=.;OPOS=25919967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:6:5:2:7:6:5 chr2 25965348 . G A 124.49 PASS AF=0.64;AO=9;DP=26;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0535475;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.6055;QD=19.9179;RBI=0.0625234;REFB=-0.0813961;REVB=-0.0322776;RO=8;SAF=0;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.820694;STB=0.581988;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.13407;OID=.;OPOS=25965348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:25:8:9:9:16:0.64:9:0:6:2:9:7:6:3 chr2 26149968 . C G,T 512.96 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=2,33;DP=35;FAO=1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275866,-0.0266396;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.408,170.239;QD=58.6245;RBI=0.0495207,0.0318189;REFB=0,0;REVB=0.0411252,0.0174005;RO=0;SAF=1,15;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.64315e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0648463,0.00316134;OID=.,.;OPOS=26149968,26149968;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:35:35:0:0:2,33:1,34:0.0285714,0.971429:1,18:1,15:0:0:1,18:0,16:0:0 chr2 26149985 . CTGG CTGC,GCTG 117.37 PASS AF=0.368421,0;AO=11,3;DP=38;FAO=14,0;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8,0;FSAR=6,0;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00221578,-0.00322478;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,3;MLLD=157.083,101.014;QD=12.3544;RBI=0.0588553,0.094833;REFB=0.00128143,0.0123175;REVB=-0.0588136,-0.0947782;RO=8;SAF=7,0;SAR=4,3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0932099,-0.73181;STB=0.622052,0.5;STBP=0.253,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00342361,0.0915074;OID=.,.;OPOS=26149988,26149985;OREF=G,CTG;OALT=C,GCT;OMAPALT=CTGC,GCTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:8:24:11,3:14,0:0.368421,0:4,3:7,0:6:2:6,0:8,0:9:15 chr2 26321526 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.048;QD=57.2026;RBI=0.039208;REFB=0;REVB=0.0118603;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88622e-05;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr2 26358110 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5579;QD=46.8466;RBI=0.0438373;REFB=0;REVB=-0.0190123;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877256;OID=.;OPOS=26358110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr2 26399214 . G A 905.89 PASS AF=0.984375;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0308464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.571;QD=56.6181;RBI=0.0309214;REFB=-0.107274;REVB=0.00215274;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00112934;OID=.;OPOS=26399214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:64:0:1:60:63:0.984375:20:40:0:0:23:40:1:0 chr2 26507076 . A T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.39;QD=61.3356;RBI=0.0354683;REFB=0;REVB=-0.0179037;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19501e-05;OID=.;OPOS=26507076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr2 26534801 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.996;QD=45.8068;RBI=0.0378645;REFB=0;REVB=0.0264046;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025578;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr2 26536694 . C T 465.01 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.547;QD=58.1262;RBI=0.0575977;REFB=0;REVB=0.00940024;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413282;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr2 26606154 . T C 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.133;QD=57.882;RBI=0.0659891;REFB=0;REVB=0.0658422;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109716;OID=.;OPOS=26606154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr2 26607992 . T C 1089.84 PASS AF=0.986486;AO=74;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0571814;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3663;QD=58.9101;RBI=0.058527;REFB=-0.163016;REVB=-0.0124778;RO=1;SAF=22;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901237;STB=0.504853;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00532825;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:74:1:1:74:73:0.986486:52:22:0:1:51:22:0:1 chr2 26613056 . C T 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.196;QD=61.852;RBI=0.0656204;REFB=0;REVB=-0.0655695;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205891;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:51:32:0:0:51:32:0:0 chr2 26614583 . T TA,TAA 366.62 PASS AF=1,0;AO=46,12;DP=71;FAO=63,0;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.296203,-0.156201;FXX=0.0156226;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.66844,8.79203;QD=23.2774;RBI=0.2969,0.156431;REFB=0,0;REVB=0.02034,0.00847525;RO=11;SAF=16,9;SAR=30,3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0762405,0.198673;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0042051,0;OID=.,.;OPOS=26614584,26614584;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:46,12:71:63,0:63:0:25,0:38,0:0:0:8:11:16,9:30,3:6:5 chr2 26667615 . T C 990.87 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00662387;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.4981;QD=55.0482;RBI=0.0250721;REFB=-0.130036;REVB=0.0241813;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510495;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00311337;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:72:0:3:69:69:0.958333:29:40:0:0:29:40:1:2 chr2 26676322 . A G 805.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2346;QD=64.4003;RBI=0.0494625;REFB=0;REVB=0.0481223;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526249;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr2 26676395 . G T 482.99 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.218;QD=58.5443;RBI=0.0697642;REFB=0;REVB=0.0218301;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437282;OID=.;OPOS=26676395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr2 26693967 . C T 718.96 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0604094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.213;QD=59.9131;RBI=0.0607299;REFB=-0.103731;REVB=0.00623084;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159381;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000372731;OID=.;OPOS=26693967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:46:47:0.979167:17:29:1:0:17:30:1:0 chr2 26699126 . C G 1789.53 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229622;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9224;QD=60.1524;RBI=0.0621364;REFB=-0.103082;REVB=0.057738;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125294;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:120:119:0:0:118:119:1:63:55:0:0:63:56:0:0 chr2 26699855 . G C 833.68 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.746;QD=57.495;RBI=0.0174391;REFB=0;REVB=-0.0174052;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16935e-05;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr2 26700700 . G A 1376.05 PASS AF=0.947917;AO=91;DP=96;FAO=91;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00711774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.517;QD=57.3356;RBI=0.0328813;REFB=-0.108478;REVB=0.0321017;RO=4;SAF=50;SAR=41;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0039793;STB=0.507847;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00123817;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:96:96:4:5:91:91:0.947917:41:50:2:2:41:50:2:3 chr2 26739423 . T C 920.51 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.912;QD=58.4448;RBI=0.0394805;REFB=0;REVB=-0.00771596;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69129e-05;OID=.;OPOS=26739423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:34:27:0:0:34:29:0:0 chr2 26798893 . A T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.815;QD=56.7024;RBI=0.0171602;REFB=0;REVB=-0.00123054;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4329e-05;OID=.;OPOS=26798893;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr2 26799031 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.3;QD=43.4822;RBI=0.0183664;REFB=0;REVB=0.00526512;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422258;OID=.;OPOS=26799031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr2 26804218 . G A 2045.58 PASS AF=1;AO=126;DP=130;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486541;FXX=0.0422505;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.601;QD=60.1641;RBI=0.0499104;REFB=-0.0725892;REVB=0.0111278;RO=1;SAF=66;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437545;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:130:136:1:0:126:136:1:60:66:0:1:67:69:0:0 chr2 26804219 . T A 39.49 PASS AF=0.0839161;AO=12;DP=142;FAO=12;FDP=143;FR=.;FRO=131;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=63;FWDB=-0.0349533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7284;QD=1.10455;RBI=0.0371866;REFB=-0.0165451;REVB=-0.0126927;RO=130;SAF=7;SAR=5;SRF=68;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691904;STB=0.559243;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0245228;OID=.;OPOS=26804219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:142:143:130:131:12:12:0.0839161:5:7:68:62:5:7:68:63 chr2 26804247 . T C 461.23 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0218605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0878;QD=14.6423;RBI=0.0306517;REFB=-0.0211024;REVB=-0.0214859;RO=73;SAF=27;SAR=25;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696649;STB=0.542945;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0181752;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:73:74:52:52:0.412698:25:27:33:40:25:27:33:41 chr2 26951449 . G A 446.92 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.257;QD=57.6677;RBI=0.0174211;REFB=0;REVB=0.00748482;RO=0;SAF=27;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03221e-05;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:4:27:0:0:4:27:0:0 chr2 27169842 . C A 553.65 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.284;QD=59.8543;RBI=0.112819;REFB=0;REVB=0.0222931;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628707;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:22:13:0:0:23:14:0:0 chr2 27246285 . C T 1030.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033485;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.501;QD=59.7322;RBI=0.00700538;REFB=0;REVB=0.00615328;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576513;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr2 27259448 . G A 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00895864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.272;QD=18.8273;RBI=0.0240202;REFB=0.00254597;REVB=-0.0222871;RO=22;SAF=17;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375882;STB=0.717279;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0057414;OID=.;OPOS=27259448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:3:17:12:10:3:17:12:10 chr2 27261329 . A G 155.96 PASS AF=1;AO=8;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.301;QD=44.5589;RBI=0.0492632;REFB=0;REVB=-0.0402651;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281258;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:8:14:1:4:4:0:0:8:6:0:0 chr2 27290525 . A G 1236.52 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361924;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3316;QD=61.826;RBI=0.0479715;REFB=0;REVB=-0.0314861;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45616e-05;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr2 27303755 . A G 378.22 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434989;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.078;QD=56.0328;RBI=0.0456091;REFB=0;REVB=0.0137127;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140521;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr2 27308039 . GC CG,GCG 57.49 PASS AF=0,0.257143;AO=2,6;DP=36;FAO=0,9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=0,1;FSAR=0,8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0050658,0.0180306;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=84.2843,75.2445;QD=6.57079;RBI=0.104221,0.0305722;REFB=0.0117203,-0.000477385;REVB=-0.104098,-0.0246893;RO=27;SAF=0,0;SAR=2,6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.515582,-0.718345;STB=0.5,0.869873;STBP=1,0.019;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0111603;OID=.,.;OPOS=27308039,27308041;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:36:35:27:26:2,6:0,9:0,0.257143:2,6:0,0:16:11:0,8:0,1:15:11 chr2 27315252 . G A 197.27 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00321318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.99;QD=12.9359;RBI=0.0090365;REFB=-0.0227211;REVB=0.00844593;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817891;STB=0.549754;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0278492;OID=.;OPOS=27315252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:37:23:24:0.393443:11:12:16:20:11:13:17:20 chr2 27323385 . C T 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00690606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.163;QD=15.1609;RBI=0.0594328;REFB=-0.0326601;REVB=-0.0590302;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241158;STB=0.638544;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0342939;OID=.;OPOS=27323385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:15:7:9:7:15:7 chr2 27324036 . G A 183.04 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.000223063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.442;QD=13.312;RBI=0.0043305;REFB=-0.0103631;REVB=0.00432475;RO=33;SAF=15;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874403;STB=0.550412;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.012674;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:7:15:20:13:7:15:20:13 chr2 27324724 . G C 208.6 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0585304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.886;QD=33.3758;RBI=0.0586755;REFB=-0.012072;REVB=-0.00412409;RO=6;SAF=4;SAR=15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249106;STB=0.638138;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00375076;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:15:4:4:2:15:4:4:2 chr2 27324751 . G T 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00862083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.027;QD=28.524;RBI=0.0273533;REFB=0.0167322;REVB=-0.0259592;RO=6;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140931;STB=0.578836;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0138209;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:11:4:3:3:11:4:3:3 chr2 27351948 . T G 742.39 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0853327;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.937;QD=54.9922;RBI=0.092053;REFB=-0.128738;REVB=0.0345265;RO=1;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012566;STB=0.506664;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00656031;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:37:16:0:1:37:16:0:1 chr2 27424636 . G A 937.65 PASS AF=0.845238;AO=70;DP=84;FAO=71;FDP=84;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0755005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6128;QD=44.6498;RBI=0.07631;REFB=-0.109539;REVB=0.011086;RO=12;SAF=20;SAR=50;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408825;STB=0.504949;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0841247;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:84:84:12:13:70:71:0.845238:50:20:2:10:51:20:4:9 chr2 27428295 . A G 1319.75 PASS AF=0.956522;AO=87;DP=92;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0021248;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6677;QD=57.3806;RBI=0.0139647;REFB=-0.022936;REVB=0.0138021;RO=4;SAF=42;SAR=45;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193993;STB=0.510383;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.000844568;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:92:4:4:87:88:0.956522:45:42:1:3:45:43:1:3 chr2 27435250 . A G 1084.26 PASS AF=1;AO=65;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.924;QD=59.4115;RBI=0.0424101;REFB=0;REVB=-0.042345;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.41285e-05;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:65:73:1:22:43:0:0:30:43:0:0 chr2 27440785 . C T 456.32 PASS AF=0.918919;AO=32;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0172943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.07;QD=49.3318;RBI=0.112081;REFB=-0.174942;REVB=0.110738;RO=5;SAF=30;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442229;STB=0.592044;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0029873;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:37:37:5:3:32:34:0.918919:2:30:1:4:4:30:1:2 chr2 27455023 . C T 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0257075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.515;QD=20.0307;RBI=0.0280617;REFB=-0.00498317;REVB=-0.0112511;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144451;STB=0.580922;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00431639;OID=.;OPOS=27455023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:14:10:7:19:14:10:7:19 chr2 27550980 . ACCCC ACCC,ACCCG 41.42 PASS AF=0.20339,0;AO=12,2;DP=56;FAO=12,0;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=5,0;FSAR=7,0;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.12849,-0.0498262;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.6196,160.209;QD=2.8081;RBI=0.128819,0.050003;REFB=-0.0688091,-0.00352873;REVB=-0.0091909,-0.0042015;RO=40;SAF=5,0;SAR=7,2;SRF=16;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0.472222,0;SSSB=0.0209877,-0.37422;STB=0.510187,0.5;STBP=0.934,1;TYPE=del,snp;VARB=0.107516,0;OID=.,.;OPOS=27550981,27550984;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=ACCC,ACCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.20339,0:12,2:56:12,0:59:47:5,0:7,0:19:28:42:40:5,0:7,2:16:24 chr2 27558252 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00615205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.904;QD=16.3862;RBI=0.00696336;REFB=-0.0470619;REVB=-0.00326201;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207482;STB=0.618816;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0257821;OID=.;OPOS=27558252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:1:7:6:3:1:7 chr2 27706480 . C G 435.22 PASS AF=0.463158;AO=43;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00247239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.665;QD=18.3251;RBI=0.0240746;REFB=-0.019265;REVB=-0.0239473;RO=51;SAF=18;SAR=25;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126948;STB=0.500244;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0233907;OID=.;OPOS=27706480;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:43:44:0.463158:25:18:22:29:25:19:22:29 chr2 27720442 . A G 167.91 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00624469;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5989;QD=11.5798;RBI=0.00910511;REFB=-0.0145023;REVB=0.00662623;RO=36;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276348;STB=0.654297;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.026692;OID=.;OPOS=27720442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:37:21:21:0.362069:6:15:17:19:6:15:18:19 chr2 27730940 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0203868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.646;QD=11.1041;RBI=0.0338714;REFB=-0.0364351;REVB=-0.027049;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310426;STB=0.689101;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0323194;OID=.;OPOS=27730940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:6:4:5:2:6:4 chr2 27789861 . T A 410.53 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.678;QD=56.6246;RBI=0.0203915;REFB=0;REVB=0.0137699;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08148e-06;OID=.;OPOS=27789861;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr2 27801403 . C G 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6813;QD=52.6095;RBI=0.158037;REFB=0;REVB=-0.0433661;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00322396;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr2 27801418 . C A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.548;QD=54.5177;RBI=0.0221724;REFB=0;REVB=0.00956649;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013495;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr2 27802805 . A G 57.8 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.14;QD=33.0277;RBI=0.0745563;REFB=0;REVB=0.0716281;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00516668;OID=.;OPOS=27802805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:3:4:0:0 chr2 27838058 . C A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.941;QD=60.9783;RBI=0.039925;REFB=0;REVB=0.0392219;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169083;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr2 27930837 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.273;QD=33.4285;RBI=0.0648003;REFB=0;REVB=0.0529761;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107123;OID=.;OPOS=27930837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr2 27931084 . G A 226.44 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0194261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.421;QD=17.0901;RBI=0.0203401;REFB=-0.015416;REVB=0.00602875;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239835;STB=0.64115;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0247142;OID=.;OPOS=27931084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:13:12:20:7:13:12:21:7 chr2 28634776 . A G 829.96 PASS AF=0.589147;AO=75;DP=129;FAO=76;FDP=129;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=57;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00792857;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.573;QD=25.7352;RBI=0.0150341;REFB=-0.0279931;REVB=-0.0127735;RO=51;SAF=19;SAR=56;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928148;STB=0.546785;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0255669;OID=.;OPOS=28634776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:51:53:75:76:0.589147:56:19:18:33:57:19:18:35 chr2 28634790 . G A 738.33 PASS AF=0.650485;AO=67;DP=103;FAO=67;FDP=103;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=50;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0137699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.853;QD=28.6731;RBI=0.0150425;REFB=-0.0281243;REVB=0.00605539;RO=36;SAF=17;SAR=50;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128879;STB=0.569982;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0178016;OID=.;OPOS=28634790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:36:36:67:67:0.650485:50:17:15:21:50:17:15:21 chr2 28635740 . T C 65.99 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0629979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3258;QD=5.07624;RBI=0.080495;REFB=-0.021874;REVB=-0.050107;RO=42;SAF=2;SAR=8;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4344;STB=0.786815;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0791307;OID=.;OPOS=28635740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:52:52:42:42:10:10:0.192308:8:2:23:19:8:2:23:19 chr2 28814033 . A G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0589724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0197;QD=11.369;RBI=0.0609162;REFB=0.0187678;REVB=0.0152658;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361346;STB=0.695569;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0211162;OID=.;OPOS=28814033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:7:4:13:5:7:4:13:6 chr2 28814548 . A T 148.18 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.02221;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.282;QD=10.777;RBI=0.0222593;REFB=-0.0143277;REVB=0.00148081;RO=35;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110656;STB=0.533945;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0217539;OID=.;OPOS=28814548;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:18:19:0.345455:11:7:17:18:11:8:17:19 chr2 28824793 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0699225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0117;QD=40.7624;RBI=0.0843875;REFB=0;REVB=0.047245;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000898843;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr2 28851420 . T C 108.86 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0324634;FXX=0.0285633;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.955;QD=12.807;RBI=0.0325095;REFB=0.00791632;REVB=0.00173024;RO=21;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068953;STB=0.540917;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0116321;OID=.;OPOS=28851420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:21:21:13:13:0.382353:11:2:4:17:11:2:4:17 chr2 29001691 . A G 173.02 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0243888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6412;QD=18.7046;RBI=0.0290071;REFB=-0.0192884;REVB=-0.0157035;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266391;STB=0.515135;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0272935;OID=.;OPOS=29001691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:10:9:8:10:10:9 chr2 29023749 . A G 171.36 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0691651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0897;QD=12.4625;RBI=0.0871648;REFB=-0.00892667;REVB=-0.0530461;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138864;STB=0.580235;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00962911;OID=.;OPOS=29023749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:12:9:19:15:12:9:19:15 chr2 29092679 . T C 149.13 PASS AF=0.5;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00303942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.4;QD=18.6409;RBI=0.0063389;REFB=-0.0147398;REVB=0.00556269;RO=15;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241737;STB=0.628853;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0294708;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:16:16:16:0.5:13:3:6:9:13:3:6:10 chr2 29092850 . G T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0248776;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.106;QD=10.4723;RBI=0.0249774;REFB=-0.0183826;REVB=0.00223068;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299696;STB=0.687213;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0342907;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:7:5:16:7:7:5:17:7 chr2 29129418 . A G 251.07 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0118359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5612;QD=20.4955;RBI=0.0274626;REFB=-0.0406744;REVB=-0.0247811;RO=25;SAF=16;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312283;STB=0.67553;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0477496;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:8:16:8:17:8:16:8:17 chr2 29135468 . C G 761.87 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.718;QD=56.435;RBI=0.0210115;REFB=0;REVB=0.02096;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209097;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571897;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:1:0:49:54:1:22:27:0:1:26:28:0:0 chr2 29152456 . A G 257.74 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0451524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6384;QD=23.4306;RBI=0.0453263;REFB=0.0185022;REVB=0.00396622;RO=20;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746444;STB=0.541632;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0130541;OID=.;OPOS=29152456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:11:13:9:11:11:13:9:11 chr2 29169612 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.2946;QD=33.428;RBI=0.0111594;REFB=0;REVB=-0.0111594;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000916151;OID=.;OPOS=29169612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr2 29170623 . G T 317.04 PASS AF=0.315385;AO=40;DP=131;FAO=41;FDP=130;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.00114475;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.81;QD=9.75515;RBI=0.0122586;REFB=-0.0225736;REVB=0.0122051;RO=79;SAF=22;SAR=18;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937415;STB=0.598466;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0413858;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:79:89:40:41:0.315385:18:22:37:42:18:23:37:52 chr2 29222070 . G A 95.86 PASS AF=0.48;AO=9;DP=23;FAO=12;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0117032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.252;QD=15.3379;RBI=0.011736;REFB=-0.0364925;REVB=0.000876234;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133598;STB=0.588097;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0457265;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:23:25:10:12:9:12:0.48:4:5:7:3:5:7:9:3 chr2 29268375 . A C 231.87 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0118841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.8753;QD=12.5336;RBI=0.0124005;REFB=-0.0146743;REVB=0.00354106;RO=46;SAF=7;SAR=21;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205346;STB=0.618957;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0162578;OID=.;OPOS=29268375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:21:7:19:27:21:7:19:27 chr2 29274704 . C T 246.83 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00264545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.467;QD=17.9516;RBI=0.00986953;REFB=-0.00435862;REVB=-0.00950838;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066439;STB=0.545298;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00361367;OID=.;OPOS=29274704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:14:13:11:16:14:13:11:17 chr2 29274720 . A G 281.48 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0177299;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.638;QD=18.1602;RBI=0.01838;REFB=-0.0274395;REVB=-0.00484496;RO=30;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51622;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0204895;OID=.;OPOS=29274720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:31:30:31:0.5:16:14:14:16:17:14:15:16 chr2 29286509 . T C 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0660715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6312;QD=15.2681;RBI=0.0665577;REFB=0.00682316;REVB=0.00803003;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713967;STB=0.540509;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0063508;OID=.;OPOS=29286509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:16:10:15:18:16:10:15:18 chr2 29287926 . C CGCT 186.24 PASS AF=0.423077;AO=20;DP=56;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00313914;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=3;MLLD=192.847;QD=14.3262;RBI=0.00384385;REFB=-0.0399887;REVB=-0.00221833;RO=35;SAF=5;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339246;STB=0.64354;STBP=0.1;TYPE=ins;VARB=0.0564183;OID=.;OPOS=29287927;OREF=-;OALT=GCT;OMAPALT=CGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:20:56:22:52:30:6:16:15:15:99:35:5:15:19:16 chr2 29295016 . A G 294.41 PASS AF=0.463768;AO=34;DP=72;FAO=32;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.0338483;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.042;QD=17.0675;RBI=0.0347244;REFB=0.000523921;REVB=0.00775108;RO=28;SAF=20;SAR=14;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270956;STB=0.707243;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.000466255;OID=.;OPOS=29295016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:69:28:37:34:32:0.463768:14:20:7:21:13:19:7:30 chr2 29295389 . G A 63.22 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0337156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8521;QD=8.72001;RBI=0.0352346;REFB=-0.00225567;REVB=0.0102341;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452536;STB=0.765024;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00793369;OID=.;OPOS=29295389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:7:2:12:7:7:2:12:8 chr2 29295676 . G A 296.34 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00529657;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6042;QD=17.6917;RBI=0.00933986;REFB=-0.010319;REVB=0.00769281;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719834;STB=0.540312;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0123609;OID=.;OPOS=29295676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:18:14:18:17:18:14:18:17 chr2 29295866 . T C 31.44 PASS AF=0.3;AO=4;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0301447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3926;QD=6.28812;RBI=0.0371654;REFB=-0.042353;REVB=-0.0217386;RO=12;SAF=3;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438863;STB=0.832223;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0886064;OID=.;OPOS=29295866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:19:20:12:14:4:6:0.3:1:3:4:8:1:5:5:9 chr2 29353696 . C A,CA 33.5 PASS AF=0,0.270833;AO=6,10;DP=50;FAO=0,13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=0,7;FSAR=0,6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-2.91585e-05,0.129286;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=217.607,9.2001;QD=2.79174;RBI=0.00800299,0.138055;REFB=-0.000948966,-0.0778533;REVB=-0.00800294,-0.0484167;RO=32;SAF=3,4;SAR=3,6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112071,-0.229449;STB=0.5,0.503221;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.130922;OID=.,.;OPOS=29353696,29353697;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:50:48:32:35:6,10:0,13:0,0.270833:3,6:3,4:19:13:0,6:0,7:19:16 chr2 29356669 . A G 309.43 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.0066367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.332;QD=19.0421;RBI=0.00681391;REFB=0.00162216;REVB=0.00154386;RO=31;SAF=5;SAR=28;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393545;STB=0.504502;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00120751;OID=.;OPOS=29356669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:28:5:4:27:28:5:5:27 chr2 29416025 . C CATTG 337.74 PASS AF=0.402174;AO=35;DP=93;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00118994;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=4;MLLD=278.252;QD=14.6842;RBI=0.00406815;REFB=-0.0032102;REVB=-0.00389023;RO=54;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739286;STB=0.547055;STBP=0.46;TYPE=ins;VARB=0.00537685;OID=.;OPOS=29416026;OREF=-;OALT=ATTG;OMAPALT=CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402174:35:93:37:92:55:17:20:21:34:99:54:16:19:21:33 chr2 29416366 . G C 266.92 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0351887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7022;QD=20.1451;RBI=0.0354838;REFB=-0.0275525;REVB=0.0045671;RO=25;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208437;STB=0.616025;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0241318;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:17:11:16:9:17:11:16:9 chr2 29416481 . T C 508.13 PASS AF=0.5;AO=49;DP=99;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0252604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8418;QD=20.3252;RBI=0.0283723;REFB=-0.0222639;REVB=0.0129191;RO=50;SAF=11;SAR=38;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292922;STB=0.665962;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0261527;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:50:50:49:50:0.5:38:11:25:25:39:11:25:25 chr2 29416572 . T C 769.53 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.346;QD=57.0021;RBI=0.0433249;REFB=0;REVB=0.0426778;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197558;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:29:25:0:0 chr2 29430942 . GTC G 239.62 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0234538;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.373;QD=14.7458;RBI=0.0267176;REFB=-0.0180308;REVB=-0.0127965;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355784;STB=0.528033;STBP=0.698;TYPE=del;VARB=0.0215567;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430769:27:66:28:65:37:13:15:19:18:99:29:12:15:14:15 chr2 29444076 . G T 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0205724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.475;QD=19.9747;RBI=0.0205881;REFB=-0.0142303;REVB=-0.000805008;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231598;STB=0.629416;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0149163;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:4:16:11:9:4:16 chr2 29444095 . C T 582.08 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0011558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.638;QD=58.2081;RBI=0.00718392;REFB=-0.0431619;REVB=0.00709033;RO=1;SAF=10;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445736;STB=0.523797;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00241638;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:29:10:1:0:29:10:1:0 chr2 29445458 . G T 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0141239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2405;QD=19.5219;RBI=0.0141467;REFB=-0.058165;REVB=0.000803268;RO=11;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173528;STB=0.588095;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0719195;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:12:2:3:8:12:2:3:9 chr2 29449819 . C T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0182344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.173;QD=18.301;RBI=0.0244791;REFB=-0.00977454;REVB=0.016332;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407202;STB=0.740932;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.015487;OID=.;OPOS=29449819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:15:5:15:7:15:5:16:7 chr2 29455267 . A G 1289.05 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400032;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.157;QD=62.1227;RBI=0.0538274;REFB=0;REVB=0.0360157;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207847;OID=.;OPOS=29455267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:47:35:0:0:48:35:0:0 chr2 29543663 . T C 1661.06 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00453621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.96;QD=59.3234;RBI=0.0489611;REFB=0.0312846;REVB=-0.0487505;RO=1;SAF=64;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999396;STB=0.505262;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.000387482;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:47:64:0:1:47:64:0:1 chr2 29903931 . T A 561.03 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541884;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.685;QD=60.6518;RBI=0.153624;REFB=0;REVB=0.153528;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151578;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr2 29940529 . A T 581.98 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.033958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.99;QD=58.1977;RBI=0.0370029;REFB=-0.00147333;REVB=0.0146991;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000225128;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:1:0:23:16:1:0 chr2 30381505 . T C 1116.23 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175785;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7995;QD=59.5325;RBI=0.0633269;REFB=0;REVB=0.0608383;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173446;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:25:49:0:0:26:49:0:0 chr2 30864768 . T C 39.31 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00734169;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=156.852;QD=12.0943;RBI=0.0147924;REFB=0.00108567;REVB=0.0128419;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.000231444;OID=.;OPOS=30864768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:6:7:6:6:0.461538:2:4:4:2:2:4:5:2 chr2 30864769 . TTTTTC CTTTTT 99.77 PASS AF=1;AO=2;DP=14;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112524;FXX=0.166528;HRUN=11;LEN=6;MLLD=27.8606;QD=39.9089;RBI=0.12452;REFB=0;REVB=0.053326;RO=2;SAF=1;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0877142;OID=.;OPOS=30864769;OREF=TTTTTC;OALT=CTTTTT;OMAPALT=CTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:10:2:0:2:10:1:1:1:2:0:2:8:0:0 chr2 30957326 . A G 339.45 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00930806;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9409;QD=23.0137;RBI=0.0140687;REFB=-0.00604752;REVB=0.0105494;RO=25;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546788;STB=0.530103;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00545657;OID=.;OPOS=30957326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:25:25:34:34:0.576271:18:16:10:15:18:16:10:15 chr2 30976058 . C T 316.84 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0270233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3944;QD=15.2694;RBI=0.0360004;REFB=-0.00878751;REVB=-0.0237858;RO=47;SAF=25;SAR=10;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285121;STB=0.667771;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0117296;OID=.;OPOS=30976058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:48:35:35:0.421687:10:25:21:26:10:25:21:27 chr2 30980940 . C T 575.75 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.842;QD=60.6052;RBI=0.060958;REFB=0;REVB=0.0467621;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405226;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:21:17:0:0 chr2 31189144 . C T 743.02 PASS AF=0.517986;AO=72;DP=139;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.00530081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.106;QD=21.382;RBI=0.0168407;REFB=-0.0082808;REVB=-0.0159847;RO=67;SAF=35;SAR=37;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073188;STB=0.540177;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00709228;OID=.;OPOS=31189144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:67:67:72:72:0.517986:37:35:27:40:37:35:27:40 chr2 31414807 . C G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.218;QD=57.2362;RBI=0.0290512;REFB=0;REVB=0.000812964;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125352;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr2 31425057 . C A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0435316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.372;QD=20.8995;RBI=0.0436523;REFB=-0.00424938;REVB=-0.00324279;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191501;STB=0.606664;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00449222;OID=.;OPOS=31425057;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:18:10:14:10:18:10:14:10 chr2 31451224 . G C 322.23 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0457733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6395;QD=16.5243;RBI=0.0458949;REFB=0.0158624;REVB=0.0033388;RO=43;SAF=23;SAR=12;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103499;STB=0.558306;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0204701;OID=.;OPOS=31451224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:12:23:24:19:12:23:24:19 chr2 31490716 . C G 329.65 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0470658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8384;QD=18.5718;RBI=0.0483776;REFB=-0.0114288;REVB=-0.0111894;RO=35;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508192;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0120628;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:36:35:35:0.492958:15:20:20:15:15:20:20:16 chr2 31571786 . A G 115.6 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0305241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.65;QD=8.25696;RBI=0.0337448;REFB=0.000567963;REVB=-0.0143873;RO=39;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155832;STB=0.605127;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00131868;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:39:40:16:16:0.285714:11:5:17:22:11:5:18:22 chr2 31805706 . G C 430.96 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00718696;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.52;QD=52.2375;RBI=0.0797473;REFB=-0.0715599;REVB=0.0794228;RO=2;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00182271;STB=0.500978;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00167536;OID=.;OPOS=31805706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:33:2:2:31:31:0.939394:16:15:1:1:16:15:1:1 chr2 31805880 . A AG 285.61 PASS AF=1;AO=24;DP=32;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.278872;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.8717;QD=38.0817;RBI=0.285609;REFB=0;REVB=0.0616677;RO=7;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887521;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0156261;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:32:30:30:0:15:15:0:0:6:7:12:12:5:2 chr2 32342508 . A T 1241.08 PASS AF=0.462366;AO=128;DP=277;FAO=129;FDP=279;FR=.;FRO=150;FSAF=42;FSAR=87;FSRF=62;FSRR=88;FWDB=-0.0505672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9804;QD=17.7933;RBI=0.0543873;REFB=-0.0177687;REVB=0.0200236;RO=149;SAF=41;SAR=87;SRF=63;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10932;STB=0.551766;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.01864;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:279:149:150:128:129:0.462366:87:41:63:86:87:42:62:88 chr2 32475109 . G A 358.11 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0310204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.102;QD=22.3817;RBI=0.0315386;REFB=-0.0333468;REVB=-0.00569358;RO=28;SAF=9;SAR=27;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284429;STB=0.657801;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0243258;OID=.;OPOS=32475109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:27:9:16:12:27:9:16:12 chr2 32476390 . T G 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0235685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.358;QD=11.2612;RBI=0.0256207;REFB=-0.0155794;REVB=-0.0100471;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746519;STB=0.54432;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0259277;OID=.;OPOS=32476390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:7:8:14:16:7:8:14:16 chr2 32481795 . T A 211.71 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.000686934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.832;QD=14.3533;RBI=0.0288412;REFB=-0.00209523;REVB=-0.028833;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603607;STB=0.522431;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0184557;OID=.;OPOS=32481795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:34:24:25:0.423729:12:12:15:19:13:12:15:19 chr2 32667182 . G C 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.264;QD=63.8647;RBI=0.0576843;REFB=0;REVB=0.0205588;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216593;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr2 32702474 . A G 91.79 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0316279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.475;QD=8.74237;RBI=0.0319693;REFB=0.00237988;REVB=0.00465983;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326651;STB=0.70736;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00393273;OID=.;OPOS=32702474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:29:30:12:12:0.285714:4:8:11:18:4:8:11:19 chr2 32754795 . C T 139.17 PASS AF=0.307692;AO=19;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00672836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0486;QD=8.56424;RBI=0.0329934;REFB=-0.0102819;REVB=-0.0323;RO=44;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110369;STB=0.553793;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.016328;OID=.;OPOS=32754795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:45:19:20:0.307692:9:10:19:25:10:10:19:26 chr2 32843292 . TTTA T,TT,TTT,TTTT 230.05 PASS AF=0,0,1,0;AO=2,3,4,5;DP=20;FAO=0,0,19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,6,0;FSAR=0,0,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115176,-0.0134689,-0.0149447,-0.016022;FXX=0;HRUN=4,4,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=159.725,162.012,162.354,160.793;QD=48.4317;RBI=0.0918763,0.0817076,0.0701581,0.0602292;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0911515,0.0805898,0.0685479,0.0580591;RO=0;SAF=0,0,2,1;SAR=2,3,2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.00611835,0.0283369,-0.00433221,-0.0918734;OID=.,.,.,.;OPOS=32843293,32843294,32843295,32843295;OREF=TTA,TA,A,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:2,3,4,5:20:0,0,19,0:19:0:0,0,6,0:0,0,13,0:0:0:3:0:0,0,2,1:2,3,2,4:0:0 chr2 32855615 . A G 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2566;QD=59.4278;RBI=0.0412831;REFB=0;REVB=0.00515982;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611147;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr2 32983480 . G A 676.57 PASS AF=0.545455;AO=50;DP=124;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0125951;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.879;QD=22.3661;RBI=0.0231368;REFB=-0.0262712;REVB=0.0194081;RO=52;SAF=11;SAR=39;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318095;STB=0.554439;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0362422;OID=.;OPOS=32983480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:121:52:55:50:66:0.545455:39:11:27:25:39:27:29:26 chr2 33488419 . G A 323.96 PASS AF=0.311111;AO=42;DP=135;FAO=42;FDP=135;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.00170014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.952;QD=9.5987;RBI=0.00206176;REFB=-0.0173836;REVB=0.00116636;RO=92;SAF=16;SAR=26;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104698;STB=0.565186;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0339519;OID=.;OPOS=33488419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:92:93:42:42:0.311111:26:16:43:49:26:16:44:49 chr2 33510916 . G T 402.15 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.019371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8266;QD=21.7376;RBI=0.0455634;REFB=-0.0228632;REVB=-0.0412407;RO=34;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00742347;STB=0.504096;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0181877;OID=.;OPOS=33510916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:22:18:15:19:22:18:15:19 chr2 33540248 . G A 238.82 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.000101242;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7988;QD=11.6499;RBI=0.0106854;REFB=-0.00498246;REVB=-0.0106849;RO=53;SAF=15;SAR=14;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012386;STB=0.507156;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0114346;OID=.;OPOS=33540248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:14:15:28:25:14:15:28:25 chr2 33557974 . A G 144.71 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00607617;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.695;QD=14.8424;RBI=0.0154525;REFB=-0.0211216;REVB=0.0142077;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149229;STB=0.612761;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0428845;OID=.;OPOS=33557974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:22:23:15:16:0.410256:9:6:12:10:10:6:13:10 chr2 33585796 . T C 1568.47 PASS AF=1;AO=103;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040627;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5944;QD=58.6343;RBI=0.042927;REFB=0;REVB=0.0138629;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345131;OID=.;OPOS=33585796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:103:107:1:54:49:0:0:54:53:0:0 chr2 33764286 . T C 436.48 PASS AF=0.433628;AO=48;DP=111;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0209539;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8568;QD=15.4508;RBI=0.0219858;REFB=-0.0119802;REVB=-0.00665654;RO=61;SAF=17;SAR=31;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14294;STB=0.572704;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0140352;OID=.;OPOS=33764286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:61:64:48:49:0.433628:31:17:30:31:32:17:30:34 chr2 33952413 . T C 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3342;QD=53.2691;RBI=0.00950839;REFB=0;REVB=-0.00584767;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13985e-05;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr2 33952456 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.692;QD=51.9167;RBI=0.0213325;REFB=0;REVB=0.0118248;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106751;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr2 33952621 . G A 686.31 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.437;QD=52.7927;RBI=0.052415;REFB=-0.222616;REVB=0.0496995;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154349;STB=0.51219;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0035712;OID=.;OPOS=33952621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:52:1:1:50:51:0.980769:30:20:0:1:31:20:1:0 chr2 36704144 . C T 1330.37 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0190603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.344;QD=59.7918;RBI=0.0406259;REFB=-0.0287852;REVB=-0.0358772;RO=1;SAF=40;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116984;STB=0.50091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000338415;OID=.;OPOS=36704144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:1:2:87:87:0.977528:47:40:1:0:47:40:1:1 chr2 36756288 . T C 1119.81 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0193487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.914;QD=56.6991;RBI=0.0249009;REFB=-0.126411;REVB=0.0156742;RO=1;SAF=28;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016599;STB=0.503721;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000728408;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:79:79:1:2:76:77:0.974684:48:28:1:0:49:28:1:1 chr2 36776555 . G T 215.06 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0581864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.735;QD=21.5055;RBI=0.059066;REFB=-0.00380184;REVB=0.0101559;RO=18;SAF=4;SAR=17;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106976;STB=0.552294;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00275745;OID=.;OPOS=36776555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:17:4:5:13:17:4:5:14 chr2 36781401 . T C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1038;QD=64.4127;RBI=0.0244504;REFB=0;REVB=0.0122713;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333579;OID=.;OPOS=36781401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr2 36782886 . G A 464.72 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.277;QD=58.09;RBI=0.0139533;REFB=0;REVB=0.00409308;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010419;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr2 36808732 . T G 472.96 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0443831;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.453;QD=55.6418;RBI=0.0462725;REFB=-0.195417;REVB=0.0130875;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00143074;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:0:1:33:33:0.970588:23:10:0:0:23:10:0:1 chr2 36810586 . T C 273.22 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0386409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1907;QD=23.758;RBI=0.0715002;REFB=-0.0523866;REVB=0.0601594;RO=20;SAF=6;SAR=19;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630277;STB=0.55501;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0546222;OID=.;OPOS=36810586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:21:25:25:0.543478:19:6:6:14:19:6:7:14 chr2 37035866 . G T 278.83 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00387081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3239;QD=16.4016;RBI=0.00815196;REFB=-0.000502972;REVB=0.00717435;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985625;STB=0.555519;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.000833818;OID=.;OPOS=37035866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:19:12:18:19:19:12:18:19 chr2 37035934 . A G 236.24 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0244273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1168;QD=17.4992;RBI=0.0291093;REFB=0.010227;REVB=0.0158322;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168821;STB=0.594828;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00812643;OID=.;OPOS=37035934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:15:11:17:11:15:11:17:11 chr2 37094945 . A G 279.58 PASS AF=0.956522;AO=18;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147069;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=102.74;QD=48.6225;RBI=0.0356993;REFB=-0.122904;REVB=0.0325291;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00500453;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:18:22:0.956522:8:10:0:0:9:13:1:0 chr2 37230728 . T C 193.98 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00910547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.604;QD=16.8675;RBI=0.0149452;REFB=-0.0347946;REVB=-0.0118512;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12494;STB=0.571358;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0498134;OID=.;OPOS=37230728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:15:11:11:9:15:11 chr2 37241050 . G A 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00163421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.295;QD=18.0082;RBI=0.0228533;REFB=-0.0216621;REVB=0.0227948;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140674;STB=0.57847;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0206369;OID=.;OPOS=37241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:17:20:16:25:17:20:16:25 chr2 37306343 . G A 1736.79 PASS AF=0.983051;AO=117;DP=117;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00393933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.621;QD=58.8741;RBI=0.0143979;REFB=-0.092023;REVB=0.0138486;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500587;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=9.17111e-05;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:118:0:2:117:116:0.983051:54:63:0:0:54:62:1:1 chr2 37317869 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.727;QD=64.1535;RBI=0.0196187;REFB=0;REVB=0.00256706;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07161e-05;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:27:22:0:0 chr2 37365640 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0578348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.629;QD=13.6609;RBI=0.0578766;REFB=-0.0175434;REVB=0.00219935;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266846;STB=0.65565;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0382131;OID=.;OPOS=37365640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:8:13:5:9:8:13 chr2 37406644 . A G 788.94 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959026;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.682;QD=57.3777;RBI=0.0225562;REFB=0;REVB=0.0204159;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206288;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr2 37406680 . C G 712.64 PASS AF=1;AO=43;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200288;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.15;QD=57.0112;RBI=0.0207206;REFB=0;REVB=0.00530934;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04656e-05;OID=.;OPOS=37406680;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:43:50:1:18:25:0:0:21:29:0:0 chr2 37406681 . A G 34.2 PASS AF=0.153846;AO=7;DP=51;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0280741;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.0104;QD=2.63072;RBI=0.0500632;REFB=-0.0389619;REVB=-0.0414508;RO=44;SAF=4;SAR=3;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395306;STB=0.55755;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.194896;OID=.;OPOS=37406681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:51:52:44:44:7:8:0.153846:3:4:25:19:4:4:25:19 chr2 37456032 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0761375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4116;QD=30.7901;RBI=0.106564;REFB=0.106363;REVB=0.0745579;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0116963;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:1:0:7:1:1:0 chr2 37477794 . C A,G 266.62 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=19,2;DP=21;FAO=19,2;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000833763,-0.0187546;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.0184,13.9625;QD=50.7853;RBI=0.053732,0.0348855;REFB=0,0;REVB=-0.0537255,0.0294153;RO=0;SAF=6,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.851e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00233039,0.0991418;OID=.,.;OPOS=37477794,37477794;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:21:21:0:0:19,2:19,2:0.904762,0.0952381:13,2:6,0:0:0:13,2:6,0:0:0 chr2 37494591 . A G 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00182402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.469;QD=12.4026;RBI=0.0129858;REFB=-0.00504435;REVB=-0.0128571;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186661;STB=0.60857;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0107653;OID=.;OPOS=37494591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:9:7:8:21:9:7:8:21 chr2 37872314 . GTAAAA AGTAAA,GTAAA,GTAA,GTAAAT 231.93 PASS AF=0,0.513761,0.0183486,0.0366972;AO=8,29,14,4;DP=110;FAO=0,56,2,4;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=0,15,0,0;FSAR=0,41,2,4;FSRF=43;FSRR=4;FWDB=0.00156295,0.1115,0.0540462,0.00574799;FXX=0.0180164;HRUN=1,5,5,5;LEN=3,1,2,1;MLLD=149.191,8.79743,18.4794,158.803;QD=8.51131;RBI=0.106292,0.240295,0.124916,0.0595395;REFB=-0.00503327,-0.121886,-0.057219,-0.0186563;REVB=-0.10628,-0.21286,-0.112619,-0.0592614;RO=35;SAF=0,12,0,0;SAR=8,17,14,4;SRF=35;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.886688,-0.543031,-0.890126,-0.883853;STB=0.5,0.778813,0.998774,0.999215;STBP=1,0,0.003,0.001;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,0.0262485,0.0220517,0.0257319;OID=.,.,.,.;OPOS=37872314,37872316,37872316,37872319;OREF=GTA,A,AA,A;OALT=AGT,-,-,T;OMAPALT=AGTAAA,GTAAA,GTAA,GTAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:110:109:35:47:8,29,14,4:0,56,2,4:0,0.513761,0.0183486,0.0366972:8,17,14,4:0,12,0,0:35:0:0,41,2,4:0,15,0,0:43:4 chr2 38178406 . A G 211.71 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00594633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5505;QD=10.0815;RBI=0.0233833;REFB=-0.0119547;REVB=0.0226146;RO=57;SAF=14;SAR=13;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316184;STB=0.518505;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0343132;OID=.;OPOS=38178406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:13:14:28:29:13:14:28:29 chr2 38179134 . G A 775.15 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.127;QD=63.2778;RBI=0.0304451;REFB=0;REVB=0.0266696;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72839e-05;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:18:30:0:0:18:31:0:0 chr2 38179414 . CTG C 82.88 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0345441;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=121.906;QD=9.47225;RBI=0.0438021;REFB=-0.0194852;REVB=-0.0269319;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134942;STB=0.554817;STBP=0.701;TYPE=del;VARB=0.0330232;OID=.;OPOS=38179415;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:10:35:11:35:24:4:7:7:17:82:24:4:6:7:17 chr2 38298150 . A G 298.13 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.748;QD=51.8483;RBI=0.106984;REFB=0;REVB=0.00813405;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986276;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:1:0:21:23:1:13:8:1:0:14:9:0:0 chr2 38298203 . C G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000476481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3876;QD=57.6776;RBI=0.0335459;REFB=0;REVB=0.0335425;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547855;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr2 38536626 . T G 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0101508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.741;QD=20.2742;RBI=0.0148409;REFB=-0.0101749;REVB=0.0108266;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283313;STB=0.65801;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00709041;OID=.;OPOS=38536626;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:5:19:11:12:5:19 chr2 38604351 . A G 368.4 PASS AF=0.448276;AO=40;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0639177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4123;QD=16.9378;RBI=0.0979695;REFB=-0.0305321;REVB=-0.0742465;RO=46;SAF=12;SAR=28;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530695;STB=0.516385;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0641069;OID=.;OPOS=38604351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:48:40:39:0.448276:28:12:16:30:27:12:16:32 chr2 38916970 . A T 525.55 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00565936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.097;QD=21.8979;RBI=0.00677071;REFB=-0.00314174;REVB=-0.00371675;RO=46;SAF=26;SAR=24;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173829;STB=0.509587;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00272068;OID=.;OPOS=38916970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:24:26:23:23:24:26:23:23 chr2 39008949 . G A 283.59 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.014297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.652;QD=23.1502;RBI=0.0393608;REFB=-0.010624;REVB=0.0366725;RO=23;SAF=17;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117456;STB=0.565672;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00541196;OID=.;OPOS=39008949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:9:17:12:11:9:17:12:11 chr2 39025555 . G A 708.46 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0888081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.534;QD=62.974;RBI=0.0888093;REFB=0;REVB=0.000456965;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313269;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:18:27:0:0 chr2 39050141 . A C 240.08 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00116982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.914;QD=43.6513;RBI=0.00575039;REFB=-0.124035;REVB=0.00563014;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.541626;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00321911;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:0:2:20:20:0.909091:11:9:0:0:11:9:0:2 chr2 39082344 . T C 753.05 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.882;QD=56.8343;RBI=0.0431897;REFB=0;REVB=0.0413086;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197294;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:32:20:0:0:33:20:0:0 chr2 39212637 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.859;QD=37.4885;RBI=0.0229312;REFB=0;REVB=0.00515357;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287671;OID=.;OPOS=39212637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr2 39477170 . T C 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0055218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.281;QD=18.2489;RBI=0.0200211;REFB=-0.0304218;REVB=0.0192446;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170674;STB=0.597414;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0366933;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:8:4:7:6:8:4 chr2 39507417 . T A 35.55 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0320754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.651;QD=5.68744;RBI=0.032442;REFB=-0.00312674;REVB=-0.00486352;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303651;STB=0.519934;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00957186;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:10:9:3:3:10:9 chr2 39583446 . A G 306.02 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0295778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7448;QD=20.4014;RBI=0.0345706;REFB=0.00499493;REVB=0.0178965;RO=28;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300254;STB=0.516656;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00721101;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:16:16:13:15:16:16:13:15 chr2 40403104 . A G 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00493277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.626;QD=12.1199;RBI=0.0179666;REFB=-0.0117388;REVB=0.0172761;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737826;STB=0.542486;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0169257;OID=.;OPOS=40403104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:10:13:24:14:10:13:24:14 chr2 42396722 . A G 755.93 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.179;QD=62.9939;RBI=0.0632872;REFB=0;REVB=-0.0372361;RO=0;SAF=39;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68753e-05;OID=.;OPOS=42396722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:46:48:1:7:39:0:0:7:41:0:0 chr2 42510018 . A G 858.21 PASS AF=0.953846;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0755303;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4353;QD=52.8131;RBI=0.134845;REFB=-0.154209;REVB=-0.111707;RO=2;SAF=32;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00147621;STB=0.509206;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00598049;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:63:65:2:3:61:62:0.953846:29:32:1:1:29:33:1:2 chr2 42515388 . A G 925.91 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191486;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.989;QD=58.7877;RBI=0.0308625;REFB=0;REVB=0.0242038;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322903;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr2 42990101 . G C 245.28 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00196596;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.572;QD=12.5785;RBI=0.00285458;REFB=-0.017758;REVB=-0.00206969;RO=48;SAF=12;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116901;STB=0.586147;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0300794;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:48:49:29:29:0.371795:17:12:25:23:17:12:27:22 chr2 42990336 . T G 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.37;QD=60.2216;RBI=0.0475724;REFB=0;REVB=0.0200288;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108592;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr2 42990522 . C T 253.89 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0400474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.692;QD=18.1347;RBI=0.0419202;REFB=-0.07518;REVB=0.0123898;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221828;STB=0.623963;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0516281;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:17:11:18:10:17:11:18:10 chr2 43015704 . T A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6973;QD=60.6089;RBI=0.0208898;REFB=0;REVB=0.000423505;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153848;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr2 43015719 . T C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.44;QD=59.8317;RBI=0.0266386;REFB=0;REVB=0.0245524;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36132e-05;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr2 43015757 . G A 456.24 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0332652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.168;QD=55.3019;RBI=0.05684;REFB=-0.120787;REVB=0.0460892;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511104;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00180279;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:32:33:0:1:31:32:0.969697:21:10:0:0:22:10:0:1 chr2 43458354 . AGGGC AGGC,AGGGT 244.39 PASS AF=0.233333,0.6;AO=6,16;DP=29;FAO=7,18;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=7,10;FSAR=0,8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.076801,0.00483119;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=16.6439,109.043;QD=32.5859;RBI=0.0779863,0.0275953;REFB=-0.108115,0.0297647;REVB=-0.013545,0.0271691;RO=6;SAF=6,9;SAR=0,7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0.469521,0;SSEP=0.472222,0;SSSB=0.780801,0.112591;STB=0.998091,0.576838;STBP=0.002,0.2;TYPE=del,snp;VARB=0.174392,0.00551588;OID=.,.;OPOS=43458355,43458358;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=AGGC,AGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.233333,0.6:6,16:29:7,18:30:5:7,10:0,8:1:4:37:6:6,9:0,7:2:4 chr2 43995135 . A C 77.78 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0439434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.541;QD=14.1419;RBI=0.0439488;REFB=-0.00474999;REVB=-0.000690137;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286528;STB=0.642579;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00596334;OID=.;OPOS=43995135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:4:6:3:8:4:6:4:8 chr2 44066174 . T G 889.15 PASS AF=1;AO=45;DP=52;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10558;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.1486;QD=57.3644;RBI=0.158379;REFB=0;REVB=0.118054;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00631905;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:52:62:0:0:45:62:1:19:26:0:0:27:35:0:0 chr2 44071743 . A G 537.61 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.699;QD=59.7342;RBI=0.0256914;REFB=0;REVB=0.0202281;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192172;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:16:20:0:0 chr2 44101538 . C T 1450.45 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.348;QD=61.0716;RBI=0.0555946;REFB=0;REVB=0.0414039;RO=1;SAF=49;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957058;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72849e-05;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:95:1:0:85:95:1:36:49:1:0:37:58:0:0 chr2 44104925 . T C 610.04 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3317;QD=59.5158;RBI=0.134454;REFB=0;REVB=0.0872545;RO=1;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192726;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:1:0:37:41:1:25:12:0:1:26:15:0:0 chr2 44201376 . T C 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.552;QD=58.9879;RBI=0.0218034;REFB=-0.114385;REVB=0.0192621;RO=1;SAF=33;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141217;STB=0.507461;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00098325;OID=.;OPOS=44201376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:42:33:1:0:42:33:1:0 chr2 45149003 . C T 441.38 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.562;QD=56.9518;RBI=0.0303021;REFB=0;REVB=0.0297629;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131144;OID=.;OPOS=45149003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr2 45149373 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.913;QD=33.4283;RBI=0.0574795;REFB=0;REVB=0.0409293;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65141e-05;OID=.;OPOS=45149373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 45171842 . A G 1153.38 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.505;QD=60.7044;RBI=0.0552745;REFB=0;REVB=0.0517017;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114648;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr2 45640334 . T C 444.83 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.00996432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.797;QD=13.7931;RBI=0.0109806;REFB=0.00705201;REVB=-0.00461375;RO=75;SAF=26;SAR=25;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00331119;STB=0.513672;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0108265;OID=.;OPOS=45640334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:75:78:51:51:0.395349:25:26:38:37:25:26:38:40 chr2 45796468 . C G 93.28 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00383721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.907;QD=19.6385;RBI=0.00391105;REFB=-0.0250357;REVB=0.000756366;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932099;STB=0.553098;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0261438;OID=.;OPOS=45796468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:6:2:4:7:6:2 chr2 45796479 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0241745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.277;QD=17.8275;RBI=0.033052;REFB=-0.0409007;REVB=-0.0225395;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321591;STB=0.518487;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0259432;OID=.;OPOS=45796479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:6:5:5:7:6:5 chr2 45796481 . G A 58.58 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0486834;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.999;QD=11.1588;RBI=0.0533129;REFB=-0.00780894;REVB=0.0217298;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206895;STB=0.646696;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00918961;OID=.;OPOS=45796481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:21:12:13:8:8:0.380952:5:3:7:5:5:3:8:5 chr2 46313481 . C T 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00315496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.849;QD=16.4438;RBI=0.0154029;REFB=-0.0129512;REVB=0.0150764;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269621;STB=0.503223;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0170911;OID=.;OPOS=46313481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:11:9:11:15:11:9:12:15 chr2 46799852 . G T 445.77 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.112806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2715;QD=17.481;RBI=0.145465;REFB=-0.0454237;REVB=-0.0918422;RO=49;SAF=34;SAR=14;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159871;STB=0.590454;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0453385;OID=.;OPOS=46799852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:102:49:54:48:48:0.470588:14:34:27:22:14:34:30:24 chr2 46987300 . T G 55.75 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0297234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9686;QD=10.6181;RBI=0.0334712;REFB=0.0110896;REVB=-0.0153895;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795555;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0194649;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:14:13:7:8:0.380952:3:4:9:5:3:5:8:5 chr2 47045309 . C T 66.74 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00904507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3087;QD=12.7122;RBI=0.0204508;REFB=-0.0169019;REVB=0.0183418;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315875;STB=0.687091;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0217728;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:4:8:3:6:4:8 chr2 47301029 . A G 253.51 PASS AF=0.529412;AO=25;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0128937;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.107;QD=19.883;RBI=0.0140811;REFB=-0.0324018;REVB=-0.00565942;RO=21;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143255;STB=0.562657;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0269994;OID=.;OPOS=47301029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:21:24:25:27:0.529412:10:15:16:5:10:17:18:6 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 287.45 PASS AF=0.0227273,0.568182;AO=3,21;DP=47;FAO=1,25;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=1,12;FSAR=0,13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00423339,-0.0229159;FXX=0.0434688;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=210.573,193.653;QD=26.1317;RBI=0.0118813,0.0240204;REFB=-0.0121488,-0.0331826;REVB=-0.0111015,-0.00720003;RO=22;SAF=1,11;SAR=2,10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.272033,-0.0611111;STB=0.987637,0.554688;STBP=0.479,0.402;TYPE=snp,ins;VARB=0.0237688,0.0146669;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:44:22:18:3,21:1,25:0.0227273,0.568182:2,10:1,11:13:9:0,13:1,12:11:7 chr2 47596853 . C CG 160.33 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=66;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0792484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.2145;QD=10.0206;RBI=0.117031;REFB=-9.39693e-05;REVB=-0.0861165;RO=44;SAF=6;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210451;STB=0.606304;STBP=0.168;TYPE=ins;VARB=-0.00937329;OID=.;OPOS=47596854;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:21:66:28:64:36:9:19:18:18:99:44:6:15:20:24 chr2 47601106 . T C 277.41 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.015157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8765;QD=18.4941;RBI=0.0238068;REFB=-0.00556142;REVB=-0.0183583;RO=30;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109416;STB=0.55019;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00470713;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:12:17:14:16:13:17:14:16 chr2 47604176 . C T 147.05 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0124402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.375;QD=17.3003;RBI=0.0464075;REFB=0.00221437;REVB=-0.044709;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234065;STB=0.634442;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00182439;OID=.;OPOS=47604176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:8:10:5:11:8:10 chr2 47637337 . C A 235.88 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0348878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3922;QD=15.2179;RBI=0.0650299;REFB=-0.0598077;REVB=-0.0548792;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192231;STB=0.623287;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0454726;OID=.;OPOS=47637337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:33:35:27:27:0.435484:11:16:13:20:11:16:13:22 chr2 47739551 . A G 300.04 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00305461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.32;QD=16.6686;RBI=0.0080569;REFB=-0.00691258;REVB=0.0074554;RO=37;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729496;STB=0.562092;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00646948;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:39:32:33:0.458333:18:14:19:18:19:14:21:18 chr2 48010488 . G A 236.66 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0438619;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.573;QD=32.6427;RBI=0.0472795;REFB=-0.021607;REVB=-0.0176489;RO=8;SAF=3;SAR=18;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018581;STB=0.510194;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00849994;OID=.;OPOS=48010488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:29:8:8:21:21:0.724138:18:3:1:7:18:3:1:7 chr2 48567964 . C G 361.86 PASS AF=0.448276;AO=37;DP=85;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.000538439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5062;QD=16.637;RBI=0.0104984;REFB=-0.00864942;REVB=0.0104845;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509961;STB=0.547045;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.008527;OID=.;OPOS=48567964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:47:48:37:39:0.448276:20:17:24:23:22:17:25:23 chr2 48602252 . C T 268.47 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0192494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.888;QD=11.6727;RBI=0.0292204;REFB=-0.0143818;REVB=-0.021984;RO=60;SAF=10;SAR=22;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185151;STB=0.607488;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0291336;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:22:10:28:32:22:10:28:32 chr2 48756682 . C G 686.6 PASS AF=0.476821;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.0391755;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2424;QD=18.188;RBI=0.0426725;REFB=-0.0329831;REVB=0.0169182;RO=79;SAF=30;SAR=42;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376739;STB=0.520851;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0247362;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:79:79:72:72:0.476821:42:30:36:43:42:30:36:43 chr2 48807796 . A C 172.78 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.1967;QD=46.0747;RBI=0.0861797;REFB=0;REVB=0.0812679;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891738;OID=.;OPOS=48807796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:2:12:0:0:3:12:0:0 chr2 48807975 . A AC 687.92 PASS AF=1;AO=5;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.133998;FXX=0.0212721;HRUN=0;LEN=1;MLLD=69.2136;QD=59.8194;RBI=0.134254;REFB=0;REVB=-0.00828627;RO=40;SAF=0;SAR=5;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.577351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00202442;OID=.;OPOS=48807976;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:48:46:46:0:18:28:0:0:4:40:0:5:16:24 chr2 48807976 . T C 571.21 PASS AF=0.87234;AO=39;DP=45;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0124449;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.8358;QD=48.6133;RBI=0.0281509;REFB=-0.225502;REVB=0.0252507;RO=6;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107797;STB=0.557665;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0193214;OID=.;OPOS=48807976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:47:6:6:39:41:0.87234:23:16:0:6:23:18:0:6 chr2 48808152 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0448;QD=45.8063;RBI=0.0243122;REFB=0;REVB=-0.00756301;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141966;OID=.;OPOS=48808152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr2 48808594 . C T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00737606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.555;QD=60.5107;RBI=0.00870314;REFB=-0.0327782;REVB=-0.00461934;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=9.77476e-05;OID=.;OPOS=48808594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:21:24:0:0:21:24:1:0 chr2 48808882 . T A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.649;QD=62.3508;RBI=0.0212109;REFB=0;REVB=0.0107624;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97751e-05;OID=.;OPOS=48808882;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr2 48808898 . C T 697.75 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.719;QD=62.0221;RBI=0.0202624;REFB=0;REVB=0.0159825;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123425;OID=.;OPOS=48808898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:16:27:0:0:18:27:0:0 chr2 48809593 . G T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.51;QD=63.5828;RBI=0.0206377;REFB=0;REVB=0.0199321;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10463e-05;OID=.;OPOS=48809593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr2 48898798 . T A 1474.51 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.012026;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9365;QD=57.2626;RBI=0.0175002;REFB=-0.0316408;REVB=-0.0127136;RO=2;SAF=36;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143733;STB=0.503032;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.000246431;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:103:2:2:101:101:0.980583:65:36:0:2:65:36:1:1 chr2 48915871 . A G 207.17 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0297159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9175;QD=15.9363;RBI=0.0425819;REFB=-0.0204035;REVB=0.0304989;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832115;STB=0.535685;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.046099;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:28:23:24:0.461538:12:11:11:17:13:11:11:17 chr2 48921375 . T C 289.9 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0408345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.547;QD=16.5657;RBI=0.0415141;REFB=-0.0219271;REVB=0.00748057;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478052;STB=0.502687;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0243433;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:15:17:20:18:15:17:20:18 chr2 48948856 . A G 143.27 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00141039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3061;QD=14.6942;RBI=0.0116703;REFB=-0.00225866;REVB=0.0115847;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179752;STB=0.604675;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00368064;OID=.;OPOS=48948856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:5:11:12:11:5:11:12:11 chr2 49189921 . C T 431.93 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00282011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.319;QD=23.0363;RBI=0.0153892;REFB=-0.0352141;REVB=-0.0151286;RO=32;SAF=20;SAR=22;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678288;STB=0.530442;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0239328;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:33:42:42:0.56:22:20:18:14:22:20:18:15 chr2 49191041 . C T 183.08 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0140314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.615;QD=25.2523;RBI=0.0210773;REFB=0.0162336;REVB=0.0157282;RO=11;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152457;STB=0.585268;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0225629;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:6:12:5:6:6:12:5:6 chr2 50201110 . A G 170.7 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0124478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1107;QD=11.0127;RBI=0.0239712;REFB=-0.0466976;REVB=0.0204858;RO=39;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167471;STB=0.590278;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0942036;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:40:22:22:0.354839:14:8:20:19:14:8:20:20 chr2 53955850 . C T 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00812891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.77;QD=7.32784;RBI=0.0345733;REFB=-0.0128286;REVB=-0.0336041;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171993;STB=0.608422;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0304058;OID=.;OPOS=53955850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:10:11:3:5:10:11 chr2 53992593 . A T 336.54 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.000423796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.416;QD=12.3501;RBI=0.0070174;REFB=-0.0203304;REVB=-0.00700459;RO=68;SAF=23;SAR=18;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469545;STB=0.526736;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0205546;OID=.;OPOS=53992593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:68:68:41:41:0.376147:18:23:41:27:18:23:41:27 chr2 54035447 . A G 300.03 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0242636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4659;QD=13.9551;RBI=0.0265837;REFB=-0.0199951;REVB=0.0108615;RO=52;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033232;STB=0.518923;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0399525;OID=.;OPOS=54035447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:20:14:23:29:20:14:23:29 chr2 54115904 . A G 752.17 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00736936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.468;QD=51.8734;RBI=0.0086898;REFB=-0.0933895;REVB=-0.00460491;RO=3;SAF=23;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576014;STB=0.519993;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000896151;OID=.;OPOS=54115904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:58:58:3:2:55:56:0.965517:32:23:3:0:32:24:2:0 chr2 54120025 . A T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.134;QD=64.154;RBI=0.0371496;REFB=0;REVB=-0.0022784;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25867e-05;OID=.;OPOS=54120025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr2 54120820 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4173;QD=52.6108;RBI=0.0226124;REFB=0;REVB=-0.0220932;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100081;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr2 54125495 . T C 363.2 PASS AF=0.805556;AO=26;DP=37;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00690552;FXX=0.0526177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.0412;QD=40.3553;RBI=0.0337858;REFB=-0.0119308;REVB=0.0330725;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.611029;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00151154;OID=.;OPOS=54125495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:37:36:0:7:26:29:0.805556:19:7:0:0:22:7:5:2 chr2 54127041 . C T 1343.6 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0512207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4307;QD=61.0726;RBI=0.0647847;REFB=0.0276035;REVB=-0.0396674;RO=1;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014141;STB=0.507461;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00558593;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:33:54:0:1:33:54:0:1 chr2 54133744 . T C 422.3 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00918199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.291;QD=20.8541;RBI=0.0296454;REFB=-0.0247962;REVB=0.0281876;RO=38;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656031;STB=0.52995;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0237835;OID=.;OPOS=54133744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:38:39:42:42:0.518519:20:22:17:21:20:22:18:21 chr2 54144448 . T C 1042.59 PASS AF=0.540541;AO=99;DP=186;FAO=100;FDP=185;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=25;FSRR=60;FWDB=0.0296048;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.11;QD=22.5426;RBI=0.0353887;REFB=-0.0452589;REVB=0.0193886;RO=84;SAF=41;SAR=58;SRF=24;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113934;STB=0.560495;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0312546;OID=.;OPOS=54144448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:84:85:99:100:0.540541:58:41:24:60:58:42:25:60 chr2 54482964 . C T 271.13 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0269987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.52;QD=30.1251;RBI=0.0270094;REFB=-0.0104124;REVB=-0.000761741;RO=12;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101036;STB=0.55551;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0107536;OID=.;OPOS=54482964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:12:12:4:8:12:12:4:8 chr2 54482989 . C T 103.95 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0354576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.79;QD=10.1415;RBI=0.0402972;REFB=-0.00139323;REVB=-0.0191474;RO=26;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263807;STB=0.659979;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00257648;OID=.;OPOS=54482989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:28:13:13:0.317073:9:4:14:12:9:4:15:13 chr2 54494448 . G A 686.25 PASS AF=0.503704;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0215424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.781;QD=20.3332;RBI=0.0215941;REFB=-0.00333012;REVB=0.00149237;RO=66;SAF=24;SAR=44;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137259;STB=0.572581;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00415155;OID=.;OPOS=54494448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:66:67:68:68:0.503704:44:24:33:33:44:24:33:34 chr2 54587659 . G C 105.88 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0363242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.797;QD=21.1757;RBI=0.0401861;REFB=-0.0739593;REVB=-0.0171893;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324761;STB=0.518487;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0487827;OID=.;OPOS=54587659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:3:5:8:4:3:5 chr2 54756740 . C T 446.53 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.023;QD=57.6167;RBI=0.0319812;REFB=0;REVB=0.0310154;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175111;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr2 54858193 . G C 224.8 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0177181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.571;QD=13.032;RBI=0.0186355;REFB=-0.0174385;REVB=-0.00577511;RO=42;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116091;STB=0.566616;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0281003;OID=.;OPOS=54858193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:17:10:20:22:17:10:20:22 chr2 54858253 . G T 228.94 PASS AF=0.388889;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0251841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4618;QD=12.719;RBI=0.0271736;REFB=-0.0326834;REVB=0.0102062;RO=42;SAF=7;SAR=20;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666694;STB=0.507241;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0720026;OID=.;OPOS=54858253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:44:27:28:0.388889:20:7:13:29:20:8:13:31 chr2 54871519 . C T 166.98 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00351259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.373;QD=15.1802;RBI=0.00438197;REFB=-0.00568805;REVB=-0.00261981;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201776;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00680431;OID=.;OPOS=54871519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:26:18:18:0.409091:9:9:13:12:9:9:13:13 chr2 55040426 . A G 462.52 PASS AF=0.529412;AO=44;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0342658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4759;QD=21.7657;RBI=0.0364245;REFB=-0.0321759;REVB=0.0123532;RO=40;SAF=21;SAR=23;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411293;STB=0.52746;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.030125;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:44:45:0.529412:23:21:21:19:24:21:21:19 chr2 55155551 . C T 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0564218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.915;QD=57.2347;RBI=0.0585638;REFB=-0.0348303;REVB=0.0156941;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165747;STB=0.508769;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000511186;OID=.;OPOS=55155551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:38:28:1:0:38:28:1:0 chr2 55404794 . G A 215.86 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0339997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.193;QD=15.1479;RBI=0.039747;REFB=-0.0129244;REVB=-0.0205876;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151217;STB=0.585706;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.017871;OID=.;OPOS=55404794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:19:13:14:11:19:13 chr2 55407754 . C T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.969;QD=64.4141;RBI=0.0802547;REFB=0;REVB=0.0591028;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311577;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr2 55449464 . T C 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00610768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.06;QD=24.5166;RBI=0.0071047;REFB=-0.022446;REVB=0.00362946;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958142;STB=0.553153;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0169192;OID=.;OPOS=55449464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:14:13:8:14:14:13:8:14 chr2 55470115 . C T 144.01 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00241452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8867;QD=15.1589;RBI=0.030289;REFB=-0.0241203;REVB=-0.0301926;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197031;STB=0.613498;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0203115;OID=.;OPOS=55470115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:14:8:9:7:14:8 chr2 55490819 . G T 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0289741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9964;QD=15.6987;RBI=0.095217;REFB=0.00203943;REVB=0.0907016;RO=19;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433663;STB=0.756209;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00068581;OID=.;OPOS=55490819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:2:13:10:9:2:13:10:9 chr2 55516723 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.836;QD=59.0186;RBI=0.0162297;REFB=0;REVB=-0.00665989;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31178e-05;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr2 55522422 . A G 1111.09 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.29;QD=59.2583;RBI=0.0369336;REFB=0;REVB=0.0350644;RO=1;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113997;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450375;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:75:1:0:74:75:1:41:33:0:1:42:33:0:0 chr2 55771161 . A G 318.59 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0071383;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5719;QD=20.2278;RBI=0.023226;REFB=-0.0290091;REVB=-0.0221019;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390536;STB=0.528285;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0150604;OID=.;OPOS=55771161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:29:30:33:33:0.52381:19:14:11:18:19:14:11:19 chr2 55805440 . T C 530.0 PASS AF=0.972973;AO=37;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327921;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4781;QD=57.297;RBI=0.0506235;REFB=-0.0632013;REVB=0.0385671;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518508;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00255194;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:0:1:37:36:0.972973:24:13:0:0:23:13:1:0 chr2 56420296 . C T 282.79 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0216481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.553;QD=17.4025;RBI=0.0226483;REFB=-0.0520854;REVB=-0.00665627;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196262;STB=0.61599;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0469709;OID=.;OPOS=56420296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:14:17:11:22:14:17:11:23 chr2 58388696 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.953;QD=51.9167;RBI=0.0191668;REFB=0;REVB=0.0186051;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134173;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr2 60687959 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.19;QD=58.0606;RBI=0.0244829;REFB=0;REVB=-0.0196418;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.62144e-05;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr2 60689441 . T C 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0258869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.147;QD=15.2374;RBI=0.039184;REFB=-0.0155251;REVB=0.0294153;RO=36;SAF=21;SAR=7;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134923;STB=0.576865;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.014116;OID=.;OPOS=60689441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:7:21:23:13:7:21:23:13 chr2 60867976 . C T 149.78 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0262435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4114;QD=19.3257;RBI=0.029282;REFB=-0.00479598;REVB=0.012989;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151806;STB=0.585672;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00918034;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:4:11:9:7:4:11 chr2 61450454 . A G 1047.5 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122907;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8455;QD=59.8571;RBI=0.0363728;REFB=0;REVB=0.0342333;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024517;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr2 61522123 . T C 751.97 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0864;QD=56.7521;RBI=0.078027;REFB=0;REVB=0.0500252;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149241;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:49:53:1:13:36:0:0:15:38:0:0 chr2 61575308 . A G 872.08 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358726;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.201;QD=58.1384;RBI=0.0363392;REFB=0;REVB=0.00580473;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116589;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr2 61577435 . T C 64.12 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00284233;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.952;QD=8.27398;RBI=0.0369525;REFB=-0.00210574;REVB=0.0368431;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930455;STB=0.558007;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00519228;OID=.;OPOS=61577435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:32:31:22:22:9:9:0.290323:3:6:13:9:3:6:13:9 chr2 61647901 . A G 198.01 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0817678;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.517;QD=19.801;RBI=0.0914605;REFB=-0.0307697;REVB=0.0409761;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0283359;OID=.;OPOS=61647901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:19:20:20:20:0.5:8:12:11:8:8:12:12:8 chr2 62066927 . A G 593.65 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4623;QD=59.3652;RBI=0.0623502;REFB=0;REVB=-0.06234;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129544;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:22:18:0:0 chr2 62081012 . A C 728.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.542;QD=57.1581;RBI=0.0396173;REFB=0;REVB=0.0153359;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158791;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr2 62729674 . T C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00440757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.803;QD=14.6974;RBI=0.0161779;REFB=-0.0119642;REVB=0.0155659;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258984;STB=0.639864;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0168604;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:7:14:12:17:7:14:13:17 chr2 62738931 . G C 561.14 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.014988;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1337;QD=19.0218;RBI=0.0613834;REFB=-0.0135617;REVB=-0.0595254;RO=59;SAF=32;SAR=26;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384496;STB=0.524932;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0130011;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:59:60:58:58:0.491525:26:32:35:24:26:32:36:24 chr2 63849491 . T C 1578.22 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539306;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.787;QD=59.5554;RBI=0.0352128;REFB=0;REVB=0.0347974;RO=1;SAF=54;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870753;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85631e-05;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:1:0:105:106:1:51:54:1:0:51:55:0:0 chr2 64069318 . A G 167.92 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00297202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.935;QD=15.6204;RBI=0.00304005;REFB=-0.00714464;REVB=-0.000639524;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534255;STB=0.530796;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00904243;OID=.;OPOS=64069318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:11:14:11:7:11:14 chr2 64069731 . C CA 159.55 PASS AF=0.842105;AO=2;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0470414;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=165.314;QD=33.5894;RBI=0.050435;REFB=-0.0788939;REVB=0.0181877;RO=16;SAF=1;SAR=1;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3602;STB=0.55549;STBP=0.374;TYPE=ins;VARB=0.0210727;OID=.;OPOS=64069732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.842105:2:19:16:19:3:4:12:0:3:14:16:1:1:3:13 chr2 64069732 . G A,GA 179.71 PASS AF=0.222222,0.666667;AO=13,3;DP=19;FAO=4,12;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=3,0;FSAR=1,12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0619829,-0.0952533;FXX=0.0526039;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=114.81,148.193;QD=39.9359;RBI=0.0631857,0.099839;REFB=-0.0655908,-0.0794588;REVB=0.0122698,0.0299107;RO=3;SAF=3,0;SAR=10,3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0471602,-0.664835;STB=0.599463,0.99842;STBP=0.601,0.055;TYPE=snp,ins;VARB=0.0220553,0.0135792;OID=.,.;OPOS=64069732,64069733;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:19:18:3:2:13,3:4,12:0.222222,0.666667:10,3:3,0:1:2:1,12:3,0:1:1 chr2 64327544 . G T 734.24 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00243116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.842;QD=61.1867;RBI=0.057526;REFB=-0.103048;REVB=-0.0574746;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184413;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000526703;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:0:1:25:22:0:1 chr2 64327592 . T C 843.1 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.02187;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4999;QD=56.2066;RBI=0.0594239;REFB=-0.0704183;REVB=0.0552531;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140845;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00125394;OID=.;OPOS=64327592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:60:1:1:59:59:0.983333:33:26:0:1:33:26:0:1 chr2 64779509 . G A 55.57 PASS AF=0.32;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.016947;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.133;QD=8.89104;RBI=0.0176535;REFB=0.000670178;REVB=-0.00494417;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276263;STB=0.59976;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00140445;OID=.;OPOS=64779509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:26:25:16:17:8:8:0.32:4:4:4:12:4:4:6:11 chr2 64796817 . A C 223.17 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0364859;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3918;QD=12.5729;RBI=0.0372352;REFB=0.000800825;REVB=-0.00743228;RO=44;SAF=7;SAR=20;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23602;STB=0.636684;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00440571;OID=.;OPOS=64796817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:44:27:27:0.380282:20:7:20:24:20:7:20:24 chr2 64861279 . AAT A,AAA 218.53 PASS AF=0.71875,0;AO=9,6;DP=43;FAO=23,0;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=15,0;FSAR=8,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.268257,-0.112597;FXX=0.0302939;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.2492,8.829;QD=27.3165;RBI=0.271998,0.121491;REFB=0.0596836,0.0433039;REVB=-0.0449592,0.0456285;RO=22;SAF=2,3;SAR=7,3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.503809,-0.217505;STB=0.561904,0.5;STBP=0.279,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0113523,0;OID=.,.;OPOS=64861280,64861281;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.71875,0:9,6:43:23,0:32:9:15,0:8,0:4:5:49:22:2,3:7,3:15:7 chr2 65044680 . C T 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0146293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.373;QD=21.6106;RBI=0.0146957;REFB=-0.00170772;REVB=-0.00139561;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553909;STB=0.531058;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00201595;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:11:12:11:13:11:12 chr2 65217089 . G C 250.48 PASS AF=0.52;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0160333;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.118;QD=20.0382;RBI=0.0160428;REFB=-0.0105549;REVB=-0.000551598;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170353;STB=0.577922;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0112937;OID=.;OPOS=65217089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:26:24:26:26:0.52:12:14:9:17:12:14:9:15 chr2 65245365 . G A 140.64 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0713895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.295;QD=9.37587;RBI=0.0716073;REFB=-0.010414;REVB=-0.0055805;RO=41;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195299;STB=0.615806;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.019696;OID=.;OPOS=65245365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:12:7:22:19:12:7:22:19 chr2 65296657 . A G 809.62 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.998;QD=56.8156;RBI=0.0441628;REFB=0;REVB=0.0434063;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.206e-05;OID=.;OPOS=65296657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:26:29:0:0:27:30:0:0 chr2 65298839 . A G 557.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.079;QD=60.2769;RBI=0.0308912;REFB=0;REVB=0.0147783;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273781;OID=.;OPOS=65298839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:20:17:0:0 chr2 65299766 . T C 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5311;QD=58.1331;RBI=0.065873;REFB=0;REVB=0.0394119;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106311;OID=.;OPOS=65299766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr2 65300752 . C T 1899.64 PASS AF=0.992;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00126181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.585;QD=60.7885;RBI=0.0520587;REFB=0.0161467;REVB=0.0520434;RO=0;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000292987;OID=.;OPOS=65300752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:125:0:1:123:124:0.992:64:59:0:0:65:59:1:0 chr2 65315711 . G A 770.56 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00159313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.4827;QD=55.0403;RBI=0.0046053;REFB=0.0895318;REVB=-0.00432096;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00150007;OID=.;OPOS=65315711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:29:26:1:0:29:26:1:0 chr2 65496018 . C G 1172.48 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134801;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.458;QD=60.9079;RBI=0.0174912;REFB=0;REVB=-0.0111458;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82955e-05;OID=.;OPOS=65496018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:76:77:1:39:37:0:0:39:38:0:0 chr2 65496144 . A G 650.94 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1044;QD=61.9941;RBI=0.0165874;REFB=0;REVB=-0.0165283;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267811;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr2 65496187 . G A 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00886146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.564;QD=61.6792;RBI=0.0149043;REFB=0;REVB=-0.0119839;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134402;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr2 65497571 . C A 227.39 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518964;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.954;QD=50.5308;RBI=0.0539031;REFB=0;REVB=0.014571;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288204;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr2 65540905 . C G 1133.09 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.338;QD=60.4313;RBI=0.0405999;REFB=0;REVB=-0.00268381;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51214e-05;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:75:0:0:68:75:1:37:31:0:0:38:37:0:0 chr2 67630980 . G A 109.04 PASS AF=0.916667;AO=12;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0267022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6864;QD=36.3462;RBI=0.114397;REFB=-0.0629535;REVB=-0.111237;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0050999;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:12:11:0.916667:6:6:0:0:5:6:0:1 chr2 67632125 . C T 595.21 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0878571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1176;QD=56.6864;RBI=0.154968;REFB=-0.136921;REVB=0.127657;RO=3;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139605;STB=0.514279;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.011014;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:3:1:39:41:0.97619:22:17:1:2:24:17:1:0 chr2 68385097 . A G 135.52 PASS AF=0.4;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0126089;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9388;QD=21.6824;RBI=0.0126094;REFB=0.00560163;REVB=0.000106449;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201011;STB=0.555446;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0170245;OID=.;OPOS=68385097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:25:25:7:8:9:10:0.4:5:4:5:2:5:5:5:3 chr2 68388823 . A G 282.29 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00825287;FXX=0.0422476;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1508;QD=16.6052;RBI=0.0117135;REFB=-0.0164333;REVB=-0.00831239;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109335;STB=0.54283;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0177444;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:68:40:37:31:31:0.455882:16:15:15:25:16:15:15:22 chr2 68407926 . A G 145.04 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00853476;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.219;QD=23.2061;RBI=0.00908202;REFB=0.000336333;REVB=-0.00310497;RO=10;SAF=12;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268262;STB=0.652834;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.000268394;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:25:25:10:10:15:15:0.6:3:12:5:5:3:12:5:5 chr2 68415767 . G A 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0401871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.153;QD=10.1037;RBI=0.0404521;REFB=-0.00568044;REVB=-0.00462287;RO=40;SAF=12;SAR=8;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086602;STB=0.550969;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0157597;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:8:12:21:19:8:12:21:19 chr2 68511584 . A G 323.82 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000350661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.74;QD=53.9702;RBI=0.065455;REFB=0;REVB=0.065454;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242722;OID=.;OPOS=68511584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr2 68607947 . G T 903.36 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539347;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.104;QD=58.2813;RBI=0.00867139;REFB=0;REVB=0.00678996;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119602;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:38:23:0:0:39:23:0:0 chr2 68622914 . G A 393.47 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.422;QD=56.2106;RBI=0.0505779;REFB=0;REVB=0.0348251;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237457;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:14:14:0:0 chr2 68882468 . T C 739.08 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0092872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.772;QD=54.7465;RBI=0.0196035;REFB=-0.101668;REVB=0.0172639;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000276924;OID=.;OPOS=68882468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:30:23:0:0:30:23:0:1 chr2 69002760 . C T 376.27 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120316;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.359;QD=55.743;RBI=0.0635304;REFB=0;REVB=-0.0623807;RO=0;SAF=25;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228663;OID=.;OPOS=69002760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:2:25:0:0:2:25:0:0 chr2 69040500 . G A 528.67 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0131595;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.11;QD=17.7706;RBI=0.0224656;REFB=0.00274908;REVB=0.018208;RO=63;SAF=20;SAR=36;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207408;STB=0.615343;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00471302;OID=.;OPOS=69040500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:63:56:56:0.470588:36:20:36:27:36:20:36:27 chr2 69049939 . G T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0177503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.584;QD=16.3854;RBI=0.0288102;REFB=-0.0228071;REVB=0.0226927;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450094;STB=0.526257;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0211834;OID=.;OPOS=69049939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:4:4:4:5:4:4 chr2 69049941 . T C 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00959574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.277;QD=13.629;RBI=0.012874;REFB=-0.00107423;REVB=-0.00858262;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.000882301;OID=.;OPOS=69049941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:5:4:4:4:5:4 chr2 69173570 . C T 296.43 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.00784533;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.533;QD=12.3514;RBI=0.0108245;REFB=-0.0166416;REVB=-0.00745798;RO=61;SAF=11;SAR=23;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261129;STB=0.522714;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0274297;OID=.;OPOS=69173570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:62:34:34:0.354167:23:11:21:40:23:11:22:40 chr2 69204629 . T C 335.42 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0186703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.634;QD=16.9831;RBI=0.0689271;REFB=-0.011736;REVB=0.0663504;RO=43;SAF=22;SAR=14;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413478;STB=0.523156;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0151172;OID=.;OPOS=69204629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:14:22:28:15:14:22:28:15 chr2 69204671 . A T 374.04 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0229384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.932;QD=15.9168;RBI=0.0255653;REFB=-0.0228691;REVB=-0.0112878;RO=53;SAF=22;SAR=17;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175357;STB=0.511383;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0439941;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:53:54:39:40:0.425532:17:22:29:24:17:23:30:24 chr2 69240651 . G A 258.23 PASS AF=0.55814;AO=22;DP=41;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.000841475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.569;QD=24.0215;RBI=0.0217;REFB=-0.0347204;REVB=0.0216837;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142543;STB=0.591468;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0337953;OID=.;OPOS=69240651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:19:19:22:24:0.55814:16:6:8:11:18:6:8:11 chr2 69300243 . G A 421.3 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0201897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.45;QD=23.4058;RBI=0.0203515;REFB=-0.00442857;REVB=0.0025609;RO=31;SAF=18;SAR=23;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415419;STB=0.522811;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00277998;OID=.;OPOS=69300243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:23:18:12:19:23:18:12:19 chr2 69659126 . A T 284.33 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=45;FWDB=0.0863341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.427;QD=12.9239;RBI=0.0873465;REFB=-0.00625603;REVB=-0.0132607;RO=54;SAF=11;SAR=22;SRF=9;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224362;STB=0.614618;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0118063;OID=.;OPOS=69659126;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:55:33:33:0.375:22:11:9:45:22:11:10:45 chr2 69693006 . C T 106.94 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0409545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.156;QD=16.4517;RBI=0.0471778;REFB=-0.0384394;REVB=0.0234195;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253163;STB=0.590003;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0450789;OID=.;OPOS=69693006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:10:11:10:11:0.423077:6:4:7:3:6:5:7:4 chr2 69698158 . G A,T 854.04 PASS AF=0.903226,0.0967742;AO=53,6;DP=59;FAO=56,6;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34,3;FSAR=22,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102894,0.0140085;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.781,66.9678;QD=55.0991;RBI=0.0116412,0.0141186;REFB=0,0;REVB=0.00544482,0.00175943;RO=0;SAF=33,3;SAR=20,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.88914e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00119309,0.0248277;OID=.,.;OPOS=69698158,69698158;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:59:62:0:0:53,6:56,6:0.903226,0.0967742:20,3:33,3:0:0:22,3:34,3:0:0 chr2 69702628 . C T 212.36 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000621178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.916;QD=14.3971;RBI=0.0883115;REFB=-0.0172705;REVB=-0.0883093;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116676;STB=0.575282;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0152655;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:25:25:0.423729:10:15:16:17:10:15:16:18 chr2 69741608 . GC G,GT 246.49 PASS AF=0.05,0.95;AO=3,15;DP=20;FAO=1,19;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697202,0.053831;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.6916,115.105;QD=49.2985;RBI=0.0915575,0.10753;REFB=0,0;REVB=0.0593453,0.0930859;RO=0;SAF=0,12;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0321535,0.00371786;OID=.,.;OPOS=69741609,69741609;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:3,15:20:1,19:20:0:0,13:1,6:0:0:3:0:0,12:3,3:0:0 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC 482.67 PASS AF=0.714286,0.257143;AO=24,7;DP=37;FAO=25,9;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=9,9;FSAR=16,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187205,0.0621569;FXX=0.0540395;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=129.847,73.2461;QD=55.1622;RBI=0.082111,0.0752433;REFB=-0.0380792,-0.0316743;REVB=0.0799484,-0.0424036;RO=1;SAF=10,7;SAR=14,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0440956,0;STB=0.526294,0.5;STBP=0.276,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00531622,0.0248561;OID=.,.;OPOS=69741754,69741762;OREF=TGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.714286,0.257143:24,7:37:25,9:35:1:9,9:16,0:1:0:64:1:10,7:14,0:1:0 chr2 69741854 . T G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.408;QD=57.1775;RBI=0.0424151;REFB=0;REVB=0.0253712;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113901;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr2 70168022 . G A 98.25 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0212363;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.22;QD=11.9087;RBI=0.0264207;REFB=-0.0016097;REVB=-0.0157186;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251285;STB=0.621438;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00268747;OID=.;OPOS=70168022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:33:33:20:21:12:12:0.363636:7:5:4:16:7:5:5:16 chr2 70182805 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.78;QD=64.1537;RBI=0.0386553;REFB=0;REVB=0.0255654;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201321;OID=.;OPOS=70182805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr2 70188676 . T C 101.87 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.71;QD=40.7464;RBI=0.0856645;REFB=0;REVB=0.0813473;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919923;OID=.;OPOS=70188676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr2 70191360 . C T 756.27 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00500022;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.529;QD=55.0013;RBI=0.00848789;REFB=0.0171669;REVB=0.00685873;RO=1;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229779;STB=0.512191;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-7.59562e-05;OID=.;OPOS=70191360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:20:34:0:1:20:34:0:1 chr2 70524577 . G A 367.35 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.963;QD=54.4215;RBI=0.0272897;REFB=0;REVB=-0.00430262;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171201;OID=.;OPOS=70524577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:12:13:0:0:12:15:0:0 chr2 70528827 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.573;QD=49.5988;RBI=0.0211127;REFB=0;REVB=-0.0193151;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02747e-05;OID=.;OPOS=70528827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr2 70677994 . G A 125.88 PASS AF=0.326087;AO=13;DP=44;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0222918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.277;QD=10.9465;RBI=0.0236313;REFB=-0.00883661;REVB=-0.00784309;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102272;STB=0.509079;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0258325;OID=.;OPOS=70677994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:31:31:13:15:0.326087:9:4:12:19:9:6:12:19 chr2 71004488 . CTTTT CTTT,CTTTC 296.76 PASS AF=0.130435,0.869565;AO=3,18;DP=23;FAO=3,20;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102171,0.0745973;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=25.2689,47.1003;QD=51.6102;RBI=0.175144,0.109445;REFB=0,0;REVB=-0.174846,-0.0800835;RO=0;SAF=2,10;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0610816,0.00475967;OID=.,.;OPOS=71004489,71004492;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.130435,0.869565:3,18:23:3,20:23:0:2,12:1,8:0:0:14:0:2,10:1,8:0:0 chr2 71004494 . A C,T 300.69 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=3,20;DP=23;FAO=1,22;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378096,0.0195641;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.584,220.318;QD=52.2937;RBI=0.0282439,0.0384232;REFB=0,0;REVB=0.0279897,0.0330694;RO=0;SAF=2,12;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0134777,0.019308;OID=.,.;OPOS=71004494,71004494;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:23:23:0:0:3,20:1,22:0.0434783,0.956522:1,8:2,12:0:0:1,8:0,14:0:0 chr2 71012604 . G A 1744.71 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0198826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.265;QD=59.6483;RBI=0.0639817;REFB=-0.0962956;REVB=-0.060814;RO=1;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871291;STB=0.504586;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000413905;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:1:1:115:116:0.991453:54:61:0:1:54:62:0:1 chr2 71012734 . C G 433.37 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323519;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3528;QD=57.7831;RBI=0.0371142;REFB=0;REVB=0.0181886;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020725;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr2 71036482 . T C 280.69 PASS AF=0.553191;AO=24;DP=44;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0325548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1985;QD=23.8882;RBI=0.0379789;REFB=-0.0156746;REVB=-0.0195597;RO=20;SAF=3;SAR=21;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304075;STB=0.653329;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0112169;OID=.;OPOS=71036482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:20:21:24:26:0.553191:21:3:7:13:22:4:8:13 chr2 71043461 . C T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0199333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.173;QD=22.9575;RBI=0.0364942;REFB=-0.0103237;REVB=-0.0305695;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232167;STB=0.629478;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00463099;OID=.;OPOS=71043461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:8:8:2:9:8:8:2:9 chr2 71044211 . C T 263.59 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.012274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1768;QD=19.5251;RBI=0.0198628;REFB=0.00735594;REVB=-0.0156167;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115962;STB=0.554051;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00380899;OID=.;OPOS=71044211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:26:27:28:0.518519:15:12:15:11:15:13:15:11 chr2 71058835 . A G 403.01 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0199866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8611;QD=18.1127;RBI=0.0585888;REFB=-0.0156728;REVB=-0.0550744;RO=45;SAF=21;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516338;STB=0.551736;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0202625;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:47:42:42:0.47191:21:21:20:25:20:22:20:27 chr2 71062648 . G A 316.92 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0285763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.739;QD=11.959;RBI=0.0322412;REFB=-0.0283324;REVB=-0.0149297;RO=67;SAF=22;SAR=17;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542345;STB=0.530971;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0340437;OID=.;OPOS=71062648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:67:39:39:0.367925:17:22:41:26:17:22:41:26 chr2 71062833 . G C,GC 450.83 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=2,28;DP=35;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014976,-0.0333161;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.721,23.2531;QD=53.039;RBI=0.0156434,0.123024;REFB=0,0;REVB=0.00452063,0.118427;RO=2;SAF=1,9;SAR=1,19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0250896;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0878401,0.00987348;OID=.,.;OPOS=71062833,71062834;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:35:34:2:0:2,28:1,33:0.0294118,0.970588:1,19:1,9:1:1:0,22:1,11:0:0 chr2 71170807 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.102921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.974;QD=19.6458;RBI=0.104634;REFB=-0.0132274;REVB=-0.0188533;RO=8;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257513;STB=0.642659;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0125362;OID=.;OPOS=71170807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:10:1:0:8:10:1:0:8 chr2 71190384 . C T 149.1 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0538125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2799;QD=14.1996;RBI=0.0539652;REFB=-0.0148161;REVB=0.00405603;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329583;STB=0.557457;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0208243;OID=.;OPOS=71190384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:25:16:17:0.404762:6:10:17:9:7:10:17:8 chr2 71211815 . G A 498.37 PASS AF=0.613333;AO=45;DP=74;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0509678;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.926;QD=26.5796;RBI=0.0525884;REFB=-0.0190864;REVB=0.0129546;RO=28;SAF=21;SAR=24;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523278;STB=0.516689;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.012263;OID=.;OPOS=71211815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:28:29:45:46:0.613333:24:21:11:17:25:21:12:17 chr2 71211989 . A G 412.69 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00690345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.228;QD=31.745;RBI=0.010781;REFB=0.0211164;REVB=-0.0082809;RO=15;SAF=7;SAR=30;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640021;STB=0.534826;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00619916;OID=.;OPOS=71211989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:37:37:0.711538:30:7:4:11:30:7:4:11 chr2 71221822 . A G 269.07 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=40;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0163641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.038;QD=26.251;RBI=0.0318146;REFB=-0.0465533;REVB=0.0272835;RO=16;SAF=5;SAR=19;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231621;STB=0.507686;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0271797;OID=.;OPOS=71221822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:16:16:24:25:0.609756:19:5:3:13:20:5:3:13 chr2 71273543 . C T 487.21 PASS AF=0.352941;AO=59;DP=171;FAO=60;FDP=170;FR=.;FRO=110;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=0.0101138;FXX=0.01734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.112;QD=11.4639;RBI=0.0101273;REFB=-0.0133652;REVB=-0.000522388;RO=105;SAF=30;SAR=29;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897006;STB=0.552924;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0292446;OID=.;OPOS=71273543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:105:110:59:60:0.352941:29:30:45:60:30:30:46:64 chr2 71305456 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.124;QD=56.9569;RBI=0.0527882;REFB=0;REVB=0.0326782;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60741e-05;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr2 71351403 . C A 367.14 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0100092;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.042;QD=18.8276;RBI=0.0285668;REFB=-0.00599172;REVB=-0.0267559;RO=40;SAF=19;SAR=19;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460237;STB=0.525628;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00394396;OID=.;OPOS=71351403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:40:40:38:38:0.487179:19:19:22:18:19:19:22:18 chr2 71357364 . C A 179.84 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=45;FWDB=0.0145083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.133;QD=9.10572;RBI=0.0161821;REFB=-0.000865793;REVB=-0.00716725;RO=54;SAF=5;SAR=19;SRF=9;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787161;STB=0.528902;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00271478;OID=.;OPOS=71357364;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:55:24:24:0.303797:19:5:9:45:19:5:10:45 chr2 71360282 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0161833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.852;QD=17.5417;RBI=0.0881852;REFB=-0.0176652;REVB=-0.0866876;RO=16;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115114;STB=0.565138;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0142739;OID=.;OPOS=71360282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:12:3:2:14:12:3:2:14 chr2 71365805 . A G 184.92 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0419444;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.314;QD=13.4484;RBI=0.0490634;REFB=-0.00103895;REVB=0.0254536;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127027;STB=0.593134;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00290845;OID=.;OPOS=71365805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:33:22:22:0.4:14:8:15:16:14:8:17:16 chr2 71366957 . C A 99.16 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0770367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.307;QD=14.69;RBI=0.0771955;REFB=-0.00635207;REVB=-0.00494939;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208684;STB=0.512175;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00478524;OID=.;OPOS=71366957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:9:3:4:11:9:3:4:11 chr2 71415479 . T C 428.9 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0923429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4253;QD=57.1871;RBI=0.0970706;REFB=0;REVB=-0.0299247;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00288587;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr2 71417065 . G T 750.61 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450603;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.815;QD=63.8814;RBI=0.00468199;REFB=0;REVB=0.00127152;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51167e-05;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr2 71615571 . C T 723.84 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5711;QD=54.6296;RBI=0.0433626;REFB=-0.0576057;REVB=-0.0243381;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000484513;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:0:1:52:52:0.981132:30:22:0:0:30:22:1:0 chr2 71633275 . T C 574.37 PASS AF=0.435714;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.00415351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.83;QD=16.4105;RBI=0.00518759;REFB=-0.0201729;REVB=-0.00310797;RO=78;SAF=28;SAR=33;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627209;STB=0.538066;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0250717;OID=.;OPOS=71633275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:78:79:61:61:0.435714:33:28:31:47:33:28:31:48 chr2 71633389 . C T 345.81 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.000648752;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.613;QD=16.4669;RBI=0.0088115;REFB=-0.00847658;REVB=-0.00878759;RO=46;SAF=14;SAR=23;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557685;STB=0.53582;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00938649;OID=.;OPOS=71633389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:46:47:37:37:0.440476:23:14:15:31:23:14:15:32 chr2 71654175 . G A 635.12 PASS AF=0.440252;AO=70;DP=159;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.00174921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.657;QD=15.9779;RBI=0.00824303;REFB=-0.0185248;REVB=0.0080553;RO=88;SAF=34;SAR=36;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312226;STB=0.514035;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0198695;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:88:89:70:70:0.440252:36:34:40:48:36:34:41:48 chr2 71838597 . C A 369.63 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0186567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.454;QD=22.4021;RBI=0.0208183;REFB=-0.0219318;REVB=0.00923741;RO=29;SAF=20;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127951;STB=0.570459;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0165016;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:17:20:11:18:17:20:11:18 chr2 72356449 . G T 187.5 PASS AF=0.4;AO=16;DP=46;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00120988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.016;QD=14.9999;RBI=0.00164149;REFB=-0.0115967;REVB=-0.00110936;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117265;STB=0.573454;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0200154;OID=.;OPOS=72356449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:27:30:16:20:0.4:10:6:13:14:13:7:14:16 chr2 72356627 . T G 237.51 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00516433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.991;QD=19.7925;RBI=0.0109586;REFB=-0.020951;REVB=0.00966544;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136547;STB=0.515139;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0165168;OID=.;OPOS=72356627;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:25:23:23:0.479167:7:16:17:7:7:16:18:7 chr2 72692271 . TA AG,TAAG 727.8 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,40;DP=48;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=2,35;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01157,0.0106992;FXX=0.020829;HRUN=1,2;LEN=2,2;MLLD=128.336,182.145;QD=61.94;RBI=0.0302318,0.0437486;REFB=0,0;REVB=0.0279302,0.0424201;RO=4;SAF=2,32;SAR=0,8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.569412,0.0131579;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0118606,-0.000578868;OID=.,.;OPOS=72692271,72692273;OREF=TA,-;OALT=AG,AG;OMAPALT=AG,TAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:47:4:0:2,40:2,45:0.0425532,0.957447:0,8:2,32:3:1:0,10:2,35:0:0 chr2 73169250 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0108993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.872;QD=10.6681;RBI=0.0189467;REFB=-0.00803853;REVB=-0.0154979;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167346;STB=0.60135;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0391222;OID=.;OPOS=73169250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:10:8:3:7:10:8 chr2 73339708 . G A 1245.73 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.788;QD=61.5174;RBI=0.0269091;REFB=0;REVB=0.0200676;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42099e-06;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr2 73519220 . A AC 48.06 PASS AF=0.225;AO=24;DP=81;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0149252;FXX=0.0123442;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.4067;QD=2.4029;RBI=0.0619366;REFB=-0.0455396;REVB=-0.0601114;RO=55;SAF=3;SAR=21;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527737;STB=0.633989;STBP=0.222;TYPE=ins;VARB=0.175111;OID=.;OPOS=73519221;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225:24:81:18:80:62:5:13:27:35:48:55:3:21:28:27 chr2 73675227 . T TCTC 1418.48 PASS AF=0.989796;AO=91;DP=112;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367043;FXX=0.0666603;HRUN=1;LEN=3;MLLD=278.585;QD=57.8971;RBI=0.04494;REFB=0.028826;REVB=0.0259306;RO=15;SAF=35;SAR=56;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597097;STB=0.506492;STBP=0.285;TYPE=ins;VARB=7.46546e-05;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989796:91:112:97:98:1:38:59:1:0:4:15:35:56:9:6 chr2 73675669 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8279;QD=44.6885;RBI=0.0571833;REFB=0;REVB=0.057089;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299905;OID=.;OPOS=73675669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr2 73675844 . C T 198.79 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.081;QD=46.7743;RBI=0.0457032;REFB=0;REVB=0.0187491;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596971;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:6:11:0:0 chr2 73681248 . G A 122.74 PASS AF=0.923077;AO=10;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0504814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6767;QD=37.767;RBI=0.0937873;REFB=-0.0495214;REVB=0.0790423;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0183967;OID=.;OPOS=73681248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:10:12:0.923077:4:6:1:0:5:7:1:0 chr2 73828538 . G A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.124534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.791;QD=46.0575;RBI=0.126111;REFB=0.0321376;REVB=0.0198814;RO=1;SAF=4;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101694;STB=0.555494;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00104888;OID=.;OPOS=73828538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:15:4:1:0:15:4:1:0 chr2 73927931 . A G 735.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.583;QD=56.5972;RBI=0.0731318;REFB=0;REVB=0.0363523;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213673;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:23:29:0:0 chr2 73928098 . C G 454.07 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.815;QD=55.0383;RBI=0.0507203;REFB=-0.0865829;REVB=0.0454735;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00053516;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:20:12:0:0:20:12:1:0 chr2 73928366 . G C 264.37 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.3503;QD=50.3557;RBI=0.0734938;REFB=0;REVB=-0.0275439;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00406037;OID=.;OPOS=73928366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:15:21:1:12:3:0:0:15:6:0:0 chr2 73957124 . A G 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.83;QD=62.6662;RBI=0.0152374;REFB=0;REVB=0.0109371;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80061e-05;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr2 74007136 . T C 807.58 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116224;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.416;QD=56.6722;RBI=0.0122434;REFB=0;REVB=0.00384965;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47757e-05;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:32:25:0:0 chr2 74135797 . T C 112.82 PASS AF=0.304348;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0183656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.374;QD=9.81013;RBI=0.0565123;REFB=-0.0151021;REVB=-0.0534447;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211774;STB=0.608548;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0303685;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:32:13:14:0.304348:6:7:11:20:7:7:11:21 chr2 74135898 . A G 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00829267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.774;QD=20.2744;RBI=0.0109836;REFB=-0.0145188;REVB=-0.00720216;RO=24;SAF=3;SAR=20;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339705;STB=0.695449;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0162823;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:20:3:9:15:20:3:9:15 chr2 74185876 . A T 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0160947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.175;QD=19.9748;RBI=0.0238803;REFB=-0.0193211;REVB=-0.0176417;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169556;OID=.;OPOS=74185876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:10:10:10:10:10:10 chr2 74300717 . T C 257.68 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0346111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3301;QD=19.8211;RBI=0.041251;REFB=0.0054764;REVB=-0.0224436;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15448;STB=0.592524;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00406623;OID=.;OPOS=74300717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:26:27:0.519231:15:11:15:10:16:11:15:10 chr2 74329725 . A AT 60.18 PASS AF=0.545455;AO=14;DP=36;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00878955;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.15928;QD=7.29417;RBI=0.0663423;REFB=-0.0448865;REVB=0.0657575;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404825;STB=0.506322;STBP=0.977;TYPE=ins;VARB=0.0553195;OID=.;OPOS=74329726;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:14:36:18:33:15:5:13:4:11:45:22:4:10:7:15 chr2 74334462 . G A 379.87 PASS AF=0.324138;AO=46;DP=145;FAO=47;FDP=145;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.0179528;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.719;QD=10.4791;RBI=0.0188335;REFB=-0.0136739;REVB=-0.00569185;RO=97;SAF=21;SAR=25;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116867;STB=0.562675;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0256303;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:97:98:46:47:0.324138:25:21:54:43:25:22:55:43 chr2 74362090 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.842;QD=48.7361;RBI=0.0377639;REFB=0;REVB=-0.00927241;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343953;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr2 74362459 . T TAGC 184.89 PASS AF=0.809524;AO=16;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00184193;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.083;QD=35.2177;RBI=0.0604033;REFB=-0.045522;REVB=0.0603753;RO=4;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906511;STB=0.542324;STBP=0.449;TYPE=ins;VARB=0.0117853;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.809524:16:21:17:21:4:9:8:3:1:20:4:8:8:3:1 chr2 74451994 . T C 38.34 PASS AF=0.185185;AO=6;DP=26;FAO=5;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0327692;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=23.7093;QD=5.6798;RBI=0.108423;REFB=-0.0610351;REVB=-0.103353;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.747795;STB=0.834587;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00686335;OID=.;OPOS=74451994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:26:27:13:20:6:5:0.185185:5:1:13:0:4:1:13:7 chr2 74590160 . T C 205.15 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0398113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.797;QD=14.6532;RBI=0.0409009;REFB=-0.04932;REVB=0.00937816;RO=32;SAF=7;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224499;STB=0.628505;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0623819;OID=.;OPOS=74590160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:17:7:16:16:17:7:16:16 chr2 74641624 . G C 766.03 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1079;QD=63.8358;RBI=0.0618257;REFB=0;REVB=-0.0614893;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00074314;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr2 74643333 . G T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0135852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.108;QD=20.2103;RBI=0.0142954;REFB=0.00565052;REVB=0.00444991;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309496;STB=0.675067;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00256951;OID=.;OPOS=74643333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:2:8:5:8:2:8 chr2 74682512 . C T 727.66 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.847;QD=63.2747;RBI=0.059528;REFB=0;REVB=0.0357443;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281923;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr2 74687550 . T C 815.77 PASS AF=1;AO=19;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.215497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.226;QD=65.2614;RBI=0.219048;REFB=0;REVB=0.0392837;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011415;OID=.;OPOS=74687550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:50:1:0:19:50:1:13:6:1:0:23:27:0:0 chr2 74690039 . GG AC,AG 2431.95 PASS AF=0,0.877451;AO=20,158;DP=211;FAO=0,179;FDP=204;FR=.;FRO=25;FSAF=0,54;FSAR=0,125;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=0.0311228,0.0418906;FXX=0.0331738;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=103.219,188.517;QD=47.6854;RBI=0.0311423,0.0419549;REFB=-0.153036,-0.140899;REVB=-0.00110299,0.00232181;RO=5;SAF=20,37;SAR=0,121;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.861935,0.00278283;STB=0.5,0.578836;STBP=1,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00124294;OID=.,.;OPOS=74690039,74690039;OREF=GG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:95:211:204:5:25:20,158:0,179:0,0.877451:0,121:20,37:1:4:0,125:0,54:22:3 chr2 74690378 . C T 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00022458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.433;QD=61.3321;RBI=0.02334;REFB=0;REVB=0.0233389;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118218;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr2 74699778 . C A 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.649;QD=62.3419;RBI=0.0734051;REFB=0;REVB=-0.00368577;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129649;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr2 74710491 . C T 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.89;QD=59.831;RBI=0.0500967;REFB=0;REVB=0.0481699;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132096;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr2 74725144 . T C 642.2 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3456;QD=61.1619;RBI=0.138562;REFB=0;REVB=0.135341;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00691909;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:36:42:1:17:19:0:0:21:21:0:0 chr2 74725178 . G A 708.33 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0558902;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9242;QD=60.2837;RBI=0.0614659;REFB=-0.182944;REVB=0.0255801;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00633995;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:0:1:25:21:0:1 chr2 74746322 . A T 685.59 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0239044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.52;QD=50.7841;RBI=0.0331799;REFB=-0.0270362;REVB=-0.0230105;RO=2;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241422;STB=0.505701;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00227995;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:2:3:51:51:0.944444:38:13:0:2:38:13:1:2 chr2 74756176 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100112;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.627;QD=45.8068;RBI=0.0175944;REFB=0;REVB=0.0144685;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88073e-05;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr2 74758666 . G A 430.57 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=119;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.00750727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.228;QD=14.4729;RBI=0.00755962;REFB=-0.0223162;REVB=0.000888129;RO=67;SAF=21;SAR=28;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00446956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0209553;OID=.;OPOS=74758666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:70:49:49:0.411765:28:21:29:38:28:21:30:40 chr2 74761539 . T A 292.42 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0155954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.397;QD=14.6208;RBI=0.0425413;REFB=-0.0225173;REVB=0.0395796;RO=47;SAF=17;SAR=16;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616622;STB=0.534933;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0344295;OID=.;OPOS=74761539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:16:17:27:20:16:17:27:20 chr2 74763258 . C G 326.04 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0224681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5373;QD=17.389;RBI=0.0225156;REFB=0.00145082;REVB=0.00146166;RO=39;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052552;STB=0.536211;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00203826;OID=.;OPOS=74763258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:40:35:35:0.466667:16:19:19:20:16:19:19:21 chr2 75113657 . C T 153.58 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.00657058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.314;QD=21.9403;RBI=0.0476742;REFB=-0.0100364;REVB=0.0472193;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286381;STB=0.666507;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00789673;OID=.;OPOS=75113657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:11:12:16:16:0.571429:4:12:11:0:4:12:12:0 chr2 75113789 . C G 200.93 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0406341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.772;QD=10.1737;RBI=0.0467092;REFB=-0.00651325;REVB=-0.0230352;RO=53;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108268;STB=0.506324;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00797024;OID=.;OPOS=75113789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:13:13:26:27:13:13:26:27 chr2 75115108 . A G 262.65 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00417518;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.202;QD=17.2227;RBI=0.0116616;REFB=-0.0208918;REVB=-0.0108886;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387243;STB=0.531893;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0158181;OID=.;OPOS=75115108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:32:29:29:0.47541:18:11:13:18:18:11:14:18 chr2 75118737 . C T 239.27 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0713658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6992;QD=20.806;RBI=0.0753509;REFB=-0.0257676;REVB=-0.0241801;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778015;STB=0.543689;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0279928;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:14:9:11:12:14:9 chr2 75124037 . C T 820.35 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574257;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1756;QD=57.5682;RBI=0.0228703;REFB=0;REVB=-0.0221376;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151342;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr2 75276429 . C G 257.07 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.022097;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.437;QD=13.3543;RBI=0.0238921;REFB=-0.0206041;REVB=-0.00908583;RO=46;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200573;STB=0.604872;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0378851;OID=.;OPOS=75276429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:47:30:30:0.38961:16:14:13:33:16:14:14:33 chr2 75744918 . T C 178.33 PASS AF=0.5;AO=15;DP=34;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00932251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.321;QD=18.772;RBI=0.0520835;REFB=-0.019396;REVB=0.0512424;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21177;STB=0.558219;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.019207;OID=.;OPOS=75744918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:38:17:19:15:19:0.5:4:11:9:8:6:13:11:8 chr2 75907351 . T C 250.8 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0162433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6306;QD=12.2339;RBI=0.0179602;REFB=0.0138209;REVB=-0.00766322;RO=51;SAF=15;SAR=15;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537189;STB=0.536561;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0232684;OID=.;OPOS=75907351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:52:30:30:0.365854:15:15:23:28:15:15:23:29 chr2 75915035 . C T 2071.12 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00863297;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.908;QD=61.8245;RBI=0.0129506;REFB=-0.105578;REVB=0.00965351;RO=1;SAF=53;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590497;STB=0.503105;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-1.30069e-05;OID=.;OPOS=75915035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:134:1:1:133:133:0.992537:80:53:0:1:80:53:0:1 chr2 75923413 . T C 431.38 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.646;QD=55.6619;RBI=0.0617967;REFB=0;REVB=0.00182548;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791083;OID=.;OPOS=75923413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:25:5:0:0:25:6:0:0 chr2 75937801 . C T 158.28 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00154035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.866;QD=35.1734;RBI=0.00212809;REFB=-0.00926781;REVB=0.00146836;RO=3;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822223;STB=0.545393;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00146614;OID=.;OPOS=75937801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:9:6:2:1:9:6:2:1 chr2 79254261 . T C 1811.16 PASS AF=0.983607;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00171282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1417;QD=59.3823;RBI=0.0332419;REFB=-0.0819952;REVB=-0.0331977;RO=2;SAF=50;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186173;STB=0.509614;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00361828;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:122:2:2:119:120:0.983607:69:50:2:0:69:51:2:0 chr2 79255325 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.156;QD=53.911;RBI=0.0630376;REFB=0;REVB=-0.0449681;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56336e-06;OID=.;OPOS=79255325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr2 79350347 . A G 556.72 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.094;QD=60.186;RBI=0.0151512;REFB=0;REVB=0.00429344;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161847;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr2 80101372 . C T 911.72 PASS AF=0.594203;AO=82;DP=138;FAO=82;FDP=138;FR=.;FRO=56;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0295131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1571;QD=26.4268;RBI=0.029903;REFB=0.000807191;REVB=-0.00481291;RO=55;SAF=45;SAR=37;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052131;STB=0.531411;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00066859;OID=.;OPOS=80101372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:55:56:82:82:0.594203:37:45:34:21:37:45:35:21 chr2 82194270 . A G 55.84 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0196628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.908;QD=10.6368;RBI=0.0197882;REFB=-0.0382971;REVB=0.00222449;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260866;STB=0.545336;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0602779;OID=.;OPOS=82194270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:13:13:7:8:0.380952:6:1:4:9:6:2:4:9 chr2 83042810 . GGAAC G 121.85 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0132349;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=4;MLLD=311.75;QD=9.94695;RBI=0.0132408;REFB=-0.00245766;REVB=0.000395387;RO=23;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118468;STB=0.507239;STBP=0.975;TYPE=del;VARB=0.00379852;OID=.;OPOS=83042811;OREF=GAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408163:19:51:20:49:29:6:14:9:20:99:23:5:14:4:19 chr2 84756049 . G A 1415.36 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.495;QD=62.9049;RBI=0.0240327;REFB=0;REVB=0.0162692;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108253;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr2 84771480 . G A 807.05 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405748;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.75;QD=57.6462;RBI=0.040668;REFB=0;REVB=-0.00275162;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185682;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:37:19:0:0:37:19:0:0 chr2 84771567 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.767;QD=63.8717;RBI=0.0150583;REFB=0;REVB=0.0107914;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95433e-07;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:30:17:0:0:30:18:0:0 chr2 84800605 . C A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.49;QD=61.6839;RBI=0.0196983;REFB=0;REVB=0.0183805;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4364e-05;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr2 84897516 . T TG 337.97 PASS AF=1;AO=6;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393246;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=94.0258;QD=50.0694;RBI=0.0822138;REFB=0;REVB=0.0721989;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000513416;OID=.;OPOS=84897517;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:27:27:27:0:15:12:0:0:4:21:5:1:10:11 chr2 84897517 . A G 239.44 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00765005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.423;QD=35.472;RBI=0.0237479;REFB=0.0925689;REVB=0.022482;RO=6;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144375;STB=0.578873;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00423248;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:11:10:5:1:11:10:5:1 chr2 84897519 . A T 35.66 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0384137;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9851;QD=5.28318;RBI=0.0527588;REFB=-0.0349564;REVB=-0.0361647;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42192;STB=0.798935;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.14731;OID=.;OPOS=84897519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:27:20:21:6:6:0.222222:1:5:10:10:1:5:10:11 chr2 85049157 . G A 151.53 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0174254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.74;QD=12.8964;RBI=0.0466913;REFB=-0.0160274;REVB=0.0433178;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924721;STB=0.554311;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0530876;OID=.;OPOS=85049157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:11:6:13:17:11:6:13:17 chr2 85282879 . A G 387.02 PASS AF=0.686275;AO=34;DP=50;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0645948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.814;QD=30.3548;RBI=0.0734181;REFB=0.0134114;REVB=0.034896;RO=16;SAF=16;SAR=18;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539517;STB=0.524062;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00518123;OID=.;OPOS=85282879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:16:16:34:35:0.686275:18:16:9:7:18:17:9:7 chr2 85546615 . C T 779.83 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.812;QD=63.6594;RBI=0.029425;REFB=0;REVB=0.0199453;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83157e-05;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:27:20:0:0:28:21:0:0 chr2 85549527 . T C 179.29 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237669;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.416;QD=47.8092;RBI=0.113042;REFB=0;REVB=0.113017;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110955;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr2 85549547 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679271;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.447;QD=56.1916;RBI=0.0309685;REFB=0;REVB=0.0302144;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54825e-05;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr2 85553784 . C T 859.47 PASS AF=1;AO=45;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339674;FXX=0.0327815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8385;QD=58.2691;RBI=0.184252;REFB=0;REVB=0.181094;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243584;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:45:59:1:26:19:0:0:38:21:0:0 chr2 85554080 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.504;QD=33.4284;RBI=0.0198511;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255266;OID=.;OPOS=85554080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr2 85573033 . G A 1190.35 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5893;QD=61.0437;RBI=0.0621401;REFB=0;REVB=0.0493198;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593427;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr2 85573049 . G A 193.78 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00458819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.583;QD=10.1987;RBI=0.0045929;REFB=-0.0071508;REVB=0.000208112;RO=51;SAF=6;SAR=19;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334011;STB=0.69708;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0178635;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:19:6:26:25:19:6:26:25 chr2 85622059 . T C 275.32 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00192988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.11;QD=18.0538;RBI=0.06645;REFB=-0.0228862;REVB=0.0664219;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439546;STB=0.524574;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0144684;OID=.;OPOS=85622059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:15:15:17:14:15:15:17:14 chr2 85769711 . C G 355.96 PASS AF=0.493333;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0325762;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.139;QD=18.9845;RBI=0.0392296;REFB=-0.0256639;REVB=0.0218576;RO=37;SAF=10;SAR=26;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303541;STB=0.667602;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0307966;OID=.;OPOS=85769711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:36:37:0.493333:26:10:22:15:27:10:22:16 chr2 85771669 . C G 57.67 PASS AF=0.112903;AO=14;DP=124;FAO=14;FDP=124;FR=.;FRO=110;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=47;FWDB=-0.0129856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.391;QD=1.86033;RBI=0.0158034;REFB=-0.00561633;REVB=-0.00900679;RO=110;SAF=8;SAR=6;SRF=63;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00161095;STB=0.501175;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0357791;OID=.;OPOS=85771669;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:124:124:110:110:14:14:0.112903:6:8:63:47:6:8:63:47 chr2 85771763 . G A 50.94 PASS AF=0.123596;AO=11;DP=89;FAO=11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0218862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.61;QD=2.28963;RBI=0.0220793;REFB=-0.0024757;REVB=0.0029136;RO=77;SAF=3;SAR=8;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316261;STB=0.722386;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0146887;OID=.;OPOS=85771763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:89:89:77:78:11:11:0.123596:8:3:41:36:8:3:41:37 chr2 85780131 . G A 421.95 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.0211995;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.061;QD=17.9555;RBI=0.0212253;REFB=-0.0198267;REVB=0.00104565;RO=52;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199485;STB=0.617378;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0296111;OID=.;OPOS=85780131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:52:51:43:43:0.457447:21:22:16:36:21:22:15:36 chr2 85780536 . C T 232.45 PASS AF=0.509804;AO=22;DP=47;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.030909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5078;QD=18.2312;RBI=0.0498171;REFB=-0.00953377;REVB=0.0390689;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100802;STB=0.5864;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0292332;OID=.;OPOS=85780536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:21:25:22:26:0.509804:9:13:10:11:11:15:10:15 chr2 85781318 . T G 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.142;QD=51.9104;RBI=0.0699831;REFB=0;REVB=-0.0681022;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491733;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr2 85806266 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0166203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.018;QD=19.0174;RBI=0.0268138;REFB=-0.0112528;REVB=0.0210415;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204528;STB=0.616284;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00513832;OID=.;OPOS=85806266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:9:5:9:6:9:5 chr2 85808737 . A G 229.32 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0322665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.6354;QD=14.1117;RBI=0.0390431;REFB=0.0149535;REVB=-0.0219826;RO=38;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972293;STB=0.555513;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0252349;OID=.;OPOS=85808737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:18:9:16:22:18:9:16:22 chr2 85808982 . T C 335.39 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.0468493;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1836;QD=14.2721;RBI=0.0470107;REFB=-0.000698064;REVB=0.0038918;RO=56;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150058;STB=0.588915;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00246247;OID=.;OPOS=85808982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:56:57:37:37:0.393617:20:17:18:38:20:17:18:39 chr2 85824084 . G C 1080.49 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.968;QD=60.0272;RBI=0.0534267;REFB=0;REVB=0.0283153;RO=0;SAF=52;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14391e-05;OID=.;OPOS=85824084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:20:52:0:0:20:52:0:0 chr2 85824251 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.193;QD=60.2291;RBI=0.0688584;REFB=0;REVB=0.0481036;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586561;OID=.;OPOS=85824251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr2 85846329 . G A 267.08 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4649;QD=50.8717;RBI=0.115943;REFB=0;REVB=-0.00345419;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00505175;OID=.;OPOS=85846329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:14:7:0:0 chr2 85852667 . G A 651.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.846;QD=62.0084;RBI=0.0314328;REFB=0;REVB=-0.0312814;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128805;OID=.;OPOS=85852667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr2 85922121 . T TA 81.87 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=85;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0320822;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.31753;QD=4.54815;RBI=0.107552;REFB=-0.0406268;REVB=0.102656;RO=47;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375345;STB=0.558785;STBP=0.385;TYPE=ins;VARB=0.0475211;OID=.;OPOS=85922122;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430556:30:85:31:72:41:12:19:20:21:81:47:13:17:22:25 chr2 85922521 . C T 222.71 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0712431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.3543;QD=18.9541;RBI=0.0714425;REFB=0.00879452;REVB=0.0053351;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237076;STB=0.639886;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0164543;OID=.;OPOS=85922521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:12:10:5:19:12:10:5:20 chr2 85991128 . A G 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0122804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.967;QD=11.5968;RBI=0.0220525;REFB=-0.016433;REVB=-0.0183168;RO=21;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303663;STB=0.684578;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0300529;OID=.;OPOS=85991128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:2:10:13:8:2:10:13:8 chr2 86015096 . G A 133.99 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0117512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.748;QD=11.6511;RBI=0.0118734;REFB=-0.00442813;REVB=0.00169894;RO=27;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196718;STB=0.611144;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0120845;OID=.;OPOS=86015096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:29:16:17:0.369565:12:4:11:16:13:4:11:18 chr2 86259443 . C T 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00669076;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.82;QD=19.0009;RBI=0.0211534;REFB=-0.0264212;REVB=0.0200674;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099476;STB=0.561969;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0239925;OID=.;OPOS=86259443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:17:17:17:0.5:6:11:8:7:6:11:9:8 chr2 86272758 . G A 73.0 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0209644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.068;QD=9.1253;RBI=0.0557613;REFB=-0.00691186;REVB=-0.0516703;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101142;STB=0.58316;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0329398;OID=.;OPOS=86272758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:32:21:22:10:10:0.3125:3:7:13:8:3:7:13:9 chr2 86315741 . C T 626.36 PASS AF=0.666667;AO=54;DP=81;FAO=54;FDP=81;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0112948;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.691;QD=30.9314;RBI=0.0185077;REFB=-0.00511784;REVB=-0.0146617;RO=26;SAF=17;SAR=37;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978932;STB=0.561433;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00202888;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:26:27:54:54:0.666667:37:17:12:14:37:17:13:14 chr2 86317037 . G C 198.98 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00861523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.618;QD=11.3704;RBI=0.0117323;REFB=-0.00866047;REVB=-0.0079639;RO=42;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475723;STB=0.519984;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0145158;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:45:25:25:0.357143:13:12:22:20:13:12:23:22 chr2 86363074 . A G 433.69 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.03062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.456;QD=23.4426;RBI=0.0309644;REFB=-0.0323092;REVB=0.00460516;RO=32;SAF=24;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00716212;STB=0.503935;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0221554;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:18:24:18:14:18:24:18:14 chr2 86371648 . G A 84.8 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0266557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3257;QD=22.6137;RBI=0.0298232;REFB=-0.0235579;REVB=0.0133752;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0175478;OID=.;OPOS=86371648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:4:6:3:2:4:6:3:2 chr2 86385728 . C T 111.0 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00553127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.258;QD=16.4438;RBI=0.0341884;REFB=-0.0271548;REVB=-0.0337379;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412168;STB=0.523773;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0319059;OID=.;OPOS=86385728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:6:8:8:5:6:8 chr2 86400824 . G A 378.69 PASS AF=0.434343;AO=40;DP=101;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0129275;FXX=0.0294089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.559;QD=15.3007;RBI=0.0187546;REFB=-0.00962803;REVB=-0.0135873;RO=54;SAF=21;SAR=19;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443621;STB=0.539888;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0150771;OID=.;OPOS=86400824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:54:56:40:43:0.434343:19:21:26:28:20:23:26:30 chr2 86406556 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.017496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.328;QD=12.3948;RBI=0.0197001;REFB=-0.0141739;REVB=-0.00905442;RO=24;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260499;STB=0.655718;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0179509;OID=.;OPOS=86406556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:3:11:14:10:3:11:14:10 chr2 86440718 . T C 817.57 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.692;QD=57.373;RBI=0.0511065;REFB=0;REVB=0.00245373;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20056e-05;OID=.;OPOS=86440718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr2 86441334 . C CTGTT 483.4 PASS AF=0.897436;AO=33;DP=40;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0090053;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=4;MLLD=259.499;QD=49.5792;RBI=0.0194136;REFB=-0.0475103;REVB=0.0171986;RO=6;SAF=16;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00432944;STB=0.504422;STBP=0.907;TYPE=ins;VARB=0.00450182;OID=.;OPOS=86441335;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.897436:33:40:35:39:4:16:19:2:2:19:6:16:17:3:3 chr2 86481835 . C T 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00480615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.369;QD=58.2421;RBI=0.00482371;REFB=0.0242335;REVB=0.000411278;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000143653;OID=.;OPOS=86481835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:0:1:18:21:0:1 chr2 86691250 . G A 1951.48 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164062;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.707;QD=60.9836;RBI=0.0386719;REFB=0.00966133;REVB=0.0350193;RO=1;SAF=66;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714578;STB=0.503759;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=9.52458e-05;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:128:1:1:127:127:0.992188:61:66:1:0:61:66:1:0 chr2 86707313 . G A 337.64 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.000617043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.041;QD=20.1576;RBI=0.0379819;REFB=-0.00828456;REVB=0.0379769;RO=32;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880272;STB=0.514251;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00918816;OID=.;OPOS=86707313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:32:34:35:0.522388:12:22:21:11:13:22:21:11 chr2 86850978 . C T 106.04 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0698468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.858;QD=11.4636;RBI=0.0725044;REFB=-0.00706474;REVB=0.0194504;RO=24;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19145;STB=0.615193;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.015297;OID=.;OPOS=86850978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:10:3:9:15:10:3:9:15 chr2 86979093 . G A 1730.68 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8207;QD=60.7257;RBI=0.104256;REFB=0;REVB=0.101848;RO=1;SAF=68;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109124;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725575;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:1:0:111:114:1:43:68:0:1:45:69:0:0 chr2 87015633 . T TGA 688.53 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0146014;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.109;QD=55.0821;RBI=0.0276743;REFB=-0.104567;REVB=0.0235088;RO=4;SAF=19;SAR=27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515957;STB=0.527519;STBP=0.199;TYPE=ins;VARB=0.010476;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.92:46:50:46:50:4:19:27:3:1:18:4:19:27:3:1 chr2 87042825 . T C 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0123589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8788;QD=12.3942;RBI=0.0491789;REFB=-0.00516303;REVB=-0.0476007;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116027;STB=0.546155;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00635574;OID=.;OPOS=87042825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:9:5:6:17:9:5:7:17 chr2 87069379 . G A 30.39 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0570275;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0132;QD=7.59756;RBI=0.062401;REFB=-0.0201341;REVB=-0.0253328;RO=10;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11246;STB=0.594243;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0554183;OID=.;OPOS=87069379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:16:10:11:5:5:0.3125:2:3:7:3:2:3:8:3 chr2 87073852 . C T 291.41 PASS AF=0.327586;AO=38;DP=116;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0284478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.437;QD=10.0486;RBI=0.029314;REFB=-0.00397193;REVB=0.00707347;RO=77;SAF=23;SAR=15;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115868;STB=0.563275;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00715587;OID=.;OPOS=87073852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:77:78:38:38:0.327586:15:23:39:38:15:23:40:38 chr2 88315934 . A G 166.12 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0331031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.866;QD=22.1492;RBI=0.0443715;REFB=-0.075342;REVB=-0.0295469;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218894;STB=0.620016;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0555248;OID=.;OPOS=88315934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:11:13:17:17:0.566667:7:10:3:8:7:10:4:9 chr2 88315954 . C A 442.99 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025171;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.348;QD=55.3742;RBI=0.0302002;REFB=-0.0170749;REVB=0.0166876;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167764;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:1:0:31:32:1:16:15:0:1:17:15:0:0 chr2 88315993 . A G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0205184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.055;QD=19.3685;RBI=0.0684134;REFB=0.00823989;REVB=0.065264;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326017;STB=0.518496;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00387765;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:6:9:9:7:6:9 chr2 88387403 . C A 107.41 PASS AF=0.382353;AO=11;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00347593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.696;QD=12.6363;RBI=0.0113647;REFB=-0.0266645;REVB=-0.0108201;RO=16;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00949575;STB=0.516105;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0135972;OID=.;OPOS=88387403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:21:11:13:0.382353:2:9:13:3:4:9:15:6 chr2 88407959 . T C,G 1314.56 PASS AF=0.908046,0.091954;AO=78,8;DP=86;FAO=79,8;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51,1;FSAR=28,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474431,-0.0229919;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.7914,93.1404;QD=60.4397;RBI=0.0480643,0.054677;REFB=0,0;REVB=-0.00770221,-0.0496079;RO=0;SAF=51,1;SAR=27,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00478867,0.198777;OID=.,.;OPOS=88407959,88407959;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:86:87:0:0:78,8:79,8:0.908046,0.091954:27,7:51,1:0:0:28,7:51,1:0:0 chr2 88411605 . A T 1255.17 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0142927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0496;QD=59.0667;RBI=0.0441271;REFB=-0.00350983;REVB=0.0417483;RO=2;SAF=50;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185651;STB=0.502838;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.000480771;OID=.;OPOS=88411605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:82:83:0.976471:32:50:2:0:32:51:1:1 chr2 88424066 . T C 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0138716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.362;QD=11.9922;RBI=0.0150901;REFB=0.00199042;REVB=0.0059403;RO=33;SAF=6;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299206;STB=0.675131;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00186135;OID=.;OPOS=88424066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:12:6:20:13:12:6:20:13 chr2 88472791 . G A 941.06 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.005;QD=57.034;RBI=0.0389732;REFB=-0.104532;REVB=0.0261673;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.506022;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000259387;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:24:41:0:0:24:41:1:0 chr2 88874891 . C A 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0182083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.924;QD=17.9199;RBI=0.0278289;REFB=-0.0121545;REVB=0.0210453;RO=34;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12985;STB=0.572869;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0144677;OID=.;OPOS=88874891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:22:10:15:19:22:10:15:19 chr2 88895123 . T C 275.48 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0111792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.598;QD=18.0642;RBI=0.0112675;REFB=-0.00354015;REVB=-0.0014084;RO=31;SAF=20;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848849;STB=0.547587;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0041871;OID=.;OPOS=88895123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:10:20:18:13:10:20:18:13 chr2 88895351 . T C 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00557347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.389;QD=20.8915;RBI=0.0156706;REFB=-0.011892;REVB=0.014646;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366786;STB=0.52033;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00664533;OID=.;OPOS=88895351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:18:14:13:14:18:14:13:14 chr2 88913273 . G C 343.18 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0182393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.099;QD=16.3418;RBI=0.0248011;REFB=-0.0175093;REVB=-0.0168055;RO=47;SAF=23;SAR=14;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708358;STB=0.539884;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0218731;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:14:23:26:21:14:23:26:21 chr2 89156948 . C G 516.67 PASS AF=0.466667;AO=55;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.022499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6759;QD=17.2225;RBI=0.0389373;REFB=-0.0174245;REVB=-0.0317791;RO=62;SAF=36;SAR=19;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213575;STB=0.630123;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0228578;OID=.;OPOS=89156948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:64:55:56:0.466667:19:36:27:35:19:37:27:37 chr2 89197190 . C T 894.42 PASS AF=0.39759;AO=99;DP=249;FAO=99;FDP=249;FR=.;FRO=150;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=92;FSRR=58;FWDB=-0.0120126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.251;QD=14.3681;RBI=0.012329;REFB=-0.0124497;REVB=0.00277525;RO=149;SAF=50;SAR=49;SRF=92;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120793;STB=0.56531;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0185334;OID=.;OPOS=89197190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:149:150:99:99:0.39759:49:50:92:57:49:50:92:58 chr2 89246951 . C T 146.85 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0447626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1705;QD=9.17825;RBI=0.0498666;REFB=-0.0169545;REVB=-0.0219769;RO=43;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254161;STB=0.644587;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0463796;OID=.;OPOS=89246951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:43:44:20:20:0.3125:6:14:21:22:6:14:22:22 chr2 89278489 . A C 92.14 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0208595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1717;QD=5.26533;RBI=0.0779675;REFB=-0.00131315;REVB=-0.0751253;RO=55;SAF=14;SAR=1;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55877;STB=0.872005;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00733572;OID=.;OPOS=89278489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:55:55:15:15:0.214286:1:14:33:22:1:14:33:22 chr2 89292182 . A G 210.19 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00633914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.752;QD=15.5697;RBI=0.00640108;REFB=-0.0280345;REVB=0.000888338;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408864;STB=0.5232;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0375625;OID=.;OPOS=89292182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:15:15:13:11:15:15 chr2 89292201 . C T 164.4 PASS AF=0.375;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0132023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.745;QD=13.6996;RBI=0.0231415;REFB=-0.00816915;REVB=-0.019006;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124217;STB=0.541621;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0109839;OID=.;OPOS=89292201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:30:17:18:0.375:9:8:17:12:9:9:17:13 chr2 89292401 . T C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00338041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.894;QD=22.6;RBI=0.0218344;REFB=-0.0231893;REVB=0.0215711;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0019894;STB=0.501113;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139413;OID=.;OPOS=89292401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:8:15:13:7:8:15:13:7 chr2 89309542 . T G 119.6 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00808026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8759;QD=6.64431;RBI=0.0742483;REFB=-0.00110847;REVB=-0.0738073;RO=54;SAF=12;SAR=6;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251038;STB=0.654033;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000450544;OID=.;OPOS=89309542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:54:18:18:0.25:6:12:25:29:6:12:25:29 chr2 89309554 . T A 57.77 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0588457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1298;QD=3.30087;RBI=0.0834734;REFB=-0.0138585;REVB=0.0592029;RO=55;SAF=6;SAR=5;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451349;STB=0.502613;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0751311;OID=.;OPOS=89309554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:66:70:55:59:11:11:0.157143:5:6:28:27:5:6:32:27 chr2 89309762 . T G 65.8 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.027623;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.429;QD=11.4428;RBI=0.0337282;REFB=-0.0446679;REVB=-0.0193535;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57291;STB=0.76178;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0474805;OID=.;OPOS=89309762;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:14:14:8:9:0.391304:1:7:5:9:2:7:5:9 chr2 89513004 . A G 419.91 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00348932;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1192;QD=18.257;RBI=0.0465071;REFB=-0.0329882;REVB=0.0463761;RO=49;SAF=17;SAR=25;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217594;STB=0.612755;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.044517;OID=.;OPOS=89513004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:42:43:0.467391:25:17:31:18:25:18:31:18 chr2 89533687 . T G 111.63 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0190315;FXX=0.0545355;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.104;QD=8.58685;RBI=0.0485914;REFB=-0.0174886;REVB=0.0447094;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125893;STB=0.563554;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0363567;OID=.;OPOS=89533687;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:52:36:37:15:15:0.288462:7:8:23:13:7:8:23:14 chr2 89533810 . C T 484.52 PASS AF=0.452991;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.000632844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.314;QD=16.5647;RBI=0.00294202;REFB=-0.0213149;REVB=-0.00287315;RO=63;SAF=20;SAR=32;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169353;STB=0.594072;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.025681;OID=.;OPOS=89533810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:63:64:52:53:0.452991:32:20:35:28:33:20:35:29 chr2 89544473 . A G 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0319443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.038;QD=26.6377;RBI=0.0320354;REFB=-0.00773604;REVB=-0.00241353;RO=8;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269029;STB=0.650344;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00429622;OID=.;OPOS=89544473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:5:11:2:6:5:11:2:6 chr2 90121675 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.568;QD=43.4858;RBI=0.0610814;REFB=0;REVB=0.0604573;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787402;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr2 90121845 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0320606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.956;QD=9.76019;RBI=0.0326561;REFB=-0.00887643;REVB=-0.00620796;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311223;STB=0.691747;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0191472;OID=.;OPOS=90121845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:5:7:2:5:5:7 chr2 90121849 . A G 39.95 PASS AF=0.3;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00367281;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.606;QD=7.99011;RBI=0.0171201;REFB=-0.000359834;REVB=-0.0167215;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375164;STB=0.768237;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00382887;OID=.;OPOS=90121849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:19:20:13:14:6:6:0.3:1:5:7:6:1:5:7:7 chr2 90121926 . G T 130.57 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0229261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6546;QD=13.7442;RBI=0.0397001;REFB=0.0058586;REVB=0.0324113;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827523;STB=0.548322;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0215615;OID=.;OPOS=90121926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:12:11:6:9:12:11 chr2 90121985 . A G 114.11 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0168425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.35;QD=8.00776;RBI=0.0170587;REFB=-0.00135804;REVB=0.00270729;RO=38;SAF=10;SAR=6;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876612;STB=0.547884;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00415423;OID=.;OPOS=90121985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:41:16:16:0.280702:6:10:21:17:6:10:23:18 chr2 90139116 . G A 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0165486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.452;QD=13.5148;RBI=0.0717728;REFB=-0.0139626;REVB=-0.0698389;RO=42;SAF=23;SAR=5;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197276;STB=0.614153;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0206449;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:5:23:29:13:5:23:29:13 chr2 90212126 . A C 171.94 PASS AF=0.45;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0593362;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7454;QD=17.1941;RBI=0.105563;REFB=-0.0303354;REVB=-0.0873081;RO=23;SAF=2;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373833;STB=0.726963;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0213908;OID=.;OPOS=90212126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:22:18:18:0.45:16:2:8:15:16:2:8:14 chr2 95542363 . C G 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0152274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.628;QD=3.33225;RBI=0.0360637;REFB=-0.00443374;REVB=-0.0326912;RO=51;SAF=5;SAR=4;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116552;STB=0.579982;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0212249;OID=.;OPOS=95542363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:4:5:33:18:4:5:33:18 chr2 95542376 . GC TT 44.55 PASS AF=0.12987;AO=11;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0170435;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.333;QD=2.31446;RBI=0.0271084;REFB=-0.00717359;REVB=-0.0210805;RO=64;SAF=6;SAR=5;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607849;STB=0.529353;STBP=0.866;TYPE=mnp;VARB=0.0743822;OID=.;OPOS=95542376;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:77:77:64:67:11:10:0.12987:5:6:38:26:4:6:38:29 chr2 95542415 . CA TG 71.37 PASS AF=0.142857;AO=14;DP=98;FAO=14;FDP=98;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.00975208;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.202;QD=2.91288;RBI=0.0141427;REFB=-0.00118173;REVB=-0.0102428;RO=83;SAF=8;SAR=6;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519554;STB=0.541117;STBP=0.732;TYPE=mnp;VARB=0.00833034;OID=.;OPOS=95542415;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:98:98:83:84:14:14:0.142857:6:8:44:39:6:8:44:40 chr2 95542419 . G A 66.59 PASS AF=0.142857;AO=14;DP=99;FAO=14;FDP=98;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0160444;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0982;QD=2.71795;RBI=0.0212849;REFB=-0.000222608;REVB=-0.0139865;RO=83;SAF=9;SAR=5;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158147;STB=0.614078;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00201051;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:99:98:83:84:14:14:0.142857:5:9:43:40:5:9:43:41 chr2 95542476 . C T 75.54 PASS AF=0.162791;AO=14;DP=86;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.035592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.576;QD=3.51363;RBI=0.0426449;REFB=-0.0102102;REVB=-0.0234903;RO=71;SAF=7;SAR=7;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115343;STB=0.56967;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0344425;OID=.;OPOS=95542476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:86:71:72:14:14:0.162791:7:7:42:29:7:7:42:30 chr2 95542482 . C A 68.84 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0115942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.573;QD=3.35811;RBI=0.0213622;REFB=-0.00577002;REVB=-0.0179421;RO=69;SAF=7;SAR=6;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707666;STB=0.547457;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0118082;OID=.;OPOS=95542482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:82:82:69:69:13:13:0.158537:6:7:41:28:6:7:41:28 chr2 95542485 . A C 56.16 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.00760442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.168;QD=2.73932;RBI=0.00807514;REFB=-0.0187982;REVB=0.00271675;RO=68;SAF=7;SAR=6;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820599;STB=0.547457;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.140484;OID=.;OPOS=95542485;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:82:82:68:69:13:13:0.158537:6:7:41:27:6:7:41:28 chr2 95847040 . TGCG T 363.51 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321397;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=3;MLLD=219.864;QD=55.9244;RBI=0.0322139;REFB=0;REVB=-0.002184;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000135889;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:27:26:26:0:12:14:0:0:4:0:11:10:0:0 chr2 95848354 . G A 117.38 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0699299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2406;QD=12.3555;RBI=0.0699673;REFB=-0.0360576;REVB=-0.00228764;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274841;STB=0.507681;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0578281;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:22:24:14:14:0.368421:6:8:12:10:6:8:14:10 chr2 95947085 . A G 486.71 PASS AF=0.48;AO=47;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00291406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.143;QD=19.4684;RBI=0.0190814;REFB=-0.0193333;REVB=-0.0188575;RO=52;SAF=14;SAR=33;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934273;STB=0.555745;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0262324;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:47:48:0.48:33:14:20:32:34:14:20:32 chr2 95947099 . G A 447.18 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.051327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6321;QD=18.4405;RBI=0.0518844;REFB=-0.00855215;REVB=-0.00758499;RO=51;SAF=17;SAR=28;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108208;STB=0.563792;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0125446;OID=.;OPOS=95947099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:28:17:14:37:28:17:14:38 chr2 96195632 . T C 1174.73 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00127792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.492;QD=59.4801;RBI=0.0278795;REFB=-0.110633;REVB=0.0278502;RO=1;SAF=45;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104034;STB=0.505493;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000540236;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:33:45:1:0:33:45:1:0 chr2 96195730 . C T 182.07 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0619134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2121;QD=16.9371;RBI=0.0627935;REFB=-0.0307812;REVB=-0.0104762;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914146;STB=0.552373;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0411296;OID=.;OPOS=96195730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:13:11:7:12:13:11 chr2 96196322 . A G 230.66 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.019294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.977;QD=14.4165;RBI=0.0207943;REFB=-0.0268234;REVB=-0.00775539;RO=37;SAF=17;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941892;STB=0.553639;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0251826;OID=.;OPOS=96196322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:10:17:20:17:10:17:20:17 chr2 96217197 . C G 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00718006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.835;QD=16.9211;RBI=0.011451;REFB=-0.00450384;REVB=-0.00892035;RO=50;SAF=23;SAR=17;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254379;STB=0.514262;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00482335;OID=.;OPOS=96217197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:17:23:30:20:17:23:30:20 chr2 96217234 . C G 373.01 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0118367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.213;QD=14.3466;RBI=0.0158962;REFB=-0.0292462;REVB=-0.0106104;RO=61;SAF=19;SAR=24;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522308;STB=0.529477;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0290419;OID=.;OPOS=96217234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:24:19:30:31:24:19:30:31 chr2 96517502 . A C 42.82 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=93;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0104741;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.292;QD=1.84193;RBI=0.0171252;REFB=0.000106294;REVB=0.0135487;RO=81;SAF=5;SAR=5;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735249;STB=0.516097;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00316985;OID=.;OPOS=96517502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:93:93:81:83:10:10:0.107527:5:5:41:40:5:5:43:40 chr2 96517518 . A G 88.42 PASS AF=0.173913;AO=15;DP=90;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0369879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1129;QD=3.84439;RBI=0.0426342;REFB=-0.00819687;REVB=0.0212032;RO=72;SAF=6;SAR=9;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177085;STB=0.644982;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0537794;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:90:92:72:76:15:16:0.173913:9:6:39:33:10:6:42:34 chr2 96517882 . G A 50.13 PASS AF=0.108108;AO=12;DP=111;FAO=12;FDP=111;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=64;FWDB=-0.0249795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.085;QD=1.80652;RBI=0.0249796;REFB=-0.00459052;REVB=7.89607e-05;RO=94;SAF=7;SAR=5;SRF=35;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252233;STB=0.696673;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0275308;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:111:111:94:99:12:12:0.108108:5:7:35:59:5:7:35:64 chr2 96517885 . G A 177.82 PASS AF=0.247706;AO=27;DP=109;FAO=27;FDP=109;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=-0.0266009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.013;QD=6.52557;RBI=0.0438188;REFB=-0.0049324;REVB=-0.0348206;RO=79;SAF=12;SAR=15;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165031;STB=0.579775;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0291708;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:79:82:27:27:0.247706:15:12:25:54:15:12:28:54 chr2 96521107 . G T 119.77 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.058319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.209;QD=7.98479;RBI=0.0586116;REFB=-0.00639297;REVB=0.0058492;RO=43;SAF=12;SAR=5;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748898;STB=0.545399;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0187201;OID=.;OPOS=96521107;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:5:12:28:15:5:12:28:15 chr2 96521297 . T C 42.25 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0651019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.617;QD=18.7765;RBI=0.0872978;REFB=-0.195536;REVB=0.0581605;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0456035;OID=.;OPOS=96521297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:3:0:2:4:3:0 chr2 96521486 . G A 34.4 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00756257;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.26;QD=2.21924;RBI=0.032194;REFB=-0.000463032;REVB=-0.0312932;RO=54;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465601;STB=0.839566;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00224323;OID=.;OPOS=96521486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:63:62:54:55:7:7:0.112903:1:6:25:29:1:6:27:28 chr2 96521512 . A C 225.96 PASS AF=0.295238;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=105;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0316518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.322;QD=8.60812;RBI=0.0652882;REFB=0.034077;REVB=0.0571027;RO=74;SAF=19;SAR=12;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214399;STB=0.626293;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.051448;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:74:74:31:31:0.295238:12:19:32:42:12:19:32:42 chr2 96521548 . G A 208.65 PASS AF=0.256198;AO=31;DP=121;FAO=31;FDP=121;FR=.;FRO=90;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=-0.0032775;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.698;QD=6.8975;RBI=0.0280301;REFB=-0.00910126;REVB=-0.0278378;RO=88;SAF=19;SAR=12;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286991;STB=0.670019;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0357624;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:88:90:31:31:0.256198:12:19:33:55:12:19:34:56 chr2 96521556 . T C 214.3 PASS AF=0.25;AO=32;DP=128;FAO=32;FDP=128;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=58;FWDB=-0.00874127;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.025;QD=6.69683;RBI=0.0208978;REFB=-0.0108486;REVB=-0.0189817;RO=94;SAF=19;SAR=13;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244213;STB=0.645367;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0400898;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:94:96:32:32:0.25:13:19:37:57:13:19:38:58 chr2 96521563 . G A 108.16 PASS AF=0.159091;AO=21;DP=131;FAO=21;FDP=132;FR=.;FRO=111;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=64;FWDB=0.0084112;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.994;QD=3.27749;RBI=0.0182458;REFB=-0.00121503;REVB=-0.0161913;RO=108;SAF=14;SAR=7;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311429;STB=0.699323;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0299867;OID=.;OPOS=96521563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:108:111:21:21:0.159091:7:14:45:63:7:14:47:64 chr2 96521607 . GGT CAC 108.37 PASS AF=0.142857;AO=23;DP=161;FAO=23;FDP=161;FR=.;FRO=138;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=0.0188458;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=230.614;QD=2.6924;RBI=0.0196907;REFB=0.00096403;REVB=0.00570619;RO=138;SAF=12;SAR=11;SRF=67;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458592;STB=0.531004;STBP=0.775;TYPE=mnp;VARB=-0.00641497;OID=.;OPOS=96521607;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:138:138:23:23:0.142857:11:12:67:71:11:12:67:71 chr2 96521640 . C T 36.35 PASS AF=0.0734463;AO=11;DP=177;FAO=13;FDP=177;FR=.;FRO=164;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=80;FSRR=84;FWDB=-0.039568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.363;QD=0.821443;RBI=0.0702251;REFB=-0.00324965;REVB=-0.0580167;RO=156;SAF=8;SAR=3;SRF=80;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230567;STB=0.617875;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0316129;OID=.;OPOS=96521640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:177:177:156:164:11:13:0.0734463:3:8:80:76:5:8:80:84 chr2 96523096 . T C 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0184387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.476;QD=10.4286;RBI=0.023606;REFB=-0.00641732;REVB=-0.0147397;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350803;STB=0.704302;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.020086;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:7:7:24:6:7:7:24:6 chr2 96525640 . G T 64.6 PASS AF=0.188679;AO=11;DP=54;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.013319;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.94;QD=4.87547;RBI=0.0189583;REFB=-0.00421032;REVB=-0.0134915;RO=41;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187474;STB=0.611999;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0113783;OID=.;OPOS=96525640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:54:53:41:43:11:10:0.188679:9:2:12:29:8:2:13:30 chr2 96525643 . T C 44.38 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.0168021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.269;QD=3.11414;RBI=0.02915;REFB=-0.00340563;REVB=-0.0238204;RO=49;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546722;STB=0.539224;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0398197;OID=.;OPOS=96525643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:49:49:8:8:0.140351:6:2:14:35:6:2:14:35 chr2 96525652 . T C 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.00878304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.962;QD=10.3655;RBI=0.0209595;REFB=-0.0203382;REVB=-0.0190304;RO=39;SAF=4;SAR=16;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16495;STB=0.598024;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0422743;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:16:4:12:27:16:4:12:27 chr2 96525659 . C T 67.41 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0244698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5509;QD=4.64863;RBI=0.0291588;REFB=-0.00186912;REVB=-0.0158577;RO=47;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19502;STB=0.631312;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00576522;OID=.;OPOS=96525659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:9:2:14:33:9:2:14:33 chr2 96525723 . C T 78.68 PASS AF=0.163043;AO=15;DP=92;FAO=15;FDP=92;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0040364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.804;QD=3.42075;RBI=0.0757155;REFB=-3.29605e-06;REVB=0.0756079;RO=77;SAF=7;SAR=8;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500193;STB=0.533289;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00456137;OID=.;OPOS=96525723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:92:92:77:77:15:15:0.163043:8:7:39:38:8:7:39:38 chr2 96525736 . T C 63.91 PASS AF=0.135417;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=96;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.000613799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.542;QD=2.66311;RBI=0.00089955;REFB=-0.000340898;REVB=0.000657603;RO=81;SAF=6;SAR=7;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024779;STB=0.517658;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00155148;OID=.;OPOS=96525736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:95:96:81:83:13:13:0.135417:7:6:39:42:7:6:40:43 chr2 96525750 . T A 52.12 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=-0.00884119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9005;QD=1.94824;RBI=0.023127;REFB=0.00524367;REVB=-0.0213703;RO=95;SAF=6;SAR=6;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957738;STB=0.569979;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0460333;OID=.;OPOS=96525750;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:107:107:95:95:12:12:0.11215:6:6:40:55:6:6:40:55 chr2 96525755 . A T 42.14 PASS AF=0.10101;AO=10;DP=99;FAO=10;FDP=99;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=-0.0236057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.6;QD=1.70265;RBI=0.0290326;REFB=-0.00394854;REVB=-0.0169016;RO=87;SAF=6;SAR=4;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256866;STB=0.688366;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.034173;OID=.;OPOS=96525755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:99:99:87:89:10:10:0.10101:4:6:33:54:4:6:34:55 chr2 96541695 . C T 233.44 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0774035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.959;QD=16.9774;RBI=0.0819532;REFB=-0.00444086;REVB=0.0269264;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113145;STB=0.563588;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00374554;OID=.;OPOS=96541695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:13:13:18:11:13:13:18:11 chr2 96548068 . C T 231.29 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0826671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.368;QD=12.3352;RBI=0.0850302;REFB=-0.00153464;REVB=-0.0199071;RO=45;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343234;STB=0.678849;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00259276;OID=.;OPOS=96548068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:47:28:28:0.373333:12:16:11:34:12:16:13:34 chr2 96583735 . A C 74.18 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00237148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.832;QD=10.2318;RBI=0.00559036;REFB=-0.0228158;REVB=-0.00506243;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084162;STB=0.551075;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0461895;OID=.;OPOS=96583735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:7:12:7:3:7:12 chr2 96587496 . C T 687.6 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.645;QD=62.5091;RBI=0.0597926;REFB=0;REVB=0.0316711;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405424;OID=.;OPOS=96587496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:41:44:1:22:19:0:0:24:20:0:0 chr2 96593000 . A G 83.39 PASS AF=0.121212;AO=20;DP=168;FAO=20;FDP=165;FR=.;FRO=145;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=91;FWDB=-0.030373;FXX=0.0178561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.75;QD=2.02166;RBI=0.030621;REFB=-0.00592589;REVB=0.00388907;RO=145;SAF=9;SAR=11;SRF=54;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099608;STB=0.569765;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.068257;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:168:165:145:145:20:20:0.121212:11:9:54:91:11:9:54:91 chr2 96593016 . C A 188.75 PASS AF=0.187166;AO=33;DP=189;FAO=35;FDP=187;FR=.;FRO=152;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=57;FSRR=95;FWDB=-0.0472018;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6356;QD=4.03742;RBI=0.0684094;REFB=-0.0212002;REVB=-0.049516;RO=137;SAF=15;SAR=18;SRF=53;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088663;STB=0.590482;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0647363;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:187:137:152:33:35:0.187166:18:15:53:84:18:17:57:95 chr2 96593025 . C T 261.77 PASS AF=0.210526;AO=44;DP=206;FAO=44;FDP=209;FR=.;FRO=165;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=67;FSRR=98;FWDB=-0.0554826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.527;QD=5.00999;RBI=0.0638463;REFB=-0.00169482;REVB=-0.0315916;RO=162;SAF=20;SAR=24;SRF=64;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775259;STB=0.538852;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0218967;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:209:162:165:44:44:0.210526:24:20:64:98:24:20:67:98 chr2 96593100 . G A 56.46 PASS AF=0.0930233;AO=16;DP=172;FAO=16;FDP=172;FR=.;FRO=156;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=76;FSRR=80;FWDB=-0.0287704;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5577;QD=1.31307;RBI=0.0399726;REFB=-0.00791045;REVB=-0.0277501;RO=155;SAF=10;SAR=6;SRF=75;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166313;STB=0.624844;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0477016;OID=.;OPOS=96593100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:172:172:155:156:16:16:0.0930233:6:10:75:80:6:10:76:80 chr2 96593108 . T G 170.02 PASS AF=0.190789;AO=29;DP=152;FAO=29;FDP=152;FR=.;FRO=123;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=0.0284488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8176;QD=4.47424;RBI=0.0407272;REFB=-0.00641539;REVB=0.029144;RO=122;SAF=17;SAR=12;SRF=65;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691659;STB=0.547345;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0366324;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:122:123:29:29:0.190789:12:17:65:57:12:17:65:58 chr2 96593118 . T A 146.07 PASS AF=0.18705;AO=26;DP=140;FAO=26;FDP=139;FR=.;FRO=113;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=49;FWDB=0.0129866;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0172;QD=4.20357;RBI=0.0147534;REFB=-0.00137592;REVB=0.0070008;RO=113;SAF=17;SAR=9;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116965;STB=0.574868;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00946015;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:113:113:26:26:0.18705:9:17:64:49:9:17:64:49 chr2 96594958 . G A 62.5 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00635985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2605;QD=8.06486;RBI=0.0412667;REFB=-0.0167441;REVB=-0.0407736;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457994;STB=0.783786;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0169612;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:3:6:5:16:3:6:5:17 chr2 96594966 . T G 277.39 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.017616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.589;QD=26.4176;RBI=0.101643;REFB=0.00250856;REVB=0.100105;RO=16;SAF=20;SAR=5;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496199;STB=0.78408;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000707191;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:5:20:2:14:5:20:2:15 chr2 96595032 . A T 532.74 PASS AF=0.681159;AO=47;DP=69;FAO=47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0242761;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.269;QD=30.8837;RBI=0.025315;REFB=-0.006541;REVB=-0.00717797;RO=22;SAF=34;SAR=13;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332821;STB=0.680799;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0116003;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:22:22:47:47:0.681159:13:34:4:18:13:34:4:18 chr2 96595037 . TAATC T 33.4 PASS AF=0.161765;AO=10;DP=67;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0231579;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=4;MLLD=221.225;QD=1.96494;RBI=0.0237381;REFB=-0.0191823;REVB=0.0052165;RO=55;SAF=7;SAR=3;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220042;STB=0.677629;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=0.0846957;OID=.;OPOS=96595038;OREF=AATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.161765:10:67:11:68:57:8:3:30:27:33:55:7:3:29:26 chr2 96601240 . G A 242.03 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0270082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7517;QD=16.9842;RBI=0.0270521;REFB=-0.0444916;REVB=-0.00154101;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100917;STB=0.556919;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0429639;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:18:9:13:17:18:9:13:17 chr2 96601345 . T C 415.22 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0148814;FXX=0.188868;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.619;QD=22.7519;RBI=0.0268488;REFB=-0.0143152;REVB=0.0223473;RO=34;SAF=19;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108038;STB=0.50597;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0157897;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:73:34:34:39:39:0.534247:20:19:17:17:20:19:17:17 chr2 96601364 . C T 430.78 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00371563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.147;QD=25.3402;RBI=0.014392;REFB=-0.0180679;REVB=-0.013904;RO=25;SAF=26;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00437892;STB=0.50193;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0135198;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:27:41:41:0.602941:15:26:16:9:15:26:17:10 chr2 96604591 . A G 1557.98 PASS AF=0.592437;AO=140;DP=238;FAO=141;FDP=238;FR=.;FRO=97;FSAF=75;FSAR=66;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=0.0253226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.605;QD=26.1846;RBI=0.0267681;REFB=-0.0216533;REVB=0.00867741;RO=97;SAF=74;SAR=66;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135281;STB=0.505928;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0169603;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:97:97:140:141:0.592437:66:74:53:44:66:75:53:44 chr2 96604606 . C A 69.78 PASS AF=0.0909091;AO=22;DP=242;FAO=22;FDP=242;FR=.;FRO=220;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=114;FSRR=106;FWDB=-0.016585;FXX=0.00411506;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.738;QD=1.15345;RBI=0.0320537;REFB=0.00128744;REVB=-0.0274295;RO=219;SAF=16;SAR=6;SRF=113;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25592;STB=0.69655;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0405605;OID=.;OPOS=96604606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:242:242:219:220:22:22:0.0909091:6:16:113:106:6:16:114:106 chr2 96604632 . A T 1027.43 PASS AF=0.477477;AO=106;DP=222;FAO=106;FDP=222;FR=.;FRO=116;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=0.00182467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7519;QD=18.5123;RBI=0.00622979;REFB=-0.013516;REVB=-0.00595658;RO=115;SAF=66;SAR=40;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106744;STB=0.561469;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0239943;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:115:116:106:106:0.477477:40:66:59:56:40:66:59:57 chr2 96606944 . C T 274.61 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0458831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8278;QD=15.4711;RBI=0.0468161;REFB=0.00197853;REVB=-0.00930005;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106302;STB=0.555521;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.0069215;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:40:31:31:0.43662:18:13:12:26:18:13:13:27 chr2 96610399 . C A 380.08 PASS AF=0.381356;AO=46;DP=122;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.00210269;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.144;QD=12.884;RBI=0.00436865;REFB=0.00148767;REVB=0.00382934;RO=75;SAF=24;SAR=22;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059979;STB=0.558533;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00200612;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:118:75:73:46:45:0.381356:22:24:35:40:21:24:32:41 chr2 96610410 . T A 269.92 PASS AF=0.315789;AO=36;DP=114;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.00663985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.952;QD=9.47089;RBI=0.0104158;REFB=0.00773464;REVB=0.00802509;RO=78;SAF=20;SAR=16;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169217;STB=0.598402;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00521816;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:78:78:36:36:0.315789:16:20:32:46:16:20:32:46 chr2 96610413 . C T 260.4 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=114;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0237841;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.623;QD=9.38387;RBI=0.0341712;REFB=-0.0230709;REVB=0.0245354;RO=73;SAF=22;SAR=19;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154849;STB=0.585474;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.047408;OID=.;OPOS=96610413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:111:73:70:41:41:0.369369:19:22:29:44:19:22:28:42 chr2 96610420 . G T 294.95 PASS AF=0.357798;AO=33;DP=104;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.0238238;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.586;QD=10.8238;RBI=0.0245198;REFB=-0.00814999;REVB=0.00580079;RO=69;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22798;STB=0.606092;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0222371;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:109:69:70:33:39:0.357798:14:19:26:43:18:21:26:44 chr2 96610455 . C A 122.12 PASS AF=0.240506;AO=15;DP=75;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0233248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.611;QD=6.18305;RBI=0.0237466;REFB=-0.00612734;REVB=-0.00445602;RO=58;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133552;STB=0.619932;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0196446;OID=.;OPOS=96610455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:58:60:15:19:0.240506:8:7:21:37:9:10:22:38 chr2 96610899 . T C 975.47 PASS AF=0.672;AO=84;DP=125;FAO=84;FDP=125;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0326408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0693;QD=31.2152;RBI=0.0432867;REFB=-0.0597384;REVB=0.0284309;RO=40;SAF=35;SAR=49;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508642;STB=0.523804;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0293346;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:40:41:84:84:0.672:49:35:20:20:49:35:20:21 chr2 96610921 . T G 1062.59 PASS AF=0.695312;AO=88;DP=127;FAO=89;FDP=128;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00405839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.474;QD=33.2058;RBI=0.00554819;REFB=-0.04272;REVB=0.0037831;RO=39;SAF=35;SAR=53;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226425;STB=0.509891;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0224559;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:39:39:88:89:0.695312:53:35:17:22:53:36:17:22 chr2 96610923 . C G 182.84 PASS AF=0.226562;AO=29;DP=128;FAO=29;FDP=128;FR=.;FRO=99;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=-0.0288595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.803;QD=5.71358;RBI=0.0333009;REFB=-0.0164609;REVB=-0.0166157;RO=97;SAF=11;SAR=18;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567553;STB=0.536231;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0391113;OID=.;OPOS=96610923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:97:99:29:29:0.226562:18:11:41:56:18:11:42:57 chr2 96617090 . A G 100.14 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.00857845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.155;QD=5.56317;RBI=0.00904469;REFB=-0.00167083;REVB=-0.00286646;RO=56;SAF=11;SAR=5;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395162;STB=0.524661;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00749875;OID=.;OPOS=96617090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:56:56:16:16:0.222222:5:11:40:16:5:11:40:16 chr2 96617106 . A C 137.65 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.0129454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.236;QD=7.24478;RBI=0.0141076;REFB=-0.0117925;REVB=-0.0056072;RO=55;SAF=15;SAR=5;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895206;STB=0.565505;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0311351;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:56:20:20:0.263158:5:15:38:17:5:15:38:18 chr2 96617111 . G A 127.08 PASS AF=0.25;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.0434789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9719;QD=6.68856;RBI=0.0504094;REFB=-0.0134682;REVB=-0.0255086;RO=55;SAF=15;SAR=4;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206985;STB=0.619252;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0456148;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:55:57:19:19:0.25:4:15:36:19:4:15:38:19 chr2 96617113 . G A 123.78 PASS AF=0.231707;AO=19;DP=82;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.00592133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.8;QD=6.03815;RBI=0.0501346;REFB=-0.00258003;REVB=-0.0497837;RO=63;SAF=15;SAR=4;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171583;STB=0.607984;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00642677;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:63:63:19:19:0.231707:4:15:43:20:4:15:43:20 chr2 96617125 . T C 163.53 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.0252431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5304;QD=7.606;RBI=0.0385969;REFB=0.004179;REVB=0.0291977;RO=62;SAF=16;SAR=7;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025738;STB=0.524568;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0112144;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:62:63:23:23:0.267442:7:16:42:20:7:16:42:21 chr2 96617132 . T C 155.36 PASS AF=0.255556;AO=22;DP=90;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.00275921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.976;QD=6.90505;RBI=0.00690756;REFB=-0.00546909;REVB=-0.00633254;RO=67;SAF=14;SAR=8;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725283;STB=0.508467;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.017556;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:67:67:22:23:0.255556:8:14:43:24:8:15:43:24 chr2 96617155 . A G 169.09 PASS AF=0.247423;AO=24;DP=97;FAO=24;FDP=97;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00129805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.619;QD=6.97277;RBI=0.0161355;REFB=-0.00569959;REVB=0.0160832;RO=72;SAF=15;SAR=9;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361009;STB=0.517696;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.028763;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:72:73:24:24:0.247423:9:15:43:29:9:15:44:29 chr2 96619687 . CT CG,TG 49.6 PASS AF=0.137931,0.137931;AO=4,4;DP=29;FAO=4,4;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2,1;FSAR=2,3;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00618564,0.000376995;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=174.265,203.679;QD=6.84196;RBI=0.0394718,0.0430679;REFB=-0.0193521,-0.0150038;REVB=0.0389841,0.0430663;RO=21;SAF=2,1;SAR=2,3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.194534,-0.113367;STB=0.639356,0.584914;STBP=0.593,0.826;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0406332,0.0604145;OID=.,.;OPOS=96619688,96619687;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:29:29:21:21:4,4:4,4:0.137931,0.137931:2,3:2,1:7:14:2,3:2,1:7:14 chr2 96619734 . CA TA,TG 78.51 PASS AF=0.242424,0.0909091;AO=8,3;DP=32;FAO=8,3;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3,1;FSAR=5,2;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0357927,-0.00556065;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=57.5069,86.7413;QD=9.51619;RBI=0.0413531,0.00797158;REFB=-0.0240666,-0.00978757;REVB=0.0207113,0.00571185;RO=19;SAF=3,1;SAR=5,2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0731589,0.0218184;STB=0.583139,0.562107;STBP=0.653,0.871;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0388051,0.0674409;OID=.,.;OPOS=96619734,96619734;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:32:33:19:22:8,3:8,3:0.242424,0.0909091:5,2:3,1:6:13:5,2:3,1:6:16 chr2 96626292 . C T 275.94 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348345;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.178;QD=52.5604;RBI=0.041339;REFB=0;REVB=0.0222591;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300754;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr2 96697823 . G A 33.79 PASS AF=0.241379;AO=5;DP=27;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0425868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.6899;QD=4.66051;RBI=0.0430094;REFB=-0.0190882;REVB=-0.00601457;RO=22;SAF=1;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36794;STB=0.6696;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0572064;OID=.;OPOS=96697823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:27:29:22:22:5:7:0.241379:4:1:11:11:5:2:11:11 chr2 96780715 . C CG 33.45 PASS AF=0.307692;AO=3;DP=29;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00369285;FXX=0.133289;HRUN=0;LEN=1;MLLD=101.767;QD=5.14602;RBI=0.0959835;REFB=-0.0513093;REVB=-0.0959125;RO=26;SAF=1;SAR=2;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138762;STB=0.749375;STBP=0.109;TYPE=ins;VARB=0.0640767;OID=.;OPOS=96780716;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:3:29:8:26:18:6:2:7:11:33:26:1:2:12:14 chr2 96780716 . T G 87.19 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00232076;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.885;QD=12.0257;RBI=0.0604485;REFB=-0.0463019;REVB=-0.0604039;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27891;STB=0.682607;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0463215;OID=.;OPOS=96780716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:18:18:10:11:0.37931:4:6:6:12:4:7:6:12 chr2 96781853 . T C 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0178524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.139;QD=15.7835;RBI=0.0255303;REFB=-0.00689563;REVB=0.0182506;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220966;STB=0.627723;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00854448;OID=.;OPOS=96781853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:10:7:9:5:10:7 chr2 96789787 . T C 137.69 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0115033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.975;QD=11.4743;RBI=0.0194036;REFB=-0.025096;REVB=-0.0156261;RO=30;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251259;STB=0.669098;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0383716;OID=.;OPOS=96789787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:32:16:16:0.333333:5:11:14:16:5:11:14:18 chr2 96795608 . T G 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0447976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2412;QD=14.0955;RBI=0.0448253;REFB=-0.0255261;REVB=-0.0015759;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547742;STB=0.531867;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0229761;OID=.;OPOS=96795608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:6:12:8:5:6:12 chr2 96795714 . G A 740.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.635;QD=56.9496;RBI=0.00892315;REFB=0;REVB=0.00783622;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13941e-05;OID=.;OPOS=96795714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr2 96795857 . T C 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.055707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.087;QD=52.7687;RBI=0.0599969;REFB=0.0245831;REVB=0.0222791;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000146403;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:0:1:28:28:0.965517:14:14:0:0:14:14:1:0 chr2 96809331 . T C 983.94 PASS AF=0.934211;AO=69;DP=76;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0487494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.309;QD=51.7865;RBI=0.0499757;REFB=-0.102497;REVB=0.0110032;RO=5;SAF=48;SAR=21;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158107;STB=0.509367;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00672462;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:76:76:5:5:69:71:0.934211:21:48:4:1:23:48:4:1 chr2 96851049 . AGG AG,AGA 132.13 PASS AF=0.416667,0.0277778;AO=14,2;DP=36;FAO=15,1;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7,0;FSAR=8,1;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.103314,-0.0224578;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.5335,30.6253;QD=14.6807;RBI=0.126814,0.0260364;REFB=-0.0411515,0.00958344;REVB=-0.0735404,-0.0131735;RO=20;SAF=6,1;SAR=8,1;SRF=4;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.24913,0.336825;STB=0.656066,0.984229;STBP=0.157,0.524;TYPE=del,snp;VARB=0.0344105,0.0640747;OID=.,.;OPOS=96851050,96851051;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=AG,AGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0.0277778:14,2:36:15,1:36:20:7,0:8,1:4:16:99:20:6,1:8,1:4:16 chr2 96874589 . CTT CCC 143.61 PASS AF=0.363636;AO=10;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0425685;FXX=0.0222173;HRUN=5;LEN=2;MLLD=59.3266;QD=13.0552;RBI=0.0676404;REFB=-0.0215904;REVB=-0.0525656;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206666;STB=0.645887;STBP=0.185;TYPE=mnp;VARB=0.0383794;OID=.;OPOS=96874590;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:10:45:16:44:28:10:6:11:17:99:22:5:5:7:15 chr2 96917588 . T G 692.98 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100588;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.42;QD=62.9982;RBI=0.00755221;REFB=0;REVB=0.00748492;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46713e-05;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr2 96918245 . A G 72.9 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0703255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5591;QD=13.885;RBI=0.144212;REFB=-0.0787132;REVB=-0.125903;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15627;STB=0.63608;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0918905;OID=.;OPOS=96918245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:19:21:10:11:9:10:0.47619:3:6:5:5:3:7:5:6 chr2 96944553 . G A 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0139198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8975;QD=13.6277;RBI=0.0485203;REFB=-0.023398;REVB=0.0464808;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347252;STB=0.703751;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0301789;OID=.;OPOS=96944553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:7:2:5:3:7:2 chr2 97166204 . A G 397.56 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181896;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.604;QD=56.7938;RBI=0.0197823;REFB=0;REVB=0.00777681;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198029;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr2 97166296 . A G 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00207623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.407;QD=9.91611;RBI=0.018942;REFB=-0.0148428;REVB=-0.0188279;RO=17;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571184;STB=0.853496;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0419556;OID=.;OPOS=97166296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:8:1:10:7:8:1:10:7 chr2 97559759 . G A 500.8 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8684;QD=58.9173;RBI=0.0384998;REFB=0;REVB=0.0326709;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013439;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr2 97808349 . T C 44.17 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0432485;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4987;QD=5.88906;RBI=0.0517945;REFB=-0.0199921;REVB=-0.0284997;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045161;STB=0.529329;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0930708;OID=.;OPOS=97808349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:9:14:4:3:9:14 chr2 97808394 . C G 69.18 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00398302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.883;QD=6.14915;RBI=0.00398324;REFB=-0.0012525;REVB=4.18934e-05;RO=34;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265822;STB=0.687755;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00386295;OID=.;OPOS=97808394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:45:34:35:10:10:0.222222:8:2:13:21:8:2:14:21 chr2 97827830 . T A 49.26 PASS AF=0.134328;AO=7;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00547368;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=21.7434;QD=2.94093;RBI=0.0141751;REFB=-0.0154216;REVB=-0.0130756;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401422;STB=0.6986;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0568359;OID=.;OPOS=97827830;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:30:58:7:9:0.134328:2:5:11:19:3:6:25:33 chr2 97827839 . G A 160.12 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0127537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.667;QD=8.77342;RBI=0.0227789;REFB=-9.88784e-05;REVB=0.0188739;RO=51;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965168;STB=0.557324;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00109743;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:51:22:22:0.30137:13:9:25:26:13:9:25:26 chr2 97830053 . A G 81.75 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00851345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.822;QD=8.38435;RBI=0.00988314;REFB=0.000444153;REVB=-0.00501972;RO=26;SAF=10;SAR=1;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312418;STB=0.749423;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00237789;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:26:28:11:11:0.282051:1:10:20:6:1:10:20:8 chr2 97833342 . G A 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00668753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.526;QD=20.1561;RBI=0.00770803;REFB=-0.0195942;REVB=-0.00383283;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177726;STB=0.598861;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0119085;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:12:16:9:16:12:16:9:16 chr2 97833361 . A G 65.13 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.106657;FXX=0.119019;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.38;QD=7.04067;RBI=0.108754;REFB=-0.000494264;REVB=-0.0212546;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348376;STB=0.72367;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00192646;OID=.;OPOS=97833361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:42:37:25:28:9:9:0.243243:3:6:9:16:3:6:10:18 chr2 97833466 . C T 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0368424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.704;QD=13.3673;RBI=0.0404427;REFB=-0.0140279;REVB=0.0166808;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204277;STB=0.619582;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0421548;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:6:12:15:16:6:12:15:16 chr2 97884763 . T C 629.68 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0365934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.971;QD=57.2439;RBI=0.0891629;REFB=-0.0742768;REVB=0.0813077;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184012;STB=0.504482;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00178156;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:1:2:41:42:0.954545:16:25:1:0:17:25:1:1 chr2 97909726 . CA TG 61.27 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00634345;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.807;QD=6.80722;RBI=0.0266528;REFB=-0.0102477;REVB=-0.0258869;RO=27;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589475;STB=0.876546;STBP=0.017;TYPE=mnp;VARB=0.0221911;OID=.;OPOS=97909726;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:1:8:11:16:1:8:11:16 chr2 97909739 . G A 83.14 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00707993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.281;QD=9.50173;RBI=0.0111638;REFB=-0.00144845;REVB=-0.00863157;RO=21;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456328;STB=0.790653;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00297823;OID=.;OPOS=97909739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:21:24:11:11:0.314286:2:9:9:12:2:9:10:14 chr2 98128172 . C A 163.77 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0198327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1531;QD=9.35845;RBI=0.0201721;REFB=-0.00922943;REVB=-0.00368452;RO=48;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200632;STB=0.618146;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0195837;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:48:22:22:0.314286:9:13:20:28:9:13:20:28 chr2 98128194 . GGT CAC 364.11 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0134962;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=191.303;QD=15.8307;RBI=0.0272967;REFB=0.00639264;REVB=0.0237268;RO=53;SAF=28;SAR=11;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26799;STB=0.651859;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=-0.00960417;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:11:28:25:28:11:28:25:28 chr2 98128256 . C T 365.8 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00601401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.534;QD=21.5175;RBI=0.00622119;REFB=-0.0199052;REVB=-0.00159213;RO=31;SAF=26;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169421;STB=0.593971;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00617268;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:11:26:16:15:11:26:16:15 chr2 98128258 . G C 367.82 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0512563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.384;QD=21.9591;RBI=0.0521224;REFB=-0.0166223;REVB=0.00946214;RO=30;SAF=26;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18007;STB=0.599766;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0254863;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:11:26:15:15:11:26:15:15 chr2 98128300 . A G 37.01 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0291291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9763;QD=3.36443;RBI=0.0332193;REFB=-0.013157;REVB=0.0159692;RO=36;SAF=5;SAR=2;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137417;STB=0.587971;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.071267;OID=.;OPOS=98128300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:44:44:36:37:7:7:0.159091:2:5:22:14:2:5:23:14 chr2 98128313 . G A 165.85 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00272689;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.565;QD=20.7312;RBI=0.00274991;REFB=-0.013089;REVB=-0.000355077;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804595;STB=0.556893;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0142048;OID=.;OPOS=98128313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:15:17:17:0.53125:5:12:8:5:5:12:9:6 chr2 98278410 . C CA 41.01 PASS AF=0.147541;AO=10;DP=63;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0849559;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.7611;QD=2.68888;RBI=0.0856062;REFB=-0.00209293;REVB=-0.0105323;RO=51;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150188;STB=0.827981;STBP=0.066;TYPE=ins;VARB=0.0949739;OID=.;OPOS=98278411;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.147541:10:63:9:61:52:1:8:22:30:41:51:4:6:21:30 chr2 98525107 . T C 281.42 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0185914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.88;QD=19.4084;RBI=0.0361245;REFB=-0.044907;REVB=0.0309732;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126529;STB=0.501154;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0402329;OID=.;OPOS=98525107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:14:16:14:13:14:16:15:13 chr2 98844674 . C G 766.33 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4107;QD=63.8606;RBI=0.0874305;REFB=0;REVB=0.0827444;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647575;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr2 98853173 . G A 1553.77 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429259;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.331;QD=64.0729;RBI=0.0430567;REFB=0;REVB=-0.00335359;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165819;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:59:38:0:0:59:38:0:0 chr2 98928494 . G A 689.16 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1641;QD=57.4296;RBI=0.0894063;REFB=-0.106328;REVB=0.08846;RO=2;SAF=32;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00875363;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:48:2:0:44:48:1:12:32:1:1:15:33:0:0 chr2 98994641 . G A 685.75 PASS AF=0.59633;AO=65;DP=109;FAO=65;FDP=109;FR=.;FRO=44;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0112863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.976;QD=25.1651;RBI=0.0180226;REFB=-0.0390368;REVB=0.0140511;RO=44;SAF=42;SAR=23;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618965;STB=0.533726;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0253193;OID=.;OPOS=98994641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:44:44:65:65:0.59633:23:42:25:19:23:42:25:19 chr2 99013532 . G A 114.25 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00385185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.828;QD=10.1551;RBI=0.0244863;REFB=-0.00977793;REVB=0.0241814;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925662;STB=0.555477;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.033847;OID=.;OPOS=99013532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:7:7:18:13:7:7:18:13 chr2 99149946 . G A 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0196117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.66;QD=20.5631;RBI=0.0232679;REFB=-0.0298916;REVB=0.0125211;RO=31;SAF=10;SAR=25;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691919;STB=0.538439;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0289482;OID=.;OPOS=99149946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:25:10:11:20:25:10:11:20 chr2 99193496 . C T 600.84 PASS AF=0.432258;AO=67;DP=155;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.00855097;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0565;QD=15.5055;RBI=0.0085514;REFB=-0.0211995;REVB=8.50714e-05;RO=88;SAF=33;SAR=34;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422145;STB=0.523573;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.024457;OID=.;OPOS=99193496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:88:88:67:67:0.432258:34:33:47:41:34:33:47:41 chr2 99219071 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.01254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.474;QD=10.1733;RBI=0.0160502;REFB=-0.0395072;REVB=-0.0100177;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116777;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0621778;OID=.;OPOS=99219071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:3:3:5:3:3:3:5:4 chr2 99226173 . T A 69.92 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0121334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.338;QD=6.65907;RBI=0.023457;REFB=0.00128411;REVB=0.0200751;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309484;STB=0.69015;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00618054;OID=.;OPOS=99226173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:5:5:24:8:5:5:24:8 chr2 99279812 . C A 173.77 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0690939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1667;QD=19.3081;RBI=0.0897939;REFB=-0.0134843;REVB=-0.0573497;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205323;STB=0.528814;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0194068;OID=.;OPOS=99279812;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:11:7:7:10:11:7:8:10 chr2 99778985 . T C 308.93 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0326656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5766;QD=15.6419;RBI=0.0600085;REFB=-0.00891772;REVB=-0.0503387;RO=45;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930862;STB=0.552542;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0101786;OID=.;OPOS=99778985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:19:15:24:21:19:15:24:21 chr2 99779131 . T C 238.42 PASS AF=0.4;AO=26;DP=68;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0224366;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7917;QD=13.6238;RBI=0.0431702;REFB=-0.0259908;REVB=-0.0368817;RO=41;SAF=17;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157022;STB=0.588543;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0365462;OID=.;OPOS=99779131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:41:42:26:28:0.4:9:17:21:20:10:18:21:21 chr2 99804642 . T C 171.79 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0012071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.339;QD=18.0831;RBI=0.00418587;REFB=0.00219236;REVB=0.00400804;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418177;STB=0.523783;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00406269;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:8:12:10:8:8:12 chr2 99812070 . G A 176.62 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0164047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8011;QD=14.1292;RBI=0.115581;REFB=-0.00366924;REVB=-0.114411;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108965;STB=0.506322;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00244873;OID=.;OPOS=99812070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:15:16:10:9:15:16 chr2 99995804 . T C 354.9 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00528142;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.929;QD=20.5737;RBI=0.0194924;REFB=-0.00799531;REVB=0.0187632;RO=33;SAF=16;SAR=20;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443613;STB=0.524577;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00786645;OID=.;OPOS=99995804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:33:33:36:36:0.521739:20:16:13:20:20:16:13:20 chr2 100055158 . T C 275.6 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0173397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5411;QD=18.0724;RBI=0.0173882;REFB=0.00258368;REVB=-0.00129755;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735077;STB=0.54103;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00225012;OID=.;OPOS=100055158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:13:17:20:11:13:17:20:11 chr2 100055506 . A G 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.038845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.167;QD=19.8256;RBI=0.0416926;REFB=-0.00575833;REVB=-0.0151441;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199461;STB=0.611427;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00658794;OID=.;OPOS=100055506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:10:17:10:15:10:17:10:15 chr2 100343557 . C T 799.09 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0146037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.227;QD=55.1097;RBI=0.0185771;REFB=-0.0139579;REVB=-0.0114821;RO=1;SAF=34;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136677;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-6.43596e-05;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:22:34:1:0:23:34:1:0 chr2 100897573 . G A 728.1 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.687;QD=63.313;RBI=0.0295931;REFB=0;REVB=0.013558;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41271e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:28:16:0:0:29:17:0:0 chr2 100915772 . A G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4771;QD=62.9799;RBI=0.0384206;REFB=0;REVB=-0.0125896;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000508374;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:35:10:0:0:35:10:0:0 chr2 100916306 . A G 757.28 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131791;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.07;QD=57.1535;RBI=0.0307202;REFB=0;REVB=-0.0277496;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492735;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr2 100916315 . A G 238.25 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0100059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.887;QD=19.8541;RBI=0.0746668;REFB=-0.0108607;REVB=0.0739933;RO=22;SAF=20;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498919;STB=0.714082;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00805242;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:22:24:22:24:0.5:2:20:12:10:4:20:12:12 chr2 100917109 . C T 2013.9 PASS AF=0.977778;AO=131;DP=134;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0211251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.918;QD=59.671;RBI=0.0264521;REFB=-0.0875807;REVB=0.0159199;RO=2;SAF=66;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00010907;STB=0.503703;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000877622;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:135:2:3:131:132:0.977778:65:66:1:1:66:66:2:1 chr2 101010082 . G C 1362.31 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.133;QD=61.2274;RBI=0.0193346;REFB=-0.0948431;REVB=-0.00321172;RO=1;SAF=55;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085381;STB=0.504503;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000376473;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:32:55:1:0:33:55:1:0 chr2 101031561 . G T 713.28 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00944965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8222;QD=60.7049;RBI=0.0142462;REFB=-0.0302668;REVB=0.010661;RO=1;SAF=17;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268486;STB=0.514279;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00880828;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:29:17:1:0:29:17:1:0 chr2 101086966 . C T 206.39 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0542594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3246;QD=17.5654;RBI=0.0692594;REFB=0.00594354;REVB=0.0430439;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153771;STB=0.567502;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00495942;OID=.;OPOS=101086966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:7:13:13:13:8:13:13:13 chr2 101089276 . T C 491.11 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0138153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.023;QD=19.8429;RBI=0.0146929;REFB=-0.0234395;REVB=0.00500174;RO=51;SAF=24;SAR=24;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454847;STB=0.525242;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0217022;OID=.;OPOS=101089276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:24:24:28:23:24:24:28:23 chr2 101096960 . C T 1505.29 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00444332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.028;QD=62.074;RBI=0.029471;REFB=-0.0328846;REVB=0.0291341;RO=0;SAF=68;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.69335e-08;STB=0.509089;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=1.29292e-05;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:0:1:95:96:0.989691:27:68:0:0:27:69:0:1 chr2 101186088 . C T 1223.18 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00771077;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.8654;QD=61.159;RBI=0.0588902;REFB=0;REVB=0.0583832;RO=0;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369788;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:78:80:1:51:27:0:0:53:27:0:0 chr2 101437561 . G A 485.17 PASS AF=0.567901;AO=45;DP=80;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00973368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.234;QD=23.9592;RBI=0.020118;REFB=-0.0126057;REVB=0.0176065;RO=35;SAF=17;SAR=28;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538598;STB=0.500863;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00523931;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:35:35:45:46:0.567901:28:17:13:22:29:17:13:22 chr2 101437601 . C G 462.2 PASS AF=0.578947;AO=43;DP=75;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0209993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.963;QD=24.3264;RBI=0.0212677;REFB=-0.0295154;REVB=0.00336805;RO=32;SAF=15;SAR=28;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738509;STB=0.53298;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0171302;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:32:32:43:44:0.578947:28:15:14:18:28:16:14:18 chr2 101591304 . A G 223.88 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0282393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6342;QD=12.7931;RBI=0.0567109;REFB=-0.0548006;REVB=-0.04918;RO=42;SAF=18;SAR=9;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184449;STB=0.599924;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0898864;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:9:18:21:21:9:18:22:21 chr2 101609827 . C T 563.3 PASS AF=0.415584;AO=64;DP=154;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=58;FWDB=0.00922194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.249;QD=14.6311;RBI=0.015162;REFB=0.00296457;REVB=-0.012035;RO=87;SAF=29;SAR=35;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114093;STB=0.558136;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00442533;OID=.;OPOS=101609827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:87:90:64:64:0.415584:35:29:30:57:35:29:32:58 chr2 101612568 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00796352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6861;QD=14.0438;RBI=0.0142841;REFB=0.0153554;REVB=0.0118582;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.013157;OID=.;OPOS=101612568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:1:3:3:2:1:3 chr2 101612615 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00650055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.557;QD=23.2182;RBI=0.136042;REFB=0.00876536;REVB=-0.135887;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00645943;OID=.;OPOS=101612615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr2 101638888 . A G 322.86 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0245115;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111;QD=13.8863;RBI=0.0330194;REFB=-0.0170879;REVB=-0.0221239;RO=57;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642937;STB=0.536565;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0285464;OID=.;OPOS=101638888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:57:57:36:36:0.387097:20:16:22:35:20:16:22:35 chr2 101644855 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00472762;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.979;QD=9.49168;RBI=0.0227949;REFB=-0.0138289;REVB=-0.0222993;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608169;STB=0.537107;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0350063;OID=.;OPOS=101644855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:9:9:5:4:9:9 chr2 101656726 . T C 783.45 PASS AF=0.544118;AO=75;DP=137;FAO=74;FDP=136;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0274549;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3393;QD=23.0426;RBI=0.0322198;REFB=-0.0270252;REVB=-0.0168625;RO=59;SAF=37;SAR=38;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258717;STB=0.507351;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0264108;OID=.;OPOS=101656726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:59:62:75:74:0.544118:38:37:31:28:37:37:32:30 chr2 101869588 . G T 235.57 PASS AF=0.826087;AO=14;DP=25;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0198959;FXX=0.148093;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.539;QD=40.9687;RBI=0.0378383;REFB=-0.0383495;REVB=0.0321852;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528894;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00174262;OID=.;OPOS=101869588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:25:23:0:4:14:19:0.826087:0:14:0:0:3:16:3:1 chr2 101898412 . G C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.221;QD=64.152;RBI=0.0308333;REFB=0;REVB=-0.0109352;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22021e-05;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr2 102038849 . T A 758.57 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00745017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8749;QD=53.2331;RBI=0.0572938;REFB=-0.0906231;REVB=0.0568074;RO=1;SAF=33;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140721;STB=0.514701;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00191246;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:22:33:1:0:22:33:2:0 chr2 102038936 . T G 191.62 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0123432;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.209;QD=13.4469;RBI=0.0130338;REFB=-0.0123297;REVB=0.00418625;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963506;STB=0.589534;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0278538;OID=.;OPOS=102038936;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:34:23:23:0.403509:16:7:11:17:16:7:15:19 chr2 102067083 . T C 1127.52 PASS AF=0.9875;AO=74;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0391242;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.98;QD=56.3762;RBI=0.0601344;REFB=-0.130743;REVB=0.0456666;RO=6;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707732;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00175443;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:6:1:74:79:0.9875:37:37:0:6:42:37:0:1 chr2 102472459 . A G 97.74 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0392237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5092;QD=13.4818;RBI=0.0814145;REFB=-0.0217507;REVB=-0.071343;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547084;STB=0.53211;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0280938;OID=.;OPOS=102472459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:8:9:7:5:8:9 chr2 102509356 . C T 515.12 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00630468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.131;QD=25.1279;RBI=0.00793792;REFB=-0.0290723;REVB=-0.00482302;RO=32;SAF=20;SAR=28;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620154;STB=0.547305;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0206333;OID=.;OPOS=102509356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:32:34:48:48:0.585366:28:20:16:16:28:20:18:16 chr2 102509898 . C T 324.57 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0604471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9321;QD=19.671;RBI=0.0609947;REFB=-0.0113262;REVB=-0.0081553;RO=30;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316729;STB=0.500894;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00685986;OID=.;OPOS=102509898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:30:32:34:34:0.515152:16:18:17:13:16:18:17:15 chr2 102955468 . C A 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00882253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.788;QD=11.6673;RBI=0.0124093;REFB=-0.00980671;REVB=-0.00872666;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366241;STB=0.521708;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0161941;OID=.;OPOS=102955468;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:14:12:6:8:14:12 chr2 102957716 . C T 513.33 PASS AF=0.430769;AO=54;DP=128;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.00761537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.543;QD=15.7948;RBI=0.0121037;REFB=-0.0133616;REVB=0.00940769;RO=74;SAF=25;SAR=29;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05211;STB=0.517851;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0162606;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:74:74:54:56:0.430769:29:25:38:36:29:27:38:36 chr2 103048738 . G A 536.62 PASS AF=0.396226;AO=61;DP=156;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.0100964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9218;QD=13.4998;RBI=0.0102505;REFB=-0.0123813;REVB=-0.00177091;RO=95;SAF=24;SAR=37;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191972;STB=0.522606;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0198645;OID=.;OPOS=103048738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:95:96:61:63:0.396226:37:24:39:56:39:24:40:56 chr2 103095531 . T C 308.47 PASS AF=0.43038;AO=32;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00855945;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.461;QD=15.6188;RBI=0.0101549;REFB=-0.00272119;REVB=-0.00546429;RO=43;SAF=13;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154235;STB=0.577419;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00402892;OID=.;OPOS=103095531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:45:32:34:0.43038:19:13:24:19:19:15:26:19 chr2 103149100 . G A 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0830968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.444;QD=16.7847;RBI=0.0837348;REFB=-0.0440583;REVB=0.0103167;RO=33;SAF=7;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263641;STB=0.64944;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0234457;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:22:7:16:17:22:7:16:17 chr2 103334969 . G A 754.24 PASS AF=0.503448;AO=73;DP=146;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00734139;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5074;QD=20.8066;RBI=0.0192577;REFB=-0.0387598;REVB=0.0178035;RO=71;SAF=46;SAR=27;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887555;STB=0.553001;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0424249;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:71:72:73:73:0.503448:27:46:38:33:27:46:38:34 chr2 103431404 . T C 1607.04 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0783546;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6773;QD=58.4377;RBI=0.0890519;REFB=-0.109282;REVB=0.0423179;RO=0;SAF=43;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00593566;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:0:1:107:109:0.990909:64:43:0:0:66:43:0:1 chr2 105709023 . T C 727.12 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147717;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.635;QD=57.0289;RBI=0.0215743;REFB=0;REVB=0.0157241;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.221e-06;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr2 105915128 . G A 622.34 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00391174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7463;QD=55.3188;RBI=0.0210252;REFB=-0.108994;REVB=0.0206581;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024064;STB=0.536568;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00556517;OID=.;OPOS=105915128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:45:45:1:3:42:42:0.933333:19:23:0:1:19:23:0:3 chr2 105924510 . A G 817.54 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.112;QD=57.3714;RBI=0.0400833;REFB=0;REVB=-0.039292;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142827;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:26:29:0:0:27:30:0:0 chr2 105953938 . G GC 1014.93 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175539;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=139.596;QD=57.996;RBI=0.0195016;REFB=0;REVB=0.00849545;RO=3;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.20387e-05;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:70:70:70:0:40:30:0:0:6:3:40:27:0:3 chr2 106510455 . GCACACACACACACACACACACTA GCACACACACACACACAC,GCACACACACACACACACTA 742.67 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=33,11;DP=56;FAO=42,12;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30,6;FSAR=12,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312122,0.0310179;FXX=0.0847314;HRUN=1,1;LEN=6,4;MLLD=196.079,145.786;QD=55.0122;RBI=0.0553047,0.0365666;REFB=0,0;REVB=0.0456552,0.0193651;RO=0;SAF=26,7;SAR=7,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.44409e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0128128,0.0060902;OID=.,.;OPOS=106510473,106510456;OREF=ACACTA,CACA;OALT=-,-;OMAPALT=GCACACACACACACACAC,GCACACACACACACACACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.777778,0.222222:33,11:56:42,12:54:0:30,6:12,6:0:0:76:0:26,7:7,4:0:0 chr2 106510472 . CACACTA C 50.0 PASS AO=39;DP=100;LEN=6;RO=61;SAF=28;SAR=11;SRF=36;SRR=25;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=106510473;OREF=ACACTA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:100:61:39:11:28:36:25 chr2 106710108 . C T 520.32 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.761;QD=59.465;RBI=0.0178678;REFB=0;REVB=0.0164788;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50937e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr2 106742139 . C T 227.24 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760085;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.053;QD=50.4973;RBI=0.115415;REFB=0;REVB=-0.086853;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013594;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr2 107032354 . C G 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00995034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.983;QD=26.6377;RBI=0.0243844;REFB=-0.00685774;REVB=-0.0222618;RO=8;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00324143;OID=.;OPOS=107032354;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:8:8:4:4:8:8:4:4 chr2 107073469 . T A 145.07 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2759;QD=44.6357;RBI=0.0647909;REFB=0;REVB=0.0260431;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147298;OID=.;OPOS=107073469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr2 107073501 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.77;QD=42.1825;RBI=0.0270356;REFB=0;REVB=-0.0193701;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00091955;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr2 107084739 . A G 1255.97 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0326124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.46;QD=59.1043;RBI=0.0442923;REFB=-0.122257;REVB=0.0299706;RO=1;SAF=43;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108876;STB=0.500426;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00112568;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:1:2:83:83:0.976471:40:43:1:0:40:43:1:1 chr2 107107511 . C T 147.95 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0164909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.008;QD=17.9332;RBI=0.0188747;REFB=-0.0103675;REVB=-0.0091818;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279432;STB=0.660802;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0171383;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:9:8:12:4:9:8 chr2 107107567 . G C 446.85 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.547;QD=57.6576;RBI=0.0456423;REFB=0;REVB=-0.0455199;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103721;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr2 107423395 . T G 175.86 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0428628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7256;QD=15.6317;RBI=0.0428735;REFB=0.0137631;REVB=0.000958668;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378676;STB=0.521716;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0209491;OID=.;OPOS=107423395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:10:16:11:8:10:16 chr2 107459974 . C T 213.31 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00323489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.854;QD=14.7113;RBI=0.0973804;REFB=0.00302132;REVB=-0.0973267;RO=29;SAF=17;SAR=7;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601538;STB=0.536394;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00220162;OID=.;OPOS=107459974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:33:24:25:0.431034:7:17:19:10:7:18:22:11 chr2 107460348 . T A 295.71 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0470282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7554;QD=20.3934;RBI=0.0509081;REFB=-0.00335151;REVB=0.0194931;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20916;STB=0.615734;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00275233;OID=.;OPOS=107460348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:14:17:8:19:14:17:8:19 chr2 108443511 . C G 907.23 PASS AF=0.486631;AO=91;DP=187;FAO=91;FDP=187;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.0519335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6711;QD=19.4059;RBI=0.0685939;REFB=-0.0145413;REVB=0.0448112;RO=95;SAF=34;SAR=57;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144891;STB=0.577546;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0152779;OID=.;OPOS=108443511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:95:96:91:91:0.486631:57:34:50:45:57:34:50:46 chr2 108475958 . A G 189.26 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.053474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1236;QD=13.0522;RBI=0.0541782;REFB=-0.00557085;REVB=-0.00870712;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376383;STB=0.513666;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0093822;OID=.;OPOS=108475958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:13:10:16:18:13:10:16:19 chr2 108479432 . G A 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0169098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.017;QD=24.3225;RBI=0.0739818;REFB=-0.0226558;REVB=0.0720233;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125389;STB=0.571243;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0150251;OID=.;OPOS=108479432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:1:6:2:0:1:6:2:0 chr2 108863767 . A C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5237;QD=59.8551;RBI=0.0268396;REFB=0;REVB=0.00202236;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268994;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr2 108875198 . G A 1307.37 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0252602;FXX=0.0219756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.448;QD=58.758;RBI=0.0349733;REFB=-0.0516061;REVB=0.024188;RO=3;SAF=41;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121383;STB=0.50641;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.000362184;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:86:86:0.966292:45:41:2:1:45:41:2:1 chr2 108875244 . T C 1384.45 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7331;QD=62.2226;RBI=0.00815882;REFB=0;REVB=-0.00521617;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823831;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:50:38:0:0:51:38:0:0 chr2 108875471 . G T 1695.82 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0401181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3483;QD=59.5023;RBI=0.0401222;REFB=0.0762738;REVB=-0.000572608;RO=1;SAF=60;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784829;STB=0.504131;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00121835;OID=.;OPOS=108875471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:53:60:1:0:53:60:1:0 chr2 108877062 . T A 1475.5 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.969;QD=62.1265;RBI=0.0211184;REFB=0.0136095;REVB=0.01499;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=2.11775e-05;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:41:53:0:0:41:53:0:1 chr2 109099572 . C G 403.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.39;QD=55.6237;RBI=0.0670923;REFB=0;REVB=0.00675535;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101927;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:19:9:0:0:19:10:0:0 chr2 109106381 . A G 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0111926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.589;QD=13.9502;RBI=0.0127006;REFB=-0.0171673;REVB=-0.00600261;RO=46;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141274;STB=0.580298;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0246055;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:14:17:19:27:14:17:19:27 chr2 109374952 . A G 35.03 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0216831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.205;QD=5.00499;RBI=0.0216832;REFB=-0.00908612;REVB=-6.68365e-05;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148013;STB=0.599658;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.048647;OID=.;OPOS=109374952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:10:12:4:2:10:12 chr2 109380929 . G A 283.16 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.053835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.972;QD=23.5964;RBI=0.0539818;REFB=-0.00915179;REVB=-0.00397807;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586968;STB=0.532621;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0112899;OID=.;OPOS=109380929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:16:10:7:15:16:10:7:15 chr2 109389463 . G A 805.07 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8322;QD=64.4056;RBI=0.0579728;REFB=0;REVB=0.0315317;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757884;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:36:14:0:0:36:14:0:0 chr2 109401259 . C T 217.56 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0436243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1267;QD=22.9014;RBI=0.0443429;REFB=0.0121999;REVB=0.00795094;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143062;STB=0.568058;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.0111847;OID=.;OPOS=109401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:17:21:21:0.552632:13:8:9:7:13:8:9:8 chr2 109408208 . G A 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0107129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.776;QD=27.859;RBI=0.0115292;REFB=-0.0506423;REVB=-0.00426102;RO=8;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133354;STB=0.574377;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0228314;OID=.;OPOS=109408208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:5:12:4:4:5:12:4:4 chr2 109429146 . T A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0532374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0834;QD=22.908;RBI=0.0609227;REFB=-0.0089836;REVB=-0.0296202;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893511;STB=0.549953;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00426978;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:10:11:7:10:10:11:7:10 chr2 109510937 . G A 165.83 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=47;FWDB=-0.0206621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6822;QD=7.99163;RBI=0.0377099;REFB=-0.000528317;REVB=-0.0315455;RO=60;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286299;STB=0.667284;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000213412;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:60:23:23:0.277108:13:10:13:47:13:10:13:47 chr2 109513654 . G A 331.57 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0130258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.443;QD=12.6311;RBI=0.013439;REFB=-0.00359843;REVB=-0.00330674;RO=64;SAF=27;SAR=13;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307425;STB=0.670722;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00360131;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:65:40:40:0.380952:13:27:25:39:13:27:26:39 chr2 109526969 . G A 483.67 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-4.40492e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.412;QD=20.8032;RBI=0.0323362;REFB=-0.0385481;REVB=-0.0323362;RO=43;SAF=34;SAR=13;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263356;STB=0.643682;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0301256;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:43:46:47:47:0.505376:13:34:19:24:13:34:21:25 chr2 109527373 . A G 257.82 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.103785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3713;QD=18.4157;RBI=0.117007;REFB=-0.0685643;REVB=-0.0540318;RO=26;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358519;STB=0.536057;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0667893;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:28:28:28:0.5:15:13:11:15:15:13:11:17 chr2 109745176 . G A 1075.05 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.926;QD=57.3358;RBI=0.0318149;REFB=-0.0716556;REVB=0.0252595;RO=2;SAF=34;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270097;STB=0.50704;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000862093;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:75:2:1:73:74:0.986667:39:34:2:0:39:35:1:0 chr2 110015138 . C T 265.66 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.129148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.354;QD=13.2828;RBI=0.130023;REFB=0.00579968;REVB=-0.0150633;RO=48;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00721301;STB=0.501628;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0109654;OID=.;OPOS=110015138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:17:14:22:26:17:14:22:27 chr2 110015309 . T C 801.14 PASS AF=0.49697;AO=82;DP=166;FAO=82;FDP=165;FR=.;FRO=83;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=-0.0466432;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.528;QD=19.4215;RBI=0.047856;REFB=-0.0144694;REVB=-0.0107054;RO=82;SAF=49;SAR=33;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342749;STB=0.516258;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0133956;OID=.;OPOS=110015309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:82:83:82:82:0.49697:33:49:46:36:33:49:47:36 chr2 110053570 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00557322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.701;QD=16.1192;RBI=0.00727083;REFB=-0.0275634;REVB=0.0046695;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14609;STB=0.585215;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0221602;OID=.;OPOS=110053570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:5:8:9:3:5:8 chr2 110373197 . G A 578.07 PASS AF=0.556701;AO=51;DP=96;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0158244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3225;QD=23.838;RBI=0.0298665;REFB=-0.00137056;REVB=-0.0253297;RO=43;SAF=15;SAR=36;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533887;STB=0.51725;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00138594;OID=.;OPOS=110373197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:43:43:51:54:0.556701:36:15:15:28:37:17:15:28 chr2 110373938 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.03;QD=39.2068;RBI=0.0503011;REFB=0;REVB=0.0502796;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010431;OID=.;OPOS=110373938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr2 110374215 . T C 168.88 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0338765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2469;QD=24.1261;RBI=0.109158;REFB=0.0128508;REVB=0.103768;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179039;STB=0.599886;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00297399;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:3:8:8:9:3:8 chr2 110375025 . C T 194.58 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0243962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0553;QD=17.2964;RBI=0.0458041;REFB=-0.00894963;REVB=-0.0387665;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282809;STB=0.644312;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0173921;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:25:19:20:0.444444:10:9:19:6:10:10:19:6 chr2 110376288 . G T 352.56 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0114084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7217;QD=21.0483;RBI=0.0143146;REFB=-0.011457;REVB=-0.00864621;RO=31;SAF=16;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212984;STB=0.511778;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00500857;OID=.;OPOS=110376288;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:20:16:13:18:20:16:13:18 chr2 110855123 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.107;QD=53.9112;RBI=0.0191369;REFB=0;REVB=0.0130088;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39497e-05;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr2 110922703 . C T 366.85 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00407453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.905;QD=24.4569;RBI=0.0182087;REFB=-0.051366;REVB=-0.0177469;RO=23;SAF=18;SAR=18;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108311;STB=0.56663;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0274114;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:24:36:36:0.6:18:18:8:15:18:18:8:16 chr2 111907691 . T C 585.29 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0102235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.177;QD=25.727;RBI=0.0140883;REFB=0.0052215;REVB=0.00969327;RO=37;SAF=28;SAR=25;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112252;STB=0.554605;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00173171;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:37:38:53:53:0.582418:25:28:25:12:25:28:25:13 chr2 112615933 . T C 80.94 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.036219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5447;QD=7.89657;RBI=0.0500936;REFB=-0.0244502;REVB=0.0346058;RO=30;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179361;STB=0.608959;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0615421;OID=.;OPOS=112615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:4:7:23:7:4:7:23:7 chr2 112641256 . G A 74.11 PASS AF=1;AO=4;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.769;QD=32.9386;RBI=0.165351;REFB=-0.113898;REVB=0.106512;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0336886;OID=.;OPOS=112641256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:9:0:0:4:9:1:2:2:0:0:4:5:0:0 chr2 112686988 . G A 747.4 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.058;QD=63.6085;RBI=0.0291353;REFB=0;REVB=0.0290573;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150385;OID=.;OPOS=112686988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr2 112751928 . G A 856.31 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.779;QD=57.0874;RBI=0.0479503;REFB=0;REVB=0.0479318;RO=0;SAF=48;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.95838e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65666e-05;OID=.;OPOS=112751928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:9:48:0:0:11:49:0:0 chr2 112754720 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.835;QD=45.8061;RBI=0.051867;REFB=0;REVB=0.0427246;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113433;OID=.;OPOS=112754720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:1:13:0:0:1:13:0:0 chr2 112754880 . G A 1338.69 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00512421;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4867;QD=62.2644;RBI=0.00916975;REFB=0;REVB=0.00760439;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010904;OID=.;OPOS=112754880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:39:46:0:0:40:46:0:0 chr2 112754943 . C T 957.51 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0452472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.948;QD=57.1647;RBI=0.0458631;REFB=-0.083938;REVB=-0.00749046;RO=1;SAF=27;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171769;STB=0.509088;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000243721;OID=.;OPOS=112754943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:39:27:1:0:39:27:1:0 chr2 112755001 . A G 354.42 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781678;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.456;QD=54.5264;RBI=0.0892548;REFB=0;REVB=0.0430838;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490367;OID=.;OPOS=112755001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:23:26:1:19:4:0:0:19:7:0:0 chr2 112765973 . A G 868.17 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00668521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3788;QD=57.8777;RBI=0.0229741;REFB=0;REVB=0.02198;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109862;OID=.;OPOS=112765973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr2 112766060 . C T 523.93 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00739485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.414;QD=26.868;RBI=0.0277473;REFB=-0.036988;REVB=0.0267438;RO=30;SAF=32;SAR=16;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267276;STB=0.514557;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0260181;OID=.;OPOS=112766060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:30:30:48:48:0.615385:16:32:21:9:16:32:21:9 chr2 112813223 . T C 30.53 PASS AF=0.5;AO=3;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0271328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7341;QD=12.2123;RBI=0.214596;REFB=-0.0764326;REVB=0.212874;RO=5;SAF=1;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414454;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.12324;OID=.;OPOS=112813223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:3:5:0.5:2:1:4:1:4:1:4:1 chr2 112832535 . CAAT C 479.51 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135598;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=3;MLLD=281.343;QD=50.4752;RBI=0.0408764;REFB=0;REVB=0.0408539;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.36812e-05;OID=.;OPOS=112832536;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:39:38:38:0:24:14:0:0:8:0:24:14:0:0 chr2 113289032 . A G 207.3 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00301673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0989;QD=24.3879;RBI=0.0101741;REFB=-0.00746622;REVB=-0.00971658;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159973;STB=0.50892;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00480118;OID=.;OPOS=113289032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:11:9:6:8:11:9:6:8 chr2 113300032 . C T 36.14 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00633698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3138;QD=1.98034;RBI=0.0335578;REFB=0.00699958;REVB=0.0329541;RO=65;SAF=6;SAR=2;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228281;STB=0.676223;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0223794;OID=.;OPOS=113300032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:2:6:37:28:2:6:37:28 chr2 113308516 . T A 263.49 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00254483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6098;QD=17.5662;RBI=0.0280869;REFB=-0.0127519;REVB=0.0279714;RO=31;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208664;STB=0.616362;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0230469;OID=.;OPOS=113308516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:15:14:22:9:15:14:22:9 chr2 113309473 . C T 176.22 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0300628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.742;QD=21.3601;RBI=0.032208;REFB=-0.00758081;REVB=0.0115578;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100263;STB=0.565142;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00712986;OID=.;OPOS=113309473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:12:5:6:9:13:5:6:9 chr2 113332421 . T C 157.9 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0331313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4942;QD=25.2643;RBI=0.076979;REFB=0.0171431;REVB=0.0694845;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189362;STB=0.605927;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00347265;OID=.;OPOS=113332421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:6:10:3:6:6:10:3:6 chr2 113344047 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.220145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.622;QD=53.2772;RBI=0.220214;REFB=0;REVB=0.00550287;RO=0;SAF=1;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752773;OID=.;OPOS=113344047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:22:1:0:0:22:1:0:0 chr2 113479614 . G A 151.03 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0447256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6896;QD=11.1877;RBI=0.0449453;REFB=-0.0201232;REVB=-0.00443819;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160672;STB=0.592683;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0217451;OID=.;OPOS=113479614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:13:6:7:28:13:6:7:28 chr2 113482779 . A C,T 348.32 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=23,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154616,-0.00651206;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.6149,54.1004;QD=53.5884;RBI=0.0833286,0.00652502;REFB=0,0;REVB=-0.0818816,-0.00041102;RO=1;SAF=7,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0280632,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00216078,0.0920075;OID=.,.;OPOS=113482779,113482779;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:1:0:23,2:24,2:0.923077,0.0769231:16,2:7,0:0:1:17,2:7,0:0:0 chr2 113484319 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.747;QD=61.3364;RBI=0.0428463;REFB=0;REVB=0.0273725;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113717;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr2 113498566 . A G 329.11 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=84;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0167784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.552;QD=15.4877;RBI=0.017285;REFB=-0.00234964;REVB=-0.00415418;RO=49;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297586;STB=0.525298;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00375051;OID=.;OPOS=113498566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:49:35:36:0.423529:19:16:21:28:19:17:21:28 chr2 113513825 . T C 1247.11 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5346;QD=60.8346;RBI=0.0972445;REFB=0;REVB=0.0964774;RO=1;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106407;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515772;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:1:0:81:82:1:44:37:0:1:45:37:0:0 chr2 113537223 . C A 363.76 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0023251;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.229;QD=23.4687;RBI=0.0143543;REFB=-0.0157126;REVB=0.0141647;RO=26;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108785;STB=0.559788;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0113804;OID=.;OPOS=113537223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:26:26:36:36:0.580645:19:17:16:10:19:17:16:10 chr2 113588007 . G A 691.61 PASS AF=0.482517;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=0.000434221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.652;QD=19.3459;RBI=0.00708753;REFB=-0.00888792;REVB=0.00707422;RO=72;SAF=34;SAR=35;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14796;STB=0.587437;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0101782;OID=.;OPOS=113588007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:72:74:69:69:0.482517:35:34:47:25:35:34:49:25 chr2 113590390 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0281408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.186;QD=22.9576;RBI=0.0293369;REFB=-0.00862315;REVB=0.00829152;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02165;STB=0.51218;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00756328;OID=.;OPOS=113590390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:12:4:3:8:12:4:3:8 chr2 113671378 . G T 193.99 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0916207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9403;QD=16.8687;RBI=0.0931194;REFB=-0.0140908;REVB=0.0166395;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770416;STB=0.544141;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0208715;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:13:7:11:15:13:7:11:15 chr2 113671410 . A G 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00134409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3732;QD=12.5685;RBI=0.00302292;REFB=-0.0113507;REVB=0.00270767;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605125;STB=0.535666;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00437216;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:10:5:10:16:10:5:10:16 chr2 113763463 . A C 198.55 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0238515;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5508;QD=11.5099;RBI=0.0316145;REFB=0.0120034;REVB=0.0207504;RO=43;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153846;STB=0.58125;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0186468;OID=.;OPOS=113763463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:43:44:25:25:0.362319:14:11:25:18:14:11:25:19 chr2 113763574 . CA C,CG 949.71 PASS AF=0.0151515,0.984848;AO=19,44;DP=66;FAO=1,65;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187761,0.03293;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.847,114.924;QD=57.5584;RBI=0.0402102,0.0750733;REFB=0,0;REVB=0.0355573,0.0674656;RO=0;SAF=6,27;SAR=13,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.851e-08,-5.54734e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0516613,0.0105825;OID=.,.;OPOS=113763575,113763575;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0151515,0.984848:19,44:66:1,65:66:0:0,34:1,31:0:0:5:0:6,27:13,17:0:0 chr2 113831945 . T C 186.4 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0108113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.632;QD=19.1174;RBI=0.0245864;REFB=-0.0108912;REVB=0.0220819;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461927;STB=0.539042;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0109054;OID=.;OPOS=113831945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:18:19:0.487179:9:9:11:9:10:9:11:9 chr2 113832333 . C A 521.03 PASS AF=0.46281;AO=55;DP=118;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0200951;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.651;QD=17.2241;RBI=0.0205074;REFB=-0.0207518;REVB=0.0040914;RO=63;SAF=40;SAR=15;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105322;STB=0.574403;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0359682;OID=.;OPOS=113832333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:63:65:55:56:0.46281:15:40:40:23:15:41:40:25 chr2 113844384 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0437318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.172;QD=15.839;RBI=0.0445663;REFB=-0.045254;REVB=0.00858395;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359217;STB=0.717291;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0186391;OID=.;OPOS=113844384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:3:4:7:1:3:4 chr2 113870663 . G A 428.24 PASS AF=0.465347;AO=45;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0162874;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.28;QD=16.96;RBI=0.0199983;REFB=-0.0124666;REVB=0.011604;RO=53;SAF=23;SAR=22;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147681;STB=0.563794;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0209822;OID=.;OPOS=113870663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:54:45:47:0.465347:22:23:19:34:24:23:20:34 chr2 113870725 . T G 455.07 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0290765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2136;QD=18.0225;RBI=0.0290869;REFB=-0.0305302;REVB=-0.000775646;RO=53;SAF=14;SAR=34;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150373;STB=0.583993;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0404469;OID=.;OPOS=113870725;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:34:14:23:30:34:14:23:30 chr2 113955111 . TA AC,GA 114.9 PASS AF=0.216667,0.0666667;AO=13,4;DP=64;FAO=13,4;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=7,3;FSAR=6,1;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.020313,-0.0146493;FXX=0.0624902;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=138.305,120.607;QD=7.65988;RBI=0.0203323,0.0204288;REFB=-0.00248691,-0.0012805;REVB=0.000885443,-0.0142385;RO=42;SAF=7,3;SAR=6,1;SRF=18;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.133333,0.33359;STB=0.591143,0.786532;STBP=0.482,0.329;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000748235,0.0973491;OID=.,.;OPOS=113955111,113955111;OREF=TA,T;OALT=AC,G;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:60:42:43:13,4:13,4:0.216667,0.0666667:6,1:7,3:18:24:6,1:7,3:18:25 chr2 113955113 . CA AC,CAGAAC,GA 82.99 PASS AF=0.015625,0.1875,0.015625;AO=4,12,3;DP=71;FAO=1,12,1;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=1,6,0;FSAR=0,6,1;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.011915,0.00382776,0.00170511;FXX=0.0985777;HRUN=1,0,1;LEN=2,4,1;MLLD=51.6693,202.991,108.113;QD=5.18696;RBI=0.0125309,0.021673,0.00265308;REFB=-0.0253101,-0.00438776,-0.00449063;REVB=-0.00388039,-0.0213323,-0.0020326;RO=49;SAF=3,6,1;SAR=1,6,2;SRF=18;SRR=31;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.378112,0.165925,-0.0339542;STB=0.992269,0.596619,0.987743;STBP=0.252,0.489,0.48;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=0.0683168,0.0105093,0.0967729;OID=.,.,.;OPOS=113955113,113955115,113955113;OREF=CA,-,C;OALT=AC,GAAC,G;OMAPALT=AC,CAGAAC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:74:71:64:49:50:4,12,3:1,12,1:0.015625,0.1875,0.015625:1,6,2:3,6,1:18:31:0,6,1:1,6,0:19:31 chr2 113975066 . T G 168.69 PASS AF=0.380952;AO=20;DP=58;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00999339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.4723;QD=10.7107;RBI=0.0678615;REFB=-0.0322201;REVB=-0.0671217;RO=38;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254841;STB=0.587231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0726097;OID=.;OPOS=113975066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:38:39:20:24:0.380952:8:12:14:24:12:12:14:25 chr2 113975104 . T G 163.91 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0305076;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.1185;QD=9.2345;RBI=0.0313693;REFB=-0.0091947;REVB=-0.00730195;RO=49;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135708;STB=0.580081;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0271247;OID=.;OPOS=113975104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:49:49:22:22:0.309859:10:12:21:28:10:12:21:28 chr2 113999023 . T C 269.25 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00788696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.294;QD=16.5689;RBI=0.0162901;REFB=-0.00308292;REVB=0.0142536;RO=35;SAF=10;SAR=20;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180985;STB=0.60208;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00298736;OID=.;OPOS=113999023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:20:10:18:17:20:10:18:17 chr2 114035923 . A G 121.75 PASS AF=0.307692;AO=15;DP=50;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00571925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.291;QD=9.36534;RBI=0.00734079;REFB=0.00121774;REVB=0.00460188;RO=31;SAF=11;SAR=4;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334519;STB=0.5929;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00252546;OID=.;OPOS=114035923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:31:36:15:16:0.307692:4:11:22:9:4:12:23:13 chr2 114220055 . T C 2098.59 PASS AF=0.941935;AO=144;DP=156;FAO=146;FDP=155;FR=.;FRO=9;FSAF=96;FSAR=50;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0384585;FXX=0.012738;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0159;QD=54.1571;RBI=0.0716151;REFB=-0.0840961;REVB=0.0604125;RO=7;SAF=96;SAR=48;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00472357;STB=0.507788;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0134114;OID=.;OPOS=114220055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:156:155:7:9:144:146:0.941935:48:96:5:2:50:96:7:2 chr2 114256840 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2716;QD=47.8214;RBI=0.129391;REFB=0;REVB=-0.0322004;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228569;OID=.;OPOS=114256840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr2 114355167 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0467978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.785;QD=10.0338;RBI=0.0475464;REFB=-0.0198086;REVB=0.00840377;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308675;STB=0.7397;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0216917;OID=.;OPOS=114355167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:1:4:3:3:1:4:3:4 chr2 114391721 . T C 1244.53 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.719;QD=60.7088;RBI=0.0313668;REFB=0;REVB=0.0214909;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320141;OID=.;OPOS=114391721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:79:82:1:32:47:0:0:35:47:0:0 chr2 114392716 . C T 804.19 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948082;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.722;QD=57.4422;RBI=0.0108037;REFB=0;REVB=0.00518022;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107308;OID=.;OPOS=114392716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:37:19:0:0:37:19:0:0 chr2 114490960 . C A 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0732179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.777;QD=20.2078;RBI=0.0738749;REFB=0.00444537;REVB=-0.0098305;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708289;STB=0.540476;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00437755;OID=.;OPOS=114490960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:10:3:3:7:10:3:3:7 chr2 116099725 . A T 120.84 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.103951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8425;QD=14.6468;RBI=0.104015;REFB=-0.0159728;REVB=0.00364539;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472339;STB=0.77493;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0146273;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:11:3:13:6:11:3:13:6 chr2 116510817 . G C 1690.41 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.832;QD=60.3717;RBI=0.0176655;REFB=0;REVB=-0.00362058;RO=0;SAF=42;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22507e-05;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:69:42:0:0:70:42:0:0 chr2 116525960 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.517;QD=58.061;RBI=0.0187188;REFB=0;REVB=0.0141908;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77666e-06;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr2 118575215 . C G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0261653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.76;QD=12.8687;RBI=0.0265716;REFB=-0.00153541;REVB=-0.00462883;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140607;STB=0.583179;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00206703;OID=.;OPOS=118575215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:8:8:7:4:8:8 chr2 118583940 . C T 329.86 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0165262;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.705;QD=18.0743;RBI=0.0170514;REFB=-0.0129572;REVB=0.00419934;RO=38;SAF=12;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12872;STB=0.572097;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0115351;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:23:12:18:20:23:12:18:20 chr2 118589808 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.563;QD=48.7372;RBI=0.0382258;REFB=0;REVB=-0.00838625;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373427;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr2 118774082 . T C 573.45 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00336865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.027;QD=55.9459;RBI=0.027393;REFB=-0.0525556;REVB=0.0271851;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531234;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000688081;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:41:0:2:39:39:0.95122:15:24:0:0:15:24:0:2 chr2 118774178 . G C 258.58 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0528173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6125;QD=43.0966;RBI=0.0558048;REFB=-0.173698;REVB=-0.0180141;RO=3;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144897;STB=0.549954;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0137002;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:24:24:3:2:21:22:0.916667:13:8:3:0:13:9:2:0 chr2 119915249 . T C 1065.95 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162561;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.715;QD=60.0537;RBI=0.0164452;REFB=0;REVB=0.00248643;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23901e-05;OID=.;OPOS=119915249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:35:35:0:0:36:35:0:0 chr2 119988565 . G A 407.79 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0109746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.906;QD=14.3083;RBI=0.0419416;REFB=-0.0233226;REVB=0.0404804;RO=67;SAF=27;SAR=20;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14731;STB=0.582988;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0287598;OID=.;OPOS=119988565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:67:47:47:0.412281:20:27:29:38:20:27:29:38 chr2 120021785 . T C 646.6 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8746;QD=61.5814;RBI=0.0337839;REFB=0;REVB=0.0104407;RO=0;SAF=5;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52432e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06329e-05;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:36:5:0:0:36:6:0:0 chr2 120060082 . T C 207.55 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0667371;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2884;QD=16.9425;RBI=0.0676939;REFB=-0.0136453;REVB=0.0113414;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361869;STB=0.52069;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.019294;OID=.;OPOS=120060082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:15:13:9:12:15:13 chr2 120078778 . T C 710.81 PASS AF=0.410526;AO=78;DP=192;FAO=78;FDP=190;FR=.;FRO=112;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=70;FSRR=42;FWDB=0.0395907;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6278;QD=14.9645;RBI=0.0448136;REFB=-0.0354367;REVB=0.0209962;RO=110;SAF=41;SAR=37;SRF=69;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107353;STB=0.559065;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0458198;OID=.;OPOS=120078778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:110:112:78:78:0.410526:37:41:69:41:37:41:70:42 chr2 120125029 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.662;QD=47.8222;RBI=0.0678947;REFB=0;REVB=0.0663482;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481554;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr2 120125053 . C G 67.7 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0136899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2171;QD=15.9299;RBI=0.0570168;REFB=-0.0318667;REVB=0.0553489;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355772;STB=0.709643;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0172048;OID=.;OPOS=120125053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:3:5:2:7:3:5 chr2 120125058 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0096598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1322;QD=12.7388;RBI=0.0225071;REFB=0.00705892;REVB=-0.0203287;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258322;STB=0.655832;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00754176;OID=.;OPOS=120125058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:5:5:2:6:5:5 chr2 120194651 . A AGTGTGC 944.74 PASS AF=1;AO=63;DP=75;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374021;FXX=0.0447694;HRUN=0;LEN=6;MLLD=315.987;QD=59.0464;RBI=0.0397975;REFB=0;REVB=-0.0135988;RO=11;SAF=8;SAR=55;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287175;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.64403e-05;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:75:64:64:0:8:56:0:0:5:11:8:55:8:3 chr2 120199140 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.324;QD=46.8472;RBI=0.0650382;REFB=0;REVB=0.0127837;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056504;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr2 120303820 . A T 407.62 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0196997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.919;QD=50.9526;RBI=0.0203857;REFB=-0.0411399;REVB=0.00524407;RO=2;SAF=16;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547702;STB=0.529392;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000792098;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:14:16:2:0:14:16:2:0 chr2 120369300 . T C 598.06 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152958;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.371;QD=61.3393;RBI=0.0176512;REFB=0;REVB=0.00880929;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53629e-05;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr2 120388412 . G A 885.07 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4431;QD=58.0373;RBI=0.0440436;REFB=0;REVB=-0.0424799;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179722;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr2 120438523 . A G 929.57 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00207096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.7;QD=55.4964;RBI=0.0167525;REFB=-0.112852;REVB=0.016624;RO=1;SAF=36;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129424;STB=0.513509;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000916965;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:65:65:0.970149:29:36:1:0:29:36:2:0 chr2 120438696 . A G 927.19 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0464268;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.16;QD=57.0575;RBI=0.049932;REFB=0.00593673;REVB=0.0183783;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00012571;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:31:33:0:0:31:33:0:1 chr2 120439230 . C G 687.18 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0133;QD=62.471;RBI=0.0374312;REFB=0;REVB=0.0217175;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4683e-05;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr2 120439459 . C A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.912;QD=58.5858;RBI=0.0245781;REFB=0;REVB=0.017599;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05468e-06;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr2 120704166 . G T 479.26 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.481;QD=58.0915;RBI=0.0184562;REFB=0;REVB=0.00800256;RO=0;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2819e-05;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:26:6:0:0:27:6:0:0 chr2 120830815 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0881093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1524;QD=44.6896;RBI=0.0992158;REFB=0;REVB=0.0456128;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457525;OID=.;OPOS=120830815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr2 120885310 . G A 832.42 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.504;QD=57.4082;RBI=0.0353507;REFB=0;REVB=0.00999357;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24491e-05;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:56:58:1:31:25:0:0:33:25:0:0 chr2 120980428 . G C 933.03 PASS AF=1;AO=55;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.0815;QD=55.7033;RBI=0.145161;REFB=0;REVB=0.14495;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268817;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:55:67:1:26:29:0:1:34:33:0:0 chr2 121726447 . G A 435.83 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.11336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.737;QD=54.4791;RBI=0.113984;REFB=-0.0426478;REVB=0.0119045;RO=1;SAF=6;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715383;STB=0.538436;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00195569;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:25:6:1:0:25:6:1:0 chr2 121746956 . G T 398.96 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00684391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.966;QD=20.9981;RBI=0.056492;REFB=-0.011736;REVB=0.0560759;RO=33;SAF=25;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191187;STB=0.599949;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0078085;OID=.;OPOS=121746956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:36:40:40:0.526316:15:25:13:20:15:25:15:21 chr2 121747406 . G A 269.1 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00409194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.785;QD=29.0921;RBI=0.0350248;REFB=-0.0221396;REVB=0.0347849;RO=13;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292365;STB=0.516116;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0219889;OID=.;OPOS=121747406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:10:14:7:6:10:14:7:6 chr2 121747429 . A G 646.47 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0425;QD=61.5687;RBI=0.0281156;REFB=0;REVB=-0.000311562;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288354;OID=.;OPOS=121747429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:18:24:0:0 chr2 121749067 . G C 173.29 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0223214;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.008;QD=12.8362;RBI=0.0234073;REFB=-0.00234704;REVB=0.00704679;RO=33;SAF=16;SAR=5;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197767;STB=0.615266;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00600735;OID=.;OPOS=121749067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:5:16:20:13:5:16:20:13 chr2 121948239 . A C 43.69 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00159304;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=226.983;QD=21.8454;RBI=0.0768625;REFB=-0.0633807;REVB=0.076846;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418591;STB=0.749058;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0010334;OID=.;OPOS=121948239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:0:2:1:5:0:2 chr2 121948307 . A G 190.88 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0219087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2559;QD=30.5402;RBI=0.0817672;REFB=0.0542844;REVB=-0.0787774;RO=7;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531051;STB=0.529378;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0184216;OID=.;OPOS=121948307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:6:12:4:3:6:12:4:3 chr2 121980405 . TC T 216.09 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389181;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.8359;QD=48.0201;RBI=0.0764732;REFB=0;REVB=-0.0658295;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00788051;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:19:18:18:0:11:7:0:0:4:0:11:7:0:0 chr2 121981950 . A G 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0165283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.383;QD=13.7532;RBI=0.0271288;REFB=-0.0133936;REVB=-0.0215125;RO=23;SAF=2;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417141;STB=0.749605;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0114432;OID=.;OPOS=121981950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:13:2:10:13:13:2:10:13 chr2 121989489 . G A 363.52 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0348005;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9961;QD=17.9517;RBI=0.0365404;REFB=0.00292418;REVB=0.0111409;RO=43;SAF=22;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647633;STB=0.536213;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00221225;OID=.;OPOS=121989489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:43:43:38:38:0.469136:16:22:22:21:16:22:22:21 chr2 122096257 . C T 646.23 PASS AF=0.6;AO=55;DP=93;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00403164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.831;QD=27.2096;RBI=0.0117111;REFB=-0.0375218;REVB=0.0109952;RO=38;SAF=31;SAR=24;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282806;STB=0.521437;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0202555;OID=.;OPOS=122096257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:38:38:55:57:0.6:24:31:20:18:24:33:20:18 chr2 122098360 . G A 438.11 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0207954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.191;QD=19.0481;RBI=0.0273175;REFB=-0.00606505;REVB=-0.0177144;RO=48;SAF=26;SAR=18;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105893;STB=0.558973;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00443735;OID=.;OPOS=122098360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:18:26:23:25:18:26:23:25 chr2 122409207 . A G 116.43 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00714529;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.264;QD=9.13151;RBI=0.0146411;REFB=-0.0320771;REVB=0.0127791;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168116;STB=0.600905;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.049773;OID=.;OPOS=122409207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:7:8:14:22:7:8:14:22 chr2 122484976 . G A 302.85 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00260061;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.967;QD=22.8566;RBI=0.0129918;REFB=-0.00393028;REVB=-0.0127288;RO=20;SAF=21;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231723;STB=0.634672;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00472336;OID=.;OPOS=122484976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:22:30:31:0.584906:9:21:8:12:10:21:8:14 chr2 125192068 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.908;QD=62.9808;RBI=0.0231396;REFB=0;REVB=0.0130269;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116682;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr2 125746817 . A G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0103611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.836;QD=13.459;RBI=0.0243012;REFB=-0.0147633;REVB=0.0219817;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257591;STB=0.515041;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0224414;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:12:14:9:7:12:14 chr2 127453664 . A C 473.45 PASS AF=1;AO=16;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.134803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.6616;QD=44.0422;RBI=0.134866;REFB=-0.539059;REVB=-0.00411714;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.148662;OID=.;OPOS=127453664;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:0:0:16:43:1:4:12:0:0:31:12:0:0 chr2 127816695 . C T 75.13 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0319748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2299;QD=10.3626;RBI=0.0433127;REFB=-0.027847;REVB=0.0292164;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118978;STB=0.58604;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0521219;OID=.;OPOS=127816695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:29:29:18:19:10:10:0.344828:5:5:11:7:5:5:12:7 chr2 127821207 . G A 301.3 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0231703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.576;QD=16.7387;RBI=0.0242366;REFB=-0.00516324;REVB=0.00710969;RO=39;SAF=8;SAR=25;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219552;STB=0.624294;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0070491;OID=.;OPOS=127821207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:25:8:17:22:25:8:17:22 chr2 127826533 . A G 480.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.615;QD=58.1846;RBI=0.0176428;REFB=0;REVB=0.0161407;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32007e-05;OID=.;OPOS=127826533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:19:14:0:0 chr2 127839434 . C T 312.58 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00209345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.016;QD=12.6296;RBI=0.0317701;REFB=-0.0147231;REVB=0.0317011;RO=62;SAF=13;SAR=23;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139927;STB=0.585939;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0274119;OID=.;OPOS=127839434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:63:36:36:0.363636:23:13:30:32:23:13:31:32 chr2 128065075 . TAAAAAAG TAAAAAG,TAAAAAGA,TTAAAAAG 51.05 PASS AF=0.265306,0.0204082,0.0408163;AO=11,3,4;DP=48;FAO=13,1,2;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9,1,1;FSAR=4,0,1;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.24109,-0.225517,-0.234141;FXX=0.039208;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=9.965,14.2005,19.7984;QD=4.16732;RBI=0.272964,0.25762,0.246918;REFB=-0.11253,-0.0733415,-0.0568034;REVB=-0.128004,-0.124539,-0.0784004;RO=18;SAF=4,3,3;SAR=7,0,1;SRF=3;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0.456311,0,0;SSSB=0.244882,0.753743,0.605273;STB=0.74487,0.993025,0.655737;STBP=0.045,0.241,0.717;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0746143,-0.310961,-0.0871258;OID=.,.,.;OPOS=128065076,128065081,128065076;OREF=A,AG,A;OALT=-,GA,T;OMAPALT=TAAAAAG,TAAAAAGA,TTAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265306,0.0204082,0.0408163:11,3,4:48:13,1,2:49:33:9,1,1:4,0,1:11:22:42:18:4,3,3:7,0,1:3:15 chr2 128176040 . A T 241.63 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0118948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.633;QD=21.9664;RBI=0.0174585;REFB=0.00469156;REVB=-0.0127794;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469798;STB=0.526293;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00457899;OID=.;OPOS=128176040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:13:8:10:13:13:8 chr2 128180547 . T G 71.99 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0136558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.828;QD=8.22717;RBI=0.0527504;REFB=-0.00967531;REVB=-0.0509522;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069353;STB=0.542772;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0229524;OID=.;OPOS=128180547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:11:14:5:5:11:14 chr2 128180872 . G T 195.78 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0196666;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.478;QD=24.4732;RBI=0.123374;REFB=-0.0311582;REVB=0.121796;RO=13;SAF=15;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168011;STB=0.594606;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0263879;OID=.;OPOS=128180872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:13:19:19:0.59375:4:15:8:5:4:15:8:5 chr2 128229855 . G T 70.27 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00466962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3436;QD=6.85567;RBI=0.0150573;REFB=-0.00843981;REVB=-0.0143149;RO=31;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401771;STB=0.766775;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.018143;OID=.;OPOS=128229855;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:9:1:10:21:9:1:10:21 chr2 128321770 . G A 411.42 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00738528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.213;QD=21.0985;RBI=0.00858547;REFB=-0.00963479;REVB=0.00437812;RO=37;SAF=20;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475984;STB=0.526303;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.009847;OID=.;OPOS=128321770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:21:20:16:21:21:20:16:21 chr2 128381808 . C T 505.35 PASS AF=0.323077;AO=63;DP=195;FAO=63;FDP=195;FR=.;FRO=132;FSAF=49;FSAR=14;FSRF=68;FSRR=64;FWDB=-0.0187026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.568;QD=10.3662;RBI=0.0195819;REFB=-0.0110574;REVB=-0.00580209;RO=120;SAF=49;SAR=14;SRF=68;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282825;STB=0.699932;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0309809;OID=.;OPOS=128381808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:120:132:63:63:0.323077:14:49:68:52:14:49:68:64 chr2 128385224 . C G 167.75 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=0.00829987;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7731;QD=10.1663;RBI=0.0219332;REFB=-0.0165613;REVB=-0.0203021;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351466;STB=0.696818;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0316522;OID=.;OPOS=128385224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:45:44:22:22:0.333333:11:11:36:9:11:11:35:9 chr2 128385244 . T C 194.6 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0168387;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.087;QD=11.9753;RBI=0.0185761;REFB=-0.0152627;REVB=-0.00784398;RO=39;SAF=14;SAR=10;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216601;STB=0.61635;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0234662;OID=.;OPOS=128385244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:39:41:24:24:0.369231:10:14:30:9:10:14:31:10 chr2 128400608 . C T 285.86 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0104719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4524;QD=21.9893;RBI=0.06779;REFB=0.0122452;REVB=-0.0669763;RO=23;SAF=3;SAR=26;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306579;STB=0.67343;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00630059;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:26:3:7:16:26:3:7:16 chr2 128401091 . A G 248.46 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0175403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.401;QD=18.4045;RBI=0.0186706;REFB=-0.0227455;REVB=0.00639762;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346149;STB=0.537163;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0224764;OID=.;OPOS=128401091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:26:27:0.5:14:12:11:15:14:13:11:16 chr2 128408532 . G A 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00229845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.669;QD=22.7234;RBI=0.00248297;REFB=-0.0246048;REVB=0.000939274;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291467;STB=0.64985;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0211296;OID=.;OPOS=128408532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:7:13:4:11:7:13:5:11 chr2 128460956 . G A 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.992;QD=56.7027;RBI=0.0380096;REFB=0;REVB=0.0149711;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130051;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr2 128495645 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.225;QD=61.684;RBI=0.0176793;REFB=0;REVB=0.00669804;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60897e-05;OID=.;OPOS=128495645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr2 128757995 . A C 258.27 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=-0.0349005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.946;QD=13.9603;RBI=0.0351835;REFB=-0.0356674;REVB=-0.00445366;RO=44;SAF=4;SAR=26;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177478;STB=0.602572;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0514228;OID=.;OPOS=128757995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:26:4:10:34:26:4:10:34 chr2 128849114 . T C 266.5 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.010666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.523;QD=15.9107;RBI=0.0145826;REFB=-0.0309712;REVB=0.00994438;RO=37;SAF=9;SAR=21;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874102;STB=0.549454;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0293266;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:21:9:14:23:21:9:14:23 chr2 128870808 . T C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00805912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.659;QD=17.9401;RBI=0.00815963;REFB=-0.0221047;REVB=-0.00127677;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517297;STB=0.529381;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0261752;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:15:7:7:12:15:7 chr2 128878014 . G A 267.27 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0242608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2787;QD=23.2408;RBI=0.0244159;REFB=-0.0348702;REVB=-0.00274775;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360994;STB=0.563208;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0223046;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:17:21:25:25:0.543478:12:13:8:9:12:13:8:13 chr2 128934400 . T C 204.43 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0034853;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.085;QD=22.7149;RBI=0.00933019;REFB=-0.0110678;REVB=-0.00865478;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207543;STB=0.511616;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00513994;OID=.;OPOS=128934400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:6:10:12:8:6:10 chr2 128939817 . G A 352.81 PASS AF=0.426966;AO=37;DP=88;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00899815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7569;QD=15.8567;RBI=0.0205106;REFB=-0.0109662;REVB=0.0184315;RO=51;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274468;STB=0.521754;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0152837;OID=.;OPOS=128939817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:51:51:37:38:0.426966:22:15:22:29:23:15:22:29 chr2 129023201 . G T 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0432561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.825;QD=6.95181;RBI=0.0446122;REFB=-0.00658175;REVB=-0.0109158;RO=43;SAF=5;SAR=11;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344473;STB=0.714306;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0100832;OID=.;OPOS=129023201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:46:16:16:0.258065:11:5:26:17:11:5:28:18 chr2 129023282 . G C 516.69 PASS AF=0.78;AO=28;DP=50;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0512745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4075;QD=41.3355;RBI=0.080195;REFB=-0.00764268;REVB=0.0616616;RO=8;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176346;STB=0.577942;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00779639;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:8:11:28:39:0.78:17:11:0:8:18:21:2:9 chr2 129075961 . T C 87.46 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.83;QD=34.9822;RBI=0.0254952;REFB=-0.10268;REVB=0.0113704;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186629;OID=.;OPOS=129075961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:10:0:0:7:10:1:6:1:0:0:7:3:0:0 chr2 130738163 . G A 145.52 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0174284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.45;QD=16.1685;RBI=0.0182372;REFB=0.00122518;REVB=-0.00537073;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369908;STB=0.52125;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00222667;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:8:12:9:7:8:12 chr2 130739444 . TGAAGACG T 62.54 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0218498;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=7;MLLD=239.062;QD=11.3713;RBI=0.0235734;REFB=-0.00785309;REVB=0.00884838;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458547;STB=0.705442;STBP=0.138;TYPE=del;VARB=0.00826173;OID=.;OPOS=130739445;OREF=GAAGACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:8:20:9:22:13:6:3:4:9:62:9:6:2:2:7 chr2 130739891 . T A 274.1 PASS AF=0.54902;AO=25;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0330378;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.641;QD=21.498;RBI=0.0379346;REFB=-0.0149892;REVB=-0.0186425;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924322;STB=0.548985;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.013928;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:23:25:28:0.54902:13:12:9:15:14:14:9:14 chr2 130832531 . A G 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0176448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.449;QD=9.18877;RBI=0.040117;REFB=-0.00113;REVB=-0.0360282;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136125;STB=0.583179;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00132555;OID=.;OPOS=130832531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:4:7:13:12:4:7:13:12 chr2 130866805 . C G 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0169158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.662;QD=5.37234;RBI=0.0234493;REFB=-0.0131645;REVB=-0.0162396;RO=30;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242176;STB=0.661333;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0492167;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:2:6:17:13:2:6:17:13 chr2 130897234 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.12714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.435;QD=16.8984;RBI=0.127186;REFB=-0.0199647;REVB=-0.00343359;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323222;STB=0.683891;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0285747;OID=.;OPOS=130897234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:1:8:5:5:1:8 chr2 130900188 . A G 117.4 PASS AF=0.5;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.000200845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.92;QD=16.7718;RBI=0.00330544;REFB=-0.00342867;REVB=-0.00329933;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230746;STB=0.612755;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0037635;OID=.;OPOS=130900188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:13:14:0.5:7:6:3:11:8:6:3:11 chr2 130902067 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.00196042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.134;QD=13.4859;RBI=0.0141289;REFB=0.0020279;REVB=-0.0139922;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425802;STB=0.738775;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0024274;OID=.;OPOS=130902067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:0:11:6:3:0:11 chr2 130925088 . C T 346.05 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00905589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.702;QD=14.4188;RBI=0.0483273;REFB=-0.000226126;REVB=-0.0474713;RO=58;SAF=18;SAR=20;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871496;STB=0.504948;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.000194797;OID=.;OPOS=130925088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:20:18:27:31:20:18:27:31 chr2 130939348 . G A 43.77 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.029026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.746;QD=7.29439;RBI=0.0316872;REFB=-0.0178852;REVB=-0.0127111;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156386;STB=0.5997;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0450883;OID=.;OPOS=130939348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:10:7:2:5:10:7 chr2 130949491 . G A 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00302372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4649;QD=6.02732;RBI=0.0410412;REFB=-0.0111426;REVB=-0.0409297;RO=31;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870877;STB=0.505606;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.024142;OID=.;OPOS=130949491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:5:4:14:17:5:4:14:17 chr2 130951548 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.409;QD=57.1774;RBI=0.0356528;REFB=0;REVB=0.0351273;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130145;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr2 130951566 . G A 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.681;QD=64.4098;RBI=0.0493956;REFB=0;REVB=0.0438783;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116764;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr2 130951581 . A G 39.77 PASS AF=0.145833;AO=6;DP=46;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0069153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.646;QD=3.31457;RBI=0.0083191;REFB=-0.019445;REVB=-0.00462451;RO=40;SAF=4;SAR=2;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217121;STB=0.577998;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0848145;OID=.;OPOS=130951581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:46:48:40:41:6:7:0.145833:2:4:26:14:2:5:26:15 chr2 130951584 . T C 32.16 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0180554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.403;QD=2.62543;RBI=0.0274315;REFB=-0.000346463;REVB=-0.0206517;RO=42;SAF=5;SAR=1;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273452;STB=0.725638;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00400938;OID=.;OPOS=130951584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:42:43:6:6:0.122449:1:5:27:15:1:5:27:16 chr2 130951754 . G T 237.52 PASS AF=0.3;AO=30;DP=100;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=0.00512184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7526;QD=9.50063;RBI=0.0687111;REFB=-0.013376;REVB=0.0685199;RO=68;SAF=12;SAR=18;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966632;STB=0.553157;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0353862;OID=.;OPOS=130951754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:68:70:30:30:0.3:18:12:22:46:18:12:23:47 chr2 130951949 . G A 93.38 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00707482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.828;QD=9.82958;RBI=0.0205785;REFB=-0.0167563;REVB=0.0193242;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263709;STB=0.657869;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0373032;OID=.;OPOS=130951949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:9:17:5:7:9:17 chr2 131031142 . T G 288.62 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.000184281;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6683;QD=24.563;RBI=0.0288376;REFB=-0.0150284;REVB=0.028837;RO=21;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348814;STB=0.519378;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0228887;OID=.;OPOS=131031142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:21:21:26:26:0.553191:11:15:13:8:11:15:13:8 chr2 131033040 . C T 638.97 PASS AF=0.44586;AO=70;DP=157;FAO=70;FDP=157;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.00762772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.712;QD=16.2795;RBI=0.0150441;REFB=-0.000903197;REVB=-0.012967;RO=84;SAF=37;SAR=33;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514028;STB=0.519033;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00130376;OID=.;OPOS=131033040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:84:87:70:70:0.44586:33:37:40:44:33:37:43:44 chr2 131036000 . C T 321.07 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0270628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.339;QD=13.8096;RBI=0.0330593;REFB=-0.0101402;REVB=-0.0189874;RO=57;SAF=11;SAR=25;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193664;STB=0.610868;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0152415;OID=.;OPOS=131036000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:25:11:27:30:25:11:27:30 chr2 131037784 . T C 263.57 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0340532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.931;QD=10.4385;RBI=0.0422793;REFB=-0.00690089;REVB=0.0250584;RO=68;SAF=8;SAR=25;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2608;STB=0.65327;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.012234;OID=.;OPOS=131037784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:68:68:33:33:0.326733:25:8:30:38:25:8:30:38 chr2 131037817 . A C 143.38 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0179532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1412;QD=8.434;RBI=0.024089;REFB=-0.0233099;REVB=0.0160612;RO=47;SAF=1;SAR=19;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563749;STB=0.86314;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0551194;OID=.;OPOS=131037817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:48:20:20:0.294118:19:1:15:32:19:1:16:32 chr2 131258139 . G A 156.78 PASS AF=0.190141;AO=27;DP=143;FAO=27;FDP=142;FR=.;FRO=115;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=-0.0564654;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9473;QD=4.41636;RBI=0.0905673;REFB=-0.00407124;REVB=-0.0708103;RO=110;SAF=17;SAR=10;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12183;STB=0.561405;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0142085;OID=.;OPOS=131258139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:110:115:27:27:0.190141:10:17:59:51:10:17:64:51 chr2 131266526 . T C 64.54 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0535334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.286;QD=12.2931;RBI=0.0570616;REFB=-0.0110707;REVB=-0.0197536;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132829;STB=0.551606;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0132483;OID=.;OPOS=131266526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:20:21:11:12:8:9:0.428571:6:2:4:7:6:3:5:7 chr2 131266530 . C A 272.08 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.393;QD=51.8253;RBI=0.0407059;REFB=0;REVB=0.00542202;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243754;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr2 131414158 . C A 161.03 PASS AF=0.328358;AO=21;DP=66;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0184053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.002;QD=9.61347;RBI=0.021863;REFB=-0.0198517;REVB=-0.0117999;RO=45;SAF=10;SAR=11;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168157;STB=0.582017;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0382359;OID=.;OPOS=131414158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:45:45:21:22:0.328358:11:10:28:17:11:11:28:17 chr2 131414176 . C T 145.08 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0144134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.203;QD=8.79273;RBI=0.0907519;REFB=-0.0144634;REVB=-0.0896;RO=45;SAF=14;SAR=6;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206995;STB=0.63212;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0319361;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:46:20:20:0.30303:6:14:24:21:6:14:24:22 chr2 131487673 . A C 664.87 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00612097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.986;QD=59.0995;RBI=0.0353723;REFB=0.0613856;REVB=-0.0348387;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.514279;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00195057;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:0:1:43:44:0.977778:17:26:0:0:17:27:0:1 chr2 131520178 . C G 296.23 PASS AF=0.373626;AO=32;DP=90;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=43;FWDB=0.00897422;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.918;QD=13.0212;RBI=0.0253727;REFB=-0.0131216;REVB=0.0237326;RO=55;SAF=8;SAR=24;SRF=13;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202738;STB=0.508892;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.019452;OID=.;OPOS=131520178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:55:57:32:34:0.373626:24:8:13:42:26:8:14:43 chr2 131520663 . T C 755.79 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122626;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.87;QD=57.0408;RBI=0.0136864;REFB=0;REVB=-0.00607833;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33489e-05;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:51:53:1:28:23:0:0:30:23:0:0 chr2 131672950 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.583;QD=46.848;RBI=0.096312;REFB=0;REVB=0.0316405;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466736;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr2 131673316 . C T 89.08 PASS AF=0.909091;AO=6;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00380528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.893;QD=32.3914;RBI=0.0237083;REFB=0.107376;REVB=0.023401;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0017298;OID=.;OPOS=131673316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:6:10:0.909091:3:3:0:0:5:5:0:1 chr2 131674285 . A G 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.869;QD=58.2357;RBI=0.0493411;REFB=0;REVB=0.0356952;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217674;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr2 131976272 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.599;QD=37.4885;RBI=0.0431313;REFB=0;REVB=0.0415125;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310469;OID=.;OPOS=131976272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:4:2:0:0:6:2:0:0 chr2 132129774 . C T 30.14 PASS AF=0.0735294;AO=10;DP=136;FAO=10;FDP=136;FR=.;FRO=126;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=-0.0466683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.598;QD=0.886406;RBI=0.0591361;REFB=0.00117587;REVB=-0.03632;RO=126;SAF=4;SAR=6;SRF=61;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922626;STB=0.578477;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0282776;OID=.;OPOS=132129774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:136:136:126:126:10:10:0.0735294:6:4:61:65:6:4:61:65 chr2 132129810 . A C 59.29 PASS AF=0.107914;AO=15;DP=139;FAO=15;FDP=139;FR=.;FRO=124;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=0.00493456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.424;QD=1.70606;RBI=0.0237395;REFB=-0.00267133;REVB=-0.023221;RO=124;SAF=6;SAR=9;SRF=52;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241572;STB=0.517833;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0236164;OID=.;OPOS=132129810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:139:139:124:124:15:15:0.107914:9:6:52:72:9:6:52:72 chr2 132129841 . C A 115.55 PASS AF=0.181034;AO=21;DP=116;FAO=21;FDP=116;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.00890107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9859;QD=3.9844;RBI=0.0114789;REFB=-0.0106174;REVB=-0.00724821;RO=92;SAF=6;SAR=15;SRF=34;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120402;STB=0.595472;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0393805;OID=.;OPOS=132129841;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:92:95:21:21:0.181034:15:6:34:58:15:6:37:58 chr2 132129844 . G A 102.05 PASS AF=0.168142;AO=19;DP=115;FAO=19;FDP=113;FR=.;FRO=94;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=-0.0281057;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.74;QD=3.61244;RBI=0.0307294;REFB=-0.00692371;REVB=0.0124245;RO=84;SAF=5;SAR=14;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199599;STB=0.614433;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0397905;OID=.;OPOS=132129844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:84:94:19:19:0.168142:14:5:34:50:14:5:36:58 chr2 132137239 . C T 1286.82 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553629;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.82;QD=62.0156;RBI=0.0214114;REFB=0;REVB=0.0206833;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27768e-06;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr2 132140090 . A C 1393.29 PASS AF=0.951456;AO=98;DP=104;FAO=98;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0181027;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1567;QD=54.1082;RBI=0.130789;REFB=-0.129227;REVB=0.12953;RO=4;SAF=65;SAR=33;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540886;STB=0.51417;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00680576;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:104:103:4:5:98:98:0.951456:33:65:0:4:33:65:2:3 chr2 132140200 . C A 2130.43 PASS AF=0.965278;AO=139;DP=144;FAO=139;FDP=144;FR=.;FRO=5;FSAF=53;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00208886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.121;QD=59.1786;RBI=0.00490576;REFB=0.0118249;REVB=0.00443882;RO=5;SAF=53;SAR=86;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127133;STB=0.506691;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-6.77457e-05;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:144:144:5:5:139:139:0.965278:86:53:1:4:86:53:1:4 chr2 132141767 . A G 573.24 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00236471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.177;QD=55.9259;RBI=0.0418824;REFB=-0.0959434;REVB=0.0418156;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500625;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00137658;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:0:2:38:39:0.95122:19:19:0:0:19:20:1:1 chr2 132200256 . T C 236.92 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.444;QD=49.8785;RBI=0.0255613;REFB=0;REVB=0.0209797;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171808;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chr2 132200307 . G A 350.64 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.585;QD=53.9446;RBI=0.0884069;REFB=0;REVB=0.0853243;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507064;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:13:13:0:0 chr2 132200345 . C T 656.84 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0643135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.952;QD=59.7129;RBI=0.0677804;REFB=-0.00595734;REVB=0.0213999;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218287;STB=0.511106;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00027703;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:21:21:1:0:21:22:1:0 chr2 132200529 . A G 559.55 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108586;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6725;QD=58.9001;RBI=0.117374;REFB=0;REVB=-0.0445618;RO=1;SAF=12;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00370889;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:1:0:35:38:1:23:12:1:0:24:14:0:0 chr2 132201288 . A G 318.9 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.07;QD=53.1502;RBI=0.0868291;REFB=0;REVB=0.0868187;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678976;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:23:24:1:11:12:0:1:12:12:0:0 chr2 132201468 . G A 1235.1 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000875087;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.139;QD=60.2489;RBI=0.00370826;REFB=-0.103788;REVB=0.00360353;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00185323;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:0:1:80:81:0.987805:34:46:0:0:34:47:1:0 chr2 132201582 . A G 937.17 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.517;QD=58.573;RBI=0.0379642;REFB=0;REVB=-0.0267196;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22399e-06;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:23:39:0:0:24:40:0:0 chr2 132201663 . T C 901.99 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.325;QD=58.1928;RBI=0.0328804;REFB=0;REVB=0.0221594;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167324;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:28:32:0:0:29:33:0:0 chr2 132201718 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.045;QD=59.8377;RBI=0.0194002;REFB=0;REVB=0.0110877;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75451e-05;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr2 132201736 . C G 387.68 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0337342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7714;QD=50.0231;RBI=0.0487338;REFB=-0.0537518;REVB=0.0351708;RO=2;SAF=12;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714284;STB=0.538435;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00851911;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:2:2:28:29:0.935484:16:12:2:0:17:12:2:0 chr2 132201862 . C G 1319.72 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.77;QD=62.1043;RBI=0.0350832;REFB=0;REVB=-0.00813523;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60002e-05;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr2 132201889 . C A 1115.08 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407061;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8557;QD=60.2748;RBI=0.0407402;REFB=0;REVB=-0.00166695;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411225;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:72:74:1:35:37:0:0:35:39:0:0 chr2 132201930 . T C 742.01 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283722;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0061;QD=57.0774;RBI=0.0305863;REFB=0;REVB=0.0114253;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367687;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr2 132229720 . T C 225.17 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00984699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.479;QD=45.0336;RBI=0.0231791;REFB=-0.149572;REVB=0.0209835;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833329;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00431834;OID=.;OPOS=132229720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:20:20:2:1:18:19:0.95:10:8:0:2:11:8:0:1 chr2 132237982 . CA C,CG 134.9 PASS AF=0.214286,0.714286;AO=3,10;DP=14;FAO=3,10;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3;FSAR=3,7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020015,0.0324569;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.676,167.535;QD=38.5424;RBI=0.0429697,0.0439081;REFB=-0.0612751,-0.0147974;REVB=0.0380236,0.0295714;RO=1;SAF=0,3;SAR=3,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.126911;STB=0.994936,0.57128;STBP=0.121,0.275;TYPE=del,snp;VARB=0.00864656,0.00220585;OID=.,.;OPOS=132237983,132237983;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.214286,0.714286:3,10:14:3,10:14:1:0,3:3,7:1:0:12:1:0,3:3,7:1:0 chr2 132248379 . T G 972.8 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9644;QD=58.9578;RBI=0.0331196;REFB=0;REVB=-0.0250515;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61754e-05;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:45:21:0:0:45:21:0:0 chr2 132248584 . T C 331.98 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0847473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8282;QD=53.1164;RBI=0.095555;REFB=0;REVB=-0.0441434;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00640095;OID=.;OPOS=132248584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:19:25:1:14:5:0:0:18:7:0:0 chr2 132266142 . G C,T 1525.79 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=89,8;DP=97;FAO=91,7;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47,1;FSAR=44,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151294,-0.054071;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.58,72.3091;QD=62.277;RBI=0.00688499,0.054461;REFB=0,0;REVB=0.00671671,-0.00650612;RO=0;SAF=47,1;SAR=42,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.28712e-08,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00288841,0.0286967;OID=.,.;OPOS=132266142,132266142;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:97:98:0:0:89,8:91,7:0.928571,0.0714286:42,7:47,1:0:0:44,6:47,1:0:0 chr2 132274474 . G A 1604.05 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044247;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.094;QD=59.4092;RBI=0.0528262;REFB=-0.05826;REVB=0.0288583;RO=1;SAF=57;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082545;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459689;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:110:108:1:0:107:108:1:50:57:1:0:50:58:0:0 chr2 132275343 . G T 1126.48 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0120257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4877;QD=56.3238;RBI=0.0144459;REFB=-0.044092;REVB=0.00800411;RO=3;SAF=50;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497238;STB=0.526309;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0131115;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:77:77:0.9625:27:50:0:3:27:50:0:3 chr2 132275396 . T C 1415.39 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.418;QD=62.9062;RBI=0.0260265;REFB=0;REVB=0.0242976;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40308e-05;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr2 132277686 . C T 334.82 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9018;QD=51.5111;RBI=0.104124;REFB=-0.0950189;REVB=0.0726889;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160165;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:1:0:25:26:1:12:13:1:0:12:14:0:0 chr2 132277962 . T C 556.91 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.147379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9857;QD=60.2063;RBI=0.147469;REFB=0;REVB=0.00514898;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00241372;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr2 132277984 . G A 410.93 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.661;QD=56.6794;RBI=0.0942638;REFB=0;REVB=0.0254922;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407062;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:18:8:0:0:19:10:0:0 chr2 132286046 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0675938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.246;QD=30.7903;RBI=0.129789;REFB=-0.0551933;REVB=0.110799;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0112002;OID=.;OPOS=132286046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:1:7:1:0:1:7:1:0 chr2 132286061 . A G 88.15 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8933;QD=39.1767;RBI=0.0742512;REFB=0;REVB=0.0598933;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.007822;OID=.;OPOS=132286061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr2 132287109 . TGGGGGGGC TGGGGGGCG 88.89 PASS AF=0.288462;AO=10;DP=54;FAO=15;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=30;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0336669;FXX=0.0188644;HRUN=7;LEN=2;MLLD=52.522;QD=6.83747;RBI=0.0452284;REFB=-0.0132481;REVB=-0.0302017;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.653776;STB=0.92393;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.117143;OID=.;OPOS=132287116;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288462:10:54:15:52:30:1:14:20:10:55:22:1:9:15:7 chr2 132287824 . C T 805.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.69;QD=64.4681;RBI=0.0525921;REFB=0;REVB=0.0381638;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162464;OID=.;OPOS=132287824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr2 132905758 . C T 48.22 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00671436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.108;QD=11.346;RBI=0.0119287;REFB=-0.010109;REVB=0.00985953;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371799;STB=0.713564;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0180358;OID=.;OPOS=132905758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:9:10:7:7:0.411765:6:1:4:5:6:1:4:6 chr2 132909843 . T C 1910.35 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.041;QD=60.1684;RBI=0.0247801;REFB=-0.0330937;REVB=0.00741506;RO=2;SAF=68;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137683;STB=0.503597;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00036476;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:2:1:125:126:0.992126:57:68:2:0:57:69:1:0 chr2 133010727 . T C 31.89 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00242051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0792;QD=2.55102;RBI=0.0815163;REFB=-0.00594743;REVB=-0.0814803;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170968;STB=0.629695;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0502117;OID=.;OPOS=133010727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:50:44:44:6:6:0.12:2:4:23:21:2:4:23:21 chr2 133010783 . A T 33.05 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00252079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.898;QD=2.03394;RBI=0.0423221;REFB=-0.00254692;REVB=-0.0422469;RO=56;SAF=4;SAR=3;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211428;STB=0.533238;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0290594;OID=.;OPOS=133010783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:56:58:7:7:0.107692:3:4:31:25:3:4:31:27 chr2 133010796 . C T 32.46 PASS AF=0.104478;AO=6;DP=66;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0204528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8752;QD=1.93762;RBI=0.0272735;REFB=-0.00891926;REVB=0.0180424;RO=59;SAF=3;SAR=3;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474039;STB=0.534384;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0825179;OID=.;OPOS=133010796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:67:59:60:6:7:0.104478:3:3:32:27:3:4:32:28 chr2 133011929 . C T 50.58 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0614487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9528;QD=5.18819;RBI=0.0636998;REFB=-0.0223516;REVB=0.0167846;RO=31;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170787;STB=0.61262;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0833905;OID=.;OPOS=133011929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:3:5:15:16:3:5:15:16 chr2 133011933 . G A 50.53 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0125094;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8139;QD=4.59408;RBI=0.0234916;REFB=-0.00586567;REVB=-0.0198839;RO=35;SAF=6;SAR=2;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269134;STB=0.694609;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0147608;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:44:44:35:36:8:8:0.181818:2:6:19:16:2:6:19:17 chr2 133011947 . C G 62.46 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00496863;FXX=0.0850883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1545;QD=5.81046;RBI=0.05508;REFB=0.00471574;REVB=0.0548554;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511624;STB=0.520787;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0565171;OID=.;OPOS=133011947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:43:43:11:34:9:9:0.209302:4:5:0:11:4:5:18:16 chr2 133011953 . T C 112.53 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0563006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0966;QD=9.1861;RBI=0.0980345;REFB=-0.00473352;REVB=-0.0802559;RO=34;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382242;STB=0.722228;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00582752;OID=.;OPOS=133011953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:34:35:14:14:0.285714:4:10:13:21:4:10:14:21 chr2 133011994 . T C 75.79 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.012005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.691;QD=5.22713;RBI=0.0365243;REFB=-0.00827572;REVB=-0.034495;RO=45;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345737;STB=0.724923;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0490628;OID=.;OPOS=133011994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:45:46:12:12:0.206897:4:8:17:28:4:8:17:29 chr2 133012005 . C T 46.45 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0550976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.862;QD=3.44044;RBI=0.0551069;REFB=-0.0127876;REVB=-0.0010114;RO=46;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217768;STB=0.655833;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0498109;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:6:2:19:27:6:2:19:27 chr2 133012007 . T C 97.53 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0520485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.421;QD=7.64934;RBI=0.0527818;REFB=-0.00869913;REVB=-0.00876766;RO=38;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147758;STB=0.590636;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0301204;OID=.;OPOS=133012007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:51:51:38:38:13:13:0.254902:7:6:13:25:7:6:13:25 chr2 133012012 . C A 132.7 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00355386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.636;QD=10.0152;RBI=0.0388489;REFB=-0.0117546;REVB=0.038686;RO=35;SAF=4;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252604;STB=0.644724;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0167945;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:36:17:17:0.320755:13:4:15:20:13:4:15:21 chr2 133012019 . A C 31.59 PASS AF=0.117647;AO=7;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0890162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.525;QD=2.47735;RBI=0.0972842;REFB=-0.00313818;REVB=-0.0392469;RO=44;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110842;STB=0.646612;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0497425;OID=.;OPOS=133012019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:44:45:7:6:0.117647:4:3:15:29:3:3:15:30 chr2 133012022 . G A 32.34 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0327889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.178;QD=2.63995;RBI=0.0522943;REFB=-0.00634465;REVB=-0.040738;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492908;STB=0.537187;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0503692;OID=.;OPOS=133012022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:4:2:16:27:4:2:16:27 chr2 133012032 . A G 33.62 PASS AF=0.130435;AO=11;DP=47;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0145745;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.776;QD=2.92342;RBI=0.0146946;REFB=0.00426906;REVB=0.00187433;RO=30;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106303;STB=0.63003;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0259652;OID=.;OPOS=133012032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:47:46:30:40:11:6:0.130435:6:5:11:19:3:3:14:26 chr2 133012034 . C G 184.25 PASS AF=0.317073;AO=16;DP=46;FAO=13;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0218867;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.429;QD=17.9757;RBI=0.0914318;REFB=-0.0390819;REVB=0.0887735;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268942;STB=0.689341;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.119996;OID=.;OPOS=133012034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:41:20:17:16:13:0.317073:12:4:10:10:10:3:9:8 chr2 133012061 . C T 32.37 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0119482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.581;QD=2.64275;RBI=0.0159363;REFB=-5.55958e-05;REVB=-0.0105454;RO=41;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283425;STB=0.725638;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000250685;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:41:43:6:6:0.122449:5:1:15:26:5:1:16:27 chr2 133012078 . C T 31.44 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0133633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9864;QD=2.41861;RBI=0.0541248;REFB=-0.00989793;REVB=-0.0524492;RO=45;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291427;STB=0.724951;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.121161;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:45:46:6:6:0.115385:5:1:17:28:5:1:17:29 chr2 133012079 . G A 124.07 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0152924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.713;QD=9.9258;RBI=0.0158245;REFB=-0.00476808;REVB=0.00406902;RO=35;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123794;STB=0.507453;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0380098;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:10:5:12:23:10:5:12:23 chr2 133012080 . A AC 113.24 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0889716;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.5787;QD=9.63713;RBI=0.145571;REFB=0.0473331;REVB=0.115217;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882419;STB=0.527889;STBP=0.776;TYPE=ins;VARB=-0.0566845;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404255:19:50:19:47:28:6:13:10:18:99:28:6:13:11:17 chr2 133012099 . G A 122.18 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.01273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.369;QD=9.22112;RBI=0.0291964;REFB=-0.00432334;REVB=-0.026275;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181195;STB=0.608259;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00963196;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:7:9:15:22:7:9:15:22 chr2 133012111 . T C 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0374933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.168;QD=2.64348;RBI=0.0390575;REFB=-0.00315427;REVB=-0.0109428;RO=40;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113186;STB=0.61931;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0324584;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:40:43:6:6:0.122449:4:2:17:23:4:2:20:23 chr2 133012126 . A C 42.41 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00214125;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.054;QD=4.13791;RBI=0.0210132;REFB=-0.00168516;REVB=-0.0209038;RO=34;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190363;STB=0.629777;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00630934;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:41:41:34:34:7:7:0.170732:3:4:14:20:3:4:14:20 chr2 133012130 . C T 33.18 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.011941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.809;QD=3.16015;RBI=0.0350705;REFB=-0.00390144;REVB=-0.0329751;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169113;STB=0.52373;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0359063;OID=.;OPOS=133012130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:42:35:36:6:6:0.142857:3:3:17:18:3:3:17:19 chr2 133012147 . A G 50.44 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0200334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.28;QD=4.92092;RBI=0.0200368;REFB=-0.000448209;REVB=-0.000369915;RO=32;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259676;STB=0.658296;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00267813;OID=.;OPOS=133012147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:32:33:8:8:0.195122:3:5:13:19:3:5:14:19 chr2 133012172 . T C 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0140336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.902;QD=5.5755;RBI=0.014133;REFB=-0.00224953;REVB=-0.0016729;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588231;STB=0.555396;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00631321;OID=.;OPOS=133012172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:23:24:7:7:0.225806:3:4:12:11:3:4:12:12 chr2 133012182 . C T 34.73 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0247604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.085;QD=4.6307;RBI=0.0318334;REFB=-0.0228255;REVB=-0.0200071;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04918;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0527822;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:13:11:3:3:13:11 chr2 133012267 . T C 843.9 PASS AF=0.741935;AO=60;DP=84;FAO=69;FDP=93;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0443415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.604;QD=36.297;RBI=0.051114;REFB=-0.0285261;REVB=0.0254257;RO=23;SAF=22;SAR=38;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607218;STB=0.537638;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00952144;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:93:23:24:60:69:0.741935:38:22:11:12:44:25:12:12 chr2 133012274 . T C 881.64 PASS AF=0.734043;AO=69;DP=96;FAO=69;FDP=94;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00663876;FXX=0.0208312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.245;QD=37.5166;RBI=0.0184067;REFB=-0.00662988;REVB=0.0171678;RO=25;SAF=25;SAR=44;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102618;STB=0.555144;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00327769;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:25:25:69:69:0.734043:44:25:14:11:44:25:14:11 chr2 133012309 . A G 818.07 PASS AF=0.736264;AO=64;DP=90;FAO=67;FDP=91;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0140637;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.196;QD=35.9593;RBI=0.0162996;REFB=-0.0265812;REVB=-0.0082395;RO=23;SAF=22;SAR=42;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137562;STB=0.557505;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0154061;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:23:24:64:67:0.736264:42:22:14:9:42:25:14:10 chr2 133012350 . T C 72.98 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0184541;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.139;QD=8.34067;RBI=0.0188693;REFB=-0.0112445;REVB=-0.00393664;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328209;STB=0.529352;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0455367;OID=.;OPOS=133012350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:35:24:25:9:10:0.285714:5:4:10:14:6:4:11:14 chr2 133012362 . CA CG,GG 58.53 PASS AF=0.193548,0.0967742;AO=6,3;DP=31;FAO=6,3;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4,2;FSAR=2,1;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00669821,-0.00525281;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=153.644,176.847;QD=7.55211;RBI=0.0249869,0.00731864;REFB=0.000932808,0.00168908;REVB=-0.0240724,-0.00509613;RO=21;SAF=4,2;SAR=2,1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.171939,0.157464;STB=0.633691,0.64765;STBP=0.487,0.673;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00179263,-0.00593036;OID=.,.;OPOS=133012363,133012362;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:31:31:21:22:6,3:6,3:0.193548,0.0967742:2,1:4,2:11:10:2,1:4,2:11:11 chr2 133012369 . A G 65.16 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0310284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7467;QD=6.35683;RBI=0.0319056;REFB=-0.0192541;REVB=-0.00743001;RO=31;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101508;STB=0.564227;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0415293;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:41:41:31:31:10:10:0.243902:4:6:16:15:4:6:16:15 chr2 133012401 . G A 52.33 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00823886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.909;QD=3.67199;RBI=0.0253934;REFB=-0.000562914;REVB=-0.0240197;RO=47;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106761;STB=0.581216;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0068695;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:47:48:9:9:0.157895:4:5:22:25:4:5:22:26 chr2 133012414 . G A 125.06 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0167945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.558;QD=7.69594;RBI=0.0207157;REFB=-0.0123236;REVB=-0.0121278;RO=47;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285132;STB=0.517222;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0383589;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:10:8:22:25:10:8:22:25 chr2 133012426 . A G 49.3 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0233313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.633;QD=2.66486;RBI=0.0456773;REFB=0.000905146;REVB=0.0392692;RO=63;SAF=4;SAR=6;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941471;STB=0.560318;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00194724;OID=.;OPOS=133012426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:63:64:10:10:0.135135:6:4:30:33:6:4:30:34 chr2 133012432 . G C 54.66 PASS AF=0.139241;AO=11;DP=80;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0342822;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.227;QD=2.76748;RBI=0.0388888;REFB=0.00172509;REVB=-0.0183596;RO=67;SAF=5;SAR=6;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00843195;STB=0.501158;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0182361;OID=.;OPOS=133012432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:80:79:67:68:11:11:0.139241:6:5:30:37:6:5:31:37 chr2 133012439 . A AGAAC 109.07 PASS AF=0.209302;AO=17;DP=89;FAO=18;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00564728;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=4;MLLD=225.691;QD=5.07284;RBI=0.0137608;REFB=-0.00251774;REVB=-0.0125486;RO=69;SAF=11;SAR=6;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230219;STB=0.666481;STBP=0.111;TYPE=ins;VARB=0.00870096;OID=.;OPOS=133012440;OREF=-;OALT=GAAC;OMAPALT=AGAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209302:17:89:18:86:68:12:6:31:37:99:69:11:6:32:37 chr2 133012457 . C T 41.17 PASS AF=0.0688259;AO=17;DP=247;FAO=17;FDP=247;FR=.;FRO=230;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=84;FSRR=146;FWDB=0.0123058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.836;QD=0.666767;RBI=0.0242852;REFB=-0.0018195;REVB=-0.0209366;RO=225;SAF=7;SAR=10;SRF=82;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549948;STB=0.545402;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0252319;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:247:247:225:230:17:17:0.0688259:10:7:82:143:10:7:84:146 chr2 133012458 . GT AC 2171.36 PASS AF=0.714876;AO=173;DP=246;FAO=173;FDP=242;FR=.;FRO=69;FSAF=60;FSAR=113;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0153924;FXX=0.0202421;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.982;QD=35.8902;RBI=0.0332194;REFB=-0.0286338;REVB=0.0294381;RO=69;SAF=60;SAR=113;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426407;STB=0.522792;STBP=0.29;TYPE=mnp;VARB=0.0088596;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:242:69:69:173:173:0.714876:113:60:29:40:113:60:29:40 chr2 133012465 . C T 30.04 PASS AF=0.0550162;AO=17;DP=309;FAO=17;FDP=309;FR=.;FRO=292;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=107;FSRR=185;FWDB=0.0165267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.204;QD=0.388931;RBI=0.0305327;REFB=-0.000515971;REVB=-0.0256732;RO=292;SAF=8;SAR=9;SRF=107;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109214;STB=0.599811;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0254874;OID=.;OPOS=133012465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:309:309:292:292:17:17:0.0550162:9:8:107:185:9:8:107:185 chr2 133012504 . A G 3630.08 PASS AF=0.802941;AO=268;DP=335;FAO=273;FDP=340;FR=.;FRO=67;FSAF=108;FSAR=165;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00166306;FXX=0.00584778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.521;QD=42.7069;RBI=0.00849666;REFB=-0.00646031;REVB=-0.00833231;RO=67;SAF=107;SAR=161;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0073269;STB=0.504587;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0012078;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:340:67:67:268:273:0.802941:161:107:28:39:165:108:28:39 chr2 133012508 . TG CA,CG 3979.85 PASS AF=0.0656716,0.808955;AO=20,260;DP=331;FAO=22,271;FDP=335;FR=.;FRO=42;FSAF=10,110;FSAR=12,161;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00277038,0.00278697;FXX=0.026162;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=89.4012,120.565;QD=47.5206;RBI=0.00677741,0.0559305;REFB=-0.00661116,-0.0211924;REVB=0.00618532,0.055861;RO=41;SAF=10,108;SAR=10,152;SRF=17;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.097546,0.000199374;STB=0.533111,0.500159;STBP=0.714,0.991;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0141999,0.00456747;OID=.,.;OPOS=133012508,133012508;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:331:335:41:42:20,260:22,271:0.0656716,0.808955:10,152:10,108:17:24:12,161:10,110:17:25 chr2 133012516 . T G 3543.57 PASS AF=0.798851;AO=256;DP=324;FAO=278;FDP=348;FR=.;FRO=70;FSAF=115;FSAR=163;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.028621;FXX=0.00286525;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7984;QD=40.7306;RBI=0.0306418;REFB=-0.0214394;REVB=0.0109435;RO=67;SAF=113;SAR=143;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00251963;STB=0.506038;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00598311;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:348:67:70:256:278:0.798851:143:113:30:37:163:115:31:39 chr2 133012523 . A G 3974.61 PASS AF=0.832853;AO=288;DP=348;FAO=289;FDP=347;FR=.;FRO=58;FSAF=121;FSAR=168;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0224202;FXX=0.00573049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.595;QD=45.8169;RBI=0.0294341;REFB=-0.0227619;REVB=0.019071;RO=58;SAF=120;SAR=168;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102881;STB=0.505072;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0029712;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:347:58:58:288:289:0.832853:168:120:26:32:168:121:26:32 chr2 133012541 . C A 31.05 PASS AF=0.054878;AO=18;DP=328;FAO=18;FDP=328;FR=.;FRO=310;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=134;FSRR=176;FWDB=-0.00953669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1518;QD=0.378598;RBI=0.0108585;REFB=0.00321735;REVB=0.00519216;RO=308;SAF=8;SAR=10;SRF=134;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00963135;STB=0.511679;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.0171005;OID=.;OPOS=133012541;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:328:328:308:310:18:18:0.054878:10:8:134:174:10:8:134:176 chr2 133012542 . T C 4067.24 PASS AF=0.881098;AO=282;DP=326;FAO=289;FDP=328;FR=.;FRO=39;FSAF=124;FSAR=165;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00155265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.428;QD=49.6004;RBI=0.0123208;REFB=-0.000123766;REVB=-0.0122225;RO=39;SAF=122;SAR=160;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00677816;STB=0.503936;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=1.32721e-05;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:328:39:39:282:289:0.881098:160:122:18:21:165:124:18:21 chr2 133012571 . T C 3868.1 PASS AF=0.890323;AO=274;DP=310;FAO=276;FDP=310;FR=.;FRO=34;FSAF=121;FSAR=155;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00604358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.265;QD=49.9109;RBI=0.0075675;REFB=-0.00920022;REVB=0.00455436;RO=35;SAF=119;SAR=155;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112222;STB=0.503581;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00101351;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:35:34:274:276:0.890323:155:119:17:18:155:121:16:18 chr2 133012612 . T C 1340.57 PASS AF=0.844262;AO=94;DP=113;FAO=103;FDP=122;FR=.;FRO=19;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0330538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.324;QD=43.953;RBI=0.0332888;REFB=-0.0132865;REVB=-0.00394834;RO=18;SAF=39;SAR=55;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263742;STB=0.50897;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00228877;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:113:122:18:19:94:103:0.844262:55:39:9:9:60:43:9:10 chr2 133012634 . CT C,CTTT,TT 40.93 PASS AF=0,0.25,0.1;AO=2,3,2;DP=20;FAO=0,5,2;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=0,2,2;FSAR=0,3,0;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00812187,0.0129685,0.00123175;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=80.8044,34.8327,140.294;QD=8.18605;RBI=0.16387,0.0899646,0.0369382;REFB=-0.0216029,-0.00821229,-0.00083024;REVB=-0.163668,0.0890249,0.0369177;RO=13;SAF=0,2,2;SAR=2,1,0;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.490041,0.378161,0.637912;STB=0.5,0.571156,0.996015;STBP=1,0.77,0.079;TYPE=del,ins,snp;VARB=0,0.0665335,-0.00168548;OID=.,.,.;OPOS=133012635,133012635,133012634;OREF=T,-,C;OALT=-,TT,T;OMAPALT=C,CTTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:20:20:13:13:2,3,2:0,5,2:0,0.25,0.1:2,1,0:0,2,2:4:9:0,3,0:0,2,2:4:9 chr2 133012642 . TT CC 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.000794919;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=285.401;QD=16.884;RBI=0.00412124;REFB=-0.00455979;REVB=-0.00404385;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29008;STB=0.666444;STBP=0.09;TYPE=mnp;VARB=0.00465609;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:5:10:6:11:5:10:6:11 chr2 133012655 . A G 571.68 PASS AF=0.731343;AO=49;DP=67;FAO=49;FDP=67;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0100489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.511;QD=34.1303;RBI=0.0234608;REFB=-0.0254414;REVB=0.0211997;RO=18;SAF=23;SAR=26;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683897;STB=0.53684;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00910813;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:18:18:49:49:0.731343:26:23:6:12:26:23:6:12 chr2 133012674 . A G 1097.31 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0174122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.535;QD=56.2723;RBI=0.0368555;REFB=-0.00874617;REVB=0.032483;RO=3;SAF=36;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013585;STB=0.507185;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000839802;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:75:75:0.961538:39:36:2:1:39:36:2:1 chr2 133012680 . A G 861.1 PASS AF=0.77907;AO=67;DP=86;FAO=67;FDP=86;FR=.;FRO=19;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0119866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9018;QD=40.0511;RBI=0.0510622;REFB=-0.0380658;REVB=-0.0496354;RO=19;SAF=37;SAR=30;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054407;STB=0.529116;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0126154;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:19:19:67:67:0.77907:30:37:8:11:30:37:8:11 chr2 133012688 . A G 837.69 PASS AF=0.758621;AO=65;DP=86;FAO=66;FDP=87;FR=.;FRO=21;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0120776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.79;QD=38.5143;RBI=0.029258;REFB=-0.025847;REVB=0.0266488;RO=20;SAF=37;SAR=28;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529327;STB=0.535955;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0104855;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:20:21:65:66:0.758621:28:37:9:11:28:38:9:12 chr2 133012691 . T C 1188.87 PASS AF=0.94186;AO=81;DP=86;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00603082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.401;QD=55.2961;RBI=0.0147734;REFB=-0.00994033;REVB=0.0134864;RO=5;SAF=44;SAR=37;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158301;STB=0.508375;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.000770917;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:86:86:5:5:81:81:0.94186:37:44:2:3:37:44:2:3 chr2 133012712 . T C 1403.12 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0164959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.59;QD=58.4632;RBI=0.0336151;REFB=-0.0369411;REVB=0.0292893;RO=4;SAF=54;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272701;STB=0.514402;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.000878715;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:96:4:4:92:92:0.958333:38:54:1:3:38:54:1:3 chr2 133012716 . A G 1253.12 PASS AF=0.927835;AO=90;DP=101;FAO=90;FDP=97;FR=.;FRO=7;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00518985;FXX=0.0396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.614;QD=51.6751;RBI=0.00528117;REFB=-0.037106;REVB=0.000977892;RO=7;SAF=54;SAR=36;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405633;STB=0.502145;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00401426;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:101:97:7:7:90:90:0.927835:36:54:4:3:36:54:4:3 chr2 133012797 . C CCG 469.4 PASS AF=0.714286;AO=38;DP=106;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00941178;FXX=0.199971;HRUN=1;LEN=2;MLLD=104.466;QD=33.5283;RBI=0.0306662;REFB=-0.030771;REVB=0.0291862;RO=64;SAF=13;SAR=25;SRF=51;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469876;STB=0.591381;STBP=0.04;TYPE=ins;VARB=0.0276868;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:38:106:40:56:16:13:27:10:6:99:64:13:25:51:13 chr2 133012798 . TAAACT CGTCTT,TCTTGC 567.53 PASS AF=0.0714286,0.714286;AO=4,40;DP=68;FAO=4,40;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3,13;FSAR=1,27;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.000472738,0.0131078;FXX=0.176445;HRUN=1,3;LEN=5,5;MLLD=83.2407,164.48;QD=40.5377;RBI=0.00873982,0.0249679;REFB=-0.017943,-0.0138428;REVB=0.00872703,0.0212504;RO=7;SAF=3,13;SAR=1,27;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.198753,-0.0756055;STB=0.718863,0.524559;STBP=0.317,0.499;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0164282,0.00399648;OID=.,.;OPOS=133012798,133012799;OREF=TAAAC,AAACT;OALT=CGTCT,CTTGC;OMAPALT=CGTCTT,TCTTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:59:68:56:7:9:4,40:4,40:0.0714286,0.714286:1,27:3,13:4:3:1,27:3,13:4:5 chr2 133012807 . A G 517.88 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=76;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0031954;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.774;QD=27.6203;RBI=0.00336324;REFB=-0.0211462;REVB=0.0010492;RO=28;SAF=18;SAR=29;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327551;STB=0.51785;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0187736;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:28:28:47:47:0.626667:29:18:12:16:29:18:12:16 chr2 133012832 . TG CA,CG 760.41 PASS AF=0.0555556,0.655556;AO=5,59;DP=90;FAO=5,59;FDP=90;FR=.;FRO=26;FSAF=2,27;FSAR=3,32;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0296202,-0.0318732;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=69.2514,55.6977;QD=33.7961;RBI=0.0346774,0.0375287;REFB=-0.00123123,-0.0146651;REVB=-0.0180322,-0.0198116;RO=26;SAF=2,27;SAR=3,32;SRF=10;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0188304,0.0418649;STB=0.51346,0.522573;STBP=0.98,0.556;TYPE=mnp,snp;VARB=0.042757,-0.001379;OID=.,.;OPOS=133012832,133012832;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:90:90:26:26:5,59:5,59:0.0555556,0.655556:3,32:2,27:10:16:3,32:2,27:10:16 chr2 133012839 . T C 837.37 PASS AF=0.72043;AO=67;DP=93;FAO=67;FDP=93;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00619225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.793;QD=36.0158;RBI=0.0137336;REFB=-0.0138379;REVB=-0.0122584;RO=26;SAF=30;SAR=37;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333366;STB=0.51791;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00514688;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:26:26:67:67:0.72043:37:30:10:16:37:30:10:16 chr2 133012901 . T C 328.0 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0283243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.211;QD=30.5115;RBI=0.0314692;REFB=-0.00701644;REVB=-0.0137129;RO=15;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00475071;STB=0.502607;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00291471;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:17:11:6:9:17:11:6:9 chr2 133012903 . T C 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0178635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6674;QD=19.3854;RBI=0.0194103;REFB=0.00889144;REVB=0.00759327;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15124;STB=0.585283;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00820898;OID=.;OPOS=133012903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:7:14:10:10:7:14 chr2 133012923 . A T 118.45 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00851951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.85;QD=12.8054;RBI=0.0110618;REFB=-0.0272155;REVB=-0.00705559;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305179;STB=0.661437;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0207801;OID=.;OPOS=133012923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:23:14:14:0.378378:6:8:6:16:6:8:7:16 chr2 133012930 . A G 72.2 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0516279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.409;QD=8.49458;RBI=0.064833;REFB=-0.00742483;REVB=0.0392158;RO=22;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455145;STB=0.746725;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0450206;OID=.;OPOS=133012930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:34:22:24:10:10:0.294118:3:7:6:16:3:7:8:16 chr2 133012945 . T C 96.22 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0862225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.103;QD=12.0271;RBI=0.0862408;REFB=-0.0163246;REVB=0.0017753;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382562;STB=0.719653;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0699017;OID=.;OPOS=133012945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:18:20:12:12:0.375:4:8:5:13:4:8:6:14 chr2 133012982 . GT AC 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0391458;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.02;QD=11.0924;RBI=0.0522218;REFB=-0.00255514;REVB=0.0345648;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308675;STB=0.694785;STBP=0.366;TYPE=mnp;VARB=0.0109529;OID=.;OPOS=133012982;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:3:3:4:1:3:3 chr2 133013144 . A G 304.29 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.000805948;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9893;QD=22.1299;RBI=0.0208216;REFB=-0.0220811;REVB=0.020806;RO=21;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137342;STB=0.568817;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.031555;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:24:31:31:0.563636:19:12:12:9:19:12:13:11 chr2 133013145 . C T 65.59 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0172907;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.587;QD=4.30087;RBI=0.0439614;REFB=-0.0016809;REVB=-0.0404182;RO=45;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31085;STB=0.673163;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0158814;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:62:61:45:50:11:11:0.180328:4:7:17:28:4:7:21:29 chr2 133013165 . G T 60.83 PASS AF=0.16;AO=11;DP=76;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00590581;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.983;QD=3.24404;RBI=0.020657;REFB=-0.00364027;REVB=-0.0197948;RO=55;SAF=7;SAR=4;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181284;STB=0.683908;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0359315;OID=.;OPOS=133013165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:76:75:55:63:11:12:0.16:4:7:27:28:4:8:28:35 chr2 133013175 . T G 812.82 PASS AF=0.818182;AO=63;DP=77;FAO=63;FDP=77;FR=.;FRO=14;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0505589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8583;QD=42.2242;RBI=0.054283;REFB=-0.0440433;REVB=0.0197594;RO=10;SAF=30;SAR=33;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455261;STB=0.521732;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00936592;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:77:77:10:14:63:63:0.818182:33:30:3:7:33:30:5:9 chr2 133013183 . A G 579.48 PASS AF=0.658228;AO=49;DP=76;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00388417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.16;QD=29.3407;RBI=0.00695379;REFB=-0.0265685;REVB=-0.00576789;RO=27;SAF=21;SAR=28;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141564;STB=0.512118;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00951074;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:27:27:49:52:0.658228:28:21:11:16:29:23:11:16 chr2 133013189 . A G 505.08 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0486603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.084;QD=25.5738;RBI=0.0528873;REFB=-0.00169917;REVB=0.0207181;RO=27;SAF=18;SAR=29;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430754;STB=0.548977;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00114114;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:27:32:47:47:0.594937:29:18:12:15:29:18:16:16 chr2 133013201 . C G 834.68 PASS AF=0.831169;AO=62;DP=75;FAO=64;FDP=77;FR=.;FRO=13;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0365522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.282;QD=43.3598;RBI=0.0378883;REFB=-0.0319837;REVB=0.00997325;RO=13;SAF=25;SAR=37;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589244;STB=0.533407;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00454292;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:77:13:13:62:64:0.831169:37:25:3:10:37:27:3:10 chr2 133013224 . A C 668.58 PASS AF=0.768116;AO=53;DP=81;FAO=53;FDP=69;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.028;FXX=0.14813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5294;QD=38.758;RBI=0.0290375;REFB=-0.0179013;REVB=0.00769249;RO=15;SAF=20;SAR=33;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793206;STB=0.531903;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00534324;OID=.;OPOS=133013224;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:69:15:16:53:53:0.768116:33:20:3:12:33:20:4:12 chr2 133013244 . A AT 38.31 PASS AF=0.225806;AO=17;DP=95;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.0478093;FXX=0.0210504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.233;QD=1.64794;RBI=0.0748359;REFB=-0.046854;REVB=-0.0575733;RO=78;SAF=4;SAR=13;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292709;STB=0.65854;STBP=0.116;TYPE=ins;VARB=0.0446889;OID=.;OPOS=133013245;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806:17:95:21:93:72:12:9:26:46:38:78:4:13:35:43 chr2 133013250 . C T 105.55 PASS AF=0.178218;AO=19;DP=101;FAO=18;FDP=101;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=-0.0125327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.439;QD=4.18007;RBI=0.0125355;REFB=0.00159204;REVB=-0.000262571;RO=82;SAF=11;SAR=8;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250378;STB=0.688033;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0220805;OID=.;OPOS=133013250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:82:83:19:18:0.178218:8:11:31:51:7:11:31:52 chr2 133013260 . TC T 43.15 PASS AF=0.193548;AO=16;DP=93;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.0165545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.3408;QD=1.85572;RBI=0.171294;REFB=0.00222434;REVB=0.170492;RO=70;SAF=11;SAR=5;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0.45;SSSB=0.383556;STB=0.742997;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=0.00435998;OID=.;OPOS=133013261;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193548:16:93:18:93:75:12:6:26:49:43:70:11:5:26:44 chr2 133013266 . T G 296.56 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0167626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.22;QD=13.1805;RBI=0.0171644;REFB=0.00172998;REVB=-0.00369211;RO=56;SAF=9;SAR=25;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259119;STB=0.649258;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.000812917;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:25:9:27:29:25:9:27:29 chr2 133013270 . A G 226.94 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.010244;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.826;QD=10.9366;RBI=0.0108146;REFB=-0.0059658;REVB=-0.00346622;RO=54;SAF=7;SAR=21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288092;STB=0.664304;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00506653;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:54:55:28:28:0.337349:21:7:26:28:21:7:26:29 chr2 133013286 . AG CA,CG 171.68 PASS AF=0.215385,0.138462;AO=14,9;DP=66;FAO=14,9;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=6,2;FSAR=8,7;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0199612,-0.0232853;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=165.064,89.7158;QD=10.5649;RBI=0.0296975,0.0313036;REFB=-0.013519,-0.00718777;REVB=-0.0219884,-0.0209216;RO=41;SAF=6,2;SAR=8,7;SRF=22;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.130055,-0.391056;STB=0.588706,0.770317;STBP=0.439,0.101;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0113166,0.013953;OID=.,.;OPOS=133013286,133013286;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:66:65:41:42:14,9:14,9:0.215385,0.138462:8,7:6,2:22:19:8,7:6,2:23:19 chr2 133013288 . T C 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00787743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.66;QD=2.79771;RBI=0.00807896;REFB=0.000575165;REVB=-0.00179322;RO=57;SAF=2;SAR=7;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390493;STB=0.777161;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00333282;OID=.;OPOS=133013288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:57:57:9:9:0.136364:7:2:31:26:7:2:31:26 chr2 133013318 . A G 259.8 PASS AF=0.527273;AO=27;DP=56;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0160837;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1834;QD=18.8946;RBI=0.0260999;REFB=-0.0133681;REVB=-0.0205553;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118468;STB=0.506325;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0127945;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:26:27:29:0.527273:12:15:13:11:13:16:14:12 chr2 133013324 . C A 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0160674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.451;QD=7.54464;RBI=0.017861;REFB=-0.00882966;REVB=-0.00780101;RO=41;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106465;STB=0.56513;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0357763;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:6:9:21:20:6:9:21:20 chr2 133013327 . G T 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0290387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.673;QD=7.81317;RBI=0.0360116;REFB=-0.00145567;REVB=-0.0212975;RO=40;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090909;STB=0.555481;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00409111;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:6:9:21:19:6:9:21:19 chr2 133013332 . T C 113.74 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.000666571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0027;QD=7.98157;RBI=0.00958876;REFB=-0.000926672;REVB=0.00956556;RO=41;SAF=8;SAR=8;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434468;STB=0.526283;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00316361;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:8:8:22:19:8:8:22:19 chr2 133013343 . T C 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00918928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.449;QD=7.34888;RBI=0.0157742;REFB=0.00573253;REVB=0.0128212;RO=37;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155532;STB=0.578191;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.019399;OID=.;OPOS=133013343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:37:39:13:13:0.25:5:8:18:19:5:8:20:19 chr2 133013351 . G A 77.1 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0159184;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5964;QD=5.93041;RBI=0.0301395;REFB=0.0114033;REVB=0.0255929;RO=41;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408613;STB=0.526268;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0502886;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:53:52:41:41:11:11:0.211538:5:6:21:20:5:6:21:20 chr2 133013378 . A G 168.11 PASS AF=0.37931;AO=16;DP=52;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.028319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.259;QD=11.5938;RBI=0.0283749;REFB=-0.0301262;REVB=-0.00178063;RO=36;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.557091;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0489933;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:58:36:36:16:22:0.37931:8:8:18:18:9:13:18:18 chr2 133013388 . C T 66.43 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0187823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5587;QD=4.50343;RBI=0.0320134;REFB=-0.0212808;REVB=0.0259246;RO=47;SAF=7;SAR=4;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157683;STB=0.596037;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0614495;OID=.;OPOS=133013388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:47:48:11:11:0.186441:4:7:24:23:4:7:25:23 chr2 133013418 . A G 102.09 PASS AF=0.288889;AO=12;DP=44;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00259507;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.748;QD=9.07495;RBI=0.0284255;REFB=-0.00808077;REVB=-0.0283068;RO=31;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06868;STB=0.577235;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0183504;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:32:12:13:0.288889:4:8:19:12:4:9:19:13 chr2 133013475 . A G 119.96 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.000313522;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3791;QD=13.3288;RBI=0.0207539;REFB=-0.0271268;REVB=0.0207515;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181298;STB=0.584975;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0668415;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:23:22:14:14:0.388889:3:11:15:8:3:11:15:7 chr2 133013489 . C T 52.09 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0468375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2244;QD=6.3135;RBI=0.0595142;REFB=-0.00118183;REVB=0.0367178;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125971;STB=0.579645;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00421961;OID=.;OPOS=133013489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:3:5:18:7:3:5:18:7 chr2 133013492 . C T 43.8 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0913348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3518;QD=6.25709;RBI=0.0962333;REFB=-0.00234428;REVB=-0.0303119;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856982;STB=0.542045;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0221817;OID=.;OPOS=133013492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:20:21:7:7:0.25:2:5:13:7:2:5:14:7 chr2 133013513 . A C 75.63 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0187979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.485;QD=11.6352;RBI=0.0196401;REFB=-0.0810115;REVB=0.00568951;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875907;STB=0.552523;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0472359;OID=.;OPOS=133013513;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:10:6:3:7:10:6 chr2 133013567 . T C 54.92 PASS AF=0.3;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0190362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.452;QD=10.9838;RBI=0.0190991;REFB=-0.010264;REVB=-0.00154844;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407987;STB=0.555373;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0059475;OID=.;OPOS=133013567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:20:11:12:5:6:0.3:3:2:4:7:3:3:5:7 chr2 133013590 . A G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.802;QD=51.9121;RBI=0.00832944;REFB=0;REVB=0.00119405;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22356e-05;OID=.;OPOS=133013590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr2 133013644 . G A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.032732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.475;QD=12.5696;RBI=0.0565496;REFB=-0.0049375;REVB=-0.0461137;RO=26;SAF=13;SAR=2;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337756;STB=0.704109;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00648116;OID=.;OPOS=133013644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:2:13:17:9:2:13:17:9 chr2 133013680 . G A 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0104796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.316;QD=21.2929;RBI=0.0497827;REFB=0.0122998;REVB=-0.0486672;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401997;STB=0.522586;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0164477;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:8:17:16:9:8:17:16:9 chr2 133013687 . T C 115.53 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0152851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.752;QD=8.88651;RBI=0.0189905;REFB=0.000354409;REVB=0.0112696;RO=37;SAF=12;SAR=3;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290495;STB=0.67898;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00119061;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:3:12:22:15:3:12:22:15 chr2 133013695 . CA CG,TG 206.02 PASS AF=0.203704,0.259259;AO=10,11;DP=54;FAO=11,14;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=6,11;FSAR=5,3;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0235173,-0.00164147;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=119.892,153.874;QD=15.2611;RBI=0.0471421,0.0708787;REFB=-0.00726492,0.00544415;REVB=-0.0408573,-0.0708597;RO=29;SAF=6,10;SAR=4,1;SRF=18;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0257173,0.479599;STB=0.555457,0.638786;STBP=0.696,0.259;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0106408,-0.0274513;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:54:29:29:10,11:11,14:0.203704,0.259259:4,1:6,10:18:11:5,3:6,11:18:11 chr2 133013704 . G A 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0284024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.592;QD=4.55127;RBI=0.0508771;REFB=-0.00412981;REVB=-0.0422111;RO=45;SAF=6;SAR=4;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882143;STB=0.558028;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0148986;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:4:6:30:15:4:6:30:15 chr2 133013756 . G A 98.4 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0507457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9563;QD=7.71739;RBI=0.0590204;REFB=0.0142309;REVB=-0.0301376;RO=38;SAF=4;SAR=9;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378519;STB=0.732217;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0382428;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:9:4:24:14:9:4:24:14 chr2 133014602 . G C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.000628343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.202;QD=16.8991;RBI=0.0408738;REFB=-0.0231885;REVB=0.0408689;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124428;STB=0.588044;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0133146;OID=.;OPOS=133014602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:9:10:0.526316:2:7:6:3:2:8:6:3 chr2 133014612 . A C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.02525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.898;QD=16.3855;RBI=0.0601521;REFB=-0.0348925;REVB=-0.0545959;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315978;STB=0.518476;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0303148;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:6:2:2:7:6:2 chr2 133014651 . A AC 77.71 PASS AF=0.6;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0141198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.3929;QD=15.5422;RBI=0.0230209;REFB=-0.068937;REVB=-0.0181822;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318185;STB=0.538399;STBP=0.722;TYPE=ins;VARB=0.0560739;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:10:20:12:20:8:8:4:6:2:44:9:7:3:6:3 chr2 133036254 . T C 56.67 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0395228;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.002;QD=3.77811;RBI=0.0397633;REFB=-0.0125795;REVB=-0.00436692;RO=49;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184769;STB=0.631321;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0531688;OID=.;OPOS=133036254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:60:60:49:50:10:10:0.166667:4:6:22:27:4:6:22:28 chr2 133036257 . TG CA 56.81 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0161073;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.911;QD=3.72518;RBI=0.0168903;REFB=-0.0063252;REVB=0.00508326;RO=51;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228784;STB=0.65355;STBP=0.311;TYPE=mnp;VARB=0.0309807;OID=.;OPOS=133036257;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:51:51:10:10:0.163934:4:6:21:30:4:6:21:30 chr2 133036263 . A G 63.0 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0224954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.008;QD=3.99981;RBI=0.0228099;REFB=-0.00715194;REVB=0.00377467;RO=52;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174512;STB=0.615182;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0301519;OID=.;OPOS=133036263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:63:52:52:11:11:0.174603:5:6:21:31:5:6:21:31 chr2 133036280 . A C 77.89 PASS AF=0.2;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0154372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6557;QD=4.79313;RBI=0.0280111;REFB=-0.00493356;REVB=-0.0233733;RO=52;SAF=5;SAR=8;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164953;OID=.;OPOS=133036280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:65:52:52:13:13:0.2:8:5:20:32:8:5:20:32 chr2 133036510 . C A 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.011202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.708;QD=4.46122;RBI=0.0204896;REFB=-0.000498452;REVB=0.0171563;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308584;STB=0.707668;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000960322;OID=.;OPOS=133036510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:4:2:15:10:4:2:15:10 chr2 133036522 . G T 30.96 PASS AF=0.2;AO=5;DP=29;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0234223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7163;QD=4.12816;RBI=0.040134;REFB=-0.0190122;REVB=-0.0325904;RO=24;SAF=1;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476343;STB=0.722705;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0300635;OID=.;OPOS=133036522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:29:30:24:24:5:6:0.2:4:1:15:9:4:2:15:9 chr2 133036530 . A G 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0494022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.366;QD=6.1049;RBI=0.0502238;REFB=-0.00964213;REVB=-0.00904738;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44479;STB=0.790988;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0128187;OID=.;OPOS=133036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:25:26:8:8:0.235294:6:2:16:9:6:2:17:9 chr2 133036571 . C T 70.24 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00565355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.452;QD=6.8528;RBI=0.010178;REFB=-0.0103711;REVB=-0.00846337;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371004;STB=0.74837;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0251685;OID=.;OPOS=133036571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:29:31:10:10:0.243902:7:3:18:11:7:3:20:11 chr2 133036619 . CC TG 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.016534;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=169.806;QD=5.39764;RBI=0.0238721;REFB=-0.00340071;REVB=0.0172194;RO=35;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317037;STB=0.705442;STBP=0.21;TYPE=mnp;VARB=0.0227501;OID=.;OPOS=133036619;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:6:3:21:14:6:3:21:14 chr2 133036630 . A G 55.66 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00816351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.473;QD=4.20078;RBI=0.0140735;REFB=-0.014391;REVB=0.0114639;RO=44;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258473;STB=0.674614;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0495882;OID=.;OPOS=133036630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:6:3:24:20:6:3:24:20 chr2 133036632 . G A 79.87 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0526838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.854;QD=5.80897;RBI=0.0534067;REFB=-0.00304254;REVB=0.00875793;RO=43;SAF=6;SAR=6;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100171;STB=0.563532;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0283322;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:43:43:12:12:0.218182:6:6:25:18:6:6:25:18 chr2 133036650 . T G 310.07 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0296091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9737;QD=16.5372;RBI=0.047148;REFB=-0.0148294;REVB=0.0366911;RO=40;SAF=12;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194022;STB=0.615931;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.031907;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:34:34:0.453333:22:12:22:18:22:12:23:18 chr2 133036661 . A AT 201.28 PASS AF=0.362319;AO=26;DP=73;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0082828;FXX=0.028165;HRUN=0;LEN=1;MLLD=62.8048;QD=11.6686;RBI=0.0209227;REFB=-0.0289481;REVB=-0.0192134;RO=46;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664919;STB=0.552803;STBP=0.529;TYPE=ins;VARB=0.0386587;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362319:26:73:25:69:44:11:14:23:21:99:46:12:14:24:22 chr2 133036666 . AC A 254.13 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00954748;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5075;QD=14.1181;RBI=0.0253675;REFB=0.00649976;REVB=0.0235023;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588454;STB=0.533311;STBP=0.677;TYPE=del;VARB=-0.00175394;OID=.;OPOS=133036667;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:30:73:30:72:42:14:16:22:20:99:40:14:16:21:19 chr2 133036669 . G T 310.43 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0036985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.152;QD=16.3385;RBI=0.0173447;REFB=-0.0208216;REVB=-0.0169458;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405008;STB=0.51627;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0217907;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:42:34:34:0.447368:16:18:20:21:16:18:21:21 chr2 133036693 . T G 621.33 PASS AF=0.650602;AO=54;DP=84;FAO=54;FDP=83;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00856887;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.159;QD=29.9435;RBI=0.0377173;REFB=-0.0353757;REVB=0.036731;RO=29;SAF=28;SAR=26;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230443;STB=0.512495;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0127127;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:29:29:54:54:0.650602:26:28:14:15:26:28:14:15 chr2 133036695 . C A 60.01 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.012151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.226;QD=2.85774;RBI=0.0311007;REFB=0.00132315;REVB=-0.0286288;RO=70;SAF=8;SAR=4;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225567;STB=0.666389;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0254102;OID=.;OPOS=133036695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:84:70:72:12:12:0.142857:4:8:34:36:4:8:34:38 chr2 133036697 . A G 598.99 PASS AF=0.630952;AO=55;DP=84;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0166358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.046;QD=28.5234;RBI=0.0178118;REFB=-0.00977156;REVB=0.00636465;RO=29;SAF=28;SAR=27;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167709;STB=0.528291;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00508006;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:29:31:55:53:0.630952:27:28:14:15:25:28:14:17 chr2 133036704 . T C 404.31 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00508907;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.304;QD=19.253;RBI=0.00900831;REFB=-0.0114416;REVB=-0.0074331;RO=43;SAF=20;SAR=21;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208998;STB=0.50029;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00817764;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:43:43:41:41:0.488095:21:20:20:23:21:20:21:22 chr2 133036714 . A G 391.46 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00373457;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6491;QD=19.0954;RBI=0.00564334;REFB=-0.0104603;REVB=0.00423087;RO=41;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116758;STB=0.512814;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0261285;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:42:40:40:0.487805:21:19:20:21:21:19:21:21 chr2 133036716 . G T 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00188289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.493;QD=18.7513;RBI=0.00930969;REFB=-0.0358889;REVB=0.0091173;RO=38;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450927;STB=0.518978;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0286193;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:43:40:40:0.481928:21:19:20:18:21:19:22:21 chr2 133036720 . T C 76.64 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.013438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.787;QD=3.69361;RBI=0.0150085;REFB=-0.00616809;REVB=-0.00668401;RO=68;SAF=8;SAR=6;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144068;STB=0.588915;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0189099;OID=.;OPOS=133036720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:83:83:68:69:14:14:0.168675:6:8:31:37:6:8:32:37 chr2 133036742 . T C 212.37 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0483173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2414;QD=14.3977;RBI=0.0509444;REFB=-0.011209;REVB=-0.0161484;RO=34;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220483;STB=0.625958;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00841304;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:8:17:16:18:8:17:16:18 chr2 133036787 . C A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0117041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.157;QD=8.73784;RBI=0.0274886;REFB=-0.00760767;REVB=-0.0248724;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172769;STB=0.60583;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0203538;OID=.;OPOS=133036787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:8:12:4:5:8:12 chr2 133036797 . A AAGC 36.58 PASS AF=0.214286;AO=5;DP=31;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0189458;FXX=0.0666445;HRUN=6;LEN=3;MLLD=202.81;QD=5.22549;RBI=0.0189715;REFB=0.00172266;REVB=0.000987341;RO=25;SAF=4;SAR=1;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488575;STB=0.726565;STBP=0.267;TYPE=ins;VARB=-0.00819459;OID=.;OPOS=133036798;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:5:31:6:28:22:4:2:8:14:36:25:4:1:9:16 chr2 133036812 . T C 35.54 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0129445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.8;QD=5.68677;RBI=0.0219942;REFB=-0.00128765;REVB=-0.0177815;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153245;STB=0.59968;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0102862;OID=.;OPOS=133036812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:7:12:3:3:7:12 chr2 133037226 . T C 39.36 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0234912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.656;QD=7.49633;RBI=0.0320984;REFB=-0.00629736;REVB=0.0218739;RO=13;SAF=2;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31445;STB=0.76852;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0564059;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:21:21:13:14:5:7:0.333333:3:2:9:4:5:2:10:4 chr2 133037311 . C A 50.8 PASS AF=0.205128;AO=7;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.032415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4603;QD=5.21028;RBI=0.0327043;REFB=-0.00181192;REVB=0.00434072;RO=32;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120488;STB=0.517199;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00990188;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:32:31:7:8:0.205128:2:5:20:12:3:5:20:11 chr2 133037397 . C T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0148467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9351;QD=7.52624;RBI=0.0564521;REFB=-0.0216991;REVB=0.0544647;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646411;STB=0.54045;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0301859;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:12:12:5:4:12:12 chr2 133037783 . G T 188.67 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00642968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.084;QD=14.2393;RBI=0.0111375;REFB=-0.0274258;REVB=0.00909409;RO=30;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20676;STB=0.609655;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0369991;OID=.;OPOS=133037783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:8:14:13:17:8:14:14:17 chr2 133037812 . A G 716.43 PASS AF=0.981481;AO=50;DP=51;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0603309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.396;QD=53.0687;RBI=0.0606411;REFB=0.0331247;REVB=0.00612577;RO=1;SAF=21;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218873;STB=0.5102;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00039544;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:54:1:1:50:53:0.981481:29:21:1:0:29:24:1:0 chr2 133038166 . T C 71.04 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00983174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8094;QD=7.47814;RBI=0.040865;REFB=-0.00723503;REVB=0.0396647;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197382;STB=0.605062;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00732088;OID=.;OPOS=133038166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:5:5:9:18:5:5:10:18 chr2 133038179 . AG CT 75.62 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0141364;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.905;QD=7.37762;RBI=0.0141365;REFB=-0.00739046;REVB=3.92374e-05;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961953;STB=0.561271;STBP=0.661;TYPE=mnp;VARB=0.0199132;OID=.;OPOS=133038179;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:41:41:30:30:9:9:0.219512:5:4:11:19:5:4:11:19 chr2 133038188 . T C 164.06 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0314033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0989;QD=12.8673;RBI=0.0666784;REFB=-0.00456622;REVB=-0.0588205;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202776;STB=0.625887;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00242934;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:32:19:19:0.372549:8:11:12:19:8:11:12:20 chr2 133038228 . C T 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0146363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.317;QD=11.4258;RBI=0.0265042;REFB=-0.0110585;REVB=-0.0220963;RO=37;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188538;STB=0.60902;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0156656;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:10:11:13:24:10:11:13:24 chr2 133038234 . C T 163.33 PASS AF=0.35;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0176942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.963;QD=10.8884;RBI=0.0280664;REFB=-0.0128981;REVB=-0.0217862;RO=39;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130364;STB=0.559944;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0248427;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:39:39:20:21:0.35:10:10:15:24:11:10:15:24 chr2 133038264 . G A 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0595649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8894;QD=13.7733;RBI=0.0755055;REFB=-0.00843534;REVB=0.0464016;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136781;STB=0.578869;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0113483;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:9:11:13:18:9:11:13:18 chr2 133038275 . C T 114.85 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00514448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.969;QD=10.4406;RBI=0.00580319;REFB=-0.00749818;REVB=0.00268539;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333863;STB=0.519972;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0150632;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:8:6:12:18:8:6:12:18 chr2 133038280 . A C 129.23 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0187043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.813;QD=12.6081;RBI=0.0367926;REFB=-0.0154267;REVB=-0.0316835;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572348;STB=0.536035;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00935937;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:23:26:15:15:0.365854:9:6:8:15:9:6:9:17 chr2 133038365 . G T 54.43 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.000474201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.382;QD=8.7088;RBI=0.0129841;REFB=0.0167998;REVB=0.0129754;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232376;STB=0.64321;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00838888;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:7:10:3:5:7:10 chr2 133038366 . C T 143.93 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00175478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2186;QD=23.9874;RBI=0.010881;REFB=-0.00464241;REVB=0.0107386;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105445;STB=0.559242;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.020649;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:5:4:9:6:5:4 chr2 133038378 . A G 54.8 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0131812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.712;QD=9.13301;RBI=0.0247189;REFB=0.00156623;REVB=-0.0209112;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128213;STB=0.662868;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00343048;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:14:16:9:8:0.333333:4:5:6:8:3:5:6:10 chr2 133038383 . GC AT 49.45 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.017457;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.664;QD=10.4099;RBI=0.0203366;REFB=-0.0112546;REVB=-0.0104322;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205271;STB=0.646658;STBP=0.374;TYPE=mnp;VARB=0.0191589;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:21:19:11:12:7:7:0.368421:3:4:4:7:3:4:4:8 chr2 133038421 . G C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00434645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.225;QD=14.0792;RBI=0.0189698;REFB=0.00293425;REVB=0.0184652;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211339;STB=0.624777;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00577024;OID=.;OPOS=133038421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:9:7:3:9:9:7 chr2 133038491 . T C 66.24 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0182149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1633;QD=5.09535;RBI=0.0185187;REFB=0.00649978;REVB=0.00334079;RO=42;SAF=7;SAR=3;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472389;STB=0.531186;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0307065;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:42:42:10:10:0.192308:3:7:28:14:3:7:28:14 chr2 133038501 . G A 57.69 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.000799242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.913;QD=4.52488;RBI=0.0242542;REFB=-0.00216606;REVB=-0.024241;RO=41;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578091;STB=0.522339;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0142179;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:51:41:42:9:9:0.176471:3:6:29:12:3:6:29:13 chr2 133038515 . A G 36.92 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0141455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.083;QD=2.59108;RBI=0.0402495;REFB=0.00374241;REVB=0.0376819;RO=49;SAF=5;SAR=2;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108511;STB=0.592941;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.0257372;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:49:50:7:7:0.122807:2:5:31:18:2:5:31:19 chr2 133038530 . A G 48.23 PASS AF=0.147059;AO=9;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0273008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.882;QD=2.83721;RBI=0.0279474;REFB=-0.00614844;REVB=-0.0059766;RO=56;SAF=7;SAR=2;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236396;STB=0.59072;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0527555;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:68:68:56:58:9:10:0.147059:2:7:34:22:3:7:35:23 chr2 133038543 . A G 32.47 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.00243677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.812;QD=1.54609;RBI=0.0179918;REFB=0.00089693;REVB=-0.017826;RO=75;SAF=5;SAR=3;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768031;STB=0.567313;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0131229;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:84:75:76:8:8:0.0952381:3:5:42:33:3:5:42:34 chr2 133038580 . C T 39.06 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.0028366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.683;QD=1.47397;RBI=0.00511248;REFB=-0.00210513;REVB=0.00425336;RO=95;SAF=5;SAR=5;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551426;STB=0.537661;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0134787;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:106:95:96:10:10:0.0943396:5:5:52:43:5:5:52:44 chr2 133038625 . G A 53.88 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0072993;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.855;QD=2.66094;RBI=0.0211152;REFB=-0.00567178;REVB=-0.0198134;RO=70;SAF=4;SAR=7;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134851;STB=0.595226;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0509487;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:82:81:70:70:11:11:0.135802:7:4:33:37:7:4:33:37 chr2 133038681 . T C 37.96 PASS AF=0.0866142;AO=11;DP=126;FAO=11;FDP=127;FR=.;FRO=116;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=89;FWDB=-0.0135587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.25;QD=1.19561;RBI=0.014682;REFB=-0.000595115;REVB=0.00563234;RO=115;SAF=1;SAR=10;SRF=27;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274535;STB=0.738237;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0131942;OID=.;OPOS=133038681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:126:127:115:116:11:11:0.0866142:10:1:27:88:10:1:27:89 chr2 133038686 . A G 891.11 PASS AF=0.637097;AO=79;DP=124;FAO=79;FDP=124;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=73;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0170241;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.242;QD=28.7455;RBI=0.0221477;REFB=-0.00276954;REVB=0.0141668;RO=44;SAF=6;SAR=73;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479824;STB=0.771943;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00176968;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:44:45:79:79:0.637097:73:6:20:24:73:6:21:24 chr2 133038693 . A T 712.96 PASS AF=0.571429;AO=68;DP=119;FAO=68;FDP=119;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=63;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.011605;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.927;QD=23.9649;RBI=0.0118339;REFB=-0.00600622;REVB=0.00231633;RO=50;SAF=5;SAR=63;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501607;STB=0.787025;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00298254;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:50:51:68:68:0.571429:63:5:21:29:63:5:22:29 chr2 133038724 . T C 405.4 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0702658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.167;QD=25.3374;RBI=0.0702724;REFB=-0.00301303;REVB=-0.000962743;RO=22;SAF=1;SAR=38;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.691115;STB=0.887173;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0021489;OID=.;OPOS=133038724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:25:39:39:0.609375:38:1:10:12:38:1:10:15 chr2 133038728 . CT CG,GG 273.63 PASS AF=0.5,0.318182;AO=11,7;DP=22;FAO=11,7;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617229,0.00972087;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=59.6445,59.0432;QD=49.7517;RBI=0.0340158,0.0204126;REFB=0,0;REVB=0.0334511,0.0179493;RO=0;SAF=9,0;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0174565,0.0209118;OID=.,.;OPOS=133038729,133038728;OREF=T,CT;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:22:22:0:0:11,7:11,7:0.5,0.318182:2,7:9,0:0:0:2,7:9,0:0:0 chr2 133038978 . T TAC 44.54 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.000502181;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=149.639;QD=7.12603;RBI=0.0362483;REFB=-0.00290497;REVB=0.0362448;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413192;STB=0.770536;STBP=0.151;TYPE=ins;VARB=0.00657179;OID=.;OPOS=133038979;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:7:25:7:25:18:1:6:8:10:44:18:1:6:8:10 chr2 133038998 . A G 108.46 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0171938;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.845;QD=11.4173;RBI=0.019002;REFB=-0.00446581;REVB=-0.00808995;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130276;STB=0.56746;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00996204;OID=.;OPOS=133038998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:25:13:13:0.342105:9:4:10:14:9:4:10:15 chr2 133039014 . A G 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.028834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.202;QD=20.8714;RBI=0.0301965;REFB=-0.0142919;REVB=0.00896845;RO=20;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218161;STB=0.623828;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0181563;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:16:5:9:11:16:5:9:11 chr2 133039048 . A G 177.21 PASS AF=0.444444;AO=17;DP=42;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0366548;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.972;QD=15.7516;RBI=0.0368459;REFB=-0.0333796;REVB=0.00374756;RO=25;SAF=2;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33704;STB=0.549244;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0336574;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:25:25:17:20:0.444444:15:2:8:17:15:5:8:17 chr2 133039061 . A G 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.00761429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.513;QD=11.1261;RBI=0.0212202;REFB=0.0137122;REVB=0.019807;RO=33;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292757;STB=0.524052;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.0116798;OID=.;OPOS=133039061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:12:5:9:24:12:5:9:25 chr2 133039063 . T C 141.83 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.052505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.974;QD=11.1239;RBI=0.0551173;REFB=-0.000883496;REVB=-0.0167671;RO=34;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408357;STB=0.524052;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00116298;OID=.;OPOS=133039063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:12:5:9:25:12:5:9:25 chr2 133039074 . AT GC 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00354564;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.264;QD=8.24052;RBI=0.0214013;REFB=-0.00969707;REVB=-0.0211055;RO=39;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15318;STB=0.586841;STBP=0.445;TYPE=mnp;VARB=0.0167473;OID=.;OPOS=133039074;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:40:16:16:0.285714:12:4:14:25:12:4:14:26 chr2 133039082 . CC AT 66.45 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.00661384;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=290.117;QD=4.50532;RBI=0.00667064;REFB=0.00234219;REVB=-0.000868641;RO=48;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705427;STB=0.545994;STBP=0.77;TYPE=mnp;VARB=-0.0127857;OID=.;OPOS=133039082;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:48:48:11:11:0.186441:7:4:15:33:7:4:15:33 chr2 133039087 . A G 86.67 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0109883;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.91;QD=5.97705;RBI=0.0112301;REFB=-0.00162244;REVB=-0.00231783;RO=40;SAF=2;SAR=11;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317096;STB=0.694819;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00308665;OID=.;OPOS=133039087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:58:58:40:45:13:13:0.224138:11:2:14:26:11:2:15:30 chr2 133039090 . T C 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.014564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.26;QD=16.5616;RBI=0.0149058;REFB=-0.0122355;REVB=0.00317347;RO=31;SAF=8;SAR=19;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644025;STB=0.536377;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0155014;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:19:8:11:20:19:8:11:20 chr2 133039101 . A G 48.98 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0437126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.043;QD=3.99818;RBI=0.0461063;REFB=-0.00302268;REVB=-0.0146629;RO=41;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778132;STB=0.552945;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0476503;OID=.;OPOS=133039101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:49:49:41:41:8:8:0.163265:5:3:13:28:5:3:13:28 chr2 133039105 . T C 40.34 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0394379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3339;QD=3.29306;RBI=0.048775;REFB=-0.00500258;REVB=0.0286993;RO=42;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153391;STB=0.607078;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0689451;OID=.;OPOS=133039105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:4:3:13:29:4:3:13:29 chr2 133039135 . G T 32.5 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0153598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7891;QD=2.70845;RBI=0.0221529;REFB=-0.0146749;REVB=-0.0159633;RO=40;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118595;STB=0.603835;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0369517;OID=.;OPOS=133039135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:40:42:6:6:0.125:3:3:16:24:3:3:16:26 chr2 133039137 . A G 49.42 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.110091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0414;QD=4.03425;RBI=0.111058;REFB=-0.000973275;REVB=-0.0146247;RO=40;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122376;STB=0.591615;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00737144;OID=.;OPOS=133039137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:40:41:8:8:0.163265:4:4:16:24:4:4:16:25 chr2 133039143 . C T 132.32 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0543794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4737;QD=9.98643;RBI=0.0545674;REFB=-0.0205549;REVB=-0.00452519;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701741;STB=0.541711;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0814659;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:10:7:17:19:10:7:17:19 chr2 133039156 . TG CA,CG 364.67 PASS AF=0.309091,0.345455;AO=17,19;DP=55;FAO=17,19;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=7,14;FSAR=10,5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00931228,-0.0159037;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=172.495,130.747;QD=26.5216;RBI=0.010183,0.0280716;REFB=-0.0212837,-0.00733211;REVB=-0.00412001,-0.0231319;RO=19;SAF=7,14;SAR=10,5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00883899,0.299517;STB=0.505045,0.670469;STBP=0.965,0.049;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00901989,0.0107179;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:55:55:19:19:17,19:17,19:0.309091,0.345455:10,5:7,14:8:11:10,5:7,14:8:11 chr2 133039164 . C T 139.43 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.000588933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.035;QD=9.14288;RBI=0.00579476;REFB=-0.0178293;REVB=-0.00576476;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230545;STB=0.633762;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.044386;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:42:19:19:0.311475:11:8:25:15:11:8:26:16 chr2 133039166 . T C 130.06 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0143665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1182;QD=8.67055;RBI=0.0372394;REFB=0.000504474;REVB=-0.0343566;RO=40;SAF=15;SAR=3;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440023;STB=0.780908;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00248602;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:42:18:18:0.3:3:15:20:20:3:15:20:22 chr2 133039171 . C G 121.13 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00535069;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.066;QD=8.21188;RBI=0.00617215;REFB=-0.012292;REVB=0.00307661;RO=41;SAF=15;SAR=2;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538765;STB=0.836763;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.012302;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:41:42:17:17:0.288136:2:15:20:21:2:15:20:22 chr2 133039176 . A G 118.9 PASS AF=0.293103;AO=16;DP=57;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0123598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.568;QD=8.19972;RBI=0.0751601;REFB=-0.000894984;REVB=0.0741368;RO=40;SAF=15;SAR=1;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.652867;STB=0.830882;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00301818;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:40:41:16:17:0.293103:1:15:19:21:2:15:20:21 chr2 133039199 . AC TG 104.08 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00232646;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.765;QD=7.30385;RBI=0.0167247;REFB=0.00380815;REVB=-0.0165621;RO=41;SAF=14;SAR=1;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635164;STB=0.897332;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=-0.0204518;OID=.;OPOS=133039199;OREF=AC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:42:15:15:0.263158:1:14:20:21:1:14:21:21 chr2 133039208 . AC GT 104.07 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00261177;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=273.208;QD=7.30285;RBI=0.00797557;REFB=0.00331064;REVB=-0.00753581;RO=42;SAF=14;SAR=1;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.628107;STB=0.897332;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=-0.00710589;OID=.;OPOS=133039208;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:1:14:21:21:1:14:21:21 chr2 133039221 . C T 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0305009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4158;QD=13.0366;RBI=0.0309433;REFB=0.00791137;REVB=-0.00521372;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380719;STB=0.719191;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00505682;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:11:7:24:8:11:7:24:8 chr2 133281214 . A G 182.83 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00438991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.591;QD=17.4122;RBI=0.0139106;REFB=-0.0120568;REVB=-0.0131997;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253546;STB=0.643423;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0132197;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:17:6:10:9:17:6 chr2 133539566 . G A 1788.24 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.103;QD=60.109;RBI=0.0269432;REFB=-0.0661284;REVB=0.0197971;RO=1;SAF=44;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637576;STB=0.503355;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000250188;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:74:44:0:1:74:44:0:1 chr2 133540605 . G T 1409.83 PASS AF=0.952381;AO=98;DP=103;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.029896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0418;QD=53.7078;RBI=0.0430838;REFB=0.00161945;REVB=0.0310233;RO=5;SAF=32;SAR=66;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132921;STB=0.506595;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000944513;OID=.;OPOS=133540605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:103:105:5:5:98:100:0.952381:66:32:1:4:68:32:1:4 chr2 133541444 . T C 2523.02 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218638;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.959;QD=61.537;RBI=0.0107315;REFB=0;REVB=0.0105064;RO=0;SAF=70;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95594e-05;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:163:164:1:93:70:0:0:94:70:0:0 chr2 133541454 . A G 2306.88 PASS AF=0.980892;AO=154;DP=158;FAO=154;FDP=157;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0148726;FXX=0.00632871;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.426;QD=58.7741;RBI=0.0150719;REFB=-0.0135998;REVB=-0.0024431;RO=2;SAF=70;SAR=84;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111907;STB=0.508771;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000141176;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:158:157:2:3:154:154:0.980892:84:70:0:2:84:70:0:3 chr2 133541575 . C T 729.96 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.587;QD=56.151;RBI=0.0865452;REFB=0;REVB=0.0309643;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000922964;OID=.;OPOS=133541575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:31:21:0:0 chr2 133542014 . T C 836.01 PASS AF=1;AO=42;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5415;QD=56.6785;RBI=0.0758636;REFB=0;REVB=0.056677;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634718;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:42:59:1:13:29:0:0:30:29:0:0 chr2 133542545 . G A 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1215;QD=47.8155;RBI=0.0651144;REFB=0;REVB=-0.0348592;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00193518;OID=.;OPOS=133542545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr2 133554288 . A G 617.81 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0444447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4169;QD=58.839;RBI=0.0457126;REFB=-0.149443;REVB=0.0106918;RO=1;SAF=7;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623592;STB=0.533316;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00633908;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:40:41:0.97619:33:7:1:0:34:7:1:0 chr2 134884697 . G C 760.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4348;QD=63.3637;RBI=0.0944401;REFB=0;REVB=0.0943684;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749695;OID=.;OPOS=134884697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr2 135213700 . C T 197.85 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0302838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.737;QD=18.8432;RBI=0.0527327;REFB=-0.0146602;REVB=-0.0431697;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162722;STB=0.605285;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0187778;OID=.;OPOS=135213700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:22:20:20:0.47619:13:7:11:10:13:7:12:10 chr2 135710322 . A G 483.14 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7301;QD=58.5624;RBI=0.120542;REFB=0;REVB=0.0690449;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185358;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr2 135711516 . C T 116.54 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.387;QD=42.3772;RBI=0.0536526;REFB=0;REVB=0.0344271;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0614693;OID=.;OPOS=135711516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:2:6:0:0:2:9:0:0 chr2 135711657 . G A 408.03 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.085;QD=56.2807;RBI=0.0295404;REFB=0;REVB=0.0169398;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29332e-05;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr2 135740863 . C A 691.16 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154535;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.417;QD=62.833;RBI=0.0157534;REFB=0;REVB=-0.00305933;RO=0;SAF=5;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576411;OID=.;OPOS=135740863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:39:5:0:0:39:5:0:0 chr2 135744007 . T C 239.4 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4334;QD=50.4007;RBI=0.0458817;REFB=0;REVB=0.0173776;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000810732;OID=.;OPOS=135744007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr2 135744416 . C G 134.68 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136848;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.53;QD=44.893;RBI=0.0634467;REFB=0;REVB=0.0619533;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138512;OID=.;OPOS=135744416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr2 135745545 . C T 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6699;QD=63.2826;RBI=0.10956;REFB=0;REVB=-0.033258;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606182;OID=.;OPOS=135745545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr2 135745722 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000566071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.036;QD=44.6892;RBI=0.133297;REFB=0;REVB=-0.133296;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.002742;OID=.;OPOS=135745722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr2 135781035 . C T 117.8 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0259082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4357;QD=12.3999;RBI=0.0456543;REFB=0.000242848;REVB=0.037591;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268732;STB=0.516506;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00070196;OID=.;OPOS=135781035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:24:14:14:0.368421:9:5:7:14:9:5:8:16 chr2 135893372 . A G 138.77 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0605704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.353;QD=12.0673;RBI=0.0655183;REFB=-0.0101052;REVB=-0.0249775;RO=30;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148021;STB=0.586851;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0455527;OID=.;OPOS=135893372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:8:8:11:19:8:8:11:19 chr2 135911422 . T C 690.54 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0885419;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.3334;QD=62.7761;RBI=0.100296;REFB=0;REVB=0.0471119;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124139;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr2 135965376 . T C 201.55 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0416032;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1083;QD=16.1236;RBI=0.0471845;REFB=0.00938208;REVB=0.022261;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616093;STB=0.535024;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00361577;OID=.;OPOS=135965376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:28:22:22:0.44:12:10:11:17:12:10:11:17 chr2 135988127 . T A 472.97 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.0123863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.15;QD=17.5173;RBI=0.0382183;REFB=-0.0112457;REVB=-0.0361555;RO=57;SAF=21;SAR=30;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254403;STB=0.640972;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.01764;OID=.;OPOS=135988127;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:30:21:39:18:30:21:39:18 chr2 135988186 . G A 797.12 PASS AF=0.432836;AO=87;DP=201;FAO=87;FDP=201;FR=.;FRO=114;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=77;FSRR=37;FWDB=-0.00840771;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.855;QD=15.8631;RBI=0.0179184;REFB=-0.00102111;REVB=0.0158234;RO=113;SAF=46;SAR=41;SRF=76;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148326;STB=0.584271;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00126148;OID=.;OPOS=135988186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:113:114:87:87:0.432836:41:46:76:37:41:46:77:37 chr2 135988416 . C T 213.51 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00681201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.957;QD=21.8988;RBI=0.00687751;REFB=-0.0108516;REVB=0.000946919;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132178;STB=0.558767;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00717242;OID=.;OPOS=135988416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:18:20:21:0.538462:12:8:10:8:12:9:10:8 chr2 135988434 . ACTGT A 85.02 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0417287;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=287.761;QD=12.5951;RBI=0.0419998;REFB=-0.00177948;REVB=-0.00476441;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268092;STB=0.610474;STBP=0.371;TYPE=del;VARB=0.00217522;OID=.;OPOS=135988435;OREF=CTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:9:27:11:27:16:3:8:7:9:85:14:3:6:5:9 chr2 136107777 . G A 163.88 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00450936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.391;QD=17.2506;RBI=0.0171388;REFB=-0.0200864;REVB=0.0165349;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176965;STB=0.581306;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0187945;OID=.;OPOS=136107777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:20:17:18:0.473684:7:10:8:12:8:10:8:12 chr2 136393658 . A G 143.99 PASS AF=0.470588;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0718035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9205;QD=16.9402;RBI=0.0769314;REFB=-0.0125647;REVB=-0.0276172;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539195;STB=0.503727;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0182696;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:14:16:0.470588:7:7:8:10:9:7:8:10 chr2 136396300 . T C 131.7 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0064298;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7244;QD=13.1697;RBI=0.00760977;REFB=-0.0309659;REVB=0.00407017;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156866;STB=0.596762;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0569217;OID=.;OPOS=136396300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:25:14:15:0.375:10:4:10:14:11:4:10:15 chr2 136407479 . A G 1246.05 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.565;QD=61.5335;RBI=0.0347788;REFB=0;REVB=0.0291685;RO=0;SAF=58;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56154e-05;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:23:58:0:0:23:58:0:0 chr2 136409574 . A C 117.41 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0188802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.682;QD=21.3467;RBI=0.0269107;REFB=-0.0363026;REVB=0.0191762;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141855;STB=0.5624;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0326117;OID=.;OPOS=136409574;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:8:9:13:13:0.590909:4:9:4:4:4:9:5:4 chr2 136546110 . A G 166.39 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0428288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.342;QD=14.7906;RBI=0.0435044;REFB=-0.0130717;REVB=-0.00763689;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176619;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134275;OID=.;OPOS=136546110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:8:10:14:12:8:10:15:12 chr2 136555659 . T C 417.77 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0314344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8502;QD=22.582;RBI=0.0343595;REFB=-0.0166383;REVB=-0.0138729;RO=33;SAF=32;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181407;STB=0.600629;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0234618;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:9:32:20:13:9:32:20:13 chr2 136561557 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.249;QD=57.7116;RBI=0.0193954;REFB=0;REVB=-0.0127829;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68418e-06;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:20:39:0:0:20:39:0:0 chr2 136562472 . G A 246.51 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0105486;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.017;QD=15.6517;RBI=0.0157601;REFB=-0.0283886;REVB=0.0117093;RO=35;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148748;STB=0.584132;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0397894;OID=.;OPOS=136562472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:35:28:28:0.444444:11:17:16:19:11:17:16:19 chr2 136575534 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.746;QD=37.4833;RBI=0.0180706;REFB=0;REVB=0.0180706;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299288;OID=.;OPOS=136575534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr2 136594158 . G A 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0274312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.74;QD=18.0814;RBI=0.0274515;REFB=-0.0255744;REVB=-0.00105511;RO=47;SAF=26;SAR=15;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812232;STB=0.545432;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0290565;OID=.;OPOS=136594158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:15:26:26:21:15:26:26:21 chr2 136873084 . G A 446.65 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00858974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.309;QD=21.0186;RBI=0.0238737;REFB=-0.00851908;REVB=0.0222749;RO=41;SAF=13;SAR=30;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220156;STB=0.625301;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00822248;OID=.;OPOS=136873084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:41:41:43:44:0.517647:30:13:22:19:31:13:22:19 chr2 137639841 . A G 803.14 PASS AF=0.493976;AO=82;DP=167;FAO=82;FDP=166;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=0.05154;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.079;QD=19.3528;RBI=0.0516588;REFB=-0.0130045;REVB=0.00350175;RO=85;SAF=33;SAR=49;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136773;STB=0.505049;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0113921;OID=.;OPOS=137639841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:85:84:82:82:0.493976:49:33:33:52:49:33:33:51 chr2 138237038 . C T 877.47 PASS AF=0.969231;AO=61;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00136785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4842;QD=53.9982;RBI=0.0892754;REFB=0.066669;REVB=-0.0892649;RO=2;SAF=27;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336837;STB=0.516661;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00799542;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:2:2:61:63:0.969231:34:27:2:0:34:29:2:0 chr2 138376044 . T G 435.73 PASS AF=0.591549;AO=39;DP=68;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00808689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.803;QD=24.5483;RBI=0.0496053;REFB=-0.0520816;REVB=0.0489416;RO=28;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222925;STB=0.605528;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0483461;OID=.;OPOS=138376044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:28:29:39:42:0.591549:24:15:19:9:24:18:20:9 chr2 138420996 . A G 1109.7 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0323926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.24;QD=57.6468;RBI=0.059384;REFB=-0.183145;REVB=0.0497712;RO=2;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230683;STB=0.512192;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00104439;OID=.;OPOS=138420996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:77:2:2:75:75:0.974026:40:35:0:2:40:35:0:2 chr2 138773229 . G A 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0264319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.95;QD=18.2899;RBI=0.0368804;REFB=-0.00858799;REVB=-0.0257201;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040903;STB=0.522807;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.011298;OID=.;OPOS=138773229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:20:12:11:22:20:12:11:22 chr2 139045852 . A G 186.83 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0182083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.658;QD=19.6666;RBI=0.0200955;REFB=-0.0290115;REVB=0.00850214;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189766;STB=0.606635;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0320086;OID=.;OPOS=139045852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:5:14:10:9:5:14 chr2 139045855 . C T 171.84 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00238269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7012;QD=18.0889;RBI=0.00690767;REFB=-0.0635299;REVB=0.00648372;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197068;STB=0.602529;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0603533;OID=.;OPOS=139045855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:13:5:9:10:13:5:9:11 chr2 139045929 . C T 201.95 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0341115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2171;QD=19.702;RBI=0.0390373;REFB=-0.0219198;REVB=-0.018982;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112613;STB=0.561343;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0298324;OID=.;OPOS=139045929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:20:21:0.512195:13:7:9:10:14:7:9:11 chr2 139045972 . T C 601.91 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0819987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0371;QD=58.7228;RBI=0.0837251;REFB=-0.138955;REVB=0.0169149;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00530057;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:0:1:40:40:0.97561:21:19:0:0:21:19:1:0 chr2 139045987 . C T 178.98 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00160002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.185;QD=15.2325;RBI=0.0318126;REFB=-0.0180354;REVB=-0.0317723;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195896;STB=0.599898;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0193702;OID=.;OPOS=139045987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:28:19:19:0.404255:9:10:9:18:9:10:10:18 chr2 139326879 . G C 656.58 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154688;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.616;QD=62.5317;RBI=0.0231526;REFB=0;REVB=-0.0172267;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394569;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr2 139429068 . G A 240.69 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0121952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.836;QD=12.1867;RBI=0.0156556;REFB=-0.0172817;REVB=0.00981709;RO=48;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493014;STB=0.516983;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0195618;OID=.;OPOS=139429068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:48:50:29:29:0.367089:17:12:22:26:17:12:22:28 chr2 139621308 . C T 256.26 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0242802;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4673;QD=17.9833;RBI=0.045735;REFB=-0.0133634;REVB=-0.0387577;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145697;STB=0.58169;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0126255;OID=.;OPOS=139621308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:16:13:17:11:16:13 chr2 139621319 . A ATCT,T 403.27 PASS AF=0.72093,0.0465116;AO=29,3;DP=44;FAO=31,2;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=15,2;FSAR=16,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00782777,-0.0272714;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=159.101,69.5672;QD=37.5132;RBI=0.0150015,0.0291739;REFB=-0.0460319,-0.0268263;REVB=0.0127973,0.0103628;RO=11;SAF=15,2;SAR=14,1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0142621,0.136146;STB=0.528284,0.993382;STBP=0.576,0.322;TYPE=ins,snp;VARB=0.00845055,0.0732746;OID=.,.;OPOS=139621320,139621319;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:44:43:11:10:29,3:31,2:0.72093,0.0465116:14,1:15,2:6:5:16,0:15,2:6:4 chr2 139621326 . G A 576.01 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0215;QD=60.6329;RBI=0.0332194;REFB=0;REVB=-0.0096442;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190779;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:19:19:0:0 chr2 141032088 . C T 1522.81 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0494752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.895;QD=58.5697;RBI=0.0495957;REFB=-0.0134555;REVB=0.00345512;RO=1;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104268;STB=0.505493;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000440921;OID=.;OPOS=141032088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:102:103:0.990385:45:57:0:1:45:58:0:1 chr2 141260668 . A G 1458.56 PASS AF=0.989474;AO=89;DP=91;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0908535;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.03;QD=61.4132;RBI=0.0915169;REFB=-0.143076;REVB=0.0109991;RO=1;SAF=34;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013734;STB=0.506492;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0016532;OID=.;OPOS=141260668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:95:1:1:89:94:0.989474:55:34:1:0:56:38:1:0 chr2 141274576 . T C 492.2 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0505301;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.707;QD=51.8101;RBI=0.0507783;REFB=-0.0482624;REVB=0.00501432;RO=3;SAF=11;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111716;STB=0.559965;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000659993;OID=.;OPOS=141274576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:24:11:3:0:24:11:3:0 chr2 141571329 . T C 1043.19 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.208;QD=59.6108;RBI=0.0408152;REFB=0;REVB=0.0106814;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77901e-05;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:40:27:0:0:40:30:0:0 chr2 141709419 . T G 846.47 PASS AF=0.888889;AO=63;DP=72;FAO=64;FDP=72;FR=.;FRO=8;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0538111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.87;QD=47.0261;RBI=0.078149;REFB=-0.231968;REVB=0.0566712;RO=7;SAF=44;SAR=19;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885312;STB=0.523802;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0288803;OID=.;OPOS=141709419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:72:72:7:8:63:64:0.888889:19:44:2:5:20:44:4:4 chr2 141750163 . CA CT,TT 380.48 PASS AF=0.555556,0.0634921;AO=32,4;DP=63;FAO=35,4;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=19,1;FSAR=16,3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.009268,-0.0156444;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=151.365,138.019;QD=24.1571;RBI=0.0252277,0.0268995;REFB=-0.00900758,-0.00944497;REVB=-0.0234636,-0.0218824;RO=24;SAF=17,1;SAR=15,3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00812013,-0.330642;STB=0.500488,0.748753;STBP=1,0.392;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0100944,0.0111975;OID=.,.;OPOS=141750164,141750163;OREF=A,CA;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:32,4:35,4:0.555556,0.0634921:15,3:17,1:13:11:16,3:19,1:13:11 chr2 141751592 . G A 349.39 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00911921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.412;QD=17.4695;RBI=0.00973376;REFB=-0.00713374;REVB=0.00340384;RO=42;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118682;STB=0.560942;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0123123;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:23:14:21:21:23:14:21:22 chr2 141816621 . A G 632.1 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.428;QD=61.6683;RBI=0.0442314;REFB=0;REVB=0.035772;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174163;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr2 143849094 . G A 178.67 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0663277;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2998;QD=12.538;RBI=0.102912;REFB=-0.0223687;REVB=-0.0786859;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015201;STB=0.508764;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0281401;OID=.;OPOS=143849094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:11:11:17:18:11:11:17:18 chr2 144899559 . C A 637.42 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8338;QD=59.2952;RBI=0.013138;REFB=-0.0928229;REVB=-0.00300671;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00214398;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:26:16:0:1:26:16:0:1 chr2 145146084 . AAT A,AAA 72.64 PASS AF=0.441176,0;AO=7,7;DP=44;FAO=15,0;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8,0;FSAR=7,0;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0160497,-0.0671707;FXX=0.0555401;HRUN=8,7;LEN=2,1;MLLD=13.2602,8.79905;QD=8.54598;RBI=0.0429245,0.14087;REFB=-0.0961582,-0.0622182;REVB=-0.0398111,-0.123824;RO=24;SAF=5,0;SAR=2,7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.216323,-0.733522;STB=0.620001,0.5;STBP=0.257,1;TYPE=del,snp;VARB=0.106231,0;OID=.,.;OPOS=145146085,145146086;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176,0:7,7:44:15,0:34:19:8,0:7,0:6:13:73:24:5,0:2,7:13:11 chr2 147345683 . G A 205.78 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0184083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.658;QD=10.8308;RBI=0.0379757;REFB=-0.00609352;REVB=-0.0332158;RO=50;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435604;STB=0.525335;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0180624;OID=.;OPOS=147345683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:14:12:25:25:14:12:25:25 chr2 148657117 . G A 943.59 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.628;QD=57.187;RBI=0.0235768;REFB=-0.143835;REVB=0.0164185;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389475;OID=.;OPOS=148657117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:1:0:65:66:1:38:27:0:1:39:27:0:0 chr2 148716428 . T C 382.04 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0137426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.363;QD=49.2951;RBI=0.0813229;REFB=0.0897696;REVB=0.0801533;RO=2;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773479;STB=0.541638;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000927853;OID=.;OPOS=148716428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:2:2:28:29:0.935484:11:17:0:2:11:18:0:2 chr2 150432976 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.445;QD=61.3364;RBI=0.0400136;REFB=0;REVB=0.0382435;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137972;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr2 151219315 . C T 1026.91 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0308865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.077;QD=55.5086;RBI=0.0309661;REFB=-0.168595;REVB=0.0022189;RO=3;SAF=38;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358761;STB=0.518982;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00263721;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:74:3:3:71:71:0.959459:33:38:3:0:33:38:3:0 chr2 152266473 . T C 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00313937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.815;QD=18.7955;RBI=0.0235506;REFB=-0.0179307;REVB=-0.0233405;RO=27;SAF=16;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109826;STB=0.562444;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0176863;OID=.;OPOS=152266473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:7:16:16:11:7:16:16:11 chr2 152296641 . G T 152.71 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0679269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7174;QD=13.574;RBI=0.0679682;REFB=0.00807431;REVB=0.00236883;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451358;STB=0.526285;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0148911;OID=.;OPOS=152296641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:12:16:9:8:12:16 chr2 152302942 . C T 208.57 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0190074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.819;QD=18.1364;RBI=0.0348751;REFB=-0.0308148;REVB=-0.0292402;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00191448;STB=0.519732;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0258289;OID=.;OPOS=152302942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:25:21:21:0.456522:11:10:11:12:11:10:11:14 chr2 152311570 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.001;QD=62.3506;RBI=0.0274452;REFB=0;REVB=0.0124672;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125577;OID=.;OPOS=152311570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr2 152314385 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0471278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.714;QD=11.185;RBI=0.04757;REFB=0.00116822;REVB=-0.0064715;RO=35;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283431;STB=0.665222;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0036681;OID=.;OPOS=152314385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:12:7:22:13:12:7:22:13 chr2 152320118 . G A,T 675.14 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=41,2;DP=43;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205317,0.0180765;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.032,115.148;QD=61.3761;RBI=0.0319832,0.0201396;REFB=0,0;REVB=0.024523,-0.00887931;RO=0;SAF=16,1;SAR=25,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.1719e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=6.25149e-05,0.150374;OID=.,.;OPOS=152320118,152320118;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:43:44:0:0:41,2:42,2:0.954545,0.0454545:25,1:16,1:0:0:25,1:17,1:0:0 chr2 152321090 . C G 273.32 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00382714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.287;QD=31.2366;RBI=0.00451882;REFB=-0.0254413;REVB=0.00240265;RO=11;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221857;STB=0.512185;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0105413;OID=.;OPOS=152321090;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:14:10:5:6:14:10:5:6 chr2 152322095 . A T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2698;QD=37.4861;RBI=0.149688;REFB=0;REVB=0.144377;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00728548;OID=.;OPOS=152322095;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr2 152331418 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.971;QD=60.6096;RBI=0.0386282;REFB=0;REVB=-0.0117413;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121091;OID=.;OPOS=152331418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr2 152332424 . C T 161.64 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0334703;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.499;QD=11.9736;RBI=0.0423363;REFB=7.25366e-05;REVB=-0.025925;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780772;STB=0.526691;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0011729;OID=.;OPOS=152332424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:34:34:20:20:0.37037:12:8:16:18:12:8:15:19 chr2 152342310 . G A 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00712417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.806;QD=28.806;RBI=0.013005;REFB=-0.00619077;REVB=0.0108801;RO=17;SAF=10;SAR=18;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478624;STB=0.526297;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00445907;OID=.;OPOS=152342310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:18:10:5:12:18:10:5:12 chr2 152352843 . C G 2359.68 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.241;QD=60.8949;RBI=0.0146089;REFB=0;REVB=-0.0117496;RO=0;SAF=65;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36279e-05;OID=.;OPOS=152352843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:155:0:0:153:155:1:88:65:0:0:89:66:0:0 chr2 152362730 . T G 476.48 PASS AF=0.479592;AO=46;DP=97;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00099939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.8;QD=19.4483;RBI=0.00936844;REFB=-0.0188497;REVB=-0.00931498;RO=50;SAF=20;SAR=26;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427867;STB=0.512478;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0242844;OID=.;OPOS=152362730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:50:51:46:47:0.479592:26:20:24:26:26:21:24:27 chr2 152372974 . C T 389.18 PASS AF=0.427184;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.00271681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.151;QD=15.1139;RBI=0.00653066;REFB=-0.0134402;REVB=-0.00593873;RO=59;SAF=17;SAR=26;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25188;STB=0.632435;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0173022;OID=.;OPOS=152372974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:59:59:43:44:0.427184:26:17:38:21:26:18:38:21 chr2 152387553 . T C 670.46 PASS AF=0.425287;AO=74;DP=174;FAO=74;FDP=174;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=0.0357895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.263;QD=15.4128;RBI=0.0358011;REFB=-0.0100532;REVB=0.000908672;RO=99;SAF=36;SAR=38;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224061;STB=0.509484;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.017829;OID=.;OPOS=152387553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:99:100:74:74:0.425287:38:36:46:53:38:36:47:53 chr2 152417134 . GC TT 233.05 PASS AF=0.279661;AO=33;DP=118;FAO=33;FDP=118;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0216497;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=98.3053;QD=7.9;RBI=0.0251641;REFB=-0.00682682;REVB=0.0128266;RO=79;SAF=9;SAR=24;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223852;STB=0.630054;STBP=0.087;TYPE=mnp;VARB=0.0196217;OID=.;OPOS=152417134;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:79:85:33:33:0.279661:24:9:35:44:24:9:37:48 chr2 152420120 . C G 292.12 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0192003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5612;QD=14.6062;RBI=0.0427785;REFB=-0.0130331;REVB=0.0382276;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101955;STB=0.557788;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0170807;OID=.;OPOS=152420120;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:15:18:21:26:15:18:21:26 chr2 152422076 . C G 393.21 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.916;QD=56.1729;RBI=0.0645671;REFB=0;REVB=-0.0450849;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00649e-05;OID=.;OPOS=152422076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:19:9:0:0 chr2 152422087 . A G 147.04 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.021209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.939;QD=17.2993;RBI=0.0222108;REFB=-0.0118632;REVB=0.00659534;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23871;STB=0.647307;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00861813;OID=.;OPOS=152422087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:7:9:5:12:7:9:5:13 chr2 152424597 . G A 462.39 PASS AF=0.471698;AO=49;DP=105;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00637814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.126;QD=17.4487;RBI=0.00828286;REFB=-0.0236517;REVB=0.00528442;RO=55;SAF=33;SAR=16;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113119;STB=0.550427;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0242479;OID=.;OPOS=152424597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:55:56:49:50:0.471698:16:33:31:24:17:33:32:24 chr2 152474861 . C T 555.11 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00329057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.001;QD=20.004;RBI=0.00739797;REFB=-0.0080653;REVB=0.00662587;RO=54;SAF=24;SAR=33;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103016;STB=0.556809;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00969437;OID=.;OPOS=152474861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:33:24:29:25:33:24:29:25 chr2 152483519 . G A 392.25 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.011611;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.353;QD=18.9038;RBI=0.0173702;REFB=-0.00657812;REVB=-0.0129192;RO=42;SAF=27;SAR=13;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254631;STB=0.647925;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0105726;OID=.;OPOS=152483519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:13:27:17:25:13:27:17:26 chr2 152483525 . A G 384.09 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0242569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.366;QD=17.6591;RBI=0.0260292;REFB=-0.00345428;REVB=-0.00944045;RO=47;SAF=27;SAR=13;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247246;STB=0.638604;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00386108;OID=.;OPOS=152483525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:13:27:20:27:13:27:20:27 chr2 152490219 . A G 1738.01 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.675;QD=60.4525;RBI=0.0350415;REFB=0;REVB=0.0322494;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142057;OID=.;OPOS=152490219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:115:0:0:110:115:1:57:53:0:0:58:57:0:0 chr2 152490458 . A G 1825.98 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230553;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.804;QD=61.3775;RBI=0.0300499;REFB=0;REVB=0.0192731;RO=0;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7472e-05;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:65:53:0:0:65:54:0:0 chr2 152496526 . A G 1024.12 PASS AF=0.986111;AO=66;DP=67;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.16421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4641;QD=56.8956;RBI=0.164784;REFB=-0.0530206;REVB=-0.0137414;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00118742;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:72:0:1:66:71:0.986111:36:30:0:0:36:35:0:1 chr2 152499355 . T C 433.37 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00182123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.353;QD=20.6366;RBI=0.0160846;REFB=-0.0141642;REVB=-0.0159811;RO=40;SAF=16;SAR=27;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445084;STB=0.529151;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0102665;OID=.;OPOS=152499355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:41:43:43:0.511905:27:16:13:27:27:16:13:28 chr2 152521096 . C T 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3859;QD=58.5809;RBI=0.0249669;REFB=0;REVB=-0.0184026;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20823e-05;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr2 152527608 . C T 1513.9 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171686;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.025;QD=63.7433;RBI=0.00377749;REFB=0;REVB=0.00336479;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391624;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:40:55:0:0:40:55:0:0 chr2 152531077 . A G 464.92 PASS AF=0.535714;AO=44;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0244005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.609;QD=22.1391;RBI=0.0244129;REFB=-0.0165952;REVB=-0.000776631;RO=38;SAF=21;SAR=23;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137273;STB=0.584448;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0123484;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:39:44:45:0.535714:23:21:12:26:23:22:12:27 chr2 152544903 . T C 523.1 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.013131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.622;QD=23.7771;RBI=0.0669486;REFB=-0.0153009;REVB=0.0656483;RO=37;SAF=18;SAR=31;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00928669;STB=0.503998;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.011609;OID=.;OPOS=152544903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:39:49:49:0.556818:31:18:14:23:31:18:14:25 chr2 152573981 . A G 339.31 PASS AF=0.401961;AO=39;DP=101;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.00398595;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.809;QD=13.3064;RBI=0.0301582;REFB=-0.0118941;REVB=-0.0298936;RO=62;SAF=16;SAR=23;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259615;STB=0.502007;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0173449;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:62:61:39:41:0.401961:23:16:24:38:25:16:24:37 chr2 152698480 . C T 502.78 PASS AF=0.533333;AO=47;DP=91;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00458178;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.037;QD=22.3459;RBI=0.0292674;REFB=-0.00339059;REVB=-0.0289066;RO=42;SAF=31;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143906;STB=0.582642;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00325621;OID=.;OPOS=152698480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:42:42:47:48:0.533333:16:31:21:21:16:32:21:21 chr2 152988610 . C CT 72.68 PASS AF=0.325;AO=10;DP=41;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0970946;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.4105;QD=7.26813;RBI=0.126528;REFB=0.0153207;REVB=-0.0811291;RO=30;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31724;STB=0.692012;STBP=0.13;TYPE=ins;VARB=-0.0501899;OID=.;OPOS=152988611;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325:10:41:13:40:27:4:9:16:11:72:30:3:7:17:13 chr2 153378459 . T C 823.23 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586697;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.772;QD=57.7707;RBI=0.0590734;REFB=0;REVB=0.00689425;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57641e-05;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr2 153399253 . GA AG,G 913.05 PASS AF=0.0821918,0.917808;AO=6,11;DP=66;FAO=6,67;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=6,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274446,0.939202;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=200.279,20.8316;QD=50.0303;RBI=0.0611931,0.939975;REFB=0,0;REVB=-0.0546935,0.0381229;RO=49;SAF=0,0;SAR=6,11;SRF=46;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.847455,-0.869766;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.108036,0.0396244;OID=.,.;OPOS=153399253,153399254;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:66:73:49:0:6,11:6,67:0.0821918,0.917808:6,11:0,0:46:3:6,21:0,46:0:0 chr2 153476066 . GC AC,CG,GCCAC 144.17 PASS AF=0.25,0,0.75;AO=3,2,5;DP=28;FAO=3,0,9;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=3,0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0;FXX=0.333148;HRUN=1,1,5;LEN=1,2,3;MLLD=49.8579,21.8995,133.64;QD=48.055;RBI=0.0135509,0.0765165,0.0355334;REFB=0,0,0;REVB=-0.0135509,-0.0765165,0.0355334;RO=13;SAF=0,0,0;SAR=3,2,5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.64472,-0.569211,-0.722799;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,ins;VARB=0.0869348,0,0.00792469;OID=.,.,.;OPOS=153476066,153476066,153476067;OREF=G,GC,-;OALT=A,CG,CCA;OMAPALT=AC,CG,GCCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:20:28:12:13:0:3,2,5:3,0,9:0.25,0,0.75:3,2,5:0,0,0:7:6:3,0,9:0,0,0:0:0 chr2 153476069 . C A 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.091;QD=6.5737;RBI=0.0280728;REFB=-0.012295;REVB=-0.0280728;RO=16;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0233517;OID=.;OPOS=153476069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:6:0:0:16:6:0:0:16 chr2 153476072 . T C 32.05 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.157;QD=6.74801;RBI=0.0178198;REFB=-0.0280124;REVB=0.0178198;RO=13;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.158214;OID=.;OPOS=153476072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:19:19:13:13:6:6:0.315789:6:0:0:13:6:0:0:13 chr2 153533260 . G A 1163.84 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0395533;FXX=0.0249969;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.366;QD=59.6841;RBI=0.043495;REFB=-0.050659;REVB=0.0180928;RO=1;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101785;STB=0.505375;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000533447;OID=.;OPOS=153533260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:78:1:1:77:77:0.987179:46:31:0:1:46:31:0:1 chr2 155265623 . G A 541.77 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423031;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.001;QD=58.57;RBI=0.0467815;REFB=0;REVB=0.0199738;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184677;OID=.;OPOS=155265623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:34:37:1:20:14:0:0:21:16:0:0 chr2 155307336 . G C,T 1266.45 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=76,7;DP=83;FAO=76,8;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47,3;FSAR=29,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207571,0.00196165;FXX=0.0117633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.463,130.545;QD=60.3069;RBI=0.0240397,0.00196166;REFB=0,0;REVB=-0.0121264,3.25617e-06;RO=0;SAF=47,2;SAR=29,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00166311,0.15613;OID=.,.;OPOS=155307336,155307336;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:83:84:0:0:76,7:76,8:0.904762,0.0952381:29,5:47,2:0:0:29,5:47,3:0:0 chr2 156120552 . A G 910.43 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.668;QD=57.805;RBI=0.0114455;REFB=0;REVB=0.0111536;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19821e-05;OID=.;OPOS=156120552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:31:30:0:0:31:32:0:0 chr2 157189011 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.057;QD=49.599;RBI=0.0456913;REFB=0;REVB=-0.00784812;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058629;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr2 157257361 . G A 801.03 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4438;QD=57.2165;RBI=0.0614253;REFB=0;REVB=-0.0577701;RO=0;SAF=6;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207808;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:50:6:0:0:50:6:0:0 chr2 157441664 . G C 755.8 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246122;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.691;QD=57.0415;RBI=0.0251164;REFB=0;REVB=0.00500748;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176013;OID=.;OPOS=157441664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:38:15:0:0:38:15:0:0 chr2 157442253 . G A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0620054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7217;QD=57.3844;RBI=0.0677966;REFB=0;REVB=0.0274172;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000381111;OID=.;OPOS=157442253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr2 157442413 . G A 493.92 PASS AF=0.526882;AO=47;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0406283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.736;QD=21.2439;RBI=0.0434324;REFB=-0.0205791;REVB=-0.0153531;RO=43;SAF=21;SAR=26;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247651;STB=0.517874;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0183756;OID=.;OPOS=157442413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:44:47:49:0.526882:26:21:18:25:26:23:19:25 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 505.65 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=21,7;DP=33;FAO=24,12;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13,9;FSAR=11,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000224269,0.0313944;FXX=0.0270197;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=198.623,192.542;QD=56.1832;RBI=0.0234214,0.0313968;REFB=0,0;REVB=0.0234203,0.000387947;RO=0;SAF=10,4;SAR=11,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.51176e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00400967,0.00654294;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.666667,0.333333:21,7:33:24,12:36:0:13,9:11,3:0:0:85:0:10,4:11,3:0:0 chr2 158155480 . A G 41.99 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00664074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.96;QD=4.41966;RBI=0.019244;REFB=-0.00449045;REVB=-0.0180619;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280466;STB=0.519029;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0155605;OID=.;OPOS=158155480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:3:4:17:14:3:4:17:14 chr2 158155576 . G A 499.93 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000213767;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.922;QD=54.0469;RBI=0.0110632;REFB=-0.234985;REVB=0.0110611;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.527762;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00171709;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:37:1:2:35:35:0.945946:17:18:0:1:17:18:0:2 chr2 158157361 . C T 2735.0 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217511;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.154;QD=62.159;RBI=0.0220457;REFB=0;REVB=0.00359239;RO=0;SAF=80;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32889e-05;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:174:176:1:94:80:0:0:96:80:0:0 chr2 158291187 . A AC 518.39 PASS AF=1;AO=5;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833766;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=204.088;QD=56.0426;RBI=0.0890946;REFB=0;REVB=-0.0314037;RO=31;SAF=1;SAR=4;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.92643e-05;OID=.;OPOS=158291188;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:36:37:37:0:13:24:0:0:4:31:1:4:11:20 chr2 158291188 . A C 400.5 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00216495;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.555;QD=42.1573;RBI=0.00854668;REFB=-0.0703543;REVB=0.00826793;RO=7;SAF=11;SAR=20;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259499;STB=0.51401;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00272528;OID=.;OPOS=158291188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:38:38:7:7:31:31:0.815789:20:11:2:5:20:11:2:5 chr2 158386938 . C T 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.05;QD=62.3483;RBI=0.0261116;REFB=0;REVB=-0.0250431;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33442e-05;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr2 158443889 . G A 109.85 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.00328067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.934;QD=7.32302;RBI=0.0137421;REFB=-0.0162007;REVB=-0.0133448;RO=43;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306968;STB=0.689303;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0238425;OID=.;OPOS=158443889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:43:44:16:16:0.266667:7:9:13:30:7:9:13:31 chr2 158626980 . C T 250.11 PASS AF=0.365854;AO=29;DP=81;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0101005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.72;QD=12.2007;RBI=0.0107655;REFB=-0.000755709;REVB=0.00372502;RO=51;SAF=10;SAR=19;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123687;STB=0.573862;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00156285;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:51:52:29:30:0.365854:19:10:23:28:20:10:23:29 chr2 158636910 . G A 326.73 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0122404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.863;QD=14.8513;RBI=0.0499773;REFB=-0.00940002;REVB=0.0484551;RO=51;SAF=19;SAR=17;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119737;STB=0.561601;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00879847;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:51:52:36:36:0.409091:17:19:21:30:17:19:22:30 chr2 159166069 . T C 482.69 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5138;QD=55.1641;RBI=0.03672;REFB=-0.0837686;REVB=0.0141582;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.521726;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0043665;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:33:34:0.971429:22:11:1:0:23:11:1:0 chr2 159537868 . A G 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.121;QD=53.2705;RBI=0.0676767;REFB=0;REVB=0.058446;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689163;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr2 159663599 . T C 248.76 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0211299;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.02;QD=16.049;RBI=0.0241917;REFB=-0.00438203;REVB=-0.0117798;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012469;STB=0.507037;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00581753;OID=.;OPOS=159663599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:34:28:28:0.451613:16:12:15:19:16:12:15:19 chr2 160019863 . A G 740.32 PASS AF=1;AO=46;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.699;QD=56.9479;RBI=0.0287066;REFB=0;REVB=-0.02637;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60514e-05;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:46:52:1:32:14:0:0:32:20:0:0 chr2 160035207 . T C 446.7 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321622;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.092;QD=57.6387;RBI=0.0532822;REFB=0;REVB=0.0424804;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217429;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chr2 160084473 . A C 159.7 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00898519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8657;QD=11.6147;RBI=0.0286226;REFB=0.00162705;REVB=0.0271757;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00240814;OID=.;OPOS=160084473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:35:20:20:0.363636:12:8:13:21:12:8:14:21 chr2 160086653 . CA TG 424.97 PASS AF=0.395161;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.00417839;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=2;MLLD=153.139;QD=13.7088;RBI=0.0204128;REFB=-0.020798;REVB=-0.0199806;RO=75;SAF=22;SAR=27;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901699;STB=0.551;STBP=0.386;TYPE=mnp;VARB=0.0292934;OID=.;OPOS=160086653;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:75:75:49:49:0.395161:27:22:40:35:27:22:40:35 chr2 160086692 . A G 356.03 PASS AF=0.351562;AO=43;DP=126;FAO=45;FDP=128;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.0347838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.035;QD=11.1258;RBI=0.0355601;REFB=-0.00936804;REVB=0.00738971;RO=82;SAF=22;SAR=21;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703943;STB=0.55784;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0143484;OID=.;OPOS=160086692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:82:83:43:45:0.351562:21:22:47:35:23:22:48:35 chr2 160136337 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.79;QD=46.848;RBI=0.00592107;REFB=0;REVB=0.00324326;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93761e-05;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr2 160182302 . C T 157.83 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0397962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.917;QD=16.614;RBI=0.046117;REFB=-0.00110958;REVB=-0.0233034;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142368;STB=0.581444;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.000278927;OID=.;OPOS=160182302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:8:13:8:9:8:13 chr2 160294779 . T C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.012484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.671;QD=7.52635;RBI=0.0131973;REFB=-0.00824352;REVB=0.0042801;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134173;STB=0.583157;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0114646;OID=.;OPOS=160294779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:16:8:4:5:16:8 chr2 160294842 . A G 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0141267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.623;QD=13.3675;RBI=0.0210865;REFB=0.00710272;REVB=0.015655;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173468;STB=0.601254;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0158786;OID=.;OPOS=160294842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:11:7:17:14:11:7:17:14 chr2 160604812 . C T 598.14 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373731;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.907;QD=61.3473;RBI=0.0126157;REFB=0;REVB=-0.0120494;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117156;OID=.;OPOS=160604812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr2 160605268 . T C 785.28 PASS AF=1;AO=30;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.315;QD=64.1045;RBI=0.0458661;REFB=0;REVB=0.0345505;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456283;OID=.;OPOS=160605268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:30:49:1:18:12:0:0:31:18:0:0 chr2 160639970 . T C 717.38 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.527;QD=56.2648;RBI=0.0345323;REFB=0;REVB=0.0320496;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277737;OID=.;OPOS=160639970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:24:27:0:0 chr2 160676427 . C A 207.56 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0305875;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7353;QD=16.2789;RBI=0.0319287;REFB=-0.0136392;REVB=-0.00915683;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097699;STB=0.562448;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0197976;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:9:14:19:8:9:14:20:8 chr2 160711045 . G C 1343.75 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0746266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.769;QD=61.0797;RBI=0.0807077;REFB=-0.108675;REVB=0.0307345;RO=1;SAF=20;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00712564;STB=0.503703;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000626819;OID=.;OPOS=160711045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:86:87:0.988636:66:20:0:1:67:20:0:1 chr2 160737621 . C T 1048.13 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172101;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.446;QD=59.8929;RBI=0.0211031;REFB=0;REVB=0.0122129;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25615e-06;OID=.;OPOS=160737621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr2 160738677 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.061;QD=58.7817;RBI=0.0124583;REFB=0;REVB=-0.0104919;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82361e-06;OID=.;OPOS=160738677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr2 160833188 . A G 2374.55 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193441;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.862;QD=64.1769;RBI=0.0331091;REFB=0;REVB=0.0268704;RO=0;SAF=79;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40248e-05;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:148:0:0:144:148:1:65:79:0:0:65:83:0:0 chr2 160901517 . A G 249.94 PASS AF=0.361446;AO=29;DP=82;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0319518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1608;QD=12.0451;RBI=0.0504694;REFB=0.0197019;REVB=0.0390672;RO=52;SAF=5;SAR=24;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330011;STB=0.706648;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0427012;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:52:53:29:30:0.361446:24:5:21:31:25:5:22:31 chr2 160968628 . A G 267.17 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00457166;FXX=0.0657808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.278;QD=15.0517;RBI=0.0103317;REFB=-0.0131701;REVB=-0.00926523;RO=41;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105488;STB=0.549263;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0146954;OID=.;OPOS=160968628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:41:41:29:30:0.422535:14:15:17:24:15:15:17:24 chr2 160994348 . C T 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00456291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.232;QD=20.1587;RBI=0.0241116;REFB=-0.0333498;REVB=-0.0236759;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291666;STB=0.666444;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0197775;OID=.;OPOS=160994348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:12:4:8:6:12:4:8:6 chr2 161174693 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0615264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.261;QD=10.542;RBI=0.061528;REFB=-0.0175016;REVB=0.000445552;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150282;STB=0.576329;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0245274;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:7:4:10:10:7:4:10:11 chr2 161253376 . A G 93.37 PASS AF=0.25;AO=13;DP=58;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0217169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.653;QD=6.22457;RBI=0.0227826;REFB=-0.00786124;REVB=-0.00688629;RO=44;SAF=9;SAR=4;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267741;STB=0.599867;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0281273;OID=.;OPOS=161253376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:60:44:45:13:15:0.25:4:9:21:23:6:9:21:24 chr2 161253401 . G A 213.16 PASS AF=0.329268;AO=26;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0582385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7554;QD=10.3981;RBI=0.0853529;REFB=-0.0168385;REVB=-0.0623971;RO=55;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969618;STB=0.5428;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0380778;OID=.;OPOS=161253401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:55:26:27:0.329268:12:14:25:30:13:14:25:30 chr2 162876768 . G A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00319681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.945;QD=14.8513;RBI=0.0109984;REFB=-0.00970873;REVB=0.0105236;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153015;STB=0.588144;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00886867;OID=.;OPOS=162876768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:11:18:9:10:11:18 chr2 164145582 . C A 115.54 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.000475758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.253;QD=19.2558;RBI=0.0094227;REFB=-0.0209453;REVB=-0.00941069;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145313;STB=0.579497;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0217511;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:10:11:12:13:0.541667:7:5:6:4:7:6:7:4 chr2 165476253 . A T 234.21 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0316455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3584;QD=18.7367;RBI=0.0320207;REFB=-0.0236425;REVB=-0.00488772;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234609;STB=0.513296;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0271305;OID=.;OPOS=165476253;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:15:8:10:17:15:8:10:17 chr2 165657066 . T C 141.84 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0575149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.416;QD=13.8376;RBI=0.0575301;REFB=-0.0228885;REVB=-0.00132055;RO=25;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204886;STB=0.632417;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0328916;OID=.;OPOS=165657066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:25:15:16:0.390244:5:10:12:13:5:11:12:13 chr2 165657096 . G C 121.59 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00795155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.385;QD=15.1992;RBI=0.0118047;REFB=-0.0040073;REVB=0.00872493;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193277;STB=0.583212;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0028231;OID=.;OPOS=165657096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:18:14:14:0.4375:5:9:7:9:5:9:9:9 chr2 165996107 . T A 261.23 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0396924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.506;QD=14.7169;RBI=0.0397001;REFB=-0.00129798;REVB=0.000783501;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252219;STB=0.507038;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00326879;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:15:15:21:19:15:15:21:20 chr2 166152389 . G A 201.99 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0235218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9413;QD=21.2616;RBI=0.0296718;REFB=0.0294336;REVB=-0.0180871;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467648;STB=0.52629;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0262234;OID=.;OPOS=166152389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:10:8:10:10:10:8 chr2 166168539 . C CT 32.75 PASS AF=0.307692;AO=5;DP=25;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0335585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.1002;QD=5.03809;RBI=0.131885;REFB=-0.105347;REVB=-0.127544;RO=20;SAF=1;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455594;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=ins;VARB=0.13699;OID=.;OPOS=166168540;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:5:25:8:26:18:3:5:10:8:32:20:1:4:12:8 chr2 166170127 . T C 2159.2 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8505;QD=63.0423;RBI=0.0421585;REFB=0;REVB=0.0349756;RO=0;SAF=83;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232199;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:54:83:0:0:54:83:0:0 chr2 166248047 . G A 304.58 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00809629;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4832;QD=14.8574;RBI=0.0222527;REFB=-0.00971431;REVB=0.0207276;RO=48;SAF=13;SAR=21;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166291;STB=0.594284;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0101477;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:48:48:34:34:0.414634:21:13:26:22:21:13:26:22 chr2 166535918 . C T 272.82 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0127092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.274;QD=14.949;RBI=0.0180997;REFB=-0.00643878;REVB=0.012887;RO=42;SAF=13;SAR=18;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224163;STB=0.626552;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00741262;OID=.;OPOS=166535918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:18:13:27:15:18:13:27:15 chr2 166605010 . A T 197.47 PASS AF=0.655172;AO=17;DP=27;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0290901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.677;QD=27.2371;RBI=0.0297292;REFB=-0.0334913;REVB=-0.00613104;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208503;STB=0.509081;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0193646;OID=.;OPOS=166605010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:27:29:9:10:17:19:0.655172:10:7:4:5:10:9:5:5 chr2 166618262 . C T 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=-0.00440532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.116;QD=14.2701;RBI=0.0210733;REFB=-0.00528425;REVB=-0.0206077;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423306;STB=0.736676;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0201328;OID=.;OPOS=166618262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:10:14:5:28:10:14:5:28 chr2 166788336 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.62;QD=57.106;RBI=0.0181962;REFB=0;REVB=0.0147011;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33141e-05;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr2 166797646 . C T 1125.5 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.489;QD=60.0268;RBI=0.0162374;REFB=0;REVB=0.0153257;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08288e-05;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr2 166810159 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0194989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.262;QD=10.6345;RBI=0.0214271;REFB=-0.0180641;REVB=-0.00888334;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16722;STB=0.599771;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.039302;OID=.;OPOS=166810159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:3:10:5:3:3:10 chr2 166810161 . G A 45.08 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0243231;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.511;QD=7.5125;RBI=0.0277991;REFB=-0.0108688;REVB=0.0134601;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65795e-08;STB=0.555401;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0943808;OID=.;OPOS=166810161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:14:17:7:7:0.291667:4:3:6:8:4:3:6:11 chr2 166847987 . C A 459.31 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0440476;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8825;QD=15.7029;RBI=0.0471475;REFB=-0.0118056;REVB=0.0168136;RO=66;SAF=24;SAR=27;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935156;STB=0.552264;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0149981;OID=.;OPOS=166847987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:66:66:51:51:0.435897:27:24:25:41:27:24:25:41 chr2 166892788 . C T 352.23 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0255352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.671;QD=18.2976;RBI=0.0258267;REFB=-0.0270459;REVB=-0.00386934;RO=39;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144727;STB=0.585179;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.034077;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:40:37:37:0.480519:21:16:11:28:21:16:11:29 chr2 166897864 . A G 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00433623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0964;QD=14.6214;RBI=0.0539563;REFB=-0.0180066;REVB=0.0537818;RO=46;SAF=10;SAR=23;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337929;STB=0.69685;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0342355;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:47:33:33:0.4125:23:10:29:17:23:10:30:17 chr2 166903445 . T C 489.16 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0047671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7432;QD=21.9849;RBI=0.00828034;REFB=-0.00505731;REVB=-0.00677044;RO=42;SAF=25;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882422;STB=0.548643;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00947829;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:22:25:18:24:22:25:18:24 chr2 167099158 . A G 1003.45 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.457;QD=59.0266;RBI=0.0385991;REFB=0;REVB=0.013697;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55458e-05;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:37:31:0:0 chr2 167144974 . A T 372.18 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00881858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.728;QD=14.3147;RBI=0.0233697;REFB=-0.0369524;REVB=-0.021642;RO=61;SAF=17;SAR=26;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11905;STB=0.567241;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0443745;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:26:17:31:30:26:17:31:30 chr2 167144995 . T C 452.57 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0255017;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.028;QD=16.1632;RBI=0.0291706;REFB=-0.00800428;REVB=0.014163;RO=62;SAF=19;SAR=31;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121774;STB=0.568154;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00913429;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:62:62:50:50:0.446429:31:19:31:31:31:19:31:31 chr2 167145142 . A G 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.000986616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.594;QD=8.46425;RBI=0.0126525;REFB=-0.0144933;REVB=-0.012614;RO=38;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178217;STB=0.606427;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0573247;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:9:6:10:28:9:6:10:28 chr2 167163043 . T C 296.26 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00956264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0113;QD=13.1669;RBI=0.0604817;REFB=-0.0045676;REVB=0.0597209;RO=54;SAF=10;SAR=24;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177298;STB=0.615314;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0068557;OID=.;OPOS=167163043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:56:34:34:0.377778:24:10:24:30:24:10:26:30 chr2 167168093 . C T 507.85 PASS AF=0.482143;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00975087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.716;QD=18.1375;RBI=0.0118933;REFB=-0.00512253;REVB=-0.0068096;RO=57;SAF=35;SAR=18;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821135;STB=0.534433;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00471303;OID=.;OPOS=167168093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:57:58:53:54:0.482143:18:35:33:24:19:35:34:24 chr2 167279922 . C A 446.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8567;QD=57.67;RBI=0.0428224;REFB=0;REVB=-0.011942;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105635;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr2 167334085 . G T 1461.39 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.956;QD=61.5323;RBI=0.0193668;REFB=-0.0779226;REVB=0.0181193;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924915;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:93:95:0:0:92:95:1:48:44:0:0:51:44:0:0 chr2 167759994 . T C 185.56 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0222292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.711;QD=13.7455;RBI=0.0294268;REFB=-0.00177756;REVB=-0.0192822;RO=31;SAF=5;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358098;STB=0.700179;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00449535;OID=.;OPOS=167759994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:17:5:17:14:17:5:17:15 chr2 169681151 . C T 808.44 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0597337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7898;QD=53.8961;RBI=0.0626519;REFB=0.181486;REVB=-0.0188983;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.51562;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00778667;OID=.;OPOS=169681151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:0:2:58:58:0.966667:31:27:0:0:31:27:0:2 chr2 169707428 . C T 456.0 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0369182;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0773;QD=20.0439;RBI=0.0447069;REFB=0.00166499;REVB=-0.0252141;RO=46;SAF=26;SAR=19;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149821;STB=0.583093;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00330909;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:46:46:45:45:0.494505:19:26:19:27:19:26:19:27 chr2 169721377 . G A 471.69 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0149096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.924;QD=55.4933;RBI=0.0311843;REFB=0.0275049;REVB=0.0273892;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00630151;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:1:0:15:18:1:0 chr2 169733808 . A G 143.29 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.000699894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.595;QD=14.6965;RBI=0.0112743;REFB=-0.0270782;REVB=0.0112526;RO=22;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125753;STB=0.56513;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0179916;OID=.;OPOS=169733808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:13:3:6:16:13:3:6:17 chr2 169758024 . A T 291.39 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0134032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.419;QD=16.892;RBI=0.0168536;REFB=-0.0308539;REVB=-0.0102176;RO=36;SAF=10;SAR=22;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16271;STB=0.600325;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0210821;OID=.;OPOS=169758024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:22:10:17:19:22:10:18:19 chr2 169764120 . A G 337.91 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0294566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6112;QD=22.9088;RBI=0.062752;REFB=0.0336636;REVB=0.0554087;RO=25;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686704;STB=0.537826;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0161268;OID=.;OPOS=169764120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:18:16:14:11:18:16:14:11 chr2 169764491 . T C 232.13 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00749011;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.534;QD=16.009;RBI=0.00957007;REFB=0.00038225;REVB=-0.00595688;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136645;STB=0.585524;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=4.45438e-05;OID=.;OPOS=169764491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:31:26:27:0.465517:14:12:10:21:14:13:10:21 chr2 169789016 . T C 371.55 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00643902;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.451;QD=19.5553;RBI=0.0130943;REFB=-0.0273278;REVB=0.0114018;RO=38;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476146;STB=0.526449;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.021569;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:18:20:22:16:18:20:22:16 chr2 169826877 . C T 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.415;QD=58.5844;RBI=0.0457252;REFB=0;REVB=-0.0326811;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000534139;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr2 169830328 . A G 622.72 PASS AF=0.588235;AO=59;DP=102;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0635671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3708;QD=24.4204;RBI=0.0636033;REFB=-0.0349036;REVB=-0.00214454;RO=42;SAF=22;SAR=37;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128698;STB=0.50423;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.024412;OID=.;OPOS=169830328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:42:42:59:60:0.588235:37:22:15:27:38:22:15:27 chr2 169952233 . T C 367.7 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0205548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.867;QD=21.9521;RBI=0.0206473;REFB=-0.0168042;REVB=-0.0019515;RO=30;SAF=9;SAR=27;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149869;STB=0.586776;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00678037;OID=.;OPOS=169952233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:30:36:37:0.552239:27:9:12:18:28:9:12:18 chr2 169997051 . G A 411.61 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1982;QD=56.7739;RBI=0.12821;REFB=0;REVB=0.0100941;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258301;OID=.;OPOS=169997051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:14:12:0:0:14:15:0:0 chr2 170003432 . T G 1276.64 PASS AF=0.92;AO=92;DP=100;FAO=92;FDP=100;FR=.;FRO=8;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0394369;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.3786;QD=51.0657;RBI=0.0399823;REFB=-0.097747;REVB=-0.00658127;RO=8;SAF=36;SAR=56;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225478;STB=0.511924;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00584594;OID=.;OPOS=170003432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:100:100:8:8:92:92:0.92:56:36:2:6:56:36:2:6 chr2 170010985 . T C 460.19 PASS AF=0.822222;AO=34;DP=44;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0106303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.759;QD=40.906;RBI=0.0256067;REFB=0.00335545;REVB=-0.0232959;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.568826;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000480654;OID=.;OPOS=170010985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:44:45:0:8:34:37:0.822222:19:15:0:0:19:18:7:1 chr2 170025083 . A G 457.62 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0144887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3619;QD=17.7716;RBI=0.0352553;REFB=-0.0391926;REVB=-0.0321406;RO=54;SAF=21;SAR=28;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152371;STB=0.508471;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.041662;OID=.;OPOS=170025083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:28:21:24:30:28:21:24:30 chr2 170032989 . C T 223.04 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00113717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.986;QD=16.5217;RBI=0.0343807;REFB=-0.00562784;REVB=0.0343619;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23952;STB=0.634931;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0126027;OID=.;OPOS=170032989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:19:10:15:10:19:10 chr2 170092395 . A G 300.17 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00726202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3033;QD=17.1524;RBI=0.0362312;REFB=-0.00637125;REVB=0.035496;RO=34;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00720613;STB=0.508375;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.02036;OID=.;OPOS=170092395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:37:32:33:0.471429:20:12:13:21:21:12:14:23 chr2 170099473 . T C 574.33 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7278;QD=60.4554;RBI=0.0474652;REFB=0;REVB=0.0128116;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792452;OID=.;OPOS=170099473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr2 170103336 . T C 1478.82 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.67;QD=62.9286;RBI=0.00528845;REFB=0;REVB=-0.00501687;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189304;OID=.;OPOS=170103336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:46:47:0:0:47:47:0:0 chr2 170103351 . G T 1458.83 PASS AF=0.979167;AO=89;DP=94;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00123507;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4084;QD=60.7847;RBI=0.0576687;REFB=-0.014998;REVB=0.0576555;RO=3;SAF=44;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106392;STB=0.510636;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00833837;OID=.;OPOS=170103351;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:96:3:2:89:94:0.979167:45:44:2:1:48:46:2:0 chr2 170115588 . T C 1059.82 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.313;QD=58.0722;RBI=0.0212153;REFB=-0.115369;REVB=0.00877072;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333929;OID=.;OPOS=170115588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:73:1:0:71:73:1:34:37:1:0:35:38:0:0 chr2 170129528 . G A 199.78 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0101696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0421;QD=13.5445;RBI=0.011041;REFB=-0.0034393;REVB=-0.00429895;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159954;STB=0.591473;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00497678;OID=.;OPOS=170129528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:14:10:20:15:14:10:20:15 chr2 170150671 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.871;QD=46.848;RBI=0.0514486;REFB=0;REVB=0.0514308;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148593;OID=.;OPOS=170150671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr2 170175334 . T C 911.76 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0222532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.441;QD=55.258;RBI=0.0231512;REFB=-0.0779957;REVB=0.00638531;RO=2;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262242;STB=0.513885;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000872554;OID=.;OPOS=170175334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:35:29:0:2:35:29:0:2 chr2 170218847 . C G 441.3 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.022;QD=56.9422;RBI=0.041957;REFB=0;REVB=0.0245461;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299229;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:12:17:0:0:14:17:0:0 chr2 170403030 . T C 1032.46 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00389763;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.834;QD=58.1667;RBI=0.00800577;REFB=0.0166801;REVB=0.00699291;RO=1;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106256;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-2.17519e-05;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:44:26:0:1:44:26:0:1 chr2 170411693 . T C 453.33 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00473747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.703;QD=54.9488;RBI=0.014027;REFB=-0.134862;REVB=-0.0132027;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252339;STB=0.513505;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000987717;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:14:18:1:0:14:18:1:0 chr2 170605981 . C T 868.04 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6522;QD=57.8691;RBI=0.0298921;REFB=0;REVB=-0.0106701;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416898;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr2 170632969 . C A 222.5 PASS AF=1;AO=12;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392316;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.5768;QD=49.4436;RBI=0.169587;REFB=0;REVB=0.169542;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0193647;OID=.;OPOS=170632969;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:12:18:1:6:6:0:0:11:7:0:0 chr2 170938659 . G A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.175;QD=55.095;RBI=0.0266304;REFB=0;REVB=-0.00206822;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273994;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr2 170976590 . A G,T 325.4 PASS AF=0.923077,0.0384615;AO=24,2;DP=26;FAO=24,1;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8,1;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0340548,0.00608967;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.151,97.3971;QD=50.0614;RBI=0.0377291,0.0411498;REFB=-0.0314715,-0.0841989;REVB=-0.0162405,-0.0406967;RO=0;SAF=8,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.515139,0.989913;STBP=0.617,0.496;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00156991,0.103869;OID=.,.;OPOS=170976590,170976590;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:26:26:0:1:24,2:24,1:0.923077,0.0384615:16,1:8,1:0:0:16,0:8,1:0:1 chr2 171260787 . G A 178.76 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0158732;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.654;QD=14.5922;RBI=0.0175637;REFB=-0.00828798;REVB=-0.00751835;RO=29;SAF=14;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611669;STB=0.528271;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0200624;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:5:14:20:9:5:14:21:9 chr2 171260820 . T C 205.93 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0137728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1077;QD=16.8102;RBI=0.086914;REFB=0.00384236;REVB=0.0858158;RO=28;SAF=15;SAR=6;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447983;STB=0.525524;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00187341;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:6:15:21:7:6:15:21:7 chr2 171355198 . A G 72.66 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00313966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.31;QD=8.80743;RBI=0.0175162;REFB=-0.0130725;REVB=0.0172325;RO=23;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312368;STB=0.695219;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0320889;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:8:2:10:13:8:2:10:13 chr2 171356274 . G A 331.34 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00209941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.5131;QD=15.0609;RBI=0.0223193;REFB=-0.0109093;REVB=0.0222204;RO=48;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198536;STB=0.514962;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0162533;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:48:50:37:38:0.431818:17:20:25:23:18:20:25:25 chr2 171570488 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.36;QD=37.4885;RBI=0.0258679;REFB=0;REVB=0.0255826;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174088;OID=.;OPOS=171570488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr2 171572940 . G A 638.59 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0366213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.517;QD=59.404;RBI=0.0366223;REFB=-0.136796;REVB=-0.000277307;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00481186;OID=.;OPOS=171572940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:15:27:0:0:15:27:1:0 chr2 171649402 . C T 246.61 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0172004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.818;QD=15.9105;RBI=0.0329181;REFB=-0.0105711;REVB=-0.0280669;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256956;STB=0.526048;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0159417;OID=.;OPOS=171649402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:27:28:0.451613:16:11:13:21:16:12:13:21 chr2 171678625 . T C 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.716;QD=46.8382;RBI=0.0325522;REFB=0;REVB=-0.0146315;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539381;OID=.;OPOS=171678625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr2 171822465 . C CT 284.4 PASS AF=1;AO=4;DP=28;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11641;FXX=0.0370233;HRUN=0;LEN=1;MLLD=168.339;QD=43.7538;RBI=0.116605;REFB=0;REVB=-0.0067438;RO=24;SAF=0;SAR=4;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554043;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00342008;OID=.;OPOS=171822466;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:28:26:26:0:6:20:0:0:3:24:0:4:6:18 chr2 171822466 . C T 298.45 PASS AF=0.862069;AO=24;DP=29;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0199807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.323;QD=41.1653;RBI=0.0384308;REFB=-0.120372;REVB=0.0328284;RO=5;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112804;STB=0.547583;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00245215;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:29:29:5:4:24:25:0.862069:18:6:0:5:19:6:0:4 chr2 171822522 . T C,TC 72.39 PASS AF=0,0.333333;AO=3,8;DP=34;FAO=0,11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=0,3;FSAR=0,8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0171793,0.0213852;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=70.9424,71.0381;QD=8.77422;RBI=0.156806,0.0258371;REFB=-0.00255286,-0.00225769;REVB=-0.155862,-0.0144993;RO=23;SAF=1,3;SAR=2,5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.245189,-0.220255;STB=0.5,0.714688;STBP=1,0.084;TYPE=snp,ins;VARB=0.0424304,0.0930511;OID=.,.;OPOS=171822522,171822523;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:71:34:33:23:22:3,8:0,11:0,0.333333:2,5:1,3:13:10:0,8:0,3:13:9 chr2 171822576 . C T 754.37 PASS AF=0.964912;AO=51;DP=55;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00713667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0623;QD=52.938;RBI=0.104293;REFB=-0.0783595;REVB=0.104048;RO=2;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285241;STB=0.513884;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00541973;OID=.;OPOS=171822576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:55:57:2:2:51:55:0.964912:32:19:0:2:35:20:0:2 chr2 171850329 . T G 850.02 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.533;QD=57.6286;RBI=0.0212185;REFB=0;REVB=-0.0191609;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55829e-05;OID=.;OPOS=171850329;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr2 172174150 . AA GC 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148276;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=192.401;QD=52.6132;RBI=0.0178756;REFB=0;REVB=0.00998406;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000160543;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr2 172180771 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000638809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.331;QD=63.1954;RBI=0.011933;REFB=0;REVB=0.0119159;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64071e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:54:38:0:0:54:38:0:0 chr2 172378818 . A G 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0608072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4108;QD=49.3972;RBI=0.0632796;REFB=-0.0563498;REVB=0.0175154;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00149968;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:12:11:1:0:12:11:1:0 chr2 172379781 . G A 711.75 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0228643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.02;QD=52.7221;RBI=0.0328393;REFB=-0.177905;REVB=0.023572;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500713;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000876095;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:0:2:52:52:0.962963:27:25:0:0:27:25:1:1 chr2 172411273 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4719;QD=49.5985;RBI=0.0324236;REFB=0;REVB=-0.0322669;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000985196;OID=.;OPOS=172411273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr2 172693780 . G A 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000205753;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4042;QD=60.6302;RBI=0.0126809;REFB=0;REVB=0.0126792;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165232;OID=.;OPOS=172693780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:29:8:0:0:29:8:0:0 chr2 172709215 . G C 188.2 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.154;QD=47.0501;RBI=0.0581697;REFB=0;REVB=-0.00576533;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889465;OID=.;OPOS=172709215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:9:7:0:0 chr2 172725301 . A G 1384.91 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.013344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.398;QD=60.8752;RBI=0.0138616;REFB=-0.0673654;REVB=0.00375273;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000262037;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:89:90:0.989011:52:37:0:0:53:37:0:1 chr2 172964638 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.155;QD=40.7629;RBI=0.0666786;REFB=0;REVB=0.0178125;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135752;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr2 172966250 . T C 1425.02 PASS AF=0.959184;AO=93;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00811308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.076;QD=58.1643;RBI=0.057279;REFB=-0.0567828;REVB=0.0567015;RO=3;SAF=58;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389122;STB=0.515729;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00148134;OID=.;OPOS=172966250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:3:4:93:94:0.959184:35:58:0:3:36:58:1:3 chr2 173339808 . G A 279.27 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0421206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.017;QD=14.1402;RBI=0.042167;REFB=-0.00873549;REVB=-0.00197781;RO=45;SAF=12;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852442;STB=0.569988;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0165336;OID=.;OPOS=173339808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:47:31:32:0.405063:19:12:21:24:20:12:23:24 chr2 173352103 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0204389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.467;QD=16.8984;RBI=0.0205633;REFB=-0.0358706;REVB=-0.00225837;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22118;STB=0.628944;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.021013;OID=.;OPOS=173352103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:4:5:3:7:4:5 chr2 173686663 . G T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0214922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.7;QD=16.7283;RBI=0.0257942;REFB=-0.00975448;REVB=-0.0142627;RO=18;SAF=13;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12351;STB=0.562079;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0112926;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:3:13:13:5:3:13:14:5 chr2 173917425 . GG AG,AT 774.29 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=51,2;DP=53;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389469,-0.0539112;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=77.4655,109.71;QD=56.3118;RBI=0.0392764,0.057749;REFB=0,0;REVB=0.00507709,-0.020701;RO=0;SAF=23,0;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.97956e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00026628,0.0173808;OID=.,.;OPOS=173917425,173917425;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:55:0:0:51,2:53,2:0.963636,0.0363636:28,2:23,0:0:0:30,2:23,0:0:0 chr2 174068513 . G C 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.555;QD=62.0167;RBI=0.0574353;REFB=0;REVB=0.0534823;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623454;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr2 174091088 . T C 728.9 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.191;QD=57.1683;RBI=0.0570364;REFB=0;REVB=0.0533809;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227563;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr2 174097106 . A G 850.49 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.307;QD=57.6602;RBI=0.00797741;REFB=0;REVB=0.00767995;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58848e-06;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:28:31:0:0 chr2 174103160 . T C 217.92 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00940688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1146;QD=15.566;RBI=0.0457336;REFB=0.0119002;REVB=-0.0447557;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222793;STB=0.633698;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0145182;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:10:15:11:19:10:15:11:20 chr2 174128595 . T C 318.26 PASS AF=0.432099;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00458675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.149;QD=15.7166;RBI=0.0168793;REFB=-0.0169957;REVB=0.0162442;RO=46;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099526;STB=0.562024;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0205014;OID=.;OPOS=174128595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:46:46:34:35:0.432099:23:11:19:27:24:11:19:27 chr2 174228107 . G A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0051318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.368;QD=22.908;RBI=0.0161558;REFB=-0.0232418;REVB=0.0153191;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081141;STB=0.545411;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0183782;OID=.;OPOS=174228107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:12:9:9:8:12:9:9:8 chr2 174230201 . C T 481.75 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0064502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.821;QD=20.5001;RBI=0.0147414;REFB=-0.012806;REVB=-0.0132553;RO=46;SAF=23;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289228;STB=0.521258;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0179386;OID=.;OPOS=174230201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:47:47:47:0.5:24:23:24:22:24:23:25:22 chr2 174232845 . T C 572.85 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0292898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3383;QD=55.8873;RBI=0.0356065;REFB=-0.0455839;REVB=0.0202466;RO=2;SAF=15;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584497;STB=0.529397;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00196943;OID=.;OPOS=174232845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:38:39:0.95122:23:15:2:0:23:16:2:0 chr2 174939983 . GG GAG,GA 74.81 PASS AF=0.75,0.25;AO=3,3;DP=8;FAO=6,2;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4,1;FSAR=2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230199,0.0240734;FXX=0;HRUN=0,13;LEN=1,1;MLLD=217.616,216.502;QD=37.4059;RBI=0.0770532,0.100664;REFB=0,0;REVB=-0.0735342,-0.0977434;RO=0;SAF=3,1;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000822064,0.000666675;OID=.,.;OPOS=174939984,174939984;OREF=-,G;OALT=A,A;OMAPALT=GAG,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.25:3,3:8:6,2:8:0:4,1:2,1:0:0:8:0:3,1:0,2:0:0 chr2 175201299 . C G 2573.86 PASS AF=1;AO=150;DP=171;FAO=169;FDP=169;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=74;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618721;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4178;QD=60.9197;RBI=0.0118367;REFB=-0.0390461;REVB=0.0100909;RO=1;SAF=72;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656056;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78961e-05;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:171:169:1:0:150:169:1:78:72:1:0:95:74:0:0 chr2 175424779 . T G 63.43 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0120761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.452;QD=8.7489;RBI=0.0327273;REFB=0.00149183;REVB=-0.0304179;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429415;STB=0.765024;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00262065;OID=.;OPOS=175424779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:2:7:8:12:2:7:8:12 chr2 175425476 . G A 289.59 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.313;QD=52.6534;RBI=0.0220727;REFB=0;REVB=0.00655847;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28645e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:12:8:0:0:12:10:0:0 chr2 175426274 . C G 1092.1 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172984;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0459;QD=60.6724;RBI=0.0439036;REFB=0;REVB=0.040352;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187204;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr2 175436940 . G A 392.29 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0276765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.868;QD=50.6177;RBI=0.0356926;REFB=-0.0188133;REVB=0.0225383;RO=2;SAF=16;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547301;STB=0.529392;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000670315;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:13:16:2:0:13:16:2:0 chr2 176957822 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00329719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.244;QD=14.6521;RBI=0.0911255;REFB=0.0191871;REVB=0.0910658;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435573;STB=0.526224;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.002203;OID=.;OPOS=176957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:4:1:1:5:4:1 chr2 176964904 . G A 597.52 PASS AF=0.428571;AO=63;DP=149;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.012577;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.476;QD=16.259;RBI=0.0126931;REFB=-0.030499;REVB=-0.00171263;RO=84;SAF=38;SAR=25;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210525;STB=0.511781;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0437703;OID=.;OPOS=176964904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:84:84:63:63:0.428571:25:38:49:35:25:38:49:35 chr2 176965086 . G A 735.3 PASS AF=0.481481;AO=71;DP=155;FAO=78;FDP=162;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0122984;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.408;QD=18.1555;RBI=0.0393619;REFB=-0.0181411;REVB=0.0373913;RO=81;SAF=33;SAR=38;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635116;STB=0.518514;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0226053;OID=.;OPOS=176965086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:162:81:84:71:78:0.481481:38:33:43:38:39:39:45:39 chr2 176984192 . TAAA T,TATA 312.86 PASS AF=0.5,0.323529;AO=5,13;DP=26;FAO=17,11;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=13,3;FSAR=4,8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0568338,0.00248366;FXX=0.128172;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=29.6195,75.0867;QD=36.8069;RBI=0.0785543,0.0608556;REFB=-0.01704,-0.0063099;REVB=-0.0542282,-0.0608049;RO=6;SAF=1,4;SAR=4,9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.308675,-0.119706;STB=0.586987,0.592415;STBP=0.233,0.396;TYPE=del,snp;VARB=0.0459326,-0.0172802;OID=.,.;OPOS=176984193,176984194;OREF=AAA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.323529:5,13:26:17,11:34:6:13,3:4,8:3:3:99:6:1,4:4,9:3:3 chr2 176984454 . A T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0496428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.736;QD=22.9573;RBI=0.0510175;REFB=0.0155118;REVB=-0.0117631;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243896;STB=0.638112;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0125165;OID=.;OPOS=176984454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:12:4:6:5:12:4:6:5 chr2 176988290 . C CGCA 156.29 PASS AF=0.447368;AO=13;DP=40;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0138349;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=3;MLLD=211.745;QD=16.4517;RBI=0.0315073;REFB=-0.0369899;REVB=0.0283073;RO=26;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302392;STB=0.683324;STBP=0.059;TYPE=ins;VARB=0.0534615;OID=.;OPOS=176988291;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368:13:40:17:38:21:5:12:13:8:99:26:4:9:15:11 chr2 178085137 . G A 255.06 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00404804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.219;QD=22.1787;RBI=0.0216208;REFB=-0.00834591;REVB=0.0212384;RO=22;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332135;STB=0.685562;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00708137;OID=.;OPOS=178085137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:16:8:16:6:16:8:16:6 chr2 178085343 . A G 410.37 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.00698443;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.1157;QD=20.5187;RBI=0.0207234;REFB=-0.0287146;REVB=-0.019511;RO=38;SAF=20;SAR=21;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19337;STB=0.599225;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0267473;OID=.;OPOS=178085343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:38:39:41:41:0.5125:21:20:27:11:21:20:27:12 chr2 178210593 . C T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00851865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.319;QD=16.755;RBI=0.0485678;REFB=-0.0162756;REVB=-0.0478149;RO=26;SAF=19;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247777;STB=0.667814;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0135673;OID=.;OPOS=178210593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:28:24:24:0.461538:5:19:15:11:5:19:15:13 chr2 178417142 . C G,T 992.6 PASS AF=0.0428571,0.942857;AO=3,66;DP=70;FAO=3,66;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=1,33;FSAR=2,33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0164892,-0.00361834;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.551,86.0639;QD=56.7199;RBI=0.0168077,0.00835481;REFB=-0.0269402,-0.0204517;REVB=-0.00325659,-0.00753064;RO=1;SAF=1,33;SAR=2,33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163246,0.0141028;STB=0.59939,0.50746;STBP=0.681,0.502;TYPE=snp,snp;VARB=0.128179,-0.00357425;OID=.,.;OPOS=178417142,178417142;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:70:70:1:1:3,66:3,66:0.0428571,0.942857:2,33:1,33:0:1:2,33:1,33:0:1 chr2 178417225 . C T 680.09 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9289;QD=61.8264;RBI=0.0602412;REFB=0;REVB=0.00622088;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042613;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:19:25:0:0 chr2 178481818 . G T 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.575;QD=57.2352;RBI=0.0148963;REFB=0;REVB=-0.0116499;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35766e-05;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr2 178491217 . G A 772.89 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.067;QD=56.21;RBI=0.0338631;REFB=0;REVB=0.0232374;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375314;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:26:29:0:0 chr2 178493301 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.56;QD=50.4134;RBI=0.0311416;REFB=0;REVB=0.0129952;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214183;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr2 178494173 . G GGGA 1336.23 PASS AF=0.92381;AO=89;DP=110;FAO=97;FDP=105;FR=.;FRO=8;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0351214;FXX=0.0186898;HRUN=4;LEN=3;MLLD=280.401;QD=50.904;RBI=0.0358922;REFB=-0.0683468;REVB=0.00739834;RO=12;SAF=47;SAR=42;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124249;STB=0.51866;STBP=0.192;TYPE=ins;VARB=0.00332105;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.92381:89:110:97:105:8:49:48:6:2:27:12:47:42:7:5 chr2 178682603 . T C 233.2 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0309779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.869;QD=13.9226;RBI=0.0558178;REFB=-0.0297785;REVB=0.0464327;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360483;STB=0.510909;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0387895;OID=.;OPOS=178682603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:39:27:28:0.41791:15:12:16:23:16:12:16:23 chr2 178682655 . A G 253.03 PASS AF=0.482759;AO=26;DP=56;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0248559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.777;QD=17.4506;RBI=0.0250707;REFB=0.00511602;REVB=-0.00327525;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091505;STB=0.532972;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00514207;OID=.;OPOS=178682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:30:30:26:28:0.482759:14:12:11:19:16:12:11:19 chr2 178936373 . T G 519.86 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.269;QD=59.413;RBI=0.0374327;REFB=0;REVB=0.0186715;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117139;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:22:13:0:0 chr2 178936614 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.986;QD=51.1846;RBI=0.04322;REFB=0;REVB=0.0338263;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318829;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr2 178936901 . G A 107.55 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0229498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.395;QD=12.6525;RBI=0.0242712;REFB=-0.0137885;REVB=-0.00789935;RO=20;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288313;STB=0.664137;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0222413;OID=.;OPOS=178936901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:21:13:13:0.382353:11:2:7:13:11:2:7:14 chr2 179203797 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.672;QD=55.6561;RBI=0.0157866;REFB=0;REVB=0.0153959;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231857;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr2 179247322 . G C 69.23 PASS AF=0.45;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.048;QD=13.8466;RBI=0.0063959;REFB=-0.0151768;REVB=0.0063959;RO=12;SAF=0;SAR=9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.733628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127389;OID=.;OPOS=179247322;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:12:11:9:9:0.45:9:0:1:11:9:0:0:11 chr2 179251779 . G A 449.44 PASS AF=0.683333;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00183707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.277;QD=29.9628;RBI=0.0307898;REFB=-0.0541147;REVB=0.0307349;RO=19;SAF=24;SAR=17;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927415;STB=0.550232;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.017644;OID=.;OPOS=179251779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:19:19:41:41:0.683333:17:24:14:5:17:24:14:5 chr2 179260382 . A G 1142.1 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00280738;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.358;QD=59.3296;RBI=0.0462237;REFB=-0.103643;REVB=0.0461384;RO=1;SAF=56;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230684;STB=0.512192;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000500176;OID=.;OPOS=179260382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:20:56:0:1:20:56:0:1 chr2 179325816 . G A 415.6 PASS AF=0.505882;AO=41;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00899754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8026;QD=19.5578;RBI=0.0281721;REFB=-0.0176372;REVB=-0.0266967;RO=42;SAF=26;SAR=15;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189971;STB=0.587611;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0160477;OID=.;OPOS=179325816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:42:42:41:43:0.505882:15:26:18:24:17:26:18:24 chr2 179358665 . A G 198.45 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.000826992;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3657;QD=14.6996;RBI=0.0122826;REFB=-0.0212098;REVB=0.0122547;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102762;STB=0.558537;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0228191;OID=.;OPOS=179358665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:23:23:0.425926:11:12:13:18:11:12:13:18 chr2 179367086 . A G 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.035141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.1472;QD=12.973;RBI=0.0357506;REFB=-0.0254349;REVB=0.00657417;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225979;STB=0.634375;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0181298;OID=.;OPOS=179367086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:3:9:10:8:3:9:10:8 chr2 179395958 . T C 214.37 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00484724;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.267;QD=17.1494;RBI=0.0090771;REFB=-0.0306425;REVB=0.0076745;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415392;STB=0.535684;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0262837;OID=.;OPOS=179395958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:27:23:23:0.46:13:10:11:17:13:10:10:17 chr2 179396354 . G A 267.18 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0667226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9559;QD=28.1239;RBI=0.0679467;REFB=-0.0100763;REVB=0.0128395;RO=14;SAF=6;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145167;STB=0.580574;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00402985;OID=.;OPOS=179396354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:18:6:6:8:18:6:6:8 chr2 179397561 . C T 646.26 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.017368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.792;QD=18.2044;RBI=0.0201299;REFB=-0.0198051;REVB=-0.0101767;RO=73;SAF=42;SAR=24;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152973;STB=0.596301;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0252266;OID=.;OPOS=179397561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:73:76:66:66:0.464789:24:42:35:38:24:42:35:41 chr2 179398823 . G A 50.14 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.018286;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2663;QD=13.3694;RBI=0.0290203;REFB=-0.0604013;REVB=-0.0225345;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.666221;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.011855;OID=.;OPOS=179398823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:2:6:3:4:2:6 chr2 179406191 . C T 536.79 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=136;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0185849;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.984;QD=15.7878;RBI=0.0219903;REFB=-0.0193189;REVB=-0.0117547;RO=78;SAF=30;SAR=28;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176562;STB=0.50989;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0264673;OID=.;OPOS=179406191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:78:78:58:58:0.426471:28:30:39:39:28:30:39:39 chr2 179413110 . G A 87.51 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0334231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5397;QD=13.4624;RBI=0.0717075;REFB=-0.0110253;REVB=-0.0634418;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448621;STB=0.766915;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0268253;OID=.;OPOS=179413110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:9:2:9:6:9:2:9:6 chr2 179421694 . A G 333.54 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0133746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5073;QD=21.8714;RBI=0.0148281;REFB=-0.0235078;REVB=0.00640261;RO=26;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453333;STB=0.532001;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0180751;OID=.;OPOS=179421694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:27:34:34:0.557377:15:19:16:10:15:19:17:10 chr2 179427186 . A G 538.76 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00857554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5554;QD=20.5243;RBI=0.0133759;REFB=-0.0177336;REVB=0.0102652;RO=50;SAF=30;SAR=25;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142325;STB=0.578285;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0156565;OID=.;OPOS=179427186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:50:55:55:0.52381:25:30:19:31:25:30:19:31 chr2 179427536 . T C 192.31 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00635516;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.199;QD=9.73731;RBI=0.00639389;REFB=-0.0102898;REVB=-0.000702707;RO=52;SAF=15;SAR=10;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461018;STB=0.505259;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0195231;OID=.;OPOS=179427536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:52:54:25:25:0.316456:10:15:31:21:10:15:32:22 chr2 179430997 . G A 593.15 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=8;FWDB=-0.0416675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.098;QD=24.7145;RBI=0.0416868;REFB=-0.0111423;REVB=0.00126796;RO=40;SAF=21;SAR=33;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312123;STB=0.678189;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00918902;OID=.;OPOS=179430997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:40:42:54:54:0.5625:33:21:32:8:33:21:34:8 chr2 179432185 . A G 156.76 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0110985;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.701;QD=9.50056;RBI=0.011927;REFB=-0.000937368;REVB=0.00436767;RO=45;SAF=8;SAR=13;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177029;STB=0.604551;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00268131;OID=.;OPOS=179432185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:45:45:21:21:0.318182:13:8:24:21:13:8:24:21 chr2 179436020 . G A 313.69 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0310851;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.693;QD=19.3041;RBI=0.0341311;REFB=-0.029323;REVB=0.0140941;RO=31;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803527;STB=0.537921;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.025279;OID=.;OPOS=179436020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:31:32:33:33:0.507692:20:13:15:16:20:13:15:17 chr2 179440029 . G A 433.41 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0152067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.654;QD=20.6384;RBI=0.0201654;REFB=-0.0170702;REVB=0.0132439;RO=41;SAF=24;SAR=19;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04643;STB=0.52568;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0140669;OID=.;OPOS=179440029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:19:24:25:16:19:24:25:16 chr2 179444768 . C G 1830.43 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233983;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.773;QD=61.527;RBI=0.025534;REFB=0;REVB=0.0102227;RO=0;SAF=50;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170879;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:69:50:0:0:69:50:0:0 chr2 179447848 . T C 354.31 PASS AF=0.426966;AO=37;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0170633;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.29;QD=15.9238;RBI=0.0171489;REFB=-0.0119641;REVB=0.00171084;RO=51;SAF=16;SAR=21;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193168;STB=0.502091;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00803692;OID=.;OPOS=179447848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:37:38:0.426966:21:16:23:28:21:17:23:28 chr2 179451420 . G A 405.56 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.000233773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0802;QD=17.258;RBI=0.0199529;REFB=0.00615765;REVB=-0.0199515;RO=50;SAF=19;SAR=23;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218832;STB=0.610059;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00634243;OID=.;OPOS=179451420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:50:52:42:42:0.446809:23:19:34:16:23:19:34:18 chr2 179454394 . A G 176.2 PASS AF=0.5;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00419482;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.156;QD=19.5777;RBI=0.00541878;REFB=-0.0369624;REVB=-0.00343026;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18715;STB=0.610988;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0436511;OID=.;OPOS=179454394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:17:18:0.5:6:11:8:10:7:11:7:11 chr2 179455207 . T C 675.49 PASS AF=0.55;AO=64;DP=119;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00468026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.431;QD=22.5162;RBI=0.0503143;REFB=-0.0421063;REVB=0.0500962;RO=54;SAF=32;SAR=32;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309175;STB=0.523466;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0333844;OID=.;OPOS=179455207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:54:54:64:66:0.55:32:32:29:25:34:32:29:25 chr2 179457147 . G A 117.52 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0042427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3946;QD=12.3705;RBI=0.027057;REFB=0.00540894;REVB=-0.0267223;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280665;STB=0.516506;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0138745;OID=.;OPOS=179457147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:5:9:16:8:5:9:16:8 chr2 179458591 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0164922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.925;QD=8.69799;RBI=0.0175483;REFB=-0.0119325;REVB=-0.00599581;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502138;STB=0.81719;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0244322;OID=.;OPOS=179458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:8:6:6:1:8:6 chr2 179462494 . A G 340.03 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00120191;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1499;QD=17.8962;RBI=0.0245749;REFB=-0.0221855;REVB=0.0245454;RO=40;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760241;STB=0.542498;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0263784;OID=.;OPOS=179462494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:40:36:36:0.473684:16:20:19:21:16:20:19:21 chr2 179464527 . T C 468.17 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0765508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3114;QD=18.5414;RBI=0.0765644;REFB=-0.0179351;REVB=0.00144542;RO=50;SAF=24;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893296;STB=0.514557;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0279287;OID=.;OPOS=179464527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:52:49:49:0.485149:25:24:24:26:25:24:24:28 chr2 179474668 . G A 259.21 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0250883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0645;QD=20.3303;RBI=0.0329919;REFB=-0.0232381;REVB=-0.0214252;RO=24;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222071;STB=0.624317;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0193171;OID=.;OPOS=179474668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:19:8:13:11:19:8:13:11 chr2 179477717 . A G 924.26 PASS AF=0.460094;AO=98;DP=215;FAO=98;FDP=213;FR=.;FRO=115;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=66;FSRR=49;FWDB=0.0527048;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.345;QD=17.3571;RBI=0.0554979;REFB=-0.0224449;REVB=0.0173845;RO=112;SAF=56;SAR=42;SRF=65;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880583;STB=0.50137;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0227618;OID=.;OPOS=179477717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:112:115:98:98:0.460094:42:56:65:47:42:56:66:49 chr2 179479245 . C T 101.42 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0347764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8484;QD=16.9029;RBI=0.0473822;REFB=-0.0352783;REVB=0.0321819;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.088359;OID=.;OPOS=179479245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:6:6:6:6:6:6 chr2 179497025 . A G 437.82 PASS AF=0.42735;AO=49;DP=116;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0133524;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.554;QD=14.9683;RBI=0.0133824;REFB=-0.0066219;REVB=0.000894857;RO=65;SAF=21;SAR=28;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137111;STB=0.504165;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00976199;OID=.;OPOS=179497025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:65:67:49:50:0.42735:28:21:27:38:28:22:29:38 chr2 179515483 . G C 267.66 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0291194;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.722;QD=16.222;RBI=0.0452265;REFB=-0.00247178;REVB=0.0346049;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178528;STB=0.59085;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00687792;OID=.;OPOS=179515483;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:36:30:30:0.454545:15:15:24:11:15:15:24:12 chr2 179535858 . G T 62.39 PASS AF=0.134021;AO=13;DP=97;FAO=13;FDP=97;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.00527215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4318;QD=2.57258;RBI=0.0431128;REFB=-0.00284216;REVB=-0.0427892;RO=84;SAF=11;SAR=2;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428934;STB=0.80718;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0942275;OID=.;OPOS=179535858;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:97:97:84:84:13:13:0.134021:2:11:44:40:2:11:44:40 chr2 179545859 . C T 299.23 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0405487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.174;QD=13.7577;RBI=0.0418985;REFB=-0.000746882;REVB=-0.0105494;RO=51;SAF=18;SAR=16;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510863;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00147854;OID=.;OPOS=179545859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:53:34:34:0.390805:16:18:27:24:16:18:29:24 chr2 179554305 . C T 402.42 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0186846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.424;QD=16.5948;RBI=0.0209667;REFB=-0.00996903;REVB=-0.00951234;RO=55;SAF=16;SAR=26;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000925543;STB=0.50052;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128912;OID=.;OPOS=179554305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:26:16:21:34:26:16:21:34 chr2 179585266 . C T 833.18 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4674;QD=57.4608;RBI=0.0432452;REFB=0;REVB=0.0362207;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369842;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr2 179589058 . G A 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0121806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.869;QD=16.0716;RBI=0.0398972;REFB=-0.0260281;REVB=-0.0379923;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858497;STB=0.548354;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0357916;OID=.;OPOS=179589058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:14:15:15:20:14:15:15:20 chr2 179600549 . G C 405.68 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0241513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.01;QD=17.2628;RBI=0.029304;REFB=-0.0161092;REVB=0.0165963;RO=52;SAF=25;SAR=17;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609133;STB=0.534063;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0215247;OID=.;OPOS=179600549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:17:25:34:18:17:25:34:18 chr2 179600563 . G A 1438.21 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.349;QD=61.8586;RBI=0.0391884;REFB=-0.0775739;REVB=-0.0124308;RO=1;SAF=59;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141475;STB=0.507461;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000203163;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:33:59:0:1:33:59:0:1 chr2 179614952 . A G 1587.76 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.344;QD=64.1519;RBI=0.013074;REFB=0;REVB=0.00412802;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38781e-05;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:50:47:0:0:51:48:0:0 chr2 179615887 . T C 269.55 PASS AF=0.956522;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0328655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6351;QD=46.8781;RBI=0.0407901;REFB=-0.000516952;REVB=0.0241597;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.533302;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00102764;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:23:0:1:20:22:0.956522:6:14:0:0:7:15:0:1 chr2 179615931 . C G 576.33 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00444307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.627;QD=60.6658;RBI=0.040335;REFB=0;REVB=0.0400895;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109941;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:13:25:0:0 chr2 179615994 . T C 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.756;QD=57.3815;RBI=0.0335227;REFB=0;REVB=0.00989543;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85308e-05;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr2 179620951 . C T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.184;QD=59.8394;RBI=0.0183233;REFB=0;REVB=0.00901097;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51396e-05;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr2 179621477 . C T 1556.41 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.59;QD=59.8618;RBI=0.0407886;REFB=0;REVB=0.00945454;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93768e-05;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:52:52:0:0:52:52:0:0 chr2 179623758 . C T 2312.45 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.793;QD=63.7916;RBI=0.0328385;REFB=0;REVB=0.0141608;RO=0;SAF=48;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04469e-05;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:144:145:1:96:48:0:0:97:48:0:0 chr2 179629363 . T C 785.64 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.82;QD=64.1337;RBI=0.0350559;REFB=0;REVB=0.0342185;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145087;OID=.;OPOS=179629363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:25:24:0:0 chr2 179629461 . C T 727.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.349;QD=63.2774;RBI=0.0205277;REFB=0;REVB=0.0203677;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99e-05;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr2 179641090 . T A 48.26 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00726653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.062;QD=12.8684;RBI=0.00727895;REFB=-0.0225758;REVB=0.000425156;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404365;STB=0.749165;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0194993;OID=.;OPOS=179641090;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:4:4:1:6:4:4 chr2 179642552 . T A 834.84 PASS AF=0.439394;AO=86;DP=198;FAO=87;FDP=198;FR=.;FRO=111;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=71;FSRR=40;FWDB=0.00124538;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2399;QD=16.8654;RBI=0.0116602;REFB=-0.00246899;REVB=0.0115935;RO=111;SAF=57;SAR=29;SRF=71;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259349;STB=0.509576;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00216386;OID=.;OPOS=179642552;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:111:111:86:87:0.439394:29:57:71:40:30:57:71:40 chr2 179644035 . G A 1002.56 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.323;QD=58.9742;RBI=0.0626421;REFB=0;REVB=0.036146;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022496;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:26:39:0:0:28:40:0:0 chr2 179644855 . T C 1264.59 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.607;QD=61.6872;RBI=0.0240166;REFB=0;REVB=0.0210543;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73646e-06;OID=.;OPOS=179644855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr2 179650701 . C T 325.44 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0242944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.791;QD=19.7234;RBI=0.0298981;REFB=-0.0070832;REVB=-0.0174264;RO=31;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100606;STB=0.562126;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00586392;OID=.;OPOS=179650701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:18:16:11:20:18:16:11:21 chr2 179698945 . G A 375.39 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00579327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3308;QD=18.3116;RBI=0.0547407;REFB=-0.0213877;REVB=-0.0544333;RO=43;SAF=16;SAR=23;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139494;STB=0.577849;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0212476;OID=.;OPOS=179698945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:23:16:24:19:23:16:24:19 chr2 179702268 . A G 801.88 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.659;QD=64.15;RBI=0.0344868;REFB=0;REVB=0.031124;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7784e-05;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:31:16:0:0:32:18:0:0 chr2 179732845 . G A 544.16 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0220371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.77;QD=17.005;RBI=0.0343957;REFB=-0.0176497;REVB=0.026409;RO=70;SAF=28;SAR=30;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111391;STB=0.506204;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.019553;OID=.;OPOS=179732845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:70:58:58:0.453125:30:28:33:37:30:28:33:37 chr2 179839833 . A G 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0152411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.953;QD=10.8236;RBI=0.0480949;REFB=-0.0189135;REVB=-0.0456161;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139567;STB=0.596995;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0463286;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:7:5:12:10:7:5:13:10 chr2 179914640 . G A 111.02 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0727461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1975;QD=7.52702;RBI=0.0760903;REFB=0.000717008;REVB=-0.0223101;RO=42;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311528;STB=0.678798;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00548004;OID=.;OPOS=179914640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:43:16:16:0.271186:6:10:15:27:6:10:16:27 chr2 180047908 . T C 204.4 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00333395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3568;QD=15.7227;RBI=0.062434;REFB=-0.00359139;REVB=-0.0623449;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27974;STB=0.639228;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00253777;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:27:29:22:23:0.442308:13:9:19:8:13:10:20:9 chr2 180810180 . C T 1026.25 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.25;QD=59.4927;RBI=0.0198159;REFB=0;REVB=0.016049;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32197e-05;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr2 180810264 . A T 619.95 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.024;QD=59.0424;RBI=0.0285193;REFB=-0.128078;REVB=-0.0244706;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240441;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000664421;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:40:41:0.97619:19:21:0:1:20:21:0:1 chr2 180835792 . T A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.146;QD=58.0611;RBI=0.0444679;REFB=0;REVB=-0.00336655;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54402e-05;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr2 182374534 . A G 1171.31 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.8;QD=60.8474;RBI=0.0491564;REFB=0;REVB=-0.00628761;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80336e-05;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:75:77:1:47:28:0:0:48:29:0:0 chr2 182395345 . G A 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.305;QD=58.9612;RBI=0.0366778;REFB=0;REVB=-0.0184917;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103567;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr2 182399097 . T C 436.14 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0611633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4669;QD=54.5172;RBI=0.0611635;REFB=-0.0915871;REVB=-0.000122672;RO=1;SAF=10;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443379;STB=0.523794;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.002112;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:30:31:0.96875:20:10:1:0:21:10:1:0 chr2 182399638 . A G 1593.27 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0896551;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3663;QD=59.5617;RBI=0.0942739;REFB=0;REVB=0.0291465;RO=0;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350616;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:105:107:1:61:44:0:0:61:46:0:0 chr2 182400905 . T G 1614.87 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0602572;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.913;QD=58.1936;RBI=0.0602871;REFB=-0.136772;REVB=-0.00189779;RO=2;SAF=39;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013369;STB=0.507041;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000451977;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:111:2:2:109:109:0.981982:70:39:0:2:70:39:0:2 chr2 182403851 . G A 720.76 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.417;QD=56.5305;RBI=0.0485119;REFB=0;REVB=0.0441028;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116165;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:48:51:1:24:24:0:0:27:24:0:0 chr2 182413259 . A G 477.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.882;QD=57.8346;RBI=0.0559368;REFB=0;REVB=0.0498118;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293491;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:14:19:0:0 chr2 182543455 . T C 207.98 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0149775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.546;QD=17.7003;RBI=0.028271;REFB=-0.0234801;REVB=-0.0239775;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481383;STB=0.543819;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0343752;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:24:26:21:21:0.446809:8:13:16:8:8:13:18:8 chr2 182763586 . G A 365.68 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00109041;FXX=0.0714184;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.24;QD=22.5035;RBI=0.00747652;REFB=-0.00909102;REVB=0.00739657;RO=27;SAF=22;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150932;STB=0.511621;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00879169;OID=.;OPOS=182763586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:65:27:29:36:36:0.553846:14:22:16:11:14:22:17:12 chr2 182780307 . G A 164.6 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0140138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.306;QD=9.54204;RBI=0.0151894;REFB=-0.0108241;REVB=0.00585926;RO=46;SAF=6;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277914;STB=0.658939;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0137955;OID=.;OPOS=182780307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:47:22:22:0.318841:16:6:23:23:16:6:23:24 chr2 182792984 . T A 173.05 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.025229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4681;QD=18.7077;RBI=0.0741288;REFB=-0.0464793;REVB=-0.0697035;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965588;STB=0.555096;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0443547;OID=.;OPOS=182792984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:13:5:7:12:13:5:7:12 chr2 182925120 . T C 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0101428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.819;QD=13.5043;RBI=0.0104185;REFB=5.39019e-05;REVB=0.00238079;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218026;STB=0.512799;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.000300562;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:6:11:8:4:6:11 chr2 182981968 . A G 389.62 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0160577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.789;QD=21.6453;RBI=0.0261776;REFB=-0.0470888;REVB=0.0206741;RO=30;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150207;STB=0.589698;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0566995;OID=.;OPOS=182981968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:30:33:39:39:0.541667:23:16:18:12:23:16:20:13 chr2 183007502 . A G 333.46 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.035061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0651;QD=45.9944;RBI=0.0375084;REFB=0.0901381;REVB=0.0133267;RO=3;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102852;STB=0.555513;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00939161;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:12:14:0:3:12:14:0:3 chr2 183106640 . A C 191.19 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00490872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.774;QD=20.6687;RBI=0.00667224;REFB=-0.00797441;REVB=0.00451921;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125302;STB=0.503222;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.014936;OID=.;OPOS=183106640;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:14:16:18:19:0.513514:10:8:6:8:12:7:6:10 chr2 183789649 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.721;QD=56.7066;RBI=0.0318051;REFB=0;REVB=0.0268294;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135933;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr2 183799558 . G C 1893.53 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.817;QD=61.5784;RBI=0.082723;REFB=0;REVB=0.0255888;RO=0;SAF=57;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238316;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:66:57:0:0:66:57:0:0 chr2 183961650 . A C 1259.35 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0401152;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.551;QD=59.2634;RBI=0.045176;REFB=0.000989206;REVB=0.0207761;RO=2;SAF=37;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0022194;STB=0.500999;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=4.8444e-05;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:82:83:0.976471:45:37:1:1:45:38:1:1 chr2 183961668 . A G 936.29 PASS AF=0.971014;AO=64;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0150259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.358;QD=54.2774;RBI=0.0253199;REFB=-0.15982;REVB=0.0203795;RO=2;SAF=24;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377378;STB=0.519225;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00165914;OID=.;OPOS=183961668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:69:2:2:64:67:0.971014:40:24:2:0:42:25:2:0 chr2 184814072 . T C 681.5 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0501684;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.766;QD=56.7915;RBI=0.0501708;REFB=-0.0798441;REVB=0.000491953;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000888191;STB=0.511106;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0021495;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:48:2:3:45:45:0.9375:23:22:1:1:23:22:2:1 chr2 185469503 . C T 1156.95 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315153;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.971;QD=60.8922;RBI=0.046118;REFB=0;REVB=0.0336697;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93296e-05;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr2 185800905 . A T 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.278;QD=52.6089;RBI=0.00564811;REFB=0;REVB=0.00414895;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05148e-05;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr2 185801745 . ATG ATA,TAA 319.09 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=15,2;DP=24;FAO=23,1;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266329,-0.0291032;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,3;MLLD=186.805,150.205;QD=53.1813;RBI=0.0268618,0.0293488;REFB=0,0;REVB=0.00349914,0.00378898;RO=0;SAF=5,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000242437,0.00526467;OID=.,.;OPOS=185801747,185801745;OREF=G,ATG;OALT=A,TAA;OMAPALT=ATA,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:24:24:0:0:15,2:23,1:0.958333,0.0416667:10,0:5,2:0:0:16,0:7,1:0:0 chr2 185801755 . A G 254.83 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00929977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.198;QD=50.9661;RBI=0.0292342;REFB=0;REVB=0.0277156;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119206;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr2 185802211 . C CACA 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00846445;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=291.878;QD=45.8068;RBI=0.0141901;REFB=0;REVB=-0.0113892;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-6.65934e-05;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:14:14:14:0:3:11:0:0:4:0:3:11:0:0 chr2 185802243 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.283;QD=39.2068;RBI=0.0228927;REFB=0;REVB=0.0136391;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260636;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr2 185802363 . A G 579.45 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399445;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.498;QD=60.9943;RBI=0.0460553;REFB=0;REVB=0.0229244;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259927;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:15:21:0:0:16:22:0:0 chr2 186526579 . G A 661.46 PASS AF=0.471831;AO=67;DP=142;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.0277839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.264;QD=18.6326;RBI=0.061115;REFB=-0.00880701;REVB=-0.0544344;RO=75;SAF=32;SAR=35;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14157;STB=0.578308;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00993168;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:75:75:67:67:0.471831:35:32:47:28:35:32:47:28 chr2 186625770 . A G 83.91 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00228389;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=204.067;QD=10.1707;RBI=0.00291758;REFB=0.00265744;REVB=0.00181552;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226644;STB=0.621998;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00382665;OID=.;OPOS=186625770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:4:7:9:12:4:7:10:12 chr2 186627943 . T C 440.91 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000579298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.1788;QD=22.3247;RBI=0.0464623;REFB=-0.0446405;REVB=-0.0464587;RO=35;SAF=26;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122061;STB=0.573951;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0211489;OID=.;OPOS=186627943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:35:36:43:43:0.544304:17:26:16:19:17:26:16:20 chr2 186654592 . A G 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00058793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.337;QD=25.2869;RBI=0.0871904;REFB=-0.00411082;REVB=0.0871885;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119544;STB=0.566925;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.005897;OID=.;OPOS=186654592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:6:10:4:5:6:10:4:5 chr2 186654867 . G C 120.67 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0076345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7083;QD=6.99538;RBI=0.0339966;REFB=-0.0104776;REVB=0.0331282;RO=50;SAF=7;SAR=11;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880783;STB=0.56171;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0315609;OID=.;OPOS=186654867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:50:51:18:18:0.26087:11:7:23:27:11:7:24:27 chr2 186655726 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.677;QD=59.8392;RBI=0.00945561;REFB=0;REVB=0.00446407;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36018e-05;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr2 186656657 . C T 180.32 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0149087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.718;QD=12.436;RBI=0.0641004;REFB=0.000262506;REVB=-0.0623426;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142709;STB=0.608601;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00164861;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:35:22:23:0.396552:13:9:18:15:14:9:20:15 chr2 186657089 . C A 218.93 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00412511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.137;QD=13.9002;RBI=0.0123756;REFB=-0.0113548;REVB=-0.0116679;RO=37;SAF=11;SAR=14;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187667;STB=0.59315;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0228897;OID=.;OPOS=186657089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:37:25:26:0.412698:14:11:23:14:14:12:23:14 chr2 186658056 . G A 301.19 PASS AF=0.6;AO=26;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00134269;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.043;QD=26.7722;RBI=0.0166454;REFB=0.00128419;REVB=-0.0165911;RO=18;SAF=19;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193934;STB=0.611766;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.000663341;OID=.;OPOS=186658056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:26:27:0.6:7:19:9:9:7:20:9:9 chr2 186658438 . C T 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00415143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.373;QD=14.6993;RBI=0.00454397;REFB=-0.00373657;REVB=-0.00184751;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355293;STB=0.703838;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00498948;OID=.;OPOS=186658438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:3:12:5:7:3:12 chr2 186658565 . G T 201.12 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0163378;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.799;QD=19.1547;RBI=0.0391492;REFB=-0.019205;REVB=-0.0355772;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814281;STB=0.546071;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.025775;OID=.;OPOS=186658565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:8:14:11:9:8:14 chr2 186659359 . G T 275.73 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00476823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.519;QD=25.6494;RBI=0.0154145;REFB=-0.00665874;REVB=-0.0146585;RO=18;SAF=5;SAR=19;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356915;STB=0.674172;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00448497;OID=.;OPOS=186659359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:18:24:25:0.581395:19:5:11:7:19:6:11:7 chr2 186661534 . C T 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00106943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.659;QD=18.4809;RBI=0.0011753;REFB=0.00853304;REVB=-0.000487502;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418943;STB=0.523785;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00688446;OID=.;OPOS=186661534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:9:12:10:9:9:12 chr2 186661673 . A G 133.61 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0098551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.125;QD=15.719;RBI=0.00985668;REFB=0.011751;REVB=0.000176691;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188278;STB=0.620001;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0117196;OID=.;OPOS=186661673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:19:15:15:0.441176:7:8:6:12:7:8:6:13 chr2 186664473 . T C 588.09 PASS AF=0.423077;AO=65;DP=155;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.0105757;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.131;QD=15.0791;RBI=0.010671;REFB=-0.00650644;REVB=-0.00142303;RO=88;SAF=25;SAR=40;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155527;STB=0.581279;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0103384;OID=.;OPOS=186664473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:88:90:65:66:0.423077:40:25:47:41:40:26:48:42 chr2 186664963 . C A 151.06 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0364944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.482;QD=12.588;RBI=0.0365474;REFB=0.00176662;REVB=-0.00196744;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767492;STB=0.546868;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00298798;OID=.;OPOS=186664963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:31:17:17:0.354167:13:4:4:18:13:4:9:22 chr2 186665432 . G A 164.82 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0135365;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6273;QD=13.7353;RBI=0.0522875;REFB=2.14156e-05;REVB=0.0505048;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107493;STB=0.541621;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.000284697;OID=.;OPOS=186665432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:30:30:18:18:0.375:9:9:18:12:9:9:17:13 chr2 186665824 . A G 37.01 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0435202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.49;QD=8.22533;RBI=0.0507998;REFB=-0.000159065;REVB=0.0262032;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238861;STB=0.555373;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00189077;OID=.;OPOS=186665824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:19:18:11:12:6:6:0.333333:3:3:3:8:3:3:5:7 chr2 186667121 . T C 105.82 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.016715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.783;QD=21.1644;RBI=0.018864;REFB=-0.0188069;REVB=-0.008744;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594792;STB=0.533841;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0134348;OID=.;OPOS=186667121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:4:4:5:7:4:4 chr2 186667459 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0070556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2429;QD=19.1092;RBI=0.035016;REFB=-0.0379865;REVB=-0.0342978;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175275;STB=0.509797;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0317019;OID=.;OPOS=186667459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:14:12:13:14:14:12 chr2 186668929 . C T 192.23 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0830609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6627;QD=16.0188;RBI=0.0831506;REFB=-0.00939622;REVB=-0.0038602;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106254;STB=0.561257;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00797761;OID=.;OPOS=186668929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:14:6:11:17:14:6:11:17 chr2 186668935 . A G 318.67 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0843598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.704;QD=26.5557;RBI=0.0857206;REFB=-0.00942839;REVB=0.0152134;RO=20;SAF=10;SAR=18;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476521;STB=0.526297;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00816826;OID=.;OPOS=186668935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:18:10:6:14:18:10:6:14 chr2 186670104 . A C 758.93 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0486768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6655;QD=53.2581;RBI=0.0584897;REFB=-0.169373;REVB=0.0324286;RO=2;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314024;STB=0.516661;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00761117;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:29:26:0:2:29:26:0:2 chr2 186670780 . T A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00587664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.428;QD=11.3693;RBI=0.0136524;REFB=-0.0168234;REVB=0.0123229;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128913;STB=0.507678;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0238332;OID=.;OPOS=186670780;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:5:14:8:3:5:14 chr2 186670979 . T C 330.04 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.612;QD=52.8066;RBI=0.0413806;REFB=0;REVB=0.027812;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110522;OID=.;OPOS=186670979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:18:6:0:0:18:7:0:0 chr2 186671357 . G A 467.35 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00132372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.986;QD=22.7977;RBI=0.0783075;REFB=-0.00758144;REVB=-0.0782963;RO=36;SAF=24;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071791;STB=0.545434;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00382182;OID=.;OPOS=186671357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:37:45:45:0.54878:21:24:16:20:21:24:16:21 chr2 186671912 . G A 324.78 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00530229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.501;QD=14.597;RBI=0.00980715;REFB=-0.0123842;REVB=0.0082502;RO=53;SAF=16;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111559;STB=0.506326;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0257393;OID=.;OPOS=186671912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:20:16:23:30:20:16:23:30 chr2 186673311 . T C 183.81 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00968571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.396;QD=17.9323;RBI=0.0461006;REFB=-0.0115871;REVB=0.0450716;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00710901;STB=0.506589;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0118271;OID=.;OPOS=186673311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:11:8:9:12:11:8:9:13 chr2 186697876 . A G 662.08 PASS AF=0.9;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0114871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6195;QD=52.9666;RBI=0.0583483;REFB=-0.0657617;REVB=0.0572064;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506699;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00308432;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:50:0:5:45:45:0.9:21:24:0:0:21:24:3:2 chr2 187487160 . G A 1377.4 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.164;QD=62.6089;RBI=0.0418831;REFB=0;REVB=-0.0059613;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61432e-05;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chr2 187532417 . G A 1556.27 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2117;QD=59.8566;RBI=0.045847;REFB=0;REVB=0.0281145;RO=0;SAF=91;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290846;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:13:91:0:0:13:91:0:0 chr2 187558960 . G A 417.73 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0501125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.314;QD=53.9009;RBI=0.124921;REFB=-0.0376781;REVB=0.114428;RO=1;SAF=25;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844048;STB=0.545422;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00129856;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:5:25:0:1:5:25:0:1 chr2 187559047 . G A,GCAA 751.5 PASS AF=0.393939,0.5;AO=36,19;DP=79;FAO=26,33;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=22,11;FSAR=4,22;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.028576,-0.00255906;FXX=0.0294074;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=100.439,116.261;QD=45.5457;RBI=0.0314716,0.0533742;REFB=-0.0337099,-0.126867;REVB=0.013186,0.0533129;RO=24;SAF=24,9;SAR=12,10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0985295,-0.0662337;STB=0.549959,0.571384;STBP=0.442,0.059;TYPE=snp,ins;VARB=0.0249183,0.0159275;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:79:66:24:7:36,19:26,33:0.393939,0.5:12,10:24,9:13:11:4,22:22,11:5:2 chr2 187987389 . G A 725.69 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454677;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5427;QD=56.9168;RBI=0.048818;REFB=0;REVB=0.017773;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435372;OID=.;OPOS=187987389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:52:51:1:29:23:0:0:29:22:0:0 chr2 187987519 . C T 945.73 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0134781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5464;QD=55.6313;RBI=0.0417637;REFB=-0.146517;REVB=0.0395291;RO=2;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214693;STB=0.51136;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0193494;OID=.;OPOS=187987519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:43:23:0:2:43:23:0:2 chr2 187987557 . A G 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.695;QD=63.8676;RBI=0.0307139;REFB=0;REVB=0.00505713;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194772;OID=.;OPOS=187987557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr2 188208130 . A G 2121.56 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00481546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.693;QD=62.8612;RBI=0.00484126;REFB=0;REVB=-0.000499209;RO=0;SAF=58;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21651e-06;OID=.;OPOS=188208130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:77:58:0:0:77:58:0:0 chr2 188250301 . T A 975.58 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000341794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.538;QD=57.3869;RBI=0.0061767;REFB=0.0310946;REVB=-0.00616724;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000815674;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:36:31:0:0:36:31:1:0 chr2 189141565 . T C 256.56 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0877899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5877;QD=20.1225;RBI=0.0893914;REFB=-0.0212683;REVB=0.0168446;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668278;STB=0.544346;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0184988;OID=.;OPOS=189141565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:24:26:27:0.529412:15:11:12:12:16:11:12:12 chr2 189460553 . T C 1175.68 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00147032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.2141;QD=59.5281;RBI=0.00420889;REFB=0.0616329;REVB=0.00394372;RO=1;SAF=36;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129667;STB=0.506848;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=7.70138e-06;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:42:36:1:0:42:36:1:0 chr2 189866199 . T A 2474.73 PASS AF=0.993865;AO=158;DP=160;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00634339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.916;QD=60.7295;RBI=0.0400339;REFB=0.110494;REVB=0.0395282;RO=2;SAF=88;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106894;STB=0.502793;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-3.84286e-05;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:163:2:1:158:162:0.993865:70:88:2:0:73:89:1:0 chr2 189875421 . T G 690.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.663;QD=62.7426;RBI=0.0305574;REFB=0;REVB=0.0182799;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110838;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:16:28:0:0 chr2 189904203 . A G 186.06 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=95;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0135415;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.026;QD=8.00264;RBI=0.0143169;REFB=-0.00441197;REVB=0.00464783;RO=66;SAF=13;SAR=12;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125056;STB=0.503873;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00974007;OID=.;OPOS=189904203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:66:68:25:25:0.268817:12:13:35:31:12:13:35:33 chr2 189904233 . T G 238.86 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0243724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.913;QD=14.0508;RBI=0.030586;REFB=-0.0123271;REVB=-0.0184794;RO=40;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483998;STB=0.527618;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0198204;OID=.;OPOS=189904233;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:20:8:13:27:20:8:13:27 chr2 189907937 . A G 889.82 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564987;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.632;QD=58.3485;RBI=0.0601996;REFB=0;REVB=0.020782;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707423;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr2 189932831 . T C 1068.71 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.87;QD=59.3728;RBI=0.0218366;REFB=0;REVB=0.0117566;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15862e-05;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chr2 189948696 . G A 104.81 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0149391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.447;QD=10.7495;RBI=0.0264263;REFB=-0.026024;REVB=0.0217985;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163948;STB=0.555473;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.025946;OID=.;OPOS=189948696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:26:13:13:0.333333:5:8:18:6:5:8:18:8 chr2 189953508 . C T 86.63 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0222719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7895;QD=12.8343;RBI=0.109076;REFB=-0.0304945;REVB=-0.106778;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146881;STB=0.586057;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0353832;OID=.;OPOS=189953508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:5:11:6:5:5:11 chr2 189964891 . A G 226.46 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0461321;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.2239;QD=15.6181;RBI=0.0528819;REFB=-0.0293569;REVB=0.025852;RO=27;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15162;STB=0.555513;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0134807;OID=.;OPOS=189964891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:32:26:26:0.448276:14:12:17:10:14:12:18:14 chr2 189974958 . G T 239.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6076;QD=50.4051;RBI=0.141818;REFB=0;REVB=-0.0561549;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00605353;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr2 190323530 . A G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0124628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.311;QD=15.4097;RBI=0.013519;REFB=0.0095845;REVB=-0.00523851;RO=34;SAF=8;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322129;STB=0.682638;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00783787;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:19:8:21:13:19:8:21:13 chr2 190430177 . A G 413.19 PASS AF=0.445545;AO=43;DP=99;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0243335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5174;QD=16.3639;RBI=0.0879173;REFB=0.0128925;REVB=0.0844827;RO=56;SAF=29;SAR=14;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302446;STB=0.662179;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0138663;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:56:56:43:45:0.445545:14:29:21:35:15:30:21:35 chr2 190531426 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.82;QD=64.4153;RBI=0.0161954;REFB=0;REVB=0.00603087;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5561e-05;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr2 190561060 . A G 249.74 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0354595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5276;QD=26.2881;RBI=0.0404704;REFB=0.00657688;REVB=0.0195058;RO=15;SAF=9;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438122;STB=0.524251;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00688223;OID=.;OPOS=190561060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:14:9:5:10:14:9:5:10 chr2 190595258 . G T 1134.89 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9896;QD=60.5272;RBI=0.0412234;REFB=0;REVB=0.0284534;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09497e-05;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:43:31:0:0:44:31:0:0 chr2 190602513 . T C 781.46 PASS AF=0.95;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0104771;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.2483;QD=52.0972;RBI=0.013141;REFB=-0.0994674;REVB=0.00793191;RO=2;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233207;STB=0.509663;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00260549;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:2:3:56:57:0.95:26:30:1:1:27:30:1:2 chr2 190617643 . A G,T 1172.9 PASS AF=0.777778,0.209877;AO=53,28;DP=81;FAO=63,17;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=45,0;FSAR=18,17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00503222,-0.0507585;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.677,57.0513;QD=57.921;RBI=0.00716276,0.0612284;REFB=-0.135564,-0.0631755;REVB=0.00509724,0.0342418;RO=0;SAF=35,10;SAR=18,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.513509,0.5;STBP=0.16,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00397668,0.0684855;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:81:81:0:1:53,28:63,17:0.777778,0.209877:18,18:35,10:0:0:18,17:45,0:0:1 chr2 190617700 . T C 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00668734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.557;QD=11.9715;RBI=0.0099652;REFB=-0.00409984;REVB=0.00738814;RO=33;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348776;STB=0.70564;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0067113;OID=.;OPOS=190617700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:5:12:13:20:5:12:13:20 chr2 190618249 . T A 670.57 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9644;QD=62.3785;RBI=0.0142658;REFB=0;REVB=-0.00556586;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00337e-05;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:16:26:0:0:16:27:0:0 chr2 190636411 . C G 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0137278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.712;QD=16.0717;RBI=0.0137461;REFB=-0.0202922;REVB=-0.000709529;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192995;STB=0.607948;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0293863;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:16:13:9:26:16:13:9:26 chr2 190788844 . T TC 249.12 PASS AF=1;AO=13;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400185;FXX=0.0475964;HRUN=0;LEN=1;MLLD=54.0732;QD=49.8248;RBI=0.145419;REFB=0;REVB=0.139804;RO=6;SAF=12;SAR=1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600297;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00639293;OID=.;OPOS=190788845;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:21:20:20:0:14:6:0:0:4:6:12:1:1:5 chr2 190788845 . G C 34.93 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0162941;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=85.447;QD=6.07479;RBI=0.118798;REFB=-0.00287767;REVB=0.117675;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.737857;STB=0.933218;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0307064;OID=.;OPOS=190788845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:23:23:17:17:6:6:0.26087:5:1:16:1:5:1:16:1 chr2 190815211 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.483;QD=56.7063;RBI=0.00833239;REFB=0;REVB=-0.00282953;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82667e-05;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr2 191064753 . C T 167.57 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0205023;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.489;QD=20.9464;RBI=0.0401272;REFB=-0.022356;REVB=0.0344941;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765883;STB=0.505697;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.018616;OID=.;OPOS=191064753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:16:15:17:17:0.53125:7:10:8:8:7:10:9:6 chr2 191065236 . TTTTG T 88.18 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0105545;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=261.22;QD=10.3746;RBI=0.0146655;REFB=0.00274757;REVB=0.0101823;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.526988;STBP=0.801;TYPE=del;VARB=-0.00559548;OID=.;OPOS=191065237;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:13:35:14:34:20:9:5:12:8:88:17:9:4:9:8 chr2 191065595 . G T 222.32 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0116008;FXX=0.0487686;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.711;QD=22.8016;RBI=0.0119504;REFB=-0.0308302;REVB=-0.00286935;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182745;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145579;OID=.;OPOS=191065595;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:18:21:21:0.538462:14:7:5:11:14:7:6:12 chr2 191065782 . A AGAT 77.7 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00362107;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=3;MLLD=262.971;QD=12.4325;RBI=0.0121346;REFB=-0.0161945;REVB=-0.0115817;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.599808;STBP=0.473;TYPE=ins;VARB=0.0241958;OID=.;OPOS=191065783;OREF=-;OALT=GAT;OMAPALT=AGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:10:25:10:25:15:5:5:5:10:77:15:5:5:5:10 chr2 191066683 . C T 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0160703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.994;QD=19.4078;RBI=0.0235208;REFB=-0.0210349;REVB=0.0171749;RO=27;SAF=10;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349622;STB=0.531624;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.01831;OID=.;OPOS=191066683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:20:10:10:17:20:10:11:17 chr2 191066769 . C T 297.51 PASS AF=0.958333;AO=18;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.558;QD=49.5856;RBI=0.0855203;REFB=-0.135902;REVB=0.0842559;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539582;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00211786;OID=.;OPOS=191066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:18:23:0.958333:8:10:0:1:12:11:0:1 chr2 191066913 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00551793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.444;QD=16.4266;RBI=0.0256442;REFB=-0.0305899;REVB=0.0250435;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235046;STB=0.636115;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0273717;OID=.;OPOS=191066913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:7:4:7:4:7:4 chr2 191066970 . C T 179.03 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0105827;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0472;QD=18.8457;RBI=0.0128788;REFB=-0.0415258;REVB=-0.00733959;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974848;STB=0.552431;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0401368;OID=.;OPOS=191066970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:19:18:19:0.5:10:8:11:9:10:9:11:8 chr2 191067233 . T C 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00137343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0495;QD=8.36992;RBI=0.0214704;REFB=-0.00235676;REVB=0.0214264;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176595;STB=0.608104;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0127804;OID=.;OPOS=191067233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:5:6:11:17:5:6:11:17 chr2 191067766 . T C,TTC 255.36 PASS AF=0,0.615385;AO=2,20;DP=47;FAO=0,24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=0,18;FSAR=0,6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.039057,0.0527862;FXX=0.0714116;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=89.2573,103.977;QD=26.1905;RBI=0.0415427,0.0610672;REFB=0.0174392,0.00796726;REVB=-0.0141544,-0.0307052;RO=22;SAF=1,17;SAR=1,3;SRF=16;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.235641,0.186076;STB=0.5,0.508467;STBP=1,0.907;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00395719;OID=.,.;OPOS=191067766,191067767;OREF=T,-;OALT=C,TC;OMAPALT=C,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:39:22:15:2,20:0,24:0,0.615385:1,3:1,17:16:6:0,6:0,18:11:4 chr2 191068061 . A T 36.79 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0639469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2279;QD=7.74589;RBI=0.0751493;REFB=-0.017992;REVB=-0.0394741;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110573;STB=0.57117;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0280383;OID=.;OPOS=191068061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:10:3:1:5:10:3 chr2 191161622 . T C 287.66 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0575717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.336;QD=13.5368;RBI=0.0581273;REFB=-0.00223775;REVB=-0.00801765;RO=51;SAF=17;SAR=16;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569897;STB=0.509267;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00383533;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:52:33:33:0.388235:16:17:26:25:16:17:26:26 chr2 191224981 . G T 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.00189134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6689;QD=11.7419;RBI=0.00708523;REFB=0.0155093;REVB=-0.00682812;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106948;STB=0.561588;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0292949;OID=.;OPOS=191224981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:14:7:9:27:14:7:9:27 chr2 191231458 . G A 956.17 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00726484;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2825;QD=54.6381;RBI=0.00890662;REFB=-0.0518787;REVB=0.00515267;RO=2;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00122819;STB=0.506197;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0132313;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:2:3:67:67:0.957143:32:35:1:1:32:35:2:1 chr2 191231503 . G A 573.13 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0149162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6587;QD=23.3929;RBI=0.0228465;REFB=-0.0182679;REVB=-0.0173052;RO=44;SAF=30;SAR=23;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550419;STB=0.535701;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.017962;OID=.;OPOS=191231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:44:45:53:53:0.540816:23:30:22:22:23:30:22:23 chr2 191235901 . A C 1077.42 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516646;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1032;QD=59.0365;RBI=0.0846649;REFB=0;REVB=0.0845072;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126828;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:70:73:1:33:37:0:0:36:37:0:0 chr2 191354491 . T C 269.26 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0170806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6674;QD=16.5696;RBI=0.0191302;REFB=0.00294426;REVB=-0.00861485;RO=35;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102103;STB=0.505743;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00314281;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:20:10:12:23:20:10:12:23 chr2 191366707 . A G 925.31 PASS AF=0.52;AO=91;DP=176;FAO=91;FDP=175;FR=.;FRO=84;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.037587;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2549;QD=21.15;RBI=0.0424661;REFB=-0.015472;REVB=0.0197633;RO=81;SAF=41;SAR=50;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797935;STB=0.535257;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0139592;OID=.;OPOS=191366707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:81:84:91:91:0.52:50:41:44:37:50:41:44:40 chr2 191379268 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0106094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.875;QD=11.3693;RBI=0.011338;REFB=0.0084192;REVB=0.00399883;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555553;STB=0.533271;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.023726;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:3:8:13:6:3:8:13:6 chr2 191402654 . A G 72.87 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0325063;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4902;QD=7.67085;RBI=0.106456;REFB=0.0106283;REVB=-0.101372;RO=27;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583878;STB=0.845537;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0348887;OID=.;OPOS=191402654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:38:38:27:28:10:10:0.263158:8:2:20:7:8:2:20:8 chr2 191402685 . A C 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0162153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9229;QD=13.264;RBI=0.0545668;REFB=0.0171672;REVB=-0.0521018;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150184;STB=0.585407;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0306673;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:13:15:29:14:13:15:29:14 chr2 191402698 . A C 278.1 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0346976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5774;QD=14.6368;RBI=0.0354512;REFB=-0.000606809;REVB=0.00727101;RO=42;SAF=18;SAR=14;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159292;STB=0.571386;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00104077;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:44:32:32:0.421053:14:18:30:12:14:18:30:14 chr2 191402702 . T C 309.47 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.00543311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1994;QD=16.0761;RBI=0.0247134;REFB=0.00366336;REVB=-0.0241088;RO=43;SAF=19;SAR=15;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142907;STB=0.580065;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00752101;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:15:19:30:13:15:19:30:13 chr2 191402710 . T C 329.83 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0214853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.19;QD=15.7061;RBI=0.0288998;REFB=-0.0124512;REVB=0.0193282;RO=48;SAF=21;SAR=15;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111216;STB=0.562467;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0172976;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:15:21:33:15:15:21:33:15 chr2 191402712 . TA CG 309.85 PASS AF=0.425;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00602387;FXX=0.0361402;HRUN=4;LEN=2;MLLD=135.375;QD=15.4923;RBI=0.0273486;REFB=0.0052224;REVB=-0.0266769;RO=46;SAF=21;SAR=13;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617207;STB=0.53479;STBP=0.61;TYPE=mnp;VARB=-0.0115541;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:46:46:34:34:0.425:13:21:31:15:13:21:31:15 chr2 191402748 . A T 372.99 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0180469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.807;QD=17.7616;RBI=0.019077;REFB=-0.00484131;REVB=0.00618413;RO=45;SAF=22;SAR=17;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351574;STB=0.519641;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00748244;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:17:22:27:18:17:22:27:18 chr2 191402761 . G A 336.83 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0467634;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.004;QD=17.0544;RBI=0.0467772;REFB=-0.0149786;REVB=0.00113572;RO=44;SAF=22;SAR=14;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260285;STB=0.503691;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00814699;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:43:36:36:0.455696:14:22:27:17:14:22:26:17 chr2 191402775 . T C 168.46 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0299048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.462;QD=10.3664;RBI=0.042098;REFB=-0.0279037;REVB=-0.0296301;RO=41;SAF=15;SAR=7;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145026;STB=0.572451;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00943378;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:43:22:22:0.338462:7:15:23:18:7:15:25:18 chr2 191402778 . T C 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0125239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.395;QD=9.40189;RBI=0.0126601;REFB=-0.0105284;REVB=0.00185247;RO=43;SAF=15;SAR=5;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222359;STB=0.632885;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00893933;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:5:15:25:18:5:15:25:18 chr2 191828153 . G GTT 140.25 PASS AF=0.477273;AO=17;DP=46;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0175527;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=2;MLLD=29.702;QD=12.75;RBI=0.0180471;REFB=-0.0271022;REVB=0.00419512;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270738;STB=0.503308;STBP=0.968;TYPE=ins;VARB=0.0260441;OID=.;OPOS=191828154;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:17:46:21:44:23:12:9:13:10:99:22:10:7:13:9 chr2 191841753 . T TA 247.46 PASS AF=1;AO=4;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.216085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0488;QD=30.9327;RBI=0.258173;REFB=0;REVB=0.141282;RO=29;SAF=3;SAR=1;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000447635;OID=.;OPOS=191841754;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:33:32:32:0:10:22:0:0:5:29:3:1:8:21 chr2 192160839 . A T 1088.01 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0428171;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.017;QD=58.8116;RBI=0.0577236;REFB=-0.113424;REVB=0.0387132;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00068753;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:34:39:0:0:34:39:1:0 chr2 192160875 . C T 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.907;QD=59.4987;RBI=0.0195832;REFB=0;REVB=0.00735128;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47517e-05;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr2 192250726 . G A 787.13 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.638;QD=64.2551;RBI=0.0600983;REFB=0;REVB=0.0287083;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84986e-05;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:22:25:0:0:22:27:0:0 chr2 192279327 . T C 1190.83 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130263;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.695;QD=60.2952;RBI=0.0510942;REFB=0;REVB=0.0494057;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58409e-05;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:78:79:1:39:39:0:0:40:39:0:0 chr2 192699639 . A AG 296.42 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0751419;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.8091;QD=11.292;RBI=0.0906799;REFB=-0.00523823;REVB=0.0507596;RO=57;SAF=21;SAR=27;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526709;STB=0.538906;STBP=0.482;TYPE=ins;VARB=0.0105207;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143:48:107:48:105:57:21:27:29:28:99:57:21:27:28:29 chr2 192701393 . A G 1171.95 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.288;QD=60.8804;RBI=0.0541153;REFB=0;REVB=0.0209592;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142201;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:47:29:0:0:47:30:0:0 chr2 195523141 . G T 257.55 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.113049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8161;QD=19.8112;RBI=0.126354;REFB=-0.0109331;REVB=0.0564377;RO=25;SAF=18;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01257;STB=0.507241;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00832919;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:8:18:17:8:9:18:17:8 chr2 196601214 . AATAT A 70.48 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0217398;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=4;MLLD=279.86;QD=8.54315;RBI=0.0388085;REFB=-0.02136;REVB=-0.0321478;RO=20;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561931;STB=0.82419;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.0359742;OID=.;OPOS=196601215;OREF=ATAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:12:33:12:33:21:10:2:7:14:70:20:10:2:6:14 chr2 196602089 . TATCA TATCAATCA,T 429.17 PASS AF=0.463415,0.365854;AO=18,12;DP=37;FAO=19,15;FDP=41;FR=.;FRO=7;FSAF=5,10;FSAR=14,5;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0293112,0.035008;FXX=0.0465008;HRUN=2,1;LEN=4,4;MLLD=73.5931,181.022;QD=41.8706;RBI=0.029368,0.0354875;REFB=-0.0784083,-0.095968;REVB=-0.0018256,-0.00581387;RO=0;SAF=5,7;SAR=13,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.705658,0.629481;STBP=0.001,0.146;TYPE=ins,del;VARB=0.0357148,0.0165276;OID=.,.;OPOS=196602090,196602090;OREF=-,ATCA;OALT=ATCA,-;OMAPALT=TATCAATCA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.463415,0.365854:18,12:37:19,15:41:7:5,10:14,5:7:0:99:0:5,7:13,5:0:0 chr2 196602132 . GTGAT G 184.82 PASS AF=0.475;AO=17;DP=42;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0114075;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=4;MLLD=220.039;QD=18.4817;RBI=0.0247831;REFB=-0.0200856;REVB=0.0220016;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165154;STB=0.583694;STBP=0.332;TYPE=del;VARB=0.0244284;OID=.;OPOS=196602133;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475:17:42:19:40:21:7:12:11:10:99:19:6:11:10:9 chr2 196673533 . A G 680.12 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0585033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3098;QD=59.141;RBI=0.202332;REFB=0.0338646;REVB=0.19369;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00353541;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:18:27:0:0:18:27:1:0 chr2 196740420 . T C 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00149941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6556;QD=16.4526;RBI=0.00911002;REFB=-0.0146829;REVB=-0.00898578;RO=39;SAF=24;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298328;STB=0.662998;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.016418;OID=.;OPOS=196740420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:9:24:17:22:9:24:18:22 chr2 196791276 . T G 155.47 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.13827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7624;QD=15.1679;RBI=0.143869;REFB=0.0114565;REVB=0.0397433;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937616;STB=0.554389;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0102019;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:12:5:9:15:12:5:9:15 chr2 196799394 . A G 313.07 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0017005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.197;QD=16.9224;RBI=0.011143;REFB=-0.0190781;REVB=-0.0110125;RO=40;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17565;STB=0.598368;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0247932;OID=.;OPOS=196799394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:15:19:15:25:15:19:15:25 chr2 196822004 . A T 150.86 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0563448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.912;QD=21.5508;RBI=0.0564759;REFB=-0.0396484;REVB=0.00384579;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643304;STB=0.545395;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0279841;OID=.;OPOS=196822004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:12:12:15:16:0.571429:4:11:8:4:4:12:8:4 chr2 196851911 . G A 261.78 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00813738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5596;QD=17.1657;RBI=0.0229601;REFB=0.00239675;REVB=-0.0214698;RO=30;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184524;STB=0.590341;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00701036;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:32:29:29:0.47541:9:20:15:15:9:20:17:15 chr2 196866420 . C T 511.22 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00479003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.47;QD=17.0405;RBI=0.00626984;REFB=-0.0184714;REVB=-0.00404555;RO=65;SAF=29;SAR=26;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561644;STB=0.531248;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0207123;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:55:55:0.458333:26:29:38:27:26:29:38:27 chr2 196915991 . A G 1252.43 PASS AF=0.897959;AO=80;DP=90;FAO=88;FDP=98;FR=.;FRO=10;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00266027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6768;QD=51.1194;RBI=0.0155228;REFB=-0.00361015;REVB=-0.0152932;RO=10;SAF=31;SAR=49;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463269;STB=0.519995;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00756177;OID=.;OPOS=196915991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:90:98:10:10:80:88:0.897959:49:31:6:4:52:36:6:4 chr2 197004439 . A G 2143.54 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.133;QD=62.1317;RBI=0.0249796;REFB=-0.1208;REVB=0.0107802;RO=1;SAF=63;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638139;STB=0.503355;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=2.42647e-05;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:74:63:0:1:74:63:0:1 chr2 197021276 . T C 313.61 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.028464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.238;QD=19.6006;RBI=0.0286043;REFB=-0.024947;REVB=-0.00282909;RO=30;SAF=22;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11591;STB=0.563325;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0228315;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:30:31:32:33:0.515625:10:22:17:13:10:23:18:13 chr2 197021372 . T A 348.72 PASS AF=0.875;AO=27;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00537355;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.73;QD=43.5898;RBI=0.00909281;REFB=-0.173436;REVB=0.00733514;RO=5;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171018;STB=0.571377;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00198657;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:32:32:5:4:27:28:0.875:11:16:0:5:12:16:0:4 chr2 197065221 . A G 999.6 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.032;QD=57.9481;RBI=0.0593111;REFB=-0.00535363;REVB=0.0573945;RO=1;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389102;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:69:1:0:68:69:1:27:41:0:1:28:41:0:0 chr2 197065415 . T C 322.78 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.051998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1325;QD=17.932;RBI=0.0590294;REFB=0.00395876;REVB=0.0279406;RO=37;SAF=10;SAR=24;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335611;STB=0.690945;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00237098;OID=.;OPOS=197065415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:34:35:0.486111:24:10:24:13:25:10:24:13 chr2 197118729 . C T 560.96 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013896;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.353;QD=60.6446;RBI=0.0160667;REFB=0;REVB=0.0160065;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35179e-05;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr2 197154234 . A G 772.61 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00174648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.929;QD=61.809;RBI=0.0302952;REFB=-0.00594656;REVB=0.0302449;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000489047;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:28:21:0:0:28:21:1:0 chr2 197184321 . C T 662.94 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0240586;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.547;QD=49.1064;RBI=0.0254567;REFB=-0.0798677;REVB=-0.0083205;RO=1;SAF=14;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324327;STB=0.502761;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00124339;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:54:1:4:50:50:0.925926:36:14:1:0:36:14:1:3 chr2 197504545 . C G 1120.01 PASS AF=0.986842;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0470119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.921;QD=58.9477;RBI=0.0952023;REFB=-0.0491319;REVB=0.082785;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119732;STB=0.506022;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00156987;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:76:1:1:72:75:0.986842:39:33:0:1:41:34:0:1 chr2 198257795 . T C 119.68 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00476814;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.594;QD=21.76;RBI=0.0234661;REFB=0.0196769;REVB=-0.0229766;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124041;STB=0.507031;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0185674;OID=.;OPOS=198257795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:5:4:6:7:5:4 chr2 198265526 . A G 191.2 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0233221;FXX=0.0958773;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.287;QD=11.5882;RBI=0.0238096;REFB=-0.0195923;REVB=-0.00479367;RO=38;SAF=8;SAR=15;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327566;STB=0.717707;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.036747;OID=.;OPOS=198265526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:43:23:23:0.348485:15:8:25:13:15:8:30:13 chr2 198283305 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00110401;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.25;QD=12.7296;RBI=0.00899302;REFB=0.00280487;REVB=-0.00892499;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495786;STB=0.793179;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00536324;OID=.;OPOS=198283305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:2:7:3:9:2:7:3:9 chr2 198327314 . G A 272.32 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0439703;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.783;QD=22.6935;RBI=0.0453363;REFB=-0.0221457;REVB=0.011045;RO=23;SAF=7;SAR=18;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453116;STB=0.752218;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00794644;OID=.;OPOS=198327314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:23:25:25:0.520833:18:7:19:4:18:7:19:4 chr2 198361827 . A T 159.39 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0087178;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.52;QD=16.7775;RBI=0.00872628;REFB=-0.0137273;REVB=-0.000384816;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095668;STB=0.555093;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0150323;OID=.;OPOS=198361827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:5:12:13:8:5:12:13:8 chr2 198362018 . T C 134.26 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0285545;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.083;QD=16.274;RBI=0.0329397;REFB=0.00607388;REVB=-0.0164213;RO=18;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426136;STB=0.744698;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0059945;OID=.;OPOS=198362018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:4:11:5:13:4:11:5:13 chr2 198363504 . A G 334.89 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0109994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.81;QD=14.4037;RBI=0.0111947;REFB=-0.0043466;REVB=-0.00208182;RO=56;SAF=17;SAR=19;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181595;STB=0.609138;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00560381;OID=.;OPOS=198363504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:36:37:0.397849:19:17:36:20:20:17:36:20 chr2 198363534 . C T 37.0 PASS AF=0.1;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.00166312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.365;QD=1.64441;RBI=0.0379007;REFB=0.0014107;REVB=0.0378642;RO=81;SAF=4;SAR=5;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143353;STB=0.609518;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0445214;OID=.;OPOS=198363534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:90:81:81:9:9:0.1:5:4:46:35:5:4:46:35 chr2 198508951 . G A 521.15 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0126187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4985;QD=20.8461;RBI=0.0127229;REFB=-0.00858301;REVB=-0.00162545;RO=50;SAF=24;SAR=26;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036129;STB=0.519992;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0124252;OID=.;OPOS=198508951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:26:24:26:24:26:24:26:24 chr2 198572076 . A ATTC 49.34 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.024296;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=3;MLLD=221.053;QD=28.1971;RBI=0.037439;REFB=-0.0336348;REVB=0.0284847;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=0.0083993;OID=.;OPOS=198572077;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:6:8:6:7:1:3:3:1:0:7:1:3:3:1:0 chr2 198572461 . C T 277.06 PASS AF=0.239437;AO=16;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.0141024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.935;QD=15.6088;RBI=0.0142255;REFB=-0.0236077;REVB=-0.00186707;RO=38;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433706;STB=0.686405;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0402526;OID=.;OPOS=198572461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:16:17:0.239437:6:10:9:29:8:9:10:29 chr2 198950029 . A G 99.5 PASS AF=0.444444;AO=13;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0102637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1011;QD=14.7412;RBI=0.0149136;REFB=-0.0266118;REVB=-0.01082;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169167;STB=0.649747;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0354031;OID=.;OPOS=198950029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:13:12:0.444444:8:5:8:6:8:4:9:6 chr2 200136583 . T A 920.56 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.643;QD=58.4481;RBI=0.0457781;REFB=0;REVB=0.004889;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129203;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:32:31:0:0 chr2 200790216 . C T 95.95 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0183118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.763;QD=11.6302;RBI=0.063194;REFB=-0.0140754;REVB=-0.0604827;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209275;STB=0.624787;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0249916;OID=.;OPOS=200790216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:11:10:8:4:11:10 chr2 200792184 . A G 81.27 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0109115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.407;QD=8.12719;RBI=0.0114951;REFB=-0.00873043;REVB=0.00361622;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25814;STB=0.658908;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0227659;OID=.;OPOS=200792184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:4:7:12:17:4:7:12:17 chr2 200792881 . C T 1153.52 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.408;QD=60.7116;RBI=0.0173084;REFB=0;REVB=0.0100414;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.40445e-06;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr2 200813126 . T C 169.25 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0662233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0687;QD=16.512;RBI=0.0846563;REFB=-0.0278888;REVB=0.0527367;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172758;STB=0.599883;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0379092;OID=.;OPOS=200813126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:22:23:17:18:0.439024:12:5:10:12:13:5:10:13 chr2 201342616 . C T 166.41 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0167244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8884;QD=14.7923;RBI=0.0261667;REFB=-0.0228974;REVB=-0.0201244;RO=27;SAF=16;SAR=2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504489;STB=0.7996;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0362113;OID=.;OPOS=201342616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:2:16:14:13:2:16:14:13 chr2 201344434 . A G 234.17 PASS AF=0.95;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0215972;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0584;QD=46.8337;RBI=0.06758;REFB=-0.142241;REVB=0.0640361;RO=1;SAF=14;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317459;STB=0.517223;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00740091;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:20:1:1:19:19:0.95:5:14:1:0:5:14:1:0 chr2 201344491 . G A 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0711826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4128;QD=53.9315;RBI=0.0758259;REFB=0.00723638;REVB=0.0261265;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00404967;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:1:0:14:16:1:0 chr2 201344732 . C T 817.17 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.922;QD=57.3454;RBI=0.0260358;REFB=0;REVB=0.025907;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23692e-05;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:55:57:1:26:29:0:0:28:29:0:0 chr2 201354935 . C G 429.73 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0169959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.093;QD=19.7576;RBI=0.0170182;REFB=-0.0332825;REVB=0.000871228;RO=43;SAF=23;SAR=20;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145965;STB=0.585948;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0398525;OID=.;OPOS=201354935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:44:43:43:0.494253:20:23:16:27:20:23:16:28 chr2 201397724 . G A 120.18 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0593512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.855;QD=6.77091;RBI=0.0648505;REFB=-0.0111738;REVB=-0.0261347;RO=51;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131382;STB=0.563311;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0327516;OID=.;OPOS=201397724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:53:18:18:0.253521:9:9:20:31:9:9:22:31 chr2 201437334 . T C 191.79 PASS AF=0.558824;AO=17;DP=32;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.000653518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.262;QD=22.5641;RBI=0.0204535;REFB=-0.0184402;REVB=0.0204431;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589725;STB=0.532676;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0126482;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:15:15:17:19:0.558824:9:8:6:9:10:9:6:9 chr2 201468732 . C G 136.77 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00492803;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.451;QD=15.631;RBI=0.0170893;REFB=-0.000370387;REVB=0.0163633;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445112;STB=0.538411;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00132332;OID=.;OPOS=201468732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:20:15:15:0.428571:7:8:11:8:7:8:12:8 chr2 201736166 . A C 312.78 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0330951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.115;QD=14.5478;RBI=0.0356839;REFB=-0.0183653;REVB=-0.0133439;RO=51;SAF=21;SAR=14;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156399;STB=0.588734;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0354459;OID=.;OPOS=201736166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:14:21:23:28:14:21:23:28 chr2 201768238 . C T 315.18 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00666908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7306;QD=15.0088;RBI=0.0258215;REFB=-0.0167817;REVB=-0.0249454;RO=46;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104061;STB=0.557345;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0123202;OID=.;OPOS=201768238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:49:34:35:0.416667:18:16:17:29:18:17:19:30 chr2 201785837 . G A 246.81 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0125457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.901;QD=17.9499;RBI=0.0243582;REFB=-0.019936;REVB=0.0208789;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129199;STB=0.507241;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0171716;OID=.;OPOS=201785837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:17:10:10:18:17:10:10:18 chr2 202006096 . G A 124.0 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0297072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.419;QD=18.3697;RBI=0.0415681;REFB=-0.041906;REVB=-0.0290755;RO=12;SAF=12;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544459;STB=0.716054;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0220312;OID=.;OPOS=202006096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:13:13:14:0.518519:1:12:6:6:2:12:7:6 chr2 202025621 . A G 60.47 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0232551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.576;QD=6.20195;RBI=0.0511844;REFB=-0.00706051;REVB=-0.0455965;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242969;STB=0.677574;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0195743;OID=.;OPOS=202025621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:26:30:9:9:0.230769:3:6:12:14:3:6:13:17 chr2 202122995 . A G 282.7 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00588878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.746;QD=17.3969;RBI=0.00671298;REFB=-0.00355316;REVB=0.00322279;RO=34;SAF=22;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129561;STB=0.555646;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.003793;OID=.;OPOS=202122995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:30:31:0.476923:8:22:21:13:9:22:21:13 chr2 202149696 . G A 211.95 PASS AF=0.375;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00572101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5504;QD=11.775;RBI=0.0058101;REFB=-0.024018;REVB=-0.00101356;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109271;STB=0.587449;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0343107;OID=.;OPOS=202149696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:41:45:27:27:0.375:13:14:17:24:13:14:17:28 chr2 202151781 . T C 316.69 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00148996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.9;QD=20.4317;RBI=0.0153011;REFB=-0.0276983;REVB=0.0152284;RO=29;SAF=12;SAR=21;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142075;STB=0.507882;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.018554;OID=.;OPOS=202151781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:21:12:11:18:21:12:11:18 chr2 202195529 . T G 115.6 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0215198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8043;QD=11.0096;RBI=0.0410856;REFB=0.0153216;REVB=0.0349989;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197621;STB=0.617286;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0295607;OID=.;OPOS=202195529;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:8:6:17:11:8:6:17:11 chr2 202215492 . C G 251.58 PASS AF=0.5;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00663585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.552;QD=17.9697;RBI=0.0244078;REFB=-0.00206365;REVB=-0.0234885;RO=28;SAF=9;SAR=18;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496195;STB=0.520757;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.012574;OID=.;OPOS=202215492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:27:28:0.5:18:9:8:20:19:9:8:20 chr2 202252539 . G A 302.98 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00233292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4361;QD=14.6014;RBI=0.00351898;REFB=-0.0201393;REVB=-0.00263452;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173642;STB=0.554185;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0228728;OID=.;OPOS=202252539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:49:34:34:0.409639:17:17:14:29:17:17:20:29 chr2 202260049 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.984;QD=53.9108;RBI=0.0431811;REFB=0;REVB=0.0307729;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93938e-06;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr2 202337730 . A G 365.07 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0244145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.858;QD=17.3844;RBI=0.0261087;REFB=-0.0211733;REVB=-0.00925166;RO=44;SAF=24;SAR=14;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413372;STB=0.508666;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0268554;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:44:45:38:39:0.464286:14:24:26:18:15:24:27:18 chr2 202342402 . G T 259.32 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0043886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.198;QD=14.2093;RBI=0.012714;REFB=-0.017705;REVB=0.0119326;RO=43;SAF=11;SAR=18;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188388;STB=0.613958;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0245985;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:43:29:30:0.410959:18:11:24:19:19:11:24:19 chr2 202357949 . A C 330.99 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0506369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4302;QD=50.9211;RBI=0.0820834;REFB=-0.136471;REVB=0.0646033;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281249;STB=0.515139;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00989631;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:26:26:1:1:25:25:0.961538:16:9:0:1:16:9:0:1 chr2 202410300 . A T 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0179203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.848;QD=14.8163;RBI=0.0179623;REFB=0.0082768;REVB=0.00122846;RO=38;SAF=7;SAR=22;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239551;STB=0.631481;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00919851;OID=.;OPOS=202410300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:22:7:17:21:22:7:17:22 chr2 202469361 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.777;QD=48.7371;RBI=0.0227921;REFB=0;REVB=-0.00362878;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121422;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr2 202512449 . C T 497.59 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00601347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.928;QD=26.5382;RBI=0.0161763;REFB=-0.0100246;REVB=0.015017;RO=28;SAF=18;SAR=28;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151428;STB=0.589435;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00599235;OID=.;OPOS=202512449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:28:29:46:46:0.613333:28:18:17:11:28:18:18:11 chr2 202557702 . C T 395.52 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9381;QD=54.5538;RBI=0.0617021;REFB=0;REVB=0.0564004;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223674;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:28:29:1:19:9:0:1:20:9:0:0 chr2 202575821 . G A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.524;QD=53.9087;RBI=0.0219185;REFB=0;REVB=-0.000577987;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371384;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr2 202598113 . C T 212.88 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00183638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.025;QD=17.0306;RBI=0.038219;REFB=-0.00761167;REVB=-0.0381749;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351083;STB=0.519982;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0128038;OID=.;OPOS=202598113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:15:13:11:11:15:13 chr2 202625615 . C T 746.73 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.353;QD=56.357;RBI=0.00918188;REFB=0;REVB=-0.000991768;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246581;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:18:34:0:0:18:35:0:0 chr2 202633582 . A G 44.01 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00377195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.202;QD=6.52016;RBI=0.0071095;REFB=-0.00785371;REVB=-0.0060264;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542292;STB=0.846807;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0251322;OID=.;OPOS=202633582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:18:20:7:7:0.259259:6:1:11:7:6:1:12:8 chr2 202741247 . G C 711.46 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0139399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.368;QD=52.7005;RBI=0.019136;REFB=0.01995;REVB=0.0131097;RO=2;SAF=17;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136353;STB=0.507244;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-2.66115e-06;OID=.;OPOS=202741247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:35:17:1:1:35:17:1:1 chr2 202741256 . A T 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7588;QD=56.951;RBI=0.0263359;REFB=0;REVB=0.0255553;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230028;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr2 202741269 . G A 637.1 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00142503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.283;QD=59.2649;RBI=0.0683767;REFB=-0.0631055;REVB=0.0683619;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000691919;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:24:18:0:0:24:18:0:1 chr2 202741277 . C G 131.64 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0247963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.725;QD=12.5372;RBI=0.0306217;REFB=-0.00910346;REVB=-0.0179675;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248379;STB=0.59923;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0214611;OID=.;OPOS=202741277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:26:15:16:0.380952:11:4:12:13:11:5:12:14 chr2 202941676 . G A 162.84 PASS AF=0.36;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.0250381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.882;QD=13.0273;RBI=0.0400392;REFB=-0.0131107;REVB=-0.0312447;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277419;STB=0.672734;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0336892;OID=.;OPOS=202941676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:32:32:17:18:0.36:7:10:26:6:8:10:26:6 chr2 202964380 . G A 331.42 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0052957;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.677;QD=18.4125;RBI=0.0167774;REFB=-0.0254203;REVB=-0.0159197;RO=38;SAF=22;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988998;STB=0.561281;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0260174;OID=.;OPOS=202964380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:37:35:35:0.486111:13:22:20:18:13:22:19:18 chr2 203058169 . CA C,CG 85.26 PASS AF=0.55814,0;AO=19,2;DP=43;FAO=24,0;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=3,0;FSAR=21,0;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0926236,-0.0170876;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.94355,60.8238;QD=7.93109;RBI=0.0940206,0.0432429;REFB=-0.161205,-0.0110549;REVB=0.0161475,-0.0397236;RO=20;SAF=3,0;SAR=16,2;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.256043,-0.45406;STB=0.706215,0.5;STBP=0.018,1;TYPE=del,snp;VARB=0.153842,0;OID=.,.;OPOS=203058170,203058170;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55814,0:19,2:43:24,0:43:19:3,0:21,0:8:11:83:20:3,0:16,2:7:13 chr2 203630304 . C T 122.29 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00784591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.382;QD=8.4336;RBI=0.0145481;REFB=-0.00851847;REVB=0.0122511;RO=40;SAF=5;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380453;STB=0.719745;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0191541;OID=.;OPOS=203630304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:40:41:17:17:0.293103:12:5:25:15:12:5:25:16 chr2 204062061 . A G 1587.71 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.058;QD=64.1499;RBI=0.0169916;REFB=0;REVB=0.0118384;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09653e-06;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:44:55:0:0:44:55:0:0 chr2 204090887 . C G 741.81 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.182;QD=63.1325;RBI=0.0366341;REFB=0;REVB=0.0328368;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213774;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr2 204116690 . C T 635.86 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137949;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.425;QD=62.0353;RBI=0.104288;REFB=0;REVB=-0.103371;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374101;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr2 204206977 . C T 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.168;QD=56.1878;RBI=0.0581245;REFB=0;REVB=-0.0130743;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417279;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr2 204305093 . T C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.020226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1841;QD=19.1311;RBI=0.046459;REFB=-0.0116603;REVB=0.0418252;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171367;STB=0.59965;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00334094;OID=.;OPOS=204305093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:2:0:1:4:2:0 chr2 204732714 . A G 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.036815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.76;QD=17.1559;RBI=0.036827;REFB=-0.0173321;REVB=-0.000941611;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381231;STB=0.531878;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0235167;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:11:6:6:13:11:6:6:14 chr2 204824283 . T G 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00421374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.131;QD=18.6421;RBI=0.00977782;REFB=-0.00793313;REVB=0.00882327;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126084;STB=0.560452;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00384518;OID=.;OPOS=204824283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:9:12:10:13:9:12:11:13 chr2 204824324 . A C 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0381011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.324;QD=20.5458;RBI=0.0389515;REFB=-0.00362803;REVB=-0.00809498;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00374736;OID=.;OPOS=204824324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:13:9:9:13:13:9:9:13 chr2 204825286 . T C 217.91 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0130197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.525;QD=16.762;RBI=0.0130456;REFB=-0.0178297;REVB=0.00082151;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109043;STB=0.579552;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0219661;OID=.;OPOS=204825286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:28:24:24:0.461538:13:11:15:11:13:11:17:11 chr2 205829991 . C T 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0158412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.576;QD=52.6961;RBI=0.0196205;REFB=0.0111008;REVB=0.0115768;RO=2;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313537;STB=0.51666;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000464718;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:29:20:0:2:29:20:0:2 chr2 205912403 . T C 171.17 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0301699;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.271;QD=13.4252;RBI=0.0310136;REFB=0.00157988;REVB=0.00718497;RO=32;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134426;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0025056;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:32:31:20:20:0.392157:9:11:18:14:9:11:17:14 chr2 205969220 . G A 641.94 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.758;QD=61.137;RBI=0.0347399;REFB=0;REVB=-0.00722333;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63904e-05;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:19:21:0:0:21:21:0:0 chr2 205986321 . A G 154.74 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0240135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8853;QD=14.7368;RBI=0.0301359;REFB=-0.0106699;REVB=0.0182077;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942034;STB=0.542324;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0185756;OID=.;OPOS=205986321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:25:16:17:0.404762:7:9:15:8:8:9:15:10 chr2 205990353 . C T 322.19 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0384139;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.881;QD=18.4108;RBI=0.0398203;REFB=-0.00421224;REVB=0.0104895;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154639;STB=0.585982;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00658452;OID=.;OPOS=205990353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:36:36:34:34:0.485714:16:18:25:11:16:18:25:11 chr2 206218963 . G A 227.79 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00766876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.362;QD=13.8056;RBI=0.00877046;REFB=-0.0137577;REVB=-0.00425571;RO=38;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152115;STB=0.595672;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0273646;OID=.;OPOS=206218963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:9:18:20:18:9:18:20:19 chr2 206219012 . TA CC 282.33 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0120229;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=2;MLLD=151.045;QD=19.4712;RBI=0.0159046;REFB=-0.0219106;REVB=-0.0104119;RO=28;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566824;STB=0.531624;STBP=0.648;TYPE=mnp;VARB=0.0163838;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:28:28:30:30:0.517241:20:10:11:17:20:10:11:17 chr2 206364737 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.802;QD=58.0609;RBI=0.00696782;REFB=0;REVB=0.00548438;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21462e-06;OID=.;OPOS=206364737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr2 206581033 . G A 1267.92 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8232;QD=60.377;RBI=0.0252964;REFB=-0.0359006;REVB=-0.00593317;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00144266;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:0:1:82:83:0.988095:32:50:0:0:32:51:1:0 chr2 206592695 . T C 2369.91 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.62;QD=64.0517;RBI=0.0112787;REFB=0;REVB=0.0101648;RO=0;SAF=66;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82475e-05;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:82:66:0:0:82:66:0:0 chr2 206608039 . T C 726.83 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000481272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6525;QD=63.2024;RBI=0.0474991;REFB=0;REVB=-0.0474967;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000409127;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr2 206610502 . T G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0281324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.636;QD=11.0865;RBI=0.0291454;REFB=0.00382035;REVB=0.00761716;RO=25;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451147;STB=0.768817;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00476447;OID=.;OPOS=206610502;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:10:3:16:9:10:3:16:9 chr2 207006676 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00903331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5748;QD=58.5852;RBI=0.00919944;REFB=0;REVB=-0.00174039;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189912;OID=.;OPOS=207006676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr2 207008763 . C A 998.55 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8672;QD=57.8868;RBI=0.0534834;REFB=-0.0949016;REVB=0.0472547;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193508;OID=.;OPOS=207008763;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:69:1:0:68:69:1:32:36:0:1:33:36:0:0 chr2 207041053 . T C 515.68 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0744;QD=58.935;RBI=0.092969;REFB=0;REVB=-0.0218173;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104514;OID=.;OPOS=207041053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:13:20:0:0:14:21:0:0 chr2 207041441 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.012;QD=53.2769;RBI=0.0563388;REFB=0;REVB=-0.00118256;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000746719;OID=.;OPOS=207041441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr2 207169576 . C T 291.62 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-2.69347e-05;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.106;QD=14.2252;RBI=0.0201374;REFB=-0.0167819;REVB=-0.0201374;RO=49;SAF=13;SAR=20;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102704;STB=0.558455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0241876;OID=.;OPOS=207169576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:49:49:33:33:0.402439:20:13:24:25:20:13:24:25 chr2 207172770 . A G 272.28 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.008222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.752;QD=17.2877;RBI=0.0413356;REFB=-0.0124237;REVB=0.0405096;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523686;STB=0.529392;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0177793;OID=.;OPOS=207172770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:12:18:18:15:12:18:18:15 chr2 207472683 . C A,CTA 552.33 PASS AF=0.0444444,0.407407;AO=6,53;DP=137;FAO=6,55;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=3,29;FSAR=3,26;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00794005,-0.00557829;FXX=0.0145975;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=93.5262,186.072;QD=16.3655;RBI=0.0321999,0.00966838;REFB=-0.00844011,-0.0169792;REVB=-0.0312056,0.00789685;RO=75;SAF=3,27;SAR=3,26;SRF=34;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0495877,0.0583987;STB=0.537376,0.538837;STBP=0.853,0.473;TYPE=snp,ins;VARB=0.0150068,0.0224102;OID=.,.;OPOS=207472683,207472684;OREF=C,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:137:135:75:74:6,53:6,55:0.0444444,0.407407:3,26:3,27:34:41:3,26:3,29:34:40 chr2 207527840 . G T 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0127028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.206;QD=15.782;RBI=0.0136991;REFB=-0.0203118;REVB=-0.00512894;RO=26;SAF=20;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392831;STB=0.763773;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0286992;OID=.;OPOS=207527840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:29:23:23:0.442308:3:20:15:11:3:20:15:14 chr2 207621759 . A G 929.29 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0273579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8703;QD=55.4797;RBI=0.037488;REFB=-0.0472941;REVB=0.02563;RO=1;SAF=15;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304465;STB=0.511179;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00483379;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:65:65:0.970149:50:15:1:0:50:15:1:1 chr2 207647981 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00717237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.169;QD=10.1722;RBI=0.104219;REFB=-0.0117052;REVB=0.103972;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0156438;OID=.;OPOS=207647981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:4:5:3:3:4:5 chr2 207653653 . G A 278.92 PASS AF=0.5;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0219626;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.736;QD=18.5944;RBI=0.028451;REFB=-0.0104417;REVB=-0.018086;RO=28;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582593;STB=0.55019;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00798491;OID=.;OPOS=207653653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:28:30:30:30:0.5:13:17:14:14:13:17:14:16 chr2 207988613 . C T 1224.26 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0368594;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.5475;QD=59.0004;RBI=0.036879;REFB=-0.108336;REVB=-0.00120454;RO=2;SAF=45;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205785;STB=0.505375;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000254469;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:2:1:81:82:0.987952:36:45:2:0:36:46:1:0 chr2 208477852 . G A 966.37 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.16;QD=58.5679;RBI=0.0181288;REFB=0;REVB=0.0176636;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8376e-05;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr2 208477956 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.252;QD=57.1062;RBI=0.0116943;REFB=0;REVB=0.0112895;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94258e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr2 208478055 . A G 1199.67 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0726808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6398;QD=58.5207;RBI=0.0753668;REFB=-0.0654804;REVB=0.019941;RO=1;SAF=30;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155191;STB=0.503246;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0242037;OID=.;OPOS=208478055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:1:2:80:80:0.97561:50:30:1:0:50:30:1:1 chr2 208633413 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6813;QD=33.4285;RBI=0.0357997;REFB=0;REVB=0.0260806;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246873;OID=.;OPOS=208633413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 208811097 . C T 409.96 PASS AF=0.511905;AO=40;DP=83;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0307047;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4782;QD=19.5218;RBI=0.11097;REFB=-0.0227801;REVB=0.106637;RO=42;SAF=23;SAR=17;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111074;STB=0.58759;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0322023;OID=.;OPOS=208811097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:41:40:43:0.511905:17:23:29:13:19:24:30:11 chr2 208841964 . A G 768.5 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.035;QD=56.9256;RBI=0.0495036;REFB=0;REVB=0.0494432;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156834;OID=.;OPOS=208841964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:28:26:0:0 chr2 208918917 . C T 856.14 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0204552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2471;QD=55.2347;RBI=0.0437465;REFB=0.0391531;REVB=-0.0386696;RO=1;SAF=46;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325115;STB=0.516124;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00936918;OID=.;OPOS=208918917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:14:46:0:1:15:46:0:1 chr2 208938866 . G T 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00299543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.781;QD=10.9734;RBI=0.0235604;REFB=-0.0235239;REVB=0.0233692;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18797;STB=0.578841;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.044393;OID=.;OPOS=208938866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:31:15:15:0.326087:6:9:12:16:6:9:15:16 chr2 208986637 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.378;QD=60.2307;RBI=0.0548279;REFB=0;REVB=0.0251086;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261902;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr2 209007559 . T G 806.34 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6191;QD=56.5851;RBI=0.0447983;REFB=0;REVB=-0.00668047;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676813;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:30:27:0:0 chr2 209030050 . T A 483.08 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1618;QD=58.5547;RBI=0.0819711;REFB=0;REVB=0.0801059;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143175;OID=.;OPOS=209030050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr2 209033138 . C T 1820.16 PASS AF=0.968504;AO=122;DP=127;FAO=123;FDP=127;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0720493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2376;QD=57.3279;RBI=0.0742361;REFB=0.0151497;REVB=-0.0178855;RO=5;SAF=50;SAR=72;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146411;STB=0.502766;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00128098;OID=.;OPOS=209033138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:127:127:5:4:122:123:0.968504:72:50:3:2:72:51:2:2 chr2 209033173 . A G 1396.45 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.111;QD=62.7618;RBI=0.0216843;REFB=0;REVB=-0.00868726;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32144e-05;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:50:38:0:0:51:38:0:0 chr2 209036712 . T C 1202.28 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.162;QD=60.875;RBI=0.0253495;REFB=0;REVB=0.0251955;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156662;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:39:40:0:0 chr2 209036778 . A G 990.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.266;QD=59.1392;RBI=0.0772529;REFB=0;REVB=0.0712257;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292743;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr2 209184980 . G A,T 782.74 PASS AF=0.946429,0.0535714;AO=50,2;DP=53;FAO=53,3;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116845,0.00561567;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.098,84.5992;QD=55.91;RBI=0.0172307,0.0205943;REFB=0,0;REVB=0.0126638,-0.0198139;RO=0;SAF=25,2;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00155283,0.0239528;OID=.,.;OPOS=209184980,209184980;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:53:56:0:0:50,2:53,3:0.946429,0.0535714:25,0:25,2:0:0:27,1:26,2:0:0 chr2 209184999 . C T 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0379073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.66;QD=12.8688;RBI=0.0384908;REFB=0.00426152;REVB=-0.00667641;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407358;STB=0.531885;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00608208;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:11:10:14:18:11:10:14:19 chr2 209190330 . T C 164.67 PASS AF=0.385965;AO=20;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0552981;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9918;QD=11.556;RBI=0.0553141;REFB=-0.0146762;REVB=-0.00133152;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328244;STB=0.675857;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0248719;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:20:22:0.385965:13:7:23:12:14:8:23:12 chr2 209190519 . A T 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00473996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.916;QD=20.7547;RBI=0.037663;REFB=-0.0174852;REVB=0.0373635;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643304;STB=0.536535;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0106677;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:4:11:8:4:4:11:8:4 chr2 209190528 . C G 116.13 PASS AF=0.56;AO=12;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0808189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7242;QD=18.5813;RBI=0.0814502;REFB=-0.0435961;REVB=-0.0101212;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198673;STB=0.632885;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0453858;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:24:25:11:11:12:14:0.56:3:9:6:5:3:11:6:5 chr2 209191082 . C A 69.38 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0145031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.1489;QD=16.3258;RBI=0.0225764;REFB=-0.0723569;REVB=0.0173018;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.583142;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0646595;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:4:4:3:6:4:4 chr2 209191099 . T C 138.97 PASS AF=1;AO=9;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.756;QD=42.7607;RBI=0.045622;REFB=0;REVB=0.033249;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033713;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:9:13:1:5:4:0:0:6:7:0:0 chr2 209209827 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0613384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.394;QD=17.4274;RBI=0.0623006;REFB=-0.0259439;REVB=0.0109071;RO=23;SAF=4;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445509;STB=0.755685;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.013285;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:15:4:15:8:15:4:15:8 chr2 209212707 . G A 308.06 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0177933;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.1856;QD=13.1087;RBI=0.0200419;REFB=-0.013735;REVB=-0.00922373;RO=58;SAF=20;SAR=15;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165001;STB=0.503104;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0299019;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:58:59:35:35:0.37234:15:20:34:24:15:20:34:25 chr2 209214770 . A G 263.94 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=9.26681e-05;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.65;QD=15.0823;RBI=0.0208104;REFB=-0.0148121;REVB=0.0208102;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123938;STB=0.509665;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0268159;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:40:30:30:0.428571:17:13:16:22:17:13:18:22 chr2 209215586 . A G 284.06 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0109524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1641;QD=15.1498;RBI=0.0123755;REFB=-0.030785;REVB=0.00576177;RO=42;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478379;STB=0.533313;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0463648;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:16:16:19:23:16:16:19:24 chr2 209220157 . G T 632.39 PASS AF=0.388298;AO=71;DP=188;FAO=73;FDP=188;FR=.;FRO=115;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=-0.0360141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.848;QD=13.4551;RBI=0.0380428;REFB=-0.0214655;REVB=-0.0122574;RO=115;SAF=39;SAR=32;SRF=66;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272837;STB=0.521483;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0348185;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:115:115:71:73:0.388298:32:39:66:49:33:40:67:48 chr2 209220238 . G C 741.85 PASS AF=0.425532;AO=78;DP=185;FAO=80;FDP=188;FR=.;FRO=108;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=0.0540506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7215;QD=15.7841;RBI=0.0660912;REFB=-0.00732128;REVB=0.0380338;RO=107;SAF=38;SAR=40;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594207;STB=0.528335;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0110784;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:188:107:108:78:80:0.425532:40:38:46:61:42:38:46:62 chr2 209224874 . CA C 169.03 PASS AF=0.42029;AO=27;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0930525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.3297;QD=9.79879;RBI=0.100786;REFB=0.0216163;REVB=0.0387176;RO=40;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149194;STB=0.59856;STBP=0.189;TYPE=del;VARB=-0.033499;OID=.;OPOS=209224875;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42029:27:69:29:69:40:8:21:17:23:99:40:8:19:17:23 chr2 209358027 . C T 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00566202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.19;QD=19.0785;RBI=0.00566684;REFB=-0.00943326;REVB=-0.000233552;RO=31;SAF=9;SAR=23;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440709;STB=0.524594;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00893863;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:23:9:10:21:23:9:10:21 chr2 209785278 . A G 959.69 PASS AF=0.42126;AO=105;DP=251;FAO=107;FDP=254;FR=.;FRO=147;FSAF=79;FSAR=28;FSRF=81;FSRR=66;FWDB=-0.00467397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.377;QD=15.1133;RBI=0.013965;REFB=-0.000371786;REVB=-0.0131597;RO=144;SAF=78;SAR=27;SRF=81;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214586;STB=0.623695;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00054118;OID=.;OPOS=209785278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:254:144:147:105:107:0.42126:27:78:81:63:28:79:81:66 chr2 210517915 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000673002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.509;QD=60.6101;RBI=0.00585174;REFB=0;REVB=0.00581291;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99678e-05;OID=.;OPOS=210517915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr2 210557380 . C T 669.95 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0365;QD=62.321;RBI=0.0238226;REFB=0;REVB=0.0218069;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464047;OID=.;OPOS=210557380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:19:24:0:0 chr2 210557542 . G A 956.23 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0018324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.422;QD=56.249;RBI=0.037165;REFB=-0.109974;REVB=0.0371198;RO=1;SAF=22;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209893;STB=0.511108;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000466669;OID=.;OPOS=210557542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:66:67:0.985294:44:22:1:0:45:22:1:0 chr2 210558161 . AG AA,A 171.14 PASS AF=0.8,0.2;AO=12,3;DP=15;FAO=12,3;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915467,0.0421378;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=39.3009,25.7509;QD=45.6368;RBI=0.0532538,0.0907908;REFB=0,0;REVB=-0.052461,-0.08042;RO=0;SAF=6,1;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.023169,0.00130828;OID=.,.;OPOS=210558162,210558162;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8,0.2:12,3:15:12,3:15:0:6,1:6,2:0:0:11:0:6,1:6,2:0:0 chr2 210559960 . G T 216.33 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.822;QD=48.0734;RBI=0.0433844;REFB=0;REVB=0.0156338;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127636;OID=.;OPOS=210559960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:7:11:0:0 chr2 210586685 . T C 1569.65 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.757;QD=59.7963;RBI=0.0515609;REFB=0;REVB=0.00714261;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77274e-05;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:105:0:0:102:105:1:54:48:0:0:54:51:0:0 chr2 210595324 . G A 426.66 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.359;QD=56.8881;RBI=0.0555867;REFB=0;REVB=-0.00431651;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184088;OID=.;OPOS=210595324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:27:30:1:15:12:0:0:15:15:0:0 chr2 210887687 . T A 57.95 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=46;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00413095;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=30.8717;QD=3.79992;RBI=0.0397746;REFB=-0.028359;REVB=0.0395595;RO=34;SAF=2;SAR=5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325985;STB=0.750612;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00753049;OID=.;OPOS=210887687;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:61:61:34:46:7:7:0.114754:5:2:19:15:5:2:27:19 chr2 211098113 . C T 1099.49 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.284;QD=60.246;RBI=0.0248761;REFB=0;REVB=0.00975605;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43646e-05;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:39:31:0:0:40:33:0:0 chr2 211296239 . G A 99.9 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0338348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.54;QD=15.3694;RBI=0.0351603;REFB=-0.00744755;REVB=0.00956341;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337747;STB=0.692034;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0115635;OID=.;OPOS=211296239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:12:2:6:6:12:2 chr2 211342502 . G A 230.72 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0137659;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.279;QD=13.7743;RBI=0.0137886;REFB=0.00466518;REVB=0.000790527;RO=40;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843064;STB=0.548137;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00575288;OID=.;OPOS=211342502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:40:27:27:0.402985:15:12:21:19:15:12:21:19 chr2 211456637 . A G 682.07 PASS AF=0.376744;AO=81;DP=215;FAO=81;FDP=215;FR=.;FRO=134;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=80;FWDB=0.00714224;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.443;QD=12.6896;RBI=0.00947685;REFB=-0.00456055;REVB=-0.00622889;RO=125;SAF=41;SAR=40;SRF=48;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131786;STB=0.564205;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0128333;OID=.;OPOS=211456637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:125:134:81:81:0.376744:40:41:48:77:40:41:54:80 chr2 211456639 . C T 681.79 PASS AF=0.376744;AO=81;DP=215;FAO=81;FDP=215;FR=.;FRO=134;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=80;FWDB=0.00400766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.811;QD=12.6844;RBI=0.0212849;REFB=-0.0134578;REVB=-0.0209042;RO=133;SAF=41;SAR=40;SRF=54;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110177;STB=0.564205;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0218364;OID=.;OPOS=211456639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:133:134:81:81:0.376744:40:41:54:79:40:41:54:80 chr2 211481257 . C G 180.18 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0117782;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.661;QD=15.334;RBI=0.0333186;REFB=-0.0132185;REVB=-0.0311674;RO=29;SAF=4;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360055;STB=0.699252;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0175167;OID=.;OPOS=211481257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:29:28:19:19:0.404255:15:4:15:14:15:4:14:14 chr2 212242745 . G C 184.71 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00921349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.411;QD=26.3869;RBI=0.0360427;REFB=-0.0103875;REVB=0.0348452;RO=10;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14855;STB=0.583234;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0107154;OID=.;OPOS=212242745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:14:4:4:6:14:4:4:6 chr2 212251864 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0546271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2774;QD=10.034;RBI=0.0566907;REFB=-0.0314656;REVB=0.0151563;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275355;STB=0.666109;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0459435;OID=.;OPOS=212251864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:1:6:3:2:1:6 chr2 212522651 . A G 201.4 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00152733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8815;QD=13.8897;RBI=0.00856635;REFB=-0.0106884;REVB=0.0084291;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181298;OID=.;OPOS=212522651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:12:12:17:17:12:12:17:17 chr2 213866714 . G A 1142.92 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00524298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.676;QD=57.8694;RBI=0.0155969;REFB=-0.0156748;REVB=0.0146892;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119796;STB=0.512192;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=5.00606e-05;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:76:77:0.974684:37:39:1:0:37:40:2:0 chr2 213886454 . A T 686.57 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150897;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.565;QD=61.0285;RBI=0.0182975;REFB=0;REVB=0.0103488;RO=1;SAF=13;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034762;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150777;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:1:0:44:45:1:31:13:1:0:31:14:0:0 chr2 213921592 . GGCC G,GACC,GC 134.78 PASS AF=0,0.0384615,0.346154;AO=7,2,8;DP=52;FAO=0,2,18;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=0,2,3;FSAR=0,0,15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0444947,-0.0480939,-0.0812018;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=3,1,2;MLLD=33.197,37.9316,23.7732;QD=10.3673;RBI=0.0584621,0.074801,0.0867659;REFB=-0.0638056,-0.0267771,-0.0990209;REVB=0.0379215,-0.0572901,0.030571;RO=31;SAF=0,2,4;SAR=7,0,4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0.411054,0,0.411054;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.706123,0.445343,-0.0194237;STB=0.5,0.993887,0.796748;STBP=1,0.197,0.001;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.0331968,0.163318;OID=.,.,.;OPOS=213921593,213921593,213921593;OREF=GCC,G,GC;OALT=-,A,-;OMAPALT=G,GACC,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0384615,0.346154:7,2,8:52:0,2,18:52:32:0,2,3:0,0,15:19:13:99:31:0,2,4:7,0,4:16:15 chr2 214012405 . AA AC,CA 569.35 PASS AF=0.354839,0.5;AO=8,28;DP=54;FAO=22,31;FDP=62;FR=.;FRO=9;FSAF=19,11;FSAR=3,20;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00383793,-0.00423396;FXX=0;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=125.997,98.5436;QD=36.7325;RBI=0.0246049,0.0343861;REFB=-0.0276071,-0.0554165;REVB=0.0243037,0.0341244;RO=0;SAF=8,8;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.75204e-08;STB=0.549085,0.597942;STBP=0.58,0.032;TYPE=snp,snp;VARB=0.00425337,0.0130394;OID=.,.;OPOS=214012406,214012405;OREF=A,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:54:62:0:9:8,28:22,31:0.354839,0.5:0,20:8,8:0:0:3,20:19,11:7:2 chr2 214637044 . A G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0106185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.893;QD=17.1002;RBI=0.028424;REFB=-0.00590618;REVB=-0.0263662;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367163;STB=0.669851;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00496087;OID=.;OPOS=214637044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:10:3:9:6:10:4:9:6 chr2 214727221 . A C 292.61 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00709565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4509;QD=16.2561;RBI=0.0153305;REFB=-0.024164;REVB=-0.0135895;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295483;STB=0.545427;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0240321;OID=.;OPOS=214727221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:39:32:33:0.458333:17:15:18:18:18:15:21:18 chr2 214794743 . A C 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00696467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.867;QD=16.8124;RBI=0.0133344;REFB=-0.0132221;REVB=0.011371;RO=47;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186403;STB=0.604355;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0134987;OID=.;OPOS=214794743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:17:21:17:30:17:21:17:30 chr2 214794866 . A G 205.33 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0196092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4559;QD=12.833;RBI=0.0222724;REFB=-0.00347977;REVB=0.0105612;RO=39;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184604;STB=0.606652;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00897235;OID=.;OPOS=214794866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:18:7:17:22:18:7:17:22 chr2 215102929 . T A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.537;QD=56.7066;RBI=0.0269517;REFB=0;REVB=0.02113;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11394e-05;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr2 215595645 . C T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00960384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.884;QD=13.3417;RBI=0.0123197;REFB=-0.0121484;REVB=0.00771637;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174631;STB=0.599909;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0313888;OID=.;OPOS=215595645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:22:10:10:11:22:10 chr2 215632255 . CA CG,TG 1336.49 PASS AF=0.539326,0.460674;AO=49,39;DP=88;FAO=48,41;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=20,22;FSAR=28,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811527,0.0387696;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=53.1847,167.274;QD=60.0668;RBI=0.0343345,0.0396528;REFB=0,0;REVB=0.0333616,0.00832248;RO=0;SAF=21,21;SAR=28,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.34792e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000676871,0.020815;OID=.,.;OPOS=215632256,215632255;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:88:89:0:0:49,39:48,41:0.539326,0.460674:28,18:21,21:0:0:28,19:20,22:0:0 chr2 215645464 . C G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0250987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.955;QD=16.5274;RBI=0.0263552;REFB=-0.00305641;REVB=-0.00804039;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105931;STB=0.505978;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00445067;OID=.;OPOS=215645464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:17:8:9:20:17:8:9:20 chr2 215674224 . G A 764.24 PASS AF=0.49375;AO=79;DP=160;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.00467559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.9849;QD=19.1059;RBI=0.00904054;REFB=-0.0278262;REVB=0.00773758;RO=81;SAF=42;SAR=37;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106727;STB=0.505881;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0258823;OID=.;OPOS=215674224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:81:81:79:79:0.49375:37:42:44:37:37:42:44:37 chr2 215796568 . T C 267.26 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0251316;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.347;QD=18.1196;RBI=0.0309761;REFB=-0.0341333;REVB=0.0181086;RO=30;SAF=10;SAR=19;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263175;STB=0.647371;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0271178;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:30:30:29:29:0.491525:19:10:19:11:19:10:19:11 chr2 215815760 . T C 504.83 PASS AF=0.405797;AO=56;DP=138;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=0.0004447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.289;QD=14.6328;RBI=0.00590708;REFB=-0.00776254;REVB=0.00589031;RO=82;SAF=16;SAR=40;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982182;STB=0.555535;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0112292;OID=.;OPOS=215815760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:82:82:56:56:0.405797:40:16:30:52:40:16:30:52 chr2 215820013 . G A 255.15 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00746893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.45;QD=22.1872;RBI=0.0268665;REFB=-0.0120658;REVB=0.0258074;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242229;STB=0.624896;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0129932;OID=.;OPOS=215820013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:15:9:14:7:15:9:14:8 chr2 215865575 . T C 321.29 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0126413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2606;QD=14.2796;RBI=0.0499359;REFB=-0.0131935;REVB=0.0483094;RO=53;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157194;STB=0.593699;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0213928;OID=.;OPOS=215865575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:54:36:36:0.4:17:19:20:33:17:19:20:34 chr2 215876166 . A T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5757;QD=60.9771;RBI=0.0260089;REFB=0;REVB=0.025752;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116591;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr2 215901774 . C T 326.17 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0203798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.389;QD=24.6169;RBI=0.020415;REFB=-0.0360745;REVB=-0.00119905;RO=20;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829417;STB=0.541845;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0201411;OID=.;OPOS=215901774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:20:21:31:32:0.603774:12:19:10:10:12:20:11:10 chr2 215940242 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.372;QD=62.6711;RBI=0.010944;REFB=0;REVB=0.00374155;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47561e-05;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr2 216190020 . C G 289.5 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00327317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.208;QD=18.9833;RBI=0.0591328;REFB=-0.0137234;REVB=-0.0590421;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091262;STB=0.541375;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0133153;OID=.;OPOS=216190020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:31:31:0.508197:15:16:18:11:15:16:18:12 chr2 216212339 . T C 321.89 PASS AF=0.55;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0230604;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2811;QD=21.4596;RBI=0.0238409;REFB=0.000817997;REVB=0.00605011;RO=27;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141636;STB=0.578266;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00100955;OID=.;OPOS=216212339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:27:27:33:33:0.55:15:18:10:17:15:18:10:17 chr2 216229692 . A G 162.53 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0453464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.739;QD=13.5443;RBI=0.0498132;REFB=-0.0116739;REVB=-0.0206169;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549201;STB=0.541621;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0232464;OID=.;OPOS=216229692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:9:9:13:16:9:9:13:17 chr2 216235089 . C T 832.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.816;QD=57.3977;RBI=0.0740452;REFB=0;REVB=-0.0401016;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000706102;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr2 216242917 . T A,C 733.9 PASS AF=0.980769,0.0192308;AO=49,2;DP=51;FAO=51,1;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287012,0.00303762;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.2316,151.734;QD=56.454;RBI=0.127671,0.039112;REFB=0,0;REVB=0.124403,0.0389939;RO=0;SAF=28,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00178347,0.0943056;OID=.,.;OPOS=216242917,216242917;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:52:0:0:49,2:51,1:0.980769,0.0192308:21,0:28,2:0:0:22,0:29,1:0:0 chr2 216249587 . C T 766.33 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.257;QD=63.8609;RBI=0.12605;REFB=0;REVB=0.121073;RO=0;SAF=44;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241187;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:4:44:0:0:4:44:0:0 chr2 216272900 . T G 728.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.846;QD=63.3485;RBI=0.0354752;REFB=0;REVB=0.0320419;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10427e-05;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:21:25:0:0 chr2 216272907 . A T 607.54 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122651;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.447;QD=59.2717;RBI=0.02451;REFB=0;REVB=0.0212205;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687512;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:18:20:0:0:21:20:0:0 chr2 216300482 . T A 805.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6836;QD=64.4069;RBI=0.0462494;REFB=0;REVB=0.040206;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133474;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr2 216878008 . C G 433.9 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0127923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.077;QD=23.4541;RBI=0.0202788;REFB=-0.0275149;REVB=0.0157349;RO=29;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467467;STB=0.516788;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0200134;OID=.;OPOS=216878008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:29:32:42:42:0.567568:20:22:17:12:20:22:18:14 chr2 217012901 . A G 693.38 PASS AF=0.913793;AO=52;DP=58;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.000791839;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=82.023;QD=47.8195;RBI=0.0586146;REFB=-0.110416;REVB=0.0586093;RO=6;SAF=30;SAR=22;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853879;STB=0.5373;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00227939;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:58:58:6:5:52:53:0.913793:22:30:6:0:22:31:5:0 chr2 217123233 . GT G 51.4 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144367;FXX=0.249688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8693;QD=34.2638;RBI=0.151962;REFB=0;REVB=0.0474394;RO=27;SAF=0;SAR=3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00341382;OID=.;OPOS=217123234;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:6:6:0:4:2:0:0:3:27:0:3:16:11 chr2 217148417 . C A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0249182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.311;QD=14.6498;RBI=0.0261969;REFB=-0.0209656;REVB=-0.00808447;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198995;STB=0.615223;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.031708;OID=.;OPOS=217148417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:7:12:6:8:7:12 chr2 217364539 . C T 611.15 PASS AF=0.418182;AO=69;DP=165;FAO=69;FDP=165;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.00651871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4077;QD=14.8157;RBI=0.0104898;REFB=0.0124448;REVB=-0.00821847;RO=94;SAF=32;SAR=37;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059287;STB=0.527169;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0163315;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:94:96:69:69:0.418182:37:32:49:45:37:32:49:47 chr2 217526514 . C G 358.8 PASS AF=0.480519;AO=33;DP=73;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00185623;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.76;QD=18.6389;RBI=0.0505784;REFB=-0.0239687;REVB=0.0505443;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340277;STB=0.573891;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0265219;OID=.;OPOS=217526514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:40:40:33:37:0.480519:16:17:22:18:21:16:23:17 chr2 217537584 . A G 77.68 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0482383;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2068;QD=14.1238;RBI=0.062894;REFB=-0.0553052;REVB=-0.0403575;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773769;STB=0.545364;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0667956;OID=.;OPOS=217537584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:5:7:5:5:5:7 chr2 217541582 . T C 1666.26 PASS AF=0.982759;AO=111;DP=114;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00985358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.687;QD=57.4573;RBI=0.0119795;REFB=0.000580084;REVB=-0.00681287;RO=2;SAF=39;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237199;STB=0.511903;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.000136596;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:116:2:2:111:114:0.982759:72:39:2:0:73:41:2:0 chr2 218604247 . A C,G 544.96 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=34,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104132,0.0890827;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=140.633,12.8929;QD=58.9147;RBI=0.104165,0.0890867;REFB=0,0;REVB=0.00265978,0.000843357;RO=0;SAF=15,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.40663e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0025985,0.12291;OID=.,.;OPOS=218604247,218604247;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:37:37:0:0:34,2:35,2:0.945946,0.0540541:19,2:15,0:0:0:20,2:15,0:0:0 chr2 218664633 . T G 1534.71 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.737;QD=59.6003;RBI=0.0341571;REFB=0;REVB=0.0328197;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35759e-05;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:49:53:0:0:49:54:0:0 chr2 218674697 . C T 172.94 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.012455;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.151;QD=17.7378;RBI=0.0249223;REFB=-0.0238185;REVB=0.0215869;RO=21;SAF=1;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526081;STB=0.813892;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0430327;OID=.;OPOS=218674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:21:18:18:0.461538:17:1:7:14:17:1:7:14 chr2 218682474 . A G 350.66 PASS AF=0.514286;AO=29;DP=71;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0268622;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.373;QD=20.0374;RBI=0.0269061;REFB=-0.0215608;REVB=-0.00153689;RO=28;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819429;STB=0.54543;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0222664;OID=.;OPOS=218682474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:28:34:29:36:0.514286:13:16:18:10:16:20:22:12 chr2 218682771 . A G 130.44 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00970153;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3319;QD=16.8307;RBI=0.0403211;REFB=-0.00413212;REVB=-0.0391366;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264028;STB=0.651969;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00327808;OID=.;OPOS=218682771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:16:14:15:0.483871:4:10:6:8:5:10:6:10 chr2 218683154 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.891;QD=42.1825;RBI=0.0551097;REFB=0;REVB=0.0341804;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130765;OID=.;OPOS=218683154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr2 218683257 . A G 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0210857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.971;QD=19.9285;RBI=0.026276;REFB=-0.0275785;REVB=-0.0156788;RO=9;SAF=10;SAR=2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557266;STB=0.819123;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0102437;OID=.;OPOS=218683257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:2:10:1:8:2:10:1:8 chr2 218683368 . C T 185.93 PASS AF=0.555556;AO=18;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0248125;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.936;QD=20.6589;RBI=0.038588;REFB=-0.0264168;REVB=0.0295528;RO=14;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637858;STB=0.5185;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0284794;OID=.;OPOS=218683368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:14:16:18:20:0.555556:5:13:11:3:7:13:11:5 chr2 218694551 . A G 948.44 PASS AF=0.485149;AO=95;DP=200;FAO=98;FDP=202;FR=.;FRO=104;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=65;FWDB=0.026109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.3;QD=18.7809;RBI=0.034687;REFB=-0.00883255;REVB=-0.0228365;RO=105;SAF=50;SAR=45;SRF=39;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146668;STB=0.574517;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0121232;OID=.;OPOS=218694551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:105:104:95:98:0.485149:45:50:39:66:47:51:39:65 chr2 218695102 . G A 44.23 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0205986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.69;QD=6.80517;RBI=0.0207201;REFB=-0.0124966;REVB=0.00224028;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302949;STB=0.72651;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0206076;OID=.;OPOS=218695102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:18:19:7:7:0.269231:6:1:6:12:6:1:7:12 chr2 218706857 . T C 512.42 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0238424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.824;QD=16.5296;RBI=0.0247823;REFB=-0.0272592;REVB=-0.00676036;RO=68;SAF=35;SAR=21;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827612;STB=0.546202;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0379715;OID=.;OPOS=218706857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:56:56:0.451613:21:35:37:31:21:35:37:31 chr2 218712306 . C T 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=0;FSRF=20;FSRR=0;FWDB=0.00169379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3446;QD=25.8142;RBI=0.00169379;REFB=0.00111043;REVB=0;RO=20;SAF=27;SAR=0;SRF=20;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000683219;OID=.;OPOS=218712306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:0:27:20:0:0:27:20:0 chr2 218712606 . G A 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0257684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.579;QD=21.9526;RBI=0.0258163;REFB=-0.0258581;REVB=-0.00157289;RO=25;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210163;STB=0.511621;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0176906;OID=.;OPOS=218712606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:12:20:15:10:12:20:15:10 chr2 218712726 . A G 404.12 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0102165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7502;QD=19.4758;RBI=0.0513476;REFB=-0.00805558;REVB=-0.0503209;RO=42;SAF=23;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558974;STB=0.531068;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0118023;OID=.;OPOS=218712726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:18:23:21:21:18:23:21:21 chr2 218713269 . GC CG 35.46 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0777638;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=53.1902;QD=4.57551;RBI=0.0784581;REFB=-0.0167684;REVB=-0.0104142;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535511;STB=0.86096;STBP=0.08;TYPE=mnp;VARB=0.113735;OID=.;OPOS=218713269;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:30:31:10:21:6:6:0.193548:1:5:3:7:1:5:7:14 chr2 218713282 . G A 165.16 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0490222;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2426;QD=20.6449;RBI=0.0612627;REFB=-0.00378673;REVB=0.0367417;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259921;STB=0.646886;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00352364;OID=.;OPOS=218713282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:10:5:11:6:10:5 chr2 218750817 . T C 107.6 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0143551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5865;QD=22.6527;RBI=0.0186954;REFB=-0.0125511;REVB=0.0119771;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585073;STB=0.519967;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0159234;OID=.;OPOS=218750817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:7:7:11:12:0.631579:4:7:5:2:4:8:5:2 chr2 218940418 . C T 180.35 PASS AF=0.431818;AO=17;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0018461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2006;QD=16.395;RBI=0.0719443;REFB=-0.0370157;REVB=-0.0719207;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825894;STB=0.634907;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0646658;OID=.;OPOS=218940418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:25:17:19:0.431818:9:8:6:10:10:9:6:19 chr2 219000310 . C T 364.83 PASS AF=0.396396;AO=36;DP=104;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.0131594;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.494;QD=13.1469;RBI=0.0131944;REFB=-0.0431869;REVB=-0.000960987;RO=68;SAF=27;SAR=9;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212209;STB=0.61899;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0620793;OID=.;OPOS=219000310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:111:68:67:36:44:0.396396:9:27:40:28:11:33:39:28 chr2 219000734 . T C 108.28 PASS AF=0.6;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0561536;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2813;QD=21.6551;RBI=0.0689002;REFB=0.0159927;REVB=-0.039925;RO=8;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869549;STB=0.549909;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0178978;OID=.;OPOS=219000734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:8:8:12:12:0.6:11:1:1:7:11:1:1:7 chr2 219029108 . C G 635.0 PASS AF=0.581633;AO=55;DP=97;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0066142;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.01;QD=25.9184;RBI=0.00927409;REFB=-0.0489379;REVB=0.00650086;RO=41;SAF=32;SAR=23;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036036;STB=0.510511;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0245815;OID=.;OPOS=219029108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:41:41:55:57:0.581633:23:32:22:19:25:32:22:19 chr2 219110625 . G A 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.998;QD=62.3481;RBI=0.00657195;REFB=0;REVB=-0.00533874;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97974e-05;OID=.;OPOS=219110625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:12:31:0:0:12:31:0:0 chr2 219128506 . C T 2560.46 PASS AF=0.935135;AO=172;DP=186;FAO=173;FDP=185;FR=.;FRO=12;FSAF=95;FSAR=78;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00102177;FXX=0.0106946;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.401;QD=55.3614;RBI=0.0146786;REFB=-0.0438423;REVB=0.014643;RO=11;SAF=94;SAR=78;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210133;STB=0.514094;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000520499;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:186:185:11:12:172:173:0.935135:78:94:4:7:78:95:4:8 chr2 219140288 . G C 1135.42 PASS AF=1;AO=66;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0809654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.6103;QD=59.7589;RBI=0.140565;REFB=0;REVB=-0.114905;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00179198;OID=.;OPOS=219140288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:66:76:1:35:31:0:0:41:35:0:0 chr2 219143229 . G A 613.22 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.852;QD=61.3223;RBI=0.0155988;REFB=0;REVB=-0.0153108;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9965e-05;OID=.;OPOS=219143229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:16:24:0:0 chr2 219144089 . G A 327.91 PASS AF=0.896552;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0334645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.249;QD=45.2284;RBI=0.0435723;REFB=-0.129405;REVB=0.0279048;RO=3;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369702;STB=0.517228;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00408788;OID=.;OPOS=219144089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:28:29:3:3:25:26:0.896552:13:12:2:1:13:13:2:1 chr2 219144815 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.1;QD=57.5449;RBI=0.0355268;REFB=0;REVB=0.0272307;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149139;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr2 219231807 . C T 316.89 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110694;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.243;QD=50.7022;RBI=0.0119123;REFB=-0.0277428;REVB=0.00440143;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529387;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-6.2342e-05;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:16:8:0:0:16:8:1:0 chr2 219254622 . A G 1059.73 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.248;QD=59.7029;RBI=0.0244728;REFB=0;REVB=0.0184906;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60711e-05;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:25:45:0:0:25:46:0:0 chr2 219265094 . T C 613.04 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9903;QD=61.3037;RBI=0.031367;REFB=0;REVB=-0.01127;RO=0;SAF=9;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650703;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:31:9:0:0:31:9:0:0 chr2 219267781 . C T 99.94 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00657118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0717;QD=15.376;RBI=0.0592584;REFB=-0.0380435;REVB=-0.058893;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319896;STB=0.687169;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0636852;OID=.;OPOS=219267781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:6:8:3:9:6:8 chr2 219319657 . A G 1051.06 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.444;QD=59.2145;RBI=0.00548221;REFB=0;REVB=0.00375269;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62872e-05;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:44:26:0:0:45:26:0:0 chr2 219330847 . G A 304.07 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0187521;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6129;QD=22.1143;RBI=0.0205825;REFB=-0.0244836;REVB=-0.00848507;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206886;STB=0.502957;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0042814;OID=.;OPOS=219330847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:23:24:31:31:0.563636:17:14:11:12:17:14:11:13 chr2 219492924 . T C 181.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0544603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6134;QD=16.4785;RBI=0.0569281;REFB=-0.0307076;REVB=0.0165796;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777901;STB=0.556567;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0209432;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:11:8:12:12:11:8:13:12 chr2 219503113 . C T 74.53 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0181128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5379;QD=10.6469;RBI=0.0430776;REFB=-0.00170221;REVB=0.0390846;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302984;STB=0.67826;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0128554;OID=.;OPOS=219503113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:14:4:5:5:14:4 chr2 219507302 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0303461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.422;QD=15.2925;RBI=0.0472449;REFB=-0.00820748;REVB=-0.0362104;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283852;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.016841;OID=.;OPOS=219507302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:3:6:3:6:3:6 chr2 219508263 . G T 149.45 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00844709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6404;QD=13.586;RBI=0.0231832;REFB=-0.0244588;REVB=-0.0215895;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377554;STB=0.693879;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0495431;OID=.;OPOS=219508263;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:27:16:17:0.386364:6:10:7:20:7:10:7:20 chr2 219508988 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.492;QD=58.9627;RBI=0.0333934;REFB=0;REVB=-0.00850608;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32056e-05;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr2 219509618 . C A 271.31 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00946144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1758;QD=23.5924;RBI=0.0322397;REFB=-0.000234616;REVB=-0.0308202;RO=21;SAF=2;SAR=23;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455106;STB=0.761318;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-9.82993e-05;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:23:2:8:13:23:2:8:13 chr2 219520895 . T C 143.39 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00548935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.264;QD=11.7051;RBI=0.00732394;REFB=-0.0117417;REVB=0.00484842;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359155;STB=0.503718;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0213263;OID=.;OPOS=219520895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:32:32:16:17:0.346939:7:9:19:13:7:10:19:13 chr2 219527712 . C T 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0094333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.792;QD=26.3058;RBI=0.0144567;REFB=-0.0344183;REVB=0.0109549;RO=13;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955196;STB=0.55314;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0151774;OID=.;OPOS=219527712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:14:7:6:7:14:7:6:7 chr2 219527866 . T C 126.64 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0244622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.541;QD=11.2571;RBI=0.0252474;REFB=-0.00259333;REVB=0.00624731;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257285;STB=0.651978;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.011381;OID=.;OPOS=219527866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:19:11:9:6:19:11 chr2 219528995 . T C 306.14 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.00617226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.705;QD=17.7474;RBI=0.00885697;REFB=-0.00160268;REVB=0.00635209;RO=32;SAF=21;SAR=12;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112773;STB=0.566334;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00209177;OID=.;OPOS=219528995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:36:33:33:0.478261:12:21:24:8:12:21:27:9 chr2 219529247 . A C 395.03 PASS AF=0.493827;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00316938;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.996;QD=19.5079;RBI=0.012941;REFB=-0.00872604;REVB=0.0125469;RO=40;SAF=11;SAR=28;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990129;STB=0.54062;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00950867;OID=.;OPOS=219529247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:39:40:0.493827:28:11:15:25:29:11:14:27 chr2 219529881 . G A 229.02 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00847384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.566;QD=15.7944;RBI=0.0139206;REFB=-0.015568;REVB=0.0110443;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484598;STB=0.527376;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0182725;OID=.;OPOS=219529881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:11:15:20:12:11:15:20:12 chr2 219533378 . T C 251.61 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00681812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.789;QD=20.5398;RBI=0.0219191;REFB=0.00715167;REVB=-0.0208317;RO=25;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026884;STB=0.515139;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00565467;OID=.;OPOS=219533378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:8:16:16:9:8:16:16:9 chr2 219544388 . A G 64.67 PASS AF=0.36;AO=10;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0313541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1836;QD=10.3468;RBI=0.0338928;REFB=0.0043581;REVB=0.0128703;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235856;STB=0.683807;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0697895;OID=.;OPOS=219544388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:14:16:10:9:0.36:4:6:5:9:3:6:6:10 chr2 219553468 . C T 198.49 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0165566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.535;QD=13.2324;RBI=0.0353297;REFB=-0.0152353;REVB=-0.03121;RO=32;SAF=17;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224499;STB=0.665075;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0170168;OID=.;OPOS=219553468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:36:24:24:0.4:7:17:16:16:7:17:16:20 chr2 219555262 . G A 270.5 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0195043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.713;QD=14.4268;RBI=0.0255179;REFB=-0.00709471;REVB=-0.0164544;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176225;STB=0.599936;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00887161;OID=.;OPOS=219555262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:13:18:18:26:13:18:18:26 chr2 219563602 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0243632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.841;QD=11.9535;RBI=0.0257897;REFB=-0.00183579;REVB=0.00845808;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131886;STB=0.578755;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00396484;OID=.;OPOS=219563602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:7:4:4:4:7:4 chr2 219602499 . G C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0139259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8339;QD=22.5854;RBI=0.0343431;REFB=-0.0183806;REVB=-0.031393;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131;STB=0.574334;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0110358;OID=.;OPOS=219602499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:4:2:6:5:4:2 chr2 219602819 . G A 236.8 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00109601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2177;QD=26.3109;RBI=0.00569441;REFB=-0.00217606;REVB=0.00558793;RO=14;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324522;STB=0.68068;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00383404;OID=.;OPOS=219602819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:16:6:10:4:16:6:10:4 chr2 219610433 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00208956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.575;QD=16.2716;RBI=0.00801984;REFB=-0.00943367;REVB=-0.00774284;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607709;STB=0.534838;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0115759;OID=.;OPOS=219610433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:5:13:10:5:5:13 chr2 219692696 . G C 1293.9 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0060745;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0861;QD=59.4896;RBI=0.0103897;REFB=-0.0779326;REVB=0.00842888;RO=1;SAF=32;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145713;STB=0.502701;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00102259;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:87:1:2:84:85:0.977011:52:32:1:0:52:33:1:1 chr2 219695487 . G C 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3471;QD=60.9739;RBI=0.0321914;REFB=0;REVB=-0.000568847;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044728;OID=.;OPOS=219695487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr2 219824731 . G C 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0121267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.006;QD=24.0851;RBI=0.0360319;REFB=-0.0208751;REVB=0.03393;RO=23;SAF=24;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245937;STB=0.635678;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0144596;OID=.;OPOS=219824731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:10:24:9:14:10:24:9:14 chr2 219826537 . G A 97.84 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0252067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.35;QD=13.4958;RBI=0.0724438;REFB=-0.0706683;REVB=0.0679171;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503811;STB=0.502954;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0519539;OID=.;OPOS=219826537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:7:10:7:5:7:10 chr2 219893086 . G A 292.5 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00292048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.406;QD=17.2058;RBI=0.0287056;REFB=-0.0320183;REVB=0.0285566;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14378;STB=0.5722;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0327153;OID=.;OPOS=219893086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:31:32:0.470588:17:14:11:25:18:14:11:25 chr2 219920037 . A G 2144.07 PASS AF=0.992754;AO=110;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.12;QD=62.1471;RBI=0.0615578;REFB=0;REVB=0.0175886;RO=0;SAF=41;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904306;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:138:0:0:110:137:0.992754:69:41:0:0:83:54:0:0 chr2 219940484 . C T 837.01 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.233;QD=55.8005;RBI=0.0297433;REFB=0.0182894;REVB=-0.0102311;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192526;STB=0.510201;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-6.98451e-05;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:35:24:1:0:35:24:1:0 chr2 219967380 . T C 440.86 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.393;QD=55.1072;RBI=0.0401405;REFB=-0.105697;REVB=0.0109855;RO=1;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443701;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128099;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:1:0:31:32:1:21:10:1:0:21:11:0:0 chr2 220037393 . A G 338.14 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.629;QD=54.102;RBI=0.0585049;REFB=0;REVB=0.0211976;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274967;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:14:9:0:0:15:10:0:0 chr2 220045454 . G A 1712.4 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4469;QD=60.616;RBI=0.0546857;REFB=0;REVB=0.0521064;RO=0;SAF=30;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406378;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:83:30:0:0:83:30:0:0 chr2 220072766 . G T 693.45 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0187601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8014;QD=56.6077;RBI=0.0207848;REFB=0.0122511;REVB=-0.0089478;RO=3;SAF=24;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166971;STB=0.508893;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0009729;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:22:24:2:1:22:24:2:1 chr2 220083279 . C T 1105.77 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350881;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.068;QD=58.9742;RBI=0.0378145;REFB=-0.0760319;REVB=0.0140983;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.506492;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000442265;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:36:38:0:0:36:38:1:0 chr2 220084902 . G A 738.9 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0408064;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.752;QD=59.1122;RBI=0.0531412;REFB=-0.117862;REVB=0.0340415;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.508193;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000487176;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:48:49:0.98:18:30:0:0:19:30:1:0 chr2 220085845 . A G 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0506749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5734;QD=50.1333;RBI=0.0936952;REFB=-0.0473153;REVB=-0.078809;RO=1;SAF=17;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264929;STB=0.514274;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00013235;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:7:17:1:0:7:17:1:0 chr2 220113242 . T G 3588.97 PASS AF=0.987179;AO=230;DP=239;FAO=231;FDP=234;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=147;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00179269;FXX=0.0209196;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.569;QD=61.3499;RBI=0.0285482;REFB=-0.0559347;REVB=0.0284918;RO=3;SAF=84;SAR=146;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000843761;STB=0.50042;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.000552119;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:239:234:3:3:230:231:0.987179:146:84:1:2:147:84:1:2 chr2 220118531 . G C 503.5 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275693;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.523;QD=55.9446;RBI=0.0344467;REFB=-0.124344;REVB=0.0206522;RO=1;SAF=28;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01641;STB=0.508767;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00207654;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:35:36:1:1:34:35:0.972222:6:28:1:0:7:28:1:0 chr2 220136155 . T C 994.17 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3255;QD=57.6333;RBI=0.0260734;REFB=-0.036463;REVB=0.00416182;RO=0;SAF=54;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42547e-08;STB=0.517236;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00122297;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:14:54:0:0:14:54:0:1 chr2 220136351 . G A 1389.08 PASS AF=1;AO=76;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8922;QD=62.4307;RBI=0.120251;REFB=0;REVB=-0.0134062;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101783;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:76:89:1:44:32:0:0:48:41:0:0 chr2 220136371 . T C 846.76 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0642277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.939;QD=52.9225;RBI=0.0657526;REFB=-0.114756;REVB=0.0140785;RO=3;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409966;STB=0.521732;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0017884;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:33:28:0:3:33:28:0:3 chr2 220150730 . G A 508.07 PASS AF=0.482143;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0342207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.234;QD=18.1452;RBI=0.0342837;REFB=0.00118928;REVB=-0.0020781;RO=58;SAF=24;SAR=29;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607564;STB=0.528135;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00115197;OID=.;OPOS=220150730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:58:58:53:54:0.482143:29:24:30:28:29:25:30:28 chr2 220250147 . A G 594.43 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.649;QD=60.9668;RBI=0.0343584;REFB=0;REVB=-0.0256291;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40051e-05;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr2 220283259 . A G 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9363;QD=43.4796;RBI=0.172974;REFB=0;REVB=-0.165655;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0106162;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr2 220283277 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5524;QD=49.5964;RBI=0.0626936;REFB=0;REVB=0.0568019;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051678;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr2 220315970 . G A 188.37 PASS AF=0.415094;AO=20;DP=51;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0207594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.614;QD=14.2167;RBI=0.0208283;REFB=-0.00527514;REVB=0.00169348;RO=30;SAF=4;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328719;STB=0.698073;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00527916;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:30:31:20:22:0.415094:16:4:14:16:18:4:14:17 chr2 220330804 . T C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0923108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4826;QD=19.6461;RBI=0.0926411;REFB=-0.0537904;REVB=-0.00781578;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.559889;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.039918;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:4:4:7:4:4:4 chr2 220333419 . A AC 44.4 PASS AF=0.163636;AO=12;DP=57;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00145203;FXX=0.017854;HRUN=0;LEN=1;MLLD=90.1699;QD=3.22929;RBI=0.0509356;REFB=-0.00711453;REVB=-0.0509149;RO=44;SAF=11;SAR=1;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553937;STB=0.830832;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=0.117644;OID=.;OPOS=220333420;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.163636:12:57:9:55:46:8:1:26:20:44:44:11:1:24:20 chr2 220333950 . T C 719.55 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.589;QD=56.4352;RBI=0.00970175;REFB=0;REVB=0.00542888;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435673;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:32:17:0:0:33:18:0:0 chr2 220338560 . C T 501.11 PASS AF=0.504854;AO=51;DP=100;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0759424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.599;QD=19.4607;RBI=0.0761682;REFB=0.00720682;REVB=-0.00586175;RO=49;SAF=30;SAR=21;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410216;STB=0.526429;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00671022;OID=.;OPOS=220338560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:49:51:51:52:0.504854:21:30:31:18:21:31:33:18 chr2 220362899 . C G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1096;QD=49.5987;RBI=0.0886079;REFB=0;REVB=0.0161452;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354054;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr2 220379560 . C G 1194.98 PASS AF=0.902174;AO=83;DP=92;FAO=83;FDP=92;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0187391;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=186.436;QD=51.9555;RBI=0.0188357;REFB=-0.0158825;REVB=-0.0019051;RO=8;SAF=34;SAR=49;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594897;STB=0.503515;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00086019;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:92:8:9:83:83:0.902174:49:34:3:5:49:34:4:5 chr2 220399951 . A G 290.02 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0128897;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.269;QD=16.3391;RBI=0.0342772;REFB=0.00464803;REVB=-0.0317613;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020758;STB=0.503976;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00688822;OID=.;OPOS=220399951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:15:17:21:17:15:17:21:18 chr2 220400014 . G A 108.15 PASS AF=0.378378;AO=12;DP=35;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0034482;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.537;QD=11.6917;RBI=0.0282234;REFB=-0.0185284;REVB=0.028012;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359081;STB=0.630163;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0775239;OID=.;OPOS=220400014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:23:23:12:14:0.378378:3:9:10:13:5:9:10:13 chr2 220402671 . G T 54.31 PASS AF=0.32;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00660235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.323;QD=8.6892;RBI=0.0507453;REFB=-0.0030672;REVB=-0.0503139;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232832;STB=0.68796;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00574129;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:16:17:8:8:0.32:1:7:12:4:1:7:12:5 chr2 220402680 . T C 96.88 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00433294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5242;QD=13.8395;RBI=0.0631126;REFB=-0.0808124;REVB=-0.0629637;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146265;STB=0.666349;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00959352;OID=.;OPOS=220402680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:28:28:14:16:11:12:0.428571:2:9:10:4:2:10:10:6 chr2 220404381 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.258;QD=57.2024;RBI=0.0177691;REFB=0;REVB=0.000105124;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18892e-05;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr2 220405321 . T C 265.07 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00456188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.178;QD=10.4978;RBI=0.0277044;REFB=-0.00961842;REVB=-0.0273262;RO=67;SAF=14;SAR=19;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130354;STB=0.57087;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0178571;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:67:68:33:33:0.326733:19:14:36:31:19:14:36:32 chr2 220408003 . C A 275.75 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0106712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.289;QD=25.651;RBI=0.0107334;REFB=-0.0390197;REVB=-0.00115388;RO=17;SAF=18;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284895;STB=0.649173;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0331768;OID=.;OPOS=220408003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:7:18:6:11:7:18:7:11 chr2 220412256 . T C 754.0 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0716;QD=56.9056;RBI=0.0274314;REFB=0;REVB=-0.0142523;RO=1;SAF=32;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000367883;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:52:53:1:20:32:1:0:20:33:0:0 chr2 220414016 . C T 296.42 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0384291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.773;QD=49.4029;RBI=0.0659129;REFB=-0.142678;REVB=0.053551;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51281;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00241871;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:19:4:0:0:19:4:0:1 chr2 220414019 . T C 53.87 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0237101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0215;QD=8.61908;RBI=0.121702;REFB=-0.0693217;REVB=0.11937;RO=15;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214855;STB=0.631268;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.280082;OID=.;OPOS=220414019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:25:15:15:10:10:0.4:9:1:3:12:9:1:3:12 chr2 220415595 . GGAGAGAA GGAGAA,GGGAGAAG 146.0 PASS AF=0.571429,0;AO=7,2;DP=30;FAO=16,0;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7,0;FSAR=9,0;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0220537,0.023753;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=2,6;MLLD=170.478,167.429;QD=20.857;RBI=0.0428295,0.0544991;REFB=-0.0226837,-0.0185024;REVB=-0.0367152,-0.0490505;RO=12;SAF=5,0;SAR=2,2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0577328,-0.630414;STB=0.597225,0.5;STBP=0.262,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0205025,0;OID=.,.;OPOS=220415596,220415597;OREF=GA,AGAGAA;OALT=-,GAGAAG;OMAPALT=GGAGAA,GGGAGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429,0:7,2:30:16,0:28:12:7,0:9,0:8:4:99:12:5,0:2,2:8:4 chr2 220417266 . C T 365.24 PASS AF=0.769231;AO=29;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0477366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9501;QD=37.4603;RBI=0.0628365;REFB=0.0248249;REVB=0.0408612;RO=9;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128275;STB=0.571381;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00604071;OID=.;OPOS=220417266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:39:39:9:9:29:30:0.769231:15:14:7:2:16:14:7:2 chr2 220419236 . T C 2172.7 PASS AF=0.992857;AO=136;DP=139;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00838624;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.088;QD=62.0772;RBI=0.0459548;REFB=-0.0497538;REVB=0.0451831;RO=0;SAF=74;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58871e-08;STB=0.503355;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000396186;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:140:0:1:136:139:0.992857:62:74:0:0:65:74:1:0 chr2 220419339 . T C 2348.49 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122419;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.102;QD=63.9044;RBI=0.0319061;REFB=0;REVB=-0.0294641;RO=0;SAF=67;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98198e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15688e-05;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:146:147:1:79:67:0:0:79:68:0:0 chr2 220420785 . G A 739.63 PASS AF=0.503497;AO=72;DP=144;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0182646;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.336;QD=20.689;RBI=0.0339546;REFB=-0.0271719;REVB=0.0286237;RO=71;SAF=28;SAR=44;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184584;STB=0.510168;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.022624;OID=.;OPOS=220420785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:71:71:72:72:0.503497:44:28:29:42:44:28:29:42 chr2 220420956 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.95;QD=53.2745;RBI=0.016484;REFB=0;REVB=0.00833288;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191558;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr2 220421417 . C G 239.38 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0112106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.853;QD=20.8154;RBI=0.0521144;REFB=-0.0267163;REVB=-0.0508943;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.026089;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:11:12:11:11:11:12:12:11 chr2 220422774 . A G 610.62 PASS AF=0.430303;AO=64;DP=158;FAO=71;FDP=165;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=0.00193282;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.571;QD=14.803;RBI=0.00655788;REFB=-0.0199014;REVB=0.00626658;RO=88;SAF=32;SAR=32;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117626;STB=0.55668;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0215875;OID=.;OPOS=220422774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:165:88:94:64:71:0.430303:32:32:34:54:36:35:37:57 chr2 220430203 . C T 827.53 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00290086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3021;QD=54.2643;RBI=0.113433;REFB=-0.0766023;REVB=0.113396;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00381536;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:61:0:1:59:60:0.983607:32:27:0:0:33:27:0:1 chr2 220435034 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.147;QD=53.277;RBI=0.0258578;REFB=0;REVB=-0.022262;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84233e-05;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr2 220435375 . G A 207.23 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0241883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.033;QD=24.3801;RBI=0.0977797;REFB=-0.0280659;REVB=0.0947406;RO=14;SAF=17;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239167;STB=0.635359;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00919167;OID=.;OPOS=220435375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:3:17:9:5:3:17:9:5 chr2 220435386 . G C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.00608829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.562;QD=11.4396;RBI=0.0223063;REFB=0.00295353;REVB=-0.0214594;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219086;STB=0.627733;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00759459;OID=.;OPOS=220435386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:5:8:19:5:5:8:19:5 chr2 220462640 . G T 1434.32 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.362;QD=63.047;RBI=0.0272843;REFB=0;REVB=0.00497596;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36589e-05;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:37:54:0:0:37:54:0:0 chr2 220466198 . AG A,AT 601.11 PASS AF=0.025,0.975;AO=6,32;DP=40;FAO=1,39;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139436,0.0562572;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.8866,148.983;QD=60.1111;RBI=0.0206171,0.0562977;REFB=0,0;REVB=-0.0205699,0.00213642;RO=0;SAF=4,15;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0380934,0.00733376;OID=.,.;OPOS=220466199,220466199;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025,0.975:6,32:40:1,39:40:0:0,21:1,18:0:0:5:0:4,15:2,17:0:0 chr2 220466200 . C T 41.35 PASS AF=0.162791;AO=6;DP=41;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0187212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5193;QD=3.84632;RBI=0.0212397;REFB=-0.0521039;REVB=0.010032;RO=35;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496896;STB=0.861728;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0342764;OID=.;OPOS=220466200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:43:35:36:6:7:0.162791:1:5:14:21:1:6:15:21 chr2 220471116 . C G 884.67 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0294764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.586;QD=53.6163;RBI=0.0305126;REFB=-0.0738043;REVB=0.00788416;RO=1;SAF=24;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192676;STB=0.513673;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000352551;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:66:1:3:63:63:0.954545:39:24:1:0:39:24:2:1 chr2 220473355 . G A 444.67 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00954049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.266;QD=18.1497;RBI=0.0233901;REFB=-0.0115991;REVB=-0.021356;RO=52;SAF=32;SAR=13;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219998;STB=0.629242;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0284023;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:53:45:45:0.459184:13:32:26:26:13:32:26:27 chr2 220476443 . C T 977.18 PASS AF=1;AO=58;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.729;QD=59.2228;RBI=0.0738835;REFB=0;REVB=0.0152382;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213171;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:58:66:1:33:25:0:0:33:33:0:0 chr2 220479312 . T C 771.12 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000595853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.954;QD=61.6893;RBI=0.035679;REFB=0;REVB=0.035674;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00362339;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:29:21:0:0 chr2 220494117 . CA C,CC 495.41 PASS AF=0.147059,0.852941;AO=13,21;DP=35;FAO=5,29;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=4,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655015,0.0822608;FXX=0.0555401;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.644,213.914;QD=58.2834;RBI=0.0660793,0.0827565;REFB=0,0;REVB=0.00871999,0.0090439;RO=0;SAF=7,5;SAR=6,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.78933e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00935433,0.00363359;OID=.,.;OPOS=220494118,220494118;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.147059,0.852941:13,21:35:5,29:34:0:1,12:4,17:0:0:21:0:7,5:6,16:0:0 chr2 220500423 . A G 1117.95 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.028294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7773;QD=58.8395;RBI=0.0282955;REFB=0.0460294;REVB=-0.000288483;RO=1;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160347;STB=0.508472;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0107048;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:29:46:0:1:29:46:0:1 chr2 220500426 . A G 1148.92 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.005;QD=59.6841;RBI=0.0730541;REFB=0;REVB=-0.0730149;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104257;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:27:48:0:0:29:48:0:0 chr2 220502367 . A C 96.46 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00541877;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.853;QD=11.3482;RBI=0.00879747;REFB=-0.00606944;REVB=-0.00693054;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11507;STB=0.583194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00937446;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:34:21:22:12:12:0.352941:7:5:11:10:7:5:12:10 chr2 220505265 . T C 292.68 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0315849;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.599;QD=16.9669;RBI=0.0333116;REFB=-0.0288757;REVB=-0.0105857;RO=37;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109847;STB=0.561759;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0278934;OID=.;OPOS=220505265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:37:37:32:32:0.463768:20:12:18:19:20:12:18:19 chr2 220771223 . C T 344.92 PASS AF=0.346774;AO=42;DP=122;FAO=43;FDP=124;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0118917;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.251;QD=11.1263;RBI=0.0161664;REFB=-0.00996938;REVB=0.0109517;RO=80;SAF=21;SAR=21;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114159;STB=0.553023;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0119634;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:80:81:42:43:0.346774:21:21:32:48:22:21:33:48 chr2 220771290 . G A 304.19 PASS AF=0.330508;AO=39;DP=117;FAO=39;FDP=118;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=53;FWDB=-0.00598166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.518;QD=10.3117;RBI=0.0073694;REFB=-0.00451101;REVB=0.0043044;RO=74;SAF=17;SAR=22;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115746;STB=0.574029;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0116367;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:74:79:39:39:0.330508:22:17:25:49:22:17:26:53 chr2 222308226 . T C 697.38 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0221242;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.7617;QD=52.6325;RBI=0.0491869;REFB=-0.188356;REVB=-0.0439304;RO=2;SAF=30;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030361;STB=0.516123;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0082174;OID=.;OPOS=222308226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:53:2:2:51:51:0.962264:21:30:2:0:21:30:2:0 chr2 222347190 . G T 766.86 PASS AF=0.510345;AO=74;DP=145;FAO=74;FDP=145;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0328578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.042;QD=21.1547;RBI=0.0411973;REFB=-0.0139926;REVB=-0.0248512;RO=70;SAF=40;SAR=34;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275696;STB=0.518249;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0107909;OID=.;OPOS=222347190;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:70:71:74:74:0.510345:34:40:40:30:34:40:41:30 chr2 223161889 . AC CG,GC 694.45 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=2,43;DP=45;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=2,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271097,0.00486182;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=32.9887,75.4886;QD=61.7293;RBI=0.0317127,0.0396818;REFB=0,0;REVB=-0.0315967,-0.0393828;RO=0;SAF=0,14;SAR=2,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.13233e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0192129,-0.00442019;OID=.,.;OPOS=223161889,223161889;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:0:0:2,43:2,43:0.0444444,0.955556:2,29:0,14:0:0:2,29:0,14:0:0 chr2 223169150 . G T 268.74 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0213957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3575;QD=22.3947;RBI=0.0920261;REFB=-0.00878111;REVB=0.0895044;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052672;STB=0.529389;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00417544;OID=.;OPOS=223169150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:9:16:16:7:9:16:16:7 chr2 223423362 . A C,G 708.87 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,44;DP=46;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258688,0.0847473;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.7363,87.6609;QD=61.641;RBI=0.0276073,0.0882755;REFB=0,0;REVB=-0.00964198,0.0247077;RO=0;SAF=1,25;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.142743,-0.000148075;OID=.,.;OPOS=223423362,223423362;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:46:0:0:2,44:2,44:0.0434783,0.956522:1,19:1,25:0:0:1,19:1,25:0:0 chr2 223423491 . C G 762.81 PASS AF=0.496644;AO=74;DP=150;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.011054;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.476;QD=20.4781;RBI=0.0117831;REFB=-0.016335;REVB=0.00408038;RO=75;SAF=28;SAR=46;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836474;STB=0.546162;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0208907;OID=.;OPOS=223423491;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:75:75:74:74:0.496644:46:28:35:40:46:28:35:40 chr2 223436607 . C T 149.56 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00893049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.11;QD=11.9646;RBI=0.051884;REFB=0.000331654;REVB=-0.0511096;RO=32;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133593;STB=0.590135;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00115595;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:6:11:17:15:6:11:17:16 chr2 223520797 . T G 561.87 PASS AF=0.424837;AO=57;DP=147;FAO=65;FDP=153;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=-0.000112054;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.283;QD=14.6894;RBI=0.0295563;REFB=-0.0267362;REVB=0.029556;RO=90;SAF=26;SAR=31;SRF=32;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11124;STB=0.539789;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0360953;OID=.;OPOS=223520797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:153:90:88:57:65:0.424837:31:26:32:58:37:28:32:56 chr2 223536541 . G A 1017.32 PASS AF=0.606452;AO=94;DP=155;FAO=94;FDP=155;FR=.;FRO=61;FSAF=66;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0300186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0395;QD=26.2534;RBI=0.0367853;REFB=-0.0220932;REVB=0.0212612;RO=61;SAF=66;SAR=28;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930106;STB=0.550508;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0134515;OID=.;OPOS=223536541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:61:61:94:94:0.606452:28:66:36:25:28:66:36:25 chr2 223785740 . A G 755.22 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.528;QD=56.9977;RBI=0.0807888;REFB=0;REVB=0.0225201;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410315;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:51:53:1:38:13:0:0:38:15:0:0 chr2 223791773 . A G 32.92 PASS AF=0.0859375;AO=21;DP=128;FAO=11;FDP=128;FR=.;FRO=117;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=-0.0180744;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1319;QD=1.02883;RBI=0.0311283;REFB=-0.00345256;REVB=-0.0253434;RO=98;SAF=1;SAR=20;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.681059;STB=0.891544;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0178702;OID=.;OPOS=223791773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:128:128:98:117:21:11:0.0859375:20:1:55:43:10:1:57:60 chr2 223807380 . C A 1547.05 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=106;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180937;FXX=0.0277752;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.425;QD=58.9353;RBI=0.0226652;REFB=-0.105968;REVB=0.0136503;RO=1;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114319;STB=0.505881;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=8.95728e-05;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:105:1:1:103:104:0.990476:41:62:0:1:42:62:0:1 chr2 223917629 . C T 246.96 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0200142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9959;QD=24.6956;RBI=0.0474732;REFB=-0.02505;REVB=-0.043048;RO=17;SAF=18;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32664;STB=0.68337;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.019306;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:5:18:7:10:5:18:7:10 chr2 223917812 . T C 1888.65 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236594;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.558;QD=61.4196;RBI=0.04808;REFB=0;REVB=0.0418559;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05255e-05;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:123:0:0:119:123:1:57:62:0:0:61:62:0:0 chr2 223917983 . T G 200.87 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0148238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.993;QD=20.6024;RBI=0.0153282;REFB=-0.0412542;REVB=-0.00389971;RO=19;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373929;STB=0.710451;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0247812;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:6:14:5:14:6:14:5:14 chr2 223918080 . C G 619.35 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1137;QD=58.9853;RBI=0.0254761;REFB=-0.0120564;REVB=-0.00105626;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0132531;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:20:21:0:1:20:21:0:1 chr2 223918363 . T C 597.6 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.0407;QD=58.3022;RBI=0.0344009;REFB=0.0680186;REVB=-0.00828408;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000347275;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:21:18:1:0:22:18:1:0 chr2 224620181 . G T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.0036649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.254;QD=18.3012;RBI=0.0810519;REFB=-0.0280617;REVB=-0.080969;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307824;STB=0.678681;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.011803;OID=.;OPOS=224620181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:11:9:3:19:11:9:3:20 chr2 224640803 . C CAA 118.63 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0154923;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=39.7246;QD=16.3626;RBI=0.0539785;REFB=-0.0115858;REVB=-0.0517075;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291666;STB=0.608559;STBP=0.219;TYPE=ins;VARB=0.00803313;OID=.;OPOS=224640804;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.551724:15:31:16:29:13:6:10:8:5:85:15:5:10:10:5 chr2 224765956 . C T 591.74 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0173657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8879;QD=56.3561;RBI=0.0863217;REFB=-0.177341;REVB=0.0845569;RO=2;SAF=30;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292456;STB=0.515617;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00886817;OID=.;OPOS=224765956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:10:30:1:1:10:30:1:1 chr2 224866576 . C A 340.54 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0519601;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.156;QD=17.9234;RBI=0.0519863;REFB=-0.0275008;REVB=0.00165059;RO=39;SAF=9;SAR=27;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973305;STB=0.565535;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0292719;OID=.;OPOS=224866576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:39:40:36:36:0.473684:27:9:13:26:27:9:14:26 chr2 225244888 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0290158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.376;QD=15.7005;RBI=0.029767;REFB=-0.00269654;REVB=0.00664539;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17311;STB=0.599867;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00266593;OID=.;OPOS=225244888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:8:11:6:9:8:11 chr2 225336453 . TTAAA T,TTAAT 80.9 PASS AF=0.454545,0;AO=10,3;DP=27;FAO=10,0;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0380034,-0.0859533;FXX=0.0832986;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=237.363,32.6724;QD=14.7082;RBI=0.0413388,0.0860279;REFB=0.00210114,-0.0202541;REVB=0.0162676,-0.00358013;RO=13;SAF=1,0;SAR=9,3;SRF=1;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.065766,-0.5212;STB=0.526265,0.5;STBP=0.839,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00286612,0;OID=.,.;OPOS=225336454,225336457;OREF=TAAA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545,0:10,3:27:10,0:22:12:1,0:9,0:1:11:80:13:1,0:9,3:1:12 chr2 225338022 . G A 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0122423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.76;QD=21.8386;RBI=0.0123357;REFB=-0.0188091;REVB=-0.0015153;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142568;STB=0.570191;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0251335;OID=.;OPOS=225338022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:15:10:13:10:15:10:13:11 chr2 225346646 . T C 210.18 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0328015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.114;QD=11.841;RBI=0.0333449;REFB=-0.0164404;REVB=0.00599518;RO=45;SAF=21;SAR=5;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436014;STB=0.75428;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0325368;OID=.;OPOS=225346646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:5:21:20:25:5:21:20:25 chr2 225362478 . C T 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0497447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.377;QD=10.1856;RBI=0.0511128;REFB=-0.00816289;REVB=-0.0117466;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902044;STB=0.54342;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0149153;OID=.;OPOS=225362478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:34:15:15:0.306122:8:7:18:15:8:7:18:16 chr2 225630233 . C T 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2293;QD=56.1829;RBI=0.0534398;REFB=0;REVB=-0.0241336;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164407;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr2 225719693 . G A 170.54 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0328487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2394;QD=21.318;RBI=0.0528015;REFB=0.0280525;REVB=0.0413395;RO=14;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121635;STB=0.545403;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00710446;OID=.;OPOS=225719693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:17:18:0.5625:5:12:8:6:6:12:8:6 chr2 226273689 . T C 511.21 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0200878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.558;QD=17.0405;RBI=0.0232074;REFB=-0.00644012;REVB=0.0116217;RO=65;SAF=27;SAR=28;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163215;STB=0.509088;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0071245;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:55:55:0.458333:28:27:33:32:28:27:33:32 chr2 226447735 . C T 1022.48 PASS AF=0.947368;AO=71;DP=77;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0176459;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.799;QD=53.8147;RBI=0.0195337;REFB=-0.0400513;REVB=0.00837791;RO=5;SAF=43;SAR=28;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000731881;STB=0.506133;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0154405;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:77:76:5:4:71:72:0.947368:28:43:3:2:28:44:2:2 chr2 226491770 . A C 610.91 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7681;QD=61.0914;RBI=0.0632998;REFB=0;REVB=-0.0187885;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612935;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:31:8:0:0:31:9:0:0 chr2 227661043 . T C 326.64 PASS AF=0.7;AO=27;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00765449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.642;QD=32.6639;RBI=0.00783666;REFB=0.00451618;REVB=-0.00167989;RO=12;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149073;STB=0.570844;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00178688;OID=.;OPOS=227661043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:27:28:0.7:18:9:7:5:18:10:7:5 chr2 227807202 . G T 39.02 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00462247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.929;QD=12.0062;RBI=0.060516;REFB=-0.0228048;REVB=0.0603392;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0243993;OID=.;OPOS=227807202;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:4:2:2:4:4:2:2:5 chr2 227872182 . G A 335.47 PASS AF=0.560606;AO=31;DP=60;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00271808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7344;QD=20.3316;RBI=0.0238512;REFB=-0.050865;REVB=0.0236958;RO=27;SAF=9;SAR=22;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427884;STB=0.557036;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0322419;OID=.;OPOS=227872182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:66:27:29:31:37:0.560606:22:9:9:18:28:9:10:19 chr2 227872995 . T C 966.15 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148749;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8111;QD=59.4553;RBI=0.0185259;REFB=0;REVB=-0.0110429;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103184;OID=.;OPOS=227872995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr2 227886773 . A G 192.03 PASS AF=0.347826;AO=23;DP=70;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.0221079;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.782;QD=11.1319;RBI=0.0229328;REFB=-0.00916311;REVB=0.00609555;RO=43;SAF=11;SAR=12;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245152;STB=0.637575;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0207607;OID=.;OPOS=227886773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:43:45:23:24:0.347826:12:11:30:13:12:12:32:13 chr2 227892619 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0286456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.95;QD=14.2622;RBI=0.0319227;REFB=0.00215638;REVB=-0.0140885;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663586;STB=0.524969;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00412054;OID=.;OPOS=227892619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:8:8:10:13:8:8:11:13 chr2 227892720 . C T 45.1 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00813662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.854;QD=7.84293;RBI=0.0129551;REFB=-0.00427036;REVB=-0.0100812;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192998;STB=0.624592;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00279672;OID=.;OPOS=227892720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:4:12:6:1:4:12 chr2 227896886 . C T 398.53 PASS AF=0.40678;AO=46;DP=118;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.00385954;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.361;QD=13.5094;RBI=0.0170924;REFB=-0.00128276;REVB=0.0166509;RO=67;SAF=22;SAR=24;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127474;STB=0.572924;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00210796;OID=.;OPOS=227896886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:70:46:48:0.40678:24:22:24:43:25:23:25:45 chr2 227896976 . C T 362.09 PASS AF=0.360656;AO=44;DP=119;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=57;FWDB=0.00771004;FXX=0.00812942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.7255;QD=11.8717;RBI=0.00825164;REFB=0.00235645;REVB=-0.00294022;RO=75;SAF=7;SAR=37;SRF=20;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186567;STB=0.611513;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00894895;OID=.;OPOS=227896976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:75:78:44:44:0.360656:37:7:20:55:37:7:21:57 chr2 227915832 . G A 211.89 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0120116;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6847;QD=18.8343;RBI=0.0332581;REFB=-0.0171297;REVB=0.0310133;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176444;STB=0.599481;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0103527;OID=.;OPOS=227915832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:17:7:10:11:17:7 chr2 227954599 . G A 196.71 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0196395;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.671;QD=17.4853;RBI=0.0216929;REFB=-0.0100013;REVB=0.00921255;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671446;STB=0.538422;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0116928;OID=.;OPOS=227954599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:25:20:20:0.444444:14:6:9:16:14:6:9:16 chr2 228102723 . G C 308.52 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=82;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0176431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7466;QD=14.6912;RBI=0.0180759;REFB=-0.00136772;REVB=0.00393185;RO=48;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822539;STB=0.547917;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00244674;OID=.;OPOS=228102723;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:48:49:34:35:0.416667:23:11:19:29:24:11:19:30 chr2 228111435 . T C,G 903.73 PASS AF=0.968254,0.031746;AO=59,4;DP=63;FAO=61,2;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235075,-0.0169162;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.38,93.3538;QD=57.3796;RBI=0.0235463,0.0243357;REFB=0,0;REVB=-0.00134989,-0.0174948;RO=0;SAF=23,2;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00159565,0.0264233;OID=.,.;OPOS=228111435,228111435;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:63:63:0:0:59,4:61,2:0.968254,0.031746:36,2:23,2:0:0:38,0:23,2:0:0 chr2 228111600 . G T 753.39 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0441094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9565;QD=61.5012;RBI=0.0450781;REFB=0.00127249;REVB=-0.00929518;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171068;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00100382;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:27:21:0:1:27:21:0:1 chr2 228113175 . A G 901.68 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0665819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7981;QD=58.173;RBI=0.0754285;REFB=0;REVB=0.0354445;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316638;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:1:0:61:62:1:34:27:0:1:35:27:0:0 chr2 228128540 . C T 2105.22 PASS AF=0.960265;AO=145;DP=150;FAO=145;FDP=151;FR=.;FRO=6;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0170475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3177;QD=55.7674;RBI=0.0625904;REFB=-0.00413134;REVB=-0.0602241;RO=2;SAF=68;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137797;STB=0.514506;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00073317;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:150:151:2:6:145:145:0.960265:77:68:2:0:77:68:5:1 chr2 228128568 . G A 501.56 PASS AF=0.394366;AO=56;DP=143;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.00763318;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.476;QD=14.1285;RBI=0.036772;REFB=-0.00158883;REVB=0.0359711;RO=85;SAF=22;SAR=34;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147255;STB=0.57991;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00485389;OID=.;OPOS=228128568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:85:86:56:56:0.394366:34:22:45:40:34:22:45:41 chr2 228131169 . A G 541.59 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00398001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.713;QD=22.3335;RBI=0.0173693;REFB=-0.0205889;REVB=-0.0169071;RO=46;SAF=30;SAR=21;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132697;STB=0.573142;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0216731;OID=.;OPOS=228131169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:51:51:0.525773:21:30:20:26:21:30:20:26 chr2 228131752 . G A 224.76 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00522651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.4278;QD=13.0297;RBI=0.0237471;REFB=-0.0042074;REVB=-0.0231648;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602745;STB=0.542638;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00570618;OID=.;OPOS=228131752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:42:27:27:0.391304:11:16:22:19:11:16:22:20 chr2 228135631 . C T 190.71 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00487909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.641;QD=15.2567;RBI=0.00488477;REFB=-0.0162562;REVB=0.00023544;RO=30;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14681;STB=0.585275;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0199001;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:15:5:11:19:15:5:11:19 chr2 228177479 . C T 1533.33 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.773;QD=59.5467;RBI=0.0143582;REFB=0;REVB=0.0101757;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98433e-06;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:52:50:0:0:53:50:0:0 chr2 228177751 . G A 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.11314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5172;QD=17.324;RBI=0.113374;REFB=0.00824951;REVB=-0.00728899;RO=25;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252704;STB=0.645414;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0162565;OID=.;OPOS=228177751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:15:5:12:13:15:5:12:13 chr2 228177825 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.779;QD=53.2763;RBI=0.0504275;REFB=0;REVB=0.0504163;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466434;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr2 228194480 . AG TT 144.23 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00928683;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.289;QD=14.7928;RBI=0.00943344;REFB=0.00124966;REVB=0.0016567;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342877;STB=0.551904;STBP=0.634;TYPE=mnp;VARB=-0.00174442;OID=.;OPOS=228194480;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:15:16:0.410256:10:5:8:14:11:5:9:14 chr2 228221725 . A G 347.6 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0192847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9987;QD=19.8626;RBI=0.0362525;REFB=-0.0234912;REVB=0.0306976;RO=34;SAF=25;SAR=11;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477306;STB=0.526542;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0212513;OID=.;OPOS=228221725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:11:25:22:12:11:25:22:12 chr2 228227094 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0199446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.676;QD=11.4397;RBI=0.0200951;REFB=-0.0142864;REVB=0.00245483;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434922;STB=0.721757;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0105343;OID=.;OPOS=228227094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:12:14:8:9:0.391304:3:5:2:10:3:6:4:10 chr2 228230945 . G A 75.86 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.035113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.485;QD=13.1933;RBI=0.0361636;REFB=0.0162231;REVB=-0.00865333;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211189;STB=0.620451;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0452121;OID=.;OPOS=228230945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:22:23:12:13:9:10:0.434783:5:4:8:4:6:4:8:5 chr2 228416712 . A G 285.26 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.173;QD=51.8657;RBI=0.0516634;REFB=0;REVB=0.0187728;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807746;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:7:14:0:0:8:14:0:0 chr2 228476253 . C G 996.98 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9061;QD=58.646;RBI=0.0452827;REFB=0;REVB=-0.0110728;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023852;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:36:32:0:0 chr2 228493211 . G A 244.09 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0228294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.374;QD=13.0179;RBI=0.0294755;REFB=-0.0079405;REVB=-0.0186447;RO=44;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115709;STB=0.553451;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0084636;OID=.;OPOS=228493211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:46:29:29:0.386667:12:17:21:23:12:17:23:23 chr2 228758580 . G C 547.24 PASS AF=0.566667;AO=50;DP=89;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0231402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.768;QD=24.322;RBI=0.0324087;REFB=-0.0408497;REVB=0.0226903;RO=39;SAF=26;SAR=24;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128276;STB=0.573444;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0280671;OID=.;OPOS=228758580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:39:39:50:51:0.566667:24:26:14:25:24:27:14:25 chr2 228776996 . T C 623.63 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.011;QD=60.8419;RBI=0.00724234;REFB=0;REVB=0.00464633;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46319e-05;OID=.;OPOS=228776996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:14:26:0:0:14:27:0:0 chr2 228882970 . T C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00698189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.778;QD=10.8847;RBI=0.0818138;REFB=0.00858119;REVB=0.0815154;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920876;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00664562;OID=.;OPOS=228882970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:7:8:4:5:7:8 chr2 228883721 . T C 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0384436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.507;QD=26.3058;RBI=0.0393138;REFB=0.0060768;REVB=0.00822567;RO=13;SAF=14;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201538;STB=0.612135;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00607757;OID=.;OPOS=228883721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:7:14:5:8:7:14:5:8 chr2 230045542 . C G 700.13 PASS AF=0.472973;AO=70;DP=148;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=55;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0136462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1057;QD=18.9224;RBI=0.0185376;REFB=-0.00989858;REVB=0.0125469;RO=78;SAF=55;SAR=15;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341009;STB=0.690524;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00721341;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:78:78:70:70:0.472973:15:55:37:41:15:55:37:41 chr2 230045545 . T C 719.29 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=150;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=59;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.00585817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.112;QD=19.0541;RBI=0.00773292;REFB=-0.0235911;REVB=-0.00504776;RO=73;SAF=59;SAR=15;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3288;STB=0.692579;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0144228;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:73:77:74:74:0.490066:15:59:36:37:15:59:37:40 chr2 230045554 . G C 783.5 PASS AF=0.506329;AO=80;DP=158;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=65;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0100653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.749;QD=19.8355;RBI=0.020701;REFB=-0.0100748;REVB=-0.0180893;RO=78;SAF=65;SAR=15;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367062;STB=0.704005;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00805478;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:78:78:80:80:0.506329:15:65:37:41:15:65:37:41 chr2 230045564 . T C 861.87 PASS AF=0.544218;AO=80;DP=147;FAO=80;FDP=147;FR=.;FRO=67;FSAF=67;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0270471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.104;QD=23.4521;RBI=0.0380582;REFB=-0.0114148;REVB=0.0267746;RO=66;SAF=67;SAR=13;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413126;STB=0.73241;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0241945;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:66:67:80:80:0.544218:13:67:29:37:13:67:29:38 chr2 230045568 . T C 863.57 PASS AF=0.547945;AO=80;DP=146;FAO=80;FDP=146;FR=.;FRO=66;FSAF=67;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0159539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.013;QD=23.6595;RBI=0.0179178;REFB=-0.00631714;REVB=-0.0081562;RO=64;SAF=67;SAR=13;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398773;STB=0.722427;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0046795;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:64:66:80:80:0.547945:13:67:29:35:13:67:30:36 chr2 230045615 . G A 997.07 PASS AF=0.76;AO=76;DP=99;FAO=76;FDP=100;FR=.;FRO=24;FSAF=66;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0146156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.541;QD=39.8826;RBI=0.0149118;REFB=-0.0202393;REVB=-0.00295726;RO=23;SAF=66;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330016;STB=0.687441;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00328172;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:23:24:76:76:0.76:10:66:9:14:10:66:9:15 chr2 230135711 . G C,GC 1816.57 PASS AF=0,1;AO=13,102;DP=135;FAO=0,129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=0,48;FSAR=0,81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0948736,-0.13135;FXX=0.0227256;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.67854,22.0017;QD=56.3278;RBI=0.132043,0.218835;REFB=0,0;REVB=0.0918393,0.175032;RO=17;SAF=6,37;SAR=7,65;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.167528,0.0201107;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000434667;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:11:135:129:17:0:13,102:0,129:0,1:7,65:6,37:5:12:0,81:0,48:0:0 chr2 230841074 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.108;QD=50.4134;RBI=0.00595245;REFB=0;REVB=0.00515663;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07373e-05;OID=.;OPOS=230841074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr2 231050715 . A G 1021.01 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.039878;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4077;QD=56.7228;RBI=0.0433452;REFB=-0.0709869;REVB=0.0169868;RO=2;SAF=53;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175084;STB=0.509257;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00599021;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:72:2:2:70:70:0.972222:17:53:2:0:17:53:2:0 chr2 231072709 . C T 660.8 PASS AF=0.925926;AO=51;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0379273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1549;QD=48.948;RBI=0.0554035;REFB=-0.00315343;REVB=-0.0403865;RO=3;SAF=19;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687261;STB=0.54998;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00128142;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:3:4:51:50:0.925926:32:19:3:0:32:18:4:0 chr2 231077110 . C T 190.74 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0150416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9831;QD=9.65768;RBI=0.0171881;REFB=0.00285325;REVB=0.00831746;RO=53;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143863;STB=0.575256;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00785754;OID=.;OPOS=231077110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:54:25:25:0.316456:14:11:17:36:14:11:18:36 chr2 231077676 . G A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0567741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.315;QD=7.46485;RBI=0.0687728;REFB=-0.0127924;REVB=-0.0388124;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349848;STB=0.726721;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0399771;OID=.;OPOS=231077676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:3:4:4:12:3:4:4:13 chr2 231077725 . A G 258.41 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231075;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5241;QD=51.6819;RBI=0.0851153;REFB=0;REVB=0.0819186;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040834;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr2 231149108 . G A 899.77 PASS AF=1;AO=46;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0649423;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.5671;QD=57.1283;RBI=0.15431;REFB=0;REVB=0.139979;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131941;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:46:63:1:26:20:0:0:40:23:0:0 chr2 231331896 . G A 333.04 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00779209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.943;QD=19.0308;RBI=0.0646648;REFB=-0.0334513;REVB=-0.0641936;RO=35;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143011;STB=0.571156;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0352401;OID=.;OPOS=231331896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:35:34:35:0.5:18:16:22:13:18:17:22:13 chr2 231406680 . T C 72.84 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0178168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.093;QD=4.77613;RBI=0.0191839;REFB=-0.00561155;REVB=-0.0071123;RO=48;SAF=9;SAR=3;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365404;STB=0.730699;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0217764;OID=.;OPOS=231406680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:60:61:48:49:12:12:0.196721:3:9:22:26:3:9:23:26 chr2 231451851 . A G 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00204134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.261;QD=20.4865;RBI=0.0175887;REFB=-0.0357506;REVB=-0.0174698;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228296;STB=0.629034;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0168176;OID=.;OPOS=231451851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:8:3:8:6:8:3 chr2 231738168 . G A 540.41 PASS AF=0.883721;AO=40;DP=45;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.02722;FXX=0.0444346;HRUN=7;LEN=1;MLLD=209.886;QD=50.2702;RBI=0.0371737;REFB=-0.0903137;REVB=0.0253171;RO=2;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508595;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00268481;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:45:43:2:5:40:38:0.883721:20:20:1:1:18:20:3:2 chr2 231738263 . C T 700.59 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.020766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5589;QD=58.3826;RBI=0.0391422;REFB=-0.0388804;REVB=0.0331795;RO=2;SAF=17;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521232;STB=0.527766;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00773794;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:45:46:0.958333:28:17:2:0:29:17:2:0 chr2 231738269 . G A 631.74 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.985;QD=61.6328;RBI=0.0734486;REFB=0;REVB=0.0518855;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650785;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr2 231774844 . G A 364.08 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0232984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.507;QD=15.8294;RBI=0.0243808;REFB=-0.0179871;REVB=-0.00718385;RO=53;SAF=18;SAR=21;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125513;STB=0.57068;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0273265;OID=.;OPOS=231774844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:21:18:31:22:21:18:31:22 chr2 231775094 . C A 71.69 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.102883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.1423;QD=19.1164;RBI=0.106448;REFB=0.0347994;REVB=-0.0273203;RO=5;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202228;STB=0.559859;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.0104382;OID=.;OPOS=231775094;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:5:6:9:9:0.6:7:2:1:4:7:2:2:4 chr2 231775297 . T G 108.71 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.05049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.676;QD=14.027;RBI=0.0601899;REFB=0.0107913;REVB=-0.0327656;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215384;STB=0.642659;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00839834;OID=.;OPOS=231775297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:18:18:12:13:0.419355:7:5:4:14:7:6:4:14 chr2 232087474 . AT GA 646.44 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075141;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.036;QD=55.0165;RBI=0.174311;REFB=0;REVB=0.157284;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000904761;OID=.;OPOS=232087474;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:42:47:1:17:25:0:0:17:30:0:0 chr2 232091479 . C T 202.94 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00627224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9701;QD=21.9393;RBI=0.0223673;REFB=-0.0269623;REVB=0.0214698;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153852;STB=0.586736;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0600898;OID=.;OPOS=232091479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:14:6:8:9:14:6:8:9 chr2 232196564 . C T 116.28 PASS AF=0.326087;AO=12;DP=43;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00362376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.983;QD=10.1113;RBI=0.00915909;REFB=-0.0252344;REVB=0.00841174;RO=31;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189251;STB=0.578841;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.038475;OID=.;OPOS=232196564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:31:31:12:15:0.326087:6:6:16:15:9:6:16:15 chr2 232196597 . G A 82.33 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0251514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.955;QD=8.90015;RBI=0.0328142;REFB=-0.00386814;REVB=-0.0210757;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139783;STB=0.585213;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0069209;OID=.;OPOS=232196597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:6:5:15:11:6:5:15:11 chr2 232225533 . CACGGGAC ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC 1246.36 PASS AF=0,0.025,0.975;AO=5,30,66;DP=131;FAO=0,3,117;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,49;FSAR=0,2,68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434878,-0.157534,0.145415;FXX=0.0322555;HRUN=5,1,3;LEN=3,2,1;MLLD=4.48305,5.5163,13.2521;QD=41.5452;RBI=0.0816055,0.16104,0.208007;REFB=0,0,0;REVB=-0.0690527,-0.0334173,-0.148733;RO=5;SAF=3,22,19;SAR=2,8,47;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.389209,-0.0949365,-0.109346;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0,0.105827,-0.00964451;OID=.,.,.;OPOS=232225533,232225539,232225536;OREF=CAC,AC,-;OALT=ACG,GA,G;OMAPALT=ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:6:131:120:5:0:5,30,66:0,3,117:0,0.025,0.975:2,8,47:3,22,19:5:0:0,2,68:0,1,49:0:0 chr2 232263127 . G A 736.7 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.314;QD=62.6981;RBI=0.0331903;REFB=0;REVB=0.0195273;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37711e-05;OID=.;OPOS=232263127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:28:19:0:0 chr2 232317402 . CA C 65.04 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00158296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.6212;QD=9.29076;RBI=0.115367;REFB=0.00678559;REVB=-0.115356;RO=16;SAF=10;SAR=0;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.768836;STB=0.768609;STBP=0.078;TYPE=del;VARB=-0.0272504;OID=.;OPOS=232317403;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:10:27:11:28:17:10:1:11:6:65:16:10:0:10:6 chr2 232325414 . TTCATCATCA ATCTTCATCA,TTCATCA,TTCATCATCG 132.47 PASS AF=0.153846,0.346154,0.0769231;AO=4,8,2;DP=26;FAO=4,9,2;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4,6,2;FSAR=0,3,0;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0295514,0.0023332,-0.0278723;FXX=0.0370233;HRUN=2,1,1;LEN=4,3,1;MLLD=111.873,101.116,84.6867;QD=20.38;RBI=0.0441756,0.00548763,0.0651355;REFB=-0.0502437,-0.0497234,0.0151068;REVB=0.032836,0.00496692,-0.0588708;RO=10;SAF=4,6,2;SAR=0,2,0;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.630393,-0.0647644,0.487131;STB=0.995654,0.599799,0.991584;STBP=0.277,0.546,0.44;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0314427,0.0817537,0.127577;OID=.,.,.;OPOS=232325414,232325415,232325423;OREF=TTCA,TCA,A;OALT=ATCT,-,G;OMAPALT=ATCTTCATCA,TTCATCA,TTCATCATCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:77:26:26:10:11:4,8,2:4,9,2:0.153846,0.346154,0.0769231:0,2,0:4,6,2:8:2:0,3,0:4,6,2:9:2 chr2 232326417 . C T 169.04 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0379984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8763;QD=12.0743;RBI=0.0421208;REFB=-0.041547;REVB=-0.0181738;RO=35;SAF=16;SAR=5;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268857;STB=0.657372;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.064559;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:5:16:19:16:5:16:19:16 chr2 232378231 . T C 1047.87 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631263;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0732;QD=59.878;RBI=0.0557591;REFB=0;REVB=0.0554006;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76193e-05;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr2 232458443 . T C 408.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.056;QD=56.3085;RBI=0.0260737;REFB=0;REVB=-0.0219579;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73986e-05;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:19:9:0:0:20:9:0:0 chr2 232672932 . C T 164.37 PASS AF=0.418605;AO=16;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00490753;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.436;QD=15.2901;RBI=0.0049263;REFB=-0.0170418;REVB=0.000429558;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168298;STB=0.517789;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0236044;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:16:18:0.418605:10:6:9:16:11:7:9:16 chr2 232952288 . A C 220.98 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00106311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.849;QD=18.039;RBI=0.0166749;REFB=0.0150691;REVB=0.016641;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120329;STB=0.568122;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0158462;OID=.;OPOS=232952288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:9:18:12:10:9:18 chr2 233243981 . A T 814.36 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.521;QD=57.1479;RBI=0.0341092;REFB=0;REVB=0.0208532;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103839;OID=.;OPOS=233243981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr2 233244586 . C G 436.71 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0377069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4709;QD=49.9097;RBI=0.0609593;REFB=-0.117406;REVB=-0.0478981;RO=2;SAF=22;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.502073;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0144464;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:35:2:3:32:32:0.914286:10:22:2:0:10:22:2:1 chr2 233245141 . T C 95.48 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00733248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.59;QD=34.7182;RBI=0.0117557;REFB=-0.115894;REVB=0.0091886;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00403422;OID=.;OPOS=233245141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:0:1:4:6:0:1 chr2 233245420 . T C 111.72 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0199812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.608;QD=6.4764;RBI=0.0229095;REFB=-0.0265196;REVB=-0.0112071;RO=52;SAF=7;SAR=10;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312771;STB=0.68945;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0480045;OID=.;OPOS=233245420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:52:17:17:0.246377:10:7:35:17:10:7:35:17 chr2 233272700 . G C 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00805368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.421;QD=17.6896;RBI=0.0385583;REFB=-0.013618;REVB=-0.0377078;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171871;STB=0.597495;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0190973;OID=.;OPOS=233272700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:10:11:9:17:10:11:9:17 chr2 233273107 . A G 109.14 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.034394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7341;QD=14.0823;RBI=0.0737505;REFB=-0.0275692;REVB=-0.0652395;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48136;STB=0.780064;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0518606;OID=.;OPOS=233273107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:10:3:13:5:10:3:13:5 chr2 233349588 . G A 769.7 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.492;QD=57.015;RBI=0.044877;REFB=0;REVB=0.0383995;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63304e-05;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:30:24:0:0 chr2 233385396 . G A 1684.03 PASS AF=1;AO=106;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.733;QD=59.0889;RBI=0.0870773;REFB=-0.0983325;REVB=0.0402394;RO=1;SAF=26;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179004;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176246;OID=.;OPOS=233385396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:113:114:1:0:106:114:1:80:26:1:0:86:28:0:0 chr2 233386583 . T C 335.52 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00856665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.985;QD=13.2881;RBI=0.00981521;REFB=-0.0103297;REVB=0.0047907;RO=62;SAF=21;SAR=18;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107784;STB=0.506132;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0169389;OID=.;OPOS=233386583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:62:62:39:39:0.386139:18:21:34:28:18:21:34:28 chr2 233390937 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.284;QD=59.0172;RBI=0.0475577;REFB=0;REVB=0.0205683;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.71762e-05;OID=.;OPOS=233390937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:7:27:0:0:7:27:0:0 chr2 233413771 . C T 159.55 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0516663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4508;QD=17.7281;RBI=0.0615343;REFB=-0.0164527;REVB=-0.0334226;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106788;STB=0.560984;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0163441;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:9:10:7:10:9:10 chr2 233414341 . C T 199.72 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0415078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9868;QD=28.531;RBI=0.0553792;REFB=-0.00430175;REVB=0.03666;RO=8;SAF=17;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172358;STB=0.586105;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00443797;OID=.;OPOS=233414341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:8:9:19:19:0.678571:2:17:6:2:2:17:7:2 chr2 233438786 . G A 275.17 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0128744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.408;QD=13.1035;RBI=0.0138607;REFB=-0.0141613;REVB=-0.0051351;RO=52;SAF=15;SAR=17;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546043;STB=0.53123;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0212865;OID=.;OPOS=233438786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:17:15:27:25:17:15:27:25 chr2 233470843 . G A 348.58 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000423672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0104;QD=53.6282;RBI=0.0163612;REFB=0;REVB=0.0163557;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425288;OID=.;OPOS=233470843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:14:10:0:0:14:12:0:0 chr2 233514636 . G T 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0154377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.201;QD=17.4893;RBI=0.0156491;REFB=-0.0216375;REVB=0.00256329;RO=30;SAF=8;SAR=20;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273846;STB=0.654335;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0182576;OID=.;OPOS=233514636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:20:8:17:13:20:8:17:13 chr2 233514638 . G C 246.82 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00360149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.887;QD=17.9503;RBI=0.0132866;REFB=-0.0217423;REVB=0.0127892;RO=28;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291925;STB=0.66421;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.026087;OID=.;OPOS=233514638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:19:8:17:11:19:8:17:11 chr2 233527577 . GGGC G,GG,GGG 253.89 PASS AF=0.210526,0.736842,0;AO=7,6,5;DP=40;FAO=8,28,0;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=1,18,0;FSAR=7,10,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0672823,-0.187294,-1.13517;FXX=0;HRUN=5,5,6;LEN=3,2,1;MLLD=17.9988,15.8605,7.33472;QD=26.7248;RBI=0.0851479,0.235285,1.1756;REFB=0.0272904,0.162408,0.455429;REVB=0.0521849,0.142408,0.305653;RO=5;SAF=0,0,5;SAR=7,6,0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0.375,0.375,0.598214;SSEP=0,0,0.604651;SSSB=0,0,0.812479;STB=0.635964,0.510302,0.5;STBP=0.227,0.783,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0405582,-0.0206573,0;OID=.,.,.;OPOS=233527578,233527579,233527580;OREF=GGC,GC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.210526,0.736842,0:7,6,5:40:8,28,0:38:2:1,18,0:7,10,0:1:1:32:5:0,0,5:7,6,0:0:5 chr2 233537125 . A G 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00214921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.983;QD=13.224;RBI=0.0159238;REFB=-0.0251308;REVB=0.0157781;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880828;STB=0.550519;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0367244;OID=.;OPOS=233537125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:14:10:18:18:14:10:18:18 chr2 233599904 . A C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0204863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.437;QD=15.9167;RBI=0.0206321;REFB=-0.00815977;REVB=0.00244894;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426609;STB=0.741947;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0127125;OID=.;OPOS=233599904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:2:13:5:8:2:13 chr2 233633460 . G A 73.05 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0552771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.836;QD=9.13112;RBI=0.0556863;REFB=-0.0226804;REVB=-0.00673834;RO=22;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490332;STB=0.7994;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0280742;OID=.;OPOS=233633460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:8:2:14:8:8:2:14:8 chr2 233660846 . G A 149.11 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0108967;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.948;QD=11.695;RBI=0.0109732;REFB=-0.0171418;REVB=0.00129346;RO=33;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369922;STB=0.521715;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0314939;OID=.;OPOS=233660846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:12:6:12:21:12:6:12:21 chr2 233708806 . A G 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0488306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.607;QD=12.8689;RBI=0.0510285;REFB=-0.020467;REVB=0.0148147;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122544;STB=0.507233;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0232807;OID=.;OPOS=233708806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:6:10:7:4:6:10 chr2 233712226 . CACA C,CGCA 93.16 PASS AF=0.52381,0;AO=9,3;DP=22;FAO=11,0;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7,0;FSAR=4,0;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.028133,0.0226816;FXX=0.0454339;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=186.129,55.6756;QD=17.7455;RBI=0.0520752,0.0701034;REFB=-0.0494566,-0.0463172;REVB=-0.043822,-0.0663328;RO=9;SAF=5,2;SAR=4,1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.280017,0.448805;STB=0.699657,0.5;STBP=0.074,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0566276,0;OID=.,.;OPOS=233712227,233712227;OREF=ACA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381,0:9,3:22:11,0:21:10:7,0:4,0:2:8:79:9:5,2:4,1:2:7 chr2 233723182 . G A 178.12 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00109043;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.997;QD=20.9553;RBI=0.0100508;REFB=-0.00707484;REVB=-0.00999146;RO=17;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187803;STB=0.521715;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0130538;OID=.;OPOS=233723182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:16:18:18:0.529412:6:12:11:6:6:12:10:6 chr2 233740227 . A G 116.93 PASS AF=0.5;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00329687;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.434;QD=17.9897;RBI=0.0214237;REFB=-0.0216133;REVB=0.0211685;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257566;STB=0.615207;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0155932;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:26:15:13:13:13:0.5:8:5:10:5:8:5:8:5 chr2 233757697 . A G 353.75 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0188381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.303;QD=18.6184;RBI=0.0191564;REFB=-0.00758443;REVB=-0.00347807;RO=39;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949084;STB=0.552846;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00555895;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:18:19:16:23:18:19:16:23 chr2 233834975 . A G 1427.42 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419684;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.78;QD=62.7438;RBI=0.0427046;REFB=0;REVB=0.00789549;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120128;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:89:91:1:47:42:0:0:48:43:0:0 chr2 234055004 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.454;QD=57.2359;RBI=0.0862347;REFB=0;REVB=0.0862204;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291687;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr2 234066969 . C G 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00838412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1998;QD=56.936;RBI=0.0284874;REFB=0;REVB=0.0272257;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022678;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr2 234354320 . C T 307.37 PASS AF=0.561404;AO=28;DP=53;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0212267;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.848;QD=21.5696;RBI=0.0219306;REFB=-0.0399469;REVB=0.00551202;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146125;STB=0.539768;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0238145;OID=.;OPOS=234354320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:24:25:28:32:0.561404:13:15:17:7:13:19:17:8 chr2 234386134 . A G 257.54 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0465542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8938;QD=22.8922;RBI=0.0937777;REFB=-0.0193097;REVB=-0.0814062;RO=17;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110278;STB=0.608197;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.017739;OID=.;OPOS=234386134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:20:24:25:0.555556:16:8:8:9:17:8:11:9 chr2 234394487 . G A 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0216411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.862;QD=23.758;RBI=0.027549;REFB=-8.94789e-05;REVB=0.0170473;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816934;STB=0.54542;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000432939;OID=.;OPOS=234394487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:8:14:14:12:8:14 chr2 234394569 . A G 389.64 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.00578225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.499;QD=19.007;RBI=0.0250944;REFB=-0.00481696;REVB=-0.0244192;RO=40;SAF=17;SAR=23;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937499;STB=0.561597;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00673562;OID=.;OPOS=234394569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:42:40:40:0.487805:23:17:13:27:23:17:13:29 chr2 234408547 . C T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0164792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.495;QD=7.12465;RBI=0.0545062;REFB=-0.00418777;REVB=-0.0519554;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182661;STB=0.511595;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0409703;OID=.;OPOS=234408547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:10:8:3:4:10:8 chr2 234420361 . C T 178.6 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0110469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.696;QD=22.3245;RBI=0.123431;REFB=-0.0118086;REVB=-0.122936;RO=14;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738679;STB=0.541619;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00684539;OID=.;OPOS=234420361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:5:13:9:5:5:13:9:5 chr2 234432017 . A G 300.31 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00746872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6382;QD=16.684;RBI=0.00973636;REFB=-0.0171275;REVB=-0.0062462;RO=39;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145535;STB=0.581348;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0197746;OID=.;OPOS=234432017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:18:15:12:27:18:15:12:27 chr2 234433124 . G A 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0103293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.567;QD=9.13211;RBI=0.0159604;REFB=0.0012432;REVB=-0.0121671;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206666;STB=0.624766;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00218246;OID=.;OPOS=234433124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:7:15:5:5:7:15 chr2 234449316 . G A 158.65 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00268179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3434;QD=17.1515;RBI=0.0326228;REFB=-0.0121763;REVB=0.0325124;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066627;STB=0.503812;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0074867;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:5:12:14:6:5:12:14:6 chr2 234460046 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0236721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.525;QD=9.11038;RBI=0.0239726;REFB=-0.0196944;REVB=-0.00378406;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703661;STB=0.543368;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0428894;OID=.;OPOS=234460046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:7:9:5:3:7:9 chr2 234465572 . A T 227.92 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00395416;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.893;QD=13.6069;RBI=0.0286013;REFB=-0.0132607;REVB=-0.0283266;RO=41;SAF=9;SAR=18;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337078;STB=0.686139;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0255854;OID=.;OPOS=234465572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:40:27:27:0.402985:18:9:27:14:18:9:26:14 chr2 234469664 . T C 247.97 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0138222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4971;QD=16.2601;RBI=0.0138832;REFB=-0.0124357;REVB=-0.00129974;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523077;STB=0.536206;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0212974;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:12:16:20:12:12:16:21:12 chr2 234526871 . C G 1240.55 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00592079;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.76;QD=59.0739;RBI=0.0264431;REFB=-0.11614;REVB=0.0257717;RO=1;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108864;STB=0.511361;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00163599;OID=.;OPOS=234526871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:84:1:2:82:82:0.97619:43:39:0:1:43:39:0:2 chr2 234590970 . T G 197.6 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0059274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.134;QD=18.8191;RBI=0.0187867;REFB=-0.00309581;REVB=-0.0178272;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16953;STB=0.595498;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00259004;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:6:16:11:9:6:16 chr2 234590974 . CG AA 187.7 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00938421;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=128.634;QD=17.8764;RBI=0.0135873;REFB=-0.000571541;REVB=-0.00982601;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156776;STB=0.569204;STBP=0.456;TYPE=mnp;VARB=-0.00158377;OID=.;OPOS=234590974;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:18:18:0.428571:11:7:5:16:11:7:6:16 chr2 234591248 . ATTTTTTC ATTTTTC,ATTTTTCT 56.96 PASS AF=0.390625,0.03125;AO=22,4;DP=66;FAO=25,2;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=17,2;FSAR=8,0;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=-0.157367,-0.0795422;FXX=0.0302984;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.14909,122.586;QD=3.56009;RBI=0.172378,0.0799796;REFB=-0.141198,-0.00599694;REVB=0.0703543,0.00835351;RO=32;SAF=15,4;SAR=7,0;SRF=4;SRR=28;SSEN=0.526316,0;SSEP=0,0;SSSB=0.531059,0.787874;STB=0.782569,0.997951;STBP=0.002,0.01;TYPE=del,mnp;VARB=0.163655,0.0495701;OID=.,.;OPOS=234591249,234591254;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390625,0.03125:22,4:66:25,2:64:37:17,2:8,0:6:31:45:32:15,4:7,0:4:28 chr2 234591339 . G A 212.01 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0342653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.189;QD=16.6282;RBI=0.0357356;REFB=-0.0111337;REVB=0.0101452;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307392;STB=0.507686;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00994181;OID=.;OPOS=234591339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:12:11:13:14:12:11:13:15 chr2 234621780 . T C 369.68 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0291094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.226;QD=30.1776;RBI=0.0392914;REFB=-0.00644401;REVB=-0.0263905;RO=18;SAF=8;SAR=23;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837993;STB=0.545753;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0164563;OID=.;OPOS=234621780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:23:8:3:15:23:8:3:15 chr2 234621787 . C G 353.55 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0106176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.024;QD=23.9698;RBI=0.0117322;REFB=-0.0176849;REVB=-0.004991;RO=24;SAF=7;SAR=28;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555103;STB=0.530594;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0131924;OID=.;OPOS=234621787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:28:7:6:18:28:7:6:18 chr2 234621825 . T C 423.93 PASS AF=0.552632;AO=40;DP=74;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0273793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.048;QD=22.3122;RBI=0.0280537;REFB=-0.0174266;REVB=-0.00611444;RO=34;SAF=9;SAR=31;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459335;STB=0.532242;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0086222;OID=.;OPOS=234621825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:34:34:40:42:0.552632:31:9:9:25:33:9:9:25 chr2 234622061 . C A 836.68 PASS AF=0.612903;AO=75;DP=123;FAO=76;FDP=124;FR=.;FRO=48;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0180608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.164;QD=26.9896;RBI=0.0251858;REFB=-0.0180117;REVB=0.0175537;RO=48;SAF=39;SAR=36;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143951;STB=0.505094;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0109976;OID=.;OPOS=234622061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:48:48:75:76:0.612903:36:39:24:24:37:39:24:24 chr2 234622110 . C G 1025.96 PASS AF=0.608108;AO=83;DP=141;FAO=90;FDP=148;FR=.;FRO=58;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0112144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.011;QD=27.7286;RBI=0.0120874;REFB=-0.020894;REVB=-0.00451038;RO=58;SAF=38;SAR=45;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728884;STB=0.515932;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0130521;OID=.;OPOS=234622110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:148:58:58:83:90:0.608108:45:38:26:32:46:44:26:32 chr2 234622282 . C T 74.86 PASS AF=0.168675;AO=13;DP=84;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0168696;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.901;QD=3.60786;RBI=0.0330145;REFB=-0.00632739;REVB=-0.0283791;RO=71;SAF=3;SAR=10;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354981;STB=0.764316;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0362863;OID=.;OPOS=234622282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:84:83:71:69:13:14:0.168675:10:3:36:35:11:3:36:33 chr2 234622294 . C T 49.14 PASS AF=0.115789;AO=11;DP=95;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.0118539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.958;QD=2.06907;RBI=0.0138996;REFB=-0.00400293;REVB=-0.00725824;RO=84;SAF=3;SAR=8;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352801;STB=0.755109;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0230207;OID=.;OPOS=234622294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:95:95:84:84:11:11:0.115789:8:3:48:36:8:3:48:36 chr2 234627608 . T G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0036495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.718;QD=18.6418;RBI=0.0044541;REFB=-0.00596895;REVB=0.00255345;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181455;STB=0.510196;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00642891;OID=.;OPOS=234627608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:13:13:13:12:13:13 chr2 234627914 . T C 505.48 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00194886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.025;QD=17.5818;RBI=0.00616055;REFB=-0.010423;REVB=-0.00584417;RO=59;SAF=30;SAR=24;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197828;STB=0.5098;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0134367;OID=.;OPOS=234627914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:61:54:54:0.469565:24:30:34:25:24:30:35:26 chr2 234627937 . T C 2118.24 PASS AF=0.985714;AO=134;DP=138;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0389;FXX=0.0344804;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2574;QD=60.5212;RBI=0.0926412;REFB=-0.120122;REVB=0.0840784;RO=0;SAF=76;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508063;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00996272;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:140:0:2:134:138:0.985714:58:76:0:0:61:77:0:2 chr2 234628270 . G A 747.17 PASS AF=0.625;AO=68;DP=112;FAO=70;FDP=112;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0229225;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0377;QD=26.6846;RBI=0.0271739;REFB=-0.043097;REVB=-0.0145938;RO=43;SAF=31;SAR=37;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268759;STB=0.51985;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0336001;OID=.;OPOS=234628270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:43:42:68:70:0.625:37:31:18:25:38:32:17:25 chr2 234637803 . T C 137.74 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00605061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9795;QD=10.0172;RBI=0.00910545;REFB=-0.00248612;REVB=-0.00680436;RO=37;SAF=14;SAR=4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306391;STB=0.683499;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00498689;OID=.;OPOS=234637803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:4:14:20:17:4:14:20:17 chr2 234637853 . G A 226.32 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0269849;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.096;QD=15.3439;RBI=0.030415;REFB=-0.0310686;REVB=0.0140316;RO=34;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181441;STB=0.60822;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0324863;OID=.;OPOS=234637853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:33:25:26:0.440678:17:8:6:28:17:9:6:27 chr2 234638249 . A G 763.87 PASS AF=0.509934;AO=77;DP=150;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.00225158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.578;QD=20.2348;RBI=0.00464452;REFB=-0.0081222;REVB=-0.00406226;RO=73;SAF=36;SAR=41;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382474;STB=0.517309;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0075803;OID=.;OPOS=234638249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:73:74:77:77:0.509934:41:36:31:42:41:36:32:42 chr2 234652482 . C T 124.19 PASS AF=0.301887;AO=17;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0437479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.803;QD=9.37283;RBI=0.0452382;REFB=-0.0149369;REVB=0.011516;RO=35;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254826;STB=0.733913;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0417219;OID=.;OPOS=234652482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:37:17:16:0.301887:14:3:12:23:14:2:13:24 chr2 234688036 . C A 884.83 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9392;QD=58.0215;RBI=0.0355722;REFB=0;REVB=-0.0227012;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371457;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr2 234702459 . T C 881.22 PASS AF=0.612403;AO=79;DP=130;FAO=79;FDP=129;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.00590176;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.469;QD=27.3248;RBI=0.0156188;REFB=-0.0174719;REVB=-0.0144608;RO=50;SAF=34;SAR=45;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111726;STB=0.560425;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00782491;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:50:50:79:79:0.612403:45:34:14:36:45:34:14:36 chr2 234703136 . T C 72.49 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0275573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7302;QD=8.78609;RBI=0.03796;REFB=-0.0177803;REVB=-0.0261066;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627527;STB=0.555443;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0174218;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:6:4:10:12:6:4:11:12 chr2 234704318 . A G 219.01 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0422505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5817;QD=18.2505;RBI=0.0495567;REFB=0.0154417;REVB=-0.025899;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110302;STB=0.562444;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0163923;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:10:16:11:11:10:16 chr2 234704690 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.64;QD=35.5759;RBI=0.0327298;REFB=0;REVB=0.013582;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408367;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr2 234708868 . G C 427.27 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.000790621;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5958;QD=26.2934;RBI=0.0512354;REFB=-0.00514546;REVB=0.0512293;RO=22;SAF=22;SAR=18;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571714;STB=0.535194;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00145663;OID=.;OPOS=234708868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:22:25:40:40:0.615385:18:22:14:8:18:22:16:9 chr2 234708922 . T C 108.01 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00696805;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.225;QD=7.85544;RBI=0.0409764;REFB=-0.0167531;REVB=-0.0403796;RO=39;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438475;STB=0.537263;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0412893;OID=.;OPOS=234708922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:39:40:15:15:0.272727:6:9:22:17:6:9:22:18 chr2 234710831 . G C 989.96 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.068;QD=59.1019;RBI=0.0459484;REFB=0;REVB=0.0392315;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167092;OID=.;OPOS=234710831;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr2 234713706 . T C 1407.57 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122957;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.68;QD=62.5587;RBI=0.0348448;REFB=0;REVB=0.0326033;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337622;OID=.;OPOS=234713706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:41:47:0:0:43:47:0:0 chr2 234716426 . G A 1125.03 PASS AF=0.950617;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0118044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.094;QD=55.5572;RBI=0.021962;REFB=-0.0792968;REVB=0.0185199;RO=3;SAF=33;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016941;STB=0.516125;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000347389;OID=.;OPOS=234716426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:80:81:3:4:76:77:0.950617:43:33:2:1:44:33:3:1 chr2 234719479 . C T 540.51 PASS AF=0.504505;AO=55;DP=110;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=0.0220748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.961;QD=19.4778;RBI=0.0315885;REFB=-0.0290869;REVB=0.0225951;RO=54;SAF=23;SAR=32;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133035;STB=0.56267;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.029763;OID=.;OPOS=234719479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:54:55:55:56:0.504505:32:23:15:39:33:23:16:39 chr2 234725502 . T C 860.15 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0114536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4435;QD=54.6126;RBI=0.0261041;REFB=-0.181533;REVB=-0.0234572;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50026;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00553357;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:0:2:61:61:0.968254:30:31:0:0:30:31:1:1 chr2 234727333 . C G 914.81 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00716047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.847;QD=55.4431;RBI=0.0284555;REFB=-0.179335;REVB=0.0275398;RO=0;SAF=46;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30331e-08;STB=0.512817;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00177358;OID=.;OPOS=234727333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:64:66:0:1:63:65:0.984848:17:46:0:0:19:46:0:1 chr2 234728078 . T C 1089.83 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0631316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5083;QD=57.3594;RBI=0.0898765;REFB=0.0219751;REVB=-0.0639702;RO=2;SAF=34;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00203049;STB=0.501073;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0047412;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:40:34:1:1:40:34:1:1 chr2 234732317 . A G 325.19 PASS AF=0.584906;AO=29;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0309939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.198;QD=24.5428;RBI=0.0310617;REFB=-0.044039;REVB=0.00205002;RO=17;SAF=5;SAR=24;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393788;STB=0.694305;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0143114;OID=.;OPOS=234732317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:20:29:31:0.584906:24:5:11:6:25:6:12:8 chr2 234737390 . G A 307.47 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00031835;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0439;QD=20.4978;RBI=0.0104416;REFB=-0.0265471;REVB=0.0104367;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715829;STB=0.53123;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0368685;OID=.;OPOS=234737390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:27:28:32:32:0.533333:15:17:12:15:15:17:13:15 chr2 234737632 . A G 1504.87 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031711;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6756;QD=62.7028;RBI=0.0374295;REFB=-0.0695477;REVB=0.019884;RO=1;SAF=73;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210617;STB=0.511109;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00062467;OID=.;OPOS=234737632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:96:1:1:95:95:0.989583:22:73:0:1:22:73:0:1 chr2 234738391 . C T 182.94 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0236504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.027;QD=17.423;RBI=0.045539;REFB=-0.04061;REVB=0.038916;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876044;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0435153;OID=.;OPOS=234738391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:10:13:9:10:10:13 chr2 234749258 . T C 54.22 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00574709;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.97;QD=19.7167;RBI=0.00586375;REFB=-0.025459;REVB=0.00116382;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206743;STB=0.52624;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0183069;OID=.;OPOS=234749258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:12:11:5:4:7:7:0.636364:4:3:2:3:4:3:2:2 chr2 234749269 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00921689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.86;QD=15.2585;RBI=0.00923059;REFB=-0.0286569;REVB=-0.000502695;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0267463;OID=.;OPOS=234749269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:3:3:4:3:3:3 chr2 234749354 . G A 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0716768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9763;QD=11.5956;RBI=0.0789246;REFB=0.0157434;REVB=0.0330384;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064554;STB=0.538397;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0207023;OID=.;OPOS=234749354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:11:10:5:7:11:10 chr2 234749722 . T G 181.56 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.000300379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.175;QD=24.2084;RBI=0.0354704;REFB=-0.0140374;REVB=0.0354691;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422746;STB=0.523596;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0140002;OID=.;OPOS=234749722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:12:12:18:18:0.6:7:11:8:4:7:11:8:4 chr2 234749780 . G C 75.36 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0176207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.839;QD=15.0726;RBI=0.0241238;REFB=-0.0168796;REVB=0.0164763;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322491;STB=0.646773;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0354235;OID=.;OPOS=234749780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:20:20:10:10:9:10:0.5:3:6:3:7:4:6:3:7 chr2 234750831 . T C 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0275584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.219;QD=16.1189;RBI=0.0398804;REFB=-0.0124034;REVB=0.0288267;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297828;STB=0.517213;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.01361;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:5:8:7:5:5:8 chr2 234758500 . G A 249.15 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0564719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4207;QD=20.3384;RBI=0.0631216;REFB=-0.00294354;REVB=0.0282004;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142976;STB=0.573418;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00581283;OID=.;OPOS=234758500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:25:22:24:0.489796:13:9:7:19:14:10:7:18 chr2 234762480 . A T 585.69 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0195084;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.99;QD=20.9173;RBI=0.0211466;REFB=-0.01191;REVB=0.00816086;RO=51;SAF=32;SAR=27;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898935;STB=0.538496;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00762137;OID=.;OPOS=234762480;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:51:53:59:59:0.526786:27:32:33:18:27:32:33:20 chr2 234775169 . T C 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0184031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8454;QD=18.636;RBI=0.0259467;REFB=0.00463367;REVB=0.0182909;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00643647;OID=.;OPOS=234775169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:10:6:6:10:10:6 chr2 234854550 . G C 242.99 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00906823;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.696;QD=21.5994;RBI=0.00907057;REFB=-0.0223949;REVB=0.000206162;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584328;STB=0.53279;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0220435;OID=.;OPOS=234854550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:22:23:23:0.511111:12:11:12:10:12:11:12:10 chr2 234856212 . C T 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00337857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.117;QD=15.1531;RBI=0.00479514;REFB=-0.0115196;REVB=0.00340274;RO=43;SAF=21;SAR=11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153112;STB=0.586844;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0163849;OID=.;OPOS=234856212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:11:21:22:21:11:21:22:21 chr2 234863788 . G A 231.54 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0068863;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.084;QD=22.589;RBI=0.0133003;REFB=-0.0238282;REVB=-0.0113787;RO=19;SAF=17;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244101;STB=0.637933;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0226451;OID=.;OPOS=234863788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:19:19:22:22:0.536585:5:17:10:9:5:17:10:9 chr2 234967539 . T A 314.95 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0090565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.827;QD=19.9971;RBI=0.0223146;REFB=-0.0276108;REVB=-0.0203942;RO=30;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510026;STB=0.528285;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0237839;OID=.;OPOS=234967539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:14:19:19:11:14:19:19:11 chr2 235402279 . T C 110.58 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0151595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.836;QD=15.2527;RBI=0.0186008;REFB=-0.00841716;REVB=0.0107786;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00967959;STB=0.505609;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0109912;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:10:6:5:8:10:6 chr2 235950187 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000487233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.782;QD=61.5361;RBI=0.0207011;REFB=0;REVB=0.0206954;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50347e-05;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr2 235951819 . A G 895.41 PASS AF=0.957143;AO=61;DP=66;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0333975;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.262;QD=51.1661;RBI=0.0338006;REFB=-0.133932;REVB=-0.0052046;RO=2;SAF=22;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409887;STB=0.527264;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00435834;OID=.;OPOS=235951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:66:70:2:3:61:67:0.957143:39:22:2:0:41:26:3:0 chr2 236433161 . G A 408.45 PASS AF=0.939394;AO=23;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0589073;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.588;QD=49.5096;RBI=0.0637849;REFB=-0.146235;REVB=0.0244633;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.526299;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00411646;OID=.;OPOS=236433161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:33:33:0:2:23:31:0.939394:17:6:0:0:18:13:0:2 chr2 236649671 . AGGGGGC AGGGGC,AGGGG,AGGGGG 39.83 PASS AF=0.0655738,0.147541,0.0163934;AO=11,8,6;DP=58;FAO=4,9,1;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=1,4,1;FSAR=3,5,0;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0917621,-0.14373,-0.193425;FXX=0.031741;HRUN=5,5,6;LEN=1,2,1;MLLD=9.27995,15.2867,9.29807;QD=2.61201;RBI=0.326327,0.21198,0.193507;REFB=-0.0904939,-0.0669998,-0.0412921;REVB=-0.31316,-0.155812,0.00561927;RO=24;SAF=3,3,4;SAR=8,5,2;SRF=8;SRR=16;SSEN=0.416667,0.416667,0.690476;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.081694,0.05323,0.378376;STB=0.620046,0.571276,0.9926;STBP=0.778,0.665,0.271;TYPE=del,del,del;VARB=-0.068911,0.0983789,0.0233132;OID=.,.,.;OPOS=236649672,236649676,236649677;OREF=G,GC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGGGGC,AGGGG,AGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0655738,0.147541,0.0163934:11,8,6:58:4,9,1:61:47:1,4,1:3,5,0:17:30:17:24:3,3,4:8,5,2:8:16 chr2 236691982 . A G 497.72 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0562882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9904;QD=19.7116;RBI=0.0574244;REFB=-0.0108262;REVB=0.0113667;RO=50;SAF=20;SAR=31;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444103;STB=0.524567;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0140869;OID=.;OPOS=236691982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:51:51:0.50495:31:20:22:28:31:20:22:28 chr2 236708166 . C T 281.24 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00445874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5169;QD=21.2256;RBI=0.0085758;REFB=-0.0423547;REVB=-0.00732557;RO=24;SAF=9;SAR=20;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10185;STB=0.556223;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0251114;OID=.;OPOS=236708166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:20:9:5:19:20:9:5:19 chr2 236761396 . C T 638.26 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0429556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.035;QD=59.3732;RBI=0.0454872;REFB=-0.142901;REVB=-0.0149632;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00352688;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:20:22:1:0:20:22:1:0 chr2 237061782 . A G 170.31 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0240047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3013;QD=17.0309;RBI=0.0679909;REFB=-0.00735425;REVB=0.0636124;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651628;STB=0.537314;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0129332;OID=.;OPOS=237061782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:11:7:10:12:11:7:10:12 chr2 237119051 . T C 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00589946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2247;QD=9.37524;RBI=0.0133532;REFB=-0.00284279;REVB=-0.0119793;RO=40;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272716;STB=0.523785;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00865848;OID=.;OPOS=237119051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:41:19:19:0.316667:9:10:22:18:9:10:23:18 chr2 237119074 . A G 149.11 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.000243674;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2491;QD=9.46715;RBI=0.0337916;REFB=-0.00385983;REVB=-0.0337907;RO=42;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027578;STB=0.51039;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00841582;OID=.;OPOS=237119074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:43:20:20:0.31746:9:11:23:19:9:11:23:20 chr2 237119104 . G A 165.27 PASS AF=0.315068;AO=22;DP=72;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00436645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.463;QD=9.05571;RBI=0.00757496;REFB=-0.00981554;REVB=0.00618984;RO=50;SAF=12;SAR=10;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172223;STB=0.503629;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0299665;OID=.;OPOS=237119104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:50:50:22:23:0.315068:10:12:28:22:10:13:28:22 chr2 237119178 . T C 203.34 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0101611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.004;QD=14.2698;RBI=0.017342;REFB=-0.0182809;REVB=0.0140533;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015372;STB=0.508765;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0268197;OID=.;OPOS=237119178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:12:12:16:17:12:12:16:17 chr2 237149941 . C T 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00285682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.891;QD=14.3246;RBI=0.0244057;REFB=-0.0138882;REVB=-0.024238;RO=39;SAF=21;SAR=7;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10618;STB=0.560702;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0186999;OID=.;OPOS=237149941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:7:21:26:13:7:21:26:13 chr2 237150166 . A C 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.569;QD=58.1343;RBI=0.0152154;REFB=0;REVB=-0.00308906;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111795;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr2 237923852 . G A 297.77 PASS AF=0.452055;AO=30;DP=70;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00820358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.805;QD=16.3161;RBI=0.00918279;REFB=-0.0104918;REVB=0.00412613;RO=40;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127432;STB=0.555522;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0114285;OID=.;OPOS=237923852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:40:40:30:33:0.452055:18:12:21:19:19:14:21:19 chr2 238233410 . C G 265.36 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0108147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.232;QD=17.9905;RBI=0.0108759;REFB=-0.0128901;REVB=0.00115283;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765761;STB=0.542758;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0135537;OID=.;OPOS=238233410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:17:12:10:20:17:12:10:20 chr2 238243292 . G A 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00388906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.604;QD=12.5662;RBI=0.0166445;REFB=-0.0128658;REVB=-0.0161838;RO=40;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437324;STB=0.525106;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0230605;OID=.;OPOS=238243292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:11:14:24:16:11:14:24:16 chr2 238243464 . C G 285.97 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.10793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.663;QD=25.4194;RBI=0.132238;REFB=-0.0435765;REVB=-0.0764066;RO=18;SAF=7;SAR=19;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798781;STB=0.503266;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0245705;OID=.;OPOS=238243464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:19:26:26:0.577778:19:7:5:13:19:7:5:14 chr2 238244963 . A G 196.87 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00365482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.448;QD=12.9093;RBI=0.0264855;REFB=-0.0132381;REVB=-0.0262321;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103021;STB=0.559179;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0272418;OID=.;OPOS=238244963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:10:14:18:19:10:14:18:19 chr2 238249630 . C T 244.21 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.000122637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.557;QD=23.258;RBI=0.00447178;REFB=-0.0206025;REVB=-0.0044701;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653289;STB=0.545415;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0170231;OID=.;OPOS=238249630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:11:11:8:11:11:12:8:11 chr2 238258814 . C G 249.21 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0137318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.872;QD=12.0103;RBI=0.0139504;REFB=-0.0148191;REVB=0.00245982;RO=52;SAF=10;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231051;STB=0.63925;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0194435;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:53:30:30:0.361446:20:10:28:24:20:10:29:24 chr2 238419286 . C T 118.92 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0450531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.605;QD=13.2137;RBI=0.0489806;REFB=-0.0122088;REVB=-0.0192175;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700618;STB=0.540926;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0244305;OID=.;OPOS=238419286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:8:14:8:6:8:14 chr2 238419321 . A G 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00714221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.364;QD=15.1662;RBI=0.00856247;REFB=-0.00580831;REVB=-0.00472278;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717256;STB=0.54161;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0083087;OID=.;OPOS=238419321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:8:12:10:5:8:12 chr2 238427142 . T C 136.71 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00163999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.819;QD=10.9366;RBI=0.0927048;REFB=0.00207879;REVB=0.0926903;RO=34;SAF=12;SAR=4;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365008;STB=0.718467;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00230095;OID=.;OPOS=238427142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:4:12:15:19:4:12:15:19 chr2 238427194 . T C 450.55 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0348149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.524;QD=21.7131;RBI=0.0348416;REFB=-0.0296597;REVB=0.00136278;RO=38;SAF=12;SAR=32;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706607;STB=0.54879;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0283121;OID=.;OPOS=238427194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:39:44:44:0.53012:32:12:13:25:32:12:14:25 chr2 238427251 . G A 339.88 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.049944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.971;QD=23.4401;RBI=0.0501145;REFB=-0.0237981;REVB=-0.00413026;RO=24;SAF=10;SAR=24;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222066;STB=0.501222;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00854605;OID=.;OPOS=238427251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:24:10:7:17:24:10:7:17 chr2 238434249 . C T 68.92 PASS AF=0.4;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00125795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5101;QD=11.0273;RBI=0.0453241;REFB=0.0176928;REVB=-0.0453067;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920876;STB=0.51996;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.0198869;OID=.;OPOS=238434249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:25:25:15:15:9:10:0.4:4:5:7:8:5:5:7:8 chr2 238443226 . A G 252.75 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0263493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.224;QD=21.0622;RBI=0.0319195;REFB=-0.00681464;REVB=0.0180158;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114584;STB=0.564461;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0100864;OID=.;OPOS=238443226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:15:9:12:12:15:9:12:12 chr2 238449007 . T C 458.7 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0550693;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.697;QD=55.6003;RBI=0.0610624;REFB=-0.0583533;REVB=0.0263816;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301077;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00263674;OID=.;OPOS=238449007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:0:1:15:17:0:1 chr2 238449023 . T C,G 533.81 PASS AF=0.921053,0.0526316;AO=35,2;DP=38;FAO=35,2;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0152756,-0.0294207;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.493,136.72;QD=56.1902;RBI=0.0224961,0.0331165;REFB=-0.0174027,-0.027604;REVB=0.0165146,0.0152028;RO=1;SAF=17,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0252795,0.697199;STB=0.513506,0.993266;STBP=0.52,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0026765,0.112062;OID=.,.;OPOS=238449023,238449023;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:1:1:35,2:35,2:0.921053,0.0526316:18,0:17,2:0:1:18,0:17,2:0:1 chr2 238449107 . A G 517.59 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0241528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.13;QD=54.4829;RBI=0.0241581;REFB=0.00333617;REVB=0.000508174;RO=2;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274091;STB=0.501465;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=3.07429e-05;OID=.;OPOS=238449107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:19:17:1:1:19:17:1:1 chr2 238461773 . G A 785.74 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5916;QD=64.142;RBI=0.0404612;REFB=0;REVB=0.0326054;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628899;OID=.;OPOS=238461773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:33:15:0:0:34:15:0:0 chr2 238462324 . A G 830.68 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.323;QD=57.2879;RBI=0.120789;REFB=0;REVB=0.0167491;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003965;OID=.;OPOS=238462324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr2 238471873 . C T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0605947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.906;QD=23.2631;RBI=0.0607508;REFB=-0.0106315;REVB=0.00435168;RO=19;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778137;STB=0.543289;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.01026;OID=.;OPOS=238471873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:15:8:5:14:15:8:5:14 chr2 238483164 . T C 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00026585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.689;QD=24.1266;RBI=0.014248;REFB=-0.0314607;REVB=0.0142455;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115872;STB=0.564778;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0177015;OID=.;OPOS=238483164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:4:7:8:9:4:7 chr2 238483671 . G A 68.06 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0494201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.163;QD=14.3275;RBI=0.129541;REFB=-0.0646567;REVB=0.119744;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946172;STB=0.581216;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0502846;OID=.;OPOS=238483671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:9:9:0.473684:4:5:4:5:4:5:4:6 chr2 238483729 . A G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0033188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.553;QD=24.127;RBI=0.0089346;REFB=-0.0271227;REVB=-0.00829534;RO=9;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608555;STB=0.578852;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0241764;OID=.;OPOS=238483729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:9:11:17:17:0.607143:6:11:5:4:6:11:5:6 chr2 238485251 . G A 329.81 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0125603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.404;QD=20.94;RBI=0.0530452;REFB=-0.00210798;REVB=0.0515367;RO=29;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232084;STB=0.628026;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00207466;OID=.;OPOS=238485251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:19:15:21:8:19:15:21:8 chr2 238494681 . G A 276.25 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00790912;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.872;QD=25.1136;RBI=0.00856208;REFB=-0.0348924;REVB=0.00327948;RO=19;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491534;STB=0.50273;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0514158;OID=.;OPOS=238494681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:12:13:10:9:12:13:10:9 chr2 238499863 . A AAATTCTTCAGGAGACTCT,T 74.15 PASS AF=0.178571,0.0357143;AO=9,3;DP=63;FAO=10,2;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=9,2;FSAR=1,0;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00519611,-0.00696994;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=18,1;MLLD=623.674,398.865;QD=5.29618;RBI=0.0139394,0.00816124;REFB=-0.00675991,-0.00426136;REVB=-0.0129347,-0.00424568;RO=51;SAF=9,2;SAR=0,1;SRF=36;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.629627,-0.0418767;STB=0.775176,0.993128;STBP=0.119,0.332;TYPE=ins,snp;VARB=0.0146105,0.0273614;OID=.,.;OPOS=238499864,238499863;OREF=-,A;OALT=AATTCTTCAGGAGACTCT,T;OMAPALT=AAATTCTTCAGGAGACTCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:56:51:44:9,3:10,2:0.178571,0.0357143:0,1:9,2:36:15:1,0:9,2:30:14 chr2 238499866 . C T 74.72 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00317428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.217;QD=5.06567;RBI=0.0505696;REFB=-0.0175039;REVB=-0.0504698;RO=46;SAF=11;SAR=1;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470022;STB=0.815925;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0359336;OID=.;OPOS=238499866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:58:59:46:47:12:12:0.20339:1:11:30:16:1:11:31:16 chr2 238499874 . C T 96.44 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00199957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.952;QD=6.02736;RBI=0.00663701;REFB=-0.00424702;REVB=0.00632864;RO=48;SAF=13;SAR=2;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344257;STB=0.732568;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00599577;OID=.;OPOS=238499874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:48:49:15:15:0.234375:2:13:32:16:2:13:32:17 chr2 238500642 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00904517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.768;QD=17.3212;RBI=0.0336096;REFB=-0.00255357;REVB=0.0323695;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669461;STB=0.52378;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00293259;OID=.;OPOS=238500642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:9:6:6:12:10:6:6:12 chr2 238503559 . C G 337.74 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00385889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.744;QD=18.7633;RBI=0.0458641;REFB=-0.0188904;REVB=-0.0457015;RO=34;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474969;STB=0.542969;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0271857;OID=.;OPOS=238503559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:36:36:36:0.5:14:22:19:15:14:22:19:17 chr2 238643907 . G A 216.16 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00174017;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6106;QD=20.1078;RBI=0.0139881;REFB=-0.0439077;REVB=0.0138795;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622529;STB=0.557469;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0420897;OID=.;OPOS=238643907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:21:22:0.511628:13:8:9:11:14:8:10:11 chr2 238668802 . A G 439.94 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00653521;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.429;QD=24.1065;RBI=0.0289343;REFB=-0.00458182;REVB=0.0281866;RO=29;SAF=21;SAR=21;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385576;STB=0.520538;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00226181;OID=.;OPOS=238668802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:31:42:42:0.575342:21:21:13:16:21:21:14:17 chr2 238671328 . A G 147.51 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.795;QD=15.5268;RBI=0.0362815;REFB=-0.0263828;REVB=0.0131874;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134977;STB=0.604206;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0295297;OID=.;OPOS=238671328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:16:17:0.447368:5:11:16:4:6:11:17:4 chr2 238733016 . G A 210.52 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=23;FWDB=-0.0474301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9133;QD=19.138;RBI=0.0497857;REFB=0.0105514;REVB=0.0151329;RO=23;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370492;STB=0.701625;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00724733;OID=.;OPOS=238733016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:17:4:0:23:17:4:0:23 chr2 238991733 . C A 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0232973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.451;QD=19.8665;RBI=0.0233322;REFB=-0.031485;REVB=-0.00127743;RO=34;SAF=20;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745283;STB=0.541378;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0297291;OID=.;OPOS=238991733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:16:20:16:18:16:20:16:18 chr2 238991796 . C T 494.42 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0246351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.74;QD=18.8349;RBI=0.0247824;REFB=-0.00799918;REVB=-0.00269806;RO=51;SAF=23;SAR=29;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432174;STB=0.534057;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00837646;OID=.;OPOS=238991796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:53:52:52:0.495238:29:23:25:26:29:23:27:26 chr2 239006879 . C T 168.06 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.000139918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.47;QD=16.8061;RBI=0.0221307;REFB=-0.0339281;REVB=0.0221303;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260212;STB=0.657439;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0611068;OID=.;OPOS=239006879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:17:18:0.45:7:10:7:15:7:11:7:15 chr2 239010719 . T C 429.83 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.039551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.582;QD=16.6924;RBI=0.0541257;REFB=-0.00906769;REVB=-0.0369501;RO=56;SAF=21;SAR=26;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693697;STB=0.538732;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0105574;OID=.;OPOS=239010719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:26:21:29:27:26:21:29:27 chr2 239016539 . C G 529.94 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0154012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.283;QD=18.1177;RBI=0.0238939;REFB=-0.0351486;REVB=0.0182681;RO=60;SAF=25;SAR=31;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112007;STB=0.557771;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0322017;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:61:56:56:0.478632:31:25:34:26:31:25:34:27 chr2 239025630 . T C 369.1 PASS AF=0.407407;AO=40;DP=104;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0172817;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5758;QD=13.6704;RBI=0.0208158;REFB=-0.0135824;REVB=-0.0116034;RO=58;SAF=11;SAR=29;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107391;STB=0.541913;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0391123;OID=.;OPOS=239025630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:58:64:40:44:0.407407:29:11:21:37:29:15:26:38 chr2 239025645 . C T 310.18 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00753393;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.861;QD=15.7054;RBI=0.0091777;REFB=-0.0175699;REVB=0.00524118;RO=45;SAF=11;SAR=23;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131513;STB=0.574491;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0094698;OID=.;OPOS=239025645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:23:11:20:25:23:11:20:25 chr2 239036270 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00373275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.403;QD=16.6272;RBI=0.0148388;REFB=-0.0262859;REVB=0.0143616;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396177;STB=0.732918;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0347636;OID=.;OPOS=239036270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:11:2:7:7:11:2:7:7 chr2 239039057 . A G 937.15 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.604;QD=58.572;RBI=0.0417308;REFB=0;REVB=-0.0321618;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340532;OID=.;OPOS=239039057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr2 239039075 . G T 1320.75 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.265;QD=62.1531;RBI=0.0710934;REFB=0;REVB=0.0571001;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017521;OID=.;OPOS=239039075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:45:39:0:0:46:39:0:0 chr2 239039840 . CAG C,CG,CGG 138.29 PASS AF=0.0769231,0,0.923077;AO=2,4,7;DP=13;FAO=1,0,12;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,11;FSAR=0,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00817528,0.0396409,0.0483299;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=153.008,51.1104,66.8856;QD=42.5521;RBI=0.0285452,0.073272,0.0750961;REFB=0,0,0;REVB=0.0273495,0.061623,0.0574773;RO=0;SAF=2,4,6;SAR=0,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00829374,0,0.00712759;OID=.,.,.;OPOS=239039841,239039841,239039841;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0769231,0,0.923077:2,4,7:13:1,0,12:13:0:1,0,11:0,0,1:0:0:6:0:2,4,6:0,0,1:0:0 chr2 239039893 . T TC 476.85 PASS AF=1;AO=9;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0664721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=6.71018;QD=23.2612;RBI=0.26586;REFB=0;REVB=-0.257416;RO=73;SAF=2;SAR=7;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471178;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00346811;OID=.;OPOS=239039894;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:82:82:82:0:49:33:0:0:13:73:2:7:47:26 chr2 239039896 . G C 1279.63 PASS AF=0.988235;AO=85;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00344236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6847;QD=60.218;RBI=0.0683569;REFB=-0.0368505;REVB=-0.0682701;RO=0;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-4.91732e-05;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:85:84:0.988235:33:52:0:0:33:51:1:0 chr2 239040187 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0852882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.825;QD=52.6107;RBI=0.0887378;REFB=0;REVB=0.0245013;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042497;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr2 239049539 . CG CA,TA 650.83 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=40,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231346,0.0236848;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=87.8249,85.4229;QD=60.5422;RBI=0.0296309,0.0237208;REFB=0,0;REVB=0.0185144,-0.00130594;RO=0;SAF=20,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000127984,-0.0362098;OID=.,.;OPOS=239049540,239049539;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:40,2:41,2:0.953488,0.0465116:20,2:20,0:0:0:21,2:20,0:0:0 chr2 239050033 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.4711;QD=37.4862;RBI=0.0664206;REFB=0;REVB=-0.00273017;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00427356;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr2 239051550 . T C 1870.2 PASS AF=0.968992;AO=124;DP=131;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0329987;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.507;QD=57.9907;RBI=0.0477482;REFB=-0.0879697;REVB=0.0345105;RO=4;SAF=58;SAR=66;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129841;STB=0.506676;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00484373;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:131:129:4:4:124:125:0.968992:66:58:1:3:67:58:1:3 chr2 239059484 . T C 930.28 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235931;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.813;QD=59.0655;RBI=0.0256167;REFB=0;REVB=-0.00997915;RO=0;SAF=44;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119985;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:19:44:0:0:19:44:0:0 chr2 239969974 . G C 281.85 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0100074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4325;QD=19.4376;RBI=0.0453578;REFB=-0.0365153;REVB=0.0442401;RO=28;SAF=7;SAR=22;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332288;STB=0.513021;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0394295;OID=.;OPOS=239969974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:28:29:30:0.517241:22:7:6:22:23:7:6:22 chr2 239972883 . C T 59.12 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0421984;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.381;QD=13.1379;RBI=0.0450649;REFB=0.0180643;REVB=0.0158159;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341689;STB=0.705344;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0225864;OID=.;OPOS=239972883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:6:4:6:2:6:4 chr2 240003870 . G A 1563.39 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00493828;FXX=0.0178555;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.853;QD=56.8507;RBI=0.0521129;REFB=-0.195708;REVB=0.0518784;RO=3;SAF=57;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00696353;STB=0.50367;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.000573218;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:110:110:3:3:107:107:0.972727:50:57:2:1:50:57:2:1 chr2 240083528 . G A 93.15 PASS AF=1;AO=6;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.6673;QD=41.399;RBI=0.0488732;REFB=0;REVB=0.0488732;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.018909;OID=.;OPOS=240083528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:6:9:1:6:0:0:0:9:0:0:0 chr2 240323905 . T TG 411.83 PASS AF=1;AO=35;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.5946;QD=43.3506;RBI=0.124227;REFB=0;REVB=-0.124072;RO=4;SAF=19;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00272855;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:40:38:38:0:20:18:0:0:7:4:19:16:3:1 chr2 240500413 . A G 1116.83 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.646;QD=60.3694;RBI=0.0486056;REFB=0;REVB=-0.0327844;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96925e-06;OID=.;OPOS=240500413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr2 240684619 . G A 330.97 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0190387;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.861;QD=18.135;RBI=0.0252747;REFB=-0.0211944;REVB=-0.0166234;RO=38;SAF=11;SAR=24;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569799;STB=0.531896;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0204217;OID=.;OPOS=240684619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:38:38:35:35:0.479452:24:11:14:24:24:11:14:24 chr2 240900607 . TGGGGGA TGGGG,TGGGGA 124.36 PASS AF=0,0.510638;AO=6,18;DP=51;FAO=0,24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=0,8;FSAR=0,16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.205732,-0.100372;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=18.1575,14.521;QD=10.5841;RBI=0.227499,0.12208;REFB=0.0129031,-0.0190815;REVB=-0.0971089,-0.0694921;RO=23;SAF=3,5;SAR=3,13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.235882,-0.0317854;STB=0.5,0.531223;STBP=1,0.682;TYPE=del,del;VARB=0,0.0167619;OID=.,.;OPOS=240900612,240900608;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.510638:6,18:51:0,24:47:23:0,8:0,16:9:14:99:23:3,5:3,13:7:16 chr2 240923050 . C T 1125.09 PASS AF=0.63522;AO=98;DP=155;FAO=101;FDP=159;FR=.;FRO=58;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0287274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.897;QD=28.3042;RBI=0.0290555;REFB=-0.0355031;REVB=0.00435422;RO=57;SAF=55;SAR=43;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838054;STB=0.545105;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0234788;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:159:57:58:98:101:0.63522:43:55:25:32:45:56:25:33 chr2 240946766 . T C 193.82 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0340666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.996;QD=16.8537;RBI=0.0351224;REFB=-0.0163226;REVB=0.00854712;RO=26;SAF=15;SAR=5;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799633;STB=0.545411;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0270815;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:5:15:21:5:5:15:21:5 chr2 240961728 . T C 154.02 PASS AF=0.381818;AO=18;DP=51;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0121213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.24;QD=11.2018;RBI=0.0370896;REFB=-0.0281401;REVB=-0.035053;RO=33;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268941;STB=0.597846;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0328873;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:33:34:18:21:0.381818:6:12:14:19:9:12:14:20 chr2 240981375 . T A 242.38 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0441935;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.447;QD=22.0345;RBI=0.0444979;REFB=-0.0408627;REVB=0.00519579;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166283;STB=0.592737;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0515387;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:6:15:12:11:6:15 chr2 240984833 . C G 305.28 PASS AF=0.55102;AO=23;DP=50;FAO=27;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0119784;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.348;QD=24.9208;RBI=0.0339972;REFB=-0.0628975;REVB=0.0318171;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15667;STB=0.555516;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0559563;OID=.;OPOS=240984833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:22:23:27:0.55102:14:9:5:17:18:9:5:17 chr2 241066201 . C T 91.92 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00674046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3359;QD=9.67533;RBI=0.0610771;REFB=-0.0069064;REVB=-0.060704;RO=26;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161919;STB=0.509787;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0185309;OID=.;OPOS=241066201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:38:38:26:26:12:12:0.315789:8:4:9:17:8:4:9:17 chr2 241066280 . C T 357.4 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0772262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9252;QD=49.296;RBI=0.0830374;REFB=0.000366343;REVB=-0.0305177;RO=2;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071931;STB=0.503873;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0010417;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:12:15:1:1:12:15:1:1 chr2 241066313 . C T 133.66 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000868572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.505;QD=15.7247;RBI=0.0187418;REFB=-0.0191435;REVB=0.0187217;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043351;STB=0.542112;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0180922;OID=.;OPOS=241066313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:6:9:10:8:6:9:10:9 chr2 241079474 . G T 177.5 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00218449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7397;QD=14.4895;RBI=0.00415262;REFB=0.0120961;REVB=0.00353161;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403918;STB=0.52334;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0213861;OID=.;OPOS=241079474;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:7:12:20:10:7:12:20:10 chr2 241390100 . G T 32.53 PASS AF=0.0895522;AO=7;DP=66;FAO=6;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.105277;FXX=0.0289813;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.2999;QD=1.94183;RBI=0.115033;REFB=-0.0496517;REVB=-0.0463633;RO=40;SAF=2;SAR=5;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235426;STB=0.567949;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.108425;OID=.;OPOS=241390100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:66:67:40:57:7:6:0.0895522:5:2:19:21:4:2:23:34 chr2 241404317 . C T 347.79 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00189833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.7726;QD=14.7997;RBI=0.0538663;REFB=0.0119674;REVB=0.0538329;RO=56;SAF=30;SAR=8;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313836;STB=0.679896;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00998717;OID=.;OPOS=241404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:8:30:30:26:8:30:30:26 chr2 241405528 . A G 434.66 PASS AF=0.457143;AO=47;DP=103;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00103087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.656;QD=16.5583;RBI=0.00608108;REFB=-0.0184446;REVB=-0.00599307;RO=55;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109583;STB=0.563438;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0210385;OID=.;OPOS=241405528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:55:57:47:48:0.457143:22:25:23:32:23:25:23:34 chr2 241451351 . G A 344.58 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00885931;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.522;QD=13.9223;RBI=0.0177535;REFB=-0.00159792;REVB=-0.015385;RO=61;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051919;STB=0.502957;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00287725;OID=.;OPOS=241451351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:61:61:38:38:0.383838:21:17:27:34:21:17:27:34 chr2 241492255 . G T 784.9 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014805;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.363;QD=64.0735;RBI=0.0333459;REFB=0;REVB=-0.0298791;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247968;OID=.;OPOS=241492255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:22:27:0:0 chr2 241513695 . G A 551.66 PASS AF=0.405405;AO=60;DP=148;FAO=60;FDP=148;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=0.0120298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.435;QD=14.9097;RBI=0.0195308;REFB=-0.00508987;REVB=-0.0153862;RO=88;SAF=26;SAR=34;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759681;STB=0.542658;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00670868;OID=.;OPOS=241513695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:88:88:60:60:0.405405:34:26:32:56:34:26:32:56 chr2 241517314 . G A 547.82 PASS AF=0.508929;AO=56;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.000989515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6465;QD=19.565;RBI=0.00532336;REFB=-0.0175575;REVB=0.00523058;RO=55;SAF=33;SAR=23;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440507;STB=0.520491;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0148481;OID=.;OPOS=241517314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:55:56:57:0.508929:23:33:35:20:23:34:35:20 chr2 241536265 . AGGG ACGGG,AGG,AGGC 31.25 PASS AF=0.122807,0,0;AO=6,6,5;DP=57;FAO=7,0,0;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=3,0,0;FSAR=4,0,0;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0320307,-0.381659,-0.208861;FXX=0;HRUN=0,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=95.1236,16.4429,34.3205;QD=2.19321;RBI=0.0344479,0.438185,0.225382;REFB=-0.000588131,-0.0120878,-0.00873247;REVB=-0.0126763,-0.215274,-0.0847018;RO=35;SAF=0,2,4;SAR=6,4,1;SRF=12;SRR=23;SSEN=0,0.346939,0;SSEP=0,0.243808,0;SSSB=-0.615012,-0.012582,0.49356;STB=0.5257,0.5,0.5;STBP=0.911,1,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.0438364,0,0.0366238;OID=.,.,.;OPOS=241536266,241536266,241536268;OREF=-,G,G;OALT=C,-,C;OMAPALT=ACGGG,AGG,AGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.122807,0,0:6,6,5:57:7,0,0:57:50:3,0,0:4,0,0:20:30:32:35:0,2,4:6,4,1:12:23 chr2 241537421 . G A 167.92 PASS AF=0.4;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0275518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.399;QD=14.9263;RBI=0.027621;REFB=-0.00125253;REVB=-0.00195472;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167947;STB=0.612057;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00182386;OID=.;OPOS=241537421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:27:18:18:0.4:13:5:11:15:13:5:12:15 chr2 241538074 . A G 746.27 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.431;QD=63.5123;RBI=0.0468577;REFB=0;REVB=-0.0415268;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.53031e-05;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:27:20:0:0 chr2 241558397 . G A 920.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.05;QD=58.4135;RBI=0.0318301;REFB=0;REVB=-0.0290165;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34329e-05;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr2 241569692 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0466586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7207;QD=11.8303;RBI=0.052122;REFB=-0.0270478;REVB=0.023231;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693191;STB=0.540912;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0205642;OID=.;OPOS=241569692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:4:14:8:3:4:14 chr2 241570106 . AC AT,GT 179.97 PASS AF=0.545455,0;AO=14,3;DP=33;FAO=18,0;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8,0;FSAR=10,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00143679,-0.00748979;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=166.787,162.042;QD=21.814;RBI=0.056658,0.0227783;REFB=-0.0339833,-0.0352591;REVB=0.0566397,0.0215118;RO=14;SAF=8,0;SAR=6,3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.12462,-0.604068;STB=0.520525,0.5;STBP=0.817,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0185163,0;OID=.,.;OPOS=241570107,241570106;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:14,3:18,0:0.545455,0:6,3:8,0:6:8:10,0:8,0:6:9 chr2 241570249 . A C 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0248486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.197;QD=16.8975;RBI=0.0304249;REFB=-0.00549421;REVB=-0.0175563;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157971;STB=0.590739;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00854847;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:2:7:6:4:2:7 chr2 241570391 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.024;QD=55.0986;RBI=0.0357611;REFB=0;REVB=0.0346783;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157682;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr2 241621799 . GC G 238.8 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2487;QD=50.2727;RBI=0.169576;REFB=0;REVB=-0.16696;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00271185;OID=.;OPOS=241621800;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:19:19:19:0:10:9:0:0:4:0:10:9:0:0 chr2 241622195 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.775;QD=40.7614;RBI=0.0622568;REFB=0;REVB=-0.0582996;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000994879;OID=.;OPOS=241622195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr2 241622209 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9602;QD=35.5748;RBI=0.0755981;REFB=0;REVB=0.0716194;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00866575;OID=.;OPOS=241622209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr2 241627928 . A G 536.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.046;QD=59.625;RBI=0.0262486;REFB=0;REVB=0.0220118;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19337e-05;OID=.;OPOS=241627928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:19:15:0:0:21:15:0:0 chr2 241631476 . C G 214.16 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0150865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7196;QD=45.0867;RBI=0.0448979;REFB=0.127922;REVB=-0.0422873;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0132853;OID=.;OPOS=241631476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:0:1:9:9:0:1 chr2 241722476 . G A 369.41 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0294433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.398;QD=16.9845;RBI=0.029563;REFB=-0.016074;REVB=0.00265768;RO=47;SAF=22;SAR=17;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529225;STB=0.522592;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0188235;OID=.;OPOS=241722476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:48:39:39:0.448276:17:22:29:18:17:22:29:19 chr2 241813453 . G A,C 1336.23 PASS AF=0.977011,0.0229885;AO=82,4;DP=87;FAO=85,2;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=44,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0913976,-0.00673157;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.249,107.582;QD=61.436;RBI=0.0954463,0.0219469;REFB=0,0;REVB=-0.0275041,-0.020889;RO=0;SAF=39,2;SAR=43,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.10525e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000750105,0.0986643;OID=.,.;OPOS=241813453,241813453;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:87:87:0:0:82,4:85,2:0.977011,0.0229885:43,2:39,2:0:0:44,2:41,0:0:0 chr2 241816871 . G T 708.34 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7824;QD=62.9633;RBI=0.0206801;REFB=0;REVB=-0.00447186;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021098;OID=.;OPOS=241816871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:33:12:0:0:33:12:0:0 chr2 241827798 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.945;QD=50.4134;RBI=0.00538697;REFB=0;REVB=-0.00231241;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45032e-06;OID=.;OPOS=241827798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr2 241828012 . T C 616.96 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.438;QD=58.7584;RBI=0.0158611;REFB=-0.00680376;REVB=0.00666354;RO=1;SAF=9;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492729;STB=0.526303;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000390246;OID=.;OPOS=241828012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:40:41:0.97619:31:9:1:0:32:9:1:0 chr2 241828034 . A G 371.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.442;QD=54.9816;RBI=0.145568;REFB=0;REVB=-0.0188003;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578885;OID=.;OPOS=241828034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:19:7:0:0:19:8:0:0 chr2 241830969 . G A 1060.27 PASS AF=0.974026;AO=68;DP=75;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0163302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1875;QD=55.079;RBI=0.181395;REFB=-0.187281;REVB=0.180659;RO=4;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819126;STB=0.517237;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00425582;OID=.;OPOS=241830969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:77:4:2:68:75:0.974026:21:47:0:4:28:47:0:2 chr2 241831005 . C T 2297.94 PASS AF=0.986486;AO=145;DP=147;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0300187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9186;QD=62.1064;RBI=0.0646251;REFB=-0.0479529;REVB=0.05723;RO=2;SAF=85;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00229775;STB=0.501141;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00102322;OID=.;OPOS=241831005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:148:2:2:145:146:0.986486:60:85:1:1:61:85:1:1 chr2 241831296 . C G 462.49 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1675;QD=57.8116;RBI=0.14262;REFB=0;REVB=0.0409207;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00380217;OID=.;OPOS=241831296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:14:15:0:0:15:17:0:0 chr2 241834907 . C T 745.38 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0728091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3263;QD=63.4369;RBI=0.0734869;REFB=0;REVB=-0.00995768;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122847;OID=.;OPOS=241834907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr2 241834944 . T C 635.78 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970237;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.009;QD=62.0277;RBI=0.0261771;REFB=0;REVB=0.0243126;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121093;OID=.;OPOS=241834944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr2 241835379 . G A 289.59 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0509545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.339;QD=46.3346;RBI=0.0634918;REFB=-0.0619879;REVB=0.0378794;RO=2;SAF=4;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788415;STB=0.542818;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00518605;OID=.;OPOS=241835379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:19:4:1:1:19:4:1:1 chr2 241865156 . T C 2602.7 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.892;QD=61.9689;RBI=0.0103898;REFB=0;REVB=0.008909;RO=0;SAF=85;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99347e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01532e-06;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:83:85:0:0:83:85:0:0 chr2 241872597 . A G 1778.22 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00442467;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.933;QD=60.2788;RBI=0.0648043;REFB=-0.067408;REVB=0.064653;RO=1;SAF=52;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904575;STB=0.504761;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000375721;OID=.;OPOS=241872597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:118:1:1:117:117:0.991525:65:52:1:0:65:52:1:0 chr2 241898824 . A G 1102.6 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.222;QD=59.6003;RBI=0.0268529;REFB=0;REVB=0.0232655;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80869e-05;OID=.;OPOS=241898824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:45:27:0:0:47:27:0:0 chr2 241904000 . A AC 1478.56 PASS AF=1;AO=13;DP=119;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415222;FXX=0.0092584;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.7091;QD=55.2731;RBI=0.0743996;REFB=0;REVB=-0.061735;RO=100;SAF=5;SAR=8;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.96471e-05;OID=.;OPOS=241904001;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:119:107:107:0:57:50:0:0:9:100:5:8:52:48 chr2 241904001 . G C 1355.6 PASS AF=0.87931;AO=100;DP=114;FAO=102;FDP=116;FR=.;FRO=14;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0125971;FXX=0.025208;HRUN=7;LEN=1;MLLD=43.8265;QD=46.7448;RBI=0.0315225;REFB=-0.171456;REVB=0.0288961;RO=14;SAF=52;SAR=48;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377375;STB=0.518415;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0159238;OID=.;OPOS=241904001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:114:116:14:14:100:102:0.87931:48:52:5:9:50:52:5:9 chr2 241922430 . T C 462.64 PASS AF=0.511364;AO=46;DP=89;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0480355;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.463;QD=21.0289;RBI=0.0537349;REFB=-0.000335168;REVB=-0.0240837;RO=42;SAF=16;SAR=30;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178464;STB=0.614121;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00020687;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:42:43:46:45:0.511364:30:16:23:19:30:15:24:19 chr2 241925343 . T C 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00546928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.757;QD=12.546;RBI=0.0135562;REFB=-0.0183863;REVB=0.012404;RO=42;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942562;STB=0.554305;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0241186;OID=.;OPOS=241925343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:9:17:24:18:9:17:24:18 chr2 241929228 . A G 988.66 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247916;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.76;QD=59.0246;RBI=0.0397056;REFB=0;REVB=0.0396281;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82093e-05;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:38:28:0:0:39:28:0:0 chr2 241973223 . C T 251.29 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0100455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3042;QD=17.0367;RBI=0.0311186;REFB=-0.0280693;REVB=0.0294526;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738495;STB=0.529391;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0227694;OID=.;OPOS=241973223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:27:28:0.474576:11:16:16:15:12:16:16:15 chr2 241979550 . T C 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00163329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.148;QD=8.56749;RBI=0.00983726;REFB=0.00509254;REVB=-0.00970073;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271403;STB=0.516592;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.0163001;OID=.;OPOS=241979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:5:9:23:14:5:9:23:14 chr2 241991875 . G A 124.98 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0013591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.106;QD=12.1927;RBI=0.0353028;REFB=-0.0289763;REVB=-0.0352767;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438595;STB=0.539946;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0499009;OID=.;OPOS=241991875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:6:9:14:11:6:9:14:12 chr2 242002306 . G A 44.28 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00815562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.732;QD=6.8122;RBI=0.0265828;REFB=-0.0167371;REVB=-0.0253008;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008787;STB=0.505602;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0431136;OID=.;OPOS=242002306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:8:11:4:3:8:11 chr2 242003487 . C T 1051.05 PASS AF=0.534314;AO=102;DP=198;FAO=109;FDP=204;FR=.;FRO=95;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=0.036379;FXX=0.0144921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7074;QD=20.6088;RBI=0.036504;REFB=-0.0162284;REVB=-0.00301762;RO=88;SAF=36;SAR=66;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409748;STB=0.512871;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0228191;OID=.;OPOS=242003487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:204:88:95:102:109:0.534314:66:36:35:53:66:43:40:55 chr2 242004866 . A G 208.98 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00142996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.849;QD=18.1721;RBI=0.0182788;REFB=-0.00837258;REVB=-0.0182228;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364795;STB=0.502073;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00979585;OID=.;OPOS=242004866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:12:13:11:10:12:13 chr2 242004921 . AGGGC AGG,AGGC 65.82 PASS AF=0,0.733333;AO=2,5;DP=15;FAO=0,11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=0,2;FSAR=0,9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.152962,0.230761;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=18.1447,14.4921;QD=17.5531;RBI=0.15808,0.287884;REFB=-0.0582784,-0.120809;REVB=-0.0398995,0.172124;RO=7;SAF=0,0;SAR=2,5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.621371,-0.748008;STB=0.5,0.620445;STBP=1,0.192;TYPE=del,del;VARB=0,0.0951521;OID=.,.;OPOS=242004924,242004922;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGG,AGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.733333:2,5:15:0,11:15:4:0,2:0,9:2:2:21:7:0,0:2,5:4:3 chr2 242011330 . C A 1205.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5304;QD=61.0594;RBI=0.0464657;REFB=0;REVB=0.0180259;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501894;OID=.;OPOS=242011330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr2 242062162 . C T 127.98 PASS AF=0.56;AO=15;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00150166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8312;QD=20.4763;RBI=0.00943725;REFB=0.00731627;REVB=0.00931701;RO=9;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321265;STB=0.803551;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00267128;OID=.;OPOS=242062162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:25:9:11:15:14:0.56:13:2:4:5:13:1:5:6 chr2 242066156 . C T 81.2 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00297845;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=1;MLLD=111.471;QD=14.7633;RBI=0.0159346;REFB=-0.0219825;REVB=-0.0156537;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38819;STB=0.723744;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0137669;OID=.;OPOS=242066156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:2:10:4:6:2:10 chr2 242066314 . T C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.012041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.303;QD=20.5467;RBI=0.0120412;REFB=-0.0240005;REVB=-6.00756e-05;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120584;STB=0.56784;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0231385;OID=.;OPOS=242066314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:10:12:9:13:10:12:9:13 chr2 242066789 . A G 144.84 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0608935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2494;QD=10.1643;RBI=0.0654811;REFB=-0.0336305;REVB=0.0240781;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600118;STB=0.535279;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0223842;OID=.;OPOS=242066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:10:9:16:22:10:9:16:22 chr2 242082262 . T C 633.3 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.357;QD=61.7858;RBI=0.0250613;REFB=0;REVB=0.0250117;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134395;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:20:19:0:0:22:19:0:0 chr2 242122391 . T C 347.73 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.042;QD=51.515;RBI=0.0412366;REFB=-0.155791;REVB=-0.0380967;RO=1;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238291;STB=0.512811;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00160493;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:19:7:0:1:19:7:0:1 chr2 242129515 . G A 1986.08 PASS AF=1;AO=127;DP=132;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361934;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.557;QD=61.1103;RBI=0.0428307;REFB=-0.0616756;REVB=0.0229021;RO=1;SAF=56;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664616;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035667;OID=.;OPOS=242129515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:132:130:1:0:127:130:1:71:56:0:1:74:56:0:0 chr2 242157087 . C T 295.75 PASS AF=0.65;AO=23;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00305929;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.8779;QD=29.5748;RBI=0.139245;REFB=-0.0176026;REVB=-0.139211;RO=9;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283851;STB=0.56317;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00709451;OID=.;OPOS=242157087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:9:14:23:26:0.65:9:14:5:4:12:14:5:9 chr2 242157241 . G A 277.24 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00502571;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7274;QD=18.1793;RBI=0.0461122;REFB=-0.040109;REVB=0.0458375;RO=29;SAF=19;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253092;STB=0.640821;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0414432;OID=.;OPOS=242157241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:31:30:30:0.491803:11:19:10:19:11:19:11:20 chr2 242168518 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00726889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3663;QD=15.7001;RBI=0.0319462;REFB=0.0300371;REVB=-0.0311083;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725596;STB=0.541613;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0375824;OID=.;OPOS=242168518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:4:11:15:4:4:11:15:4 chr2 242168976 . T C 289.41 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0270842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.919;QD=13.9475;RBI=0.0278072;REFB=-0.0067448;REVB=-0.00629975;RO=48;SAF=22;SAR=11;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479238;STB=0.530954;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0105469;OID=.;OPOS=242168976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:50:33:33:0.39759:11:22:30:18:11:22:31:19 chr2 242202218 . CCA C,CCAA 35.72 PASS AF=0.32,0;AO=6,4;DP=24;FAO=8,0;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.186078,-0.292245;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=2,1;MLLD=24.3629,14.4542;QD=5.71506;RBI=0.190508,0.296912;REFB=-0.0645447,-0.00579572;REVB=-0.0408468,0.052433;RO=13;SAF=2,4;SAR=4,0;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0316032,0.736642;STB=0.56684,0.5;STBP=0.599,1;TYPE=del,ins;VARB=0.198479,0;OID=.,.;OPOS=242202219,242202220;OREF=CA,-;OALT=-,A;OMAPALT=C,CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0:6,4:24:8,0:25:17:3,0:5,0:8:9:36:13:2,4:4,0:4:9 chr2 242203916 . A C 1264.69 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.124;QD=61.692;RBI=0.00991641;REFB=0;REVB=0.00934039;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08891e-05;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:35:46:0:0:36:46:0:0 chr2 242573211 . T C 92.25 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00227936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.577;QD=18.4495;RBI=0.0499819;REFB=-0.0452086;REVB=-0.0499299;RO=9;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171427;STB=0.5998;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0172468;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:2:9:6:3:2:9:6:3 chr2 242576777 . C T 85.3 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0173389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.076;QD=11.3727;RBI=0.147684;REFB=-0.0146495;REVB=0.146663;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145894;STB=0.604745;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0517989;OID=.;OPOS=242576777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:4:7:9:9:4:7:9:10 chr2 242577022 . C T 57.69 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0152008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.661;QD=13.5749;RBI=0.0367892;REFB=-0.0295837;REVB=0.033502;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0271379;OID=.;OPOS=242577022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:4:5:4:4:4:5 chr2 242606175 . A G 416.58 PASS AF=0.554054;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00292835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.553;QD=22.5178;RBI=0.0136024;REFB=-0.000859886;REVB=-0.0132834;RO=33;SAF=26;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390218;STB=0.513393;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.000546072;OID=.;OPOS=242606175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:33:33:40:41:0.554054:14:26:20:13:15:26:20:13 chr2 242607924 . A G 509.6 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9958;QD=58.2402;RBI=0.0523475;REFB=0;REVB=-0.00614663;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115956;OID=.;OPOS=242607924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:23:12:0:0 chr2 242610738 . T C 680.35 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00988482;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0181;QD=60.4757;RBI=0.0099948;REFB=-0.123651;REVB=0.00147865;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.514279;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0019134;OID=.;OPOS=242610738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:0:1:44:44:0.977778:17:27:0:0:17:27:0:1 chr2 242610773 . T A 1362.45 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0538545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.253;QD=61.2335;RBI=0.105944;REFB=-0.123088;REVB=0.0912354;RO=1;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141424;STB=0.507461;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000939047;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:33:55:0:1:33:55:0:1 chr2 242611934 . T C 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.84;QD=58.2379;RBI=0.022914;REFB=0;REVB=0.0224913;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16626e-05;OID=.;OPOS=242611934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr2 242613089 . A G 1562.0 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0751084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.895;QD=59.5049;RBI=0.0773056;REFB=0;REVB=0.0182995;RO=0;SAF=39;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70774e-05;OID=.;OPOS=242613089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:65:39:0:0:65:40:0:0 chr2 242613133 . T G 1557.11 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.975;QD=63.5556;RBI=0.0532511;REFB=0;REVB=0.0475945;RO=0;SAF=33;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127115;OID=.;OPOS=242613133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:95:98:1:62:33:0:0:64:34:0:0 chr2 242680430 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0442735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.639;QD=17.8403;RBI=0.0464098;REFB=-0.0476214;REVB=0.0139186;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162718;STB=0.606997;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0333335;OID=.;OPOS=242680430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:7:7:9:4:7:7:10:4 chr2 242688292 . C T 181.76 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00794557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.158;QD=18.176;RBI=0.0130036;REFB=-0.0284406;REVB=0.0102937;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181591;STB=0.603026;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0313363;OID=.;OPOS=242688292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:13:8:11:8:13:8 chr2 242688366 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0220393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.114;QD=10.173;RBI=0.0256101;REFB=-0.00714441;REVB=-0.0130441;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0301715;OID=.;OPOS=242688366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:5:4:3:3:5:4 chr2 242690745 . C T 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.081492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.164;QD=24.7077;RBI=0.0828807;REFB=-0.0421811;REVB=0.0151087;RO=17;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527522;STB=0.529386;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0327753;OID=.;OPOS=242690745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:8:15:10:7:8:15:10:7 chr2 242694897 . G T 317.11 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0804657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4061;QD=25.8862;RBI=0.0807648;REFB=-0.029073;REVB=0.00694381;RO=20;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106037;STB=0.550687;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0114099;OID=.;OPOS=242694897;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:19:9:9:11:19:9:9:12 chr2 242742875 . C T 485.56 PASS AF=0.48;AO=45;DP=101;FAO=48;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0358868;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.8459;QD=19.4225;RBI=0.0387454;REFB=-0.0765688;REVB=-0.0146063;RO=39;SAF=23;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230558;STB=0.541577;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0520018;OID=.;OPOS=242742875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:39:48:45:48:0.48:22:23:21:18:25:23:27:21 chr2 242755374 . C G 130.9 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0388686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.9;QD=14.5446;RBI=0.0404764;REFB=-0.0104528;REVB=0.0112949;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11507;STB=0.600783;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.015458;OID=.;OPOS=242755374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:37:36:21:20:12:13:0.361111:5:7:10:11:5:8:9:11 chr2 242793273 . A G 902.56 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.527;QD=58.2299;RBI=0.0462254;REFB=0;REVB=-0.0368278;RO=0;SAF=14;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30745e-05;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:48:14:0:0:48:14:0:0 chr2 242793433 . G A 58.72 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00775955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7314;QD=14.6799;RBI=0.0351863;REFB=-0.0706495;REVB=-0.0343201;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26538;STB=0.681384;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0547975;OID=.;OPOS=242793433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:16:16:7:8:8:8:0.5:3:5:2:5:3:5:2:6 chr2 242813124 . T C 393.28 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0746;QD=56.1827;RBI=0.103625;REFB=0;REVB=0.102114;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107175;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:6:20:0:0:7:21:0:0 chr2 242814283 . C T 308.33 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0790572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6377;QD=28.0302;RBI=0.0858941;REFB=-0.0254679;REVB=0.0335821;RO=17;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202527;STB=0.610613;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0185139;OID=.;OPOS=242814283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:10:17:15:2:10:17:15:2 chr2 242814360 . T C 441.07 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00881248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1025;QD=22.3326;RBI=0.0235492;REFB=-0.0532566;REVB=-0.0218381;RO=35;SAF=30;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115413;STB=0.572333;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0425586;OID=.;OPOS=242814360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:35:36:43:43:0.544304:13:30:20:15:13:30:20:16 chr2 242814463 . A T 285.77 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00872324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2062;QD=15.447;RBI=0.0109366;REFB=-0.0213773;REVB=0.00659659;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403815;STB=0.514955;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0209795;OID=.;OPOS=242814463;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:42:31:32:0.432432:13:18:26:16:13:19:26:16 chr2 242814639 . T C 150.44 PASS AF=0.533333;AO=12;DP=27;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.116536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.14;QD=20.0579;RBI=0.116573;REFB=-0.00845276;REVB=0.0029603;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131584;STB=0.633178;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00886797;OID=.;OPOS=242814639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:30:14:14:12:16:0.533333:8:4:3:11:8:8:3:11 chr2 242815059 . C T 346.52 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0345229;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.667;QD=16.6998;RBI=0.0359856;REFB=-0.00629638;REVB=0.0101556;RO=45;SAF=16;SAR=21;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141698;STB=0.573432;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00606419;OID=.;OPOS=242815059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:21:16:26:19:21:16:26:20 chr2 242839363 . G C 403.74 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0466298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7852;QD=19.4571;RBI=0.046632;REFB=0.00858934;REVB=0.000453923;RO=41;SAF=14;SAR=26;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196759;STB=0.619506;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00771172;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:41:42:40:41:0.493976:26:14:23:18:27:14:24:18 chr3 361508 . C T 725.68 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3386;QD=63.1025;RBI=0.0191719;REFB=0;REVB=-0.0117776;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25774e-05;OID=.;OPOS=361508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr3 391100 . A G 1159.61 PASS AF=0.922222;AO=79;DP=89;FAO=83;FDP=90;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0255819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.067;QD=51.5381;RBI=0.0326721;REFB=-0.210358;REVB=0.0203232;RO=10;SAF=32;SAR=47;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106316;STB=0.533217;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00155631;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:89:90:10:7:79:83:0.922222:47:32:9:1:47:36:6:1 chr3 439963 . A G 985.56 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0213223;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1254;QD=56.3176;RBI=0.0222854;REFB=0.00819717;REVB=0.00648084;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122766;STB=0.501703;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00103265;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:70:1:2:68:68:0.971429:38:30:0:1:38:30:1:1 chr3 440028 . T C 817.57 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.22;QD=57.3732;RBI=0.0205078;REFB=0;REVB=0.0174423;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3254e-05;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr3 450391 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.204;QD=56.1851;RBI=0.0604663;REFB=0;REVB=0.0585795;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466081;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr3 450534 . T C 905.8 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0662;QD=56.6127;RBI=0.0443345;REFB=-0.0827012;REVB=0.0402482;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185128;STB=0.509801;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00223067;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:38:25:1:0:38:25:1:0 chr3 1107455 . T C 806.83 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.211;QD=56.6199;RBI=0.016357;REFB=0;REVB=0.00791026;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3778e-06;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:23:34:0:0 chr3 1262474 . T C 1366.86 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638166;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.488;QD=62.8441;RBI=0.0673554;REFB=0;REVB=0.0215449;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606896;OID=.;OPOS=1262474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:50:36:0:0:50:37:0:0 chr3 1424718 . G A 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.116;QD=60.5469;RBI=0.0346353;REFB=0;REVB=0.0135437;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124221;OID=.;OPOS=1424718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr3 3081750 . A T 755.94 PASS AF=0.457143;AO=80;DP=175;FAO=80;FDP=175;FR=.;FRO=95;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.00174334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.629;QD=17.2786;RBI=0.0176012;REFB=-0.00534727;REVB=0.0175147;RO=95;SAF=47;SAR=33;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132567;STB=0.573564;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00568272;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:95:95:80:80:0.457143:33:47:43:52:33:47:43:52 chr3 3081825 . T C 2581.41 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0036149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.414;QD=61.0984;RBI=0.029732;REFB=-0.0867514;REVB=0.0295114;RO=0;SAF=71;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09819e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485691;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:168:169:0:0:167:169:1:96:71:0:0:97:72:0:0 chr3 3098041 . G C 1197.71 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00205082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.763;QD=58.4249;RBI=0.0174797;REFB=0.0375169;REVB=-0.0173589;RO=2;SAF=39;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000295811;STB=0.500305;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-4.16162e-05;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:82:2:2:79:80:0.97561:40:39:1:1:41:39:1:1 chr3 3099460 . T C 325.78 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0523769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.236;QD=24.587;RBI=0.0594473;REFB=-0.0155996;REVB=0.0281183;RO=21;SAF=9;SAR=23;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159521;STB=0.588098;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0114386;OID=.;OPOS=3099460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:23:9:10:11:23:9:10:11 chr3 3139957 . T C 151.18 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0122837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.512;QD=20.1577;RBI=0.0287826;REFB=-0.0155453;REVB=0.0260298;RO=13;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539091;STB=0.568658;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0101969;OID=.;OPOS=3139957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:13:3:3:10:13:3:4:10 chr3 3170792 . C T 1171.88 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7123;QD=60.8771;RBI=0.0306957;REFB=0;REVB=0.00388568;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130989;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr3 3189278 . C CG 684.34 PASS AF=1;AO=6;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672437;FXX=0.020829;HRUN=0;LEN=1;MLLD=106.672;QD=58.2419;RBI=0.0684579;REFB=0;REVB=0.0128364;RO=41;SAF=5;SAR=1;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517144;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000189376;OID=.;OPOS=3189279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:48:47:47:0:20:27:0:0:4:41:5:1:15:26 chr3 3189279 . A G 591.68 PASS AF=0.893617;AO=41;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0208672;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.5;QD=50.3553;RBI=0.0214943;REFB=-0.28054;REVB=0.00515398;RO=6;SAF=15;SAR=26;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115884;STB=0.546196;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0100468;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:47:47:6:5:41:42:0.893617:26:15:5:1:26:16:4:1 chr3 3197918 . A G 763.08 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340854;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.928;QD=55.4968;RBI=0.0714146;REFB=-0.0346014;REVB=0.0627553;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117985;OID=.;OPOS=3197918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:1:0:54:55:1:27:27:0:1:28:27:0:0 chr3 3886580 . A G 890.99 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140753;FXX=0.031741;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.606;QD=58.4253;RBI=0.0154614;REFB=0;REVB=0.00639851;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216701;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr3 3888894 . C T 2871.51 PASS AF=0.994565;AO=182;DP=187;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=122;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00396983;FXX=0.0160419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.03;QD=62.4242;RBI=0.0214542;REFB=0.0541318;REVB=-0.0210837;RO=1;SAF=61;SAR=121;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00774048;STB=0.504065;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.000292311;OID=.;OPOS=3888894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:184:1:1:182:183:0.994565:121:61:1:0:122:61:1:0 chr3 3889222 . G T 143.75 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.55;QD=44.2314;RBI=0.0261799;REFB=0;REVB=-0.0254197;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000362866;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:8:5:0:0 chr3 4403837 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.75;QD=58.5873;RBI=0.0368641;REFB=0;REVB=0.0343878;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145362;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr3 4699936 . G C 279.33 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0392553;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.231;QD=11.5186;RBI=0.0392828;REFB=-0.0098423;REVB=0.00146917;RO=64;SAF=9;SAR=24;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17284;STB=0.600794;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0183308;OID=.;OPOS=4699936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:64:64:33:33:0.340206:24:9:26:38:24:9:26:38 chr3 4712413 . G A 189.8 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00287882;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.342;QD=14.5998;RBI=0.00322683;REFB=-0.00927749;REVB=0.00145769;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883814;STB=0.542396;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0139889;OID=.;OPOS=4712413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:29:30:22:22:0.423077:8:14:16:13:8:14:17:13 chr3 4716811 . A C 375.52 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0146677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.369;QD=18.3182;RBI=0.021045;REFB=0.00298537;REVB=0.0150915;RO=43;SAF=23;SAR=16;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304775;STB=0.517011;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00772196;OID=.;OPOS=4716811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:16:23:24:19:16:23:24:19 chr3 4767262 . T C 230.92 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0222247;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.468;QD=14.2102;RBI=0.0244435;REFB=0.000731137;REVB=-0.0101757;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599782;STB=0.526177;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.000637228;OID=.;OPOS=4767262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:38:27:27:0.415385:14:13:20:17:14:13:20:18 chr3 4817057 . T A,C 757.53 PASS AF=0.0892857,0.910714;AO=4,50;DP=55;FAO=5,51;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=5,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248791,0.0772094;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.2256,89.8723;QD=54.1092;RBI=0.032072,0.0772699;REFB=-0.0698801,-0.0482076;REVB=-0.0202397,-0.00305629;RO=1;SAF=0,22;SAR=4,28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.749895,-0.0209158;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.135799,0.000841338;OID=.,.;OPOS=4817057,4817057;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:55:56:1:0:4,50:5,51:0.0892857,0.910714:4,28:0,22:1:0:5,28:0,23:0:0 chr3 4856180 . T C 972.39 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7272;QD=58.9325;RBI=0.0750445;REFB=0;REVB=0.0298804;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749247;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr3 4856234 . G A 522.97 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.879;QD=59.7678;RBI=0.0289736;REFB=0;REVB=0.0138239;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140136;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:30:35:1:23:7:0:0:23:12:0:0 chr3 4920353 . A AC 91.72 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0560963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.6434;QD=8.73553;RBI=0.0863369;REFB=-0.0308216;REVB=0.0656297;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672357;STB=0.576513;STBP=0.42;TYPE=ins;VARB=0.0292444;OID=.;OPOS=4920354;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404762:17:44:17:42:25:8:9:15:10:91:27:9:8:16:11 chr3 5241309 . C A 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.235;QD=55.6055;RBI=0.0272;REFB=0.00730307;REVB=0.0226923;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136737;STB=0.507244;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-8.04214e-05;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:34:24:0:1:34:24:0:1 chr3 5294713 . C T 163.44 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0222742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3629;QD=13.3423;RBI=0.0532325;REFB=2.72331e-05;REVB=0.0483483;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318052;STB=0.675482;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00204701;OID=.;OPOS=5294713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:31:18:18:0.367347:6:12:11:19:6:12:12:19 chr3 5294774 . C T 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0184296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.118;QD=11.9922;RBI=0.0185619;REFB=9.51623e-05;REVB=-0.002212;RO=28;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214985;STB=0.680885;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-9.70065e-05;OID=.;OPOS=5294774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:33:18:18:0.352941:5:13:15:13:5:13:15:18 chr3 6903297 . C T 656.17 PASS AF=0.421965;AO=71;DP=173;FAO=73;FDP=173;FR=.;FRO=100;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=0.0065742;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7948;QD=15.1715;RBI=0.0113294;REFB=-0.00844123;REVB=0.00922687;RO=95;SAF=26;SAR=45;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593424;STB=0.533268;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.018635;OID=.;OPOS=6903297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:95:100:71:73:0.421965:45:26:40:55:47:26:41:59 chr3 7603194 . C T 442.2 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00694202;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.245;QD=19.6532;RBI=0.0295741;REFB=-0.00848583;REVB=-0.0287478;RO=46;SAF=26;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1048;STB=0.558255;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0103698;OID=.;OPOS=7603194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:46:46:44:44:0.488889:18:26:22:24:18:26:22:24 chr3 7603216 . T G 595.15 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0175568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0207;QD=20.8823;RBI=0.0225735;REFB=0.0173467;REVB=-0.0141887;RO=54;SAF=27;SAR=33;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592109;STB=0.53256;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0165413;OID=.;OPOS=7603216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:54:60:60:0.526316:33:27:28:26:33:27:28:26 chr3 7620789 . T C 1079.8 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.248;QD=59.989;RBI=0.0430623;REFB=0;REVB=0.0171933;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222788;OID=.;OPOS=7620789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:69:72:1:36:33:0:0:38:34:0:0 chr3 8556639 . AG A 361.22 PASS AF=0.430108;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0228231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0102;QD=15.5363;RBI=0.0484018;REFB=-0.0255431;REVB=-0.042683;RO=54;SAF=18;SAR=21;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396472;STB=0.512453;STBP=0.87;TYPE=del;VARB=0.0344969;OID=.;OPOS=8556640;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430108:39:95:40:93:53:18:22:25:28:99:54:18:21:27:27 chr3 8556671 . T G 566.36 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0106109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.511;QD=24.6242;RBI=0.0116839;REFB=-0.0166929;REVB=-0.004891;RO=39;SAF=23;SAR=29;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152233;STB=0.503386;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0104549;OID=.;OPOS=8556671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:40:52:52:0.565217:29:23:18:21:29:23:18:22 chr3 8590313 . T C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0392304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.757;QD=9.84381;RBI=0.039984;REFB=-0.0087528;REVB=0.00772591;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581876;STB=0.535142;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.013508;OID=.;OPOS=8590313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:13:7:4:6:13:7 chr3 8675575 . T C 484.88 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00543667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.406;QD=21.0818;RBI=0.0105443;REFB=-0.0257763;REVB=-0.00903469;RO=44;SAF=24;SAR=23;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00931;STB=0.510634;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.019025;OID=.;OPOS=8675575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:45:47:47:0.51087:23:24:22:22:23:24:22:23 chr3 8676204 . A G 1008.15 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.842;QD=59.3028;RBI=0.0999624;REFB=0;REVB=0.097535;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344998;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:66:68:1:27:39:0:0:27:41:0:0 chr3 8705555 . T C 346.75 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0141304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.892;QD=51.3702;RBI=0.0190332;REFB=-0.138288;REVB=-0.0127512;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000850309;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:1:0:14:12:1:0 chr3 8775661 . C T 115.19 PASS AF=0.318182;AO=13;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0288051;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.047;QD=10.4721;RBI=0.0289022;REFB=-0.0146114;REVB=0.00236816;RO=29;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283427;STB=0.642653;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0582817;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:13:14:0.318182:4:9:13:16:5:9:13:17 chr3 8809703 . G A 1589.06 PASS AF=0.990991;AO=105;DP=107;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0317047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.056;QD=57.2634;RBI=0.0399706;REFB=-0.101093;REVB=0.0243406;RO=0;SAF=32;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48461e-08;STB=0.503401;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00110436;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:107:111:0:1:105:110:0.990991:73:32:0:0:73:37:0:1 chr3 9005078 . C T 819.31 PASS AF=0.509202;AO=83;DP=163;FAO=83;FDP=163;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.00426303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.167;QD=20.1058;RBI=0.00690461;REFB=-0.0205579;REVB=0.0054314;RO=80;SAF=34;SAR=49;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141391;STB=0.50777;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0201169;OID=.;OPOS=9005078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:80:80:83:83:0.509202:49:34:34:46:49:34:34:46 chr3 9026818 . G A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.333;QD=62.0197;RBI=0.0592573;REFB=0;REVB=0.0475331;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93294e-05;OID=.;OPOS=9026818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr3 9122948 . A G 941.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534749;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.187;QD=58.8537;RBI=0.0664745;REFB=0;REVB=0.039488;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249172;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:34:28:0:0:34:30:0:0 chr3 9406836 . T C 539.73 PASS AF=0.475;AO=56;DP=119;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.00433925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5852;QD=17.991;RBI=0.0175776;REFB=-0.0161007;REVB=0.0170336;RO=63;SAF=24;SAR=32;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624663;STB=0.539555;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0133169;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:63:63:56:57:0.475:32:24:23:40:32:25:23:40 chr3 9422210 . T C 228.76 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00678646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.6936;QD=11.7314;RBI=0.0550973;REFB=-0.0102355;REVB=-0.0546777;RO=50;SAF=12;SAR=16;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797878;STB=0.546092;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0207806;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:16:12:25:25:16:12:25:25 chr3 9425911 . G A 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0199128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.487;QD=15.4097;RBI=0.0332603;REFB=-0.0177395;REVB=-0.0266407;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248434;STB=0.631484;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0231578;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:16:11:22:11:16:11:22:12 chr3 9475118 . G C 505.21 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0288673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.478;QD=22.7062;RBI=0.0818552;REFB=0.0312089;REVB=0.0765961;RO=40;SAF=20;SAR=28;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904881;STB=0.544573;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0246689;OID=.;OPOS=9475118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:41:48:48:0.539326:28:20:21:19:28:20:21:20 chr3 9506176 . T G 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00471616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.997;QD=9.25808;RBI=0.0430664;REFB=0.00225921;REVB=0.0428074;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148748;STB=0.574878;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00543982;OID=.;OPOS=9506176;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:6:6:17:10:6:6:17:11 chr3 9518106 . C T 434.23 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0533988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.323;QD=17.0286;RBI=0.055837;REFB=-0.0145378;REVB=0.0163202;RO=54;SAF=24;SAR=23;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609924;STB=0.528613;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0144397;OID=.;OPOS=9518106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:55:47:47:0.460784:23:24:31:23:23:24:31:24 chr3 9540366 . C G 750.52 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484641;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.758;QD=63.8743;RBI=0.0563039;REFB=0;REVB=0.0286593;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438517;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr3 9879812 . T TA 95.97 PASS AF=0.583333;AO=3;DP=27;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0470399;FXX=0.0768935;HRUN=0;LEN=1;MLLD=155.721;QD=15.995;RBI=0.0661211;REFB=0.0104153;REVB=0.0464677;RO=24;SAF=1;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346791;STB=0.715622;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=-0.0095903;OID=.;OPOS=9879813;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:3:27:14:24:10:5:9:9:1:80:24:1:2:16:8 chr3 9879813 . G A 113.27 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00744767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.599;QD=17.4255;RBI=0.0696749;REFB=-0.0324506;REVB=0.0692757;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265234;STB=0.650946;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0165355;OID=.;OPOS=9879813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:10:3:7:6:10:3 chr3 9885636 . G A 135.98 PASS AF=0.7;AO=13;DP=19;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.081649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.895;QD=27.1962;RBI=0.0817231;REFB=-0.0233461;REVB=-0.00348092;RO=6;SAF=0;SAR=13;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.817835;STB=0.696069;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0184469;OID=.;OPOS=9885636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:6:6:13:14:0.7:13:0:2:4:13:1:2:4 chr3 9908749 . G C 428.88 PASS AF=0.552632;AO=43;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0337873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8308;QD=22.5725;RBI=0.0533473;REFB=-0.0744324;REVB=0.0412839;RO=32;SAF=23;SAR=20;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997269;STB=0.573531;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0419204;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:34:43:42:0.552632:20:23:13:19:19:23:13:21 chr3 9934605 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.681;QD=43.4862;RBI=0.0262063;REFB=0;REVB=0.0118456;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289018;OID=.;OPOS=9934605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr3 9952706 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.00361035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2306;QD=13.2124;RBI=0.00409855;REFB=0.0296223;REVB=-0.00193998;RO=22;SAF=11;SAR=3;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133162;STB=0.576824;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0302247;OID=.;OPOS=9952706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:3:11:19:3:3:11:19:3 chr3 9952788 . T C 164.68 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0295439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.252;QD=9.5468;RBI=0.0324528;REFB=-0.00815566;REVB=-0.013429;RO=46;SAF=16;SAR=6;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206777;STB=0.617098;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0231717;OID=.;OPOS=9952788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:47:22:22:0.318841:6:16:26:20:6:16:27:20 chr3 9956279 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0169793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.566;QD=9.76019;RBI=0.0170897;REFB=-0.0089184;REVB=0.00193916;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181968;STB=0.545324;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0159833;OID=.;OPOS=9956279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:12:12:6:7:0.368421:2:4:6:6:3:4:6:6 chr3 9960070 . C T 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0327174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8726;QD=17.9541;RBI=0.0567515;REFB=-0.0249409;REVB=0.0463714;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51128;STB=0.78276;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.022336;OID=.;OPOS=9960070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:13:3:12:4:13:3:12:5 chr3 9969911 . C T 90.32 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0365048;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.335;QD=14.4513;RBI=0.0390012;REFB=-0.0238753;REVB=-0.0137292;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299066;STB=0.654398;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0141354;OID=.;OPOS=9969911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:26:25:13:14:11:11:0.44:4:7:4:9:4:7:5:9 chr3 9970031 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5917;QD=50.4098;RBI=0.081572;REFB=0;REVB=0.0785429;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345319;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr3 9976159 . A C,G 788.58 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=4,52;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=2,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352437,-0.00875058;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=40.5857,104.061;QD=56.327;RBI=0.0352437,0.0186558;REFB=0,0;REVB=6.78182e-06,0.0164762;RO=0;SAF=0,25;SAR=4,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.125202,0.00414353;OID=.,.;OPOS=9976159,9976159;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:56:56:0:0:4,52:2,54:0.0357143,0.964286:4,27:0,25:0:0:2,29:0,25:0:0 chr3 9991388 . G A,C 1479.83 PASS AF=0.0421053,0.957895;AO=4,90;DP=94;FAO=4,91;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=4,35;FSAR=0,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177834,-0.00499145;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.1335,92.898;QD=62.3086;RBI=0.0220619,0.00738419;REFB=0,0;REVB=0.0130566,-0.00544166;RO=0;SAF=4,34;SAR=0,56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.483e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.061385,0.00356139;OID=.,.;OPOS=9991388,9991388;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:94:95:0:0:4,90:4,91:0.0421053,0.957895:0,56:4,34:0:0:0,56:4,35:0:0 chr3 10070336 . G C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0136125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.076;QD=15.8821;RBI=0.0424567;REFB=0.000475322;REVB=0.0402153;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253163;STB=0.646773;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.000573214;OID=.;OPOS=10070336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:7:3:6:4:7:3 chr3 10088266 . G T 100.54 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00131033;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.936;QD=5.58537;RBI=0.0107566;REFB=-0.00259648;REVB=0.0106765;RO=54;SAF=8;SAR=8;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228753;STB=0.527743;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00952239;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:54:56:16:16:0.222222:8:8:26:28:8:8:26:30 chr3 10088299 . C T 110.36 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0219728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.293;QD=6.21754;RBI=0.023487;REFB=-0.0107968;REVB=-0.00829675;RO=53;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452839;STB=0.519977;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0241522;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:54:17:17:0.239437:9:8:23:30:9:8:24:30 chr3 10088308 . T C 110.9 PASS AF=0.239437;AO=16;DP=70;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0066602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.125;QD=6.24777;RBI=0.0142818;REFB=-0.00917629;REVB=0.0126338;RO=54;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045773;STB=0.505817;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0259881;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:54:54:16:17:0.239437:8:8:25:29:9:8:25:29 chr3 10088343 . A G 142.9 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00225283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.9734;QD=10.7852;RBI=0.00593727;REFB=-0.00361107;REVB=-0.00549326;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801768;STB=0.547118;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00639468;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:9:9:20:15:9:9:20:15 chr3 10088404 . C T 48.87 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0114001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.049;QD=8.14422;RBI=0.0634916;REFB=-0.0261938;REVB=0.0624598;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303091;STB=0.699533;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0754549;OID=.;OPOS=10088404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:24:24:15:16:8:8:0.333333:5:3:10:5:5:3:11:5 chr3 10089723 . G A 85.85 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0218706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.499;QD=5.20297;RBI=0.0243659;REFB=0.00141492;REVB=-0.0107412;RO=51;SAF=1;SAR=13;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540275;STB=0.857845;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00156909;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:65:66:51:52:14:14:0.212121:13:1:20:31:13:1:20:32 chr3 10089738 . A G 47.79 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0269491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3427;QD=3.67578;RBI=0.0317417;REFB=-0.0104343;REVB=0.0167714;RO=44;SAF=1;SAR=7;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412784;STB=0.800331;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0636487;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:7:1:18:26:7:1:18:26 chr3 10142949 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0168715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.872;QD=16.0426;RBI=0.0169788;REFB=-0.012705;REVB=-0.00190628;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10353;STB=0.559379;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0202634;OID=.;OPOS=10142949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:15:11:10:9:15:11 chr3 10183274 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.202;QD=33.4285;RBI=0.0283362;REFB=0;REVB=-0.0283362;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00257833;OID=.;OPOS=10183274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr3 10251340 . C G 159.33 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00120063;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.337;QD=11.5877;RBI=0.00311326;REFB=-0.00411876;REVB=-0.00287244;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216557;STB=0.625775;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00964159;OID=.;OPOS=10251340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:35:35:20:20:0.363636:8:12:14:21:8:12:14:21 chr3 10276163 . T A 825.77 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.332;QD=56.9494;RBI=0.0329485;REFB=0;REVB=0.0201447;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263703;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:22:32:0:0:22:36:0:0 chr3 10302172 . G A 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.233;QD=60.6067;RBI=0.0364987;REFB=0;REVB=0.0168354;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90172e-05;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr3 10311939 . C T 1235.39 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00235299;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.409;QD=58.828;RBI=0.0133074;REFB=-0.147373;REVB=0.0130977;RO=2;SAF=46;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201434;STB=0.510636;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-3.28913e-05;OID=.;OPOS=10311939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:84:2:2:82:82:0.97619:36:46:2:0:36:46:2:0 chr3 10312507 . A G 871.29 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144122;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.432;QD=58.0861;RBI=0.058806;REFB=0;REVB=-0.0570126;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123949;OID=.;OPOS=10312507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr3 10331457 . G T 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0261508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.931;QD=13.0603;RBI=0.0267944;REFB=-0.00474727;REVB=0.00583751;RO=40;SAF=20;SAR=6;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268803;STB=0.655608;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0115366;OID=.;OPOS=10331457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:6:20:22:18:6:20:22:18 chr3 10413526 . G A 679.01 PASS AF=0.462025;AO=71;DP=156;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.015122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.285;QD=17.1902;RBI=0.0337307;REFB=-0.0268415;REVB=0.030151;RO=83;SAF=43;SAR=28;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634801;STB=0.526337;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0274251;OID=.;OPOS=10413526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:83:85:71:73:0.462025:28:43:45:38:30:43:46:39 chr3 10420087 . T C 556.62 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.271;QD=60.1751;RBI=0.0305691;REFB=0;REVB=-0.000260279;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149948;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr3 11302933 . A G 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.721;QD=55.0939;RBI=0.0692667;REFB=0;REVB=0.0673479;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463679;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr3 11303874 . T C 1032.65 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.362;QD=58.1777;RBI=0.0418312;REFB=-0.0298276;REVB=0.0393627;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332793;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:1:0:69:71:1:35:34:0:1:37:34:0:0 chr3 11596348 . C T 124.79 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0216964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.125;QD=10.1866;RBI=0.0222847;REFB=-0.00104378;REVB=0.00508672;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221887;STB=0.590043;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00303499;OID=.;OPOS=11596348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:34:15:15:0.306122:6:9:12:18:6:9:16:18 chr3 11643465 . T C 530.25 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.907;QD=58.9161;RBI=0.0670663;REFB=0;REVB=0.0616156;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304745;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:23:11:0:0:25:11:0:0 chr3 11994493 . C T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0500626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.848;QD=43.016;RBI=0.0512839;REFB=-0.0683213;REVB=0.0111253;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828326;STB=0.545396;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00457433;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:5:11:0:1:5:11:0:1 chr3 12046076 . T C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.116;QD=45.8016;RBI=0.0644056;REFB=0;REVB=0.0342294;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845827;OID=.;OPOS=12046076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr3 12229015 . A G 713.05 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138025;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4776;QD=63.3824;RBI=0.0183697;REFB=0;REVB=-0.0121218;RO=0;SAF=8;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617563;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:37:8:0:0:37:8:0:0 chr3 12232074 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.121;QD=58.6;RBI=0.0109131;REFB=0;REVB=0.00200865;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65329e-05;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr3 12475557 . C T 144.17 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0104743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.834;QD=24.029;RBI=0.0153714;REFB=-0.00214392;REVB=0.0112502;RO=9;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216767;STB=0.622468;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00244383;OID=.;OPOS=12475557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:11:4:5:4:11:4:5:4 chr3 12872995 . C T 316.36 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0351108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7805;QD=16.8724;RBI=0.0409226;REFB=-0.0239151;REVB=-0.0210213;RO=36;SAF=23;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246029;STB=0.631501;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0146886;OID=.;OPOS=12872995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:36:40:34:35:0.466667:11:23:15:21:11:24:18:22 chr3 12875443 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00296282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.716;QD=15.3779;RBI=0.00587071;REFB=-0.0113714;REVB=-0.00506822;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20736;STB=0.620056;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0150994;OID=.;OPOS=12875443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:5:9:5:7:5:9 chr3 12977937 . TC T 122.27 PASS AF=0.681818;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0679812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.8701;QD=22.2306;RBI=0.0692717;REFB=-0.0695667;REVB=-0.0133084;RO=7;SAF=13;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520896;STB=0.804055;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0370321;OID=.;OPOS=12977938;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.681818:14:22:15:22:7:14:1:3:4:38:7:13:1:3:4 chr3 13358204 . G A 489.77 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.058797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5904;QD=55.9734;RBI=0.083223;REFB=-0.104205;REVB=0.058898;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0032399;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:12:22:0:0:12:22:1:0 chr3 13361287 . C T 1103.95 PASS AF=0.928571;AO=76;DP=83;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.000617432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.46;QD=52.5692;RBI=0.0753432;REFB=-0.0697841;REVB=0.0753406;RO=4;SAF=53;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590549;STB=0.514559;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00354213;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:83:84:4:6:76:78:0.928571:23:53:3:1:25:53:3:3 chr3 13361391 . A G 1446.33 PASS AF=0.970874;AO=99;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0157906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.817;QD=56.1682;RBI=0.0231092;REFB=-0.08314;REVB=0.0168729;RO=3;SAF=60;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231249;STB=0.512193;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00199881;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:3:3:99:100:0.970874:39:60:3:0:40:60:3:0 chr3 13364876 . G T 939.84 PASS AF=0.930556;AO=65;DP=70;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0162593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9011;QD=52.2134;RBI=0.133015;REFB=-0.187426;REVB=0.132018;RO=5;SAF=37;SAR=28;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318275;STB=0.517454;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0156547;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:70:72:5:5:65:67:0.930556:28:37:4:1:30:37:4:1 chr3 13367406 . C T 1424.55 PASS AF=0.958763;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0205407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.77;QD=58.7444;RBI=0.0362317;REFB=-0.105787;REVB=0.0298465;RO=4;SAF=49;SAR=44;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216571;STB=0.511434;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000663375;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:97:97:4:4:93:93:0.958763:44:49:1:3:44:49:1:3 chr3 13545697 . C T 310.43 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0574582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.888;QD=16.78;RBI=0.0588304;REFB=-0.00478319;REVB=0.0126321;RO=30;SAF=15;SAR=18;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28927;STB=0.579665;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0057155;OID=.;OPOS=13545697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:40:33:34:0.459459:18:15:4:26:18:16:13:27 chr3 13612936 . A G 320.31 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0135876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.998;QD=16.0156;RBI=0.0184401;REFB=-0.016155;REVB=-0.0124665;RO=44;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182719;STB=0.586159;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0162962;OID=.;OPOS=13612936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:45:34:35:0.4375:17:17:14:30:18:17:15:30 chr3 13670481 . A G 361.11 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0128574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0651;QD=20.3444;RBI=0.0359654;REFB=-0.00459721;REVB=0.0335887;RO=34;SAF=25;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186721;STB=0.603807;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00444257;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:12:25:16:18:12:25:16:18 chr3 13670536 . A G 630.16 PASS AF=0.976744;AO=39;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0949532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3506;QD=58.619;RBI=0.0981069;REFB=-0.179964;REVB=0.0246746;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51851;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00520762;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:0:1:39:42:0.976744:28:11:0:0:29:13:1:0 chr3 13670776 . T C 470.56 PASS AF=1;AO=25;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115935;FXX=0.0588062;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.839;QD=58.8199;RBI=0.0207796;REFB=0;REVB=0.0172447;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3776e-05;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:32:0:0:25:32:1:18:7:0:0:18:14:0:0 chr3 13677946 . C T 320.03 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00821968;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.976;QD=20.9854;RBI=0.0131701;REFB=-0.0136885;REVB=0.0102901;RO=28;SAF=22;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146457;STB=0.581345;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0102108;OID=.;OPOS=13677946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:11:22:14:14:11:22:14:14 chr3 13679203 . G A 235.23 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0106731;FXX=0.031741;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.431;QD=15.4249;RBI=0.0184853;REFB=-0.0231218;REVB=0.0150927;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149431;STB=0.568576;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0323141;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:34:27:27:0.442623:16:11:18:14:16:11:18:16 chr3 13679335 . C T 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00706058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.487;QD=20.8116;RBI=0.00726105;REFB=-0.00875134;REVB=0.00169442;RO=22;SAF=3;SAR=20;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470012;STB=0.780202;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00772096;OID=.;OPOS=13679335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:20:3:12:10:20:3:13:10 chr3 13679688 . T A 385.69 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0407961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.448;QD=18.366;RBI=0.0410304;REFB=-0.0203634;REVB=-0.00437851;RO=44;SAF=12;SAR=28;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159688;STB=0.589427;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0293688;OID=.;OPOS=13679688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:28:12:20:24:28:12:20:24 chr3 13679695 . C A 413.02 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0403115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3117;QD=18.5626;RBI=0.0457159;REFB=-0.0244691;REVB=-0.0215623;RO=46;SAF=12;SAR=30;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136126;STB=0.57192;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0260802;OID=.;OPOS=13679695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:47:42:42:0.47191:30:12:19:27:30:12:19:28 chr3 13679708 . C A 369.16 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0457718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1587;QD=17.1702;RBI=0.0507937;REFB=-0.0320667;REVB=0.0220213;RO=47;SAF=9;SAR=30;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137076;STB=0.577325;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0471309;OID=.;OPOS=13679708;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:30:9:16:31:30:9:16:31 chr3 13689455 . T G 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0361944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3257;QD=17.9393;RBI=0.0518978;REFB=0.0223985;REVB=0.0371933;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104821;STB=0.559524;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0242682;OID=.;OPOS=13689455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:8:14:10:9:8:14 chr3 13695587 . C T 524.29 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.00719665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.981;QD=18.7246;RBI=0.00719815;REFB=-0.0168579;REVB=0.000147112;RO=57;SAF=26;SAR=29;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11335;STB=0.562601;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0138192;OID=.;OPOS=13695587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:55:55:0.491071:29:26:20:37:29:26:20:37 chr3 14106499 . G A 282.87 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00917629;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.916;QD=17.1434;RBI=0.0130945;REFB=-0.00453763;REVB=-0.00934146;RO=35;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861962;STB=0.548356;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00512646;OID=.;OPOS=14106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:35:35:31:31:0.469697:14:17:16:19:14:17:16:19 chr3 14174427 . A T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0198747;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.458;QD=10.5421;RBI=0.0251473;REFB=-0.0130686;REVB=-0.0154073;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744314;STB=0.544827;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0215254;OID=.;OPOS=14174427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:9:12:7:4:9:12 chr3 14175262 . T C 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0137945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.375;QD=7.54472;RBI=0.0586939;REFB=-0.00596408;REVB=0.0570498;RO=39;SAF=9;SAR=6;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118395;STB=0.584509;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0134913;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:41:15:15:0.267857:6:9:27:12:6:9:29:12 chr3 14197987 . A T 219.25 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.6;QD=48.7226;RBI=0.0587722;REFB=0;REVB=0.0575365;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00324505;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:5:12:0:0:6:12:0:0 chr3 14436184 . GT G 735.69 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.387;QD=54.4952;RBI=0.0576374;REFB=0;REVB=0.0253282;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000966268;OID=.;OPOS=14436185;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:48:54:54:0:20:34:0:0:4:0:16:30:0:0 chr3 14547198 . G A 133.95 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298508;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1811;QD=44.6492;RBI=0.064627;REFB=0;REVB=0.0573199;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260886;OID=.;OPOS=14547198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr3 14551444 . A G 1226.92 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3472;QD=61.3462;RBI=0.0186282;REFB=0;REVB=0.00726592;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38547e-05;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr3 14552994 . A G 440.23 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937795;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.8903;QD=53.3606;RBI=0.0938444;REFB=0;REVB=0.00348832;RO=2;SAF=7;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115702;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0111707;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:33:2:0:28:33:1:21:7:2:0:21:12:0:0 chr3 14555216 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2388;QD=58.1411;RBI=0.053535;REFB=0;REVB=-0.00550568;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000833308;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr3 14555811 . A G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7323;QD=46.8435;RBI=0.0275926;REFB=0;REVB=0.018792;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59722e-05;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr3 14563237 . G A 316.61 PASS AF=0.651163;AO=27;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.000902804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.359;QD=29.4521;RBI=0.025338;REFB=-0.046248;REVB=0.0253219;RO=16;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297906;STB=0.534859;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0184702;OID=.;OPOS=14563237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:15:27:28:0.651163:13:14:9:7:14:14:9:6 chr3 14563258 . A G 97.81 PASS AF=0.288889;AO=12;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0169408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1374;QD=8.69446;RBI=0.0210072;REFB=-0.00888515;REVB=0.0124223;RO=32;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270386;STB=0.682475;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0174667;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:45:45:32:32:12:13:0.288889:4:8:14:18:4:9:14:18 chr3 14712473 . G A 341.64 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00882275;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.154;QD=17.5199;RBI=0.00888831;REFB=-0.00355854;REVB=0.00107756;RO=41;SAF=24;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155196;STB=0.581771;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0038704;OID=.;OPOS=14712473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:41:42:36:36:0.461538:12:24:21:20:12:24:22:20 chr3 14724413 . G A 306.11 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0238639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0394;QD=20.4073;RBI=0.031024;REFB=-0.0138599;REVB=0.0198244;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162498;STB=0.597048;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0129232;OID=.;OPOS=14724413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:15:17:9:18:15:17:9:19 chr3 14745857 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.641;QD=50.4121;RBI=0.10638;REFB=0;REVB=0.103158;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564753;OID=.;OPOS=14745857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr3 14755572 . A G 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.776;QD=59.3214;RBI=0.0177909;REFB=0;REVB=0.00502321;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09528e-05;OID=.;OPOS=14755572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr3 14755617 . C G 743.93 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00165545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.728;QD=59.514;RBI=0.00180963;REFB=-0.18835;REVB=-0.00073093;RO=2;SAF=26;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348198;STB=0.518511;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0022944;OID=.;OPOS=14755617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:50:2:2:48:48:0.96:22:26:2:0:22:26:2:0 chr3 14939088 . GA AT 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00558724;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=186.021;QD=15.4092;RBI=0.0176966;REFB=-0.0128514;REVB=-0.0167914;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837794;STB=0.54741;STBP=0.5;TYPE=mnp;VARB=0.0248533;OID=.;OPOS=14939088;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:15:12:18:16:15:12:18:16 chr3 14939479 . G T 449.39 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0309636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1893;QD=21.6572;RBI=0.0318296;REFB=-0.0107034;REVB=-0.00737427;RO=39;SAF=31;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201061;STB=0.611423;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00931103;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:13:31:19:20:13:31:19:20 chr3 15084867 . GTATATATATATATA GTATATATATATAAA,GTATATATATATAA,GTATATATATATA,GTATATATATATAT 272.06 PASS AF=0.0526316,0.342105,0.157895,0.236842;AO=4,6,5,7;DP=40;FAO=2,13,6,9;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=1,5,0,3;FSAR=1,8,6,6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0377266,-0.0377112,-0.0363672,0.069036;FXX=0.0499875;HRUN=1,1,1,6;LEN=1,1,2,1;MLLD=153.806,155.354,150.407,13.138;QD=28.6377;RBI=0.050417,0.0699151,0.0889838,0.0851601;REFB=0.00233211,0.000464028,-0.00222065,-0.0514228;REVB=0.0334451,0.0588726,0.081213,0.0498625;RO=5;SAF=3,2,0,1;SAR=1,4,5,6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.386089,-0.474419,-0.812479,-0.605086;STB=0.698321,0.637472,0.998094,0.691889;STBP=0.742,0.144,0.004,0.114;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0.00392049,-0.00284863,0.0982192,0.0654139;OID=.,.,.,.;OPOS=15084880,15084880,15084868,15084881;OREF=T,T,TA,A;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=GTATATATATATAAA,GTATATATATATAA,GTATATATATATA,GTATATATATATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0526316,0.342105,0.157895,0.236842:4,6,5,7:40:2,13,6,9:38:8:1,5,0,3:1,8,6,6:6:2:71:5:3,2,0,1:1,4,5,6:5:0 chr3 15113519 . C T 199.92 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00363604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9506;QD=11.5895;RBI=0.0280541;REFB=-0.0122026;REVB=-0.0278175;RO=44;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108726;STB=0.563055;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0168201;OID=.;OPOS=15113519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:9:16:24:20:9:16:24:20 chr3 15216429 . C T 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.66;QD=61.6944;RBI=0.0448479;REFB=0;REVB=-0.0442737;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000422688;OID=.;OPOS=15216429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr3 15216703 . A T 1208.15 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.467;QD=61.1724;RBI=0.0322028;REFB=0;REVB=-0.00816034;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11043e-05;OID=.;OPOS=15216703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:43:35:0:0:43:36:0:0 chr3 15476011 . C G 287.14 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0426955;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.9557;QD=18.2308;RBI=0.0457504;REFB=-0.0377358;REVB=0.0164378;RO=32;SAF=9;SAR=21;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207729;STB=0.505614;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0383944;OID=.;OPOS=15476011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:30:31:0.492063:21:9:9:23:22:9:9:23 chr3 15492150 . C T 214.37 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0209529;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6148;QD=17.1496;RBI=0.0362681;REFB=0.0164116;REVB=0.0296032;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174786;STB=0.608601;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0138199;OID=.;OPOS=15492150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:27:23:23:0.46:14:9:15:11:14:9:16:11 chr3 15492786 . T A 164.06 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00267283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.143;QD=13.6713;RBI=0.0453488;REFB=-0.00549658;REVB=-0.04527;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598383;STB=0.534845;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0150749;OID=.;OPOS=15492786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:10:8:15:15:10:8:15:15 chr3 15492807 . G A 165.1 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0367444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4997;QD=12.46;RBI=0.0380154;REFB=-0.0151535;REVB=0.00974771;RO=32;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160047;STB=0.604829;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0312381;OID=.;OPOS=15492807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:14:6:14:18:14:6:15:18 chr3 15509327 . C G 510.51 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0100721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.939;QD=18.3966;RBI=0.0106571;REFB=-0.0181113;REVB=0.00348218;RO=55;SAF=29;SAR=25;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124464;STB=0.568225;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0252223;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:57:54:54:0.486486:25:29:22:33:25:29:23:34 chr3 15515695 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0329888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.528;QD=12.3289;RBI=0.0894947;REFB=-0.0210854;REVB=-0.0831928;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165255;STB=0.509786;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.026733;OID=.;OPOS=15515695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:9:8:5:6:9:8 chr3 15516481 . T C 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00600504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6794;QD=11.2961;RBI=0.0176372;REFB=-0.00740666;REVB=-0.0165834;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501683;STB=0.519209;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.010365;OID=.;OPOS=15516481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:33:34:18:18:0.346154:9:9:18:15:9:9:18:16 chr3 15548131 . A G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0274312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.848;QD=24.1271;RBI=0.0279339;REFB=-0.0273768;REVB=0.00527565;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207419;STB=0.615258;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0129277;OID=.;OPOS=15548131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:9:2:8:9:9:2 chr3 15548227 . G A 212.37 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00852706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.903;QD=14.3977;RBI=0.0186622;REFB=-0.0120765;REVB=0.0166002;RO=34;SAF=17;SAR=8;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305069;STB=0.517336;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0162158;OID=.;OPOS=15548227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:8:17:24:10:8:17:24:10 chr3 15613279 . T G 102.13 PASS AF=0.705882;AO=10;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0109998;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.993;QD=24.0313;RBI=0.0127451;REFB=0.00519504;REVB=0.00643756;RO=4;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113004;STB=0.554364;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00530177;OID=.;OPOS=15613279;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:16:17:4:5:10:12:0.705882:7:3:2:2:7:5:3:2 chr3 15643043 . A G 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.856;QD=59.8323;RBI=0.0265375;REFB=0;REVB=0.0194106;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86928e-06;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:27:9:0:0:27:9:0:0 chr3 15643175 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0466933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.437;QD=17.4276;RBI=0.0467327;REFB=-0.0299796;REVB=0.00191844;RO=23;SAF=4;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219753;STB=0.626863;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0337456;OID=.;OPOS=15643175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:15:4:9:14:15:4:9:14 chr3 15686776 . T C 540.21 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0247108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.179;QD=22.0492;RBI=0.0275931;REFB=-0.0142423;REVB=-0.0122782;RO=47;SAF=24;SAR=27;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163601;STB=0.509022;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0176769;OID=.;OPOS=15686776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:27:24:23:24:27:24:23:24 chr3 16260985 . G A 430.99 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0180369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8098;QD=17.5915;RBI=0.03568;REFB=0.000210775;REVB=0.0307853;RO=52;SAF=19;SAR=25;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851805;STB=0.537869;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00035579;OID=.;OPOS=16260985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:54:44:44:0.44898:25:19:27:25:25:19:27:27 chr3 16305674 . C G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3102;QD=56.7028;RBI=0.108599;REFB=0;REVB=-0.007283;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105258;OID=.;OPOS=16305674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr3 16312564 . C T 1287.15 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.193;QD=60.5716;RBI=0.0140661;REFB=-0.0627843;REVB=-0.0055682;RO=1;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141366;STB=0.507461;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000199801;OID=.;OPOS=16312564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:33:51:0:1:33:51:0:1 chr3 16327855 . T G 1772.04 PASS AF=0.97561;AO=118;DP=123;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0017516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.353;QD=57.6273;RBI=0.0172753;REFB=-0.0856801;REVB=0.0171863;RO=4;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332913;STB=0.512818;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00146997;OID=.;OPOS=16327855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:123:4:3:118:120:0.97561:55:63:0:4:57:63:0:3 chr3 16646745 . C G 464.91 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4062;QD=58.1143;RBI=0.0382908;REFB=0;REVB=0.0089776;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329146;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:16:16:0:0 chr3 17051328 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00500576;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.093;QD=46.848;RBI=0.00509773;REFB=0;REVB=0.000963961;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16232e-05;OID=.;OPOS=17051328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:11:4:0:0 chr3 17053499 . A G 381.7 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0466427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9306;QD=52.648;RBI=0.0539558;REFB=0.0308355;REVB=-0.0271236;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00128026;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:16:12:1:0:16:12:1:0 chr3 17741409 . C G 746.21 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.769;QD=63.5075;RBI=0.0383055;REFB=0;REVB=0.0251597;RO=0;SAF=37;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388634;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:10:37:0:0:10:37:0:0 chr3 18055231 . A C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.786;QD=57.5452;RBI=0.0482403;REFB=0;REVB=0.00849075;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170028;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr3 18427924 . G T 1752.79 PASS AF=0.944882;AO=120;DP=127;FAO=120;FDP=127;FR=.;FRO=7;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00591242;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=197.069;QD=55.2061;RBI=0.0234089;REFB=-0.0584699;REVB=0.02265;RO=7;SAF=62;SAR=58;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241405;STB=0.512731;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000403446;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:127:127:7:7:120:120:0.944882:58:62:2:5:58:62:2:5 chr3 18459188 . A G 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0117759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.465;QD=15.5688;RBI=0.011928;REFB=-0.0150348;REVB=-0.00189866;RO=33;SAF=8;SAR=20;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291428;STB=0.666543;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0195587;OID=.;OPOS=18459188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:35:28:28:0.444444:20:8:19:14:20:8:20:15 chr3 20113830 . G A 199.63 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0162217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5954;QD=12.2847;RBI=0.0166288;REFB=-0.0193024;REVB=0.00365694;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214105;STB=0.512305;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0294002;OID=.;OPOS=20113830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:12:13:20:20:12:13:20:20 chr3 20156408 . CA C 32.11 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.166392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.9512;QD=3.77719;RBI=0.197477;REFB=-0.0411786;REVB=-0.106354;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=4;SSEN=0.388235;SSEP=0;SSSB=-0.600461;STB=0.849062;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.087172;OID=.;OPOS=20156409;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:9:34:9:34:25:2:7:19:6:32:21:2:7:17:4 chr3 20156433 . AT A 73.05 PASS AF=0.483871;AO=10;DP=28;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0197295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.1599;QD=9.42524;RBI=0.028212;REFB=-0.0647323;REVB=0.020166;RO=16;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638345;STB=0.645381;STBP=0.136;TYPE=del;VARB=0.0828378;OID=.;OPOS=20156434;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:10:28:15:31:16:9:6:5:11:72:16:9:1:5:11 chr3 20161096 . A G 93.17 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0499974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.306;QD=9.80759;RBI=0.0717641;REFB=-0.00903837;REVB=-0.0514815;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305305;STB=0.681923;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0388013;OID=.;OPOS=20161096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:7:5:18:8:7:5:18:8 chr3 20195180 . A G 255.8 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0208856;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.035;QD=17.6415;RBI=0.020979;REFB=-0.0211432;REVB=-0.00197787;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181982;STB=0.519986;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0205919;OID=.;OPOS=20195180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:16:12:13:16:16:12:14:16 chr3 20212621 . T G 505.58 PASS AF=0.45082;AO=45;DP=120;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00264823;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.2667;QD=16.5764;RBI=0.050534;REFB=-0.0289278;REVB=0.0504646;RO=52;SAF=24;SAR=21;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689327;STB=0.581788;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0259367;OID=.;OPOS=20212621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:52:67:45:55:0.45082:21:24:24:28:23:32:29:38 chr3 21462754 . A G 1546.81 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.487;QD=63.7859;RBI=0.048729;REFB=0;REVB=0.0461889;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27121e-05;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:43:51:0:0:46:51:0:0 chr3 21462787 . G A 1732.87 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.991;QD=60.2737;RBI=0.0549253;REFB=0;REVB=0.0539043;RO=0;SAF=63;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131494;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:115:0:0:114:115:1:51:63:0:0:52:63:0:0 chr3 21462880 . A G 140.2 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0123727;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.737;QD=12.1909;RBI=0.014776;REFB=-0.0161766;REVB=0.0080775;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374191;STB=0.521712;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0240186;OID=.;OPOS=21462880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:30:15:16:0.347826:7:8:15:15:8:8:14:16 chr3 23312442 . C G 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0233362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.153;QD=14.1949;RBI=0.0299245;REFB=-0.0109923;REVB=-0.0187323;RO=22;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342523;STB=0.700099;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00638794;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:11:4:13:9:11:4:13:9 chr3 24006477 . T A 463.07 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.119;QD=57.8837;RBI=0.0440592;REFB=0;REVB=0.00668469;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104899;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:20:12:0:0 chr3 24160523 . AG AGT,AGTA,GT 94.18 PASS AF=0.205128,0.153846,0.0512821;AO=9,4,2;DP=39;FAO=8,6,2;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=1,0,0;FSAR=7,6,2;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.000167681,-0.0028071,-0.0106408;FXX=0;HRUN=0,0,3;LEN=1,2,2;MLLD=84.5181,86.4525,85.7309;QD=9.65965;RBI=0.00306979,0.00951649,0.0122373;REFB=-0.00122595,-0.00331573,-0.00151084;REVB=-0.00306521,-0.00909306,-0.00604365;RO=19;SAF=1,0,0;SAR=8,4,2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.355283,-0.599,-0.449404;STB=0.670724,0.99736,0.992485;STBP=0.405,0.07,0.36;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.108314,0.180393,0.099483;OID=.,.,.;OPOS=24160525,24160525,24160523;OREF=-,-,AG;OALT=T,TA,GT;OMAPALT=AGT,AGTA,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:39:39:19:23:9,4,2:8,6,2:0.205128,0.153846,0.0512821:8,4,2:1,0,0:6:13:7,6,2:1,0,0:6:17 chr3 24160538 . G A,GA 65.57 PASS AF=0,0.318182;AO=5,19;DP=44;FAO=0,14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=0,1;FSAR=0,13;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.0133726,0.0106404;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=29.0251,58.0257;QD=5.96048;RBI=0.107597,0.055362;REFB=-0.0172488,-0.0124002;REVB=-0.106763,-0.0543299;RO=20;SAF=0,1;SAR=5,18;SRF=5;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.621039,-0.449052;STB=0.5,0.672105;STBP=1,0.309;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.153618;OID=.,.;OPOS=24160538,24160539;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:44:44:20:30:5,19:0,14:0,0.318182:5,18:0,1:5:15:0,13:0,1:5:25 chr3 24562877 . G T 849.97 PASS AF=0.617188;AO=74;DP=126;FAO=79;FDP=128;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=60;FSRF=5;FSRR=44;FWDB=0.0281129;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.781;QD=26.5616;RBI=0.0326087;REFB=-0.0473992;REVB=0.0165224;RO=47;SAF=15;SAR=59;SRF=5;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115286;STB=0.578436;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0227744;OID=.;OPOS=24562877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:47:49:74:79:0.617188:59:15:5:42:60:19:5:44 chr3 25061808 . C G 324.94 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0020615;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7813;QD=16.4528;RBI=0.0114462;REFB=-0.0308811;REVB=-0.011259;RO=43;SAF=24;SAR=11;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112657;STB=0.558553;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0331557;OID=.;OPOS=25061808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:43:44:35:35:0.443038:11:24:25:18:11:24:26:18 chr3 25393837 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00598837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.756;QD=14.0965;RBI=0.0168471;REFB=-0.00604965;REVB=0.0157469;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264132;STB=0.654398;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00626914;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:9:5:7:4:9:5 chr3 25393860 . A G 135.81 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00143131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.173;QD=17.5243;RBI=0.00620483;REFB=-0.00499297;REVB=0.00603749;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336431;STB=0.693426;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00198881;OID=.;OPOS=25393860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:11:4:10:6:11:4:10:6 chr3 25639394 . T G 80.07 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0188848;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.913;QD=11.4384;RBI=0.0191252;REFB=-0.0156102;REVB=-0.00302281;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282984;STB=0.637358;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0295853;OID=.;OPOS=25639394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:29:28:17:17:10:11:0.392857:5:5:4:13:6:5:4:13 chr3 25671860 . G A 259.47 PASS AF=0.405405;AO=28;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0298764;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.122;QD=14.0255;RBI=0.0331944;REFB=0.00822525;REVB=0.0144661;RO=42;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282027;STB=0.657978;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0129829;OID=.;OPOS=25671860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:44:28:30:0.405405:11:17:14:28:11:19:16:28 chr3 25679738 . T C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0120516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.741;QD=7.52621;RBI=0.022021;REFB=-0.00551133;REVB=-0.0184305;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266984;STB=0.679605;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0117837;OID=.;OPOS=25679738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:6:3:13:10:6:3:14:10 chr3 27204052 . G A 292.25 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00815875;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7734;QD=16.9418;RBI=0.0232274;REFB=-0.0256723;REVB=0.0217473;RO=37;SAF=20;SAR=12;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306335;STB=0.671275;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0272498;OID=.;OPOS=27204052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:12:20:11:26:12:20:11:26 chr3 27243045 . G C 430.27 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0227666;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.553;QD=22.3518;RBI=0.0236036;REFB=-0.0250045;REVB=0.00622992;RO=35;SAF=19;SAR=23;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198574;STB=0.510939;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0202017;OID=.;OPOS=27243045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:35:35:42:42:0.545455:23:19:15:20:23:19:15:20 chr3 27296796 . C G 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0334132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1162;QD=8.30592;RBI=0.0488812;REFB=-0.0270632;REVB=0.0356782;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298001;STB=0.687004;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.061219;OID=.;OPOS=27296796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:6:2:9:9:6:2:9:9 chr3 27297816 . G C 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00209653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.833;QD=16.35;RBI=0.00597796;REFB=-0.011683;REVB=-0.00559826;RO=42;SAF=23;SAR=11;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371002;STB=0.520893;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.010481;OID=.;OPOS=27297816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:11:23:27:15:11:23:27:15 chr3 27307155 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0263489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7399;QD=15.197;RBI=0.0263715;REFB=0.0164751;REVB=-0.0010915;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143297;STB=0.583212;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0395288;OID=.;OPOS=27307155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:9:9:9:5:9:9 chr3 27326097 . G T 112.06 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0148967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.849;QD=8.96498;RBI=0.0324077;REFB=-0.0133203;REVB=-0.0287811;RO=36;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379075;STB=0.730014;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0294552;OID=.;OPOS=27326097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:4:10:14:22:4:10:14:22 chr3 27326193 . C T 339.24 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0349052;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8912;QD=29.4989;RBI=0.0354939;REFB=-0.00293309;REVB=-0.00643777;RO=17;SAF=7;SAR=22;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469997;STB=0.525878;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.000636338;OID=.;OPOS=27326193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:17:17:29:29:0.630435:22:7:5:12:22:7:5:12 chr3 27326451 . A G 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0170591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.362;QD=11.4386;RBI=0.0177538;REFB=-0.00747773;REVB=0.00491764;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248098;STB=0.660171;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00798475;OID=.;OPOS=27326451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:24:13:13:0.351351:8:5:4:18:8:5:4:20 chr3 27332820 . A G 268.88 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0139729;FXX=0.0476077;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.605;QD=26.8876;RBI=0.0153741;REFB=0.00413494;REVB=0.0064127;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182494;STB=0.60118;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00226157;OID=.;OPOS=27332820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:15:9:10:6:15:9:10:6 chr3 27424718 . A G 1510.76 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4562;QD=63.6108;RBI=0.0637267;REFB=0;REVB=0.0407689;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455519;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:56:38:0:0:57:38:0:0 chr3 28520417 . T A 2011.71 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424807;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.741;QD=62.3786;RBI=0.00622391;REFB=0;REVB=0.00454873;RO=0;SAF=44;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.62415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20271e-07;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:85:44:0:0:85:44:0:0 chr3 28533657 . AG A,AA 370.94 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=4,23;DP=27;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012187,0.00976257;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=240.164,248.906;QD=54.954;RBI=0.0231507,0.0226058;REFB=0,0;REVB=0.0196833,0.0203891;RO=0;SAF=3,12;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0333533,0.000769517;OID=.,.;OPOS=28533658,28533658;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:4,23:27:1,26:27:0:1,14:0,12:0:0:5:0:3,12:1,11:0:0 chr3 28617460 . GCGCCGC G 59.08 PASS AF=0.380952;AO=5;DP=9;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0375879;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=6;MLLD=220.513;QD=11.2543;RBI=0.0391273;REFB=-0.0105381;REVB=0.0108673;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599733;STBP=0.558;TYPE=del;VARB=0.0217799;OID=.;OPOS=28617461;OREF=CGCCGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:5:9:8:21:13:2:6:5:8:59:0:2:3:0:0 chr3 30046191 . G T 257.82 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00362134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.507;QD=23.4378;RBI=0.0220228;REFB=-0.000692624;REVB=-0.021723;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123375;STB=0.558774;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.000563957;OID=.;OPOS=30046191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:20:24:24:0.545455:15:9:10:9:15:9:10:10 chr3 30046594 . T A,TA,TAA 70.22 PASS AF=0.318182,0.636364,0;AO=5,6,4;DP=26;FAO=7,14,0;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=1,6,0;FSAR=6,8,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0148517,0.394799,0.222785;FXX=0.0832986;HRUN=5,13,13;LEN=1,1,2;MLLD=20.9476,2.32715,3.92808;QD=12.7668;RBI=0.0293578,0.395863,0.22332;REFB=-0.148659,-0.347035,-0.221341;REVB=-0.025324,-0.0290151,-0.0154524;RO=8;SAF=1,2,1;SAR=4,4,3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.5176,-0.374671,-0.479483;STB=0.666107,0.538406,0.5;STBP=0.134,0.298,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.00206163,-0.166615,0.0548155;OID=.,.,.;OPOS=30046594,30046595,30046595;OREF=T,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,TA,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:26:22:8:1:5,6,4:7,14,0:0.318182,0.636364,0:4,4,3:1,2,1:6:2:6,8,0:1,6,0:1:0 chr3 30713842 . C T 462.51 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0042863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.476;QD=16.2284;RBI=0.00458223;REFB=-0.00845214;REVB=-0.00162003;RO=62;SAF=33;SAR=18;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192577;STB=0.507309;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00995345;OID=.;OPOS=30713842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:63:51:51:0.447368:18:33:39:23:18:33:40:23 chr3 31270258 . T C 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.82;QD=58.598;RBI=0.075334;REFB=0;REVB=0.0516682;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304862;OID=.;OPOS=31270258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr3 31705649 . C T 1978.01 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0258658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.018;QD=60.3973;RBI=0.0314511;REFB=-0.0481501;REVB=0.0178922;RO=2;SAF=67;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150813;STB=0.507935;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00160021;OID=.;OPOS=31705649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:2:2:129:129:0.984733:62:67:0:2:62:67:0:2 chr3 31712393 . C T 991.22 PASS AF=0.985915;AO=64;DP=67;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141062;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.607;QD=55.8436;RBI=0.0398998;REFB=0.0955111;REVB=0.0373231;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165689;STB=0.507244;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00124056;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:71:1:1:64:70:0.985915:28:36:0:1:34:36:0:1 chr3 31789582 . T C 302.76 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0236555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0128;QD=17.0566;RBI=0.0237463;REFB=-0.0203142;REVB=0.00207491;RO=38;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11666;STB=0.565616;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0225169;OID=.;OPOS=31789582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:22:11:17:21:22:11:17:21 chr3 31839242 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.88;QD=56.9563;RBI=0.0254376;REFB=0;REVB=0.0160379;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102165;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr3 32030999 . GA G 31.58 PASS AF=0.380952;AO=6;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0016696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.4803;QD=6.01502;RBI=0.00391516;REFB=-0.092908;REVB=-0.00354131;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0.331715;SSEP=0;SSSB=-0.329965;STB=0.648251;STBP=0.324;TYPE=del;VARB=0.129699;OID=.;OPOS=32031000;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:6:20:8:21:13:2:6:6:7:31:12:1:5:5:7 chr3 32031024 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0231024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.405;QD=8.73747;RBI=0.0352236;REFB=0.00449815;REVB=0.0265892;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427526;STB=0.549886;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.015423;OID=.;OPOS=32031024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:6:3:7:12:6:3:8:12 chr3 32031135 . A G 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.000131671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.239;QD=8.06783;RBI=0.0180807;REFB=-0.00573766;REVB=-0.0180802;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172566;STB=0.612476;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.012609;OID=.;OPOS=32031135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:32:33:12:12:0.266667:7:5:9:23:7:5:9:24 chr3 32031615 . A C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0136791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.85;QD=9.56964;RBI=0.0266117;REFB=-0.00692013;REVB=0.0228268;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106688;STB=0.565057;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.017737;OID=.;OPOS=32031615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:9:6:4:4:9:6 chr3 32031622 . T C 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0227411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.6;QD=9.56909;RBI=0.0235481;REFB=-0.00575715;REVB=0.00611198;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106688;STB=0.565057;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.01924;OID=.;OPOS=32031622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:9:6:4:4:9:6 chr3 32031643 . A G 98.46 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0240337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.87;QD=14.0657;RBI=0.0282835;REFB=-0.0376231;REVB=0.014911;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208227;STB=0.512175;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0496616;OID=.;OPOS=32031643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:9:7:5:7:9:7 chr3 32031962 . A G 36.76 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0573494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8255;QD=7.73958;RBI=0.065484;REFB=-0.0216762;REVB=-0.0316102;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302036;STB=0.696919;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0134851;OID=.;OPOS=32031962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:5:8:5:1:5:8 chr3 32032397 . G T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.011448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.544;QD=9.19973;RBI=0.0570968;REFB=-0.0238378;REVB=-0.0559374;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275446;STB=0.671134;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0496869;OID=.;OPOS=32032397;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:7:6:5:2:7:6 chr3 32032587 . G C 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0147434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4096;QD=19.3853;RBI=0.0147589;REFB=-0.029056;REVB=-0.000676555;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129649;STB=0.573694;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0335096;OID=.;OPOS=32032587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:14:6:9:12:14:6:9:12 chr3 32032743 . T G 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00328975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.559;QD=28.1263;RBI=0.00506583;REFB=-0.029202;REVB=0.00385229;RO=14;SAF=10;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915725;STB=0.550418;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0130504;OID=.;OPOS=32032743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:14:10:4:10:14:10:4:10 chr3 32208621 . T C 263.52 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00508067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.943;QD=17.5681;RBI=0.0143841;REFB=-0.0082049;REVB=0.0134569;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356394;STB=0.519986;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00633896;OID=.;OPOS=32208621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:17:12:14:17:17:12:14:17 chr3 32209927 . A G 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0418419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.225;QD=18.8068;RBI=0.0428598;REFB=-0.0151941;REVB=0.00928528;RO=37;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613766;STB=0.534143;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0243438;OID=.;OPOS=32209927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:20:16:14:23:20:16:14:23 chr3 32214179 . A T 320.54 PASS AF=0.55;AO=31;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00560942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3656;QD=21.3691;RBI=0.0073693;REFB=-0.00574062;REVB=0.00477923;RO=25;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496018;STB=0.521459;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00855784;OID=.;OPOS=32214179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:27:31:33:0.55:18:13:9:16:18:15:11:16 chr3 32214212 . A C 239.67 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0190722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.103;QD=18.0882;RBI=0.024488;REFB=-0.0254991;REVB=0.0153595;RO=27;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496386;STB=0.527838;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0195839;OID=.;OPOS=32214212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:14:12:11:16:14:12:11:16 chr3 32815230 . CA C,CT 337.29 PASS AF=0.04,0.96;AO=3,22;DP=25;FAO=1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857722,0.0924072;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.495,213.982;QD=53.9661;RBI=0.0901839,0.09622;REFB=0,0;REVB=0.0278616,0.0268177;RO=0;SAF=3,2;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.80459e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000362553,0.000541846;OID=.,.;OPOS=32815231,32815231;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.04,0.96:3,22:25:1,24:25:0:1,4:0,20:0:0:4:0:3,2:0,20:0:0 chr3 32927509 . G T 808.59 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0536103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.937;QD=53.9057;RBI=0.0889856;REFB=-0.00879398;REVB=0.0710238;RO=2;SAF=36;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254872;STB=0.513509;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000494946;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:22:36:2:0:22:36:2:0 chr3 33055721 . A G 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.217;QD=60.7139;RBI=0.0316221;REFB=0;REVB=0.0147066;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110456;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr3 33118631 . G A 359.32 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=12;FWDB=-0.0263349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.826;QD=12.9483;RBI=0.0467616;REFB=-0.0231856;REVB=0.038641;RO=68;SAF=33;SAR=10;SRF=56;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089977;STB=0.55072;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0378443;OID=.;OPOS=33118631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:68:43:43:0.387387:10:33:56:12:10:33:56:12 chr3 33138544 . A G 1840.82 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.351;QD=61.3606;RBI=0.0555458;REFB=0;REVB=0.0450854;RO=0;SAF=56;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83014e-05;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:64:56:0:0:64:56:0:0 chr3 33138549 . G A 741.56 PASS AF=0.606838;AO=68;DP=116;FAO=71;FDP=117;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0227476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.1377;QD=25.3524;RBI=0.0476018;REFB=-0.126738;REVB=-0.0418148;RO=29;SAF=31;SAR=37;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914421;STB=0.516565;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0875115;OID=.;OPOS=33138549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:29:46:68:71:0.606838:37:31:18:11:40:31:22:24 chr3 33161898 . C T 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.00844774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.71;QD=15.8611;RBI=0.00866712;REFB=-0.00836119;REVB=0.00193769;RO=49;SAF=14;SAR=24;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917253;STB=0.546851;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0116371;OID=.;OPOS=33161898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:51:38:38:0.426966:24:14:14:35:24:14:15:36 chr3 33174156 . T G 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0273298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.61;QD=9.49475;RBI=0.0276383;REFB=-0.0132065;REVB=0.00411789;RO=24;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47473;STB=0.790653;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0250439;OID=.;OPOS=33174156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:9:2:14:10:9:2:14:10 chr3 33174168 . G A 88.52 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.057874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.788;QD=14.754;RBI=0.0579307;REFB=-0.0316577;REVB=-0.00256192;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544356;STB=0.817603;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0179078;OID=.;OPOS=33174168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:10:3:9:2:10:3 chr3 33194701 . TC T 64.96 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=22;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.100288;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.4424;QD=12.3742;RBI=0.172361;REFB=-0.0876452;REVB=0.140181;RO=10;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0.263804;SSEP=0;SSSB=-0.501661;STB=0.705536;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=0.122472;OID=.;OPOS=33194702;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:11:22:14:21:7:2:12:4:3:29:10:1:10:5:5 chr3 33194990 . C A 230.85 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0623215;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=84.0035;QD=23.0851;RBI=0.0631887;REFB=-0.0118927;REVB=-0.0104329;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995669;STB=0.555506;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0154438;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:12:10:6:12:12:10:6:12 chr3 33255592 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.215;QD=53.9082;RBI=0.0154782;REFB=0;REVB=0.0115948;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106751;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr3 35725250 . C T 2958.75 PASS AF=0.979381;AO=190;DP=194;FAO=190;FDP=194;FR=.;FRO=4;FSAF=101;FSAR=89;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00895685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.07;QD=61.0052;RBI=0.0158032;REFB=-0.0442416;REVB=-0.0130199;RO=3;SAF=101;SAR=89;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00401494;STB=0.504524;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00130693;OID=.;OPOS=35725250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:194:194:3:4:190:190:0.979381:89:101:2:1:89:101:3:1 chr3 35778773 . A G 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.57;QD=63.5795;RBI=0.0823129;REFB=0;REVB=0.0375634;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617253;OID=.;OPOS=35778773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr3 35779750 . A G 1524.89 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.5;QD=59.7997;RBI=0.0434382;REFB=0;REVB=0.00746855;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90335e-05;OID=.;OPOS=35779750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:102:0:0:99:102:1:50:49:0:0:50:52:0:0 chr3 36422135 . G A 444.48 PASS AF=0.511364;AO=42;DP=86;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.00950047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.727;QD=20.2034;RBI=0.0864307;REFB=-0.0234119;REVB=0.085907;RO=42;SAF=20;SAR=22;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234826;STB=0.614477;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0484724;OID=.;OPOS=36422135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:42:43:42:45:0.511364:22:20:31:11:22:23:32:11 chr3 36422216 . T C 290.74 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0192633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.65;QD=16.6135;RBI=0.0275125;REFB=-0.0267433;REVB=-0.0196434;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178632;STB=0.59994;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0273703;OID=.;OPOS=36422216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:16:16:26:12:16:16:26:12 chr3 36779707 . G A 279.0 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0572801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.9141;QD=19.2415;RBI=0.0608689;REFB=-0.0585344;REVB=-0.0205916;RO=27;SAF=20;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28522;STB=0.666556;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.05342;OID=.;OPOS=36779707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:10:20:9:18:10:20:9:19 chr3 36875028 . C T 313.39 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0171388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.61;QD=19.5865;RBI=0.0211645;REFB=-0.013655;REVB=-0.0124177;RO=31;SAF=7;SAR=26;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285654;STB=0.660401;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0104135;OID=.;OPOS=36875028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:26:7:15:16:26:7:15:16 chr3 36897812 . T C 101.15 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.164;QD=40.458;RBI=0.0860257;REFB=0;REVB=0.0798349;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144526;OID=.;OPOS=36897812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:5:5:0:0 chr3 36940741 . G T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.471;QD=58.1418;RBI=0.0417775;REFB=0;REVB=0.0343637;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198187;OID=.;OPOS=36940741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr3 37163039 . G A 739.42 PASS AF=1;AO=43;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200907;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9568;QD=55.8055;RBI=0.0348549;REFB=0;REVB=0.0284821;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777435;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:43:53:1:22:21:0:0:29:24:0:0 chr3 37368784 . GA AG,G 30.26 PASS AF=0.0769231,0.269231;AO=2,7;DP=26;FAO=2,7;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=0,2;FSAR=2,5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0754344,-0.177911;FXX=0.0370233;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=22.7271,7.30066;QD=4.65487;RBI=0.0906809,0.186594;REFB=-0.022241,-0.0258726;REVB=-0.0503256,0.0562598;RO=14;SAF=0,2;SAR=2,5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.521257,-0.168697;STB=0.993223,0.555391;STBP=0.296,0.776;TYPE=mnp,del;VARB=-0.118861,0.0623863;OID=.,.;OPOS=37368784,37368785;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:26:26:14:17:2,7:2,7:0.0769231,0.269231:2,5:0,2:6:8:2,5:0,2:6:11 chr3 37535984 . C G 365.69 PASS AF=0.897436;AO=21;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0497401;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.869;QD=37.5064;RBI=0.0647805;REFB=-0.0844254;REVB=0.0415023;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.530286;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00493667;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:39:39:0:4:21:35:0.897436:3:18:0:0:4:31:4:0 chr3 37574951 . G A 1084.15 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.076658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7477;QD=58.6026;RBI=0.0796467;REFB=-0.0602644;REVB=0.0216137;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000475404;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:36:37:0:0:36:37:0:1 chr3 38056069 . A G 268.21 PASS AF=0.54;AO=25;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0460553;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.151;QD=21.4564;RBI=0.0494412;REFB=-0.0250507;REVB=0.0179817;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174911;STB=0.501483;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0203605;OID=.;OPOS=38056069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:23:25:27:0.54:13:12:12:12:14:13:11:12 chr3 38080952 . T G 956.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7258;QD=57.9456;RBI=0.0816934;REFB=0;REVB=0.0624265;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698923;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:26:37:0:0:28:38:0:0 chr3 38081031 . A T 312.93 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0343441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4836;QD=16.9154;RBI=0.0344825;REFB=-0.0274101;REVB=-0.00308692;RO=39;SAF=11;SAR=23;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460718;STB=0.530595;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0351585;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:23:11:11:28:23:11:11:29 chr3 38087123 . T C 333.83 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0153055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.022;QD=14.056;RBI=0.0155501;REFB=0.00226554;REVB=0.00274723;RO=57;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09006;STB=0.555265;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00379172;OID=.;OPOS=38087123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:58:37:37:0.389474:21:16:20:37:21:16:20:38 chr3 38125705 . G A 418.33 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0594009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0199;QD=14.425;RBI=0.0802083;REFB=-0.0155281;REVB=-0.0538971;RO=67;SAF=28;SAR=20;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171518;STB=0.505897;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0204779;OID=.;OPOS=38125705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:68:48:48:0.413793:20:28:38:29:20:28:39:29 chr3 38151731 . T C 753.04 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0507921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.6132;QD=61.4727;RBI=0.0513739;REFB=-0.115262;REVB=0.00770956;RO=1;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144774;STB=0.507689;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00135692;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:32:16:0:1:32:16:0:1 chr3 38170810 . C G 225.32 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0462842;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.156;QD=19.1758;RBI=0.0463636;REFB=0.0058822;REVB=-0.00271213;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223033;STB=0.626343;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00966959;OID=.;OPOS=38170810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:8:14:10:15:8:14:10:15 chr3 38296817 . G A 293.29 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0142903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3408;QD=23.0028;RBI=0.0143267;REFB=-0.0364355;REVB=-0.0010209;RO=21;SAF=5;SAR=24;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817789;STB=0.539297;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0314475;OID=.;OPOS=38296817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:21:22:29:29:0.568627:24:5:5:16:24:5:5:17 chr3 38347633 . G A 240.9 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.011779;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3283;QD=19.2722;RBI=0.0184254;REFB=0.0024881;REVB=-0.0141686;RO=25;SAF=20;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231707;STB=0.631463;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00223933;OID=.;OPOS=38347633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:25:25:25:0.5:5:20:15:10:5:20:15:10 chr3 38347851 . A G 89.44 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0227304;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2548;QD=13.2505;RBI=0.0461021;REFB=0.0119092;REVB=-0.040109;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122544;STB=0.507233;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0150171;OID=.;OPOS=38347851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:6:10:7:4:6:10 chr3 38350479 . T C 509.45 PASS AF=0.385135;AO=57;DP=148;FAO=57;FDP=148;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.0152953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.404;QD=13.769;RBI=0.0297511;REFB=-0.00603698;REVB=0.0255182;RO=90;SAF=34;SAR=23;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141327;STB=0.576795;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0087578;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:90:91:57:57:0.385135:23:34:42:48:23:34:43:48 chr3 38350519 . G A 495.57 PASS AF=0.372671;AO=58;DP=160;FAO=60;FDP=161;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=0.0660706;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.481;QD=12.3122;RBI=0.0664797;REFB=-0.0102332;REVB=0.00736361;RO=100;SAF=38;SAR=20;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1892;STB=0.617985;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0269566;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:100:101:58:60:0.372671:20:38:49:51:20:40:49:52 chr3 38350543 . A G 417.13 PASS AF=0.339744;AO=53;DP=156;FAO=53;FDP=156;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.0223665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.874;QD=10.6955;RBI=0.0462053;REFB=-0.00391591;REVB=-0.0404311;RO=102;SAF=37;SAR=16;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228153;STB=0.629007;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00491112;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:102:103:53:53:0.339744:16:37:52:50:16:37:53:50 chr3 38355225 . G A 197.54 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00653096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.672;QD=26.3384;RBI=0.00869114;REFB=-0.00461251;REVB=0.00573432;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126582;STB=0.507035;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00364668;OID=.;OPOS=38355225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:9:10:6:5:9:10:6:5 chr3 38401839 . T C 655.54 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115182;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.08;QD=62.4323;RBI=0.0634417;REFB=0;REVB=0.0623874;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329262;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr3 38406773 . G T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.837;QD=49.5981;RBI=0.0695735;REFB=0;REVB=0.0362282;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795502;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr3 38408361 . G A 654.86 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102657;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.725;QD=62.3675;RBI=0.0119507;REFB=0;REVB=0.00611844;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25507e-05;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr3 38442490 . G A 103.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0325399;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.594;QD=9.18136;RBI=0.0448842;REFB=-0.00119131;REVB=0.0309153;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02832;STB=0.517215;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00320827;OID=.;OPOS=38442490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:32:32:13:13:0.288889:7:6:14:18:7:6:14:18 chr3 38442504 . G A 356.41 PASS AF=0.725;AO=27;DP=41;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0335383;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.787;QD=35.6407;RBI=0.0335867;REFB=-0.0187648;REVB=-0.00180285;RO=11;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338799;STB=0.526845;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0106543;OID=.;OPOS=38442504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:41:40:11:11:27:29:0.725:14:13:6:5:16:13:6:5 chr3 38519424 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.675;QD=59.323;RBI=0.0445633;REFB=0;REVB=0.0169377;RO=0;SAF=18;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75658e-05;OID=.;OPOS=38519424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:50:18:0:0:50:18:0:0 chr3 38524742 . C T 742.92 PASS AF=0.533835;AO=71;DP=133;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00435576;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.607;QD=22.3436;RBI=0.00447582;REFB=-0.0195224;REVB=-0.00102969;RO=62;SAF=40;SAR=31;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543314;STB=0.529793;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0146034;OID=.;OPOS=38524742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:62:71:71:0.533835:31:40:31:31:31:40:31:31 chr3 38525567 . T C 387.76 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0156142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6372;QD=18.4648;RBI=0.0159261;REFB=0.000361218;REVB=-0.00313684;RO=44;SAF=23;SAR=17;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373772;STB=0.520823;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.000863374;OID=.;OPOS=38525567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:17:23:27:17:17:23:27:17 chr3 38525588 . G A 378.42 PASS AF=0.493671;AO=40;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0106976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9416;QD=19.1607;RBI=0.0419548;REFB=-0.00863492;REVB=0.0405681;RO=39;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134499;STB=0.518558;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00713427;OID=.;OPOS=38525588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:40:39:0.493671:17:23:23:16:17:22:24:16 chr3 38528719 . TGG TGA,TGGG,TG 30.94 PASS AF=0.0666667,0.0222222,0.133333;AO=3,5,7;DP=47;FAO=3,1,6;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=3,1,5;FSAR=0,0,1;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=-0.0102835,-0.008633,0.00496017;FXX=0.0425441;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=169.327,9.55831,11.0573;QD=2.75029;RBI=0.013021,0.106403,0.101977;REFB=-0.00397846,0.00394639,-0.00861495;REVB=-0.00798735,-0.106053,0.101856;RO=27;SAF=3,4,7;SAR=0,1,0;SRF=22;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.456509,-0.0278523,0.637825;STB=0.994427,0.983809,0.507222;STBP=0.314,0.546,1;TYPE=snp,ins,del;VARB=0.0415443,0.137318,0.0803738;OID=.,.,.;OPOS=38528721,38528720,38528720;OREF=G,-,G;OALT=A,G,-;OMAPALT=TGA,TGGG,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0666667,0.0222222,0.133333:3,5,7:47:3,1,6:45:35:3,1,5:0,0,1:29:6:16:27:3,4,7:0,1,0:22:5 chr3 38529818 . C T 51.81 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.000417268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.61;QD=6.09516;RBI=0.0376647;REFB=-0.0115679;REVB=-0.0376624;RO=26;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.630808;STB=0.897746;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0281451;OID=.;OPOS=38529818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:1:7:8:18:1:7:8:18 chr3 38529825 . C T 64.28 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.046165;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8254;QD=7.14174;RBI=0.0584806;REFB=-0.0126239;REVB=-0.0358995;RO=27;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.657301;STB=0.908265;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0499032;OID=.;OPOS=38529825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:36:36:27:27:9:9:0.25:1:8:8:19:1:8:8:19 chr3 38532511 . G A 444.7 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0492552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.945;QD=20.4459;RBI=0.0517227;REFB=-0.0170273;REVB=-0.015785;RO=42;SAF=26;SAR=18;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204695;STB=0.618354;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0203652;OID=.;OPOS=38532511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:43:44:44:0.505747:18:26:15:27:18:26:15:28 chr3 38534133 . TAAAAAAAAT AAAAAAATAT,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAT,TAAAAAATAT 223.1 PASS AF=0,0,0.894737,0,0.105263;AO=2,7,13,5,2;DP=37;FAO=0,0,17,0,2;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,9,0,1;FSAR=0,0,8,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487292,0.10318,0.0570752,0.100282,0.0247686;FXX=0.049975;HRUN=3,1,1,8,8;LEN=8,1,1,1,1;MLLD=53.5888,158.103,163.57,8.74095,57.1067;QD=46.9693;RBI=0.0502915,0.103744,0.0581214,0.101222,0.0283391;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.012438,-0.0108012,-0.010978,-0.01376,0.0137702;RO=2;SAF=1,2,6,0,1;SAR=1,5,7,5,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.390188,0.145918,0.112976,0,0.390188;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,snp,del,snp;VARB=0,0,-0.00159794,0,0.0620073;OID=.,.,.,.,.;OPOS=38534133,38534142,38534142,38534134,38534140;OREF=TAAAAAAA,T,T,A,A;OALT=AAAAAAAT,-,A,-,T;OMAPALT=AAAAAAATAT,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAT,TAAAAAATAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/5:11:37:19:2:0:2,7,13,5,2:0,0,17,0,2:0,0,0.894737,0,0.105263:1,5,7,5,1:1,2,6,0,1:0:2:0,0,8,0,1:0,0,9,0,1:0:0 chr3 38534296 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0065637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.863;QD=11.1024;RBI=0.0303082;REFB=-0.0476672;REVB=0.0295889;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310426;STB=0.689101;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.020241;OID=.;OPOS=38534296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:6:4:5:2:6:4 chr3 38589666 . T TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 74.53 PASS AF=0.37037;AO=6;DP=31;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.00686811;FXX=0.0689417;HRUN=3;LEN=25;MLLD=342.286;QD=11.0414;RBI=0.00842145;REFB=-0.0142107;REVB=0.00487338;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524098;STB=0.699688;STBP=0.215;TYPE=ins;VARB=0.0113928;OID=.;OPOS=38589667;OREF=-;OALT=CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:6:31:10:27:17:6:4:15:2:74:21:3:3:19:2 chr3 38590358 . C CT,T 145.32 PASS AF=0.414634,0;AO=15,2;DP=41;FAO=17,0;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7,0;FSAR=10,0;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0522329,-0.0142229;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=24.9759,186.069;QD=14.1775;RBI=0.0862022,0.017894;REFB=-0.046415,-0.0178502;REVB=0.0685752,-0.0108584;RO=23;SAF=7,0;SAR=8,2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0333056,-0.466394;STB=0.502955,0.5;STBP=0.993,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0596795,0;OID=.,.;OPOS=38590359,38590358;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:15,2:17,0:0.414634,0:8,2:7,0:10:13:10,0:7,0:10:14 chr3 38592406 . A G 324.68 PASS AF=0.341667;AO=40;DP=120;FAO=41;FDP=120;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0573807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3194;QD=10.8225;RBI=0.0604934;REFB=-0.00256768;REVB=-0.0191549;RO=77;SAF=15;SAR=25;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195641;STB=0.59373;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00827464;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:77:79:40:41:0.341667:25:15:42:35:25:16:42:37 chr3 38622467 . T C 1339.63 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9405;QD=62.3083;RBI=0.0566142;REFB=0;REVB=0.0374314;RO=0;SAF=68;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617206;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:18:68:0:0:18:68:0:0 chr3 38674712 . T C 1003.98 PASS AF=0.479263;AO=104;DP=217;FAO=104;FDP=217;FR=.;FRO=113;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=50;FWDB=-0.0332294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.853;QD=18.5065;RBI=0.0338975;REFB=-0.0255117;REVB=0.00669656;RO=112;SAF=57;SAR=47;SRF=62;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0052207;STB=0.504968;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.028745;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:112:113:104:104:0.479263:47:57:62:50:47:57:63:50 chr3 38739574 . T C 1646.27 PASS AF=1;AO=103;DP=112;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367231;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6683;QD=56.7679;RBI=0.0987707;REFB=-0.056616;REVB=0.09169;RO=8;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00534853;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:116:8:0:103:116:1:59:44:0:8:72:44:0:0 chr3 38739845 . A G 817.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.287;QD=57.3795;RBI=0.0739509;REFB=0;REVB=0.0491901;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641967;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr3 38766675 . A G 753.6 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.349;QD=56.8752;RBI=0.0385863;REFB=0;REVB=0.0294456;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51525e-05;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:21:29:0:0:23:30:0:0 chr3 38802251 . A G 516.67 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0426697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0885;QD=54.3863;RBI=0.0451544;REFB=0.00346059;REVB=-0.0147721;RO=2;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389783;STB=0.520822;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00157307;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:23:13:0:2:23:13:0:2 chr3 38936134 . C T 1547.06 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0166757;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.325;QD=57.8342;RBI=0.0204103;REFB=-0.18706;REVB=0.0117687;RO=2;SAF=64;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00407609;STB=0.502148;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000623264;OID=.;OPOS=38936134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:107:2:2:105:105:0.981308:41:64:1:1:41:64:1:1 chr3 39111140 . C A 1337.09 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00627311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.571;QD=60.7769;RBI=0.0474172;REFB=0;REVB=0.0470004;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182413;OID=.;OPOS=39111140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:88:0:0:84:88:1:48:36:0:0:52:36:0:0 chr3 39138082 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2833;QD=55.6554;RBI=0.0702128;REFB=0;REVB=0.0357623;RO=0;SAF=3;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000506255;OID=.;OPOS=39138082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:24:3:0:0:24:3:0:0 chr3 39152345 . G A 990.45 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2803;QD=59.1315;RBI=0.0147461;REFB=0;REVB=-0.00146529;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33835e-05;OID=.;OPOS=39152345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:31:35:0:0:31:36:0:0 chr3 39161456 . G A 514.19 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1406;QD=58.7645;RBI=0.0555424;REFB=0;REVB=0.0515959;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140372;OID=.;OPOS=39161456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:21:14:0:0 chr3 39161464 . G A 516.07 PASS AF=0.972973;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.178;QD=55.7915;RBI=0.0397477;REFB=-0.177042;REVB=-0.0236064;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.511621;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000725752;OID=.;OPOS=39161464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:37:0:1:33:36:0.972973:20:13:0:0:21:15:0:1 chr3 39185248 . A G 467.67 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163564;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.634;QD=58.4582;RBI=0.055414;REFB=0;REVB=-0.0529451;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000618694;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr3 39188182 . C T 482.03 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00980941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9426;QD=20.5118;RBI=0.0173808;REFB=-0.016614;REVB=-0.0143481;RO=46;SAF=24;SAR=23;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488626;STB=0.521297;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0117109;OID=.;OPOS=39188182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:47:47:47:0.5:23:24:26:20:23:24:26:21 chr3 39229900 . T C 1208.07 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.04;QD=61.1681;RBI=0.00808547;REFB=0;REVB=0.00489409;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31165e-05;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:40:38:0:0:40:39:0:0 chr3 39323163 . A C 169.21 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00433376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.227;QD=10.5759;RBI=0.00466432;REFB=-0.00172951;REVB=0.00172464;RO=42;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183364;STB=0.606647;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00557008;OID=.;OPOS=39323163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:10:12:16:26:10:12:16:26 chr3 39448424 . T C 249.81 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0218479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.86;QD=16.6537;RBI=0.0233216;REFB=-0.0052382;REVB=0.00815867;RO=32;SAF=7;SAR=20;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994348;STB=0.562453;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.005275;OID=.;OPOS=39448424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:32:27:28:0.466667:20:7:11:21:21:7:11:21 chr3 39449137 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00629825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.06;QD=13.4417;RBI=0.00639914;REFB=7.44762e-05;REVB=0.00113186;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301146;STB=0.680449;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-3.30275e-05;OID=.;OPOS=39449137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:8:2:6:7:8:2:6:7 chr3 39453160 . G A 47.65 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.026305;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.149;QD=10.0319;RBI=0.0268624;REFB=-0.0289724;REVB=0.00544349;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528478;STB=0.842732;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.023751;OID=.;OPOS=39453160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:19:19:12:12:6:7:0.368421:5:1:8:4:6:1:8:4 chr3 39541550 . A G 795.6 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5834;QD=63.648;RBI=0.0759501;REFB=0;REVB=-0.00220995;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880358;OID=.;OPOS=39541550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:28:22:0:0 chr3 40231882 . AC A,AT 1516.94 PASS AF=0.0918367,0.908163;AO=12,86;DP=98;FAO=9,89;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=0,51;FSAR=9,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263783,0.0784303;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.425,86.4873;QD=61.916;RBI=0.0267738,0.0808397;REFB=0,0;REVB=0.0045848,0.0195894;RO=0;SAF=1,50;SAR=11,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0196376,-0.0017738;OID=.,.;OPOS=40231883,40231883;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0918367,0.908163:12,86:98:9,89:98:0:0,51:9,38:0:0:21:0:1,50:11,36:0:0 chr3 40286017 . T C 1875.7 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241256;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.385;QD=60.5066;RBI=0.0391617;REFB=0;REVB=0.0308479;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250617;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:124:0:0:113:124:1:63:50:0:0:65:59:0:0 chr3 40286018 . G C 33.04 PASS AF=0.0806452;AO=9;DP=121;FAO=10;FDP=124;FR=.;FRO=114;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=-0.0936448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8435;QD=1.06587;RBI=0.101136;REFB=-0.0568056;REVB=-0.0381996;RO=112;SAF=6;SAR=3;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2367;STB=0.719507;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.109744;OID=.;OPOS=40286018;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:121:124:112:114:9:10:0.0806452:3:6:50:62:3:7:52:62 chr3 40301474 . AAGC AAGA,A 302.5 PASS AF=0,0.589286;AO=8,26;DP=57;FAO=0,33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=0,15;FSAR=0,18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0663848,0.0250121;FXX=0.0508388;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=74.0042,171.517;QD=21.6068;RBI=0.0680408,0.0253804;REFB=-0.0113103,-0.0137421;REVB=-0.01492,0.00430827;RO=18;SAF=4,9;SAR=4,17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0618928,-0.0779282;STB=0.5,0.508192;STBP=1,0.911;TYPE=snp,del;VARB=0,0.00858714;OID=.,.;OPOS=40301477,40301475;OREF=C,AGC;OALT=A,-;OMAPALT=AAGA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.589286:8,26:57:0,33:56:23:0,15:0,18:10:13:99:18:4,9:4,17:8:10 chr3 40351484 . C T 419.49 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.236549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8106;QD=55.9326;RBI=0.236854;REFB=0;REVB=0.0120092;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443037;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249284;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:1:0:29:30:1:19:10:1:0:19:11:0:0 chr3 40435890 . A G 48.14 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.122187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.732;QD=12.8385;RBI=0.124576;REFB=-0.0417488;REVB=-0.0242786;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334227;STB=0.519944;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0548591;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:1:7:6:1:1:7 chr3 40468896 . C T 283.72 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0258891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.038;QD=14.0108;RBI=0.0259044;REFB=-0.0368412;REVB=0.000889368;RO=48;SAF=19;SAR=13;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100085;STB=0.563985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0425504;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:32:33:0.407407:13:19:24:24:13:20:24:24 chr3 40499182 . C T 734.63 PASS AF=0.75;AO=58;DP=81;FAO=60;FDP=80;FR=.;FRO=20;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0880525;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1924;QD=36.7313;RBI=0.108635;REFB=-0.0303207;REVB=0.0636259;RO=20;SAF=27;SAR=31;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403681;STB=0.516661;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0047101;OID=.;OPOS=40499182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:20:20:58:60:0.75:31:27:11:9:31:29:11:9 chr3 40519429 . T C 289.28 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0117984;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.4733;QD=46.2843;RBI=0.0118812;REFB=-0.0763228;REVB=-0.0014009;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370176;STB=0.501741;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0067138;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:12:11:0:1:12:11:1:1 chr3 40558150 . G C 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00226666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.961;QD=20.4855;RBI=0.00248861;REFB=-0.0148797;REVB=-0.00102733;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248773;STB=0.639815;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00449935;OID=.;OPOS=40558150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:2:9:7:7:2:9 chr3 40559078 . G C 250.35 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0323834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.069;QD=20.0279;RBI=0.0341138;REFB=-0.00164554;REVB=0.0107268;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166181;STB=0.600603;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.001415;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:13:11:7:18:13:11:7:19 chr3 40573556 . A G 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0224398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.915;QD=6.25128;RBI=0.023609;REFB=-0.00757119;REVB=-0.00733775;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100585;STB=0.565004;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0174892;OID=.;OPOS=40573556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:7:10:3:3:7:10 chr3 40573744 . A G 158.67 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0135901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6734;QD=17.1537;RBI=0.0166632;REFB=-0.0104762;REVB=-0.00964216;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672545;STB=0.538417;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0213097;OID=.;OPOS=40573744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:8:12:9:8:8:12 chr3 41756965 . C T 263.19 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0144181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.292;QD=14.6215;RBI=0.0145265;REFB=-0.0221502;REVB=0.0017714;RO=39;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180467;STB=0.589277;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0181183;OID=.;OPOS=41756965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:41:30:31:0.430556:17:13:24:15:17:14:25:16 chr3 41756986 . A T 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0271496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.713;QD=19.0767;RBI=0.029479;REFB=-0.00875304;REVB=0.0114852;RO=39;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107435;STB=0.559803;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00956531;OID=.;OPOS=41756986;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:22:16:21:18:22:16:21:18 chr3 41841716 . A C 721.79 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0614;QD=62.7642;RBI=0.121448;REFB=0;REVB=0.114062;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207748;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr3 41877414 . T C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0209353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.583;QD=19.1095;RBI=0.0210095;REFB=-0.0224884;REVB=0.0017646;RO=26;SAF=4;SAR=23;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178223;STB=0.600866;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.018067;OID=.;OPOS=41877414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:23:4:7:19:23:4:7:19 chr3 41910571 . T C 496.77 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1213;QD=58.444;RBI=0.0807621;REFB=0;REVB=0.0352161;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653959;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:28:34:1:21:7:0:0:21:13:0:0 chr3 41925398 . C T 380.7 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00922201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7101;QD=19.5232;RBI=0.0214298;REFB=-0.0262735;REVB=0.019344;RO=39;SAF=14;SAR=24;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11207;STB=0.552818;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0270002;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:39:38:39:0.5:24:14:19:20:24:15:19:20 chr3 41925423 . T A,C 949.11 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=3,63;DP=66;FAO=3,63;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=1,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572485,0.0108137;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=8.28087,96.8238;QD=57.5218;RBI=0.0573067,0.012842;REFB=0,0;REVB=0.00258062,0.00692673;RO=0;SAF=2,22;SAR=1,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.163412,-0.003623;OID=.,.;OPOS=41925423,41925423;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:66:66:0:0:3,63:3,63:0.0454545,0.954545:1,41:2,22:0:0:1,41:2,22:0:0 chr3 41937000 . C T 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0144402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.589;QD=10.6983;RBI=0.0145475;REFB=-0.00581444;REVB=0.0017637;RO=32;SAF=5;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229678;STB=0.637494;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00983604;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:10:5:17:15:10:5:17:15 chr3 41939993 . T A 461.89 PASS AF=1;AO=12;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.9875;QD=52.7875;RBI=0.134001;REFB=0;REVB=0.13269;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115317;OID=.;OPOS=41939993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:0:0:12:35:1:8:4:0:0:22:13:0:0 chr3 41942255 . A G 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0157107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.775;QD=21.227;RBI=0.0274043;REFB=-0.0122184;REVB=0.0224537;RO=24;SAF=7;SAR=22;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174263;STB=0.597372;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0102741;OID=.;OPOS=41942255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:22:7:10:14:22:7:10:14 chr3 41957466 . T G 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0335225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.231;QD=16.8731;RBI=0.0544817;REFB=-0.0113241;REVB=0.0429476;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247249;STB=0.640888;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0259536;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:17:9:12:8:17:9 chr3 41960006 . T C 97.86 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00280587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.286;QD=13.498;RBI=0.0413368;REFB=-0.0205153;REVB=-0.0412415;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353727;STB=0.708727;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0271618;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:3:9:7:10:3:9:7:10 chr3 41996136 . T C 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00724258;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.415;QD=13.4911;RBI=0.00735263;REFB=-0.0126808;REVB=-0.00126733;RO=46;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167589;STB=0.595813;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0225538;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:11:19:22:24:11:19:22:24 chr3 42236415 . A G 411.09 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7289;QD=56.7015;RBI=0.00664041;REFB=0;REVB=-0.00651528;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55486e-05;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:19:9:0:0:19:10:0:0 chr3 42244321 . G A 1224.2 PASS AF=0.945652;AO=81;DP=90;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0212022;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.785;QD=53.2262;RBI=0.0413061;REFB=-0.118004;REVB=0.0354495;RO=5;SAF=43;SAR=38;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364053;STB=0.519241;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00279068;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:90:92:5:5:81:87:0.945652:38:43:1:4:39:48:1:4 chr3 42251263 . C T 168.91 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.699;QD=45.0426;RBI=0.075895;REFB=0;REVB=0.0652267;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820895;OID=.;OPOS=42251263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:9:6:0:0 chr3 42251329 . C T 481.52 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0127212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.118;QD=53.5021;RBI=0.0186665;REFB=-0.00975041;REVB=0.0136605;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252651;STB=0.5263;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000839536;OID=.;OPOS=42251329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:34:34:0.944444:18:16:0:1:18:16:0:2 chr3 42251868 . CT C 253.73 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131468;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.5753;QD=44.1271;RBI=0.00619578;REFB=0;REVB=0.00605469;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000539264;OID=.;OPOS=42251869;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:23:23:0:11:12:0:0:5:0:11:12:0:0 chr3 42304784 . A G 915.46 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0794306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3684;QD=58.1243;RBI=0.101482;REFB=0;REVB=-0.0631618;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000713709;OID=.;OPOS=42304784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:31:32:0:0 chr3 42568929 . T C 289.31 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.08236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.08;QD=52.6016;RBI=0.0824059;REFB=0;REVB=-0.00275096;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000906198;OID=.;OPOS=42568929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr3 42599091 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.982;QD=51.1846;RBI=0.0254865;REFB=0;REVB=0.0248638;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107151;OID=.;OPOS=42599091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr3 42610374 . A G 583.78 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0249627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.933;QD=54.3053;RBI=0.0412292;REFB=-0.0450776;REVB=0.0328133;RO=3;SAF=28;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476482;STB=0.525411;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000800347;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:3:3:40:40:0.930233:12:28:3:0:12:28:3:0 chr3 42610515 . G A 191.19 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1334;QD=47.7975;RBI=0.0425894;REFB=0;REVB=-0.029949;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4696e-06;OID=.;OPOS=42610515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr3 42636141 . G A 205.65 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.797;QD=48.3893;RBI=0.0464111;REFB=0;REVB=0.0107295;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544737;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr3 42700456 . C T 1138.95 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00991816;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.984;QD=59.1663;RBI=0.0376562;REFB=0.00310399;REVB=0.0363266;RO=1;SAF=42;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111316;STB=0.505881;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=2.89354e-05;OID=.;OPOS=42700456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:77:1:1:74:76:0.987013:32:42:1:0:34:42:1:0 chr3 42700630 . A G 1556.25 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.28;QD=59.8559;RBI=0.025281;REFB=0;REVB=-0.0150879;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29211e-06;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:47:57:0:0:47:57:0:0 chr3 42728144 . A G 262.75 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.558;QD=50.048;RBI=0.0598863;REFB=0;REVB=-0.00749708;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034852;OID=.;OPOS=42728144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:10:11:0:0 chr3 42733468 . T C 833.66 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.079233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.386;QD=57.4937;RBI=0.0857186;REFB=0;REVB=0.0327078;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199213;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr3 42735150 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000328612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.392;QD=53.2771;RBI=0.0284083;REFB=0;REVB=0.0284064;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90373e-05;OID=.;OPOS=42735150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr3 42735274 . A G 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00850824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.729;QD=56.6984;RBI=0.00977107;REFB=0;REVB=0.00480455;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44308e-05;OID=.;OPOS=42735274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr3 42751187 . C T 427.55 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0112724;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.824;QD=14.4934;RBI=0.0248555;REFB=-0.0157068;REVB=-0.0221524;RO=68;SAF=15;SAR=34;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212832;STB=0.616759;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.019063;OID=.;OPOS=42751187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:68:69:49:49:0.415254:34:15:34:34:34:15:34:35 chr3 42787469 . A G 91.35 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0387432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8817;QD=8.49797;RBI=0.0613395;REFB=-0.0164764;REVB=-0.0475552;RO=30;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341542;STB=0.716075;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0715936;OID=.;OPOS=42787469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:30:31:12:12:0.27907:4:8:11:19:4:8:11:20 chr3 42788823 . C A 226.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0558696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0687;QD=20.6137;RBI=0.0560927;REFB=-0.0345848;REVB=-0.00499784;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638525;STB=0.547784;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0426033;OID=.;OPOS=42788823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:21:22:20:22:0.5:12:8:7:14:13:9:7:15 chr3 42907112 . A C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.038382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.904;QD=19.3689;RBI=0.0386281;REFB=-0.0289533;REVB=0.00435368;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207621;STB=0.620002;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0137867;OID=.;OPOS=42907112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:3:4:3:7:3:4 chr3 42908775 . A C 58.0 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0447204;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.128;QD=11.5992;RBI=0.0467922;REFB=0.00709545;REVB=0.0137693;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219509;STB=0.635966;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00824293;OID=.;OPOS=42908775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:12:12:8:8:0.4:7:1:3:9:7:1:3:9 chr3 42917047 . A G 1241.9 PASS AF=1;AO=71;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.373;QD=61.3282;RBI=0.0457889;REFB=0;REVB=0.0424713;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385914;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:71:81:1:46:25:0:0:56:25:0:0 chr3 42956273 . T C 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0455976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.596;QD=50.837;RBI=0.10156;REFB=-0.106629;REVB=0.0907487;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00333168;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:15:10:0:0:15:10:0:1 chr3 43073761 . G A 101.88 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0304823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9293;QD=17.7186;RBI=0.0552272;REFB=-0.01662;REVB=0.0460529;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972526;STB=0.572403;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0225765;OID=.;OPOS=43073761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:5:7:7:3:5:7:8:3 chr3 43074430 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0295056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.951;QD=11.257;RBI=0.0297844;REFB=-0.00720888;REVB=-0.0040657;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043798;STB=0.549876;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0120451;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:4:4:5:6:4:4:5:7 chr3 43074434 . C T 68.05 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0129124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6798;QD=14.3256;RBI=0.0596182;REFB=-0.0137414;REVB=0.0582031;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138165;STB=0.581216;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.013124;OID=.;OPOS=43074434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:4:6:4:5:4:6 chr3 43074871 . A G 2260.06 PASS AF=1;AO=145;DP=148;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224123;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.284;QD=58.324;RBI=0.0272524;REFB=0;REVB=0.0155041;RO=0;SAF=66;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04189e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249208;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:155:0:0:145:155:1:79:66:0:0:88:67:0:0 chr3 43095101 . A G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0106101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.257;QD=14.1389;RBI=0.0108622;REFB=0.0124303;REVB=-0.00232636;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39327;STB=0.737375;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0193992;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:13:14:0.411765:4:9:6:14:4:10:6:14 chr3 43095245 . A G 333.19 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00769824;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.832;QD=31.7321;RBI=0.0161417;REFB=-0.0129796;REVB=0.0141877;RO=14;SAF=9;SAR=19;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118341;STB=0.565008;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00444483;OID=.;OPOS=43095245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:14:14:28:28:0.666667:19:9:7:7:19:9:7:7 chr3 43097710 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.238;QD=59.5006;RBI=0.0339533;REFB=0;REVB=-0.00180161;RO=0;SAF=47;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55979e-05;OID=.;OPOS=43097710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:22:47:0:0:22:47:0:0 chr3 43121559 . C T 209.31 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0106758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.721;QD=13.7251;RBI=0.010864;REFB=-0.00307378;REVB=-0.00201356;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186851;STB=0.524119;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00703979;OID=.;OPOS=43121559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:36:25:25:0.409836:15:10:13:21:15:10:13:23 chr3 43121694 . A AC 58.02 PASS AF=0.176056;AO=34;DP=148;FAO=25;FDP=142;FR=.;FRO=117;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=-0.181186;FXX=0.00699252;HRUN=0;LEN=1;MLLD=20.6159;QD=1.6343;RBI=0.181457;REFB=-0.0206272;REVB=-0.00991631;RO=108;SAF=15;SAR=19;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623867;STB=0.806937;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0714142;OID=.;OPOS=43121695;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176056:34:148:25:142:117:4:21:59:58:58:108:15:19:53:55 chr3 43122966 . G A 255.89 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0497424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1052;QD=15.747;RBI=0.0520139;REFB=-0.022296;REVB=0.0152034;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119083;STB=0.574395;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0285248;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:16:13:20:15:16:13:21:15 chr3 43390387 . C CT 83.1 PASS AF=0.451613;AO=11;DP=35;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0285267;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.2816;QD=10.7224;RBI=0.0594704;REFB=0.0284384;REVB=-0.0521819;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37774;STB=0.672821;STBP=0.097;TYPE=ins;VARB=-0.0547338;OID=.;OPOS=43390388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:11:35:14:31:17:10:4:7:10:82:21:8:3:8:13 chr3 43414318 . A G 1568.56 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.614;QD=59.191;RBI=0.064671;REFB=0;REVB=0.029564;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116476;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:106:0:0:101:106:1:58:43:0:0:59:47:0:0 chr3 43602803 . C T 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.039;QD=64.4126;RBI=0.0220738;REFB=0;REVB=0.00868515;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194537;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr3 43607136 . T C 152.43 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00329428;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.672;QD=40.6484;RBI=0.00561153;REFB=-0.1494;REVB=0.00454279;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.538406;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00165098;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:13:14:0.933333:6:7:0:1:6:8:0:1 chr3 43618317 . G A 43.65 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.103929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2773;QD=3.01022;RBI=0.119994;REFB=-0.0261892;REVB=-0.0599786;RO=49;SAF=1;SAR=7;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473182;STB=0.849529;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.057993;OID=.;OPOS=43618317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:57:58:49:50:8:8:0.137931:7:1:24:25:7:1:25:25 chr3 44283672 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9345;QD=39.2067;RBI=0.0326086;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210712;OID=.;OPOS=44283672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr3 44283808 . C A 429.49 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00143083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.235;QD=53.6856;RBI=0.0452714;REFB=0.156844;REVB=0.0452487;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000452184;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:30:31:0.96875:19:11:0:0:19:12:0:1 chr3 44284584 . G A 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.32;QD=63.5794;RBI=0.0222288;REFB=0;REVB=-0.0189075;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80306e-05;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr3 44540791 . TTC T 702.11 PASS AF=0.966667;AO=54;DP=57;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00948928;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=292.277;QD=46.8075;RBI=0.016218;REFB=0.0156882;REVB=-0.0131521;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.502958;STBP=0.853;TYPE=del;VARB=-0.00061565;OID=.;OPOS=44540792;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.966667:54:57:58:60:2:34:24:1:1:4:0:33:21:0:0 chr3 44612050 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.235;QD=44.6897;RBI=0.0402081;REFB=0;REVB=0.0297791;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823305;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr3 44692564 . C G 978.52 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7487;QD=58.4191;RBI=0.0483623;REFB=0;REVB=0.0257984;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665976;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:65:67:1:37:28:0:0:37:30:0:0 chr3 44763037 . A C 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.861;QD=46.8359;RBI=0.0399664;REFB=0;REVB=0.0293411;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470679;OID=.;OPOS=44763037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr3 44775962 . A G 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.049;QD=56.7016;RBI=0.057204;REFB=0;REVB=0.0136559;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294416;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr3 44777795 . CT TC 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646074;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=170.154;QD=42.1826;RBI=0.0115601;REFB=0;REVB=0.00958616;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00014682;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr3 44869026 . A T 1788.01 PASS AF=0.945736;AO=122;DP=128;FAO=122;FDP=129;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0047478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0824;QD=55.4421;RBI=0.0477916;REFB=-0.157335;REVB=0.0475552;RO=2;SAF=43;SAR=79;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118745;STB=0.521209;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00818058;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:128:129:2:7:122:122:0.945736:79:43:0:2:79:43:0:7 chr3 44884647 . C A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.957;QD=56.9374;RBI=0.0352453;REFB=0;REVB=0.0153412;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99542e-05;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:38:15:0:0:38:15:0:0 chr3 44929287 . G C 573.0 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0206474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7941;QD=55.9023;RBI=0.0206864;REFB=-0.0134812;REVB=-0.00126925;RO=1;SAF=12;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374593;STB=0.510911;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00251541;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:41:1:2:39:39:0.95122:27:12:1:0:27:12:1:1 chr3 44943069 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.484;QD=54.5174;RBI=0.0355638;REFB=0;REVB=0.0298119;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118768;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr3 44943389 . G A 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000385356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.53;QD=64.408;RBI=0.0751453;REFB=0;REVB=0.0751443;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156246;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr3 44948479 . C T 397.25 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219489;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.167;QD=56.7503;RBI=0.0546916;REFB=0;REVB=0.0500941;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7265e-05;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr3 44948590 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.803;QD=58.2395;RBI=0.0167172;REFB=0;REVB=0.00705902;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70858e-05;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr3 45052775 . G C 1171.94 PASS AF=1;AO=66;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.166;QD=60.8798;RBI=0.0347728;REFB=0;REVB=0.0343372;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66471e-05;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:66:77:1:29:37:0:0:38:39:0:0 chr3 45077123 . G A 665.57 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0607357;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.002;QD=52.2013;RBI=0.0646011;REFB=-0.0361962;REVB=0.0220108;RO=2;SAF=20;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699852;STB=0.503721;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00163802;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:2:2:49:49:0.960784:29:20:1:1:29:20:1:1 chr3 45127515 . T C 1033.04 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0775;QD=59.0308;RBI=0.115105;REFB=0;REVB=0.080169;RO=0;SAF=18;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155827;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:50:18:0:0:51:19:0:0 chr3 45134822 . T C 976.19 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121461;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.751;QD=59.1629;RBI=0.0122553;REFB=0;REVB=0.00163221;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010493;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr3 45527218 . T C 944.18 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0048668;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.45;QD=57.2227;RBI=0.0227153;REFB=-0.103956;REVB=0.0221878;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013692;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=4.06321e-05;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:34:31:0:1:34:31:0:1 chr3 45533224 . G A 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.969;QD=61.536;RBI=0.0269697;REFB=0;REVB=0.014103;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16546e-05;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr3 45559519 . T C 1001.02 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.646;QD=58.8834;RBI=0.0573415;REFB=0;REVB=0.0235274;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44344e-05;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:41:25:0:0:41:27:0:0 chr3 45565554 . A G 2048.86 PASS AF=0.992481;AO=131;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0657496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.328;QD=61.6198;RBI=0.0703092;REFB=-0.0985454;REVB=-0.0249072;RO=1;SAF=45;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549502;STB=0.502857;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000143096;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:131:132:0.992481:86:45:0:1:87:45:0:1 chr3 45637253 . C T 699.03 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.286;QD=54.8255;RBI=0.0267095;REFB=-0.0537287;REVB=0.0227128;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017117;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000173627;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:23:27:1:0:23:27:1:0 chr3 45637439 . T C 3532.74 PASS AF=1;AO=191;DP=219;FAO=224;FDP=224;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=109;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.695;QD=63.0847;RBI=0.0655874;REFB=0;REVB=0.0573982;RO=0;SAF=107;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77022e-05;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:224:0:0:191:224:1:84:107:0:0:115:109:0:0 chr3 45754685 . A G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0230102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.128;QD=20.1601;RBI=0.0234364;REFB=-0.0129135;REVB=-0.00444918;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318287;STB=0.658351;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0125883;OID=.;OPOS=45754685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:14:15:16:0.533333:9:6:11:3:9:7:11:3 chr3 45779136 . A T 248.23 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00139493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.359;QD=16.2775;RBI=0.0341332;REFB=-0.0173866;REVB=0.0341047;RO=33;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32954;STB=0.685549;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.032403;OID=.;OPOS=45779136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:19:9:22:11:19:9:22:11 chr3 45784417 . T C 194.9 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0150797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.511;QD=17.3246;RBI=0.0221615;REFB=-0.028789;REVB=-0.01624;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819599;STB=0.562749;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0260059;OID=.;OPOS=45784417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:14:6:9:15:14:6:10:15 chr3 45799922 . T C 266.96 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0119478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1629;QD=20.1477;RBI=0.0167525;REFB=0.0236545;REVB=0.0117429;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886367;STB=0.560862;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0215833;OID=.;OPOS=45799922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:18:10:11:13:18:10:12:13 chr3 45811713 . C T 867.63 PASS AF=0.508772;AO=87;DP=171;FAO=87;FDP=171;FR=.;FRO=84;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.001397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.532;QD=20.2954;RBI=0.00552303;REFB=-0.00548643;REVB=-0.00534343;RO=84;SAF=52;SAR=35;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131201;STB=0.57211;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00521169;OID=.;OPOS=45811713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:84:84:87:87:0.508772:35:52:38:46:35:52:38:46 chr3 45811740 . C T 907.78 PASS AF=0.559748;AO=86;DP=156;FAO=89;FDP=159;FR=.;FRO=70;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.0145692;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.483;QD=22.8372;RBI=0.0764087;REFB=-0.0163499;REVB=-0.0750068;RO=67;SAF=48;SAR=38;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171339;STB=0.590672;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00926032;OID=.;OPOS=45811740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:67:70:86:89:0.559748:38:48:23:44:40:49:24:46 chr3 45817418 . A G 275.13 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00639462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.514;QD=15.5;RBI=0.0233786;REFB=-0.0201062;REVB=-0.0224871;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140464;STB=0.579135;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.027544;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:16:15:25:15:16:15:25:15 chr3 45821537 . G A 34.41 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0182938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.668;QD=4.30182;RBI=0.0339765;REFB=-0.00535442;REVB=0.0286311;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222387;STB=0.666112;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0310608;OID=.;OPOS=45821537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:25:26:6:6:0.1875:4:2:13:12:4:2:14:12 chr3 45869972 . C T 289.46 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0183373;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.593;QD=13.6215;RBI=0.0185556;REFB=-0.0232551;REVB=0.00283799;RO=51;SAF=12;SAR=21;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219573;STB=0.630822;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0332681;OID=.;OPOS=45869972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:52:33:33:0.388235:21:12:29:22:21:12:30:22 chr3 45957055 . G A 225.69 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0341088;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8935;QD=13.276;RBI=0.0343495;REFB=-0.00544331;REVB=-0.00405978;RO=40;SAF=8;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136136;STB=0.579914;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00510167;OID=.;OPOS=45957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:41:26:27:0.397059:18:8:17:23:19:8:17:24 chr3 45959515 . A C,T 596.9 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,38;DP=40;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022505,0.0165126;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.6314,93.5991;QD=59.6895;RBI=0.0257018,0.0166039;REFB=0,0;REVB=-0.0124141,0.00173866;RO=0;SAF=1,15;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.177401,-0.00113688;OID=.,.;OPOS=45959515,45959515;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:2,38:2,38:0.05,0.95:1,23:1,15:0:0:1,23:1,15:0:0 chr3 45959759 . T C 246.41 PASS AF=0.410959;AO=21;DP=66;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0270905;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.39;QD=13.5018;RBI=0.0295121;REFB=-0.0215621;REVB=-0.0117077;RO=39;SAF=5;SAR=16;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132892;STB=0.51723;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0257132;OID=.;OPOS=45959759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:73:39:43:21:30:0.410959:16:5:13:26:18:12:16:27 chr3 45989044 . T G 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00350517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.797;QD=15.1955;RBI=0.024606;REFB=-0.00269652;REVB=0.0243551;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222065;STB=0.512806;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00335252;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:11:15:10:8:11:15 chr3 45996761 . G A 1731.17 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.456;QD=60.743;RBI=0.0218128;REFB=0;REVB=0.00458541;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53805e-05;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:64:50:0:0:64:50:0:0 chr3 46007909 . C T 171.71 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0145169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6613;QD=26.4169;RBI=0.0198118;REFB=0.00700523;REVB=0.0134821;RO=9;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861345;STB=0.54789;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00413007;OID=.;OPOS=46007909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:8:9:6:3:8:9:6:3 chr3 46008790 . G A 437.56 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.046502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8272;QD=15.6271;RBI=0.049814;REFB=-0.0225884;REVB=0.0178605;RO=63;SAF=21;SAR=28;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116433;STB=0.564961;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0323263;OID=.;OPOS=46008790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:28:21:20:43:28:21:20:43 chr3 46009491 . C T 371.51 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.000441527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.392;QD=22.8618;RBI=0.0142322;REFB=-0.0205372;REVB=-0.0142253;RO=28;SAF=18;SAR=19;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663704;STB=0.536525;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0223803;OID=.;OPOS=46009491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:19:18:16:12:19:18:16:12 chr3 46009864 . C G 175.35 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=70;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.130744;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5775;QD=9.74152;RBI=0.131018;REFB=4.02224e-05;REVB=-0.00846704;RO=48;SAF=10;SAR=12;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100939;STB=0.541632;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00629652;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:48:48:22:24:0.333333:12:10:26:22:13:11:25:23 chr3 46010077 . C T 894.49 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.01518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.398;QD=55.0455;RBI=0.0223532;REFB=-0.152444;REVB=0.0164083;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017815;STB=0.502767;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00421922;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:37:26:1:0:37:26:1:1 chr3 46010113 . T G 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0344866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.906;QD=21.0638;RBI=0.034661;REFB=-0.0100877;REVB=-0.00347211;RO=24;SAF=5;SAR=19;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343466;STB=0.694943;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0172642;OID=.;OPOS=46010113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:19:5:13:11:19:5:13:11 chr3 46021218 . G T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.297;QD=57.0007;RBI=0.0186053;REFB=0;REVB=0.018569;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06548e-05;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr3 46063329 . T C 265.54 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0240175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6337;QD=23.6031;RBI=0.0251709;REFB=-0.0155077;REVB=0.00753199;RO=20;SAF=4;SAR=20;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221052;STB=0.62931;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.015064;OID=.;OPOS=46063329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:24:25:0.555556:20:4:7:13:21:4:7:13 chr3 46399798 . T C 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0201033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.413;QD=16.1561;RBI=0.0276432;REFB=-0.00143589;REVB=0.0189738;RO=32;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178544;STB=0.600677;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00254746;OID=.;OPOS=46399798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:11:16:13:19:11:16:13:19 chr3 46416470 . G T 716.65 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0409437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3185;QD=57.3323;RBI=0.0966522;REFB=0.103114;REVB=0.0875515;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184413;STB=0.52829;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0032744;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:50:50:1:3:47:47:0.94:25:22:0:1:25:22:0:3 chr3 46417312 . G T 376.22 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.683;QD=55.7357;RBI=0.082726;REFB=0;REVB=0.078268;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486086;OID=.;OPOS=46417312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:9:16:0:0:9:18:0:0 chr3 46449977 . GA CT,GC 1001.11 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=4,57;DP=69;FAO=3,66;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=3,39;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164713,-0.0105075;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=85.71,145.874;QD=58.0355;RBI=0.0234963,0.0354074;REFB=0,0;REVB=0.0167562,0.0338123;RO=0;SAF=4,30;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0424083,0.000587198;OID=.,.;OPOS=46449977,46449978;OREF=GA,A;OALT=CT,C;OMAPALT=CT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:69:69:0:0:4,57:3,66:0.0434783,0.956522:0,27:4,30:0:0:0,27:3,39:0:0 chr3 46450070 . T A 927.33 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387407;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.196;QD=58.8778;RBI=0.0958705;REFB=0;REVB=0.0876944;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362219;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr3 46480801 . A G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0108896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.272;QD=15.1604;RBI=0.0123949;REFB=-0.0213914;REVB=0.0059204;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703014;STB=0.526283;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0303477;OID=.;OPOS=46480801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:8:8:12:9:8:8:12:10 chr3 46480958 . C G 125.69 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.000919607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.056;QD=10.697;RBI=0.0717236;REFB=-0.0264538;REVB=-0.0717177;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540212;STB=0.541493;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0435488;OID=.;OPOS=46480958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:8:7:13:18:8:7:13:19 chr3 46484964 . G A 901.49 PASS AF=1;AO=44;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2617;QD=57.2377;RBI=0.0416761;REFB=0;REVB=0.0396447;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313429;OID=.;OPOS=46484964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:44:63:1:29:15:0:0:30:33:0:0 chr3 46501213 . T C 1090.44 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0519917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.274;QD=57.3915;RBI=0.0568;REFB=-0.084774;REVB=0.0228714;RO=2;SAF=44;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00487728;STB=0.502579;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000964376;OID=.;OPOS=46501213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:30:44:1:1:30:44:1:1 chr3 46501268 . C T 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00335525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.267;QD=18.2898;RBI=0.00902099;REFB=-0.0249844;REVB=0.0083738;RO=33;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728239;STB=0.5407;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.022033;OID=.;OPOS=46501268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:13:19:17:16:13:19:17:16 chr3 46501284 . C CCTT 663.48 PASS AF=1;AO=39;DP=51;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373688;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=3;MLLD=246.209;QD=61.7189;RBI=0.0430247;REFB=0;REVB=0.0213237;RO=10;SAF=21;SAR=18;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.54792e-05;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:51:43:43:0:23:20:0:0:4:10:21:18:5:5 chr3 46580591 . G T 156.06 PASS AF=0.350877;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0249426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.397;QD=10.9512;RBI=0.0563503;REFB=-0.0191183;REVB=-0.0505295;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256984;STB=0.643582;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0359792;OID=.;OPOS=46580591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:37:19:20:0.350877:11:8:23:12:11:9:25:12 chr3 46620614 . T C 533.89 PASS AF=0.4;AO=61;DP=155;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.00793792;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8134;QD=13.7779;RBI=0.031758;REFB=-0.00553702;REVB=0.0307499;RO=92;SAF=24;SAR=37;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456457;STB=0.516643;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00936888;OID=.;OPOS=46620614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:92:93:61:62:0.4:37:24:40:52:37:25:40:53 chr3 46654132 . G A 483.01 PASS AF=0.489583;AO=48;DP=98;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0321855;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.778;QD=20.1255;RBI=0.0416544;REFB=-0.0187928;REVB=0.0264421;RO=48;SAF=21;SAR=27;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568402;STB=0.543606;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0228091;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:48:49:48:47:0.489583:27:21:24:24:27:20:25:24 chr3 46658737 . A G,T 686.77 PASS AF=0.921569,0.0784314;AO=46,2;DP=49;FAO=47,4;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24,3;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010067,-0.0300805;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.6353,166.767;QD=53.8646;RBI=0.0755541,0.0337616;REFB=-0.0553006,-0.137993;REVB=0.0748804,0.01533;RO=0;SAF=23,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00226989,0.127051;OID=.,.;OPOS=46658737,46658737;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:49:51:0:0:46,2:47,4:0.921569,0.0784314:23,0:23,2:0:0:23,1:24,3:0:0 chr3 46713457 . C G 523.9 PASS AF=0.510204;AO=51;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0113895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5761;QD=21.3836;RBI=0.011653;REFB=-0.00645861;REVB=0.00246389;RO=47;SAF=28;SAR=23;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888637;STB=0.559976;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0101573;OID=.;OPOS=46713457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:48:51:50:0.510204:23:28:21:26:22:28:21:27 chr3 46714821 . C G 329.76 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.000654755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.081;QD=20.9369;RBI=0.000679176;REFB=-0.0408282;REVB=0.000180485;RO=29;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348704;STB=0.51931;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0387568;OID=.;OPOS=46714821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:19:15:14:15:19:15:14:15 chr3 46722692 . G T 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2152;QD=63.5765;RBI=0.025447;REFB=0;REVB=0.00695545;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250916;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr3 46723551 . G A 77.91 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0119964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.584;QD=14.1659;RBI=0.0284197;REFB=0.0271669;REVB=0.0257636;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120736;STB=0.57128;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0241683;OID=.;OPOS=46723551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:5:7:7:3:5:7 chr3 46729757 . C G 169.42 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0392196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2937;QD=10.589;RBI=0.0409688;REFB=-0.0215471;REVB=-0.0118432;RO=41;SAF=6;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232876;STB=0.645823;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00870273;OID=.;OPOS=46729757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:42:22:22:0.34375:16:6:19:22:16:6:20:22 chr3 46755937 . C T 165.22 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00705973;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.147;QD=13.7681;RBI=0.0126694;REFB=-0.0117486;REVB=-0.0105201;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224696;STB=0.63059;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0155576;OID=.;OPOS=46755937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:30:30:18:18:0.375:11:7:18:12:11:7:18:12 chr3 46775322 . A G 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0223201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.288;QD=14.2591;RBI=0.0263603;REFB=-0.0202376;REVB=-0.0140243;RO=41;SAF=7;SAR=22;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129035;STB=0.573859;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0318973;OID=.;OPOS=46775322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:22:7:14:27:22:7:14:27 chr3 46775326 . C G 251.01 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.000928666;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.154;QD=14.3432;RBI=0.0218972;REFB=-0.0194065;REVB=-0.0218775;RO=39;SAF=6;SAR=23;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139513;STB=0.58809;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0143155;OID=.;OPOS=46775326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:41:29:29:0.414286:23:6:12:27:23:6:13:28 chr3 46775383 . A G 137.34 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.00461924;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6418;QD=9.98798;RBI=0.0232013;REFB=-0.000583742;REVB=-0.0227369;RO=36;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505876;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00090835;OID=.;OPOS=46775383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:37:18:18:0.327273:14:4:8:28:14:4:8:29 chr3 46775608 . A G 332.06 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0224487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4147;QD=13.8357;RBI=0.0260327;REFB=-0.0332859;REVB=0.0131817;RO=58;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307869;STB=0.522172;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.046598;OID=.;OPOS=46775608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:59:37:37:0.385417:20:17:25:33:20:17:25:34 chr3 46777881 . C G 68.66 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0413734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.415;QD=5.84324;RBI=0.0423602;REFB=0.000903938;REVB=-0.00909016;RO=37;SAF=4;SAR=6;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233672;STB=0.64971;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0060799;OID=.;OPOS=46777881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:6:4:22:15:6:4:22:15 chr3 46777885 . T C 50.93 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0681299;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.905;QD=4.6297;RBI=0.0682851;REFB=-0.0127196;REVB=0.00460185;RO=32;SAF=3;SAR=5;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330142;STB=0.68637;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0199667;OID=.;OPOS=46777885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:44:44:32:36:8:8:0.181818:5:3:21:11:5:3:22:14 chr3 46933960 . C G 183.14 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00585636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2676;QD=17.4423;RBI=0.0466981;REFB=-0.0149076;REVB=-0.0463294;RO=21;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176717;STB=0.608574;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0151189;OID=.;OPOS=46933960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:23:19:19:0.452381:5:14:12:9:5:14:13:10 chr3 46939406 . G A 187.27 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0879945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.496;QD=14.6877;RBI=0.131475;REFB=-0.0220945;REVB=0.0976861;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194944;STB=0.621503;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0385086;OID=.;OPOS=46939406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:30:20:21:0.411765:13:7:16:14:14:7:16:14 chr3 46944274 . T C 167.62 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0539162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6218;QD=15.2383;RBI=0.0558683;REFB=0.00242075;REVB=0.0146394;RO=25;SAF=16;SAR=2;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302663;STB=0.701481;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00475125;OID=.;OPOS=46944274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:26:18:18:0.409091:2:16:18:7:2:16:18:8 chr3 47018214 . T C 1119.59 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0190567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.681;QD=58.926;RBI=0.0209904;REFB=0.0073231;REVB=0.00880003;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00014011;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:33:42:0:0:33:42:0:1 chr3 47033991 . C G 33.72 PASS AF=0.08;AO=8;DP=150;FAO=12;FDP=150;FR=.;FRO=138;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=89;FSRR=49;FWDB=0.0188839;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.192;QD=0.899323;RBI=0.0937896;REFB=-0.0123732;REVB=-0.0918689;RO=129;SAF=1;SAR=7;SRF=78;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457442;STB=0.884678;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0696949;OID=.;OPOS=47033991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:150:150:129:138:8:12:0.08:7:1:78:51:10:2:89:49 chr3 47043538 . C T 991.3 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0956;QD=57.4664;RBI=0.0214266;REFB=-0.0696546;REVB=0.00774676;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00241874;OID=.;OPOS=47043538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:40:28:0:0:40:28:1:0 chr3 47125385 . G A 982.38 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00428406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.079;QD=56.1362;RBI=0.0117461;REFB=-0.0539156;REVB=0.010937;RO=1;SAF=61;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628377;STB=0.56248;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00321499;OID=.;OPOS=47125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:1:2:68:68:0.971429:7:61:0:1:7:61:0:2 chr3 47161214 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.219;QD=51.1846;RBI=0.0168174;REFB=0;REVB=-0.00753408;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56293e-05;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr3 47162661 . A G 141.82 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.978;QD=43.6364;RBI=0.0657326;REFB=0;REVB=0.0561045;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204355;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:6:7:0:0 chr3 47165536 . G A 335.82 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0171254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.763;QD=24.8754;RBI=0.0512804;REFB=-0.0156072;REVB=0.0483363;RO=21;SAF=23;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633729;STB=0.534862;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0101133;OID=.;OPOS=47165536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:10:23:13:8:10:23:13:8 chr3 47282303 . G A,C 729.0 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=45,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798655,-0.0195528;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=218.546,48.961;QD=62.0427;RBI=0.0170644,0.0867635;REFB=0,0;REVB=0.0150801,-0.0845316;RO=0;SAF=22,0;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00103196,0.13623;OID=.,.;OPOS=47282303,47282303;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:47:0:0:45,2:45,2:0.957447,0.0425532:23,2:22,0:0:0:23,2:22,0:0:0 chr3 47322496 . C T 558.76 PASS AF=0.906977;AO=38;DP=42;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0533228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7686;QD=51.9781;RBI=0.123189;REFB=-0.0265032;REVB=0.111051;RO=4;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444653;STB=0.522091;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00435732;OID=.;OPOS=47322496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:43:4:4:38:39:0.906977:19:19:1:3:20:19:1:3 chr3 47385585 . C A 599.6 PASS AF=0.886792;AO=48;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00440687;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.6655;QD=45.2527;RBI=0.02111;REFB=-0.185569;REVB=0.0206449;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513918;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0165995;OID=.;OPOS=47385585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:53:53:0:6:48:47:0.886792:19:29:0:0:18:29:3:3 chr3 47386059 . TG CC 273.63 PASS AF=1;AO=2;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142723;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=49.0246;QD=49.7512;RBI=0.243917;REFB=0;REVB=0.197803;RO=0;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00605569;OID=.;OPOS=47386059;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:2:22:1:1:1:0:0:13:9:0:0 chr3 47449058 . T C 175.5 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.809;QD=46.8004;RBI=0.0380028;REFB=0;REVB=0.0221215;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244826;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:10:5:0:0 chr3 47452087 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.783;QD=39.2053;RBI=0.0548091;REFB=0;REVB=-0.0193062;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623788;OID=.;OPOS=47452087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr3 47452786 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.6;QD=52.6119;RBI=0.0227135;REFB=0;REVB=0.00854623;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141741;OID=.;OPOS=47452786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr3 47454399 . G A 61.81 PASS AF=1;AO=4;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5099;QD=35.319;RBI=0.0908267;REFB=0;REVB=0.0908267;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147694;OID=.;OPOS=47454399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:4:7:1:4:0:0:0:7:0:0:0 chr3 47459679 . C T 1097.3 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0547789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.336;QD=56.2719;RBI=0.0754324;REFB=-0.188749;REVB=0.0518586;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.520542;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00300741;OID=.;OPOS=47459679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:78:78:0:3:75:75:0.961538:40:35:0:0:40:35:3:0 chr3 47462200 . T C 558.2 PASS AF=1;AO=30;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.82;QD=60.3454;RBI=0.0573116;REFB=0;REVB=0.0520025;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37318e-05;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:30:37:1:21:9:0:0:26:11:0:0 chr3 47539751 . T C 1065.99 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0014651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.122;QD=58.4103;RBI=0.00578211;REFB=-0.054627;REVB=-0.00559342;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137071;STB=0.507244;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000147759;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:34:38:0:1:34:38:0:1 chr3 47676761 . C A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00226996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6444;QD=15.2624;RBI=0.0199959;REFB=0.00380114;REVB=0.0198666;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305054;STB=0.677143;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0043411;OID=.;OPOS=47676761;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:6:10:4:9:6:10 chr3 47953405 . A C 224.29 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00705911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.625;QD=42.7217;RBI=0.00817786;REFB=0.0537563;REVB=0.00412872;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513355;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00042301;OID=.;OPOS=47953405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:0:2:19:19:0.904762:7:12:0:0:7:12:1:1 chr3 47953733 . C A 542.27 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222845;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.464;QD=60.2522;RBI=0.0259264;REFB=0;REVB=0.0132506;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2084e-05;OID=.;OPOS=47953733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr3 47956424 . C T 844.26 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.295;QD=57.2379;RBI=0.0265982;REFB=0;REVB=-0.0112982;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283555;OID=.;OPOS=47956424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:37:20:0:0:37:22:0:0 chr3 47958037 . G T 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.76;QD=64.4115;RBI=0.0215271;REFB=0;REVB=0.00137997;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62153e-05;OID=.;OPOS=47958037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr3 48299439 . T C 404.75 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0279877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.092;QD=32.38;RBI=0.0315636;REFB=-0.03213;REVB=0.0145928;RO=17;SAF=15;SAR=18;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642044;STB=0.535034;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0156679;OID=.;OPOS=48299439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:18:15:6:11:18:15:6:11 chr3 48421387 . G T 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.654;QD=53.9078;RBI=0.0710558;REFB=0;REVB=0.0625421;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082682;OID=.;OPOS=48421387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr3 48422235 . T A 347.69 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.484;QD=51.5088;RBI=0.0277053;REFB=-0.101254;REVB=-0.00877559;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281527;STB=0.51514;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00156681;OID=.;OPOS=48422235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:10:16:1:0:10:16:1:0 chr3 48474249 . A G 357.29 PASS AF=0.931034;AO=28;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0289397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1257;QD=49.282;RBI=0.0511855;REFB=0.122242;REVB=-0.0422191;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.549962;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00958824;OID=.;OPOS=48474249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:28:27:0.931034:18:10:1:0:18:9:2:0 chr3 48476431 . C G 1244.12 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.938;QD=60.6888;RBI=0.0371019;REFB=0;REVB=0.023827;RO=1;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00833e-05;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:82:1:0:80:82:1:42:38:0:1:44:38:0:0 chr3 48508585 . C T 675.64 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422192;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.626;QD=62.8503;RBI=0.0437269;REFB=0;REVB=0.0113831;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201859;OID=.;OPOS=48508585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr3 48599944 . C A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00246149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.504;QD=60.9786;RBI=0.0372898;REFB=0;REVB=0.0372085;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08685e-05;OID=.;OPOS=48599944;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr3 48610925 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.292;QD=51.9164;RBI=0.0328641;REFB=0;REVB=0.0174279;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241452;OID=.;OPOS=48610925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr3 48625266 . T C 278.73 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0249727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.185;QD=48.4738;RBI=0.0498286;REFB=-0.0189276;REVB=0.043119;RO=1;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297929;STB=0.515138;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00145905;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:15:6:0:1:16:6:0:1 chr3 48638807 . G C 219.68 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0374943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7517;QD=17.5742;RBI=0.0988239;REFB=0.0198842;REVB=-0.0914349;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197112;STB=0.511226;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0182834;OID=.;OPOS=48638807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:16:12:9:13:16:12 chr3 48669447 . C T 286.28 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000774397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7972;QD=49.7879;RBI=0.104778;REFB=-0.0454622;REVB=0.104775;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342405;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00421954;OID=.;OPOS=48669447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:23:1:0:22:23:1:13:9:0:1:14:9:0:0 chr3 48681053 . C T 697.15 PASS AF=0.978261;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2894;QD=60.6215;RBI=0.0764253;REFB=-0.0649922;REVB=0.0699133;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253627;STB=0.512815;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00260459;OID=.;OPOS=48681053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:46:1:1:42:45:0.978261:18:24:0:1:19:26:0:1 chr3 48686234 . C T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0509318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.999;QD=15.6453;RBI=0.0547293;REFB=-0.00603133;REVB=-0.020031;RO=26;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369898;STB=0.686391;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00488796;OID=.;OPOS=48686234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:29:22:22:0.431373:16:6:17:9:16:6:17:12 chr3 48691316 . T C 1475.41 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6567;QD=58.432;RBI=0.0804905;REFB=-0.0601308;REVB=0.0559258;RO=1;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172753;OID=.;OPOS=48691316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:97:101:1:0:95:101:1:43:52:0:1:44:57:0:0 chr3 48694147 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.299;QD=33.4284;RBI=0.118574;REFB=0;REVB=0.111176;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00834096;OID=.;OPOS=48694147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr3 48697654 . C G 598.21 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502634;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.155;QD=61.3547;RBI=0.0511773;REFB=0;REVB=-0.00962813;RO=0;SAF=3;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74747e-05;OID=.;OPOS=48697654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:36:3:0:0:36:3:0:0 chr3 48699519 . C T 556.19 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.882;QD=57.0451;RBI=0.0270549;REFB=-0.00145029;REVB=0.0150889;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283678;STB=0.514278;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000194884;OID=.;OPOS=48699519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:37:38:0.974359:16:21:0:1:17:21:0:1 chr3 48727112 . G A 174.84 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0437409;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.453;QD=11.6561;RBI=0.0460791;REFB=-0.0268935;REVB=0.0144922;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242157;STB=0.521453;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0452169;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:10:12:21:16:10:12:22:16 chr3 48731961 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0542304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.688;QD=15.2581;RBI=0.0607891;REFB=0.00517213;REVB=0.0274661;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.000197456;OID=.;OPOS=48731961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:3:3:3:4:3:3 chr3 48732223 . G A 335.58 PASS AF=0.38835;AO=37;DP=105;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0195934;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5813;QD=13.0324;RBI=0.0198426;REFB=-0.00354798;REVB=0.00313513;RO=63;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174484;STB=0.587511;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00758835;OID=.;OPOS=48732223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:63:63:37:40:0.38835:17:20:24:39:19:21:24:39 chr3 48732480 . T C 106.06 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0487541;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.2;QD=10.8781;RBI=0.056866;REFB=-0.0143599;REVB=-0.0292707;RO=27;SAF=10;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145263;STB=0.566901;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0268588;OID=.;OPOS=48732480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:27:26:13:13:0.333333:3:10:18:9:3:10:18:8 chr3 48995487 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.023704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.15;QD=11.9536;RBI=0.0781283;REFB=-0.00997076;REVB=-0.0744457;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491325;STB=0.802399;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00711595;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:5:6:1:7:5:6 chr3 49053219 . A G,T 872.87 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=56,4;DP=60;FAO=60,4;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30,3;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276348,0.0232245;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.459,108.889;QD=54.5541;RBI=0.0390658,0.0239397;REFB=0,0;REVB=0.0276126,-0.00580781;RO=0;SAF=27,3;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00327623,0.0234465;OID=.,.;OPOS=49053219,49053219;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:60:64:0:0:56,4:60,4:0.9375,0.0625:29,1:27,3:0:0:30,1:30,3:0:0 chr3 49054692 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0075794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.565;QD=51.184;RBI=0.0377916;REFB=0;REVB=0.0370238;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186017;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr3 49141116 . G A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.037561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.436;QD=21.7452;RBI=0.0376111;REFB=-0.0206132;REVB=-0.00194022;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122574;STB=0.568791;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0164411;OID=.;OPOS=49141116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:10:6:10:9:10:6 chr3 49156473 . C G 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0144499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.598;QD=13.7841;RBI=0.0151294;REFB=-0.0157689;REVB=0.00448311;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538882;STB=0.52172;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0207475;OID=.;OPOS=49156473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:12:11:17:15:12:11:17:16 chr3 49200137 . G T 173.76 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0047543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.183;QD=17.8212;RBI=0.0145563;REFB=-0.0103775;REVB=0.013758;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185717;STB=0.615263;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0124618;OID=.;OPOS=49200137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:21:18:18:0.461538:9:9:14:6:9:9:15:6 chr3 49200692 . T A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00594651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1203;QD=14.6538;RBI=0.0596295;REFB=0.0243551;REVB=0.0593322;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246848;STB=0.64255;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0168286;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:7:1:3:5:7:1 chr3 49215966 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0101967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.96;QD=14.7421;RBI=0.032999;REFB=-0.0142567;REVB=-0.0313841;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904212;STB=0.541262;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0196255;OID=.;OPOS=49215966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:7:10:12:12:7:10:13:12 chr3 49265744 . C T 472.24 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00525712;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4802;QD=23.0359;RBI=0.0274085;REFB=-0.00534444;REVB=-0.0268997;RO=36;SAF=12;SAR=33;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190483;STB=0.613329;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00240792;OID=.;OPOS=49265744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:36:37:45:45:0.54878:33:12:17:19:33:12:18:19 chr3 49294250 . C A 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0193041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.911;QD=10.4723;RBI=0.0216654;REFB=-0.0110332;REVB=-0.00983569;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396511;STB=0.528799;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.021088;OID=.;OPOS=49294250;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:21:24:12:12:0.333333:5:7:13:8:5:7:15:9 chr3 49298139 . G A 673.45 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9502;QD=61.2231;RBI=0.0504073;REFB=0;REVB=-0.0105905;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329482;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:25:19:0:0 chr3 49298205 . T C 625.42 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.718;QD=59.5641;RBI=0.0605858;REFB=-0.0426946;REVB=0.0388482;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540991;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:20:22:0:0 chr3 49313977 . TC CT,TT 155.22 PASS AF=0,0.361702;AO=3,17;DP=50;FAO=0,17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=0,9;FSAR=0,8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00332728,0.0059769;FXX=0.059988;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=125.804,140.852;QD=13.2099;RBI=0.00495756,0.0112929;REFB=-0.00747422,-0.00604661;REVB=-0.00367513,-0.00958153;RO=28;SAF=3,9;SAR=0,8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.541223,-0.00674743;STB=0.5,0.523901;STBP=1,0.824;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0107997;OID=.,.;OPOS=49313977,49313978;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:50:47:28:30:3,17:0,17:0,0.361702:0,8:3,9:15:13:0,8:0,9:17:13 chr3 49343175 . G A 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0251231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.136;QD=15.4996;RBI=0.0251234;REFB=-0.0206605;REVB=0.000115419;RO=40;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458416;STB=0.525854;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0273659;OID=.;OPOS=49343175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:18:13:15:25:18:13:15:25 chr3 49362369 . C T 211.83 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0136127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.526;QD=16.6141;RBI=0.0260198;REFB=6.13719e-05;REVB=-0.0221749;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038358;STB=0.511935;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.000389836;OID=.;OPOS=49362369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:12:11:14:13:12:11:14:14 chr3 49455330 . C T 210.85 PASS AF=0.490909;AO=23;DP=50;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.114424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1117;QD=15.3342;RBI=0.128964;REFB=-0.0280565;REVB=0.0594874;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200444;STB=0.549892;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0533156;OID=.;OPOS=49455330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:55:27:28:23:27:0.490909:17:6:12:15:17:10:13:15 chr3 49548008 . C G 847.33 PASS AF=0.968254;AO=57;DP=59;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0619783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.0715;QD=53.7988;RBI=0.0643535;REFB=-0.111174;REVB=0.0173223;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.517851;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0039663;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:59:63:0:2:57:61:0.968254:33:24:0:0:34:27:2:0 chr3 49570200 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00849626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.702;QD=14.9787;RBI=0.0349562;REFB=-0.0112899;REVB=-0.033908;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414935;STB=0.75628;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00546314;OID=.;OPOS=49570200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:3:7:2:8:3:7:2:9 chr3 49570882 . T C 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0090868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.118;QD=7.34942;RBI=0.00947359;REFB=-0.00250193;REVB=-0.00267937;RO=38;SAF=11;SAR=2;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337113;STB=0.727221;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00576646;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:38:39:13:13:0.25:2:11:24:14:2:11:24:15 chr3 49690199 . G A,C 1128.21 PASS AF=0.91358,0.0617284;AO=72,5;DP=81;FAO=74,5;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=29,5;FSAR=45,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0391356,0.0426027;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=133.15,12.9943;QD=55.7143;RBI=0.0613405,0.0435828;REFB=-0.00696067,-0.0834203;REVB=0.0472342,0.00919075;RO=3;SAF=27,5;SAR=45,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0496912,0;STB=0.50298,0.996516;STBP=0.789,0.14;TYPE=snp,snp;VARB=-4.56225e-06,0.183831;OID=.,.;OPOS=49690199,49690199;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:81:81:3:2:72,5:74,5:0.91358,0.0617284:45,0:27,5:3:0:45,0:29,5:1:1 chr3 49692105 . C A 277.18 PASS AF=0.589744;AO=20;DP=37;FAO=23;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0172768;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.724;QD=28.4284;RBI=0.024373;REFB=-0.00991435;REVB=0.0171917;RO=10;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198019;STB=0.578881;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0135252;OID=.;OPOS=49692105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:37:39:10:12:20:23:0.589744:12:8:1:9:12:11:3:9 chr3 49701298 . G A 1190.24 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.729;QD=61.0379;RBI=0.0152764;REFB=0;REVB=-0.0025603;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74221e-05;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:50:28:0:0:50:28:0:0 chr3 49708769 . T C 1243.17 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0376948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7547;QD=55.8728;RBI=0.0411265;REFB=-0.0535353;REVB=-0.0164467;RO=4;SAF=31;SAR=53;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348139;STB=0.525638;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0363081;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:89:89:4:5:84:84:0.94382:53:31:3:1:53:31:4:1 chr3 49723784 . C A 55.07 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0658268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9675;QD=24.4743;RBI=0.0753858;REFB=-0.194606;REVB=0.0367403;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125389;STB=0.571243;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0541781;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:9:9:2:2:7:7:0.777778:6:1:0:2:6:1:0:2 chr3 49724808 . T C 803.4 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00470246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0431;QD=55.4066;RBI=0.0141165;REFB=-0.132717;REVB=0.0133102;RO=1;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119415;STB=0.506327;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.000346836;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:39:18:0:1:39:18:0:1 chr3 49739507 . G C 255.9 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8946;QD=51.1807;RBI=0.0420197;REFB=0;REVB=0.0394332;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660106;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:7:11:0:0:7:13:0:0 chr3 49760039 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.961;QD=58.1417;RBI=0.0238119;REFB=0;REVB=-0.0187964;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61218e-05;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr3 49928691 . T C 166.27 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5055;QD=44.3389;RBI=0.0251272;REFB=0;REVB=0.00961426;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986386;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr3 49987790 . G A 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0156156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8729;QD=19.2745;RBI=0.0189131;REFB=-0.0240477;REVB=-0.0106704;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133007;STB=0.575156;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0186744;OID=.;OPOS=49987790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:15:11:13:10:15:11 chr3 50103764 . TC T 36.89 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.202977;FXX=0.0666445;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.0661;QD=5.26931;RBI=0.223002;REFB=-0.0584239;REVB=0.0923602;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.4;SSSB=0.302009;STB=0.729684;STBP=0.068;TYPE=del;VARB=0.140286;OID=.;OPOS=50103765;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:10:29:11:28:17:7:4:4:13:36:14:6:4:4:10 chr3 50114515 . C T 498.66 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0299423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.014;QD=53.9088;RBI=0.0756524;REFB=-0.0919175;REVB=-0.0694748;RO=2;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847389;STB=0.545428;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00177235;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:10:25:0:2:10:25:0:2 chr3 50129399 . C T 468.89 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517295;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.593;QD=58.6114;RBI=0.0412016;REFB=0;REVB=-0.0408755;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170016;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr3 50144951 . T C 349.26 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.638;QD=53.7324;RBI=0.0260627;REFB=0;REVB=0.0259171;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105774;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:19:6:0:0:20:6:0:0 chr3 50153356 . T C 765.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4503;QD=56.6996;RBI=0.0456658;REFB=0;REVB=0.0350133;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504287;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:26:26:0:0:27:27:0:0 chr3 50197092 . C T 123.3 PASS AF=0.3;AO=13;DP=48;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0202129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9507;QD=9.86419;RBI=0.0816685;REFB=-0.0229507;REVB=0.0791276;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322765;STB=0.689073;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.048239;OID=.;OPOS=50197092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:34:35:13:15:0.3:6:7:9:25:7:8:9:26 chr3 50197097 . C T 393.29 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00564625;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3568;QD=32.774;RBI=0.0391439;REFB=-0.0265924;REVB=0.0387346;RO=14;SAF=8;SAR=24;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210456;STB=0.599933;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0111914;OID=.;OPOS=50197097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:14:16:32:32:0.666667:24:8:8:6:24:8:8:8 chr3 50219747 . AT A,GT 56.15 PASS AF=0.232143,0.0357143;AO=15,2;DP=54;FAO=13,2;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=6,0;FSAR=7,2;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0901864,0.00330289;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=12.6925,195.414;QD=4.01071;RBI=0.0990799,0.0502245;REFB=-0.0886953,-0.00470929;REVB=-0.0410272,-0.0501158;RO=34;SAF=9,0;SAR=6,2;SRF=18;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0.483871,0;SSSB=0.0830793,-0.452169;STB=0.59308,0.995614;STBP=0.451,0.102;TYPE=del,snp;VARB=0.140601,0.187555;OID=.,.;OPOS=50219748,50219747;OREF=T,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:54:56:34:41:15,2:13,2:0.232143,0.0357143:6,2:9,0:18:16:7,2:6,0:24:17 chr3 50222926 . T A 445.56 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0127623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.763;QD=52.4192;RBI=0.0718975;REFB=-0.050004;REVB=0.0707558;RO=2;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343954;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00226477;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:17:15:1:1:17:15:1:1 chr3 50251833 . A AG 249.13 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.0192;QD=41.5217;RBI=0.183429;REFB=0;REVB=-0.013487;RO=2;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144045;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0100554;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:24:24:0:10:14:0:0:4:2:9:13:1:1 chr3 50311900 . C T 261.57 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.000846392;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.908;QD=16.6075;RBI=0.024706;REFB=-0.00692889;REVB=-0.0246915;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968546;STB=0.554418;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00710756;OID=.;OPOS=50311900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:15:14:13:21:15:14:13:21 chr3 50326020 . G A 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0100078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.884;QD=19.1559;RBI=0.019383;REFB=0.000822979;REVB=0.0165995;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789497;STB=0.54462;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00091739;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:9:14:11:10:9:14 chr3 50329826 . A G 105.33 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0116569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.691;QD=11.0869;RBI=0.0183701;REFB=-0.0268104;REVB=0.0141977;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262225;STB=0.645339;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0435709;OID=.;OPOS=50329826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:9:4:13:11:9:4:13:12 chr3 50334231 . T A 66.73 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=0.00597523;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.322;QD=11.1223;RBI=0.00597523;REFB=0.0103399;REVB=0;RO=15;SAF=9;SAR=0;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0065091;OID=.;OPOS=50334231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:24:24:15:15:9:9:0.375:0:9:15:0:0:9:15:0 chr3 50336661 . T C 197.21 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0259754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.725;QD=16.0991;RBI=0.0285941;REFB=-0.00961955;REVB=-0.011954;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870393;STB=0.533948;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0102591;OID=.;OPOS=50336661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:20:21:0.428571:11:9:15:13:11:10:15:13 chr3 50355730 . T G 350.16 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0312756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.096;QD=28.0129;RBI=0.031609;REFB=0.000391077;REVB=-0.00457836;RO=20;SAF=12;SAR=18;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462678;OID=.;OPOS=50355730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:18:12:8:12:18:12:8:12 chr3 50357869 . A C 237.94 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0241423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0269;QD=16.1315;RBI=0.0377484;REFB=-0.0708142;REVB=-0.0290189;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853658;STB=0.533993;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0346131;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:28:32:27:27:0.457627:11:16:14:14:11:16:17:15 chr3 50367867 . A C 187.43 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.000808698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.59;QD=15.9514;RBI=0.0232923;REFB=-0.0259033;REVB=-0.0232783;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456914;STB=0.539406;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0397417;OID=.;OPOS=50367867;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:9:10:13:14:9:11:13:14 chr3 50401841 . G A 262.62 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.159345;FXX=0.0161264;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.6133;QD=17.2211;RBI=0.160424;REFB=-0.0203644;REVB=0.0185708;RO=30;SAF=5;SAR=24;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174694;STB=0.610085;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0411596;OID=.;OPOS=50401841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:32:29:29:0.47541:24:5:9:21:24:5:10:22 chr3 50412237 . GCCCC GCCC,GCCCG 94.01 PASS AF=0.647059,0.176471;AO=9,3;DP=17;FAO=11,3;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=11,3;FSAR=0,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0955558,-0.017806;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.7506,187.037;QD=22.1194;RBI=0.0955558,0.017806;REFB=-0.211834,-0.0128159;REVB=0,0;RO=4;SAF=9,3;SAR=0,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.516129,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.11903,0.0716703;OID=.,.;OPOS=50412238,50412241;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.647059,0.176471:9,3:17:11,3:17:3:11,3:0,0:3:0:16:4:9,3:0,0:4:0 chr3 50457227 . G A 201.17 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.010542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.003;QD=9.81294;RBI=0.0143964;REFB=-0.0089437;REVB=-0.00980423;RO=56;SAF=16;SAR=10;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031749;STB=0.51865;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0201117;OID=.;OPOS=50457227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:56:26:26:0.317073:10:16:33:23:10:16:33:23 chr3 50597092 . G A 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.104;QD=59.8361;RBI=0.104844;REFB=0;REVB=0.103522;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568872;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr3 50609624 . T G 248.32 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0287158;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7588;QD=19.476;RBI=0.0404174;REFB=-0.0143893;REVB=-0.0284425;RO=24;SAF=7;SAR=19;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353143;STB=0.690211;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.007698;OID=.;OPOS=50609624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:25:26:26:0.509804:19:7:16:8:19:7:16:9 chr3 50645158 . A G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0092784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.015;QD=15.6193;RBI=0.0143103;REFB=-0.00904729;REVB=-0.0108948;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155977;STB=0.589645;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0155372;OID=.;OPOS=50645158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:15:10:10:8:15:10 chr3 50645413 . G A 225.02 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00394057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.662;QD=16.0728;RBI=0.0196765;REFB=-0.0166208;REVB=0.0192779;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775915;STB=0.533308;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0191793;OID=.;OPOS=50645413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:30:25:26:0.464286:13:12:12:18:14:12:12:18 chr3 50647888 . T G 512.43 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00165681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.349;QD=18.6339;RBI=0.00540682;REFB=-0.0202076;REVB=0.00514671;RO=55;SAF=25;SAR=29;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008945;STB=0.5098;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0227969;OID=.;OPOS=50647888;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:56:54:54:0.490909:29:25:26:29:29:25:27:29 chr3 51273773 . T C 798.76 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0197793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.101;QD=49.9223;RBI=0.0199252;REFB=-0.164082;REVB=0.00240698;RO=2;SAF=33;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371819;STB=0.512583;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00152726;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:64:64:2:5:59:59:0.921875:26:33:1:1:26:33:2:3 chr3 51430657 . A C 226.06 PASS AF=0.52381;AO=19;DP=40;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00162772;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.058;QD=21.5297;RBI=0.00306581;REFB=-0.0142168;REVB=0.00259803;RO=21;SAF=0;SAR=19;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.838769;STB=0.817251;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0089398;OID=.;OPOS=51430657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:21:20:19:22:0.52381:19:0:12:9:20:2:11:9 chr3 51431981 . C CTTAT 66.0 PASS AF=0.25;AO=7;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00656801;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=246.837;QD=6.60046;RBI=0.00759034;REFB=-0.0124614;REVB=-0.00380454;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181045;STB=0.646773;STBP=0.331;TYPE=ins;VARB=0.0240486;OID=.;OPOS=51431982;OREF=-;OALT=TTAT;OMAPALT=CTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:7:40:10:40:30:6:4:12:18:66:31:4:3:13:18 chr3 51432847 . C T 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0140391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.224;QD=10.5941;RBI=0.0154265;REFB=-0.00183547;REVB=-0.00639378;RO=42;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225026;STB=0.513146;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0036959;OID=.;OPOS=51432847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:13:9:18:24:13:9:18:24 chr3 51432895 . T C 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.279;QD=62.6683;RBI=0.0380474;REFB=0;REVB=0.0340694;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253221;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:32:12:0:0:32:12:0:0 chr3 51433932 . AACTT AA,A 107.21 PASS AF=0,0.705882;AO=3,10;DP=21;FAO=0,12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=0,8;FSAR=0,4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00799783,-0.000668087;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=3,4;MLLD=214.448,223.581;QD=25.2247;RBI=0.0218413,0.0145668;REFB=0.0328807,0.0347031;REVB=-0.0203243,-0.0145514;RO=6;SAF=3,8;SAR=0,2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.637446,0.123424;STB=0.5,0.521702;STBP=1,0.841;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0180063;OID=.,.;OPOS=51433934,51433933;OREF=CTT,ACTT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.705882:3,10:21:0,12:17:5:0,8:0,4:3:2:28:6:3,8:0,2:4:2 chr3 51434215 . A C 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0102372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.27;QD=8.25419;RBI=0.0208994;REFB=-0.0196314;REVB=-0.0182205;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181968;STB=0.61499;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0547826;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:6:6:2:4:6:6 chr3 51728573 . G A 253.58 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0406884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.883;QD=17.4885;RBI=0.0408738;REFB=-0.0161325;REVB=0.00388878;RO=30;SAF=20;SAR=8;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159867;STB=0.508976;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0207915;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:8:20:21:9:8:20:21:9 chr3 51737965 . G A 257.95 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00140532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.656;QD=13.7572;RBI=0.00360067;REFB=-0.021837;REVB=0.0033151;RO=43;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130047;STB=0.5624;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0441527;OID=.;OPOS=51737965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:45:30:30:0.4:11:19:22:21:11:19:24:21 chr3 51978220 . A G 508.62 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.59;QD=58.128;RBI=0.0069186;REFB=0;REVB=0.00684218;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123689;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr3 52237970 . C T 173.25 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.000977652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.774;QD=19.2499;RBI=0.0111007;REFB=-0.0200203;REVB=0.0110576;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195133;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131075;OID=.;OPOS=52237970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:18:17:18:0.5:11:6:6:12:12:6:6:12 chr3 52256697 . C T 165.21 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0391847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8159;QD=14.0607;RBI=0.0639733;REFB=-0.0454219;REVB=0.0505681;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774132;STB=0.544974;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0527308;OID=.;OPOS=52256697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:15:14:10:8:15:14 chr3 52291078 . G A 493.76 PASS AF=0.426357;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.0200226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8117;QD=15.3104;RBI=0.0201068;REFB=-0.0158826;REVB=-0.00183811;RO=74;SAF=27;SAR=28;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877692;STB=0.549135;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0321243;OID=.;OPOS=52291078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:74:74:55:55:0.426357:28:27:30:44:28:27:30:44 chr3 52325759 . A G 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00768141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.991;QD=17.9199;RBI=0.0120533;REFB=-0.0098474;REVB=-0.00928863;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033082;STB=0.518507;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.012334;OID=.;OPOS=52325759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:13:19:19:15:13:19:19:15 chr3 52407041 . C T 439.35 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0378967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.243;QD=24.7523;RBI=0.0380845;REFB=-0.0166305;REVB=0.00377703;RO=28;SAF=16;SAR=26;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899333;STB=0.557372;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00931601;OID=.;OPOS=52407041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:29:42:42:0.591549:26:16:14:14:26:16:15:14 chr3 52430526 . G A 186.55 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0725999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.426;QD=16.5821;RBI=0.0726014;REFB=-0.00768645;REVB=-0.000457069;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20808;STB=0.618927;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00750887;OID=.;OPOS=52430526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:13:7:14:11:13:7:14:11 chr3 52430698 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.162;QD=60.9786;RBI=0.0242402;REFB=0;REVB=0.00373173;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01274e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr3 52453893 . C T 740.48 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.579;QD=56.96;RBI=0.0551099;REFB=0;REVB=0.0515952;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130287;OID=.;OPOS=52453893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:15:35:0:0:17:35:0:0 chr3 52477080 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0347;QD=61.3336;RBI=0.02621;REFB=0;REVB=-0.0189041;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41856e-06;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr3 52492707 . T C 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.896;QD=56.9539;RBI=0.0255364;REFB=0;REVB=-0.0220413;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84588e-05;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr3 52510592 . G A 598.07 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264026;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.372;QD=61.3407;RBI=0.0264357;REFB=0;REVB=0.00132235;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214453;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr3 52523404 . G GT 198.83 PASS AF=1;AO=6;DP=24;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.249593;FXX=0.136302;HRUN=0;LEN=1;MLLD=19.2014;QD=41.8583;RBI=0.249595;REFB=0;REVB=0.00112059;RO=18;SAF=6;SAR=0;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.648382;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0117151;OID=.;OPOS=52523405;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:24:19:19:0:19:0:0:0:3:18:6:0:15:3 chr3 52537085 . G A 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=-0.00567761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.017;QD=19.692;RBI=0.0214208;REFB=-0.0100487;REVB=0.0206547;RO=25;SAF=3;SAR=23;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980405;STB=0.50549;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0118103;OID=.;OPOS=52537085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:23:3:3:22:23:3:3:22 chr3 52544470 . A G 732.57 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236725;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6448;QD=59.8014;RBI=0.0518625;REFB=-0.0722636;REVB=0.0461447;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262818;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:0:0:47:49:1:30:17:0:0:32:17:0:0 chr3 52551010 . C T 438.75 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0211096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5992;QD=21.9376;RBI=0.0898607;REFB=0.00441308;REVB=0.087346;RO=36;SAF=26;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420111;STB=0.517795;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00419706;OID=.;OPOS=52551010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:37:43:43:0.5375:17:26:20:16:17:26:21:16 chr3 52554304 . G C 545.63 PASS AF=1;AO=37;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0890421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.452;QD=53.2324;RBI=0.101017;REFB=-0.105532;REVB=0.0477066;RO=4;SAF=11;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103539;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00778909;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:41:41:4:0:37:41:1:26:11:1:3:29:12:0:0 chr3 52555957 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3461;QD=52.6124;RBI=0.0798019;REFB=0;REVB=-0.0795143;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00203322;OID=.;OPOS=52555957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr3 52556369 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0423451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.702;QD=12.9746;RBI=0.0597522;REFB=-0.0311818;REVB=-0.042157;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141414;STB=0.583194;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0519061;OID=.;OPOS=52556369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:8:10:5:7:8:10 chr3 52556890 . A G 139.06 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0413957;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8333;QD=11.5879;RBI=0.0851255;REFB=-0.0156896;REVB=-0.0743825;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143154;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0442088;OID=.;OPOS=52556890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:10:6:12:19:10:6:12:20 chr3 52557038 . C T 204.04 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0171463;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0156;QD=14.3183;RBI=0.0181199;REFB=-0.0120981;REVB=0.00585961;RO=33;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301519;STB=0.517227;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0146997;OID=.;OPOS=52557038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:18:6:9:24:18:6:9:24 chr3 52557069 . C T 181.23 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0511388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.327;QD=16.4756;RBI=0.0516169;REFB=-0.0360029;REVB=0.00700909;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173408;STB=0.591447;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0310305;OID=.;OPOS=52557069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:14:5:10:14:14:5:10:15 chr3 52558008 . T C 669.83 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.344;QD=62.3095;RBI=0.0275353;REFB=0;REVB=0.0233318;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37482e-05;OID=.;OPOS=52558008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr3 52558133 . T C 308.32 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0069517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.704;QD=13.405;RBI=0.0138205;REFB=-0.0032225;REVB=0.0119449;RO=57;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301063;STB=0.670794;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00577164;OID=.;OPOS=52558133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:14:21:18:39:14:21:18:39 chr3 52558904 . A T 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00674239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.567;QD=36.3483;RBI=0.0170328;REFB=-0.0306649;REVB=0.0156415;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00408205;OID=.;OPOS=52558904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:8:3:0:1:8:3:0:1 chr3 52563337 . G A 304.68 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.035505;FXX=0.020404;HRUN=6;LEN=1;MLLD=154.53;QD=25.39;RBI=0.0425937;REFB=-0.0411647;REVB=0.0235291;RO=18;SAF=3;SAR=24;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295976;STB=0.727066;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0465672;OID=.;OPOS=52563337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:18:21:27:27:0.5625:24:3:6:12:24:3:9:12 chr3 52584787 . T C 375.89 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=75;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0455366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6839;QD=19.7835;RBI=0.0534301;REFB=-0.0242429;REVB=-0.0279498;RO=34;SAF=13;SAR=25;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166666;STB=0.603811;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0251136;OID=.;OPOS=52584787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:34:37:38:39:0.513158:25:13:18:16:25:14:21:16 chr3 52610651 . T A 128.3 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0158067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6038;QD=12.219;RBI=0.0205958;REFB=-0.0175551;REVB=0.0132037;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787323;STB=0.533289;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0389951;OID=.;OPOS=52610651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:27:15:15:0.357143:7:8:11:13:7:8:13:14 chr3 52643307 . A G 316.85 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0110597;FXX=0.0499917;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.734;QD=22.2347;RBI=0.011443;REFB=-0.0111949;REVB=-0.00293683;RO=24;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00768414;OID=.;OPOS=52643307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:25:32:32:0.561404:12:20:15:9:12:20:15:10 chr3 52643685 . T C 145.53 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0136293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.405;QD=16.1702;RBI=0.0144306;REFB=0.00179572;REVB=-0.00474187;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123809;STB=0.571338;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00288632;OID=.;OPOS=52643685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:10:10:6:10:10:10 chr3 52676065 . C T 99.93 PASS AF=0.309524;AO=11;DP=44;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00748752;FXX=0.10636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.053;QD=9.51743;RBI=0.0078693;REFB=-0.00139105;REVB=-0.00242136;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165392;STB=0.514683;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00506043;OID=.;OPOS=52676065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:13:29:11:13:0.309524:7:4:7:6:7:6:14:15 chr3 52720080 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.297;QD=51.1838;RBI=0.0221583;REFB=0;REVB=0.00297875;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201472;OID=.;OPOS=52720080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr3 52721305 . G A 244.26 PASS AF=0.5;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00946048;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.6152;QD=18.7889;RBI=0.00957054;REFB=-0.00642238;REVB=-0.00144723;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860871;STB=0.538432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00511257;OID=.;OPOS=52721305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:26:26:26:0.5:12:14:11:14:12:14:12:14 chr3 52727257 . G A 247.9 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0149274;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.767;QD=13.2212;RBI=0.0212955;REFB=-0.006596;REVB=-0.015188;RO=46;SAF=24;SAR=5;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308517;STB=0.679662;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0127535;OID=.;OPOS=52727257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:46:46:29:29:0.386667:5:24:28:18:5:24:28:18 chr3 52728804 . C T 315.39 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.010072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.656;QD=22.5282;RBI=0.0116401;REFB=-0.0120246;REVB=0.00583501;RO=24;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407078;STB=0.522458;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00797524;OID=.;OPOS=52728804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:17:15:10:14:17:15:10:14 chr3 52740182 . C G 252.07 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0461114;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.2739;QD=17.0896;RBI=0.0463435;REFB=0.00213718;REVB=-0.00463306;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137259;STB=0.504947;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00345281;OID=.;OPOS=52740182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:29:31:28:28:0.474576:16:12:12:17:16:12:13:18 chr3 52800284 . T C 656.54 PASS AF=0.462069;AO=66;DP=144;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.0108907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7528;QD=18.1114;RBI=0.0108939;REFB=-0.0149826;REVB=-0.000261957;RO=77;SAF=36;SAR=30;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162599;STB=0.58833;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0203743;OID=.;OPOS=52800284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:77:78:66:67:0.462069:30:36:29:48:31:36:29:49 chr3 52802402 . A C 366.4 PASS AF=0.578125;AO=35;DP=62;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00724466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.801;QD=22.9002;RBI=0.0394384;REFB=-0.0679755;REVB=0.0387673;RO=27;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659594;STB=0.54519;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0344633;OID=.;OPOS=52802402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:27:27:35:37:0.578125:14:21:14:13:14:23:14:13 chr3 52820981 . A T 372.13 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0297693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8423;QD=31.0111;RBI=0.0344753;REFB=-0.0113934;REVB=0.0173878;RO=17;SAF=13;SAR=18;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444516;STB=0.524324;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00383797;OID=.;OPOS=52820981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:18:13:6:11:18:13:6:11 chr3 52821011 . A G 352.16 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0164814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.774;QD=28.7475;RBI=0.0165031;REFB=-0.0481441;REVB=0.000845035;RO=18;SAF=12;SAR=18;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00791169;STB=0.512812;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0224612;OID=.;OPOS=52821011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:18:19:30:30:0.612245:18:12:7:11:18:12:7:12 chr3 52821177 . A C 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00872518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.981;QD=19.4397;RBI=0.00878731;REFB=-0.00353035;REVB=-0.00104311;RO=29;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858191;STB=0.547795;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00484956;OID=.;OPOS=52821177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:18:13:15:14:18:13:15:14 chr3 52821992 . CT C,CC 155.06 PASS AF=0.428571,0;AO=7,6;DP=38;FAO=18,0;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6,0;FSAR=12,0;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0116013,0.00686329;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=242.073,243.142;QD=14.7675;RBI=0.0314206,0.0283767;REFB=-0.00938256,-0.00848371;REVB=-0.0292004,-0.0275342;RO=20;SAF=1,2;SAR=6,4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.572649,-0.355789;STB=0.622811,0.5;STBP=0.196,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0096853,0.0200964;OID=.,.;OPOS=52821993,52821993;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0:7,6:38:18,0:42:24:6,0:12,0:13:11:99:20:1,2:6,4:13:7 chr3 52825585 . T C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00119916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.155;QD=17.56;RBI=0.046511;REFB=-0.0125747;REVB=-0.0464955;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138956;STB=0.564032;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0119985;OID=.;OPOS=52825585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:9:9:7:13:9:9:8:13 chr3 52830764 . C T 490.72 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0010526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.702;QD=22.3057;RBI=0.011776;REFB=-0.0132913;REVB=-0.0117288;RO=37;SAF=18;SAR=29;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637601;STB=0.538908;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0126331;OID=.;OPOS=52830764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:41:47:47:0.534091:29:18:17:20:29:18:19:22 chr3 52833805 . C A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00950896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.007;QD=57.5444;RBI=0.0282609;REFB=0;REVB=0.0266131;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51026e-05;OID=.;OPOS=52833805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr3 52852538 . G T 318.57 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0586067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1667;QD=26.5471;RBI=0.0751079;REFB=-0.0448184;REVB=0.0469728;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376673;STB=0.520818;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0441831;OID=.;OPOS=52852538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:14:14:11:9:14:14:11:9 chr3 52853747 . C G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00687458;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.088;QD=20.6011;RBI=0.0178772;REFB=-0.0118989;REVB=0.0165025;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272086;STB=0.661504;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0101991;OID=.;OPOS=52853747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:11:9:14:4:11:9:15:4 chr3 52860816 . C T 97.88 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00525002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.136;QD=13.5011;RBI=0.0651372;REFB=-0.0137867;REVB=0.0649253;RO=16;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209717;STB=0.655442;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0164397;OID=.;OPOS=52860816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:2:10:11:5:2:10:11:6 chr3 52860936 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.00740195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.779;QD=13.4559;RBI=0.0181343;REFB=-0.0109069;REVB=-0.0165549;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40083;STB=0.729385;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00923541;OID=.;OPOS=52860936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:2:13:5:6:2:13 chr3 52861211 . A T 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0975244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0457;QD=14.9777;RBI=0.0985993;REFB=-0.0286705;REVB=-0.0145196;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185184;STB=0.63608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0453853;OID=.;OPOS=52861211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:7:3:5:5:7:3:6:5 chr3 52864584 . A G 444.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.032;QD=57.3206;RBI=0.0385879;REFB=0;REVB=-0.00794221;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40547e-05;OID=.;OPOS=52864584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:20:8:0:0:21:10:0:0 chr3 52864635 . A G 37.86 PASS AF=0.375;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0277822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3805;QD=9.46538;RBI=0.105636;REFB=-0.0244573;REVB=-0.101917;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47111;STB=0.719306;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0113787;OID=.;OPOS=52864635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:5:6:0.375:1:4:3:6:2:4:3:7 chr3 52867715 . G C 1339.67 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00155867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.968;QD=62.3104;RBI=0.0251739;REFB=0;REVB=0.0251256;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7049e-05;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr3 52870618 . T A 168.01 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0315785;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.525;QD=12.9239;RBI=0.0326521;REFB=-0.0163438;REVB=-0.00830427;RO=32;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134426;STB=0.507774;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.023509;OID=.;OPOS=52870618;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:32:32:20:20:0.384615:9:11:18:14:9:11:18:14 chr3 52873984 . C T 296.36 PASS AF=0.382022;AO=33;DP=88;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00856782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.764;QD=13.3194;RBI=0.0199649;REFB=-0.0189853;REVB=-0.018033;RO=55;SAF=11;SAR=22;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580518;STB=0.539961;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0384709;OID=.;OPOS=52873984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:55:55:33:34:0.382022:22:11:21:34:23:11:21:34 chr3 52874288 . T C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00834717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.232;QD=17.956;RBI=0.023829;REFB=-0.0100975;REVB=0.0223192;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295809;STB=0.666481;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0114646;OID=.;OPOS=52874288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:14:3:8:8:14:3 chr3 52874296 . G A 119.28 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00487359;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5821;QD=13.632;RBI=0.0532399;REFB=-0.0145262;REVB=0.0530163;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317553;STB=0.692665;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.024635;OID=.;OPOS=52874296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:8:6:15:5:8:6:16:5 chr3 53125922 . T C 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0532357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4221;QD=18.7118;RBI=0.0579347;REFB=-0.0139645;REVB=0.0228559;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214562;STB=0.512182;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0166278;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:11:8:8:10:11:8 chr3 53215799 . G A 272.13 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0297692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6544;QD=20.9328;RBI=0.0301133;REFB=-0.0253664;REVB=-0.00453961;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148935;STB=0.588579;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0273486;OID=.;OPOS=53215799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:24:27:28:0.538462:11:16:10:14:11:17:10:14 chr3 53215875 . A C 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00226547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.942;QD=21.8821;RBI=0.0343809;REFB=-0.0202277;REVB=0.0343062;RO=27;SAF=9;SAR=25;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389559;STB=0.715566;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0100224;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:25:9:20:7:25:9:20:7 chr3 53220215 . G A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0285685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.41;QD=18.3017;RBI=0.0287139;REFB=-0.0157417;REVB=-0.00288658;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148439;STB=0.584212;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0193797;OID=.;OPOS=53220215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:9:11:9:14:9:11:9:14 chr3 53222761 . C T 400.51 PASS AF=0.588235;AO=39;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00187452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.238;QD=23.5593;RBI=0.0131106;REFB=-0.0236816;REVB=-0.0129759;RO=28;SAF=18;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293558;STB=0.510304;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0182917;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:39:40:0.588235:21:18:14:14:21:19:14:14 chr3 53223927 . C G 996.57 PASS AF=0.945946;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0281645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9365;QD=53.8688;RBI=0.0286075;REFB=-0.0166701;REVB=-0.00501516;RO=4;SAF=29;SAR=40;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00844486;STB=0.504764;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0128127;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:73:74:4:4:69:70:0.945946:40:29:2:2:41:29:2:2 chr3 53224002 . T C 884.79 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4838;QD=57.0831;RBI=0.0584084;REFB=0;REVB=-0.0445867;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58679e-05;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:1:0:61:62:1:33:28:1:0:33:29:0:0 chr3 53321631 . A C 619.22 PASS AF=0.921569;AO=45;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0154276;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.997;QD=48.566;RBI=0.0355871;REFB=-0.0411336;REVB=0.0320691;RO=4;SAF=15;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283782;STB=0.513806;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00346129;OID=.;OPOS=53321631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:51:4:4:45:47:0.921569:30:15:2:2:31:16:2:2 chr3 53324819 . ATGGCAC A 62.26 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384164;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=291.252;QD=35.5759;RBI=0.0443526;REFB=0;REVB=0.0221661;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000156899;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:7:7:0:3:4:0:0:4:0:3:3:0:0 chr3 53766026 . T C 745.58 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175987;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8772;QD=63.4533;RBI=0.0370349;REFB=0;REVB=0.0325864;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138463;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:17:29:0:0:17:30:0:0 chr3 53769479 . C T 50.73 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0367101;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2722;QD=7.80498;RBI=0.0424819;REFB=-0.0126388;REVB=-0.0213796;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187422;STB=0.615111;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0253726;OID=.;OPOS=53769479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:27:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:6:12:4:4:6:12 chr3 53856653 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.086;QD=64.4153;RBI=0.031459;REFB=0;REVB=0.0126431;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215857;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr3 53857803 . A C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0695725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.344;QD=57.6804;RBI=0.0699631;REFB=0;REVB=0.00738303;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00035529;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr3 53882663 . G A 400.36 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00700088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.033;QD=53.3816;RBI=0.0156803;REFB=-0.0546514;REVB=-0.0140307;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00022975;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:9:20:0:0:9:20:1:0 chr3 53883722 . C G 1490.14 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0226138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4025;QD=56.2319;RBI=0.0226287;REFB=0.0567601;REVB=-0.000821205;RO=2;SAF=61;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015303;STB=0.508063;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00055365;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:2:2:104:104:0.981132:43:61:2:0:43:61:2:0 chr3 53886912 . C T 771.59 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148374;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.053;QD=57.1549;RBI=0.00809966;REFB=0;REVB=0.0079626;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138642;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr3 53905308 . T C 865.71 PASS AF=0.926471;AO=64;DP=68;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0337498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.5936;QD=50.9243;RBI=0.0377479;REFB=-0.106524;REVB=0.0169073;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149923;STB=0.521488;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00501286;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:68:68:1:5:64:63:0.926471:33:31:1:0:32:31:1:4 chr3 53906513 . G A 1072.66 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.517;QD=59.5924;RBI=0.0454301;REFB=0;REVB=-0.0427056;RO=0;SAF=21;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07625e-05;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:50:21:0:0:50:22:0:0 chr3 53916130 . A G 750.71 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000953578;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.546;QD=63.89;RBI=0.00151642;REFB=0;REVB=0.00117907;RO=0;SAF=5;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87851e-07;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:42:5:0:0:42:5:0:0 chr3 53919579 . A G 368.47 PASS AF=0.6;AO=37;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0164393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.18;QD=24.5649;RBI=0.0167021;REFB=-0.0249756;REVB=-0.00295152;RO=22;SAF=14;SAR=23;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221087;STB=0.541153;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00949125;OID=.;OPOS=53919579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:24:37:36:0.6:23:14:9:13:23:13:11:13 chr3 54354510 . T C 184.21 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.039838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4283;QD=11.6958;RBI=0.0595238;REFB=-0.00197852;REVB=0.0442269;RO=40;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125969;STB=0.572939;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00178175;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:13:10:22:18:13:10:22:18 chr3 54420012 . G A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.019867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.387;QD=16.156;RBI=0.0199376;REFB=-0.0106701;REVB=-0.00167666;RO=32;SAF=8;SAR=19;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531952;STB=0.53008;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0152976;OID=.;OPOS=54420012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:19:8:11:21:19:8:11:21 chr3 54798258 . G A 434.46 PASS AF=0.420168;AO=41;DP=115;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0311833;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.926;QD=14.6038;RBI=0.0316896;REFB=-0.0172827;REVB=0.00564193;RO=71;SAF=18;SAR=23;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075682;STB=0.5126;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0218654;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:71:69:41:50:0.420168:23:18:36:35:25:25:36:33 chr3 54880461 . A G 283.79 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0130682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.613;QD=14.0142;RBI=0.0137949;REFB=-0.0101784;REVB=0.00441817;RO=48;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767298;STB=0.533612;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0147588;OID=.;OPOS=54880461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:32:33:0.407407:15:17:22:26:16:17:22:26 chr3 54930794 . C T 204.97 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=4;FWDB=-0.0332181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4237;QD=10.6476;RBI=0.0450744;REFB=-0.00757263;REVB=-0.0304673;RO=51;SAF=23;SAR=3;SRF=47;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115071;STB=0.565992;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0135133;OID=.;OPOS=54930794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:3:23:47:4:3:23:47:4 chr3 54961949 . C T 775.44 PASS AF=0.965517;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.104678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3772;QD=53.4787;RBI=0.105139;REFB=0.071376;REVB=-0.00983946;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154512;STB=0.501237;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0102828;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:58:1:2:54:56:0.965517:30:24:0:1:30:26:1:1 chr3 55501002 . G C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.399;QD=63.5823;RBI=0.0214279;REFB=0;REVB=0.0154327;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24394e-05;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr3 55501879 . AT ATA,TA 30.71 PASS AF=0.25,0.0714286;AO=6,2;DP=28;FAO=7,2;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6,2;FSAR=1,0;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00740022,0.0205876;FXX=0;HRUN=7,3;LEN=1,2;MLLD=8.6822,27.4871;QD=4.38763;RBI=0.0425084,0.0445931;REFB=-0.0644962,-0.0524045;REVB=-0.0418593,-0.0395562;RO=17;SAF=5,2;SAR=1,0;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.276799,0.474595;STB=0.72651,0.993399;STBP=0.229,0.303;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0259852,0.16531;OID=.,.;OPOS=55501881,55501879;OREF=-,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=ATA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:28:28:17:19:6,2:7,2:0.25,0.0714286:1,0:5,2:11:6:1,0:6,2:12:7 chr3 56106226 . C T 670.25 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0365581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4207;QD=59.5777;RBI=0.0366897;REFB=-0.144069;REVB=0.0031051;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218371;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00526987;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:22:21:1:0:22:22:1:0 chr3 56219179 . GAAGCT G 173.12 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0047255;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=5;MLLD=263.512;QD=10.6538;RBI=0.0251624;REFB=-0.0239004;REVB=-0.0247146;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760672;STB=0.529391;STBP=0.699;TYPE=del;VARB=0.0293865;OID=.;OPOS=56219180;OREF=AAGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430769:28:66:28:65:37:12:16:14:23:99:34:12:16:12:22 chr3 56219210 . T C 1058.54 PASS AF=0.961039;AO=71;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0405126;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9321;QD=54.9892;RBI=0.0720661;REFB=-0.0421782;REVB=0.0596008;RO=4;SAF=32;SAR=39;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204534;STB=0.503936;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0110381;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:77:77:4:3:71:74:0.961039:39:32:1:3:42:32:1:2 chr3 56597954 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0195324;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.069;QD=10.6346;RBI=0.0201309;REFB=0.000699065;REVB=-0.00487237;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31536;STB=0.689206;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00119631;OID=.;OPOS=56597954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:4:9:3:5:4:9 chr3 56627048 . A G 825.47 PASS AF=0.450262;AO=86;DP=191;FAO=86;FDP=191;FR=.;FRO=105;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=0.0158473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.384;QD=17.2874;RBI=0.0164334;REFB=-0.0041906;REVB=-0.0043495;RO=104;SAF=38;SAR=48;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196206;STB=0.508498;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00506662;OID=.;OPOS=56627048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:104:105:86:86:0.450262:48:38:48:56:48:38:48:57 chr3 56627598 . A G 1272.95 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.89;QD=60.6168;RBI=0.0781614;REFB=0;REVB=0.00742901;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787291;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:84:0:0:80:84:1:41:39:0:0:41:43:0:0 chr3 56650012 . G C 202.45 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0033254;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2237;QD=16.5267;RBI=0.0120172;REFB=-0.0171215;REVB=-0.0115479;RO=25;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109538;STB=0.546832;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0249469;OID=.;OPOS=56650012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:25:27:21:22:0.44898:7:14:14:11:8:14:15:12 chr3 56650051 . A ACTT 241.38 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0185915;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=3;MLLD=208.301;QD=17.2413;RBI=0.0260408;REFB=-0.0193539;REVB=0.0182341;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167158;STB=0.573069;STBP=0.32;TYPE=ins;VARB=0.0215602;OID=.;OPOS=56650052;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482143:26:58:27:56:29:12:15:17:12:99:30:11:15:18:12 chr3 56650054 . T TCTC 148.33 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00370035;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=3;MLLD=217.803;QD=10.7877;RBI=0.0217599;REFB=-0.0122151;REVB=0.021443;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750119;STB=0.535336;STBP=0.729;TYPE=ins;VARB=0.0248928;OID=.;OPOS=56650055;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455:19:57:19:55:36:9:10:19:17:99:37:9:10:20:17 chr3 56658871 . T C 221.71 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0236278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.355;QD=12.3171;RBI=0.0371239;REFB=-0.00737941;REVB=0.028634;RO=45;SAF=7;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272918;STB=0.658218;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0115312;OID=.;OPOS=56658871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:20:7:22:23:20:7:22:23 chr3 56667682 . G C 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3799;QD=59.0416;RBI=0.0234822;REFB=-0.0428981;REVB=0.0197253;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208513;STB=0.511106;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00147344;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:0:1:22:19:0:1 chr3 56703746 . A C 181.47 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0109594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.025;QD=24.196;RBI=0.0179576;REFB=-0.0112146;REVB=0.0142256;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201631;STB=0.511266;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00655388;OID=.;OPOS=56703746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:10:8:5:7:10:8:5:7 chr3 56716922 . T G 551.55 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4684;QD=59.6265;RBI=0.121659;REFB=0;REVB=0.118553;RO=0;SAF=32;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114166;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:4:32:0:0:5:32:0:0 chr3 56763316 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00328548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.085;QD=60.1583;RBI=0.0183417;REFB=0.0165606;REVB=-0.018045;RO=1;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025382;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-4.07479e-05;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:26:18:1:0:26:18:1:0 chr3 56763328 . T C 655.3 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1512;QD=59.5729;RBI=0.0408892;REFB=-0.07078;REVB=-0.0210779;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253725;STB=0.513507;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00237885;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:25:18:1:0:25:18:1:0 chr3 56771251 . A C 713.13 PASS AF=0.503597;AO=70;DP=140;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0298832;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2496;QD=20.5217;RBI=0.0304673;REFB=-0.00688195;REVB=-0.00593717;RO=69;SAF=18;SAR=52;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14509;STB=0.580333;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00770123;OID=.;OPOS=56771251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:69:69:70:70:0.503597:52:18:27:42:52:18:27:42 chr3 57108551 . C A 83.91 PASS AF=0.25;AO=8;DP=37;FAO=9;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.00999912;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.046;QD=9.32281;RBI=0.0190532;REFB=-0.0116234;REVB=-0.0162185;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546785;STB=0.774193;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0315203;OID=.;OPOS=57108551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:37:36:14:21:8:9:0.25:5:3:13:1:5:4:18:3 chr3 57109095 . T C 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0632316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3598;QD=10.1413;RBI=0.0639341;REFB=-0.0111192;REVB=0.00945219;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250332;STB=0.648423;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0224568;OID=.;OPOS=57109095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:6:6:7:18:6:6:7:18 chr3 57132200 . A G 287.94 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0460351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9645;QD=25.0382;RBI=0.063599;REFB=0.0211131;REVB=-0.0438817;RO=19;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793635;STB=0.533872;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0185189;OID=.;OPOS=57132200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:20:26:26:0.565217:11:15:9:10:11:15:10:10 chr3 57136585 . C T 1667.64 PASS AF=0.522436;AO=163;DP=316;FAO=163;FDP=312;FR=.;FRO=149;FSAF=70;FSAR=93;FSRF=66;FSRR=83;FWDB=-0.0132223;FXX=0.0157724;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5152;QD=21.3801;RBI=0.0176756;REFB=0.000409924;REVB=0.0117302;RO=146;SAF=70;SAR=93;SRF=65;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138913;STB=0.506568;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.000250992;OID=.;OPOS=57136585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:312:146:149:163:163:0.522436:93:70:65:81:93:70:66:83 chr3 57139972 . A G 419.36 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.023638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8883;QD=20.21;RBI=0.023638;REFB=-0.00340032;REVB=2.46071e-05;RO=41;SAF=16;SAR=26;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614223;STB=0.533977;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00294958;OID=.;OPOS=57139972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:26:16:13:28:26:16:13:28 chr3 57176505 . A G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00615011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.332;QD=8.30759;RBI=0.0168431;REFB=-0.0114704;REVB=0.0156801;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400023;STB=0.524936;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0328563;OID=.;OPOS=57176505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:6:2:5:13:6:2:5:13 chr3 57323170 . A G 423.42 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0935982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.943;QD=51.3241;RBI=0.0940223;REFB=-0.176814;REVB=0.00892054;RO=3;SAF=9;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132388;STB=0.545424;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00153754;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:33:33:3:2:30:31:0.939394:21:9:3:0:21:10:2:0 chr3 57335876 . C T 2219.76 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0459982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.553;QD=62.5283;RBI=0.0543084;REFB=-0.0789984;REVB=0.0288715;RO=1;SAF=76;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737137;STB=0.503816;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000233733;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:140:141:0.992958:64:76:0:1:65:76:0:1 chr3 57494138 . A C 286.23 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0353921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.879;QD=11.4492;RBI=0.0355696;REFB=-0.00620448;REVB=-0.00354843;RO=66;SAF=14;SAR=20;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322814;STB=0.518686;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0164026;OID=.;OPOS=57494138;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:20:14:29:37:20:14:29:37 chr3 57613454 . G C 145.32 PASS AF=0.5;AO=14;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0292321;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8636;QD=17.0959;RBI=0.109385;REFB=-0.0442374;REVB=-0.105406;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272828;STB=0.587528;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.073388;OID=.;OPOS=57613454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:14:17:0.5:9:5:11:6:9:8:11:6 chr3 57882601 . C T 219.41 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00116598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.385;QD=15.9571;RBI=0.0250698;REFB=-0.00776194;REVB=-0.0250427;RO=30;SAF=20;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311487;STB=0.678413;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00653964;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:5:20:16:14:5:20:16:14 chr3 58081888 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.765;QD=60.6101;RBI=0.068985;REFB=0;REVB=0.0592867;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174327;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr3 58109162 . G A 101.71 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0168086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4677;QD=8.8443;RBI=0.0581334;REFB=-0.00594121;REVB=0.0556504;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117446;STB=0.559908;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0196281;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:33:13:13:0.282609:6:7:14:18:6:7:15:18 chr3 58112440 . A G 774.22 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757353;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1438;QD=56.307;RBI=0.0833866;REFB=0;REVB=0.0348927;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186599;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:35:18:0:0:35:20:0:0 chr3 58112488 . C T 288.27 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.0218;QD=52.4119;RBI=0.0390214;REFB=0;REVB=0.0114139;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281782;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:10:9:0:0:12:10:0:0 chr3 58118555 . G A 1190.42 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.183;QD=61.0474;RBI=0.035758;REFB=0;REVB=0.0314951;RO=0;SAF=24;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131216;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:54:24:0:0:54:24:0:0 chr3 58139231 . C T 271.64 PASS AF=0.418919;AO=29;DP=72;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0186354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.118;QD=14.6833;RBI=0.0257998;REFB=-0.0152725;REVB=0.0178424;RO=42;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127451;STB=0.556486;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0211078;OID=.;OPOS=58139231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:42:43:29:31:0.418919:13:16:18:24:15:16:18:25 chr3 58154327 . C T 255.73 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.000865202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.734;QD=15.7374;RBI=0.0085345;REFB=-0.0131551;REVB=0.00849053;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103491;STB=0.505841;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0153926;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:19:17:14:15:19:17 chr3 58157882 . G A 277.64 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0100357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7875;QD=16.0952;RBI=0.0112734;REFB=-0.00806391;REVB=0.00513553;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453536;STB=0.517035;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00472904;OID=.;OPOS=58157882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:38:31:31:0.449275:17:14:15:22:17:14:16:22 chr3 58179028 . T C 545.12 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3881;QD=58.9319;RBI=0.0482869;REFB=0;REVB=0.0229629;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261648;OID=.;OPOS=58179028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:18:19:0:0 chr3 58191266 . C T 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00912425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.233;QD=57.2345;RBI=0.0108409;REFB=0;REVB=-0.00585439;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00625e-05;OID=.;OPOS=58191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr3 58305033 . A C 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0118513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.526;QD=18.0354;RBI=0.0432022;REFB=-0.0248272;REVB=-0.0415448;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110302;STB=0.550974;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0306248;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:11:11:10:16:11:11:11:16 chr3 58305079 . T C 216.99 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0132787;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.226;QD=13.3534;RBI=0.0229944;REFB=-0.0142655;REVB=0.0187728;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984345;STB=0.546727;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0169138;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:39:26:26:0.4:14:12:14:24:14:12:15:24 chr3 58395891 . C G 197.58 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0443655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1605;QD=18.8175;RBI=0.0446466;REFB=-0.0400835;REVB=-0.00500209;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214713;STB=0.620579;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0339502;OID=.;OPOS=58395891;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:5:17:11:9:5:17 chr3 58409173 . A T 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0138537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.919;QD=22.3981;RBI=0.0447565;REFB=-0.0379935;REVB=0.0425584;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224989;STB=0.625708;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0196116;OID=.;OPOS=58409173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:9:13:6:13:9:13:6:13 chr3 58416538 . T C 711.34 PASS AF=0.980769;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.03;QD=54.7186;RBI=0.0282719;REFB=0.0420933;REVB=0.0137288;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-9.41003e-05;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:52:0:1:47:51:0.980769:18:29:0:0:18:33:0:1 chr3 58484521 . T C 502.05 PASS AF=0.411765;AO=54;DP=135;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=55;FWDB=0.0687296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3488;QD=14.7662;RBI=0.0687976;REFB=-0.0167103;REVB=0.00306;RO=80;SAF=20;SAR=34;SRF=24;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820692;STB=0.539986;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.023312;OID=.;OPOS=58484521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:80:80:54:56:0.411765:34:20:24:56:35:21:25:55 chr3 58512237 . A G 221.09 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0207025;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.976;QD=23.9018;RBI=0.0314509;REFB=-0.0199845;REVB=-0.0236762;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184479;STB=0.510299;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0243141;OID=.;OPOS=58512237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:16:16:21:21:0.567568:11:10:8:8:11:10:8:8 chr3 58520306 . G A,C 799.38 PASS AF=0.0701754,0.929825;AO=3,53;DP=56;FAO=4,53;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457681,-0.0235754;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.5629,52.9731;QD=56.0965;RBI=0.00890479,0.026076;REFB=0,0;REVB=-0.00763859,0.0111426;RO=0;SAF=2,29;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0957071,0.00254077;OID=.,.;OPOS=58520306,58520306;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:56:57:0:0:3,53:4,53:0.0701754,0.929825:1,24:2,29:0:0:2,24:2,29:0:0 chr3 58551247 . TG CA 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0290143;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.728;QD=16.4544;RBI=0.0405054;REFB=-0.0144447;REVB=0.028264;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279564;STB=0.66611;STBP=0.316;TYPE=mnp;VARB=0.00675566;OID=.;OPOS=58551247;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:3:1:4:2:3:1 chr3 58572577 . C G 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00743649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.509;QD=16.8944;RBI=0.0122316;REFB=-0.0212274;REVB=0.00971134;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665208;STB=0.502761;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.025411;OID=.;OPOS=58572577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:14:18:20:16:14:18:21:16 chr3 58572625 . G A 84.82 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0165388;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.522;QD=9.42422;RBI=0.0196521;REFB=-0.00320088;REVB=0.0106147;RO=25;SAF=1;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604485;STB=0.876421;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.01571;OID=.;OPOS=58572625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:37:36:25:25:11:11:0.305556:10:1:14:11:10:1:14:11 chr3 58834824 . A G 539.91 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0484048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4048;QD=56.8328;RBI=0.0544062;REFB=0.108068;REVB=-0.0248398;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.523796;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00639051;OID=.;OPOS=58834824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:10:27:0:0:10:27:0:1 chr3 58834890 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.659;QD=60.3766;RBI=0.0419298;REFB=0;REVB=0.00493354;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00531e-05;OID=.;OPOS=58834890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr3 60519224 . G A 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.146787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6083;QD=19.7017;RBI=0.147449;REFB=-0.0317876;REVB=0.0139655;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825894;STB=0.546708;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0161928;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:6:10:9:8:6:10 chr3 62189189 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.000635939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.291;QD=13.9591;RBI=0.00637118;REFB=-0.0135236;REVB=0.00633936;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125462;STB=0.574264;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00313431;OID=.;OPOS=62189189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:2:5:4:3:2:5 chr3 62229553 . C T 632.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.108;QD=61.6733;RBI=0.0485677;REFB=0;REVB=-0.00349851;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000945558;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr3 62384314 . A G 340.99 PASS AF=1;AO=15;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107116;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.895;QD=54.5588;RBI=0.0389471;REFB=0;REVB=0.0389324;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208623;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:15:25:1:9:6:0:0:15:10:0:0 chr3 62384315 . T G 53.9 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0164216;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=66.8801;QD=8.29265;RBI=0.0275722;REFB=-0.0149257;REVB=0.0221485;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241269;STB=0.651767;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.175679;OID=.;OPOS=62384315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:6:2:8:10:6:2:8:10 chr3 62431415 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.816;QD=53.91;RBI=0.0507074;REFB=0;REVB=-0.0302348;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54551e-05;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr3 62556622 . A G 508.76 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00561624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.917;QD=56.5292;RBI=0.0116357;REFB=0.0220866;REVB=0.0101905;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000231435;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:13:21:1:0:14:21:1:0 chr3 63982082 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00813133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.317;QD=22.7198;RBI=0.0408358;REFB=-0.00989897;REVB=-0.0400181;RO=9;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283077;STB=0.6614;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00493701;OID=.;OPOS=63982082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:11:3:5:4:11:3:5:4 chr3 64009508 . T C 186.15 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0137164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.867;QD=12.41;RBI=0.0137639;REFB=-0.018083;REVB=0.00114306;RO=37;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141468;STB=0.581459;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0281773;OID=.;OPOS=64009508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:13:10:21:16:13:10:21:16 chr3 64133350 . A G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0785903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.651;QD=46.9606;RBI=0.0789684;REFB=-0.0766146;REVB=-0.00771833;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00257336;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:13:7:0:0:13:7:0:1 chr3 64502189 . G A 140.82 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0137908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.129;QD=10.4308;RBI=0.0265464;REFB=-0.028768;REVB=-0.0226831;RO=34;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251017;STB=0.645591;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0446171;OID=.;OPOS=64502189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:34:36:18:18:0.333333:7:11:13:21:7:11:14:22 chr3 64666931 . G A 587.72 PASS AF=0.442857;AO=62;DP=140;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00262992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6004;QD=16.7919;RBI=0.00328596;REFB=-0.0194915;REVB=-0.00197004;RO=69;SAF=21;SAR=41;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167476;STB=0.579973;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.025747;OID=.;OPOS=64666931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:69:78:62:62:0.442857:41:21:35:34:41:21:37:41 chr3 66287056 . G A 566.32 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=133;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0260688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4643;QD=16.905;RBI=0.0297457;REFB=-0.00403401;REVB=-0.0143257;RO=72;SAF=27;SAR=33;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192873;STB=0.509815;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00449605;OID=.;OPOS=66287056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:72:74:60:60:0.447761:33:27:31:41:33:27:32:42 chr3 66354911 . G C 1474.24 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0493408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7305;QD=62.0732;RBI=0.0645186;REFB=-0.139926;REVB=0.0415708;RO=1;SAF=36;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129878;STB=0.506848;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00181536;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:58:36:1:0:58:36:1:0 chr3 66374361 . G C 385.95 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0453759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1363;QD=48.2442;RBI=0.098244;REFB=-0.0409409;REVB=0.0871373;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502511;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00555959;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:32:0:3:29:29:0.90625:20:9:0:0:20:9:1:2 chr3 66396845 . G A 72.59 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.323;QD=36.2932;RBI=0.123924;REFB=0;REVB=0.000823101;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306621;OID=.;OPOS=66396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:4:4:0:0 chr3 66419956 . C T 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.669;QD=57.1734;RBI=0.00172674;REFB=0;REVB=-0.000109792;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41377e-06;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr3 66421794 . AGT AT,ATG,ATGT 460.19 PASS AF=0,0,0.634409;AO=14,26,10;DP=98;FAO=0,0,59;FDP=93;FR=.;FRO=34;FSAF=0,0,9;FSAR=0,0,50;FSRF=29;FSRR=5;FWDB=-0.00885686,0.0118875,-0.00333428;FXX=0.0312467;HRUN=1,1,0;LEN=1,2,1;MLLD=114.266,42.5157,41.5393;QD=19.7932;RBI=0.102578,0.268669,0.156968;REFB=0.00331829,0.0027036,-0.00908661;REVB=-0.102195,-0.268406,0.156932;RO=39;SAF=0,0,9;SAR=14,26,1;SRF=26;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.810716,-0.852173,0.410865;STB=0.5,0.5,0.793209;STBP=1,1,0;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0,-0.00250175,0.0489079;OID=.,.,.;OPOS=66421795,66421795,66421795;OREF=G,GT,-;OALT=-,TG,T;OMAPALT=AT,ATG,ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.634409:14,26,10:98:0,0,59:93:34:0,0,9:0,0,50:29:5:99:39:0,0,9:14,26,1:26:13 chr3 66433676 . A G 1230.91 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0615676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4748;QD=60.0443;RBI=0.0686238;REFB=0.0115427;REVB=-0.0303093;RO=1;SAF=26;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853276;STB=0.504503;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00309712;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:55:26:0:1:55:26:0:1 chr3 66434643 . T C 1517.24 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485423;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.468;QD=63.8837;RBI=0.0242477;REFB=0;REVB=0.0237569;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47351e-05;OID=.;OPOS=66434643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:94:95:1:57:37:0:0:57:38:0:0 chr3 67048761 . GT G,GC,GG 936.0 PASS AF=0.238806,0.761194,0;AO=14,48,3;DP=67;FAO=16,51,0;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=2,32,0;FSAR=14,19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306073,0.013605,0.0197431;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=45.4095,57.0968,29.0766;QD=55.8808;RBI=0.0514259,0.0403745,0.022571;REFB=0,0,0;REVB=0.0413257,0.0380133,-0.0109389;RO=0;SAF=2,30,0;SAR=12,18,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.73384e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00773409,0.00945906,0.0289193;OID=.,.,.;OPOS=67048762,67048762,67048762;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.238806,0.761194,0:14,48,3:67:16,51,0:67:0:2,32,0:14,19,0:0:0:73:0:2,30,0:12,18,3:0:0 chr3 67048764 . G C 66.08 PASS AF=0.227273;AO=17;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.00800548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.6606;QD=4.00472;RBI=0.0592814;REFB=-0.0411479;REVB=-0.0587384;RO=49;SAF=2;SAR=15;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.637665;STB=0.936441;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.133802;OID=.;OPOS=67048764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:66:66:49:51:17:15:0.227273:15:2:32:17:14:1:33:18 chr3 67048766 . GGCCCCA GCCCA,GGCCCA,GGCCCAG 194.7 PASS AF=0.259259,0.314815,0;AO=11,15,2;DP=55;FAO=14,17,0;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=5,15,0;FSAR=9,2,0;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0153969,0.0122578,-0.0944103;FXX=0.0181785;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,2;MLLD=17.7677,12.2252,61.1529;QD=14.4218;RBI=0.189699,0.0277653,0.103301;REFB=-0.122159,-0.144552,-0.0214298;REVB=-0.189073,-0.024913,-0.0419257;RO=24;SAF=4,11,2;SAR=7,4,0;SRF=5;SRR=19;SSEN=0.445946,0,0;SSEP=0,0.441379,0;SSSB=0.20626,0.517302,0.655236;STB=0.59987,0.881903,0.5;STBP=0.397,0.001,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.129616,0.112057,0;OID=.,.,.;OPOS=67048767,67048768,67048771;OREF=GC,C,CA;OALT=-,-,AG;OMAPALT=GCCCA,GGCCCA,GGCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.259259,0.314815,0:11,15,2:55:14,17,0:54:23:5,15,0:9,2,0:5:18:69:24:4,11,2:7,4,0:5:19 chr3 67059001 . TAAC T 66.2 PASS AF=0.304348;AO=12;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00218062;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=255.984;QD=5.75636;RBI=0.0190493;REFB=0.00277364;REVB=-0.0189241;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114783;STB=0.608548;STBP=0.324;TYPE=del;VARB=-0.00701299;OID=.;OPOS=67059002;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:12:46:14:46:32:7:7:11:21:66:25:5:7:8:17 chr3 67411166 . A G 243.11 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00493557;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.668;QD=18.348;RBI=0.00740276;REFB=0.00311283;REVB=0.00551734;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518425;STB=0.546688;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00320755;OID=.;OPOS=67411166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:26:25:27:0.509434:13:12:11:15:13:14:11:15 chr3 67426281 . T C 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0169293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.229;QD=22.1886;RBI=0.0206464;REFB=-0.0238164;REVB=-0.0118182;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503607;STB=0.528274;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0198491;OID=.;OPOS=67426281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:14:7:7:11:14:7:7:11 chr3 69024687 . C CT,CTT 114.39 PASS AF=0.0465116,0.44186;AO=6,12;DP=46;FAO=2,19;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=2,10;FSAR=0,9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0179227,0.00975644;FXX=0.0227221;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=11.6987,18.2626;QD=10.6406;RBI=0.168788,0.0893421;REFB=-0.0464035,-0.0246561;REVB=0.167834,0.0888078;RO=25;SAF=3,8;SAR=3,4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0710764,0.126958;STB=0.994628,0.514124;STBP=0.177,0.821;TYPE=ins,ins;VARB=-0.117236,0.0270555;OID=.,.;OPOS=69024688,69024688;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0465116,0.44186:6,12:46:2,19:43:22:2,10:0,9:11:11:90:25:3,8:3,4:14:11 chr3 69036678 . G C 181.98 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0693414;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4046;QD=16.176;RBI=0.0735279;REFB=0.00611219;REVB=0.0244565;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777901;STB=0.54605;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0106671;OID=.;OPOS=69036678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:26:19:19:0.422222:11:8:12:12:11:8:13:13 chr3 69054341 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.926;QD=52.6132;RBI=0.110736;REFB=0;REVB=0.0331199;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644925;OID=.;OPOS=69054341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr3 69096614 . G A 782.51 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7871;QD=55.8939;RBI=0.0123386;REFB=0;REVB=-0.00733675;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860671;OID=.;OPOS=69096614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chr3 69220042 . G A 202.5 PASS AF=0.413793;AO=25;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00126003;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.313;QD=13.9654;RBI=0.00413745;REFB=0.00366827;REVB=-0.00394091;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105494;STB=0.55869;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00369966;OID=.;OPOS=69220042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:34:25:24:0.413793:11:14:15:18:11:13:15:19 chr3 69230801 . G A 219.91 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00145788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.397;QD=24.4343;RBI=0.0715872;REFB=-0.0177167;REVB=0.0715723;RO=15;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289103;STB=0.516114;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00912894;OID=.;OPOS=69230801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:9:12:8:7:9:12:8:7 chr3 69245454 . T C 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.447;QD=57.099;RBI=0.0108294;REFB=0;REVB=-0.00870861;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92297e-06;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr3 69246152 . A G 165.54 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0754451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0684;QD=14.3948;RBI=0.0812377;REFB=0.0196499;REVB=-0.0301264;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961317;STB=0.54343;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0284661;OID=.;OPOS=69246152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:9:9:16:11:9:9:16:12 chr3 71823582 . C T 350.81 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00726245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.13;QD=15.4201;RBI=0.00736103;REFB=-0.0167172;REVB=0.00120069;RO=53;SAF=16;SAR=22;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149205;STB=0.584251;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0169837;OID=.;OPOS=71823582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:22:16:30:23:22:16:30:23 chr3 72426901 . A G 4144.0 PASS AF=1;AO=265;DP=270;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914153;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4474;QD=61.6208;RBI=0.110579;REFB=-0.14399;REVB=0.0622173;RO=4;SAF=149;SAR=116;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158208;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:270:269:4:0:265:269:1:116:149:4:0:117:152:0:0 chr3 72495777 . C G 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0641844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7265;QD=59.8299;RBI=0.0671875;REFB=0;REVB=0.0198624;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000755134;OID=.;OPOS=72495777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr3 72495945 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.136;QD=52.6132;RBI=0.0777777;REFB=0;REVB=0.0120734;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305433;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr3 73024350 . C A 415.07 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0312606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4929;QD=16.1194;RBI=0.0700436;REFB=-0.016396;REVB=-0.0626808;RO=57;SAF=23;SAR=23;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260211;STB=0.514557;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0185268;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:23:23:27:30:23:23:27:30 chr3 73111368 . T C 904.92 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0326867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.885;QD=56.5577;RBI=0.0747975;REFB=-0.168251;REVB=-0.0672773;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00316278;OID=.;OPOS=73111368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:28:35:0:0:28:35:0:1 chr3 73111480 . AC ACA,CA 194.43 PASS AF=0.365385,0.0961538;AO=18,5;DP=53;FAO=19,5;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10,3;FSAR=9,2;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0085303,-0.0402929;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=23.1929,30.4341;QD=14.956;RBI=0.0142437,0.062696;REFB=0.0105672,0.00340357;REVB=-0.0114069,0.048034;RO=30;SAF=9,3;SAR=9,2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0715736,0.191887;STB=0.578983,0.669942;STBP=0.387,0.494;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.0141903,0.0256972;OID=.,.;OPOS=73111482,73111480;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:28:18,5:19,5:0.365385,0.0961538:9,2:9,3:13:17:9,2:10,3:11:17 chr3 73111809 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.734;QD=40.7628;RBI=0.0024846;REFB=0;REVB=-0.00166557;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37839e-05;OID=.;OPOS=73111809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr3 73111973 . A G 635.8 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101078;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.527;QD=62.0295;RBI=0.0214881;REFB=0;REVB=0.0189623;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59545e-05;OID=.;OPOS=73111973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr3 73111998 . C T 595.11 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.047;QD=61.0373;RBI=0.0176706;REFB=0;REVB=0.0127466;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122903;OID=.;OPOS=73111998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr3 73112378 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.444;QD=57.2374;RBI=0.0416577;REFB=0;REVB=0.011255;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91252e-05;OID=.;OPOS=73112378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr3 73114003 . T C 238.46 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0562155;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8495;QD=13.8235;RBI=0.056216;REFB=0.00543458;REVB=0.0002416;RO=40;SAF=18;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15229;STB=0.580586;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00805252;OID=.;OPOS=73114003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:10:18:20:20:10:18:21:20 chr3 73290979 . G T 385.25 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0320489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.704;QD=23.3484;RBI=0.0379227;REFB=-0.0321339;REVB=0.0202731;RO=28;SAF=15;SAR=23;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832282;STB=0.545802;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0161999;OID=.;OPOS=73290979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:23:15:14:14:23:15:14:14 chr3 74413676 . T C 519.63 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.609;QD=59.3857;RBI=0.050617;REFB=0;REVB=0.0372886;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445664;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:21:14:0:0 chr3 75232044 . C T 474.35 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0424431;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.07;QD=51.2814;RBI=0.0451465;REFB=0.0110996;REVB=0.0153879;RO=3;SAF=19;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165699;STB=0.50888;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.000318964;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:15:19:2:1:15:19:2:1 chr3 75475670 . A C 50.92 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00381706;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.255;QD=14.548;RBI=0.00796295;REFB=0.0144053;REVB=-0.00698847;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437863;STB=0.732842;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0101986;OID=.;OPOS=75475670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:14:8:7:7:7:0.5:4:3:0:8:4:3:0:7 chr3 75679937 . G A 59.39 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0274616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.633;QD=4.09601;RBI=0.0431898;REFB=-0.00195518;REVB=-0.0333349;RO=47;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920545;STB=0.551622;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00978159;OID=.;OPOS=75679937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:47:48:10:10:0.172414:5:5:27:20:5:5:27:21 chr3 75679944 . C T 48.59 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00993278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.543;QD=3.13453;RBI=0.0181139;REFB=-0.00598682;REVB=-0.0151477;RO=53;SAF=3;SAR=6;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279747;STB=0.694315;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0342663;OID=.;OPOS=75679944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:6:3:30:23:6:3:30:23 chr3 75679945 . C G 63.3 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0130703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.848;QD=4.01897;RBI=0.0183041;REFB=-0.00231654;REVB=0.0128143;RO=51;SAF=6;SAR=5;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199651;STB=0.5217;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0205784;OID=.;OPOS=75679945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:63:51:52:11:11:0.174603:5:6:27:24:5:6:27:25 chr3 75679965 . C T 57.7 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0354292;FXX=0.0399947;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5683;QD=3.20532;RBI=0.0365323;REFB=-0.0104061;REVB=0.00890966;RO=61;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146782;STB=0.599822;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0562084;OID=.;OPOS=75679965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:75:72:61:61:11:11:0.152778:5:6:26:35:5:6:26:35 chr3 75679973 . A G 76.73 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0043786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.554;QD=3.69764;RBI=0.0118652;REFB=-0.00601721;REVB=-0.0110278;RO=65;SAF=6;SAR=8;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223621;STB=0.507032;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0373704;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:82:83:65:69:14:14:0.168675:8:6:29:36:8:6:29:40 chr3 75680006 . T C 64.28 PASS AF=0.139785;AO=13;DP=93;FAO=13;FDP=93;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=0.0128681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.191;QD=2.76452;RBI=0.0137775;REFB=-0.0066231;REVB=-0.00492267;RO=79;SAF=6;SAR=7;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137497;STB=0.59783;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0374498;OID=.;OPOS=75680006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:93:93:79:80:13:13:0.139785:7:6:28:51:7:6:28:52 chr3 75680010 . TG CA,CG 108.49 PASS AF=0.10989,0.0989011;AO=10,9;DP=94;FAO=10,9;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=1,4;FSAR=9,5;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0377145,-0.0205939;FXX=0.0319115;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=109.97,66.3853;QD=4.76866;RBI=0.0382154,0.0208268;REFB=-0.00109345,0.00301973;REVB=-0.00616728,0.00310623;RO=72;SAF=1,4;SAR=9,5;SRF=28;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.429719,0.067945;STB=0.83042,0.550452;STBP=0.041,0.797;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00532879,-0.00479269;OID=.,.;OPOS=75680010,75680010;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:94:91:72:72:10,9:10,9:0.10989,0.0989011:9,5:1,4:28:44:9,5:1,4:28:44 chr3 75713564 . T C 299.22 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00929432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.696;QD=13.7572;RBI=0.0118517;REFB=-0.0110057;REVB=-0.00735385;RO=49;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229525;STB=0.63107;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0160129;OID=.;OPOS=75713564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:53:34:34:0.390805:12:22:21:28:12:22:23:30 chr3 75714298 . A G 598.89 PASS AF=0.466165;AO=61;DP=132;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00546297;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.222;QD=18.0118;RBI=0.0223405;REFB=-0.0124077;REVB=0.0216623;RO=70;SAF=43;SAR=18;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22621;STB=0.622021;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0110658;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:70:71:61:62:0.466165:18:43:34:36:19:43:34:37 chr3 75714311 . G A 242.67 PASS AF=0.24026;AO=38;DP=154;FAO=37;FDP=154;FR=.;FRO=117;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=67;FSRR=50;FWDB=-0.0181596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.42;QD=6.30298;RBI=0.0181662;REFB=2.24235e-05;REVB=0.00048775;RO=116;SAF=31;SAR=7;SRF=67;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352452;STB=0.746837;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000178258;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:116:117:38:37:0.24026:7:31:67:49:6:31:67:50 chr3 75714337 . T G 1012.61 PASS AF=0.579268;AO=95;DP=163;FAO=95;FDP=164;FR=.;FRO=69;FSAF=69;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00897972;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.18;QD=24.6978;RBI=0.0218076;REFB=-0.0179149;REVB=0.019873;RO=68;SAF=69;SAR=26;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207904;STB=0.61729;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0113161;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:68:69:95:95:0.579268:26:69:33:35:26:69:33:36 chr3 75714345 . G T 185.59 PASS AF=0.19186;AO=33;DP=172;FAO=33;FDP=172;FR=.;FRO=139;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=85;FSRR=54;FWDB=-0.0134385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.941;QD=4.31609;RBI=0.0156111;REFB=-0.00679976;REVB=-0.00794435;RO=137;SAF=18;SAR=15;SRF=83;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789568;STB=0.554327;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0225577;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:137:139:33:33:0.19186:15:18:83:54:15:18:85:54 chr3 75714702 . A G 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0181262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.128;QD=21.1199;RBI=0.0423817;REFB=-0.0198281;REVB=0.0383098;RO=32;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301268;STB=0.501666;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0209577;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:14:23:20:12:14:23:20:12 chr3 75714709 . G T 52.34 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00210318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.62;QD=3.03447;RBI=0.0022163;REFB=-0.00158971;REVB=-0.000699011;RO=56;SAF=8;SAR=2;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313807;STB=0.719518;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0119525;OID=.;OPOS=75714709;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:69:56:59:10:10:0.144928:2:8:32:24:2:8:34:25 chr3 75714819 . G A 69.51 PASS AF=0.108434;AO=18;DP=165;FAO=18;FDP=166;FR=.;FRO=148;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=89;FSRR=59;FWDB=-0.0234286;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.101;QD=1.67492;RBI=0.0496447;REFB=-0.00151064;REVB=-0.0437687;RO=147;SAF=12;SAR=6;SRF=88;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884384;STB=0.562699;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0114009;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:165:166:147:148:18:18:0.108434:6:12:88:59:6:12:89:59 chr3 75714825 . G A 284.25 PASS AF=0.257143;AO=39;DP=158;FAO=45;FDP=175;FR=.;FRO=130;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=81;FSRR=49;FWDB=-0.00523438;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.688;QD=6.4971;RBI=0.0237191;REFB=-0.0152933;REVB=-0.0231344;RO=119;SAF=18;SAR=21;SRF=73;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188789;STB=0.599249;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0603907;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:175:119:130:39:45:0.257143:21:18:73:46:23:22:81:49 chr3 75714831 . G A 110.72 PASS AF=0.132275;AO=25;DP=185;FAO=25;FDP=189;FR=.;FRO=164;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=95;FSRR=69;FWDB=-0.0261492;FXX=0.0104707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.376;QD=2.34322;RBI=0.0266662;REFB=-0.00549873;REVB=0.00522515;RO=159;SAF=15;SAR=10;SRF=90;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440762;STB=0.518585;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0474171;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:189:159:164:25:25:0.132275:10:15:90:69:10:15:95:69 chr3 75714835 . C T 139.76 PASS AF=0.147208;AO=29;DP=197;FAO=29;FDP=197;FR=.;FRO=168;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=94;FSRR=74;FWDB=-0.00420381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.878;QD=2.8378;RBI=0.014105;REFB=-0.00708265;REVB=-0.013464;RO=168;SAF=16;SAR=13;SRF=94;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100754;STB=0.506728;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0399232;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:168:168:29:29:0.147208:13:16:94:74:13:16:94:74 chr3 75714840 . A G 641.71 PASS AF=0.378109;AO=77;DP=201;FAO=76;FDP=201;FR=.;FRO=125;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=72;FSRR=53;FWDB=0.0160176;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2411;QD=12.7704;RBI=0.0160471;REFB=-0.00290438;REVB=-0.000972532;RO=124;SAF=36;SAR=41;SRF=73;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131861;STB=0.563364;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00520062;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:124:125:77:76:0.378109:41:36:73:51:40:36:72:53 chr3 75714843 . T A 273.19 PASS AF=0.216346;AO=45;DP=203;FAO=45;FDP=208;FR=.;FRO=163;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=91;FSRR=72;FWDB=-0.0190017;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9692;QD=5.25374;RBI=0.0399773;REFB=-0.000733436;REVB=-0.0351727;RO=154;SAF=21;SAR=24;SRF=84;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997714;STB=0.571397;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00129622;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:208:154:163:45:45:0.216346:24:21:84:70:24:21:91:72 chr3 75714853 . G A 308.68 PASS AF=0.206349;AO=52;DP=251;FAO=52;FDP=252;FR=.;FRO=200;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=110;FSRR=90;FWDB=-0.00758812;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1785;QD=4.89966;RBI=0.00794154;REFB=-0.0118976;REVB=-0.00234273;RO=195;SAF=23;SAR=29;SRF=106;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129346;STB=0.584893;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0541247;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:252:195:200:52:52:0.206349:29:23:106:89:29:23:110:90 chr3 75714898 . G A 674.39 PASS AF=0.318841;AO=87;DP=268;FAO=88;FDP=276;FR=.;FRO=188;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=104;FSRR=84;FWDB=-0.0328665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9242;QD=9.77381;RBI=0.0564828;REFB=-0.0285876;REVB=0.0459358;RO=181;SAF=43;SAR=44;SRF=98;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554369;STB=0.543897;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0625128;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:276:181:188:87:88:0.318841:44:43:98:83:45:43:104:84 chr3 75714917 . G A 254.4 PASS AF=0.184;AO=43;DP=251;FAO=46;FDP=250;FR=.,HEALED;FRO=204;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=112;FSRR=92;FWDB=-0.0224308;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.293;QD=4.07045;RBI=0.0229841;REFB=-0.00526663;REVB=-0.00501267;RO=141;SAF=20;SAR=23;SRF=101;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31704;STB=0.557534;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0278061;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:250:141:204:43:46:0.184:23:20:101:40:24:22:112:92 chr3 75714929 . G A 206.87 PASS AF=0.165323;AO=41;DP=248;FAO=41;FDP=248;FR=.;FRO=207;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=110;FSRR=97;FWDB=-0.0626156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.9443;QD=3.3366;RBI=0.0626187;REFB=-0.0191593;REVB=-0.000622714;RO=206;SAF=17;SAR=24;SRF=109;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147223;STB=0.597015;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0399776;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:206:207:41:41:0.165323:24:17:109:97:24:17:110:97 chr3 75714935 . C A 58.48 PASS AF=0.0833333;AO=20;DP=240;FAO=20;FDP=240;FR=.;FRO=220;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=110;FSRR=110;FWDB=-0.032247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.023;QD=0.974715;RBI=0.0326746;REFB=-0.003192;REVB=-0.00526884;RO=217;SAF=7;SAR=13;SRF=110;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182352;STB=0.6384;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0240987;OID=.;OPOS=75714935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:240:240:217:220:20:20:0.0833333:13:7:110:107:13:7:110:110 chr3 75714937 . G A 58.86 PASS AF=0.083682;AO=20;DP=241;FAO=20;FDP=239;FR=.;FRO=219;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=108;FSRR=111;FWDB=-0.0316484;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.469;QD=0.985164;RBI=0.0346626;REFB=-0.00488477;REVB=-0.0141377;RO=220;SAF=7;SAR=13;SRF=108;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164235;STB=0.632537;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0325627;OID=.;OPOS=75714937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:241:239:220:219:20:20:0.083682:13:7:108:112:13:7:108:111 chr3 75714950 . C A 144.48 PASS AF=0.140969;AO=32;DP=226;FAO=32;FDP=227;FR=.;FRO=195;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=93;FSRR=102;FWDB=-0.0227008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.726;QD=2.54596;RBI=0.0258475;REFB=-0.00432559;REVB=-0.01236;RO=190;SAF=14;SAR=18;SRF=88;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330569;STB=0.534088;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0274503;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:227:190:195:32:32:0.140969:18:14:88:102:18:14:93:102 chr3 75714971 . C A 271.52 PASS AF=0.226316;AO=43;DP=190;FAO=43;FDP=190;FR=.;FRO=147;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=63;FSRR=84;FWDB=0.0170617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8636;QD=5.71624;RBI=0.0213188;REFB=-0.0125417;REVB=-0.0127824;RO=146;SAF=22;SAR=21;SRF=62;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110254;STB=0.564073;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0483089;OID=.;OPOS=75714971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:146:147:43:43:0.226316:21:22:62:84:21:22:63:84 chr3 75714976 . C T 586.94 PASS AF=0.379121;AO=67;DP=180;FAO=69;FDP=182;FR=.;FRO=113;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=0.0521071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.542;QD=12.8998;RBI=0.0522398;REFB=-0.0171658;REVB=0.00372143;RO=112;SAF=31;SAR=36;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180789;STB=0.501287;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0268394;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:112:113:67:69:0.379121:36:31:50:62:38:31:51:62 chr3 75714980 . C A 83.96 PASS AF=0.121951;AO=20;DP=164;FAO=20;FDP=164;FR=.;FRO=144;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=68;FSRR=76;FWDB=0.0103707;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8874;QD=2.04781;RBI=0.0196862;REFB=-0.00494269;REVB=0.016733;RO=140;SAF=8;SAR=12;SRF=65;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812921;STB=0.564292;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0117227;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:164:164:140:144:20:20:0.121951:12:8:65:75:12:8:68:76 chr3 75715118 . G A 89.48 PASS AF=0.21875;AO=15;DP=65;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0151756;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.12;QD=5.59242;RBI=0.015542;REFB=-0.0168037;REVB=0.00335474;RO=47;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186163;STB=0.586544;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0637019;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:65:64:47:50:15:14:0.21875:6:9:21:26:6:8:23:27 chr3 75715124 . C T 86.53 PASS AF=0.215385;AO=15;DP=63;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0193633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4282;QD=5.32509;RBI=0.0471653;REFB=-0.0150821;REVB=0.0430074;RO=48;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173034;STB=0.578835;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0507858;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:63:65:48:51:15:14:0.215385:6:9:22:26:6:8:24:27 chr3 75715173 . CT TG 92.27 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=95;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.00157432;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.422;QD=3.88513;RBI=0.0269996;REFB=-0.0128456;REVB=-0.0269536;RO=78;SAF=9;SAR=7;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206077;STB=0.638544;STBP=0.234;TYPE=mnp;VARB=0.0527554;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:95:95:78:79:16:16:0.168421:7:9:31:47:7:9:31:48 chr3 75715181 . G A 116.94 PASS AF=0.195876;AO=19;DP=97;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.0138247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.243;QD=4.82211;RBI=0.0291418;REFB=-0.0203023;REVB=-0.0256539;RO=78;SAF=10;SAR=9;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194981;STB=0.622863;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0690162;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:78:78:19:19:0.195876:9:10:29:49:9:10:29:49 chr3 75779719 . T C 31.8 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0263391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.789;QD=2.49374;RBI=0.0340636;REFB=-0.00260768;REVB=0.0216005;RO=42;SAF=4;SAR=2;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032013;STB=0.522315;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0304834;OID=.;OPOS=75779719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:42:45:6:6:0.117647:2:4:29:13:2:4:31:14 chr3 75779724 . T C 176.56 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0429922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.033;QD=14.1244;RBI=0.0704546;REFB=-0.0271327;REVB=0.0558169;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535825;STB=0.531002;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0525979;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:7:12:21:10:7:12:21:10 chr3 75779727 . A G 168.59 PASS AF=0.38;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0588298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.1506;QD=13.4872;RBI=0.0879287;REFB=-0.0285177;REVB=-0.0653492;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403918;STB=0.531002;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0428733;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:31:19:19:0.38:7:12:20:10:7:12:21:10 chr3 75779742 . G A 38.09 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00845792;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.862;QD=2.77042;RBI=0.0330202;REFB=-0.000500063;REVB=-0.0319186;RO=47;SAF=5;SAR=2;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749692;STB=0.568657;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0110819;OID=.;OPOS=75779742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:55:55:47:48:7:7:0.127273:2:5:31:16:2:5:31:17 chr3 75779762 . G T 49.78 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0663267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3233;QD=3.31877;RBI=0.0667683;REFB=-0.0192482;REVB=0.00766606;RO=51;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125719;STB=0.588034;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.130691;OID=.;OPOS=75779762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:3:6:29:22:3:6:29:22 chr3 75779769 . C G 170.28 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0151314;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.93;QD=12.1632;RBI=0.0252223;REFB=-0.0304083;REVB=-0.0201793;RO=33;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136176;STB=0.56404;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0388149;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:35:21:21:0.375:7:14:18:15:7:14:20:15 chr3 75779777 . TA T 81.94 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0119901;FXX=0.109071;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.6469;QD=6.68929;RBI=0.109192;REFB=0.00109589;REVB=0.108532;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=0.0922815;STB=0.558756;STBP=0.551;TYPE=del;VARB=0.0168029;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367347:18:55:18:49:31:12:6:18:13:81:29:12:6:17:12 chr3 75781222 . C T 94.02 PASS AF=0.227273;AO=14;DP=65;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0356493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7166;QD=5.69808;RBI=0.091448;REFB=-0.000760786;REVB=0.0842132;RO=51;SAF=11;SAR=3;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404364;STB=0.708654;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00781369;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:65:66:51:51:14:15:0.227273:3:11:24:27:4:11:24:27 chr3 75781257 . T G 50.32 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0127179;FXX=0.0781128;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.426;QD=3.41165;RBI=0.0351371;REFB=0.00156981;REVB=0.0327547;RO=50;SAF=6;SAR=3;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273825;STB=0.688478;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0060083;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:64:59:50:50:9:9:0.152542:3:6:22:28:3:6:22:28 chr3 75781263 . T C 81.21 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0793615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7961;QD=5.32505;RBI=0.0854335;REFB=0.00692492;REVB=0.0316326;RO=48;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335425;STB=0.712551;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.029267;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:4:9:20:28:4:9:20:28 chr3 75781272 . C A 31.13 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00334198;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4971;QD=2.26369;RBI=0.0371345;REFB=0.000117959;REVB=-0.0369839;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121532;STB=0.581553;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00442467;OID=.;OPOS=75781272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:55:55:48:49:6:6:0.109091:3:3:19:29:3:3:20:29 chr3 75786031 . A C 192.44 PASS AF=0.234375;AO=30;DP=127;FAO=30;FDP=128;FR=.;FRO=98;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.00959686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.709;QD=6.01383;RBI=0.0324299;REFB=-0.00782997;REVB=-0.0309774;RO=96;SAF=13;SAR=17;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135081;STB=0.574275;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0294166;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:96:98:30:30:0.234375:17:13:52:44:17:13:52:46 chr3 75786036 . A C 126.17 PASS AF=0.186441;AO=22;DP=119;FAO=22;FDP=118;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0141603;FXX=0.0852647;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.535;QD=4.27701;RBI=0.0301082;REFB=-0.00663577;REVB=-0.0265705;RO=80;SAF=11;SAR=11;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015717;STB=0.533868;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0646122;OID=.;OPOS=75786036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:80:96:22:22:0.186441:11:11:39:41:11:11:44:52 chr3 75786042 . G A 357.03 PASS AF=0.340426;AO=44;DP=137;FAO=48;FDP=141;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.00103335;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.133;QD=10.1286;RBI=0.00235939;REFB=-0.0154042;REVB=0.00212106;RO=93;SAF=26;SAR=18;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187155;STB=0.579843;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0341959;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:141:93:93:44:48:0.340426:18:26:40:53:21:27:41:52 chr3 75786059 . CA TA,TG 482.7 PASS AF=0.130435,0.217391;AO=24,40;DP=185;FAO=24,40;FDP=184;FR=.;FRO=120;FSAF=10,25;FSAR=14,15;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=-0.0246684,-0.0132902;FXX=0.00540511;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=114.353,193.233;QD=10.4935;RBI=0.0247124,0.0282414;REFB=-0.00766256,-0.0108938;REVB=0.00147391,-0.0249188;RO=111;SAF=9,25;SAR=15,15;SRF=56;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.166377,0.151054;STB=0.542218,0.619063;STBP=0.614,0.089;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00945322,0.030821;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:185:184:111:120:24,40:24,40:0.130435,0.217391:15,15:9,25:56:55:14,15:10,25:56:64 chr3 75786071 . C A 112.66 PASS AF=0.125581;AO=27;DP=216;FAO=27;FDP=215;FR=.;FRO=188;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=90;FSRR=98;FWDB=-0.00551393;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.239;QD=2.09595;RBI=0.0146374;REFB=-0.00278106;REVB=-0.0135591;RO=185;SAF=11;SAR=16;SRF=89;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934778;STB=0.563019;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0245424;OID=.;OPOS=75786071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:185:188:27:27:0.125581:16:11:89:96:16:11:90:98 chr3 75786073 . C G 525.72 PASS AF=0.317972;AO=68;DP=215;FAO=69;FDP=217;FR=.;FRO=148;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=79;FSRR=69;FWDB=0.0207063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1422;QD=9.69073;RBI=0.0432074;REFB=0.00473316;REVB=-0.0379226;RO=146;SAF=23;SAR=45;SRF=78;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235338;STB=0.639457;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0133624;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:217:146:148:68:69:0.317972:45:23:78:68:46:23:79:69 chr3 75786079 . CG CA,TA 670.68 PASS AF=0.284153,0.147541;AO=51,30;DP=223;FAO=52,27;FDP=183;FR=.;FRO=104;FSAF=31,14;FSAR=21,13;FSRF=41;FSRR=63;FWDB=-0.00289316,-0.0150153;FXX=0.179364;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=130.077,118.742;QD=14.6596;RBI=0.0122088,0.0157134;REFB=-0.0122878,-0.0072802;REVB=0.0118611,-0.00463159;RO=104;SAF=31,14;SAR=20,16;SRF=41;SRR=63;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.245277,0.0928559;STB=0.632603,0.598019;STBP=0.022,0.295;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00680628,0.0350246;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:183:104:104:51,30:52,27:0.284153,0.147541:20,16:31,14:41:63:21,13:31,14:41:63 chr3 75786132 . T C 239.84 PASS AF=0.191304;AO=42;DP=229;FAO=44;FDP=230;FR=.;FRO=186;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=70;FSRR=116;FWDB=-0.00920676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.439;QD=4.1712;RBI=0.0101513;REFB=-0.00491365;REVB=-0.00427608;RO=180;SAF=17;SAR=25;SRF=65;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593695;STB=0.546268;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0209244;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:180:186:42:44:0.191304:25:17:65:115:25:19:70:116 chr3 75786163 . C T 301.38 PASS AF=0.25;AO=45;DP=179;FAO=45;FDP=180;FR=.;FRO=135;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=89;FWDB=-0.00775317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.168;QD=6.6973;RBI=0.0159293;REFB=-0.00412501;REVB=-0.0139152;RO=133;SAF=20;SAR=25;SRF=46;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127431;STB=0.580119;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0176576;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:133:135:45:45:0.25:25:20:46:87:25:20:46:89 chr3 75786175 . C A 257.85 PASS AF=0.25;AO=39;DP=162;FAO=40;FDP=160;FR=.;FRO=120;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=73;FWDB=0.036916;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7531;QD=6.44616;RBI=0.0377595;REFB=-0.00976086;REVB=0.00793651;RO=120;SAF=13;SAR=26;SRF=47;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791751;STB=0.554766;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0190737;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:120:120:39:40:0.25:26:13:47:73:27:13:47:73 chr3 75786202 . TG CA 165.4 PASS AF=0.214286;AO=27;DP=126;FAO=27;FDP=126;FR=.;FRO=99;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=-0.00115977;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=2;MLLD=289.098;QD=5.25062;RBI=0.00754003;REFB=-0.00825045;REVB=0.0074503;RO=96;SAF=9;SAR=18;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714321;STB=0.54332;STBP=0.636;TYPE=mnp;VARB=0.0256895;OID=.;OPOS=75786202;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:96:99:27:27:0.214286:18:9:37:59:18:9:38:61 chr3 75786211 . A G 169.45 PASS AF=0.228814;AO=27;DP=118;FAO=27;FDP=118;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=57;FWDB=0.0169914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.071;QD=5.74395;RBI=0.0287974;REFB=-0.00901239;REVB=-0.0232504;RO=90;SAF=11;SAR=16;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388849;STB=0.527229;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0380054;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:90:91:27:27:0.228814:16:11:34:56:16:11:34:57 chr3 75786221 . G A 124.41 PASS AF=0.198113;AO=19;DP=105;FAO=21;FDP=106;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.00246931;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.424;QD=4.69456;RBI=0.00726468;REFB=0.00100044;REVB=0.00683214;RO=84;SAF=8;SAR=11;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212537;STB=0.533302;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00399896;OID=.;OPOS=75786221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:84:85:19:21:0.198113:11:8:34:50:12:9:33:52 chr3 75786225 . G A 158.25 PASS AF=0.27;AO=19;DP=94;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0146379;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2828;QD=6.32981;RBI=0.0150775;REFB=-0.0106933;REVB=0.00361411;RO=66;SAF=4;SAR=15;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321868;STB=0.571374;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.121237;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:100:66:73:19:27:0.27:15:4:29:37:18:9:31:42 chr3 75786243 . C T 74.63 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0140047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.619;QD=4.26473;RBI=0.0320269;REFB=0.00169531;REVB=-0.0288026;RO=55;SAF=7;SAR=6;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816902;STB=0.566638;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0141306;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:55:57:13:13:0.185714:6:7:26:29:6:7:26:31 chr3 75786244 . A T 32.62 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0590855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.634;QD=1.97716;RBI=0.067489;REFB=-0.00411624;REVB=-0.0326139;RO=59;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05366;STB=0.541366;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0222282;OID=.;OPOS=75786244;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:4:3:28:31:4:3:28:31 chr3 75786245 . T A 77.17 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00707253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.566;QD=4.67699;RBI=0.0108492;REFB=-0.00104426;REVB=-0.00822706;RO=53;SAF=7;SAR=6;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828192;STB=0.553406;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00415993;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:53:53:13:13:0.19697:6:7:25:28:6:7:25:28 chr3 75786251 . GG AT,GT 140.6 PASS AF=0.163636,0.181818;AO=8,11;DP=57;FAO=9,10;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=4,6;FSAR=5,4;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00957428,-0.00919965;FXX=0.0350816;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=191.692,201.884;QD=10.2256;RBI=0.0129432,0.0137381;REFB=-0.00134129,-0.00368345;REVB=-0.00870973,-0.010203;RO=36;SAF=3,7;SAR=5,4;SRF=16;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0868363,0.231093;STB=0.5,0.620451;STBP=1,0.416;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0106734,-0.00517349;OID=.,.;OPOS=75786251,75786252;OREF=GG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:57:55:36:36:8,11:9,10:0.163636,0.181818:5,4:3,7:16:20:5,4:4,6:16:20 chr3 75786256 . T A 55.05 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0171543;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.299;QD=4.07768;RBI=0.0207536;REFB=0.000511721;REVB=-0.0116807;RO=45;SAF=6;SAR=3;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244816;STB=0.666297;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00238044;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:45:45:9:9:0.166667:3:6:21:24:3:6:21:24 chr3 75786261 . C T 89.92 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00896972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.152;QD=7.49356;RBI=0.0100905;REFB=-0.0112996;REVB=0.00462196;RO=36;SAF=3;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426986;STB=0.764874;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0111491;OID=.;OPOS=75786261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:9:3:22:14:9:3:22:14 chr3 75786278 . A C 72.72 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00260839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.732;QD=8.81444;RBI=0.0175617;REFB=-0.0120132;REVB=-0.0173669;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186603;STB=0.614231;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0305429;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:10:13:4:6:10:13 chr3 75786355 . T A 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.00223872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.246;QD=4.50887;RBI=0.00990837;REFB=-0.00732819;REVB=0.00965215;RO=42;SAF=5;SAR=4;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242113;STB=0.65723;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0278298;OID=.;OPOS=75786355;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:4:5:31:11:4:5:31:11 chr3 75786379 . T C 52.37 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.00198505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.08;QD=3.67475;RBI=0.00452869;REFB=-0.00140857;REVB=-0.00407045;RO=46;SAF=8;SAR=1;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36795;STB=0.756696;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00524096;OID=.;OPOS=75786379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:46:48:9:9:0.157895:1:8:31:15:1:8:33:15 chr3 75786381 . T C 230.99 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0231973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3842;QD=16.499;RBI=0.0513516;REFB=-0.00105945;REVB=0.0458134;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196593;STB=0.60968;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00307064;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:10:16:24:6:10:16:24:6 chr3 75786385 . C G 141.95 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0059339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.539;QD=9.62395;RBI=0.0251421;REFB=-0.00140247;REVB=0.0244318;RO=39;SAF=14;SAR=5;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272554;STB=0.51024;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00641182;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:5:14:28:11:5:14:29:11 chr3 75786387 . T C 52.37 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.00643218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.421;QD=3.67497;RBI=0.0270517;REFB=-0.00201416;REVB=-0.0262759;RO=45;SAF=5;SAR=4;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235851;STB=0.671807;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0116992;OID=.;OPOS=75786387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:45:48:9:9:0.157895:4:5:33:12:4:5:36:12 chr3 75786403 . A T 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.0201214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.048;QD=3.02343;RBI=0.0234785;REFB=-0.00270964;REVB=-0.0120984;RO=49;SAF=5;SAR=3;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184798;STB=0.632065;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0256863;OID=.;OPOS=75786403;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:49:50:8:8:0.137931:3:5:37:12:3:5:38:12 chr3 75786415 . C T 47.3 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.012626;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.088;QD=2.95607;RBI=0.0346297;REFB=-0.00515094;REVB=-0.0322459;RO=53;SAF=4;SAR=5;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262904;STB=0.689858;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0467274;OID=.;OPOS=75786415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:66:64:53:55:9:9:0.140625:5:4:35:18:5:4:37:18 chr3 75786417 . T C 33.01 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0102783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8107;QD=2.03128;RBI=0.0139045;REFB=-0.00169636;REVB=-0.00936439;RO=58;SAF=5;SAR=2;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997698;STB=0.577657;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0375069;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:2:5:37:21:2:5:37:21 chr3 75786440 . C T 533.29 PASS AF=0.64;AO=48;DP=75;FAO=48;FDP=75;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0816186;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4903;QD=28.4423;RBI=0.0838233;REFB=-0.0463793;REVB=-0.0190984;RO=27;SAF=29;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799244;STB=0.504346;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0212227;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:27:27:48:48:0.64:19:29:16:11:19:29:16:11 chr3 75786449 . C T 87.69 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0429585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7634;QD=4.4969;RBI=0.0464152;REFB=-0.00244896;REVB=-0.0175766;RO=61;SAF=9;SAR=6;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338073;STB=0.523778;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00687368;OID=.;OPOS=75786449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:78:78:61:63:15:15:0.192308:6:9:35:26:6:9:36:27 chr3 75786453 . C T 147.64 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.024107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.787;QD=7.66957;RBI=0.0417899;REFB=-0.0151879;REVB=-0.0341357;RO=56;SAF=14;SAR=7;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165156;STB=0.599902;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0148458;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:56:56:21:21:0.272727:7:14:30:26:7:14:30:26 chr3 75786499 . CA CG,TG 157.98 PASS AF=0.118421,0.184211;AO=9,14;DP=77;FAO=9,14;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=5,7;FSAR=4,7;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.000672832,-0.00445306;FXX=0.0129853;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=157.072,229.351;QD=8.31485;RBI=0.00103826,0.00679837;REFB=-0.00817212,-0.00703668;REVB=-0.000790741,-0.00513693;RO=50;SAF=5,7;SAR=4,7;SRF=18;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.237981,0.17465;STB=0.663998,0.611788;STBP=0.33,0.382;TYPE=snp,mnp;VARB=0.042567,0.0241638;OID=.,.;OPOS=75786500,75786499;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:86:77:76:50:53:9,14:9,14:0.118421,0.184211:4,7:5,7:18:32:4,7:5,7:19:34 chr3 75786506 . T C 43.58 PASS AF=0.118421;AO=8;DP=75;FAO=9;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0181605;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.547;QD=2.29354;RBI=0.0221335;REFB=-0.000161407;REVB=-0.0126526;RO=56;SAF=6;SAR=2;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359131;STB=0.723671;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.001982;OID=.;OPOS=75786506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:75:76:56:65:8:9:0.118421:2:6:25:31:3:6:26:39 chr3 75786515 . GG AG,AT 213.12 PASS AF=0.168831,0.194805;AO=13,15;DP=77;FAO=13,15;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=8,8;FSAR=5,7;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0168407,-0.0187306;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=155.262,174.023;QD=11.0712;RBI=0.0178073,0.0187672;REFB=-0.00461056,-0.010031;REVB=0.00578716,-0.00117126;RO=49;SAF=8,8;SAR=5,7;SRF=19;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.275988,0.178064;STB=0.674442,0.610167;STBP=0.184,0.37;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0134124,0.0102191;OID=.,.;OPOS=75786515,75786515;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:98:77:77:49:49:13,15:13,15:0.168831,0.194805:5,7:8,8:19:30:5,7:8,8:19:30 chr3 75786533 . T G 60.51 PASS AF=0.144578;AO=12;DP=83;FAO=12;FDP=83;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0119028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.078;QD=2.91629;RBI=0.0120874;REFB=-0.0154059;REVB=-0.0021042;RO=71;SAF=7;SAR=5;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197152;STB=0.63489;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0658682;OID=.;OPOS=75786533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:83:83:71:71:12:12:0.144578:5:7:30:41:5:7:30:41 chr3 75786555 . C CTG 352.69 PASS AF=0.431818;AO=34;DP=91;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00523128;FXX=0.0112347;HRUN=0;LEN=2;MLLD=235.767;QD=16.0312;RBI=0.0165978;REFB=-0.00391411;REVB=0.0157518;RO=51;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216683;STB=0.611776;STBP=0.071;TYPE=ins;VARB=0.00219509;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:34:91:38:88:50:22:16:19:31:99:51:21:13:21:30 chr3 75786572 . T C 259.48 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0238722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.78;QD=11.9302;RBI=0.0243753;REFB=-0.00603039;REVB=0.00492678;RO=55;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582968;STB=0.526695;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0167473;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:56:31:31:0.356322:17:14:22:33:17:14:23:33 chr3 75786586 . G T 70.11 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=79;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.00118052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.328;QD=3.54979;RBI=0.00314786;REFB=-0.00180017;REVB=-0.00291811;RO=66;SAF=7;SAR=6;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161014;STB=0.606777;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0137723;OID=.;OPOS=75786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:79:79:66:66:13:13:0.164557:6:7:27:39:6:7:27:39 chr3 75786593 . C A 65.18 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0272698;FXX=0.0270234;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.5054;QD=3.62123;RBI=0.045099;REFB=-0.0043549;REVB=-0.0359204;RO=57;SAF=7;SAR=5;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199789;STB=0.636143;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0365423;OID=.;OPOS=75786593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:70:72:57:60:12:12:0.166667:5:7:24:33:5:7:25:35 chr3 75786597 . C T 84.16 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0895377;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.442;QD=4.87871;RBI=0.0895519;REFB=0.00711601;REVB=-0.00159711;RO=54;SAF=6;SAR=8;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00335797;STB=0.508462;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0714189;OID=.;OPOS=75786597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:70:69:54:55:14:14:0.202899:8:6:23:31:8:6:23:32 chr3 75786598 . G A 37.91 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0256918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.235;QD=2.19756;RBI=0.0262869;REFB=-0.00338571;REVB=-0.00556182;RO=56;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876829;STB=0.532238;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0470937;OID=.;OPOS=75786598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:68:69:56:61:8:8:0.115942:5:3:25:31:5:3:25:36 chr3 75786607 . C T 86.77 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0109726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.471;QD=4.95845;RBI=0.014116;REFB=-0.0185482;REVB=-0.00888051;RO=54;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144102;STB=0.51495;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0291952;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:69:70:54:55:15:15:0.214286:9:6:21:33:9:6:21:34 chr3 75786608 . C T 51.02 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.031398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9725;QD=2.91545;RBI=0.0372763;REFB=0.00273241;REVB=-0.0200921;RO=59;SAF=3;SAR=7;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141713;STB=0.594143;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.0295365;OID=.;OPOS=75786608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:59:60:10:10:0.142857:7:3:24:35:7:3:24:36 chr3 75786610 . T G 84.43 PASS AF=0.205882;AO=15;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0533694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3826;QD=4.96642;RBI=0.0534092;REFB=0.00612256;REVB=-0.00206031;RO=53;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294538;STB=0.547759;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0220353;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:53:54:15:14:0.205882:9:6:20:33:8:6:20:34 chr3 75786619 . T C 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0152451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.4;QD=5.26472;RBI=0.0176616;REFB=-0.00836929;REVB=-0.00891736;RO=55;SAF=5;SAR=10;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041448;STB=0.52628;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0187988;OID=.;OPOS=75786619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:55:55:15:15:0.214286:10:5:20:35:10:5:20:35 chr3 75786620 . G A 45.1 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.00708486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6299;QD=2.65286;RBI=0.0215405;REFB=0.000529152;REVB=0.0203421;RO=56;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551475;STB=0.537549;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00294089;OID=.;OPOS=75786620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:56:59:9:9:0.132353:6:3:21:35:6:3:22:37 chr3 75786623 . G T 121.74 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.026756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.532;QD=7.0572;RBI=0.0350874;REFB=-7.44034e-05;REVB=-0.022699;RO=51;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229015;STB=0.63754;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=5.86397e-05;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:9:9:16:35:9:9:16:35 chr3 75786628 . G C 92.11 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0227555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.932;QD=5.26365;RBI=0.0273698;REFB=-0.00874823;REVB=-0.0152082;RO=54;SAF=4;SAR=11;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194628;STB=0.618879;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0310583;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:54:55:15:15:0.214286:11:4:22:32:11:4:22:33 chr3 75786662 . A T 56.64 PASS AF=0.144737;AO=10;DP=74;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.00369003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.513;QD=2.98122;RBI=0.00627087;REFB=-0.00569539;REVB=0.00507025;RO=62;SAF=5;SAR=5;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160132;STB=0.647635;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0407345;OID=.;OPOS=75786662;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:76:62:65:10:11:0.144737:5:5:23:39:5:6:24:41 chr3 75786670 . G A 128.46 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00844575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.915;QD=6.94402;RBI=0.0162283;REFB=-0.00584248;REVB=-0.0138573;RO=55;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136565;STB=0.58265;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00983731;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:55:55:19:19:0.256757:10:9:20:35:10:9:20:35 chr3 75786672 . C T 57.35 PASS AF=0.157143;AO=9;DP=68;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00465479;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.879;QD=3.27704;RBI=0.0279247;REFB=-0.00362237;REVB=-0.027534;RO=58;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23406;STB=0.570168;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0190823;OID=.;OPOS=75786672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:68:70:58:59:9:11:0.157143:4:5:21:37:6:5:22:37 chr3 75786681 . G A 468.61 PASS AF=0.637681;AO=43;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00614902;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.547;QD=27.1657;RBI=0.0064106;REFB=-0.00377629;REVB=-0.00181254;RO=24;SAF=18;SAR=25;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582583;STB=0.533778;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00281021;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:25:43:44:0.637681:25:18:8:16:26:18:8:17 chr3 75786684 . G T 77.31 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.00481074;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.804;QD=4.48154;RBI=0.00602459;REFB=-0.00354398;REVB=-0.00362663;RO=56;SAF=5;SAR=8;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366519;STB=0.523773;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.017565;OID=.;OPOS=75786684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:69:69:56:56:13:13:0.188406:8:5:20:36:8:5:20:36 chr3 75786737 . A T 296.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0374592;FXX=0.0624902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.563;QD=19.7735;RBI=0.0375091;REFB=-0.00012829;REVB=-0.00193344;RO=29;SAF=11;SAR=20;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230041;STB=0.512812;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=3.86227e-05;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:60:29:29:31:31:0.516667:20:11:11:18:20:11:11:18 chr3 75786740 . CA CG,GG 161.6 PASS AF=0.209677,0.145161;AO=13,9;DP=63;FAO=13,9;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=4,2;FSAR=9,7;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0307524,0.0235819;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=133.656,137.015;QD=10.426;RBI=0.0319034,0.0263939;REFB=-0.00270195,-0.00960102;REVB=0.00849221,0.0118547;RO=40;SAF=4,2;SAR=9,7;SRF=16;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.12248,-0.249146;STB=0.5768,0.669801;STBP=0.569,0.314;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0126122,0.0119393;OID=.,.;OPOS=75786741,75786740;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:62:40:40:13,9:13,9:0.209677,0.145161:9,7:4,2:16:24:9,7:4,2:16:24 chr3 75786748 . C T 117.9 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0416031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0159;QD=7.85972;RBI=0.0484888;REFB=-0.0107022;REVB=-0.0249068;RO=43;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787194;STB=0.547271;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0287201;OID=.;OPOS=75786748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:10:7:15:28:10:7:15:28 chr3 75786753 . C T 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0175028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.32;QD=11.5763;RBI=0.0274869;REFB=-0.0163027;REVB=-0.021194;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215069;STB=0.623701;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0154199;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:11:12:13:27:11:12:13:27 chr3 75786754 . G T 47.94 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0243632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.454;QD=3.04356;RBI=0.0365077;REFB=-0.00768503;REVB=-0.0271891;RO=53;SAF=2;SAR=7;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282874;STB=0.696738;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0498831;OID=.;OPOS=75786754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:53:54:9:9:0.142857:7:2:23:30:7:2:23:31 chr3 75786759 . T C 169.54 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00752283;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.01;QD=10.5963;RBI=0.00773199;REFB=-0.00794302;REVB=-0.00178626;RO=38;SAF=6;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239436;STB=0.630789;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0123567;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:42:22:22:0.34375:16:6:18:20:16:6:19:23 chr3 75786760 . TCCCC TCCCCT,TCCC,TTCCC 155.65 PASS AF=0.116667,0.283333,0;AO=7,11,2;DP=57;FAO=7,17,0;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=2,6,0;FSAR=5,11,0;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0373974,-0.0420639,0.0385802;FXX=0.0163908;HRUN=0,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=147.692,17.4979,24.6446;QD=10.3766;RBI=0.0374162,0.101244,0.0875763;REFB=0.00660672,0.0577196,0.00472319;REVB=0.00118624,0.0920923,0.0786204;RO=34;SAF=2,4,1;SAR=5,7,1;SRF=15;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.199094,-0.0968764,0.0505831;STB=0.620077,0.546044,0.5;STBP=0.492,0.66,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.00890221,-0.0541057,0;OID=.,.,.;OPOS=75786765,75786761,75786761;OREF=-,C,C;OALT=T,-,T;OMAPALT=TCCCCT,TCCC,TTCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.116667,0.283333,0:7,11,2:57:7,17,0:60:36:2,6,0:5,11,0:15:21:99:34:2,4,1:5,7,1:15:19 chr3 75786773 . T A 71.87 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0255152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.51;QD=4.63686;RBI=0.0400377;REFB=-0.00184089;REVB=0.0308543;RO=49;SAF=4;SAR=8;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990782;STB=0.55804;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0174613;OID=.;OPOS=75786773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:49:50:12:12:0.193548:8:4:20:29:8:4:20:30 chr3 75786784 . T C 51.53 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00927851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.07;QD=3.55393;RBI=0.00972702;REFB=-0.0139407;REVB=-0.00291962;RO=48;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193268;STB=0.647789;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0568627;OID=.;OPOS=75786784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:48:49:9:9:0.155172:7:2:17:31:7:2:18:31 chr3 75786802 . G A 45.83 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0238466;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.438;QD=3.33297;RBI=0.0241793;REFB=0.00016008;REVB=-0.00399695;RO=47;SAF=1;SAR=7;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405404;STB=0.799129;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00638967;OID=.;OPOS=75786802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:55:47:47:8:8:0.145455:7:1:19:28:7:1:19:28 chr3 75786827 . A T 128.69 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.000664104;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.382;QD=8.30269;RBI=0.00887431;REFB=-0.000700621;REVB=-0.00884943;RO=41;SAF=7;SAR=11;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22674;STB=0.610988;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00151499;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:41:44:18:18:0.290323:11:7:24:17:11:7:24:20 chr3 75786832 . C T 214.41 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00600362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.462;QD=12.8006;RBI=0.0263668;REFB=-0.000963079;REVB=-0.0256742;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040757;STB=0.516117;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00147542;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:12:14:20:20:12:14:21:20 chr3 75786833 . G A 154.35 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.015087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.067;QD=9.07911;RBI=0.0322363;REFB=-0.00408491;REVB=-0.0284879;RO=47;SAF=14;SAR=7;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258535;STB=0.653318;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00409195;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:7:14:21:26:7:14:21:26 chr3 75786845 . T C 427.83 PASS AF=0.538462;AO=39;DP=75;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00144051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.975;QD=21.9399;RBI=0.0163515;REFB=-0.0227326;REVB=0.0162879;RO=35;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207436;STB=0.512814;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0158773;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:35:36:39:42:0.538462:18:21:18:17:21:21:19:17 chr3 75786854 . A T 73.34 PASS AF=0.152174;AO=12;DP=92;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0109843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.647;QD=3.18879;RBI=0.0305532;REFB=-0.0023363;REVB=-0.0285104;RO=77;SAF=8;SAR=4;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229935;STB=0.581927;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0299099;OID=.;OPOS=75786854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:92:92:77:78:12:14:0.152174:4:8:37:40:6:8:37:41 chr3 75786866 . G T 84.84 PASS AF=0.153846;AO=16;DP=104;FAO=16;FDP=104;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.0256084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.779;QD=3.26294;RBI=0.0416905;REFB=-0.00814708;REVB=-0.0328984;RO=88;SAF=7;SAR=9;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787155;STB=0.552946;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.052189;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:104:104:88:88:16:16:0.153846:9:7:44:44:9:7:44:44 chr3 75786888 . C T 166.32 PASS AF=0.219512;AO=27;DP=124;FAO=27;FDP=123;FR=.;FRO=96;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.00176545;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.347;QD=5.40862;RBI=0.025755;REFB=-0.00531347;REVB=-0.0256944;RO=95;SAF=16;SAR=11;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110946;STB=0.564772;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0394549;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:95:96:27:27:0.219512:11:16:48:47:11:16:49:47 chr3 75786892 . A C 95.13 PASS AF=0.154472;AO=19;DP=123;FAO=19;FDP=123;FR=.;FRO=104;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=0.0023505;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.316;QD=3.09361;RBI=0.0135133;REFB=-0.00389773;REVB=-0.0133073;RO=102;SAF=10;SAR=9;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163946;STB=0.518467;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0170579;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:123:123:102:104:19:19:0.154472:9:10:55:47:9:10:57:47 chr3 75786894 . GTTTTT GTTTT,GTTTTC 249.42 PASS AF=0.225,0.183333;AO=27,21;DP=119;FAO=27,22;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=18,12;FSAR=9,10;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.166733,0.163827;FXX=0.00826378;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.3349,25.1022;QD=8.31391;RBI=0.177841,0.170424;REFB=0.0230852,0.0191341;REVB=-0.0618657,-0.0469597;RO=54;SAF=14,11;SAR=13,10;SRF=23;SRR=31;SSEN=0.315789,0;SSEP=0,0;SSSB=0.105676,0.117123;STB=0.638784,0.550735;STBP=0.099,0.621;TYPE=del,snp;VARB=-0.040559,-0.028502;OID=.,.;OPOS=75786895,75786899;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTTTT,GTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225,0.183333:27,21:119:27,22:120:71:18,12:9,10:34:37:77:54:14,11:13,10:23:31 chr3 75786910 . T C 79.66 PASS AF=0.125;AO=19;DP=152;FAO=19;FDP=152;FR=.;FRO=133;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=75;FSRR=58;FWDB=-0.0162834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.897;QD=2.09643;RBI=0.0210538;REFB=-0.00514663;REVB=0.0133459;RO=132;SAF=12;SAR=7;SRF=75;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818151;STB=0.561489;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0321437;OID=.;OPOS=75786910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:152:152:132:133:19:19:0.125:7:12:75:57:7:12:75:58 chr3 75786916 . C A 139.61 PASS AF=0.166667;AO=28;DP=163;FAO=27;FDP=162;FR=.;FRO=135;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=58;FWDB=0.00393282;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.361;QD=3.44713;RBI=0.00864308;REFB=0.00308611;REVB=-0.00769648;RO=135;SAF=17;SAR=11;SRF=77;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485728;STB=0.551488;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0145538;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:135:135:28:27:0.166667:11:17:77:58:10:17:77:58 chr3 75786919 . A T 123.56 PASS AF=0.153374;AO=26;DP=163;FAO=25;FDP=163;FR=.;FRO=138;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=79;FSRR=59;FWDB=-0.000336325;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.238;QD=3.03204;RBI=0.00833525;REFB=-1.9823e-05;REVB=-0.00832846;RO=126;SAF=15;SAR=11;SRF=71;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017509;STB=0.524031;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00019072;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:126:138:26:25:0.153374:11:15:71:55:10:15:79:59 chr3 75786921 . G A 51.02 PASS AF=0.0909091;AO=14;DP=164;FAO=15;FDP=165;FR=.;FRO=150;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=88;FSRR=62;FWDB=0.00468061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.524;QD=1.23679;RBI=0.0110839;REFB=-0.000624551;REVB=0.0100472;RO=150;SAF=6;SAR=8;SRF=88;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18085;STB=0.607861;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00550878;OID=.;OPOS=75786921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:164:165:150:150:14:15:0.0909091:8:6:88:62:8:7:88:62 chr3 75786942 . C A 168.24 PASS AF=0.186747;AO=31;DP=166;FAO=31;FDP=166;FR=.;FRO=135;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=77;FSRR=58;FWDB=-0.0282705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8384;QD=4.0539;RBI=0.0283261;REFB=-0.0198913;REVB=0.00177358;RO=134;SAF=15;SAR=16;SRF=77;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116211;STB=0.570056;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0691077;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:134:135:31:31:0.186747:16:15:77:57:16:15:77:58 chr3 75786965 . C T 203.08 PASS AF=0.213333;AO=29;DP=147;FAO=32;FDP=150;FR=.;FRO=118;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=0.00558003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5103;QD=5.41546;RBI=0.0119339;REFB=-0.00726385;REVB=-0.010549;RO=117;SAF=12;SAR=17;SRF=58;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105099;STB=0.574261;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0289905;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:117:118:29:32:0.213333:17:12:58:59:19:13:59:59 chr3 75786991 . C T 181.17 PASS AF=0.193939;AO=32;DP=166;FAO=32;FDP=165;FR=.;FRO=133;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=-0.077727;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0372;QD=4.39193;RBI=0.0779781;REFB=-0.00762066;REVB=0.00625283;RO=133;SAF=12;SAR=20;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128814;STB=0.581344;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0184018;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:133:133:32:32:0.193939:20:12:63:70:20:12:63:70 chr3 75786993 . T A 77.75 PASS AF=0.116564;AO=19;DP=163;FAO=19;FDP=163;FR=.;FRO=144;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=80;FWDB=-0.0318371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3289;QD=1.90789;RBI=0.040565;REFB=-0.00143058;REVB=0.025138;RO=144;SAF=10;SAR=9;SRF=64;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100866;STB=0.571905;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0109403;OID=.;OPOS=75786993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:163:163:144:144:19:19:0.116564:9:10:64:80:9:10:64:80 chr3 75787015 . C T 170.83 PASS AF=0.191083;AO=30;DP=157;FAO=30;FDP=157;FR=.;FRO=127;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=70;FWDB=0.015779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.042;QD=4.35238;RBI=0.01587;REFB=-0.0058287;REVB=0.00169744;RO=126;SAF=13;SAR=17;SRF=57;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246717;STB=0.512702;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.021994;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:126:127:30:30:0.191083:17:13:57:69:17:13:57:70 chr3 75787032 . T C 174.32 PASS AF=0.2;AO=29;DP=145;FAO=29;FDP=145;FR=.;FRO=116;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=64;FWDB=-0.00228692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.73;QD=4.80871;RBI=0.0110351;REFB=-0.00194419;REVB=0.0107955;RO=116;SAF=11;SAR=18;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904908;STB=0.556935;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0113577;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:116:116:29:29:0.2:18:11:52:64:18:11:52:64 chr3 75787043 . G A 201.52 PASS AF=0.236641;AO=45;DP=130;FAO=31;FDP=131;FR=.;FRO=100;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=0.00847893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4371;QD=6.15341;RBI=0.01265;REFB=-0.00141027;REVB=-0.00938779;RO=83;SAF=12;SAR=33;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277362;STB=0.560417;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00684373;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:83:100:45:31:0.236641:33:12:41:42:20:11:43:57 chr3 75787049 . C A 269.67 PASS AF=0.307692;AO=36;DP=117;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=0.0133137;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.033;QD=9.21964;RBI=0.0199067;REFB=-0.0265866;REVB=-0.0147993;RO=80;SAF=18;SAR=18;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133196;STB=0.581153;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.044806;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:80:81:36:36:0.307692:18:18:31:49:18:18:31:50 chr3 75787057 . G A 833.41 PASS AF=0.69;AO=59;DP=91;FAO=69;FDP=100;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00540517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.285;QD=33.3363;RBI=0.0432728;REFB=-0.0341677;REVB=0.0429339;RO=28;SAF=21;SAR=38;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687839;STB=0.540743;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0171595;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:100:28:31:59:69:0.69:38:21:13:15:48:21:13:18 chr3 75787081 . A T 36.01 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=95;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.0111628;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.541;QD=1.53228;RBI=0.0163738;REFB=-0.00154106;REVB=-0.0119788;RO=86;SAF=1;SAR=8;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38817;STB=0.825115;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0178084;OID=.;OPOS=75787081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:95:94:86:85:9:9:0.0957447:8:1:34:52:8:1:34:51 chr3 75787116 . T G 31.63 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=-0.0290453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.217;QD=1.45436;RBI=0.0352271;REFB=-0.00190543;REVB=0.0199328;RO=79;SAF=3;SAR=5;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00965706;STB=0.507673;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0147824;OID=.;OPOS=75787116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:79:79:8:8:0.091954:5:3:29:50:5:3:29:50 chr3 75787127 . G T 34.34 PASS AF=0.0891089;AO=9;DP=103;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.00872945;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5092;QD=1.3601;RBI=0.0440168;REFB=0.00349376;REVB=-0.0431425;RO=94;SAF=5;SAR=4;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146974;STB=0.60846;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.0393585;OID=.;OPOS=75787127;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:103:101:94:92:9:9:0.0891089:4:5:40:54:4:5:40:52 chr3 75787145 . T C 72.0 PASS AF=0.136364;AO=15;DP=110;FAO=15;FDP=110;FR=.;FRO=95;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.00105812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.891;QD=2.61813;RBI=0.00419918;REFB=0.000774422;REVB=-0.00406368;RO=95;SAF=10;SAR=5;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264231;STB=0.682395;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00482341;OID=.;OPOS=75787145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:110:110:95:95:15:15:0.136364:5:10:43:52:5:10:43:52 chr3 75787159 . C T 66.93 PASS AF=0.127119;AO=15;DP=118;FAO=15;FDP=118;FR=.;FRO=103;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=-0.016528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.706;QD=2.26868;RBI=0.0197209;REFB=-0.00431633;REVB=-0.0107583;RO=103;SAF=10;SAR=5;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225013;STB=0.658878;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0403394;OID=.;OPOS=75787159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:118:118:103:103:15:15:0.127119:5:10:50:53:5:10:50:53 chr3 75787169 . G A 295.33 PASS AF=0.312;AO=39;DP=125;FAO=39;FDP=125;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.00767856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.781;QD=9.45054;RBI=0.0149571;REFB=-0.00988259;REVB=-0.0128356;RO=85;SAF=22;SAR=17;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412134;STB=0.52835;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0148988;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:85:86:39:39:0.312:17:22:45:40:17:22:45:41 chr3 75787186 . C T 276.16 PASS AF=0.281481;AO=37;DP=134;FAO=38;FDP=135;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.0094964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5242;QD=8.18241;RBI=0.0274519;REFB=0.00466056;REVB=-0.0257571;RO=97;SAF=24;SAR=13;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154893;STB=0.59881;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0175733;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:97:97:37:38:0.281481:13:24:51:46:13:25:51:46 chr3 75787199 . A C 97.67 PASS AF=0.148148;AO=20;DP=135;FAO=20;FDP=135;FR=.;FRO=115;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=62;FSRR=53;FWDB=-0.0389022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.898;QD=2.89384;RBI=0.0402181;REFB=-0.000418864;REVB=-0.0102037;RO=113;SAF=13;SAR=7;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154342;STB=0.597601;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00392993;OID=.;OPOS=75787199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:135:135:113:115:20:20:0.148148:7:13:60:53:7:13:62:53 chr3 75787221 . C T 98.31 PASS AF=0.162393;AO=18;DP=117;FAO=19;FDP=117;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.0167297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.903;QD=3.36114;RBI=0.0305547;REFB=-0.00274045;REVB=-0.0255676;RO=97;SAF=12;SAR=6;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19509;STB=0.59494;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.01885;OID=.;OPOS=75787221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:117:117:97:98:18:19:0.162393:6:12:50:47:7:12:51:47 chr3 75787224 . C G 100.67 PASS AF=0.173077;AO=18;DP=110;FAO=18;FDP=104;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0136001;FXX=0.0545405;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.775;QD=3.87212;RBI=0.0160814;REFB=0.00157184;REVB=-0.00858195;RO=84;SAF=12;SAR=6;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242066;STB=0.649183;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0194314;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:104:84:86:18:18:0.173077:6:12:40:44:6:12:42:44 chr3 75787236 . C T 78.81 PASS AF=0.144144;AO=16;DP=111;FAO=16;FDP=111;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.0173646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.71;QD=2.84;RBI=0.017435;REFB=-0.00460063;REVB=-0.00156532;RO=95;SAF=11;SAR=5;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220437;STB=0.651374;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0312851;OID=.;OPOS=75787236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:111:111:95:95:16:16:0.144144:5:11:49:46:5:11:49:46 chr3 75787269 . G A 43.71 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0488256;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.274;QD=2.46261;RBI=0.0537638;REFB=-0.00550099;REVB=-0.0225078;RO=62;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202422;STB=0.643869;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0610081;OID=.;OPOS=75787269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:71:62:62:9:9:0.126761:4:5:24:38:4:5:24:38 chr3 75787279 . A T 52.72 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0856516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.086;QD=3.29514;RBI=0.0868662;REFB=-0.000360245;REVB=-0.0144758;RO=54;SAF=6;SAR=4;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277634;STB=0.6864;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00089124;OID=.;OPOS=75787279;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:64:64:54:54:10:10:0.15625:4:6:20:34:4:6:20:34 chr3 75787288 . T C 30.48 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00192733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.844;QD=2.25742;RBI=0.0112656;REFB=-0.00604748;REVB=-0.0110995;RO=47;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512396;STB=0.869688;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0318071;OID=.;OPOS=75787288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:47:48:6:6:0.111111:1:5:17:30:1:5:18:30 chr3 75787382 . T C 383.3 PASS AF=0.810811;AO=30;DP=37;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0242963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.425;QD=41.4383;RBI=0.031594;REFB=-0.057452;REVB=0.0201958;RO=7;SAF=18;SAR=12;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420327;STB=0.522712;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0140057;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:37:37:7:7:30:30:0.810811:12:18:5:2:12:18:5:2 chr3 75787424 . C G 41.43 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.00925129;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.516;QD=2.58945;RBI=0.0209976;REFB=0.00126624;REVB=-0.0188497;RO=56;SAF=6;SAR=2;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480742;STB=0.832639;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00920407;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:64:64:56:56:8:8:0.125:2:6:18:38:2:6:18:38 chr3 75787427 . T C 31.58 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.00519918;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.169;QD=1.83082;RBI=0.00568086;REFB=-0.000634263;REVB=-0.00228926;RO=55;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374999;STB=0.804503;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00619411;OID=.;OPOS=75787427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:63:69:55:62:7:7:0.101449:2:5:21:34:2:5:21:41 chr3 75787458 . G A 48.08 PASS AF=0.127907;AO=10;DP=84;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=52;FWDB=0.00488171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.247;QD=2.23616;RBI=0.00505001;REFB=-0.00710417;REVB=-0.00129283;RO=74;SAF=8;SAR=2;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542721;STB=0.883076;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0503187;OID=.;OPOS=75787458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:84:86:74:75:10:11:0.127907:2:8:23:51:2:9:23:52 chr3 75787464 . C T 120.79 PASS AF=0.215909;AO=19;DP=88;FAO=19;FDP=88;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=50;FWDB=-0.0347497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7304;QD=5.49022;RBI=0.0443305;REFB=0.00843989;REVB=0.0275255;RO=69;SAF=14;SAR=5;SRF=19;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533791;STB=0.823244;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0432134;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:69:69:19:19:0.215909:5:14:19:50:5:14:19:50 chr3 75787476 . C T 33.03 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=91;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.0234349;FXX=0.0769146;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.455;QD=1.57291;RBI=0.0487341;REFB=-0.00439025;REVB=-0.0427296;RO=75;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284286;STB=0.719841;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0318398;OID=.;OPOS=75787476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:91:84:75:76:8:8:0.0952381:3:5:28:47:3:5:28:48 chr3 75787486 . C T 185.13 PASS AF=0.280899;AO=21;DP=85;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=-0.00209007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.902;QD=8.3204;RBI=0.00570959;REFB=-0.011612;REVB=0.00531329;RO=64;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416575;STB=0.698131;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0281085;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:64:64:21:25:0.280899:7:14:20:44:10:15:20:44 chr3 75787490 . A T 30.72 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.00773873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5885;QD=1.36551;RBI=0.0508966;REFB=-0.00196957;REVB=-0.0503048;RO=80;SAF=2;SAR=6;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187245;STB=0.666223;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0211288;OID=.;OPOS=75787490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:80:82:8:8:0.0888889:6:2:32:48:6:2:34:48 chr3 75787511 . C A 105.38 PASS AF=0.136842;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.0121572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.851;QD=4.43723;RBI=0.017473;REFB=2.58883e-05;REVB=-0.0125502;RO=60;SAF=5;SAR=8;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00169091;STB=0.506508;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00643306;OID=.;OPOS=75787511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:95:95:60:74:13:13:0.136842:8:5:23:37:8:5:29:45 chr3 75787516 . C G 105.85 PASS AF=0.178218;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=101;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=-0.0189027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.3;QD=4.19206;RBI=0.0241231;REFB=-0.00596721;REVB=-0.0149871;RO=76;SAF=13;SAR=5;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415248;STB=0.770792;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.031792;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:101:76:83:18:18:0.178218:5:13:29:47:5:13:31:52 chr3 75787519 . CT AG,CG 231.78 PASS AF=0.178947,0.147368;AO=17,14;DP=101;FAO=17,14;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=12,7;FSAR=5,7;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.00197961,-0.0110047;FXX=0.0594001;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=103.792,145.514;QD=9.75893;RBI=0.00410276,0.0115924;REFB=0.00793927,-0.00039639;REVB=0.00359357,0.00364442;RO=63;SAF=12,7;SAR=5,7;SRF=22;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.426445,0.191439;STB=0.759001,0.615229;STBP=0.016,0.361;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0148922,0.000116175;OID=.,.;OPOS=75787519,75787520;OREF=CT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:95:63:64:17,14:17,14:0.178947,0.147368:5,7:12,7:22:41:5,7:12,7:23:41 chr3 75787576 . A G 161.02 PASS AF=0.235294;AO=24;DP=102;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00279791;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.471;QD=6.31468;RBI=0.00289552;REFB=-0.00679768;REVB=-0.000745488;RO=73;SAF=13;SAR=11;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026213;STB=0.512305;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0175948;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:73:78:24:24:0.235294:11:13:38:35:11:13:41:37 chr3 75787583 . AC GA,GC 137.19 PASS AF=0.12381,0.104762;AO=12,11;DP=104;FAO=13,11;FDP=105;FR=.;FRO=81;FSAF=7,7;FSAR=6,4;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0108704,-0.0190973;FXX=0.0277752;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=149.853,70.0667;QD=5.2264;RBI=0.0317508,0.0227976;REFB=-0.00255733,-0.0097745;REVB=-0.029832,-0.0124508;RO=78;SAF=7,7;SAR=5,4;SRF=42;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0559401,0.121765;STB=0.506569,0.594966;STBP=0.974,0.567;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0295622,0.0517019;OID=.,.;OPOS=75787583,75787583;OREF=AC,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:104:105:78:81:12,11:13,11:0.12381,0.104762:5,4:7,7:42:36:6,4:7,7:43:38 chr3 75787620 . T C 292.8 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0787664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8954;QD=12.4595;RBI=0.0815064;REFB=-0.00796976;REVB=0.0209558;RO=60;SAF=14;SAR=20;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117293;STB=0.567425;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0158381;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:60:34:34:0.361702:20:14:31:29:20:14:31:29 chr3 75787637 . C T 47.73 PASS AF=0.125;AO=12;DP=87;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.00478438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.858;QD=2.16932;RBI=0.0605859;REFB=-0.00704378;REVB=-0.0603967;RO=72;SAF=8;SAR=4;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364999;STB=0.777743;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0537865;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:87:88:72:77:12:11:0.125:4:8:26:46:3:8:30:47 chr3 75787679 . T C 119.47 PASS AF=0.208791;AO=19;DP=90;FAO=19;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=0.0126026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.806;QD=5.25146;RBI=0.0232419;REFB=-0.0104331;REVB=-0.0195285;RO=70;SAF=11;SAR=8;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308038;STB=0.697255;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0360168;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:70:72:19:19:0.208791:8:11:23:47:8:11:23:49 chr3 75787688 . T A 111.48 PASS AF=0.184466;AO=19;DP=104;FAO=19;FDP=103;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=-0.00727011;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9325;QD=4.32912;RBI=0.0483753;REFB=-0.00354257;REVB=0.0478259;RO=82;SAF=14;SAR=5;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424972;STB=0.775991;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0132854;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:82:84:19:19:0.184466:5:14:32:50:5:14:32:52 chr3 75787702 . C G 794.08 PASS AF=0.608333;AO=73;DP=120;FAO=73;FDP=120;FR=.;FRO=47;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0151517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5037;QD=26.4693;RBI=0.0515736;REFB=-0.00491314;REVB=-0.0492976;RO=46;SAF=39;SAR=34;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147527;STB=0.583651;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00287918;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:46:47:73:73:0.608333:34:39:15:31:34:39:15:32 chr3 75787726 . G A 1009.1 PASS AF=0.619718;AO=88;DP=142;FAO=88;FDP=142;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0137821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.968;QD=28.4253;RBI=0.0209253;REFB=-0.00174517;REVB=-0.0157455;RO=54;SAF=39;SAR=49;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271621;STB=0.514703;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00288556;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:54:54:88:88:0.619718:49:39:26:28:49:39:26:28 chr3 75787728 . C T 382.78 PASS AF=0.333333;AO=47;DP=142;FAO=47;FDP=141;FR=.;FRO=94;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.007092;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0137;QD=10.8591;RBI=0.0381561;REFB=-0.00437884;REVB=-0.0374912;RO=94;SAF=20;SAR=27;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374542;STB=0.52161;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00398253;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:94:94:47:47:0.333333:27:20:43:51:27:20:43:51 chr3 75787732 . A C 118.54 PASS AF=0.155405;AO=23;DP=149;FAO=23;FDP=148;FR=.;FRO=125;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=70;FWDB=-0.012832;FXX=0.0133324;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.053;QD=3.20378;RBI=0.0138346;REFB=-0.000205792;REVB=-0.00517075;RO=124;SAF=11;SAR=12;SRF=55;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044427;STB=0.53244;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.000645974;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:124:125:23:23:0.155405:12:11:55:69:12:11:55:70 chr3 75787739 . A T 2266.36 PASS AF=0.993377;AO=131;DP=153;FAO=150;FDP=151;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=64;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00968294;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.594;QD=60.036;RBI=0.0393024;REFB=-0.0337511;REVB=0.038091;RO=1;SAF=62;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760425;STB=0.503875;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000252493;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:151:1:1:131:150:0.993377:69:62:1:0:86:64:1:0 chr3 75787770 . C T 139.18 PASS AF=0.145729;AO=29;DP=200;FAO=29;FDP=199;FR=.;FRO=170;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=79;FSRR=91;FWDB=-0.0121714;FXX=0.00499975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.446;QD=2.79758;RBI=0.0197674;REFB=-0.00585471;REVB=-0.0155758;RO=170;SAF=16;SAR=13;SRF=79;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11061;STB=0.57394;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0365366;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:170:170:29:29:0.145729:13:16:79:91:13:16:79:91 chr3 75787794 . A G 1331.06 PASS AF=0.58216;AO=124;DP=213;FAO=124;FDP=213;FR=.;FRO=89;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.0122479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.15;QD=24.9964;RBI=0.0362968;REFB=-0.034685;REVB=0.0341679;RO=89;SAF=62;SAR=62;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216424;STB=0.511735;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0242221;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:89:89:124:124:0.58216:62:62:42:47:62:62:42:47 chr3 75787801 . TG CA 71.63 PASS AF=0.0967742;AO=20;DP=219;FAO=21;FDP=217;FR=.;FRO=196;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=95;FSRR=101;FWDB=0.0137091;FXX=0.0136357;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.005;QD=1.32032;RBI=0.0191292;REFB=0.000452459;REVB=0.0133411;RO=196;SAF=13;SAR=7;SRF=95;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195837;STB=0.621104;STBP=0.27;TYPE=mnp;VARB=-0.00269699;OID=.;OPOS=75787801;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:219:217:196:196:20:21:0.0967742:7:13:95:101:8:13:95:101 chr3 75787809 . T C 517.1 PASS AF=0.30131;AO=69;DP=229;FAO=69;FDP=229;FR=.;FRO=160;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=78;FSRR=82;FWDB=0.00513868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.936;QD=9.03237;RBI=0.00534959;REFB=-0.01966;REVB=-0.00148731;RO=160;SAF=38;SAR=31;SRF=78;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760721;STB=0.54422;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0362339;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:160:160:69:69:0.30131:31:38:78:82:31:38:78:82 chr3 75787812 . C CT 197.61 PASS AF=0.252174;AO=59;DP=232;FAO=58;FDP=230;FR=.;FRO=172;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=87;FSRR=85;FWDB=-0.067095;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.7755;QD=3.43667;RBI=0.131032;REFB=-0.00155522;REVB=0.11255;RO=169;SAF=34;SAR=25;SRF=84;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992044;STB=0.521471;STBP=0.706;TYPE=ins;VARB=-0.00375323;OID=.;OPOS=75787813;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.252174:59:232:58:230:172:31:27:87:85:99:169:34:25:84:85 chr3 75787840 . C A 46.37 PASS AF=0.0731707;AO=18;DP=246;FAO=18;FDP=246;FR=.;FRO=228;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=117;FSRR=111;FWDB=-0.0139751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.405;QD=0.754008;RBI=0.0145134;REFB=0.00104303;REVB=0.00391604;RO=227;SAF=8;SAR=10;SRF=116;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740643;STB=0.5635;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.0113198;OID=.;OPOS=75787840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:246:246:227:228:18:18:0.0731707:10:8:116:111:10:8:117:111 chr3 75787863 . AT TA 232.7 PASS AF=0.185841;AO=42;DP=229;FAO=42;FDP=226;FR=.;FRO=184;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=84;FSRR=100;FWDB=-0.015524;FXX=0.0216441;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.092;QD=4.1186;RBI=0.025155;REFB=-0.00894836;REVB=-0.0197934;RO=182;SAF=20;SAR=22;SRF=84;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189384;STB=0.516067;STBP=0.809;TYPE=mnp;VARB=0.0271025;OID=.;OPOS=75787863;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:226:182:184:42:42:0.185841:22:20:84:98:22:20:84:100 chr3 75787869 . CA TG 1429.95 PASS AF=0.598174;AO=126;DP=216;FAO=131;FDP=219;FR=.;FRO=88;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.0118347;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.511;QD=26.1178;RBI=0.0378002;REFB=-0.0388475;REVB=-0.0358998;RO=87;SAF=56;SAR=70;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638458;STB=0.535473;STBP=0.194;TYPE=mnp;VARB=0.0197548;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:219:87:88:126:131:0.598174:70:56:46:41:74:57:46:42 chr3 75787876 . G T 1383.24 PASS AF=0.593458;AO=127;DP=214;FAO=127;FDP=214;FR=.;FRO=87;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.00754544;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.978;QD=25.8549;RBI=0.00786511;REFB=-0.0400835;REVB=-0.00221954;RO=85;SAF=56;SAR=71;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397397;STB=0.521862;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0286192;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:85:87:127:127:0.593458:71:56:42:43:71:56:43:44 chr3 75787880 . A G 343.7 PASS AF=0.24424;AO=53;DP=214;FAO=53;FDP=217;FR=.;FRO=164;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=78;FSRR=86;FWDB=-0.0255427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.815;QD=6.33554;RBI=0.0314234;REFB=-0.00616876;REVB=-0.018303;RO=161;SAF=22;SAR=31;SRF=77;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801941;STB=0.546334;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0234526;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:217:161:164:53:53:0.24424:31:22:77:84:31:22:78:86 chr3 75787897 . T C 171.77 PASS AF=0.162679;AO=34;DP=209;FAO=34;FDP=209;FR=.;FRO=175;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=78;FSRR=97;FWDB=0.00581752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.461;QD=3.28754;RBI=0.0171435;REFB=-0.00266128;REVB=0.0161263;RO=173;SAF=15;SAR=19;SRF=77;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509016;STB=0.503847;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0190661;OID=.;OPOS=75787897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:173:175:34:34:0.162679:19:15:77:96:19:15:78:97 chr3 75787918 . C T 180.46 PASS AF=0.181319;AO=33;DP=182;FAO=33;FDP=182;FR=.;FRO=149;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=63;FSRR=86;FWDB=-0.0379737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.793;QD=3.96606;RBI=0.049224;REFB=-0.00055859;REVB=-0.0313208;RO=148;SAF=13;SAR=20;SRF=62;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033219;STB=0.524485;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00521204;OID=.;OPOS=75787918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:148:149:33:33:0.181319:20:13:62:86:20:13:63:86 chr3 75787926 . T C 166.84 PASS AF=0.179191;AO=30;DP=173;FAO=31;FDP=173;FR=.;FRO=142;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=60;FSRR=82;FWDB=-0.00295169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.163;QD=3.85762;RBI=0.00879487;REFB=-0.0018779;REVB=0.00828476;RO=139;SAF=11;SAR=19;SRF=58;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067954;STB=0.530213;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0388397;OID=.;OPOS=75787926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:139:142:30:31:0.179191:19:11:58:81:19:12:60:82 chr3 75787927 . A G 675.12 PASS AF=0.441176;AO=71;DP=168;FAO=75;FDP=170;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=-0.00489786;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.864;QD=15.8851;RBI=0.00496847;REFB=-0.00697041;REVB=0.000834642;RO=96;SAF=27;SAR=44;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502924;STB=0.526137;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00844296;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:96:95:71:75:0.441176:44:27:41:55:46:29:41:54 chr3 75787949 . C T 901.02 PASS AF=0.623077;AO=75;DP=125;FAO=81;FDP=130;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0121119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.244;QD=27.7236;RBI=0.0126946;REFB=-0.0357812;REVB=-0.00380186;RO=49;SAF=24;SAR=51;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103238;STB=0.536507;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0209553;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:130:49:49:75:81:0.623077:51:24:22:27:52:29:22:27 chr3 75787961 . A G 162.92 PASS AF=0.22807;AO=26;DP=114;FAO=26;FDP=114;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=-0.0089032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.693;QD=5.71647;RBI=0.0113418;REFB=-0.0183158;REVB=-0.00702635;RO=83;SAF=11;SAR=15;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963008;STB=0.529266;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0408496;OID=.;OPOS=75787961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:83:88:26:26:0.22807:15:11:29:54:15:11:34:54 chr3 75787962 . G C 194.01 PASS AF=0.258929;AO=29;DP=112;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.0258946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8561;QD=6.92904;RBI=0.0261441;REFB=-0.0024442;REVB=-0.00360327;RO=83;SAF=12;SAR=17;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361808;STB=0.521724;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.014267;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:83:83:29:29:0.258929:17:12:32:51:17:12:32:51 chr3 75787996 . C T 84.39 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.0073619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4865;QD=4.96402;RBI=0.0490137;REFB=0.00353316;REVB=0.0484577;RO=54;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269112;STB=0.669163;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0134802;OID=.;OPOS=75787996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:54:54:14:14:0.205882:6:8:19:35:6:8:19:35 chr3 75788010 . A C 769.91 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.003;QD=57.03;RBI=0.0503652;REFB=0;REVB=0.0171893;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51709e-05;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:33:20:0:0:33:21:0:0 chr3 75788023 . C T 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00354327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0652;QD=18.7954;RBI=0.0424563;REFB=-0.0182823;REVB=-0.0423082;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175836;STB=0.59883;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0124117;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:13:10:7:20:13:10:7:20 chr3 75788028 . G C 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0144444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.365;QD=8.63996;RBI=0.0174117;REFB=-0.000746439;REVB=0.00972238;RO=33;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22564;STB=0.653589;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00727218;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:33:34:13:13:0.276596:10:3:13:20:10:3:14:20 chr3 75788040 . G A 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0089261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.695;QD=4.0496;RBI=0.00898666;REFB=-0.00570084;REVB=0.00104157;RO=34;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38436;STB=0.774959;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0231987;OID=.;OPOS=75788040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:6:1:14:20:6:1:14:20 chr3 75788076 . A C 119.57 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0241839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0772;QD=13.6646;RBI=0.049979;REFB=-0.0102692;REVB=0.0437383;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19746;STB=0.629443;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0174243;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:9:5:11:9:9:5:12:9 chr3 75788115 . G A 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0192772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.845;QD=10.1677;RBI=0.0307513;REFB=0.0029407;REVB=-0.023959;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207791;STB=0.62145;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00555342;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:10:9:25:13:10:9:25:13 chr3 75788152 . T G 164.79 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00506569;FXX=0.104639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.972;QD=8.56051;RBI=0.0258729;REFB=-0.00532777;REVB=0.0253721;RO=54;SAF=11;SAR=11;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17764;STB=0.597317;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00820083;OID=.;OPOS=75788152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:77:54:55:22:22:0.285714:11:11:35:19:11:11:35:20 chr3 75788156 . C T 36.48 PASS AF=0.0978261;AO=8;DP=92;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.0193332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.121;QD=1.58601;RBI=0.0341545;REFB=-0.00882177;REVB=-0.028156;RO=83;SAF=5;SAR=3;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108482;STB=0.626578;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.050208;OID=.;OPOS=75788156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:92:83:83:8:9:0.0978261:3:5:44:39:3:6:44:39 chr3 75788158 . G C 296.43 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00209985;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.558;QD=13.0298;RBI=0.0275201;REFB=-0.0124184;REVB=0.0274398;RO=56;SAF=21;SAR=13;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111253;STB=0.56978;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0261098;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:56:57:34:34:0.373626:13:21:29:27:13:21:29:28 chr3 75788165 . T C 42.21 PASS AF=0.105263;AO=10;DP=95;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.00402279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.498;QD=1.77706;RBI=0.0417976;REFB=-0.00303961;REVB=-0.0416036;RO=85;SAF=6;SAR=4;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567885;STB=0.543016;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0311415;OID=.;OPOS=75788165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:95:95:85:85:10:10:0.105263:4:6:47:38:4:6:47:38 chr3 75788199 . T C 116.96 PASS AF=0.184211;AO=21;DP=114;FAO=21;FDP=114;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=0.00743449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.508;QD=4.10377;RBI=0.0921128;REFB=-0.00664477;REVB=0.0918123;RO=93;SAF=9;SAR=12;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204557;STB=0.630422;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.034088;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:93:93:21:21:0.184211:12:9:55:38:12:9:55:38 chr3 75788217 . G A 51.51 PASS AF=0.111111;AO=12;DP=108;FAO=12;FDP=108;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.0179093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.534;QD=1.90789;RBI=0.0302638;REFB=-0.001162;REVB=-0.0243958;RO=95;SAF=8;SAR=4;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148602;STB=0.615188;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0115203;OID=.;OPOS=75788217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:108:108:95:96:12:12:0.111111:4:8:52:43:4:8:52:44 chr3 75788226 . CA AG,GG 419.17 PASS AF=0.196262,0.261682;AO=21,28;DP=107;FAO=21,28;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=10,16;FSAR=11,12;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00116548,-0.00323073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=201.895,198.865;QD=15.67;RBI=0.0257941,0.0214021;REFB=-0.0197111,-0.0169996;REVB=-0.0257678,-0.0211569;RO=58;SAF=10,16;SAR=11,12;SRF=31;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0706818,0.0431922;STB=0.542679,0.525234;STBP=0.659,0.759;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0334395,0.00777561;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:107:107:58:58:21,28:21,28:0.196262,0.261682:11,12:10,16:31:27:11,12:10,16:31:27 chr3 75788230 . C T 81.17 PASS AF=0.148148;AO=16;DP=108;FAO=16;FDP=108;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.0391166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6179;QD=3.00611;RBI=0.0392069;REFB=-0.0109224;REVB=-0.00265897;RO=89;SAF=9;SAR=7;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435588;STB=0.525669;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0250626;OID=.;OPOS=75788230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:108:108:89:92:16:16:0.148148:7:9:47:42:7:9:49:43 chr3 75788245 . C T 156.52 PASS AF=0.230769;AO=24;DP=104;FAO=24;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.00125646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.517;QD=6.0198;RBI=0.0158736;REFB=-0.0136104;REVB=-0.0158238;RO=80;SAF=15;SAR=9;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188242;STB=0.615845;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0346472;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:80:80:24:24:0.230769:9:15:38:42:9:15:38:42 chr3 75788258 . C A 366.21 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00827125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.036;QD=16.2761;RBI=0.00925426;REFB=-0.0133309;REVB=0.00415064;RO=51;SAF=22;SAR=17;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133304;STB=0.574962;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0132435;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:17:22:22:29:17:22:22:29 chr3 75788281 . T C 262.13 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00927829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.286;QD=14.768;RBI=0.0257143;REFB=0.00265955;REVB=0.0239821;RO=41;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189743;STB=0.614383;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00728207;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:41:29:30:0.422535:13:16:15:26:13:17:15:26 chr3 75788291 . AT AA,GA 225.44 PASS AF=0.149254,0.268657;AO=10,18;DP=67;FAO=10,18;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=8,8;FSAR=2,10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0352086,-0.00127934;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=113.501,220.186;QD=13.4588;RBI=0.035212,0.0115842;REFB=0.0103378,0.000167474;REVB=0.000490477,-0.0115133;RO=38;SAF=8,8;SAR=2,10;SRF=13;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.529909,0.121143;STB=0.830153,0.559935;STBP=0.029,0.501;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0317798,-0.00276681;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:67:67:38:39:10,18:10,18:0.149254,0.268657:2,10:8,8:13:25:2,10:8,8:14:25 chr3 75788316 . C T 85.34 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0601629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6902;QD=6.56428;RBI=0.0644669;REFB=-0.0364335;REVB=0.0231604;RO=40;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148829;STB=0.594432;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.110088;OID=.;OPOS=75788316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:8:4:18:22:8:4:18:22 chr3 75790444 . G A 462.3 PASS AF=0.46;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00125935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.865;QD=18.492;RBI=0.0355834;REFB=-0.0253678;REVB=-0.0355611;RO=48;SAF=26;SAR=20;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564546;STB=0.525367;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0272286;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:100:48:54:46:46:0.46:20:26:30:18:20:26:33:21 chr3 75790446 . GG TA 31.94 PASS AF=0.0891089;AO=7;DP=101;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=-0.0425288;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=2;MLLD=221.707;QD=1.26478;RBI=0.0452659;REFB=-0.00462901;REVB=-0.0155019;RO=90;SAF=3;SAR=4;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181999;STB=0.737015;STBP=0.173;TYPE=mnp;VARB=0.0399652;OID=.;OPOS=75790446;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:101:101:90:92:7:9:0.0891089:4:3:54:36:6:3:56:36 chr3 75790466 . G T 34.28 PASS AF=0.0833333;AO=10;DP=120;FAO=10;FDP=120;FR=.;FRO=110;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=-0.0481824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.638;QD=1.14257;RBI=0.0490293;REFB=-0.00516327;REVB=0.00907364;RO=109;SAF=5;SAR=5;SRF=63;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887526;STB=0.574853;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0480669;OID=.;OPOS=75790466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:120:109:110:10:10:0.0833333:5:5:63:46:5:5:64:46 chr3 75790479 . C T 293.17 PASS AF=0.333333;AO=37;DP=113;FAO=38;FDP=114;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0120797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.591;QD=10.2867;RBI=0.0148363;REFB=-0.00975493;REVB=-0.00861376;RO=76;SAF=22;SAR=15;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110793;STB=0.57119;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0276525;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:76:76:37:38:0.333333:15:22:38:38:15:23:38:38 chr3 75790513 . T C 1515.78 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.033933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.623;QD=62.5064;RBI=0.0429613;REFB=-0.0889417;REVB=0.0263482;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00015614;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:97:0:1:94:96:0.989691:47:47:0:0:48:48:0:1 chr3 75790516 . T A 56.1 PASS AF=0.123711;AO=12;DP=97;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.0708882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9339;QD=2.31354;RBI=0.0708964;REFB=-0.00386987;REVB=0.00107644;RO=85;SAF=4;SAR=8;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225647;STB=0.661798;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0341301;OID=.;OPOS=75790516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:97:97:85:85:12:12:0.123711:8:4:44:41:8:4:44:41 chr3 75790797 . C T 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0508328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.95;QD=5.21671;RBI=0.0513831;REFB=-0.00763947;REVB=-0.00749997;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463449;STB=0.821684;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0270742;OID=.;OPOS=75790797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:20:21:6:6:0.222222:5:1:11:9:5:1:12:9 chr3 75790814 . C T 62.33 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0474238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2851;QD=7.79066;RBI=0.0811571;REFB=-0.00806067;REVB=-0.0658594;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391836;STB=0.524421;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0120834;OID=.;OPOS=75790814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:11:12:5:4:11:12 chr3 75790822 . A G 202.37 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0670319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.755;QD=24.53;RBI=0.0714699;REFB=-0.0454888;REVB=-0.0247925;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182979;STB=0.545409;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0315636;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:33:33:12:13:19:20:0.606061:10:9:6:6:10:10:5:8 chr3 75790838 . C T 52.62 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0481222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8897;QD=7.01633;RBI=0.0498722;REFB=-0.0233141;REVB=-0.0130955;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280468;STB=0.695912;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.062989;OID=.;OPOS=75790838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:21:22:8:8:0.266667:6:2:10:11:6:2:11:11 chr3 75790860 . C T 36.41 PASS AF=0.24;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0630749;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.563;QD=5.82598;RBI=0.0741944;REFB=-0.0032133;REVB=0.0390688;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48555;STB=0.820818;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0256779;OID=.;OPOS=75790860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:25:19:19:6:6:0.24:5:1:11:8:5:1:11:8 chr3 75832499 . G C 132.62 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.035796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3149;QD=15.1564;RBI=0.0887132;REFB=-0.0276413;REVB=0.0811707;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745182;STB=0.538411;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0348133;OID=.;OPOS=75832499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:20:15:15:0.428571:7:8:11:7:7:8:12:8 chr3 75986663 . C A 1269.03 PASS AF=0.410405;AO=130;DP=335;FAO=142;FDP=346;FR=.;FRO=204;FSAF=77;FSAR=65;FSRF=105;FSRR=99;FWDB=-0.00315043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.83;QD=14.6709;RBI=0.010938;REFB=-0.0361671;REVB=0.0104745;RO=198;SAF=71;SAR=59;SRF=100;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444329;STB=0.516311;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0470134;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:346:198:204:130:142:0.410405:59:71:100:98:65:77:105:99 chr3 75986686 . A G 1470.41 PASS AF=0.410127;AO=162;DP=395;FAO=162;FDP=395;FR=.;FRO=233;FSAF=80;FSAR=82;FSRF=113;FSRR=120;FWDB=0.00496782;FXX=0.00252519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9083;QD=14.8902;RBI=0.0169281;REFB=-0.0217783;REVB=0.0161827;RO=228;SAF=80;SAR=82;SRF=111;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733003;STB=0.50522;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0301657;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:395:228:233:162:162:0.410127:82:80:111:117:82:80:113:120 chr3 75986695 . G A 168.3 PASS AF=0.111374;AO=47;DP=415;FAO=47;FDP=422;FR=.;FRO=375;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=175;FSRR=200;FWDB=-0.0112449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.296;QD=1.59528;RBI=0.0116099;REFB=-0.00373208;REVB=-0.0028886;RO=368;SAF=23;SAR=24;SRF=168;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041174;STB=0.520185;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0326851;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:422:368:375:47:47:0.111374:24:23:168:200:24:23:175:200 chr3 75986717 . G A 153.17 PASS AF=0.105634;AO=45;DP=426;FAO=45;FDP=426;FR=.;FRO=381;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=154;FSRR=227;FWDB=-0.00499978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.113;QD=1.43825;RBI=0.0146634;REFB=-0.00363838;REVB=-0.0137846;RO=374;SAF=26;SAR=19;SRF=148;SRR=226;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223342;STB=0.651525;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0420211;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:426:374:381:45:45:0.105634:19:26:148:226:19:26:154:227 chr3 75986719 . G C 1535.33 PASS AF=0.413462;AO=167;DP=419;FAO=172;FDP=416;FR=.;FRO=244;FSAF=64;FSAR=108;FSRF=111;FSRR=133;FWDB=0.00829359;FXX=0.0188675;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4264;QD=14.7628;RBI=0.0278552;REFB=-0.0106101;REVB=0.0265918;RO=229;SAF=60;SAR=107;SRF=106;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112584;STB=0.550629;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0128922;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:419:416:229:244:167:172:0.413462:107:60:106:123:108:64:111:133 chr3 80677187 . T C 706.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952647;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.269;QD=61.4115;RBI=0.0149184;REFB=0;REVB=0.0114806;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143077;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:25:18:0:0:28:18:0:0 chr3 81643167 . T C 960.79 PASS AF=0.932432;AO=67;DP=72;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0727979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.529;QD=51.9347;RBI=0.073178;REFB=-0.00342972;REVB=0.00744925;RO=5;SAF=13;SAR=54;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116738;STB=0.558043;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000209219;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:74:5:5:67:69:0.932432:54:13:4:1:55:14:4:1 chr3 81698130 . T C 772.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145901;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.618;QD=64.3415;RBI=0.0240114;REFB=0;REVB=0.0190703;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219704;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:25:21:0:0:26:22:0:0 chr3 81810702 . A AG 306.17 PASS AF=1;AO=27;DP=32;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.7338;QD=43.7379;RBI=0.107437;REFB=0;REVB=0.0910096;RO=5;SAF=14;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816806;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00726333;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:32:28:28:0:14:14:0:0:6:5:14:13:4:1 chr3 81810725 . C T 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7339;QD=51.1777;RBI=0.0492415;REFB=0;REVB=-0.0366428;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.40657e-05;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr3 85434950 . C T 71.68 PASS AF=0.145455;AO=12;DP=74;FAO=8;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0249463;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.062;QD=5.21307;RBI=0.0256008;REFB=0.00355219;REVB=-0.00575184;RO=39;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0188474;OID=.;OPOS=85434950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:74:55:39:40:12:8:0.145455:7:5:10:29:6:2:10:30 chr3 86411485 . A G 274.28 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0231078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.506;QD=24.9346;RBI=0.0265325;REFB=-0.0202394;REVB=0.0130386;RO=18;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169778;STB=0.582213;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0194037;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:18:19:25:25:0.568182:11:14:6:12:11:14:7:12 chr3 86411527 . G A 75.54 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0137402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2632;QD=11.6218;RBI=0.0357784;REFB=-0.00527738;REVB=-0.0330349;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277675;STB=0.666325;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00540713;OID=.;OPOS=86411527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:9:7:7:3:9:7 chr3 86995839 . T TC 292.66 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.7459;QD=43.3575;RBI=0.213287;REFB=0;REVB=0.117607;RO=4;SAF=6;SAR=19;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860119;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0151039;OID=.;OPOS=86995840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:30:27:27:0:6:21:0:0:5:4:6:19:2:2 chr3 87295049 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.774;QD=64.4141;RBI=0.0319141;REFB=0;REVB=0.0246757;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182434;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr3 87304561 . G A 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0260119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.017;QD=12.0713;RBI=0.0287043;REFB=-0.00594421;REVB=-0.0121374;RO=40;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784908;STB=0.545416;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0159939;OID=.;OPOS=87304561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:16:8:16:24:16:8:16:24 chr3 87791778 . C T 350.87 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00126359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6911;QD=20.6395;RBI=0.0168076;REFB=-0.0264961;REVB=-0.01676;RO=32;SAF=22;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225749;STB=0.624931;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0193494;OID=.;OPOS=87791778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:14:22:11:21:14:22:11:21 chr3 88041650 . G A 256.42 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0140816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.77;QD=10.5739;RBI=0.0152836;REFB=-0.00247422;REVB=-0.00594108;RO=65;SAF=15;SAR=17;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203372;STB=0.61752;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00649965;OID=.;OPOS=88041650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:65:65:32:32:0.329897:17:15:42:23:17:15:42:23 chr3 88101694 . G T 1697.2 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0142494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2522;QD=59.5508;RBI=0.0287883;REFB=-0.0470017;REVB=-0.0250145;RO=1;SAF=31;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015068;STB=0.507935;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000116768;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:82:31:1:0:82:31:1:0 chr3 88105264 . A C 1541.4 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.047105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.279;QD=62.2789;RBI=0.0471682;REFB=-0.1005;REVB=-0.00244263;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000138146;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:99:0:1:97:98:0.989899:50:47:0:0:50:48:1:0 chr3 88105818 . T C 531.93 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5248;QD=57.5055;RBI=0.102087;REFB=-0.0680692;REVB=0.0957949;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100275;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:1:0:36:37:1:20:16:1:0:20:17:0:0 chr3 88105879 . TACTTC T,TACTTA 259.87 PASS AF=0.9,0.1;AO=18,2;DP=21;FAO=18,2;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452889,0.0228947;FXX=0.0908678;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=223.709,59.3402;QD=51.9735;RBI=0.0488635,0.0272066;REFB=0,0;REVB=0.0183454,0.0146979;RO=0;SAF=6,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00215934,0.0516694;OID=.,.;OPOS=88105880,88105884;OREF=ACTTC,C;OALT=-,A;OMAPALT=T,TACTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9,0.1:18,2:21:18,2:20:0:6,0:12,2:0:0:10:0:6,0:12,2:0:0 chr3 88189341 . T C 941.12 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00849494;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6999;QD=58.8201;RBI=0.0448375;REFB=0;REVB=0.0440254;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205299;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr3 88190768 . C A 465.63 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.532;QD=58.204;RBI=0.0365749;REFB=0;REVB=0.00952639;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113574;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:13:19:0:0 chr3 88190809 . C T 677.45 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00642388;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.012;QD=63.019;RBI=0.00661012;REFB=0;REVB=0.00155801;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.30446e-06;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr3 88191144 . A T 365.07 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0142699;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=328.674;QD=52.1526;RBI=0.0210756;REFB=-0.0776997;REVB=0.0155097;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.52939;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.000189842;OID=.;OPOS=88191144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:0:1:26:27:0.964286:8:18:0:0:8:19:0:1 chr3 88191170 . TGGGGA TGGG,TGGGA 254.35 PASS AF=0,1;AO=11,10;DP=23;FAO=0,23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411606,-0.0401183;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=180.484,25.7462;QD=44.2351;RBI=0.0444033,0.0674166;REFB=0,0;REVB=0.016657,-0.0541805;RO=1;SAF=9,7;SAR=2,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0473806,-0.0596689;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00478824;OID=.,.;OPOS=88191174,88191171;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:11,10:23:0,23:23:0:0,17:0,6:0:0:5:1:9,7:2,3:1:0 chr3 88192423 . A G 520.43 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.602;QD=59.4774;RBI=0.0729052;REFB=0;REVB=0.0709525;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457945;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr3 88192484 . T C 702.18 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.928;QD=62.4156;RBI=0.096984;REFB=0;REVB=0.0691921;RO=1;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149113;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019828;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:1:0:43:45:1:31:12:0:1:32:13:0:0 chr3 88199298 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.348;QD=52.6127;RBI=0.0118334;REFB=0;REVB=0.0100603;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010095;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr3 96327750 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.965;QD=47.8224;RBI=0.0208587;REFB=0;REVB=0.0168626;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410164;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr3 97365038 . G A 326.72 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.0287398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.694;QD=15.0217;RBI=0.0333919;REFB=-0.00649156;REVB=-0.0170011;RO=50;SAF=13;SAR=23;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320825;STB=0.68519;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.01069;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:36:36:0.413793:23:13:34:16:23:13:35:16 chr3 97365074 . A G 267.46 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00842358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0988;QD=13.7159;RBI=0.011758;REFB=-0.0392807;REVB=-0.00820325;RO=47;SAF=11;SAR=20;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316067;STB=0.679499;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0488194;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:20:11:31:16:20:11:31:16 chr3 97367132 . C T 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0127793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.296;QD=12.307;RBI=0.0426005;REFB=-0.011592;REVB=-0.0406385;RO=41;SAF=15;SAR=10;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163685;STB=0.509426;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0186611;OID=.;OPOS=97367132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:10:15:24:17:10:15:24:17 chr3 97583339 . C T 176.37 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00648995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.514;QD=20.1567;RBI=0.0599646;REFB=-0.0138734;REVB=-0.0596123;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364952;STB=0.512806;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0116826;OID=.;OPOS=97583339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:17:18:18:0.514286:8:10:9:6:8:10:9:8 chr3 97591153 . C T 218.49 PASS AF=0.419355;AO=24;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.000744609;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.776;QD=14.0962;RBI=0.00106763;REFB=-0.0248498;REVB=-0.000765108;RO=37;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302953;STB=0.668177;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0396439;OID=.;OPOS=97591153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:36:24:26:0.419355:8:16:14:23:9:17:13:23 chr3 97593380 . G A 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0477297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.529;QD=4.28953;RBI=0.0477307;REFB=-0.00415785;REVB=0.000315584;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125246;STB=0.558655;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.021221;OID=.;OPOS=97593380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:30:32:7:7:0.179487:3:4:14:16:3:4:16:16 chr3 97593485 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0462056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7903;QD=16.8982;RBI=0.0538055;REFB=-0.0292018;REVB=0.0275693;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323222;STB=0.683891;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0224188;OID=.;OPOS=97593485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:1:8:5:5:1:8 chr3 97607290 . G A 271.67 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0654549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.957;QD=20.8979;RBI=0.0656373;REFB=-0.00532568;REVB=0.00488971;RO=24;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749746;STB=0.541637;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00413879;OID=.;OPOS=97607290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:15:13:9:15:15:13:9:15 chr3 97660084 . C T 338.26 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0292194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5304;QD=28.7881;RBI=0.0313173;REFB=-0.0155212;REVB=-0.0112693;RO=17;SAF=8;SAR=21;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231495;STB=0.640347;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0182821;OID=.;OPOS=97660084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:18:29:29:0.617021:21:8:10:7:21:8:11:7 chr3 97660106 . A C 128.41 PASS AF=0.357143;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0572059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.759;QD=12.2293;RBI=0.0605081;REFB=-0.0135663;REVB=-0.0197158;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406384;STB=0.745971;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0469858;OID=.;OPOS=97660106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:27:14:15:0.357143:5:9:7:20:5:10:7:20 chr3 97664725 . C T 148.63 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0109122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.633;QD=11.2171;RBI=0.0127854;REFB=-0.00383886;REVB=-0.00666266;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131322;STB=0.591622;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00586523;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:34:18:19:0.358491:9:9:13:21:9:10:13:21 chr3 97673268 . A C 1382.0 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102331;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.418;QD=62.8181;RBI=0.0155137;REFB=0;REVB=0.0116601;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32543e-05;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:56:32:0:0:56:32:0:0 chr3 97726747 . T A 1153.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.686;QD=60.7126;RBI=0.0308387;REFB=0;REVB=0.0304874;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39777e-05;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr3 97983257 . C G 1514.03 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600805;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.617;QD=63.7487;RBI=0.00601726;REFB=0;REVB=-0.000332752;RO=0;SAF=31;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304578;OID=.;OPOS=97983257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:64:31:0:0:64:31:0:0 chr3 97983391 . C T 1669.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.685;QD=60.1656;RBI=0.0153211;REFB=0;REVB=0.0108049;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259934;OID=.;OPOS=97983391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:57:53:0:0:58:53:0:0 chr3 97983487 . TTGTAACCAC T 492.46 PASS AF=0.978261;AO=38;DP=49;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.013753;FXX=0.079984;HRUN=2;LEN=9;MLLD=304.003;QD=42.8225;RBI=0.0170395;REFB=0.00821606;REVB=-0.0100597;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=del;VARB=0.000146585;OID=.;OPOS=97983488;OREF=TGTAACCAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.978261:38:49:45:46:1:24:21:0:1:5:0:20:18:0:0 chr3 97983561 . G A,C 708.08 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,43;DP=45;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083,-0.0353293;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.616,151.934;QD=61.5718;RBI=0.0227132,0.0434455;REFB=0,0;REVB=0.0211424,0.0252855;RO=0;SAF=0,24;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0261331,-0.00263402;OID=.,.;OPOS=97983561,97983561;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:46:0:0:2,43:2,44:0.0434783,0.956522:2,19:0,24:0:0:2,20:0,24:0:0 chr3 97983711 . T C 648.28 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00946733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.164;QD=57.6248;RBI=0.00977503;REFB=-0.222362;REVB=0.00243328;RO=2;SAF=13;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193671;STB=0.510323;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00566849;OID=.;OPOS=97983711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:2:2:43:43:0.955556:30:13:1:1:30:13:1:1 chr3 97983942 . A G 1165.89 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.586;QD=59.0325;RBI=0.031989;REFB=0;REVB=0.0176212;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167799;OID=.;OPOS=97983942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:76:79:1:35:41:0:0:36:43:0:0 chr3 97983981 . G A 1032.16 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7025;QD=57.3424;RBI=0.0248761;REFB=0;REVB=0.0248479;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742602;OID=.;OPOS=97983981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:72:0:0:69:72:1:34:35:0:0:37:35:0:0 chr3 98110406 . G GA,GAA 216.68 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=27,7;DP=47;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177084,0.104931;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.24764,8.32531;QD=19.2607;RBI=0.20554,0.118557;REFB=-0.0281867,-0.0231547;REVB=-0.104346,-0.0551849;RO=12;SAF=15,3;SAR=12,4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112439,-0.324104;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0145502,-0.188449;OID=.,.;OPOS=98110407,98110407;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.955556,0.0444444:27,7:47:43,2:45:0:24,1:19,1:0:0:4:12:15,3:12,4:9:3 chr3 98304467 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.186;QD=63.2855;RBI=0.0276971;REFB=0;REVB=0.0194366;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58142e-05;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr3 98518072 . A G 156.97 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00699193;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.546;QD=22.4241;RBI=0.0287641;REFB=-0.021334;REVB=0.0279013;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06032;STB=0.518844;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0117561;OID=.;OPOS=98518072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:11:12:16:16:0.571429:10:6:5:6:10:6:5:7 chr3 98518377 . C T 1041.78 PASS AF=0.520833;AO=100;DP=192;FAO=100;FDP=192;FR=.;FRO=92;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=-0.00666644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.449;QD=21.7037;RBI=0.00726077;REFB=-0.0037803;REVB=0.00287705;RO=91;SAF=57;SAR=43;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208488;STB=0.513649;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00314356;OID=.;OPOS=98518377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:91:92:100:100:0.520833:43:57:54:37:43:57:55:37 chr3 98540931 . T C 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.043288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.013;QD=22.5795;RBI=0.0579042;REFB=-0.00140242;REVB=-0.0384584;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191213;STB=0.607311;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000594495;OID=.;OPOS=98540931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:6:1:5:7:6:1 chr3 98540982 . A G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0178967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7883;QD=10.4721;RBI=0.038259;REFB=-0.00861134;REVB=0.0338151;RO=24;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164556;STB=0.599822;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0154729;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:3:9:15:9:3:9:15:9 chr3 98541012 . G A 472.09 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.063;QD=57.2225;RBI=0.0212807;REFB=0;REVB=-0.0138227;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339476;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:12:21:0:0 chr3 98541116 . G A 194.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00507547;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7316;QD=18.1149;RBI=0.0629895;REFB=-0.0158813;REVB=0.0627847;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15124;STB=0.581316;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0196885;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:23:20:20:0.465116:10:10:14:7:10:10:15:8 chr3 100170553 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.172;QD=55.6542;RBI=0.0222804;REFB=0;REVB=-0.0147704;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35823e-05;OID=.;OPOS=100170553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr3 100287764 . T C 1975.42 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.769;QD=61.7319;RBI=0.0500824;REFB=0;REVB=0.0464212;RO=0;SAF=51;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.42534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45171e-05;OID=.;OPOS=100287764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:127:128:1:76:51:0:0:77:51:0:0 chr3 100352193 . A G 972.49 PASS AF=0.428571;AO=107;DP=251;FAO=108;FDP=252;FR=.;FRO=144;FSAF=25;FSAR=83;FSRF=61;FSRR=83;FWDB=0.000822299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4955;QD=15.4363;RBI=0.0237637;REFB=-0.0219022;REVB=0.0237495;RO=125;SAF=25;SAR=82;SRF=50;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198153;STB=0.632326;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0364467;OID=.;OPOS=100352193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:252:125:144:107:108:0.428571:82:25:50:75:83:25:61:83 chr3 100368546 . A G 638.26 PASS AF=0.941176;AO=46;DP=52;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.015897;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.956;QD=50.0595;RBI=0.0459808;REFB=-0.07496;REVB=0.0431453;RO=3;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760095;STB=0.53657;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00293097;OID=.;OPOS=100368546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:52:51:3:3:46:48:0.941176:17:29:0:3:19:29:0:3 chr3 100467018 . T C 223.29 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.103;QD=49.6201;RBI=0.063261;REFB=0;REVB=0.0513521;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115689;OID=.;OPOS=100467018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:7:9:0:0:9:9:0:0 chr3 100468407 . C CAGTT,T 631.8 PASS AF=0.803279,0.0655738;AO=47,4;DP=61;FAO=49,4;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=31,4;FSAR=18,0;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00397452,-0.0119163;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=234.667,70.6766;QD=41.4297;RBI=0.0193963,0.0217377;REFB=-0.0203903,0.0263564;REVB=0.0189847,-0.0181804;RO=8;SAF=31,4;SAR=16,0;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118725,0.75998;STB=0.556031,0.9975;STBP=0.05,0.016;TYPE=ins,snp;VARB=0.00518316,-0.0160587;OID=.,.;OPOS=100468408,100468407;OREF=-,C;OALT=AGTT,T;OMAPALT=CAGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:61:61:8:8:47,4:49,4:0.803279,0.0655738:16,0:31,4:2:6:18,0:31,4:2:6 chr3 100617680 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.405;QD=58.9622;RBI=0.0235744;REFB=0;REVB=0.0199698;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109641;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr3 100949842 . G A 870.76 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0015;QD=56.1782;RBI=0.0577496;REFB=0.0380345;REVB=-0.0352293;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136821;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00244958;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:34:27:0:1:34:27:0:1 chr3 100963154 . G A 433.68 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0262754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.498;QD=23.4425;RBI=0.0388451;REFB=-0.0257451;REVB=0.0286102;RO=32;SAF=25;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00121448;STB=0.500667;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.024283;OID=.;OPOS=100963154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:17:25:19:13:17:25:19:13 chr3 101044304 . ATTTTTTTA ATTATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA 128.22 PASS AF=0.027027,0.513514,0,0;AO=3,8,5,3;DP=40;FAO=1,19,0,0;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=0,14,0,0;FSAR=1,5,0,0;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0189093,0.214555,0.0257555,-0.189843;FXX=0.0512689;HRUN=7,7,7,7;LEN=6,2,1,1;MLLD=200.665,15.006,7.76756,9.21787;QD=13.8621;RBI=0.0509868,0.226311,0.0653488,0.189968;REFB=0.00635923,-0.0285822,-0.00743017,0.00831166;REVB=-0.0473507,-0.0719891,-0.0600593,-0.00689741;RO=12;SAF=0,6,4,3;SAR=3,2,1,0;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.664653,0.192383,0.27779,0.613239;STB=0.992314,0.551914,0.5,0.5;STBP=0.22,0.568,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=-0.0335188,0.0636308,-0.0273996,0;OID=.,.,.,.;OPOS=101044307,101044311,101044305,101044311;OREF=TTTTTA,TA,T,T;OALT=ATTTTT,-,-,A;OMAPALT=ATTATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.027027,0.513514,0,0:3,8,5,3:40:1,19,0,0:37:17:0,14,0,0:1,5,0,0:11:6:94:12:0,6,4,3:3,2,1,0:7:5 chr3 101066717 . T A 159.39 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0676524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7915;QD=11.5916;RBI=0.067673;REFB=-0.024635;REVB=-0.00166762;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797137;STB=0.546157;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0456477;OID=.;OPOS=101066717;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:7:13:25:10:7:13:25:10 chr3 101283792 . C G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0104993;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.589;QD=12.0253;RBI=0.0137632;REFB=0.0049183;REVB=-0.00889889;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462238;STB=0.772288;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0133719;OID=.;OPOS=101283792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:9:3:14:6:9:3:14:6 chr3 101334753 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.257;QD=56.1915;RBI=0.0403755;REFB=0;REVB=0.0162017;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08018e-05;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr3 101484335 . G A 1330.12 PASS AF=0.978261;AO=83;DP=87;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00135751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0696;QD=57.8312;RBI=0.0295755;REFB=-0.0861594;REVB=0.0295443;RO=3;SAF=25;SAR=58;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238675;STB=0.507691;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00701327;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:92:3:2:83:90:0.978261:58:25:0:3:64:26:0:2 chr3 101571550 . A G 365.46 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7431;QD=54.1423;RBI=0.0530744;REFB=0;REVB=0.0502842;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200681;OID=.;OPOS=101571550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:17:10:0:0 chr3 101576027 . GGT ACC,GGTACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 30.95 PASS AF=0.142857,0.285714;AO=2,3;DP=15;FAO=2,4;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2,1;FSAR=0,3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0230492,-0.00787438;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,23;MLLD=220.94,378.115;QD=8.84401;RBI=0.0230715,0.0110776;REFB=-0.00578189,-0.00711156;REVB=-0.00101416,-0.00779154;RO=10;SAF=2,0;SAR=0,3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.542827,-0.679145;STB=0.993043,0.74875;STBP=0.333,0.313;TYPE=mnp,ins;VARB=0.009386,0.00282833;OID=.,.;OPOS=101576027,101576030;OREF=GGT,-;OALT=ACC,ACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC;OMAPALT=ACC,GGTACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:15:14:10:8:2,3:2,4:0.142857,0.285714:0,3:2,0:6:4:0,3:2,1:5:3 chr3 101576175 . T C 1453.08 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2421;QD=63.1773;RBI=0.0369905;REFB=0;REVB=0.0325059;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030124;OID=.;OPOS=101576175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:40:52:0:0:40:52:0:0 chr3 102878891 . C T 694.3 PASS AF=0.468354;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0128333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.553;QD=17.5771;RBI=0.0290402;REFB=-0.0257753;REVB=-0.0260507;RO=84;SAF=37;SAR=37;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800253;STB=0.544292;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0213412;OID=.;OPOS=102878891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:84:74:74:0.468354:37:37:49:35:37:37:49:35 chr3 102878921 . A C 603.16 PASS AF=0.469697;AO=61;DP=134;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.00571037;FXX=0.0364937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.881;QD=18.2774;RBI=0.0135705;REFB=-0.0036127;REVB=0.0123105;RO=70;SAF=29;SAR=32;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105835;STB=0.562297;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0260258;OID=.;OPOS=102878921;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:70:70:61:62:0.469697:32:29:41:29:33:29:41:29 chr3 103879569 . G A 4817.19 PASS AF=1;AO=295;DP=295;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.545;QD=64.2292;RBI=0.0668353;REFB=0;REVB=-0.00836365;RO=0;SAF=111;SAR=184;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16006e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67762e-05;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:295:300:0:0:295:300:1:184:111:0:0:185:115:0:0 chr3 103879599 . T A 1589.36 PASS AF=1;AO=86;DP=117;FAO=110;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257844;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.601;QD=57.7948;RBI=0.0335525;REFB=0;REVB=0.0214694;RO=7;SAF=23;SAR=63;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778315;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46908e-05;OID=.;OPOS=103879599;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:110:7:0:86:110:1:63:23:5:2:68:42:0:0 chr3 105258861 . A G 187.58 PASS AF=0.377049;AO=17;DP=64;FAO=23;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0239959;FXX=0.0468677;HRUN=6;LEN=1;MLLD=103.507;QD=12.3003;RBI=0.0407217;REFB=-0.00452707;REVB=-0.0329007;RO=22;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250006;STB=0.59814;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00550289;OID=.;OPOS=105258861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:22:38:17:23:0.377049:4:13:12:10:8:15:19:19 chr3 105260596 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.872;QD=58.1418;RBI=0.0383928;REFB=0;REVB=0.032186;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227937;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr3 105400420 . T C 447.27 PASS AF=0.5;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=-0.00987581;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.672;QD=20.3304;RBI=0.0292019;REFB=-0.0185932;REVB=0.0274813;RO=43;SAF=21;SAR=23;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244422;STB=0.638307;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00850289;OID=.;OPOS=105400420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:43:44:44:44:0.5:23:21:9:34:23:21:9:35 chr3 105421034 . C T 462.26 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0320586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.886;QD=18.128;RBI=0.0332566;REFB=-0.0130325;REVB=-0.00884551;RO=52;SAF=27;SAR=22;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223116;STB=0.627362;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0166934;OID=.;OPOS=105421034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:53:49:49:0.480392:22:27:16:36:22:27:16:37 chr3 105422844 . C T 996.38 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023121;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.233;QD=59.4851;RBI=0.00259266;REFB=0;REVB=-0.00117307;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140496;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:28:38:0:0:29:38:0:0 chr3 106613060 . T G 379.42 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00742195;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.052;QD=24.4787;RBI=0.0170502;REFB=0.0109716;REVB=0.0153501;RO=25;SAF=25;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211551;STB=0.616373;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00715161;OID=.;OPOS=106613060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:25:25:37:37:0.596774:12:25:10:15:12:25:10:15 chr3 106617500 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.546;QD=59.4338;RBI=0.0678956;REFB=0;REVB=-0.00252487;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014716;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr3 107096547 . G A 554.91 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0125156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.743;QD=55.4905;RBI=0.0167846;REFB=-0.0450218;REVB=0.011184;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283818;STB=0.529396;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00146725;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:16:22:0:1:16:22:0:2 chr3 107646728 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.676;QD=52.6132;RBI=0.0310035;REFB=0;REVB=0.000518055;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126496;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr3 107646807 . G T 403.61 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0411657;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.848;QD=53.8144;RBI=0.0433132;REFB=0.0207024;REVB=0.0134693;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-7.62609e-05;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:0:1:17:12:0:1 chr3 107646895 . T C 464.87 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0270817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0691;QD=48.934;RBI=0.104151;REFB=0.00805737;REVB=-0.100569;RO=3;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717646;STB=0.549971;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0069847;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:38:3:4:34:34:0.894737:18:16:0:3:18:16:0:4 chr3 107940924 . AGGCACCCGGGCGCTCGGGGACGCC A 280.03 PASS AF=0.44;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0119081;FXX=0.0909008;HRUN=2;LEN=24;MLLD=487.455;QD=11.2013;RBI=0.0174507;REFB=-0.0191213;REVB=-0.0127563;RO=42;SAF=13;SAR=31;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0.202067;SSSB=-0.109643;STB=0.540108;STBP=0.514;TYPE=del;VARB=0.0205374;OID=.;OPOS=107940925;OREF=GGCACCCGGGCGCTCGGGGACGCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:44:114:44:100:56:13:31:20:36:99:42:13:31:17:25 chr3 108072425 . C T 458.5 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.00653556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.484;QD=15.6752;RBI=0.0653808;REFB=-0.0107604;REVB=-0.0650533;RO=66;SAF=30;SAR=21;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223629;STB=0.624952;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0106224;OID=.;OPOS=108072425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:51:51:0.435897:21:30:24:42:21:30:24:42 chr3 108072524 . G A 136.78 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=-0.0263805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.736;QD=7.10568;RBI=0.037849;REFB=-0.00957481;REVB=-0.0271407;RO=57;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193652;STB=0.616;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0360712;OID=.;OPOS=108072524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:57:57:20:20:0.25974:11:9:17:40:11:9:17:40 chr3 108135680 . C T 188.47 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0111824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.339;QD=11.0867;RBI=0.0113997;REFB=-0.0325594;REVB=-0.00221505;RO=44;SAF=13;SAR=11;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298309;STB=0.517312;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0582228;OID=.;OPOS=108135680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:11:13:25:19:11:13:25:19 chr3 108159977 . G A 215.81 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0269589;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3178;QD=21.0548;RBI=0.0274665;REFB=-0.014558;REVB=0.00525612;RO=19;SAF=3;SAR=18;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291138;STB=0.68729;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0139419;OID=.;OPOS=108159977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:18:3:7:12:18:3:8:12 chr3 108248139 . A G 94.98 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0168198;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3554;QD=10.2676;RBI=0.0228657;REFB=-9.29972e-05;REVB=0.0154897;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289322;STB=0.67222;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000699391;OID=.;OPOS=108248139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:37:37:25:25:12:12:0.324324:5:7:8:17:5:7:8:17 chr3 108298260 . C T 223.79 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0414319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.026;QD=19.4603;RBI=0.0415553;REFB=-0.0187853;REVB=-0.00320113;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851252;STB=0.548149;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0154625;OID=.;OPOS=108298260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:12:12:13:9:12:12 chr3 108367749 . ATTTTTTA ATTTTTA,ATTTTTAT 711.2 PASS AF=0.844156,0;AO=75,12;DP=153;FAO=130,0;FDP=154;FR=.;FRO=24;FSAF=61,0;FSAR=69,0;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.105905,-0.113594;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.93556,86.2132;QD=18.4727;RBI=0.187819,0.115741;REFB=-0.149556,-0.0198609;REVB=0.155113,0.0221889;RO=49;SAF=36,12;SAR=39,0;SRF=5;SRR=44;SSEN=0.40625,0;SSEP=0,0;SSSB=0.281113,0.857585;STB=0.534436,0.5;STBP=0.034,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.17961,0;OID=.,.;OPOS=108367750,108367755;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.844156,0:75,12:153:130,0:154:24:61,0:69,0:6:18:32:49:36,12:39,0:5:44 chr3 108403086 . T C 1117.22 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.858;QD=60.3903;RBI=0.0245908;REFB=0;REVB=0.00157657;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77101e-05;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:36:37:0:0:36:38:0:0 chr3 108557820 . T C 804.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.352;QD=64.3813;RBI=0.00277748;REFB=0;REVB=0.00051517;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67855e-05;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:27:23:0:0 chr3 108634973 . C A 833.09 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.032532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8973;QD=54.6291;RBI=0.0715636;REFB=0.0550509;REVB=-0.0637418;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177973;STB=0.509088;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00653543;OID=.;OPOS=108634973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:61:1:1:58:60:0.983607:32:26:1:0:33:27:1:0 chr3 108639423 . C T 280.2 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0541326;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3544;QD=21.1474;RBI=0.0542265;REFB=0.0100014;REVB=0.00319027;RO=22;SAF=19;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263987;STB=0.629049;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00732844;OID=.;OPOS=108639423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:24:29:29:0.54717:10:19:7:15:10:19:9:15 chr3 108677821 . C A 138.1 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0136967;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.981;QD=7.26817;RBI=0.0257829;REFB=-0.00339331;REVB=-0.0218439;RO=55;SAF=9;SAR=11;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223714;STB=0.639403;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00897857;OID=.;OPOS=108677821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:55:56:20:20:0.263158:11:9:35:20:11:9:36:20 chr3 108703548 . C T 260.15 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0553455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9008;QD=16.784;RBI=0.0559013;REFB=-0.00744085;REVB=-0.00786356;RO=33;SAF=9;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233067;STB=0.631485;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00520554;OID=.;OPOS=108703548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:20:9:18:15:20:9:18:15 chr3 108703587 . C T 283.06 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0195529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8402;QD=17.4189;RBI=0.0225088;REFB=0.0136623;REVB=0.0111503;RO=32;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156537;STB=0.586152;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0124558;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:32:34:31:31:0.476923:14:17:12:20:14:17:13:21 chr3 108725862 . T C 299.61 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0112162;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7147;QD=15.9794;RBI=0.0146532;REFB=-0.0205412;REVB=0.0094294;RO=42;SAF=10;SAR=23;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253966;STB=0.643676;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0260608;OID=.;OPOS=108725862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:33:33:0.44:23:10:23:19:23:10:23:19 chr3 108737868 . G A 192.8 PASS AF=0.342466;AO=23;DP=71;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.0176971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.888;QD=10.5646;RBI=0.0203309;REFB=-0.0177891;REVB=0.0100079;RO=47;SAF=11;SAR=12;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256266;STB=0.611212;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0351403;OID=.;OPOS=108737868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:47:48:23:25:0.342466:12:11:33:14:12:13:33:15 chr3 108737939 . A C 234.32 PASS AF=0.489362;AO=21;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0430545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5656;QD=19.9417;RBI=0.0431962;REFB=0.00861053;REVB=0.00349686;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850068;STB=0.537815;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00850121;OID=.;OPOS=108737939;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:21:23:0.489362:14:7:10:14:15:8:10:14 chr3 108754214 . T C 212.58 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0281776;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.952;QD=16.0434;RBI=0.0391399;REFB=-0.0157512;REVB=0.0271653;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10733;STB=0.569582;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0169639;OID=.;OPOS=108754214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:13:11:16:12:13:11:17:12 chr3 108754238 . A T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00927467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.347;QD=60.5101;RBI=0.0127567;REFB=0.0373413;REVB=0.00875858;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000385984;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:1:0:21:24:1:0 chr3 108754260 . A G 295.84 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0325465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.512;QD=22.3271;RBI=0.032567;REFB=-0.0116719;REVB=-0.00115371;RO=23;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932773;STB=0.542685;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0131885;OID=.;OPOS=108754260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:23:29:30:0.566038:16:13:13:10:16:14:13:10 chr3 108867128 . A G 250.66 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0421237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1981;QD=14.5308;RBI=0.0459208;REFB=0.0102504;REVB=-0.0182844;RO=39;SAF=10;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124489;STB=0.56471;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0136425;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:19:10:18:21:19:10:18:22 chr3 109047928 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0428965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.438;QD=11.9535;RBI=0.0449689;REFB=-0.00167786;REVB=-0.0134941;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221468;STB=0.631272;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00382089;OID=.;OPOS=109047928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:3:8:4:4:3:8 chr3 109052732 . T C 160.44 PASS AF=0.33871;AO=20;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.0175763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.362;QD=10.3509;RBI=0.0266524;REFB=-0.0118126;REVB=-0.0200356;RO=40;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387773;STB=0.505258;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0209738;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:41:20:21:0.33871:15:5:9:31:16:5:10:31 chr3 109178707 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.843;QD=40.7629;RBI=0.0512074;REFB=0;REVB=0.0268963;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405109;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr3 109178758 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.701;QD=37.4885;RBI=0.0552912;REFB=0;REVB=-0.0552367;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000773924;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr3 110611137 . G A 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0144089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8364;QD=53.3611;RBI=0.0412155;REFB=-0.0811374;REVB=0.0386148;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00248711;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:10:19:0:0:10:19:1:0 chr3 110793050 . G A 1360.46 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116997;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.077;QD=62.5499;RBI=0.0211464;REFB=0;REVB=0.0176149;RO=0;SAF=59;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4409e-05;OID=.;OPOS=110793050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:28:59:0:0:28:59:0:0 chr3 110866337 . T C 512.22 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.0538279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0697;QD=19.7007;RBI=0.0547615;REFB=-0.0420721;REVB=0.0100688;RO=51;SAF=24;SAR=29;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144881;STB=0.579681;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0497101;OID=.;OPOS=110866337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:29:24:15:36:29:24:15:36 chr3 111263902 . A G 35.25 PASS AF=0.109091;AO=7;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0890521;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.6844;QD=2.56357;RBI=0.129203;REFB=-0.0392484;REVB=-0.093611;RO=37;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219172;STB=0.798936;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.15416;OID=.;OPOS=111263902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:55:55:37:48:7:6:0.109091:2:5:20:17:1:5:25:23 chr3 111298145 . A G 329.64 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0373408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6303;QD=20.9295;RBI=0.0407507;REFB=-0.0325841;REVB=-0.0163183;RO=29;SAF=8;SAR=26;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182551;STB=0.601787;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.027504;OID=.;OPOS=111298145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:26:8:12:17:26:8:12:17 chr3 111313457 . T C 817.65 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0659645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9365;QD=53.6167;RBI=0.0665355;REFB=0.00307371;REVB=0.00869776;RO=2;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269414;STB=0.514281;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00197713;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:2:2:58:59:0.967213:34:24:0:2:34:25:0:2 chr3 111313854 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.052;QD=49.599;RBI=0.0883872;REFB=0;REVB=0.0161919;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144797;OID=.;OPOS=111313854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr3 111356082 . CG C,CC 1663.34 PASS AF=0.0782609,0.921739;AO=41,74;DP=117;FAO=9,106;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=2,56;FSAR=7,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260065,0.0643349;FXX=0.0170926;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.3713,63.4491;QD=57.8553;RBI=0.0262488,0.0646644;REFB=0,0;REVB=-0.00355827,0.00652024;RO=0;SAF=20,38;SAR=21,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.02085e-08,3.79579e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0428439,0.0212336;OID=.,.;OPOS=111356083,111356083;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0782609,0.921739:41,74:117:9,106:115:0:2,56:7,50:0:0:13:0:20,38:21,36:0:0 chr3 111604540 . G GC 253.22 PASS AF=1;AO=5;DP=36;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.245189;FXX=0.156201;HRUN=0;LEN=1;MLLD=141.743;QD=37.5139;RBI=0.252249;REFB=0;REVB=-0.0592634;RO=29;SAF=4;SAR=1;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528206;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00664172;OID=.;OPOS=111604541;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:36:27:27:0:14:13:0:0:3:29:4:1:9:20 chr3 111604541 . G C 313.31 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00927879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.987;QD=36.8599;RBI=0.00954585;REFB=-0.0562478;REVB=-0.00224216;RO=8;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255931;STB=0.639699;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00313838;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:18:8:7:1:18:8:7:1 chr3 111694438 . T C 1379.82 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=91;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0651788;FXX=0.0531858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2113;QD=62.0146;RBI=0.0939191;REFB=0.0194884;REVB=0.0676204;RO=1;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116984;STB=0.506023;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00123656;OID=.;OPOS=111694438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:89:1:1:87:88:0.988764:40:47:0:1:41:47:0:1 chr3 111760771 . A G 994.27 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.173;QD=57.6387;RBI=0.0231825;REFB=-0.0897924;REVB=0.0201907;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.50704;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000288176;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:0:1:67:68:0.985507:32:35:0:0:33:35:1:0 chr3 111765834 . G A 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0195372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.187;QD=55.5193;RBI=0.0397799;REFB=0.0183878;REVB=0.0346517;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000815334;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:14:19:0:1:14:19:0:1 chr3 111799845 . A T 3108.05 PASS AF=0.994949;AO=196;DP=199;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0428793;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5251;QD=62.7889;RBI=0.0432123;REFB=-0.0349803;REVB=-0.00535429;RO=1;SAF=77;SAR=119;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398552;STB=0.502074;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00101178;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:199:198:1:1:196:197:0.994949:119:77:0:1:120:77:0:1 chr3 111828384 . G GT,T 385.4 PASS AF=0.54878,0;AO=35,7;DP=83;FAO=45,0;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=32,0;FSAR=13,0;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0026127,-9.52914e-05;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=18.5866,217.715;QD=18.8;RBI=0.034431,0.0117574;REFB=0.0421698,-3.22117e-05;REVB=-0.0343318,-0.011757;RO=38;SAF=24,6;SAR=11,1;SRF=24;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0569799,0.339372;STB=0.54716,0.5;STBP=0.36,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0492861,0;OID=.,.;OPOS=111828385,111828384;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:38:37:35,7:45,0:0.54878,0:11,1:24,6:24:14:13,0:32,0:23:14 chr3 111828423 . G A 1134.9 PASS AF=0.9625;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.060779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.062;QD=56.7448;RBI=0.06096;REFB=-0.0625935;REVB=0.00469442;RO=3;SAF=35;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388441;STB=0.519995;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00179235;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:76:77:0.9625:41:35:3:0:41:36:3:0 chr3 111898387 . A G 187.67 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00289051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.354;QD=12.7236;RBI=0.0101505;REFB=-0.0167803;REVB=-0.00973024;RO=36;SAF=15;SAR=8;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779992;STB=0.544984;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0167355;OID=.;OPOS=111898387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:8:15:21:15:8:15:21:15 chr3 111918216 . A G 734.58 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00407287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.369;QD=53.4237;RBI=0.0151385;REFB=0.0061788;REVB=-0.0145803;RO=2;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336247;STB=0.508769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-8.47666e-05;OID=.;OPOS=111918216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:2:1:53:54:0.981818:27:26:0:2:28:26:0:1 chr3 111921225 . G T 793.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.085;QD=63.4729;RBI=0.0281102;REFB=0;REVB=0.0279;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394804;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:21:27:0:0:22:28:0:0 chr3 111923123 . G A 1003.2 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0214969;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.26;QD=58.1567;RBI=0.0312191;REFB=-0.043957;REVB=0.0226388;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000623172;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:42:26:0:0:42:26:0:1 chr3 111981849 . C T 151.04 PASS AF=0.361702;AO=18;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0192247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3439;QD=12.8544;RBI=0.0202691;REFB=0.0115229;REVB=0.00642225;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149609;STB=0.618674;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.019768;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:18:17:0.361702:8:10:12:17:7:10:12:18 chr3 111981878 . T C 92.94 PASS AF=0.3;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.010597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.684;QD=9.29412;RBI=0.0233413;REFB=-0.0086251;REVB=-0.0207972;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139846;STB=0.558725;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.026278;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:40:27:28:11:12:0.3:7:4:13:14:7:5:14:14 chr3 111981924 . T C 88.76 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0354223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.804;QD=14.7929;RBI=0.0369114;REFB=-0.003299;REVB=0.0103784;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572116;STB=0.533274;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00393624;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:4:9:7:4:4:9 chr3 112059768 . C G 545.1 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.787;QD=57.379;RBI=0.0351004;REFB=-0.120413;REVB=0.0284526;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.512814;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0013982;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:18:19:0:0:18:19:1:0 chr3 112066562 . G A 147.43 PASS AF=0.3125;AO=21;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0144474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.721;QD=9.21461;RBI=0.0153309;REFB=-0.00756367;REVB=0.00512946;RO=43;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932422;STB=0.578049;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.02;OID=.;OPOS=112066562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:44:21:20:0.3125:11:10:17:26:10:10:17:27 chr3 112081560 . T A,TTA 494.61 PASS AF=0,0.733333;AO=4,36;DP=76;FAO=0,44;FDP=60;FR=.;FRO=16;FSAF=0,22;FSAR=0,22;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00521361,0.0357525;FXX=0.0322529;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=116.223,144.843;QD=32.9739;RBI=0.0568202,0.061153;REFB=-0.112735,-0.12925;REVB=0.0565805,0.049613;RO=33;SAF=2,18;SAR=2,18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118591,0.0915308;STB=0.5,0.516659;STBP=1,0.71;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0427448;OID=.,.;OPOS=112081560,112081561;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:76:60:33:16:4,36:0,44:0,0.733333:2,18:2,18:13:20:0,22:0,22:7:9 chr3 112185025 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.952;QD=60.3767;RBI=0.0354016;REFB=0;REVB=0.00766367;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83888e-05;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr3 112190137 . G T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.585;QD=59.3227;RBI=0.063142;REFB=0;REVB=0.0622353;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131687;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr3 112935113 . G C 192.64 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0428151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6392;QD=16.0533;RBI=0.108877;REFB=-0.0134574;REVB=0.100105;RO=27;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32844;STB=0.69979;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0381718;OID=.;OPOS=112935113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:15:5:15:12:15:5:16:12 chr3 112935138 . C G 225.58 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00443009;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.082;QD=19.6155;RBI=0.102836;REFB=-0.00688998;REVB=-0.10274;RO=24;SAF=6;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231107;STB=0.631452;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0105821;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:24:22:22:0.478261:16:6:12:12:16:6:12:12 chr3 112993367 . G A 420.88 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0268095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.208;QD=20.5305;RBI=0.0295105;REFB=-0.0103387;REVB=-0.0123337;RO=40;SAF=29;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180496;STB=0.600327;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0117883;OID=.;OPOS=112993367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:13:29:20:20:13:29:20:20 chr3 112997554 . A G 229.84 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00352205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2041;QD=17.68;RBI=0.0038347;REFB=0.00673457;REVB=0.00151659;RO=27;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116764;STB=0.565863;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00713036;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:16:9:13:14:16:9:13:14 chr3 112998268 . G A 259.32 PASS AF=0.333333;AO=35;DP=105;FAO=35;FDP=105;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.0219488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.525;QD=9.87901;RBI=0.0257755;REFB=-0.00382906;REVB=-0.013514;RO=70;SAF=20;SAR=15;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242804;STB=0.639923;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0143166;OID=.;OPOS=112998268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:70:70:35:35:0.333333:15:20:25:45:15:20:25:45 chr3 113010466 . T C 903.91 PASS AF=0.55;AO=88;DP=160;FAO=88;FDP=160;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00544153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.131;QD=22.5977;RBI=0.00544964;REFB=-0.0198172;REVB=0.000297179;RO=71;SAF=45;SAR=43;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841241;STB=0.542544;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.013071;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:71:72:88:88:0.55:43:45:29:42:43:45:30:42 chr3 113022870 . T C 868.15 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7046;QD=57.8763;RBI=0.0238157;REFB=0;REVB=0.0231233;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159751;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr3 113046640 . A G 239.1 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0358435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.077;QD=20.349;RBI=0.0386752;REFB=-0.0199896;REVB=-0.0145264;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038794;STB=0.531571;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0230602;OID=.;OPOS=113046640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:11:12:13:10:11:12:14:10 chr3 113176122 . G A 429.16 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0170886;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.746;QD=22.2941;RBI=0.0366773;REFB=-0.0248266;REVB=-0.0324531;RO=35;SAF=26;SAR=16;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592848;STB=0.532608;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0173207;OID=.;OPOS=113176122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:16:26:24:11:16:26:24:11 chr3 113222036 . G A 511.03 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.00265051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.48;QD=16.8937;RBI=0.0308128;REFB=0.00150859;REVB=0.0306986;RO=65;SAF=24;SAR=31;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187407;STB=0.599845;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00215372;OID=.;OPOS=113222036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:65:66:55:55:0.454545:31:24:41:24:31:24:41:25 chr3 113373930 . A G 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4493;QD=61.676;RBI=0.012804;REFB=0;REVB=0.00173561;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218569;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr3 113655207 . C T 352.93 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0226312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5358;QD=15.8619;RBI=0.0227967;REFB=-0.00370257;REVB=0.0027416;RO=50;SAF=10;SAR=28;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22363;STB=0.633747;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00415153;OID=.;OPOS=113655207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:50:51:38:38:0.426966:28:10:23:27:28:10:24:27 chr3 113673125 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4466;QD=57.1759;RBI=0.0447979;REFB=0;REVB=-0.0447814;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000534348;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr3 113679589 . C A 151.2 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.016927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.277;QD=11.1997;RBI=0.0175698;REFB=-0.014707;REVB=-0.00470915;RO=34;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280443;STB=0.657943;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0304757;OID=.;OPOS=113679589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:5:14:17:17:5:14:18:17 chr3 113801826 . C T 187.54 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0430176;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6918;QD=19.2348;RBI=0.0464507;REFB=-0.00215416;REVB=0.017526;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14704;STB=0.569758;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00675029;OID=.;OPOS=113801826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:20:19:19:0.487179:12:7:11:10:12:7:10:10 chr3 113858350 . C T 1520.91 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.258;QD=61.4511;RBI=0.00962999;REFB=0;REVB=-0.0083381;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177946;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:99:0:0:92:99:1:43:49:0:0:45:54:0:0 chr3 113890815 . C T 1533.98 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00197412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.359;QD=62.6114;RBI=0.0110299;REFB=-0.021971;REVB=-0.0108518;RO=1;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824859;STB=0.504347;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-1.91521e-05;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:57:40:0:1:57:40:0:1 chr3 115440074 . C CCT,T 98.12 PASS AF=0.481481,0;AO=8,2;DP=36;FAO=13,0;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8,0;FSAR=5,0;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0420731,-0.00776248;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=75.014,32.3649;QD=14.537;RBI=0.097761,0.140711;REFB=-0.0972855,-0.0143769;REVB=0.0882444,-0.140497;RO=23;SAF=8,0;SAR=0,2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.729471,-0.522115;STB=0.555473,0.5;STBP=0.633,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.126235,0;OID=.,.;OPOS=115440075,115440074;OREF=-,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:36:27:23:14:8,2:13,0:0.481481,0:0,2:8,0:13:10:5,0:8,0:10:4 chr3 116301660 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.554;QD=42.1826;RBI=0.121014;REFB=0;REVB=-0.020982;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249102;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr3 116683964 . G C 6148.5 PASS AF=1;AO=385;DP=393;FAO=387;FDP=387;FR=.;FRO=0;FSAF=199;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106379;FXX=0.0227267;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.53;QD=63.5504;RBI=0.0279175;REFB=-0.0797409;REVB=0.0278972;RO=2;SAF=199;SAR=186;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000166695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239689;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:393:387:2:0:385:387:1:186:199:1:1:188:199:0:0 chr3 118269774 . A G 1281.57 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.175179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.94;QD=58.2531;RBI=0.175265;REFB=0.0221192;REVB=0.00548005;RO=2;SAF=28;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326341;STB=0.512894;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000124355;OID=.;OPOS=118269774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:2:3:85:85:0.965909:57:28:2:0:57:28:2:1 chr3 118621664 . C A 389.55 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=54;FWDB=0.00928646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.879;QD=13.2052;RBI=0.00952898;REFB=-0.0278251;REVB=0.00213616;RO=72;SAF=15;SAR=31;SRF=18;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972336;STB=0.554808;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0431337;OID=.;OPOS=118621664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:72:72:46:46:0.389831:31:15:18:54:31:15:18:54 chr3 118649060 . G A,T 674.06 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,42;DP=44;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127721,0.0505688;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=56.1232,171.002;QD=61.2783;RBI=0.0442962,0.058981;REFB=0,0;REVB=0.0424149,0.0303571;RO=0;SAF=1,25;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-2.98888e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0917736,0.00350815;OID=.,.;OPOS=118649060,118649060;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:2,42:2,42:0.0454545,0.954545:1,17:1,25:0:0:1,17:1,25:0:0 chr3 118824042 . A ATTC 62.52 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00440285;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=3;MLLD=233.629;QD=9.61802;RBI=0.00778413;REFB=-0.00458711;REVB=-0.00641932;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.575601;STBP=0.625;TYPE=ins;VARB=0.0108763;OID=.;OPOS=118824043;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:8:29:9:26:17:3:6:4:13:62:20:2:6:5:15 chr3 118865801 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.017906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.035;QD=14.742;RBI=0.0179064;REFB=-0.0166126;REVB=0.00012049;RO=25;SAF=3;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256319;STB=0.650962;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0200217;OID=.;OPOS=118865801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:14:3:9:16:14:3:9:16 chr3 118865970 . G A 89.56 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00246852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.411;QD=15.5754;RBI=0.104318;REFB=-0.0405324;REVB=-0.104289;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343697;STB=0.519964;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0294351;OID=.;OPOS=118865970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:5:7:6:5:5:7 chr3 118878789 . C T 318.26 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.043262;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.835;QD=22.7328;RBI=0.0458473;REFB=-0.0096438;REVB=0.015178;RO=24;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741801;STB=0.540976;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00658647;OID=.;OPOS=118878789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:24:24:32:32:0.571429:19:13:12:12:19:13:12:12 chr3 118909159 . A G 657.58 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0541598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7061;QD=59.7801;RBI=0.055349;REFB=-0.0957885;REVB=-0.0114117;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00203697;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:1:0:20:23:1:0 chr3 118909911 . AC ACA,CA 35.72 PASS AF=0.195122,0.0243902;AO=5,3;DP=41;FAO=8,1;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=1,0;FSAR=7,1;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0350444,0.0145765;FXX=0;HRUN=2,5;LEN=1,2;MLLD=17.3136,26.8254;QD=3.48495;RBI=0.0438607,0.0442313;REFB=-0.0331173,-0.0149048;REVB=0.0263751,-0.0417604;RO=29;SAF=1,0;SAR=4,3;SRF=16;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.409277,-0.572889;STB=0.837099,0.989887;STBP=0.067,0.465;TYPE=ins,mnp;VARB=0.109605,0.0500946;OID=.,.;OPOS=118909913,118909911;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:41:41:29:32:5,3:8,1:0.195122,0.0243902:4,3:1,0:16:13:7,1:1,0:16:16 chr3 118948716 . G A 495.8 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00247583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.866;QD=16.5267;RBI=0.00582581;REFB=-0.00939024;REVB=-0.00527355;RO=66;SAF=17;SAR=37;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164233;STB=0.591965;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0169753;OID=.;OPOS=118948716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:66:54:54:0.45:37:17:31:35:37:17:31:35 chr3 119118104 . A G 402.7 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4799;QD=55.5449;RBI=0.152098;REFB=0;REVB=0.148801;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296461;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:18:11:0:0 chr3 119133183 . G A 455.13 PASS AF=0.916667;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0288165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.015;QD=50.5704;RBI=0.0536354;REFB=-0.00723538;REVB=0.0452367;RO=3;SAF=12;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103316;STB=0.551692;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0010762;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:36:3:3:32:33:0.916667:20:12:3:0:20:13:3:0 chr3 119196166 . T C 250.77 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0110164;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.483;QD=14.1279;RBI=0.0291686;REFB=-0.0221263;REVB=0.0270083;RO=39;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368893;STB=0.52332;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0340331;OID=.;OPOS=119196166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:42:29:29:0.408451:12:17:23:16:12:17:23:19 chr3 119197285 . A G 905.41 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206729;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1577;QD=58.4134;RBI=0.0597897;REFB=0;REVB=0.059754;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553146;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr3 119248301 . G A 1287.46 PASS AF=0.513834;AO=128;DP=250;FAO=130;FDP=253;FR=.;FRO=123;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=57;FSRR=66;FWDB=-0.0395197;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4464;QD=20.3551;RBI=0.053511;REFB=0.00999678;REVB=-0.0360779;RO=113;SAF=48;SAR=80;SRF=47;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037085;STB=0.539716;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0107805;OID=.;OPOS=119248301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:253:113:123:128:130:0.513834:80:48:47:66:80:50:57:66 chr3 119248320 . AAA AGA,TAG 990.52 PASS AF=0.484163,0;AO=47,16;DP=207;FAO=107,0;FDP=221;FR=.;FRO=114;FSAF=43,0;FSAR=64,0;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=0.000804352,0.000819014;FXX=0.0264306;HRUN=9,9;LEN=1,3;MLLD=259.249,242.938;QD=17.9279;RBI=0.0393677,0.0416197;REFB=-0.0077836,-0.00629239;REVB=-0.0393595,-0.0416117;RO=62;SAF=31,3;SAR=16,13;SRF=27;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.231394,-0.354094;STB=0.528782,0.5;STBP=0.415,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00847231,0;OID=.,.;OPOS=119248321,119248320;OREF=A,AAA;OALT=G,TAG;OMAPALT=AGA,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:221:62:114:47,16:107,0:0.484163,0:16,13:31,3:27:35:64,0:43,0:52:62 chr3 119263680 . C T 126.68 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0638686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.225;QD=11.2607;RBI=0.0639098;REFB=0.00565785;REVB=0.00229378;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207466;STB=0.621214;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0063851;OID=.;OPOS=119263680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:7:23:9:6:7:23 chr3 119306579 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.762;QD=61.6835;RBI=0.0343931;REFB=0;REVB=0.0342458;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106844;OID=.;OPOS=119306579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr3 119338956 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000930706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.305;QD=63.0525;RBI=0.00274567;REFB=0;REVB=-0.00258311;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14707e-06;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:53:37:0:0:54:37:0:0 chr3 119367390 . T C 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00191235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.875;QD=58.2429;RBI=0.0139691;REFB=-0.0563547;REVB=0.0138376;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00161164;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:16:23:1:0:16:23:1:0 chr3 119395662 . C G 1806.05 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010889;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7854;QD=60.7074;RBI=0.0474974;REFB=0;REVB=0.0462324;RO=0;SAF=79;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49722e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076213;OID=.;OPOS=119395662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:117:119:1:38:79:0:0:39:80:0:0 chr3 119426307 . T C 536.16 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00879585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.285;QD=54.9906;RBI=0.0564616;REFB=-0.0562492;REVB=0.0557722;RO=2;SAF=11;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230211;STB=0.512309;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00218194;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:26:11:1:1:26:11:1:1 chr3 119434527 . G C 1503.43 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451274;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.435;QD=63.9756;RBI=0.0468548;REFB=0;REVB=0.0126052;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160556;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chr3 119533910 . T C 1171.36 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9688;QD=60.85;RBI=0.0732043;REFB=0;REVB=0.0632427;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033212;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr3 119886360 . C T 369.66 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.030804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.205;QD=22.4037;RBI=0.0309014;REFB=-0.0113415;REVB=-0.00245238;RO=28;SAF=13;SAR=24;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150062;STB=0.576287;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00812998;OID=.;OPOS=119886360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:29:37:37:0.560606:24:13:15:13:24:13:15:14 chr3 119886548 . G C 689.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4528;QD=62.6551;RBI=0.0478066;REFB=0;REVB=0.0430205;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338916;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr3 119886776 . T A 1216.15 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00381554;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.108;QD=60.0566;RBI=0.0308968;REFB=0.0408328;REVB=0.0306603;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129698;STB=0.506848;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-6.91302e-05;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:80:80:0.987654:36:44:0:1:36:44:0:1 chr3 120389316 . T A 995.79 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.105;QD=57.727;RBI=0.0235686;REFB=-0.0889034;REVB=0.00279579;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000385893;OID=.;OPOS=120389316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:38:30:1:0:38:30:1:0 chr3 121100283 . G A 357.92 PASS AF=0.349206;AO=44;DP=128;FAO=44;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.000835985;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4918;QD=11.3627;RBI=0.00147706;REFB=-0.00841719;REVB=-0.00121772;RO=80;SAF=17;SAR=27;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157571;STB=0.598429;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0101895;OID=.;OPOS=121100283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:80:82:44:44:0.349206:27:17:42:38:27:17:44:38 chr3 121137976 . C T 309.93 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0257343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.546;QD=18.7835;RBI=0.0295063;REFB=-0.0224026;REVB=-0.0144349;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162371;STB=0.590439;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0174817;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:19:14:20:13:19:14:20:13 chr3 121138015 . C T 177.28 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0246883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9479;QD=12.2262;RBI=0.037385;REFB=-0.0221006;REVB=0.0280736;RO=36;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717508;STB=0.541364;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0346584;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:10:12:22:14:10:12:22:14 chr3 121154974 . T C 435.89 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0113602;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.97;QD=18.3533;RBI=0.0232777;REFB=-0.0097857;REVB=-0.0203174;RO=51;SAF=27;SAR=17;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586452;STB=0.503273;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0120016;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:51:44:44:0.463158:17:27:31:20:17:27:31:20 chr3 121206517 . T C 345.21 PASS AF=0.5;AO=37;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0640422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4076;QD=19.1784;RBI=0.0829977;REFB=-0.00632058;REVB=-0.0527941;RO=34;SAF=9;SAR=28;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25515;STB=0.628955;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00637774;OID=.;OPOS=121206517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:36:37:36:0.5:28:9:17:17:27:9:17:19 chr3 121208833 . G C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0149995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.857;QD=11.086;RBI=0.0214796;REFB=-0.014304;REVB=-0.0153749;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688201;STB=0.540921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0403156;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:15:10:6:7:15:10 chr3 121238749 . G A 769.3 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.747;QD=56.9849;RBI=0.0891911;REFB=0;REVB=-0.0885608;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000409337;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr3 121263720 . C A,T 1181.24 PASS AF=0.925926,0.0617284;AO=73,6;DP=80;FAO=75,5;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=29,0;FSAR=46,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.089396,-0.0186391;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.9313,187.163;QD=58.3329;RBI=0.104294,0.0234977;REFB=0.0293951,0.0423335;REVB=0.0537183,-0.0143082;RO=0;SAF=28,0;SAR=45,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.1195e-08,0;STB=0.505375,0.5;STBP=0.53,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00422833,0.151886;OID=.,.;OPOS=121263720,121263720;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:80:81:0:1:73,6:75,5:0.925926,0.0617284:45,6:28,0:0:0:46,5:29,0:0:1 chr3 121340536 . T C 631.8 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.049456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5233;QD=19.5905;RBI=0.056705;REFB=-0.0182497;REVB=-0.0277409;RO=65;SAF=34;SAR=30;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119353;STB=0.565826;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0182845;OID=.;OPOS=121340536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:65:64:64:0.496124:30:34:26:39:30:34:26:39 chr3 121350966 . C G 375.57 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.802;QD=55.6405;RBI=0.0637106;REFB=0;REVB=0.0184677;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633797;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr3 121351338 . C T 136.77 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.029515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.697;QD=18.8652;RBI=0.0295624;REFB=-0.0264223;REVB=0.0016732;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130632;STB=0.588672;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0302954;OID=.;OPOS=121351338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:8:6:4:10:8:7:4:10 chr3 121372875 . A G 49.56 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00910929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2625;QD=15.2488;RBI=0.0104975;REFB=-0.0227405;REVB=-0.0052172;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308536;STB=0.680376;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0156107;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:1:5:3:4:1:5 chr3 121373111 . T C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0154236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.647;QD=21.745;RBI=0.0247172;REFB=-0.0337573;REVB=0.0193145;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649904;STB=0.536547;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0307873;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:11:8:8:8:11:8:8:8 chr3 121415610 . G A 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0116369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.04;QD=16.9208;RBI=0.0131723;REFB=-0.017742;REVB=-0.00617188;RO=50;SAF=16;SAR=24;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178763;OID=.;OPOS=121415610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:24:16:20:30:24:16:20:30 chr3 121435621 . T C 31.61 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0277636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2187;QD=14.0485;RBI=0.0812249;REFB=0.00210983;REVB=-0.0763326;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00832846;OID=.;OPOS=121435621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:8:9:3:4:5:5:0.555556:2:3:2:1:2:3:2:2 chr3 121435624 . C T 31.01 PASS AF=0.5;AO=4;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=5.11638e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.925;QD=12.4029;RBI=0.00819207;REFB=-0.0332545;REVB=-0.00819191;RO=5;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320004;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0335169;OID=.;OPOS=121435624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:9:10:5:5:4:5:0.5:1:3:2:3:2:3:2:3 chr3 121488995 . C G 502.67 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0709;QD=59.1376;RBI=0.143937;REFB=0;REVB=0.143852;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001734;OID=.;OPOS=121488995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:30:34:1:9:21:0:0:13:21:0:0 chr3 121500699 . C T 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0229924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2864;QD=10.1853;RBI=0.0239708;REFB=0.00748553;REVB=-0.00677852;RO=34;SAF=4;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345856;STB=0.708398;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00822559;OID=.;OPOS=121500699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:11:4:19:15:11:4:19:15 chr3 121526204 . G A 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7521;QD=53.2678;RBI=0.0654196;REFB=0;REVB=0.0494147;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177074;OID=.;OPOS=121526204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr3 121544937 . CA C,CC 35.54 PASS AF=0.204545,0.0454545;AO=11,4;DP=44;FAO=9,2;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=6,1;FSAR=3,1;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.228571,-0.180614;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.6825,22.2847;QD=3.23109;RBI=0.23209,0.18247;REFB=-0.102827,-0.0626292;REVB=-0.040264,-0.025961;RO=29;SAF=6,2;SAR=5,2;SRF=13;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.113535,0.0580474;STB=0.687091,0.570734;STBP=0.244,0.835;TYPE=del,snp;VARB=0.146138,0.0488162;OID=.,.;OPOS=121544938,121544938;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204545,0.0454545:11,4:44:9,2:44:33:6,1:3,1:14:19:29:29:6,2:5,2:13:16 chr3 121641693 . G A 192.97 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0587707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.25;QD=13.7837;RBI=0.0594107;REFB=-0.0166836;REVB=-0.0086965;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034965;STB=0.511801;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0231364;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:33:23:23:0.410714:10:13:17:15:10:13:18:15 chr3 121642048 . A T 285.35 PASS AF=0.5;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0186511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5896;QD=18.4094;RBI=0.0241065;REFB=3.43264e-05;REVB=0.0152728;RO=29;SAF=21;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799436;STB=0.535939;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.000482244;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:29:31:30:31:0.5:9:21:18:11:10:21:19:12 chr3 121643170 . A T 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0312923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.653;QD=18.9128;RBI=0.0590772;REFB=-0.000788401;REVB=-0.050109;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478301;STB=0.526681;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.000451594;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:14:15:16:12:14:15:16:12 chr3 121643804 . C T 325.45 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0539209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0523;QD=14.7933;RBI=0.0627532;REFB=-0.00388714;REVB=-0.0321015;RO=51;SAF=20;SAR=16;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344311;STB=0.524408;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00709459;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:52:36:36:0.409091:16:20:30:21:16:20:31:21 chr3 121646641 . A G 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00954822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.499;QD=13.7477;RBI=0.0118297;REFB=-0.0150524;REVB=-0.00698371;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100007;STB=0.557567;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0203669;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:15:7:13:19:15:7:13:19 chr3 121647286 . C T 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.023034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.066;QD=19.4077;RBI=0.0277989;REFB=-0.0142676;REVB=-0.0155633;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00890763;STB=0.504959;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0128861;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:19:11:10:18:19:11:10:18 chr3 121648168 . G A 173.1 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0299186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.251;QD=18.714;RBI=0.0301082;REFB=-0.0267222;REVB=0.00337364;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215434;STB=0.621494;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0285196;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:14:5:9:9:14:5 chr3 121712051 . A C 514.11 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0044092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.288;QD=55.5793;RBI=0.141517;REFB=-0.0914201;REVB=0.141448;RO=1;SAF=31;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103379;STB=0.508192;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0205603;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:35:36:0.972973:4:31:0:1:6:30:1:0 chr3 121825197 . G A 1245.74 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.794;QD=61.5179;RBI=0.0278112;REFB=0;REVB=0.0176601;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128543;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:48:32:0:0:48:33:0:0 chr3 121836966 . TGAGAGAGAGGT TGAGAGAGGATG,TGAGAGAGGT 447.23 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=2,23;DP=35;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063253,0.0637938;FXX=0.0571265;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=58.4579,90.7486;QD=54.2094;RBI=0.0818197,0.0657581;REFB=0,0;REVB=-0.0518992,0.0159524;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0520327,0.0147536;OID=.,.;OPOS=121836974,121836967;OREF=AGGT,GA;OALT=GATG,-;OMAPALT=TGAGAGAGGATG,TGAGAGAGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0606061,0.939394:2,23:35:2,31:33:0:2,13:0,18:0:0:9:0:2,10:0,13:0:0 chr3 121838319 . G A 194.61 PASS AF=0.324675;AO=24;DP=76;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0182906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.564;QD=10.1096;RBI=0.0187974;REFB=-0.010924;REVB=-0.00433585;RO=51;SAF=16;SAR=8;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499114;STB=0.534314;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0190319;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:51:52:24:25:0.324675:8:16:32:19:8:17:33:19 chr3 121838791 . T C 286.52 PASS AF=0.350515;AO=31;DP=94;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0206583;FXX=0.029997;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.453;QD=11.8152;RBI=0.020686;REFB=-0.00553652;REVB=0.00106994;RO=61;SAF=14;SAR=17;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833512;STB=0.563863;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0115509;OID=.;OPOS=121838791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:61:63:31:34:0.350515:17:14:32:29:19:15:34:29 chr3 121838792 . TTG TCT,T 852.45 PASS AF=0,0.935484;AO=4,80;DP=99;FAO=0,58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=0,31;FSAR=0,27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.033994,0.00797113;FXX=0.379962;HRUN=4,4;LEN=2,2;MLLD=71.5826,140.932;QD=54.9964;RBI=0.0431223,0.00965687;REFB=-0.0344344,0.0131089;REVB=-0.026532,-0.00545125;RO=0;SAF=4,38;SAR=0,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.363636;SSSB=0,-3.26068e-08;STB=0.5,0.502234;STBP=1,0.898;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.000641115;OID=.,.;OPOS=121838793,121838793;OREF=TG,TG;OALT=CT,-;OMAPALT=TCT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.935484:4,80:99:0,58:62:4:0,31:0,27:2:2:16:0:4,38:0,42:0:0 chr3 122003045 . G C 1297.96 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.551;QD=61.8074;RBI=0.0268087;REFB=0;REVB=0.0266098;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41118e-05;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:84:0:0:78:84:1:34:44:0:0:39:45:0:0 chr3 122003769 . A G 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0410325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.534;QD=7.86315;RBI=0.0433962;REFB=-0.0236428;REVB=0.0141268;RO=34;SAF=3;SAR=9;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457788;STB=0.780804;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0422385;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:9:3:22:12:9:3:22:12 chr3 122003832 . G C 864.71 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6285;QD=57.6473;RBI=0.0465172;REFB=0;REVB=-0.034346;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43326e-05;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:31:29:0:0 chr3 122056432 . C T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0049495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.564;QD=18.1541;RBI=0.0467225;REFB=0.000895488;REVB=-0.0464597;RO=25;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148257;STB=0.584532;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00106628;OID=.;OPOS=122056432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:7:14:13:12:7:14:13:12 chr3 122186188 . C T 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.265;QD=64.1517;RBI=0.0317047;REFB=0;REVB=0.0305029;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209193;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr3 122290579 . C T 277.33 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00116359;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.664;QD=13.051;RBI=0.00850091;REFB=0.00563612;REVB=0.0084209;RO=46;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813268;STB=0.509972;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0132663;OID=.;OPOS=122290579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:46:53:32:32:0.376471:17:15:18:28:17:15:24:29 chr3 122296647 . G A 957.37 PASS AF=0.489691;AO=95;DP=195;FAO=95;FDP=194;FR=.;FRO=99;FSAF=23;FSAR=72;FSRF=32;FSRR=67;FWDB=0.0164218;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6238;QD=19.7395;RBI=0.0523057;REFB=-0.0380842;REVB=0.049661;RO=91;SAF=23;SAR=72;SRF=27;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637319;STB=0.553293;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0261919;OID=.;OPOS=122296647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:91:99:95:95:0.489691:72:23:27:64:72:23:32:67 chr3 122354037 . A G 152.52 PASS AF=0.5;AO=13;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0259526;FXX=0.0302939;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.127;QD=19.0645;RBI=0.0648438;REFB=-0.0472763;REVB=-0.0594238;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259793;STB=0.612769;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0322566;OID=.;OPOS=122354037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:8:15:13:16:0.5:7:6:4:4:8:8:4:11 chr3 122354792 . G A 433.47 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0113774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.573;QD=20.6412;RBI=0.0167308;REFB=-0.00360924;REVB=-0.0122667;RO=41;SAF=18;SAR=25;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937168;STB=0.551741;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00391888;OID=.;OPOS=122354792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:25:18:13:28:25:18:13:28 chr3 122418750 . G A 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00381932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4504;QD=22.3398;RBI=0.0624106;REFB=-0.0270428;REVB=-0.0622937;RO=14;SAF=17;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443182;STB=0.758537;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0106967;OID=.;OPOS=122418750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:1:17:10:4:1:17:10:4 chr3 122419083 . C A 289.31 PASS AF=0.54;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.005102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.04;QD=23.1449;RBI=0.010675;REFB=-0.0203123;REVB=0.00937684;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506998;STB=0.535688;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0176166;OID=.;OPOS=122419083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:23:26:27:0.54:14:12:12:11:15:12:12:11 chr3 122419381 . G A 119.85 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0272708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.051;QD=23.9708;RBI=0.0344207;REFB=-0.0053966;REVB=-0.021002;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118466;STB=0.566825;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00138243;OID=.;OPOS=122419381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:8:5:4:3:8:5:4:3 chr3 122437321 . T C 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5522;QD=64.4098;RBI=0.0777699;REFB=0;REVB=0.0690644;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702338;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr3 122459290 . G GAGA 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0184745;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=207.002;QD=11.8306;RBI=0.0215038;REFB=-0.034571;REVB=0.0110048;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368974;STB=0.682607;STBP=0.156;TYPE=ins;VARB=0.037683;OID=.;OPOS=122459291;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:11:32:11:29:18:4:7:12:6:85:21:4:7:15:6 chr3 122459477 . A G 455.22 PASS AF=0.480392;AO=47;DP=100;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0164187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.852;QD=17.8516;RBI=0.0383436;REFB=-0.0247012;REVB=-0.0346505;RO=51;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531671;STB=0.538878;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.022941;OID=.;OPOS=122459477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:51:53:47:49:0.480392:25:22:21:30:25:24:22:31 chr3 122496747 . T C 195.58 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.102801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.143;QD=12.618;RBI=0.104269;REFB=-0.00774899;REVB=-0.0174379;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378409;STB=0.521721;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0159297;OID=.;OPOS=122496747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:15:9:13:25:15:9:13:25 chr3 122630323 . T G 405.26 PASS AF=0.5;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00671742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.474;QD=19.7687;RBI=0.010522;REFB=-0.0112265;REVB=0.00809872;RO=41;SAF=17;SAR=23;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966915;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101485;OID=.;OPOS=122630323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:40:41:0.5:23:17:17:24:24:17:17:24 chr3 122630346 . T C 358.85 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00526239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9204;QD=19.9359;RBI=0.0326613;REFB=0.0197157;REVB=-0.0322346;RO=35;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368985;STB=0.511105;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0173206;OID=.;OPOS=122630346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:35:36:37:0.513889:23:13:14:21:23:14:14:21 chr3 122694930 . C T 943.08 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5184;QD=58.0356;RBI=0.0891253;REFB=0;REVB=0.0560831;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121346;OID=.;OPOS=122694930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:44:20:0:0:44:21:0:0 chr3 122880191 . T C 390.39 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0569942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.262;QD=19.0433;RBI=0.0571737;REFB=-0.0234303;REVB=-0.00452774;RO=41;SAF=18;SAR=22;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101146;STB=0.548484;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0245911;OID=.;OPOS=122880191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:22:18:14:27:22:18:15:27 chr3 122991021 . A T 991.38 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.444;QD=59.187;RBI=0.0270589;REFB=0;REVB=-0.0169248;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80168e-06;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:36:29:0:0:36:31:0:0 chr3 122991038 . C T 994.14 PASS AF=0.985507;AO=69;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0155505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.659;QD=57.6314;RBI=0.044633;REFB=-0.101835;REVB=0.0418364;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000584016;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:69:68:0.985507:39:30:0:0:38:30:0:1 chr3 123331775 . TAAG TAG,TAGT,TTAG 191.02 PASS AF=0.941176,0.0588235,0;AO=11,2,3;DP=17;FAO=16,1,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,0;FSAR=11,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18529,0.00934858,0.110527;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=23.9966,8.44228,6.29366;QD=44.9459;RBI=0.185327,0.00974921,0.114931;REFB=0,0,0;REVB=0.00370942,0.00276608,0.0315122;RO=1;SAF=3,1,0;SAR=8,1,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.127515,-0.25849,-0.727144;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0146661,-0.0143639,0;OID=.,.,.;OPOS=123331776,123331777,123331776;OREF=A,AG,A;OALT=-,GT,T;OMAPALT=TAG,TAGT,TTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.941176,0.0588235,0:11,2,3:17:16,1,0:17:0:5,0,0:11,1,0:0:0:6:1:3,1,0:8,1,3:1:0 chr3 123357037 . A G 754.83 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.145;QD=56.9682;RBI=0.00452749;REFB=0;REVB=0.000668636;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85019e-06;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:39:13:0:0:39:14:0:0 chr3 123368013 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.103;QD=51.1825;RBI=0.0314073;REFB=0;REVB=0.01057;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475146;OID=.;OPOS=123368013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr3 123418913 . G A 685.29 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00877301;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.763;QD=52.7147;RBI=0.00878688;REFB=-0.130351;REVB=-0.000493403;RO=2;SAF=38;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072195;STB=0.538446;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00200789;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:52:52:2:2:50:50:0.961538:12:38:0:2:12:38:0:2 chr3 123419116 . GTTC G 354.75 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00309069;FXX=0.0363603;HRUN=2;LEN=3;MLLD=225.921;QD=13.3868;RBI=0.00549916;REFB=-0.031093;REVB=0.00454844;RO=44;SAF=32;SAR=20;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411013;STB=0.51219;STBP=0.825;TYPE=del;VARB=0.0330133;OID=.;OPOS=123419117;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490566:52:104:52:106:54:32:20:32:22:99:44:32:20:25:19 chr3 123419288 . C T 320.12 PASS AF=0.589286;AO=31;DP=55;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00492387;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.867;QD=22.8659;RBI=0.0170864;REFB=-0.0374767;REVB=0.0163615;RO=24;SAF=4;SAR=27;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27244;STB=0.604246;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0333549;OID=.;OPOS=123419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:23:31:33:0.589286:27:4:8:16:28:5:7:16 chr3 123419573 . G T 352.19 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0665097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9198;QD=18.2954;RBI=0.0678033;REFB=-0.010091;REVB=-0.0131813;RO=40;SAF=21;SAR=16;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128482;STB=0.571391;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00945025;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:16:21:28:12:16:21:28:12 chr3 123419733 . A G 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0273243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.898;QD=13.747;RBI=0.0309715;REFB=-0.0163067;REVB=0.0145812;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00678186;STB=0.503888;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0220331;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:15:7:10:22:15:7:10:22 chr3 123451773 . G C 804.27 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0434047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.435;QD=55.4665;RBI=0.0483813;REFB=-0.0301855;REVB=0.0213725;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.50746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000482224;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:24:33:0:0:24:33:1:0 chr3 123452838 . G A 1542.79 PASS AF=0.955357;AO=107;DP=112;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0344256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.583;QD=55.0998;RBI=0.0367837;REFB=-0.159505;REVB=0.0129582;RO=3;SAF=54;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256357;STB=0.504256;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000582367;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:112:112:3:5:107:107:0.955357:53:54:3:0:53:54:3:2 chr3 123457893 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1017;QD=51.1826;RBI=0.0820392;REFB=0;REVB=-0.00977881;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207722;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr3 123634046 . G A 1568.22 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.378;QD=64.0091;RBI=0.0335349;REFB=0;REVB=0.0153342;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76191e-05;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:47:51:0:0:47:51:0:0 chr3 123946895 . G A 675.93 PASS AF=0.544;AO=64;DP=121;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0384595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0352;QD=21.6297;RBI=0.0489025;REFB=-0.0124039;REVB=0.0302046;RO=57;SAF=26;SAR=38;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119219;STB=0.546942;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0134297;OID=.;OPOS=123946895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:125:57:57:64:68:0.544:38:26:31:26:38:30:31:26 chr3 123988039 . T C 482.82 PASS AF=0.468468;AO=51;DP=108;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0439054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.181;QD=17.3988;RBI=0.0459643;REFB=-0.0106451;REVB=0.0136026;RO=57;SAF=27;SAR=24;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196299;STB=0.503296;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.012407;OID=.;OPOS=123988039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:57:59:51:52:0.468468:24:27:29:28:25:27:31:28 chr3 124044949 . C T 2099.38 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.895;QD=61.7465;RBI=0.0339349;REFB=0;REVB=0.0262938;RO=0;SAF=61;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103034;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:136:0:0:128:136:1:67:61:0:0:68:68:0:0 chr3 124181454 . C T 140.23 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0400262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3754;QD=16.9972;RBI=0.0412512;REFB=-0.0054589;REVB=-0.00997824;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112057;STB=0.545398;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00706397;OID=.;OPOS=124181454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:7:8:7:10:8:8:7:10 chr3 124351316 . G A 223.22 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00214091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.476;QD=16.5352;RBI=0.0174744;REFB=-0.00726228;REVB=-0.0173428;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409847;STB=0.52315;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0083066;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:15:14:11:14:15:14 chr3 124351424 . T C 157.9 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00272384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.269;QD=12.146;RBI=0.0334942;REFB=-0.0428445;REVB=-0.0333832;RO=31;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154695;STB=0.576187;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0554257;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:33:19:19:0.365385:14:5:12:19:14:5:12:21 chr3 124376653 . G A 322.75 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0107957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.033;QD=19.2688;RBI=0.0164524;REFB=0.00656126;REVB=-0.0124151;RO=33;SAF=17;SAR=17;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202138;STB=0.611878;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00629445;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:17:17:9:24:17:17:9:24 chr3 124379748 . G C 174.11 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0131569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.815;QD=7.91402;RBI=0.0168696;REFB=-0.00600969;REVB=-0.0105584;RO=59;SAF=16;SAR=8;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094531;STB=0.569046;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0139236;OID=.;OPOS=124379748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:59:64:24:24:0.272727:8:16:35:24:8:16:37:27 chr3 124379817 . T C 409.79 PASS AF=0.355072;AO=49;DP=138;FAO=49;FDP=138;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=0.0136407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5949;QD=11.878;RBI=0.0574812;REFB=0.00267835;REVB=0.0558392;RO=88;SAF=24;SAR=25;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100753;STB=0.553566;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00409653;OID=.;OPOS=124379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:88:89:49:49:0.355072:25:24:51:37:25:24:51:38 chr3 124412634 . G T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.379;QD=55.0987;RBI=0.0047655;REFB=0;REVB=0.0010471;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74754e-06;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr3 124418846 . C T 182.33 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=-0.0131285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.703;QD=16.9609;RBI=0.0174782;REFB=-0.0273968;REVB=-0.0115382;RO=23;SAF=5;SAR=14;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329009;STB=0.647357;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0387913;OID=.;OPOS=124418846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:24:19:19:0.44186:14:5:1:22:14:5:2:22 chr3 124439127 . T A 144.47 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.00212273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5139;QD=15.6186;RBI=0.0538313;REFB=-0.00720636;REVB=-0.0537895;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344594;STB=0.702491;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00708576;OID=.;OPOS=124439127;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:8:8:3:17:8:8:3:18 chr3 124451312 . T G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00416592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.505;QD=19.6682;RBI=0.00628474;REFB=-0.00274628;REVB=0.00470565;RO=19;SAF=18;SAR=1;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459421;STB=0.771036;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00189997;OID=.;OPOS=124451312;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:1:18:14:5:1:18:14:5 chr3 124456742 . G C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.013648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.408;QD=15.2615;RBI=0.0189507;REFB=-0.00480089;REVB=0.0131477;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290727;STB=0.670447;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00392469;OID=.;OPOS=124456742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:3:10:8:8:3:10:8:8 chr3 124462808 . C T 305.47 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00150122;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.217;QD=14.5461;RBI=0.0243499;REFB=-0.0178508;REVB=-0.0243035;RO=49;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931772;STB=0.547023;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0228078;OID=.;OPOS=124462808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:50:34:34:0.404762:19:15:26:23:19:15:26:24 chr3 124515308 . A G 229.62 PASS AF=0.557692;AO=20;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0102368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.411;QD=17.6628;RBI=0.0207432;REFB=-0.0239417;REVB=0.0180413;RO=22;SAF=16;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468806;STB=0.589413;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0158079;OID=.;OPOS=124515308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:23:20:29:0.557692:4:16:7:15:13:16:8:15 chr3 124515509 . G A 84.78 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.016447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.59;QD=10.9391;RBI=0.0684947;REFB=-0.0117491;REVB=0.0664908;RO=20;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392792;STB=0.739243;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0339245;OID=.;OPOS=124515509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:2:9:10:10:2:9:10:10 chr3 124646594 . A G 426.74 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00235078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.669;QD=27.5318;RBI=0.00448309;REFB=-0.0089126;REVB=-0.00381732;RO=22;SAF=16;SAR=24;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154746;STB=0.584373;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00355787;OID=.;OPOS=124646594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:24:16:14:8:24:16:14:8 chr3 124646705 . A AAAG,AAG 1294.15 PASS AF=1,0;AO=66,11;DP=92;FAO=85,0;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=64,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854693,-0.0177724;FXX=0.0555494;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=251.049,231.567;QD=60.9012;RBI=0.0488587,0.053061;REFB=0,0;REVB=0.0481053,0.0499961;RO=11;SAF=18,1;SAR=48,10;SRF=1;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0634831,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000157297,0;OID=.,.;OPOS=124646706,124646706;OREF=-,-;OALT=AAG,AG;OMAPALT=AAAG,AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:66,11:92:85,0:85:0:21,0:64,0:0:0:7:11:18,1:48,10:1:10 chr3 124688787 . A AT 197.78 PASS AF=1;AO=5;DP=22;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0681738;FXX=0.142789;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.6591;QD=43.9521;RBI=0.157439;REFB=0;REVB=-0.141913;RO=15;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0122909;OID=.;OPOS=124688788;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:22:18:18:0:7:11:0:0:4:15:2:3:6:9 chr3 124688791 . A T 128.79 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=19;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0292647;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=51.6511;QD=24.5312;RBI=0.144405;REFB=-0.153851;REVB=0.141409;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123424;STB=0.519974;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0217727;OID=.;OPOS=124688791;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:19:21:7:6:9:15:0.714286:5:4:2:5:9:6:2:4 chr3 124692689 . C T 1309.08 PASS AF=0.988506;AO=83;DP=84;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145829;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0479;QD=60.1874;RBI=0.0501096;REFB=-0.119355;REVB=-0.0479407;RO=1;SAF=33;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141351;STB=0.507245;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00282258;OID=.;OPOS=124692689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:87:1:1:83:86:0.988506:50:33:1:0:52:34:1:0 chr3 124731485 . C G 958.44 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.244;QD=57.2204;RBI=0.0151206;REFB=-0.0472391;REVB=0.0100061;RO=1;SAF=29;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160134;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000329343;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:37:29:1:0:37:29:1:0 chr3 124731689 . T A 1949.3 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646248;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.475;QD=61.8826;RBI=0.0104237;REFB=0;REVB=0.0081786;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257068;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:125:126:1:69:56:0:0:70:56:0:0 chr3 124733649 . T G 1911.47 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.063;QD=61.6604;RBI=0.016118;REFB=0;REVB=0.0106557;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31363e-05;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:124:0:0:121:124:1:66:55:0:0:68:56:0:0 chr3 124746347 . T C 986.74 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.437;QD=58.91;RBI=0.063168;REFB=0;REVB=0.0165891;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45238e-05;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chr3 124826408 . T C 688.94 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7396;QD=62.6309;RBI=0.0445024;REFB=0;REVB=0.0418779;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400674;OID=.;OPOS=124826408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr3 124837684 . T C 1298.01 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.054621;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.223;QD=60.3723;RBI=0.0552552;REFB=-0.080541;REVB=0.00834758;RO=1;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106431;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000570906;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:1:1:83:85:0.988372:44:39:0:1:46:39:0:1 chr3 124839470 . G A 1247.96 PASS AF=0.906542;AO=91;DP=106;FAO=97;FDP=107;FR=.;FRO=10;FSAF=66;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0136255;FXX=0.0272702;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.813;QD=46.6529;RBI=0.0148458;REFB=-0.0559736;REVB=0.00589423;RO=9;SAF=63;SAR=28;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269675;STB=0.519113;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000840493;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:106:107:9:10:91:97:0.906542:28:63:5:4:31:66:5:5 chr3 125235852 . A ATTTAT 522.89 PASS AF=0.972973;AO=32;DP=40;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0379897;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=5;MLLD=233.107;QD=56.529;RBI=0.0445114;REFB=-0.0473109;REVB=0.0231959;RO=5;SAF=15;SAR=17;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329849;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=ins;VARB=0.00150214;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.972973:32:40:36:37:1:17:19:1:0:5:5:15:17:3:2 chr3 125235909 . T C 146.23 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0158138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.395;QD=16.7116;RBI=0.0164213;REFB=-0.00127486;REVB=-0.00442535;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831558;STB=0.519831;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00141929;OID=.;OPOS=125235909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:19:16:16:0.457143:9:7:9:8:9:7:9:10 chr3 125653291 . A G 120.49 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1521;QD=40.1645;RBI=0.0596051;REFB=0;REVB=0.0564133;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255399;OID=.;OPOS=125653291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:6:6:0:0 chr3 125692141 . G A 1244.23 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0488617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.889;QD=55.9204;RBI=0.0616671;REFB=-0.102756;REVB=0.0376213;RO=3;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260568;STB=0.510249;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00413503;OID=.;OPOS=125692141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:89:89:3:5:84:84:0.94382:53:31:0:3:53:31:1:4 chr3 125725268 . TAACAAAC TAAC,TAACA 513.19 PASS AF=0.911111,0.0888889;AO=27,10;DP=43;FAO=41,4;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472217,-0.00935958;FXX=0.0217344;HRUN=3,3;LEN=4,3;MLLD=223.469,214.283;QD=45.617;RBI=0.0295542,0.0347762;REFB=0,0;REVB=0.0291745,0.033493;RO=0;SAF=12,8;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00093346,-0.00355566;OID=.,.;OPOS=125725269,125725273;OREF=AACA,AAC;OALT=-,-;OMAPALT=TAAC,TAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.911111,0.0888889:27,10:43:41,4:45:0:21,2:20,2:0:0:6:0:12,8:15,2:0:0 chr3 125726048 . G C 1112.07 PASS AF=0.987179;AO=70;DP=71;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0740757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.619;QD=57.0295;RBI=0.0770136;REFB=-0.0268431;REVB=0.0210686;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000449866;OID=.;OPOS=125726048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:78:0:1:70:77:0.987179:41:29:0:0:41:36:1:0 chr3 125775228 . T C 664.28 PASS AF=1;AO=33;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576975;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.482;QD=61.7933;RBI=0.116651;REFB=0;REVB=0.101383;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00804202;OID=.;OPOS=125775228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:33:43:1:8:25:0:0:19:24:0:0 chr3 125786879 . T C 486.8 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321074;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.996;QD=59.0065;RBI=0.0344934;REFB=0;REVB=0.0126059;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233203;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr3 125826059 . T C 1246.01 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3311;QD=61.5313;RBI=0.0555679;REFB=0;REVB=-0.0131448;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000502686;OID=.;OPOS=125826059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr3 125854311 . TC GT,T 362.26 PASS AF=0,1;AO=4,38;DP=60;FAO=0,60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675842,0.133782;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=23.5326,8.45375;QD=24.1504;RBI=0.186217,0.291748;REFB=-0.0329597,-0.0415473;REVB=0.17352,0.259267;RO=14;SAF=3,21;SAR=1,17;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.486683,0.132204;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0261023;OID=.,.;OPOS=125854311,125854312;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:60:60:14:0:4,38:0,60:0,1:1,17:3,21:4:10:0,30:0,30:0:0 chr3 126152474 . C T 1007.55 PASS AF=0.934211;AO=71;DP=76;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00800218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.7272;QD=53.0289;RBI=0.0110802;REFB=-0.110249;REVB=0.00766388;RO=2;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270022;STB=0.507975;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00173695;OID=.;OPOS=126152474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:76:76:2:5:71:71:0.934211:34:37:0:2:34:37:2:3 chr3 126169230 . C T 1230.88 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.757;QD=60.0428;RBI=0.0314373;REFB=-0.0468694;REVB=-0.00103504;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000105232;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:44:37:0:0:44:37:0:1 chr3 126169472 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.498;QD=49.5954;RBI=0.0399598;REFB=0;REVB=0.0334153;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309695;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr3 126255165 . GC G 52.01 PASS AF=0.31746;AO=24;DP=64;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.169049;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.8136;QD=3.30241;RBI=0.180498;REFB=-0.0705543;REVB=-0.0632624;RO=33;SAF=3;SAR=21;SRF=13;SRR=20;SSEN=0.440476;SSEP=0;SSSB=-0.396595;STB=0.724685;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=0.0831448;OID=.;OPOS=126255166;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.31746:24:64:20:63:43:3:17:17:26:52:33:3:21:13:20 chr3 126329910 . A G 493.41 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.881;QD=58.0479;RBI=0.0888339;REFB=0;REVB=0.0745827;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112264;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:15:19:0:0 chr3 126736595 . C T 338.03 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.028934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.501;QD=28.7689;RBI=0.0289816;REFB=-0.00416009;REVB=0.00165993;RO=18;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817019;STB=0.54488;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00220709;OID=.;OPOS=126736595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:16:13:6:12:16:13:6:12 chr3 126737268 . C A 256.38 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0312436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8719;QD=22.7889;RBI=0.0457195;REFB=-0.0413944;REVB=-0.0333783;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688524;STB=0.528278;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0354343;OID=.;OPOS=126737268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:21:24:24:0.533333:14:10:10:10:14:10:10:11 chr3 126754992 . G A 585.06 PASS AF=0.5;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00746613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.77;QD=19.5019;RBI=0.00788075;REFB=-0.0176132;REVB=-0.00252252;RO=59;SAF=37;SAR=23;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100016;STB=0.559945;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0173154;OID=.;OPOS=126754992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:59:60:60:60:0.5:23:37:30:29:23:37:30:30 chr3 126916371 . T C 304.46 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0689;QD=52.9493;RBI=0.0125396;REFB=0;REVB=-0.0125396;RO=0;SAF=0;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000326202;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:22:0:0:0:23:0:0:0 chr3 126916433 . T TTTC 100.05 PASS AF=0.9;AO=7;DP=16;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176331;FXX=0.374766;HRUN=3;LEN=3;MLLD=234.149;QD=40.0185;RBI=0.0335485;REFB=-0.0568505;REVB=-0.0285408;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.625044;STB=0.666218;STBP=0.102;TYPE=ins;VARB=0.00550123;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:7:16:9:10:1:8:1:0:1:8:8:6:1:1:7 chr3 127323830 . C T 181.25 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0247788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4854;QD=16.4774;RBI=0.0259189;REFB=-0.0189175;REVB=0.0076024;RO=23;SAF=4;SAR=15;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476835;STB=0.789169;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0324953;OID=.;OPOS=127323830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:25:19:19:0.431818:15:4:16:7:15:4:18:7 chr3 127379270 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0344471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.102;QD=17.0334;RBI=0.0394464;REFB=-0.0377501;REVB=0.0192204;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323033;STB=0.518498;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0359118;OID=.;OPOS=127379270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:12:6:8:14:12:6:8:14 chr3 127396642 . G A 303.27 PASS AF=0.6;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0257243;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.787;QD=24.2617;RBI=0.0307305;REFB=-0.016098;REVB=0.0168114;RO=19;SAF=14;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159342;STB=0.599936;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0191657;OID=.;OPOS=127396642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:20:29:30:0.6:15:14:5:14:15:15:5:15 chr3 127409941 . T C 122.19 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00333469;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.733;QD=7.08327;RBI=0.003421;REFB=-0.0134684;REVB=-0.000763607;RO=51;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107331;STB=0.565146;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0347438;OID=.;OPOS=127409941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:51:51:18:18:0.26087:9:9:21:30:9:9:21:30 chr3 127410915 . C T 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.027835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.818;QD=11.0159;RBI=0.0305148;REFB=-0.0160786;REVB=-0.0125046;RO=27;SAF=3;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43447;STB=0.768836;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0281723;OID=.;OPOS=127410915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:11:3:16:11:11:3:17:11 chr3 127413881 . T C 582.7 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0559874;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.777;QD=19.105;RBI=0.0568442;REFB=-0.0206236;REVB=0.00983224;RO=62;SAF=26;SAR=34;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192885;STB=0.606452;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0145607;OID=.;OPOS=127413881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:62:62:60:60:0.491803:34:26:40:22:34:26:40:22 chr3 127642814 . G C 220.51 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0338271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8518;QD=14.2266;RBI=0.0546261;REFB=-0.0168292;REVB=-0.0428922;RO=35;SAF=7;SAR=19;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895072;STB=0.563747;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0291125;OID=.;OPOS=127642814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:19:7:12:23:19:7:13:23 chr3 127682473 . A AGTGTGTT 141.42 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=82;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.00893856;FXX=0.0394685;HRUN=0;LEN=7;MLLD=320.138;QD=7.74888;RBI=0.0100654;REFB=0.00167796;REVB=-0.00462754;RO=61;SAF=13;SAR=7;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291207;STB=0.726709;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=-0.00514948;OID=.;OPOS=127682474;OREF=-;OALT=GTGTGTT;OMAPALT=AGTGTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.273973:20:82:20:73:53:13:7:17:36:99:61:13:7:25:36 chr3 127682477 . AC GT,TT 159.42 PASS AF=0.236842,0.0657895;AO=18,5;DP=76;FAO=18,5;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=15,1;FSAR=3,4;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.00343234,0.00484838;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=194.064,116.489;QD=8.39071;RBI=0.0170585,0.0151383;REFB=-0.00990206,0.0010521;REVB=-0.0167096,-0.0143409;RO=52;SAF=15,1;SAR=3,4;SRF=15;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.616903,-0.125634;STB=0.865432,0.623309;STBP=0,0.634;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0176147,0.0134861;OID=.,.;OPOS=127682477,127682477;OREF=AC,AC;OALT=GT,TT;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:53:18,5:18,5:0.236842,0.0657895:3,4:15,1:15:37:3,4:15,1:16:37 chr3 127793923 . G A 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0113868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.446;QD=18.413;RBI=0.0131108;REFB=0.00973015;REVB=0.00649869;RO=33;SAF=24;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972551;STB=0.565875;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00934767;OID=.;OPOS=127793923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:9:24:21:12:9:24:21:13 chr3 127983495 . T C 289.82 PASS AF=0.416667;AO=17;DP=45;FAO=20;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00821604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.65;QD=24.1519;RBI=0.0401179;REFB=-0.0201784;REVB=0.0392676;RO=15;SAF=3;SAR=14;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179883;STB=0.599911;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0433467;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:15:16:17:20:0.416667:14:3:1:14:14:6:2:14 chr3 128181537 . C T 187.71 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0155033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.616;QD=12.7259;RBI=0.016276;REFB=-0.00251768;REVB=0.00495543;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217327;STB=0.61394;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0030529;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:11:12:11:24:11:12:12:24 chr3 128182074 . G A 761.54 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127111;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.3;QD=56.4104;RBI=0.0353291;REFB=0;REVB=0.0329632;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004214;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:28:26:0:0 chr3 128182444 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0643151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.357;QD=10.1733;RBI=0.0643193;REFB=-0.0122822;REVB=-0.000729529;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318047;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0333577;OID=.;OPOS=128182444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:3:6:2:4:3:6 chr3 128205860 . G C 82.04 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0272397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.2444;QD=32.8149;RBI=0.0501699;REFB=-0.10852;REVB=-0.0421309;RO=1;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524171;STB=0.529348;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00820448;OID=.;OPOS=128205860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:8:1:0:1:8:1:0:1 chr3 128292844 . A G 81.08 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0456447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.525;QD=32.4306;RBI=0.0502345;REFB=-0.161033;REVB=0.0209778;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080744;STB=0.545355;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00498986;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:4:5:1:0:4:5:1:0 chr3 128580574 . T C 1367.24 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251475;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.189;QD=60.7662;RBI=0.0401649;REFB=-0.0155279;REVB=0.0313181;RO=1;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976975;STB=0.505153;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000434365;OID=.;OPOS=128580574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:87:89:0.988889:48:39:0:1:48:41:0:1 chr3 128580585 . C A 1521.43 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000146133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.446;QD=59.0848;RBI=0.00960009;REFB=0;REVB=0.00959898;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011071;OID=.;OPOS=128580585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:100:103:1:55:45:0:0:57:46:0:0 chr3 128614185 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6718;QD=51.1829;RBI=0.052479;REFB=0;REVB=-0.0396404;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.53165e-05;OID=.;OPOS=128614185;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr3 128627021 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.479;QD=47.821;RBI=0.0550708;REFB=0;REVB=0.0543331;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368011;OID=.;OPOS=128627021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr3 128627933 . C T 654.83 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127588;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.196;QD=62.3645;RBI=0.0129077;REFB=0;REVB=0.00195472;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74137e-05;OID=.;OPOS=128627933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr3 128755953 . G A 92.57 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0293725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.373;QD=9.25731;RBI=0.0546411;REFB=0.00256981;REVB=0.046075;RO=28;SAF=1;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4466;STB=0.785102;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0246545;OID=.;OPOS=128755953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:11:1:9:19:11:1:9:19 chr3 128890350 . G A 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.882;QD=42.176;RBI=0.0134637;REFB=0;REVB=-0.0129009;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247027;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr3 129130197 . T C 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.496;QD=46.8364;RBI=0.0593713;REFB=0;REVB=0.0310195;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804378;OID=.;OPOS=129130197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr3 129134242 . G A 574.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.628;QD=60.4752;RBI=0.163357;REFB=0;REVB=0.0018389;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055563;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:25:11:0:0:27:11:0:0 chr3 129137127 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.997;QD=59.0168;RBI=0.0274973;REFB=0;REVB=-0.0185096;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34017e-06;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr3 129140499 . T C 999.9 PASS AF=1;AO=60;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.168;QD=58.8175;RBI=0.0376503;REFB=0;REVB=0.00624391;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013576;OID=.;OPOS=129140499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:60:68:1:29:31:0:0:32:36:0:0 chr3 129155451 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.643;QD=57.1053;RBI=0.0161335;REFB=0;REVB=0.00410282;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91202e-05;OID=.;OPOS=129155451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr3 129210977 . G C 272.18 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.168;QD=51.8439;RBI=0.031916;REFB=0;REVB=0.0264003;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20286e-05;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:11:10:0:0 chr3 129214405 . C T 661.71 PASS AF=0.468531;AO=67;DP=144;FAO=67;FDP=143;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=0.011103;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.612;QD=18.5094;RBI=0.0188553;REFB=-0.0094497;REVB=-0.0152396;RO=76;SAF=25;SAR=42;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184091;STB=0.510201;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0119107;OID=.;OPOS=129214405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:76:76:67:67:0.468531:42:25:27:49:42:25:27:49 chr3 129247886 . G A 85.22 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.000262347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.355;QD=11.3625;RBI=0.00901065;REFB=-0.024055;REVB=0.00900684;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559997;STB=0.533274;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0242437;OID=.;OPOS=129247886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:6:13:7:4:6:13 chr3 129268116 . GCCCCCC CGCCCCC,GCCCCC,GCCCCCA 39.82 PASS AF=0,0.243902,0.097561;AO=2,10,4;DP=41;FAO=0,10,4;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=0,5,3;FSAR=0,5,1;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0344299,0.0215382,0.0522231;FXX=0;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=38.6317,7.31134,27.6843;QD=3.88486;RBI=0.0347354,0.0827696,0.0641822;REFB=-0.029041,-0.116598,-0.0651499;REVB=0.00459713,0.0799182,0.0373109;RO=21;SAF=2,5,3;SAR=0,5,1;SRF=6;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.714286,0;SSSB=0.613472,0.24183,0.493877;STB=0.5,0.648378,0.843693;STBP=1,0.294,0.311;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0933036,0.126005;OID=.,.,.;OPOS=129268116,129268117,129268122;OREF=GC,C,C;OALT=CG,-,A;OMAPALT=CGCCCCC,GCCCCC,GCCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:41:41:21:27:2,10,4:0,10,4:0,0.243902,0.097561:0,5,1:2,5,3:6:15:0,5,1:0,5,3:8:19 chr3 129279597 . C T 387.26 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8023;QD=55.3227;RBI=0.0423488;REFB=0;REVB=0.0211988;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173892;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:18:9:0:0:19:9:0:0 chr3 129281980 . C T 754.33 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000878343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7398;QD=56.9305;RBI=0.00114167;REFB=0;REVB=-0.000729336;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41347e-05;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chr3 129286413 . G C 248.59 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0263089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8862;QD=25.496;RBI=0.0349546;REFB=0.0292885;REVB=0.0230145;RO=16;SAF=5;SAR=18;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254643;STB=0.642721;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0223484;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:18:5:8:8:18:5:8:8 chr3 129286635 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0216246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.019;QD=11.1041;RBI=0.0243531;REFB=-0.00865513;REVB=-0.0112005;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163877;STB=0.576693;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0146738;OID=.;OPOS=129286635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:5:2:4:5:5:2:4:6 chr3 129291751 . T C 144.81 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0187097;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7076;QD=14.8525;RBI=0.0351241;REFB=-0.0102412;REVB=-0.0297263;RO=20;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314878;STB=0.730018;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00876966;OID=.;OPOS=129291751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:23:16:16:0.410256:13:3:9:11:13:3:12:11 chr3 129293183 . T C,G 743.12 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=51,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323585,0.000521524;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.9795,141.982;QD=56.0847;RBI=0.0388695,0.00443199;REFB=0,0;REVB=-0.0215353,0.0044012;RO=0;SAF=32,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.2152e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00622217,0.0521235;OID=.,.;OPOS=129293183,129293183;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:51,2:51,2:0.962264,0.0377358:19,0:32,2:0:0:19,0:32,2:0:0 chr3 129293256 . T C 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2465;QD=61.5344;RBI=0.0249472;REFB=0;REVB=0.00266246;RO=0;SAF=57;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137113;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:24:57:0:0:24:57:0:0 chr3 129297223 . C G 113.09 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.012959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.576;QD=17.3985;RBI=0.0233834;REFB=-0.0293834;REVB=0.0194639;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991777;STB=0.578191;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0186316;OID=.;OPOS=129297223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:5:8:6:6:5:8:6:7 chr3 129302455 . G A 361.91 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0210519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4442;QD=17.872;RBI=0.0522027;REFB=-0.0158888;REVB=0.0477697;RO=43;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10867;STB=0.560752;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0228486;OID=.;OPOS=129302455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:22:16:23:20:22:16:23:20 chr3 129303072 . G A 155.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0255909;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.309;QD=14.8375;RBI=0.0257122;REFB=-0.0216927;REVB=0.00249529;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781197;STB=0.545399;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0290341;OID=.;OPOS=129303072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:9:16:12:5:9:16 chr3 129304797 . G A 188.67 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.000820515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.839;QD=16.7705;RBI=0.00991768;REFB=-0.0116215;REVB=-0.00988368;RO=25;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924023;STB=0.562749;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0165267;OID=.;OPOS=129304797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:19:20:0.444444:6:13:15:10:6:14:15:10 chr3 129305460 . C T 257.41 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00175249;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.14;QD=13.2004;RBI=0.0149404;REFB=-0.00620248;REVB=0.0148373;RO=46;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108113;STB=0.505151;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0102764;OID=.;OPOS=129305460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:46:48:30:30:0.384615:16:14:21:25:16:14:22:26 chr3 129310367 . G A 156.33 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0323079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0959;QD=24.0502;RBI=0.116658;REFB=0.0213696;REVB=0.112095;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111394;STB=0.562422;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0099402;OID=.;OPOS=129310367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:4:6:7:9:4:6 chr3 129310405 . A G 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0121834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.777;QD=21.744;RBI=0.0249344;REFB=-0.000609003;REVB=-0.0217552;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110469;STB=0.562416;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.000432787;OID=.;OPOS=129310405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:5:6:6:9:5:6 chr3 129367024 . T A 669.87 PASS AF=0.910714;AO=50;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.048274;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.801;QD=47.8479;RBI=0.0485194;REFB=-0.173184;REVB=-0.00487402;RO=3;SAF=19;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00527544;STB=0.519293;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0031104;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:56:56:3:5:50:51:0.910714:31:19:1:2:31:20:3:2 chr3 129538635 . A G 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.343;QD=50.1334;RBI=0.020962;REFB=-0.0357828;REVB=0.00929183;RO=1;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710841;STB=0.538428;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000308676;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:6:18:0:1:6:18:0:1 chr3 129546729 . T C 508.34 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00422879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.926;QD=56.4821;RBI=0.00987143;REFB=0.0683516;REVB=-0.00891978;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000769809;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:0:1:35:35:0.972222:21:14:0:0:21:14:1:0 chr3 129695954 . T C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4531;QD=55.096;RBI=0.0480074;REFB=0;REVB=0.0339027;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28426e-07;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr3 129696041 . A G 754.14 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.35;QD=56.9164;RBI=0.0313823;REFB=0;REVB=0.0285157;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23997e-05;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:31:22:0:0 chr3 129800823 . T G 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00299533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.481;QD=3.83314;RBI=0.0237976;REFB=-0.00792972;REVB=-0.0236083;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204311;STB=0.627098;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0355049;OID=.;OPOS=129800823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:35:36:7:7:0.162791:4:3:21:14:4:3:21:15 chr3 129800888 . G A 121.37 PASS AF=0.228916;AO=18;DP=84;FAO=19;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0197828;FXX=0.0235266;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.783;QD=5.84931;RBI=0.0392916;REFB=-0.0056816;REVB=-0.0339481;RO=47;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146956;STB=0.56116;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00251878;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:47:64:18:19:0.228916:7:11:23:24:8:11:32:32 chr3 129800895 . G A 130.13 PASS AF=0.21978;AO=20;DP=91;FAO=20;FDP=91;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0127275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.129;QD=5.71992;RBI=0.0138753;REFB=-0.00582871;REVB=-0.00552597;RO=71;SAF=11;SAR=9;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714257;STB=0.54451;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0559672;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:71:71:20:20:0.21978:9:11:35:36:9:11:35:36 chr3 130098349 . G A 639.86 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0461476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3194;QD=20.6407;RBI=0.0483591;REFB=-0.00792654;REVB=0.0144569;RO=59;SAF=29;SAR=35;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259402;STB=0.509676;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00783918;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:59:60:64:64:0.516129:35:29:25:34:35:29:26:34 chr3 130103709 . G A 236.83 PASS AF=0.45;AO=28;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.000366517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3216;QD=15.7889;RBI=0.0385468;REFB=0.0173563;REVB=-0.0385451;RO=32;SAF=19;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236111;STB=0.620598;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0341073;OID=.;OPOS=130103709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:28:27:0.45:9:19:14:18:9:18:15:18 chr3 130104062 . T C 1458.58 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234274;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.731;QD=63.4166;RBI=0.0277966;REFB=0;REVB=0.0149602;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50932e-05;OID=.;OPOS=130104062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr3 130104206 . A G 214.94 PASS AF=0.45614;AO=21;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0760674;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.8269;QD=15.0833;RBI=0.0816498;REFB=0.0224107;REVB=0.0296725;RO=24;SAF=19;SAR=2;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.68741;STB=0.801948;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0275985;OID=.;OPOS=130104206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:24:31:21:26:0.45614:2:19:5:19:5:21:8:23 chr3 130110550 . A G 205.6 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0064022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.044;QD=23.4973;RBI=0.0119106;REFB=0.0014755;REVB=-0.0100436;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640112;STB=0.535781;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00136912;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:9:11:7:8:9:11:7:8 chr3 130116684 . G A 292.44 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00669782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.496;QD=14.6218;RBI=0.0202353;REFB=-0.0125758;REVB=0.0190947;RO=46;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741246;STB=0.5475;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0182294;OID=.;OPOS=130116684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:17:16:19:27:17:16:19:28 chr3 130116696 . A C 409.56 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0106571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2521;QD=20.7373;RBI=0.0191165;REFB=-0.0167749;REVB=-0.0158703;RO=38;SAF=18;SAR=23;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158876;STB=0.50879;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0188891;OID=.;OPOS=130116696;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:23:18:16:22:23:18:16:22 chr3 130124491 . G A 248.13 PASS AF=0.459016;AO=26;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0213051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.679;QD=16.2705;RBI=0.0378974;REFB=-0.0159483;REVB=-0.0313418;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248425;STB=0.622868;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00804639;OID=.;OPOS=130124491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:26:28:0.459016:12:14:9:23:14:14:9:24 chr3 130124989 . C T 472.21 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.00995889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.341;QD=17.4894;RBI=0.038423;REFB=-0.0490584;REVB=-0.0371099;RO=55;SAF=17;SAR=34;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126784;STB=0.510341;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0579718;OID=.;OPOS=130124989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:55:57:51:51:0.472222:34:17:19:36:34:17:20:37 chr3 130125116 . G C 277.25 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00305094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7866;QD=18.4836;RBI=0.00935723;REFB=-0.0176424;REVB=-0.00884588;RO=29;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044731;STB=0.518506;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0374438;OID=.;OPOS=130125116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:20:10:11:18:20:10:11:19 chr3 130134492 . T C 191.96 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00353456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8987;QD=15.6705;RBI=0.0035587;REFB=-0.0151514;REVB=-0.000413735;RO=28;SAF=15;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195174;STB=0.638145;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0684242;OID=.;OPOS=130134492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:29:19:20:0.408163:4:15:18:10:4:16:18:11 chr3 130134563 . G A 179.67 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00137993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.531;QD=15.623;RBI=0.0608457;REFB=-0.018766;REVB=-0.06083;RO=27;SAF=15;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247946;STB=0.644531;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0309915;OID=.;OPOS=130134563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:4:15:16:11:4:15:16:11 chr3 130162395 . A G 482.83 PASS AF=0.923077;AO=33;DP=36;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0663066;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5173;QD=49.5207;RBI=0.0673781;REFB=-0.168366;REVB=0.0119682;RO=3;SAF=16;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079877;STB=0.542833;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.020116;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:39:3:3:33:36:0.923077:17:16:3:0:20:16:3:0 chr3 130174334 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.403;QD=57.1769;RBI=0.0191187;REFB=0;REVB=-0.00378697;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20639e-05;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr3 130187817 . T C 1135.16 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.352;QD=60.5416;RBI=0.0263697;REFB=0;REVB=0.023158;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28337e-05;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:35:39:0:0:36:39:0:0 chr3 130190630 . G A 764.45 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4124;QD=63.7044;RBI=0.0223983;REFB=0;REVB=-0.00759676;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018298;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:15:32:0:0:16:32:0:0 chr3 130190720 . AT A 190.69 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.6612;QD=42.3757;RBI=0.199518;REFB=-0.0338263;REVB=0.107984;RO=1;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0246381;OID=.;OPOS=130190721;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:18:18:18:0:5:13:0:0:3:1:5:11:0:1 chr3 130284284 . G A 229.1 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0293855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4938;QD=21.8191;RBI=0.0330543;REFB=-0.0521819;REVB=0.0151354;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100316;STB=0.5138;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0485984;OID=.;OPOS=130284284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:16:6:5:14:16:6:5:15 chr3 130285929 . C T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0141932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1194;QD=15.6452;RBI=0.0859485;REFB=-0.0304033;REVB=-0.0847685;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092053;STB=0.552194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0281497;OID=.;OPOS=130285929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:7:15:22:7:7:15:22:7 chr3 130361856 . G A 334.67 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00798464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.336;QD=17.3855;RBI=0.0120405;REFB=-0.0260843;REVB=0.00901216;RO=40;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309316;STB=0.530847;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0256085;OID=.;OPOS=130361856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:40:41:35:36:0.467532:16:19:23:17:17:19:24:17 chr3 130368069 . A G 282.38 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0238497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.853;QD=22.5903;RBI=0.0262067;REFB=-0.00757672;REVB=0.0108619;RO=24;SAF=5;SAR=21;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50125;STB=0.781327;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00912759;OID=.;OPOS=130368069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:21:5:18:6:21:5:18:6 chr3 130368301 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0335677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.078;QD=9.91657;RBI=0.033582;REFB=-0.010828;REVB=0.000978201;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273865;STB=0.666296;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00955153;OID=.;OPOS=130368301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:7:10:3:6:7:10 chr3 130427270 . C T 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=4.69619e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.791;QD=18.6057;RBI=0.00490464;REFB=-0.0170158;REVB=-0.00490442;RO=40;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116705;STB=0.506646;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0190244;OID=.;OPOS=130427270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:42:39:39:0.481481:19:20:20:20:19:20:21:21 chr3 130852185 . TG CA,CG 474.24 PASS AF=0.342857,0.628571;AO=12,21;DP=36;FAO=12,22;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=7,9;FSAR=5,13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00253194,0.0967501;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=191.39,158.315;QD=54.1988;RBI=0.0123803,0.0981487;REFB=0.143358,0.116916;REVB=0.0121186,0.0165101;RO=0;SAF=7,8;SAR=5,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.533278,0.526292;STBP=0.554,0.292;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00037578,0.00202988;OID=.,.;OPOS=130852185,130852185;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:97:36:35:0:1:12,21:12,22:0.342857,0.628571:5,13:7,8:0:0:5,13:7,9:1:0 chr3 130947435 . A T 305.02 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0302422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.333;QD=20.0012;RBI=0.0514916;REFB=-0.0318277;REVB=-0.0416749;RO=27;SAF=15;SAR=17;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144832;STB=0.576278;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0262875;OID=.;OPOS=130947435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:29:32:32:0.52459:17:15:8:19:17:15:9:20 chr3 131136797 . T C 339.76 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=0.0144104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.901;QD=15.4435;RBI=0.0164297;REFB=-0.0174015;REVB=0.00789149;RO=51;SAF=9;SAR=28;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393741;STB=0.522173;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0198154;OID=.;OPOS=131136797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:28:9:11:40:28:9:11:40 chr3 131624120 . C G 255.53 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.063585;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6605;QD=10.9904;RBI=0.0977179;REFB=-0.0191174;REVB=-0.0742007;RO=60;SAF=13;SAR=18;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23979;STB=0.626969;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0385958;OID=.;OPOS=131624120;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:60:62:31:31:0.333333:18:13:38:22:18:13:38:24 chr3 131947937 . A G 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3899;QD=56.9954;RBI=0.0197817;REFB=0;REVB=-0.0126091;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200141;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr3 132166266 . T G 652.34 PASS AF=0.925926;AO=48;DP=52;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0129859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6186;QD=48.3211;RBI=0.0313226;REFB=0.0155792;REVB=0.0285039;RO=4;SAF=13;SAR=35;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409874;STB=0.517384;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000268377;OID=.;OPOS=132166266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:54:4:4:48:50:0.925926:35:13:2:2:35:15:2:2 chr3 132186187 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.857;QD=56.7063;RBI=0.0323355;REFB=0;REVB=0.0299372;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54905e-05;OID=.;OPOS=132186187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr3 132218623 . G T 1456.87 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104942;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.354;QD=63.342;RBI=0.0166827;REFB=0;REVB=0.0129686;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42603e-05;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr3 132257419 . A G 991.38 PASS AF=0.958333;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0161224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.008;QD=55.0768;RBI=0.0208969;REFB=-0.135314;REVB=0.0132947;RO=2;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255333;STB=0.519994;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000448532;OID=.;OPOS=132257419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:72:2:3:68:69:0.958333:36:32:0:2:36:33:0:3 chr3 132277866 . G A 612.8 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.396;QD=61.2804;RBI=0.066591;REFB=0;REVB=-0.0643681;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287164;OID=.;OPOS=132277866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:14:25:0:0:14:26:0:0 chr3 132338346 . T G 341.13 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0674226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.181;QD=42.6415;RBI=0.067698;REFB=-0.10065;REVB=-0.00609979;RO=4;SAF=13;SAR=14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442566;STB=0.518505;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0033075;OID=.;OPOS=132338346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:32:4:5:27:27:0.84375:14:13:2:2:14:13:3:2 chr3 132360883 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.652;QD=59.5014;RBI=0.0542022;REFB=0;REVB=-0.00743412;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140025;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr3 132420369 . T C 148.05 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00907768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.944;QD=17.9456;RBI=0.00973245;REFB=-0.00148329;REVB=0.00350946;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894054;STB=0.551116;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00191802;OID=.;OPOS=132420369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:9:8:6:10:9:8 chr3 133114893 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.678;QD=55.0965;RBI=0.0151487;REFB=0;REVB=0.0120485;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212083;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr3 133167363 . G A 317.56 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.542;QD=52.9258;RBI=0.0550196;REFB=0;REVB=0.0547876;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000881003;OID=.;OPOS=133167363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:9:15:0:0 chr3 133329943 . G A 212.08 PASS AF=0.438596;AO=21;DP=54;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0140574;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.219;QD=14.8829;RBI=0.0254206;REFB=-0.0210014;REVB=0.0211801;RO=30;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236019;STB=0.665463;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0286275;OID=.;OPOS=133329943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:30:32:21:25:0.438596:15:6:15:15:19:6:16:16 chr3 133337240 . G C 321.03 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0138277;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9794;QD=18.3444;RBI=0.0229593;REFB=-0.0165361;REVB=0.0183283;RO=35;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122696;STB=0.562139;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0192178;OID=.;OPOS=133337240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:35:36:34:34:0.485714:21:13:18:17:21:13:18:18 chr3 133342218 . C T 227.26 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0157606;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.645;QD=11.2225;RBI=0.0339044;REFB=-0.0251513;REVB=-0.0300185;RO=52;SAF=11;SAR=17;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266667;STB=0.658805;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0628063;OID=.;OPOS=133342218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:53:28:28:0.345679:17:11:33:19:17:11:34:19 chr3 133368362 . T G 143.41 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0056185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.717;QD=8.43609;RBI=0.00759726;REFB=-0.0141215;REVB=-0.00511378;RO=48;SAF=9;SAR=11;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156589;STB=0.593203;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0305983;OID=.;OPOS=133368362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:11:9:28:20:11:9:28:20 chr3 133465283 . A G 1400.26 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0614593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9116;QD=61.55;RBI=0.0692606;REFB=0.0160911;REVB=-0.0319342;RO=1;SAF=40;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117006;STB=0.506172;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00183151;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:89:90:0.989011:49:40:1:0:50:40:1:0 chr3 133474328 . G A 643.11 PASS AF=0.619565;AO=56;DP=89;FAO=57;FDP=92;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0294329;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.229;QD=27.9613;RBI=0.0295087;REFB=-0.0245867;REVB=0.00211375;RO=32;SAF=31;SAR=25;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119335;STB=0.572055;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0165747;OID=.;OPOS=133474328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:32:35:56:57:0.619565:25:31:12:20:25:32:13:22 chr3 133475722 . C T 289.46 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.00634571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8103;QD=16.5405;RBI=0.00878222;REFB=-0.0208829;REVB=0.00607119;RO=38;SAF=11;SAR=21;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390293;STB=0.717821;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0266469;OID=.;OPOS=133475722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:21:11:29:9:21:11:29:9 chr3 133476698 . A G 420.38 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0165883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0648;QD=16.4855;RBI=0.0265641;REFB=-0.0184529;REVB=-0.020748;RO=56;SAF=19;SAR=27;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172508;STB=0.59639;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0103328;OID=.;OPOS=133476698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:27:19:33:23:27:19:33:23 chr3 133483696 . T C 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00539231;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.966;QD=19.9054;RBI=0.0163089;REFB=-0.0137672;REVB=-0.0153916;RO=27;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069685;STB=0.538815;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.014698;OID=.;OPOS=133483696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:19:11:12:15:19:11:12:15 chr3 133485133 . A G,T 708.54 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535524,-0.0285199;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.3153,117.719;QD=54.5027;RBI=0.0568145,0.0490478;REFB=0,0;REVB=0.0189746,-0.0399036;RO=0;SAF=27,0;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00354108,0.0926237;OID=.,.;OPOS=133485133,133485133;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:52:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:23,2:27,0:0:0:23,2:27,0:0:0 chr3 133547245 . G A 44.81 PASS AF=0.25;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0360542;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8084;QD=6.40154;RBI=0.0360678;REFB=-0.00516946;REVB=0.000989017;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110511;STB=0.571225;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0106898;OID=.;OPOS=133547245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:29:28:21:21:7:7:0.25:3:4:10:11:3:4:10:11 chr3 133547692 . G A 470.13 PASS AF=0.420635;AO=51;DP=124;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00473289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.201;QD=14.9247;RBI=0.0218192;REFB=-0.0177667;REVB=0.0212997;RO=73;SAF=30;SAR=21;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142702;STB=0.577148;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0264821;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:73:73:51:53:0.420635:21:30:33:40:22:31:33:40 chr3 133648223 . C T 112.25 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1961;QD=16.6295;RBI=0.0216837;REFB=0.054573;REVB=0.0216837;RO=14;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0496717;OID=.;OPOS=133648223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:13:0:0:14:13:0:0:14 chr3 133651745 . A C 329.93 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0246535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.837;QD=15.7112;RBI=0.0247373;REFB=-0.0159527;REVB=0.00203404;RO=48;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216038;STB=0.512188;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0189773;OID=.;OPOS=133651745;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:21:15:21:27:21:15:21:27 chr3 133663966 . G T 294.05 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0107658;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.221;QD=17.297;RBI=0.0276289;REFB=-0.0224007;REVB=0.0254451;RO=35;SAF=22;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199735;STB=0.634529;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0210153;OID=.;OPOS=133663966;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:36:32:32:0.470588:10:22:17:18:10:22:16:20 chr3 133666209 . C T 461.35 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0224715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.644;QD=27.9603;RBI=0.0251658;REFB=-0.0114615;REVB=0.0113292;RO=22;SAF=23;SAR=20;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351521;STB=0.510633;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00696322;OID=.;OPOS=133666209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:23:43:43:0.651515:20:23:13:9:20:23:13:10 chr3 133670073 . T C 241.09 PASS AF=0.511111;AO=21;DP=43;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.000347578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.892;QD=21.4304;RBI=0.0221561;REFB=-0.00372283;REVB=0.0221534;RO=22;SAF=16;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230589;STB=0.581123;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00342984;OID=.;OPOS=133670073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:22:22:21:23:0.511111:5:16:12:10:7:16:12:10 chr3 133941320 . C T 178.04 PASS AF=0.343284;AO=22;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=-0.00990292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7458;QD=10.6293;RBI=0.0180471;REFB=0.0136975;REVB=0.0150874;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294015;STB=0.667419;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00982695;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:44:22:23:0.343284:12:10:9:34:12:11:10:34 chr3 134075522 . A G 600.3 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=105;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0199259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.579;QD=22.8686;RBI=0.0200323;REFB=-0.0138687;REVB=0.00206203;RO=46;SAF=31;SAR=28;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897704;STB=0.549098;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0113201;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:46:59:59:0.561905:28:31:19:27:28:31:19:27 chr3 134077470 . C G 633.12 PASS AF=0.529412;AO=63;DP=119;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0236277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.221;QD=21.2813;RBI=0.0236406;REFB=-0.0114138;REVB=-0.000778401;RO=56;SAF=37;SAR=26;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912185;STB=0.550133;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0108133;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:56:56:63:63:0.529412:26:37:27:29:26:37:27:29 chr3 134278270 . C T 255.81 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.083;QD=51.162;RBI=0.0147218;REFB=0;REVB=0.00355005;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19757e-05;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr3 134280395 . T A 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.551;QD=58.5878;RBI=0.00740837;REFB=0;REVB=0.00606793;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51477e-05;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:14:19:0:0 chr3 134322163 . C A 764.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.057;QD=56.6027;RBI=0.0151766;REFB=0;REVB=0.0133401;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97001e-05;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:30:20:0:0:34:20:0:0 chr3 134322742 . A G 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.279;QD=64.1504;RBI=0.011266;REFB=0;REVB=-0.00671997;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64765e-05;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr3 134323156 . A G 728.9 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.0151;QD=57.1685;RBI=0.0632031;REFB=0;REVB=-0.0529156;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000720799;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:36:15:0:0:36:15:0:0 chr3 134499419 . G A 806.58 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0173966;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1725;QD=55.6264;RBI=0.0176268;REFB=-0.148658;REVB=-0.00283901;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000742797;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:58:0:1:57:57:0.982759:30:27:0:0:30:27:1:0 chr3 134670524 . C T 322.55 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00587585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.909;QD=28.0481;RBI=0.070253;REFB=-0.0288542;REVB=0.0700068;RO=18;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354945;STB=0.681692;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0389708;OID=.;OPOS=134670524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:18:27:28:0.608696:18:9:15:3:18:10:15:3 chr3 134898742 . C T 1975.14 PASS AF=0.984733;AO=128;DP=130;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0217668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.705;QD=60.3095;RBI=0.0301974;REFB=-0.154929;REVB=0.0209305;RO=1;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798641;STB=0.508332;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000386907;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:131:1:2:128:129:0.984733:59:69:0:1:59:70:0:2 chr3 136573440 . A G 1189.62 PASS AF=0.97561;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000960781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2483;QD=58.0303;RBI=0.0451504;REFB=-0.113449;REVB=0.0451401;RO=2;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182997;STB=0.500919;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00342918;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:82:2:2:78:80:0.97561:36:42:1:1:37:43:1:1 chr3 136574501 . A G 746.66 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1717;QD=63.5454;RBI=0.0582946;REFB=0;REVB=-0.00661615;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700308;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr3 136574578 . T TTAA 391.34 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288375;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=3;MLLD=235.266;QD=55.9062;RBI=0.033489;REFB=0;REVB=0.0170267;RO=2;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580428;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0011426;OID=.;OPOS=136574579;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:30:28:28:0:12:16:0:0:4:2:12:15:0:2 chr3 136649463 . C T 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.05;QD=56.189;RBI=0.0259518;REFB=0;REVB=0.0235598;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149166;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr3 137786442 . T C 158.85 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0127253;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.876;QD=24.4387;RBI=0.0127714;REFB=-0.0138647;REVB=-0.00108423;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119544;STB=0.549936;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0104218;OID=.;OPOS=137786442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:26:9:10:16:16:0.615385:10:6:5:4:10:6:5:5 chr3 137787047 . C T 276.36 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0222921;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.195;QD=20.0989;RBI=0.0228474;REFB=-0.0056727;REVB=0.00500649;RO=24;SAF=21;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169513;STB=0.580727;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00961637;OID=.;OPOS=137787047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:24:26:29:29:0.527273:8:21:13:11:8:21:15:11 chr3 137787192 . T C 299.76 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0106054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7763;QD=24.4701;RBI=0.0139574;REFB=-0.0442887;REVB=-0.00907384;RO=22;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451551;STB=0.525095;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0367358;OID=.;OPOS=137787192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:12:15:11:11:12:15:11:11 chr3 137787963 . T G 389.13 PASS AF=0.353383;AO=45;DP=132;FAO=47;FDP=133;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.00898177;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.482;QD=11.7031;RBI=0.00980407;REFB=-0.00818492;REVB=-0.00393035;RO=85;SAF=25;SAR=20;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701146;STB=0.541996;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0168491;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:85:86:45:47:0.353383:20:25:42:43:21:26:42:44 chr3 137807259 . G A 337.91 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.000150369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.305;QD=17.5536;RBI=0.0186226;REFB=-0.0379603;REVB=0.018622;RO=40;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171894;STB=0.602094;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0380832;OID=.;OPOS=137807259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:15:21:16:24:15:21:16:25 chr3 137843476 . G T 118.59 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0296888;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.5;QD=12.1632;RBI=0.0308147;REFB=-0.00152976;REVB=-0.00825376;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650817;STB=0.538407;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00253909;OID=.;OPOS=137843476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:11:14:7:7:11:14 chr3 137850003 . A G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0119093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.018;QD=19.7024;RBI=0.0228167;REFB=-0.0204434;REVB=-0.019462;RO=16;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261939;STB=0.649809;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0196609;OID=.;OPOS=137850003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:4:13:8:8:4:13:8:8 chr3 137880743 . G A 89.58 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0583518;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3956;QD=14.3332;RBI=0.0983868;REFB=-0.0805452;REVB=-0.0792151;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067129;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.078076;OID=.;OPOS=137880743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:14:14:11:11:0.44:4:7:9:5:4:7:9:5 chr3 137881265 . T A 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0209184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.174;QD=20.4857;RBI=0.0266981;REFB=-0.0244231;REVB=0.0165895;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347201;STB=0.695865;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0138756;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:9:5:9:2:9:5:9:2 chr3 138033181 . C T 178.12 PASS AF=0.395833;AO=20;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.000975129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2274;QD=14.8434;RBI=0.0618925;REFB=-0.0256942;REVB=-0.0618848;RO=28;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216429;STB=0.666481;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0558124;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:20:19:0.395833:6:14:14:14:5:14:14:15 chr3 138121692 . C G 345.97 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00420642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5535;QD=24.7118;RBI=0.0516829;REFB=-0.0118443;REVB=-0.0515114;RO=21;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00391209;STB=0.506325;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00643184;OID=.;OPOS=138121692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:22:34:34:0.607143:16:18:11:10:16:18:12:10 chr3 138122781 . A G 377.85 PASS AF=0.427184;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.000564583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.633;QD=14.6739;RBI=0.0186527;REFB=-0.0266115;REVB=0.0186442;RO=59;SAF=24;SAR=19;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338892;STB=0.51154;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0404885;OID=.;OPOS=138122781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:59:59:43:44:0.427184:19:24:31:28:20:24:31:28 chr3 138187568 . C T 2210.73 PASS AF=0.986111;AO=141;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0174474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.865;QD=61.4092;RBI=0.0218485;REFB=-0.187156;REVB=0.0131508;RO=3;SAF=71;SAR=70;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674031;STB=0.507041;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=7.04497e-05;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:144:144:3:2:141:142:0.986111:70:71:1:2:70:72:0:2 chr3 138191232 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00569818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.402;QD=12.0517;RBI=0.0214556;REFB=-0.0274204;REVB=-0.0206851;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242158;STB=0.643262;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0339645;OID=.;OPOS=138191232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:4:9:4:5:4:9 chr3 138191448 . A T 333.28 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0772606;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.404;QD=16.2575;RBI=0.0794858;REFB=-0.00531075;REVB=-0.0186763;RO=46;SAF=15;SAR=21;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231564;STB=0.62993;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00585129;OID=.;OPOS=138191448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:46:36:36:0.439024:21:15:30:16:21:15:30:16 chr3 138218994 . T C 893.17 PASS AF=0.491803;AO=89;DP=182;FAO=90;FDP=183;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.00782726;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1931;QD=19.5229;RBI=0.0153195;REFB=-0.0397176;REVB=0.013169;RO=93;SAF=41;SAR=48;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110916;STB=0.557721;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0396588;OID=.;OPOS=138218994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:93:93:89:90:0.491803:48:41:54:39:48:42:54:39 chr3 138289163 . T C 347.28 PASS AF=0.618182;AO=33;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.000303942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2715;QD=25.2564;RBI=0.0681713;REFB=-0.025833;REVB=0.0681707;RO=21;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142144;STB=0.581771;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0268802;OID=.;OPOS=138289163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:33:34:0.618182:16:17:15:6:17:17:15:6 chr3 138289221 . C T 1455.01 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8707;QD=62.5812;RBI=0.0471932;REFB=0;REVB=0.0421554;RO=0;SAF=56;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647789;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:91:93:1:35:56:0:0:37:56:0:0 chr3 138329862 . G A 772.65 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00729732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.321;QD=61.812;RBI=0.0338889;REFB=-0.016536;REVB=0.0330939;RO=1;SAF=14;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324232;STB=0.517234;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000208924;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:35:14:1:0:35:14:1:0 chr3 138724757 . C G 73.8 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0332534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3556;QD=9.84021;RBI=0.054883;REFB=-0.0253708;REVB=-0.0436618;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181817;STB=0.608497;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0504739;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:15:5:4:6:15:5 chr3 138762707 . C G 354.63 PASS AF=0.436782;AO=36;DP=85;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.028393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7209;QD=16.3049;RBI=0.0450003;REFB=-0.0139648;REVB=-0.0349122;RO=49;SAF=14;SAR=22;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105303;STB=0.570675;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0116306;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:49:49:36:38:0.436782:22:14:24:25:24:14:24:25 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG,GTGCTGGCTG 1354.64 PASS AF=0,1,0;AO=20,56,9;DP=89;FAO=0,89,0;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=0,60,0;FSAR=0,29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231995,0.0197344,0.0118192;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=4,3,2;MLLD=240.433,251.656,230.082;QD=60.8828;RBI=0.0560683,0.0815777,0.0694165;REFB=0,0,0;REVB=0.0510435,0.0791547,0.0684029;RO=0;SAF=9,40,9;SAR=11,16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.0487e-08,4.01924e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.00747213,0.00040037,0;OID=.,.,.;OPOS=138763635,138763628,138763633;OREF=GCTG,TGC,CT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG,GTGCTGGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:20,56,9:89:0,89,0:89:0:0,60,0:0,29,0:0:0:7:0:9,40,9:11,16,0:0:0 chr3 139102120 . C A 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00320005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.42;QD=9.09232;RBI=0.00680422;REFB=-0.0137273;REVB=-0.00600476;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02832;STB=0.517215;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0333708;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:7:6:14:18:7:6:14:18 chr3 139257603 . A G 107.38 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00228316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7282;QD=12.6334;RBI=0.00284119;REFB=0.0102034;REVB=-0.00169101;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348754;STB=0.520516;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0157415;OID=.;OPOS=139257603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:12:9:6:7:12:9 chr3 139303248 . G A 222.82 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.601;QD=46.9094;RBI=0.0201303;REFB=0;REVB=0.012027;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125842;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:19:0:0:17:19:1:12:5:0:0:14:5:0:0 chr3 139318241 . A T 245.2 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.00854335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.954;QD=15.5682;RBI=0.010539;REFB=-0.000988646;REVB=-0.006171;RO=32;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13091;STB=0.581789;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00170308;OID=.;OPOS=139318241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:35:27:28:0.444444:18:9:7:25:19:9:7:28 chr3 139328739 . C T 259.94 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168724;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4399;QD=51.9887;RBI=0.0170263;REFB=0;REVB=0.00228364;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314358;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr3 140167536 . A G 492.67 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00859118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.362;QD=22.6514;RBI=0.0179853;REFB=-0.0188725;REVB=-0.0158007;RO=40;SAF=15;SAR=32;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751684;STB=0.541467;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0154496;OID=.;OPOS=140167536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:32:15:16:24:32:15:16:24 chr3 140401693 . A G 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6845;QD=53.9024;RBI=0.0292037;REFB=0;REVB=0.0152262;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164152;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr3 140406947 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0133055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.335;QD=16.8989;RBI=0.0178752;REFB=-0.00810231;REVB=0.0119368;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22118;STB=0.628944;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00283454;OID=.;OPOS=140406947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:4:5:3:7:4:5 chr3 140407260 . C A 67.38 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.092173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.991;QD=13.4757;RBI=0.0924136;REFB=-0.0191675;REVB=0.00666458;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.620415;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0247638;OID=.;OPOS=140407260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:6:5:6:3:6:5 chr3 141162185 . T G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0115806;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.627;QD=16.1985;RBI=0.011762;REFB=0.00100474;REVB=-0.00205766;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23409;STB=0.635921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00146029;OID=.;OPOS=141162185;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:0:3:4:1:0:3 chr3 141682787 . G T 48.28 PASS AF=0.108108;AO=12;DP=109;FAO=12;FDP=111;FR=.;FRO=99;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.042974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3097;QD=1.73966;RBI=0.053626;REFB=0.00265498;REVB=-0.0320778;RO=96;SAF=11;SAR=1;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.537537;STB=0.908809;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0799149;OID=.;OPOS=141682787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:109:111:96:99:12:12:0.108108:1:11:47:49:1:11:47:52 chr3 141923506 . C T 173.24 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0839619;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.172;QD=20.9989;RBI=0.0839973;REFB=0.00173803;REVB=0.00243982;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271362;STB=0.636223;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.000515474;OID=.;OPOS=141923506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:17:18:0.545455:8:9:3:12:9:9:3:12 chr3 141932356 . G A 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00738578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.664;QD=17.5685;RBI=0.0323146;REFB=-0.00623769;REVB=-0.0314592;RO=31;SAF=19;SAR=10;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276672;STB=0.655065;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00525146;OID=.;OPOS=141932356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:10:19:11:20:10:19:11:20 chr3 142139172 . T C 298.75 PASS AF=0.54;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00109747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.483;QD=23.8998;RBI=0.00125372;REFB=0.00637223;REVB=-0.000606115;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114214;STB=0.507457;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00484953;OID=.;OPOS=142139172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:23:26:27:0.54:17:9:7:14:18:9:8:15 chr3 142168331 . C T 766.2 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.113;QD=63.8497;RBI=0.0713068;REFB=0;REVB=0.056988;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161034;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr3 142172064 . G C 294.25 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.0911862;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.975;QD=11.6535;RBI=0.091863;REFB=-0.0199616;REVB=0.0111308;RO=63;SAF=8;SAR=28;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197778;STB=0.618713;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0409965;OID=.;OPOS=142172064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:63:65:36:36:0.356436:28:8:23:40:28:8:24:41 chr3 142222284 . A G 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0100825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.45;QD=18.1753;RBI=0.0108605;REFB=-0.0287871;REVB=-0.00403653;RO=32;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158066;STB=0.588299;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0217331;OID=.;OPOS=142222284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:18:13:19:13:18:13:19:13 chr3 142277536 . A G 380.76 PASS AF=0.365079;AO=46;DP=126;FAO=46;FDP=126;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.0435689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.951;QD=12.0877;RBI=0.0446007;REFB=-0.019431;REVB=-0.00953792;RO=80;SAF=16;SAR=30;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769283;STB=0.544022;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0282324;OID=.;OPOS=142277536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:80:80:46:46:0.365079:30:16:33:47:30:16:33:47 chr3 142277575 . A T 267.78 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00112242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.876;QD=11.5173;RBI=0.0109995;REFB=-0.0207233;REVB=-0.010942;RO=60;SAF=8;SAR=24;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216905;STB=0.633451;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0510584;OID=.;OPOS=142277575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:61:32:32:0.344086:24:8:25:35:24:8:26:35 chr3 142281612 . A G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0046121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.443;QD=21.0156;RBI=0.00968795;REFB=-0.00439483;REVB=-0.00851968;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1969;STB=0.612095;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00313527;OID=.;OPOS=142281612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:4:12:7:6:4:12:7:6 chr3 142392596 . T TC 122.83 PASS AF=0.458333;AO=20;DP=51;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0531643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.6229;QD=10.2357;RBI=0.0673844;REFB=0.0262458;REVB=-0.0414031;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190792;STB=0.610802;STBP=0.172;TYPE=ins;VARB=-0.0335387;OID=.;OPOS=142392597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:20:51:22:48:26:9:13:16:10:99:29:8:12:17:12 chr3 142408606 . G A 248.91 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.012667;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.817;QD=13.8286;RBI=0.0147155;REFB=0.00369374;REVB=-0.00748953;RO=42;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139299;STB=0.572616;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00640146;OID=.;OPOS=142408606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:42:43:29:29:0.402778:17:12:23:19:17:12:23:20 chr3 142503605 . G A 1026.02 PASS AF=0.618056;AO=89;DP=141;FAO=89;FDP=144;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00422271;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.72;QD=28.5006;RBI=0.00465608;REFB=-0.0280086;REVB=0.00196159;RO=51;SAF=36;SAR=53;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591972;STB=0.533805;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0181224;OID=.;OPOS=142503605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:51:55:89:89:0.618056:53:36:25:26:53:36:27:28 chr3 142730774 . T G 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00434641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3659;QD=19.3856;RBI=0.00462547;REFB=-0.00918785;REVB=0.00158232;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238541;STB=0.5135;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0243984;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:10:11:11:9:10:11 chr3 142730851 . A G 107.91 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0424299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.288;QD=13.0803;RBI=0.0429551;REFB=-0.00426104;REVB=0.00669661;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142088;STB=0.583207;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00856882;OID=.;OPOS=142730851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:8:12:6:7:8:12 chr3 142779294 . C T 148.15 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0213381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.747;QD=17.9575;RBI=0.0315424;REFB=0.0027412;REVB=0.0232295;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177849;STB=0.599891;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00347607;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:2:15:12:4:2:15 chr3 143704516 . C T 453.64 PASS AF=0.45045;AO=48;DP=109;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0139374;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.26;QD=16.3472;RBI=0.0189401;REFB=-0.00853059;REVB=-0.0128248;RO=60;SAF=23;SAR=25;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372288;STB=0.515495;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00860578;OID=.;OPOS=143704516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:60:61:48:50:0.45045:25:23:31:29:26:24:31:30 chr3 145782812 . T C 143.61 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0329446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4636;QD=15.1163;RBI=0.0334886;REFB=-0.0328417;REVB=-0.00601169;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155931;STB=0.588126;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0419151;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:22:16:16:0.421053:7:9:8:12:7:9:9:13 chr3 145803138 . T C 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0337217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.96;QD=6.01473;RBI=0.040599;REFB=0.00738403;REVB=0.0226081;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135998;STB=0.587985;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.017187;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:4:3:12:10:4:3:12:10 chr3 145803142 . T A 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0443036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.195;QD=7.32771;RBI=0.0497686;REFB=-0.00242147;REVB=-0.0226738;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273308;STB=0.517198;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00491031;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:11:10:4:4:11:10 chr3 146177815 . C T 439.46 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0191236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1907;QD=21.973;RBI=0.051318;REFB=-0.00319583;REVB=-0.0476217;RO=37;SAF=13;SAR=30;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191489;STB=0.606009;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00175425;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:30:13:19:18:30:13:19:18 chr3 146243369 . G T 69.68 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0190038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.692;QD=16.3956;RBI=0.0266756;REFB=-0.0397113;REVB=-0.01872;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782009;STB=0.545357;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0185289;OID=.;OPOS=146243369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:2:6:6:3:2:6 chr3 146289323 . T C 54.61 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00417951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.567;QD=9.10198;RBI=0.0212218;REFB=-0.00345833;REVB=0.0208062;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106688;STB=0.541563;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00542668;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:4:4:6:9:4:4:7:9 chr3 147111694 . C T 244.58 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.050558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.744;QD=15.529;RBI=0.0513749;REFB=-0.000917863;REVB=0.00912499;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211001;STB=0.61282;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00222304;OID=.;OPOS=147111694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:19:9:18:16:19:9:18:17 chr3 147132414 . A C 515.28 PASS AF=0.395973;AO=59;DP=151;FAO=59;FDP=149;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.0453629;FXX=0.0132442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.246;QD=13.833;RBI=0.0463908;REFB=-0.0220297;REVB=-0.00971141;RO=87;SAF=24;SAR=35;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129953;STB=0.563715;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0202192;OID=.;OPOS=147132414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:87:90:59:59:0.395973:35:24:46:41:35:24:46:44 chr3 147132418 . T G 528.14 PASS AF=0.405594;AO=54;DP=140;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0124097;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.81;QD=14.7732;RBI=0.0126498;REFB=-0.00787163;REVB=0.00245323;RO=86;SAF=24;SAR=30;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605117;STB=0.537812;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0181215;OID=.;OPOS=147132418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:86:85:54:58:0.405594:30:24:43:43:33:25:42:43 chr3 148459395 . C T 321.92 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9124;QD=53.6536;RBI=0.0416023;REFB=0;REVB=0.0219227;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149849;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:16:8:0:0 chr3 148460467 . C A 1520.69 PASS AF=0.990654;AO=104;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00144427;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.837;QD=56.8482;RBI=0.0413133;REFB=-0.133532;REVB=0.0412881;RO=1;SAF=41;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114328;STB=0.506172;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000416585;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:108:107:1:1:104:106:0.990654:63:41:1:0:66:40:1:0 chr3 148562310 . G A 270.62 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0151787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.691;QD=14.4328;RBI=0.0190187;REFB=-0.00392757;REVB=-0.0114594;RO=44;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445914;STB=0.525289;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00794362;OID=.;OPOS=148562310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:14:17:26:18:14:17:26:18 chr3 148597612 . C T 644.5 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199986;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.517;QD=62.8784;RBI=0.0330981;REFB=0;REVB=-0.0263731;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644062;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr3 148744226 . G A 284.59 PASS AF=0.484375;AO=32;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0243215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.7;QD=17.7867;RBI=0.0243852;REFB=-0.0168202;REVB=0.00176215;RO=32;SAF=23;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269182;STB=0.640682;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0187963;OID=.;OPOS=148744226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:33:32:31:0.484375:9:23:14:18:9:22:15:18 chr3 148872987 . G A 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1306;QD=57.6755;RBI=0.0366168;REFB=0;REVB=0.0282875;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741447;OID=.;OPOS=148872987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr3 148881673 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000838897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.538;QD=59.0181;RBI=0.00848022;REFB=0;REVB=0.00843863;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80959e-05;OID=.;OPOS=148881673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr3 148916235 . T A 753.37 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00412738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.627;QD=61.4999;RBI=0.0154776;REFB=-0.0199736;REVB=-0.0149172;RO=1;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140455;STB=0.50746;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00359249;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:33:15:0:1:33:15:0:1 chr3 149093238 . A G 253.02 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00282027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.083;QD=21.0849;RBI=0.00485684;REFB=-0.0279827;REVB=-0.00395411;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161976;STB=0.521259;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0277289;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:14:10:10:13:14:10:11:13 chr3 149216629 . C T 571.75 PASS AF=0.429577;AO=61;DP=142;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00350534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.609;QD=16.1057;RBI=0.0166633;REFB=-0.0279211;REVB=-0.0162904;RO=81;SAF=31;SAR=30;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483506;STB=0.527037;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0323249;OID=.;OPOS=149216629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:81:81:61:61:0.429577:30:31:45:36:30:31:45:36 chr3 149220517 . C T 491.63 PASS AF=0.642857;AO=45;DP=70;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0697671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6148;QD=28.0929;RBI=0.074357;REFB=0.0142185;REVB=-0.0257198;RO=25;SAF=13;SAR=32;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055237;STB=0.530107;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00929928;OID=.;OPOS=149220517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:25:45:45:0.642857:32:13:9:16:32:13:9:16 chr3 149459341 . A G 339.53 PASS AF=0.386792;AO=40;DP=105;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.000866864;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2908;QD=12.8122;RBI=0.0604676;REFB=-0.00651548;REVB=0.0604614;RO=63;SAF=22;SAR=18;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023352;STB=0.514761;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00705523;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:63:65:40:41:0.386792:18:22:36:27:18:23:38:27 chr3 149468505 . AGGC AGC,AGTG 79.15 PASS AF=0.416667,0;AO=14,3;DP=37;FAO=15,0;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=11,0;FSAR=4,0;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.147856,-0.0124993;FXX=0.0270197;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=13.7223,147.104;QD=8.79494;RBI=0.180866,0.217976;REFB=-0.167395,-0.0149637;REVB=-0.104169,-0.217617;RO=17;SAF=12,0;SAR=2,3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.268879,0;SSSB=0.494838,-0.580631;STB=0.68724,0.5;STBP=0.071,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.155852,0;OID=.,.;OPOS=149468506,149468507;OREF=G,GC;OALT=-,TG;OMAPALT=AGC,AGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0:14,3:37:15,0:36:21:11,0:4,0:9:12:80:17:12,0:2,3:7:10 chr3 149678534 . C T 770.61 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.069;QD=55.0435;RBI=0.0355943;REFB=-0.107786;REVB=0.0292877;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00115337;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:55:55:0.982143:22:33:0:0:22:33:0:1 chr3 150263928 . C T 91.37 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0373528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.252;QD=8.49948;RBI=0.0406826;REFB=-0.00446109;REVB=-0.0161197;RO=30;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136043;STB=0.571864;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0197835;OID=.;OPOS=150263928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:30:31:12:12:0.27907:5:7:14:16:5:7:15:16 chr3 150340844 . T C 120.77 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0351925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.628;QD=14.6388;RBI=0.0426172;REFB=0.0154109;REVB=0.0240357;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221272;STB=0.628635;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0236797;OID=.;OPOS=150340844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:11:8:9:5:11:8 chr3 150347833 . G A 117.6 PASS AF=0.857143;AO=11;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0471489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1088;QD=33.599;RBI=0.0484892;REFB=-0.0548538;REVB=-0.0113219;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571312;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00411161;OID=.;OPOS=150347833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:0:2:11:12:0.857143:6:5:0:0:6:6:2:0 chr3 150403749 . T C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0494824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7458;QD=12.2128;RBI=0.0497667;REFB=0.000882912;REVB=0.00531146;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387281;STB=0.727323;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00102423;OID=.;OPOS=150403749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:7:15:4:9:7:15 chr3 150421419 . G A 159.81 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00769887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.885;QD=11.6222;RBI=0.0137196;REFB=-0.0103289;REVB=0.0113559;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13436;STB=0.558925;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0114177;OID=.;OPOS=150421419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:35:20:20:0.363636:9:11:14:19:9:11:16:19 chr3 150903122 . G A 360.29 PASS AF=0.349206;AO=44;DP=125;FAO=44;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0157268;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.214;QD=11.438;RBI=0.0157343;REFB=-0.00895748;REVB=-0.000484816;RO=79;SAF=14;SAR=30;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259764;STB=0.646291;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0252038;OID=.;OPOS=150903122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:79:82:44:44:0.349206:30:14:43:36:30:14:44:38 chr3 150905972 . A G 237.84 PASS AF=0.547619;AO=20;DP=39;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0171791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.939;QD=22.6514;RBI=0.0172026;REFB=-0.0131089;REVB=0.00089866;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2871;STB=0.644233;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0101068;OID=.;OPOS=150905972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:19:19:20:23:0.547619:12:8:2:17:14:9:2:17 chr3 150911405 . T C 513.87 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0025451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.611;QD=21.8668;RBI=0.00824466;REFB=0.00506667;REVB=0.007842;RO=45;SAF=24;SAR=25;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117013;STB=0.564434;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00426304;OID=.;OPOS=150911405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:25:24:16:29:25:24:16:29 chr3 150916327 . T C 405.54 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00796161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.646;QD=17.2569;RBI=0.00824504;REFB=-0.0138968;REVB=-0.00214321;RO=52;SAF=21;SAR=21;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0290691;OID=.;OPOS=150916327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:21:21:26:26:21:21:26:26 chr3 151011969 . G A 242.36 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0285125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.294;QD=29.3775;RBI=0.0337341;REFB=-0.031076;REVB=-0.0180286;RO=11;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285729;STB=0.515745;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0176744;OID=.;OPOS=151011969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:9:13:7:4:9:13:7:4 chr3 151012497 . T C 518.27 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0245453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.313;QD=22.7809;RBI=0.0252278;REFB=-0.00800764;REVB=0.00582827;RO=42;SAF=18;SAR=31;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00923044;STB=0.505078;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00592081;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:31:18:15:27:31:18:15:27 chr3 151046308 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0824866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.628;QD=55.6541;RBI=0.082608;REFB=0;REVB=0.00447661;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000641193;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr3 151046604 . G T 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00565368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9237;QD=16.1148;RBI=0.0119494;REFB=0.00798965;REVB=-0.0105273;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499484;STB=0.528278;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00820369;OID=.;OPOS=151046604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:13:16:12:12:13:16 chr3 151090424 . G A 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0276063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.39;QD=17.4543;RBI=0.0282851;REFB=-0.04392;REVB=-0.00615943;RO=28;SAF=19;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134408;STB=0.568809;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0383461;OID=.;OPOS=151090424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:8:19:16:12:8:19:17:12 chr3 151134104 . AGCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT A 50.0 PASS AO=37;DP=121;LEN=87;RO=84;SAF=2;SAR=43;SRF=11;SRR=65;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=151134105;OREF=GCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:121:84:37:43:2:11:65 chr3 151143447 . G T 235.94 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0319014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.077;QD=19.26;RBI=0.0561017;REFB=-0.000943647;REVB=-0.0461487;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185455;STB=0.612582;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-2.39672e-05;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:11:12:8:17:11:12:8:18 chr3 151150967 . T G,TG 262.95 PASS AF=0.0714286,0.75;AO=2,6;DP=43;FAO=2,21;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=2,12;FSAR=0,9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0361296,0.03761;FXX=0.0344709;HRUN=13,0;LEN=1,1;MLLD=180.586,205.895;QD=37.564;RBI=0.0903674,0.0874247;REFB=0.000893059,-0.032369;REVB=-0.0828306,-0.0789212;RO=35;SAF=1,1;SAR=1,5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0610848,-0.473813;STB=0.995714,0.57136;STBP=0.09,0.169;TYPE=snp,ins;VARB=0.0376248,0.00220681;OID=.,.;OPOS=151150967,151150968;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:43:28:35:5:2,6:2,21:0.0714286,0.75:1,5:1,1:20:15:0,9:2,12:1:4 chr3 151150968 . T G 109.65 PASS AF=0.371429;AO=15;DP=37;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00127927;FXX=0.0540395;HRUN=13;LEN=1;MLLD=154.122;QD=12.5318;RBI=0.00668879;REFB=-0.00487421;REVB=-0.00656531;RO=21;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482788;STB=0.758524;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000740816;OID=.;OPOS=151150968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:21:22:15:13:0.371429:3:12:7:14:3:10:8:14 chr3 151154666 . T C 1706.67 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0242;QD=59.8832;RBI=0.0272233;REFB=0;REVB=0.00749701;RO=0;SAF=70;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107898;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:112:114:1:42:70:0:0:43:71:0:0 chr3 151155248 . A C 391.66 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00870568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.603;QD=22.0654;RBI=0.00877159;REFB=-0.00720721;REVB=0.0010733;RO=31;SAF=17;SAR=22;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116313;STB=0.57098;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00438114;OID=.;OPOS=151155248;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:32:39:39:0.549296:22:17:18:13:22:17:19:13 chr3 151155620 . G A 379.84 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0912935;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3775;QD=21.7049;RBI=0.0917227;REFB=-0.00617759;REVB=-0.00886254;RO=22;SAF=10;SAR=28;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118029;STB=0.56201;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000485505;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:22:32:38:38:0.542857:28:10:9:13:28:10:12:20 chr3 151155758 . A C 181.15 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00752882;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.378;QD=15.7523;RBI=0.049906;REFB=-0.0123746;REVB=0.0493348;RO=27;SAF=4;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247946;STB=0.644531;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0263815;OID=.;OPOS=151155758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:27:19:19:0.413043:15:4:11:16:15:4:11:16 chr3 151161112 . A G 230.28 PASS AF=0.337079;AO=29;DP=83;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0115083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.2052;QD=10.3496;RBI=0.0504016;REFB=-0.0135536;REVB=-0.0490702;RO=54;SAF=12;SAR=17;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219183;STB=0.605311;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0305812;OID=.;OPOS=151161112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:89:54:59:29:30:0.337079:17:12:33:21:18:12:33:26 chr3 151165678 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.887;QD=52.6132;RBI=0.0287902;REFB=0;REVB=0.010345;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207346;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr3 151166058 . G A 172.02 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0113622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.507;QD=18.1071;RBI=0.0125181;REFB=0.00614777;REVB=0.00525373;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924797;STB=0.552574;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0039283;OID=.;OPOS=151166058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:12:8:9:9:12:8 chr3 151166422 . C T 260.76 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0113283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.481;QD=24.8339;RBI=0.014172;REFB=-0.0309733;REVB=0.00851548;RO=18;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126327;STB=0.519215;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0238824;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:18:23:24:0.571429:8:15:12:6:9:15:12:6 chr3 151171439 . A C 256.29 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.010084;FXX=0.0294074;HRUN=6;LEN=1;MLLD=159.691;QD=15.5327;RBI=0.0100856;REFB=-0.013599;REVB=-0.000180441;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197467;STB=0.58146;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0143962;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:33:37:28:29:0.439394:16:12:21:12:16:13:22:15 chr3 151171542 . A G 476.32 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.796;QD=57.7356;RBI=0.0133222;REFB=0;REVB=0.00314426;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371912;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:23:9:0:0:24:9:0:0 chr3 151283691 . C A 787.05 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0581188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.241;QD=55.2315;RBI=0.0609576;REFB=-0.0356878;REVB=0.0183856;RO=0;SAF=12;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000529355;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:44:12:0:0:44:12:0:1 chr3 151535235 . A G 331.22 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00632331;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.523;QD=18.401;RBI=0.0240858;REFB=-0.0153074;REVB=-0.023241;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229716;STB=0.512813;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0119189;OID=.;OPOS=151535235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:37:35:35:0.486111:16:19:21:16:16:19:21:16 chr3 151545601 . G A 234.9 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0274651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6463;QD=18.7916;RBI=0.0289649;REFB=-0.00327527;REVB=0.0091998;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465511;STB=0.549956;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00459355;OID=.;OPOS=151545601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:27:23:23:0.46:9:14:14:11:9:14:14:13 chr3 152554357 . A G 678.26 PASS AF=0.55;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.00872227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.188;QD=22.6087;RBI=0.00874553;REFB=-0.0268007;REVB=0.000637408;RO=53;SAF=35;SAR=31;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915329;STB=0.553555;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0283209;OID=.;OPOS=152554357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:53:54:66:66:0.55:31:35:34:19:31:35:35:19 chr3 152637565 . C T 309.92 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00829769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.222;QD=19.072;RBI=0.039694;REFB=-0.0271551;REVB=-0.038817;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999773;STB=0.555523;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0171451;OID=.;OPOS=152637565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:18:15:11:21:18:15:11:21 chr3 152852067 . C T 124.78 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0101348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.648;QD=17.8261;RBI=0.0184394;REFB=-0.0107348;REVB=-0.0154045;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124945;STB=0.571329;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0181696;OID=.;OPOS=152852067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:5:9:7:7:5:9 chr3 152852070 . T C 136.5 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0172812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.606;QD=18.8272;RBI=0.0178168;REFB=-0.0390684;REVB=0.00433575;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156693;STB=0.584364;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0236218;OID=.;OPOS=152852070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:14:14:15:0.517241:6:8:5:8:7:8:5:9 chr3 152852188 . T C 294.29 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00595019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.25;QD=17.5696;RBI=0.00599265;REFB=-0.00885753;REVB=0.000712159;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708318;STB=0.521114;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0090677;OID=.;OPOS=152852188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:35:31:32:0.477612:16:15:13:19:17:15:15:20 chr3 152883036 . G A 144.82 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00145656;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.359;QD=14.8534;RBI=0.00615854;REFB=-0.0064791;REVB=0.00598382;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481099;STB=0.527834;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0114984;OID=.;OPOS=152883036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:23:16:16:0.410256:9:7:9:14:9:7:9:14 chr3 152885599 . A T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0191321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.55;QD=12.9748;RBI=0.0200162;REFB=-0.0166629;REVB=-0.00588321;RO=17;SAF=1;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544758;STB=0.824317;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0289699;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:11:1:8:9:11:1:8:10 chr3 153725166 . G A 183.99 PASS AF=0.257143;AO=27;DP=105;FAO=27;FDP=105;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00754029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.765;QD=7.00896;RBI=0.0113055;REFB=-0.00541457;REVB=-0.00842364;RO=78;SAF=15;SAR=12;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370825;STB=0.522371;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0132134;OID=.;OPOS=153725166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:78:78:27:27:0.257143:12:15:41:37:12:15:41:37 chr3 153725172 . C T 172.4 PASS AF=0.245283;AO=25;DP=107;FAO=26;FDP=106;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0202627;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8985;QD=6.50583;RBI=0.0282541;REFB=-0.00125221;REVB=-0.0196906;RO=76;SAF=14;SAR=11;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256634;STB=0.539617;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00458579;OID=.;OPOS=153725172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:76:80:25:26:0.245283:11:14:41:35:11:15:42:38 chr3 153725251 . T C 346.22 PASS AF=0.333333;AO=41;DP=130;FAO=45;FDP=135;FR=.;FRO=90;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.0654575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1511;QD=10.2583;RBI=0.0692266;REFB=-0.025557;REVB=-0.0225306;RO=89;SAF=16;SAR=25;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137384;STB=0.544535;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0561265;OID=.;OPOS=153725251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:135:89:90:41:45:0.333333:25:16:45:44:25:20:46:44 chr3 153839866 . G C 1479.92 PASS AF=0.929204;AO=105;DP=113;FAO=105;FDP=113;FR=.;FRO=8;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0154953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.362;QD=52.3866;RBI=0.0164302;REFB=-0.00458526;REVB=0.00546345;RO=7;SAF=54;SAR=51;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270504;STB=0.518702;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.000289045;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:113:113:7:8:105:105:0.929204:51:54:2:5:51:54:2:6 chr3 153839959 . CT TC 410.67 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958946;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=54.4132;QD=56.6437;RBI=0.00987326;REFB=0;REVB=0.00235022;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000285681;OID=.;OPOS=153839959;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr3 154018887 . G C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.561;QD=57.6783;RBI=0.00454063;REFB=0;REVB=0.00288805;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08858e-05;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr3 155241740 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.974;QD=61.3364;RBI=0.0329631;REFB=0;REVB=-0.0204007;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64814e-06;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr3 155314034 . A G 875.21 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057522;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.507;QD=57.3907;RBI=0.0671091;REFB=0;REVB=0.0345666;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065734;OID=.;OPOS=155314034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:22:38:0:0:23:38:0:0 chr3 155461457 . C T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7016;QD=60.2276;RBI=0.033514;REFB=0;REVB=-0.032184;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000764684;OID=.;OPOS=155461457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr3 155652820 . A G 1558.76 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887696;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.145;QD=59.9522;RBI=0.00941909;REFB=0;REVB=-0.00314942;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27492e-05;OID=.;OPOS=155652820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:49:55:0:0:49:55:0:0 chr3 156177675 . A G 393.41 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0198674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.474;QD=22.4803;RBI=0.0204825;REFB=0.00739438;REVB=0.00498203;RO=31;SAF=17;SAR=22;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141774;STB=0.578062;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00449182;OID=.;OPOS=156177675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:22:17:19:12:22:17:19:12 chr3 156234108 . A G 409.14 PASS AF=0.443299;AO=42;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.00650736;FXX=0.0202;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7509;QD=16.8716;RBI=0.0208247;REFB=-0.037332;REVB=-0.0197819;RO=54;SAF=11;SAR=31;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877825;STB=0.536315;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0401225;OID=.;OPOS=156234108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:42:43:0.443299:31:11:18:36:31:12:18:36 chr3 156266765 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0199302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.233;QD=13.4417;RBI=0.0215166;REFB=-0.00372484;REVB=0.00810878;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301146;STB=0.680449;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00437583;OID=.;OPOS=156266765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:8:2:6:7:8:2:6:7 chr3 156411825 . G T 55.14 PASS AF=0.225;AO=11;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0128349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5851;QD=5.51362;RBI=0.0244677;REFB=-0.00773937;REVB=-0.0208311;RO=29;SAF=1;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.642477;STB=0.87774;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0675892;OID=.;OPOS=156411825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:40:40:29:31:11:9:0.225:10:1:18:11:8:1:18:13 chr3 156544584 . C T 1553.72 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0287;QD=58.6309;RBI=0.0258586;REFB=0.050559;REVB=0.0147535;RO=1;SAF=44;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106631;STB=0.505617;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000138784;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:61:44:1:0:61:44:1:0 chr3 156763279 . C T 516.13 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.0670032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8717;QD=16.2559;RBI=0.0922655;REFB=-0.0192519;REVB=0.063431;RO=70;SAF=19;SAR=37;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035171;STB=0.516593;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0262667;OID=.;OPOS=156763279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:71:56:56:0.440945:37:19:26:44:37:19:26:45 chr3 156877276 . CAA C 176.95 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0157006;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=220.315;QD=17.2636;RBI=0.0165178;REFB=-0.0340089;REVB=0.00513112;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125495;STB=0.558089;STBP=0.424;TYPE=del;VARB=0.0223069;OID=.;OPOS=156877277;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.560976:22:41:23:41:18:11:12:11:7:99:18:10:12:11:7 chr3 156877707 . A T 1904.87 PASS AF=0.486216;AO=193;DP=395;FAO=194;FDP=399;FR=.;FRO=205;FSAF=103;FSAR=91;FSRF=110;FSRR=95;FWDB=-0.0250553;FXX=0.00498741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.852;QD=19.0964;RBI=0.0255912;REFB=-0.0273376;REVB=-0.00520968;RO=198;SAF=102;SAR=91;SRF=105;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00167361;STB=0.502919;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0310951;OID=.;OPOS=156877707;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:399:198:205:193:194:0.486216:91:102:105:93:91:103:110:95 chr3 156983414 . T C 386.53 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00942226;FXX=0.0188661;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.622;QD=14.8666;RBI=0.00944739;REFB=-0.00994386;REVB=-0.000688621;RO=58;SAF=20;SAR=24;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00640204;STB=0.502644;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.016382;OID=.;OPOS=156983414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:58:60:44:44:0.423077:24:20:26:32:24:20:27:33 chr3 157081324 . A G 227.45 PASS AF=0.35443;AO=26;DP=76;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0154723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2764;QD=11.5164;RBI=0.0193126;REFB=-0.00770996;REVB=-0.0115579;RO=50;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678889;STB=0.567009;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0247925;OID=.;OPOS=157081324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:50:51:26:28:0.35443:13:13:22:28:13:15:22:29 chr3 157131788 . A C 540.87 PASS AF=0.53125;AO=50;DP=95;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00166928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.875;QD=22.5362;RBI=0.0182379;REFB=-0.0178742;REVB=0.0181613;RO=44;SAF=31;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105052;STB=0.546581;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.011637;OID=.;OPOS=157131788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:44:45:50:51:0.53125:19:31:22:22:20:31:23:22 chr3 157155314 . C A 1174.62 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000638412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.252;QD=59.4745;RBI=0.0462854;REFB=-0.027407;REVB=0.046281;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.506328;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000267465;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:39:39:1:0:39:39:1:0 chr3 157161198 . A AT,T 408.87 PASS AF=0.516129,0.483871;AO=14,13;DP=33;FAO=16,15;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4,9;FSAR=12,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347308,0.02206;FXX=0.0312402;HRUN=0,8;LEN=1,1;MLLD=116.186,116.899;QD=52.7567;RBI=0.0151165,0.0307842;REFB=0,0;REVB=0.0147121,0.0214714;RO=3;SAF=4,7;SAR=10,6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0183949,0.0691109;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00874942,0.00217336;OID=.,.;OPOS=157161199,157161198;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:33:31:3:0:14,13:16,15:0.516129,0.483871:10,6:4,7:1:2:12,6:4,9:0:0 chr3 157289064 . G A 239.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0520375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.016;QD=14.3244;RBI=0.052128;REFB=-0.0206861;REVB=-0.00306957;RO=38;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096251;STB=0.563712;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0167008;OID=.;OPOS=157289064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:18:10:17:21:18:10:18:21 chr3 157815088 . G A 1290.39 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921548;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9231;QD=61.4471;RBI=0.0472422;REFB=0;REVB=0.0463347;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306796;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:83:84:1:36:47:0:0:36:48:0:0 chr3 158320597 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.37;QD=60.6101;RBI=0.0481311;REFB=0;REVB=0.0445134;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377537;OID=.;OPOS=158320597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr3 158320703 . C A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.09;QD=63.5828;RBI=0.004755;REFB=0;REVB=0.00453727;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76054e-06;OID=.;OPOS=158320703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr3 158362441 . T C 1986.5 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3253;QD=62.0781;RBI=0.0277315;REFB=0;REVB=-0.0244349;RO=0;SAF=57;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26593e-05;OID=.;OPOS=158362441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:71:57:0:0:71:57:0:0 chr3 158366900 . G A 831.32 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0622556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.288;QD=55.421;RBI=0.062256;REFB=-0.0924283;REVB=0.000219796;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192485;STB=0.510201;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=9.87073e-05;OID=.;OPOS=158366900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:58:59:0.983333:34:24:1:0:35:24:1:0 chr3 158367837 . C T 343.34 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00277716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.159;QD=13.8723;RBI=0.0104454;REFB=-0.0151885;REVB=-0.0100694;RO=61;SAF=10;SAR=28;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318435;STB=0.682439;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0164885;OID=.;OPOS=158367837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:28:10:33:28:28:10:33:28 chr3 158388780 . T C 599.87 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0447313;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3052;QD=57.13;RBI=0.0649373;REFB=-0.0767293;REVB=0.0470741;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253417;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.004267;OID=.;OPOS=158388780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:43:42:1:1:40:41:0.97619:18:22:0:1:19:22:0:1 chr3 158428642 . G A 646.92 PASS AF=0.921569;AO=46;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00745659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.737;QD=50.7385;RBI=0.027142;REFB=-0.0710829;REVB=0.0260977;RO=2;SAF=27;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335578;STB=0.517234;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00126329;OID=.;OPOS=158428642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:51:51:2:2:46:47:0.921569:19:27:2:0:19:28:2:0 chr3 158520011 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0296936;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.077;QD=16.8229;RBI=0.042496;REFB=0.0205807;REVB=0.0304006;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0135772;OID=.;OPOS=158520011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:2:3:5:2:2:3 chr3 158537443 . A G 686.9 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6082;QD=53.8748;RBI=0.0696593;REFB=-0.00639903;REVB=0.0657123;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0014297;OID=.;OPOS=158537443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:49:50:0.980392:21:28:0:0:22:28:0:1 chr3 158952315 . C A 327.91 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0139073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.315;QD=17.7249;RBI=0.0155575;REFB=-0.00765036;REVB=0.0069731;RO=38;SAF=10;SAR=25;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393586;STB=0.725064;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00519176;OID=.;OPOS=158952315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:25:10:27:11:25:10:28:11 chr3 158980354 . G A 191.85 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0230571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2018;QD=11.8062;RBI=0.0230573;REFB=-0.00909514;REVB=9.45162e-05;RO=40;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910805;STB=0.560673;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.022119;OID=.;OPOS=158980354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:10:14:20:20:10:14:20:21 chr3 159744438 . C T 766.75 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.982;QD=56.7961;RBI=0.0550027;REFB=0;REVB=0.00996152;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252883;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:35:15:0:0:36:18:0:0 chr3 159744440 . C T 740.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.693;QD=56.949;RBI=0.0262242;REFB=0;REVB=0.0232732;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85362e-05;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr3 160414759 . G A 621.17 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0050129;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.081;QD=18.0049;RBI=0.0388061;REFB=-0.0150315;REVB=-0.038481;RO=70;SAF=22;SAR=42;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057522;STB=0.535808;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0321911;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:138:70:74:64:64:0.463768:42:22:28:42:42:22:30:44 chr3 160436316 . A G 287.81 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0110245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9761;QD=18.5683;RBI=0.0267063;REFB=-0.00593013;REVB=0.0243246;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187421;STB=0.596212;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00459773;OID=.;OPOS=160436316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:18:13:19:11:18:13:19:12 chr3 160939776 . T A 73.45 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0221655;FXX=0;HRUN=30;LEN=1;MLLD=15.8546;QD=16.3214;RBI=0.0852692;REFB=-0.0912294;REVB=0.0823379;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124286;STB=0.571292;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0707032;OID=.;OPOS=160939776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:18:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:2:6:6:4:2:6 chr3 160967354 . G A 1034.25 PASS AF=1;AO=67;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00111073;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2906;QD=59.1001;RBI=0.0100738;REFB=0;REVB=0.0100124;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175169;OID=.;OPOS=160967354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:67:70:1:36:31:0:0:38:32:0:0 chr3 161062631 . T C 809.99 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445764;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.093;QD=56.8414;RBI=0.0455415;REFB=0;REVB=0.009326;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197701;OID=.;OPOS=161062631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:22:35:0:0 chr3 161062848 . G A 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.396;QD=64.4077;RBI=0.0166367;REFB=0;REVB=0.0164184;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64586e-05;OID=.;OPOS=161062848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr3 161221705 . A C 278.83 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0193386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3166;QD=27.2032;RBI=0.0252753;REFB=-0.00510361;REVB=-0.0162745;RO=15;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279922;STB=0.645447;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000845202;OID=.;OPOS=161221705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:25:25:0.609756:18:7:10:5:18:7:10:6 chr3 164714532 . C T 1242.72 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2769;QD=60.6206;RBI=0.0271057;REFB=0;REVB=-0.0251854;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049889;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:80:82:1:42:38:0:0:42:40:0:0 chr3 164764719 . C A 2130.18 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.041;QD=62.1951;RBI=0.0699969;REFB=-0.0536362;REVB=-0.0138401;RO=1;SAF=67;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070424;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315386;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:137:137:1:0:135:137:1:68:67:1:0:69:68:0:0 chr3 164773057 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.574;QD=64.4151;RBI=0.0174076;REFB=0;REVB=0.0149538;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60001e-05;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr3 164783165 . T C 1472.84 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.695;QD=63.348;RBI=0.0228871;REFB=0;REVB=0.0192537;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44432e-05;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:54:38:0:0:55:38:0:0 chr3 165951073 . C A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.76;QD=60.9779;RBI=0.0616209;REFB=0;REVB=-0.00761179;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326525;OID=.;OPOS=165951073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr3 166900401 . C G 44.78 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0630837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7662;QD=7.46334;RBI=0.0639334;REFB=-0.0166882;REVB=0.0103887;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883077;STB=0.555401;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.033878;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:11:6:3:4:11:6 chr3 166966436 . C T 876.13 PASS AF=0.411765;AO=95;DP=228;FAO=98;FDP=238;FR=.;FRO=140;FSAF=69;FSAR=29;FSRF=86;FSRR=54;FWDB=-0.012156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.124;QD=14.7249;RBI=0.0190107;REFB=-0.0120458;REVB=-0.0146163;RO=132;SAF=67;SAR=28;SRF=79;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125427;STB=0.560249;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0213249;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:238:132:140:95:98:0.411765:28:67:79:53:29:69:86:54 chr3 167000256 . G C 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.006389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.362;QD=21.0155;RBI=0.021637;REFB=0.00182133;REVB=0.0206722;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409495;STB=0.730016;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000579567;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:11:5:11:2:11:5:11:2 chr3 167034814 . T C 362.34 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.013502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.836;QD=13.2969;RBI=0.0141723;REFB=-0.0242273;REVB=0.00430671;RO=64;SAF=23;SAR=20;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204159;STB=0.521153;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0423481;OID=.;OPOS=167034814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:66:43:43:0.394495:20:23:33:31:20:23:33:33 chr3 167035354 . G A 437.9 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0118677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.469;QD=21.6246;RBI=0.0128428;REFB=-0.00868762;REVB=-0.00490858;RO=37;SAF=10;SAR=33;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18;STB=0.60932;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00663509;OID=.;OPOS=167035354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:38:43:43:0.530864:33:10:15:22:33:10:16:22 chr3 167045891 . G A 229.29 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00196851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.265;QD=9.75679;RBI=0.00687043;REFB=-0.00298544;REVB=-0.00658238;RO=65;SAF=9;SAR=20;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274243;STB=0.66154;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0116222;OID=.;OPOS=167045891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:65:65:29:29:0.308511:20:9:35:30:20:9:35:30 chr3 167051726 . A G 339.69 PASS AF=0.538462;AO=33;DP=63;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0283075;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.9327;QD=20.9041;RBI=0.0306165;REFB=-0.0236271;REVB=0.0116641;RO=29;SAF=12;SAR=21;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190726;STB=0.621551;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0116626;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:29:30:33:35:0.538462:21:12:17:12:23:12:18:12 chr3 167051769 . T C 198.15 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0112306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.849;QD=18.8713;RBI=0.0208084;REFB=-0.0323339;REVB=-0.0175175;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159197;STB=0.57136;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0275428;OID=.;OPOS=167051769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:12:8:5:16:12:8:6:16 chr3 167068256 . T A 773.91 PASS AF=0.445652;AO=82;DP=182;FAO=82;FDP=184;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=0.0474454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.325;QD=16.824;RBI=0.0484128;REFB=-0.00672136;REVB=-0.00962988;RO=100;SAF=38;SAR=44;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333362;STB=0.517901;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00844787;OID=.;OPOS=167068256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:100:102:82:82:0.445652:44:38:43:57:44:38:44:58 chr3 167077691 . T A 977.4 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.66;QD=58.3523;RBI=0.0260745;REFB=0;REVB=0.00397496;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3114e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:28:37:0:0:29:38:0:0 chr3 167184878 . T C 836.73 PASS AF=0.983051;AO=39;DP=62;FAO=58;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.170131;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.701;QD=56.7277;RBI=0.171785;REFB=-0.128772;REVB=0.023785;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.506327;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00235346;OID=.;OPOS=167184878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:59:1:1:39:58:0.983051:19:20:1:0:19:39:1:0 chr3 167217960 . C T 861.38 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0254347;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0716;QD=54.6908;RBI=0.0265286;REFB=0.000738223;REVB=-0.00753964;RO=2;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269576;STB=0.514281;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.000341208;OID=.;OPOS=167217960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:2:2:61:61:0.968254:34:27:0:2:34:27:0:2 chr3 167217964 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000998808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.396;QD=58.239;RBI=0.03358;REFB=0;REVB=0.0335652;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41659e-05;OID=.;OPOS=167217964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr3 167248967 . A G 462.22 PASS AF=0.571429;AO=43;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00986328;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.788;QD=24.0112;RBI=0.0103868;REFB=-0.0146452;REVB=-0.00325597;RO=32;SAF=34;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32493;STB=0.672493;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0104379;OID=.;OPOS=167248967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:33:43:44:0.571429:9:34:14:18:10:34:14:19 chr3 167415751 . T G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00259278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.837;QD=18.1541;RBI=0.00287159;REFB=-0.0131052;REVB=0.00123431;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108188;STB=0.561234;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0153934;OID=.;OPOS=167415751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:8:17:12:9:8:17 chr3 168538993 . A G 1644.48 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321951;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.773;QD=60.3481;RBI=0.0428144;REFB=0;REVB=0.0282232;RO=0;SAF=44;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153346;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:106:109:1:62:44:0:0:62:47:0:0 chr3 168546914 . C T 435.95 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00534493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.604;QD=21.2659;RBI=0.00967437;REFB=-0.0526522;REVB=0.00806381;RO=39;SAF=15;SAR=28;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956647;STB=0.505287;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0406885;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:28:15:14:25:28:15:14:25 chr3 169098992 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.029858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.233;QD=16.8231;RBI=0.0468219;REFB=-0.00842644;REVB=0.0360665;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121017;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00538627;OID=.;OPOS=169098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:3:2:4:3:3:2 chr3 169713483 . C T 143.15 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0165054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9021;QD=9.87271;RBI=0.0391905;REFB=-0.0226292;REVB=-0.0355452;RO=38;SAF=4;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311491;STB=0.680137;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0681163;OID=.;OPOS=169713483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:39:19:19:0.327586:15:4:17:21:15:4:17:22 chr3 169802930 . G T 137.49 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0291367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.073;QD=11.2236;RBI=0.0313046;REFB=-0.00887146;REVB=-0.011447;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953202;STB=0.529989;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0158433;OID=.;OPOS=169802930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:33:16:16:0.326531:7:9:20:11:7:9:20:13 chr3 169894680 . G A 244.63 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00973397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.511;QD=16.5851;RBI=0.0102864;REFB=-0.0242402;REVB=-0.00332576;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116996;STB=0.514491;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0220911;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:27:28:0.474576:11:16:18:13:11:17:18:13 chr3 169988286 . C T 145.58 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00667669;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.937;QD=15.3239;RBI=0.00670448;REFB=-0.00776175;REVB=0.000609777;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481099;STB=0.543865;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00973414;OID=.;OPOS=169988286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:22:16:16:0.421053:9:7:9:14:9:7:8:14 chr3 170078232 . C T 328.91 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982939;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.903;QD=54.8186;RBI=0.0142245;REFB=0;REVB=-0.010282;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160456;OID=.;OPOS=170078232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:22:24:1:15:7:0:0:15:9:0:0 chr3 170715830 . G A 124.35 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00800764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.078;QD=18.4229;RBI=0.0117701;REFB=-0.0069591;REVB=-0.00862626;RO=12;SAF=12;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419925;STB=0.746662;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0124012;OID=.;OPOS=170715830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:13:13:14:0.518519:1:12:8:4:1:13:9:4 chr3 170825905 . C G 1034.95 PASS AF=0.972603;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0345705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.661;QD=56.7094;RBI=0.0426623;REFB=-0.0393659;REVB=0.024999;RO=0;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00709672;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:73:0:2:69:71:0.972603:21:48:0:0:21:50:2:0 chr3 170893070 . G A 439.63 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00566663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.411;QD=45.0898;RBI=0.0403605;REFB=-0.00715495;REVB=-0.0399607;RO=5;SAF=25;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167481;STB=0.609685;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=4.72251e-05;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:5:6:33:33:0.846154:8:25:1:4:8:25:1:5 chr3 171065031 . G C 62.25 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.623;QD=35.574;RBI=0.0039201;REFB=0;REVB=0.0039201;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75089e-06;OID=.;OPOS=171065031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:6:0:0:0:7:0:0:0 chr3 171510238 . C T 461.79 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0114121;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.557;QD=18.8487;RBI=0.0155719;REFB=-0.0168622;REVB=-0.0105947;RO=51;SAF=29;SAR=17;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080441;STB=0.540523;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0216802;OID=.;OPOS=171510238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:51:52:46:46:0.469388:17:29:28:23:17:29:29:23 chr3 171510841 . C T 304.13 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0259551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.018;QD=17.3787;RBI=0.0261722;REFB=-0.00964347;REVB=-0.00336369;RO=37;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129037;STB=0.515142;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0103347;OID=.;OPOS=171510841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:32:33:0.471429:16:16:18:19:16:17:18:19 chr3 171510898 . A G 223.44 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0137186;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.368;QD=14.4152;RBI=0.0145551;REFB=-0.0094607;REVB=0.00486312;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375774;STB=0.538432;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0145616;OID=.;OPOS=171510898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:32:36:26:26:0.419355:14:12:16:16:14:12:19:17 chr3 171511020 . T G 144.73 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0157134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.074;QD=15.6463;RBI=0.047743;REFB=-0.0103918;REVB=0.0450831;RO=21;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140641;STB=0.581978;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0148792;OID=.;OPOS=171511020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:13:3:6:15:13:3:6:15 chr3 171511139 . C T 113.1 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0246693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3643;QD=17.4002;RBI=0.0251243;REFB=-0.00822396;REVB=0.00476008;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318548;STB=0.692012;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00709854;OID=.;OPOS=171511139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:12:13:0.5:4:8:4:9:4:9:4:9 chr3 171511355 . G A 185.84 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0118635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.761;QD=10.6194;RBI=0.0148948;REFB=-0.0117861;REVB=-0.00900624;RO=46;SAF=11;SAR=13;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714608;STB=0.541632;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0316345;OID=.;OPOS=171511355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:13:11:24:22:13:11:24:22 chr3 171844787 . A T 997.75 PASS AF=0.985714;AO=62;DP=64;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.75;QD=57.0141;RBI=0.0865281;REFB=-0.0634815;REVB=0.0746157;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000917865;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:70:0:1:62:69:0.985714:32:30:0:0:38:31:0:1 chr3 171969077 . C G 220.44 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0386753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7686;QD=16.0318;RBI=0.0389572;REFB=-0.0271961;REVB=-0.00467807;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208404;STB=0.608609;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0140788;OID=.;OPOS=171969077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:25:25:0.454545:15:10:18:11:15:10:18:12 chr3 172034271 . T C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.236;QD=63.1953;RBI=0.025306;REFB=0;REVB=0.00900763;RO=0;SAF=32;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61211e-05;OID=.;OPOS=172034271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:60:32:0:0:60:32:0:0 chr3 172046861 . T C 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.035223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.669;QD=54.6365;RBI=0.0362223;REFB=0.0189665;REVB=-0.00844944;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000327711;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:24:27:0:1:24:27:0:1 chr3 172166033 . G A 242.18 PASS AF=0.575;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0121701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.506;QD=24.2176;RBI=0.0158203;REFB=-0.0243347;REVB=0.010108;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126138;STB=0.503265;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.015021;OID=.;OPOS=172166033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:17:22:23:0.575:10:12:9:8:11:12:9:8 chr3 172224303 . A G 331.62 PASS AF=0.8125;AO=24;DP=31;FAO=26;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.000762357;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=138.053;QD=41.4529;RBI=0.00145022;REFB=-0.0753096;REVB=-0.00123367;RO=5;SAF=13;SAR=11;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832243;STB=0.54835;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00226742;OID=.;OPOS=172224303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:31:32:5:5:24:26:0.8125:11:13:4:1:13:13:4:1 chr3 172428782 . T C 1059.33 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.988;QD=59.6803;RBI=0.0160161;REFB=0;REVB=0.00967502;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0351e-06;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:67:71:1:39:28:0:0:40:31:0:0 chr3 172489076 . C T 557.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.844;QD=60.2163;RBI=0.0398484;REFB=0;REVB=-0.0392418;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131398;OID=.;OPOS=172489076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr3 172514294 . G A 790.97 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694888;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8577;QD=64.5686;RBI=0.00698026;REFB=0;REVB=-0.000661196;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396413;OID=.;OPOS=172514294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr3 174581888 . T C 390.5 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.909;QD=55.7858;RBI=0.0534484;REFB=0;REVB=0.0374663;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270201;OID=.;OPOS=174581888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:15:11:0:0:17:11:0:0 chr3 174814738 . G A 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0216407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.686;QD=17.2886;RBI=0.0377776;REFB=-0.0142123;REVB=-0.030965;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160376;STB=0.589846;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0119783;OID=.;OPOS=174814738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:13:17:13:20:13:17:13:20 chr3 174814920 . A G 239.49 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00264797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.398;QD=14.7376;RBI=0.00344394;REFB=-0.00811236;REVB=0.00220204;RO=38;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122997;STB=0.548638;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00539613;OID=.;OPOS=174814920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:37:27:28:0.430769:11:16:18:20:12:16:18:19 chr3 174951756 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00531929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.116;QD=20.1599;RBI=0.0294491;REFB=-0.0109369;REVB=0.0289647;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192046;STB=0.624844;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0176163;OID=.;OPOS=174951756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:10:6:8:5:10:6:9:5 chr3 175165079 . C T 499.52 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0159807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.141;QD=54.0026;RBI=0.0227146;REFB=-0.197067;REVB=0.0161422;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022817;STB=0.503935;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00314854;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:15:20:1:0:15:20:1:1 chr3 175189447 . G A 151.29 PASS AF=0.352941;AO=16;DP=49;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00694974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.513;QD=11.8657;RBI=0.0163237;REFB=-0.00911141;REVB=-0.0147704;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116415;STB=0.603336;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0138826;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:28:33:16:18:0.352941:8:8:11:17:8:10:13:20 chr3 175327309 . G A 828.18 PASS AF=0.515337;AO=83;DP=163;FAO=84;FDP=163;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.0199546;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8497;QD=20.3233;RBI=0.0201581;REFB=-0.00128362;REVB=0.00285703;RO=75;SAF=37;SAR=46;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403321;STB=0.523761;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00185648;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:75:79:83:84:0.515337:46:37:30:45:47:37:31:48 chr3 175345143 . C G 300.16 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.013186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.379;QD=13.9611;RBI=0.0188251;REFB=-0.00973283;REVB=-0.0134356;RO=52;SAF=17;SAR=17;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0155522;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:17:17:26:26:17:17:26:26 chr3 175473047 . T C 1988.32 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4546;QD=62.1351;RBI=0.0222186;REFB=0;REVB=-0.0140839;RO=0;SAF=56;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21615e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7749e-06;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:72:56:0:0:72:56:0:0 chr3 175521611 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.249;QD=57.1063;RBI=0.00926456;REFB=0;REVB=0.00460578;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64188e-06;OID=.;OPOS=175521611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:38:17:0:0:38:17:0:0 chr3 176765269 . T C 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0281512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.6085;QD=11.131;RBI=0.0422853;REFB=0.00474309;REVB=0.0315525;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756198;STB=0.545363;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00720252;OID=.;OPOS=176765269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:4:6:9:8:4:6:9:8 chr3 176838514 . C G 522.74 PASS AF=1;AO=15;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373151;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.153;QD=59.7415;RBI=0.0430538;REFB=0;REVB=0.0214759;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916112;OID=.;OPOS=176838514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:15:35:1:1:14:0:0:12:23:0:0 chr3 178742690 . T C 845.12 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.644;QD=57.2964;RBI=0.0477816;REFB=0;REVB=0.0189102;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012597;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:35:22:0:0:37:22:0:0 chr3 178815528 . G A 1851.82 PASS AF=0.99187;AO=118;DP=119;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4712;QD=60.2218;RBI=0.0479478;REFB=-0.074147;REVB=0.0459928;RO=0;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08833e-08;STB=0.504761;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000411542;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:123:0:1:118:122:0.99187:68:50:0:0:70:52:1:0 chr3 178952435 . CTTTTTTTAA CATTTTTTAA,CTTTTTTAA,CTTTTTTTTT 74.23 PASS AF=0.108108,0.27027,0;AO=5,7,2;DP=45;FAO=4,10,0;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=4,6,0;FSAR=0,4,0;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=-0.00159989,-0.221522,-0.0110791;FXX=0.119019;HRUN=7,7,6;LEN=1,1,2;MLLD=96.9136,10.5373,42.6724;QD=8.02533;RBI=0.0193851,0.233017,0.0138243;REFB=-0.0117246,-0.0758049,0.0345978;REVB=-0.019319,0.0722843,-0.00826832;RO=21;SAF=5,4,0;SAR=0,3,2;SRF=0;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.869312,0.688244,0;STB=0.999071,0.847408,0.5;STBP=0,0.08,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.143752,0.0492423,0;OID=.,.,.;OPOS=178952436,178952436,178952443;OREF=T,T,AA;OALT=A,-,TT;OMAPALT=CATTTTTTAA,CTTTTTTAA,CTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.108108,0.27027,0:5,7,2:45:4,10,0:37:23:4,6,0:0,4,0:1:22:40:21:5,4,0:0,3,2:0:21 chr3 178976777 . C T 329.86 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0474242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.017;QD=50.7468;RBI=0.056449;REFB=-0.0321571;REVB=-0.0306176;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00670492;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:1:0:14:11:1:0 chr3 179096508 . C G 586.96 PASS AF=0.886792;AO=45;DP=54;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0245599;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2035;QD=44.299;RBI=0.0246743;REFB=-0.032725;REVB=-0.00237323;RO=4;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509358;STB=0.543827;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0242507;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:54:53:4:6:45:47:0.886792:19:26:1:3:21:26:1:5 chr3 179114529 . GATTAATTAA GATTAA,GATTAATAAG 252.6 PASS AF=0.95,0.05;AO=18,6;DP=24;FAO=19,1;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408456,-0.0227347;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=260.237,69.891;QD=50.5199;RBI=0.0508713,0.0301721;REFB=0,0;REVB=0.0303237,-0.0198366;RO=0;SAF=6,0;SAR=12,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00317898,0.0173223;OID=.,.;OPOS=179114530,179114536;OREF=ATTA,TAA;OALT=-,AAG;OMAPALT=GATTAA,GATTAATAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.95,0.05:18,6:24:19,1:20:0:7,0:12,1:0:0:6:0:6,0:12,6:0:0 chr3 179118998 . C T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0295907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.103;QD=17.0639;RBI=0.0353685;REFB=-0.00414313;REVB=-0.0193732;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168037;STB=0.594172;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00445229;OID=.;OPOS=179118998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:11:20:13:15:11:20 chr3 179137273 . A G 452.41 PASS AF=0.432203;AO=49;DP=116;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0166706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.873;QD=15.336;RBI=0.0167615;REFB=-0.0341275;REVB=0.00174331;RO=67;SAF=26;SAR=23;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008477;STB=0.507147;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0388264;OID=.;OPOS=179137273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:67:67:49:51:0.432203:23:26:35:32:25:26:35:32 chr3 179298999 . C T 1731.26 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.901;QD=60.746;RBI=0.0590555;REFB=0;REVB=-0.0571075;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117036;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:69:45:0:0:69:45:0:0 chr3 180335283 . C T 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.022198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.116;QD=16.0651;RBI=0.0243668;REFB=-0.0283665;REVB=0.0100493;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145804;STB=0.508371;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0336154;OID=.;OPOS=180335283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:9:15:11:7:9:15 chr3 182631792 . C A 347.01 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.0335452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1124;QD=18.7571;RBI=0.0422158;REFB=-0.0199094;REVB=-0.0256299;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191788;STB=0.605662;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0303189;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:23:14:7:30:23:14:7:30 chr3 182681740 . C T 210.8 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0154718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.571;QD=14.0535;RBI=0.0169952;REFB=-0.00914981;REVB=-0.00703277;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102519;STB=0.558254;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0136226;OID=.;OPOS=182681740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:14:11:12:23:14:11:12:23 chr3 182755209 . T G 309.35 PASS AF=0.393258;AO=30;DP=84;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00198425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.945;QD=13.9032;RBI=0.0219661;REFB=-0.0242936;REVB=0.0218763;RO=52;SAF=12;SAR=18;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234478;STB=0.637091;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0294208;OID=.;OPOS=182755209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:89:52:54:30:35:0.393258:18:12:32:20:21:14:34:20 chr3 182790249 . G A 775.89 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.364;QD=54.4483;RBI=0.0350424;REFB=0.00710029;REVB=0.0202221;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.506327;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00022872;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:0:1:55:56:0.982456:38:17:0:0:39:17:0:1 chr3 182853670 . T C 594.47 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.371;QD=60.9711;RBI=0.0456462;REFB=0;REVB=0.0391006;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494991;OID=.;OPOS=182853670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:25:14:0:0 chr3 182871962 . C T 830.21 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.52;QD=57.2557;RBI=0.126876;REFB=0;REVB=0.00675898;RO=0;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108813;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:55:58:1:42:13:0:0:45:13:0:0 chr3 182925403 . GT G,GC 769.82 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=5,43;DP=50;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=2,30;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235721,-0.0624193;FXX=0.019996;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.581,75.02;QD=62.8427;RBI=0.0235975,0.0669288;REFB=0,0;REVB=-0.00109302,0.0241517;RO=0;SAF=3,28;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.02792e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000712302,0.00371139;OID=.,.;OPOS=182925404,182925404;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0408163,0.959184:5,43:50:2,47:49:0:2,30:0,17:0:0:8:0:3,28:2,15:0:0 chr3 183017965 . T A 169.5 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0557517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4612;QD=19.9409;RBI=0.0559515;REFB=-0.0342637;REVB=0.00472373;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155953;STB=0.555494;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0392625;OID=.;OPOS=183017965;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:15:16:17:18:0.529412:10:7:9:6:10:8:9:7 chr3 183211906 . A G 984.01 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018016;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.382;QD=57.8827;RBI=0.0383024;REFB=0.0259876;REVB=-0.0338008;RO=1;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111201;STB=0.505881;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00016779;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:42:25:0:1:42:25:0:1 chr3 183476685 . G A 754.63 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0346119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.783;QD=54.8822;RBI=0.0564001;REFB=-0.00288396;REVB=-0.0445307;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.000393815;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:1:0:28:26:1:0 chr3 183521133 . A G 992.71 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00786944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.575;QD=57.5481;RBI=0.019695;REFB=-0.105685;REVB=-0.0180545;RO=1;SAF=17;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935944;STB=0.504949;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000528705;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:50:17:0:1:50:18:0:1 chr3 183524193 . T C 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168272;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.2093;QD=60.225;RBI=0.0541775;REFB=0;REVB=0.0541514;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909857;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr3 183533964 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3753;QD=39.206;RBI=0.102061;REFB=0;REVB=-0.10203;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00690896;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr3 183660585 . G A 699.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5399;QD=54.9014;RBI=0.0412037;REFB=-0.162722;REVB=0.0370992;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00177091;OID=.;OPOS=183660585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:28:22:0:0:28:22:0:1 chr3 183685534 . A G 420.89 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0492057;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5834;QD=54.3079;RBI=0.0614648;REFB=-0.00563698;REVB=0.0368337;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523793;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00109382;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:0:1:30:30:0.967742:10:20:0:0:10:20:0:1 chr3 183696402 . A G 1169.07 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.117;QD=60.7307;RBI=0.0737653;REFB=0;REVB=0.00256212;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04037e-05;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:77:0:0:67:77:1:46:21:0:0:50:27:0:0 chr3 183753777 . G A 199.7 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.284;QD=46.9892;RBI=0.0266351;REFB=0;REVB=-0.0265833;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261445;OID=.;OPOS=183753777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:7:10:0:0 chr3 183755822 . G A 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.682;QD=57.1045;RBI=0.073503;REFB=0;REVB=0.0723795;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358926;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr3 183756702 . G A 1066.12 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.739;QD=58.4176;RBI=0.0216081;REFB=-0.0084708;REVB=0.00497603;RO=1;SAF=49;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201159;STB=0.510635;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=8.29328e-05;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:23:49:0:1:23:49:0:1 chr3 183774762 . C A 1233.25 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8301;QD=60.9011;RBI=0.054477;REFB=0;REVB=0.0408694;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677498;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:77:81:1:33:44:0:0:35:46:0:0 chr3 183778010 . G C 695.61 PASS AF=0.945455;AO=49;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0498637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.645;QD=50.5896;RBI=0.0585179;REFB=-0.181227;REVB=0.0306261;RO=2;SAF=25;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361667;STB=0.51785;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00295892;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:49:52:0.945455:24:25:2:0:25:27:2:0 chr3 183818416 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.603;QD=51.9162;RBI=0.0228409;REFB=0;REVB=0.00715278;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245219;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr3 183861243 . A G 217.18 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00392466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.025;QD=21.7177;RBI=0.0695008;REFB=-0.0223866;REVB=-0.0693899;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155024;STB=0.506323;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0235012;OID=.;OPOS=183861243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:19:20:21:0.525:7:13:12:6:8:13:12:7 chr3 183863084 . AAG A 36.81 PASS AF=0.3;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0707381;FXX=0.0475964;HRUN=4;LEN=2;MLLD=266.073;QD=7.3614;RBI=0.0718087;REFB=-0.0150592;REVB=-0.0123534;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0.324176;SSEP=0;SSSB=-0.528478;STB=0.802499;STBP=0.1;TYPE=del;VARB=0.022891;OID=.;OPOS=183863085;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:6:18:6:20:14:1:5:8:6:36:12:1:5:8:4 chr3 183900680 . G C 218.96 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0330341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3655;QD=23.6712;RBI=0.0713927;REFB=-0.00893424;REVB=0.0632903;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128189;STB=0.571362;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00910479;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:11:5:10:11:11:5 chr3 183900729 . T C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0112414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.648;QD=22.6323;RBI=0.0226706;REFB=-0.0259339;REVB=-0.0196872;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109699;STB=0.561949;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0124732;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:5:3:7:6:5:3 chr3 183904049 . A G 246.57 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0031166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4277;QD=31.8155;RBI=0.0458889;REFB=-0.108027;REVB=-0.0457829;RO=9;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125611;STB=0.568802;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0290729;OID=.;OPOS=183904049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:10:12:7:2:10:12:7:2 chr3 183907032 . G C 473.7 PASS AF=0.459459;AO=50;DP=115;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00228248;FXX=0.059317;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.69;QD=17.0702;RBI=0.0319904;REFB=-0.00524245;REVB=0.0319088;RO=50;SAF=32;SAR=18;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131351;STB=0.561995;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00592801;OID=.;OPOS=183907032;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:111:50:60:50:51:0.459459:18:32:25:25:19:32:31:29 chr3 183951135 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.649;QD=43.4861;RBI=0.0208528;REFB=0;REVB=0.0121651;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127428;OID=.;OPOS=183951135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr3 183951431 . C T 265.67 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156828;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.559;QD=48.3042;RBI=0.0353801;REFB=-0.121719;REVB=0.0317143;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000428719;OID=.;OPOS=183951431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:22:0:1:21:21:0.954545:11:10:0:0:11:10:0:1 chr3 183953972 . G A 596.3 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353063;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2913;QD=61.1584;RBI=0.0649837;REFB=0;REVB=0.0648877;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496445;OID=.;OPOS=183953972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr3 183955109 . C T 692.35 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.040952;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=162.466;QD=49.4538;RBI=0.0409735;REFB=-0.0196547;REVB=0.00132704;RO=3;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232558;STB=0.504171;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.000155374;OID=.;OPOS=183955109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:56:56:3:4:52:52:0.928571:23:29:1:2:23:29:2:2 chr3 183975365 . C T 503.67 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0186474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.442;QD=50.3667;RBI=0.0499966;REFB=-0.127968;REVB=0.046389;RO=4;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132948;STB=0.571388;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00550708;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:4:4:36:36:0.9:12:24:0:4:12:24:0:4 chr3 183976108 . T C 727.26 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0332838;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.734;QD=59.3682;RBI=0.139405;REFB=-0.0644411;REVB=-0.135374;RO=2;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408476;STB=0.52173;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000826256;OID=.;OPOS=183976108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:22:25:0:2:22:25:0:2 chr3 183976298 . C T 38.46 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0749851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4055;QD=10.9888;RBI=0.0896136;REFB=-0.0627296;REVB=-0.0490697;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374671;STB=0.726563;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0789387;OID=.;OPOS=183976298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:2:6:2:4:2:6 chr3 184010230 . C T 416.14 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00523561;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.538;QD=16.9852;RBI=0.0106348;REFB=-0.0294441;REVB=0.00925676;RO=53;SAF=28;SAR=15;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893348;STB=0.541732;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0324523;OID=.;OPOS=184010230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:55:43:43:0.438776:15:28:30:23:15:28:32:23 chr3 184037533 . A G 688.97 PASS AF=1;AO=34;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.346;QD=62.6338;RBI=0.0194731;REFB=0;REVB=0.00119418;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58054e-05;OID=.;OPOS=184037533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:34:44:1:18:16:0:0:24:20:0:0 chr3 184039666 . A G 400.12 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0230061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5082;QD=53.3493;RBI=0.0682535;REFB=-0.097276;REVB=0.0642593;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00533761;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:1:0:16:13:1:0 chr3 184046470 . C T 360.33 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0255888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.626;QD=15.3332;RBI=0.0304133;REFB=-0.00205171;REVB=-0.0164373;RO=54;SAF=14;SAR=25;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330374;STB=0.514396;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00399592;OID=.;OPOS=184046470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:55:39:39:0.414894:25:14:21:33:25:14:21:34 chr3 184063382 . C T 286.29 PASS AF=0.450704;AO=29;DP=68;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.040613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.543;QD=16.129;RBI=0.041237;REFB=-0.0108315;REVB=-0.00714661;RO=39;SAF=8;SAR=21;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155578;STB=0.539461;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.011099;OID=.;OPOS=184063382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:39:39:29:32:0.450704:21:8:16:23:21:11:16:23 chr3 184103867 . C A 260.89 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0512553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.671;QD=17.1078;RBI=0.051898;REFB=-0.0240433;REVB=0.0081421;RO=32;SAF=6;SAR=22;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883116;STB=0.527716;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0153337;OID=.;OPOS=184103867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:28:29:0.47541:22:6:9:23:22:7:9:23 chr3 184293769 . T C 236.46 PASS AF=0.75;AO=20;DP=27;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00766618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.973;QD=33.7803;RBI=0.00817175;REFB=0.0043547;REVB=-0.0028297;RO=7;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168864;STB=0.594507;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00236096;OID=.;OPOS=184293769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:28:7:7:20:21:0.75:10:10:6:1:11:10:6:1 chr3 184299068 . G A 288.12 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0357792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.429;QD=18.2933;RBI=0.0400445;REFB=-0.0354624;REVB=0.0179837;RO=31;SAF=10;SAR=21;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34313;STB=0.684199;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0225286;OID=.;OPOS=184299068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:21:10:22:9:21:10:22:10 chr3 184299167 . T C 249.91 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0119147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.1552;QD=26.3067;RBI=0.0119182;REFB=-0.0143779;REVB=0.000288864;RO=15;SAF=6;SAR=17;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580813;STB=0.532083;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00797804;OID=.;OPOS=184299167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:17:6:3:12:17:6:3:12 chr3 184428903 . T G 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00153555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.01;QD=16.0639;RBI=0.0326529;REFB=-0.0130976;REVB=-0.0326168;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902093;STB=0.550981;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0155267;OID=.;OPOS=184428903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:15:16:11:15:15:16 chr3 184429133 . A ATCC 88.71 PASS AF=0.315789;AO=10;DP=44;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0351757;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=3;MLLD=216.205;QD=9.33753;RBI=0.043364;REFB=-0.0109201;REVB=0.0253594;RO=32;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113625;STB=0.550377;STBP=0.704;TYPE=ins;VARB=0.0335161;OID=.;OPOS=184429134;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=ATCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:10:44:12:38:26:7:5:17:9:88:32:6:4:22:10 chr3 184429718 . A G 49.57 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0246361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0902;QD=15.2515;RBI=0.0297414;REFB=-0.0118926;REVB=-0.0166617;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414385;STB=0.744007;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00533132;OID=.;OPOS=184429718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:5:1:5:2:5:1 chr3 184633247 . A C 296.21 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.635;QD=49.3679;RBI=0.0991305;REFB=-0.110136;REVB=0.0913175;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.526293;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00323353;OID=.;OPOS=184633247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:24:24:0:1:23:23:0.958333:14:9:0:0:14:9:1:0 chr3 184647413 . T A,C 707.19 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=3,42;DP=45;FAO=4,42;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=3,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515765,0.000571306;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.901,181.573;QD=61.4949;RBI=0.0169799,0.00800615;REFB=0,0;REVB=-0.0161777,0.00798574;RO=0;SAF=0,18;SAR=3,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0444196,-0.00274544;OID=.,.;OPOS=184647413,184647413;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:45:46:0:0:3,42:4,42:0.0869565,0.913043:3,24:0,18:0:0:3,24:1,18:0:0 chr3 184700356 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.334;QD=42.1827;RBI=0.0216154;REFB=0;REVB=-0.00248031;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186826;OID=.;OPOS=184700356;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr3 184742111 . CT CC,C 120.18 PASS AF=0.0465116,0.44186;AO=4,32;DP=86;FAO=4,38;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=1,18;FSAR=3,20;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.198081,0.23849;FXX=0.0227247;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=23.8244,6.91245;QD=5.58965;RBI=0.198081,0.244768;REFB=-0.0847111,-0.134492;REVB=-0.000415483,-0.0550801;RO=40;SAF=1,10;SAR=3,22;SRF=21;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.294391,-0.220064;STB=0.680858,0.522569;STBP=0.499,0.719;TYPE=snp,del;VARB=0.109594,0.142595;OID=.,.;OPOS=184742112,184742112;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0465116,0.44186:4,32:86:4,38:86:44:1,18:3,20:19:25:99:40:1,10:3,22:21:19 chr3 184798067 . T C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00936088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.074;QD=20.2741;RBI=0.0119373;REFB=-0.026272;REVB=-0.00740763;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227283;STB=0.628567;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0231245;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:7:16:11:13:7:16:11:13 chr3 185046975 . T C 1320.2 PASS AF=0.946809;AO=86;DP=93;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0237492;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.692;QD=56.1785;RBI=0.0292141;REFB=-0.0525114;REVB=0.0170129;RO=2;SAF=41;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00100321;STB=0.51453;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00110695;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:93:94:2:5:86:89:0.946809:45:41:1:1:47:42:1:4 chr3 185226396 . A G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00539407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.681;QD=12.7913;RBI=0.00539417;REFB=-0.00534428;REVB=3.27234e-05;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987965;STB=0.558056;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0119684;OID=.;OPOS=185226396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:11:12:6:8:11:12 chr3 185229464 . T C 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0294874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.058;QD=14.8517;RBI=0.0300645;REFB=-0.0156301;REVB=0.00586256;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143041;STB=0.5045;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0258337;OID=.;OPOS=185229464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:19:19:0.395833:11:8:11:16:11:8:12:17 chr3 185300589 . T C 148.96 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.017182;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.338;QD=17.5242;RBI=0.0200222;REFB=-0.00521605;REVB=-0.0102794;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334955;STB=0.519206;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00560618;OID=.;OPOS=185300589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:5:13:12:4:5:13 chr3 185331165 . C A 284.77 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0141842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.82;QD=23.731;RBI=0.0195514;REFB=-0.0225522;REVB=0.013456;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816934;STB=0.54542;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0304488;OID=.;OPOS=185331165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:8:14:14:12:8:14 chr3 185348402 . C T 339.03 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0910859;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1653;QD=13.2952;RBI=0.0910874;REFB=-0.0134425;REVB=-0.000513371;RO=62;SAF=20;SAR=20;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0179708;OID=.;OPOS=185348402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:62:62:40:40:0.392157:20:20:31:31:20:20:32:30 chr3 185866733 . T C 297.94 PASS AF=0.289855;AO=40;DP=138;FAO=40;FDP=138;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=75;FWDB=0.0492717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.04;QD=8.63606;RBI=0.0501439;REFB=-0.00438546;REVB=-0.00931204;RO=98;SAF=9;SAR=31;SRF=23;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165616;STB=0.509759;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0088492;OID=.;OPOS=185866733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:98:98:40:40:0.289855:31:9:23:75:31:9:23:75 chr3 185867550 . G C 341.11 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00247668;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.836;QD=48.7302;RBI=0.0141791;REFB=-0.0509469;REVB=0.0139611;RO=2;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464325;STB=0.524981;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.000390403;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:28:28:2:2:26:26:0.928571:19:7:0:2:19:7:0:2 chr3 185990096 . C T 284.37 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=67;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00756755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.594;QD=15.7981;RBI=0.00773274;REFB=-0.0141992;REVB=0.0015898;RO=40;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980142;STB=0.552877;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0156638;OID=.;OPOS=185990096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:40:40:27:32:0.444444:16:11:20:20:19:13:20:20 chr3 186006566 . T C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0194601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.877;QD=12.8688;RBI=0.0450174;REFB=0.00221919;REVB=-0.040594;RO=32;SAF=16;SAR=5;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169869;STB=0.528274;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00320391;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:5:16:24:8:5:16:24:9 chr3 186006618 . G C 364.58 PASS AF=0.590164;AO=22;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.000215164;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=110.736;QD=23.9068;RBI=0.00163488;REFB=-0.0639092;REVB=-0.00162066;RO=18;SAF=19;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361364;STB=0.611584;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0459706;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:25:22:36:0.590164:3:19:10:8:9:27:13:12 chr3 186015283 . A G 137.31 PASS AF=0.327273;AO=17;DP=54;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0236293;FXX=0.017854;HRUN=8;LEN=1;MLLD=209.733;QD=9.98629;RBI=0.0236737;REFB=0.00672446;REVB=-0.0014495;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117703;STB=0.546507;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0164591;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:37:37:17:18:0.327273:10:7:19:18:10:8:19:18 chr3 186337713 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0323;QD=56.1859;RBI=0.071427;REFB=0;REVB=0.0634452;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126824;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr3 186338382 . G C 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.932;QD=62.3423;RBI=0.0540505;REFB=0;REVB=0.0308009;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210027;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr3 186338425 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.046;QD=60.2307;RBI=0.0291151;REFB=0;REVB=0.000182317;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51853e-05;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr3 186358346 . T C 242.66 PASS AF=0.490909;AO=23;DP=50;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00250634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.111;QD=17.6482;RBI=0.00556755;REFB=-0.0274603;REVB=-0.00497151;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09777;STB=0.529633;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0314968;OID=.;OPOS=186358346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:55:27:28:23:27:0.490909:15:8:12:15:16:11:13:15 chr3 186370136 . AC AA,A 63.99 PASS AF=0.0238095,0.452381;AO=2,13;DP=45;FAO=1,19;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=1,14;FSAR=0,5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.125768,-0.136486;FXX=0.0666519;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=18.1565,7.74652;QD=6.09397;RBI=0.181247,0.269364;REFB=-0.0577526,-0.130548;REVB=0.13051,0.232226;RO=20;SAF=2,11;SAR=0,2;SRF=5;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.640575,0.603958;STB=0.993118,0.727031;STBP=0.247,0.01;TYPE=snp,del;VARB=-0.00658657,0.160338;OID=.,.;OPOS=186370137,186370137;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0238095,0.452381:2,13:45:1,19:42:22:1,14:0,5:7:15:60:20:2,11:0,2:5:15 chr3 186370333 . G T 207.36 PASS AF=0.5;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0241636;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4042;QD=19.7484;RBI=0.0244159;REFB=-0.0566312;REVB=0.00350055;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267355;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0675025;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:21:20:21:0.5:12:8:9:12:12:9:9:12 chr3 186390627 . C T 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00868001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.089;QD=8.8611;RBI=0.0189627;REFB=-0.0158107;REVB=0.0168595;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204154;STB=0.62358;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0407901;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:7:6:21:12:7:6:21:12 chr3 186395113 . A G 44.61 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.134639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9993;QD=7.1371;RBI=0.135234;REFB=-0.00297385;REVB=-0.0126744;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402921;STB=0.770536;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0423594;OID=.;OPOS=186395113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:16:18:7:7:0.28:1:6:9:7:1:6:10:8 chr3 186395180 . T C 269.13 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1401;QD=51.2629;RBI=0.107805;REFB=0;REVB=-0.00844119;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102585;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:9:12:0:0 chr3 186395572 . A T 69.59 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0201358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.528;QD=16.3739;RBI=0.0536188;REFB=0.00344094;REVB=0.0496943;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782009;STB=0.545357;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.000268509;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:2:6:6:3:2:6 chr3 186435370 . G A 327.92 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0138267;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.178;QD=22.6151;RBI=0.0193743;REFB=-0.0248281;REVB=0.0135716;RO=25;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100519;STB=0.555521;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0190714;OID=.;OPOS=186435370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:20:13:13:12:20:13:13:12 chr3 186459927 . T C 91.23 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0732682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2121;QD=17.3777;RBI=0.0779516;REFB=0.00953432;REVB=-0.0266125;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521699;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00588807;OID=.;OPOS=186459927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:10:11:0.52381:5:5:5:5:6:5:5:5 chr3 186489724 . T C 72.53 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.105091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.5269;QD=7.63521;RBI=0.129622;REFB=-0.0178923;REVB=0.0758804;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440249;STB=0.76428;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0602972;OID=.;OPOS=186489724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:38:38:28:28:10:10:0.263158:4:6:6:22:4:6:6:22 chr3 186507757 . G A 50.47 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00159962;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.651;QD=14.4203;RBI=0.0131109;REFB=-0.0464713;REVB=0.013013;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0203528;OID=.;OPOS=186507757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:4:3:3:4:4:3 chr3 186572089 . T C 629.94 PASS AF=0.450331;AO=68;DP=151;FAO=68;FDP=151;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0173379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.732;QD=16.687;RBI=0.0320281;REFB=-0.00723039;REVB=-0.0269295;RO=82;SAF=23;SAR=45;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154618;STB=0.590016;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00889021;OID=.;OPOS=186572089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:82:83:68:68:0.450331:45:23:40:42:45:23:41:42 chr3 186917751 . C G 233.56 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00564222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7709;QD=16.9861;RBI=0.00705385;REFB=-0.0108021;REVB=-0.00423345;RO=29;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00137158;STB=0.500772;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.028943;OID=.;OPOS=186917751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:9:17:19:10:9:17:19:10 chr3 186937568 . A G 211.53 PASS AF=0.40625;AO=24;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0073416;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.741;QD=13.2205;RBI=0.0149926;REFB=-0.0111374;REVB=0.0130721;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123021;STB=0.561312;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0103528;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:38:24:26:0.40625:14:10:11:25:16:10:11:27 chr3 186954285 . A G 885.33 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.771;QD=58.0541;RBI=0.0952736;REFB=0;REVB=0.0914337;RO=0;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337708;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:18:42:0:0:19:42:0:0 chr3 187088812 . C T 297.62 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0070286;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.756;QD=22.8941;RBI=0.0114084;REFB=-0.0129645;REVB=-0.00898616;RO=22;SAF=14;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115406;STB=0.563595;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00953571;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:22:30:30:0.576923:16:14:7:15:16:14:7:15 chr3 187088903 . C A 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0410958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3455;QD=13.4546;RBI=0.0440374;REFB=-0.021595;REVB=-0.0158248;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777652;STB=0.583184;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0374133;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:13:15:11:11:0.423077:6:5:7:6:6:5:9:6 chr3 187088926 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.873;QD=55.0978;RBI=0.0754239;REFB=0;REVB=0.0737149;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553406;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr3 187416634 . C A 383.78 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00536005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.806;QD=17.8502;RBI=0.0183377;REFB=0.00295176;REVB=0.0175368;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529225;STB=0.543817;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00315221;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:46:39:40:0.465116:22:17:18:29:22:18:17:29 chr3 187416719 . T C 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0102945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.387;QD=18.4899;RBI=0.0276265;REFB=-0.0273574;REVB=-0.0256368;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217987;STB=0.624893;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.022807;OID=.;OPOS=187416719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:26:22:22:0.458333:11:11:6:17:11:11:7:19 chr3 187439221 . C T 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0160968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2667;QD=13.3678;RBI=0.0234309;REFB=-0.00628602;REVB=-0.0170265;RO=31;SAF=15;SAR=3;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154267;STB=0.591286;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0103512;OID=.;OPOS=187439221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:3:15:23:8:3:15:23:8 chr3 187446211 . C T 426.59 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=88;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0104129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9039;QD=19.1725;RBI=0.0104945;REFB=-0.0204002;REVB=0.00130654;RO=41;SAF=25;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00910588;STB=0.509522;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0120914;OID=.;OPOS=187446211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:41:46:42:43:0.483146:17:25:24:17:17:26:27:19 chr3 187446267 . T G 34.52 PASS AF=0.115942;AO=9;DP=66;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.000520491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.784;QD=2.00111;RBI=0.0487465;REFB=-0.00178716;REVB=-0.0487438;RO=57;SAF=4;SAR=5;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12026;STB=0.670965;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.172774;OID=.;OPOS=187446267;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:66:69:57:61:9:8:0.115942:5:4:31:26:5:3:35:26 chr3 187447032 . G A 82.63 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=1;FWDB=0.0357415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.305;QD=9.18152;RBI=0.0419395;REFB=-0.0161283;REVB=0.0219424;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=24;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494812;STB=0.77957;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0429155;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:4:7:24:1:4:7:24:1 chr3 187450128 . C T 48.6 PASS AF=0.5;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0577755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2507;QD=13.8867;RBI=0.109296;REFB=-0.0225898;REVB=-0.0927766;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00522562;OID=.;OPOS=187450128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:4:7:6:7:0.5:3:3:2:2:4:3:3:4 chr3 187897059 . G A 287.65 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0044977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.302;QD=18.5583;RBI=0.026928;REFB=-0.0159537;REVB=0.0265497;RO=28;SAF=9;SAR=22;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165366;STB=0.622793;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.016064;OID=.;OPOS=187897059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:31:31:31:0.5:22:9:13:15:22:9:16:15 chr3 187897424 . A C 163.76 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0747782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.911;QD=20.4701;RBI=0.0768959;REFB=-0.0272205;REVB=-0.0179221;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064699;STB=0.556352;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0208585;OID=.;OPOS=187897424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:15:17:17:0.53125:11:6:6:8:11:6:7:8 chr3 187897614 . C G 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00927853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.985;QD=9.84202;RBI=0.00960065;REFB=0.0024337;REVB=-0.00246603;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813642;STB=0.567431;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00373556;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:6:4:9:10:6:4:10:10 chr3 187897954 . T A 396.24 PASS AF=0.432692;AO=47;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0398314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6524;QD=15.2399;RBI=0.0470705;REFB=-0.0353605;REVB=-0.0250818;RO=56;SAF=24;SAR=23;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070326;STB=0.514132;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.049143;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:59:47:45:0.432692:23:24:29:27:21:24:30:29 chr3 187898092 . T G 205.26 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00751471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.925;QD=14.6614;RBI=0.0135952;REFB=-0.0162622;REVB=-0.0113295;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872152;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0230785;OID=.;OPOS=187898092;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:32:24:24:0.428571:15:9:11:19:15:9:12:20 chr3 187898593 . G A 98.58 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0215845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7902;QD=15.1663;RBI=0.0224945;REFB=-0.0227808;REVB=-0.00633331;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200253;STB=0.631355;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00981058;OID=.;OPOS=187898593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:26:26:14:14:11:12:0.461538:4:7:6:8:4:8:6:8 chr3 188327461 . C T 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0121428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.245;QD=19.1479;RBI=0.0123117;REFB=-0.0211196;REVB=0.00203234;RO=36;SAF=21;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100672;STB=0.556043;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0203128;OID=.;OPOS=188327461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:15:21:17:19:15:21:17:19 chr3 188464248 . G GT 337.32 PASS AF=0.5;AO=53;DP=114;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.0466178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.3566;QD=12.0471;RBI=0.0505436;REFB=0.00976182;REVB=-0.0195302;RO=59;SAF=25;SAR=28;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178534;STB=0.60589;STBP=0.035;TYPE=ins;VARB=-0.0100895;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:53:114:56:112:56:25:31:37:19:99:59:25:28:39:20 chr3 188590446 . A G 706.57 PASS AF=0.48951;AO=70;DP=143;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=-0.00221052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.795;QD=19.7641;RBI=0.00309526;REFB=-0.0158361;REVB=-0.00216661;RO=72;SAF=44;SAR=26;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00350944;STB=0.500856;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0184471;OID=.;OPOS=188590446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:72:73:70:70:0.48951:26:44:45:27:26:44:46:27 chr3 189033292 . C G 1556.39 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.375;QD=59.8613;RBI=0.10111;REFB=0;REVB=0.0704807;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409449;OID=.;OPOS=189033292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:55:48:0:0:55:49:0:0 chr3 189713205 . T C 206.43 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.010496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9163;QD=13.1067;RBI=0.0249306;REFB=-0.0246365;REVB=0.0226135;RO=38;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239639;STB=0.624911;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0287124;OID=.;OPOS=189713205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:24:25:0.396825:14:10:8:30:15:10:8:30 chr3 190023552 . T C 92.37 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0180465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.986;QD=18.473;RBI=0.0180867;REFB=-0.00801738;REVB=0.00120512;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00463571;OID=.;OPOS=190023552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:8:9:10:11:0.55:5:5:4:4:5:6:4:5 chr3 190024457 . A G 283.03 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.008336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.57;QD=17.4174;RBI=0.0158344;REFB=-0.021503;REVB=0.0134625;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399493;STB=0.522374;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0167114;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:16:15:15:19:16:15:15:19 chr3 190030680 . A G 1294.18 PASS AF=0.988235;AO=70;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.774;QD=60.9026;RBI=0.0664429;REFB=0;REVB=0.056172;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135173;OID=.;OPOS=190030680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:0:70:84:0.988235:45:25:0:0:54:30:0:0 chr3 190030681 . C G 43.89 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.0241262;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.2902;QD=1.97238;RBI=0.0416344;REFB=-0.0159206;REVB=0.0339315;RO=78;SAF=2;SAR=8;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241374;STB=0.691467;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0387534;OID=.;OPOS=190030681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:88:89:78:79:10:10:0.11236:8:2:29:49:8:2:30:49 chr3 190333162 . TG T,TT 1236.48 PASS AF=1,0;AO=73,8;DP=81;FAO=82,0;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=51,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583836,-0.00898514;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=325.153,309.122;QD=60.3162;RBI=0.00931918,0.011316;REFB=0,0;REVB=0.00726365,0.00687893;RO=0;SAF=29,2;SAR=44,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-8.4835e-05,0.0267635;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:73,8:81:82,0:82:0:31,0:51,0:0:0:7:0:29,2:44,6:0:0 chr3 190360102 . G A 121.53 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0424147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.463;QD=15.1908;RBI=0.0476958;REFB=-0.0135788;REVB=-0.0218146;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743153;STB=0.522903;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0370255;OID=.;OPOS=190360102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:8:6:6:11:8:6:7:11 chr3 190578566 . A G 497.42 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0113649;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.325;QD=19.1316;RBI=0.025114;REFB=-0.00270394;REVB=0.0223954;RO=52;SAF=17;SAR=35;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195837;STB=0.510838;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00361424;OID=.;OPOS=190578566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:52:52:52:52:0.5:35:17:18:34:35:17:18:34 chr3 191047532 . A G 2133.24 PASS AF=0.985612;AO=136;DP=139;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0483567;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.497;QD=61.3881;RBI=0.0764586;REFB=-0.0837052;REVB=0.0592245;RO=1;SAF=53;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569357;STB=0.501838;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000868799;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:139:1:2:136:137:0.985612:83:53:0:1:85:52:1:1 chr3 191074873 . C G 598.15 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372526;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.437;QD=61.3491;RBI=0.0377524;REFB=0;REVB=0.00612233;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53902e-05;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr3 191093053 . T C 271.13 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00633997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.402;QD=30.1254;RBI=0.021066;REFB=0.024421;REVB=-0.0200893;RO=12;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504751;STB=0.527755;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00929592;OID=.;OPOS=191093053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:12:12:7:5:12:12:7:5 chr3 191093080 . A G 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0298178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.329;QD=25.3684;RBI=0.0317517;REFB=-0.0154162;REVB=0.010912;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034374;STB=0.519108;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00671449;OID=.;OPOS=191093080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:10:11:8:6:10:11:8:6 chr3 191093175 . T A 96.16 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0619186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8156;QD=12.0197;RBI=0.0671102;REFB=0.00131059;REVB=-0.0258819;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527134;STB=0.531198;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00699869;OID=.;OPOS=191093175;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:9:11:6:6:9:11 chr3 191093310 . A G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00176656;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.131;QD=22.6;RBI=0.0084686;REFB=-0.0185181;REVB=0.00828229;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252709;STB=0.641424;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0189845;OID=.;OPOS=191093310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:15:8:13:7:15:8:13:7 chr3 191097966 . T C 181.13 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.00410667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.116;QD=11.3206;RBI=0.00599485;REFB=-0.00716963;REVB=0.00436732;RO=39;SAF=18;SAR=5;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210343;STB=0.545413;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00878903;OID=.;OPOS=191097966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:39:41:23:23:0.359375:5:18:30:9:5:18:30:11 chr3 191098539 . C G 225.53 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0193701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.599;QD=11.0013;RBI=0.0342002;REFB=-0.0103774;REVB=-0.0281861;RO=54;SAF=16;SAR=12;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122941;STB=0.571378;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0185879;OID=.;OPOS=191098539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:54:28:28:0.341463:12:16:25:29:12:16:25:29 chr3 191100561 . C A 169.37 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.000144917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9407;QD=16.5234;RBI=0.0393958;REFB=-0.0300876;REVB=-0.0393956;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584155;STB=0.551474;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0140463;OID=.;OPOS=191100561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:23:18:18:0.439024:11:7:9:11:11:7:11:12 chr3 191179193 . A G 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0166653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.5472;QD=10.6672;RBI=0.0239643;REFB=-0.00247181;REVB=-0.0172208;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45528;STB=0.775545;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00655326;OID=.;OPOS=191179193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:2:8:7:11:2:8:7:11 chr3 191810914 . TA CG 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00709392;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.308;QD=19.6682;RBI=0.0454115;REFB=-0.00715477;REVB=0.044854;RO=19;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418293;STB=0.736593;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.00954606;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:14:5:14:5:14:5:14:5 chr3 192447403 . G A 304.84 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00491244;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.025;QD=23.9087;RBI=0.0051304;REFB=-0.0112166;REVB=-0.00147952;RO=21;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680038;STB=0.537524;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00807227;OID=.;OPOS=192447403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:21:21:30:30:0.588235:13:17:10:11:13:17:10:11 chr3 192447418 . A G 287.25 PASS AF=0.55102;AO=20;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0134607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.665;QD=23.4492;RBI=0.0244169;REFB=-0.00137094;REVB=-0.0203715;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113503;STB=0.562644;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00832444;OID=.;OPOS=192447418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:20:27:0.55102:8:12:10:11:11:16:10:12 chr3 192515557 . G A 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00913839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.343;QD=13.3137;RBI=0.0458379;REFB=-0.0260039;REVB=-0.0449178;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016415;STB=0.509425;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0401719;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:13:9:13:20:13:9:13:20 chr3 192516430 . C T 62.99 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00271481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3222;QD=8.39813;RBI=0.0319636;REFB=-0.00169722;REVB=0.0318481;RO=21;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466663;STB=0.7992;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0120554;OID=.;OPOS=192516430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:8:1:9:12:8:1:9:12 chr3 193031926 . C T 265.21 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0759875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0764;QD=20.0156;RBI=0.077144;REFB=-0.0353949;REVB=-0.0133078;RO=24;SAF=6;SAR=21;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165832;STB=0.564657;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0277603;OID=.;OPOS=193031926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:25:27:28:0.528302:21:6:9:15:21:7:9:16 chr3 193036794 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.952;QD=52.6122;RBI=0.00516952;REFB=0;REVB=0.00154774;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24729e-05;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr3 193042776 . T C 651.53 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.085;QD=60.6077;RBI=0.0385219;REFB=0;REVB=-0.00214448;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147575;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:26:15:0:0:27:16:0:0 chr3 193080414 . C G 1131.71 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0405862;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.66;QD=58.0364;RBI=0.0408392;REFB=-0.148166;REVB=0.00453908;RO=1;SAF=26;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178505;STB=0.504483;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000642897;OID=.;OPOS=193080414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:78:1:2:76:76:0.974359:50:26:1:0:50:26:1:1 chr3 193096529 . C T 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.06;QD=57.3828;RBI=0.0191491;REFB=0;REVB=0.0187281;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104341;OID=.;OPOS=193096529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr3 193180592 . G A 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0551808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.723;QD=8.06781;RBI=0.0556499;REFB=-0.00641257;REVB=0.00721006;RO=33;SAF=3;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36043;STB=0.723753;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0164662;OID=.;OPOS=193180592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:9:3:18:15:9:3:18:15 chr3 193183817 . A G 271.92 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0691087;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.619;QD=23.1422;RBI=0.0864959;REFB=0.0148053;REVB=0.0520146;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228336;STB=0.626243;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00313477;OID=.;OPOS=193183817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:11:14:18:4:11:14:18:4 chr3 193209178 . T C 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00894482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.307;QD=46.9596;RBI=0.0192144;REFB=-0.015841;REVB=0.0170054;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000275348;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:1:0:11:9:1:0 chr3 193210768 . A G 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.054;QD=63.2799;RBI=0.0571492;REFB=0;REVB=0.0454863;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343176;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr3 193355074 . T C 1643.02 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.114;QD=59.7463;RBI=0.0263417;REFB=0;REVB=0.0262881;RO=0;SAF=20;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.01154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.987e-05;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:107:110:1:87:20:0:0:87:23:0:0 chr3 193854657 . A C 284.63 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00404094;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4025;QD=21.8946;RBI=0.0473908;REFB=-0.0344942;REVB=-0.0472182;RO=22;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817789;STB=0.545423;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0164159;OID=.;OPOS=193854657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:23:28:29:0.557692:18:10:10:12:18:11:11:12 chr3 193863706 . A G 89.52 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0134766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0222;QD=15.5695;RBI=0.0507328;REFB=-0.00938609;REVB=-0.0489101;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20624;STB=0.617991;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00544608;OID=.;OPOS=193863706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:2:10:7:4:2:10 chr3 194061906 . TG CA 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498503;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.416;QD=64.1539;RBI=0.0522393;REFB=0;REVB=0.0156173;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.70293e-05;OID=.;OPOS=194061906;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr3 194062565 . C T 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042483;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4838;QD=44.8778;RBI=0.072409;REFB=0;REVB=0.0586366;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00500667;OID=.;OPOS=194062565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr3 194063153 . G A 975.29 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495053;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.276;QD=59.1086;RBI=0.0496652;REFB=0;REVB=0.00398252;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57201e-06;OID=.;OPOS=194063153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:62:66:1:37:25:0:0:38:28:0:0 chr3 194063300 . T C 1250.37 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041937;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6136;QD=61.7466;RBI=0.0452406;REFB=0;REVB=0.0169705;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498077;OID=.;OPOS=194063300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr3 194118874 . T C 482.64 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.715;QD=58.5022;RBI=0.0153074;REFB=0;REVB=0.0144915;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013103;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:17:16:0:0 chr3 194124427 . C T 995.48 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072637;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.578;QD=59.4314;RBI=0.0341734;REFB=0;REVB=-0.0333925;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719157;OID=.;OPOS=194124427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr3 194313832 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.855;QD=45.8068;RBI=0.0251219;REFB=0;REVB=0.0223505;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121396;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr3 194337901 . T C 1283.11 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000848453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.334;QD=61.8367;RBI=0.024067;REFB=0;REVB=-0.0240521;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98789e-05;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:30:52:0:0:30:53:0:0 chr3 194338423 . C T 180.94 PASS AF=0.393443;AO=22;DP=60;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0306079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.817;QD=11.8652;RBI=0.0351618;REFB=-0.0256365;REVB=-0.0173063;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12814;STB=0.559179;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0375308;OID=.;OPOS=194338423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:37:22:24:0.393443:13:9:19:17:14:10:19:18 chr3 194343945 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00244252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.77;QD=13.5054;RBI=0.0042365;REFB=-0.00545926;REVB=-0.00346151;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173391;STB=0.510187;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00810795;OID=.;OPOS=194343945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:10:2:3:14:10:2:3:14 chr3 194349178 . C T 344.46 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0544689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.504;QD=19.1369;RBI=0.0572694;REFB=-0.0115169;REVB=0.0176896;RO=35;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887459;STB=0.555525;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0158172;OID=.;OPOS=194349178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:36:36:36:0.5:18:18:14:21:18:18:14:22 chr3 194373832 . TG CA 1761.17 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405293;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=2;MLLD=321.754;QD=60.7301;RBI=0.0454684;REFB=0;REVB=0.0206095;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.0553e-05;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:114:116:1:64:50:0:0:65:51:0:0 chr3 194387300 . C T 104.58 PASS AF=0.40625;AO=11;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0317083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.705;QD=13.0725;RBI=0.0333827;REFB=-0.0213992;REVB=0.0104397;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259998;STB=0.60224;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0255827;OID=.;OPOS=194387300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:11:13:0.40625:9:2:7:12:10:3:7:12 chr3 194842785 . C G 133.98 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00690006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3958;QD=9.40188;RBI=0.0794268;REFB=-0.013987;REVB=-0.0791265;RO=38;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602805;STB=0.526287;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0608349;OID=.;OPOS=194842785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:38:39:18:18:0.315789:9:9:21:17:9:9:21:18 chr3 194842876 . CA CG,TG 732.97 PASS AF=0.395833,0.604167;AO=19,27;DP=46;FAO=19,29;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=4,13;FSAR=15,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172039,0.0315568;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=214.39,234.488;QD=61.0807;RBI=0.0172259,0.0317202;REFB=0,0;REVB=0.000869976,-0.00321617;RO=0;SAF=4,11;SAR=15,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.00629e-08,3.5146e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0107441,0.00991219;OID=.,.;OPOS=194842877,194842876;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:46:48:0:0:19,27:19,29:0.395833,0.604167:15,16:4,11:0:0:15,16:4,13:0:0 chr3 194842911 . A G 651.94 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.81;QD=62.0894;RBI=0.0237279;REFB=0;REVB=0.0229263;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1605e-05;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:28:14:0:0 chr3 195076877 . C G 617.5 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.571;QD=58.8099;RBI=0.0470406;REFB=-0.0938915;REVB=0.0111664;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00159582;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:26:15:0:0:26:15:0:1 chr3 195242526 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.531;QD=44.6898;RBI=0.0377136;REFB=0;REVB=0.0184594;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521932;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr3 195345828 . AG GA 441.08 PASS AF=0.76;AO=37;DP=52;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0050049;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.535;QD=35.2864;RBI=0.00848504;REFB=-0.012195;REVB=0.00685178;RO=12;SAF=15;SAR=22;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156592;STB=0.578906;STBP=0.058;TYPE=mnp;VARB=0.000899397;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:50:12:12:37:38:0.76:22:15:9:3:22:16:9:3 chr3 195345953 . C T 296.16 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0405912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.171;QD=28.8934;RBI=0.0417777;REFB=-0.0247561;REVB=0.00988581;RO=15;SAF=7;SAR=19;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152791;STB=0.584547;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0171122;OID=.;OPOS=195345953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:19:7:7:8:19:7:7:8 chr3 195346477 . C T 268.5 PASS AF=0.376471;AO=31;DP=84;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0848666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4102;QD=12.6354;RBI=0.0852027;REFB=-0.019214;REVB=-0.00756063;RO=53;SAF=10;SAR=21;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193498;STB=0.617708;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0252311;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:53:53:31:32:0.376471:21:10:26:27:22:10:26:27 chr3 195346861 . T C 100.96 PASS AF=0.168142;AO=19;DP=113;FAO=19;FDP=113;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=68;FWDB=-0.0512827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0861;QD=3.57378;RBI=0.0518345;REFB=0.00373047;REVB=0.00754321;RO=92;SAF=6;SAR=13;SRF=24;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847674;STB=0.538763;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0464917;OID=.;OPOS=195346861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:92:94:19:19:0.168142:13:6:24:68:13:6:26:68 chr3 195398105 . T C 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00637269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.342;QD=7.83762;RBI=0.0138132;REFB=0.0017789;REVB=-0.0122554;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192998;STB=0.624592;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00321476;OID=.;OPOS=195398105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:1:6:12:4:1:6:12:4 chr3 195399505 . C T 93.73 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00127711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.906;QD=10.1325;RBI=0.0332863;REFB=-0.0144502;REVB=0.0332617;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046246;STB=0.540473;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.017659;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:24:25:12:12:0.324324:6:6:11:13:6:6:11:14 chr3 195404649 . A G 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0298988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0793;QD=22.8306;RBI=0.0575751;REFB=-0.0279783;REVB=-0.0492032;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211469;STB=0.61889;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0273024;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:9:6:7:3:9:6:7:3 chr3 195447871 . C T 107.64 PASS AF=0.141975;AO=23;DP=162;FAO=23;FDP=162;FR=.;FRO=139;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=102;FSRR=37;FWDB=0.00297277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.723;QD=2.65781;RBI=0.0752483;REFB=0.00100596;REVB=-0.0751896;RO=137;SAF=21;SAR=2;SRF=102;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358006;STB=0.768715;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00487922;OID=.;OPOS=195447871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:137:139:23:23:0.141975:2:21:102:35:2:21:102:37 chr3 195447886 . G C 459.06 PASS AF=0.337209;AO=58;DP=172;FAO=58;FDP=172;FR=.;FRO=114;FSAF=47;FSAR=11;FSRF=81;FSRR=33;FWDB=0.022527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6351;QD=10.6758;RBI=0.0276044;REFB=-0.0142787;REVB=-0.0159542;RO=111;SAF=47;SAR=11;SRF=79;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160679;STB=0.594901;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0200893;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:111:114:58:58:0.337209:11:47:79:32:11:47:81:33 chr3 195451880 . AG GA 265.48 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0437568;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=2;MLLD=65.2825;QD=48.2696;RBI=0.0495695;REFB=-0.032008;REVB=-0.0232911;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529383;STBP=0.276;TYPE=mnp;VARB=0.000628417;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:22:0:1:21:21:0.954545:8:13:0:0:8:13:0:1 chr3 195452770 . G A 108.26 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0162325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.592;QD=16.6552;RBI=0.034074;REFB=-0.00564044;REVB=-0.029959;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755114;STB=0.541339;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.005376;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:13:12:13:0.5:7:5:4:8:8:5:4:9 chr3 195452799 . C T 217.61 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.074948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3092;QD=22.9063;RBI=0.0859254;REFB=-0.0458917;REVB=0.0420235;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915441;STB=0.550974;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0391959;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:14:7:4:13:14:7:4:13 chr3 195452951 . G C 670.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7012;QD=62.3413;RBI=0.0915724;REFB=0;REVB=-0.0911787;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114738;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr3 195452987 . G A 167.41 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0619497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1299;QD=16.7412;RBI=0.0623719;REFB=-0.0434709;REVB=0.00724489;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788839;STB=0.511615;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0473556;OID=.;OPOS=195452987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:11:7:8:13:11:7:9:13 chr3 195452991 . C T 195.0 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0139514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2151;QD=18.1392;RBI=0.0716263;REFB=-0.0292952;REVB=0.0702545;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03751;STB=0.508227;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0214675;OID=.;OPOS=195452991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:19:20:0.465116:10:9:10:13:11:9:10:13 chr3 195453014 . G A 72.33 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0177343;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.775;QD=6.72839;RBI=0.0177772;REFB=-0.0093096;REVB=-0.0012348;RO=32;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325466;STB=0.722916;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0395024;OID=.;OPOS=195453014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:42:43:32:33:10:10:0.232558:8:2:14:18:8:2:15:18 chr3 195453064 . T G 651.04 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3708;QD=62.0034;RBI=0.0323782;REFB=0;REVB=-0.0257686;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000714945;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr3 195453205 . G A 94.72 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.00215398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.686;QD=6.64716;RBI=0.00334945;REFB=-0.0148981;REVB=-0.002565;RO=43;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458041;STB=0.528262;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0386428;OID=.;OPOS=195453205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:10:4:11:32:10:4:11:32 chr3 195453243 . C T 364.39 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.0268414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1633;QD=23.8942;RBI=0.034222;REFB=-0.00924032;REVB=0.0212293;RO=24;SAF=11;SAR=25;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167424;STB=0.596261;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00623449;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:25:36:36:0.590164:25:11:3:21:25:11:3:22 chr3 195453257 . G A 346.58 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=25;FWDB=-0.0136264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0572;QD=22.36;RBI=0.023147;REFB=-0.0316396;REVB=0.018711;RO=27;SAF=11;SAR=24;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245297;STB=0.633308;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0360447;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:24:11:2:25:24:11:2:25 chr3 195456561 . C G 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.010372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.593;QD=23.5281;RBI=0.0158484;REFB=-0.0168068;REVB=0.0119831;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014105;STB=0.507879;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0107711;OID=.;OPOS=195456561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:7:13:10:5:7:13:10:5 chr3 195477791 . G A 1282.32 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.18;QD=61.7985;RBI=0.0357187;REFB=0;REVB=0.0286589;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85979e-05;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:80:83:1:39:41:0:0:39:44:0:0 chr3 195479256 . T C 802.11 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7476;QD=64.1688;RBI=0.0979389;REFB=0;REVB=0.0964011;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101361;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:27:23:0:0 chr3 195489009 . C A 3117.61 PASS AF=1;AO=201;DP=208;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522615;FXX=0.0192298;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.822;QD=61.1297;RBI=0.0798934;REFB=0;REVB=0.0604293;RO=0;SAF=105;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290077;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:208:204:0:0:201:204:1:96:105:0:0:99:105:0:0 chr3 195489067 . C G 3859.37 PASS AF=1;AO=243;DP=244;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409543;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8297;QD=63.5286;RBI=0.0631764;REFB=0.0139005;REVB=-0.0481042;RO=0;SAF=97;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465509;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:244:243:0:0:243:243:1:146:97:0:0:146:97:0:0 chr3 195495916 . G C 1210.42 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0190103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.992;QD=58.3333;RBI=0.0206369;REFB=-0.0358139;REVB=0.00803061;RO=2;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500149;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.000218281;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:80:81:0.975904:40:40:1:1:40:41:1:1 chr3 195497174 . C G 1111.75 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0589675;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.724;QD=57.753;RBI=0.0592452;REFB=-0.0614227;REVB=0.0057304;RO=1;SAF=32;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145539;STB=0.514702;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00494588;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:74:75:0.974026:42:32:1:0:42:33:2:0 chr3 195497743 . T C 536.84 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.162;QD=59.649;RBI=0.0412866;REFB=0;REVB=0.0260438;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197839;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:27:9:0:0:27:9:0:0 chr3 195501149 . C T 702.87 PASS AF=0.981481;AO=49;DP=51;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8856;QD=52.0646;RBI=0.0585899;REFB=-0.075322;REVB=0.0550867;RO=2;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276712;STB=0.506847;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00222357;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:54:2:1:49:53:0.981481:33:16:0:2:36:17:0:1 chr3 195505664 . G A 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.58;QD=49.397;RBI=0.0527295;REFB=-0.0058858;REVB=0.0498976;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486633;STB=0.526293;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000363033;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:9:14:0:1:9:14:0:1 chr3 195505788 . G C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0534352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.136;QD=19.1341;RBI=0.0535367;REFB=-0.038444;REVB=-0.00329549;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0102767;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr3 195510827 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0256058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.46;QD=15.8391;RBI=0.0280495;REFB=-0.0534659;REVB=-0.0114507;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0394137;OID=.;OPOS=195510827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:4:3:3:5:4:3 chr3 195512042 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.149;QD=37.4884;RBI=0.0375293;REFB=0;REVB=-0.00953026;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529018;OID=.;OPOS=195512042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr3 195512107 . T A 157.2 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.594;QD=44.9137;RBI=0.0588346;REFB=0;REVB=0.0401107;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017879;OID=.;OPOS=195512107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chr3 195513102 . A G 52.85 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0907276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.268;QD=7.04705;RBI=0.0920864;REFB=0.0120706;REVB=-0.015761;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569244;STB=0.566503;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0526575;OID=.;OPOS=195513102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:20:22:8:8:0.266667:4:4:9:11:4:4:9:13 chr3 195513345 . A C 50.46 PASS AF=0.583333;AO=5;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0250751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.361;QD=16.8205;RBI=0.0497616;REFB=-0.0640565;REVB=-0.042982;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0400815;OID=.;OPOS=195513345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:12:3:5:5:7:0.583333:2:3:1:2:4:3:1:4 chr3 195515594 . C G 1327.64 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000194228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.128;QD=61.7508;RBI=0.0632611;REFB=0;REVB=0.0632608;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115015;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:33:49:0:0:36:50:0:0 chr3 195515617 . G C 1447.82 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0423448;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4088;QD=60.961;RBI=0.160704;REFB=-0.0876468;REVB=0.155025;RO=2;SAF=55;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377038;STB=0.501989;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00288109;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:38:55:1:1:38:55:1:1 chr3 195516630 . G T 435.8 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00591925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.107;QD=54.4745;RBI=0.0267054;REFB=-0.0175712;REVB=0.0260412;RO=1;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190495;STB=0.510198;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000351349;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:24:7:0:1:24:7:0:1 chr3 195516878 . T C 247.72 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167643;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.639;QD=52.1515;RBI=0.168864;REFB=0;REVB=0.020268;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018116;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:19:0:0:17:19:1:14:3:0:0:16:3:0:0 chr3 195517258 . G A 696.88 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101252;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.741;QD=54.6573;RBI=0.0101653;REFB=-0.0453549;REVB=-0.000902944;RO=1;SAF=32;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014486;STB=0.507689;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00021582;OID=.;OPOS=195517258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:18:32:1:0:18:32:1:0 chr3 195517321 . G A 696.69 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00129761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.011;QD=56.8723;RBI=0.0439451;REFB=-0.176417;REVB=0.0439259;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545434;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00329977;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:0:3:46:46:0.938776:15:31:0:0:15:31:0:3 chr3 195517553 . A C 409.93 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0219131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.418;QD=51.2419;RBI=0.0241337;REFB=-0.0270601;REVB=0.0101119;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282472;STB=0.502091;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00316147;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:16:14:0:1:16:14:1:1 chr3 195518112 . T A,TGTCTCCTGCGTAACA 701.3 PASS AF=0.133333,0.544444;AO=13,47;DP=92;FAO=12,49;FDP=90;FR=.;FRO=29;FSAF=12,21;FSAR=0,28;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0244874,0.00379844;FXX=0.0217368;HRUN=1,1;LEN=1,15;MLLD=87.611,384.514;QD=31.1691;RBI=0.026326,0.00841136;REFB=-0.00609351,-0.042535;REVB=0.0096656,0.00750486;RO=29;SAF=12,21;SAR=1,26;SRF=23;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.325548,-0.23912;STB=0.998576,0.633041;STBP=0.038,0.007;TYPE=snp,ins;VARB=0.00197324,0.0147991;OID=.,.;OPOS=195518112,195518113;OREF=T,-;OALT=A,GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=A,TGTCTCCTGCGTAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:92:90:29:29:13,47:12,49:0.133333,0.544444:1,26:12,21:23:6:0,28:12,21:23:6 chr3 195518330 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.517;QD=46.8467;RBI=0.0248984;REFB=0;REVB=-0.0228313;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415579;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr3 195606019 . G A 74.85 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0226487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.804;QD=11.5156;RBI=0.0231391;REFB=-0.00924437;REVB=0.00473853;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250529;STB=0.509073;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0179752;OID=.;OPOS=195606019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:25:26:16:16:9:10:0.384615:3:6:11:5:3:7:11:5 chr3 195615376 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.599;QD=63.2866;RBI=0.120351;REFB=0;REVB=0.0214783;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373972;OID=.;OPOS=195615376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:34:12:0:0:34:12:0:0 chr3 195668478 . A G 276.69 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0517483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5096;QD=13.6638;RBI=0.078017;REFB=-0.030034;REVB=-0.0583846;RO=47;SAF=21;SAR=11;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446809;STB=0.515655;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0548874;OID=.;OPOS=195668478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:49:32:32:0.395062:11:21:29:18:11:21:31:18 chr3 195690216 . T C 31.2 PASS AF=0.0909091;AO=8;DP=88;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.00723684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.914;QD=1.41795;RBI=0.0212199;REFB=-0.0018906;REVB=-0.0199477;RO=78;SAF=3;SAR=5;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568703;STB=0.547217;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0176228;OID=.;OPOS=195690216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:88:78:80:8:8:0.0909091:5:3:33:45:5:3:34:46 chr3 195690233 . A G 31.34 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=87;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.0307384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.53;QD=1.42472;RBI=0.0308574;REFB=-0.000324333;REVB=-0.00270781;RO=76;SAF=3;SAR=6;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931251;STB=0.523892;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00428505;OID=.;OPOS=195690233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:88:76:80:9:8:0.0909091:6:3:31:45:5:3:32:48 chr3 195690251 . A G 30.31 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=92;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=-0.017772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.203;QD=1.31785;RBI=0.0287587;REFB=0.000637876;REVB=-0.0226102;RO=82;SAF=3;SAR=5;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325071;STB=0.517198;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00913602;OID=.;OPOS=195690251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:92:82:84:8:8:0.0869565:5:3:33:49:5:3:33:51 chr3 195692311 . T C 97.28 PASS AF=0.133758;AO=21;DP=157;FAO=21;FDP=157;FR=.;FRO=136;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=66;FSRR=70;FWDB=-0.0032214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.242;QD=2.47841;RBI=0.0501703;REFB=-0.00101614;REVB=-0.0500668;RO=130;SAF=8;SAR=13;SRF=65;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151007;STB=0.591548;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00652922;OID=.;OPOS=195692311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:157:157:130:136:21:21:0.133758:13:8:65:65:13:8:66:70 chr3 195692347 . G A 346.78 PASS AF=0.252475;AO=51;DP=202;FAO=51;FDP=202;FR=.;FRO=151;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=74;FSRR=77;FWDB=0.00725389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.332;QD=6.86686;RBI=0.00726296;REFB=-0.00842564;REVB=0.000362743;RO=150;SAF=25;SAR=26;SRF=73;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00440967;STB=0.500097;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0229452;OID=.;OPOS=195692347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:150:151:51:51:0.252475:26:25:73:77:26:25:74:77 chr3 195701285 . G T 41.62 PASS AF=0.075;AO=15;DP=200;FAO=15;FDP=200;FR=.;FRO=185;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=98;FSRR=87;FWDB=0.0099802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.747;QD=0.832454;RBI=0.0206109;REFB=-0.00175335;REVB=-0.0180335;RO=185;SAF=7;SAR=8;SRF=98;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701821;STB=0.558063;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0249381;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:200:200:185:185:15:15:0.075:8:7:98:87:8:7:98:87 chr3 195701304 . C T 65.55 PASS AF=0.0893617;AO=21;DP=234;FAO=21;FDP=235;FR=.;FRO=214;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=111;FSRR=103;FWDB=0.000880148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.689;QD=1.11581;RBI=0.00661721;REFB=-0.00221931;REVB=0.00655842;RO=213;SAF=8;SAR=13;SRF=111;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164696;STB=0.624932;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0423386;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:234:235:213:214:21:21:0.0893617:13:8:111:102:13:8:111:103 chr3 195701331 . G A 189.95 PASS AF=0.147482;AO=41;DP=278;FAO=41;FDP=278;FR=.;FRO=237;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=116;FSRR=121;FWDB=-0.0228473;FXX=0.0035841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.141;QD=2.73316;RBI=0.044807;REFB=-0.00235646;REVB=0.0385443;RO=237;SAF=19;SAR=22;SRF=116;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334832;STB=0.522233;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0213992;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:237:237:41:41:0.147482:22:19:116:121:22:19:116:121 chr3 195701388 . GC AA 137.16 PASS AF=0.141509;AO=30;DP=212;FAO=30;FDP=212;FR=.;FRO=182;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=69;FSRR=113;FWDB=4.52897e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=165.598;QD=2.58783;RBI=0.0202781;REFB=-0.00140985;REVB=0.0202781;RO=180;SAF=12;SAR=18;SRF=68;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298017;STB=0.518799;STBP=0.839;TYPE=mnp;VARB=0.00771723;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:180:182:30:30:0.141509:18:12:68:112:18:12:69:113 chr3 195704117 . A G 74.21 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0645157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9813;QD=10.2356;RBI=0.0919619;REFB=-0.0100613;REVB=0.0655341;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449895;STB=0.767256;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0262007;OID=.;OPOS=195704117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:14:5:7:3:14:5 chr3 195710989 . G A 753.19 PASS AF=0.49375;AO=52;DP=159;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.00702574;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.767;QD=18.8297;RBI=0.0204697;REFB=-0.0129682;REVB=0.0192262;RO=61;SAF=20;SAR=32;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256227;STB=0.506492;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0284228;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:61:81:52:79:0.49375:32:20:25:36:38:41:41:40 chr3 195710993 . A G 852.98 PASS AF=0.480663;AO=87;DP=180;FAO=87;FDP=181;FR=.;FRO=94;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=-0.0053075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.19;QD=18.8504;RBI=0.0178846;REFB=0.00279532;REVB=-0.0170789;RO=92;SAF=45;SAR=42;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550543;STB=0.52981;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0023064;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:92:94:87:87:0.480663:42:45:53:39:42:45:54:40 chr3 195711016 . G A 376.66 PASS AF=0.234127;AO=58;DP=249;FAO=59;FDP=252;FR=.;FRO=193;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=97;FSRR=96;FWDB=-0.00751518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5523;QD=5.97875;RBI=0.0438733;REFB=-0.00302778;REVB=-0.0432248;RO=191;SAF=28;SAR=30;SRF=97;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318324;STB=0.508472;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0110064;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:252:191:193:58:59:0.234127:30:28:97:94:30:29:97:96 chr3 195925226 . G T 32.06 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.00341306;FXX=0.0259707;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.9051;QD=1.71008;RBI=0.117495;REFB=-0.0239047;REVB=0.117445;RO=48;SAF=1;SAR=7;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558916;STB=0.910375;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0980556;OID=.;OPOS=195925226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:77:75:48:66:8:8:0.106667:7:1:29:19:7:1:43:23 chr3 195925458 . A C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0499435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.381;QD=17.4014;RBI=0.0499585;REFB=-0.0078662;REVB=-0.00122444;RO=13;SAF=1;SAR=12;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312389;STB=0.685354;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0035311;OID=.;OPOS=195925458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:12:1:3:10:12:1:3:10 chr3 195938177 . A G 334.52 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.049739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.375;QD=27.3077;RBI=0.0594849;REFB=-0.0150617;REVB=-0.0326265;RO=20;SAF=19;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194399;STB=0.607482;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00923331;OID=.;OPOS=195938177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:10:19:8:12:10:19:8:12 chr3 195941216 . C G 1317.63 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00211728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.424;QD=60.5807;RBI=0.0518561;REFB=-0.00398067;REVB=0.0518129;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=8.40501e-05;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:43:43:0:0:43:43:0:1 chr3 195955762 . G A 2117.3 PASS AF=1;AO=129;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03318;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.809;QD=62.7347;RBI=0.0401536;REFB=0;REVB=0.0226142;RO=0;SAF=68;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90738e-05;OID=.;OPOS=195955762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:129:135:1:61:68:0:0:62:73:0:0 chr3 195956827 . T C,G 751.57 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=46,2;DP=48;FAO=46,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041084,0.0540265;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=67.4301,20.1829;QD=62.631;RBI=0.0485289,0.0543677;REFB=0,0;REVB=-0.0258294,0.00608166;RO=0;SAF=31,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00226801,-0.0153008;OID=.,.;OPOS=195956827,195956827;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:48:0:0:46,2:46,2:0.958333,0.0416667:15,2:31,0:0:0:15,2:31,0:0:0 chr3 196054439 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.662;QD=58.5878;RBI=0.0319012;REFB=0;REVB=-0.0167675;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159621;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr3 196199204 . G T 220.44 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0498403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3468;QD=14.222;RBI=0.0691304;REFB=0.0127962;REVB=-0.0479057;RO=36;SAF=6;SAR=20;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406763;STB=0.732797;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0189875;OID=.;OPOS=196199204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:20:6:22:14:20:6:22:14 chr3 196294104 . C G 933.5 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.086;QD=55.7314;RBI=0.0241706;REFB=-0.081473;REVB=0.0205042;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00033187;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:0:1:64:66:0.985075:38:26:0:0:39:27:0:1 chr3 196386964 . C G 385.43 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.003129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.843;QD=26.1311;RBI=0.0254925;REFB=-0.0378229;REVB=0.0252997;RO=21;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924993;STB=0.559197;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0217642;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:22:37:37:0.627119:21:16:12:9:21:16:13:9 chr3 196435534 . T C 726.58 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0722292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.214;QD=59.3124;RBI=0.0736421;REFB=-0.219638;REVB=0.014356;RO=2;SAF=20;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447272;STB=0.523799;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00244959;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:2:2:47:47:0.959184:27:20:2:0:27:20:2:0 chr3 196438826 . G T 175.1 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.971;QD=46.6925;RBI=0.0380092;REFB=0;REVB=0.0361478;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194121;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr3 196443803 . T C 2108.35 PASS AF=0.513382;AO=197;DP=400;FAO=211;FDP=411;FR=.;FRO=200;FSAF=82;FSAR=129;FSRF=87;FSRR=113;FWDB=0.0595305;FXX=0.00242713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3554;QD=20.5192;RBI=0.0677488;REFB=-0.0152961;REVB=0.0323423;RO=200;SAF=72;SAR=125;SRF=88;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721936;STB=0.523494;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0215032;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:411:200:200:197:211:0.513382:125:72:88:112:129:82:87:113 chr3 196448046 . A G 280.16 PASS AF=0.694444;AO=23;DP=34;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0187836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.369;QD=31.1291;RBI=0.0225525;REFB=-0.0142259;REVB=0.0124817;RO=11;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428187;STB=0.511619;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00443896;OID=.;OPOS=196448046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:36:11:11:23:25:0.694444:10:13:7:4:10:15:7:4 chr3 196448103 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.01459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.933;QD=10.6688;RBI=0.0219764;REFB=-0.00641645;REVB=-0.0164345;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167346;STB=0.60135;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00710721;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:10:8:3:7:10:8 chr3 196511920 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0134782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.834;QD=11.0924;RBI=0.0165662;REFB=-0.0185103;REVB=-0.00963212;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.628983;STB=0.873803;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0208562;OID=.;OPOS=196511920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:6:0:4:1:6:0 chr3 196529926 . C A 32.83 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0286915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9857;QD=2.91825;RBI=0.0401964;REFB=-0.00470739;REVB=-0.0281523;RO=38;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452259;STB=0.548222;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00623223;OID=.;OPOS=196529926;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:45:38:39:6:6:0.133333:2:4:24:14:2:4:24:15 chr3 196529978 . C T 43.14 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0385534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1529;QD=2.92445;RBI=0.0436977;REFB=-0.0057463;REVB=-0.02057;RO=51;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354505;STB=0.52536;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0348585;OID=.;OPOS=196529978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:51:51:8:8:0.135593:4:4:27:24:4:4:27:24 chr3 196557130 . A G 82.08 PASS AF=0.230769;AO=10;DP=51;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00386082;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.43;QD=6.31422;RBI=0.00545717;REFB=-0.0148637;REVB=-0.00385678;RO=41;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125091;STB=0.576798;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0614589;OID=.;OPOS=196557130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:51:52:41:40:10:12:0.230769:4:6:25:16:6:6:24:16 chr3 196613075 . C T 97.38 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0179804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.607;QD=13.4318;RBI=0.0213133;REFB=-0.00780167;REVB=-0.0114439;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170437;STB=0.599834;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0222341;OID=.;OPOS=196613075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:7:10:5:7:7:10 chr3 196660820 . C T 477.69 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0239561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.72;QD=22.2182;RBI=0.0260415;REFB=-0.0156897;REVB=-0.0102109;RO=39;SAF=19;SAR=27;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147472;STB=0.586919;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00804705;OID=.;OPOS=196660820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:40:46:46:0.534884:27:19:23:16:27:19:24:16 chr3 196674259 . G A 334.81 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0268702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.953;QD=27.3313;RBI=0.0446642;REFB=-0.031811;REVB=0.0356775;RO=18;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104645;STB=0.533875;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00937316;OID=.;OPOS=196674259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:20:29:29:0.591837:14:15:12:6:14:15:12:8 chr3 196674749 . C T 439.46 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0464053;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6555;QD=54.9323;RBI=0.0574453;REFB=-0.0724747;REVB=0.0338602;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282674;STB=0.515142;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0024724;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:32:1:1:31:31:0.96875:16:15:0:1:16:15:0:1 chr3 196674879 . A G 255.26 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.00645888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4031;QD=13.2603;RBI=0.0220627;REFB=0.00303168;REVB=-0.0210961;RO=47;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161023;STB=0.591491;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00543007;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:16:14:15:32:16:14:15:32 chr3 196674916 . A C 238.74 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0130411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.167;QD=14.0437;RBI=0.0130674;REFB=-0.0298998;REVB=0.000829459;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181676;STB=0.602871;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0285371;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:14:14:13:27:14:14:13:27 chr3 196674972 . CTG CGC,TCG 545.7 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,35;DP=37;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131746,-0.00601837;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=119.1,247.773;QD=58.994;RBI=0.0183595,0.0130759;REFB=0,0;REVB=-0.0127868,0.0116086;RO=0;SAF=0,14;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.27896e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0673481,0.000137012;OID=.,.;OPOS=196674973,196674972;OREF=TG,CT;OALT=GC,TC;OMAPALT=CGC,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:2,35:2,35:0.0540541,0.945946:2,21:0,14:0:0:2,21:0,14:0:0 chr3 196742277 . C T 351.93 PASS AF=0.401961;AO=39;DP=101;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0598254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.94;QD=13.8011;RBI=0.059844;REFB=-0.0312395;REVB=0.00149327;RO=62;SAF=12;SAR=27;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958876;STB=0.568593;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0389992;OID=.;OPOS=196742277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:62:61:39:41:0.401961:27:12:24:38:29:12:24:37 chr3 196770355 . TAAGG T 1131.54 PASS AF=1;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408878;FXX=0.0319115;HRUN=2;LEN=4;MLLD=139.643;QD=49.7382;RBI=0.0417034;REFB=0;REVB=0.00820697;RO=1;SAF=25;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723714;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.62409e-05;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:94:91:91:0:26:65:0:0:20:1:25:65:0:1 chr3 196771245 . G A 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.485;QD=57.8813;RBI=0.0317715;REFB=0;REVB=-0.0175442;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.51099e-05;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr3 196865242 . C T 256.31 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00825188;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.783;QD=19.7164;RBI=0.00948693;REFB=-0.0283926;REVB=-0.00468062;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258656;STB=0.649239;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0123292;OID=.;OPOS=196865242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:17:9:16:9:18:9:16:9 chr3 197020780 . G A,GA,GAA 545.43 PASS AF=0.0842105,0.905263,0.0105263;AO=10,42,20;DP=123;FAO=8,86,1;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=5,41,0;FSAR=3,45,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153058,0.0682552,0.0384108;FXX=0.0306091;HRUN=1,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=233.805,8.034,9.08294;QD=22.9656;RBI=0.0619341,0.272467,0.140982;REFB=0.00181462,0.0370538,0.0316396;REVB=-0.060013,-0.263779,-0.135648;RO=49;SAF=7,22,5;SAR=3,20,15;SRF=21;SRR=28;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.329616,0.091572,-0.238832;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.00974054,-0.027542,-0.0806269;OID=.,.,.;OPOS=197020780,197020781,197020781;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:123:95:49:0:10,42,20:8,86,1:0.0842105,0.905263,0.0105263:3,20,15:7,22,5:21:28:3,45,1:5,41,0:0:0 chr3 197495334 . G A 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7833;QD=59.833;RBI=0.0178363;REFB=0;REVB=0.017306;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135685;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr3 197846850 . G A 143.53 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0100869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7255;QD=8.44275;RBI=0.0253834;REFB=-0.0038955;REVB=-0.0232931;RO=48;SAF=7;SAR=13;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205;STB=0.62263;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00531747;OID=.;OPOS=197846850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:13:7:25:23:13:7:25:23 chr4 53428 . G A 1541.55 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.731;QD=62.9204;RBI=0.0705637;REFB=0;REVB=0.0603216;RO=0;SAF=31;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248266;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:98:98:0:0:97:98:1:66:31:0:0:67:31:0:0 chr4 85704 . C T 228.9 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0104564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5523;QD=16.0629;RBI=0.0142389;REFB=-0.0273679;REVB=-0.0096649;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223085;STB=0.613952;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0242459;OID=.;OPOS=85704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:31:26:26:0.45614:13:13:8:22:13:13:9:22 chr4 85800 . G A 357.28 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.189;QD=54.9664;RBI=0.0188837;REFB=0;REVB=0.003654;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192283;OID=.;OPOS=85800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr4 85995 . C CA 208.75 PASS AF=1;AO=17;DP=24;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0969425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.5901;QD=46.3882;RBI=0.122898;REFB=0;REVB=-0.0755383;RO=6;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00175424;OID=.;OPOS=85996;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:24:18:18:0:7:11:0:0:4:6:7:10:3:3 chr4 86022 . CAG ATA 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255846;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=165.042;QD=35.5759;RBI=0.0345977;REFB=0;REVB=0.0232901;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000716817;OID=.;OPOS=86022;OREF=CAG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr4 86738 . A G 692.94 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200661;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.918;QD=62.9948;RBI=0.0484825;REFB=0;REVB=0.0441351;RO=0;SAF=7;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94183e-05;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:36:7:0:0:36:8:0:0 chr4 86798 . C T 472.64 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234705;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7881;QD=59.0804;RBI=0.0253874;REFB=0;REVB=0.00967752;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393495;OID=.;OPOS=86798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:26:5:0:0:27:5:0:0 chr4 87277 . G C 519.83 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3935;QD=59.4091;RBI=0.0233321;REFB=0;REVB=-0.00866407;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139796;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr4 87313 . G GA 431.08 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0455183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.9674;QD=44.2135;RBI=0.0475946;REFB=-0.00768671;REVB=0.0139043;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=ins;VARB=-0.00120549;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.974359:36:39:38:39:1:19:19:1:0:4:1:18:18:1:0 chr4 501211 . G A 172.87 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0121894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.577;QD=11.3356;RBI=0.0277353;REFB=-0.0147074;REVB=-0.0249131;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121935;STB=0.585722;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0198839;OID=.;OPOS=501211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:39:22:22:0.360656:10:12:16:21:10:12:16:23 chr4 619524 . G A 274.53 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0121348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.788;QD=19.9658;RBI=0.0271918;REFB=-0.0370954;REVB=0.0243339;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180489;STB=0.510043;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0272483;OID=.;OPOS=619524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:14:15:14:12:14:15:14:12 chr4 648643 . G A 180.0 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558195;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.585;QD=47.9993;RBI=0.0558256;REFB=0;REVB=-0.00082528;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.77843e-05;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr4 675777 . G C 379.38 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.025479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4511;QD=19.2092;RBI=0.0282084;REFB=-0.0185439;REVB=-0.012105;RO=40;SAF=23;SAR=16;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096648;STB=0.505374;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0237378;OID=.;OPOS=675777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:16:23:24:16:16:23:24:16 chr4 759883 . G A 189.69 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00521653;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.57;QD=13.0819;RBI=0.0388867;REFB=-0.00152804;REVB=0.0385352;RO=34;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145083;STB=0.592064;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0038154;OID=.;OPOS=759883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:9:14:16:18:9:14:16:19 chr4 761850 . T C 283.1 PASS AF=0.625;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.00772362;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.428;QD=28.3101;RBI=0.0561993;REFB=-0.0115823;REVB=0.055666;RO=15;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198481;STB=0.608616;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0111964;OID=.;OPOS=761850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:15:15:25:25:0.625:10:15:13:2:10:15:13:2 chr4 763867 . G A,GA 31.23 PASS AF=0,0.25;AO=4,4;DP=25;FAO=0,6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=0,3;FSAR=0,3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.004924,-0.122171;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=234.694,17.7707;QD=5.20464;RBI=0.00496492,0.185844;REFB=-0.00114139,-0.0306206;REVB=0.000636098,0.140043;RO=17;SAF=2,2;SAR=2,2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.317449,-0.317449;STB=0.5,0.707759;STBP=1,0.318;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0795796;OID=.,.;OPOS=763867,763868;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:25:24:17:18:4,4:0,6:0,0.25:2,2:2,2:13:4:0,3:0,3:14:4 chr4 780286 . C G 171.06 PASS AF=0.360656;AO=19;DP=58;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00941217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.763;QD=11.2172;RBI=0.0107622;REFB=-0.023872;REVB=-0.0052188;RO=37;SAF=17;SAR=2;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448097;STB=0.670413;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0302065;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:37:39:19:22:0.360656:2:17:23:14:4:18:24:15 chr4 843508 . C T 140.08 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00454016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7824;QD=12.7347;RBI=0.0321827;REFB=-0.00856217;REVB=0.0318608;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175895;STB=0.603318;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0154754;OID=.;OPOS=843508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:15:13:10:6:15:13 chr4 843695 . A G 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.912;QD=59.8359;RBI=0.0205114;REFB=0;REVB=-0.0094273;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155636;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr4 845636 . G A 348.94 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0045475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.455;QD=22.8814;RBI=0.0293889;REFB=-0.0204337;REVB=0.0290349;RO=26;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485804;STB=0.526745;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.01561;OID=.;OPOS=845636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:17:18:15:11:17:18:15:11 chr4 858940 . AT AC,GC 606.23 PASS AF=0.975,0.025;AO=38,2;DP=40;FAO=39,1;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322097,-0.0233274;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=70.5962,105.102;QD=60.6229;RBI=0.069457,0.0268526;REFB=0,0;REVB=0.061537,-0.0133001;RO=0;SAF=27,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00113819,0.060412;OID=.,.;OPOS=858941,858940;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:40:40:0:0:38,2:39,1:0.975,0.025:11,2:27,0:0:0:12,1:27,0:0:0 chr4 962665 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG 77.82 PASS AF=0.345455,0.0727273;AO=15,6;DP=55;FAO=19,4;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=6,4;FSAR=13,0;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0896781,-0.102258;FXX=0.017854;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.1666,10.1374;QD=5.65949;RBI=0.241524,0.128081;REFB=-0.072266,-0.0963274;REVB=-0.224258,0.077124;RO=21;SAF=5,6;SAR=10,0;SRF=18;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.492169,0.627704;STB=0.692422,0.996682;STBP=0.045,0.077;TYPE=del,del;VARB=0.102895,0.133978;OID=.,.;OPOS=962670,962666;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455,0.0727273:15,6:55:19,4:55:32:6,4:13,0:20:12:46:21:5,6:10,0:18:3 chr4 994452 . C T 1370.8 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6819;QD=61.6092;RBI=0.0244765;REFB=0;REVB=0.00731426;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464053;OID=.;OPOS=994452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:43:45:0:0:44:45:0:0 chr4 1006333 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.032;QD=51.1845;RBI=0.0796432;REFB=0;REVB=0.0117306;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284631;OID=.;OPOS=1006333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr4 1050653 . G A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0037763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.465;QD=52.7701;RBI=0.00392514;REFB=-0.0482322;REVB=-0.00107064;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000384673;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:11:17:0:0:11:17:0:1 chr4 1052125 . T C 306.24 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1184;QD=53.2587;RBI=0.0684077;REFB=0;REVB=0.0679731;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159207;OID=.;OPOS=1052125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr4 1052166 . A C,G 336.19 PASS AF=0.96,0.04;AO=23,2;DP=25;FAO=24,1;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00065315,-0.0196411;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.252,132.183;QD=53.7903;RBI=0.0379336,0.0366333;REFB=0,0;REVB=0.037928,0.0309228;RO=0;SAF=12,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000200218,0.102353;OID=.,.;OPOS=1052166,1052166;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:25:25:0:0:23,2:24,1:0.96,0.04:11,1:12,1:0:0:11,1:13,0:0:0 chr4 1075271 . C T 327.72 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00411806;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.085;QD=22.6017;RBI=0.0627568;REFB=-0.016382;REVB=0.0626215;RO=25;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586247;STB=0.532339;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00986182;OID=.;OPOS=1075271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:25:25:33:33:0.568966:16:17:11:14:16:17:11:14 chr4 1087265 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.92;QD=33.4284;RBI=0.0868948;REFB=0;REVB=0.0858103;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00409347;OID=.;OPOS=1087265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr4 1087326 . TG CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 213.85 PASS AF=0.444444,0.555556;AO=8,9;DP=21;FAO=8,10;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8,9;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176122,0.020562;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=2,21;MLLD=203.325,649.298;QD=47.523;RBI=0.0939065,0.0219155;REFB=0,0;REVB=-0.0922401,-0.00758244;RO=3;SAF=8,8;SAR=0,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.140735;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00573969,0.00557231;OID=.,.;OPOS=1087326,1087328;OREF=TG,-;OALT=CC,CTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC;OMAPALT=CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:57:21:18:3:0:8,9:8,10:0.444444,0.555556:0,1:8,8:3:0:0,1:8,9:0:0 chr4 1087329 . C T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00150024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.348;QD=46.9595;RBI=0.0117384;REFB=-0.0562395;REVB=-0.0116421;RO=1;SAF=19;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236587;STB=0.512808;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00601958;OID=.;OPOS=1087329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:1:19:1:0:1:19:1:0 chr4 1087338 . C T 375.48 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.39;QD=55.6271;RBI=0.112128;REFB=0;REVB=0.11105;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506947;OID=.;OPOS=1087338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:5:22:0:0:5:22:0:0 chr4 1090625 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.078;QD=60.6093;RBI=0.0535866;REFB=0;REVB=0.0319166;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400754;OID=.;OPOS=1090625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr4 1164277 . C G 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00425995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0372;QD=8.69826;RBI=0.0940905;REFB=-0.0174798;REVB=-0.093994;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343745;STB=0.749167;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0376081;OID=.;OPOS=1164277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:13:14:7:7:0.333333:1:6:8:5:1:6:8:6 chr4 1164552 . A G 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.503;QD=58.1305;RBI=0.0817364;REFB=0;REVB=0.0764727;RO=0;SAF=29;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031338;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:3:29:0:0:3:29:0:0 chr4 1165130 . G T 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0144048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.131;QD=27.4996;RBI=0.0497193;REFB=-0.0180205;REVB=0.0475868;RO=10;SAF=15;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228198;STB=0.627759;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00970011;OID=.;OPOS=1165130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:4:15:5:5:4:15:5:5 chr4 1165741 . A G 1496.62 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6738;QD=63.0155;RBI=0.0232401;REFB=0;REVB=0.0168328;RO=0;SAF=59;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93737e-05;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:33:59:0:0:35:60:0:0 chr4 1165764 . C T 507.03 PASS AF=0.539326;AO=47;DP=90;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.000210108;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.317;QD=22.7879;RBI=0.00225114;REFB=-0.00475299;REVB=0.00224131;RO=42;SAF=30;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123059;STB=0.564719;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00313585;OID=.;OPOS=1165764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:42:41:47:48:0.539326:17:30:21:21:17:31:21:20 chr4 1194586 . T A 257.72 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0289225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1406;QD=19.8246;RBI=0.0602091;REFB=0.000683384;REVB=0.0528074;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104673;STB=0.541454;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000936681;OID=.;OPOS=1194586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:25:26:27:0.519231:14:12:9:17:15:12:9:16 chr4 1194594 . A T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00566426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.382;QD=14.8335;RBI=0.0359647;REFB=-0.00229436;REVB=-0.0355158;RO=30;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193464;STB=0.611007;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00399376;OID=.;OPOS=1194594;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:15:7:15:15:15:7:15:15 chr4 1244416 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.631;QD=61.8526;RBI=0.0042571;REFB=0;REVB=6.1732e-05;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49921e-06;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr4 1244879 . A G 181.25 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0133383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.898;QD=16.4775;RBI=0.0317596;REFB=-0.0346317;REVB=-0.0288229;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196135;STB=0.528425;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0345164;OID=.;OPOS=1244879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:13:6:8:16:13:6:9:16 chr4 1291791 . A G 289.39 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00636613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0195;QD=25.7234;RBI=0.0370457;REFB=-0.0110154;REVB=-0.0364946;RO=19;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929348;STB=0.505151;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0120182;OID=.;OPOS=1291791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:12:14:10:9:12:14:10:9 chr4 1330759 . T C 233.88 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2897;QD=49.238;RBI=0.0916908;REFB=0;REVB=0.0894188;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224291;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:17:19:1:12:5:0:0:13:6:0:0 chr4 1343405 . T C 1135.16 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6468;QD=60.5418;RBI=0.0421678;REFB=0;REVB=0.0247595;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24238e-05;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:47:28:0:0:47:28:0:0 chr4 1349029 . G A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.000975305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4046;QD=7.12531;RBI=0.0147391;REFB=-0.0146968;REVB=-0.0147068;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369678;STB=0.760171;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0344082;OID=.;OPOS=1349029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:16:18:7:7:0.28:2:5:6:10:2:5:6:12 chr4 1369885 . G A 774.52 PASS AF=0.473684;AO=81;DP=171;FAO=81;FDP=171;FR=.;FRO=90;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.00696419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.781;QD=18.1175;RBI=0.03887;REFB=-0.0518217;REVB=0.038241;RO=83;SAF=41;SAR=40;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000136621;STB=0.514299;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0613476;OID=.;OPOS=1369885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:83:90:81:81:0.473684:40:41:42:41:40:41:48:42 chr4 1374695 . C A 1260.02 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169904;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.779;QD=60.724;RBI=0.0358515;REFB=-0.0887816;REVB=0.0315699;RO=1;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956759;STB=0.505049;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000639967;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:83:1:1:82:82:0.987952:49:33:0:1:49:33:0:1 chr4 1374774 . C T 736.95 PASS AF=1;AO=37;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444847;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.8951;QD=56.6884;RBI=0.0469164;REFB=0;REVB=-0.0149082;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00068243;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:37:52:1:25:12:0:0:39:13:0:0 chr4 1377615 . A G 432.31 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461666;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.851;QD=57.6417;RBI=0.0489029;REFB=0;REVB=0.0161287;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748531;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr4 1659128 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0291451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.042;QD=10.3903;RBI=0.0299463;REFB=0.00203024;REVB=0.00688085;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00479397;OID=.;OPOS=1659128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:5:6:3:4:5:6 chr4 1685211 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.263;QD=57.6788;RBI=0.0418652;REFB=0;REVB=0.0415756;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255454;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr4 1701317 . G A 321.93 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0116956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.802;QD=23.8463;RBI=0.0597958;REFB=-0.0678439;REVB=-0.0586409;RO=22;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127826;STB=0.507038;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0329824;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:14:18:12:10:14:18:12:10 chr4 1720346 . A G 529.81 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.184;QD=58.8673;RBI=0.0305926;REFB=0;REVB=0.0201663;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389211;OID=.;OPOS=1720346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:20:16:0:0 chr4 1729660 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.737;QD=53.2771;RBI=0.0466828;REFB=0;REVB=0.0464882;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174282;OID=.;OPOS=1729660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr4 1729953 . G A,C 384.97 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=23,4;DP=27;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539403,-0.0738439;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.507,22.6901;QD=54.9953;RBI=0.0923625,0.0903604;REFB=0,0;REVB=0.0749752,0.0520777;RO=0;SAF=9,2;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.84921e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000968607,0.169754;OID=.,.;OPOS=1729953,1729953;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:28:0:0:23,4:26,2:0.928571,0.0714286:14,2:9,2:0:0:14,2:12,0:0:0 chr4 1729988 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.882;QD=56.1916;RBI=0.0290622;REFB=0;REVB=0.025785;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302293;OID=.;OPOS=1729988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:18:10:0:0 chr4 1730299 . A G 728.84 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.457;QD=57.1641;RBI=0.0443097;REFB=0;REVB=0.0275646;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293878;OID=.;OPOS=1730299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:27:24:0:0 chr4 1732978 . G A 1479.28 PASS AF=0.96;AO=96;DP=100;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0225851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.264;QD=59.1713;RBI=0.0255537;REFB=-0.0175955;REVB=0.0119543;RO=2;SAF=51;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00121382;STB=0.511276;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000495602;OID=.;OPOS=1732978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:100:100:2:4:96:96:0.96:45:51:1:1:45:51:1:3 chr4 1737062 . A G 662.83 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.69;QD=61.6586;RBI=0.0108779;REFB=0;REVB=0.00718099;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76621e-05;OID=.;OPOS=1737062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:31:10:0:0:32:11:0:0 chr4 1739592 . A G 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7577;QD=62.3448;RBI=0.033497;REFB=0;REVB=-0.0334526;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185534;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr4 1741740 . G A 271.51 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00437255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.883;QD=47.2191;RBI=0.00485118;REFB=-0.0950181;REVB=0.00210112;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.518502;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00231812;OID=.;OPOS=1741740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:13:8:0:1:13:9:0:1 chr4 1807894 . G A 326.27 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9111;QD=52.2026;RBI=0.0855007;REFB=0;REVB=0.0527047;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00347211;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:1:0:24:25:1:9:15:1:0:9:16:0:0 chr4 1809127 . CGTGT CGT,TGCGT,TGTGC 818.35 PASS AF=0.8,0.116667,0.0833333;AO=33,17,5;DP=64;FAO=48,7,5;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=2,5,0;FSAR=46,2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0760581,-0.00238891,0.00986006;FXX=0.0476115;HRUN=1,1,1;LEN=2,3,5;MLLD=77.0293,47.2565,32.9452;QD=54.5564;RBI=0.0818264,0.0382076,0.0586484;REFB=0,0,0;REVB=0.0301782,-0.0381328,-0.0578136;RO=0;SAF=1,6,0;SAR=32,11,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0118429,0.0355973,0.140359;OID=.,.,.;OPOS=1809128,1809127,1809127;OREF=GT,CGT,CGTGT;OALT=-,TGC,TGTGC;OMAPALT=CGT,TGCGT,TGTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:64:60:0:0:33,17,5:48,7,5:0.8,0.116667,0.0833333:32,11,5:1,6,0:0:0:46,2,5:2,5,0:0:0 chr4 1815990 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.176;QD=55.6553;RBI=0.02003;REFB=0;REVB=0.0150151;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34376e-06;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr4 1818594 . C T 1523.09 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4985;QD=62.8077;RBI=0.030793;REFB=0;REVB=0.00313372;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09927e-05;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:97:0:0:87:97:1:49:38:0:0:51:46:0:0 chr4 1954945 . A G 1190.4 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.421;QD=61.0463;RBI=0.0349724;REFB=0;REVB=-0.00473075;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24161e-05;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr4 1985668 . G A 84.69 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0185606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.227;QD=22.583;RBI=0.041844;REFB=-0.0144814;REVB=0.0375024;RO=5;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143326;STB=0.592391;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00601129;OID=.;OPOS=1985668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:15:5:5:9:10:0.666667:2:7:3:2:2:8:3:2 chr4 1988188 . C CCCT,CCT 114.35 PASS AF=0.272727,0.727273;AO=3,8;DP=12;FAO=3,8;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=3,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=3,2;MLLD=103.61,111.484;QD=41.582;RBI=0.00294655,0.00251464;REFB=0,0;REVB=-0.00294655,-0.00251464;RO=1;SAF=0,0;SAR=3,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.803989;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00827487,0.00556815;OID=.,.;OPOS=1988189,1988189;OREF=-,-;OALT=CCT,CT;OMAPALT=CCCT,CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.272727,0.727273:3,8:12:3,8:11:0:0,0:3,8:0:0:8:1:0,0:3,8:1:0 chr4 1988193 . T C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.23;QD=23.3999;RBI=0.00423941;REFB=-0.0469556;REVB=-0.00423941;RO=3;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202979;OID=.;OPOS=1988193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:8:0:0:3:8:0:0:3 chr4 2160894 . C T 715.18 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.654;QD=62.1892;RBI=0.0234091;REFB=0;REVB=-0.00741649;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271329;OID=.;OPOS=2160894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:21:25:0:0 chr4 2175733 . A G 1249.29 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252261;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4447;QD=61.6934;RBI=0.0338617;REFB=0;REVB=0.0225889;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171598;OID=.;OPOS=2175733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:42:38:0:0:43:38:0:0 chr4 2176454 . G A 375.56 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.756;QD=55.6384;RBI=0.106498;REFB=0;REVB=-0.104902;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264916;OID=.;OPOS=2176454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr4 2181080 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.465;QD=59.4331;RBI=0.0121702;REFB=0;REVB=-0.0118189;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83696e-05;OID=.;OPOS=2181080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr4 2194946 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.271;QD=55.0961;RBI=0.0397393;REFB=0;REVB=-0.0379183;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186544;OID=.;OPOS=2194946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr4 2194953 . G A 389.17 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00506818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.91;QD=55.5951;RBI=0.00837678;REFB=0;REVB=0.00666964;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25438e-05;OID=.;OPOS=2194953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:10:17:0:0:10:18:0:0 chr4 2195024 . T G 600.86 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.275;QD=58.6207;RBI=0.051172;REFB=-0.0693673;REVB=0.0389642;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000743024;OID=.;OPOS=2195024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:1:0:19:21:1:0 chr4 2251854 . T G 459.71 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00938792;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.695;QD=17.0261;RBI=0.0178479;REFB=-0.0222596;REVB=-0.0151794;RO=58;SAF=32;SAR=18;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123175;STB=0.568751;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.026587;OID=.;OPOS=2251854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:58:58:50:50:0.462963:18:32:30:28:18:32:30:28 chr4 2252975 . T TG 677.42 PASS AF=1;AO=10;DP=95;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.188142;FXX=0.0476134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.1838;QD=33.8708;RBI=0.210273;REFB=-0.00888428;REVB=-0.0939002;RO=83;SAF=5;SAR=5;SRF=24;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26273;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00456275;OID=.;OPOS=2252976;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:95:80:80:0:27:53:0:0:12:83:5:5:24:59 chr4 2341194 . T C 598.44 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.00735313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.872;QD=18.1345;RBI=0.0079633;REFB=0.00682617;REVB=0.00305705;RO=70;SAF=34;SAR=28;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600522;STB=0.533323;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0106614;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:70:62:62:0.469697:28:34:34:36:28:34:34:36 chr4 2451694 . T C 545.23 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0387285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.709;QD=57.3927;RBI=0.0438076;REFB=-0.204767;REVB=0.0204746;RO=1;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183585;STB=0.509799;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00671643;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:25:11:0:1:25:12:0:1 chr4 2461887 . C CG 185.86 PASS AF=1;AO=3;DP=25;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131981;FXX=0.19992;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.2797;QD=37.1723;RBI=0.0502868;REFB=0;REVB=0.0485239;RO=22;SAF=0;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00247373;OID=.;OPOS=2461888;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:25:20:20:0:6:14:0:0:3:22:0:3:9:13 chr4 2461888 . A G 340.52 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.642;QD=54.4825;RBI=0.0734665;REFB=0;REVB=0.0675974;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771749;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr4 2664919 . AG A 116.48 PASS AF=1;AO=3;DP=21;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121095;FXX=0.142789;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.74577;QD=25.8833;RBI=0.214023;REFB=0;REVB=0.21368;RO=2;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0.534653;SSEP=0;SSSB=0.39997;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0285139;OID=.;OPOS=2664920;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:21:18:18:0:3:15:0:0:3:2:2:1:0:2 chr4 2743999 . A G 1321.48 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.651;QD=62.1872;RBI=0.033081;REFB=0;REVB=-0.0227592;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43331e-06;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:52:32:0:0:52:33:0:0 chr4 2746567 . C T 155.92 PASS AF=0.485714;AO=14;DP=32;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0208113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7202;QD=17.819;RBI=0.0977562;REFB=-0.0548662;REVB=0.0955152;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14117;STB=0.54602;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0607197;OID=.;OPOS=2746567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:14:18:14:17:0.485714:4:10:8:6:7:10:9:9 chr4 2822467 . G T 206.87 PASS AF=0.431034;AO=23;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0960577;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.433;QD=14.2669;RBI=0.0961942;REFB=-0.020118;REVB=0.00512216;RO=32;SAF=4;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309491;STB=0.606631;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0251208;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:33:23:25:0.431034:19:4:13:19:19:6:13:20 chr4 2826400 . T C 868.08 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5298;QD=57.8719;RBI=0.0556991;REFB=0;REVB=-0.0459315;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000563291;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr4 2826472 . G T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0100445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.923;QD=7.2718;RBI=0.0106493;REFB=0.00263736;REVB=0.00353779;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148472;STB=0.555432;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00501347;OID=.;OPOS=2826472;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:34:24:25:8:9:0.264706:5:3:12:12:5:4:13:12 chr4 2826912 . C G 169.44 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00876126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.951;QD=16.5305;RBI=0.0105629;REFB=-0.0312172;REVB=-0.0059004;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267886;STB=0.661209;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0195359;OID=.;OPOS=2826912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:10:8:16:6:10:8:17:6 chr4 2828771 . T G 117.42 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.121534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7855;QD=21.3481;RBI=0.124356;REFB=-0.046937;REVB=-0.026343;RO=9;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623922;STB=0.53516;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0406026;OID=.;OPOS=2828771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:11:2:1:8:11:2:1:8 chr4 2829409 . G A 74.5 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0145431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.113;QD=22.9215;RBI=0.0295348;REFB=-0.0482868;REVB=0.0257061;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212429;STB=0.512168;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0192636;OID=.;OPOS=2829409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:1:3:7:2:1:3 chr4 2831383 . T G 137.89 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.013137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.82;QD=19.0188;RBI=0.0138759;REFB=-0.0259803;REVB=0.00446764;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148555;STB=0.584364;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0129395;OID=.;OPOS=2831383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:9:5:8:7:9:5 chr4 2906707 . G T 218.17 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00278142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.516;QD=15.5836;RBI=0.0179611;REFB=-0.0358288;REVB=-0.0177444;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318538;STB=0.664122;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0384205;OID=.;OPOS=2906707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:29:31:25:25:0.446429:17:8:19:10:17:8:19:12 chr4 2916762 . C G 336.03 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0274696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.887;QD=19.7667;RBI=0.0899766;REFB=-0.0290387;REVB=-0.0856809;RO=30;SAF=15;SAR=20;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531799;STB=0.547799;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0209197;OID=.;OPOS=2916762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:33:35:35:0.514706:20:15:11:19:20:15:11:22 chr4 2928413 . T C 834.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.217;QD=57.5377;RBI=0.0191623;REFB=0;REVB=0.0123469;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93887e-06;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr4 2955284 . T C 261.06 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0133134;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1613;QD=11.8665;RBI=0.0224951;REFB=-0.0283074;REVB=-0.0181324;RO=53;SAF=17;SAR=15;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381293;STB=0.514277;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0540307;OID=.;OPOS=2955284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:56:32:32:0.363636:15:17:30:23:15:17:31:25 chr4 3129240 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0130803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.811;QD=15.3789;RBI=0.0193799;REFB=-0.0247751;REVB=-0.0142999;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143325;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0322385;OID=.;OPOS=3129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:8:6:7:5:8:6 chr4 3162056 . C T 391.8 PASS AF=0.506329;AO=41;DP=78;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0122114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.819;QD=19.8378;RBI=0.0637905;REFB=-0.00242027;REVB=-0.0626108;RO=37;SAF=21;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683491;STB=0.53163;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00240357;OID=.;OPOS=3162056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:37:39:41:40:0.506329:20:21:16:21:20:20:17:22 chr4 3213832 . G A 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0172514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.309;QD=24.1057;RBI=0.025384;REFB=-0.0248935;REVB=-0.0186208;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975362;STB=0.554097;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0179517;OID=.;OPOS=3213832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:15:9:5:14:15:9:5:14 chr4 3215835 . T C 286.93 PASS AF=0.492063;AO=29;DP=61;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0319956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.146;QD=18.2178;RBI=0.0319957;REFB=-0.035596;REVB=2.83427e-05;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122275;STB=0.542829;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0359942;OID=.;OPOS=3215835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:32:32:29:31:0.492063:19:10:15:17:19:12:15:17 chr4 3219613 . A C 1520.49 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.271;QD=58.4803;RBI=0.0726652;REFB=-0.0634934;REVB=0.0688715;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.50505;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000267084;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:0:1:102:103:0.990385:54:48:0:0:54:49:1:0 chr4 3227419 . A G 542.82 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00908662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0958;QD=18.4007;RBI=0.0597683;REFB=-0.0174463;REVB=-0.0590735;RO=59;SAF=36;SAR=21;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117204;STB=0.574559;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.022881;OID=.;OPOS=3227419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:59:61:57:57:0.483051:21:36:30:29:21:36:30:31 chr4 3234980 . G A 531.7 PASS AF=0.531915;AO=49;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0131084;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.328;QD=22.6253;RBI=0.0191961;REFB=-0.00291437;REVB=0.0140236;RO=44;SAF=23;SAR=26;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263156;STB=0.51878;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00268229;OID=.;OPOS=3234980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:49:50:0.531915:26:23:22:22:27:23:22:22 chr4 3263138 . G A 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.000189516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.144;QD=13.3678;RBI=0.0235365;REFB=-0.026787;REVB=0.0235357;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212603;STB=0.622517;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0316999;OID=.;OPOS=3263138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:10:8:8:23:10:8:8:23 chr4 3318413 . A G 292.73 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0033548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.111;QD=27.2302;RBI=0.0151511;REFB=-0.00529582;REVB=-0.014775;RO=17;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962503;STB=0.553033;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00647149;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:15:11:5:12:15:11:5:12 chr4 3319553 . C T 580.54 PASS AF=0.513043;AO=60;DP=116;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.051889;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4673;QD=20.1925;RBI=0.0521727;REFB=-0.0347064;REVB=-0.00543362;RO=55;SAF=27;SAR=33;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280266;STB=0.505986;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0412598;OID=.;OPOS=3319553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:55:56:60:59:0.513043:33:27:23:32:33:26:24:32 chr4 3417845 . G C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.344;QD=60.2297;RBI=0.0477417;REFB=0;REVB=0.0381603;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263849;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr4 3446132 . C G 564.82 PASS AF=1;AO=27;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.139;QD=59.4544;RBI=0.0537003;REFB=0;REVB=0.0516665;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.41335e-05;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:27:38:1:13:14:0:0:18:20:0:0 chr4 3446997 . C T 138.92 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00239737;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.126;QD=26.461;RBI=0.00382237;REFB=0.00301282;REVB=-0.0029771;RO=6;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894563;STB=0.523776;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=4.33442e-05;OID=.;OPOS=3446997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:6:7:14:14:0.666667:7:7:4:2:7:7:4:3 chr4 3475252 . T C 3087.22 PASS AF=1;AO=192;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473122;FXX=0.0152277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0906;QD=63.6539;RBI=0.0490283;REFB=0;REVB=-0.0128579;RO=0;SAF=104;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317923;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:195:194:0:0:192:194:1:88:104:0:0:89:105:0:0 chr4 3502542 . C A 341.34 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0223724;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.027;QD=25.7618;RBI=0.0295533;REFB=-0.0184626;REVB=0.0193098;RO=19;SAF=6;SAR=27;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273688;STB=0.520698;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0124209;OID=.;OPOS=3502542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:19:20:33:33:0.622642:27:6:3:16:27:6:3:17 chr4 3514695 . A G 1391.49 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0334575;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.398;QD=60.4995;RBI=0.0384517;REFB=-0.0189648;REVB=-0.0189508;RO=1;SAF=64;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734938;STB=0.505558;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000134158;OID=.;OPOS=3514695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:1:2:90:90:0.978261:26:64:1:0:26:64:1:1 chr4 3589689 . C A 364.44 PASS AF=0.688889;AO=29;DP=43;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0552556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0238;QD=32.3944;RBI=0.063568;REFB=-0.0381032;REVB=0.0314277;RO=14;SAF=13;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551822;STB=0.539543;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0212853;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:14:14:29:31:0.688889:16:13:5:9:16:15:5:9 chr4 3589719 . CA C 218.54 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.000587138;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.8031;QD=19.4257;RBI=0.0366832;REFB=0.00033725;REVB=-0.0366785;RO=17;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905855;STB=0.542506;STBP=0.484;TYPE=del;VARB=-0.00213883;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.622222:27:47:28:45:17:13:15:6:11:93:17:13:14:6:11 chr4 3590683 . T G 326.05 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00329816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.547;QD=17.3895;RBI=0.00449758;REFB=-0.00162762;REVB=0.00305783;RO=40;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686155;STB=0.538439;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00182053;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:20:15:20:20:20:15:20:20 chr4 3590711 . G T 276.21 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0403486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6343;QD=15.7837;RBI=0.0508588;REFB=-0.0415342;REVB=-0.0309615;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859701;STB=0.534174;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0539755;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:39:31:31:0.442857:17:14:20:17:17:14:20:19 chr4 3590730 . G A 281.69 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0106713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.933;QD=17.072;RBI=0.0109251;REFB=-0.0252608;REVB=0.00234127;RO=35;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122503;STB=0.568817;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0156507;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:19:12:18:17:19:12:18:17 chr4 3590817 . T C 103.86 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-3.23232e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.371;QD=23.08;RBI=0.0278178;REFB=-0.0107613;REVB=0.0278178;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204503;STB=0.528799;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0128876;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:6:6:11:12:0.666667:4:7:4:2:5:7:4:2 chr4 3590823 . GAC G 61.1 PASS AF=1;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515025;FXX=0.332963;HRUN=1;LEN=2;MLLD=122.507;QD=40.7323;RBI=0.0516527;REFB=0;REVB=0.00393593;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00129309;OID=.;OPOS=3590824;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:9:6:6:0:6:0:0:0:3:0:5:0:0:0 chr4 3590878 . C T 441.01 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00036388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.155;QD=20.2762;RBI=0.0527824;REFB=-0.0183456;REVB=0.0527812;RO=43;SAF=27;SAR=16;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659216;STB=0.516668;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.023466;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:43:44:0.505747:16:27:24:19:17:27:25:18 chr4 3590911 . A C 579.13 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0181803;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2098;QD=16.6656;RBI=0.0334884;REFB=-0.00387639;REVB=0.0281239;RO=78;SAF=32;SAR=29;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00105856;STB=0.500591;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00502574;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:78:61:61:0.438849:29:32:41:37:29:32:41:37 chr4 3591015 . A C 628.53 PASS AF=0.380952;AO=71;DP=195;FAO=72;FDP=189;FR=.;FRO=117;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=-0.0512285;FXX=0.0307677;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2573;QD=13.3022;RBI=0.0512358;REFB=-0.00931043;REVB=-0.0008618;RO=109;SAF=31;SAR=40;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339811;STB=0.521321;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0151372;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:189:109:117:71:72:0.380952:40:31:51:58:40:32:56:61 chr4 3591049 . C T 506.93 PASS AF=0.386076;AO=62;DP=155;FAO=61;FDP=158;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=0.00251324;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.9407;QD=12.8336;RBI=0.0506457;REFB=-0.00586723;REVB=0.0505833;RO=93;SAF=26;SAR=36;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046599;STB=0.540253;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0100078;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:93:97:62:61:0.386076:36:26:43:50:36:25:46:51 chr4 3591069 . C T 599.26 PASS AF=0.467153;AO=60;DP=135;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.019928;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.22;QD=17.4965;RBI=0.0234496;REFB=-0.0207821;REVB=-0.0123595;RO=67;SAF=28;SAR=32;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467504;STB=0.523649;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0219617;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:67:73:60:64:0.467153:32:28:28:39:34:30:31:42 chr4 4199634 . A T 1033.56 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.751;QD=59.0607;RBI=0.0191023;REFB=0;REVB=-0.00659045;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274736;OID=.;OPOS=4199634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:66:70:1:34:32:0:0:36:34:0:0 chr4 4204299 . T C 749.04 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.834;QD=56.5315;RBI=0.0217838;REFB=0;REVB=0.0124776;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334982;OID=.;OPOS=4204299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:53:0:0:48:53:1:19:29:0:0:21:32:0:0 chr4 4239587 . G T 51.91 PASS AF=0.127907;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.00968517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0315;QD=2.41445;RBI=0.0138672;REFB=0.00180999;REVB=0.00992455;RO=73;SAF=9;SAR=2;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386365;STB=0.780278;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0119477;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:86:73:75:11:11:0.127907:2:9:38:35:2:9:39:36 chr4 4249297 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.695;QD=56.1906;RBI=0.0706229;REFB=0;REVB=0.0654629;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653584;OID=.;OPOS=4249297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr4 4249300 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.647;QD=56.7042;RBI=0.0400369;REFB=0;REVB=-0.039533;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000757327;OID=.;OPOS=4249300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr4 4249909 . C T 145.47 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3711;QD=44.7602;RBI=0.178415;REFB=0;REVB=-0.0427472;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00705253;OID=.;OPOS=4249909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:6:7:0:0 chr4 4276132 . T C 635.2 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100534;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.292;QD=61.9706;RBI=0.106216;REFB=0;REVB=0.0342761;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482778;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr4 4304605 . G A 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.538;QD=51.176;RBI=0.0187547;REFB=0;REVB=0.0185089;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58877e-05;OID=.;OPOS=4304605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr4 4322570 . G A 575.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0159;QD=60.5874;RBI=0.0295428;REFB=0;REVB=0.0267308;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186825;OID=.;OPOS=4322570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr4 4322665 . T C 1044.21 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.123;QD=59.6692;RBI=0.026316;REFB=0;REVB=-0.00196475;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49459e-05;OID=.;OPOS=4322665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr4 4322770 . T C 712.11 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457451;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.551;QD=63.2989;RBI=0.0090293;REFB=0;REVB=-0.00778474;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84344e-06;OID=.;OPOS=4322770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr4 4420337 . A G 327.08 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.0319302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5012;QD=15.213;RBI=0.0326151;REFB=-0.00920126;REVB=0.00664843;RO=50;SAF=21;SAR=15;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30471;STB=0.670964;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00889004;OID=.;OPOS=4420337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:15:21:14:36:15:21:14:36 chr4 4425329 . C T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0332599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.473;QD=11.3325;RBI=0.0399836;REFB=-0.000797824;REVB=-0.0221916;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182015;STB=0.608383;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.000759677;OID=.;OPOS=4425329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:9:5:14:13:9:5:14:13 chr4 5016882 . C T 237.46 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00352235;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.679;QD=14.8411;RBI=0.0164339;REFB=-0.0501505;REVB=-0.016052;RO=36;SAF=7;SAR=20;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366646;STB=0.712956;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0466803;OID=.;OPOS=5016882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:36:27:28:0.4375:20:7:22:14:21:7:22:14 chr4 5448429 . A G 188.89 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00866706;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.728;QD=20.4207;RBI=0.0325329;REFB=-0.00563747;REVB=-0.0313571;RO=17;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146892;STB=0.573298;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00562783;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:18:19:19:0.513514:14:5:7:10:14:5:7:11 chr4 5469810 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0224259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.709;QD=17.8403;RBI=0.0328035;REFB=0.0152899;REVB=0.0239405;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12462;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0120628;OID=.;OPOS=5469810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:8:6:8:6:8:6 chr4 5570221 . G A 2064.91 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.04;QD=62.5731;RBI=0.0148737;REFB=0;REVB=-0.014062;RO=0;SAF=92;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48519e-05;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:40:92:0:0:40:92:0:0 chr4 5624670 . T C 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0518763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.235;QD=19.1063;RBI=0.052343;REFB=-0.0113823;REVB=-0.00697422;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787225;STB=0.545355;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00642809;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:4:2:4:5:4:2 chr4 5690902 . T C 204.22 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0134413;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.051;QD=12.1924;RBI=0.0223628;REFB=-0.0104296;REVB=-0.0178724;RO=42;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00414623;STB=0.50239;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0286847;OID=.;OPOS=5690902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:42:42:25:25:0.373134:13:12:20:22:13:12:20:22 chr4 5733297 . G T 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0120032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.848;QD=24.1067;RBI=0.0122626;REFB=-0.0130204;REVB=0.00250863;RO=19;SAF=16;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161318;STB=0.590087;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0120912;OID=.;OPOS=5733297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:8:16:9:10:8:16:9:10 chr4 5743509 . C T 962.69 PASS AF=0.944444;AO=72;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0302038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.194;QD=53.4829;RBI=0.0423693;REFB=-0.0561425;REVB=0.0297134;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512312;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00177486;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:72:0:4:72:68:0.944444:39:33:0:0:36:32:1:3 chr4 5743512 . T C 1028.8 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.09;QD=57.9603;RBI=0.0598365;REFB=0;REVB=0.0380831;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129508;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255121;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:71:1:0:69:71:1:36:33:0:1:38:33:0:0 chr4 5749904 . T C 300.2 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4086;QD=50.0337;RBI=0.110132;REFB=0;REVB=0.101462;RO=2;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024205;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:2:0:22:24:1:10:12:1:1:11:13:0:0 chr4 5749961 . G C 339.85 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0327;QD=54.3762;RBI=0.0818591;REFB=0;REVB=0.080543;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119766;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:12:11:0:0:13:12:0:0 chr4 5755542 . C A 876.5 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800281;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.978;QD=58.433;RBI=0.0150873;REFB=0;REVB=0.0127899;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03803e-05;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:31:29:0:0 chr4 5795412 . C T 1176.22 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0900942;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.412;QD=61.1025;RBI=0.0901831;REFB=0;REVB=-0.00400255;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278301;OID=.;OPOS=5795412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr4 5800494 . G A 587.53 PASS AF=0.427586;AO=62;DP=140;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0172852;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.467;QD=16.2077;RBI=0.0211277;REFB=-0.0149979;REVB=-0.0121491;RO=77;SAF=29;SAR=33;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141097;STB=0.56302;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0158681;OID=.;OPOS=5800494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:145:77:83:62:62:0.427586:33:29:47:30:33:29:48:35 chr4 5975538 . G A 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.923;QD=58.0593;RBI=0.0439452;REFB=0;REVB=0.0199057;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137226;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr4 5990110 . C A 1343.37 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00603368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.361;QD=61.0625;RBI=0.0128111;REFB=-0.142881;REVB=0.0113013;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000349975;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:87:87:0.988636:43:44:0:0:43:44:0:1 chr4 5990339 . G A 786.11 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.646;QD=64.1722;RBI=0.00855886;REFB=0;REVB=-0.00428965;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75299e-06;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:24:23:0:0:25:24:0:0 chr4 5990551 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7661;QD=51.914;RBI=0.0545828;REFB=0;REVB=-0.0520346;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00065735;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr4 5990599 . T C 164.63 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310916;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.09;QD=47.0382;RBI=0.0396934;REFB=0;REVB=0.0246754;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047477;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr4 5990791 . A G 740.35 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.43;QD=56.95;RBI=0.0332607;REFB=0;REVB=0.0302512;RO=0;SAF=43;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26542e-05;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:9:43:0:0:9:43:0:0 chr4 5991384 . T C 638.74 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.157745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.965;QD=59.4178;RBI=0.157788;REFB=0.00537001;REVB=-0.00367679;RO=1;SAF=4;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103746;STB=0.555527;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.000677211;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:38:4:1:0:38:4:1:0 chr4 6293696 . C G 3220.03 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.95;QD=61.9237;RBI=0.0566748;REFB=0;REVB=0.000413921;RO=0;SAF=82;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99758e-05;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:208:0:0:207:208:1:125:82:0:0:125:83:0:0 chr4 6302507 . T A 210.49 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0073771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.272;QD=26.311;RBI=0.00738381;REFB=0.00536847;REVB=-0.000314846;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171383;STB=0.594507;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00278302;OID=.;OPOS=6302507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:12:8:2:10:12:8:2:10 chr4 6302519 . G A 418.02 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0525162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.971;QD=53.9385;RBI=0.0605164;REFB=-0.0518221;REVB=0.0300712;RO=1;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207257;STB=0.511104;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00155532;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:22:8:0:1:22:8:0:1 chr4 6302707 . C T 523.04 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.448;QD=58.1155;RBI=0.021879;REFB=0;REVB=0.00908303;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611587;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:23:11:0:0:24:12:0:0 chr4 6303022 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.689;QD=60.6092;RBI=0.00667519;REFB=0;REVB=-0.00500203;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56052e-06;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr4 6303955 . G A 544.82 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.166;QD=58.8992;RBI=0.0353537;REFB=0;REVB=0.00295316;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321719;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:22:13:0:0:23:14:0:0 chr4 6304087 . A G 774.25 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.183;QD=63.2044;RBI=0.0725722;REFB=0;REVB=-0.0709078;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000753255;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:23:25:0:0:23:26:0:0 chr4 6304242 . T C 438.92 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.7338;QD=56.6348;RBI=0.0634955;REFB=0;REVB=0.0631378;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00715462;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:28:31:1:11:17:0:0:13:18:0:0 chr4 6304286 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.441;QD=59.8389;RBI=0.0312258;REFB=0;REVB=-0.00858515;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001399;OID=.;OPOS=6304286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr4 6304344 . G A 1035.65 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.692;QD=58.3466;RBI=0.0445629;REFB=-0.0322071;REVB=0.0439017;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229465;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:71:0:0:70:71:1:21:49:0:0:22:49:0:0 chr4 6325086 . G A 1263.59 PASS AF=0.988095;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.818;QD=60.1707;RBI=0.044966;REFB=-0.175132;REVB=0.0347097;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000973153;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:84:0:1:80:83:0.988095:48:32:0:0:49:34:0:1 chr4 6382919 . C T 167.44 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.028166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.351;QD=22.3253;RBI=0.0286195;REFB=-0.0286688;REVB=0.00507416;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757294;STB=0.503932;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0122473;OID=.;OPOS=6382919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:11:13:17:17:0.566667:8:9:7:4:8:9:7:6 chr4 6415618 . G A 123.7 PASS AF=0.326087;AO=13;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.000940912;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.616;QD=10.7562;RBI=0.0121849;REFB=-0.0195921;REVB=-0.0121485;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121094;STB=0.576268;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0313481;OID=.;OPOS=6415618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:31:13:15:0.326087:7:6:10:18:7:8:13:18 chr4 6594947 . A C 1176.26 PASS AF=0.953488;AO=74;DP=80;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0206783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1505;QD=54.7097;RBI=0.0319881;REFB=0.0399568;REVB=0.0244059;RO=5;SAF=28;SAR=46;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227942;STB=0.50739;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.038645;OID=.;OPOS=6594947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:80:86:5:4:74:82:0.953488:46:28:1:4:49:33:1:3 chr4 6600012 . A G 2451.88 PASS AF=0.98773;AO=160;DP=164;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0828878;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.139;QD=60.1689;RBI=0.0857396;REFB=-0.0798546;REVB=0.0219292;RO=2;SAF=55;SAR=105;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00406188;STB=0.501955;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00145929;OID=.;OPOS=6600012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:163:2:2:160:161:0.98773:105:55:1:1:104:57:1:1 chr4 6606864 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.759;QD=58.5876;RBI=0.0271679;REFB=0;REVB=0.025405;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011073;OID=.;OPOS=6606864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr4 6619165 . A G 299.49 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.231;QD=52.0845;RBI=0.0466716;REFB=0;REVB=0.000666902;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487662;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr4 6619204 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.847;QD=53.2745;RBI=0.0105438;REFB=0;REVB=-0.00395027;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45273e-05;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr4 6698667 . T A,C 532.9 PASS AF=0.0526316,0.921053;AO=2,35;DP=38;FAO=2,35;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=0,15;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00916683,0.0281546;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.6881,126.641;QD=56.0942;RBI=0.010651,0.0317828;REFB=-0.0026244,-0.0954945;REVB=0.0054234,0.0147466;RO=1;SAF=0,15;SAR=2,20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.022817;STB=0.5,0.512188;STBP=1,0.517;TYPE=snp,snp;VARB=0.112387,0.00134791;OID=.,.;OPOS=6698667,6698667;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:1:1:2,35:2,35:0.0526316,0.921053:2,20:0,15:0:1:2,20:0,15:0:1 chr4 6698706 . A C 770.05 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106203;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9597;QD=64.1709;RBI=0.0191297;REFB=0;REVB=-0.0159108;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158174;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:34:14:0:0:34:14:0:0 chr4 6718775 . G T 714.8 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.998;QD=56.0625;RBI=0.032764;REFB=0;REVB=-0.0245155;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01339e-06;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:45:51:1:30:15:0:0:32:19:0:0 chr4 6719092 . TAGTC T 289.52 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192588;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=295.39;QD=52.6397;RBI=0.0196281;REFB=0;REVB=0.00378953;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.04049e-05;OID=.;OPOS=6719093;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:22:22:22:0:13:9:0:0:4:0:12:9:0:0 chr4 6884328 . T TC 691.92 PASS AF=1;AO=5;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0969138;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.409;QD=54.2681;RBI=0.151388;REFB=0;REVB=-0.116301;RO=43;SAF=1;SAR=4;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.41032e-05;OID=.;OPOS=6884329;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:49:51:51:0:32:19:0:0:4:43:1:4:28:15 chr4 6884329 . T C 526.81 PASS AF=0.826923;AO=43;DP=52;FAO=43;FDP=52;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00442228;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=153.96;QD=40.5235;RBI=0.0108342;REFB=0.0174765;REVB=-0.00989059;RO=8;SAF=27;SAR=16;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395766;STB=0.513302;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.000739544;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:52:52:8:9:43:43:0.826923:16:27:4:4:16:27:5:4 chr4 6884352 . GGT G 55.54 PASS AF=0.322581;AO=16;DP=37;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0777419;FXX=0.295387;HRUN=3;LEN=2;MLLD=97.6865;QD=7.1665;RBI=0.0778189;REFB=-0.0416923;REVB=0.00346105;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098321;STB=0.685898;STBP=0.154;TYPE=del;VARB=0.0632001;OID=.;OPOS=6884353;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:16:37:10:31:21:3:7:12:9:55:12:10:6:6:6 chr4 7057037 . C G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0034568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.964;QD=15.9167;RBI=0.00566001;REFB=-0.00220719;REVB=-0.00448177;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412888;STB=0.523774;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00149292;OID=.;OPOS=7057037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:10:3:3:12:10:3:3:12 chr4 7057106 . G C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0417831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.386;QD=16.8839;RBI=0.044586;REFB=-0.0162419;REVB=0.0155592;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788801;STB=0.545393;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00684834;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:7:10:10:5:7:10 chr4 7057779 . C T 56.11 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0367334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.56;QD=11.2225;RBI=0.0822836;REFB=-0.0202092;REVB=-0.0736292;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252187;STB=0.649658;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0441192;OID=.;OPOS=7057779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:9:3:4:4:9:3 chr4 7114091 . C T 432.83 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033631;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.778;QD=57.7109;RBI=0.0338135;REFB=0;REVB=0.00350861;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126842;OID=.;OPOS=7114091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr4 7398094 . C G 291.89 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0349809;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0296;QD=12.162;RBI=0.0690996;REFB=-0.0276551;REVB=-0.0595911;RO=60;SAF=16;SAR=18;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106409;STB=0.570691;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0528577;OID=.;OPOS=7398094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:60:62:34:34:0.354167:18:16:34:26:18:16:36:26 chr4 7435194 . G A 76.15 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0264622;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.2106;QD=12.1833;RBI=0.0448635;REFB=-0.0377016;REVB=0.0362283;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235856;STB=0.655949;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0355705;OID=.;OPOS=7435194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:6:4:9:5:6:4:10:5 chr4 7435379 . A G 1339.67 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0643173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5616;QD=62.3101;RBI=0.0676746;REFB=0;REVB=-0.0210509;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000610411;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr4 7436486 . C A 804.74 PASS AF=0.518987;AO=77;DP=155;FAO=82;FDP=158;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=21;FSRR=55;FWDB=0.0648434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.183;QD=20.3733;RBI=0.0650685;REFB=-0.00916221;REVB=0.00540748;RO=76;SAF=27;SAR=50;SRF=21;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756918;STB=0.547583;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00703508;OID=.;OPOS=7436486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:76:76:77:82:0.518987:50:27:21:55:52:30:21:55 chr4 7461826 . C CCCA 541.11 PASS AF=1;AO=29;DP=45;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220563;FXX=0.0512689;HRUN=3;LEN=3;MLLD=248.277;QD=58.4984;RBI=0.033073;REFB=0;REVB=0.0246443;RO=10;SAF=10;SAR=19;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.76699e-05;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:45:37:37:0:16:21:0:0:4:10:10:19:8:2 chr4 7584358 . G A 118.33 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0050951;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.977;QD=11.8326;RBI=0.0221379;REFB=0.00282023;REVB=-0.0215436;RO=26;SAF=2;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273808;STB=0.666389;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00460898;OID=.;OPOS=7584358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:26:26:14:14:0.35:12:2:8:18:12:2:8:18 chr4 7655855 . C T 1396.12 PASS AF=0.989011;AO=91;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6992;QD=61.3681;RBI=0.062338;REFB=-0.130806;REVB=0.0606542;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00173235;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:91:90:0.989011:43:48:0:0:43:47:1:0 chr4 7684544 . C T 193.78 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00595178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.832;QD=16.8505;RBI=0.0679839;REFB=-0.00626964;REVB=-0.0677229;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00418209;STB=0.50239;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00873622;OID=.;OPOS=7684544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:7:13:17:9:7:13:17:9 chr4 7714490 . T C 803.59 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0172514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9804;QD=55.4197;RBI=0.0354467;REFB=-0.129794;REVB=-0.0309654;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.50746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00168486;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:33:24:0:1:33:24:0:1 chr4 7716061 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00574213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.262;QD=14.6656;RBI=0.0121117;REFB=-0.0455731;REVB=0.010664;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057395;STB=0.533289;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0663172;OID=.;OPOS=7716061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:11:10:8:7:11:10 chr4 7716932 . T C 726.66 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.697;QD=56.9927;RBI=0.0609971;REFB=0;REVB=0.0436736;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159472;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:46:51:1:26:20:0:0:30:21:0:0 chr4 7761211 . C T 177.25 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0140671;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.794;QD=10.1286;RBI=0.0273609;REFB=-0.0257761;REVB=0.0234677;RO=47;SAF=12;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011676;STB=0.506843;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0486448;OID=.;OPOS=7761211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:47:47:23:23:0.328571:11:12:25:22:11:12:25:22 chr4 7761286 . T C 140.53 PASS AF=0.316667;AO=18;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00809747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1424;QD=9.36881;RBI=0.008706;REFB=0.0264698;REVB=-0.00319774;RO=41;SAF=10;SAR=8;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353485;STB=0.5045;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0334644;OID=.;OPOS=7761286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:18:19:0.316667:8:10:24:17:8:11:24:17 chr4 7765495 . G T 245.46 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00364859;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.397;QD=10.9094;RBI=0.00377305;REFB=-0.0134534;REVB=0.000961085;RO=58;SAF=8;SAR=22;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336527;STB=0.706281;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.022655;OID=.;OPOS=7765495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:58:60:30:30:0.333333:22:8:32:26:22:8:34:26 chr4 7770723 . G T 545.98 PASS AF=0.495726;AO=56;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.0644073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.581;QD=18.666;RBI=0.065704;REFB=-0.0229703;REVB=0.0129887;RO=58;SAF=24;SAR=32;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797196;STB=0.539396;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0249997;OID=.;OPOS=7770723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:59:56:58:0.495726:32:24:20:38:34:24:20:39 chr4 7774610 . C T 582.79 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.0676796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8464;QD=17.6603;RBI=0.0677954;REFB=-0.0192201;REVB=0.00395989;RO=70;SAF=43;SAR=18;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537643;STB=0.535775;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0278979;OID=.;OPOS=7774610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:71:61:61:0.462121:18:43:46:24:18:43:46:25 chr4 7783163 . G A 281.24 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0280902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.996;QD=19.3959;RBI=0.029295;REFB=-0.0352263;REVB=-0.00831496;RO=28;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890661;STB=0.54962;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0380718;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:13:17:13:15:13:17:13:15 chr4 7783286 . G A 327.36 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00100966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.869;QD=17.6953;RBI=0.00102285;REFB=-0.00186135;REVB=-0.000163793;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781175;STB=0.549528;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00397268;OID=.;OPOS=7783286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:39:34:35:0.472973:21:13:18:21:22:13:18:21 chr4 7941901 . A C 291.9 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0144042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.111;QD=21.6223;RBI=0.0359574;REFB=-0.0317336;REVB=0.0329462;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136374;STB=0.507552;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0229617;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:13:17:14:10:13:17:14:10 chr4 8031471 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.876;QD=57.2372;RBI=0.0379492;REFB=0;REVB=-0.0314515;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69813e-05;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr4 8062689 . TG CA 560.71 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181324;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=2;MLLD=162.929;QD=60.6172;RBI=0.0182512;REFB=0;REVB=-0.00207902;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00098056;OID=.;OPOS=8062689;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:16:21:0:0 chr4 8108315 . C T 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.059435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.336;QD=20.7543;RBI=0.0772772;REFB=0.00582766;REVB=0.0493888;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156055;STB=0.58812;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00621128;OID=.;OPOS=8108315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:4:8:7:8:4:8 chr4 8207083 . A G 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.91;QD=62.3458;RBI=0.0286651;REFB=0;REVB=-0.0141455;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85562e-05;OID=.;OPOS=8207083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr4 8228731 . T C 1571.83 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.06;QD=63.5083;RBI=0.0892486;REFB=0;REVB=0.00765689;RO=0;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204456;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:99:0:0:94:99:1:59:35:0:0:59:40:0:0 chr4 8228894 . T C 1365.49 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9161;QD=62.0679;RBI=0.0310173;REFB=0;REVB=0.00253616;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797994;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:36:51:0:0:37:51:0:0 chr4 8229218 . A G 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00641153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.72;QD=59.9371;RBI=0.0223727;REFB=0;REVB=-0.0214343;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22119e-05;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:41:60:0:0:41:60:0:0 chr4 8229326 . T C 379.96 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04924;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.673;QD=56.2906;RBI=0.0515799;REFB=0;REVB=-0.0153594;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000362048;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr4 8230070 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.14;QD=56.7054;RBI=0.0198571;REFB=0;REVB=0.0146233;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187941;OID=.;OPOS=8230070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr4 8230235 . T C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.000286642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.974;QD=13.2051;RBI=0.0203824;REFB=-0.0137098;REVB=-0.0203804;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396745;STB=0.736113;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0163327;OID=.;OPOS=8230235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:1:5:2:4:1:5 chr4 8242466 . A G 2273.65 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382086;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.91;QD=63.1568;RBI=0.0382694;REFB=0;REVB=-0.00215518;RO=0;SAF=69;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37647e-05;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:144:0:0:140:144:1:71:69:0:0:72:72:0:0 chr4 8454639 . A G 176.75 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00625856;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.976;QD=15.0429;RBI=0.0320412;REFB=-0.0196132;REVB=-0.031424;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303108;STB=0.674758;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0246549;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:28:18:19:0.404255:6:12:11:18:6:13:11:17 chr4 8602884 . T C 556.63 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.158361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5755;QD=60.1764;RBI=0.158381;REFB=0;REVB=-0.00254965;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00177094;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:22:15:0:0 chr4 8602935 . A G 762.37 PASS AF=1;AO=28;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5499;QD=62.2343;RBI=0.0195113;REFB=0;REVB=-0.000615646;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113035;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:28:49:1:7:21:0:0:28:21:0:0 chr4 8616096 . T C 657.07 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000754012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.403;QD=50.5441;RBI=0.042407;REFB=-0.0322268;REVB=-0.0424003;RO=3;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019171;STB=0.5102;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000410595;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:24:25:1:2:24:25:1:2 chr4 8616179 . T C 921.33 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6607;QD=55.838;RBI=0.0545064;REFB=-0.103507;REVB=0.0314431;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247949;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:0:0:64:66:1:40:24:0:0:42:24:0:0 chr4 8620153 . C T 388.36 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.855;QD=55.4796;RBI=0.065315;REFB=0;REVB=-0.0118769;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180346;OID=.;OPOS=8620153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:12:16:0:0 chr4 8621194 . A G 560.66 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535765;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1711;QD=60.6116;RBI=0.0681158;REFB=0;REVB=0.0420634;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40495e-05;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr4 8951816 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.825;QD=39.2068;RBI=0.00940011;REFB=0;REVB=0.00702359;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07506e-06;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:7:2:0:0 chr4 9390660 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.099;QD=35.5743;RBI=0.132966;REFB=0;REVB=0.0682697;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279526;OID=.;OPOS=9390660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 9446325 . AG A,AA,CA 1178.47 PASS AF=0.9875,0,0.0125;AO=67,4,3;DP=75;FAO=79,0,1;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0,0;FSAR=49,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140333,0.0152221,0.0139554;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=241.159,228.965,216.967;QD=58.9236;RBI=0.0154382,0.0152303,0.0150081;REFB=0,0,0;REVB=0.00643455,0.000499924,0.00552183;RO=0;SAF=24,1,1;SAR=43,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.000681929,-0.0330467,0.130544;OID=.,.,.;OPOS=9446326,9446326,9446325;OREF=G,G,AG;OALT=-,A,CA;OMAPALT=A,AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:80:0:0:67,4,3:79,0,1:0.9875,0,0.0125:43,3,2:24,1,1:0:0:49,0,1:30,0,0:0:0 chr4 9784631 . C T 623.16 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.49;QD=59.3486;RBI=0.0341832;REFB=-0.169632;REVB=0.00107392;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757091;OID=.;OPOS=9784631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:42:1:0:41:42:1:20:21:1:0:20:22:0:0 chr4 9785134 . T C 525.93 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362868;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.64;QD=58.4367;RBI=0.0931672;REFB=0;REVB=0.0858102;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287222;OID=.;OPOS=9785134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:1:0:35:36:1:12:23:0:1:13:23:0:0 chr4 9785265 . G T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0150843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.3;QD=18.2511;RBI=0.0162844;REFB=-0.00786942;REVB=-0.00613549;RO=14;SAF=1;SAR=14;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32476;STB=0.736425;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00569415;OID=.;OPOS=9785265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:14:1:3:11:14:1:4:11 chr4 9785380 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATA 31.37 PASS AF=0.3125,0;AO=7,3;DP=31;FAO=10,0;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4,0;FSAR=6,0;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.211907,0.109876;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.37701,19.6575;QD=3.92093;RBI=0.220588,0.17176;REFB=-0.0496632,-0.0320362;REVB=-0.0612724,-0.132018;RO=15;SAF=3,1;SAR=4,2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.398639,-0.496089;STB=0.713903,0.5;STBP=0.125,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.083436,0.101989;OID=.,.;OPOS=9785381,9785386;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125,0:7,3:31:10,0:32:22:4,0:6,0:16:6:30:15:3,1:4,2:12:3 chr4 9909923 . G A 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0419711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.852;QD=8.37163;RBI=0.042798;REFB=-0.000130048;REVB=0.00837236;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292859;STB=0.715469;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000117161;OID=.;OPOS=9909923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:37:39:26:28:11:11:0.282051:9:2:10:16:9:2:12:16 chr4 9922130 . C T 937.2 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0797904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0967;QD=58.5751;RBI=0.0811874;REFB=0;REVB=0.0149965;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792328;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr4 9982330 . A G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0948;QD=46.8434;RBI=0.0456598;REFB=0;REVB=-0.0377419;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334723;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr4 9987324 . G A 785.7 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2538;QD=64.139;RBI=0.0644969;REFB=0;REVB=-0.064478;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000639264;OID=.;OPOS=9987324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr4 9998493 . A G 1707.59 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.019;QD=58.8823;RBI=0.0509123;REFB=-0.0436476;REVB=0.043155;RO=2;SAF=58;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160906;STB=0.504201;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000299145;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:2:1:114:115:0.991379:56:58:2:0:56:59:1:0 chr4 10090178 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000429297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.605;QD=57.7115;RBI=0.00744024;REFB=0;REVB=0.00742785;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43586e-05;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr4 10099340 . T C 1188.04 PASS AF=0.97561;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0069438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.078;QD=57.9533;RBI=0.0372614;REFB=-0.0711736;REVB=0.0366087;RO=2;SAF=54;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172084;STB=0.508926;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000636082;OID=.;OPOS=10099340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:82:2:2:78:80:0.97561:24:54:2:0:25:55:2:0 chr4 10446385 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.151;QD=57.0005;RBI=0.0136031;REFB=0;REVB=0.00440444;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61329e-05;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr4 10446906 . A G 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.894;QD=54.511;RBI=0.0396472;REFB=0;REVB=0.0246941;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365643;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr4 10447985 . AT AA,A 657.66 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=9,33;DP=45;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.194046,-0.130654;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.0994,24.7103;QD=57.1878;RBI=0.197266,0.159315;REFB=0,0;REVB=0.0354991,0.091164;RO=1;SAF=5,11;SAR=4,22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0984833,0.0207674;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0461047,-0.00177883;OID=.,.;OPOS=10447986,10447986;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0434783,0.956522:9,33:45:2,44:46:0:2,14:0,30:0:0:7:1:5,11:4,22:0:1 chr4 10502937 . T G 784.8 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7654;QD=57.0766;RBI=0.0314485;REFB=0;REVB=-0.00733949;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193386;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:25:30:0:0 chr4 13530604 . T C 136.91 PASS AF=0.283784;AO=20;DP=67;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0257749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6739;QD=7.40062;RBI=0.08877;REFB=-0.0178443;REVB=-0.0849457;RO=47;SAF=14;SAR=6;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549309;STB=0.563045;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0386022;OID=.;OPOS=13530604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:74:47:53:20:21:0.283784:6:14:31:16:7:14:31:22 chr4 13545792 . G C,T 504.98 PASS AF=0.0540541,0.918919;AO=3,32;DP=36;FAO=2,34;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=1,20;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000491484,0.012374;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.857,99.7721;QD=54.5921;RBI=0.0221537,0.0821064;REFB=-0.173656,-0.13898;REVB=-0.0221483,0.0811686;RO=1;SAF=2,19;SAR=1,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266641,0.0345573;STB=0.665164,0.517231;STBP=0.662,0.291;TYPE=snp,snp;VARB=0.0518636,-0.00944431;OID=.,.;OPOS=13545792,13545792;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:36:37:1:1:3,32:2,34:0.0540541,0.918919:1,13:2,19:0:1:1,14:1,20:0:1 chr4 13548796 . T G 518.65 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5672;QD=59.2737;RBI=0.00757902;REFB=0;REVB=0.00661958;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52472e-05;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr4 13606576 . A T 868.72 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00315594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7874;QD=50.3607;RBI=0.00894584;REFB=-0.0407108;REVB=0.00837067;RO=4;SAF=23;SAR=41;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168446;STB=0.50319;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0147324;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:69:69:4:5:64:64:0.927536:41:23:2:2:41:23:2:3 chr4 15003721 . A G 84.0 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0356042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1685;QD=10.5001;RBI=0.0356468;REFB=-0.0170347;REVB=-0.00174232;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240375;STB=0.645683;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0651161;OID=.;OPOS=15003721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:10:11:8:3:10:11 chr4 15063830 . T C 632.94 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0131828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.221;QD=17.4604;RBI=0.0168967;REFB=-0.0145564;REVB=0.0105694;RO=78;SAF=21;SAR=45;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989742;STB=0.552451;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0145068;OID=.;OPOS=15063830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:78:79:66:66:0.455172:45:21:32:46:45:21:32:47 chr4 15068500 . ATTTTTTTG ATTTTTTG,ATTTTTTGT 83.57 PASS AF=0.547619,0;AO=17,2;DP=46;FAO=23,0;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10,0;FSAR=13,0;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.100478,-0.0784454;FXX=0.0454442;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.51661,116.225;QD=7.95891;RBI=0.196135,0.0790677;REFB=-0.110446,-0.0152212;REVB=0.168444,0.00990029;RO=18;SAF=7,2;SAR=10,0;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0302351,0.545442;STB=0.506324,0.5;STBP=0.927,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.158538,0.0362867;OID=.,.;OPOS=15068501,15068507;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTTTG,ATTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547619,0:17,2:46:23,0:42:19:10,0:13,0:8:11:59:18:7,2:10,0:8:10 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 68.18 PASS AF=0.175676;AO=10;DP=75;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0204992;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=9;MLLD=249.265;QD=3.68557;RBI=0.041508;REFB=-0.00911491;REVB=-0.0360929;RO=61;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22976;STB=0.543092;STBP=0.756;TYPE=ins;VARB=0.0357704;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175676:10:75:13:74:61:6:7:25:36:68:61:6:4:25:36 chr4 15095629 . G A 90.16 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.00214034;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.234;QD=4.87357;RBI=0.0201554;REFB=-0.0134317;REVB=-0.0200415;RO=57;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324054;STB=0.687268;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0383038;OID=.;OPOS=15095629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:74:57:59:15:15:0.202703:6:9:19:38:6:9:21:38 chr4 15516389 . C T 2353.38 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410525;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1254;QD=64.0376;RBI=0.0472702;REFB=0;REVB=-0.0234342;RO=0;SAF=71;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5544e-05;OID=.;OPOS=15516389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:146:147:1:75:71:0:0:76:71:0:0 chr4 15642417 . T C 439.35 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0180018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3827;QD=21.9675;RBI=0.0357448;REFB=-0.0276559;REVB=0.0308809;RO=37;SAF=27;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532544;STB=0.529398;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0277274;OID=.;OPOS=15642417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:16:27:21:16:16:27:21:16 chr4 15689928 . G A 194.93 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4167;QD=43.3183;RBI=0.101928;REFB=-0.0518715;REVB=-0.0991458;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608641;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00090797;OID=.;OPOS=15689928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:18:1:1:16:17:0.944444:9:7:1:0:9:8:1:0 chr4 15709252 . G A 456.44 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00131905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7879;QD=23.1111;RBI=0.00847709;REFB=0.00916706;REVB=0.00837384;RO=32;SAF=19;SAR=25;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120268;STB=0.540586;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00388597;OID=.;OPOS=15709252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:35:44:44:0.556962:25:19:9:23:25:19:12:23 chr4 15713446 . C T 369.25 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0225644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3686;QD=25.0337;RBI=0.0468674;REFB=-0.00206841;REVB=-0.041078;RO=23;SAF=26;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162708;STB=0.58958;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000558286;OID=.;OPOS=15713446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:10:26:12:11:10:26:12:11 chr4 15724487 . T G 360.68 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00231584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.01;QD=14.2842;RBI=0.00396081;REFB=-0.00652123;REVB=0.00321324;RO=58;SAF=27;SAR=14;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153503;STB=0.5884;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0129499;OID=.;OPOS=15724487;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:60:41:41:0.405941:14:27:30:28:14:27:31:29 chr4 15733454 . A C 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.00012522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.536;QD=13.0716;RBI=0.0128998;REFB=-0.0115675;REVB=-0.0128992;RO=48;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172137;STB=0.59582;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0195202;OID=.;OPOS=15733454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:50:31:31:0.382716:15:16:17:31:15:16:18:32 chr4 15739390 . T G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0115531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.8;QD=17.9559;RBI=0.0372921;REFB=-0.0193057;REVB=0.0354574;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415896;STB=0.523779;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0154891;OID=.;OPOS=15739390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:11:6:5:11:11:6 chr4 15835844 . A C 243.77 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0214822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.622;QD=15.2358;RBI=0.029989;REFB=-0.0265237;REVB=0.0209249;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244004;STB=0.621865;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0288277;OID=.;OPOS=15835844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:36:28:28:0.4375:17:11:22:12:17:11:22:14 chr4 15937731 . T C 319.04 PASS AF=0.548387;AO=32;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0472225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2968;QD=20.5832;RBI=0.0483258;REFB=-0.010965;REVB=0.0102673;RO=29;SAF=19;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211194;STB=0.632691;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0115303;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:28:32:34:0.548387:13:19:10:19:13:21:9:19 chr4 15964501 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2037;QD=53.276;RBI=0.0816961;REFB=0;REVB=-0.055626;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56022e-05;OID=.;OPOS=15964501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr4 15964573 . A G 766.26 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.749;QD=63.8546;RBI=0.0474981;REFB=0;REVB=-0.0468158;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208061;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr4 15964670 . C T 371.22 PASS AF=0.659574;AO=30;DP=46;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0094269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.754;QD=31.5927;RBI=0.00977548;REFB=-0.000749859;REVB=0.00258718;RO=16;SAF=10;SAR=20;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609558;STB=0.528828;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000294495;OID=.;OPOS=15964670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:16:16:30:31:0.659574:20:10:4:12:21:10:4:12 chr4 15964763 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00695235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.363;QD=13.6607;RBI=0.0153477;REFB=-0.00447076;REVB=0.0136827;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824005;STB=0.547879;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00712967;OID=.;OPOS=15964763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:15:6:5:9:15:6 chr4 16164193 . T TTA 215.9 PASS AF=0.375;AO=26;DP=74;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00652838;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=2;MLLD=284.588;QD=11.9942;RBI=0.00755214;REFB=-0.00382041;REVB=-0.00379672;RO=48;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164611;STB=0.509547;STBP=0.915;TYPE=ins;VARB=0.00810147;OID=.;OPOS=16164194;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:26:74:27:72:45:11:16:19:26:99:48:11:15:21:27 chr4 16198378 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00670784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.844;QD=12.73;RBI=0.0251313;REFB=-0.024998;REVB=-0.0242196;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110103;STB=0.565077;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0275734;OID=.;OPOS=16198378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:8:4:4:5:8:4 chr4 16675898 . C A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00299957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.291;QD=18.8205;RBI=0.0132947;REFB=-0.0205394;REVB=0.0129519;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240072;STB=0.636153;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00935156;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:8:2:6:6:8:2 chr4 17503382 . C T 151.16 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0320335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.811;QD=20.1546;RBI=0.0529295;REFB=-0.0288025;REVB=0.0421354;RO=14;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260868;STB=0.64979;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.02366;OID=.;OPOS=17503382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:3:13:8:6:3:13:8:6 chr4 17511595 . A T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0177397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.204;QD=17.4008;RBI=0.025017;REFB=-0.0137916;REVB=-0.0176395;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0199772;OID=.;OPOS=17511595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:8:5:5:8:8:5 chr4 17511634 . G A 51.01 PASS AF=0.470588;AO=6;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.161283;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=22.0447;QD=12.0033;RBI=0.161288;REFB=0.0269018;REVB=-0.0011804;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648362;STB=0.590707;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.045174;OID=.;OPOS=17511634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:17:17:4:8:6:8:0.470588:2:4:3:1:2:6:7:1 chr4 17517099 . A G 309.31 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00595341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4473;QD=47.5859;RBI=0.0285058;REFB=0.0448673;REVB=0.0278772;RO=2;SAF=14;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.516116;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00708711;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:26:26:2:1:24:25:0.961538:10:14:2:0:10:15:1:0 chr4 17524570 . C G 373.82 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0242505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9523;QD=31.8147;RBI=0.0242919;REFB=-0.0546117;REVB=0.00141893;RO=15;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108492;STB=0.570202;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0402813;OID=.;OPOS=17524570;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:16:31:31:0.659574:18:13:9:6:18:13:10:6 chr4 17586703 . T C 236.99 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0169449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.475;QD=19.7495;RBI=0.0363413;REFB=-0.027846;REVB=-0.032149;RO=25;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519923;STB=0.529386;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0245682;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:15:8:10:15:15:8:10:15 chr4 17627294 . A G 156.18 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0133922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.423;QD=16.0181;RBI=0.0229406;REFB=-0.0230015;REVB=0.0186258;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129296;STB=0.555492;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0618478;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:22:17:17:0.435897:7:10:15:6:7:10:15:7 chr4 17627332 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00619439;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.445;QD=11.3693;RBI=0.0105156;REFB=-0.00705897;REVB=-0.00849745;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21212;STB=0.624792;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0159641;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:14:5:5:6:14:5 chr4 17634213 . A G 845.65 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2902;QD=57.3318;RBI=0.127912;REFB=0;REVB=0.0841322;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110017;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:59:0:0:51:59:1:22:29:0:0:29:30:0:0 chr4 17660082 . C T 302.95 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00845053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.292;QD=19.8657;RBI=0.0379593;REFB=-0.0515273;REVB=-0.0370067;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147463;STB=0.508192;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0371046;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:16:16:14:15:16:16:14:15 chr4 17694943 . A G 187.62 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.101804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5716;QD=12.7198;RBI=0.109017;REFB=-0.0162413;REVB=-0.0389945;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524474;STB=0.530165;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0229076;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:12:11:19:17:12:11:19:17 chr4 17711076 . T C 706.43 PASS AF=0.427778;AO=77;DP=180;FAO=77;FDP=180;FR=.;FRO=103;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=-0.0295859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.93;QD=15.6983;RBI=0.0302876;REFB=-0.00915485;REVB=0.00648166;RO=102;SAF=36;SAR=41;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169939;STB=0.512043;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0120275;OID=.;OPOS=17711076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:102:103:77:77:0.427778:41:36:46:56:41:36:46:57 chr4 17818885 . T C 885.9 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.186;QD=58.0916;RBI=0.0597152;REFB=0;REVB=0.0512581;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238231;OID=.;OPOS=17818885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:26:34:0:0:27:34:0:0 chr4 20492417 . G T 223.22 PASS AF=0.415385;AO=22;DP=61;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00569271;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.607;QD=13.7364;RBI=0.0205158;REFB=-0.0154583;REVB=0.0197101;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053617;STB=0.554872;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0283954;OID=.;OPOS=20492417;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:37:38:22:27:0.415385:12:10:17:20:16:11:19:19 chr4 20520993 . T C 693.15 PASS AF=1;AO=27;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126196;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9227;QD=61.613;RBI=0.0828959;REFB=0;REVB=0.0819298;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121265;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:45:0:0:27:45:1:16:11:0:0:26:19:0:0 chr4 20621987 . G A 239.75 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=11;FWDB=-0.0118462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.841;QD=11.9874;RBI=0.016943;REFB=-0.00353981;REVB=-0.0121133;RO=50;SAF=11;SAR=18;SRF=40;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440425;STB=0.741973;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0100499;OID=.;OPOS=20621987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:51:29:29:0.3625:18:11:40:10:18:11:40:11 chr4 20622009 . C T 303.47 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=10;FWDB=-0.0559278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.636;QD=14.6249;RBI=0.0618817;REFB=-0.0144334;REVB=0.0264845;RO=46;SAF=11;SAR=22;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439012;STB=0.759943;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0197016;OID=.;OPOS=20622009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:46:49:33:34:0.409639:22:11:36:10:23:11:39:10 chr4 21950259 . A G 3393.25 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.399;QD=61.9772;RBI=0.0541859;REFB=0;REVB=0.0452676;RO=0;SAF=72;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79771e-05;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:207:219:0:0:207:219:1:135:72:0:0:145:74:0:0 chr4 22390167 . C T 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0165364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.788;QD=20.8716;RBI=0.018536;REFB=-0.0271541;REVB=0.0083744;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206443;STB=0.511617;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00923887;OID=.;OPOS=22390167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:10:10:11:10:10:10 chr4 22416195 . C G 114.15 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0352491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9898;QD=10.1462;RBI=0.0433143;REFB=-0.00287368;REVB=-0.0251721;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100565;STB=0.560423;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0085327;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:6:8:15:16:6:8:15:16 chr4 22425877 . A G 392.83 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.029257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.958;QD=22.4475;RBI=0.0644717;REFB=-0.0306209;REVB=-0.057451;RO=31;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100894;STB=0.555527;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0302215;OID=.;OPOS=22425877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:20:19:19:12:20:19:19:12 chr4 22444335 . G A 112.51 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00869375;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.936;QD=15.5179;RBI=0.020969;REFB=-0.030872;REVB=-0.0190819;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170229;STB=0.598777;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0450982;OID=.;OPOS=22444335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:9:7:8:5:9:7 chr4 22444691 . A AT 157.46 PASS AF=1;AO=2;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063854;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.921;QD=37.0496;RBI=0.0720446;REFB=0;REVB=0.0333631;RO=15;SAF=1;SAR=1;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252475;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00158387;OID=.;OPOS=22444692;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:17:17:17:0:5:12:0:0:4:15:1:1:4:11 chr4 22444692 . C T 172.01 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0889967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.373;QD=40.4721;RBI=0.0919318;REFB=-0.0363659;REVB=0.0230443;RO=1;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396758;STB=0.521712;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00649105;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:15:16:0.941176:11:4:0:1:11:5:0:1 chr4 22820504 . A T 150.97 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.000511701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.224;QD=11.1832;RBI=0.0300734;REFB=-0.0117452;REVB=-0.030069;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102573;STB=0.560279;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0213374;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:13:6:14:21:13:6:14:21 chr4 23815522 . C T 850.61 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.815;QD=57.6682;RBI=0.0597438;REFB=0;REVB=0.0284633;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238324;OID=.;OPOS=23815522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr4 23815662 . C T 1029.77 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000576723;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.832;QD=59.6965;RBI=0.0041603;REFB=0;REVB=-0.00412014;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150086;OID=.;OPOS=23815662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr4 23815924 . T C 1477.27 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104692;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.954;QD=63.5385;RBI=0.0116472;REFB=0;REVB=-0.00510422;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164306;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:48:44:0:0:49:44:0:0 chr4 23886323 . G T 252.76 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.00125789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.349;QD=14.8684;RBI=0.023989;REFB=-0.0215359;REVB=-0.023956;RO=36;SAF=19;SAR=10;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383565;STB=0.730623;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0192837;OID=.;OPOS=23886323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:36:39:29:29:0.426471:10:19:9:27:10:19:9:30 chr4 24578097 . C T 406.94 PASS AF=0.377953;AO=48;DP=127;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=-0.0129527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.347;QD=12.8171;RBI=0.0286391;REFB=-0.0173599;REVB=-0.0255426;RO=76;SAF=13;SAR=35;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10839;STB=0.553118;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0228946;OID=.;OPOS=24578097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:76:79:48:48:0.377953:35:13:27:49:35:13:27:52 chr4 24801315 . G A 323.45 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.565;QD=53.9076;RBI=0.0682465;REFB=0;REVB=0.0554924;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140131;OID=.;OPOS=24801315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:17:7:0:0 chr4 24801949 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0161;QD=51.1825;RBI=0.21061;REFB=0;REVB=0.163574;RO=0;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00892903;OID=.;OPOS=24801949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:2:18:0:0:2:18:0:0 chr4 24801976 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00054514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.943;QD=58.5878;RBI=0.0451798;REFB=0;REVB=0.0451765;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200169;OID=.;OPOS=24801976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr4 24802323 . G C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00504656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.081;QD=52.1522;RBI=0.0337086;REFB=-0.184586;REVB=0.0333287;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00715694;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:0:1:15:12:0:1 chr4 25001439 . T C 1401.12 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0534;QD=61.5875;RBI=0.0498787;REFB=-0.0933088;REVB=0.034411;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129305;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:91:91:0:0:90:91:1:42:48:0:0:43:48:0:0 chr4 25005193 . G A 1324.04 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088958;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.877;QD=61.5831;RBI=0.0096146;REFB=0;REVB=0.00364764;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253168;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:84:86:1:34:50:0:0:36:50:0:0 chr4 25032135 . C T 389.41 PASS AF=0.653061;AO=31;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00927617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.916;QD=31.7885;RBI=0.0284372;REFB=-0.0346101;REVB=0.0268818;RO=17;SAF=24;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871835;STB=0.508313;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0181627;OID=.;OPOS=25032135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:31:32:0.653061:7:24:13:4:7:25:13:4 chr4 25363901 . T A 201.73 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.072778;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6002;QD=11.8662;RBI=0.0938158;REFB=-0.00599889;REVB=0.059201;RO=43;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599993;STB=0.534637;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0124537;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:43:43:25:25:0.367647:12:13:20:23:12:13:20:23 chr4 25678199 . A G 514.11 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.5;QD=58.7553;RBI=0.0530489;REFB=0;REVB=0.0284681;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035371;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:21:14:0:0 chr4 25749303 . C A 214.47 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00484053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.246;QD=45.1517;RBI=0.00484196;REFB=-0.103778;REVB=0.00011797;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521715;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000968222;OID=.;OPOS=25749303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:0:1:18:18:0.947368:11:7:0:0:11:7:0:1 chr4 25759334 . C G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00220991;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.484;QD=18.8207;RBI=0.0277486;REFB=-0.00665149;REVB=0.0276605;RO=10;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530587;STB=0.805912;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00552069;OID=.;OPOS=25759334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:10:2:8:2:10:2:8:2 chr4 25915648 . G A 126.67 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0219148;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.354;QD=16.8899;RBI=0.0284697;REFB=-0.00178756;REVB=0.0181732;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122806;STB=0.57132;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00501006;OID=.;OPOS=25915648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:5:11:11:3:5:11 chr4 25915858 . C A 462.18 PASS AF=0.474227;AO=45;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0126207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3426;QD=19.059;RBI=0.0499097;REFB=-0.00360567;REVB=0.0482876;RO=47;SAF=29;SAR=16;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048052;STB=0.501681;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00240857;OID=.;OPOS=25915858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:51:45:46:0.474227:16:29:28:19:17:29:32:19 chr4 26274274 . T A 291.98 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.017356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5913;QD=21.6283;RBI=0.0217553;REFB=-0.0287323;REVB=-0.0131172;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199591;STB=0.50372;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.013763;OID=.;OPOS=26274274;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:24:29:30:0.555556:15:14:11:13:16:14:11:13 chr4 26417136 . T C 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.263;QD=63.8656;RBI=0.0373145;REFB=0;REVB=0.0249559;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53447e-05;OID=.;OPOS=26417136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr4 26585881 . C T 289.49 PASS AF=0.577778;AO=25;DP=44;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00921116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.429;QD=25.7327;RBI=0.0178791;REFB=-0.0152594;REVB=0.0153238;RO=19;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338527;STB=0.524397;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00525359;OID=.;OPOS=26585881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:19:19:25:26:0.577778:18:7:6:13:19:7:6:13 chr4 26586850 . C T 66.29 PASS AF=0.36;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00268017;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.454;QD=10.6062;RBI=0.0311312;REFB=0.0031302;REVB=-0.0310156;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604717;STB=0.586972;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0154394;OID=.;OPOS=26586850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:25:13:16:9:9:0.36:5:4:5:8:5:4:5:11 chr4 26673761 . T A,TA 1825.37 PASS AF=0.946565,0.0534351;AO=60,20;DP=132;FAO=124,7;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=57,3;FSAR=67,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259671,-0.00422404;FXX=0.00757518;HRUN=9,2;LEN=1,1;MLLD=28.4089,20.29;QD=55.7365;RBI=0.108555,0.0611083;REFB=0,0;REVB=0.105404,0.0609621;RO=0;SAF=26,7;SAR=34,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0150404,-0.0595621;OID=.,.;OPOS=26673761,26673762;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:132:131:0:0:60,20:124,7:0.946565,0.0534351:34,13:26,7:0:0:67,4:57,3:0:0 chr4 26673787 . A G 2650.34 PASS AF=0.977528;AO=174;DP=182;FAO=174;FDP=178;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=102;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0678898;FXX=0.0219768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.085;QD=59.5581;RBI=0.0687247;REFB=-0.110749;REVB=0.0106797;RO=2;SAF=72;SAR=102;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130365;STB=0.507765;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000287885;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:182:178:2:4:174:174:0.977528:102:72:2:0:102:72:3:1 chr4 27004011 . G A 631.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6039;QD=61.5785;RBI=0.0285704;REFB=0;REVB=0.0166402;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642713;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr4 28712912 . C G 133.54 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0174828;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9866;QD=14.8373;RBI=0.0195573;REFB=0.0168241;REVB=-0.00876592;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281943;STB=0.651978;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0234652;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:21:15:15:0.416667:6:9:7:15:6:9:7:14 chr4 28712968 . A G 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0113082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6832;QD=23.1632;RBI=0.0221888;REFB=0.0184683;REVB=0.019091;RO=23;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119877;STB=0.566877;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00882334;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:11:15:10:13:11:15:10:13 chr4 30725696 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0235932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.776;QD=20.8931;RBI=0.045862;REFB=0.0233392;REVB=0.0393279;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166463;STB=0.594418;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00224013;OID=.;OPOS=30725696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:1:5:6:4:1:5 chr4 30725987 . G A 210.54 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0173599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.745;QD=12.0308;RBI=0.0177645;REFB=-0.0115614;REVB=0.00376996;RO=44;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00973984;STB=0.505614;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0268524;OID=.;OPOS=30725987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:15:11:19:25:15:11:19:25 chr4 31146018 . A G 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0076556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4467;QD=14.6642;RBI=0.0203157;REFB=0.00399997;REVB=0.018818;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178309;STB=0.602284;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0041643;OID=.;OPOS=31146018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:5:16:9:6:5:16 chr4 31147272 . A C 238.31 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00117612;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.373;QD=16.1565;RBI=0.00270835;REFB=-0.00733145;REVB=0.00243965;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835435;STB=0.547135;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0107247;OID=.;OPOS=31147272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:17:15:15:12:17:15 chr4 34967868 . G T 275.15 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193772;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7992;QD=52.4091;RBI=0.0439708;REFB=0;REVB=-0.0394709;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146312;OID=.;OPOS=34967868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:10:11:0:0 chr4 36081878 . C T 958.23 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0462037;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.953;QD=57.2081;RBI=0.0471292;REFB=-0.0894593;REVB=0.00929447;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014995;STB=0.507934;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000497095;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:67:1:1:65:66:0.985075:34:31:1:0:35:31:1:0 chr4 36212049 . C A 399.83 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0134579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8138;QD=18.5969;RBI=0.0560738;REFB=0.0226428;REVB=-0.0544349;RO=45;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373926;STB=0.520823;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0254999;OID=.;OPOS=36212049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:23:18:18:27:23:18:18:27 chr4 36216114 . A T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0115429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.954;QD=9.44595;RBI=0.0151114;REFB=-0.00722567;REVB=-0.00975265;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013551;OID=.;OPOS=36216114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:5:5:3:3:5:5 chr4 36258197 . T C 2956.88 PASS AF=1;AO=188;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0923;QD=61.2824;RBI=0.0483811;REFB=-0.150494;REVB=0.0465762;RO=2;SAF=114;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193721;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:193:193:2:0:188:193:1:74:114:0:2:78:115:0:0 chr4 36292018 . T A 400.31 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.025739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0306;QD=53.3751;RBI=0.0455345;REFB=-0.150989;REVB=0.0375619;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00541232;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:1:0:17:12:1:0 chr4 37327583 . A C 223.44 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00350029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.86;QD=19.861;RBI=0.0112315;REFB=-0.0142664;REVB=-0.0106721;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165294;STB=0.601518;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.022126;OID=.;OPOS=37327583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:23:21:22:0.488889:12:9:14:9:13:9:14:9 chr4 37435524 . C T 196.95 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=5.45797e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.738;QD=17.9042;RBI=0.0246144;REFB=-0.0205779;REVB=-0.0246143;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652459;STB=0.5999;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.027947;OID=.;OPOS=37435524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:24:20:20:0.454545:8:12:10:9:8:12:10:14 chr4 37592250 . T C 93.39 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00778692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.703;QD=9.83018;RBI=0.0524953;REFB=-0.0109974;REVB=0.0519146;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433385;STB=0.52269;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.01548;OID=.;OPOS=37592250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:24:26:11:12:0.315789:6:5:10:14:7:5:10:16 chr4 37593173 . G A 190.22 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00220334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.841;QD=21.7394;RBI=0.0174227;REFB=-0.0202388;REVB=-0.0172828;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147108;STB=0.582196;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00973767;OID=.;OPOS=37593173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:11:8:4:12:11:8:4:12 chr4 37612486 . T A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.44;QD=62.6696;RBI=0.0274098;REFB=0;REVB=0.023859;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129642;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr4 37612732 . A AAAG 56.67 PASS AF=0.380952;AO=6;DP=29;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0232588;FXX=0.0869187;HRUN=8;LEN=3;MLLD=255.172;QD=10.7949;RBI=0.0306991;REFB=0.0033522;REVB=0.0200365;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22433;STB=0.571254;STBP=0.637;TYPE=ins;VARB=-0.00689672;OID=.;OPOS=37612733;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:6:29:8:21:13:4:4:5:8:56:21:4:2:10:11 chr4 37836302 . T C 512.79 PASS AF=0.384146;AO=60;DP=158;FAO=63;FDP=164;FR=.;FRO=101;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=0.000425117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9393;QD=12.507;RBI=0.00414061;REFB=-0.0164635;REVB=-0.00411873;RO=98;SAF=39;SAR=21;SRF=36;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305386;STB=0.667189;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0534256;OID=.;OPOS=37836302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:164:98:101:60:63:0.384146:21:39:36:62:22:41:38:63 chr4 37851856 . A C 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0176004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.772;QD=19.7366;RBI=0.0182679;REFB=-0.0165009;REVB=-0.00489281;RO=36;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273174;STB=0.507459;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0141428;OID=.;OPOS=37851856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:37:38:38:0.506667:21:17:15:21:21:17:16:21 chr4 37903756 . T C 166.06 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0515848;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.7267;QD=12.7742;RBI=0.0738222;REFB=0.00235554;REVB=-0.0528084;RO=32;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107793;STB=0.562437;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00785173;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:8:12:16:16:8:12:16:16 chr4 37962133 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0225867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.298;QD=22.7195;RBI=0.022758;REFB=0.00516439;REVB=0.00278716;RO=9;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395669;STB=0.522355;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00552103;OID=.;OPOS=37962133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:4:10:6:3:4:10:6:3 chr4 37962186 . G C 350.32 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00807424;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.364;QD=51.8997;RBI=0.0149021;REFB=0.0187394;REVB=-0.0125251;RO=1;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712358;STB=0.538431;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.000385275;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:27:1:1:26:26:0.962963:6:20:0:1:6:20:0:1 chr4 38139024 . C T 264.32 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.035624;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.627;QD=17.0526;RBI=0.0472303;REFB=-0.0393684;REVB=0.0310102;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208662;STB=0.617082;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0415654;OID=.;OPOS=38139024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:33:33:29:29:0.467742:12:17:12:21:12:17:12:21 chr4 38258908 . G T 154.82 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.061783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1457;QD=22.9365;RBI=0.0706388;REFB=-0.00576052;REVB=-0.0342447;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432421;STB=0.507033;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.000172439;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:10:11:16:16:0.592593:7:9:5:5:7:9:6:5 chr4 38259004 . C CG 123.85 PASS AF=0.619048;AO=5;DP=24;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00216965;FXX=0.0869187;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.304;QD=23.5904;RBI=0.027993;REFB=-0.0248015;REVB=-0.0279088;RO=16;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107678;STB=0.631394;STBP=0.171;TYPE=ins;VARB=0.00562846;OID=.;OPOS=38259005;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:5:24:13:21:8:6:7:1:7:56:16:2:3:5:11 chr4 38259005 . T G 54.77 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00996202;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=107.847;QD=9.12783;RBI=0.0244909;REFB=-0.0320033;REVB=-0.0223733;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328342;STB=0.707902;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0232336;OID=.;OPOS=38259005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:15:16:8:8:0.333333:4:4:3:12:4:4:3:13 chr4 38259310 . T C 157.85 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.100852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7836;QD=25.2552;RBI=0.102548;REFB=-0.0370995;REVB=-0.0185709;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763025;STB=0.54266;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0152001;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:9:7:5:4:9:7:5:4 chr4 38628725 . C T 140.07 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0494404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2969;QD=20.751;RBI=0.0499896;REFB=-0.00992687;REVB=0.00738926;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157267;STB=0.588127;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0127165;OID=.;OPOS=38628725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:10:5:2:10:10:5:2:10 chr4 38698773 . A G 292.74 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.000529929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.389;QD=17.22;RBI=0.00735641;REFB=0.0010462;REVB=0.0073373;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192442;STB=0.607794;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00151929;OID=.;OPOS=38698773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:19:13:22:14:19:13:22:14 chr4 38699104 . CTT CTC,C,CT,CTTT 62.7 PASS AF=0.111111,0.037037,0.740741,0;AO=2,6,7,5;DP=29;FAO=3,1,20,0;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,6,0;FSAR=3,1,14,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.101632,1.06734,1.83603,-1.83603;FXX=0.0689417;HRUN=14,14,14,14;LEN=1,2,1,1;MLLD=138.203,5.60222,3.50875,3.1224;QD=9.28962;RBI=0.137395,1.07268,1.84741,1.84741;REFB=-0.0189406,0.0797152,0.129039,-0.129039;REVB=-0.0924575,-0.106917,-0.204774,0.204756;RO=2;SAF=0,0,0,2;SAR=2,6,7,3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.639851,-0.767694,-0.782089,-0.0491618;STB=0.5,0.5,0.548341,0.5;STBP=1,1,0.325,1;TYPE=snp,del,del,ins;VARB=0.115943,0.189794,0.175186,-0.00352593;OID=.,.,.,.;OPOS=38699106,38699105,38699105,38699105;OREF=T,TT,T,-;OALT=C,-,-,T;OMAPALT=CTC,C,CT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.111111,0.037037,0.740741,0:2,6,7,5:29:3,1,20,0:27:3:0,0,6,0:3,1,14,0:0:3:17:2:0,0,0,2:2,6,7,3:1:1 chr4 38702437 . A G 461.51 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139372;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.814;QD=57.6886;RBI=0.0116812;REFB=0;REVB=0.0115978;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335677;OID=.;OPOS=38702437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:10:21:0:0:11:21:0:0 chr4 38776070 . C T 285.27 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0298918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.403;QD=21.1313;RBI=0.0914391;REFB=-0.0271292;REVB=-0.0864152;RO=22;SAF=5;SAR=24;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172161;STB=0.583273;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0170815;OID=.;OPOS=38776070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:22:24:29:30:0.555556:24:5:7:15:24:6:8:16 chr4 38798648 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.76;QD=55.0987;RBI=0.0374643;REFB=0;REVB=-0.0311942;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89113e-05;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:5:21:0:0:5:21:0:0 chr4 38799710 . T C 118.78 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0555654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.9586;QD=22.6252;RBI=0.063285;REFB=-0.0594686;REVB=-0.0302899;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261482;STB=0.671373;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0269217;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:21:7:8:13:13:0.619048:4:9:2:5:4:9:2:6 chr4 38829832 . T C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0208328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7903;QD=36.3489;RBI=0.0508964;REFB=-0.103115;REVB=0.0464375;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0189598;OID=.;OPOS=38829832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:0:1:7:4:0:1 chr4 38830011 . G GC 273.11 PASS AF=1;AO=3;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874512;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=191.552;QD=43.6976;RBI=0.0907053;REFB=0;REVB=-0.0240779;RO=23;SAF=3;SAR=0;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.644655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00148605;OID=.;OPOS=38830012;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:26:25:25:0:10:15:0:0:4:23:3:0:8:15 chr4 38830012 . G C 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0037007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.442;QD=42.7835;RBI=0.00808504;REFB=-0.014857;REVB=0.00718837;RO=3;SAF=7;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161939;STB=0.588152;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00125461;OID=.;OPOS=38830012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:15:7:3:0:15:7:3:0 chr4 38830350 . A G 631.78 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8347;QD=61.637;RBI=0.0757604;REFB=0;REVB=0.0264318;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165769;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr4 38930848 . G C 250.71 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0430457;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7635;QD=16.7143;RBI=0.0513855;REFB=-0.00867479;REVB=-0.0280631;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494186;STB=0.527758;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0147105;OID=.;OPOS=38930848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:32:32:28:28:0.466667:17:11:11:21:17:11:11:21 chr4 38937372 . T C 534.81 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000962989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4763;QD=56.2959;RBI=0.0329443;REFB=-0.138538;REVB=0.0329302;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.511622;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00719236;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:15:21:1:0:16:21:1:0 chr4 38995374 . T C 1401.68 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231666;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.306;QD=62.997;RBI=0.0232712;REFB=0;REVB=-0.002204;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113029;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr4 39064162 . A C 257.64 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=5;FWDB=0.000103379;FXX=0.0666578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9085;QD=14.7225;RBI=0.0188359;REFB=-0.000926924;REVB=-0.0188356;RO=37;SAF=23;SAR=6;SRF=34;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221988;STB=0.583145;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00188511;OID=.;OPOS=39064162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:37:41:29:29:0.414286:6:23:34:3:6:23:36:5 chr4 39094738 . G A 186.78 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0109002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.692;QD=19.6613;RBI=0.0414842;REFB=-0.0319935;REVB=-0.0400266;RO=18;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216443;STB=0.636739;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0398028;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:6:13:8:10:6:13:8:11 chr4 39207318 . A G 186.15 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0106397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.331;QD=12.4101;RBI=0.0156868;REFB=-0.0229967;REVB=0.0115271;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137466;STB=0.578881;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0420534;OID=.;OPOS=39207318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:11:12:24:13:11:12:24:13 chr4 39216221 . C T 674.89 PASS AF=0.467532;AO=72;DP=155;FAO=72;FDP=154;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=-0.0227131;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.145;QD=17.5297;RBI=0.0807234;REFB=-0.0242791;REVB=-0.0774621;RO=81;SAF=29;SAR=43;SRF=28;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575042;STB=0.527465;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0200174;OID=.;OPOS=39216221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:81:82:72:72:0.467532:43:29:28:53:43:29:29:53 chr4 39299266 . A G 409.36 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0174263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7326;QD=52.8206;RBI=0.0593675;REFB=-0.0616664;REVB=0.0567523;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0256446;OID=.;OPOS=39299266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:1:0:16:14:1:0 chr4 39303925 . A G 402.1 PASS AF=0.431193;AO=42;DP=105;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0196864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.22;QD=14.7561;RBI=0.0219611;REFB=-0.0186165;REVB=0.00973326;RO=62;SAF=21;SAR=21;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509895;STB=0.533527;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0235605;OID=.;OPOS=39303925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:62:62:42:47:0.431193:21:21:34:28:24:23:34:28 chr4 39448542 . C G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00848588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.351;QD=20.8979;RBI=0.0193584;REFB=-0.0564662;REVB=-0.0173994;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.599732;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0186652;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:2:2:6:2:2:2 chr4 39458051 . A G 183.85 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0101929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.337;QD=17.9366;RBI=0.0332542;REFB=-0.029821;REVB=0.0316536;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847374;STB=0.548335;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0494944;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:12:10:7:12:12:10 chr4 39459724 . T C 387.35 PASS AF=0.52;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0164885;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.355;QD=20.6587;RBI=0.0267772;REFB=0.00945775;REVB=0.0210985;RO=35;SAF=12;SAR=27;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088816;STB=0.544163;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00772395;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:35:36:39:39:0.52:27:12:14:21:27:12:14:22 chr4 39501086 . G A 172.83 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0797135;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9701;QD=17.7256;RBI=0.113607;REFB=0.00809511;REVB=0.0809469;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560012;STB=0.53188;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00983974;OID=.;OPOS=39501086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:14:7:7:11:14:7 chr4 39512347 . T C 271.87 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0207527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.383;QD=13.9422;RBI=0.0220447;REFB=-0.0123828;REVB=0.00743588;RO=46;SAF=7;SAR=24;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364116;STB=0.675939;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0146732;OID=.;OPOS=39512347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:31:32:0.410256:24:7:25:21:24:8:24:22 chr4 39553705 . C T 527.03 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.103151;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.469;QD=27.0273;RBI=0.103299;REFB=-0.0275646;REVB=-0.00551453;RO=30;SAF=23;SAR=25;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616541;STB=0.533604;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0127447;OID=.;OPOS=39553705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:30:30:48:48:0.615385:25:23:17:13:25:23:17:13 chr4 39762821 . CAG C 91.67 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00531597;FXX=0.0999667;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.795;QD=13.5812;RBI=0.00888958;REFB=0.00116996;REVB=-0.00712497;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646038;STB=0.533274;STBP=0.821;TYPE=del;VARB=-0.00277365;OID=.;OPOS=39762822;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:10:26:11:27:16:4:7:5:11:91:14:3:7:5:9 chr4 39921942 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00920106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.972;QD=12.9746;RBI=0.0202085;REFB=-0.00803894;REVB=-0.0179924;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424241;STB=0.749583;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0155582;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:3:9:6:12:3:9:6:12 chr4 40045139 . T C 355.36 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0344328;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2961;QD=18.7032;RBI=0.0357834;REFB=0.0134885;REVB=-0.00973846;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133479;STB=0.542792;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00553427;OID=.;OPOS=40045139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:34:39:37:37:0.486842:15:22:15:19:15:22:20:19 chr4 40079556 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0137799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.735;QD=8.30766;RBI=0.0191271;REFB=-0.0116118;REVB=0.0132649;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5308;STB=0.836027;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.022118;OID=.;OPOS=40079556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:7:1:10:8:7:1:10:8 chr4 40121562 . G A 273.9 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00789068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.408;QD=15.2164;RBI=0.0751606;REFB=-0.00679805;REVB=-0.0747453;RO=40;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198943;STB=0.517103;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0104738;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:13:18:24:16:13:18:25:16 chr4 40138676 . A G 367.44 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0408496;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.317;QD=21.6142;RBI=0.0410355;REFB=0.0184321;REVB=0.00390109;RO=30;SAF=13;SAR=24;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990618;STB=0.548661;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0123067;OID=.;OPOS=40138676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:30:31:37:37:0.544118:24:13:14:16:24:13:14:17 chr4 40155927 . T C 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0216988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.341;QD=19.6971;RBI=0.0235101;REFB=-0.00118347;REVB=0.00904913;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103559;STB=0.558444;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00119801;OID=.;OPOS=40155927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:9:13:10:11:9:13 chr4 40156043 . A G 271.35 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0469583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.055;QD=23.5953;RBI=0.047172;REFB=-0.0269984;REVB=0.00448489;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422618;STB=0.523541;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0193081;OID=.;OPOS=40156043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:12:13:12:9:12:13:12:9 chr4 40246091 . G A 184.75 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0133443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.416;QD=18.4753;RBI=0.0156647;REFB=0.0059345;REVB=0.00820446;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284676;STB=0.662025;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00352764;OID=.;OPOS=40246091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:13:8:13:6:13:8 chr4 40356422 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3393;QD=53.2732;RBI=0.024072;REFB=0;REVB=0.0237359;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389875;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr4 40428010 . T C 298.02 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.0175232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.273;QD=15.8946;RBI=0.0181081;REFB=-0.0156614;REVB=-0.00456516;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984197;STB=0.57919;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0177185;OID=.;OPOS=40428010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:42:33:33:0.44:21:12:10:27:21:12:10:32 chr4 40438576 . A G 1399.9 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554261;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.129;QD=62.9168;RBI=0.067311;REFB=0;REVB=0.0381932;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459326;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:37:50:0:0:37:52:0:0 chr4 40440179 . G A 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0119174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.897;QD=22.884;RBI=0.0428609;REFB=-0.0327624;REVB=0.0411707;RO=29;SAF=12;SAR=26;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322592;STB=0.677631;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0154129;OID=.;OPOS=40440179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:26:12:21:8:26:12:21:8 chr4 40440215 . T C 1030.13 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.501;QD=58.0354;RBI=0.0258119;REFB=-0.0997684;REVB=0.0110961;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000350265;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:41:29:0:0:41:29:1:0 chr4 40778146 . C T 817.86 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.011;QD=57.3934;RBI=0.0291449;REFB=0;REVB=0.0283275;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39951e-05;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:36:20:0:0:36:21:0:0 chr4 40778162 . T G 679.84 PASS AF=0.927273;AO=50;DP=56;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0274964;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.388;QD=49.4429;RBI=0.0372686;REFB=-0.110159;REVB=0.0251574;RO=2;SAF=17;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128367;STB=0.511623;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00113178;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:56:55:2:4:50:51:0.927273:33:17:1:1:33:18:2:2 chr4 40810747 . A G 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.226;QD=60.2247;RBI=0.0174483;REFB=0;REVB=0.0156857;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92604e-05;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr4 40811743 . A AATT 114.5 PASS AF=0.464286;AO=11;DP=31;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00598942;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=3;MLLD=215.57;QD=16.3575;RBI=0.0132613;REFB=-0.012662;REVB=0.0118317;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697097;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=ins;VARB=0.0131493;OID=.;OPOS=40811744;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=AATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:11:31:13:28:15:6:7:8:7:99:18:6:5:11:7 chr4 41015823 . G A,T 1152.43 PASS AF=0.481013,0.518987;AO=38,40;DP=78;FAO=38,41;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=13,16;FSAR=25,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133868,0.00684754;FXX=0.0124984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.7659,179.968;QD=58.3508;RBI=0.0216374,0.00688809;REFB=0,0;REVB=0.0169992,-0.000746333;RO=0;SAF=13,16;SAR=25,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0054702,0.012765;OID=.,.;OPOS=41015823,41015823;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:78:79:0:0:38,40:38,41:0.481013,0.518987:25,24:13,16:0:0:25,25:13,16:0:0 chr4 41015899 . C T 1080.35 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.425;QD=60.0196;RBI=0.037939;REFB=0;REVB=0.0303291;RO=0;SAF=21;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104063;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:51:21:0:0:51:21:0:0 chr4 41016484 . T C 61.32 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00511453;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.054;QD=13.6263;RBI=0.00673798;REFB=-0.0192787;REVB=-0.00438656;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183473;STB=0.529338;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0126346;OID=.;OPOS=41016484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:18:18:6:9:7:8:0.444444:3:4:2:4:4:4:5:4 chr4 41086681 . G A 38.54 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.017493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4644;QD=11.0116;RBI=0.0266975;REFB=-0.0362521;REVB=-0.0201681;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427406;STB=0.526227;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0321386;OID=.;OPOS=41086681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:3:5:4:2:3:5 chr4 41259633 . C A 726.26 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9476;QD=63.1529;RBI=0.114363;REFB=0;REVB=0.113687;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105728;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:13:32:0:0:14:32:0:0 chr4 41526503 . C T 479.41 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00408075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.507;QD=22.5604;RBI=0.019423;REFB=-0.00781273;REVB=-0.0189895;RO=38;SAF=29;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672173;STB=0.532096;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0109156;OID=.;OPOS=41526503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:39:46:46:0.541176:17:29:21:17:17:29:22:17 chr4 41672759 . C T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0182291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.841;QD=23.0883;RBI=0.0433937;REFB=-0.0100225;REVB=-0.039379;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264806;STB=0.645924;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0078127;OID=.;OPOS=41672759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:13:9:2:16:13:9:2:16 chr4 41673604 . T C 424.22 PASS AF=0.362319;AO=49;DP=138;FAO=50;FDP=138;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.00967611;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.886;QD=12.2962;RBI=0.0106022;REFB=0.000739922;REVB=-0.00433349;RO=87;SAF=19;SAR=30;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196438;STB=0.619952;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00101544;OID=.;OPOS=41673604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:87:88:49:50:0.362319:30:19:49:38:31:19:50:38 chr4 41701247 . CA TG 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00836191;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.815;QD=19.0179;RBI=0.01995;REFB=-0.0339104;REVB=0.018113;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146131;STB=0.583221;STBP=0.406;TYPE=mnp;VARB=0.0205837;OID=.;OPOS=41701247;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:8:6:9:6:8:6 chr4 41749668 . C T 405.63 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0304143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.357;QD=17.2608;RBI=0.0306579;REFB=-0.0311893;REVB=-0.00385657;RO=52;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118061;STB=0.566064;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0425567;OID=.;OPOS=41749668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:20:22:21:31:20:22:21:31 chr4 41984118 . C T 689.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.359;QD=62.6636;RBI=0.0418794;REFB=0;REVB=0.00196982;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168752;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr4 41985101 . A G 2490.36 PASS AF=0.987952;AO=161;DP=165;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0390584;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.512;QD=60.0086;RBI=0.0462123;REFB=-0.0856273;REVB=0.0246985;RO=2;SAF=87;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108118;STB=0.505494;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000829057;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:166:2:2:161:164:0.987952:74:87:2:0:74:90:2:0 chr4 41985478 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.729;QD=55.0984;RBI=0.0377654;REFB=0;REVB=0.0353448;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264345;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr4 41985689 . C T 542.5 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2103;QD=58.6485;RBI=0.0809199;REFB=0;REVB=-0.033649;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216083;OID=.;OPOS=41985689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:23:12:0:0:23:14:0:0 chr4 41986857 . A G 1134.81 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.045;QD=60.5235;RBI=0.053871;REFB=0;REVB=0.0451548;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330689;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:47:28:0:0:47:28:0:0 chr4 41987892 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00490511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.018;QD=64.4154;RBI=0.0247227;REFB=0;REVB=0.0242313;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11492e-05;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr4 41988385 . TAC T 546.62 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152829;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.042;QD=59.0936;RBI=0.0224817;REFB=0;REVB=-0.0164881;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.76328e-05;OID=.;OPOS=41988386;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:36:37:37:0:14:23:0:0:4:0:12:23:0:0 chr4 41992677 . C G 3981.52 PASS AF=0.977941;AO=261;DP=272;FAO=266;FDP=272;FR=.;FRO=6;FSAF=94;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0771715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9933;QD=58.5518;RBI=0.122079;REFB=-0.200015;REVB=0.0945928;RO=3;SAF=92;SAR=169;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838677;STB=0.508571;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00441491;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:272:272:3:6:261:266:0.977941:169:92:0:3:172:94:0:6 chr4 42003671 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.566;QD=59.4356;RBI=0.0379063;REFB=0;REVB=0.0332186;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54022e-05;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr4 42020142 . A G 1175.03 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9891;QD=59.495;RBI=0.0396937;REFB=-0.102315;REVB=0.0264704;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.506665;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000993402;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:37:41:0:0:37:41:0:1 chr4 42022464 . C A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.758;QD=62.0209;RBI=0.0244752;REFB=0;REVB=0.00553649;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18793e-05;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr4 42895308 . G A 309.6 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00369286;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.792;QD=15.8771;RBI=0.00369311;REFB=-0.0230478;REVB=-4.2974e-05;RO=44;SAF=24;SAR=10;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153204;STB=0.573334;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0301631;OID=.;OPOS=42895308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:44:34:34:0.435897:10:24:25:19:10:24:26:18 chr4 44626641 . A G 197.74 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00626988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.629;QD=14.6475;RBI=0.0130592;REFB=-0.00636529;REVB=0.0114557;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189276;STB=0.599911;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0102648;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:8:15:14:16:8:15:15:16 chr4 44652030 . C T 676.35 PASS AF=0.51145;AO=67;DP=131;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00709619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.333;QD=20.6518;RBI=0.0987424;REFB=-0.0123313;REVB=-0.098487;RO=64;SAF=35;SAR=32;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614121;STB=0.533794;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0122332;OID=.;OPOS=44652030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:64:64:67:67:0.51145:32:35:29:35:32:35:29:35 chr4 44682465 . T C 355.65 PASS AF=0.5;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0605921;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0119;QD=18.7182;RBI=0.0671477;REFB=-0.0245028;REVB=-0.0289381;RO=38;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840121;STB=0.526302;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0199424;OID=.;OPOS=44682465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:37:38:0.5:18:19:16:22:19:19:17:21 chr4 44699484 . T G 127.76 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00540801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.751;QD=11.8847;RBI=0.00576169;REFB=-0.014939;REVB=0.0019876;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103918;STB=0.542315;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0288643;OID=.;OPOS=44699484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:28:15:15:0.348837:5:10:15:11:5:10:17:11 chr4 44704757 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.593;QD=60.2291;RBI=0.045864;REFB=0;REVB=-0.014381;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96489e-05;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr4 44704938 . T A 155.73 PASS AF=0.328125;AO=20;DP=63;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00534029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.319;QD=9.73305;RBI=0.023382;REFB=-0.0156358;REVB=0.022764;RO=38;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124264;STB=0.554671;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0301398;OID=.;OPOS=44704938;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:43:20:21:0.328125:11:9:13:25:11:10:17:26 chr4 46928746 . A T 208.72 PASS AF=0.456522;AO=19;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00822653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5792;QD=18.1495;RBI=0.0171911;REFB=-0.0208355;REVB=0.015095;RO=25;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285815;STB=0.677245;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0272496;OID=.;OPOS=46928746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:19:21:0.456522:13:6:15:10:15:6:15:10 chr4 46928834 . C T 329.45 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00669706;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.098;QD=17.5709;RBI=0.0121509;REFB=-0.0223556;REVB=-0.0101387;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104657;STB=0.530103;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0209989;OID=.;OPOS=46928834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:37:40:34:35:0.466667:22:12:17:20:22:13:17:23 chr4 46995366 . G T 233.46 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0110269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.11;QD=15.0621;RBI=0.0307481;REFB=-0.00983906;REVB=0.0287028;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816209;STB=0.546185;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0136458;OID=.;OPOS=46995366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:13:14:21:14:13:14:21:14 chr4 47034626 . C G 545.31 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.065;QD=57.4009;RBI=0.0667636;REFB=-0.0882877;REVB=0.059087;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000512368;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:22:15:0:1:22:15:0:1 chr4 47322190 . T C 340.61 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8771;QD=54.4981;RBI=0.00203771;REFB=0;REVB=0.000614429;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8223e-05;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr4 47428305 . G A 315.98 PASS AF=0.363636;AO=38;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0125005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.375;QD=12.7666;RBI=0.0167281;REFB=-0.00282376;REVB=0.0111161;RO=61;SAF=21;SAR=17;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305364;STB=0.548525;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0050828;OID=.;OPOS=47428305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:63:38:36:0.363636:17:21:32:29:15:21:32:31 chr4 47560015 . A G 166.38 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0247981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.12;QD=14.7896;RBI=0.0291945;REFB=-0.00556352;REVB=0.0154069;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22768;STB=0.630928;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.010101;OID=.;OPOS=47560015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:9:18:8:10:9:18 chr4 47560163 . C A 285.26 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0195358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.427;QD=15.4192;RBI=0.0201804;REFB=0.0096182;REVB=-0.00505971;RO=42;SAF=18;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335815;STB=0.518954;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.0208414;OID=.;OPOS=47560163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:14:18:25:17:14:18:25:17 chr4 47584046 . G A 398.44 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0340596;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.226;QD=12.9574;RBI=0.0366105;REFB=-0.0199939;REVB=-0.0134266;RO=75;SAF=21;SAR=26;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516509;STB=0.524436;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0300522;OID=.;OPOS=47584046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:75:76:47:47:0.382114:26:21:30:45:26:21:31:45 chr4 47589203 . G A 1139.07 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.611;QD=59.1724;RBI=0.0298644;REFB=-0.0644692;REVB=0.0115668;RO=1;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956081;STB=0.505049;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0013722;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:49:27:0:1:49:27:0:1 chr4 47667064 . T C 392.78 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1202;QD=56.1111;RBI=0.0506689;REFB=0;REVB=0.0206399;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102645;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr4 47839929 . C T 348.79 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0308156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2751;QD=15.0019;RBI=0.036026;REFB=-0.0280569;REVB=0.0186621;RO=54;SAF=22;SAR=16;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13956;STB=0.584137;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0367498;OID=.;OPOS=47839929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:55:38:38:0.408602:16:22:24:30:16:22:24:31 chr4 47887536 . T C 225.81 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00377274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.176;QD=13.283;RBI=0.0129846;REFB=-0.00484622;REVB=0.0124244;RO=41;SAF=22;SAR=5;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479286;STB=0.776252;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00567312;OID=.;OPOS=47887536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:5:22:16:25:5:22:16:25 chr4 47887991 . G A 541.99 PASS AF=0.446154;AO=57;DP=128;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0307237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.685;QD=16.6765;RBI=0.0361577;REFB=-0.019232;REVB=-0.0190639;RO=71;SAF=25;SAR=32;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961771;STB=0.544087;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0205214;OID=.;OPOS=47887991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:71:72:57:58:0.446154:32:25:38:33:32:26:38:34 chr4 47901476 . G A 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.013541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.136;QD=16.6181;RBI=0.0163011;REFB=-0.0152561;REVB=-0.00907559;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165625;STB=0.593828;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0174266;OID=.;OPOS=47901476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:13:10:17:11:13:10:17:11 chr4 48069696 . G C 804.57 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5621;QD=64.3653;RBI=0.0554231;REFB=0;REVB=0.0554121;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429939;OID=.;OPOS=48069696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr4 48069725 . G A 630.31 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.223;QD=61.4935;RBI=0.0191501;REFB=0;REVB=0.0169365;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08784e-05;OID=.;OPOS=48069725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr4 48170669 . A G 357.83 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.153;QD=55.0513;RBI=0.0206506;REFB=0;REVB=0.00215403;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7746e-05;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:15:11:0:0 chr4 48172266 . G A 546.94 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070892;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.821;QD=60.771;RBI=0.0308031;REFB=0;REVB=-0.0299762;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446926;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr4 48424839 . T A 342.85 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.0641149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.848;QD=16.134;RBI=0.0648684;REFB=-0.0244429;REVB=0.00985839;RO=46;SAF=18;SAR=19;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225945;STB=0.622616;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0349452;OID=.;OPOS=48424839;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:48:37:37:0.435294:19:18:12:34:19:18:13:35 chr4 48426066 . A T 337.56 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00967241;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3387;QD=25.0044;RBI=0.0128601;REFB=-0.0137136;REVB=0.00847513;RO=22;SAF=11;SAR=22;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130641;STB=0.56518;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00991009;OID=.;OPOS=48426066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:22:21:33:33:0.611111:22:11:4:18:22:11:4:17 chr4 48492434 . G C 88.19 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.397;QD=39.1961;RBI=0.0469711;REFB=0;REVB=0.037265;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019955;OID=.;OPOS=48492434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr4 48582909 . G A 250.84 PASS AF=0.48;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0217312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.011;QD=20.0669;RBI=0.0308809;REFB=-0.0156402;REVB=-0.0219406;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150704;STB=0.529387;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0178125;OID=.;OPOS=48582909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:26:23:24:0.48:8:15:9:10:8:16:16:10 chr4 48588742 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00603126;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=230.496;QD=19.4669;RBI=0.01551;REFB=-0.016398;REVB=-0.0142893;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00721544;STB=0.504078;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0154181;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:10:14:13:9:10:14 chr4 48625213 . C A 516.49 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220188;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.572;QD=59.0271;RBI=0.0249643;REFB=0;REVB=0.0117639;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144688;OID=.;OPOS=48625213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:35:0:0:29:35:1:14:15:0:0:17:18:0:0 chr4 48988450 . C A 485.6 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0160512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0264;QD=18.3244;RBI=0.0601241;REFB=-0.0298563;REVB=-0.0579419;RO=51;SAF=26;SAR=26;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439149;STB=0.537721;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0232119;OID=.;OPOS=48988450;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:51:54:52:52:0.490566:26:26:23:28:26:26:23:31 chr4 49063872 . C A 385.44 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00349674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.853;QD=17.9274;RBI=0.00826378;REFB=-0.00345585;REVB=-0.00748752;RO=41;SAF=17;SAR=23;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800601;STB=0.552082;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00333759;OID=.;OPOS=49063872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:41:46:40:40:0.465116:23:17:21:20:23:17:24:22 chr4 52714354 . A ATTTC,ATTTCT 357.19 PASS AF=0.607143,0.0178571;AO=25,6;DP=58;FAO=34,1;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=25,0;FSAR=9,1;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00860302,-0.00927161;FXX=0.0175408;HRUN=5,5;LEN=4,5;MLLD=263.76,259.695;QD=25.5139;RBI=0.0153666,0.0333998;REFB=0.00272602,0.00231356;REVB=0.0127326,0.0320871;RO=21;SAF=19,5;SAR=6,1;SRF=15;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0496694,0.197999;STB=0.513205,0.994583;STBP=0.851,0.149;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00391635,0.0245185;OID=.,.;OPOS=52714355,52714355;OREF=-,-;OALT=TTTC,TTTCT;OMAPALT=ATTTC,ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.607143,0.0178571:25,6:58:34,1:56:21:25,0:9,1:16:5:99:21:19,5:6,1:15:6 chr4 52752812 . A T 509.52 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.0155558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.677;QD=21.0113;RBI=0.0158506;REFB=-0.02348;REVB=-0.00304271;RO=48;SAF=23;SAR=26;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181333;STB=0.59979;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.022256;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:26:23:13:35:26:23:13:35 chr4 52780048 . G C 473.03 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00632535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.147;QD=17.5194;RBI=0.0128486;REFB=-0.00848721;REVB=0.0111837;RO=55;SAF=17;SAR=34;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681834;STB=0.540524;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0108999;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:55:57:51:51:0.472222:34:17:22:33:34:17:23:34 chr4 52938243 . T C 179.95 PASS AF=0.475;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0129195;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2311;QD=17.9952;RBI=0.0432705;REFB=-0.0226894;REVB=-0.0412968;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175572;STB=0.574392;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0167239;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:21:18:19:0.475:9:9:7:15:10:9:7:14 chr4 52948557 . C T 463.14 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0115771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.443;QD=17.4769;RBI=0.0470591;REFB=-0.00659045;REVB=-0.0456128;RO=56;SAF=38;SAR=12;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230717;STB=0.629309;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00709612;OID=.;OPOS=52948557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:12:38:31:25:12:38:31:25 chr4 53822307 . A G 742.92 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0168648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.905;QD=53.0657;RBI=0.0516829;REFB=-0.131069;REVB=0.0488539;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184728;STB=0.519224;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00110258;OID=.;OPOS=53822307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:53:54:0.964286:28:25:1:0:29:25:2:0 chr4 54310281 . T G 272.31 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00621472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.61;QD=17.2898;RBI=0.0394406;REFB=-0.0255625;REVB=0.0389479;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575933;STB=0.539656;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0347739;OID=.;OPOS=54310281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:15:15:14:18:15:15:14:19 chr4 54352468 . GC G 133.2 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0732465;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.2647;QD=14.4001;RBI=0.0819473;REFB=0.106423;REVB=-0.0367466;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562357;STB=0.564042;STBP=0.38;TYPE=del;VARB=-0.0564788;OID=.;OPOS=54352469;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567568:20:36:21:37:16:11:10:6:10:79:12:10:10:5:7 chr4 54966667 . C T 773.0 PASS AF=0.867647;AO=59;DP=68;FAO=59;FDP=68;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0599109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.927;QD=45.4709;RBI=0.0611805;REFB=-0.168354;REVB=-0.0123989;RO=6;SAF=16;SAR=43;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116112;STB=0.594436;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00406533;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:68:68:6:9:59:59:0.867647:43:16:5:1:43:16:8:1 chr4 54966830 . G A 262.93 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00834528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.702;QD=47.8045;RBI=0.0268053;REFB=-0.102425;REVB=0.0254731;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00441102;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:20:21:0.954545:10:10:0:1:11:10:0:1 chr4 54966919 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.953;QD=39.2067;RBI=0.00489905;REFB=0;REVB=0.00489905;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78416e-05;OID=.;OPOS=54966919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr4 55141055 . A G 1529.88 PASS AF=1;AO=69;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.299;QD=63.7452;RBI=0.0416275;REFB=0;REVB=0.0376158;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28866e-05;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:69:96:1:34:35:0:0:46:50:0:0 chr4 55161391 . T C 1822.43 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.92;QD=61.2582;RBI=0.0651127;REFB=0;REVB=0.0637594;RO=0;SAF=74;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15375e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115168;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:45:74:0:0:45:74:0:0 chr4 55161517 . A G 2064.85 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.034;QD=62.5711;RBI=0.010889;REFB=0;REVB=0.00732465;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4237e-07;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:132:0:0:130:132:1:71:59:0:0:73:59:0:0 chr4 55599436 . T C 516.38 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.0738;QD=59.0151;RBI=0.0422309;REFB=0;REVB=-0.00981102;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481164;OID=.;OPOS=55599436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:23:12:0:0 chr4 55930179 . G A 85.05 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0286972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.182;QD=22.6788;RBI=0.0291014;REFB=0.00280314;REVB=-0.00483366;RO=5;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160449;STB=0.592391;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.000872164;OID=.;OPOS=55930179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:8:2:2:3:8:2:2:3 chr4 55946081 . A G 1472.86 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.124;QD=63.3487;RBI=0.0337331;REFB=0;REVB=0.0327771;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01542e-05;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:89:93:1:40:49:0:0:41:52:0:0 chr4 55972974 . T A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0221187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.33;QD=47.8146;RBI=0.0728602;REFB=-0.0247219;REVB=0.0694217;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00335949;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:10:11:1:0:10:11:1:0 chr4 55979558 . C T 2966.67 PASS AF=1;AO=186;DP=188;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379396;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.289;QD=63.4582;RBI=0.0234423;REFB=0;REVB=-0.0231333;RO=0;SAF=106;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43423e-05;OID=.;OPOS=55979558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:187:0:0:186:187:1:80:106:0:0:81:106:0:0 chr4 56291620 . CAA C 300.93 PASS AF=0.443396;AO=43;DP=105;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0152874;FXX=0.0275204;HRUN=2;LEN=2;MLLD=92.9006;QD=11.3559;RBI=0.0186811;REFB=-0.00999904;REVB=0.0107369;RO=58;SAF=28;SAR=15;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194238;STB=0.568153;STBP=0.221;TYPE=del;VARB=0.0209388;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443396:43:105:47:106:59:28:19:28:31:99:58:28:15:27:31 chr4 56300685 . C T 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.000727236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.41;QD=14.0972;RBI=0.0126499;REFB=-0.011387;REVB=-0.012629;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061658;STB=0.536026;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0203828;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:10:8:5:8:10:8 chr4 56301049 . G GA 142.42 PASS AF=0.40625;AO=22;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0489439;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.2671;QD=8.90138;RBI=0.0540913;REFB=0.00231915;REVB=-0.0230298;RO=41;SAF=6;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355501;STB=0.746073;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=-0.00791144;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:22:65:26:64:38:6:20:24:14:99:41:6:16:24:17 chr4 56301369 . A G 144.08 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0365604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0684;QD=24.0126;RBI=0.0368455;REFB=-0.00728125;REVB=0.0045747;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132903;STB=0.574487;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00660037;OID=.;OPOS=56301369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:3:6:7:8:3:6 chr4 56306111 . G A 708.02 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4394;QD=62.9349;RBI=0.0249791;REFB=0;REVB=0.0246058;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024405;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr4 56309992 . A G 731.58 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033341;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.363;QD=63.616;RBI=0.0404649;REFB=0;REVB=-0.0229299;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227486;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr4 56318462 . G A 188.61 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0399617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6329;QD=18.8607;RBI=0.128849;REFB=-0.0206475;REVB=0.122495;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0526581;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:20:19:20:0.5:8:11:11:9:9:11:11:9 chr4 56367796 . T G 222.28 PASS AF=0.6;AO=14;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0108777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.128;QD=25.4035;RBI=0.0413598;REFB=-0.0385985;REVB=0.0399037;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629108;STB=0.571359;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0382797;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:14:21:0.6:8:6:7:7:14:7:7:7 chr4 56465294 . T G 661.53 PASS AF=0.471831;AO=66;DP=142;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0146965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.348;QD=18.6345;RBI=0.0175534;REFB=-0.0240899;REVB=-0.00959871;RO=75;SAF=33;SAR=33;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831712;STB=0.549639;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0290862;OID=.;OPOS=56465294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:75:75:66:67:0.471831:33:33:44:31:34:33:44:31 chr4 56471433 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00863235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8197;QD=14.9786;RBI=0.047363;REFB=-0.00983943;REVB=0.0465697;RO=9;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245151;STB=0.513487;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00897935;OID=.;OPOS=56471433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:11:10:10:0.47619:1:9:8:1:1:9:10:1 chr4 56475338 . G A 306.05 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0386744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6034;QD=20.4034;RBI=0.0401301;REFB=-0.0136343;REVB=-0.0107106;RO=28;SAF=20;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167713;STB=0.593161;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0096005;OID=.;OPOS=56475338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:12:20:12:16:12:20:12:16 chr4 56756531 . T C 291.58 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.011893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.55;QD=19.4387;RBI=0.0132971;REFB=-0.0280993;REVB=0.0059473;RO=29;SAF=9;SAR=22;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894736;STB=0.549967;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0276905;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:22:9:11:18:22:9:11:18 chr4 56771089 . G A 66.96 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0270177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.891;QD=10.713;RBI=0.0366729;REFB=-0.0149879;REVB=-0.0247981;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295642;STB=0.689278;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.030245;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:25:15:16:9:9:0.36:4:5:4:11:4:5:4:12 chr4 57154755 . A ACTCTTC 37.22 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0541183;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=6;MLLD=157.081;QD=2.09693;RBI=0.0584671;REFB=-0.0137453;REVB=-0.0221272;RO=66;SAF=2;SAR=6;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431492;STB=0.803234;STBP=0.09;TYPE=ins;VARB=0.0686718;OID=.;OPOS=57154756;OREF=-;OALT=CTCTTC;OMAPALT=ACTCTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.112676:8:75:8:71:63:2:6:39:24:37:66:2:6:42:24 chr4 57180563 . G C 175.09 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0105593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.975;QD=20.0106;RBI=0.0320328;REFB=-0.0386621;REVB=0.0302423;RO=17;SAF=3;SAR=15;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149529;STB=0.508465;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.03364;OID=.;OPOS=57180563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:15:3:3:14:15:3:3:14 chr4 57180990 . A G 258.75 PASS AF=0.320755;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0218823;FXX=0.0185168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.5357;QD=9.76415;RBI=0.127189;REFB=-0.0223498;REVB=-0.125293;RO=69;SAF=15;SAR=19;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00945879;STB=0.507324;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0417612;OID=.;OPOS=57180990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:69:72:34:34:0.320755:19:15:31:38:19:15:31:41 chr4 57181629 . C T 423.75 PASS AF=0.448598;AO=47;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00502759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.351;QD=15.841;RBI=0.00523124;REFB=-0.0106634;REVB=0.00144544;RO=59;SAF=22;SAR=25;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615224;STB=0.528751;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0107739;OID=.;OPOS=57181629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:47:48:0.448598:25:22:24:35:26:22:24:35 chr4 57181632 . G C 1518.06 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.948;QD=58.3869;RBI=0.100677;REFB=0;REVB=0.0629118;RO=1;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903154;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56434e-05;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:95:104:1:0:94:104:1:52:42:0:1:59:45:0:0 chr4 57181995 . C T 267.49 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0149424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6;QD=16.2113;RBI=0.02886;REFB=-0.00293943;REVB=0.0246906;RO=34;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261409;STB=0.521262;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00378385;OID=.;OPOS=57181995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:36:30:30:0.454545:21:9:11:23:21:9:12:24 chr4 57182647 . G A 150.63 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0266661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.116;QD=12.2961;RBI=0.0284921;REFB=-0.0162929;REVB=-0.0100359;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278906;STB=0.636636;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0224507;OID=.;OPOS=57182647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:28:32:17:17:0.346939:7:10:9:19:7:10:12:20 chr4 57182758 . C T 409.96 PASS AF=0.466667;AO=41;DP=89;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0398271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.737;QD=18.2204;RBI=0.0401971;REFB=-0.0308142;REVB=-0.00544096;RO=47;SAF=18;SAR=23;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339194;STB=0.519283;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0444879;OID=.;OPOS=57182758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:47:48:41:42:0.466667:23:18:19:28:23:19:20:28 chr4 57194329 . G T 410.48 PASS AF=0.443299;AO=42;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0465854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1923;QD=16.9271;RBI=0.0502904;REFB=0.0155825;REVB=-0.0189454;RO=54;SAF=19;SAR=23;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121481;STB=0.596329;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0197473;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:42:43:0.443299:23:19:31:23:25:18:32:22 chr4 57204960 . A G 178.56 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00531433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.383;QD=31.0536;RBI=0.0167137;REFB=-0.00175783;REVB=-0.0158463;RO=6;SAF=11;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153494;STB=0.585004;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00140996;OID=.;OPOS=57204960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:6:11:2:4:6:11:2:4 chr4 57219592 . G A 237.48 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.012029;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.086;QD=13.57;RBI=0.0123423;REFB=-0.0283846;REVB=0.0027633;RO=41;SAF=10;SAR=18;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285527;STB=0.668557;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0343866;OID=.;OPOS=57219592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:18:10:26:15:18:10:27:15 chr4 57268328 . T C 420.6 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.000569207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.686;QD=17.8978;RBI=0.00142417;REFB=-0.00228423;REVB=-0.00130548;RO=51;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172758;STB=0.509654;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00242216;OID=.;OPOS=57268328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:21:22:27:24:21:22:27:24 chr4 57270197 . T C 183.04 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00980984;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.976;QD=9.63364;RBI=0.0100697;REFB=-0.00709966;REVB=0.00227293;RO=52;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929513;STB=0.554659;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0115769;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:52:52:24:24:0.315789:11:13:24:28:11:13:24:28 chr4 57361553 . A G 354.23 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00235855;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.503;QD=13.8912;RBI=0.0121064;REFB=-0.0102317;REVB=-0.0118745;RO=61;SAF=10;SAR=31;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323322;STB=0.684447;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0113724;OID=.;OPOS=57361553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:31:10:32:29:31:10:32:29 chr4 57368807 . C T 150.12 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0219218;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.721;QD=11.1199;RBI=0.023011;REFB=-0.00645537;REVB=-0.00699589;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02402;STB=0.514041;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.012708;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:35:35:19:19:0.351852:11:8:14:21:11:8:14:21 chr4 57368852 . A G 346.04 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0083866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.924;QD=24.7172;RBI=0.0148537;REFB=-0.00733553;REVB=-0.0122596;RO=22;SAF=14;SAR=20;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642892;STB=0.535311;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00537504;OID=.;OPOS=57368852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:20:14:11:11:20:14:11:11 chr4 57516896 . G A 255.81 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0163384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.461;QD=15.7419;RBI=0.0250135;REFB=-0.0289663;REVB=-0.0189402;RO=35;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133689;STB=0.583725;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0275311;OID=.;OPOS=57516896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:36:29:29:0.446154:11:18:17:18:11:18:17:19 chr4 57797414 . C T 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4082;QD=45.8034;RBI=0.0289649;REFB=0;REVB=-0.0225487;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.91007e-05;OID=.;OPOS=57797414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr4 57798189 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2059;QD=51.183;RBI=0.0410377;REFB=0;REVB=0.0403266;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498299;OID=.;OPOS=57798189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr4 57889677 . C T 704.48 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.019234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.976;QD=59.9555;RBI=0.0542613;REFB=-0.147793;REVB=0.050738;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00221007;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:25:20:1:0:26:20:1:0 chr4 62598689 . C G,T 1042.29 PASS AF=0.0410959,0.945205;AO=4,68;DP=73;FAO=3,69;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=3,37;FSAR=0,32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0189936,0.00374922;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=18.7693,93.7072;QD=57.1117;RBI=0.0268502,0.00757958;REFB=-0.0219312,-0.0343933;REVB=-0.0189783,0.00658737;RO=1;SAF=4,36;SAR=0,32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0129488;STB=0.5,0.506665;STBP=1,0.516;TYPE=snp,snp;VARB=0.126496,0.00110173;OID=.,.;OPOS=62598689,62598689;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:73:73:1:1:4,68:3,69:0.0410959,0.945205:0,32:4,36:1:0:0,32:3,37:1:0 chr4 62845388 . G C 1091.53 PASS AF=0.938272;AO=75;DP=82;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0125367;FXX=0.0121936;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.624;QD=53.9027;RBI=0.0125614;REFB=-0.0111296;REVB=-0.000786665;RO=5;SAF=36;SAR=39;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00945968;STB=0.505364;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=8.60159e-05;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:82:81:5:5:75:76:0.938272:39:36:2:3:39:37:2:3 chr4 66197804 . C T 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0120307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.167;QD=52.6961;RBI=0.0177507;REFB=-0.0415664;REVB=-0.0130519;RO=2;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408723;STB=0.52173;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000520542;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:22:27:0:2:22:27:0:2 chr4 67142620 . G A 426.09 PASS AF=0.914286;AO=30;DP=34;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0431281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7988;QD=48.6961;RBI=0.0438536;REFB=-0.135238;REVB=0.00794396;RO=2;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516984;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0101038;OID=.;OPOS=67142620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:35:2:3:30:32:0.914286:15:15:1:1:15:17:1:2 chr4 68374597 . C T 1069.09 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000160772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7403;QD=59.3937;RBI=0.0225486;REFB=0;REVB=-0.0225481;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153962;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:30:41:0:0:30:42:0:0 chr4 68376708 . T C 415.93 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.029762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.332;QD=53.6689;RBI=0.0305146;REFB=-0.0935476;REVB=0.00673534;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404293;STB=0.519987;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00288277;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:31:1:1:28:30:0.967742:11:17:0:1:12:18:0:1 chr4 68380215 . G A 1158.44 PASS AF=0.97561;AO=70;DP=75;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0607251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8248;QD=56.5094;RBI=0.107955;REFB=-0.0696839;REVB=0.0892565;RO=3;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00969004;STB=0.50187;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0124271;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:82:3:2:70:80:0.97561:38:32:1:2:46:34:1:1 chr4 68384008 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.171;QD=49.5991;RBI=0.0274084;REFB=0;REVB=0.0240718;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37612e-05;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr4 68436883 . T C 1157.68 PASS AF=0.987179;AO=58;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0789573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5259;QD=59.3681;RBI=0.0818906;REFB=-0.0535074;REVB=0.0217216;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000440619;OID=.;OPOS=68436883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:58:77:0.987179:41:17:0:0:42:35:1:0 chr4 68780399 . A G 3059.33 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375642;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.471;QD=63.736;RBI=0.0609841;REFB=0;REVB=0.0480415;RO=0;SAF=91;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44026e-05;OID=.;OPOS=68780399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:192:0:0:191:192:1:100:91:0:0:100:92:0:0 chr4 68784774 . T C,G 1279.6 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=80,4;DP=84;FAO=81,3;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37,1;FSAR=44,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176249,-0.0222471;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.833,76.0807;QD=60.9335;RBI=0.0178168,0.0444224;REFB=0,0;REVB=-0.00260828,-0.0384501;RO=0;SAF=36,2;SAR=44,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.28538e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00201632,0.109695;OID=.,.;OPOS=68784774,68784774;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:84:84:0:0:80,4:81,3:0.964286,0.0357143:44,2:36,2:0:0:44,2:37,1:0:0 chr4 68812283 . C T 569.97 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118141;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.866;QD=58.4581;RBI=0.0150893;REFB=-0.129726;REVB=0.00938696;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521727;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00101715;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:39:0:1:38:38:0.974359:27:11:0:0:27:11:1:0 chr4 68995529 . C T 1377.17 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1017;QD=62.5985;RBI=0.0596889;REFB=0;REVB=-0.0145825;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488284;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:53:35:0:0:53:35:0:0 chr4 69078113 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.614;QD=59.8394;RBI=0.0348073;REFB=0;REVB=0.0342194;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31844e-05;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr4 69094466 . T C 318.94 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0638791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9169;QD=26.5783;RBI=0.0884744;REFB=-0.00312842;REVB=0.0612143;RO=20;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10334;STB=0.562454;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0041019;OID=.;OPOS=69094466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:27:28:0.583333:17:10:10:10:18:10:10:10 chr4 69094507 . T A 729.39 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.635;QD=57.2072;RBI=0.017785;REFB=0;REVB=0.00449623;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37629e-05;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:31:20:0:0 chr4 69094575 . T G 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.515;QD=61.3265;RBI=0.0207365;REFB=0;REVB=0.0140209;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14829e-05;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr4 69095197 . T C 526.41 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000987653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1697;QD=56.9096;RBI=0.0296121;REFB=-0.0855295;REVB=0.0295956;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00323773;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:0:1:35:36:0.972973:19:16:0:0:19:17:1:0 chr4 69203551 . A T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.702;QD=62.3509;RBI=0.0168318;REFB=0;REVB=0.0163432;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11511e-05;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr4 69340500 . A G 634.69 PASS AF=0.961538;AO=47;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00686402;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.58;QD=48.8226;RBI=0.0266358;REFB=-0.0785673;REVB=0.0257362;RO=3;SAF=17;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760337;STB=0.52499;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00420317;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:3:2:47:50:0.961538:30:17:3:0:31:19:2:0 chr4 69536084 . A C 207.67 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.02037;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.268;QD=15.1032;RBI=0.0221923;REFB=-0.0138644;REVB=0.00880701;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479693;STB=0.52725;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0180313;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:14:17:12:12:14:17 chr4 69687987 . C A 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.886;QD=61.3326;RBI=0.0132885;REFB=0;REVB=0.00370747;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08666e-06;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr4 69795626 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00509726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3027;QD=16.6265;RBI=0.0875032;REFB=0.00771449;REVB=-0.0873546;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133159;STB=0.556731;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00584611;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:7:6:8:5:7:6:8:6 chr4 69962610 . A G 129.63 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0158204;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.397;QD=19.9423;RBI=0.0278828;REFB=0.0116921;REVB=0.0229601;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585624;STB=0.520519;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00824926;OID=.;OPOS=69962610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:27:26:13:12:14:14:0.538462:4:10:10:3:4:10:9:3 chr4 69964337 . AT TC 505.78 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181358;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=96.0766;QD=56.1975;RBI=0.0211395;REFB=-0.0115678;REVB=0.0108614;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=mnp;VARB=0.00182732;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:34:35:0.972222:15:19:0:1:16:19:0:1 chr4 69972949 . C G 2242.49 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177811;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.277;QD=63.6166;RBI=0.0185983;REFB=0;REVB=0.00545242;RO=0;SAF=65;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90782e-05;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:139:141:1:74:65:0:0:75:66:0:0 chr4 70066319 . G T 292.28 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0445315;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.502;QD=21.6507;RBI=0.0450752;REFB=-0.0108525;REVB=-0.00697942;RO=24;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671609;STB=0.50372;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00814626;OID=.;OPOS=70066319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:24:24:30:30:0.555556:14:16:13:11:14:16:13:11 chr4 70070366 . A T 122.8 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0229579;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2654;QD=15.3501;RBI=0.0321396;REFB=-0.045573;REVB=-0.022492;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214209;STB=0.622482;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0474571;OID=.;OPOS=70070366;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:14:4:6:8:14:4 chr4 70146230 . G A 306.26 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0460027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8986;QD=47.1167;RBI=0.0461729;REFB=-0.154639;REVB=0.00396071;RO=2;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770585;STB=0.541632;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00985138;OID=.;OPOS=70146230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:11:13:0:2:11:13:0:2 chr4 70146719 . G C 753.56 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9838;QD=56.8725;RBI=0.0184549;REFB=0;REVB=-0.0151836;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235572;OID=.;OPOS=70146719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr4 70296603 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1089;QD=51.9148;RBI=0.0538612;REFB=0;REVB=-0.00855546;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840185;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr4 70296618 . G C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=18;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0163801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.009;QD=16.6155;RBI=0.0479667;REFB=-0.000731623;REVB=-0.0450833;RO=20;SAF=16;SAR=2;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.66015;STB=0.934529;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00063204;OID=.;OPOS=70296618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:18:17:0.447368:2:16:4:16:1:16:4:17 chr4 70296641 . A G 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.000341741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.545;QD=14.335;RBI=0.0115213;REFB=-0.0163589;REVB=0.0115162;RO=26;SAF=16;SAR=1;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.739204;STB=0.932404;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00918594;OID=.;OPOS=70296641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:1:16:7:19:1:16:7:19 chr4 70296644 . A G 153.39 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00980492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.054;QD=13.9444;RBI=0.0252806;REFB=-0.0255882;REVB=-0.0233018;RO=26;SAF=16;SAR=1;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.724877;STB=0.929687;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0107329;OID=.;OPOS=70296644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:27:17:17:0.386364:1:16:8:18:1:16:8:19 chr4 70296648 . T G 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0299507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.324;QD=13.9481;RBI=0.0433652;REFB=0.00281685;REVB=-0.0313607;RO=25;SAF=16;SAR=1;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.718232;STB=0.929687;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00890954;OID=.;OPOS=70296648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:27:17:17:0.386364:1:16:8:17:1:16:8:19 chr4 70296653 . GCCT TGGG 143.03 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00442727;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=4;MLLD=252.36;QD=13.622;RBI=0.00958889;REFB=-0.00197285;REVB=-0.00850566;RO=24;SAF=15;SAR=1;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.737339;STB=0.931115;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00578752;OID=.;OPOS=70296653;OREF=GCCT;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:24:26:16:16:0.380952:1:15:6:18:1:15:7:19 chr4 70296660 . A G 180.8 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00803365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5404;QD=15.3875;RBI=0.0728399;REFB=0.00095285;REVB=0.0723955;RO=27;SAF=17;SAR=2;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.64922;STB=0.872437;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000213817;OID=.;OPOS=70296660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:28:19:19:0.404255:2:17:8:19:2:17:9:19 chr4 70296662 . C T 138.39 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00706829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.725;QD=11.7778;RBI=0.0168918;REFB=-0.00768852;REVB=-0.0153418;RO=31;SAF=4;SAR=12;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517634;STB=0.801637;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.022455;OID=.;OPOS=70296662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:12:4:23:8:12:4:23:8 chr4 70296734 . T C 31.36 PASS AF=0.193548;AO=5;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00147419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.648;QD=4.047;RBI=0.0381728;REFB=-0.00834384;REVB=0.0381443;RO=24;SAF=4;SAR=1;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142332;STB=0.634413;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0309925;OID=.;OPOS=70296734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:30:31:24:25:5:6:0.193548:1:4:17:7:1:5:18:7 chr4 70355211 . T C 905.92 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0450148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.964;QD=56.6198;RBI=0.051701;REFB=-0.0671874;REVB=0.0254295;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017815;STB=0.509431;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000474054;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:37:26:1:0:37:26:1:0 chr4 70513139 . C T 740.21 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.56;QD=56.9392;RBI=0.049115;REFB=0;REVB=-0.0467629;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000798666;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:16:36:0:0:16:36:0:0 chr4 70807771 . C T 165.07 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0065823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5538;QD=12.4579;RBI=0.0390939;REFB=-0.0341636;REVB=-0.0385358;RO=33;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272608;STB=0.65866;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0295826;OID=.;OPOS=70807771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:6:14:15:18:6:14:15:18 chr4 70821025 . A G 176.63 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0760592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.5039;QD=14.1304;RBI=0.0765002;REFB=0.0195403;REVB=0.00820189;RO=31;SAF=5;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258098;STB=0.650994;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0291445;OID=.;OPOS=70821025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:14:5:15:16:14:5:15:16 chr4 70898907 . C T 370.65 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00669285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.938;QD=17.2394;RBI=0.0126508;REFB=-0.0248093;REVB=-0.0107354;RO=41;SAF=13;SAR=26;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169492;STB=0.542351;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0280006;OID=.;OPOS=70898907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:47:39:39:0.453488:26:13:13:28:26:13:19:28 chr4 70898953 . C T 346.33 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0193638;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5151;QD=19.5115;RBI=0.0360669;REFB=-0.00611996;REVB=-0.030428;RO=34;SAF=17;SAR=18;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144878;STB=0.577423;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00630851;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:35:36:0.507042:18:17:11:23:18:18:12:23 chr4 70944452 . G A 1708.3 PASS AF=1;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00619351;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.545;QD=61.0109;RBI=0.0067644;REFB=0;REVB=0.00271986;RO=0;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208845;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:112:0:0:112:112:1:58:54:0:0:58:54:0:0 chr4 71027352 . G A 290.53 PASS AF=0.535714;AO=27;DP=54;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0596069;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0047;QD=20.752;RBI=0.0597616;REFB=-0.015005;REVB=0.00429753;RO=26;SAF=5;SAR=22;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455954;STB=0.735829;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.016277;OID=.;OPOS=71027352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:26:26:27:30:0.535714:22:5:17:9:24:6:17:9 chr4 71114956 . G T 117.22 PASS AF=0.416667;AO=13;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0399461;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1283;QD=13.024;RBI=0.0556412;REFB=-0.0352546;REVB=0.0387332;RO=20;SAF=1;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554829;STB=0.693048;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0318184;OID=.;OPOS=71114956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:13:15:0.416667:12:1:9:11:12:3:10:11 chr4 71201388 . C T 473.77 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6619;QD=57.4271;RBI=0.0200715;REFB=0;REVB=0.0190621;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198823;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:9:23:0:0:10:23:0:0 chr4 71201943 . A G 202.91 PASS AF=0.526316;AO=17;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0199178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.76;QD=21.3584;RBI=0.0201582;REFB=-0.0105142;REVB=0.00310365;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112978;STB=0.54995;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00688912;OID=.;OPOS=71201943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:11:18:17:20:0.526316:9:8:5:6:9:11:8:10 chr4 71232388 . G A 174.64 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00923624;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.526;QD=11.6424;RBI=0.00998178;REFB=-0.00790724;REVB=-0.00378521;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19149;STB=0.599913;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0103523;OID=.;OPOS=71232388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:38:22:22:0.366667:11:11:25:12:11:11:25:13 chr4 71232430 . T C 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.431;QD=61.674;RBI=0.00726213;REFB=0;REVB=-0.00715544;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5325e-05;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr4 71232701 . C T 45.85 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0262538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6842;QD=26.2018;RBI=0.0272326;REFB=-0.127083;REVB=0.00723573;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00846563;OID=.;OPOS=71232701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:6:6:0.857143:4:2:0:0:4:2:1:0 chr4 71255767 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.341;QD=61.6837;RBI=0.0507061;REFB=0;REVB=0.0470514;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375506;OID=.;OPOS=71255767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr4 71384488 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00648495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.661;QD=19.4668;RBI=0.00856759;REFB=-0.0212055;REVB=-0.00559901;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287106;STB=0.662501;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0264022;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:7:15:9:15:7:15:9:15 chr4 71396989 . C T 242.42 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0200951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1752;QD=14.918;RBI=0.0233752;REFB=-0.00332405;REVB=-0.011941;RO=37;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161558;STB=0.59177;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00513204;OID=.;OPOS=71396989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:18:10:19:18:18:10:19:18 chr4 71468332 . G C 117.11 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00575219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2619;QD=12.0115;RBI=0.00646331;REFB=-0.0190435;REVB=0.0029473;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12338;STB=0.57242;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0245225;OID=.;OPOS=71468332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:6:8:17:8:6:8:17:8 chr4 71508013 . C T 67.47 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0500886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.0231;QD=14.2047;RBI=0.0761636;REFB=-0.0209473;REVB=-0.0573761;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650008;STB=0.538374;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.011469;OID=.;OPOS=71508013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:6:4:3:6:6:4 chr4 71657772 . G A,C 711.16 PASS AF=0.962264,0.0188679;AO=51,2;DP=53;FAO=51,1;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24,0;FSAR=27,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273573,0.0191594;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.001,21.1822;QD=53.6726;RBI=0.0420945,0.037602;REFB=0.0014773,0.0637274;REVB=0.0319926,-0.0323547;RO=0;SAF=25,0;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.94283e-08,0;STB=0.5102,0.989913;STBP=0.334,0.496;TYPE=snp,snp;VARB=0.000846977,0.0824008;OID=.,.;OPOS=71657772,71657772;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:53:53:0:1:51,2:51,1:0.962264,0.0188679:26,2:25,0:0:0:27,1:24,0:1:0 chr4 71704965 . C T 708.53 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.303;QD=62.9801;RBI=0.0757468;REFB=0;REVB=0.0599498;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574488;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:29:15:0:0:30:15:0:0 chr4 71849697 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.797;QD=61.3363;RBI=0.00848187;REFB=0;REVB=0.00569667;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70651e-05;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr4 71849888 . G T 591.98 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.595;QD=60.7154;RBI=0.0630693;REFB=0;REVB=0.0559018;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230699;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:19:20:0:0 chr4 72425863 . C T 212.73 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00458424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.602;QD=19.789;RBI=0.0388404;REFB=-0.0152407;REVB=-0.038569;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511101;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0111825;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:11:10:10:11:11:10:10:12 chr4 72433642 . TG T,TT 181.57 PASS AF=0.434783,0;AO=15,5;DP=46;FAO=20,0;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7,0;FSAR=13,0;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.00244778,-0.00663292;FXX=0.041658;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.606,217.466;QD=15.7891;RBI=0.0163076,0.0108922;REFB=0.00767586,0.00410945;REVB=0.0161229,0.00863974;RO=24;SAF=7,0;SAR=8,5;SRF=5;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.283904,-0.590374;STB=0.603967,0.5;STBP=0.292,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.011035,0;OID=.,.;OPOS=72433643,72433643;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783,0:15,5:46:20,0:46:26:7,0:13,0:5:21:99:24:7,0:8,5:5:19 chr4 72434670 . A G 344.05 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0122662;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.97;QD=18.852;RBI=0.0152417;REFB=-0.0229656;REVB=-0.00904704;RO=37;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115666;STB=0.564505;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0175637;OID=.;OPOS=72434670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:37:37:36:36:0.493151:22:14:19:18:22:14:19:18 chr4 72436804 . G A 603.62 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0197603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.096;QD=20.4616;RBI=0.0199518;REFB=-0.02387;REVB=0.00275757;RO=56;SAF=22;SAR=39;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947242;STB=0.557286;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0233826;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:57:61:61:0.516949:39:22:26:30:39:22:27:30 chr4 72618296 . T C 1451.2 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0519701;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.041;QD=61.1033;RBI=0.06592;REFB=-0.152894;REVB=0.0405532;RO=1;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903078;STB=0.509432;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00181446;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:95:1:2:93:93:0.978947:52:41:0:1:52:41:0:2 chr4 72618334 . A C 491.47 PASS AF=0.481818;AO=52;DP=109;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00397731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.047;QD=17.8715;RBI=0.00524923;REFB=-0.0104573;REVB=-0.0034257;RO=56;SAF=21;SAR=31;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665253;STB=0.513364;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0116388;OID=.;OPOS=72618334;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:56:57:52:53:0.481818:31:21:23:33:32:21:24:33 chr4 72649774 . G A 143.08 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0576675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5911;QD=14.6745;RBI=0.0601507;REFB=-0.0232047;REVB=-0.0171047;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00280785;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0497487;OID=.;OPOS=72649774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:13:10:7:9:13:10 chr4 73433122 . GAAA GAA,GAAG 217.88 PASS AF=0.446429,0.0357143;AO=24,3;DP=56;FAO=25,2;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12,1;FSAR=13,1;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.150624,-0.020142;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.9448,28.7174;QD=15.5629;RBI=0.151575,0.0221734;REFB=-0.00955825,-0.00592181;REVB=-0.0169484,0.0092713;RO=29;SAF=12,1;SAR=12,2;SRF=13;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0499484,-0.123112;STB=0.517074,0.547912;STBP=0.814,0.863;TYPE=del,snp;VARB=0.00292735,0.0889331;OID=.,.;OPOS=73433123,73433125;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446429,0.0357143:24,3:56:25,2:56:29:12,1:13,1:13:16:99:29:12,1:12,2:13:16 chr4 73930552 . G A 772.79 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00876278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.7;QD=61.8229;RBI=0.0110078;REFB=-0.0763905;REVB=0.0066623;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017757;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000658385;OID=.;OPOS=73930552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:23:26:1:0:23:26:1:0 chr4 73956736 . G A 159.85 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.426;QD=45.67;RBI=0.0338728;REFB=0;REVB=0.0256577;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458974;OID=.;OPOS=73956736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr4 73991006 . T C 804.94 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.062;QD=64.3951;RBI=0.0695132;REFB=0;REVB=0.00253362;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392463;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr4 74285239 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.691;QD=47.8216;RBI=0.0628778;REFB=0;REVB=0.0628618;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970875;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr4 74302071 . T A 721.06 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.28;QD=55.4663;RBI=0.0103927;REFB=0;REVB=-0.00285636;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56884e-05;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:31:20:0:0:31:21:0:0 chr4 74318330 . A G 525.49 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0796367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3039;QD=53.8961;RBI=0.0803296;REFB=-0.194608;REVB=-0.0105282;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021769;STB=0.511622;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00391879;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:1:1:36:38:0.974359:21:15:0:1:21:17:0:1 chr4 74347503 . TA T 446.35 PASS AF=0.982456;AO=42;DP=59;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0808105;FXX=0.0338926;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.8076;QD=31.3227;RBI=0.198873;REFB=-0.060253;REVB=-0.181714;RO=6;SAF=22;SAR=20;SRF=2;SRR=4;SSEN=0.328125;SSEP=0;SSSB=0.0444661;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=del;VARB=0.0239408;OID=.;OPOS=74347504;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.982456:42:59:56:57:1:25:31:1:0:3:6:22:20:2:4 chr4 74361142 . G A 231.56 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0434457;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.465;QD=22.5916;RBI=0.0454949;REFB=-0.0312314;REVB=-0.0135002;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217906;STB=0.528276;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.029391;OID=.;OPOS=74361142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:19:22:22:0.536585:8:14:11:7:8:14:11:8 chr4 74447510 . A C 1045.87 PASS AF=0.91358;AO=74;DP=81;FAO=74;FDP=81;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0120826;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.663;QD=51.648;RBI=0.0138578;REFB=-0.00707163;REVB=-0.00678594;RO=7;SAF=41;SAR=33;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502856;STB=0.526648;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000119468;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:81:81:7:7:74:74:0.91358:33:41:6:1:33:41:6:1 chr4 74714098 . G A 378.52 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0481621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.515;QD=16.4576;RBI=0.0522597;REFB=-0.0127347;REVB=-0.0202852;RO=51;SAF=25;SAR=15;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286231;STB=0.655004;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0244387;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:52:40:40:0.434783:15:25:17:34:15:25:18:34 chr4 74770221 . A T 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00574024;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.068;QD=19.4205;RBI=0.0206222;REFB=-0.0231991;REVB=0.0198072;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309158;STB=0.517229;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0133337;OID=.;OPOS=74770221;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:15:14:14:13:15:14:14:13 chr4 74863997 . T C 685.95 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0236463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2124;QD=48.9967;RBI=0.0692823;REFB=-0.130822;REVB=0.0651221;RO=4;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782673;STB=0.541651;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0096911;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:56:56:4:4:52:52:0.928571:22:30:0:4:22:30:0:4 chr4 74904296 . G T 79.16 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00947428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.322;QD=28.7846;RBI=0.239185;REFB=-0.052319;REVB=0.238998;RO=2;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110633;STB=0.562371;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00200849;OID=.;OPOS=74904296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:11:2:2:8:9:0.818182:1:7:2:0:2:7:2:0 chr4 75023609 . T C 669.81 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0918507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9851;QD=62.3076;RBI=0.0936062;REFB=0;REVB=-0.0180436;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137902;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr4 75046465 . C G 501.38 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6799;QD=58.9859;RBI=0.0382092;REFB=0;REVB=0.030495;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113403;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr4 75168785 . A G 715.26 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113267;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.183;QD=57.221;RBI=0.11549;REFB=0;REVB=0.0225477;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047501;OID=.;OPOS=75168785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr4 75248434 . A G 1324.2 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268217;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.741;QD=62.3153;RBI=0.0268721;REFB=0;REVB=0.00164637;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25248e-05;OID=.;OPOS=75248434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:54:31:0:0:54:31:0:0 chr4 75254282 . G A 1418.81 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327336;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.342;QD=63.058;RBI=0.006748;REFB=0;REVB=0.0059009;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98236e-07;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:49:41:0:0:49:41:0:0 chr4 75937971 . C T 57.1 PASS AF=0.3;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0167612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1403;QD=7.61388;RBI=0.0735194;REFB=-0.0159916;REVB=0.0715832;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726634;STB=0.545355;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0799624;OID=.;OPOS=75937971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:29:30:21:21:8:9:0.3:3:5:13:8:4:5:13:8 chr4 75938179 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0462708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5158;QD=16.1989;RBI=0.0493185;REFB=-0.0141306;REVB=-0.0170681;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0206646;OID=.;OPOS=75938179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr4 75938236 . A G 31.89 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00209385;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.133;QD=10.6291;RBI=0.0247611;REFB=0.00660015;REVB=0.0246724;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260267;STB=0.665925;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00764935;OID=.;OPOS=75938236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:4:3:1:4:4:3 chr4 76407217 . A ACT,T 1472.52 PASS AF=0.915789,0.0842105;AO=87,8;DP=100;FAO=87,8;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42,5;FSAR=45,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150871,0.0279898;FXX=0.0206164;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=241.54,89.6248;QD=62.0009;RBI=0.015196,0.0504897;REFB=0,0;REVB=0.00181619,0.0420212;RO=5;SAF=42,5;SAR=45,3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00852029,0.151251;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0013588,-0.0259766;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:100:95:5:0:87,8:87,8:0.915789,0.0842105:45,3:42,5:2:3:45,3:42,5:0:0 chr4 76455189 . G GA 31.77 PASS AF=0.25;AO=8;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.049519;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.5167;QD=4.53887;RBI=0.0532792;REFB=0.00851333;REVB=0.0196607;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23131;STB=0.574264;STBP=0.723;TYPE=ins;VARB=-0.0294854;OID=.;OPOS=76455190;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:8:28:7:28:21:3:4:7:14:31:20:4:4:6:14 chr4 76489345 . C T 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0326417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6595;QD=27.3904;RBI=0.0873675;REFB=-0.0131806;REVB=-0.0810408;RO=11;SAF=16;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146344;STB=0.58173;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00549031;OID=.;OPOS=76489345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:4:16:7:4:4:16:7:4 chr4 76489582 . G A 268.74 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0446281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.032;QD=22.3951;RBI=0.044631;REFB=0.00654045;REVB=0.000503373;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425862;STB=0.523791;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00915316;OID=.;OPOS=76489582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:9:14:14:11:9:14 chr4 76720885 . T C 146.79 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0208114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.064;QD=11.2912;RBI=0.0223701;REFB=-0.0102595;REVB=-0.00820414;RO=33;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141457;STB=0.594486;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0225369;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:12:6:15:18:12:6:16:18 chr4 76722353 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2438;QD=56.7059;RBI=0.0572103;REFB=0;REVB=-0.0543285;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161065;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr4 76730195 . A G 172.09 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00587276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.834;QD=16.0083;RBI=0.00588663;REFB=-0.00759803;REVB=0.000403783;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905899;STB=0.540942;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00681175;OID=.;OPOS=76730195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:18:19:0.44186:13:5:5:19:14:5:5:19 chr4 76787673 . T C 960.58 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6415;QD=58.217;RBI=0.0626306;REFB=0;REVB=0.0624172;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196313;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:30:33:0:0:33:33:0:0 chr4 76793228 . A G 974.53 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00918837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.412;QD=57.3255;RBI=0.113528;REFB=0.0233081;REVB=-0.113156;RO=1;SAF=48;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974522;STB=0.505153;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.000600635;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:19:48:1:0:19:48:1:0 chr4 76794345 . T G 1110.1 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00069708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.397;QD=59.2052;RBI=0.0023166;REFB=0;REVB=0.00220924;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72308e-05;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:39:34:0:0:40:35:0:0 chr4 76805902 . C T 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2689;QD=57.104;RBI=0.00867305;REFB=0;REVB=-0.00228128;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25898e-05;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr4 76807218 . C G 340.36 PASS AF=0.707317;AO=28;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00895237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1736;QD=33.206;RBI=0.0271431;REFB=-0.00885159;REVB=-0.0256243;RO=12;SAF=10;SAR=18;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351547;STB=0.511537;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0179283;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:28:29:0.707317:18:10:5:7:18:11:5:7 chr4 76807249 . C G 243.63 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00783053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2975;QD=23.7692;RBI=0.0858498;REFB=-0.00661507;REVB=-0.085492;RO=18;SAF=5;SAR=18;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310759;STB=0.674833;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.02151;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:18:5:10:8:18:5:10:8 chr4 76807251 . AC AA,GA 237.62 PASS AF=0.5,0.075;AO=20,3;DP=41;FAO=20,3;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=3,2;FSAR=17,1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0476026,-0.0180949;FXX=0.0243843;HRUN=3,2;LEN=1,2;MLLD=40.1953,59.6159;QD=23.762;RBI=0.0476283,0.0290116;REFB=-0.00534711,-0.00746399;REVB=-0.00156586,-0.0226771;RO=17;SAF=3,2;SAR=17,1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.404328,0.153843;STB=0.730914,0.619869;STBP=0.008,0.688;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00222627,0.0250888;OID=.,.;OPOS=76807252,76807251;OREF=C,AC;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:17:20,3:20,3:0.5,0.075:17,1:3,2:9:8:17,1:3,2:9:8 chr4 76807270 . C T 244.1 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0276635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.725;QD=23.2473;RBI=0.0326182;REFB=-0.0233217;REVB=0.0172824;RO=18;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25749;STB=0.635388;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0219646;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:17:6:10:8:17:6:10:9 chr4 76807288 . A G 220.89 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00726152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.146;QD=18.0321;RBI=0.0126091;REFB=-0.0448359;REVB=0.0103082;RO=27;SAF=4;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377276;STB=0.682695;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0386273;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:17:4:14:13:17:5:14:13 chr4 76807302 . A G 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0743486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5307;QD=17.5872;RBI=0.0762;REFB=-0.000114092;REVB=-0.0166952;RO=27;SAF=5;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31839;STB=0.693688;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00209357;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:17:5:14:13:17:5:15:13 chr4 76807304 . A G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0032141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.258;QD=17.588;RBI=0.0182067;REFB=0.00142346;REVB=0.0179208;RO=28;SAF=5;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337068;STB=0.693688;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00114143;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:17:5:15:13:17:5:15:13 chr4 76807313 . C A 192.79 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0216407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.646;QD=14.8298;RBI=0.0239634;REFB=0.00722694;REVB=0.0102919;RO=28;SAF=5;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337068;STB=0.697073;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00354795;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:30:22:22:0.423077:17:5:15:13:17:5:16:14 chr4 76807325 . T A 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.011805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.505;QD=11.4912;RBI=0.0118434;REFB=-0.00720504;REVB=-0.000953273;RO=32;SAF=4;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393427;STB=0.733744;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0102634;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:12:4:19:13:12:4:19:13 chr4 76807334 . T C 59.17 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0289776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.907;QD=5.25928;RBI=0.0306242;REFB=-0.00218435;REVB=0.00990672;RO=36;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201229;STB=0.630789;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0360752;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:5:4:22:14:5:4:22:14 chr4 76809386 . A G 1878.96 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530986;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1098;QD=61.6052;RBI=0.0621965;REFB=0;REVB=-0.0323873;RO=0;SAF=77;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03226e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108474;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:45:77:0:0:45:77:0:0 chr4 76836137 . A G 210.99 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00399206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3973;QD=12.0563;RBI=0.00407664;REFB=-0.0209867;REVB=0.000826114;RO=44;SAF=8;SAR=18;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220726;STB=0.627805;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0356467;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:18:8:22:22:18:8:22:22 chr4 76942943 . C G 1138.59 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129816;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4128;QD=60.7247;RBI=0.00844853;REFB=0;REVB=-0.0083482;RO=0;SAF=25;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278217;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:50:25:0:0:50:25:0:0 chr4 76943137 . G C 1114.99 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109541;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4865;QD=60.2698;RBI=0.129648;REFB=0;REVB=0.0693497;RO=0;SAF=21;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222855;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:52:21:0:0:53:21:0:0 chr4 76955913 . CT C,CC 618.55 PASS AF=0.0731707,0.926829;AO=5,36;DP=41;FAO=3,38;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261368,0.0283868;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=253.188,270.682;QD=60.3461;RBI=0.0397046,0.0462185;REFB=0,0;REVB=0.0298885,0.0364738;RO=0;SAF=4,27;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.018577,-0.000410368;OID=.,.;OPOS=76955914,76955914;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0731707,0.926829:5,36:41:3,38:41:0:2,29:1,9:0:0:10:0:4,27:1,9:0:0 chr4 76956188 . T C 811.87 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116041;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.785;QD=54.1248;RBI=0.0116777;REFB=-0.175858;REVB=0.00130952;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165496;STB=0.500575;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000122925;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:60:1:2:58:58:0.966667:30:28:1:0:30:28:1:1 chr4 77021433 . C T 310.9 PASS AF=0.622222;AO=24;DP=41;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0183577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.566;QD=27.6359;RBI=0.020533;REFB=0.00899428;REVB=-0.00919777;RO=17;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531724;STB=0.538434;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00657355;OID=.;OPOS=77021433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:17:17:24:28:0.622222:11:13:8:9:12:16:8:9 chr4 77033590 . C T 336.34 PASS AF=0.402174;AO=36;DP=93;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00462334;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.364;QD=14.6234;RBI=0.0212501;REFB=-0.0186455;REVB=-0.0207411;RO=55;SAF=14;SAR=22;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719632;STB=0.530104;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0257237;OID=.;OPOS=77033590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:55:55:36:37:0.402174:22:14:25:30:22:15:25:30 chr4 77055474 . A G 179.92 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0103008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.859;QD=12.6257;RBI=0.0167171;REFB=-0.00906999;REVB=0.0131665;RO=33;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184081;STB=0.625925;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0125237;OID=.;OPOS=77055474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:35:22:22:0.385965:15:7:16:17:15:7:18:17 chr4 77057501 . A G 425.43 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00625573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.422;QD=18.9081;RBI=0.0175051;REFB=-0.00953461;REVB=0.0163492;RO=47;SAF=30;SAR=12;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287478;STB=0.663841;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00914986;OID=.;OPOS=77057501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:47:47:42:43:0.477778:12:30:20:27:12:31:20:27 chr4 77065318 . C CTGT,T 402.05 PASS AF=0.355769,0.0961538;AO=35,10;DP=114;FAO=37,10;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=16,2;FSAR=21,8;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0322267,-0.0329131;FXX=0.0370336;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=136.046,173.025;QD=15.4636;RBI=0.0336778,0.0336163;REFB=-0.0258259,-0.0147792;REVB=0.00977924,-0.00683965;RO=68;SAF=14,2;SAR=21,8;SRF=40;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.213103,-0.457724;STB=0.567531,0.794586;STBP=0.303,0.057;TYPE=ins,snp;VARB=0.0245736,0.0828112;OID=.,.;OPOS=77065319,77065318;OREF=-,C;OALT=TGT,T;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:104:68:57:35,10:37,10:0.355769,0.0961538:21,8:14,2:40:28:21,8:16,2:31:26 chr4 77065580 . T C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0186334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.763;QD=12.0145;RBI=0.0239748;REFB=-0.0146279;REVB=0.015086;RO=33;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332136;STB=0.698735;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0209999;OID=.;OPOS=77065580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:7:13:11:22:7:13:11:23 chr4 77081814 . G C 255.6 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0170494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.901;QD=29.2108;RBI=0.0170733;REFB=-0.00397059;REVB=0.000903019;RO=12;SAF=9;SAR=14;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164734;STB=0.509083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00172215;OID=.;OPOS=77081814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:14:9:5:7:14:9:5:7 chr4 77201487 . C T 145.42 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0306461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9179;QD=17.6262;RBI=0.0367913;REFB=-0.0144424;REVB=0.0203572;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318274;STB=0.529374;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0210798;OID=.;OPOS=77201487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:15:16:0.484848:11:4:5:12:12:4:5:12 chr4 77305346 . A G 208.98 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00612909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2975;QD=18.5761;RBI=0.00626144;REFB=-0.00541876;REVB=-0.00128059;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114699;STB=0.565154;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0063334;OID=.;OPOS=77305346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:12:12:8:13:12:12 chr4 77662190 . G A 251.0 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=47;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.103373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6022;QD=20.4897;RBI=0.104581;REFB=0.00107467;REVB=0.0158504;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421143;STB=0.531225;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00131622;OID=.;OPOS=77662190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:25:25:22:24:0.489796:15:7:7:18:16:8:7:18 chr4 78079772 . G A 277.02 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0105554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.727;QD=11.307;RBI=0.0128396;REFB=-0.0151802;REVB=-0.00731028;RO=64;SAF=22;SAR=11;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295833;STB=0.67557;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0291858;OID=.;OPOS=78079772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:65:33:33:0.336735:11:22:26:38:11:22:26:39 chr4 78634775 . G GTC 119.88 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.0134319;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.059;QD=11.6959;RBI=0.0134414;REFB=-0.00160471;REVB=0.000504331;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196911;STB=0.671435;STBP=0.156;TYPE=ins;VARB=0.00334808;OID=.;OPOS=78634776;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.341463:14:44:14:41:27:6:8:5:22:99:30:6:8:8:22 chr4 78638730 . T C 313.8 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.000580892;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4936;QD=22.0211;RBI=0.00863847;REFB=-0.00915547;REVB=0.00861892;RO=24;SAF=26;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425245;STB=0.731298;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00401407;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:25:32:32:0.561404:6:26:8:16:6:26:9:16 chr4 78669454 . A G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0060387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.89;QD=17.5879;RBI=0.0117756;REFB=-0.00972461;REVB=0.0101093;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165649;STB=0.509425;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0109438;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:11:17:13:9:11:17 chr4 78987157 . A G 580.94 PASS AF=0.541284;AO=54;DP=105;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.0125814;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.123;QD=21.3189;RBI=0.0199361;REFB=-0.0207995;REVB=0.0154647;RO=49;SAF=15;SAR=39;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135189;STB=0.513709;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0194426;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:49:50:54:59:0.541284:39:15:13:36:41:18:14:36 chr4 78989672 . G C 372.44 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0276894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.783;QD=15.2016;RBI=0.0319971;REFB=-0.0201294;REVB=0.0160347;RO=58;SAF=12;SAR=28;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132539;STB=0.575303;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0314585;OID=.;OPOS=78989672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:28:12:24:34:28:12:24:34 chr4 78989716 . T C 316.5 PASS AF=0.402299;AO=34;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0455716;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.273;QD=14.5519;RBI=0.047267;REFB=-0.0213175;REVB=-0.0125461;RO=51;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331804;STB=0.503874;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0391796;OID=.;OPOS=78989716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:52:34:35:0.402299:21:13:18:33:22:13:19:33 chr4 79186047 . G A 292.39 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0658706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.256;QD=14.6192;RBI=0.0722244;REFB=-0.00205323;REVB=0.0296212;RO=45;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869577;STB=0.5475;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00158103;OID=.;OPOS=79186047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:47:33:33:0.4125:17:16:18:27:17:16:19:28 chr4 79186171 . G A 994.55 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00260563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.371;QD=57.6551;RBI=0.0191789;REFB=-0.0940383;REVB=0.0190011;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00028439;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:31:37:0:0:31:37:0:1 chr4 79205699 . T A 346.33 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.00700324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.298;QD=16.8942;RBI=0.0115659;REFB=-0.029818;REVB=-0.00920458;RO=44;SAF=15;SAR=22;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113613;STB=0.554752;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0353782;OID=.;OPOS=79205699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:22:15:13:31:22:15:14:31 chr4 79238649 . T C 376.55 PASS AF=0.42268;AO=40;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.00523047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.873;QD=15.5279;RBI=0.0101156;REFB=-0.0123724;REVB=-0.00865834;RO=55;SAF=20;SAR=20;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159189;STB=0.575722;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0178685;OID=.;OPOS=79238649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:40:41:0.42268:20:20:19:36:21:20:20:36 chr4 79240063 . A G 419.4 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.018234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2325;QD=20.2119;RBI=0.060081;REFB=-0.00443795;REVB=-0.0572472;RO=41;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114141;STB=0.506326;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00362262;OID=.;OPOS=79240063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:22:20:19:22:22:20:19:22 chr4 79284694 . C T 281.67 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00417227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.879;QD=17.0706;RBI=0.00862572;REFB=-0.0338283;REVB=0.00754951;RO=35;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956469;STB=0.553734;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0272156;OID=.;OPOS=79284694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:19:12:17:18:19:12:17:18 chr4 79300993 . G A 363.36 PASS AF=0.506667;AO=32;DP=72;FAO=38;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0179524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7034;QD=19.3792;RBI=0.14428;REFB=0.0273271;REVB=0.143159;RO=20;SAF=22;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690988;STB=0.639584;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0313029;OID=.;OPOS=79300993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:20:37:32:38:0.506667:10:22:12:8:13:25:14:23 chr4 79367957 . ATTC A 166.82 PASS AF=0.356322;AO=29;DP=88;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.00979923;FXX=0.0333296;HRUN=2;LEN=3;MLLD=249.76;QD=7.66989;RBI=0.00990027;REFB=0.00321336;REVB=0.0014108;RO=51;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292599;STB=0.510995;STBP=0.916;TYPE=del;VARB=-0.00580212;OID=.;OPOS=79367958;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356322:29:88:31:87:56:11:20:19:37:99:51:9:20:17:34 chr4 79372930 . C T 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00636874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.017;QD=22.7949;RBI=0.0333268;REFB=0.00207496;REVB=-0.0327126;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172667;STB=0.596252;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00432806;OID=.;OPOS=79372930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:11:13:7:14:11:13:7:14 chr4 79385719 . G A 725.34 PASS AF=0.493056;AO=71;DP=146;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0104182;FXX=0.0204068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.168;QD=20.1484;RBI=0.0104386;REFB=-0.0146431;REVB=-0.000651619;RO=73;SAF=35;SAR=36;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000177284;STB=0.500098;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0145646;OID=.;OPOS=79385719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:73:73:71:71:0.493056:36:35:36:37:36:35:36:37 chr4 79387464 . A G 1329.21 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9361;QD=61.8238;RBI=0.0557849;REFB=0;REVB=0.0327672;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93231e-05;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:39:46:0:0:39:47:0:0 chr4 79387586 . A G 228.11 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0580174;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.2547;QD=21.7246;RBI=0.0633907;REFB=0.0175416;REVB=-0.0255414;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320626;STB=0.679167;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00901785;OID=.;OPOS=79387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:8:14:5:15:8:14:5:15 chr4 79400868 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00515184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.34;QD=14.4115;RBI=0.0191062;REFB=-0.0135054;REVB=-0.0183985;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277631;STB=0.516111;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0180022;OID=.;OPOS=79400868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:12:6:10:18:12:6:10:18 chr4 79432455 . A C 685.4 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=129;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.000169217;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.274;QD=21.5875;RBI=0.0206333;REFB=-0.0127694;REVB=-0.0206326;RO=60;SAF=29;SAR=38;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129349;STB=0.571005;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.011539;OID=.;OPOS=79432455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:60:60:67:67:0.527559:38:29:35:25:38:29:35:25 chr4 79443850 . G A 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0327646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.671;QD=11.623;RBI=0.0330663;REFB=-0.0133341;REVB=-0.00445596;RO=38;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125985;STB=0.572692;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0307121;OID=.;OPOS=79443850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:10:12:25:13:10:12:25:13 chr4 79455714 . C G 283.96 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0106237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.578;QD=15.1448;RBI=0.0121657;REFB=-0.0140918;REVB=0.00592814;RO=42;SAF=11;SAR=21;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661733;STB=0.546159;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.016545;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:21:11:17:25:21:11:18:25 chr4 79455733 . C T 231.99 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00412301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4566;QD=14.7293;RBI=0.0143583;REFB=-0.044553;REVB=-0.0137536;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313014;STB=0.527929;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0483899;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:17:10:14:21:17:10:15:21 chr4 79845007 . C A 358.21 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.243;QD=55.1099;RBI=0.0167876;REFB=0;REVB=0.0156226;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75167e-05;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr4 80827062 . T C 1488.36 PASS AF=0.921739;AO=106;DP=115;FAO=106;FDP=115;FR=.;FRO=9;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0217554;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.958;QD=51.769;RBI=0.0353585;REFB=-0.0323659;REVB=-0.0278734;RO=9;SAF=68;SAR=38;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488518;STB=0.52583;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000976552;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:115:115:9:9:106:106:0.921739:38:68:3:6:38:68:3:6 chr4 80905989 . GC G,GG 318.86 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=6,18;DP=24;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432627,0.0379903;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.99,239.561;QD=53.1433;RBI=0.117531,0.120993;REFB=0,0;REVB=0.109279,0.114874;RO=0;SAF=5,18;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00323254,0.00807089;OID=.,.;OPOS=80905990,80905990;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:6,18:24:2,22:24:0:2,21:0,1:0:0:6:0:5,18:1,0:0:0 chr4 80977078 . T G 873.09 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4879;QD=57.2519;RBI=0.037587;REFB=0;REVB=0.0254259;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049901;OID=.;OPOS=80977078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:37:23:0:0:37:24:0:0 chr4 81124596 . G C 731.45 PASS AF=0.489796;AO=71;DP=146;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0414032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2682;QD=19.9034;RBI=0.0625079;REFB=-0.0075052;REVB=0.0468296;RO=75;SAF=28;SAR=43;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691596;STB=0.540972;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00758621;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:75:75:71:72:0.489796:43:28:35:40:44:28:35:40 chr4 81207963 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0130172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8308;QD=7.95371;RBI=0.0306764;REFB=-0.00436861;REVB=-0.0277776;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401836;STB=0.735249;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0196941;OID=.;OPOS=81207963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:2:6:7:11:2:6:8:11 chr4 81529518 . T C 744.11 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.432;QD=63.3283;RBI=0.0479788;REFB=0;REVB=0.0453639;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211627;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:21:24:0:0:21:26:0:0 chr4 81884722 . G A 1269.2 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.352;QD=60.4383;RBI=0.0118968;REFB=-0.140429;REVB=0.00182806;RO=1;SAF=34;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137257;STB=0.507245;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=3.54966e-05;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:49:34:1:0:49:34:1:0 chr4 81967150 . G A 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0255577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.961;QD=20.4552;RBI=0.0271098;REFB=0.00241403;REVB=0.00904116;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253629;STB=0.641288;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00164666;OID=.;OPOS=81967150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:2:13:10:7:2:13 chr4 81967187 . AC A,AT 551.95 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=4,34;DP=38;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419235,0.0517856;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.818,179.647;QD=59.6701;RBI=0.0435725,0.0533533;REFB=0,0;REVB=-0.0118737,-0.0128385;RO=0;SAF=4,9;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0765367,0.00285855;OID=.,.;OPOS=81967188,81967188;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:4,34:38:1,36:37:0:1,11:0,25:0:0:6:0:4,9:0,25:0:0 chr4 81974809 . T C 155.56 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0276086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.254;QD=15.1769;RBI=0.0398395;REFB=-0.0296545;REVB=0.0287219;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172758;STB=0.62947;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0425788;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:24:17:17:0.414634:5:12:12:10:5:12:12:12 chr4 81975088 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.87;QD=54.5177;RBI=0.025364;REFB=0;REVB=0.0182911;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120333;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr4 81977671 . TAAAAAG ATAAAAT,TAAAAG,TAAAATG 132.46 PASS AF=0.0416667,0.791667,0;AO=2,7,4;DP=25;FAO=1,19,0;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=0,11,0;FSAR=1,8,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00234979,0.11401,-0.0219269;FXX=0.039984;HRUN=1,5,5;LEN=7,1,1;MLLD=64.2172,11.4988,78.3643;QD=22.0769;RBI=0.149024,0.161118,0.127544;REFB=-0.00859444,-0.137064,0.00295039;REVB=-0.149005,0.113844,-0.125646;RO=10;SAF=0,5,0;SAR=2,2,4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.703678,-0.108508,-0.773318;STB=0.992027,0.530774,0.5;STBP=0.234,0.572,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0242047,0.143502,0;OID=.,.,.;OPOS=81977671,81977672,81977676;OREF=TAAAAAG,A,A;OALT=ATAAAAT,-,T;OMAPALT=ATAAAAT,TAAAAG,TAAAATG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:25:24:10:4:2,7,4:1,19,0:0.0416667,0.791667,0:2,2,4:0,5,0:8:2:1,8,0:0,11,0:3:1 chr4 81977690 . C T 175.09 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=58;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0126126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.711;QD=11.8704;RBI=0.0154938;REFB=-0.0226424;REVB=-0.00899881;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20658;STB=0.619956;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.02608;OID=.;OPOS=81977690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:37:21:22:0.372881:11:10:24:12:12:10:24:13 chr4 81977730 . A T 1099.43 PASS AF=0.938272;AO=76;DP=81;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0064294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.122;QD=54.293;RBI=0.013349;REFB=-0.274257;REVB=-0.0116986;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511285;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00334354;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:81:81:0:5:76:76:0.938272:32:44:0:0:32:44:2:3 chr4 82025509 . G T 272.2 PASS AF=0.343137;AO=34;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0186813;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.723;QD=10.6745;RBI=0.0194247;REFB=-0.000351953;REVB=-0.00532236;RO=66;SAF=13;SAR=21;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498098;STB=0.532135;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.000592379;OID=.;OPOS=82025509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:67:34:35:0.343137:21:13:28:38:22:13:28:39 chr4 83551007 . G A 112.14 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.061425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.395;QD=8.46348;RBI=0.0614989;REFB=-0.0115806;REVB=-0.00301345;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713617;STB=0.523898;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0175472;OID=.;OPOS=83551007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:38:15:15:0.283019:7:8:17:19:7:8:19:19 chr4 83551119 . T C 149.82 PASS AF=0.447368;AO=14;DP=36;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.076487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5514;QD=15.7706;RBI=0.0814326;REFB=-0.0438947;REVB=0.0279466;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221397;STB=0.622495;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0448987;OID=.;OPOS=83551119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:21:21:14:17:0.447368:9:5:12:9:11:6:12:9 chr4 83582064 . G T 145.72 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.04007;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.924;QD=15.3391;RBI=0.0407999;REFB=-0.0482718;REVB=0.00768313;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172385;STB=0.615235;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0729671;OID=.;OPOS=83582064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:22:16:16:0.421053:11:5:10:11:11:5:11:11 chr4 83582211 . C G 72.86 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0218346;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.494;QD=8.09525;RBI=0.030416;REFB=-0.00226932;REVB=-0.021175;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109862;STB=0.568607;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00451036;OID=.;OPOS=83582211;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:10:16:7:3:10:16 chr4 83778839 . T C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00452966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.342;QD=22.9081;RBI=0.057825;REFB=-0.0117658;REVB=0.0576473;RO=17;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150102;STB=0.58326;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0112942;OID=.;OPOS=83778839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:7:14:14:3:7:14:14:3 chr4 83788344 . A T 982.43 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.494;QD=58.6527;RBI=0.0483587;REFB=0;REVB=0.0380589;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194042;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:30:34:0:0:32:35:0:0 chr4 83792555 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0559095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7484;QD=45.8064;RBI=0.0887186;REFB=0;REVB=0.0688848;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589099;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr4 83795806 . T C 190.55 PASS AF=0.408163;AO=15;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0569717;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.2911;QD=15.5553;RBI=0.0644581;REFB=-0.0102571;REVB=0.0301509;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274111;STB=0.720735;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0179028;OID=.;OPOS=83795806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:29:15:20:0.408163:7:8:16:4:12:8:23:6 chr4 83838217 . G A 1475.19 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00588565;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.632;QD=59.6035;RBI=0.014267;REFB=0;REVB=0.0129964;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00085915;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:51:47:0:0:52:47:0:0 chr4 83838262 . G T 478.8 PASS AF=0.435484;AO=52;DP=122;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.000887442;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.517;QD=15.4453;RBI=0.00243054;REFB=-0.0134335;REVB=0.00226274;RO=69;SAF=21;SAR=31;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474462;STB=0.517916;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0147651;OID=.;OPOS=83838262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:69:70:52:54:0.435484:31:21:31:38:31:23:32:38 chr4 83839799 . A G 562.25 PASS AF=0.975;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291825;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.24;QD=56.2247;RBI=0.0292173;REFB=-0.0392519;REVB=-0.00142559;RO=2;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00497733;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000936421;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:41:40:2:1:38:39:0.975:21:17:1:1:21:18:0:1 chr4 83848965 . G A 418.86 PASS AF=0.429825;AO=29;DP=115;FAO=49;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0375506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.693;QD=14.6969;RBI=0.0375676;REFB=-0.0330484;REVB=-0.00113094;RO=45;SAF=19;SAR=10;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381872;STB=0.501275;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.045261;OID=.;OPOS=83848965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:45:63:29:49:0.429825:10:19:28:17:25:24:31:32 chr4 83848976 . CAGAA C 280.73 PASS AF=0.34375;AO=31;DP=99;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00940579;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=4;MLLD=197.545;QD=11.697;RBI=0.0126623;REFB=-0.0278152;REVB=-0.00847728;RO=60;SAF=15;SAR=16;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768387;STB=0.5475;STBP=0.497;TYPE=del;VARB=0.0492848;OID=.;OPOS=83848977;OREF=AGAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:31:99:33:96:63:16:17:26:37:99:60:15:16:25:35 chr4 83900043 . A G 825.07 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00855798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.835;QD=51.5668;RBI=0.00981955;REFB=-0.128971;REVB=0.00481504;RO=4;SAF=37;SAR=23;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144693;STB=0.507681;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00249909;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:64:64:4:4:60:60:0.9375:23:37:2:2:23:37:2:2 chr4 84191031 . A G 344.63 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013025;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.566;QD=55.1408;RBI=0.0506828;REFB=0;REVB=0.0489806;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417976;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr4 84230619 . T C 428.92 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4915;QD=57.1892;RBI=0.0735062;REFB=0;REVB=-0.000715104;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158225;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:16:14:0:0 chr4 84364751 . A G 692.96 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169189;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.533;QD=62.9961;RBI=0.0170991;REFB=0;REVB=0.00247573;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16433e-05;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr4 84370091 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.928;QD=59.4353;RBI=0.0188979;REFB=0;REVB=0.0051773;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68618e-05;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr4 84374480 . C T 1411.62 PASS AF=0.968421;AO=91;DP=94;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00347402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9626;QD=59.4368;RBI=0.0276686;REFB=-0.01037;REVB=0.0274496;RO=3;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287037;STB=0.514848;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000378758;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:95:3:3:91:92:0.968421:48:43:0:3:49:43:0:3 chr4 84376743 . A T 745.28 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.335;QD=63.428;RBI=0.066208;REFB=0;REVB=0.000514632;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239187;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr4 84380955 . G T 722.58 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.072;QD=62.8332;RBI=0.0476132;REFB=0;REVB=0.0457736;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010453;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:29:16:0:0:30:16:0:0 chr4 84382552 . A T 1050.15 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00149248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.005;QD=58.3417;RBI=0.00254479;REFB=-0.108988;REVB=-0.00206118;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000365;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:70:71:0.986111:39:31:0:0:40:31:0:1 chr4 84383810 . C T 1235.65 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.42;QD=61.0196;RBI=0.0452905;REFB=0;REVB=0.0181103;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36161e-05;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:78:81:1:36:42:0:0:37:44:0:0 chr4 85762385 . T C 424.31 PASS AF=0.339623;AO=54;DP=159;FAO=54;FDP=159;FR=.;FRO=105;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.013913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.163;QD=10.6745;RBI=0.0141545;REFB=-0.0171225;REVB=-0.00260359;RO=105;SAF=29;SAR=25;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113368;STB=0.565042;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0334669;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:105:105:54:54:0.339623:25:29:46:59:25:29:46:59 chr4 86021740 . TC T,TT 738.48 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=9,37;DP=46;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827435,0.0809401;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=221.574,238.147;QD=62.8492;RBI=0.0846772,0.083138;REFB=0,0;REVB=0.0179929,0.01899;RO=0;SAF=4,12;SAR=5,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00783408,0.00159696;OID=.,.;OPOS=86021741,86021741;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0425532,0.957447:9,37:46:2,45:47:0:1,16:1,29:0:0:8:0:4,12:5,25:0:0 chr4 86021765 . C T 785.8 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0997834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3113;QD=64.1472;RBI=0.100198;REFB=0;REVB=0.00910886;RO=1;SAF=14;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324133;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139682;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:34:14:1:0:34:15:0:0 chr4 86021800 . A T 256.34 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0125369;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6781;QD=17.9885;RBI=0.0275424;REFB=-0.00903833;REVB=0.0245236;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681233;STB=0.525878;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0103542;OID=.;OPOS=86021800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:29:28:28:0.491228:17:11:9:19:17:11:10:19 chr4 86021967 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.176;QD=62.0216;RBI=0.0108984;REFB=0;REVB=0.00735735;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20956e-06;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:23:19:0:0 chr4 86021976 . T A 292.61 PASS AF=0.965517;AO=22;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00958725;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.42;QD=40.3593;RBI=0.0158538;REFB=-0.0352809;REVB=0.0126264;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.518505;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00010436;OID=.;OPOS=86021976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:28:29:0:1:22:28:0.965517:9:13:0:0:13:15:0:1 chr4 87024409 . T C 363.84 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.734;QD=53.9019;RBI=0.0772801;REFB=0;REVB=0.0464442;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144205;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:19:7:0:0:19:8:0:0 chr4 87684031 . A G 747.98 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0778;QD=63.6581;RBI=0.0720867;REFB=0;REVB=0.0193013;RO=0;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490356;OID=.;OPOS=87684031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:45:47:1:11:34:0:0:11:36:0:0 chr4 87690998 . A G 270.03 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00470262;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.061;QD=11.4906;RBI=0.00505647;REFB=-0.017425;REVB=0.0018583;RO=60;SAF=16;SAR=16;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0320813;OID=.;OPOS=87690998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:62:32:32:0.340426:16:16:30:30:16:16:32:30 chr4 87706506 . T G 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3928;QD=57.3833;RBI=0.025424;REFB=0;REVB=-0.0250855;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213443;OID=.;OPOS=87706506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr4 87809387 . G T 310.02 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.023322;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.134;QD=28.1833;RBI=0.0233322;REFB=-0.0680867;REVB=-0.000690205;RO=17;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115266;STB=0.563652;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0379585;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:17:17:27:27:0.613636:17:10:9:8:17:10:9:8 chr4 88056925 . A G,T 241.22 PASS AF=0.857143,0.0952381;AO=19,2;DP=21;FAO=18,2;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12,2;FSAR=6,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00819339,-0.000811771;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.35,185.065;QD=45.9461;RBI=0.0265909,0.0185592;REFB=-0.0799162,-0.116716;REVB=-0.0252971,0.0185414;RO=0;SAF=13,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.851e-08,0;STB=0.519978,0.5;STBP=0.612,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00120097,0.0657342;OID=.,.;OPOS=88056925,88056925;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:21:21:0:1:19,2:18,2:0.857143,0.0952381:6,0:13,2:0:0:6,0:12,2:1:0 chr4 88057353 . G A 241.16 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0240413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.612;QD=14.6158;RBI=0.0510944;REFB=0.00317539;REVB=-0.045085;RO=38;SAF=22;SAR=6;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37919;STB=0.717224;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00456803;OID=.;OPOS=88057353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:6:22:17:21:6:22:17:21 chr4 88059617 . G C 79.39 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0197073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3225;QD=15.8786;RBI=0.0283626;REFB=0.0107304;REVB=-0.0203975;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0157805;OID=.;OPOS=88059617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:6:4:3:7:6:4 chr4 88059662 . TGTGTG T,TTGTG 52.29 PASS AF=0.7,0;AO=6,2;DP=14;FAO=7,0;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2,0;FSAR=5,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0180018,-0.107597;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=212.851,31.1027;QD=20.9169;RBI=0.0668319,0.123245;REFB=-0.119415,-0.141421;REVB=0.0643618,0.0601027;RO=4;SAF=2,2;SAR=4,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.279564,0.569412;STB=0.624624,0.5;STBP=0.278,1;TYPE=del,del;VARB=0.023992,0;OID=.,.;OPOS=88059663,88059663;OREF=GTGTG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7,0:6,2:14:7,0:10:3:2,0:5,0:2:1:15:4:2,2:4,0:3:1 chr4 88116518 . A G 88.48 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0514848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3523;QD=14.7473;RBI=0.0562481;REFB=-0.0068203;REVB=-0.0226529;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370123;STB=0.673766;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00984184;OID=.;OPOS=88116518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:13:13:10:11:0.458333:7:3:9:4:7:4:9:4 chr4 88258483 . T C 635.26 PASS AF=0.836066;AO=51;DP=61;FAO=51;FDP=61;FR=.;FRO=10;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00747015;FXX=0.0161264;HRUN=6;LEN=1;MLLD=87.4528;QD=41.6563;RBI=0.0165083;REFB=-0.107138;REVB=0.0147215;RO=4;SAF=31;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153941;STB=0.551726;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0024026;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:61:61:4:10:51:51:0.836066:20:31:2:2:20:31:3:7 chr4 88308235 . G A 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0403971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.942;QD=11.3328;RBI=0.0528635;REFB=-0.0228626;REVB=-0.0340973;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787773;STB=0.535161;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0469201;OID=.;OPOS=88308235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:8:6:13:13:8:6:13:14 chr4 88333461 . C A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=272.609;QD=16.6272;RBI=0.0038082;REFB=-0.0194418;REVB=0.0038082;RO=8;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0172572;OID=.;OPOS=88333461;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:8:14:12:13:0.481481:12:0:0:8:13:0:0:14 chr4 88401616 . A G 335.78 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.044583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.432;QD=14.599;RBI=0.0453942;REFB=-0.00899258;REVB=0.00854348;RO=55;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119446;STB=0.567627;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0178596;OID=.;OPOS=88401616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:18:19:22:33:18:19:22:33 chr4 88415636 . G C 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0235571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.059;QD=24.1272;RBI=0.0595883;REFB=-0.0206737;REVB=-0.0547342;RO=11;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314641;STB=0.6775;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0219438;OID=.;OPOS=88415636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:13:4:7:4:13:4:7:4 chr4 88416188 . G T 443.76 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0510645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.996;QD=17.7505;RBI=0.0510795;REFB=-0.00531709;REVB=-0.00123782;RO=54;SAF=17;SAR=28;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310872;STB=0.668041;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00472134;OID=.;OPOS=88416188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:28:17:38:16:28:17:38:17 chr4 88416223 . A G 473.16 PASS AF=0.468468;AO=50;DP=109;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0190503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.395;QD=17.0507;RBI=0.020876;REFB=-0.0143777;REVB=0.00853781;RO=57;SAF=14;SAR=36;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330839;STB=0.664708;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0241386;OID=.;OPOS=88416223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:57:59:50:52:0.468468:36:14:35:22:36:16:36:23 chr4 88534235 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00374482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.274;QD=49.5991;RBI=0.014743;REFB=0;REVB=0.0142595;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63466e-05;OID=.;OPOS=88534235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr4 88535785 . C T 124.82 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0365471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.487;QD=17.8319;RBI=0.0787471;REFB=-0.0564706;REVB=-0.0697525;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0619161;OID=.;OPOS=88535785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:5:9:9:5:5:9 chr4 88536362 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7673;QD=45.8065;RBI=0.0784888;REFB=0;REVB=0.0779959;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209197;OID=.;OPOS=88536362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr4 88583135 . A T 95.63 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0197103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.243;QD=11.5918;RBI=0.0197402;REFB=-0.0192682;REVB=-0.00108577;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11507;STB=0.568413;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0329795;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:11:10:7:5:11:10 chr4 88584148 . C T 196.24 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0443779;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6881;QD=10.466;RBI=0.044495;REFB=-0.0179542;REVB=0.00322524;RO=49;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886995;STB=0.52686;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0352142;OID=.;OPOS=88584148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:50:26:25:0.333333:12:14:26:23:11:14:26:24 chr4 88584160 . G A 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0127118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.34;QD=11.2162;RBI=0.0128056;REFB=-0.0265205;REVB=-0.00154752;RO=48;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00360594;STB=0.50209;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0332584;OID=.;OPOS=88584160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:12:14:26:22:12:14:26:22 chr4 88732746 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0176001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.038;QD=11.6341;RBI=0.0219573;REFB=-0.0138288;REVB=-0.0131286;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397865;STB=0.523762;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0151078;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:9:7:4:6:9:7 chr4 88732763 . A G 62.63 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00456091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2858;QD=8.35007;RBI=0.0901832;REFB=-0.0272451;REVB=-0.0900678;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507976;STB=0.545355;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.111939;OID=.;OPOS=88732763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:20:21:9:9:0.3:4:5:12:8:4:5:13:8 chr4 88732911 . C T 240.35 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0224618;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2772;QD=16.5758;RBI=0.0477617;REFB=0.00769471;REVB=-0.0421503;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161364;STB=0.589288;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0163665;OID=.;OPOS=88732911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:31:27:27:0.465517:12:15:11:18:12:15:12:19 chr4 88767008 . G A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.287;QD=58.5856;RBI=0.0347553;REFB=0;REVB=0.0346252;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017283;OID=.;OPOS=88767008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr4 88813503 . T C 2579.94 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00035049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.164;QD=61.795;RBI=0.0313154;REFB=0;REVB=0.0313134;RO=0;SAF=82;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50715e-05;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:167:0:0:164:167:1:82:82:0:0:84:83:0:0 chr4 88815163 . A ATTAGG 140.73 PASS AF=0.225806;AO=21;DP=98;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00635383;FXX=0.0312467;HRUN=2;LEN=5;MLLD=260.172;QD=6.05273;RBI=0.0184516;REFB=-0.0103801;REVB=-0.0173231;RO=71;SAF=6;SAR=15;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331216;STB=0.691638;STBP=0.058;TYPE=ins;VARB=0.0333292;OID=.;OPOS=88815164;OREF=-;OALT=TTAGG;OMAPALT=ATTAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806:21:98:21:93:72:6:15:38:34:99:71:6:15:39:32 chr4 89061114 . C T 253.58 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0119466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.208;QD=17.4886;RBI=0.0259438;REFB=0.00342118;REVB=-0.0230295;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161223;STB=0.590506;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00291817;OID=.;OPOS=89061114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:11:17:13:17:11:17:13:17 chr4 89182518 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000366229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.067;QD=52.6131;RBI=0.0496312;REFB=0;REVB=0.0496299;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263773;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr4 89311962 . T C 423.93 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00834451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.68;QD=18.6344;RBI=0.0111998;REFB=-0.0323829;REVB=0.00747032;RO=47;SAF=14;SAR=29;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811281;STB=0.552665;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0396493;OID=.;OPOS=89311962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:48:43:43:0.472527:29:14:19:28:29:14:20:28 chr4 89319296 . T C 340.62 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8806;QD=54.4984;RBI=0.0844847;REFB=0;REVB=0.0395516;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306529;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr4 89397091 . A G 433.29 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0267142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4823;QD=16.9919;RBI=0.0437688;REFB=-0.0234849;REVB=0.0346707;RO=54;SAF=19;SAR=28;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576777;STB=0.527837;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0304074;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:55:47:47:0.460784:28:19:25:29:28:19:25:30 chr4 89407360 . A G 341.04 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00960604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.994;QD=20.9873;RBI=0.0204009;REFB=0.00607359;REVB=-0.0179978;RO=29;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12151;STB=0.576557;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00494399;OID=.;OPOS=89407360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:30:35:35:0.538462:23:12:14:15:23:12:15:15 chr4 89415396 . T C 1015.95 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00561209;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2845;QD=54.1842;RBI=0.00729618;REFB=0.0291629;REVB=-0.00466247;RO=4;SAF=22;SAR=49;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050699;STB=0.526874;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0205159;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:75:4:4:71:71:0.946667:49:22:3:1:49:22:3:1 chr4 89443162 . G A 237.64 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0899873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1051;QD=18.6382;RBI=0.0910147;REFB=-0.0016216;REVB=-0.0136371;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143548;STB=0.571371;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000688804;OID=.;OPOS=89443162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:15:10:14:11:15:10:14:12 chr4 89617387 . A G 338.93 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.00393481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.213;QD=17.6069;RBI=0.00485761;REFB=-0.0137805;REVB=0.00284844;RO=41;SAF=24;SAR=12;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175253;STB=0.509799;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0067773;OID=.;OPOS=89617387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:12:24:28:13:12:24:28:13 chr4 89618837 . T C 686.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.632;QD=62.379;RBI=0.0249406;REFB=0;REVB=-0.00371278;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17313e-05;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:21:23:0:0 chr4 89619276 . A G 793.42 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258717;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.224;QD=57.7036;RBI=0.0310985;REFB=0;REVB=0.017256;RO=0;SAF=12;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054772;OID=.;OPOS=89619276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:43:12:0:0:43:12:0:0 chr4 89625427 . G C 113.89 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0341043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.332;QD=7.99194;RBI=0.0342075;REFB=-0.0131491;REVB=0.00265564;RO=40;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143602;STB=0.597981;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0315705;OID=.;OPOS=89625427;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:41:16:16:0.280702:11:5:17:23:11:5:18:23 chr4 89647797 . AAAC AAAA,AAA,AA,A 299.42 PASS AF=0,0,0.913043,0.0869565;AO=7,3,12,3;DP=26;FAO=0,0,21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,10,0;FSAR=0,0,11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157788,-0.0124728,-0.00651824,-0.000493293;FXX=0;HRUN=1,1,7,7;LEN=1,1,2,3;MLLD=275.543,281.707,287.515,280.774;QD=52.0721;RBI=0.0309215,0.0289918,0.026107,0.0234764;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0265926,0.0261716,0.0252801,0.0234712;RO=0;SAF=2,2,5,0;SAR=5,1,7,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-3.27427e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0,-0.00552716,-0.0018477,0.0192168;OID=.,.,.,.;OPOS=89647800,89647800,89647799,89647798;OREF=C,C,AC,AAC;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=AAAA,AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.913043,0.0869565:7,3,12,3:26:0,0,21,2:23:0:0,0,10,0:0,0,11,2:0:0:8:0:2,2,5,0:5,1,7,3:0:0 chr4 89653155 . T G 210.06 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0223967;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8003;QD=13.7742;RBI=0.028135;REFB=0.00590035;REVB=0.0170283;RO=37;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349107;STB=0.510196;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00731702;OID=.;OPOS=89653155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:36:25:25:0.409836:10:15:21:16:10:15:21:15 chr4 89653257 . G A 542.51 PASS AF=0.534653;AO=53;DP=100;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00676341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1737;QD=21.4856;RBI=0.0146736;REFB=-0.00191431;REVB=-0.0130219;RO=39;SAF=29;SAR=24;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105892;STB=0.540824;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.000896267;OID=.;OPOS=89653257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:39:47:53:54:0.534653:24:29:16:23:24:30:22:25 chr4 89668859 . C T 546.62 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0443564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4702;QD=18.8488;RBI=0.0484139;REFB=-0.00568995;REVB=-0.0194013;RO=57;SAF=24;SAR=33;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032768;STB=0.50746;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00380886;OID=.;OPOS=89668859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:59:57:57:0.491379:33:24:22:35:33:24:24:35 chr4 89670155 . C T 990.46 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.524;QD=59.1318;RBI=0.0022181;REFB=0;REVB=-0.000957384;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21653e-06;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:41:25:0:0:42:25:0:0 chr4 89950781 . C T 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00267587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.915;QD=9.53614;RBI=0.0116401;REFB=-0.00496246;REVB=-0.0113284;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046513;STB=0.528254;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0108774;OID=.;OPOS=89950781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:4:8:17:10:4:8:17:10 chr4 90168415 . A T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.422;QD=54.5177;RBI=0.0467571;REFB=0;REVB=0.0466127;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169688;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr4 90168572 . C T 224.34 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0215892;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4097;QD=14.9558;RBI=0.0381483;REFB=-0.0338446;REVB=-0.0314515;RO=34;SAF=4;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349189;STB=0.701947;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0255361;OID=.;OPOS=90168572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:34:26:26:0.433333:22:4:14:20:22:4:14:20 chr4 90169925 . A G 84.24 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0505664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.488;QD=10.5298;RBI=0.0505673;REFB=-0.00782911;REVB=-0.000296655;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274871;STB=0.664511;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00917889;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:8:13:4:7:8:13 chr4 90874879 . T C 366.27 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0991122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.969;QD=54.2627;RBI=0.0991262;REFB=0;REVB=0.00166541;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638344;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:24:27:1:12:12:0:0:14:13:0:0 chr4 91291407 . C T 531.44 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0265117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.872;QD=22.8578;RBI=0.0337993;REFB=-0.0338537;REVB=0.0209648;RO=43;SAF=31;SAR=19;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742946;STB=0.540923;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.026944;OID=.;OPOS=91291407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:19:31:23:20:19:31:23:20 chr4 91584992 . A G 392.26 PASS AF=0.367188;AO=47;DP=128;FAO=47;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=0.0237726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4652;QD=12.2583;RBI=0.0252956;REFB=-0.00380225;REVB=0.00864487;RO=79;SAF=18;SAR=29;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793802;STB=0.550933;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00586701;OID=.;OPOS=91584992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:79:81:47:47:0.367188:29:18:25:54:29:18:25:56 chr4 91585060 . A T 274.49 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.00517757;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.059;QD=12.7669;RBI=0.00892695;REFB=-0.0276332;REVB=0.00727208;RO=55;SAF=8;SAR=24;SRF=15;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326474;STB=0.507687;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0412807;OID=.;OPOS=91585060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:55:54:32:32:0.372093:24:8:15:40:24:8:14:40 chr4 92111349 . C T 321.54 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0256112;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.62;QD=21.0847;RBI=0.029016;REFB=-0.0499926;REVB=-0.013638;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253516;STB=0.504502;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0317941;OID=.;OPOS=92111349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:28:32:33:0.540984:17:15:13:13:18:15:13:15 chr4 92240278 . A T 2247.75 PASS AF=1;AO=103;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=77;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.8594;QD=57.2675;RBI=0.17111;REFB=0;REVB=0.145691;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170122;OID=.;OPOS=92240278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:157:157:0:0:103:157:1:51:52:0:0:80:77:0:0 chr4 92240802 . C T 1068.84 PASS AF=0.986667;AO=70;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000735311;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7853;QD=57.005;RBI=0.0599753;REFB=-0.0655514;REVB=-0.0599708;RO=1;SAF=41;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113932;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00149988;OID=.;OPOS=92240802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:70:74:0.986667:29:41:1:0:30:44:1:0 chr4 92246344 . G A 1677.26 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.873;QD=60.4416;RBI=0.0601472;REFB=0;REVB=0.0241827;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104997;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:54:57:0:0:54:57:0:0 chr4 94316763 . T G 954.66 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3957;QD=58.7486;RBI=0.0845664;REFB=0;REVB=0.0759199;RO=0;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114392;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:20:43:0:0:21:44:0:0 chr4 95134165 . C G 425.44 PASS AF=1;AO=19;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00264026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9656;QD=56.7253;RBI=0.0819557;REFB=0;REVB=0.0819131;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180002;OID=.;OPOS=95134165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:19:30:1:5:14:0:0:12:18:0:0 chr4 95169682 . G T 694.74 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3702;QD=60.4123;RBI=0.054621;REFB=-0.117826;REVB=0.0536978;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164911;STB=0.508768;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00751319;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:28:17:0:1:28:17:0:1 chr4 95170839 . G A 1301.0 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00862501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.126;QD=61.9524;RBI=0.0383316;REFB=0;REVB=0.0373486;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82138e-05;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:82:84:1:36:46:0:0:37:47:0:0 chr4 95173779 . T C 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8064;QD=61.6741;RBI=0.04141;REFB=0;REVB=0.019791;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854054;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr4 95186055 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.931;QD=64.4154;RBI=0.024613;REFB=0;REVB=-0.0124952;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31238e-05;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr4 95197520 . C T 1188.63 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.307;QD=60.9553;RBI=0.023265;REFB=0;REVB=0.022546;RO=0;SAF=26;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01336e-05;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:51:26:0:0:51:27:0:0 chr4 95211610 . T C 612.76 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.776;QD=61.2764;RBI=0.0245921;REFB=0;REVB=-0.00223915;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95352e-05;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr4 95496882 . C T 226.35 PASS AF=0.425532;AO=18;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00350335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.477;QD=19.264;RBI=0.00900394;REFB=-0.00875418;REVB=0.00829442;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536527;STB=0.522705;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0118235;OID=.;OPOS=95496882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:24:18:20:0.425532:10:8:11:11:10:10:13:11 chr4 95506827 . G A 360.09 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00227378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1219;QD=15.0037;RBI=0.0395099;REFB=0.00896394;REVB=-0.0394445;RO=56;SAF=19;SAR=20;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691148;STB=0.533601;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0133687;OID=.;OPOS=95506827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:57:39:39:0.40625:20:19:31:25:20:19:31:26 chr4 95531417 . A G 366.53 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0264426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.476;QD=19.5483;RBI=0.0266887;REFB=-0.023295;REVB=-0.00361583;RO=37;SAF=20;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728681;STB=0.546005;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0185049;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:37:37:38:0.506667:17:20:17:20:17:21:17:20 chr4 95539267 . G A 768.83 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.642;QD=56.9503;RBI=0.0250892;REFB=0;REVB=0.019947;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119581;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:30:24:0:0 chr4 95578588 . G A 1283.28 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.913;QD=61.8447;RBI=0.0143871;REFB=0;REVB=0.00656483;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92713e-05;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr4 95588075 . G A 1360.65 PASS AF=0.988889;AO=86;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00162406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4966;QD=60.4733;RBI=0.00640445;REFB=-0.151238;REVB=0.00619512;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00488778;OID=.;OPOS=95588075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:90:0:1:86:89:0.988889:46:40:0:0:47:42:0:1 chr4 96075965 . C T 214.4 PASS AF=0.341772;AO=26;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00465909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.41;QD=10.8556;RBI=0.0289895;REFB=-0.0177679;REVB=0.0286127;RO=52;SAF=12;SAR=14;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131228;STB=0.562571;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0370689;OID=.;OPOS=96075965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:52:52:26:27:0.341772:14:12:30:22:14:13:30:22 chr4 96106322 . A G 546.73 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.033576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.05;QD=23.0201;RBI=0.0372566;REFB=-0.00593543;REVB=0.0161464;RO=42;SAF=20;SAR=31;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304268;STB=0.525154;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00456699;OID=.;OPOS=96106322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:44:51:51:0.536842:31:20:15:27:31:20:15:29 chr4 96123981 . C T 342.22 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0141132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.869;QD=17.3275;RBI=0.0321572;REFB=-0.0164491;REVB=-0.0288946;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053663;STB=0.536212;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0218826;OID=.;OPOS=96123981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:36:37:0.468354:16:20:21:21:16:21:21:21 chr4 96127869 . T G 281.87 PASS AF=0.426667;AO=30;DP=72;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00080781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.31;QD=15.0331;RBI=0.033382;REFB=-0.0168609;REVB=-0.0333723;RO=38;SAF=23;SAR=7;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222316;STB=0.641127;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0159143;OID=.;OPOS=96127869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:38:43:30:32:0.426667:7:23:22:16:8:24:23:20 chr4 96169733 . G T 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0174065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4866;QD=13.2305;RBI=0.0294591;REFB=-0.00641134;REVB=-0.0237666;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186854;STB=0.60901;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.012178;OID=.;OPOS=96169733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:10:7:17:12:10:7:17:12 chr4 96256616 . A G 261.46 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00817364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1806;QD=18.676;RBI=0.026408;REFB=-0.00600793;REVB=0.0251112;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795805;STB=0.551087;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00747489;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:28:29:0.517857:16:12:14:13:17:12:14:13 chr4 96256673 . G A 1094.86 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00388316;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.277;QD=58.3926;RBI=0.00554182;REFB=-0.0367492;REVB=-0.00395384;RO=1;SAF=28;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165924;STB=0.50877;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000357791;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:45:28:1:0:46:28:1:0 chr4 97270063 . C A 151.14 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00769939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.319;QD=16.7936;RBI=0.00776749;REFB=-0.0071062;REVB=-0.00102629;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184693;STB=0.594481;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00546325;OID=.;OPOS=97270063;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:19:16:17:0.472222:5:11:9:9:6:11:9:10 chr4 98893437 . A G 85.87 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0154203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8971;QD=11.8446;RBI=0.0431272;REFB=-0.00853426;REVB=-0.0402762;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106346;STB=0.506318;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.020723;OID=.;OPOS=98893437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:8:10:6:5:8:10 chr4 98893476 . C T 153.99 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0178365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2647;QD=14.3246;RBI=0.02149;REFB=-0.0192727;REVB=-0.0119866;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356048;STB=0.520685;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0272819;OID=.;OPOS=98893476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:10:16:11:6:10:16 chr4 99027137 . T C 130.12 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0336453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.248;QD=14.4572;RBI=0.0369011;REFB=-0.0416095;REVB=0.0151552;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200359;STB=0.511612;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0719397;OID=.;OPOS=99027137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:8:13:9:6:8:13 chr4 99027184 . T C 80.57 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0353626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.833;QD=11.5098;RBI=0.0401309;REFB=-0.0255917;REVB=0.0189732;RO=17;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276077;STB=0.550922;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0412393;OID=.;OPOS=99027184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:27:28:17:17:10:11:0.392857:9:1:4:13:9:2:4:13 chr4 99027218 . T C 89.38 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00537819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1983;QD=15.5437;RBI=0.0502748;REFB=6.90869e-05;REVB=-0.0499863;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094561;STB=0.555448;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00247207;OID=.;OPOS=99027218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:9:2:3:9:9:2:3:9 chr4 99049593 . A G 115.05 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.012419;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.868;QD=17.6999;RBI=0.0218314;REFB=0.00436775;REVB=0.017955;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508418;STB=0.543555;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00283006;OID=.;OPOS=99049593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:14:13:13:13:0.5:9:4:5:9:9:4:5:8 chr4 99850126 . A G 256.74 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00342607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9397;QD=16.3008;RBI=0.0449345;REFB=-0.0137268;REVB=-0.0448037;RO=30;SAF=9;SAR=20;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581183;STB=0.508253;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0364117;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:34:29:29:0.460317:20:9:11:19:20:9:11:23 chr4 99952710 . A G 381.27 PASS AF=0.394737;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00808908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.149;QD=13.3779;RBI=0.0092453;REFB=-0.00984889;REVB=0.00447687;RO=69;SAF=22;SAR=23;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268707;STB=0.515216;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0135223;OID=.;OPOS=99952710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:69:45:45:0.394737:23:22:32:37:23:22:32:37 chr4 100045574 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00609667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.309;QD=57.6788;RBI=0.0113576;REFB=0;REVB=0.00958262;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64323e-05;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr4 100045616 . C T 314.17 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8139;QD=52.3615;RBI=0.0132028;REFB=0;REVB=-0.0127848;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00565896;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:14:10:0:0 chr4 100045647 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.41;QD=51.9165;RBI=0.0526986;REFB=0;REVB=0.0358887;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580958;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr4 100048414 . T C 739.56 PASS AF=1;AO=41;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264652;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.161;QD=54.782;RBI=0.0825802;REFB=0;REVB=0.0782245;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000773699;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:41:54:1:16:25:0:0:18:36:0:0 chr4 100052733 . C A 636.11 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256325;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.059;QD=62.0592;RBI=0.0175679;REFB=0;REVB=0.0173799;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60248e-05;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr4 100062819 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.868;QD=63.2868;RBI=0.0383353;REFB=0;REVB=0.018389;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137578;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr4 100064305 . C G 1372.7 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217669;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.855;QD=62.3956;RBI=0.0235481;REFB=0;REVB=0.00898402;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458669;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:44:43:0:0:44:44:0:0 chr4 100064368 . G C 344.85 PASS AF=0.607143;AO=33;DP=55;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00481718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8;QD=24.6323;RBI=0.00674544;REFB=-0.0119808;REVB=0.00472183;RO=21;SAF=7;SAR=26;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118062;STB=0.562461;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00749667;OID=.;OPOS=100064368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:21:22:33:34:0.607143:26:7:7:14:27:7:7:15 chr4 100140306 . A T 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6794;QD=63.5802;RBI=0.044738;REFB=0;REVB=0.039853;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198476;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr4 100203447 . A C 369.98 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0127902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.554;QD=14.0944;RBI=0.0227873;REFB=-0.00983904;REVB=0.0188592;RO=62;SAF=25;SAR=18;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000805261;STB=0.500455;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012918;OID=.;OPOS=100203447;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:43:43:0.409524:18:25:36:26:18:25:36:26 chr4 100235053 . A G 484.87 PASS AF=0.364198;AO=59;DP=161;FAO=59;FDP=162;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.0195901;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5921;QD=11.972;RBI=0.0262726;REFB=-0.0205334;REVB=-0.0175065;RO=102;SAF=33;SAR=26;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663734;STB=0.54097;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.028373;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:102:103:59:59:0.364198:26:33:51:51:26:33:51:52 chr4 100239319 . T C 1851.58 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211095;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3033;QD=60.214;RBI=0.0453478;REFB=-0.0289909;REVB=0.0401349;RO=0;SAF=45;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0717e-08;STB=0.503267;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000838445;OID=.;OPOS=100239319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:123:0:1:121:122:0.99187:76:45:0:0:76:46:0:1 chr4 100266133 . T C 919.46 PASS AF=0.502732;AO=91;DP=182;FAO=92;FDP=183;FR=.;FRO=91;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.00222195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.968;QD=20.0976;RBI=0.0165622;REFB=-0.0314437;REVB=0.0164125;RO=90;SAF=53;SAR=38;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452418;STB=0.524557;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0300593;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:90:91:91:92:0.502732:38:53:48:42:39:53:48:43 chr4 100268190 . A C 1693.76 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417699;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.451;QD=59.956;RBI=0.0454605;REFB=0;REVB=0.0179424;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129404;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:111:113:1:50:61:0:0:50:63:0:0 chr4 100356179 . C T 233.61 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0137756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.402;QD=15.3186;RBI=0.0137925;REFB=-0.019654;REVB=0.000682009;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183856;STB=0.61143;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0343251;OID=.;OPOS=100356179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:34:26:27:0.442623:12:14:12:22:12:15:12:22 chr4 100443720 . G A 272.2 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.02578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4734;QD=12.6605;RBI=0.0705452;REFB=0.0116215;REVB=-0.065666;RO=54;SAF=15;SAR=17;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139731;STB=0.508012;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0191889;OID=.;OPOS=100443720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:17:15:26:28:17:15:26:28 chr4 100443782 . T C 125.95 PASS AF=0.25;AO=11;DP=61;FAO=15;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00797288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.359;QD=8.3969;RBI=0.00853075;REFB=-0.0114917;REVB=-0.00303429;RO=43;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198218;STB=0.559239;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0428717;OID=.;OPOS=100443782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:61:60:43:42:11:15:0.25:7:4:15:28:11:4:14:28 chr4 100510859 . T C 151.39 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.024256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.469;QD=12.8846;RBI=0.0255325;REFB=-0.00809496;REVB=0.00797217;RO=30;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024103;STB=0.514122;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0151188;OID=.;OPOS=100510859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:7:10:17:13:7:10:17:13 chr4 100516022 . C G 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00550964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.797;QD=18.4581;RBI=0.00551019;REFB=-0.0110122;REVB=-7.80102e-05;RO=41;SAF=15;SAR=23;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102096;STB=0.556716;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00712513;OID=.;OPOS=100516022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:23:15:12:29:23:15:12:29 chr4 100572668 . G C 106.3 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0431668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.319;QD=11.8113;RBI=0.0475421;REFB=-0.00694619;REVB=0.0199218;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207999;STB=0.624792;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00989149;OID=.;OPOS=100572668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:10:3:9:14:10:3:9:14 chr4 100784980 . C T 171.22 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0292926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.79;QD=17.5609;RBI=0.0302287;REFB=0.00814096;REVB=0.00746445;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186942;STB=0.60702;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.013909;OID=.;OPOS=100784980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:10:11:6:12:10:11 chr4 100785016 . A AT,T 33.52 PASS AF=0.170213,0;AO=8,2;DP=47;FAO=8,0;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=6,0;FSAR=2,0;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00789513,0.0019856;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=65.6064,82.2047;QD=2.85277;RBI=0.0184821,0.0234142;REFB=-0.00526041,-0.00221363;REVB=0.0167109,-0.0233298;RO=37;SAF=6,1;SAR=2,1;SRF=19;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.30029,-0.0112443;STB=0.707323,0.5;STBP=0.254,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.180695,0;OID=.,.;OPOS=100785017,100785016;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:47:47:37:39:8,2:8,0:0.170213,0:2,1:6,1:19:18:2,0:6,0:20:19 chr4 100805207 . C A 1091.25 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024455;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.599;QD=60.6251;RBI=0.00390827;REFB=0;REVB=0.00304863;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891012;OID=.;OPOS=100805207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:31:40:0:0:31:41:0:0 chr4 101401161 . TAAC T 1281.47 PASS AF=0.947826;AO=108;DP=114;FAO=109;FDP=115;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00905698;FXX=0.0416632;HRUN=2;LEN=3;MLLD=238.859;QD=44.5729;RBI=0.0104976;REFB=-0.0201939;REVB=0.00530769;RO=0;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72235e-08;STB=0.52307;STBP=0.04;TYPE=del;VARB=-6.4163e-06;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947826:108:114:109:115:6:44:65:5:1:3:0:44:64:0:0 chr4 102251501 . T C 611.15 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.000379714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3864;QD=20.8939;RBI=0.0714597;REFB=-0.0293329;REVB=0.0714587;RO=54;SAF=28;SAR=34;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254885;STB=0.518574;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0281154;OID=.;OPOS=102251501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:54:55:62:62:0.529915:34:28:26:28:34:28:27:28 chr4 102751076 . G A 484.8 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0161279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6077;QD=21.0784;RBI=0.0213381;REFB=2.96411e-05;REVB=0.0139716;RO=45;SAF=22;SAR=25;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100818;STB=0.555636;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-4.92646e-05;OID=.;OPOS=102751076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:25:22:16:29:25:22:16:29 chr4 102751276 . C T 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.853;QD=58.4155;RBI=0.0430186;REFB=0;REVB=0.0418191;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07376e-05;OID=.;OPOS=102751276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:22:41:0:0:22:41:0:0 chr4 102816467 . C G 348.07 PASS AF=0.395833;AO=37;DP=99;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00719402;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.228;QD=14.5027;RBI=0.00918478;REFB=-0.00889902;REVB=0.00571019;RO=58;SAF=20;SAR=17;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012088;STB=0.51541;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0134759;OID=.;OPOS=102816467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:58:58:37:38:0.395833:17:20:32:26:18:20:32:26 chr4 102965043 . T C 993.97 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019186;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.246;QD=59.3417;RBI=0.022385;REFB=0;REVB=-0.011532;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5911e-05;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr4 103514658 . T C 773.14 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505928;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.41;QD=57.2699;RBI=0.0118336;REFB=0;REVB=0.0106975;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85171e-05;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:16:38:0:0:15:39:0:0 chr4 103555992 . A G 1606.91 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0812592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2238;QD=64.2766;RBI=0.134298;REFB=0;REVB=-0.106925;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114524;OID=.;OPOS=103555992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:59:41:0:0:59:41:0:0 chr4 103557077 . G A 487.71 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266234;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.177;QD=59.1164;RBI=0.0123274;REFB=0;REVB=0.0120365;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556942;OID=.;OPOS=103557077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr4 103808862 . T C 103.86 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0186845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.046;QD=18.8844;RBI=0.0222605;REFB=-0.0147572;REVB=-0.0121004;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677961;STB=0.571317;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0169204;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:22:22:8:10:12:12:0.545455:4:8:6:2:4:8:8:2 chr4 103822404 . G A 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0575799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.569;QD=3.73336;RBI=0.0596495;REFB=0.00140779;REVB=0.0155763;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378388;STB=0.719956;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00504063;OID=.;OPOS=103822404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:35:37:7:7:0.159091:4:3:26:9:4:3:26:11 chr4 103866480 . G A 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0211675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.95;QD=14.2611;RBI=0.0322426;REFB=-0.0148651;REVB=-0.0243212;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276627;STB=0.674808;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0216219;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:24:16:16:0.4:8:8:5:17:8:8:5:19 chr4 103911069 . C A,T 367.89 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=25,2;DP=27;FAO=26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00523757,-0.00901982;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=133.788,9.82684;QD=54.5026;RBI=0.0219432,0.0433941;REFB=0,0;REVB=0.0213089,-0.0424463;RO=0;SAF=10,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000258838,0.121788;OID=.,.;OPOS=103911069,103911069;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:27:27:0:0:25,2:26,1:0.962963,0.037037:15,0:10,2:0:0:15,0:11,1:0:0 chr4 103964529 . A C 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00447566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.076;QD=20.4412;RBI=0.00451192;REFB=-0.0125054;REVB=-0.000570875;RO=35;SAF=24;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105467;STB=0.558527;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0109108;OID=.;OPOS=103964529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:14:24:18:17:14:24:18:17 chr4 104000922 . T C 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0190139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1229;QD=15.9147;RBI=0.0246024;REFB=-0.0151498;REVB=0.0156125;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985294;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0183796;OID=.;OPOS=104000922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:6:7:6:8:6:7:7:8 chr4 104013796 . T C 238.29 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00798502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.02;QD=16.155;RBI=0.0117202;REFB=-0.00110853;REVB=0.00857918;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835435;STB=0.547135;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00148867;OID=.;OPOS=104013796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:17:15:15:12:17:15 chr4 104061993 . C G 274.98 PASS AF=0.305785;AO=34;DP=120;FAO=37;FDP=121;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.000503253;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.868;QD=9.09009;RBI=0.00343953;REFB=-0.0179023;REVB=0.00340251;RO=83;SAF=21;SAR=13;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492859;STB=0.516566;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0259813;OID=.;OPOS=104061993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:83:84:34:37:0.305785:13:21:48:35:15:22:48:36 chr4 104062189 . C CT 52.31 PASS AF=0.5;AO=8;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00479477;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.6396;QD=7.47238;RBI=0.188583;REFB=-0.0635526;REVB=0.188522;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640626;STB=0.6178;STBP=0.238;TYPE=ins;VARB=0.0919841;OID=.;OPOS=104062190;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:29:14:28:14:4:10:7:7:52:21:3:5:9:12 chr4 104062223 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00176514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.936;QD=18.2489;RBI=0.0045211;REFB=-0.00503937;REVB=0.00416229;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170674;STB=0.597414;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00552503;OID=.;OPOS=104062223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:4:8:6:7:4:8 chr4 104067200 . G C 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0269375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.301;QD=16.0926;RBI=0.0271995;REFB=-0.000578191;REVB=0.00376615;RO=36;SAF=11;SAR=20;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052442;STB=0.540205;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000719888;OID=.;OPOS=104067200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:38:31:31:0.449275:20:11:11:25:20:11:11:27 chr4 104082349 . C T 265.24 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.00885396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.767;QD=15.6024;RBI=0.0279479;REFB=-0.0075129;REVB=-0.0265084;RO=38;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112627;STB=0.563179;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00930203;OID=.;OPOS=104082349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:20:10:9:29:20:10:9:29 chr4 104117412 . AAAC A 30.11 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0443107;FXX=0.0689417;HRUN=3;LEN=3;MLLD=132.653;QD=4.46123;RBI=0.052718;REFB=-0.0233857;REVB=-0.0285614;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181968;STB=0.614991;STBP=0.567;TYPE=del;VARB=0.0726563;OID=.;OPOS=104117413;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:6:23:6:27:21:2:4:10:11:30:12:2:4:6:6 chr4 106159643 . T TA 132.3 PASS AF=1;AO=2;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0881522;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=229.092;QD=40.7072;RBI=0.090127;REFB=0;REVB=-0.0187636;RO=12;SAF=2;SAR=0;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000756803;OID=.;OPOS=106159644;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:14:13:13:0:7:6:0:0:4:12:2:0:6:6 chr4 106159644 . T A 105.32 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0132768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.67;QD=32.4046;RBI=0.0140593;REFB=-0.14596;REVB=0.00462489;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149061;STB=0.583183;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00157339;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:6:5:2:0:6:5:2:0 chr4 106317429 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.99;QD=52.6118;RBI=0.0311717;REFB=0;REVB=0.00789459;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180265;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr4 106328200 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.692;QD=37.4885;RBI=0.0286;REFB=0;REVB=0.0276016;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147345;OID=.;OPOS=106328200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr4 106474096 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.4;QD=58.5857;RBI=0.0189407;REFB=0;REVB=0.00175515;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012632;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr4 106861730 . A G 1553.14 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144393;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.414;QD=59.7362;RBI=0.0179453;REFB=0;REVB=-0.0106556;RO=0;SAF=34;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84418e-07;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:69:34:0:0:69:35:0:0 chr4 106924931 . G A 341.43 PASS AF=0.48;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.0147404;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2679;QD=18.2097;RBI=0.0265124;REFB=-0.0143556;REVB=-0.022037;RO=38;SAF=18;SAR=18;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219338;STB=0.626601;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0110682;OID=.;OPOS=106924931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:39:36:36:0.48:18:18:28:10:18:18:29:10 chr4 107168431 . G C 868.55 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.353;QD=57.9033;RBI=0.0341751;REFB=0;REVB=0.0178711;RO=0;SAF=8;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15842e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369169;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:51:8:0:0:52:8:0:0 chr4 108641300 . T C 1019.32 PASS AF=0.940476;AO=70;DP=81;FAO=79;FDP=84;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0395345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.6939;QD=48.5392;RBI=0.0467215;REFB=-0.206698;REVB=-0.0248983;RO=5;SAF=26;SAR=44;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305113;STB=0.51198;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00733356;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:81:84:5:5:70:79:0.940476:44:26:3:2:47:32:3:2 chr4 108641317 . G A 976.44 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0732504;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.634;QD=55.7967;RBI=0.0880673;REFB=-0.0829622;REVB=0.0488899;RO=2;SAF=20;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449302;STB=0.52272;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0126143;OID=.;OPOS=108641317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:70:2:2:67:68:0.971429:47:20:2:0:47:21:2:0 chr4 108931039 . T C 863.4 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0891;QD=57.56;RBI=0.087327;REFB=0;REVB=-0.0126236;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520568;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:40:19:0:0:40:20:0:0 chr4 109461985 . A G 124.01 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00917862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.327;QD=9.92046;RBI=0.0139463;REFB=-0.00622041;REVB=-0.0105002;RO=35;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246287;STB=0.648448;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0184131;OID=.;OPOS=109461985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:10:5:19:16:10:5:19:16 chr4 109478108 . C G 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.019406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9301;QD=19.4663;RBI=0.0437475;REFB=0.0196077;REVB=-0.0392078;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139823;STB=0.579324;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0227921;OID=.;OPOS=109478108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:7:15:13:11:7:15:13:11 chr4 109541499 . C T 299.55 PASS AF=0.447368;AO=32;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0529913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4969;QD=15.7658;RBI=0.0981992;REFB=-0.0299097;REVB=0.082674;RO=43;SAF=10;SAR=22;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401715;STB=0.51016;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0451636;OID=.;OPOS=109541499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:42:32:34:0.447368:22:10:12:31:24:10:13:29 chr4 109541603 . T A 58.24 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0640845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.375;QD=13.7024;RBI=0.064106;REFB=-0.0507681;REVB=0.00165708;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378852;STB=0.713922;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0343919;OID=.;OPOS=109541603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:9:9:7:8:0.470588:6:1:0:9:6:2:0:9 chr4 109735133 . T C 138.93 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0303671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.449;QD=19.8468;RBI=0.0534813;REFB=-0.013548;REVB=0.0440237;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124619;STB=0.571326;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0174217;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:12:3:4:9:12:3:4:9 chr4 109769899 . C T 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9719;QD=60.7141;RBI=0.0178464;REFB=0;REVB=0.0177805;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72404e-05;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr4 109895718 . GAA GA,G 193.52 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=19,4;DP=27;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140835,0.00770904;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=10.4338,9.12549;QD=28.6688;RBI=0.0354243,0.017895;REFB=-0.0213428,-0.0317586;REVB=-0.0325044,-0.0161494;RO=2;SAF=6,2;SAR=13,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0366475,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00257737,-0.00445526;OID=.,.;OPOS=109895719,109895719;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925926,0.0740741:19,4:27:25,2:27:0:8,1:17,1:0:0:5:2:6,2:13,2:1:1 chr4 109969337 . G T 171.48 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0134725;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=164.678;QD=12.4716;RBI=0.0135526;REFB=-0.0164929;REVB=0.00147168;RO=34;SAF=15;SAR=6;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118337;STB=0.568794;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.02172;OID=.;OPOS=109969337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:6:15:21:13:6:15:21:13 chr4 110603784 . T C 659.69 PASS AF=1;AO=43;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3919;QD=57.3643;RBI=0.028368;REFB=-0.173822;REVB=0.0167247;RO=3;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156906;OID=.;OPOS=110603784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:46:3:0:43:46:1:20:23:1:2:22:24:0:0 chr4 110605744 . A T 1302.01 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.527;QD=62.0006;RBI=0.0362968;REFB=0;REVB=0.00497402;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59541e-05;OID=.;OPOS=110605744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:53:31:0:0:53:31:0:0 chr4 110638810 . C T 1251.1 PASS AF=0.987952;AO=79;DP=79;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.117;QD=60.2941;RBI=0.0499393;REFB=-0.0357785;REVB=0.0346002;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000575664;OID=.;OPOS=110638810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:83:0:1:79:82:0.987952:42:37:0:0:43:39:1:0 chr4 110661937 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.082;QD=53.2757;RBI=0.0137616;REFB=0;REVB=0.011785;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80328e-05;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr4 110667590 . C T 367.82 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00754622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.921;QD=21.9591;RBI=0.0225293;REFB=-0.0188329;REVB=-0.0212279;RO=30;SAF=13;SAR=24;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126485;STB=0.569936;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0204787;OID=.;OPOS=110667590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:24:13:15:15:24:13:15:15 chr4 110678925 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4991;QD=60.976;RBI=0.126146;REFB=0;REVB=0.0300257;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197456;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:31:7:0:0:31:8:0:0 chr4 110737389 . T C,G 675.59 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502991,-0.0013112;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.18,72.9094;QD=61.4171;RBI=0.0516541,0.00714051;REFB=0,0;REVB=-0.0117535,-0.00701909;RO=0;SAF=12,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.52854e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00206066,-0.0222873;OID=.,.;OPOS=110737389,110737389;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:30,2:12,0:0:0:30,2:12,0:0:0 chr4 110757224 . G A 458.44 PASS AF=0.382353;AO=52;DP=138;FAO=52;FDP=136;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.00928276;FXX=0.0354585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.96;QD=13.4837;RBI=0.0241046;REFB=-0.00142779;REVB=-0.0222455;RO=81;SAF=34;SAR=18;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228676;STB=0.640357;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00204201;OID=.;OPOS=110757224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:81:84:52:52:0.382353:18:34:36:45:18:34:36:48 chr4 110757287 . G A 443.33 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0281857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.273;QD=15.028;RBI=0.0459819;REFB=-0.00812755;REVB=-0.0363304;RO=68;SAF=29;SAR=21;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171769;STB=0.596388;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0112022;OID=.;OPOS=110757287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:68:50:50:0.423729:21:29:28:40:21:29:28:40 chr4 110773067 . G A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.013472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.618;QD=20.4561;RBI=0.0145447;REFB=-0.0304194;REVB=-0.00548223;RO=14;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402008;STB=0.515677;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0135377;OID=.;OPOS=110773067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:16:17:0.53125:4:12:11:3:5:12:11:4 chr4 110790911 . A T 421.6 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0127948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.93;QD=18.1333;RBI=0.0157623;REFB=-0.0217959;REVB=0.00920568;RO=50;SAF=21;SAR=22;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853938;STB=0.547621;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0234997;OID=.;OPOS=110790911;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:22:21:20:30:22:21:20:30 chr4 110791361 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0561715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7472;QD=20.7545;RBI=0.0613664;REFB=-0.0371343;REVB=-0.0247104;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262026;STB=0.514832;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0138413;OID=.;OPOS=110791361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:6:6:8:7:6:6 chr4 110791413 . C T 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.015077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.03;QD=17.5407;RBI=0.0152344;REFB=-0.034626;REVB=0.00218408;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.58109;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0212112;OID=.;OPOS=110791413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:6:10:7:8:6:10 chr4 110791543 . C T 221.74 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00732111;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.902;QD=11.9859;RBI=0.00787757;REFB=0.000953416;REVB=-0.00290819;RO=47;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497013;STB=0.52868;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00181099;OID=.;OPOS=110791543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:47:47:27:27:0.364865:12:15:24:23:12:15:24:23 chr4 110883121 . G A 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0216784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.577;QD=12.9224;RBI=0.0223211;REFB=-0.0286294;REVB=0.00531788;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310048;STB=0.517841;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0410046;OID=.;OPOS=110883121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:11:11:18:16:11:11:18:16 chr4 110901198 . G A 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.647;QD=63.3368;RBI=0.0371099;REFB=0;REVB=0.0312336;RO=0;SAF=26;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26528e-05;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:67:26:0:0:67:26:0:0 chr4 110902111 . A T 384.61 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0539721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6893;QD=15.3843;RBI=0.0606935;REFB=-0.0227025;REVB=-0.0277618;RO=57;SAF=11;SAR=30;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161401;STB=0.605327;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0208618;OID=.;OPOS=110902111;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:59:41:41:0.41:30:11:23:34:30:11:25:34 chr4 110914427 . A T 1106.25 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8827;QD=59.7975;RBI=0.0889577;REFB=0;REVB=0.0842028;RO=0;SAF=63;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018611;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:10:63:0:0:11:63:0:0 chr4 110971030 . G T 797.45 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0414;QD=56.9607;RBI=0.0415229;REFB=0;REVB=0.0194349;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846841;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chr4 111398208 . A G 613.14 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8636;QD=61.314;RBI=0.0310754;REFB=0;REVB=0.0257543;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529509;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr4 111409705 . T C 1157.63 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247102;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.841;QD=60.1365;RBI=0.0259659;REFB=0;REVB=-0.00797717;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278442;OID=.;OPOS=111409705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:39:36:0:0:40:37:0:0 chr4 111542124 . G A 563.91 PASS AF=0.479675;AO=58;DP=120;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.020528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.251;QD=18.3387;RBI=0.0311253;REFB=-0.0215612;REVB=0.0233962;RO=61;SAF=26;SAR=32;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040537;STB=0.51398;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.019705;OID=.;OPOS=111542124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:61:64:58:59:0.479675:32:26:30:31:32:27:31:33 chr4 111542154 . G A 565.44 PASS AF=0.513274;AO=57;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0315855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.954;QD=20.0155;RBI=0.0316118;REFB=-0.0120544;REVB=-0.00128951;RO=54;SAF=25;SAR=32;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448335;STB=0.524577;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0138529;OID=.;OPOS=111542154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:55:57:58:0.513274:32:25:21:33:33:25:21:34 chr4 112252643 . G T 329.9 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.58;QD=50.7534;RBI=0.0307395;REFB=-0.106916;REVB=-0.016037;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0145799;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:11:14:0:1:11:14:0:1 chr4 113178894 . ATTTGT A,TTTTGT 106.68 PASS AF=0.318182,0;AO=9,2;DP=43;FAO=14,0;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=3,0;FSAR=11,0;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0255445,-0.0301932;FXX=0.0434688;HRUN=3,2;LEN=5,1;MLLD=205.949,35.368;QD=9.69799;RBI=0.0440099,0.070656;REFB=-0.013541,-0.0350115;REVB=0.0358378,-0.0638799;RO=24;SAF=3,0;SAR=6,2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.330945,-0.547397;STB=0.753046,0.5;STBP=0.031,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0460904,0.0853999;OID=.,.;OPOS=113178895,113178894;OREF=TTTGT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,TTTTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:30:9,2:14,0:0.318182,0:6,2:3,0:15:9:11,0:3,0:17:13 chr4 113198805 . G C 153.41 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0143069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.507;QD=13.9465;RBI=0.017261;REFB=0.0043607;REVB=-0.00965682;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375915;STB=0.538878;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00457324;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:27:17:17:0.386364:11:6:8:17:11:6:8:19 chr4 113198889 . AC TT 106.68 PASS AF=0.355556;AO=14;DP=43;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.031439;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212;QD=9.48239;RBI=0.109464;REFB=-0.0647072;REVB=0.104852;RO=29;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339053;STB=0.666444;STBP=0.123;TYPE=mnp;VARB=0.141657;OID=.;OPOS=113198889;OREF=AC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:29:29:14:16:0.355556:11:3:14:15:12:4:14:15 chr4 113199075 . A G 404.8 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0359447;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2961;QD=15.8743;RBI=0.0360026;REFB=-0.00615369;REVB=-0.00204149;RO=57;SAF=30;SAR=15;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249317;STB=0.639937;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00981874;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:57:57:45:45:0.441176:15:30:24:33:15:30:24:33 chr4 113344925 . C T 259.41 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00152071;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.613;QD=18.8659;RBI=0.005871;REFB=-0.011469;REVB=0.00567063;RO=24;SAF=8;SAR=19;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187562;STB=0.568811;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0132099;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:27:27:28:0.509091:19:8:12:12:20:8:11:16 chr4 113352397 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0246127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.112;QD=17.0892;RBI=0.0323681;REFB=0.00740267;REVB=0.0210215;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184807;STB=0.60358;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00575077;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:8:20:13:12:8:20 chr4 113352628 . A G 105.86 PASS AF=0.6;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0412846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.521;QD=21.1721;RBI=0.0494769;REFB=-0.0348512;REVB=0.027268;RO=8;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200183;STB=0.56239;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0362931;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:11:12:0.6:9:2:3:5:9:3:3:5 chr4 113352899 . G A 173.82 PASS AF=0.385965;AO=20;DP=52;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0492594;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.92;QD=12.1978;RBI=0.0701832;REFB=-0.0249492;REVB=-0.0499919;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048064;STB=0.53395;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0486214;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:24:35:20:22:0.385965:9:11:12:12:10:12:21:14 chr4 113353285 . T C 221.89 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0060269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.736;QD=18.4904;RBI=0.0194692;REFB=-0.00227771;REVB=-0.0185128;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281748;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:13:13:11:11:13:13 chr4 113359703 . A G 308.51 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0052086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.998;QD=21.6501;RBI=0.0104693;REFB=-0.0297745;REVB=-0.00908161;RO=25;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138562;STB=0.581263;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0385919;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:25:31:32:0.561404:20:11:13:12:21:11:13:12 chr4 113362316 . A G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.000130502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.779;QD=16.6157;RBI=0.0148702;REFB=-0.0120972;REVB=0.0148696;RO=21;SAF=14;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434266;STB=0.752359;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0135756;OID=.;OPOS=113362316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:3:14:9:12:3:14:9:12 chr4 113362622 . C G 167.73 PASS AF=0.323529;AO=23;DP=69;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0544589;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7589;QD=9.86642;RBI=0.0554815;REFB=-0.0107735;REVB=-0.0106032;RO=44;SAF=12;SAR=11;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264672;STB=0.635248;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0177624;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:44:46:23:22:0.323529:11:12:33:11:10:12:34:12 chr4 113436044 . T G 59.45 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.481;QD=33.9691;RBI=0.0248396;REFB=0;REVB=0.0183604;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00677738;OID=.;OPOS=113436044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:5:2:0:0 chr4 113539969 . T C 52.4 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0182964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.605;QD=6.54952;RBI=0.0315679;REFB=-0.0131921;REVB=-0.025725;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390754;STB=0.749375;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0386075;OID=.;OPOS=113539969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:2:6:10:14:2:6:10:14 chr4 113549989 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00874012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.477;QD=14.1699;RBI=0.0204828;REFB=-0.00550691;REVB=-0.0185245;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467985;STB=0.770697;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00466539;OID=.;OPOS=113549989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:2:10:3:7:2:10 chr4 114081490 . A G 239.21 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.537;QD=50.3596;RBI=0.0273365;REFB=0;REVB=0.00857078;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177287;OID=.;OPOS=114081490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr4 114257201 . C T 57.31 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0293271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6028;QD=12.7349;RBI=0.059319;REFB=-0.0223402;REVB=-0.0515622;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185846;STB=0.609128;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0328233;OID=.;OPOS=114257201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:2:8:5:3:2:8 chr4 114276884 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=16;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0466572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9311;QD=17.5418;RBI=0.0469025;REFB=0.0271262;REVB=0.00479035;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811631;STB=0.590784;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0306922;OID=.;OPOS=114276884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:16:15:0.483871:6:10:8:7:5:10:8:8 chr4 114278277 . C T 216.16 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0436489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.802;QD=22.1704;RBI=0.0823962;REFB=-0.0202145;REVB=0.069885;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987524;STB=0.555501;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0200606;OID=.;OPOS=114278277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:14:7:8:10:14:7:8:10 chr4 114294308 . T C 291.53 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0291745;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8777;QD=25.9133;RBI=0.0292008;REFB=-0.013145;REVB=0.00124;RO=19;SAF=5;SAR=21;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232747;STB=0.630373;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0102813;OID=.;OPOS=114294308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:19:19:26:26:0.577778:21:5:8:11:21:5:8:11 chr4 114309839 . C T 379.71 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00794186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.661;QD=14.6044;RBI=0.0266655;REFB=0.00093641;REVB=-0.0254554;RO=60;SAF=24;SAR=20;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807436;STB=0.545434;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00197871;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:20:24:28:32:20:24:28:32 chr4 114341210 . T C 393.17 PASS AF=1;AO=23;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.294;QD=56.1678;RBI=0.0596996;REFB=0;REVB=0.0034662;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221519;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:23:28:1:14:9:0:0:14:14:0:0 chr4 114341584 . G A 229.64 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0221896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.434;QD=14.3522;RBI=0.0227519;REFB=-0.000987941;REVB=0.00502707;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267745;STB=0.651476;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00131839;OID=.;OPOS=114341584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:16:11:25:12:16:11:25:12 chr4 114341631 . T C 231.18 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.113647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.219;QD=46.2356;RBI=0.114203;REFB=-0.166332;REVB=0.0112566;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540538;STB=0.529381;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0015611;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:20:20:1:1:19:19:0.95:8:11:0:1:8:11:0:1 chr4 114376933 . G A 314.59 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0048745;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.667;QD=14.464;RBI=0.00820756;REFB=-0.00922299;REVB=-0.00660328;RO=51;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11614;STB=0.559887;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0110418;OID=.;OPOS=114376933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:51:52:35:35:0.402299:16:19:22:29:16:19:23:29 chr4 114429407 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0781218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.306;QD=17.8397;RBI=0.0827449;REFB=0.00123736;REVB=-0.027271;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269989;STB=0.651985;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00443262;OID=.;OPOS=114429407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:2:12:8:6:2:12 chr4 114822485 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.61;QD=62.67;RBI=0.0167914;REFB=0;REVB=0.00505236;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59887e-05;OID=.;OPOS=114822485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr4 115544714 . A G 756.08 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4505;QD=56.006;RBI=0.0482016;REFB=0;REVB=0.0227832;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000841219;OID=.;OPOS=115544714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:19:34:0:0:19:35:0:0 chr4 115577997 . C G 505.57 PASS AF=0.402878;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0258614;FXX=0.00714235;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.759;QD=14.5488;RBI=0.0268357;REFB=-0.00915078;REVB=-0.00716524;RO=80;SAF=28;SAR=28;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916149;STB=0.553938;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0129024;OID=.;OPOS=115577997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:80:83:56:56:0.402878:28:28:33:47:28:28:34:49 chr4 115589302 . A G 1190.36 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7813;QD=61.0443;RBI=0.045432;REFB=0;REVB=0.016001;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118191;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr4 118005484 . T C 564.08 PASS AF=0.417219;AO=63;DP=151;FAO=63;FDP=151;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.00249263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.836;QD=14.9424;RBI=0.00250017;REFB=-0.0117959;REVB=-0.00019395;RO=88;SAF=25;SAR=38;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109003;STB=0.561196;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0190129;OID=.;OPOS=118005484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:88:88:63:63:0.417219:38:25:44:44:38:25:44:44 chr4 119237348 . T C 1066.11 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.051343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.524;QD=58.4172;RBI=0.0513474;REFB=0.0155866;REVB=0.000669504;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150114;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00039722;OID=.;OPOS=119237348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:31:41:0:1:31:41:0:1 chr4 119435061 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.914;QD=40.7619;RBI=0.0835924;REFB=0;REVB=0.0298308;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156608;OID=.;OPOS=119435061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr4 119754766 . T C 325.83 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0280478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.815;QD=17.3774;RBI=0.0321315;REFB=-0.0102871;REVB=-0.0156766;RO=40;SAF=15;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115798;STB=0.564848;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0159629;OID=.;OPOS=119754766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:20:15:22:18:20:15:22:18 chr4 119947961 . AAAG A 703.86 PASS AF=1;AO=54;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00078953;FXX=0.0483793;HRUN=3;LEN=3;MLLD=189.103;QD=47.719;RBI=0.0208444;REFB=0;REVB=-0.0208295;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.52541e-05;OID=.;OPOS=119947962;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:61:59:59:0:25:34:0:0:13:0:24:30:0:0 chr4 119947985 . G C 837.02 PASS AF=0.983333;AO=60;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4874;QD=55.8015;RBI=0.0660942;REFB=0.0254312;REVB=-0.0558624;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506664;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000815427;OID=.;OPOS=119947985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:60:59:0.983333:38:22:0:0:37:22:0:1 chr4 119951647 . A G 491.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.5265;QD=57.8794;RBI=0.13038;REFB=0;REVB=0.0533602;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00346407;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:8:23:0:0:10:24:0:0 chr4 120158685 . T G 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.010581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.123;QD=24.2041;RBI=0.0140624;REFB=-0.000139507;REVB=-0.0092625;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179199;STB=0.600722;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000155095;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:13:5:6:6:13:5:6:6 chr4 120214030 . T G 334.65 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0547854;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2403;QD=18.8537;RBI=0.0585727;REFB=0.00986429;REVB=0.02072;RO=36;SAF=11;SAR=24;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01991;STB=0.511105;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.0065835;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:24:11:12:24:24:11:12:24 chr4 120215314 . A G 394.14 PASS AF=0.438095;AO=43;DP=101;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0120303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.919;QD=15.0148;RBI=0.0190322;REFB=-0.00292864;REVB=0.0147478;RO=57;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149042;STB=0.500626;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0041606;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:105:57:59:43:46:0.438095:22:21:27:30:25:21:27:32 chr4 120239831 . A G 138.16 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0585469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.592;QD=20.4679;RBI=0.0588585;REFB=-0.0132355;REVB=0.00604776;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26959;STB=0.651978;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0144002;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:6:9:3:9:6:9:3:9 chr4 120239878 . G A 168.67 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00533592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9252;QD=16.0638;RBI=0.021736;REFB=-0.0631469;REVB=-0.0210708;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339293;STB=0.692117;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0301036;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:5:19:8:10:5:19 chr4 120240238 . T C 103.64 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.104272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.314;QD=10.3636;RBI=0.110769;REFB=-0.0241996;REVB=-0.0373768;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621806;STB=0.537134;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0513597;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:9:18:8:5:9:18 chr4 120241849 . A G 149.03 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0120433;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.854;QD=16.1111;RBI=0.0129137;REFB=-0.00531699;REVB=0.00466068;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703014;STB=0.54049;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0064313;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:12:9:8:8:12:9 chr4 120241902 . T C 170.71 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0142804;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.841;QD=10.505;RBI=0.0143965;REFB=-0.00141762;REVB=-0.00182434;RO=42;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225026;STB=0.506488;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00359177;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:42:43:22:22:0.338462:13:9:18:24:13:9:18:25 chr4 120325630 . G A 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.00864154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.975;QD=9.83027;RBI=0.0133177;REFB=0.00880214;REVB=0.0101333;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092888;STB=0.555469;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0190891;OID=.;OPOS=120325630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:9:3:5:21:9:3:5:21 chr4 120325654 . GC G 37.7 PASS AF=0.288889;AO=14;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.183497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.8839;QD=3.35095;RBI=0.197442;REFB=-0.035121;REVB=0.0728848;RO=28;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622254;STB=0.54314;STBP=0.776;TYPE=del;VARB=0.0224095;OID=.;OPOS=120325655;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288889:14:45:13:45:32:2:11:6:26:37:28:3:11:5:23 chr4 120325732 . C A 322.9 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0156639;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.488;QD=14.0393;RBI=0.0190232;REFB=-0.0143694;REVB=-0.0107947;RO=56;SAF=16;SAR=20;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136113;STB=0.577073;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0247626;OID=.;OPOS=120325732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:56:56:36:36:0.391304:20:16:18:38:20:16:18:38 chr4 120325820 . T A 628.48 PASS AF=0.529412;AO=60;DP=116;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=11;FWDB=0.00183133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.18;QD=21.1253;RBI=0.00904176;REFB=-0.0182223;REVB=-0.00885435;RO=55;SAF=43;SAR=17;SRF=45;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115254;STB=0.55383;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0146964;OID=.;OPOS=120325820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:55:56:60:63:0.529412:17:43:45:10:18:45:45:11 chr4 120330155 . C T 34.13 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0263449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3421;QD=4.01552;RBI=0.0800829;REFB=0.000967319;REVB=-0.0756255;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0184092;OID=.;OPOS=120330155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:3:3:14:14:3:3:14:14 chr4 120330272 . C G 60.07 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=36;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0938536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8461;QD=6.16119;RBI=0.113345;REFB=-0.00940493;REVB=-0.0635496;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345258;STB=0.802637;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0359003;OID=.;OPOS=120330272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:36:39:30:30:6:9:0.230769:2:4:11:19:2:7:11:19 chr4 120330448 . GC AA 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0214772;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.656;QD=16.4544;RBI=0.0264623;REFB=0.00476512;REVB=-0.0154592;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168827;STB=0.599679;STBP=0.512;TYPE=mnp;VARB=-0.00182902;OID=.;OPOS=120330448;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:1:3:3:3:1:3 chr4 120330539 . G A 49.5 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.022022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3073;QD=15.231;RBI=0.0286663;REFB=-0.0527497;REVB=-0.0183518;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477234;STB=0.788535;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.047447;OID=.;OPOS=120330539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:2:4:1:6:2:4 chr4 120423729 . T C 143.38 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.01292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.235;QD=8.4341;RBI=0.0453517;REFB=-0.0261004;REVB=0.0434724;RO=48;SAF=17;SAR=3;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375821;STB=0.730201;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0565182;OID=.;OPOS=120423729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:3:17:29:19:3:17:29:19 chr4 120474859 . A G 272.26 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0321234;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.309;QD=14.5206;RBI=0.0408169;REFB=-0.0148292;REVB=-0.0251814;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288501;STB=0.662662;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.030803;OID=.;OPOS=120474859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:44:44:31:31:0.413333:13:18:13:31:13:18:13:31 chr4 120528327 . G A 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.467;QD=60.2241;RBI=0.017104;REFB=0;REVB=0.00906166;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09219e-05;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr4 120868354 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0114212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.282;QD=15.2625;RBI=0.0195207;REFB=-0.00791213;REVB=0.0158308;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045606;STB=0.538404;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0111786;OID=.;OPOS=120868354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:9:4:4:11:9:4:4:12 chr4 121957051 . C T 2320.5 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.7;QD=61.0658;RBI=0.0340181;REFB=0;REVB=-0.0281931;RO=0;SAF=84;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02535e-05;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:68:84:0:0:68:84:0:0 chr4 121957734 . T C 955.08 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.773;QD=58.7744;RBI=0.0247953;REFB=0;REVB=0.021758;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63464e-05;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:32:32:0:0:33:32:0:0 chr4 121958090 . T TG 502.34 PASS AF=1;AO=7;DP=61;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129899;FXX=0.266622;HRUN=0;LEN=1;MLLD=144.89;QD=45.6674;RBI=0.129936;REFB=0;REVB=0.00312197;RO=54;SAF=3;SAR=4;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838466;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000568909;OID=.;OPOS=121958091;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:61:44:44:0:19:25:0:0:3:54:3:4:27:27 chr4 121958091 . T G 614.77 PASS AF=0.8125;AO=50;DP=64;FAO=52;FDP=64;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0489128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.434;QD=38.4229;RBI=0.0727594;REFB=-0.208209;REVB=0.0538653;RO=12;SAF=25;SAR=25;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090296;STB=0.527734;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00503342;OID=.;OPOS=121958091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:64:64:12:12:50:52:0.8125:25:25:3:9:27:25:4:8 chr4 121958187 . A G 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.507;QD=59.5006;RBI=0.0157737;REFB=0;REVB=0.013427;RO=0;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01604e-05;OID=.;OPOS=121958187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:48:21:0:0:48:21:0:0 chr4 121958697 . G A 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.827;QD=58.5751;RBI=0.0378114;REFB=0;REVB=0.0332037;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76567e-05;OID=.;OPOS=121958697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr4 121966807 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.693;QD=61.3364;RBI=0.0243254;REFB=0;REVB=0.0106773;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46825e-05;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr4 122137662 . T G 119.86 PASS AF=0.454545;AO=13;DP=36;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0560236;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.922;QD=14.5289;RBI=0.0562942;REFB=-0.0564198;REVB=-0.00551325;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185092;STB=0.555481;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0694781;OID=.;OPOS=122137662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:33:14:18:13:15:0.454545:9:4:7:7:9:6:9:9 chr4 122250733 . C CG 1134.67 PASS AF=1;AO=10;DP=86;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335639;FXX=0.0120467;HRUN=0;LEN=1;MLLD=50.667;QD=55.3498;RBI=0.0790942;REFB=0;REVB=0.0716195;RO=73;SAF=9;SAR=1;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000666386;OID=.;OPOS=122250734;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:86:82:82:0:43:39:0:0:7:73:9:1:38:35 chr4 122250734 . A G 961.74 PASS AF=0.855422;AO=69;DP=81;FAO=71;FDP=83;FR=.;FRO=12;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00388053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.7204;QD=46.3488;RBI=0.0642627;REFB=-0.166178;REVB=0.0641454;RO=12;SAF=33;SAR=36;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985533;STB=0.553133;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.012699;OID=.;OPOS=122250734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:81:83:12:12:69:71:0.855422:36:33:10:2:38:33:10:2 chr4 122254119 . G A 937.45 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2858;QD=58.5905;RBI=0.0929885;REFB=0;REVB=-0.0474111;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345247;OID=.;OPOS=122254119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chr4 122617716 . TGG GTG,TGC 179.72 PASS AF=0,0.422222;AO=2,14;DP=45;FAO=0,19;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=0,8;FSAR=0,11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0243236,0.0154446;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=18.4267,146.02;QD=15.9753;RBI=0.249208,0.0680787;REFB=-0.0797875,-0.0442595;REVB=-0.248018,-0.0663036;RO=15;SAF=0,6;SAR=2,8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.528044,-0.0347727;STB=0.5,0.544966;STBP=1,0.647;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0414483;OID=.,.;OPOS=122617716,122617718;OREF=TG,G;OALT=GT,C;OMAPALT=GTG,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:45:15:26:2,14:0,19:0,0.422222:2,8:0,6:7:8:0,11:0,8:9:17 chr4 122617745 . G A 167.16 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0257465;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.471;QD=14.8584;RBI=0.0262012;REFB=-0.0147291;REVB=0.00486005;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173693;STB=0.599893;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0132724;OID=.;OPOS=122617745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:27:27:18:18:0.4:9:9:9:18:9:9:9:18 chr4 122683007 . G A 1330.15 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.266;QD=61.8675;RBI=0.0311039;REFB=0;REVB=-0.0298549;RO=0;SAF=25;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22655e-05;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:60:25:0:0:60:26:0:0 chr4 122687238 . A G 503.81 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00537815;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.067;QD=19.7573;RBI=0.00554997;REFB=-0.022614;REVB=-0.00137028;RO=50;SAF=25;SAR=27;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879075;STB=0.548514;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0225796;OID=.;OPOS=122687238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:27:25:29:21:27:25:29:21 chr4 122687491 . G C 443.27 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0160297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9932;QD=20.1485;RBI=0.0654003;REFB=-0.0353202;REVB=-0.0634055;RO=43;SAF=22;SAR=22;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114263;STB=0.568151;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0290842;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:44:44:44:0.5:22:22:16:27:22:22:16:28 chr4 122742217 . T C 1120.7 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0917028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.667;QD=57.4716;RBI=0.102465;REFB=-0.10733;REVB=0.0457125;RO=1;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160347;STB=0.507934;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0072854;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:78:1:1:75:77:0.987179:29:46:0:1:31:46:0:1 chr4 122824052 . C T 437.52 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.024161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.783;QD=16.6675;RBI=0.0244852;REFB=-0.00591207;REVB=0.00397168;RO=56;SAF=27;SAR=21;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779325;STB=0.538906;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00623247;OID=.;OPOS=122824052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:56:57:48:48:0.457143:21:27:27:29:21:27:28:29 chr4 122872718 . AG A,AA 259.51 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=3,17;DP=21;FAO=1,20;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195688,0.0234887;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.74,212.764;QD=49.4311;RBI=0.0367512,0.0435218;REFB=0,0;REVB=0.031108,0.0366391;RO=0;SAF=2,10;SAR=1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0683179,0.00236639;OID=.,.;OPOS=122872719,122872719;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.047619,0.952381:3,17:21:1,20:21:0:1,12:0,8:0:0:3:0:2,10:1,7:0:0 chr4 123008808 . C T 591.29 PASS AF=0.619048;AO=52;DP=85;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00696623;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.247;QD=28.1566;RBI=0.00704519;REFB=-0.00854678;REVB=-0.00105182;RO=28;SAF=21;SAR=31;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154827;STB=0.572985;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00532371;OID=.;OPOS=123008808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:28:32:52:52:0.619048:31:21:18:10:31:21:19:13 chr4 123145751 . T A 340.68 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0247651;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.973;QD=20.9648;RBI=0.0259689;REFB=-0.0221887;REVB=-0.0078151;RO=30;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103823;STB=0.548645;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0157084;OID=.;OPOS=123145751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:34:35:0.538462:20:14:16:14:20:15:16:14 chr4 123192383 . T C 337.66 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0144694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.102;QD=20.1589;RBI=0.0144764;REFB=-0.00485198;REVB=0.000450113;RO=32;SAF=11;SAR=24;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224076;STB=0.624702;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00525771;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:24:11:18:14:24:11:18:14 chr4 123229132 . C T 293.61 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=0.0128554;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.169;QD=14.6805;RBI=0.0358146;REFB=-0.00518321;REVB=-0.0334279;RO=46;SAF=19;SAR=14;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33736;STB=0.693325;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0109265;OID=.;OPOS=123229132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:46:47:33:33:0.4125:14:19:11:35:14:19:11:36 chr4 123536963 . G A 1541.12 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.55;QD=63.5514;RBI=0.0345675;REFB=0;REVB=0.0194031;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00206e-05;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:97:0:0:89:97:1:50:39:0:0:58:39:0:0 chr4 123664204 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.962;QD=46.8479;RBI=0.0387249;REFB=0;REVB=0.00583242;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573855;OID=.;OPOS=123664204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr4 123664445 . C T 348.22 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1321;QD=53.5723;RBI=0.035574;REFB=0;REVB=0.0308104;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670978;OID=.;OPOS=123664445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:11:15:0:0 chr4 123665991 . C G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.062;QD=56.9988;RBI=0.0577408;REFB=0;REVB=-0.015336;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161497;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr4 123814308 . C T 599.02 PASS AF=0.630952;AO=53;DP=84;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00258603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.244;QD=28.5249;RBI=0.00830444;REFB=-0.0100413;REVB=0.00789152;RO=29;SAF=40;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136413;STB=0.593043;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00698784;OID=.;OPOS=123814308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:29:31:53:53:0.630952:13:40:17:12:13:40:17:14 chr4 123838758 . A G 1469.43 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.331;QD=63.2014;RBI=0.052558;REFB=0;REVB=0.0235342;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08777e-05;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr4 123843716 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.922;QD=43.4861;RBI=0.016761;REFB=0;REVB=-0.00163908;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200511;OID=.;OPOS=123843716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr4 123949556 . G A 250.39 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203978;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.085;QD=47.6931;RBI=0.0204846;REFB=-0.0247892;REVB=0.00188371;RO=1;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297497;STB=0.516113;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000410159;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:21:1:1:20:20:0.952381:15:5:0:1:15:5:0:1 chr4 125592846 . C T 351.14 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0127976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.708;QD=18.0074;RBI=0.0128134;REFB=-0.00893125;REVB=0.000635499;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160981;STB=0.58948;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00601606;OID=.;OPOS=125592846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:17:20:29:12:17:20:29:12 chr4 126240510 . T C 806.04 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.012204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9712;QD=51.1774;RBI=0.0221928;REFB=-0.0296551;REVB=0.018536;RO=4;SAF=23;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176475;STB=0.509367;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00827678;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:63:4:4:59:59:0.936508:36:23:1:3:36:23:1:3 chr4 126241335 . C G 1101.92 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265836;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2363;QD=60.3794;RBI=0.0294627;REFB=0;REVB=0.0127029;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209753;OID=.;OPOS=126241335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr4 126241871 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.527;QD=33.4285;RBI=0.0386482;REFB=0;REVB=-0.0051681;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610099;OID=.;OPOS=126241871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr4 126329789 . T C 1193.8 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446958;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.075;QD=61.2207;RBI=0.0304927;REFB=0;REVB=0.0301633;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92183e-05;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr4 126336703 . T C 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.001156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.049;QD=18.9039;RBI=0.00617668;REFB=-0.0115586;REVB=0.00606754;RO=41;SAF=13;SAR=26;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814196;STB=0.545431;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0126712;OID=.;OPOS=126336703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:26:13:17:24:26:13:17:24 chr4 126369872 . G C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.259;QD=57.2351;RBI=0.0207672;REFB=0;REVB=0.0148286;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49984e-05;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr4 126372742 . G A 637.97 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145162;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.174;QD=62.2413;RBI=0.0151347;REFB=0;REVB=-0.00428223;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320903;OID=.;OPOS=126372742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr4 126373789 . G A 833.85 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.344;QD=57.5069;RBI=0.031288;REFB=0;REVB=-0.0186291;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88149e-05;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:30:26:0:0:30:28:0:0 chr4 126412575 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7469;QD=55.0953;RBI=0.0301492;REFB=0;REVB=0.0124612;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360549;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr4 128565000 . A G 727.66 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.993;QD=63.2746;RBI=0.0175784;REFB=0;REVB=0.0124458;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21148e-05;OID=.;OPOS=128565000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr4 128584580 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.171;QD=57.2015;RBI=0.0377023;REFB=0;REVB=0.0375997;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123868;OID=.;OPOS=128584580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr4 128632236 . C T 62.54 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0859739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.207;QD=10.0065;RBI=0.0929391;REFB=-0.00228124;REVB=0.0353009;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847122;STB=0.515118;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00734333;OID=.;OPOS=128632236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:24:25:16:16:8:9:0.36:6:2:5:11:6:3:5:11 chr4 128689936 . A G 769.23 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.171;QD=56.9802;RBI=0.0248019;REFB=0;REVB=0.0213959;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18482e-05;OID=.;OPOS=128689936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr4 128723042 . T C 1090.54 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0644461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2406;QD=58.1623;RBI=0.0917183;REFB=-0.0696049;REVB=0.0652606;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000540096;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:73:74:0.986667:43:30:0:0:43:31:1:0 chr4 128743999 . GATTTTAG GATTTAG,GATTTAGT,TGATTTAG,TGATTTAT 55.55 PASS AF=0.257143,0.0285714,0,0;AO=6,3,2,2;DP=37;FAO=9,1,0,0;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=1,0,0,0;FSAR=8,1,0,0;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0845017,-0.0123143,-0.0136726,0.00309777;FXX=0.0540395;HRUN=4,4,1,1;LEN=1,3,3,8;MLLD=17.5422,70.7996,25.7097,83.1345;QD=6.34829;RBI=0.131605,0.0522614,0.0165458,0.0451895;REFB=-0.0644519,-0.00376465,-0.0542344,-0.00787097;REVB=-0.100893,-0.0507899,0.00931804,-0.0450832;RO=21;SAF=4,0,0,0;SAR=2,3,2,2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.397059,0,0,0;SSSB=0.0604803,-0.637716,-0.559416,-0.559416;STB=0.899153,0.993153,0.5,0.5;STBP=0.015,0.256,1,1;TYPE=del,mnp,mnp,mnp;VARB=0.110683,0.140361,0.0515939,0;OID=.,.,.,.;OPOS=128744001,128744004,128743999,128743999;OREF=T,TAG,GAT,GATTTTAG;OALT=-,AGT,TGA,TGATTTAT;OMAPALT=GATTTAG,GATTTAGT,TGATTTAG,TGATTTAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:37:35:21:25:6,3,2,2:9,1,0,0:0.257143,0.0285714,0,0:2,3,2,2:4,0,0,0:13:8:8,1,0,0:1,0,0,0:17:8 chr4 128807219 . T A 411.1 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.227;QD=56.7033;RBI=0.0306548;REFB=0;REVB=0.0302379;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72392e-05;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:18:11:0:0 chr4 128814964 . G T 785.08 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4577;QD=64.0878;RBI=0.0359019;REFB=0;REVB=-0.0123701;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000559068;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr4 128878674 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0114191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9347;QD=11.8298;RBI=0.0304612;REFB=-0.0286479;REVB=-0.0282398;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279572;STB=0.620033;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0424443;OID=.;OPOS=128878674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:10:11:0.37931:7:3:10:8:7:4:10:8 chr4 129012181 . G A 905.91 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.166;QD=56.6193;RBI=0.019178;REFB=-0.0917147;REVB=-0.00296871;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185128;STB=0.509801;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=5.41698e-06;OID=.;OPOS=129012181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:38:25:1:0:38:25:1:0 chr4 129012638 . A G 902.61 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2171;QD=58.2328;RBI=0.0671999;REFB=0;REVB=0.0123422;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515611;OID=.;OPOS=129012638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr4 129043204 . C G 740.66 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119375;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.001;QD=56.9735;RBI=0.121252;REFB=0;REVB=0.0212473;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160311;OID=.;OPOS=129043204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr4 129043286 . C T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.267;QD=58.7809;RBI=0.0227564;REFB=0;REVB=-0.0140081;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26063e-05;OID=.;OPOS=129043286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr4 129100643 . G A 346.27 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0253646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7673;QD=16.8914;RBI=0.0522203;REFB=-0.00463474;REVB=-0.0456464;RO=45;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175123;STB=0.598345;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00556223;OID=.;OPOS=129100643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:14:23:20:25:14:23:20:25 chr4 129677239 . T C 835.75 PASS AF=1;AO=41;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.376;QD=57.6377;RBI=0.123826;REFB=0;REVB=0.03784;RO=0;SAF=8;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712197;OID=.;OPOS=129677239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:41:58:1:33:8:0:0:34:24:0:0 chr4 129867228 . C T 220.59 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0116716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.717;QD=14.2317;RBI=0.0171234;REFB=-0.00385526;REVB=-0.0125294;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956379;STB=0.554414;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00657011;OID=.;OPOS=129867228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:14:12:20:16:14:12:20:16 chr4 129867280 . T A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.974;QD=59.0178;RBI=0.0421216;REFB=0;REVB=0.00346838;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023566;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr4 129913345 . G A 127.94 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0690238;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8576;QD=11.3721;RBI=0.0691502;REFB=0.00206482;REVB=-0.00417963;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550721;STB=0.545393;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00730415;OID=.;OPOS=129913345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:9:6:13:16:9:6:14:16 chr4 130023884 . G T 402.45 PASS AF=0.436893;AO=43;DP=99;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.00849688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.915;QD=15.6291;RBI=0.00850188;REFB=-0.0112643;REVB=-0.000291449;RO=56;SAF=10;SAR=33;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714419;STB=0.530533;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0143257;OID=.;OPOS=130023884;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:56:58:43:45:0.436893:33:10:16:40:33:12:18:40 chr4 130030644 . C T 262.02 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0092116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.191;QD=25.5626;RBI=0.0176146;REFB=-0.00888413;REVB=0.015014;RO=17;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049448;STB=0.527404;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0072454;OID=.;OPOS=130030644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:14:10:6:11:14:10:6:11 chr4 130030652 . A G 619.5 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.294;QD=59.0002;RBI=0.0509555;REFB=-0.0777143;REVB=0.03726;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323316;STB=0.517233;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0055722;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:27:14:1:0:27:14:1:0 chr4 133367588 . T C 900.07 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0202882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6458;QD=53.7353;RBI=0.0464198;REFB=-0.0995223;REVB=0.0417515;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525416;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00278617;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:0:3:64:64:0.955224:28:36:0:0:28:36:0:3 chr4 134072264 . G A 49.01 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00487919;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0873;QD=10.892;RBI=0.0821202;REFB=-0.0216038;REVB=0.0819751;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263346;STB=0.516083;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0438774;OID=.;OPOS=134072264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:19:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:5:6:4:3:5:6 chr4 134082967 . T C 2187.36 PASS AF=0.458;AO=226;DP=504;FAO=229;FDP=500;FR=.;FRO=271;FSAF=106;FSAR=123;FSRF=121;FSRR=150;FWDB=-0.011179;FXX=0.0272368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.849;QD=17.4989;RBI=0.0779238;REFB=0.00363755;REVB=0.0771178;RO=255;SAF=104;SAR=122;SRF=116;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00511778;STB=0.508942;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00406944;OID=.;OPOS=134082967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:504:500:255:271:226:229:0.458:122:104:116:139:123:106:121:150 chr4 134085015 . G A 197.49 PASS AF=0.442308;AO=20;DP=48;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00564827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.443;QD=15.1914;RBI=0.00574856;REFB=-0.00479252;REVB=0.00106907;RO=25;SAF=15;SAR=5;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379765;STB=0.557325;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0123134;OID=.;OPOS=134085015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:25:29:20:23:0.442308:5:15:18:7:6:17:19:10 chr4 134710268 . G A 302.79 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00483682;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.792;QD=16.8214;RBI=0.0193924;REFB=0.00519992;REVB=-0.0187795;RO=40;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501436;STB=0.520535;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00462057;OID=.;OPOS=134710268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:39:33:33:0.458333:19:14:19:21:19:14:18:21 chr4 135121066 . T G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.949;QD=57.5453;RBI=0.0247996;REFB=0;REVB=-0.00323722;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37189e-05;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr4 135121368 . G T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.323;QD=61.334;RBI=0.0603177;REFB=0;REVB=0.0362495;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90791e-05;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr4 135121601 . C T 365.07 PASS AF=0.964286;AO=22;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.012;QD=52.1529;RBI=0.0184566;REFB=-0.0745738;REVB=-0.0139921;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00166882;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:22:27:0.964286:13:9:0:0:13:14:0:1 chr4 139092719 . A G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00477371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.545;QD=14.1384;RBI=0.0338852;REFB=-0.00136698;REVB=0.0335472;RO=20;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452819;STB=0.526279;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00278668;OID=.;OPOS=139092719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:10:4:5:15:10:4:5:15 chr4 139100372 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.746;QD=56.1915;RBI=0.0354361;REFB=0;REVB=0.0183153;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165589;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr4 139140494 . G C 306.54 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0165282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.123;QD=18.0319;RBI=0.0165521;REFB=-0.0101613;REVB=0.000890767;RO=34;SAF=13;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124973;STB=0.57757;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00706057;OID=.;OPOS=139140494;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:35:33:33:0.485294:20:13:18:16:20:13:19:16 chr4 139964337 . G A 530.05 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00891259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.717;QD=22.5554;RBI=0.0112185;REFB=-0.0184863;REVB=0.00681329;RO=43;SAF=21;SAR=29;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154882;STB=0.590295;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0156075;OID=.;OPOS=139964337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:44:50:50:0.531915:29:21:26:17:29:21:27:17 chr4 139964455 . C T 752.02 PASS AF=0.633028;AO=69;DP=110;FAO=69;FDP=109;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00746898;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.5652;QD=27.5969;RBI=0.0104836;REFB=-0.0315698;REVB=-0.00735664;RO=37;SAF=32;SAR=37;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147228;STB=0.50414;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0185191;OID=.;OPOS=139964455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:37:40:69:69:0.633028:37:32:18:19:37:32:19:21 chr4 139964521 . C T 485.11 PASS AF=0.516484;AO=45;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00305179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.691;QD=21.3233;RBI=0.00625672;REFB=-0.0095874;REVB=0.00546197;RO=44;SAF=23;SAR=22;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504546;STB=0.537367;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00877232;OID=.;OPOS=139964521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:45:47:0.516484:22:23:20:24:22:25:20:24 chr4 140005294 . A G 1419.11 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.014254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9686;QD=61.7003;RBI=0.033401;REFB=-0.0194583;REVB=-0.0302068;RO=1;SAF=56;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839022;STB=0.504424;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000618409;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:35:56:1:0:35:56:1:0 chr4 140021592 . G A 181.55 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0853315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.883;QD=24.2062;RBI=0.0855278;REFB=-0.03848;REVB=0.00579155;RO=11;SAF=2;SAR=16;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220164;STB=0.666444;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0183096;OID=.;OPOS=140021592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:11:12:18:18:0.6:16:2:3:8:16:2:4:8 chr4 140121564 . G C 238.82 PASS AF=0.45;AO=24;DP=58;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.075793;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1419;QD=15.921;RBI=0.0758747;REFB=-0.0501607;REVB=-0.00352036;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662977;STB=0.507687;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.051296;OID=.;OPOS=140121564;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:33:33:24:27:0.45:11:13:20:13:11:16:20:13 chr4 140177839 . A G 78.33 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00380881;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8416;QD=13.0546;RBI=0.031315;REFB=0.011022;REVB=0.0310825;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235856;STB=0.639072;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0134813;OID=.;OPOS=140177839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:5:9:4:6:5:9 chr4 140310520 . T C 131.14 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00825529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.798;QD=9.7139;RBI=0.00854118;REFB=-0.0224225;REVB=0.00219132;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129671;STB=0.583241;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0408406;OID=.;OPOS=140310520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:37:17:17:0.314815:10:7:11:25:10:7:11:26 chr4 140417671 . G C 803.42 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0397053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.681;QD=55.4081;RBI=0.0400711;REFB=-0.0483824;REVB=0.00540223;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209528;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000995729;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:35:22:1:0:35:22:1:0 chr4 140606425 . G A 222.73 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00183605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7195;QD=18.956;RBI=0.0320544;REFB=0.00726542;REVB=-0.0320017;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475313;STB=0.767298;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00902786;OID=.;OPOS=140606425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:16:6:20:5:16:6:20:5 chr4 140606447 . G T 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.036926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.671;QD=13.4591;RBI=0.0376394;REFB=-0.00530641;REVB=-0.00729355;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400477;STB=0.730081;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00914731;OID=.;OPOS=140606447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:20:6:10:6:20:6 chr4 140651584 . TCTG T 55.08 PASS AF=1;AO=2;DP=3;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740931;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=143.046;QD=31.4715;RBI=0.078417;REFB=0;REVB=0.0256794;RO=0;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000637512;OID=.;OPOS=140651585;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:3:7:7:0:2:5:0:0:4:0:1:1:0:0 chr4 140809710 . C G 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00538912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3363;QD=12.3388;RBI=0.0219824;REFB=-0.00435026;REVB=-0.0213116;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124259;STB=0.57137;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0116896;OID=.;OPOS=140809710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:12:12:15:24:12:12:15:24 chr4 140810334 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.845;QD=61.684;RBI=0.0176747;REFB=0;REVB=0.00747238;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16487e-05;OID=.;OPOS=140810334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr4 140810637 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.893;QD=44.6898;RBI=0.0162989;REFB=0;REVB=-0.00211885;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027781;OID=.;OPOS=140810637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr4 140810700 . C T 77.26 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0177408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.836;QD=13.4358;RBI=0.0623197;REFB=-0.0196339;REVB=-0.0597411;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271484;STB=0.681047;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.01757;OID=.;OPOS=140810700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:12:13:10:10:0.434783:3:7:5:7:3:7:5:8 chr4 140811135 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.9388;QD=35.5749;RBI=0.0160918;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758716;OID=.;OPOS=140811135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr4 141294814 . G C 166.13 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0173139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.598;QD=9.91846;RBI=0.0239889;REFB=-0.00697956;REVB=0.0166042;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381186;STB=0.522368;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0202957;OID=.;OPOS=141294814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:11:11:21:24:11:11:21:24 chr4 141383121 . A T 279.62 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00752443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.398;QD=48.6286;RBI=0.0206904;REFB=-0.0108189;REVB=0.0192737;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.526292;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=7.27285e-05;OID=.;OPOS=141383121;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:9:13:0:0:9:13:0:1 chr4 141499166 . G A 888.57 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00265657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.899;QD=56.4169;RBI=0.0300378;REFB=-0.0309686;REVB=0.0299201;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=2.40736e-05;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:0:1:61:62:0.984127:42:19:0:0:43:19:0:1 chr4 141543997 . G A 1153.44 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.043;QD=60.7074;RBI=0.0213729;REFB=0;REVB=0.0171065;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64287e-05;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:43:31:0:0:45:31:0:0 chr4 141600320 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0475783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9399;QD=12.0509;RBI=0.0482931;REFB=-0.0225118;REVB=0.0082781;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1059;STB=0.562372;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0383997;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:2:11:7:2:2:11 chr4 142640637 . A G 1026.89 PASS AF=0.880952;AO=74;DP=84;FAO=74;FDP=84;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0191766;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=231.179;QD=48.8997;RBI=0.0215332;REFB=-0.0425829;REVB=-0.00979467;RO=10;SAF=26;SAR=48;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036101;STB=0.519185;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000283913;OID=.;OPOS=142640637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:84:84:10:10:74:74:0.880952:48:26:5:5:48:26:5:5 chr4 143043397 . G A 163.17 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00193146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1463;QD=20.3961;RBI=0.0260931;REFB=-0.0433171;REVB=-0.0260215;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209241;STB=0.618045;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0247753;OID=.;OPOS=143043397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:7:10:5:10:7:10:5:10 chr4 143324094 . G A 225.95 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0558519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1344;QD=20.5408;RBI=0.056009;REFB=-0.0181701;REVB=0.00419223;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120584;STB=0.56784;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0187512;OID=.;OPOS=143324094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:13:9:12:10:13:9 chr4 144135718 . G A 728.42 PASS AF=0.916667;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0107895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3953;QD=48.5616;RBI=0.0361198;REFB=-0.0638618;REVB=-0.0344707;RO=5;SAF=34;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681303;STB=0.536264;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0266866;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:60:60:5:5:55:55:0.916667:21:34:1:4:21:34:1:4 chr4 144359260 . CT AC,C 42.23 PASS AF=0.0175439,0.263158;AO=2,14;DP=57;FAO=1,15;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=1,10;FSAR=0,5;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0165636,0.0357756;FXX=0.0172384;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=34.7928,10.661;QD=2.96337;RBI=0.0535996,0.105218;REFB=-0.0381714,-0.0962993;REVB=-0.0509761,-0.0989495;RO=36;SAF=2,8;SAR=0,6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0,0.326531;SSEP=0,0;SSSB=0.418334,0.0521001;STB=0.989267,0.599863;STBP=0.477,0.389;TYPE=mnp,del;VARB=0.0689766,0.132283;OID=.,.;OPOS=144359260,144359261;OREF=CT,T;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:57:57:36:41:2,14:1,15:0.0175439,0.263158:0,6:2,8:19:17:0,5:1,10:22:19 chr4 144442611 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00557616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.991;QD=11.2567;RBI=0.00677721;REFB=-0.0100344;REVB=-0.00385189;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448594;STB=0.52696;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0132908;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:8:4:3:5:8:4 chr4 144442735 . C T 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0162582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5782;QD=9.49026;RBI=0.0198736;REFB=0.0169153;REVB=-0.0114294;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125693;STB=0.576108;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0260467;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:6:12:5:4:6:12 chr4 144467104 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.834;QD=63.5827;RBI=0.0154287;REFB=0;REVB=0.00298931;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25879e-05;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr4 144532644 . A G 327.01 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0217459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3394;QD=17.6765;RBI=0.0218779;REFB=0.00953087;REVB=-0.00239956;RO=39;SAF=15;SAR=20;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118873;STB=0.566229;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.010741;OID=.;OPOS=144532644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:20:15:12:27:20:15:12:27 chr4 144542213 . A G 191.07 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0308351;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.029;QD=10.9181;RBI=0.0310213;REFB=0.00476306;REVB=-0.00339352;RO=46;SAF=9;SAR=15;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30547;STB=0.676942;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00492641;OID=.;OPOS=144542213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:46:46:24:24:0.342857:15:9:30:16:15:9:30:16 chr4 144617397 . A T 412.78 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00370005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.125;QD=18.7627;RBI=0.00497975;REFB=0.00366589;REVB=-0.00333279;RO=46;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630603;STB=0.535118;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00361994;OID=.;OPOS=144617397;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:20:22:21:25:20:22:21:25 chr4 144618610 . G C 912.38 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.206;QD=56.1466;RBI=0.0142148;REFB=-0.131042;REVB=-0.00839495;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154807;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000449664;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:33:30:1:0:33:31:1:0 chr4 144619921 . C T 185.09 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0668956;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3622;QD=16.8264;RBI=0.0808353;REFB=-0.0263147;REVB=-0.0453798;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108183;STB=0.57694;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0410307;OID=.;OPOS=144619921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:19:19:0.431818:13:6:10:14:13:6:11:14 chr4 144794616 . C T 438.29 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.044;QD=56.5532;RBI=0.0321942;REFB=0;REVB=-0.0146182;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03436e-05;OID=.;OPOS=144794616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:22:9:0:0 chr4 144799840 . G A 473.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.921;QD=57.3362;RBI=0.0148316;REFB=0;REVB=-0.0122499;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130823;OID=.;OPOS=144799840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:17:16:0:0 chr4 144801662 . C G,T 1295.3 PASS AF=0.360825,0.587629;AO=35,50;DP=95;FAO=35,57;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=9,24;FSAR=26,33;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0243155,-0.0362034;FXX=0.010203;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=93.5579,34.9681;QD=53.4145;RBI=0.0385092,0.039491;REFB=-0.0124827,0.00362187;REVB=-0.0298616,0.0157751;RO=7;SAF=9,22;SAR=26,28;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.168061,-0.0634753;STB=0.55316,0.514726;STBP=0.112,0.413;TYPE=snp,snp;VARB=0.0195865,0.0439556;OID=.,.;OPOS=144801662,144801662;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:95:97:7:5:35,50:35,57:0.360825,0.587629:26,28:9,22:5:2:26,33:9,24:3:2 chr4 145041686 . A G 160.09 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3023;QD=45.7398;RBI=0.0501307;REFB=0;REVB=0.027108;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034055;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr4 146054799 . G C 238.98 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00520181;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4404;QD=18.0364;RBI=0.053286;REFB=-0.0311191;REVB=-0.0530314;RO=26;SAF=20;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171602;STB=0.611418;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0318716;OID=.;OPOS=146054799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:27:26:26:0.490566:6:20:16:10:6:20:16:11 chr4 146057637 . A AAC 32.14 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0179108;FXX=0.076864;HRUN=4;LEN=2;MLLD=250.167;QD=10.7128;RBI=0.0179108;REFB=-0.0117461;REVB=0;RO=9;SAF=5;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0148719;OID=.;OPOS=146057638;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:5:14:5:12:7:5:0:7:0:32:9:5:0:9:0 chr4 147177468 . T G 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00431543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.046;QD=12.9421;RBI=0.00852087;REFB=-0.00609257;REVB=-0.00734726;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128923;STB=0.575656;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0124797;OID=.;OPOS=147177468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:13:12:9:6:13:12 chr4 148559892 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0122391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.339;QD=18.3452;RBI=0.012242;REFB=-0.0122978;REVB=0.000264327;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109612;STB=0.542205;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0145344;OID=.;OPOS=148559892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:10:7:5:12:10:7:6:12 chr4 148984321 . A G 195.39 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0162878;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.915;QD=16.6287;RBI=0.0175853;REFB=-0.0113978;REVB=0.00662933;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120199;STB=0.568561;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0205019;OID=.;OPOS=148984321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:18:9:9:11:18:9 chr4 149000024 . C T 159.85 PASS AF=0.485714;AO=18;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00805226;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.012;QD=18.2682;RBI=0.0083834;REFB=-0.00797305;REVB=0.00233293;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226446;STB=0.513498;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00822044;OID=.;OPOS=149000024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:18:18:17:0.485714:10:8:8:9:9:8:8:10 chr4 149041372 . C T 72.68 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0228015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1488;QD=8.80965;RBI=0.0472758;REFB=-0.00368183;REVB=-0.0414137;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103103;STB=0.506316;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0179997;OID=.;OPOS=149041372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:9:14:6:4:9:14 chr4 149356516 . A G 1346.45 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401676;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.53;QD=62.6255;RBI=0.0412184;REFB=0;REVB=-0.00924778;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10442e-05;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:45:40:0:0:45:41:0:0 chr4 149357475 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.665;QD=55.656;RBI=0.0162954;REFB=0;REVB=0.012166;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210828;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr4 150769133 . G A 288.37 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00147501;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.188;QD=13.5702;RBI=0.00332321;REFB=-0.0055631;REVB=-0.00297793;RO=50;SAF=18;SAR=15;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102218;STB=0.543452;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00658119;OID=.;OPOS=150769133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:52:33:33:0.388235:15:18:32:18:15:18:32:20 chr4 151000419 . G A 441.12 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0219088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.903;QD=22.3351;RBI=0.0226635;REFB=-0.0177812;REVB=0.00580013;RO=35;SAF=23;SAR=20;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132631;STB=0.578665;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0151286;OID=.;OPOS=151000419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:36:43:43:0.544304:20:23:13:22:20:23:13:23 chr4 151177340 . CC TG 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=266.559;QD=35.5759;RBI=0.0142452;REFB=0;REVB=0.0142452;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.20465e-05;OID=.;OPOS=151177340;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr4 151505322 . T A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0579509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.715;QD=18.8198;RBI=0.0736142;REFB=0.0160124;REVB=-0.0453954;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.583194;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0128717;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:4:6:5:7:4:6 chr4 151773593 . G C 47.34 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0409634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4261;QD=11.8345;RBI=0.0751451;REFB=-0.00238326;REVB=-0.0629983;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0012977;OID=.;OPOS=151773593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:5:4:3:4:5:4 chr4 151829824 . T C 172.79 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0179216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.24;QD=11.3308;RBI=0.0284229;REFB=-0.00872163;REVB=0.0220607;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280339;STB=0.516264;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0147269;OID=.;OPOS=151829824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:13:9:15:24:13:9:15:24 chr4 152041502 . C G 145.67 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0124221;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.936;QD=21.5809;RBI=0.0370154;REFB=-0.0184115;REVB=0.0348687;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138447;STB=0.578836;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0250242;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:27:12:12:15:15:0.555556:11:4:5:7:11:4:5:7 chr4 152048801 . C T 233.35 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0125923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.527;QD=24.5636;RBI=0.0184029;REFB=-0.023715;REVB=0.0134202;RO=15;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10729;STB=0.532964;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0288905;OID=.;OPOS=152048801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:21:22:0.578947:7:14:8:7:8:14:9:7 chr4 152065197 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0258833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.303;QD=16.8248;RBI=0.0265588;REFB=-0.0326624;REVB=0.0059517;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125592;STB=0.50718;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0430293;OID=.;OPOS=152065197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:13:8:11:17:13:8:11:17 chr4 152567726 . A C 155.2 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0346297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.6659;QD=17.2448;RBI=0.0827066;REFB=-0.00854135;REVB=0.0751077;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159503;STB=0.588131;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0213494;OID=.;OPOS=152567726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:18:19:16:17:0.472222:9:7:11:7:10:7:11:8 chr4 152624972 . A G 333.85 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0210093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6065;QD=14.2062;RBI=0.0214766;REFB=-0.0129858;REVB=0.00445582;RO=56;SAF=13;SAR=24;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181286;STB=0.59852;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0245063;OID=.;OPOS=152624972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:57:37:37:0.393617:24:13:29:27:24:13:29:28 chr4 152682046 . G T 327.08 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0275292;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.852;QD=15.0383;RBI=0.036194;REFB=-0.0341811;REVB=-0.0234978;RO=50;SAF=25;SAR=11;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192417;STB=0.604639;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0437765;OID=.;OPOS=152682046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:36:36:0.413793:11:25:26:24:11:25:27:24 chr4 153243499 . T C 87.0 PASS AF=0.588235;AO=8;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0958289;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.577;QD=20.4699;RBI=0.0958507;REFB=-0.00134328;REVB=0.00204029;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529353;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00109791;OID=.;OPOS=153243499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:17:4:7:8:10:0.588235:4:4:2:2:5:5:4:3 chr4 153690842 . T C 754.55 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5803;QD=62.8791;RBI=0.0487353;REFB=0;REVB=0.0484556;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307383;OID=.;OPOS=153690842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:25:23:0:0 chr4 153896358 . C T 841.07 PASS AF=0.436019;AO=92;DP=213;FAO=92;FDP=211;FR=.;FRO=119;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=71;FWDB=0.0177366;FXX=0.014018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.847;QD=15.9445;RBI=0.019154;REFB=-0.00233336;REVB=0.00723107;RO=119;SAF=40;SAR=52;SRF=48;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325632;STB=0.518109;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00246248;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:211:119:119:92:92:0.436019:52:40:48:71:52:40:48:71 chr4 153897770 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0330172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.654;QD=15.1962;RBI=0.0346433;REFB=-0.0188975;REVB=0.0104891;RO=26;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457515;STB=0.526287;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0195699;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:14:4:5:21:14:4:5:21 chr4 153898178 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0705231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5262;QD=44.6851;RBI=0.0730933;REFB=0;REVB=-0.0192125;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00408576;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr4 154216695 . C T 56.25 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0239019;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3224;QD=9.78216;RBI=0.0509409;REFB=-0.0331042;REVB=0.0449853;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379089;STB=0.732738;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0632979;OID=.;OPOS=154216695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:6:9:2:6:6:9 chr4 154256423 . T TA,TAA 97.14 PASS AF=0.520833,0;AO=19,7;DP=49;FAO=25,0;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13,0;FSAR=12,0;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.24928,-0.127991;FXX=0.020404;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.38008,13.0441;QD=8.09522;RBI=0.265415,0.136186;REFB=-0.0106392,-0.00286946;REVB=-0.0911308,-0.0465265;RO=23;SAF=9,5;SAR=10,2;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00439952,0.28358;STB=0.500834,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0232188,0.010695;OID=.,.;OPOS=154256424,154256424;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520833,0:19,7:49:25,0:48:23:13,0:12,0:12:11:73:23:9,5:10,2:11:12 chr4 154387597 . G C 54.66 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0219403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0419;QD=10.4113;RBI=0.0350736;REFB=-0.0122133;REVB=-0.0273639;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118061;STB=0.571254;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0294688;OID=.;OPOS=154387597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:8:5:4:4:8:5 chr4 154513627 . A G 331.84 PASS AF=0.389474;AO=35;DP=93;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00510277;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.561;QD=13.9723;RBI=0.0108202;REFB=-0.011474;REVB=-0.00954138;RO=58;SAF=23;SAR=12;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102433;STB=0.551696;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0133927;OID=.;OPOS=154513627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:58:58:35:37:0.389474:12:23:33:25:13:24:33:25 chr4 154513722 . C T 386.34 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0447124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1007;QD=18.1805;RBI=0.0453665;REFB=-0.0195509;REVB=-0.00767598;RO=45;SAF=21;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972197;STB=0.554225;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0276379;OID=.;OPOS=154513722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:19:21:19:26:19:21:19:26 chr4 154514965 . T C 153.44 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00336687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.204;QD=13.9494;RBI=0.0145177;REFB=-0.0184481;REVB=0.0141219;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455323;STB=0.526432;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0283202;OID=.;OPOS=154514965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:7:10:17:10:7:10:17:10 chr4 154525458 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000777501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.036;QD=15.9167;RBI=0.0349065;REFB=-0.0102445;REVB=0.0348979;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120083;STB=0.592666;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0152612;OID=.;OPOS=154525458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:9:4:6:8:9:4:7:8 chr4 154525459 . G A 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00518824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.954;QD=19.8489;RBI=0.0484219;REFB=0.0032588;REVB=-0.0481431;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132271;STB=0.574782;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00316886;OID=.;OPOS=154525459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:4:9:8:7:4:9 chr4 154631543 . A T 1042.13 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.998;QD=59.5504;RBI=0.0314731;REFB=0;REVB=0.0117699;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140248;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr4 154631563 . T C 258.55 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00490664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.731;QD=14.1674;RBI=0.00490884;REFB=-0.0113116;REVB=-0.000146759;RO=43;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545428;STB=0.540119;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0167464;OID=.;OPOS=154631563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:43:29:30:0.410959:14:15:20:23:14:16:20:23 chr4 154709856 . A C 487.53 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117448;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.734;QD=59.0947;RBI=0.0277798;REFB=0;REVB=0.0251749;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175575;OID=.;OPOS=154709856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:16:17:0:0 chr4 155156207 . G A 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00844054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.617;QD=21.2928;RBI=0.00870355;REFB=-0.0151803;REVB=-0.00212344;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.023237;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:13:12:12:13:13:12:12:13 chr4 155156542 . G A 528.75 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.000841719;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9744;QD=22.0311;RBI=0.0232601;REFB=-0.0120858;REVB=-0.0232449;RO=46;SAF=29;SAR=21;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323511;STB=0.51785;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0148815;OID=.;OPOS=155156542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:21:29:25:21:21:29:25:21 chr4 155157015 . T C 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.000229185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.712;QD=21.3987;RBI=0.00574965;REFB=-0.0137443;REVB=0.00574508;RO=28;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156551;STB=0.586654;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0098546;OID=.;OPOS=155157015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:21:13:16:12:21:13:16:12 chr4 155241572 . G A 525.68 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0184998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.53;QD=17.5227;RBI=0.0203484;REFB=-0.00902845;REVB=-0.00847442;RO=64;SAF=25;SAR=31;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039198;STB=0.521771;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00862788;OID=.;OPOS=155241572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:56:56:0.466667:31:25:26:38:31:25:26:38 chr4 155243573 . C T 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0614;QD=63.335;RBI=0.0225461;REFB=0;REVB=-0.00615356;RO=0;SAF=32;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79635e-05;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:61:32:0:0:61:32:0:0 chr4 155243604 . T C 937.01 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000803229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3706;QD=58.5629;RBI=0.00921349;REFB=0;REVB=-0.00917841;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.3565e-05;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:45:19:0:0:45:19:0:0 chr4 155244401 . TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG TTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGT,TTTTGTTTGTTTGTTTTG 234.44 PASS AF=1,0,0;AO=5,2,3;DP=20;FAO=19,0,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767021,0.00178914,0.00333771;FXX=0.0951928;HRUN=3,3,1;LEN=4,3,3;MLLD=161.43,152.678,152.089;QD=49.3549;RBI=0.015805,0.0182405,0.030872;REFB=0,0,0;REVB=-0.013819,-0.0181525,-0.030691;RO=0;SAF=4,2,2;SAR=1,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.000137136,0,0.0244049;OID=.,.,.;OPOS=155244402,155244419,155244415;OREF=TTTG,TTG,TTG;OALT=-,-,-;OMAPALT=TTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGT,TTTTGTTTGTTTGTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:5,2,3:20:19,0,0:19:0:14,0,0:5,0,0:0:0:3:0:4,2,2:1,0,1:0:0 chr4 155244475 . G T 358.01 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.321;QD=55.0783;RBI=0.00815518;REFB=0;REVB=0.00138552;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6029e-05;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr4 155256177 . A G 191.0 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0065967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.93;QD=13.4036;RBI=0.0174964;REFB=-0.0141625;REVB=-0.0162052;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430735;STB=0.514007;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.013731;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:13:10:13:20:13:10:14:20 chr4 155256205 . G A 666.65 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.293;QD=60.6043;RBI=0.067134;REFB=0;REVB=0.049623;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420674;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:29:12:0:0:32:12:0:0 chr4 155287535 . T C 294.56 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0276995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.739;QD=20.6706;RBI=0.0318712;REFB=-0.0312879;REVB=0.0157644;RO=26;SAF=12;SAR=19;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188401;STB=0.604478;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0228474;OID=.;OPOS=155287535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:19:12:16:10:19:12:16:10 chr4 155295076 . A G 120.15 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0128425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.609;QD=14.1354;RBI=0.0243843;REFB=-0.0121816;REVB=0.0207284;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260571;STB=0.52937;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0325925;OID=.;OPOS=155295076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:7:7:9:10:7:7:9:11 chr4 155407680 . A G 463.13 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0342636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.6239;QD=52.9296;RBI=0.0345925;REFB=-0.164872;REVB=0.00475846;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.524985;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00740966;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:0:2:33:33:0.942857:19:14:0:0:19:14:0:2 chr4 155410822 . G A 1026.53 PASS AF=0.96;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0228542;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.556;QD=54.7484;RBI=0.0396496;REFB=-0.0966631;REVB=0.0324003;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.524583;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00304476;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:75:75:0:3:71:72:0.96:28:43:0:0:29:43:0:3 chr4 155411065 . T C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.17;QD=59.8551;RBI=0.0165903;REFB=0;REVB=0.00439831;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59719e-05;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr4 155411104 . A C 1395.47 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3886;QD=62.7177;RBI=0.0184602;REFB=0;REVB=-0.0139495;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101429;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr4 155507590 . T C 50.9 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0200562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0425;QD=5.50278;RBI=0.0305246;REFB=-0.0139655;REVB=-0.0230109;RO=29;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326547;STB=0.709195;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0453072;OID=.;OPOS=155507590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:37:37:29:29:8:8:0.216216:3:5:10:19:3:5:10:19 chr4 155720274 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.679;QD=51.9167;RBI=0.0401749;REFB=0;REVB=0.0364725;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61269e-05;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr4 156135676 . C T 1357.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4407;QD=61.7249;RBI=0.0585837;REFB=0;REVB=0.031791;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114867;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:39:46:0:0:39:49:0:0 chr4 156136027 . C T 820.22 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.246;QD=55.608;RBI=0.0646036;REFB=-0.0672182;REVB=0.0566297;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.508194;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000865309;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:29:28:0:1:30:28:0:1 chr4 156273768 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.181;QD=56.7066;RBI=0.0336205;REFB=0;REVB=0.00956383;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39084e-05;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr4 156274377 . T C 189.05 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0395834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5061;QD=21.0051;RBI=0.0396923;REFB=-0.00412375;REVB=-0.00293804;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146151;STB=0.553879;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00172889;OID=.;OPOS=156274377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:17:18:19:0.527778:8:10:7:11:9:10:7:10 chr4 156276289 . C T 538.3 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9627;QD=59.8112;RBI=0.0406147;REFB=0;REVB=-0.0367374;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000706486;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr4 156276317 . A G 255.93 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5719;QD=51.1855;RBI=0.0652885;REFB=0;REVB=0.0484661;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196896;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:9:9:0:0:9:11:0:0 chr4 156281371 . T C 512.82 PASS AF=0.430769;AO=55;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=0.00668758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.313;QD=15.7791;RBI=0.0113664;REFB=-0.0250895;REVB=0.00919087;RO=74;SAF=31;SAR=24;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897536;STB=0.545439;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0347792;OID=.;OPOS=156281371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:74:55:56:0.430769:24:31:48:26:24:32:48:26 chr4 156289900 . C T 1097.23 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.438;QD=59.3098;RBI=0.0716036;REFB=0;REVB=0.0342162;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104913;OID=.;OPOS=156289900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:68:74:1:43:25:0:0:46:28:0:0 chr4 156289917 . G A 151.98 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0145736;FXX=0.0555478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5558;QD=8.94023;RBI=0.0227891;REFB=-0.0211449;REVB=0.0175201;RO=46;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786022;STB=0.565151;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.055195;OID=.;OPOS=156289917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:46:48:20:20:0.294118:13:7:19:27:13:7:21:27 chr4 156379973 . G T 1197.62 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216742;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.754;QD=59.8812;RBI=0.0283043;REFB=-0.00718028;REVB=-0.0182033;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=6.55353e-05;OID=.;OPOS=156379973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:43:36:0:0:43:36:1:0 chr4 156382738 . A C 585.09 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3062;QD=60.0087;RBI=0.0567524;REFB=0;REVB=0.0272552;RO=0;SAF=6;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755136;OID=.;OPOS=156382738;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:32:6:0:0:32:7:0:0 chr4 156632391 . A G 775.26 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00106416;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.983;QD=53.4664;RBI=0.0167737;REFB=-0.0465134;REVB=0.0167399;RO=2;SAF=20;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100749;STB=0.505346;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000185121;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:36:20:1:1:36:20:1:1 chr4 156680340 . G T 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0586673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.19;QD=27.2345;RBI=0.0599675;REFB=-0.0257699;REVB=-0.0124198;RO=14;SAF=9;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773343;STB=0.542677;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0201069;OID=.;OPOS=156680340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:14:9:4:10:14:9:4:10 chr4 156696223 . A T 155.65 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0494575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9295;QD=15.5649;RBI=0.0677892;REFB=-0.0172464;REVB=0.0463609;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236387;STB=0.635683;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.024242;OID=.;OPOS=156696223;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:8:15:7:10:8:15 chr4 156706482 . G A 173.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00133672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4278;QD=18.7102;RBI=0.00148722;REFB=0.015117;REVB=0.000651943;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979282;STB=0.568786;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0138341;OID=.;OPOS=156706482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:8:10:8:10:8:10:8:11 chr4 156721198 . C T 386.66 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0277563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3949;QD=31.5639;RBI=0.0284765;REFB=0.0459898;REVB=-0.00636398;RO=17;SAF=12;SAR=20;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556153;STB=0.530368;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0164041;OID=.;OPOS=156721198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:20:12:5:12:20:12:5:12 chr4 156784671 . G A 525.78 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0351607;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.173;QD=17.3811;RBI=0.0413359;REFB=-0.00739283;REVB=-0.0217344;RO=65;SAF=26;SAR=30;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715803;STB=0.539809;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00923106;OID=.;OPOS=156784671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:65:65:56:56:0.46281:30:26:35:30:30:26:35:30 chr4 156787340 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000126717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.759;QD=59.8387;RBI=0.0444055;REFB=0;REVB=-0.0444053;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264862;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr4 156847230 . A G 104.2 PASS AF=0.272727;AO=19;DP=63;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.112664;FXX=0.0149231;HRUN=8;LEN=1;MLLD=27.8904;QD=6.31502;RBI=0.112764;REFB=-0.0185588;REVB=-0.00473452;RO=43;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221033;STB=0.540495;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0430962;OID=.;OPOS=156847230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:43:48:19:18:0.272727:7:12:19:24:8:10:24:24 chr4 156847237 . AG AA,A 112.71 PASS AF=0.0175439,0.315789;AO=3,11;DP=53;FAO=1,18;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=0,12;FSAR=1,6;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0191182,-0.011872;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.8377,23.1439;QD=7.90936;RBI=0.0499952,0.125913;REFB=-0.0331453,0.0013789;REVB=-0.0461955,-0.125352;RO=36;SAF=2,8;SAR=1,3;SRF=18;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.166769,0.286511;STB=0.989442,0.633994;STBP=0.496,0.161;TYPE=snp,del;VARB=0.0490359,-0.0107368;OID=.,.;OPOS=156847238,156847238;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0175439,0.315789:3,11:53:1,18:57:38:0,12:1,6:18:20:95:36:2,8:1,3:18:18 chr4 157557726 . A G 1052.33 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0471661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9061;QD=57.6619;RBI=0.056588;REFB=-0.110262;REVB=-0.0312659;RO=1;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145478;STB=0.507461;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000862594;OID=.;OPOS=157557726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:32:39:0:1:33:39:0:1 chr4 158043559 . C T 1305.43 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462663;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8221;QD=62.1632;RBI=0.0463763;REFB=0;REVB=-0.046145;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226831;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr4 158065038 . T C 857.18 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.255;QD=57.1453;RBI=0.0434777;REFB=0;REVB=0.0142418;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25855e-05;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:22:36:0:0:23:37:0:0 chr4 158238830 . T C 924.93 PASS AF=0.412245;AO=100;DP=243;FAO=101;FDP=245;FR=.;FRO=144;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=70;FSRR=74;FWDB=0.0227072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.218;QD=15.101;RBI=0.0227317;REFB=-0.00776263;REVB=0.00105541;RO=142;SAF=45;SAR=55;SRF=68;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304969;STB=0.518106;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00947002;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:245:142:144:100:101:0.412245:55:45:68:74:55:46:70:74 chr4 159076826 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.13;QD=63.3367;RBI=0.0109798;REFB=0;REVB=-0.0042595;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61349e-05;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chr4 159092633 . A G 959.76 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.176;QD=58.1674;RBI=0.0288285;REFB=0;REVB=-0.0132893;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178201;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:37:28:0:0:38:28:0:0 chr4 159601676 . C T 422.36 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.82;QD=54.4983;RBI=0.0581768;REFB=-0.0659266;REVB=0.0578083;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00755589;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:1:0:29:31:1:15:14:0:1:17:14:0:0 chr4 159791519 . G A 137.83 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0536811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.683;QD=19.0113;RBI=0.0537181;REFB=-0.0352007;REVB=-0.00199474;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268385;STB=0.677702;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0270105;OID=.;OPOS=159791519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:14:15:15:0.517241:12:3:6:7:12:3:7:7 chr4 159826773 . T G 281.39 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.361;QD=51.1613;RBI=0.0395195;REFB=0;REVB=0.0262561;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157508;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:13:9:0:0 chr4 159894250 . C T 911.77 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000689312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.714;QD=55.2585;RBI=0.0030337;REFB=0.0335862;REVB=0.00295435;RO=2;SAF=50;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628052;STB=0.533323;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000111853;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:14:50:0:2:14:50:0:2 chr4 159894305 . T C 1144.1 PASS AF=0.987179;AO=74;DP=75;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.268;QD=58.6716;RBI=0.0394719;REFB=0.00129451;REVB=0.0288585;RO=1;SAF=51;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201214;STB=0.510201;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000363942;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:78:1:1:74:77:0.987179:23:51:0:1:24:53:0:1 chr4 160277276 . C T 143.27 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0243692;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.551;QD=22.9225;RBI=0.0259721;REFB=0.0379138;REVB=-0.00898283;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12026;STB=0.56748;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00901431;OID=.;OPOS=160277276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:3:7:8:7:3:7 chr4 160428588 . G A 471.93 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0184985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.049;QD=55.5213;RBI=0.0556621;REFB=-0.104705;REVB=0.0524984;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000888858;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr4 162307060 . G T 577.57 PASS AF=0.445255;AO=60;DP=136;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.015276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.297;QD=16.8634;RBI=0.0189961;REFB=-0.0128024;REVB=-0.0112913;RO=76;SAF=33;SAR=27;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159955;STB=0.513881;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.016768;OID=.;OPOS=162307060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:76:76:60:61:0.445255:27:33:43:33:28:33:43:33 chr4 164048199 . G C 323.04 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0134594;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6617;QD=14.0454;RBI=0.0134596;REFB=-0.0145329;REVB=7.68026e-05;RO=52;SAF=15;SAR=21;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678012;STB=0.518508;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0231918;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:52:56:36:36:0.391304:21:15:25:27:21:15:25:31 chr4 164085425 . T C 558.02 PASS AF=0.422535;AO=59;DP=140;FAO=60;FDP=142;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.0100103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.013;QD=15.7189;RBI=0.0171945;REFB=-0.0142173;REVB=0.0139802;RO=80;SAF=26;SAR=33;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00331167;STB=0.506408;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0229958;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:80:82:59:60:0.422535:33:26:35:45:33:27:36:46 chr4 164393117 . T A 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0186184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7961;QD=19.1561;RBI=0.0542224;REFB=0.000469886;REVB=-0.0509257;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767254;STB=0.543285;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00203579;OID=.;OPOS=164393117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:16:7:8:13:16:7 chr4 164394545 . G C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0137802;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=282.836;QD=14.7017;RBI=0.0242151;REFB=-0.00773535;REVB=-0.0199117;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174365;STB=0.578812;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00551741;OID=.;OPOS=164394545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:9:15:12:12:0.444444:4:8:4:5:4:8:8:7 chr4 164450083 . C T 451.47 PASS AF=0.475248;AO=47;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0103945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.394;QD=17.8801;RBI=0.0289817;REFB=-0.0171664;REVB=-0.0270535;RO=53;SAF=22;SAR=25;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751693;STB=0.535626;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0184296;OID=.;OPOS=164450083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:53:53:47:48:0.475248:25:22:29:24:25:23:29:24 chr4 165878335 . A G 247.49 PASS AF=0.444444;AO=26;DP=67;FAO=28;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.047267;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8334;QD=15.7138;RBI=0.0771485;REFB=-0.0232706;REVB=-0.0609732;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051818;STB=0.527789;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0333276;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:63:28:35:26:28:0.444444:11:15:16:12:13:15:17:18 chr4 165878609 . T A 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00639367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.186;QD=22.583;RBI=0.00716947;REFB=-0.0276173;REVB=-0.0032438;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564343;STB=0.503152;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0196822;OID=.;OPOS=165878609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:15:11:10:14:15:11:10:14 chr4 165879007 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0167991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.201;QD=11.9536;RBI=0.0235214;REFB=4.65917e-05;REVB=-0.0164635;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305926;STB=0.685222;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.000647007;OID=.;OPOS=165879007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:5:6:2:6:5:6 chr4 166000195 . A G 401.53 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275708;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.527;QD=57.3616;RBI=0.0306306;REFB=0;REVB=-0.0133447;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80836e-05;OID=.;OPOS=166000195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr4 166199250 . A T 430.04 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=78;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00496039;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4786;QD=22.3399;RBI=0.0161566;REFB=-0.0218465;REVB=-0.0153762;RO=34;SAF=22;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054307;STB=0.53027;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0159698;OID=.;OPOS=166199250;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:34:35:41:42:0.545455:19:22:16:18:20:22:16:19 chr4 166199390 . C T 1350.07 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.274;QD=61.3667;RBI=0.0329798;REFB=0;REVB=0.0214492;RO=1;SAF=38;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123045;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345095;OID=.;OPOS=166199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:88:88:1:0:86:88:1:48:38:1:0:48:40:0:0 chr4 166199763 . A C 770.2 PASS AF=0.487805;AO=80;DP=164;FAO=80;FDP=164;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=58;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.00410767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1957;QD=18.7854;RBI=0.0583412;REFB=-0.00344746;REVB=0.0581964;RO=84;SAF=22;SAR=58;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230572;STB=0.627842;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00413955;OID=.;OPOS=166199763;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:84:84:80:80:0.487805:58:22:42:42:58:22:42:42 chr4 166231868 . A G 363.18 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.020206;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.647;QD=13.2066;RBI=0.0305084;REFB=-0.0175317;REVB=-0.0228577;RO=66;SAF=16;SAR=27;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123942;STB=0.566402;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0323875;OID=.;OPOS=166231868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:66:67:43:43:0.390909:27:16:32:34:27:16:32:35 chr4 166244121 . CTTC CTC,CTCG 59.42 PASS AF=0.156863,0.0588235;AO=8,3;DP=52;FAO=8,3;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=7,3;FSAR=1,0;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.023856,-0.0133291;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=23.9429,42.4013;QD=4.66071;RBI=0.0357076,0.0225054;REFB=-0.00629923,-0.00777544;REVB=-0.0265693,0.0181336;RO=40;SAF=7,3;SAR=1,0;SRF=17;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.546541,0.539975;STB=0.864651,0.996761;STBP=0.054,0.044;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0156243,0.0668859;OID=.,.;OPOS=166244122,166244123;OREF=T,TC;OALT=-,CG;OMAPALT=CTC,CTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.156863,0.0588235:8,3:52:8,3:51:40:7,3:1,0:18:22:42:40:7,3:1,0:17:23 chr4 166264119 . A G 406.83 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0061196;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.557;QD=13.9088;RBI=0.00914094;REFB=-0.0181129;REVB=-0.00679023;RO=69;SAF=24;SAR=23;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103776;STB=0.562178;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0185445;OID=.;OPOS=166264119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:69:70:47:47:0.401709:23:24:42:27:23:24:43:27 chr4 166403417 . C A 227.72 PASS AF=0.39726;AO=26;DP=69;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00871688;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.307;QD=12.478;RBI=0.00913675;REFB=-0.0297402;REVB=0.00273793;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103857;STB=0.564927;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0394989;OID=.;OPOS=166403417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:41:44:26:29:0.39726:14:12:15:26:14:15:18:26 chr4 167012381 . G A 2422.72 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5648;QD=60.5681;RBI=0.0444366;REFB=-0.0757819;REVB=0.0211442;RO=1;SAF=84;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563063;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089424;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:159:160:1:0:158:160:1:74:84:1:0:75:85:0:0 chr4 167012480 . T C 1433.27 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.154;QD=63.0011;RBI=0.0506144;REFB=0;REVB=0.0389724;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149688;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr4 167654960 . C G 138.69 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0114875;FXX=0.136333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.077;QD=14.5989;RBI=0.0255319;REFB=-0.00130427;REVB=-0.0228016;RO=20;SAF=14;SAR=1;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240754;STB=0.723747;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00128093;OID=.;OPOS=167654960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:38:20:23:15:15:0.394737:1:14:17:3:1:14:18:5 chr4 168584259 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7104;QD=42.1824;RBI=0.0811744;REFB=0;REVB=0.0772296;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236542;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr4 169282355 . T C 1046.68 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642645;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.686;QD=59.8103;RBI=0.0122901;REFB=0;REVB=0.010476;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13005e-05;OID=.;OPOS=169282355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr4 169315760 . C A 867.99 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.325;QD=57.8658;RBI=0.0114825;REFB=0;REVB=0.0108569;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12157e-05;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:40:19:0:0:40:20:0:0 chr4 169317279 . C T 575.35 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.27;QD=60.5635;RBI=0.0336596;REFB=0;REVB=-0.023822;RO=0;SAF=6;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227161;OID=.;OPOS=169317279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:32:6:0:0:32:6:0:0 chr4 169336662 . T C 330.16 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6969;QD=52.8254;RBI=0.0339215;REFB=0;REVB=0.011376;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151012;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr4 169341435 . A G 1695.21 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.271;QD=60.5432;RBI=0.0199377;REFB=0;REVB=-0.00555855;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97664e-05;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:53:58:0:0:53:59:0:0 chr4 169362557 . C G 833.28 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.09;QD=57.4677;RBI=0.0485219;REFB=0;REVB=-0.0467416;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126113;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr4 169369820 . T A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.506;QD=57.2026;RBI=0.0574087;REFB=0;REVB=0.0562449;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457221;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr4 169369853 . A T 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0461614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.422;QD=50.836;RBI=0.0479464;REFB=0.131532;REVB=0.0129609;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52379;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00166678;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:10:15:0:0:10:15:0:1 chr4 169369920 . C T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00785194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.974;QD=48.735;RBI=0.0644736;REFB=0;REVB=-0.0639937;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102653;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr4 169393595 . A G 1212.48 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432685;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6542;QD=61.3915;RBI=0.0541567;REFB=0;REVB=0.0325697;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637388;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr4 169432673 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00477749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.062;QD=16.3859;RBI=0.0160402;REFB=-0.0204612;REVB=0.0153122;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144653;STB=0.58423;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.020863;OID=.;OPOS=169432673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:5:3:5:4:5:3 chr4 169432841 . G A 200.51 PASS AF=0.416667;AO=23;DP=58;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00931917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3672;QD=13.3673;RBI=0.0103517;REFB=-0.0176489;REVB=0.00450666;RO=35;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113474;STB=0.559952;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0225004;OID=.;OPOS=169432841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:35:35:23:25:0.416667:10:13:16:19:11:14:16:19 chr4 169433326 . TG CA 75.57 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0253341;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.619;QD=10.4229;RBI=0.0301381;REFB=-0.00126267;REVB=-0.0163244;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059334;STB=0.517207;STBP=0.937;TYPE=mnp;VARB=0.00147672;OID=.;OPOS=169433326;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:18:19:10:10:0.344828:5:5:8:10:5:5:9:10 chr4 169433333 . C T 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0268488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.783;QD=13.5752;RBI=0.0293369;REFB=-0.0133322;REVB=0.0118236;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656314;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0432006;OID=.;OPOS=169433333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:9:10:6:7:9:10 chr4 169621191 . G A 299.71 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0347535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.849;QD=16.8852;RBI=0.0369551;REFB=0.00100823;REVB=-0.0125647;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025408;STB=0.522171;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00107081;OID=.;OPOS=169621191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:38:32:33:0.464789:16:16:20:18:17:16:20:18 chr4 169630204 . T G 254.06 PASS AF=0.52;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.000561232;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.42;QD=20.325;RBI=0.00407866;REFB=-0.0167511;REVB=-0.00403986;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139376;STB=0.570418;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0153814;OID=.;OPOS=169630204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:24:26:26:0.52:16:10:6:19:16:10:6:18 chr4 169846359 . GCT G 667.81 PASS AF=1;AO=33;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661449;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.206;QD=62.122;RBI=0.0663304;REFB=0;REVB=-0.00495727;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00016044;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:43:43:43:0:19:24:0:0:4:0:14:19:0:0 chr4 169928842 . G T 3459.42 PASS AF=1;AO=221;DP=221;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.78;QD=62.6139;RBI=0.0455213;REFB=0;REVB=0.00350837;RO=0;SAF=99;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75928e-05;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:221:0:0:221:221:1:122:99:0:0:122:99:0:0 chr4 170581570 . G A 1043.88 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.49;QD=59.6501;RBI=0.0495368;REFB=0;REVB=0.00554239;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185221;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:33:35:0:0:34:36:0:0 chr4 170663235 . C T 439.39 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.57;QD=56.6957;RBI=0.032261;REFB=0;REVB=0.0205104;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410339;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:22:8:0:0:22:9:0:0 chr4 170678992 . CT C,CC 676.58 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=7,37;DP=44;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768353,0.0683183;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=245.781,262.511;QD=61.5073;RBI=0.0780573,0.06941;REFB=0,0;REVB=0.0137581,0.012262;RO=0;SAF=5,11;SAR=2,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0087397,0.00201842;OID=.,.;OPOS=170678993,170678993;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.954545:7,37:44:2,42:44:0:1,15:1,27:0:0:7:0:5,11:2,26:0:0 chr4 170987636 . A G 734.25 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00238747;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=304.284;QD=61.1878;RBI=0.0043765;REFB=-0.104529;REVB=0.00366793;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000218302;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:1:0:25:22:1:0 chr4 172735897 . C G 1061.22 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6015;QD=59.7868;RBI=0.0486334;REFB=0;REVB=-0.0479428;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402409;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:36:35:0:0 chr4 174062875 . A G 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.00857753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0595;QD=13.3355;RBI=0.100558;REFB=-0.0272577;REVB=-0.100192;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124079;STB=0.578853;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0260331;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:12:3:3:20:12:3:3:21 chr4 174090004 . G A 253.51 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0249657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.8727;QD=15.1347;RBI=0.0378783;REFB=-0.0170763;REVB=-0.0284865;RO=37;SAF=19;SAR=10;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532392;STB=0.535483;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0514864;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:10:19:26:11:10:19:27:11 chr4 174449949 . C T 224.79 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00522029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9898;QD=19.9815;RBI=0.0124362;REFB=-0.0247305;REVB=-0.0112875;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305004;STB=0.517226;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0264024;OID=.;OPOS=174449949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:15:7:8:15:15:7:8:15 chr4 174458022 . T A 236.37 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0129967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.238;QD=11.2558;RBI=0.0144233;REFB=0.00306557;REVB=-0.00625445;RO=55;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18848;STB=0.609046;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00447944;OID=.;OPOS=174458022;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:12:17:23:32:12:17:23:32 chr4 174537221 . T C 348.42 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00819503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1618;QD=14.9857;RBI=0.0109172;REFB=-0.0196917;REVB=-0.00721289;RO=54;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111637;STB=0.511358;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0295121;OID=.;OPOS=174537221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:55:38:38:0.408602:18:20:29:25:18:20:30:25 chr4 174537356 . T A 456.87 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00231068;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.222;QD=16.9213;RBI=0.00795699;REFB=-0.014345;REVB=0.00761409;RO=55;SAF=20;SAR=30;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528684;STB=0.517234;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00909656;OID=.;OPOS=174537356;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:55:58:50:50:0.462963:30:20:25:30:30:20:25:33 chr4 174537471 . G A 527.02 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0185826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.371;QD=21.9593;RBI=0.0323335;REFB=-0.0165724;REVB=-0.0264602;RO=46;SAF=27;SAR=23;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304105;STB=0.501677;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0169229;OID=.;OPOS=174537471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:23:27:25:21:23:27:25:21 chr4 175237408 . T C 361.61 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00233681;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.136;QD=20.0893;RBI=0.00539316;REFB=-0.00920286;REVB=-0.00486061;RO=35;SAF=19;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508537;STB=0.528202;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0138825;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:18:19:20:15:18:19:20:15 chr4 175443156 . C T 125.71 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0200858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.46;QD=9.67032;RBI=0.0318385;REFB=-0.00174172;REVB=-0.0247033;RO=36;SAF=12;SAR=4;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514887;STB=0.803227;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00412866;OID=.;OPOS=175443156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:4:12:10:26:4:12:10:26 chr4 175598280 . A G 1589.8 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.654;QD=59.9925;RBI=0.0268885;REFB=0;REVB=0.0125308;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32179e-05;OID=.;OPOS=175598280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:56:49:0:0:57:49:0:0 chr4 175598334 . T C 1565.2 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.202;QD=63.8858;RBI=0.0200189;REFB=0;REVB=-0.00528107;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00786e-05;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr4 175688138 . A G 946.22 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0236232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.124;QD=55.6599;RBI=0.0335835;REFB=-0.141487;REVB=-0.0238704;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154888;STB=0.516124;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000968791;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:66:66:0.970588:36:30:1:0:36:30:2:0 chr4 176555585 . A C 653.91 PASS AF=0.601942;AO=62;DP=102;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.056272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1195;QD=25.3947;RBI=0.059868;REFB=-0.0172832;REVB=-0.0204362;RO=40;SAF=24;SAR=38;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471982;STB=0.521562;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0102392;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:40:41:62:62:0.601942:38:24:18:22:38:24:18:23 chr4 177073026 . G A 551.33 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.598;QD=58.0348;RBI=0.0486237;REFB=0;REVB=0.033959;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165365;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:38:0:0:33:38:1:23:10:0:0:23:15:0:0 chr4 177082069 . G C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.000131791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.901;QD=11.8143;RBI=0.0286351;REFB=-0.00788618;REVB=0.0286348;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04243;STB=0.525076;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00994556;OID=.;OPOS=177082069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:8:5:8:15:8:5:8:15 chr4 177087322 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.112;QD=57.7113;RBI=0.0423;REFB=0;REVB=-0.0266864;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232271;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr4 177100644 . G A 428.81 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=0.0194709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3353;QD=15.7363;RBI=0.032128;REFB=0.0201809;REVB=-0.0255556;RO=61;SAF=23;SAR=25;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208528;STB=0.616184;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0179091;OID=.;OPOS=177100644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:48:48:0.440367:25:23:42:19:25:23:42:19 chr4 177113779 . T C 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.010759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.218;QD=17.2649;RBI=0.011593;REFB=-0.0024335;REVB=-0.00431745;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199345;STB=0.616299;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00277743;OID=.;OPOS=177113779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:19:17:28:13:19:17:29:13 chr4 177113956 . A G 446.19 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0245434;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.32;QD=13.9435;RBI=0.0306013;REFB=-0.0128248;REVB=-0.0182773;RO=76;SAF=13;SAR=38;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231961;STB=0.636814;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0161684;OID=.;OPOS=177113956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:76:77:51:51:0.398438:38:13:34:42:38:13:35:42 chr4 177137988 . C T 266.93 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00803279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6494;QD=18.4092;RBI=0.05434;REFB=0.00687929;REVB=-0.053743;RO=29;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18638;STB=0.604244;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0111645;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:11:18:12:17:11:18:12:17 chr4 177605081 . CTCA C 633.04 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00109331;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=273.2;QD=48.6956;RBI=0.0196903;REFB=0.000811788;REVB=0.0196599;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.506576;STBP=0.76;TYPE=del;VARB=-3.12736e-05;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:48:51:48:52:4:28:20:2:2:18:0:28:20:0:0 chr4 178262683 . T C 221.49 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0189159;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.102;QD=16.1084;RBI=0.0189167;REFB=-0.0201784;REVB=0.000172262;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116742;STB=0.543825;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0250859;OID=.;OPOS=178262683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:24:25:0.454545:12:12:11:18:13:12:12:18 chr4 178274565 . A G 220.13 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0153492;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.1335;QD=15.7238;RBI=0.0176868;REFB=-0.00478975;REVB=0.00878772;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175433;STB=0.584552;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00781326;OID=.;OPOS=178274565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:31:25:25:0.446429:15:10:7:23:15:10:8:23 chr4 178274694 . T G 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00752938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.693;QD=17.0592;RBI=0.00775885;REFB=-0.012798;REVB=-0.00187301;RO=38;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108201;STB=0.560463;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0159234;OID=.;OPOS=178274694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:14:19:26:12:14:19:26:12 chr4 178274750 . C T 235.76 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0126964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.322;QD=19.2454;RBI=0.0161155;REFB=-0.0133508;REVB=-0.00992521;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157279;STB=0.508889;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0255548;OID=.;OPOS=178274750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:12:14:12:11:12:14 chr4 178281754 . G A 389.38 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00901463;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.342;QD=24.3362;RBI=0.017691;REFB=-0.0287569;REVB=0.0152219;RO=26;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104607;STB=0.557347;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0214408;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:20:18:16:10:20:18:16:10 chr4 178359960 . G C 754.66 PASS AF=1;AO=50;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9076;QD=56.9552;RBI=0.0391351;REFB=0;REVB=0.00886641;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482517;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:50:53:1:18:32:0:0:21:32:0:0 chr4 179037990 . C T 581.87 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.262;QD=59.6787;RBI=0.0317652;REFB=0;REVB=0.00757499;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179885;OID=.;OPOS=179037990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:21:16:0:0:22:17:0:0 chr4 179327856 . G A 1621.27 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5791;QD=60.047;RBI=0.0647485;REFB=0;REVB=-0.0597315;RO=0;SAF=67;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193151;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:41:67:0:0:41:67:0:0 chr4 183601847 . T C 536.17 PASS AF=0.460317;AO=56;DP=127;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=0.0331406;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2808;QD=17.0211;RBI=0.0769836;REFB=-0.0077595;REVB=0.069485;RO=69;SAF=21;SAR=35;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445804;STB=0.532457;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0104921;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:69:68:56:58:0.460317:35:21:23:46:36:22:22:46 chr4 183652175 . T C 2671.93 PASS AF=1;AO=170;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.688;QD=61.7788;RBI=0.0606962;REFB=0;REVB=0.060631;RO=1;SAF=72;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23019e-05;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:1:0:170:173:1:98:72:0:1:100:73:0:0 chr4 183674697 . C T 327.56 PASS AF=0.4;AO=37;DP=91;FAO=36;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0121201;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.265;QD=14.5583;RBI=0.02707;REFB=-0.015069;REVB=-0.0242051;RO=40;SAF=13;SAR=24;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027171;STB=0.559966;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.019178;OID=.;OPOS=183674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:40:54:37:36:0.4:24:13:13:27:24:12:23:31 chr4 183720850 . C T 394.03 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.064789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.835;QD=25.4215;RBI=0.0804125;REFB=-0.0566931;REVB=0.0476294;RO=24;SAF=18;SAR=20;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773911;STB=0.542351;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0201544;OID=.;OPOS=183720850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:20:18:14:10:20:18:14:10 chr4 183721852 . G A 338.76 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0128592;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.221;QD=28.2298;RBI=0.0133942;REFB=-0.000321204;REVB=0.00374777;RO=19;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04913;STB=0.52703;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.000330682;OID=.;OPOS=183721852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:19:29:29:0.604167:11:18:13:6:11:18:13:6 chr4 183815688 . A G 348.61 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.011482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3918;QD=17.4303;RBI=0.0224847;REFB=-0.0127358;REVB=-0.019332;RO=43;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170316;STB=0.509532;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0160741;OID=.;OPOS=183815688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:17:20:24:19:17:20:24:19 chr4 184203886 . G C 271.86 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0347961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5548;QD=19.4188;RBI=0.0608352;REFB=-0.0362203;REVB=0.0499015;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255997;STB=0.514276;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0363972;OID=.;OPOS=184203886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:18:11:11:16:18:11:11:16 chr4 184237195 . A T 531.44 PASS AF=0.535354;AO=52;DP=100;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.00538868;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.839;QD=21.4724;RBI=0.00542167;REFB=-0.00233112;REVB=0.000597225;RO=46;SAF=31;SAR=21;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262849;STB=0.63781;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0029028;OID=.;OPOS=184237195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:46:46:52:53:0.535354:21:31:13:33:22:31:13:33 chr4 184238670 . C G 391.22 PASS AF=0.471264;AO=39;DP=86;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.000970477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4807;QD=17.9869;RBI=0.0363746;REFB=-0.0153247;REVB=-0.0363616;RO=44;SAF=16;SAR=23;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139314;STB=0.573678;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0259403;OID=.;OPOS=184238670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:46:39:41:0.471264:23:16:12:32:24:17:13:33 chr4 184243528 . G A 176.25 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0410614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.957;QD=29.3742;RBI=0.0411237;REFB=-0.023432;REVB=0.0022638;RO=7;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851423;STB=0.547208;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0109727;OID=.;OPOS=184243528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:10:7:4:3:10:7:4:3 chr4 184367558 . TCTG T 147.15 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0101273;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.692;QD=25.592;RBI=0.0176377;REFB=-0.00994401;REVB=-0.0144404;RO=8;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681046;STB=0.516107;STBP=0.862;TYPE=del;VARB=0.005944;OID=.;OPOS=184367559;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.652174:14:24:15:23:8:10:5:5:3:56:8:10:4:5:3 chr4 184426387 . C T 2561.22 PASS AF=0.994152;AO=164;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219145;FXX=0.01156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.528;QD=59.9116;RBI=0.0826983;REFB=-0.0879324;REVB=0.0797418;RO=4;SAF=98;SAR=66;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163049;STB=0.502487;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000877143;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:171:171:4:1:164:170:0.994152:66:98:1:3:70:100:1:0 chr4 184596814 . G A 217.61 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0139607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.301;QD=22.9067;RBI=0.0316864;REFB=-0.00221839;REVB=-0.0284451;RO=16;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196828;STB=0.58326;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00197581;OID=.;OPOS=184596814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:7:14:14:2:7:14:14:3 chr4 184596838 . AT A 58.59 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0570333;FXX=0.0571265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.2251;QD=7.10211;RBI=0.073738;REFB=-0.0793671;REVB=-0.0467386;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503595;STB=0.526279;STBP=0.832;TYPE=del;VARB=0.0921299;OID=.;OPOS=184596839;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:13:35:14:33:19:9:5:13:6:58:17:9:4:11:6 chr4 184596850 . A G 180.46 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000119346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5167;QD=16.0405;RBI=0.00398818;REFB=-0.000640079;REVB=0.0039864;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801459;STB=0.54605;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00133362;OID=.;OPOS=184596850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:13:13:8:11:13:13 chr4 184600601 . A G 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0155515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.551;QD=19.7382;RBI=0.0176615;REFB=-0.00486298;REVB=-0.00837132;RO=44;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519483;STB=0.528833;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0060856;OID=.;OPOS=184600601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:22:21:24:20:22:21:24:20 chr4 184612553 . G C 264.58 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0157569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1765;QD=13.0658;RBI=0.015891;REFB=-0.0179603;REVB=-0.00206029;RO=49;SAF=12;SAR=19;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698145;STB=0.544493;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0275557;OID=.;OPOS=184612553;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:50:31:31:0.382716:19:12:16:33:19:12:16:34 chr4 185012398 . T C 140.65 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00989396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.132;QD=17.581;RBI=0.0113294;REFB=-0.0256319;REVB=0.00551943;RO=16;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0361768;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:15:16:0.5:3:12:14:2:3:13:13:3 chr4 185200094 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0500637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.552;QD=14.6513;RBI=0.0506019;REFB=-0.00765165;REVB=0.00736073;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.624573;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00755765;OID=.;OPOS=185200094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:2:3:2:4:2:3 chr4 185310218 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.315;QD=53.9108;RBI=0.0528308;REFB=0;REVB=0.0298526;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120046;OID=.;OPOS=185310218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr4 185587165 . A G 729.24 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.9;QD=57.1955;RBI=0.0654782;REFB=0;REVB=-0.00211501;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76882e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:34:16:0:0:34:17:0:0 chr4 185655171 . C T 728.89 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.13;QD=57.1677;RBI=0.0366451;REFB=0;REVB=0.0142664;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69166e-05;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:36:15:0:0:36:15:0:0 chr4 185655190 . C G 358.15 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.141;QD=55.0994;RBI=0.0273727;REFB=0;REVB=0.0272797;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05338e-05;OID=.;OPOS=185655190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:19:6:0:0:20:6:0:0 chr4 185678110 . A G 1458.71 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486527;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.145;QD=63.422;RBI=0.0492151;REFB=0;REVB=0.00741862;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331013;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr4 185678118 . C G 1525.31 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876061;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6964;QD=62.8995;RBI=0.0184418;REFB=0;REVB=0.0162281;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245432;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:56:39:0:0:57:40:0:0 chr4 185686032 . C T 668.36 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.956;QD=62.1733;RBI=0.0426385;REFB=0;REVB=0.039637;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77034e-05;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr4 186091487 . G A 740.15 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.066;QD=56.9344;RBI=0.0269563;REFB=0;REVB=0.00234634;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7445e-05;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr4 186097045 . C T 1104.07 PASS AF=0.896552;AO=78;DP=87;FAO=78;FDP=87;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.00820292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.64;QD=50.7616;RBI=0.0185909;REFB=-0.0455644;REVB=-0.0166833;RO=9;SAF=40;SAR=38;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953729;STB=0.550549;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000551108;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:9:9:78:78:0.896552:38:40:9:0:38:40:9:0 chr4 186318101 . C T 239.44 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00652426;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.791;QD=16.2332;RBI=0.0129632;REFB=-0.0134629;REVB=-0.0112018;RO=32;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115183;STB=0.50065;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0217188;OID=.;OPOS=186318101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:32:32:27:27:0.457627:11:16:19:13:11:16:19:13 chr4 186320880 . A G 252.45 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0273974;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.109;QD=17.1155;RBI=0.0276469;REFB=-0.00423007;REVB=-0.00370559;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701767;STB=0.539327;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00570775;OID=.;OPOS=186320880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:31:31:28:28:0.474576:17:11:10:21:17:11:10:21 chr4 186320906 . C G 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0146597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.489;QD=18.4888;RBI=0.0147415;REFB=-0.0191634;REVB=-0.0015508;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443258;STB=0.540217;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0226239;OID=.;OPOS=186320906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:26:22:22:0.458333:15:7:9:16:15:7:10:16 chr4 186336465 . T C 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0300848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.187;QD=13.5796;RBI=0.0303606;REFB=0.0071745;REVB=0.00408276;RO=28;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233139;STB=0.636704;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.011423;OID=.;OPOS=186336465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:12:5:14:14:12:5:14:14 chr4 186339584 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.912;QD=55.0968;RBI=0.0319583;REFB=0;REVB=-0.0137528;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68709e-05;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr4 186357523 . C G 737.62 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.158;QD=54.6382;RBI=0.0221561;REFB=-0.0944518;REVB=0.0184308;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000673081;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:28:25:0:0:28:25:1:0 chr4 186361876 . A G 357.97 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.116;QD=55.0729;RBI=0.0310795;REFB=0;REVB=0.0154393;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012814;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr4 186379371 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000406772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2104;QD=57.0003;RBI=0.0508179;REFB=0;REVB=0.0508163;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549413;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr4 186379735 . T C 255.07 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0207986;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.089;QD=21.2556;RBI=0.0247126;REFB=-1.53435e-05;REVB=0.0133467;RO=24;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806712;STB=0.545416;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0002852;OID=.;OPOS=186379735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:24:24:24:0.5:8:16:14:10:8:16:14:10 chr4 186423637 . G A 150.97 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0484204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.79;QD=11.1827;RBI=0.0504734;REFB=-0.0003974;REVB=0.0142489;RO=33;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928162;STB=0.541018;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.000309694;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:35:19:19:0.351852:14:5:11:22:14:5:11:24 chr4 186528433 . T C 783.07 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.49;QD=56.9508;RBI=0.00329825;REFB=0;REVB=-0.000664094;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1153e-06;OID=.;OPOS=186528433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:21:31:0:0:21:34:0:0 chr4 186599992 . A T 456.95 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0466587;FXX=0.0206164;HRUN=9;LEN=1;MLLD=22.3407;QD=19.24;RBI=0.0953901;REFB=0.0140523;REVB=0.0832;RO=23;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154348;STB=0.553218;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00656551;OID=.;OPOS=186599992;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:23:45:30:50:0.526316:21:9:11:12:33:17:20:25 chr4 187004074 . C T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.000731933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.151;QD=15.6192;RBI=0.0676076;REFB=-0.0123441;REVB=0.0676036;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195225;STB=0.612774;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0154725;OID=.;OPOS=187004074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:6:12:12:13:6:12:12:13 chr4 187074833 . A G 1843.69 PASS AF=0.977099;AO=116;DP=119;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.01013;FXX=0.0150365;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.299;QD=56.2957;RBI=0.027472;REFB=-0.00647844;REVB=0.0255362;RO=3;SAF=74;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015701;STB=0.505735;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00172695;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:119:131:3:3:116:128:0.977099:42:74:1:2:54:74:1:2 chr4 187074834 . A G 51.87 PASS AF=0.104478;AO=12;DP=132;FAO=14;FDP=134;FR=.;FRO=120;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=75;FSRR=45;FWDB=-0.00191621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9288;QD=1.54822;RBI=0.0168835;REFB=-0.0268543;REVB=-0.0167744;RO=119;SAF=0;SAR=12;SRF=74;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.670721;STB=0.889682;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0606647;OID=.;OPOS=187074834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:132:134:119:120:12:14:0.104478:12:0:74:45:12:2:75:45 chr4 187077206 . A G 1449.22 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166427;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.207;QD=60.384;RBI=0.0442331;REFB=-0.0649842;REVB=-0.0409828;RO=1;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093882;STB=0.505617;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000390799;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:96:96:1:1:93:95:0.989583:50:43:0:1:51:44:1:0 chr4 187078785 . A G 3329.14 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.639;QD=62.227;RBI=0.0494432;REFB=0;REVB=0.0364439;RO=0;SAF=94;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45744e-05;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:214:0:0:212:214:1:118:94:0:0:119:95:0:0 chr4 187079047 . A G 446.82 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9667;QD=57.6541;RBI=0.0421847;REFB=0;REVB=-0.00501955;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000769573;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr4 187120211 . C A 107.09 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.026855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.004;QD=15.8655;RBI=0.027844;REFB=0.00439604;REVB=0.007355;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825183;STB=0.581059;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00612085;OID=.;OPOS=187120211;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:27:27:13:13:10:11:0.407407:7:3:3:10:7:4:3:10 chr4 187122319 . T G 134.31 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0210996;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.486;QD=15.3495;RBI=0.0632746;REFB=-0.0141204;REVB=-0.059653;RO=20;SAF=13;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373916;STB=0.721869;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00626663;OID=.;OPOS=187122319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:15:15:0.428571:2:13:12:8:2:13:12:8 chr4 187133576 . A C 963.29 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.604;QD=58.3812;RBI=0.0533019;REFB=0;REVB=0.0298049;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194264;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:41:24:0:0:42:24:0:0 chr4 187158034 . G A 474.71 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0132911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5298;QD=21.5776;RBI=0.0181927;REFB=-0.00779754;REVB=-0.0124227;RO=41;SAF=24;SAR=22;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967767;STB=0.558184;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00243209;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:42:46:46:0.522727:22:24:26:15:22:24:27:15 chr4 187179210 . T C 593.36 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343068;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0601;QD=59.3364;RBI=0.042698;REFB=0;REVB=-0.0254197;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312849;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:23:15:0:0:24:16:0:0 chr4 187519206 . C G 1822.62 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.702;QD=60.7539;RBI=0.0681347;REFB=0;REVB=0.068005;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157339;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:120:0:0:115:120:1:52:63:0:0:57:63:0:0 chr4 187534363 . G A 295.75 PASS AF=0.325203;AO=41;DP=122;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.005837;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.744;QD=9.61775;RBI=0.00920299;REFB=0.00175591;REVB=0.00711509;RO=79;SAF=16;SAR=25;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914017;STB=0.566004;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00391583;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:79:83:41:40:0.325203:25:16:37:42:25:15:39:44 chr4 187534375 . A G 300.81 PASS AF=0.314961;AO=39;DP=127;FAO=40;FDP=127;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.00321522;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.673;QD=9.4743;RBI=0.026366;REFB=-0.00801191;REVB=-0.0261692;RO=86;SAF=19;SAR=20;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123223;STB=0.502565;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0154339;OID=.;OPOS=187534375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:86:87:39:40:0.314961:20:19:41:45:21:19:41:46 chr4 187538330 . G A 441.13 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0126808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.345;QD=17.4705;RBI=0.0171608;REFB=-0.014263;REVB=0.0115625;RO=53;SAF=20;SAR=27;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101761;STB=0.509935;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0199065;OID=.;OPOS=187538330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:54:47:47:0.465347:27:20:22:31:27:20:22:32 chr4 187538942 . T G 401.1 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00221012;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1315;QD=14.9943;RBI=0.0146273;REFB=0.00618007;REVB=-0.0144593;RO=58;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262458;STB=0.520187;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00281616;OID=.;OPOS=187538942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:58:61:46:46:0.429907:25:21:28:30:25:21:30:31 chr4 187539217 . G A 123.14 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0634938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.154;QD=16.4182;RBI=0.0700074;REFB=0.0044925;REVB=-0.0294885;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180327;STB=0.603627;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0126044;OID=.;OPOS=187539217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:6:10:6:8:6:10 chr4 187540635 . T G 190.86 PASS AF=0.542857;AO=17;DP=33;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0136629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.288;QD=21.8126;RBI=0.0173199;REFB=-0.023419;REVB=0.0106445;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123214;STB=0.507684;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0184296;OID=.;OPOS=187540635;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:14:16:17:19:0.542857:11:6:7:7:11:8:7:9 chr4 187540654 . T A 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00150982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.5;QD=20.738;RBI=0.0221884;REFB=-0.0308202;REVB=-0.022137;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421209;STB=0.523783;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0348551;OID=.;OPOS=187540654;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:7:9:11:7:7:9 chr4 187540918 . G C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.10593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.628;QD=10.379;RBI=0.107686;REFB=-0.0247898;REVB=0.0193657;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433491;STB=0.763038;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0267316;OID=.;OPOS=187540918;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:10:6:7:2:10:6 chr4 187541761 . G A 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.001998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.556;QD=12.3074;RBI=0.00255202;REFB=-0.00828182;REVB=0.00158771;RO=41;SAF=14;SAR=11;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109882;STB=0.562997;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0125719;OID=.;OPOS=187541761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:11:14:27:14:11:14:27:14 chr4 187542316 . T C 80.61 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0137456;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5925;QD=15.3543;RBI=0.0437219;REFB=0.0264832;REVB=0.0415049;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873356;STB=0.576768;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0355411;OID=.;OPOS=187542316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:10:11:10:10:0.47619:6:4:5:5:6:4:6:5 chr4 187542736 . T C 391.51 PASS AF=0.481928;AO=39;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00581224;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.065;QD=18.8678;RBI=0.00603389;REFB=-0.0128636;REVB=0.00162042;RO=43;SAF=29;SAR=10;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131519;STB=0.559654;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0138671;OID=.;OPOS=187542736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:39:40:0.481928:10:29:27:16:11:29:27:16 chr4 187549428 . C T 234.59 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.027834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.083;QD=11.7293;RBI=0.0321394;REFB=-0.0238478;REVB=0.016069;RO=48;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00390446;STB=0.504742;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0418365;OID=.;OPOS=187549428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:51:29:29:0.3625:14:15:25:23:14:15:26:25 chr4 187557837 . C T 711.21 PASS AF=0.543307;AO=68;DP=125;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0150009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.909;QD=22.4002;RBI=0.0206925;REFB=-0.0138019;REVB=0.0142531;RO=57;SAF=39;SAR=29;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545903;STB=0.528994;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00970033;OID=.;OPOS=187557837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:57:58:68:69:0.543307:29:39:29:28:29:40:30:28 chr4 187557893 . T C 826.16 PASS AF=0.51875;AO=82;DP=161;FAO=83;FDP=160;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0105746;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9929;QD=20.6541;RBI=0.0766738;REFB=-0.0342235;REVB=0.0759411;RO=77;SAF=40;SAR=42;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622532;STB=0.530998;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0212156;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:77:77:82:83:0.51875:42:40:43:34:42:41:43:34 chr4 187627792 . T C 441.31 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.438;QD=55.1638;RBI=0.0834988;REFB=0;REVB=-0.00663502;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911315;OID=.;OPOS=187627792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:28:32:1:14:14:0:0:16:16:0:0 chr4 187628398 . C G 906.78 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000511561;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0884;QD=58.5017;RBI=0.0729949;REFB=0;REVB=0.0729931;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084762;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr4 187629140 . G C 792.44 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7795;QD=63.395;RBI=0.0155571;REFB=0;REVB=-0.00754295;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033577;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:24:24:0:0:25:25:0:0 chr4 187630590 . G A 946.77 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000260903;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8836;QD=58.2625;RBI=0.0210685;REFB=0;REVB=-0.0210669;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128391;OID=.;OPOS=187630590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:31:34:0:0 chr4 188924979 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.011511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.11;QD=11.0924;RBI=0.0115147;REFB=0.00885158;REVB=0.000291929;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00972073;OID=.;OPOS=188924979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:3:3:3:2:3:3 chr4 188925176 . T TGAC 317.03 PASS AF=0.485714;AO=32;DP=73;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00330032;FXX=0.0277739;HRUN=0;LEN=3;MLLD=286.684;QD=18.1159;RBI=0.00953677;REFB=-0.00748831;REVB=0.0089475;RO=37;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941476;STB=0.543599;STBP=0.515;TYPE=ins;VARB=0.00802166;OID=.;OPOS=188925177;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:32:73:34:70:36:16:18:20:16:99:37:15:17:21:16 chr4 189012728 . G C 1087.13 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000830968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.607;QD=59.569;RBI=0.00281002;REFB=0;REVB=-0.00268434;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32453e-07;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:37:35:0:0:38:35:0:0 chr4 189012809 . C T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0622862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.85;QD=15.1662;RBI=0.06242;REFB=-0.00953282;REVB=0.00408479;RO=30;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334398;STB=0.519067;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00903111;OID=.;OPOS=189012809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:16:7:10:20:16:7:10:20 chr4 189018486 . A G 144.14 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.022488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9221;QD=24.0238;RBI=0.0661589;REFB=-0.00150859;REVB=-0.0622197;RO=8;SAF=13;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343571;STB=0.727638;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00095172;OID=.;OPOS=189018486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:8:9:15:15:0.625:2:13:4:4:2:13:4:5 chr4 189022324 . C T 277.69 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00468781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.503;QD=16.5782;RBI=0.0228436;REFB=-0.0111878;REVB=0.0223575;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136721;STB=0.523565;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0120939;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:36:30:31:0.462687:15:15:18:17:16:15:19:17 chr4 189026524 . C G 125.72 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0151873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2298;QD=10.6996;RBI=0.0372355;REFB=0.0130079;REVB=0.0339975;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023831;STB=0.501423;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0345166;OID=.;OPOS=189026524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:8:7:15:17:8:7:15:17 chr4 189042746 . T C 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0466651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9478;QD=19.8252;RBI=0.0493937;REFB=0.00514521;REVB=0.0161897;RO=25;SAF=6;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229915;STB=0.629525;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0028076;OID=.;OPOS=189042746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:21:6:11:14:21:6:11:14 chr4 190630778 . GC AT 1459.25 PASS AF=0.641791;AO=128;DP=204;FAO=129;FDP=201;FR=.;FRO=72;FSAF=71;FSAR=58;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00407548;FXX=0.0289841;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.052;QD=29.0399;RBI=0.00703095;REFB=-0.0394045;REVB=-0.00572929;RO=57;SAF=70;SAR=58;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186357;STB=0.518165;STBP=0.47;TYPE=mnp;VARB=0.0283944;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:201:57:72:128:129:0.641791:58:70:33:24:58:71:36:36 chr4 190630786 . A G 1622.46 PASS AF=0.658879;AO=139;DP=212;FAO=141;FDP=214;FR=.;FRO=73;FSAF=77;FSAR=64;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0169463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.539;QD=30.3264;RBI=0.0175914;REFB=-0.0197872;REVB=-0.00472002;RO=73;SAF=75;SAR=64;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298388;STB=0.518153;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0112442;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:73:73:139:141:0.658879:64:75:36:37:64:77:36:37 chr4 190630812 . C T 80.62 PASS AF=0.10177;AO=23;DP=225;FAO=23;FDP=226;FR=.;FRO=203;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=99;FSRR=104;FWDB=0.00405458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.652;QD=1.42695;RBI=0.0041883;REFB=-0.00209996;REVB=-0.00104989;RO=202;SAF=12;SAR=11;SRF=99;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383654;STB=0.530539;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0320207;OID=.;OPOS=190630812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:225:226:202:203:23:23:0.10177:11:12:99:103:11:12:99:104 chr4 190814990 . T C 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.049505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9425;QD=3.53966;RBI=0.0495341;REFB=0.00390584;REVB=0.00169771;RO=32;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129355;STB=0.592276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0113113;OID=.;OPOS=190814990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:2:4:18:14:2:4:18:14 chr4 190862155 . T G 468.55 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0245036;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9256;QD=20.8242;RBI=0.0314954;REFB=-0.0150819;REVB=-0.0197872;RO=42;SAF=20;SAR=26;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568427;STB=0.53215;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0247268;OID=.;OPOS=190862155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:42:44:46:46:0.511111:26:20:21:21:26:20:22:22 chr4 190862182 . C T 581.79 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00332034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.643;QD=21.9542;RBI=0.0112479;REFB=-0.0177359;REVB=-0.0107467;RO=47;SAF=28;SAR=30;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819098;STB=0.539503;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0159034;OID=.;OPOS=190862182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:48:58:58:0.54717:30:28:18:29:30:28:19:29 chr4 190874206 . T A 205.58 PASS AF=0.21519;AO=32;DP=156;FAO=34;FDP=158;FR=.;FRO=124;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=81;FSRR=43;FWDB=0.00895772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.546;QD=5.2046;RBI=0.00902619;REFB=0.00189764;REVB=-0.00110966;RO=123;SAF=17;SAR=15;SRF=81;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166683;STB=0.620187;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00572235;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:123:124:32:34:0.21519:15:17:81:42:17:17:81:43 chr4 190874234 . C T 280.52 PASS AF=0.22;AO=44;DP=200;FAO=44;FDP=200;FR=.;FRO=156;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=99;FSRR=57;FWDB=-0.00108817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.694;QD=5.61039;RBI=0.00688172;REFB=-0.00823551;REVB=0.00679514;RO=156;SAF=22;SAR=22;SRF=99;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172798;STB=0.604954;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0292193;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:156:156:44:44:0.22:22:22:99:57:22:22:99:57 chr4 190874255 . A T 140.42 PASS AF=0.143541;AO=30;DP=208;FAO=30;FDP=209;FR=.;FRO=179;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=104;FSRR=75;FWDB=-0.0175646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.723;QD=2.68754;RBI=0.0204103;REFB=-0.00668199;REVB=-0.0103954;RO=175;SAF=20;SAR=10;SRF=102;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113359;STB=0.578178;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0580983;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:175:179:30:30:0.143541:10:20:102:73:10:20:104:75 chr4 190874256 . C T 39.66 PASS AF=0.0717703;AO=15;DP=208;FAO=15;FDP=209;FR=.;FRO=194;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=118;FSRR=76;FWDB=-0.0116631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.004;QD=0.759025;RBI=0.0334495;REFB=-0.000112956;REVB=-0.0313503;RO=191;SAF=6;SAR=9;SRF=116;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227138;STB=0.686116;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00183616;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:208:209:191:194:15:15:0.0717703:9:6:116:75:9:6:118:76 chr4 190874290 . T A 184.46 PASS AF=0.170732;AO=35;DP=206;FAO=35;FDP=205;FR=.;FRO=170;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=95;FSRR=75;FWDB=-0.0210921;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.075;QD=3.59915;RBI=0.021708;REFB=-0.00304349;REVB=0.00513418;RO=170;SAF=23;SAR=12;SRF=95;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131985;STB=0.585551;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0226099;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:170:170:35:35:0.170732:12:23:95:75:12:23:95:75 chr4 190876192 . A C 139.59 PASS AF=0.2;AO=24;DP=119;FAO=24;FDP=120;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=-0.00150129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.06;QD=4.65287;RBI=0.0105232;REFB=-0.00464608;REVB=0.0104156;RO=95;SAF=13;SAR=11;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753223;STB=0.550734;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0200888;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:95:96:24:24:0.2:11:13:57:38:11:13:58:38 chr4 190876195 . C T 935.29 PASS AF=0.675;AO=81;DP=120;FAO=81;FDP=120;FR=.;FRO=39;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00847306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.934;QD=31.1764;RBI=0.0135619;REFB=-0.0116298;REVB=-0.0105893;RO=39;SAF=49;SAR=32;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415375;STB=0.522382;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00508551;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:39:39:81:81:0.675:32:49:21:18:32:49:21:18 chr4 190876204 . G A 879.42 PASS AF=0.666667;AO=75;DP=128;FAO=78;FDP=117;FR=.;FRO=39;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00911295;FXX=0.0859308;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0039;QD=30.0656;RBI=0.0401226;REFB=-0.0448312;REVB=0.039074;RO=39;SAF=42;SAR=33;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692563;STB=0.543265;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0144427;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:117:39:39:75:78:0.666667:33:42:26:13:36:42:26:13 chr4 190876242 . G A 1682.17 PASS AF=0.744444;AO=134;DP=180;FAO=134;FDP=180;FR=.;FRO=46;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.00829057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8382;QD=37.3815;RBI=0.0193088;REFB=0.00428764;REVB=-0.0174384;RO=46;SAF=73;SAR=61;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840947;STB=0.54482;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00179934;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:46:46:134:134:0.744444:61:73:33:13:61:73:33:13 chr4 190876256 . C T 62.99 PASS AF=0.0978261;AO=18;DP=184;FAO=18;FDP=184;FR=.;FRO=166;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=93;FSRR=73;FWDB=-0.0514391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.068;QD=1.36941;RBI=0.0531596;REFB=-0.00162669;REVB=-0.0134151;RO=165;SAF=12;SAR=6;SRF=93;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128367;STB=0.600645;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0165938;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:184:184:165:166:18:18:0.0978261:6:12:93:72:6:12:93:73 chr4 190876269 . T C 35.38 PASS AF=0.0718232;AO=13;DP=180;FAO=13;FDP=181;FR=.;FRO=168;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=95;FSRR=73;FWDB=0.00826154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.308;QD=0.781779;RBI=0.00859771;REFB=0.000541859;REVB=0.00238064;RO=166;SAF=8;SAR=5;SRF=94;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554453;STB=0.547774;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00813984;OID=.;OPOS=190876269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:180:181:166:168:13:13:0.0718232:5:8:94:72:5:8:95:73 chr4 190876278 . G A 65.64 PASS AF=0.102273;AO=18;DP=178;FAO=18;FDP=176;FR=.;FRO=158;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=85;FSRR=73;FWDB=-0.0159774;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.082;QD=1.49192;RBI=0.0210058;REFB=-0.000595986;REVB=-0.0136369;RO=159;SAF=12;SAR=6;SRF=85;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162988;STB=0.619472;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00501077;OID=.;OPOS=190876278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:178:176:159:158:18:18:0.102273:6:12:85:74:6:12:85:73 chr4 190876293 . C A 57.13 PASS AF=0.0969697;AO=16;DP=165;FAO=16;FDP=165;FR=.;FRO=149;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=74;FSRR=75;FWDB=-0.0189823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.519;QD=1.38487;RBI=0.0601434;REFB=0.00232628;REVB=-0.0570692;RO=149;SAF=12;SAR=4;SRF=74;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30552;STB=0.733449;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0296287;OID=.;OPOS=190876293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:165:165:149:149:16:16:0.0969697:4:12:74:75:4:12:74:75 chr4 190878563 . C A 149.57 PASS AF=0.230769;AO=23;DP=104;FAO=24;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=57;FWDB=-0.0163376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4131;QD=5.75284;RBI=0.0198898;REFB=-0.00340252;REVB=0.0113441;RO=77;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231369;STB=0.635211;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0298172;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:77:80:23:24:0.230769:12:11:23:54:13:11:23:57 chr4 190878597 . C T 408.13 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=129;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=-0.0447387;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2387;QD=12.9566;RBI=0.0857023;REFB=-0.0304166;REVB=-0.0730981;RO=71;SAF=14;SAR=34;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074306;STB=0.539457;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0574462;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:71:78:48:48:0.380952:34:14:25:46:34:14:27:51 chr4 190878654 . C G 241.62 PASS AF=0.253623;AO=35;DP=139;FAO=35;FDP=138;FR=.;FRO=103;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=72;FWDB=-0.0299337;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.652;QD=7.00351;RBI=0.0512475;REFB=-0.00813067;REVB=-0.0415966;RO=102;SAF=15;SAR=20;SRF=30;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177406;STB=0.599947;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0215195;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:102:103:35:35:0.253623:20:15:30:72:20:15:31:72 chr4 190881933 . A G 71.58 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0242688;FXX=0.0222173;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.1401;QD=6.50762;RBI=0.0283788;REFB=0.00241391;REVB=-0.01471;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748139;STB=0.562383;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0341;OID=.;OPOS=190881933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:42:44:32:34:10:10:0.227273:7:3:8:24:7:3:8:26 chr4 190881969 . G A 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0616696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.756;QD=5.18112;RBI=0.0684289;REFB=0.00136329;REVB=-0.0296543;RO=49;SAF=3;SAR=10;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174479;STB=0.613308;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0155317;OID=.;OPOS=190881969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:10:3:17:32:10:3:17:32 chr4 190881992 . T C 70.29 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0059659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.509;QD=4.39314;RBI=0.0196824;REFB=-0.00295815;REVB=0.0187565;RO=52;SAF=3;SAR=9;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141922;STB=0.594172;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0138497;OID=.;OPOS=190881992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:52:52:12:12:0.1875:9:3:18:34:9:3:18:34 chr4 190881997 . A G 71.08 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0178587;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.423;QD=4.51285;RBI=0.0285495;REFB=-0.0138874;REVB=-0.0222743;RO=51;SAF=3;SAR=9;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150835;STB=0.599822;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0565744;OID=.;OPOS=190881997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:64:63:51:51:12:12:0.190476:9:3:18:33:9:3:18:33 chr4 190884225 . T TTTC 44.11 PASS AF=0.25;AO=6;DP=31;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00792259;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=3;MLLD=252.572;QD=6.30134;RBI=0.0391135;REFB=-0.00525705;REVB=-0.0383027;RO=24;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346627;STB=0.617624;STBP=0.487;TYPE=ins;VARB=0.0115277;OID=.;OPOS=190884226;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:6:31:7:28:21:5:2:12:9:44:24:5:1:14:10 chr4 190904382 . A G 155.42 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0116208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.564;QD=16.3601;RBI=0.0127511;REFB=-0.00862644;REVB=0.00524841;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851303;STB=0.562426;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.011638;OID=.;OPOS=190904382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:9:7:11:10:10:7:11:10 chr4 190906025 . G A 337.86 PASS AF=0.394231;AO=40;DP=103;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.00952293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.362;QD=12.9945;RBI=0.0138034;REFB=-0.0278926;REVB=0.0099924;RO=62;SAF=32;SAR=8;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157112;STB=0.614582;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.032051;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:62:63:40:41:0.394231:8:32:43:19:8:33:42:21 chr5 163260 . A C 408.41 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.656;QD=56.3324;RBI=0.0587726;REFB=0;REVB=-0.011335;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188849;OID=.;OPOS=163260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:22:5:0:0:22:7:0:0 chr5 163266 . C G 92.49 PASS AF=0.407407;AO=12;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0356311;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.804;QD=13.702;RBI=0.0373057;REFB=-0.0112072;REVB=-0.0110517;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129746;STB=0.562378;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0125824;OID=.;OPOS=163266;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:28:27:16:16:12:11:0.407407:10:2:4:12:9:2:4:12 chr5 256451 . C T 928.01 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0237589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.922;QD=55.4036;RBI=0.0332609;REFB=-0.0887712;REVB=0.0232767;RO=2;SAF=35;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00270456;STB=0.501154;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000787616;OID=.;OPOS=256451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:2:2:64:65:0.970149:29:35:1:1:30:35:1:1 chr5 367969 . G A 1414.77 PASS AF=0.99;AO=96;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00596821;FXX=0.0291234;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.828;QD=56.5908;RBI=0.0410111;REFB=-0.203854;REVB=0.0405745;RO=2;SAF=49;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000403215;STB=0.505049;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00197037;OID=.;OPOS=367969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:100:100:2:1:96:99:0.99:47:49:1:1:49:50:0:1 chr5 482186 . C G 222.59 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0496998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5856;QD=21.1988;RBI=0.0500497;REFB=-0.016015;REVB=-0.00590768;RO=20;SAF=16;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214818;STB=0.621242;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.018083;OID=.;OPOS=482186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:6:16:10:10:6:16:10:10 chr5 665280 . T C 1048.41 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152801;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.348;QD=59.9094;RBI=0.00882875;REFB=0;REVB=-0.00869551;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36267e-05;OID=.;OPOS=665280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr5 678062 . A G 520.31 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0420168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.939;QD=16.7843;RBI=0.0426245;REFB=-0.0140715;REVB=-0.00717184;RO=67;SAF=28;SAR=28;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364842;STB=0.516123;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0164944;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:67:68:56:56:0.451613:28:28:31:36:28:28:32:36 chr5 741736 . G T 152.6 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6537;QD=40.6928;RBI=0.0362623;REFB=-0.148338;REVB=0.0310902;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.523776;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00845816;OID=.;OPOS=741736;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:15:0:1:14:14:0.933333:10:4:0:0:10:4:0:1 chr5 766910 . C T 1673.17 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.751;QD=59.7561;RBI=0.0157881;REFB=0;REVB=0.01013;RO=1;SAF=60;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784736;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61355e-05;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:1:0:111:112:1:51:60:1:0:51:61:0:0 chr5 767033 . A C 918.79 PASS AF=1;AO=51;DP=65;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701288;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.88;QD=59.277;RBI=0.0778619;REFB=0;REVB=0.0338294;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503641;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:62:0:0:51:62:1:26:25:0:0:29:33:0:0 chr5 837556 . T G 82.28 PASS AF=0.106796;AO=22;DP=206;FAO=22;FDP=206;FR=.;FRO=184;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=102;FSRR=82;FWDB=0.0160804;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5393;QD=1.59766;RBI=0.0273248;REFB=-0.00305201;REVB=-0.0220922;RO=184;SAF=13;SAR=9;SRF=102;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455021;STB=0.533333;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0255508;OID=.;OPOS=837556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:206:206:184:184:22:22:0.106796:9:13:102:82:9:13:102:82 chr5 840342 . A G 317.64 PASS AF=0.293706;AO=42;DP=142;FAO=42;FDP=143;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.0081916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4128;QD=8.88512;RBI=0.0491793;REFB=-0.0206509;REVB=-0.0484923;RO=100;SAF=31;SAR=11;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314812;STB=0.683165;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0438903;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:100:101:42:42:0.293706:11:31:49:51:11:31:50:51 chr5 843723 . C A 330.99 PASS AF=0.258065;AO=48;DP=186;FAO=48;FDP=186;FR=.;FRO=138;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=72;FSRR=66;FWDB=0.0157763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.701;QD=7.11814;RBI=0.0191787;REFB=-0.017883;REVB=-0.0109055;RO=137;SAF=30;SAR=18;SRF=72;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126486;STB=0.578479;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0541534;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:137:138:48:48:0.258065:18:30:72:65:18:30:72:66 chr5 843815 . C T 113.21 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00426011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.151;QD=6.75887;RBI=0.0138964;REFB=-0.0130146;REVB=-0.0132273;RO=50;SAF=7;SAR=10;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597171;STB=0.536629;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0311023;OID=.;OPOS=843815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:50:50:17:17:0.253731:10:7:23:27:10:7:23:27 chr5 878525 . T A 177.81 PASS AF=0.174603;AO=33;DP=190;FAO=33;FDP=189;FR=.;FRO=156;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=61;FSRR=95;FWDB=-0.0490317;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.079;QD=3.76316;RBI=0.0495727;REFB=-0.00931801;REVB=-0.00730397;RO=157;SAF=18;SAR=15;SRF=62;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192316;STB=0.62552;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0403364;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:157:156:33:33:0.174603:15:18:62:95:15:18:61:95 chr5 917213 . A G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0230769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.224;QD=22.9568;RBI=0.0237796;REFB=-0.0381768;REVB=0.00573817;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180541;STB=0.601858;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0182131;OID=.;OPOS=917213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:11:5:6:5:11:5:6:5 chr5 1009145 . C G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.482;QD=34.6655;RBI=0.0232999;REFB=0.105894;REVB=0.0232999;RO=1;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00624272;OID=.;OPOS=1009145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:10:0:0:1:10:0:0:1 chr5 1036962 . C A 63.46 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00681514;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7565;QD=7.93196;RBI=0.00877729;REFB=-0.0280431;REVB=-0.00553124;RO=22;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781278;STB=0.538373;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0662841;OID=.;OPOS=1036962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:32:32:22:23:9:9:0.28125:7:2:6:16:7:2:6:17 chr5 1038526 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000709812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.502;QD=35.5759;RBI=0.0690354;REFB=0;REVB=0.0690318;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522752;OID=.;OPOS=1038526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr5 1038682 . C T 178.98 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0242315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.231;QD=12.5602;RBI=0.0258992;REFB=-0.0120348;REVB=-0.00914346;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418689;STB=0.524105;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0216826;OID=.;OPOS=1038682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:13:9:13:22:13:9:13:22 chr5 1052360 . C T 402.85 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0298713;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.012;QD=18.5219;RBI=0.0302249;REFB=-0.0184897;REVB=0.00460978;RO=41;SAF=17;SAR=24;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448283;STB=0.500866;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0188804;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:41:46:41:41:0.471264:24:17:19:22:24:17:19:27 chr5 1053522 . C T 324.77 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00266921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.577;QD=17.0932;RBI=0.00349572;REFB=-0.0307304;REVB=-0.0022573;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340101;STB=0.519073;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0340595;OID=.;OPOS=1053522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:20:15:19:22:20:15:19:22 chr5 1057615 . A G 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0552416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.672;QD=21.9707;RBI=0.0596811;REFB=-0.0037963;REVB=-0.0225876;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300959;STB=0.667392;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00394129;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:3:14:9:11:3:14 chr5 1065399 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.563;QD=57.2023;RBI=0.0180972;REFB=0;REVB=0.0176044;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13149e-05;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr5 1065415 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.035371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6294;QD=13.7523;RBI=0.0551598;REFB=0.0286702;REVB=0.042326;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191266;STB=0.610968;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0385245;OID=.;OPOS=1065415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:8:15:7:8:8:15 chr5 1078089 . G A 491.77 PASS AF=0.589744;AO=45;DP=77;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00618722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.674;QD=25.2189;RBI=0.0281773;REFB=-0.0104121;REVB=0.0274896;RO=32;SAF=21;SAR=24;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702707;STB=0.533884;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00567751;OID=.;OPOS=1078089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:32:32:45:46:0.589744:24:21:12:20:25:21:12:20 chr5 1081767 . C T 1332.73 PASS AF=1;AO=80;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2732;QD=61.9875;RBI=0.124066;REFB=0;REVB=0.06957;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837333;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:80:86:1:35:45:0:0:40:46:0:0 chr5 1216775 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1035;QD=59.3221;RBI=0.0342194;REFB=0;REVB=0.0311863;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266992;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:36:32:0:0 chr5 1225613 . G A 327.32 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192704;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.232;QD=54.5528;RBI=0.0232978;REFB=0;REVB=0.0130936;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153226;OID=.;OPOS=1225613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr5 1225626 . T A 526.32 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.039;QD=58.4801;RBI=0.0139912;REFB=0;REVB=0.007052;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203834;OID=.;OPOS=1225626;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:18:18:0:0 chr5 1225686 . A AT 533.88 PASS AF=0.980769;AO=6;DP=55;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.026782;FXX=0.0370302;HRUN=0;LEN=1;MLLD=89.5128;QD=41.0678;RBI=0.0494632;REFB=-0.13265;REVB=0.0415852;RO=46;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282211;STB=0.507244;STBP=0.608;TYPE=ins;VARB=0.00700873;OID=.;OPOS=1225687;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.980769:6:55:51:52:1:17:34:0:1:5:46:1:5:17:29 chr5 1225687 . CT CG,TC 707.61 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=6,45;DP=51;FAO=4,50;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=4,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362975,0.00830919;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=80.5065,180.146;QD=52.4157;RBI=0.0646623,0.0382269;REFB=0.00608478,-0.110459;REVB=-0.0645603,0.0373129;RO=0;SAF=1,16;SAR=5,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,5.49331e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.129834,0.000424539;OID=.,.;OPOS=1225688,1225687;OREF=T,CT;OALT=G,TC;OMAPALT=CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:51:54:0:0:6,45:4,50:0.0740741,0.925926:5,29:1,16:0:0:4,31:0,19:0:0 chr5 1225703 . A G 763.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.214;QD=63.5906;RBI=0.136261;REFB=0;REVB=-0.00472615;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110504;OID=.;OPOS=1225703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:33:14:0:0:33:15:0:0 chr5 1279439 . G A 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0337246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.081;QD=17.167;RBI=0.0337586;REFB=-0.0227745;REVB=0.00151568;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163949;STB=0.591866;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0201206;OID=.;OPOS=1279439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:13:16:12:20:13:16:12:20 chr5 1321873 . C T 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00320047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.512;QD=13.8304;RBI=0.00631493;REFB=-0.000850381;REVB=-0.00544384;RO=38;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418564;STB=0.514008;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000879047;OID=.;OPOS=1321873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:16:11:14:24:16:11:15:24 chr5 1364242 . C G 523.41 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2629;QD=58.1563;RBI=0.045087;REFB=0;REVB=-0.0125264;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188702;OID=.;OPOS=1364242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:33:36:1:13:20:0:0:15:21:0:0 chr5 1394815 . A G 286.94 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00978644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.982;QD=24.9509;RBI=0.019131;REFB=-0.0258708;REVB=-0.0164384;RO=19;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169656;STB=0.507037;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0129554;OID=.;OPOS=1394815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:20:25:26:0.565217:15:10:8:11:16:10:8:12 chr5 1467004 . A G 130.71 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0320637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.896;QD=13.7585;RBI=0.0382238;REFB=-0.0103369;REVB=-0.0208081;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337441;STB=0.699705;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0219017;OID=.;OPOS=1467004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:12:3:11:12:12:3:11:12 chr5 1708983 . G A 119.3 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=29;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=-0.009605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.876;QD=15.3931;RBI=0.00965753;REFB=-0.0323189;REVB=0.00100587;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438615;STB=0.729512;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0326883;OID=.;OPOS=1708983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:17:17:12:14:0.451613:3:9:17:0:4:10:17:0 chr5 1814783 . T C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.116258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.121;QD=17.6438;RBI=0.116258;REFB=-0.00759424;REVB=0.00033768;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657708;STB=0.538372;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.000367077;OID=.;OPOS=1814783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:2:5:7:2:2:5 chr5 1877638 . CAA C,CGA 814.4 PASS AF=0.913793,0.0862069;AO=51,5;DP=58;FAO=53,5;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=28,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286801,0.00534284;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=152.386,65.396;QD=56.1652;RBI=0.0327182,0.0136871;REFB=0,0;REVB=0.0157459,0.0126012;RO=0;SAF=24,0;SAR=27,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00180646,0.0431775;OID=.,.;OPOS=1877639,1877639;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.913793,0.0862069:51,5:58:53,5:58:0:25,0:28,5:0:0:22:0:24,0:27,5:0:0 chr5 1878212 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4648;QD=55.6558;RBI=0.134409;REFB=0;REVB=0.130358;RO=0;SAF=25;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847633;OID=.;OPOS=1878212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:2:25:0:0:2:25:0:0 chr5 3600334 . T C 518.56 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0178523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.507;QD=19.3854;RBI=0.0380541;REFB=-0.00805789;REVB=-0.0336067;RO=51;SAF=19;SAR=35;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211989;STB=0.617675;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0106561;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:51:53:54:54:0.504673:35:19:30:21:35:19:31:22 chr5 3610658 . T C 1008.77 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0257347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7084;QD=57.6437;RBI=0.0257853;REFB=-0.0427187;REVB=0.00161448;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013701;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000800176;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:35:34:1:0:35:34:1:0 chr5 5126260 . C CATCT 662.15 PASS AF=0.696203;AO=55;DP=85;FAO=55;FDP=79;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.00166119;FXX=0.0813859;HRUN=1;LEN=4;MLLD=262.374;QD=33.5266;RBI=0.0178284;REFB=-0.0217122;REVB=0.0177509;RO=28;SAF=19;SAR=36;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295433;STB=0.637118;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00762213;OID=.;OPOS=5126261;OREF=-;OALT=ATCT;OMAPALT=CATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.696203:55:85:55:79:24:19:36:19:5:99:28:19:36:23:5 chr5 5126265 . C A 46.88 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.000405971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.83;QD=2.34407;RBI=0.0288389;REFB=4.55203e-06;REVB=-0.028836;RO=70;SAF=7;SAR=3;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398229;STB=0.777284;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00200145;OID=.;OPOS=5126265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:70:70:10:10:0.125:3:7:25:45:3:7:25:45 chr5 5146335 . C G 187.62 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0995704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9911;QD=12.72;RBI=0.0998208;REFB=-0.0004992;REVB=0.00706525;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193322;STB=0.580576;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00192439;OID=.;OPOS=5146335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:33:36:23:23:0.389831:11:12:11:22:11:12:14:22 chr5 5146377 . T C 173.08 PASS AF=0.387755;AO=17;DP=47;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0132801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.904;QD=14.129;RBI=0.0137073;REFB=-0.00498462;REVB=0.00339532;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03206;STB=0.516112;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0101886;OID=.;OPOS=5146377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:30:30:17:19:0.387755:8:9:15:15:10:9:15:15 chr5 5146395 . A G 232.5 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000720488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.281;QD=18.2349;RBI=0.0213217;REFB=-0.0248575;REVB=-0.0213095;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510196;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0199255;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:12:13:13:12:12:13:13:13 chr5 5209210 . G A 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0447433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.71;QD=21.7455;RBI=0.0450175;REFB=-0.0536746;REVB=0.00496093;RO=20;SAF=16;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255943;STB=0.644411;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0534149;OID=.;OPOS=5209210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:6:16:9:11:6:16:9:11 chr5 5306809 . AG A 34.54 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0872874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.51301;QD=2.60681;RBI=0.12036;REFB=-0.0741374;REVB=0.0828695;RO=29;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0.358629;SSSB=-0.0118577;STB=0.629756;STBP=0.351;TYPE=del;VARB=0.110419;OID=.;OPOS=5306810;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283019:15:53:15:53:38:2:13:9:29:34:29:3:12:6:23 chr5 5447607 . A G 237.19 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0112206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.632;QD=13.5535;RBI=0.0259407;REFB=-0.00845419;REVB=-0.0233884;RO=36;SAF=23;SAR=5;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430291;STB=0.785025;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0161251;OID=.;OPOS=5447607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:42:28:28:0.4:5:23:16:20:5:23:16:26 chr5 5460569 . C T 695.77 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.001;QD=60.5021;RBI=0.0454035;REFB=-0.155549;REVB=-0.0315752;RO=1;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159327;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00364675;OID=.;OPOS=5460569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:29:16:0:1:29:16:0:1 chr5 5460619 . G C 708.41 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2832;QD=62.97;RBI=0.0204466;REFB=0;REVB=0.0201786;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115623;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:30:13:0:0:30:15:0:0 chr5 5462148 . G A 207.07 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.1;QD=48.7229;RBI=0.0263678;REFB=0;REVB=-0.00297296;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256068;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr5 5462607 . A G 75.78 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.043232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.241;QD=5.82889;RBI=0.0444477;REFB=-0.00631393;REVB=-0.0103244;RO=41;SAF=3;SAR=8;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353052;STB=0.72686;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0199663;OID=.;OPOS=5462607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:8:3:23:18:8:3:23:18 chr5 5462620 . G A 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0093497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.125;QD=5.39761;RBI=0.0093962;REFB=0.00737268;REVB=-0.000933617;RO=35;SAF=2;SAR=7;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501247;STB=0.820945;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0256292;OID=.;OPOS=5462620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:7:2:23:12:7:2:23:12 chr5 5489383 . G A 355.03 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0284929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.583;QD=18.935;RBI=0.0289804;REFB=-0.0113798;REVB=-0.00529303;RO=36;SAF=15;SAR=22;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120945;STB=0.576884;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0190336;OID=.;OPOS=5489383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:38:37:37:0.493333:22:15:10:26:22:15:10:28 chr5 6337241 . T A 325.58 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0337005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.986;QD=22.4541;RBI=0.0371065;REFB=-0.0385744;REVB=0.0155297;RO=24;SAF=22;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550454;STB=0.547589;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0275659;OID=.;OPOS=6337241;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:24:25:32:33:0.568966:10:22:15:9:10:23:15:10 chr5 6600150 . G A 1036.44 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131918;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.254;QD=58.3911;RBI=0.0521529;REFB=-0.0888763;REVB=0.050457;RO=1;SAF=34;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137031;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114881;OID=.;OPOS=6600150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:71:1:0:70:71:1:36:34:1:0:36:35:0:0 chr5 6645016 . A G 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.227;QD=59.4305;RBI=0.0271222;REFB=0;REVB=0.0206325;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368383;OID=.;OPOS=6645016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr5 6748659 . T C 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.165;QD=58.5957;RBI=0.035846;REFB=0;REVB=-0.00190843;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201463;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr5 7802363 . C T 238.26 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0170914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.892;QD=16.1533;RBI=0.0174751;REFB=-0.0374179;REVB=-0.00364177;RO=32;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119162;STB=0.567516;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0232275;OID=.;OPOS=7802363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:19:8:13:19:19:8:13:19 chr5 7826680 . T C 224.79 PASS AF=0.370968;AO=20;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.000279828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.034;QD=14.5023;RBI=0.0146789;REFB=-0.0101573;REVB=0.0146762;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468398;STB=0.565161;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0139352;OID=.;OPOS=7826680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:20:23:0.370968:10:10:19:16:13:10:19:16 chr5 7835555 . C G 267.53 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0219674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9569;QD=13.7195;RBI=0.0312266;REFB=0.0033993;REVB=0.0221932;RO=47;SAF=11;SAR=20;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191003;STB=0.609065;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00440713;OID=.;OPOS=7835555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:20:11:25:22:20:11:25:22 chr5 7866967 . G C 267.44 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0170347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.123;QD=13.715;RBI=0.0271061;REFB=-0.014628;REVB=-0.0210846;RO=47;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731712;STB=0.541674;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0321567;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:15:16:21:26:15:16:21:26 chr5 7868030 . T C 421.35 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0141598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.065;QD=23.4084;RBI=0.0143186;REFB=-0.0158488;REVB=0.00212682;RO=31;SAF=24;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179785;STB=0.598738;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00844911;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:17:24:11:20:17:24:11:20 chr5 7878179 . C T 386.5 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00180369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1503;QD=18.1884;RBI=0.00278458;REFB=0.00523921;REVB=-0.00212147;RO=44;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049768;STB=0.522404;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00844945;OID=.;OPOS=7878179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:17:23:23:21:17:23:24:21 chr5 7897319 . G A 278.26 PASS AF=0.727273;AO=23;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.000240015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.417;QD=33.728;RBI=0.0126363;REFB=-0.0166528;REVB=-0.012634;RO=10;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159713;STB=0.571373;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00636504;OID=.;OPOS=7897319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:10:9:23:24:0.727273:15:8:1:9:16:8:1:8 chr5 8619227 . C T 180.5 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00876212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.782;QD=16.0443;RBI=0.010225;REFB=-0.0502552;REVB=0.0052703;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396414;STB=0.72789;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0183298;OID=.;OPOS=8619227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:14:5:17:9:14:5:17:9 chr5 8619258 . G A 213.62 PASS AF=0.387755;AO=17;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00694797;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.025;QD=17.4382;RBI=0.0229076;REFB=-0.0321677;REVB=0.0218285;RO=26;SAF=4;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440435;STB=0.719391;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0324443;OID=.;OPOS=8619258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:27:17:19:0.387755:13:4:17:9:14:5:17:10 chr5 8620513 . G A 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.015212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7231;QD=5.95687;RBI=0.0551759;REFB=-0.00418666;REVB=-0.0530375;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261347;STB=0.666173;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00455329;OID=.;OPOS=8620513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:5:13:3:3:5:13 chr5 9041924 . T C 207.83 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.026905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.898;QD=17.6878;RBI=0.0417282;REFB=-0.0177818;REVB=0.0318962;RO=26;SAF=5;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321331;STB=0.684496;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0314234;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:16:5:14:12:16:5:14:12 chr5 9041935 . G A 187.45 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.000539453;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.117;QD=18.7451;RBI=0.00468391;REFB=-0.0187616;REVB=0.00465274;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29324;STB=0.668594;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0142733;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:15:4:10:11:15:4:10:11 chr5 9053945 . C T 115.12 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0553441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6558;QD=19.1866;RBI=0.0656768;REFB=-0.0363477;REVB=-0.0353619;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211474;STB=0.620075;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0122817;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:3:8:6:7:3:8 chr5 9108333 . C T 303.31 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.031515;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.349;QD=19.5686;RBI=0.0414038;REFB=-0.015291;REVB=0.0268529;RO=29;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773048;STB=0.533516;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0141515;OID=.;OPOS=9108333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:30:32:32:0.516129:15:17:18:11:15:17:18:12 chr5 9122926 . C T 116.26 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.0245694;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.894;QD=8.45536;RBI=0.0263143;REFB=-0.0456914;REVB=0.00942272;RO=38;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315079;STB=0.672537;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0410863;OID=.;OPOS=9122926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:38:39:16:16:0.290909:8:8:9:29:8:8:10:29 chr5 9154659 . G C 467.54 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0130557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1571;QD=23.0885;RBI=0.0272611;REFB=-0.0367166;REVB=0.0239314;RO=33;SAF=30;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217393;STB=0.615332;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0160406;OID=.;OPOS=9154659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:36:45:45:0.555556:15:30:13:20:15:30:15:21 chr5 9265602 . C T 809.62 PASS AF=0.581395;AO=74;DP=128;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0122816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.015;QD=25.1046;RBI=0.0257403;REFB=-0.0137082;REVB=-0.0226214;RO=53;SAF=42;SAR=32;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582786;STB=0.529777;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00958886;OID=.;OPOS=9265602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:53:54:74:75:0.581395:32:42:34:19:33:42:34:20 chr5 9280957 . C A 689.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2788;QD=62.6501;RBI=0.00847539;REFB=0;REVB=0.00797401;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73541e-05;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr5 9629813 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0183245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.548;QD=14.6545;RBI=0.0238836;REFB=-0.0148256;REVB=0.0153179;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502688;STB=0.793435;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00891841;OID=.;OPOS=9629813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:7:1:6:2:7:1 chr5 9630187 . T C 39.48 PASS AF=0.375;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00734805;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.749;QD=9.86902;RBI=0.01626;REFB=-0.0130048;REVB=-0.014505;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0299851;OID=.;OPOS=9630187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:16:10:10:6:6:0.375:4:2:5:5:4:2:5:5 chr5 9761013 . C A 46.35 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0299848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.099;QD=9.75787;RBI=0.0375836;REFB=-0.00508714;REVB=-0.0226592;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462091;STB=0.528223;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.044515;OID=.;OPOS=9761013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:9:3:2:5:9:3 chr5 9761022 . C T 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0268104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.022;QD=14.7973;RBI=0.0725189;REFB=-0.0100083;REVB=0.067381;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140286;STB=0.581059;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0201771;OID=.;OPOS=9761022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:10:3:4:7:10:3 chr5 10237036 . A G 300.25 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00331306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.519;QD=30.7945;RBI=0.00331759;REFB=-0.00605491;REVB=-0.00017323;RO=13;SAF=9;SAR=17;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260304;STB=0.514275;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00410404;OID=.;OPOS=10237036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:17:9:4:9:17:9:4:9 chr5 10237155 . G A 78.36 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0105609;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.152;QD=12.538;RBI=0.0173089;REFB=0.00421093;REVB=0.0137136;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128876;STB=0.575618;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00714818;OID=.;OPOS=10237155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:26:25:15:15:10:10:0.4:7:3:3:12:7:3:3:12 chr5 10239261 . G A 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00553571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.343;QD=15.2557;RBI=0.00847643;REFB=-0.00012705;REVB=0.00641917;RO=30;SAF=14;SAR=6;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422034;STB=0.524248;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.000160909;OID=.;OPOS=10239261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:6:14:22:8:6:14:22:8 chr5 10239278 . C T 727.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.844;QD=63.2717;RBI=0.0171343;REFB=0;REVB=-0.0163236;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14917e-05;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:13:33:0:0:13:33:0:0 chr5 10250430 . G A 782.7 PASS AF=0.849315;AO=63;DP=73;FAO=62;FDP=73;FR=.;FRO=11;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0592434;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.794;QD=42.8874;RBI=0.0723715;REFB=-0.183604;REVB=0.0415675;RO=6;SAF=38;SAR=25;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108816;STB=0.520586;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0366009;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:73:73:6:11:63:62:0.849315:25:38:4:2:25:37:8:3 chr5 10250443 . T C 1198.99 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000674228;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.723;QD=59.9497;RBI=0.00309968;REFB=-0.0267088;REVB=0.00302546;RO=1;SAF=47;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996677;STB=0.505262;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=8.54625e-05;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:32:47:1:0:32:47:1:0 chr5 10254817 . A G 707.85 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.582;QD=62.9197;RBI=0.0394387;REFB=0;REVB=0.0363854;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31228e-05;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:28:15:0:0:30:15:0:0 chr5 10256161 . T C 897.51 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.073362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.812;QD=53.5827;RBI=0.0855123;REFB=-0.104363;REVB=0.0439359;RO=3;SAF=25;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533637;STB=0.528293;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00253337;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:67:67:3:3:64:64:0.955224:39:25:3:0:39:25:3:0 chr5 10261966 . G A 482.96 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.93;QD=58.5411;RBI=0.0233684;REFB=0;REVB=-0.00197659;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173757;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr5 10282396 . A G 162.52 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0194515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.985;QD=19.6997;RBI=0.026913;REFB=0.00160033;REVB=-0.0185998;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225945;STB=0.512805;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00138434;OID=.;OPOS=10282396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:7:9:10:7:7:9 chr5 10505585 . A G 251.06 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0128894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.954;QD=19.6908;RBI=0.015748;REFB=0.000208155;REVB=-0.00904782;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122813;STB=0.568576;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000111443;OID=.;OPOS=10505585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:16:9:13:13:16:9 chr5 10564846 . C T 710.66 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0126994;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0536;QD=52.6411;RBI=0.0639973;REFB=-0.212939;REVB=0.0627246;RO=1;SAF=17;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268968;STB=0.527767;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0178822;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:54:1:2:52:52:0.962963:35:17:1:0:35:17:2:0 chr5 10624887 . T C 1208.88 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.561;QD=61.2089;RBI=0.0192792;REFB=0;REVB=-0.0175156;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5477e-05;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr5 10638180 . T C 436.43 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0253441;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.651;QD=20.5381;RBI=0.0253681;REFB=-0.00307014;REVB=-0.00110354;RO=40;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632999;STB=0.541038;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00268141;OID=.;OPOS=10638180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:40:42:42:43:0.505882:26:16:18:22:26:17:20:22 chr5 10649784 . G A 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.632;QD=30.5927;RBI=0.0513937;REFB=-0.00395905;REVB=0.0513937;RO=2;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210124;OID=.;OPOS=10649784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:10:0:0:2:10:0:0:2 chr5 11117583 . C T 277.65 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0280035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3976;QD=13.711;RBI=0.0608518;REFB=-0.0230405;REVB=0.0540254;RO=46;SAF=21;SAR=11;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14626;STB=0.579965;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0354354;OID=.;OPOS=11117583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:46:49:32:32:0.395062:11:21:24:22:11:21:26:23 chr5 13701525 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0125393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.105;QD=10.3791;RBI=0.0147814;REFB=-0.0138928;REVB=-0.00782653;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342;STB=0.533262;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00875068;OID=.;OPOS=13701525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:7:2:3:12:7:2:3:13 chr5 13701536 . T C 54.89 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0612001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.532;QD=9.54554;RBI=0.0617285;REFB=-0.00188998;REVB=-0.00805935;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515286;STB=0.545346;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00960433;OID=.;OPOS=13701536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:14:15:8:8:0.347826:6:2:3:11:6:2:3:12 chr5 13717471 . T C 265.61 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.00570735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1652;QD=13.2803;RBI=0.0220634;REFB=-0.00545557;REVB=0.0213124;RO=48;SAF=26;SAR=5;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263472;STB=0.663452;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00935065;OID=.;OPOS=13717471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:5:26:32:16:5:26:32:17 chr5 13719022 . T G 305.95 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00821146;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.54;QD=12.748;RBI=0.00926316;REFB=-0.00550484;REVB=-0.00428697;RO=60;SAF=21;SAR=14;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934606;STB=0.548908;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0151491;OID=.;OPOS=13719022;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:60:61:35:35:0.364583:14:21:31:29:14:21:32:29 chr5 13719089 . G A 346.88 PASS AF=0.404255;AO=36;DP=91;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0558604;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.492;QD=14.7607;RBI=0.0564446;REFB=-0.0201909;REVB=0.00809993;RO=55;SAF=14;SAR=22;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719632;STB=0.51542;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0234224;OID=.;OPOS=13719089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:55:56:36:38:0.404255:22:14:25:30:22:16:25:31 chr5 13754394 . C T 367.78 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0212662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.951;QD=21.9572;RBI=0.0397129;REFB=-0.00444895;REVB=-0.033539;RO=28;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173862;STB=0.50605;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00305855;OID=.;OPOS=13754394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:30:37:37:0.552239:19:18:13:15:19:18:15:15 chr5 13762972 . T C 281.66 PASS AF=0.469697;AO=27;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0588855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.218;QD=17.0702;RBI=0.0598198;REFB=-0.00587576;REVB=0.0105314;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487898;STB=0.572549;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00576941;OID=.;OPOS=13762972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:35:27:31:0.469697:17:10:11:15:20:11:17:18 chr5 13811775 . T C 325.77 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.000260835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4529;QD=20.0473;RBI=0.0417648;REFB=-0.0088598;REVB=-0.041764;RO=31;SAF=13;SAR=21;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333257;STB=0.518508;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0146281;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:21:13:13:18:21:13:13:18 chr5 13829799 . G A 353.8 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0326721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.599;QD=18.621;RBI=0.0331496;REFB=-0.0128057;REVB=-0.00560653;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138083;STB=0.501809;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0129938;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:38:39:37:37:0.486842:21:16:17:21:21:16:17:22 chr5 13845045 . G A 221.88 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0103486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.77;QD=18.4904;RBI=0.0105309;REFB=-0.00451267;REVB=-0.00195051;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376557;STB=0.512184;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0055487;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:21:22:0.458333:13:8:10:16:14:8:10:16 chr5 13864728 . C A 260.17 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.000731407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.502;QD=16.7852;RBI=0.00335233;REFB=-0.00528767;REVB=-0.00327157;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14285;STB=0.580014;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00452427;OID=.;OPOS=13864728;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:15:14:11:22:15:14:11:22 chr5 13865980 . T C 616.69 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266765;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.616;QD=61.669;RBI=0.0331359;REFB=0;REVB=0.0196559;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208803;OID=.;OPOS=13865980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:16:24:0:0 chr5 13882841 . A G 202.81 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0529743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8671;QD=21.9256;RBI=0.0660316;REFB=-0.0228853;REVB=0.0394195;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201123;STB=0.612791;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0217925;OID=.;OPOS=13882841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:8:12:6:11:8:12:6:11 chr5 13894894 . T A 663.68 PASS AF=0.881356;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0632164;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.8097;QD=44.9955;RBI=0.0711425;REFB=-0.138785;REVB=-0.0326335;RO=7;SAF=20;SAR=32;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139475;STB=0.574439;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0172176;OID=.;OPOS=13894894;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:59:59:7:7:52:52:0.881356:32:20:7:0:32:20:7:0 chr5 13900345 . A G 580.64 PASS AF=0.487805;AO=59;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.00891211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.459;QD=18.8826;RBI=0.00903286;REFB=-0.00980904;REVB=0.00147201;RO=61;SAF=28;SAR=31;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751525;STB=0.552664;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0109784;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:61:63:59:60:0.487805:31:28:24:37:31:29:24:39 chr5 13944512 . A C 557.12 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1487;QD=60.2287;RBI=0.0114117;REFB=0;REVB=-0.00029944;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164254;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:14:23:0:0 chr5 14184022 . G A,T 739.17 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=44,2;DP=47;FAO=46,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287091,-0.00517029;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.766,32.1621;QD=61.5972;RBI=0.0287127,0.00957419;REFB=0,0;REVB=-0.000454987,-0.00805811;RO=0;SAF=19,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000276951,0.0843302;OID=.,.;OPOS=14184022,14184022;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:48:0:0:44,2:46,2:0.958333,0.0416667:25,2:19,0:0:0:25,2:21,0:0:0 chr5 14184079 . G A 575.75 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.109;QD=60.6057;RBI=0.016484;REFB=0;REVB=0.00184188;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125954;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:18:20:0:0 chr5 14420027 . A C 398.89 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0292017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3365;QD=21.2741;RBI=0.0315489;REFB=-0.0295108;REVB=0.0119411;RO=34;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137373;STB=0.515267;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0259603;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:34:35:40:40:0.533333:23:17:15:19:23:17:16:19 chr5 14502775 . C A 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0196803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.37;QD=15.2375;RBI=0.0200871;REFB=-0.0180826;REVB=0.00402192;RO=36;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569695;STB=0.532156;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0253765;OID=.;OPOS=14502775;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:18:10:11:25:18:10:11:25 chr5 14709412 . A AT 254.74 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.1496;QD=33.9647;RBI=0.134645;REFB=0;REVB=0.0376259;RO=3;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569103;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00255209;OID=.;OPOS=14709413;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:30:30:30:0:4:26:0:0:6:3:4:23:0:3 chr5 16478200 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7744;QD=56.7044;RBI=0.014224;REFB=0;REVB=-0.000313334;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310396;OID=.;OPOS=16478200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chr5 16508674 . A G 278.85 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0347018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0236;QD=16.403;RBI=0.0408441;REFB=-0.0347158;REVB=0.0215412;RO=37;SAF=21;SAR=10;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268041;STB=0.651064;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.050384;OID=.;OPOS=16508674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:10:21:15:22:10:21:15:22 chr5 16666180 . A G 75.61 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0182844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1245;QD=11.633;RBI=0.0613709;REFB=0.0150987;REVB=0.0585839;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217976;STB=0.630875;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0185422;OID=.;OPOS=16666180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:8:8:7:3:8:8 chr5 16673975 . C G 508.77 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.069;QD=58.1457;RBI=0.0819844;REFB=0;REVB=-0.00269624;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028039;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:35:0:0:31:35:1:25:6:0:0:25:10:0:0 chr5 16766269 . T C 197.67 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0122698;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.943;QD=12.9617;RBI=0.0170751;REFB=-0.0148366;REVB=0.0118749;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00119715;STB=0.500687;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0307415;OID=.;OPOS=16766269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:13:11:17:20:13:11:17:20 chr5 16769273 . G A 240.26 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0490795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3744;QD=22.3499;RBI=0.0491048;REFB=-0.00780295;REVB=-0.00157608;RO=20;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028687;STB=0.50239;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0143666;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:20:22:23:0.534884:16:6:6:14:16:7:6:14 chr5 19721490 . T C 2062.81 PASS AF=0.944444;AO=127;DP=138;FAO=136;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0767053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1657;QD=57.3004;RBI=0.0813335;REFB=-0.0945148;REVB=0.0270449;RO=5;SAF=51;SAR=76;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302363;STB=0.515335;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0126393;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:138:144:5:5:127:136:0.944444:76:51:0:5:79:57:0:5 chr5 22078584 . C T 492.4 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00282862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.023;QD=20.0979;RBI=0.00282989;REFB=0.0137632;REVB=8.49547e-05;RO=50;SAF=25;SAR=23;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191723;STB=0.510634;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0153506;OID=.;OPOS=22078584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:23:25:25:25:23:25:25:25 chr5 23976115 . G A 519.07 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0138747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6503;QD=16.8803;RBI=0.0139496;REFB=-0.00445193;REVB=0.00144377;RO=65;SAF=31;SAR=25;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16206;STB=0.581501;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00695188;OID=.;OPOS=23976115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:65:67:56:56:0.455285:25:31:25:40:25:31:27:40 chr5 26198575 . G T 1855.43 PASS AF=0.99187;AO=119;DP=121;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335246;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.769;QD=60.3391;RBI=0.0335263;REFB=-0.0139831;REVB=0.00034244;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000363291;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:123:0:1:119:122:0.99187:54:65:0:0:55:67:1:0 chr5 26198591 . C T 1917.3 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.084;QD=60.8667;RBI=0.0350064;REFB=-0.105872;REVB=0.0316339;RO=1;SAF=66;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798528;STB=0.504201;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000219637;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:59:66:0:1:59:66:0:1 chr5 26902832 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0092864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.195;QD=16.4266;RBI=0.0092902;REFB=-0.00858432;REVB=0.000265775;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254322;STB=0.648363;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00607289;OID=.;OPOS=26902832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:6:5:8:3:6:5 chr5 26988328 . G A 583.49 PASS AF=0.44;AO=63;DP=151;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.0486211;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.276;QD=15.5598;RBI=0.0486221;REFB=-0.0124136;REVB=-0.000325434;RO=82;SAF=31;SAR=32;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119084;STB=0.559982;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0265627;OID=.;OPOS=26988328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:82:84:63:66:0.44:32:31:50:32:33:33:51:33 chr5 26988424 . T C 391.41 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00171902;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9048;QD=16.6557;RBI=0.0671455;REFB=-0.0292474;REVB=0.0671235;RO=52;SAF=18;SAR=23;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174321;STB=0.592129;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0301859;OID=.;OPOS=26988424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:53:41:41:0.43617:23:18:32:20:23:18:32:21 chr5 31302288 . C T 904.23 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0299006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8117;QD=54.8015;RBI=0.0338941;REFB=-0.164092;REVB=0.0159612;RO=2;SAF=37;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248416;STB=0.512816;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00274587;OID=.;OPOS=31302288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:66:2:2:63:64:0.969697:26:37:2:0:26:38:2:0 chr5 31317494 . C T 258.56 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.055708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.593;QD=11.7525;RBI=0.0564276;REFB=-0.00355429;REVB=-0.00898286;RO=57;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165476;STB=0.595126;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00432185;OID=.;OPOS=31317494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:15:16:21:36:15:16:21:36 chr5 31317529 . A G 275.85 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=0.000845129;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.317;QD=12.2598;RBI=0.00653283;REFB=-0.00987105;REVB=0.00647794;RO=54;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237636;STB=0.636286;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0082669;OID=.;OPOS=31317529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:54:57:33:33:0.366667:16:17:16:38:16:17:17:40 chr5 31317952 . T C 605.91 PASS AF=0.654321;AO=53;DP=81;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0201186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.533;QD=29.9217;RBI=0.0484962;REFB=-0.0119852;REVB=0.0441262;RO=28;SAF=32;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680063;STB=0.536899;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00537022;OID=.;OPOS=31317952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:28:28:53:53:0.654321:21:32:14:14:21:32:14:14 chr5 31401447 . A G 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00108874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.934;QD=15.237;RBI=0.00997003;REFB=-0.00176122;REVB=-0.0099104;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630661;STB=0.535689;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00207856;OID=.;OPOS=31401447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:13:15:17:19:13:15:17:19 chr5 31409252 . A G 244.32 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00625282;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.258;QD=22.2113;RBI=0.0181255;REFB=-0.0303964;REVB=0.0170128;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176574;STB=0.52172;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0250948;OID=.;OPOS=31409252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:11:10:11:12:10:11 chr5 31423007 . T C 496.64 PASS AF=0.477477;AO=51;DP=109;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00640361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.691;QD=17.8968;RBI=0.0182506;REFB=-0.0100033;REVB=0.0170903;RO=58;SAF=17;SAR=34;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183761;STB=0.585762;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00867355;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:58:58:51:53:0.477477:34:17:30:28:34:19:30:28 chr5 31515657 . G A 180.09 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0465253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.238;QD=23.2368;RBI=0.048635;REFB=-0.0373201;REVB=-0.014169;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992905;STB=0.539524;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0244221;OID=.;OPOS=31515657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:8:10:5:7:8:10:6:7 chr5 31538692 . A C 508.2 PASS AF=0.527473;AO=43;DP=86;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00354409;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.637;QD=22.3383;RBI=0.0489001;REFB=-0.00821521;REVB=0.0487715;RO=43;SAF=17;SAR=26;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228563;STB=0.640731;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0110239;OID=.;OPOS=31538692;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:91:43:43:43:48:0.527473:26:17:28:15:31:17:28:15 chr5 32058115 . A G 346.26 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00267709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.179;QD=32.21;RBI=0.0200218;REFB=-0.024134;REVB=-0.019842;RO=14;SAF=6;SAR=23;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680603;STB=0.537356;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0104413;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:23:6:4:10:23:6:4:10 chr5 32074509 . G A 224.55 PASS AF=0.547619;AO=19;DP=38;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00753062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.812;QD=21.3854;RBI=0.0552957;REFB=-0.0219185;REVB=0.0547805;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472314;STB=0.560386;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0430051;OID=.;OPOS=32074509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:19:19:19:23:0.547619:11:8:9:10:15:8:9:10 chr5 32087253 . A G 561.17 PASS AF=0.428571;AO=59;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0101281;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.163;QD=16.0333;RBI=0.0126689;REFB=-0.0115334;REVB=-0.00761075;RO=81;SAF=27;SAR=32;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119435;STB=0.504779;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0203286;OID=.;OPOS=32087253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:81:80:59:60:0.428571:32:27:38:43:32:28:38:42 chr5 32087374 . A G 323.58 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=-0.00884525;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9086;QD=13.9174;RBI=0.016846;REFB=-0.0162653;REVB=0.014337;RO=55;SAF=12;SAR=24;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402793;STB=0.734573;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0166123;OID=.;OPOS=32087374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:55:57:36:36:0.387097:24:12:40:15:24:12:42:15 chr5 32087801 . CA C,CG 347.27 PASS AF=0.730769,0.269231;AO=4,20;DP=26;FAO=19,7;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10,4;FSAR=9,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454285,-0.0511955;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.863,139.899;QD=53.4254;RBI=0.0483053,0.0553944;REFB=0,0;REVB=0.0164211,0.0211556;RO=0;SAF=1,12;SAR=3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00891275,0.0215887;OID=.,.;OPOS=32087802,32087802;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.730769,0.269231:4,20:26:19,7:26:0:10,4:9,3:0:0:26:0:1,12:3,8:0:0 chr5 32087808 . G C 128.84 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00388345;FXX=0.0370233;HRUN=6;LEN=1;MLLD=172.013;QD=19.8219;RBI=0.0119973;REFB=0.00342152;REVB=0.0113514;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204611;STB=0.533285;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0024141;OID=.;OPOS=32087808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:6:8:6:5:6:8:6:6 chr5 32088213 . C T 105.87 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0189016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3196;QD=21.174;RBI=0.0191805;REFB=-0.0408344;REVB=0.00325885;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0122212;OID=.;OPOS=32088213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:9:3:2:6:9:3:2:6 chr5 32093070 . G A 214.26 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00384666;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.936;QD=12.6033;RBI=0.0251692;REFB=-0.0143132;REVB=0.0248735;RO=41;SAF=5;SAR=21;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242454;STB=0.652236;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0262009;OID=.;OPOS=32093070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:21:5:15:26:21:5:16:26 chr5 32229677 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0329617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.196;QD=12.9418;RBI=0.03368;REFB=-0.0154567;REVB=-0.00691846;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291666;STB=0.669688;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0201349;OID=.;OPOS=32229677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:17:8:9:6:17:8 chr5 32403346 . C T 1656.35 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.723;QD=60.2311;RBI=0.035069;REFB=0;REVB=0.00704086;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107216;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:55:54:0:0:56:54:0:0 chr5 32716535 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0293305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.391;QD=11.9197;RBI=0.032093;REFB=-0.0044709;REVB=-0.0130263;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639024;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00505107;OID=.;OPOS=32716535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:8:9:7:7:0.4375:4:3:4:4:4:3:5:4 chr5 32786389 . A G 161.48 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.000667203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.133;QD=10.5888;RBI=0.000886053;REFB=-0.0166168;REVB=-0.000583035;RO=40;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267017;STB=0.51561;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0377435;OID=.;OPOS=32786389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:10:11:20:20:10:11:20:20 chr5 32789852 . T C 582.96 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.661;QD=59.7906;RBI=0.0395952;REFB=0;REVB=0.000427673;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183354;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:16:21:0:0:17:22:0:0 chr5 32790616 . T C 1540.58 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.043;QD=59.8284;RBI=0.00582498;REFB=0;REVB=0.00437983;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35052e-07;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:59:44:0:0:59:44:0:0 chr5 32790929 . TA T 40.29 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0307952;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.5953;QD=10.0718;RBI=0.0613573;REFB=-0.139292;REVB=-0.0530695;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0.324022;SSEP=0;SSSB=-0.539065;STB=0.826738;STBP=0.022;TYPE=del;VARB=0.115476;OID=.;OPOS=32790930;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:8:15:9:16:7:1:8:5:2:35:7:1:7:5:2 chr5 33278049 . T C 251.76 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00250748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.997;QD=15.2582;RBI=0.0186854;REFB=-0.0146446;REVB=0.0185164;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137365;STB=0.577471;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0258514;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:14:15:14:23:14:15:14:23 chr5 33462034 . G A 409.31 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00142057;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.217;QD=17.796;RBI=0.00599489;REFB=-0.00729303;REVB=-0.00582415;RO=51;SAF=21;SAR=21;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288063;STB=0.521729;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00581547;OID=.;OPOS=33462034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:51:50:42:42:0.456522:21:21:27:24:21:21:27:23 chr5 33535060 . G A 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0163888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1571;QD=25.2872;RBI=0.0168605;REFB=0.0202378;REVB=-0.00396012;RO=9;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137804;STB=0.577672;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00591081;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:13:3:3:6:13:3:3:6 chr5 33577076 . G A 62.15 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0273498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.507;QD=10.8085;RBI=0.0394394;REFB=-0.0453196;REVB=0.0284157;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135085;STB=0.604686;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0357638;OID=.;OPOS=33577076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:22:23:14:14:8:9:0.391304:6:2:5:9:7:2:5:9 chr5 33624430 . A G 471.41 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.023037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.276;QD=23.5703;RBI=0.0261812;REFB=-0.0216972;REVB=-0.0124399;RO=35;SAF=15;SAR=30;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825687;STB=0.545434;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0195199;OID=.;OPOS=33624430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:30:15:15:20:30:15:15:20 chr5 33751454 . A T 83.44 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00558934;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.368;QD=9.0203;RBI=0.0103682;REFB=-0.00610877;REVB=-0.00873263;RO=25;SAF=10;SAR=1;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494128;STB=0.808122;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0117557;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:37:25:26:11:11:0.297297:1:10:15:10:1:10:16:10 chr5 33954511 . T C 301.62 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0239423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.634;QD=16.7564;RBI=0.0248579;REFB=-0.0218852;REVB=-0.00668449;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125084;STB=0.501263;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0251432;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:39:32:33:0.458333:16:16:20:19:16:17:20:19 chr5 33963870 . C T 412.76 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0354195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.433;QD=18.7616;RBI=0.0356434;REFB=-0.00336723;REVB=0.00398842;RO=45;SAF=18;SAR=24;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359099;STB=0.526303;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00365172;OID=.;OPOS=33963870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:46:42:42:0.477273:24:18:21:24:24:18:22:24 chr5 33989503 . C G 352.54 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0643688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7351;QD=21.0471;RBI=0.0677351;REFB=-0.0355464;REVB=0.0210881;RO=31;SAF=11;SAR=25;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162646;STB=0.59032;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0286813;OID=.;OPOS=33989503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:25:11:15:16:25:11:15:16 chr5 33989518 . C T 320.26 PASS AF=0.5;AO=32;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0160041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.928;QD=18.839;RBI=0.0239856;REFB=-0.0267568;REVB=0.0178655;RO=34;SAF=9;SAR=23;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220801;STB=0.612407;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0239856;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:34:32:34:0.5:23:9:17:17:24:10:17:17 chr5 33998768 . C A 515.6 PASS AF=0.519231;AO=51;DP=101;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0301398;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3425;QD=19.8306;RBI=0.0615702;REFB=-0.0386263;REVB=0.0536887;RO=49;SAF=29;SAR=22;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884631;STB=0.537023;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.038598;OID=.;OPOS=33998768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:49:50:51:54:0.519231:22:29:23:26:25:29:23:27 chr5 33998883 . A G 932.85 PASS AF=0.894737;AO=67;DP=75;FAO=68;FDP=76;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0828129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7463;QD=49.0975;RBI=0.0833762;REFB=-0.0516139;REVB=0.0096748;RO=8;SAF=26;SAR=41;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235131;STB=0.51126;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00376034;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:75:76:8:8:67:68:0.894737:41:26:4:4:41:27:4:4 chr5 34020277 . C T 107.37 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00977045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.23;QD=12.6317;RBI=0.016187;REFB=-0.0193399;REVB=-0.0129057;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257812;STB=0.666405;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0441165;OID=.;OPOS=34020277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:4:9:9:11:4:9:9:12 chr5 34038537 . A G 631.97 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.909;QD=61.6555;RBI=0.0276837;REFB=0;REVB=-0.00518302;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81142e-05;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr5 34757666 . G A 150.13 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00114899;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.0961;QD=19.3714;RBI=0.00724496;REFB=-0.0500856;REVB=-0.00715327;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157568;STB=0.521712;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.032947;OID=.;OPOS=34757666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:10:6:5:9:10:6:5:10 chr5 34802384 . A G 226.14 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0548886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.144;QD=17.0669;RBI=0.0552048;REFB=0.00386905;REVB=-0.00589984;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422374;STB=0.534856;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0035027;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:10:15:15:12:10:15:15:13 chr5 34840841 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.885;QD=54.5174;RBI=0.0693255;REFB=0;REVB=0.0381871;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531844;OID=.;OPOS=34840841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr5 34925328 . T A 459.21 PASS AF=1;AO=26;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146279;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=24.1405;QD=52.4814;RBI=0.246782;REFB=0;REVB=0.198755;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281527;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0454534;OID=.;OPOS=34925328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:1:0:26:35:1:10:16:1:0:11:24:0:0 chr5 35010138 . A G 1690.37 PASS AF=1;AO=104;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407763;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.609;QD=56.8191;RBI=0.042447;REFB=0;REVB=0.0117915;RO=0;SAF=35;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125337;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:104:119:1:69:35:0:0:69:50:0:0 chr5 35033605 . G A 457.59 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.022191;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.776;QD=55.4652;RBI=0.0439501;REFB=-0.00294137;REVB=0.0379364;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=4.38336e-05;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:0:1:32:32:0.969697:13:19:0:0:13:19:0:1 chr5 35037115 . C T 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.128;QD=60.2029;RBI=0.0397334;REFB=0;REVB=0.0206797;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235951;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr5 35039437 . A G 153.58 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0221077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0109;QD=11.5913;RBI=0.028862;REFB=-0.0094433;REVB=0.0185544;RO=34;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209903;STB=0.622625;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.027385;OID=.;OPOS=35039437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:7:12:15:19:7:12:15:19 chr5 35039486 . C T 187.87 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00161503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.412;QD=10.891;RBI=0.0109341;REFB=-0.0153754;REVB=-0.0108142;RO=44;SAF=18;SAR=6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279445;STB=0.671847;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0185575;OID=.;OPOS=35039486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:44:45:24:24:0.347826:6:18:23:21:6:18:23:22 chr5 35641582 . A C 264.62 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.032851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.097;QD=13.0674;RBI=0.0332031;REFB=-0.0122466;REVB=0.00482263;RO=50;SAF=13;SAR=18;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445984;STB=0.525531;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0198046;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:18:13:23:27:18:13:23:27 chr5 35643615 . G A 129.06 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00533534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.764;QD=13.5854;RBI=0.00603932;REFB=-0.0110869;REVB=0.00282974;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409282;STB=0.696729;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00453685;OID=.;OPOS=35643615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:23:14:15:0.394737:9:5:15:4:9:6:17:6 chr5 35644621 . T C 210.23 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00225425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5734;QD=15.5723;RBI=0.0269284;REFB=0.0085523;REVB=0.0268339;RO=30;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170957;STB=0.597319;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0153489;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:16:8:15:15:16:8:15:15 chr5 35654711 . C T 770.92 PASS AF=0.496894;AO=79;DP=159;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00569408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.045;QD=19.1533;RBI=0.00838315;REFB=-0.0100327;REVB=-0.00615261;RO=79;SAF=37;SAR=42;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460118;STB=0.528216;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00744046;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:79:81:79:80:0.496894:42:37:41:38:43:37:42:39 chr5 35670303 . G A 97.04 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0218173;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.649;QD=21.5649;RBI=0.024298;REFB=-0.0205481;REVB=0.0106957;RO=8;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602244;STB=0.832591;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0171628;OID=.;OPOS=35670303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:8:7:11:11:0.611111:10:1:6:2:10:1:5:2 chr5 35692775 . T A 393.22 PASS AF=0.433962;AO=41;DP=102;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.050612;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.111;QD=14.8384;RBI=0.0507882;REFB=-0.00645695;REVB=0.00422674;RO=59;SAF=20;SAR=21;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00883028;OID=.;OPOS=35692775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:59:60:41:46:0.433962:21:20:30:29:23:23:30:30 chr5 35695915 . A C 248.34 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=-0.0101561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.741;QD=13.9912;RBI=0.0156859;REFB=-0.0139785;REVB=-0.0119542;RO=42;SAF=6;SAR=23;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115915;STB=0.506603;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0168716;OID=.;OPOS=35695915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:23:6:9:33:23:6:9:33 chr5 35700598 . T C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0222186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.799;QD=14.6537;RBI=0.0311914;REFB=-0.0308602;REVB=-0.0218914;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105859;STB=0.562346;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0260671;OID=.;OPOS=35700598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:5:3:4:4:5:3 chr5 35702306 . A G 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000247466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.541;QD=9.18756;RBI=0.013251;REFB=-0.00882144;REVB=-0.0132487;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167309;STB=0.510186;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0216067;OID=.;OPOS=35702306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:14:11:5:6:14:11 chr5 35709095 . C T 1309.73 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.97;QD=61.6341;RBI=0.0167325;REFB=0;REVB=0.0013235;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214514;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:85:0:0:80:85:1:42:38:0:0:46:39:0:0 chr5 35709184 . G C 1003.5 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00469731;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6594;QD=56.5354;RBI=0.0050391;REFB=-0.00514346;REVB=0.00182421;RO=2;SAF=23;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994317;STB=0.505262;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00332262;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:46:23:1:1:46:23:1:1 chr5 35764696 . C T 552.98 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2643;QD=59.7821;RBI=0.0191632;REFB=0;REVB=0.00648336;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192741;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr5 35861068 . T C 524.64 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0188903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.328;QD=24.1214;RBI=0.0255568;REFB=-0.0137689;REVB=0.0172135;RO=38;SAF=15;SAR=34;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332024;STB=0.518229;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00874344;OID=.;OPOS=35861068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:38:49:49:0.563218:34:15:13:25:34:15:13:25 chr5 35871190 . G A 314.9 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-5.68299e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.982;QD=16.7945;RBI=0.00139508;REFB=-0.0275646;REVB=-0.00139507;RO=34;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803512;STB=0.555523;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0159506;OID=.;OPOS=35871190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:41:34:34:0.453333:14:20:17:17:14:20:20:21 chr5 35874575 . C T 1020.62 PASS AF=0.560694;AO=97;DP=172;FAO=97;FDP=173;FR=.;FRO=76;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=0.00366358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.735;QD=23.5982;RBI=0.0364946;REFB=-0.0213434;REVB=-0.0363102;RO=75;SAF=50;SAR=47;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100285;STB=0.55121;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0202887;OID=.;OPOS=35874575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:75:76:97:97:0.560694:47:50:48:27:47:50:48:28 chr5 35875593 . A T 471.93 PASS AF=0.449153;AO=47;DP=115;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0417211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.755;QD=15.9977;RBI=0.0441462;REFB=-0.0177171;REVB=0.0144303;RO=65;SAF=15;SAR=32;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249391;STB=0.587406;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0228684;OID=.;OPOS=35875593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:65:65:47:53:0.449153:32:15:36:29:32:21:36:29 chr5 35910529 . C T 288.91 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.552;QD=50.2449;RBI=0.063312;REFB=0;REVB=0.0467428;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199224;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:9:12:0:0:9:14:0:0 chr5 35965970 . A C 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0203055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.871;QD=16.9305;RBI=0.0212066;REFB=-0.0127347;REVB=-0.00611614;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842475;STB=0.54831;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0120679;OID=.;OPOS=35965970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:3:9:8:4:3:9 chr5 36104214 . AAG A 71.04 PASS AF=0.433333;AO=9;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0774411;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=27.6638;QD=9.47154;RBI=0.124631;REFB=-0.0864057;REVB=0.0976509;RO=19;SAF=0;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.754594;STB=0.83655;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.123894;OID=.;OPOS=36104215;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:9:31:13:30:17:1:12:8:9:71:19:0:9:8:11 chr5 36155318 . C CT,CTT,CTTT 87.16 PASS AF=0,0.355556,0;AO=9,5,9;DP=49;FAO=0,16,0;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=0,4,0;FSAR=0,12,0;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0993039,-0.054714,-0.0373906;FXX=0.0217344;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,3;MLLD=13.9991,25.5655,26.4916;QD=7.7477;RBI=0.482385,0.247842,0.166051;REFB=0.0424137,0.0220423,0.0150659;REVB=-0.472052,-0.241727,-0.161786;RO=26;SAF=0,3,0;SAR=9,2,9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.72609,0.247658,-0.72609;STB=0.5,0.538415,0.5;STBP=1,0.756,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0,-0.0862468,0.0607494;OID=.,.,.;OPOS=36155319,36155319,36155319;OREF=-,-,-;OALT=T,TT,TTT;OMAPALT=CT,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.355556,0:9,5,9:49:0,16,0:45:29:0,4,0:0,12,0:6:23:76:26:0,3,0:9,2,9:10:16 chr5 36171780 . A G 451.37 PASS AF=0.478723;AO=44;DP=93;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00250071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.3;QD=19.2072;RBI=0.0188826;REFB=-0.033462;REVB=0.0187163;RO=49;SAF=26;SAR=18;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968487;STB=0.546302;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0445523;OID=.;OPOS=36171780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:49:49:44:45:0.478723:18:26:24:25:19:26:24:25 chr5 36257018 . A G 154.61 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0109679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.81;QD=10.6627;RBI=0.0236925;REFB=0.0315462;REVB=0.0210009;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299249;STB=0.50174;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0644982;OID=.;OPOS=36257018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:38:19:20:0.344828:10:9:17:21:11:9:17:21 chr5 36269551 . G C 976.18 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601101;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.278;QD=59.1625;RBI=0.0107032;REFB=0;REVB=0.0088559;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16613e-06;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr5 37173930 . A C 518.81 PASS AF=0.543478;AO=47;DP=90;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00849674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.851;QD=22.557;RBI=0.0105873;REFB=-0.00732399;REVB=0.00631633;RO=41;SAF=21;SAR=26;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07606;STB=0.529169;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00807588;OID=.;OPOS=37173930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:41:42:47:50:0.543478:26:21:22:19:27:23:22:20 chr5 37176091 . A G 267.06 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00177466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.81;QD=20.1558;RBI=0.0338349;REFB=-0.00844237;REVB=0.0337884;RO=25;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142941;STB=0.579774;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00761871;OID=.;OPOS=37176091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:10:18:12:13:10:18:12:13 chr5 37182902 . G A 245.91 PASS AF=0.638889;AO=22;DP=35;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0163569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.321;QD=27.3229;RBI=0.0164284;REFB=-0.0170094;REVB=-0.00153118;RO=13;SAF=16;SAR=6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106472;STB=0.552588;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0120798;OID=.;OPOS=37182902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:13:13:22:23:0.638889:6:16:11:2:6:17:11:2 chr5 37244479 . CAT CA,TCA 70.68 PASS AF=0.6,0;AO=8,2;DP=22;FAO=12,0;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6,0;FSAR=6,0;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0161849,-0.0443173;FXX=0.130378;HRUN=6,1;LEN=1,3;MLLD=11.5411,21.1306;QD=14.1352;RBI=0.116071,0.0561818;REFB=-0.0344586,-0.00342058;REVB=-0.114937,-0.0345307;RO=6;SAF=4,0;SAR=4,2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0.33042,0;SSEP=0,0;SSSB=0.246937,-0.524163;STB=0.549917,0.5;STBP=0.645,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0572826,0;OID=.,.;OPOS=37244481,37244479;OREF=T,CAT;OALT=-,TCA;OMAPALT=CA,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:22:20:6:8:8,2:12,0:0.6,0:4,2:4,0:1:5:6,0:6,0:3:5 chr5 37294473 . T C 483.3 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00727276;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.594;QD=20.3493;RBI=0.00999025;REFB=-0.00438888;REVB=0.00684924;RO=46;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285712;STB=0.526658;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00431094;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:46:48:47:47:0.494737:22:25:23:23:22:25:23:25 chr5 37309371 . TAGA T 101.59 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0465712;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.541;QD=16.9316;RBI=0.0465822;REFB=-0.0189419;REVB=-0.00101475;RO=12;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521025;STB=0.818475;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.0132931;OID=.;OPOS=37309372;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:23:12:24:12:1:11:6:6:98:12:1:10:6:6 chr5 37333727 . A G 247.05 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.043053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.954;QD=24.7049;RBI=0.0435303;REFB=-0.0194519;REVB=0.00642868;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309972;STB=0.517227;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0206482;OID=.;OPOS=37333727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:14:9:6:11:14:9:6:11 chr5 37364443 . C T 303.19 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.789;QD=50.532;RBI=0.0481075;REFB=0;REVB=0.047301;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019317;OID=.;OPOS=37364443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:8:14:0:0:10:14:0:0 chr5 37688010 . A G 210.77 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0159599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.448;QD=14.0511;RBI=0.0159599;REFB=-0.0179629;REVB=1.10363e-06;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954085;STB=0.513358;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0241502;OID=.;OPOS=37688010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:13:12:16:18:13:12:16:19 chr5 37688094 . C T 112.57 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00472674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.69;QD=9.18903;RBI=0.0198242;REFB=-0.0157018;REVB=-0.0192525;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173107;STB=0.612093;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0344054;OID=.;OPOS=37688094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:35:14:14:0.285714:7:7:12:22:7:7:12:23 chr5 37700516 . C T 1666.53 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.445;QD=60.0552;RBI=0.039644;REFB=0;REVB=-0.0211327;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82448e-05;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:109:111:1:65:44:0:0:65:46:0:0 chr5 38305547 . G A 271.94 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0156178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0997;QD=24.1721;RBI=0.0380426;REFB=0.0158743;REVB=-0.0346889;RO=19;SAF=3;SAR=22;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543732;STB=0.816301;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0183094;OID=.;OPOS=38305547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:22:3:13:6:22:3:14:6 chr5 38350643 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00629337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.028;QD=14.5586;RBI=0.00760258;REFB=-0.0120398;REVB=-0.00426531;RO=35;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756298;STB=0.543047;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0163896;OID=.;OPOS=38350643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:10:16:19:16:10:16:19:16 chr5 38475507 . G A 353.63 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0219441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7611;QD=19.6458;RBI=0.0535908;REFB=-0.0315008;REVB=-0.048892;RO=34;SAF=23;SAR=13;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273867;STB=0.647329;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0299503;OID=.;OPOS=38475507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:34:35:36:37:0.513889:13:23:11:23:14:23:11:24 chr5 38822040 . A G 113.7 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1671;QD=41.3442;RBI=0.00584894;REFB=0;REVB=0.00328448;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315269;OID=.;OPOS=38822040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:8:3:0:0 chr5 38823254 . C T 715.15 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.37087e-05;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7167;QD=57.2123;RBI=0.0301057;REFB=0;REVB=-0.0301057;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289266;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:17:32:0:0:17:33:0:0 chr5 38921788 . G A 584.5 PASS AF=0.384181;AO=68;DP=177;FAO=68;FDP=177;FR=.;FRO=109;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=0.00324409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.423;QD=13.209;RBI=0.0100473;REFB=-0.0103132;REVB=0.00950919;RO=107;SAF=34;SAR=34;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556998;STB=0.531064;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0156633;OID=.;OPOS=38921788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:107:109:68:68:0.384181:34:34:48:59:34:34:49:60 chr5 38931989 . G A 335.69 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=114;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.00132192;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.846;QD=12.097;RBI=0.0295307;REFB=0.000851088;REVB=-0.0295011;RO=72;SAF=26;SAR=15;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182941;STB=0.59564;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00210378;OID=.;OPOS=38931989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:111:72:70:41:41:0.369369:15:26:34:38:15:26:34:36 chr5 38939228 . G T 301.9 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=82;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0616333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2496;QD=14.5492;RBI=0.0619206;REFB=-0.0144371;REVB=0.00595764;RO=49;SAF=13;SAR=20;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123931;STB=0.576961;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0214489;OID=.;OPOS=38939228;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:49:49:33:34:0.409639:20:13:25:24:21:13:25:24 chr5 38941154 . ATTTT ATTTA,ATTT 1183.28 PASS AF=0.12766,0.87234;AO=20,41;DP=141;FAO=18,123;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=18,43;FSAR=0,80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0580832,-0.0747146;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=168.453,10.7072;QD=33.5682;RBI=0.141914,0.888718;REFB=-0.0074395,0.000561765;REVB=0.129484,0.885572;RO=70;SAF=20,32;SAR=0,9;SRF=3;SRR=67;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.888693,0.69919;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.124127,-0.0371983;OID=.,.;OPOS=38941158,38941155;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12766,0.87234:20,41:141:18,123:141:0:18,43:0,80:0:0:75:70:20,32:0,9:3:67 chr5 38941426 . TG T,TT 135.79 PASS AF=0.295455,0.0681818;AO=7,9;DP=44;FAO=13,3;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5,1;FSAR=8,2;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00022699,0.000908228;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.297,142.093;QD=12.3442;RBI=0.00959046,0.0182458;REFB=-0.00780241,-0.00662498;REVB=-0.00958777,-0.0182232;RO=25;SAF=4,1;SAR=3,8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.15473,-0.479947;STB=0.50592,0.557744;STBP=0.998,0.903;TYPE=del,snp;VARB=0.0022267,0.0343635;OID=.,.;OPOS=38941427,38941427;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295455,0.0681818:7,9:44:13,3:44:28:5,1:8,2:11:17:56:25:4,1:3,8:11:14 chr5 38942090 . T A,C 745.17 PASS AF=0.0508475,0.915254;AO=3,54;DP=60;FAO=3,54;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=0,27;FSAR=3,27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00162095,-0.00532831;FXX=0.0166639;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.139,158.636;QD=50.5201;RBI=0.0560287,0.0390333;REFB=-0.155651,-0.153612;REVB=-0.0560052,0.038668;RO=2;SAF=0,27;SAR=3,27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.033633;STB=0.5,0.517851;STBP=1,0.224;TYPE=snp,snp;VARB=0.311316,2.49241e-05;OID=.,.;OPOS=38942090,38942090;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:60:59:2:2:3,54:3,54:0.0508475,0.915254:3,27:0,27:0:2:3,27:0,27:0:2 chr5 38950776 . G A 661.79 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.711;QD=61.5616;RBI=0.0313632;REFB=0;REVB=0.00790048;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06927e-05;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:23:18:0:0:25:18:0:0 chr5 38955796 . G A 382.53 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0217679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3011;QD=17.3877;RBI=0.0247823;REFB=0.00490913;REVB=-0.0118457;RO=48;SAF=16;SAR=24;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119179;STB=0.566787;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00692955;OID=.;OPOS=38955796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:24:16:25:23:24:16:25:23 chr5 39107100 . A G 191.95 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0343196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3226;QD=12.1872;RBI=0.0536905;REFB=-0.0163565;REVB=0.0412896;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167311;STB=0.580748;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0318102;OID=.;OPOS=39107100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:39:23:24:0.380952:10:13:16:23:11:13:16:23 chr5 39108309 . A G 392.69 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.936;QD=56.0982;RBI=0.0399704;REFB=0;REVB=0.0361306;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235394;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:17:11:0:0 chr5 39108322 . A G 404.56 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.938;QD=55.8015;RBI=0.0366514;REFB=0;REVB=0.021664;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014051;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:18:11:0:0 chr5 39119723 . C A 96.93 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0265477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.23;QD=13.3699;RBI=0.0285788;REFB=-0.0132547;REVB=0.0105815;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106522;STB=0.586067;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0167873;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:28:29:17:17:11:12:0.413793:6:5:6:11:6:6:6:11 chr5 39341300 . AG A 30.45 PASS AF=0.2375;AO=21;DP=83;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=52;FWDB=-0.109237;FXX=0.0361402;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.76862;QD=1.52266;RBI=0.216549;REFB=-0.0772577;REVB=0.186978;RO=46;SAF=4;SAR=17;SRF=6;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0.526316;SSSB=0.125132;STB=0.666528;STBP=0.187;TYPE=del;VARB=0.122844;OID=.;OPOS=39341301;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2375:21:83:19:80:61:6:13:9:52:30:46:4:17:6:40 chr5 40746916 . A T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00631205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.277;QD=14.1699;RBI=0.00699067;REFB=-0.0245128;REVB=-0.00300458;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0262989;OID=.;OPOS=40746916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:6:6:5:5:6:6 chr5 40835288 . C G 52.5 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0374534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5745;QD=9.99965;RBI=0.046659;REFB=-0.0503677;REVB=0.0278262;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434779;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0821013;OID=.;OPOS=40835288;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:21:21:12:13:8:8:0.380952:3:5:7:5:3:5:8:5 chr5 40852451 . C G 1496.2 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.033924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5297;QD=61.0695;RBI=0.0429692;REFB=0.0144954;REVB=-0.0263725;RO=2;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185894;STB=0.509802;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00119997;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:50:46:0:2:50:46:0:2 chr5 40853160 . A G 294.36 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0124502;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.962;QD=17.3155;RBI=0.0150125;REFB=-0.0255387;REVB=0.00838853;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933667;STB=0.558787;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0198107;OID=.;OPOS=40853160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:36:32:32:0.470588:16:16:14:21:16:16:14:22 chr5 40860126 . C G 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.000556138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.022;QD=25.4294;RBI=0.0251671;REFB=-0.0200431;REVB=0.025161;RO=15;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402817;STB=0.522368;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0128929;OID=.;OPOS=40860126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:10:12:9:6:10:12:9:6 chr5 40945397 . G A 246.67 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0040859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.933;QD=17.9399;RBI=0.00433317;REFB=-0.0154528;REVB=0.00144284;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481927;STB=0.527007;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0193126;OID=.;OPOS=40945397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:13:14:16:12:13:14:16:12 chr5 40955561 . G C 677.6 PASS AF=0.5;AO=66;DP=136;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0363372;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0689;QD=19.9294;RBI=0.0604496;REFB=-0.00636236;REVB=0.048309;RO=68;SAF=26;SAR=40;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995468;STB=0.56048;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00652584;OID=.;OPOS=40955561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:68:68:66:68:0.5:40:26:34:34:42:26:34:34 chr5 40964852 . A C 781.71 PASS AF=0.47929;AO=80;DP=170;FAO=81;FDP=169;FR=.;FRO=88;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.0137154;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5764;QD=18.502;RBI=0.0173092;REFB=-0.00668058;REVB=-0.0105592;RO=88;SAF=43;SAR=37;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248497;STB=0.510178;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00669276;OID=.;OPOS=40964852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:88:88:80:81:0.47929:37:43:45:43:38:43:45:43 chr5 40972111 . C T 3105.46 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.789;QD=61.8003;RBI=0.0130976;REFB=0;REVB=-0.0129198;RO=0;SAF=108;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04969e-05;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:201:0:0:201:201:1:93:108:0:0:93:108:0:0 chr5 40998196 . T C 176.4 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.011358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.877;QD=20.7531;RBI=0.0143561;REFB=-0.0231221;REVB=0.00878032;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200538;STB=0.612781;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0207317;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:10:8:11:5:10:8:11:5 chr5 41000343 . G A 314.7 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0318471;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.001;QD=14.4688;RBI=0.0320141;REFB=-0.0079165;REVB=0.00326599;RO=51;SAF=21;SAR=14;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156399;STB=0.594416;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00903318;OID=.;OPOS=41000343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:51:52:35:35:0.402299:14:21:23:28:14:21:23:29 chr5 41008780 . A G 493.12 PASS AF=0.546512;AO=46;DP=85;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0137636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.869;QD=22.9356;RBI=0.0144752;REFB=-0.0324354;REVB=0.0044826;RO=39;SAF=18;SAR=28;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00585744;STB=0.500785;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0235679;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:39:39:46:47:0.546512:28:18:15:24:29:18:15:24 chr5 41033163 . T C 138.89 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00945209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.892;QD=19.842;RBI=0.0510903;REFB=-0.0333054;REVB=0.0502083;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677684;STB=0.538411;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0338705;OID=.;OPOS=41033163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:5:8:8:7:5:8 chr5 41042284 . G T 850.04 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6668;QD=57.63;RBI=0.0738637;REFB=0;REVB=-0.00748412;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00087049;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr5 41049389 . T C 407.07 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.877;QD=56.1477;RBI=0.0456562;REFB=0;REVB=0.0297261;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724991;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:13:14:0:0:14:15:0:0 chr5 41049397 . C T 322.78 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0386538;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.129;QD=46.1113;RBI=0.0396391;REFB=-0.164713;REVB=0.00878274;RO=2;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274738;STB=0.515747;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00590261;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:29:28:2:3:25:25:0.892857:12:13:1:1:12:13:2:1 chr5 41061715 . CA TG 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00814329;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=205.883;QD=12.5923;RBI=0.0132234;REFB=-0.00620137;REVB=-0.0104185;RO=48;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00390446;STB=0.502241;STBP=0.97;TYPE=mnp;VARB=0.012315;OID=.;OPOS=41061715;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:14:15:25:23:14:15:25:23 chr5 41158863 . G A 1457.26 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488283;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.4;QD=63.3591;RBI=0.00506001;REFB=0;REVB=0.00132726;RO=0;SAF=32;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.14312e-05;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:60:32:0:0:60:32:0:0 chr5 41199959 . G T 185.78 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0238196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.603;QD=19.0538;RBI=0.0271384;REFB=-0.0121988;REVB=0.0130047;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772379;STB=0.543862;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.013096;OID=.;OPOS=41199959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:7:12:11:9:7:12:11:9 chr5 41310957 . C G 131.71 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.106822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6174;QD=14.2393;RBI=0.109518;REFB=-0.0264871;REVB=-0.0241479;RO=22;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219594;STB=0.562411;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0185142;OID=.;OPOS=41310957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:22:14:15:0.405405:12:2:6:16:12:3:6:16 chr5 41312164 . A C 317.31 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0470271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.39;QD=13.0849;RBI=0.0471595;REFB=-0.0251747;REVB=0.00353193;RO=61;SAF=11;SAR=25;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267321;STB=0.653507;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0480423;OID=.;OPOS=41312164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:25:11:33:28:25:11:33:28 chr5 41312206 . TA AT 47.42 PASS AF=0.103448;AO=2;DP=56;FAO=6;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0393997;FXX=0;HRUN=12;LEN=2;MLLD=27.6099;QD=3.27013;RBI=0.0932161;REFB=-0.0231858;REVB=0.0844802;RO=33;SAF=1;SAR=1;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151761;STB=0.519415;STBP=0.948;TYPE=mnp;VARB=-0.0663696;OID=.;OPOS=41312206;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:56:58:33:51:2:6:0.103448:1:1:11:22:4:2:18:33 chr5 42700044 . A G 283.99 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00921094;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3822;QD=18.9329;RBI=0.0163797;REFB=-0.0100218;REVB=0.0135445;RO=30;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906397;STB=0.550724;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00315074;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:29:30:31:0.516667:14:16:19:11:15:16:18:11 chr5 42718928 . G T 74.6 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0120887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.069;QD=10.2898;RBI=0.0125547;REFB=-0.0190354;REVB=-0.00338887;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189901;STB=0.510617;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0396121;OID=.;OPOS=42718928;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:19:19:9:10:0.344828:7:2:4:15:8:2:4:15 chr5 42719239 . A C 152.09 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.000640712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.907;QD=13.2252;RBI=0.0233393;REFB=-0.0124157;REVB=-0.0233305;RO=29;SAF=12;SAR=5;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240109;STB=0.514002;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.029307;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:5:12:21:8:5:12:21:8 chr5 42719344 . C A 173.12 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0124708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.341;QD=18.7157;RBI=0.0125835;REFB=-0.0152804;REVB=0.00168016;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248975;STB=0.654372;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0153177;OID=.;OPOS=42719344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:19:18:18:0.486486:12:6:11:7:12:6:12:7 chr5 42720068 . T TA 234.5 PASS AF=0.956522;AO=19;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00908806;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.478;QD=40.7833;RBI=0.0317666;REFB=-0.0602215;REVB=-0.0304389;RO=4;SAF=14;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00540345;STB=0.515138;STBP=0.619;TYPE=ins;VARB=0.00441226;OID=.;OPOS=42720069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:19:24:22:23:1:16:6:1:0:4:4:14:5:3:1 chr5 42720218 . C A 225.87 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0147811;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.365;QD=11.0181;RBI=0.0159512;REFB=-0.014728;REVB=0.00599677;RO=53;SAF=13;SAR=15;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11438;STB=0.559853;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0270998;OID=.;OPOS=42720218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:54:28:28:0.341463:15:13:30:23:15:13:30:24 chr5 43120098 . A G 122.13 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547081;FXX=0.0832639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.496;QD=44.412;RBI=0.158973;REFB=0;REVB=0.149263;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273591;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:1:9:0:0:1:10:0:0 chr5 43175369 . G T 397.45 PASS AF=0.40708;AO=47;DP=114;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00724747;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.46;QD=14.0689;RBI=0.00726268;REFB=-0.0152531;REVB=0.000469695;RO=67;SAF=21;SAR=26;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00100437;STB=0.505236;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0215346;OID=.;OPOS=43175369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:67:67:47:46:0.40708:26:21:30:37:25:21:30:37 chr5 43492978 . G A 227.83 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128961;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.459;QD=50.6298;RBI=0.015839;REFB=0;REVB=0.00919588;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622425;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr5 43509348 . T A 1568.41 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6025;QD=64.0169;RBI=0.032791;REFB=0;REVB=0.0234933;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5963e-06;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:57:41:0:0:57:41:0:0 chr5 43527135 . A C 933.59 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0318648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.053;QD=56.5813;RBI=0.03255;REFB=0.00624912;REVB=0.00664356;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145314;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=4.43075e-05;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:32:32:1:0:32:33:0:1 chr5 43615956 . GCCCC CGCCC,GCCC,GCCCT 85.22 PASS AF=0,0.454545,0;AO=3,25,3;DP=68;FAO=0,30,0;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=0,8,0;FSAR=0,22,0;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=-0.01147,-0.0329754,0.00267129;FXX=0.0294074;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=78.7478,9.89592,22.0486;QD=5.16501;RBI=0.0494262,0.0849717,0.0720063;REFB=-0.0158054,-0.1778,-0.0963962;REVB=-0.0480769,-0.0783123,-0.0719567;RO=29;SAF=3,7,0;SAR=0,18,3;SRF=26;SRR=3;SSEN=0,0.571429,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.425287,-0.542132,-0.781506;STB=0.5,0.77803,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.135787,0.0882336;OID=.,.,.;OPOS=43615956,43615957,43615960;OREF=GC,C,C;OALT=CG,-,T;OMAPALT=CGCCC,GCCC,GCCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:78:68:66:29:36:3,25,3:0,30,0:0,0.454545,0:0,18,3:3,7,0:26:3:0,22,0:0,8,0:29:7 chr5 44066732 . A G 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7111;QD=56.935;RBI=0.045429;REFB=0;REVB=0.0365077;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498498;OID=.;OPOS=44066732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr5 44809162 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.91;QD=51.9167;RBI=0.0345828;REFB=0;REVB=0.0335044;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144882;OID=.;OPOS=44809162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr5 49698180 . G A 397.03 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0184092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5211;QD=23.3547;RBI=0.0267281;REFB=-0.0174689;REVB=-0.0193776;RO=29;SAF=21;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165289;STB=0.509086;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0146638;OID=.;OPOS=49698180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:18:21:15:14:18:21:15:14 chr5 49736887 . G A 92.06 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0141671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.986;QD=18.4112;RBI=0.0546557;REFB=-0.0514143;REVB=0.0527877;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150146;STB=0.5998;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0308972;OID=.;OPOS=49736887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:9:9:10:11:0.55:8:2:3:6:9:2:3:6 chr5 50045967 . G T 812.68 PASS AF=1;AO=53;DP=63;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472147;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.638;QD=55.0972;RBI=0.0105271;REFB=0;REVB=0.00940889;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109275;OID=.;OPOS=50045967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:59:0:0:53:59:1:28:25:0:0:30:29:0:0 chr5 50053015 . G A 745.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144562;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.524;QD=63.4093;RBI=0.0147216;REFB=0;REVB=0.00278252;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08964e-05;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr5 50057726 . AGGG AGGA,AGG 391.99 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=22,4;DP=29;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017537,-0.13273;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=184.98,19.5519;QD=54.0676;RBI=0.025725,0.151605;REFB=0,0;REVB=-0.018821,-0.0732585;RO=0;SAF=13,0;SAR=9,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.662921;SSEP=0,0.325771;SSSB=-5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00183792,-0.165986;OID=.,.;OPOS=50057729,50057727;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGGA,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.931034,0.0689655:22,4:29:27,2:29:0:13,0:14,2:0:0:9:0:13,0:9,4:0:0 chr5 50463442 . T G 742.89 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0242887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.053;QD=53.0633;RBI=0.036908;REFB=-0.0600097;REVB=0.0277896;RO=2;SAF=20;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00932197;STB=0.504949;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000323715;OID=.;OPOS=50463442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:34:20:1:1:34:20:1:1 chr5 50685505 . A G 200.82 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0113456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.527;QD=23.6256;RBI=0.0139579;REFB=-0.0144072;REVB=-0.00813023;RO=14;SAF=16;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158003;STB=0.551669;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00778608;OID=.;OPOS=50685505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:14:19:20:0.588235:3:16:10:4:4:16:10:4 chr5 50689807 . AATTTT AATTTA,AATTT,ATTT 207.06 PASS AF=0,0.8,0;AO=2,12,10;DP=36;FAO=0,28,0;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=0,14,0;FSAR=0,14,0;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0513298,0.133636,0.0118007;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=56.8051,13.1194,14.4924;QD=23.6637;RBI=0.0762424,0.137865,0.260316;REFB=-0.00263242,-0.104693,0.0294986;REVB=-0.0563751,0.0338843,-0.260049;RO=12;SAF=2,10,0;SAR=0,2,10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.505787,0.212892,-0.816701;STB=0.5,0.571379,0.5;STBP=1,0.086,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0663831,-0.0225992;OID=.,.,.;OPOS=50689812,50689809,50689808;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,-;OMAPALT=AATTTA,AATTT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.8,0:2,12,10:36:0,28,0:35:7:0,14,0:0,14,0:6:1:33:12:2,10,0:0,2,10:8:4 chr5 51374796 . C T 339.65 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00122491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0735;QD=15.4388;RBI=0.0104902;REFB=-0.0142936;REVB=-0.0104184;RO=51;SAF=13;SAR=24;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107759;STB=0.561005;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0224121;OID=.;OPOS=51374796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:24:13:23:28:24:13:23:28 chr5 52087584 . T TCA,TCAG 48.58 PASS AF=0.444444,0;AO=4,3;DP=18;FAO=8,0;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2,0;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.000644282,-0.0037843;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=2,3;MLLD=233.995,235.822;QD=10.7956;RBI=0.0100662,0.00752052;REFB=0.00143081,-0.000378389;REVB=-0.0100456,-0.00649902;RO=10;SAF=0,1;SAR=4,2;SRF=0;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.608632;STB=0.726902,0.5;STBP=0.387,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00326803,0;OID=.,.;OPOS=52087585,52087585;OREF=-,-;OALT=CA,CAG;OMAPALT=TCA,TCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0:4,3:18:8,0:18:10:2,0:6,0:0:10:48:10:0,1:4,2:0:10 chr5 52096889 . C A 1610.93 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00879065;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.948;QD=59.1167;RBI=0.0175049;REFB=-0.0279625;REVB=0.0151376;RO=1;SAF=57;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825505;STB=0.504347;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000589239;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:109:1:1:108:108:0.990826:51:57:1:0:51:57:1:0 chr5 52157374 . T C 635.18 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0416526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6974;QD=20.0055;RBI=0.0445804;REFB=-0.0157583;REVB=0.0158892;RO=61;SAF=23;SAR=41;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20752;STB=0.622256;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0122141;OID=.;OPOS=52157374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:63:64:64:0.503937:41:23:36:25:41:23:38:25 chr5 52193287 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00918944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.417;QD=24.127;RBI=0.0445081;REFB=-0.0255274;REVB=-0.0435491;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218894;STB=0.622265;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00784315;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:7:10:3:8:7:10:3:8 chr5 52201722 . C T 402.79 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0356237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.837;QD=13.654;RBI=0.0379273;REFB=-0.00929237;REVB=-0.0130165;RO=70;SAF=25;SAR=22;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489266;STB=0.523456;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0197504;OID=.;OPOS=52201722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:70:71:47:47:0.398305:22:25:34:36:22:25:35:36 chr5 52214581 . G A 348.46 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0365935;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.066;QD=13.4024;RBI=0.0474455;REFB=0.00142854;REVB=0.0301992;RO=62;SAF=20;SAR=21;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115575;STB=0.569658;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00124133;OID=.;OPOS=52214581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:62:63:41:41:0.394231:21:20:37:25:21:20:38:25 chr5 52229745 . T G 880.51 PASS AF=0.399209;AO=101;DP=254;FAO=101;FDP=253;FR=.;FRO=152;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=70;FSRR=82;FWDB=-9.83547e-05;FXX=0.00393685;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.009;QD=13.9211;RBI=0.0162157;REFB=-0.00435749;REVB=-0.0162154;RO=151;SAF=48;SAR=53;SRF=70;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125119;STB=0.508872;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00632126;OID=.;OPOS=52229745;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:151:152:101:101:0.399209:53:48:70:81:53:48:70:82 chr5 52347369 . C T 650.87 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2639;QD=61.9875;RBI=0.0221238;REFB=0;REVB=-0.00359186;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215036;OID=.;OPOS=52347369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr5 52351413 . G A 1928.26 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.388;QD=61.7045;RBI=0.0680852;REFB=0;REVB=0.0677856;RO=0;SAF=82;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81676e-05;OID=.;OPOS=52351413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:125:0:0:118:125:1:36:82:0:0:42:83:0:0 chr5 52379277 . C T 986.12 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.461;QD=58.8728;RBI=0.0407823;REFB=0;REVB=0.0111842;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83175e-05;OID=.;OPOS=52379277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:29:37:0:0:29:38:0:0 chr5 52389428 . A G 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.933;QD=48.7267;RBI=0.0516533;REFB=0;REVB=0.0461244;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998404;OID=.;OPOS=52389428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr5 52389455 . A G 255.84 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.205;QD=51.1688;RBI=0.0266441;REFB=0;REVB=0.0192071;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171287;OID=.;OPOS=52389455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr5 52389811 . T TAAAG,TAAAGA 134.18 PASS AF=1,0;AO=10,2;DP=14;FAO=12,0;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311138,-0.0261765;FXX=0.076864;HRUN=4,4;LEN=4,5;MLLD=182.268,170.801;QD=44.7266;RBI=0.0373259,0.0332088;REFB=0,0;REVB=-0.0206193,-0.0204356;RO=2;SAF=7,1;SAR=3,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0680994,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00224631,0.0248509;OID=.,.;OPOS=52389812,52389812;OREF=-,-;OALT=AAAG,AAAGA;OMAPALT=TAAAG,TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:10,2:14:12,0:12:0:8,0:4,0:0:0:4:2:7,1:3,1:1:1 chr5 52390026 . A AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T 185.63 PASS AF=0.8,0.2;AO=8,3;DP=29;FAO=12,3;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9,3;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939183,0.0018583;FXX=0.210416;HRUN=2,2;LEN=25,1;MLLD=622.879,230.101;QD=49.5001;RBI=0.0195997,0.00479478;REFB=0,0;REVB=0.017203,-0.00442003;RO=17;SAF=5,3;SAR=3,0;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.175566,0.529392;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00742628,0.044272;OID=.,.;OPOS=52390027,52390026;OREF=-,A;OALT=ATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T;OMAPALT=AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:29:15:17:0:8,3:12,3:0.8,0.2:3,0:5,3:13:4:3,0:9,3:0:0 chr5 52778870 . CG AC,C 85.16 PASS AF=0,0.545455;AO=4,18;DP=49;FAO=0,24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=0,4;FSAR=0,20;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.00139225,0.143905;FXX=0.10202;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=16.5942,8.77239;QD=7.74204;RBI=0.00224444,0.15547;REFB=-0.0392938,-0.0924519;REVB=0.00176044,-0.058839;RO=18;SAF=0,3;SAR=4,15;SRF=4;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.580913,-0.0820689;STB=0.5,0.513878;STBP=1,0.903;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.113689;OID=.,.;OPOS=52778870,52778871;OREF=CG,G;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:85:49:44:18:20:4,18:0,24:0,0.545455:4,15:0,3:4:14:0,20:0,4:3:17 chr5 52856504 . G C 224.97 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0116219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2702;QD=13.2333;RBI=0.0513569;REFB=-0.0148583;REVB=0.0500246;RO=40;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473606;STB=0.533309;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0303712;OID=.;OPOS=52856504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:15:12:16:24:15:12:16:25 chr5 52942083 . A C 375.67 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.351;QD=55.6554;RBI=0.0410477;REFB=0;REVB=0.00206207;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020401;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:8:18:0:0:9:18:0:0 chr5 52942197 . A G 203.83 PASS AF=0.346667;AO=25;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0186391;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.678;QD=10.8707;RBI=0.0188223;REFB=-0.0216706;REVB=-0.00261963;RO=50;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113872;STB=0.546631;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.045254;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:49:25:26:0.346667:12:13:21:29:13:13:21:28 chr5 53344135 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.066;QD=37.4885;RBI=0.0688212;REFB=0;REVB=0.0275048;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012268;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr5 53606295 . T C 468.96 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0351909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8715;QD=14.211;RBI=0.0530791;REFB=0.00269847;REVB=-0.0397366;RO=78;SAF=27;SAR=26;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077604;STB=0.547228;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00578079;OID=.;OPOS=53606295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:78:79:53:53:0.401515:26:27:34:44:26:27:34:45 chr5 53751901 . G A 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0203717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.225;QD=23.7579;RBI=0.0204883;REFB=0.0080216;REVB=0.00218257;RO=20;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457621;STB=0.55304;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00564316;OID=.;OPOS=53751901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:22:26:26:0.541667:17:9:8:12:17:9:10:12 chr5 53751988 . T C 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.025641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.319;QD=16.406;RBI=0.0261495;REFB=-0.0302356;REVB=0.00513178;RO=35;SAF=9;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146742;STB=0.57138;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0306879;OID=.;OPOS=53751988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:37:31:31:0.455882:22:9:15:20:22:9:15:22 chr5 53814394 . T C 347.67 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.338;QD=51.5074;RBI=0.0282004;REFB=0.0949529;REVB=-0.0167279;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488217;STB=0.526295;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00199274;OID=.;OPOS=53814394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:9:17:0:1:9:17:0:1 chr5 53815495 . A C 237.69 PASS AF=0.45;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00494452;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7349;QD=15.8461;RBI=0.0142461;REFB=-0.0162348;REVB=0.0133605;RO=30;SAF=18;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163983;STB=0.620598;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0224299;OID=.;OPOS=53815495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:30:33:27:27:0.45:9:18:15:15:9:18:15:18 chr5 53815721 . G C 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00479666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.335;QD=22.3968;RBI=0.0185313;REFB=-0.0135893;REVB=-0.0178997;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184116;STB=0.60257;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.013055;OID=.;OPOS=53815721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:13:12:16:7:13:12:16:7 chr5 53815918 . A C 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0175287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.685;QD=18.2479;RBI=0.0217326;REFB=0.00375459;REVB=0.0128471;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672983;STB=0.558193;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00549123;OID=.;OPOS=53815918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:6:7:5:6:6:7:5:7 chr5 53816782 . T C 92.82 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.021913;FXX=0.020829;HRUN=6;LEN=1;MLLD=122.567;QD=7.89924;RBI=0.0264791;REFB=-0.0109601;REVB=-0.0148648;RO=32;SAF=2;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381106;STB=0.738679;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0172949;OID=.;OPOS=53816782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:44:47:32:35:12:12:0.255319:10:2:14:18:10:2:15:20 chr5 54252345 . T C 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.287;QD=57.1947;RBI=0.0312595;REFB=0;REVB=0.0053235;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208316;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr5 54253555 . A G 627.97 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0281443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8719;QD=58.4159;RBI=0.0339427;REFB=0.00290238;REVB=-0.0189738;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000608588;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:1:0:16:26:1:0 chr5 54253581 . A G 594.34 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.282;QD=60.9582;RBI=0.0285708;REFB=0;REVB=0.000993762;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175525;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr5 54403957 . T C 484.15 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715671;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.157;QD=56.9589;RBI=0.0517618;REFB=0;REVB=0.0512646;RO=1;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029493;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:1:0:33:34:1:11:22:0:1:12:22:0:0 chr5 54404015 . C T 796.99 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.565;QD=55.9292;RBI=0.0442146;REFB=0;REVB=0.00378767;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493416;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:27:28:0:0:27:30:0:0 chr5 54410099 . G A 793.49 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.926;QD=63.4793;RBI=0.00196838;REFB=0;REVB=-8.96814e-06;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446953;OID=.;OPOS=54410099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:26:24:0:0 chr5 54410120 . A C 728.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3569;QD=62.0258;RBI=0.0445711;REFB=0;REVB=0.0260659;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883169;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:25:22:0:0 chr5 54420799 . A C 732.87 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00336852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8119;QD=61.0727;RBI=0.00852724;REFB=-0.00643964;REVB=0.0078337;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00224859;OID=.;OPOS=54420799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:25:21:0:1:25:22:0:1 chr5 54439466 . G A 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00906801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.593;QD=54.0129;RBI=0.0232045;REFB=-0.0327662;REVB=0.0213593;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104939;STB=0.505615;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00148062;OID=.;OPOS=54439466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:21:14:1:1:21:14:1:1 chr5 54459961 . A G 182.96 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.049724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1843;QD=17.4243;RBI=0.0604118;REFB=-0.0303308;REVB=-0.034309;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163389;STB=0.592501;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.06485;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:6:17:11:8:6:17 chr5 54830380 . A G 271.54 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=0;FWDB=0.00575086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6493;QD=18.4098;RBI=0.0703766;REFB=-0.0253149;REVB=0.0701413;RO=27;SAF=25;SAR=4;SRF=27;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324464;STB=0.67893;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0541736;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:29:29:30:0.508475:4:25:27:0:4:26:29:0 chr5 54960609 . A G 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.0134127;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.889;QD=18.7515;RBI=0.0218455;REFB=-0.0189331;REVB=-0.0172431;RO=43;SAF=21;SAR=19;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227523;STB=0.626058;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0250128;OID=.;OPOS=54960609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:19:21:12:31:19:21:12:31 chr5 54960673 . C G 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=-0.0141222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.307;QD=8.06746;RBI=0.0158645;REFB=0.00988906;REVB=0.00722799;RO=33;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176983;STB=0.606404;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.038471;OID=.;OPOS=54960673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:9:3:5:28:9:3:5:28 chr5 54960687 . C T 61.62 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=0.031174;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.788;QD=6.48674;RBI=0.0350183;REFB=0.000667787;REVB=-0.0159519;RO=29;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25234;STB=0.653201;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00346414;OID=.;OPOS=54960687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:39:38:29:29:9:9:0.236842:7:2:3:26:7:2:3:26 chr5 54990005 . C T 47.33 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0791029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.975;QD=11.1375;RBI=0.0873017;REFB=-0.0434771;REVB=-0.0369367;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0501264;OID=.;OPOS=54990005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:8:10:7:7:0.411765:3:4:4:4:3:4:6:4 chr5 55058992 . C A 231.77 PASS AF=0.472727;AO=23;DP=52;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0466778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5702;QD=16.8561;RBI=0.0533189;REFB=-0.0404622;REVB=-0.0257699;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719429;STB=0.527252;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0444676;OID=.;OPOS=55058992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:29:29:23:26:0.472727:12:11:16:13:13:13:16:13 chr5 55062756 . G A 102.55 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0127419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.7635;QD=9.53962;RBI=0.0209439;REFB=-0.0287074;REVB=-0.016622;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925852;STB=0.538404;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0545747;OID=.;OPOS=55062756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:29:30:13:13:0.302326:5:8:20:9:5:8:20:10 chr5 55062764 . T C 102.68 PASS AF=0.295455;AO=12;DP=43;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0121519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.722;QD=9.33447;RBI=0.0127303;REFB=-0.012199;REVB=0.00379354;RO=31;SAF=8;SAR=4;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280041;STB=0.522354;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0208077;OID=.;OPOS=55062764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:31:31:12:13:0.295455:4:8:20:11:5:8:20:11 chr5 55082474 . C T 436.24 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0350843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.623;QD=15.442;RBI=0.0350843;REFB=-0.0212868;REVB=2.33952e-05;RO=63;SAF=21;SAR=28;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643689;STB=0.5408;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00692937;OID=.;OPOS=55082474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:64:49:49:0.433628:28:21:31:32:28:21:32:32 chr5 55210702 . C T 184.39 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.022697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.559;QD=10.1034;RBI=0.0275369;REFB=-0.0166739;REVB=-0.0155925;RO=49;SAF=7;SAR=17;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345564;STB=0.702471;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0315416;OID=.;OPOS=55210702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:17:7:29:20:17:7:29:20 chr5 56161787 . G A 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.887;QD=60.5994;RBI=0.0585903;REFB=0;REVB=0.0277388;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312509;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:30:8:0:0:30:8:0:0 chr5 56177743 . G A 740.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7885;QD=56.9239;RBI=0.0293054;REFB=0;REVB=0.000954859;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209652;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:22:28:0:0:23:29:0:0 chr5 56178217 . A C 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0359;QD=48.7323;RBI=0.0665497;REFB=0;REVB=0.0647684;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233397;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr5 56526565 . G T 766.49 PASS AF=1;AO=47;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.258;QD=56.7768;RBI=0.05151;REFB=0;REVB=0.0255437;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892846;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:47:54:1:35:12:0:0:38:16:0:0 chr5 56526783 . G A 762.46 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0348715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.666;QD=53.5057;RBI=0.0369552;REFB=-0.027801;REVB=0.0122338;RO=2;SAF=18;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125522;STB=0.506664;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00164801;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:57:57:2:1:54:56:0.982456:36:18:1:1:37:19:0:1 chr5 57750267 . A C 1195.91 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118258;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7404;QD=59.7955;RBI=0.0264637;REFB=-0.00850686;REVB=0.0236744;RO=2;SAF=48;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00575676;STB=0.505153;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00262793;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:2:1:78:79:0.9875:30:48:1:1:31:48:1:0 chr5 57753025 . G GA 70.44 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0484179;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=45.5499;QD=5.41883;RBI=0.0527926;REFB=0.000540066;REVB=0.0210421;RO=35;SAF=2;SAR=13;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.661635;STB=0.775811;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=-0.0423088;OID=.;OPOS=57753026;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288462:15:53:15:52:37:4:11:25:12:70:35:2:13:26:9 chr5 57754004 . C T 563.25 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309808;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.528;QD=59.2894;RBI=0.0322657;REFB=0;REVB=0.0090145;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224803;OID=.;OPOS=57754004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:36:38:1:23:13:0:0:23:15:0:0 chr5 57754132 . G C 330.39 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.041;QD=50.8297;RBI=0.0125221;REFB=-0.00216199;REVB=-0.00352622;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487199;STB=0.52379;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=9.78145e-05;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:9:15:0:1:10:15:0:1 chr5 57754808 . G A 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2023;QD=60.224;RBI=0.0349141;REFB=0;REVB=-0.0102833;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000757698;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr5 57754851 . A G 824.26 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0798637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4652;QD=54.9508;RBI=0.0945149;REFB=-0.0932785;REVB=-0.0505455;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171508;STB=0.509088;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0024897;OID=.;OPOS=57754851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:27:31:0:1:27:32:0:1 chr5 58267960 . TGGGGG TGGGG,TGGGGA 58.88 PASS AF=0.326087,0.0434783;AO=15,2;DP=46;FAO=15,2;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=4,0;FSAR=11,2;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0177883,0.0651702;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.436,21.9684;QD=5.11994;RBI=0.0180561,0.0850216;REFB=-0.146863,-0.0953267;REVB=-0.00309819,0.0546033;RO=25;SAF=3,0;SAR=12,2;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.416665,-0.509229;STB=0.695932,0.995198;STBP=0.078,0.094;TYPE=del,snp;VARB=0.15429,0.0515493;OID=.,.;OPOS=58267961,58267965;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326087,0.0434783:15,2:46:15,2:46:29:4,0:11,2:16:13:53:25:3,0:12,2:14:11 chr5 58489384 . G A 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0818404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1099;QD=64.1471;RBI=0.0845952;REFB=0;REVB=-0.0214128;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132678;OID=.;OPOS=58489384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr5 59984897 . A T 770.8 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.056;QD=55.0571;RBI=0.0339343;REFB=-0.127793;REVB=0.0183635;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000569707;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:54:55:0.982143:21:33:0:0:21:34:1:0 chr5 60220380 . TC TA,T 69.1 PASS AF=0,0.391304;AO=2,12;DP=47;FAO=0,18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=0,9;FSAR=0,9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.104825,-0.136784;FXX=0.041658;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=39.2248,8.24821;QD=6.00828;RBI=0.105838,0.148538;REFB=-0.0542575,-0.132317;REVB=0.0146123,0.0579113;RO=26;SAF=0,6;SAR=2,6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.418359,0.175384;STB=0.5,0.608581;STBP=1,0.259;TYPE=snp,del;VARB=0,0.106299;OID=.,.;OPOS=60220381,60220381;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.391304:2,12:47:0,18:46:28:0,9:0,9:9:19:70:26:0,6:2,6:9:17 chr5 60241142 . G A 806.88 PASS AF=1;AO=45;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2706;QD=56.6231;RBI=0.207953;REFB=0;REVB=0.198922;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00509702;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:45:57:1:20:25:0:0:30:27:0:0 chr5 60960063 . G A 197.68 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0864028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.92;QD=18.8263;RBI=0.0864514;REFB=-0.00867724;REVB=0.00289602;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14424;STB=0.582006;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00781668;OID=.;OPOS=60960063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:11:11:13:7:11:11 chr5 60982841 . G A 620.54 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=0.0100155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3501;QD=22.7722;RBI=0.0670072;REFB=-0.0235042;REVB=-0.0662544;RO=48;SAF=31;SAR=30;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224772;STB=0.622377;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0174957;OID=.;OPOS=60982841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:48:61:61:0.559633:30:31:11:37:30:31:11:37 chr5 61659551 . AT A 124.83 PASS AF=0.464286;AO=22;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.221189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.878;QD=8.91642;RBI=0.222722;REFB=0.0553929;REVB=0.0260888;RO=30;SAF=21;SAR=1;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.754887;STB=0.892859;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.0425005;OID=.;OPOS=61659552;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:22:56:26:56:30:24:2:9:21:99:30:21:1:9:21 chr5 61694379 . T C 481.0 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.869;QD=58.3024;RBI=0.0270471;REFB=0;REVB=0.0269082;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127811;OID=.;OPOS=61694379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:18:15:0:0 chr5 61697859 . C T 192.52 PASS AF=0.527778;AO=15;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0256927;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.321;QD=21.3907;RBI=0.0257082;REFB=0.000330397;REVB=0.000895252;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226093;STB=0.65953;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=5.99877e-07;OID=.;OPOS=61697859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:17:15:19:0.527778:6:9:6:11:6:13:6:11 chr5 61772591 . T C 224.27 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0127091;FXX=0.031741;HRUN=6;LEN=1;MLLD=90.9343;QD=14.7063;RBI=0.0155563;REFB=-0.00550722;REVB=-0.00897101;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00137158;STB=0.520436;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0109213;OID=.;OPOS=61772591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:35:26:26:0.42623:17:9:10:19:17:9:11:24 chr5 61847073 . G C 273.98 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00751853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.09;QD=15.6561;RBI=0.00816667;REFB=-0.0176849;REVB=0.00318845;RO=38;SAF=20;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419369;STB=0.517917;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0206852;OID=.;OPOS=61847073;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:11:20:23:15:11:20:24:15 chr5 63905068 . A G 1546.07 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6678;QD=58.898;RBI=0.0274644;REFB=-0.0517628;REVB=0.0271769;RO=1;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797558;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606301;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:105:105:1:0:104:105:1:59:45:0:1:60:45:0:0 chr5 63907999 . TC T 69.63 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.117191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.2594;QD=12.1101;RBI=0.118248;REFB=-0.0199978;REVB=0.0157797;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271484;STB=0.671941;STBP=0.145;TYPE=del;VARB=0.0175475;OID=.;OPOS=63908000;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:10:23:11:23:12:3:8:7:5:69:12:3:7:7:5 chr5 63991473 . G C 163.53 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.024884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.957;QD=13.3494;RBI=0.0291721;REFB=0.00290436;REVB=-0.015225;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185813;STB=0.599886;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0135961;OID=.;OPOS=63991473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:12:6:15:15:12:6:15:16 chr5 64015361 . G C 357.85 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0139616;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.746;QD=19.3433;RBI=0.0275191;REFB=-0.0165287;REVB=-0.0237144;RO=37;SAF=25;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271904;STB=0.651443;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0144562;OID=.;OPOS=64015361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:12:25:14:23:12:25:14:23 chr5 64023924 . C A 236.57 PASS AF=0.340659;AO=26;DP=87;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00105481;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.357;QD=10.3985;RBI=0.00143642;REFB=0.00141601;REVB=0.00097503;RO=52;SAF=14;SAR=12;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066795;STB=0.53456;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00315375;OID=.;OPOS=64023924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:52:60:26:31:0.340659:12:14:31:21:14:17:36:24 chr5 64023981 . C T 243.6 PASS AF=0.290598;AO=32;DP=113;FAO=34;FDP=117;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.00117229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.133;QD=8.32819;RBI=0.00754098;REFB=-0.00606744;REVB=0.0074493;RO=81;SAF=15;SAR=17;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08983;STB=0.500504;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015002;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:81:83:32:34:0.290598:17:15:44:37:16:18:44:39 chr5 64273018 . G A 107.72 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00350575;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.206;QD=11.0483;RBI=0.0236231;REFB=-0.00174861;REVB=-0.0233615;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360394;STB=0.723805;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0054453;OID=.;OPOS=64273018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:26:13:13:0.333333:9:4:16:9:9:4:17:9 chr5 64553480 . A G 282.21 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.003187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.35;QD=14.4721;RBI=0.00570395;REFB=-0.0170107;REVB=0.00473055;RO=44;SAF=15;SAR=16;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157254;STB=0.581956;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0217773;OID=.;OPOS=64553480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:44:46:31:32:0.410256:16:15:28:16:17:15:28:18 chr5 64748724 . G A 247.6 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0117937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4767;QD=16.2358;RBI=0.0527915;REFB=-0.0117017;REVB=-0.0514573;RO=33;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805686;STB=0.536206;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0128421;OID=.;OPOS=64748724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:15:12:12:21:16:12:12:21 chr5 64881936 . A G 155.6 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0770529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.127;QD=15.5597;RBI=0.0789436;REFB=-0.0147499;REVB=-0.017174;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635182;STB=0.513579;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0259397;OID=.;OPOS=64881936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:23:16:17:0.425:10:6:10:13:10:7:10:13 chr5 64892939 . T G 466.57 PASS AF=0.394161;AO=48;DP=138;FAO=54;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=0.0134873;FXX=0.00724585;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.522;QD=13.6225;RBI=0.0177611;REFB=-0.0167625;REVB=-0.0115565;RO=65;SAF=26;SAR=22;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663136;STB=0.551452;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0239654;OID=.;OPOS=64892939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:65:82:48:54:0.394161:22:26:31:34:27:27:34:48 chr5 64926104 . A G 32.15 PASS AF=0.625;AO=4;DP=7;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0256792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.72;QD=16.0769;RBI=0.0381962;REFB=-0.0249352;REVB=0.0282759;RO=3;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281139;STB=0.666107;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0125884;OID=.;OPOS=64926104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:7:8:3:3:4:5:0.625:1:3:3:0:2:3:3:0 chr5 64926174 . C T 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0247548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8861;QD=11.0161;RBI=0.0256753;REFB=-0.0102597;REVB=-0.00681349;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0102439;OID=.;OPOS=64926174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:3:5:2:4:3:5 chr5 64926315 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0137024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.187;QD=14.7015;RBI=0.0161724;REFB=0.00196801;REVB=0.00859003;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173698;STB=0.601059;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00183706;OID=.;OPOS=64926315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:9:6:7:5:9:6 chr5 64942942 . G A 98.14 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0234422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.37;QD=14.0198;RBI=0.0801128;REFB=-0.0145498;REVB=-0.0766063;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129419;STB=0.555467;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0107183;OID=.;OPOS=64942942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:16:16:11:12:0.428571:7:4:4:12:8:4:4:12 chr5 65108215 . A G 299.12 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00453071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.138;QD=13.7524;RBI=0.00601224;REFB=-0.00845457;REVB=-0.00395217;RO=50;SAF=13;SAR=21;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105091;STB=0.544472;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0168938;OID=.;OPOS=65108215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:50:53:34:34:0.390805:21:13:24:26:21:13:24:29 chr5 65167288 . G T 461.12 PASS AF=0.401515;AO=48;DP=127;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0067646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.93;QD=13.9732;RBI=0.0305575;REFB=-0.0101311;REVB=0.0297993;RO=79;SAF=25;SAR=23;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067625;STB=0.565874;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0167033;OID=.;OPOS=65167288;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:132:79:79:48:53:0.401515:23:25:46:33:28:25:46:33 chr5 65317181 . C T 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0115295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.22;QD=5.0176;RBI=0.011536;REFB=0.00142352;REVB=-0.000386643;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635029;STB=0.542251;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00476407;OID=.;OPOS=65317181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:3:4:14:13:3:4:14:13 chr5 65350374 . A G 426.75 PASS AF=0.525;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0239746;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.624;QD=21.3373;RBI=0.0239909;REFB=-0.00569635;REVB=0.000884895;RO=38;SAF=20;SAR=22;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162772;STB=0.599954;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00426336;OID=.;OPOS=65350374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:38:38:42:42:0.525:22:20:11:27:21:21:11:27 chr5 66283374 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.581;QD=60.977;RBI=0.0595342;REFB=0;REVB=0.0593439;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562647;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr5 66448622 . C T 457.02 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.000275488;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8021;QD=20.0887;RBI=0.00171372;REFB=0.0143798;REVB=0.00169143;RO=46;SAF=17;SAR=28;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094697;STB=0.552608;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00970836;OID=.;OPOS=66448622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:28:17:22:24:28:17:22:24 chr5 66459878 . G C 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0844315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0912;QD=54.5117;RBI=0.10539;REFB=0;REVB=0.0630744;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000525778;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:4:21:0:0:4:21:0:0 chr5 66462069 . A G 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0485982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.691;QD=26.399;RBI=0.0486032;REFB=-0.0165708;REVB=0.000698071;RO=10;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064364;STB=0.535676;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00407213;OID=.;OPOS=66462069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:13:5:2:8:13:5:2:8 chr5 66478729 . A G 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0264773;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=164.122;QD=22.9241;RBI=0.0267798;REFB=-0.0091389;REVB=0.00401422;RO=25;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546788;STB=0.530103;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00696262;OID=.;OPOS=66478729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:18:16:10:15:18:16:10:15 chr5 66480003 . AT AC,GC 411.96 PASS AF=0.9,0.1;AO=26,3;DP=30;FAO=27,3;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=19,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176104,0.0375699;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=85.2456,58.9531;QD=54.928;RBI=0.0706308,0.0640599;REFB=0,0;REVB=0.0684001,0.0518862;RO=0;SAF=7,0;SAR=19,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.63811e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00377681,2.3469e-05;OID=.,.;OPOS=66480004,66480003;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:30:30:0:0:26,3:27,3:0.9,0.1:19,3:7,0:0:0:19,3:8,0:0:0 chr5 66480374 . G C 172.97 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0301972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2374;QD=11.3423;RBI=0.0303453;REFB=-0.0105559;REVB=-0.00299465;RO=39;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190303;STB=0.511063;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0199518;OID=.;OPOS=66480374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:15:7:13:26:15:7:13:26 chr5 67494070 . A T 226.08 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00689535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8506;QD=20.5527;RBI=0.0344719;REFB=-0.0211553;REVB=0.0337753;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223046;STB=0.63624;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0186372;OID=.;OPOS=67494070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:8:14:8:13:8:14:8:14 chr5 68266553 . A T 486.66 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566806;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.523;QD=58.9894;RBI=0.107315;REFB=0;REVB=0.0911248;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124054;OID=.;OPOS=68266553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr5 68417643 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00498517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.092;QD=16.2716;RBI=0.00613426;REFB=-0.0133113;REVB=0.00357453;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669461;STB=0.538411;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0193468;OID=.;OPOS=68417643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:6:12:9:6:6:12 chr5 68419054 . A T 98.56 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.000254808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.051;QD=14.0795;RBI=0.029045;REFB=-0.00817665;REVB=-0.0290439;RO=16;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443493;STB=0.763399;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00364814;OID=.;OPOS=68419054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:2:10:7:9:2:10:7:9 chr5 68525027 . C T 166.06 PASS AF=0.391304;AO=21;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00290702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3052;QD=14.4398;RBI=0.0219252;REFB=0.00446709;REVB=0.0217317;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304565;STB=0.516111;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.0216728;OID=.;OPOS=68525027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:28:21:18:0.391304:7:14:14:8:6:12:18:10 chr5 68531253 . C T 193.2 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00745036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.28;QD=16.4422;RBI=0.0247085;REFB=-0.00126064;REVB=-0.0235585;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130263;STB=0.574395;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00179757;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:10:17:10:10:10:17 chr5 68546706 . A G 232.11 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00380066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.159;QD=23.8065;RBI=0.018856;REFB=-0.00267981;REVB=-0.018469;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116966;STB=0.553143;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00373117;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:22:22:0.564103:13:9:9:7:13:9:9:8 chr5 68609885 . G T 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0162477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.898;QD=15.1641;RBI=0.0200877;REFB=-0.0210272;REVB=0.0118121;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281502;STB=0.666488;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0209315;OID=.;OPOS=68609885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:20:15:15:0.428571:10:5:2:17:10:5:2:18 chr5 68616331 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0592129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.044;QD=12.7299;RBI=0.0632409;REFB=-0.0277837;REVB=0.0222092;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243311;STB=0.644834;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0529658;OID=.;OPOS=68616331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:5:7:3:6:5:7 chr5 68688608 . T C 161.72 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.101108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8722;QD=19.6029;RBI=0.104697;REFB=-0.0290781;REVB=-0.0271796;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103035;STB=0.543427;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0198478;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:11:16:17:17:0.515152:10:7:3:8:10:7:8:8 chr5 68695940 . T G 396.95 PASS AF=0.590909;AO=38;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0517695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.583;QD=24.0576;RBI=0.0587864;REFB=-0.0258546;REVB=0.0278526;RO=27;SAF=18;SAR=20;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164714;STB=0.593704;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0136166;OID=.;OPOS=68695940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:38:39:0.590909:20:18:7:20:20:19:7:20 chr5 68715310 . C T 77.27 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0767744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.278;QD=13.4381;RBI=0.0807591;REFB=-0.0126541;REVB=-0.0250545;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569313;STB=0.548295;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0148845;OID=.;OPOS=68715310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:12:13:10:10:0.434783:7:3:3:9:7:3:3:10 chr5 68720419 . T G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00191674;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.201;QD=17.5602;RBI=0.0078464;REFB=-0.0112089;REVB=0.00760869;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23314;STB=0.642308;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.015171;OID=.;OPOS=68720419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:8:10:6:14:8:10:6:15 chr5 68775065 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.362;QD=40.7629;RBI=0.0313855;REFB=0;REVB=-0.0248116;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07117e-05;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr5 70308251 . C T 698.82 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.03122;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.461;QD=52.7414;RBI=0.0320202;REFB=-0.163369;REVB=-0.00711379;RO=1;SAF=30;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154392;STB=0.516123;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00110346;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:53:1:2:51:51:0.962264:21:30:1:0:21:30:2:0 chr5 70751818 . T G 1556.15 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0098067;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.894;QD=62.8747;RBI=0.0103337;REFB=0.0486476;REVB=0.00325799;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-2.23197e-05;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:0:1:98:98:0.989899:47:51:0:0:47:51:0:1 chr5 70800538 . G A 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.788;QD=54.7462;RBI=0.0294483;REFB=0.0752344;REVB=0.0218126;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171308;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000192201;OID=.;OPOS=70800538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:1:0:26:27:1:0 chr5 70806457 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.499;QD=45.8068;RBI=0.0705186;REFB=0;REVB=0.0544383;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501963;OID=.;OPOS=70806457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr5 70806649 . T A 130.34 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.613;QD=43.4454;RBI=0.0295385;REFB=0;REVB=0.0294371;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545367;OID=.;OPOS=70806649;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr5 70806711 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2002;QD=42.1826;RBI=0.0467134;REFB=0;REVB=-0.0436663;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00290104;OID=.;OPOS=70806711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr5 70806958 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.589;QD=49.5983;RBI=0.0453438;REFB=0;REVB=0.013323;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465848;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr5 70809169 . A G 431.26 PASS AF=0.891892;AO=32;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0309609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.755;QD=46.6231;RBI=0.0602113;REFB=-0.159515;REVB=0.0516413;RO=2;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490904;STB=0.522375;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00507057;OID=.;OPOS=70809169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:37:2:4:32:33:0.891892:18:14:0:2:18:15:1:3 chr5 70837295 . A C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000712842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4303;QD=56.1855;RBI=0.0603681;REFB=0;REVB=0.0603639;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119111;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr5 70840233 . C T 920.09 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2429;QD=58.4183;RBI=0.0421444;REFB=0;REVB=-0.0152329;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177033;OID=.;OPOS=70840233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:32:29:0:0:33:30:0:0 chr5 70849021 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.626;QD=56.7066;RBI=0.00934908;REFB=0;REVB=-0.00715397;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.10968e-06;OID=.;OPOS=70849021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr5 70932002 . G A 157.6 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0274424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.659;QD=17.0377;RBI=0.0314021;REFB=-0.0145274;REVB=-0.0152647;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471307;STB=0.738192;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0256318;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:12:4:15:5:12:5:15:5 chr5 70945075 . A G 451.5 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584453;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.317;QD=58.2582;RBI=0.09872;REFB=0;REVB=0.07956;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722097;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr5 71146741 . T G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000347792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.314;QD=28.5377;RBI=0.000347792;REFB=0.0432046;REVB=0;RO=1;SAF=7;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123809;OID=.;OPOS=71146741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:0:7:1:0:0:7:1:0 chr5 71146757 . T C 262.96 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0345826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4261;QD=47.8101;RBI=0.106403;REFB=0.010086;REVB=-0.100626;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00457508;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:1:0:13:8:1:0 chr5 71146882 . T C 1662.4 PASS AF=0.906977;AO=117;DP=131;FAO=117;FDP=129;FR=.;FRO=12;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00155303;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.745;QD=51.5473;RBI=0.0096483;REFB=-0.0218972;REVB=0.00952249;RO=11;SAF=61;SAR=56;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0039258;STB=0.501991;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00118355;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:131:129:11:12:117:117:0.906977:56:61:6:5:56:61:6:6 chr5 71146889 . A G 1708.91 PASS AF=0.902256;AO=118;DP=133;FAO=120;FDP=133;FR=.;FRO=13;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00322035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.302;QD=51.3957;RBI=0.0207852;REFB=-0.0431799;REVB=0.0205343;RO=13;SAF=61;SAR=57;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104088;STB=0.506214;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00260679;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:133:133:13:13:118:120:0.902256:57:61:6:7:57:63:6:7 chr5 71465361 . T A 493.0 PASS AF=0.630137;AO=35;DP=73;FAO=46;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0228366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5393;QD=27.0139;RBI=0.0458023;REFB=-0.016294;REVB=0.0397032;RO=27;SAF=14;SAR=21;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871271;STB=0.503525;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0117489;OID=.;OPOS=71465361;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:27:35:46:0.630137:21:14:8:19:32:14:8:19 chr5 71490962 . A G 364.92 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3978;QD=52.1311;RBI=0.0387132;REFB=-0.142204;REVB=0.0189871;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538432;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00812645;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:21:6:0:0:21:6:1:0 chr5 71495041 . T C 419.64 PASS AF=0.590164;AO=33;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0464233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1868;QD=27.5174;RBI=0.047969;REFB=-0.0514655;REVB=-0.0120789;RO=12;SAF=18;SAR=15;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231721;STB=0.615324;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0345165;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:12:16:33:36:0.590164:15:18:12:0:18:18:14:2 chr5 71756102 . G A 2147.18 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8888;QD=62.6914;RBI=0.0518638;REFB=0;REVB=0.0404835;RO=0;SAF=64;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.26516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033793;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:135:137:1:71:64:0:0:72:65:0:0 chr5 72144209 . C T 160.3 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.000684653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.778;QD=10.3418;RBI=0.00181275;REFB=-0.0188519;REVB=0.00167849;RO=40;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267017;STB=0.507685;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0283222;OID=.;OPOS=72144209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:41:21:21:0.33871:11:10:20:20:11:10:20:21 chr5 72174432 . C G 1695.37 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9373;QD=60.549;RBI=0.051625;REFB=0;REVB=-0.0202545;RO=0;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134867;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:47:63:0:0:47:65:0:0 chr5 72184098 . C T 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.113;QD=58.1309;RBI=0.0635935;REFB=0;REVB=0.0220798;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153528;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr5 72347223 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00651082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.213;QD=17.3212;RBI=0.0243536;REFB=-0.00784407;REVB=0.0234672;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234065;STB=0.634442;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00931099;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:10:8:11:5:10:8 chr5 72385914 . A G 229.81 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0117346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.2203;QD=17.6779;RBI=0.0778085;REFB=-0.029258;REVB=0.0769185;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381485;STB=0.546304;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0435926;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:27:25:25:0.480769:16:9:10:15:16:9:12:15 chr5 72395915 . G A 436.44 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0122477;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.812;QD=21.033;RBI=0.0140882;REFB=-0.0173795;REVB=-0.00696201;RO=40;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082114;STB=0.545329;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0124535;OID=.;OPOS=72395915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:24:19:14:26:24:19:14:26 chr5 72419410 . A G 789.66 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255291;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.907;QD=64.4618;RBI=0.043428;REFB=0;REVB=0.035132;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33219e-05;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:23:25:0:0:24:25:0:0 chr5 72419456 . C G 186.83 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00540852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9682;QD=19.6665;RBI=0.0274511;REFB=-0.00467794;REVB=-0.0269131;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117976;STB=0.552431;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00269218;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:10:9:11:7:10:9:11:8 chr5 72419617 . C A 251.4 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0140607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.458;QD=13.5893;RBI=0.0155314;REFB=-0.00936755;REVB=-0.00659703;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429721;STB=0.507242;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0180676;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:43:44:29:30:0.405405:15:14:19:24:16:14:20:24 chr5 72742882 . T C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0402838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.775;QD=17.542;RBI=0.0402934;REFB=-0.00395293;REVB=0.000878913;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158374;STB=0.589634;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00450902;OID=.;OPOS=72742882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:3:13:10:5:3:13 chr5 72795160 . AATCTC A 161.98 PASS AF=0.409091;AO=25;DP=67;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0124438;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=5;MLLD=277.627;QD=9.81695;RBI=0.0190503;REFB=-0.00894364;REVB=-0.0144245;RO=39;SAF=8;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160348;STB=0.606797;STBP=0.164;TYPE=del;VARB=0.0125301;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:25:67:27:66:39:8:19:18:21:99:39:8:17:18:21 chr5 72795176 . G A 280.27 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0112629;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.061;QD=16.7327;RBI=0.0199879;REFB=-0.0302452;REVB=-0.0165125;RO=35;SAF=8;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26785;STB=0.645688;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0195268;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:23:8:18:17:23:8:18:18 chr5 72798845 . A G 274.56 PASS AF=0.684211;AO=23;DP=36;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0168029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.985;QD=28.9013;RBI=0.0221362;REFB=-0.0785543;REVB=-0.0144109;RO=13;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00459284;STB=0.52421;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0454102;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:38:13:12:23:26:0.684211:9:14:8:5:9:17:7:5 chr5 72868447 . T C 208.83 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0154836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.326;QD=25.3123;RBI=0.0450242;REFB=8.52066e-05;REVB=0.042278;RO=13;SAF=14;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127709;STB=0.571354;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000493911;OID=.;OPOS=72868447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:6:14:7:6:6:14:7:6 chr5 73179672 . C T 274.31 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0162875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.923;QD=12.9089;RBI=0.0162978;REFB=-0.00202956;REVB=-0.000580476;RO=53;SAF=11;SAR=21;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125219;STB=0.571938;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00260755;OID=.;OPOS=73179672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:21:11:24:29:21:11:24:29 chr5 73207372 . T A 333.75 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00251469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.872;QD=21.8852;RBI=0.00663628;REFB=0.000261107;REVB=-0.00614138;RO=26;SAF=9;SAR=25;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423162;STB=0.517651;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.000239558;OID=.;OPOS=73207372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:27:34:34:0.557377:25:9:8:18:25:9:8:19 chr5 73471334 . G C 1320.79 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0615;QD=62.1546;RBI=0.0193423;REFB=0;REVB=0.00482273;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014187;OID=.;OPOS=73471334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr5 73613858 . A G 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00212176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.189;QD=50.8363;RBI=0.0297628;REFB=0.00674719;REVB=0.0296871;RO=1;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711625;STB=0.53843;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.000526515;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:6:19:0:1:6:19:0:1 chr5 73613972 . G C 789.64 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.174;QD=56.4027;RBI=0.0575018;REFB=0;REVB=0.0530559;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378913;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:30:26:0:0 chr5 73930751 . C T 459.61 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0701573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9116;QD=52.5265;RBI=0.0718152;REFB=-0.140854;REVB=-0.0153417;RO=2;SAF=13;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665844;STB=0.535692;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0112037;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:20:13:2:0:20:13:2:0 chr5 73931246 . T C 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0615485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.835;QD=39.3174;RBI=0.0616964;REFB=0.0114782;REVB=0.00426852;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521706;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.000737926;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:11:2:0:0:11:2:0:1 chr5 73932315 . T C 516.36 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104503;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.073;QD=59.0128;RBI=0.0147053;REFB=0;REVB=-0.010346;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23064e-05;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:25:9:0:0:26:9:0:0 chr5 73981270 . T C 313.23 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.072765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.835;QD=50.1161;RBI=0.0787659;REFB=-0.0323012;REVB=0.030155;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00150434;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:1:0:11:13:1:0 chr5 73992881 . A G 261.38 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.087248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.433;QD=25.5005;RBI=0.0873059;REFB=-0.0059289;REVB=0.00317819;RO=17;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163614;STB=0.509083;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00763894;OID=.;OPOS=73992881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:16:8:6:11:16:8:6:11 chr5 74326561 . TAAAAAC TAAAAC,TAAAACA 136.01 PASS AF=0.666667,0;AO=20,3;DP=39;FAO=26,0;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=22,0;FSAR=4,0;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.207041,-0.0565788;FXX=0.0249938;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.4766,35.0333;QD=13.9494;RBI=0.211588,0.0574346;REFB=-0.0965485,0.034991;REVB=0.0436301,-0.00987789;RO=12;SAF=17,2;SAR=3,1;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.483953,0.435284;STB=0.733126,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0605814,0.0735609;OID=.,.;OPOS=74326562,74326566;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=TAAAAC,TAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0:20,3:39:26,0:39:13:22,0:4,0:4:9:58:12:17,2:3,1:3:9 chr5 74400386 . G C 257.18 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0214352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.315;QD=13.7164;RBI=0.0218516;REFB=-0.0238351;REVB=0.00424553;RO=44;SAF=17;SAR=13;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258849;STB=0.52046;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0189645;OID=.;OPOS=74400386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:13:17:26:18:13:17:27:18 chr5 74442410 . G A 208.98 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00883441;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4882;QD=17.4151;RBI=0.0152359;REFB=0.017897;REVB=0.0124131;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130263;STB=0.565156;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0197175;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:27:27:20:21:0.4375:10:10:10:17:10:11:11:16 chr5 74442920 . A G 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0041543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.97;QD=22.7947;RBI=0.0101098;REFB=-0.0118187;REVB=0.0092168;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147688;STB=0.582165;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0124077;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:11:13:15:6:11:13:15:6 chr5 74443132 . C T 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0265796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.616;QD=15.5686;RBI=0.0376231;REFB=-0.0230322;REVB=-0.0266274;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143705;STB=0.590098;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0307952;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:10:18:17:17:10:18:17:18 chr5 74491715 . TTCA T 213.64 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00163678;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=3;MLLD=271.475;QD=14.2426;RBI=0.0109765;REFB=-0.025422;REVB=0.0108538;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0218906;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:28:58:30:60:30:16:14:16:14:99:28:16:12:16:12 chr5 74506658 . C T 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0282463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.36;QD=11.4386;RBI=0.0534069;REFB=0.00252213;REVB=-0.045326;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111318;STB=0.578393;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00607356;OID=.;OPOS=74506658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:7:6:13:10:7:6:14:10 chr5 74681773 . T C 1139.19 PASS AF=0.625;AO=96;DP=160;FAO=105;FDP=168;FR=.;FRO=63;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0233297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.527;QD=27.1236;RBI=0.111048;REFB=-0.021754;REVB=0.10857;RO=64;SAF=41;SAR=55;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276156;STB=0.502498;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0153112;OID=.;OPOS=74681773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:168:64:63:96:105:0.625:55:41:25:39:64:41:25:38 chr5 74877266 . C T 44.78 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0427967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.779;QD=7.46357;RBI=0.0549331;REFB=-0.00400874;REVB=0.0344396;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254477;STB=0.666111;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0168142;OID=.;OPOS=74877266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:6:1:5:12:6:1:5:12 chr5 74921686 . G A 239.63 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0102573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.872;QD=14.3065;RBI=0.0560681;REFB=-0.020875;REVB=-0.0551219;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040702;STB=0.537287;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0246921;OID=.;OPOS=74921686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:39:28:28:0.41791:14:14:20:17:14:14:22:17 chr5 74951901 . G A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0612209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.076;QD=13.0365;RBI=0.0719193;REFB=-0.000147514;REVB=-0.037741;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206764;STB=0.619874;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0015277;OID=.;OPOS=74951901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:9:9:22:10:9:9:22:10 chr5 74970024 . T C 498.44 PASS AF=0.754386;AO=43;DP=58;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00296088;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.239;QD=34.9779;RBI=0.029198;REFB=-0.101359;REVB=0.0290475;RO=14;SAF=34;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283073;STB=0.653767;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00293014;OID=.;OPOS=74970024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:58:57:14:14:43:43:0.754386:9:34:4:10:9:34:4:10 chr5 75001582 . A G 697.01 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.315;QD=61.9565;RBI=0.152587;REFB=0;REVB=0.0256906;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853388;OID=.;OPOS=75001582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr5 75003678 . T C 1710.08 PASS AF=1;AO=112;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218989;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.354;QD=60.0028;RBI=0.0573317;REFB=-0.0383169;REVB=0.0529845;RO=0;SAF=46;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262209;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:116:114:0:0:112:114:1:66:46:0:0:68:46:0:0 chr5 75591710 . C G 240.13 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00315986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9724;QD=16.5604;RBI=0.0313393;REFB=-0.0282104;REVB=0.0311796;RO=31;SAF=5;SAR=22;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401116;STB=0.728727;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0339312;OID=.;OPOS=75591710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:22:5:17:14:22:5:17:14 chr5 75884734 . G A 65.64 PASS AF=0.3;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0621948;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8422;QD=8.75219;RBI=0.0632672;REFB=-0.0184015;REVB=-0.0115994;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897431;STB=0.555432;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0264806;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:32:30:21:21:9:9:0.3:5:4:11:10:5:4:11:10 chr5 75906851 . T C 484.59 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0128435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.737;QD=21.0692;RBI=0.0684256;REFB=-0.0259345;REVB=0.0672095;RO=45;SAF=27;SAR=20;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567338;STB=0.531383;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0206028;OID=.;OPOS=75906851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:20:27:23:22:20:27:23:22 chr5 75923285 . C T 390.91 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.052135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7964;QD=16.6345;RBI=0.0624142;REFB=-0.000660903;REVB=-0.0343143;RO=53;SAF=28;SAR=13;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677098;STB=0.538129;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000124835;OID=.;OPOS=75923285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:13:28:33:20:13:28:33:20 chr5 75923294 . T G 1435.11 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.15;QD=62.3962;RBI=0.0447048;REFB=0;REVB=-0.00409553;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142823;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:83:92:0:0:83:92:1:30:53:0:0:32:60:0:0 chr5 75923307 . A G 1330.96 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00145852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.685;QD=59.8184;RBI=0.0280735;REFB=-0.0218861;REVB=0.0280356;RO=2;SAF=56;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295855;STB=0.515621;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=8.36034e-05;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:31:56:0:2:31:56:0:2 chr5 75932869 . C T 257.38 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0190808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.122;QD=15.3659;RBI=0.0486661;REFB=-0.0534518;REVB=-0.0447695;RO=36;SAF=19;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158542;STB=0.604095;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0589281;OID=.;OPOS=75932869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:36:37:29:30:0.447761:10:19:18:18:10:20:18:19 chr5 75932965 . G C 309.89 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00107547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1932;QD=18.7814;RBI=0.0142777;REFB=-0.0208628;REVB=0.0142372;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128684;STB=0.57742;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0172056;OID=.;OPOS=75932965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:18:15:10:22:18:15:10:23 chr5 75960865 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3023;QD=50.4127;RBI=0.095744;REFB=0;REVB=0.0395312;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221499;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr5 76003254 . A T 1119.96 PASS AF=0.988372;AO=54;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.6875;QD=52.0912;RBI=0.0925125;REFB=0;REVB=-0.0824728;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259767;OID=.;OPOS=76003254;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:0:54:85:0.988372:29:25:1:0:43:42:0:0 chr5 76030796 . T C 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00645533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.67;QD=13.4589;RBI=0.0270171;REFB=-0.0112057;REVB=0.0262345;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407541;STB=0.52378;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0166312;OID=.;OPOS=76030796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:12:14:8:8:12:14 chr5 76128521 . G A 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.849;QD=61.6771;RBI=0.0194074;REFB=0;REVB=-0.0177516;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27752e-05;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr5 76129053 . T C 660.67 PASS AF=1;AO=33;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.225296;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1998;QD=60.0611;RBI=0.225425;REFB=0;REVB=-0.00764165;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00581938;OID=.;OPOS=76129053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:33:44:1:21:12:0:0:21:23:0:0 chr5 76171252 . A C 218.13 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00142023;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.069;QD=21.2806;RBI=0.0426687;REFB=-0.0131379;REVB=-0.042645;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172371;STB=0.616651;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0200782;OID=.;OPOS=76171252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:15:16:18:18:0.439024:5:13:8:7:5:13:8:8 chr5 76359024 . C A 64.31 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0682225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.143;QD=9.89415;RBI=0.0682759;REFB=-0.0173133;REVB=0.00269846;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407633;STB=0.77973;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0518254;OID=.;OPOS=76359024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:16:17:9:9:0.346154:1:8:10:6:1:8:10:7 chr5 76704849 . T C 599.03 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00820543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.448;QD=58.4422;RBI=0.0389213;REFB=-0.0492298;REVB=0.0380465;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.000934304;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:41:0:1:37:40:0.97561:29:8:0:0:32:8:0:1 chr5 76708987 . A G,T 1704.3 PASS AF=0.842105,0.075188;AO=110,11;DP=132;FAO=112,10;FDP=133;FR=.;FRO=11;FSAF=54,1;FSAR=58,9;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0178036,0.0104241;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=90.0516,25.8434;QD=51.2571;RBI=0.0376366,0.0195304;REFB=-0.0213161,-0.079122;REVB=0.0331595,-0.0165159;RO=10;SAF=53,1;SAR=57,10;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0815779,-0.7248;STB=0.53812,0.907471;STBP=0.009,0.001;TYPE=snp,snp;VARB=0.0140427,0.0361642;OID=.,.;OPOS=76708987,76708987;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:132:133:10:11:110,11:112,10:0.842105,0.075188:57,10:53,1:10:0:58,9:54,1:10:1 chr5 76722442 . C T 153.97 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0331898;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.113;QD=13.3887;RBI=0.0391628;REFB=-0.0341462;REVB=0.0207885;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285559;STB=0.666473;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0127505;OID=.;OPOS=76722442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:18:11:11:6:18:11 chr5 76722443 . G A 341.82 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.054035;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.85;QD=29.7233;RBI=0.058808;REFB=-0.00751817;REVB=-0.0232078;RO=17;SAF=18;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181755;STB=0.59993;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0143854;OID=.;OPOS=76722443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:17:17:29:29:0.630435:11:18:6:11:11:18:6:11 chr5 76722895 . A G 35.57 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0023869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.127;QD=5.6905;RBI=0.0177889;REFB=-0.0197122;REVB=0.017628;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167553;STB=0.610731;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0698451;OID=.;OPOS=76722895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:4:2:9:10:4:2:9:10 chr5 76734084 . C T 268.18 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.036867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.088;QD=13.9313;RBI=0.0402323;REFB=-0.0267956;REVB=0.0161077;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116748;STB=0.574259;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0208954;OID=.;OPOS=76734084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:46:30:31:0.402597:17:13:25:21:18:13:25:21 chr5 76916335 . G GC 675.21 PASS AF=1;AO=57;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484745;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.3642;QD=44.276;RBI=0.19824;REFB=0;REVB=0.198181;RO=3;SAF=36;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02991;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00532004;OID=.;OPOS=76916336;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:63:61:61:0:36:25:0:0:13:3:36:21:1:2 chr5 76926578 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143086;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.908;QD=59.018;RBI=0.0198375;REFB=0;REVB=-0.0137401;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21271e-06;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr5 77425028 . A T 612.33 PASS AF=0.474074;AO=63;DP=133;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=50;FWDB=0.0117396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.039;QD=18.1432;RBI=0.0119138;REFB=-0.00968259;REVB=0.00202963;RO=69;SAF=23;SAR=40;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631001;STB=0.537069;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0115864;OID=.;OPOS=77425028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:69:71:63:64:0.474074:40:23:21:48:41:23:21:50 chr5 77745852 . GC CA,GA,GCA 349.05 PASS AF=0.0689655,0.0344828,0.896552;AO=4,2,15;DP=30;FAO=2,1,26;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,13;FSAR=2,0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387579,0.00540973,-0.00649129;FXX=0;HRUN=4,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=12.9909,209.667,21.158;QD=48.1452;RBI=0.0137392,0.00868523,0.0526775;REFB=0,0,0;REVB=0.0131812,-0.00679471,0.052276;RO=8;SAF=0,1,12;SAR=4,1,3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.655128,0.269415,0.388585;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0.0318903,-0.072657,0.0131904;OID=.,.,.;OPOS=77745852,77745853,77745854;OREF=GC,C,-;OALT=CA,A,A;OMAPALT=CA,GA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:10:30:29:8:0:4,2,15:2,1,26:0.0689655,0.0344828,0.896552:4,1,3:0,1,12:2:6:2,0,13:0,1,13:0:0 chr5 77781152 . TTACAA T 187.8 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00489863;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=5;MLLD=218.681;QD=10.8871;RBI=0.0079247;REFB=-0.0172657;REVB=-0.00622932;RO=38;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156749;STB=0.579658;STBP=0.266;TYPE=del;VARB=0.0213079;OID=.;OPOS=77781153;OREF=TACAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:30:71:30:69:39:15:15:14:25:99:38:15:15:13:25 chr5 77781390 . G A 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00508751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.608;QD=12.052;RBI=0.0157552;REFB=-0.00486231;REVB=0.0149112;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278721;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0162442;OID=.;OPOS=77781390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:8:5:6:3:8:5 chr5 77781785 . C CT 477.18 PASS AF=0.978723;AO=42;DP=49;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0487541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.4759;QD=40.6112;RBI=0.132466;REFB=-0.0167391;REVB=0.123167;RO=6;SAF=24;SAR=18;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950295;STB=0.5102;STBP=0.51;TYPE=ins;VARB=0.005385;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.978723:42:49:46:47:1:24:22:1:0:5:6:24:18:1:5 chr5 77784433 . T C 263.51 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00193691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3851;QD=13.0129;RBI=0.0508092;REFB=-0.00862622;REVB=-0.0507722;RO=48;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614504;STB=0.54687;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0196337;OID=.;OPOS=77784433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:50:31:31:0.382716:15:16:22:26:15:16:22:28 chr5 77784438 . T A 280.9 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0112118;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.638;QD=14.2226;RBI=0.0217857;REFB=-0.00631551;REVB=-0.0186792;RO=45;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802025;STB=0.544276;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0210648;OID=.;OPOS=77784438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:45:47:32:32:0.405063:16:16:19:26:16:16:20:27 chr5 77784738 . A G 68.67 PASS AF=0.261905;AO=9;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0336526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7597;QD=6.53985;RBI=0.034479;REFB=0.00209335;REVB=0.00750356;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902426;STB=0.507029;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00743591;OID=.;OPOS=77784738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:42:42:27:31:9:11:0.261905:4:5:17:10:4:7:20:11 chr5 78135201 . C T 315.71 PASS AF=0.596154;AO=30;DP=51;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0409466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.499;QD=24.2852;RBI=0.0434397;REFB=-0.0162484;REVB=0.0145047;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713279;STB=0.509994;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0104962;OID=.;OPOS=78135201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:21:21:30:31:0.596154:16:14:10:11:17:14:10:11 chr5 78181477 . C T 582.63 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00939957;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.255;QD=21.986;RBI=0.00949759;REFB=-0.00947953;REVB=-0.00136098;RO=47;SAF=18;SAR=40;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193613;STB=0.602626;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00900273;OID=.;OPOS=78181477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:48:58:58:0.54717:40:18:25:22:40:18:25:23 chr5 78320085 . T C 312.35 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.000140619;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.858;QD=16.4393;RBI=0.00489149;REFB=-0.0277147;REVB=0.00488946;RO=42;SAF=25;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232154;STB=0.631451;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0280072;OID=.;OPOS=78320085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:9:25:22:20:9:25:22:20 chr5 78328598 . T G 874.63 PASS AF=0.481081;AO=88;DP=178;FAO=89;FDP=185;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.0282354;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.852;QD=18.9109;RBI=0.0301743;REFB=-0.0301363;REVB=-0.0106419;RO=87;SAF=33;SAR=55;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261234;STB=0.530046;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0401529;OID=.;OPOS=78328598;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:185:87:96:88:89:0.481081:55:33:35:52:55:34:42:54 chr5 78340257 . C G 976.52 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133892;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.665;QD=59.183;RBI=0.0217979;REFB=0;REVB=0.017201;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97476e-05;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:65:66:1:34:31:0:0:34:32:0:0 chr5 78340286 . A G 1001.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.12;QD=58.9187;RBI=0.0517522;REFB=0;REVB=0.0422189;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274315;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:39:28:0:0:40:28:0:0 chr5 78351635 . GA G,GC 647.63 PASS AF=0.162791,0.837209;AO=14,29;DP=43;FAO=7,36;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=7,22;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663014,0.0767373;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.0035,114.797;QD=60.2442;RBI=0.081132,0.0918913;REFB=0,0;REVB=-0.0467603,-0.050551;RO=0;SAF=14,15;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.92057e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.036543,0.00424073;OID=.,.;OPOS=78351636,78351636;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.162791,0.837209:14,29:43:7,36:43:0:7,22:0,14:0:0:29:0:14,15:0,14:0:0 chr5 78373313 . A AT,T 35.75 PASS AF=0.163636,0.0181818;AO=11,3;DP=55;FAO=9,1;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=2,1;FSAR=7,0;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0409964,-0.062886;FXX=0.017854;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=44.5933,78.173;QD=2.60028;RBI=0.047479,0.0628962;REFB=-0.0130761,-0.00355821;REVB=0.023949,0.00113616;RO=40;SAF=2,2;SAR=9,1;SRF=27;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.566629,-0.00918415;STB=0.824443,0.987269;STBP=0.049,0.496;TYPE=ins,snp;VARB=0.09998,0.146663;OID=.,.;OPOS=78373314,78373313;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:40:45:11,3:9,1:0.163636,0.0181818:9,1:2,2:27:13:7,0:2,1:29:16 chr5 78373431 . C T 330.04 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00845854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.75;QD=18.3353;RBI=0.0265644;REFB=-0.0159433;REVB=-0.0251817;RO=37;SAF=10;SAR=24;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00356095;STB=0.507242;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0163567;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:34:35:0.486111:24:10:11:26:25:10:11:26 chr5 78596044 . T C 649.24 PASS AF=0.478261;AO=64;DP=136;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0292635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.846;QD=18.8185;RBI=0.0416281;REFB=-0.0158832;REVB=0.0296064;RO=71;SAF=29;SAR=35;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646441;STB=0.546262;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0206093;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:71:72:64:66:0.478261:35:29:37:34:37:29:38:34 chr5 78981550 . G T 255.76 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0047495;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.584;QD=17.6385;RBI=0.0103199;REFB=-0.0352913;REVB=-0.00916197;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240937;STB=0.513504;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0439835;OID=.;OPOS=78981550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:30:28:28:0.482759:18:10:10:20:18:10:10:20 chr5 79028472 . C T 733.89 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.891;QD=62.4585;RBI=0.0852499;REFB=0;REVB=0.0852291;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247177;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:24:21:0:0:24:23:0:0 chr5 79030045 . A G 613.83 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.519;QD=61.3831;RBI=0.0137605;REFB=0;REVB=0.0136314;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23701e-06;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:16:24:0:0 chr5 79031558 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.611;QD=39.2067;RBI=0.0139816;REFB=0;REVB=-0.000897787;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227826;OID=.;OPOS=79031558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr5 79277817 . A C 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0632893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.91;QD=10.8839;RBI=0.0637721;REFB=-0.00843707;REVB=0.00783184;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633357;STB=0.538373;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0195533;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:4:11:7:2:4:11 chr5 79286831 . C G 471.19 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0611093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.576;QD=15.9725;RBI=0.0621125;REFB=-0.00775245;REVB=-0.0111181;RO=62;SAF=17;SAR=35;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130749;STB=0.585332;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00767117;OID=.;OPOS=79286831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:66:52:52:0.440678:35:17:28:34:35:17:31:35 chr5 79351735 . C T 245.35 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0279564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.516;QD=13.2623;RBI=0.0386716;REFB=-0.0336694;REVB=-0.0267195;RO=45;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017145;STB=0.509797;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0496217;OID=.;OPOS=79351735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:15:14:21:24:15:14:21:24 chr5 79351852 . A T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0166025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.923;QD=11.2569;RBI=0.0397566;REFB=-0.010892;REVB=0.036124;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126983;STB=0.576728;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0167746;OID=.;OPOS=79351852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:6:6:5:3:6:6 chr5 79439630 . G A 127.47 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0116106;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.423;QD=10.4054;RBI=0.0121256;REFB=-0.00636258;REVB=0.00349634;RO=33;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268998;STB=0.654544;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0194435;OID=.;OPOS=79439630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:33:34:15:15:0.306122:4:11:17:16:4:11:18:16 chr5 79616083 . G C 206.49 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0284218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.097;QD=22.9435;RBI=0.0287549;REFB=0.00258772;REVB=-0.00436433;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132762;STB=0.550266;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.0010732;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:16:20:20:0.555556:13:7:3:12:13:7:4:12 chr5 79617357 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0185487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.622;QD=7.46493;RBI=0.0319354;REFB=0.000660724;REVB=-0.0259964;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220682;STB=0.640604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00764916;OID=.;OPOS=79617357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:8:9:5:2:8:9 chr5 79733079 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.509;QD=43.4853;RBI=0.0803686;REFB=0;REVB=0.0455714;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202163;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr5 79734297 . T C 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.709;QD=42.1732;RBI=0.125439;REFB=0;REVB=0.123995;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192626;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr5 79734409 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.374;QD=47.8224;RBI=0.0163213;REFB=0;REVB=0.0123205;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196099;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr5 79735858 . A G 1129.41 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584052;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.801;QD=60.2352;RBI=0.0633256;REFB=0;REVB=0.0244736;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194879;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:45:29:0:0:45:30:0:0 chr5 79745469 . A G 731.68 PASS AF=0.947368;AO=53;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00971038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.001;QD=51.3463;RBI=0.0137954;REFB=-0.107478;REVB=-0.00979902;RO=2;SAF=20;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448028;STB=0.533321;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00528585;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:2:3:53:54:0.947368:33:20:2:0:33:21:3:0 chr5 79815658 . T C 1125.29 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218419;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8947;QD=59.2257;RBI=0.0278385;REFB=-0.0505143;REVB=0.0172602;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00069537;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:0:1:75:75:0.986842:42:33:0:0:42:33:0:1 chr5 79855372 . A G 276.53 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143864;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.722;QD=52.6725;RBI=0.0831784;REFB=0;REVB=-0.0819249;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261584;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr5 80149981 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.572;QD=55.0986;RBI=0.0447261;REFB=0;REVB=0.00771863;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187642;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr5 80168937 . G A 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5602;QD=61.6755;RBI=0.0470054;REFB=0;REVB=0.0312871;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86158e-05;OID=.;OPOS=80168937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr5 80409729 . T C 30.68 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0134634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.405;QD=12.2716;RBI=0.0152516;REFB=-0.0284477;REVB=0.00716579;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389209;STB=0.726606;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00822164;OID=.;OPOS=80409729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:0:5:3:2:0:5 chr5 81549216 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.365;QD=62.9827;RBI=0.0520267;REFB=0;REVB=0.00401559;RO=0;SAF=8;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129239;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:37:8:0:0:37:8:0:0 chr5 81549240 . C A 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.8;QD=57.3936;RBI=0.0119225;REFB=-0.0824647;REVB=-0.0025583;RO=1;SAF=5;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144154;STB=0.507688;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000564886;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:32:5:0:1:32:5:0:1 chr5 81572184 . G C 805.73 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671158;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6305;QD=57.552;RBI=0.0675222;REFB=0;REVB=-0.00739688;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500792;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr5 82648943 . G A 629.69 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9821;QD=61.4331;RBI=0.0427974;REFB=0;REVB=0.0405716;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200934;OID=.;OPOS=82648943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:17:22:0:0:18:23:0:0 chr5 82648977 . T A,G 712.87 PASS AF=0.0408163,0.938776;AO=2,42;DP=44;FAO=2,46;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=1,23;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00518068,-0.00422618;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.832,169.668;QD=58.1934;RBI=0.0188165,0.120368;REFB=-0.152087,-0.185226;REVB=0.0180893,0.120294;RO=0;SAF=1,23;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665164,0.510634;STBP=0.662,0.517;TYPE=snp,snp;VARB=0.0480777,-0.000256589;OID=.,.;OPOS=82648977,82648977;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:44:49:0:1:2,42:2,46:0.0408163,0.938776:1,19:1,23:0:0:1,23:1,23:0:1 chr5 82652551 . C G 246.64 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0138493;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.167;QD=15.415;RBI=0.0203555;REFB=-0.0324544;REVB=-0.0149178;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132647;STB=0.574778;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0346749;OID=.;OPOS=82652551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:36:28:28:0.4375:15:13:12:24:15:13:12:24 chr5 82786194 . T C 514.7 PASS AF=0.626667;AO=46;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0074317;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.629;QD=27.4506;RBI=0.00867372;REFB=-0.0306233;REVB=-0.00447251;RO=28;SAF=25;SAR=21;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700126;STB=0.53409;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0149912;OID=.;OPOS=82786194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:28:46:47:0.626667:21:25:18:10:21:26:18:10 chr5 82786239 . C T 650.32 PASS AF=0.705128;AO=55;DP=78;FAO=55;FDP=78;FR=.;FRO=23;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0114126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.507;QD=33.3495;RBI=0.0236934;REFB=-0.038176;REVB=-0.0207637;RO=23;SAF=31;SAR=24;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471047;STB=0.525414;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0197358;OID=.;OPOS=82786239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:23:23:55:55:0.705128:24:31:11:12:24:31:11:12 chr5 82808072 . C T 253.31 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00272583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5072;QD=11.6465;RBI=0.0547443;REFB=-0.00559033;REVB=0.0546764;RO=55;SAF=15;SAR=16;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481525;STB=0.533312;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0118346;OID=.;OPOS=82808072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:55:56:31:31:0.356322:16:15:29:26:16:15:30:26 chr5 82833145 . G A 652.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.833;QD=62.1703;RBI=0.0627702;REFB=0;REVB=0.0242878;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195899;OID=.;OPOS=82833145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:20:18:0:0:22:20:0:0 chr5 82833369 . A G 360.26 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00233017;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=268.899;QD=32.0231;RBI=0.00278681;REFB=-0.0164604;REVB=0.0015286;RO=15;SAF=12;SAR=18;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041879;STB=0.52292;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00882382;OID=.;OPOS=82833369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:18:12:7:8:18:12:7:8 chr5 82833391 . A G 332.3 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0299643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.527;QD=32.4195;RBI=0.0623706;REFB=-0.00819411;REVB=0.0547013;RO=13;SAF=10;SAR=18;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064428;STB=0.53529;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00355641;OID=.;OPOS=82833391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:18:10:6:7:18:10:6:7 chr5 82834630 . T C 164.09 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.04529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.918;QD=29.8337;RBI=0.0461929;REFB=-0.0641507;REVB=0.00908862;RO=6;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146415;STB=0.581292;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0109892;OID=.;OPOS=82834630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:6:6:16:16:0.727273:10:6:4:2:10:6:4:2 chr5 82835545 . A G 251.66 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.0136301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.048;QD=17.0619;RBI=0.0166783;REFB=-0.0095314;REVB=0.0096117;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334088;STB=0.691465;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0137609;OID=.;OPOS=82835545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:16:12:24:6:16:12:25:6 chr5 82835724 . T A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0337235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.793;QD=16.1192;RBI=0.0350065;REFB=-0.00536577;REVB=0.00939032;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256116;STB=0.648398;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00582347;OID=.;OPOS=82835724;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:8:5:8:4:8:5 chr5 82875800 . C T 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.068;QD=58.5992;RBI=0.0497551;REFB=0;REVB=-0.00783905;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131943;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:44:20:0:0:44:20:0:0 chr5 82937450 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0070147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.683;QD=7.76204;RBI=0.0094032;REFB=-0.0073198;REVB=0.00626213;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445571;STB=0.773411;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0207497;OID=.;OPOS=82937450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:10:3:4:2:10:3 chr5 82940273 . C G 892.36 PASS AF=0.594203;AO=69;DP=141;FAO=82;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00824601;FXX=0.0212751;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.8778;QD=25.8655;RBI=0.0552583;REFB=-0.0615717;REVB=-0.0546395;RO=40;SAF=41;SAR=28;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308339;STB=0.506895;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0227446;OID=.;OPOS=82940273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:138:40:50:69:82:0.594203:28:41:22:18:33:49:29:21 chr5 85582712 . T C 324.82 PASS AF=0.962963;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00435518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.727;QD=48.1209;RBI=0.134109;REFB=-0.10106;REVB=0.134038;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00284811;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:27:1:1:24:26:0.962963:13:11:0:1:15:11:0:1 chr5 85583506 . CT C,CG 100.24 PASS AF=0.2,0.8;AO=2,7;DP=10;FAO=2,8;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222429,-0.0187457;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.069,135.981;QD=40.0974;RBI=0.111507,0.112729;REFB=0,0;REVB=0.109266,-0.111159;RO=0;SAF=1,6;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0468061,0.00351586;OID=.,.;OPOS=85583507,85583507;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.8:2,7:10:2,8:10:0:1,6:1,2:0:0:9:0:1,6:1,1:0:0 chr5 85583642 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0146703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.865;QD=7.83715;RBI=0.0197485;REFB=-0.0188027;REVB=-0.0132207;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21358;STB=0.631241;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0460842;OID=.;OPOS=85583642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:4:12:4:3:4:12 chr5 85586831 . C T 533.14 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0233092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.497;QD=18.5438;RBI=0.0253425;REFB=-0.00409235;REVB=-0.00994608;RO=58;SAF=30;SAR=26;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170416;STB=0.505301;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00380098;OID=.;OPOS=85586831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:58:59:56:56:0.486957:26:30:30:28:26:30:31:28 chr5 86513974 . A G 1192.65 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0846447;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4677;QD=57.4773;RBI=0.0881045;REFB=0.0268816;REVB=-0.0244473;RO=3;SAF=9;SAR=71;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877058;STB=0.546524;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00039096;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:3:3:80:80:0.963855:71:9:2:1:71:9:2:1 chr5 87497977 . C T 552.93 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0242923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.408;QD=56.7105;RBI=0.0369605;REFB=-0.121418;REVB=-0.0278561;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217802;STB=0.511105;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00196894;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:21:16:0:1:22:16:0:1 chr5 87498849 . G A 1283.95 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.719;QD=61.877;RBI=0.0541494;REFB=0;REVB=0.0259615;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35392e-05;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:51:30:0:0:53:30:0:0 chr5 87502320 . TGGGGGA ATGGGGA,TGGGG,TGGGGA,TGGGGAA 538.82 PASS AF=0,0,1,0;AO=6,10,7,22;DP=57;FAO=0,0,51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,26,0;FSAR=0,0,25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000630585,0.0757569,-0.0651311,-0.144088;FXX=0.0377287;HRUN=1,5,5,5;LEN=2,2,1,1;MLLD=62.7221,13.0695,14.2913,12.7402;QD=42.26;RBI=0.020357,0.102068,0.131048,0.236676;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0203472,0.0684008,-0.113716,-0.187761;RO=0;SAF=5,3,2,10;SAR=1,7,5,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-3.18042e-08,0,-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,-0.165376,-0.00344585,0;OID=.,.,.,.;OPOS=87502320,87502325,87502321,87502325;OREF=TG,GA,G,G;OALT=AT,-,-,A;OMAPALT=ATGGGGA,TGGGG,TGGGGA,TGGGGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:3:57:51:0:0:6,10,7,22:0,0,51,0:0,0,1,0:1,7,5,12:5,3,2,10:0:0:0,0,25,0:0,0,26,0:0:0 chr5 87968864 . A G 1127.38 PASS AF=0.461538;AO=119;DP=260;FAO=120;FDP=260;FR=.;FRO=140;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=67;FSRR=73;FWDB=-0.0101054;FXX=0.00383127;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.785;QD=17.3443;RBI=0.0124154;REFB=-0.0252233;REVB=0.00721273;RO=139;SAF=64;SAR=55;SRF=67;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544501;STB=0.534012;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0302858;OID=.;OPOS=87968864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:139:140:119:120:0.461538:55:64:67:72:55:65:67:73 chr5 89703641 . C G 124.98 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0245598;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4916;QD=15.6223;RBI=0.0245952;REFB=-0.0461016;REVB=0.00131917;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331196;STB=0.519203;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0504403;OID=.;OPOS=89703641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:7:11:9:5:7:11 chr5 89769728 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5034;QD=37.4835;RBI=0.0551959;REFB=0;REVB=0.0549187;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236133;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr5 89808944 . A G 69.15 PASS AF=0.124138;AO=19;DP=142;FAO=18;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=124;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=99;FWDB=-0.0806738;FXX=0.00684885;HRUN=6;LEN=1;MLLD=21.047;QD=1.90745;RBI=0.0870603;REFB=-0.0432011;REVB=0.0327296;RO=86;SAF=3;SAR=16;SRF=16;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625144;STB=0.652367;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.180282;OID=.;OPOS=89808944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:142:145:86:124:19:18:0.124138:16:3:16:70:16:2:25:99 chr5 89810077 . G A 112.25 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0203701;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.144;QD=15.4824;RBI=0.0540841;REFB=-0.0120283;REVB=-0.0501013;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282428;STB=0.66297;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00468762;OID=.;OPOS=89810077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:5:11:5:8:5:11 chr5 89816299 . C A 328.07 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0476993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.341;QD=18.2262;RBI=0.0482239;REFB=-0.00407498;REVB=-0.00709325;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886509;STB=0.555788;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00328615;OID=.;OPOS=89816299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:18:17:21:15:18:17:22:15 chr5 89816309 . A AT 107.04 PASS AF=0.4;AO=21;DP=67;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.018989;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.1799;QD=6.58718;RBI=0.0308769;REFB=0.0339381;REVB=-0.0243476;RO=39;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0837092;OID=.;OPOS=89816310;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:21:67:26:65:39:14:12:21:18:99:39:13:8:22:17 chr5 89820984 . T C 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0117457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.314;QD=20.9024;RBI=0.0123262;REFB=-0.016953;REVB=0.00373834;RO=28;SAF=10;SAR=23;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262958;STB=0.64611;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0170455;OID=.;OPOS=89820984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:23:10:17:11:23:10:17:11 chr5 89943571 . G T 134.68 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0924159;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.626;QD=24.488;RBI=0.0931405;REFB=-0.00821179;REVB=0.0115955;RO=9;SAF=1;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483655;STB=0.742401;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00246732;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:9:8:14:14:0.636364:13:1:4:5:13:1:3:5 chr5 89979589 . G A 273.91 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0103096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3048;QD=15.2174;RBI=0.0104192;REFB=-0.00847032;REVB=-0.00150738;RO=41;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00635963;STB=0.503595;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00847557;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:21:10:13:28:21:10:13:28 chr5 89979698 . C T 180.64 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0179316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9678;QD=13.8956;RBI=0.0286108;REFB=-0.00858757;REVB=-0.0222942;RO=31;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454043;STB=0.75893;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0112429;OID=.;OPOS=89979698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:6:15:8:23:6:15:8:23 chr5 89985882 . A G 337.9 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.01533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.894;QD=17.5531;RBI=0.0234498;REFB=-0.0289961;REVB=0.017745;RO=39;SAF=10;SAR=26;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215546;STB=0.623927;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0198469;OID=.;OPOS=89985882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:41:36:36:0.467532:26:10:19:20:26:10:20:21 chr5 89988504 . A G 327.44 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=19;FWDB=0.00963123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7005;QD=12.2406;RBI=0.0167241;REFB=-0.00380524;REVB=-0.0136725;RO=66;SAF=34;SAR=6;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234667;STB=0.633307;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00647316;OID=.;OPOS=89988504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:66:67:40:40:0.373832:6:34:47:19:6:34:48:19 chr5 89989779 . G A 719.22 PASS AF=0.458333;AO=76;DP=165;FAO=77;FDP=168;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.0548531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0226;QD=17.1243;RBI=0.0657574;REFB=-0.0334907;REVB=-0.0362653;RO=89;SAF=30;SAR=46;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109801;STB=0.550711;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0309343;OID=.;OPOS=89989779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:168:89:91:76:77:0.458333:46:30:45:44:46:31:45:46 chr5 89990324 . A G 57.9 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0590473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8132;QD=13.6238;RBI=0.0594645;REFB=0.00820966;REVB=0.00703097;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926992;STB=0.55541;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0059854;OID=.;OPOS=89990324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:6:3:2:6:6:3 chr5 90020923 . T G 186.96 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00443636;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.197;QD=11.8704;RBI=0.0111858;REFB=-0.0114691;REVB=0.0102685;RO=39;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653644;STB=0.529629;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0221244;OID=.;OPOS=90020923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:39:40:23:23:0.365079:11:12:18:21:11:12:19:21 chr5 90024735 . G A 1509.55 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.453;QD=63.5601;RBI=0.0308672;REFB=0;REVB=0.00457703;RO=0;SAF=28;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82539e-05;OID=.;OPOS=90024735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:95:0:0:87:95:1:59:28:0:0:60:35:0:0 chr5 90052289 . G A 168.35 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0180293;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5544;QD=10.522;RBI=0.021939;REFB=-0.00575185;REVB=-0.0125006;RO=41;SAF=14;SAR=8;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152911;STB=0.575016;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0116253;OID=.;OPOS=90052289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:41:42:22:22:0.34375:8:14:31:10:8:14:31:11 chr5 90052372 . C T 218.22 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00551897;FXX=0.0249969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.806;QD=11.1908;RBI=0.0180004;REFB=-0.0145421;REVB=-0.0171335;RO=51;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00982271;STB=0.505699;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0272481;OID=.;OPOS=90052372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:51:51:27:27:0.346154:13:14:26:25:13:14:26:25 chr5 90107108 . A G 828.17 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.942;QD=57.1155;RBI=0.0455346;REFB=0;REVB=0.0424495;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013897;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:21:33:0:0:25:33:0:0 chr5 90119324 . G A 1112.96 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.091;QD=58.577;RBI=0.0186857;REFB=-0.0149411;REVB=0.0112011;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.507934;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000170229;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:74:75:0.986842:44:30:0:0:44:31:1:0 chr5 90151589 . G A 1287.1 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.7;QD=60.5696;RBI=0.0349543;REFB=-0.102076;REVB=-0.0162265;RO=1;SAF=39;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119907;STB=0.506328;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00238588;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:45:39:1:0:45:39:1:0 chr5 90449154 . G A 184.84 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.000540483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.894;QD=12.1208;RBI=0.00305156;REFB=-0.0177012;REVB=-0.00300331;RO=38;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14163;STB=0.582016;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0386928;OID=.;OPOS=90449154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:15:8:18:20:15:8:18:20 chr5 93731985 . A G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.52;QD=59.9376;RBI=0.0351128;REFB=0;REVB=0.0174464;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96024e-05;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:58:43:0:0:58:43:0:0 chr5 93752874 . C T 266.33 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00361297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.97;QD=21.3064;RBI=0.0309733;REFB=-0.0125211;REVB=-0.0307619;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282234;STB=0.658103;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0122094;OID=.;OPOS=93752874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:9:16:8:17:9:16:8:17 chr5 93812885 . C T 955.0 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8912;QD=58.7694;RBI=0.0850732;REFB=0;REVB=-0.0480635;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100658;OID=.;OPOS=93812885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr5 94050487 . T A 1100.53 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00163565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3533;QD=58.6949;RBI=0.0437331;REFB=0.00342278;REVB=-0.0437025;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00112786;OID=.;OPOS=94050487;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:37:37:0:0:37:37:0:1 chr5 94772540 . C T 526.24 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4432;QD=56.8911;RBI=0.0576001;REFB=-0.0438013;REVB=-0.0513051;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00240432;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr5 94994339 . A G 210.29 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0128424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.461;QD=20.0275;RBI=0.013005;REFB=-0.0116329;REVB=0.00204996;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191347;STB=0.599902;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0106157;OID=.;OPOS=94994339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:21:20:21:0.5:14:6:10:10:14:7:11:10 chr5 95084131 . G A 386.46 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.00152311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.031;QD=18.1864;RBI=0.0168653;REFB=-0.0435573;REVB=0.0167964;RO=45;SAF=15;SAR=25;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659572;STB=0.536723;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0388335;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:25:15:14:31:25:15:14:31 chr5 95091194 . C T 283.79 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00830916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.214;QD=15.1354;RBI=0.044227;REFB=-0.00362057;REVB=0.0434394;RO=42;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717872;STB=0.533313;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00525624;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:16:16:24:18:16:16:24:19 chr5 95091201 . A G 257.28 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0185667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.355;QD=13.7217;RBI=0.0185687;REFB=0.00648955;REVB=0.000275407;RO=45;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234403;STB=0.51336;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00734977;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:14:16:23:22:14:16:23:22 chr5 95152313 . A G 94.14 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0204912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.767;QD=10.46;RBI=0.0377546;REFB=-0.0134051;REVB=0.0317099;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183569;STB=0.60991;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0596638;OID=.;OPOS=95152313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:10:14:5:7:10:14 chr5 95194571 . T C 1170.61 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1478;QD=60.0313;RBI=0.0698588;REFB=0;REVB=-0.0670147;RO=1;SAF=45;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324967;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:1:0:76:78:1:31:45:1:0:32:46:0:0 chr5 95194593 . G T 301.27 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00982521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.3;QD=16.737;RBI=0.0170126;REFB=-0.00219544;REVB=-0.0138886;RO=38;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108201;STB=0.551151;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00266863;OID=.;OPOS=95194593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:14:19:26:12:14:19:26:13 chr5 95222277 . C T 112.86 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00237276;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.88;QD=11.8796;RBI=0.0446883;REFB=-0.0110003;REVB=-0.0446253;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157235;STB=0.592888;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0172936;OID=.;OPOS=95222277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:5:9:12:12:5:9:12:12 chr5 95414909 . T C 568.29 PASS AF=0.582418;AO=49;DP=87;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0208529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.982;QD=24.9798;RBI=0.0276114;REFB=-0.0312712;REVB=0.0180983;RO=37;SAF=27;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00830373;STB=0.505687;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.016905;OID=.;OPOS=95414909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:37:38:49:53:0.582418:22:27:20:17:23:30:21:17 chr5 95728440 . A G 263.71 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.024081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.223;QD=17.2923;RBI=0.0259988;REFB=-0.00899861;REVB=0.00980018;RO=31;SAF=10;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042394;STB=0.5301;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00719043;OID=.;OPOS=95728440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:29:30:0.491803:19:10:12:19:20:10:12:19 chr5 95865526 . G A 152.18 PASS AF=0.226415;AO=24;DP=106;FAO=24;FDP=106;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0436119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.669;QD=5.74266;RBI=0.0725933;REFB=-0.00738226;REVB=0.0580326;RO=82;SAF=12;SAR=12;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152835;STB=0.509426;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0350879;OID=.;OPOS=95865526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:82:82:24:24:0.226415:12:12:42:40:12:12:42:40 chr5 96124296 . C G 2144.47 PASS AF=0.986755;AO=135;DP=160;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0069713;FXX=0.0736151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.098;QD=56.8072;RBI=0.00726418;REFB=0.0286196;REVB=-0.00204188;RO=0;SAF=66;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62241e-08;STB=0.500222;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00189376;OID=.;OPOS=96124296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:151:0:2:135:149:0.986755:69:66:0:0:77:72:1:1 chr5 96231000 . G T 2303.48 PASS AF=0.980892;AO=154;DP=157;FAO=154;FDP=157;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00888836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.736;QD=58.6874;RBI=0.0089342;REFB=0.0178645;REVB=-0.000903858;RO=3;SAF=64;SAR=90;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307849;STB=0.501618;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-1.36414e-05;OID=.;OPOS=96231000;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:157:3:3:154:154:0.980892:90:64:1:2:90:64:1:2 chr5 96232142 . T A 1046.17 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.508;QD=58.1204;RBI=0.0229567;REFB=-0.0382598;REVB=0.00212398;RO=1;SAF=9;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198649;OID=.;OPOS=96232142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:72:1:0:69:72:1:60:9:1:0:61:11:0:0 chr5 96235896 . A G 629.22 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0287396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.233;QD=57.202;RBI=0.0337557;REFB=-0.00647434;REVB=0.0177053;RO=2;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620919;STB=0.50331;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000400258;OID=.;OPOS=96235896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:24:18:1:1:24:18:1:1 chr5 96237326 . G A 1400.02 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0686;QD=61.5394;RBI=0.04697;REFB=-0.0419209;REVB=0.027845;RO=1;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104166;STB=0.505493;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00111913;OID=.;OPOS=96237326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:45:45:0:1:45:45:0:1 chr5 96245343 . C T 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000876477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.532;QD=61.6742;RBI=0.107112;REFB=0;REVB=-0.107109;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261819;OID=.;OPOS=96245343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr5 96245439 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.089;QD=62.3509;RBI=0.0455493;REFB=0;REVB=0.0278878;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115756;OID=.;OPOS=96245439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr5 96249115 . C T 1453.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.573;QD=63.1938;RBI=0.0250427;REFB=0;REVB=0.0216042;RO=0;SAF=28;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36566e-05;OID=.;OPOS=96249115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:64:28:0:0:64:28:0:0 chr5 96350710 . G A 1495.65 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.357;QD=62.3189;RBI=0.0220173;REFB=-0.0673396;REVB=-0.00241022;RO=1;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854429;STB=0.504504;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000594963;OID=.;OPOS=96350710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:55:40:0:1:55:40:0:1 chr5 96498783 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.04;QD=62.6705;RBI=0.0604483;REFB=0;REVB=0.0470236;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415535;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr5 96503523 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.969;QD=48.7368;RBI=0.0241944;REFB=0;REVB=0.0240631;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6335e-05;OID=.;OPOS=96503523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr5 96512865 . T A 868.68 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0086567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.47;QD=57.9121;RBI=0.056972;REFB=0;REVB=0.0563105;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55375e-05;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:29:29:0:0:31:29:0:0 chr5 96512871 . T A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0024073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.011;QD=58.2392;RBI=0.0181704;REFB=0;REVB=-0.0180102;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.41864e-05;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr5 96513471 . G C 655.52 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414638;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5058;QD=62.4302;RBI=0.0424569;REFB=0;REVB=-0.00912878;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277761;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr5 96518791 . GTT GGT,GT,GTA 446.83 PASS AF=0.875,0.125,0;AO=19,8,2;DP=33;FAO=28,4,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=4,2,0;FSAR=24,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428806,-0.0688687,-0.018957;FXX=0.0302939;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=35.7348,21.8512,3.44732;QD=55.854;RBI=0.143937,0.106544,0.0487144;REFB=0,0,0;REVB=0.137401,-0.0812943,-0.0448746;RO=0;SAF=4,0,0;SAR=15,8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=5.00629e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.00373785,0.00785111,0;OID=.,.,.;OPOS=96518792,96518792,96518793;OREF=T,T,T;OALT=G,-,A;OMAPALT=GGT,GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.875,0.125,0:19,8,2:33:28,4,0:32:0:4,2,0:24,2,0:0:0:14:0:4,0,0:15,8,2:0:0 chr5 97014421 . T C 137.06 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0409935;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.6676;QD=9.96822;RBI=0.0419302;REFB=0.00973116;REVB=-0.00881371;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480646;STB=0.527243;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0192813;OID=.;OPOS=97014421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:37:18:18:0.327273:9:9:16:19:9:9:17:20 chr5 98131505 . A G 107.99 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0265334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.38;QD=13.0897;RBI=0.039178;REFB=-0.0216366;REVB=-0.0288253;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123637;STB=0.507031;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0455047;OID=.;OPOS=98131505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:6:7:10:9:6:7:11:9 chr5 98217081 . TA T 55.85 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.167431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.1559;QD=6.76992;RBI=0.167783;REFB=-0.0685383;REVB=0.0108688;RO=18;SAF=1;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0.306122;SSEP=0;SSSB=-0.59096;STB=0.634721;STBP=0.206;TYPE=del;VARB=0.131452;OID=.;OPOS=98217082;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:14:33:15:33:18:3:12:7:11:55:18:1:13:9:9 chr5 99388523 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.932;QD=61.3352;RBI=0.0473504;REFB=0;REVB=0.0182327;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216749;OID=.;OPOS=99388523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:26:13:0:0:26:14:0:0 chr5 100068875 . C T 1377.48 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4007;QD=62.6129;RBI=0.00899756;REFB=0;REVB=-0.00875156;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.39171e-05;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr5 100145388 . A C 727.33 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9815;QD=63.2464;RBI=0.0563931;REFB=0;REVB=0.0563807;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554745;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chr5 100145662 . A AACAC 36.98 PASS AF=0.3;AO=5;DP=26;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0383157;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=4;MLLD=161.989;QD=7.39563;RBI=0.0779679;REFB=-0.0262173;REVB=0.0679036;RO=20;SAF=4;SAR=1;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.791194;STBP=0.828;TYPE=ins;VARB=0.0804048;OID=.;OPOS=100145663;OREF=-;OALT=ACAC;OMAPALT=AACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:5:26:6:20:14:5:1:14:0:36:20:4:1:16:4 chr5 100146447 . G T 1006.26 PASS AF=0.958904;AO=67;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00364745;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.462;QD=55.1377;RBI=0.00386655;REFB=-0.0532046;REVB=-0.0012831;RO=2;SAF=27;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337193;STB=0.516124;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00625663;OID=.;OPOS=100146447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:73:73:2:2:67:70:0.958904:40:27:2:0:40:30:2:0 chr5 101466768 . C G 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0214286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.114;QD=16.2361;RBI=0.0216842;REFB=-0.0191021;REVB=-0.0033195;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789925;STB=0.544556;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0232657;OID=.;OPOS=101466768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:11:19:20:16:11:19:20:16 chr5 101631790 . T G 252.54 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0103158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.32;QD=12.6268;RBI=0.0334281;REFB=-0.0050722;REVB=-0.0317966;RO=47;SAF=17;SAR=13;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789833;STB=0.521317;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0101007;OID=.;OPOS=101631790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:50:30:30:0.375:13:17:30:17:13:17:30:20 chr5 101638266 . T C 129.12 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00477949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.028;QD=13.2427;RBI=0.0417826;REFB=-0.0140378;REVB=-0.0415084;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117626;STB=0.578837;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0293629;OID=.;OPOS=101638266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:24:15:15:0.384615:4:11:14:8:4:11:15:9 chr5 101638440 . C A 263.5 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0159537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.137;QD=17.5667;RBI=0.0180734;REFB=-0.0123749;REVB=-0.00849285;RO=31;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738603;STB=0.541483;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0158532;OID=.;OPOS=101638440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:19:10:13:18:19:10:13:18 chr5 101724448 . G C 242.39 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00426003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.453;QD=12.592;RBI=0.0410341;REFB=-0.0186312;REVB=-0.0408123;RO=48;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263694;STB=0.515141;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0347383;OID=.;OPOS=101724448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:17:12:21:27:17:12:21:27 chr5 102365186 . G A 753.72 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853349;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5121;QD=56.8847;RBI=0.00862318;REFB=0;REVB=-0.00124052;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116448;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr5 102365426 . C CAG 594.8 PASS AF=0.803279;AO=49;DP=62;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0218449;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.738;QD=39.0033;RBI=0.0449732;REFB=-0.0417464;REVB=0.0393114;RO=13;SAF=13;SAR=36;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127555;STB=0.574589;STBP=0.036;TYPE=ins;VARB=0.00798646;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.803279:49:62:49:61:12:13:36:7:5:72:13:13:36:7:6 chr5 102512570 . C A,CA 952.46 PASS AF=0.0138889,0.986111;AO=4,65;DP=74;FAO=1,71;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=1,30;FSAR=0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189024,0.0398439;FXX=0.0136968;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=5.01074,21.0086;QD=52.9142;RBI=0.125331,0.101941;REFB=0,0;REVB=-0.123897,-0.0938321;RO=3;SAF=2,27;SAR=2,38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.357477,-0.049638;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00847129,-0.00103317;OID=.,.;OPOS=102512570,102512571;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:74:72:3:0:4,65:1,71:0.0138889,0.986111:2,38:2,27:3:0:0,41:1,30:0:0 chr5 102891695 . A G 440.56 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0197094;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.69;QD=15.5952;RBI=0.023682;REFB=-0.0141604;REVB=0.0131293;RO=64;SAF=29;SAR=20;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940553;STB=0.552764;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0174611;OID=.;OPOS=102891695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:64:64:49:49:0.433628:20:29:32:32:20:29:32:32 chr5 108133967 . A G 345.77 PASS AF=0.634615;AO=32;DP=51;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0436351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.6895;QD=26.598;RBI=0.0457801;REFB=-0.0141153;REVB=0.013849;RO=19;SAF=11;SAR=21;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212067;STB=0.519073;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00889244;OID=.;OPOS=108133967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:19:19:32:33:0.634615:21:11:6:13:21:12:6:13 chr5 108281909 . C G 292.1 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0289319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1557;QD=12.4298;RBI=0.0599892;REFB=-0.027006;REVB=-0.0525514;RO=58;SAF=13;SAR=21;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258716;STB=0.647264;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0349866;OID=.;OPOS=108281909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:58:60:34:34:0.361702:21:13:36:22:21:13:37:23 chr5 108373106 . C A 206.27 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0539074;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7901;QD=12.6933;RBI=0.0866716;REFB=-0.0304299;REVB=-0.0678672;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321898;STB=0.509379;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0459791;OID=.;OPOS=108373106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:11:14:23:16:11:14:23:17 chr5 108672755 . T A 559.56 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00365871;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.17;QD=20.5341;RBI=0.00918043;REFB=-0.0118129;REVB=-0.00841987;RO=50;SAF=30;SAR=27;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901781;STB=0.558209;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0108388;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:50:52:57:57:0.522936:27:30:21:29:27:30:21:31 chr5 108672946 . C T 409.27 PASS AF=0.609375;AO=38;DP=63;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-3.7558e-05;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.992;QD=25.5792;RBI=0.0563158;REFB=-0.000447125;REVB=-0.0563158;RO=25;SAF=22;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434081;STB=0.517428;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.000263089;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:25:25:38:39:0.609375:16:22:13:12:17:22:13:12 chr5 108713970 . C T 177.09 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0237775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2023;QD=8.53419;RBI=0.0458677;REFB=0.00110906;REVB=-0.0392234;RO=58;SAF=13;SAR=11;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291714;STB=0.523646;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00439556;OID=.;OPOS=108713970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:59:24:24:0.289157:11:13:30:28:11:13:30:29 chr5 108713982 . T C 173.27 PASS AF=0.303797;AO=23;DP=78;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0187055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.169;QD=8.7731;RBI=0.0192116;REFB=-0.00870895;REVB=-0.00438043;RO=55;SAF=11;SAR=12;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365589;STB=0.506324;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0166734;OID=.;OPOS=108713982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:55:55:23:24:0.303797:12:11:28:27:12:12:28:27 chr5 108719151 . G A 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0239119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.828;QD=13.0362;RBI=0.0266904;REFB=-0.0203568;REVB=0.0118574;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15802;STB=0.579913;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0335064;OID=.;OPOS=108719151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:9:9:11:20:9:9:12:20 chr5 109035302 . T TAAAG 427.74 PASS AF=0.864865;AO=29;DP=38;FAO=32;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0165558;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=4;MLLD=198.378;QD=46.2422;RBI=0.0292885;REFB=-0.0293486;REVB=0.0241604;RO=5;SAF=21;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262006;STB=0.513734;STBP=0.768;TYPE=ins;VARB=0.00260395;OID=.;OPOS=109035303;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.864865:29:38:32:37:5:23:9:4:1:26:5:21:8:4:1 chr5 109035496 . A G 375.56 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.119;QD=55.6388;RBI=0.0310105;REFB=0;REVB=0.0307936;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200725;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr5 109117171 . A G 1725.0 PASS AF=1;AO=111;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137266;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4953;QD=60.5264;RBI=0.100082;REFB=0;REVB=0.0991361;RO=0;SAF=84;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458211;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:111:114:1:27:84:0:0:28:86:0:0 chr5 109181682 . A T 1011.07 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293522;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.295;QD=59.475;RBI=0.0441962;REFB=0;REVB=0.0330417;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59529e-05;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:66:68:1:38:28:0:0:37:31:0:0 chr5 109190935 . TCTC T 1510.35 PASS AF=1;AO=97;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410268;FXX=0.0467246;HRUN=1;LEN=3;MLLD=154.108;QD=59.2295;RBI=0.0161749;REFB=0;REVB=-0.0156459;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.57415e-05;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:100:102:102:0:56:46:0:0:8:0:55:42:0:0 chr5 110096939 . G A 425.71 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0157693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.503;QD=15.3408;RBI=0.0164876;REFB=-0.0163331;REVB=-0.00481353;RO=63;SAF=33;SAR=15;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254593;STB=0.643213;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0216833;OID=.;OPOS=110096939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:15:33:28:35:15:33:28:35 chr5 110439509 . A G 400.57 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0120487;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9421;QD=21.0828;RBI=0.0277416;REFB=0.00130239;REVB=0.0249885;RO=36;SAF=18;SAR=22;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903716;STB=0.549975;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00132519;OID=.;OPOS=110439509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:36:36:40:40:0.526316:22:18:20:16:22:18:20:16 chr5 110456704 . A T 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0043524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.202;QD=16.4439;RBI=0.00582242;REFB=-0.017449;REVB=0.00386746;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929154;STB=0.553139;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0214379;OID=.;OPOS=110456704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:11:16:10:10:11:16 chr5 110784822 . A G,T 1636.13 PASS AF=0.972727,0.0272727;AO=106,4;DP=110;FAO=107,3;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55,3;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462079,0.0225537;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.7051,204.437;QD=59.4955;RBI=0.0498012,0.0240692;REFB=0,0;REVB=0.0185739,-0.00840578;RO=0;SAF=55,3;SAR=51,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00450431,0.0623488;OID=.,.;OPOS=110784822,110784822;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:110:110:0:0:106,4:107,3:0.972727,0.0272727:51,1:55,3:0:0:52,0:55,3:0:0 chr5 110819753 . G C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.961;QD=57.5453;RBI=0.0230666;REFB=0;REVB=0.0202443;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18963e-05;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr5 111065696 . C CAAAG 123.98 PASS AF=0.307692;AO=14;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0306446;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=253.441;QD=9.5367;RBI=0.0315189;REFB=-0.00966426;REVB=-0.00737215;RO=36;SAF=5;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294752;STB=0.660182;STBP=0.11;TYPE=ins;VARB=0.0176348;OID=.;OPOS=111065697;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:14:52:16:52:36:6:10:22:14:99:36:5:9:22:14 chr5 111065764 . C T 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0228335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.849;QD=9.25788;RBI=0.0228402;REFB=0.00481562;REVB=0.000552074;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136904;STB=0.583194;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0125163;OID=.;OPOS=111065764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:7:5:15:13:7:5:15:13 chr5 111066697 . T C 344.89 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=123;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0205802;FXX=0.0564471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.484;QD=11.791;RBI=0.0210109;REFB=-0.0200674;REVB=-0.00423204;RO=81;SAF=21;SAR=21;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070543;STB=0.521357;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0348774;OID=.;OPOS=111066697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:117:81:75:42:42:0.358974:21:21:41:40:21:21:35:40 chr5 111496581 . A G 627.76 PASS AF=0.481203;AO=63;DP=133;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=18;FWDB=-0.0113457;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.153;QD=18.8801;RBI=0.0208262;REFB=-0.0299756;REVB=0.0174644;RO=65;SAF=25;SAR=38;SRF=50;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332463;STB=0.675273;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.028386;OID=.;OPOS=111496581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:69:63:64:0.481203:38:25:50:15:39:25:51:18 chr5 111500816 . C CTAAAA 469.33 PASS AF=0.522727;AO=42;DP=93;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0276417;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=5;MLLD=245.388;QD=21.3334;RBI=0.0290622;REFB=-0.0145176;REVB=-0.00897485;RO=46;SAF=7;SAR=35;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533154;STB=0.766689;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0125816;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522727:42:93:46:88:42:8:38:28:14:99:46:7:35:32:14 chr5 111504479 . C T 1458.17 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334374;FXX=0.0833256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.721;QD=58.9158;RBI=0.0334432;REFB=0;REVB=0.000621374;RO=1;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920763;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747699;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:1:0:95:99:1:51:44:0:1:54:45:0:0 chr5 111504480 . G T 32.38 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.0128314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1149;QD=1.21054;RBI=0.0327607;REFB=-0.0218114;REVB=-0.0301433;RO=98;SAF=1;SAR=8;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437138;STB=0.865942;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0821055;OID=.;OPOS=111504480;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:107:98:98:9:9:0.0841121:8:1:47:51:8:1:47:51 chr5 111506069 . G A 766.26 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.963;QD=63.8548;RBI=0.0488838;REFB=0;REVB=0.00337622;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.25046e-05;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr5 111519740 . T C 1814.65 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0243636;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.134;QD=59.4966;RBI=0.0460955;REFB=-0.166405;REVB=0.0391307;RO=2;SAF=57;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016373;STB=0.508619;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000641192;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:123:122:2:2:120:120:0.983607:63:57:2:0:63:57:2:0 chr5 111530284 . A G 340.63 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4241;QD=54.5003;RBI=0.0216735;REFB=0;REVB=-0.0184939;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.4364e-05;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr5 111545670 . C G 952.8 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0300041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.809;QD=56.8838;RBI=0.0307673;REFB=0.0138037;REVB=0.00681015;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000151591;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:65:66:0.985075:36:29:0:0:36:30:0:1 chr5 111611076 . A G 141.21 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0208248;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.208;QD=12.2792;RBI=0.06023;REFB=-0.00878559;REVB=-0.0565154;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325676;STB=0.519207;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0176984;OID=.;OPOS=111611076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:9:7:14:16:9:7:14:16 chr5 112162854 . T C 663.38 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0050964;FXX=0.0354585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.348;QD=19.5111;RBI=0.0241044;REFB=-0.0154954;REVB=0.0235594;RO=67;SAF=26;SAR=40;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119199;STB=0.577594;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0186066;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:67:70:66:66:0.485294:40:26:35:32:40:26:38:32 chr5 112164561 . G A 366.96 PASS AF=0.438202;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0249359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.87;QD=16.4926;RBI=0.0454391;REFB=-0.0179844;REVB=0.0379857;RO=49;SAF=20;SAR=18;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365747;STB=0.507201;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0310738;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:49:50:38:39:0.438202:18:20:24:25:19:20:25:25 chr5 112175770 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0018495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.824;QD=12.7817;RBI=0.0208572;REFB=-0.000151232;REVB=-0.020775;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141152;STB=0.583171;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00023205;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:5:9:5:5:5:9 chr5 112176325 . G A 161.4 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.019804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.269;QD=18.4452;RBI=0.0442725;REFB=-0.0505573;REVB=-0.0395961;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132778;STB=0.606768;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.053232;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:18:16:17:0.485714:6:10:6:7:6:11:8:10 chr5 112176559 . T G 139.61 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.055762;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7407;QD=11.8815;RBI=0.0557935;REFB=-0.0210879;REVB=0.00187684;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159409;STB=0.509422;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0388141;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:9:7:14:17:9:7:14:17 chr5 112176756 . T A 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0416208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7234;QD=13.0359;RBI=0.0424616;REFB=-0.0193386;REVB=0.00840822;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550325;STB=0.532222;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0239192;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:11:7:14:18:11:7:14:18 chr5 112200098 . A G 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.382;QD=62.979;RBI=0.106078;REFB=0;REVB=0.0793381;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189367;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr5 112203564 . T A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.736;QD=61.3364;RBI=0.0153115;REFB=0;REVB=0.00521728;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09629e-05;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr5 112227522 . A G 282.31 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00206616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.788;QD=29.7173;RBI=0.034898;REFB=-0.0377382;REVB=0.0348368;RO=13;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139115;STB=0.580799;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0145376;OID=.;OPOS=112227522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:24:25:0.657895:16:8:7:6:17:8:7:6 chr5 112227799 . A G 144.18 PASS AF=0.625;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00466814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.887;QD=24.0303;RBI=0.0109129;REFB=-0.00123833;REVB=-0.00986407;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884995;STB=0.533289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.000599428;OID=.;OPOS=112227799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:9:9:14:15:0.625:8:6:5:4:8:7:5:4 chr5 112227939 . T C 329.68 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0166004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.939;QD=15.5144;RBI=0.0733797;REFB=-0.0299443;REVB=0.0714773;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219616;STB=0.626307;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.047289;OID=.;OPOS=112227939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:47:49:35:36:0.423529:18:17:33:14:19:17:34:15 chr5 112228667 . G A 361.86 PASS AF=0.516667;AO=16;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.073202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.905;QD=24.1241;RBI=0.0871293;REFB=-0.10849;REVB=0.0472543;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658609;STB=0.625768;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.073863;OID=.;OPOS=112228667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:16:17:16:31:0.516667:11:5:4:12:11:20:5:12 chr5 112228765 . C A 316.38 PASS AF=0.658537;AO=26;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0271847;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.7469;QD=30.8661;RBI=0.0271853;REFB=0.00790339;REVB=-0.000176216;RO=15;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221316;STB=0.518103;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00140772;OID=.;OPOS=112228765;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:14:26:27:0.658537:13:13:7:8:14:13:6:8 chr5 112312528 . T C 170.58 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0599477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1318;QD=17.0584;RBI=0.0605137;REFB=-0.0249762;REVB=0.00825672;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516387;STB=0.53842;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0378526;OID=.;OPOS=112312528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:6:12:15:6:6:12:16:6 chr5 112312676 . T C 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.462;QD=59.8934;RBI=0.0311789;REFB=-0.102333;REVB=0.0185102;RO=1;SAF=35;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133348;STB=0.507041;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00167107;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:45:35:1:0:45:35:1:0 chr5 112328377 . A G 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0473924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.058;QD=18.0727;RBI=0.0474868;REFB=-0.0232644;REVB=-0.00299357;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732914;STB=0.540956;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0439043;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:15:15:13:18:15:15:13:18 chr5 112349070 . T C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00680668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.177;QD=12.7914;RBI=0.0369667;REFB=-0.0251825;REVB=-0.0363347;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177621;STB=0.604591;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0392602;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:12:11:9:5:12:11 chr5 112349379 . T C 261.68 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0119986;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.72;QD=16.8828;RBI=0.0246896;REFB=-0.00947142;REVB=0.021578;RO=32;SAF=7;SAR=22;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216546;STB=0.633409;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0248869;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:22:7:14:18:22:7:15:18 chr5 112350707 . G A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0202304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.104;QD=21.0079;RBI=0.0205298;REFB=-0.00137062;REVB=-0.00349371;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10397;STB=0.557677;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.000728548;OID=.;OPOS=112350707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:14:11:17:13:14:11 chr5 112358131 . T C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00944709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.161;QD=16.6156;RBI=0.0106891;REFB=-0.00809351;REVB=-0.00500094;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570481;STB=0.549942;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00948477;OID=.;OPOS=112358131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:9:7:8:13:9:8:8:13 chr5 112379289 . G A 220.77 PASS AF=0.369863;AO=26;DP=72;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00248249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.923;QD=12.0971;RBI=0.0413617;REFB=0.00085757;REVB=0.0412871;RO=46;SAF=19;SAR=7;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359038;STB=0.713373;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000624971;OID=.;OPOS=112379289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:46:46:26:27:0.369863:7:19:19:27:7:20:19:27 chr5 112384725 . GGTCACTGGGCA G 93.91 PASS AF=0.301587;AO=18;DP=61;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00786455;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=11;MLLD=290.374;QD=5.96249;RBI=0.0815382;REFB=-0.0175017;REVB=-0.081158;RO=25;SAF=15;SAR=3;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915551;STB=0.712436;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=0.0385344;OID=.;OPOS=112384726;OREF=GTCACTGGGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301587:18:61:19:63:44:16:3:27:17:93:25:15:3:22:3 chr5 112384802 . G A,C 1138.14 PASS AF=0.948718,0.0384615;AO=72,4;DP=78;FAO=74,3;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=43,3;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0472154,-0.0610622;FXX=0.0126566;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.4036,11.261;QD=58.3662;RBI=0.0763751,0.075758;REFB=-0.0672968,-0.115319;REVB=0.0600322,0.0448406;RO=0;SAF=41,4;SAR=31,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.507934,0.994936;STBP=0.289,0.122;TYPE=snp,snp;VARB=0.00491284,0.0893327;OID=.,.;OPOS=112384802,112384802;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:78:78:0:1:72,4:74,3:0.948718,0.0384615:31,0:41,4:0:0:31,0:43,3:0:1 chr5 112399791 . G A 381.79 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00969798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.406;QD=16.9686;RBI=0.0378206;REFB=-0.0262173;REVB=-0.036556;RO=47;SAF=34;SAR=6;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437623;STB=0.748436;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0217019;OID=.;OPOS=112399791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:50:40:40:0.444444:6:34:23:24:6:34:25:25 chr5 112406862 . G A 376.51 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0116556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.004;QD=20.9169;RBI=0.0221576;REFB=-0.0317384;REVB=0.0188443;RO=33;SAF=21;SAR=17;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157846;STB=0.5799;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0323305;OID=.;OPOS=112406862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:34:38:38:0.527778:17:21:12:21:17:21:13:21 chr5 112439941 . T C 902.54 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1899;QD=58.2282;RBI=0.0684087;REFB=0;REVB=0.0682787;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591937;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:38:23:0:0:39:23:0:0 chr5 112479004 . T C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.227;QD=57.2363;RBI=0.0273559;REFB=0;REVB=0.0246373;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132169;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr5 112769541 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0165509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.716;QD=12.2162;RBI=0.0321064;REFB=-0.0115361;REVB=0.0275116;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896757;STB=0.538411;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0174359;OID=.;OPOS=112769541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:8:7:10:16:8:7:11:16 chr5 112823998 . C T 2320.4 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.014;QD=63.5726;RBI=0.0632772;REFB=0;REVB=0.025549;RO=0;SAF=30;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82558e-05;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:146:0:0:140:146:1:110:30:0:0:110:36:0:0 chr5 112824039 . T C 635.32 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864857;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.993;QD=61.9822;RBI=0.0868856;REFB=0;REVB=0.00832653;RO=0;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547247;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:34:7:0:0:34:7:0:0 chr5 112868693 . C A 495.08 PASS AF=0.5;AO=50;DP=107;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0244173;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.294;QD=18.6822;RBI=0.0263089;REFB=-0.0369746;REVB=0.00979566;RO=52;SAF=25;SAR=25;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353677;STB=0.528332;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0157322;OID=.;OPOS=112868693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:52:53:50:53:0.5:25:25:24:28:27:26:23:30 chr5 112884728 . G A 150.08 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0894022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.715;QD=8.22378;RBI=0.0910159;REFB=-0.00397941;REVB=-0.0170625;RO=52;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102465;STB=0.560919;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00680754;OID=.;OPOS=112884728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:52:21:21:0.287671:12:9:18:34:12:9:18:34 chr5 112888875 . C T 59.92 PASS AF=0.375;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0232538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8591;QD=9.98684;RBI=0.0232727;REFB=-0.00219136;REVB=-0.000939285;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435168;STB=0.747;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0292291;OID=.;OPOS=112888875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:23:24:14:15:9:9:0.375:2:7:5:9:2:7:6:9 chr5 112888882 . A T 120.12 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0303175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.124;QD=15.4996;RBI=0.0782629;REFB=-0.0273556;REVB=0.0721521;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121546;STB=0.656332;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0164839;OID=.;OPOS=112888882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:12:16:14:14:0.451613:4:10:7:5:4:10:7:9 chr5 112889374 . G A 447.29 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00258044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5592;QD=18.445;RBI=0.00618002;REFB=-0.0264006;REVB=-0.00561552;RO=52;SAF=18;SAR=27;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977849;STB=0.554597;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0372502;OID=.;OPOS=112889374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:27:18:26:26:27:18:26:26 chr5 112899702 . A G 467.65 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0232269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.75;QD=20.1139;RBI=0.0530008;REFB=-0.00998351;REVB=0.0476403;RO=47;SAF=17;SAR=29;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170391;STB=0.594617;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00976375;OID=.;OPOS=112899702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:29:17:26:21:29:17:26:21 chr5 112926755 . G A 205.38 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00815257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1058;QD=12.8365;RBI=0.0190755;REFB=-0.00736118;REVB=-0.0172456;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129866;STB=0.57425;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00968136;OID=.;OPOS=112926755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:13:12:14:25:13:12:14:25 chr5 112929013 . T A 197.67 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0342884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6685;QD=18.8254;RBI=0.0565017;REFB=-0.00186377;REVB=-0.0449082;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423538;STB=0.502401;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00247205;OID=.;OPOS=112929013;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:12:10:9:11:12:10 chr5 112930952 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.000952322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.913;QD=18.4388;RBI=0.0084374;REFB=-0.0164835;REVB=-0.00838349;RO=29;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032423;STB=0.518135;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0119243;OID=.;OPOS=112930952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:18:11:12:17:18:11:12:17 chr5 113589389 . T A 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0040388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.239;QD=54.6509;RBI=0.00488221;REFB=-0.0533757;REVB=0.00274302;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018468;STB=0.5098;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.000176832;OID=.;OPOS=113589389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:0:1:25:27:0:1 chr5 113698544 . G C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00425366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.607;QD=14.0975;RBI=0.011703;REFB=-0.0211999;REVB=-0.0109026;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171216;STB=0.509985;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0285424;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:8:10:7:6:8:10 chr5 113698631 . T C,TGCC 57.61 PASS AF=0.0333333,0.266667;AO=3,6;DP=34;FAO=1,8;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=0,5;FSAR=1,3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0471294,-0.0301509;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=161.459,99.4474;QD=7.68086;RBI=0.0739742,0.041022;REFB=-0.00484774,-0.00823455;REVB=-0.0570176,-0.0278159;RO=24;SAF=2,4;SAR=1,2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.992809,0.53263;STBP=0.238,0.865;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0200767,0.0398498;OID=.,.;OPOS=113698631,113698632;OREF=T,-;OALT=C,GCC;OMAPALT=C,TGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:34:30:24:21:3,6:1,8:0.0333333,0.266667:1,2:2,4:16:8:1,3:0,5:14:7 chr5 113829121 . A G 834.85 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.236;QD=57.576;RBI=0.0618452;REFB=0;REVB=0.0525697;RO=0;SAF=16;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226632;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:41:16:0:0:42:16:0:0 chr5 114460580 . C G 339.73 PASS AF=0.404255;AO=37;DP=93;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0261699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7399;QD=14.4566;RBI=0.0290381;REFB=-0.0149046;REVB=-0.0125837;RO=55;SAF=16;SAR=21;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621193;STB=0.531479;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0233255;OID=.;OPOS=114460580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:55:56:37:38:0.404255:21:16:27:28:21:17:28:28 chr5 114462355 . C T 194.73 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0126733;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.727;QD=16.5725;RBI=0.0131508;REFB=-0.0189352;REVB=0.00351173;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157788;STB=0.599898;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0353965;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:27:20:20:0.425532:7:13:14:14:7:13:13:14 chr5 114480364 . C T 447.95 PASS AF=0.368794;AO=52;DP=141;FAO=52;FDP=141;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0133033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.468;QD=12.7079;RBI=0.0201052;REFB=0.00163651;REVB=0.0150746;RO=88;SAF=27;SAR=25;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164532;STB=0.505601;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.00328582;OID=.;OPOS=114480364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:88:89:52:52:0.368794:25:27:47:41:25:27:47:42 chr5 114858437 . G T 544.93 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.507;QD=58.9114;RBI=0.0618932;REFB=0;REVB=0.050082;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407058;OID=.;OPOS=114858437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:37:0:0:32:37:1:12:20:0:0:15:22:0:0 chr5 115110090 . A C 799.3 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0671149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0925;QD=53.2868;RBI=0.0683609;REFB=-0.147384;REVB=0.0129926;RO=2;SAF=33;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277204;STB=0.514281;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00207485;OID=.;OPOS=115110090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:59:60:2:2:56:58:0.966667:23:33:2:0:24:34:2:0 chr5 115177733 . C T 144.71 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0138979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3808;QD=15.6447;RBI=0.0165768;REFB=-0.0224566;REVB=-0.00903541;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235652;STB=0.513601;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0288139;OID=.;OPOS=115177733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:14:7:5:11:14:7 chr5 115249078 . C T 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.000349714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.373;QD=11.8816;RBI=0.00758555;REFB=-0.00468017;REVB=-0.00757749;RO=28;SAF=1;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603142;STB=0.870488;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00833771;OID=.;OPOS=115249078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:14:1:13:15:14:1:13:15 chr5 115249271 . G A 386.16 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=121;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.00491002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6838;QD=12.7655;RBI=0.013571;REFB=-0.00531146;REVB=0.0126516;RO=74;SAF=27;SAR=19;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513821;STB=0.533856;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0124151;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:74:75:46:46:0.380165:19:27:40:34:19:27:40:35 chr5 115298232 . G C 1055.6 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.923;QD=59.4701;RBI=0.0483008;REFB=0;REVB=0.0139815;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03481e-05;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:35:35:0:0:35:36:0:0 chr5 115298378 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=17;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.602;QD=59.4355;RBI=0.0732714;REFB=0;REVB=0.0130718;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022051;OID=.;OPOS=115298378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:17:35:1:5:12:0:0:22:13:0:0 chr5 115298475 . T C 340.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.331;QD=54.5041;RBI=0.0334547;REFB=0;REVB=0.0147202;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026466;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr5 115298517 . C CG 360.31 PASS AF=1;AO=3;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294214;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.5748;QD=49.6978;RBI=0.117155;REFB=0;REVB=0.113401;RO=26;SAF=2;SAR=1;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253111;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00358719;OID=.;OPOS=115298518;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:29:29:29:0:13:16:0:0:4:26:2:1:11:15 chr5 115298518 . A G 334.05 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0373037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9846;QD=46.076;RBI=0.0495312;REFB=0.0109438;REVB=0.0325848;RO=3;SAF=11;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473738;STB=0.525587;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.000158272;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:15:11:2:1:15:11:2:1 chr5 115298977 . C T 3084.88 PASS AF=0.981132;AO=206;DP=210;FAO=208;FDP=212;FR=.;FRO=4;FSAF=98;FSAR=110;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.118128;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7737;QD=58.2053;RBI=0.119455;REFB=-0.143467;REVB=0.0177558;RO=4;SAF=97;SAR=109;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192335;STB=0.509999;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00718295;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:210:212:4:4:206:208:0.981132:109:97:4:0:110:98:4:0 chr5 115341611 . G T 2083.81 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.028;QD=62.671;RBI=0.0273403;REFB=0;REVB=0.0239314;RO=0;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27152e-05;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:66:67:0:0:66:67:0:0 chr5 115341638 . G C 1700.49 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320801;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5829;QD=60.7316;RBI=0.00408891;REFB=0;REVB=-0.00253532;RO=0;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218641;OID=.;OPOS=115341638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:54:58:0:0:54:58:0:0 chr5 115362148 . A G 247.21 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0311546;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.0293;QD=13.7337;RBI=0.0376615;REFB=0.00392784;REVB=0.0211608;RO=41;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114694;STB=0.580589;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0032205;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:43:29:29:0.402778:18:11:20:21:18:11:22:21 chr5 115394626 . G A 1334.08 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00211396;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.487;QD=61.3369;RBI=0.00328293;REFB=-0.131737;REVB=0.00251174;RO=1;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101877;STB=0.505375;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000105153;OID=.;OPOS=115394626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:85:86:0.988506:46:39:0:1:46:40:0:1 chr5 115428334 . G T 441.31 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0455765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.823;QD=14.8341;RBI=0.0467333;REFB=0.00218249;REVB=0.0103335;RO=68;SAF=24;SAR=26;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506578;STB=0.532559;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00313302;OID=.;OPOS=115428334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:69:50:50:0.420168:26:24:36:32:26:24:37:32 chr5 115428381 . T G 697.76 PASS AF=0.625;AO=60;DP=95;FAO=60;FDP=96;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00326522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.892;QD=29.0733;RBI=0.0200221;REFB=-0.0292632;REVB=0.0197541;RO=34;SAF=30;SAR=30;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392351;STB=0.520826;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0145314;OID=.;OPOS=115428381;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:34:36:60:60:0.625:30:30:15:19:30:30:16:20 chr5 115469773 . C T 296.58 PASS AF=0.434211;AO=32;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0210183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.6;QD=15.6093;RBI=0.0215508;REFB=-0.00663251;REVB=-0.0047609;RO=42;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15229;STB=0.586154;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00648334;OID=.;OPOS=115469773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:43:32:33:0.434211:12:20:20:22:12:21:21:22 chr5 115811300 . CT CA,TA 99.44 PASS AF=0.285714,0;AO=10,4;DP=37;FAO=10,0;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=2,0;FSAR=8,0;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00413462,-0.0254393;FXX=0.0540395;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=109.725,62.5042;QD=11.3642;RBI=0.0054397,0.0517336;REFB=-0.00857722,-0.0141267;REVB=-0.00353487,-0.0450467;RO=20;SAF=2,0;SAR=8,4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.150214,-0.589199;STB=0.571275,0.5;STBP=0.665,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0168181,0;OID=.,.;OPOS=115811301,115811300;OREF=T,CT;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:37:35:20:22:10,4:10,0:0.285714,0:8,4:2,0:6:14:8,0:2,0:6:16 chr5 115813726 . A G 1144.21 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0679444;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9074;QD=59.4396;RBI=0.068075;REFB=-0.137219;REVB=-0.00421488;RO=1;SAF=56;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00837679;STB=0.504424;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00139658;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:77:1:1:76:76:0.987013:20:56:1:0:20:56:1:0 chr5 118479532 . AC CA 54.09 PASS AF=0.210526;AO=6;DP=40;FAO=8;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.035417;FXX=0.0499875;HRUN=8;LEN=2;MLLD=36.0653;QD=5.69327;RBI=0.0358605;REFB=-0.118912;REVB=0.005623;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53669;STB=0.890803;STBP=0.024;TYPE=mnp;VARB=0.0396053;OID=.;OPOS=118479532;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:38:28:29:6:8:0.210526:1:5:10:18:1:7:10:19 chr5 118482567 . C G 252.29 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0426661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6438;QD=21.0243;RBI=0.043111;REFB=0.0010656;REVB=0.00617787;RO=23;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555911;STB=0.545416;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00343699;OID=.;OPOS=118482567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:8:16:14:9:8:16:14:10 chr5 118484804 . G A 553.26 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.319;QD=59.8119;RBI=0.0580616;REFB=0;REVB=0.018223;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170206;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:26:11:0:0 chr5 118503399 . TAAAAAAG TAAAAA,TAAAAAG 69.2 PASS AF=0,0.6;AO=10,10;DP=49;FAO=0,30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=0,11;FSAR=0,19;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0240594,0.122604;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=86.743,6.51724;QD=5.53602;RBI=0.0250197,0.193016;REFB=-0.0204803,-0.0798592;REVB=-0.00686537,0.149076;RO=23;SAF=6,2;SAR=4,8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0.302326,0.302326;SSSB=0.326955,-0.160116;STB=0.5,0.529135;STBP=1,0.669;TYPE=del,del;VARB=0,0.032707;OID=.,.;OPOS=118503405,118503400;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6:10,10:49:0,30:50:20:0,11:0,19:6:14:45:23:6,2:4,8:7:16 chr5 118533499 . A G 1392.79 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=104;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00231797;FXX=0.0288434;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.271;QD=55.1599;RBI=0.00905697;REFB=-0.00994825;REVB=0.00875533;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.514787;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000713555;OID=.;OPOS=118533499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:104:101:0:4:97:97:0.960396:38:59:0:0:38:59:1:3 chr5 118582779 . G C 993.05 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2943;QD=57.5681;RBI=0.0417155;REFB=-0.040344;REVB=0.0403008;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000790997;OID=.;OPOS=118582779;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:38:30:1:0:38:30:1:0 chr5 118827842 . T C 775.22 PASS AF=0.90625;AO=57;DP=63;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0718288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.335;QD=48.4514;RBI=0.0720067;REFB=-0.164844;REVB=0.00505855;RO=3;SAF=16;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00611829;STB=0.540815;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00179326;OID=.;OPOS=118827842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:63:64:3:6:57:58:0.90625:41:16:1:2:41:17:4:2 chr5 118872184 . C T 316.74 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00489147;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8632;QD=14.9053;RBI=0.0596001;REFB=-0.00309803;REVB=-0.059399;RO=48;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924362;STB=0.554202;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00478691;OID=.;OPOS=118872184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:50:35:35:0.411765:22:13:22:26:22:13:23:27 chr5 118969960 . C T 438.73 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0244418;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.256;QD=50.1403;RBI=0.0275786;REFB=-0.199554;REVB=0.012774;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503814;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00193365;OID=.;OPOS=118969960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:0:3:32:32:0.914286:12:20:0:0:12:20:2:1 chr5 118970342 . AGG AGA,AG 85.3 PASS AF=0.0218978,0.20438;AO=5,47;DP=137;FAO=3,28;FDP=137;FR=.;FRO=106;FSAF=0,5;FSAR=3,23;FSRF=63;FSRR=43;FWDB=-0.013314,-0.0603822;FXX=0.0283668;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=203.235,13.5133;QD=2.49042;RBI=0.0819427,0.148574;REFB=-0.0173068,-0.157939;REVB=-0.0808538,-0.13575;RO=78;SAF=0,9;SAR=5,38;SRF=58;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0.358629;SSSB=-0.644336,-0.582962;STB=0.9972,0.825535;STBP=0.036,0;TYPE=snp,del;VARB=0.17599,0.119382;OID=.,.;OPOS=118970344,118970343;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0218978,0.20438:5,47:137:3,28:137:106:0,5:3,23:63:43:71:78:0,9:5,38:58:20 chr5 120021817 . C A 242.66 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0232283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.038;QD=22.5732;RBI=0.029149;REFB=-0.0266087;REVB=0.01761;RO=20;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427499;STB=0.50239;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0335716;OID=.;OPOS=120021817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:7:16:14:6:7:16:14:6 chr5 120021819 . G A,C 607.72 PASS AF=0.902439,0.097561;AO=36,4;DP=40;FAO=37,4;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=10,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328701,-0.0273989;FXX=0.0465008;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.468,35.4745;QD=59.2898;RBI=0.0400842,0.0328197;REFB=0,0;REVB=0.0229412,-0.0180674;RO=0;SAF=26,1;SAR=10,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00513433,0.114059;OID=.,.;OPOS=120021819,120021819;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:40:41:0:0:36,4:37,4:0.902439,0.097561:10,3:26,1:0:0:10,3:27,1:0:0 chr5 121187988 . C T 685.31 PASS AF=0.453988;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=163;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.000510988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.608;QD=16.8174;RBI=0.00684612;REFB=-0.00396156;REVB=-0.00682702;RO=88;SAF=31;SAR=43;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579782;STB=0.529424;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00435275;OID=.;OPOS=121187988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:88:89:74:74:0.453988:43:31:42:46:43:31:42:47 chr5 121355961 . G A 258.58 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0114685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.556;QD=16.4179;RBI=0.0130212;REFB=-0.0278371;REVB=0.00616629;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674638;STB=0.530843;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.031603;OID=.;OPOS=121355961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:34:29:29:0.460317:19:10:9:23:19:10:10:24 chr5 121488506 . C G 172.38 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00781908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.774;QD=20.28;RBI=0.0354011;REFB=-0.0313998;REVB=0.0345268;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204867;STB=0.506889;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0280546;OID=.;OPOS=121488506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:16:17:18:0.529412:11:6:6:10:11:7:6:10 chr5 121488635 . AT A 223.76 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223518;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.98;QD=44.7524;RBI=0.0771178;REFB=0;REVB=-0.0738075;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00456698;OID=.;OPOS=121488636;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:20:20:20:0:13:7:0:0:4:0:13:6:0:0 chr5 121758622 . A T 316.75 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0275198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.503;QD=17.8448;RBI=0.0278321;REFB=-0.0291391;REVB=-0.00415743;RO=37;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148487;STB=0.508301;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0267406;OID=.;OPOS=121758622;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:16:18:19:18:16:18:19:18 chr5 122435627 . G A 828.2 PASS AF=0.535948;AO=82;DP=153;FAO=82;FDP=153;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=71;FSRF=19;FSRR=52;FWDB=-0.00104652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0181;QD=21.6522;RBI=0.0127462;REFB=-0.0318435;REVB=0.0127032;RO=69;SAF=11;SAR=71;SRF=17;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172024;STB=0.611511;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0308728;OID=.;OPOS=122435627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:69:71:82:82:0.535948:71:11:17:52:71:11:19:52 chr5 122681834 . C T 1077.29 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4921;QD=59.8496;RBI=0.0702436;REFB=0;REVB=-0.0433946;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000883567;OID=.;OPOS=122681834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr5 122682348 . A G 472.73 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.69;QD=57.3011;RBI=0.0464702;REFB=0;REVB=0.0262547;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233219;OID=.;OPOS=122682348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:17:15:0:1:18:15:0:0 chr5 122685727 . C G 1978.46 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.203;QD=61.827;RBI=0.0484758;REFB=0;REVB=0.0385091;RO=0;SAF=68;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125897;OID=.;OPOS=122685727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:127:128:1:59:68:0:0:60:68:0:0 chr5 122718736 . G C 2903.33 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7895;QD=63.1158;RBI=0.0304374;REFB=0;REVB=0.0278778;RO=0;SAF=79;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101231;OID=.;OPOS=122718736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:105:79:0:0:105:79:0:0 chr5 122727026 . G A 844.55 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0966436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.662;QD=56.3033;RBI=0.0966439;REFB=-0.0597836;REVB=0.000268902;RO=1;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000932071;OID=.;OPOS=122727026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:1:0:59:60:1:42:17:0:1:43:17:0:0 chr5 122739421 . G C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5979;QD=58.5861;RBI=0.051724;REFB=0;REVB=0.0312315;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182643;OID=.;OPOS=122739421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr5 122758268 . G C 1185.77 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.706;QD=60.8087;RBI=0.0550649;REFB=0;REVB=0.0209689;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153101;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:78:0:0:71:78:1:41:30:0:0:41:37:0:0 chr5 122950330 . G C 220.9 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0867012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.37;QD=18.0324;RBI=0.0880016;REFB=-0.0217018;REVB=-0.0150724;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977101;STB=0.555505;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0212626;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:12:15:10:12:12:15 chr5 122950911 . G A 593.76 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.411;QD=60.8983;RBI=0.0289383;REFB=0;REVB=0.0018353;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51437e-05;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr5 122990902 . A T 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00325452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.316;QD=20.2677;RBI=0.0161705;REFB=-0.00586887;REVB=-0.0158396;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760701;STB=0.525523;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00547342;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:13:8:6:14:13:8:7:14 chr5 123984763 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.584;QD=48.7366;RBI=0.033025;REFB=0;REVB=-0.0114611;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184446;OID=.;OPOS=123984763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr5 125696140 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.695;QD=60.6102;RBI=0.0337911;REFB=0;REVB=0.0128357;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85309e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr5 125828803 . A G 782.17 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.148;QD=56.8848;RBI=0.0202166;REFB=0;REVB=0.00791909;RO=0;SAF=6;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65953e-05;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:48:6:0:0:49:6:0:0 chr5 125939409 . C T 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.000513162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.56;QD=15.8862;RBI=0.0106089;REFB=0.00991427;REVB=0.0105965;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145915;STB=0.582208;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0100836;OID=.;OPOS=125939409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:19:14:24:18:19:14:24:18 chr5 126171999 . T C 879.5 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0138284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9836;QD=55.8414;RBI=0.0276899;REFB=-0.137365;REVB=-0.0239897;RO=1;SAF=14;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325181;STB=0.517236;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00235835;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:47:14:1:0:48:14:1:0 chr5 126746277 . C T 762.79 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.121;QD=63.5655;RBI=0.0460131;REFB=0;REVB=0.0253653;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821521;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:26:22:0:0 chr5 126792974 . T A 979.01 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000159019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8444;QD=58.4483;RBI=0.00217862;REFB=0;REVB=0.00217281;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119881;OID=.;OPOS=126792974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:24:42:0:0:25:42:0:0 chr5 126887569 . G A 163.12 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0334252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.134;QD=19.772;RBI=0.0419913;REFB=-0.0367327;REVB=-0.025417;RO=15;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254537;STB=0.636183;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0270682;OID=.;OPOS=126887569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:16:17:17:0.515152:14:3:6:9:14:3:6:10 chr5 126890472 . C T 160.66 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0404556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4592;QD=18.3611;RBI=0.0653275;REFB=-0.0356801;REVB=-0.0512935;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125776;STB=0.571347;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0279631;OID=.;OPOS=126890472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:6:12:9:8:6:12 chr5 126890541 . T C 121.15 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0595549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.179;QD=14.6847;RBI=0.0596194;REFB=-0.0235751;REVB=0.00277142;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544726;STB=0.560893;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0309164;OID=.;OPOS=126890541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:13:14:0.424242:9:4:5:14:9:5:5:14 chr5 126993249 . GC CC,CG 165.29 PASS AF=0.4,0;AO=19,4;DP=56;FAO=22,0;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=12,0;FSAR=10,0;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=-0.0135971,-0.024882;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=84.7311,50.193;QD=12.0211;RBI=0.0427732,0.0382862;REFB=-0.0512247,-0.00436948;REVB=-0.0405545,0.0290985;RO=28;SAF=9,4;SAR=10,0;SRF=1;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.486263,0.851253;STB=0.728263,0.5;STBP=0.021,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.025809,0;OID=.,.;OPOS=126993249,126993249;OREF=G,GC;OALT=C,CG;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:33:19,4:22,0:0.4,0:10,0:9,4:1:27:10,0:12,0:5:28 chr5 126993263 . A T 1051.04 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253151;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.913;QD=58.3912;RBI=0.0306866;REFB=-0.00162543;REVB=0.017344;RO=1;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975119;STB=0.505153;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=4.57646e-05;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:48:23:0:1:48:23:0:1 chr5 126993958 . C T 685.46 PASS AF=0.938776;AO=45;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0131427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.385;QD=55.9561;RBI=0.0154019;REFB=-0.0823593;REVB=-0.0080306;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018429;STB=0.52829;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000814618;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:1:3:45:46:0.938776:25:20:0:1:25:21:0:3 chr5 127469859 . A G 183.14 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0211649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.463;QD=25.2608;RBI=0.0259024;REFB=-0.0642043;REVB=0.0149326;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308902;STB=0.517222;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0310291;OID=.;OPOS=127469859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:9:9:5:6:9:9:5:6 chr5 127522543 . C T 620.37 PASS AF=0.492188;AO=64;DP=129;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00296984;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.296;QD=19.3866;RBI=0.00872676;REFB=-0.0117495;REVB=-0.00820588;RO=63;SAF=23;SAR=41;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124362;STB=0.567135;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0123428;OID=.;OPOS=127522543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:63:65:64:63:0.492188:41:23:31:32:40:23:32:33 chr5 127614472 . A G 1212.05 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349852;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2532;QD=61.3697;RBI=0.0412552;REFB=0;REVB=-0.0218639;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59653e-05;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:39:39:0:0:40:39:0:0 chr5 127622491 . T C 278.9 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00725354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.412;QD=16.4058;RBI=0.00726298;REFB=0.00110183;REVB=-0.000370031;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779179;STB=0.551691;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00133038;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:37:30:31:0.455882:17:13:18:17:18:13:19:18 chr5 127625559 . T C 259.47 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0352251;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9057;QD=14.0254;RBI=0.0524895;REFB=-0.00234657;REVB=0.0389145;RO=44;SAF=20;SAR=10;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886472;STB=0.505047;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.002751;OID=.;OPOS=127625559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:44:44:30:30:0.405405:10:20:29:15:10:20:29:15 chr5 127685135 . C T 800.09 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.372;QD=57.1491;RBI=0.00411511;REFB=0;REVB=-0.000147312;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.15813e-06;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr5 128430757 . T C 1302.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00986018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6969;QD=62.005;RBI=0.0168752;REFB=0;REVB=0.0136948;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55787e-05;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr5 128797156 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120372;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.836;QD=39.2068;RBI=0.0326649;REFB=0;REVB=0.0303661;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281212;OID=.;OPOS=128797156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr5 128797315 . T C,TCCCGGC 98.43 PASS AF=0.012987,0.207792;AO=3,12;DP=83;FAO=1,16;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=1,3;FSAR=0,13;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0249701,-0.0143943;FXX=0.0128189;HRUN=1,3;LEN=1,6;MLLD=185.442,166.056;QD=5.11334;RBI=0.0345726,0.0234158;REFB=0.000433271,-0.00901847;REVB=-0.0239114,-0.018469;RO=61;SAF=2,2;SAR=1,10;SRF=33;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.109127,-0.475453;STB=0.989399,0.786822;STBP=0.499,0.009;TYPE=snp,ins;VARB=0.114429,0.0203468;OID=.,.;OPOS=128797315,128797316;OREF=T,-;OALT=C,CCCGGC;OMAPALT=C,TCCCGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:94:83:77:61:60:3,12:1,16:0.012987,0.207792:1,10:2,2:33:28:0,13:1,3:32:28 chr5 128863471 . A G 1190.06 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.638;QD=61.0288;RBI=0.0281865;REFB=0;REVB=0.0154789;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10672e-05;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:39:37:0:0:40:38:0:0 chr5 129072943 . G T 488.54 PASS AF=0.971429;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7993;QD=55.8329;RBI=0.0385356;REFB=0.032584;REVB=0.0144134;RO=1;SAF=4;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163899;STB=0.50847;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00551957;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:32:34:0.971429:28:4:0:1:29:5:0:1 chr5 129521126 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.043;QD=53.2772;RBI=0.0218251;REFB=0;REVB=-0.00842718;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64724e-05;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr5 130500751 . A C 670.25 PASS AF=0.570175;AO=59;DP=110;FAO=65;FDP=114;FR=.;FRO=49;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00710446;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.722;QD=23.5174;RBI=0.0120887;REFB=-0.0059103;REVB=0.00978075;RO=50;SAF=42;SAR=17;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894063;STB=0.547604;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00472288;OID=.;OPOS=130500751;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:114:50:49:59:65:0.570175:17:42:31:19:19:46:30:19 chr5 130539946 . G T 146.56 PASS AF=0.307692;AO=19;DP=64;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0546492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8808;QD=9.01894;RBI=0.0583688;REFB=-0.0179356;REVB=0.0205032;RO=44;SAF=12;SAR=7;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13092;STB=0.562437;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0312978;OID=.;OPOS=130539946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:44:45:19:20:0.307692:7:12:23:21:8:12:23:22 chr5 130766662 . T C 535.76 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.822;QD=56.3962;RBI=0.0319261;REFB=-0.0834288;REVB=-0.0204564;RO=1;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199081;STB=0.510633;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00134391;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:38:1:1:35:37:0.973684:23:12:0:1:23:14:0:1 chr5 130800035 . A G 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00528783;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.706;QD=22.6322;RBI=0.00530313;REFB=-0.0101747;REVB=-0.000402646;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985854;STB=0.555473;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00673739;OID=.;OPOS=130800035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:6:2:5:8:6:2 chr5 130805475 . C T 617.04 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213937;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.338;QD=61.7041;RBI=0.0522325;REFB=0;REVB=0.0476502;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257845;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr5 130834154 . G A 263.69 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.023373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8168;QD=26.3693;RBI=0.038235;REFB=-0.0453166;REVB=-0.0302592;RO=16;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301861;STB=0.516722;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.016549;OID=.;OPOS=130834154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:13:11:8:8:13:11:8:8 chr5 131008194 . T C 100.51 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0415656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.854;QD=16.0812;RBI=0.0518349;REFB=-0.0299447;REVB=0.0309702;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670073;STB=0.517213;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0367226;OID=.;OPOS=131008194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:10:13:12:12:0.48:5:7:5:5:5:7:8:5 chr5 131066725 . C A 651.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0050005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.056;QD=62.0145;RBI=0.00608818;REFB=0;REVB=-0.00347287;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90975e-05;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr5 131283376 . C T 767.66 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.71;QD=56.8636;RBI=0.0363981;REFB=0;REVB=-0.033392;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101129;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr5 131396478 . C T 1234.54 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138086;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.621;QD=60.2215;RBI=0.0344832;REFB=0.0155531;REVB=-0.0315977;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00055554;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:39:42:0:0:39:42:0:1 chr5 131411460 . T C 1629.51 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00345066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.785;QD=58.1966;RBI=0.0424507;REFB=-0.0873914;REVB=0.0423102;RO=2;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201897;STB=0.510636;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00153122;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:46:64:0:2:46:64:0:2 chr5 131602166 . T C 330.96 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445892;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.002;QD=55.1596;RBI=0.0115371;REFB=0;REVB=0.0106406;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211336;OID=.;OPOS=131602166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr5 131607080 . A G 195.13 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0445112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1253;QD=14.191;RBI=0.0521295;REFB=-0.00705044;REVB=-0.0271337;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129705;STB=0.574068;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0135349;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:13:10:18:14:13:10:18:14 chr5 131607297 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0197901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.805;QD=15.2622;RBI=0.0202353;REFB=-0.0118798;REVB=-0.00422169;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604238;STB=0.534832;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0101585;OID=.;OPOS=131607297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:3:13:10:3:3:13 chr5 131607757 . C T 274.47 PASS AF=0.479167;AO=20;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.06207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.626;QD=22.8729;RBI=0.062084;REFB=-0.0284998;REVB=0.00131642;RO=12;SAF=6;SAR=14;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190851;STB=0.526293;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0232775;OID=.;OPOS=131607757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:12:20:20:23:0.479167:14:6:1:11:15:8:8:12 chr5 131630648 . C G 342.88 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0364525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5998;QD=24.0614;RBI=0.0995161;REFB=-0.00548041;REVB=-0.0925995;RO=22;SAF=15;SAR=19;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00968422;STB=0.502616;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0010485;OID=.;OPOS=131630648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:22:23:34:34:0.596491:19:15:10:12:19:15:10:13 chr5 131663062 . T C 185.44 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0374761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8584;QD=13.7363;RBI=0.0493284;REFB=0.0121976;REVB=-0.0320754;RO=32;SAF=5;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317082;STB=0.683727;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0140276;OID=.;OPOS=131663062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:17:5:16:16:17:5:16:16 chr5 131670546 . C G 401.37 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00269995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.305;QD=16.3826;RBI=0.0117314;REFB=-0.0140112;REVB=-0.0114165;RO=56;SAF=17;SAR=25;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151651;STB=0.585325;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.017069;OID=.;OPOS=131670546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:25:17:31:25:25:17:31:25 chr5 131701279 . T C 728.52 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.55;QD=57.139;RBI=0.0539324;REFB=0;REVB=0.0394872;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364654;OID=.;OPOS=131701279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr5 131705949 . T C 193.68 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0222635;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.607;QD=15.1907;RBI=0.133424;REFB=-0.0320905;REVB=-0.131553;RO=26;SAF=19;SAR=3;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216429;STB=0.635116;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.014385;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:26:29:22:22:0.431373:3:19:19:7:3:19:21:8 chr5 131721174 . A G 596.27 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00677289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.008;QD=23.383;RBI=0.0232343;REFB=-0.0131139;REVB=-0.0222252;RO=43;SAF=27;SAR=31;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920854;STB=0.554396;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0130406;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:44:58:58:0.568627:31:27:15:28:31:27:15:29 chr5 131731304 . A T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.487;QD=13.2052;RBI=0.0180696;REFB=-0.00871288;REVB=0.0180696;RO=6;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00959968;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:6:0:0:6:6:0:0:6 chr5 131796498 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.941;QD=51.9167;RBI=0.0189893;REFB=0;REVB=0.00334961;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41908e-05;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr5 131805711 . A G 191.16 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0483449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3315;QD=11.7637;RBI=0.0582016;REFB=-0.0185472;REVB=0.0324067;RO=41;SAF=18;SAR=6;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596729;STB=0.534624;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0365286;OID=.;OPOS=131805711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:6:18:29:12:6:18:29:12 chr5 131818796 . TAA TA,TAT 89.83 PASS AF=0.411765,0.0588235;AO=12,2;DP=35;FAO=14,2;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=2,0;FSAR=12,2;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.023354,-0.0387962;FXX=0.0285633;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.3184,223.325;QD=10.5681;RBI=0.0704264,0.0443576;REFB=-0.0727733,-0.00640559;REVB=-0.0664415,-0.0215048;RO=13;SAF=0,0;SAR=12,2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.83098,-0.637912;STB=0.856632,0.997006;STBP=0.003,0.032;TYPE=del,snp;VARB=0.0624963,0.0530587;OID=.,.;OPOS=131818797,131818798;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765,0.0588235:12,2:35:14,2:34:18:2,0:12,2:14:4:77:13:0,0:12,2:9:4 chr5 131819126 . C T 145.05 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0276457;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0271;QD=15.6813;RBI=0.0276667;REFB=0.0062238;REVB=0.00107797;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152343;STB=0.567485;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00841123;OID=.;OPOS=131819126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:15:16:0.432432:8:7:13:8:8:8:13:8 chr5 131822055 . T C 211.45 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0174542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.172;QD=25.6303;RBI=0.06437;REFB=-0.0380856;REVB=0.0619584;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448418;STB=0.524975;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0255866;OID=.;OPOS=131822055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:33:33:13:13:20:20:0.606061:12:8:6:7:12:8:6:7 chr5 131822072 . A G 147.08 PASS AF=0.681818;AO=13;DP=20;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0101822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.283;QD=26.7423;RBI=0.0405891;REFB=-0.00148427;REVB=-0.0392912;RO=7;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845065;STB=0.533288;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00127892;OID=.;OPOS=131822072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:22:7:7:13:15:0.681818:9:4:3:4:10:5:3:4 chr5 131822133 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00280022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.452;QD=12.3961;RBI=0.00330928;REFB=-0.0357522;REVB=0.00176355;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0273401;OID=.;OPOS=131822133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:3:2:2:3:3:2 chr5 131892357 . C T 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1723;QD=51.1737;RBI=0.123422;REFB=0;REVB=0.108947;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113069;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr5 131995964 . A G 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0113154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.547;QD=21.5108;RBI=0.0148139;REFB=-0.0137415;REVB=0.00956105;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219369;STB=0.62253;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0183142;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:5:14:10:11:5:14 chr5 131996500 . A C 222.08 PASS AF=0.448276;AO=24;DP=56;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00170041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.711;QD=15.316;RBI=0.00175748;REFB=-0.009888;REVB=-0.000444247;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142857;STB=0.542862;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0126111;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:31:32:24:26:0.448276:9:15:15:16:11:15:16:16 chr5 132030414 . T A 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0144143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7499;QD=18.4812;RBI=0.0203268;REFB=-0.0048351;REVB=-0.014332;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265909;STB=0.650234;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00791788;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:8:11:6:15:8:11:6:15 chr5 132031972 . T C 64.66 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0535897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.9423;QD=9.94806;RBI=0.0538585;REFB=-0.00294668;REVB=0.00537434;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407633;STB=0.745993;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00465553;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:16:17:9:9:0.346154:8:1:6:10:8:1:6:11 chr5 132042146 . C T 519.29 PASS AF=0.486957;AO=53;DP=112;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-1.8963e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.413;QD=18.0622;RBI=0.0214671;REFB=-0.00942738;REVB=0.0214671;RO=59;SAF=25;SAR=28;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11484;STB=0.565839;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0111978;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:59:59:53:56:0.486957:28:25:35:24:30:26:35:24 chr5 132098242 . A G 990.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3754;QD=59.1391;RBI=0.0399268;REFB=0;REVB=0.0109078;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233412;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr5 132099999 . A G 396.57 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00609361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.127;QD=15.1074;RBI=0.0111971;REFB=-0.0203995;REVB=-0.00939383;RO=59;SAF=14;SAR=31;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142815;STB=0.576709;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0237871;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:59:60:45:45:0.428571:31:14:26:33:31:14:26:34 chr5 132150948 . T G 1025.65 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0374531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.97;QD=55.4406;RBI=0.0379001;REFB=-0.13996;REVB=-0.00580371;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500434;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00173894;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:0:3:71:71:0.959459:48:23:0:0:48:23:1:2 chr5 132198199 . G A 166.63 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0365159;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.701;QD=20.8287;RBI=0.0379611;REFB=-0.0281526;REVB=0.0103748;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352672;STB=0.519976;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0279492;OID=.;OPOS=132198199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:17:17:0.53125:13:4:4:11:13:4:4:11 chr5 132362173 . C A 1111.64 PASS AF=0.443223;AO=118;DP=271;FAO=121;FDP=273;FR=.;FRO=152;FSAF=29;FSAR=92;FSRF=50;FSRR=102;FWDB=0.0517598;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5971;QD=16.2877;RBI=0.139743;REFB=-0.0030651;REVB=0.129804;RO=153;SAF=27;SAR=91;SRF=51;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137049;STB=0.563662;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00465166;OID=.;OPOS=132362173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:273:153:152:118:121:0.443223:91:27:51:102:92:29:50:102 chr5 132534059 . T G 1073.34 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.203;QD=58.0186;RBI=0.0366152;REFB=-0.109935;REVB=0.0274012;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00392978;OID=.;OPOS=132534059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:74:0:1:71:73:0.986486:48:23:0:0:49:24:0:1 chr5 132535046 . G A 676.82 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.885;QD=60.1617;RBI=0.0175456;REFB=-0.114098;REVB=-0.0020886;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240823;STB=0.512815;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00139374;OID=.;OPOS=132535046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:1:0:25:19:1:0 chr5 132918994 . G A 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0406561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.534;QD=37.8904;RBI=0.043458;REFB=0.00211516;REVB=0.0153517;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000258118;OID=.;OPOS=132918994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:0:1:6:6:0:1 chr5 133186603 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.327;QD=40.7629;RBI=0.0116913;REFB=0;REVB=-0.00167837;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134247;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr5 133316518 . G A 508.43 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0405838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7407;QD=26.0731;RBI=0.0414547;REFB=-0.0247454;REVB=0.00845281;RO=30;SAF=22;SAR=25;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0010167;STB=0.506576;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0122559;OID=.;OPOS=133316518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:30:31:47:47:0.602564:25:22:14:16:25:22:14:17 chr5 133477802 . C T 1422.38 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5813;QD=62.5221;RBI=0.0702126;REFB=0;REVB=-0.057613;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16199e-05;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:50:40:0:0:50:41:0:0 chr5 133481467 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.773;QD=59.8384;RBI=0.0448669;REFB=0;REVB=-0.0130443;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84671e-05;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr5 133887780 . G A 870.85 PASS AF=0.483516;AO=86;DP=186;FAO=88;FDP=182;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.0128664;FXX=0.0267365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.909;QD=19.1395;RBI=0.0137941;REFB=-0.00478259;REVB=0.00497326;RO=92;SAF=39;SAR=47;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177099;STB=0.509584;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00589703;OID=.;OPOS=133887780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:182:92:94:86:88:0.483516:47:39:40:52:48:40:41:53 chr5 133909475 . G A 1124.17 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042484;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1176;QD=60.7658;RBI=0.0815173;REFB=0;REVB=0.0695714;RO=0;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751203;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:51:23:0:0:51:23:0:0 chr5 134193043 . T G 386.62 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00604444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.992;QD=20.8982;RBI=0.0205497;REFB=-0.0136701;REVB=0.0196407;RO=35;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962929;STB=0.553223;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0142562;OID=.;OPOS=134193043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:20:19:21:14:20:19:21:14 chr5 134194613 . A C 554.19 PASS AF=0.479339;AO=57;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0260018;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3806;QD=18.3203;RBI=0.0807897;REFB=-0.00808475;REVB=0.076491;RO=63;SAF=37;SAR=20;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939315;STB=0.563878;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00842878;OID=.;OPOS=134194613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:63:57:58:0.479339:20:37:35:28:20:38:34:29 chr5 134194707 . GA AG 40.92 PASS AF=0.0795455;AO=5;DP=86;FAO=7;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.0477731;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=2;MLLD=26.6641;QD=1.86001;RBI=0.056216;REFB=-0.0225572;REVB=-0.0296307;RO=54;SAF=4;SAR=1;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44074;STB=0.899041;STBP=0.069;TYPE=mnp;VARB=0.0110719;OID=.;OPOS=134194707;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:86:88:54:73:5:7:0.0795455:1:4:20:34:1:6:26:47 chr5 134262271 . C A 1119.93 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117411;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.903;QD=60.5366;RBI=0.117778;REFB=0;REVB=0.00928741;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689624;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr5 134263809 . T C 603.5 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0130842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.431;QD=18.8594;RBI=0.02306;REFB=-0.0146962;REVB=0.0189886;RO=65;SAF=17;SAR=45;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180773;STB=0.605634;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0142843;OID=.;OPOS=134263809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:66:62:62:0.484375:45:17:29:36:45:17:30:36 chr5 134343799 . A G 356.16 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0110109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.225;QD=21.5853;RBI=0.0192783;REFB=-0.0345242;REVB=-0.0158244;RO=29;SAF=8;SAR=27;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530325;STB=0.548359;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0268473;OID=.;OPOS=134343799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:30:35:36:0.545455:27:8:8:21:28:8:9:21 chr5 134871440 . A C 339.32 PASS AF=0.564516;AO=32;DP=60;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0251203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0301;QD=21.8914;RBI=0.047169;REFB=-0.0515606;REVB=-0.0399235;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940809;STB=0.566215;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0447681;OID=.;OPOS=134871440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:27:27:32:35:0.564516:19:13:14:13:22:13:14:13 chr5 135178124 . T C 723.07 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7755;QD=61.5375;RBI=0.0291918;REFB=0;REVB=0.0290634;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129745;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:1:0:46:47:1:25:21:0:1:26:21:0:0 chr5 135207187 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00556486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.327;QD=9.44483;RBI=0.0390013;REFB=-0.0242659;REVB=-0.0386022;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173695;STB=0.608323;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0430362;OID=.;OPOS=135207187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:5:5:2:4:5:5 chr5 135207382 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.136;QD=52.613;RBI=0.0315388;REFB=0;REVB=0.0177206;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127953;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr5 135258105 . G A 1428.53 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00227974;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.409;QD=60.7885;RBI=0.0201046;REFB=-0.108718;REVB=0.0199749;RO=2;SAF=42;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176636;STB=0.500932;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000374646;OID=.;OPOS=135258105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:94:2:2:92:92:0.978723:50:42:1:1:50:42:1:1 chr5 135276201 . AGTTGT AG,AGT 565.88 PASS AF=0,1;AO=11,33;DP=48;FAO=0,48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146679,0.0147509;FXX=0.020404;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=214.034,227.191;QD=47.157;RBI=0.0218001,0.0217293;REFB=0,0;REVB=-0.0161275,0.0159553;RO=0;SAF=1,19;SAR=10,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.71297e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0137436,0.000292171;OID=.,.;OPOS=135276203,135276202;OREF=TTGT,GTT;OALT=-,-;OMAPALT=AG,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:11,33:48:0,48:48:0:0,21:0,27:0:0:10:0:1,19:10,14:0:0 chr5 135276314 . C A,T 1106.7 PASS AF=0.0394737,0.960526;AO=3,72;DP=75;FAO=3,73;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=1,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0708603,0.0327423;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.1597,172.186;QD=58.2475;RBI=0.0709269,0.0386232;REFB=0,0;REVB=-0.00307247,0.0204864;RO=0;SAF=2,25;SAR=1,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.120842,0.000788051;OID=.,.;OPOS=135276314,135276314;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:75:76:0:0:3,72:3,73:0.0394737,0.960526:1,47:2,25:0:0:1,47:2,26:0:0 chr5 135276847 . T C 1243.65 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.172;QD=61.4148;RBI=0.0286162;REFB=0;REVB=0.0284602;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61337e-05;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:39:41:0:0:40:41:0:0 chr5 135282630 . C T 1086.64 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521963;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.724;QD=59.5422;RBI=0.0544538;REFB=0;REVB=0.0155163;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271235;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:37:33:0:0:38:35:0:0 chr5 135287029 . T C 937.41 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.2;QD=58.588;RBI=0.00644939;REFB=0;REVB=0.00633131;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20239e-05;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr5 135388663 . A G 416.68 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.000514562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.119;QD=19.6086;RBI=0.0137246;REFB=-0.0242507;REVB=-0.0137149;RO=40;SAF=20;SAR=22;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429777;STB=0.529661;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0197673;OID=.;OPOS=135388663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:43:42:42:0.494118:22:20:21:19:22:20:23:20 chr5 135391374 . C T 251.32 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0116285;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.51;QD=14.361;RBI=0.0161495;REFB=-0.0114383;REVB=-0.0112065;RO=41;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113063;STB=0.564034;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0144432;OID=.;OPOS=135391374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:13:16:27:14:13:16:27:14 chr5 135392426 . T C 222.54 PASS AF=0.345679;AO=17;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00842014;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.931;QD=10.9898;RBI=0.0172145;REFB=-0.00846069;REVB=0.0150146;RO=43;SAF=4;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395037;STB=0.570229;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0148415;OID=.;OPOS=135392426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:53:17:28:0.345679:13:4:24:19:13:15:34:19 chr5 135399452 . T G 1643.6 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.14;QD=59.2287;RBI=0.0149257;REFB=-0.00136725;REVB=0.00866923;RO=1;SAF=53;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887305;STB=0.504672;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=2.64519e-05;OID=.;OPOS=135399452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:57:53:1:0:57:53:1:0 chr5 135508381 . A G 468.15 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00769088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.451;QD=22.8364;RBI=0.0110667;REFB=-0.0197403;REVB=0.0079575;RO=36;SAF=17;SAR=28;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143875;STB=0.512755;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0187884;OID=.;OPOS=135508381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:37:45:45:0.54878:28:17:13:23:28:17:13:24 chr5 135513085 . T TC 1044.47 PASS AF=1;AO=69;DP=75;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340734;FXX=0.013887;HRUN=0;LEN=1;MLLD=80.7662;QD=58.8432;RBI=0.060708;REFB=0;REVB=-0.050244;RO=5;SAF=35;SAR=34;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118247;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.18956e-05;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:75:71:71:0:35:36:0:0:6:5:35:34:3:2 chr5 135514055 . A G 187.49 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00379588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.436;QD=14.7047;RBI=0.0139949;REFB=-0.0324454;REVB=-0.0134703;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1708;STB=0.584828;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0203554;OID=.;OPOS=135514055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:30:21:21:0.411765:11:10:9:20:11:10:10:20 chr5 135514216 . A G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0314455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6119;QD=22.6;RBI=0.0442726;REFB=-0.0223978;REVB=0.0311647;RO=19;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150704;STB=0.574402;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0185761;OID=.;OPOS=135514216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:15:8:10:9:15:8:10:10 chr5 135522878 . GT TA 152.47 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0507898;FXX=0.0882223;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.283;QD=9.83644;RBI=0.0511143;REFB=-0.0132458;REVB=-0.00575043;RO=42;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104488;STB=0.56198;STBP=0.516;TYPE=mnp;VARB=0.0225817;OID=.;OPOS=135522878;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:62:42:42:20:20:0.322581:14:6:16:26:14:6:16:26 chr5 136313330 . A AG 54.07 PASS AF=0.305085;AO=13;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.112578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.018;QD=3.66543;RBI=0.185379;REFB=-0.0130184;REVB=0.147281;RO=41;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140907;STB=0.521049;STBP=0.881;TYPE=ins;VARB=0.0148214;OID=.;OPOS=136313331;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305085:13:59:18:59:41:10:8:24:17:54:41:9:4:24:17 chr5 136313379 . C T 516.01 PASS AF=0.5;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.000867108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4205;QD=19.1113;RBI=0.00579734;REFB=-0.0127335;REVB=-0.00573213;RO=53;SAF=31;SAR=23;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994541;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153817;OID=.;OPOS=136313379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:53:54:54:54:0.5:23:31:31:22:23:31:31:23 chr5 136953577 . T C 229.62 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130408;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.743;QD=51.026;RBI=0.0575281;REFB=0;REVB=0.0560305;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262595;OID=.;OPOS=136953577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:9:9:0:0 chr5 136954719 . T C 696.18 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00433709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.484;QD=60.5369;RBI=0.109731;REFB=-0.0044219;REVB=0.109646;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000624999;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:0:1:44:45:0.978261:19:25:0:0:20:25:1:0 chr5 136955383 . G T 279.98 PASS AF=0.442857;AO=22;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.0332092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.076;QD=15.9986;RBI=0.0333801;REFB=-0.00653835;REVB=0.00337304;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458303;STB=0.675956;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.010213;OID=.;OPOS=136955383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:22:31:0.442857:8:14:7:30:15:16:7:30 chr5 136969793 . C T 525.63 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.079;QD=58.4033;RBI=0.0189189;REFB=0;REVB=0.0127298;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549312;OID=.;OPOS=136969793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:15:18:0:0:17:19:0:0 chr5 136974786 . G A 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0103603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3954;QD=18.4426;RBI=0.0358386;REFB=-0.02961;REVB=-0.0343084;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576918;STB=0.533271;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0187846;OID=.;OPOS=136974786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:3:6:8:3:3:6 chr5 137028029 . T C 818.06 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0350879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5308;QD=54.5373;RBI=0.0385795;REFB=-0.116553;REVB=0.016038;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149748;STB=0.50769;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00301619;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:58:59:0.983333:31:27:0:1:32:27:0:1 chr5 137206560 . A C 273.63 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.068067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4664;QD=47.5871;RBI=0.068871;REFB=-0.122938;REVB=-0.0104932;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.521719;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00979779;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:11:10:1:0:11:11:1:0 chr5 137244517 . G A,T 731.31 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=44,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320014,-0.024444;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.322,117.529;QD=62.2393;RBI=0.03289,0.0245992;REFB=0,0;REVB=-0.00759377,-0.00275851;RO=0;SAF=19,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00010343,0.111349;OID=.,.;OPOS=137244517,137244517;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:47:47:0:0:44,2:45,2:0.957447,0.0425532:25,2:19,0:0:0:25,2:20,0:0:0 chr5 137259179 . T C 1775.02 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000701201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6288;QD=60.6845;RBI=0.00545799;REFB=0;REVB=0.00541276;RO=0;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210393;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:115:117:1:58:57:0:0:60:57:0:0 chr5 137347498 . G A 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.027086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.13;QD=57.2342;RBI=0.0280755;REFB=0.0351545;REVB=0.00738807;RO=1;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185226;STB=0.509801;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00106974;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:25:41:0:1:25:41:0:1 chr5 137372207 . A T 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9156;QD=59.4281;RBI=0.0434349;REFB=0;REVB=0.0434091;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390908;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr5 137426447 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.039769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.115;QD=24.3281;RBI=0.0543816;REFB=-0.0387557;REVB=0.0370916;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00877654;OID=.;OPOS=137426447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:1:1:4:3:1:1 chr5 137426704 . A G 357.37 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00624951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1373;QD=16.8176;RBI=0.0355873;REFB=0.00152638;REVB=-0.0350343;RO=47;SAF=18;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154667;STB=0.50868;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00263813;OID=.;OPOS=137426704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:20:18:23:24:20:18:23:24 chr5 137475787 . C T 243.23 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0287492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.109;QD=12.8015;RBI=0.0347875;REFB=-0.0168166;REVB=-0.0195871;RO=47;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236577;STB=0.634477;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0224428;OID=.;OPOS=137475787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:14:15:14:33:14:15:14:33 chr5 137476416 . T C 1153.51 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.376;QD=60.7112;RBI=0.0371406;REFB=0;REVB=0.00456174;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119283;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr5 137517307 . C T 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0125236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.631;QD=14.42;RBI=0.0358024;REFB=-0.0030046;REVB=-0.0335406;RO=37;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190486;STB=0.608613;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00372274;OID=.;OPOS=137517307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:9:18:18:19:9:18:18:19 chr5 137665323 . G A 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0326378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.841;QD=19.3692;RBI=0.0363779;REFB=0.0270971;REVB=-0.0160661;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164179;STB=0.609618;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00994388;OID=.;OPOS=137665323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:10:6:8:6:10:6:9:6 chr5 137708434 . C T 1175.39 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290532;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.878;QD=61.0591;RBI=0.0296694;REFB=0;REVB=0.00601559;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.65788e-05;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:76:77:1:39:37:0:0:40:37:0:0 chr5 137717213 . G A 186.6 PASS AF=0.465116;AO=18;DP=41;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00350892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.108;QD=17.3585;RBI=0.0154276;REFB=-0.0335947;REVB=0.0150233;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465867;STB=0.519211;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0458797;OID=.;OPOS=137717213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:23:23:18:20:0.465116:11:7:10:13:12:8:10:13 chr5 137717265 . G A 530.96 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.537;QD=58.9952;RBI=0.0174935;REFB=0;REVB=-0.00410359;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205599;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:23:13:0:0 chr5 137754695 . T C 1270.05 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00257284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4821;QD=59.767;RBI=0.0156625;REFB=-0.0706173;REVB=-0.0154498;RO=1;SAF=25;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185652;STB=0.509432;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00373395;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:83:84:0.988235:58:25:1:0:58:26:1:0 chr5 137781792 . G A 54.91 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.711;QD=36.6089;RBI=0.0424028;REFB=0;REVB=0.0424028;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367831;OID=.;OPOS=137781792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr5 137892170 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.877;QD=57.1771;RBI=0.00662778;REFB=0;REVB=-0.00654094;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79387e-05;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:17:33:0:0:18:33:0:0 chr5 137902339 . T C 147.39 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0145319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.584;QD=9.35832;RBI=0.023318;REFB=-0.00720551;REVB=-0.018236;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444596;STB=0.526289;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0170322;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:11:9:21:22:11:9:21:22 chr5 137911022 . G C 333.65 PASS AF=0.6;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00370482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7966;QD=24.2657;RBI=0.0205676;REFB=-0.0152278;REVB=0.0202312;RO=21;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176558;STB=0.603714;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00544935;OID=.;OPOS=137911022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:21:22:33:33:0.6:16:17:16:5:16:17:17:5 chr5 138668972 . TC T 184.92 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0233921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.095;QD=19.9908;RBI=0.0251227;REFB=-0.0277883;REVB=0.00916305;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266391;STB=0.511616;STBP=0.924;TYPE=del;VARB=0.0199537;OID=.;OPOS=138668973;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513514:18:38:19:37:18:11:8:10:8:99:19:10:8:10:9 chr5 138705188 . C CATT,T 700.63 PASS AF=0.93617,0.0425532;AO=44,2;DP=47;FAO=44,2;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115647,-0.00933151;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=269.557,103.011;QD=59.6283;RBI=0.021705,0.0220175;REFB=-0.0210741,0.000858911;REVB=0.0183675,-0.0199422;RO=1;SAF=23,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0218451,0.697199;STB=0.511623,0.993266;STBP=0.322,0.227;TYPE=ins,snp;VARB=0.000832475,-0.0950627;OID=.,.;OPOS=138705189,138705188;OREF=-,C;OALT=ATT,T;OMAPALT=CATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:47:1:1:44,2:44,2:0.93617,0.0425532:21,0:23,2:0:1:21,0:23,2:0:1 chr5 138713959 . A C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.015;QD=58.1413;RBI=0.0763794;REFB=0;REVB=0.0737478;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797704;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr5 138720108 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.575;QD=60.6074;RBI=0.179333;REFB=0;REVB=0.177669;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00349743;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr5 138728483 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0050686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8336;QD=48.7338;RBI=0.0476876;REFB=0;REVB=0.0474174;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812241;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr5 138728533 . C T 374.12 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.111785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4511;QD=49.8822;RBI=0.11995;REFB=-0.0149157;REVB=0.0434984;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265944;STB=0.507457;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00394879;OID=.;OPOS=138728533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:29:30:1:2:28:28:0.933333:17:11:0:1:17:11:1:1 chr5 138730407 . C T 235.43 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00217491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7049;QD=13.2635;RBI=0.0237219;REFB=-0.0305301;REVB=0.0236219;RO=42;SAF=10;SAR=18;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250099;STB=0.636266;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0260096;OID=.;OPOS=138730407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:18:10:25:17:18:10:25:18 chr5 138856982 . C T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0256908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.006;QD=17.3253;RBI=0.0315713;REFB=-0.00563483;REVB=-0.0183502;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335313;STB=0.698735;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00787784;OID=.;OPOS=138856982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:7:13:7:17:7:13:7:18 chr5 138857919 . T C 1174.28 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426448;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.337;QD=61.0018;RBI=0.0309561;REFB=0;REVB=0.0306609;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59538e-06;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:37:39:0:0:37:40:0:0 chr5 138857925 . C G 328.75 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0254671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.607;QD=15.4704;RBI=0.0258257;REFB=-0.00384645;REVB=0.00428887;RO=48;SAF=14;SAR=22;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276406;STB=0.64947;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00648364;OID=.;OPOS=138857925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:36:36:0.423529:22:14:32:16:22:14:32:17 chr5 138861078 . C T 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00601705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.05;QD=19.3397;RBI=0.0263722;REFB=-0.044998;REVB=-0.0256767;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492501;STB=0.527919;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0442387;OID=.;OPOS=138861078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:9:9:10:8:9:9 chr5 138861146 . C G 281.13 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0160462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.705;QD=19.3882;RBI=0.0197476;REFB=-0.00468315;REVB=0.0115104;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751062;STB=0.5378;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00523136;OID=.;OPOS=138861146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:26:28:30:30:0.517241:17:13:9:17:17:13:10:18 chr5 139745154 . T C,G 476.08 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=30,3;DP=33;FAO=32,1;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427514,-0.00564973;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=177.418,18.7642;QD=57.7062;RBI=0.0499796,0.0122349;REFB=0,0;REVB=0.0258897,-0.0108523;RO=0;SAF=10,2;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00315217,0.113953;OID=.,.;OPOS=139745154,139745154;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:33:33:0:0:30,3:32,1:0.969697,0.030303:20,1:10,2:0:0:21,0:11,1:0:0 chr5 139936760 . G GT,T 368.47 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=3,25;DP=28;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592814,0.0321738;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=73.7693,65.2647;QD=52.6382;RBI=0.0408148,0.0821529;REFB=0,0;REVB=0.040382,0.0755907;RO=0;SAF=0,18;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.149594,0.0149684;OID=.,.;OPOS=139936761,139936760;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:28:28:0:0:3,25:1,27:0.0357143,0.964286:3,7:0,18:0:0:1,9:0,18:0:0 chr5 139936980 . A G 390.83 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00412505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.995;QD=52.1109;RBI=0.0320518;REFB=-0.193979;REVB=-0.0317853;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.523793;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00176551;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:18:10:1:0:19:10:1:0 chr5 139940233 . G A 877.18 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0120538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.352;QD=54.8237;RBI=0.0149417;REFB=-0.187568;REVB=0.00882954;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.512496;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00168944;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:0:2:62:62:0.96875:23:39:0:0:23:39:2:0 chr5 139940302 . G A 139.62 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0039633;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.485;QD=11.8825;RBI=0.00742522;REFB=0.00230567;REVB=0.00627903;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900649;STB=0.553126;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00462116;OID=.;OPOS=139940302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:8:8:18:13:8:8:18:13 chr5 139941228 . A G 275.81 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199106;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.7318;QD=50.1464;RBI=0.0335853;REFB=-0.127425;REVB=-0.027047;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00380126;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr5 139948472 . C G 263.48 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0163639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8762;QD=15.2742;RBI=0.016862;REFB=-0.0173491;REVB=0.00406821;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216508;STB=0.517498;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0210576;OID=.;OPOS=139948472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:39:30:30:0.434783:16:14:16:20:16:14:17:22 chr5 140048209 . T C 214.18 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00324856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1371;QD=21.9673;RBI=0.00597303;REFB=-0.0524665;REVB=0.00501238;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652267;STB=0.536551;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0232084;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:10:11:8:10:10:11:8:10 chr5 140048267 . T C 777.06 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.118;QD=56.5131;RBI=0.0303489;REFB=0;REVB=0.0205024;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73348e-05;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:31:22:0:0:32:23:0:0 chr5 140048707 . A G 451.64 PASS AF=0.48;AO=47;DP=103;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00284197;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.814;QD=18.0656;RBI=0.0129223;REFB=-0.0209633;REVB=0.0126059;RO=52;SAF=19;SAR=28;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737185;STB=0.54528;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0181536;OID=.;OPOS=140048707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:52:52:47:48:0.48:28:19:25:27:29:19:25:27 chr5 140052271 . A G 30.11 PASS AF=0.416667;AO=6;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.009818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.03;QD=10.0352;RBI=0.0497603;REFB=-0.00551422;REVB=-0.0487821;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145035;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00580996;OID=.;OPOS=140052271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:6:5:0.416667:4:2:3:3:3:2:3:4 chr5 140075474 . C T 312.78 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.028076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3783;QD=21.9493;RBI=0.03031;REFB=-0.00309532;REVB=0.0114208;RO=25;SAF=11;SAR=21;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945408;STB=0.552039;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00308946;OID=.;OPOS=140075474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:21:11:6:19:21:11:6:19 chr5 140215456 . G A 354.58 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00403407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.021;QD=19.6988;RBI=0.00468284;REFB=-0.0159942;REVB=0.00237809;RO=33;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045747;STB=0.511622;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.010927;OID=.;OPOS=140215456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:35:36:37:0.513889:14:22:20:13:15:22:20:15 chr5 140228164 . C A 525.97 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.579;QD=56.8614;RBI=0.0748371;REFB=0;REVB=0.0678934;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206705;OID=.;OPOS=140228164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:18:16:0:0:21:16:0:0 chr5 140229086 . C G 1139.31 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0256;QD=59.1848;RBI=0.0346035;REFB=-0.0896707;REVB=-0.0328176;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.506848;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00117301;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:0:1:75:76:0.987013:36:39:0:0:36:40:0:1 chr5 140229368 . G C 537.52 PASS AF=0.886364;AO=36;DP=41;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0510285;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.9861;QD=48.8657;RBI=0.0679855;REFB=-0.0715529;REVB=0.0449235;RO=5;SAF=19;SAR=17;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290626;STB=0.512814;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00975436;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:41:44:5:5:36:39:0.886364:17:19:2:3:19:20:2:3 chr5 140229432 . A G 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0157499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.7;QD=10.3801;RBI=0.0228346;REFB=-0.00294758;REVB=-0.0165336;RO=36;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064756;STB=0.538255;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00728141;OID=.;OPOS=140229432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:11:7:16:20:11:7:16:20 chr5 140229526 . T G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00779757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.231;QD=58.0595;RBI=0.0158795;REFB=0;REVB=0.0138332;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9794e-05;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr5 140230370 . AA CC 941.25 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262069;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=2;MLLD=123.781;QD=58.8278;RBI=0.0265711;REFB=0;REVB=-0.00438424;RO=0;SAF=44;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.73028e-05;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:63:64:1:19:44:0:0:19:45:0:0 chr5 140230519 . T C 457.68 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00178092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.675;QD=17.774;RBI=0.00357374;REFB=-0.0154362;REVB=-0.00309838;RO=52;SAF=23;SAR=26;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817706;STB=0.554699;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0163362;OID=.;OPOS=140230519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:54:49:49:0.475728:26:23:29:23:26:23:31:23 chr5 140231237 . T C 754.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2214;QD=56.9346;RBI=0.0460209;REFB=0;REVB=0.0431922;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390754;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:33:19:0:0:34:19:0:0 chr5 140231252 . T C 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00765895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9213;QD=13.3409;RBI=0.0132201;REFB=-0.00297399;REVB=0.0107755;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127383;STB=0.580688;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00493728;OID=.;OPOS=140231252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:11:10:11:20:11:10:11:21 chr5 140231819 . C T 98.62 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0129753;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.196;QD=13.1488;RBI=0.03245;REFB=-0.00733109;REVB=-0.0297429;RO=18;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933327;STB=0.555457;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.013357;OID=.;OPOS=140231819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:18:18:12:12:0.4:2:10:14:4:2:10:14:4 chr5 140232173 . T A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00121548;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=239.438;QD=16.4546;RBI=0.0109133;REFB=0.00966768;REVB=-0.0108454;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28888;STB=0.666218;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00511399;OID=.;OPOS=140232173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:4:0:2:4:4:0 chr5 140232950 . G C 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9808;QD=51.1784;RBI=0.0249199;REFB=0;REVB=0.0247844;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754152;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr5 140236950 . C G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.701;QD=62.6711;RBI=0.0196945;REFB=0;REVB=0.0189457;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26129e-05;OID=.;OPOS=140236950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr5 140237109 . T G 1829.53 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555666;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8989;QD=61.4968;RBI=0.0723159;REFB=0;REVB=-0.0462812;RO=0;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187563;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:119:119:1:67:52:0:0:67:52:0:0 chr5 140237387 . T G 341.83 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8576;QD=54.6935;RBI=0.153281;REFB=0;REVB=0.140295;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217091;OID=.;OPOS=140237387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:20:25:1:11:9:0:0:16:9:0:0 chr5 140237548 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.284;QD=60.2306;RBI=0.0237248;REFB=0;REVB=0.00984234;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109829;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr5 140242451 . GC G 294.5 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.728;QD=45.3079;RBI=0.0517095;REFB=0;REVB=-0.0112659;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0029266;OID=.;OPOS=140242452;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:26:26:26:0:18:8:0:0:5:0:18:8:0:0 chr5 140242479 . T A 523.24 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162877;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.649;QD=59.7985;RBI=0.053984;REFB=0;REVB=0.0514683;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387699;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr5 140250252 . T C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.424;QD=60.2273;RBI=0.0413181;REFB=0;REVB=-0.0158914;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80282e-05;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr5 140255271 . G C 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0471733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3844;QD=10.39;RBI=0.0547642;REFB=0.0046859;REVB=-0.0278173;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1654;STB=0.599733;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.0134281;OID=.;OPOS=140255271;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:8:3:3:4:8:3 chr5 140255792 . C A 555.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6485;QD=59.9996;RBI=0.0577901;REFB=0;REVB=-0.0488059;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108116;OID=.;OPOS=140255792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr5 140263290 . T G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.069;QD=57.2377;RBI=0.0588972;REFB=0;REVB=0.0318522;RO=0;SAF=44;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016154;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:12:44:0:0:12:44:0:0 chr5 140476653 . GC AA 62.23 PASS AF=0.25;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00379103;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.813;QD=6.91452;RBI=0.0258993;REFB=-0.0069309;REVB=-0.0256203;RO=26;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157281;STB=0.588033;STBP=0.513;TYPE=mnp;VARB=0.0254297;OID=.;OPOS=140476653;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:37:36:26:27:9:9:0.25:6:3:12:14:6:3:12:15 chr5 140480852 . G A 60.16 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0553588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5668;QD=17.1878;RBI=0.0556784;REFB=0.0181439;REVB=-0.00595735;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276405;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0264559;OID=.;OPOS=140480852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:5:6:8:8:0.571429:3:5:1:4:3:5:2:4 chr5 140481475 . A T 139.16 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0025483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.777;QD=13.9164;RBI=0.0164736;REFB=-0.0193763;REVB=0.0162753;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978192;STB=0.574908;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.025139;OID=.;OPOS=140481475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:7:8:15:9:8:8:15:9 chr5 140502343 . CC TT 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0105853;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=197.833;QD=13.6997;RBI=0.0108666;REFB=-0.0125487;REVB=0.00245646;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27039;STB=0.655946;STBP=0.127;TYPE=mnp;VARB=0.0198807;OID=.;OPOS=140502343;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:8:10:9:21:8:10:9:21 chr5 140503237 . A G 89.64 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0146295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.456;QD=16.298;RBI=0.0493665;REFB=-0.0167294;REVB=-0.047149;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235046;STB=0.636115;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00736987;OID=.;OPOS=140503237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:4:7:4:7:4:7 chr5 140517174 . T C 59.57 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0271898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.318;QD=15.8852;RBI=0.0512293;REFB=-0.0337628;REVB=0.0434183;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334793;STB=0.599733;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0252705;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:7:7:8:0.533333:1:6:4:3:2:6:4:3 chr5 140531175 . T C 392.02 PASS AF=1;AO=22;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4484;QD=56.0033;RBI=0.101248;REFB=0;REVB=0.00486312;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253247;OID=.;OPOS=140531175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:22:28:1:15:7:0:0:15:13:0:0 chr5 140559596 . T G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.389;QD=37.893;RBI=0.0386647;REFB=-0.115657;REVB=0.0328649;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069361;STB=0.538398;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0165668;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:1:0:6:6:1:0 chr5 140559914 . T C 312.72 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00580861;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.354;QD=16.6781;RBI=0.0223217;REFB=-0.0140703;REVB=0.0215527;RO=41;SAF=6;SAR=28;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168513;STB=0.595683;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0153972;OID=.;OPOS=140559914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:41:34:34:0.453333:28:6:12:29:28:6:12:29 chr5 140563574 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.681;QD=39.2067;RBI=0.0204872;REFB=0;REVB=-0.0204872;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518484;OID=.;OPOS=140563574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr5 140567608 . C T 734.44 PASS AF=0.964912;AO=35;DP=53;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.118787;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.3155;QD=51.5399;RBI=0.137408;REFB=-0.167117;REVB=-0.06907;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513884;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00471437;OID=.;OPOS=140567608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:57:0:2:35:55:0.964912:28:7:0:0:35:20:0:2 chr5 140568034 . C A,CA 763.15 PASS AF=0.02,0.98;AO=4,43;DP=53;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106659,0.026823;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.02,27.0503;QD=61.0522;RBI=0.0106735,0.123057;REFB=0,0;REVB=0.000402276,-0.120098;RO=4;SAF=4,17;SAR=0,26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0984733;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.102416,-0.000112434;OID=.,.;OPOS=140568034,140568035;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:53:50:4:0:4,43:1,49:0.02,0.98:0,26:4,17:4:0:0,28:1,21:0:0 chr5 140574860 . T C 236.75 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0492161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5232;QD=26.3055;RBI=0.0653231;REFB=-0.0331579;REVB=0.042952;RO=14;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310262;STB=0.517226;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.03429;OID=.;OPOS=140574860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:7:15:9:5:7:15:9:5 chr5 140683265 . G A 320.82 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00384002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.53;QD=21.3877;RBI=0.00450668;REFB=-0.0183356;REVB=-0.0023589;RO=27;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220302;STB=0.512188;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0166903;OID=.;OPOS=140683265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:15:18:14:13:15:18:14:13 chr5 140710705 . G A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0126548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.868;QD=7.12512;RBI=0.0232954;REFB=-0.0157353;REVB=-0.0195584;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502452;STB=0.824;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.026574;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:6:1:10:8:6:1:10:8 chr5 140720516 . C G 47.31 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0408644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.737;QD=14.5581;RBI=0.0606647;REFB=-0.0306147;REVB=-0.0448364;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280783;STB=0.680376;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.014078;OID=.;OPOS=140720516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:6:6:6:7:0.538462:3:3:1:5:3:4:1:5 chr5 140725828 . C T 103.47 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0464598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3474;QD=9.85445;RBI=0.0488313;REFB=-0.0169924;REVB=0.0150326;RO=29;SAF=2;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523758;STB=0.819086;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0595917;OID=.;OPOS=140725828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:11:2:17:12:11:2:17:12 chr5 140731108 . C T 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.00835207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.303;QD=15.4185;RBI=0.0201181;REFB=-0.0184312;REVB=0.0183025;RO=36;SAF=5;SAR=24;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367089;STB=0.516118;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0227209;OID=.;OPOS=140731108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:24:5:7:29:24:5:7:30 chr5 140739779 . C G 421.95 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.00423675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.3;QD=14.9363;RBI=0.00424196;REFB=-0.00780563;REVB=-0.000210088;RO=64;SAF=23;SAR=25;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132151;STB=0.569197;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.011142;OID=.;OPOS=140739779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:65:48:48:0.424779:25:23:39:25:25:23:39:26 chr5 140740376 . C A 53.3 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0117991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.83;QD=9.69061;RBI=0.120384;REFB=-0.0163648;REVB=-0.119804;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206895;STB=0.581189;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0410754;OID=.;OPOS=140740376;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:20:22:12:14:8:8:0.363636:5:3:7:5:5:3:7:7 chr5 140750044 . T C 2630.4 PASS AF=0.994152;AO=169;DP=173;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0556511;FXX=0.01156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.713;QD=61.5297;RBI=0.0578063;REFB=-0.0284656;REVB=0.0156373;RO=1;SAF=88;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537792;STB=0.502793;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=6.74793e-05;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:171:1:1:169:170:0.994152:81:88:1:0:81:89:1:0 chr5 140751128 . C G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00269856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1865;QD=12.7814;RBI=0.017888;REFB=-0.00355492;REVB=-0.0176832;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998889;STB=0.559202;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0328296;OID=.;OPOS=140751128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:7:7:6:4:7:7 chr5 140763029 . A G 163.46 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0800277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9355;QD=13.9118;RBI=0.0808687;REFB=0.00371302;REVB=0.0116319;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167947;STB=0.638081;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0124317;OID=.;OPOS=140763029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:26:29:18:18:0.382979:13:5:11:15:13:5:14:15 chr5 140773388 . G T 209.62 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00171567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.51;QD=18.6333;RBI=0.00384874;REFB=-0.00705342;REVB=-0.00344518;RO=24;SAF=3;SAR=18;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521078;STB=0.79968;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0057373;OID=.;OPOS=140773388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:18:3:15:9:18:3:15:9 chr5 140774288 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.21;QD=45.8068;RBI=0.0616972;REFB=0;REVB=0.0586485;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838802;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr5 140779866 . A G 277.33 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0113369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.272;QD=26.4126;RBI=0.0142632;REFB=-0.0156881;REVB=-0.00865519;RO=17;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138745;STB=0.576861;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0053476;OID=.;OPOS=140779866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:15:10:10:7:15:10:10:7 chr5 140783596 . C T 215.32 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000899305;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.774;QD=20.507;RBI=0.00092821;REFB=-0.0249343;REVB=0.000229838;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267355;STB=0.524917;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0156503;OID=.;OPOS=140783596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:20:21:0.5:12:8:9:12:13:8:9:12 chr5 140784055 . T C 187.14 PASS AF=0.513514;AO=17;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00189159;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.078;QD=20.2317;RBI=0.014629;REFB=0.0020519;REVB=0.0145062;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302351;STB=0.511616;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00218046;OID=.;OPOS=140784055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:18:17:19:0.513514:7:10:10:8:8:11:10:8 chr5 140784427 . T C 181.05 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0210276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.286;QD=24.1401;RBI=0.0392616;REFB=-0.0345509;REVB=0.0331559;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174678;STB=0.604532;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0456454;OID=.;OPOS=140784427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:12:12:17:18:0.6:6:11:5:7:6:12:5:7 chr5 140788264 . C T 164.99 PASS AF=0.439024;AO=16;DP=39;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.019713;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.858;QD=16.0966;RBI=0.027806;REFB=-0.00783437;REVB=-0.0196105;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357947;STB=0.661209;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0346164;OID=.;OPOS=140788264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:23:23:16:18:0.439024:6:10:6:17:8:10:6:17 chr5 140789933 . G A 582.74 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.05276;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6615;QD=25.0643;RBI=0.0544104;REFB=-0.00174268;REVB=-0.0132995;RO=40;SAF=21;SAR=32;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103133;STB=0.5565;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00128927;OID=.;OPOS=140789933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:40:53:53:0.569892:32:21:21:19:32:21:21:19 chr5 140793007 . A G 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0397724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.434;QD=17.7907;RBI=0.0404428;REFB=-0.0248867;REVB=-0.00733316;RO=33;SAF=20;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387829;STB=0.521725;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0285295;OID=.;OPOS=140793007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:11:20:20:13:11:20:20:13 chr5 140797630 . G T 420.58 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0544874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.204;QD=17.8972;RBI=0.0557975;REFB=-0.0131683;REVB=0.0120201;RO=51;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00533347;STB=0.502981;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0147537;OID=.;OPOS=140797630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:23:20:24:27:23:20:24:27 chr5 140801104 . T C 36.72 PASS AF=0.25;AO=7;DP=25;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00320052;FXX=0.039984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.918;QD=6.12035;RBI=0.0183413;REFB=0.0072395;REVB=-0.0180599;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309661;STB=0.666112;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.017331;OID=.;OPOS=140801104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:24:18:18:7:6:0.25:2:5:8:10:2:4:8:10 chr5 140801298 . C A 228.05 PASS AF=0.428571;AO=25;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00114371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6896;QD=14.4791;RBI=0.0728198;REFB=-0.0194982;REVB=0.0728108;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106491;STB=0.557988;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0396752;OID=.;OPOS=140801298;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:36:25:27:0.428571:12:13:15:21:13:14:15:21 chr5 140803241 . C A 48.35 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00611724;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3434;QD=10.7447;RBI=0.0320682;REFB=-0.0321116;REVB=-0.0314794;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090156;STB=0.555391;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0471206;OID=.;OPOS=140803241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:4:7:5:2:4:7 chr5 140807256 . A C 211.76 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0109609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8632;QD=16.6083;RBI=0.0121137;REFB=-0.00532979;REVB=-0.00515748;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227624;STB=0.628273;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0166016;OID=.;OPOS=140807256;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:12:11:20:8:12:11:20:8 chr5 140857798 . T C 159.65 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0500736;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.433;QD=10.1364;RBI=0.0502683;REFB=-0.00519641;REVB=0.00442093;RO=42;SAF=14;SAR=7;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877486;STB=0.551674;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00947115;OID=.;OPOS=140857798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:42:42:21:21:0.333333:7:14:25:17:7:14:25:17 chr5 140903792 . G A 87.46 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0145637;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0459;QD=12.0638;RBI=0.0205243;REFB=-0.0149531;REVB=-0.0144619;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303356;STB=0.685992;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0258671;OID=.;OPOS=140903792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:29:17:18:11:11:0.37931:6:5:3:14:6:5:3:15 chr5 141014494 . T C 404.58 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0128221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.679;QD=17.0349;RBI=0.0161022;REFB=-0.0253093;REVB=-0.0097403;RO=53;SAF=18;SAR=24;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137139;STB=0.507689;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0264403;OID=.;OPOS=141014494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:24:18:22:31:24:18:22:31 chr5 141016288 . T G 329.83 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00290345;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.619;QD=17.5907;RBI=0.0223124;REFB=-0.0412186;REVB=-0.0221227;RO=39;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247739;STB=0.631505;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0395413;OID=.;OPOS=141016288;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:40:35:35:0.466667:14:21:13:26:14:21:14:26 chr5 141022081 . TAATAA T 296.73 PASS AF=0.418803;AO=33;DP=126;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=54;FWDB=0.0218929;FXX=0.198617;HRUN=2;LEN=5;MLLD=212.705;QD=10.1447;RBI=0.0221101;REFB=-0.014202;REVB=-0.00309133;RO=54;SAF=10;SAR=23;SRF=11;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136701;STB=0.617126;STBP=0.059;TYPE=del;VARB=0.0208823;OID=.;OPOS=141022082;OREF=AATAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418803:33:126:49:117:68:19:30:14:54:99:54:10:23:11:43 chr5 141025730 . T G 759.4 PASS AF=0.610169;AO=70;DP=116;FAO=72;FDP=118;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.000558247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6632;QD=25.7424;RBI=0.00994635;REFB=-0.00655399;REVB=-0.00993067;RO=44;SAF=35;SAR=35;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646644;STB=0.547684;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00438614;OID=.;OPOS=141025730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:44:46:70:72:0.610169:35:35:26:18:37:35:28:18 chr5 141036184 . G A 435.6 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0128108;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.358;QD=18.5363;RBI=0.0258983;REFB=-0.0349353;REVB=0.0225079;RO=48;SAF=18;SAR=26;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125156;STB=0.570143;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0348142;OID=.;OPOS=141036184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:50:44:44:0.468085:26:18:26:22:26:18:27:23 chr5 141243646 . A G 657.67 PASS AF=0.421965;AO=73;DP=173;FAO=73;FDP=173;FR=.;FRO=100;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=-0.0146411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.621;QD=15.2062;RBI=0.0287558;REFB=-0.0280836;REVB=-0.0247494;RO=98;SAF=31;SAR=42;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390121;STB=0.526618;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0335056;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:98:100:73:73:0.421965:42:31:38:60:42:31:38:62 chr5 141318099 . C T 237.08 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0502959;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5317;QD=13.5475;RBI=0.0675075;REFB=-0.0216605;REVB=0.0450286;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172661;STB=0.507167;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0393476;OID=.;OPOS=141318099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:42:28:28:0.4:13:15:21:17:13:15:22:20 chr5 141325249 . T C 1789.6 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=124;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0165805;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.183;QD=58.6755;RBI=0.0290275;REFB=-0.0386111;REVB=0.0238261;RO=3;SAF=32;SAR=87;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00381733;STB=0.502011;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000781874;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:122:3:3:119:119:0.97541:87:32:1:2:87:32:1:2 chr5 141334921 . C T 426.64 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0317832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8134;QD=51.714;RBI=0.0704175;REFB=-0.09088;REVB=-0.0628367;RO=1;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620412;STB=0.523145;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00450755;OID=.;OPOS=141334921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:7:24:0:1:7:24:1:1 chr5 141335241 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.084;QD=51.9167;RBI=0.0323404;REFB=0;REVB=0.0177125;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026976;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr5 141335284 . G A 434.57 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0712182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7824;QD=54.3219;RBI=0.0972243;REFB=0.0505444;REVB=0.0661855;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-2.06307e-05;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:32:1:1:29:31:0.96875:13:16:1:0:15:16:1:0 chr5 141335364 . AGGGGGGGC AGGGGGGCG 243.18 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=2;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=0.00887772;FXX=0.0117633;HRUN=7;LEN=2;MLLD=145.671;QD=11.58;RBI=0.013865;REFB=-0.00736472;REVB=0.0106501;RO=30;SAF=2;SAR=22;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.720932;STB=0.92995;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.176591;OID=.;OPOS=141335371;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=AGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:24:84:32:84:36:2:30:30:6:99:30:2:22:24:6 chr5 141336264 . G T 767.7 PASS AF=1;AO=47;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.019;QD=56.8665;RBI=0.0510714;REFB=0;REVB=0.0241149;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270532;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:47:54:1:28:19:0:0:35:19:0:0 chr5 141337126 . C T 778.64 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1524;QD=63.5621;RBI=0.0751867;REFB=0;REVB=0.0028665;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633487;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr5 141337225 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.627;QD=48.7371;RBI=0.0818245;REFB=0;REVB=0.0317587;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101406;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr5 141391532 . G A 1472.43 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0689;QD=63.3303;RBI=0.0131344;REFB=0;REVB=0.00839123;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1965e-05;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr5 141531735 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.542;QD=52.6131;RBI=0.0186822;REFB=0;REVB=0.0136577;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23692e-05;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:19:22:1:13:6:0:0:13:9:0:0 chr5 142254679 . A G 808.78 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000614561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.86;QD=56.7566;RBI=0.0164118;REFB=0;REVB=0.0164003;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02789e-05;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr5 142421415 . T G 283.09 PASS AF=0.535714;AO=28;DP=54;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0171217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.79;QD=20.2207;RBI=0.0266749;REFB=-0.00758947;REVB=0.0204548;RO=26;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969565;STB=0.566622;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00507929;OID=.;OPOS=142421415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:26:26:28:30:0.535714:15:13:15:11:17:13:15:11 chr5 142593652 . C T 766.21 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.48;QD=63.8508;RBI=0.00628605;REFB=0;REVB=0.00514405;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78999e-05;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr5 143200053 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.664;QD=63.5829;RBI=0.042652;REFB=0;REVB=-0.0425;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162406;OID=.;OPOS=143200053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr5 145246085 . T G 2029.97 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.15;QD=61.0517;RBI=0.0119097;REFB=0;REVB=0.00432237;RO=0;SAF=75;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05888e-05;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:128:133:0:0:127:133:1:52:75:0:0:56:77:0:0 chr5 145393364 . C T 795.69 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00155107;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.663;QD=53.9454;RBI=0.0353463;REFB=-0.0727628;REVB=0.0353122;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145113;STB=0.515146;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000458702;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:59:1:2:57:57:0.966102:25:32:1:0:25:32:2:0 chr5 145439647 . T C,G 1061.31 PASS AF=0.932432,0.0540541;AO=69,4;DP=73;FAO=69,4;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=32,4;FSAR=37,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0131579,-0.0147395;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.927,85.1842;QD=57.3679;RBI=0.0142593,0.0158581;REFB=-0.0781661,-0.105001;REVB=0.0054952,0.00585019;RO=0;SAF=32,4;SAR=37,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.50769,0.5;STBP=0.332,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000121628,0.0300571;OID=.,.;OPOS=145439647,145439647;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:73:74:0:1:69,4:69,4:0.932432,0.0540541:37,0:32,4:0:0:37,0:32,4:1:0 chr5 145442203 . G C 471.23 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7299;QD=55.4385;RBI=0.0155898;REFB=-0.120981;REVB=-0.00325588;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0193812;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:14:19:0:1:14:19:0:1 chr5 145890028 . A G 727.72 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.671;QD=63.2795;RBI=0.0548322;REFB=0;REVB=0.0547556;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165416;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:25:21:0:0 chr5 145894896 . G C 153.75 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0732597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.494;QD=15.7694;RBI=0.0733723;REFB=-0.0677632;REVB=0.00406181;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258849;STB=0.649499;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0721656;OID=.;OPOS=145894896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:12:5:12:10:12:5:12:10 chr5 146017900 . CA C,CGA 39.92 PASS AF=0,0.138462;AO=19,25;DP=130;FAO=0,18;FDP=130;FR=.;FRO=112;FSAF=0,16;FSAR=0,2;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=-0.0961773,-0.0254938;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=20.3982,56.7979;QD=1.22841;RBI=0.49051,0.0273926;REFB=0.0102984,-0.00320557;REVB=-0.480989,-0.010021;RO=75;SAF=0,25;SAR=19,0;SRF=40;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.764876,0.782122;STB=0.5,0.868807;STBP=1,0.004;TYPE=del,ins;VARB=0,0.141191;OID=.,.;OPOS=146017901,146017901;OREF=A,-;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.138462:19,25:130:0,18:130:112:0,16:0,2:55:57:41:75:0,25:19,0:40:35 chr5 146077609 . T C 244.93 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0050488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7527;QD=15.5509;RBI=0.0244338;REFB=-0.0135163;REVB=0.0239065;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15445;STB=0.594528;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0396327;OID=.;OPOS=146077609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:28:28:0.444444:12:16:14:20:12:16:14:21 chr5 147012291 . G A 489.5 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00540131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0478;QD=17.0259;RBI=0.016475;REFB=-0.00741104;REVB=-0.0155644;RO=62;SAF=24;SAR=29;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123287;STB=0.568602;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0107172;OID=.;OPOS=147012291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:53:53:0.46087:29:24:36:26:29:24:36:26 chr5 147024476 . C A 301.16 PASS AF=0.4;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0133443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.945;QD=14.1724;RBI=0.0174491;REFB=0.00404469;REVB=-0.0112428;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00693542;OID=.;OPOS=147024476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:51:34:34:0.4:18:16:24:25:18:16:24:27 chr5 147024509 . C T 122.3 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0335649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4682;QD=8.43441;RBI=0.0352323;REFB=0.00719489;REVB=-0.0107104;RO=41;SAF=7;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904098;STB=0.55435;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.046859;OID=.;OPOS=147024509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:10:7:20:21:10:7:20:21 chr5 147286054 . G A 808.43 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.024482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.941;QD=53.8951;RBI=0.0331302;REFB=-0.0359596;REVB=0.0223212;RO=2;SAF=33;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277324;STB=0.514701;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00186425;OID=.;OPOS=147286054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:25:33:2:0:25:33:2:0 chr5 147468614 . A G 800.28 PASS AF=0.895522;AO=60;DP=68;FAO=60;FDP=67;FR=.;FRO=7;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0132759;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6771;QD=47.7776;RBI=0.0228226;REFB=-0.0499441;REVB=-0.018564;RO=8;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979512;STB=0.54453;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0380744;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:68:67:8:7:60:60:0.895522:26:34:1:7:26:34:1:6 chr5 147475386 . A G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.441;QD=64.1524;RBI=0.0307367;REFB=0;REVB=0.0300927;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152807;OID=.;OPOS=147475386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:17:32:0:0:17:32:0:0 chr5 147477551 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.683;QD=59.3229;RBI=0.0279109;REFB=0;REVB=0.0164771;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45065e-05;OID=.;OPOS=147477551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:45:23:0:0:45:23:0:0 chr5 147480027 . G A 327.39 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328047;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.474;QD=54.5648;RBI=0.0794812;REFB=0;REVB=0.0794134;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544662;OID=.;OPOS=147480027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr5 147480112 . T C 834.37 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.914;QD=57.5427;RBI=0.0633161;REFB=0;REVB=0.0629854;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125333;OID=.;OPOS=147480112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:24:33:0:0:25:33:0:0 chr5 147480955 . A G 377.04 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4034;QD=55.8572;RBI=0.0719106;REFB=0;REVB=0.0408319;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017734;OID=.;OPOS=147480955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:17:7:0:0:17:10:0:0 chr5 147481430 . A G 1226.54 PASS AF=0.988506;AO=77;DP=80;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00864;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.8797;QD=56.3929;RBI=0.104247;REFB=-0.00288816;REVB=0.103888;RO=2;SAF=27;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033767;STB=0.508195;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00492531;OID=.;OPOS=147481430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:87:2:1:77:86:0.988506:50:27:2:0:56:30:1:0 chr5 147486677 . C A 1356.57 PASS AF=1;AO=77;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8303;QD=59.6293;RBI=0.078394;REFB=0;REVB=0.0575662;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223582;OID=.;OPOS=147486677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:91:0:0:77:91:1:33:44:0:0:46:45:0:0 chr5 147488367 . C A,T 450.28 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=3,29;DP=33;FAO=2,30;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482214,-0.0488445;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=34.5077,46.7503;QD=56.2855;RBI=0.0776489,0.0496555;REFB=0,0;REVB=-0.0608609,0.00893782;RO=0;SAF=1,18;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.205564,0.000573785;OID=.,.;OPOS=147488367,147488367;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:33:32:0:0:3,29:2,30:0.0625,0.9375:2,11:1,18:0:0:1,12:1,18:0:0 chr5 147498019 . G A 1435.48 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.372;QD=56.2932;RBI=0.0239181;REFB=-0.00947657;REVB=0.000408575;RO=2;SAF=46;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0013342;STB=0.50059;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000112179;OID=.;OPOS=147498019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:102:102:2:2:99:100:0.980392:53:46:1:1:53:47:1:1 chr5 147499616 . C T 722.07 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022343;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.615;QD=62.789;RBI=0.0228401;REFB=0;REVB=0.00473931;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09929e-05;OID=.;OPOS=147499616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:18:27:0:0:19:27:0:0 chr5 147499670 . C T 487.4 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610498;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.114;QD=59.0784;RBI=0.00935136;REFB=0;REVB=-0.00708358;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110256;OID=.;OPOS=147499670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr5 147505116 . G A 754.29 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.355;QD=56.9276;RBI=0.013376;REFB=0;REVB=0.012951;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53076e-05;OID=.;OPOS=147505116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr5 147510866 . T C 1483.8 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444882;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.312;QD=59.9515;RBI=0.0899115;REFB=0;REVB=0.0898013;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167754;OID=.;OPOS=147510866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:43:55:0:0:44:55:0:0 chr5 147593497 . C A 2053.59 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00709374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.273;QD=60.847;RBI=0.00744242;REFB=-0.0241095;REVB=0.00225132;RO=2;SAF=59;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160804;STB=0.500846;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=7.97349e-05;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:135:2:2:133:133:0.985185:74:59:1:1:74:59:1:1 chr5 147703416 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.679;QD=56.1915;RBI=0.0186619;REFB=0;REVB=-0.0161544;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20755e-05;OID=.;OPOS=147703416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr5 147805120 . T C 878.7 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.385;QD=57.6194;RBI=0.00861606;REFB=0;REVB=0.00603741;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41767e-05;OID=.;OPOS=147805120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:38:21:0:0:38:23:0:0 chr5 147856333 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.81;QD=62.671;RBI=0.0142445;REFB=0;REVB=-9.55359e-05;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71616e-05;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr5 148206440 . G A 676.68 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.739;QD=60.1489;RBI=0.0438173;REFB=0.0762221;REVB=0.0252;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000240895;OID=.;OPOS=148206440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:19:24:1:0:20:24:1:0 chr5 148206473 . G C 662.5 PASS AF=0.910714;AO=49;DP=57;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00554356;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.337;QD=47.3212;RBI=0.0630593;REFB=-0.0312608;REVB=0.0628151;RO=5;SAF=27;SAR=22;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611777;STB=0.5294;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00170914;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:57:56:5:5:49:51:0.910714:22:27:1:4:24:27:1:4 chr5 148207447 . G C 492.0 PASS AF=0.469027;AO=52;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0105165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.648;QD=17.4161;RBI=0.0108062;REFB=-0.0154921;REVB=-0.00248521;RO=60;SAF=23;SAR=29;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00749337;STB=0.508644;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.018341;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:52:53:0.469027:29:23:27:33:30:23:27:33 chr5 148207633 . G A 81.44 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0352863;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.978;QD=16.2879;RBI=0.0388988;REFB=-0.0427156;REVB=-0.0163704;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252049;STB=0.68252;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00925835;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:20:9:10:10:10:0.5:2:8:5:4:2:8:5:5 chr5 148386525 . T G 251.75 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0329529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5961;QD=17.0681;RBI=0.0421476;REFB=-0.0301922;REVB=-0.0262778;RO=31;SAF=23;SAR=4;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438689;STB=0.717507;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0142314;OID=.;OPOS=148386525;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:27:28:0.474576:4:23:15:16:5:23:15:16 chr5 148406386 . T C 387.26 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00164008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.479;QD=23.8312;RBI=0.00873442;REFB=-0.0246867;REVB=0.00857905;RO=27;SAF=16;SAR=22;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106008;STB=0.505821;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0188222;OID=.;OPOS=148406386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:22:16:11:16:22:16:11:16 chr5 148407708 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3285;QD=53.2767;RBI=0.0372339;REFB=0;REVB=0.0112525;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000893556;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr5 148408101 . A G 140.09 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.012604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.641;QD=12.7352;RBI=0.0151012;REFB=-0.00030356;REVB=-0.0083178;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182275;STB=0.606611;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000708577;OID=.;OPOS=148408101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:7:9:11:17:7:9:11:17 chr5 148578636 . T C 401.07 PASS AF=0.525641;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00758826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.285;QD=20.5679;RBI=0.0101622;REFB=0.0089012;REVB=0.00675936;RO=35;SAF=30;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126445;STB=0.564496;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0118364;OID=.;OPOS=148578636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:37:40:41:0.525641:10:30:22:13:10:31:24:13 chr5 148610276 . C A 1054.23 PASS AF=0.559322;AO=97;DP=176;FAO=99;FDP=177;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=24;FSRR=54;FWDB=0.00464114;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.024;QD=23.8243;RBI=0.00464993;REFB=-0.0360839;REVB=-0.000285865;RO=77;SAF=37;SAR=60;SRF=23;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726706;STB=0.531577;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0247687;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:77:78:97:99:0.559322:60:37:23:54:62:37:24:54 chr5 148627252 . G A 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00883008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.264;QD=13.7269;RBI=0.0201594;REFB=-0.00392722;REVB=-0.0181227;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336459;STB=0.691086;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00292993;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:9:16:11:25:9:16:11:25 chr5 148720087 . T G 834.22 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2304;QD=56.557;RBI=0.16158;REFB=0;REVB=0.0442758;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069903;OID=.;OPOS=148720087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:56:59:1:29:27:0:0:29:30:0:0 chr5 148986244 . G C 184.87 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0619365;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1209;QD=12.1226;RBI=0.0621969;REFB=-0.0141421;REVB=0.00568525;RO=37;SAF=6;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236987;STB=0.647483;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.018635;OID=.;OPOS=148986244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:38:23:23:0.377049:17:6:17:20:17:6:18:20 chr5 148989122 . C T 117.34 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00766482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.793;QD=12.0344;RBI=0.00991594;REFB=-0.0105778;REVB=0.00629098;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219898;STB=0.634719;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0163965;OID=.;OPOS=148989122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:25:13:14:0.358974:9:4:12:12:10:4:12:13 chr5 149006640 . C T 110.04 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0282434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5745;QD=15.1778;RBI=0.032696;REFB=-0.0412775;REVB=0.0164723;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230345;STB=0.513348;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0359058;OID=.;OPOS=149006640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:9:7:6:7:9:7 chr5 149006837 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.754;QD=44.6891;RBI=0.0657542;REFB=0;REVB=-0.0124156;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261424;OID=.;OPOS=149006837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:8:5:0:0 chr5 149008403 . A G 1314.3 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.106;QD=61.8495;RBI=0.0120665;REFB=0;REVB=0.0105632;RO=0;SAF=54;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54107e-06;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:29:54:0:0:29:56:0:0 chr5 149008467 . C A 566.02 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.000227382;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.688;QD=20.036;RBI=0.000540144;REFB=-0.0106554;REVB=0.000489952;RO=54;SAF=29;SAR=29;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810962;STB=0.548656;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00954908;OID=.;OPOS=149008467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:55:58:58:0.513274:29:29:22:32:29:29:22:33 chr5 149008521 . A G 787.44 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00427066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1532;QD=54.3063;RBI=0.00471016;REFB=-0.173821;REVB=0.00198672;RO=1;SAF=20;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229889;STB=0.512191;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00262695;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:36:20:1:0:37:20:1:0 chr5 149200043 . T C 816.71 PASS AF=0.482759;AO=84;DP=174;FAO=84;FDP=174;FR=.;FRO=90;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.0609758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7756;QD=18.775;RBI=0.0628022;REFB=0.000330074;REVB=0.0150354;RO=87;SAF=42;SAR=42;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00530538;STB=0.505746;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00104156;OID=.;OPOS=149200043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:87:90:84:84:0.482759:42:42:43:44:42:42:46:44 chr5 149212800 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0183092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.905;QD=12.7388;RBI=0.0326208;REFB=-0.0230618;REVB=-0.026998;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763832;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0223197;OID=.;OPOS=149212800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:3:7:5:3:3:7 chr5 149314258 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00820628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.568;QD=20.3167;RBI=0.0214109;REFB=-0.00883829;REVB=0.0197758;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164361;STB=0.592924;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00946499;OID=.;OPOS=149314258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:10:8:12:7:10:8 chr5 149323772 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.585;QD=55.6544;RBI=0.0337189;REFB=0;REVB=0.0232305;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469958;OID=.;OPOS=149323772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr5 149323906 . T G 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.731;QD=57.8824;RBI=0.0182726;REFB=0;REVB=-0.00604982;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16033e-05;OID=.;OPOS=149323906;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr5 149324060 . T C 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0170152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.847;QD=18.9665;RBI=0.0170266;REFB=-0.0298874;REVB=-0.000622083;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129568;STB=0.573058;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0342541;OID=.;OPOS=149324060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:17:8:10:12:17:8 chr5 149360877 . T C 615.03 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8544;QD=60.003;RBI=0.0190786;REFB=0;REVB=0.018497;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295092;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:1:0:39:41:1:22:17:0:1:23:18:0:0 chr5 149374879 . CT C 475.89 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.752;QD=48.8091;RBI=0.0522773;REFB=0;REVB=-0.0477494;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00257314;OID=.;OPOS=149374880;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:39:39:39:0:12:27:0:0:8:0:12:26:0:0 chr5 149374932 . T C 708.87 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.345;QD=61.6406;RBI=0.0683154;REFB=0;REVB=0.0094418;RO=1;SAF=14;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138551;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:1:0:44:46:1:30:14:1:0:30:16:0:0 chr5 149406271 . C T 428.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.625;QD=57.1122;RBI=0.037459;REFB=0;REVB=0.036035;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180317;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:9:19:0:0:11:19:0:0 chr5 149406438 . C T 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0747928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.7863;QD=16.9276;RBI=0.0747931;REFB=-0.0364693;REVB=0.000219211;RO=10;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163889;STB=0.672746;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0109448;OID=.;OPOS=149406438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:10:12:12:12:0.5:10:2:3:7:10:2:5:7 chr5 149433400 . G C,GC 447.03 PASS AF=0,0.945946;AO=4,21;DP=40;FAO=0,35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=0,18;FSAR=0,17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00522923,0.00407952;FXX=0.0749813;HRUN=8,0;LEN=1,1;MLLD=167.055,189.947;QD=48.3275;RBI=0.0206899,0.0260196;REFB=-0.0319654,-0.0354396;REVB=-0.0200182,-0.0256978;RO=15;SAF=4,12;SAR=0,9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.681029,0.0788565;STB=0.5,0.526301;STBP=1,0.246;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00191008;OID=.,.;OPOS=149433400,149433401;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:10:40:37:15:2:4,21:0,35:0,0.945946:0,9:4,12:7:8:0,17:0,18:2:0 chr5 149433401 . G C 70.55 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00402207;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=90.097;QD=7.05473;RBI=0.053096;REFB=-0.0256498;REVB=0.0529435;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272373;STB=0.669581;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0110893;OID=.;OPOS=149433401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:6:4:19:11:6:4:19:11 chr5 149450132 . T C 138.41 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0095752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.962;QD=12.3028;RBI=0.0195866;REFB=-0.0257274;REVB=0.0170866;RO=28;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343667;STB=0.528019;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0389274;OID=.;OPOS=149450132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:11:5:8:20:11:5:8:21 chr5 149456811 . G A 504.85 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.00795014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.138;QD=16.1552;RBI=0.0105546;REFB=-0.0278366;REVB=-0.00694229;RO=70;SAF=34;SAR=21;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110587;STB=0.506178;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0299669;OID=.;OPOS=149456811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:70:55:55:0.44:21:34:44:26:21:34:44:26 chr5 149493472 . C T 594.09 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.672;QD=60.9325;RBI=0.0511638;REFB=0;REVB=0.0487482;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183939;OID=.;OPOS=149493472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:13:25:0:0:14:25:0:0 chr5 149495050 . T C 2689.63 PASS AF=0.988636;AO=173;DP=178;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00900139;FXX=0.0112353;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.608;QD=61.1279;RBI=0.0153546;REFB=-0.0320859;REVB=0.0124394;RO=2;SAF=90;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000440844;STB=0.500262;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=3.96025e-05;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:178:176:2:2:173:174:0.988636:83:90:1:1:83:91:1:1 chr5 149499672 . T C 117.87 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0104355;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.349;QD=11.7866;RBI=0.013234;REFB=0.0111945;REVB=-0.00813874;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264141;STB=0.66526;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0277096;OID=.;OPOS=149499672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:26:14:14:0.35:5:9:9:14:5:9:10:16 chr5 149515380 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0107263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.09;QD=12.7909;RBI=0.010727;REFB=0.0106475;REVB=0.000123903;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359931;STB=0.713955;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0109623;OID=.;OPOS=149515380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:3:11:11:12:3:11:11:12 chr5 149563715 . T C 785.68 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4684;QD=64.1372;RBI=0.0587013;REFB=0;REVB=-0.0339758;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00080381;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr5 149578827 . C T 514.67 PASS AF=0.550562;AO=48;DP=90;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0355033;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0724;QD=23.1312;RBI=0.0480254;REFB=-0.00659019;REVB=0.0323413;RO=39;SAF=21;SAR=27;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826775;STB=0.545436;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0043405;OID=.;OPOS=149578827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:39:40:48:49:0.550562:27:21:21:18:27:22:22:18 chr5 149583300 . T C 165.84 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0650263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3104;QD=22.1119;RBI=0.0685845;REFB=-0.0116122;REVB=0.021804;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842929;STB=0.547271;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00740208;OID=.;OPOS=149583300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:9:4:7:10:9:4 chr5 149583336 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.113;QD=53.2762;RBI=0.0371869;REFB=0;REVB=0.00447462;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556615;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr5 149585025 . A C 825.64 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104307;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.68;QD=56.9404;RBI=0.0193329;REFB=0;REVB=0.0193048;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94698e-05;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:55:58:1:21:34:0:0:23:35:0:0 chr5 149602221 . G A 495.94 PASS AF=0.652174;AO=45;DP=69;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0240191;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.829;QD=28.7504;RBI=0.0274147;REFB=-0.0381861;REVB=0.0132156;RO=24;SAF=16;SAR=29;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975513;STB=0.553109;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0157332;OID=.;OPOS=149602221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:24:45:45:0.652174:29:16:12:12:29:16:12:12 chr5 149602608 . A G 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.228;QD=59.8354;RBI=0.0182148;REFB=0;REVB=0.0174771;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25058e-05;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr5 149644597 . T G 2510.67 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.368;QD=61.6115;RBI=0.0265729;REFB=0;REVB=0.0264436;RO=0;SAF=79;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.36235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41998e-05;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:84:79:0:0:84:79:0:0 chr5 149677851 . A G 1118.0 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136765;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.848;QD=60.4326;RBI=0.0353829;REFB=0;REVB=0.0326329;RO=0;SAF=22;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34173e-05;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:51:22:0:0:52:22:0:0 chr5 149755434 . G T 166.2 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0573268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.937;QD=22.1598;RBI=0.0575171;REFB=-0.0503713;REVB=0.00467545;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006993;STB=0.503932;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0348174;OID=.;OPOS=149755434;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:9:8:6:7:9:8:6:7 chr5 149824223 . T C 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0133444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=336.325;QD=20.7548;RBI=0.0178906;REFB=-0.00120938;REVB=0.0119163;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206687;STB=0.61781;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.000613536;OID=.;OPOS=149824223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:11:4:6:6:11:4:6:6 chr5 149826526 . C T 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0391334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.822;QD=7.48231;RBI=0.0391652;REFB=-0.00997028;REVB=-0.00157877;RO=28;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312968;STB=0.699558;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0317334;OID=.;OPOS=149826526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:8:2:12:16:8:2:12:16 chr5 149907779 . A G 247.11 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0244987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.616;QD=24.7108;RBI=0.0309863;REFB=-0.0180077;REVB=-0.0189728;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624999;STB=0.534801;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00846145;OID=.;OPOS=149907779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:9:8:9:14:9:8 chr5 149919739 . G C 1255.42 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.53797e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.345;QD=61.24;RBI=0.00475478;REFB=0;REVB=-0.00475457;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.41051e-06;OID=.;OPOS=149919739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:80:82:1:28:52:0:0:28:54:0:0 chr5 150051958 . T C 1975.56 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.153;QD=61.7362;RBI=0.0383078;REFB=0;REVB=0.0367831;RO=0;SAF=63;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49832e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:125:128:1:62:63:0:0:63:65:0:0 chr5 150175420 . G A 188.92 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0230697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.223;QD=20.991;RBI=0.03409;REFB=0.0154607;REVB=0.0250982;RO=17;SAF=4;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314743;STB=0.679235;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00775729;OID=.;OPOS=150175420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:15:4:9:8:15:4:9:8 chr5 150227998 . C T 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0175269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3568;QD=10.4383;RBI=0.0503351;REFB=0.00716783;REVB=0.0471851;RO=27;SAF=1;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47586;STB=0.7994;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00717819;OID=.;OPOS=150227998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:12:1:9:18:12:1:9:18 chr5 150257616 . A G 221.77 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0051685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.55;QD=18.4808;RBI=0.0155969;REFB=0.00984032;REVB=-0.0147156;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587971;STB=0.540217;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.012852;OID=.;OPOS=150257616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:26:22:22:0.458333:15:7:9:15:15:7:10:16 chr5 150275577 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0134974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8408;QD=12.7379;RBI=0.0545111;REFB=0.00440189;REVB=-0.0528136;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380216;STB=0.72318;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00777028;OID=.;OPOS=150275577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:2:8:3:5:2:8 chr5 150282710 . TTCA T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00957379;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=246.605;QD=12.8607;RBI=0.0371117;REFB=-0.00893018;REVB=-0.0358555;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441607;STB=0.555391;STBP=0.764;TYPE=del;VARB=0.00861778;OID=.;OPOS=150282711;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:7:15:7:15:8:5:2:5:3:47:6:5:2:4:2 chr5 150311773 . T C 981.35 PASS AF=0.972603;AO=59;DP=66;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0425239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9033;QD=53.7723;RBI=0.0427233;REFB=-0.0327935;REVB=0.00412263;RO=4;SAF=25;SAR=34;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396686;STB=0.500969;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0237474;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:73:4:2:59:71:0.972603:34:25:3:1:38:33:1:1 chr5 150407456 . T C 2451.88 PASS AF=0.993827;AO=156;DP=161;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=106;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0021269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.569;QD=60.5402;RBI=0.0564426;REFB=-0.026417;REVB=0.0564025;RO=1;SAF=101;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468747;STB=0.502347;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000288401;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:162:1:1:156:161:0.993827:55:101:1:0:55:106:1:0 chr5 150480520 . C T 416.44 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0338592;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0363;QD=16.826;RBI=0.0368892;REFB=-0.0399829;REVB=-0.0146414;RO=54;SAF=13;SAR=30;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971223;STB=0.568687;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0454448;OID=.;OPOS=150480520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:54:56:43:43:0.434343:30:13:21:33:30:13:23:33 chr5 150489390 . A G 257.31 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.014901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.331;QD=19.7927;RBI=0.0251406;REFB=-0.0247479;REVB=0.0202487;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158493;STB=0.5741;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0238697;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:17:9:13:12:17:10:13:12 chr5 150512740 . G A 320.85 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0186768;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.121;QD=13.5093;RBI=0.0186964;REFB=-0.0296323;REVB=-0.000855392;RO=57;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204723;STB=0.522515;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.040417;OID=.;OPOS=150512740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:57:59:36:36:0.378947:19:17:28:29:19:17:30:29 chr5 150518988 . G A 136.68 PASS AF=0.296875;AO=18;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0195151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.768;QD=8.54224;RBI=0.0198325;REFB=0.00193683;REVB=0.00353376;RO=43;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19848;STB=0.63144;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00426155;OID=.;OPOS=150518988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:45:18:19:0.296875:7:11:19:24:7:12:20:25 chr5 150562696 . CT C,CC 138.93 PASS AF=0.441176,0.0294118;AO=13,3;DP=35;FAO=15,1;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10,1;FSAR=5,0;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00598119,0.00665131;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.212,137.782;QD=16.3448;RBI=0.00628815,0.00838833;REFB=-0.0160494,-0.00979749;REVB=-0.00194068,0.00511118;RO=18;SAF=8,2;SAR=5,1;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.275431,0.353018;STB=0.679762,0.992713;STBP=0.078,0.235;TYPE=del,snp;VARB=0.0122026,0.107338;OID=.,.;OPOS=150562697,150562697;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176,0.0294118:13,3:35:15,1:34:18:10,1:5,0:6:12:99:18:8,2:5,1:6:12 chr5 150578574 . A G 397.48 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101347;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.392;QD=56.7832;RBI=0.0381361;REFB=0;REVB=-0.0367647;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143309;OID=.;OPOS=150578574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr5 150632832 . G A 107.65 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.000599078;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.867;QD=20.5051;RBI=0.0263593;REFB=0.00245705;REVB=0.0263525;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791542;STB=0.545376;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00205566;OID=.;OPOS=150632832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:21:9:9:12:12:0.571429:9:3:3:6:9:3:3:6 chr5 150639409 . A G 425.39 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0123254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.165;QD=18.9061;RBI=0.0167751;REFB=-0.00494441;REVB=-0.0113793;RO=45;SAF=15;SAR=27;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427179;STB=0.531235;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00692558;OID=.;OPOS=150639409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:47:42:43:0.477778:27:15:18:27:28:15:19:28 chr5 150639439 . A G 1026.26 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3153;QD=59.4935;RBI=0.0176663;REFB=0;REVB=0.0171;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97519e-05;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr5 150647156 . T C 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0105407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.1;QD=13.4591;RBI=0.0105661;REFB=-0.00536431;REVB=-0.000732816;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14358;STB=0.583234;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0105339;OID=.;OPOS=150647156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:8:18:9:7:8:18 chr5 150666933 . C A 1683.47 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.417;QD=60.1238;RBI=0.047228;REFB=0;REVB=0.0453505;RO=0;SAF=42;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127119;OID=.;OPOS=150666933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:69:42:0:0:70:42:0:0 chr5 150695254 . T C 382.25 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00476446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8165;QD=52.7246;RBI=0.0110129;REFB=0.0133079;REVB=-0.00992895;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251595;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00602396;OID=.;OPOS=150695254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:10:18:1:0:10:18:1:0 chr5 150696447 . C T 1122.02 PASS AF=0.928571;AO=78;DP=84;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0198343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4665;QD=53.4295;RBI=0.0830414;REFB=-0.0237014;REVB=-0.0806379;RO=3;SAF=35;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388536;STB=0.539464;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00368029;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:84:84:3:6:78:78:0.928571:43:35:3:0:43:35:6:0 chr5 150696540 . C T 1214.81 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.118;QD=59.9906;RBI=0.0219476;REFB=-0.157386;REVB=-0.0136308;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.506848;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000666699;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:81:0:1:79:80:0.987654:44:35:0:0:44:36:1:0 chr5 150723806 . G A 1028.97 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9847;QD=57.97;RBI=0.0349818;REFB=0.00910708;REVB=0.00405137;RO=1;SAF=11;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410389;STB=0.521733;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.000925933;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:58:11:1:0:59:11:1:0 chr5 150726875 . C T 164.65 PASS AF=0.372549;AO=17;DP=49;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0127672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.364;QD=12.9134;RBI=0.0170008;REFB=-0.0122648;REVB=0.0112261;RO=32;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328475;STB=0.644298;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0193125;OID=.;OPOS=150726875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:32:32:17:19:0.372549:6:11:11:21:8:11:11:21 chr5 150857062 . T G 676.67 PASS AF=0.51938;AO=67;DP=130;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.00925316;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.576;QD=20.982;RBI=0.00927229;REFB=-0.00819502;REVB=-0.000595415;RO=62;SAF=26;SAR=41;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431443;STB=0.523733;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00793972;OID=.;OPOS=150857062;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:62:62:67:67:0.51938:41:26:27:35:41:26:27:35 chr5 150884057 . C T 226.32 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0235807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.814;QD=11.1763;RBI=0.0283327;REFB=-0.0141003;REVB=-0.0157064;RO=53;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745535;STB=0.543179;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0209691;OID=.;OPOS=150884057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:14:14:23:30:14:14:23:30 chr5 150884089 . A G 183.36 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.000380257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2177;QD=9.91125;RBI=0.0153327;REFB=-0.00374753;REVB=-0.015328;RO=49;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350777;STB=0.527005;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00561786;OID=.;OPOS=150884089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:50:24:24:0.324324:12:12:23:26:12:12:23:27 chr5 150886725 . G A 213.09 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0163915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5487;QD=12.5349;RBI=0.0832436;REFB=0.00176486;REVB=-0.0816139;RO=42;SAF=18;SAR=8;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167934;STB=0.596974;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00597418;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:8:18:23:19:8:18:23:19 chr5 150886882 . G A 714.49 PASS AF=0.543307;AO=68;DP=127;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00549598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.96;QD=22.5035;RBI=0.00762182;REFB=-0.0132386;REVB=-0.00528075;RO=58;SAF=38;SAR=30;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233982;STB=0.516423;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0143151;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:58:58:68:69:0.543307:30:38:34:24:31:38:34:24 chr5 150891733 . A G 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0296227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.792;QD=17.8;RBI=0.0344548;REFB=-0.0116118;REVB=0.0175963;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165484;STB=0.509425;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.010099;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:12:8:10:14:12:8:10:14 chr5 150901111 . A G 352.16 PASS AF=0.5;AO=35;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00464243;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.942;QD=19.0357;RBI=0.00767795;REFB=-0.0203199;REVB=-0.00611546;RO=37;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127946;STB=0.581454;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0229979;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:37:35:37:0.5:15:20:16:21:15:22:16:21 chr5 150901300 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0204302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.508;QD=12.3289;RBI=0.0209882;REFB=0.00558006;REVB=0.0048074;RO=17;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633766;STB=0.881582;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00882286;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:1:10:6:11:1:10:6:11 chr5 150901613 . A G 52.76 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0654258;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.7473;QD=6.59461;RBI=0.0835343;REFB=-0.00896992;REVB=-0.051937;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241269;STB=0.642475;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0612815;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:18:24:8:8:0.25:2:6:10:8:2:6:14:10 chr5 150914184 . A T 837.19 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131036;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.975;QD=57.7375;RBI=0.00164446;REFB=0;REVB=-0.000993579;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36185e-05;OID=.;OPOS=150914184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:31:27:0:0 chr5 150923405 . A G 633.51 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0565233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5203;QD=58.9316;RBI=0.0651799;REFB=-0.0120803;REVB=-0.0324582;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00102077;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:20:21:1:0:20:22:1:0 chr5 150925144 . A G 237.18 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00865642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.951;QD=49.9325;RBI=0.0298664;REFB=0;REVB=0.0285844;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139072;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:9:10:0:0 chr5 150930186 . C T 251.2 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00875189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.044;QD=19.7021;RBI=0.0306074;REFB=-0.0297174;REVB=0.0293295;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15535;STB=0.586761;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0290585;OID=.;OPOS=150930186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:14:12:16:9:14:12:16:9 chr5 150930345 . C T 527.33 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0377983;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.832;QD=21.5237;RBI=0.0544728;REFB=-0.0045616;REVB=-0.0392246;RO=48;SAF=20;SAR=30;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153296;STB=0.508471;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00413331;OID=.;OPOS=150930345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:48:48:50:50:0.510204:30:20:20:28:30:20:20:28 chr5 150942919 . A G 255.74 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000799536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.221;QD=51.1488;RBI=0.0284256;REFB=0;REVB=-0.0284144;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279098;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr5 150942969 . G A 538.06 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.739;QD=59.7847;RBI=0.0468987;REFB=0;REVB=0.0414203;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92537e-05;OID=.;OPOS=150942969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr5 150943085 . G A 1319.79 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4626;QD=62.1075;RBI=0.0661255;REFB=0;REVB=-0.0607766;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208582;OID=.;OPOS=150943085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr5 150945483 . C T 769.4 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.579;QD=56.9928;RBI=0.0458449;REFB=0;REVB=0.00862394;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106014;OID=.;OPOS=150945483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr5 150945699 . G A 805.8 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.853;QD=64.4639;RBI=0.0357329;REFB=0;REVB=0.0295547;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136956;OID=.;OPOS=150945699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:24:24:0:0:26:24:0:0 chr5 150945862 . A G 838.22 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024602;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.394;QD=57.8085;RBI=0.0268501;REFB=0;REVB=-0.0107548;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17498e-05;OID=.;OPOS=150945862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr5 150945931 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.15;QD=57.2026;RBI=0.0342775;REFB=0;REVB=0.020686;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143604;OID=.;OPOS=150945931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr5 150946132 . G A 573.06 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.010494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.614;QD=55.9081;RBI=0.0609412;REFB=0.00362591;REVB=-0.0600308;RO=2;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334695;STB=0.517848;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00227718;OID=.;OPOS=150946132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:27:12:0:2:27:12:0:2 chr5 150946436 . A G 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.907;QD=57.4361;RBI=0.0108039;REFB=-0.0251241;REVB=0.000309674;RO=1;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149999;STB=0.507934;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000698983;OID=.;OPOS=150946436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:31:36:0:1:31:36:0:1 chr5 150946773 . G A 427.61 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0169196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.454;QD=51.8311;RBI=0.0341917;REFB=0.0403336;REVB=0.0297119;RO=2;SAF=12;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133849;STB=0.507182;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00147638;OID=.;OPOS=150946773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:19:12:1:1:19:12:1:1 chr5 150946966 . GGGG AGGG,GGGA 1465.47 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=73,5;DP=102;FAO=98,4;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46,4;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000482187,-0.00144919;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=36.3017,174.646;QD=57.4693;RBI=0.208818,0.0381104;REFB=0,0;REVB=-0.208817,-0.0380828;RO=0;SAF=41,5;SAR=32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00219671,0.143946;OID=.,.;OPOS=150946966,150946969;OREF=G,G;OALT=A,A;OMAPALT=AGGG,GGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:102:102:0:0:73,5:98,4:0.960784,0.0392157:32,0:41,5:0:0:52,0:46,4:0:0 chr5 150947719 . C T 657.48 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0486599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.058;QD=59.7707;RBI=0.048684;REFB=0.171941;REVB=0.00153154;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253725;STB=0.513507;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00414024;OID=.;OPOS=150947719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:25:18:1:0:25:18:1:0 chr5 151043103 . G C 167.14 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0404464;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.073;QD=14.5341;RBI=0.0411243;REFB=-0.0214853;REVB=-0.00743597;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158093;STB=0.565146;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0247908;OID=.;OPOS=151043103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:28:18:18:0.391304:9:9:9:17:9:9:11:17 chr5 151083909 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.612;QD=51.9163;RBI=0.0600917;REFB=0;REVB=0.0587724;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326637;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr5 151084036 . T C 468.87 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461911;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.75;QD=58.6085;RBI=0.0492339;REFB=0;REVB=0.0170398;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401105;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr5 151255217 . C G,T 662.47 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=2,41;DP=43;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010949,0.00789677;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.3933,121.174;QD=61.6252;RBI=0.0552859,0.0594936;REFB=0,0;REVB=-0.0541909,0.0589672;RO=0;SAF=1,16;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.1719e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0837726,-0.00355387;OID=.,.;OPOS=151255217,151255217;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:43:43:0:0:2,41:1,42:0.0232558,0.976744:1,25:1,16:0:0:0,26:1,16:0:0 chr5 151771817 . C T 1653.98 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.042;QD=60.1446;RBI=0.0404313;REFB=0;REVB=0.0370385;RO=0;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73224e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:63:46:0:0:64:46:0:0 chr5 151784183 . G A 272.22 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0205536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.377;QD=19.4443;RBI=0.0214551;REFB=-0.0360292;REVB=-0.00615394;RO=27;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255997;STB=0.514276;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0252918;OID=.;OPOS=151784183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:11:18:16:11:11:18:16:11 chr5 153190762 . C T 76.47 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0712114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.8203;QD=13.9045;RBI=0.0717601;REFB=-0.00372472;REVB=0.00885684;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.590733;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00880953;OID=.;OPOS=153190762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:22:10:12:10:10:0.454545:5:5:6:4:5:5:8:4 chr5 153413390 . C T 130.52 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0147019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.002;QD=7.35302;RBI=0.0437014;REFB=-0.00473668;REVB=-0.0411542;RO=50;SAF=10;SAR=9;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316072;STB=0.519267;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0134251;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:52:19:19:0.267606:9:10:25:25:9:10:26:26 chr5 153429459 . T C 376.01 PASS AF=0.421053;AO=39;DP=94;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0223871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0107;QD=15.8318;RBI=0.0224259;REFB=-0.0145046;REVB=0.00131852;RO=55;SAF=11;SAR=28;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159333;STB=0.595001;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0221309;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:55:55:39:40:0.421053:28:11:23:32:29:11:23:32 chr5 153432733 . T C 118.78 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0522651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7041;QD=22.6251;RBI=0.0698429;REFB=-0.0308536;REVB=0.0463292;RO=8;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218735;STB=0.624791;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0560726;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:10:3:4:4:10:3:4:4 chr5 153432970 . C T 322.23 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0390366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9268;QD=16.5244;RBI=0.0444012;REFB=-0.0289731;REVB=-0.0211568;RO=43;SAF=11;SAR=24;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112657;STB=0.563525;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0463273;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:24:11:18:25:24:11:18:25 chr5 153788991 . G C 370.87 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.00344262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.233;QD=13.2453;RBI=0.00612506;REFB=-0.00799842;REVB=-0.00506604;RO=68;SAF=15;SAR=29;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314509;STB=0.517849;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0150233;OID=.;OPOS=153788991;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:68:44:44:0.392857:29:15:25:43:29:15:25:43 chr5 153975576 . G A 499.98 PASS AF=0.426357;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.01405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.87;QD=15.5034;RBI=0.0143655;REFB=-0.0214133;REVB=0.00299401;RO=74;SAF=24;SAR=31;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106674;STB=0.559798;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0224435;OID=.;OPOS=153975576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:74:74:55:55:0.426357:31:24:40:34:31:24:40:34 chr5 154268902 . C T 1431.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00955636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3789;QD=62.9214;RBI=0.072212;REFB=0;REVB=0.0715769;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253695;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:45:44:0:0:47:44:0:0 chr5 154271948 . G A 746.74 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.451;QD=63.552;RBI=0.0171823;REFB=0;REVB=-0.0112226;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135626;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr5 154291409 . C T 766.5 PASS AF=0.936508;AO=57;DP=64;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0446677;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.933;QD=48.6663;RBI=0.0820899;REFB=-0.164374;REVB=0.0688734;RO=6;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881389;STB=0.530293;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00892961;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:64:63:6:4:57:59:0.936508:29:28:0:6:31:28:0:4 chr5 154300940 . A C 819.79 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0359262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9841;QD=55.5791;RBI=0.0528318;REFB=-0.142325;REVB=0.0387364;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00325404;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:57:58:0.983051:30:27:0:0:30:28:0:1 chr5 154306972 . T C 975.73 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.072;QD=56.5641;RBI=0.0423973;REFB=-0.138305;REVB=0.0225107;RO=1;SAF=40;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116688;STB=0.509088;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00125963;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:27:40:1:0:27:41:0:1 chr5 154395158 . G T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0564065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.088;QD=21.9444;RBI=0.0564601;REFB=-0.0212713;REVB=-0.00245981;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280661;STB=0.657702;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0290394;OID=.;OPOS=154395158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:6:10:3:9:6:10:3:9 chr5 154395458 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0318075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.112;QD=11.9536;RBI=0.0372489;REFB=-0.0298907;REVB=-0.0193846;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305926;STB=0.685222;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0400851;OID=.;OPOS=154395458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:5:6:2:6:5:6 chr5 154395682 . G A 156.48 PASS AF=0.275;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0236246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.161;QD=7.82409;RBI=0.0274625;REFB=-0.0168549;REVB=-0.0140024;RO=58;SAF=13;SAR=9;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231343;STB=0.63827;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0471995;OID=.;OPOS=154395682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:58:22:22:0.275:9:13:23:35:9:13:23:35 chr5 154396505 . G A 205.13 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0216089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7054;QD=12.8205;RBI=0.0820055;REFB=-0.0117985;REVB=-0.0791073;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214741;STB=0.511269;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0358697;OID=.;OPOS=154396505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:39:25:25:0.390625:12:13:20:17:12:13:21:18 chr5 155771579 . T C 1693.47 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177603;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.798;QD=60.4809;RBI=0.0200042;REFB=0;REVB=0.00920544;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35038e-05;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:63:49:0:0:63:49:0:0 chr5 156376703 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.313;QD=45.8068;RBI=0.0391846;REFB=0;REVB=-0.00151618;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507986;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr5 156459851 . A AT 186.6 PASS AF=1;AO=3;DP=23;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0754793;FXX=0.130378;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.5111;QD=37.3195;RBI=0.0754835;REFB=0;REVB=-0.000800227;RO=20;SAF=1;SAR=2;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38663;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0112099;OID=.;OPOS=156459852;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:23:20:20:0:15:5:0:0:4:20:1:2:14:6 chr5 156459856 . C T 306.13 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00922624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9893;QD=53.2395;RBI=0.0111898;REFB=0;REVB=0.00633149;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00606e-05;OID=.;OPOS=156459856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr5 156479424 . A C 1541.28 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.357;QD=59.8553;RBI=0.0746699;REFB=0;REVB=0.066064;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328681;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:100:103:1:41:59:0:0:42:61:0:0 chr5 156479426 . T C 1606.96 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.735;QD=60.0732;RBI=0.0214723;REFB=0;REVB=0.0163221;RO=0;SAF=64;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7242e-05;OID=.;OPOS=156479426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:42:64:0:0:42:65:0:0 chr5 156479509 . A G 2222.12 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145749;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.051;QD=62.1571;RBI=0.0276961;REFB=0;REVB=0.0235509;RO=0;SAF=50;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105304;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:143:0:0:133:143:1:83:50:0:0:92:51:0:0 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTTGTCG 663.05 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=35,6;DP=81;FAO=36,8;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=26,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501457,-0.0332359;FXX=0.469823;HRUN=2,1;LEN=15,5;MLLD=177.703,107.494;QD=60.2772;RBI=0.0501904,0.0356192;REFB=0,0;REVB=0.00211764,-0.0128101;RO=0;SAF=9,1;SAR=26,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0242484,0.00669129;OID=.,.;OPOS=156479558,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,CGTCA;OALT=-,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.818182,0.181818:35,6:81:36,8:44:0:10,1:26,7:0:0:58:0:9,1:26,5:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=38;DP=120;LEN=51;RO=82;SAF=9;SAR=36;SRF=21;SRR=54;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:120:82:38:36:9:21:54 chr5 156482459 . G T 970.08 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0903;QD=58.7927;RBI=0.0431764;REFB=0;REVB=0.0383491;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017897;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr5 156531736 . C A 655.71 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.05079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.007;QD=59.6099;RBI=0.0553556;REFB=-0.111978;REVB=0.0220142;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240734;STB=0.512815;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00400956;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:1:0:24:19:1:0 chr5 156721863 . T TC 742.54 PASS AF=1;AO=68;DP=92;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.2051;QD=34.5369;RBI=0.102288;REFB=0;REVB=0.0929726;RO=21;SAF=35;SAR=33;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460768;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00106;OID=.;OPOS=156721864;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:92:86:86:0:43:43:0:0:14:21:35:33:13:8 chr5 156811336 . TGGGGGC TGGGGCG 40.48 PASS AF=0.113402;AO=9;DP=97;FAO=11;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=-0.0256322;FXX=0.010203;HRUN=5;LEN=2;MLLD=52.573;QD=1.66924;RBI=0.040199;REFB=-0.0214682;REVB=-0.030967;RO=60;SAF=9;SAR=0;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.717604;STB=0.93786;STBP=0.014;TYPE=mnp;VARB=0.124018;OID=.;OPOS=156811341;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.113402:9:97:11:97:85:10:1:28:57:34:60:9:0:22:38 chr5 156822579 . AC CA 33.76 PASS AF=0.0970874;AO=10;DP=103;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=-0.0737503;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=115.432;QD=1.31112;RBI=0.0777291;REFB=-0.000862899;REVB=-0.0245502;RO=86;SAF=8;SAR=2;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436947;STB=0.825953;STBP=0.058;TYPE=mnp;VARB=0.0471928;OID=.;OPOS=156822579;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:103:103:86:93:10:10:0.0970874:2:8:36:50:2:8:39:54 chr5 156898690 . A G 1267.26 PASS AF=1;AO=68;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.691;QD=61.8176;RBI=0.0537725;REFB=0;REVB=0.0532295;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493645;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:68:82:1:24:44:0:0:36:46:0:0 chr5 156904633 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.922;QD=62.3501;RBI=0.0421177;REFB=0;REVB=0.00738536;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.87288e-05;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr5 157073747 . G T 513.27 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.00840313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.521;QD=15.793;RBI=0.00844614;REFB=-0.0189701;REVB=-0.000851309;RO=74;SAF=26;SAR=30;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104693;STB=0.558577;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0265754;OID=.;OPOS=157073747;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:74:56:56:0.430769:30:26:42:32:30:26:42:32 chr5 157102185 . A G 175.53 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00102165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.784;QD=13.767;RBI=0.0552467;REFB=-0.0147781;REVB=0.0552373;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509175;STB=0.529382;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0265937;OID=.;OPOS=157102185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:10:10:17:14:10:10:17:14 chr5 157164962 . T C 269.06 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0524951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8391;QD=19.2187;RBI=0.0756847;REFB=-0.0367365;REVB=0.0545201;RO=26;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108648;STB=0.575171;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0442468;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:27:28:29:0.517857:16:12:8:18:16:13:8:19 chr5 157183739 . G A 218.16 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0162419;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.7245;QD=22.3756;RBI=0.0171111;REFB=0.0140247;REVB=0.0053842;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104819;STB=0.558767;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.029635;OID=.;OPOS=157183739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:8:10:9:12:8:10 chr5 157183770 . C T 160.5 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3516;QD=18.3429;RBI=0.0543213;REFB=-0.0358773;REVB=-0.0123447;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150899;STB=0.58636;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0201804;OID=.;OPOS=157183770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:8:10:12:5:8:10 chr5 157213497 . A G 1455.02 PASS AF=0.979167;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0886463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.283;QD=60.6259;RBI=0.0907177;REFB=-0.173138;REVB=0.0192755;RO=2;SAF=41;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00221718;STB=0.500893;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00111819;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:96:2:2:92:94:0.979167:51:41:1:1:51:43:1:1 chr5 157403931 . A G 325.4 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0421467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.536;QD=30.2698;RBI=0.0492617;REFB=-0.0206115;REVB=0.0255024;RO=14;SAF=14;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869278;STB=0.534859;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0136235;OID=.;OPOS=157403931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:14:15:28:28:0.651163:14:14:5:9:14:14:6:9 chr5 158124698 . G A,GA 47.3 PASS AF=0,0.388889;AO=2,7;DP=19;FAO=0,7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=0,1;FSAR=0,6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0714216,0.0617771;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.602,20.1512;QD=10.5122;RBI=0.0714576,0.128247;REFB=0.0190994,0.0239796;REVB=-0.00226834,-0.112388;RO=10;SAF=0,1;SAR=2,6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.487131,-0.101245;STB=0.5,0.545316;STBP=1,0.885;TYPE=snp,ins;VARB=0.0100045,-0.0412379;OID=.,.;OPOS=158124698,158124699;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:19:18:10:11:2,7:0,7:0,0.388889:2,6:0,1:2:8:0,6:0,1:2:9 chr5 158204425 . A G 403.97 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00318403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.18;QD=18.3625;RBI=0.020743;REFB=-0.023499;REVB=-0.0204972;RO=46;SAF=18;SAR=23;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990841;STB=0.547596;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0198021;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:41:42:0.477273:23:18:25:21:23:19:25:21 chr5 159505208 . C A 114.39 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0268751;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.811;QD=16.946;RBI=0.0725785;REFB=-0.00959014;REVB=-0.0674194;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985294;STB=0.556731;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00968376;OID=.;OPOS=159505208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:6:8:6:7:6:8 chr5 159659273 . C T 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00872356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.255;QD=25.6498;RBI=0.00903174;REFB=-0.0193495;REVB=-0.00233919;RO=18;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159922;STB=0.588714;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0125488;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:10:15:7:11:10:15:7:11 chr5 159665599 . G A 711.59 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337836;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6128;QD=63.2524;RBI=0.0542063;REFB=0;REVB=0.0423909;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710093;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr5 159718987 . C T 406.78 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.00386916;FXX=0.0198;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.23;QD=16.4357;RBI=0.00737121;REFB=-0.00373333;REVB=0.0062741;RO=51;SAF=16;SAR=28;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00543684;OID=.;OPOS=159718987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:51:55:44:44:0.444444:28:16:19:32:28:16:20:35 chr5 159831803 . A G 211.96 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0166976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.903;QD=14.3705;RBI=0.0177933;REFB=-0.0232011;REVB=0.00614767;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251026;STB=0.507037;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0304225;OID=.;OPOS=159831803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:15:10:14:19:15:10:14:20 chr5 159835658 . A G 1678.23 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.603;QD=59.9367;RBI=0.0426485;REFB=0;REVB=0.0377005;RO=1;SAF=70;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067338;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100873;OID=.;OPOS=159835658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:1:0:109:112:1:39:70:1:0:39:73:0:0 chr5 159992771 . G T 409.84 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00800875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.295;QD=20.7515;RBI=0.00983872;REFB=-0.017983;REVB=0.00571492;RO=36;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807497;STB=0.543752;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.016728;OID=.;OPOS=159992771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:38:41:41:0.518987:21:20:21:15:21:20:22:16 chr5 160016649 . T C 311.87 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=49;FWDB=-0.00897106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.305;QD=11.4449;RBI=0.0195072;REFB=-0.0241199;REVB=-0.017322;RO=68;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17424;STB=0.606009;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.04314;OID=.;OPOS=160016649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:68:70:39:39:0.357798:21:18:21:47:21:18:21:49 chr5 160097496 . A G 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2494;QD=56.9361;RBI=0.0240356;REFB=0;REVB=0.0102311;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303043;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr5 160097632 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.191;QD=58.1406;RBI=0.045029;REFB=0;REVB=-0.0376766;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101496;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr5 161119071 . G T 1480.34 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5883;QD=62.993;RBI=0.0338904;REFB=0;REVB=0.0206621;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43027e-05;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:53:40:0:0:53:41:0:0 chr5 161128761 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3402;QD=63.2857;RBI=0.0560293;REFB=0;REVB=-0.0301767;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106724;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr5 161281245 . T C 418.31 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0140533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.316;QD=17.4295;RBI=0.0144255;REFB=-0.0130824;REVB=-0.00325559;RO=52;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131683;STB=0.578556;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0155935;OID=.;OPOS=161281245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:53:43:43:0.447917:19:24:22:30:19:24:22:31 chr5 161528280 . C T 202.35 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0271517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.841;QD=12.0808;RBI=0.0271518;REFB=-0.0237771;REVB=7.739e-05;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169303;STB=0.607057;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0327516;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:42:42:24:25:0.373134:10:14:18:24:10:15:18:24 chr5 161582493 . CAT C 216.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0117388;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.146;QD=13.1209;RBI=0.0142116;REFB=-0.001895;REVB=0.00801049;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1841;STB=0.599927;STBP=0.229;TYPE=del;VARB=0.00224635;OID=.;OPOS=161582494;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:26:67:26:66:40:12:14:12:28:99:38:12:14:11:27 chr5 162210532 . A G 430.85 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.417;QD=55.5931;RBI=0.0369644;REFB=0;REVB=0.0367175;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424089;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:9:21:0:0:9:22:0:0 chr5 162890953 . G A 754.77 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.295;QD=56.9639;RBI=0.0230409;REFB=0;REVB=-0.0228848;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106394;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:32:20:0:0:32:21:0:0 chr5 162902516 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.618;QD=58.1417;RBI=0.0111157;REFB=0;REVB=0.0107314;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31322e-05;OID=.;OPOS=162902516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr5 162909687 . G A 47.88 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0173518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.403;QD=11.9707;RBI=0.0436433;REFB=-0.0296076;REVB=0.0400456;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0211102;OID=.;OPOS=162909687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:9:9:6:7:0.4375:3:3:5:4:4:3:5:4 chr5 162909716 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0262125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.534;QD=14.7986;RBI=0.0275701;REFB=-0.0148371;REVB=-0.00854489;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659235;STB=0.538392;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0142277;OID=.;OPOS=162909716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:5:8:6:5:5:8 chr5 167489093 . A T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0103723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.073;QD=20.1601;RBI=0.0224622;REFB=-0.0226372;REVB=-0.019924;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167883;STB=0.594924;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0297684;OID=.;OPOS=167489093;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:5:9:7:9:5:9 chr5 167645888 . T C 891.45 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7306;QD=57.5128;RBI=0.0450197;REFB=0;REVB=-0.0434227;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109526;OID=.;OPOS=167645888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:33:29:0:0 chr5 167850748 . A G 2895.21 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024943;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.828;QD=62.9394;RBI=0.036941;REFB=0;REVB=0.0272485;RO=0;SAF=82;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58143e-05;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:184:0:0:181:184:1:99:82:0:0:101:83:0:0 chr5 167868779 . A G 461.68 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0398895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.653;QD=19.0382;RBI=0.0399355;REFB=-0.0164188;REVB=-0.00191443;RO=49;SAF=24;SAR=22;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674511;STB=0.52687;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0185859;OID=.;OPOS=167868779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:51:46:46:0.474227:22:24:22:27:22:24:24:27 chr5 167868809 . C T 384.76 PASS AF=0.481928;AO=38;DP=84;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.10619;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.455;QD=18.5426;RBI=0.106191;REFB=0.00920298;REVB=-0.000377252;RO=44;SAF=16;SAR=22;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105635;STB=0.516475;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00328831;OID=.;OPOS=167868809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:44:43:38:40:0.481928:22:16:19:25:22:18:18:25 chr5 167895953 . T C 384.83 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0128998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5648;QD=15.3933;RBI=0.0129452;REFB=-0.000836088;REVB=0.00108365;RO=59;SAF=20;SAR=21;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569105;STB=0.532148;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0015023;OID=.;OPOS=167895953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:21:20:32:27:21:20:32:27 chr5 167913510 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.88;QD=55.6557;RBI=0.0604014;REFB=0;REVB=0.0553648;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209136;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr5 167913527 . C T 144.2 PASS AF=0.625;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0148422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9415;QD=24.0337;RBI=0.0164557;REFB=-0.024791;REVB=-0.00710613;RO=8;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207478;STB=0.533289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0149361;OID=.;OPOS=167913527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:23:24:8:9:15:15:0.625:7:8:4:4:7:8:4:5 chr5 167919755 . C T 231.48 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0137068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.712;QD=12.3453;RBI=0.0241814;REFB=-0.00899114;REVB=-0.0199215;RO=47;SAF=17;SAR=11;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12999;STB=0.574825;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.011888;OID=.;OPOS=167919755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:11:17:23:24:11:17:23:24 chr5 167937607 . G A 145.57 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00909214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.012;QD=18.1959;RBI=0.0590235;REFB=-0.0103379;REVB=-0.0583191;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619456;STB=0.535353;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00929103;OID=.;OPOS=167937607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:10:6:5:11:10:6 chr5 167943827 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.541;QD=57.5449;RBI=0.0350756;REFB=0;REVB=0.0276965;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43511e-05;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr5 167957055 . G A 392.81 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0168435;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.385;QD=24.9403;RBI=0.0168454;REFB=-0.0391031;REVB=0.000258977;RO=25;SAF=14;SAR=24;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845304;STB=0.546385;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0344637;OID=.;OPOS=167957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:25:25:38:38:0.603175:24:14:12:13:24:14:12:13 chr5 168098235 . A G 199.04 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.023129;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.964;QD=13.0516;RBI=0.0376272;REFB=-0.0165831;REVB=-0.0296791;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120937;STB=0.569561;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0245223;OID=.;OPOS=168098235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:9:15:19:18:9:15:19:18 chr5 168098463 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00919632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.492;QD=59.4342;RBI=0.0281481;REFB=0;REVB=-0.0266035;RO=0;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107059;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:30:5:0:0:30:5:0:0 chr5 168123313 . A G 366.65 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00812008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.335;QD=19.0467;RBI=0.064595;REFB=-0.0424264;REVB=-0.0640826;RO=37;SAF=24;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225592;STB=0.63753;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0286531;OID=.;OPOS=168123313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:37:39:38:38:0.493506:14:24:14:23:14:24:14:25 chr5 168176517 . A G 236.88 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0587866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.431;QD=18.5788;RBI=0.0670195;REFB=-0.0291587;REVB=-0.0321831;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152979;STB=0.578167;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0269372;OID=.;OPOS=168176517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:26:25:25:0.490196:8:17:13:12:8:17:14:12 chr5 168212951 . A G 282.43 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3299;QD=51.3505;RBI=0.166925;REFB=0;REVB=0.0822238;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00544512;OID=.;OPOS=168212951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:18:22:1:7:11:0:0:8:14:0:0 chr5 168671698 . A T 475.05 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.000225719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.813;QD=17.7587;RBI=0.0037021;REFB=0.00914637;REVB=-0.00369521;RO=56;SAF=32;SAR=19;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189395;STB=0.6053;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00896863;OID=.;OPOS=168671698;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:19:32:24:32:19:32:24:32 chr5 168690612 . A G 3794.32 PASS AF=1;AO=236;DP=238;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238574;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.766;QD=62.716;RBI=0.025597;REFB=-0.0253688;REVB=0.0092753;RO=1;SAF=126;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431298;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235495;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:238:242:1:0:236:242:1:110:126:0:1:111:131:0:0 chr5 168690635 . C T 918.21 PASS AF=0.475248;AO=96;DP=202;FAO=96;FDP=202;FR=.;FRO=106;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=-0.00638044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8606;QD=18.1823;RBI=0.00765203;REFB=-0.0172015;REVB=0.00422416;RO=105;SAF=49;SAR=47;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774115;STB=0.540062;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.019267;OID=.;OPOS=168690635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:105:106:96:96:0.475248:47:49:45:60:47:49:46:60 chr5 169021610 . C T 612.72 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.08;QD=61.2715;RBI=0.0662947;REFB=0;REVB=0.0645169;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532011;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:24:13:0:0:27:13:0:0 chr5 169028481 . T C 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.697;QD=62.3431;RBI=0.02182;REFB=0;REVB=0.0217922;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127997;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr5 169031150 . T C 1249.04 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00608526;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7856;QD=61.6807;RBI=0.0638233;REFB=0;REVB=0.0635325;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65488e-05;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr5 169310213 . A C 294.66 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00687141;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.993;QD=14.9195;RBI=0.016632;REFB=-3.09218e-05;REVB=0.0151462;RO=46;SAF=27;SAR=6;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425348;STB=0.743837;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=6.20155e-05;OID=.;OPOS=169310213;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:46:46:33:33:0.417722:6:27:21:25:6:27:21:25 chr5 169361660 . C G 547.54 PASS AF=0.456693;AO=57;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0264946;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.147;QD=17.2454;RBI=0.0277072;REFB=-0.0496043;REVB=-0.00810693;RO=69;SAF=21;SAR=36;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168129;STB=0.596906;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0463694;OID=.;OPOS=169361660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:69:57:58:0.456693:36:21:37:32:37:21:37:32 chr5 169361685 . T G 535.7 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.073709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9028;QD=15.9911;RBI=0.0753534;REFB=0.00157417;REVB=0.0156563;RO=74;SAF=24;SAR=34;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875693;STB=0.542066;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00132095;OID=.;OPOS=169361685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:74:76:58:58:0.432836:34:24:37:37:34:24:37:39 chr5 169454941 . C G 238.03 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00688585;FXX=0.0605969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2519;QD=15.3569;RBI=0.0380362;REFB=0.00609437;REVB=-0.0374077;RO=35;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161294;STB=0.576866;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0203671;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:35:26:27:0.435484:10:16:16:19:11:16:16:19 chr5 169461547 . C T 308.12 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0484781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0146;QD=20.8895;RBI=0.049292;REFB=-0.00352757;REVB=0.00892006;RO=27;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151095;STB=0.583928;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00536355;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:21:11:14:13:21:11:14:13 chr5 169510392 . G A 222.3 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0164834;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3568;QD=18.1473;RBI=0.0168287;REFB=0.0079231;REVB=-0.00339174;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620852;STB=0.535284;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.022026;OID=.;OPOS=169510392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:13:14:10:12:13:14 chr5 169533240 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00374027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.66;QD=11.9193;RBI=0.0586962;REFB=-0.0281494;REVB=0.0585769;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490947;STB=0.76201;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0177476;OID=.;OPOS=169533240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:5:2:7:1:5:2:7:2 chr5 169535522 . T C 1486.43 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.141;QD=63.2525;RBI=0.0199887;REFB=0;REVB=0.00728538;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27869e-05;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr5 169810796 . C T 223.63 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.106453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5621;QD=19.878;RBI=0.115885;REFB=-0.0227834;REVB=0.0457939;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403423;STB=0.511101;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0335411;OID=.;OPOS=169810796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:11:11:12:10:11:11:12:11 chr5 169910062 . A G 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0199684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.365;QD=20.8716;RBI=0.0247144;REFB=-0.008022;REVB=0.0145625;RO=20;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28595;STB=0.661604;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00691497;OID=.;OPOS=169910062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:15:6:12:8:15:6:12:8 chr5 169910084 . G T 552.99 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0399;QD=59.783;RBI=0.0499705;REFB=0;REVB=0.0196622;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000463239;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:36:37:1:21:15:0:1:22:15:0:0 chr5 170240990 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC 1378.87 PASS AF=0,0,0,0.932099,0.0679012;AO=7,38,6,51,21;DP=166;FAO=0,0,0,151,11;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,80,0;FSAR=0,0,0,71,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.375388,-0.553779,0.170616,0.782998,0.066784;FXX=0.0299383;HRUN=1,2,5,5,5;LEN=2,1,2,1,1;MLLD=7.65836,13.2288,5.04596,12.1252,149.478;QD=34.0462;RBI=0.41826,0.557069,0.17469,0.787752,0.0774239;REFB=0.0608212,-0.0102632,0.0422467,0.0575232,0.0795997;REVB=-0.184459,0.0604545,-0.0375079,-0.0864132,-0.0391709;RO=26;SAF=0,38,6,7,0;SAR=7,0,0,44,21;SRF=22;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.821381,0.845166,0.605192,-0.531753,-0.870675;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp,del,snp;VARB=0,0,-0.0366644,-0.022391,0.0457026;OID=.,.,.,.,.;OPOS=170240990,170240997,170240995,170240991,170240992;OREF=TA,-,AC,A,A;OALT=AT,A,CA,-,T;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 4/5:32:166:162:26:0:7,38,6,51,21:0,0,0,151,11:0,0,0,0.932099,0.0679012:7,0,0,44,21:0,38,6,7,0:22:4:0,0,0,71,11:0,0,0,80,0:0:0 chr5 170241015 . C CA 30.96 PASS AF=0.122222;AO=30;DP=183;FAO=22;FDP=180;FR=.;FRO=158;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=107;FWDB=-0.0365274;FXX=0.0217379;HRUN=0;LEN=1;MLLD=89.0837;QD=0.688072;RBI=0.0366126;REFB=-0.00116587;REVB=-0.0024959;RO=152;SAF=18;SAR=12;SRF=53;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315067;STB=0.878345;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0576776;OID=.;OPOS=170241016;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.122222:30:183:22:180:158:18:4:51:107:30:152:18:12:53:99 chr5 170294132 . G A 850.09 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348448;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.378;QD=57.6335;RBI=0.0130177;REFB=0;REVB=0.0125427;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012925;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr5 170395512 . A T 937.7 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.106;QD=58.6061;RBI=0.0775185;REFB=0;REVB=0.047992;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394929;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:40:23:0:0:40:24:0:0 chr5 170726391 . A G 182.19 PASS AF=0.4;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0147298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8157;QD=14.5754;RBI=0.0164871;REFB=0.00370743;REVB=-0.0074066;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453538;STB=0.510071;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00442832;OID=.;OPOS=170726391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:30:19:20:0.4:8:11:15:13:9:11:16:14 chr5 171341355 . G C 206.94 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0444172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.492;QD=17.2448;RBI=0.0447465;REFB=-0.0150481;REVB=0.00541867;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040354;STB=0.523055;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0179366;OID=.;OPOS=171341355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:14:7:10:17:14:7:10:17 chr5 171472417 . A G 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00620464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.5315;QD=22.5844;RBI=0.0282959;REFB=-0.0164446;REVB=-0.0276072;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190712;STB=0.608495;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0193605;OID=.;OPOS=171472417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:4:7:2:4:4:7:2:4 chr5 171533629 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.205;QD=58.9625;RBI=0.0364513;REFB=0;REVB=0.0328294;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61372e-05;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr5 171533656 . C T 1457.14 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152301;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.887;QD=63.3541;RBI=0.0289597;REFB=0;REVB=0.0246314;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444256;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr5 171636926 . C T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0071018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.62;QD=11.1312;RBI=0.00712194;REFB=-0.00690661;REVB=0.000535199;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282984;STB=0.66637;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0248993;OID=.;OPOS=171636926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:13:4:5:5:13:4 chr5 171760569 . A G 524.29 PASS AF=0.95;AO=34;DP=36;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000587347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.807;QD=52.4288;RBI=0.0136975;REFB=-0.0882858;REVB=0.0136849;RO=2;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306052;STB=0.502658;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00335301;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:40:2:2:34:38:0.95:18:16:1:1:21:17:1:1 chr5 171763623 . A G 116.65 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00891931;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=267.425;QD=7.4063;RBI=0.0112635;REFB=-0.00131529;REVB=-0.00687839;RO=45;SAF=8;SAR=9;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180873;STB=0.599886;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00293457;OID=.;OPOS=171763623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:46:17:17:0.269841:9:8:28:17:9:8:28:18 chr5 171789871 . C A 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0236655;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.168;QD=14.0443;RBI=0.0337437;REFB=-0.00875824;REVB=-0.0240536;RO=40;SAF=7;SAR=21;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210075;STB=0.620597;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0151906;OID=.;OPOS=171789871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:21:7:17:23:21:7:17:23 chr5 171849471 . G A 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0264814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.82;QD=18.3439;RBI=0.062574;REFB=-0.0111412;REVB=-0.0566943;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224182;STB=0.628868;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00444171;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:4:13:10:8:4:13:10:8 chr5 172196711 . G T 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0800626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.584;QD=64.1517;RBI=0.086954;REFB=0;REVB=0.033926;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024455;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:36:13:0:0:36:13:0:0 chr5 172261462 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00101014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.653;QD=15.839;RBI=0.0349666;REFB=-0.025125;REVB=-0.034952;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566609;STB=0.53325;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0392134;OID=.;OPOS=172261462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:3:4:4:4:3:4 chr5 172294194 . G T 922.57 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319102;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.812;QD=58.5756;RBI=0.036061;REFB=0;REVB=0.0167968;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208028;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr5 172341917 . T C 329.85 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.000376329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1141;QD=17.3604;RBI=0.00096763;REFB=-0.0348472;REVB=-0.00089145;RO=39;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558158;STB=0.529395;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0227787;OID=.;OPOS=172341917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:35:36:0.473684:20:15:19:20:20:16:20:20 chr5 172342029 . G GT,T 117.27 PASS AF=0.392157,0;AO=12,4;DP=55;FAO=20,0;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9,0;FSAR=11,0;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.180737,0.161241;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.3008,19.1597;QD=9.19775;RBI=0.186221,0.162781;REFB=0.0501396,0.0314516;REVB=0.04486,-0.0223423;RO=37;SAF=5,4;SAR=7,0;SRF=22;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.212182,0.542935;STB=0.635709,0.5;STBP=0.155,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0752175,0.0758358;OID=.,.;OPOS=172342030,172342029;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:51:37:31:12,4:20,0:0.392157,0:7,0:5,4:22:15:11,0:9,0:21:10 chr5 172381973 . A AGGT 178.44 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00304187;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=221.785;QD=8.81187;RBI=0.00519357;REFB=-0.00498722;REVB=-0.00420954;RO=57;SAF=13;SAR=11;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108961;STB=0.564346;STBP=0.496;TYPE=ins;VARB=0.00976563;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:24:81:24:81:57:13:11:36:21:99:57:13:11:36:21 chr5 172447762 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.574;QD=58.1416;RBI=0.0306827;REFB=0;REVB=-0.0297286;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000290754;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr5 172562142 . G A 694.53 PASS AF=0.39604;AO=79;DP=200;FAO=80;FDP=202;FR=.;FRO=122;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=-0.0132475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7859;QD=13.753;RBI=0.045102;REFB=-0.000693662;REVB=-0.0431125;RO=119;SAF=32;SAR=47;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714943;STB=0.546547;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000600851;OID=.;OPOS=172562142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:119:122:79:80:0.39604:47:32:56:63:48:32:58:64 chr5 172660523 . T A 41.23 PASS AF=0.28;AO=5;DP=22;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.0119603;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.873;QD=6.59652;RBI=0.0162682;REFB=0.000142083;REVB=0.0110275;RO=15;SAF=0;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.624967;STB=0.656809;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.000472897;OID=.;OPOS=172660523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:22:25:15:18:5:7:0.28:5:0:2:13:6:1:1:17 chr5 172662024 . T C 76.71 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0187845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.935;QD=12.7842;RBI=0.0262645;REFB=-0.00398471;REVB=-0.0183567;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141152;STB=0.583171;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00472467;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:9:5:5:5:9:5 chr5 173376506 . A G,T 679.97 PASS AF=0.934783,0.0434783;AO=43,2;DP=46;FAO=43,2;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19,1;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0528406,0.0357219;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.3186,120.831;QD=59.1278;RBI=0.0533266,0.0367489;REFB=0.0733661,0.064297;REVB=0.00718331,-0.00862698;RO=0;SAF=19,1;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.510199,0.665164;STBP=0.492,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00854701,0.0544236;OID=.,.;OPOS=173376506,173376506;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:46:46:0:1:43,2:43,2:0.934783,0.0434783:24,1:19,1:0:0:24,1:19,1:0:1 chr5 173425248 . T G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.042346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5077;QD=26.6012;RBI=0.0509386;REFB=0.0122166;REVB=0.0283117;RO=2;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110633;STB=0.562356;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00130902;OID=.;OPOS=173425248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:7:1:0:2:7:1:0:2 chr5 174156168 . T C 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.606;QD=54.5116;RBI=0.0277814;REFB=0;REVB=0.0275589;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022607;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr5 174422374 . C T 265.08 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0189224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.079;QD=13.4219;RBI=0.0189401;REFB=-0.0103613;REVB=-0.00081924;RO=48;SAF=19;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122414;STB=0.569954;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0154336;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:12:19:24:24:12:19:24:24 chr5 174541854 . A G 301.01 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0082931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.462;QD=17.4497;RBI=0.00863525;REFB=0.00230123;REVB=0.00240667;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115611;STB=0.564478;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00372838;OID=.;OPOS=174541854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:15:18:24:12:15:18:24:12 chr5 174542146 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0255255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.705;QD=15.8391;RBI=0.0329722;REFB=-0.00350222;REVB=-0.0208714;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45905;STB=0.776953;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00329682;OID=.;OPOS=174542146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:1:7:3:4:1:7:3:4 chr5 174542179 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0354519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6742;QD=15.2588;RBI=0.0398035;REFB=0.00872467;REVB=0.0180964;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183303;STB=0.609426;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0185503;OID=.;OPOS=174542179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:3:3:2:5:3:3 chr5 174868840 . T C 805.86 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.567;QD=64.4687;RBI=0.0287654;REFB=0;REVB=0.024983;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25997e-05;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:25:23:0:0:26:24:0:0 chr5 174870150 . C T 186.83 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00839074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.588;QD=19.6666;RBI=0.0143608;REFB=-0.0021935;REVB=-0.0116545;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184613;STB=0.604287;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00106984;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:7:12:8:11:7:12 chr5 174937193 . C T 199.74 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0244065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.104;QD=19.9736;RBI=0.0300455;REFB=-0.0236682;REVB=-0.0175229;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173701;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0198259;OID=.;OPOS=174937193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:13:7:7:12:13:7:7:13 chr5 175307256 . T C 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0651746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3672;QD=43.4762;RBI=0.073274;REFB=0;REVB=-0.0334866;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00523859;OID=.;OPOS=175307256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr5 175307373 . G A 998.91 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.011752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8588;QD=56.2766;RBI=0.0158964;REFB=-0.0621292;REVB=0.0107044;RO=1;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160211;STB=0.502302;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0192819;OID=.;OPOS=175307373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:71:1:2:69:69:0.971831:29:40:0:1:29:40:1:1 chr5 175308022 . A G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.479;QD=37.893;RBI=0.0172013;REFB=-0.00778497;REVB=-0.00451166;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475628;STB=0.526273;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.000626487;OID=.;OPOS=175308022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:9:3:0:1:9:3:0:1 chr5 175530790 . A G 68.84 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0530634;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6699;QD=4.10992;RBI=0.0531787;REFB=0.0042094;REVB=-0.00350021;RO=55;SAF=5;SAR=7;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18122;STB=0.61897;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0265017;OID=.;OPOS=175530790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:55:55:12:12:0.179104:7:5:31:24:7:5:31:24 chr5 175772208 . C T 68.79 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.017932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4662;QD=15.2857;RBI=0.100655;REFB=0.0023029;REVB=0.0990449;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645053;STB=0.559863;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00309813;OID=.;OPOS=175772208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:17:18:9:9:8:9:0.5:5:3:4:5:6:3:4:5 chr5 175793532 . C T 227.9 PASS AF=0.536585;AO=20;DP=39;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0260176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.497;QD=22.2343;RBI=0.0269057;REFB=-0.00236558;REVB=0.00685585;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682328;STB=0.536552;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00199563;OID=.;OPOS=175793532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:19:19:20:22:0.536585:10:10:11:8:11:11:11:8 chr5 175811094 . C CAT,CGT,T 448.59 PASS AF=0.588235,0.382353,0;AO=19,12,2;DP=43;FAO=20,13,0;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15,6,0;FSAR=5,7,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0442444,0.0130183,0.00625147;FXX=0.0555401;HRUN=0,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=147.459,124.203,79.9501;QD=52.7754;RBI=0.0442714,0.0167414,0.00846539;REFB=0.023766,0.0342942,-0.00197562;REVB=0.00154552,0.010526,-0.00570805;RO=9;SAF=14,5,2;SAR=5,7,0;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0311786,-0.265953,0.502622;STB=0.516113,0.538402,0.5;STBP=0.64,0.559,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.00786178,0.0280974,0;OID=.,.,.;OPOS=175811095,175811095,175811094;OREF=-,-,C;OALT=AT,GT,T;OMAPALT=CAT,CGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:43:34:9:1:19,12,2:20,13,0:0.588235,0.382353,0:5,7,0:14,5,2:7:2:5,7,0:15,6,0:1:0 chr5 175956177 . G A 285.08 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00729998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.803;QD=23.757;RBI=0.014973;REFB=-0.0307986;REVB=-0.0130729;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578887;STB=0.503223;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.042143;OID=.;OPOS=175956177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:10:12:14:12:10:12 chr5 175956271 . A C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0118581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.406;QD=16.4079;RBI=0.0159324;REFB=-0.00998019;REVB=-0.0106408;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174312;STB=0.599904;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0116681;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:8:13:13:16:8:13:13:16 chr5 175998246 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.497;QD=62.981;RBI=0.0364098;REFB=0;REVB=0.0290736;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153756;OID=.;OPOS=175998246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr5 176002144 . A C 317.61 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.06;QD=52.9354;RBI=0.0234988;REFB=0;REVB=0.0212164;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021284;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:7:16:0:0:7:17:0:0 chr5 176004476 . T C 120.3 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947564;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4821;QD=43.7447;RBI=0.014057;REFB=0;REVB=0.0103833;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62854e-05;OID=.;OPOS=176004476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:5:6:0:0 chr5 176017639 . C A 1991.65 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737399;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.343;QD=62.2392;RBI=0.0815633;REFB=0;REVB=0.0348568;RO=0;SAF=68;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113351;OID=.;OPOS=176017639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:60:68:0:0:60:68:0:0 chr5 176024880 . C T 803.68 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00981598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.927;QD=55.4262;RBI=0.0179994;REFB=-0.139483;REVB=0.0150872;RO=1;SAF=12;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103678;STB=0.505493;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.000265908;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:45:12:0:1:45:12:0:1 chr5 176025938 . T C 498.85 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.649;QD=57.0113;RBI=0.0117166;REFB=0;REVB=0.0105811;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045096;OID=.;OPOS=176025938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:9:23:0:0:12:23:0:0 chr5 176047761 . G A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.75;QD=37.8937;RBI=0.0529294;REFB=0.00987887;REVB=0.0304411;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000269517;OID=.;OPOS=176047761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:4:8:0:1:4:8:0:1 chr5 176053622 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9457;QD=47.8202;RBI=0.0792955;REFB=0;REVB=0.0273367;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202159;OID=.;OPOS=176053622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr5 176069831 . G A 1867.13 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7751;QD=61.2173;RBI=0.0376567;REFB=0;REVB=-0.00684977;RO=0;SAF=45;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35284e-05;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:75:45:0:0:75:47:0:0 chr5 176081907 . C T 249.14 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=0.039373;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1939;QD=11.4547;RBI=0.0545419;REFB=-0.00703105;REVB=0.0377438;RO=57;SAF=13;SAR=17;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297983;STB=0.670781;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0145485;OID=.;OPOS=176081907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:17:13:40:17:17:13:40:17 chr5 176334195 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=22;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0097202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.28;QD=57.2013;RBI=0.0191605;REFB=0;REVB=-0.0165118;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149542;OID=.;OPOS=176334195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:22:30:1:9:13:0:0:16:14:0:0 chr5 176338400 . TAAAAAAT TAAAAAA,TAAAAAT 32.61 PASS AF=0.0833333,0.25;AO=5,9;DP=45;FAO=2,6;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=0,4;FSAR=2,2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.03162,-0.200497;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=194.216,9.62463;QD=5.43469;RBI=0.0346625,0.203569;REFB=-0.0118547,-0.188822;REVB=-0.0142008,-0.0352292;RO=26;SAF=0,7;SAR=5,2;SRF=10;SRR=16;SSEN=0,0.34252;SSEP=0,0;SSSB=-0.627601,0.456448;STB=0.994487,0.624574;STBP=0.177,0.521;TYPE=del,del;VARB=0.0560568,0.149794;OID=.,.;OPOS=176338407,176338401;OREF=T,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0833333,0.25:5,9:45:2,6:24:16:0,4:2,2:8:8:22:26:0,7:5,2:10:16 chr5 176378574 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.736;QD=45.8068;RBI=0.0317278;REFB=0;REVB=-0.00797078;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225275;OID=.;OPOS=176378574;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr5 176382995 . G A 670.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.35;QD=62.341;RBI=0.0104156;REFB=0;REVB=-0.0020311;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16192e-05;OID=.;OPOS=176382995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr5 176402401 . G A 746.51 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.902;QD=53.3224;RBI=0.0615102;REFB=-0.0364327;REVB=-0.0552838;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000387103;OID=.;OPOS=176402401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:56:0:1:53:55:0.982143:23:30:0:0:24:31:1:0 chr5 176492557 . G A 389.17 PASS AF=0.967742;AO=24;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0651127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.486;QD=50.2157;RBI=0.0651128;REFB=-0.141547;REVB=0.000125392;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523793;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00872163;OID=.;OPOS=176492557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:30:31:0:1:24:30:0.967742:19:5:0:0:20:10:1:0 chr5 176516631 . G A 194.84 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00880731;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.261;QD=15.2815;RBI=0.0303074;REFB=-0.0257858;REVB=0.0289995;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949451;STB=0.574401;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0382532;OID=.;OPOS=176516631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:21:22:0.431373:10:11:12:16:10:12:12:17 chr5 176517170 . G A 124.98 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.813;QD=41.6606;RBI=0.0920586;REFB=0;REVB=0.0126858;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298737;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:5:7:0:0 chr5 176517292 . A G 631.73 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.378;QD=61.6319;RBI=0.0978512;REFB=0;REVB=-0.0904421;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211191;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr5 176517326 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.706;QD=60.6103;RBI=0.0395322;REFB=0;REVB=0.0394264;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011694;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr5 176517461 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.829;QD=51.1845;RBI=0.0189114;REFB=0;REVB=0.0186936;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165866;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr5 176517797 . C T 426.69 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00806025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.098;QD=53.3359;RBI=0.0219799;REFB=-0.0750438;REVB=0.0204487;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000417033;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:30:31:0.96875:14:16:1:0:15:16:1:0 chr5 176518784 . C T 916.49 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000460717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.775;QD=58.1899;RBI=0.00185566;REFB=0;REVB=0.00179756;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79374e-05;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:39:23:0:0:40:23:0:0 chr5 176520243 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0156413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.398;QD=11.257;RBI=0.0300745;REFB=-0.031359;REVB=0.025687;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272725;STB=0.666222;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0279598;OID=.;OPOS=176520243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:6:6:6:2:6:6 chr5 176636882 . C T 105.57 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00189582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.457;QD=11.4125;RBI=0.0130345;REFB=-0.0134308;REVB=-0.0128959;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827774;STB=0.549279;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0201127;OID=.;OPOS=176636882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:11:13:8:5:11:13 chr5 176637149 . G A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.011759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.499;QD=12.5695;RBI=0.0119054;REFB=-0.0130552;REVB=0.00186092;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229423;STB=0.634439;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0253722;OID=.;OPOS=176637149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:9:6:16:10:9:6:16:10 chr5 176637240 . G T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0495678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6912;QD=13.4414;RBI=0.0499959;REFB=-0.0383994;REVB=0.00652806;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872281;STB=0.505144;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0416978;OID=.;OPOS=176637240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:4:9:7:3:4:9 chr5 176637576 . T C 108.27 PASS AF=0.6;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0317627;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.196;QD=21.6545;RBI=0.0407638;REFB=-0.0350116;REVB=0.0255503;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231045;STB=0.630934;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.010305;OID=.;OPOS=176637576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:8:8:12:12:0.6:7:5:6:2:7:5:6:2 chr5 176721198 . T C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00353113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.557;QD=19.8494;RBI=0.0245712;REFB=-0.0106775;REVB=-0.0243161;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517022;STB=0.529372;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00671571;OID=.;OPOS=176721198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:7:6:6:9:7:6 chr5 176728400 . G A 292.31 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=38;FWDB=0.0636712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4977;QD=14.8006;RBI=0.0658633;REFB=-0.00355417;REVB=0.0168507;RO=46;SAF=10;SAR=23;SRF=8;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170989;STB=0.595651;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00683567;OID=.;OPOS=176728400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:23:10:8:38:23:10:8:38 chr5 176728458 . G T 253.51 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.00439046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.769;QD=13.3429;RBI=0.0172952;REFB=-0.0294759;REVB=-0.0167286;RO=46;SAF=8;SAR=22;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213275;STB=0.512187;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0399508;OID=.;OPOS=176728458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:22:8:13:33:22:8:13:33 chr5 176733116 . A G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0317881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.518;QD=22.9822;RBI=0.034402;REFB=-0.018198;REVB=-0.0131534;RO=21;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327146;STB=0.500978;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0224329;OID=.;OPOS=176733116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:17:8:6:15:17:8:7:15 chr5 176733616 . T C 129.63 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0267997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.738;QD=12.9634;RBI=0.0268519;REFB=-0.0180899;REVB=0.00167237;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945459;STB=0.538412;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0339302;OID=.;OPOS=176733616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:25:14:15:0.375:9:5:7:18:10:5:7:18 chr5 176737720 . A G 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00461018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.804;QD=26.3129;RBI=0.0136299;REFB=-0.0189621;REVB=0.0128265;RO=12;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198484;STB=0.610992;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0150019;OID=.;OPOS=176737720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:15:5:6:6:15:5:6:6 chr5 176831083 . C G 57.57 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0369141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1622;QD=13.5465;RBI=0.0617993;REFB=0.00505653;REVB=-0.0495631;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298237;STB=0.682379;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00642816;OID=.;OPOS=176831083;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:7:1:3:6:7:1:3:6 chr5 176831826 . C G 1185.3 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.784;QD=60.7844;RBI=0.0355841;REFB=0;REVB=0.0354838;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34702e-05;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:30:46:0:0:31:47:0:0 chr5 176885178 . A G 287.77 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202756;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4724;QD=52.3217;RBI=0.0205077;REFB=0;REVB=0.00307701;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564741;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:20:22:1:8:12:0:0:9:13:0:0 chr5 176916516 . C T 102.49 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0344291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.499;QD=17.8241;RBI=0.0358512;REFB=-0.0188413;REVB=-0.00999729;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581219;STB=0.533279;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.02843;OID=.;OPOS=176916516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:3:8:8:4:3:8 chr5 176917078 . T C 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332871;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.399;QD=57.2355;RBI=0.0382856;REFB=0;REVB=-0.0189144;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42614e-05;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr5 176930135 . G A 630.9 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.901;QD=60.0859;RBI=0.112181;REFB=0;REVB=0.10997;RO=1;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183934;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603424;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:42:1:0:40:42:1:25:15:0:1:27:15:0:0 chr5 176936650 . T C 499.52 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.4996;QD=58.7673;RBI=0.080552;REFB=0;REVB=0.0602933;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140659;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:15:19:0:0 chr5 176951275 . GA G,GG 724.9 PASS AF=0.134615,0.865385;AO=11,41;DP=52;FAO=7,45;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=5,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264426,0.0230198;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.827,211.908;QD=55.7618;RBI=0.0380778,0.0369121;REFB=0,0;REVB=0.0273991,0.0288547;RO=0;SAF=4,23;SAR=7,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00557394,0.00245344;OID=.,.;OPOS=176951276,176951276;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.134615,0.865385:11,41:52:7,45:52:0:2,25:5,20:0:0:19:0:4,23:7,18:0:0 chr5 177022652 . A G 181.92 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0340769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5594;QD=42.8053;RBI=0.0530597;REFB=-0.00461523;REVB=-0.0406706;RO=1;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297837;STB=0.666403;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00106669;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:1:15:0:1:1:15:0:1 chr5 177022722 . G C 203.21 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0279463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.724;QD=29.0302;RBI=0.0280748;REFB=-0.166937;REVB=0.00268312;RO=8;SAF=18;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167169;STB=0.599912;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00633558;OID=.;OPOS=177022722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:9:19:19:0.678571:1:18:8:0:1:18:9:0 chr5 177023096 . A AT,T 549.1 PASS AF=1,0;AO=8,2;DP=52;FAO=38,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0087865,-0.0632813;FXX=0.239952;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.3028,11.0438;QD=57.7999;RBI=0.033581,0.0740302;REFB=0,0;REVB=-0.0324111,-0.0384182;RO=41;SAF=1,0;SAR=7,2;SRF=11;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.26734,-0.328444;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00123072,0;OID=.,.;OPOS=177023097,177023096;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:38:41:0:8,2:38,0:1,0:7,2:1,0:11:30:30,0:8,0:0:0 chr5 177023098 . A T 388.07 PASS AF=0.730769;AO=17;DP=47;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.00979711;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=75.6139;QD=29.8513;RBI=0.0514325;REFB=-0.100481;REVB=0.0504907;RO=10;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197467;STB=0.570996;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00903503;OID=.;OPOS=177023098;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:47:52:10:14:17:38:0.730769:11:6:1:9:28:10:1:13 chr5 177031348 . T C 169.02 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0557439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7121;QD=45.0713;RBI=0.0636416;REFB=0;REVB=0.0307061;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602917;OID=.;OPOS=177031348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:4:10:0:0:5:10:0:0 chr5 177035964 . T C 1084.29 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594348;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.342;QD=60.2384;RBI=0.0606552;REFB=0;REVB=0.0121057;RO=0;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197905;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:48:24:0:0:48:24:0:0 chr5 177158620 . T C 187.39 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.083;QD=46.8468;RBI=0.0478183;REFB=0;REVB=-0.0073652;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196547;OID=.;OPOS=177158620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr5 177180236 . G A,T 688.82 PASS AF=0.941176,0.0392157;AO=48,2;DP=51;FAO=48,2;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=37,1;FSAR=11,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00758036,-0.0323396;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=261.008,48.0736;QD=54.0253;RBI=0.0111993,0.0336601;REFB=-0.183584,-0.0481404;REVB=-0.00824388,-0.00933542;RO=1;SAF=37,1;SAR=11,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0125485,-0.25849;STB=0.506664,0.665164;STBP=0.644,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00240356,0.154701;OID=.,.;OPOS=177180236,177180236;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:1:1:48,2:48,2:0.941176,0.0392157:11,1:37,1:1:0:11,1:37,1:1:0 chr5 177419967 . C T 67.55 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0127042;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5955;QD=11.7473;RBI=0.0351517;REFB=-0.015011;REVB=-0.0327758;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910242;STB=0.554337;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00834662;OID=.;OPOS=177419967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:5:9:5:4:5:9 chr5 177422823 . C T 1025.93 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.283;QD=59.4744;RBI=0.0533714;REFB=0;REVB=0.0529786;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95961e-05;OID=.;OPOS=177422823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:24:44:0:0:25:44:0:0 chr5 177422876 . T C 1406.42 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0448486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.546;QD=60.491;RBI=0.0461596;REFB=0.0132458;REVB=0.010923;RO=2;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249297;STB=0.513155;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.000352729;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:37:54:0:2:37:54:0:2 chr5 177547247 . T C 1051.83 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.962;QD=59.2581;RBI=0.0327306;REFB=0;REVB=-0.014147;RO=0;SAF=8;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184663;OID=.;OPOS=177547247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:62:8:0:0:62:9:0:0 chr5 177547336 . G A 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.01853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.304;QD=25.2758;RBI=0.0185784;REFB=0.0108067;REVB=-0.0013401;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190875;STB=0.605953;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00282674;OID=.;OPOS=177547336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:10:9:9:3:10:9:9:3 chr5 177550723 . T C 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=0;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.0137665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.562;QD=26.3389;RBI=0.0137665;REFB=-0.0302889;REVB=0;RO=15;SAF=23;SAR=0;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150774;OID=.;OPOS=177550723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:0:23:15:0:0:23:15:0 chr5 177551169 . T C 61.5 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00446072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0713;QD=7.02843;RBI=0.0107872;REFB=0.00401479;REVB=-0.00982165;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284209;STB=0.678851;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0199828;OID=.;OPOS=177551169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:11:15:3:6:11:15 chr5 177551176 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0502135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.953;QD=8.62766;RBI=0.0529881;REFB=-0.0150358;REVB=-0.0169214;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261869;STB=0.660091;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0369233;OID=.;OPOS=177551176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:4:7:11:16:4:7:11:16 chr5 177612734 . T C 1134.56 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0152006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.501;QD=56.7279;RBI=0.0152006;REFB=-0.01845;REVB=-5.95312e-06;RO=1;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160389;STB=0.50173;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=4.90044e-05;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:1:3:77:77:0.9625:29:48:0:1:29:48:2:1 chr5 177612739 . G T 455.18 PASS AF=0.55;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0048286;FXX=0.0361402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2825;QD=22.7591;RBI=0.0539736;REFB=-0.0291115;REVB=-0.0537572;RO=39;SAF=21;SAR=23;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203958;STB=0.597023;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0194927;OID=.;OPOS=177612739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:39:36:44:44:0.55:23:21:28:11:23:21:25:11 chr5 177612744 . A G 1032.83 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8229;QD=59.0191;RBI=0.0357577;REFB=0;REVB=0.0316224;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047573;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:34:36:0:0 chr5 177612983 . G A 155.3 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=59;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0233098;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.132;QD=10.7106;RBI=0.0326496;REFB=-0.019997;REVB=-0.0228616;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891462;STB=0.534448;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0467927;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:38:38:19:20:0.344828:10:9:21:17:10:10:21:17 chr5 177613123 . T C 631.88 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000800851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.26;QD=61.6464;RBI=0.0190919;REFB=0;REVB=0.0190751;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103274;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr5 177613168 . C T 217.34 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.039459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.898;QD=13.5839;RBI=0.0748474;REFB=-0.00647995;REVB=0.0636013;RO=38;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178575;STB=0.585299;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0108628;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:25:26:0.40625:9:16:18:20:10:16:18:20 chr5 177614183 . T C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0119108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.794;QD=28.5377;RBI=0.0343876;REFB=-0.00136294;REVB=0.032259;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000542973;OID=.;OPOS=177614183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:1:0:6:1:1:0 chr5 177675217 . C T 2309.59 PASS AF=0.987261;AO=154;DP=157;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=106;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0142988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4507;QD=58.843;RBI=0.0325202;REFB=-0.176134;REVB=0.029208;RO=3;SAF=49;SAR=105;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145088;STB=0.509999;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00230363;OID=.;OPOS=177675217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:157:3:2:154:155:0.987261:105:49:2:1:106:49:2:0 chr5 177683377 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6206;QD=51.9157;RBI=0.0568506;REFB=0;REVB=0.0567512;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122987;OID=.;OPOS=177683377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr5 177688715 . G T 140.73 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.000366056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0896;QD=31.2737;RBI=0.174964;REFB=-0.158756;REVB=0.174964;RO=3;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764114;STB=0.590032;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0242684;OID=.;OPOS=177688715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:17:18:3:4:14:14:0.777778:6:8:1:2:5:9:1:3 chr5 177688772 . G A 344.62 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532752;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.346;QD=55.1392;RBI=0.0682109;REFB=0;REVB=0.0425967;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992214;OID=.;OPOS=177688772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr5 177715580 . CT C,CC 1199.47 PASS AF=0.0875,0.9125;AO=20,50;DP=72;FAO=7,73;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=5,41;FSAR=2,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522705,0.0520256;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.8,184.161;QD=59.9737;RBI=0.0742691,0.095216;REFB=0,0;REVB=0.0527608,0.0797461;RO=0;SAF=10,33;SAR=10,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.56458e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00485882,0.00429807;OID=.,.;OPOS=177715581,177715581;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0875,0.9125:20,50:72:7,73:80:0:5,41:2,32:0:0:17:0:10,33:10,17:0:0 chr5 178049444 . C G 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00631222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.897;QD=19.9752;RBI=0.00650142;REFB=-0.00368034;REVB=-0.00155704;RO=39;SAF=12;SAR=28;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203995;STB=0.613639;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00244597;OID=.;OPOS=178049444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:28:12:20:19:28:12:20:19 chr5 178359136 . A G 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0241844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.119;QD=8.402;RBI=0.0266291;REFB=-0.00171601;REVB=0.0111456;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00397572;OID=.;OPOS=178359136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:7:14:6:3:7:14 chr5 178391860 . G A 377.46 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.112846;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5115;QD=21.2655;RBI=0.112884;REFB=-0.012796;REVB=-0.00295976;RO=32;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124785;STB=0.575182;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0102135;OID=.;OPOS=178391860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:32:33:38:38:0.535211:20:18:20:12:20:18:21:12 chr5 178391902 . A C 191.41 PASS AF=0.423077;AO=20;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.000900106;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.646;QD=14.7238;RBI=0.0145204;REFB=-0.0333291;REVB=0.0144924;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111039;STB=0.576855;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0321415;OID=.;OPOS=178391902;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:30:20:22:0.423077:11:9:10:19:11:11:11:19 chr5 178395850 . G C 410.02 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0325781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3571;QD=18.6375;RBI=0.0364569;REFB=0.00248635;REVB=-0.0163638;RO=45;SAF=26;SAR=15;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077504;STB=0.554768;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00377492;OID=.;OPOS=178395850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:46:41:42:0.477273:15:26:25:20:15:27:25:21 chr5 178410538 . A C 129.18 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0111166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.748;QD=21.5303;RBI=0.0221697;REFB=-0.0145517;REVB=-0.0191812;RO=10;SAF=1;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379168;STB=0.721809;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00851529;OID=.;OPOS=178410538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:13:1:3:7:13:1:3:7 chr5 178412273 . T C 556.46 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.091;QD=60.1573;RBI=0.053054;REFB=0;REVB=0.0464206;RO=0;SAF=30;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267719;OID=.;OPOS=178412273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:7:30:0:0:7:30:0:0 chr5 178412667 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=378.133;QD=39.2068;RBI=0.00188468;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09025e-05;OID=.;OPOS=178412667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr5 178412716 . C A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=5;DP=6;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0705377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.539;QD=24.3305;RBI=0.0705377;REFB=-0.0443009;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0182172;OID=.;OPOS=178412716;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:9:1:2:5:7:0.777778:0:5:1:0:0:7:2:0 chr5 178413816 . T C 171.74 PASS AF=0.354839;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=0.000478856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.826;QD=11.0797;RBI=0.0668333;REFB=-0.00486985;REVB=-0.0668316;RO=38;SAF=15;SAR=6;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108226;STB=0.562447;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0157201;OID=.;OPOS=178413816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:40:21:22:0.354839:6:15:30:8:6:16:32:8 chr5 178413947 . T C 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00553025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.505;QD=8.81184;RBI=0.00562421;REFB=-0.000551674;REVB=0.00102373;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350957;STB=0.712155;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000917328;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:21:23:10:10:0.30303:7:3:13:8:7:3:14:9 chr5 178415937 . A G 58.18 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00166113;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.898;QD=10.5783;RBI=0.0640085;REFB=-0.0253794;REVB=0.0639869;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0478526;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:7:7:4:4:7:7 chr5 178415982 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.063;QD=61.3363;RBI=0.00723353;REFB=0;REVB=-0.00318479;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86866e-06;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr5 178416063 . G A 277.33 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00601857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.245;QD=18.4885;RBI=0.0297544;REFB=-0.0259159;REVB=0.0291393;RO=30;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127436;STB=0.57138;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0272049;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:20:10:14:16:20:10:14:16 chr5 178416288 . G A 243.1 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0237699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.121;QD=12.6285;RBI=0.0332454;REFB=-0.0261929;REVB=0.0232433;RO=48;SAF=7;SAR=22;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267319;STB=0.654916;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0312906;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:22:7:22:26:22:7:22:26 chr5 178419255 . C G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0161924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3859;QD=19.134;RBI=0.0494514;REFB=0.0231836;REVB=-0.0467252;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0139244;OID=.;OPOS=178419255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr5 178459283 . A G 321.9 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0311411;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0406;QD=18.9352;RBI=0.0452137;REFB=-0.0280578;REVB=0.0327797;RO=34;SAF=11;SAR=23;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194191;STB=0.608511;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0184492;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:34:34:34:0.5:23:11:18:16:23:11:18:16 chr5 178459426 . A C 269.94 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0027427;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.698;QD=14.0227;RBI=0.00297105;REFB=-0.00704731;REVB=-0.00114225;RO=44;SAF=11;SAR=19;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189125;STB=0.602342;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0194447;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:44:46:30:31:0.402597:19:11:24:20:20:11:24:22 chr5 178507069 . T C 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00766345;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=187.125;QD=58.6483;RBI=0.0177334;REFB=-0.0118101;REVB=0.0159921;RO=1;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170572;STB=0.509086;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=7.05473e-05;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:27:13:0:1:27:13:0:1 chr5 178507090 . G A 515.39 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.471;QD=58.9019;RBI=0.0277401;REFB=0;REVB=0.0272233;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.349e-05;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:25:8:0:0:26:9:0:0 chr5 178540975 . G A 450.16 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00780295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.519;QD=14.5212;RBI=0.0110144;REFB=-0.0176349;REVB=-0.00777379;RO=73;SAF=19;SAR=32;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115319;STB=0.565049;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0207308;OID=.;OPOS=178540975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:73:73:51:51:0.41129:32:19:35:38:32:19:35:38 chr5 178581859 . G A 195.79 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00128283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.296;QD=17.7989;RBI=0.00792243;REFB=-0.0151058;REVB=0.00781788;RO=23;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320438;STB=0.694916;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0338816;OID=.;OPOS=178581859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:5:15:10:13:5:15:10:14 chr5 178634619 . C T 687.32 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.535;QD=52.8709;RBI=0.0392407;REFB=-0.183067;REVB=0.017581;RO=2;SAF=42;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218934;STB=0.505745;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00179833;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:52:2:1:50:51:0.980769:8:42:2:0:8:43:1:0 chr5 178634672 . C T 177.24 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0237737;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9237;QD=20.2557;RBI=0.0264487;REFB=-0.00322435;REVB=0.0115907;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126312;STB=0.549435;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000817525;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:17:18:18:0.514286:7:11:12:4:7:11:12:5 chr5 178770981 . A G 610.7 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=147;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=0.0149981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.968;QD=16.6176;RBI=0.0154765;REFB=-0.00713325;REVB=-0.00381834;RO=82;SAF=29;SAR=35;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895925;STB=0.552724;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00924266;OID=.;OPOS=178770981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:82:83:64:64:0.435374:35:29:30:52:35:29:30:53 chr5 178949781 . A G 54.71 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00181727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.083;QD=9.94764;RBI=0.0265009;REFB=0.00232694;REVB=0.0264385;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149874;STB=0.590689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00395921;OID=.;OPOS=178949781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:9:5:4:4:9:5 chr5 178951598 . G A 169.95 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0400205;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.184;QD=24.278;RBI=0.0639986;REFB=-0.0291698;REVB=-0.0499417;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115872;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0298305;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:4:7:8:9:5:6 chr5 179036433 . G A 2002.55 PASS AF=0.977612;AO=130;DP=133;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0278797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.374;QD=59.7775;RBI=0.0592719;REFB=-0.0115214;REVB=0.0523056;RO=3;SAF=59;SAR=71;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918942;STB=0.504885;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000293688;OID=.;OPOS=179036433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:134:3:3:130:131:0.977612:71:59:2:1:72:59:2:1 chr5 179070129 . G A 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0692175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.796;QD=19.9269;RBI=0.0692175;REFB=-0.0317813;REVB=0;RO=9;SAF=12;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0281846;OID=.;OPOS=179070129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:0:12:9:0:0:12:9:0 chr5 179078940 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.204;QD=56.9569;RBI=0.0350266;REFB=0;REVB=0.01982;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122161;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr5 179079104 . G A 191.07 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0665807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7171;QD=47.7671;RBI=0.0729017;REFB=0;REVB=-0.0296928;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00387128;OID=.;OPOS=179079104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr5 179126090 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0288675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.918;QD=12.3281;RBI=0.0299639;REFB=-0.00863265;REVB=0.00803128;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358412;STB=0.726859;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0101256;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:8:3:10:6:8:3:11:6 chr5 179203933 . A G 310.33 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0207934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6558;QD=21.4021;RBI=0.0222098;REFB=-0.00592648;REVB=-0.00780457;RO=26;SAF=7;SAR=25;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574538;STB=0.531894;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0040108;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:25:7:7:19:25:7:7:19 chr5 179260153 . C T 535.04 PASS AF=0.975;AO=33;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.6915;QD=53.5041;RBI=0.0620046;REFB=-0.128527;REVB=0.0503282;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.526302;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00399844;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:40:0:1:33:39:0.975:26:7:0:0:30:9:1:0 chr5 179260213 . G A 648.51 PASS AF=0.955556;AO=44;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0672175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9284;QD=57.645;RBI=0.104447;REFB=-0.0686748;REVB=0.0799432;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516659;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00810657;OID=.;OPOS=179260213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:45:45:0:2:44:43:0.955556:30:14:0:0:29:14:0:2 chr5 179264731 . T C 1308.55 PASS AF=0.93617;AO=88;DP=94;FAO=88;FDP=94;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0183484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.405;QD=55.6832;RBI=0.0294503;REFB=-0.0591881;REVB=0.0230359;RO=2;SAF=41;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144179;STB=0.512849;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00191942;OID=.;OPOS=179264731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:94:94:2:6:88:88:0.93617:47:41:1:1:47:41:4:2 chr5 179267949 . T C 746.29 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.123;QD=63.5138;RBI=0.0653576;REFB=0;REVB=-0.0420379;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69753e-05;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr5 179280379 . T C 855.14 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.936;QD=57.0094;RBI=0.0444717;REFB=0;REVB=0.035108;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85895e-05;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:36:23:0:0:36:24:0:0 chr5 179285752 . G A 926.89 PASS AF=0.931507;AO=65;DP=73;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0661584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3162;QD=50.7882;RBI=0.182024;REFB=-0.227808;REVB=0.169576;RO=5;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855904;STB=0.54236;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00782005;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:5:5:65:68:0.931507:25:40:0:5:27:41:0:5 chr5 179285769 . G A 326.39 PASS AF=0.492958;AO=32;DP=68;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.000211703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.457;QD=18.3882;RBI=0.0117935;REFB=-0.0186402;REVB=0.0117916;RO=33;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434243;STB=0.522436;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0199382;OID=.;OPOS=179285769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:33:36:32:35:0.492958:14:18:17:16:15:20:19:17 chr5 179287576 . C G 689.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.551;QD=62.6558;RBI=0.0209374;REFB=0;REVB=0.0203038;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85509e-05;OID=.;OPOS=179287576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chr5 179287585 . GC CT 633.84 PASS AF=1;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180749;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.92;QD=61.838;RBI=0.022226;REFB=0;REVB=0.0129342;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000318209;OID=.;OPOS=179287585;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:17:24:0:0 chr5 179287622 . G GTA 439.45 PASS AF=0.846154;AO=32;DP=40;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0304745;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.808;QD=45.0717;RBI=0.0328525;REFB=-0.0466423;REVB=0.0122715;RO=7;SAF=21;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177429;STB=0.581767;STBP=0.031;TYPE=ins;VARB=0.0110303;OID=.;OPOS=179287623;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:32:40:33:39:6:22:11:1:5:33:7:21:11:1:6 chr5 179290845 . T G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.821;QD=58.4197;RBI=0.0201364;REFB=0;REVB=0.0106662;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35417e-05;OID=.;OPOS=179290845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr5 179529124 . G A 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.746;QD=64.1494;RBI=0.0621138;REFB=0;REVB=0.0236465;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100322;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:36:13:0:0:36:13:0:0 chr5 179542285 . CTTTTTA CTTTT,CTTTTA,CTTTTAA 541.33 PASS AF=0,1,0;AO=16,14,19;DP=61;FAO=0,51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30,0;FSAR=0,21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.237263,-0.0918174,0.140214;FXX=0.0377287;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=15.0374,15.0412,13.339;QD=42.4574;RBI=0.390206,0.113258,0.41158;REFB=0,0,0;REVB=0.309786,-0.0663096,-0.38696;RO=1;SAF=14,6,14;SAR=2,8,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.031564,-0.0698108,-0.0317459;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.223639,-0.0109137,0;OID=.,.,.;OPOS=179542290,179542286,179542290;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTT,CTTTTA,CTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:16,14,19:61:0,51,0:51:0:0,30,0:0,21,0:0:0:3:1:14,6,14:2,8,5:1:0 chr5 179563435 . T C 763.48 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0621964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.009;QD=63.6232;RBI=0.0666416;REFB=0;REVB=0.0239314;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000521755;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:15:32:0:0:16:32:0:0 chr5 179729519 . A G 740.78 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0811104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.671;QD=52.9131;RBI=0.107085;REFB=0.0452121;REVB=0.0699169;RO=2;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012472;STB=0.500662;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0071878;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:26:28:1:1:26:28:1:1 chr5 179734200 . A G 250.62 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.011931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6633;QD=14.5284;RBI=0.0150049;REFB=-0.0111759;REVB=0.00909942;RO=39;SAF=21;SAR=8;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155578;STB=0.583273;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00903868;OID=.;OPOS=179734200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:8:21:23:16:8:21:24:16 chr5 179740827 . T C 701.88 PASS AF=0.4;AO=79;DP=199;FAO=80;FDP=200;FR=.;FRO=120;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=81;FWDB=-0.0391705;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0115;QD=14.0376;RBI=0.0394987;REFB=-0.0327897;REVB=0.0050811;RO=120;SAF=37;SAR=42;SRF=39;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156752;STB=0.583992;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0412858;OID=.;OPOS=179740827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:120:120:79:80:0.4:42:37:39:81:43:37:39:81 chr5 179996111 . C T 701.45 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0117488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.388;QD=57.2609;RBI=0.0159387;REFB=-0.122289;REVB=0.0107706;RO=3;SAF=21;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625489;STB=0.52173;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00175491;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:3:2:46:47:0.959184:25:21:3:0:25:22:2:0 chr5 180043388 . G A 294.54 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0189376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.907;QD=28.0516;RBI=0.0273921;REFB=0.00611707;REVB=-0.0197913;RO=15;SAF=17;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258829;STB=0.653728;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00228144;OID=.;OPOS=180043388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:15:16:26:26:0.619048:9:17:4:11:9:17:4:12 chr5 180046344 . G C 653.71 PASS AF=0.52;AO=64;DP=125;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0238192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.993;QD=20.9188;RBI=0.0241415;REFB=-0.0376098;REVB=0.00393194;RO=59;SAF=24;SAR=40;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137389;STB=0.50065;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.043834;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:60:64:65:0.52:40:24:23:36:40:25:23:37 chr5 180046492 . CAG C 83.68 PASS AF=0.230769;AO=10;DP=53;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00374334;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.971;QD=6.43717;RBI=0.0510206;REFB=-0.0085008;REVB=-0.0508831;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129431;STB=0.5261;STBP=0.857;TYPE=del;VARB=0.0259439;OID=.;OPOS=180046493;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:10:53:12:52:40:7:5:22:18:83:30:6:4:21:9 chr5 180048035 . T C 230.03 PASS AF=0.402778;AO=27;DP=70;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00315666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0383;QD=12.7795;RBI=0.00684825;REFB=-0.0321351;REVB=-0.00607733;RO=43;SAF=17;SAR=10;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543702;STB=0.524606;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0489224;OID=.;OPOS=180048035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:43:43:27:29:0.402778:10:17:25:18:11:18:25:18 chr5 180048056 . C T 235.32 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0241204;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7523;QD=12.8944;RBI=0.03157;REFB=0.00156031;REVB=-0.0203683;RO=46;SAF=17;SAR=11;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708433;STB=0.560396;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00423414;OID=.;OPOS=180048056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:46:45:28:28:0.383562:11:17:25:21:11:17:23:22 chr5 180120149 . T C 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0131224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.208;QD=7.7163;RBI=0.0321843;REFB=-0.00640076;REVB=-0.0293876;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305017;STB=0.687152;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0182545;OID=.;OPOS=180120149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:4:6:9:18:4:6:9:18 chr5 180166461 . C G 261.63 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519263;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.628;QD=52.3257;RBI=0.0577922;REFB=0;REVB=0.0253692;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114852;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr5 180218668 . A G 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00334651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.566;QD=20.7689;RBI=0.0155697;REFB=-0.00446188;REVB=0.0152058;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598413;STB=0.533309;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00200899;OID=.;OPOS=180218668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:12:15:15:9:12:15:15:9 chr5 180218820 . C A 309.55 PASS AF=0.43038;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00733792;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.528;QD=15.6732;RBI=0.0119623;REFB=-0.0164497;REVB=-0.0094473;RO=45;SAF=19;SAR=14;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254183;STB=0.50693;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0175761;OID=.;OPOS=180218820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:45:33:34:0.43038:14:19:27:18:14:20:27:18 chr5 180218831 . G A 305.42 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00202452;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.015;QD=14.7191;RBI=0.0152605;REFB=0.00496334;REVB=-0.0151256;RO=48;SAF=20;SAR=13;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469974;STB=0.510198;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.015904;OID=.;OPOS=180218831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:49:33:34:0.409639:13:20:27:21:14:20:28:21 chr5 180219304 . C T 725.11 PASS AF=0.570248;AO=69;DP=121;FAO=69;FDP=121;FR=.;FRO=52;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00980215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.222;QD=23.9705;RBI=0.011212;REFB=-0.0144941;REVB=0.00544305;RO=51;SAF=46;SAR=23;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831804;STB=0.550883;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0141382;OID=.;OPOS=180219304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:51:52:69:69:0.570248:23:46:29:22:23:46:29:23 chr5 180276402 . C T 754.33 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1603;QD=54.8604;RBI=0.0159049;REFB=-0.0730793;REVB=0.00656875;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020938;STB=0.511107;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00317779;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:22:32:0:1:22:32:0:1 chr5 180278393 . C G 115.94 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.429;QD=42.1611;RBI=0.0609383;REFB=0;REVB=0.0303023;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159723;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr5 180481230 . T C 51.83 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0248009;FXX=0.0249938;HRUN=16;LEN=1;MLLD=142.723;QD=5.31593;RBI=0.0251001;REFB=0.00166315;REVB=-0.00386357;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399885;STB=0.508453;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00294527;OID=.;OPOS=180481230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:39:29:31:8:8:0.205128:2:6:21:8:2:6:23:8 chr5 180481231 . T C 42.71 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0469632;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=147.488;QD=4.38091;RBI=0.0472299;REFB=-0.00354607;REVB=0.00501256;RO=27;SAF=6;SAR=1;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307971;STB=0.673576;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0195383;OID=.;OPOS=180481231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:39:27:32:7:7:0.179487:1:6:18:9:1:6:23:9 chr5 180481232 . TC CT,T,TT 100.36 PASS AF=0.171429,0.285714,0;AO=2,6,2;DP=38;FAO=6,10,0;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6,8,0;FSAR=0,2,0;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.212023,0.0654616,0.0838179;FXX=0.0540395;HRUN=16,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=17.3118,138.844,139.001;QD=11.4701;RBI=0.240676,0.0664636,0.0845585;REFB=0.133404,-0.000117368,-0.00236749;REVB=0.113892,0.0114973,0.0111668;RO=28;SAF=2,6,0;SAR=0,0,2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.424235,0.655568,-0.518511;STB=0.997603,0.64254,0.5;STBP=0.035,0.32,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0035935,0.0173034,-0.0137419;OID=.,.,.;OPOS=180481232,180481233,180481233;OREF=TC,C,C;OALT=CT,-,T;OMAPALT=CT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:38:35:28:19:2,6,2:6,10,0:0.171429,0.285714,0:0,0,2:2,6,0:17:11:0,2,0:6,8,0:12:7 chr5 180486247 . G T 487.11 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393606;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.165;QD=59.043;RBI=0.0441343;REFB=0;REVB=0.0439585;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241589;OID=.;OPOS=180486247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr5 180486785 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.542;QD=45.8068;RBI=0.0434171;REFB=0;REVB=0.000316062;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212478;OID=.;OPOS=180486785;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr5 180486841 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.234;QD=37.4879;RBI=0.0434771;REFB=0;REVB=0.0277398;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933133;OID=.;OPOS=180486841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr5 180582604 . A G 410.88 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8651;QD=56.6736;RBI=0.0239907;REFB=0;REVB=-0.0108085;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224797;OID=.;OPOS=180582604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr5 180596597 . A G 2283.21 PASS AF=0.96875;AO=153;DP=158;FAO=155;FDP=160;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0515214;FXX=0.00621079;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2907;QD=57.0803;RBI=0.0588645;REFB=-0.178878;REVB=0.0284706;RO=5;SAF=74;SAR=79;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170902;STB=0.509078;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00602628;OID=.;OPOS=180596597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:158:160:5:5:153:155:0.96875:79:74:1:4:79:76:1:4 chr5 180600638 . T C 1080.49 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.344;QD=60.0272;RBI=0.086883;REFB=0;REVB=0.0837516;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242359;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr5 180618713 . A AC 627.64 PASS AF=1;AO=57;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.209459;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.9455;QD=33.9265;RBI=0.220959;REFB=0;REVB=-0.0703535;RO=15;SAF=20;SAR=37;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00317666;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:76:74:74:0:31:43:0:0:13:15:20:37:11:4 chr5 180626104 . G A 36.07 PASS AF=0.294118;AO=6;DP=18;FAO=5;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00691266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.945;QD=8.48766;RBI=0.0154493;REFB=-0.020796;REVB=-0.0138165;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.567295;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0332719;OID=.;OPOS=180626104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:18:17:10:10:6:5:0.294118:3:3:5:5:2:3:5:5 chr5 180649061 . T G 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0251194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.794;QD=14.473;RBI=0.026437;REFB=-0.00121536;REVB=0.00824202;RO=42;SAF=10;SAR=20;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105301;STB=0.559959;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00144315;OID=.;OPOS=180649061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:20:10:18:24:20:10:18:24 chr5 180664256 . C T 154.97 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0137606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.564;QD=22.9592;RBI=0.0156211;REFB=-0.00518709;REVB=-0.00739362;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357466;STB=0.555487;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00637216;OID=.;OPOS=180664256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:9:11:16:16:0.592593:8:8:5:4:8:8:7:4 chr5 180687428 . CTCT C 271.88 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00561998;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=3;MLLD=193.093;QD=22.6564;RBI=0.0058362;REFB=-0.0538986;REVB=0.0015739;RO=22;SAF=17;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235341;STB=0.661459;STBP=0.033;TYPE=del;VARB=0.04077;OID=.;OPOS=180687429;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520833:25:52:25:48:23:17:8:8:15:99:22:17:8:9:13 chr6 203878 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0130478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.189;QD=18.3451;RBI=0.0145343;REFB=-0.00891144;REVB=0.00640306;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177796;STB=0.60057;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00724827;OID=.;OPOS=203878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:5:13:9:8:5:13 chr6 203909 . A G 266.69 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0183635;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.125;QD=25.3992;RBI=0.0190796;REFB=-0.0343608;REVB=0.00517817;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12867;STB=0.57137;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0321004;OID=.;OPOS=203909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:18:18:24:24:0.571429:12:12:6:12:12:12:6:12 chr6 204072 . G T 124.16 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00919636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.015;QD=9.93253;RBI=0.0325956;REFB=-0.0120128;REVB=-0.0312714;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149979;STB=0.580537;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.02319;OID=.;OPOS=204072;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:35:15:15:0.3:6:9:16:18:6:9:17:18 chr6 335175 . A T 558.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.636;QD=60.3309;RBI=0.0408389;REFB=0;REVB=0.0271212;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29744e-05;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:19:16:0:0:19:18:0:0 chr6 348906 . G A 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00200188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.88;QD=23.7582;RBI=0.00725509;REFB=-0.00527028;REVB=0.00697343;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17124;STB=0.595742;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00387332;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:18:8:11:11:18:8:11:11 chr6 350829 . G A 385.48 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00167427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.923;QD=17.9291;RBI=0.00434766;REFB=-0.0131146;REVB=-0.00401236;RO=45;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949183;STB=0.558111;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0142618;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:46:40:40:0.465116:20:20:18:27:20:20:18:28 chr6 350940 . T TA 327.21 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0402363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.1088;QD=20.1357;RBI=0.0722256;REFB=0.00687098;REVB=0.0599798;RO=32;SAF=15;SAR=27;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11763;STB=0.503595;STBP=0.958;TYPE=ins;VARB=-0.00420668;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.646154:42:74:42:65:23:15:27:8:15:99:32:15:27:16:16 chr6 408012 . G A 157.47 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0130821;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7683;QD=11.0504;RBI=0.019388;REFB=-0.00697639;REVB=0.0143093;RO=36;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306013;STB=0.508763;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0198174;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:36:37:20:20:0.350877:10:10:19:17:10:10:19:18 chr6 564145 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.128;QD=53.9092;RBI=0.0521017;REFB=0;REVB=0.0480832;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160712;OID=.;OPOS=564145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:21:3:0:0:21:3:0:0 chr6 656143 . C A 267.36 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0324673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.195;QD=21.8249;RBI=0.0324674;REFB=-0.0179908;REVB=8.61874e-05;RO=23;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288367;STB=0.670915;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0169368;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:8:17:8:15:8:17:8:16 chr6 656343 . T C 408.29 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0591019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.3517;QD=20.4145;RBI=0.0591142;REFB=0.00781161;REVB=-0.00120876;RO=39;SAF=25;SAR=16;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176373;STB=0.597745;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00987829;OID=.;OPOS=656343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:16:25:16:23:16:25:16:23 chr6 1395043 . T C 615.02 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0117914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.855;QD=20.5006;RBI=0.012168;REFB=-0.014114;REVB=0.00300367;RO=57;SAF=33;SAR=29;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187238;STB=0.59805;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0143665;OID=.;OPOS=1395043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:58:62:62:0.516667:29:33:18:39:29:33:19:39 chr6 1395805 . ATTTTTTTTC AATTTTTTTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCA 179.94 PASS AF=0,0.96875,0.03125;AO=3,17,2;DP=32;FAO=0,31,1;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,1;FSAR=0,23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0877577,0.0283576,0.0407205;FXX=0.0302939;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=8.62361,7.82579,12.3022;QD=22.4924;RBI=0.137111,0.132642,0.123367;REFB=-0.0331252,-0.0618277,-0.0699894;REVB=-0.105347,-0.129576,-0.116453;RO=5;SAF=1,3,1;SAR=2,14,1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0671606,-0.141131,0.0967026;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0396198,0.00376139,-0.0511441;OID=.,.,.;OPOS=1395806,1395806,1395813;OREF=T,T,TC;OALT=A,-,CA;OMAPALT=AATTTTTTTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.96875,0.03125:3,17,2:32:0,31,1:32:0:0,8,1:0,23,0:0:0:3:5:1,3,1:2,14,1:2:3 chr6 1507626 . G A 331.5 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0106242;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.158;QD=20.7188;RBI=0.0108404;REFB=-0.0302443;REVB=-0.00215431;RO=30;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133808;STB=0.574132;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0241177;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:30:34:34:0.53125:19:15:18:12:19:15:18:12 chr6 1507808 . G T 573.28 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.0242439;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.735;QD=16.4971;RBI=0.028599;REFB=-0.010414;REVB=0.0151702;RO=76;SAF=18;SAR=43;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112539;STB=0.565312;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0141976;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:76:78:61:61:0.438849:43:18:30:46:43:18:31:47 chr6 1523145 . C CG,G 736.99 PASS AF=0.14,0.86;AO=6,42;DP=51;FAO=7,43;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=7,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0772635,-0.0361161;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.549,43.1217;QD=58.959;RBI=0.121252,0.054405;REFB=0,0;REVB=-0.0934471,-0.0406882;RO=2;SAF=0,26;SAR=6,16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.767694,0.0107263;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0140557,0.00349864;OID=.,.;OPOS=1523146,1523145;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:51:50:2:0:6,42:7,43:0.14,0.86:6,16:0,26:1:1:7,17:0,26:0:0 chr6 1611154 . C T 256.89 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0503112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6269;QD=23.3538;RBI=0.061374;REFB=-0.0148669;REVB=0.0351505;RO=20;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226513;STB=0.626938;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0146362;OID=.;OPOS=1611154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:17:7:11:9:17:7:11:9 chr6 1742794 . A G 192.74 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0380206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7135;QD=16.0614;RBI=0.0445551;REFB=0.00646392;REVB=0.0232291;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190523;STB=0.59082;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00305132;OID=.;OPOS=1742794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:28:19:20:0.416667:11:8:17:11:11:9:17:11 chr6 2624053 . T A 389.95 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0295263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.735;QD=21.6637;RBI=0.0299114;REFB=-0.0171676;REVB=0.0047845;RO=32;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711991;STB=0.533316;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0178301;OID=.;OPOS=2624053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:33:39:39:0.541667:24:15:15:17:24:15:15:18 chr6 2667031 . A G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00987922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.501;QD=19.3694;RBI=0.0222527;REFB=-0.0184276;REVB=0.0199395;RO=15;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370887;STB=0.711589;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0154774;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:4:12:5:10:4:12:5:10 chr6 2667863 . ATTTTTTT AATTTTTA,ATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA 145.81 PASS AF=0.263158,0.315789,0.210526,0.157895;AO=3,2,2,3;DP=17;FAO=5,6,4,3;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=3,1,3,0;FSAR=2,5,1,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.21751,0.151866,0.268744,0.264357;FXX=0;HRUN=7,7,7,7;LEN=7,2,1,1;MLLD=23.1702,17.3512,11.4243,13.1874;QD=30.696;RBI=0.220915,0.151929,0.268878,0.278367;REFB=-0.0866286,-0.0688098,-0.0831485,-0.0456662;REVB=-0.0386358,-0.00437025,-0.00851179,-0.0872008;RO=2;SAF=1,0,1,1;SAR=2,2,1,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.111102,-0.639851,0,-0.111102;STB=0.599598,0.54531,0.665771,0.5;STBP=0.517,0.659,0.288,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0.0963511,0.00716389,-0.0354545,-0.0356801;OID=.,.,.,.;OPOS=2667864,2667864,2667864,2667870;OREF=TTTTTTT,TT,T,T;OALT=ATTTTTA,-,-,A;OMAPALT=AATTTTTA,ATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.263158,0.315789,0.210526,0.157895:3,2,2,3:17:5,6,4,3:19:1:3,1,3,0:2,5,1,3:0:1:29:2:1,0,1,1:2,2,1,2:1:1 chr6 2766465 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0088877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3433;QD=16.4266;RBI=0.0211454;REFB=-0.0125687;REVB=0.0191869;RO=11;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320072;STB=0.677196;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00417082;OID=.;OPOS=2766465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:1:10:11:0:1:10:11:0 chr6 2784571 . G A 247.29 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0228699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.073;QD=13.7382;RBI=0.0260047;REFB=0.00749527;REVB=0.0123778;RO=43;SAF=12;SAR=17;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22161;STB=0.625977;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00611943;OID=.;OPOS=2784571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:17:12:27:16:17:12:27:16 chr6 2959513 . C T 190.67 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0235104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2533;QD=15.2534;RBI=0.0341702;REFB=-0.0055555;REVB=-0.0247964;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532089;STB=0.53996;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00476997;OID=.;OPOS=2959513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:10:10:16:13:10:10:17:13 chr6 3077141 . T C 257.31 PASS AF=0.314815;AO=25;DP=106;FAO=34;FDP=108;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.00229111;FXX=0.0442439;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.536;QD=9.52985;RBI=0.0633876;REFB=-0.00744978;REVB=-0.0633462;RO=54;SAF=14;SAR=11;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269709;STB=0.567895;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0186597;OID=.;OPOS=3077141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:54:74:25:34:0.314815:11:14:29:25:15:19:34:40 chr6 3154871 . A C 766.5 PASS AF=0.797468;AO=57;DP=76;FAO=63;FDP=79;FR=.;FRO=16;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0205719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3829;QD=38.8101;RBI=0.0212773;REFB=-0.0313841;REVB=0.00543347;RO=16;SAF=30;SAR=27;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363307;STB=0.517485;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0186298;OID=.;OPOS=3154871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:79:16:16:57:63:0.797468:27:30:7:9:30:33:7:9 chr6 3154882 . C T 100.75 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0517462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4507;QD=5.67593;RBI=0.0535903;REFB=0.00416182;REVB=0.0139373;RO=53;SAF=7;SAR=9;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13464;STB=0.583084;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00811248;OID=.;OPOS=3154882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:55:16:16:0.225352:9:7:29:24:9:7:30:25 chr6 3225759 . C A 83.69 PASS AF=0.152381;AO=16;DP=105;FAO=16;FDP=105;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.030574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5967;QD=3.18835;RBI=0.031887;REFB=-0.00240384;REVB=-0.00905607;RO=88;SAF=13;SAR=3;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474358;STB=0.814993;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0194461;OID=.;OPOS=3225759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:105:105:88:89:16:16:0.152381:3:13:38:50:3:13:39:50 chr6 3225770 . C T 45.29 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=86;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.102916;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.403;QD=2.13147;RBI=0.103063;REFB=0.000898965;REVB=-0.00550291;RO=73;SAF=8;SAR=2;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491034;STB=0.837811;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0182317;OID=.;OPOS=3225770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:86:85:73:75:10:10:0.117647:2:8:27:46:2:8:29:46 chr6 3255327 . G A 131.22 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.000944767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1293;QD=7.49842;RBI=0.0424275;REFB=0.000128892;REVB=-0.042417;RO=51;SAF=6;SAR=13;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261991;STB=0.658816;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0019742;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:13:6:27:24:13:6:27:24 chr6 3255340 . A C 158.58 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0127181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.343;QD=8.23787;RBI=0.0186975;REFB=-0.00177215;REVB=-0.0137057;RO=55;SAF=7;SAR=15;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234884;STB=0.640894;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00440049;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:55:22:22:0.285714:15:7:28:27:15:7:28:27 chr6 3264487 . T C 513.24 PASS AF=0.470085;AO=54;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0543043;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.881;QD=17.5467;RBI=0.0559209;REFB=-0.0157423;REVB=0.0133489;RO=58;SAF=26;SAR=28;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634951;STB=0.537076;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0110333;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:62:54:55:0.470085:28:26:24:34:29:26:25:37 chr6 3264502 . G C 494.25 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0275721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.882;QD=17.6519;RBI=0.0286055;REFB=-0.0102758;REVB=0.00761955;RO=59;SAF=25;SAR=28;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946954;STB=0.552514;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0118931;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:59:53:53:0.473214:28:25:22:37:28:25:22:37 chr6 3285286 . A G 269.4 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00770388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0636;QD=14.1788;RBI=0.0564491;REFB=-0.0171966;REVB=-0.055921;RO=45;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20902;STB=0.618533;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0373638;OID=.;OPOS=3285286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:13:18:17:28:13:18:17:28 chr6 3287118 . T C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0117666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.373;QD=15.2624;RBI=0.0577362;REFB=-0.0252086;REVB=-0.0565245;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159492;STB=0.578821;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0252509;OID=.;OPOS=3287118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:9:4:7:8:9:4:7:9 chr6 3290198 . C A 74.36 PASS AF=0.454545;AO=8;DP=20;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00992307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.978;QD=13.5196;RBI=0.0106996;REFB=-0.0160766;REVB=0.00400164;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221468;STB=0.636111;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00500354;OID=.;OPOS=3290198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:20:22:11:12:8:10:0.454545:4:4:8:3:5:5:9:3 chr6 3438738 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.797;QD=58.6004;RBI=0.0611133;REFB=0;REVB=0.0605657;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137917;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr6 3439595 . G GA 378.47 PASS AF=1;AO=31;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.9456;QD=38.8177;RBI=0.278192;REFB=-0.0484859;REVB=-0.219064;RO=4;SAF=16;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00342731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00717612;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:39:39:39:0:19:20:0:0:6:4:16:15:2:2 chr6 3727811 . C G 607.55 PASS AF=0.512397;AO=60;DP=119;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00583502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.878;QD=20.0844;RBI=0.0084675;REFB=-0.0195283;REVB=-0.00613605;RO=58;SAF=24;SAR=36;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121407;STB=0.55219;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0187506;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:58:59:60:62:0.512397:36:24:31:27:36:26:31:28 chr6 4057380 . C T 379.65 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0102892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.04;QD=22.0085;RBI=0.0148664;REFB=-0.023913;REVB=0.0107305;RO=31;SAF=18;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710468;STB=0.53915;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0200858;OID=.;OPOS=4057380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:20:18:12:19:20:18:12:19 chr6 4069166 . C T 426.4 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00957269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.29;QD=51.685;RBI=0.0222943;REFB=-0.0552256;REVB=0.0201345;RO=2;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182271;STB=0.500978;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00263936;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:15:16:1:1:15:16:1:1 chr6 4074612 . A C 1924.17 PASS AF=0.904762;AO=131;DP=146;FAO=133;FDP=147;FR=.;FRO=14;FSAF=49;FSAR=84;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0353256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.886;QD=52.3584;RBI=0.0361233;REFB=-0.0436779;REVB=0.00754942;RO=6;SAF=48;SAR=83;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119157;STB=0.534738;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00198276;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:146:147:6:14:131:133:0.904762:83:48:3:3:84:49:10:4 chr6 4999011 . A G 99.88 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0898442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5557;QD=15.3656;RBI=0.0947374;REFB=-0.023433;REVB=-0.0300532;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20736;STB=0.620056;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0310274;OID=.;OPOS=4999011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:5:9:5:7:5:9 chr6 5086211 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.902;QD=40.763;RBI=0.08979;REFB=0;REVB=0.0757329;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117067;OID=.;OPOS=5086211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 5086558 . C A 210.06 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0142047;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.793;QD=15.56;RBI=0.0275195;REFB=-0.0138403;REVB=0.0235702;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167147;STB=0.509486;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.021484;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:30:24:24:0.444444:10:14:17:13:10:14:17:13 chr6 5139012 . C A 207.05 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.147008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8293;QD=48.7176;RBI=0.147454;REFB=0;REVB=-0.011468;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00601855;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr6 5260936 . A C 862.91 PASS AF=0.457711;AO=91;DP=202;FAO=92;FDP=201;FR=.;FRO=109;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=-0.00476499;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.855;QD=17.1724;RBI=0.00556298;REFB=-0.0202134;REVB=0.00287083;RO=109;SAF=39;SAR=52;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663323;STB=0.53921;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0286009;OID=.;OPOS=5260936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:109:109:91:92:0.457711:52:39:54:55:53:39:54:55 chr6 5431340 . A G 859.56 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0235932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0658;QD=54.5753;RBI=0.0289733;REFB=-0.0644895;REVB=0.0168171;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140901;STB=0.501309;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00116461;OID=.;OPOS=5431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:28:33:1:0:28:33:1:1 chr6 6320808 . T G 756.58 PASS AF=0.454545;AO=80;DP=178;FAO=80;FDP=176;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0393216;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1392;QD=17.1949;RBI=0.0599823;REFB=0.0283552;REVB=-0.0452955;RO=97;SAF=31;SAR=49;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128564;STB=0.568428;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0374682;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:97:96:80:80:0.454545:49:31:50:47:49:31:49:47 chr6 6938928 . C T 613.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.4434;QD=61.3261;RBI=0.0144874;REFB=0;REVB=0.00689953;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165313;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr6 7211818 . G A 368.28 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00278725;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.92;QD=16.1881;RBI=0.0271132;REFB=-0.0192751;REVB=-0.0269696;RO=48;SAF=16;SAR=23;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149983;STB=0.562859;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0304014;OID=.;OPOS=7211818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:48:52:39:39:0.428571:23:16:27:21:23:16:27:25 chr6 7231770 . A G 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0335302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0367;QD=18.6435;RBI=0.0350412;REFB=-0.00499297;REVB=-0.0101791;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191435;STB=0.631986;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00294196;OID=.;OPOS=7231770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:4:10:6:6:4:10:6:7 chr6 7288544 . A C 71.44 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0247254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4681;QD=8.92988;RBI=0.0801026;REFB=-0.00438368;REVB=0.0761911;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239875;STB=0.514676;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0172074;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:7:15:7:3:7:15 chr6 7289957 . CCA C 121.49 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0142628;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=2;MLLD=172.029;QD=13.4991;RBI=0.0289629;REFB=-0.0322602;REVB=-0.0252076;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131328;STB=0.588366;STBP=0.363;TYPE=del;VARB=0.0328313;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222:17:37:17:36:19:4:13:7:12:99:17:4:13:6:11 chr6 7295283 . T A 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0716516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9087;QD=14.701;RBI=0.0727428;REFB=-0.0023856;REVB=-0.0125521;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163849;STB=0.509538;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00401647;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:6:9:7:5:6:9 chr6 7393452 . C T 323.98 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0351702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1275;QD=49.8433;RBI=0.0364986;REFB=-0.147826;REVB=0.00975727;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00902512;OID=.;OPOS=7393452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:25:26:1:1:24:25:0.961538:15:9:0:1:15:10:0:1 chr6 7563983 . T G 1629.89 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000742279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5118;QD=59.8123;RBI=0.0323587;REFB=0;REVB=0.0323502;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728761;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:107:109:1:59:48:0:0:60:49:0:0 chr6 7572262 . A G 174.11 PASS AF=0.380952;AO=21;DP=61;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00373131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.931;QD=11.0544;RBI=0.0185375;REFB=-0.012115;REVB=-0.0181581;RO=39;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635645;STB=0.512185;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0175804;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:39:39:21:24:0.380952:13:8:17:22:14:10:17:22 chr6 7576527 . G A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00580083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.7;QD=10.8245;RBI=0.0539511;REFB=-0.00197975;REVB=-0.0536384;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987403;STB=0.571312;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000680959;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:6:6:9:13:6:6:9:14 chr6 7577260 . C T 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0413515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4988;QD=9.5693;RBI=0.0485793;REFB=0.00867259;REVB=-0.0254953;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319318;STB=0.697155;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00816133;OID=.;OPOS=7577260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:8:7:6:2:8:7 chr6 7581636 . G A 313.65 PASS AF=0.568966;AO=31;DP=56;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0600031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4394;QD=21.6312;RBI=0.0758263;REFB=-0.0479932;REVB=0.0463601;RO=25;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15095;STB=0.579392;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0330242;OID=.;OPOS=7581636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:25:25:31:33:0.568966:14:17:9:16:15:18:9:16 chr6 7585967 . G C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0236028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.668;QD=15.2589;RBI=0.0332843;REFB=-0.0346518;REVB=-0.0234682;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183303;STB=0.609426;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0463607;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:3:3:5:2:3:3 chr6 7601720 . C T 322.35 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.0342357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9937;QD=16.5309;RBI=0.0417582;REFB=-0.000288433;REVB=-0.0239094;RO=43;SAF=14;SAR=21;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179403;STB=0.599947;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000665985;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:21:14:10:33:21:14:10:33 chr6 7862631 . G C 376.48 PASS AF=0.493671;AO=32;DP=72;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0374368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.795;QD=19.0622;RBI=0.0375891;REFB=-0.0475596;REVB=-0.00338034;RO=38;SAF=11;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106421;STB=0.518655;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0372406;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:79:38:40:32:39:0.493671:21:11:17:21:21:18:17:23 chr6 7881754 . A T 221.88 PASS AF=0.360465;AO=21;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0436485;FXX=0.0114929;HRUN=9;LEN=1;MLLD=18.2234;QD=10.3199;RBI=0.0959579;REFB=0.0253483;REVB=-0.085456;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324837;STB=0.639666;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00985832;OID=.;OPOS=7881754;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:26:54:21:31:0.360465:12:9:12:14:20:11:31:23 chr6 7882752 . A C 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.02321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.763;QD=18.2489;RBI=0.0341077;REFB=-0.00989487;REVB=0.0249927;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202754;STB=0.59984;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00690427;OID=.;OPOS=7882752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:4:9:5:6:4:9:6:6 chr6 7986847 . G A 98.17 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0352115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9564;QD=6.3335;RBI=0.0409862;REFB=-0.0179332;REVB=-0.0209765;RO=47;SAF=4;SAR=11;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106969;STB=0.566917;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0551816;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:11:4:16:31:11:4:16:31 chr6 7988189 . T C 310.6 PASS AF=0.447368;AO=32;DP=74;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.011926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.346;QD=16.3472;RBI=0.0197852;REFB=-0.0153669;REVB=0.0157869;RO=38;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860254;STB=0.571717;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.02381;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:38:42:32:34:0.447368:18:14:20:18:19:15:24:18 chr6 8015129 . T C 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.591;QD=63.8683;RBI=0.0552817;REFB=0;REVB=0.0125902;RO=0;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162843;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:37:11:0:0:37:11:0:0 chr6 8413890 . A G 187.88 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0320658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6657;QD=20.311;RBI=0.0388589;REFB=-0.0585133;REVB=-0.0219498;RO=18;SAF=4;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29761;STB=0.669906;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0269467;OID=.;OPOS=8413890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:15:4:9:9:15:4:9:9 chr6 8430049 . G A 382.39 PASS AF=0.425743;AO=42;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0373215;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6229;QD=15.1442;RBI=0.0432147;REFB=-0.0209989;REVB=-0.0217856;RO=58;SAF=17;SAR=25;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459549;STB=0.531354;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.02655;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:42:43:0.425743:25:17:26:32:26:17:26:32 chr6 8435453 . ATC ACC,AC,AT 1039.63 PASS AF=0,0.48913,0.51087;AO=12,14,15;DP=93;FAO=0,45,47;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32,21;FSAR=0,13,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105243,0.13055,0.503874;FXX=0.0107515;HRUN=1,1,3;LEN=1,1,1;MLLD=136.22,136.538,9.76847;QD=45.2012;RBI=0.152871,0.132966,1.26084;REFB=0,0,0;REVB=-0.110877,-0.0252345,1.15578;RO=28;SAF=1,14,15;SAR=11,0,0;SRF=3;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0809852,0.864904,0.86704;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0205301,0.0545569,-0.071889;OID=.,.,.;OPOS=8435454,8435454,8435455;OREF=T,T,C;OALT=C,-,-;OMAPALT=ACC,AC,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.48913,0.51087:12,14,15:93:0,45,47:92:0:0,32,21:0,13,26:0:0:99:28:1,14,15:11,0,0:3:25 chr6 9900599 . T TGAG 470.28 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=0.030076;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=3;MLLD=196.885;QD=15.6759;RBI=0.0324544;REFB=-0.0119446;REVB=0.0121951;RO=68;SAF=30;SAR=22;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894824;STB=0.549981;STBP=0.382;TYPE=ins;VARB=0.0193459;OID=.;OPOS=9900600;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:52:121:52:120:68:30:22:45:23:99:68:30:22:45:23 chr6 10439968 . T C 251.36 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.105358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.973;QD=20.5194;RBI=0.10557;REFB=-0.00815209;REVB=-0.00668728;RO=25;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123154;STB=0.50819;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00830881;OID=.;OPOS=10439968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:25:23:24:0.489796:15:8:9:16:15:9:9:16 chr6 10587038 . C G 316.46 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0276339;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.151;QD=22.6041;RBI=0.0285851;REFB=-0.0059431;REVB=-0.00731263;RO=24;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496535;STB=0.52738;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00393715;OID=.;OPOS=10587038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:24:24:32:32:0.571429:14:18:15:9:14:18:15:9 chr6 10729020 . C T 346.49 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0780148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2095;QD=19.7994;RBI=0.0860213;REFB=-0.0149092;REVB=0.0362403;RO=34;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200063;STB=0.611049;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0100728;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:22:14:21:13:22:14:21:13 chr6 10753107 . T A 854.71 PASS AF=0.96875;AO=59;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00838107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.586;QD=53.4191;RBI=0.0309573;REFB=-0.0179458;REVB=0.0298012;RO=3;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533137;STB=0.517851;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000521783;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:3:2:59:62:0.96875:25:34:0:3:27:35:0:2 chr6 10763312 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.072;QD=44.6898;RBI=0.0296159;REFB=0;REVB=0.023285;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372076;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr6 10764727 . A G 972.16 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000885109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.19;QD=58.9185;RBI=0.0164535;REFB=0;REVB=-0.0164297;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15037e-05;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr6 10891781 . C T 739.08 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.495;QD=54.7466;RBI=0.0365989;REFB=-0.0798072;REVB=-0.0297655;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159704;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000513213;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:29:24:0:1:29:24:0:1 chr6 10955408 . C T 685.82 PASS AF=0.980392;AO=46;DP=48;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0533185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9681;QD=53.7895;RBI=0.102146;REFB=0.0607392;REVB=0.0871263;RO=2;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00518874;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000634368;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:51:2:1:46:50:0.980392:26:20:1:1:29:21:1:0 chr6 10981053 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00608606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.39;QD=53.9112;RBI=0.0218303;REFB=0;REVB=-0.0209648;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01337e-05;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr6 11105763 . C T 358.01 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.067;QD=55.0787;RBI=0.00780823;REFB=0;REVB=0.00734264;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23827e-05;OID=.;OPOS=11105763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr6 11185257 . A T 347.12 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0297689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0151;QD=44.7899;RBI=0.0578145;REFB=-0.270216;REVB=-0.0495613;RO=2;SAF=14;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061895;STB=0.562455;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0166163;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:31:31:2:4:27:27:0.870968:13:14:2:0:13:14:4:0 chr6 11190626 . A G 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.153;QD=58.4165;RBI=0.0195399;REFB=0;REVB=0.00660825;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69877e-05;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr6 11192575 . C T 457.65 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0105465;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5952;QD=55.4731;RBI=0.0204243;REFB=-0.103268;REVB=0.0174906;RO=1;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490584;STB=0.526299;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000906567;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:1:1:32:32:0.969697:9:23:0:1:9:23:0:1 chr6 11193860 . G A 1467.99 PASS AF=0.962617;AO=102;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0021307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.586;QD=54.878;RBI=0.0575911;REFB=-0.221354;REVB=0.0575516;RO=5;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520331;STB=0.521735;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00118765;OID=.;OPOS=11193860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:5:4:102:103:0.962617:43:59:0:5:44:59:0:4 chr6 11213832 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.922;QD=59.4347;RBI=0.0601046;REFB=0;REVB=0.057521;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221737;OID=.;OPOS=11213832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr6 11576130 . T C 1017.53 PASS AF=0.924051;AO=72;DP=80;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0286545;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.6814;QD=51.5206;RBI=0.0530482;REFB=-0.14266;REVB=0.0446433;RO=2;SAF=40;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287303;STB=0.508114;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00849679;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:80:79:2:6:72:73:0.924051:32:40:1:1:32:41:4:2 chr6 11581374 . T C 263.61 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0292355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4409;QD=12.8589;RBI=0.0292514;REFB=-0.00979687;REVB=0.000966564;RO=51;SAF=16;SAR=15;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571941;STB=0.532734;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0180705;OID=.;OPOS=11581374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:15:16:29:22:15:16:29:22 chr6 11644518 . C T 96.66 PASS AF=0.375;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.01537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7232;QD=12.0826;RBI=0.0171432;REFB=-0.0341706;REVB=0.00759301;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150282;STB=0.552543;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0427933;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:11:12:0.375:7:4:10:10:7:5:10:10 chr6 11723636 . C T 177.46 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0108872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.257;QD=14.4863;RBI=0.0567592;REFB=-0.0257414;REVB=-0.0557053;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365594;STB=0.535678;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0308694;OID=.;OPOS=11723636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:28:30:19:19:0.387755:13:6:8:20:13:6:8:22 chr6 11770334 . TAAAAAAAA TAAAAAAA,TAAAAAAAT 42.06 PASS AF=0.304348,0.130435;AO=6,3;DP=24;FAO=7,3;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1,2;FSAR=6,1;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0159846,-0.00263968;FXX=0.079968;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.73098,26.032;QD=7.31513;RBI=0.0967544,0.0490569;REFB=0.00967124,0.0189305;REVB=-0.0954249,-0.0489858;RO=9;SAF=1,2;SAR=5,1;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.107451,0.562113;STB=0.599758,0.895213;STBP=0.801,0.527;TYPE=del,snp;VARB=-0.0648238,-0.0712742;OID=.,.;OPOS=11770335,11770342;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAAAAA,TAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348,0.130435:6,3:24:7,3:23:13:1,2:6,1:1:12:23:9:1,2:5,1:1:8 chr6 12120445 . A G 75.31 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0152541;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.003;QD=10.0408;RBI=0.0245903;REFB=0.00115417;REVB=-0.0192872;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630627;STB=0.538383;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00327088;OID=.;OPOS=12120445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:31:30:20:20:10:10:0.333333:7:3:7:13:7:3:7:13 chr6 12120588 . C T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0086446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.358;QD=9.19986;RBI=0.0253465;REFB=-0.00221271;REVB=-0.0238268;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233803;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00241818;OID=.;OPOS=12120588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:12:13:7:7:0.35:2:5:6:6:2:5:7:6 chr6 12122174 . A G 235.4 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0181931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.927;QD=19.2161;RBI=0.0203286;REFB=-0.0151698;REVB=0.00906989;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616294;STB=0.534853;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0143533;OID=.;OPOS=12122174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:13:13:10:13:13:13 chr6 12122645 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.865;QD=64.4145;RBI=0.0190483;REFB=0;REVB=0.00235634;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02559e-05;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:26:24:0:0 chr6 12122773 . T C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0319551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.246;QD=12.4824;RBI=0.0329121;REFB=-0.00861316;REVB=-0.00787908;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250496;STB=0.659433;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.012757;OID=.;OPOS=12122773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:5:7:6:12:5:7:6:13 chr6 12124855 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0102882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.736;QD=15.6189;RBI=0.0151443;REFB=0.000886159;REVB=-0.0111131;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763977;STB=0.543992;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00108477;OID=.;OPOS=12124855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:13:12:10:8:13:12 chr6 12164561 . C T 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0200587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.519;QD=8.40144;RBI=0.0261478;REFB=-0.0141473;REVB=0.0167737;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317645;STB=0.695229;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0166331;OID=.;OPOS=12164561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:13:8:6:3:13:8 chr6 12294258 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138849;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.561;QD=57.545;RBI=0.0148598;REFB=0;REVB=-0.0147947;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21347e-05;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr6 13288648 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.876;QD=62.3505;RBI=0.0203545;REFB=0;REVB=0.0158495;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41977e-05;OID=.;OPOS=13288648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr6 13288679 . GCT G 269.1 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0925284;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.505;QD=48.9278;RBI=0.0945387;REFB=0;REVB=0.0193921;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.58476e-05;OID=.;OPOS=13288680;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:22:22:22:0:14:8:0:0:4:0:11:7:0:0 chr6 13295502 . T C 1098.04 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.536;QD=60.1664;RBI=0.0180328;REFB=0;REVB=0.00771507;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71338e-05;OID=.;OPOS=13295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr6 13295515 . A C 1140.73 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.99;QD=60.0385;RBI=0.0447537;REFB=0;REVB=0.00989695;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217237;OID=.;OPOS=13295515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:36:36:0:0:37:39:0:0 chr6 13295536 . C T 1153.24 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3697;QD=60.6967;RBI=0.0413814;REFB=0;REVB=0.0324884;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504551;OID=.;OPOS=13295536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr6 13361088 . A G 357.02 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0223805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.049;QD=26.9451;RBI=0.0224125;REFB=-0.0392744;REVB=-0.00119636;RO=19;SAF=11;SAR=23;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331326;STB=0.518137;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.018882;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:23:11:7:12:23:11:7:12 chr6 13470113 . A T 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0022;QD=59.4296;RBI=0.013433;REFB=0;REVB=0.0126186;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36369e-05;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr6 13547958 . C T 594.42 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4515;QD=60.9664;RBI=0.0324347;REFB=0;REVB=-0.00630422;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284728;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr6 13548165 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.342;QD=44.6892;RBI=0.019815;REFB=0;REVB=0.019522;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108926;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr6 13592091 . G A 2020.08 PASS AF=0.521277;AO=196;DP=378;FAO=196;FDP=376;FR=.;FRO=180;FSAF=90;FSAR=106;FSRF=97;FSRR=83;FWDB=-0.00767165;FXX=0.00529086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.169;QD=21.4902;RBI=0.0209466;REFB=-0.0226177;REVB=0.0194912;RO=177;SAF=90;SAR=106;SRF=97;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772869;STB=0.538169;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0247016;OID=.;OPOS=13592091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:376:177:180:196:196:0.521277:106:90:97:80:106:90:97:83 chr6 13659079 . T G 45.6 PASS AF=0.181818;AO=3;DP=23;FAO=4;FDP=22;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.053828;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.0957;QD=8.29067;RBI=0.0827086;REFB=-0.0219934;REVB=0.0627953;RO=7;SAF=2;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056032;STB=0.748752;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.092546;OID=.;OPOS=13659079;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:23:22:7:14:3:4:0.181818:1:2:5:2:1:3:6:8 chr6 13711279 . A G 333.88 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0103485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.194;QD=14.2076;RBI=0.0192723;REFB=-0.0246823;REVB=-0.0162583;RO=57;SAF=10;SAR=27;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220493;STB=0.626216;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.02156;OID=.;OPOS=13711279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:27:10:26:31:27:10:26:31 chr6 13794110 . C A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.741;QD=59.0185;RBI=0.00797293;REFB=0;REVB=0.00788068;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3183e-05;OID=.;OPOS=13794110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr6 13801615 . T C 145.77 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0361929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1981;QD=25.3519;RBI=0.0383825;REFB=-0.0358003;REVB=0.0127786;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995014;STB=0.555484;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0155335;OID=.;OPOS=13801615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:6:9:6:2:6:9:6:2 chr6 13978275 . A C 487.65 PASS AF=0.404412;AO=54;DP=135;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.00328229;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1212;QD=14.3427;RBI=0.0240195;REFB=-0.0119656;REVB=0.0237942;RO=80;SAF=27;SAR=27;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397079;STB=0.520335;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.033145;OID=.;OPOS=13978275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:80:81:54:55:0.404412:27:27:37:43:28:27:37:44 chr6 13978618 . C G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0107143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.763;QD=19.0586;RBI=0.0124035;REFB=-0.01468;REVB=0.00624898;RO=20;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217802;STB=0.624856;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0116943;OID=.;OPOS=13978618;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:15:4:8:12:15:4:8:12 chr6 13978802 . TCTC T 142.6 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.020451;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=222.615;QD=14.6258;RBI=0.0269048;REFB=-0.0242366;REVB=-0.017482;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103647;STB=0.574986;STBP=0.435;TYPE=del;VARB=0.0355427;OID=.;OPOS=13978803;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410256:15:40:16:39:23:7:9:13:10:99:22:6:9:11:11 chr6 13978837 . G T 227.13 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0230197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.335;QD=21.1284;RBI=0.046822;REFB=-0.0228769;REVB=-0.0407725;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469145;STB=0.536448;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0342179;OID=.;OPOS=13978837;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:21:22:22:0.511628:10:12:12:8:10:12:13:8 chr6 13978854 . G T 227.17 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0229727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.625;QD=21.1325;RBI=0.0360667;REFB=-0.029183;REVB=-0.0278041;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783987;STB=0.533447;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0185863;OID=.;OPOS=13978854;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:21:22:22:0.511628:9:13:10:10:9:13:11:10 chr6 13979526 . A G 114.3 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00719525;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=275.179;QD=10.1598;RBI=0.0202289;REFB=-0.00404816;REVB=-0.018906;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925662;STB=0.555477;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00904028;OID=.;OPOS=13979526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:7:7:18:13:7:7:18:13 chr6 13980527 . G A 319.28 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.012249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.347;QD=13.4434;RBI=0.0138926;REFB=-0.0162424;REVB=0.00655493;RO=58;SAF=16;SAR=20;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115773;STB=0.571056;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.032959;OID=.;OPOS=13980527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:59:36:36:0.378947:20:16:32:26:20:16:33:26 chr6 14131854 . A G 351.11 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00176987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.391;QD=18.0055;RBI=0.0196032;REFB=-0.00320375;REVB=-0.0195232;RO=41;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148423;STB=0.508287;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00331305;OID=.;OPOS=14131854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:22:15:16:25:22:15:16:25 chr6 15496662 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0290088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.566;QD=18.8207;RBI=0.0625703;REFB=-0.0253971;REVB=0.0554394;RO=10;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10371;STB=0.558733;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0147526;OID=.;OPOS=15496662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:10:2:1:9:10:2:1:9 chr6 15513482 . G A 223.12 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0914;QD=49.5832;RBI=0.0520689;REFB=0;REVB=0.049916;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172269;OID=.;OPOS=15513482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr6 15520911 . GACACA GACA,GACACG 166.08 PASS AF=0.325,0.125;AO=12,5;DP=45;FAO=13,5;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11,1;FSAR=2,4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0550834,-0.014602;FXX=0.111086;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=141.398,82.676;QD=16.6079;RBI=0.0555346,0.0522526;REFB=-0.0279308,-0.0144281;REVB=0.0070647,0.0501709;RO=21;SAF=10,1;SAR=2,4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.122294,-0.589995;STB=0.61951,0.870595;STBP=0.422,0.181;TYPE=del,snp;VARB=0.0401933,0.0213453;OID=.,.;OPOS=15520912,15520916;OREF=AC,A;OALT=-,G;OMAPALT=GACA,GACACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325,0.125:12,5:45:13,5:40:22:11,1:2,4:16:6:99:21:10,1:2,4:16:5 chr6 15533878 . C T 269.96 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00340039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.235;QD=16.613;RBI=0.0219086;REFB=-0.0168998;REVB=0.0216431;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151022;STB=0.592531;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0205636;OID=.;OPOS=15533878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:35:30:30:0.461538:12:18:15:19:12:18:15:20 chr6 15586009 . G T 868.07 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.188;QD=57.8712;RBI=0.0242973;REFB=0;REVB=0.00967511;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12936e-05;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr6 16145325 . A G 899.66 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00728459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.108;QD=53.7108;RBI=0.00780409;REFB=-0.163577;REVB=0.00279974;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520542;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000935802;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:0:3:64:64:0.955224:35:29:0:0:35:29:0:3 chr6 16148176 . G A 219.2 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00313827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.799;QD=13.9177;RBI=0.00875306;REFB=-0.00881721;REVB=-0.00817113;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751104;STB=0.549468;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0139604;OID=.;OPOS=16148176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:37:26:26:0.412698:14:12:14:22:14:12:14:23 chr6 16290761 . T A 1143.96 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.045479;FXX=0.0253133;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.577;QD=59.4265;RBI=0.0488374;REFB=-0.0580176;REVB=0.0177975;RO=1;SAF=51;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918967;STB=0.504853;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000272203;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:25:51:1:0:25:51:1:0 chr6 16306751 . G A 139.82 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0133697;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.01;QD=19.2851;RBI=0.0556586;REFB=-0.00870503;REVB=0.054029;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874813;STB=0.549932;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00756894;OID=.;OPOS=16306751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:15:15:0.517241:5:10:8:6:5:10:8:6 chr6 16306866 . G A 321.2 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00178893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.576;QD=18.8939;RBI=0.00789677;REFB=-0.00707241;REVB=0.00769147;RO=34;SAF=20;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270788;STB=0.515089;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00711595;OID=.;OPOS=16306866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:14:20:19:15:14:20:19:15 chr6 16327615 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.31;QD=53.277;RBI=0.0419056;REFB=0;REVB=0.038597;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349497;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr6 16328068 . T C 146.63 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.012153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.203;QD=17.2507;RBI=0.0348241;REFB=-0.0247154;REVB=-0.0326347;RO=17;SAF=15;SAR=1;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171516;STB=0.591972;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0480677;OID=.;OPOS=16328068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:1:15:15:2:1:15:16:2 chr6 17543302 . A G 116.07 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0149906;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=266.07;QD=8.92836;RBI=0.0167647;REFB=-0.00264372;REVB=-0.0075058;RO=36;SAF=5;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169313;STB=0.613178;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00657625;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:37:15:15:0.288462:10:5:17:19:10:5:18:19 chr6 17629616 . G A 174.76 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00431466;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.759;QD=18.3957;RBI=0.01338;REFB=-0.0122825;REVB=-0.0126652;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079434;STB=0.545402;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0156659;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:18:18:0.473684:5:13:13:7:5:13:13:7 chr6 17633061 . C T 272.52 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.153;QD=51.9078;RBI=0.0426139;REFB=0;REVB=-0.0231812;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000777805;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:17:3:0:0:18:3:0:0 chr6 17665479 . G C 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0268887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.465;QD=22.3966;RBI=0.0342163;REFB=-0.00438254;REVB=-0.0211601;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307934;STB=0.517228;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00386012;OID=.;OPOS=17665479;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:10:15:13:10:10:15:13:10 chr6 17688798 . G A 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.014819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.285;QD=16.0643;RBI=0.0170019;REFB=-0.00867538;REVB=-0.00833444;RO=31;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128966;STB=0.572946;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0109441;OID=.;OPOS=17688798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:16:10:16:15:16:10:16:15 chr6 17737690 . T A 73.69 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0432756;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.8903;QD=11.3371;RBI=0.058242;REFB=-0.0295673;REVB=-0.0389789;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505935;STB=0.822914;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0328217;OID=.;OPOS=17737690;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:26:26:14:16:10:10:0.384615:2:8:4:10:2:8:4:12 chr6 17764530 . C T 802.85 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2959;QD=55.3692;RBI=0.0228857;REFB=-0.079633;REVB=-0.000885092;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140785;STB=0.50746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00145285;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:57:57:0.982759:24:33:1:0:24:33:1:0 chr6 17773796 . A G 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00264881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.256;QD=8.30687;RBI=0.0204705;REFB=0.000460269;REVB=0.0202984;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200918;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.000678971;OID=.;OPOS=17773796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:8:10:3:5:8:10 chr6 17794494 . G A 316.46 PASS AF=0.350877;AO=38;DP=113;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0142608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.588;QD=11.1038;RBI=0.0144187;REFB=-0.0213096;REVB=0.00212827;RO=74;SAF=20;SAR=18;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146687;STB=0.507466;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0375433;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:74:74:38:40:0.350877:18:20:38:36:19:21:38:36 chr6 18122506 . G A 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0444959;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.313;QD=50.1343;RBI=0.0561088;REFB=-0.159782;REVB=0.0341806;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319609;STB=0.517227;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00121078;OID=.;OPOS=18122506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:14:10:0:1:14:10:0:1 chr6 18134021 . C A 62.19 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.8678;QD=35.539;RBI=0.0686305;REFB=0;REVB=-0.0552197;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00825656;OID=.;OPOS=18134021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr6 18139214 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.162;QD=62.3491;RBI=0.0139662;REFB=0;REVB=-0.00927226;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27964e-06;OID=.;OPOS=18139214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr6 18188091 . T C 337.34 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0240862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.558;QD=13.1006;RBI=0.0386445;REFB=-0.0166229;REVB=-0.0302201;RO=63;SAF=27;SAR=13;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154978;STB=0.588434;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0235363;OID=.;OPOS=18188091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:63:40:40:0.38835:13:27:34:29:13:27:34:29 chr6 18215303 . T C 2173.87 PASS AF=1;AO=130;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.226;QD=63.0107;RBI=0.0684591;REFB=0;REVB=0.0565122;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176297;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:130:138:1:71:59:0:0:71:67:0:0 chr6 18237661 . C T 244.71 PASS AF=0.402778;AO=26;DP=69;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0120673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.69;QD=13.5952;RBI=0.0122641;REFB=-0.00641528;REVB=-0.00218859;RO=42;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12029;STB=0.517162;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0106225;OID=.;OPOS=18237661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:42:43:26:29:0.402778:17:9:19:23:17:12:19:24 chr6 18264210 . G A 136.15 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.1916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4762;QD=17.568;RBI=0.205261;REFB=-0.016662;REVB=0.0736312;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174377;STB=0.612621;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0278569;OID=.;OPOS=18264210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:16:14:15:0.483871:7:7:5:11:7:8:5:11 chr6 18466677 . A T 552.22 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0484416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6179;QD=55.2224;RBI=0.0500886;REFB=-0.0510192;REVB=0.0127389;RO=2;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00246896;STB=0.501319;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0169635;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:20:18:1:1:20:18:1:1 chr6 18466750 . C T 888.65 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555679;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.709;QD=58.2724;RBI=0.0329111;REFB=0;REVB=0.0324386;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9255e-06;OID=.;OPOS=18466750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr6 20282269 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.356;QD=48.7373;RBI=0.0193899;REFB=0;REVB=0.0164652;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39873e-05;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr6 20492995 . T C 499.94 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00579916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.112;QD=54.0472;RBI=0.00869919;REFB=-0.0734141;REVB=0.00648426;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373615;STB=0.535694;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000750139;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:34:35:0.945946:12:22:0:1:13:22:0:2 chr6 20599628 . C T 328.76 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0686355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.194;QD=15.4711;RBI=0.0686459;REFB=-0.0156249;REVB=0.00119739;RO=48;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085341;STB=0.54272;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0182632;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:36:36:0.423529:21:15:24:24:21:15:24:25 chr6 21201493 . G A 384.02 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00403336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.067;QD=17.6561;RBI=0.00404786;REFB=-0.00874502;REVB=-0.000342352;RO=47;SAF=13;SAR=27;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168294;STB=0.594447;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0155335;OID=.;OPOS=21201493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:27:13:23:24:27:13:23:24 chr6 21596720 . CCT C,CCC 44.19 PASS AF=0.411765,0;AO=6,3;DP=23;FAO=7,0;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3,0;FSAR=4,0;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0803974,-0.100796;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=20.1012,12.3406;QD=10.3986;RBI=0.255232,0.171306;REFB=0.0314954,0.0455465;REVB=0.242238,0.138513;RO=10;SAF=3,0;SAR=3,3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.649379;STB=0.517192,0.5;STBP=0.919,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0155904,0;OID=.,.;OPOS=21596721,21596722;OREF=CT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765,0:6,3:23:7,0:17:10:3,0:4,0:4:6:44:10:3,0:3,3:5:5 chr6 22136879 . G T 753.71 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.799;QD=56.8834;RBI=0.0359636;REFB=0;REVB=0.00905113;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72191e-05;OID=.;OPOS=22136879;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:32:19:0:0:32:21:0:0 chr6 22287745 . C T 867.87 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000492339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.646;QD=57.8579;RBI=0.021805;REFB=0;REVB=-0.0217994;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.7763e-05;OID=.;OPOS=22287745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr6 22570189 . T C 55.68 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00235263;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.489;QD=7.95482;RBI=0.0376438;REFB=-0.0196441;REVB=-0.0375703;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227966;STB=0.657509;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0266936;OID=.;OPOS=22570189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:27:28:19:20:8:8:0.285714:3:5:8:11:3:5:8:12 chr6 24147409 . C A 287.15 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0304441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.2388;QD=18.8293;RBI=0.03047;REFB=-0.0376929;REVB=-0.00125571;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178947;STB=0.588551;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.034336;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:30:30:30:31:0.508197:18:12:18:12:18:13:18:12 chr6 24147483 . A G 310.88 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0233578;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.669;QD=16.1494;RBI=0.0455099;REFB=-0.0234561;REVB=-0.0390586;RO=42;SAF=21;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208417;STB=0.599016;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0263244;OID=.;OPOS=24147483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:33:34:0.441558:12:21:18:24:13:21:19:24 chr6 24174955 . G C 1200.47 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6903;QD=60.7835;RBI=0.0241956;REFB=0;REVB=-0.0233839;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0069e-05;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:38:41:0:0 chr6 24291203 . T C 732.01 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021668;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3441;QD=63.6528;RBI=0.0271737;REFB=0;REVB=0.0163985;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000808453;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr6 24353515 . C A 126.06 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0459478;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0856;QD=7.87869;RBI=0.0493583;REFB=-0.0197678;REVB=0.0180291;RO=45;SAF=11;SAR=7;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679603;STB=0.549944;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0510508;OID=.;OPOS=24353515;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:46:18:18:0.28125:7:11:25:20:7:11:25:21 chr6 24403377 . C T 523.03 PASS AF=0.425373;AO=56;DP=132;FAO=57;FDP=134;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0506823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5003;QD=15.6127;RBI=0.0675586;REFB=-0.02404;REVB=0.0446706;RO=76;SAF=20;SAR=36;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556332;STB=0.520861;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0329114;OID=.;OPOS=24403377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:76:77:56:57:0.425373:36:20:31:45:36:21:31:46 chr6 24412530 . G T 603.59 PASS AF=0.516667;AO=61;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0125212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.226;QD=20.1196;RBI=0.0167911;REFB=-0.0115511;REVB=0.0111876;RO=58;SAF=33;SAR=28;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066796;STB=0.540106;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0108768;OID=.;OPOS=24412530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:58:58:61:62:0.516667:28:33:27:31:28:34:27:31 chr6 24437445 . G A 669.06 PASS AF=0.927273;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0388606;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.508;QD=48.6587;RBI=0.048147;REFB=-0.0820754;REVB=0.0284251;RO=4;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695711;STB=0.537023;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00488617;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:54:55:4:4:50:51:0.927273:25:25:0:4:25:26:0:4 chr6 24445829 . G A 236.07 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.022871;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.943;QD=15.48;RBI=0.0232548;REFB=-0.00336221;REVB=-0.00420713;RO=34;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102373;STB=0.558037;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00602733;OID=.;OPOS=24445829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:10:17:18:16:10:17:18:16 chr6 24489652 . C T 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00056886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.989;QD=20.7689;RBI=0.0124189;REFB=-0.0176998;REVB=-0.0124059;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116969;STB=0.565169;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00987422;OID=.;OPOS=24489652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:12:15:10:14:12:15:10:14 chr6 24489741 . A C 193.68 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0200437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.817;QD=16.8416;RBI=0.0229936;REFB=-0.0332203;REVB=-0.0112676;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873898;STB=0.54995;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0399901;OID=.;OPOS=24489741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:12:14:9:11:12:14 chr6 24503590 . C T 238.36 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00748186;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.128;QD=13.6203;RBI=0.0131542;REFB=-0.0114706;REVB=0.0108192;RO=42;SAF=5;SAR=23;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307051;STB=0.67814;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0150167;OID=.;OPOS=24503590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:42:42:28:28:0.4:23:5:17:25:23:5:17:25 chr6 24596478 . T G 611.89 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0677428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9974;QD=58.2751;RBI=0.0748592;REFB=-0.0966709;REVB=0.0318561;RO=1;SAF=29;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158949;STB=0.507933;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00280844;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:40:42:1:1:39:41:0.97619:10:29:1:0:10:31:1:0 chr6 24653273 . G C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00412038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.876;QD=17.379;RBI=0.0113926;REFB=-0.0124587;REVB=0.0106213;RO=36;SAF=7;SAR=26;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859981;STB=0.56246;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0133408;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:26:7:10:26:26:7:11:26 chr6 24653376 . G A 188.66 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0120813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.612;QD=14.2385;RBI=0.0137799;REFB=0.00586552;REVB=-0.00662781;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300867;STB=0.517226;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.011784;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:16:15:10:12:16:15 chr6 24780892 . A C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0422293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.1;QD=16.1192;RBI=0.049122;REFB=-0.0227714;REVB=0.025093;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109955;STB=0.563652;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0245032;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:7:6:7:5:7:6 chr6 24804808 . G C 161.22 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0452861;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.542;QD=10.4015;RBI=0.04618;REFB=-0.00514043;REVB=-0.00904231;RO=41;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20777;STB=0.622103;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0518192;OID=.;OPOS=24804808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:41:41:21:21:0.33871:7:14:20:21:7:14:20:21 chr6 24804860 . G T 275.23 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00601493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.507;QD=13.106;RBI=0.0410661;REFB=-0.0152067;REVB=0.0406232;RO=51;SAF=11;SAR=21;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263696;STB=0.656152;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0247832;OID=.;OPOS=24804860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:52:32:32:0.380952:21:11:30:21:21:11:31:21 chr6 24818785 . A G 785.04 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.794;QD=57.0936;RBI=0.0111321;REFB=0;REVB=0.00379789;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81316e-05;OID=.;OPOS=24818785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:36:17:0:0:38:17:0:0 chr6 24825511 . A C,G 760.5 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=2,52;DP=54;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184738,0.00930206;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.4715,70.1068;QD=55.309;RBI=0.0311249,0.0101649;REFB=0,0;REVB=-0.0250495,0.00409844;RO=0;SAF=0,26;SAR=2,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.119822,-1.62577e-06;OID=.,.;OPOS=24825511,24825511;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:55:0:0:2,52:2,53:0.0363636,0.963636:2,26:0,26:0:0:2,26:0,27:0:0 chr6 24869300 . T C 305.0 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00933693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.138;QD=32.9726;RBI=0.00945065;REFB=-0.00164675;REVB=-0.00146169;RO=11;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155344;STB=0.584683;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000527532;OID=.;OPOS=24869300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:12:14:9:2:12:14:9:2 chr6 25084718 . A G 425.1 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0078759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6491;QD=18.8932;RBI=0.0550984;REFB=-0.00851829;REVB=0.0545326;RO=47;SAF=24;SAR=18;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581754;STB=0.524988;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00996432;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:42:43:0.477778:18:24:24:23:19:24:24:23 chr6 25106745 . A G 152.14 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.007916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.648;QD=13.2292;RBI=0.011154;REFB=-0.0112514;REVB=-0.0078581;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996966;STB=0.558073;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0258624;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:9:8:11:18:9:8:11:18 chr6 25106783 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0681715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7583;QD=8.25576;RBI=0.103838;REFB=0.0160732;REVB=-0.078326;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309795;STB=0.666172;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0509054;OID=.;OPOS=25106783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:10:12:6:6:0.333333:3:3:2:8:3:3:3:9 chr6 25420344 . C G 1526.5 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0143703;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.807;QD=57.6036;RBI=0.0204736;REFB=-0.0762716;REVB=-0.0145831;RO=2;SAF=46;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201817;STB=0.510636;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000257517;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:106:2:2:104:104:0.981132:58:46:2:0:58:46:2:0 chr6 25472737 . C T 82.03 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.00221412;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.616;QD=7.81277;RBI=0.0212184;REFB=0.00166412;REVB=-0.0211026;RO=31;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379137;STB=0.727691;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00335227;OID=.;OPOS=25472737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:42:42:31:31:11:11:0.261905:5:6:7:24:5:6:7:24 chr6 25511008 . C CAT 213.1 PASS AF=0.525;AO=16;DP=42;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.127961;FXX=0.0697512;HRUN=0;LEN=2;MLLD=175.75;QD=21.3105;RBI=0.12808;REFB=-0.0058143;REVB=0.00551428;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842285;STB=0.503646;STBP=0.982;TYPE=ins;VARB=0.00510752;OID=.;OPOS=25511009;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.525:16:42:21:40:19:9:12:8:11:99:19:7:9:10:9 chr6 25600601 . AA AG,GG 253.51 PASS AF=0.433333,0.05;AO=26,3;DP=60;FAO=26,3;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=11,2;FSAR=15,1;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.000806991,0.00163086;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=159.097,156.958;QD=16.9004;RBI=0.00468989,0.00462969;REFB=-0.0257386,-0.0213715;REVB=-0.00461993,-0.00433294;RO=31;SAF=11,2;SAR=15,1;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00367081,0.249832;STB=0.502073,0.715615;STBP=0.985,0.515;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0314387,0.0165998;OID=.,.;OPOS=25600602,25600601;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:26,3:26,3:0.433333,0.05:15,1:11,2:13:18:15,1:11,2:13:18 chr6 25600662 . C T 317.29 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.000624797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.712;QD=17.8756;RBI=0.00120163;REFB=-0.00779199;REVB=-0.00102642;RO=36;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756187;STB=0.547976;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0145184;OID=.;OPOS=25600662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:34:34:0.478873:19:15:13:23:19:15:13:24 chr6 25605091 . G A 696.19 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0007;QD=60.5381;RBI=0.0278051;REFB=-0.139665;REVB=-0.00561464;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507459;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00198525;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:0:1:45:45:0.978261:33:12:0:0:33:12:0:1 chr6 25691362 . C T 720.74 PASS AF=0.433333;AO=78;DP=180;FAO=78;FDP=180;FR=.;FRO=102;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=-0.0871382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.689;QD=16.0165;RBI=0.0907969;REFB=0.0101424;REVB=-0.0255149;RO=101;SAF=29;SAR=49;SRF=40;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026056;STB=0.518122;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0147963;OID=.;OPOS=25691362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:101:102:78:78:0.433333:49:29:40:61:49:29:41:61 chr6 25726675 . G A 277.06 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00172403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.353;QD=16.0612;RBI=0.0197126;REFB=-0.0185485;REVB=0.0196371;RO=38;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254554;STB=0.642768;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0161922;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:13:18:12:26:13:18:12:26 chr6 25727265 . C T 358.73 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00759308;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.308;QD=17.0823;RBI=0.010245;REFB=-0.0244192;REVB=-0.00687795;RO=47;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451627;STB=0.523797;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0274879;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:47:46:37:38:0.452381:19:18:25:22:19:19:25:21 chr6 25727334 . C T 488.2 PASS AF=0.425197;AO=55;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00954488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5272;QD=15.3764;RBI=0.0345431;REFB=-0.000236995;REVB=-0.0331982;RO=70;SAF=26;SAR=29;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844073;STB=0.556536;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-3.18267e-05;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:73:55:54:0.425197:29:26:39:31:29:25:41:32 chr6 25727517 . G A 115.06 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0180994;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.317;QD=17.7008;RBI=0.0186779;REFB=-0.0265289;REVB=0.00461242;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185092;STB=0.58428;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0195194;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:14:13:13:13:0.5:9:4:7:7:9:4:6:7 chr6 25769349 . T C 767.56 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0318462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9559;QD=54.8255;RBI=0.0318505;REFB=-0.00147238;REVB=0.000524176;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219159;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-1.64217e-05;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:34:21:1:0:34:21:1:0 chr6 25777062 . C A 469.3 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0281475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.99;QD=23.1752;RBI=0.028238;REFB=-0.0146425;REVB=0.00225951;RO=36;SAF=21;SAR=24;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634922;STB=0.534868;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00753153;OID=.;OPOS=25777062;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:24:21:14:22:24:21:14:22 chr6 25813150 . G A 816.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000476777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.88;QD=57.3131;RBI=0.00680371;REFB=0;REVB=0.00678699;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00266e-05;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr6 25849620 . A G 754.25 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7076;QD=56.9247;RBI=0.0867612;REFB=0;REVB=0.0867404;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885223;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr6 25914801 . G A 638.1 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.393;QD=59.3584;RBI=0.0478691;REFB=0.0250161;REVB=-0.0465508;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184086;STB=0.509799;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00119979;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:17:25:1:0:17:25:1:0 chr6 25914901 . G A 746.82 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.519;QD=63.5593;RBI=0.0200743;REFB=0;REVB=0.00218789;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70363e-05;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr6 25916979 . C A,T 707.05 PASS AF=0.0943396,0.886792;AO=5,47;DP=52;FAO=5,47;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=5,23;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00439787,0.0274506;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.884,98.786;QD=53.3619;RBI=0.019293,0.0307081;REFB=-0.167358,-0.16572;REVB=-0.0187851,-0.0137642;RO=0;SAF=5,23;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.996613,0.5102;STBP=0.062,0.522;TYPE=snp,snp;VARB=0.0575171,-0.00375278;OID=.,.;OPOS=25916979,25916979;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:52:53:0:1:5,47:5,47:0.0943396,0.886792:0,24:5,23:0:0:0,24:5,23:0:1 chr6 25967068 . C G,T 1151.84 PASS AF=0.0519481,0.948052;AO=3,72;DP=75;FAO=4,73;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=3,39;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951344,0.0271991;FXX=0.0128189;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.572,146.976;QD=59.8359;RBI=0.0295079,0.0279929;REFB=0,0;REVB=-0.0279322,-0.00661899;RO=0;SAF=3,37;SAR=0,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0863007,-0.00479898;OID=.,.;OPOS=25967068,25967068;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:75:77:0:0:3,72:4,73:0.0519481,0.948052:0,35:3,37:0:0:1,34:3,39:0:0 chr6 26027433 . G A 604.05 PASS AF=0.954545;AO=40;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0471009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.878;QD=54.9134;RBI=0.0487374;REFB=0.0536348;REVB=-0.0125235;RO=2;SAF=10;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849488;STB=0.538443;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000188825;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:40:42:0.954545:30:10:2:0:30:12:2:0 chr6 26033506 . G A 971.73 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.918;QD=58.8927;RBI=0.0181751;REFB=0;REVB=-0.0107035;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26524e-06;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:33:33:0:0 chr6 26033546 . A T 340.63 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00528448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.539;QD=18.1667;RBI=0.0371668;REFB=-0.0248878;REVB=-0.0367892;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378217;STB=0.521115;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0254167;OID=.;OPOS=26033546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:17:19:19:20:17:19:19:20 chr6 26044369 . A G 1008.36 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.029;QD=59.3151;RBI=0.0168374;REFB=0;REVB=0.0112633;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53016e-06;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr6 26045929 . T C 762.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2157;QD=56.472;RBI=0.0803157;REFB=0;REVB=-0.0361432;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112447;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:31:23:0:0 chr6 26056070 . TTG CTC,TCC,TTC 683.7 PASS AF=0.0217391,0.0434783,0.934783;AO=2,2,22;DP=46;FAO=1,2,43;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,21;FSAR=0,2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431951,-0.0374691,0.00302355;FXX=0;HRUN=2,2,3;LEN=3,2,1;MLLD=156.984,152.694,183.327;QD=59.4518;RBI=0.0538224,0.044263,0.0192284;REFB=0,0,0;REVB=0.0321097,0.0235644,0.0189892;RO=0;SAF=2,0,0;SAR=0,2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0800774,-0.03672,0.00102171;OID=.,.,.;OPOS=26056070,26056071,26056072;OREF=TTG,TG,G;OALT=CTC,CC,C;OMAPALT=CTC,TCC,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:10:46:46:0:0:2,2,22:1,2,43:0.0217391,0.0434783,0.934783:0,2,22:2,0,0:0:0:0,2,22:1,0,21:0:0 chr6 26056549 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.69;QD=57.1062;RBI=0.0233087;REFB=0;REVB=0.00636976;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96218e-05;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:17:38:0:0:17:38:0:0 chr6 26104280 . T C 714.7 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3539;QD=60.8259;RBI=0.069513;REFB=-0.0111664;REVB=-0.0654353;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177403;STB=0.50943;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000257844;OID=.;OPOS=26104280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:20:26:1:0:20:26:1:0 chr6 26108282 . C G 375.48 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.818;QD=55.6271;RBI=0.0997887;REFB=0;REVB=0.0920366;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137038;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr6 26184102 . G A 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0220809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.358;QD=13.727;RBI=0.0230947;REFB=-0.0335249;REVB=-0.00676747;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204465;STB=0.616927;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0574229;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:9:16:16:20:9:16:16:20 chr6 26199454 . C T 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0360453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.108;QD=15.1954;RBI=0.0366165;REFB=-0.0179995;REVB=0.00644227;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246747;STB=0.630871;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0253371;OID=.;OPOS=26199454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:10:4:9:8:10:4:9:9 chr6 26199822 . A G 351.29 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00441026;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.718;QD=18.015;RBI=0.00546658;REFB=-0.00527211;REVB=-0.00323003;RO=36;SAF=13;SAR=24;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162152;STB=0.612704;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00560555;OID=.;OPOS=26199822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:41:37:37:0.474359:24:13:19:17:24:13:23:18 chr6 26200083 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.607;QD=39.2066;RBI=0.0686371;REFB=0;REVB=-0.0291002;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736582;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr6 26200256 . C T 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.000902227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.304;QD=14.904;RBI=0.0365246;REFB=-0.00460886;REVB=-0.0365135;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115883;STB=0.506574;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00678632;OID=.;OPOS=26200256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:15:11:14:20:15:11:14:20 chr6 26200518 . G A 514.72 PASS AF=0.505051;AO=49;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00678522;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3615;QD=20.7966;RBI=0.0186332;REFB=-0.0108291;REVB=-0.0173539;RO=48;SAF=19;SAR=30;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319145;STB=0.506664;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0204027;OID=.;OPOS=26200518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:49:49:50:0.505051:30:19:17:31:31:19:18:31 chr6 26200677 . A G 114.18 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.112583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.61;QD=18.2688;RBI=0.114267;REFB=-0.0251973;REVB=0.0195459;RO=12;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136048;STB=0.578814;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0194513;OID=.;OPOS=26200677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:25:12:12:13:13:0.52:11:2:3:9:11:2:3:9 chr6 26205052 . G A 412.7 PASS AF=0.554054;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.0555434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5991;QD=22.308;RBI=0.0632839;REFB=0.0099796;REVB=0.030328;RO=33;SAF=31;SAR=9;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202007;STB=0.514657;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00439269;OID=.;OPOS=26205052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:33:33:40:41:0.554054:9:31:25:8:9:32:25:8 chr6 26205293 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.785;QD=43.486;RBI=0.0188838;REFB=0;REVB=-0.00155644;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111712;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr6 26205500 . C T 33.78 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0110944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9849;QD=5.87553;RBI=0.0263431;REFB=-0.00906281;REVB=-0.0238929;RO=17;SAF=4;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281448;STB=0.726411;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00958728;OID=.;OPOS=26205500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:23:23:17:17:5:6:0.26087:1:4:10:7:1:5:10:7 chr6 26205517 . T C 54.04 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0357602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4747;QD=9.00648;RBI=0.0563238;REFB=0.0126975;REVB=-0.0435153;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199998;STB=0.543368;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0252491;OID=.;OPOS=26205517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:13:16:7:8:0.333333:2:5:7:6:3:5:9:7 chr6 26205604 . C T 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00810752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.723;QD=11.2146;RBI=0.00894802;REFB=-0.0136996;REVB=0.00378619;RO=33;SAF=12;SAR=4;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11611;STB=0.569528;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.028056;OID=.;OPOS=26205604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:4:12:22:11:4:12:22:11 chr6 26205718 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0140377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.518;QD=16.9316;RBI=0.0200497;REFB=-0.0167625;REVB=-0.0143155;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731013;STB=0.542183;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0160142;OID=.;OPOS=26205718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:6:6:5:7:6:6 chr6 26205939 . A AG 173.06 PASS AF=0.434211;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0123561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.0967;QD=9.1084;RBI=0.0358852;REFB=0.00640049;REVB=0.0336908;RO=45;SAF=18;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725914;STB=0.510165;STBP=0.905;TYPE=ins;VARB=-0.0192334;OID=.;OPOS=26205940;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434211:32:78:33:76:43:19:14:24:19:99:45:18:14:25:20 chr6 26206074 . C A 50.17 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0111538;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.654;QD=11.1496;RBI=0.0557365;REFB=-0.00876156;REVB=-0.0546091;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263346;STB=0.516083;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0123141;OID=.;OPOS=26206074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:19:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:5:6:4:3:5:6 chr6 26216584 . C T 360.23 PASS AF=0.506667;AO=36;DP=73;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.01263;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.381;QD=19.2121;RBI=0.0142806;REFB=-0.00851595;REVB=0.0066649;RO=36;SAF=23;SAR=13;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834821;STB=0.538442;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0116621;OID=.;OPOS=26216584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:36:37:36:38:0.506667:13:23:26:10:14:24:26:11 chr6 26234883 . A G 277.7 PASS AF=0.508475;AO=28;DP=57;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0270513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.765;QD=18.8269;RBI=0.0298883;REFB=-0.0286059;REVB=0.0127099;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836955;STB=0.541639;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0239693;OID=.;OPOS=26234883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:29:29:28:30:0.508475:17:11:14:15:18:12:14:15 chr6 26234952 . A G 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0440166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.103;QD=20.5999;RBI=0.0447236;REFB=-0.00137111;REVB=0.00792073;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888256;STB=0.537238;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00201024;OID=.;OPOS=26234952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:11:9:10:8:11:9:10:9 chr6 26240752 . C T 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0267781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.936;QD=29.7802;RBI=0.0514583;REFB=-0.00128776;REVB=-0.0439418;RO=4;SAF=12;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382555;STB=0.719563;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000316767;OID=.;OPOS=26240752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:1:12:2:2:1:12:2:2 chr6 26285560 . A G 1065.77 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030335;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.054;QD=60.0432;RBI=0.0368405;REFB=0;REVB=0.0209048;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30897e-05;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:36:35:0:0 chr6 26285683 . T C 593.77 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0951342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.829;QD=60.8998;RBI=0.097082;REFB=0;REVB=0.0193493;RO=0;SAF=4;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7801e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260737;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:33:4:0:0:33:6:0:0 chr6 26285744 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.178;QD=19.6461;RBI=0.0129133;REFB=-0.0277359;REVB=0.0129133;RO=8;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131759;OID=.;OPOS=26285744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:11:0:0:8:11:0:0:8 chr6 26286744 . C T 911.55 PASS AF=0.929577;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.029894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6414;QD=51.3551;RBI=0.0637231;REFB=0.0543191;REVB=-0.0562759;RO=3;SAF=38;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035849;STB=0.530855;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0126638;OID=.;OPOS=26286744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:71:71:3:5:66:66:0.929577:28:38:3:0:28:38:5:0 chr6 26286838 . TTCT TT,TTCC,TTT,TTTC,TTTT 750.5 PASS AF=0,0.0178571,0.785714,0,0.196429;AO=6,3,13,5,9;DP=56;FAO=0,1,44,0,11;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,6,0,2;FSAR=0,0,38,0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883434,0.0808733,0.0785774,0.0767627,0.0660968;FXX=0.0175408;HRUN=1,1,1,1,1;LEN=2,1,1,2,1;MLLD=213.756,203.517,217.449,213.637,215.783;QD=53.6073;RBI=0.0886504,0.0815266,0.0789902,0.0773414,0.0666374;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.00737135,-0.0103001,-0.00806494,-0.00944379,-0.00847067;RO=0;SAF=0,2,0,0,2;SAR=6,1,13,5,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,mnp,snp;VARB=0.00684024,-0.0259675,-0.000911948,-0.0122722,-0.00206081;OID=.,.,.,.,.;OPOS=26286839,26286841,26286840,26286840,26286840;OREF=TC,T,C,CT,C;OALT=-,C,-,TC,T;OMAPALT=TT,TTCC,TTT,TTTC,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/5:0,0.0178571,0.785714,0,0.196429:6,3,13,5,9:56:0,1,44,0,11:56:0:0,1,6,0,2:0,0,38,0,9:0:0:18:0:0,2,0,0,2:6,1,13,5,7:0:0 chr6 26299895 . A C 553.85 PASS AF=0.4;AO=64;DP=162;FAO=64;FDP=160;FR=.;FRO=96;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=-0.00640804;FXX=0.0123449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.681;QD=13.8462;RBI=0.0165051;REFB=-0.0186851;REVB=-0.0152104;RO=94;SAF=41;SAR=23;SRF=54;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740604;STB=0.543033;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0225421;OID=.;OPOS=26299895;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:94:96:64:64:0.4:23:41:54:40:23:41:55:41 chr6 26299900 . C G,T 2235.1 PASS AF=0.0679012,0.919753;AO=11,139;DP=153;FAO=11,149;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=10,86;FSAR=1,63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00540522,0.010796;FXX=0.0299383;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.875,56.9047;QD=55.1876;RBI=0.0200806,0.0635958;REFB=-0.0353355,-0.146101;REVB=-0.0193395,-0.0626728;RO=2;SAF=10,81;SAR=1,58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.253844,0.00229292;STB=0.644841,0.501047;STBP=0.177,0.856;TYPE=snp,snp;VARB=0.0675745,0.00176045;OID=.,.;OPOS=26299900,26299900;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:153:162:2:2:11,139:11,149:0.0679012,0.919753:1,58:10,81:1:1:1,63:10,86:1:1 chr6 26299901 . G T 48.95 PASS AF=0.0872093;AO=14;DP=171;FAO=15;FDP=172;FR=.;FRO=157;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=92;FSRR=65;FWDB=-0.0279289;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.8704;QD=1.13843;RBI=0.0350994;REFB=-0.00666386;REVB=0.0212589;RO=157;SAF=8;SAR=6;SRF=92;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170089;STB=0.548526;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0108119;OID=.;OPOS=26299901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:171:172:157:157:14:15:0.0872093:6:8:92:65:7:8:92:65 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 343.88 PASS AF=0.653061;AO=30;DP=50;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.000468082;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=16;MLLD=339.966;QD=28.0722;RBI=0.00579619;REFB=-0.007515;REVB=0.00577726;RO=17;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175012;STB=0.582098;STBP=0.139;TYPE=ins;VARB=0.00274738;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653061:30:50:32:49:17:17:15:13:4:99:17:15:15:13:4 chr6 26305796 . C T 576.84 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.000818491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3305;QD=52.4396;RBI=0.0302317;REFB=-0.0366072;REVB=-0.0302207;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.543457;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0155965;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:44:1:4:40:40:0.909091:21:19:0:1:21:19:0:4 chr6 26305801 . C G 673.87 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295881;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.275;QD=62.6857;RBI=0.038335;REFB=0;REVB=0.0243744;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196381;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr6 26311417 . GCAGGA G 90.09 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00678538;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=310.669;QD=7.66741;RBI=0.00747014;REFB=-0.00483966;REVB=0.00312436;RO=34;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284477;STB=0.670285;STBP=0.185;TYPE=del;VARB=0.0184671;OID=.;OPOS=26311418;OREF=CAGGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319:12:47:12:47:35:9:3:19:16:90:34:9:3:18:16 chr6 26311503 . G A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.012053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.937;QD=13.0887;RBI=0.0167243;REFB=-0.0123801;REVB=0.0115943;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870561;STB=0.550956;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.01236;OID=.;OPOS=26311503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:14:13:9:7:14:13 chr6 26319404 . G A 447.89 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0112461;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.384;QD=23.5734;RBI=0.0112791;REFB=0.00136669;REVB=0.000862163;RO=33;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141392;STB=0.507765;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00113489;OID=.;OPOS=26319404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:33:33:43:43:0.565789:24:19:14:19:24:19:14:19 chr6 26323033 . A G 292.34 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.00505402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.924;QD=11.4642;RBI=0.0406673;REFB=-0.0140076;REVB=-0.0403521;RO=64;SAF=24;SAR=12;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258389;STB=0.648923;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0204386;OID=.;OPOS=26323033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:66:36:36:0.352941:12:24:28:36:12:24:29:37 chr6 26323125 . A T 526.08 PASS AF=0.4;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=-0.0978057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9893;QD=14.5124;RBI=0.103224;REFB=-0.015908;REVB=-0.0330027;RO=82;SAF=28;SAR=30;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135864;STB=0.555431;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0305105;OID=.;OPOS=26323125;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:82:87:58:58:0.4:30:28:29:53:30:28:34:53 chr6 26327814 . T C 1264.43 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.349;QD=61.6794;RBI=0.015451;REFB=0;REVB=0.010489;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37416e-06;OID=.;OPOS=26327814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:41:39:0:0:42:40:0:0 chr6 26328365 . A G 2140.43 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.151;QD=62.9537;RBI=0.0325398;REFB=0;REVB=-0.0182641;RO=0;SAF=78;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3218e-06;OID=.;OPOS=26328365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:57:78:0:0:57:79:0:0 chr6 26466225 . A C 972.53 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030632;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6965;QD=58.9411;RBI=0.0408052;REFB=0;REVB=-0.0269583;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000436844;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:27:37:0:0:27:39:0:0 chr6 26501897 . T C 860.41 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00662044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.958;QD=57.361;RBI=0.00698639;REFB=0;REVB=0.00223144;RO=0;SAF=16;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04735e-05;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:43:16:0:0:44:16:0:0 chr6 26505362 . G A 637.82 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6698;QD=59.3323;RBI=0.0283511;REFB=-0.000929553;REVB=-0.0221876;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208513;STB=0.511106;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000391025;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:41:42:0.976744:22:19:0:1:22:20:0:1 chr6 26505403 . C A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0827245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.256;QD=55.6546;RBI=0.0847955;REFB=0;REVB=0.0186258;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000472663;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr6 26509330 . C G 746.25 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4136;QD=63.5104;RBI=0.00892163;REFB=0;REVB=0.00834417;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24051e-05;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr6 26521435 . C G 1971.86 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000356556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.869;QD=62.1057;RBI=0.044636;REFB=0;REVB=0.0446346;RO=0;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50187e-05;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:125:127:1:60:65:0:0:62:65:0:0 chr6 26521520 . T C 1646.14 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.299;QD=58.7907;RBI=0.0387082;REFB=-0.0702346;REVB=0.0114232;RO=1;SAF=38;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123279;STB=0.506492;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000401048;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:110:111:0.991071:72:38:1:0:73:38:1:0 chr6 26538268 . T C 663.31 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253228;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.08;QD=61.7036;RBI=0.113971;REFB=0;REVB=0.111122;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305361;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:18:25:0:0 chr6 26545632 . G A 435.72 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6632;QD=54.4651;RBI=0.0529196;REFB=-0.0773179;REVB=-0.0267349;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00423551;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:19:12:0:1:19:12:0:1 chr6 26546048 . C T 678.52 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0055964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.865;QD=60.3124;RBI=0.0120596;REFB=-0.151323;REVB=0.0106824;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.51219;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000364139;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:45:0:1:44:44:0.977778:20:24:0:0:20:24:0:1 chr6 26546808 . T C 666.69 PASS AF=0.956522;AO=42;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0737828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.084;QD=57.9729;RBI=0.076576;REFB=-0.0199356;REVB=0.0204933;RO=2;SAF=12;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719999;STB=0.535698;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00227006;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:42:44:0.956522:30:12:2:0:31:13:2:0 chr6 26553815 . C G 365.0 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0767863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6416;QD=52.1429;RBI=0.0804537;REFB=0.0263563;REVB=0.024014;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00160596;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:1:0:15:12:1:0 chr6 26555484 . A G 901.71 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0233566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4346;QD=53.8335;RBI=0.0821026;REFB=-0.0546773;REVB=0.0787103;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149923;STB=0.52307;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00116773;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:67:1:3:64:64:0.955224:31:33:0:1:31:33:0:3 chr6 26556769 . G T 1251.09 PASS AF=0.955056;AO=84;DP=89;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0307369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.935;QD=56.2286;RBI=0.0637984;REFB=-0.157797;REVB=0.055906;RO=4;SAF=58;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00600231;STB=0.502963;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00188565;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:89:4:4:84:85:0.955056:26:58:3:1:26:59:3:1 chr6 26572165 . G T 599.79 PASS AF=0.955556;AO=33;DP=46;FAO=43;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.165308;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.563;QD=53.3142;RBI=0.165906;REFB=-0.0744568;REVB=-0.0140672;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444293;STB=0.526303;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00125446;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:45:1:2:33:43:0.955556:23:10:1:0:25:18:2:0 chr6 26575798 . CT C 1456.91 PASS AF=1;AO=129;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0764696;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.2838;QD=42.5375;RBI=0.164209;REFB=0;REVB=-0.145317;RO=0;SAF=68;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00164881;OID=.;OPOS=26575799;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:129:137:137:137:0:73:64:0:0:27:0:68:61:0:0 chr6 26577326 . C A 1702.32 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0155459;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.8;QD=59.7306;RBI=0.0878353;REFB=-0.036332;REVB=0.0864486;RO=1;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759727;STB=0.503999;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000307689;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:114:1:1:113:113:0.991228:62:51:0:1:62:51:0:1 chr6 26577370 . C T 2269.89 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.948;QD=63.4935;RBI=0.0370123;REFB=0;REVB=0.0331312;RO=0;SAF=68;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15809e-05;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:141:143:1:73:68:0:0:74:69:0:0 chr6 26595168 . T C 1663.03 PASS AF=0.99115;AO=102;DP=104;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0518748;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7466;QD=58.8683;RBI=0.0524389;REFB=-0.0474128;REVB=-0.00767061;RO=1;SAF=43;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109059;STB=0.504672;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000646522;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:104:113:1:1:102:112:0.99115:59:43:1:0:59:53:1:0 chr6 26597333 . A G 1066.19 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0032891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.222;QD=58.4212;RBI=0.0221867;REFB=-0.124248;REVB=0.0219416;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.505616;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000406923;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:44:28:0:0:44:28:0:1 chr6 26598188 . A G 1320.24 PASS AF=0.970874;AO=80;DP=102;FAO=100;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0181483;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.8319;QD=51.2714;RBI=0.0788974;REFB=-0.0778283;REVB=-0.0767817;RO=3;SAF=47;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178651;STB=0.506365;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00101941;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:102:103:3:3:80:100:0.970874:33:47:1:2:45:55:1:2 chr6 26687523 . G A 303.81 PASS AF=0.232323;AO=45;DP=199;FAO=46;FDP=198;FR=.;FRO=152;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=84;FSRR=68;FWDB=-0.0236488;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3715;QD=6.13752;RBI=0.0501954;REFB=-0.00802203;REVB=-0.0442754;RO=148;SAF=26;SAR=19;SRF=83;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218778;STB=0.5098;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0168902;OID=.;OPOS=26687523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:148:152:45:46:0.232323:19:26:83:65:20:26:84:68 chr6 26752665 . CT C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.562;QD=35.5759;RBI=0.0399656;REFB=0;REVB=0.0399656;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000561605;OID=.;OPOS=26752666;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:7:7:7:0:0:7:0:0:4:0:0:7:0:0 chr6 26752682 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.116;QD=39.2068;RBI=0.0274064;REFB=0;REVB=0.0274064;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038304;OID=.;OPOS=26752682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr6 26752711 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.064;QD=43.4856;RBI=0.0517016;REFB=0;REVB=0.0419842;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36807e-05;OID=.;OPOS=26752711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr6 26758631 . AT GC 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0286813;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.9;QD=30.7904;RBI=0.0339775;REFB=-0.000534729;REVB=0.0182169;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286738;STB=0.666169;STBP=0.095;TYPE=mnp;VARB=-0.000244012;OID=.;OPOS=26758631;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:1:7:0:1:1:7:0:1 chr6 26758634 . ATGC TCAA 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029723;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=201.771;QD=37.4885;RBI=0.0721198;REFB=0;REVB=-0.06571;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000722244;OID=.;OPOS=26758634;OREF=ATGC;OALT=TCAA;OMAPALT=TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr6 27108297 . AT A,TA 37.51 PASS AF=0.34375,0.0625;AO=12,2;DP=32;FAO=11,2;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4,2;FSAR=7,0;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0779858,-0.0123516;FXX=0;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=7.50393,119.485;QD=4.68831;RBI=0.162307,0.0343334;REFB=-0.0846285,-0.00197864;REVB=0.142344,-0.0320347;RO=15;SAF=5,2;SAR=7,0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0484683,0.554201;STB=0.572193,0.994802;STBP=0.518,0.173;TYPE=del,mnp;VARB=0.0728352,-0.0729295;OID=.,.;OPOS=27108298,27108297;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:32:32:15:19:12,2:11,2:0.34375,0.0625:7,0:5,2:7:8:7,0:4,2:9:10 chr6 27125987 . T C 165.76 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0036291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.233;QD=7.98839;RBI=0.00363402;REFB=-0.00483796;REVB=-0.000188988;RO=60;SAF=15;SAR=8;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12883;STB=0.577489;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0132995;OID=.;OPOS=27125987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:60:23:23:0.277108:8:15:33:27:8:15:33:27 chr6 27181609 . AG A,AA 490.25 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=5,29;DP=34;FAO=4,30;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339604,-0.00441883;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.929,220.394;QD=57.676;RBI=0.0350419,0.0341473;REFB=0,0;REVB=0.0348769,0.0338602;RO=0;SAF=2,17;SAR=3,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.0947e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00582308,0.00131965;OID=.,.;OPOS=27181610,27181610;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.117647,0.882353:5,29:34:4,30:34:0:2,17:2,13:0:0:10:0:2,17:3,12:0:0 chr6 27181701 . T C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5243;QD=60.6074;RBI=0.0122859;REFB=0;REVB=0.0100777;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150108;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr6 27277402 . C T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.016311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.503;QD=55.0099;RBI=0.0218439;REFB=-0.0351509;REVB=-0.0145295;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000253934;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:0:1:18:14:0:1 chr6 27279852 . T C 654.86 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130223;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.003;QD=62.3676;RBI=0.0139959;REFB=0;REVB=-0.00512897;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9036e-05;OID=.;OPOS=27279852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:43:42:1:19:24:0:0:19:23:0:0 chr6 27327349 . C G 1135.52 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2634;QD=60.5613;RBI=0.0500246;REFB=0;REVB=0.0216837;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469014;OID=.;OPOS=27327349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:43:31:0:0:44:31:0:0 chr6 27356867 . A G 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.018;QD=57.2356;RBI=0.0138005;REFB=0;REVB=0.00432601;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56099e-05;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr6 27618731 . G T 454.77 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=0.0197186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.078;QD=19.9898;RBI=0.0201754;REFB=-0.0124438;REVB=-0.00426907;RO=46;SAF=19;SAR=26;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199297;STB=0.609686;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0128023;OID=.;OPOS=27618731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:26:19:10:36:26:19:10:36 chr6 27636354 . A G 223.56 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0159795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9179;QD=12.7751;RBI=0.038205;REFB=-0.0207254;REVB=-0.0347027;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473053;STB=0.527136;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0557495;OID=.;OPOS=27636354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:15:12:21:22:15:12:21:22 chr6 27636378 . C T 240.58 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0729415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.032;QD=13.5537;RBI=0.0735088;REFB=-0.00115153;REVB=0.00911464;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313014;STB=0.565441;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0027091;OID=.;OPOS=27636378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:42:27:28:0.394366:17:10:14:21:17:11:21:21 chr6 27648894 . C T 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0177093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.937;QD=26.6164;RBI=0.0192061;REFB=-0.014485;REVB=0.00743327;RO=21;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777283;STB=0.542907;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00921583;OID=.;OPOS=27648894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:15:14:8:13:15:14:8:13 chr6 27648908 . C G 331.44 PASS AF=0.58;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00226329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.258;QD=26.5149;RBI=0.00417958;REFB=0.0100838;REVB=0.00351375;RO=21;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184196;STB=0.502761;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00691064;OID=.;OPOS=27648908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:21:28:29:0.58:14:14:10:11:15:14:10:11 chr6 27650521 . C T 398.66 PASS AF=0.590909;AO=38;DP=63;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0102436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1089;QD=24.1615;RBI=0.0582852;REFB=-0.0213804;REVB=-0.0573779;RO=25;SAF=20;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335499;STB=0.523352;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00852279;OID=.;OPOS=27650521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:25:27:38:39:0.590909:18:20:12:13:18:21:13:14 chr6 27655994 . T G 373.42 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0194904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.398;QD=15.3988;RBI=0.0226269;REFB=-0.00718605;REVB=-0.0114934;RO=57;SAF=23;SAR=17;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141611;STB=0.579991;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00840986;OID=.;OPOS=27655994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:17:23:25:32:17:23:25:32 chr6 27694460 . A G 63.71 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0187753;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.009;QD=6.88795;RBI=0.0188075;REFB=-0.0130245;REVB=-0.00110061;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149962;STB=0.59503;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0402797;OID=.;OPOS=27694460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:40:37:28:28:9:9:0.243243:4:5:12:16:4:5:12:16 chr6 27721167 . A G 153.16 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00207343;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=46.2285;QD=11.5594;RBI=0.0267493;REFB=-0.0127981;REVB=-0.0266688;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243515;STB=0.657371;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0278913;OID=.;OPOS=27721167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:34:19:19:0.358491:12:7:18:12:12:7:21:13 chr6 27792221 . C T 435.87 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0172489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.845;QD=49.8139;RBI=0.0470028;REFB=-0.125;REVB=0.0437235;RO=3;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169279;STB=0.509085;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.011582;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:35:35:3:3:32:32:0.914286:18:14:1:2:18:14:1:2 chr6 27792228 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.473;QD=59.4349;RBI=0.0181288;REFB=0;REVB=0.0122258;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20665e-05;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr6 28180904 . A G 289.19 PASS AF=0.354167;AO=33;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.015787;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.602;QD=12.0498;RBI=0.0286017;REFB=-0.0154204;REVB=-0.0238502;RO=61;SAF=9;SAR=24;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116276;STB=0.556927;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0311677;OID=.;OPOS=28180904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:62:33:34:0.354167:24:9:22:39:24:10:23:39 chr6 28227436 . A G 698.07 PASS AF=0.523077;AO=69;DP=131;FAO=68;FDP=130;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=-0.000985771;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.812;QD=21.4791;RBI=0.0111422;REFB=-0.024378;REVB=-0.0110985;RO=61;SAF=26;SAR=43;SRF=16;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107677;STB=0.549162;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0199378;OID=.;OPOS=28227436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:61:62:69:68:0.523077:43:26:16:45:43:25:17:45 chr6 28228342 . A G 488.6 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.163;QD=55.8403;RBI=0.0329012;REFB=-0.121677;REVB=0.0279525;RO=1;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365686;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:35:1:0:32:35:1:10:22:0:1:12:23:0:0 chr6 28239932 . T TG 220.16 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.2499;QD=41.9359;RBI=0.082177;REFB=0;REVB=0.0808378;RO=5;SAF=12;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128251;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00476033;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:25:21:21:0:14:7:0:0:4:5:12:7:3:2 chr6 28264692 . C G 267.35 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0160802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.752;QD=18.4382;RBI=0.0341893;REFB=-0.0110354;REVB=-0.0301717;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619243;STB=0.534582;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0103331;OID=.;OPOS=28264692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:14:15:17:12:14:15:17:12 chr6 28264717 . C T 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0038001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.983;QD=17.9428;RBI=0.00453836;REFB=-0.0222981;REVB=0.00248112;RO=29;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792731;STB=0.544399;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0254511;OID=.;OPOS=28264717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:15:13:16:13:15:13:16:13 chr6 28269663 . A G 559.57 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0194024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.971;QD=23.5609;RBI=0.0380526;REFB=-0.0427656;REVB=-0.0327346;RO=42;SAF=29;SAR=23;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143255;STB=0.583469;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0340358;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:43:52:52:0.547368:23:29:16:26:23:29:16:27 chr6 28270047 . C G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0184951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1045;QD=15.7004;RBI=0.0184977;REFB=-0.0320719;REVB=0.000308355;RO=19;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157146;STB=0.509079;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0370503;OID=.;OPOS=28270047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:12:3:4:15:12:3:4:15 chr6 28294550 . T C 323.11 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=46;FWDB=0.0001579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.137;QD=12.7964;RBI=0.00121701;REFB=-0.00890552;REVB=0.00120672;RO=63;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148962;STB=0.584374;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0131487;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:63:38:38:0.376238:23:15:17:46:23:15:17:46 chr6 28328391 . CTT C 162.97 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0140832;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=43.7296;QD=13.3037;RBI=0.0158863;REFB=0.00454869;REVB=0.007351;RO=23;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197977;STB=0.638771;STBP=0.061;TYPE=del;VARB=-0.00403281;OID=.;OPOS=28328392;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489796:23:49:24:49:25:16:8:10:15:99:23:15:8:10:13 chr6 28328683 . G A 635.06 PASS AF=0.5;AO=64;DP=128;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.020311;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.732;QD=19.8457;RBI=0.0207581;REFB=-0.0269355;REVB=-0.00428488;RO=64;SAF=31;SAR=33;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084827;STB=0.546769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0218769;OID=.;OPOS=28328683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:64:64:64:64:0.5:33:31:37:27:33:31:37:27 chr6 28329037 . C G 128.1 PASS AF=0.484848;AO=12;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0198442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8281;QD=15.527;RBI=0.1263;REFB=-0.0389015;REVB=0.124732;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329969;STB=0.719176;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0522914;OID=.;OPOS=28329037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:12:16:0.484848:6:6:14:3:10:6:14:3 chr6 28331127 . AA GC 211.0 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0302512;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=2;MLLD=202.264;QD=25.5762;RBI=0.0308425;REFB=-0.0355117;REVB=0.00601048;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266373;STB=0.514836;STBP=0.855;TYPE=mnp;VARB=0.0255049;OID=.;OPOS=28331127;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:13:13:20:20:0.606061:13:7:5:8:13:7:5:8 chr6 28333396 . T C 295.93 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0239868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.62;QD=20.4092;RBI=0.0253853;REFB=-0.0196642;REVB=0.00830967;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157623;STB=0.501113;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0161984;OID=.;OPOS=28333396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:27:30:31:0.534483:15:15:13:14:16:15:13:14 chr6 28358320 . A G 489.2 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0100329;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.87;QD=16.869;RBI=0.0112006;REFB=-0.0273781;REVB=0.00497948;RO=61;SAF=19;SAR=34;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224769;STB=0.63349;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.030987;OID=.;OPOS=28358320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:61:63:53:53:0.456897:34:19:36:25:34:19:38:25 chr6 28358335 . G C 497.48 PASS AF=0.5;AO=51;DP=103;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0286533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.63;QD=19.1338;RBI=0.0339026;REFB=-0.0104058;REVB=0.0181212;RO=51;SAF=18;SAR=33;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249323;STB=0.645033;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00580621;OID=.;OPOS=28358335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:51:52:51:52:0.5:33:18:32:19:34:18:33:19 chr6 28358893 . T C 368.45 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.03827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3783;QD=19.3919;RBI=0.0388641;REFB=-0.00645695;REVB=0.00676956;RO=36;SAF=16;SAR=22;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943244;STB=0.553044;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.013727;OID=.;OPOS=28358893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:38:38:38:0.5:22:16:19:17:22:16:20:18 chr6 28359170 . A G 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0448215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.24;QD=12.4662;RBI=0.0463436;REFB=-0.0282222;REVB=0.0117797;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107793;STB=0.553792;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0375247;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:12:8:16:16:12:8:16:17 chr6 28402260 . T C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0362898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.232;QD=15.2929;RBI=0.0483459;REFB=0.00721402;REVB=-0.0319434;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22915;STB=0.636033;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0151564;OID=.;OPOS=28402260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:5:4:2:7:5:4 chr6 28456854 . A G 110.41 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0388554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.701;QD=15.2288;RBI=0.0434381;REFB=-0.0225018;REVB=0.0194199;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522596;STB=0.530339;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0472847;OID=.;OPOS=28456854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:7:9:8:5:7:9 chr6 28483482 . A C 410.34 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00415247;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.58;QD=18.2372;RBI=0.0150771;REFB=-0.00431102;REVB=-0.014494;RO=46;SAF=23;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044852;STB=0.51437;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0040375;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:48:42:42:0.466667:19:23:23:23:19:23:25:23 chr6 28542424 . G A 115.17 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0061802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.893;QD=10.7137;RBI=0.0261492;REFB=-0.0180554;REVB=-0.0254084;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214125;STB=0.627274;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0601559;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:18:11:8:6:18:11 chr6 28542520 . C T 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0244777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.624;QD=9.26749;RBI=0.025391;REFB=-0.013132;REVB=0.00674895;RO=45;SAF=9;SAR=12;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1711;STB=0.607494;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0256456;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:46:21:21:0.313433:12:9:26:19:12:9:27:19 chr6 28601934 . A T 689.18 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7606;QD=62.6529;RBI=0.0545457;REFB=0;REVB=0.0164567;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433841;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr6 28616066 . T A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.746;QD=58.7806;RBI=0.0309954;REFB=0;REVB=0.0309552;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00742e-05;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr6 28626098 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3771;QD=60.6098;RBI=0.0405496;REFB=0;REVB=-0.0357118;RO=0;SAF=4;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70097e-05;OID=.;OPOS=28626098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:34:4:0:0:34:4:0:0 chr6 28641689 . A G 111.37 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0476444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6812;QD=15.9096;RBI=0.0488489;REFB=-0.0206837;REVB=-0.0107809;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199351;STB=0.615207;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0119878;OID=.;OPOS=28641689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:6:9:5:8:6:9 chr6 28663703 . G GA 168.14 PASS AF=0.586207;AO=27;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.261558;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.6276;QD=11.5961;RBI=0.296887;REFB=0.00455147;REVB=-0.14046;RO=28;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191183;STB=0.507183;STBP=0.904;TYPE=ins;VARB=0.0158543;OID=.;OPOS=28663704;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586207:27:58:34:58:24:15:19:11:13:87:28:9:18:15:13 chr6 28663716 . A G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.65;QD=58.0595;RBI=0.0540232;REFB=0;REVB=-0.00501855;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210754;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr6 28663750 . A G 442.63 PASS AF=0.609375;AO=36;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00796757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9254;QD=27.6646;RBI=0.0715221;REFB=-0.0755359;REVB=-0.0710769;RO=18;SAF=13;SAR=23;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190498;STB=0.602356;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0146898;OID=.;OPOS=28663750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:18:19:36:39:0.609375:23:13:12:6:26:13:12:7 chr6 28663754 . T C 885.37 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6916;QD=58.057;RBI=0.0840484;REFB=0;REVB=0.0276537;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547577;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:39:21:0:0:40:21:0:0 chr6 28678357 . T C 322.33 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00293986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1935;QD=49.5894;RBI=0.0204887;REFB=-0.0602302;REVB=0.0202767;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.517228;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00225198;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:1:1:24:25:0.961538:11:13:1:0:11:14:1:0 chr6 28687469 . G A 55.43 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0246983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5368;QD=11.0863;RBI=0.0257357;REFB=-0.0196622;REVB=0.00723305;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319996;STB=0.699399;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0134548;OID=.;OPOS=28687469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:12:12:8:8:0.4:1:7:8:4:1:7:8:4 chr6 28687542 . T C 387.77 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.539;QD=55.3958;RBI=0.0711849;REFB=0;REVB=0.0622614;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302355;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:14:12:0:0:16:12:0:0 chr6 28697086 . C T 182.1 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00366587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.969;QD=16.9397;RBI=0.0233559;REFB=-0.00667881;REVB=-0.0230664;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439952;STB=0.50859;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0119585;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:10:9:11:12:10:9:11:13 chr6 28703244 . T C 273.03 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=104;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.00140968;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.007;QD=10.501;RBI=0.0060284;REFB=-0.00979769;REVB=0.00586127;RO=68;SAF=24;SAR=11;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189098;STB=0.615316;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0206607;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:69:35:35:0.336538:11:24:36:32:11:24:36:33 chr6 28703281 . T C 194.05 PASS AF=0.27957;AO=26;DP=93;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.022619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.409;QD=8.34631;RBI=0.0265069;REFB=-0.0122091;REVB=0.0138201;RO=66;SAF=10;SAR=16;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158504;STB=0.599923;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0199468;OID=.;OPOS=28703281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:66:67:26:26:0.27957:16:10:34:32:16:10:35:32 chr6 28715604 . G C 439.03 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0579509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0194;QD=15.821;RBI=0.0579557;REFB=0.0149238;REVB=0.00074693;RO=62;SAF=27;SAR=22;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671734;STB=0.537595;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0273707;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:62:49:49:0.441441:22:27:30:32:22:27:30:32 chr6 28758580 . TTTG T 282.16 PASS AF=0.52;AO=34;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0333066;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=3;MLLD=225.797;QD=15.0486;RBI=0.0339969;REFB=0.000424367;REVB=0.0068159;RO=29;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888296;STB=0.570576;STBP=0.243;TYPE=del;VARB=-0.000390007;OID=.;OPOS=28758581;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:34:75:39:75:36:14:25:18:18:99:29:14:20:15:14 chr6 28770596 . A AC 194.38 PASS AF=0.534483;AO=29;DP=61;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.14584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.7907;QD=13.4058;RBI=0.158712;REFB=-0.014044;REVB=-0.0626105;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146367;STB=0.533312;STBP=0.622;TYPE=ins;VARB=0.0245979;OID=.;OPOS=28770597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534483:29:61:31:58:27:16:15:12:15:99:30:14:15:14:16 chr6 28775664 . C T 702.2 PASS AF=0.605505;AO=66;DP=109;FAO=66;FDP=109;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00202407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.645;QD=25.7689;RBI=0.0158093;REFB=-0.0171672;REVB=0.0156792;RO=43;SAF=32;SAR=34;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699753;STB=0.538023;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0117326;OID=.;OPOS=28775664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:43:43:66:66:0.605505:34:32:25:18:34:32:25:18 chr6 28779933 . G A 318.84 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0651969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.171;QD=26.57;RBI=0.069791;REFB=-0.0220988;REVB=0.0249027;RO=19;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137955;STB=0.587024;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00828861;OID=.;OPOS=28779933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:20:28:28:0.583333:17:11:11:8:17:11:12:8 chr6 28785085 . C T 507.59 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3776;QD=58.0105;RBI=0.0587884;REFB=0;REVB=0.00015237;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100691;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr6 28791134 . G A 65.68 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0246256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.946;QD=4.45278;RBI=0.0330877;REFB=-0.0070139;REVB=-0.0220991;RO=47;SAF=3;SAR=8;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368293;STB=0.746551;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0350743;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:58:59:47:48:11:11:0.186441:8:3:27:20:8:3:28:20 chr6 28791150 . A C 101.84 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0208557;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8471;QD=5.81923;RBI=0.0239521;REFB=0.00209552;REVB=-0.0117789;RO=54;SAF=6;SAR=10;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243246;STB=0.651222;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00996495;OID=.;OPOS=28791150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:10:6:31:23:10:6:31:23 chr6 28806218 . G A 112.93 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0146238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8411;QD=17.3741;RBI=0.118495;REFB=0.0137332;REVB=0.117589;RO=13;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167044;STB=0.596854;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.0088902;OID=.;OPOS=28806218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:3:10:8:5:3:10:8:5 chr6 28849157 . T C 476.48 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0159308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.981;QD=17.0172;RBI=0.0562782;REFB=0.00137616;REVB=-0.0539764;RO=55;SAF=34;SAR=18;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360249;STB=0.54998;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0011055;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:60:52:52:0.464286:18:34:34:21:18:34:34:26 chr6 28911802 . G A 302.02 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0277515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0258;QD=19.4854;RBI=0.0466478;REFB=-0.025024;REVB=0.0374949;RO=29;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12549;STB=0.578044;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0253587;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:19:13:16:13:19:13:17:13 chr6 28912076 . C T 214.41 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0030284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.771;QD=12.8008;RBI=0.0246051;REFB=-0.0168309;REVB=0.024418;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416548;STB=0.505296;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0232298;OID=.;OPOS=28912076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:41:26:26:0.38806:15:11:15:24:15:11:17:24 chr6 28945522 . C T 479.19 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0170428;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.627;QD=18.9779;RBI=0.0176756;REFB=-0.014645;REVB=-0.00468743;RO=51;SAF=22;SAR=28;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798749;STB=0.504423;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0148434;OID=.;OPOS=28945522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:51:51:50:50:0.49505:28:22:22:29:28:22:22:29 chr6 28963248 . T G 900.7 PASS AF=0.565517;AO=82;DP=146;FAO=82;FDP=145;FR=.;FRO=63;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0114831;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.46;QD=24.8468;RBI=0.0122282;REFB=-0.00402431;REVB=-0.00420303;RO=62;SAF=51;SAR=31;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737946;STB=0.537304;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00358069;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:62:63:82:82:0.565517:31:51:33:29:31:51:34:29 chr6 29012067 . C T 580.78 PASS AF=0.446043;AO=61;DP=138;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00477558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1572;QD=16.713;RBI=0.0620751;REFB=0.00666409;REVB=-0.0618911;RO=77;SAF=35;SAR=26;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549521;STB=0.517965;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0145767;OID=.;OPOS=29012067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:77:77:61:62:0.446043:26:35:40:37:27:35:41:36 chr6 29012116 . G A 684.89 PASS AF=0.472603;AO=68;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.00298754;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.453;QD=18.7642;RBI=0.0152324;REFB=-0.0141784;REVB=-0.0149366;RO=75;SAF=31;SAR=37;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229648;STB=0.501995;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0247102;OID=.;OPOS=29012116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:75:77:68:69:0.472603:37:31:36:39:37:32:36:41 chr6 29068759 . C A 612.77 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0295212;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0471;QD=19.9274;RBI=0.0504572;REFB=-0.0242688;REVB=-0.0409197;RO=61;SAF=38;SAR=24;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267115;STB=0.647012;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0199898;OID=.;OPOS=29068759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:61:61:62:62:0.504065:24:38:19:42:24:38:19:42 chr6 29069016 . G A 650.39 PASS AF=0.357466;AO=79;DP=221;FAO=79;FDP=221;FR=.;FRO=142;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=87;FWDB=-0.000501464;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.143;QD=11.7717;RBI=0.0120465;REFB=-0.00188286;REVB=-0.012036;RO=142;SAF=38;SAR=41;SRF=55;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106728;STB=0.560547;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00372763;OID=.;OPOS=29069016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:142:142:79:79:0.357466:41:38:55:87:41:38:55:87 chr6 29069264 . T C 565.69 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00914412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.81;QD=18.3963;RBI=0.0166608;REFB=-0.0271505;REVB=0.0139272;RO=64;SAF=34;SAR=25;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144776;STB=0.58021;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0211692;OID=.;OPOS=29069264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:64:59:59:0.479675:25:34:27:37:25:34:27:37 chr6 29069299 . C T 706.48 PASS AF=0.48951;AO=70;DP=143;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.00299699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.693;QD=19.7618;RBI=0.0195343;REFB=-0.0108211;REVB=-0.019303;RO=73;SAF=47;SAR=23;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222936;STB=0.623384;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0166145;OID=.;OPOS=29069299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:73:73:70:70:0.48951:23:47:32:41:23:47:32:41 chr6 29069337 . A T 854.36 PASS AF=0.497143;AO=85;DP=173;FAO=87;FDP=175;FR=.;FRO=88;FSAF=58;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.00871013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.289;QD=19.5281;RBI=0.0177755;REFB=-0.00990563;REVB=0.0154953;RO=83;SAF=57;SAR=28;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113042;STB=0.577218;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00849723;OID=.;OPOS=29069337;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:83:88:85:87:0.497143:28:57:46:37:29:58:46:42 chr6 29080349 . A G 930.28 PASS AF=0.494681;AO=93;DP=188;FAO=93;FDP=188;FR=.;FRO=95;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.00139082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.237;QD=19.7932;RBI=0.00145347;REFB=-0.00731076;REVB=-0.000422119;RO=95;SAF=51;SAR=42;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687227;STB=0.537819;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00821487;OID=.;OPOS=29080349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:95:95:93:93:0.494681:42:51:45:50:42:51:45:50 chr6 29080450 . G A 589.49 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.00838702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1782;QD=17.4663;RBI=0.00852967;REFB=-0.0158112;REVB=0.00155346;RO=73;SAF=37;SAR=25;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102287;STB=0.556913;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.021134;OID=.;OPOS=29080450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:25:37:36:37:25:37:36:37 chr6 29141632 . T C 1100.36 PASS AF=0.65493;AO=92;DP=142;FAO=93;FDP=142;FR=.;FRO=49;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00497519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.544;QD=30.9962;RBI=0.00941932;REFB=-0.0389407;REVB=-0.0079982;RO=46;SAF=55;SAR=37;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102596;STB=0.549905;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0247283;OID=.;OPOS=29141632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:46:49:92:93:0.65493:37:55:20:26:38:55:22:27 chr6 29141743 . A G 3066.15 PASS AF=1;AO=198;DP=202;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543925;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2665;QD=61.323;RBI=0.0598355;REFB=-0.0353282;REVB=0.0249346;RO=0;SAF=79;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399705;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:202:200:0:0:198:200:1:119:79:0:0:121:79:0:0 chr6 29141772 . A G 961.97 PASS AF=0.494792;AO=95;DP=192;FAO=95;FDP=192;FR=.;FRO=97;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=64;FWDB=0.0238085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.61;QD=20.0411;RBI=0.0249449;REFB=-0.0195796;REVB=-0.00744327;RO=97;SAF=47;SAR=48;SRF=33;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142472;STB=0.578191;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0225241;OID=.;OPOS=29141772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:97:97:95:95:0.494792:48:47:33:64:48:47:33:64 chr6 29141849 . T C 420.86 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=-0.0349332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.699;QD=13.3606;RBI=0.0356209;REFB=-0.0190784;REVB=-0.00696586;RO=76;SAF=26;SAR=23;SRF=26;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201229;STB=0.608876;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.028918;OID=.;OPOS=29141849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:76:77:49:49:0.388889:23:26:26:50:23:26:27:50 chr6 29142054 . C G 807.61 PASS AF=0.466667;AO=83;DP=179;FAO=84;FDP=180;FR=.;FRO=96;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.0273308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.815;QD=17.9468;RBI=0.0383769;REFB=-0.00253471;REVB=0.0269409;RO=96;SAF=48;SAR=35;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116631;STB=0.567023;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00260668;OID=.;OPOS=29142054;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:96:96:83:84:0.466667:35:48:44:52:35:49:44:52 chr6 29142064 . A G 759.76 PASS AF=0.437838;AO=81;DP=185;FAO=81;FDP=185;FR=.;FRO=104;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=0.0292558;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.732;QD=16.4271;RBI=0.0292622;REFB=-0.0243099;REVB=-0.000611589;RO=103;SAF=47;SAR=34;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864256;STB=0.550991;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0407207;OID=.;OPOS=29142064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:103:104:81:81:0.437838:34:47:51:52:34:47:51:53 chr6 29274486 . T C 188.14 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.0308025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1491;QD=10.9065;RBI=0.100614;REFB=0.00575525;REVB=0.0957831;RO=42;SAF=13;SAR=11;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224593;STB=0.628473;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0096559;OID=.;OPOS=29274486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:45:24:24:0.347826:11:13:31:11:11:13:33:12 chr6 29323259 . G A 798.88 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.044;QD=63.9106;RBI=0.065601;REFB=0;REVB=0.0644087;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010064;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:50:0:0:45:50:1:20:25:0:0:25:25:0:0 chr6 29323903 . G GC 91.31 PASS AF=0.475;AO=5;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.0421715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.7338;QD=9.13068;RBI=0.056334;REFB=0.0179211;REVB=-0.0373507;RO=35;SAF=1;SAR=4;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569601;STB=0.718393;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=-0.0403596;OID=.;OPOS=29323904;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475:5:41:19:40:21:8:11:18:3:91:35:1:4:26:9 chr6 29323905 . A C 127.4 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0716326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5618;QD=12.133;RBI=0.0981586;REFB=-0.0268338;REVB=-0.067111;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148551;STB=0.586985;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0720529;OID=.;OPOS=29323905;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:7:8:18:9:7:8:18:9 chr6 29342825 . G A 409.78 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0170566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.542;QD=20.7483;RBI=0.0173782;REFB=-0.0169276;REVB=-0.003328;RO=38;SAF=20;SAR=21;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127382;STB=0.570332;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0171541;OID=.;OPOS=29342825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:21:20:13:25:21:20:13:25 chr6 29364787 . C T 1399.67 PASS AF=0.960784;AO=96;DP=100;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0555201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8777;QD=54.8889;RBI=0.0599706;REFB=-0.0729961;REVB=0.0226715;RO=4;SAF=50;SAR=46;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174089;STB=0.509409;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00249447;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:100:102:4:4:96:98:0.960784:46:50:3:1:48:50:3:1 chr6 29385237 . T C 447.71 PASS AF=0.470588;AO=47;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0185959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4616;QD=17.5573;RBI=0.0194228;REFB=-0.00766483;REVB=-0.00560703;RO=53;SAF=12;SAR=35;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269145;STB=0.644012;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00586773;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:54:47:48:0.470588:35:12:27:26:35:13:28:26 chr6 29408528 . A G 635.39 PASS AF=0.589474;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0299747;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.222;QD=26.7531;RBI=0.0301918;REFB=-0.0533301;REVB=0.00361441;RO=39;SAF=21;SAR=35;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107191;STB=0.558562;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0277579;OID=.;OPOS=29408528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:95:39:39:56:56:0.589474:35:21:20:19:35:21:20:19 chr6 29431698 . A G 227.12 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0303343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0229;QD=21.1278;RBI=0.0303416;REFB=-0.0174325;REVB=0.00066406;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143335;STB=0.580711;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0189318;OID=.;OPOS=29431698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:11:10:14:8:11:10 chr6 29523676 . C G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9596;QD=62.9792;RBI=0.0660819;REFB=0;REVB=-0.0231081;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373252;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr6 29523952 . A G 553.68 PASS AF=0.412903;AO=63;DP=156;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=63;FWDB=0.0235773;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9352;QD=14.2884;RBI=0.0242325;REFB=-0.0150999;REVB=0.00559656;RO=88;SAF=28;SAR=35;SRF=28;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135628;STB=0.578924;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0321964;OID=.;OPOS=29523952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:88:91:63:64:0.412903:35:28:28:60:36:28:28:63 chr6 29555778 . A G 1695.79 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0152;QD=59.5013;RBI=0.0156046;REFB=0;REVB=0.0150523;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53029e-05;OID=.;OPOS=29555778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:114:0:0:109:114:1:50:59:0:0:54:60:0:0 chr6 29555809 . C T 1627.87 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0344965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6414;QD=58.1382;RBI=0.0538775;REFB=-0.103671;REVB=0.0413857;RO=2;SAF=56;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000308213;STB=0.500162;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00929372;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:54:56:1:1:54:56:1:1 chr6 29625001 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5063;QD=60.9749;RBI=0.0212378;REFB=0;REVB=0.0190091;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50784e-05;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr6 29634012 . A G 1396.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.842;QD=62.7621;RBI=0.0111519;REFB=0;REVB=0.00828088;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11633e-06;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:49:39:0:0:50:39:0:0 chr6 29693011 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3268;QD=60.9787;RBI=0.0144512;REFB=0;REVB=-0.00819294;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317726;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:1:0:37:39:1:13:24:1:0:13:26:0:0 chr6 29794860 . C T 1044.29 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.6;QD=59.6739;RBI=0.0346121;REFB=0;REVB=-0.0218685;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190484;OID=.;OPOS=29794860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:48:22:0:0:48:22:0:0 chr6 29795636 . G A,C 697.66 PASS AF=0.96,0.04;AO=48,2;DP=52;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287989,-0.00874001;FXX=0.0565931;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.2317,154.485;QD=55.8129;RBI=0.0409456,0.0206592;REFB=0,0;REVB=0.0291061,-0.0187194;RO=0;SAF=20,2;SAR=28,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.56477e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000894574,0.138175;OID=.,.;OPOS=29795636,29795636;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:50:0:0:48,2:48,2:0.96,0.04:28,0:20,2:0:0:28,0:20,2:0:0 chr6 29795657 . G A 655.48 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769291;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0236;QD=62.4269;RBI=0.085099;REFB=0;REVB=0.0363835;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120569;OID=.;OPOS=29795657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:25:17:0:0 chr6 29795993 . G A,GA 220.33 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=15,3;DP=18;FAO=17,1;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330304,0.0152579;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=252.243,259.659;QD=48.963;RBI=0.0236383,0.0268493;REFB=0,0;REVB=0.0234064,0.0220925;RO=0;SAF=8,0;SAR=7,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00662517,0.00305224;OID=.,.;OPOS=29795993,29795994;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:18:18:0:0:15,3:17,1:0.944444,0.0555556:7,3:8,0:0:0:9,1:8,0:0:0 chr6 29796376 . C A 1176.11 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00324473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.473;QD=59.55;RBI=0.0475148;REFB=-0.117346;REVB=0.0474039;RO=1;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114055;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000322613;OID=.;OPOS=29796376;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:41:37:0:1:41:37:0:1 chr6 29797696 . A G 1280.61 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464658;FXX=0.0235266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4928;QD=61.7164;RBI=0.106103;REFB=0;REVB=-0.095388;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273363;OID=.;OPOS=29797696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:39:44:0:0 chr6 29798140 . A G,T 742.75 PASS AF=0.981132,0.0188679;AO=49,2;DP=51;FAO=52,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061078,-0.0494377;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.283,74.8478;QD=56.0568;RBI=0.00841082,0.0502767;REFB=0,0;REVB=-0.00578244,-0.00914626;RO=0;SAF=25,2;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000218811,0.111353;OID=.,.;OPOS=29798140,29798140;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:53:0:0:49,2:52,1:0.981132,0.0188679:24,0:25,2:0:0:26,0:26,1:0:0 chr6 29910358 . C G 669.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7648;QD=62.2557;RBI=0.0654968;REFB=0;REVB=0.0633309;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120703;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr6 29910402 . G A 347.74 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0582081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.976;QD=51.5167;RBI=0.0632964;REFB=-0.0589657;REVB=0.0248646;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.517228;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000639423;OID=.;OPOS=29910402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:0:1:25:26:0.962963:12:13:0:0:12:14:1:0 chr6 29910558 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5713;QD=33.4285;RBI=0.0478291;REFB=0;REVB=-0.0364398;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00677549;OID=.;OPOS=29910558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 29910716 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.966;QD=42.1821;RBI=0.0238596;REFB=0;REVB=0.00386761;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295087;OID=.;OPOS=29910716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 29910725 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5133;QD=42.1799;RBI=0.0516448;REFB=0;REVB=0.0477992;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000985856;OID=.;OPOS=29910725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 29910730 . T A 101.77 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.83;QD=40.7062;RBI=0.0791352;REFB=0;REVB=0.0139469;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000945955;OID=.;OPOS=29910730;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr6 29910759 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.602;QD=33.4285;RBI=0.0484477;REFB=0;REVB=0.0479769;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113794;OID=.;OPOS=29910759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 29910761 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=6;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0909126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0209;QD=23.2176;RBI=0.126494;REFB=-0.00787919;REVB=-0.087953;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0125046;OID=.;OPOS=29910761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:6:5:0.833333:4:2:0:0:3:2:0:1 chr6 29911056 . A C 323.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.585;QD=53.8988;RBI=0.0265798;REFB=0;REVB=0.00932983;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110749;OID=.;OPOS=29911056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr6 29911064 . A G 375.59 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.114;QD=55.6434;RBI=0.106763;REFB=0;REVB=-0.106565;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000792008;OID=.;OPOS=29911064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr6 29911069 . A T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.097;QD=55.6561;RBI=0.0211126;REFB=0;REVB=0.0210809;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79392e-05;OID=.;OPOS=29911069;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr6 29911114 . GG AC 460.91 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314659;FXX=0.0882094;HRUN=2;LEN=2;MLLD=95.3982;QD=59.4717;RBI=0.0139662;REFB=0;REVB=0.0136071;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00483484;OID=.;OPOS=29911114;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:31:0:0:32:31:1:18:14:0:0:18:13:0:0 chr6 29911119 . G T 508.05 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.842;QD=56.4501;RBI=0.0362467;REFB=-0.129816;REVB=0.0141073;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217573;STB=0.511621;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00213503;OID=.;OPOS=29911119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:21:14:0:1:21:14:0:1 chr6 29911154 . C A 592.21 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9454;QD=60.7396;RBI=0.154953;REFB=0;REVB=0.0974698;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00372142;OID=.;OPOS=29911154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr6 29911228 . A T 322.94 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4869;QD=53.823;RBI=0.113968;REFB=0;REVB=0.064201;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264074;OID=.;OPOS=29911228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr6 29911239 . TT CA 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262804;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=107.669;QD=52.6132;RBI=0.0271071;REFB=0;REVB=-0.00664337;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000309802;OID=.;OPOS=29911239;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr6 29911256 . T G 191.35 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.54;QD=47.8363;RBI=0.0462097;REFB=0;REVB=0.0307589;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104902;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:16:0:0:17:16:1:13:4:0:0:11:5:0:0 chr6 29911271 . GT CG 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137442;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.036;QD=43.4862;RBI=0.0148986;REFB=0;REVB=0.00575029;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000237218;OID=.;OPOS=29911271;OREF=GT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr6 29911951 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.283;QD=39.2068;RBI=0.027907;REFB=0;REVB=-0.000915831;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269246;OID=.;OPOS=29911951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr6 29911957 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.992;QD=35.5758;RBI=0.0686567;REFB=0;REVB=-0.0610402;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00188785;OID=.;OPOS=29911957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:2:5:0:0 chr6 29912086 . G A 73.03 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.101;QD=32.4593;RBI=0.0602815;REFB=-0.120634;REVB=0.0601778;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286738;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0045899;OID=.;OPOS=29912086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:9:9:1:0:8:9:1:1:7:0:1:2:7:0:0 chr6 29912098 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.682;QD=44.6897;RBI=0.0709584;REFB=0;REVB=0.069855;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750115;OID=.;OPOS=29912098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr6 29912280 . TG CA 191.29 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235098;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.598;QD=47.8217;RBI=0.083417;REFB=0;REVB=0.0800355;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00119759;OID=.;OPOS=29912280;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:4:11:0:0:4:12:0:0 chr6 29912297 . A G 358.05 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.372;QD=55.0851;RBI=0.0698074;REFB=0;REVB=0.0685222;RO=0;SAF=23;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227073;OID=.;OPOS=29912297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:3:23:0:0:3:23:0:0 chr6 29912368 . C T 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.292;QD=59.4333;RBI=0.130777;REFB=0;REVB=0.0994461;RO=0;SAF=29;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838934;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:6:29:0:0:6:29:0:0 chr6 29912386 . G C 471.76 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0695059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9134;QD=55.5014;RBI=0.0954624;REFB=-0.0425332;REVB=0.065437;RO=1;SAF=27;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169959;STB=0.509085;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00386183;OID=.;OPOS=29912386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:6:27:1:0:6:27:1:0 chr6 29912830 . T C 877.48 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.386;QD=57.5395;RBI=0.0424288;REFB=0;REVB=0.0010403;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34669e-05;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:32:29:0:0 chr6 29912852 . T C 837.84 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261334;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.739;QD=57.7821;RBI=0.0359018;REFB=0;REVB=0.0358066;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71681e-05;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr6 29912856 . A T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3956;QD=58.6002;RBI=0.0186055;REFB=0;REVB=0.0090231;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154035;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr6 29913042 . C T 988.92 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.171;QD=59.0397;RBI=0.0528073;REFB=0;REVB=0.0219263;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105728;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:36:31:0:0 chr6 29913074 . A G 875.84 PASS AF=0.984127;AO=54;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.064235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3494;QD=55.609;RBI=0.0680845;REFB=0.0685935;REVB=0.0225693;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154512;STB=0.506847;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-5.57758e-06;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:54:62:0.984127:30:24:0:1:36:26:0:1 chr6 29913078 . A G 805.51 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.137;QD=55.5527;RBI=0.0288251;REFB=-0.0975077;REVB=-0.0171008;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132859;STB=0.50704;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000429043;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:58:1:1:57:57:0.982759:35:22:0:1:35:22:0:1 chr6 29913211 . AATA AA,AAT,AATT 759.14 PASS AF=0,1,0;AO=11,34,9;DP=55;FAO=0,54,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19,0;FSAR=0,35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220974,-0.0211049,-0.0200364;FXX=0.0181785;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=203.399,209.534,204.533;QD=56.2327;RBI=0.0554275,0.0684965,0.0684351;REFB=0,0,0;REVB=0.0508322,0.0651641,0.0654363;RO=0;SAF=0,14,5;SAR=11,20,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.48532e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00515443,-0.000718333,0.0112894;OID=.,.,.;OPOS=29913212,29913214,29913214;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=AA,AAT,AATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:11,34,9:55:0,54,0:54:0:0,19,0:0,35,0:0:0:4:0:0,14,5:11,20,4:0:0 chr6 29976838 . A G 1060.65 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1412;QD=59.7551;RBI=0.0188101;REFB=0;REVB=-0.00880972;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234108;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:35:35:0:0:36:35:0:0 chr6 29977145 . G C 2655.52 PASS AF=0.99422;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00119315;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.092;QD=61.3993;RBI=0.0277124;REFB=-0.0404568;REVB=0.0276867;RO=1;SAF=101;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665662;STB=0.503496;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00010775;OID=.;OPOS=29977145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:173:173:1:1:172:172:0.99422:71:101:0:1:71:101:0:1 chr6 30075843 . T C 697.6 PASS AF=1;AO=37;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151652;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=110.304;QD=62.0091;RBI=0.151679;REFB=0;REVB=0.00289757;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417688;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:37:45:1:14:23:1:0:14:31:0:0 chr6 30075864 . A G 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.031;QD=63.8691;RBI=0.00362554;REFB=0;REVB=-0.00213968;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74219e-06;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr6 30075903 . C T 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00635868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.791;QD=6.80706;RBI=0.0790289;REFB=-0.00973236;REVB=-0.0787727;RO=27;SAF=8;SAR=1;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294708;STB=0.695123;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0281986;OID=.;OPOS=30075903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:1:8:20:7:1:8:20:7 chr6 30114845 . T C 186.19 PASS AF=0.407407;AO=20;DP=52;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0257821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.687;QD=13.7918;RBI=0.0258095;REFB=-0.00668322;REVB=0.00118958;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124398;STB=0.55426;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00858984;OID=.;OPOS=30114845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:31:32:20:22:0.407407:12:8:9:22:14:8:9:23 chr6 30114955 . C T 134.22 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0114401;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.366;QD=9.41877;RBI=0.0128565;REFB=-0.0130612;REVB=-0.00586627;RO=38;SAF=4;SAR=14;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422724;STB=0.758741;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0145927;OID=.;OPOS=30114955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:38:39:18:18:0.315789:14:4:22:16:14:4:23:16 chr6 30115542 . G A 250.1 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0287421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4426;QD=20.0079;RBI=0.0288815;REFB=0.00368373;REVB=0.00283423;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942901;STB=0.505315;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00747798;OID=.;OPOS=30115542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:9:15:16:10:9:15:16:10 chr6 30121460 . C T 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0201458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.086;QD=14.4201;RBI=0.0318495;REFB=-0.00811291;REVB=0.0246686;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197028;STB=0.611415;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0112326;OID=.;OPOS=30121460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:13:14:12:25:13:14:12:25 chr6 30122154 . T C 660.73 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00415607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.898;QD=48.9432;RBI=0.0142637;REFB=-0.0127948;REVB=0.0136448;RO=4;SAF=29;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113966;STB=0.506067;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.000590263;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:4:4:50:50:0.925926:21:29:2:2:21:29:2:2 chr6 30131546 . A G 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0152181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.125;QD=21.9192;RBI=0.0350997;REFB=0.000668443;REVB=-0.0316291;RO=28;SAF=23;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861904;STB=0.556918;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00106005;OID=.;OPOS=30131546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:29:36:36:0.553846:13:23:15:13:13:23:15:14 chr6 30139699 . G A 376.03 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=90;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.012881;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.275;QD=16.9001;RBI=0.0133993;REFB=-0.0122428;REVB=-0.00369061;RO=49;SAF=14;SAR=25;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134575;STB=0.565184;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0151778;OID=.;OPOS=30139699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:49:49:39:40:0.449438:25:14:24:25:25:15:24:25 chr6 30140342 . T C 1377.31 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8932;QD=62.605;RBI=0.0377252;REFB=0;REVB=0.0364246;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9476e-05;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr6 30154199 . T C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0102571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.119;QD=19.3862;RBI=0.0367468;REFB=-0.00183107;REVB=-0.0352863;RO=21;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143925;STB=0.582002;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00210978;OID=.;OPOS=30154199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:15:5:8:13:15:5:8:13 chr6 30227583 . C G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0519109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8313;QD=18.8856;RBI=0.0597405;REFB=-0.0261774;REVB=0.0295667;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0352739;OID=.;OPOS=30227583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:2:3:6:2:2:3 chr6 30228230 . A C 143.21 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.015191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.549;QD=14.6884;RBI=0.0294088;REFB=-0.0332967;REVB=0.0251815;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656827;STB=0.551904;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0432319;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:10:5:9:14:11:5:9:14 chr6 30228379 . A G 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00636345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.524;QD=6.57289;RBI=0.0431916;REFB=-0.01929;REVB=-0.0427203;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141582;STB=0.590616;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0520985;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:10:6:3:3:10:6 chr6 30229013 . A G 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00218653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.639;QD=7.12495;RBI=0.00937125;REFB=-0.017076;REVB=0.0091126;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564383;STB=0.86565;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0197593;OID=.;OPOS=30229013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:17:18:7:7:0.28:6:1:11:6:6:1:12:6 chr6 30229457 . C T 329.56 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.057019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3734;QD=15.6935;RBI=0.0660021;REFB=-0.019515;REVB=-0.0332433;RO=48;SAF=8;SAR=28;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217147;STB=0.623688;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0325102;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:28:8:19:29:28:8:19:29 chr6 30229463 . G A 330.89 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00450418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.664;QD=15.9463;RBI=0.00882188;REFB=-0.0222498;REVB=0.00758538;RO=46;SAF=8;SAR=28;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254469;STB=0.65264;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0392302;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:46:47:36:36:0.433735:28:8:20:26:28:8:21:26 chr6 30230085 . T C 162.97 PASS AF=0.439024;AO=15;DP=38;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00900767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.945;QD=15.8995;RBI=0.0201709;REFB=-0.0421191;REVB=0.0180479;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448652;STB=0.655563;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0486231;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:23:23:15:18:0.439024:12:3:14:9:12:6:14:9 chr6 30230128 . T C 30.72 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.105507;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1138;QD=8.7781;RBI=0.147862;REFB=0.0325552;REVB=0.103593;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291052;STB=0.688814;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00774954;OID=.;OPOS=30230128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:14:14:9:9:5:5:0.357143:1:4:5:4:1:4:5:4 chr6 30231071 . G A 196.72 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00453301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0552;QD=12.8998;RBI=0.00694545;REFB=0.0088401;REVB=0.00526224;RO=37;SAF=19;SAR=5;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285318;STB=0.665957;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0125568;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:5:19:21:16:5:19:21:16 chr6 30231108 . G T 320.87 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0401749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1973;QD=16.2466;RBI=0.0694809;REFB=-0.00167247;REVB=-0.0566883;RO=44;SAF=23;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117207;STB=0.566115;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000199197;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:12:23:24:20:12:23:24:20 chr6 30297529 . T C 471.45 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.026949;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.02;QD=22.1861;RBI=0.029983;REFB=-0.0343799;REVB=-0.0131426;RO=38;SAF=26;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872788;STB=0.548791;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0305044;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:38:40:45:45:0.529412:19:26:18:20:19:26:19:21 chr6 30309508 . T C 436.25 PASS AF=0.630769;AO=38;DP=62;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00807602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.106;QD=26.8463;RBI=0.0469308;REFB=-0.000705785;REVB=0.0462307;RO=23;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269347;STB=0.510889;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00050197;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:23:24:38:41:0.630769:18:20:13:10:20:21:13:11 chr6 30313268 . G A 208.02 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0235981;FXX=0.0422476;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.587;QD=12.2366;RBI=0.0237153;REFB=-0.0293121;REVB=0.0023549;RO=41;SAF=17;SAR=8;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553583;STB=0.520622;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0419834;OID=.;OPOS=30313268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:41:43:25:25:0.367647:8:17:26:15:8:17:28:15 chr6 30314566 . TC GA 387.0 PASS AF=0.47619;AO=39;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00674113;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.62;QD=18.4285;RBI=0.0308412;REFB=-0.0255936;REVB=-0.0300955;RO=43;SAF=21;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133856;STB=0.573423;STBP=0.185;TYPE=mnp;VARB=0.0221988;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:39:40:0.47619:18:21:17:26:18:22:18:26 chr6 30457732 . T C 323.86 PASS AF=0.535714;AO=20;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0312375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.984;QD=23.1326;RBI=0.046155;REFB=-0.0805593;REVB=0.0339779;RO=12;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269825;STB=0.612825;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.029978;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:12:17:20:30:0.535714:13:7:9:3:21:9:10:7 chr6 30458064 . G A 206.32 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00627422;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.392;QD=12.6965;RBI=0.0136959;REFB=-9.79873e-06;REVB=-0.0121742;RO=40;SAF=20;SAR=5;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294348;STB=0.671603;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000579336;OID=.;OPOS=30458064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:5:20:23:17:5:20:23:17 chr6 30521137 . G A 146.09 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0116403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.69;QD=8.99041;RBI=0.0244619;REFB=-0.0175611;REVB=-0.0215148;RO=43;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290356;STB=0.684031;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0184766;OID=.;OPOS=30521137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:43:45:20:20:0.307692:7:13:17:26:7:13:17:28 chr6 30530245 . T C 225.89 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00275263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.619;QD=13.2878;RBI=0.0042415;REFB=-0.0228698;REVB=-0.00322697;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108227;STB=0.540953;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0329488;OID=.;OPOS=30530245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:41:26:27:0.397059:15:11:21:19:15:12:21:20 chr6 30558477 . G GA 288.2 PASS AF=0.409449;AO=50;DP=135;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=54;FWDB=0.155529;FXX=0.0451094;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.0935;QD=9.07727;RBI=0.165839;REFB=-0.0243944;REVB=0.0575624;RO=85;SAF=25;SAR=25;SRF=26;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216183;STB=0.629875;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=0.0461501;OID=.;OPOS=30558478;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409449:50:135:52:127:75:26:26:21:54:99:85:25:25:26:59 chr6 30575603 . A G 124.84 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.015079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3017;QD=10.4036;RBI=0.0863813;REFB=-0.00631975;REVB=0.0850549;RO=32;SAF=5;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229678;STB=0.647688;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0176607;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:33:15:15:0.3125:10:5:17:15:10:5:18:15 chr6 30711805 . C G 651.55 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.398;QD=62.0528;RBI=0.0315355;REFB=0;REVB=0.0313204;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08686e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:29:13:0:0 chr6 30782105 . T C 397.36 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0190739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.868;QD=20.6422;RBI=0.0201764;REFB=0.00281972;REVB=-0.00657822;RO=37;SAF=10;SAR=30;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136464;STB=0.57596;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0028042;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:30:10:14:23:30:10:14:23 chr6 30782218 . C CTGTT 196.96 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0281556;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=4;MLLD=236.389;QD=17.5077;RBI=0.0284409;REFB=-0.0265915;REVB=-0.00401857;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243285;STB=0.528189;STBP=0.763;TYPE=ins;VARB=0.0266421;OID=.;OPOS=30782219;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:19:46:20:45:25:9:11:10:15:99:27:8:11:12:15 chr6 30782235 . G A 255.19 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0396937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.43;QD=22.1902;RBI=0.046454;REFB=-0.0219453;REVB=-0.0241327;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155751;STB=0.586886;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00651494;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:12:12:7:15:12:12:7:15 chr6 30782303 . C T 63.29 PASS AF=0.321429;AO=7;DP=26;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00680751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.597;QD=9.04211;RBI=0.00958497;REFB=-0.0134603;REVB=0.00674755;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265764;STB=0.552731;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0358139;OID=.;OPOS=30782303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:28:18:19:7:9:0.321429:3:4:6:12:5:4:7:12 chr6 30782323 . T C 44.26 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00118686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.878;QD=6.80971;RBI=0.00288953;REFB=-0.00761127;REVB=0.00263453;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48202;STB=0.813829;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0470695;OID=.;OPOS=30782323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:6:1:10:9:6:1:10:9 chr6 30782407 . A G 147.55 PASS AF=0.53125;AO=14;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0125475;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.319;QD=18.4431;RBI=0.0341293;REFB=-0.0299902;REVB=0.031739;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294556;STB=0.689557;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0407709;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:15:14:17:0.53125:10:4:9:6:13:4:9:6 chr6 30832119 . T C 249.18 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0247331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5252;QD=12.155;RBI=0.0285618;REFB=-0.0156812;REVB=-0.0142846;RO=52;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135348;STB=0.577508;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0470498;OID=.;OPOS=30832119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:16:14:18:34:16:14:18:34 chr6 30857072 . G C 276.01 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00787599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.972;QD=17.8068;RBI=0.0281504;REFB=0.00195735;REVB=0.0270262;RO=31;SAF=7;SAR=23;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346381;STB=0.689313;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0025617;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:32:30:30:0.483871:23:7:18:13:23:7:18:14 chr6 30858731 . CCT C,CCC 125.39 PASS AF=0.326923,0;AO=11,6;DP=67;FAO=17,0;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=8,0;FSAR=9,0;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0640968,0.0294084;FXX=0.118624;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=117.774,112.683;QD=9.64506;RBI=0.0641123,0.0294293;REFB=-0.00223231,0.00111389;REVB=0.00141197,-0.001109;RO=43;SAF=6,4;SAR=5,2;SRF=20;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0.318538,0;SSSB=0.0985118,0.234169;STB=0.528441,0.5;STBP=0.775,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000277983,0;OID=.,.;OPOS=30858732,30858733;OREF=CT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326923,0:11,6:67:17,0:52:35:8,0:9,0:15:20:99:43:6,4:5,2:20:23 chr6 30858857 . C T 485.3 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0380012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1669;QD=16.4507;RBI=0.0386386;REFB=-0.0233359;REVB=0.00698919;RO=65;SAF=25;SAR=28;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126147;STB=0.570311;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0185595;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:28:25:39:26:28:25:39:26 chr6 30862423 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0112102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.151;QD=10.4723;RBI=0.0127303;REFB=-0.00958454;REVB=-0.00603268;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015725;STB=0.535653;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0128689;OID=.;OPOS=30862423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:9:3:6:17:9:3:7:17 chr6 30864829 . T C 1506.64 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-9.43011e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7748;QD=58.5104;RBI=0.0103799;REFB=-0.0625958;REVB=0.0103795;RO=1;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958459;STB=0.50505;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000168587;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:49:53:0:1:49:53:0:1 chr6 30865204 . A C 137.8 PASS AF=0.307692;AO=18;DP=64;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.027743;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.6965;QD=8.47997;RBI=0.0334948;REFB=-0.0167059;REVB=-0.0187677;RO=45;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120575;STB=0.562437;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0397196;OID=.;OPOS=30865204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:45:45:18:20:0.307692:7:11:23:22:8:12:23:22 chr6 30865279 . C T 502.41 PASS AF=0.681818;AO=44;DP=65;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0527221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6227;QD=30.4492;RBI=0.0620779;REFB=-0.00608058;REVB=0.0327727;RO=21;SAF=26;SAR=18;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173882;STB=0.506326;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00363243;OID=.;OPOS=30865279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:21:21:44:45:0.681818:18:26:13:8:18:27:13:8 chr6 30876238 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0145749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.807;QD=17.8006;RBI=0.019521;REFB=-0.0373145;REVB=-0.0129862;RO=24;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209476;STB=0.617543;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0465385;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:13:7:4:20:13:7:4:20 chr6 30877760 . A C 400.15 PASS AF=0.471264;AO=40;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00369224;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.505;QD=18.3975;RBI=0.00680633;REFB=-0.0133329;REVB=-0.00571783;RO=45;SAF=26;SAR=14;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028636;STB=0.514381;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0152282;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:46:40:41:0.471264:14:26:28:17:15:26:28:18 chr6 30882689 . C T 288.94 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0209889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.983;QD=18.9471;RBI=0.02123;REFB=0.0109552;REVB=-0.00319044;RO=30;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151978;STB=0.508469;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0071132;OID=.;OPOS=30882689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:16:15:14:16:16:15:14:16 chr6 30882803 . G A 120.32 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0158634;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.8644;QD=14.155;RBI=0.0234194;REFB=-0.0374193;REVB=-0.0172285;RO=20;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387931;STB=0.741169;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0550756;OID=.;OPOS=30882803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:2:11:11:9:2:12:11:9 chr6 30887972 . C T 598.92 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00726694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.401;QD=21.3902;RBI=0.0159188;REFB=-0.0359834;REVB=0.0141633;RO=52;SAF=24;SAR=36;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150564;STB=0.582706;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0304759;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:60:60:0.535714:36:24:30:22:36:24:30:22 chr6 30888161 . T C 356.93 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.014522;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.911;QD=19.8295;RBI=0.0212314;REFB=0.00127716;REVB=-0.0154882;RO=34;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219505;STB=0.511622;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00100222;OID=.;OPOS=30888161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:36:37:0.513889:15:21:19:15:15:22:20:15 chr6 30889389 . T C 145.06 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0159418;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1192;QD=10.1796;RBI=0.0227755;REFB=-0.00175665;REVB=0.0162659;RO=38;SAF=12;SAR=7;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00551688;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:38:38:19:19:0.333333:7:12:24:14:7:12:24:14 chr6 30893127 . G A 122.49 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0191464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0659;QD=15.8048;RBI=0.0195534;REFB=-0.0166017;REVB=0.00396848;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048982;STB=0.509421;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0173911;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:7:6:7:10:8:6:7:10 chr6 30893728 . C T 286.74 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.032799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3284;QD=30.9989;RBI=0.0666723;REFB=0.0167519;REVB=0.0580468;RO=11;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00821222;STB=0.519635;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00370427;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:11:12:25:25:0.675676:14:11:5:6:14:11:6:6 chr6 30899571 . C T 193.99 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0416556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.5686;QD=16.8685;RBI=0.0424904;REFB=0.000576763;REVB=0.00838118;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873898;STB=0.54995;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00014546;OID=.;OPOS=30899571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:14:12:11:9:14:12 chr6 30900399 . C G 157.9 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0170259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6969;QD=16.6215;RBI=0.0333888;REFB=-0.0209098;REVB=-0.0287216;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259529;STB=0.516759;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0257948;OID=.;OPOS=30900399;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:21:16:17:0.447368:6:10:13:7:6:11:13:8 chr6 30900427 . T G 669.59 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.316;QD=62.2871;RBI=0.0613709;REFB=0;REVB=0.0541494;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336794;OID=.;OPOS=30900427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr6 30900435 . G T 207.2 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0212042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.352;QD=18.0174;RBI=0.0499706;REFB=-0.0345001;REVB=0.0452486;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260366;STB=0.510907;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0472947;OID=.;OPOS=30900435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:25:20:21:0.456522:7:13:15:9:8:13:15:10 chr6 30920086 . C T 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.015925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.294;QD=29.0286;RBI=0.0198069;REFB=-0.0527903;REVB=0.0117774;RO=8;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168417;STB=0.593118;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0199311;OID=.;OPOS=30920086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:10:8:6:2:10:8:6:2 chr6 30954245 . T C 31.58 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0395872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.461;QD=14.0373;RBI=0.0400369;REFB=-0.105984;REVB=-0.00598428;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0690358;OID=.;OPOS=30954245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:1:3:3:2:1:3 chr6 30955182 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.025535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.343;QD=14.0438;RBI=0.0477862;REFB=-0.00380179;REVB=-0.0403917;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251123;STB=0.651584;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00449946;OID=.;OPOS=30955182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:3:1:3:2:3:1 chr6 30955201 . GC AT 37.38 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0243743;FXX=0.0526039;HRUN=4;LEN=2;MLLD=177.324;QD=8.30739;RBI=0.0270199;REFB=-0.00182963;REVB=-0.0116605;RO=12;SAF=3;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296011;STB=0.721627;STBP=0.223;TYPE=mnp;VARB=0.00321587;OID=.;OPOS=30955201;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:19:18:12:12:5:6:0.333333:2:3:10:2:3:3:10:2 chr6 30955209 . T A 129.04 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0349388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7486;QD=19.8519;RBI=0.0584842;REFB=-0.0742324;REVB=-0.0469008;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184765;STB=0.571334;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0376195;OID=.;OPOS=30955209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:26:10:12:14:14:0.538462:4:10:9:1:4:10:10:2 chr6 30955211 . C T 140.99 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0322862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0686;QD=20.8881;RBI=0.0690344;REFB=-0.0152431;REVB=0.0610193;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12655;STB=0.588127;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00986747;OID=.;OPOS=30955211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:26:27:12:12:14:15:0.555556:4:10:10:2:5:10:10:2 chr6 30955359 . G A 619.33 PASS AF=0.508065;AO=58;DP=123;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00261865;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0202;QD=19.9784;RBI=0.067782;REFB=-0.0303788;REVB=0.0677314;RO=62;SAF=23;SAR=35;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052946;STB=0.53146;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0581838;OID=.;OPOS=30955359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:62:61:58:63:0.508065:35:23:28:34:37:26:29:32 chr6 30955929 . C A 493.73 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0251823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.668;QD=20.3601;RBI=0.0259335;REFB=-0.0202978;REVB=0.00619663;RO=49;SAF=22;SAR=26;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102824;STB=0.55696;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0139053;OID=.;OPOS=30955929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:26:22:28:21:26:22:28:21 chr6 30993313 . C T 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=4;FWDB=-0.0173282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.312;QD=12.8691;RBI=0.0262842;REFB=-0.0197177;REVB=0.0197635;RO=32;SAF=15;SAR=6;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234753;STB=0.637573;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0284178;OID=.;OPOS=30993313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:6:15:28:4:6:15:29:4 chr6 30993377 . T A 598.22 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521637;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0195;QD=61.3561;RBI=0.0532058;REFB=0;REVB=-0.0104788;RO=0;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014263;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:7:32:0:0:7:32:0:0 chr6 30993440 . G A 205.71 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0662039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.089;QD=23.5099;RBI=0.0849623;REFB=-0.0819464;REVB=-0.0532507;RO=13;SAF=16;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109513;STB=0.542328;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0307041;OID=.;OPOS=30993440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:15:20:20:0.571429:4:16:9:4:4:16:11:4 chr6 30993533 . A G 127.24 PASS AF=0.25;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00584219;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.328;QD=14.1382;RBI=0.010816;REFB=-0.0206582;REVB=0.0091025;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169421;STB=0.615148;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0474961;OID=.;OPOS=30993533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:36:20:21:9:9:0.25:4:5:14:6:4:5:15:6 chr6 30993590 . A G 158.71 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0725349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1092;QD=20.479;RBI=0.0842167;REFB=0.00144317;REVB=0.0427919;RO=14;SAF=14;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375392;STB=0.722572;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00315346;OID=.;OPOS=30993590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:2:14:8:6:2:15:8:6 chr6 30993958 . A G 72.7 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.000295116;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8789;QD=8.07829;RBI=0.0553684;REFB=-0.013332;REVB=-0.0553677;RO=24;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600844;STB=0.877229;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.039457;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:36:24:26:10:10:0.277778:1:9:10:14:1:9:11:15 chr6 30996991 . A G 166.61 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0171566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.985;QD=15.8676;RBI=0.024028;REFB=-0.0204757;REVB=-0.0168224;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268161;STB=0.640744;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.036295;OID=.;OPOS=30996991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:24:18:18:0.428571:8:10:18:4:8:10:19:5 chr6 30997692 . G C 357.89 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.778;QD=55.0595;RBI=0.0820539;REFB=0;REVB=0.0587355;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462707;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:7:18:0:0:8:18:0:0 chr6 30997816 . G T 144.25 PASS AF=0.470588;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0109543;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.571;QD=16.9702;RBI=0.0285368;REFB=-0.0327022;REVB=-0.0263505;RO=17;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171008;STB=0.643363;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.032223;OID=.;OPOS=30997816;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:18:14:16:0.470588:3:11:11:6:3:13:11:7 chr6 30997824 . T C 188.32 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.020739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.775;QD=20.359;RBI=0.0301226;REFB=-0.0168975;REVB=-0.0218464;RO=18;SAF=15;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273763;STB=0.663702;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0153402;OID=.;OPOS=30997824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:18:18:19:0.513514:3:15:11:7:3:16:11:7 chr6 30999997 . T C 351.88 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0174451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.143;QD=15.6391;RBI=0.0261088;REFB=-0.0151777;REVB=-0.0194252;RO=52;SAF=17;SAR=21;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146382;STB=0.50826;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.020295;OID=.;OPOS=30999997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:21:17:24:28:21:17:24:28 chr6 31002452 . A G 254.38 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0147046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.909;QD=21.1987;RBI=0.0247155;REFB=-0.00409214;REVB=0.0198653;RO=23;SAF=19;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11638;STB=0.558772;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00318152;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:5:19:16:7:5:19:17:7 chr6 31079994 . C T 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00167851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.164;QD=10.7926;RBI=0.0103772;REFB=-0.0219293;REVB=0.0102406;RO=35;SAF=13;SAR=5;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121582;STB=0.572043;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0407332;OID=.;OPOS=31079994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:5:13:22:13:5:13:22:13 chr6 31084075 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.000454115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.153;QD=12.3961;RBI=0.000454115;REFB=0.0363113;REVB=0;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0112185;OID=.;OPOS=31084075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:0:5:5:0:0:5:5:0 chr6 31084787 . A G 118.74 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00814483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.127;QD=13.1932;RBI=0.0367227;REFB=-0.0109012;REVB=-0.0358081;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890352;STB=0.571326;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0212769;OID=.;OPOS=31084787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:13:14:0.388889:6:7:10:12:6:8:10:12 chr6 31084792 . C T 119.2 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.000932771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.094;QD=13.2446;RBI=0.00679243;REFB=-0.0109601;REVB=-0.00672808;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171926;STB=0.571326;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0205367;OID=.;OPOS=31084792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:22:13:14:0.388889:5:8:10:12:6:8:10:12 chr6 31088202 . A G 282.27 PASS AF=0.469697;AO=29;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0225064;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1479;QD=17.1075;RBI=0.0226654;REFB=5.43786e-05;REVB=0.00268017;RO=33;SAF=9;SAR=20;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251107;STB=0.529006;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.000742245;OID=.;OPOS=31088202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:35:29:31:0.469697:20:9:11:22:21:10:13:22 chr6 31097453 . T G 380.42 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0138528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6479;QD=20.8451;RBI=0.0652752;REFB=-0.0435818;REVB=0.0637883;RO=34;SAF=13;SAR=25;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116468;STB=0.582481;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0348182;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:34:38:39:0.534247:25:13:16:18:26:13:17:17 chr6 31105891 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243;QD=37.4885;RBI=0.0596541;REFB=0;REVB=0.056767;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735656;OID=.;OPOS=31105891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 31106268 . A G 171.09 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0127069;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.637;QD=16.6919;RBI=0.0171953;REFB=0.0177647;REVB=0.0115851;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427661;STB=0.524469;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.0141565;OID=.;OPOS=31106268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:23:18:18:0.439024:11:7:8:15:11:7:8:15 chr6 31106459 . C A 228.5 PASS AF=0.490566;AO=24;DP=51;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0340971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3323;QD=17.2452;RBI=0.0555968;REFB=-0.0105666;REVB=0.0439134;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130542;STB=0.567633;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0143319;OID=.;OPOS=31106459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:27:27:24:26:0.490566:10:14:12:15:11:15:12:15 chr6 31107733 . C T 328.99 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0138388;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.966;QD=20.5618;RBI=0.0169542;REFB=-0.0037612;REVB=-0.00979456;RO=30;SAF=5;SAR=29;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129336;STB=0.572322;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00476078;OID=.;OPOS=31107733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:30:34:34:0.53125:29:5:7:23:29:5:7:23 chr6 31110391 . G C 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0116247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.845;QD=10.4728;RBI=0.01232;REFB=-0.00283772;REVB=-0.00408041;RO=35;SAF=13;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312909;STB=0.687421;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0100054;OID=.;OPOS=31110391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:4:13:18:17:4:13:18:17 chr6 31111180 . T C,G 907.22 PASS AF=0.936508,0.0634921;AO=59,4;DP=63;FAO=59,4;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=31,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827576,-0.0426631;FXX=0.0307645;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.3751,95.8922;QD=57.6013;RBI=0.00831918,0.0537018;REFB=0,0;REVB=-0.00084888,-0.0326152;RO=0;SAF=28,0;SAR=31,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0003609,0.195727;OID=.,.;OPOS=31111180,31111180;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:63:63:0:0:59,4:59,4:0.936508,0.0634921:31,4:28,0:0:0:31,4:28,0:0:0 chr6 31112484 . C T 407.98 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00992519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.576;QD=25.9034;RBI=0.0155488;REFB=-0.0718648;REVB=0.0119689;RO=21;SAF=24;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610778;STB=0.561372;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0425766;OID=.;OPOS=31112484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:24:39:39:0.619048:15:24:11:10:15:24:11:13 chr6 31112602 . G C 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0186226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.271;QD=13.2643;RBI=0.0191864;REFB=-0.0093425;REVB=0.00461699;RO=43;SAF=7;SAR=21;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367138;STB=0.710954;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0191167;OID=.;OPOS=31112602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:21:7:25:18:21:7:25:18 chr6 31113030 . A G 1108.48 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.742;QD=59.9176;RBI=0.0293918;REFB=0;REVB=0.00695385;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24134e-05;OID=.;OPOS=31113030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:31:42:0:0:31:43:0:0 chr6 31113052 . G A 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.212;QD=55.1264;RBI=0.0736275;REFB=-0.119591;REVB=0.0731335;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247834;OID=.;OPOS=31113052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:63:0:0:60:63:1:27:33:0:0:29:34:0:0 chr6 31113214 . C A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.00137035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.26;QD=13.9482;RBI=0.0212289;REFB=-0.0407949;REVB=0.0211846;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27186;STB=0.655575;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0424145;OID=.;OPOS=31113214;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:6:21:9:8:6:21 chr6 31116210 . G A 164.16 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00235446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.961;QD=12.8756;RBI=0.00675995;REFB=-0.000276201;REVB=0.00633667;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663241;STB=0.538422;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00055766;OID=.;OPOS=31116210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:12:7:10:22:12:7:10:22 chr6 31116246 . G A 132.6 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0065521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.749;QD=9.14486;RBI=0.0133332;REFB=0.0069039;REVB=0.0116123;RO=37;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224856;STB=0.613601;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0160112;OID=.;OPOS=31116246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:40:18:18:0.310345:13:5:17:20:13:5:17:23 chr6 31118511 . T G 102.49 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.013529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.711;QD=17.8243;RBI=0.026378;REFB=-0.0069465;REVB=-0.0226443;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107737;STB=0.56194;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00876929;OID=.;OPOS=31118511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:6:5:7:5:6:5 chr6 31118527 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0567905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.83;QD=13.4416;RBI=0.0568325;REFB=-0.0193512;REVB=-0.00218308;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239425;STB=0.641907;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0151025;OID=.;OPOS=31118527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:7:6:7:3:7:6 chr6 31118565 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.223;QD=49.599;RBI=0.00870224;REFB=0;REVB=0.0024034;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54776e-05;OID=.;OPOS=31118565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr6 31118898 . A T 220.57 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0236552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.372;QD=14.2302;RBI=0.0309799;REFB=-0.000403144;REVB=-0.0200046;RO=36;SAF=19;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792149;STB=0.545281;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.000455124;OID=.;OPOS=31118898;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:7:19:24:12:7:19:24:12 chr6 31122315 . G C 141.25 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.105643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6168;QD=13.452;RBI=0.11333;REFB=-0.00680826;REVB=-0.041027;RO=25;SAF=1;SAR=15;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197988;STB=0.669375;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00507917;OID=.;OPOS=31122315;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:15:1:3:22:15:1:4:22 chr6 31124849 . C T 328.33 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0417026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7043;QD=17.9909;RBI=0.0426685;REFB=-0.0063994;REVB=0.00902774;RO=38;SAF=9;SAR=26;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204512;STB=0.615034;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00768758;OID=.;OPOS=31124849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:26:9:17:21:26:9:17:21 chr6 31125158 . C T 707.98 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.924;QD=62.9313;RBI=0.0418325;REFB=0;REVB=0.0415295;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107911;OID=.;OPOS=31125158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:15:29:0:0:15:30:0:0 chr6 31125257 . C A 233.01 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.02265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9023;QD=12.7677;RBI=0.0257774;REFB=-0.0232004;REVB=-0.0123066;RO=44;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525478;STB=0.523792;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.026904;OID=.;OPOS=31125257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:45:28:28:0.383562:16:12:21:23:16:12:21:24 chr6 31129616 . A G 546.76 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0362265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.7486;QD=53.342;RBI=0.0363051;REFB=0.011017;REVB=-0.00238866;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.548361;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00220318;OID=.;OPOS=31129616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:0:3:38:38:0.926829:24:14:0:0:24:14:3:0 chr6 31129642 . A C 678.83 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.706;QD=60.3406;RBI=0.0591298;REFB=-0.0202813;REVB=0.057668;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000103907;OID=.;OPOS=31129642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:45:0:1:43:44:0.977778:25:18:0:0:26:18:1:0 chr6 31129707 . C T 197.62 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0170288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3438;QD=14.6388;RBI=0.0375557;REFB=0.0126619;REVB=0.0334731;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177777;STB=0.601189;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00937233;OID=.;OPOS=31129707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:12:19:10:13:12:19 chr6 31132414 . G A 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0471619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5478;QD=15.8804;RBI=0.0532214;REFB=0.0176222;REVB=-0.0246631;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0240289;OID=.;OPOS=31132414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:7:3:3:6:7:3:3:7 chr6 31132956 . G C 251.25 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0253309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.354;QD=20.5103;RBI=0.0396043;REFB=-0.0536861;REVB=-0.0304442;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535512;STB=0.530096;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0572232;OID=.;OPOS=31132956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:13:11:10:15:13:11:10:15 chr6 31133870 . G A 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0105162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.839;QD=19.4077;RBI=0.0168479;REFB=-0.00512172;REVB=-0.0131629;RO=28;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915394;STB=0.551146;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00429045;OID=.;OPOS=31133870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:21:9:11:17:21:9:11:17 chr6 31133943 . C A 243.81 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0216755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.707;QD=15.2383;RBI=0.0216966;REFB=-0.00192091;REVB=-0.00095587;RO=36;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630643;STB=0.535604;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00363767;OID=.;OPOS=31133943;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:17:11:12:24:17:11:12:24 chr6 31134087 . C G 205.86 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0188223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.708;QD=23.5274;RBI=0.0190345;REFB=-0.010943;REVB=-0.00283378;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948697;STB=0.553137;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00928803;OID=.;OPOS=31134087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:13:7:7:8:13:7:7:8 chr6 31134118 . C CGAG 328.82 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0193477;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.474;QD=43.8422;RBI=0.0373212;REFB=-0.0425134;REVB=0.0319146;RO=6;SAF=13;SAR=13;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575672;STB=0.566616;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=0.00975232;OID=.;OPOS=31134119;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:26:32:26:30:4:13:13:0:4:20:6:13:13:2:4 chr6 31138371 . G A 631.97 PASS AF=0.580952;AO=60;DP=104;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00344005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.804;QD=24.0749;RBI=0.0295387;REFB=0.0065876;REVB=0.0293377;RO=43;SAF=26;SAR=34;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958134;STB=0.559717;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00616842;OID=.;OPOS=31138371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:43:44:60:61:0.580952:34:26:24:19:35:26:25:19 chr6 31138377 . C T 614.68 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=103;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0277367;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.933;QD=24.3438;RBI=0.0277865;REFB=0.0048559;REVB=-0.00166208;RO=39;SAF=24;SAR=35;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116209;STB=0.569082;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00246168;OID=.;OPOS=31138377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:39:42:59:59:0.584158:35:24:22:17:35:24:24:18 chr6 31165566 . T C 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7947;QD=57.8827;RBI=0.0118956;REFB=0;REVB=0.00813532;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51999e-06;OID=.;OPOS=31165566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr6 31165597 . AT A,GA 319.58 PASS AF=0.53125,0;AO=31,3;DP=64;FAO=34,0;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=12,0;FSAR=22,0;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0191129,-0.0132799;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=83.7846,82.7339;QD=19.9739;RBI=0.0192118,0.0145119;REFB=-0.00354102,-0.00176195;REVB=0.0019467,0.0058516;RO=29;SAF=11,1;SAR=20,2;SRF=14;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.116404,-0.157297;STB=0.572211,0.5;STBP=0.242,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00295069,0;OID=.,.;OPOS=31165598,31165597;OREF=T,AT;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:30:31,3:34,0:0.53125,0:20,2:11,1:14:15:22,0:12,0:15:15 chr6 31165962 . G A 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.376;QD=55.0448;RBI=0.0427562;REFB=0.00274015;REVB=0.0216473;RO=1;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122458;STB=0.506491;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=6.85863e-05;OID=.;OPOS=31165962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:38:17:0:1:38:17:0:1 chr6 31170228 . G C 850.76 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.894;QD=57.6789;RBI=0.0428158;REFB=0;REVB=0.0203975;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262599;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr6 31170514 . A G 184.79 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0414439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4423;QD=18.479;RBI=0.0487912;REFB=-0.00642602;REVB=-0.0257485;RO=21;SAF=2;SAR=17;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843517;STB=0.548332;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0129443;OID=.;OPOS=31170514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:17:2:3:18:17:2:3:18 chr6 31170528 . A G 683.47 PASS AF=1;AO=39;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.399;QD=62.1338;RBI=0.052313;REFB=0;REVB=-0.00460369;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278978;OID=.;OPOS=31170528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:39:44:1:30:9:0:0:34:10:0:0 chr6 31236853 . G A 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9904;QD=46.837;RBI=0.0399888;REFB=0;REVB=0.0387438;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401509;OID=.;OPOS=31236853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr6 31236900 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0317476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.609;QD=7.76234;RBI=0.0328153;REFB=-0.0048478;REVB=0.00830265;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210359;STB=0.631171;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0109141;OID=.;OPOS=31236900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:4:9:3:3:4:9 chr6 31237124 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9717;QD=48.7373;RBI=0.032124;REFB=0;REVB=0.0262124;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287963;OID=.;OPOS=31237124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr6 31237162 . C G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9643;QD=49.5926;RBI=0.0360643;REFB=0;REVB=-0.00192865;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114518;OID=.;OPOS=31237162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr6 31237255 . G A 357.9 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2094;QD=55.0611;RBI=0.040473;REFB=0;REVB=0.0390983;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648972;OID=.;OPOS=31237255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr6 31237323 . A G 268.99 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5308;QD=51.2368;RBI=0.122529;REFB=0;REVB=0.0558942;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00592259;OID=.;OPOS=31237323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:9:12:0:0 chr6 31237333 . T A,G 266.53 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=18,3;DP=21;FAO=18,3;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9,3;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313346,0.0163642;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.691,120.956;QD=50.7679;RBI=0.0360664,0.0182461;REFB=0,0;REVB=-0.0178586,-0.00807049;RO=0;SAF=9,3;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0121624,0.0508899;OID=.,.;OPOS=31237333,31237333;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:21:21:0:0:18,3:18,3:0.857143,0.142857:9,0:9,3:0:0:9,0:9,3:0:0 chr6 31237723 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1119;QD=40.7619;RBI=0.0394743;REFB=0;REVB=0.02249;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161613;OID=.;OPOS=31237723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 31237727 . T C 115.97 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0852676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7727;QD=42.1691;RBI=0.0885621;REFB=0;REVB=-0.0239309;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00654953;OID=.;OPOS=31237727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 31237767 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7305;QD=37.4876;RBI=0.0561633;REFB=0;REVB=-0.0545699;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00316323;OID=.;OPOS=31237767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr6 31237769 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9088;QD=37.4884;RBI=0.0634347;REFB=0;REVB=-0.0482102;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00435507;OID=.;OPOS=31237769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr6 31237771 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.257;QD=37.4847;RBI=0.0917137;REFB=0;REVB=-0.0560659;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0078408;OID=.;OPOS=31237771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr6 31237773 . TG CC 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247195;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.321;QD=35.5759;RBI=0.0716914;REFB=0;REVB=0.0672949;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000676178;OID=.;OPOS=31237773;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 31237776 . C T 33.6 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0322037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.934;QD=19.2028;RBI=0.0710687;REFB=-0.102923;REVB=0.0633537;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0255662;OID=.;OPOS=31237776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:5:5:0.714286:4:1:0:1:4:1:0:2 chr6 31237786 . A T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00500726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.939;QD=39.2068;RBI=0.0134936;REFB=0;REVB=0.0125301;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86199e-05;OID=.;OPOS=31237786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr6 31237802 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.839;QD=39.2067;RBI=0.0945928;REFB=0;REVB=0.00910111;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000932015;OID=.;OPOS=31237802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr6 31238230 . GGGGG CGGGA 50.32 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440974;FXX=0;HRUN=5;LEN=5;MLLD=107.938;QD=33.5491;RBI=0.109156;REFB=0;REVB=-0.0998523;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00127551;OID=.;OPOS=31238230;OREF=GGGGG;OALT=CGGGA;OMAPALT=CGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:2:2:0:0:4:2:0:0 chr6 31238259 . G T 69.31 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231831;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.766;QD=30.8045;RBI=0.0316312;REFB=-0.108159;REVB=-0.0215192;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00148524;OID=.;OPOS=31238259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:1:0:5:3:1:0 chr6 31238490 . T C 278.95 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447763;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.941;QD=50.7176;RBI=0.0738833;REFB=0;REVB=0.0587693;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00502528;OID=.;OPOS=31238490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr6 31238492 . C A 235.33 PASS AF=0.869565;AO=22;DP=22;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00551769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.025;QD=40.9269;RBI=0.0111542;REFB=-0.0192039;REVB=0.0096939;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528356;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.000963017;OID=.;OPOS=31238492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:23:0:3:22:20:0.869565:10:12:0:0:9:11:1:2 chr6 31238851 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.227;QD=55.6554;RBI=0.0787498;REFB=0;REVB=0.0416444;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601633;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr6 31238868 . C T 93.03 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00317439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8089;QD=11.6287;RBI=0.0195053;REFB=-0.022552;REVB=0.0192453;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192474;STB=0.624805;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0537978;OID=.;OPOS=31238868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:31:32:19:20:12:12:0.375:6:6:13:6:6:6:14:6 chr6 31238909 . GT AG 54.07 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0196656;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=124.798;QD=8.01094;RBI=0.021171;REFB=-0.025012;REVB=0.00784049;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463469;STB=0.592369;STBP=0.548;TYPE=mnp;VARB=0.0445703;OID=.;OPOS=31238909;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:27:18:19:7:8:0.296296:3:4:11:7:4:4:12:7 chr6 31238942 . G A 40.87 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0649035;FXX=0.142789;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.191;QD=9.0832;RBI=0.0748532;REFB=-0.0054581;REVB=0.0372898;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185955;OID=.;OPOS=31238942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:21:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:4:8:4:2:4:8 chr6 31238943 . C T 92.2 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0446706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.778;QD=18.4403;RBI=0.0457349;REFB=-0.00436691;REVB=-0.00980891;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15431;STB=0.589302;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00307351;OID=.;OPOS=31238943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:4:5:8:3:4:5 chr6 31238957 . A C 296.26 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0581247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3513;QD=49.3764;RBI=0.0704779;REFB=-0.0303243;REVB=-0.0398579;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486633;STB=0.526293;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00528116;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:14:9:1:0:14:9:1:0 chr6 31238983 . G C 288.97 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0288032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8369;QD=33.9962;RBI=0.0720644;REFB=-0.03487;REVB=-0.066058;RO=9;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178745;STB=0.597909;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00830876;OID=.;OPOS=31238983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:17:8:6:3:17:8:6:3 chr6 31238992 . G C 41.38 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=41;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0172405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9264;QD=3.94133;RBI=0.0303718;REFB=-0.00784692;REVB=0.0250042;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119426;STB=0.639616;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0534839;OID=.;OPOS=31238992;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:42:35:35:6:7:0.166667:3:3:14:21:3:4:14:21 chr6 31239010 . G A 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0026551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.94;QD=6.2521;RBI=0.0078774;REFB=-0.00853743;REVB=-0.00741646;RO=39;SAF=2;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407097;STB=0.764659;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0393367;OID=.;OPOS=31239010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:9:2:19:20:9:2:19:20 chr6 31239016 . G A 335.39 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0533011;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.434;QD=26.3047;RBI=0.0565265;REFB=-0.00191807;REVB=0.0188212;RO=19;SAF=14;SAR=18;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122643;STB=0.567048;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00100152;OID=.;OPOS=31239016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:18:14:5:14:18:14:5:14 chr6 31239050 . G A 675.4 PASS AF=0.927273;AO=50;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0350307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8857;QD=49.1203;RBI=0.0454318;REFB=0.000745591;REVB=-0.0289292;RO=5;SAF=17;SAR=33;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485436;STB=0.511623;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00100012;OID=.;OPOS=31239050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:55:5:4:50:51:0.927273:33:17:3:2:33:18:2:2 chr6 31239057 . C T 686.91 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0396036;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0507;QD=50.882;RBI=0.0525872;REFB=-0.0544607;REVB=0.0345973;RO=2;SAF=17;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522191;STB=0.52054;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00434115;OID=.;OPOS=31239057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:54:2:3:51:51:0.944444:34:17:2:0:34:17:2:1 chr6 31239082 . G C 120.11 PASS AF=0.294118;AO=16;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0617026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8295;QD=9.42006;RBI=0.0621818;REFB=0.0158813;REVB=-0.00770564;RO=34;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145346;STB=0.646248;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0366479;OID=.;OPOS=31239082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:36:16:15:0.294118:11:5:11:23:12:3:13:23 chr6 31239101 . G A,T 694.89 PASS AF=0.391304,0.608696;AO=18,28;DP=46;FAO=18,28;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=3,11;FSAR=15,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746836,-0.00832606;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.733,101.215;QD=60.4252;RBI=0.0204927,0.00992427;REFB=0,0;REVB=0.0190833,-0.00540073;RO=0;SAF=3,11;SAR=15,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.32e-08,3.31638e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00886677,0.00291913;OID=.,.;OPOS=31239101,31239101;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:46:46:0:0:18,28:18,28:0.391304,0.608696:15,17:3,11:0:0:15,17:3,11:0:0 chr6 31239407 . G T 214.04 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0160122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2969;QD=28.539;RBI=0.0183244;REFB=-0.0168831;REVB=0.00891023;RO=10;SAF=14;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253508;STB=0.640699;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00445703;OID=.;OPOS=31239407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:6:14:3:7:6:14:3:7 chr6 31239417 . C T 242.64 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=32;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.000195131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.348;QD=29.4108;RBI=0.033566;REFB=-0.0374177;REVB=0.0335654;RO=11;SAF=15;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235789;STB=0.612139;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0148253;OID=.;OPOS=31239417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:11:11:21:22:0.666667:6:15:4:7:7:15:4:7 chr6 31239430 . C T 83.47 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00594244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.273;QD=9.82039;RBI=0.0204923;REFB=-0.000592164;REVB=-0.0196118;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358398;STB=0.713925;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00118617;OID=.;OPOS=31239430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:7:4:16:7:7:4:16:7 chr6 31239501 . G T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0380246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.186;QD=11.0925;RBI=0.0560062;REFB=-0.043623;REVB=0.0411196;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0132796;OID=.;OPOS=31239501;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:2:4:3:2:2:4 chr6 31239518 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0795593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1283;QD=39.2065;RBI=0.0817858;REFB=0;REVB=0.0189535;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00177277;OID=.;OPOS=31239518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr6 31239543 . C T 32.36 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0877213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.603;QD=16.1824;RBI=0.0969524;REFB=-0.0364347;REVB=0.0412884;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0155236;OID=.;OPOS=31239543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr6 31239722 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.792;QD=35.5757;RBI=0.0719068;REFB=0;REVB=-0.0637476;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503181;OID=.;OPOS=31239722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 31239742 . G C 65.28 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0175174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.787;QD=16.3212;RBI=0.0190231;REFB=-0.0231839;REVB=-0.0074175;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168179;STB=0.613759;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0231813;OID=.;OPOS=31239742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:15:16:7:7:8:9:0.5625:2:6:4:3:2:7:4:3 chr6 31239752 . C T 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00447456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.498;QD=46.0574;RBI=0.0217533;REFB=-0.051933;REVB=0.0212882;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519979;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00824516;OID=.;OPOS=31239752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:7:12:0:0:7:12:1:0 chr6 31239766 . C T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.017361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.263;QD=5.95779;RBI=0.0301817;REFB=-0.00240494;REVB=-0.0246887;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133793;STB=0.587933;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00946574;OID=.;OPOS=31239766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:10:8:2:4:10:8 chr6 31239776 . A C 201.36 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0120558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.127;QD=28.7658;RBI=0.012379;REFB=-0.023322;REVB=-0.00281019;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475086;STB=0.526288;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00957535;OID=.;OPOS=31239776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:9:10:4:5:9:10:4:5 chr6 31239802 . C G 559.58 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0273;QD=57.3926;RBI=0.280951;REFB=0;REVB=0.280561;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00776832;OID=.;OPOS=31239802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:29:39:1:9:20:0:0:18:21:0:0 chr6 31239820 . A AT 563.19 PASS AF=1;AO=5;DP=47;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202644;FXX=0.0434688;HRUN=0;LEN=1;MLLD=95.9499;QD=51.1995;RBI=0.0788848;REFB=0;REVB=0.0762375;RO=41;SAF=3;SAR=2;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451345;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000379061;OID=.;OPOS=31239821;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:47:44:44:0:25:19:0:0:4:41:3:2:23:18 chr6 31239821 . G T 571.07 PASS AF=0.888889;AO=40;DP=46;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0221794;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.338;QD=50.7615;RBI=0.0578434;REFB=-0.0743374;REVB=0.0534222;RO=4;SAF=23;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305868;STB=0.502843;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00386158;OID=.;OPOS=31239821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:45:4:5:40:40:0.888889:17:23:3:1:17:23:3:2 chr6 31239827 . C T 745.32 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.674;QD=63.4318;RBI=0.0755347;REFB=0;REVB=0.0745779;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158004;OID=.;OPOS=31239827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:20:25:0:0:22:25:0:0 chr6 31322470 . C G 279.85 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.475;QD=48.6694;RBI=0.0416914;REFB=0.062587;REVB=0.0392965;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000436788;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:11:10:1:0:12:10:1:0 chr6 31322888 . A G 340.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1222;QD=54.5047;RBI=0.0295519;REFB=0;REVB=0.0154588;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006085;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr6 31322911 . C T 508.25 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0801846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.594;QD=56.4717;RBI=0.091285;REFB=-0.017293;REVB=0.0436278;RO=1;SAF=6;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158633;STB=0.50847;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00124061;OID=.;OPOS=31322911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:29:6:0:1:29:6:0:1 chr6 31322980 . C T 465.91 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519668;FXX=0.114253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.42;QD=60.1171;RBI=0.0540494;REFB=0;REVB=0.0148588;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816069;OID=.;OPOS=31322980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr6 31322996 . C T 471.86 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8916;QD=57.1946;RBI=0.0248889;REFB=0;REVB=0.011791;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640331;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:21:11:0:0:22:11:0:0 chr6 31323233 . A G 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0266231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.802;QD=11.2962;RBI=0.0286183;REFB=-0.00761191;REVB=-0.0104982;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569272;STB=0.521715;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0131881;OID=.;OPOS=31323233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:8:10:20:13:8:10:20:14 chr6 31323296 . A G 592.59 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0309912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.089;QD=56.4372;RBI=0.0343225;REFB=-0.153256;REVB=-0.0147507;RO=2;SAF=19;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046837;STB=0.524987;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00074099;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:21:19:2:0:21:19:2:0 chr6 31323337 . T C 109.26 PASS AF=0.48;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0225233;FXX=0.137883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.826;QD=17.4818;RBI=0.0341518;REFB=-0.00600082;REVB=0.0256719;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325459;STB=0.677144;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00480307;OID=.;OPOS=31323337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:25:11:13:12:12:0.48:5:7:2:9:5:7:3:10 chr6 31323353 . G A 112.07 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0288956;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5329;QD=14.9429;RBI=0.0362376;REFB=0.00861893;REVB=0.0218679;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252173;STB=0.646244;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00529538;OID=.;OPOS=31323353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:11:6:8:5:11:6 chr6 31323945 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.95;QD=37.4884;RBI=0.0771255;REFB=0;REVB=-0.0248376;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104729;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 31323953 . C G 57.09 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0557323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9055;QD=28.544;RBI=0.0662348;REFB=-0.141597;REVB=0.0357905;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0295289;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:1:0:2:5:1:0 chr6 31323958 . T G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.294;QD=28.5378;RBI=0.0354542;REFB=0.0121779;REVB=-0.013687;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.000145411;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:1:0:2:5:1:0 chr6 31323960 . G C 86.1 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3378;QD=38.2658;RBI=0.0307818;REFB=0;REVB=0.0282696;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187368;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:2:6:0:0:2:7:0:0 chr6 31324024 . C A 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0181518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.738;QD=14.0419;RBI=0.0368116;REFB=-0.0124244;REVB=0.032025;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0104307;OID=.;OPOS=31324024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr6 31324104 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0867042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7012;QD=11.0921;RBI=0.0875332;REFB=0.0412716;REVB=-0.0120184;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.039131;OID=.;OPOS=31324104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:4:2:2:3:4:2 chr6 31324516 . C A 45.6 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.138966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5523;QD=26.057;RBI=0.156685;REFB=-0.0340078;REVB=0.072378;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0277605;OID=.;OPOS=31324516;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:1:1:5:6:0.857143:0:5:1:0:1:5:1:0 chr6 31324666 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9178;QD=33.4285;RBI=0.184638;REFB=0;REVB=-0.184336;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0165382;OID=.;OPOS=31324666;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr6 31371430 . T C 723.28 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.07928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.466;QD=62.8942;RBI=0.100982;REFB=0;REVB=-0.0625469;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00203231;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr6 31378358 . T G 137.99 PASS AF=0.339623;AO=17;DP=52;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00398304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.115;QD=10.4145;RBI=0.0116088;REFB=-0.00862502;REVB=0.0109041;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192332;STB=0.608583;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0144239;OID=.;OPOS=31378358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:35:17:18:0.339623:9:8:10:23:10:8:10:25 chr6 31378387 . T C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0187953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5752;QD=12.2128;RBI=0.0279935;REFB=-0.00843389;REVB=0.0207454;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303876;STB=0.67972;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00852572;OID=.;OPOS=31378387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:9:13:4:9:9:13 chr6 31378425 . A G 118.17 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0602948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5839;QD=13.1296;RBI=0.0652443;REFB=-0.0191267;REVB=-0.0249271;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131049;STB=0.555473;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0367531;OID=.;OPOS=31378425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:22:14:14:0.388889:4:10:12:8:4:10:14:8 chr6 31378977 . G A 197.46 PASS AF=0.4;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0306763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.976;QD=13.1641;RBI=0.0506038;REFB=-0.0224417;REVB=-0.0402456;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116779;STB=0.574524;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0249309;OID=.;OPOS=31378977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:36:24:24:0.4:11:13:15:20:11:13:15:21 chr6 31379109 . G A 142.67 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0207277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.982;QD=14.267;RBI=0.0224244;REFB=-0.00183331;REVB=-0.00855681;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18229;STB=0.619051;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00344295;OID=.;OPOS=31379109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:10:5:12:12:11:5:12:12 chr6 31379115 . G A 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0230733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.54;QD=25.4982;RBI=0.0270625;REFB=0.0111924;REVB=0.0141423;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123643;STB=0.568481;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00825295;OID=.;OPOS=31379115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:12:11:5:11:12:11:5:11 chr6 31379773 . C T 131.83 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0247164;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.885;QD=13.5208;RBI=0.0295204;REFB=-0.0216256;REVB=0.0161417;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283311;STB=0.677731;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.025484;OID=.;OPOS=31379773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:24:14:15:0.384615:9:5:15:9:10:5:15:9 chr6 31379794 . CA TG 106.07 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.000114312;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=2;MLLD=152.345;QD=10.879;RBI=0.0204827;REFB=0.00415602;REVB=0.0204824;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255481;STB=0.650946;STBP=0.219;TYPE=mnp;VARB=-0.00303012;OID=.;OPOS=31379794;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:26:26:13:13:0.333333:7:6:18:8:7:6:18:8 chr6 31379807 . C T 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0074605;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.879;QD=7.48141;RBI=0.00775044;REFB=-0.0080168;REVB=0.00210008;RO=35;SAF=6;SAR=6;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225673;STB=0.624805;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0165081;OID=.;OPOS=31379807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:35:36:12:12:0.25:6:6:24:11:6:6:24:12 chr6 31379817 . T C 94.46 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0283896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.095;QD=7.12938;RBI=0.0612451;REFB=-0.026946;REVB=0.0542677;RO=40;SAF=6;SAR=7;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227192;STB=0.639797;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0338769;OID=.;OPOS=31379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:53:53:40:40:13:13:0.245283:7:6:26:14:7:6:26:14 chr6 31379823 . C G 121.91 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0138639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.173;QD=8.55525;RBI=0.0480989;REFB=-0.0128926;REVB=-0.0460575;RO=38;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155279;STB=0.59006;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.071839;OID=.;OPOS=31379823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:38:40:17:17:0.298246:9:8:23:15:9:8:24:16 chr6 31379931 . G A 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0258947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.468;QD=10.2709;RBI=0.0284058;REFB=-0.0146273;REVB=-0.0116773;RO=35;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405434;STB=0.742268;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0307824;OID=.;OPOS=31379931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:4:12:14:21:4:12:14:21 chr6 31380160 . TG T,TGCTGCTGCTGCT 362.26 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=16,9;DP=31;FAO=18,9;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=14,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221718,-0.0347495;FXX=0.128991;HRUN=2,1;LEN=1,11;MLLD=25.481,162.438;QD=53.6674;RBI=0.0731224,0.0382026;REFB=0,0;REVB=-0.0696799,-0.0158716;RO=0;SAF=4,0;SAR=12,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.07465e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=-0.0169496,0.0259422;OID=.,.;OPOS=31380161,31380162;OREF=G,-;OALT=-,CTGCTGCTGCT;OMAPALT=T,TGCTGCTGCTGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.666667,0.333333:16,9:31:18,9:27:0:4,0:14,9:0:0:68:0:4,0:12,9:0:0 chr6 31380198 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.017;QD=15.3789;RBI=0.00491509;REFB=-0.0275549;REVB=-0.00491509;RO=14;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0273688;OID=.;OPOS=31380198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:12:0:0:14:12:0:0:14 chr6 31382882 . C A 344.52 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0369674;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.752;QD=18.8778;RBI=0.0413238;REFB=-0.0221489;REVB=-0.018468;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073659;STB=0.534143;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0373231;OID=.;OPOS=31382882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:37:37:35:36:0.493151:19:16:14:23:20:16:14:23 chr6 31382911 . A G 789.13 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089961;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3917;QD=64.4188;RBI=0.0949374;REFB=0;REVB=-0.0303337;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666702;OID=.;OPOS=31382911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr6 31525912 . C T 357.43 PASS AF=0.848485;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00297429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.258;QD=43.3255;RBI=0.00327485;REFB=-0.144635;REVB=-0.00137048;RO=4;SAF=13;SAR=15;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123547;STB=0.55072;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00427099;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:33:33:4:5:28:28:0.848485:15:13:4:0:15:13:4:1 chr6 31583155 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7988;QD=53.9107;RBI=0.0407002;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=24;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526812;OID=.;OPOS=31583155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:0:24:0:0:0:24:0:0 chr6 31590898 . C T 993.87 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0612335;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0205;QD=59.3357;RBI=0.0612813;REFB=0;REVB=-0.00241946;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337983;OID=.;OPOS=31590898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr6 31594628 . T A 712.35 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00926252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3372;QD=59.3625;RBI=0.0135441;REFB=-0.045242;REVB=0.00988177;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240908;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00643695;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:45:47:0.979167:19:26:0:1:21:26:0:1 chr6 31595882 . C A 575.95 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.054;QD=60.6262;RBI=0.0750517;REFB=0;REVB=0.0244065;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258697;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:23:15:0:0 chr6 31601344 . T C 360.79 PASS AF=0.875;AO=27;DP=31;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0544753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6507;QD=45.0984;RBI=0.0572852;REFB=0.00415878;REVB=-0.0177212;RO=3;SAF=17;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737355;STB=0.513943;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.012338;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:32:3:4:27:28:0.875:10:17:2:1:11:17:2:2 chr6 31604044 . T G 329.78 PASS AF=0.962963;AO=21;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.145113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.0802;QD=48.8569;RBI=0.150602;REFB=-0.121879;REVB=0.0402891;RO=2;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439889;STB=0.510196;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.011052;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:27:27:2:1:21:26:0.962963:20:1:0:2:24:2:0:1 chr6 31606977 . C T 338.92 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00419941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3953;QD=17.8379;RBI=0.0695457;REFB=-0.0399137;REVB=-0.0694188;RO=40;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122569;STB=0.568475;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0260528;OID=.;OPOS=31606977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:16:20:17:23:16:20:17:23 chr6 31610686 . A G 1749.73 PASS AF=1;AO=113;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.23;QD=59.3129;RBI=0.0251607;REFB=0;REVB=0.0040908;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68781e-05;OID=.;OPOS=31610686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:113:118:1:60:53:0:0:61:57:0:0 chr6 31617054 . AGGGGGGGA AGGGGGGA,AGGGGGGAC,AGGGGGGAG 153.04 PASS AF=0.771429,0.0571429,0.0857143;AO=16,2,3;DP=42;FAO=27,2,3;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=10,0,3;FSAR=17,2,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.205325,-0.0888573,-0.0846992;FXX=0.166627;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,2;MLLD=7.48147,97.9509,97.0521;QD=17.4905;RBI=0.25552,0.101973,0.0981011;REFB=0.167119,0.0190212,0.0248016;REVB=-0.152092,-0.0500278,-0.0494962;RO=6;SAF=6,0,3;SAR=10,2,0;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0219834,-0.562437,0.711122;STB=0.503976,0.991947,0.995542;STBP=0.952,0.382,0.086;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=-0.0171292,0.146603,-0.0116314;OID=.,.,.;OPOS=31617055,31617061,31617061;OREF=G,GA,GA;OALT=-,AC,AG;OMAPALT=AGGGGGGA,AGGGGGGAC,AGGGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.771429,0.0571429,0.0857143:16,2,3:42:27,2,3:35:3:10,0,3:17,2,0:1:2:15:6:6,0,3:10,2,0:2:4 chr6 31627523 . C T 2199.2 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00827981;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.8871;QD=61.9493;RBI=0.0206643;REFB=-0.0533992;REVB=0.0189329;RO=1;SAF=63;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613526;STB=0.503184;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00156774;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:140:141:0.992958:77:63:0:1:78:63:0:1 chr6 31630313 . GC CG,G 40.03 PASS AF=0.138889,0.25;AO=3,7;DP=35;FAO=5,9;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=0,1;FSAR=5,8;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0772855,0.2095;FXX=0.0270197;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=133.587,9.45788;QD=4.44724;RBI=0.0845312,0.231208;REFB=0.00665442,-0.00739805;REVB=-0.0342414,-0.0978095;RO=18;SAF=0,1;SAR=3,6;SRF=3;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.505006,-0.0518902;STB=0.996747,0.657116;STBP=0.152,0.414;TYPE=mnp,del;VARB=0.0693005,0.0290597;OID=.,.;OPOS=31630313,31630314;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:35:36:18:22:3,7:5,9:0.138889,0.25:3,6:0,1:3:15:5,8:0,1:5:17 chr6 31634758 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.284;QD=59.8558;RBI=0.0226107;REFB=0;REVB=0.0200518;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82801e-05;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:35:34:0:0:35:36:0:0 chr6 31646986 . G A 559.74 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0163836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.325;QD=23.3226;RBI=0.0388424;REFB=-0.0234932;REVB=0.0352181;RO=44;SAF=20;SAR=32;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038908;STB=0.521359;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.021337;OID=.;OPOS=31646986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:32:20:15:29:32:20:15:29 chr6 31657413 . T C 1378.47 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342906;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.237;QD=62.6579;RBI=0.0630825;REFB=0;REVB=0.0529486;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133842;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:85:88:1:42:43:0:0:44:44:0:0 chr6 31680532 . G A 343.35 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.019453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.576;QD=21.7997;RBI=0.0328795;REFB=-0.00938749;REVB=0.0265074;RO=28;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918425;STB=0.550696;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00697199;OID=.;OPOS=31680532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:16:19:12:16:16:19:12:16 chr6 31695043 . A G 187.34 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0192528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2984;QD=20.2526;RBI=0.0200508;REFB=0.0111642;REVB=-0.00560026;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116263;STB=0.565645;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0135903;OID=.;OPOS=31695043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:11:8:10:8:11:8:10:8 chr6 31695437 . G A 316.03 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0315651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3465;QD=15.4159;RBI=0.0559965;REFB=-0.0183906;REVB=0.0462521;RO=46;SAF=9;SAR=26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227881;STB=0.63707;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0254877;OID=.;OPOS=31695437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:46:47:35:35:0.426829:26:9:21:25:26:9:22:25 chr6 31729359 . A G 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.671;QD=59.8542;RBI=0.0573531;REFB=0;REVB=-0.0571485;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020011;OID=.;OPOS=31729359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr6 31733544 . G A 280.99 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00929314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.213;QD=14.4095;RBI=0.0101007;REFB=-0.0201482;REVB=-0.00395743;RO=45;SAF=10;SAR=22;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10004;STB=0.551938;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0296218;OID=.;OPOS=31733544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:22:10:18:27:22:10:18:28 chr6 31740745 . G A 113.35 PASS AF=0.388889;AO=12;DP=34;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0362675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1086;QD=12.5943;RBI=0.0517708;REFB=-0.02331;REVB=0.0369443;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378991;STB=0.745392;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0468037;OID=.;OPOS=31740745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:22:22:12:14:0.388889:9:3:13:9:11:3:13:9 chr6 31745284 . C T 746.69 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0965;QD=63.548;RBI=0.0433317;REFB=0;REVB=0.024886;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041699;OID=.;OPOS=31745284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr6 31777945 . TC CT,TT 183.84 PASS AF=0,0.4;AO=3,22;DP=58;FAO=0,22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=0,6;FSAR=0,16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0252931,-0.0537657;FXX=0.0517152;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=40.6708,53.7658;QD=13.3701;RBI=0.033355,0.0552852;REFB=-0.00358227,-0.0149647;REVB=-0.0217442,-0.0128728;RO=31;SAF=3,6;SAR=0,16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.577707,-0.170588;STB=0.5,0.584534;STBP=1,0.324;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0129044;OID=.,.;OPOS=31777945,31777946;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:58:55:31:33:3,22:0,22:0,0.4:0,16:3,6:13:18:0,16:0,6:13:20 chr6 31778272 . G A 452.02 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727339;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.118;QD=58.3253;RBI=0.0727643;REFB=0;REVB=-0.00210345;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358537;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:20:9:0:0:20:11:0:0 chr6 31795550 . C T 232.52 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00477285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.043;QD=23.8479;RBI=0.0260988;REFB=-0.0260176;REVB=0.0256587;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081141;STB=0.553143;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0190674;OID=.;OPOS=31795550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:12:9:9:8:13:9:9:8 chr6 31797587 . C G 324.09 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.978;QD=54.0141;RBI=0.0446534;REFB=0;REVB=0.0169931;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119594;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:13:9:0:0:14:10:0:0 chr6 31797769 . A AAAGTT 262.44 PASS AF=0.359551;AO=27;DP=92;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0192912;FXX=0.0326052;HRUN=3;LEN=5;MLLD=237.547;QD=11.7949;RBI=0.0206314;REFB=-0.0229826;REVB=-0.00731474;RO=60;SAF=8;SAR=19;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268417;STB=0.645091;STBP=0.051;TYPE=ins;VARB=0.0309036;OID=.;OPOS=31797770;OREF=-;OALT=AAGTT;OMAPALT=AAAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.359551:27:92:32:89:57:9:23:28:29:99:60:8:19:31:29 chr6 31836976 . G A 1179.75 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329874;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.249;QD=60.4998;RBI=0.0345409;REFB=0;REVB=0.0102423;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33577e-05;OID=.;OPOS=31836976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:34:43:0:0:34:44:0:0 chr6 31838441 . T C 737.97 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.64;QD=56.7668;RBI=0.0608996;REFB=0;REVB=0.0608186;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260876;OID=.;OPOS=31838441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr6 31839309 . C T 1086.46 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175224;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.276;QD=60.3589;RBI=0.0213857;REFB=0;REVB=0.0122604;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107291;OID=.;OPOS=31839309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:43:28:0:0:44:28:0:0 chr6 31839331 . C T 889.11 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119806;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.786;QD=56.4511;RBI=0.017017;REFB=-0.0948378;REVB=0.0120848;RO=1;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012264;STB=0.506491;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0011289;OID=.;OPOS=31839331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:38:24:0:1:38:24:0:1 chr6 31860337 . T C 428.9 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.527;QD=57.1873;RBI=0.0485213;REFB=0;REVB=0.0225105;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117858;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr6 31864461 . CT TC 50.62 PASS AF=0.230769;AO=8;DP=41;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0163048;FXX=0.0487686;HRUN=4;LEN=2;MLLD=94.481;QD=5.19162;RBI=0.0203069;REFB=-0.00537499;REVB=-0.0121048;RO=30;SAF=1;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44446;STB=0.685825;STBP=0.232;TYPE=mnp;VARB=0.14712;OID=.;OPOS=31864461;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:39:30:30:8:9:0.230769:7:1:13:17:7:2:13:17 chr6 31869088 . CGGGGGT CGGGG,CGGGGT 33.36 PASS AF=0,0.25;AO=8,9;DP=68;FAO=0,17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=0,3;FSAR=0,14;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0126025,0.00739385;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=170.889,14.0259;QD=1.96249;RBI=0.017316,0.266572;REFB=-0.00609881,-0.0168561;REVB=0.0118752,-0.266469;RO=44;SAF=0,4;SAR=8,5;SRF=25;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.70898,-0.150649;STB=0.5,0.795963;STBP=1,0.009;TYPE=del,del;VARB=0,-0.14461;OID=.,.;OPOS=31869093,31869089;OREF=GT,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGGG,CGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.25:8,9:68:0,17:68:51:0,3:0,14:28:23:34:44:0,4:8,5:25:19 chr6 31914935 . A G 1516.35 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369291;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.571;QD=60.0535;RBI=0.0390663;REFB=0;REVB=-0.0127444;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07073e-05;OID=.;OPOS=31914935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr6 31915240 . C T 947.02 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0167018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.96;QD=55.7071;RBI=0.0348782;REFB=-0.116895;REVB=0.0306193;RO=1;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011386;STB=0.50378;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000773546;OID=.;OPOS=31915240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:66:66:0.970588:41:25:0:1:41:25:1:1 chr6 31922440 . TGTCTCGATCCCG T 262.99 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387552;FXX=0.41922;HRUN=1;LEN=12;MLLD=188.599;QD=58.4419;RBI=0.0708653;REFB=0;REVB=0.059329;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000476253;OID=.;OPOS=31922441;OREF=GTCTCGATCCCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:18:23:18:18:0:8:10:0:0:3:0:8:10:0:0 chr6 31928799 . T C 742.61 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00619291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.873;QD=53.0434;RBI=0.0709324;REFB=-0.0792987;REVB=-0.0706615;RO=2;SAF=29;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031395;STB=0.516661;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00155731;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:25:29:2:0:25:29:2:0 chr6 31929014 . A C,G 1301.06 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=81,5;DP=86;FAO=84,2;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43,2;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421269,-0.06673;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.7253,43.9165;QD=60.5146;RBI=0.056741,0.0687612;REFB=0,0;REVB=0.0380114,0.0165893;RO=0;SAF=40,5;SAR=41,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.17427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00324609,0.119319;OID=.,.;OPOS=31929014,31929014;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:86:86:0:0:81,5:84,2:0.976744,0.0232558:41,0:40,5:0:0:41,0:43,2:0:0 chr6 31936386 . C T 742.57 PASS AF=0.981818;AO=43;DP=58;FAO=54;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.158;QD=54.0047;RBI=0.070624;REFB=-0.0927842;REVB=0.0686793;RO=6;SAF=24;SAR=19;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643936;STB=0.512816;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00201085;OID=.;OPOS=31936386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:55:6:1:43:54:0.981818:19:24:5:1:19:35:0:1 chr6 31936668 . T C 291.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630356;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.088;QD=52.9713;RBI=0.080607;REFB=0;REVB=0.0803602;RO=0;SAF=21;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112344;OID=.;OPOS=31936668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:1:21:0:0:1:21:0:0 chr6 31948448 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.834;QD=44.6898;RBI=0.0158874;REFB=0;REVB=-0.00887395;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02091e-05;OID=.;OPOS=31948448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr6 31975129 . T C 1487.44 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0107729;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.639;QD=61.3379;RBI=0.0258602;REFB=-0.0557564;REVB=0.0235095;RO=2;SAF=77;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194943;STB=0.510287;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00124994;OID=.;OPOS=31975129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:97:2:2:95:95:0.979381:18:77:1:1:18:77:1:1 chr6 31977391 . C T 732.24 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07188;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.602;QD=56.3262;RBI=0.0900921;REFB=0;REVB=0.0543125;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623414;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:28:24:0:0 chr6 31978746 . G A 315.01 PASS AF=1;AO=15;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00785087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.8;QD=52.5013;RBI=0.016678;REFB=0;REVB=0.0147146;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02283e-05;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:15:24:1:5:10:0:0:6:18:0:0 chr6 32006317 . C T 375.57 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4606;QD=55.64;RBI=0.0744024;REFB=0;REVB=0.0170674;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022213;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr6 32006337 . C A 267.02 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0434782;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.7807;QD=42.7231;RBI=0.0447067;REFB=-0.134109;REVB=0.0104085;RO=2;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440443;STB=0.534854;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0132098;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:2:3:22:22:0.88:20:2:0:2:20:2:0:3 chr6 32006858 . C A 719.63 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6582;QD=61.2452;RBI=0.232702;REFB=-0.0822876;REVB=0.21999;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240991;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00719399;OID=.;OPOS=32006858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:1:0:46:47:1:19:27:0:1:20:27:0:0 chr6 32017105 . A G 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000120786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.714;QD=57.8349;RBI=0.0369282;REFB=0.0686753;REVB=-0.036928;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00105143;OID=.;OPOS=32017105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:32:37:0:0:32:37:1:0 chr6 32024552 . C T 285.18 PASS AF=0.375;AO=32;DP=89;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0210353;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.601;QD=12.9626;RBI=0.039069;REFB=-0.00549008;REVB=0.0329227;RO=53;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125939;STB=0.549111;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0100406;OID=.;OPOS=32024552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:53:55:32:33:0.375:15:17:22:31:16:17:24:31 chr6 32097317 . G GAGACTTATGAGA 266.82 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=75;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0140954;FXX=0.133316;HRUN=1;LEN=12;MLLD=275.659;QD=16.4196;RBI=0.0155043;REFB=-0.0265455;REVB=0.00645768;RO=37;SAF=12;SAR=16;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218237;STB=0.619167;STBP=0.105;TYPE=ins;VARB=0.0271405;OID=.;OPOS=32097318;OREF=-;OALT=AGACTTATGAGA;OMAPALT=GAGACTTATGAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446154:28:75:29:65:36:13:16:24:12:99:37:12:16:24:13 chr6 32119898 . T C 4049.06 PASS AF=0.963899;AO=265;DP=275;FAO=267;FDP=277;FR=.;FRO=10;FSAF=113;FSAR=154;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0102556;FXX=0.00359699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.02;QD=58.4702;RBI=0.0233703;REFB=-0.0233199;REVB=0.0209998;RO=10;SAF=113;SAR=152;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263303;STB=0.51387;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00235401;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:275:277:10:10:265:267:0.963899:152:113:8:2:154:113:8:2 chr6 32122386 . C G 208.09 PASS AF=0.4;AO=21;DP=61;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=33;FWDB=0.0284435;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.597;QD=12.8053;RBI=0.0286585;REFB=-0.0221338;REVB=0.00350331;RO=39;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377777;STB=0.691054;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0365208;OID=.;OPOS=32122386;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:39:39:21:26:0.4:11:10:6:33:14:12:6:33 chr6 32149140 . C T 495.59 PASS AF=0.495238;AO=51;DP=104;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0138011;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.005;QD=18.8796;RBI=0.0142214;REFB=-0.041166;REVB=0.0034321;RO=47;SAF=17;SAR=34;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675174;STB=0.56708;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0377284;OID=.;OPOS=32149140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:47:53:51:52:0.495238:34:17:19:28:34:18:25:28 chr6 32151690 . TGGGGGC TGGGC,TGGGG,TGGGGG 301.19 PASS AF=0,0.973684,0;AO=7,13,4;DP=40;FAO=0,37,0;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=0,23,0;FSAR=0,14,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.160621,0.0701999,-0.180487;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=8.11302,16.0711,8.37706;QD=31.7041;RBI=0.587952,0.244985,0.690782;REFB=0.0830971,0.110242,0.0600763;REVB=-0.565587,-0.234711,0.666787;RO=3;SAF=0,13,4;SAR=7,0,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.305263,0.305263,0;SSEP=0,0,0.354167;SSSB=-0.812474,0,0;STB=0.5,0.510633,0.5;STBP=1,0.51,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,-0.00158032,0;OID=.,.,.;OPOS=32151691,32151695,32151696;OREF=GG,GC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGGC,TGGGG,TGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.973684,0:7,13,4:40:0,37,0:38:1:0,23,0:0,14,0:1:0:3:3:0,13,4:7,0,0:3:0 chr6 32151994 . A T 801.64 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.655;QD=57.2598;RBI=0.026739;REFB=0;REVB=-0.025796;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.04387e-05;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:18:37:0:0:18:38:0:0 chr6 32154998 . C T 166.03 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0229842;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2758;QD=12.7713;RBI=0.0320175;REFB=-0.0106958;REVB=-0.0222901;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091965;STB=0.576534;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0189975;OID=.;OPOS=32154998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:30:32:20:20:0.384615:13:7:13:17:13:7:15:17 chr6 32159191 . C T 384.16 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0125965;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.163;QD=17.6624;RBI=0.0127332;REFB=-0.0174076;REVB=-0.00186065;RO=47;SAF=12;SAR=28;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685493;STB=0.538442;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0214584;OID=.;OPOS=32159191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:28:12:17:30:28:12:17:30 chr6 32172065 . T G 1591.25 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00609587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.909;QD=63.6501;RBI=0.0061146;REFB=0;REVB=-0.000478296;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7862e-05;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:44:55:0:0:45:55:0:0 chr6 32178570 . C T 362.96 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0109568;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.749;QD=14.0953;RBI=0.0112621;REFB=-0.00876441;REVB=0.00260488;RO=60;SAF=16;SAR=26;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345296;STB=0.523279;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0125247;OID=.;OPOS=32178570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:61:42:42:0.407767:26:16:21:39:26:16:21:40 chr6 32184705 . G A 650.1 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000838518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2918;QD=61.9142;RBI=0.022809;REFB=0;REVB=0.0227935;RO=0;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220075;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:35:7:0:0:35:7:0:0 chr6 32190484 . G A 708.67 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00573255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.602;QD=49.7312;RBI=0.011132;REFB=-0.205871;REVB=0.00954254;RO=3;SAF=18;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000706717;STB=0.50704;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0012165;OID=.;OPOS=32190484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:57:57:3:4:53:53:0.929825:35:18:1:2:35:18:1:3 chr6 32191620 . C T 232.83 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.017761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3459;QD=12.7575;RBI=0.0273133;REFB=-0.00128295;REVB=0.02075;RO=43;SAF=23;SAR=5;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298808;STB=0.678931;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00149939;OID=.;OPOS=32191620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:45:28:28:0.383562:5:23:26:17:5:23:27:18 chr6 32191658 . TAGCAGCAGCAGC T 354.84 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.0252976;FXX=0.105249;HRUN=1;LEN=12;MLLD=241.92;QD=20.8729;RBI=0.0538361;REFB=-0.0371023;REVB=0.0475222;RO=10;SAF=26;SAR=9;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150277;STB=0.535695;STBP=0.608;TYPE=del;VARB=0.0187525;OID=.;OPOS=32191659;OREF=AGCAGCAGCAGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:35:67:36:68:32:26:10:25:7:99:10:26:9:10:0 chr6 32223531 . A C 206.73 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0156911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.054;QD=16.8761;RBI=0.0196543;REFB=-0.0252247;REVB=-0.0118355;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.056088;OID=.;OPOS=32223531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:49:49:27:27:12:12:0.244898:8:4:9:18:8:4:9:18 chr6 32223632 . G A 442.15 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00123189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.145;QD=22.6744;RBI=0.103256;REFB=-0.0028285;REVB=0.103249;RO=33;SAF=18;SAR=25;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101039;STB=0.56883;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00280355;OID=.;OPOS=32223632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:35:43:43:0.551282:25:18:18:15:25:18:20:15 chr6 32230608 . T C 35.46 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.060834;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3268;QD=17.7304;RBI=0.0775393;REFB=0.0196185;REVB=0.0480788;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00617444;OID=.;OPOS=32230608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:2:1:3:2:2:1 chr6 32256418 . T C 302.38 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0160771;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.099;QD=15.5068;RBI=0.0506931;REFB=-0.00223758;REVB=0.0480762;RO=44;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506575;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00319942;OID=.;OPOS=32256418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:33:34:0.435897:21:12:16:28:22:12:16:28 chr6 32261507 . T C 416.16 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0467835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0378;QD=19.5841;RBI=0.0609934;REFB=-0.0192929;REVB=0.0391344;RO=42;SAF=19;SAR=23;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875324;STB=0.553373;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0171565;OID=.;OPOS=32261507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:23:19:15:27:23:19:15:28 chr6 32261771 . A G 338.77 PASS AF=0.589286;AO=26;DP=59;FAO=33;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0110073;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.999;QD=24.198;RBI=0.0270924;REFB=-0.0284718;REVB=0.0247556;RO=21;SAF=18;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25989;STB=0.61067;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00946685;OID=.;OPOS=32261771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:21:22:26:33:0.589286:8:18:8:13:12:21:8:14 chr6 32261952 . GAT AAT,ATA 78.88 PASS AF=0.55,0;AO=8,2;DP=19;FAO=11,0;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3,0;FSAR=8,0;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00863799,-0.0381295;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=67.2254,74.2958;QD=15.775;RBI=0.0547196,0.0599607;REFB=-0.039068,-0.0130191;REVB=0.0540335,0.0462755;RO=9;SAF=2,0;SAR=6,2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0926992,-0.532037;STB=0.533271,0.5;STBP=0.856,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0670403,0;OID=.,.;OPOS=32261952,32261952;OREF=G,GAT;OALT=A,ATA;OMAPALT=AAT,ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:19:20:9:9:8,2:11,0:0.55,0:6,2:2,0:3:6:8,0:3,0:3:6 chr6 32268501 . A T 281.19 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0257068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.306;QD=21.222;RBI=0.0257133;REFB=-0.0158431;REVB=-0.000580523;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143399;STB=0.579506;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0109745;OID=.;OPOS=32268501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:16:13:15:9:16:13:15:9 chr6 32270363 . A T 42.12 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00609061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.283;QD=4.55304;RBI=0.012536;REFB=-0.00661704;REVB=-0.010957;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109926;STB=0.574997;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0188266;OID=.;OPOS=32270363;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:5:2:11:19:5:2:11:19 chr6 32290927 . G T 1434.4 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7861;QD=63.0506;RBI=0.0372154;REFB=0;REVB=-0.0308415;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000326524;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:55:36:0:0:55:36:0:0 chr6 32291270 . CAG C 104.5 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.023933;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.68;QD=9.72094;RBI=0.0339066;REFB=-0.0158938;REVB=-0.0240181;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043696;STB=0.52684;STBP=0.84;TYPE=del;VARB=0.0374147;OID=.;OPOS=32291271;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.302326:13:44:13:43:30:6:7:15:15:99:28:6:7:14:14 chr6 32291359 . T G 817.6 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7335;QD=57.3754;RBI=0.0169831;REFB=0;REVB=0.00889032;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.65609e-05;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr6 32298372 . A G 255.49 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.142247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.276;QD=17.9291;RBI=0.14227;REFB=-0.00781419;REVB=0.00253899;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164767;STB=0.598671;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0164978;OID=.;OPOS=32298372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:27:28:0.491228:11:16:12:17:11:17:12:17 chr6 32301804 . G C 389.82 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00110089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.771;QD=16.4134;RBI=0.00537095;REFB=-0.00466635;REVB=-0.00525691;RO=53;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650992;STB=0.531331;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00615939;OID=.;OPOS=32301804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:54:41:41:0.431579:19:22:25:28:19:22:26:28 chr6 32303672 . T A 247.97 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0407642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.005;QD=18.3683;RBI=0.0408151;REFB=-0.0209834;REVB=0.00203832;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165267;STB=0.592524;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0321329;OID=.;OPOS=32303672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:11:16:11:16:11:16:11:16 chr6 32307260 . T G 216.06 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000656841;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.624;QD=16.6199;RBI=0.0425595;REFB=-0.0150134;REVB=0.0425544;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736317;STB=0.541632;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.021752;OID=.;OPOS=32307260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:15:13:13:11:15:13 chr6 32307382 . G A 165.04 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0685155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.695;QD=12.4557;RBI=0.0755992;REFB=-0.024279;REVB=-0.0319509;RO=32;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288674;STB=0.529502;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0323804;OID=.;OPOS=32307382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:33:20:20:0.377358:13:7:12:20:13:7:13:20 chr6 32310986 . C G 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.03363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.351;QD=17.4007;RBI=0.0479414;REFB=0.00741466;REVB=-0.0341672;RO=13;SAF=11;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416664;STB=0.743928;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00107238;OID=.;OPOS=32310986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:2:11:6:7:2:11:6:7 chr6 32317859 . T C 339.21 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0435257;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.514;QD=17.6215;RBI=0.0469201;REFB=-0.02467;REVB=0.0175218;RO=38;SAF=22;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988998;STB=0.570208;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0242656;OID=.;OPOS=32317859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:41:35:36:0.467532:13:22:20:18:13:23:21:20 chr6 32317922 . TTTTC T,TTTTCT 124.09 PASS AF=0.413043,0.0217391;AO=18,6;DP=46;FAO=19,1;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8,1;FSAR=11,0;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0179407,0.00164355;FXX=0.061212;HRUN=4,3;LEN=4,1;MLLD=255.882,17.9463;QD=10.7902;RBI=0.0202515,0.0511636;REFB=-0.0201168,-0.0451268;REVB=0.00939444,-0.0511372;RO=18;SAF=7,2;SAR=11,4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.316456,0;SSSB=-0.195856,-0.311994;STB=0.54605,0.989818;STBP=0.628,0.462;TYPE=del,ins;VARB=0.0265585,0.0383167;OID=.,.;OPOS=32317923,32317927;OREF=TTTC,-;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043,0.0217391:18,6:46:19,1:46:26:8,1:11,0:13:13:99:18:7,2:11,4:11:7 chr6 32333093 . A G 129.13 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00661402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.589;QD=7.07547;RBI=0.0189603;REFB=-0.00659394;REVB=-0.0177693;RO=54;SAF=11;SAR=8;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16268;STB=0.598751;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0246637;OID=.;OPOS=32333093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:54:19:19:0.260274:8:11:24:30:8:11:24:30 chr6 32333098 . C T 121.03 PASS AF=0.25;AO=17;DP=73;FAO=18;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-5.76955e-05;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.311;QD=6.7236;RBI=0.019929;REFB=-0.0094184;REVB=-0.0199289;RO=42;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663901;STB=0.582731;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0364567;OID=.;OPOS=32333098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:42:54:17:18:0.25:8:9:22:20:8:10:24:30 chr6 32333955 . T C 200.17 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0236634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4435;QD=21.0702;RBI=0.0947471;REFB=-0.0332348;REVB=0.0917445;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225143;STB=0.512646;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0329734;OID=.;OPOS=32333955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:14:6:5:13:14:6:5:13 chr6 32334224 . C G 50.56 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0338281;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6634;QD=13.4835;RBI=0.0342364;REFB=-0.00453115;REVB=-0.00527177;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172968;STB=0.603481;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0165153;OID=.;OPOS=32334224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:16:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:3:5:3:4:3:5 chr6 32336586 . A G 465.07 PASS AF=0.389706;AO=52;DP=136;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0235782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.29;QD=13.6785;RBI=0.0241353;REFB=-0.00628865;REVB=-0.00515606;RO=83;SAF=33;SAR=19;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169012;STB=0.587421;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00963521;OID=.;OPOS=32336586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:83:83:52:53:0.389706:19:33:40:43:20:33:40:43 chr6 32337686 . A G 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.669;QD=59.6784;RBI=0.042781;REFB=0;REVB=0.0353659;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147409;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr6 32370794 . C T 779.02 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6352;QD=56.656;RBI=0.0200533;REFB=0;REVB=0.0162028;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12728e-05;OID=.;OPOS=32370794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr6 32370816 . G A 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0328;QD=58.9614;RBI=0.0567103;REFB=0;REVB=0.0565059;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526175;OID=.;OPOS=32370816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr6 32370835 . T C 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.552;QD=59.8543;RBI=0.0157373;REFB=0;REVB=-0.00240865;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.59298e-05;OID=.;OPOS=32370835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr6 32370879 . C T 601.63 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00825857;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.815;QD=45.406;RBI=0.0147845;REFB=-0.199198;REVB=0.0122628;RO=6;SAF=19;SAR=28;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127587;STB=0.568153;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0019503;OID=.;OPOS=32370879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:53:53:6:6:47:47:0.886792:28:19:6:0:28:19:6:0 chr6 32370908 . T A 576.56 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000504319;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.802;QD=57.6562;RBI=0.00126244;REFB=-0.104508;REVB=0.00115733;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322882;STB=0.516121;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000317855;OID=.;OPOS=32370908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:24:14:1:0:24:15:1:0 chr6 32370968 . GTG CGT,GT 485.97 PASS AF=0,1;AO=2,32;DP=34;FAO=0,34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188397,0.0132719;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=60.9314,29.9384;QD=57.1729;RBI=0.0194114,0.0571508;REFB=0,0;REVB=-0.0046764,0.0555884;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0413718,0.00275666;OID=.,.;OPOS=32370968,32370970;OREF=GTG,G;OALT=CGT,-;OMAPALT=CGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:34:34:0:0:2,32:0,34:0,1:2,15:0,17:0:0:0,17:0,17:0:0 chr6 32370975 . C T 489.99 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.789;QD=55.999;RBI=0.0256891;REFB=-0.065131;REVB=0.0193971;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000378028;OID=.;OPOS=32370975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:0:1:33:34:0.971429:16:17:0:0:16:18:0:1 chr6 32370986 . C A 519.52 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6601;QD=59.3732;RBI=0.0325754;REFB=0;REVB=0.0185001;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151558;OID=.;OPOS=32370986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr6 32372863 . A T 1508.67 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0511603;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.85;QD=58.0259;RBI=0.0514433;REFB=0.0214618;REVB=-0.00538863;RO=1;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939421;STB=0.50495;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000270822;OID=.;OPOS=32372863;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:101:103:0.990385:50:51:0:1:50:53:0:1 chr6 32372963 . G A 1477.27 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164335;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.875;QD=63.5384;RBI=0.058178;REFB=0;REVB=0.0558087;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175253;OID=.;OPOS=32372963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr6 32410987 . A G 1319.84 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.6035;QD=62.1102;RBI=0.0136962;REFB=0;REVB=-0.0135681;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19361e-05;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr6 32489707 . AC CA 140.13 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486595;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.221;QD=37.3671;RBI=0.115121;REFB=0;REVB=0.104332;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00265693;OID=.;OPOS=32489707;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr6 32489711 . A G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.896;QD=41.8679;RBI=0.0252753;REFB=0.0430634;REVB=-0.000256324;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479918;STB=0.526281;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000210263;OID=.;OPOS=32489711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:1:0:6:9:1:0 chr6 32489731 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.114;QD=53.91;RBI=0.114073;REFB=0;REVB=0.113082;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713261;OID=.;OPOS=32489731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr6 32489786 . T G 289.28 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.253;QD=52.5968;RBI=0.0637408;REFB=0;REVB=-0.0450268;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02251e-06;OID=.;OPOS=32489786;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr6 32489791 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.721;QD=47.8224;RBI=0.0407581;REFB=0;REVB=-0.0278121;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000501804;OID=.;OPOS=32489791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr6 32489795 . T A 174.16 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000386944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.451;QD=46.4433;RBI=0.0946509;REFB=0;REVB=0.0946501;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221908;OID=.;OPOS=32489795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:7:8:0:0 chr6 32489825 . T A 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.718;QD=43.4797;RBI=0.0518323;REFB=0;REVB=0.0339902;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102199;OID=.;OPOS=32489825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr6 32546727 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0206978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.083;QD=12.0156;RBI=0.108358;REFB=-0.00553169;REVB=0.106363;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0191888;OID=.;OPOS=32546727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:5:2:2:4:5:2 chr6 32546743 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.528;QD=44.6898;RBI=0.0442474;REFB=0;REVB=-0.033332;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05556e-05;OID=.;OPOS=32546743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr6 32546795 . T A 127.37 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.089323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.39;QD=42.4563;RBI=0.100647;REFB=0;REVB=0.0463805;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000776086;OID=.;OPOS=32546795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:5:7:0:0 chr6 32546800 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00555751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.621;QD=14.0434;RBI=0.0564225;REFB=-0.00310497;REVB=-0.0561481;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.651584;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0249527;OID=.;OPOS=32546800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:0:4:9:5:0.555556:4:5:0:0:3:2:3:1 chr6 32546828 . C T 58.16 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.795;QD=33.2361;RBI=0.0224325;REFB=0;REVB=0.0171241;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151059;OID=.;OPOS=32546828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:4:3:0:0 chr6 32546866 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0032;QD=37.4869;RBI=0.0632993;REFB=0;REVB=0.0325133;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466366;OID=.;OPOS=32546866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr6 32547982 . G A 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0170444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.772;QD=8.89996;RBI=0.0429233;REFB=-0.00610546;REVB=-0.0393942;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522814;STB=0.531961;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0148917;OID=.;OPOS=32547982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:5:6:13:13:5:6:13:13 chr6 32547988 . T G 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0322098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.481;QD=30.1268;RBI=0.0345081;REFB=-0.0153252;REVB=-0.0123828;RO=11;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499396;STB=0.541632;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00578885;OID=.;OPOS=32547988;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:11:12:24:24:0.666667:13:11:6:5:13:11:7:5 chr6 32547990 . TG AA,TA 517.25 PASS AF=0.305556,0.694444;AO=10,24;DP=35;FAO=11,25;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=6,12;FSAR=5,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998684,0.0161175;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=121.037,76.4336;QD=57.4721;RBI=0.0100335,0.0181535;REFB=0,0;REVB=0.000966192,-0.00835317;RO=0;SAF=6,12;SAR=4,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0163406,-0.000187748;OID=.,.;OPOS=32547990,32547991;OREF=TG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:82:35:36:0:0:10,24:11,25:0.305556,0.694444:4,12:6,12:0:0:5,13:6,12:0:0 chr6 32547997 . T G 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00708736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.348;QD=9.53625;RBI=0.0145833;REFB=-0.0208349;REVB=0.0127453;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634537;STB=0.538398;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0286117;OID=.;OPOS=32547997;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:12:15:6:6:12:15 chr6 32548026 . G C 272.4 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00469853;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1325;QD=30.2663;RBI=0.0195181;REFB=0.00238035;REVB=0.0189441;RO=12;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253442;STB=0.513942;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=5.30628e-05;OID=.;OPOS=32548026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:37:36:12:12:24:24:0.666667:13:11:6:6:13:11:6:6 chr6 32548066 . G T 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0317881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4732;QD=30.5517;RBI=0.0417265;REFB=0.010421;REVB=-0.0270299;RO=7;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948483;STB=0.552452;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0040774;OID=.;OPOS=32548066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:11:7:4:3:11:7:4:3 chr6 32548520 . C T 241.11 PASS AF=0.424242;AO=26;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0085732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.698;QD=14.6124;RBI=0.0101066;REFB=-0.00658897;REVB=0.00535196;RO=38;SAF=10;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227869;STB=0.600787;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00979826;OID=.;OPOS=32548520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:38:26:28:0.424242:16:10:23:15:16:12:23:15 chr6 32548534 . C T 47.8 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.0103106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0304;QD=2.48307;RBI=0.0456458;REFB=-0.00202137;REVB=0.0444661;RO=67;SAF=8;SAR=2;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479525;STB=0.834335;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0221628;OID=.;OPOS=32548534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:77:77:67:67:10:10:0.12987:2:8:26:41:2:8:26:41 chr6 32548554 . G C 118.74 PASS AF=0.223529;AO=18;DP=84;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.03272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2539;QD=5.58778;RBI=0.0386535;REFB=0.00278896;REVB=0.0205789;RO=66;SAF=12;SAR=6;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366459;STB=0.699802;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00778747;OID=.;OPOS=32548554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:66:66:18:19:0.223529:6:12:24:42:7:12:24:42 chr6 32548556 . C T 131.89 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=82;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0172868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.361;QD=6.13428;RBI=0.0255104;REFB=-0.00760209;REVB=-0.0187602;RO=61;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345571;STB=0.710739;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.015203;OID=.;OPOS=32548556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:61:66:20:20:0.232558:7:13:22:39:7:13:24:42 chr6 32548581 . A G 592.55 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0107808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.274;QD=27.2435;RBI=0.0163627;REFB=-0.0102315;REVB=0.0123091;RO=34;SAF=19;SAR=34;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409702;STB=0.522338;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00803095;OID=.;OPOS=32548581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:34:53:53:0.609195:34:19:14:20:34:19:14:20 chr6 32549401 . T C 62.22 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.516;QD=35.5544;RBI=0.0259019;REFB=0;REVB=-0.0229661;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00295597;OID=.;OPOS=32549401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 32549452 . C A,G 201.96 PASS AF=0.352941,0.647059;AO=6,11;DP=17;FAO=6,11;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=4,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038522,0.0496905;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.0108,68.7491;QD=47.5209;RBI=0.0385477,0.0497462;REFB=0,0;REVB=0.00140697,0.00235419;RO=0;SAF=2,8;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0216804,-0.0104678;OID=.,.;OPOS=32549452,32549452;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:17:17:0:0:6,11:6,11:0.352941,0.647059:4,3:2,8:0:0:4,3:2,8:0:0 chr6 32549464 . T C 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00102928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.38;QD=28.7635;RBI=0.0200249;REFB=-0.0368901;REVB=-0.0199984;RO=8;SAF=14;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219819;STB=0.64419;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00673354;OID=.;OPOS=32549464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:8:9:19:19:0.678571:5:14:3:5:5:14:3:6 chr6 32549475 . T C 464.66 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000535088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.53;QD=58.082;RBI=0.00434295;REFB=0;REVB=0.00430986;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56282e-06;OID=.;OPOS=32549475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:10:21:0:0:11:21:0:0 chr6 32549481 . C T 539.36 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.7;QD=56.7748;RBI=0.0280032;REFB=-0.13032;REVB=0.00496769;RO=1;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445069;STB=0.523796;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00160845;OID=.;OPOS=32549481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:38:1:1:36:37:0.973684:10:26:0:1:10:27:0:1 chr6 32549497 . G A 754.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.989;QD=56.931;RBI=0.0161641;REFB=0;REVB=0.00977665;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2013e-05;OID=.;OPOS=32549497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr6 32549501 . A C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.675;QD=57.3858;RBI=0.0142641;REFB=0;REVB=0.011958;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80658e-05;OID=.;OPOS=32549501;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:20:37:0:0:20:37:0:0 chr6 32549548 . G A 1371.97 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00156426;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.538;QD=61.6614;RBI=0.00802526;REFB=-0.00861053;REVB=-0.00787134;RO=1;SAF=46;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101897;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000331054;OID=.;OPOS=32549548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:87:88:0.988764:41:46:1:0:42:46:1:0 chr6 32549589 . A C 260.53 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00255303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.946;QD=12.1177;RBI=0.0245067;REFB=-0.0135851;REVB=-0.0243734;RO=54;SAF=13;SAR=18;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110054;STB=0.557786;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0293127;OID=.;OPOS=32549589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:54:55:31:31:0.360465:18:13:28:26:18:13:28:27 chr6 32549596 . T C 1283.28 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6454;QD=61.8446;RBI=0.0168863;REFB=0;REVB=0.00928141;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133714;OID=.;OPOS=32549596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr6 32549607 . T G 192.22 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0568698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.536;QD=9.8574;RBI=0.0571013;REFB=0.00474464;REVB=-0.0051361;RO=52;SAF=9;SAR=16;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165085;STB=0.591267;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0136302;OID=.;OPOS=32549607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:53:25:25:0.320513:16:9:26:26:16:9:26:27 chr6 32549611 . T A 1069.91 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245921;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.948;QD=58.6252;RBI=0.0265975;REFB=-0.0826551;REVB=-0.010132;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119732;STB=0.506327;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000467415;OID=.;OPOS=32549611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:39:33:0:1:39:33:0:1 chr6 32551990 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.326;QD=37.4885;RBI=0.0363787;REFB=0;REVB=0.0209298;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974491;OID=.;OPOS=32551990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 32551995 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.796;QD=39.2067;RBI=0.031371;REFB=0;REVB=-0.0290467;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000799086;OID=.;OPOS=32551995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr6 32551999 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.654;QD=42.1818;RBI=0.0601806;REFB=0;REVB=0.059448;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108122;OID=.;OPOS=32551999;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr6 32552029 . A T 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00978024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.068;QD=27.3838;RBI=0.02159;REFB=-0.0135249;REVB=0.0192478;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29369;STB=0.666324;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00464975;OID=.;OPOS=32552029;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:7:3:3:0:7:3:3:0 chr6 32552059 . G A 101.95 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000534669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5643;QD=29.1271;RBI=0.0286066;REFB=0.0717591;REVB=-0.0286016;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.636115;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0223241;OID=.;OPOS=32552059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:0:3:11:11:0.785714:7:4:0:0:7:4:3:0 chr6 32552075 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.193;QD=45.8038;RBI=0.037797;REFB=0;REVB=-0.00534542;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413687;OID=.;OPOS=32552075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr6 32552085 . G C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.363;QD=46.8451;RBI=0.0281684;REFB=0;REVB=0.00995954;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445861;OID=.;OPOS=32552085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr6 32557478 . CG AA 53.09 PASS AF=0.7;AO=6;DP=9;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00157943;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.117;QD=21.2347;RBI=0.0592482;REFB=0.00726079;REVB=0.0592271;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354507;STB=0.719257;STBP=0.096;TYPE=mnp;VARB=-0.00494569;OID=.;OPOS=32557478;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:10:3:3:6:7:0.7:5:1:2:1:6:1:2:1 chr6 32557483 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.795;QD=40.7618;RBI=0.064518;REFB=0;REVB=0.0603765;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295967;OID=.;OPOS=32557483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 32557506 . T C 102.04 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00904954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1103;QD=29.1536;RBI=0.0708324;REFB=0.0656577;REVB=0.0702519;RO=3;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171518;STB=0.596828;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00997326;OID=.;OPOS=32557506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:8:3:2:1:8:3:2:1 chr6 32605271 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.056;QD=60.9786;RBI=0.0291228;REFB=0;REVB=0.0195159;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99746e-05;OID=.;OPOS=32605271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr6 32605274 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.887;QD=61.3364;RBI=0.0456411;REFB=0;REVB=0.0282233;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95522e-05;OID=.;OPOS=32605274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr6 32606711 . C T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.088651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8422;QD=48.7344;RBI=0.0890451;REFB=0;REVB=0.00836887;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0031872;OID=.;OPOS=32606711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr6 32606717 . TAGAGAT TA,TAT 183.7 PASS AF=0,1;AO=2,12;DP=14;FAO=0,16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389968,0.0690539;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=48.3443,238.976;QD=45.9239;RBI=0.0392484,0.0695241;REFB=0,0;REVB=-0.00443689,-0.00807283;RO=0;SAF=1,3;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00451519;OID=.,.;OPOS=32606719,32606718;OREF=GAGAT,AGAG;OALT=-,-;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,12:14:0,16:16:0:0,5:0,11:0:0:4:0:1,3:1,9:0:0 chr6 32606755 . AG A,AA 158.56 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=3,11;DP=14;FAO=1,13;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02474,0.0391206;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.5443,78.9609;QD=45.3028;RBI=0.0578767,0.0453321;REFB=0,0;REVB=-0.0523226,0.0229036;RO=0;SAF=1,3;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0196414,0.0123431;OID=.,.;OPOS=32606756,32606756;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0714286,0.928571:3,11:14:1,13:14:0:1,3:0,10:0:0:6:0:1,3:2,8:0:0 chr6 32606773 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.995;QD=43.4862;RBI=0.0347915;REFB=0;REVB=-0.0149504;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150959;OID=.;OPOS=32606773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr6 32609094 . C T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0480203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.314;QD=46.96;RBI=0.0529694;REFB=-0.024219;REVB=-0.0223565;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00310977;OID=.;OPOS=32609094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:1:0:12:8:1:0 chr6 32609105 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0947;QD=49.599;RBI=0.0364461;REFB=0;REVB=0.0217995;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161166;OID=.;OPOS=32609105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:15:18:1:10:5:0:0:11:7:0:0 chr6 32609126 . T C 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0146495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.587;QD=45.1061;RBI=0.0146498;REFB=0.0614545;REVB=9.1175e-05;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611153;STB=0.533296;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000539307;OID=.;OPOS=32609126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:11:7:1:0:11:7:1:0 chr6 32609147 . A T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.927;QD=49.5976;RBI=0.0248502;REFB=0;REVB=0.0221681;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231887;OID=.;OPOS=32609147;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr6 32609169 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.169;QD=45.8068;RBI=0.0748058;REFB=0;REVB=0.0735144;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000915566;OID=.;OPOS=32609169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr6 32609192 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.949;QD=37.4885;RBI=0.0804453;REFB=0;REVB=-0.00593421;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913096;OID=.;OPOS=32609192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 32610009 . C G 686.98 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.281;QD=61.0648;RBI=0.0530592;REFB=0;REVB=0.00839314;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021669;OID=.;OPOS=32610009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:1:0:44:45:1:18:26:1:0:18:27:0:0 chr6 32610044 . T C 739.05 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9764;QD=54.7447;RBI=0.0236435;REFB=-0.107961;REVB=-0.0118442;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00265181;OID=.;OPOS=32610044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:26:27:0:0:26:27:0:1 chr6 32610047 . T C 739.89 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0342331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.847;QD=54.8063;RBI=0.0435283;REFB=-0.146793;REVB=0.0268851;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000745337;OID=.;OPOS=32610047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:0:1:53:53:0.981481:26:27:0:0:26:27:0:1 chr6 32610049 . A AC 722.11 PASS AF=1;AO=10;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053603;FXX=0.0185151;HRUN=0;LEN=1;MLLD=212.504;QD=54.4992;RBI=0.0602029;REFB=0;REVB=0.0274063;RO=39;SAF=9;SAR=1;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.8416e-05;OID=.;OPOS=32610050;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:54:53:53:0:27:26:0:0:4:39:9:1:17:22 chr6 32610050 . T C 460.66 PASS AF=0.759259;AO=39;DP=49;FAO=41;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00732487;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=162.552;QD=34.1226;RBI=0.0116139;REFB=-0.202176;REVB=0.00901277;RO=9;SAF=18;SAR=21;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148078;STB=0.536568;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00534901;OID=.;OPOS=32610050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:49:54:9:13:39:41:0.759259:21:18:8:1:22:19:8:5 chr6 32610059 . T G 755.7 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.211;QD=54.9597;RBI=0.0302681;REFB=-0.177326;REVB=0.0062476;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000399195;OID=.;OPOS=32610059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:0:1:54:54:0.981818:27:27:0:0:27:27:0:1 chr6 32610109 . A C 307.88 PASS AF=1;AO=22;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.198716;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.5418;QD=45.6122;RBI=0.198964;REFB=-0.0630609;REVB=-0.00994461;RO=4;SAF=1;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150388;OID=.;OPOS=32610109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:27:27:4:0:22:27:1:21:1:4:0:21:6:0:0 chr6 32610154 . T C 34.49 PASS AF=0.625;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=238.521;QD=17.2442;RBI=0.0144698;REFB=-0.0213366;REVB=0.0144698;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042887;OID=.;OPOS=32610154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:7:8:2:3:5:5:0.625:5:0:0:2:5:0:0:3 chr6 32610158 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=285.965;QD=35.5759;RBI=0.00465373;REFB=0;REVB=0.00465373;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91637e-05;OID=.;OPOS=32610158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr6 32610436 . T C 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.553;QD=58.0572;RBI=0.0489198;REFB=0;REVB=0.0386258;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328943;OID=.;OPOS=32610436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:20:41:0:0:20:41:0:0 chr6 32610445 . G A 790.12 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00500044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.3974;QD=53.5672;RBI=0.0120746;REFB=-0.147689;REVB=0.0109905;RO=1;SAF=37;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125779;STB=0.505528;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00149785;OID=.;OPOS=32610445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:20:37:1:0:20:37:1:1 chr6 32610461 . A G 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.739;QD=57.2345;RBI=0.0182109;REFB=0;REVB=0.0179344;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33619e-05;OID=.;OPOS=32610461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr6 32610495 . A G 600.23 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.152144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9644;QD=58.5589;RBI=0.154466;REFB=0.0393651;REVB=-0.0266803;RO=1;SAF=26;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177001;STB=0.509429;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00420831;OID=.;OPOS=32610495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:14:26:1:0:14:26:1:0 chr6 32610535 . A C 344.41 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.625;QD=52.9859;RBI=0.102061;REFB=0;REVB=0.0169736;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788998;OID=.;OPOS=32610535;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:23:26:1:10:13:0:0:11:15:0:0 chr6 32628602 . G GC 285.39 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.4329;QD=39.364;RBI=0.216374;REFB=0;REVB=0.199303;RO=5;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865111;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0148162;OID=.;OPOS=32628603;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:30:29:29:0:12:17:0:0:5:5:12:13:1:4 chr6 32628621 . T C 382.32 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.739;QD=54.6171;RBI=0.0516844;REFB=0;REVB=0.0329969;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011593;OID=.;OPOS=32628621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:17:11:0:0 chr6 32629137 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.143;QD=33.4285;RBI=0.0476678;REFB=0;REVB=0.0224272;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875886;OID=.;OPOS=32629137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr6 32629141 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.574;QD=33.4285;RBI=0.0591957;REFB=0;REVB=0.0298839;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012089;OID=.;OPOS=32629141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr6 32629146 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.308;QD=33.4283;RBI=0.0578139;REFB=0;REVB=0.00111742;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251321;OID=.;OPOS=32629146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr6 32629161 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.686;QD=33.4285;RBI=0.0731197;REFB=0;REVB=0.065303;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023232;OID=.;OPOS=32629161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 32629170 . C G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0161085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.972;QD=26.0289;RBI=0.0422122;REFB=-0.128643;REVB=0.0390178;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0334327;OID=.;OPOS=32629170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:0:1:3:3:0:1 chr6 32629193 . C T 36.29 PASS AF=0.75;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0775983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9833;QD=18.1429;RBI=0.078067;REFB=-0.0262137;REVB=-0.00854122;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0197651;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:8:8:2:2:5:6:0.75:2:3:1:1:3:3:1:1 chr6 32629802 . A G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.574;QD=47.8183;RBI=0.0350002;REFB=0;REVB=-0.0345815;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000344477;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr6 32629809 . C T 410.95 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.117;QD=56.6822;RBI=0.0173474;REFB=0;REVB=-0.00412429;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29396e-05;OID=.;OPOS=32629809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr6 32629847 . A G 507.26 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0227258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8842;QD=56.3627;RBI=0.060018;REFB=0.016427;REVB=-0.0555491;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00222069;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:21:14:0:0:21:14:1:0 chr6 32629859 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.913;QD=59.8384;RBI=0.0266064;REFB=0;REVB=0.0161646;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015729;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr6 32629891 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5875;QD=60.2295;RBI=0.062928;REFB=0;REVB=0.053924;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170138;OID=.;OPOS=32629891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr6 32629904 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.639;QD=59.4356;RBI=0.0516128;REFB=0;REVB=0.011512;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225177;OID=.;OPOS=32629904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr6 32629935 . C G 410.14 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3901;QD=56.5715;RBI=0.182694;REFB=0;REVB=-0.00783685;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00427158;OID=.;OPOS=32629935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:15:10:0:0:15:14:0:0 chr6 32629955 . C T 324.26 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317559;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.749;QD=54.0429;RBI=0.0445062;REFB=0;REVB=0.0311828;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582425;OID=.;OPOS=32629955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr6 32632650 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.766;QD=56.7066;RBI=0.0305925;REFB=0;REVB=0.0163593;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90739e-05;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr6 32632687 . A G 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.31;QD=60.2212;RBI=0.0203538;REFB=0;REVB=0.0148778;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56175e-05;OID=.;OPOS=32632687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr6 32632694 . C G 563.61 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0344;QD=57.8066;RBI=0.0473866;REFB=0.0339325;REVB=0.0426288;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00373664;OID=.;OPOS=32632694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:21:17:0:1:21:17:0:1 chr6 32632700 . T A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.935;QD=62.0205;RBI=0.0126546;REFB=0;REVB=0.0125607;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19557e-05;OID=.;OPOS=32632700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr6 32632714 . G C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000280341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.71;QD=63.583;RBI=0.0146306;REFB=0;REVB=0.0146279;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03716e-05;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr6 32632724 . C T 633.66 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.027862;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.242;QD=48.7428;RBI=0.0437046;REFB=-0.134593;REVB=0.033672;RO=3;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512435;STB=0.516174;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00146128;OID=.;OPOS=32632724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:52:52:3:4:48:48:0.923077:26:22:0:3:26:22:1:3 chr6 32632744 . C T 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.275;QD=57.2311;RBI=0.0390305;REFB=0;REVB=0.0174854;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198479;OID=.;OPOS=32632744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr6 32632781 . AG TA 598.87 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656187;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=2;MLLD=104.271;QD=61.4226;RBI=0.0662994;REFB=0;REVB=-0.00947633;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000700216;OID=.;OPOS=32632781;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr6 32632820 . C G 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4232;QD=51.9104;RBI=0.102282;REFB=0;REVB=-0.0400284;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170607;OID=.;OPOS=32632820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr6 32632832 . A T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4722;QD=50.4108;RBI=0.0318323;REFB=0;REVB=-0.0111532;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314038;OID=.;OPOS=32632832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr6 32634300 . G C 129.46 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0491433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9309;QD=32.3648;RBI=0.0618369;REFB=0.0231217;REVB=-0.0375331;RO=3;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100906;STB=0.505609;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00573207;OID=.;OPOS=32634300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:4:9:2:1:4:9:2:1 chr6 32634302 . A G 190.09 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.663;QD=47.5221;RBI=0.0773874;REFB=0;REVB=0.0604123;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702923;OID=.;OPOS=32634302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:16:0:0:14:16:1:4:10:0:0:5:11:0:0 chr6 32634306 . A T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4826;QD=47.8217;RBI=0.058181;REFB=0;REVB=-0.027468;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000780572;OID=.;OPOS=32634306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr6 32634331 . G A 191.22 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.237;QD=47.8039;RBI=0.0257809;REFB=0;REVB=0.02258;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628725;OID=.;OPOS=32634331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr6 32634341 . A G 167.03 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0612789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.981;QD=41.7568;RBI=0.0616245;REFB=-0.166369;REVB=0.00651759;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060556;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00180987;OID=.;OPOS=32634341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:16:1:1:14:15:0.9375:7:7:1:0:7:8:1:0 chr6 32634350 . T C 160.46 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.041;QD=45.8449;RBI=0.160199;REFB=0;REVB=0.159249;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551565;OID=.;OPOS=32634350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chr6 32634373 . C T 130.28 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.11;QD=43.4262;RBI=0.0506452;REFB=0;REVB=0.045963;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016157;OID=.;OPOS=32634373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:5:5:0:0:6:6:0:0 chr6 32634387 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.057;QD=43.4858;RBI=0.0370065;REFB=0;REVB=0.0299509;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311695;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr6 32636376 . C G 88.08 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6878;QD=39.145;RBI=0.189727;REFB=0;REVB=0.189662;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012634;OID=.;OPOS=32636376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:2:6:0:0:3:6:0:0 chr6 32636434 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00936401;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.699;QD=30.7904;RBI=0.0103259;REFB=0.0061549;REVB=-0.00435184;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125393;STB=0.571246;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00020519;OID=.;OPOS=32636434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:0:1:3:5:0:1 chr6 32709309 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.027;QD=58.0606;RBI=0.052042;REFB=0;REVB=0.0334096;RO=0;SAF=18;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55805e-05;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:43:18:0:0:43:18:0:0 chr6 32713030 . T C 629.01 PASS AF=0.385027;AO=72;DP=187;FAO=72;FDP=187;FR=.;FRO=115;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=63;FWDB=0.0286396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.03;QD=13.4548;RBI=0.0293459;REFB=-0.00922785;REVB=-0.00639945;RO=115;SAF=31;SAR=41;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239072;STB=0.513502;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0114931;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:115:115:72:72:0.385027:41:31:52:63:41:31:52:63 chr6 32713044 . C T 1142.79 PASS AF=0.576923;AO=105;DP=183;FAO=105;FDP=182;FR=.;FRO=77;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00171111;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.592;QD=25.1164;RBI=0.00171242;REFB=-0.0252748;REVB=-6.68845e-05;RO=77;SAF=43;SAR=62;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256519;STB=0.513939;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0166405;OID=.;OPOS=32713044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:77:77:105:105:0.576923:62:43:34:43:62:43:34:43 chr6 32713598 . T C 237.75 PASS AF=0.3;AO=30;DP=100;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.0012705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.424;QD=9.51006;RBI=0.00961927;REFB=-0.0035325;REVB=-0.009535;RO=70;SAF=14;SAR=16;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191334;STB=0.612065;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00718927;OID=.;OPOS=32713598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:70:70:30:30:0.3:16:14:44:26:16:14:44:26 chr6 32713602 . T C 240.9 PASS AF=0.306931;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.00846381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.633;QD=9.54075;RBI=0.0101793;REFB=-0.0159572;REVB=0.00565534;RO=70;SAF=16;SAR=15;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134126;STB=0.578357;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0213873;OID=.;OPOS=32713602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:70:70:31:31:0.306931:15:16:44:26:15:16:44:26 chr6 32713674 . C A 80.66 PASS AF=0.154639;AO=14;DP=96;FAO=15;FDP=97;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.0237003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.032;QD=3.32623;RBI=0.0339075;REFB=-0.00230167;REVB=-0.024249;RO=82;SAF=9;SAR=5;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753721;STB=0.512803;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0132014;OID=.;OPOS=32713674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:96:97:82:82:14:15:0.154639:5:9:48:34:6:9:48:34 chr6 32714143 . G A 402.81 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=23;FWDB=-0.0672298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.952;QD=13.6544;RBI=0.0673715;REFB=-0.018321;REVB=-0.00436795;RO=69;SAF=16;SAR=31;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350639;STB=0.696548;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0182971;OID=.;OPOS=32714143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:71:47:47:0.398305:31:16:47:22:31:16:48:23 chr6 32724258 . C T 164.44 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0285069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.48;QD=9.5325;RBI=0.0428958;REFB=-0.00974987;REVB=-0.0320532;RO=47;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590553;STB=0.534728;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0349584;OID=.;OPOS=32724258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:12:10:19:28:12:10:19:28 chr6 32725062 . T A 211.81 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0304676;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.121;QD=14.1204;RBI=0.0544064;REFB=-0.0248936;REVB=0.0450752;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130998;STB=0.583825;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0197026;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:35:24:25:0.416667:10:14:15:18:10:15:16:19 chr6 32725559 . C T 51.7 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0136811;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.289;QD=2.99725;RBI=0.021963;REFB=-0.00763889;REVB=-0.0171814;RO=59;SAF=6;SAR=4;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575635;STB=0.539799;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0450097;OID=.;OPOS=32725559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:59:59:10:10:0.144928:4:6:38:21:4:6:38:21 chr6 32725567 . C T 48.86 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.013294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.846;QD=2.60611;RBI=0.0267182;REFB=-0.000535949;REVB=0.0231762;RO=58;SAF=6;SAR=4;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120382;STB=0.556709;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00471673;OID=.;OPOS=32725567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:58:65:10:10:0.133333:4:6:40:18:4:6:43:22 chr6 32725572 . G A 62.48 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=78;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.0334516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.111;QD=3.20414;RBI=0.0337693;REFB=-2.65607e-06;REVB=-0.00462179;RO=66;SAF=7;SAR=5;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896615;STB=0.560441;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.000887348;OID=.;OPOS=32725572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:78:78:66:66:12:12:0.153846:5:7:43:23:5:7:43:23 chr6 32725596 . C G 74.18 PASS AF=0.170732;AO=13;DP=81;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.0256646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6787;QD=3.61849;RBI=0.0258652;REFB=-0.00014072;REVB=0.00321512;RO=67;SAF=9;SAR=4;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707648;STB=0.56442;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00366154;OID=.;OPOS=32725596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:81:82:67:68:13:14:0.170732:4:9:43:24:4:10:44:24 chr6 32725619 . TG CA,CG 794.06 PASS AF=0.292683,0.5;AO=24,40;DP=82;FAO=24,41;FDP=82;FR=.;FRO=17;FSAF=17,25;FSAR=7,16;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0118264,0.016685;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=94.7748,90.8777;QD=38.7344;RBI=0.0188674,0.0196479;REFB=-0.047929,-0.0473736;REVB=-0.0147009,-0.0103755;RO=17;SAF=17,25;SAR=7,15;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0523037,-0.0840019;STB=0.528944,0.548713;STBP=0.701,0.307;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0083229,0.0288955;OID=.,.;OPOS=32725619,32725619;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:82:82:17:17:24,40:24,41:0.292683,0.5:7,15:17,25:13:4:7,16:17,25:13:4 chr6 32725625 . T C 177.12 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.0153857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.602;QD=8.53604;RBI=0.0196121;REFB=-0.0178285;REVB=-0.012162;RO=59;SAF=17;SAR=7;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658205;STB=0.539332;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0471563;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:59:59:24:24:0.289157:7:17:39:20:7:17:39:20 chr6 32726769 . A G 67.4 PASS AF=0.118519;AO=16;DP=135;FAO=16;FDP=135;FR=.;FRO=119;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=0.0146979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.582;QD=1.99691;RBI=0.0351602;REFB=0.00267345;REVB=-0.0319407;RO=116;SAF=9;SAR=7;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454499;STB=0.529375;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0418664;OID=.;OPOS=32726769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:135:135:116:119:16:16:0.118519:7:9:61:55:7:9:63:56 chr6 32726774 . C T 112.3 PASS AF=0.157143;AO=22;DP=140;FAO=22;FDP=140;FR=.;FRO=118;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=-0.00300998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.957;QD=3.20865;RBI=0.00338124;REFB=0.00189525;REVB=0.00154041;RO=118;SAF=11;SAR=11;SRF=60;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107713;STB=0.507136;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00843733;OID=.;OPOS=32726774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:118:118:22:22:0.157143:11:11:60:58:11:11:60:58 chr6 32726803 . C T 463.08 PASS AF=0.345238;AO=58;DP=168;FAO=58;FDP=168;FR=.;FRO=110;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=0.000540458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.87;QD=11.0257;RBI=0.0183566;REFB=-0.00318556;REVB=0.0183487;RO=107;SAF=29;SAR=29;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477223;STB=0.523801;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00638201;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:107:110:58:58:0.345238:29:29:58:49:29:29:59:51 chr6 32726838 . C T 2625.59 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594072;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.03;QD=62.1441;RBI=0.0773506;REFB=0;REVB=0.0495368;RO=0;SAF=90;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55604e-05;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:169:0:0:169:169:1:79:90:0:0:79:90:0:0 chr6 32729459 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.601;QD=57.7114;RBI=0.029522;REFB=0;REVB=0.00432309;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170654;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr6 32729642 . G C 1539.39 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.071;QD=59.7821;RBI=0.0218074;REFB=0;REVB=0.0209577;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04385e-05;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:54:48:0:0:55:48:0:0 chr6 32796653 . C A 259.57 PASS AF=0.330097;AO=33;DP=101;FAO=34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=18;FWDB=-0.00793427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.073;QD=10.0802;RBI=0.0115805;REFB=-0.0110834;REVB=-0.00843535;RO=68;SAF=26;SAR=7;SRF=51;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624675;STB=0.552793;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.018788;OID=.;OPOS=32796653;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:68:69:33:34:0.330097:7:26:51:17:7:27:51:18 chr6 32796685 . A G 342.39 PASS AF=0.338583;AO=43;DP=127;FAO=43;FDP=127;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=30;FWDB=-0.0326152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.268;QD=10.7838;RBI=0.0437108;REFB=-0.0143808;REVB=-0.0291013;RO=82;SAF=33;SAR=10;SRF=54;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155615;STB=0.602688;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0274893;OID=.;OPOS=32796685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:82:84:43:43:0.338583:10:33:54:28:10:33:54:30 chr6 32796751 . T C 667.45 PASS AF=0.420455;AO=73;DP=172;FAO=74;FDP=176;FR=.;FRO=102;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=-0.0614056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4215;QD=15.1694;RBI=0.0626746;REFB=-0.00644149;REVB=-0.0125478;RO=98;SAF=32;SAR=41;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315966;STB=0.518071;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00881897;OID=.;OPOS=32796751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:176:98:102:73:74:0.420455:41:32:40:58:42:32:41:61 chr6 32797297 . T C 147.61 PASS AF=0.352941;AO=19;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.03744;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9656;QD=11.577;RBI=0.0723595;REFB=-0.00787579;REVB=-0.0619205;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374753;STB=0.533297;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0437086;OID=.;OPOS=32797297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:33:19:18:0.352941:11:8:12:19:10:8:13:20 chr6 32800224 . C A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00925949;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.234;QD=18.4388;RBI=0.0347764;REFB=-0.00629967;REVB=0.033521;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923351;STB=0.551566;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00493517;OID=.;OPOS=32800224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:14:15:12:17:14:15:12:17 chr6 32800412 . C T 437.57 PASS AF=0.468085;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0461459;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.25;QD=18.62;RBI=0.0541463;REFB=-0.0248913;REVB=-0.0283262;RO=50;SAF=27;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684664;STB=0.529664;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0246991;OID=.;OPOS=32800412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:50:50:43:44:0.468085:16:27:28:22:17:27:28:22 chr6 32825090 . G A 165.03 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0385749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3092;QD=12.4551;RBI=0.0388265;REFB=-0.0171782;REVB=0.00441281;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375975;STB=0.5218;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0285921;OID=.;OPOS=32825090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:17:16:9:11:17:16 chr6 32826233 . A G 493.9 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00196254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.153;QD=22.9719;RBI=0.0102384;REFB=-0.0169332;REVB=0.0100485;RO=38;SAF=22;SAR=25;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899858;STB=0.54346;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.018855;OID=.;OPOS=32826233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:38:39:47:47:0.546512:25:22:22:16:25:22:22:17 chr6 32844922 . G A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0151748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3409;QD=9.85802;RBI=0.0414911;REFB=0.0335087;REVB=-0.0386165;RO=29;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213792;STB=0.631952;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0766991;OID=.;OPOS=32844922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:11:2:8:21:11:2:8:21 chr6 32904981 . G A 2042.98 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.545;QD=62.381;RBI=0.0231264;REFB=0;REVB=0.0220441;RO=0;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45706e-05;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:63:67:0:0:64:67:0:0 chr6 32917544 . C T 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00410019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.81;QD=26.3386;RBI=0.00650134;REFB=-0.00418973;REVB=-0.00504539;RO=15;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152501;STB=0.584225;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00220206;OID=.;OPOS=32917544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:11:12:11:4:11:12:11:4 chr6 32939894 . G T 244.24 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.487;QD=51.4185;RBI=2.36146e-05;REFB=0;REVB=2.36146e-05;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000464456;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:19:0:0:0:19:0:0:0 chr6 32942302 . G A 211.67 PASS AF=0.423729;AO=23;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0134716;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.315;QD=14.3507;RBI=0.0150244;REFB=-0.013739;REVB=0.00665212;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115764;STB=0.566518;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0159529;OID=.;OPOS=32942302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:23:25:0.423729:15:8:15:18:16:9:16:18 chr6 32946034 . T C 260.49 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0131075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.191;QD=18.945;RBI=0.0197521;REFB=-0.00569859;REVB=-0.0147763;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135887;STB=0.58215;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0030661;OID=.;OPOS=32946034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:27:27:28:0.509091:10:17:13:14:10:18:13:14 chr6 32947782 . G A 373.06 PASS AF=0.475;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0236996;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.411;QD=18.6532;RBI=0.0271817;REFB=-0.0143946;REVB=-0.0133105;RO=39;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12939;STB=0.57443;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0149561;OID=.;OPOS=32947782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:39:42:38:38:0.475:20:18:13:26:20:18:14:28 chr6 32948804 . C T 987.59 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981713;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0881;QD=58.9608;RBI=0.0638402;REFB=0;REVB=-0.0630809;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618157;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:24:42:0:0:24:43:0:0 chr6 32974551 . G T 272.3 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.046;QD=51.8668;RBI=0.0208186;REFB=0;REVB=0.0168956;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76229e-05;OID=.;OPOS=32974551;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr6 33036505 . G C 107.38 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=40;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.024657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.298;QD=10.2263;RBI=0.0249198;REFB=-0.0223995;REVB=-0.00360905;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487994;STB=0.726997;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0354387;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:28:28:12:14:0.333333:4:8:6:22:6:8:6:22 chr6 33036549 . T C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0484276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.787;QD=12.2127;RBI=0.0530748;REFB=-0.0198915;REVB=-0.0217185;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131227;STB=0.576811;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.03465;OID=.;OPOS=33036549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:6:16:8:5:6:16 chr6 33036853 . A C 328.1 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.0171343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6937;QD=15.44;RBI=0.0289936;REFB=-0.015306;REVB=-0.023389;RO=48;SAF=29;SAR=7;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112915;STB=0.560351;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0237583;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:36:36:0.423529:7:29:35:13:7:29:36:13 chr6 33036950 . CA TG 333.05 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0080968;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=144.488;QD=14.023;RBI=0.0120747;REFB=-0.00824889;REVB=-0.00895767;RO=53;SAF=20;SAR=17;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466832;STB=0.506877;STBP=0.929;TYPE=mnp;VARB=0.0117936;OID=.;OPOS=33036950;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:58:37:37:0.389474:17:20:31:22:17:20:32:26 chr6 33036959 . G A 330.19 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0310703;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.309;QD=15.0086;RBI=0.0313285;REFB=-0.00900803;REVB=-0.00401384;RO=49;SAF=19;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179674;STB=0.506334;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00815448;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:49:52:36:36:0.409091:17:19:25:24:17:19:28:24 chr6 33036971 . C T 336.77 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0471816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.433;QD=14.803;RBI=0.0511281;REFB=-0.0154027;REVB=-0.0196974;RO=54;SAF=17;SAR=20;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618759;STB=0.535058;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0225435;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:20:17:28:26:20:17:28:26 chr6 33037045 . G C 270.55 PASS AF=0.407895;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0203369;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7504;QD=14.2395;RBI=0.0467401;REFB=-0.0306613;REVB=0.0420838;RO=46;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092297;STB=0.555426;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0409368;OID=.;OPOS=33037045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:45:30:31:0.407895:15:15:19:27:15:16:19:26 chr6 33037080 . G A 182.07 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0290878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.545;QD=9.58284;RBI=0.0291653;REFB=-0.00623229;REVB=0.00212478;RO=49;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198872;STB=0.621113;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00905677;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:52:24:24:0.315789:10:14:20:29:10:14:21:31 chr6 33037419 . G A 268.52 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00441706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.638;QD=11.675;RBI=0.0231472;REFB=-0.00609034;REVB=-0.0227218;RO=60;SAF=25;SAR=7;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266037;STB=0.655631;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0137695;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:7:25:35:25:7:25:35:25 chr6 33037424 . T C 256.65 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00325613;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5705;QD=11.1587;RBI=0.02722;REFB=-0.00142733;REVB=0.0270245;RO=60;SAF=25;SAR=6;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32812;STB=0.689519;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00109081;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:60:61:31:31:0.336957:6:25:34:26:6:25:35:26 chr6 33037452 . CAA AGC 264.46 PASS AF=0.321101;AO=35;DP=112;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0129391;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.143;QD=9.70501;RBI=0.0255607;REFB=-0.0154635;REVB=-0.0220438;RO=74;SAF=27;SAR=8;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318197;STB=0.687273;STBP=0.013;TYPE=mnp;VARB=0.0318788;OID=.;OPOS=33037452;OREF=CAA;OALT=AGC;OMAPALT=AGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:74:74:35:35:0.321101:8:27:39:35:8:27:39:35 chr6 33037456 . G A 270.89 PASS AF=0.318584;AO=36;DP=113;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0101799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.612;QD=9.58911;RBI=0.010182;REFB=-0.00198552;REVB=0.000209686;RO=77;SAF=28;SAR=8;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336746;STB=0.698329;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00554252;OID=.;OPOS=33037456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:77:77:36:36:0.318584:8:28:40:37:8:28:40:37 chr6 33037522 . T C 282.37 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0137556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.037;QD=12.412;RBI=0.015316;REFB=-0.00496332;REVB=0.00673534;RO=57;SAF=18;SAR=15;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791536;STB=0.539976;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0230588;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:58:33:33:0.362637:15:18:27:30:15:18:28:30 chr6 33037587 . T A 145.64 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0714463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2632;QD=7.28211;RBI=0.0730392;REFB=-0.0198469;REVB=-0.0151706;RO=58;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140873;STB=0.576852;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0283916;OID=.;OPOS=33037587;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:58:59:21:21:0.2625:11:10:21:37:11:10:22:37 chr6 33037596 . T C 158.59 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0391587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.007;QD=8.23836;RBI=0.0483291;REFB=-0.00849545;REVB=-0.028325;RO=53;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140468;STB=0.566207;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0658767;OID=.;OPOS=33037596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:53:55:22:22:0.285714:12:10:18:35:12:10:20:35 chr6 33037611 . C T 124.07 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0187689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.044;QD=7.5192;RBI=0.0191773;REFB=-0.0105796;REVB=-0.0039364;RO=48;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00874775;STB=0.505294;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0262098;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:11:7:19:29:11:7:19:29 chr6 33037619 . G T 116.29 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0647549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0095;QD=7.38329;RBI=0.100614;REFB=-0.0227234;REVB=-0.0770066;RO=46;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216632;STB=0.513169;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0472675;OID=.;OPOS=33037619;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:11:6:17:29:11:6:17:29 chr6 33041339 . A T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00989343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.405;QD=17.5876;RBI=0.012429;REFB=-0.0438329;REVB=-0.00752325;RO=27;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258136;STB=0.639866;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0302149;OID=.;OPOS=33041339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:6:16:13:14:6:16:14:14 chr6 33041349 . T C 188.45 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00845227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.009;QD=14.7801;RBI=0.0212784;REFB=-0.0175545;REVB=-0.0195276;RO=29;SAF=16;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312681;STB=0.673506;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0301886;OID=.;OPOS=33041349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:5:16:14:15:5:16:15:15 chr6 33043842 . G A 298.81 PASS AF=0.409639;AO=32;DP=80;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00248106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2859;QD=14.4007;RBI=0.00275128;REFB=-0.0151383;REVB=-0.00118907;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154379;STB=0.611552;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0171437;OID=.;OPOS=33043842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:47:49:32:34:0.409639:17:15:29:18:19:15:31:18 chr6 33043865 . C T 301.99 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00544386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.05;QD=14.3803;RBI=0.0253978;REFB=-0.0164217;REVB=-0.0248075;RO=50;SAF=15;SAR=19;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144794;STB=0.582125;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0291175;OID=.;OPOS=33043865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:19:15:29:21:19:15:29:21 chr6 33048542 . C T 208.38 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0194907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1529;QD=11.4178;RBI=0.0270974;REFB=-0.000366415;REVB=0.018825;RO=46;SAF=11;SAR=15;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132984;STB=0.570168;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.000441348;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:15:11:25:21:15:11:25:22 chr6 33048599 . C A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.682;QD=58.4196;RBI=0.0595159;REFB=0;REVB=0.0468881;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155359;OID=.;OPOS=33048599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr6 33048602 . C A 888.63 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00465936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1517;QD=56.4209;RBI=0.017565;REFB=-0.111593;REVB=-0.0169358;RO=1;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132996;STB=0.50704;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000508167;OID=.;OPOS=33048602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:35:27:0:1:35:27:0:1 chr6 33048628 . A C 322.77 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0245099;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.867;QD=23.909;RBI=0.0245099;REFB=-0.00143428;REVB=4.27676e-06;RO=21;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537781;STB=0.50581;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00104522;OID=.;OPOS=33048628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:21:22:32:32:0.592593:17:15:10:11:17:15:10:12 chr6 33048686 . G T 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0446163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.521;QD=16.7272;RBI=0.0555246;REFB=0.00280523;REVB=0.033051;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27835;STB=0.658351;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00355709;OID=.;OPOS=33048686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:5:14:7:9:5:14 chr6 33052743 . T C 31.5 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0146993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.085;QD=2.4228;RBI=0.0151181;REFB=-0.00300665;REVB=0.00353366;RO=45;SAF=3;SAR=3;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064739;STB=0.557503;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.012833;OID=.;OPOS=33052743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:45:46:6:6:0.115385:3:3:25:20:3:3:26:20 chr6 33052768 . T C 57.45 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=59;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0539233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3459;QD=3.83017;RBI=0.0596143;REFB=-0.00136993;REVB=-0.0254195;RO=48;SAF=5;SAR=6;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132859;STB=0.646774;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00706753;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:59:60:48:50:11:10:0.166667:6:5:27:21:6:4:29:21 chr6 33052803 . G A 154.81 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0163804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.661;QD=7.46059;RBI=0.0237791;REFB=-0.00712598;REVB=0.0172374;RO=61;SAF=11;SAR=11;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498893;STB=0.530093;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0158572;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:61:61:22:22:0.26506:11:11:33:28:11:11:33:28 chr6 33052958 . C T 329.84 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0167397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.076;QD=15.7065;RBI=0.0287272;REFB=-0.000775614;REVB=0.023346;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705094;STB=0.503977;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00125598;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:19:17:23:25:19:17:23:25 chr6 33052986 . T C 280.91 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0133557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.688;QD=14.4058;RBI=0.0155008;REFB=-0.0140318;REVB=-0.00786764;RO=46;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652795;STB=0.537073;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0182624;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:18:14:23:23:18:14:23:23 chr6 33053682 . G A 267.86 PASS AF=0.359551;AO=30;DP=88;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00258302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9434;QD=12.0385;RBI=0.0668579;REFB=-0.00374842;REVB=0.0668079;RO=57;SAF=16;SAR=14;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674063;STB=0.516843;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00777588;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:57:57:30:32:0.359551:14:16:27:30:16:16:27:30 chr6 33053968 . T A 58.87 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0181401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4003;QD=5.11944;RBI=0.0183203;REFB=0.0207635;REVB=0.00256347;RO=36;SAF=8;SAR=1;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481974;STB=0.836351;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0811778;OID=.;OPOS=33053968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:45:46:36:37:9:9:0.195652:1:8:20:16:1:8:20:17 chr6 33053971 . T C 68.27 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0100452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.821;QD=5.80984;RBI=0.0772956;REFB=-0.00395781;REVB=0.0766401;RO=37;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349883;STB=0.730267;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0208111;OID=.;OPOS=33053971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:2:8:20:17:2:8:20:17 chr6 33053982 . G C 83.53 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0137415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.479;QD=6.30442;RBI=0.0307803;REFB=-0.00349085;REVB=-0.0275427;RO=39;SAF=10;SAR=2;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383795;STB=0.765931;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0164825;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:39:41:12:12:0.226415:2:10:22:17:2:10:22:19 chr6 33054046 . T G 91.16 PASS AF=0.211268;AO=11;DP=67;FAO=15;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0166983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.891;QD=5.13587;RBI=0.054101;REFB=-0.00128969;REVB=0.0514595;RO=41;SAF=11;SAR=0;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.698709;STB=0.733838;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00412038;OID=.;OPOS=33054046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:67:71:41:56:11:15:0.211268:0:11:28:13:3:12:30:26 chr6 33054057 . G A 92.62 PASS AF=0.205128;AO=15;DP=76;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00109202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.661;QD=4.74961;RBI=0.00525173;REFB=-0.00898771;REVB=0.00513694;RO=61;SAF=11;SAR=4;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293385;STB=0.641484;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0193315;OID=.;OPOS=33054057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:76:78:61:62:15:16:0.205128:4:11:31:30:5:11:32:30 chr6 33054302 . T C 474.49 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0162408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4728;QD=16.6487;RBI=0.0393736;REFB=-0.00846559;REVB=-0.0358681;RO=61;SAF=25;SAR=27;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690881;STB=0.533524;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00974605;OID=.;OPOS=33054302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:61:62:52:52:0.45614:27:25:25:36:27:25:26:36 chr6 33054353 . G A 484.68 PASS AF=0.398551;AO=57;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0192134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1352;QD=14.0488;RBI=0.0195681;REFB=-0.00482991;REVB=-0.00370889;RO=74;SAF=29;SAR=28;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906853;STB=0.548966;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0151086;OID=.;OPOS=33054353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:83:57:55:0.398551:28:29:31:43:28:27:34:49 chr6 33084785 . A G 439.55 PASS AF=0.478723;AO=44;DP=93;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00998867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.144;QD=18.7041;RBI=0.034092;REFB=-0.0253505;REVB=-0.0325958;RO=49;SAF=29;SAR=15;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688858;STB=0.529399;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0192397;OID=.;OPOS=33084785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:49:49:44:45:0.478723:15:29:29:20:16:29:29:20 chr6 33084916 . A G 506.38 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0103851;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.434;QD=17.7678;RBI=0.0107047;REFB=-0.0158743;REVB=-0.00259623;RO=60;SAF=21;SAR=33;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011041;STB=0.506133;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0167638;OID=.;OPOS=33084916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:60:60:54:54:0.473684:33:21:24:36:33:21:24:36 chr6 33086249 . C T 757.88 PASS AF=0.483146;AO=68;DP=168;FAO=86;FDP=178;FR=.;FRO=92;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=67;FSRR=25;FWDB=0.0150194;FXX=0.0326069;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.093;QD=17.0309;RBI=0.0198201;REFB=-0.0262265;REVB=0.0129326;RO=66;SAF=46;SAR=22;SRF=53;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137027;STB=0.591;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0321369;OID=.;OPOS=33086249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:178:66:92:68:86:0.483146:22:46:53:13:38:48:67:25 chr6 33137259 . G A 597.71 PASS AF=0.371728;AO=70;DP=201;FAO=71;FDP=191;FR=.;FRO=120;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=85;FWDB=0.0151938;FXX=0.0682894;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3328;QD=12.5174;RBI=0.0210513;REFB=-0.0125497;REVB=-0.0145707;RO=111;SAF=22;SAR=48;SRF=32;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332704;STB=0.523526;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0302703;OID=.;OPOS=33137259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:191:111:120:70:71:0.371728:48:22:32:79:48:23:35:85 chr6 33138151 . T TG 45.41 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0130466;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.4573;QD=8.64869;RBI=0.0679073;REFB=-0.105377;REVB=-0.0666423;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311218;STB=0.76679;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=0.119895;OID=.;OPOS=33138152;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:7:23:8:21:13:6:2:4:9:45:14:5:2:6:8 chr6 33138955 . G A 162.21 PASS AF=0.372549;AO=15;DP=47;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=2;FWDB=-0.00986072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.688;QD=12.7227;RBI=0.083904;REFB=-0.00998329;REVB=0.0833225;RO=30;SAF=13;SAR=2;SRF=28;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193924;STB=0.691678;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.012683;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:30:32:15:19:0.372549:2:13:28:2:5:14:30:2 chr6 33139529 . C A 315.62 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00993248;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.687;QD=25.7649;RBI=0.0273472;REFB=-0.0228127;REVB=0.0254797;RO=17;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150042;STB=0.564313;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0125436;OID=.;OPOS=33139529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:17:19:30:30:0.612245:19:11:10:7:19:11:10:9 chr6 33140870 . G A 153.34 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0218581;FXX=0.0212721;HRUN=6;LEN=1;MLLD=100.984;QD=13.3337;RBI=0.0368256;REFB=-0.0137345;REVB=0.0296369;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319844;STB=0.687276;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.017668;OID=.;OPOS=33140870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:29:17:17:0.369565:5:12:11:16:5:12:12:17 chr6 33141161 . A G 620.7 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428268;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.622;QD=62.0697;RBI=0.0445903;REFB=0;REVB=0.0124162;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133235;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:38:40:1:28:10:0:0:28:12:0:0 chr6 33141475 . C T 53.55 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0176607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.509;QD=7.93351;RBI=0.106143;REFB=0.020489;REVB=0.104664;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143116;STB=0.555418;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0283757;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:18:19:7:8:0.296296:3:4:8:10:4:4:8:11 chr6 33141920 . G C 116.51 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.145;QD=42.3659;RBI=0.0454051;REFB=0;REVB=0.0106188;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637275;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:7:1:0:0:8:3:0:0 chr6 33144243 . T A 843.31 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854596;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4866;QD=57.1733;RBI=0.0919401;REFB=0;REVB=0.0339062;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108992;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:55:59:1:34:21:0:0:36:23:0:0 chr6 33147082 . T A 343.27 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0297721;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.678;QD=15.6031;RBI=0.031209;REFB=-0.0376117;REVB=0.00936063;RO=52;SAF=15;SAR=22;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858923;STB=0.556249;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0321895;OID=.;OPOS=33147082;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:52:51:37:37:0.420455:22:15:17:35:22:15:16:35 chr6 33154594 . C T 469.75 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0189971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.905;QD=23.1977;RBI=0.0216002;REFB=-0.0128874;REVB=0.0102801;RO=36;SAF=12;SAR=33;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213363;STB=0.617922;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0121784;OID=.;OPOS=33154594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:33:12:18:18:33:12:18:18 chr6 33157099 . G T 102.27 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=-0.000582611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.7862;QD=11.3632;RBI=0.0126933;REFB=-0.0243491;REVB=-0.01268;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518262;STB=0.805858;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0423963;OID=.;OPOS=33157099;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:22:23:12:13:0.361111:5:7:2:20:5:8:2:21 chr6 33163451 . G A 271.63 PASS AF=0.430556;AO=27;DP=70;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0157904;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.572;QD=15.0907;RBI=0.0314352;REFB=-0.0271264;REVB=0.0271815;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136441;STB=0.580593;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0334741;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:39:41:27:31:0.430556:11:16:18:21:13:18:18:23 chr6 33166101 . G A 216.52 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0207879;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.44;QD=15.1946;RBI=0.0209383;REFB=-0.00474507;REVB=-0.0025051;RO=31;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939528;STB=0.563824;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00657845;OID=.;OPOS=33166101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:31:32:25:25:0.438596:9:16:17:14:9:16:17:15 chr6 33168689 . C A 427.88 PASS AF=0.48913;AO=41;DP=89;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0101862;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3716;QD=18.6033;RBI=0.0104185;REFB=-0.0125574;REVB=0.00218795;RO=46;SAF=17;SAR=24;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444014;STB=0.554432;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0122608;OID=.;OPOS=33168689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:46:47:41:45:0.48913:24:17:17:29:25:20:16:31 chr6 33169190 . TGGC TGC,TGGA 292.58 PASS AF=0.317073,0.439024;AO=12,18;DP=42;FAO=13,18;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=13,7;FSAR=0,11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0393397,-0.0340071;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.8374,102.43;QD=28.5448;RBI=0.0783439,0.0908562;REFB=-0.144508,-0.00702525;REVB=-0.0677507,0.0842518;RO=11;SAF=12,7;SAR=0,11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.439744,0;SSSB=0.817561,-0.0463479;STB=0.998861,0.504162;STBP=0.001,0.989;TYPE=del,snp;VARB=0.170914,0.0436433;OID=.,.;OPOS=33169191,33169193;OREF=G,C;OALT=-,A;OMAPALT=TGC,TGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.317073,0.439024:12,18:42:13,18:41:10:13,7:0,11:4:6:92:11:12,7:0,11:5:6 chr6 33170194 . T C 195.66 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00806966;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6167;QD=12.6233;RBI=0.0134528;REFB=0.0126891;REVB=0.0107638;RO=38;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100688;STB=0.55809;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.01622;OID=.;OPOS=33170194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:38:24:24:0.387097:16:8:16:22:16:8:16:22 chr6 33176958 . C T 367.49 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0267722;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4326;QD=16.3331;RBI=0.0432477;REFB=-0.0225463;REVB=-0.0339649;RO=51;SAF=13;SAR=26;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185359;STB=0.604596;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0328515;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:51:51:39:39:0.433333:26:13:26:25:26:13:26:25 chr6 33235755 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.472;QD=61.3749;RBI=0.0243617;REFB=0;REVB=0.0184662;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49073e-05;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:51:29:0:0:51:29:0:0 chr6 33256471 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.476;QD=49.5975;RBI=0.0535378;REFB=0;REVB=0.0125535;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285778;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr6 33260888 . CA AC 64.93 PASS AF=0.183673;AO=10;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=9.68361e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=109.406;QD=5.30005;RBI=0.00579502;REFB=-0.00599132;REVB=-0.00579421;RO=31;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431764;STB=0.879129;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=0.15087;OID=.;OPOS=33260888;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:49:49:31:37:10:9:0.183673:2:8:14:17:1:8:16:21 chr6 33333446 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.424;QD=43.4862;RBI=0.042987;REFB=0;REVB=0.0381443;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638643;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr6 33333916 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.595;QD=57.2026;RBI=0.013581;REFB=0;REVB=0.0124886;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51586e-05;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr6 33382288 . G A,T 801.69 PASS AF=0.983051,0.0169492;AO=53,2;DP=56;FAO=58,1;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695109,-0.00610103;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=48.0097,88.6107;QD=54.3515;RBI=0.072778,0.0335893;REFB=0,0;REVB=0.0215609,-0.0330305;RO=0;SAF=17,0;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.19417e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0041953,0.0292024;OID=.,.;OPOS=33382288,33382288;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:59:0:0:53,2:58,1:0.983051,0.0169492:36,2:17,0:0:0:38,1:20,0:0:0 chr6 33408542 . G A 719.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.983;QD=61.2002;RBI=0.0566433;REFB=-0.105536;REVB=0.0508106;RO=1;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159381;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139011;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:1:0:46:47:1:29:17:0:1:30:17:0:0 chr6 33420410 . GC G 44.78 PASS AF=0.382353;AO=7;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.062453;FXX=0.0285633;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.55172;QD=5.26835;RBI=0.172969;REFB=-0.0872092;REVB=-0.161301;RO=14;SAF=7;SAR=0;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.692794;STB=0.615175;STBP=0.522;TYPE=del;VARB=0.0772028;OID=.;OPOS=33420411;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:7:35:13:34:21:12:1:18:3:44:14:7:0:12:2 chr6 33420660 . GGC G,GG 89.79 PASS AF=0,1;AO=3,4;DP=22;FAO=0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470201,0.130568;FXX=0.0475964;HRUN=6,5;LEN=2,1;MLLD=10.0031,7.62901;QD=17.9573;RBI=0.0657535,0.281285;REFB=-0.00674981,-0.083858;REVB=-0.0459634,0.249145;RO=9;SAF=1,3;SAR=2,1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0.764706,0;SSEP=0.333333,0.416667;SSSB=-0.341307,0.106048;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0385099;OID=.,.;OPOS=33420661,33420662;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:3,4:22:0,20:20:0:0,13:0,7:0:0:5:9:1,3:2,1:6:3 chr6 33422976 . T G 598.2 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349486;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7339;QD=61.3543;RBI=0.0893497;REFB=0;REVB=0.0822312;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199393;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr6 33541507 . A G 95.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0285051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.729;QD=14.0927;RBI=0.0352067;REFB=-0.00901269;REVB=-0.0206634;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480084;STB=0.760769;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0135845;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:27:13:15:10:10:0.37037:6:4:12:1:6:4:13:2 chr6 33560896 . A G 113.25 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0183933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.274;QD=12.2434;RBI=0.0230365;REFB=-0.0123807;REVB=0.0138697;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147588;STB=0.604591;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0322439;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:21:23:13:14:0.378378:5:8:10:11:5:9:11:12 chr6 33636907 . C T 227.23 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346299;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.153;QD=50.4959;RBI=0.0524552;REFB=0;REVB=0.0393995;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000871361;OID=.;OPOS=33636907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr6 33638180 . C T 787.27 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.419;QD=62.9813;RBI=0.131506;REFB=0;REVB=0.0168203;RO=2;SAF=22;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541789;OID=.;OPOS=33638180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:2:0:48:50:1:26:22:2:0:26:24:0:0 chr6 33641379 . T C 658.89 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539283;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.777;QD=62.7511;RBI=0.0593231;REFB=0;REVB=0.0247179;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468874;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr6 33648228 . C T 954.28 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0227836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.337;QD=54.5304;RBI=0.0359255;REFB=-0.0465563;REVB=0.0277768;RO=3;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325639;STB=0.517236;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00152765;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:42:25:0:3:42:25:0:3 chr6 33653448 . C T 725.66 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.145;QD=56.9147;RBI=0.0505093;REFB=0;REVB=0.049719;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114555;OID=.;OPOS=33653448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:16:35:0:0:16:35:0:0 chr6 33659472 . C G 923.07 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508497;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7471;QD=56.8041;RBI=0.0520188;REFB=0;REVB=0.0109665;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124097;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:61:65:1:39:22:0:0:41:24:0:0 chr6 33690796 . CA TG 542.9 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584765;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.839;QD=60.3222;RBI=0.00960492;REFB=0;REVB=0.00761968;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.77771e-05;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr6 33739960 . A G 803.4 PASS AF=0.936508;AO=58;DP=62;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000699544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6225;QD=51.0093;RBI=0.0115601;REFB=-0.0464453;REVB=0.0115389;RO=4;SAF=31;SAR=27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263546;STB=0.514312;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0392261;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:63:4:4:58:59:0.936508:27:31:3:1:28:31:3:1 chr6 33740025 . C T 330.45 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0284594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1725;QD=50.8389;RBI=0.0315366;REFB=-0.0294911;REVB=0.0135874;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.510196;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00107657;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:24:1:0:0:24:1:0:1 chr6 33768897 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.973;QD=58.1408;RBI=0.00953783;REFB=0;REVB=-0.00762686;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.27338e-06;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr6 33990447 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0264716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.333;QD=14.9787;RBI=0.0307726;REFB=-0.0395378;REVB=0.015691;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20973;STB=0.622399;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0261314;OID=.;OPOS=33990447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:4:7:4:6:4:7 chr6 34003685 . T C 203.05 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0415394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5327;QD=12.306;RBI=0.0445446;REFB=-0.00881926;REVB=0.0160842;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819014;STB=0.555511;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0118526;OID=.;OPOS=34003685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:15:10:19:21:15:10:20:21 chr6 34008006 . A G 173.11 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00736066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.106;QD=18.7146;RBI=0.00952789;REFB=0.00111076;REVB=0.00604991;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713554;STB=0.540496;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00199111;OID=.;OPOS=34008006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:11:8:9:9:11:8 chr6 34078463 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1732;QD=33.4285;RBI=0.0193714;REFB=0;REVB=-0.0193714;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118346;OID=.;OPOS=34078463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 34212743 . A G 287.54 PASS AF=1;AO=11;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0806;QD=52.2796;RBI=0.0293167;REFB=0;REVB=0.0293167;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123126;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:22:0:0:11:22:1:11:0:0:0:22:0:0:0 chr6 34213296 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.094;QD=51.9165;RBI=0.0358652;REFB=0;REVB=0.0153212;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146937;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr6 34213868 . A G 62.13 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.9285;QD=35.5037;RBI=0.0640942;REFB=0;REVB=0.0172772;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000943127;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 34214322 . C G 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259323;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.152;QD=59.8323;RBI=0.0271422;REFB=0;REVB=0.00801314;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37368e-05;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr6 34502687 . T C 1296.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.492;QD=61.7367;RBI=0.0220569;REFB=0;REVB=0.0204439;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9037e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:84:0:0:80:84:1:46:34:0:0:47:37:0:0 chr6 34512064 . C T 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0392876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5115;QD=17.8257;RBI=0.0396101;REFB=0.00776153;REVB=-0.005044;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301131;STB=0.533279;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0111147;OID=.;OPOS=34512064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:8:4:3:7:8:4:3:8 chr6 34512195 . G C 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00997442;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.267;QD=13.7479;RBI=0.0163242;REFB=-0.0159221;REVB=-0.0129225;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237723;STB=0.643438;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0244115;OID=.;OPOS=34512195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:13:9:20:11:13:9:21:11 chr6 34557374 . A G 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.746;QD=61.6798;RBI=0.0346318;REFB=0;REVB=-0.0214803;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72921e-05;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr6 34653268 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.1;QD=37.488;RBI=0.0118759;REFB=0;REVB=-0.00601068;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255683;OID=.;OPOS=34653268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 34725655 . G GTCA 121.44 PASS AF=0.8;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0455434;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=3;MLLD=225.671;QD=32.3837;RBI=0.0469868;REFB=-0.0657458;REVB=-0.0115569;RO=3;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00678951;OID=.;OPOS=34725656;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=GTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:12:16:12:15:3:4:8:1:2:14:3:4:8:1:2 chr6 34725658 . G A,T 172.05 PASS AF=0.2,0.8;AO=2,13;DP=15;FAO=3,12;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=3,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292259,-0.118323;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.9316,130.068;QD=45.8803;RBI=0.0296819,0.118396;REFB=0,0;REVB=0.00518293,-0.00416706;RO=0;SAF=0,4;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0139961,-0.000506796;OID=.,.;OPOS=34725658,34725658;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:15:15:0:0:2,13:3,12:0.2,0.8:2,9:0,4:0:0:3,8:0,4:0:0 chr6 34803947 . C T 365.1 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229751;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.888;QD=52.1565;RBI=0.0242052;REFB=-0.168462;REVB=0.00761824;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000931456;OID=.;OPOS=34803947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:9:18:1:0:9:18:1:0 chr6 34824107 . A C 129.61 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00174038;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.733;QD=8.4992;RBI=0.0194119;REFB=-0.0126267;REVB=-0.0193337;RO=43;SAF=15;SAR=3;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411433;STB=0.75132;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.035897;OID=.;OPOS=34824107;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:43:43:18:18:0.295082:3:15:23:20:3:15:23:20 chr6 34824636 . A G 346.16 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200339;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.716;QD=55.3863;RBI=0.0297341;REFB=0;REVB=0.0219719;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311746;OID=.;OPOS=34824636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr6 34831856 . T C 199.04 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00593042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.491;QD=13.0519;RBI=0.0286894;REFB=-0.00269419;REVB=0.0280698;RO=37;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460265;STB=0.52644;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00633094;OID=.;OPOS=34831856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:14:10:17:20:14:10:17:20 chr6 34831866 . G A 1000.68 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0304127;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.055;QD=58.0107;RBI=0.0352191;REFB=-0.122577;REVB=0.0177609;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011966;STB=0.506327;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00109698;OID=.;OPOS=34831866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:69:1:1:68:68:0.985507:39:29:0:1:39:29:0:1 chr6 34949607 . C T 335.82 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00373655;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.196;QD=20.0492;RBI=0.00859552;REFB=-0.00703345;REVB=-0.00774088;RO=31;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798302;STB=0.510911;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00644405;OID=.;OPOS=34949607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:31:32:35:35:0.522388:20:15:13:18:20:15:13:19 chr6 34977663 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0949869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.567;QD=33.4285;RBI=0.113332;REFB=0;REVB=0.0618196;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00317071;OID=.;OPOS=34977663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 35027927 . T C 1697.18 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0137122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.454;QD=59.5501;RBI=0.0389633;REFB=0.110241;REVB=-0.0364707;RO=1;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0084037;STB=0.504424;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000416798;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:56:57:0:1:56:57:0:1 chr6 35050506 . G A 735.92 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018229;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.206;QD=63.9928;RBI=0.0184126;REFB=0;REVB=-0.0025934;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211059;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr6 35203203 . T G 204.91 PASS AF=0.606061;AO=16;DP=34;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.014928;FXX=0.0294031;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.591;QD=24.837;RBI=0.0392573;REFB=-0.0105059;REVB=0.0363082;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179467;STB=0.623761;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00962093;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:9:13:16:20:0.606061:8:8:7:2:11:9:10:3 chr6 35216740 . G A 152.87 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0603469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9551;QD=11.9897;RBI=0.0603538;REFB=-0.00830833;REVB=-0.000914562;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895551;STB=0.543771;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0134761;OID=.;OPOS=35216740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:11:7:15:17:11:7:15:18 chr6 35260503 . C T 130.63 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0108056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.075;QD=13.7507;RBI=0.0181667;REFB=-0.0236908;REVB=-0.0146037;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167764;STB=0.509791;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0628132;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:10:5:8:15:10:5:8:15 chr6 35260530 . C T 175.5 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0376866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4439;QD=21.9373;RBI=0.0473103;REFB=0.012893;REVB=0.0286005;RO=14;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193404;STB=0.609247;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00739958;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:13:5:7:7:13:5:7:7 chr6 35263555 . A G 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0768496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0399;QD=16.4803;RBI=0.081;REFB=-0.0156998;REVB=-0.0255959;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210156;STB=0.584299;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0160145;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:23:25:19:19:0.431818:11:8:5:18:11:8:7:18 chr6 35285720 . A C 270.87 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0186676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1961;QD=45.1447;RBI=0.0608853;REFB=0.00532444;REVB=-0.0579529;RO=2;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921477;STB=0.549954;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00386843;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:9:13:0:2:9:13:0:2 chr6 35391787 . C T 203.44 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00452579;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.944;QD=21.4146;RBI=0.00506088;REFB=-0.0235959;REVB=-0.0022649;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605442;STB=0.556396;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0285614;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:18:20:20:0.526316:11:9:6:10:11:9:6:12 chr6 35395010 . C T 348.34 PASS AF=0.485714;AO=32;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0233225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.273;QD=19.9053;RBI=0.0246507;REFB=-0.0567081;REVB=0.00798235;RO=24;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734863;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0479087;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:24:30:32:34:0.485714:17:15:9:15:17:17:15:15 chr6 35395795 . G C 299.67 PASS AF=0.384615;AO=32;DP=89;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00936652;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4604;QD=13.1722;RBI=0.0150705;REFB=-0.00765022;REVB=0.0118063;RO=55;SAF=14;SAR=18;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989225;STB=0.519763;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0259609;OID=.;OPOS=35395795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:55:56:32:35:0.384615:18:14:29:26:18:17:29:27 chr6 35423662 . A C 126.81 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0467078;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.427;QD=18.1161;RBI=0.0467619;REFB=-0.0051428;REVB=-0.00224702;RO=15;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177849;STB=0.581293;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0045868;OID=.;OPOS=35423662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:14:14:14:0.5:12:2:2:13:12:2:1:13 chr6 35465786 . A C 1061.4 PASS AF=0.986667;AO=71;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.105488;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9335;QD=56.6082;RBI=0.105521;REFB=-0.0912477;REVB=-0.00265933;RO=1;SAF=23;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020113;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00565372;OID=.;OPOS=35465786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:75:1:1:71:74:0.986667:48:23:1:0:48:26:0:1 chr6 35474073 . C G 44.74 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.105927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3755;QD=8.13478;RBI=0.109337;REFB=-0.034026;REVB=-0.027093;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211684;STB=0.633402;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0495636;OID=.;OPOS=35474073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:7:8:5:2:7:8 chr6 35477025 . C G 255.79 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.301;QD=51.1578;RBI=0.00465171;REFB=0;REVB=0.00189147;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13702e-05;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr6 35477032 . A G 46.26 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0237691;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.258;QD=8.0458;RBI=0.0320508;REFB=-0.00214963;REVB=-0.0215008;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11411;STB=0.549857;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00794286;OID=.;OPOS=35477032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:15:16:7:7:0.304348:3:4:7:8:3:4:8:8 chr6 35479574 . G C 205.97 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.588;QD=48.4626;RBI=0.0245838;REFB=0;REVB=0.0245838;RO=0;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996882;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:15:0:0:0:17:0:0:0 chr6 35705892 . T C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.023981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.129;QD=10.6683;RBI=0.0314308;REFB=-0.00578202;REVB=0.0203176;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.635366;STB=0.885548;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0175543;OID=.;OPOS=35705892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:9:1:12:6:9:1:12:6 chr6 35745655 . C T 165.29 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0145291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.778;QD=14.3732;RBI=0.0149031;REFB=-0.0230948;REVB=0.00331781;RO=28;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177628;STB=0.603703;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0195716;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:5:13:16:12:5:13:16:12 chr6 35923246 . T C 243.42 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0160075;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.851;QD=14.9796;RBI=0.0342007;REFB=0.0135344;REVB=0.0302233;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933254;STB=0.539043;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00864358;OID=.;OPOS=35923246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:37:28:28:0.430769:17:11:17:18:17:11:17:20 chr6 36098410 . A C 68.49 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.768;QD=39.1353;RBI=0.0539909;REFB=0;REVB=0.0539909;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246644;OID=.;OPOS=36098410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr6 36198577 . G A,C 585.66 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=2,37;DP=40;FAO=2,37;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537429,0.0289343;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.3945,145.765;QD=60.0673;RBI=0.102059,0.1079;REFB=0,0;REVB=-0.086762,-0.103948;RO=0;SAF=0,23;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.91909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0806117,0.000930009;OID=.,.;OPOS=36198577,36198577;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:40:39:0:0:2,37:2,37:0.0512821,0.948718:2,14:0,23:0:0:2,14:0,23:0:0 chr6 36260858 . C T 257.95 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00529015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.471;QD=18.4252;RBI=0.0719125;REFB=-0.00440128;REVB=0.0717176;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213675;STB=0.624916;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00908142;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:28:27:28:0.5:13:14:21:7:14:14:21:7 chr6 36260914 . C T 316.76 PASS AF=0.540984;AO=31;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.015271;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.439;QD=20.7709;RBI=0.0177437;REFB=-0.0382327;REVB=-0.00903523;RO=27;SAF=21;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234287;STB=0.629133;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0202972;OID=.;OPOS=36260914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:28:31:33:0.540984:10:21:11:16:11:22:11:17 chr6 36275458 . T C 71.03 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0384773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2603;QD=7.47695;RBI=0.0912527;REFB=-0.00192578;REVB=-0.0827439;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305017;STB=0.696608;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00237984;OID=.;OPOS=36275458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:38:27:28:10:10:0.263158:4:6:9:18:4:6:9:19 chr6 36287312 . G C 120.24 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0178247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.899;QD=14.1456;RBI=0.0193577;REFB=-0.0149276;REVB=-0.00754977;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761006;STB=0.517217;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0252282;OID=.;OPOS=36287312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:20:14:14:0.411765:8:6:8:11:8:6:8:12 chr6 36341243 . T A 388.86 PASS AF=0.427184;AO=39;DP=99;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00403121;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.172;QD=15.1014;RBI=0.0450336;REFB=-0.00911351;REVB=0.0448528;RO=58;SAF=19;SAR=20;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316993;STB=0.514556;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0129414;OID=.;OPOS=36341243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:58:59:39:44:0.427184:20:19:30:28:22:22:31:28 chr6 36393816 . A G 489.36 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0263439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.291;QD=17.0212;RBI=0.0263455;REFB=-0.0163079;REVB=-0.000288784;RO=61;SAF=21;SAR=32;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069941;STB=0.542204;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0203865;OID=.;OPOS=36393816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:62:53:53:0.46087:32:21:20:41:32:21:20:42 chr6 36455838 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0070187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.044;QD=21.613;RBI=0.0175702;REFB=0.00714189;REVB=0.0161074;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553909;STB=0.531058;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00634748;OID=.;OPOS=36455838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:13:11:12:11:13:11:12:11 chr6 36463627 . C T 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0333249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.885;QD=20.0306;RBI=0.0336528;REFB=-0.00632844;REVB=-0.00468599;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112989;STB=0.563705;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00519358;OID=.;OPOS=36463627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:10:14:12:14:10:14:12:14 chr6 36607432 . C A 320.07 PASS AF=0.431818;AO=23;DP=86;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.067625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.8112;QD=14.5485;RBI=0.0809088;REFB=-0.0553385;REVB=-0.0444194;RO=42;SAF=3;SAR=20;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390905;STB=0.504235;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0483228;OID=.;OPOS=36607432;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:42:50:23:38:0.431818:20:3:16:26:21:17:22:28 chr6 36651971 . C A 212.8 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0204137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.101;QD=20.267;RBI=0.0371574;REFB=-0.0043091;REVB=0.0310476;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441483;STB=0.524917;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00457671;OID=.;OPOS=36651971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:8:13:12:9:8:13:12:9 chr6 36653597 . C T 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.00412641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3388;QD=12.0713;RBI=0.00848465;REFB=-0.00581987;REVB=-0.00741364;RO=40;SAF=4;SAR=20;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142548;STB=0.583257;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0136576;OID=.;OPOS=36653597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:20:4:10:30:20:4:10:30 chr6 36713263 . A G 3186.13 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414783;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8853;QD=61.8665;RBI=0.0520076;REFB=0;REVB=-0.0313742;RO=0;SAF=88;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11226e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138605;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:206:0:0:205:206:1:117:88:0:0:118:88:0:0 chr6 36766292 . C T 140.03 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.000430995;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.548;QD=12.1769;RBI=0.0153857;REFB=-0.0151423;REVB=0.0153797;RO=28;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329626;STB=0.697415;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0198003;OID=.;OPOS=36766292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:28:30:16:16:0.347826:12:4:15:13:12:4:16:14 chr6 36882353 . A G 231.43 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.010096;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9833;QD=16.5308;RBI=0.053306;REFB=-0.00720994;REVB=-0.0523412;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114231;STB=0.556121;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00553426;OID=.;OPOS=36882353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:31:30:26:26:0.464286:12:14:13:18:12:14:13:17 chr6 36892571 . C G 272.23 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0528361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0802;QD=17.2842;RBI=0.0792931;REFB=-0.041335;REVB=-0.0591248;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101576;STB=0.556924;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0498125;OID=.;OPOS=36892571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:14:16:14:19:14:16:14:19 chr6 36895835 . C T 181.36 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00864981;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.311;QD=12.9546;RBI=0.00873064;REFB=-0.00258563;REVB=-0.00118522;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303562;STB=0.501676;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00467545;OID=.;OPOS=36895835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:34:22:22:0.392857:13:9:13:19:13:9:14:20 chr6 36922684 . A C 327.22 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=0.00876405;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0484;QD=15.0444;RBI=0.0327712;REFB=0.0189446;REVB=0.0315776;RO=50;SAF=16;SAR=20;SRF=10;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266476;STB=0.63993;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0182666;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:50:51:36:36:0.413793:20:16:10:40:20:16:11:40 chr6 36931162 . A G 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0376001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.542;QD=17.8256;RBI=0.048497;REFB=0.000652839;REVB=-0.03063;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972526;STB=0.572403;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000530289;OID=.;OPOS=36931162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:7:5:3:7:7:5:3:8 chr6 36976637 . G C 1050.12 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199578;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.605;QD=57.5408;RBI=0.0442509;REFB=-0.162068;REVB=0.0394946;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141139;STB=0.507244;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0017224;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:73:1:1:71:72:0.986301:38:33:1:0:38:34:1:0 chr6 36978834 . A G 252.06 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.14;QD=50.4115;RBI=0.0462492;REFB=0;REVB=0.0460849;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325858;OID=.;OPOS=36978834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:11:6:0:0:13:7:0:0 chr6 36988364 . C T 151.81 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00680841;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.728;QD=19.5885;RBI=0.00727508;REFB=-0.00921312;REVB=0.00256365;RO=15;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321766;STB=0.683966;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00947145;OID=.;OPOS=36988364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:15:16:16:0.516129:4:12:6:9:4:12:6:9 chr6 36995222 . G A 189.91 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0160602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.586;QD=12.4533;RBI=0.029208;REFB=-0.00230749;REVB=-0.0243962;RO=37;SAF=15;SAR=8;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280065;STB=0.533306;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00407068;OID=.;OPOS=36995222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:23:24:0.393443:8:15:25:12:9:15:25:12 chr6 37012679 . G A 253.56 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00275377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.715;QD=12.6781;RBI=0.0201123;REFB=-0.0313209;REVB=-0.0199229;RO=48;SAF=21;SAR=9;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290152;STB=0.67845;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0564408;OID=.;OPOS=37012679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:50:30:30:0.375:9:21:21:27:9:21:21:29 chr6 37180237 . G A 769.31 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1485;QD=56.9862;RBI=0.054275;REFB=0;REVB=0.0527994;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572323;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr6 37180355 . G A 754.02 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0225133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.891;QD=61.5529;RBI=0.0230666;REFB=0.013018;REVB=0.00502196;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026866;STB=0.51428;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000258569;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:31:17:1:0:31:17:1:0 chr6 37180523 . A G 1081.51 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0195142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3957;QD=56.9217;RBI=0.0469944;REFB=-0.0117096;REVB=-0.0427513;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.512817;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000668316;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:76:0:2:74:74:0.973684:36:38:0:0:36:38:2:0 chr6 37250112 . A G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.006;QD=47.8141;RBI=0.0359983;REFB=-0.00573802;REVB=0.0339811;RO=1;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023693;STB=0.512808;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000269831;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:19:2:0:1:19:2:0:1 chr6 37252210 . C T 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.553;QD=62.9789;RBI=0.0671283;REFB=0;REVB=0.0452497;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348559;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr6 37288036 . A G 761.61 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.791;QD=56.4157;RBI=0.0401363;REFB=0;REVB=0.0240995;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91685e-06;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:29:23:0:0:31:23:0:0 chr6 37349033 . G A 976.13 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224471;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.87;QD=59.1596;RBI=0.0224498;REFB=0;REVB=0.000350664;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49804e-05;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr6 37450914 . T C 255.88 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.010616;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.169;QD=21.7767;RBI=0.0109336;REFB=-0.00276096;REVB=0.00261615;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592592;STB=0.533186;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00311512;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:14:9:11:13:14:9 chr6 37452622 . CCTT C 144.31 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00991641;FXX=0.0632831;HRUN=2;LEN=3;MLLD=327.712;QD=7.80035;RBI=0.00996991;REFB=-0.00245831;REVB=0.0010315;RO=50;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00552045;STB=0.507653;STBP=0.943;TYPE=del;VARB=0.00454993;OID=.;OPOS=37452623;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:26:81:26:74:48:10:16:19:29:99:50:10:16:19:31 chr6 37603102 . TG CA 118.54 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00625565;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.795;QD=11.2893;RBI=0.0139566;REFB=-0.0189774;REVB=0.0124761;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119751;STB=0.571326;STBP=0.52;TYPE=mnp;VARB=0.0692291;OID=.;OPOS=37603102;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:28:28:14:14:0.333333:6:8:13:15:6:8:13:15 chr6 37604885 . A G 157.09 PASS AF=0.414634;AO=18;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0373316;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.964;QD=15.3258;RBI=0.0513424;REFB=-0.0018476;REVB=-0.0352477;RO=22;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668602;STB=0.600727;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00232324;OID=.;OPOS=37604885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:24:18:17:0.414634:14:4:6:16:14:3:7:17 chr6 37623566 . C T 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0696005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.804;QD=6.52635;RBI=0.0767196;REFB=0.000306449;REVB=-0.0322747;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520582;STB=0.553039;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000313264;OID=.;OPOS=37623566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:19:20:7:7:0.259259:4:3:9:10:4:3:10:10 chr6 37623626 . C T 210.49 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0137195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.225;QD=26.3116;RBI=0.0141899;REFB=-0.0160723;REVB=0.00362317;RO=12;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691191;STB=0.538423;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00471261;OID=.;OPOS=37623626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:8:12:6:6:8:12:6:6 chr6 37626142 . C T 253.49 PASS AF=0.379747;AO=29;DP=78;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0013625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.936;QD=12.8347;RBI=0.00974819;REFB=-0.0151443;REVB=0.00965251;RO=49;SAF=12;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084062;STB=0.535295;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0230266;OID=.;OPOS=37626142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:49:49:29:30:0.379747:17:12:24:25:17:13:24:25 chr6 38650628 . T G 138.37 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00159242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.771;QD=11.7763;RBI=0.00696512;REFB=-0.029464;REVB=0.00678065;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176641;STB=0.614829;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0546882;OID=.;OPOS=38650628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:6:10:14:16:6:10:14:17 chr6 38670837 . G A 1450.8 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9735;QD=63.0782;RBI=0.11413;REFB=0;REVB=0.0798405;RO=0;SAF=25;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000944973;OID=.;OPOS=38670837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:67:25:0:0:67:25:0:0 chr6 38747770 . G A 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=6.53311e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.652;QD=23.8368;RBI=0.0201274;REFB=-0.00622145;REVB=0.0201272;RO=22;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146483;STB=0.580595;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00608292;OID=.;OPOS=38747770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:18:14:14:8:18:14:14:8 chr6 38750888 . A G 1264.68 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.494;QD=61.6918;RBI=0.00390071;REFB=0;REVB=0.00326291;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68548e-06;OID=.;OPOS=38750888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr6 38773293 . G A 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3587;QD=56.9933;RBI=0.0459753;REFB=0;REVB=-0.024234;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000758579;OID=.;OPOS=38773293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr6 38781866 . C G,T 589.03 PASS AF=0.926829,0.0487805;AO=38,2;DP=41;FAO=38,2;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23,0;FSAR=15,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0122117,-0.0672879;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=69.6077,13.6002;QD=57.4664;RBI=0.0170223,0.0702162;REFB=0.0186217,0.031634;REVB=-0.0118589,0.0200664;RO=0;SAF=23,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.510633,0.993266;STBP=0.541,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0022045,0.0246693;OID=.,.;OPOS=38781866,38781866;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:41:41:0:1:38,2:38,2:0.926829,0.0487805:15,2:23,0:0:0:15,2:23,0:1:0 chr6 38800164 . G A 162.55 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0033226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9539;QD=10.8369;RBI=0.0140183;REFB=-0.000309982;REVB=0.0136188;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208931;STB=0.512184;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00144422;OID=.;OPOS=38800164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:12:9:16:23:12:9:16:23 chr6 38802341 . A G 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.043093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.437;QD=8.23015;RBI=0.0502673;REFB=0.00314399;REVB=-0.0258803;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302951;STB=0.687482;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00858618;OID=.;OPOS=38802341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:3:7:11:14:3:7:11:14 chr6 38816505 . C T 443.33 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0313617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.856;QD=15.028;RBI=0.0393189;REFB=-0.027994;REVB=-0.0237154;RO=67;SAF=25;SAR=25;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053314;STB=0.533885;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0351527;OID=.;OPOS=38816505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:67:68:50:50:0.423729:25:25:37:30:25:25:38:30 chr6 38825329 . C T 850.89 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4108;QD=57.6876;RBI=0.0528516;REFB=0;REVB=0.0471083;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179669;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:33:26:0:0 chr6 38841101 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.814;QD=52.6132;RBI=0.0484075;REFB=0;REVB=0.0120777;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314038;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr6 38843426 . C T 1661.24 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0052697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9347;QD=59.3301;RBI=0.00961826;REFB=0.0212824;REVB=0.00804619;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.504586;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000211092;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:110:111:0.991071:54:56:0:0:54:57:0:1 chr6 38851669 . C T 188.38 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=8.64629e-05;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.395;QD=19.3208;RBI=0.00261116;REFB=0.0132717;REVB=0.00260973;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671228;STB=0.538004;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0137103;OID=.;OPOS=38851669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:12:8:9:10:12:8 chr6 38899643 . T A 226.03 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00482424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2967;QD=17.0586;RBI=0.00604047;REFB=-0.0170226;REVB=-0.0036351;RO=28;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979372;STB=0.555509;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0230925;OID=.;OPOS=38899643;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:19:6:9:19:19:6:9:19 chr6 39033602 . A G 871.25 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.228;QD=56.2094;RBI=0.0374764;REFB=-0.0826194;REVB=0.0255802;RO=1;SAF=16;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103763;STB=0.505493;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00164983;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:45:16:0:1:45:16:0:1 chr6 39282806 . G T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00971798;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.715;QD=14.0438;RBI=0.059211;REFB=0.00191896;REVB=0.058408;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422723;STB=0.749163;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.000498702;OID=.;OPOS=39282806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:4:0:3:2:4:0 chr6 39283083 . G A 183.63 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0418751;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2209;QD=16.3228;RBI=0.0424264;REFB=0.00167764;REVB=-0.00681706;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135953;STB=0.578229;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00597232;OID=.;OPOS=39283083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:13:13:12:7:13:13 chr6 39283996 . C CG 44.01 PASS AF=0.26087;AO=13;DP=47;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0700707;FXX=0.041658;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.113;QD=3.82699;RBI=0.0723738;REFB=-0.00923071;REVB=-0.0181124;RO=31;SAF=12;SAR=1;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.63033;STB=0.893584;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.129902;OID=.;OPOS=39283997;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:13:47:12:46:34:11:1:15:19:44:31:12:1:14:17 chr6 39284050 . G T 337.51 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.00257683;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.184;QD=19.8535;RBI=0.0181777;REFB=-0.0184318;REVB=0.0179941;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191247;STB=0.610561;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0100849;OID=.;OPOS=39284050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:33:35:35:0.514706:20:15:7:25:20:15:7:26 chr6 39284184 . A G 900.74 PASS AF=0.577465;AO=80;DP=140;FAO=82;FDP=142;FR=.;FRO=60;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=-0.10905;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.287;QD=25.3729;RBI=0.109256;REFB=0.0630587;REVB=0.00670708;RO=60;SAF=50;SAR=30;SRF=44;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934666;STB=0.55128;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0278571;OID=.;OPOS=39284184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:60:60:80:82:0.577465:30:50:44:16:31:51:44:16 chr6 39290200 . C T 176.29 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0114433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.675;QD=20.7399;RBI=0.0220516;REFB=-0.0181352;REVB=0.0188501;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088825;STB=0.553631;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0117877;OID=.;OPOS=39290200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:16:18:18:0.529412:7:11:7:7:7:11:8:8 chr6 39828862 . A C 445.36 PASS AF=0.66129;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0507628;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.414;QD=28.7332;RBI=0.0507789;REFB=-0.0376557;REVB=0.00127766;RO=22;SAF=15;SAR=26;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332816;STB=0.529702;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0202871;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:22:21:41:41:0.66129:26:15:7:15:26:15:6:15 chr6 39851817 . AG A,AA 586.5 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=13,26;DP=39;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017448,0.0328931;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=304.377,315.701;QD=60.1539;RBI=0.0178833,0.0329936;REFB=0,0;REVB=0.00392145,0.00257417;RO=0;SAF=10,8;SAR=3,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.28381e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0193825,0.00380315;OID=.,.;OPOS=39851818,39851818;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025641,0.974359:13,26:39:1,38:39:0:0,18:1,20:0:0:7:0:10,8:3,18:0:0 chr6 39864730 . C T 178.69 PASS AF=0.5625;AO=19;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0249739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0272;QD=22.3356;RBI=0.0255552;REFB=0.000556244;REVB=-0.00541964;RO=12;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118579;STB=0.535676;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-7.75194e-05;OID=.;OPOS=39864730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:12:14:19:18:0.5625:5:14:9:3:5:13:11:3 chr6 39865047 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.81;QD=52.61;RBI=0.0673348;REFB=0;REVB=0.0668717;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660734;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr6 39869952 . T A 70.82 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0125374;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6969;QD=6.74497;RBI=0.0243356;REFB=-0.0150672;REVB=0.0208574;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189745;STB=0.618823;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0399675;OID=.;OPOS=39869952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:43:42:32:32:10:10:0.238095:5:5:11:21:5:5:11:21 chr6 40360465 . A G 830.44 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0198353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5522;QD=53.577;RBI=0.035604;REFB=0.0209195;REVB=0.0295669;RO=2;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377019;STB=0.519993;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00572531;OID=.;OPOS=40360465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:62:2:2:59:60:0.967742:24:35:0:2:24:36:0:2 chr6 41196156 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.952;QD=58.1419;RBI=0.0487293;REFB=0;REVB=0.0459643;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133262;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:13:19:0:0 chr6 41196605 . T C 772.36 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.063;QD=63.05;RBI=0.0891853;REFB=0;REVB=-0.0018351;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024169;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:24:21:0:0:25:24:0:0 chr6 41196727 . C T 266.64 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.354;QD=48.4791;RBI=0.046912;REFB=-0.0307702;REVB=0.0238844;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591741;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr6 41197785 . T C 528.58 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0510487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.707;QD=52.8584;RBI=0.0786831;REFB=-0.151891;REVB=0.0598754;RO=2;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519525;STB=0.515595;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00263333;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:2:3:37:37:0.925:17:20:0:2:17:20:1:2 chr6 41197857 . C T 575.48 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.25;QD=60.5766;RBI=0.0613498;REFB=0;REVB=0.0602554;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr6 41270223 . C T 642.57 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000568242;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3201;QD=59.7736;RBI=0.0773335;REFB=-0.017386;REVB=-0.0773314;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00115108;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:0:1:42:42:0.976744:22:20:0:0:22:20:1:0 chr6 41303592 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0768098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0499;QD=44.6891;RBI=0.0834516;REFB=0;REVB=-0.0326253;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235795;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr6 41303995 . A G 173.02 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00537919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.026;QD=18.7045;RBI=0.0187988;REFB=0.00176934;REVB=0.0180128;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194029;STB=0.595134;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.002731;OID=.;OPOS=41303995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:8:10:6:12:8:10:7:12 chr6 41309552 . T C 210.62 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00266133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.292;QD=19.5929;RBI=0.0179129;REFB=-0.0158996;REVB=-0.0177141;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126165;STB=0.581422;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0175827;OID=.;OPOS=41309552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:10:10:14:8:11:10:14:8 chr6 41318424 . T A 133.24 PASS AF=0.315789;AO=17;DP=56;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0194462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.729;QD=9.35036;RBI=0.0199666;REFB=-0.00446211;REVB=0.00452884;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132921;STB=0.585703;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00824878;OID=.;OPOS=41318424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:38:39:17:18:0.315789:10:7:20:18:11:7:20:19 chr6 41318438 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.24;QD=59.3226;RBI=0.0631926;REFB=0;REVB=0.0239233;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104385;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr6 41533579 . C A 236.64 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0432965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.828;QD=15.7763;RBI=0.0525095;REFB=-0.0246953;REVB=0.0297096;RO=32;SAF=5;SAR=22;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336951;STB=0.703027;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.022019;OID=.;OPOS=41533579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:22:5:15:17:22:5:16:17 chr6 41621618 . A G 130.28 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.731;QD=43.4282;RBI=0.00264615;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73125e-05;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:10:12:1:0:10:0:0:0:12:0:0 chr6 41621625 . G A 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0171732;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.432;QD=33.9784;RBI=0.0171732;REFB=0.0596562;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00421878;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:0:2:12:12:0.857143:0:12:0:0:0:12:2:0 chr6 41652514 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.014985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.528;QD=13.6309;RBI=0.0151826;REFB=-0.0201111;REVB=-0.00244158;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153362;STB=0.589955;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0187815;OID=.;OPOS=41652514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:7:2:3:5:7:2 chr6 41658889 . C T 149.89 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0121665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.049;QD=19.3412;RBI=0.0735679;REFB=-0.00740782;REVB=0.0725549;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177215;STB=0.580547;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00841212;OID=.;OPOS=41658889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:8:8:10:4:8:8:10:5 chr6 41708938 . C G 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00686674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.895;QD=20.1939;RBI=0.012892;REFB=-0.0156447;REVB=-0.010911;RO=35;SAF=22;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184069;STB=0.524868;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0146652;OID=.;OPOS=41708938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:37:39:39:0.513158:17:22:19:16:17:22:19:18 chr6 41753084 . C T 550.69 PASS AF=0.573034;AO=50;DP=88;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00923252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.341;QD=24.7502;RBI=0.0357418;REFB=-0.0248358;REVB=0.0345288;RO=38;SAF=21;SAR=29;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430581;STB=0.527016;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0178177;OID=.;OPOS=41753084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:38:38:50:51:0.573034:29:21:18:20:30:21:18:20 chr6 41800629 . T C 256.77 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0134568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.911;QD=22.8236;RBI=0.0193991;REFB=-0.0113884;REVB=0.0139728;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271384;STB=0.635247;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0109091;OID=.;OPOS=41800629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:21:23:24:0.533333:8:15:7:14:9:15:7:14 chr6 41895150 . G A 273.88 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0195871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0804;QD=17.6698;RBI=0.043738;REFB=-0.00901492;REVB=0.039107;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145149;STB=0.581143;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00830916;OID=.;OPOS=41895150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:14:16:12:20:14:16:12:20 chr6 41900406 . C T 231.46 PASS AF=0.464286;AO=27;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00212404;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.566;QD=16.5329;RBI=0.0134218;REFB=0.0021356;REVB=0.0132526;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766364;STB=0.533308;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00216307;OID=.;OPOS=41900406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:30:30:27:26:0.464286:14:13:12:18:14:12:12:18 chr6 41903349 . C G 37.51 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.0151809;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=92.4677;QD=6.52282;RBI=0.0151809;REFB=-0.00449026;REVB=0;RO=13;SAF=8;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.228766;OID=.;OPOS=41903349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:23:13:15:8:8:0.347826:0:8:13:0:0:8:15:0 chr6 41903782 . A C 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0182886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.644;QD=46.9595;RBI=0.0285435;REFB=0.000538994;REVB=0.0219147;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=2.24705e-05;OID=.;OPOS=41903782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:1:0:12:8:1:0 chr6 42044945 . G A 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.114;QD=61.5105;RBI=0.0251821;REFB=0.0049897;REVB=-0.00339006;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018447;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000107506;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:1:0:23:25:1:0 chr6 42072783 . T TG 47.42 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0887353;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.8147;QD=5.74841;RBI=0.14958;REFB=-0.0697274;REVB=0.120416;RO=26;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363802;STB=0.523521;STBP=0.871;TYPE=ins;VARB=0.12569;OID=.;OPOS=42072784;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:8:34:12:33:21:5:7:8:13:47:26:5:3:8:18 chr6 42072989 . G A 420.19 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00368351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.514;QD=17.8803;RBI=0.0119694;REFB=-0.015562;REVB=0.0113886;RO=49;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154975;STB=0.507712;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0188878;OID=.;OPOS=42072989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:51:43:43:0.457447:20:23:27:22:20:23:28:23 chr6 42073958 . C T 151.02 PASS AF=0.378378;AO=12;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00697412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4869;QD=16.3269;RBI=0.0417313;REFB=-0.0203479;REVB=-0.0411445;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664552;STB=0.562412;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0559571;OID=.;OPOS=42073958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:12:14:0.378378:7:5:6:11:7:7:7:11 chr6 42074106 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0134692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.618;QD=10.8848;RBI=0.0204047;REFB=-0.00997816;REVB=-0.0153275;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206442;STB=0.677488;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0174056;OID=.;OPOS=42074106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:1:8:11:3:1:8:11:4 chr6 42110171 . C G 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.799;QD=56.9513;RBI=0.0336835;REFB=0;REVB=0.0333826;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39382e-05;OID=.;OPOS=42110171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr6 42162388 . A G 1607.05 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.904;QD=60.0767;RBI=0.0540184;REFB=0;REVB=0.0188943;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55749e-05;OID=.;OPOS=42162388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:51:55:0:0:51:56:0:0 chr6 42532102 . C T 477.36 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.353;QD=57.8615;RBI=0.0306866;REFB=0;REVB=0.00899349;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146455;OID=.;OPOS=42532102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:15:16:0:0:16:17:0:0 chr6 42600319 . A G 1397.28 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.562;QD=62.7991;RBI=0.0379021;REFB=0;REVB=0.0324522;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163196;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:42:45:0:0:43:46:0:0 chr6 42627430 . C T 117.04 PASS AF=0.35;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0456338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.0594;QD=11.7043;RBI=0.0525818;REFB=-0.0278562;REVB=-0.0261228;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031811;STB=0.52937;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0472162;OID=.;OPOS=42627430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:26:14:14:0.35:6:8:15:10:6:8:16:10 chr6 42627434 . G A 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5303;QD=62.0177;RBI=0.0625907;REFB=0;REVB=0.0204075;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308192;OID=.;OPOS=42627434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr6 42650772 . C T 113.31 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00628447;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.2839;QD=13.7341;RBI=0.0999122;REFB=-0.0248157;REVB=-0.0997143;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861724;STB=0.518194;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0439721;OID=.;OPOS=42650772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:16:18:15:15:0.454545:8:7:9:7:8:7:9:9 chr6 42666061 . T C 256.15 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0164651;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.35;QD=21.8;RBI=0.0296828;REFB=-0.0419774;REVB=0.0246975;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311547;STB=0.673404;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0240984;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:10:14:5:18:10:14:5:18 chr6 42666145 . C T 677.0 PASS AF=0.9375;AO=46;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0398062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1747;QD=56.4163;RBI=0.0535577;REFB=-0.106095;REVB=0.0358315;RO=1;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159381;STB=0.520949;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0403925;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:48:48:1:3:46:45:0.9375:29:17:0:1:29:16:2:1 chr6 42666164 . G C 227.02 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0202772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.006;QD=15.6562;RBI=0.0269926;REFB=-0.056391;REVB=0.0178167;RO=31;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166772;STB=0.503103;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0524501;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:32:26:26:0.448276:18:8:10:21:18:8:10:22 chr6 42713618 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.46;QD=62.3509;RBI=0.0308354;REFB=0;REVB=0.0235205;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33974e-05;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:20:23:0:0 chr6 42932202 . C T 499.25 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00220529;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.798;QD=16.7815;RBI=0.00270473;REFB=-0.0166256;REVB=0.00156597;RO=65;SAF=20;SAR=34;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930007;STB=0.551929;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0202986;OID=.;OPOS=42932202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:65:65:54:54:0.453782:34:20:30:35:34:20:30:35 chr6 42932835 . C T 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=7.30362e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.472;QD=15.0177;RBI=0.00421839;REFB=-0.0121029;REVB=-0.00421776;RO=39;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174741;STB=0.606311;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0134075;OID=.;OPOS=42932835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:40:30:30:0.428571:11:19:18:21:11:19:18:22 chr6 42981051 . C G 132.14 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0623585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.591;QD=24.0262;RBI=0.0704569;REFB=-0.0415313;REVB=0.0327962;RO=8;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139114;STB=0.578826;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0139897;OID=.;OPOS=42981051;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:11:3:3:5:11:3:3:5 chr6 42989057 . T C 574.77 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448684;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.051;QD=60.5017;RBI=0.0462409;REFB=0;REVB=0.0111826;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244952;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr6 42992808 . T C 187.5 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0252428;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9921;QD=14.1506;RBI=0.0660536;REFB=-0.00684673;REVB=0.06104;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601881;STB=0.534514;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0101277;OID=.;OPOS=42992808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:31:31:22:22:0.415094:14:8:13:18:14:8:13:18 chr6 42992825 . C G 242.05 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0168608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.033;QD=16.986;RBI=0.0224131;REFB=-0.0164989;REVB=-0.0147668;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423401;STB=0.523792;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0180594;OID=.;OPOS=42992825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:15:12:12:18:15:12:12:18 chr6 42995211 . A G 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0236881;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=197.92;QD=12.0523;RBI=0.029037;REFB=0.0114868;REVB=-0.0167935;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604717;STB=0.536003;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0163632;OID=.;OPOS=42995211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:5:8:5:4:5:8 chr6 43008298 . C T 85.79 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0178454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.999;QD=11.8335;RBI=0.0217713;REFB=-0.0178768;REVB=0.0124712;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697097;STB=0.541327;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0258962;OID=.;OPOS=43008298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:11:7:5:6:11:7 chr6 43014022 . G A 150.23 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0171941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3086;QD=12.2635;RBI=0.0363974;REFB=-0.02505;REVB=0.0320802;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264973;STB=0.515606;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0351586;OID=.;OPOS=43014022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:11:6:12:20:11:6:12:20 chr6 43014298 . TT CC 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168417;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=227.994;QD=35.5759;RBI=0.0688471;REFB=0;REVB=0.0667554;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000653975;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr6 43014476 . C A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.028016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.432;QD=24.066;RBI=0.030986;REFB=-0.0390293;REVB=0.0132377;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140152;STB=0.578845;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0164746;OID=.;OPOS=43014476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:11:5:5:5:11:5:5:5 chr6 43018909 . C T 179.16 PASS AF=0.5;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.015177;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8111;QD=19.9061;RBI=0.0547462;REFB=0.0066876;REVB=0.0526004;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53188;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00282783;OID=.;OPOS=43018909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:36:15:18:18:18:0.5:6:12:10:5:6:12:13:5 chr6 43023904 . GCCCCCA CGCCCCA,GCCCCA,GCCCCAC 45.75 PASS AF=0.0909091,0.159091,0;AO=6,10,3;DP=46;FAO=4,7,0;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=0,6,0;FSAR=4,1,0;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0470598,-0.070629,-0.0578785;FXX=0.0638162;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=50.1185,8.81781,99.313;QD=4.15867;RBI=0.11156,0.101483,0.0714335;REFB=-0.0359698,-0.195139,-0.0201028;REVB=-0.101148,-0.0728724,-0.0418667;RO=25;SAF=0,9,3;SAR=6,1,0;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.690903,0.561717,0.577457;STB=0.997441,0.799042,0.5;STBP=0.026,0.138,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=-0.00587226,0.198838,0.15097;OID=.,.,.;OPOS=43023904,43023905,43023909;OREF=GC,C,CA;OALT=CG,-,AC;OMAPALT=CGCCCCA,GCCCCA,GCCCCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:46:44:25:33:6,10,3:4,7,0:0.0909091,0.159091,0:6,1,0:0,9,3:12:13:4,1,0:0,6,0:18:15 chr6 43029288 . G A 74.86 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0121226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.3503;QD=10.3261;RBI=0.0262309;REFB=-0.0173705;REVB=-0.0232616;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119984;STB=0.596835;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0274221;OID=.;OPOS=43029288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:17:19:10:10:0.344828:6:4:5:12:6:4:5:14 chr6 43039951 . T C 164.01 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0184571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4655;QD=14.9102;RBI=0.0646531;REFB=-0.00132563;REVB=0.0619626;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118371;STB=0.544221;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00538113;OID=.;OPOS=43039951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:26:17:18:0.409091:6:11:14:12:7:11:14:12 chr6 43154091 . C G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00431635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.694;QD=57.8246;RBI=0.0673765;REFB=-0.06896;REVB=0.0672381;RO=1;SAF=27;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170418;STB=0.509086;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00202804;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:11:27:1:0:11:27:1:0 chr6 43191082 . C T 69.65 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0257886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.905;QD=16.3884;RBI=0.0516493;REFB=-0.027053;REVB=0.0447504;RO=8;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349937;STB=0.710535;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0225365;OID=.;OPOS=43191082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:8:1:3:5:8:1:3:5 chr6 43270097 . T C 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.672;QD=63.2824;RBI=0.0377652;REFB=0;REVB=-0.00139019;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179308;OID=.;OPOS=43270097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr6 43270151 . C T 657.38 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0477922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.14;QD=59.7614;RBI=0.0611493;REFB=-0.123098;REVB=0.0381463;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00061914;OID=.;OPOS=43270151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:24:19:0:0:24:19:0:1 chr6 43305520 . C T 140.09 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0154845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.797;QD=12.7357;RBI=0.0186208;REFB=-0.00051489;REVB=-0.0103424;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00984449;STB=0.505773;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.000982953;OID=.;OPOS=43305520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:7:9:16:12:7:9:16:12 chr6 43306346 . A G 714.99 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.747;QD=56.0779;RBI=0.0577379;REFB=0;REVB=0.0395891;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290039;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:49:51:1:20:29:0:0:20:31:0:0 chr6 43418328 . G A 70.69 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00665963;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.1459;QD=10.4721;RBI=0.0157849;REFB=-0.0371373;REVB=0.0143113;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875907;STB=0.538383;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.107944;OID=.;OPOS=43418328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:27:27:16:17:10:10:0.37037:7:3:6:10:7:3:6:11 chr6 43418528 . C T 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0222042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.656;QD=14.6536;RBI=0.0289197;REFB=-0.0108912;REVB=0.0185289;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335325;STB=0.699474;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0111734;OID=.;OPOS=43418528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:5:3:6:2:5:3 chr6 43418691 . G A 158.47 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0111391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1718;QD=17.1322;RBI=0.0281485;REFB=-0.0164137;REVB=0.0258507;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748639;STB=0.542807;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0231643;OID=.;OPOS=43418691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:9:11:8:9:9:11 chr6 43418733 . G A 171.05 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0271068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8856;QD=15.9116;RBI=0.0285124;REFB=-0.00917399;REVB=-0.0088419;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439071;STB=0.50251;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0135401;OID=.;OPOS=43418733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:14:10:8:11:14:10 chr6 43492578 . G A 134.89 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0041315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.831;QD=16.8612;RBI=0.0048595;REFB=-0.0206388;REVB=-0.0025584;RO=17;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399955;STB=0.732057;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0235718;OID=.;OPOS=43492578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:12:3:10:7:12:3:10:7 chr6 43581967 . C T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0147797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.17;QD=23.5282;RBI=0.0308971;REFB=-0.0303223;REVB=-0.0271328;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525291;STB=0.529382;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.025652;OID=.;OPOS=43581967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:8:7:8:12:8:7 chr6 43596716 . CG C 76.88 PASS AF=0.75;AO=7;DP=19;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.230468;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.2151;QD=15.3754;RBI=0.26361;REFB=-0.0884951;REVB=0.127965;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.648649;SSSB=0.0955799;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0919966;OID=.;OPOS=43596717;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:7:19:15:20:5:6:9:2:3:16:2:5:2:1:1 chr6 43638636 . G A 373.83 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.00139188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.832;QD=14.8052;RBI=0.00232877;REFB=-0.0210887;REVB=0.00186705;RO=57;SAF=15;SAR=27;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261937;STB=0.647321;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0234463;OID=.;OPOS=43638636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:59:42:42:0.415842:27:15:35:22:27:15:36:23 chr6 43640099 . A G 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0369632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.784;QD=14.7654;RBI=0.039954;REFB=0.00514245;REVB=-0.0151672;RO=33;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289366;STB=0.664671;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0104197;OID=.;OPOS=43640099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:8:17:13:20:8:17:13:20 chr6 43968814 . A G 493.84 PASS AF=0.971429;AO=35;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037059;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.509;QD=56.4383;RBI=0.0401766;REFB=-0.095575;REVB=0.0155173;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000869678;OID=.;OPOS=43968814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:0:1:35:34:0.971429:20:15:0:0:19:15:1:0 chr6 43970827 . G A 323.56 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0237684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2688;QD=16.8085;RBI=0.0272842;REFB=-0.019153;REVB=0.0133975;RO=41;SAF=14;SAR=21;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178291;STB=0.606157;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0280915;OID=.;OPOS=43970827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:42:35:35:0.454545:21:14:24:17:21:14:25:17 chr6 44081718 . G A 978.84 PASS AF=1;AO=52;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.156;QD=58.438;RBI=0.261517;REFB=0;REVB=0.261147;RO=0;SAF=40;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189181;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:52:67:1:12:40:0:0:24:43:0:0 chr6 44108848 . C T 227.03 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00423349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6528;QD=13.5537;RBI=0.00522949;REFB=-0.0210284;REVB=-0.00307005;RO=40;SAF=5;SAR=22;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233346;STB=0.635146;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0129508;OID=.;OPOS=44108848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:22:5:14:26:22:5:14:26 chr6 44115169 . G A 203.21 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00432561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.295;QD=21.969;RBI=0.00654458;REFB=0.00975136;REVB=-0.00491128;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495686;STB=0.5405;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00922555;OID=.;OPOS=44115169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:17:20:20:0.540541:10:10:7:9:10:10:7:10 chr6 44117664 . C T 51.03 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.053239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.07;QD=18.5578;RBI=0.0693877;REFB=-0.042567;REVB=0.0445001;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168827;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0119036;OID=.;OPOS=44117664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:11:4:4:6:7:0.636364:3:3:1:3:4:3:1:3 chr6 44119676 . A G 246.87 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0380546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4564;QD=24.687;RBI=0.0420458;REFB=-0.0136526;REVB=-0.01788;RO=13;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292134;STB=0.555506;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0059661;OID=.;OPOS=44119676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:17:23:23:0.575:15:8:4:9:15:8:8:9 chr6 44145063 . T C 343.56 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.012607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1129;QD=16.3598;RBI=0.0313429;REFB=-0.0110587;REVB=-0.0286956;RO=47;SAF=14;SAR=23;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216205;STB=0.621556;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.016389;OID=.;OPOS=44145063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:23:14:28:19:23:14:28:19 chr6 44218120 . A G 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190288;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.7566;QD=33.4229;RBI=0.0282802;REFB=0;REVB=0.0209206;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110577;OID=.;OPOS=44218120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 44222047 . G A 770.63 PASS AF=0.503185;AO=79;DP=157;FAO=79;FDP=157;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0133453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.593;QD=19.6338;RBI=0.0229155;REFB=-0.00786258;REVB=-0.0186286;RO=78;SAF=41;SAR=38;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00601695;STB=0.50331;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00827443;OID=.;OPOS=44222047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:78:78:79:79:0.503185:38:41:41:37:38:41:41:37 chr6 44223010 . G T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0141947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.133;QD=14.7986;RBI=0.0228012;REFB=-0.0135395;REVB=0.0178439;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.555453;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0170336;OID=.;OPOS=44223010;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:6:7:7:4:6:7 chr6 44232920 . A G 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0205443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.3;QD=12.4667;RBI=0.0211352;REFB=-0.0126758;REVB=-0.00496262;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234152;STB=0.63393;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.010242;OID=.;OPOS=44232920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:25:8:9:11:25:8 chr6 44232977 . G A 225.97 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.000714129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.384;QD=11.159;RBI=0.0245647;REFB=-0.0139606;REVB=0.0245543;RO=53;SAF=10;SAR=18;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314341;STB=0.681458;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0444583;OID=.;OPOS=44232977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:18:10:34:19:18:10:34:19 chr6 44243463 . G A 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0178305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.536;QD=18.9388;RBI=0.0203672;REFB=-0.0292254;REVB=0.00984344;RO=28;SAF=7;SAR=23;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13673;STB=0.59052;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0376155;OID=.;OPOS=44243463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:23:7:10:18:23:7:11:18 chr6 44247951 . T G 1034.21 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.788;QD=59.0977;RBI=0.0579806;REFB=0;REVB=-0.0207852;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113005;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:36:33:0:0:37:33:0:0 chr6 44250165 . A G 519.65 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387148;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6657;QD=59.388;RBI=0.0388142;REFB=0;REVB=0.00277638;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472524;OID=.;OPOS=44250165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr6 44253749 . A G 701.53 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7783;QD=61.0029;RBI=0.0334836;REFB=0;REVB=0.00184815;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103327;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:1:0:45:46:1:16:29:1:0:16:30:0:0 chr6 44255387 . C T 348.1 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0105273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.507;QD=13.786;RBI=0.0126727;REFB=-0.00684898;REVB=0.00705509;RO=60;SAF=23;SAR=17;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114955;STB=0.560387;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0102536;OID=.;OPOS=44255387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:61:40:40:0.39604:17:23:28:32:17:23:29:32 chr6 44255459 . G A 1395.15 PASS AF=0.942857;AO=99;DP=105;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0411879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.123;QD=53.1484;RBI=0.0480504;REFB=-0.143263;REVB=0.0247466;RO=6;SAF=37;SAR=62;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043721;STB=0.523072;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00236039;OID=.;OPOS=44255459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:105:105:6:6:99:99:0.942857:62:37:0:6:62:37:0:6 chr6 44268135 . C T 936.9 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2008;QD=58.5561;RBI=0.0545136;REFB=0;REVB=0.0384066;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326227;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr6 44268371 . T C 686.2 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.654;QD=62.3815;RBI=0.0813815;REFB=0;REVB=0.0226047;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430019;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr6 44269193 . C T 75.92 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0129335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.975;QD=14.4606;RBI=0.0270885;REFB=-0.0105624;REVB=0.0238014;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166059;STB=0.59977;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0107531;OID=.;OPOS=44269193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:20:21:10:11:9:10:0.47619:8:1:2:8:9:1:2:9 chr6 44275011 . T C 728.22 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102989;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.319;QD=57.1156;RBI=0.0107664;REFB=0;REVB=0.00313816;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93504e-05;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chr6 44310854 . G A 1036.08 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00656141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.948;QD=56.7713;RBI=0.0413288;REFB=-0.0157621;REVB=0.0408046;RO=2;SAF=39;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00257717;STB=0.501363;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000974228;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:32:39:1:1:32:39:1:1 chr6 44371714 . C T 709.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.982;QD=63.0519;RBI=0.0302286;REFB=0;REVB=0.0174515;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38584e-05;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:20:25:0:0 chr6 44403438 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00758911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.12;QD=53.9112;RBI=0.0234428;REFB=0;REVB=-0.0221805;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152505;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:9:15:0:0 chr6 44413463 . T A 874.43 PASS AF=0.855263;AO=65;DP=80;FAO=65;FDP=76;FR=.;FRO=11;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00302949;FXX=0.0499937;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.771;QD=46.0225;RBI=0.00801856;REFB=-0.0655904;REVB=0.00742425;RO=5;SAF=35;SAR=30;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00833842;STB=0.525347;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00203336;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:80:76:5:11:65:65:0.855263:30:35:3:2:30:35:4:7 chr6 46623698 . T C 1245.14 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149185;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.912;QD=61.4885;RBI=0.0656336;REFB=0;REVB=0.0639157;RO=0;SAF=17;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93963e-05;OID=.;OPOS=46623698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:75:81:1:58:17:0:0:62:19:0:0 chr6 46657057 . A G 990.62 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.46;QD=59.1414;RBI=0.0426796;REFB=0;REVB=0.024645;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013146;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:33:34:0:0 chr6 46657273 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.000235965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.517;QD=10.0752;RBI=0.0202708;REFB=-0.0217811;REVB=-0.0202694;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135085;STB=0.583112;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0293497;OID=.;OPOS=46657273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:5:9:6:2:5:9 chr6 46661426 . T C 191.49 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0391634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5867;QD=22.5283;RBI=0.0399256;REFB=-0.0107482;REVB=0.00776435;RO=15;SAF=14;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379095;STB=0.713145;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.012145;OID=.;OPOS=46661426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:5:14:4:11:5:14:4:11 chr6 46672943 . A G 2295.78 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491634;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.563;QD=63.7716;RBI=0.0401099;REFB=0;REVB=0.0398075;RO=0;SAF=69;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6769e-05;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:144:144:1:75:69:0:0:75:69:0:0 chr6 46793175 . G A 157.4 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0156736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.417;QD=18.518;RBI=0.0417228;REFB=0.00241164;REVB=-0.0386669;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125748;STB=0.571338;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.000710788;OID=.;OPOS=46793175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:15:15:0.441176:6:9:11:4:6:9:11:4 chr6 46800920 . A G 300.06 PASS AF=0.462687;AO=24;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0851223;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.6189;QD=17.9142;RBI=0.101421;REFB=-0.0681911;REVB=-0.0551398;RO=27;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194384;STB=0.574536;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0821817;OID=.;OPOS=46800920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:30:24:31:0.462687:17:7:13:14:20:11:15:15 chr6 46801071 . G T 185.5 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0282276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5798;QD=13.7405;RBI=0.0572534;REFB=0.0101658;REVB=-0.0498112;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625554;STB=0.508467;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.016223;OID=.;OPOS=46801071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:32:22:22:0.407407:12:10:15:14:12:10:15:17 chr6 46801219 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00213309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.329;QD=10.2403;RBI=0.0029358;REFB=-0.00960638;REVB=-0.00201713;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813642;STB=0.549196;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0209162;OID=.;OPOS=46801219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:6:4:9:10:6:4:9:10 chr6 46802370 . G A 558.08 PASS AF=0.393939;AO=65;DP=166;FAO=65;FDP=165;FR=.;FRO=100;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=-0.0246731;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.436;QD=13.5293;RBI=0.0302848;REFB=-0.00642428;REVB=0.0175615;RO=100;SAF=35;SAR=30;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105524;STB=0.559461;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.01139;OID=.;OPOS=46802370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:100:100:65:65:0.393939:30:35:44:56:30:35:44:56 chr6 46806766 . G A 495.0 PASS AF=0.473214;AO=52;DP=111;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00481872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.959;QD=17.6787;RBI=0.00999576;REFB=-0.0263495;REVB=0.00875758;RO=59;SAF=29;SAR=23;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063527;STB=0.529401;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.026398;OID=.;OPOS=46806766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:59:59:52:53:0.473214:23:29:29:30:24:29:29:30 chr6 46806809 . C T 465.1 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0297065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.434;QD=16.4635;RBI=0.0373281;REFB=-0.0294784;REVB=-0.0226033;RO=61;SAF=25;SAR=26;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465271;STB=0.530054;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0357738;OID=.;OPOS=46806809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:62:51:51:0.451327:26:25:27:34:26:25:27:35 chr6 46824448 . A G 199.47 PASS AF=0.944444;AO=15;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000716599;FXX=0.0526039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.4538;QD=44.3273;RBI=0.00736826;REFB=-0.0769503;REVB=-0.00733333;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545399;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00516057;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:15:17:0.944444:5:10:0:0:5:12:0:1 chr6 46826508 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000523918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.809;QD=57.202;RBI=0.00788984;REFB=0;REVB=-0.00787242;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04383e-05;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr6 46826715 . T A 902.15 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.976;QD=58.203;RBI=0.027002;REFB=0;REVB=-0.000507791;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7157e-05;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:29:33:0:0 chr6 46826844 . T C 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.781;QD=63.6145;RBI=0.0280104;REFB=0;REVB=0.0156775;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77844e-05;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr6 46826910 . G A 1330.94 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0249329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.861;QD=59.8176;RBI=0.031433;REFB=0.000334618;REVB=0.0191411;RO=2;SAF=55;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169177;STB=0.508927;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=6.01315e-05;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:32:55:2:0:32:55:2:0 chr6 46827073 . A G 2197.74 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.471;QD=63.2444;RBI=0.04185;REFB=0;REVB=0.00337056;RO=0;SAF=70;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43394e-05;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:69:70:0:0:69:70:0:0 chr6 46827126 . C T 1164.63 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0282339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.152;QD=58.9688;RBI=0.0309869;REFB=-0.056704;REVB=0.0127685;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119811;STB=0.506328;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000205844;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:77:78:0.987342:38:39:1:0:39:39:1:0 chr6 46832813 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.456;QD=58.2396;RBI=0.0411468;REFB=0;REVB=0.0396452;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25981e-05;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr6 46834685 . G A 1514.28 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00645191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.898;QD=62.4445;RBI=0.00718709;REFB=-0.0850659;REVB=0.00316656;RO=1;SAF=58;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810701;STB=0.504273;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-6.88222e-06;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:38:58:1:0:38:58:1:0 chr6 46856100 . G A 925.24 PASS AF=0.918919;AO=66;DP=74;FAO=68;FDP=74;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0089959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.239;QD=50.0131;RBI=0.0198821;REFB=-0.0535841;REVB=0.0177305;RO=5;SAF=45;SAR=21;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182118;STB=0.514675;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00154393;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:74:74:5:6:66:68:0.918919:21:45:4:1:22:46:5:1 chr6 46976812 . T C 203.03 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0201159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.602;QD=12.305;RBI=0.0217142;REFB=-0.0306222;REVB=0.00817661;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509426;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0586691;OID=.;OPOS=46976812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:15:10:16:24:15:10:17:24 chr6 46977458 . T C 112.91 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0286168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9202;QD=28.2263;RBI=0.0340685;REFB=-0.0460734;REVB=-0.0184863;RO=4;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136204;STB=0.576787;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00993494;OID=.;OPOS=46977458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:9:3:2:2:9:3:2:2 chr6 47563692 . C T 1373.53 PASS AF=0.978261;AO=87;DP=89;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00100771;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.778;QD=59.7188;RBI=0.0285044;REFB=-0.0797954;REVB=0.0284866;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106475;STB=0.511109;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00165768;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:92:1:2:87:90:0.978261:43:44:1:0:46:44:2:0 chr6 47594302 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.966;QD=57.3852;RBI=0.011547;REFB=0;REVB=0.00606635;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61878e-05;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:26:31:0:0 chr6 47594722 . G A 282.95 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0222304;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.144;QD=17.1482;RBI=0.0248718;REFB=-0.0171883;REVB=-0.0111542;RO=35;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578148;STB=0.542191;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0247148;OID=.;OPOS=47594722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:30:31:0.469697:18:12:12:23:18:13:12:23 chr6 47649265 . T A 696.72 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0491319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.696;QD=52.5824;RBI=0.0492844;REFB=-0.0709643;REVB=-0.00387335;RO=2;SAF=25;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000696368;STB=0.50037;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00105808;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:26:25:1:1:26:25:1:1 chr6 47682604 . A C 1997.31 PASS AF=0.984962;AO=129;DP=132;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0416014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.374;QD=60.0693;RBI=0.0421161;REFB=0.132559;REVB=-0.00656406;RO=1;SAF=75;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629474;STB=0.501113;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00047304;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:133:1:2:129:131:0.984962:54:75:1:0:56:75:1:1 chr6 47791205 . G A 433.48 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0631396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.906;QD=20.6421;RBI=0.0649079;REFB=-0.00311056;REVB=-0.0150473;RO=41;SAF=19;SAR=24;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244104;STB=0.513507;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0021532;OID=.;OPOS=47791205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:24:19:17:24:24:19:17:24 chr6 47847179 . A G 1062.07 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9449;QD=59.835;RBI=0.0151182;REFB=0;REVB=-0.00919975;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128702;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr6 47847401 . A G 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.046863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.473;QD=13.5793;RBI=0.0493215;REFB=-0.0110744;REVB=-0.0153776;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113106;STB=0.547005;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0183608;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:28:17:17:0.377778:11:6:7:20:11:6:8:20 chr6 49403282 . T C 1065.73 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591609;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8147;QD=60.0413;RBI=0.0273454;REFB=0;REVB=0.0266978;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116124;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr6 49411477 . G C 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3871;QD=59.6769;RBI=0.0238065;REFB=0;REVB=0.0214096;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222927;OID=.;OPOS=49411477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr6 49412433 . C T 346.92 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.326;QD=53.3725;RBI=0.0332738;REFB=0;REVB=0.0035907;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36571e-05;OID=.;OPOS=49412433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:13:13:0:0 chr6 49425521 . C T 1227.43 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.689;QD=61.3713;RBI=0.024783;REFB=0;REVB=0.0240426;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06079e-05;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:40:40:0:0 chr6 49439805 . G A 661.16 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000324071;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.202;QD=60.1052;RBI=0.0110773;REFB=-0.0397078;REVB=-0.0110726;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00578569;OID=.;OPOS=49439805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:21:22:1:0:21:22:1:0 chr6 49479775 . A T 2265.29 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.017436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1782;QD=62.4909;RBI=0.031169;REFB=0.00190501;REVB=0.0258359;RO=0;SAF=68;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13135e-08;STB=0.503649;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00036217;OID=.;OPOS=49479775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:145:0:1:143:144:0.993103:75:68:0:0:76:68:1:0 chr6 49494241 . A G 629.8 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0104939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.389;QD=57.2541;RBI=0.0218598;REFB=-0.130277;REVB=0.0191762;RO=2;SAF=30;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302739;STB=0.516121;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00514966;OID=.;OPOS=49494241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:2:2:42:42:0.954545:12:30:2:0:12:30:2:0 chr6 49518914 . C G 1781.65 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173065;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1313;QD=61.4363;RBI=0.0203537;REFB=0;REVB=0.0107126;RO=0;SAF=35;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380817;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:114:116:1:79:35:0:0:81:35:0:0 chr6 49580194 . C T 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0278369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.349;QD=13.4406;RBI=0.0644893;REFB=-0.0131601;REVB=-0.058172;RO=12;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506153;STB=0.796734;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0404309;OID=.;OPOS=49580194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:9:1:6:6:9:1:6:7 chr6 49604386 . A G 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0542261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0388;QD=15.7385;RBI=0.0656984;REFB=0.0030132;REVB=0.0370919;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143156;STB=0.589737;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00167835;OID=.;OPOS=49604386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:36:29:29:0.446154:10:19:18:17:10:19:18:18 chr6 49701523 . A G 91.74 PASS AF=0.292683;AO=9;DP=39;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00456776;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.771;QD=8.95064;RBI=0.0151859;REFB=-0.0111947;REVB=0.0144826;RO=30;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447498;STB=0.641207;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0292348;OID=.;OPOS=49701523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:39:41:30:29:9:12:0.292683:2:7:12:18:5:7:11:18 chr6 50815314 . T A 367.25 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=-0.0407757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3979;QD=16.5054;RBI=0.0433417;REFB=-0.0258546;REVB=-0.0146919;RO=50;SAF=23;SAR=16;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339605;STB=0.689145;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0166949;OID=.;OPOS=50815314;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:16:23:12:38:16:23:12:38 chr6 51480486 . G T 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0509049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.817;QD=54.4802;RBI=0.0554416;REFB=0.0363531;REVB=-0.0219649;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00255385;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:0:1:17:14:0:1 chr6 51483961 . T C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00473435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.787;QD=12.5627;RBI=0.0293438;REFB=-0.00827273;REVB=-0.0289594;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21751;STB=0.632535;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0126064;OID=.;OPOS=51483961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:9:13:13:21:9:13:13:22 chr6 51491884 . T C 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0337983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.288;QD=9.41571;RBI=0.0347498;REFB=-0.00628412;REVB=-0.00807621;RO=38;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702515;STB=0.515258;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0118221;OID=.;OPOS=51491884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:11:7:15:23:11:7:16:23 chr6 51586771 . GC AC,AT 313.64 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=16,8;DP=24;FAO=16,8;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8,5;FSAR=8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245365,-0.0334073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=131.179,116.316;QD=52.2738;RBI=0.0302354,0.0336586;REFB=0,0;REVB=0.0176674,0.00410536;RO=0;SAF=8,5;SAR=8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0162479,-0.0124364;OID=.,.;OPOS=51586771,51586771;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:54:24:24:0:0:16,8:16,8:0.666667,0.333333:8,3:8,5:0:0:8,3:8,5:0:0 chr6 51613177 . C T 76.67 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0119022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2033;QD=12.7783;RBI=0.0495713;REFB=-0.0141283;REVB=0.0481212;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290505;STB=0.517207;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0230587;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:8:6:4:6:8:6 chr6 51720838 . T C 739.55 PASS AF=0.933333;AO=55;DP=61;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00335634;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.54;QD=49.3032;RBI=0.0186639;REFB=-0.06534;REVB=0.0183597;RO=4;SAF=24;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404212;STB=0.538448;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000733318;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:61:60:4:4:55:56:0.933333:31:24:3:1:32:24:4:0 chr6 51875250 . A C 635.27 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000334577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.711;QD=49.8247;RBI=0.001267;REFB=-0.0511394;REVB=0.00122202;RO=2;SAF=11;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275987;STB=0.507856;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00633247;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:2:3:46:46:0.901961:35:11:1:1:35:11:1:2 chr6 51890573 . G T 172.11 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=-0.00874691;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.054;QD=10.9278;RBI=0.011501;REFB=-0.0111313;REVB=0.00746754;RO=39;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783409;STB=0.545415;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0155139;OID=.;OPOS=51890573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:41:21:22:0.349206:15:6:9:30:16:6:9:32 chr6 51910905 . T C 572.89 PASS AF=0.548077;AO=56;DP=103;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0129125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.248;QD=22.0344;RBI=0.0224571;REFB=-0.0142455;REVB=-0.0183736;RO=47;SAF=22;SAR=34;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117655;STB=0.567413;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.019499;OID=.;OPOS=51910905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:47:47:56:57:0.548077:34:22:25:22:35:22:25:22 chr6 51921703 . A G 134.93 PASS AF=0.555556;AO=12;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0377022;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.845;QD=19.9891;RBI=0.0702476;REFB=-0.0326091;REVB=0.0592729;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902331;STB=0.61781;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0283138;OID=.;OPOS=51921703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:26:27:9:12:12:15:0.555556:8:4:4:5:11:4:6:6 chr6 51924774 . A G 746.97 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.277;QD=63.572;RBI=0.028765;REFB=0;REVB=-0.00124457;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374183;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr6 52269151 . T C 249.2 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00673542;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.213;QD=16.3412;RBI=0.0147451;REFB=-0.0127035;REVB=0.0131168;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436236;STB=0.524573;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0185137;OID=.;OPOS=52269151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:15:18:14:14:15:18 chr6 52270742 . A G 230.14 PASS AF=0.534884;AO=21;DP=41;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0340094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4474;QD=21.4087;RBI=0.0422202;REFB=0.0119222;REVB=0.025018;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154875;STB=0.602324;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00240985;OID=.;OPOS=52270742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:20:20:21:23:0.534884:11:10:6:14:11:12:6:14 chr6 52272033 . C T 77.25 PASS AF=0.215686;AO=10;DP=50;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0153372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8412;QD=6.05857;RBI=0.0173206;REFB=-0.0146632;REVB=-0.00804818;RO=40;SAF=7;SAR=3;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194307;STB=0.57024;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0348795;OID=.;OPOS=52272033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:51:40:40:10:11:0.215686:3:7:22:18:4:7:22:18 chr6 52272467 . C CTTGA 65.91 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0213735;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=146.727;QD=11.9836;RBI=0.0404512;REFB=0.00994431;REVB=-0.0343435;RO=18;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274862;STB=0.639632;STBP=0.46;TYPE=ins;VARB=-0.00913962;OID=.;OPOS=52272468;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=CTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:8:26:9:22:13:8:1:10:3:65:18:7:1:13:5 chr6 52360283 . T A 837.97 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149394;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.215;QD=55.8643;RBI=0.0474718;REFB=-0.0819423;REVB=0.0450598;RO=2;SAF=43;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021659;STB=0.505745;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00271933;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:2:1:57:59:0.983333:14:43:1:1:16:43:1:0 chr6 52362844 . T A 100.04 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0352389;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.402;QD=12.908;RBI=0.0481255;REFB=-0.0383232;REVB=0.0327763;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610571;STB=0.509985;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0545855;OID=.;OPOS=52362844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:18:12:13:0.419355:6:6:9:7:6:7:10:8 chr6 52362865 . A T 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0370045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.114;QD=19.8489;RBI=0.0385239;REFB=0.00440203;REVB=-0.0107125;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112427;STB=0.564015;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00524119;OID=.;OPOS=52362865;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:7:6:5:10:7:6 chr6 52374319 . T TAC 462.39 PASS AF=0.523256;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00594645;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.984;QD=21.5066;RBI=0.0157171;REFB=-0.00427553;REVB=0.0145487;RO=41;SAF=24;SAR=20;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00779253;STB=0.501557;STBP=0.984;TYPE=ins;VARB=0.00344244;OID=.;OPOS=52374320;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.523256:44:86:45:86:41:24:21:22:19:99:41:24:20:22:19 chr6 52617731 . C G 532.18 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0032357;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.117;QD=25.0439;RBI=0.0106296;REFB=-0.00852085;REVB=-0.0101252;RO=35;SAF=14;SAR=35;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768607;STB=0.551159;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00791218;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:36:49:49:0.576471:35:14:13:22:35:14:14:22 chr6 52617738 . G A 299.2 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.0162378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.927;QD=13.7565;RBI=0.0164079;REFB=-0.0212859;REVB=-0.0023566;RO=51;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101696;STB=0.566015;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0179729;OID=.;OPOS=52617738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:53:34:34:0.390805:21:13:15:36:21:13:15:38 chr6 52658962 . T C 428.22 PASS AF=0.456311;AO=45;DP=101;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0544561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8345;QD=16.6297;RBI=0.0550406;REFB=0.00398625;REVB=-0.00799991;RO=56;SAF=10;SAR=35;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190863;STB=0.578912;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00621;OID=.;OPOS=52658962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:56:56:45:47:0.456311:35:10:21:35:35:12:21:35 chr6 52701143 . C T 166.04 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00378804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.877;QD=17.9501;RBI=0.0257595;REFB=-0.0229109;REVB=-0.0254794;RO=18;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273796;STB=0.654488;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0311581;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:19:17:18:0.486486:13:4:9:9:14:4:9:10 chr6 52843131 . G T 725.14 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232173;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5548;QD=55.7796;RBI=0.023729;REFB=0;REVB=-0.00490121;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76558e-05;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:28:24:0:0 chr6 52844045 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.361;QD=62.022;RBI=0.0550862;REFB=0;REVB=0.0536107;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256501;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr6 52930188 . C A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0689144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.235;QD=24.4132;RBI=0.0722798;REFB=-0.0618631;REVB=0.0217984;RO=5;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194936;STB=0.608529;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0244984;OID=.;OPOS=52930188;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:16:5:5:10:11:0.6875:9:1:0:5:9:2:0:5 chr6 52963071 . A G 482.55 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00593757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.847;QD=53.6167;RBI=0.0103122;REFB=-0.0430326;REVB=0.00843129;RO=1;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444566;STB=0.513611;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00553038;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:1:2:34:34:0.944444:24:10:1:0:24:10:1:1 chr6 53363486 . CGGGCT C,CG 495.74 PASS AF=0,0.819672;AO=15,35;DP=54;FAO=0,50;FDP=61;FR=.;FRO=11;FSAF=0,23;FSAR=0,27;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0323595,0.0392172;FXX=0.0161264;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=197.916,212.346;QD=32.5075;RBI=0.0425969,0.0645794;REFB=-0.0508113,-0.0725527;REVB=0.0277012,0.0513081;RO=0;SAF=0,24;SAR=15,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.38835,0.38835;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.548114;STBP=1,0.123;TYPE=del,del;VARB=0,0.013467;OID=.,.;OPOS=53363487,53363488;OREF=GGGCT,GGCT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.819672:15,35:54:0,50:61:11:0,23:0,27:8:3:36:0:0,24:15,11:0:0 chr6 53370107 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.798;QD=44.6861;RBI=0.0360134;REFB=0;REVB=0.0297836;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400247;OID=.;OPOS=53370107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr6 53514946 . A G 305.73 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474737;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.179;QD=50.9556;RBI=0.111019;REFB=-0.0848392;REVB=0.100357;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012396;OID=.;OPOS=53514946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:24:1:0:23:24:1:12:11:1:0:12:12:0:0 chr6 53516876 . T G 905.58 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337246;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.681;QD=58.4245;RBI=0.0373791;REFB=0;REVB=-0.0161199;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38295e-05;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr6 53517035 . G A 3778.89 PASS AF=1;AO=236;DP=242;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601096;FXX=0.0163928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.153;QD=62.9814;RBI=0.0848176;REFB=0;REVB=0.0598404;RO=1;SAF=118;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402182;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181744;OID=.;OPOS=53517035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:242:240:1:0:236:240:1:118:118:0:1:122:118:0:0 chr6 53519605 . C T 1498.91 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229957;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.863;QD=59.9564;RBI=0.0353861;REFB=0;REVB=-0.0268957;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218179;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chr6 53762092 . A G 604.51 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0171027;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2559;QD=58.9761;RBI=0.0766579;REFB=0.0564203;REVB=0.0747257;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00384752;OID=.;OPOS=53762092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:1:0:23:17:1:0 chr6 53989526 . G A 722.98 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0386654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6623;QD=54.5641;RBI=0.0579861;REFB=-0.171933;REVB=0.0432131;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00220992;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:52:53:0:1:52:52:0.981132:32:20:0:0:32:20:1:0 chr6 54054686 . T A 746.94 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.75;QD=63.5689;RBI=0.0412339;REFB=0;REVB=0.0271766;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252981;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr6 54079968 . G A 1494.79 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0154393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.22;QD=62.2827;RBI=0.0230495;REFB=-0.0204736;REVB=0.0171145;RO=1;SAF=42;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111562;STB=0.505881;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000767739;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:53:42:1:0:53:42:1:0 chr6 54186147 . T C 344.82 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0655341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0582;QD=21.8933;RBI=0.0737406;REFB=0.0333636;REVB=0.0338077;RO=28;SAF=14;SAR=20;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159851;STB=0.503309;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0234895;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:28:34:35:0.555556:20:14:11:17:21:14:11:17 chr6 54191970 . T A 248.69 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0489697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5924;QD=19.5048;RBI=0.0522596;REFB=-0.00237409;REVB=-0.0182492;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731331;STB=0.531957;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00424677;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:25:26:0.509804:14:11:9:16:15:11:9:16 chr6 54254589 . A C 394.49 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0127025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.879;QD=19.974;RBI=0.0258596;REFB=-0.0208563;REVB=-0.0225248;RO=38;SAF=20;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462608;STB=0.518978;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.01511;OID=.;OPOS=54254589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:40:40:0.506329:20:20:17:21:20:20:18:21 chr6 55142337 . A G 1704.26 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.869;QD=60.3276;RBI=0.00613435;REFB=0;REVB=0.00357005;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29795e-05;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:59:53:0:0:60:53:0:0 chr6 55147105 . G A 375.41 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00940102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.485;QD=15.8069;RBI=0.0113431;REFB=-0.0207046;REVB=0.00634716;RO=55;SAF=18;SAR=22;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793797;STB=0.544762;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0227565;OID=.;OPOS=55147105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:22:18:29:26:22:18:29:26 chr6 55266625 . T C 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0907085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0955;QD=24.7081;RBI=0.0931603;REFB=0.00136989;REVB=-0.0212322;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624999;STB=0.534801;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00367385;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:9:8:9:14:9:8 chr6 55428658 . A C 155.31 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.018589;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.397;QD=20.7081;RBI=0.0199385;REFB=-0.0102273;REVB=-0.00721078;RO=14;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109589;STB=0.562418;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0109263;OID=.;OPOS=55428658;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:14:16:16:0.533333:4:12:9:5:4:12:9:5 chr6 55428724 . A C 190.89 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0323154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6639;QD=30.5422;RBI=0.0401336;REFB=-0.0303727;REVB=0.0237996;RO=7;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276809;STB=0.652015;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0130135;OID=.;OPOS=55428724;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:10:8:7:0:10:8:7:0 chr6 55639028 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00748824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.973;QD=11.9536;RBI=0.00898381;REFB=-0.0131754;REVB=-0.00496337;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131886;STB=0.578755;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0262964;OID=.;OPOS=55639028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:4:7:4:4:4:7 chr6 56044578 . T C 860.38 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0304946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.006;QD=54.6275;RBI=0.0345187;REFB=-0.107297;REVB=0.0161747;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014981;STB=0.50026;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000830705;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:60:61:0.968254:29:31:1:0:30:31:1:1 chr6 56327849 . C T 277.44 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0248983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.298;QD=18.4963;RBI=0.0250041;REFB=-0.0252041;REVB=0.00229765;RO=29;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151862;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0256341;OID=.;OPOS=56327849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:15:15:15:14:15:15:15:15 chr6 56417282 . C T 313.22 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0037192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.936;QD=19.5763;RBI=0.0153477;REFB=-0.0414038;REVB=-0.0148902;RO=31;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164812;STB=0.59178;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0416429;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:12:21:14:17:12:21:14:17 chr6 56417545 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0190674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.135;QD=10.6345;RBI=0.0205449;REFB=-0.00351257;REVB=-0.00765041;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206895;STB=0.646696;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0247501;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:5:3:7:5:5:3:8:5 chr6 56418290 . A T 125.52 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0116762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.142;QD=12.2454;RBI=0.0229954;REFB=-0.0169461;REVB=0.0198105;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20259;STB=0.593426;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0281256;OID=.;OPOS=56418290;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:26:14:15:0.365854:8:6:16:10:8:7:16:10 chr6 56420538 . C T 300.31 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0072242;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.527;QD=13.8071;RBI=0.0104321;REFB=-0.00901726;REVB=-0.00752587;RO=53;SAF=19;SAR=15;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329164;STB=0.51876;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0170242;OID=.;OPOS=56420538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:15:19:28:25:15:19:28:25 chr6 56426931 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0363546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6534;QD=13.6607;RBI=0.0414085;REFB=-0.0220494;REVB=-0.0198245;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21218;STB=0.624812;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0375372;OID=.;OPOS=56426931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:10:4:10:11:10:4:10:11 chr6 56463410 . T C 219.17 PASS AF=0.454545;AO=23;DP=53;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0412453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8488;QD=15.9399;RBI=0.0413536;REFB=0.010213;REVB=0.00299031;RO=30;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153618;STB=0.604235;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0100969;OID=.;OPOS=56463410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:30:30:23:25:0.454545:11:12:11:19:11:14:11:19 chr6 56469915 . T C 281.24 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.035231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6143;QD=21.2257;RBI=0.0376971;REFB=-0.00129266;REVB=0.0134105;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143399;STB=0.579506;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000654604;OID=.;OPOS=56469915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:13:16:9:15:13:16:9:15 chr6 56470551 . T A 48.22 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0237099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.572;QD=12.86;RBI=0.0879799;REFB=-0.0113324;REVB=-0.0847249;RO=8;SAF=6;SAR=0;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.754315;STB=0.749165;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.003682;OID=.;OPOS=56470551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:6:7:0.466667:0:6:4:4:1:6:4:4 chr6 56470690 . G A 271.73 PASS AF=0.355556;AO=31;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0492604;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.053;QD=12.077;RBI=0.0492721;REFB=-0.0175821;REVB=-0.00107448;RO=57;SAF=7;SAR=24;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314047;STB=0.704087;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0442753;OID=.;OPOS=56470690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:58:31:32:0.355556:24:7:27:30:25:7:29:29 chr6 56471402 . G A 326.15 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0115545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.146;QD=17.3947;RBI=0.0196187;REFB=0.00118878;REVB=-0.0158552;RO=39;SAF=23;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685968;STB=0.533093;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00171064;OID=.;OPOS=56471402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:40:35:35:0.466667:12:23:23:16:12:23:24:16 chr6 56471995 . C T 172.16 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0213189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0178;QD=26.486;RBI=0.0355832;REFB=-0.0248567;REVB=-0.0284898;RO=9;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608555;STB=0.53394;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0145726;OID=.;OPOS=56471995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:6:11:5:4:6:11:5:4 chr6 56482801 . C G 219.84 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00340435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.546;QD=11.883;RBI=0.00962264;REFB=-0.0029136;REVB=0.00900031;RO=47;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263274;STB=0.501519;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00555375;OID=.;OPOS=56482801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:15:12:21:26:15:12:21:26 chr6 56483024 . T C 392.16 PASS AF=0.424528;AO=43;DP=105;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0290721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8598;QD=14.7984;RBI=0.0485069;REFB=0.000629848;REVB=0.0388295;RO=62;SAF=24;SAR=19;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193786;STB=0.623087;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000165341;OID=.;OPOS=56483024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:62:61:43:45:0.424528:19:24:23:39:19:26:22:39 chr6 56484758 . C T 459.62 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0124777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.718;QD=17.0229;RBI=0.0181802;REFB=-0.0135838;REVB=0.0132223;RO=53;SAF=17;SAR=33;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111643;STB=0.593612;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0204975;OID=.;OPOS=56484758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:53:58:50:50:0.462963:33:17:24:29:34:16:28:30 chr6 56499666 . C T 427.49 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00953238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0999;QD=15.405;RBI=0.0478972;REFB=0.0149514;REVB=-0.0469391;RO=62;SAF=25;SAR=23;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695173;STB=0.534294;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.036478;OID=.;OPOS=56499666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:63:48:48:0.432432:23:25:28:34:23:25:29:34 chr6 56810539 . G A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.065;QD=52.7696;RBI=0.0428435;REFB=-0.0174857;REVB=0.0283132;RO=1;SAF=21;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216544;STB=0.51162;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.000659049;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:7:21:1:0:7:21:1:0 chr6 56997973 . C T 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00724558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.595;QD=16.4058;RBI=0.00735604;REFB=-0.0119232;REVB=0.00127;RO=36;SAF=12;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568635;STB=0.525675;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0126509;OID=.;OPOS=56997973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:19:12:16:20:19:12:16:21 chr6 57244780 . G A 250.66 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0582967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.457;QD=14.5312;RBI=0.0590007;REFB=-0.00771162;REVB=-0.00908724;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144906;STB=0.582034;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0138824;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:14:15:15:25:14:15:15:25 chr6 57246884 . A G 893.3 PASS AF=0.424242;AO=97;DP=230;FAO=98;FDP=231;FR=.;FRO=133;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=73;FSRR=60;FWDB=-0.011618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.899;QD=15.4683;RBI=0.0192587;REFB=-0.0146243;REVB=-0.0153596;RO=131;SAF=56;SAR=41;SRF=72;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029082;STB=0.513205;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0150526;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:131:133:97:98:0.424242:41:56:72:59:42:56:73:60 chr6 57246969 . G A 733.97 PASS AF=0.436464;AO=79;DP=181;FAO=79;FDP=181;FR=.;FRO=102;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.0203877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.97;QD=16.2202;RBI=0.0232057;REFB=-0.0135855;REVB=0.0110837;RO=100;SAF=39;SAR=40;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137251;STB=0.507484;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0141986;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:100:102:79:79:0.436464:40:39:48:52:40:39:49:53 chr6 57246982 . G T 564.27 PASS AF=0.403727;AO=63;DP=162;FAO=65;FDP=161;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.0506199;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.312;QD=14.0192;RBI=0.0506314;REFB=-0.000113706;REVB=-0.00107599;RO=94;SAF=30;SAR=33;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019999;STB=0.504321;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-6.03049e-05;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:94:96:63:65:0.403727:33:30:43:51:35:30:45:51 chr6 57254927 . A G 222.99 PASS AF=0.275862;AO=30;DP=116;FAO=32;FDP=116;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.00938532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.345;QD=7.68934;RBI=0.0198714;REFB=-0.00521673;REVB=0.0175154;RO=82;SAF=12;SAR=18;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152654;STB=0.608627;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0175236;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:82:84:30:32:0.275862:18:12:43:39:20:12:44:40 chr6 57254939 . G T 50.57 PASS AF=0.109091;AO=12;DP=110;FAO=12;FDP=110;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=-0.0342416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3391;QD=1.83879;RBI=0.0416696;REFB=0.00239526;REVB=-0.023746;RO=98;SAF=4;SAR=8;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201793;STB=0.650054;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0211481;OID=.;OPOS=57254939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:110:110:98:98:12:12:0.109091:8:4:49:49:8:4:49:49 chr6 57254950 . A AT 99.43 PASS AF=0.292929;AO=24;DP=103;FAO=29;FDP=99;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.121964;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.5378;QD=4.01731;RBI=0.161425;REFB=-0.0362798;REVB=-0.105749;RO=77;SAF=4;SAR=20;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485074;STB=0.659078;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.0393022;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292929:24:103:29:99:70:8:21:34:36:99:77:4:20:41:36 chr6 57254955 . G A 149.48 PASS AF=0.229167;AO=22;DP=98;FAO=22;FDP=96;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00673759;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.951;QD=6.22833;RBI=0.013956;REFB=0.00154202;REVB=-0.0122219;RO=63;SAF=5;SAR=17;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412546;STB=0.741835;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0130371;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:63:74:22:22:0.229167:17:5:35:28:17:5:39:35 chr6 57254986 . G A 36.86 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00578029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.966;QD=2.58699;RBI=0.0267019;REFB=-0.0128616;REVB=-0.0260687;RO=48;SAF=5;SAR=2;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258546;STB=0.691748;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0786857;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:48:50:7:7:0.122807:2:5:24:24:2:5:25:25 chr6 57372361 . C A 796.42 PASS AF=0.530201;AO=78;DP=151;FAO=79;FDP=149;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=50;FWDB=0.0248104;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.541;QD=21.3805;RBI=0.0248521;REFB=1.40846e-05;REVB=0.00143847;RO=69;SAF=40;SAR=38;SRF=19;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203126;STB=0.603365;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0002596;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:69:70:78:79:0.530201:38:40:19:50:39:40:20:50 chr6 57372365 . A G 65.94 PASS AF=0.114865;AO=16;DP=148;FAO=17;FDP=148;FR=.;FRO=131;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=84;FWDB=0.0384162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1705;QD=1.78207;RBI=0.0385854;REFB=-0.00966218;REVB=0.00360939;RO=129;SAF=10;SAR=6;SRF=45;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328392;STB=0.739658;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0886111;OID=.;OPOS=57372365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:148:148:129:131:16:17:0.114865:6:10:45:84:6:11:47:84 chr6 57393125 . A G 492.57 PASS AF=0.516129;AO=47;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0145201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.139;QD=21.1856;RBI=0.0203294;REFB=-0.014257;REVB=0.0142286;RO=45;SAF=31;SAR=16;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234049;STB=0.632297;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0168537;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:47:48:0.516129:16:31:18:27:16:32:18:27 chr6 57393160 . G A 116.18 PASS AF=0.182609;AO=20;DP=114;FAO=21;FDP=115;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.0398215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.684;QD=4.04094;RBI=0.044251;REFB=-0.00451006;REVB=-0.0192975;RO=93;SAF=14;SAR=6;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215678;STB=0.649718;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0281256;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:93:94:20:21:0.182609:6:14:50:43:6:15:51:43 chr6 57398154 . T C 479.95 PASS AF=0.4;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.0198493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8546;QD=14.2207;RBI=0.0397284;REFB=-0.00804058;REVB=-0.0344144;RO=81;SAF=22;SAR=32;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195718;STB=0.610314;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0130085;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:81:81:54:54:0.4:32:22:48:33:32:22:48:33 chr6 57398157 . A G 519.84 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.00658816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.676;QD=15.2893;RBI=0.00776626;REFB=-0.0159218;REVB=0.00411229;RO=79;SAF=25;SAR=32;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147991;STB=0.582984;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0352918;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:79:57:57:0.419118:32:25:46:33:32:25:46:33 chr6 57398163 . A G 570.65 PASS AF=0.426573;AO=61;DP=143;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.0245695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.485;QD=15.9621;RBI=0.0349387;REFB=-0.0139167;REVB=-0.0248405;RO=82;SAF=28;SAR=33;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128847;STB=0.572057;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0351673;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:82:82:61:61:0.426573:33:28:48:34:33:28:48:34 chr6 57398186 . G GA 35.24 PASS AF=0.147239;AO=24;DP=163;FAO=24;FDP=163;FR=.;FRO=139;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=77;FSRR=62;FWDB=0.235295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.1743;QD=0.864815;RBI=0.236259;REFB=-0.0031296;REVB=-0.0213177;RO=130;SAF=6;SAR=18;SRF=70;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369186;STB=0.756627;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=-0.0556021;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.147239:24:163:24:163:139:6:18:77:62:35:130:6:18:70:60 chr6 57398201 . T C 810.66 PASS AF=0.456989;AO=85;DP=186;FAO=85;FDP=186;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=58;FSRR=43;FWDB=-0.0400572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4837;QD=17.4334;RBI=0.0414218;REFB=-0.0159575;REVB=-0.0105446;RO=100;SAF=32;SAR=53;SRF=58;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199702;STB=0.608238;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0191375;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:100:101:85:85:0.456989:53:32:58:42:53:32:58:43 chr6 57398226 . T G 382.44 PASS AF=0.318182;AO=45;DP=191;FAO=49;FDP=154;FR=.;FRO=105;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=44;FWDB=-0.0416303;FXX=0.210246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3866;QD=9.93362;RBI=0.0539257;REFB=-0.022063;REVB=0.0342768;RO=102;SAF=17;SAR=28;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237036;STB=0.644585;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0400436;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:154:102:105:45:49:0.318182:28:17:59:43:31:18:61:44 chr6 57398264 . A G 806.5 PASS AF=0.461538;AO=84;DP=182;FAO=84;FDP=182;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.0149732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.497;QD=17.7253;RBI=0.0202203;REFB=-0.0139121;REVB=-0.0135891;RO=98;SAF=30;SAR=54;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153749;STB=0.585345;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0183947;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:98:98:84:84:0.461538:54:30:50:48:54:30:50:48 chr6 57398270 . C T 199.22 PASS AF=0.204819;AO=34;DP=166;FAO=34;FDP=166;FR=.;FRO=132;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=59;FSRR=73;FWDB=0.0071187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2875;QD=4.80052;RBI=0.0395814;REFB=-0.00597115;REVB=-0.038936;RO=132;SAF=12;SAR=22;SRF=59;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124792;STB=0.578043;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.028605;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:132:132:34:34:0.204819:22:12:59:73:22:12:59:73 chr6 57467084 . A G 197.25 PASS AF=0.223022;AO=30;DP=138;FAO=31;FDP=139;FR=.;FRO=108;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=64;FWDB=0.00236878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.366;QD=5.67625;RBI=0.00634247;REFB=-0.00866843;REVB=-0.00588352;RO=107;SAF=19;SAR=11;SRF=44;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276536;STB=0.680468;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0229423;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:107:108:30:31:0.223022:11:19:44:63:11:20:44:64 chr6 57467093 . A G 236.53 PASS AF=0.236486;AO=36;DP=149;FAO=35;FDP=148;FR=.;FRO=113;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=68;FWDB=0.00747287;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.351;QD=6.39263;RBI=0.0117357;REFB=-0.00989216;REVB=0.00904894;RO=112;SAF=23;SAR=13;SRF=44;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301773;STB=0.671598;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0172854;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:112:113:36:35:0.236486:13:23:44:68:13:22:45:68 chr6 57467100 . G C 882.78 PASS AF=0.55102;AO=81;DP=148;FAO=81;FDP=147;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.00202911;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.13;QD=24.0211;RBI=0.0104421;REFB=-0.0242305;REVB=-0.010243;RO=65;SAF=43;SAR=38;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118836;STB=0.567949;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0248217;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:65:66:81:81:0.55102:38:43:25:40:38:43:25:41 chr6 57467107 . C T 251.98 PASS AF=0.246753;AO=38;DP=155;FAO=38;FDP=154;FR=.;FRO=116;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=69;FWDB=-0.00215876;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.376;QD=6.54496;RBI=0.0409819;REFB=-0.00976564;REVB=-0.040925;RO=116;SAF=23;SAR=15;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246443;STB=0.647812;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0291994;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:116:116:38:38:0.246753:15:23:47:69:15:23:47:69 chr6 57467175 . A G 233.95 PASS AF=0.284483;AO=33;DP=116;FAO=33;FDP=116;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.0274088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.169;QD=8.06709;RBI=0.0330911;REFB=-0.00657976;REVB=0.0185412;RO=83;SAF=9;SAR=24;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322008;STB=0.69156;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0208805;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:83:83:33:33:0.284483:24:9:44:39:24:9:44:39 chr6 57499042 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTTT 48.21 PASS AF=0.00787402,0.0629921,0.283465;AO=19,8,32;DP=130;FAO=1,8,36;FDP=127;FR=.;FRO=82;FSAF=1,0,16;FSAR=0,8,20;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0352054,-0.0235038,0.0317176;FXX=0.0230751;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=6.72594,22.8007,6.87553;QD=1.51838;RBI=0.121662,0.034415,0.12389;REFB=-0.0168295,-0.00868222,0.0152436;REVB=0.116457,0.0251389,-0.119761;RO=53;SAF=11,0,13;SAR=8,8,19;SRF=25;SRR=28;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.129989,-0.654664,-0.072579;STB=0.990766,0.998559,0.513301;STBP=0.296,0.005,0.859;TYPE=del,snp,ins;VARB=0.120115,0.172736,0.00224637;OID=.,.,.;OPOS=57499043,57499049,57499043;OREF=T,T,-;OALT=-,A,T;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.00787402,0.0629921,0.283465:19,8,32:130:1,8,36:127:82:1,0,16:0,8,20:38:44:43:53:11,0,13:8,8,19:25:28 chr6 57512476 . G A 1281.66 PASS AF=0.449324;AO=133;DP=297;FAO=133;FDP=296;FR=.;FRO=163;FSAF=87;FSAR=46;FSRF=86;FSRR=77;FWDB=-0.0102483;FXX=0.00336689;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.056;QD=17.3197;RBI=0.0136196;REFB=-0.0113456;REVB=-0.00897018;RO=161;SAF=87;SAR=46;SRF=85;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131479;STB=0.573492;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0160348;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:296:161:163:133:133:0.449324:46:87:85:76:46:87:86:77 chr6 57512510 . T G 2624.96 PASS AF=0.677914;AO=219;DP=324;FAO=221;FDP=326;FR=.;FRO=105;FSAF=128;FSAR=93;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=-0.0109956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.21;QD=32.2081;RBI=0.0251813;REFB=-0.0517112;REVB=0.0226538;RO=99;SAF=126;SAR=93;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828223;STB=0.555069;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.024446;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:326:99:105:219:221:0.677914:93:126:43:56:93:128:43:62 chr6 57512529 . C A 306.86 PASS AF=0.182109;AO=56;DP=312;FAO=57;FDP=313;FR=.;FRO=256;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=122;FSRR=134;FWDB=-0.0100074;FXX=0.00318461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.137;QD=3.92157;RBI=0.0164407;REFB=-0.00735399;REVB=-0.0130441;RO=250;SAF=32;SAR=24;SRF=116;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138498;STB=0.583584;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0273045;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:313:250:256:56:57:0.182109:24:32:116:134:24:33:122:134 chr6 57512565 . T C 773.0 PASS AF=0.417062;AO=79;DP=203;FAO=88;FDP=211;FR=.;FRO=123;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=80;FWDB=0.0276556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.904;QD=14.654;RBI=0.0298406;REFB=-0.00357385;REVB=-0.0112084;RO=123;SAF=37;SAR=42;SRF=43;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130537;STB=0.600192;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00587918;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:211:123:123:79:88:0.417062:42:37:43:80:42:46:43:80 chr6 57512678 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0821032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5225;QD=20.0166;RBI=0.0841376;REFB=-0.0275219;REVB=0.0183904;RO=17;SAF=5;SAR=13;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115528;STB=0.564786;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0338997;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:13:5:3:14:13:5:3:14 chr6 58141869 . C T 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0140262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.722;QD=9.26737;RBI=0.0179294;REFB=-0.00357923;REVB=-0.0111682;RO=46;SAF=16;SAR=5;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235505;STB=0.640923;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00673787;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:5:16:27:19:5:16:27:19 chr6 58141876 . C T 531.93 PASS AF=0.691176;AO=47;DP=68;FAO=47;FDP=68;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00261009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.995;QD=31.2897;RBI=0.00430266;REFB=0.0107342;REVB=0.00342057;RO=21;SAF=29;SAR=18;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896218;STB=0.548389;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0100801;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:21:47:47:0.691176:18:29:16:5:18:29:16:5 chr6 58141878 . A G 143.38 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.011726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.987;QD=8.43397;RBI=0.0190174;REFB=-0.00712022;REVB=-0.0149721;RO=47;SAF=16;SAR=4;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266345;STB=0.671342;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0275402;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:48:20:20:0.294118:4:16:29:18:4:16:29:19 chr6 58141886 . G C 888.73 PASS AF=0.942029;AO=64;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0120021;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.275;QD=51.5205;RBI=0.021198;REFB=-0.0760866;REVB=0.017473;RO=4;SAF=42;SAR=22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190749;STB=0.506606;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.000879531;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:4:4:64:65:0.942029:22:42:2:2:23:42:3:1 chr6 58141920 . G C 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.000825058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.625;QD=4.11609;RBI=0.0165684;REFB=-0.00175228;REVB=-0.0165478;RO=51;SAF=10;SAR=1;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525316;STB=0.862541;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0105086;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:51:51:11:11:0.177419:1:10:28:23:1:10:28:23 chr6 58141946 . C T 185.35 PASS AF=0.513514;AO=17;DP=35;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0396791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.7901;QD=20.0373;RBI=0.12735;REFB=-0.0686197;REVB=0.121011;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104463;STB=0.512807;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.056774;OID=.;OPOS=58141946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:17:18:17:19:0.513514:7:10:8:9:9:10:9:9 chr6 58164635 . T C 273.25 PASS AF=0.483871;AO=28;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.024034;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2537;QD=17.6287;RBI=0.0323851;REFB=-0.00443311;REVB=0.0217063;RO=32;SAF=9;SAR=19;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804019;STB=0.531476;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0041948;OID=.;OPOS=58164635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:28:30:0.483871:19:9:8:24:21:9:8:24 chr6 58182701 . C T 638.54 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00332366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.319;QD=25.7997;RBI=0.00332459;REFB=-0.0190277;REVB=7.85827e-05;RO=42;SAF=24;SAR=33;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129993;STB=0.507101;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0138976;OID=.;OPOS=58182701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:42:57:57:0.575758:33:24:17:25:33:24:17:25 chr6 58196683 . G GA 530.42 PASS AF=1;AO=5;DP=46;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.201945;FXX=0.0227221;HRUN=0;LEN=1;MLLD=144.571;QD=49.3414;RBI=0.209048;REFB=0;REVB=-0.0540308;RO=40;SAF=5;SAR=0;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00231955;OID=.;OPOS=58196684;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:46:43:43:0:23:20:0:0:4:40:5:0:19:21 chr6 58196684 . G A,C 608.34 PASS AF=0.840909,0.136364;AO=37,6;DP=44;FAO=37,6;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17,6;FSAR=20,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0420478,0.0202462;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=175.551,74.1091;QD=55.3035;RBI=0.0422972,0.0283236;REFB=0.0611755,-0.144191;REVB=-0.0045859,-0.0198071;RO=0;SAF=17,6;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.71161e-08,0;STB=0.514278,0.5;STBP=0.313,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000213409,0.1324;OID=.,.;OPOS=58196684,58196684;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:44:44:0:1:37,6:37,6:0.840909,0.136364:20,0:17,6:0:0:20,0:17,6:1:0 chr6 62282965 . C T 463.22 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0680942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7515;QD=21.7984;RBI=0.0681714;REFB=-0.0257802;REVB=-0.00324205;RO=39;SAF=21;SAR=24;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698224;STB=0.531632;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0303779;OID=.;OPOS=62282965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:40:45:45:0.529412:24:21:15:24:24:21:16:24 chr6 62283016 . T G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0564338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.669;QD=22.9824;RBI=0.0564366;REFB=0.00382389;REVB=0.000560927;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330443;STB=0.526295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00490451;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:24:25:0.531915:14:10:10:12:15:10:10:12 chr6 62284247 . T G 436.65 PASS AF=0.408;AO=50;DP=124;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0468126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9316;QD=13.9728;RBI=0.0496051;REFB=-0.0181795;REVB=-0.0164088;RO=74;SAF=35;SAR=15;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211179;STB=0.609059;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0262941;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:74:74:50:51:0.408:15:35:38:36:16:35:38:36 chr6 62284356 . CA C 313.76 PASS AF=0.52809;AO=45;DP=92;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0391255;FXX=0.0326052;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.8665;QD=14.1018;RBI=0.0560971;REFB=-0.00691324;REVB=-0.0402005;RO=41;SAF=22;SAR=23;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104199;STB=0.570855;STBP=0.166;TYPE=del;VARB=0.00846902;OID=.;OPOS=62284357;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52809:45:92:47:89:42:22:25:26:16:99:41:22:23:25:16 chr6 62284487 . C T 674.92 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.01119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.571;QD=20.4521;RBI=0.0201787;REFB=-0.0270971;REVB=-0.0167917;RO=65;SAF=28;SAR=39;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674707;STB=0.537179;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0252837;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:65:65:67:67:0.507576:39:28:32:33:39:28:32:33 chr6 62284512 . T C 1832.77 PASS AF=0.98374;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000954652;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.036;QD=59.6023;RBI=0.0137011;REFB=-0.0611582;REVB=0.0136678;RO=0;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508619;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=3.69311e-06;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:123:0:2:120:121:0.98374:63:57:0:0:64:57:2:0 chr6 62390916 . T C 466.03 PASS AF=0.368421;AO=56;DP=152;FAO=56;FDP=152;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.00232556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.847;QD=12.264;RBI=0.00694121;REFB=-0.0099782;REVB=-0.00654004;RO=95;SAF=37;SAR=19;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212309;STB=0.624352;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0166197;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:95:96:56:56:0.368421:19:37:45:50:19:37:45:51 chr6 62442604 . A G 224.14 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0018942;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6456;QD=10.5478;RBI=0.0130237;REFB=-0.0174076;REVB=0.0128852;RO=54;SAF=17;SAR=11;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269221;STB=0.504851;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0356182;OID=.;OPOS=62442604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:57:28:28:0.329412:11:17:34:20:11:17:35:22 chr6 62442676 . CA C 183.59 PASS AF=1;AO=21;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.239145;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.40991;QD=22.9492;RBI=0.269806;REFB=-0.0496257;REVB=0.124919;RO=7;SAF=6;SAR=15;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0208938;OID=.;OPOS=62442677;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:32:32:32:0:12:20:0:0:3:7:6:15:3:4 chr6 62887099 . C T 296.5 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.0469158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4284;QD=13.1779;RBI=0.0479699;REFB=-0.0223193;REVB=-0.010001;RO=55;SAF=17;SAR=17;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228037;STB=0.63326;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0313754;OID=.;OPOS=62887099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:56:34:34:0.377778:17:17:39:16:17:17:40:16 chr6 65149185 . T A 1245.77 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1145;QD=61.5197;RBI=0.0633524;REFB=0;REVB=-0.0100018;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000558546;OID=.;OPOS=65149185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:50:31:0:0:50:31:0:0 chr6 65300143 . G C 223.42 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0154394;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2605;QD=18.6184;RBI=0.0352959;REFB=-0.00497948;REVB=0.03174;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672291;STB=0.503813;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00743216;OID=.;OPOS=65300143;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:12:14:12:10:12:14 chr6 65301167 . C T 237.52 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0277051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7123;QD=18.6292;RBI=0.0277578;REFB=-0.0304274;REVB=-0.00170974;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877207;STB=0.549257;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0445162;OID=.;OPOS=65301167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:12:13:11:15:12:13:11:15 chr6 65301211 . T C 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.000855909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.001;QD=21.9527;RBI=0.00391009;REFB=-0.0166471;REVB=0.00381526;RO=25;SAF=13;SAR=19;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383563;STB=0.521178;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.010768;OID=.;OPOS=65301211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:19:13:9:16:19:13:9:16 chr6 65301217 . G A 308.62 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00433154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8068;QD=22.8606;RBI=0.0108905;REFB=0.00286303;REVB=-0.00999206;RO=22;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00794041;STB=0.512307;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00162322;OID=.;OPOS=65301217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:31:31:0.574074:18:13:9:13:18:13:9:14 chr6 65301408 . A G 455.36 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0208887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.846;QD=22.7679;RBI=0.0264343;REFB=-0.0274069;REVB=-0.0161999;RO=34;SAF=23;SAR=21;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522392;STB=0.527385;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.024406;OID=.;OPOS=65301408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:36:44:44:0.55:21:23:20:14:21:23:21:15 chr6 65301504 . A G 526.92 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00850949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.303;QD=20.2662;RBI=0.011498;REFB=-0.0173816;REVB=0.00773264;RO=50;SAF=25;SAR=29;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671823;STB=0.537023;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0146344;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:50:54:54:0.519231:29:25:27:23:29:25:27:23 chr6 65301679 . T C 282.63 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0176967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3076;QD=28.9873;RBI=0.0354853;REFB=0.00340219;REVB=-0.0307576;RO=13;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163298;STB=0.578659;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00290131;OID=.;OPOS=65301679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:13:14:25:25:0.641026:16:9:8:5:16:9:8:6 chr6 65301734 . G A 308.46 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0232481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.05;QD=18.4154;RBI=0.0237818;REFB=0.00485784;REVB=0.00500987;RO=34;SAF=13;SAR=20;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202755;STB=0.613097;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00700525;OID=.;OPOS=65301734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:20:13:21:13:20:13:21:13 chr6 65301787 . G C 317.09 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00287934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5906;QD=17.8643;RBI=0.0188546;REFB=-0.0107482;REVB=0.0186334;RO=36;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255746;STB=0.507038;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0104761;OID=.;OPOS=65301787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:37:34:34:0.478873:17:17:19:17:17:17:19:18 chr6 65301824 . T C 227.63 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0188327;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.326;QD=15.6985;RBI=0.0208577;REFB=0.00448391;REVB=0.00896518;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679401;STB=0.538432;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00834349;OID=.;OPOS=65301824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:32:32:26:26:0.448276:14:12:17:15:14:12:17:15 chr6 65301854 . G A 210.61 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-1.74657e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9585;QD=19.1466;RBI=0.0142918;REFB=-0.0427492;REVB=-0.0142918;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161807;STB=0.591313;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0484922;OID=.;OPOS=65301854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:15:8:11:10:15:8 chr6 65303100 . T C 104.75 PASS AF=0.325;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.0111606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4828;QD=10.4747;RBI=0.0376113;REFB=-0.00852452;REVB=0.0359173;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271999;STB=0.682594;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0236187;OID=.;OPOS=65303100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:27:27:12:13:0.325:8:4:4:23:8:5:4:23 chr6 66005888 . C T 1450.51 PASS AF=0.95;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0285784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.207;QD=58.0206;RBI=0.0327926;REFB=0.0223888;REVB=-0.0160818;RO=3;SAF=41;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138683;STB=0.50856;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.000925312;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:100:100:3:5:95:95:0.95:54:41:2:1:54:41:3:2 chr6 66005970 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.501;QD=62.3495;RBI=0.0126595;REFB=0;REVB=-0.00238898;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67826e-05;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr6 66044927 . T C 292.72 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00901588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.388;QD=27.2294;RBI=0.0557129;REFB=-0.0252198;REVB=0.0549785;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768245;STB=0.542463;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0151895;OID=.;OPOS=66044927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:11:15:8:9:11:15:8:9 chr6 66063513 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.724;QD=53.9112;RBI=0.0406338;REFB=0;REVB=0.023176;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433635;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr6 66112409 . A G 844.22 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8848;QD=55.3588;RBI=0.0515812;REFB=-0.0515454;REVB=0.0209454;RO=2;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000524089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197908;OID=.;OPOS=66112409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:2:0:59:61:1:29:30:1:1:30:31:0:0 chr6 68599166 . A G 351.16 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.000454382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.971;QD=13.0058;RBI=0.0147867;REFB=-0.000976542;REVB=-0.0147797;RO=63;SAF=18;SAR=24;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872601;STB=0.560412;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00154486;OID=.;OPOS=68599166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:66:42:42:0.388889:24:18:22:41:24:18:22:44 chr6 68599169 . A T 335.93 PASS AF=0.394231;AO=39;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=-0.00321536;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.682;QD=12.9203;RBI=0.0081069;REFB=-0.0153683;REVB=-0.00744199;RO=65;SAF=18;SAR=21;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137766;STB=0.566007;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0304382;OID=.;OPOS=68599169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:63:39:41:0.394231:21:18:22:43:23:18:21:42 chr6 69666684 . A G 1010.37 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141993;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4985;QD=59.4336;RBI=0.0145363;REFB=0;REVB=-0.00311201;RO=0;SAF=14;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42547e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431263;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:54:14:0:0:54:14:0:0 chr6 70064187 . G A 583.26 PASS AF=0.425806;AO=66;DP=155;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.030914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5948;QD=15.0519;RBI=0.0309709;REFB=-0.00982679;REVB=0.00187677;RO=88;SAF=21;SAR=45;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899686;STB=0.54793;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0123542;OID=.;OPOS=70064187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:88:89:66:66:0.425806:45:21:35:53:45:21:35:54 chr6 70071173 . G A 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00657696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.467;QD=13.8488;RBI=0.0251805;REFB=-0.0299428;REVB=-0.0243064;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147043;STB=0.585262;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0216528;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:9:16:8:8:9:16 chr6 70500355 . C A 31.8 PASS AF=0.118644;AO=9;DP=58;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00607896;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6673;QD=2.15598;RBI=0.00835598;REFB=0.00154438;REVB=0.00573312;RO=49;SAF=9;SAR=0;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.752285;STB=0.889848;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0600565;OID=.;OPOS=70500355;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:58:59:49:52:9:7:0.118644:0:9:16:33:1:6:19:33 chr6 70812123 . A G 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0181013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.384;QD=21.613;RBI=0.0225665;REFB=-0.00455783;REVB=0.0134756;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817706;STB=0.545621;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00368159;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:17:7:5:18:17:7:5:18 chr6 70916888 . A C 795.09 PASS AF=1;AO=44;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.948;QD=63.6073;RBI=0.0107903;REFB=0;REVB=-0.000427042;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624828;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:44:50:1:19:25:0:0:21:29:0:0 chr6 70917559 . A AT,T 527.2 PASS AF=1,0;AO=29,4;DP=38;FAO=35,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421167,0.0068376;FXX=0.0789266;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=82.9856,142.864;QD=60.2513;RBI=0.0438225,0.0068702;REFB=0,0;REVB=0.0121076,-0.000668411;RO=3;SAF=19,2;SAR=10,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0606652,0.115334;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000323584,0;OID=.,.;OPOS=70917560,70917559;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:35:3:0:29,4:35,0:1,0:10,2:19,2:1:2:12,0:23,0:0:0 chr6 71012575 . T C 237.56 PASS AF=0.424242;AO=26;DP=64;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0073769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.548;QD=14.3976;RBI=0.0176868;REFB=-0.0256992;REVB=-0.016075;RO=38;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175719;STB=0.614454;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0361118;OID=.;OPOS=71012575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:38:38:26:28:0.424242:10:16:17:21:10:18:17:21 chr6 71236216 . C T 378.4 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00576751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8466;QD=16.4521;RBI=0.0414866;REFB=-0.00662116;REVB=-0.0410837;RO=50;SAF=31;SAR=9;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273871;STB=0.66869;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0126695;OID=.;OPOS=71236216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:52:40:40:0.434783:9:31:27:23:9:31:27:25 chr6 71269459 . C T 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0159733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.272;QD=17.5873;RBI=0.0164678;REFB=-0.0057868;REVB=0.00400538;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193457;STB=0.610009;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00944758;OID=.;OPOS=71269459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:11:17:9:13:11:17 chr6 71269632 . G A 100.29 PASS AF=0.458333;AO=7;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0300308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.429;QD=16.7149;RBI=0.0300967;REFB=-0.00950108;REVB=-0.00199101;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240999;STB=0.65597;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0193506;OID=.;OPOS=71269632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:24:12:12:7:11:0.458333:3:4:4:8:4:7:4:8 chr6 71289188 . CA TG 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0212849;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.623;QD=9.335;RBI=0.0287381;REFB=-0.0151795;REVB=-0.0193089;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062043;STB=0.537789;STBP=0.771;TYPE=mnp;VARB=0.0282813;OID=.;OPOS=71289188;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:9:4:11:20:9:4:11:20 chr6 71546702 . C T 313.79 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0128182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3277;QD=14.595;RBI=0.0159959;REFB=-0.00584276;REVB=0.00956885;RO=50;SAF=17;SAR=18;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148318;STB=0.502658;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00931218;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:51:35:35:0.406977:18:17:25:25:18:17:25:26 chr6 71547572 . A T 227.82 PASS AF=0.298077;AO=31;DP=104;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0851994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4359;QD=8.7622;RBI=0.0884323;REFB=-0.00529205;REVB=-0.0236927;RO=72;SAF=9;SAR=22;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26139;STB=0.659606;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0171749;OID=.;OPOS=71547572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:72:73:31:31:0.298077:22:9:36:36:22:9:37:36 chr6 71665986 . G A 213.4 PASS AF=0.95;AO=16;DP=18;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.024;QD=42.6804;RBI=0.10577;REFB=-0.142788;REVB=0.104821;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533298;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00286736;OID=.;OPOS=71665986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:18:20:0:1:16:19:0.95:6:10:0:0:7:12:0:1 chr6 72006512 . T C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00700305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.336;QD=15.1604;RBI=0.011285;REFB=-0.00191689;REVB=-0.00884923;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324044;STB=0.687266;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00241917;OID=.;OPOS=72006512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:5:11:8:14:5:11:8:14 chr6 72889472 . A G 707.36 PASS AF=0.9;AO=54;DP=60;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0312694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.827;QD=47.1575;RBI=0.0364198;REFB=-0.0168442;REVB=0.0186715;RO=6;SAF=38;SAR=16;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114598;STB=0.561158;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00348086;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:60:60:6:6:54:54:0.9:16:38:1:5:16:38:1:5 chr6 72892257 . A G 130.15 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.78;QD=43.384;RBI=0.00502258;REFB=0;REVB=0.00416412;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103607;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:9:3:0:0 chr6 73111492 . A G 309.46 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00781113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.532;QD=16.0756;RBI=0.0234683;REFB=-0.0192837;REVB=0.0221303;RO=43;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054454;STB=0.503066;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0164635;OID=.;OPOS=73111492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:18:16:20:23:18:16:20:23 chr6 73900338 . A G 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0242453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.605;QD=22.1886;RBI=0.024897;REFB=0.00345447;REVB=-0.00565944;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420569;STB=0.523538;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00258942;OID=.;OPOS=73900338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:13:8:6:12:13:8:6:12 chr6 73904189 . A G 291.45 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00282417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.801;QD=19.4301;RBI=0.032758;REFB=-0.0391968;REVB=0.032636;RO=29;SAF=22;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894736;STB=0.549967;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0338871;OID=.;OPOS=73904189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:9:22:18:11:9:22:18:11 chr6 73933501 . G A 366.4 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=8.00482e-06;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.582;QD=13.6972;RBI=0.00843034;REFB=-0.0170361;REVB=0.00843034;RO=63;SAF=19;SAR=24;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100315;STB=0.550579;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0278976;OID=.;OPOS=73933501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:63:64:43:43:0.401869:24:19:22:41:24:19:23:41 chr6 73935135 . G C 207.48 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00676965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2805;QD=18.443;RBI=0.00891937;REFB=-0.0362831;REVB=-0.00580749;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114428;STB=0.506487;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0358532;OID=.;OPOS=73935135;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:10:14:12:9:10:14 chr6 74019376 . T C 252.0 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0260131;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.884;QD=17.3796;RBI=0.0267118;REFB=-0.0383255;REVB=-0.00606982;RO=30;SAF=20;SAR=8;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217492;STB=0.512187;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0326058;OID=.;OPOS=74019376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:30:28:28:0.482759:8:20:22:8:8:20:22:8 chr6 74073531 . C G 255.71 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00243492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.756;QD=22.7294;RBI=0.0303099;REFB=-0.0342529;REVB=0.0302119;RO=21;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269807;STB=0.521721;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0304222;OID=.;OPOS=74073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:21:23:24:0.533333:17:6:6:15:18:6:6:15 chr6 74079024 . A G 325.05 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.012874;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.625;QD=16.8856;RBI=0.0188001;REFB=-0.0041752;REVB=0.0137005;RO=41;SAF=11;SAR=24;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131053;STB=0.568587;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00473473;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:41:42:35:35:0.454545:24:11:18:23:24:11:18:24 chr6 74079041 . A C 1163.39 PASS AF=0.975;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0317756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9492;QD=58.1693;RBI=0.0579047;REFB=-0.0473109;REVB=0.0484073;RO=2;SAF=26;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00866446;STB=0.504672;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00763961;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:80:2:2:77:78:0.975:51:26:1:1:52:26:1:1 chr6 74079464 . C T 58.25 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0397626;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.911;QD=12.9434;RBI=0.0397668;REFB=-0.0400333;REVB=0.000579111;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119124;STB=0.571247;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0470861;OID=.;OPOS=74079464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:5:5:3:5:5:5 chr6 74125875 . A G 263.71 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0228126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.163;QD=26.3711;RBI=0.0248543;REFB=-0.0187923;REVB=0.00986521;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00990072;OID=.;OPOS=74125875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:15:9:6:10:15:9:6:10 chr6 74125888 . A G 245.3 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00671332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.72;QD=23.9314;RBI=0.00689996;REFB=-0.024123;REVB=-0.00159398;RO=18;SAF=7;SAR=16;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024996;STB=0.513912;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0177392;OID=.;OPOS=74125888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:16:7:5:13:16:7:5:13 chr6 74135016 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2885;QD=59.8373;RBI=0.0369659;REFB=0;REVB=0.03035;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583999;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:18:18:0:0 chr6 74155346 . G T 322.36 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00612583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.436;QD=16.5311;RBI=0.0272556;REFB=-0.00813661;REVB=-0.0265582;RO=43;SAF=12;SAR=23;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103499;STB=0.558306;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0152414;OID=.;OPOS=74155346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:23:12:19:24:23:12:19:24 chr6 74161502 . GA G,GG 189.58 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=3,13;DP=16;FAO=1,15;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391384,0.028062;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=260.816,275.757;QD=47.3947;RBI=0.0923186,0.0813387;REFB=0,0;REVB=0.0836116,0.0763446;RO=0;SAF=1,9;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0138342,0.00115286;OID=.,.;OPOS=74161503,74161503;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.9375:3,13:16:1,15:16:0:1,9:0,6:0:0:4:0:1,9:2,4:0:0 chr6 74161801 . G T 581.26 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0678373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6768;QD=54.0706;RBI=0.0727121;REFB=-0.118228;REVB=0.0261754;RO=2;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284197;STB=0.522377;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0340033;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:2:3:40:40:0.930233:32:8:0:2:32:8:0:3 chr6 74331619 . C T 270.01 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00492448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.108;QD=22.9792;RBI=0.0117401;REFB=-0.0180438;REVB=0.0106574;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213863;STB=0.511936;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00694449;OID=.;OPOS=74331619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:13:12:10:12:13:12:10:12 chr6 74354175 . C T 766.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.866;QD=63.8629;RBI=0.0452363;REFB=0;REVB=-0.0345969;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000406782;OID=.;OPOS=74354175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr6 74466377 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.973;QD=61.6812;RBI=0.0587722;REFB=0;REVB=0.0115639;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399471;OID=.;OPOS=74466377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr6 74493432 . A C 491.59 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.000982798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.5;QD=15.8577;RBI=0.0321442;REFB=-0.00952031;REVB=-0.0321292;RO=70;SAF=29;SAR=25;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020429;STB=0.511428;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0124294;OID=.;OPOS=74493432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:70:54:54:0.435484:25:29:39:31:25:29:39:31 chr6 74497009 . A G 257.39 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0238199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.6803;QD=19.7993;RBI=0.0621331;REFB=-0.0229653;REVB=0.0573858;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218039;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.025614;OID=.;OPOS=74497009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:25:27:27:0.519231:13:14:12:10:13:14:12:13 chr6 74497152 . G A 251.95 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0139713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.55;QD=27.2379;RBI=0.0241545;REFB=-0.0248811;REVB=0.0197039;RO=14;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137039;STB=0.576201;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.014168;OID=.;OPOS=74497152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:17:6:6:8:17:6:6:8 chr6 74521947 . C T 177.01 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.01311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.757;QD=15.0644;RBI=0.0217884;REFB=-0.0156106;REVB=-0.0174028;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271912;STB=0.515679;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.020227;OID=.;OPOS=74521947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:14:14:9:10:14:14 chr6 74533192 . T G 701.63 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2633;QD=59.7129;RBI=0.0289793;REFB=-0.0113405;REVB=0.0190099;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00239002;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:45:46:0.978723:15:30:0:0:16:30:1:0 chr6 75797302 . C T 1175.12 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7518;QD=59.4996;RBI=0.0417587;REFB=-0.0810366;REVB=0.0365003;RO=1;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116869;STB=0.506171;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00772076;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:40:38:0:1:40:38:0:1 chr6 75799842 . T C 149.86 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00388739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.785;QD=8.32554;RBI=0.00402531;REFB=-0.00146143;REVB=-0.00104466;RO=47;SAF=4;SAR=18;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531557;STB=0.782086;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00128767;OID=.;OPOS=75799842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:47:50:22:22:0.305556:18:4:30:17:17:5:32:18 chr6 75841722 . A T 1182.09 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.832;QD=60.6198;RBI=0.0213325;REFB=0;REVB=0.0212132;RO=0;SAF=50;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105061;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:27:50:0:0:28:50:0:0 chr6 76023879 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0405546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3408;QD=14.9786;RBI=0.0446422;REFB=-0.0201351;REVB=-0.0186615;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231477;STB=0.63608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0220379;OID=.;OPOS=76023879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:6:5:7:3:6:5 chr6 76138146 . C CAG 199.19 PASS AF=0.367647;AO=24;DP=70;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00294368;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.394;QD=11.7173;RBI=0.0044689;REFB=-0.0322674;REVB=-0.00336241;RO=41;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055777;STB=0.524184;STBP=0.782;TYPE=ins;VARB=0.053519;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367647:24:70:25:68:43:13:12:24:19:99:41:13:11:22:19 chr6 76312315 . C T 154.57 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00610834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.761;QD=14.7213;RBI=0.00885935;REFB=-0.0253908;REVB=-0.00641687;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186193;STB=0.619913;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0341922;OID=.;OPOS=76312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:16:17:0.404762:11:5:12:13:12:5:12:13 chr6 76344431 . C T 115.17 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0251008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.308;QD=19.1954;RBI=0.0306773;REFB=-0.0215648;REVB=-0.0176364;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139543;STB=0.579497;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0304317;OID=.;OPOS=76344431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:4:7:6:7:4:7 chr6 76369054 . A G 403.49 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0118921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.97;QD=16.8121;RBI=0.0347497;REFB=-0.0104366;REVB=0.0326515;RO=54;SAF=18;SAR=24;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536035;STB=0.530106;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0137458;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:24:18:26:28:24:18:26:28 chr6 76425594 . A C 471.0 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132905;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.861;QD=58.8753;RBI=0.0306451;REFB=0;REVB=0.0276131;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129669;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr6 76564953 . A G 362.48 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0122189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.585;QD=18.1241;RBI=0.0163571;REFB=-0.0234519;REVB=0.0108744;RO=42;SAF=13;SAR=25;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872988;STB=0.548841;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0297162;OID=.;OPOS=76564953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:25:13:18:24:25:13:18:24 chr6 76625079 . T C 243.38 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.00668438;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.066;QD=10.4678;RBI=0.00672536;REFB=-0.000771491;REVB=0.000741258;RO=62;SAF=18;SAR=12;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155967;STB=0.502241;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00174033;OID=.;OPOS=76625079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:63:30:30:0.322581:12:18:38:24:12:18:38:25 chr6 76631823 . C T 146.2 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0189194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.661;QD=11.9343;RBI=0.0214164;REFB=0.000150498;REVB=0.0100359;RO=31;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201243;STB=0.578852;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00017959;OID=.;OPOS=76631823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:32:16:17:0.346939:5:11:16:15:6:11:17:15 chr6 76640781 . C T 652.99 PASS AF=0.511811;AO=65;DP=127;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00523289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2294;QD=20.5667;RBI=0.0214694;REFB=-0.0201128;REVB=0.0208219;RO=61;SAF=25;SAR=40;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154089;STB=0.581255;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.014119;OID=.;OPOS=76640781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:62:65:65:0.511811:40:25:34:27:40:25:34:28 chr6 76660397 . T C 444.4 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0414285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4887;QD=52.2828;RBI=0.0609506;REFB=-0.00416125;REVB=0.0447063;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00626241;OID=.;OPOS=76660397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:1:2:31:32:0.941176:17:14:0:1:17:15:1:1 chr6 76660551 . G C 1098.34 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8358;QD=60.1828;RBI=0.0187459;REFB=0;REVB=0.0181339;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166461;OID=.;OPOS=76660551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr6 78172260 . C G 192.18 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=1;FWDB=0.0153468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9946;QD=16.0153;RBI=0.0167919;REFB=-0.022684;REVB=0.00681497;RO=28;SAF=17;SAR=3;SRF=27;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288496;STB=0.659882;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0190806;OID=.;OPOS=78172260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:3:17:27:1:3:17:27:1 chr6 78172992 . G A 432.84 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0191578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.402;QD=16.181;RBI=0.024521;REFB=-0.0134999;REVB=0.0153055;RO=58;SAF=24;SAR=24;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675883;STB=0.532697;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0131126;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:59:48:48:0.448598:24:24:33:25:24:24:33:26 chr6 79595097 . A G 238.51 PASS AF=0.422222;AO=20;DP=47;FAO=19;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0075251;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.17;QD=21.2005;RBI=0.0202159;REFB=-0.0285724;REVB=0.0187632;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119952;STB=0.558841;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0212683;OID=.;OPOS=79595097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:21:21:20:19:0.422222:13:7:10:11:12:7:10:11 chr6 79595167 . A ACTTAT 132.98 PASS AF=0.625;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00355397;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=238.853;QD=22.163;RBI=0.00690075;REFB=-0.0325986;REVB=-0.0059152;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127847;STB=0.548325;STBP=0.609;TYPE=ins;VARB=0.0221222;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:14:24:15:24:9:5:10:2:7:67:10:4:10:3:7 chr6 79612744 . CA C 307.36 PASS AF=0.76087;AO=34;DP=47;FAO=35;FDP=46;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00407879;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2324;QD=26.7267;RBI=0.0885805;REFB=0.0713234;REVB=0.0884865;RO=9;SAF=23;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143152;STB=0.605515;STBP=0.025;TYPE=del;VARB=-0.0149823;OID=.;OPOS=79612745;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.76087:34:47:35:46:11:24:11:3:8:43:9:23:11:3:6 chr6 79612800 . G A 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00583208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.257;QD=9.932;RBI=0.0177439;REFB=-0.0118421;REVB=-0.0167581;RO=34;SAF=5;SAR=10;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411618;STB=0.733888;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0347942;OID=.;OPOS=79612800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:35:15:15:0.3:10:5:24:10:10:5:24:11 chr6 79656562 . A T 359.16 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00234081;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.742;QD=14.6598;RBI=0.0181624;REFB=-0.0178836;REVB=0.0180109;RO=58;SAF=9;SAR=30;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318461;STB=0.687727;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0123646;OID=.;OPOS=79656562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:59:39:39:0.397959:30:9:29:29:30:9:30:29 chr6 79656570 . G A 299.3 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00112283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2077;QD=13.4517;RBI=0.0140875;REFB=0.00463904;REVB=-0.0140427;RO=54;SAF=10;SAR=24;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254369;STB=0.651718;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00670952;OID=.;OPOS=79656570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:54:55:34:34:0.382022:24:10:28:26:24:10:29:26 chr6 79657391 . G A 251.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0234779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.033;QD=17.0632;RBI=0.041728;REFB=-0.0188864;REVB=-0.0344965;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754288;STB=0.542343;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0230201;OID=.;OPOS=79657391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:14:14:13:18:14:14:13:18 chr6 79675701 . A G 172.91 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00953558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2274;QD=11.3383;RBI=0.0117867;REFB=0.00144316;REVB=-0.00692807;RO=39;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921876;STB=0.553523;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00350873;OID=.;OPOS=79675701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:10:12:18:21:10:12:18:21 chr6 79679577 . A G 176.28 PASS AF=0.372881;AO=20;DP=57;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00176944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.654;QD=11.9513;RBI=0.00567153;REFB=-0.0162858;REVB=-0.00538844;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045018;STB=0.525401;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0238548;OID=.;OPOS=79679577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:37:37:20:22:0.372881:10:10:17:20:11:11:17:20 chr6 79708000 . A C 837.37 PASS AF=0.983333;AO=60;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.030115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8208;QD=55.8249;RBI=0.0301449;REFB=-0.163048;REVB=-0.00134165;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.508194;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00455153;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:60:59:0.983333:29:31:0:0:29:30:1:0 chr6 79918309 . G A 420.62 PASS AF=1;AO=22;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.179496;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.4074;QD=56.0826;RBI=0.179547;REFB=0;REVB=-0.00428608;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109612;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:22:30:1:15:7:0:0:17:13:0:0 chr6 80196498 . T C 266.86 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0429666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3036;QD=20.1406;RBI=0.0435948;REFB=0.0136922;REVB=0.00737454;RO=25;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208437;STB=0.616025;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0144847;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:17:11:16:9:17:11:16:9 chr6 80196848 . C T 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0112458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.616;QD=12.2754;RBI=0.0131316;REFB=-0.0244912;REVB=0.00678021;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13609;STB=0.57986;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0160941;OID=.;OPOS=80196848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:9:8:19:13:9:8:19:13 chr6 80228535 . T G 595.42 PASS AF=0.428571;AO=63;DP=147;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0142586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.097;QD=16.202;RBI=0.0142639;REFB=-0.00552336;REVB=0.000389328;RO=84;SAF=26;SAR=37;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781463;STB=0.543746;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00805174;OID=.;OPOS=80228535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:84:84:63:63:0.428571:37:26:41:43:37:26:41:43 chr6 80228541 . A G 2073.95 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136273;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.658;QD=61.9091;RBI=0.0254747;REFB=-0.105157;REVB=0.0215234;RO=1;SAF=60;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785622;STB=0.504132;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=1.88717e-05;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:134:1:1:133:133:0.992537:73:60:1:0:73:60:1:0 chr6 80513565 . G GCTCTCTGATATGCCATC 111.1 PASS AF=0.285714;AO=11;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00911608;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=17;MLLD=483.579;QD=9.06896;RBI=0.0190027;REFB=-0.0100236;REVB=-0.0166733;RO=35;SAF=11;SAR=0;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.751426;STB=0.882361;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0236783;OID=.;OPOS=80513566;OREF=-;OALT=CTCTCTGATATGCCATC;OMAPALT=GCTCTCTGATATGCCATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:11:49:14:49:35:13:1:18:17:99:35:11:0:18:17 chr6 80513614 . G A 220.49 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0414189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1482;QD=14.2254;RBI=0.0774697;REFB=-0.0100392;REVB=0.0654677;RO=36;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107205;STB=0.56105;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0191862;OID=.;OPOS=80513614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:11:15:17:19:11:15:17:19 chr6 80580038 . T G 1217.94 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533334;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.024;QD=60.8968;RBI=0.0604958;REFB=0;REVB=0.0285531;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405494;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:43:35:0:0:44:36:0:0 chr6 80626375 . T C 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0176036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2334;QD=15.1005;RBI=0.0185821;REFB=-0.011809;REVB=0.00595061;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236192;STB=0.616341;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0239068;OID=.;OPOS=80626375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:31:24:24:0.436364:9:15:11:18:9:15:13:18 chr6 80715838 . T G 1040.83 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.704;QD=59.476;RBI=0.0649367;REFB=0;REVB=0.0638768;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72382e-05;OID=.;OPOS=80715838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:30:38:0:0:31:39:0:0 chr6 80741243 . A T 1447.72 PASS AF=0.431694;AO=155;DP=370;FAO=158;FDP=366;FR=.;FRO=208;FSAF=73;FSAR=85;FSRF=97;FSRR=111;FWDB=0.00287179;FXX=0.0161286;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.576;QD=15.8221;RBI=0.0224143;REFB=-0.0114909;REVB=0.0222296;RO=215;SAF=72;SAR=83;SRF=103;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152425;STB=0.502469;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.015076;OID=.;OPOS=80741243;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:366:215:208:155:158:0.431694:83:72:103:112:85:73:97:111 chr6 80749972 . A C 328.76 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0043875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.308;QD=15.4708;RBI=0.0168387;REFB=-0.0136968;REVB=0.016257;RO=48;SAF=15;SAR=21;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147684;STB=0.57756;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0314179;OID=.;OPOS=80749972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:36:36:0.423529:21:15:27:21:21:15:27:22 chr6 80837253 . G T 95.31 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=26;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0205753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.7598;QD=13.616;RBI=0.0899002;REFB=-0.0228231;REVB=0.087514;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304795;STB=0.617454;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0386898;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:26:28:16:16:9:12:0.428571:3:6:6:10:5:7:6:10 chr6 82457147 . C G 230.51 PASS AF=0.464286;AO=24;DP=54;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00153746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.93;QD=16.4646;RBI=0.0110746;REFB=-0.0139304;REVB=-0.0109674;RO=30;SAF=6;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241503;STB=0.59274;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0166655;OID=.;OPOS=82457147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:30:30:24:26:0.464286:18:6:14:16:18:8:14:16 chr6 82461874 . C A 114.13 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.102885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.695;QD=18.2608;RBI=0.103489;REFB=-0.0562153;REVB=-0.0111613;RO=12;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02024;STB=0.51161;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0390198;OID=.;OPOS=82461874;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:11:2:2:10:11:2:2:10 chr6 83075914 . G A 631.12 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7538;QD=61.573;RBI=0.0746436;REFB=0;REVB=0.0552321;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111041;OID=.;OPOS=83075914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:19:19:0:0:21:20:0:0 chr6 83076791 . T C 796.94 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0637475;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1691;QD=52.258;RBI=0.064614;REFB=-0.0744551;REVB=0.0105464;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509047;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00404247;OID=.;OPOS=83076791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:0:3:58:58:0.95082:30:28:0:0:30:28:2:1 chr6 83078575 . T C 393.73 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9795;QD=56.2468;RBI=0.128478;REFB=0;REVB=0.114946;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0044226;OID=.;OPOS=83078575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:14:12:0:0:15:13:0:0 chr6 83080386 . C CTTTG 341.67 PASS AF=0.521127;AO=28;DP=74;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0217509;FXX=0.0405351;HRUN=3;LEN=4;MLLD=233.186;QD=19.249;RBI=0.0245634;REFB=-0.00158574;REVB=-0.011413;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14971;STB=0.574428;STBP=0.197;TYPE=ins;VARB=0.000831877;OID=.;OPOS=83080387;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521127:28:74:37:71:34:16:21:20:14:99:37:14:14:24:13 chr6 83850049 . A T 286.37 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0561853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9772;QD=15.6917;RBI=0.0576139;REFB=-0.00188562;REVB=-0.0127506;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987453;STB=0.555711;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00462456;OID=.;OPOS=83850049;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:14:18:19:22:14:18:19:22 chr6 83880167 . C T 206.17 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0302001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3726;QD=9.70203;RBI=0.0378734;REFB=0.00165463;REVB=-0.0228549;RO=56;SAF=7;SAR=20;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178622;STB=0.609051;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00503582;OID=.;OPOS=83880167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:58:27:27:0.317647:20:7:22:34:20:7:23:35 chr6 83881740 . T C 242.15 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0291046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9747;QD=20.6085;RBI=0.0546863;REFB=-0.0688409;REVB=-0.046298;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189373;STB=0.510629;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.060537;OID=.;OPOS=83881740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:22:23:23:24:0.510638:11:12:11:11:12:12:11:12 chr6 83900923 . A T 318.21 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0133322;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.067;QD=20.5299;RBI=0.0163947;REFB=-0.00733926;REVB=-0.00954135;RO=27;SAF=21;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379703;STB=0.54177;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00597763;OID=.;OPOS=83900923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:27:29:33:33:0.532258:12:21:16:11:12:21:16:13 chr6 84234144 . C T 132.61 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0146715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.56;QD=15.1559;RBI=0.0160694;REFB=-0.00617807;REVB=0.00655539;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165407;STB=0.509566;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0127386;OID=.;OPOS=84234144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:11:9:7:8:11:9 chr6 84300997 . A G 635.66 PASS AF=0.368421;AO=77;DP=211;FAO=77;FDP=209;FR=.;FRO=132;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=66;FSRR=66;FWDB=-0.000443782;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.42;QD=12.1657;RBI=0.0458862;REFB=-0.0263321;REVB=0.0458841;RO=124;SAF=35;SAR=42;SRF=65;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761262;STB=0.528788;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0477657;OID=.;OPOS=84300997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:209:124:132:77:77:0.368421:42:35:65:59:42:35:66:66 chr6 84303342 . T C,G 829.57 PASS AF=0.915254,0.0847458;AO=51,6;DP=57;FAO=54,5;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18,3;FSAR=36,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373808,-0.0119624;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.382,118.911;QD=56.2421;RBI=0.0203258,0.0147115;REFB=0,0;REVB=0.0199791,0.00856338;RO=0;SAF=17,4;SAR=34,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00254973,0.0760075;OID=.,.;OPOS=84303342,84303342;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:57:59:0:0:51,6:54,5:0.915254,0.0847458:34,2:17,4:0:0:36,2:18,3:0:0 chr6 84799185 . C T 127.93 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0130267;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.382;QD=11.1242;RBI=0.0142026;REFB=-0.00978541;REVB=-0.00565868;RO=29;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103869;STB=0.570835;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0209697;OID=.;OPOS=84799185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:31:15:15:0.326087:11:4:10:19:11:4:11:20 chr6 85473758 . C T 415.09 PASS AF=0.597015;AO=37;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.006572;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.975;QD=24.7817;RBI=0.0267204;REFB=-0.0238679;REVB=0.0258995;RO=20;SAF=22;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944459;STB=0.538094;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0174702;OID=.;OPOS=85473758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:20:27:37:40:0.597015:15:22:9:11:17:23:13:14 chr6 86303091 . G A 819.78 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.111637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9907;QD=55.5783;RBI=0.114041;REFB=0.037886;REVB=0.0232918;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00599706;OID=.;OPOS=86303091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:24:33:0:1:24:34:0:1 chr6 86445651 . A G 674.66 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0720251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5304;QD=52.9143;RBI=0.079486;REFB=-0.212119;REVB=0.0336217;RO=1;SAF=33;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140498;STB=0.507689;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00993076;OID=.;OPOS=86445651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:2:49:49:0.960784:16:33:1:0:16:33:1:1 chr6 86445706 . C T 658.47 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9913;QD=61.2532;RBI=0.0652462;REFB=0;REVB=0.0628451;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130796;OID=.;OPOS=86445706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr6 87965528 . T C 357.15 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00551867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.463;QD=26.9543;RBI=0.0312321;REFB=-0.0249512;REVB=-0.0307407;RO=19;SAF=17;SAR=17;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120869;STB=0.566;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0183219;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:17:17:6:13:17:17:6:13 chr6 87968565 . A G 115.18 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.017783;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.977;QD=17.7205;RBI=0.0187753;REFB=0.00950767;REVB=0.00602279;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20961;STB=0.622427;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00995349;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:13:13:13:13:0.5:11:2:4:9:11:2:4:9 chr6 87969737 . C T 51.83 PASS AF=0.538462;AO=8;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0084624;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.341;QD=15.9461;RBI=0.0337379;REFB=0.0301556;REVB=-0.0326593;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325838;STB=0.681283;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00668456;OID=.;OPOS=87969737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:6:6:8:7:0.538462:6:2:4:2:5:2:4:2 chr6 87994015 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0255405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1183;QD=8.69665;RBI=0.157773;REFB=0.00939414;REVB=0.155692;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237013;STB=0.651669;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00713239;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:10:4:1:6:10:4 chr6 87994572 . G A 256.48 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0483125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4016;QD=44.6057;RBI=0.0483131;REFB=-0.112989;REVB=-0.00024701;RO=2;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709089;STB=0.538425;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00720734;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:12:9:0:2:12:9:0:2 chr6 88108048 . AGAT A 132.34 PASS AF=0.56;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0262265;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=3;MLLD=216.279;QD=21.174;RBI=0.026646;REFB=-0.0451727;REVB=-0.00470968;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124053;STB=0.507032;STBP=0.984;TYPE=del;VARB=0.0310056;OID=.;OPOS=88108049;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:14:27:14:25:11:4:10:3:8:91:11:4:10:3:8 chr6 88136324 . C T 341.83 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0187971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.432;QD=18.4772;RBI=0.0189453;REFB=-0.0209717;REVB=-0.00236503;RO=38;SAF=14;SAR=22;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222194;STB=0.623812;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0260849;OID=.;OPOS=88136324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:22:14:24:14:22:14:24:14 chr6 88221892 . T G 236.57 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00248924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.237;QD=15.7714;RBI=0.00462324;REFB=-0.00722966;REVB=0.0038959;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120938;STB=0.568216;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0171054;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:13:14:13:20:13:14:13:20 chr6 88224164 . T C 132.24 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0212554;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.8147;QD=21.1581;RBI=0.0226976;REFB=0.0585872;REVB=-0.00796175;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153108;STB=0.587651;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0295206;OID=.;OPOS=88224164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:11:3:4:7:11:3:4:7 chr6 88315741 . TA T 248.33 PASS AF=0.470085;AO=56;DP=122;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.0913493;FXX=0.0409802;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.5734;QD=8.48976;RBI=0.10117;REFB=-0.0151929;REVB=-0.0434831;RO=58;SAF=16;SAR=40;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823466;STB=0.529919;STBP=0.606;TYPE=del;VARB=0.0140046;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470085:56:122:55:117:62:16:39:21:41:99:58:16:40:21:37 chr6 88366708 . C T 746.94 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.833;QD=63.5696;RBI=0.0575474;REFB=0;REVB=0.0491521;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431861;OID=.;OPOS=88366708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr6 89424010 . G C 144.0 PASS AF=0.253012;AO=20;DP=83;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0129486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9505;QD=6.93977;RBI=0.024585;REFB=0.00996325;REVB=-0.0208987;RO=62;SAF=8;SAR=12;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124308;STB=0.553582;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0206519;OID=.;OPOS=89424010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:62:62:20:21:0.253012:12:8:31:31:12:9:31:31 chr6 89676206 . T G 75.58 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00762905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7033;QD=10.4245;RBI=0.0765881;REFB=-0.00275497;REVB=-0.0762072;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27891;STB=0.64836;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00383364;OID=.;OPOS=89676206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:29:29:18:19:10:10:0.344828:4:6:6:12:4:6:7:12 chr6 89793894 . G C 765.11 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.03;QD=63.7591;RBI=0.00919445;REFB=0;REVB=-0.000792486;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54158e-06;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:44:48:1:26:18:0:0:30:18:0:0 chr6 89806689 . T C 495.79 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.042206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.944;QD=55.0877;RBI=0.0467905;REFB=-0.126844;REVB=0.0201991;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373615;STB=0.519988;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00370654;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:22:12:1:0:23:12:1:0 chr6 89806992 . A C 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.2;QD=61.6781;RBI=0.0476276;REFB=0;REVB=-0.0464019;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211347;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr6 89888744 . C T 834.16 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.147;QD=57.5281;RBI=0.0200524;REFB=0;REVB=-0.000714967;RO=0;SAF=16;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213827;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:42:16:0:0:42:16:0:0 chr6 89907873 . G A 1584.37 PASS AF=0.981818;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0263657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.756;QD=57.6135;RBI=0.0263954;REFB=-0.158241;REVB=0.00125119;RO=1;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840057;STB=0.50877;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000352087;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:110:1:2:107:108:0.981818:56:51:0:1:56:52:0:2 chr6 89913209 . C T 1044.35 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.597;QD=59.6769;RBI=0.0314842;REFB=0;REVB=0.0262209;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22383e-05;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:45:24:0:0:45:25:0:0 chr6 89913218 . T A 793.11 PASS AF=0.907692;AO=59;DP=66;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0252341;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2475;QD=48.807;RBI=0.0388796;REFB=-0.0130003;REVB=0.0295781;RO=6;SAF=20;SAR=39;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00109443;STB=0.500582;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00541452;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:66:65:6:6:59:59:0.907692:39:20:2:4:39:20:2:4 chr6 89981413 . T C 125.41 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0273391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.11;QD=8.9581;RBI=0.0689287;REFB=-0.00657877;REVB=-0.0632751;RO=39;SAF=10;SAR=7;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287887;STB=0.517221;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0203514;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:7:10:22:17:7:10:22:17 chr6 90039670 . G C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0118541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.171;QD=19.3861;RBI=0.0134661;REFB=-0.0249406;REVB=0.00638865;RO=20;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206463;STB=0.633659;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0156513;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:15:5:9:11:15:5:10:11 chr6 90042914 . T C 180.09 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0153705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.348;QD=11.0822;RBI=0.0175561;REFB=-0.00705008;REVB=0.00848315;RO=42;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103151;STB=0.571366;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0122313;OID=.;OPOS=90042914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:22:23:0.353846:13:9:21:21:14:9:21:21 chr6 90315789 . A G 796.0 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.981;QD=63.68;RBI=0.0432019;REFB=0;REVB=-0.00433897;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01047e-05;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:28:22:0:0 chr6 90326360 . C T 773.66 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381334;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.719;QD=57.3084;RBI=0.0409751;REFB=0;REVB=-0.0149933;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61153e-05;OID=.;OPOS=90326360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr6 90327873 . G A 738.19 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0353851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9041;QD=54.6805;RBI=0.0631764;REFB=-0.0330143;REVB=0.0523369;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219051;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00318302;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:32:21:1:0:32:21:1:0 chr6 90333599 . A C,G 786.61 PASS AF=0.02,0.98;AO=2,47;DP=50;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355954,0.0103479;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.9619,130.592;QD=62.9288;RBI=0.0361456,0.0227811;REFB=0,0;REVB=0.00628267,0.0202953;RO=0;SAF=1,11;SAR=1,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0840439,0.000841485;OID=.,.;OPOS=90333599,90333599;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:50:50:0:0:2,47:1,49:0.02,0.98:1,36:1,11:0:0:1,36:0,13:0:0 chr6 90340276 . G A 465.61 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.322;QD=58.2018;RBI=0.0253326;REFB=0;REVB=0.014142;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221836;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:20:12:0:0 chr6 90371202 . G A 1442.53 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570425;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8836;QD=63.4081;RBI=0.0254438;REFB=0;REVB=-0.0247962;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62404e-05;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr6 90390443 . C A 184.96 PASS AF=0.888889;AO=15;DP=19;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0169658;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.387;QD=41.1025;RBI=0.0277527;REFB=-0.132994;REVB=-0.021963;RO=2;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297839;STB=0.624826;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0135998;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:19:18:2:2:15:16:0.888889:13:2:2:0:13:3:2:0 chr6 90402482 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.563;QD=57.8848;RBI=0.0435575;REFB=0;REVB=0.0396441;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140601;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr6 90402840 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1577;QD=33.4285;RBI=0.0645783;REFB=0;REVB=0.0190502;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00425483;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 90408742 . C T 481.27 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.148;QD=58.336;RBI=0.0218668;REFB=0;REVB=0.0174654;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532378;OID=.;OPOS=90408742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:29:33:1:16:13:0:0:20:13:0:0 chr6 90418262 . C T 1810.92 PASS AF=0.983607;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0203787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.007;QD=59.3743;RBI=0.0411235;REFB=-0.0379966;REVB=0.0357191;RO=1;SAF=64;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736426;STB=0.500549;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000824086;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:122:1:2:119:120:0.983607:55:64:1:0:56:64:1:1 chr6 90448092 . C T 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.866;QD=58.9605;RBI=0.03271;REFB=0;REVB=0.021803;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231851;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr6 90455084 . A G 728.54 PASS AF=1;AO=52;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.637;QD=52.0387;RBI=0.167178;REFB=-0.0541698;REVB=0.0247641;RO=4;SAF=23;SAR=29;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00719131;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:4:0:52:56:1:29:23:4:0:29:27:0:0 chr6 90459454 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0580903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.425;QD=56.0113;RBI=0.0585572;REFB=0.0118694;REVB=0.00738025;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.000237697;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:22:12:0:1:22:12:0:1 chr6 90638390 . G A 160.5 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0711282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.917;QD=18.3427;RBI=0.0717166;REFB=0.00099906;REVB=-0.00916761;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177796;STB=0.60057;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00413614;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:5:13:9:8:5:13 chr6 90638553 . T G 227.56 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0188348;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.624;QD=19.7881;RBI=0.0188388;REFB=0.0125412;REVB=0.000387755;RO=20;SAF=4;SAR=18;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202261;STB=0.62625;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00883585;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:23:22:23:0.5:18:4:7:13:19:4:8:15 chr6 90641522 . T C 1064.94 PASS AF=0.561798;AO=99;DP=177;FAO=100;FDP=178;FR=.;FRO=78;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.0122307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.026;QD=23.9313;RBI=0.0153116;REFB=-0.00583223;REVB=0.00921161;RO=78;SAF=56;SAR=43;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412001;STB=0.524766;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00477677;OID=.;OPOS=90641522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:78:78:99:100:0.561798:43:56:48:30:44:56:48:30 chr6 90660754 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.014302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.387;QD=10.1733;RBI=0.016113;REFB=-0.0223885;REVB=-0.00742165;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27543;STB=0.666172;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0167646;OID=.;OPOS=90660754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:7:2:3:3:7:2 chr6 93967851 . C T 427.95 PASS AF=0.436364;AO=47;DP=109;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=-0.0238088;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6066;QD=15.5619;RBI=0.024537;REFB=-0.00806128;REVB=-0.00593351;RO=61;SAF=32;SAR=15;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00892643;STB=0.517234;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.010134;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:61:62:47:48:0.436364:15:32:42:19:16:32:43:19 chr6 93973569 . A G 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.000877306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.284;QD=6.10493;RBI=0.0205755;REFB=-0.00215436;REVB=-0.0205568;RO=26;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458861;STB=0.790988;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00858833;OID=.;OPOS=93973569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:2:6:9:17:2:6:9:17 chr6 93982124 . A G 194.07 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00409381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.338;QD=12.3217;RBI=0.0111224;REFB=-0.0141087;REVB=-0.0103416;RO=37;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338731;STB=0.539386;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0351632;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:39:24:24:0.380952:15:9:15:22:15:9:17:22 chr6 94067981 . C T 1358.61 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.748;QD=62.4649;RBI=0.0449836;REFB=0;REVB=0.0445961;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34033e-05;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:85:87:1:32:53:0:0:34:53:0:0 chr6 96034881 . A G 510.72 PASS AF=0.205128;AO=33;DP=177;FAO=32;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=30;FWDB=0.0174222;FXX=0.0823481;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0187;QD=13.0954;RBI=0.0299501;REFB=-0.00553867;REVB=-0.0243614;RO=112;SAF=23;SAR=10;SRF=80;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262513;STB=0.508665;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0114653;OID=.;OPOS=96034881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:156:112:93:33:32:0.205128:10:23:80:32:10:22:63:30 chr6 96035175 . T C 378.18 PASS AF=0.319728;AO=47;DP=148;FAO=47;FDP=147;FR=.;FRO=100;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.00597617;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.266;QD=10.2905;RBI=0.0281783;REFB=-0.00916512;REVB=0.0275373;RO=100;SAF=22;SAR=25;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257662;STB=0.514934;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.019203;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:100:100:47:47:0.319728:25:22:49:51:25:22:49:51 chr6 96055915 . G C 934.15 PASS AF=0.42616;AO=101;DP=237;FAO=101;FDP=237;FR=.;FRO=136;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=74;FSRR=62;FWDB=-0.0326355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.88;QD=15.7663;RBI=0.0388472;REFB=-0.0387528;REVB=0.021072;RO=132;SAF=42;SAR=59;SRF=70;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117228;STB=0.573858;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0514422;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:132:136:101:101:0.42616:59:42:70:62:59:42:74:62 chr6 96386151 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.826;QD=60.3764;RBI=0.0161807;REFB=0;REVB=0.0135498;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0859e-05;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr6 96651740 . A G 955.07 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4664;QD=58.7732;RBI=0.0185167;REFB=0;REVB=0.0118842;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135591;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr6 96652371 . T C 195.36 PASS AF=0.9;AO=16;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0106369;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=156.451;QD=39.0727;RBI=0.0107554;REFB=-0.165155;REVB=0.00159233;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.533298;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00164289;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:0:2:16:18:0.9:12:4:0:0:14:4:0:2 chr6 96652582 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.514;QD=53.9111;RBI=0.0308793;REFB=0;REVB=-0.00332288;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010808;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr6 96652706 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000467851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.802;QD=63.2865;RBI=0.0415807;REFB=0;REVB=0.0415781;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13694e-05;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr6 96653038 . T C 3482.36 PASS AF=0.995726;AO=171;DP=232;FAO=233;FDP=234;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=101;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052937;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5661;QD=59.5275;RBI=0.0795723;REFB=0;REVB=0.059409;RO=1;SAF=95;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622149;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00950334;OID=.;OPOS=96653038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:232:234:1:0:171:233:0.995726:76:95:0:1:132:101:0:0 chr6 96653208 . C G 834.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6059;QD=57.5359;RBI=0.050081;REFB=0;REVB=0.00109954;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000500899;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr6 96661315 . T C 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2731;QD=30.7903;RBI=0.137603;REFB=0.0202768;REVB=0.136391;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00753069;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:1:0:5:3:1:0 chr6 96661410 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.454;QD=58.1397;RBI=0.00868302;REFB=0;REVB=-0.008613;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34385e-05;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr6 96730731 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.416;QD=44.6897;RBI=0.0172429;REFB=0;REVB=-0.00933814;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156023;OID=.;OPOS=96730731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr6 97058574 . G A 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.315;QD=64.4137;RBI=0.0379743;REFB=0;REVB=0.026815;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267164;OID=.;OPOS=97058574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr6 97339078 . A G 924.74 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0417206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.83;QD=56.9073;RBI=0.0524413;REFB=-0.123848;REVB=0.0317723;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133044;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000235831;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:29:35:1:0:29:35:1:0 chr6 97339088 . C T 1011.67 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0588407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1585;QD=57.8098;RBI=0.0597499;REFB=0.0727659;REVB=-0.0103838;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00328751;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:30:39:0:0:30:39:0:1 chr6 97613163 . T C 820.13 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0544875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.014;QD=55.6021;RBI=0.0589335;REFB=-0.0194963;REVB=0.0224559;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000361102;OID=.;OPOS=97613163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:57:58:0.983051:29:28:0:0:29:29:1:0 chr6 97626374 . A G 494.44 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00109203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.975;QD=52.0459;RBI=0.00368364;REFB=-0.196167;REVB=0.00351805;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.555523;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00247234;OID=.;OPOS=97626374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:38:38:1:3:35:35:0.921053:12:23:0:1:12:23:0:3 chr6 97677118 . G A 501.49 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.242;QD=58.9985;RBI=0.0063748;REFB=0;REVB=-0.00336283;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35072e-06;OID=.;OPOS=97677118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr6 97694582 . A ATAG,G 455.69 PASS AF=0.785714,0.047619;AO=32,2;DP=42;FAO=33,2;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=13,1;FSAR=20,1;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.00680916,-0.076474;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=204.202,66.0957;QD=43.3989;RBI=0.00763683,0.0768065;REFB=-0.0204385,-0.0174456;REVB=-0.00345782,0.00713932;RO=7;SAF=12,1;SAR=20,1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.208976,-0.639247;STB=0.605996,0.887323;STBP=0.006,0.785;TYPE=ins,snp;VARB=0.00137354,-0.022162;OID=.,.;OPOS=97694583,97694582;OREF=-,A;OALT=TAG,G;OMAPALT=ATAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:42:42:7:7:32,2:33,2:0.785714,0.047619:20,1:12,1:7:0:20,1:13,1:7:0 chr6 99284532 . T C 714.4 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2377;QD=60.7997;RBI=0.0268765;REFB=-0.0408516;REVB=0.00432617;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00307914;OID=.;OPOS=99284532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:22:24:0:0:22:24:1:0 chr6 99724713 . G A 154.83 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0234112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.656;QD=11.6849;RBI=0.0259472;REFB=-0.0144047;REVB=-0.0111882;RO=33;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19911;STB=0.629069;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0278969;OID=.;OPOS=99724713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:14:5:14:19:14:5:15:19 chr6 99771540 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.601;QD=59.8392;RBI=0.0107419;REFB=0;REVB=-0.00971609;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97396e-05;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr6 99817419 . T TC 251.18 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172979;FXX=0.0475964;HRUN=0;LEN=1;MLLD=255.641;QD=50.2364;RBI=0.0265467;REFB=0;REVB=0.0201373;RO=4;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875116;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.86759e-05;OID=.;OPOS=99817420;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:24:20:20:0:6:14:0:0:4:4:5:13:2:2 chr6 99817601 . A G 783.38 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.693;QD=56.9731;RBI=0.0257339;REFB=0;REVB=-0.0116026;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172248;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:39:15:0:0:39:16:0:0 chr6 99819379 . T C 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00246563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3935;QD=29.1642;RBI=0.00452484;REFB=-0.1288;REVB=0.00379405;RO=3;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179011;STB=0.599828;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0364626;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:14:14:3:3:11:11:0.785714:6:5:0:3:6:5:0:3 chr6 99825348 . T C 240.71 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0653553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9634;QD=17.1934;RBI=0.123238;REFB=-0.0236344;REVB=-0.104481;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159667;STB=0.589409;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0269761;OID=.;OPOS=99825348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:10:19:13:14:10:19 chr6 99842056 . C A 300.25 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00715806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.015;QD=16.4521;RBI=0.0072571;REFB=-0.0246415;REVB=-0.00119488;RO=40;SAF=13;SAR=20;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200218;STB=0.612515;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0362453;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:20:13:24:16:20:13:24:16 chr6 99883694 . T C 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0346162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.486;QD=10.3802;RBI=0.03961;REFB=-0.0245823;REVB=0.0192528;RO=36;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125056;STB=0.573689;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0410233;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:8:10:16:20:8:10:16:20 chr6 99883704 . T C 708.13 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.054;QD=62.9444;RBI=0.0203612;REFB=0;REVB=0.0136991;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115329;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr6 99893938 . T C 302.83 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00675113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.219;QD=17.0607;RBI=0.00949461;REFB=-0.0102851;REVB=-0.00667607;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0040763;STB=0.512612;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0120338;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:38:33:33:0.464789:19:14:15:20:19:14:17:21 chr6 99894086 . C G 672.66 PASS AF=0.59596;AO=58;DP=99;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0131888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7483;QD=27.178;RBI=0.0322421;REFB=-0.0110201;REVB=0.0294213;RO=39;SAF=30;SAR=28;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918442;STB=0.54049;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0103808;OID=.;OPOS=99894086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:39:40:58:59:0.59596:28:30:25:14:28:31:25:15 chr6 99956560 . T C 360.12 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00307845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.348;QD=22.8646;RBI=0.00663746;REFB=-0.0152519;REVB=-0.00588039;RO=27;SAF=15;SAR=21;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373261;STB=0.520537;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0123915;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:21:15:10:17:21:15:10:17 chr6 99974020 . T G 243.47 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0456092;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0109;QD=12.6477;RBI=0.0830067;REFB=0.0210398;REVB=0.0693535;RO=49;SAF=7;SAR=22;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432463;STB=0.743887;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0293865;OID=.;OPOS=99974020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:49:48:29:29:0.376623:22:7:31:18:22:7:30:18 chr6 99990856 . T C 276.82 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0486152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.632;QD=16.5268;RBI=0.0489834;REFB=-0.0423141;REVB=0.00599408;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809185;STB=0.531979;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0446506;OID=.;OPOS=99990856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:36:30:31:0.462687:18:12:16:17:19:12:16:20 chr6 100868721 . G A 463.4 PASS AF=0.407692;AO=51;DP=131;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0211605;FXX=0.0298485;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8498;QD=14.2584;RBI=0.0226107;REFB=0.00264934;REVB=-0.00796721;RO=62;SAF=26;SAR=25;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00963589;STB=0.524795;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00769233;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:62:77:51:53:0.407692:25:26:31:31:26:27:36:41 chr6 100868779 . G T 466.42 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=123;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0304076;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0826;QD=15.2925;RBI=0.0690277;REFB=0.00425848;REVB=0.0619693;RO=67;SAF=23;SAR=29;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207111;STB=0.507999;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00364507;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:67:70:52:52:0.42623:29:23:31:36:29:23:30:40 chr6 100964147 . G C 1606.79 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00457208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.326;QD=58.9646;RBI=0.0184233;REFB=-0.0658255;REVB=0.017847;RO=1;SAF=65;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111662;STB=0.505746;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=2.72001e-05;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:107:108:0.990826:42:65:0:1:43:65:0:1 chr6 101094554 . A G 356.31 PASS AF=0.513889;AO=32;DP=67;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0111252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.065;QD=19.7952;RBI=0.0228853;REFB=-0.0337297;REVB=0.0199992;RO=35;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984195;STB=0.527367;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0308438;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:35:35:32:37:0.513889:14:18:16:19:18:19:16:19 chr6 101166095 . G A 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0112984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.525;QD=17.239;RBI=0.014063;REFB=-0.014352;REVB=-0.00837346;RO=46;SAF=14;SAR=25;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16183;STB=0.585652;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0210486;OID=.;OPOS=101166095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:47:39:39:0.453488:25:14:24:22:25:14:24:23 chr6 102483356 . C A 650.57 PASS AF=0.572727;AO=63;DP=110;FAO=63;FDP=110;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0181495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.552;QD=23.6569;RBI=0.0361804;REFB=-0.0084687;REVB=0.0312988;RO=47;SAF=38;SAR=25;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404465;STB=0.522096;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.005429;OID=.;OPOS=102483356;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:47:47:63:63:0.572727:25:38:26:21:25:38:26:21 chr6 102503317 . G A 176.25 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00305118;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.852;QD=11.9488;RBI=0.00393741;REFB=-0.0208593;REVB=0.00248868;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221707;STB=0.644041;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0317071;OID=.;OPOS=102503317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:37:22:22:0.372881:8:14:16:21:8:14:15:22 chr6 105300262 . CA AA,AC,CAGA,CAGAA,GA 378.35 PASS AF=0,0,0.714286,0.0357143,0.25;AO=2,2,6,7,14;DP=31;FAO=0,0,20,1,7;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7,1,0;FSAR=0,0,13,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706591,-0.0214143,0.0111094,-0.00373655,0.0194069;FXX=0.0344709;HRUN=1,1,1,1,1;LEN=1,2,2,3,1;MLLD=86.0491,15.2128,133.398,131.351,55.6909;QD=54.0501;RBI=0.0102935,0.070815,0.0126685,0.00608793,0.0197631;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.00748525,0.0674995,0.00608877,0.00480636,0.00373547;RO=0;SAF=1,0,3,1,3;SAR=1,2,3,6,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,mnp,ins,ins,snp;VARB=0,0,-0.00146586,-0.00265154,-0.00219062;OID=.,.,.,.,.;OPOS=105300262,105300262,105300263,105300263,105300262;OREF=C,CA,-,-,C;OALT=A,AC,AG,AGA,G;OMAPALT=AA,AC,CAGA,CAGAA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/5:46:31:28:0:0:2,2,6,7,14:0,0,20,1,7:0,0,0.714286,0.0357143,0.25:1,2,3,6,11:1,0,3,1,3:0:0:0,0,13,0,7:0,0,7,1,0:0:0 chr6 105530994 . GTA G,GTG 156.91 PASS AF=0.257576,0.0757576;AO=15,4;DP=69;FAO=17,5;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=11,3;FSAR=6,2;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0154891,0.0481022;FXX=0.0294074;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=248.405,55.6518;QD=9.5095;RBI=0.0155263,0.0481219;REFB=-0.00278907,-0.00805156;REVB=0.00107434,0.00137629;RO=45;SAF=9,2;SAR=6,2;SRF=21;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.161904,0.0349213;STB=0.624118,0.60932;STBP=0.223,0.669;TYPE=del,snp;VARB=0.0159899,-0.0246649;OID=.,.;OPOS=105530995,105530996;OREF=TA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257576,0.0757576:15,4:69:17,5:66:44:11,3:6,2:21:23:99:45:9,2:6,2:21:24 chr6 106352263 . C T 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0167763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.149;QD=24.2041;RBI=0.0170196;REFB=-0.0123223;REVB=-0.00286742;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250434;STB=0.620308;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00736861;OID=.;OPOS=106352263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:11:12:18:18:0.6:10:8:9:2:10:8:9:3 chr6 106352349 . T C 709.31 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00907009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.865;QD=60.3669;RBI=0.110403;REFB=-0.0608706;REVB=0.11003;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170902;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00104821;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:47:1:1:45:46:0.978723:18:27:1:0:18:28:1:0 chr6 106555025 . G A 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0523673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0689;QD=22.7187;RBI=0.052424;REFB=-0.0170069;REVB=-0.00243945;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884995;STB=0.549928;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0146727;OID=.;OPOS=106555025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:4:5:6:8:4:5 chr6 106959961 . A G 34.79 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.059;QD=23.1903;RBI=0.0228754;REFB=-0.00828783;REVB=0.0108509;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0128689;OID=.;OPOS=106959961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr6 106959999 . C G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306256;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.696;QD=23.219;RBI=0.0594371;REFB=-0.0602367;REVB=0.0509395;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00228059;OID=.;OPOS=106959999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:2:3:0:0:2:3:1:0 chr6 106960039 . G A 70.21 PASS AF=0.6;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00560647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.526;QD=18.7232;RBI=0.0841056;REFB=0.0427633;REVB=0.0839186;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032898;STB=0.545355;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.0243003;OID=.;OPOS=106960039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:6:6:8:9:0.6:3:5:4:2:4:5:4:2 chr6 106960447 . G A 38.98 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0124179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2411;QD=11.9953;RBI=0.0222946;REFB=-0.0397897;REVB=-0.0185161;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0375812;OID=.;OPOS=106960447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr6 106967778 . T C 196.67 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0916073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.083;QD=18.2945;RBI=0.0924467;REFB=0.000329883;REVB=0.0124299;RO=23;SAF=4;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30382;STB=0.63985;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.000843192;OID=.;OPOS=106967778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:19:20:0.465116:15:4:11:12:15:5:11:12 chr6 106987370 . A C 1557.62 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129743;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.655;QD=59.9086;RBI=0.0295637;REFB=0;REVB=0.0265646;RO=0;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89973e-05;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:60:43:0:0:60:44:0:0 chr6 106992464 . A G 753.52 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00849908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.935;QD=61.5117;RBI=0.0253643;REFB=-0.00761821;REVB=0.0238979;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159482;STB=0.508471;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=8.68441e-05;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:29:19:0:1:29:19:0:1 chr6 107076783 . A T 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0251565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.681;QD=12.276;RBI=0.0252977;REFB=-0.0221869;REVB=0.00266862;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063212;STB=0.503718;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0284271;OID=.;OPOS=107076783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:10:7:13:19:10:7:13:19 chr6 107113715 . G A 411.53 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.036128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.212;QD=12.7605;RBI=0.0398625;REFB=-0.00789131;REVB=0.0168461;RO=79;SAF=33;SAR=16;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255525;STB=0.641964;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0108423;OID=.;OPOS=107113715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:79:80:49:49:0.379845:16:33:35:44:16:33:36:44 chr6 107388504 . C T 1287.26 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.566;QD=60.5769;RBI=0.0193329;REFB=0.0135238;REVB=-0.0104096;RO=1;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938023;STB=0.504949;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000138434;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:50:34:0:1:50:34:0:1 chr6 107391807 . G A 275.08 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0801111;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8682;QD=15.2819;RBI=0.0837368;REFB=0.00855824;REVB=0.0243734;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056375;STB=0.52559;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00891147;OID=.;OPOS=107391807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:42:41:31:31:0.430556:16:15:18:24:16:15:18:23 chr6 107420516 . A C 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0479679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.639;QD=10.2709;RBI=0.0479988;REFB=0.00185897;REVB=0.0017214;RO=35;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108587;STB=0.506485;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.00457949;OID=.;OPOS=107420516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:12:4:9:26:12:4:9:26 chr6 107475637 . C CT 55.21 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.110482;FXX=0.0185151;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.99767;QD=4.16655;RBI=0.137196;REFB=-0.110278;REVB=0.0813408;RO=40;SAF=15;SAR=5;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13754;STB=0.626238;STBP=0.189;TYPE=ins;VARB=0.132937;OID=.;OPOS=107475638;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377358:20:62:20:53:33:15:5:19:14:55:40:15:5:26:14 chr6 107565060 . T C 837.69 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0967884;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.606;QD=57.7716;RBI=0.0976213;REFB=0;REVB=0.0127251;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394522;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:30:28:0:0 chr6 108026146 . C T 420.77 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00171465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.406;QD=49.5017;RBI=0.036016;REFB=-0.127619;REVB=0.0359752;RO=3;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621254;STB=0.533312;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0026539;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:34:3:3:31:31:0.911765:21:10:0:3:21:10:0:3 chr6 108026317 . G T 1684.27 PASS AF=0.991228;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00790691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.924;QD=59.0973;RBI=0.0231769;REFB=-0.069273;REVB=0.0217865;RO=1;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784736;STB=0.504131;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000314672;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:114:1:1:111:113:0.991228:60:51:0:1:60:53:0:1 chr6 108026402 . A C 1267.99 PASS AF=0.955056;AO=84;DP=89;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0376717;FXX=0.0219756;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.344;QD=56.9883;RBI=0.0394528;REFB=-0.184465;REVB=0.0117202;RO=2;SAF=24;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114966;STB=0.502392;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000461817;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:89:89:2:4:84:85:0.955056:60:24:1:1:60:25:1:3 chr6 108026455 . A G 898.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.714;QD=57.9584;RBI=0.0247184;REFB=0;REVB=0.0038649;RO=0;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138819;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:44:17:0:0:45:17:0:0 chr6 108029109 . T C 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0727005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.022;QD=16.0652;RBI=0.0755572;REFB=-0.014307;REVB=-0.0205795;RO=24;SAF=2;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40445;STB=0.739169;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0157095;OID=.;OPOS=108029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:16:2:9:15:16:2:9:15 chr6 108233929 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0338888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.657;QD=14.6492;RBI=0.0644405;REFB=-0.0143392;REVB=-0.05481;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178685;STB=0.526279;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0211196;OID=.;OPOS=108233929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:19:14:14:0.424242:9:5:6:10:9:5:6:13 chr6 108277287 . C A 531.64 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0042019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.921;QD=18.6539;RBI=0.0144295;REFB=-0.0124356;REVB=-0.0138041;RO=54;SAF=23;SAR=33;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641504;STB=0.519594;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0151954;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:114:54:58:56:56:0.491228:33:23:26:28:33:23:26:32 chr6 108364582 . T C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0199223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.593;QD=12.0207;RBI=0.0224762;REFB=-0.0258671;REVB=-0.0104058;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216762;STB=0.512802;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0404414;OID=.;OPOS=108364582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:13:12:7:7:13:12 chr6 108573610 . T C 80.39 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0135283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.103;QD=16.9247;RBI=0.0137193;REFB=-0.00566803;REVB=0.00228142;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128055;STB=0.574318;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0033615;OID=.;OPOS=108573610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:4:5:4:6:4:5 chr6 108798498 . A G 331.38 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0242277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.198;QD=18.6693;RBI=0.0299889;REFB=-0.0234579;REVB=0.0176735;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012284;STB=0.506845;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0217669;OID=.;OPOS=108798498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:18:17:17:19:18:17:17:19 chr6 108882570 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0293887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.908;QD=12.0516;RBI=0.0338139;REFB=-0.0254897;REVB=0.0167238;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406226;STB=0.744113;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0319347;OID=.;OPOS=108882570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:8:5:7:2:8:5 chr6 109197379 . T C 141.42 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0119914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.322;QD=13.1554;RBI=0.0173744;REFB=-0.0276893;REVB=-0.0125729;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648571;STB=0.527824;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0312974;OID=.;OPOS=109197379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:27:16:16:0.372093:7:9:12:12:7:9:14:13 chr6 109233725 . T C 373.27 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0037759;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.432;QD=17.5658;RBI=0.0162161;REFB=-0.00602193;REVB=0.0157703;RO=45;SAF=9;SAR=30;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264625;STB=0.656692;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00720011;OID=.;OPOS=109233725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:45:46:39:39:0.458824:30:9:21:24:30:9:22:24 chr6 109283278 . C T 382.96 PASS AF=0.424528;AO=41;DP=103;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00598554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.5948;QD=14.4515;RBI=0.099627;REFB=-0.0113844;REVB=0.0994471;RO=61;SAF=24;SAR=17;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133799;STB=0.555531;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0164299;OID=.;OPOS=109283278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:61:61:41:45:0.424528:17:24:28:33:20:25:28:33 chr6 109583186 . A G 365.58 PASS AF=0.421569;AO=41;DP=101;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00446945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.761;QD=14.3363;RBI=0.0140914;REFB=0.0101055;REVB=-0.0133638;RO=59;SAF=20;SAR=21;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388478;STB=0.501824;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0132636;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:59:59:41:43:0.421569:21:20:29:30:22:21:29:30 chr6 109586062 . C T 439.67 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=112;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=14;FWDB=-0.00602811;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.203;QD=15.8439;RBI=0.0119538;REFB=-0.0248224;REVB=-0.0103226;RO=62;SAF=41;SAR=7;SRF=48;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141537;STB=0.583296;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0291891;OID=.;OPOS=109586062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:62:62:48:49:0.441441:7:41:48:14:7:42:48:14 chr6 109591433 . T C 68.79 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0652973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.829;QD=15.2874;RBI=0.0658676;REFB=-0.0145793;REVB=0.00864862;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207482;STB=0.565081;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00999583;OID=.;OPOS=109591433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:6:3:1:7:6:3:2:7 chr6 109674055 . C T 85.48 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0297152;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.617;QD=10.6849;RBI=0.0419863;REFB=-0.00692458;REVB=-0.0296625;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328926;STB=0.701714;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0123589;OID=.;OPOS=109674055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:32:21:21:11:11:0.34375:9:2:9:12:9:2:9:12 chr6 109689431 . A G 155.25 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00829046;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.399;QD=13.7995;RBI=0.0102828;REFB=-0.012076;REVB=-0.00608315;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671255;STB=0.521714;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0296967;OID=.;OPOS=109689431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:27:28:17:17:0.377778:6:11:19:8:6:11:19:9 chr6 109761437 . A G 249.57 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.00962642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.4391;QD=20.7978;RBI=0.0263752;REFB=-0.00132003;REVB=0.0245557;RO=24;SAF=2;SAR=22;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194119;STB=0.611003;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00476911;OID=.;OPOS=109761437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:22:2:4:20:22:2:4:20 chr6 109764535 . G T 110.2 PASS AF=0.40625;AO=10;DP=29;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0109086;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.206;QD=13.7751;RBI=0.01844;REFB=-0.0112659;REVB=-0.0148672;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264286;STB=0.653256;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0125679;OID=.;OPOS=109764535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:32:8:19:10:13:0.40625:4:6:2:6:7:6:4:15 chr6 109767930 . GC TT 605.63 PASS AF=0.585106;AO=52;DP=91;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0094888;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.633;QD=25.7715;RBI=0.0191074;REFB=-0.00952978;REVB=0.0165848;RO=38;SAF=18;SAR=34;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125331;STB=0.553733;STBP=0.228;TYPE=mnp;VARB=0.00603299;OID=.;OPOS=109767930;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:38:39:52:55:0.585106:34:18:19:19:35:20:19:20 chr6 109768295 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.028047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2181;QD=12.482;RBI=0.0513531;REFB=-0.0226337;REVB=0.0430174;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110534;STB=0.564867;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0275485;OID=.;OPOS=109768295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:13:6:5:7:13:6 chr6 109772866 . G A 185.59 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0134427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2199;QD=19.0347;RBI=0.023757;REFB=-0.0093836;REVB=-0.0195879;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266896;STB=0.515136;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00944497;OID=.;OPOS=109772866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:9:11:11:8:9:11 chr6 109775436 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00637324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.471;QD=11.1041;RBI=0.0321525;REFB=-0.0296011;REVB=-0.0315145;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695696;STB=0.542251;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0516264;OID=.;OPOS=109775436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:5:5:4:3:5:5 chr6 109827716 . C T 300.51 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0167408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8115;QD=24.5311;RBI=0.0355324;REFB=-0.0383302;REVB=-0.0313416;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143485;STB=0.579383;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0209384;OID=.;OPOS=109827716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:15:12:6:16:15:12:6:16 chr6 109885475 . G A 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0283534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.746;QD=16.8239;RBI=0.0291434;REFB=-0.0176633;REVB=-0.00673931;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257357;STB=0.631049;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0310133;OID=.;OPOS=109885475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:11:10:6:21:11:10:7:21 chr6 109886005 . T C 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00747027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.7864;QD=8.73702;RBI=0.00863316;REFB=0.0105633;REVB=0.00432742;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507976;STB=0.531181;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0239086;OID=.;OPOS=109886005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:8:12:5:4:8:12 chr6 109894773 . T A 60.21 PASS AF=0.257143;AO=8;DP=34;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.038487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.979;QD=6.88099;RBI=0.0392591;REFB=-0.0163285;REVB=-0.00774738;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348611;STB=0.7495;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.060702;OID=.;OPOS=109894773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:34:35:25:26:8:9:0.257143:3:5:8:17:3:6:8:18 chr6 109906342 . C T 92.41 PASS AF=0.2375;AO=5;DP=67;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0173269;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.878;QD=4.62032;RBI=0.0357294;REFB=-0.0153001;REVB=0.0312469;RO=54;SAF=1;SAR=4;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329939;STB=0.501318;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0776795;OID=.;OPOS=109906342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:67:80:54:61:5:19:0.2375:4:1:27:27:9:10:32:29 chr6 109954252 . C A,T 913.14 PASS AF=0.031746,0.968254;AO=3,60;DP=64;FAO=2,61;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=1,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062377,-0.00577348;FXX=0.0307645;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.721,76.9881;QD=57.9771;RBI=0.0120411,0.0320902;REFB=0,0;REVB=-0.0102995,-0.0315666;RO=0;SAF=1,22;SAR=2,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00989747,-0.00306853;OID=.,.;OPOS=109954252,109954252;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:64:63:0:0:3,60:2,61:0.031746,0.968254:2,38:1,22:0:0:1,39:1,22:0:0 chr6 109954518 . T C 121.54 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.103822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5833;QD=15.193;RBI=0.107878;REFB=-0.0224265;REVB=0.029304;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114896;STB=0.566911;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0661532;OID=.;OPOS=109954518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:7:11:10:4:7:11 chr6 110106234 . A G 297.95 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0120818;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.661;QD=15.6813;RBI=0.0177257;REFB=-0.0193515;REVB=-0.0129703;RO=43;SAF=23;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199326;STB=0.599937;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0274418;OID=.;OPOS=110106234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:43:33:33:0.434211:10:23:22:21:10:23:23:20 chr6 110107517 . T C 284.62 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0336651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7517;QD=15.5957;RBI=0.0380405;REFB=-0.0147063;REVB=-0.0177127;RO=40;SAF=20;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198338;STB=0.60547;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0205969;OID=.;OPOS=110107517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:12:20:17:23:12:20:18:23 chr6 110146303 . G A 171.95 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.106091;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.915;QD=12.5051;RBI=0.106094;REFB=-0.0289639;REVB=0.000782602;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241455;STB=0.557088;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0294878;OID=.;OPOS=110146303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:21:34:21:21:0.381818:13:8:3:18:13:8:16:18 chr6 110301661 . A G 464.8 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.375;QD=58.1003;RBI=0.0322312;REFB=0;REVB=0.0298111;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239445;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr6 110421361 . C T 670.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2015;QD=62.3394;RBI=0.0478882;REFB=0;REVB=-0.0365575;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78753e-05;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr6 110746526 . T C 1263.89 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0882;QD=60.9102;RBI=0.0162111;REFB=0;REVB=0.0141495;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203655;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr6 110746545 . T G 388.36 PASS AF=0.445652;AO=40;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00216548;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1328;QD=16.8853;RBI=0.0270217;REFB=-0.0175723;REVB=-0.0269348;RO=51;SAF=26;SAR=14;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239784;STB=0.623939;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0224929;OID=.;OPOS=110746545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:40:41:0.445652:14:26:21:30:15:26:21:30 chr6 110777767 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00633179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.669;QD=19.646;RBI=0.0228847;REFB=-0.0177242;REVB=-0.0219913;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124659;STB=0.571299;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0119061;OID=.;OPOS=110777767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:3:5:5:6:3:5 chr6 110777962 . A G 200.67 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0391157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1163;QD=14.082;RBI=0.0401879;REFB=-0.00745918;REVB=0.00922078;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284342;STB=0.511618;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00652302;OID=.;OPOS=110777962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:23:24:0.421053:14:9:13:20:15:9:13:20 chr6 110778128 . T C 228.19 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0100043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.291;QD=13.8295;RBI=0.0269956;REFB=-0.00585659;REVB=-0.0250734;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520592;STB=0.520533;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00959364;OID=.;OPOS=110778128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:15:12:15:23:15:12:16:23 chr6 110797702 . GCCG GCCC,GCG,GCGC 454.73 PASS AF=0.0512821,0.128205,0.820513;AO=2,7,3;DP=39;FAO=2,5,32;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5,8;FSAR=1,0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483094,0.149117,0.0604223;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=149.898,14.5213,26.2107;QD=46.639;RBI=0.124434,0.348758,0.174566;REFB=0,0,0;REVB=-0.114673,0.315271,-0.163776;RO=3;SAF=1,5,2;SAR=1,2,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.142842,0.21311,0.255936;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0901897,0.0398528,-0.033604;OID=.,.,.;OPOS=110797705,110797703,110797704;OREF=G,C,CG;OALT=C,-,GC;OMAPALT=GCCC,GCG,GCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0512821,0.128205,0.820513:2,7,3:39:2,5,32:39:0:1,5,8:1,0,24:0:0:11:3:1,5,2:1,2,1:1:2 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCCA 533.63 PASS AF=0.736842,0.263158;AO=25,9;DP=37;FAO=28,10;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8,5;FSAR=20,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513078,0.0464931;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=4,4;MLLD=139.611,116.886;QD=56.1716;RBI=0.057362,0.0503479;REFB=0,0;REVB=0.0256496,0.0193209;RO=0;SAF=5,5;SAR=20,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00268843,0.0229053;OID=.,.;OPOS=110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCCA;OMAPALT=CACC,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:73:37:38:0:0:25,9:28,10:0.736842,0.263158:20,4:5,5:0:0:20,5:8,5:0:0 chr6 110797713 . C T 300.42 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00830773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.867;QD=30.8122;RBI=0.0148651;REFB=-0.0240102;REVB=0.012327;RO=10;SAF=6;SAR=20;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278379;STB=0.624896;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0051249;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:10:13:26:26:0.666667:20:6:7:3:20:6:7:6 chr6 110964409 . G A 200.48 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0240986;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.743;QD=19.5588;RBI=0.0271981;REFB=-0.000676066;REVB=-0.0126092;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041964;STB=0.536549;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.000886559;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:21:20:20:0.487805:10:10:12:10:10:10:12:9 chr6 111280038 . C T 184.14 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.12338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.692;QD=21.663;RBI=0.123782;REFB=-0.0361979;REVB=0.00996997;RO=16;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431212;STB=0.579323;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0329585;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:15:18:19:0.558824:14:4:3:13:14:5:2:13 chr6 111283592 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9418;QD=45.8049;RBI=0.0866352;REFB=0;REVB=-0.0862935;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00290398;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr6 111587266 . T C 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00124554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.907;QD=12.3073;RBI=0.0102379;REFB=-0.0175915;REVB=0.0101619;RO=40;SAF=15;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276655;STB=0.52498;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0244375;OID=.;OPOS=111587266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:10:15:23:17:10:15:23:18 chr6 111589293 . A C 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00496397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.6912;QD=5.957;RBI=0.00662257;REFB=-0.0167845;REVB=-0.00438377;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637242;STB=0.541529;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0146711;OID=.;OPOS=111589293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:10:8:3:3:10:8 chr6 111620758 . G A 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00763709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.108;QD=9.91549;RBI=0.0136918;REFB=-0.00878731;REVB=-0.011364;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21557;STB=0.629974;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.031051;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:6:11:4:5:6:11 chr6 111695073 . C T 55.23 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0135643;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.909;QD=8.49713;RBI=0.0269566;REFB=-0.0237615;REVB=-0.0232953;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351281;STB=0.719432;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0300586;OID=.;OPOS=111695073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:27:26:18:18:8:8:0.307692:2:6:8:10:2:6:8:10 chr6 111695268 . C T 602.74 PASS AF=0.684211;AO=52;DP=77;FAO=52;FDP=76;FR=.;FRO=24;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0198834;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.851;QD=31.7233;RBI=0.0198951;REFB=-0.0274181;REVB=-0.00068105;RO=24;SAF=32;SAR=20;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058222;STB=0.531441;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0138684;OID=.;OPOS=111695268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:24:24:52:52:0.684211:20:32:17:7:20:32:17:7 chr6 111695887 . G A 92.39 PASS AF=0.733333;AO=3;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0247214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.196;QD=24.6384;RBI=0.0310068;REFB=-0.0333768;REVB=0.0187156;RO=3;SAF=3;SAR=0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.712642;STB=0.555457;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0131536;OID=.;OPOS=111695887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:15:15:3:4:3:11:0.733333:0:3:1:2:6:5:1:3 chr6 111696257 . G A 483.77 PASS AF=0.505376;AO=46;DP=94;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0126422;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0695;QD=20.8072;RBI=0.0166085;REFB=-0.0130915;REVB=-0.010771;RO=48;SAF=23;SAR=23;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134412;STB=0.570219;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0130549;OID=.;OPOS=111696257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:48:46:46:47:0.505376:23:23:17:31:24:23:16:30 chr6 111696852 . T C 155.53 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0529157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8404;QD=15.1738;RBI=0.0552563;REFB=-0.00448875;REVB=0.0159119;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373035;STB=0.712107;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0110572;OID=.;OPOS=111696852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:10:7:19:5:10:7:19:5 chr6 111901453 . G T 504.72 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.223;QD=56.0803;RBI=0.0106469;REFB=-0.0842526;REVB=-0.00110286;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000269126;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:35:36:1:1:34:35:0.972222:20:14:1:0:21:14:1:0 chr6 112393272 . GT G 33.01 PASS AF=0.291667;AO=4;DP=23;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0783911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.9284;QD=5.5018;RBI=0.0849422;REFB=-0.010408;REVB=-0.032711;RO=16;SAF=4;SAR=0;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.490566;SSSB=0.666655;STB=0.678486;STBP=0.291;TYPE=del;VARB=-0.00271885;OID=.;OPOS=112393273;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:4:23:7:24:17:5:2:8:9:33:16:4:0:8:8 chr6 112457390 . C T 317.91 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0105742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.226;QD=15.5079;RBI=0.0262224;REFB=-0.0123753;REVB=-0.0239959;RO=47;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987491;STB=0.555603;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0183909;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:19:16:17:30:19:16:17:30 chr6 112471688 . G C 318.58 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.0376968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5354;QD=15.5403;RBI=0.0422816;REFB=-0.0254725;REVB=0.0191491;RO=47;SAF=26;SAR=9;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254366;STB=0.51438;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0484807;OID=.;OPOS=112471688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:9:26:34:13:9:26:34:13 chr6 112493872 . A G 1970.79 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.188;QD=62.0722;RBI=0.0137084;REFB=0;REVB=0.000949512;RO=0;SAF=71;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.10972e-06;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:56:71:0:0:56:71:0:0 chr6 112508769 . TG GT 291.54 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737301;FXX=0.0806322;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.714;QD=20.4588;RBI=0.128442;REFB=0;REVB=0.105173;RO=0;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00393615;OID=.;OPOS=112508769;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:57:0:0:61:57:1:44:17:0:0:44:13:0:0 chr6 112512905 . G A 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00687906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.018;QD=17.5004;RBI=0.00742809;REFB=0.001938;REVB=0.00280267;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120468;STB=0.558694;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.00227251;OID=.;OPOS=112512905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:11:15:12:15:11:15:13:15 chr6 116262976 . G A,T 462.8 PASS AF=0.941176,0.0294118;AO=31,2;DP=34;FAO=32,1;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14,1;FSAR=18,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00832221,-0.0105155;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.697,41.2266;QD=54.4468;RBI=0.0115191,0.0380482;REFB=-0.0937971,-0.0399034;REVB=-0.00796433,-0.0365663;RO=0;SAF=13,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.33668e-08,0;STB=0.517231,0.5;STBP=0.308,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00319633,0.0270088;OID=.,.;OPOS=116262976,116262976;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:34:34:0:1:31,2:32,1:0.941176,0.0294118:18,0:13,2:0:0:18,0:14,1:1:0 chr6 116263181 . T C 415.94 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202326;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.598;QD=57.3705;RBI=0.0694579;REFB=0;REVB=0.0664458;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349753;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr6 116264301 . C A 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0146375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.596;QD=11.3235;RBI=0.0171419;REFB=-0.00372678;REVB=0.00892114;RO=40;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117796;STB=0.577677;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00597245;OID=.;OPOS=116264301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:41:23:23:0.359375:15:8:18:22:15:8:19:22 chr6 116325142 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.71;QD=59.4356;RBI=0.00459702;REFB=0;REVB=-0.000507473;RO=0;SAF=6;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32324e-05;OID=.;OPOS=116325142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:29:6:0:0:29:6:0:0 chr6 116499416 . A G 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0442471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2952;QD=13.911;RBI=0.0455157;REFB=0.00312126;REVB=0.0106711;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525772;STB=0.537514;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00384175;OID=.;OPOS=116499416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:8:13:20:10:8:13:21:10 chr6 116571255 . G A 491.67 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.33;QD=57.8434;RBI=0.0359567;REFB=0;REVB=-0.0314491;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002732;OID=.;OPOS=116571255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:15:19:0:0 chr6 116574455 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0153129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2021;QD=13.5052;RBI=0.0319205;REFB=-0.00622687;REVB=0.0280077;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129894;STB=0.575637;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0120233;OID=.;OPOS=116574455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:5:12:7:5:5:12 chr6 116575083 . C A 962.77 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.446;QD=57.4787;RBI=0.0952819;REFB=-0.0368995;REVB=0.0282334;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171739;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704827;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:1:0:65:67:1:38:27:1:0:38:29:0:0 chr6 116599665 . T C 85.43 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00350211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.075;QD=6.57129;RBI=0.00757896;REFB=0.00780453;REVB=-0.0067213;RO=40;SAF=9;SAR=3;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393825;STB=0.524957;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0396931;OID=.;OPOS=116599665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:3:9:29:11:3:9:29:11 chr6 116600465 . T C,TCAC 139.48 PASS AF=0.1,0.7;AO=2,11;DP=20;FAO=2,14;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=2,4;FSAR=0,10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.096362,-0.0670809;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=40.0104,194.175;QD=27.8961;RBI=0.0987068,0.0729297;REFB=-0.0606625,-0.0229622;REVB=-0.0213869,0.0286163;RO=6;SAF=2,2;SAR=0,9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.562437,-0.364473;STB=0.993343,0.555473;STBP=0.282,0.45;TYPE=snp,ins;VARB=-0.000468308,0.0162604;OID=.,.;OPOS=116600465,116600466;OREF=T,-;OALT=C,CAC;OMAPALT=C,TCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:20:20:6:4:2,11:2,14:0.1,0.7:0,9:2,2:4:2:0,10:2,4:2:2 chr6 116600774 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.716;QD=43.4862;RBI=0.0276529;REFB=0;REVB=0.0233661;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236682;OID=.;OPOS=116600774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr6 116600810 . G A 223.52 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7827;QD=49.6716;RBI=0.113805;REFB=0;REVB=0.100148;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00521728;OID=.;OPOS=116600810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:7:9:0:0:9:9:0:0 chr6 116757557 . T C 220.33 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5442;QD=48.963;RBI=0.0783361;REFB=0;REVB=-0.00160247;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242523;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr6 116783330 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0198147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.51;QD=17.8275;RBI=0.0373174;REFB=-0.00518626;REVB=0.0316223;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125863;STB=0.571321;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00627786;OID=.;OPOS=116783330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:10:2:1:10:10:2:1:10 chr6 116875427 . G A 1993.16 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.978;QD=61.8033;RBI=0.0571785;REFB=0;REVB=0.0286541;RO=1;SAF=55;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43835e-05;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:1:0:128:129:1:73:55:1:0:73:56:0:0 chr6 116875493 . T C 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00202866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0007;QD=14.3344;RBI=0.0199028;REFB=0.0167129;REVB=0.0197991;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110385;STB=0.563958;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0232921;OID=.;OPOS=116875493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:11:15:8:9:11:15 chr6 116879210 . G A 305.18 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=107;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.00283664;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1078;QD=11.5162;RBI=0.00384696;REFB=-0.0171858;REVB=0.00259857;RO=68;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573237;STB=0.532844;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0230787;OID=.;OPOS=116879210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:68:68:38:38:0.358491:21:17:27:41:21:17:27:41 chr6 116950734 . G A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0301923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2334;QD=6.52628;RBI=0.0302598;REFB=0.00307672;REVB=-0.00201899;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257095;STB=0.666173;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0113539;OID=.;OPOS=116950734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:10:10:2:5:10:10 chr6 116950833 . T C 151.07 PASS AF=0.473684;AO=16;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0327256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6526;QD=15.902;RBI=0.0327322;REFB=-0.0316156;REVB=-0.000656419;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124711;STB=0.550843;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0554483;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:16:18:0.473684:8:8:7:12:10:8:7:13 chr6 116973182 . T C 329.77 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00203755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2352;QD=15.7033;RBI=0.0166811;REFB=0.013562;REVB=0.0165562;RO=48;SAF=19;SAR=17;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780892;STB=0.543976;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.01173;OID=.;OPOS=116973182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:17:19:29:19:17:19:29:19 chr6 116988211 . C T 196.38 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00015169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.057;QD=18.2677;RBI=0.087717;REFB=0.00308181;REVB=0.0877168;RO=23;SAF=16;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353049;STB=0.703072;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.000714222;OID=.;OPOS=116988211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:4:16:11:12:4:16:11:12 chr6 117113653 . T C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0273014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.691;QD=22.1433;RBI=0.0854412;REFB=-0.0250557;REVB=0.0809619;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367533;STB=0.705432;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0384487;OID=.;OPOS=117113653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:11:2:11:6:11:2 chr6 117114025 . G A 146.54 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0524204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0976;QD=27.9125;RBI=0.0524869;REFB=0.00155783;REVB=0.00264172;RO=6;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681464;STB=0.537767;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00213591;OID=.;OPOS=117114025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:4:11:5:1:4:11:5:1 chr6 117114223 . T A 119.52 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00313902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2977;QD=13.6594;RBI=0.0113292;REFB=-0.000462469;REVB=0.0108857;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494203;STB=0.528884;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00206;OID=.;OPOS=117114223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:10:11:8:6:10:11 chr6 117114403 . G A 357.63 PASS AF=0.571429;AO=34;DP=62;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0731102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3522;QD=22.7067;RBI=0.0732051;REFB=-0.0227055;REVB=-0.00372619;RO=27;SAF=13;SAR=21;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745658;STB=0.553988;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00792942;OID=.;OPOS=117114403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:27:27:34:36:0.571429:21:13:8:19:21:15:8:19 chr6 117121894 . G A 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.836;QD=63.2833;RBI=0.00786482;REFB=0;REVB=-0.00323463;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61223e-05;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr6 117130704 . G A 315.55 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0150163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.933;QD=24.2731;RBI=0.039003;REFB=0.00670841;REVB=0.0359964;RO=21;SAF=10;SAR=21;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122273;STB=0.567523;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00274638;OID=.;OPOS=117130704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:21:10:10:11:21:10:10:11 chr6 117243260 . T C 1328.36 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.738;QD=61.7844;RBI=0.0197062;REFB=0;REVB=0.0148388;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14765e-05;OID=.;OPOS=117243260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:46:39:0:0:46:40:0:0 chr6 117244374 . T C 1214.57 PASS AF=0.988235;AO=79;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0459873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.955;QD=57.1561;RBI=0.0665268;REFB=-0.0109465;REVB=0.0480727;RO=4;SAF=20;SAR=59;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857458;STB=0.510636;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000767011;OID=.;OPOS=117244374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:85:85:4:1:79:84:0.988235:59:20:4:0:61:23:1:0 chr6 117246719 . C T 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.737;QD=58.237;RBI=0.0517125;REFB=0;REVB=0.00972019;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108074;OID=.;OPOS=117246719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr6 117248218 . T C 681.88 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.635;QD=61.9892;RBI=0.0342645;REFB=0;REVB=0.034227;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131252;OID=.;OPOS=117248218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:19:23:0:0:20:24:0:0 chr6 117252672 . C A 381.45 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0377732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3538;QD=52.6137;RBI=0.0915434;REFB=-0.0283835;REVB=-0.0833869;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00912847;OID=.;OPOS=117252672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:1:0:15:13:1:0 chr6 117650532 . C G 283.94 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00566857;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.756;QD=14.5609;RBI=0.00592394;REFB=-0.0100503;REVB=0.00172059;RO=42;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134109;STB=0.599938;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0145844;OID=.;OPOS=117650532;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:46:32:32:0.410256:14:18:18:24:14:18:18:28 chr6 117725578 . T A 753.47 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.606;QD=61.5077;RBI=0.0238692;REFB=0.155306;REVB=-0.0186669;RO=1;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025408;STB=0.512815;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000989127;OID=.;OPOS=117725578;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:18:29:0:1:19:29:0:1 chr6 117730819 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.638;QD=57.1768;RBI=0.039811;REFB=0;REVB=0.0218868;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110227;OID=.;OPOS=117730819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr6 117842759 . CTG C 413.84 PASS AF=0.477778;AO=40;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00114355;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.739;QD=18.3927;RBI=0.00139927;REFB=0.00411931;REVB=-0.00080637;RO=47;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175993;STB=0.502617;STBP=0.962;TYPE=del;VARB=-0.00435782;OID=.;OPOS=117842760;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477778:40:89:43:90:47:19:24:21:26:99:47:18:22:22:25 chr6 117869491 . G A 251.62 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0151304;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.918;QD=17.0592;RBI=0.042443;REFB=-0.0259136;REVB=-0.0396545;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218981;STB=0.512306;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0358096;OID=.;OPOS=117869491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:31:31:28:28:0.474576:16:12:14:17:16:12:14:17 chr6 119149149 . C G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.394;QD=57.1062;RBI=0.0182746;REFB=0;REVB=0.00871386;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20913e-05;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr6 119150218 . T A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00438445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.385;QD=13.0888;RBI=0.0177986;REFB=-0.0166149;REVB=-0.0172502;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329526;STB=0.519264;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0245528;OID=.;OPOS=119150218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:7:9:16:11:7:9:16:11 chr6 119327632 . C T 239.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0264523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0499;QD=14.3244;RBI=0.0633444;REFB=-0.00527868;REVB=-0.0575569;RO=38;SAF=20;SAR=8;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366108;STB=0.515453;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00459913;OID=.;OPOS=119327632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:39:28:28:0.41791:8:20:26:12:8:20:27:12 chr6 119379118 . G A 185.26 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.056675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6014;QD=12.3504;RBI=0.0727938;REFB=-0.0177958;REVB=-0.0456824;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181717;STB=0.604229;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0245954;OID=.;OPOS=119379118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:11:12:13:24:11:12:13:24 chr6 119510941 . C A 1324.45 PASS AF=0.936842;AO=89;DP=95;FAO=89;FDP=95;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00677838;FXX=0.0104156;HRUN=6;LEN=1;MLLD=101.409;QD=55.7664;RBI=0.00719461;REFB=-0.0971426;REVB=-0.00241164;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.501779;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.000662189;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:95:95:0:6:89:89:0.936842:47:42:0:0:47:42:3:3 chr6 120583498 . G A 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0137281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.323;QD=8.23034;RBI=0.0470605;REFB=-0.00199858;REVB=-0.0450136;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420835;STB=0.756281;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000250914;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:3:7:8:17:3:7:8:17 chr6 120583501 . T G 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0226571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.001;QD=8.23034;RBI=0.0227613;REFB=0.00223141;REVB=0.0021759;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420835;STB=0.756281;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00643849;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:3:7:8:17:3:7:8:17 chr6 120583509 . A G 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0168208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.168;QD=8.81139;RBI=0.018203;REFB=-0.00445149;REVB=0.00695771;RO=23;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388743;STB=0.736389;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0175733;OID=.;OPOS=120583509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:3:7:8:15:3:7:8:15 chr6 120583521 . A T 73.41 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00451175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.532;QD=9.47242;RBI=0.0359412;REFB=0.000760583;REVB=-0.0356569;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395634;STB=0.738674;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0121696;OID=.;OPOS=120583521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:7:14:3:7:7:14 chr6 120583526 . C G 63.71 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0203822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.366;QD=9.10131;RBI=0.0204254;REFB=-0.0111608;REVB=0.00132838;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323733;STB=0.697248;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00657993;OID=.;OPOS=120583526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:7:12:3:6:7:12 chr6 120583533 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.986;QD=12.7296;RBI=0.0224235;REFB=-0.00038897;REVB=-0.00379509;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453824;STB=0.764191;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-7.69334e-05;OID=.;OPOS=120583533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:2:10:3:6:2:10 chr6 121451095 . C T 117.42 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0916054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1044;QD=21.3485;RBI=0.0928602;REFB=0.0625939;REVB=-0.015214;RO=9;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29985;STB=0.67316;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0407677;OID=.;OPOS=121451095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:11:2:4:5:11:2:4:5 chr6 121577370 . T C 456.17 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00815284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.836;QD=20.2743;RBI=0.0206608;REFB=-0.0265839;REVB=0.0189842;RO=45;SAF=23;SAR=22;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804353;STB=0.544535;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0202845;OID=.;OPOS=121577370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:22:23:27:18:22:23:27:18 chr6 121602785 . T A 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0250241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1005;QD=14.7338;RBI=0.0274136;REFB=-0.0144214;REVB=0.0111938;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282918;STB=0.659681;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0175679;OID=.;OPOS=121602785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:16:11:25:11:16:11:25:11 chr6 121602795 . C T 178.98 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0178729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.796;QD=12.5603;RBI=0.0266096;REFB=-0.00509459;REVB=-0.0197137;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230583;STB=0.632535;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0113237;OID=.;OPOS=121602795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:13:9:22:13:13:9:22:13 chr6 121620608 . G T 372.6 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.004;QD=55.2003;RBI=0.0535949;REFB=0;REVB=0.0163042;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275859;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:18:7:0:0:18:9:0:0 chr6 121625945 . A G 54.31 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00745984;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.042;QD=8.6893;RBI=0.0210308;REFB=-0.0101505;REVB=0.0196633;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292508;STB=0.679182;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0175364;OID=.;OPOS=121625945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:6:11:3:5:6:11 chr6 121632008 . T A 1080.44 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8019;QD=60.0245;RBI=0.0209397;REFB=0;REVB=0.0167374;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243064;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr6 121638666 . G A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0150549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.558;QD=15.6538;RBI=0.0168538;REFB=-0.0379752;REVB=-0.00757627;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070653;STB=0.503997;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0482496;OID=.;OPOS=121638666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:14:12:15:17:14:12:15:17 chr6 121638682 . G A 242.12 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0243864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.542;QD=16.1415;RBI=0.0251722;REFB=-0.0290541;REVB=-0.00624017;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591833;STB=0.53331;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0389526;OID=.;OPOS=121638682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:31:32:27:28:0.466667:14:13:13:18:14:14:14:18 chr6 121642790 . T C 395.56 PASS AF=0.432692;AO=44;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0558311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2262;QD=15.2139;RBI=0.0559558;REFB=0.00705081;REVB=-0.00373346;RO=60;SAF=30;SAR=14;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162966;STB=0.575308;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00908615;OID=.;OPOS=121642790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:59:44:45:0.432692:14:30:32:28:15:30:32:27 chr6 121642916 . C T 219.97 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0868869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.339;QD=14.1916;RBI=0.0869149;REFB=-0.0212961;REVB=-0.00220802;RO=36;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063253;STB=0.536054;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0268292;OID=.;OPOS=121642916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:16:10:16:20:16:10:16:20 chr6 121675600 . T C 211.31 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0380882;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.9184;QD=12.0746;RBI=0.061721;REFB=-0.00683532;REVB=0.0485672;RO=44;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120221;STB=0.568915;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0172542;OID=.;OPOS=121675600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:44:44:26:26:0.371429:15:11:14:30:15:11:14:30 chr6 123066514 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.586;QD=64.4153;RBI=0.0313025;REFB=0;REVB=0.0271753;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86758e-05;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr6 123066585 . G A 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4118;QD=51.1735;RBI=0.00936467;REFB=0;REVB=-0.00704172;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57182e-05;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr6 123101646 . GA G,GG 328.71 PASS AF=1,0;AO=16,6;DP=26;FAO=25,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0065033,-0.0114038;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=237.809,229.937;QD=52.5931;RBI=0.0756532,0.0744604;REFB=0,0;REVB=0.0753732,0.073582;RO=3;SAF=6,3;SAR=10,3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118981,0.28674;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00145386,0.0155868;OID=.,.;OPOS=123101647,123101647;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,6:26:25,0:25:0:10,0:15,0:0:0:4:3:6,3:10,3:0:3 chr6 123594510 . T TA 628.5 PASS AF=0.543933;AO=105;DP=276;FAO=130;FDP=239;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=103;FSRF=35;FSRR=74;FWDB=0.102733;FXX=0.0123962;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.2192;QD=10.5188;RBI=0.103157;REFB=-0.0336403;REVB=-0.00935178;RO=161;SAF=21;SAR=84;SRF=55;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203297;STB=0.571954;STBP=0.031;TYPE=ins;VARB=0.0219035;OID=.;OPOS=123594511;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.543933:105:276:130:239:109:27:103:35:74:99:161:21:84:55:106 chr6 123658825 . G T 3703.16 PASS AF=1;AO=235;DP=239;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.03259e-05;FXX=0.0125518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.573;QD=62.7654;RBI=0.00180655;REFB=-0.0675859;REVB=-0.00180519;RO=1;SAF=110;SAR=125;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431287;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775391;OID=.;OPOS=123658825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:239:236:1:0:235:236:1:125:110:1:0:125:111:0:0 chr6 123687288 . A C 1550.78 PASS AF=0.955357;AO=106;DP=115;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.032729;FXX=0.0260847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.554;QD=55.385;RBI=0.0329662;REFB=-0.0268496;REVB=0.00394748;RO=2;SAF=69;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135572;STB=0.511849;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00277516;OID=.;OPOS=123687288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:115:112:2:5:106:107:0.955357:37:69:2:0:38:69:2:3 chr6 123702499 . G A 1246.89 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.231;QD=61.5747;RBI=0.0389418;REFB=0;REVB=0.0380783;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106285;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:28:52:0:0:29:52:0:0 chr6 123758492 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.121;QD=62.3508;RBI=0.0307183;REFB=0;REVB=0.0296458;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33502e-05;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr6 123833457 . G C 1102.22 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257678;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.555;QD=60.3954;RBI=0.0351347;REFB=0;REVB=0.0238844;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9795e-05;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr6 124603378 . A G 162.85 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0116838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.4;QD=13.0281;RBI=0.0122725;REFB=-0.0285568;REVB=-0.00375545;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00471816;STB=0.502759;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0437862;OID=.;OPOS=124603378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:13:5:9:23:13:5:9:23 chr6 124603390 . A G 137.09 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.072044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.965;QD=11.1913;RBI=0.0734059;REFB=-0.00257314;REVB=0.0140741;RO=32;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881381;STB=0.545395;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00289804;OID=.;OPOS=124603390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:16:16:0.326531:12:4:10:22:12:4:10:23 chr6 125284457 . T C 1162.81 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079556;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.056;QD=61.2008;RBI=0.0465042;REFB=0;REVB=0.0458186;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102447;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr6 125573194 . A G 320.44 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00586326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.302;QD=28.4833;RBI=0.0205327;REFB=-0.0509189;REVB=-0.0196777;RO=13;SAF=12;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830324;STB=0.529391;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0253826;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:13:17:27:28:0.622222:15:12:4:9:16:12:6:11 chr6 126210395 . T G 114.95 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7717;QD=41.7997;RBI=0.0350767;REFB=0;REVB=-0.0293957;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00205992;OID=.;OPOS=126210395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr6 126250385 . GTTTTTTTTTTTTT GTTTTTTTTTTAAA,GTTTTTTTTTTTAA 208.43 PASS AF=0.333333,0.47619;AO=3,2;DP=21;FAO=7,10;FDP=21;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=6,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414261,-0.0494755;FXX=0;HRUN=13,13;LEN=3,2;MLLD=16.0711,16.5767;QD=39.7011;RBI=0.0860381,0.126736;REFB=0,0;REVB=-0.0754085,-0.116679;RO=0;SAF=1,1;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0632861,-0.0984085;OID=.,.;OPOS=126250396,126250397;OREF=TTT,TT;OALT=AAA,AA;OMAPALT=GTTTTTTTTTTAAA,GTTTTTTTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.47619:3,2:21:7,10:21:0:1,3:6,7:0:0:14:0:1,1:2,1:0:0 chr6 126278230 . G C 805.59 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796781;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4282;QD=57.5419;RBI=0.0264198;REFB=0;REVB=-0.0251897;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128994;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr6 127476516 . G A 195.89 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0631939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6466;QD=17.8077;RBI=0.067744;REFB=-0.040204;REVB=-0.0244085;RO=24;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149279;STB=0.585221;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0442662;OID=.;OPOS=127476516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:13:7:12:12:13:7:12:12 chr6 127609691 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.986;QD=19.1341;RBI=0.00577714;REFB=0.0682324;REVB=0.00577714;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00626903;OID=.;OPOS=127609691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:5:0:0:2:5:0:0:2 chr6 127768472 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.482;QD=57.2002;RBI=0.0428437;REFB=0;REVB=-0.0166055;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239958;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr6 127797179 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.042;QD=59.435;RBI=0.0621664;REFB=0;REVB=0.0581853;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366407;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr6 127797374 . G A 1247.37 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156806;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2884;QD=61.5987;RBI=0.00664214;REFB=0;REVB=-0.0064544;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250575;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr6 127898417 . GC CG 42.27 PASS AF=0.2;AO=24;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0114436;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=25.8025;QD=2.25461;RBI=0.0858819;REFB=-0.0262623;REVB=-0.0851161;RO=45;SAF=22;SAR=2;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.700418;STB=0.931073;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.185593;OID=.;OPOS=127898417;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:75:75:45:60:24:15:0.2:2:22:14:31:1:14:24:36 chr6 128388799 . G T 271.75 PASS AF=0.402597;AO=32;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0250498;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=69.1166;QD=14.1168;RBI=0.0286901;REFB=-0.0118378;REVB=-0.0139869;RO=38;SAF=8;SAR=24;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080489;STB=0.502182;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.066513;OID=.;OPOS=128388799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:46:32:31:0.402597:24:8:12:26:23:8:12:34 chr6 128403745 . A G 223.0 PASS AF=0.318182;AO=29;DP=90;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0587126;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3732;QD=10.1362;RBI=0.0627232;REFB=-0.0165423;REVB=0.022069;RO=61;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143262;STB=0.579153;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0395937;OID=.;OPOS=128403745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:61:60:29:28:0.318182:15:14:22:39:15:13:21:39 chr6 129381026 . C A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.819;QD=63.872;RBI=0.0100024;REFB=0;REVB=0.00601302;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14403e-05;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr6 129612808 . A G 300.36 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00217494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.501;QD=24.5189;RBI=0.00699872;REFB=-0.00822955;REVB=0.0066522;RO=22;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142667;STB=0.579599;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00630491;OID=.;OPOS=129612808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:19:8:10:12:19:8:10:12 chr6 129722389 . A G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.561;QD=52.7699;RBI=0.029739;REFB=0.0342177;REVB=0.0211372;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032084;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-7.4183e-05;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:1:0:14:14:1:0 chr6 129722425 . G A 375.77 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.838;QD=55.67;RBI=0.0119387;REFB=0;REVB=-0.011419;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354914;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:1:0:25:27:1:14:11:1:0:15:12:0:0 chr6 129807629 . C T 206.83 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00517866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.587;QD=17.2356;RBI=0.0236564;REFB=-0.0175436;REVB=-0.0230826;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780774;STB=0.544512;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0175416;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:15:12:11:10:15:12 chr6 129807699 . G C 232.43 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0116294;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.418;QD=18.2297;RBI=0.0179809;REFB=-0.00443025;REVB=-0.0137138;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147764;STB=0.590478;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00372894;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:24:25:0.490196:14:10:15:11:15:10:15:11 chr6 129807714 . G A 209.65 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0062876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.909;QD=18.6354;RBI=0.00663604;REFB=-0.0242588;REVB=0.00212205;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652453;STB=0.538425;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0220116;OID=.;OPOS=129807714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:24:21:21:0.466667:12:9:11:11:12:9:12:12 chr6 129905249 . A G 222.05 PASS AF=0.478261;AO=16;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0972177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0902;QD=19.309;RBI=0.102471;REFB=0.000312411;REVB=0.0323883;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351816;STB=0.71115;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00752833;OID=.;OPOS=129905249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:16:22:0.478261:8:8:4:20:9:13:4:20 chr6 130031215 . T C 452.08 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0041758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9979;QD=19.4443;RBI=0.0308433;REFB=-0.0151282;REVB=0.0305593;RO=45;SAF=26;SAR=19;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809511;STB=0.552608;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0148507;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:48:45:45:0.483871:19:26:22:23:18:27:24:24 chr6 130374102 . C A 86.18 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0240592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6536;QD=12.3112;RBI=0.0879969;REFB=0.00442282;REVB=-0.084644;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304135;STB=0.666349;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0148543;OID=.;OPOS=130374102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:16:17:11:11:0.392857:8:3:9:7:8:3:9:8 chr6 130381246 . T C 350.14 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.000623968;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.549;QD=17.08;RBI=0.0194987;REFB=-0.0202506;REVB=0.0194887;RO=44;SAF=12;SAR=25;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135737;STB=0.564261;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0202811;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:37:38:0.463415:25:12:20:24:25:13:20:24 chr6 130537005 . G A 272.1 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0219625;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.67;QD=19.0946;RBI=0.0219889;REFB=-0.015658;REVB=-0.00107726;RO=28;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142088;STB=0.507931;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0131781;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:16:13:13:15:16:13:13:15 chr6 131148737 . G A 504.5 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0123859;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.211;QD=17.1017;RBI=0.0127241;REFB=-0.0160751;REVB=0.002914;RO=63;SAF=26;SAR=28;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513764;STB=0.532439;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0195965;OID=.;OPOS=131148737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:63:64:54:54:0.457627:28:26:27:36:28:26:27:37 chr6 131156102 . G T 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00123058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.852;QD=12.4135;RBI=0.00688928;REFB=-0.0122229;REVB=-0.00677849;RO=37;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784809;STB=0.545151;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0194875;OID=.;OPOS=131156102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:12:11:15:22:12:11:15:22 chr6 131160876 . G T 851.65 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.598;QD=57.7393;RBI=0.0621939;REFB=0;REVB=0.0621454;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1392e-05;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:28:31:0:0 chr6 131520655 . G A,T 719.27 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=45,5;DP=51;FAO=48,4;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=17,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900143,0.00533229;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.169,110.453;QD=55.3282;RBI=0.0393846,0.0262139;REFB=0,0;REVB=-0.0383422,-0.0256659;RO=0;SAF=28,1;SAR=17,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000376952,0.0487772;OID=.,.;OPOS=131520655,131520655;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:51:52:0:0:45,5:48,4:0.923077,0.0769231:17,4:28,1:0:0:17,4:31,0:0:0 chr6 131995313 . A G 389.09 PASS AF=0.386555;AO=45;DP=118;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.00484408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.679;QD=13.0786;RBI=0.0259452;REFB=-0.00894307;REVB=0.025489;RO=71;SAF=26;SAR=19;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466195;STB=0.519222;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0146859;OID=.;OPOS=131995313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:71:73:45:46:0.386555:19:26:38:33:20:26:39:34 chr6 132022419 . G A 82.3 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0209909;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.289;QD=17.3266;RBI=0.0254191;REFB=-0.0241918;REVB=-0.0143357;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144541;STB=0.518481;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0113678;OID=.;OPOS=132022419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:19:6:9:10:10:0.526316:7:3:3:3:7:3:3:6 chr6 132141692 . A T 217.88 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.014421;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.653;QD=22.3461;RBI=0.0160229;REFB=-0.0319538;REVB=0.00698341;RO=18;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00803271;STB=0.5045;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0259333;OID=.;OPOS=132141692;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:18:21:21:0.538462:15:6:5:13:15:6:5:13 chr6 132204889 . A T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0220256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.808;QD=9.10001;RBI=0.024121;REFB=-0.00145364;REVB=-0.00983339;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133986;STB=0.583135;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00185439;OID=.;OPOS=132204889;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:6:13:7:2:6:13 chr6 132212742 . A C 288.82 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00893794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.115;QD=13.5913;RBI=0.00896036;REFB=-0.00337665;REVB=-0.000633487;RO=52;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438526;STB=0.524985;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0050202;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:19:14:20:32:19:14:20:32 chr6 132212808 . C T 150.35 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0221465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.168;QD=12.2734;RBI=0.0221468;REFB=0.00766912;REVB=0.000113874;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183082;STB=0.61328;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00952319;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:10:7:8:23:10:7:8:24 chr6 132271951 . TG CC,TC 556.42 PASS AF=0.0789474,0.921053;AO=3,30;DP=36;FAO=3,35;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=3,19;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020992,0.0404827;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=36.987,56.312;QD=58.5705;RBI=0.0293653,0.0793635;REFB=0,0;REVB=0.0205343,0.068262;RO=0;SAF=3,16;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0221713,-7.78545e-06;OID=.,.;OPOS=132271951,132271952;OREF=TG,G;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:36:38:0:0:3,30:3,35:0.0789474,0.921053:0,14:3,16:0:0:0,16:3,19:0:0 chr6 132271959 . T G 617.06 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0785201;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5187;QD=61.7064;RBI=0.0820908;REFB=0;REVB=0.0239477;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000846018;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr6 132271979 . AT A,AG 562.72 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=4,34;DP=38;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383966,0.0518042;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.8358,79.0456;QD=59.2333;RBI=0.0390243,0.0606086;REFB=0,0;REVB=0.00697122,0.03146;RO=0;SAF=2,11;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.012713,0.0115908;OID=.,.;OPOS=132271980,132271980;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0263158,0.973684:4,34:38:1,37:38:0:0,13:1,24:0:0:4:0:2,11:2,23:0:0 chr6 132859609 . T A 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.652;QD=63.0518;RBI=0.0560808;REFB=0;REVB=0.02518;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113206;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr6 132909865 . T A 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0172162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.121;QD=11.8144;RBI=0.0363676;REFB=-0.0185665;REVB=0.0320345;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250481;STB=0.646847;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0222732;OID=.;OPOS=132909865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:7:16:6:7:7:16 chr6 132910612 . G A 211.79 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0437334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8395;QD=16.6111;RBI=0.0739084;REFB=-0.0168262;REVB=0.0595806;RO=28;SAF=6;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222298;STB=0.627067;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0248725;OID=.;OPOS=132910612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:17:6:13:15:17:6:13:15 chr6 132938817 . G A 102.73 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0327535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.283;QD=17.8654;RBI=0.0329068;REFB=0.00344766;REVB=0.00317271;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520396;STB=0.805709;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.01671;OID=.;OPOS=132938817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:23:9:9:7:7:0.304348:5:2:8:1:5:2:8:1 chr6 132966207 . T C 266.5 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00393457;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6673;QD=20.1133;RBI=0.0746981;REFB=0.0145694;REVB=-0.0745944;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18704;STB=0.603703;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0137567;OID=.;OPOS=132966207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:14:14:7:18:14:14:7:18 chr6 133035098 . G A 1357.09 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.718;QD=62.3948;RBI=0.00793789;REFB=0;REVB=0.000642254;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.71018e-06;OID=.;OPOS=133035098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:51:36:0:0:51:36:0:0 chr6 133052616 . C T 236.54 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0355541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.679;QD=15.7695;RBI=0.0759685;REFB=-0.0145505;REVB=-0.0671351;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297355;STB=0.509547;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0203386;OID=.;OPOS=133052616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:16:11:14:18:16:11:14:19 chr6 133070995 . G T 1418.72 PASS AF=0.98913;AO=92;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0391685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.22;QD=61.6836;RBI=0.0440533;REFB=-0.0771608;REVB=0.0201625;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00106778;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:92:91:0.98913:48:44:0:0:48:43:1:0 chr6 133074663 . T C 298.01 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0635894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3837;QD=29.8013;RBI=0.0648101;REFB=-0.0799935;REVB=-0.0125193;RO=13;SAF=3;SAR=23;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543162;STB=0.522709;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0303433;OID=.;OPOS=133074663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:14:26:26:0.65:23:3:2:11:23:3:2:12 chr6 133789728 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0316785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.979;QD=16.7278;RBI=0.0329774;REFB=-0.0186101;REVB=0.00916404;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345603;STB=0.519831;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0256134;OID=.;OPOS=133789728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:9:10:9:7:9:10 chr6 133849966 . C T 334.84 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.000737828;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.18;QD=14.4018;RBI=0.0163327;REFB=-0.00253513;REVB=-0.016316;RO=54;SAF=8;SAR=29;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225126;STB=0.644359;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00477119;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:56:37:37:0.397849:29:8:21:33:29:8:23:33 chr6 133850246 . AC A 306.91 PASS AF=0.630769;AO=39;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0496404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.857;QD=18.887;RBI=0.0791236;REFB=0.016078;REVB=-0.0616147;RO=20;SAF=17;SAR=22;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.414462;SSSB=-0.0714572;STB=0.568506;STBP=0.144;TYPE=del;VARB=-0.0102215;OID=.;OPOS=133850247;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.630769:39:65:41:65:24:18:23:15:9:99:20:17:22:11:9 chr6 133850668 . ACA AA,AAA,AAC 57.93 PASS AF=0.35,0.05,0;AO=3,8,2;DP=26;FAO=7,1,0;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1,0,0;FSAR=6,1,0;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00642128,-0.0052293,-0.0493288;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=170.442,169.446,8.91882;QD=11.5869;RBI=0.0373494,0.0353024,0.278204;REFB=-0.00351537,-0.00392867,0.132249;REVB=-0.0367932,-0.034913,0.273795;RO=10;SAF=0,1,1;SAR=3,7,1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.649379,-0.45078,0;STB=0.681208,0.98645,0.5;STBP=0.314,0.516,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0185866,0.0179838,0;OID=.,.,.;OPOS=133850669,133850669,133850669;OREF=C,C,CA;OALT=-,A,AC;OMAPALT=AA,AAA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35,0.05,0:3,8,2:26:7,1,0:20:12:1,0,0:6,1,0:4:8:22:10:0,1,1:3,7,1:5:5 chr6 133852127 . A T 108.41 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0201822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5666;QD=13.9886;RBI=0.105404;REFB=-0.0605058;REVB=-0.103453;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383131;STB=0.522354;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0736393;OID=.;OPOS=133852127;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:9:9:7:6:9:9 chr6 134308798 . A G 57.69 PASS AF=0.12037;AO=13;DP=108;FAO=13;FDP=108;FR=.;FRO=95;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=0.0345311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9011;QD=2.13656;RBI=0.0891245;REFB=-0.00346269;REVB=-0.0821631;RO=95;SAF=10;SAR=3;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434631;STB=0.806013;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0230834;OID=.;OPOS=134308798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:108:108:95:95:13:13:0.12037:3:10:38:57:3:10:38:57 chr6 134323257 . G T 275.73 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=3.87419e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.404;QD=25.6491;RBI=0.0125186;REFB=-0.0176444;REVB=-0.0125186;RO=18;SAF=6;SAR=19;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091;STB=0.550682;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0142722;OID=.;OPOS=134323257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:19:6:6:12:19:6:6:12 chr6 134454784 . G T 50.42 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0227655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7199;QD=16.8059;RBI=0.108854;REFB=-0.000744414;REVB=0.106446;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666109;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0144098;OID=.;OPOS=134454784;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:2:3:6:1:2:3 chr6 134454835 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00313425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7199;QD=14.6539;RBI=0.120763;REFB=0.00804825;REVB=-0.120722;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23873;STB=0.642474;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00834821;OID=.;OPOS=134454835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:4:4:6:2:4:4 chr6 134493397 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0171333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.489;QD=18.9665;RBI=0.0173371;REFB=-0.0100827;REVB=0.0026505;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105241;STB=0.559632;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00882224;OID=.;OPOS=134493397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:13:12:13:9:13:12 chr6 135263557 . C A 353.81 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-7.28219e-05;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.203;QD=18.1439;RBI=0.0174676;REFB=-0.0158916;REVB=0.0174675;RO=35;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194518;STB=0.582128;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0186134;OID=.;OPOS=135263557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:35:41:37:37:0.474359:22:15:22:13:22:15:23:18 chr6 135286230 . T C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0217478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.028;QD=15.2625;RBI=0.0218652;REFB=-0.0217993;REVB=0.00226232;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27196;STB=0.656028;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0218227;OID=.;OPOS=135286230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:4:12:6:7:4:12 chr6 135358567 . T G 45.08 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00725387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.866;QD=8.5859;RBI=0.0173017;REFB=-0.0139289;REVB=-0.0157077;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224315;STB=0.547808;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.025212;OID=.;OPOS=135358567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:6:7:0.333333:2:4:6:7:3:4:7:7 chr6 135358916 . G A 281.53 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00449543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8738;QD=17.0626;RBI=0.0540301;REFB=-0.00957852;REVB=0.0538427;RO=35;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01701;STB=0.509548;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0120618;OID=.;OPOS=135358916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:11:20:22:13:11:20:22:13 chr6 135375762 . G A 133.54 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0087629;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.792;QD=14.838;RBI=0.0105493;REFB=0.0060366;REVB=0.00587356;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960055;STB=0.505569;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00723557;OID=.;OPOS=135375762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:10:11:8:7:10:11 chr6 135523774 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000166506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.497;QD=62.0219;RBI=0.0155075;REFB=0;REVB=0.0155066;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81253e-05;OID=.;OPOS=135523774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr6 135539530 . ATTTTTA ATATTTT,ATTTT,ATTTTA 61.59 PASS AF=0.0508475,0.152542,0.0169492;AO=3,10,7;DP=61;FAO=3,9,1;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=3,2,0;FSAR=0,7,1;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.0277152,-0.0750911,-0.0776324;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=5,2,1;MLLD=183.446,23.5819,12.2553;QD=4.17537;RBI=0.0674148,0.0780241,0.0976273;REFB=-0.00690861,-0.047661,-0.0727267;REVB=-0.0614543,-0.0211918,0.0591971;RO=30;SAF=3,2,3;SAR=0,8,4;SRF=8;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.663389,-0.11165,0.212263;STB=0.997829,0.567408,0.985914;STBP=0.006,0.763,0.512;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.025702,0.0754577,0.108177;OID=.,.,.;OPOS=135539532,135539535,135539531;OREF=TTTTA,TA,T;OALT=ATTTT,-,-;OMAPALT=ATATTTT,ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0508475,0.152542,0.0169492:3,10,7:61:3,9,1:59:46:3,2,0:0,7,1:13:33:39:30:3,2,3:0,8,4:8:22 chr6 136359280 . C CG,CGG 346.98 PASS AF=1,0;AO=36,10;DP=60;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528537,-0.0262289;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.0199,9.1928;QD=24.3492;RBI=0.147357,0.0792216;REFB=0.0670241,0.0546001;REVB=-0.137552,-0.0747536;RO=13;SAF=27,2;SAR=9,8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0836116,-0.426955;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00439142,0;OID=.,.;OPOS=136359281,136359281;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:36,10:60:57,0:57:0:34,0:23,0:0:0:3:13:27,2:9,8:8:5 chr6 136359446 . A C 366.38 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.794;QD=54.2788;RBI=0.0478974;REFB=0;REVB=0.0231704;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917453;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:11:16:0:0 chr6 136582417 . G A 105.42 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.00273183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.322;QD=8.10904;RBI=0.0338303;REFB=-0.00728698;REVB=-0.0337198;RO=37;SAF=4;SAR=10;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543628;STB=0.812436;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0371385;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:10:4:29:8:10:4:29:9 chr6 136582497 . G T 390.05 PASS AF=0.326531;AO=44;DP=143;FAO=48;FDP=147;FR=.;FRO=99;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=0.0154763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.994;QD=10.6135;RBI=0.0183915;REFB=-0.00970219;REVB=-0.00993638;RO=98;SAF=21;SAR=23;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751656;STB=0.5306;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0140244;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:147:98:99:44:48:0.326531:23:21:53:45:24:24:54:45 chr6 136590698 . C T 30.65 PASS AF=0.117647;AO=7;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0196796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5056;QD=2.40418;RBI=0.0855263;REFB=-0.0348721;REVB=-0.0832314;RO=44;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308365;STB=0.674746;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.105285;OID=.;OPOS=136590698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:51:51:44:45:7:6:0.117647:5:2:24:20:4:2:24:21 chr6 136594292 . T C 33.53 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=102;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=61;FWDB=0.0102966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.291;QD=1.2898;RBI=0.0105878;REFB=-0.00181205;REVB=-0.00246617;RO=93;SAF=6;SAR=3;SRF=34;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33292;STB=0.761394;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0359164;OID=.;OPOS=136594292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:102:104:93:95:9:9:0.0865385:3:6:34:59:3:6:34:61 chr6 136597004 . A G 75.79 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=0.000765454;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.586;QD=3.74259;RBI=0.0393853;REFB=-0.00636234;REVB=0.0393778;RO=65;SAF=4;SAR=10;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446774;STB=0.834791;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0541626;OID=.;OPOS=136597004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:80:81:65:67:14:14:0.17284:10:4:43:22:11:3:44:23 chr6 136597262 . T C 105.52 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00547166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.223;QD=8.11683;RBI=0.0114371;REFB=-0.00767928;REVB=-0.0100433;RO=37;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467322;STB=0.513946;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.034239;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:8:6:16:21:8:6:17:21 chr6 136597281 . A T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0121998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.6;QD=12.4027;RBI=0.0131397;REFB=-0.00141815;REVB=-0.00488037;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650601;STB=0.56153;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00161199;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:15:16:0.355556:9:6:10:19:9:7:10:19 chr6 136597288 . A C 83.37 PASS AF=0.3;AO=11;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00260698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.123;QD=8.33716;RBI=0.0149237;REFB=-0.00580075;REVB=-0.0146942;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238373;STB=0.649772;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0579866;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:40:40:27:28:11:12:0.3:6:5:7:20:6:6:8:20 chr6 136599393 . G C 99.23 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00181351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.959;QD=14.7014;RBI=0.012268;REFB=-0.00400243;REVB=0.0121332;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542807;STB=0.555464;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00729128;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:15:15:11:12:0.444444:5:6:9:6:6:6:9:6 chr6 136599404 . T C 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0376909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.537;QD=14.0969;RBI=0.0393638;REFB=-0.0232836;REVB=-0.0113538;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202481;STB=0.617473;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0339697;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:12:6:7:6:12:6 chr6 136599822 . C G 127.21 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00264896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.57;QD=6.69521;RBI=0.0074276;REFB=-0.00670326;REVB=-0.00693918;RO=57;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128646;STB=0.578431;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0212443;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:57:19:19:0.25:9:10:24:33:9:10:24:33 chr6 136599836 . G A 106.19 PASS AF=0.217949;AO=18;DP=78;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0680311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.486;QD=5.44586;RBI=0.0891979;REFB=-0.00996618;REVB=-0.0576892;RO=59;SAF=10;SAR=8;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182539;STB=0.648799;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0708242;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:61:18:17:0.217949:8:10:24:35:7:10:24:37 chr6 136599842 . G A 105.64 PASS AF=0.21519;AO=17;DP=79;FAO=17;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0625444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1358;QD=5.34867;RBI=0.0701679;REFB=-0.0221615;REVB=-0.0318077;RO=61;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239059;STB=0.653896;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0469499;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:61:62:17:17:0.21519:7:10:24:37:7:10:24:38 chr6 136682172 . G A 195.78 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0151305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1702;QD=25.262;RBI=0.0655711;REFB=-0.0329203;REVB=0.0638015;RO=12;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118579;STB=0.506601;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.036679;OID=.;OPOS=136682172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:5:14:9:3:5:14:9:3 chr6 137321402 . G C 249.13 PASS AF=0.575;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.047081;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.699;QD=24.9129;RBI=0.0553447;REFB=0.000581526;REVB=0.0290932;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248077;STB=0.637412;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0013242;OID=.;OPOS=137321402;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:17:23:23:0.575:13:10:13:4:13:10:13:4 chr6 137323213 . G A 299.73 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00181596;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.639;QD=18.4451;RBI=0.00700785;REFB=-0.00909608;REVB=0.00676847;RO=35;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719834;STB=0.554879;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00940862;OID=.;OPOS=137323213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:35:33:32:32:0.492308:14:18:17:18:14:18:15:18 chr6 137325847 . C T 513.39 PASS AF=1;AO=29;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6704;QD=58.6728;RBI=0.00706322;REFB=0;REVB=0.00503007;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19061e-06;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:29:35:1:16:13:0:0:17:18:0:0 chr6 137325848 . G T 33.76 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0227017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.209;QD=3.75057;RBI=0.0229402;REFB=-0.0291055;REVB=0.00329879;RO=30;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447513;STB=0.816215;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0845405;OID=.;OPOS=137325848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:1:5:14:16:1:5:14:16 chr6 137519238 . A G 306.01 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00348033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.066;QD=15.3003;RBI=0.0467392;REFB=-0.0184397;REVB=0.0466094;RO=46;SAF=16;SAR=18;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074042;STB=0.541826;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0280549;OID=.;OPOS=137519238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:18:16:25:21:18:16:25:21 chr6 138413269 . A G 982.79 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0583597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3798;QD=56.1593;RBI=0.0586844;REFB=-0.0959894;REVB=-0.00616418;RO=2;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209962;STB=0.511108;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00223776;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:2:2:67:68:0.971429:44:23:0:2:44:24:0:2 chr6 138413333 . G A,C,T 729.85 PASS AF=0.0363636,0.927273,0.0363636;AO=2,50,2;DP=55;FAO=2,51,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,1;FSAR=2,33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507318,0.0129589,0.0158671;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=14.7197,161.213,100.117;QD=53.0796;RBI=0.00745323,0.0663174,0.0437321;REFB=0,0,0;REVB=-0.00546018,0.065039,0.0407521;RO=1;SAF=0,18,1;SAR=2,32,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.014486,0.25849;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;VARB=0.103647,-0.000483162,0.2062;OID=.,.,.;OPOS=138413333,138413333,138413333;OREF=G,G,G;OALT=A,C,T;OMAPALT=A,C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:7:55:55:1:0:2,50,2:2,51,2:0.0363636,0.927273,0.0363636:2,32,1:0,18,1:0:1:2,33,1:0,18,1:0:0 chr6 138539183 . A AG 105.67 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0120314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.8843;QD=10.8381;RBI=0.149003;REFB=0.00792522;REVB=0.148517;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124079;STB=0.52223;STBP=0.801;TYPE=ins;VARB=0.0096116;OID=.;OPOS=138539184;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:17:39:18:39:21:7:11:9:12:99:21:6:11:10:11 chr6 138539315 . A G 327.28 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00768955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4986;QD=15.5846;RBI=0.0279553;REFB=-0.017097;REVB=0.026877;RO=48;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285991;STB=0.51612;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0235571;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:20:16:20:28:20:16:20:28 chr6 138539556 . T C 384.63 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0298072;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.307;QD=30.1674;RBI=0.0550424;REFB=-0.0371449;REVB=0.0462731;RO=16;SAF=19;SAR=16;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084729;STB=0.546049;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00985802;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:16:16:35:35:0.686275:16:19:11:5:16:19:11:5 chr6 138584685 . T G 548.48 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00839243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.31;QD=20.5038;RBI=0.0124198;REFB=-0.0436398;REVB=-0.00915528;RO=51;SAF=30;SAR=26;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011587;STB=0.506378;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0233259;OID=.;OPOS=138584685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:56:56:0.523364:26:30:28:23:26:30:28:23 chr6 138645228 . G A 183.53 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0046967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.643;QD=11.8409;RBI=0.00733989;REFB=-0.0158436;REVB=-0.00564048;RO=39;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133777;STB=0.577457;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.040816;OID=.;OPOS=138645228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:9:14:19:20:9:14:19:20 chr6 138734029 . A C 324.71 PASS AF=0.344538;AO=41;DP=119;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.00553196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9673;QD=10.9146;RBI=0.0101651;REFB=-0.00824446;REVB=-0.00852802;RO=74;SAF=15;SAR=26;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150598;STB=0.513151;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0224015;OID=.;OPOS=138734029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:74:78:41:41:0.344538:26:15:28:46:26:15:30:48 chr6 139013015 . G A 149.92 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0274301;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.229;QD=18.172;RBI=0.032625;REFB=-0.0304867;REVB=-0.017663;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193565;STB=0.610548;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0458462;OID=.;OPOS=139013015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:7:10:6:10:7:10 chr6 139013227 . TC T 139.41 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0386063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2408;QD=10.5213;RBI=0.0910801;REFB=-0.0679539;REVB=0.0824933;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.329741;SSSB=0.0749014;STB=0.547136;STBP=0.478;TYPE=del;VARB=0.0817528;OID=.;OPOS=139013228;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528302:27:53:28:53:25:14:14:10:15:99:23:13:14:9:14 chr6 139013263 . A C 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0269538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.835;QD=15.6173;RBI=0.0439448;REFB=0.00451101;REVB=-0.0347079;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195225;STB=0.612774;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00677694;OID=.;OPOS=139013263;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:12:6:13:12:12:6:13:12 chr6 139013283 . T TC 79.14 PASS AF=0.4;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.122857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.4623;QD=9.04467;RBI=0.124348;REFB=0.0287484;REVB=0.0191945;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188234;STB=0.624812;STBP=0.271;TYPE=ins;VARB=-0.0307855;OID=.;OPOS=139013284;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:13:35:14:35:21:4:10:10:11:79:21:4:9:10:11 chr6 139017815 . A G 1805.71 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0568293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.621;QD=60.1903;RBI=0.0979928;REFB=-0.0193083;REVB=-0.0798312;RO=1;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714242;STB=0.503759;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=2.30023e-05;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:1:1:118:119:0.991667:66:52:0:1:66:53:0:1 chr6 139017832 . C T 701.83 PASS AF=0.633663;AO=64;DP=101;FAO=64;FDP=101;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0250088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.664;QD=27.7951;RBI=0.0262116;REFB=-0.0044477;REVB=-0.00784885;RO=37;SAF=29;SAR=35;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512476;STB=0.52776;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00283531;OID=.;OPOS=139017832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:37:37:64:64:0.633663:35:29:14:23:35:29:14:23 chr6 139097232 . C T 792.01 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.655;QD=63.361;RBI=0.0315779;REFB=0;REVB=0.0307965;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113124;OID=.;OPOS=139097232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:26:24:0:0 chr6 139180200 . T C 116.57 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0180287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6352;QD=7.40151;RBI=0.0180368;REFB=0.00423181;REVB=-0.00053937;RO=46;SAF=8;SAR=9;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873903;STB=0.553011;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.0128258;OID=.;OPOS=139180200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:9:8:25:21:9:8:25:21 chr6 139355580 . A T 259.91 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0103214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.624;QD=18.9027;RBI=0.0109723;REFB=-0.0176937;REVB=0.00372277;RO=26;SAF=7;SAR=20;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937496;STB=0.551686;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.022191;OID=.;OPOS=139355580;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:27:28:0.509091:20:7:9:17:21:7:9:18 chr6 139694690 . TG T 63.73 PASS AF=0.381818;AO=22;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.0276994;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.6323;QD=4.63493;RBI=0.0443393;REFB=-0.0756324;REVB=-0.0346225;RO=28;SAF=1;SAR=21;SRF=7;SRR=21;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.501465;STB=0.650018;STBP=0.212;TYPE=del;VARB=0.113768;OID=.;OPOS=139694691;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.381818:22:55:21:55:34:2:19:7:27:63:28:1:21:7:21 chr6 141004964 . G GT,T 1689.24 PASS AF=0.983193,0.00840336;AO=94,17;DP=128;FAO=117,1;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=44,1;FSAR=73,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0697567,-0.160375;FXX=0.0245881;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=26.4602,8.21698;QD=56.7812;RBI=0.0699437,0.161843;REFB=0.017058,-0.0522547;REVB=0.00511119,0.0217495;RO=11;SAF=22,17;SAR=72,0;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0817391,0.834723;STB=0.503401,0.989913;STBP=0.512,0.496;TYPE=ins,snp;VARB=0.000613223,0.164004;OID=.,.;OPOS=141004965,141004964;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:128:119:11:1:94,17:117,1:0.983193,0.00840336:72,0:22,17:6:5:73,0:44,1:0:1 chr6 141807392 . G A 408.37 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00371914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.071;QD=19.9204;RBI=0.0215793;REFB=-0.0102698;REVB=-0.0212564;RO=40;SAF=28;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279909;STB=0.661337;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0111856;OID=.;OPOS=141807392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:41:41:41:0.5:13:28:15:25:13:28:15:26 chr6 142396790 . G T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0173525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.689;QD=14.0974;RBI=0.0374527;REFB=-0.00868859;REVB=-0.0331902;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171216;STB=0.509985;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.013473;OID=.;OPOS=142396790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:10:8:6:7:10:8 chr6 142718801 . G A 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.845;QD=62.9808;RBI=0.024311;REFB=0;REVB=0.0200132;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33658e-05;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr6 142758631 . A G 819.95 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0512963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9319;QD=55.5901;RBI=0.0550067;REFB=-0.0811095;REVB=-0.0198603;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000987854;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:31:27:0:1:31:27:0:1 chr6 143074700 . T C 887.47 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0205;QD=57.2559;RBI=0.0180914;REFB=0;REVB=0.0178575;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245009;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:39:22:0:0:39:23:0:0 chr6 143091263 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.827;QD=57.8849;RBI=0.0180389;REFB=0;REVB=0.0138535;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67544e-06;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:32:28:0:0 chr6 143382110 . T C 3356.61 PASS AF=0.982222;AO=214;DP=219;FAO=221;FDP=225;FR=.;FRO=4;FSAF=128;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0303717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1215;QD=59.673;RBI=0.0349729;REFB=0.0195965;REVB=-0.0173396;RO=3;SAF=123;SAR=91;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00649661;STB=0.501443;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00103477;OID=.;OPOS=143382110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:219:225:3:4:214:221:0.982222:91:123:1:2:93:128:2:2 chr6 143745915 . A G 725.92 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0432914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.721;QD=52.7945;RBI=0.0607478;REFB=-0.0427333;REVB=0.0426163;RO=1;SAF=19;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241485;STB=0.52499;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00621144;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:2:53:53:0.963636:34:19:1:0:34:19:2:0 chr6 143792675 . T C 99.19 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00438986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.2569;QD=15.2593;RBI=0.0226749;REFB=-0.0194319;REVB=-0.0222459;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781007;STB=0.545378;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00365705;OID=.;OPOS=143792675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:7:7:7:5:7:7 chr6 143816859 . C T 308.52 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00531514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.857;QD=15.8215;RBI=0.0166585;REFB=0.0228373;REVB=0.0157878;RO=44;SAF=16;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973772;STB=0.554855;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0157645;OID=.;OPOS=143816859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:18:16:25:19:18:16:25:19 chr6 144537771 . T C 182.96 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=-0.00378215;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.134;QD=10.0254;RBI=0.011506;REFB=-0.00641196;REVB=-0.0108666;RO=48;SAF=3;SAR=21;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214285;STB=0.624084;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0169288;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:48:49:24:24:0.328767:21:3:11:37:21:3:11:38 chr6 144612964 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00670133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.78;QD=21.0138;RBI=0.0111031;REFB=0.00764274;REVB=-0.00885272;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172885;STB=0.597538;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00305953;OID=.;OPOS=144612964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:4:7:6:1:4:7:6:1 chr6 144665357 . T C 251.66 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0109013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.032;QD=17.0613;RBI=0.0114096;REFB=-0.00344031;REVB=-0.00336767;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584039;STB=0.539327;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00438874;OID=.;OPOS=144665357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:11:17:20:10:11:17:21:10 chr6 144852201 . G A 738.69 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.7066;QD=54.7179;RBI=0.0365297;REFB=-0.00184008;REVB=-0.00700151;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159704;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000354256;OID=.;OPOS=144852201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:24:29:1:0:24:29:1:0 chr6 144863944 . T C 281.66 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0377018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3456;QD=17.0701;RBI=0.0445726;REFB=-0.0147537;REVB=0.0237759;RO=34;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142097;STB=0.578181;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0157383;OID=.;OPOS=144863944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:35:30:31:0.469697:14:16:13:21:14:17:14:21 chr6 144869785 . A G 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0100329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.339;QD=56.0098;RBI=0.0415609;REFB=0.0887371;REVB=0.0403318;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.000526315;OID=.;OPOS=144869785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:12:22:0:0:12:22:0:1 chr6 145051594 . G A 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0041583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.797;QD=24.5993;RBI=0.0130293;REFB=0.0072825;REVB=-0.0123479;RO=16;SAF=3;SAR=19;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157025;STB=0.588406;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00411885;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:19:3:4:12:19:3:4:12 chr6 145167978 . C G 369.87 PASS AF=0.36;AO=44;DP=125;FAO=45;FDP=125;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.00429687;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.67;QD=11.8358;RBI=0.0095339;REFB=-0.0085381;REVB=0.0085107;RO=79;SAF=18;SAR=26;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039016;STB=0.518108;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0138788;OID=.;OPOS=145167978;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:79:80:44:45:0.36:26:18:35:44:26:19:36:44 chr6 145822992 . A G 138.7 PASS AF=0.306452;AO=20;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0630279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2045;QD=8.94837;RBI=0.066204;REFB=-0.0185288;REVB=-0.0202597;RO=41;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134847;STB=0.553135;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0390631;OID=.;OPOS=145822992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:43:20:19:0.306452:7:13:22:19:7:12:24:19 chr6 145823642 . G A 220.34 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0241786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.275;QD=16.0249;RBI=0.0246003;REFB=0.000816589;REVB=0.00453539;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128786;STB=0.507283;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00134829;OID=.;OPOS=145823642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:16:14:12:13:16:14 chr6 146112348 . T C 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=-0.0129039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2877;QD=6.52629;RBI=0.014063;REFB=-0.00478836;REVB=0.00559073;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2927;STB=0.675321;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0200302;OID=.;OPOS=146112348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:6:1:1:19:6:1:1:19 chr6 146125793 . A T 113.99 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0784732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8151;QD=18.2384;RBI=0.0806286;REFB=0.0263484;REVB=0.0185184;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582442;STB=0.556873;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0154532;OID=.;OPOS=146125793;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:8:5:5:6:8:5:6:6 chr6 146126419 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00400108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.776;QD=14.0966;RBI=0.034327;REFB=0.00142338;REVB=-0.034093;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250796;STB=0.514679;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00167373;OID=.;OPOS=146126419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:8:6:5:6:8:6 chr6 146207563 . A G 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0011707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.772;QD=8.40191;RBI=0.0160012;REFB=-0.0243659;REVB=0.0159584;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0584435;OID=.;OPOS=146207563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:7:14:6:3:7:14 chr6 146234644 . G A 177.27 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.018224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4876;QD=14.471;RBI=0.0753252;REFB=0.0132182;REVB=-0.0730875;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24096;STB=0.64691;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0324809;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:8:11:10:19:8:11:10:20 chr6 146243916 . T C 230.35 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.00238889;FXX=0.0294074;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.363;QD=13.9608;RBI=0.0156622;REFB=-0.0143646;REVB=0.0154789;RO=39;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062812;STB=0.535939;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0160103;OID=.;OPOS=146243916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:20:7:12:27:20:7:12:27 chr6 146755140 . G A 585.94 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.052;QD=60.0964;RBI=0.0186647;REFB=0;REVB=-0.0174228;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167245;OID=.;OPOS=146755140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chr6 146755324 . T C 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.293;QD=59.4232;RBI=0.0211812;REFB=0;REVB=0.016865;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81378e-05;OID=.;OPOS=146755324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr6 146755515 . T G 797.77 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.818;QD=63.8218;RBI=0.02729;REFB=0;REVB=0.0162349;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31304e-05;OID=.;OPOS=146755515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:31:17:0:0:32:18:0:0 chr6 146755841 . C CA 1203.8 PASS AF=1;AO=13;DP=93;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160553;FXX=0.0537577;HRUN=0;LEN=1;MLLD=104.493;QD=54.718;RBI=0.177868;REFB=0;REVB=-0.0765502;RO=80;SAF=0;SAR=13;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.718547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00583767;OID=.;OPOS=146755842;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:93:88:88:0:42:46:0:0:7:80:0:13:46:34 chr6 146755842 . C A 1026.68 PASS AF=0.819149;AO=76;DP=94;FAO=77;FDP=94;FR=.;FRO=17;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0648449;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.6;QD=43.6886;RBI=0.0667791;REFB=-0.0608832;REVB=0.0159556;RO=13;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154727;STB=0.57141;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00250522;OID=.;OPOS=146755842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:94:94:13:17:76:77:0.819149:33:43:0:13:33:44:3:14 chr6 147049868 . G A 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0222804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.273;QD=19.7025;RBI=0.025205;REFB=-0.0176981;REVB=-0.0117847;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137385;STB=0.578217;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0157021;OID=.;OPOS=147049868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:12:5:7:9:12:5:7:9 chr6 147106841 . A G 116.41 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0245286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7191;QD=11.6414;RBI=0.0366107;REFB=-0.012482;REVB=-0.0271789;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534155;STB=0.831809;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0190655;OID=.;OPOS=147106841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:26:14:14:0.35:11:3:17:6:11:3:20:6 chr6 147136212 . A T 321.74 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00668351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.135;QD=13.9886;RBI=0.00887897;REFB=-0.00722144;REVB=-0.00584523;RO=56;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116431;STB=0.566228;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0130671;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:16:20:25:31:16:20:25:31 chr6 147136244 . A G 983.96 PASS AF=0.971429;AO=63;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0748016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5243;QD=56.2261;RBI=0.075256;REFB=-0.110574;REVB=0.00825793;RO=7;SAF=24;SAR=39;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119593;STB=0.516662;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00380286;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:7:2:63:68:0.971429:39:24:7:0:39:29:2:0 chr6 147635385 . C G 88.21 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0116037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.962;QD=5.60047;RBI=0.0233201;REFB=-0.00447342;REVB=0.0202282;RO=47;SAF=7;SAR=7;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11805;STB=0.587181;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0203392;OID=.;OPOS=147635385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:62:63:47:49:14:14:0.222222:7:7:28:19:7:7:30:19 chr6 147635413 . A G 92.77 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=0.00557946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.16;QD=5.37816;RBI=0.0468394;REFB=-0.00321178;REVB=0.0465059;RO=54;SAF=6;SAR=9;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366249;STB=0.725012;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0192353;OID=.;OPOS=147635413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:54:54:15:15:0.217391:9:6:38:16:9:6:38:16 chr6 147680359 . A G 430.59 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0143198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6018;QD=20.0274;RBI=0.0401836;REFB=-0.0205726;REVB=-0.0375455;RO=43;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419761;STB=0.523283;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0143547;OID=.;OPOS=147680359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:23:20:22:21:23:20:22:21 chr6 147886107 . C G 1532.2 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358313;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8443;QD=63.8416;RBI=0.0432657;REFB=0;REVB=0.0242495;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239888;OID=.;OPOS=147886107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:48:47:0:0:48:48:0:0 chr6 148792617 . A G 268.09 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0173384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9017;QD=18.8136;RBI=0.0205248;REFB=-0.0252629;REVB=0.0109839;RO=28;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549663;STB=0.530618;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0256851;OID=.;OPOS=148792617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:18:11:9:19:18:11:9:19 chr6 148865257 . A G 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0443934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.653;QD=13.4542;RBI=0.0444336;REFB=-0.0210873;REVB=-0.00189167;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141797;STB=0.583184;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0418831;OID=.;OPOS=148865257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:6:9:5:6:6:9 chr6 149700491 . G A 159.48 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00566456;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7943;QD=15.9482;RBI=0.0177593;REFB=0.00411061;REVB=0.0168317;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864659;STB=0.54994;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.014323;OID=.;OPOS=149700491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:6:11:13:10:6:11:13:10 chr6 149721690 . G A 160.43 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.94;QD=45.8373;RBI=0.0595453;REFB=0;REVB=0.0183294;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639982;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:10:4:0:0 chr6 149721965 . T C 368.51 PASS AF=0.933333;AO=26;DP=29;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0227002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5112;QD=49.1349;RBI=0.0366736;REFB=-0.135036;REVB=0.0288038;RO=3;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162642;STB=0.555514;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00808479;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:30:3:2:26:28:0.933333:7:19:0:3:8:20:0:2 chr6 149722040 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.793;QD=50.4133;RBI=0.027761;REFB=0;REVB=-0.0182823;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83149e-05;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr6 149730846 . G A 177.21 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0216753;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7144;QD=10.74;RBI=0.0424002;REFB=-0.0252644;REVB=-0.0364411;RO=43;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212624;STB=0.624051;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0502851;OID=.;OPOS=149730846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:43:43:23:23:0.348485:8:15:20:23:8:15:20:23 chr6 149953981 . C T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.59;QD=59.9241;RBI=0.0212586;REFB=0;REVB=0.0211545;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13882e-05;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr6 149983216 . G A 326.36 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0806583;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6913;QD=54.3926;RBI=0.081143;REFB=0;REVB=-0.00885551;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168149;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr6 150004779 . A G 704.16 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.95;QD=55.2284;RBI=0.0127863;REFB=0;REVB=0.00420702;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510726;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:28:21:0:0:30:21:0:0 chr6 150067675 . A G 579.41 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014051;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.825;QD=60.9901;RBI=0.0208108;REFB=0;REVB=-0.0153512;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54532e-05;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr6 150093678 . C T 465.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.097;QD=58.2477;RBI=0.0162884;REFB=0;REVB=0.0136682;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57113e-06;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr6 150093682 . C T 447.79 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565027;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8382;QD=57.7798;RBI=0.0565225;REFB=0;REVB=0.00149637;RO=2;SAF=12;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006668;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:2:0:30:31:1:18:12:2:0:18:13:0:0 chr6 150114745 . G A 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.22;QD=53.2699;RBI=0.0524823;REFB=0;REVB=0.0481436;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813623;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr6 150209717 . C G 785.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1855;QD=57.1214;RBI=0.0546447;REFB=0;REVB=0.0481875;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090496;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:19:35:0:0:19:36:0:0 chr6 150210681 . G A 1018.7 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470623;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.608;QD=59.0549;RBI=0.0475642;REFB=0;REVB=0.00689108;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106786;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:68:69:1:43:25:0:0:44:25:0:0 chr6 150210685 . C T 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.264;QD=59.501;RBI=0.0825021;REFB=0;REVB=0.0793879;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376934;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr6 150211123 . A T 1080.86 PASS AF=0.973684;AO=75;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0278919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.274;QD=56.8873;RBI=0.0290463;REFB=-0.00456011;REVB=0.00810741;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511361;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=5.28873e-05;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:76:0:2:75:74:0.973684:31:44:0:0:31:43:2:0 chr6 150212003 . C T 784.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.044;QD=57.0532;RBI=0.0345529;REFB=0;REVB=0.0338349;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321403;OID=.;OPOS=150212003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:35:19:0:0:35:20:0:0 chr6 150239330 . C T 329.52 PASS AF=0.961538;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2123;QD=50.6946;RBI=0.0648719;REFB=0.0575078;REVB=-0.0610832;RO=1;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838249;STB=0.545416;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00319157;OID=.;OPOS=150239330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:23:25:0.961538:5:18:0:1:5:20:0:1 chr6 150240829 . G C 1539.52 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0655112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8772;QD=58.6483;RBI=0.0674219;REFB=-0.084003;REVB=-0.0159371;RO=1;SAF=51;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092139;STB=0.504853;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000963299;OID=.;OPOS=150240829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:53:51:1:0:53:51:1:0 chr6 150267527 . A C 120.48 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0386644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7797;QD=14.1739;RBI=0.0446023;REFB=-0.0106616;REVB=-0.0222358;RO=17;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339042;STB=0.68439;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0234037;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:17:19:14:15:0.441176:3:11:8:9:4:11:8:11 chr6 150342232 . G A 481.96 PASS AF=0.402985;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0221871;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0852;QD=14.3868;RBI=0.0311757;REFB=0.000886816;REVB=-0.021901;RO=80;SAF=27;SAR=27;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00252549;OID=.;OPOS=150342232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:80:80:54:54:0.402985:27:27:40:40:27:27:40:40 chr6 150346532 . T C 131.34 PASS AF=0.365854;AO=12;DP=39;FAO=15;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0238845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.647;QD=12.814;RBI=0.0251793;REFB=-0.0371706;REVB=-0.00797055;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212154;STB=0.571331;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0638194;OID=.;OPOS=150346532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:24:25:12:15:0.365854:9:3:10:14:10:5:11:14 chr6 150385730 . T G 535.32 PASS AF=0.564356;AO=50;DP=94;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0112437;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.948;QD=21.2006;RBI=0.0324962;REFB=-0.0187511;REVB=0.0304891;RO=40;SAF=38;SAR=12;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379232;STB=0.51879;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0165205;OID=.;OPOS=150385730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:101:40:44:50:57:0.564356:12:38:29:11:19:38:31:13 chr6 150716533 . T A 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.000730679;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.724;QD=9.58995;RBI=0.0120997;REFB=-0.00123675;REVB=-0.0120776;RO=30;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134818;STB=0.581691;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00238941;OID=.;OPOS=150716533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:5:8:15:15:5:8:15:15 chr6 150716696 . TG CA 173.79 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00843247;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.015;QD=24.8276;RBI=0.011531;REFB=-0.02648;REVB=0.00786494;RO=7;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120543;STB=0.518845;STBP=0.826;TYPE=mnp;VARB=0.0176779;OID=.;OPOS=150716696;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:28:28:7:10:17:17:0.607143:11:6:4:3:11:6:4:6 chr6 150717640 . T C 330.81 PASS AF=0.353448;AO=41;DP=118;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=0.0248501;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.889;QD=11.4071;RBI=0.0259411;REFB=-0.00215802;REVB=-0.0074443;RO=72;SAF=23;SAR=18;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249753;STB=0.652211;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00482917;OID=.;OPOS=150717640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:72:75:41:41:0.353448:18:23:24:48:18:23:24:51 chr6 150722187 . TG CA 522.05 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0148101;FXX=0.0471654;HRUN=3;LEN=2;MLLD=201.967;QD=20.6752;RBI=0.0148517;REFB=-0.0331595;REVB=-0.00111135;RO=48;SAF=20;SAR=33;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109079;STB=0.560162;STBP=0.214;TYPE=mnp;VARB=0.0283601;OID=.;OPOS=150722187;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:101:48:48:53:53:0.524752:33:20:24:24:33:20:24:24 chr6 151121915 . G A 1171.28 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.427;QD=60.8459;RBI=0.0289172;REFB=0;REVB=0.0263906;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57336e-05;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:28:48:0:0:28:49:0:0 chr6 151152257 . A G 469.11 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0159879;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.341;QD=28.4309;RBI=0.0162277;REFB=-0.0162293;REVB=-0.00277898;RO=22;SAF=29;SAR=14;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282586;STB=0.647159;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00797141;OID=.;OPOS=151152257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:23:43:43:0.651515:14:29:5:17:14:29:6:17 chr6 151152656 . T C 173.28 PASS AF=0.343284;AO=22;DP=66;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00205998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.833;QD=10.345;RBI=0.0100776;REFB=-0.00189455;REVB=-0.00986481;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790048;STB=0.532595;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00410953;OID=.;OPOS=151152656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:44:44:22:23:0.343284:12:10:17:27:13:10:17:27 chr6 151164764 . C T 131.23 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0336147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.629;QD=7.49906;RBI=0.038325;REFB=-0.01114;REVB=-0.018408;RO=49;SAF=7;SAR=12;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263959;STB=0.657615;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0481915;OID=.;OPOS=151164764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:49:51:19:19:0.271429:12:7:29:20:12:7:30:21 chr6 151336739 . C G 600.08 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00500244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2421;QD=18.4639;RBI=0.0272947;REFB=-0.0112261;REVB=-0.0268323;RO=67;SAF=36;SAR=26;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835107;STB=0.5427;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0065768;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:68:62:62:0.476923:26:36:33:34:26:36:34:34 chr6 151362895 . CTTG C 34.72 PASS AF=0.2;AO=8;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0060033;FXX=0.081616;HRUN=2;LEN=3;MLLD=228.056;QD=3.08645;RBI=0.0122798;REFB=-0.00522335;REVB=-0.0107124;RO=31;SAF=7;SAR=1;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336832;STB=0.74352;STBP=0.156;TYPE=del;VARB=0.0256433;OID=.;OPOS=151362896;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:8:45:9:45:36:8:1:25:11:34:31:7:1:21:10 chr6 151362942 . T C 181.15 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0244805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.721;QD=11.322;RBI=0.0432789;REFB=-0.0194673;REVB=-0.0356898;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112306;STB=0.565161;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0539889;OID=.;OPOS=151362942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:13:10:22:19:13:10:22:19 chr6 151670492 . A G 201.31 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0187063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1637;QD=28.758;RBI=0.0576559;REFB=0.0331404;REVB=-0.054537;RO=9;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150532;STB=0.583582;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0173223;OID=.;OPOS=151670492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:13:6:5:4:13:6:5:4 chr6 151766552 . G A 2219.59 PASS AF=0.992958;AO=139;DP=140;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0150935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.931;QD=62.5237;RBI=0.0266696;REFB=0.00182623;REVB=0.0219875;RO=1;SAF=64;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737097;STB=0.503875;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=4.15171e-06;OID=.;OPOS=151766552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:142:1:1:139:141:0.992958:75:64:1:0:77:64:1:0 chr6 151859314 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00758732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.599;QD=59.0178;RBI=0.0410691;REFB=0;REVB=0.0403622;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221035;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr6 151894505 . T C 644.7 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230828;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3613;QD=61.4004;RBI=0.0705914;REFB=-0.0885715;REVB=-0.0667108;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253524;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162896;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:42:1:0:41:42:1:18:23:0:1:19:23:0:0 chr6 152129077 . T C 418.03 PASS AF=0.34965;AO=51;DP=147;FAO=50;FDP=143;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=-0.0140236;FXX=0.027209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.49;QD=11.693;RBI=0.0169461;REFB=-0.00390707;REVB=-0.00951364;RO=88;SAF=32;SAR=19;SRF=56;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106251;STB=0.511455;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00721482;OID=.;OPOS=152129077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:143:88:93:51:50:0.34965:19:32:56:32:18:32:58:35 chr6 152201875 . T C 1475.27 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00573756;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.583;QD=63.4524;RBI=0.00938656;REFB=0;REVB=0.00742885;RO=0;SAF=26;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495138;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:92:93:1:66:26:0:0:67:26:0:0 chr6 152265522 . G C 265.18 PASS AF=0.367816;AO=27;DP=85;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00646293;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.525;QD=12.1923;RBI=0.00991012;REFB=-0.0107798;REVB=0.00751273;RO=54;SAF=9;SAR=18;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314294;STB=0.661317;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0151621;OID=.;OPOS=152265522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:54:55:27:32:0.367816:18:9:33:21:21:11:33:22 chr6 152420095 . G A 241.1 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0157208;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.122;QD=20.9655;RBI=0.0201125;REFB=-0.00321626;REVB=0.0125446;RO=22;SAF=20;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362485;STB=0.724001;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00420684;OID=.;OPOS=152420095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:23:23:23:0.5:3:20:13:9:3:20:13:10 chr6 152422335 . C T 1188.59 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.062;QD=60.9533;RBI=0.0526182;REFB=0;REVB=0.0489156;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231025;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:49:28:0:0:50:28:0:0 chr6 152443756 . C T 265.91 PASS AF=0.6;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0538079;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5723;QD=26.5905;RBI=0.0557237;REFB=-0.00959481;REVB=-0.0144858;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138554;STB=0.576858;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00634394;OID=.;OPOS=152443756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:16:16:24:24:0.6:15:9:9:7:15:9:9:7 chr6 152446487 . C T 221.7 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0494524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1169;QD=14.5377;RBI=0.0553335;REFB=-0.0469146;REVB=-0.0248246;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639505;STB=0.53637;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0594273;OID=.;OPOS=152446487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:18:17:11:15:18:17 chr6 152489294 . T C 678.4 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0381685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6159;QD=58.9913;RBI=0.052252;REFB=-0.118986;REVB=0.0356853;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00439942;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:46:1:1:44:45:0.978261:22:22:1:0:22:23:1:0 chr6 152529260 . G A 344.33 PASS AF=0.405941;AO=40;DP=100;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.020286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6937;QD=13.6369;RBI=0.0429637;REFB=-0.00791345;REVB=-0.0378729;RO=60;SAF=14;SAR=26;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34256e-08;STB=0.510199;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00692463;OID=.;OPOS=152529260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:60:60:40:41:0.405941:26:14:21:39:26:15:21:39 chr6 152540278 . A C 1282.83 PASS AF=0.872727;AO=96;DP=110;FAO=96;FDP=110;FR=.;FRO=14;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00386697;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.647;QD=46.6483;RBI=0.00502206;REFB=-0.219461;REVB=-0.00320431;RO=11;SAF=37;SAR=59;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867384;STB=0.561564;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00279089;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:110:110:11:14:96:96:0.872727:59:37:9:2:59:37:12:2 chr6 152557425 . C G 163.77 PASS AF=0.354839;AO=18;DP=58;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00018671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.224;QD=10.566;RBI=0.00527396;REFB=-0.0226904;REVB=-0.00527065;RO=40;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373174;STB=0.62163;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0488982;OID=.;OPOS=152557425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:40:40:18:22:0.354839:5:13:16:24:9:13:16:24 chr6 152640110 . G A 434.72 PASS AF=0.45;AO=42;DP=97;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00713319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.059;QD=17.3888;RBI=0.0212578;REFB=0.000587389;REVB=0.0200253;RO=54;SAF=19;SAR=23;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847912;STB=0.533319;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.000641433;OID=.;OPOS=152640110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:54:55:42:45:0.45:23:19:29:25:24:21:29:26 chr6 152646279 . G C 486.34 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00877728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.594;QD=18.8869;RBI=0.0180367;REFB=-0.0230488;REVB=0.015757;RO=52;SAF=21;SAR=30;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028562;STB=0.51582;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0233048;OID=.;OPOS=152646279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:30:21:23:29:30:21:23:29 chr6 152647681 . A T 1223.9 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8697;QD=61.1951;RBI=0.0188389;REFB=0;REVB=-0.0188115;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136162;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr6 152651759 . C G 97.89 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.000282682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.157;QD=13.5026;RBI=0.0103892;REFB=-0.023193;REVB=0.0103854;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207284;STB=0.6205;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.023974;OID=.;OPOS=152651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:12:5:6:6:12:5 chr6 152652034 . A T 996.47 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427285;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.135;QD=59.491;RBI=0.0484224;REFB=0;REVB=0.0227817;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373591;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr6 152658142 . T C 249.18 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028782;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7962;QD=49.8364;RBI=0.0447538;REFB=0;REVB=0.034271;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213743;OID=.;OPOS=152658142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:8:12:0:0 chr6 152665261 . C A 235.66 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00264258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.254;QD=11.09;RBI=0.0144885;REFB=-0.00636355;REVB=-0.0142455;RO=56;SAF=20;SAR=9;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244315;STB=0.642333;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0133032;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:9:20:27:29:9:20:27:29 chr6 152674455 . A G 282.26 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.011971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.005;QD=23.0418;RBI=0.030181;REFB=-0.0174561;REVB=0.0277054;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388652;STB=0.530589;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.019591;OID=.;OPOS=152674455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:23:25:26:0.530612:12:13:13:10:13:13:13:10 chr6 152675854 . A G 615.1 PASS AF=0.481203;AO=59;DP=129;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.00704904;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.182;QD=18.4994;RBI=0.0086529;REFB=-0.0154052;REVB=0.00501834;RO=67;SAF=28;SAR=31;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690497;STB=0.524879;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0189553;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:133:67:69:59:64:0.481203:31:28:27:40:35:29:28:41 chr6 152683413 . G T 998.58 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.578;QD=58.7402;RBI=0.0238992;REFB=0;REVB=0.0181909;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225144;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:33:34:0:0:34:34:0:0 chr6 152694184 . T C 792.93 PASS AF=0.573643;AO=72;DP=127;FAO=74;FDP=129;FR=.;FRO=55;FSAF=54;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.0174484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.882;QD=24.5868;RBI=0.0652856;REFB=0.00453465;REVB=0.0629107;RO=55;SAF=52;SAR=20;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813199;STB=0.54821;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0033399;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:55:55:72:74:0.573643:20:52:35:20:20:54:35:20 chr6 152772264 . A G 1011.35 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561203;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2885;QD=59.4913;RBI=0.0588597;REFB=0;REVB=0.0177478;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195783;OID=.;OPOS=152772264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr6 152776750 . G A 201.36 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0466205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8524;QD=13.8871;RBI=0.0472575;REFB=-0.0563642;REVB=-0.00773295;RO=34;SAF=5;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443779;STB=0.755128;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0566004;OID=.;OPOS=152776750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:19:5:21:13:19:5:21:13 chr6 152777819 . G A 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.7;QD=60.204;RBI=0.0557272;REFB=0;REVB=0.0334985;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177269;OID=.;OPOS=152777819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr6 153080061 . T C 654.88 PASS AF=0.943396;AO=49;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0254325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.56;QD=49.425;RBI=0.0277322;REFB=-0.170632;REVB=0.0110571;RO=3;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065506;STB=0.53332;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00343438;OID=.;OPOS=153080061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:49:50:0.943396:20:29:0:3:21:29:0:3 chr6 153296541 . G C 462.88 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1475;QD=57.8604;RBI=0.0695881;REFB=0;REVB=0.0100584;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000654385;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr6 153315695 . C T 594.77 PASS AF=0.530973;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00239288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.836;QD=21.0539;RBI=0.00568868;REFB=-0.0289607;REVB=-0.00516094;RO=53;SAF=26;SAR=34;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000546403;STB=0.5003;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0221051;OID=.;OPOS=153315695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:53:53:60:60:0.530973:34:26:23:30:34:26:23:30 chr6 153315921 . G A 313.35 PASS AF=0.96;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0639708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.876;QD=50.1358;RBI=0.0640301;REFB=-0.142951;REVB=-0.00275549;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51281;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00182957;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:0:1:24:24:0.96:19:5:0:0:19:5:0:1 chr6 153316326 . A G 387.23 PASS AF=0.527027;AO=37;DP=72;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0387227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8132;QD=20.9313;RBI=0.0387712;REFB=0.0149282;REVB=-0.00193893;RO=34;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137465;STB=0.526302;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0127571;OID=.;OPOS=153316326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:34:35:37:39:0.527027:18:19:18:16:20:19:19:16 chr6 153323594 . C T 1093.39 PASS AF=0.961538;AO=73;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00952194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.6508;QD=56.0713;RBI=0.0097;REFB=0.00757074;REVB=0.00185;RO=3;SAF=30;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449769;STB=0.523071;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00033857;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:73:75:0.961538:43:30:3:0:44:31:3:0 chr6 153323709 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.987;QD=33.4279;RBI=0.0209395;REFB=0;REVB=-0.0204589;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308874;OID=.;OPOS=153323709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 153365100 . A C 787.07 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.424;QD=64.2508;RBI=0.0434166;REFB=0;REVB=0.0293987;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161213;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:47:49:1:21:26:0:0:23:26:0:0 chr6 153741613 . G C 1527.84 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063114;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0406;QD=58.763;RBI=0.0785489;REFB=-0.119832;REVB=0.0467605;RO=1;SAF=48;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978143;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220568;OID=.;OPOS=153741613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:104:1:0:101:104:1:53:48:1:0:55:49:0:0 chr6 154002660 . T C 100.72 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.000129595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.321;QD=16.1146;RBI=0.0133878;REFB=-0.023996;REVB=0.0133872;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109955;STB=0.563652;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0364461;OID=.;OPOS=154002660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:7:6:7:5:7:6 chr6 154360797 . A G 413.63 PASS AF=0.427273;AO=46;DP=109;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00177749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.003;QD=15.0412;RBI=0.00361045;REFB=-0.0134675;REVB=-0.00314259;RO=62;SAF=25;SAR=21;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115304;STB=0.504656;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0177582;OID=.;OPOS=154360797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:62:63:46:47:0.427273:21:25:33:29:22:25:33:30 chr6 154414446 . A T 2248.08 PASS AF=0.993056;AO=141;DP=143;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00664244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9408;QD=62.4468;RBI=0.0391343;REFB=-0.103763;REVB=-0.0385664;RO=1;SAF=60;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785879;STB=0.504132;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000365646;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:144:1:1:141:143:0.993056:81:60:1:0:83:60:1:0 chr6 154414563 . A G 740.38 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.79;QD=63.011;RBI=0.0655912;REFB=0;REVB=0.0199142;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122833;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:43:47:1:23:20:0:0:24:23:0:0 chr6 154414573 . C T 529.66 PASS AF=0.883721;AO=38;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.044439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9641;QD=49.2707;RBI=0.0538736;REFB=-0.0536447;REVB=0.0304557;RO=4;SAF=17;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098277;STB=0.564069;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0126263;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:43:43:4:5:38:38:0.883721:21:17:4:0:21:17:5:0 chr6 154727408 . T C 205.18 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.000456688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4421;QD=15.7827;RBI=0.0111788;REFB=-0.0108211;REVB=-0.0111695;RO=29;SAF=20;SAR=3;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243809;STB=0.641256;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0153297;OID=.;OPOS=154727408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:3:20:21:8:3:20:21:8 chr6 154735456 . C A 236.85 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0403674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7264;QD=13.7301;RBI=0.0500547;REFB=-0.0143379;REVB=-0.0295964;RO=41;SAF=13;SAR=15;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200986;STB=0.614046;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0195666;OID=.;OPOS=154735456;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:15:13:27:14:15:13:27:14 chr6 154763401 . G A 302.49 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.082819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9764;QD=16.5747;RBI=0.0830387;REFB=-0.00935428;REVB=0.006036;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137336;STB=0.574247;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00949227;OID=.;OPOS=154763401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:40:33:33:0.452055:17:16:13:25:17:16:14:26 chr6 154771277 . A G 768.51 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7279;QD=56.9264;RBI=0.0701231;REFB=0;REVB=0.0141794;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983409;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:51:54:1:24:27:0:0:25:29:0:0 chr6 155146331 . A G 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0141485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.898;QD=8.14858;RBI=0.0218864;REFB=-0.0097313;REVB=-0.0166983;RO=45;SAF=11;SAR=8;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00141059;STB=0.512302;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0273498;OID=.;OPOS=155146331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:47:19:19:0.287879:8:11:26:19:8:11:28:19 chr6 155155039 . C T 184.83 PASS AF=0.338028;AO=23;DP=70;FAO=24;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0216291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0848;QD=10.4127;RBI=0.0813697;REFB=-0.0398505;REVB=-0.0784424;RO=37;SAF=6;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116552;STB=0.540506;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0549886;OID=.;OPOS=155155039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:47:23:24:0.338028:17:6:13:24:18:6:14:33 chr6 155451352 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.099;QD=26.0262;RBI=0.0200335;REFB=0.00895519;REVB=-0.0163854;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000466777;OID=.;OPOS=155451352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr6 155485554 . G A 225.51 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.020772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7554;QD=11.0006;RBI=0.0553077;REFB=-0.00765835;REVB=-0.0512588;RO=50;SAF=24;SAR=4;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269237;STB=0.687343;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0143852;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:54:28:28:0.341463:4:24:35:15:4:24:36:18 chr6 155561760 . T C 1453.41 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8224;QD=63.1918;RBI=0.0639652;REFB=0;REVB=0.0620799;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017566;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:57:32:0:0:60:32:0:0 chr6 155577823 . C T 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0273656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.813;QD=51.2383;RBI=0.0391238;REFB=-0.0246153;REVB=0.0279606;RO=1;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182905;STB=0.535689;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00130756;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:25:5:0:1:25:5:1:1 chr6 155578592 . A AT 369.05 PASS AF=1;AO=10;DP=69;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126383;FXX=0.043472;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.05117;QD=22.3664;RBI=0.138047;REFB=0.195948;REVB=-0.0555389;RO=57;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279589;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00142518;OID=.;OPOS=155578593;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:69:66:66:0:26:40:0:0:5:57:6:4:21:36 chr6 155578599 . A T 971.71 PASS AF=1;AO=60;DP=64;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0987604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5703;QD=54.7441;RBI=0.11373;REFB=-0.046977;REVB=0.0563993;RO=4;SAF=25;SAR=35;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202569;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264093;OID=.;OPOS=155578599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:71:4:0:60:71:1:35:25:1:3:44:27:0:0 chr6 155578756 . A T 657.47 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4568;QD=59.7698;RBI=0.0297722;REFB=-0.0166252;REVB=-0.0197889;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00035016;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:22:21:0:0:22:21:0:1 chr6 155596901 . T C,G 803.53 PASS AF=0.982456,0.0175439;AO=54,2;DP=56;FAO=56,1;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130466,-0.0119009;FXX=0.0172384;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.497,180.916;QD=56.3882;RBI=0.0395696,0.0355604;REFB=0,0;REVB=0.0373569,0.0335098;RO=0;SAF=27,2;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000660814,0.0140944;OID=.,.;OPOS=155596901,155596901;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:57:0:0:54,2:56,1:0.982456,0.0175439:27,0:27,2:0:0:27,0:29,1:0:0 chr6 155597147 . C T 1606.96 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.184;QD=60.0734;RBI=0.0148657;REFB=0;REVB=0.0141931;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03508e-05;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:52:55:0:0:52:55:0:0 chr6 155606325 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.445;QD=57.2373;RBI=0.0419691;REFB=0;REVB=0.0180005;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74315e-05;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr6 155750035 . C T 669.8 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.291;QD=62.3067;RBI=0.0434405;REFB=0;REVB=0.0415732;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462682;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr6 155761246 . G T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00824654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.114;QD=11.4396;RBI=0.011644;REFB=0.0123701;REVB=0.0082206;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191578;STB=0.612604;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0209165;OID=.;OPOS=155761246;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:17:7:6:7:17:7 chr6 157405930 . G A 1415.37 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.226;QD=62.9055;RBI=0.0311776;REFB=0;REVB=0.0262767;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118891;OID=.;OPOS=157405930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr6 157801040 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.077;QD=59.4356;RBI=0.046774;REFB=0;REVB=0.00823946;RO=0;SAF=6;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66115e-05;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:29:6:0:0:29:6:0:0 chr6 157801186 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.958;QD=46.848;RBI=0.0592798;REFB=0;REVB=0.00622034;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357608;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr6 157801516 . A G 1085.35 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174892;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.203;QD=60.297;RBI=0.0206792;REFB=0;REVB=0.0110344;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80264e-05;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr6 158132992 . G A 335.05 PASS AF=0.435294;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.044837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1537;QD=15.7672;RBI=0.0488846;REFB=-0.00723347;REVB=-0.0194768;RO=48;SAF=21;SAR=15;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147684;STB=0.573294;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0103084;OID=.;OPOS=158132992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:48:48:36:37:0.435294:15:21:21:27:16:21:21:27 chr6 158133074 . A AT 182.94 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0419599;FXX=0.0526247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.5761;QD=10.1632;RBI=0.0655924;REFB=-0.0301166;REVB=0.0504155;RO=43;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112225;STB=0.54759;STBP=0.498;TYPE=ins;VARB=0.0371404;OID=.;OPOS=158133075;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:32:76:32:72:40:13:19:13:27:99:43:13:19:13:30 chr6 158497717 . T C 463.32 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0229088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.789;QD=52.9508;RBI=0.0229244;REFB=0.0131477;REVB=-0.00084534;RO=2;SAF=20;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444566;STB=0.523795;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000166664;OID=.;OPOS=158497717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:13:20:2:0:13:20:2:0 chr6 158499302 . G T 1098.24 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.955;QD=60.1775;RBI=0.0660173;REFB=0;REVB=0.0635242;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351708;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chr6 158505088 . A G 1031.12 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.453;QD=58.9209;RBI=0.0143199;REFB=0;REVB=-0.00380299;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45609e-05;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:28:39:0:0:30:40:0:0 chr6 158507981 . G A 115.17 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0327117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.504;QD=10.7137;RBI=0.0467472;REFB=0.00116861;REVB=0.0333952;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297549;STB=0.6742;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00211813;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:7:7:7:22:7:7:7:22 chr6 158509750 . A G 328.55 PASS AF=0.538462;AO=29;DP=60;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0962016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.0482;QD=20.2185;RBI=0.099981;REFB=-0.0642425;REVB=0.0272298;RO=30;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117102;STB=0.517847;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.058356;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:65:30:30:29:35:0.538462:19:10:14:16:20:15:14:16 chr6 158517308 . A G 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0981606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0226;QD=10.8839;RBI=0.130017;REFB=-0.0165459;REVB=0.0852576;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289686;STB=0.67699;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.025054;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:7:8:7:2:7:8 chr6 158571501 . G A 575.36 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5659;QD=60.5641;RBI=0.00845907;REFB=0;REVB=-0.00566425;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02138e-06;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr6 158735087 . C T 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7354;QD=56.9521;RBI=0.0451185;REFB=0;REVB=-0.0352298;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000807281;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr6 158735090 . T C 710.41 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000510091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.195;QD=54.6467;RBI=0.00475688;REFB=-0.0336521;REVB=0.00472945;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171217;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000112165;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:27:24:0:1:27:24:0:1 chr6 158870081 . A G 710.3 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00494868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1174;QD=54.6383;RBI=0.0510004;REFB=-0.10664;REVB=-0.0507598;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171217;STB=0.509087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00180969;OID=.;OPOS=158870081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:24:27:1:0:24:27:1:0 chr6 158902343 . C T 385.93 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=103;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00543003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.729;QD=14.8435;RBI=0.0106726;REFB=-0.00550484;REVB=0.00918798;RO=60;SAF=24;SAR=19;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043169;STB=0.516688;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00765802;OID=.;OPOS=158902343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:60:60:43:44:0.423077:19:24:31:29:20:24:31:29 chr6 158923434 . G C 808.87 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0763;QD=56.7624;RBI=0.0191322;REFB=0;REVB=0.0179792;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105122;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:23:34:0:0 chr6 158924088 . T C 393.75 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.058;QD=56.2506;RBI=0.0266085;REFB=0;REVB=0.0215633;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71438e-05;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:8:19:0:0:9:19:0:0 chr6 158927651 . A G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00398173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3011;QD=64.4132;RBI=0.0216868;REFB=0;REVB=0.0213182;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145875;OID=.;OPOS=158927651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr6 158932817 . G C 632.04 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0053;QD=61.662;RBI=0.0693685;REFB=0;REVB=0.067802;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555945;OID=.;OPOS=158932817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr6 159065758 . C G 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0306289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.984;QD=12.0714;RBI=0.0309654;REFB=-0.0175337;REVB=-0.00455275;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108481;STB=0.562449;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0326273;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:12:12:16:24:12:12:16:24 chr6 159178345 . C T 1431.0 PASS AF=0.978947;AO=88;DP=90;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0871948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1467;QD=60.2526;RBI=0.103008;REFB=-0.132889;REVB=0.0548425;RO=2;SAF=45;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000478637;STB=0.500567;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00522835;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:95:2:2:88:93:0.978947:43:45:1:1:44:49:1:1 chr6 159184462 . A G 182.81 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0387042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0803;QD=25.2156;RBI=0.0459334;REFB=0.0016532;REVB=-0.0247358;RO=11;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120303;STB=0.566857;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00180648;OID=.;OPOS=159184462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:8:10:8:3:8:10:8:3 chr6 159185563 . T A 223.26 PASS AF=0.480769;AO=23;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00764507;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.856;QD=17.1739;RBI=0.0219325;REFB=-0.0289069;REVB=0.0205569;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133007;STB=0.59992;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0248396;OID=.;OPOS=159185563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:27:23:25:0.480769:13:10:15:11:15:10:16:11 chr6 159205668 . G A 385.48 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00287273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.641;QD=26.134;RBI=0.00307552;REFB=-0.050913;REVB=-0.0010983;RO=22;SAF=22;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659066;STB=0.536063;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0212047;OID=.;OPOS=159205668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:15:22:11:11:15:22:11:11 chr6 159650978 . A G 1518.98 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.454;QD=63.291;RBI=0.045603;REFB=0;REVB=-0.0444645;RO=0;SAF=35;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340344;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:60:35:0:0:61:35:0:0 chr6 159670100 . A G 486.89 PASS AF=0.818182;AO=35;DP=45;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0212095;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.984;QD=44.2626;RBI=0.0564744;REFB=-0.0419096;REVB=0.0523404;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.563741;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00421872;OID=.;OPOS=159670100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:45:44:0:8:35:36:0.818182:17:18:0:0:17:19:7:1 chr6 159692405 . C T 1919.88 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.201;QD=60.9485;RBI=0.0313453;REFB=0;REVB=0.0285909;RO=0;SAF=68;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226746;OID=.;OPOS=159692405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:126:0:0:119:126:1:51:68:0:0:53:73:0:0 chr6 160114168 . T C 191.06 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=-0.0715718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7694;QD=13.4078;RBI=0.0852555;REFB=-0.0231774;REVB=-0.0463248;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350669;STB=0.702553;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0188153;OID=.;OPOS=160114168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:12:11:27:6:12:11:28:6 chr6 160169258 . G T 229.32 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00303386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.904;QD=14.1117;RBI=0.00402194;REFB=-0.00327691;REVB=-0.00264039;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190167;STB=0.510824;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00377653;OID=.;OPOS=160169258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:13:14:19:19:13:14:19:19 chr6 160182599 . A C 40.99 PASS AF=0.145455;AO=9;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.051148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9566;QD=2.98113;RBI=0.0828136;REFB=-0.0476273;REVB=-0.0651304;RO=44;SAF=8;SAR=1;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611298;STB=0.892704;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.208391;OID=.;OPOS=160182599;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:55:55:44:47:9:8:0.145455:1:8:16:28:1:7:18:29 chr6 160182617 . C T 115.04 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.037593;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6267;QD=10.2254;RBI=0.0512065;REFB=-0.0244923;REVB=0.0347689;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339622;STB=0.707056;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0344998;OID=.;OPOS=160182617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:30:31:14:14:0.311111:6:8:8:22:6:8:8:23 chr6 160198359 . C T 377.79 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0126802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4601;QD=21.5882;RBI=0.0248365;REFB=-0.000889425;REVB=-0.0213557;RO=31;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231308;STB=0.519074;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.000381032;OID=.;OPOS=160198359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:32:38:38:0.542857:17:21:18:13:17:21:19:13 chr6 160201295 . C A 164.01 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0100128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.394;QD=29.8201;RBI=0.0412994;REFB=-0.0390074;REVB=-0.0400672;RO=5;SAF=12;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266685;STB=0.674767;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00680759;OID=.;OPOS=160201295;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:5:6:16:16:0.727273:4:12:1:4:4:12:1:5 chr6 160206716 . T C 174.07 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00257892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2587;QD=27.8511;RBI=0.0177137;REFB=-0.0155191;REVB=0.017525;RO=8;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160005;STB=0.588683;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0111045;OID=.;OPOS=160206716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:9:8:6:2:9:8:6:2 chr6 160211636 . G A 584.93 PASS AF=0.402367;AO=66;DP=168;FAO=68;FDP=169;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=-0.000447286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.089;QD=13.8444;RBI=0.0487937;REFB=-0.0151674;REVB=0.0487916;RO=101;SAF=28;SAR=38;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034048;STB=0.517602;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0231951;OID=.;OPOS=160211636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:101:101:66:68:0.402367:38:28:46:55:39:29:46:55 chr6 160211645 . GGTT G 350.22 PASS AF=0.397436;AO=50;DP=157;FAO=62;FDP=156;FR=.;FRO=94;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.005295;FXX=0.031054;HRUN=5;LEN=3;MLLD=259.86;QD=8.97987;RBI=0.011668;REFB=0.00206864;REVB=0.0103973;RO=88;SAF=23;SAR=27;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066385;STB=0.539962;STBP=0.438;TYPE=del;VARB=-0.00238642;OID=.;OPOS=160211646;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397436:50:157:62:156:94:25:37:44:50:99:88:23:27:41:47 chr6 160224346 . T C 176.24 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0438221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.33;QD=20.734;RBI=0.0443843;REFB=-0.00270095;REVB=0.00704192;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303894;STB=0.672214;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000770416;OID=.;OPOS=160224346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:13:5:10:6:13:5:10:6 chr6 160234625 . G C 443.22 PASS AF=0.475248;AO=46;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0147509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3896;QD=17.5533;RBI=0.0454122;REFB=0.00323532;REVB=0.0429497;RO=53;SAF=22;SAR=24;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118265;STB=0.516977;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00302428;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:53:53:46:48:0.475248:24:22:26:27:26:22:26:27 chr6 160328620 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.00573425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.79;QD=11.1041;RBI=0.0146235;REFB=-0.00335796;REVB=-0.0134523;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447606;STB=0.761316;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00131357;OID=.;OPOS=160328620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:9:1:4:3:9:1 chr6 160448324 . C G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0352075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7595;QD=9.4915;RBI=0.0621782;REFB=-0.0251737;REVB=-0.0512499;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439844;STB=0.772207;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0249365;OID=.;OPOS=160448324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:9:9:0.333333:3:6:4:13:3:6:4:14 chr6 160453978 . A G 121.58 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0275131;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.268;QD=13.1432;RBI=0.0289239;REFB=-0.0213727;REVB=0.00892303;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00734615;STB=0.50632;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0325292;OID=.;OPOS=160453978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:23:14:14:0.378378:5:9:14:8:5:9:15:8 chr6 160464289 . G A 335.5 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.00137289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.939;QD=13.2871;RBI=0.00149927;REFB=-0.0168515;REVB=0.000602483;RO=62;SAF=13;SAR=26;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00650416;STB=0.503702;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0364132;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:62:62:39:39:0.386139:26:13:21:41:26:13:21:41 chr6 160468278 . A G 141.86 PASS AF=0.327586;AO=18;DP=57;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00836207;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4447;QD=9.7837;RBI=0.023078;REFB=-0.00955201;REVB=0.0215097;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272213;STB=0.542917;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.014929;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:39:18:19:0.327586:8:10:22:16:9:10:23:16 chr6 160494409 . A G 560.24 PASS AF=0.593023;AO=51;DP=86;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00766809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.923;QD=26.0577;RBI=0.00855273;REFB=-0.00436561;REVB=-0.00378809;RO=35;SAF=23;SAR=28;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168908;STB=0.509221;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00426069;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:35:35:51:51:0.593023:28:23:15:20:28:23:15:20 chr6 160505199 . C G 564.44 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.101707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.123;QD=57.8913;RBI=0.10558;REFB=-0.114318;REVB=0.0283335;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00135886;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:0:1:38:38:0.974359:20:18:0:0:20:18:0:1 chr6 160505207 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0331733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.054;QD=16.1065;RBI=0.0339128;REFB=-0.0122244;REVB=-0.00704334;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108793;STB=0.550399;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0139155;OID=.;OPOS=160505207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:10:7:11:10:10:7:11:11 chr6 160517481 . C T 576.15 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00987553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7436;QD=24.0063;RBI=0.0105808;REFB=-0.0116712;REVB=0.00379842;RO=43;SAF=32;SAR=21;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961717;STB=0.552812;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00913802;OID=.;OPOS=160517481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:43:53:53:0.552083:21:32:21:22:21:32:21:22 chr6 160645832 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.433;QD=56.7046;RBI=0.0210945;REFB=0;REVB=0.0154996;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234108;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr6 160670282 . A C 3354.52 PASS AF=0.965066;AO=221;DP=230;FAO=221;FDP=229;FR=.;FRO=8;FSAF=114;FSAR=107;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0103313;FXX=0.00865763;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.659;QD=58.5943;RBI=0.0344767;REFB=-0.153273;REVB=0.0328923;RO=8;SAF=114;SAR=107;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176828;STB=0.50929;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00120816;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:230:229:8:8:221:221:0.965066:107:114:2:6:107:114:2:6 chr6 160858188 . G A 1728.42 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.278;QD=60.6464;RBI=0.0222553;REFB=0;REVB=0.0109721;RO=0;SAF=48;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21144e-05;OID=.;OPOS=160858188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:66:48:0:0:66:48:0:0 chr6 160872151 . C T 1181.5 PASS AF=0.975309;AO=77;DP=80;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0537433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.122;QD=58.3459;RBI=0.0537471;REFB=-0.0921533;REVB=-0.000637082;RO=2;SAF=33;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278173;STB=0.513885;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00339184;OID=.;OPOS=160872151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:81:2:2:77:79:0.975309:44:33:2:0:44:35:2:0 chr6 160969629 . A G 1348.6 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00745503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.421;QD=62.0044;RBI=0.0127534;REFB=0;REVB=-0.0103475;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59571e-05;OID=.;OPOS=160969629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:48:38:0:0:48:39:0:0 chr6 161007496 . G C 270.11 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00937364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.516;QD=12.005;RBI=0.0111975;REFB=-0.0139543;REVB=-0.0061253;RO=54;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811597;STB=0.533313;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0199329;OID=.;OPOS=161007496;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:58:32:32:0.355556:16:16:23:31:16:16:26:32 chr6 161007538 . G C 319.95 PASS AF=0.357143;AO=40;DP=112;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0412003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.88;QD=11.4267;RBI=0.0485367;REFB=-0.0246037;REVB=-0.0256583;RO=67;SAF=17;SAR=23;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934562;STB=0.523907;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0597672;OID=.;OPOS=161007538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:72:40:40:0.357143:23:17:23:44:23:17:28:44 chr6 161032668 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.035;QD=44.6898;RBI=0.0368919;REFB=0;REVB=0.0351962;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310733;OID=.;OPOS=161032668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr6 161173946 . T G 2028.46 PASS AF=0.992593;AO=126;DP=129;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00526261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.832;QD=60.1026;RBI=0.0584315;REFB=-0.0814548;REVB=0.058194;RO=2;SAF=91;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00818799;STB=0.502617;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000317963;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:135:2:1:126:134:0.992593:35:91:1:1:39:95:1:0 chr6 161469774 . G A 611.61 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3488;QD=61.1611;RBI=0.0290029;REFB=0;REVB=-0.0135947;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140787;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr6 161538250 . G A 2060.24 PASS AF=1;AO=131;DP=134;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604748;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.447;QD=62.4315;RBI=0.0456786;REFB=0;REVB=0.0452766;RO=1;SAF=59;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655568;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48889e-05;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:132:1:0:131:132:1:72:59:0:1:73:59:0:0 chr6 161557662 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00416014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.749;QD=21.015;RBI=0.00539268;REFB=-0.00825313;REVB=0.00343135;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214872;STB=0.620547;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00718429;OID=.;OPOS=161557662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:3:10:8:8:3:10 chr6 162137099 . CATCTT C 105.73 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=53;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00524829;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=286.584;QD=7.83168;RBI=0.00677674;REFB=-0.00890793;REVB=-0.00428714;RO=35;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867732;STB=0.649798;STBP=0.186;TYPE=del;VARB=0.0218326;OID=.;OPOS=162137100;OREF=ATCTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:10:53:15:54:39:5:10:21:18:99:35:5:5:20:15 chr6 163149342 . A G 255.66 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.00614822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.381;QD=17.9407;RBI=0.0198119;REFB=-0.0106786;REVB=0.0188338;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323087;STB=0.679879;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0183582;OID=.;OPOS=163149342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:22:7:17:11:22:7 chr6 163587146 . C G 1040.55 PASS AF=0.986301;AO=64;DP=66;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0724559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0111;QD=57.0164;RBI=0.101399;REFB=-0.158208;REVB=0.070936;RO=0;SAF=45;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00181347;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:73:0:1:64:72:0.986301:19:45:0:0:23:49:1:0 chr6 163600225 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.256;QD=47.8222;RBI=0.0181261;REFB=0;REVB=-0.000636785;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200273;OID=.;OPOS=163600225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr6 163736204 . T C 287.86 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.000895276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.15;QD=18.5715;RBI=0.0282443;REFB=-0.0097711;REVB=0.0282301;RO=31;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778746;STB=0.549807;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0132907;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:30:31:0.5:18:12:15:16:19:12:15:16 chr6 165713961 . A C 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0239064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.185;QD=18.6424;RBI=0.0261298;REFB=-0.0163389;REVB=0.0105475;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19106;STB=0.608407;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0127364;OID=.;OPOS=165713961;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:10:14:8:13:10:14 chr6 166307718 . T C 1248.58 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611373;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.33;QD=61.6583;RBI=0.0424192;REFB=0;REVB=0.0419763;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122955;OID=.;OPOS=166307718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:38:42:0:0:39:42:0:0 chr6 166308090 . AT CC,TC 2163.95 PASS AF=0.027972,0.958042;AO=5,133;DP=140;FAO=4,137;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=4,80;FSAR=0,57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00892142,-0.00721332;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=230.161,270.253;QD=60.5299;RBI=0.0625662,0.0736423;REFB=-0.0350962,-0.0444243;REVB=0.0619269,0.0732882;RO=2;SAF=5,79;SAR=0,54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749526,0.00274173;STB=0.995773,0.501242;STBP=0.168,0.858;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0534453,-0.00152339;OID=.,.;OPOS=166308090,166308090;OREF=AT,AT;OALT=CC,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:140:143:2:2:5,133:4,137:0.027972,0.958042:0,54:5,79:1:1:0,57:4,80:1:1 chr6 166308584 . C A 740.81 PASS AF=0.964912;AO=53;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0944036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.585;QD=51.9869;RBI=0.0953842;REFB=-0.129245;REVB=0.0136423;RO=2;SAF=23;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00459838;STB=0.502267;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00644453;OID=.;OPOS=166308584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:57:2:2:53:55:0.964912:30:23:1:1:31:24:1:1 chr6 166308611 . G C 646.43 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0377421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.012;QD=50.7005;RBI=0.0461451;REFB=-0.0865824;REVB=0.0265501;RO=3;SAF=22;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231269;STB=0.51231;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00358247;OID=.;OPOS=166308611;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:3:3:48:48:0.941176:26:22:2:1:26:22:2:1 chr6 166308682 . G GAAAT 507.88 PASS AF=0.781818;AO=38;DP=59;FAO=43;FDP=55;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0185143;FXX=0.0983445;HRUN=3;LEN=4;MLLD=283.759;QD=36.9364;RBI=0.0189767;REFB=-0.0462463;REVB=0.00416383;RO=12;SAF=23;SAR=15;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194788;STB=0.590177;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.00850164;OID=.;OPOS=166308683;OREF=-;OALT=AAAT;OMAPALT=GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.781818:38:59:43:55:12:25:18:2:10:77:12:23:15:2:10 chr6 166308924 . G A 910.91 PASS AF=1;AO=63;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.791;QD=53.583;RBI=0.0739276;REFB=0;REVB=0.0719562;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081777;OID=.;OPOS=166308924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:68:0:0:63:68:1:34:29:0:0:39:29:0:0 chr6 166309167 . G A 465.65 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.479;QD=58.2065;RBI=0.0369695;REFB=0;REVB=-0.00166669;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0957e-05;OID=.;OPOS=166309167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:10:21:0:0:10:22:0:0 chr6 166309245 . A T 316.08 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000866421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.003;QD=46.8263;RBI=0.0183761;REFB=-0.0320768;REVB=-0.0183556;RO=2;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770585;STB=0.538431;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00486271;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:24:25:0.925926:11:13:0:2:12:13:0:2 chr6 166309249 . G T 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.66;QD=55.0904;RBI=0.0278305;REFB=0;REVB=0.0195305;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36431e-06;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr6 166309288 . T C 483.56 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8541;QD=58.6134;RBI=0.0592522;REFB=0;REVB=0.0534174;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101819;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:31:33:1:19:12:0:0:21:12:0:0 chr6 166571157 . G A,T 503.52 PASS AF=0.888889,0.0833333;AO=32,3;DP=36;FAO=32,3;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16,0;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0180387,0.00194298;FXX=0.0526177;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.65,38.2747;QD=55.9466;RBI=0.0187059,0.0327224;REFB=-0.108808,-0.056115;REVB=0.00495163,0.0326646;RO=0;SAF=16,0;SAR=16,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.515142,0.5;STBP=0.519,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00172481,0.0810312;OID=.,.;OPOS=166571157,166571157;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:36:36:0:1:32,3:32,3:0.888889,0.0833333:16,3:16,0:0:0:16,3:16,0:0:1 chr6 166571164 . T G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.822;QD=62.9829;RBI=0.0339118;REFB=0;REVB=0.0246367;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35306e-05;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr6 166571935 . C T 209.21 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0289791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.166;QD=13.7186;RBI=0.0292873;REFB=-0.0433534;REVB=0.00423794;RO=36;SAF=10;SAR=15;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297194;STB=0.668661;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0402774;OID=.;OPOS=166571935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:15:10:25:11:15:10:25:11 chr6 166572005 . T C 107.82 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00490252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.462;QD=13.0687;RBI=0.0307531;REFB=-0.0144657;REVB=-0.0303598;RO=20;SAF=12;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.586701;STB=0.856462;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.023799;OID=.;OPOS=166572005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:1:12:10:10:1:12:10:10 chr6 166579270 . C T 259.09 PASS AF=0.517241;AO=21;DP=56;FAO=30;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0165329;FXX=0.0169463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.9895;QD=17.8682;RBI=0.0168773;REFB=0.00511696;REVB=0.00339222;RO=20;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114026;STB=0.585374;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00158149;OID=.;OPOS=166579270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:20:26:21:30:0.517241:15:6:8:12:22:8:11:15 chr6 166721211 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905873;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=124.731;QD=42.1825;RBI=0.0924137;REFB=0;REVB=0.0182819;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963063;OID=.;OPOS=166721211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr6 166721224 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.094;QD=42.1826;RBI=0.0763377;REFB=0;REVB=0.0759763;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588349;OID=.;OPOS=166721224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr6 166736362 . C T 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0075646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.076;QD=25.6506;RBI=0.0124685;REFB=-0.00851176;REVB=-0.00991157;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18212;STB=0.600661;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00929774;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:12:13:5:13:12:13:5:13 chr6 166739684 . G A 126.74 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.86;QD=42.2464;RBI=0.0705856;REFB=0;REVB=0.0143212;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197754;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:4:8:0:0 chr6 166755975 . T C 518.49 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.494;QD=59.2563;RBI=0.0192415;REFB=0;REVB=-0.00654106;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07475e-05;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:23:12:0:0 chr6 166755979 . A C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.592;QD=59.0173;RBI=0.0167966;REFB=0;REVB=-0.00117042;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89973e-05;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr6 166778679 . T A,G 639.01 PASS AF=0.0454545,0.931818;AO=2,41;DP=44;FAO=2,41;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=2,16;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.091286,0.00202004;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=10.7444,115.632;QD=58.0913;RBI=0.107971,0.0864406;REFB=0.145078,0.0540856;REVB=0.0576603,0.086417;RO=1;SAF=2,16;SAR=0,25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0184012;STB=0.993266,0.509799;STBP=0.227,0.521;TYPE=snp,snp;VARB=0.197674,-0.00182884;OID=.,.;OPOS=166778679,166778679;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:1:1:2,41:2,41:0.0454545,0.931818:0,25:2,16:0:1:0,25:2,16:0:1 chr6 166826255 . G A 50.62 PASS AF=0.421053;AO=6;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0179475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.16;QD=10.6574;RBI=0.0440429;REFB=-0.0477255;REVB=0.0402202;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535511;STB=0.648983;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0561901;OID=.;OPOS=166826255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:18:19:10:11:6:8:0.421053:5:1:7:3:5:3:7:4 chr6 166826304 . T C 101.79 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0159008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.539;QD=16.965;RBI=0.0300423;REFB=-0.0434712;REVB=-0.0254893;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504152;STB=0.545377;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0450831;OID=.;OPOS=166826304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:12:12:11:12:0.5:7:4:5:7:8:4:5:7 chr6 166864693 . G A 169.15 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0182675;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1469;QD=16.1096;RBI=0.0358164;REFB=-0.049254;REVB=0.0308076;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129221;STB=0.564792;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0490406;OID=.;OPOS=166864693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:24:18:18:0.428571:11:7:11:10:11:7:12:12 chr6 166873010 . C T 258.53 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0376554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3738;QD=16.4144;RBI=0.0376594;REFB=-0.00605181;REVB=-0.0005496;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969237;STB=0.56287;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00761314;OID=.;OPOS=166873010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:17:12:17:16:17:12:18:16 chr6 166889281 . T A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.924;QD=60.6101;RBI=0.0513723;REFB=0;REVB=0.0496456;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148774;OID=.;OPOS=166889281;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr6 166889331 . CAG C 656.28 PASS AF=1;AO=40;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266627;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.492;QD=62.5028;RBI=0.0393093;REFB=0;REVB=0.0288846;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000375472;OID=.;OPOS=166889332;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:44:42:42:0:19:23:0:0:4:0:17:23:0:0 chr6 166902412 . GAAAAAC GAAAAC,GAAAACA 39.58 PASS AF=0.28125,0.03125;AO=8,2;DP=35;FAO=9,1;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=7,1;FSAR=2,0;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.11937,0.060068;FXX=0.0302939;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.5077,20.4212;QD=4.94766;RBI=0.133686,0.0606171;REFB=-0.0489411,-0.0483521;REVB=0.060189,0.00814065;RO=19;SAF=6,2;SAR=2,0;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.21811,0.485011;STB=0.716021,0.989752;STBP=0.169,0.496;TYPE=del,mnp;VARB=0.0972972,0.031899;OID=.,.;OPOS=166902413,166902417;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=GAAAAC,GAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125,0.03125:8,2:35:9,1:32:22:7,1:2,0:11:11:34:19:6,2:2,0:11:8 chr6 166952264 . G A,C 630.26 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=39,3;DP=42;FAO=39,3;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18,3;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362719,-0.0032302;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.8897,162.52;QD=60.0249;RBI=0.0278344,0.0106609;REFB=0,0;REVB=0.027597,-0.0101598;RO=0;SAF=18,3;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.34792e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00372518,0.184346;OID=.,.;OPOS=166952264,166952264;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:42:42:0:0:39,3:39,3:0.928571,0.0714286:21,0:18,3:0:0:21,0:18,3:0:0 chr6 167271711 . T C 844.49 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0788001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5007;QD=55.3762;RBI=0.0903416;REFB=-0.0154316;REVB=0.0441832;RO=2;SAF=20;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110628;STB=0.506327;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000807603;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:2:1:59:60:0.983607:39:20:1:1:39:21:0:1 chr6 167271716 . T C 801.7 PASS AF=1;AO=49;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.867;QD=57.2645;RBI=0.055382;REFB=0;REVB=0.0359317;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342567;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:49:56:1:35:14:0:0:38:18:0:0 chr6 167550042 . C T 867.97 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.253;QD=57.8646;RBI=0.0272168;REFB=0;REVB=0.0169915;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68252e-05;OID=.;OPOS=167550042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr6 167571048 . T C 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8148;QD=57.1042;RBI=0.0371564;REFB=0;REVB=-0.0231147;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36943e-05;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr6 167590541 . G A 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7153;QD=60.7146;RBI=0.031145;REFB=0;REVB=-0.0286607;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16438e-05;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:26:50:0:0:26:50:0:0 chr6 167590574 . G C 840.24 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113533;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.253;QD=56.0158;RBI=0.0266935;REFB=-0.148781;REVB=-0.0241587;RO=1;SAF=36;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129277;STB=0.506847;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000664345;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:59:59:0.983333:23:36:1:0:23:36:1:0 chr6 167591956 . C T 268.99 PASS AF=0.244048;AO=41;DP=169;FAO=41;FDP=168;FR=.;FRO=127;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=77;FWDB=0.030755;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5318;QD=6.40454;RBI=0.0544292;REFB=-0.00272814;REVB=0.0449073;RO=127;SAF=14;SAR=27;SRF=50;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705783;STB=0.542692;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0132374;OID=.;OPOS=167591956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:127:127:41:41:0.244048:27:14:50:77:27:14:50:77 chr6 167592524 . T C 108.76 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00678784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.002;QD=7.13152;RBI=0.00683154;REFB=-0.0111629;REVB=-0.000771409;RO=43;SAF=12;SAR=4;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228291;STB=0.644666;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0193981;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:43:45:16:16:0.262295:4:12:25:18:4:12:26:19 chr6 167592576 . G A 165.64 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.018235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6533;QD=7.9825;RBI=0.0194342;REFB=-0.0072768;REVB=-0.00672115;RO=60;SAF=13;SAR=10;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789554;STB=0.547327;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0224146;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:60:23:23:0.277108:10:13:30:30:10:13:30:30 chr6 167592601 . G A 39.09 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0307628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.532;QD=1.88405;RBI=0.0351767;REFB=-0.0106782;REVB=0.0170602;RO=74;SAF=1;SAR=8;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520187;STB=0.890386;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.08487;OID=.;OPOS=167592601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:74:74:9:9:0.108434:8:1:41:33:8:1:41:33 chr6 167592605 . TT GA 38.9 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0537409;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=2;MLLD=169.153;QD=1.8525;RBI=0.0545991;REFB=-0.00858637;REVB=-0.00964243;RO=69;SAF=1;SAR=8;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544613;STB=0.888026;STBP=0.027;TYPE=mnp;VARB=0.059985;OID=.;OPOS=167592605;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:80:84:69:75:9:9:0.107143:8:1:40:29:8:1:41:34 chr6 167711559 . G C 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00745372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.178;QD=15.1964;RBI=0.00759473;REFB=-0.0126137;REVB=0.0014567;RO=25;SAF=4;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176217;STB=0.620108;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0206298;OID=.;OPOS=167711559;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:14:4:9:16:14:4:10:16 chr6 167719436 . G A 253.23 PASS AF=0.311927;AO=34;DP=109;FAO=34;FDP=109;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0132169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7909;QD=9.29283;RBI=0.066383;REFB=-0.022055;REVB=0.0650539;RO=71;SAF=19;SAR=15;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157347;STB=0.581273;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0404609;OID=.;OPOS=167719436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:71:75:34:34:0.311927:15:19:30:41:15:19:33:42 chr6 167728774 . TGT CAC,CAT 253.77 PASS AF=0.3,0.7;AO=6,13;DP=19;FAO=6,14;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3,7;FSAR=3,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613959,-0.0217982;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=83.707,99.6683;QD=50.7536;RBI=0.0295198,0.0254901;REFB=0,0;REVB=-0.0288743,0.013213;RO=0;SAF=3,6;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.000883894,0.0108835;OID=.,.;OPOS=167728774,167728774;OREF=TGT,TG;OALT=CAC,CA;OMAPALT=CAC,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:19:20:0:0:6,13:6,14:0.3,0.7:3,7:3,6:0:0:3,7:3,7:0:0 chr6 167754661 . A G 1020.63 PASS AF=1;AO=58;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.284;QD=59.1672;RBI=0.033782;REFB=0;REVB=0.0193998;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416877;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:58:69:1:24:34:0:0:32:37:0:0 chr6 167754702 . C T 480.81 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0219017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7092;QD=22.8957;RBI=0.0338735;REFB=-0.0038014;REVB=-0.0258404;RO=38;SAF=23;SAR=23;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432758;STB=0.523799;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00245756;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:23:23:21:17:23:23:21:17 chr6 167797844 . C T 1993.04 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00124943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.613;QD=61.3244;RBI=0.00373768;REFB=-0.0929484;REVB=0.00352267;RO=0;SAF=60;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000112649;OID=.;OPOS=167797844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:0:1:129:129:0.992308:69:60:0:0:69:60:0:1 chr6 168315978 . G C 538.6 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.0148512;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.265;QD=16.0775;RBI=0.0177569;REFB=-0.0038003;REVB=0.00973389;RO=75;SAF=33;SAR=25;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182556;STB=0.513424;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00558626;OID=.;OPOS=168315978;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:75:76:58:58:0.432836:25:33:44:31:25:33:45:31 chr6 168317816 . A C 338.85 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0287985;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3301;QD=16.1357;RBI=0.0347489;REFB=-0.0280566;REVB=-0.0194456;RO=47;SAF=19;SAR=17;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472235;STB=0.534175;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0367025;OID=.;OPOS=168317816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:47:36:37:0.440476:17:19:27:20:18:19:27:20 chr6 168323664 . A G 250.36 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0398127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2495;QD=20.0291;RBI=0.0645797;REFB=0.0129925;REVB=-0.0508476;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466067;STB=0.526294;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0141262;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:15:9:11:15:15:9:11:15 chr6 168343838 . T C 1518.41 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0112;QD=62.6149;RBI=0.0673475;REFB=-0.0859436;REVB=0.0242332;RO=1;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179696;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:97:1:0:96:97:1:57:39:0:1:58:39:0:0 chr6 168349011 . C T 111.89 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0153537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.7313;QD=12.0963;RBI=0.0452615;REFB=-0.0614561;REVB=-0.0425778;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229905;STB=0.583194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0611668;OID=.;OPOS=168349011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:37:17:22:11:12:0.324324:7:4:10:7:7:5:12:10 chr6 168376866 . T C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0862045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1775;QD=42.1781;RBI=0.104089;REFB=0;REVB=0.0583369;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000447521;OID=.;OPOS=168376866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr6 168376869 . C T 65.22 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00144985;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.151;QD=23.7164;RBI=0.00824915;REFB=-0.0677503;REVB=0.00812074;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790568;STB=0.545342;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0184125;OID=.;OPOS=168376869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:11:11:3:3:8:8:0.727273:4:4:2:1:4:4:2:1 chr6 168442765 . G A 292.18 PASS AF=0.4125;AO=32;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00236314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.22;QD=14.6092;RBI=0.00302555;REFB=-0.0245602;REVB=-0.00188932;RO=41;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232889;STB=0.670278;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0321074;OID=.;OPOS=168442765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:47:32:33:0.4125:12:20:16:25:12:21:16:31 chr6 168457801 . A G 601.02 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.252;QD=60.1016;RBI=0.0434334;REFB=0;REVB=0.0425914;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220917;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:18:19:0:0:21:19:0:0 chr6 168459845 . G C 1286.93 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0299543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.187;QD=60.5613;RBI=0.0637175;REFB=-0.0724085;REVB=0.0562375;RO=1;SAF=37;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126298;STB=0.506665;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000354285;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:47:37:1:0:47:37:1:0 chr6 168479604 . G A 1143.92 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.934;QD=59.4246;RBI=0.0673454;REFB=-0.0736983;REVB=0.0620172;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036648;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:77:0:0:76:77:1:29:47:0:0:30:47:0:0 chr6 168482110 . C T 1097.03 PASS AF=1;AO=64;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5352;QD=59.2988;RBI=0.0949136;REFB=0;REVB=0.0692219;RO=1;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450049;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:1:0:64:74:1:34:30:0:1:43:31:0:0 chr6 168694594 . C T 423.85 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0393682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6571;QD=18.6307;RBI=0.0617234;REFB=-0.00684187;REVB=-0.0475386;RO=48;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897543;STB=0.549977;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00618064;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:21:22:20:28:21:22:20:28 chr6 168695309 . C T 532.45 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=0.00991498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6347;QD=20.0923;RBI=0.010122;REFB=-0.013136;REVB=0.00203681;RO=50;SAF=36;SAR=19;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125712;STB=0.560782;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0151785;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:51:55:55:0.518868:19:36:39:11:19:36:39:12 chr6 168695345 . G A 772.91 PASS AF=0.513158;AO=78;DP=150;FAO=78;FDP=152;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0249601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6991;QD=20.3397;RBI=0.0350137;REFB=-0.0350241;REVB=0.0245551;RO=72;SAF=45;SAR=33;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190705;STB=0.518037;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0326567;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:72:74:78:78:0.513158:33:45:40:32:33:45:40:34 chr6 168708751 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0296774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.416;QD=18.8206;RBI=0.0554059;REFB=-0.0057428;REVB=-0.0467875;RO=10;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443786;STB=0.763321;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00363564;OID=.;OPOS=168708751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:11:1:4:6:11:1:4:6 chr6 168708816 . T G 83.18 PASS AF=0.55;AO=9;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0133159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.428;QD=16.6367;RBI=0.0187521;REFB=-0.0189458;REVB=0.0132033;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198782;STB=0.607293;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0189691;OID=.;OPOS=168708816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:19:20:9:9:9:11:0.55:5:4:2:7:6:5:2:7 chr6 168709385 . T C 352.96 PASS AF=0.387387;AO=41;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0207986;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.773;QD=12.7194;RBI=0.024756;REFB=-0.0160279;REVB=-0.0134268;RO=67;SAF=17;SAR=24;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101958;STB=0.576968;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0232387;OID=.;OPOS=168709385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:68:41:43:0.387387:24:17:34:33:25:18:37:31 chr6 169064933 . T C 242.39 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0132171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.887;QD=29.38;RBI=0.0152781;REFB=-0.0010751;REVB=-0.00766348;RO=11;SAF=12;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109551;STB=0.560385;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000525979;OID=.;OPOS=169064933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:10:12:4:7:10:12:4:7 chr6 169621536 . A G 230.94 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0111644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.074;QD=19.2447;RBI=0.0113322;REFB=0.00201885;REVB=0.00194323;RO=24;SAF=19;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471128;STB=0.740026;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00295931;OID=.;OPOS=169621536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:25:22:23:0.479167:3:19:11:13:4:19:11:14 chr6 170033086 . G A 1280.86 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.528;QD=61.7282;RBI=0.0075145;REFB=0;REVB=0.00370869;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71886e-06;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:34:49:0:0:34:49:0:0 chr6 170059627 . G A 536.89 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.345;QD=59.6541;RBI=0.0324048;REFB=0;REVB=0.0240628;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153246;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:18:18:0:0 chr6 170068180 . A G 1484.39 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.079501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.076;QD=58.7877;RBI=0.07958;REFB=0;REVB=-0.00354532;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317937;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:101:0:0:96:101:1:54:42:0:0:59:42:0:0 chr6 170070722 . CA C,CG 545.63 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=5,30;DP=35;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640166,0.0623704;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.0059,113.812;QD=58.9867;RBI=0.109178,0.207208;REFB=0,0;REVB=0.0884402,0.197598;RO=0;SAF=2,22;SAR=3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0264374,9.14695e-07;OID=.,.;OPOS=170070723,170070723;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0540541,0.945946:5,30:35:2,35:37:0:1,24:1,11:0:0:7:0:2,22:3,8:0:0 chr6 170102267 . A G 255.14 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0791158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.112;QD=51.0283;RBI=0.095152;REFB=0;REVB=-0.0528639;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00438558;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr6 170103508 . G GT 233.02 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.4908;QD=44.385;RBI=0.0414686;REFB=0;REVB=-0.0354928;RO=2;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000637153;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:22:21:21:0:11:10:0:0:4:2:10:10:2:0 chr6 170190200 . G A 1458.23 PASS AF=1;AO=90;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0701;QD=60.1332;RBI=0.0859853;REFB=-0.0598368;REVB=0.0567672;RO=4;SAF=31;SAR=59;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310525;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223634;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:97:4:0:90:97:1:59:31:0:4:64:33:0:0 chr6 170190659 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.551;QD=42.1825;RBI=0.0711988;REFB=0;REVB=0.018123;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022627;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 170592945 . C T 207.78 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00524373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.961;QD=17.6832;RBI=0.00817359;REFB=-0.0201712;REVB=-0.00626983;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164593;STB=0.617532;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0194398;OID=.;OPOS=170592945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:26:21:21:0.446809:14:7:12:12:14:7:14:12 chr6 170597305 . C T 247.6 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0157856;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0346;QD=19.4198;RBI=0.0172224;REFB=-0.0229051;REVB=0.00688683;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668278;STB=0.547908;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0463965;OID=.;OPOS=170597305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:15:11:12:12:15:11:13:12 chr6 170627651 . G A 123.1 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.109901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.364;QD=37.8758;RBI=0.114547;REFB=-0.167876;REVB=0.0322941;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475628;STB=0.526273;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00666806;OID=.;OPOS=170627651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:9:3:0:1:9:3:0:1 chr6 170845354 . A G 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0102539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.089;QD=17.1556;RBI=0.0264741;REFB=0.00468839;REVB=0.0244077;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176965;STB=0.601147;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00362277;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:8:12:7:10:8:12 chr6 170862300 . G C 720.0 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=-0.057448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.418;QD=19.073;RBI=0.0608754;REFB=-0.00835506;REVB=0.0201381;RO=75;SAF=30;SAR=44;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434318;STB=0.515306;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00887167;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:77:74:74:0.490066:44:30:27:48:44:30:29:48 chr6 170871040 . A G 38.96 PASS AF=0.461538;AO=4;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0868482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.989;QD=11.9866;RBI=0.0929697;REFB=-0.0324645;REVB=0.0331778;RO=7;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448885;STB=0.599629;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0586579;OID=.;OPOS=170871040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:13:13:7:7:4:6:0.461538:3:1:2:5:5:1:2:5 chr6 170871245 . TC T 30.92 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.111042;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.3155;QD=3.34295;RBI=0.115858;REFB=-0.12419;REVB=-0.0330568;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515826;STB=0.688144;STBP=0.154;TYPE=del;VARB=0.141258;OID=.;OPOS=170871246;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:10:37:10:37:27:7:3:12:15:30:19:8:2:6:13 chr6 170878793 . T C 2008.15 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.317;QD=62.2681;RBI=0.0695492;REFB=0;REVB=0.0622496;RO=0;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235371;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:70:59:0:0:70:59:0:0 chr6 170881855 . A G 152.81 PASS AF=0.5;AO=14;DP=32;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0122425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.92;QD=16.9793;RBI=0.0281046;REFB=-0.0111865;REVB=0.025298;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162458;STB=0.529573;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0132339;OID=.;OPOS=170881855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:36:18:18:14:18:0.5:7:7:6:12:11:7:6:12 chr6 170887693 . G C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00804927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.354;QD=15.5713;RBI=0.0303733;REFB=0.00315456;REVB=0.0292873;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129418;STB=0.574344;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00278091;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:10:2:3:8:10:2 chr7 299850 . G T 337.08 PASS AF=0.390476;AO=39;DP=103;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.000146135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.02;QD=12.8413;RBI=0.00837698;REFB=-0.0220473;REVB=-0.00837571;RO=63;SAF=22;SAR=17;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179856;STB=0.588247;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0280155;OID=.;OPOS=299850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:63:64:39:41:0.390476:17:22:25:38:19:22:25:39 chr7 299881 . A G 320.05 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.112235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6698;QD=13.6193;RBI=0.128066;REFB=-0.00224796;REVB=-0.0616781;RO=58;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00319827;STB=0.501824;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.000195001;OID=.;OPOS=299881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:21:15:24:34:21:15:24:34 chr7 470239 . A G 1246.02 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.05;QD=61.5319;RBI=0.018863;REFB=0;REVB=-0.0164284;RO=0;SAF=7;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42117e-05;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:73:7:0:0:73:8:0:0 chr7 470281 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.621;QD=59.0187;RBI=0.0168291;REFB=0;REVB=0.00402419;RO=0;SAF=2;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9918e-05;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:32:2:0:0:32:2:0:0 chr7 470316 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.306;QD=33.4285;RBI=0.0218385;REFB=0;REVB=0.0218385;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570214;OID=.;OPOS=470316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr7 540741 . G A 1268.67 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161208;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.9;QD=61.8862;RBI=0.0818999;REFB=0;REVB=0.0802976;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349204;OID=.;OPOS=540741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr7 552046 . A G 242.92 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=20;FWDB=0.00781904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.95;QD=22.5973;RBI=0.0131342;REFB=0.00464772;REVB=-0.0105533;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415893;STB=0.727119;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00185006;OID=.;OPOS=552046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:0:20:12:11:0:20 chr7 590148 . G A 243.37 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00629932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2821;QD=17.3833;RBI=0.0250454;REFB=-0.0192532;REVB=0.0242403;RO=29;SAF=6;SAR=20;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136751;STB=0.554607;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0120698;OID=.;OPOS=590148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:29:26:27:0.482143:20:6:10:19:20:7:10:19 chr7 590199 . A G 61.8 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.000630023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.075;QD=7.27059;RBI=0.000631356;REFB=-0.00163466;REVB=4.10178e-05;RO=24;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459965;STB=0.792008;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00758575;OID=.;OPOS=590199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:24:25:9:9:0.264706:8:1:10:14:8:1:10:15 chr7 590229 . T C 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.123304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.461;QD=9.49063;RBI=0.12341;REFB=-0.0162024;REVB=-0.00511408;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431551;STB=0.764106;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0287287;OID=.;OPOS=590229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:7:2:11:7:7:2:11:7 chr7 624221 . T G 2872.66 PASS AF=1;AO=157;DP=198;FAO=181;FDP=181;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=74;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497759;FXX=0.0858543;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.5;QD=63.4843;RBI=0.01507;REFB=0;REVB=0.0142242;RO=0;SAF=57;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43095e-05;OID=.;OPOS=624221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:198:181:0:0:157:181:1:100:57:0:0:107:74:0:0 chr7 772174 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.494;QD=56.1913;RBI=0.0525653;REFB=0;REVB=0.013297;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146672;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr7 808810 . C G 151.77 PASS AF=0.592593;AO=14;DP=25;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00808783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.955;QD=22.4839;RBI=0.0392251;REFB=-0.0314285;REVB=0.0383822;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347298;STB=0.671144;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0200699;OID=.;OPOS=808810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:27:11:11:14:16:0.592593:4:10:3:8:5:11:3:8 chr7 810219 . T C 887.07 PASS AF=0.540373;AO=87;DP=161;FAO=87;FDP=161;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.121507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7732;QD=22.0391;RBI=0.121523;REFB=-0.018545;REVB=-0.00199225;RO=73;SAF=36;SAR=51;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501066;STB=0.523359;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0139848;OID=.;OPOS=810219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:73:74:87:87:0.540373:51:36:26:47:51:36:27:47 chr7 814788 . G A 597.93 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5526;QD=59.7929;RBI=0.140767;REFB=0;REVB=0.0212639;RO=1;SAF=11;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407079;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031676;OID=.;OPOS=814788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:28:11:1:0:28:12:0:0 chr7 881668 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.336;QD=62.022;RBI=0.0596684;REFB=0;REVB=-0.00802193;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230471;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr7 882895 . C G 116.28 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5017;QD=42.2836;RBI=0.10849;REFB=0;REVB=0.108344;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382566;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:3:6:0:0:5:6:0:0 chr7 926827 . T C 380.35 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295627;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.927;QD=56.3478;RBI=0.0482108;REFB=0;REVB=0.0380832;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013064;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr7 933369 . T C 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0103226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.867;QD=6.57363;RBI=0.0141414;REFB=-0.00283536;REVB=-0.00966559;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603731;STB=0.877291;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00266373;OID=.;OPOS=933369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:4:12:1:5:4:12 chr7 940181 . C T 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00314859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.774;QD=57.823;RBI=0.0272548;REFB=-0.0308004;REVB=0.0270723;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00283113;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:16:22:0:0:16:22:1:0 chr7 940230 . T C 276.82 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00178534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.174;QD=26.364;RBI=0.0255904;REFB=-0.0258328;REVB=-0.0255281;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121739;STB=0.567309;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0199773;OID=.;OPOS=940230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:13:12:11:6:13:12:11:6 chr7 940258 . G GGGCAAAGGCA 116.54 PASS AF=0.358974;AO=10;DP=45;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0189492;FXX=0.0714116;HRUN=4;LEN=10;MLLD=297.509;QD=11.9532;RBI=0.0298318;REFB=-0.0173857;REVB=-0.0230405;RO=30;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246252;STB=0.507452;STBP=0.978;TYPE=ins;VARB=0.0271465;OID=.;OPOS=940259;OREF=-;OALT=GGCAAAGGCA;OMAPALT=GGGCAAAGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358974:10:45:14:39:25:8:6:14:11:99:30:7:3:15:15 chr7 960434 . A G 451.29 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0163999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.226;QD=22.014;RBI=0.0314455;REFB=-0.0128361;REVB=-0.0268303;RO=36;SAF=21;SAR=23;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727272;STB=0.550758;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0115447;OID=.;OPOS=960434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:38:44:44:0.536585:23:21:14:22:23:21:14:24 chr7 1037310 . AG AC,A,AGG 48.44 PASS AF=0.0519481,0.220779,0;AO=4,26,8;DP=76;FAO=4,17,0;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=0,4,0;FSAR=4,13,0;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.0245093,0.19612,-0.184443;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=107.564,7.31352,10.5633;QD=2.51614;RBI=0.0464177,0.26564,0.250698;REFB=-0.00786194,-0.132677,0.116933;REVB=-0.0394195,-0.179169,0.169794;RO=31;SAF=0,4,8;SAR=4,22,0;SRF=28;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.807975,-0.671701,0.628397;STB=0.998006,0.797216,0.5;STBP=0.008,0.01,1;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.190598,0.139168,0.0294667;OID=.,.,.;OPOS=1037311,1037311,1037311;OREF=G,G,-;OALT=C,-,G;OMAPALT=AC,A,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0519481,0.220779,0:4,26,8:76:4,17,0:77:56:0,4,0:4,13,0:36:20:41:31:0,4,8:4,22,0:28:3 chr7 1481919 . C A 743.19 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0375564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.647;QD=59.4552;RBI=0.0440653;REFB=-0.105321;REVB=0.0230494;RO=1;SAF=16;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284913;STB=0.50746;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000648542;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:48:48:0.96:32:16:1:0:32:16:1:1 chr7 1482009 . G C 695.97 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.04833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.45;QD=60.5189;RBI=0.048877;REFB=-0.0744013;REVB=0.00729187;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000277662;OID=.;OPOS=1482009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:21:24:0:0:21:24:0:1 chr7 1484572 . A G 96.76 PASS AF=1;AO=3;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.205413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0018;QD=38.7048;RBI=0.2144;REFB=0;REVB=-0.0614223;RO=0;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0210442;OID=.;OPOS=1484572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:3:10:1:1:2:0:0:5:5:0:0 chr7 1533513 . A G 329.83 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0104099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.09;QD=15.706;RBI=0.0294825;REFB=-0.00818192;REVB=-0.0275835;RO=48;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138265;STB=0.577615;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0112847;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:20:16:15:33:20:16:15:33 chr7 1538614 . G A 198.43 PASS AF=0.45614;AO=21;DP=49;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00376888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.923;QD=13.9247;RBI=0.0268901;REFB=-0.00900052;REVB=0.0266247;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217301;STB=0.615914;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00851616;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:57:27:31:21:26:0.45614:9:12:21:6:14:12:21:10 chr7 1542697 . G A 361.04 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0156938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.856;QD=32.0927;RBI=0.0223716;REFB=-0.0471294;REVB=0.0159435;RO=14;SAF=12;SAR=18;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059802;STB=0.52292;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0323259;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:15:30:30:0.666667:18:12:7:7:18:12:7:8 chr7 1542814 . T C 196.18 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0216428;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.211;QD=19.6178;RBI=0.0220578;REFB=-0.0187591;REVB=0.00425846;RO=18;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274686;STB=0.63284;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0145194;OID=.;OPOS=1542814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:18:20:19:20:0.5:14:5:10:8:14:6:11:9 chr7 1543981 . C A 124.15 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0256906;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.918;QD=15.5185;RBI=0.0271712;REFB=-0.018113;REVB=-0.00884686;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17581;STB=0.601626;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0215078;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:11:7:8:6:11:7 chr7 1588391 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0687662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1066;QD=13.959;RBI=0.0688045;REFB=-0.00547509;REVB=0.00229594;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358511;STB=0.713673;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00179688;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:5:2:5:2:5:2 chr7 1588768 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0449625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.975;QD=13.2055;RBI=0.0454554;REFB=-0.0318089;REVB=-0.00667577;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145035;STB=0.587932;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0264909;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:3:3:4:2:3:3 chr7 1594986 . GGC G,GG 101.83 PASS AF=0.358974,0.153846;AO=13,8;DP=39;FAO=14,6;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=4,1;FSAR=10,5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0336941,-0.0872047;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=15.5334,9.23399;QD=10.444;RBI=0.147173,0.110123;REFB=-0.0774817,-0.121057;REVB=-0.143264,-0.0672491;RO=11;SAF=2,3;SAR=11,5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0.30137,0;SSEP=0,0.30137;SSSB=-0.460257,-0.249111;STB=0.618869,0.768238;STBP=0.248,0.172;TYPE=del,del;VARB=0.0565123,0.123283;OID=.,.;OPOS=1594987,1594988;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358974,0.153846:13,8:39:14,6:39:19:4,1:10,5:9:10:64:11:2,3:11,5:7:4 chr7 1878377 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.268;QD=63.8717;RBI=0.0234017;REFB=0;REVB=0.011906;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5772e-05;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr7 2257612 . G A 217.5 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0221148;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3054;QD=13.3848;RBI=0.0241544;REFB=-0.0138493;REVB=0.00971445;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199707;STB=0.613949;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0260233;OID=.;OPOS=2257612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:39:39:26:26:0.4:15:11:24:15:15:11:24:15 chr7 2297006 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.641;QD=58.5997;RBI=0.0174296;REFB=0;REVB=-0.0133859;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7178e-06;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr7 2303986 . T C 556.71 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0695923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4381;QD=60.1851;RBI=0.0896206;REFB=0;REVB=0.0564691;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232288;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr7 2314844 . G A 441.89 PASS AF=0.6;AO=41;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0303666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.253;QD=25.2508;RBI=0.0303869;REFB=0.000982803;REVB=0.0011101;RO=28;SAF=20;SAR=21;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123903;STB=0.562385;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.000860622;OID=.;OPOS=2314844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:41:42:0.6:21:20:9:19:22:20:9:19 chr7 2406630 . G T 67.95 PASS AF=0.175439;AO=5;DP=53;FAO=10;FDP=57;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=43;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.0516783;FXX=0.0499917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.0012;QD=4.76811;RBI=0.0557002;REFB=-0.104611;REVB=0.0207815;RO=33;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.537082;STB=0.867818;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0856152;OID=.;OPOS=2406630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:53:57:33:43:5:10:0.175439:2:3:5:28:2:8:12:31 chr7 2566028 . G A 225.88 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.000605436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.773;QD=27.3796;RBI=0.0160111;REFB=-0.0529566;REVB=0.0159997;RO=9;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20243;STB=0.552276;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0304265;OID=.;OPOS=2566028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:30:33:9:12:21:21:0.636364:11:10:1:8:11:10:4:8 chr7 2566484 . C T 638.23 PASS AF=0.427711;AO=71;DP=166;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0109611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.936;QD=15.3791;RBI=0.0111155;REFB=-0.00684261;REVB=0.00184636;RO=92;SAF=45;SAR=26;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128556;STB=0.575991;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00316371;OID=.;OPOS=2566484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:92:95:71:71:0.427711:26:45:47:45:26:45:48:47 chr7 2611878 . T C 386.28 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00788006;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.821;QD=20.0666;RBI=0.00826654;REFB=-0.00594791;REVB=-0.00249808;RO=35;SAF=17;SAR=22;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107571;STB=0.547611;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00305799;OID=.;OPOS=2611878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:38:39:39:0.506494:22:17:11:24:22:17:13:25 chr7 2613042 . G C 349.16 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00844136;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.999;QD=16.0535;RBI=0.0146683;REFB=-0.0196204;REVB=-0.0119959;RO=50;SAF=22;SAR=14;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196471;STB=0.616136;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.025321;OID=.;OPOS=2613042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:36:37:0.425287:14:22:21:29:14:23:21:29 chr7 2623351 . G A 213.89 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0362964;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.847;QD=19.4445;RBI=0.0465022;REFB=0.000209765;REVB=0.0290693;RO=22;SAF=4;SAR=17;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11041;STB=0.586118;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.000930894;OID=.;OPOS=2623351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:23:21:21:0.477273:17:4:6:16:17:4:7:16 chr7 2636689 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0680686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8647;QD=17.2284;RBI=0.0728878;REFB=-0.030062;REVB=0.0260633;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0305427;OID=.;OPOS=2636689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:4:4:3:2:4:4:3:3 chr7 2748758 . G C 257.45 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00038548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8128;QD=23.4045;RBI=0.0384736;REFB=0.0143315;REVB=-0.0384717;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122424;STB=0.503814;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0125326;OID=.;OPOS=2748758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:20:24:24:0.545455:13:11:9:10:13:11:9:11 chr7 2748803 . C T 147.23 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0265687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.895;QD=16.3585;RBI=0.0324233;REFB=-0.0171557;REVB=-0.0185842;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123809;STB=0.571338;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0120227;OID=.;OPOS=2748803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:10:10:10:6:10:10 chr7 2770297 . G A 110.6 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0232844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.7699;QD=15.2547;RBI=0.0234265;REFB=-0.00848105;REVB=-0.00257613;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385084;STB=0.706492;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00933661;OID=.;OPOS=2770297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:16:13:13:0.448276:9:4:11:4:9:4:11:5 chr7 2770845 . C T 582.58 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00362897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1912;QD=21.1845;RBI=0.00387869;REFB=-0.0043466;REVB=0.00136922;RO=50;SAF=27;SAR=32;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118588;STB=0.560348;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0039829;OID=.;OPOS=2770845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:51:59:59:0.536364:32:27:30:20:32:27:30:21 chr7 2946460 . GT G,GC 249.77 PASS AF=0.2,0.8;AO=3,17;DP=21;FAO=4,16;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317131,0.0425557;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.507,163.255;QD=49.9537;RBI=0.0494042,0.0575843;REFB=0,0;REVB=-0.0378821,-0.038794;RO=0;SAF=2,2;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.95117e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0298734,0.0067727;OID=.,.;OPOS=2946461,2946461;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.8:3,17:21:4,16:20:0:2,2:2,14:0:0:19:0:2,2:1,15:0:0 chr7 2957005 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.742;QD=55.0982;RBI=0.0306115;REFB=0;REVB=0.0053674;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242819;OID=.;OPOS=2957005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr7 4026944 . C G 325.33 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0288803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1965;QD=22.4363;RBI=0.0344672;REFB=-0.044346;REVB=0.0188127;RO=25;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279473;STB=0.515409;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0340139;OID=.;OPOS=4026944;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:20:13:9:16:20:13:9:16 chr7 4172006 . C T 308.08 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0576502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.126;QD=20.8866;RBI=0.0578165;REFB=-0.0336466;REVB=-0.00438203;RO=26;SAF=11;SAR=21;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00215494;STB=0.513379;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0189864;OID=.;OPOS=4172006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:21:11:9:17:21:11:10:17 chr7 4189075 . G C 175.89 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00524521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1598;QD=13.2748;RBI=0.0553692;REFB=-0.0191258;REVB=0.0551202;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289481;STB=0.503813;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0302745;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:32:21:21:0.396226:13:8:11:20:13:8:12:20 chr7 4213877 . T C 254.4 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0119033;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.046;QD=15.1882;RBI=0.0217796;REFB=-0.00213739;REVB=0.0182391;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121208;STB=0.549496;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00114474;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:38:28:29:0.432836:17:11:18:17:17:12:19:19 chr7 4213940 . T C 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0284689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.499;QD=14.1953;RBI=0.0306628;REFB=-0.0104486;REVB=-0.0113898;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158932;STB=0.509083;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0171423;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:13:19:14:9:13:19 chr7 4213975 . A G 167.14 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.000716806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.354;QD=15.1947;RBI=0.0143516;REFB=-0.0122429;REVB=0.0143337;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622022;STB=0.543813;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0236494;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:12:6:7:18:12:6:7:19 chr7 4267072 . T A 151.45 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0250685;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=42.5617;QD=11.8786;RBI=0.130851;REFB=-0.0183457;REVB=0.128427;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096183;STB=0.565145;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.052408;OID=.;OPOS=4267072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:33:18:18:0.352941:8:10:12:14:8:10:15:18 chr7 4780514 . G T 712.16 PASS AF=0.5;AO=69;DP=138;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.0278423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.094;QD=20.3474;RBI=0.0279583;REFB=-0.0149702;REVB=-0.00254381;RO=69;SAF=33;SAR=36;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14409;STB=0.578103;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00896247;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:69:70:69:70:0.5:36:33:44:25:37:33:44:26 chr7 4802029 . T G 532.87 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.422;QD=59.2078;RBI=0.0606903;REFB=0;REVB=0.0040148;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146523;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:13:20:0:0:13:23:0:0 chr7 4841470 . T C,G 638.44 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881644,0.00447096;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=269.354,225.729;QD=60.8039;RBI=0.0101565,0.00752533;REFB=0,0;REVB=-0.00504225,-0.00605318;RO=0;SAF=12,2;SAR=28,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00250245,0.0525816;OID=.,.;OPOS=4841470,4841470;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:28,0:12,2:0:0:28,0:12,2:0:0 chr7 4843364 . TC CG,TCG 36.23 PASS AF=0.0555556,0.0925926;AO=5,6;DP=55;FAO=3,5;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=1,3;FSAR=2,2;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00328138,0.0153169;FXX=0.0181785;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=31.8778,17.6587;QD=2.68403;RBI=0.134738,0.134844;REFB=-0.00455399,-0.0196561;REVB=-0.134698,-0.133972;RO=43;SAF=3,2;SAR=2,4;SRF=25;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0215645,-0.284039;STB=0.70919,0.532128;STBP=0.51,0.949;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0525977,0.0357486;OID=.,.;OPOS=4843364,4843366;OREF=TC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:55:54:43:46:5,6:3,5:0.0555556,0.0925926:2,4:3,2:25:18:2,2:1,3:26:20 chr7 4874250 . G A 109.54 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=-0.0264904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.332;QD=8.11385;RBI=0.0372753;REFB=-0.00322279;REVB=-0.0262241;RO=39;SAF=8;SAR=7;SRF=31;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330093;STB=0.694442;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0169512;OID=.;OPOS=4874250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:7:8:31:8:7:8:31:8 chr7 4874334 . C G 715.96 PASS AF=0.469136;AO=76;DP=162;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=-0.0578535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.911;QD=17.678;RBI=0.05814;REFB=-0.0415043;REVB=-0.00576535;RO=84;SAF=37;SAR=39;SRF=55;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15913;STB=0.58075;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0323863;OID=.;OPOS=4874334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:84:86:76:76:0.469136:39:37:55:29:39:37:55:31 chr7 4898894 . A C 128.29 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00503469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.836;QD=12.2182;RBI=0.00626676;REFB=-0.0117592;REVB=-0.00373151;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0289059;OID=.;OPOS=4898894;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:10:5:9:17:10:5:9:18 chr7 4900095 . A G 271.24 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0333979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.425;QD=37.4117;RBI=0.0371203;REFB=-0.0384584;REVB=0.0162017;RO=6;SAF=15;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127356;STB=0.569558;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00708216;OID=.;OPOS=4900095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:6:6:23:23:0.793103:8:15:2:4:8:15:2:4 chr7 4901191 . T C 112.94 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0352274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5655;QD=9.41137;RBI=0.0482758;REFB=0.00108385;REVB=-0.0330088;RO=34;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323906;STB=0.696684;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00631471;OID=.;OPOS=4901191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:4:10:15:19:4:10:15:19 chr7 4901385 . A C 61.64 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0925623;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5945;QD=12.9776;RBI=0.0948822;REFB=-0.0213067;REVB=-0.0208532;RO=9;SAF=0;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.792135;STB=0.834892;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.032249;OID=.;OPOS=4901385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:20:19:9:11:7:8:0.421053:7:0:6:3:7:1:7:4 chr7 4955653 . C T 88.07 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.00584107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.878;QD=14.0908;RBI=0.0222452;REFB=-0.041386;REVB=-0.0214646;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397599;STB=0.724877;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0515987;OID=.;OPOS=4955653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:13:1:5:6:13:1 chr7 5096958 . T C 93.16 PASS AF=0.55;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00316098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.982;QD=18.6312;RBI=0.00660386;REFB=-0.0256756;REVB=-0.0057982;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178658;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0219712;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:19:20:7:9:11:11:0.55:5:6:4:3:5:6:4:5 chr7 5104275 . G A 153.64 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0261171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.392;QD=18.6224;RBI=0.0390791;REFB=-0.00951171;REVB=-0.0290702;RO=15;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300896;STB=0.66963;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0205241;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:15:16:16:17:0.515152:13:3:7:8:14:3:7:9 chr7 5104359 . G A 65.33 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0216953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.841;QD=10.452;RBI=0.0221178;REFB=-0.0303735;REVB=-0.00430233;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410717;STB=0.524943;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.021273;OID=.;OPOS=5104359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:4:12:7:2:4:12 chr7 5112035 . C T 205.73 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0142838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8305;QD=31.6507;RBI=0.0225603;REFB=-0.0358302;REVB=0.0174625;RO=7;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439998;STB=0.524204;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.02211;OID=.;OPOS=5112035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:7:12:5:2:7:12:5:2 chr7 5161512 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.037;QD=51.9167;RBI=0.00813706;REFB=0;REVB=-0.000473073;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21692e-05;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr7 5161640 . G C 788.67 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219565;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.352;QD=64.3812;RBI=0.0344047;REFB=0;REVB=0.0264877;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142398;OID=.;OPOS=5161640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr7 5166500 . A G 542.21 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359083;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1355;QD=60.2454;RBI=0.0359342;REFB=0;REVB=0.00136503;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487734;OID=.;OPOS=5166500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr7 5254227 . C G 1453.32 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0536067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9657;QD=63.1876;RBI=0.0654156;REFB=0;REVB=0.0374903;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011492;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:54:37:0:0:54:38:0:0 chr7 5271656 . GCTTCC G 170.77 PASS AF=0.53125;AO=14;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00648276;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=5;MLLD=219.014;QD=21.3462;RBI=0.00926728;REFB=0.000589379;REVB=-0.00662241;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177944;STB=0.629074;STBP=0.163;TYPE=del;VARB=-0.00054443;OID=.;OPOS=5271657;OREF=CTTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:14:31:17:32:15:9:8:12:3:99:10:8:6:8:2 chr7 5352790 . CGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT CGCTGCTGCTGCTGCTGCT,CGCTGCTGCTGCTGCTGCTACTGCTGCC 217.81 PASS AF=0.548387,0.16129;AO=13,5;DP=33;FAO=17,5;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=6,0;FSAR=11,5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.107916,0.0658617;FXX=0.0882094;HRUN=1,1;LEN=9,9;MLLD=245.473,181.044;QD=28.1046;RBI=0.10822,0.0732606;REFB=-0.0563926,-0.045096;REVB=0.00811257,-0.0320836;RO=9;SAF=5,0;SAR=8,5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.128523,-0.680712;STB=0.550963,0.996555;STBP=0.543,0.176;TYPE=del,mnp;VARB=0.0439367,0.0718425;OID=.,.;OPOS=5352791,5352809;OREF=GCTGCTGCT,GCTGCTGCT;OALT=-,ACTGCTGCC;OMAPALT=CGCTGCTGCTGCTGCTGCT,CGCTGCTGCTGCTGCTGCTACTGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548387,0.16129:13,5:33:17,5:31:9:6,0:11,5:2:7:76:9:5,0:8,5:2:7 chr7 5410695 . G A 205.77 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0187534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.825;QD=23.516;RBI=0.0390406;REFB=-0.0169931;REVB=-0.0342415;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12452;STB=0.55097;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0083363;OID=.;OPOS=5410695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:9:11:10:4:9:11:10:5 chr7 5427517 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9054;QD=43.4851;RBI=0.0204491;REFB=0;REVB=-0.0136555;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15171e-05;OID=.;OPOS=5427517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr7 5427720 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.725;QD=44.6894;RBI=0.0467594;REFB=0;REVB=0.0377608;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851096;OID=.;OPOS=5427720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr7 5434135 . A G 461.98 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3932;QD=57.7472;RBI=0.0966734;REFB=0;REVB=-0.0818358;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00230778;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr7 5460325 . G C 406.38 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.00530209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.672;QD=19.8235;RBI=0.0156048;REFB=-0.0312584;REVB=-0.0146764;RO=40;SAF=16;SAR=25;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271296;STB=0.643959;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0375859;OID=.;OPOS=5460325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:41:41:41:0.5:25:16:28:12:25:16:28:13 chr7 5460550 . C T 1256.68 PASS AF=0.954545;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0126951;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.545;QD=57.1219;RBI=0.0293584;REFB=-0.0419183;REVB=0.0264717;RO=3;SAF=50;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275724;STB=0.519226;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000143022;OID=.;OPOS=5460550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:89:88:3:4:84:84:0.954545:34:50:3:0:34:50:4:0 chr7 5487423 . C G 314.01 PASS AF=1;AO=13;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.4141;QD=50.2408;RBI=0.18466;REFB=0;REVB=-0.0561129;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316202;OID=.;OPOS=5487423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:1:0:13:25:1:4:9:1:0:6:19:0:0 chr7 5487457 . CT AC 394.2 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00076679;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.27;QD=52.56;RBI=0.0414865;REFB=0;REVB=0.0414794;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000246653;OID=.;OPOS=5487457;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:25:30:1:7:18:0:0:10:20:0:0 chr7 5515624 . T G 790.88 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.411;QD=55.5002;RBI=0.00994305;REFB=0;REVB=-0.00821822;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466062;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:54:57:1:30:24:0:0:30:27:0:0 chr7 5518331 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.775;QD=45.8068;RBI=0.0521498;REFB=0;REVB=0.0355795;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015654;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr7 5518333 . A T 154.78 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.727;QD=44.2232;RBI=0.0460665;REFB=0;REVB=0.0255997;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212914;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:10:4:0:0 chr7 5528883 . G A 432.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578424;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.964;QD=57.7282;RBI=0.00910343;REFB=0;REVB=-0.00702958;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11007e-06;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:10:20:0:0 chr7 5529758 . G A 68.51 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621547;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.954;QD=39.1464;RBI=0.0655915;REFB=0;REVB=-0.0209532;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123762;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr7 5540769 . A C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8902;QD=64.4129;RBI=0.0552519;REFB=0;REVB=-0.054991;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000717542;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr7 5541657 . G A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3827;QD=58.1402;RBI=0.0546273;REFB=0;REVB=0.019549;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810682;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr7 5646231 . T C 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0174349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.019;QD=13.0149;RBI=0.0181235;REFB=-0.0327333;REVB=0.00494814;RO=32;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288674;STB=0.51672;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0447272;OID=.;OPOS=5646231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:13:7:12:20:13:7:12:20 chr7 5760687 . G C 341.81 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.013707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.713;QD=15.8981;RBI=0.0259302;REFB=-0.0271168;REVB=-0.0220112;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101041;STB=0.525112;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0349724;OID=.;OPOS=5760687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:44:49:37:37:0.430233:19:18:26:18:19:18:26:23 chr7 5959485 . G A 75.6 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0188153;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3718;QD=4.51323;RBI=0.045548;REFB=-0.00371632;REVB=-0.0414801;RO=54;SAF=11;SAR=2;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37985;STB=0.753838;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0250377;OID=.;OPOS=5959485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:67:54:54:13:13:0.19403:2:11:32:22:2:11:32:22 chr7 5965258 . T C 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0536255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.877;QD=30.8209;RBI=0.065078;REFB=-0.0572811;REVB=0.0368708;RO=3;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903656;STB=0.550477;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0274164;OID=.;OPOS=5965258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:5:7:1:2:5:7:1:2 chr7 5965334 . C T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.000416707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.468;QD=18.0506;RBI=0.0229325;REFB=-0.0201342;REVB=0.0229287;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193381;STB=0.6109;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0188581;OID=.;OPOS=5965334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:2:6:5:5:2:6 chr7 5983012 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.7;QD=39.2068;RBI=0.0181576;REFB=0;REVB=0.017308;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159756;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr7 6026775 . T C 341.41 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=30;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0246032;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.627;QD=47.0911;RBI=0.0318547;REFB=-0.200396;REVB=0.0202338;RO=2;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512114;STB=0.533309;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00222407;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:30:29:2:2:26:27:0.931034:14:12:1:1:14:13:0:2 chr7 6026942 . G T 182.82 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00399574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2498;QD=15.2349;RBI=0.0188923;REFB=-0.0229446;REVB=-0.0184649;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185687;STB=0.576849;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0259237;OID=.;OPOS=6026942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:28:20:20:0.416667:9:11:19:7:9:11:19:9 chr7 6026988 . G A 212.51 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00550024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.148;QD=20.2389;RBI=0.0100442;REFB=-0.0127279;REVB=-0.00840436;RO=21;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306753;STB=0.673588;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0201995;OID=.;OPOS=6026988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:6:15:8:13:6:15:8:13 chr7 6036980 . G C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5518;QD=43.4842;RBI=0.0309369;REFB=0;REVB=0.00788893;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133156;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr7 6043386 . G A 185.64 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.000274827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.455;QD=19.0402;RBI=0.0594825;REFB=-0.00682449;REVB=-0.0594819;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721724;STB=0.54094;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00904052;OID=.;OPOS=6043386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:10:10:11:8:10:10 chr7 6056530 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00827118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.637;QD=16.9413;RBI=0.0955024;REFB=-0.00369037;REVB=-0.0951435;RO=23;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188871;STB=0.623817;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0020679;OID=.;OPOS=6056530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:5:14:13:10:5:14:13:11 chr7 6063283 . C T 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00795095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.869;QD=23.4331;RBI=0.013312;REFB=-0.00463978;REVB=-0.0106767;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480836;STB=0.526798;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00325561;OID=.;OPOS=6063283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:13:11:8:12:13:11:8:12 chr7 6066450 . T C 144.74 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0322578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.235;QD=15.6477;RBI=0.0392556;REFB=-0.00256654;REVB=0.0223703;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234155;STB=0.513497;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00560952;OID=.;OPOS=6066450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:11:10:8:8:11:10 chr7 6066461 . T C 97.05 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00981595;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.624;QD=11.7633;RBI=0.0142044;REFB=-0.0056196;REVB=0.010267;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187185;STB=0.59558;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00979742;OID=.;OPOS=6066461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:22:21:12:12:0.363636:8:4:11:11:8:4:10:11 chr7 6071060 . G A 307.36 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.019137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.782;QD=21.954;RBI=0.0214694;REFB=-0.0208725;REVB=-0.00973194;RO=23;SAF=10;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147819;STB=0.580098;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0142274;OID=.;OPOS=6071060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:24:29:30:0.535714:19:10:12:11:19:11:13:11 chr7 6075823 . A T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00760083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.84;QD=18.49;RBI=0.014528;REFB=-0.00110972;REVB=-0.0123811;RO=26;SAF=16;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369898;STB=0.71023;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00125498;OID=.;OPOS=6075823;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:6:16:9:17:6:16:9:17 chr7 6087389 . C A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.353;QD=23.2183;RBI=0.106968;REFB=0.0123043;REVB=0.106347;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00028681;OID=.;OPOS=6087389;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr7 6087400 . C A 33.44 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00136164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.248;QD=19.1111;RBI=0.00138654;REFB=-0.0169373;REVB=-0.000261551;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00409782;OID=.;OPOS=6087400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr7 6088420 . A G 48.43 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00576292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2087;QD=13.8379;RBI=0.0459973;REFB=0.00950215;REVB=-0.0456348;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0159637;OID=.;OPOS=6088420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:3:4:4:3:3:4 chr7 6193521 . G C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.000538914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.411;QD=12.0157;RBI=0.00967681;REFB=0.00240934;REVB=-0.00966179;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406329;STB=0.732802;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00333668;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:0:7:4:2:0:7 chr7 6194274 . T C 120.11 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0183538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.686;QD=14.1302;RBI=0.0549841;REFB=-0.00339883;REVB=-0.0518303;RO=19;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523916;STB=0.825187;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00375679;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:20:13:14:0.411765:2:11:7:12:2:12:7:13 chr7 6202413 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0104265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2775;QD=12.7295;RBI=0.0725259;REFB=-0.0165806;REVB=-0.0717725;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566031;STB=0.522337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0169285;OID=.;OPOS=6202413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:7:2:2:9:7:2:3:9 chr7 6204999 . A C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1026;QD=59.0122;RBI=0.0736491;REFB=0;REVB=0.0469122;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13133e-05;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr7 6252291 . G A 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0279856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.973;QD=23.3815;RBI=0.0351803;REFB=-0.0591052;REVB=0.021318;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688599;STB=0.538422;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0521341;OID=.;OPOS=6252291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:12:7:4:10:12:7:4:10 chr7 6370194 . C T 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5239;QD=56.6981;RBI=0.0165199;REFB=0;REVB=-0.0132148;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263581;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr7 6370305 . C G 267.15 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9842;QD=50.8861;RBI=0.0723795;REFB=0;REVB=0.0169668;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00736714;OID=.;OPOS=6370305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:14:7:0:0 chr7 6370406 . C T 109.06 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0526032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.084;QD=36.3531;RBI=0.0615435;REFB=-0.0228145;REVB=-0.0319454;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000581557;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:1:0:5:6:1:0 chr7 6456302 . C T 263.17 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.000608404;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9979;QD=17.2567;RBI=0.0408313;REFB=-0.0109466;REVB=0.0408267;RO=29;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273522;STB=0.643478;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00825487;OID=.;OPOS=6456302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:29:32:29:29:0.47541:18:11:20:9:18:11:21:11 chr7 6461424 . C T 306.93 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0168564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.278;QD=18.0546;RBI=0.0171087;REFB=-0.0106075;REVB=0.00292709;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392608;STB=0.512813;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00891251;OID=.;OPOS=6461424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:19:14:13:21:19:14:14:21 chr7 6591008 . C T 249.9 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0461437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8255;QD=16.6602;RBI=0.0570334;REFB=0.00579338;REVB=0.0335198;RO=32;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226069;STB=0.627312;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00281813;OID=.;OPOS=6591008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:10:18:13:19:10:18:13:19 chr7 6628514 . A G 83.88 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.02379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.281;QD=10.1678;RBI=0.0238057;REFB=-0.00925789;REVB=0.000864719;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267236;STB=0.662411;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.02328;OID=.;OPOS=6628514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:8:3:11:11:8:3:11:11 chr7 6639791 . C T 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0240055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.415;QD=16.1167;RBI=0.0240291;REFB=-0.00204385;REVB=-0.00106282;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410576;STB=0.52377;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00412871;OID=.;OPOS=6639791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:6:7:7:5:6:7 chr7 6647738 . T C 152.18 PASS AF=0.435897;AO=15;DP=37;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0146127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4829;QD=15.6085;RBI=0.0193501;REFB=-0.00732507;REVB=-0.0126845;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504833;STB=0.765751;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.010759;OID=.;OPOS=6647738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:22:22:15:17:0.435897:10:5:19:3:11:6:19:3 chr7 6656830 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.533;QD=60.2044;RBI=0.0236957;REFB=0;REVB=0.0204929;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65362e-05;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr7 6656897 . A G 1026.25 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00919664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.409;QD=59.4929;RBI=0.0450802;REFB=0;REVB=-0.0441321;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000497496;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chr7 6660790 . G A 625.99 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032932;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.624;QD=59.6177;RBI=0.0431266;REFB=-0.0152421;REVB=0.0278458;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000440551;OID=.;OPOS=6660790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:1:0:18:23:1:0 chr7 6713936 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0167739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.684;QD=11.6668;RBI=0.0171423;REFB=0.00910047;REVB=0.00353472;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287281;STB=0.663536;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0414736;OID=.;OPOS=6713936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:11:3:11:14:11:3:11:15 chr7 6713940 . CAG CA,C 124.28 PASS AF=0,0.424242;AO=4,14;DP=34;FAO=0,14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=0,3;FSAR=0,11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.175735,0.00191936;FXX=0.0294031;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=17.1015,183.36;QD=15.0644;RBI=0.191012,0.0364312;REFB=-0.116808,-0.0419998;REVB=-0.0748522,-0.0363806;RO=15;SAF=3,3;SAR=1,11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0.473988,0;SSEP=0,0;SSSB=0.386538,-0.21079;STB=0.5,0.676646;STBP=1,0.111;TYPE=del,del;VARB=0.0900517,0.022725;OID=.,.;OPOS=6713942,6713941;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.424242:4,14:34:0,14:33:19:0,3:0,11:9:10:99:15:3,3:1,11:6:9 chr7 6713985 . A G 330.35 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000891772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0247;QD=50.8235;RBI=0.0275127;REFB=-0.0561815;REVB=0.0274982;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.533306;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00193107;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:18:7:1:0:18:7:1:0 chr7 6776956 . A G 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00703422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.774;QD=12.2755;RBI=0.0312863;REFB=-0.0152531;REVB=-0.0304853;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107528;STB=0.563034;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.027054;OID=.;OPOS=6776956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:9:8:12:20:9:8:12:20 chr7 6844574 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.002;QD=47.8222;RBI=0.0783682;REFB=0;REVB=0.0265139;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000834948;OID=.;OPOS=6844574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr7 6844640 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.23;QD=44.6898;RBI=0.0340231;REFB=0;REVB=-0.00708379;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177362;OID=.;OPOS=6844640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr7 7283688 . T A 303.72 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00315884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.665;QD=19.9161;RBI=0.0146449;REFB=-0.00836754;REVB=0.0143001;RO=28;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112583;STB=0.554381;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00947551;OID=.;OPOS=7283688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:18:14:16:12:18:14:16:13 chr7 7550711 . A G 170.97 PASS AF=0.396226;AO=19;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0164652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9281;QD=12.9033;RBI=0.0358595;REFB=-0.00670277;REVB=-0.031856;RO=31;SAF=2;SAR=17;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.646505;STB=0.832034;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0256182;OID=.;OPOS=7550711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:32:19:21:0.396226:17:2:21:10:18:3:21:11 chr7 7571094 . G C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.734;QD=57.7124;RBI=0.0422749;REFB=0;REVB=0.0383602;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94754e-05;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr7 7646651 . G T 787.16 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0466316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.67;QD=55.239;RBI=0.0497576;REFB=0.00120188;REVB=0.0173584;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171391;STB=0.508769;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000102023;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:28:27:1:0:28:28:1:0 chr7 7646687 . A G 1513.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.253;QD=59.9251;RBI=0.0277919;REFB=0;REVB=0.024847;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11938e-06;OID=.;OPOS=7646687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:46:54:0:0:47:54:0:0 chr7 8125964 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.86;QD=63.1953;RBI=0.038694;REFB=0;REVB=0.0362386;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3919e-05;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:55:37:0:0:55:37:0:0 chr7 8132252 . T C 819.58 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00451532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.09;QD=53.7431;RBI=0.00636331;REFB=-0.0617384;REVB=0.00448369;RO=1;SAF=36;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129277;STB=0.503789;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00243002;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:61:1:2:59:59:0.967213:23:36:1:0:23:36:1:1 chr7 8196529 . A T 723.86 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00075193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.081;QD=56.7736;RBI=0.00743653;REFB=0;REVB=-0.00739842;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65583e-06;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:29:22:0:0 chr7 8196571 . A G 42.46 PASS AF=0.175;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0645242;FXX=0.0243843;HRUN=25;LEN=1;MLLD=170.2;QD=4.2455;RBI=0.0704205;REFB=-0.0100087;REVB=-0.0282077;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123829;STB=0.503639;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157223;OID=.;OPOS=8196571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:26:40:16:33:6:7:0.175:4:2:7:9:4:3:14:19 chr7 8196572 . A G 42.02 PASS AF=0.175;AO=5;DP=25;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0702671;FXX=0.0243843;HRUN=25;LEN=1;MLLD=139.218;QD=4.20188;RBI=0.0748149;REFB=-0.0130598;REVB=-0.0256866;RO=18;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133606;STB=0.503639;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.024574;OID=.;OPOS=8196572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:25:40:18:33:5:7:0.175:3:2:7:11:4:3:14:19 chr7 8196575 . A G 60.19 PASS AF=0.219512;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0297493;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=214.524;QD=5.87178;RBI=0.0348029;REFB=-0.0102066;REVB=-0.0180617;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309225;STB=0.609918;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0163346;OID=.;OPOS=8196575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:33:41:24:32:8:9:0.219512:6:2:12:12:6:3:15:17 chr7 8196579 . A G 41.31 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0414714;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=216.146;QD=3.84254;RBI=0.0434986;REFB=-0.0104745;REVB=-0.0131246;RO=28;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519942;STB=0.838148;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0195825;OID=.;OPOS=8196579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:35:43:28:36:7:7:0.162791:6:1:16:12:6:1:19:17 chr7 8196585 . G A 152.48 PASS AF=0.452381;AO=11;DP=28;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0657889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.935;QD=14.5218;RBI=0.0699912;REFB=-0.0129674;REVB=0.0238871;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106522;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0187825;OID=.;OPOS=8196585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:42:17:23:11:19:0.452381:6:5:6:11:9:10:10:13 chr7 8792148 . T C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4935;QD=63.5808;RBI=0.0936633;REFB=0;REVB=0.0455825;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091278;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr7 10979697 . G A 350.02 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=62;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0623077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3304;QD=21.5394;RBI=0.0637899;REFB=-0.0408588;REVB=0.0136714;RO=27;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326418;STB=0.526211;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0258893;OID=.;OPOS=10979697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:27:29:35:36:0.553846:17:18:15:12:17:19:17:12 chr7 11022230 . A G 50.52 PASS AF=0.875;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.131418;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.6091;QD=25.2624;RBI=0.151061;REFB=0.0512569;REVB=-0.0744903;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284202;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00489654;OID=.;OPOS=11022230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:8:8:2:1:6:7:0.875:4:2:2:0:4:3:1:0 chr7 11022564 . G A 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2787;QD=56.1858;RBI=0.0276419;REFB=0;REVB=0.0166305;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584982;OID=.;OPOS=11022564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr7 11581121 . T C 320.87 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0125881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.764;QD=18.8748;RBI=0.0140302;REFB=-0.0239748;REVB=-0.00619565;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226297;STB=0.615975;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0309994;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:34:33:34:0.5:19:14:23:11:19:15:23:11 chr7 11675855 . C T 184.27 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0985565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.013;QD=10.2371;RBI=0.098621;REFB=-0.00784712;REVB=-0.00356692;RO=48;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522018;STB=0.530586;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0142058;OID=.;OPOS=11675855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:16:8:18:30:16:8:18:30 chr7 11676065 . G C 104.6 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0160754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.733;QD=19.9247;RBI=0.017397;REFB=-0.0228704;REVB=0.00665127;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594792;STB=0.512175;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0266285;OID=.;OPOS=11676065;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:5:7:4:4:5:7:5:4 chr7 12269417 . C G 691.39 PASS AF=0.945455;AO=51;DP=57;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00230903;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.996;QD=50.2829;RBI=0.0202767;REFB=-0.0429202;REVB=0.0201448;RO=3;SAF=21;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626402;STB=0.53332;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00214199;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:57:55:3:3:51:52:0.945455:30:21:3:0:31:21:3:0 chr7 12271997 . G A 254.34 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7221;QD=50.8674;RBI=0.0794479;REFB=0;REVB=-0.0371866;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766358;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:4:15:0:0:4:16:0:0 chr7 12272026 . A G 259.92 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531348;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9812;QD=51.983;RBI=0.0531369;REFB=0;REVB=0.000467077;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175634;OID=.;OPOS=12272026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr7 12370794 . T C 1148.42 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383312;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7022;QD=59.6584;RBI=0.125802;REFB=-0.0638369;REVB=0.125744;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00357373;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:77:0:0:76:77:1:40:36:0:0:41:36:0:0 chr7 12376811 . A C 787.02 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0475708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.301;QD=55.2296;RBI=0.0475727;REFB=0.0717421;REVB=0.000422735;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149647;STB=0.50769;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-6.59681e-05;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:31:24:0:1:32:24:0:1 chr7 12391268 . T A,TA 877.86 PASS AF=0,1;AO=3,49;DP=68;FAO=0,65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176835,0.0934492;FXX=0.0151492;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=6.56972,23.3012;QD=54.022;RBI=0.0925044,0.107903;REFB=0,0;REVB=0.0907984,0.0539471;RO=9;SAF=3,21;SAR=0,28;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.703681,0.0283261;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00262632;OID=.,.;OPOS=12391268,12391269;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:68:65:9:0:3,49:0,65:0,1:0,28:3,21:3:6:0,39:0,26:0:0 chr7 12391319 . G T 576.16 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.608;QD=60.648;RBI=0.0392055;REFB=0;REVB=0.0227364;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15634e-05;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:27:10:0:0:28:10:0:0 chr7 12400783 . C T 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0100782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.833;QD=12.8688;RBI=0.0255317;REFB=-0.0137287;REVB=0.0234585;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601501;STB=0.534726;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0297922;OID=.;OPOS=12400783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:9:12:17:16:9:12:17:16 chr7 12400837 . G A 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00666042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.764;QD=16.5726;RBI=0.00671219;REFB=-0.010578;REVB=-0.000832076;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916232;STB=0.505151;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00881554;OID=.;OPOS=12400837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:14:16:19:16:14:16:19:16 chr7 12401021 . C T 496.64 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0157918;FXX=0.0222198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.829;QD=22.5747;RBI=0.0167587;REFB=-0.0243721;REVB=0.00561025;RO=40;SAF=36;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195329;STB=0.616603;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0246178;OID=.;OPOS=12401021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:40:41:47:47:0.534091:11:36:23:17:11:36:23:18 chr7 12409263 . C A 293.12 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=5;FWDB=0.00800574;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.761;QD=16.7494;RBI=0.00863819;REFB=-0.0191559;REVB=0.00324444;RO=38;SAF=14;SAR=18;SRF=33;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405839;STB=0.724196;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0313228;OID=.;OPOS=12409263;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:18:14:33:5:18:14:33:5 chr7 12409327 . C T 347.26 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0550744;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4784;QD=19.0277;RBI=0.0551134;REFB=-0.0392538;REVB=-0.00207443;RO=38;SAF=20;SAR=16;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147732;STB=0.591147;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.037618;OID=.;OPOS=12409327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:38:37:36:36:0.493151:16:20:27:11:16:20:27:10 chr7 12409522 . A G 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00483468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.043;QD=9.25826;RBI=0.0292465;REFB=-0.00292616;REVB=-0.0288441;RO=28;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270587;STB=0.66637;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0047402;OID=.;OPOS=12409522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:9:3:13:15:9:3:13:15 chr7 12409535 . A G 116.87 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0341631;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.3;QD=11.1308;RBI=0.0354932;REFB=-0.0322489;REVB=-0.00962539;RO=29;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304287;STB=0.692612;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0502346;OID=.;OPOS=12409535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:29:28:14:14:0.333333:11:3:13:16:11:3:13:15 chr7 12410112 . G A 650.68 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.612;QD=61.9693;RBI=0.0228229;REFB=0;REVB=0.0133483;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78495e-05;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:27:14:0:0:27:15:0:0 chr7 12410362 . C T 238.05 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00937399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.637;QD=11.6124;RBI=0.0209896;REFB=-0.0121274;REVB=-0.0187801;RO=53;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23444;STB=0.634622;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0229945;OID=.;OPOS=12410362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:13:16:18:35:13:16:18:35 chr7 12414725 . G A 245.57 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0446647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6197;QD=11.1621;RBI=0.0454885;REFB=-0.0112661;REVB=0.00861796;RO=57;SAF=12;SAR=18;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449405;STB=0.532688;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0227588;OID=.;OPOS=12414725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:57:58:30:30:0.340909:18:12:25:32:18:12:26:32 chr7 12417407 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.661;QD=58.5876;RBI=0.0141868;REFB=0;REVB=0.00940119;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010049;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr7 12419108 . A T 228.09 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0502077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.6648;QD=21.7231;RBI=0.0652819;REFB=-0.0354386;REVB=-0.0417242;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524711;STB=0.529385;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0163533;OID=.;OPOS=12419108;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:13:9:7:13:13:9:7:13 chr7 12428608 . C A 147.93 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0021668;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.417;QD=15.9924;RBI=0.00229678;REFB=-0.00207367;REVB=0.000761695;RO=23;SAF=3;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353145;STB=0.675078;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00214909;OID=.;OPOS=12428608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:23:21:16:16:0.432432:13:3:11:12:13:3:9:12 chr7 12428803 . G A 1176.96 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.66;QD=60.3571;RBI=0.0194309;REFB=0;REVB=0.0182249;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15983e-05;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:78:0:0:72:78:1:34:38:0:0:37:41:0:0 chr7 12433347 . C T 282.31 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0244616;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.309;QD=19.4697;RBI=0.0247209;REFB=0.0109427;REVB=0.00357054;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359131;STB=0.519987;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0141328;OID=.;OPOS=12433347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:28:28:30:30:0.517241:17:13:11:17:17:13:11:17 chr7 12610594 . A G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0126345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5784;QD=9.91652;RBI=0.0260827;REFB=-0.00363868;REVB=-0.0228183;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390503;STB=0.72689;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00490353;OID=.;OPOS=12610594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:2:15:5:4:2:15 chr7 12611252 . T C 719.57 PASS AF=0.522388;AO=70;DP=134;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=55;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0154541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.14;QD=21.4796;RBI=0.0240723;REFB=-0.0116938;REVB=0.0184566;RO=62;SAF=15;SAR=55;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175763;STB=0.609384;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0113567;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:62:64:70:70:0.522388:55:15:23:39:55:15:25:39 chr7 12620804 . C T 294.83 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.0177596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.932;QD=11.2314;RBI=0.0178661;REFB=0.00152879;REVB=0.00194824;RO=68;SAF=17;SAR=20;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209449;STB=0.619856;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00242771;OID=.;OPOS=12620804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:68:68:37:37:0.352381:20:17:44:24:20:17:44:24 chr7 12636026 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.012;QD=47.8215;RBI=0.0600375;REFB=0;REVB=0.0492705;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183209;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr7 12689137 . G A 224.47 PASS AF=0.402985;AO=25;DP=65;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0230996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.371;QD=13.4013;RBI=0.0248788;REFB=-0.0238814;REVB=-0.00923903;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18531;STB=0.584357;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.035946;OID=.;OPOS=12689137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:40:40:25:27:0.402985:14:11:11:29:16:11:11:29 chr7 12730503 . T G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0219553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.919;QD=14.6975;RBI=0.0297924;REFB=-0.0164085;REVB=-0.0201383;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.036064;OID=.;OPOS=12730503;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:10:20:14:7:10:20 chr7 13934358 . A T 939.91 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0109264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7632;QD=56.9643;RBI=0.0224186;REFB=-0.158593;REVB=0.0195757;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00218941;OID=.;OPOS=13934358;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:0:1:37:28:0:1 chr7 13978809 . T C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.512;QD=61.8523;RBI=0.0296311;REFB=0;REVB=0.0209884;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0835e-05;OID=.;OPOS=13978809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr7 14025727 . C T 213.25 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0102824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.096;QD=12.544;RBI=0.014064;REFB=-0.0159645;REVB=0.00959529;RO=41;SAF=14;SAR=12;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050574;STB=0.535442;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.023624;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:12:14:24:17:12:14:25:17 chr7 14025766 . T A 197.56 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.028684;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9545;QD=10.3978;RBI=0.0384808;REFB=-0.00776054;REVB=-0.0256514;RO=51;SAF=13;SAR=12;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787943;STB=0.545995;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.017477;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:12:13:30:21:12:13:30:21 chr7 14758273 . C T 1334.59 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0360261;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3583;QD=59.9818;RBI=0.0427722;REFB=-0.0511601;REVB=-0.0230561;RO=2;SAF=29;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315545;STB=0.516663;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000903024;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:58:29:2:0:58:29:2:0 chr7 15239993 . T C 412.91 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0122276;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5789;QD=15.8812;RBI=0.0138983;REFB=-0.0028849;REVB=0.00660677;RO=58;SAF=22;SAR=24;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645592;STB=0.536119;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00397637;OID=.;OPOS=15239993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:58:58:46:46:0.442308:24:22:24:34:24:22:24:34 chr7 15651599 . C G 628.24 PASS AF=0.458333;AO=60;DP=145;FAO=66;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0436566;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.091;QD=17.4512;RBI=0.0442791;REFB=-0.0473497;REVB=-0.00739841;RO=51;SAF=30;SAR=30;SRF=8;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289829;STB=0.546517;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0411332;OID=.;OPOS=15651599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:51:77:60:66:0.458333:30:30:8:43:32:34:33:44 chr7 15651770 . C T 78.67 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0431305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0614;QD=14.9853;RBI=0.043141;REFB=-0.0433315;REVB=0.000952918;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940418;STB=0.555438;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0426929;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:3:8:8:2:3:8 chr7 16129172 . A G 754.58 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.122381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.756;QD=54.8783;RBI=0.123802;REFB=-0.0511535;REVB=0.0187052;RO=1;SAF=11;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409166;STB=0.521731;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000768418;OID=.;OPOS=16129172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:43:11:1:0:43:11:1:0 chr7 16640491 . G A 181.54 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00358133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.198;QD=16.8871;RBI=0.0236551;REFB=-0.025815;REVB=-0.0233824;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351933;STB=0.698635;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.040817;OID=.;OPOS=16640491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:5:19:8:11:5:19 chr7 16832382 . T A 991.71 PASS AF=0.910256;AO=70;DP=78;FAO=71;FDP=78;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.00615516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2463;QD=50.8569;RBI=0.00617029;REFB=-0.0273019;REVB=-0.000431805;RO=7;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879539;STB=0.546654;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000357495;OID=.;OPOS=16832382;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:78:78:7:7:70:71:0.910256:34:36:0:7:34:37:0:7 chr7 16834551 . C A 1529.64 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.088;QD=63.7348;RBI=0.0073606;REFB=0;REVB=-0.000893264;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40617e-06;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:46:49:0:0:47:49:0:0 chr7 16899197 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.836;QD=54.5173;RBI=0.0496687;REFB=0;REVB=0.002697;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.472e-05;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr7 16913394 . A G 316.18 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0693738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4883;QD=45.1689;RBI=0.0697618;REFB=-0.0551798;REVB=-0.00734772;RO=3;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452685;STB=0.524476;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0340833;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:11:14:1:2:11:14:1:2 chr7 17379110 . G A 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00646178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.876;QD=14.132;RBI=0.0083476;REFB=-0.0115675;REVB=0.00528469;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22655;STB=0.63144;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0160253;OID=.;OPOS=17379110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:12:7:18:13:12:7:18:13 chr7 17379124 . GAAAAAT GAAAAA,GAAAA,GAAAAT 39.47 PASS AF=0,0.27907,0;AO=5,8,5;DP=44;FAO=0,12,0;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=0,3,0;FSAR=0,9,0;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.113649,-0.0394552,-0.182128;FXX=0.0227221;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=11.134,21.4496,11.407;QD=3.67129;RBI=0.226408,0.100886,0.183232;REFB=-0.0482551,-0.0526957,-0.0553779;REVB=-0.195817,-0.092851,0.0200782;RO=20;SAF=1,1,5;SAR=4,7,0;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.412748,-0.530842,0.671973;STB=0.5,0.703348,0.5;STBP=1,0.112,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0398693,0.152488,-0.0136165;OID=.,.,.;OPOS=17379130,17379129,17379125;OREF=T,AT,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=GAAAAA,GAAAA,GAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.27907,0:5,8,5:44:0,12,0:43:31:0,3,0:0,9,0:16:15:34:20:1,1,5:4,7,0:11:9 chr7 17831806 . C T 142.49 PASS AF=0.339623;AO=17;DP=52;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0139671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.284;QD=10.754;RBI=0.0335353;REFB=-0.0164195;REVB=-0.0304883;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153336;STB=0.508465;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0394361;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:35:35:17:18:0.339623:8:9:19:16:8:10:19:16 chr7 17854532 . G T 172.08 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=0.00374332;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.636;QD=12.0758;RBI=0.00868361;REFB=-0.0169138;REVB=-0.00783534;RO=31;SAF=4;SAR=17;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112736;STB=0.580181;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0225849;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:31:35:21:22:0.385965:17:4:4:27:17:5:5:30 chr7 18066569 . C A 206.52 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0446376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.743;QD=13.1126;RBI=0.0580571;REFB=-0.00962593;REVB=-0.0371229;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344528;STB=0.519729;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0137167;OID=.;OPOS=18066569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:13:12:17:21:13:12:17:21 chr7 18067479 . ACT A 446.9 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323479;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.645;QD=57.6641;RBI=0.0327481;REFB=0;REVB=0.00510448;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000230175;OID=.;OPOS=18067480;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:31:31:31:0:13:18:0:0:4:0:13:18:0:0 chr7 18767343 . A G 249.13 PASS AF=0.386667;AO=30;DP=77;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0188924;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.694;QD=13.2868;RBI=0.0217552;REFB=-0.0119984;REVB=-0.0107874;RO=44;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292432;STB=0.542279;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0322695;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:44:46:30:29:0.386667:19:11:15:29:17:12:16:30 chr7 18993870 . C T 475.04 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.905;QD=57.5809;RBI=0.0155281;REFB=0;REVB=0.00452294;RO=1;SAF=4;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103178;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52873e-05;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:28:4:1:0:28:5:0:0 chr7 19155074 . T C 205.08 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00956642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.511;QD=16.4065;RBI=0.00977482;REFB=-0.0171779;REVB=0.00200767;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134752;STB=0.576852;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0166783;OID=.;OPOS=19155074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:10:19:11:10:10:19 chr7 19184746 . C CTCT,T 233.95 PASS AF=0.276596,0.0531915;AO=24,5;DP=96;FAO=26,5;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=22,4;FSAR=4,1;FSRF=45;FSRR=18;FWDB=0.0112414,0.0103708;FXX=0.0105252;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=155.692,57.1072;QD=9.95549;RBI=0.0324959,0.0178653;REFB=-0.0209731,-0.0102526;REVB=-0.0304895,-0.0145471;RO=64;SAF=21,4;SAR=3,1;SRF=47;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.279552,0.0921531;STB=0.64349,0.607528;STBP=0.14,0.693;TYPE=ins,snp;VARB=0.0390896,0.0124052;OID=.,.;OPOS=19184747,19184746;OREF=-,C;OALT=TCT,T;OMAPALT=CTCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:64:63:24,5:26,5:0.276596,0.0531915:3,1:21,4:47:17:4,1:22,4:45:18 chr7 19184752 . C T 79.72 PASS AF=0.15625;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=60;FSRR=21;FWDB=0.0327308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1414;QD=3.32166;RBI=0.0862053;REFB=-0.0213324;REVB=-0.0797499;RO=81;SAF=13;SAR=2;SRF=60;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244406;STB=0.67164;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.118402;OID=.;OPOS=19184752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:96:96:81:81:15:15:0.15625:2:13:60:21:2:13:60:21 chr7 19744417 . T C 339.71 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00666968;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.764;QD=17.8796;RBI=0.00997943;REFB=-0.0137761;REVB=-0.00742324;RO=40;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447744;STB=0.516215;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0125728;OID=.;OPOS=19744417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:35:36:0.473684:20:15:19:21:20:16:19:21 chr7 20178175 . C T 608.39 PASS AF=1;AO=27;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920291;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.23;QD=60.8391;RBI=0.0475886;REFB=0;REVB=0.0466902;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823783;OID=.;OPOS=20178175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:27:40:1:12:15:0:0:22:18:0:0 chr7 20180717 . C G 940.66 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560454;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.893;QD=58.7914;RBI=0.056063;REFB=0;REVB=-0.00140422;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100275;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr7 20198440 . G A 326.83 PASS AF=0.402174;AO=36;DP=90;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00212425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2867;QD=14.2098;RBI=0.0195041;REFB=-0.0194742;REVB=-0.019388;RO=53;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166054;STB=0.583386;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0343829;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:53:55:36:37:0.402174:16:20:21:32:17:20:22:33 chr7 20201395 . G C 294.44 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00385298;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.726;QD=23.0936;RBI=0.0291353;REFB=-0.0167988;REVB=-0.0288795;RO=19;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183973;STB=0.537524;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0126336;OID=.;OPOS=20201395;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:19:21:29:30:0.588235:16:13:9:10:17:13:11:10 chr7 20418678 . C T 349.8 PASS AF=0.361345;AO=43;DP=119;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0125149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.621;QD=11.7581;RBI=0.0241455;REFB=-0.0143645;REVB=-0.020649;RO=73;SAF=22;SAR=21;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354647;STB=0.532589;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0289923;OID=.;OPOS=20418678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:73:76:43:43:0.361345:21:22:35:38:21:22:35:41 chr7 20421490 . T C 314.8 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0153621;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.882;QD=19.6747;RBI=0.0209958;REFB=-0.0114246;REVB=0.014312;RO=31;SAF=9;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169662;STB=0.579782;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.011214;OID=.;OPOS=20421490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:32:33:0.515625:23:9:14:17:23:10:14:17 chr7 20698270 . A G 499.17 PASS AF=0.426357;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.00815792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.159;QD=15.4782;RBI=0.00823168;REFB=-0.0419037;REVB=-0.00109953;RO=73;SAF=32;SAR=23;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240104;STB=0.630015;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0419734;OID=.;OPOS=20698270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:73:74:55:55:0.426357:23:32:25:48:23:32:26:48 chr7 20768013 . G A 466.26 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0103499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.867;QD=19.8407;RBI=0.0120119;REFB=-0.0124054;REVB=0.00609632;RO=48;SAF=18;SAR=28;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243249;STB=0.513508;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00897089;OID=.;OPOS=20768013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:28:18:20:28:28:18:20:28 chr7 20778646 . G A 280.8 PASS AF=0.377778;AO=29;DP=88;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0129095;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.016;QD=12.48;RBI=0.0130329;REFB=-0.0150118;REVB=-0.00178853;RO=57;SAF=14;SAR=15;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304308;STB=0.529395;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0257708;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:57:56:29:34:0.377778:15:14:26:31:16:18:27:29 chr7 20822196 . A AC 322.15 PASS AF=0.970588;AO=30;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.184988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.7471;QD=37.9002;RBI=0.229477;REFB=0.0136462;REVB=0.135791;RO=5;SAF=20;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077095;STB=0.519988;STBP=0.276;TYPE=ins;VARB=0.017763;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.970588:30:35:33:34:1:21:12:0:1:3:5:20:10:2:3 chr7 20824614 . C T 341.08 PASS AF=0.538462;AO=26;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.000396031;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.512;QD=20.9897;RBI=0.00576349;REFB=-0.0286224;REVB=0.00574987;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156197;STB=0.578902;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0268621;OID=.;OPOS=20824614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:27:30:26:35:0.538462:12:14:15:12:20:15:18:12 chr7 20826452 . T G 506.26 PASS AF=1;AO=28;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243189;FXX=0.0232504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=151.017;QD=48.2152;RBI=0.0535944;REFB=0;REVB=0.0477593;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00534678;OID=.;OPOS=20826452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:42:0:0:28:42:1:18:10:0:0:22:20:0:0 chr7 21553621 . T G 362.97 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0470691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.536;QD=15.6116;RBI=0.0471357;REFB=-0.000675517;REVB=0.00250506;RO=52;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180579;STB=0.600714;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00110631;OID=.;OPOS=21553621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:54:39:39:0.419355:17:22:20:32:17:22:21:33 chr7 21599233 . C T 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0139538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.013;QD=12.9224;RBI=0.0256622;REFB=-0.00219316;REVB=-0.0215369;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281637;STB=0.641595;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00428294;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:34:22:22:0.392857:13:9:22:10:13:9:22:12 chr7 21628197 . A G 235.68 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.0181872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.441;QD=11.0909;RBI=0.0185123;REFB=-0.0105805;REVB=-0.0034539;RO=54;SAF=15;SAR=14;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148858;STB=0.583278;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0168374;OID=.;OPOS=21628197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:56:29:29:0.341176:14:15:35:19:14:15:36:20 chr7 21628237 . C T 1014.22 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.024;QD=57.9553;RBI=0.0118769;REFB=0;REVB=-0.00377414;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154913;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117448;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:1:0:67:70:1:30:37:0:1:31:39:0:0 chr7 21630982 . A G 174.77 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.031929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.911;QD=11.6512;RBI=0.0371967;REFB=-0.0124299;REVB=-0.0190822;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073233;STB=0.533303;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0368848;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:11:11:16:21:11:11:17:21 chr7 21640405 . A G 1320.3 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9308;QD=62.1318;RBI=0.0860042;REFB=0;REVB=0.083935;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390776;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:40:45:0:0:40:45:0:0 chr7 21641218 . G A 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5593;QD=53.9037;RBI=0.0475195;REFB=0;REVB=-0.0124294;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842458;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr7 21659645 . T C 1162.29 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00932617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0748;QD=58.1146;RBI=0.0472298;REFB=-0.0578795;REVB=0.0462999;RO=2;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225281;STB=0.511902;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00400234;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:41:37:0:2:41:37:0:2 chr7 21775443 . G A 209.26 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00865226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.54;QD=15.5004;RBI=0.00952156;REFB=-0.0358096;REVB=-0.00397472;RO=30;SAF=6;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292578;STB=0.642968;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0512018;OID=.;OPOS=21775443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:30:23:24:0.444444:17:6:16:14:17:7:16:14 chr7 21824122 . G A 834.64 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.513;QD=56.5858;RBI=0.0422927;REFB=0;REVB=0.0249061;RO=1;SAF=20;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229942;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221005;OID=.;OPOS=21824122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:1:0:57:59:1:37:20:1:0:38:21:0:0 chr7 21893993 . G T 430.17 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=-0.00291793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.453;QD=22.6404;RBI=0.0220325;REFB=-0.0203349;REVB=-0.0218385;RO=33;SAF=18;SAR=24;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182867;STB=0.604697;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0222823;OID=.;OPOS=21893993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:33:34:42:42:0.552632:24:18:7:26:24:18:7:27 chr7 21901566 . T C 369.35 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0315315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.18;QD=16.9816;RBI=0.0334269;REFB=-0.015993;REVB=0.0110959;RO=47;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687936;STB=0.530288;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0303898;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:48:39:39:0.448276:24:15:15:32:24:15:16:32 chr7 21901593 . G A 329.27 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0106038;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.967;QD=20.5794;RBI=0.0224401;REFB=-0.021112;REVB=-0.0197767;RO=30;SAF=8;SAR=25;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995253;STB=0.559772;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0205623;OID=.;OPOS=21901593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:33:34:0.53125:25:8:10:20:26:8:10:20 chr7 21924014 . A G 378.0 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.0567219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.936;QD=17.7882;RBI=0.0567706;REFB=-0.0158054;REVB=-0.002351;RO=45;SAF=16;SAR=24;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160167;STB=0.588791;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0250119;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:24:16:11:34:24:16:11:34 chr7 21939032 . C A 140.95 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.039094;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2773;QD=9.39662;RBI=0.048355;REFB=-0.00427521;REVB=0.0284581;RO=41;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495626;STB=0.529381;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00899385;OID=.;OPOS=21939032;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:41:41:19:19:0.316667:11:8:19:22:11:8:19:22 chr7 21940960 . A G 114.01 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.074613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.979;QD=18.242;RBI=0.07525;REFB=-0.0281731;REVB=0.00977052;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281085;STB=0.516104;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0185234;OID=.;OPOS=21940960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:5:7:8:5:5:7 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 110.23 PASS AF=0.271186;AO=15;DP=52;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0190191;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=7;MLLD=255.891;QD=7.47309;RBI=0.0220713;REFB=-0.0169294;REVB=0.0111989;RO=31;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559098;STB=0.54896;STBP=0.675;TYPE=del;VARB=0.0490567;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271186:15:52:16:59:43:9:7:27:16:99:31:8:7:15:16 chr7 21941669 . A C 283.56 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0114484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.613;QD=19.8992;RBI=0.0117252;REFB=-0.0046808;REVB=-0.00253242;RO=27;SAF=9;SAR=21;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689299;STB=0.538435;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00485057;OID=.;OPOS=21941669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:21:9:10:17:21:9:10:17 chr7 21947890 . A G 221.56 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0160758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5569;QD=12.3091;RBI=0.0255847;REFB=-0.00414848;REVB=0.0199034;RO=42;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831951;STB=0.519299;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0191427;OID=.;OPOS=21947890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:45:27:27:0.375:16:11:14:28:16:11:17:28 chr7 21956405 . G A 143.29 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00284845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6068;QD=15.0833;RBI=0.00462354;REFB=-0.0409679;REVB=0.0036419;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172774;STB=0.509987;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.05494;OID=.;OPOS=21956405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:12:10:7:9:12:10 chr7 21956489 . G A 215.11 PASS AF=0.470588;AO=22;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0273589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.046;QD=16.8715;RBI=0.0279012;REFB=-0.000203514;REVB=-0.00547428;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831127;STB=0.525403;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00119763;OID=.;OPOS=21956489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:27:22:24:0.470588:10:12:17:10:10:14:17:10 chr7 22197507 . A G 859.31 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00337863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3223;QD=55.4392;RBI=0.032143;REFB=0.107963;REVB=-0.0319649;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145205;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=1.66026e-05;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:32:28:0:1:32:29:0:1 chr7 22202117 . G A 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00318813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.192;QD=26.5505;RBI=0.00333644;REFB=-0.0079493;REVB=-0.0009837;RO=18;SAF=10;SAR=22;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172057;STB=0.58661;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00639408;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:19:32:32:0.627451:22:10:10:8:22:10:10:9 chr7 22532260 . A G 197.75 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0725111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.7;QD=14.6481;RBI=0.0726774;REFB=-0.00758816;REVB=-0.00491466;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174848;STB=0.590829;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0173836;OID=.;OPOS=22532260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:31:23:23:0.425926:9:14:12:16:9:14:14:17 chr7 22533452 . C T 79.35 PASS AF=0.25;AO=10;DP=43;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.132777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2391;QD=7.21346;RBI=0.134969;REFB=-0.011408;REVB=0.0242217;RO=33;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297751;STB=0.708474;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0596913;OID=.;OPOS=22533452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:43:44:33:33:10:11:0.25:3:7:15:18:3:8:15:18 chr7 22787205 . G T 1415.14 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.633;QD=62.8949;RBI=0.0174166;REFB=0;REVB=-0.00841814;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44759e-05;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:39:51:0:0:39:51:0:0 chr7 23015831 . T C 179.2 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00656814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.247;QD=12.5752;RBI=0.00746564;REFB=-0.0094383;REVB=0.00354898;RO=35;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103708;STB=0.559944;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0139867;OID=.;OPOS=23015831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:8:14:19:16:8:14:19:16 chr7 23164526 . C G 217.58 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0231779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3899;QD=22.9031;RBI=0.0496319;REFB=-0.0179114;REVB=0.0438875;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448759;STB=0.50251;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0196672;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:10:11:9:8:10:11:9:8 chr7 23227632 . A T 190.92 PASS AF=0.408163;AO=15;DP=46;FAO=20;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0196682;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.375;QD=15.5855;RBI=0.0476977;REFB=-0.00836445;REVB=0.0434538;RO=12;SAF=15;SAR=0;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.821378;STB=0.829236;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0109298;OID=.;OPOS=23227632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:12:29:15:20:0.408163:0:15:7:5:1:19:20:9 chr7 23235483 . A G 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0153986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.673;QD=18.1189;RBI=0.0173453;REFB=-0.00653112;REVB=0.007984;RO=20;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339387;STB=0.695129;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00912237;OID=.;OPOS=23235483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:4:14:9:11:4:14:9:11 chr7 23236797 . C G 276.7 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0331535;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0186;QD=13.0209;RBI=0.0331624;REFB=0.0150276;REVB=-0.000766091;RO=52;SAF=21;SAR=11;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154642;STB=0.595341;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0369857;OID=.;OPOS=23236797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:53:32:32:0.376471:11:21:27:25:11:21:27:26 chr7 23236842 . C T 324.77 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0220104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.071;QD=14.5966;RBI=0.0240667;REFB=-0.00234211;REVB=-0.00973387;RO=53;SAF=20;SAR=16;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684395;STB=0.538825;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00345713;OID=.;OPOS=23236842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:16:20:26:27:16:20:26:27 chr7 23239133 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0270541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.475;QD=19.1093;RBI=0.0271635;REFB=-0.015552;REVB=0.00243463;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175275;STB=0.509797;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0140938;OID=.;OPOS=23239133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:12:14:14:13:12:14 chr7 23296533 . G A 314.33 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0704145;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2919;QD=16.9909;RBI=0.070586;REFB=-0.0114283;REVB=0.00491786;RO=40;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199248;STB=0.511176;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0109918;OID=.;OPOS=23296533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:40:34:34:0.459459:16:18:22:18:16:18:22:18 chr7 23296572 . C T 246.73 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.000872432;FXX=0.0624922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.401;QD=13.1588;RBI=0.0448557;REFB=-0.0164551;REVB=0.0448472;RO=40;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144906;STB=0.590058;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0453972;OID=.;OPOS=23296572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:40:46:29:29:0.386667:15:14:25:15:15:14:29:17 chr7 23340618 . C T 260.94 PASS AF=0.4125;AO=26;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0435815;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2443;QD=13.0469;RBI=0.28202;REFB=-0.0300245;REVB=-0.278633;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357894;STB=0.59994;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0411499;OID=.;OPOS=23340618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:34:47:26:33:0.4125:14:12:28:6:19:14:28:19 chr7 23351346 . CATT C 104.76 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00799622;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=252.467;QD=17.4592;RBI=0.0567806;REFB=0.0123303;REVB=0.0562148;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755114;STB=0.543407;STBP=0.766;TYPE=del;VARB=-0.0122014;OID=.;OPOS=23351347;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:12:24:12:24:12:7:5:8:4:99:12:7:5:8:4 chr7 23357321 . C T 246.71 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0255723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.219;QD=15.9169;RBI=0.0256579;REFB=-0.0201797;REVB=0.00209482;RO=34;SAF=19;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211001;STB=0.619477;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0253183;OID=.;OPOS=23357321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:9:19:16:18:9:19:16:18 chr7 23390952 . G T 457.55 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0331215;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.235;QD=28.1571;RBI=0.0342018;REFB=0.0185694;REVB=-0.00852805;RO=23;SAF=24;SAR=18;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113462;STB=0.561615;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00855069;OID=.;OPOS=23390952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:23:23:42:42:0.646154:18:24:17:6:18:24:17:6 chr7 23624887 . G A 689.32 PASS AF=0.558333;AO=63;DP=115;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00966109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.923;QD=22.9773;RBI=0.010501;REFB=-0.0228885;REVB=-0.00411501;RO=52;SAF=21;SAR=42;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294103;STB=0.500135;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0194311;OID=.;OPOS=23624887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:120:52:53:63:67:0.558333:42:21:19:33:43:24:19:34 chr7 23757162 . G C 334.11 PASS AF=0.439024;AO=37;DP=81;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0418279;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4617;QD=16.298;RBI=0.0428669;REFB=-0.0068357;REVB=0.00938075;RO=43;SAF=23;SAR=14;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300236;STB=0.645254;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0162482;OID=.;OPOS=23757162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:46:37:36:0.439024:14:23:13:30:14:22:16:30 chr7 23794029 . G A 413.48 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0198301;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6198;QD=17.0506;RBI=0.0394789;REFB=-0.0233193;REVB=-0.0341373;RO=53;SAF=16;SAR=27;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829768;STB=0.542149;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0285617;OID=.;OPOS=23794029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:53:54:43:43:0.443299:27:16:24:29:27:16:24:30 chr7 23854838 . G GA 110.18 PASS AF=0.342857;AO=21;DP=74;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0894096;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.4554;QD=6.29585;RBI=0.0894274;REFB=-0.00978229;REVB=0.00178222;RO=53;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397888;STB=0.614195;STBP=0.169;TYPE=ins;VARB=0.0177622;OID=.;OPOS=23854839;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:21:74:24:70:46:12:12:15:31:99:53:9:12:21:32 chr7 23934657 . A C 349.59 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.395;QD=51.7915;RBI=0.0356742;REFB=-0.131775;REVB=0.0305236;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00165585;OID=.;OPOS=23934657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:1:0:14:12:1:0 chr7 24325009 . G A 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00811349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3942;QD=24.599;RBI=0.0388362;REFB=-0.00665193;REVB=0.0379792;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109725;STB=0.560922;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00412222;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:5:11:12:10:5:11 chr7 24703298 . G A 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00732129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.756;QD=11.3362;RBI=0.0125289;REFB=-0.0250349;REVB=0.0101672;RO=42;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507456;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0414599;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:43:24:24:0.358209:12:12:21:21:12:12:22:21 chr7 24742436 . T C 163.89 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.0661738;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6446;QD=12.3689;RBI=0.0702095;REFB=-0.0115747;REVB=0.0234606;RO=33;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104425;STB=0.559944;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0227039;OID=.;OPOS=24742436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:33:20:20:0.377358:15:5:6:27:15:5:6:27 chr7 24758795 . T C 946.95 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0892628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4715;QD=56.5341;RBI=0.107175;REFB=0.0489535;REVB=0.0593173;RO=1;SAF=27;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171708;STB=0.509088;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00211685;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:64:66:0.985075:37:27:1:0:39:27:1:0 chr7 24854765 . G A 890.86 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975401;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7704;QD=58.4172;RBI=0.0141275;REFB=0;REVB=-0.0102199;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179802;OID=.;OPOS=24854765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:30:31:0:0 chr7 25194665 . G C 448.44 PASS AF=0.470588;AO=47;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=0.00301516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.764;QD=17.5859;RBI=0.0819545;REFB=0.00373946;REVB=0.081899;RO=52;SAF=32;SAR=15;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555599;STB=0.533612;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00568227;OID=.;OPOS=25194665;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:54:47:48:0.470588:15:32:38:14:15:33:40:14 chr7 25207974 . T C 315.08 PASS AF=0.459459;AO=35;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=-0.0782636;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.113;QD=17.0311;RBI=0.0822806;REFB=0.0147948;REVB=0.025395;RO=39;SAF=9;SAR=26;SRF=6;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138134;STB=0.547537;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0213313;OID=.;OPOS=25207974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:40:35:34:0.459459:26:9:6:33:26:8:7:33 chr7 25207994 . G A 217.65 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=33;FWDB=0.00669329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.153;QD=13.819;RBI=0.00856642;REFB=-0.0331558;REVB=-0.00534635;RO=35;SAF=1;SAR=24;SRF=4;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313474;STB=0.682875;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0481455;OID=.;OPOS=25207994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:35:37:25:26:0.412698:24:1:4:31:25:1:4:33 chr7 25267934 . T C 102.09 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.041463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0643;QD=29.169;RBI=0.102554;REFB=-0.151601;REVB=0.0937984;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149061;STB=0.615181;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0223282;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:2:3:11:11:0.785714:6:5:2:0:6:5:3:0 chr7 25267963 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9204;QD=50.4115;RBI=0.042886;REFB=0;REVB=0.042788;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130972;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr7 25304395 . A G 1554.76 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.333;QD=62.8187;RBI=0.0253683;REFB=0.0159061;REVB=0.00301268;RO=1;SAF=45;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010422;STB=0.505375;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=4.23593e-05;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:99:1:1:96:98:0.989899:51:45:1:0:52:46:1:0 chr7 26224668 . C T 1165.2 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.296;QD=60.53;RBI=0.0229103;REFB=0;REVB=0.00808439;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8333e-05;OID=.;OPOS=26224668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:75:77:1:38:37:0:0:40:37:0:0 chr7 26252932 . CTGG C 149.9 PASS AF=0.327869;AO=18;DP=62;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0457057;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=3;MLLD=286.696;QD=9.82935;RBI=0.0457111;REFB=-0.0150353;REVB=-0.00070204;RO=42;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167144;STB=0.568195;STBP=0.508;TYPE=del;VARB=0.0270905;OID=.;OPOS=26252933;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327869:18:62:20:61:41:6:14:16:25:99:42:5:13:17:25 chr7 26386122 . T A 658.48 PASS AF=0.96;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00531357;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.139;QD=52.6782;RBI=0.0206721;REFB=-0.137995;REVB=0.0199775;RO=2;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285;STB=0.515145;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.000692103;OID=.;OPOS=26386122;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:50:2:2:48:48:0.96:32:16:0:2:32:16:0:2 chr7 26778406 . A G 272.9 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0064376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.434;QD=45.4836;RBI=0.0208211;REFB=-0.0501181;REVB=-0.0198009;RO=2;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921477;STB=0.549954;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00133114;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:9:13:0:2:9:13:0:2 chr7 27135314 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8764;QD=50.4128;RBI=0.0514109;REFB=0;REVB=0.00287369;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000697465;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr7 27169093 . T G 1187.78 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.08;QD=57.9403;RBI=0.0494423;REFB=-0.107417;REVB=0.0471448;RO=3;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191583;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:3:0:79:82:1:47:32:0:3:50:32:0:0 chr7 27196069 . A C 2049.23 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027091;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2067;QD=62.5718;RBI=0.0400258;REFB=0;REVB=0.0294642;RO=0;SAF=47;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81553e-05;OID=.;OPOS=27196069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:84:47:0:0:84:47:0:0 chr7 27196113 . C T 2421.22 PASS AF=0.970238;AO=160;DP=166;FAO=163;FDP=168;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0143452;FXX=0.00591681;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.2151;QD=57.648;RBI=0.036551;REFB=-0.0906135;REVB=0.0336184;RO=6;SAF=62;SAR=98;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160438;STB=0.512314;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00197138;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:166:168:6:5:160:163:0.970238:98:62:1:5:99:64:0:5 chr7 27202289 . A G 445.58 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00128839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.496;QD=55.6973;RBI=0.0814043;REFB=0;REVB=0.0813941;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654886;OID=.;OPOS=27202289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:21:11:0:0 chr7 27279191 . T G 1186.5 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.331;QD=60.8461;RBI=0.0306589;REFB=0;REVB=0.0147106;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58639e-05;OID=.;OPOS=27279191;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:78:0:0:74:78:1:43:31:0:0:43:35:0:0 chr7 27702390 . C A 1839.41 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2217;QD=61.3136;RBI=0.0700215;REFB=0;REVB=0.0342489;RO=0;SAF=61;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239302;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:58:61:0:0:59:61:0:0 chr7 27871486 . A C 112.93 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0320965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9144;QD=17.3742;RBI=0.0344999;REFB=0.0217558;REVB=-0.0126514;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281085;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00515552;OID=.;OPOS=27871486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:5:8:7:5:5:8:8:5 chr7 27886171 . A G 1118.37 PASS AF=0.974684;AO=70;DP=72;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0474624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.168;QD=56.6261;RBI=0.0666986;REFB=-0.0686677;REVB=0.0468617;RO=1;SAF=19;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242294;STB=0.524993;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00068715;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:79:1:2:70:77:0.974684:51:19:1:0:58:19:2:0 chr7 27953035 . A G 396.11 PASS AF=0.345324;AO=47;DP=139;FAO=48;FDP=139;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=36;FWDB=-0.0500695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0858;QD=11.3987;RBI=0.0524077;REFB=-0.0114306;REVB=-0.0154794;RO=90;SAF=30;SAR=17;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332423;STB=0.529134;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.020867;OID=.;OPOS=27953035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:90:91:47:48:0.345324:17:30:55:35:17:31:55:36 chr7 28319007 . T A 400.96 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0133681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.144;QD=24.3006;RBI=0.046842;REFB=0.022406;REVB=0.0448939;RO=27;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319131;STB=0.517501;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00977262;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:19:20:15:12:19:20:15:12 chr7 28319234 . A C 124.97 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00373965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.34;QD=11.3613;RBI=0.0619178;REFB=0.00165598;REVB=0.0618047;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242707;STB=0.628326;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00627783;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:29:14:15:0.340909:7:7:20:8:7:8:21:8 chr7 28449965 . T C 70.79 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0926173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5365;QD=17.6965;RBI=0.131477;REFB=-0.110618;REVB=0.0933174;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122361;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0742931;OID=.;OPOS=28449965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:8:9:0.5625:4:4:2:4:5:4:3:4 chr7 28995800 . G A 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4601;QD=48.7312;RBI=0.0227628;REFB=0;REVB=-0.000726848;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427977;OID=.;OPOS=28995800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr7 28996557 . C T 413.41 PASS AF=0.861111;AO=30;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0540499;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.03;QD=45.9342;RBI=0.0722231;REFB=-0.187385;REVB=0.0479039;RO=2;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664522;STB=0.580593;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00901628;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:36:36:2:5:30:31:0.861111:13:17:0:2:13:18:0:5 chr7 28996944 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.434;QD=51.1842;RBI=0.08203;REFB=0;REVB=0.081983;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045965;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr7 28997141 . G C 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.303;QD=62.3433;RBI=0.0257432;REFB=0;REVB=0.0141405;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180513;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr7 28997497 . GC G,GG 455.59 PASS AF=1,0;AO=24,10;DP=36;FAO=36,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512237,-0.05706;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.5847,5.70949;QD=50.6214;RBI=0.0140671,0.20149;REFB=0,0;REVB=-0.0131013,-0.193242;RO=0;SAF=6,0;SAR=18,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000155736,0;OID=.,.;OPOS=28997498,28997498;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:24,10:36:36,0:36:0:8,0:28,0:0:0:4:0:6,0:18,10:0:0 chr7 29070320 . C T 164.35 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00948784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.485;QD=13.6957;RBI=0.0336552;REFB=-0.0169146;REVB=-0.0322902;RO=30;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255597;STB=0.649825;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0434428;OID=.;OPOS=29070320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:13:5:15:15:13:5:15:15 chr7 29186256 . A G 1026.83 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111828;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.125;QD=59.5261;RBI=0.0119487;REFB=0;REVB=-0.00420892;RO=0;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45496e-05;OID=.;OPOS=29186256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:48:19:0:0:49:20:0:0 chr7 29186576 . A G 989.67 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.856;QD=59.0847;RBI=0.0521241;REFB=0;REVB=0.0517317;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224118;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:31:33:0:0:34:33:0:0 chr7 29523563 . G A 433.25 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.015064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.454;QD=20.6311;RBI=0.0154983;REFB=-0.0066929;REVB=-0.00364347;RO=40;SAF=19;SAR=24;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137243;STB=0.58146;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00731684;OID=.;OPOS=29523563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:41:43:43:0.511905:24:19:24:16:24:19:25:16 chr7 29552213 . T C 503.51 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00409219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0332;QD=25.1755;RBI=0.0784848;REFB=-0.0130098;REVB=0.0783781;RO=33;SAF=22;SAR=25;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355288;STB=0.519438;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00894127;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:33:47:47:0.5875:25:22:17:16:25:22:17:16 chr7 29605975 . C G 88.0 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0614718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4396;QD=16.0008;RBI=0.069914;REFB=-0.0167526;REVB=0.0333044;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017283;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:3:8:8:3:3:8 chr7 29606288 . C T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.008388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.843;QD=6.8134;RBI=0.0207224;REFB=-0.000324179;REVB=0.0189489;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342278;STB=0.72651;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000805506;OID=.;OPOS=29606288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:6:1:7:12:6:1:7:12 chr7 29771597 . A C 1801.5 PASS AF=0.983471;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0304419;FXX=0.0241916;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6206;QD=59.5536;RBI=0.0583347;REFB=-0.0906679;REVB=0.0497617;RO=1;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082599;STB=0.508473;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00196535;OID=.;OPOS=29771597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:121:1:2:118:119:0.983471:57:61:0:1:58:61:0:2 chr7 29924072 . A G 748.91 PASS AF=0.98;AO=43;DP=44;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0357728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1763;QD=59.9126;RBI=0.0974556;REFB=-0.0881447;REVB=0.0906526;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0042065;OID=.;OPOS=29924072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:50:1:1:43:49:0.98:22:21:0:1:27:22:0:1 chr7 29927688 . C T 579.19 PASS AF=0.48;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0170031;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.431;QD=18.5341;RBI=0.01761;REFB=-0.00911795;REVB=-0.00458362;RO=63;SAF=43;SAR=17;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197827;STB=0.603788;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00904;OID=.;OPOS=29927688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:63:65:60:60:0.48:17:43:33:30:17:43:35:30 chr7 29954137 . A G 255.39 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0531943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9432;QD=15.7162;RBI=0.0543312;REFB=-0.0063342;REVB=-0.0110561;RO=36;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165866;STB=0.593586;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0104671;OID=.;OPOS=29954137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:12:17:15:21:12:17:15:21 chr7 30113706 . A G 695.06 PASS AF=0.480263;AO=72;DP=151;FAO=73;FDP=152;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.00730163;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.658;QD=18.2911;RBI=0.00744842;REFB=-0.00325945;REVB=0.00147147;RO=77;SAF=34;SAR=38;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199366;STB=0.514545;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00240941;OID=.;OPOS=30113706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:77:79:72:73:0.480263:38:34:38:39:39:34:39:40 chr7 30491311 . C T 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00132276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.855;QD=20.0308;RBI=0.00848375;REFB=-0.00372641;REVB=-0.00838;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178125;STB=0.59992;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00463878;OID=.;OPOS=30491311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:8:18:12:12:8:18 chr7 30492550 . G A 114.04 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0050156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.114;QD=18.2467;RBI=0.0148772;REFB=-0.00972027;REVB=-0.0140063;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991777;STB=0.556873;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0168841;OID=.;OPOS=30492550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:6:6:8:5:6:6 chr7 30496382 . G C 385.93 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0180172;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3085;QD=23.0404;RBI=0.060813;REFB=-0.0342434;REVB=-0.0580827;RO=29;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162266;STB=0.574629;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0236874;OID=.;OPOS=30496382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:21:17:19:10:21:17:18:11 chr7 30538651 . T C 355.49 PASS AF=0.783784;AO=28;DP=36;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0168711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2658;QD=38.4308;RBI=0.0632024;REFB=-0.115102;REVB=0.060909;RO=5;SAF=8;SAR=20;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102447;STB=0.614979;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0301753;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:37:5:8:28:29:0.783784:20:8:3:2:21:8:6:2 chr7 30695202 . C T 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0443088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.752;QD=20.9189;RBI=0.0443366;REFB=-0.00556035;REVB=0.00157093;RO=25;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118157;STB=0.553158;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00482329;OID=.;OPOS=30695202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:18:13:7:18:18:13:8:18 chr7 30728452 . C T 129.57 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0235031;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.74;QD=12.34;RBI=0.0749281;REFB=0.0152936;REVB=0.0711465;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168743;STB=0.599863;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0367025;OID=.;OPOS=30728452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:27:27:15:15:0.357143:5:10:14:13:5:10:14:13 chr7 30728472 . C G 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0318065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.861;QD=17.247;RBI=0.0329306;REFB=0.00810121;REVB=0.00853051;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052726;STB=0.530092;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0103891;OID=.;OPOS=30728472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:14:13:9:12:14:13 chr7 30728557 . A G 214.36 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0560655;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9755;QD=17.1488;RBI=0.0560703;REFB=0.0194414;REVB=-0.000737094;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038358;STB=0.52172;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0273814;OID=.;OPOS=30728557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:27:23:23:0.46:11:12:13:14:11:12:13:14 chr7 30795288 . A G 589.38 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0188533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.444;QD=20.1497;RBI=0.0503307;REFB=-0.0205064;REVB=-0.0466661;RO=55;SAF=30;SAR=30;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237022;STB=0.504272;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0198119;OID=.;OPOS=30795288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:57:60:60:0.512821:30:30:29:26:30:30:29:28 chr7 30795331 . A G 407.78 PASS AF=0.429907;AO=47;DP=109;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.00218707;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.022;QD=15.2439;RBI=0.00959081;REFB=-0.0238983;REVB=0.00933811;RO=62;SAF=21;SAR=26;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449449;STB=0.536449;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0292799;OID=.;OPOS=30795331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:62:61:47:46:0.429907:26:21:25:37:25:21:24:37 chr7 30795436 . T G 639.54 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.85;QD=59.4923;RBI=0.0178371;REFB=-0.105496;REVB=-0.00158498;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000277123;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:0:1:42:42:0.976744:27:15:0:0:27:15:1:0 chr7 30831082 . C T 312.84 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=0.0253277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3137;QD=19.5525;RBI=0.0485785;REFB=-0.00382127;REVB=-0.0414534;RO=31;SAF=13;SAR=20;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225792;STB=0.62415;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00257362;OID=.;OPOS=30831082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:20:13:5:26:20:13:5:26 chr7 30831088 . G A 327.82 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0181356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5204;QD=20.4887;RBI=0.0262644;REFB=-0.000146953;REVB=0.0189979;RO=30;SAF=15;SAR=19;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183517;STB=0.601089;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000850135;OID=.;OPOS=30831088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:19:15:7:23:19:15:7:23 chr7 30898697 . G C 362.01 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0159866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.37;QD=17.877;RBI=0.0161399;REFB=-0.0190631;REVB=0.00221936;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277205;STB=0.515483;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.019341;OID=.;OPOS=30898697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:21:17:18:25:21:17:18:25 chr7 30915262 . CA TG 306.11 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.019611;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.745;QD=17.7454;RBI=0.024446;REFB=-0.0170739;REVB=0.014595;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147431;STB=0.581103;STBP=0.197;TYPE=mnp;VARB=0.0142259;OID=.;OPOS=30915262;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:36:33:33:0.478261:15:18:13:21:15:18:14:22 chr7 31377369 . T G 173.61 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0470394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3766;QD=12.86;RBI=0.0502697;REFB=-0.00754647;REVB=0.0177296;RO=33;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163286;STB=0.595089;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0218287;OID=.;OPOS=31377369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:16:5:12:21:16:5:12:21 chr7 31377671 . CA C 92.18 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.173866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.7275;QD=8.77891;RBI=0.23164;REFB=0.0491622;REVB=0.153061;RO=23;SAF=2;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.402312;SSSB=-0.36007;STB=0.583234;STBP=0.438;TYPE=del;VARB=-0.0392155;OID=.;OPOS=31377672;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:14:42:18:42:24:4:14:8:16:92:23:2:12:9:14 chr7 31592733 . C A 207.74 PASS AF=0.444444;AO=22;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0365811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.158;QD=15.3878;RBI=0.0464273;REFB=-0.0260515;REVB=0.0285888;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403423;STB=0.504655;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0254977;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:30:22:24:0.444444:11:11:12:10:13:11:14:16 chr7 31594508 . C T 124.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0134773;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.569;QD=16.0407;RBI=0.0370031;REFB=-0.0182209;REVB=-0.0344615;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00971003;STB=0.50561;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0278438;OID=.;OPOS=31594508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:5:12:10:4:5:12 chr7 31617733 . T C 283.06 PASS AF=0.884615;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0124879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4224;QD=43.5484;RBI=0.0518023;REFB=-0.0228191;REVB=-0.0502746;RO=3;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368142;STB=0.52172;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00459216;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:26:3:3:22:23:0.884615:11:11:1:2:11:12:1:2 chr7 31618008 . A G 144.93 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.666;QD=44.5935;RBI=0.0419522;REFB=0;REVB=0.00550306;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063683;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr7 31682453 . C T 335.73 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0119671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7431;QD=22.382;RBI=0.0119678;REFB=-0.0220578;REVB=-0.000128639;RO=26;SAF=10;SAR=24;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23743;STB=0.631498;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0207225;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:24:10:15:11:24:10:15:11 chr7 31682601 . T C 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0362251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.187;QD=21.0644;RBI=0.0369869;REFB=-0.019821;REVB=0.0074681;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261929;STB=0.645722;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0152104;OID=.;OPOS=31682601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:12:12:5:19:12:12:5:19 chr7 31682853 . T C 234.88 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00270031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.18;QD=15.4021;RBI=0.0042236;REFB=-0.00195334;REVB=-0.00324763;RO=33;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064566;STB=0.530098;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00348019;OID=.;OPOS=31682853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:18:9:13:20:18:9:13:21 chr7 31683410 . G A 215.47 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00733193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.398;QD=13.0589;RBI=0.0195781;REFB=-0.0148607;REVB=0.0181533;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132564;STB=0.575701;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0196559;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:13:13:25:15:13:13:25:15 chr7 31855578 . G A,T 978.23 PASS AF=0.942029,0.057971;AO=64,3;DP=68;FAO=65,4;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33,2;FSAR=32,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356904,-0.0631318;FXX=0.0142837;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.1426,50.4766;QD=56.7091;RBI=0.0430339,0.0668079;REFB=-0.0400111,-0.154206;REVB=0.0240441,0.0218558;RO=1;SAF=32,2;SAR=32,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0145314,0.266641;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00370553,0.0276043;OID=.,.;OPOS=31855578,31855578;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:68:69:1:0:64,3:65,4:0.942029,0.057971:32,1:32,2:0:1:32,2:33,2:0:0 chr7 32209425 . A G 1378.09 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.02;QD=62.6406;RBI=0.0272291;REFB=0;REVB=0.0239252;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52105e-05;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:39:48:0:0:40:48:0:0 chr7 32209459 . C T 328.29 PASS AF=0.38835;AO=36;DP=99;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.00355765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.667;QD=12.7489;RBI=0.0036943;REFB=-0.00936429;REVB=0.000995491;RO=63;SAF=23;SAR=13;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788563;STB=0.534334;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0123029;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:63:63:36:40:0.38835:13:23:36:27:15:25:36:27 chr7 32338337 . G A 444.22 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0612144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2463;QD=23.0761;RBI=0.0617931;REFB=-0.0160872;REVB=0.0084371;RO=33;SAF=14;SAR=29;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772639;STB=0.546854;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0174842;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:34:43:43:0.558442:29:14:8:25:29:14:8:26 chr7 32526687 . C T 125.26 PASS AF=0.3125;AO=16;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00258972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.688;QD=10.4384;RBI=0.0147985;REFB=-0.0021174;REVB=-0.0145701;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158616;STB=0.619677;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00555112;OID=.;OPOS=32526687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:33:16:15:0.3125:9:7:18:13:9:6:19:14 chr7 32529936 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8784;QD=54.5162;RBI=0.114207;REFB=0;REVB=-0.00206212;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143485;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr7 32530105 . G C 922.76 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0119408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.113;QD=56.7852;RBI=0.0137842;REFB=-0.00671658;REVB=-0.00688624;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133044;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-2.84623e-05;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:35:29:0:1:35:29:0:1 chr7 32530198 . AA TC 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085374;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=103.041;QD=57.1775;RBI=0.00967279;REFB=0;REVB=-0.00454706;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.42129e-05;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr7 32613020 . A G 178.27 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0241954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4911;QD=15.1715;RBI=0.0287971;REFB=-0.0201173;REVB=0.0156159;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251598;STB=0.636216;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0402205;OID=.;OPOS=32613020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:19:19:0.404255:6:13:12:15:6:13:13:15 chr7 32623796 . C T 140.95 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=50;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.004201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.546;QD=11.0549;RBI=0.0199977;REFB=-0.0151985;REVB=-0.0195514;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505947;STB=0.52036;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0193901;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:33:34:16:17:0.333333:7:9:20:13:7:10:21:13 chr7 32908287 . T C 804.54 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.164;QD=64.3629;RBI=0.0201109;REFB=0;REVB=0.0038542;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63082e-05;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:32:16:0:0:33:17:0:0 chr7 32909182 . G A 358.62 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0283815;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.112;QD=19.3847;RBI=0.0296845;REFB=-0.00363762;REVB=0.00869831;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976586;STB=0.554223;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00499606;OID=.;OPOS=32909182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:37:37:37:0.5:19:18:14:23:19:18:14:23 chr7 32956941 . C T 368.04 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9915;QD=54.5248;RBI=0.0686204;REFB=0;REVB=0.00060291;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210989;OID=.;OPOS=32956941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:15:10:0:0:15:12:0:0 chr7 33054112 . A G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0177572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.324;QD=41.8683;RBI=0.0194448;REFB=-0.0338335;REVB=0.00792349;RO=2;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113294;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000263273;OID=.;OPOS=33054112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:2:1:14:15:0.9375:7:7:2:0:7:8:1:0 chr7 33054117 . T TAAG,TAAGA 109.11 PASS AF=0,0.846154;AO=2,9;DP=17;FAO=0,11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=0,5;FSAR=0,6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000336889,0.0124665;FXX=0.133244;HRUN=3,3;LEN=3,4;MLLD=108.554,208.897;QD=33.5729;RBI=0.0271032,0.0248612;REFB=-0.0098518,-0.0173616;REVB=-0.0271011,-0.0215097;RO=5;SAF=2,4;SAR=0,5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.589598,-0.0964512;STB=0.5,0.507029;STBP=1,0.901;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00409601;OID=.,.;OPOS=33054118,33054118;OREF=-,-;OALT=AAG,AAGA;OMAPALT=TAAG,TAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.846154:2,9:17:0,11:13:2:0,5:0,6:1:1:11:5:2,4:0,5:3:2 chr7 33060946 . A G 279.91 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.036572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5554;QD=48.68;RBI=0.0474013;REFB=-0.0956525;REVB=0.0301558;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00578236;OID=.;OPOS=33060946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:1:0:12:10:1:0 chr7 33385852 . C T 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.269;QD=60.6086;RBI=0.0348502;REFB=0;REVB=-0.023089;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37649e-05;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr7 33979637 . A G 194.8 PASS AF=0.655172;AO=17;DP=27;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00410223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.272;QD=26.8687;RBI=0.0109971;REFB=-0.00150221;REVB=0.0102033;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28272;STB=0.645019;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000454191;OID=.;OPOS=33979637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:29:10:10:17:19:0.655172:8:9:1:9:9:10:1:9 chr7 34009946 . C T 460.41 PASS AF=0.409449;AO=51;DP=126;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=-0.0775171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.58;QD=14.5012;RBI=0.090019;REFB=-0.0178817;REVB=-0.0457659;RO=74;SAF=20;SAR=31;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763165;STB=0.543955;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0269315;OID=.;OPOS=34009946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:74:75:51:52:0.409449:31:20:24:50:31:21:25:50 chr7 34085921 . G A 625.73 PASS AF=0.5;AO=63;DP=127;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0496427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5885;QD=19.554;RBI=0.0498321;REFB=-0.0382414;REVB=0.00434066;RO=64;SAF=29;SAR=34;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354247;STB=0.523591;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.039282;OID=.;OPOS=34085921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:64:64:63:64:0.5:34:29:27:37:34:30:27:37 chr7 34192762 . GT CC,CT 789.44 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,53;DP=55;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,35;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807221,0.0111466;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=109.727,129.62;QD=56.3889;RBI=0.0302702,0.0595583;REFB=0,0;REVB=0.029174,0.058506;RO=0;SAF=2,35;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000458367,0.00113645;OID=.,.;OPOS=34192762,34192762;OREF=GT,G;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:56:0:0:2,53:2,54:0.0357143,0.964286:0,18:2,35:0:0:0,19:2,35:0:0 chr7 34793057 . C T 97.88 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00032915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4931;QD=13.5008;RBI=0.000479362;REFB=-0.0140849;REVB=0.000348495;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547084;STB=0.53211;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0230039;OID=.;OPOS=34793057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:9:8:5:7:9:8 chr7 34818113 . A T 746.75 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0937;QD=63.553;RBI=0.049535;REFB=0;REVB=0.0461493;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360923;OID=.;OPOS=34818113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr7 34851393 . C G 350.84 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0115291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.152;QD=20.6379;RBI=0.024281;REFB=-0.0355791;REVB=0.0213693;RO=32;SAF=21;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982142;STB=0.554425;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0246956;OID=.;OPOS=34851393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:15:21:15:17:15:21:15:17 chr7 34867182 . C T 248.7 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0173636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0533;QD=16.861;RBI=0.0178199;REFB=-0.00290599;REVB=0.00400687;RO=31;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134461;STB=0.563062;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0042053;OID=.;OPOS=34867182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:27:28:0.474576:16:11:17:14:16:12:17:14 chr7 34968498 . A T 313.24 PASS AF=0.532258;AO=30;DP=59;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00835467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.913;QD=20.2093;RBI=0.0235788;REFB=-0.02116;REVB=0.022049;RO=29;SAF=21;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235136;STB=0.590306;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0200654;OID=.;OPOS=34968498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:29:29:30:33:0.532258:9:21:13:16:12:21:13:16 chr7 35058228 . T TA 31.76 PASS AF=0.347826;AO=4;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.137826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.8881;QD=5.5241;RBI=0.149122;REFB=-0.0855681;REVB=0.0569336;RO=19;SAF=1;SAR=3;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915049;STB=0.629345;STBP=0.503;TYPE=ins;VARB=0.144723;OID=.;OPOS=35058229;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:4:24:8:23:15:3:5:3:12:31:19:1:3:6:13 chr7 35121274 . C T 661.73 PASS AF=0.406593;AO=74;DP=182;FAO=74;FDP=182;FR=.;FRO=108;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=-0.0163474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.554;QD=14.5434;RBI=0.028023;REFB=-0.0199429;REVB=-0.0227607;RO=108;SAF=35;SAR=39;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010619;STB=0.50596;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0285812;OID=.;OPOS=35121274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:108:108:74:74:0.406593:39:35:50:58:39:35:50:58 chr7 35293193 . A G 158.08 PASS AF=0.382979;AO=16;DP=45;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0150627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.47;QD=13.4537;RBI=0.0197761;REFB=-0.0220251;REVB=0.0128144;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499272;STB=0.510626;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0384334;OID=.;OPOS=35293193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:29:29:16:18:0.382979:7:9:15:14:9:9:15:14 chr7 35709842 . C T 444.24 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00576049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1;QD=23.0773;RBI=0.0571502;REFB=-0.0160623;REVB=-0.0568592;RO=34;SAF=21;SAR=22;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565132;STB=0.531066;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0121762;OID=.;OPOS=35709842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:22:21:19:15:22:21:19:15 chr7 35840898 . G C,GC 1447.67 PASS AF=0.0891089,0.910891;AO=15,84;DP=107;FAO=9,92;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=8,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030935,0.0350061;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=82.2794,97.6843;QD=57.3335;RBI=0.0464751,0.036423;REFB=0,0;REVB=-0.0346836,-0.0100604;RO=7;SAF=1,29;SAR=14,55;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.639283,-0.0800088;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0828671,0.00235064;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:107:101:7:0:15,84:9,92:0.0891089,0.910891:14,55:1,29:6:1:8,63:1,29:0:0 chr7 36124292 . G A 632.04 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0417;QD=61.6623;RBI=0.0305726;REFB=0;REVB=-0.0268251;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000631924;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr7 36320821 . G A 1348.45 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019626;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.612;QD=62.7186;RBI=0.02117;REFB=0;REVB=0.00793655;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300039;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:47:39:0:0:47:39:0:0 chr7 36338749 . T C 1421.93 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165907;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.235;QD=63.197;RBI=0.0238577;REFB=0;REVB=0.0171447;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6038e-06;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:89:90:1:39:50:0:0:40:50:0:0 chr7 36339269 . C G 553.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2262;QD=59.8477;RBI=0.0642956;REFB=0;REVB=0.0288684;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135826;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:19:15:0:0:21:16:0:0 chr7 36396480 . A G 670.73 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00875909;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.6621;QD=52.6061;RBI=0.118484;REFB=0.00719039;REVB=0.11816;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021881;STB=0.502856;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00097125;OID=.;OPOS=36396480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:21:28:0:1:21:28:1:1 chr7 36445856 . G A 1062.51 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.711;QD=59.8595;RBI=0.0370643;REFB=0;REVB=-0.00795354;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14138e-05;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:34:35:0:0:34:37:0:0 chr7 36447349 . A ACTT,T 144.23 PASS AF=0.347826,0.0217391;AO=14,2;DP=46;FAO=16,1;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8,0;FSAR=8,1;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0138337,-0.00534896;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=219.802,56.3563;QD=12.5415;RBI=0.022529,0.0132845;REFB=-0.0130676,0.00507266;REVB=0.0177815,-0.0121601;RO=29;SAF=8,0;SAR=6,2;SRF=10;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.251706,-0.40267;STB=0.59988,0.986982;STBP=0.341,0.468;TYPE=ins,snp;VARB=0.0253161,-0.0507142;OID=.,.;OPOS=36447350,36447349;OREF=-,A;OALT=CTT,T;OMAPALT=ACTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:14,2:16,1:0.347826,0.0217391:6,2:8,0:10:19:8,1:8,0:10:19 chr7 36552656 . G A 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0307831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.038;QD=12.7826;RBI=0.031075;REFB=-0.0223472;REVB=-0.00424872;RO=14;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519327;STB=0.81741;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0223632;OID=.;OPOS=36552656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:9:1:7:7:9:1:7:7 chr7 36552790 . G GT,T 825.86 PASS AF=0.984615,0.0153846;AO=54,3;DP=69;FAO=64,1;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41,1;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502334,0.052435;FXX=0.0298463;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=19.0612,8.84207;QD=50.8219;RBI=0.0502534,0.0736074;REFB=0,0;REVB=0.00141988,-0.0516587;RO=5;SAF=33,1;SAR=21,2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0350512,-0.0671606;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00369789,-0.140781;OID=.,.;OPOS=36552791,36552790;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:69:65:5:0:54,3:64,1:0.984615,0.0153846:21,2:33,1:2:3:23,0:41,1:0:0 chr7 36729757 . T C 804.48 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.282;QD=64.358;RBI=0.0127936;REFB=0;REVB=0.0017728;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63857e-05;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr7 36763688 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.921;QD=63.8713;RBI=0.0718375;REFB=0;REVB=0.0444879;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395548;OID=.;OPOS=36763688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr7 37298800 . C T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0405251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.28;QD=13.5521;RBI=0.0410759;REFB=-0.0302293;REVB=0.00670402;RO=35;SAF=17;SAR=7;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448882;STB=0.754847;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0405409;OID=.;OPOS=37298800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:7:17:9:26:7:17:9:26 chr7 37355590 . C CT 360.62 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.1305;QD=45.0775;RBI=0.156714;REFB=0;REVB=-0.142882;RO=3;SAF=16;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175033;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00291462;OID=.;OPOS=37355591;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:34:32:32:0:17:15:0:0:7:3:16:12:2:1 chr7 37780436 . G A 261.64 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00766437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.412;QD=14.74;RBI=0.0107602;REFB=-0.0113288;REVB=0.00755246;RO=41;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0038396;STB=0.50526;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0152168;OID=.;OPOS=37780436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:29:30:0.422535:19:10:14:27:20:10:14:27 chr7 37907304 . T C 176.56 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0642407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.855;QD=11.9705;RBI=0.0649678;REFB=-0.0115096;REVB=0.00969293;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162886;STB=0.549251;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0152445;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:37:22:22:0.372881:9:13:19:14:9:13:19:18 chr7 37916455 . A G 293.6 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0078755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.864;QD=16.5409;RBI=0.00976216;REFB=-0.00794309;REVB=0.00576857;RO=38;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814895;STB=0.545589;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0101772;OID=.;OPOS=37916455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:19:14:13:25:19:14:13:25 chr7 37936530 . T C 280.78 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00408521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.606;QD=14.3987;RBI=0.015157;REFB=-0.0176384;REVB=-0.014596;RO=45;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483207;STB=0.520149;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0276856;OID=.;OPOS=37936530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:45:46:32:32:0.410256:15:17:26:19:15:17:26:20 chr7 37947164 . G T 309.13 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0648496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5601;QD=16.0587;RBI=0.0650337;REFB=-0.0202379;REVB=-0.00489036;RO=42;SAF=8;SAR=26;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337253;STB=0.697862;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0144721;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:26:8:23:19:26:8:24:19 chr7 37951726 . G A 336.92 PASS AF=0.372727;AO=39;DP=112;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00096295;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.73;QD=12.2516;RBI=0.0205215;REFB=-0.0212503;REVB=0.0204988;RO=69;SAF=22;SAR=17;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637758;STB=0.533912;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.03376;OID=.;OPOS=37951726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:69:69:39:41:0.372727:17:22:35:34:18:23:35:34 chr7 37953840 . C T 324.31 PASS AF=0.377358;AO=39;DP=105;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00508895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0093;QD=12.2382;RBI=0.034354;REFB=-0.00752669;REVB=-0.033975;RO=65;SAF=23;SAR=16;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12426;STB=0.572483;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0174043;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:65:66:39:40:0.377358:16:23:31:34:16:24:32:34 chr7 37961001 . C A 564.36 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00911278;FXX=0.030532;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.657;QD=17.7751;RBI=0.0168535;REFB=-0.0271438;REVB=-0.0141774;RO=67;SAF=35;SAR=24;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402811;STB=0.526955;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0376527;OID=.;OPOS=37961001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:127:67:68:59:59:0.464567:24:35:37:30:24:35:37:31 chr7 37988589 . C G,T 922.38 PASS AF=0.136364,0.863636;AO=8,57;DP=66;FAO=9,57;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=3,25;FSAR=6,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185547,-0.00486166;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.115,156.915;QD=55.9018;RBI=0.0233855,0.00682695;REFB=0,0;REVB=-0.0142339,-0.00479285;RO=1;SAF=2,25;SAR=6,32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.174483,-0.0184904;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0225391,-0.00151556;OID=.,.;OPOS=37988589,37988589;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:66:66:1:0:8,57:9,57:0.136364,0.863636:6,32:2,25:1:0:6,32:3,25:0:0 chr7 37991129 . C A,T 1519.52 PASS AF=0.969072,0.0309278;AO=92,4;DP=96;FAO=94,3;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47,2;FSAR=47,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131128,0.0118111;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.616,129.904;QD=62.6605;RBI=0.0147802,0.0149436;REFB=0,0;REVB=0.00681971,0.0091547;RO=0;SAF=47,2;SAR=45,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.9386e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000246391,0.0151451;OID=.,.;OPOS=37991129,37991129;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:96:97:0:0:92,4:94,3:0.969072,0.0309278:45,2:47,2:0:0:47,1:47,2:0:0 chr7 38284794 . C T 87.13 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0214177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1967;QD=6.22331;RBI=0.0327741;REFB=0.00680846;REVB=0.0248078;RO=43;SAF=7;SAR=6;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439357;STB=0.502758;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.027102;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:6:7:23:20:6:7:23:20 chr7 38284804 . T C 78.36 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.036195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.131;QD=5.59742;RBI=0.0401124;REFB=-0.00779681;REVB=0.0172895;RO=44;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208923;STB=0.633919;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0253254;OID=.;OPOS=38284804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:4:8:22:22:4:8:22:22 chr7 38284808 . A C 83.31 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0430987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5034;QD=5.64834;RBI=0.0483953;REFB=-0.000943564;REVB=-0.0220137;RO=46;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169164;STB=0.607164;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00315818;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:5:8:22:24:5:8:22:24 chr7 38284834 . A G 81.29 PASS AF=0.215385;AO=13;DP=64;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0251529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.497;QD=5.00247;RBI=0.0281607;REFB=-0.0148687;REVB=-0.0126631;RO=51;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180664;STB=0.637742;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0632888;OID=.;OPOS=38284834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:64:65:51:51:13:14:0.215385:6:7:20:31:6:8:20:31 chr7 38284854 . C T 91.07 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0272571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.981;QD=6.07119;RBI=0.0313835;REFB=-0.00902875;REVB=-0.0155554;RO=46;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243929;STB=0.650958;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0358682;OID=.;OPOS=38284854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:6:8:17:29:6:8:17:29 chr7 38289121 . C T 260.86 PASS AF=0.364706;AO=30;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0630341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2209;QD=12.2759;RBI=0.0638841;REFB=-0.0178932;REVB=-0.010387;RO=51;SAF=13;SAR=17;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196134;STB=0.507264;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0255868;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:54:30:31:0.364706:17:13:23:28:17:14:25:29 chr7 38299727 . T C 442.41 PASS AF=0.511364;AO=43;DP=87;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0167137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.101;QD=20.1095;RBI=0.0205203;REFB=-0.0239258;REVB=0.0119052;RO=38;SAF=19;SAR=24;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157737;STB=0.547783;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0171551;OID=.;OPOS=38299727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:38:43:43:45:0.511364:24:19:10:28:25:20:15:28 chr7 38305083 . G A 842.22 PASS AF=0.469945;AO=86;DP=188;FAO=86;FDP=183;FR=.;FRO=97;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.00257437;FXX=0.0265943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.077;QD=18.4092;RBI=0.00342223;REFB=-0.00646607;REVB=0.00225483;RO=95;SAF=46;SAR=40;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481821;STB=0.521258;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00647939;OID=.;OPOS=38305083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:183:95:97:86:86:0.469945:40:46:46:49:40:46:48:49 chr7 38305142 . G C 704.36 PASS AF=0.46875;AO=74;DP=158;FAO=75;FDP=160;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0065587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.708;QD=17.6089;RBI=0.0282101;REFB=-0.00942738;REVB=0.027437;RO=82;SAF=32;SAR=42;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647068;STB=0.535202;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00975891;OID=.;OPOS=38305142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:82:85:74:75:0.46875:42:32:41:41:42:33:43:42 chr7 38309102 . A C 205.32 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0143675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9862;QD=12.8326;RBI=0.0295561;REFB=-0.00209083;REVB=0.025829;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104992;STB=0.559954;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00341784;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:10:15:27:12:10:15:27:12 chr7 38357075 . T C 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.787;QD=60.6034;RBI=0.0714813;REFB=0;REVB=0.0433141;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779433;OID=.;OPOS=38357075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr7 38388851 . T G 194.73 PASS AF=0.944444;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0669708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3883;QD=43.274;RBI=0.0754052;REFB=-0.109921;REVB=0.0346535;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607183;STB=0.526285;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0136651;OID=.;OPOS=38388851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:17:18:1:1:15:17:0.944444:7:8:0:1:9:8:0:1 chr7 38389410 . G C 279.66 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.0299026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8141;QD=10.9669;RBI=0.0498859;REFB=-0.00235279;REVB=0.0399304;RO=65;SAF=14;SAR=21;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190147;STB=0.61861;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00580329;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:65:67:35:35:0.343137:21:14:37:28:21:14:39:28 chr7 38393403 . G A 598.21 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020786;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.465;QD=61.3546;RBI=0.0343606;REFB=0;REVB=0.0342977;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102806;OID=.;OPOS=38393403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr7 38398564 . AG GC 751.07 PASS AF=1;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027657;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.297;QD=63.9205;RBI=0.0538424;REFB=0;REVB=0.0461963;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.75768e-05;OID=.;OPOS=38398564;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:47:0:0:46:47:1:29:17:0:0:30:17:0:0 chr7 38402496 . A G 499.31 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0294394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.035;QD=53.9795;RBI=0.0367128;REFB=0.0483031;REVB=0.0219352;RO=2;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00618158;STB=0.502331;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.000428746;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:37:2:2:34:35:0.945946:19:15:1:1:19:16:1:1 chr7 38402517 . C T 139.37 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.034626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9923;QD=11.8613;RBI=0.0451598;REFB=0.00768519;REVB=-0.0289904;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188739;STB=0.510625;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.0131832;OID=.;OPOS=38402517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:31:16:16:0.340426:8:8:15:14:8:8:16:15 chr7 38431436 . C T 516.38 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0376897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.939;QD=19.1253;RBI=0.0377078;REFB=-0.0347276;REVB=-0.00116783;RO=53;SAF=19;SAR=35;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212733;STB=0.613562;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0237263;OID=.;OPOS=38431436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:54:54:54:0.5:35:19:31:22:35:19:31:23 chr7 38431481 . C A 474.5 PASS AF=0.468468;AO=51;DP=112;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0112395;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.329;QD=17.0991;RBI=0.0319103;REFB=-0.00943931;REVB=0.0298654;RO=58;SAF=11;SAR=40;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347356;STB=0.678159;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0120675;OID=.;OPOS=38431481;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:58:59:51:52:0.468468:40:11:31:27:40:12:31:28 chr7 38467842 . A G 554.01 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0573719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9004;QD=55.4014;RBI=0.0648375;REFB=-0.0976786;REVB=-0.0302055;RO=2;SAF=12;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718749;STB=0.538441;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00741778;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:26:12:2:0:26:12:2:0 chr7 38467923 . A G 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.657;QD=55.0893;RBI=0.0582755;REFB=0;REVB=0.0479649;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943855;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr7 38468463 . C T 465.11 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.342;QD=58.1384;RBI=0.0478853;REFB=0;REVB=-0.0379243;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20827e-05;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:11:20:0:0:11:21:0:0 chr7 38725804 . C T 213.44 PASS AF=0.5;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0157295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.713;QD=20.3276;RBI=0.0157484;REFB=-0.000665095;REVB=0.000772165;RO=18;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336229;STB=0.68495;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000737684;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:21:21:21:0.5:5:16:7:11:5:16:9:12 chr7 38765857 . T C 116.15 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00746394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.217;QD=11.332;RBI=0.00746462;REFB=-0.00162746;REVB=-0.000101229;RO=27;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307102;STB=0.683184;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0028174;OID=.;OPOS=38765857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:10:4:15:12:10:4:15:12 chr7 38780883 . C T 1789.16 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088361;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.785;QD=61.1679;RBI=0.00896027;REFB=0;REVB=-0.00148654;RO=0;SAF=64;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36332e-08;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:53:64:0:0:53:64:0:0 chr7 38780924 . T C 2370.97 PASS AF=0.993631;AO=154;DP=156;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262949;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.263;QD=60.4069;RBI=0.0364064;REFB=-0.117595;REVB=0.0251794;RO=1;SAF=80;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590956;STB=0.503105;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000643583;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:157:1:1:154:156:0.993631:74:80:1:0:76:80:1:0 chr7 38796570 . G A 405.33 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.112304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.848;QD=22.5186;RBI=0.112304;REFB=-0.00728052;REVB=0.000161851;RO=32;SAF=15;SAR=25;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271093;STB=0.514918;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00529884;OID=.;OPOS=38796570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:25:15:11:21:25:15:11:21 chr7 38807139 . T G 371.31 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0190056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.67;QD=22.8499;RBI=0.0199522;REFB=-0.0233736;REVB=-0.00607246;RO=28;SAF=27;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170009;STB=0.580033;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0171278;OID=.;OPOS=38807139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:28:28:36:37:0.569231:9:27:16:12:10:27:16:12 chr7 39472681 . C T 750.01 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1027;QD=55.5565;RBI=0.0670734;REFB=0;REVB=0.0154208;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187789;OID=.;OPOS=39472681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:18:34:0:0:18:36:0:0 chr7 39472708 . A G 838.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.389;QD=56.8447;RBI=0.0223745;REFB=0;REVB=0.0171197;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86549e-05;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:54:59:1:17:37:0:0:21:38:0:0 chr7 39472846 . G A 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5701;QD=62.3467;RBI=0.0824522;REFB=0;REVB=-0.0647602;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0018483;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr7 40027484 . A G 46.34 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0110544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.18;QD=9.7557;RBI=0.0324422;REFB=-0.0140392;REVB=0.0305007;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482012;STB=0.772279;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00657805;OID=.;OPOS=40027484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:0:12:5:2:0:12 chr7 40127767 . G A 220.92 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00544791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.559;QD=18.4095;RBI=0.00708578;REFB=-0.0148034;REVB=-0.00453085;RO=25;SAF=17;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23932;STB=0.650752;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0184427;OID=.;OPOS=40127767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:26:22:22:0.458333:5:17:14:11:5:17:14:12 chr7 40314165 . G A 185.57 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.041601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8686;QD=13.7456;RBI=0.0466286;REFB=-0.0146156;REVB=0.0210615;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238453;STB=0.63624;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0185452;OID=.;OPOS=40314165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:32:22:22:0.407407:14:8:18:12:14:8:19:13 chr7 40314243 . A G 220.43 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0111618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.002;QD=17.9942;RBI=0.0147641;REFB=-0.0146141;REVB=0.00966405;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256468;STB=0.645625;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0203604;OID=.;OPOS=40314243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:8:14:10:17:8:14:10:17 chr7 40899967 . G C 464.79 PASS AF=1;AO=26;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.962;QD=58.0986;RBI=0.0435331;REFB=0;REVB=0.0264499;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273063;OID=.;OPOS=40899967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:26:32:1:8:18:0:0:11:21:0:0 chr7 42003680 . A T 64.95 PASS AF=0.441176;AO=13;DP=32;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.0521907;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.7178;QD=7.64072;RBI=0.0979311;REFB=-0.0806448;REVB=-0.0828652;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.608423;STB=0.850653;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.137565;OID=.;OPOS=42003680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:32:34:19:19:13:15:0.441176:10:3:17:2:12:3:17:2 chr7 42212210 . C T 432.5 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0261587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7249;QD=15.0434;RBI=0.0693745;REFB=-0.0257768;REVB=-0.0642537;RO=66;SAF=17;SAR=32;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519612;STB=0.529219;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0356025;OID=.;OPOS=42212210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:66:49:49:0.426087:32:17:26:40:32:17:26:40 chr7 42950640 . C T 1287.23 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0283957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.621;QD=60.5754;RBI=0.028515;REFB=0.0549636;REVB=-0.00260568;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00179441;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:49:35:0:0:49:35:1:0 chr7 42970733 . C T 999.0 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8007;QD=58.7646;RBI=0.0181134;REFB=0;REVB=-0.0066357;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122872;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:32:36:0:0 chr7 42976789 . A G 1438.57 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347515;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.104;QD=63.234;RBI=0.0452901;REFB=0;REVB=0.0290435;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208997;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:48:42:0:0:49:42:0:0 chr7 42977091 . G A 734.35 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00649033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83;QD=61.1957;RBI=0.0126089;REFB=-0.15214;REVB=0.0108102;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200087;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00282809;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:23:24:0:1:23:24:0:1 chr7 43484136 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0493502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.427;QD=16.8228;RBI=0.0571365;REFB=-0.0122713;REVB=-0.0287948;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363051;STB=0.713672;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.006963;OID=.;OPOS=43484136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:1:4:2:5:1:4 chr7 43506059 . A G 120.14 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0363431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8331;QD=6.86537;RBI=0.0411392;REFB=-0.012713;REVB=-0.0192774;RO=49;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812039;STB=0.565223;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0734438;OID=.;OPOS=43506059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:52:18:18:0.257143:11:7:16:33:11:7:16:36 chr7 43506158 . T C 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0353604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.781;QD=14.6683;RBI=0.0422244;REFB=0.00688048;REVB=0.023077;RO=32;SAF=5;SAR=19;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605144;STB=0.534602;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.0123786;OID=.;OPOS=43506158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:19:5:8:24:19:5:8:24 chr7 43664280 . A G 1302.99 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00746716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.776;QD=58.5612;RBI=0.0175897;REFB=-0.108914;REVB=0.015926;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518514;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000668011;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:89:89:0:3:86:86:0.966292:39:47:0:0:39:47:0:3 chr7 43664625 . G T 417.77 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00768363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.23;QD=53.9051;RBI=0.00893437;REFB=0.0596564;REVB=0.00455904;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000683798;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:1:0:14:16:1:0 chr7 43664785 . C T 708.49 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.862;QD=62.9769;RBI=0.0453409;REFB=0;REVB=-0.0275301;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99844e-05;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr7 43810764 . G A 1292.58 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.956;QD=61.5514;RBI=0.0256384;REFB=0;REVB=-0.00285348;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124476;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:82:84:1:52:30:0:0:54:30:0:0 chr7 43846603 . A G 946.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.582;QD=58.2163;RBI=0.0224351;REFB=0;REVB=0.000474864;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19138e-05;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:30:33:0:0:31:34:0:0 chr7 43916128 . C CCT 667.65 PASS AF=0.98;AO=43;DP=65;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028776;FXX=0.0908926;HRUN=3;LEN=2;MLLD=250.23;QD=53.4118;RBI=0.0320495;REFB=0.00770983;REVB=0.0141106;RO=16;SAF=24;SAR=19;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664083;STB=0.511623;STBP=0.325;TYPE=ins;VARB=-0.000151827;OID=.;OPOS=43916129;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.98:43:65:49:50:1:28:21:0:1:5:16:24:19:11:5 chr7 43916138 . C G 711.47 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0623756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.104;QD=52.7016;RBI=0.0624906;REFB=-0.0770187;REVB=0.00378883;RO=2;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392057;STB=0.520825;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00296553;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:23:29:0:2:23:29:0:2 chr7 43916727 . T G 323.35 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2029;QD=53.8918;RBI=0.0543979;REFB=0;REVB=-0.0135147;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000637673;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr7 43917013 . G A 2238.92 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0371635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.357;QD=62.6272;RBI=0.0506102;REFB=-0.10821;REVB=0.0343551;RO=0;SAF=61;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26383e-08;STB=0.504064;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000410644;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:143:0:1:142:142:0.993007:81:61:0:0:81:61:1:0 chr7 43917274 . A G 335.08 PASS AF=1;AO=16;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9519;QD=53.6124;RBI=0.0437602;REFB=0;REVB=0.0282378;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309839;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:16:25:1:5:11:0:0:10:15:0:0 chr7 43982482 . A C 1455.75 PASS AF=0.989362;AO=89;DP=91;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.578;QD=61.9467;RBI=0.039122;REFB=-0.117773;REVB=0.0358339;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104156;STB=0.505049;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00127284;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:94:1:1:89:93:0.989362:45:44:0:1:49:44:0:1 chr7 44027348 . A G 1400.09 PASS AF=1;AO=79;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572373;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7721;QD=62.9255;RBI=0.0675791;REFB=0;REVB=-0.0359281;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000800457;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:79:89:1:46:33:0:0:47:42:0:0 chr7 44047066 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.22;QD=57.2372;RBI=0.0182636;REFB=0;REVB=0.00776285;RO=0;SAF=13;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60164e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3044e-05;OID=.;OPOS=44047066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:43:13:0:0:43:13:0:0 chr7 44148553 . A G 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.606;QD=60.7158;RBI=0.0436236;REFB=0;REVB=-0.0164164;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80958e-05;OID=.;OPOS=44148553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr7 44180079 . A AG 304.97 PASS AF=1;AO=24;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751732;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.5257;QD=39.3511;RBI=0.101494;REFB=0;REVB=-0.0681916;RO=6;SAF=8;SAR=16;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00440346;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:33:31:31:0:12:19:0:0:6:6:8:16:4:2 chr7 44180652 . G T 191.69 PASS AF=0.5;AO=17;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00545098;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.245;QD=19.169;RBI=0.0223534;REFB=-0.0385188;REVB=-0.0216786;RO=9;SAF=3;SAR=14;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739483;STB=0.590812;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0482311;OID=.;OPOS=44180652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:9:20:17:20:0.5:14:3:1:8:15:5:8:12 chr7 44259706 . G A 483.16 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.583;QD=58.5642;RBI=0.015024;REFB=0;REVB=-0.00975477;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04618e-05;OID=.;OPOS=44259706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr7 44259871 . C T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.908;QD=56.7026;RBI=0.018828;REFB=0;REVB=0.0183638;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68354e-05;OID=.;OPOS=44259871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr7 44284564 . A G 2219.72 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208002;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.059;QD=63.4206;RBI=0.0222963;REFB=0;REVB=0.00802964;RO=0;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21883e-05;OID=.;OPOS=44284564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:140:140:1:69:71:0:0:69:71:0:0 chr7 44442296 . A C 487.11 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279065;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.908;QD=59.044;RBI=0.0298454;REFB=0;REVB=0.0105818;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189782;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr7 44608718 . C T 279.61 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00775231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7104;QD=48.6279;RBI=0.0597739;REFB=-0.1049;REVB=0.0592691;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.533302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00820258;OID=.;OPOS=44608718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:15:7:0:0:15:7:1:0 chr7 44620836 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.574;QD=49.5992;RBI=0.032722;REFB=0;REVB=0.0169061;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301853;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr7 44747499 . G A 270.65 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311055;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1731;QD=51.5516;RBI=0.0921941;REFB=0;REVB=0.0867883;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00688916;OID=.;OPOS=44747499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:8:13:0:0 chr7 44748451 . G A 147.35 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0390265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.997;QD=39.2931;RBI=0.044046;REFB=0.0360971;REVB=-0.0204201;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431971;STB=0.523776;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00148663;OID=.;OPOS=44748451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:15:1:1:13:14:0.933333:10:3:0:1:10:4:0:1 chr7 44836314 . A G 1426.2 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=101;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00852029;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1839;QD=58.8125;RBI=0.0147644;REFB=-0.146728;REVB=0.0120578;RO=1;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939059;STB=0.504949;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00154811;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:97:1:1:96:96:0.989691:50:46:0:1:50:46:0:1 chr7 45104131 . G A 766.34 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255034;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.785;QD=54.7387;RBI=0.0734622;REFB=-0.0798235;REVB=0.0688932;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.506664;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000975598;OID=.;OPOS=45104131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:56:0:1:55:55:0.982143:18:37:0:0:18:37:1:0 chr7 45115773 . T C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0138329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7257;QD=16.5273;RBI=0.0337588;REFB=-0.020905;REVB=0.0307946;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129828;STB=0.573077;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0117337;OID=.;OPOS=45115773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:19:10:12:13:19:10 chr7 45120248 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.715;QD=54.5175;RBI=0.0146932;REFB=0;REVB=-0.0143277;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.78595e-05;OID=.;OPOS=45120248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr7 45122324 . C A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.055;QD=57.6799;RBI=0.0710148;REFB=0;REVB=0.0213446;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214706;OID=.;OPOS=45122324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr7 45122464 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.413;QD=50.4128;RBI=0.0255878;REFB=0;REVB=0.00773079;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134558;OID=.;OPOS=45122464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr7 45122723 . G A 255.57 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4749;QD=51.1131;RBI=0.131413;REFB=0;REVB=0.131168;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328084;OID=.;OPOS=45122723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr7 45123090 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00740395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.606;QD=37.4885;RBI=0.0193668;REFB=0;REVB=0.0178957;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45057e-05;OID=.;OPOS=45123090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr7 45124008 . T C 394.47 PASS AF=1;AO=23;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.604;QD=56.3527;RBI=0.138215;REFB=0;REVB=0.137049;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150185;OID=.;OPOS=45124008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:23:28:1:13:10:0:0:17:11:0:0 chr7 45124286 . A G 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346166;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.201;QD=60.6302;RBI=0.034887;REFB=0;REVB=0.00433474;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188746;OID=.;OPOS=45124286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr7 45124465 . A T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.08;QD=53.9106;RBI=0.0342975;REFB=0;REVB=0.0306246;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195982;OID=.;OPOS=45124465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr7 45217015 . T C 457.46 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=94;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0234393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1198;QD=19.2615;RBI=0.0236362;REFB=-0.0186306;REVB=-0.00304501;RO=49;SAF=18;SAR=27;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524582;STB=0.53558;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0318205;OID=.;OPOS=45217015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:49:49:45:46:0.484211:27:18:17:32:27:19:17:32 chr7 45225838 . AA TC 294.26 PASS AF=0.525424;AO=29;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0132109;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=173.131;QD=19.9497;RBI=0.0144408;REFB=0.00726658;REVB=0.00583171;RO=28;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459379;STB=0.502875;STBP=0.988;TYPE=mnp;VARB=-0.00649889;OID=.;OPOS=45225838;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:28:29:31:0.525424:19:10:11:17:19:12:11:17 chr7 45703971 . G A 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.042;QD=62.9801;RBI=0.0769291;REFB=0;REVB=0.0657597;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466621;OID=.;OPOS=45703971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr7 45765234 . G T 453.7 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1079;QD=54.9941;RBI=0.0383267;REFB=0.0346294;REVB=-0.00106274;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00186162;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:0:1:17:15:0:1 chr7 46732428 . A G 1175.83 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0180739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.668;QD=59.5359;RBI=0.0183781;REFB=-0.1234;REVB=0.00333005;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00070271;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:28:50:0:0:28:50:1:0 chr7 47323456 . A G 54.3 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00161876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.397;QD=8.68863;RBI=0.0112285;REFB=-0.0125645;REVB=-0.0111112;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098437;STB=0.560295;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0214759;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:5:12:5:3:5:12 chr7 47408029 . A G 1246.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.812;QD=61.531;RBI=0.0271197;REFB=0;REVB=-0.0184382;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55864e-06;OID=.;OPOS=47408029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:50:31:0:0:50:31:0:0 chr7 47408104 . G A 168.62 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0123799;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.27;QD=15.6852;RBI=0.0136018;REFB=-0.0132099;REVB=0.00563432;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404799;STB=0.696757;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0183861;OID=.;OPOS=47408104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:25:17:18:0.418605:5:12:8:18:6:12:8:17 chr7 47408443 . C G 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0596168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.536;QD=22.584;RBI=0.0756196;REFB=-0.0474473;REVB=-0.0465205;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263925;STB=0.650873;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0146307;OID=.;OPOS=47408443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:3:8:2:4:3:8:2:4 chr7 47408552 . TG T 70.67 PASS AF=0.625;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.130449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.7245;QD=17.6663;RBI=0.142737;REFB=-0.0187589;REVB=0.0579369;RO=7;SAF=0;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.803263;STB=0.749373;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.0499573;OID=.;OPOS=47408553;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:9:16:10:16:6:1:9:3:3:27:7:0:9:4:3 chr7 47408974 . T A 446.37 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.538;QD=57.5966;RBI=0.0498766;REFB=0;REVB=0.0236425;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023278;OID=.;OPOS=47408974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr7 47436497 . G A 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.000816226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.943;QD=21.8393;RBI=0.00370201;REFB=-0.0252523;REVB=-0.00361091;RO=24;SAF=6;SAR=19;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595274;STB=0.53345;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0235152;OID=.;OPOS=47436497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:19:6:7:17:19:6:7:17 chr7 47698685 . A G 307.36 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0257973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.303;QD=24.1066;RBI=0.0260557;REFB=-0.0199301;REVB=0.00366078;RO=21;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392832;STB=0.527028;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0161667;OID=.;OPOS=47698685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:29:30:0.588235:11:18:12:9:11:19:12:9 chr7 47851623 . C T 231.2 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00279775;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7731;QD=22.0194;RBI=0.00339677;REFB=0.00695235;REVB=0.00192632;RO=20;SAF=3;SAR=19;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335392;STB=0.691846;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00733114;OID=.;OPOS=47851623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:20:22:22:0.52381:19:3:8:12:19:3:8:12 chr7 47852837 . C T 517.88 PASS AF=0.571429;AO=47;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00353168;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.459;QD=24.661;RBI=0.00803006;REFB=-0.00442672;REVB=-0.00721173;RO=32;SAF=18;SAR=29;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310122;STB=0.52832;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00309868;OID=.;OPOS=47852837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:32:36:47:48:0.571429:29:18:11:21:29:19:12:24 chr7 47854956 . C T 563.15 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=158;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=0.0215216;FXX=0.031054;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.561;QD=14.4398;RBI=0.0234734;REFB=-0.0295012;REVB=0.00937134;RO=82;SAF=37;SAR=23;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337709;STB=0.501319;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0288315;OID=.;OPOS=47854956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:82:91:60:65:0.416667:23:37:48:34:27:38:53:38 chr7 47872845 . A G 248.67 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.015178;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8379;QD=18.0849;RBI=0.0180971;REFB=-0.0315722;REVB=-0.00985576;RO=27;SAF=6;SAR=21;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462932;STB=0.519985;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0315632;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:21:6:7:20:21:6:7:21 chr7 47879049 . G A 650.3 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=129;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.00157715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.883;QD=20.0092;RBI=0.0018947;REFB=-0.000364816;REVB=-0.00104999;RO=63;SAF=35;SAR=31;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122685;STB=0.570531;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000341418;OID=.;OPOS=47879049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:63:64:66:66:0.507692:31:35:42:21:31:35:43:21 chr7 47913579 . T C 832.17 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.411;QD=57.3908;RBI=0.0216653;REFB=0;REVB=0.0119475;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33271e-05;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:32:26:0:0 chr7 47921682 . A T 583.21 PASS AF=0.573034;AO=39;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00153033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.59;QD=26.2118;RBI=0.0331486;REFB=-0.0311852;REVB=0.0331132;RO=36;SAF=14;SAR=25;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278893;STB=0.545436;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0304743;OID=.;OPOS=47921682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:36:39:51:0.573034:25:14:14:22:36:15:14:22 chr7 47925331 . C G 734.75 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.68;QD=56.5194;RBI=0.0478815;REFB=0;REVB=0.00945167;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194833;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:47:52:1:25:22:0:0:25:27:0:0 chr7 47968927 . C A 687.98 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.571;QD=62.5432;RBI=0.01623;REFB=0;REVB=0.0158408;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76041e-05;OID=.;OPOS=47968927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:27:15:0:0:29:15:0:0 chr7 47971575 . A G 1366.59 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.033;QD=61.42;RBI=0.064683;REFB=-0.0954904;REVB=0.00580263;RO=1;SAF=39;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436839;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:89:89:1:0:88:89:1:49:39:1:0:49:40:0:0 chr7 48004962 . C T 485.92 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00195207;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.432;QD=58.899;RBI=0.0146035;REFB=0;REVB=0.0144724;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71521e-05;OID=.;OPOS=48004962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr7 48086077 . C T 693.03 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188276;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.786;QD=63.0023;RBI=0.0203572;REFB=0;REVB=-0.0077421;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62608e-07;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr7 48086161 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0028;QD=56.7065;RBI=0.0526434;REFB=0;REVB=0.0305799;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999859;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr7 48089542 . T C 735.87 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6994;QD=62.6272;RBI=0.0783164;REFB=0;REVB=0.00933642;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715652;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:41:47:1:21:20:0:0:21:26:0:0 chr7 48089570 . CC CAC,CA 494.79 PASS AF=0.114286,0.885714;AO=5,16;DP=34;FAO=4,31;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=4,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319583,-0.0510705;FXX=0;HRUN=0,7;LEN=1,1;MLLD=130.036,144.612;QD=56.5475;RBI=0.0320805,0.0511415;REFB=0,0;REVB=0.002798,0.00269463;RO=0;SAF=0,6;SAR=5,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0144036,0.00750681;OID=.,.;OPOS=48089571,48089571;OREF=-,C;OALT=A,A;OMAPALT=CAC,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.114286,0.885714:5,16:34:4,31:35:0:0,16:4,15:0:0:15:0:0,6:5,10:0:0 chr7 48092486 . T C 340.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.076;QD=54.5064;RBI=0.0734632;REFB=0;REVB=0.0154875;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539459;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr7 48285485 . C T 1192.56 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142867;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.458;QD=58.8919;RBI=0.0332554;REFB=-0.128834;REVB=-0.0300302;RO=0;SAF=57;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14853e-08;STB=0.504272;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000502399;OID=.;OPOS=48285485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:0:1:79:80:0.987654:22:57:0:0:22:58:1:0 chr7 48311658 . G A 179.46 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.00846098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6369;QD=15.9518;RBI=0.0335921;REFB=-0.0230887;REVB=-0.0325091;RO=25;SAF=2;SAR=17;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199212;STB=0.610122;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0350622;OID=.;OPOS=48311658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:26:19:19:0.422222:17:2:5:20:17:2:5:21 chr7 48312674 . G A 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.339;QD=57.384;RBI=0.00744044;REFB=0;REVB=0.000161123;RO=0;SAF=14;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3168e-05;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:43:14:0:0:43:14:0:0 chr7 48315796 . C A 424.84 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.875;QD=56.6452;RBI=0.0540807;REFB=0;REVB=-0.0191014;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268377;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:10:19:0:0:10:20:0:0 chr7 48315941 . C T 253.16 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0175514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6852;QD=19.1067;RBI=0.0198662;REFB=-0.0229409;REVB=-0.00930661;RO=26;SAF=20;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237726;STB=0.633809;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0417537;OID=.;OPOS=48315941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:7:20:13:13:7:20:13:13 chr7 48318811 . C T 361.76 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377169;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.095;QD=55.6559;RBI=0.0280364;REFB=0;REVB=-0.0277815;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224711;OID=.;OPOS=48318811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr7 48336844 . C T 1177.63 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0629034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0728;QD=60.3913;RBI=0.0639357;REFB=0;REVB=0.0114429;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.90205e-05;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:76:78:1:33:43:0:0:35:43:0:0 chr7 48545976 . A G 1330.37 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00773723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.826;QD=59.7918;RBI=0.0151917;REFB=-0.0546627;REVB=0.0130738;RO=2;SAF=47;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197343;STB=0.510414;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=3.02821e-05;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:40:47:2:0:40:47:2:0 chr7 48965141 . A G 181.78 PASS AF=0.5;AO=17;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00582659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5263;QD=19.1344;RBI=0.121577;REFB=0.0081865;REVB=0.121438;RO=20;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189159;STB=0.529749;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00112195;OID=.;OPOS=48965141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:19:17:19:0.5:4:13:12:8:6:13:12:7 chr7 50143938 . C T 496.38 PASS AF=0.383117;AO=59;DP=154;FAO=59;FDP=154;FR=.;FRO=95;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=63;FWDB=0.0139809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5675;QD=12.8929;RBI=0.0275111;REFB=-0.0191314;REVB=0.0236938;RO=94;SAF=26;SAR=33;SRF=32;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112466;STB=0.565965;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0311363;OID=.;OPOS=50143938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:94:95:59:59:0.383117:33:26:32:62:33:26:32:63 chr7 50173777 . A G 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0133084;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=130.993;QD=24.1059;RBI=0.0155472;REFB=-0.0151942;REVB=0.00803756;RO=17;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07445;STB=0.521454;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00762366;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:19:24:24:0.55814:15:9:8:9:15:9:8:11 chr7 50175681 . C T 500.99 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00322102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.408;QD=17.1279;RBI=0.00574891;REFB=-0.0104179;REVB=-0.00476183;RO=62;SAF=32;SAR=22;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136235;STB=0.571766;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0193801;OID=.;OPOS=50175681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:63:54:54:0.461538:22:32:28:34:22:32:29:34 chr7 50180972 . C T 325.78 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00385388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.392;QD=14.8082;RBI=0.0137385;REFB=-0.0188784;REVB=-0.0131869;RO=51;SAF=17;SAR=19;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995751;STB=0.561601;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0249767;OID=.;OPOS=50180972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:52:36:36:0.409091:19:17:29:22:19:17:30:22 chr7 50514613 . A AT 35.75 PASS AF=0.5;AO=5;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.230517;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.87563;QD=8.93632;RBI=0.243165;REFB=-0.069969;REVB=0.0774029;RO=10;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253419;STB=0.568802;STBP=0.675;TYPE=ins;VARB=0.107493;OID=.;OPOS=50514614;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:16:8:16:8:3:5:2:6:31:10:1:4:4:6 chr7 50611735 . T C 1433.17 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3814;QD=62.9966;RBI=0.0289712;REFB=0;REVB=-0.0152028;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89266e-05;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:57:33:0:0:58:33:0:0 chr7 50660438 . T C 1402.74 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.489;QD=62.3442;RBI=0.0432393;REFB=0;REVB=0.0430952;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110057;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:39:50:0:0:40:50:0:0 chr7 50673029 . T C,G 769.88 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=46,3;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189988,0.0186846;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.434,114.537;QD=62.8475;RBI=0.0327004,0.0360703;REFB=0,0;REVB=0.0326452,0.0308538;RO=0;SAF=25,0;SAR=21,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.85991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00066361,0.0315176;OID=.,.;OPOS=50673029,50673029;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:49:49:0:0:46,3:47,2:0.959184,0.0408163:21,3:25,0:0:0:22,2:25,0:0:0 chr7 50737431 . G A 139.07 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0144168;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8207;QD=11.5894;RBI=0.0168361;REFB=-0.0157517;REVB=0.00869542;RO=32;SAF=12;SAR=4;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12854;STB=0.576821;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0276926;OID=.;OPOS=50737431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:32:32:16:16:0.333333:4:12:21:11:4:12:21:11 chr7 50742180 . C T 326.72 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.00717408;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.287;QD=12.8125;RBI=0.00782106;REFB=-0.00239447;REVB=-0.00311473;RO=63;SAF=18;SAR=21;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220548;STB=0.624939;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0043445;OID=.;OPOS=50742180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:63:63:39:39:0.382353:21:18:42:21:21:18:42:21 chr7 51093013 . A T 279.64 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8249;QD=48.6331;RBI=0.0731031;REFB=-0.0893219;REVB=0.0675299;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00487866;OID=.;OPOS=51093013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:1:0:12:10:1:0 chr7 51096036 . G C 166.86 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0511139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3956;QD=23.015;RBI=0.0533348;REFB=-0.00471164;REVB=0.0152306;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120225;STB=0.566937;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00222273;OID=.;OPOS=51096036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:12:5:2:10:12:5:2:10 chr7 51096974 . C T 1590.78 PASS AF=0.990741;AO=104;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.973;QD=58.9179;RBI=0.0421205;REFB=0.00534933;REVB=0.0188223;RO=1;SAF=35;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133637;STB=0.506492;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=2.31574e-05;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:1:1:104:107:0.990741:69:35:1:0:69:38:1:0 chr7 51097063 . T G 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.97;QD=60.3757;RBI=0.0254852;REFB=0;REVB=0.00684811;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95107e-05;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr7 51098567 . GTCTTCT GTCT,GTCTTCA 523.8 PASS AF=0.472222,0.0462963;AO=48,7;DP=110;FAO=51,5;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=23,1;FSAR=28,4;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.00246331,0.0210323;FXX=0.0181802;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=227.949,134.082;QD=19.4001;RBI=0.00713529,0.0428584;REFB=-0.0177733,-0.0102196;REVB=-0.00669661,-0.0373428;RO=51;SAF=21,3;SAR=27,4;SRF=36;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.245343,-0.329079;STB=0.629401,0.887738;STBP=0.011,0.199;TYPE=del,snp;VARB=0.0226129,0.0379194;OID=.,.;OPOS=51098568,51098573;OREF=TCT,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTCT,GTCTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222,0.0462963:48,7:110:51,5:108:52:23,1:28,4:37:15:99:51:21,3:27,4:36:15 chr7 51287470 . A G 770.59 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00558276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9387;QD=55.0422;RBI=0.0273599;REFB=-0.0145181;REVB=-0.0267843;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-9.43843e-05;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:26:29:0:1:26:29:0:1 chr7 53103371 . G T 823.64 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9296;QD=54.909;RBI=0.164173;REFB=0;REVB=0.145318;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00387792;OID=.;OPOS=53103371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:1:0:57:60:1:25:32:0:1:28:32:0:0 chr7 53103382 . G T 867.97 PASS AF=0.953846;AO=60;DP=63;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0531149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.472;QD=53.4133;RBI=0.0969313;REFB=-0.106297;REVB=0.0810832;RO=2;SAF=31;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294747;STB=0.52307;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0055487;OID=.;OPOS=53103382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:65:2:3:60:62:0.953846:29:31:2:0:31:31:3:0 chr7 53103673 . C A,G 626.91 PASS AF=0.836735,0.0612245;AO=40,3;DP=48;FAO=41,3;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=26,1;FSAR=15,2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00319645,0.0204552;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=153.976,39.7005;QD=51.176;RBI=0.0103929,0.0253994;REFB=-0.108754,-0.0228378;REVB=0.00988919,0.0150571;RO=3;SAF=26,1;SAR=14,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00239326,-0.255936;STB=0.503989,0.665555;STBP=0.907,0.618;TYPE=snp,snp;VARB=0.00189214,-0.00646908;OID=.,.;OPOS=53103673,53103673;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:48:49:3:5:40,3:41,3:0.836735,0.0612245:14,2:26,1:2:1:15,2:26,1:3:2 chr7 53104078 . G A 1512.32 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00818631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.005;QD=62.3638;RBI=0.0350322;REFB=-0.122549;REVB=0.0340622;RO=0;SAF=25;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000438746;OID=.;OPOS=53104078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:0:1:94:96:0.989691:69:25:0:0:71:25:0:1 chr7 53557963 . A G 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0140023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.764;QD=18.2899;RBI=0.0156036;REFB=-0.00597621;REVB=0.00688537;RO=33;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168791;STB=0.509428;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00712529;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:13:19:19:14:13:19:19:14 chr7 53558015 . G T 323.58 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.012501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.989;QD=16.8093;RBI=0.0126728;REFB=-0.0184414;REVB=0.00207975;RO=42;SAF=25;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208929;STB=0.601599;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0155136;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:34:35:0.454545:9:25:23:19:10:25:23:19 chr7 54614698 . C CG 96.52 PASS AF=0.454545;AO=23;DP=65;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.101703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.2616;QD=7.01986;RBI=0.101875;REFB=-0.0416058;REVB=-0.00591999;RO=41;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471845;STB=0.55696;STBP=0.495;TYPE=ins;VARB=0.0224534;OID=.;OPOS=54614699;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:23:65:25:55:30:9:16:8:22:96:41:7:16:14:27 chr7 55214348 . C T 199.74 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00676853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.12;QD=19.9743;RBI=0.0332759;REFB=0.00580703;REVB=-0.0325802;RO=20;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206463;STB=0.617521;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00957967;OID=.;OPOS=55214348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:15:5:9:11:15:5:9:11 chr7 55229255 . G A 603.43 PASS AF=0.520661;AO=60;DP=115;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0233031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2694;QD=19.9481;RBI=0.0482091;REFB=-0.0321738;REVB=0.0422028;RO=55;SAF=21;SAR=39;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636456;STB=0.533471;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0266224;OID=.;OPOS=55229255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:121:55:58:60:63:0.520661:39:21:23:32:40:23:25:33 chr7 55238874 . T A 51.61 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00746069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8677;QD=5.89831;RBI=0.0364253;REFB=-0.00956152;REVB=0.0356531;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171963;STB=0.61123;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0534019;OID=.;OPOS=55238874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:25:27:8:8:0.228571:5:3:13:12:5:3:14:13 chr7 55249063 . G A 234.85 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0109411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.247;QD=18.788;RBI=0.0165104;REFB=-0.0331932;REVB=-0.0123647;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218565;STB=0.614871;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0295146;OID=.;OPOS=55249063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:27:23:23:0.46:15:8:15:11:15:8:15:12 chr7 55266417 . T C 1234.2 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000708069;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.433;QD=60.9481;RBI=0.0142644;REFB=0;REVB=0.0142468;RO=0;SAF=62;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16699e-06;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:18:62:0:0:18:63:0:0 chr7 55499058 . A G 546.45 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.258;QD=59.0759;RBI=0.0648531;REFB=0;REVB=0.0373136;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000969109;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:26:11:0:0 chr7 55750390 . A G 146.98 PASS AF=0.221154;AO=23;DP=104;FAO=23;FDP=104;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=26;FWDB=-0.0145997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.978;QD=5.6531;RBI=0.0383666;REFB=-0.00287644;REVB=-0.0354802;RO=80;SAF=15;SAR=8;SRF=55;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499451;STB=0.523344;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0135941;OID=.;OPOS=55750390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:80:81:23:23:0.221154:8:15:55:25:8:15:55:26 chr7 55902225 . G GT 33.85 PASS AF=0.202381;AO=16;DP=90;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0834317;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.8519;QD=1.61171;RBI=0.100073;REFB=-0.0587659;REVB=0.0552611;RO=74;SAF=3;SAR=13;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454294;STB=0.816123;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.107927;OID=.;OPOS=55902226;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202381:16:90:17:84:67:3:14:38:29:33:74:3:13:40:34 chr7 56007576 . C T 100.65 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0365117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1044;QD=17.5049;RBI=0.0466214;REFB=-0.00264183;REVB=-0.0289905;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208353;STB=0.658254;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0087694;OID=.;OPOS=56007576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:10:11:11:12:0.521739:8:3:5:5:9:3:6:5 chr7 56087374 . C T 52.23 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.00525108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5656;QD=3.07246;RBI=0.00529558;REFB=0.00282024;REVB=0.000685118;RO=58;SAF=2;SAR=8;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239433;STB=0.671152;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00278354;OID=.;OPOS=56087374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:8:2:21:37:8:2:21:37 chr7 56087379 . T C 60.64 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0307999;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.219;QD=3.62007;RBI=0.0343314;REFB=-0.0107119;REVB=-0.015166;RO=56;SAF=2;SAR=9;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268805;STB=0.672244;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0302604;OID=.;OPOS=56087379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:68:67:56:56:11:11:0.164179:9:2:20:36:9:2:19:37 chr7 56087399 . G A 47.12 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.0044176;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5141;QD=2.94516;RBI=0.0339344;REFB=-0.00163881;REVB=0.0336456;RO=55;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133457;STB=0.596182;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0224757;OID=.;OPOS=56087399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:65:64:55:55:9:9:0.140625:7:2:17:38:7:2:17:38 chr7 56088780 . G A 43.81 PASS AF=0.113636;AO=11;DP=88;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0369628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.956;QD=1.99123;RBI=0.0861873;REFB=-0.00830541;REVB=-0.0778588;RO=75;SAF=5;SAR=6;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128293;STB=0.534023;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.048643;OID=.;OPOS=56088780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:88:88:75:78:11:10:0.113636:6:5:42:33:5:5:42:36 chr7 56088786 . A T 163.28 PASS AF=0.261364;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0047118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.844;QD=7.42179;RBI=0.0191958;REFB=-0.0154344;REVB=-0.0186085;RO=64;SAF=11;SAR=12;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102488;STB=0.555617;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0239233;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:64:65:23:23:0.261364:12:11:36:28:12:11:36:29 chr7 56088789 . G A 154.98 PASS AF=0.255814;AO=23;DP=86;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.018008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.832;QD=7.20835;RBI=0.0362615;REFB=-0.00463237;REVB=0.031474;RO=63;SAF=11;SAR=12;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938098;STB=0.534852;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0209442;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:64:23:22:0.255814:12:11:35:28:11:11:35:29 chr7 56088811 . T C 170.46 PASS AF=0.258065;AO=23;DP=92;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0163459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3384;QD=7.3314;RBI=0.0623804;REFB=-0.00200335;REVB=0.0602008;RO=69;SAF=9;SAR=14;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178621;STB=0.619846;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0075728;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:69:69:23:24:0.258065:14:9:37:32:15:9:37:32 chr7 56088825 . T A 178.97 PASS AF=0.263158;AO=25;DP=95;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00795254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0543;QD=7.53571;RBI=0.00922563;REFB=-0.0130552;REVB=0.00467646;RO=69;SAF=9;SAR=16;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182478;STB=0.605245;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0430023;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:69:70:25:25:0.263158:16:9:35:34:16:9:35:35 chr7 56126360 . T C 110.42 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0644002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.463;QD=25.9814;RBI=0.0698665;REFB=-0.0508344;REVB=0.0270914;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119488;STB=0.566903;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0513069;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:7:5:1:4:7:5:1:4 chr7 56136260 . C A,G 979.24 PASS AF=0.955882,0.0441176;AO=63,3;DP=66;FAO=65,3;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38,1;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336287,-0.00263986;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=192.106,150.125;QD=57.6026;RBI=0.0322364,0.0327024;REFB=0,0;REVB=0.0320606,0.0325956;RO=0;SAF=36,1;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.31521e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-9.01356e-05,0.0311904;OID=.,.;OPOS=56136260,56136260;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:66:68:0:0:63,3:65,3:0.955882,0.0441176:27,2:36,1:0:0:27,2:38,1:0:0 chr7 56149939 . G A 108.89 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.113745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.544;QD=13.6115;RBI=0.115797;REFB=0.00647959;REVB=0.0217021;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328858;STB=0.522578;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0155321;OID=.;OPOS=56149939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:19:13:13:0.40625:8:5:6:11:8:5:8:11 chr7 56174115 . A C 453.79 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.535;QD=56.7238;RBI=0.0532435;REFB=0;REVB=-0.0245115;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244153;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:22:10:0:0 chr7 56871760 . C T 83.16 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0227858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.714;QD=4.75214;RBI=0.0239268;REFB=-0.00837349;REVB=-0.00730046;RO=53;SAF=10;SAR=4;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385457;STB=0.747692;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0337167;OID=.;OPOS=56871760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:53:56:14:14:0.2:4:10:21:32:4:10:22:34 chr7 56879527 . A G 135.34 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00749106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.259;QD=8.32883;RBI=0.0291273;REFB=-0.0155448;REVB=-0.0281476;RO=46;SAF=14;SAR=5;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902997;STB=0.554396;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0325582;OID=.;OPOS=56879527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:5:14:31:15:5:14:31:15 chr7 56879552 . T C 972.29 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.725;QD=58.9264;RBI=0.0296405;REFB=0;REVB=-0.0295234;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38484e-05;OID=.;OPOS=56879552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr7 56879668 . C T 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0190791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.196;QD=21.5452;RBI=0.0192546;REFB=-0.0230038;REVB=-0.00259409;RO=10;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267316;STB=0.646899;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0259072;OID=.;OPOS=56879668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:12:2:0:10:12:2:0:10 chr7 56879694 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0204936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.211;QD=12.0155;RBI=0.0211356;REFB=-0.0501555;REVB=0.00516968;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360263;STB=0.705426;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0516661;OID=.;OPOS=56879694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:0:7:5:1:0:7 chr7 57238635 . G A 661.75 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7497;QD=60.1594;RBI=0.0219426;REFB=0;REVB=-0.0176535;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067707;OID=.;OPOS=57238635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:41:44:1:17:24:0:0:18:26:0:0 chr7 57242225 . T C 859.95 PASS AF=0.913043;AO=63;DP=69;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00555042;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=186.322;QD=49.8524;RBI=0.0134863;REFB=-0.0785556;REVB=0.0122912;RO=6;SAF=32;SAR=31;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285719;STB=0.515175;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.000361664;OID=.;OPOS=57242225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:69:69:6:6:63:63:0.913043:31:32:2:4:31:32:2:4 chr7 57257162 . A C 1041.21 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0483592;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.874;QD=58.6594;RBI=0.0483886;REFB=-0.169525;REVB=0.00168458;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000554193;OID=.;OPOS=57257162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:35:35:0:0:35:35:0:1 chr7 57260032 . GA G 200.59 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00192596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.326;QD=13.8335;RBI=0.00193271;REFB=-0.0109348;REVB=-0.000161358;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130957;STB=0.567843;STBP=0.382;TYPE=del;VARB=0.0159494;OID=.;OPOS=57260033;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:24:58:24:58:34:16:8:19:15:99:33:16:8:18:15 chr7 57528997 . T C 60.58 PASS AF=0.571429;AO=6;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0229434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.618;QD=17.3093;RBI=0.0450762;REFB=-0.0204073;REVB=0.0388003;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599771;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0198638;OID=.;OPOS=57528997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:6:6:6:8:0.571429:1:5:5:1:3:5:5:1 chr7 57529392 . A C 33.47 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0253752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2527;QD=19.1282;RBI=0.108823;REFB=-0.0143295;REVB=0.105823;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0221527;OID=.;OPOS=57529392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:0:2:4:1:0:2 chr7 63529956 . G A 200.83 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0327988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.498;QD=20.5978;RBI=0.0422691;REFB=-0.0166758;REVB=-0.0266629;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155274;STB=0.587541;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0161016;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:8:12:8:11:8:12:8:11 chr7 63537783 . G A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0247712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.725;QD=13.015;RBI=0.0322888;REFB=0.00663924;REVB=0.0207112;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119186;STB=0.568897;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0146513;OID=.;OPOS=63537783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:11:9:18:14:11:9:18:14 chr7 63537849 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.939;QD=63.583;RBI=0.0267397;REFB=0;REVB=0.0199952;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96486e-05;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr7 63565953 . A C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.564;QD=60.2279;RBI=0.0363035;REFB=0;REVB=0.0246166;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418711;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr7 63566387 . A ATGT 451.3 PASS AF=0.871795;AO=32;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00912374;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=190.731;QD=46.287;RBI=0.0339326;REFB=0.00507489;REVB=0.032683;RO=6;SAF=12;SAR=20;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130614;STB=0.506575;STBP=0.853;TYPE=ins;VARB=-0.000439218;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.871795:32:39:34:39:5:12:22:2:3:26:6:12:20:2:4 chr7 63568887 . A ATAACT 280.48 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0243809;FXX=0.119019;HRUN=1;LEN=5;MLLD=245.364;QD=30.3221;RBI=0.0323975;REFB=-0.0498114;REVB=-0.0213347;RO=13;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047535;STB=0.526174;STBP=0.667;TYPE=ins;VARB=0.01762;OID=.;OPOS=63568888;OREF=-;OALT=TAACT;OMAPALT=ATAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.648649:24:39:24:37:13:11:13:5:8:99:13:11:13:5:8 chr7 63570733 . T C 711.36 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0512018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.424;QD=52.6935;RBI=0.0522639;REFB=-0.0371986;REVB=0.010483;RO=2;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134251;STB=0.500713;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000867959;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:27:25:1:1:27:25:1:1 chr7 63570826 . A G 206.72 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0140824;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4135;QD=13.1253;RBI=0.031623;REFB=-0.0100163;REVB=-0.0283143;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33366;STB=0.688671;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0189068;OID=.;OPOS=63570826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:38:25:25:0.396825:11:14:9:29:11:14:9:29 chr7 63572046 . GA G,GG 314.28 PASS AF=1,0;AO=4,19;DP=23;FAO=23,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328003,-0.0769773;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.911,199.236;QD=54.6579;RBI=0.0688092,0.092988;REFB=0,0;REVB=0.0604884,0.0521658;RO=0;SAF=1,19;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000302436,0;OID=.,.;OPOS=63572047,63572047;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:4,19:23:23,0:23:0:20,0:3,0:0:0:4:0:1,19:3,0:0:0 chr7 63679733 . A G 771.21 PASS AF=0.982143;AO=50;DP=51;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00165408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.411;QD=55.0867;RBI=0.0924212;REFB=-0.0263577;REVB=0.0924064;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000585639;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:56:1:1:50:55:0.982143:27:23:1:0:32:23:1:0 chr7 63680133 . T A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00569756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.449;QD=13.4557;RBI=0.00780174;REFB=-0.00458131;REVB=0.00532962;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121912;STB=0.571303;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00470714;OID=.;OPOS=63680133;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:10:5:5:6:10:5 chr7 63726370 . A G 149.78 PASS AF=0.322581;AO=21;DP=63;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00977716;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3468;QD=9.6631;RBI=0.0323648;REFB=-0.0128625;REVB=0.0308527;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120584;STB=0.612796;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0207506;OID=.;OPOS=63726370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:42:21:20:0.322581:11:10:14:24:10:10:14:28 chr7 63726797 . T C 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0251124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6668;QD=24.5994;RBI=0.055291;REFB=0.00887258;REVB=0.0492592;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945677;STB=0.552584;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00559971;OID=.;OPOS=63726797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:11:11:6:10:11:11:6:10 chr7 63796744 . T C 408.01 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0356277;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0177;QD=19.2004;RBI=0.0440532;REFB=0.00272113;REVB=0.0259104;RO=44;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131782;STB=0.565682;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00300429;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:44:44:40:41:0.482353:18:22:18:26:19:22:18:26 chr7 63808867 . C A 49.48 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.033399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.88;QD=15.2239;RBI=0.0374531;REFB=-0.00601734;REVB=-0.016948;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335683;STB=0.627576;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0118647;OID=.;OPOS=63808867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:4:3:0:5:4:3:1:5 chr7 63981559 . T C 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0101049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7037;QD=6.57332;RBI=0.0729718;REFB=0.00871292;REVB=0.0722688;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416902;STB=0.774851;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0132117;OID=.;OPOS=63981559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:8:8:1:5:8:8 chr7 63981563 . A G 289.3 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4212;QD=52.6004;RBI=0.0331971;REFB=0;REVB=0.00499154;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000652984;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr7 64169019 . G A 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.602;QD=55.0895;RBI=0.0155758;REFB=0;REVB=0.0136838;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48402e-05;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:22:4:0:0:22:4:0:0 chr7 64254901 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6662;QD=39.206;RBI=0.0364146;REFB=0;REVB=0.0330796;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489274;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr7 64291333 . T A 891.86 PASS AF=0.941176;AO=63;DP=67;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0255684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.398;QD=52.4622;RBI=0.0255912;REFB=-0.0513972;REVB=-0.00107871;RO=4;SAF=23;SAR=40;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753253;STB=0.538449;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000844259;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:67:68:4:4:63:64:0.941176:40:23:4:0:40:24:4:0 chr7 64291987 . G A 311.35 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545049;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5457;QD=54.1477;RBI=0.0547123;REFB=0;REVB=0.00475991;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437309;OID=.;OPOS=64291987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr7 64291991 . T A 296.4 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.017438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.763;QD=49.3994;RBI=0.0198549;REFB=-0.105357;REVB=-0.00949385;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000552138;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:11:12:0:0:11:12:0:1 chr7 64389089 . A C 115.95 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1087;QD=42.1643;RBI=0.0708431;REFB=0;REVB=0.0650745;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414043;OID=.;OPOS=64389089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr7 64438667 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.726;QD=51.1846;RBI=0.0246831;REFB=0;REVB=0.0174981;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139131;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr7 64451699 . T C 1565.56 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.265;QD=59.6405;RBI=0.0278745;REFB=0;REVB=0.00863015;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351642;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:56:48:0:0:56:49:0:0 chr7 64451963 . T C 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.149;QD=60.3746;RBI=0.0294;REFB=0;REVB=0.029361;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92314e-05;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr7 64452830 . C T 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.852;QD=59.6786;RBI=0.032644;REFB=0;REVB=-0.0240948;RO=0;SAF=50;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80767e-06;OID=.;OPOS=64452830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:20:50:0:0:20:50:0:0 chr7 64453136 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.177;QD=58.1415;RBI=0.0442824;REFB=0;REVB=0.0407611;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54495e-05;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr7 64453615 . T C 578.18 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00795268;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7849;QD=60.8609;RBI=0.0391616;REFB=0;REVB=0.0383456;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63683e-05;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:16:22:0:0 chr7 64453634 . G A 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.452;QD=57.0996;RBI=0.0474683;REFB=0;REVB=0.03455;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115843;OID=.;OPOS=64453634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr7 64863392 . C T 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0377484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.599;QD=18.636;RBI=0.038145;REFB=-0.0243671;REVB=0.00548577;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120505;STB=0.568876;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0300323;OID=.;OPOS=64863392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:7:9:11:5:7:9 chr7 64864607 . G A 427.13 PASS AF=0.525;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.015651;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.372;QD=21.3566;RBI=0.0187213;REFB=-0.0285517;REVB=-0.0102729;RO=38;SAF=15;SAR=27;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150418;STB=0.583293;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0279175;OID=.;OPOS=64864607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:38:38:42:42:0.525:27:15:20:18:27:15:20:18 chr7 64864800 . A G 209.7 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0175841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6254;QD=18.6401;RBI=0.0812066;REFB=-0.0015383;REVB=0.0792799;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178323;STB=0.600747;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00338069;OID=.;OPOS=64864800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:16:8:11:10:16:8 chr7 64864912 . A C 46.31 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0386691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.667;QD=9.74854;RBI=0.041346;REFB=-0.00277286;REVB=-0.0146351;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00338937;OID=.;OPOS=64864912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:7:5:3:4:7:5 chr7 64865118 . A G 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.002063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.337;QD=21.5104;RBI=0.0210419;REFB=-0.0246634;REVB=-0.0209405;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558936;STB=0.546718;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0200349;OID=.;OPOS=64865118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:16:19:21:21:0.525:12:9:8:8:12:9:10:9 chr7 64865280 . G A 358.37 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0294897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.619;QD=17.0652;RBI=0.0311359;REFB=-0.00802508;REVB=-0.00998996;RO=46;SAF=23;SAR=15;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167206;STB=0.593779;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0130183;OID=.;OPOS=64865280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:15:23:20:26:15:23:20:26 chr7 64865881 . G C 142.58 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0139054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.229;QD=14.2581;RBI=0.0408883;REFB=-0.0117587;REVB=-0.0384511;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107476;STB=0.562422;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0220802;OID=.;OPOS=64865881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:9:7:13:11:9:7:13:11 chr7 65159983 . A G 159.35 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0220355;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.344;QD=16.7737;RBI=0.0224532;REFB=-0.0129472;REVB=-0.00431114;RO=17;SAF=14;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431532;STB=0.707894;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.01676;OID=.;OPOS=65159983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:21:16:17:0.447368:2:14:9:8:3:14:11:10 chr7 65279676 . A T 901.22 PASS AF=0.520468;AO=89;DP=171;FAO=89;FDP=171;FR=.;FRO=82;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.00513542;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.264;QD=21.0811;RBI=0.0617395;REFB=-0.0425667;REVB=-0.0615256;RO=82;SAF=53;SAR=36;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201823;STB=0.511066;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0426904;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:82:82:89:89:0.520468:36:53:47:35:36:53:47:35 chr7 65279757 . A T 448.97 PASS AF=0.474747;AO=41;DP=114;FAO=47;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0118705;FXX=0.146539;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.859;QD=18.1403;RBI=0.0179431;REFB=-0.0132714;REVB=0.0134553;RO=54;SAF=18;SAR=23;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117615;STB=0.554367;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0197797;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:99:54:51:41:47:0.474747:23:18:30:24:20:27:24:27 chr7 65425894 . A G 259.63 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.017549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1964;QD=17.6019;RBI=0.0249709;REFB=0.0105855;REVB=-0.0177645;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105902;STB=0.56571;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.010579;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:30:28:29:0.491525:18:10:14:16:19:10:14:16 chr7 65552792 . A T 204.5 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0194863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.523;QD=22.7227;RBI=0.0195122;REFB=-0.00999828;REVB=-0.00100535;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398524;STB=0.522324;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00717;OID=.;OPOS=65552792;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:8:8:9:11:8:8 chr7 65557564 . C T 347.26 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0191908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.389;QD=22.404;RBI=0.0254594;REFB=-0.0290209;REVB=-0.01673;RO=27;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275391;STB=0.509429;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0216932;OID=.;OPOS=65557564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:27:34:35:0.564516:19:15:11:16:20:15:11:16 chr7 65842543 . C CAT,T 190.65 PASS AF=0.439024,0.0487805;AO=17,2;DP=41;FAO=18,2;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12,0;FSAR=6,2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.000274373,-0.0309537;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=189.674,66.5605;QD=18.5996;RBI=0.0167569,0.0365281;REFB=-0.0113771,-0.0141932;REVB=0.0167547,0.0193952;RO=21;SAF=12,0;SAR=5,2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.35868,-0.442452;STB=0.67777,0.993116;STBP=0.06,0.321;TYPE=ins,snp;VARB=0.00225943,0.129745;OID=.,.;OPOS=65842544,65842543;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:17,2:18,2:0.439024,0.0487805:5,2:12,0:7:14:6,2:12,0:7:14 chr7 65842545 . T C 189.48 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00184946;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8381;QD=19.4343;RBI=0.0273003;REFB=0.00111734;REVB=0.0272376;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252995;STB=0.643282;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00116628;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:20:20:19:19:0.487179:7:12:7:13:7:12:7:13 chr7 65860213 . T TAGAG 66.78 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00513687;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=4;MLLD=283.112;QD=11.1301;RBI=0.0051999;REFB=-0.0180797;REVB=-0.00080714;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920876;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=ins;VARB=0.0265153;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:25:9:24:15:4:5:8:7:66:15:4:5:8:7 chr7 65860264 . CCATATG C,CCATATTG,CG 101.61 PASS AF=0,0.0357143,0.5;AO=6,3,5;DP=29;FAO=0,1,14;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=0,0,6;FSAR=0,1,8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0204583,-0.0498091,0.0201978;FXX=0.0344709;HRUN=2,1,2;LEN=6,1,5;MLLD=203.522,19.0632,206.06;QD=14.516;RBI=0.0295799,0.120605,0.0257539;REFB=-0.0373189,-0.0713328,-0.0399856;REVB=-0.0213641,-0.109839,-0.0159785;RO=9;SAF=4,1,1;SAR=2,2,4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.219799,-0.123106,-0.291052;STB=0.5,0.988779,0.516106;STBP=1,0.488,0.916;TYPE=del,ins,del;VARB=0,0.125643,0.0236112;OID=.,.,.;OPOS=65860265,65860269,65860265;OREF=CATATG,-,CATAT;OALT=-,T,-;OMAPALT=C,CCATATTG,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0357143,0.5:6,3,5:29:0,1,14:28:13:0,0,6:0,1,8:6:7:85:9:4,1,1:2,2,4:4:5 chr7 66015630 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.964;QD=51.1846;RBI=0.0396782;REFB=0;REVB=0.00521628;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002662;OID=.;OPOS=66015630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr7 66104003 . C T 120.01 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0212915;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.087;QD=12.6329;RBI=0.026837;REFB=-0.0401481;REVB=-0.016337;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137569;STB=0.631404;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0287104;OID=.;OPOS=66104003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:24:13:14:0.368421:7:6:7:14:7:7:7:17 chr7 66105163 . C G 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.489;QD=61.3334;RBI=0.0287015;REFB=0;REVB=-0.013843;RO=0;SAF=6;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21163e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16853e-05;OID=.;OPOS=66105163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:34:6:0:0:34:6:0:0 chr7 66147057 . T C 1283.34 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.484;QD=61.8478;RBI=0.0333515;REFB=0;REVB=0.0115971;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46757e-05;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr7 66147101 . G A 233.74 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00765112;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=195.565;QD=24.6045;RBI=0.0147836;REFB=-0.0188953;REVB=0.0126497;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154276;STB=0.53395;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0060544;OID=.;OPOS=66147101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:16:22:22:0.578947:12:10:3:10:12:10:6:10 chr7 66147109 . GC G,GA 315.97 PASS AF=0.25,0.75;AO=3,18;DP=22;FAO=6,18;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=6,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111157,0.122813;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.872,122.575;QD=52.6623;RBI=0.130691,0.138626;REFB=0,0;REVB=0.0687335,0.0642984;RO=0;SAF=1,12;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0470108,-0.0415658;OID=.,.;OPOS=66147110,66147110;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75:3,18:22:6,18:24:0:0,13:6,5:0:0:24:0:1,12:2,6:0:0 chr7 66147149 . A G 225.5 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0478952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.347;QD=42.9523;RBI=0.0533358;REFB=-0.11482;REVB=0.0234682;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399998;STB=0.507684;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00711882;OID=.;OPOS=66147149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:21:21:1:2:19:19:0.904762:11:8:0:1:11:8:1:1 chr7 66147178 . C T 118.91 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0685678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.023;QD=33.9752;RBI=0.0727553;REFB=0.0127522;REVB=-0.0243269;RO=2;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282043;OID=.;OPOS=66147178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:6:6:1:1:6:6:1:1 chr7 66147656 . G C 250.87 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00439721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.082;QD=17.0079;RBI=0.00517665;REFB=-0.0195121;REVB=-0.00273171;RO=29;SAF=8;SAR=20;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110182;STB=0.523239;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.027569;OID=.;OPOS=66147656;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:31:28:28:0.474576:20:8:8:21:20:8:10:21 chr7 66147746 . C G 886.7 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0433345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.339;QD=56.2983;RBI=0.0434883;REFB=-0.122462;REVB=-0.0036551;RO=1;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125907;STB=0.506665;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00210275;OID=.;OPOS=66147746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:37:25:0:1:37:25:0:1 chr7 66463938 . G A 394.67 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.084387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.846;QD=56.3818;RBI=0.0845503;REFB=0;REVB=-0.00525085;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680856;OID=.;OPOS=66463938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:17:8:0:0:17:11:0:0 chr7 66648157 . C T 428.79 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00272867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9141;QD=17.1518;RBI=0.00788019;REFB=0.00380625;REVB=0.00739268;RO=54;SAF=24;SAR=20;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284976;STB=0.504585;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00582617;OID=.;OPOS=66648157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:56:44:44:0.44:20:24:31:23:20:24:31:25 chr7 66648199 . G A 301.7 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0447954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.4959;QD=14.3668;RBI=0.0966724;REFB=-0.0040649;REVB=0.0856675;RO=46;SAF=21;SAR=13;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055543;STB=0.535693;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00833852;OID=.;OPOS=66648199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:50:34:34:0.404762:13:21:26:20:13:21:28:22 chr7 66703328 . G A 325.8 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.021233;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5195;QD=19.7455;RBI=0.0219568;REFB=0.0308728;REVB=0.00559137;RO=32;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960201;STB=0.553161;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0321184;OID=.;OPOS=66703328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:32:34:34:0.515152:13:21:23:9:13:21:23:9 chr7 66774604 . G C 728.27 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.305;QD=63.3279;RBI=0.0334544;REFB=0;REVB=0.033159;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100669;OID=.;OPOS=66774604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:21:25:0:0 chr7 66785634 . T A 393.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9652;QD=56.1813;RBI=0.067724;REFB=0;REVB=-0.0670832;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147876;OID=.;OPOS=66785634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr7 68527448 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.9;QD=60.6098;RBI=0.0240682;REFB=0;REVB=0.000147867;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68742e-05;OID=.;OPOS=68527448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:16:22:0:0 chr7 68527466 . A G 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0575496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.847;QD=18.4809;RBI=0.0588491;REFB=-0.0269299;REVB=-0.0122988;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501318;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0200612;OID=.;OPOS=68527466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:21:19:19:0.475:9:10:10:9:9:10:11:10 chr7 68527587 . A G 246.8 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.881;QD=47.0092;RBI=0.0570623;REFB=-0.19103;REVB=-0.0526244;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00178691;OID=.;OPOS=68527587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:1:0:12:8:1:0 chr7 68796377 . G A 668.29 PASS AF=0.456376;AO=67;DP=149;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.00428659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.765;QD=17.9407;RBI=0.0239634;REFB=-0.0173738;REVB=-0.0235768;RO=81;SAF=32;SAR=35;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00381378;STB=0.502074;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0238012;OID=.;OPOS=68796377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:81:81:67:68:0.456376:35:32:39:42:35:33:39:42 chr7 70597522 . C A 2503.83 PASS AF=1;AO=158;DP=164;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9915;QD=59.615;RBI=0.129962;REFB=0;REVB=0.0785179;RO=3;SAF=80;SAR=78;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141416;OID=.;OPOS=70597522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:164:168:3:0:158:168:1:78:80:3:0:80:88:0:0 chr7 71150706 . A T 331.51 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0390942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.636;QD=51.0016;RBI=0.0485072;REFB=-0.102491;REVB=-0.0287157;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319949;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00204685;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:0:1:14:11:0:1 chr7 71248676 . C T 755.76 PASS AF=0.982456;AO=53;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0543284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8286;QD=53.0357;RBI=0.109011;REFB=-0.102138;REVB=0.0945085;RO=2;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324675;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00618835;OID=.;OPOS=71248676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:57:2:1:53:56:0.982456:28:25:0:2:31:25:0:1 chr7 71252189 . A AG 243.53 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.8793;QD=40.5888;RBI=0.186006;REFB=0;REVB=-0.168505;RO=3;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224139;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00238113;OID=.;OPOS=71252190;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:25:24:24:0:10:14:0:0:4:3:9:12:1:2 chr7 71868303 . CCT CC,C 41.81 PASS AF=0.272727,0.0909091;AO=9,7;DP=37;FAO=9,3;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4,0;FSAR=5,3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0102924,-0.0126707;FXX=0.0294031;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.9668,17.1187;QD=5.06742;RBI=0.0116115,0.0484565;REFB=-0.125173,-0.0349553;REVB=-0.00537509,0.0467705;RO=20;SAF=3,3;SAR=6,4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0.327586,0.328125;SSEP=0,0;SSSB=-0.0207664,0.0946595;STB=0.511253,0.995856;STBP=0.94,0.109;TYPE=del,del;VARB=0.18125,0.115092;OID=.,.;OPOS=71868305,71868304;OREF=T,CT;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727,0.0909091:9,7:37:9,3:33:21:4,0:5,3:9:12:19:20:3,3:6,4:7:13 chr7 72093957 . A G 82.2 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.014778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7709;QD=5.47981;RBI=0.0171719;REFB=-9.98175e-05;REVB=-0.00874555;RO=47;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231346;STB=0.646244;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000768214;OID=.;OPOS=72093957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:5:8:20:27:5:8:20:27 chr7 72178756 . C A 175.13 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0432784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2448;QD=20.0146;RBI=0.0563329;REFB=-0.0298149;REVB=-0.0360607;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212378;STB=0.628438;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.029896;OID=.;OPOS=72178756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:17:17:18:0.514286:9:8:4:13:9:9:4:13 chr7 72193864 . T C 408.34 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0349428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.649;QD=20.417;RBI=0.0356498;REFB=-0.0309696;REVB=0.00706466;RO=39;SAF=15;SAR=26;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263033;STB=0.645599;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.025712;OID=.;OPOS=72193864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:26:15:26:13:26:15:26:13 chr7 72193868 . G A 394.5 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0153458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.389;QD=19.4815;RBI=0.0211576;REFB=-0.0324847;REVB=0.0145653;RO=41;SAF=14;SAR=26;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279895;STB=0.655519;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0174435;OID=.;OPOS=72193868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:26:14:27:14:26:14:27:14 chr7 72286028 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0080381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.686;QD=22.3411;RBI=0.00942119;REFB=0.00590042;REVB=0.00491404;RO=13;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423907;STB=0.545403;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00352693;OID=.;OPOS=72286028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:12:6:5:8:12:6:6:8 chr7 72418963 . T C 96.48 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0114129;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7303;QD=11.3506;RBI=0.0793338;REFB=0.008483;REVB=-0.0785086;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115742;STB=0.554364;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.0209618;OID=.;OPOS=72418963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:34:23:22:12:12:0.352941:7:5:12:11:7:5:11:11 chr7 72717933 . C T 149.6 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0571837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.327;QD=19.3033;RBI=0.0578411;REFB=-0.0166836;REVB=-0.00869576;RO=14;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32026;STB=0.704147;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.027303;OID=.;OPOS=72717933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:3:13:7:7:3:13:7:8 chr7 72738749 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.952;QD=51.9163;RBI=0.064275;REFB=0;REVB=0.00376475;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491357;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr7 72738762 . CA TG 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486726;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=181.304;QD=50.4135;RBI=0.0529986;REFB=0;REVB=0.0209721;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000572371;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr7 73020301 . T C 1510.8 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.922;QD=63.6128;RBI=0.0140399;REFB=0;REVB=0.00913636;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35143e-05;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr7 73096993 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8366;QD=45.8048;RBI=0.0219974;REFB=0;REVB=-0.0155973;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05644e-06;OID=.;OPOS=73096993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr7 73097654 . C T 2770.21 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9874;QD=62.6036;RBI=0.0304808;REFB=0;REVB=0.0286549;RO=0;SAF=69;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.67183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147728;OID=.;OPOS=73097654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:108:69:0:0:108:69:0:0 chr7 73117765 . G A 227.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000630613;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.266;QD=50.487;RBI=0.0252295;REFB=0;REVB=0.0252216;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137084;OID=.;OPOS=73117765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr7 73122923 . A G 803.6 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.679;QD=64.288;RBI=0.0435796;REFB=0;REVB=0.0057884;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117264;OID=.;OPOS=73122923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:31:18:0:0:31:19:0:0 chr7 73147068 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0239991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.538;QD=11.4398;RBI=0.0366785;REFB=-0.00780803;REVB=-0.0277372;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175766;STB=0.605818;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0101258;OID=.;OPOS=73147068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:7:7:6:3:7:7 chr7 73150482 . C T 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0021343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1279;QD=11.742;RBI=0.0323346;REFB=0.00471022;REVB=0.0322641;RO=35;SAF=14;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453046;STB=0.538424;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00784567;OID=.;OPOS=73150482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:36:21:21:0.368421:7:14:22:13:7:14:22:14 chr7 73151644 . A G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0449919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.673;QD=6.81343;RBI=0.0497058;REFB=-0.00261625;REVB=-0.0211281;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409635;STB=0.526239;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00661072;OID=.;OPOS=73151644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:6:13:5:2:6:13 chr7 73246461 . A G 339.28 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0263508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.707;QD=20.5622;RBI=0.0268519;REFB=-0.023744;REVB=0.00516371;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100119;STB=0.555523;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0185314;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:21:14:16:15:21:14:16:15 chr7 73246496 . C T 317.74 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00922224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.89;QD=15.4996;RBI=0.0220218;REFB=0.00168814;REVB=0.0199978;RO=47;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01883;STB=0.510632;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.000853401;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:20:15:21:26:20:15:21:26 chr7 73246555 . C G 353.98 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00888863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.927;QD=16.09;RBI=0.0148908;REFB=-0.0186533;REVB=-0.0119469;RO=50;SAF=18;SAR=20;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265743;STB=0.514962;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0251727;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:20:18:25:25:20:18:25:25 chr7 73249165 . T A 115.09 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0621344;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7562;QD=16.4409;RBI=0.0734399;REFB=-0.102482;REVB=0.0391502;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955707;STB=0.555467;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0592724;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:6:9:9:4:6:9 chr7 73249299 . G C 201.14 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0265468;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0311;QD=25.953;RBI=0.0269751;REFB=-0.0438808;REVB=-0.00478768;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218013;STB=0.620571;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0178583;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:12:12:19:19:0.612903:10:9:2:10:10:9:2:10 chr7 73254812 . T C 76.95 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00805829;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7826;QD=9.92962;RBI=0.00809824;REFB=-0.00692902;REVB=-0.000803352;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357641;STB=0.612689;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0132417;OID=.;OPOS=73254812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:32:31:17:21:9:10:0.322581:5:4:7:10:5:5:7:14 chr7 73279482 . T C 64.42 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00603106;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.167;QD=18.4052;RBI=0.00690303;REFB=-0.0304262;REVB=-0.0033583;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.519183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0219263;OID=.;OPOS=73279482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:2:4:5:3:2:4 chr7 73280020 . C T 182.99 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0380815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2595;QD=16.635;RBI=0.0639112;REFB=-0.037966;REVB=0.0513268;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108183;STB=0.538985;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0716575;OID=.;OPOS=73280020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:19:20:0.454545:6:13:14:10:7:13:14:10 chr7 73814749 . G C 1622.52 PASS AF=0.99115;AO=101;DP=103;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.139166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.339;QD=57.4342;RBI=0.142176;REFB=-0.0249431;REVB=-0.0290961;RO=1;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978143;STB=0.50505;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00415416;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:113:1:1:101:112:0.99115:48:53:0:1:49:63:0:1 chr7 73944185 . T C 526.74 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0203011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.279;QD=56.9446;RBI=0.0271764;REFB=-0.094219;REVB=-0.0180672;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.512813;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00169075;OID=.;OPOS=73944185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:35:36:0.972973:18:17:0:0:19:17:0:1 chr7 73949411 . T C 518.09 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.852;QD=59.2103;RBI=0.0351405;REFB=0;REVB=-0.0314591;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.28396e-05;OID=.;OPOS=73949411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:10:24:0:0:10:25:0:0 chr7 73969541 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.859;QD=49.5992;RBI=0.0339791;REFB=0;REVB=-0.00526751;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000498525;OID=.;OPOS=73969541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr7 73969564 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.159;QD=35.5759;RBI=0.0814412;REFB=0;REVB=0.00761623;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127237;OID=.;OPOS=73969564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr7 74193668 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2708;QD=51.183;RBI=0.0111884;REFB=0;REVB=0.000541448;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201727;OID=.;OPOS=74193668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr7 75130792 . T C 43.93 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.054042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.58;QD=6.27509;RBI=0.054211;REFB=-0.00672162;REVB=0.00427703;RO=21;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482349;STB=0.817191;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0393465;OID=.;OPOS=75130792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:1:6:10:11:1:6:10:11 chr7 75211414 . A G 90.4 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0161178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.462;QD=7.86057;RBI=0.0170132;REFB=-0.0142546;REVB=0.00544657;RO=33;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092208;STB=0.518488;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0343948;OID=.;OPOS=75211414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:33:34:12:12:0.26087:7:5:14:19:7:5:15:19 chr7 75401418 . G A 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00743269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.669;QD=15.1704;RBI=0.0161492;REFB=-0.0135706;REVB=-0.0143371;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319444;STB=0.674346;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0390661;OID=.;OPOS=75401418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:5:12:9:14:5:12:10:14 chr7 75442730 . T G 293.06 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0173119;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2718;QD=26.0501;RBI=0.0236502;REFB=-0.010345;REVB=0.016113;RO=19;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892493;STB=0.54945;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00981344;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:12:14:8:11:12:14:8:11 chr7 75513062 . A G 582.8 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.832;QD=58.2797;RBI=0.0323172;REFB=-0.136475;REVB=0.00261543;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218009;STB=0.511622;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00202748;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:1:0:18:21:1:0 chr7 75609848 . G A 237.04 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.000580768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7637;QD=13.9436;RBI=0.0265666;REFB=-0.0143458;REVB=0.0265603;RO=39;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254499;STB=0.638727;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0297938;OID=.;OPOS=75609848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:19:9:22:17:19:9:22:18 chr7 75614264 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0271057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.162;QD=7.76205;RBI=0.0276792;REFB=-0.0237562;REVB=0.00560532;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302036;STB=0.696919;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0472451;OID=.;OPOS=75614264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:8:5:1:5:8:5 chr7 75614953 . T C 1010.26 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1685;QD=57.7294;RBI=0.0815491;REFB=0;REVB=0.0636191;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187674;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:66:70:1:39:27:0:0:41:29:0:0 chr7 75615006 . C T 682.31 PASS AF=0.946429;AO=51;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.100342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.345;QD=48.7365;RBI=0.10039;REFB=0.0322249;REVB=-0.0031268;RO=3;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205235;STB=0.50943;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.000167607;OID=.;OPOS=75615006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:56:56:3:3:51:53:0.946429:24:27:1:2:26:27:1:2 chr7 75615043 . C T 252.72 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.129403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.338;QD=21.5079;RBI=0.129505;REFB=-0.031515;REVB=0.00512693;RO=23;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168116;STB=0.575693;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0270363;OID=.;OPOS=75615043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:23:23:24:0.510638:16:7:11:12:16:8:11:12 chr7 75621827 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.921;QD=53.2761;RBI=0.0456969;REFB=0;REVB=0.0214308;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304312;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr7 75629778 . T C 801.09 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.465;QD=57.2207;RBI=0.046235;REFB=0;REVB=0.0433457;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22878e-05;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:23:30:0:0:26:30:0:0 chr7 75677504 . C T 830.36 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.105082;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.608;QD=55.357;RBI=0.116064;REFB=-0.0972198;REVB=0.0492802;RO=0;SAF=11;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521732;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00392316;OID=.;OPOS=75677504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:48:11:0:0:48:11:1:0 chr7 75716781 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.572;QD=57.8848;RBI=0.0777804;REFB=0;REVB=0.0685819;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029813;OID=.;OPOS=75716781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr7 75956424 . CCTT C,CT 60.42 PASS AF=0,0.355556;AO=9,6;DP=44;FAO=0,16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=0,14;FSAR=0,2;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.131599,-0.224301;FXX=0.0425441;HRUN=7,7;LEN=3,2;MLLD=29.7504,18.9986;QD=5.37082;RBI=0.132033,0.226535;REFB=-0.0463738,-0.0651458;REVB=-0.0107012,-0.031731;RO=26;SAF=9,5;SAR=0,1;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.768173,0.485636;STB=0.5,0.759302;STBP=1,0.03;TYPE=del,del;VARB=0,0.0379045;OID=.,.;OPOS=75956425,75956425;OREF=CTT,CT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.355556:9,6:44:0,16:45:29:0,14:0,2:17:12:60:26:9,5:0,1:11:15 chr7 76029673 . G A 239.72 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0687635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7908;QD=20.4019;RBI=0.105776;REFB=-0.0274302;REVB=0.0803756;RO=23;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122044;STB=0.581323;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0383516;OID=.;OPOS=76029673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:8:15:12:11:8:15:12:12 chr7 76069811 . T C 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0195221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.123;QD=11.9921;RBI=0.0196653;REFB=-0.0266745;REVB=0.00236833;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173367;STB=0.601637;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0469641;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:11:7:18:15:11:7:18:15 chr7 76131645 . A G 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.065;QD=56.6966;RBI=0.0570181;REFB=0;REVB=-0.056785;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000612071;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr7 76131650 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00524059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.605;QD=17.5418;RBI=0.0230316;REFB=0.00488262;REVB=0.0224275;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917347;STB=0.552561;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0072034;OID=.;OPOS=76131650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:8:8:9:6:8:8 chr7 76131695 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.037;QD=59.839;RBI=0.0281021;REFB=0;REVB=-0.00909342;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34399e-05;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr7 76135132 . T TA 43.5 PASS AF=0.464286;AO=3;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.113786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=8.75198;QD=6.21472;RBI=0.139046;REFB=-0.0733962;REVB=0.0799155;RO=26;SAF=1;SAR=2;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371038;STB=0.555467;STBP=0.627;TYPE=ins;VARB=0.112548;OID=.;OPOS=76135133;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:3:29:13:28:15:9:4:9:6:43:26:1:2:18:8 chr7 76135134 . G A 81.12 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0854693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3515;QD=11.1893;RBI=0.120934;REFB=-0.029331;REVB=-0.0855566;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361526;STB=0.732861;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0648955;OID=.;OPOS=76135134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:29:29:18:18:10:11:0.37931:2:8:9:9:2:9:9:9 chr7 76140023 . G A 110.82 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00439921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.996;QD=26.0756;RBI=0.0141597;REFB=-0.0299983;REVB=0.013459;RO=5;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312758;STB=0.677105;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0169824;OID=.;OPOS=76140023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:3:9:1:4:3:9:1:4 chr7 76140186 . T C 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.018581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.508;QD=22.9824;RBI=0.0185822;REFB=-0.0228373;REVB=-0.000210363;RO=20;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034242;STB=0.501844;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0197788;OID=.;OPOS=76140186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:22:25:25:0.531915:16:9:8:12:16:9:8:14 chr7 76144455 . A C 323.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.033;QD=53.8994;RBI=0.0312589;REFB=0;REVB=0.00332188;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186005;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr7 76144483 . A G 35.02 PASS AF=0.4;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.111793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.479;QD=9.33855;RBI=0.117898;REFB=-0.00979089;REVB=-0.0374468;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.578703;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0262008;OID=.;OPOS=76144483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:15:15:7:9:5:6:0.4:3:2:2:5:4:2:2:7 chr7 76240888 . A G 265.84 PASS AF=0.340426;AO=31;DP=95;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0337409;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.878;QD=11.3125;RBI=0.0340466;REFB=-0.0039709;REVB=0.00455246;RO=58;SAF=22;SAR=9;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114271;STB=0.566134;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00746793;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:58:62:31:32:0.340426:9:22:36:22:10:22:37:25 chr7 76891485 . A G 246.91 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.007416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.562;QD=24.6911;RBI=0.0173167;REFB=-0.0152386;REVB=-0.0156483;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161151;STB=0.589556;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0122422;OID=.;OPOS=76891485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:10:13:6:11:10:13:6:11 chr7 76984572 . G A 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.072;QD=59.0141;RBI=0.0636473;REFB=0;REVB=0.0497304;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696259;OID=.;OPOS=76984572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr7 76990178 . C G 312.03 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00908524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.943;QD=14.183;RBI=0.0091061;REFB=-0.0276296;REVB=0.000616;RO=52;SAF=20;SAR=15;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115794;STB=0.560226;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0285134;OID=.;OPOS=76990178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:52:53:35:35:0.397727:15:20:24:28:15:20:25:28 chr7 76991935 . C T 154.13 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0197867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8028;QD=14.3373;RBI=0.0245425;REFB=-0.00641046;REVB=0.0145197;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712159;STB=0.53069;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0112361;OID=.;OPOS=76991935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:26:17:17:0.395349:10:7:12:13:10:7:12:14 chr7 77033937 . A G 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00835955;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=270.728;QD=18.49;RBI=0.0103398;REFB=-0.011696;REVB=-0.00608522;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029805;STB=0.507805;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0115041;OID=.;OPOS=77033937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:13:9:11:14:13:9:11:15 chr7 77035392 . T C 519.71 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=40;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.150921;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.8;QD=53.3038;RBI=0.155077;REFB=-0.134519;REVB=0.0356586;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.519989;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00356723;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:40:39:0:2:36:37:0.948718:23:13:0:0:24:13:0:2 chr7 77200392 . A T 171.54 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.057318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1375;QD=19.605;RBI=0.0575438;REFB=-0.0424977;REVB=0.00509262;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117167;STB=0.541619;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0413653;OID=.;OPOS=77200392;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:17:17:18:0.514286:5:12:10:7:6:12:10:7 chr7 77247821 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.227;QD=64.1538;RBI=0.0433026;REFB=0;REVB=-0.0136902;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159862;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr7 77256713 . A G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0553673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.294;QD=20.8382;RBI=0.086262;REFB=-0.0130854;REVB=0.0661482;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289354;STB=0.666296;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00784903;OID=.;OPOS=77256713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:4:1:6:3:4:1 chr7 77365770 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.931;QD=45.8068;RBI=0.0359867;REFB=0;REVB=0.0342372;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99765e-05;OID=.;OPOS=77365770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr7 77408326 . A G 97.88 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00965163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.779;QD=13.5004;RBI=0.0105665;REFB=-0.024318;REVB=0.00430087;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565028;STB=0.533276;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0343058;OID=.;OPOS=77408326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:9:3:5:12:9:3:5:12 chr7 77423574 . G A 750.99 PASS AF=0.981818;AO=51;DP=52;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0180119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.394;QD=54.6175;RBI=0.0230444;REFB=-0.0844362;REVB=0.0143742;RO=1;SAF=18;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254383;STB=0.513508;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00057848;OID=.;OPOS=77423574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:55:1:1:51:54:0.981818:33:18:1:0:36:18:1:0 chr7 77525199 . T C 800.73 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132676;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.19;QD=55.2227;RBI=0.119903;REFB=0;REVB=0.119167;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418343;OID=.;OPOS=77525199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:58:0:0:56:58:1:21:35:0:0:23:35:0:0 chr7 77531113 . T C 651.56 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0302282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6518;QD=19.0238;RBI=0.0501894;REFB=0.00867705;REVB=-0.0400654;RO=71;SAF=28;SAR=38;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518838;STB=0.528717;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.0111384;OID=.;OPOS=77531113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:71:66:66:0.481752:38:28:34:37:38:28:34:37 chr7 77552127 . G A 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0122362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.512;QD=11.3328;RBI=0.0213583;REFB=-0.00673142;REVB=-0.0175058;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240355;STB=0.514265;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0112478;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:11:16:8:6:11:16 chr7 77756580 . T C 788.88 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263481;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.635;QD=64.3984;RBI=0.0353534;REFB=0;REVB=0.023572;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32428e-06;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:28:21:0:0 chr7 77756724 . C T 931.13 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0341641;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.187;QD=54.7721;RBI=0.0366848;REFB=-0.169663;REVB=0.0133638;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014995;STB=0.51562;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00108709;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:68:1:2:65:66:0.970588:34:31:1:0:35:31:2:0 chr7 79842157 . T C 172.98 PASS AF=0.392157;AO=15;DP=53;FAO=20;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.040802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.327;QD=13.5671;RBI=0.0448618;REFB=-0.00555389;REVB=-0.0186487;RO=31;SAF=2;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450905;STB=0.551947;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0170426;OID=.;OPOS=79842157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:31:31:15:20:0.392157:13:2:14:17:12:8:15:16 chr7 80374342 . A G 1276.21 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0374089;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5937;QD=60.7718;RBI=0.0379747;REFB=-0.075113;REVB=0.00653125;RO=1;SAF=34;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137257;STB=0.507245;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000793943;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:84:1:1:83:83:0.988095:49:34:1:0:49:34:1:0 chr7 80374438 . T C 1144.14 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257865;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.558;QD=60.2178;RBI=0.0309643;REFB=0;REVB=0.0171418;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92636e-05;OID=.;OPOS=80374438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:36:38:0:0:38:38:0:0 chr7 80378319 . G C 1840.67 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.665;QD=61.3557;RBI=0.00854991;REFB=0;REVB=0.00578139;RO=0;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24585e-05;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:74:46:0:0:74:46:0:0 chr7 80387766 . C T 459.74 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0392038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7554;QD=23.8826;RBI=0.0659364;REFB=0.0331243;REVB=-0.0530158;RO=33;SAF=22;SAR=22;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106591;STB=0.558415;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0251305;OID=.;OPOS=80387766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:22:22:21:12:22:22:21:12 chr7 80418689 . A G 500.89 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0117792;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9175;QD=18.5513;RBI=0.0201859;REFB=-0.0124731;REVB=0.0163927;RO=54;SAF=36;SAR=17;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270562;STB=0.654486;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0123239;OID=.;OPOS=80418689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:54:55:53:53:0.490741:17:36:21:33:17:36:21:34 chr7 80466586 . T C 260.1 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00797195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.898;QD=10.8373;RBI=0.00840916;REFB=-0.00779953;REVB=0.00267619;RO=63;SAF=14;SAR=16;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479046;STB=0.520847;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.014881;OID=.;OPOS=80466586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:64:30:32:0.333333:16:14:32:31:17:15:32:32 chr7 80962963 . A T 3106.43 PASS AF=0.985577;AO=205;DP=209;FAO=205;FDP=208;FR=.;FRO=3;FSAF=99;FSAR=106;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0129988;FXX=0.00478446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.519;QD=59.7391;RBI=0.0130044;REFB=-0.161474;REVB=-0.000382332;RO=1;SAF=99;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0047873;STB=0.507462;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000402485;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:209:208:1:3:205:205:0.985577:106:99:1:0:106:99:3:0 chr7 81380475 . TTA T,TAA 92.77 PASS AF=0.298246,0;AO=13,21;DP=99;FAO=17,0;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=11,0;FSAR=6,0;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.047568,-0.0254428;FXX=0.0499917;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.1855,16.3795;QD=6.51016;RBI=0.0504035,0.0260436;REFB=-0.0694234,-4.40075e-05;REVB=0.0166674,-0.00556172;RO=51;SAF=10,20;SAR=3,1;SRF=16;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.52739,0.757611;STB=0.758358,0.5;STBP=0.02,1;TYPE=del,snp;VARB=0.179591,0;OID=.,.;OPOS=81380476,81380476;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298246,0:13,21:99:17,0:57:40:11,0:6,0:10:30:93:51:10,20:3,1:16:35 chr7 82435033 . C T 411.33 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00183829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.702;QD=21.0938;RBI=0.0141354;REFB=-0.0190679;REVB=0.0140153;RO=37;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942657;STB=0.552045;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0173429;OID=.;OPOS=82435033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:20:21:23:14:20:21:23:14 chr7 82453708 . A C 414.47 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.011557;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.304;QD=21.2548;RBI=0.0150286;REFB=-0.0141555;REVB=0.00960694;RO=35;SAF=23;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157271;STB=0.586037;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0170985;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:35:37:41:41:0.525641:18:23:13:22:18:23:14:23 chr7 82455895 . A G 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.000110405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.145;QD=13.7746;RBI=0.00244651;REFB=-0.00506921;REVB=0.00244402;RO=41;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150998;STB=0.586145;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00751077;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:17:11:22:19:17:11:22:19 chr7 82581488 . T TCA,TTCA 517.31 PASS AF=0,0.947368;AO=5,31;DP=39;FAO=0,36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=0,15;FSAR=0,21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00925709,0.0235192;FXX=0.0256345;HRUN=1,5;LEN=2,3;MLLD=281.948,299.281;QD=54.4532;RBI=0.022764,0.0316316;REFB=-0.00935904,-0.0131093;REVB=0.0207968,0.0211519;RO=2;SAF=0,14;SAR=5,17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.749526,-0.005511;STB=0.5,0.504502;STBP=1,0.847;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.000807977;OID=.,.;OPOS=82581489,82581489;OREF=-,-;OALT=CA,TCA;OMAPALT=TCA,TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.947368:5,31:39:0,36:38:2:0,15:0,21:1:1:9:2:0,14:5,17:1:1 chr7 82764425 . C G 486.51 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477818;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.179;QD=58.9706;RBI=0.00598611;REFB=0;REVB=-0.00360589;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70379e-06;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:19:14:0:0 chr7 82784832 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4149;QD=46.848;RBI=0.0205995;REFB=0;REVB=-0.00621773;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046483;OID=.;OPOS=82784832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr7 83023587 . TAC T 638.26 PASS AF=1;AO=35;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540247;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.372;QD=62.269;RBI=0.0995342;REFB=0;REVB=0.0835966;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000490523;OID=.;OPOS=83023588;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:43:41:41:0:16:25:0:0:3:0:14:21:0:0 chr7 83029438 . C T 1459.55 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00755089;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.819;QD=62.1087;RBI=0.0128945;REFB=-0.0691683;REVB=0.0104524;RO=0;SAF=27;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02153e-08;STB=0.503816;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00236584;OID=.;OPOS=83029438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:94:0:1:91:93:0.989362:64:27:0:0:65:28:0:1 chr7 83034754 . T A 834.5 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.33;QD=57.5518;RBI=0.0190768;REFB=0;REVB=0.0117972;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88764e-05;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:35:21:0:0:35:23:0:0 chr7 83037751 . C A 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8727;QD=59.835;RBI=0.0587064;REFB=0;REVB=0.0546707;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429993;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr7 83590852 . T C 172.09 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00575175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8925;QD=18.1148;RBI=0.0294616;REFB=0.0073322;REVB=0.0288947;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519108;STB=0.502955;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00615514;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:11:9:8:10:11:9 chr7 83606518 . G A 926.06 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.224;QD=57.8787;RBI=0.0478105;REFB=0;REVB=0.00679532;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173651;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:35:29:0:0 chr7 83610726 . C G 286.65 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.0191062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.168;QD=13.3325;RBI=0.035867;REFB=-0.00580851;REVB=0.0303545;RO=53;SAF=12;SAR=21;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349892;STB=0.698461;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0222463;OID=.;OPOS=83610726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:21:12:37:16:21:12:37:16 chr7 84628989 . T G 361.85 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0142159;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.295;QD=15.0771;RBI=0.0220896;REFB=-0.0235772;REVB=-0.0169073;RO=56;SAF=25;SAR=14;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169728;STB=0.591587;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0347584;OID=.;OPOS=84628989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:56:57:39:39:0.40625:14:25:27:29:14:25:28:29 chr7 86415987 . C T 45.52 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0988947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7311;QD=26.0122;RBI=0.0989107;REFB=0.000102798;REVB=0.00177793;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281147;STB=0.666027;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00974848;OID=.;OPOS=86415987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:0:1:1:5:0:1 chr7 86800351 . A G 885.31 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.623;QD=58.0531;RBI=0.083745;REFB=0;REVB=0.0591585;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251634;OID=.;OPOS=86800351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:58:61:1:21:37:0:0:22:39:0:0 chr7 87079406 . T A 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00309107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.312;QD=25.8143;RBI=0.00361884;REFB=-0.0199058;REVB=0.00188182;RO=20;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143111;STB=0.507931;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.015771;OID=.;OPOS=87079406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:18:9:7:13:18:9:7:13 chr7 87092185 . G A 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0550885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.772;QD=6.88113;RBI=0.0618531;REFB=-0.0116611;REVB=-0.0281258;RO=39;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12286;STB=0.578175;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0261668;OID=.;OPOS=87092185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:9:3:13:26:9:3:13:26 chr7 87138645 . A G 1247.35 PASS AF=0.987952;AO=79;DP=80;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1124;QD=60.1133;RBI=0.0269134;REFB=0.110869;REVB=0.00030509;RO=1;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137195;STB=0.507245;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00197798;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:83:1:1:79:82:0.987952:34:45:0:1:34:48:0:1 chr7 87160618 . A C 741.61 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00433066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.178;QD=53.9349;RBI=0.0174686;REFB=-0.026004;REVB=0.0169233;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.507689;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000577456;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:53:54:0.981818:21:32:1:0:22:32:1:0 chr7 87179601 . A G 241.36 PASS AF=0.490909;AO=25;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.000298653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.312;QD=17.5537;RBI=0.00836164;REFB=-0.0211963;REVB=-0.0083563;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145822;STB=0.507687;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0300565;OID=.;OPOS=87179601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:28:25:27:0.490909:15:10:10:16:16:11:11:17 chr7 87229501 . T C 612.66 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.798;QD=61.2664;RBI=0.0378557;REFB=0;REVB=0.0243638;RO=0;SAF=4;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.97091e-05;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:35:4:0:0:36:4:0:0 chr7 87564179 . G C 191.0 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0279883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.768;QD=20.1049;RBI=0.165174;REFB=-0.0895861;REVB=-0.162786;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131062;STB=0.510627;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.057204;OID=.;OPOS=87564179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:18:19:19:0.5:7:12:11:3:7:12:11:7 chr7 87564277 . A C 293.36 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.00585247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.071;QD=14.8539;RBI=0.030584;REFB=-0.00943906;REVB=-0.0300188;RO=45;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179325;STB=0.605812;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0116583;OID=.;OPOS=87564277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:46:33:33:0.417722:17:16:14:31:17:16:14:32 chr7 87913361 . C T 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0858313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0511;QD=62.9807;RBI=0.0863078;REFB=0;REVB=-0.00905677;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112965;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr7 88424115 . C G 430.27 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00450413;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9817;QD=17.2107;RBI=0.040829;REFB=-0.012595;REVB=-0.0405798;RO=54;SAF=24;SAR=22;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110328;STB=0.561499;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0159733;OID=.;OPOS=88424115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:22:24:22:32:22:24:22:32 chr7 88956699 . A G 3927.73 PASS AF=1;AO=244;DP=246;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308341;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.462;QD=63.3504;RBI=0.0582106;REFB=-0.132043;REVB=0.0493734;RO=0;SAF=112;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360894;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:246:248:0:0:244:248:1:132:112:0:0:134:114:0:0 chr7 88964000 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.299;QD=46.8479;RBI=0.0279766;REFB=0;REVB=-0.0133873;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143359;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr7 88964196 . T A 810.77 PASS AF=0.909091;AO=59;DP=67;FAO=60;FDP=66;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00159708;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.474;QD=49.1378;RBI=0.0151537;REFB=-0.00959936;REVB=0.0150693;RO=4;SAF=28;SAR=31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627696;STB=0.516661;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=8.81064e-05;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:67:66:4:6:59:60:0.909091:31:28:4:0:31:29:4:2 chr7 89797144 . G T 1601.79 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258156;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.96;QD=59.8799;RBI=0.0339406;REFB=0;REVB=0.0220344;RO=0;SAF=80;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03755e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43207e-05;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:106:107:1:26:80:0:0:27:80:0:0 chr7 89854446 . T G 312.9 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00890492;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=168.063;QD=14.3862;RBI=0.0161166;REFB=0.00485404;REVB=-0.0134331;RO=52;SAF=23;SAR=12;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692813;STB=0.539423;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00689188;OID=.;OPOS=89854446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:12:23:31:21:12:23:31:21 chr7 89856453 . A G 386.49 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0167748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.002;QD=16.1039;RBI=0.0178464;REFB=-0.01457;REVB=-0.00609092;RO=55;SAF=17;SAR=24;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601278;STB=0.533868;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0215817;OID=.;OPOS=89856453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:24:17:26:29:24:17:26:29 chr7 89856608 . C T 584.27 PASS AF=0.5;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0913541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.766;QD=19.4758;RBI=0.0939376;REFB=-0.00693438;REVB=-0.021879;RO=60;SAF=34;SAR=26;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135542;STB=0.574809;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00767451;OID=.;OPOS=89856608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:60:60:60:0.5:26:34:25:35:26:34:25:35 chr7 89861832 . G A 271.35 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0251894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.247;QD=23.5959;RBI=0.0370745;REFB=-0.00705282;REVB=0.0272032;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24195;STB=0.633704;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00327397;OID=.;OPOS=89861832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:4:17:13:12:4:17 chr7 89861890 . G T 358.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2435;QD=55.0883;RBI=0.0489523;REFB=0;REVB=-0.0234648;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175048;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr7 89867446 . T TCTG 335.83 PASS AF=0.406593;AO=35;DP=96;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00889573;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=3;MLLD=195.64;QD=14.7618;RBI=0.0134837;REFB=-0.0343337;REVB=0.0101329;RO=60;SAF=18;SAR=17;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764217;STB=0.536014;STBP=0.581;TYPE=ins;VARB=0.0445025;OID=.;OPOS=89867447;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406593:35:96:37:91:54:19:18:31:23:99:60:18:17:35:25 chr7 89881239 . G C 174.4 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00574921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.793;QD=9.82521;RBI=0.0108391;REFB=-0.00391001;REVB=0.00918873;RO=48;SAF=9;SAR=14;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196436;STB=0.615285;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00932136;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:14:9:27:21:14:9:27:21 chr7 89906609 . C T 310.38 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0135623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.67;QD=16.336;RBI=0.0200129;REFB=-0.00253596;REVB=-0.0147166;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117149;STB=0.565751;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00381744;OID=.;OPOS=89906609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:17:17:16:26:17:17:16:26 chr7 89912301 . G A 656.26 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00511623;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2085;QD=51.471;RBI=0.0122485;REFB=-0.0152173;REVB=0.0111287;RO=2;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521576;STB=0.527766;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.000231307;OID=.;OPOS=89912301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:2:2:47:47:0.921569:17:30:0:2:17:30:0:2 chr7 89938588 . C G 802.58 PASS AF=0.982759;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0700268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1968;QD=55.3503;RBI=0.102475;REFB=0.022319;REVB=0.0748157;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165343;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00123087;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:58:1:1:54:57:0.982759:28:26:0:1:30:27:0:1 chr7 89938680 . C T 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00619062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.928;QD=16.8943;RBI=0.0114624;REFB=-0.00446644;REVB=0.00964695;RO=35;SAF=9;SAR=23;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127724;STB=0.576752;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00502268;OID=.;OPOS=89938680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:37:32:32:0.463768:23:9:14:21:23:9:15:22 chr7 89983808 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.671;QD=56.7066;RBI=0.0164941;REFB=0;REVB=0.0161418;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34556e-05;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr7 89984409 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.411;QD=58.5858;RBI=0.0187163;REFB=0;REVB=0.0180162;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014747;OID=.;OPOS=89984409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr7 90042857 . G T 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0008689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.95;QD=55.0937;RBI=0.00361813;REFB=0;REVB=0.00351225;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69204e-05;OID=.;OPOS=90042857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr7 90043182 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.645;QD=57.5452;RBI=0.0282598;REFB=0;REVB=0.00377256;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.78992e-05;OID=.;OPOS=90043182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr7 90043304 . C T 821.68 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664906;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.216;QD=57.6617;RBI=0.00783432;REFB=0;REVB=-0.00414326;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93969e-05;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:40:17:0:0:40:17:0:0 chr7 90043314 . C T 731.59 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.702;QD=55.2146;RBI=0.0120228;REFB=-0.0541486;REVB=-0.0119209;RO=1;SAF=15;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217248;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:1:0:52:53:1:37:15:1:0:37:16:0:0 chr7 90236415 . A G 622.41 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00759248;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.827;QD=56.5828;RBI=0.0391608;REFB=-0.155301;REVB=0.0384177;RO=2;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320586;STB=0.502182;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00298087;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:2:2:41:42:0.954545:22:19:1:1:23:19:1:1 chr7 90838866 . G A 114.26 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0557916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.707;QD=10.1563;RBI=0.0558091;REFB=-0.0227446;REVB=-0.00139875;RO=30;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184367;STB=0.624812;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0528804;OID=.;OPOS=90838866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:10:4:13:17:10:4:14:17 chr7 90838869 . G C 708.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7642;QD=62.968;RBI=0.00789392;REFB=0;REVB=-0.0024873;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22882e-05;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr7 91599825 . A C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.993;QD=49.5987;RBI=0.0427056;REFB=0;REVB=0.0379842;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733231;OID=.;OPOS=91599825;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr7 91630620 . G T 128.78 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4667;QD=42.925;RBI=0.058212;REFB=0;REVB=0.0457279;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143906;OID=.;OPOS=91630620;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:10:1:0:0:10:2:0:0 chr7 91632306 . C T 465.06 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000264164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.501;QD=58.1329;RBI=0.0173536;REFB=0;REVB=0.0173516;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011275;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr7 91641928 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.08;QD=51.1846;RBI=0.0725989;REFB=0;REVB=0.0454539;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071431;OID=.;OPOS=91641928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr7 91652178 . A AAAC 221.32 PASS AF=0.95;AO=17;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00163326;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=294.74;QD=44.2632;RBI=0.00595647;REFB=-0.0105882;REVB=-0.00572817;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398535;STB=0.518499;STBP=0.62;TYPE=ins;VARB=0.00137871;OID=.;OPOS=91652179;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:17:20:19:20:1:6:13:0:1:6:1:6:11:0:1 chr7 91691601 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.435;QD=58.5878;RBI=0.0283704;REFB=0;REVB=0.0261362;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47795e-05;OID=.;OPOS=91691601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr7 91712698 . A G 466.26 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.928;QD=56.5167;RBI=0.0554867;REFB=0;REVB=0.0209545;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629916;OID=.;OPOS=91712698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:18:14:1:0:18:15:0:0 chr7 91713972 . C T 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.374;QD=63.4761;RBI=0.0382115;REFB=0;REVB=-0.0217889;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013763;OID=.;OPOS=91713972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr7 91714911 . C T 1498.09 PASS AF=0.97;AO=96;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0162862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.344;QD=59.9237;RBI=0.0222283;REFB=-0.173352;REVB=0.0151281;RO=3;SAF=52;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265718;STB=0.514016;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00336595;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:100:100:3:3:96:97:0.97:44:52:3:0:45:52:3:0 chr7 91715662 . C T 804.77 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.076;QD=64.3818;RBI=0.00342387;REFB=0;REVB=0.00319478;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92423e-06;OID=.;OPOS=91715662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr7 91726927 . A C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.832;QD=49.5986;RBI=0.050647;REFB=0;REVB=0.0415522;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755466;OID=.;OPOS=91726927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr7 91743150 . A G 375.46 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.123;QD=55.6237;RBI=0.0212548;REFB=0;REVB=-0.0188758;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22051e-05;OID=.;OPOS=91743150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr7 91779242 . G A 216.18 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0283691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.531;QD=15.1705;RBI=0.0367473;REFB=-0.0160433;REVB=-0.0233572;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179413;STB=0.59825;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0243765;OID=.;OPOS=91779242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:30:32:25:25:0.438596:12:13:10:20:12:13:11:21 chr7 91779971 . T G 353.15 PASS AF=0.552239;AO=27;DP=68;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0139819;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7279;QD=21.0833;RBI=0.0141036;REFB=-0.0525299;REVB=0.00184886;RO=16;SAF=2;SAR=25;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111147;STB=0.611485;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.014829;OID=.;OPOS=91779971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:16:30:27:37:0.552239:25:2:2:14:30:7:11:19 chr7 91842554 . T C 167.87 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0103839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.841;QD=15.6159;RBI=0.015733;REFB=-0.0434039;REVB=-0.0118197;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116321;STB=0.566936;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0626134;OID=.;OPOS=91842554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:11:14:8:10:11:14 chr7 92027537 . C G 153.39 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00721467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.421;QD=13.9442;RBI=0.0389506;REFB=-0.00461194;REVB=0.0382766;RO=27;SAF=13;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254716;STB=0.649809;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0114454;OID=.;OPOS=92027537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:4:13:15:12:4:13:15:12 chr7 92029302 . G A 395.45 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00700573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7866;QD=17.5757;RBI=0.0285997;REFB=-0.00408725;REVB=-0.0277284;RO=49;SAF=24;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341647;STB=0.519125;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00507949;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:17:24:27:22:17:24:27:22 chr7 92098776 . C T 324.81 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00919673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8486;QD=17.0952;RBI=0.0302905;REFB=-0.010965;REVB=-0.0288607;RO=40;SAF=8;SAR=27;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274091;STB=0.663057;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0141095;OID=.;OPOS=92098776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:41:35:35:0.460526:27:8:19:21:27:8:20:21 chr7 92131289 . G T 666.76 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0642328;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.653;QD=62.0245;RBI=0.0642352;REFB=0;REVB=-0.000553415;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1193e-05;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr7 92163628 . A AC 75.31 PASS AF=0.47619;AO=5;DP=23;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0973494;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=37.2044;QD=14.3446;RBI=0.123145;REFB=-0.0170431;REVB=0.0754169;RO=18;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194673;STB=0.781906;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=0.0310508;OID=.;OPOS=92163629;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:5:23:10:21:11:1:9:5:6:75:18:1:4:6:12 chr7 92238099 . G GC 124.57 PASS AF=0.777778;AO=2;DP=20;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0159396;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.6627;QD=27.6828;RBI=0.133993;REFB=-0.00183214;REVB=0.133042;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.631566;STB=0.61096;STBP=0.115;TYPE=ins;VARB=0.0117371;OID=.;OPOS=92238100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:2:20:14:18:4:7:7:4:0:21:18:0:2:13:5 chr7 92238101 . G C 130.57 PASS AF=0.75;AO=12;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0625967;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.761;QD=26.1139;RBI=0.0679626;REFB=-0.0472527;REVB=-0.0264683;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119488;STB=0.553123;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0267207;OID=.;OPOS=92238101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:12:15:0.75:5:7:4:1:6:9:4:1 chr7 92241633 . G C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.699;QD=57.6795;RBI=0.0213716;REFB=0;REVB=0.00833414;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40002e-05;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr7 92600509 . T C 486.76 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028252;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.012;QD=59.0012;RBI=0.0394806;REFB=0;REVB=0.0275779;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235796;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:34:33:1:21:13:0:0:20:13:0:0 chr7 92731586 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00306682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1301;QD=9.56895;RBI=0.0192013;REFB=-0.00451434;REVB=0.0189548;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354635;STB=0.521685;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0103362;OID=.;OPOS=92731586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:8:7:4:4:8:7 chr7 92764419 . A G 330.43 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00650845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.257;QD=13.4869;RBI=0.00763349;REFB=-0.00846786;REVB=-0.00398876;RO=61;SAF=22;SAR=15;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416509;STB=0.523797;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0142899;OID=.;OPOS=92764419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:37:37:0.377551:15:22:34:27:15:22:34:27 chr7 92764982 . C T 211.03 PASS AF=0.361111;AO=24;DP=70;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00673432;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.39;QD=11.7237;RBI=0.00736381;REFB=-0.00326651;REVB=0.00297902;RO=46;SAF=14;SAR=10;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020905;STB=0.519001;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0063129;OID=.;OPOS=92764982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:46:46:24:26:0.361111:10:14:26:20:10:16:27:19 chr7 92963473 . A G 263.51 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0192482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.668;QD=17.567;RBI=0.0422846;REFB=-0.00898791;REVB=0.0376496;RO=31;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164179;STB=0.592261;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0141417;OID=.;OPOS=92963473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:19:10:16:15:19:10:16:15 chr7 92970847 . C T 381.22 PASS AF=0.394737;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0173794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.484;QD=13.3761;RBI=0.0277379;REFB=-0.00307766;REVB=-0.0216182;RO=69;SAF=21;SAR=24;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657163;STB=0.537174;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00420437;OID=.;OPOS=92970847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:69:45:45:0.394737:24:21:28:41:24:21:28:41 chr7 93054827 . C CTCTT 166.42 PASS AF=0.323529;AO=16;DP=72;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0151473;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=4;MLLD=180.346;QD=9.78945;RBI=0.0357055;REFB=-0.0160021;REVB=-0.0323333;RO=53;SAF=13;SAR=3;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426115;STB=0.780075;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0272769;OID=.;OPOS=93054828;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=CTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:16:72:22:68:46:18:4:20:26:99:53:13:3:26:27 chr7 93055650 . G A 308.3 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00159466;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5702;QD=15.6099;RBI=0.0220985;REFB=-0.0185029;REVB=-0.0220408;RO=42;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813887;STB=0.552542;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0248964;OID=.;OPOS=93055650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:45:34:34:0.43038:19:15:22:20:19:15:24:21 chr7 93055753 . A G 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0141705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.416;QD=24.2461;RBI=0.0256667;REFB=-0.0269835;REVB=0.0214004;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115497;STB=0.564053;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0218555;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:11:14:14:6:11:14:14:6 chr7 93070811 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0124197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.598;QD=14.1694;RBI=0.0229849;REFB=-0.00314154;REVB=-0.0193405;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120736;STB=0.57128;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00933158;OID=.;OPOS=93070811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:7:5:3:7:7:5 chr7 93116298 . GA G,GG,GT 393.56 PASS AF=0.0344828,0.827586,0.137931;AO=4,23,2;DP=29;FAO=1,24,4;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,2;FSAR=1,11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123265,0.0990933,0.132576;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=119.823,135.896,108.934;QD=54.2845;RBI=0.123352,0.0991312,0.132578;REFB=0,0,0;REVB=-0.00462636,-0.00274439,0.000713712;RO=0;SAF=3,12,0;SAR=1,11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0206976,-0.00558528,0.0123709;OID=.,.,.;OPOS=93116299,93116299,93116299;OREF=A,A,A;OALT=-,G,T;OMAPALT=G,GG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0344828,0.827586,0.137931:4,23,2:29:1,24,4:29:0:0,13,2:1,11,2:0:0:17:0:3,12,0:1,11,2:0:0 chr7 93515993 . T G 120.29 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00377974;FXX=0.0832986;HRUN=6;LEN=1;MLLD=130.014;QD=21.8715;RBI=0.0332306;REFB=-0.00146376;REVB=-0.0330149;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938929;STB=0.553111;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00101733;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:24:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:6:3:6:7:6:3 chr7 94028427 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.249;QD=59.8558;RBI=0.0453729;REFB=0;REVB=0.0371207;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99279e-05;OID=.;OPOS=94028427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:46:24:0:0:47:24:0:0 chr7 94038934 . C T 2330.85 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6013;QD=63.8589;RBI=0.0274139;REFB=0;REVB=-0.00127936;RO=0;SAF=66;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11364e-05;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:80:66:0:0:80:66:0:0 chr7 94039032 . C T 1038.75 PASS AF=0.986301;AO=67;DP=71;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160093;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.113;QD=56.9177;RBI=0.0514463;REFB=-0.189618;REVB=0.048892;RO=2;SAF=35;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262374;STB=0.506492;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000919874;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:73:2:1:67:72:0.986301:32:35:2:0:34:38:1:0 chr7 94041937 . A C 651.05 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.228;QD=62.0051;RBI=0.0808896;REFB=0;REVB=0.0285706;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135586;OID=.;OPOS=94041937;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:22:20:0:0 chr7 94043239 . C G 1091.34 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0170083;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.531;QD=57.4392;RBI=0.0231581;REFB=-0.0907413;REVB=0.0157166;RO=2;SAF=34;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270134;STB=0.514282;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000672081;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:76:2:2:74:74:0.973684:40:34:2:0:40:34:2:0 chr7 94174854 . T C 453.1 PASS AF=0.378571;AO=52;DP=140;FAO=53;FDP=140;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.0110203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2423;QD=12.9457;RBI=0.0801374;REFB=-0.0110841;REVB=0.0793761;RO=87;SAF=29;SAR=23;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206819;STB=0.610079;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.010651;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:87:87:52:53:0.378571:23:29:32:55:24:29:32:55 chr7 94180691 . T C 96.18 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0354288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.137;QD=12.0225;RBI=0.0596635;REFB=0.0381737;REVB=0.0480055;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527134;STB=0.531198;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0287416;OID=.;OPOS=94180691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:9:11:6:6:9:11 chr7 94186068 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00505069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.113;QD=15.5715;RBI=0.00886639;REFB=-0.00722851;REVB=-0.0072872;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126336;STB=0.573634;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00432604;OID=.;OPOS=94186068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:6:6:7:4:6:6 chr7 94296769 . T C 757.1 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294235;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.824;QD=57.1398;RBI=0.0397965;REFB=0;REVB=0.0267959;RO=0;SAF=39;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186077;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:13:39:0:0:13:40:0:0 chr7 94297293 . GT G 461.63 PASS AF=1;AO=48;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054997;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.7248;QD=30.7753;RBI=0.11904;REFB=0;REVB=-0.105573;RO=4;SAF=30;SAR=18;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193508;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000974137;OID=.;OPOS=94297294;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:60:60:60:0:38:22:0:0:9:4:30:18:3:1 chr7 94297814 . G A 114.71 PASS AF=0.378378;AO=12;DP=35;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00127599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.744;QD=12.4011;RBI=0.00739458;REFB=-0.0384634;REVB=0.00728365;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318145;STB=0.713955;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0316133;OID=.;OPOS=94297814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:23:23:12:14:0.378378:9:3:12:11:11:3:12:11 chr7 94540416 . A G 260.68 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0122517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.378;QD=24.8267;RBI=0.0230588;REFB=-0.0188395;REVB=0.0195347;RO=17;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14022;STB=0.565163;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0110968;OID=.;OPOS=94540416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:11:13:6:11:11:13:7:11 chr7 94898811 . G A 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00542424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.367;QD=10.3884;RBI=0.0348486;REFB=-0.00104401;REVB=0.0344239;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00161661;OID=.;OPOS=94898811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:3:8:4:3:3:8 chr7 94924538 . G T 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0227781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.836;QD=18.998;RBI=0.0237357;REFB=-0.00877467;REVB=0.0066742;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721736;STB=0.540228;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00701026;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:17:14:16:14:17:14:16:14 chr7 94937446 . T C 281.64 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0119168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.027;QD=17.0689;RBI=0.0171071;REFB=-0.0124441;REVB=0.0122737;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168936;STB=0.607662;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0262694;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:35:31:31:0.469697:14:17:12:21:14:17:12:23 chr7 95001555 . C T 486.64 PASS AF=0.425197;AO=53;DP=126;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.0695827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.895;QD=15.3273;RBI=0.0720793;REFB=-0.00926398;REVB=-0.0188061;RO=73;SAF=26;SAR=27;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966145;STB=0.559034;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0122568;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:73:73:53:54:0.425197:27:26:29:44:27:27:29:44 chr7 95024046 . A G 265.25 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0179652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.269;QD=15.603;RBI=0.0184414;REFB=-0.00802424;REVB=-0.00416359;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326598;STB=0.522074;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0110785;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:38:30:30:0.441176:17:13:14:21:17:13:15:23 chr7 95024047 . C G 38.82 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.000469048;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.028;QD=2.31776;RBI=0.0040599;REFB=-0.0150177;REVB=0.00403271;RO=58;SAF=1;SAR=7;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429317;STB=0.833117;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.109458;OID=.;OPOS=95024047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:58:59:8:8:0.119403:7:1:26:32:7:1:27:32 chr7 95213059 . G A 764.07 PASS AF=1;AO=34;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139796;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.266;QD=65.0274;RBI=0.0475897;REFB=0;REVB=0.0454901;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00438955;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:47:0:0:34:47:1:12:22:0:0:27:20:0:0 chr7 95213953 . A C 842.25 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0239807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.406;QD=53.4763;RBI=0.0382673;REFB=-0.0620258;REVB=0.0298213;RO=2;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248276;STB=0.513154;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00253619;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:63:2:2:60:61:0.968254:37:23:0:2:37:24:0:2 chr7 95216394 . T G 853.88 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00865673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6759;QD=55.9918;RBI=0.0523813;REFB=-0.105355;REVB=0.051661;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.508769;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00270182;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:1:0:32:28:1:0 chr7 95499234 . A G 337.56 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0115737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7433;QD=20.1528;RBI=0.0150462;REFB=-0.00418317;REVB=-0.00961445;RO=32;SAF=23;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303386;STB=0.516844;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00248646;OID=.;OPOS=95499234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:12:23:20:12:12:23:20:12 chr7 95750994 . C T 239.34 PASS AF=0.473684;AO=23;DP=54;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0269342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2605;QD=16.7959;RBI=0.031729;REFB=-0.0125461;REVB=0.0167714;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11009;STB=0.549501;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0102808;OID=.;OPOS=95750994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:30:30:23:27:0.473684:14:9:15:15:16:11:15:15 chr7 95800820 . T A,C 491.28 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,32;DP=34;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112254,0.00651691;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.999,111.284;QD=57.7972;RBI=0.011863,0.0240614;REFB=0,0;REVB=-0.00383685,0.0231621;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0484471,0.000273246;OID=.,.;OPOS=95800820,95800820;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:2,32:2,32:0.0588235,0.941176:0,22:2,10:0:0:0,22:2,10:0:0 chr7 95864178 . AGGGGC AGGGC,AGGGCG 61.44 PASS AF=0.263889,0.0138889;AO=24,4;DP=72;FAO=19,1;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=16,0;FSAR=3,1;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.131569,-0.025698;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.1361,104.809;QD=3.41314;RBI=0.131799,0.0585105;REFB=-0.111778,-0.0173977;REVB=0.00779241,-0.0525652;RO=38;SAF=19,0;SAR=5,4;SRF=14;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0.665025,0;SSSB=0.466303,-0.526196;STB=0.852665,0.987116;STBP=0,0.476;TYPE=del,mnp;VARB=0.154537,0.0118229;OID=.,.;OPOS=95864179,95864182;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=AGGGC,AGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263889,0.0138889:24,4:72:19,1:72:52:16,0:3,1:18:34:58:38:19,0:5,4:14:24 chr7 95970524 . A G 59.33 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0642444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.309;QD=13.9605;RBI=0.072514;REFB=-0.00795295;REVB=-0.0336295;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427785;STB=0.743945;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0185595;OID=.;OPOS=95970524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:1:7:4:4:1:7:5:4 chr7 96640130 . C T 99.76 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00314919;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=170.349;QD=24.939;RBI=0.00956319;REFB=-0.0186411;REVB=0.00902979;RO=4;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179609;STB=0.618862;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00233474;OID=.;OPOS=96640130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:16:16:4:5:11:11:0.6875:8:3:0:4:8:3:0:5 chr7 97483974 . CTTTTTCA CTTTTCA,CTTTTCAT 94.26 PASS AF=0.456522,0.0434783;AO=16,4;DP=46;FAO=21,2;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12,0;FSAR=9,2;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.184109,-0.047542;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=9.54227,79.5061;QD=8.19613;RBI=0.184403,0.0478395;REFB=-0.137315,-0.0130743;REVB=-0.0104009,-0.0053265;RO=16;SAF=9,0;SAR=7,4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.216783,-0.615368;STB=0.636817,0.992878;STBP=0.11,0.343;TYPE=del,mnp;VARB=0.106127,0.141639;OID=.,.;OPOS=97483975,97483979;OREF=T,TCA;OALT=-,CAT;OMAPALT=CTTTTCA,CTTTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522,0.0434783:16,4:46:21,2:46:23:12,0:9,2:7:16:87:16:9,0:7,4:5:11 chr7 97488569 . A T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.737;QD=57.2363;RBI=0.0583378;REFB=0;REVB=0.0556328;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208917;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr7 97854393 . G A 340.62 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.75;QD=54.4999;RBI=0.0678994;REFB=0;REVB=0.0665802;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587058;OID=.;OPOS=97854393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr7 97863145 . G A 428.94 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.374;QD=57.1915;RBI=0.0230317;REFB=0;REVB=0.0115262;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23891e-05;OID=.;OPOS=97863145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:25:5:0:0:25:5:0:0 chr7 98460824 . C A 900.32 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0503617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5126;QD=53.7501;RBI=0.0860347;REFB=-0.0673776;REVB=0.0697543;RO=2;SAF=34;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269723;STB=0.52112;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0274766;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:2:3:64:64:0.955224:30:34:2:0:30:34:3:0 chr7 98650051 . G C 34.34 PASS AF=0.2;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0662086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2735;QD=4.57913;RBI=0.0671389;REFB=0.000232507;REVB=0.011138;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073651;STB=0.571184;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00427246;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:30:23:24:6:6:0.2:4:2:9:14:4:2:10:14 chr7 98782750 . C T 180.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0158349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.208;QD=13.9121;RBI=0.0313581;REFB=-0.016399;REVB=-0.0270663;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140377;STB=0.600643;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0369923;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:31:21:21:0.403846:13:8:15:14:13:8:17:14 chr7 98870997 . A G 100.55 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0324591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.478;QD=15.4692;RBI=0.0557741;REFB=-0.0130681;REVB=-0.0453559;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103751;STB=0.576798;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00449355;OID=.;OPOS=98870997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:14:12:12:0.461538:6:6:5:8:6:6:5:9 chr7 99032458 . C T 287.1 PASS AF=0.375;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00259536;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.374;QD=13.05;RBI=0.019987;REFB=-0.00109795;REVB=-0.0198178;RO=51;SAF=13;SAR=20;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145603;STB=0.595098;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00217306;OID=.;OPOS=99032458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:51:55:33:33:0.375:20:13:27:24:20:13:30:25 chr7 99047978 . T C 120.45 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0706304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3664;QD=18.531;RBI=0.0710194;REFB=-0.00216644;REVB=0.00742327;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125358;STB=0.571326;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00381648;OID=.;OPOS=99047978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:7:5:8:6:7:5 chr7 99081730 . A G 334.45 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0154155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.796;QD=19.3885;RBI=0.0190315;REFB=-0.0213183;REVB=0.0111606;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168905;STB=0.594038;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0169119;OID=.;OPOS=99081730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:22:13:19:15:22:13:19:15 chr7 99130875 . G A 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00925894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5829;QD=12.7395;RBI=0.0256711;REFB=-0.00232227;REVB=-0.0239432;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187303;STB=0.610847;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000299531;OID=.;OPOS=99130875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:7:3:4:4:7:3 chr7 99145845 . C T 279.76 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.019453;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.615;QD=15.5421;RBI=0.023667;REFB=-0.0101421;REVB=-0.0134799;RO=40;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250816;STB=0.64671;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00669783;OID=.;OPOS=99145845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:40:41:31:31:0.430556:13:18:13:27:13:18:13:28 chr7 99217424 . G A 189.05 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0088042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.385;QD=21.0058;RBI=0.0102773;REFB=-0.0282169;REVB=0.00530184;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152848;STB=0.585712;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0279091;OID=.;OPOS=99217424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:5:12:10:9:5:12 chr7 99227172 . A G 437.37 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.024454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0499;QD=24.2982;RBI=0.0250571;REFB=-0.03748;REVB=0.00546472;RO=30;SAF=17;SAR=25;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139668;STB=0.576237;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0262452;OID=.;OPOS=99227172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:25:17:7:23:25:17:7:23 chr7 99306685 . C G 167.76 PASS AF=0.385965;AO=20;DP=55;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0743084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2149;QD=11.7728;RBI=0.0908902;REFB=0.00428708;REVB=0.0523383;RO=34;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228982;STB=0.643219;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-5.99268e-05;OID=.;OPOS=99306685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:34:35:20:22:0.385965:6:14:17:17:6:16:18:17 chr7 99569394 . G A 1472.88 PASS AF=0.990099;AO=97;DP=98;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.048713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.92;QD=58.3318;RBI=0.0494723;REFB=-0.207356;REVB=-0.00863419;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00080468;OID=.;OPOS=99569394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:101:0:1:97:100:0.990099:42:55:0:0:42:58:1:0 chr7 99578411 . T C 150.63 PASS AF=0.224299;AO=24;DP=107;FAO=24;FDP=107;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0211455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.848;QD=5.6309;RBI=0.0218482;REFB=-0.00649521;REVB=0.0054965;RO=83;SAF=8;SAR=16;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192149;STB=0.619253;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0365829;OID=.;OPOS=99578411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:83:83:24:24:0.224299:16:8:40:43:16:8:40:43 chr7 99580907 . C G 374.54 PASS AF=0.90625;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0682509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.173;QD=46.8179;RBI=0.0693372;REFB=0.0270424;REVB=0.0122252;RO=3;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796088;STB=0.542828;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00126665;OID=.;OPOS=99580907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:32:3:3:28:29:0.90625:16:12:0:3:16:13:0:3 chr7 99662511 . GTAGTTA GT,GTA 255.99 PASS AF=0,1;AO=4,15;DP=19;FAO=0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489476,0.0754572;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=216.145,239.943;QD=51.1975;RBI=0.0627608,0.0852844;REFB=0,0;REVB=0.0392816,0.0397447;RO=0;SAF=4,5;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000549773;OID=.,.;OPOS=99662513,99662512;OREF=AGTTA,TAGT;OALT=-,-;OMAPALT=GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,15:19:0,20:20:0:0,9:0,11:0:0:4:0:4,5:0,10:0:0 chr7 99696797 . T C 742.75 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0037657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.712;QD=53.0533;RBI=0.020042;REFB=-0.0490525;REVB=0.0196851;RO=2;SAF=16;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553236;STB=0.529401;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-8.00416e-07;OID=.;OPOS=99696797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:38:16:2:0:38:16:2:0 chr7 99709835 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC 602.67 PASS AF=0.864583,0;AO=38,19;DP=102;FAO=83,0;FDP=96;FR=.;FRO=13;FSAF=31,0;FSAR=52,0;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.19146,0.178139;FXX=0.0204061;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=16.2382,8.65248;QD=25.111;RBI=0.275369,0.185859;REFB=-0.120391,-0.0890422;REVB=0.197917,0.0530102;RO=24;SAF=18,5;SAR=20,14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0.354167,0.354167;SSEP=0,0;SSSB=-0.0186315,-0.254427;STB=0.520862,0.5;STBP=0.315,1;TYPE=del,del;VARB=0.00409249,0;OID=.,.;OPOS=99709840,99709836;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.864583,0:38,19:102:83,0:96:13:31,0:52,0:3:10:24:24:18,5:20,14:12:12 chr7 99711040 . G A 179.87 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254505;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7545;QD=47.9645;RBI=0.054642;REFB=0;REVB=0.048353;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000640181;OID=.;OPOS=99711040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr7 99747130 . G A 785.99 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0397942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.113;QD=55.1571;RBI=0.0470938;REFB=-0.131569;REVB=0.0251843;RO=1;SAF=32;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145081;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00120171;OID=.;OPOS=99747130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:24:32:1:0:24:32:1:0 chr7 99751281 . G T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1424;QD=35.5717;RBI=0.0502964;REFB=0;REVB=-0.0427619;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00591883;OID=.;OPOS=99751281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr7 99751573 . C T 90.21 PASS AF=0.5;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0362788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5405;QD=16.4018;RBI=0.164332;REFB=-0.0660099;REVB=-0.160277;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119431;STB=0.590003;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0581251;OID=.;OPOS=99751573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:21:22:10:11:11:11:0.5:5:6:4:6:5:6:4:7 chr7 99753604 . C T 198.74 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00260359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.527;QD=19.3887;RBI=0.0166278;REFB=-0.0220854;REVB=-0.0164227;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244909;STB=0.638681;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0219484;OID=.;OPOS=99753604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:7:13:8:13:7:13:8:13 chr7 99757612 . G A 465.1 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.786;QD=58.138;RBI=0.0621394;REFB=0;REVB=0.0518963;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36056e-05;OID=.;OPOS=99757612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr7 99758136 . T G 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.077;QD=52.6084;RBI=0.0479793;REFB=0;REVB=0.0472755;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274864;OID=.;OPOS=99758136;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr7 99772297 . CA C,CC 762.89 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=10,38;DP=48;FAO=1,47;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043482,0.036898;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.458,264.402;QD=63.5744;RBI=0.045175,0.0408978;REFB=0,0;REVB=0.0122516,0.01764;RO=0;SAF=1,8;SAR=9,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,5.26572e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0154232,0.0013532;OID=.,.;OPOS=99772298,99772298;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0208333,0.979167:10,38:48:1,47:48:0:1,9:0,38:0:0:4:0:1,8:9,30:0:0 chr7 99796146 . A C 1463.09 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.464;QD=62.9286;RBI=0.071883;REFB=0;REVB=-0.0144639;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52298e-05;OID=.;OPOS=99796146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:84:93:0:0:82:93:1:55:27:0:0:57:36:0:0 chr7 99799845 . T A 1123.26 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0286738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.748;QD=56.8737;RBI=0.0290506;REFB=-0.224645;REVB=0.00466378;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.514282;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000503918;OID=.;OPOS=99799845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:0:2:76:77:0.974684:33:43:0:0:34:43:0:2 chr7 100160525 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00491067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.783;QD=10.3903;RBI=0.0144975;REFB=-0.0482876;REVB=0.0136405;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160434;STB=0.509776;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0822473;OID=.;OPOS=100160525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:8:3:2:5:8:3 chr7 100175473 . T C 89.33 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.000139952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.378;QD=15.5348;RBI=0.0195098;REFB=-0.0058662;REVB=-0.0195093;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450318;STB=0.512173;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0103393;OID=.;OPOS=100175473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:12:12:10:11:0.478261:1:9:11:1:1:10:11:1 chr7 100212754 . C T 171.05 PASS AF=0.45;AO=16;DP=38;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0255646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.448;QD=17.1049;RBI=0.0256548;REFB=-0.00885125;REVB=-0.00214957;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235652;STB=0.51469;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00872891;OID=.;OPOS=100212754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:21:22:16:18:0.45:11:5:7:14:11:7:8:14 chr7 100225031 . G A 99.63 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0431978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1789;QD=26.5688;RBI=0.170241;REFB=0.00544957;REVB=0.164669;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138896;STB=0.578172;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00536844;OID=.;OPOS=100225031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:5:6:1:3:5:6:1:3 chr7 100276191 . C T 63.73 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0280673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.783;QD=9.44086;RBI=0.048882;REFB=-0.00997206;REVB=0.040021;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187906;STB=0.615122;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0315943;OID=.;OPOS=100276191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:9:9:3:6:9:9 chr7 100277727 . GGGGCC GGC,GGG,GGGC,TCGGGC 281.77 PASS AF=0.142857,0.107143,0.714286,0;AO=5,3,12,2;DP=28;FAO=4,3,20,0;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3,9,0;FSAR=4,0,11,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0880475,-0.177178,-0.213055,-0.0668511;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=3,3,2,5;MLLD=18.4552,16.1582,20.1106,125.598;QD=40.2533;RBI=0.0950453,0.180663,0.213055,0.120362;REFB=-0.0393468,0.0298237,-0.00455161,0.0486188;REVB=-0.0357946,0.0353129,-0.000622325,-0.100089;RO=3;SAF=3,3,5,0;SAR=2,0,7,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.326531,0.326531,0.326531,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.165639,0.712642,0.0308588,-0.599865;STB=0.5,0.994936,0.521717,0.5;STBP=1,0.122,0.543,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=-0.00812811,-0.0238979,-0.0513301,0;OID=.,.,.,.;OPOS=100277729,100277730,100277730,100277727;OREF=GGC,GCC,GC,GGGGC;OALT=-,-,-,TCGGG;OMAPALT=GGC,GGG,GGGC,TCGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:14:28:28:3:1:5,3,12,2:4,3,20,0:0.142857,0.107143,0.714286,0:2,0,7,2:3,3,5,0:1:2:4,0,11,0:0,3,9,0:0:1 chr7 100278657 . A G 482.94 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000738951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.662;QD=58.5382;RBI=0.00101889;REFB=0;REVB=0.000701491;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22735e-07;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:8:25:0:0:8:25:0:0 chr7 100281768 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0894159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8793;QD=46.8476;RBI=0.0897753;REFB=0;REVB=-0.00802517;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00392937;OID=.;OPOS=100281768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr7 100285169 . AG A,CA 30.35 PASS AF=0.202532,0;AO=15,7;DP=80;FAO=16,0;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=8,0;FSAR=8,0;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0258003,-0.0101292;FXX=0.0124984;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=7.91865,24.9079;QD=1.53651;RBI=0.105433,0.0734334;REFB=-0.050972,-0.0335695;REVB=0.102227,0.0727314;RO=43;SAF=8,2;SAR=7,5;SRF=18;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.137898,-0.171171;STB=0.556892,0.5;STBP=0.621,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00834315,0;OID=.,.;OPOS=100285170,100285169;OREF=G,AG;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:80:79:43:63:15,7:16,0:0.202532,0:7,5:8,2:18:25:8,0:8,0:27:36 chr7 100285476 . C T 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0225636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.385;QD=21.007;RBI=0.038331;REFB=-0.00278338;REVB=0.0309863;RO=17;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979281;STB=0.555494;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00311606;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:15:4:5:12:15:4:5:12 chr7 100348384 . T C 169.24 PASS AF=0.375;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00344591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4695;QD=12.0886;RBI=0.0048176;REFB=0.00142722;REVB=-0.00336674;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454545;STB=0.536048;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.00492088;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:35:21:21:0.375:12:9:16:18:12:9:17:18 chr7 100350763 . T G 76.36 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00998241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.875;QD=12.2172;RBI=0.0193333;REFB=-0.0183635;REVB=-0.0165568;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276263;STB=0.682555;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0227279;OID=.;OPOS=100350763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:15:15:9:10:0.4:3:6:6:9:3:7:6:9 chr7 100361675 . G A 290.95 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0110329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7228;QD=26.4501;RBI=0.0138233;REFB=-0.00645315;REVB=0.00832814;RO=18;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404797;STB=0.522371;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0015347;OID=.;OPOS=100361675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:16:10:6:12:16:10:6:12 chr7 100365567 . C T 244.18 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0046916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.637;QD=23.2555;RBI=0.00486191;REFB=-0.0198411;REVB=-0.00127556;RO=19;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335093;STB=0.688816;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0165544;OID=.;OPOS=100365567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:18:5:11:8:18:5:11:8 chr7 100365613 . G T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00241589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.503;QD=16.4266;RBI=0.0109802;REFB=-0.00695725;REVB=-0.0107112;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300456;STB=0.677055;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00782412;OID=.;OPOS=100365613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:9:2:5:6:9:2:5:6 chr7 100366284 . T C 71.56 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0759523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8212;QD=13.0106;RBI=0.165399;REFB=-0.135172;REVB=-0.146929;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428999;STB=0.650717;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.108472;OID=.;OPOS=100366284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:22:5:11:8:8:0.363636:7:1:3:2:7:1:3:8 chr7 100371358 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0395723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.224;QD=21.2675;RBI=0.0593018;REFB=0.00244264;REVB=0.0441672;RO=14;SAF=13;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40194;STB=0.72772;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000870412;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:4:13:4:10:4:13:4:10 chr7 100371474 . G A 309.74 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0271425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.426;QD=49.559;RBI=0.0407712;REFB=-0.0854244;REVB=0.0304233;RO=1;SAF=5;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838249;STB=0.538428;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000863853;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:23:24:0.96:18:5:1:0:18:6:1:0 chr7 100371476 . T TG 238.16 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213132;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=189.898;QD=45.3647;RBI=0.0340269;REFB=0;REVB=0.026525;RO=3;SAF=5;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000230823;OID=.;OPOS=100371477;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:23:21:21:0:6:15:0:0:4:3:5:15:1:2 chr7 100373077 . C G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0656657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2925;QD=52.6113;RBI=0.0660578;REFB=0;REVB=0.00718683;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000841525;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr7 100373367 . G C 884.47 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.588;QD=57.9978;RBI=0.0145198;REFB=0;REVB=0.00590413;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41286e-05;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:29:32:0:0 chr7 100377082 . T C 50.67 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00073128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.067;QD=5.06704;RBI=0.0216648;REFB=1.6178e-05;REVB=-0.0216525;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191466;STB=0.624707;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00037665;OID=.;OPOS=100377082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:4:4:21:11:4:4:21:11 chr7 100386900 . T C 669.59 PASS AF=1;AO=35;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138023;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.14;QD=62.287;RBI=0.0197345;REFB=0;REVB=0.014105;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15274e-05;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:35:43:1:20:15:0:0:23:20:0:0 chr7 100386901 . G C 59.42 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00929203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.5936;QD=5.40142;RBI=0.0157604;REFB=-0.0510266;REVB=0.0127299;RO=35;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285895;STB=0.68616;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0177747;OID=.;OPOS=100386901;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:3:6:15:20:3:6:15:20 chr7 100391644 . T C 1749.99 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175909;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.619;QD=60.8693;RBI=0.0274279;REFB=0;REVB=-0.021044;RO=0;SAF=67;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36863e-05;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:113:115:1:46:67:0:0:48:67:0:0 chr7 100395037 . C A 212.79 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0280669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8459;QD=20.2654;RBI=0.0531038;REFB=-0.03324;REVB=0.0450806;RO=21;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143476;STB=0.581314;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0474684;OID=.;OPOS=100395037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:15:6:9:12:15:6:9:12 chr7 100410597 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0278651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.271;QD=17.3792;RBI=0.0444747;REFB=-0.0192936;REVB=0.0346632;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144334;STB=0.584248;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0215976;OID=.;OPOS=100410597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:9:2:3:7:9:2:3:7 chr7 100411278 . T C 98.24 PASS AF=0.270833;AO=11;DP=45;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00952651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8736;QD=8.18696;RBI=0.0263727;REFB=-0.0349313;REVB=-0.0245919;RO=33;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144284;STB=0.579497;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0704628;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:45:48:33:35:11:13:0.270833:5:6:14:19:6:7:15:20 chr7 100416139 . T C 138.93 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0325598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7172;QD=19.8474;RBI=0.0327699;REFB=-0.0157627;REVB=0.00370481;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643304;STB=0.523777;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0163604;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:11:4:4:8:11:4:4:9 chr7 100416250 . A G 444.42 PASS AF=0.558442;AO=44;DP=76;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00853321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.819;QD=23.087;RBI=0.0181742;REFB=-0.0057171;REVB=-0.0160464;RO=32;SAF=24;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590218;STB=0.5517;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00450953;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:32:34:44:43:0.558442:20:24:15:17:19:24:15:19 chr7 100424587 . G C 225.07 PASS AF=0.363636;AO=14;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0389942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.523;QD=13.6405;RBI=0.0395121;REFB=-0.00972478;REVB=-0.006376;RO=12;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390503;STB=0.550519;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00925571;OID=.;OPOS=100424587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:12:36:14:24:0.363636:12:2:6:6:14:10:18:18 chr7 100458795 . T C 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.632;QD=61.6945;RBI=0.00305742;REFB=0;REVB=-0.00210468;RO=0;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58533e-07;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:53:29:0:0:53:29:0:0 chr7 100460331 . G A 175.78 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00504845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.151;QD=10.1901;RBI=0.0775423;REFB=-0.00107331;REVB=0.0773778;RO=44;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103284;STB=0.549312;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00270124;OID=.;OPOS=100460331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:46:23:23:0.333333:16:7:17:27:16:7:17:29 chr7 100463822 . G A 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0303919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8837;QD=9.44208;RBI=0.059235;REFB=0.00204435;REVB=0.0508441;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267756;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.000284801;OID=.;OPOS=100463822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:4:6:2:4:4:6 chr7 100465761 . C CG 58.85 PASS AF=0.16;AO=18;DP=129;FAO=20;FDP=125;FR=.;FRO=105;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=70;FWDB=-0.0262316;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.4768;QD=1.88324;RBI=0.0276405;REFB=-0.00591605;REVB=-0.00871206;RO=102;SAF=8;SAR=10;SRF=37;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106943;STB=0.600894;STBP=0.366;TYPE=ins;VARB=0.0849092;OID=.;OPOS=100465762;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16:18:129:20:125:105:9:11:35:70:58:102:8:10:37:65 chr7 100466441 . G A 706.44 PASS AF=0.48951;AO=70;DP=143;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=59;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0214564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.197;QD=19.7607;RBI=0.0297024;REFB=-0.029859;REVB=0.020539;RO=72;SAF=11;SAR=59;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404189;STB=0.730386;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0197818;OID=.;OPOS=100466441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:72:73:70:70:0.48951:59:11:36:36:59:11:37:36 chr7 100468284 . A G 1869.12 PASS AF=1;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387958;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9275;QD=61.7892;RBI=0.0433444;REFB=0;REVB=-0.0193294;RO=0;SAF=31;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519273;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:121:0:0:121:121:1:90:31:0:0:90:31:0:0 chr7 100482026 . T C 246.47 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0971191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4713;QD=46.9461;RBI=0.114367;REFB=-0.0883152;REVB=-0.0603959;RO=1;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279508;STB=0.515137;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0114672;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:16:4:0:1:16:4:0:1 chr7 100486656 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1767;QD=59.4356;RBI=0.0328274;REFB=0;REVB=-0.0162839;RO=0;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338808;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:30:5:0:0:30:5:0:0 chr7 100494222 . G GC 1335.49 PASS AF=1;AO=109;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147452;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.2985;QD=46.4519;RBI=0.0766911;REFB=0;REVB=0.0752603;RO=5;SAF=51;SAR=58;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00567044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00109795;OID=.;OPOS=100494223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:109:117:115:115:0:54:61:0:0:25:5:51:58:2:3 chr7 100549505 . T C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0558128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.488;QD=7.52558;RBI=0.0591813;REFB=-0.00672121;REVB=-0.0196815;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162722;STB=0.510181;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.024679;OID=.;OPOS=100549505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:13:11:4:5:13:11 chr7 100549583 . G A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0219879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.632;QD=6.52646;RBI=0.022953;REFB=-0.00797239;REVB=0.00658571;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308372;STB=0.698348;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0188869;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:9:11:2:5:9:11 chr7 100549592 . TT AA 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0164633;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=168.848;QD=7.32772;RBI=0.0165693;REFB=0.00553045;REVB=0.00187122;RO=20;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494369;STB=0.83076;STBP=0.049;TYPE=mnp;VARB=-0.014849;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:1:7:10:10:1:7:10:11 chr7 100549650 . A G 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00974792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.667;QD=19.666;RBI=0.0476535;REFB=-0.0275519;REVB=0.0466459;RO=32;SAF=22;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391601;STB=0.521726;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0179017;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:12:22:22:10:12:22:22:10 chr7 100549697 . A G 418.97 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0142283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.222;QD=20.1915;RBI=0.01611;REFB=-0.0141823;REVB=-0.00755566;RO=41;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754659;STB=0.541866;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0341338;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:17:25:21:20:17:25:21:20 chr7 100549703 . C T 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0114937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.194;QD=20.4487;RBI=0.0162675;REFB=-0.0262423;REVB=-0.011512;RO=42;SAF=28;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124818;STB=0.575722;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0463062;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:43:44:44:0.505747:16:28:21:21:16:28:21:22 chr7 100549787 . CA TG 236.52 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.000909698;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.619;QD=13.7114;RBI=0.00114165;REFB=-0.00635224;REVB=0.000689798;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136797;STB=0.586145;STBP=0.265;TYPE=mnp;VARB=0.00923872;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:41:41:27:28:0.405797:11:16:19:22:11:17:19:22 chr7 100549840 . C T 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00725926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.306;QD=5.37737;RBI=0.00741581;REFB=-0.00482252;REVB=0.0015157;RO=25;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511756;STB=0.840106;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0186265;OID=.;OPOS=100549840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:1:6:11:14:1:6:11:14 chr7 100549873 . G A 44.32 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0408535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.842;QD=6.81891;RBI=0.0408969;REFB=-0.00924536;REVB=0.00188259;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363483;STB=0.744008;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0123151;OID=.;OPOS=100549873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:18:19:7:7:0.269231:5:2:11:7:5:2:12:7 chr7 100549884 . C T 54.3 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00678529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.281;QD=8.68808;RBI=0.0203244;REFB=-0.0100775;REVB=-0.0191584;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171013;STB=0.605793;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0127053;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:9:8:5:3:9:8 chr7 100549894 . T C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00626778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.989;QD=5.95779;RBI=0.00755201;REFB=-0.00612143;REVB=-0.00421281;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136307;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:3:3:9:8:3:3:9:9 chr7 100549896 . G C 34.07 PASS AF=0.25;AO=5;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00701044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0332;QD=5.67854;RBI=0.017382;REFB=-0.00713803;REVB=-0.0159056;RO=17;SAF=2;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147854;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180732;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:23:24:17:18:5:6:0.25:3:2:9:8:3:3:9:9 chr7 100549902 . C T 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0121178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.791;QD=6.2513;RBI=0.042115;REFB=-0.00137413;REVB=-0.040334;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334106;STB=0.521667;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00144362;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:9:8:3:3:9:8 chr7 100549914 . G A 62.85 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0130251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.969;QD=9.66963;RBI=0.0180038;REFB=-0.0208457;REVB=0.012429;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323108;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0276807;OID=.;OPOS=100549914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:25:26:17:17:8:9:0.346154:4:4:8:9:5:4:8:9 chr7 100549935 . T G 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0190529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.454;QD=17.9539;RBI=0.0263016;REFB=-0.041511;REVB=0.0181317;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894054;STB=0.551116;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0309461;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:8:9:10:6:8:9 chr7 100549942 . T C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0621769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.756;QD=17.9561;RBI=0.0639791;REFB=-0.031621;REVB=0.0150786;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154133;STB=0.588363;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.018802;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:8:9:11:5:8:9 chr7 100549979 . C T 162.51 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0536924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7694;QD=19.698;RBI=0.0627356;REFB=-0.028305;REVB=0.032448;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180671;STB=0.638613;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0441381;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:16:17:17:0.515152:12:5:7:7:12:5:9:7 chr7 100550032 . C CCCT 92.38 PASS AF=0.52381;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.021232;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=3;MLLD=185.321;QD=17.5963;RBI=0.0647343;REFB=-0.0611641;REVB=0.0611533;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19924;STB=0.568841;STBP=0.559;TYPE=ins;VARB=0.103455;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:9:25:11:21:10:6:5:4:6:79:14:5:4:5:9 chr7 100550079 . A C 125.25 PASS AF=0.52;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0315428;FXX=0.193486;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.73;QD=20.0405;RBI=0.0326033;REFB=-0.0133779;REVB=0.0082477;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173529;STB=0.59984;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0137049;OID=.;OPOS=100550079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:25:12:12:13:13:0.52:4:9:6:6:4:9:6:6 chr7 100550133 . A G 108.85 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0264628;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.204;QD=12.8063;RBI=0.0309435;REFB=-0.0303165;REVB=-0.016038;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479278;STB=0.528258;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0643052;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:8:5:9:12:8:5:9:12 chr7 100550138 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0133071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.996;QD=11.1975;RBI=0.0182928;REFB=-0.0349282;REVB=0.0125517;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267631;STB=0.677105;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0625889;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:9:3:10:11:9:3:11:11 chr7 100550191 . C T 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0132142;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.995;QD=7.25975;RBI=0.0138942;REFB=-0.00486181;REVB=-0.00429357;RO=29;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45135;STB=0.770999;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0138645;OID=.;OPOS=100550191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:4:6:6:23:4:6:6:23 chr7 100551502 . A C 46.85 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0369526;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.185;QD=7.49678;RBI=0.0399566;REFB=-0.0249856;REVB=-0.0151999;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518902;STB=0.533234;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.055069;OID=.;OPOS=100551502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:25:25:18:18:7:7:0.28:6:1:3:15:6:1:3:15 chr7 100551565 . AT GC 46.98 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00957212;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=2;MLLD=154.025;QD=3.41705;RBI=0.022266;REFB=-0.00266547;REVB=0.0201034;RO=47;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231481;STB=0.666223;STBP=0.401;TYPE=mnp;VARB=0.0273222;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:56:55:47:47:8:8:0.145455:6:2:20:27:6:2:20:27 chr7 100551578 . T G 65.15 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00407204;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9455;QD=3.67025;RBI=0.00657937;REFB=-0.0181374;REVB=0.00516784;RO=58;SAF=2;SAR=10;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409887;STB=0.784823;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0592313;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:58:59:12:12:0.169014:10:2:27:31:10:2:28:31 chr7 100551626 . T C 82.5 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=90;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0132963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0502;QD=3.66677;RBI=0.0393227;REFB=0.00211381;REVB=-0.0370066;RO=74;SAF=4;SAR=11;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241234;STB=0.65729;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0162472;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:90:90:74:75:15:15:0.166667:11:4:33:41:11:4:33:42 chr7 100551646 . A G 46.17 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.0191782;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.723;QD=2.12261;RBI=0.0194524;REFB=-0.00541039;REVB=-0.00325509;RO=75;SAF=2;SAR=8;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31446;STB=0.728668;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0177108;OID=.;OPOS=100551646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:89:87:75:77:10:10:0.114943:8:2:33:42:8:2:33:44 chr7 100551662 . C T 76.25 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0429739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.057;QD=3.63094;RBI=0.0528441;REFB=-0.00268251;REVB=-0.0307529;RO=70;SAF=5;SAR=9;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753408;STB=0.550286;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0193678;OID=.;OPOS=100551662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:70:70:14:14:0.166667:9:5:29:41:9:5:29:41 chr7 100551666 . A T 77.76 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.0312954;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.38;QD=3.84011;RBI=0.035955;REFB=-0.0109986;REVB=-0.017702;RO=67;SAF=5;SAR=9;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413786;STB=0.527371;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0444843;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:83:81:67:67:14:14:0.17284:9:5:26:41:9:5:26:41 chr7 100551687 . T C 45.1 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0235711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.188;QD=2.65309;RBI=0.0246758;REFB=-0.00574425;REVB=-0.00730086;RO=59;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302266;STB=0.52169;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0529381;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:59:59:9:9:0.132353:6:3:21:38:6:3:21:38 chr7 100551692 . C T 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.01088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.842;QD=2.79761;RBI=0.0277533;REFB=-0.00937147;REVB=-0.0255318;RO=57;SAF=3;SAR=6;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236211;STB=0.516816;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.025992;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:57:57:9:9:0.136364:6:3:20:37:6:3:20:37 chr7 100551719 . C T 53.23 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0155618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.99;QD=3.80249;RBI=0.0172819;REFB=-0.0129059;REVB=0.00751634;RO=47;SAF=3;SAR=6;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658655;STB=0.545351;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0596825;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:6:3:18:29:6:3:18:29 chr7 100551729 . C T 48.76 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00859519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.94;QD=3.90066;RBI=0.0251047;REFB=-0.00905065;REVB=0.0235875;RO=42;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553588;STB=0.537951;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.024827;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:5:3:14:28:5:3:14:28 chr7 100551842 . CT TC 125.53 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0238327;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=76.5704;QD=9.65582;RBI=0.0375877;REFB=0.00281807;REVB=-0.0290661;RO=35;SAF=12;SAR=4;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263776;STB=0.65197;STBP=0.159;TYPE=mnp;VARB=-0.00121371;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:16:16:0.307692:4:12:19:16:4:12:20:16 chr7 100551849 . A T 128.07 PASS AF=0.314815;AO=15;DP=52;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00204386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.98;QD=9.48635;RBI=0.0135046;REFB=-0.0150878;REVB=-0.0133491;RO=37;SAF=10;SAR=5;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123825;STB=0.604188;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0339166;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:37:37:15:17:0.314815:5:10:21:16:5:12:21:16 chr7 100552017 . C T 118.12 PASS AF=0.290909;AO=14;DP=53;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0578897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.4;QD=8.59083;RBI=0.0676804;REFB=-0.014639;REVB=-0.0350631;RO=39;SAF=13;SAR=1;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.652069;STB=0.91453;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.029328;OID=.;OPOS=100552017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:39:39:14:16:0.290909:1:13:17:22:1:15:17:22 chr7 100552018 . T G 225.65 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0130558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1505;QD=17.0302;RBI=0.0267116;REFB=-0.0205673;REVB=0.0233036;RO=28;SAF=7;SAR=18;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48309;STB=0.770127;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0775807;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:18:7:23:5:18:7:23:5 chr7 100552020 . C T 236.24 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0104808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.005;QD=17.4993;RBI=0.0304204;REFB=-0.0253281;REVB=-0.0285579;RO=28;SAF=8;SAR=18;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451728;STB=0.751842;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0462685;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:18:8:23:5:18:8:23:5 chr7 100552044 . T G 176.67 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=0.0361372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.938;QD=16.8253;RBI=0.0444376;REFB=-0.0607142;REVB=0.0258612;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502335;STB=0.773957;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.024539;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:21:23:18:19:0.452381:12:6:19:2:12:7:21:2 chr7 100552094 . G C 95.09 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.110965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6251;QD=11.1872;RBI=0.135738;REFB=-0.00951704;REVB=-0.0781762;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186327;STB=0.511093;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00948544;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:15:7:4:8:15:7 chr7 100552117 . G T 114.38 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0197187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.994;QD=12.3652;RBI=0.0312845;REFB=-0.0288649;REVB=-0.0242878;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748266;STB=0.540483;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0516028;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:22:23:13:14:0.378378:6:7:12:10:7:7:13:10 chr7 100552135 . T C 153.59 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0100026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4711;QD=14.2876;RBI=0.0350832;REFB=-0.0278809;REVB=-0.0336271;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094611;STB=0.505488;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0403702;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:14:12:8:9:14:12 chr7 100552251 . T C 329.97 PASS AF=0.530303;AO=31;DP=62;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.000741914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.327;QD=19.9984;RBI=0.0119767;REFB=-0.0254136;REVB=0.0119537;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866523;STB=0.556489;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0277114;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:31:31:31:35:0.530303:17:14:17:14:20:15:17:14 chr7 100552311 . C T 268.73 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=0.0366155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.91;QD=20.2814;RBI=0.0370248;REFB=-0.0177386;REVB=0.00549022;RO=25;SAF=15;SAR=13;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381995;STB=0.709465;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.012143;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:13:15:2:23:13:15:2:23 chr7 100552338 . C T 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.00937802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.301;QD=24.8182;RBI=0.0167892;REFB=-0.0125437;REVB=-0.0139259;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307169;STB=0.667986;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0146567;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:14:10:1:17:14:10:1:17 chr7 100552358 . C G 256.24 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.117007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.576;QD=23.2945;RBI=0.117022;REFB=-0.0337453;REVB=0.00192457;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249906;STB=0.642755;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0326307;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:20:23:24:0.545455:15:8:2:18:15:9:2:18 chr7 100552371 . C G 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0312617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.518;QD=20.8715;RBI=0.0371721;REFB=-0.0141714;REVB=-0.0201114;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338278;STB=0.687053;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00689459;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:2:18:11:10:2:18 chr7 100552384 . A G 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0414033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.311;QD=19.7024;RBI=0.0499162;REFB=-0.0434361;REVB=0.0278818;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249604;STB=0.63985;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0234778;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:3:13:9:8:3:13 chr7 100552390 . T C 163.55 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0356118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2435;QD=20.4434;RBI=0.0360761;REFB=-0.0249343;REVB=0.0057692;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230545;STB=0.629074;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0213154;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:3:12:9:8:3:12 chr7 100552412 . T C 89.78 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0105118;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.671;QD=14.3642;RBI=0.0210846;REFB=-0.028131;REVB=-0.0182774;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240656;STB=0.63887;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0564667;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:14:14:11:11:0.44:6:5:3:11:6:5:3:11 chr7 100552435 . TC AT 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00577555;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.608;QD=13.4559;RBI=0.00901799;REFB=-0.0150259;REVB=0.00692583;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169434;STB=0.599815;STBP=0.404;TYPE=mnp;VARB=0.0158175;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:7:8:4:7:7:8 chr7 100552440 . C T 83.61 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00623292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.918;QD=12.8635;RBI=0.010189;REFB=-0.00496241;REVB=-0.0080602;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920876;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0054279;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:26:15:15:9:9:0.346154:4:5:7:8:4:5:7:8 chr7 100552535 . GT AC 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0404501;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=103.214;QD=14.3349;RBI=0.044902;REFB=0.0130809;REVB=0.0194932;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107046;STB=0.562424;STBP=0.575;TYPE=mnp;VARB=-0.0219051;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:5:12:16:10:5:12:16:10 chr7 100552549 . CT AC 144.81 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00716556;FXX=0.0249938;HRUN=5;LEN=2;MLLD=153.245;QD=14.8524;RBI=0.0100617;REFB=0.00537735;REVB=0.00706346;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035962;STB=0.510191;STBP=0.932;TYPE=mnp;VARB=-0.00594204;OID=.;OPOS=100552549;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:23:16:16:0.410256:6:10:13:9:6:10:14:9 chr7 100552644 . C A 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.465;QD=30.8206;RBI=0.015589;REFB=-0.0119372;REVB=-0.015589;RO=3;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00539312;OID=.;OPOS=100552644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:12:0:0:3:12:0:0:3 chr7 100552675 . C T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0395389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.899;QD=9.19983;RBI=0.0395785;REFB=-0.0157586;REVB=0.0017707;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740731;STB=0.54533;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0343119;OID=.;OPOS=100552675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:3:10:5:2:3:10 chr7 100552711 . T A 40.53 PASS AF=0.352941;AO=7;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0202708;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.165;QD=9.53536;RBI=0.0322646;REFB=-0.0322604;REVB=-0.0251018;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205271;STB=0.58795;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0407734;OID=.;OPOS=100552711;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:18:17:11:11:7:6:0.352941:3:4:4:7:3:3:4:7 chr7 100552713 . A G 37.12 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0118348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9116;QD=8.24994;RBI=0.0120126;REFB=-0.0380397;REVB=0.00205907;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555373;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0322964;OID=.;OPOS=100552713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:10:12:5:6:0.333333:3:2:4:6:3:3:5:7 chr7 100552727 . G C 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0380447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.495;QD=5.68928;RBI=0.0455244;REFB=-0.00629054;REVB=-0.0250015;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254478;STB=0.683606;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0178893;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:2:4:8:10:2:4:8:11 chr7 100552738 . CA TG 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0202466;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.882;QD=7.04801;RBI=0.0445474;REFB=-0.0160516;REVB=-0.0396805;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394364;STB=0.749375;STBP=0.119;TYPE=mnp;VARB=0.0431053;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:2:6:9:13:2:6:9:13 chr7 100552915 . A C 1713.22 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.902;QD=60.6451;RBI=0.0292937;REFB=0;REVB=-0.0170893;RO=0;SAF=68;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06956e-05;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:45:68:0:0:45:68:0:0 chr7 100552978 . T C 214.22 PASS AF=0.355263;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0199647;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.535;QD=11.2749;RBI=0.0270516;REFB=0.00331116;REVB=0.0182538;RO=41;SAF=16;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063257;STB=0.502091;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0058283;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:49:26:27:0.355263:10:16:25:16:10:17:31:18 chr7 100552984 . T C 235.31 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0144395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6339;QD=13.2571;RBI=0.0423154;REFB=0.00431142;REVB=0.0397755;RO=42;SAF=18;SAR=10;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793969;STB=0.554101;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.0106482;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:10:18:24:18:10:18:24:19 chr7 100553002 . A G 215.48 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00626123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.032;QD=13.0591;RBI=0.0175477;REFB=-0.0185478;REVB=-0.0163927;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820445;STB=0.547022;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0264857;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:11:15:20:20:11:15:20:20 chr7 100607851 . C G 318.39 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00362077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.304;QD=23.1558;RBI=0.00903589;REFB=-0.0160608;REVB=0.00827873;RO=23;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209362;STB=0.501154;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0164386;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:14:18:13:10:14:18:13:10 chr7 100607871 . C T 89.47 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00618165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.674;QD=7.30397;RBI=0.00757174;REFB=-0.0189481;REVB=0.00437247;RO=37;SAF=7;SAR=5;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194671;STB=0.512175;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0471484;OID=.;OPOS=100607871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:5:7:21:16:5:7:21:16 chr7 100608370 . A C 303.19 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00767843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.146;QD=25.8034;RBI=0.0120897;REFB=-0.011045;REVB=-0.00933827;RO=19;SAF=9;SAR=18;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060381;STB=0.516117;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00622535;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:18:9:5:14:18:9:6:14 chr7 100608375 . G A 338.49 PASS AF=0.617021;AO=28;DP=46;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0149067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.137;QD=28.808;RBI=0.0213794;REFB=0.0133292;REVB=0.0153255;RO=18;SAF=9;SAR=19;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836358;STB=0.553656;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00803009;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:18:18:28:29:0.617021:19:9:4:14:19:10:4:14 chr7 100608823 . G T 136.18 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.016814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.765;QD=8.51093;RBI=0.0453913;REFB=-0.0130975;REVB=0.0421623;RO=42;SAF=7;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234437;STB=0.660029;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0311872;OID=.;OPOS=100608823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:42:45:19:19:0.296875:12:7:24:18:12:7:27:18 chr7 100608826 . C G 305.57 PASS AF=0.548387;AO=29;DP=58;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0170716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.308;QD=19.7144;RBI=0.0512711;REFB=-0.0580309;REVB=0.0483455;RO=27;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187169;STB=0.605943;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0588077;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:27:28:29:34:0.548387:16:13:18:9:19:15:19:9 chr7 100608868 . A G 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0250096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.255;QD=24.1059;RBI=0.025782;REFB=-0.0290554;REVB=0.00626334;RO=19;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508788;STB=0.528279;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0284982;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:9:15:13:6:9:15:13:6 chr7 100608884 . G A 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0225699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8973;QD=25.3162;RBI=0.027599;REFB=-0.0185562;REVB=0.0158841;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128847;STB=0.57136;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0127401;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:8:12:10:3:8:12:10:3 chr7 100610069 . C T 307.08 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0123393;FXX=0.181777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.431;QD=34.1203;RBI=0.0212727;REFB=-0.0155636;REVB=-0.0173283;RO=11;SAF=5;SAR=20;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129417;STB=0.571367;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00704544;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:36:11:11:25:25:0.694444:20:5:4:7:20:5:4:7 chr7 100612898 . T C 30.62 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00235807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.293;QD=2.35538;RBI=0.0102655;REFB=-0.0073636;REVB=-0.00999103;RO=38;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198605;STB=0.575085;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0507823;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:52:52:38:46:6:6:0.115385:4:2:19:19:4:2:19:27 chr7 100612945 . C T 32.07 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0791058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.024;QD=2.56588;RBI=0.0791418;REFB=-0.00113177;REVB=-0.00238527;RO=44;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201199;STB=0.515102;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00991352;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:4:2:14:30:4:2:14:30 chr7 100612952 . G A 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00776796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.058;QD=2.70739;RBI=0.0142947;REFB=0.00172028;REVB=0.0119999;RO=41;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217522;STB=0.523732;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00738406;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:41:42:6:6:0.125:4:2:13:28:4:2:13:29 chr7 100615376 . GAC CGA,GA 30.33 PASS AF=0,0.225;AO=2,12;DP=40;FAO=0,9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=0,6;FSAR=0,3;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0138769,0.124337;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=183.1,11.377;QD=3.03295;RBI=0.042016,0.167564;REFB=-0.000955029,-0.0338852;REVB=0.0396582,0.112331;RO=22;SAF=2,7;SAR=0,5;SRF=17;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.404544,-0.224322;STB=0.5,0.568484;STBP=1,0.708;TYPE=mnp,del;VARB=0.0389662,0.0719385;OID=.,.;OPOS=100615376,100615378;OREF=GAC,C;OALT=CGA,-;OMAPALT=CGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:40:40:22:31:2,12:0,9:0,0.225:0,5:2,7:17:5:0,3:0,6:23:8 chr7 100615387 . C T 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0309115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3069;QD=6.90596;RBI=0.0749504;REFB=-0.00294058;REVB=0.0682792;RO=35;SAF=7;SAR=4;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106302;STB=0.566257;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0114946;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:4:7:25:10:4:7:25:10 chr7 100615445 . A G 45.87 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00803078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.085;QD=3.33615;RBI=0.0224943;REFB=0.00438871;REVB=-0.0210119;RO=47;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645159;STB=0.545342;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0434909;OID=.;OPOS=100615445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:4:4:26:21:4:4:26:21 chr7 100615449 . C G 47.0 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0596894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9019;QD=3.54719;RBI=0.0674799;REFB=-0.00475588;REVB=-0.0314755;RO=45;SAF=4;SAR=4;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675084;STB=0.547053;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0512438;OID=.;OPOS=100615449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:4:4:25:20:4:4:25:20 chr7 100624718 . G C 826.31 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=65;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0101428;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.611;QD=51.6444;RBI=0.0759006;REFB=-0.202422;REVB=0.0752199;RO=3;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164631;STB=0.516661;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.013696;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:65:64:3:4:60:60:0.9375:29:31:1:2:29:31:1:3 chr7 100634476 . C G 269.11 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.133543;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9648;QD=48.9281;RBI=0.133564;REFB=-0.123161;REVB=-0.00233193;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0162563;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:22:0:1:21:21:0.954545:9:12:0:0:9:12:0:1 chr7 100634640 . T G 635.63 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0425307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.072;QD=48.8942;RBI=0.0664296;REFB=-0.20213;REVB=0.0510296;RO=4;SAF=28;SAR=20;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626057;STB=0.53332;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00172915;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:52:52:4:4:48:48:0.923077:20:28:4:0:20:28:4:0 chr7 100634933 . G C 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.057732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2591;QD=4.62976;RBI=0.0674806;REFB=-0.0014096;REVB=-0.0349377;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385824;STB=0.768238;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00190518;OID=.;OPOS=100634933;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:5:1:11:13:5:1:11:13 chr7 100634964 . C A 446.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.012;QD=57.6682;RBI=0.020241;REFB=0;REVB=0.014113;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124717;OID=.;OPOS=100634964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr7 100635375 . A C 432.24 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.241874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.942;QD=57.6318;RBI=0.24218;REFB=0;REVB=0.0121693;RO=0;SAF=1;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.66402e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634933;OID=.;OPOS=100635375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:30:0:0:24:30:1:23:1:0:0:23:7:0:0 chr7 100635591 . C A 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.161;QD=58.1379;RBI=0.0416634;REFB=0;REVB=0.014519;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174728;OID=.;OPOS=100635591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr7 100635661 . T C 739.13 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.212;QD=54.7502;RBI=0.0158471;REFB=-0.125838;REVB=0.00108674;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159704;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000623244;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:29:24:0:1:29:24:0:1 chr7 100635679 . C G 885.43 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.101;QD=58.0607;RBI=0.0552768;REFB=0;REVB=0.0418966;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262253;OID=.;OPOS=100635679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:35:25:0:0:36:25:0:0 chr7 100638856 . A G 597.99 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478946;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1489;QD=61.3324;RBI=0.0519039;REFB=0;REVB=0.0200029;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819467;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:11:28:0:0:11:28:0:0 chr7 100639012 . C T 130.55 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.691;QD=43.5163;RBI=0.138534;REFB=0;REVB=0.00417865;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00596458;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:5:5:0:0:5:7:0:0 chr7 100639040 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.168;QD=33.4285;RBI=0.0765981;REFB=0;REVB=0.00213743;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105871;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr7 100643477 . A C 92.42 PASS AF=0.13245;AO=20;DP=152;FAO=20;FDP=151;FR=.;FRO=131;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=73;FWDB=-0.0105659;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.868;QD=2.44824;RBI=0.0230822;REFB=-0.00595924;REVB=-0.0205219;RO=128;SAF=11;SAR=9;SRF=55;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150412;STB=0.592161;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0324031;OID=.;OPOS=100643477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:152:151:128:131:20:20:0.13245:9:11:55:73:9:11:58:73 chr7 100643547 . G A 36.81 PASS AF=0.0725389;AO=14;DP=192;FAO=14;FDP=193;FR=.;FRO=179;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=96;FSRR=83;FWDB=-0.0332572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.648;QD=0.762853;RBI=0.0340968;REFB=-0.00104377;REVB=-0.00751999;RO=177;SAF=11;SAR=3;SRF=96;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281889;STB=0.746275;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.01819;OID=.;OPOS=100643547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:192:193:177:179:14:14:0.0725389:3:11:96:81:3:11:96:83 chr7 100643832 . C G 71.03 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0584769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.16;QD=3.68991;RBI=0.0601838;REFB=-0.00380789;REVB=0.0142318;RO=64;SAF=3;SAR=10;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317079;STB=0.713936;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0154614;OID=.;OPOS=100643832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:77:77:64:64:13:13:0.168831:10:3:30:34:10:3:30:34 chr7 100643843 . G A 55.22 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0549782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.191;QD=3.50614;RBI=0.0609154;REFB=-0.00596078;REVB=-0.0262315;RO=51;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298512;STB=0.680643;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0498246;OID=.;OPOS=100643843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:61:63:51:53:10:10:0.15873:4:6:18:33:4:6:20:33 chr7 100643876 . C T 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0290208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4387;QD=3.44814;RBI=0.0327322;REFB=-9.59218e-05;REVB=0.015139;RO=46;SAF=2;SAR=6;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265797;STB=0.689499;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=8.00131e-05;OID=.;OPOS=100643876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:6:2:21:25:6:2:21:25 chr7 100647819 . C T 192.9 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0142832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.181;QD=40.6101;RBI=0.11982;REFB=-0.0645985;REVB=0.118965;RO=2;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181457;STB=0.599873;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00487194;OID=.;OPOS=100647819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:2:2:17:17:0.894737:4:13:0:2:4:13:0:2 chr7 100647875 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.897;QD=53.9112;RBI=0.028493;REFB=0;REVB=0.00813036;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171634;OID=.;OPOS=100647875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr7 100647920 . A C 374.45 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0191954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6185;QD=49.9266;RBI=0.116212;REFB=-0.0373983;REVB=0.114616;RO=2;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00519097;OID=.;OPOS=100647920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:14:14:1:1:14:14:1:1 chr7 100648029 . G A,C 300.36 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=21,2;DP=23;FAO=21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281082,-0.00300888;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.3419,123.272;QD=52.2367;RBI=0.0349863,0.0586645;REFB=0,0;REVB=-0.0348732,-0.0585873;RO=0;SAF=11,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.51176e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0132595,0.11701;OID=.,.;OPOS=100648029,100648029;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:23:23:0:0:21,2:21,2:0.913043,0.0869565:10,0:11,2:0:0:10,0:11,2:0:0 chr7 100648117 . C G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4237;QD=51.1818;RBI=0.0472012;REFB=0;REVB=0.0419641;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119705;OID=.;OPOS=100648117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr7 100675512 . G A 64.82 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0690508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2273;QD=10.3715;RBI=0.069986;REFB=-0.0327257;REVB=0.0114032;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381346;STB=0.732786;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0475376;OID=.;OPOS=100675512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:7:9:2:7:7:9 chr7 100675976 . G A 175.93 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0224422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.775;QD=19.5472;RBI=0.026999;REFB=-0.030817;REVB=0.0150098;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0309594;OID=.;OPOS=100675976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:9:9:9:9:9:9 chr7 100676409 . C T 169.1 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0333421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.397;QD=24.1578;RBI=0.0368607;REFB=-0.0094932;REVB=0.0157168;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218894;STB=0.622265;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00734974;OID=.;OPOS=100676409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:28:28:11:11:17:17:0.607143:7:10:3:8:7:10:3:8 chr7 100677455 . G A 83.49 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0050354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.1852;QD=9.82231;RBI=0.00911061;REFB=-0.00511542;REVB=-0.00759263;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131781;STB=0.579962;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00528018;OID=.;OPOS=100677455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:12:11:4:7:12:11 chr7 100677502 . G A 60.28 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0179226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.068;QD=6.02766;RBI=0.029607;REFB=-0.00796803;REVB=-0.0235659;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293562;STB=0.688114;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0204673;OID=.;OPOS=100677502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:6:3:18:13:6:3:18:13 chr7 100677516 . A G 38.44 PASS AF=0.175;AO=6;DP=41;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0266249;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.942;QD=3.84417;RBI=0.0266264;REFB=-0.006885;REVB=0.000276123;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169113;STB=0.595474;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0522636;OID=.;OPOS=100677516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:41:40:35:33:6:7:0.175:3:3:17:18:3:4:15:18 chr7 100677519 . C T 40.14 PASS AF=0.175;AO=6;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0284971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.339;QD=4.01381;RBI=0.0392465;REFB=-0.0161247;REVB=-0.0269853;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962443;STB=0.595474;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0218422;OID=.;OPOS=100677519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:40:40:31:33:6:7:0.175:3:3:13:18:3:4:15:18 chr7 100677523 . A C 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0289098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.665;QD=13.4576;RBI=0.0384621;REFB=-0.0162613;REVB=-0.0253685;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135342;STB=0.579168;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0312181;OID=.;OPOS=100677523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:13:13:10:6:13:13 chr7 100677526 . A C 136.09 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00594549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.423;QD=12.9609;RBI=0.00603034;REFB=-0.0146583;REVB=0.00100804;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18645;STB=0.579168;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0297346;OID=.;OPOS=100677526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:26:15:16:0.380952:10:5:13:13:10:6:13:13 chr7 100677556 . A C 61.08 PASS AF=0.209302;AO=10;DP=45;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0126802;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.415;QD=5.68184;RBI=0.021191;REFB=-0.00529463;REVB=-0.0169785;RO=34;SAF=3;SAR=7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312654;STB=0.655901;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0157236;OID=.;OPOS=100677556;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:45:43:34:34:10:9:0.209302:7:3:19:15:6:3:18:16 chr7 100677586 . A G 56.86 PASS AF=0.176471;AO=8;DP=50;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0100657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.041;QD=4.45925;RBI=0.0391208;REFB=-0.0145718;REVB=-0.0378037;RO=42;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208159;STB=0.674938;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0323321;OID=.;OPOS=100677586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:50:51:42:42:8:9:0.176471:5:3:23:19:6:3:23:19 chr7 100677625 . G A 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=16;FWDB=-0.0178563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7716;QD=2.44621;RBI=0.0585545;REFB=0.00412713;REVB=0.0557655;RO=57;SAF=3;SAR=5;SRF=41;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402711;STB=0.776828;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0278626;OID=.;OPOS=100677625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:57:57:8:8:0.123077:5:3:41:16:5:3:41:16 chr7 100677630 . C T 120.27 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=0.00692485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0769;QD=6.77576;RBI=0.0297366;REFB=0.009847;REVB=0.028919;RO=53;SAF=12;SAR=6;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715042;STB=0.543432;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0312266;OID=.;OPOS=100677630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:6:12:38:15:6:12:38:15 chr7 100677645 . C A 46.52 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=16;FWDB=0.00423947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.283;QD=2.29724;RBI=0.00540171;REFB=-0.00212542;REVB=0.00334745;RO=71;SAF=5;SAR=5;SRF=55;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358;STB=0.740371;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0239754;OID=.;OPOS=100677645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:71:71:10:10:0.123457:5:5:55:16:5:5:55:16 chr7 100677704 . C T 33.52 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=103;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=80;FSRR=15;FWDB=0.0181998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1773;QD=1.28911;RBI=0.0486743;REFB=-0.000174254;REVB=0.0451437;RO=91;SAF=5;SAR=4;SRF=76;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392195;STB=0.781207;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00469121;OID=.;OPOS=100677704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:103:104:91:95:9:9:0.0865385:4:5:76:15:4:5:80:15 chr7 100677714 . C T 40.33 PASS AF=0.0980392;AO=10;DP=102;FAO=10;FDP=102;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=80;FSRR=12;FWDB=-0.0238146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.846;QD=1.5815;RBI=0.0282094;REFB=-0.0128334;REVB=-0.0151207;RO=92;SAF=5;SAR=5;SRF=80;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511763;STB=0.832963;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0617707;OID=.;OPOS=100677714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:102:102:92:92:10:10:0.0980392:5:5:80:12:5:5:80:12 chr7 100677816 . G A 98.85 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=-0.0265994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9138;QD=4.39319;RBI=0.0304676;REFB=0.00389609;REVB=-0.0148574;RO=70;SAF=9;SAR=8;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184271;STB=0.628356;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.020367;OID=.;OPOS=100677816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:90:90:70:73:17:17:0.188889:8:9:47:23:8:9:50:23 chr7 100677944 . T C 414.27 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0223255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7374;QD=21.8035;RBI=0.0462252;REFB=-0.0272157;REVB=-0.0404764;RO=35;SAF=25;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057765;STB=0.531899;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0216971;OID=.;OPOS=100677944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:16:25:19:16:16:25:19:16 chr7 100677974 . A G 33.76 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.00782168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3967;QD=1.73111;RBI=0.0188166;REFB=-0.00942225;REVB=0.0171139;RO=70;SAF=3;SAR=5;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225417;STB=0.671461;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.12214;OID=.;OPOS=100677974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:78:78:70:70:8:8:0.102564:5:3:40:30:5:3:40:30 chr7 100677988 . T A 133.92 PASS AF=0.243902;AO=20;DP=82;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0488298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2969;QD=6.53248;RBI=0.0523367;REFB=-0.00756926;REVB=0.0188356;RO=61;SAF=11;SAR=9;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131505;STB=0.573956;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0288985;OID=.;OPOS=100677988;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:61:62:20:20:0.243902:9:11:27:34:9:11:28:34 chr7 100678013 . G A 39.1 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00632742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4292;QD=1.88457;RBI=0.0220908;REFB=-0.00189786;REVB=-0.0211652;RO=73;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577766;STB=0.537551;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.01474;OID=.;OPOS=100678013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:73:74:9:9:0.108434:5:4:36:37:5:4:36:38 chr7 100678086 . T C 1208.56 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3654;QD=61.193;RBI=0.0216663;REFB=0;REVB=-0.018479;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222379;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr7 100678421 . T A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00296963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.474;QD=22.6322;RBI=0.0137218;REFB=0.0325737;REVB=-0.0133966;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19275;STB=0.608533;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00403677;OID=.;OPOS=100678421;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:6:2:7:6:6:2 chr7 100678740 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0130926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.338;QD=11.1978;RBI=0.0592689;REFB=-0.00368379;REVB=-0.0578048;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28183;STB=0.666405;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00195973;OID=.;OPOS=100678740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:7:15:5:7:7:15 chr7 100678820 . T C 119.44 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0307659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9764;QD=13.65;RBI=0.0327422;REFB=-0.00914754;REVB=0.011203;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34561;STB=0.702187;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0328004;OID=.;OPOS=100678820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:8:13:4:10:8:13 chr7 100679296 . C T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.02226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.674;QD=5.95779;RBI=0.0300012;REFB=-0.0119438;REVB=0.0201138;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128081;STB=0.583063;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0163771;OID=.;OPOS=100679296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:7:11:3:3:7:11 chr7 100679316 . T A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0249102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.264;QD=4.6289;RBI=0.0373348;REFB=-0.0180488;REVB=0.0278095;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04918;STB=0.533223;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0112735;OID=.;OPOS=100679316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:11:13:3:3:11:13 chr7 100679318 . A C 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0278827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.972;QD=4.62996;RBI=0.0389647;REFB=0.00176719;REVB=-0.0272177;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255635;STB=0.533223;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00750272;OID=.;OPOS=100679318;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:23:24:6:6:0.2:3:3:11:12:3:3:11:13 chr7 100679366 . A G 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0254676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.853;QD=13.9484;RBI=0.029403;REFB=-0.0176603;REVB=-0.0146947;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229786;STB=0.618914;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0249912;OID=.;OPOS=100679366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:8:9:8:18:8:9:9:18 chr7 100679752 . T C 44.75 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0248492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.347;QD=7.45869;RBI=0.0359701;REFB=-0.0102049;REVB=-0.026007;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883077;STB=0.555401;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0244649;OID=.;OPOS=100679752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:11:6:3:4:11:6 chr7 100679754 . C G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0184468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8828;QD=7.83686;RBI=0.0808065;REFB=-0.0012636;REVB=0.0786727;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613202;STB=0.538354;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0119293;OID=.;OPOS=100679754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:10:6:3:4:10:6 chr7 100679809 . C T 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00092204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.384;QD=12.8661;RBI=0.0134628;REFB=-0.0213446;REVB=0.0134312;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435331;STB=0.563643;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0435968;OID=.;OPOS=100679809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:27:14:16:11:11:0.407407:5:6:7:7:5:6:7:9 chr7 100679902 . A G 70.51 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.048807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.302;QD=17.6283;RBI=0.114567;REFB=-0.0804595;REVB=0.103651;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201011;STB=0.616187;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0777795;OID=.;OPOS=100679902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:5:2:5:4:5:2 chr7 100680370 . C T 95.2 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0208865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.31;QD=11.1995;RBI=0.0724746;REFB=-0.0272259;REVB=0.0693997;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127763;STB=0.588093;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0671805;OID=.;OPOS=100680370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:6:6:13:8:6:6:14:8 chr7 100680939 . C A 223.13 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0085591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.052;QD=18.99;RBI=0.0134604;REFB=-0.0153212;REVB=-0.0103886;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200045;STB=0.597614;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0121904;OID=.;OPOS=100680939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:25:21:22:0.468085:9:12:9:16:10:12:9:16 chr7 100680983 . G A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00053184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.677;QD=15.6192;RBI=0.000532909;REFB=-0.0116562;REVB=3.37355e-05;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201776;STB=0.511615;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.013157;OID=.;OPOS=100680983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:12:13:9:9:12:13 chr7 100681172 . A G 123.24 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0432235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.329;QD=16.4318;RBI=0.043274;REFB=-0.0195601;REVB=-0.00209;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137003;STB=0.579092;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0164453;OID=.;OPOS=100681172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:8:8:9:5:8:8 chr7 100681359 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1707;QD=40.7621;RBI=0.160023;REFB=0;REVB=0.157289;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0073616;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr7 100681762 . A G 246.51 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0608211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.343;QD=46.9536;RBI=0.128156;REFB=-0.0525137;REVB=0.112804;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00239873;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:8:12:1:0:8:12:1:0 chr7 100682275 . A G 126.59 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0564827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.705;QD=29.7867;RBI=0.0581432;REFB=-0.050702;REVB=0.0137963;RO=4;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162773;STB=0.509077;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0224954;OID=.;OPOS=100682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:6:7:2:2:6:7:2:2 chr7 100683036 . T C 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0501353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6014;QD=3.88767;RBI=0.0624417;REFB=-0.00311652;REVB=-0.0372212;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102922;STB=0.571196;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0101268;OID=.;OPOS=100683036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:17:12:3:3:17:12 chr7 100683336 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0195486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.303;QD=22.5805;RBI=0.149157;REFB=-0.0289502;REVB=0.14787;RO=7;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252478;STB=0.63981;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0207443;OID=.;OPOS=100683336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:3:9:7:0:3:9:7:0 chr7 100684550 . A G 131.97 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0533096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0119;QD=14.6638;RBI=0.0621233;REFB=0.0264642;REVB=-0.0318966;RO=21;SAF=2;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.547593;STB=0.822308;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0362979;OID=.;OPOS=100684550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:13:2:13:8:13:2:13:8 chr7 100684593 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0112101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.191;QD=16.6272;RBI=0.0161719;REFB=0.00101939;REVB=-0.0116561;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442244;STB=0.755413;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00116189;OID=.;OPOS=100684593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:10:4:10:3:10:4 chr7 100692680 . T G 1197.78 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0122664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.857;QD=56.3663;RBI=0.0142263;REFB=-0.00392451;REVB=0.00720578;RO=3;SAF=29;SAR=52;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225225;STB=0.507235;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000593442;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:85:3:4:81:81:0.952941:52:29:2:1:52:29:2:2 chr7 100695138 . G A 123.27 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.019306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.381;QD=15.9061;RBI=0.0245883;REFB=-0.0349262;REVB=-0.0152272;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248365;STB=0.675762;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0326145;OID=.;OPOS=100695138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:17:14:14:0.451613:12:2:5:11:12:2:6:11 chr7 100701610 . T A 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0087681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.205;QD=24.1899;RBI=0.00894872;REFB=0.0344053;REVB=-0.00178886;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896755;STB=0.528254;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00902132;OID=.;OPOS=100701610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:5:6:12:12:0.666667:7:5:2:3:7:5:3:3 chr7 100731505 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3848;QD=33.4285;RBI=0.0547462;REFB=0;REVB=-0.0158756;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00647917;OID=.;OPOS=100731505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr7 100731829 . T C 1024.26 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.837;QD=59.3772;RBI=0.0349675;REFB=0;REVB=0.0293279;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82728e-05;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:32:35:0:0:34:35:0:0 chr7 100732321 . C T 265.95 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0389323;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.655;QD=25.9466;RBI=0.0406157;REFB=0.00419243;REVB=-0.011572;RO=17;SAF=8;SAR=16;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139513;STB=0.576863;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0019406;OID=.;OPOS=100732321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:17:17:24:24:0.585366:16:8:3:14:16:8:3:14 chr7 100733100 . G A 74.2 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7093;QD=37.1022;RBI=0.0606615;REFB=0;REVB=0.0133216;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00555679;OID=.;OPOS=100733100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr7 100771717 . G A 216.74 PASS AF=0.511628;AO=20;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.101259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7761;QD=20.1616;RBI=0.102535;REFB=-0.0396474;REVB=0.0161252;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976358;STB=0.533601;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0452719;OID=.;OPOS=100771717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:21:20:22:0.511628:8:12:11:7:8:14:12:9 chr7 100802786 . A G 242.44 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.018124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.887;QD=14.9193;RBI=0.0196639;REFB=-0.013853;REVB=0.00762817;RO=37;SAF=20;SAR=8;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897009;STB=0.550528;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0184586;OID=.;OPOS=100802786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:8:20:29:8:8:20:29:8 chr7 100817901 . A G 168.69 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00494868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.117;QD=16.0652;RBI=0.0166997;REFB=-0.00924769;REVB=-0.0159496;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387792;STB=0.540496;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.012401;OID=.;OPOS=100817901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:17:18:0.428571:10:7:9:15:10:8:9:15 chr7 100839401 . G A 80.36 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.010504;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9204;QD=15.3066;RBI=0.0340546;REFB=0.0091966;REVB=-0.0323942;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170018;STB=0.576768;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0109524;OID=.;OPOS=100839401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:12:11:10:10:0.47619:6:4:7:5:6:4:6:5 chr7 100845051 . C T 391.34 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0467966;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5272;QD=16.6527;RBI=0.047354;REFB=-0.0255814;REVB=0.00724461;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629089;STB=0.538282;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0462766;OID=.;OPOS=100845051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:53:41:41:0.43617:19:22:30:20:19:22:32:21 chr7 100852199 . G C 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.061011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9172;QD=15.377;RBI=0.0725985;REFB=-0.00363298;REVB=-0.0393472;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131584;STB=0.57564;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000759374;OID=.;OPOS=100852199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:11:3:4:8:11:3 chr7 100859543 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00118888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.637;QD=14.9784;RBI=0.0313859;REFB=-0.0234256;REVB=0.0313634;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376093;STB=0.719196;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0329748;OID=.;OPOS=100859543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:3:8:3:7:3:8 chr7 101006376 . C T 179.59 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0326699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.216;QD=23.1728;RBI=0.0343592;REFB=-0.0367743;REVB=0.010641;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399999;STB=0.539524;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0243736;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:10:8:6:6:10:8:7:6 chr7 101006382 . C T 194.05 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.155188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3411;QD=25.0386;RBI=0.180488;REFB=0.00259621;REVB=0.0921571;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182979;STB=0.510193;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00723669;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:10:9:6:6:10:9:6:6 chr7 101200669 . A AG,G 1136.65 PASS AF=1,0;AO=67,5;DP=88;FAO=80,0;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47,0;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855413,-0.0183311;FXX=0.0908988;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=23.0224,216.665;QD=56.8327;RBI=0.0200761,0.0236101;REFB=0,0;REVB=-0.0181626,-0.0148798;RO=15;SAF=43,3;SAR=24,2;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.156603,0.441171;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000353089,0;OID=.,.;OPOS=101200670,101200669;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:88:80:15:0:67,5:80,0:1,0:24,2:43,3:3:12:33,0:47,0:0:0 chr7 101844851 . A G 335.78 PASS AF=0.389474;AO=38;DP=96;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.010379;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.752;QD=14.138;RBI=0.0242053;REFB=-0.0238915;REVB=-0.0218672;RO=56;SAF=12;SAR=26;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149608;STB=0.521727;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0265906;OID=.;OPOS=101844851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:56:58:38:37:0.389474:26:12:17:39:26:11:19:39 chr7 101870800 . C T 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0485122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.165;QD=22.867;RBI=0.0501744;REFB=-0.0399964;REVB=0.0128078;RO=26;SAF=8;SAR=29;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131298;STB=0.599506;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.024482;OID=.;OPOS=101870800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:28:37:37:0.569231:29:8:9:17:29:8:11:17 chr7 101892833 . C T 207.93 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0463936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3824;QD=13.4151;RBI=0.0479512;REFB=0.0149215;REVB=-0.0121221;RO=37;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04882;STB=0.527936;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0387902;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:14:11:18:19:14:11:18:19 chr7 101893332 . GA AA,AG 30.04 PASS AF=0,0.294118;AO=2,4;DP=17;FAO=0,5;FDP=17;FR=.;FRO=12;FSAF=0,2;FSAR=0,3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0267227,0.0616422;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=104.328,26.6408;QD=7.06814;RBI=0.0323316,0.10882;REFB=-0.0282578,0.019791;REVB=0.0181996,0.0896779;RO=10;SAF=0,1;SAR=2,3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.703678,-0.539296;STB=0.5,0.681138;STBP=1,0.355;TYPE=snp,mnp;VARB=0,-0.0430925;OID=.,.;OPOS=101893332,101893332;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:17:17:10:12:2,4:0,5:0,0.294118:2,3:0,1:8:2:0,3:0,2:8:4 chr7 101916647 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.944;QD=62.022;RBI=0.00617092;REFB=0;REVB=0.00502045;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3937e-05;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr7 101917521 . G A 347.46 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.414;QD=51.4752;RBI=0.125158;REFB=0;REVB=0.112137;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00605716;OID=.;OPOS=101917521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:27:0:0:25:27:1:14:11:0:0:16:11:0:0 chr7 101928495 . G C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.000324523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.573;QD=16.5359;RBI=0.000463632;REFB=-0.0329984;REVB=-0.000331118;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957813;STB=0.505488;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0468085;OID=.;OPOS=101928495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:10:13:10:8:10:13 chr7 102063527 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.177;QD=48.7372;RBI=0.0489815;REFB=0;REVB=0.0268846;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150239;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr7 102087202 . T C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00211202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.572;QD=19.1093;RBI=0.0210738;REFB=0.0175105;REVB=0.0209677;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184409;STB=0.602704;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0305632;OID=.;OPOS=102087202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:8:18:13:14:8:18 chr7 102108152 . C T 376.74 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00711727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9245;QD=24.7041;RBI=0.0362592;REFB=-0.0228636;REVB=0.0355538;RO=22;SAF=9;SAR=28;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140603;STB=0.602739;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0296736;OID=.;OPOS=102108152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:24:37:37:0.606557:28:9:9:13:28:9:11:13 chr7 102111936 . G A 627.29 PASS AF=0.583333;AO=56;DP=96;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0210496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.607;QD=26.1369;RBI=0.0221851;REFB=-0.0288853;REVB=0.00700672;RO=39;SAF=27;SAR=29;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191533;STB=0.597491;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0175091;OID=.;OPOS=102111936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:39:40:56:56:0.583333:29:27:9:30:29:27:10:30 chr7 102111980 . C T 223.89 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0516887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.933;QD=19.4684;RBI=0.0523655;REFB=-0.0340349;REVB=-0.00839205;RO=22;SAF=3;SAR=19;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53197;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0374595;OID=.;OPOS=102111980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:24:22:22:0.478261:19:3:3:19:19:3:4:20 chr7 102112980 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.415;QD=26.0262;RBI=0.0467034;REFB=0.0139043;REVB=-0.0445686;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00630359;OID=.;OPOS=102112980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:1:0:4:2:1:0 chr7 102114087 . C T 124.69 PASS AF=0.394737;AO=12;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0920689;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.8496;QD=13.1255;RBI=0.20824;REFB=-0.0248603;REVB=-0.186781;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566036;STB=0.519409;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0318932;OID=.;OPOS=102114087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:23:12:15:0.394737:6:6:10:8:8:7:10:13 chr7 102119322 . T C 320.79 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0416546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.454;QD=27.8948;RBI=0.0445849;REFB=-0.0232678;REVB=0.0158968;RO=17;SAF=14;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605525;STB=0.521724;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0198078;OID=.;OPOS=102119322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:28:28:0.608696:14:14:7:10:14:14:8:10 chr7 102210320 . G C 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0295722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.893;QD=7.48172;RBI=0.0302852;REFB=-0.0173564;REVB=0.00653278;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280282;STB=0.673141;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0332574;OID=.;OPOS=102210320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:4:6:10:18:4:6:10:18 chr7 102212939 . G C 68.23 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0210095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.827;QD=4.0733;RBI=0.0239569;REFB=-0.00568741;REVB=-0.0115123;RO=53;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17799;STB=0.596859;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0306254;OID=.;OPOS=102212939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:53:55:12:12:0.179104:6:6:19:34:6:6:21:34 chr7 102235769 . T C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.018409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2794;QD=10.9407;RBI=0.120534;REFB=-0.0027072;REVB=0.11912;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162248;STB=0.561292;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0136442;OID=.;OPOS=102235769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:18:20:11:11:0.354839:6:5:11:7:6:5:11:9 chr7 102389833 . G C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0309642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.064;QD=34.6661;RBI=0.0549582;REFB=0.00503421;REVB=0.0454051;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126911;STB=0.57128;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=3.21467e-06;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:7:3:1:0:7:3:1:0 chr7 102417753 . T G 84.26 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00203009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.038;QD=10.5326;RBI=0.00207808;REFB=0.000208449;REVB=0.000444014;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415257;STB=0.74429;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.000662414;OID=.;OPOS=102417753;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:5:16:4:7:5:16 chr7 102462636 . T C 262.79 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0627739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.186;QD=15.0164;RBI=0.0648711;REFB=-0.0194235;REVB=-0.0163614;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264582;STB=0.648881;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0185646;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:17:13:28:12:17:13:28:12 chr7 102462809 . C T 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0178693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.781;QD=18.641;RBI=0.0286811;REFB=-0.00776242;REVB=0.0224341;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162718;STB=0.592465;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0092146;OID=.;OPOS=102462809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:4:9:7:7:4:9 chr7 102495249 . T C 159.7 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0112711;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.201;QD=11.6145;RBI=0.0320128;REFB=-0.0239079;REVB=0.0299629;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148881;STB=0.594502;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0473989;OID=.;OPOS=102495249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:35:20:20:0.363636:11:9:20:14:11:9:21:14 chr7 102574999 . TGAA TAAT,T 248.29 PASS AF=0.0465116,0.511628;AO=2,20;DP=42;FAO=2,22;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=0,13;FSAR=2,9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.000551244,0.00248198;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,3;MLLD=88.422,230.615;QD=23.0971;RBI=0.00248583,0.0150668;REFB=-0.0215855,0.00268077;REVB=0.00242394,0.0148609;RO=15;SAF=0,12;SAR=2,8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.583083,0;STB=0.99527,0.505716;STBP=0.097,0.959;TYPE=mnp,del;VARB=0.0256752,0.000324569;OID=.,.;OPOS=102575000,102575000;OREF=GAA,GAA;OALT=AAT,-;OMAPALT=TAAT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0465116,0.511628:2,20:42:2,22:43:19:0,13:2,9:11:8:99:15:0,12:2,8:9:6 chr7 102668001 . A C 781.87 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0364021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.699;QD=52.1247;RBI=0.037477;REFB=-0.0880033;REVB=0.00891109;RO=3;SAF=21;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627305;STB=0.533321;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00214437;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:57:57:0.95:36:21:3:0:36:21:3:0 chr7 102740683 . G A 501.89 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00402527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.972;QD=55.7658;RBI=0.0420875;REFB=-0.0408265;REVB=-0.0418946;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=9.55057e-05;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:12:22:1:0:13:22:1:0 chr7 102742144 . C T 349.64 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.843;QD=53.7907;RBI=0.0244507;REFB=0;REVB=-0.00919232;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216813;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr7 102743893 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00629744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8659;QD=55.6553;RBI=0.00630363;REFB=0;REVB=-0.000279212;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.03495e-05;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr7 102760511 . A C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0423221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.512;QD=14.1389;RBI=0.04493;REFB=-0.0250982;REVB=0.0150848;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021973;STB=0.512802;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.039622;OID=.;OPOS=102760511;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:9:11:8:6:9:11 chr7 102948040 . T C 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0213529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.018;QD=17.0316;RBI=0.0228034;REFB=-0.028621;REVB=-0.00800313;RO=21;SAF=14;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816028;STB=0.538417;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0226612;OID=.;OPOS=102948040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:4:14:15:6:4:14:16:6 chr7 103007949 . A C 938.41 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.333;QD=58.6508;RBI=0.0384418;REFB=0;REVB=0.0164046;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5192e-05;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:31:31:0:0:33:31:0:0 chr7 103073964 . T C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0037268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.282;QD=14.6498;RBI=0.0123794;REFB=-0.0222292;REVB=0.0118051;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13069;STB=0.575652;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0260958;OID=.;OPOS=103073964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:12:7:7:7:12:7 chr7 103073979 . G C 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00359382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.281;QD=14.0955;RBI=0.00396395;REFB=-0.000890187;REVB=0.00167254;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147914;STB=0.586076;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00558665;OID=.;OPOS=103073979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:11:7:7:6:11:7 chr7 103073993 . T C 95.59 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0141856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.625;QD=13.1842;RBI=0.0142026;REFB=-0.0165058;REVB=0.000694555;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254927;STB=0.6205;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0105296;OID=.;OPOS=103073993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:28:29:17:17:11:12:0.413793:6:5:12:5:6:6:12:5 chr7 103124207 . T C 500.11 PASS AF=0.486239;AO=51;DP=108;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0457267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.372;QD=18.3526;RBI=0.0457961;REFB=-0.0242898;REVB=0.00251876;RO=56;SAF=19;SAR=32;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00246709;STB=0.511107;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0246984;OID=.;OPOS=103124207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:56:56:51:53:0.486239:32:19:21:35:33:20:20:36 chr7 103124785 . T C 176.5 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00866882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.632;QD=18.1029;RBI=0.0170128;REFB=0.00170606;REVB=0.0146385;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147378;STB=0.564449;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.000993041;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:20:18:19:0.487179:9:9:12:6:10:9:12:8 chr7 103155705 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.384;QD=60.9785;RBI=0.0246195;REFB=0;REVB=0.0238282;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11103e-05;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr7 103180872 . A G 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0179318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2056;QD=17.5006;RBI=0.0196366;REFB=-0.0113598;REVB=0.00800288;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286889;STB=0.516117;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0123958;OID=.;OPOS=103180872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:15:11:11:17:15:11:11:17 chr7 103251161 . G C 246.75 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0398035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.947;QD=11.3448;RBI=0.0415705;REFB=-0.00730054;REVB=-0.0119913;RO=56;SAF=13;SAR=17;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134956;STB=0.583469;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0111607;OID=.;OPOS=103251161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:57:30:30:0.344828:17:13:31:25:17:13:32:25 chr7 103389954 . A G 141.29 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=50;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0739649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.1156;QD=11.0816;RBI=0.0743548;REFB=-0.0316211;REVB=-0.00760443;RO=34;SAF=2;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509574;STB=0.734497;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0481957;OID=.;OPOS=103389954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:34:34:16:17:0.333333:14:2:17:17:14:3:16:18 chr7 104263425 . T C 206.86 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.457;QD=48.6719;RBI=0.0394746;REFB=0;REVB=0.0109116;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474923;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr7 104785779 . T G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.637;QD=51.9166;RBI=0.0438364;REFB=0;REVB=0.0337893;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249161;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr7 105621512 . G T 249.71 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00406116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.889;QD=15.607;RBI=0.0127188;REFB=-0.0256803;REVB=0.012053;RO=34;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148193;STB=0.579345;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0227015;OID=.;OPOS=105621512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:28:29:0.453125:15:13:21:13:15:14:22:13 chr7 105671267 . T C 364.11 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.0251256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.732;QD=15.8307;RBI=0.025189;REFB=-0.013679;REVB=-0.00178647;RO=53;SAF=7;SAR=32;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181853;STB=0.603715;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0120875;OID=.;OPOS=105671267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:32:7:16:37:32:7:16:37 chr7 105848638 . T C 584.25 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033288;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.975;QD=61.5004;RBI=0.0405012;REFB=0;REVB=0.0230707;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573097;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr7 105903904 . T C 771.63 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00713524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6845;QD=61.7307;RBI=0.0663821;REFB=-0.0617637;REVB=0.0659975;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00713917;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:28:21:1:0:28:21:1:0 chr7 105917482 . A G 195.23 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0305581;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0561;QD=23.6641;RBI=0.05112;REFB=0.0100224;REVB=0.0409812;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125965;STB=0.526998;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00813204;OID=.;OPOS=105917482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:13:14:19:19:0.575758:7:12:8:5:7:12:8:6 chr7 106508978 . A G 2379.98 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8034;QD=63.892;RBI=0.0541369;REFB=0;REVB=0.0540133;RO=0;SAF=79;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187799;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:69:79:0:0:70:79:0:0 chr7 106508987 . T C 2253.49 PASS AF=1;AO=147;DP=151;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146886;FXX=0.0263141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2736;QD=60.9051;RBI=0.016126;REFB=0;REVB=-0.00665531;RO=0;SAF=80;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18496e-05;OID=.;OPOS=106508987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:148:0:0:147:148:1:67:80:0:0:68:80:0:0 chr7 106509331 . C A 638.71 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0285312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2215;QD=59.4146;RBI=0.0780539;REFB=0.0445438;REVB=0.0726525;RO=1;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302621;STB=0.516121;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00198495;OID=.;OPOS=106509331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:15:27:0:1:15:27:0:1 chr7 106524689 . C T 956.29 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175768;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.947;QD=58.8486;RBI=0.0237329;REFB=0;REVB=-0.015947;RO=0;SAF=15;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133919;OID=.;OPOS=106524689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:64:65:1:49:15:0:0:49:16:0:0 chr7 106799997 . G A 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00259089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.623;QD=17.9534;RBI=0.00660727;REFB=-0.0374525;REVB=0.0060781;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993111;STB=0.556889;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0393341;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:10:7:5:11:10:7 chr7 107002806 . A G 254.16 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0193793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6306;QD=15.4037;RBI=0.0194846;REFB=-0.0224568;REVB=0.00202251;RO=37;SAF=8;SAR=21;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229234;STB=0.63039;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0340412;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:21:8:18:19:21:8:18:19 chr7 107013080 . G A 221.72 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0627771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1614;QD=12.318;RBI=0.0635693;REFB=0.00690883;REVB=-0.0100049;RO=44;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167352;STB=0.600569;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0210272;OID=.;OPOS=107013080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:45:27:27:0.375:15:12:13:31:15:12:13:32 chr7 107188719 . G T 258.14 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0345674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0871;QD=16.3895;RBI=0.0369936;REFB=-0.00895518;REVB=-0.0131766;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227115;STB=0.501128;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00796593;OID=.;OPOS=107188719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:34:29:29:0.460317:17:12:14:18:17:12:14:20 chr7 107208250 . T C 185.62 PASS AF=0.452381;AO=17;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0106045;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.716;QD=17.6783;RBI=0.0117592;REFB=-0.0169839;REVB=-0.00508166;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124646;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0212043;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:23:17:19:0.452381:9:8:11:13:9:10:10:13 chr7 107303776 . C G 265.1 PASS AF=0.302521;AO=36;DP=119;FAO=36;FDP=119;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=-0.0220085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.054;QD=8.91087;RBI=0.0405393;REFB=-0.0287122;REVB=-0.0340449;RO=83;SAF=17;SAR=19;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168536;STB=0.598372;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0549746;OID=.;OPOS=107303776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:83:83:36:36:0.302521:19:17:51:32:19:17:51:32 chr7 107315495 . C G 320.1 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0209957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.125;QD=16.005;RBI=0.0212583;REFB=3.65546e-05;REVB=0.00333123;RO=45;SAF=10;SAR=25;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262842;STB=0.648766;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.000185837;OID=.;OPOS=107315495;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:25:10:24:21:25:10:24:21 chr7 107414419 . A G 635.19 PASS AF=0.977778;AO=39;DP=43;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.888;QD=56.4611;RBI=0.0124312;REFB=-0.0966249;REVB=0.00442094;RO=2;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933504;STB=0.51851;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000685717;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:45:2:1:39:44:0.977778:9:30:0:2:13:31:0:1 chr7 107559911 . G A 955.04 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4022;QD=58.7717;RBI=0.0143338;REFB=0;REVB=0.00926569;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3455e-05;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr7 107569517 . A G 654.33 PASS AF=0.619565;AO=56;DP=92;FAO=57;FDP=92;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0149167;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.076;QD=28.4492;RBI=0.0201269;REFB=-0.0313481;REVB=0.0135123;RO=35;SAF=22;SAR=34;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470684;STB=0.521014;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0158538;OID=.;OPOS=107569517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:35:35:56:57:0.619565:34:22:16:19:34:23:16:19 chr7 107593989 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.326;QD=40.7629;RBI=0.0921672;REFB=0;REVB=0.0886621;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282464;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr7 107704266 . C T 412.48 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0117986;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.198;QD=14.864;RBI=0.0119827;REFB=-0.0211732;REVB=0.00209242;RO=64;SAF=28;SAR=19;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224032;STB=0.625705;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.032731;OID=.;OPOS=107704266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:19:28:24:40:19:28:24:40 chr7 107745029 . A G 448.29 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0319482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.113;QD=18.6788;RBI=0.0322615;REFB=-0.00708276;REVB=-0.00448488;RO=51;SAF=18;SAR=27;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689213;STB=0.538444;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00922928;OID=.;OPOS=107745029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:27:18:24:27:27:18:24:27 chr7 107818851 . T C 260.55 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0113233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.366;QD=14.475;RBI=0.0121884;REFB=-0.0149605;REVB=0.00450995;RO=42;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132709;STB=0.574952;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0244521;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:17:13:13:29:17:13:13:29 chr7 107824678 . A G 1093.87 PASS AF=1;AO=62;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.751;QD=59.938;RBI=0.119725;REFB=0;REVB=0.0657355;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361467;OID=.;OPOS=107824678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:62:73:1:37:25:0:0:39:34:0:0 chr7 107824889 . C G 270.51 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.77;QD=51.5258;RBI=0.0398632;REFB=0;REVB=0.032459;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329747;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:9:10:0:0:10:11:0:0 chr7 107834613 . G C 752.35 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.118395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.777;QD=54.7165;RBI=0.121534;REFB=-0.119598;REVB=0.027445;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184775;STB=0.5098;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00356623;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:29:25:1:0:29:25:1:0 chr7 107834734 . C T 847.7 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.858;QD=56.5133;RBI=0.034654;REFB=0;REVB=0.0248233;RO=1;SAF=43;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304049;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785873;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:60:1:0:58:60:1:15:43:0:1:16:44:0:0 chr7 107838464 . G T 942.7 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.721;QD=58.0121;RBI=0.0208987;REFB=0;REVB=-0.014373;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015776;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr7 107849908 . G A,T 768.0 PASS AF=0.892857,0.107143;AO=50,5;DP=55;FAO=50,6;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30,4;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119216,-0.00110646;FXX=0.0344768;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.624,181.565;QD=54.8572;RBI=0.0212745,0.0236043;REFB=0.0336604,0.00830557;REVB=-0.0212411,-0.0235783;RO=0;SAF=30,3;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00141024,5.85421e-05;OID=.,.;OPOS=107849908,107849908;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:55:56:0:0:50,5:50,6:0.892857,0.107143:20,2:30,3:0:0:20,2:30,4:0:0 chr7 107872816 . G A 328.72 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.024182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.94;QD=18.0119;RBI=0.0247896;REFB=-0.00332081;REVB=0.00545487;RO=37;SAF=14;SAR=20;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120813;STB=0.566628;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0027491;OID=.;OPOS=107872816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:34:35:0.479452:20:14:20:17:21:14:20:18 chr7 107875170 . T C 804.51 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.378;QD=64.3611;RBI=0.0111773;REFB=0;REVB=-0.00771118;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17429e-05;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr7 110764837 . C A 183.23 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0140015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.663;QD=11.821;RBI=0.0192745;REFB=0.0144497;REVB=0.0132463;RO=39;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106277;STB=0.56155;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.0393377;OID=.;OPOS=110764837;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:9:14:20:19:9:14:20:19 chr7 111367623 . T C 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.919;QD=61.1859;RBI=0.0372714;REFB=-0.117296;REVB=0.0326393;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015421;STB=0.508193;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00287307;OID=.;OPOS=111367623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:30:17:0:1:30:17:0:1 chr7 112405982 . TA T 95.86 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0884372;FXX=0.020829;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.2951;QD=8.15799;RBI=0.130857;REFB=0.0279477;REVB=-0.0964488;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021915;STB=0.506891;STBP=0.954;TYPE=del;VARB=-0.0435821;OID=.;OPOS=112405983;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.531915:24:48:25:47:22:14:11:12:10:89:18:14:10:10:8 chr7 112406507 . C T 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0010701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.299;QD=13.037;RBI=0.00670073;REFB=-0.00613858;REVB=0.00661473;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0196953;OID=.;OPOS=112406507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:9:9:16:16:9:9:16:16 chr7 112459652 . T A 232.96 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00432107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.151;QD=19.0172;RBI=0.0128207;REFB=-0.0218997;REVB=0.0120706;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137902;STB=0.508889;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0215597;OID=.;OPOS=112459652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:22:23:0.469388:10:12:14:11:11:12:14:12 chr7 112461608 . A G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00809432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.136;QD=10.1418;RBI=0.0204261;REFB=-0.0131255;REVB=-0.0187539;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118681;STB=0.576791;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0338983;OID=.;OPOS=112461608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:23:25:12:12:0.324324:8:4:10:13:8:4:11:14 chr7 112535676 . G A 554.77 PASS AF=0.483333;AO=57;DP=119;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.000435176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.053;QD=18.4922;RBI=0.00204527;REFB=-0.018045;REVB=0.00199844;RO=61;SAF=31;SAR=26;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079142;STB=0.542752;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0242049;OID=.;OPOS=112535676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:61:62:57:58:0.483333:26:31:28:33:27:31:28:34 chr7 112722269 . TAAAAAAAAA TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAC 98.41 PASS AF=0.434783,0.478261;AO=5,7;DP=24;FAO=10,11;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8,3;FSAR=2,8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0392054,0.0193942;FXX=0.0416493;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=5.38212,96.5469;QD=17.1142;RBI=0.154152,0.0197491;REFB=-0.133456,0.0153735;REVB=-0.149083,0.00372684;RO=4;SAF=3,2;SAR=2,5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.341697,-0.429216;STB=0.555452,0.624759;STBP=0.641,0.082;TYPE=ins,snp;VARB=0.0945386,0.0994646;OID=.,.;OPOS=112722270,112722278;OREF=-,A;OALT=A,C;OMAPALT=TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.434783,0.478261:5,7:24:10,11:23:2:8,3:2,8:2:0:40:4:3,2:2,5:4:0 chr7 112724417 . A G 197.78 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.00315906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3767;QD=18.836;RBI=0.0162899;REFB=0.000755024;REVB=0.0159806;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355965;STB=0.697339;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00092224;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:2:20:11:9:2:20 chr7 112724525 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0257428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.868;QD=19.5231;RBI=0.0279472;REFB=-0.023383;REVB=0.0108791;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129875;STB=0.574513;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0215044;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:11:3:4:8:11:3:4:8 chr7 113091231 . A G 161.37 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0227357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.459;QD=18.9848;RBI=0.0440443;REFB=-0.0143737;REVB=0.0377225;RO=17;SAF=2;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393813;STB=0.729401;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0341727;OID=.;OPOS=113091231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:15:2:7:10:15:2:7:10 chr7 113518502 . A T 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.786;QD=57.1041;RBI=0.0221133;REFB=0;REVB=0.0104616;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73717e-05;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr7 113519719 . A T 1204.46 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030322;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.842;QD=60.9854;RBI=0.0509012;REFB=0;REVB=0.0408841;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43786e-05;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:72:79:1:27:45:0:0:30:49:0:0 chr7 113519796 . C T 651.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0605677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.465;QD=62.0087;RBI=0.0605915;REFB=0;REVB=0.00169763;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303029;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr7 114296590 . A C 84.77 PASS AF=0.413793;AO=10;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0595899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.577;QD=11.6928;RBI=0.0620455;REFB=-0.0157898;REVB=0.0172826;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137036;STB=0.526273;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0194981;OID=.;OPOS=114296590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:29:29:17:17:10:12:0.413793:8:2:5:12:8:4:5:12 chr7 114619598 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.852;QD=45.8068;RBI=0.02427;REFB=0;REVB=-0.0167682;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18727e-06;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr7 115578124 . G T 677.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.542;QD=61.5563;RBI=0.0705193;REFB=0;REVB=-0.0167744;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574701;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr7 115892650 . T G 280.86 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0017901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.364;QD=14.4031;RBI=0.00321498;REFB=0.00169613;REVB=0.00267052;RO=46;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144664;STB=0.581956;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00285225;OID=.;OPOS=115892650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:15:17:18:28:15:17:18:28 chr7 115897392 . G C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00838538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.64;QD=14.4001;RBI=0.00840232;REFB=-0.0197625;REVB=0.000533327;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012358;STB=0.507037;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0265995;OID=.;OPOS=115897392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:10:15:20:14:10:15:20:14 chr7 116165360 . A C,G 541.2 PASS AF=0.891892,0.108108;AO=32,4;DP=36;FAO=33,4;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21,4;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781231,0.00146292;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.286,199.599;QD=58.508;RBI=0.0143511,0.0198965;REFB=0,0;REVB=-0.0120384,-0.0198426;RO=0;SAF=21,4;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00852917,0.0358439;OID=.,.;OPOS=116165360,116165360;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:36:37:0:0:32,4:33,4:0.891892,0.108108:11,0:21,4:0:0:12,0:21,4:0:0 chr7 116165462 . CTT CCT,CTC,CT 737.04 PASS AF=0.92,0.04,0.04;AO=38,2,10;DP=50;FAO=46,2,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0,1;FSAR=13,2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759237,-0.0246757,-0.0194764;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=31.4411,41.3766,20.4408;QD=58.9633;RBI=0.090185,0.0247121,0.0522057;REFB=0,0,0;REVB=0.0486716,0.00134174,0.0484366;RO=0;SAF=26,0,8;SAR=12,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.05056e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.0130494,0.194808,0.0135917;OID=.,.,.;OPOS=116165463,116165464,116165463;OREF=T,T,T;OALT=C,C,-;OMAPALT=CCT,CTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.92,0.04,0.04:38,2,10:50:46,2,2:50:0:33,0,1:13,2,1:0:0:7:0:26,0,8:12,2,2:0:0 chr7 116397572 . A G 994.83 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.235;QD=57.6715;RBI=0.0178906;REFB=-0.145243;REVB=0.0106335;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=6.92809e-05;OID=.;OPOS=116397572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:24:44:0:0:24:44:1:0 chr7 116437606 . G A 1683.2 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135822;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.348;QD=60.656;RBI=0.0186328;REFB=0;REVB=0.0185833;RO=0;SAF=67;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63972e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55519e-05;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:43:67:0:0:43:68:0:0 chr7 116596697 . A G 1519.09 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000469124;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.305;QD=63.9616;RBI=0.0256048;REFB=0;REVB=0.0256005;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.62747e-06;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chr7 116598735 . A G 1298.47 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7425;QD=60.3939;RBI=0.0417699;REFB=-0.014732;REVB=0.0227156;RO=1;SAF=38;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123032;STB=0.506492;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000563828;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:47:38:1:0:47:38:1:0 chr7 120428799 . C A 1157.22 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00792659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.335;QD=59.3445;RBI=0.00795736;REFB=-0.0582168;REVB=-0.00069907;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.507934;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00145458;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:31:46:0:0:31:46:0:1 chr7 120704289 . C T 519.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.286;QD=59.4179;RBI=0.0170612;REFB=0;REVB=-0.00163649;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39578e-05;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr7 120740103 . G T 846.39 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000316812;FXX=0.0322529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2666;QD=56.4262;RBI=0.0313763;REFB=0.0370659;REVB=-0.0313747;RO=1;SAF=23;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200708;STB=0.510635;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00126409;OID=.;OPOS=120740103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:36:23:1:0:36:23:1:0 chr7 120764477 . G C 358.13 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.169;QD=55.0974;RBI=0.106269;REFB=0;REVB=0.0603231;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00363494;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:14:12:0:0 chr7 120765954 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.665;QD=60.609;RBI=0.0391117;REFB=0;REVB=0.0259699;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160227;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr7 120776097 . C G 191.49 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.732;QD=47.8719;RBI=0.0239335;REFB=0;REVB=-0.00871943;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25353e-05;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:10:6:0:0 chr7 121513561 . T G 294.74 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0021341;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.164;QD=19.649;RBI=0.02366;REFB=-0.0300562;REVB=-0.0235635;RO=27;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112633;STB=0.564314;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0250433;OID=.;OPOS=121513561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:29:31:31:0.516667:12:19:13:14:12:19:14:15 chr7 121616250 . G A 433.47 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0148384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.306;QD=20.6412;RBI=0.0155545;REFB=-0.0125331;REVB=-0.00466522;RO=41;SAF=21;SAR=22;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220231;STB=0.512189;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0138719;OID=.;OPOS=121616250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:22:21:19:22:22:21:19:22 chr7 121653374 . GTGA ATGG,G 127.57 PASS AF=0,0.518519;AO=2,12;DP=28;FAO=0,14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=0,7;FSAR=0,7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0441444,0.019383;FXX=0.0357015;HRUN=2,1;LEN=4,3;MLLD=245.829,195.229;QD=18.899;RBI=0.0600928,0.0456668;REFB=-0.0314061,-0.0410611;REVB=-0.0407728,-0.0413492;RO=12;SAF=0,7;SAR=2,5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.505787,0.214087;STB=0.5,0.555477;STBP=1,0.577;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0469768;OID=.,.;OPOS=121653374,121653375;OREF=GTGA,TGA;OALT=ATGG,-;OMAPALT=ATGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:28:27:12:13:2,12:0,14:0,0.518519:2,5:0,7:4:8:0,7:0,7:5:8 chr7 121653398 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0127291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.562;QD=23.0939;RBI=0.0209956;REFB=-0.0268105;REVB=-0.0166968;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204677;STB=0.614328;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0147213;OID=.;OPOS=121653398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:3:9:8:9:3:9 chr7 122111437 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0337867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1247;QD=16.5358;RBI=0.0346804;REFB=-0.000672771;REVB=-0.00782215;RO=23;SAF=15;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379461;STB=0.721368;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.000115512;OID=.;OPOS=122111437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:3:15:12:11:3:15:12:11 chr7 122303321 . C T 214.36 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00793205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.863;QD=12.7974;RBI=0.0111584;REFB=-0.00630693;REVB=-0.00784806;RO=41;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13144;STB=0.575285;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00866079;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:12:14:17:24:12:14:17:24 chr7 122338930 . A T 65.74 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0177812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.341;QD=11.4331;RBI=0.0274816;REFB=-0.00502109;REVB=-0.0209539;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163296;STB=0.509782;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.011987;OID=.;OPOS=122338930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:8:6:4:5:8:6 chr7 122635024 . C T 320.5 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.019092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.234;QD=27.2767;RBI=0.0191178;REFB=-0.0228804;REVB=-0.000992511;RO=19;SAF=19;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499482;STB=0.527512;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0132532;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:9:19:14:5:9:19:14:5 chr7 123097468 . T C 671.27 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0475973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4447;QD=52.6484;RBI=0.052139;REFB=-0.150257;REVB=0.0212831;RO=2;SAF=33;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276712;STB=0.5147;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00555058;OID=.;OPOS=123097468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:16:33:2:0:16:33:2:0 chr7 123109353 . TG GT 72.23 PASS AF=0.220339;AO=9;DP=61;FAO=13;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0513821;FXX=0.0483793;HRUN=4;LEN=2;MLLD=29.0304;QD=4.89702;RBI=0.101311;REFB=-0.0598337;REVB=-0.0873148;RO=36;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510005;STB=0.924805;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.166341;OID=.;OPOS=123109353;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:59:36:46:9:13:0.220339:2:7:12:24:1:12:17:29 chr7 123119990 . T C 785.06 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.357;QD=57.0951;RBI=0.0209421;REFB=0;REVB=0.00960423;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100982;OID=.;OPOS=123119990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr7 123152019 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0127962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0797;QD=21.7453;RBI=0.0178535;REFB=-0.015214;REVB=-0.01245;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178529;STB=0.599877;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00733512;OID=.;OPOS=123152019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:2:9:9:6:2:9 chr7 123152035 . T C 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0256039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.077;QD=22.7239;RBI=0.0262813;REFB=-0.0142227;REVB=0.00592844;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111828;STB=0.562439;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0128018;OID=.;OPOS=123152035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:11:9:5:11:11:9:5:11 chr7 123256427 . C T 710.15 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0670197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3028;QD=54.6269;RBI=0.0699035;REFB=-0.0820716;REVB=-0.019871;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00601451;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr7 123269118 . G C 836.43 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0194311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2729;QD=55.7623;RBI=0.0266653;REFB=-0.0169787;REVB=-0.0182612;RO=1;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113712;STB=0.506022;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-8.17337e-05;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:41:18:0:1:41:18:0:1 chr7 123321978 . C A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=22;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.183;QD=47.8146;RBI=0.0652136;REFB=-0.034593;REVB=0.060401;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.517225;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00302602;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:22:21:0.954545:7:15:0:0:7:14:1:0 chr7 123336804 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.953;QD=57.8846;RBI=0.0246371;REFB=0;REVB=-0.00194237;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39914e-05;OID=.;OPOS=123336804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr7 123360352 . T C 82.14 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0832;QD=36.5069;RBI=0.087449;REFB=0;REVB=0.0628675;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123557;OID=.;OPOS=123360352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:3:5:0:0:4:5:0:0 chr7 124387374 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0736699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8367;QD=35.5748;RBI=0.148259;REFB=0;REVB=-0.12866;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0179158;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr7 124486979 . ATG ACG,TGA 293.54 PASS AF=0.444444,0;AO=16,5;DP=75;FAO=32,0;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=20,0;FSAR=12,0;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0214724,0.0181722;FXX=0.0399947;HRUN=1,5;LEN=1,3;MLLD=89.8919,28.6976;QD=16.3076;RBI=0.0627482,0.119127;REFB=-0.0166309,-0.0363832;REVB=0.0589599,-0.117733;RO=26;SAF=10,0;SAR=6,5;SRF=22;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.276141,-0.797256;STB=0.514697,0.5;STBP=0.857,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.022167,0.087797;OID=.,.;OPOS=124486980,124486979;OREF=T,ATG;OALT=C,TGA;OMAPALT=ACG,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:26:40:16,5:32,0:0.444444,0:6,5:10,0:22:4:12,0:20,0:24:16 chr7 124540841 . A C 208.83 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0111385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7922;QD=25.313;RBI=0.0340328;REFB=-0.0118263;REVB=0.0321585;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16017;STB=0.5887;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0135335;OID=.;OPOS=124540841;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:9:11:10:3:9:11:10:3 chr7 124540872 . C T 391.71 PASS AF=0.633333;AO=36;DP=59;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0101841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.937;QD=26.114;RBI=0.0297056;REFB=-0.0492761;REVB=0.0279054;RO=23;SAF=20;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702251;STB=0.557492;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0172668;OID=.;OPOS=124540872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:23:22:36:38:0.633333:16:20:15:8:18:20:15:7 chr7 127222157 . G A 899.27 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0157816;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0565;QD=55.3399;RBI=0.0419248;REFB=-0.173485;REVB=0.0388411;RO=2;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362828;STB=0.519225;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00442783;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:65:2:2:63:63:0.969231:25:38:0:2:25:38:0:2 chr7 127224286 . A G 722.0 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.133;QD=62.7829;RBI=0.0245057;REFB=0;REVB=0.0242574;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154248;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:15:29:0:0:16:30:0:0 chr7 127225106 . CTTT CT,CTTA,CTT 1935.98 PASS AF=0,0.139785,0.860215;AO=34,26,32;DP=187;FAO=0,26,160;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26,65;FSAR=0,0,95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.147393,-0.0811066,-0.294369;FXX=0.00534731;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=7.97319,129.049,12.9851;QD=41.634;RBI=0.473201,0.188472,0.88898;REFB=0,0,0;REVB=0.449661,0.170127,0.838828;RO=87;SAF=34,26,25;SAR=0,0,7;SRF=3;SRR=84;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.898008,0.89489,0.759453;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.162523,-0.0651688;OID=.,.,.;OPOS=127225107,127225109,127225107;OREF=TT,T,T;OALT=-,A,-;OMAPALT=CT,CTTA,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.139785,0.860215:34,26,32:187:0,26,160:186:0:0,26,65:0,0,95:0:0:99:87:34,26,25:0,0,7:3:84 chr7 127253550 . C T 338.7 PASS AF=0.402174;AO=35;DP=89;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0101455;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.915;QD=14.7259;RBI=0.0210423;REFB=-0.0214016;REVB=-0.018435;RO=51;SAF=20;SAR=15;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00298696;STB=0.51341;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0277018;OID=.;OPOS=127253550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:51:55:35:37:0.402174:15:20:29:22:16:21:30:25 chr7 127895597 . G C 238.77 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0025378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.16;QD=20.7622;RBI=0.00268916;REFB=0.0147717;REVB=0.000889458;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778015;STB=0.543689;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00437961;OID=.;OPOS=127895597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:14:9:11:12:14:9 chr7 127991133 . G A 45.88 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287828;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.069;QD=26.2179;RBI=0.0445395;REFB=-0.186485;REVB=0.0339899;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00424905;OID=.;OPOS=127991133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr7 128034629 . C T 154.07 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0838215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.338;QD=14.332;RBI=0.0854535;REFB=-0.00354991;REVB=0.0166213;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248103;STB=0.643268;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00352919;OID=.;OPOS=128034629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:17:9:10:7:17:9 chr7 128034631 . C T 278.73 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0456869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7599;QD=27.1928;RBI=0.0463115;REFB=-0.00348596;REVB=-0.00758023;RO=15;SAF=16;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167394;STB=0.581751;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00411014;OID=.;OPOS=128034631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:25:25:0.609756:9:16:6:9:9:16:7:9 chr7 128098268 . GT G 937.62 PASS AF=1;AO=77;DP=88;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415616;FXX=0.0674082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.5777;QD=45.1862;RBI=0.0439527;REFB=0;REVB=-0.0142994;RO=2;SAF=66;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00245574;OID=.;OPOS=128098269;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:88:83:83:0:71:12:0:0:16:2:66:11:2:0 chr7 128117227 . G A 233.38 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0437737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5082;QD=16.973;RBI=0.0437791;REFB=0.0097487;REVB=0.000685566;RO=30;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753768;STB=0.555511;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.0292384;OID=.;OPOS=128117227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:29:25:26:0.472727:19:6:9:21:20:6:9:20 chr7 128133984 . G A 617.41 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254042;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2431;QD=61.7408;RBI=0.0411503;REFB=0;REVB=-0.0323724;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36145e-05;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr7 128140982 . T C 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0159694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.823;QD=13.0315;RBI=0.0165281;REFB=-0.0279344;REVB=0.0042612;RO=41;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101719;STB=0.566616;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.040612;OID=.;OPOS=128140982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:42:27:27:0.391304:17:10:19:22:17:10:20:22 chr7 128141865 . T C 1348.64 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.008764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.66;QD=59.9398;RBI=0.00945355;REFB=-0.0922717;REVB=0.00354427;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511361;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000577234;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:90:0:2:87:88:0.977778:44:43:0:0:45:43:2:0 chr7 128292036 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.39;QD=35.5757;RBI=0.0494466;REFB=0;REVB=-0.025111;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346503;OID=.;OPOS=128292036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr7 128312463 . C G 105.28 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00967317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0939;QD=11.0819;RBI=0.0821929;REFB=-0.0144235;REVB=-0.0816217;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872131;STB=0.564417;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0223648;OID=.;OPOS=128312463;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:6:7:11:13:6:7:11:14 chr7 128315791 . C G 645.17 PASS AF=1;AO=46;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111885;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.328;QD=51.6134;RBI=0.112695;REFB=-0.0876943;REVB=-0.0134803;RO=2;SAF=14;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261265;OID=.;OPOS=128315791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:2:0:46:50:1:32:14:2:0:32:18:0:0 chr7 128315882 . C A 95.53 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0847928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5934;QD=34.7371;RBI=0.165545;REFB=-0.139385;REVB=0.142181;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0280685;OID=.;OPOS=128315882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:1:0:6:4:1:0 chr7 128317658 . C T 732.09 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298778;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.122;QD=63.6596;RBI=0.0314788;REFB=0;REVB=-0.0313366;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7406e-05;OID=.;OPOS=128317658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr7 128317720 . CGA ACG,CG 96.32 PASS AF=0,0.32;AO=3,19;DP=77;FAO=0,24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=0,4;FSAR=0,20;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=0.0915483,0.201735;FXX=0.0259707;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=27.2152,12.5332;QD=5.13726;RBI=0.139648,0.256707;REFB=-0.027227,-0.0458684;REVB=-0.105453,-0.15875;RO=47;SAF=0,3;SAR=3,16;SRF=35;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.619562,-0.643213;STB=0.5,0.857462;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0967003;OID=.,.;OPOS=128317720,128317722;OREF=CGA,A;OALT=ACG,-;OMAPALT=ACG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:96:77:75:47:51:3,19:0,24:0,0.32:3,16:0,3:35:12:0,20:0,4:37:14 chr7 128323034 . A G 393.2 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.544;QD=56.1712;RBI=0.109312;REFB=0;REVB=0.104447;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121878;OID=.;OPOS=128323034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr7 128359133 . C T 184.24 PASS AF=0.513514;AO=17;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0184838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.7677;QD=19.9179;RBI=0.0528243;REFB=-0.0570094;REVB=0.0494849;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265834;STB=0.512807;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0552478;OID=.;OPOS=128359133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:18:17:19:0.513514:9:8:9:9:10:9:9:9 chr7 128364895 . A G 290.28 PASS AF=0.525424;AO=29;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0583305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.072;QD=19.6802;RBI=0.059145;REFB=0.000884934;REVB=-0.00978206;RO=28;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108149;STB=0.539952;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00116003;OID=.;OPOS=128364895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:29:31:0.525424:12:17:13:15:14:17:13:15 chr7 128371206 . G A 490.72 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.00906355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.292;QD=22.3055;RBI=0.0277975;REFB=-0.0268268;REVB=-0.0262784;RO=40;SAF=28;SAR=19;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321649;STB=0.680302;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0289397;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:41:47:47:0.534091:19:28:8:32:19:28:8:33 chr7 128388648 . G A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00149721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.628;QD=17.6895;RBI=0.00668611;REFB=-0.0122263;REVB=0.00651632;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420279;STB=0.555503;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0217032;OID=.;OPOS=128388648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:26:21:21:0.446809:11:10:12:11:11:10:15:11 chr7 128455767 . C G 110.52 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.453;QD=40.1907;RBI=0.0389103;REFB=0;REVB=0.00204724;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26488e-05;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:9:2:0:0 chr7 128487866 . T C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.313;QD=42.1767;RBI=0.0601363;REFB=0;REVB=0.0482567;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030835;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr7 128499079 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0309444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.764;QD=10.0746;RBI=0.032264;REFB=-0.0257044;REVB=0.00913274;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241788;STB=0.631226;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0353584;OID=.;OPOS=128499079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:6:2:6:7:6:2:6:8 chr7 128506555 . G A 238.73 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0293951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6042;QD=21.7028;RBI=0.0595611;REFB=-0.0211308;REVB=0.0518021;RO=21;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305224;STB=0.672733;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0209629;OID=.;OPOS=128506555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:18:5:11:10:18:5:11:10 chr7 128532980 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0606;QD=33.4285;RBI=0.0562013;REFB=0;REVB=0.0443775;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512691;OID=.;OPOS=128532980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 128544133 . G T 264.06 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.10815;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3407;QD=20.7109;RBI=0.111512;REFB=-0.00864119;REVB=0.0271766;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331541;STB=0.509797;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0110269;OID=.;OPOS=128544133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:23:27:28:0.54902:14:13:13:12:14:14:12:11 chr7 128550680 . GC G 194.77 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535913;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.3077;QD=33.8737;RBI=0.0578587;REFB=0;REVB=0.0218082;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.323529;SSEP=0;SSSB=0.0399301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00131332;OID=.;OPOS=128550681;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:23:23:23:0:9:14:0:0:4:1:7:11:0:1 chr7 128607384 . G A 775.41 PASS AF=0.48503;AO=79;DP=165;FAO=81;FDP=167;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0302271;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9892;QD=18.5727;RBI=0.0305246;REFB=0.00859348;REVB=-0.00425184;RO=85;SAF=32;SAR=47;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740041;STB=0.549215;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0122541;OID=.;OPOS=128607384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:85:86:79:81:0.48503:47:32:41:44:49:32:42:44 chr7 128630227 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.457;QD=57.5451;RBI=0.0166405;REFB=0;REVB=0.0161893;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54392e-05;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr7 128641226 . G C 134.16 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0418247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9084;QD=9.41495;RBI=0.0475617;REFB=-0.00915889;REVB=-0.0226452;RO=39;SAF=6;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23984;STB=0.642696;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0200392;OID=.;OPOS=128641226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:12:6:21:18:12:6:21:18 chr7 128766770 . AAAGACGATGACTTCG A 32.93 PASS AF=0.181818;AO=9;DP=56;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0124871;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=15;MLLD=357.902;QD=2.39469;RBI=0.0134807;REFB=-2.93222e-07;REVB=0.0050797;RO=45;SAF=2;SAR=7;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273167;STB=0.608469;STBP=0.494;TYPE=del;VARB=-0.000310953;OID=.;OPOS=128766771;OREF=AAGACGATGACTTCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:9:56:10:55:45:3:7:19:26:32:45:2:7:19:26 chr7 128766794 . T C 33.48 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00672525;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.048;QD=2.19567;RBI=0.0106899;REFB=-0.0194443;REVB=-0.00830931;RO=51;SAF=2;SAR=7;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361235;STB=0.747519;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0938805;OID=.;OPOS=128766794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:61:61:51:52:9:9:0.147541:7:2:26:25:7:2:26:26 chr7 128767250 . G A 289.37 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=40;FWDB=-0.012738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.214;QD=14.2898;RBI=0.0182504;REFB=-0.0224178;REVB=0.0130699;RO=48;SAF=20;SAR=12;SRF=8;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457803;STB=0.7582;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0144838;OID=.;OPOS=128767250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:48:48:32:33:0.407407:12:20:8:40:12:21:8:40 chr7 128767410 . A G 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00743472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.788;QD=22.0719;RBI=0.0177772;REFB=-0.0334851;REVB=-0.0161479;RO=24;SAF=22;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778815;STB=0.543181;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0285145;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:9:22:15:9:9:22:15:9 chr7 128767490 . T C 188.58 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0325412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5482;QD=22.858;RBI=0.0558879;REFB=-0.0121031;REVB=-0.045437;RO=11;SAF=11;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228392;STB=0.588141;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0119298;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:11:14:18:19:0.575758:7:11:3:8:7:12:6:8 chr7 128767506 . T G 267.08 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0648445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3609;QD=28.1136;RBI=0.0725435;REFB=-0.00883295;REVB=0.0325229;RO=14;SAF=18;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29095;STB=0.661621;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00457084;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:6:18:5:9:6:18:5:9 chr7 128804780 . C G 556.86 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4238;QD=60.2012;RBI=0.0882519;REFB=0;REVB=-0.00113181;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143318;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:23:14:0:0 chr7 128846328 . G C 1534.02 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.618;QD=62.613;RBI=0.0442556;REFB=0.012258;REVB=0.0430095;RO=1;SAF=65;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072415;STB=0.503816;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-8.37662e-05;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:32:65:1:0:32:65:1:0 chr7 129067053 . T C 130.43 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0028517;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.007;QD=12.7248;RBI=0.0369358;REFB=-0.0168307;REVB=0.0368255;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563079;STB=0.503264;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0372334;OID=.;OPOS=129067053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:14:15:0.365854:6:8:13:12:7:8:14:12 chr7 129142694 . C G 463.91 PASS AF=0.945946;AO=33;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0112774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2155;QD=50.1529;RBI=0.0186781;REFB=-0.0304266;REVB=-0.0148894;RO=4;SAF=8;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00207193;STB=0.520331;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00406249;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:37:37:4:2:33:35:0.945946:25:8:1:3:27:8:1:1 chr7 129297332 . T G 300.17 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00433779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8813;QD=21.441;RBI=0.00503801;REFB=-0.0178147;REVB=0.00256225;RO=24;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119617;STB=0.55552;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0212641;OID=.;OPOS=129297332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:15:16:16:8:15:16:16:9 chr7 129396174 . C G 376.73 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0669855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6737;QD=18.6038;RBI=0.0801592;REFB=-0.0244279;REVB=-0.0440277;RO=42;SAF=13;SAR=26;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488358;STB=0.527259;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0228833;OID=.;OPOS=129396174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:26:13:16:26:26:13:16:26 chr7 129474470 . G A 1227.38 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.057;QD=61.3691;RBI=0.0347455;REFB=0;REVB=-0.0129444;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57012e-05;OID=.;OPOS=129474470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr7 129504866 . C G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6318;QD=56.9552;RBI=0.0352773;REFB=0;REVB=0.0330289;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443528;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr7 129813738 . T C 287.51 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.029046;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8876;QD=18.2545;RBI=0.0689004;REFB=-0.0152963;REVB=0.0624787;RO=32;SAF=19;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264727;STB=0.635172;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0156118;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:30:31:0.492063:11:19:11:21:12:19:11:21 chr7 129916515 . T C 152.19 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00799813;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.571;QD=12.6824;RBI=0.0254756;REFB=-0.015029;REVB=0.0241876;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216693;STB=0.646886;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0276307;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:31:17:17:0.354167:6:11:13:16:6:11:13:18 chr7 129938598 . G T 148.23 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0114572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.296;QD=18.5283;RBI=0.0114745;REFB=-0.0127422;REVB=-0.00062859;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915042;STB=0.53196;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0106327;OID=.;OPOS=129938598;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:7:9:10:5:7:9:10:6 chr7 129950740 . G T 252.69 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0100502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.068;QD=21.9728;RBI=0.0108476;REFB=-0.0169386;REVB=-0.00408229;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110704;STB=0.561992;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00841829;OID=.;OPOS=129950740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:14:10:12:10:14:10:12:10 chr7 129962360 . A G 668.6 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.2;QD=62.1958;RBI=0.0248949;REFB=0;REVB=0.0219713;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3136e-05;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:26:17:0:0 chr7 129962682 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.086;QD=57.106;RBI=0.0201063;REFB=0;REVB=0.012905;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51939e-05;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr7 130002317 . T C 133.06 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.110498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.982;QD=35.4835;RBI=0.112729;REFB=-0.0195611;REVB=0.022316;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545388;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0104254;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:0:2:13:13:0.866667:3:10:0:0:3:10:2:0 chr7 130021488 . G C 650.11 PASS AF=0.458599;AO=72;DP=158;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.018656;FXX=0.00632871;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.8046;QD=16.5634;RBI=0.042679;REFB=0.0123294;REVB=-0.0383856;RO=85;SAF=30;SAR=42;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535105;STB=0.529721;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0117548;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:85:85:72:72:0.458599:42:30:40:45:42:30:40:45 chr7 130080812 . T G 413.0 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.025818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.788;QD=15.0181;RBI=0.0332619;REFB=-0.00954623;REVB=-0.020971;RO=59;SAF=16;SAR=31;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12363;STB=0.572863;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0162058;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:63:47:47:0.427273:31:16:27:32:31:16:29:34 chr7 131185995 . C A 286.13 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00804624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.703;QD=20.438;RBI=0.0193086;REFB=-0.031425;REVB=-0.0175522;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238972;STB=0.513276;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.026664;OID=.;OPOS=131185995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:13:17:14:12:13:17:14:12 chr7 131195712 . G A 1193.25 PASS AF=0.976471;AO=78;DP=82;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0905315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.119;QD=56.1528;RBI=0.110137;REFB=-0.147276;REVB=0.0627229;RO=0;SAF=65;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507351;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00929963;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:85:0:2:78:83:0.976471:13:65:0:0:16:67:2:0 chr7 131195959 . C T 141.79 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00434057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7599;QD=8.10222;RBI=0.0404735;REFB=-0.0026853;REVB=-0.0402401;RO=50;SAF=7;SAR=13;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293737;STB=0.67539;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00651948;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:50:20:20:0.285714:13:7:30:20:13:7:30:20 chr7 131812922 . T C 493.73 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00331593;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4959;QD=56.4261;RBI=0.0370763;REFB=-0.0427244;REVB=-0.0369278;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000955122;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:0:1:21:13:0:1 chr7 131814185 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.747;QD=58.5999;RBI=0.100537;REFB=0;REVB=0.100083;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124787;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr7 131814529 . G A 144.8 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00764218;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.401;QD=15.6536;RBI=0.00771831;REFB=-0.00590136;REVB=-0.00108132;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217118;STB=0.612104;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0100328;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:10:6:12:8:10:6:12:9 chr7 131815310 . A G 439.44 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0353046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7436;QD=21.9719;RBI=0.0502364;REFB=0.00354783;REVB=-0.0357391;RO=37;SAF=14;SAR=29;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493601;STB=0.52726;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00317805;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:29:14:14:23:29:14:14:23 chr7 131859678 . G T 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00913909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1179;QD=15.1955;RBI=0.0175765;REFB=0.00629526;REVB=-0.0150137;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112472;STB=0.551811;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00511021;OID=.;OPOS=131859678;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:18:14:14:0.4375:9:5:8:9:9:5:8:10 chr7 131864591 . T C 178.83 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0189503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.832;QD=12.5492;RBI=0.0210304;REFB=-0.0129028;REVB=-0.00911926;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186228;STB=0.606467;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0282932;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:12:10:10:25:12:10:10:25 chr7 131870108 . A G 315.2 PASS AF=0.364486;AO=39;DP=107;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0394098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1769;QD=11.7833;RBI=0.0398895;REFB=-0.00238323;REVB=-0.00616713;RO=67;SAF=15;SAR=24;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121669;STB=0.565503;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00825447;OID=.;OPOS=131870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:68:39:39:0.364486:24:15:33:34:24:15:33:35 chr7 131912277 . G C 402.2 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0159894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.316;QD=17.1149;RBI=0.0184756;REFB=-0.0257193;REVB=0.00925669;RO=51;SAF=19;SAR=23;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372143;STB=0.515793;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0423401;OID=.;OPOS=131912277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:52:42:42:0.446809:23:19:25:26:23:19:25:27 chr7 132193244 . C T 600.83 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=105;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00426941;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.104;QD=22.8887;RBI=0.00427427;REFB=0.000976827;REVB=-0.000203761;RO=46;SAF=17;SAR=42;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170082;STB=0.593445;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00137578;OID=.;OPOS=132193244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:46:59:59:0.561905:42:17:22:24:42:17:22:24 chr7 132707171 . C T 122.28 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0163153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.564;QD=15.7776;RBI=0.0636525;REFB=0.00616081;REVB=-0.061526;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19662;STB=0.61275;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00595644;OID=.;OPOS=132707171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:12:5:7:7:12:5 chr7 133261358 . G T 471.36 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00733363;FXX=0.00909008;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.641;QD=17.2977;RBI=0.0111601;REFB=-0.0120727;REVB=-0.00841226;RO=58;SAF=24;SAR=27;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214412;STB=0.511926;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0135726;OID=.;OPOS=133261358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:58:58:51:51:0.46789:27:24:26:32:27:24:26:32 chr7 133580447 . G A 1083.02 PASS AF=0.986486;AO=66;DP=67;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.039588;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.829;QD=58.5415;RBI=0.0667681;REFB=0.00894162;REVB=0.053766;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000980828;OID=.;OPOS=133580447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:74:0:1:66:73:0.986486:33:33:0:0:35:38:0:1 chr7 133749164 . G A 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.943;QD=56.4174;RBI=0.0302444;REFB=-0.0148654;REVB=0.00798281;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=7.13901e-05;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:0:1:62:62:0.984127:39:23:0:0:39:23:0:1 chr7 133848257 . G T 533.09 PASS AF=0.42029;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=0.0334799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4276;QD=15.452;RBI=0.0353651;REFB=0.00139416;REVB=0.0113923;RO=79;SAF=15;SAR=43;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104635;STB=0.564729;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00142467;OID=.;OPOS=133848257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:79:80:58:58:0.42029:43:15:27:52:43:15:28:52 chr7 133868507 . C T 1576.38 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0268285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.629;QD=57.849;RBI=0.0303966;REFB=-0.0765781;REVB=0.0142895;RO=2;SAF=61;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015306;STB=0.508063;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000165551;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:109:2:2:107:107:0.981651:46:61:2:0:46:61:2:0 chr7 133906669 . C T 160.16 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.036298;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.835;QD=16.4264;RBI=0.0363334;REFB=-0.0275236;REVB=-0.0016034;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492737;STB=0.528269;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.016762;OID=.;OPOS=133906669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:10:7:8:14:10:7:8:14 chr7 133979368 . C T 140.64 PASS AF=0.316667;AO=18;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.000315627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.963;QD=9.3757;RBI=0.018485;REFB=-0.0105876;REVB=-0.0184823;RO=41;SAF=9;SAR=9;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996332;STB=0.575838;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0244449;OID=.;OPOS=133979368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:18:19:0.316667:9:9:24:17:10:9:24:17 chr7 133979795 . T C 98.1 PASS AF=0.317073;AO=10;DP=39;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0516167;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.731;QD=9.57112;RBI=0.0521317;REFB=-0.0165821;REVB=0.00730987;RO=27;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533681;STB=0.555897;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0284128;OID=.;OPOS=133979795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:39:41:27:28:10:13:0.317073:6:4:12:15:8:5:13:15 chr7 133981227 . G A 445.64 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0179271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.386;QD=26.2142;RBI=0.0247211;REFB=-0.00974492;REVB=-0.0170221;RO=25;SAF=16;SAR=26;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422885;STB=0.516929;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00567136;OID=.;OPOS=133981227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:26:42:42:0.617647:26:16:11:14:26:16:11:15 chr7 133989543 . A G 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00210681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0953;QD=15.3771;RBI=0.0235798;REFB=-0.0020169;REVB=0.0234855;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050746;STB=0.529364;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00581705;OID=.;OPOS=133989543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:10:4:4:8:10:4 chr7 134215403 . T C 187.58 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00749818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7037;QD=20.2786;RBI=0.013757;REFB=-0.021305;REVB=0.011534;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122433;STB=0.568895;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0191812;OID=.;OPOS=134215403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:6:12:10:9:6:12 chr7 134216684 . C T 628.86 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.00401645;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.831;QD=20.4508;RBI=0.0383192;REFB=-0.048298;REVB=0.0381082;RO=58;SAF=36;SAR=27;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754998;STB=0.548062;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0487805;OID=.;OPOS=134216684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:58:60:63:63:0.512195:27:36:38:20:27:36:40:20 chr7 134221826 . A G 41.56 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00555234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.536;QD=2.51888;RBI=0.0347453;REFB=-0.00708916;REVB=-0.0342988;RO=58;SAF=1;SAR=7;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482655;STB=0.86017;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0702013;OID=.;OPOS=134221826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:66:66:58:58:8:8:0.121212:7:1:30:28:7:1:30:28 chr7 134225788 . C T 102.09 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.625;QD=40.8364;RBI=0.0622251;REFB=0;REVB=0.0419937;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776639;OID=.;OPOS=134225788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:2:6:0:0:3:7:0:0 chr7 134225827 . A G 137.66 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00504097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6837;QD=39.3323;RBI=0.0096667;REFB=-0.00516027;REVB=-0.00824825;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-5.57603e-05;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:1:0:5:8:1:0 chr7 134576441 . T C 1121.99 PASS AF=0.897727;AO=81;DP=87;FAO=79;FDP=88;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0130434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9469;QD=50.9993;RBI=0.0156795;REFB=-0.0599373;REVB=0.00870154;RO=4;SAF=21;SAR=60;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305258;STB=0.536576;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00450577;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:87:88:4:9:81:79:0.897727:60:21:0:4:57:22:0:9 chr7 134618710 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.716;QD=40.761;RBI=0.0355096;REFB=0;REVB=0.029582;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612217;OID=.;OPOS=134618710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:7:3:0:0 chr7 134653930 . T C 126.01 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0229871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.099;QD=13.2638;RBI=0.0343151;REFB=0.00566719;REVB=0.0254778;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130458;STB=0.52171;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00603566;OID=.;OPOS=134653930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:23:14:15:0.394737:6:8:14:10:6:9:13:10 chr7 134701856 . G C 2057.82 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00157008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.922;QD=60.9724;RBI=0.00904176;REFB=0.0156344;REVB=-0.0089044;RO=2;SAF=80;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117339;STB=0.503067;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-5.31261e-06;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:135:135:2:1:133:134:0.992593:53:80:2:0:53:81:1:0 chr7 134719551 . C G 1419.14 PASS AF=0.98913;AO=88;DP=90;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0312005;FXX=0.0416623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9345;QD=61.7018;RBI=0.034559;REFB=-0.0942571;REVB=0.014861;RO=1;SAF=47;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997626;STB=0.505049;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00721225;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:92:1:1:88:91:0.98913:41:47:1:0:42:49:1:0 chr7 134849213 . G A 268.36 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0300745;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.246;QD=21.9068;RBI=0.031439;REFB=-0.0168945;REVB=-0.0091615;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538525;STB=0.530155;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0143384;OID=.;OPOS=134849213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:13:11:13:12:13:11 chr7 134849280 . T A 894.35 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0152475;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.063;QD=55.0372;RBI=0.0371481;REFB=-0.12121;REVB=0.0338747;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165659;STB=0.517236;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000736096;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:35:28:1:0:35:28:2:0 chr7 134849577 . A C 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0193069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.923;QD=22.1884;RBI=0.023235;REFB=-0.0424465;REVB=-0.0129271;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149696;STB=0.583862;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.030212;OID=.;OPOS=134849577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:7:11:9:12:7:11 chr7 134850465 . C T 556.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.868;QD=60.1675;RBI=0.0855382;REFB=0;REVB=0.0843715;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569936;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:13:24:0:0 chr7 134850469 . A G 593.72 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.986;QD=60.8939;RBI=0.0339499;REFB=0;REVB=0.0270618;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244242;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr7 134871775 . C T 637.66 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0378711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.514;QD=57.9695;RBI=0.0455006;REFB=-0.0948428;REVB=0.0252207;RO=2;SAF=14;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152821;STB=0.517233;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00126773;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:2:1:41:43:0.977273:27:14:1:1:29:14:1:0 chr7 134879830 . G A 911.07 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6728;QD=57.8457;RBI=0.0797002;REFB=0;REVB=0.0783221;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125441;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:35:27:0:0:35:28:0:0 chr7 134889141 . G A 956.78 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6207;QD=57.9867;RBI=0.0365131;REFB=0;REVB=0.0281377;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122893;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:24:40:0:0:24:42:0:0 chr7 135047703 . T C 50.03 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.13;QD=33.3544;RBI=0.17372;REFB=0;REVB=0.173702;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0159631;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 135048804 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.759;QD=62.9821;RBI=0.0140436;REFB=0;REVB=0.00808761;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25976e-05;OID=.;OPOS=135048804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr7 135095270 . A G 1493.44 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.056981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.334;QD=62.2268;RBI=0.0631863;REFB=-0.0603223;REVB=0.0273071;RO=1;SAF=47;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998174;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000449259;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:1:1:94:95:0.989583:47:47:1:0:48:47:1:0 chr7 135304273 . G C 1001.43 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258889;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.263;QD=58.9076;RBI=0.030342;REFB=0;REVB=0.0158241;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462095;OID=.;OPOS=135304273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:67:68:1:39:28:0:0:39:29:0:0 chr7 135329690 . T C 496.28 PASS AF=0.504854;AO=51;DP=104;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.00598161;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.643;QD=19.2728;RBI=0.0181102;REFB=-0.0245326;REVB=-0.0170938;RO=51;SAF=19;SAR=32;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776553;STB=0.538826;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0219209;OID=.;OPOS=135329690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:51:51:51:52:0.504854:32:19:15:36:33:19:15:36 chr7 135387656 . G A 382.56 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.734;QD=52.7667;RBI=0.0385207;REFB=-0.0502665;REVB=-0.0356815;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523792;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00681053;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:18:10:0:0:18:10:1:0 chr7 135392876 . T C 2647.61 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.43;QD=61.9323;RBI=0.0147265;REFB=0;REVB=0.0131294;RO=0;SAF=98;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14475e-05;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:171:0:0:169:171:1:71:98:0:0:73:98:0:0 chr7 135406176 . A G 1084.35 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00826312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.236;QD=58.6135;RBI=0.00928457;REFB=-0.0942979;REVB=0.00423368;RO=1;SAF=41;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113981;STB=0.506022;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000221617;OID=.;OPOS=135406176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:32:41:1:0:32:41:1:0 chr7 135413626 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.636;QD=63.8718;RBI=0.0252614;REFB=0;REVB=0.0126;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25894e-05;OID=.;OPOS=135413626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr7 135613262 . G A 148.24 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=-0.00778987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.078;QD=17.9681;RBI=0.0158489;REFB=-0.0017512;REVB=-0.0138024;RO=16;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317875;STB=0.680698;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00285745;OID=.;OPOS=135613262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:15:1:0:16:15:1:0:17 chr7 136701563 . G C 423.42 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0303905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.489;QD=49.8142;RBI=0.0313137;REFB=-0.00183878;REVB=0.00754769;RO=1;SAF=9;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490246;STB=0.53895;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000143444;OID=.;OPOS=136701563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:34:34:1:3:31:31:0.911765:22:9:1:0:22:9:2:1 chr7 136701935 . T A 260.37 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0156621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.182;QD=24.797;RBI=0.0157022;REFB=-0.0119773;REVB=-0.00112142;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12867;STB=0.57137;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0120265;OID=.;OPOS=136701935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:12:12:6:12:12:12:6:12 chr7 136702044 . T A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0123313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.02;QD=18.8206;RBI=0.0242483;REFB=-0.0128258;REVB=-0.0208786;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416756;STB=0.545379;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0130943;OID=.;OPOS=136702044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:9:10:12:12:0.545455:6:6:4:5:6:6:4:6 chr7 136703376 . T C 221.85 PASS AF=0.29703;AO=30;DP=101;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0075114;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9852;QD=8.78633;RBI=0.0535014;REFB=-0.0193047;REVB=0.0529714;RO=67;SAF=17;SAR=13;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122211;STB=0.561756;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0434255;OID=.;OPOS=136703376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:67:71:30:30:0.29703:13:17:31:36:13:17:34:37 chr7 136703707 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4283;QD=57.2363;RBI=0.0121632;REFB=0;REVB=-0.00273807;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94854e-05;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr7 136704531 . T A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0302984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5751;QD=15.7841;RBI=0.0304578;REFB=-0.0206648;REVB=-0.00311208;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163226;STB=0.509421;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0171852;OID=.;OPOS=136704531;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:10:7:6:8:10:7 chr7 137075847 . T A 224.11 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00755175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1432;QD=17.5771;RBI=0.0541151;REFB=-0.0317805;REVB=-0.0535856;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107701;STB=0.567514;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0341019;OID=.;OPOS=137075847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:27:24:24:0.470588:15:9:7:19:15:9:7:20 chr7 137128830 . T C 2219.02 PASS AF=0.979452;AO=137;DP=140;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0422407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8097;QD=60.7952;RBI=0.118302;REFB=-0.00490781;REVB=0.110504;RO=3;SAF=64;SAR=73;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217593;STB=0.511277;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000848453;OID=.;OPOS=137128830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:146:3:3:137:143:0.979452:73:64:3:0:78:65:3:0 chr7 137564501 . C G 1080.87 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000111503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9479;QD=60.0486;RBI=0.034054;REFB=0;REVB=0.0340538;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146687;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:37:33:0:0:39:33:0:0 chr7 137600690 . C T 2327.68 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776463;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6716;QD=63.3383;RBI=0.0130317;REFB=0;REVB=-0.0104659;RO=1;SAF=63;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748849;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180681;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:1:0:144:147:1:81:63:1:0:82:65:0:0 chr7 137612913 . CTGG C 780.91 PASS AF=0.965517;AO=54;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0121205;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=3;MLLD=278.187;QD=53.8556;RBI=0.0170025;REFB=-0.0136231;REVB=0.0119239;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517235;STBP=0.242;TYPE=del;VARB=4.33477e-05;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.965517:54:57:56:58:2:28:28:2:0:7:0:27:27:0:0 chr7 137801413 . A C 207.22 PASS AF=0.438596;AO=23;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0286355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.359;QD=14.542;RBI=0.0289596;REFB=-0.0242669;REVB=-0.0043204;RO=32;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324221;STB=0.673338;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0353492;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:32:23:25:0.438596:9:14:9:23:10:15:9:23 chr7 138270657 . G A 160.1 PASS AF=0.362069;AO=19;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0124816;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.724;QD=11.041;RBI=0.0244487;REFB=0.000338547;REVB=-0.0210226;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142402;STB=0.532964;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0103067;OID=.;OPOS=138270657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:37:19:21:0.362069:10:9:11:21:12:9:14:23 chr7 138305806 . T C 163.72 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0328153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.293;QD=20.465;RBI=0.0329308;REFB=-0.00827976;REVB=0.00275576;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100831;STB=0.505697;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00769863;OID=.;OPOS=138305806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:6:9:10:7:6:9 chr7 138309842 . C A 127.07 PASS AF=0.32;AO=13;DP=49;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.013487;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.925;QD=10.1653;RBI=0.0134892;REFB=-0.0145796;REVB=0.000245869;RO=35;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883869;STB=0.502535;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0338768;OID=.;OPOS=138309842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:35:34:13:16:0.32:8:5:16:19:9:7:15:19 chr7 138312122 . A C 857.43 PASS AF=0.983607;AO=61;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0470537;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.114;QD=56.2249;RBI=0.058857;REFB=-0.117974;REVB=0.0353568;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000493479;OID=.;OPOS=138312122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:0:1:61:60:0.983607:35:26:0:0:35:25:0:1 chr7 138417718 . A G 845.91 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0951841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.685;QD=55.4693;RBI=0.118715;REFB=-0.118739;REVB=0.0709449;RO=1;SAF=22;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00534766;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:1:0:59:61:1:37:22:1:0:38:23:0:0 chr7 138418910 . G A 159.87 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.467;QD=45.6767;RBI=0.191417;REFB=0;REVB=0.191087;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885728;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:8:6:0:0 chr7 138486096 . G C 312.51 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.325;QD=52.0845;RBI=0.0575678;REFB=0;REVB=-0.00358644;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900746;OID=.;OPOS=138486096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:22:24:1:13:9:0:0:13:11:0:0 chr7 138522417 . CCA C,CC,TCC 72.83 PASS AF=0,0.280899,0;AO=9,19,8;DP=83;FAO=0,25,0;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=0,9,0;FSAR=0,16,0;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.19626,-0.0874484,-0.0312841;FXX=0;HRUN=2,4,2;LEN=2,1,3;MLLD=23.282,9.32967,24.5929;QD=3.27345;RBI=0.26687,0.128959,0.100064;REFB=-0.0546393,-0.151288,-0.051553;REVB=-0.180836,-0.0947791,-0.0950484;RO=41;SAF=7,2,0;SAR=2,17,8;SRF=24;SRR=17;SSEN=0.285628,0.46748,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.265585,-0.60912,-0.721637;STB=0.5,0.591969,0.5;STBP=1,0.288,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.189646,0.0439888;OID=.,.,.;OPOS=138522418,138522419,138522417;OREF=CA,A,CCA;OALT=-,-,TCC;OMAPALT=C,CC,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:74:83:89:41:64:9,19,8:0,25,0:0,0.280899,0:2,17,8:7,2,0:24:17:0,16,0:0,9,0:31:33 chr7 138583840 . C A 739.11 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00906991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.354;QD=54.7489;RBI=0.0173013;REFB=-0.11782;REVB=0.0147333;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000676301;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:27:26:0:0:27:26:0:1 chr7 138732457 . G A 391.4 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00215799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.918;QD=15.3491;RBI=0.027901;REFB=0.000316927;REVB=0.0278175;RO=57;SAF=18;SAR=26;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124013;STB=0.502761;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.000251742;OID=.;OPOS=138732457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:57:58:44:44:0.431373:26:18:24:33:26:18:24:34 chr7 138732497 . G A 356.99 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.00224239;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.746;QD=16.2269;RBI=0.0156718;REFB=0.00108983;REVB=-0.0155105;RO=49;SAF=13;SAR=24;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511157;STB=0.514068;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0014038;OID=.;OPOS=138732497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:50:37:38:0.431818:24:13:15:34:25:13:16:34 chr7 138740037 . G C 994.34 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392648;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1696;QD=59.3638;RBI=0.0190273;REFB=0;REVB=-0.0186178;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644363;OID=.;OPOS=138740037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr7 138761034 . G C 405.51 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00670453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.641;QD=19.7807;RBI=0.0234711;REFB=0.00292182;REVB=-0.0224931;RO=41;SAF=12;SAR=29;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214051;STB=0.619357;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0051661;OID=.;OPOS=138761034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:29:12:21:20:29:12:21:20 chr7 138764060 . G A 273.99 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0165115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.957;QD=15.2216;RBI=0.0166527;REFB=-0.00265774;REVB=-0.00216346;RO=40;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900919;STB=0.558785;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0033388;OID=.;OPOS=138764060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:40:41:31:31:0.430556:19:12:19:21:19:12:20:21 chr7 138764145 . T C 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0120137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.645;QD=10.168;RBI=0.0158447;REFB=-0.00222502;REVB=-0.0103308;RO=37;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438589;STB=0.535543;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00420647;OID=.;OPOS=138764145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:38:19:19:0.333333:11:8:17:20:11:8:18:20 chr7 138874416 . C G,T 1165.31 PASS AF=0.950617,0.0246914;AO=76,3;DP=80;FAO=77,2;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=36,0;FSAR=41,2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00415966,-0.0528227;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=187.266,23.0129;QD=57.5463;RBI=0.0100001,0.0565905;REFB=-0.0754206,-0.0223524;REVB=-0.00909386,-0.0203039;RO=1;SAF=35,1;SAR=41,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0133285,-0.266641;STB=0.51351,0.994977;STBP=0.151,0.131;TYPE=snp,snp;VARB=0.00420761,0.213049;OID=.,.;OPOS=138874416,138874416;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:80:81:1:2:76,3:77,2:0.950617,0.0246914:41,2:35,1:1:0:41,2:36,0:2:0 chr7 139026152 . T G 282.59 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0603397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1149;QD=16.3823;RBI=0.0645968;REFB=-0.00813989;REVB=-0.0230623;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992344;STB=0.555319;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00749821;OID=.;OPOS=139026152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:31:32:0.463768:17:14:20:16:18:14:20:17 chr7 139077240 . C A 86.8 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0605838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5563;QD=12.8598;RBI=0.0607494;REFB=-0.0112612;REVB=-0.00448207;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21426;STB=0.624791;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0124829;OID=.;OPOS=139077240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:12:4:5:6:12:4 chr7 139077317 . T A 70.72 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=26;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0172369;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.1428;QD=10.1025;RBI=0.0174329;REFB=-0.00473886;REVB=-0.0026071;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469885;STB=0.571312;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0446775;OID=.;OPOS=139077317;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:26:28:15:16:9:12:0.428571:5:4:6:9:6:6:6:10 chr7 139097282 . A AC,ACT,AT 340.31 PASS AF=0.522388,0,0.0597015;AO=8,14,9;DP=75;FAO=35,0,4;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=17,0,2;FSAR=18,0,2;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00293695,-0.00184973,0.174975;FXX=0.0289813;HRUN=0,0,12;LEN=1,2,1;MLLD=115.682,115.558,3.26356;QD=20.3171;RBI=0.0131537,0.0379598,0.196329;REFB=0.00200835,0.00229209,0.0124896;REVB=-0.0128217,-0.0379147,-0.0890435;RO=31;SAF=2,6,2;SAR=6,8,7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.297214,-0.0638956,-0.337962;STB=0.506348,0.5,0.5;STBP=0.962,1,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0.00319816,-0.0143081,0.253189;OID=.,.,.;OPOS=139097283,139097283,139097283;OREF=-,-,-;OALT=C,CT,T;OMAPALT=AC,ACT,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522388,0,0.0597015:8,14,9:75:35,0,4:67:28:17,0,2:18,0,2:14:14:99:31:2,6,2:6,8,7:15:16 chr7 139097283 . T C 72.78 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0068406;FXX=0.0256377;HRUN=12;LEN=1;MLLD=97.5539;QD=3.83053;RBI=0.013522;REFB=0.000200728;REVB=-0.0116641;RO=55;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194332;STB=0.577347;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.000522448;OID=.;OPOS=139097283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:68:76:55:63:13:13:0.171053:6:7:21:34:6:7:28:35 chr7 139107660 . A G 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0438718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.467;QD=8.90066;RBI=0.0465432;REFB=-0.00034049;REVB=0.0155416;RO=36;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962951;STB=0.569979;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000197274;OID=.;OPOS=139107660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:41:18:18:0.305085:11:7:17:19:11:7:20:21 chr7 139252780 . T C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.052;QD=60.6077;RBI=0.0516605;REFB=0;REVB=0.0496497;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227196;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr7 139415775 . G C 379.83 PASS AF=0.421569;AO=42;DP=101;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0228545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.581;QD=14.8951;RBI=0.0620162;REFB=0.0151048;REVB=0.0576513;RO=58;SAF=20;SAR=22;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422322;STB=0.525102;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0113388;OID=.;OPOS=139415775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:58:59:42:43:0.421569:22:20:30:28:23:20:30:29 chr7 139415943 . G A 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0108188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.204;QD=16.4505;RBI=0.0118126;REFB=-0.0037422;REVB=-0.00474259;RO=45;SAF=16;SAR=20;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131259;STB=0.57373;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0045184;OID=.;OPOS=139415943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:20:16:26:19:20:16:26:19 chr7 139653196 . A C 647.97 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00061137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5884;QD=57.5977;RBI=0.000660532;REFB=-0.00698594;REVB=0.000250057;RO=1;SAF=15;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302739;STB=0.507358;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00165466;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:45:1:2:43:43:0.955556:28:15:1:0:28:15:1:1 chr7 139719829 . C T 393.17 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.506;QD=56.1666;RBI=0.0222873;REFB=0;REVB=-0.00696954;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311852;OID=.;OPOS=139719829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr7 139724358 . G A 1434.08 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7604;QD=63.0367;RBI=0.0389558;REFB=0;REVB=-0.0114411;RO=0;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142651;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:36:55:0:0:36:55:0:0 chr7 139724555 . C T 1300.41 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.878;QD=61.9243;RBI=0.0242572;REFB=0;REVB=-0.0180216;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39933e-05;OID=.;OPOS=139724555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:48:34:0:0:48:36:0:0 chr7 139727135 . G A 865.98 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.473;QD=57.732;RBI=0.0339768;REFB=0;REVB=0.0247826;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19996e-05;OID=.;OPOS=139727135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:33:23:0:0:35:25:0:0 chr7 139784641 . A G 650.96 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.364;QD=61.9958;RBI=0.0568381;REFB=0;REVB=0.0496719;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182902;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr7 139785701 . T C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00912907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.624;QD=14.1955;RBI=0.00993017;REFB=-0.00462534;REVB=-0.00390746;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204049;STB=0.617501;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00511026;OID=.;OPOS=139785701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:6:16:8:7:6:16 chr7 140043292 . TGA TAG 179.49 PASS AF=0.447368;AO=14;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0494233;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=62.207;QD=18.8937;RBI=0.059449;REFB=-0.0948442;REVB=0.0330381;RO=18;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212814;STB=0.575553;STBP=0.431;TYPE=mnp;VARB=0.0905791;OID=.;OPOS=140043293;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368:14:39:17:38:19:12:5:11:8:99:18:11:3:11:7 chr7 140051790 . T C 194.9 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0102953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.125;QD=17.3247;RBI=0.0107903;REFB=-0.0139281;REVB=-0.00323071;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194604;STB=0.5111;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0162597;OID=.;OPOS=140051790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:12:13:10:10:12:13 chr7 140158851 . C G 129.42 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0280885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.534;QD=21.5701;RBI=0.0464996;REFB=-0.0324364;REVB=0.0370574;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278298;STB=0.640814;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0283914;OID=.;OPOS=140158851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:23:24:9:10:14:14:0.583333:10:4:6:3:10:4:6:4 chr7 140258000 . T C 505.54 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184857;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.166;QD=59.4757;RBI=0.0312267;REFB=0;REVB=0.0251672;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231696;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr7 140301731 . G T 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.751;QD=55.5196;RBI=0.035217;REFB=-0.0174734;REVB=0.0329295;RO=1;SAF=22;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207674;STB=0.511104;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000363108;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:11:22:1:0:11:22:1:0 chr7 140501350 . GT G 47.2 PASS AF=0.348837;AO=16;DP=45;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0387456;FXX=0.0444346;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.88625;QD=4.3903;RBI=0.0663291;REFB=-0.0811924;REVB=0.0538361;RO=23;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11135;STB=0.578834;STBP=0.522;TYPE=del;VARB=0.156527;OID=.;OPOS=140501351;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348837:16:45:15:43:28:3:12:8:20:47:23:3:13:6:17 chr7 140774467 . C G 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0519479;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7171;QD=16.8209;RBI=0.0758094;REFB=-0.0706375;REVB=0.055213;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763028;STB=0.545316;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.050479;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:1:4:6:1:1:4 chr7 141170474 . G C 35.65 PASS AF=0.0729927;AO=11;DP=139;FAO=10;FDP=137;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=118;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=69;FWDB=-0.0539291;FXX=0.0143875;HRUN=7;LEN=1;MLLD=25.7973;QD=1.04094;RBI=0.107676;REFB=-0.0374992;REVB=0.0931969;RO=80;SAF=1;SAR=10;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492813;STB=0.851462;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.16643;OID=.;OPOS=141170474;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:139:137:80:118:11:10:0.0729927:10:1:36:44:9:1:49:69 chr7 141176928 . G A 287.55 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00483946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.358;QD=13.5319;RBI=0.0258943;REFB=-0.0165217;REVB=-0.0254381;RO=52;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16033;STB=0.591146;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0240768;OID=.;OPOS=141176928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:16:17:19:33:16:17:19:33 chr7 141364712 . G A 339.47 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.00350187;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0281;QD=14.9219;RBI=0.0280473;REFB=-0.0180391;REVB=0.0278278;RO=51;SAF=16;SAR=21;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256249;STB=0.656931;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0300651;OID=.;OPOS=141364712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:51:54:37:37:0.406593:21:16:35:16:21:16:38:16 chr7 141420768 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.892;QD=60.0309;RBI=0.0336051;REFB=0;REVB=0.0280222;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36797e-05;OID=.;OPOS=141420768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr7 141672604 . T C 155.13 PASS AF=0.653846;AO=9;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.113813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6853;QD=23.8663;RBI=0.116107;REFB=-0.0945915;REVB=0.0229678;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571344;STB=0.599877;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.037084;OID=.;OPOS=141672604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:26:26:8:9:9:17:0.653846:5:4:3:5:5:12:4:5 chr7 141673345 . C G 197.71 PASS AF=0.633333;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.119365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1339;QD=26.3612;RBI=0.122647;REFB=0.0394396;REVB=0.0281811;RO=11;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181409;STB=0.521716;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.018405;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:11:11:18:19:0.633333:11:7:4:7:11:8:4:7 chr7 141747658 . A G 680.93 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7842;QD=61.9027;RBI=0.0260488;REFB=0;REVB=0.00302397;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249556;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:28:16:0:0 chr7 141776541 . T C 354.22 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.021367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.271;QD=13.8911;RBI=0.0240584;REFB=-0.0196829;REVB=-0.011057;RO=61;SAF=25;SAR=16;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572045;STB=0.532426;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0231399;OID=.;OPOS=141776541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:16:25:34:27:16:25:34:27 chr7 141780686 . C G 71.48 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0140346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.746;QD=3.76188;RBI=0.0141162;REFB=-0.00820806;REVB=0.00151549;RO=63;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393015;STB=0.755364;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0485216;OID=.;OPOS=141780686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:63:63:13:13:0.171053:4:9:23:40:4:9:23:40 chr7 141784326 . G C 2065.98 PASS AF=0.913043;AO=146;DP=160;FAO=147;FDP=161;FR=.;FRO=14;FSAF=106;FSAR=41;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00303765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6665;QD=51.3287;RBI=0.00992441;REFB=-0.0376536;REVB=0.0094481;RO=13;SAF=106;SAR=40;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236779;STB=0.507028;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.022781;OID=.;OPOS=141784326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:160:161:13:14:146:147:0.913043:40:106:11:2:41:106:11:3 chr7 141796131 . G A 885.41 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.457;QD=58.0599;RBI=0.0219469;REFB=0;REVB=0.0105052;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12375e-05;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:28:33:0:0 chr7 141838362 . C G 397.58 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.00172245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.698;QD=15.1461;RBI=0.0242777;REFB=-0.0208903;REVB=-0.0242165;RO=57;SAF=15;SAR=30;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521117;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0267554;OID=.;OPOS=141838362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:60:45:45:0.428571:30:15:19:38:30:15:22:38 chr7 141857846 . A G 2389.39 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.584;QD=64.1446;RBI=0.0363019;REFB=0;REVB=0.00723643;RO=0;SAF=75;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21069e-05;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:73:75:0:0:73:76:0:0 chr7 141896059 . A G 525.83 PASS AF=0.531915;AO=49;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0124511;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.199;QD=22.3758;RBI=0.0172955;REFB=-0.013118;REVB=0.0120044;RO=44;SAF=20;SAR=29;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209088;STB=0.515412;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0133089;OID=.;OPOS=141896059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:49:50:0.531915:29:20:19:25:30:20:19:25 chr7 141898522 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.959;QD=52.6131;RBI=0.0302983;REFB=0;REVB=0.0281891;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264556;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr7 141957504 . A G 229.68 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0188656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.762;QD=19.9724;RBI=0.0285952;REFB=-0.0292863;REVB=0.0214889;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141866;STB=0.587709;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0231148;OID=.;OPOS=141957504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:9:13:10:13:9:14:10:13 chr7 142001030 . A G 1101.28 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314671;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.139;QD=60.3439;RBI=0.0572636;REFB=0;REVB=0.0478429;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226132;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr7 142013384 . G A,C 762.41 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=2,50;DP=52;FAO=1,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,34;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422898,0.045693;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.8559,97.3489;QD=56.4748;RBI=0.00963303,0.0459248;REFB=0,0;REVB=0.00865512,0.00460911;RO=0;SAF=2,31;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.103852,-0.00217925;OID=.,.;OPOS=142013384,142013384;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:52:54:0:0:2,50:1,53:0.0185185,0.981481:0,19:2,31:0:0:0,19:1,34:0:0 chr7 142028355 . A G 43.99 PASS AF=0.1;AO=11;DP=110;FAO=11;FDP=110;FR=.;FRO=99;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=58;FSRR=41;FWDB=-0.00699937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.6;QD=1.59948;RBI=0.00828018;REFB=-0.00158174;REVB=-0.00442383;RO=95;SAF=3;SAR=8;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343437;STB=0.768045;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0138174;OID=.;OPOS=142028355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:110:110:95:99:11:11:0.1:8:3:54:41:8:3:58:41 chr7 142045848 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.606;QD=62.0213;RBI=0.0419718;REFB=0;REVB=0.0394239;RO=0;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49562e-05;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:35:7:0:0:35:7:0:0 chr7 142045924 . A G 543.96 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136411;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0258;QD=60.4399;RBI=0.142828;REFB=0;REVB=0.0423327;RO=0;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00338476;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:30:5:0:0:31:5:0:0 chr7 142099484 . G C 70.18 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.110692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.879;QD=5.19842;RBI=0.110726;REFB=-0.0224239;REVB=0.00277247;RO=40;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29951;STB=0.653206;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.074086;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:51:54:40:43:11:11:0.203704:5:6:12:28:5:6:15:28 chr7 142119831 . G A 573.14 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0391187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.63;QD=55.9163;RBI=0.0513062;REFB=-0.0570121;REVB=0.0331971;RO=2;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492729;STB=0.526302;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00635224;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:18:21:0:2:18:21:0:2 chr7 142124170 . C T 888.56 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.279;QD=56.4165;RBI=0.0424292;REFB=0.0324853;REVB=0.0359799;RO=1;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019264;STB=0.510201;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000158652;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:24:38:0:1:24:38:0:1 chr7 142124424 . T G 1147.09 PASS AF=0.975;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0307632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.084;QD=57.3546;RBI=0.0342461;REFB=-0.029672;REVB=0.0150473;RO=2;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242558;STB=0.512497;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000441463;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:2:2:77:78:0.975:38:39:0:2:39:39:0:2 chr7 142124539 . C T 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0272351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1416;QD=4.65888;RBI=0.0272502;REFB=-0.016514;REVB=-0.000906078;RO=34;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513434;STB=0.820358;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0459865;OID=.;OPOS=142124539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:34:35:8:8:0.186047:6:2:24:10:6:2:24:11 chr7 142139348 . C T 1166.99 PASS AF=1;AO=76;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216656;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6943;QD=59.8456;RBI=0.0217715;REFB=-0.0309456;REVB=0.00214427;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018768;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:78:0:0:76:78:1:49:27:0:0:49:29:0:0 chr7 142139783 . C A,G 598.7 PASS AF=0.880952,0.0952381;AO=37,4;DP=42;FAO=37,4;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15,4;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144712,0.0320314;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=240.903,19.498;QD=57.0191;RBI=0.0280296,0.0427665;REFB=-0.0862502,-0.0302199;REVB=0.024005,-0.0283366;RO=1;SAF=15,4;SAR=22,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0208135,0.749895;STB=0.511105,0.995941;STBP=0.506,0.099;TYPE=snp,snp;VARB=0.000496299,0.101812;OID=.,.;OPOS=142139783,142139783;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:42:42:1:1:37,4:37,4:0.880952,0.0952381:22,0:15,4:0:1:22,0:15,4:0:1 chr7 142143804 . A C 1388.19 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0192945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.034;QD=61.0194;RBI=0.026698;REFB=0.170049;REVB=0.0184527;RO=1;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126361;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000290333;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:37:52:0:1:38:52:0:1 chr7 142149160 . T G 1434.39 PASS AF=0.98;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0146455;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.562;QD=57.3754;RBI=0.0329432;REFB=0.0050729;REVB=0.0295087;RO=2;SAF=30;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00862232;STB=0.504547;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=3.94951e-05;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:100:2:2:98:98:0.98:68:30:1:1:68:30:1:1 chr7 142149349 . A C 767.66 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305692;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.976;QD=63.9717;RBI=0.0425499;REFB=0;REVB=0.0295976;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138117;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:45:48:1:24:21:0:0:25:23:0:0 chr7 142162001 . A C 2120.38 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.766;QD=62.8261;RBI=0.0073476;REFB=0;REVB=0.00647683;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27615e-05;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:72:62:0:0:73:62:0:0 chr7 142162148 . C T 2200.64 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.427;QD=62.4294;RBI=0.0196842;REFB=-0.0694185;REVB=-0.014402;RO=1;SAF=77;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613526;STB=0.503225;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000379738;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:63:77:1:0:63:77:1:0 chr7 142162306 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00737689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.559;QD=64.1539;RBI=0.0161468;REFB=0;REVB=0.0143631;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90433e-06;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr7 142168429 . A G 759.85 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025554;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.249;QD=57.3474;RBI=0.0269892;REFB=0;REVB=0.00868363;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596068;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr7 142168452 . C A 959.33 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608605;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.408;QD=59.0358;RBI=0.0133419;REFB=0;REVB=-0.011873;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336609;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr7 142168662 . CG TC 702.86 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217645;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.003;QD=55.126;RBI=0.0707683;REFB=0;REVB=0.0707349;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000649835;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:49:51:1:36:13:0:0:36:15:0:0 chr7 142168799 . C T 31.89 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0414669;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5689;QD=2.50104;RBI=0.0445352;REFB=-0.00242068;REVB=0.0162444;RO=46;SAF=1;SAR=5;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489719;STB=0.867162;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0439336;OID=.;OPOS=142168799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:51:46:45:6:6:0.117647:5:1:28:18:5:1:28:17 chr7 142168803 . C G 31.83 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.113956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8346;QD=2.49622;RBI=0.116238;REFB=0.00309808;REVB=-0.0229162;RO=44;SAF=1;SAR=5;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478093;STB=0.857786;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.052392;OID=.;OPOS=142168803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:44:45:6:6:0.117647:5:1:26:18:5:1:27:18 chr7 142168818 . C T 32.88 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0332885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.251;QD=2.98871;RBI=0.0425727;REFB=-0.013112;REVB=-0.0265389;RO=36;SAF=1;SAR=5;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436734;STB=0.832224;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0852735;OID=.;OPOS=142168818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:36:38:6:6:0.136364:5:1:19:17:5:1:21:17 chr7 142168819 . G A 509.33 PASS AF=0.863636;AO=37;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0448635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.602;QD=46.303;RBI=0.0467611;REFB=-0.0773854;REVB=0.0131859;RO=5;SAF=20;SAR=17;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313027;STB=0.552604;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0148162;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:44:44:5:6:37:38:0.863636:17:20:2:3:17:21:1:5 chr7 142168825 . C A 33.28 PASS AF=0.133333;AO=5;DP=44;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0483916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.862;QD=2.95781;RBI=0.0706645;REFB=-0.000273392;REVB=0.0514948;RO=39;SAF=1;SAR=4;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384927;STB=0.825964;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00737565;OID=.;OPOS=142168825;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:44:45:39:39:5:6:0.133333:4:1:21:18:5:1:21:18 chr7 142168839 . G T 32.93 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.024944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.265;QD=3.13577;RBI=0.0255014;REFB=-0.00127125;REVB=-0.0053026;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496896;STB=0.857098;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0562758;OID=.;OPOS=142168839;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:41:42:35:36:6:6:0.142857:5:1:21:14:5:1:22:14 chr7 142168856 . C G 431.6 PASS AF=0.85;AO=24;DP=40;FAO=34;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.109753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.9615;QD=43.1599;RBI=0.110289;REFB=-0.146765;REVB=0.0108634;RO=6;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153005;STB=0.569236;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0369918;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:40:40:6:6:24:34:0.85:10:14:1:5:13:21:1:5 chr7 142168862 . A G 33.04 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0311617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.972;QD=3.30409;RBI=0.0381299;REFB=-0.00525015;REVB=0.0219735;RO=34;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512098;STB=0.858265;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0104112;OID=.;OPOS=142168862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:5:1:21:13:5:1:21:13 chr7 142176378 . A G 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.841;QD=60.0276;RBI=0.048892;REFB=0;REVB=0.0417684;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71474e-05;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr7 142180646 . AG CT 34.03 PASS AF=0.0754717;AO=11;DP=159;FAO=12;FDP=159;FR=.;FRO=147;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=86;FSRR=61;FWDB=-0.025936;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.726;QD=0.856034;RBI=0.0453669;REFB=-0.00335248;REVB=-0.037222;RO=143;SAF=10;SAR=1;SRF=84;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399509;STB=0.765931;STBP=0.07;TYPE=mnp;VARB=0.0377704;OID=.;OPOS=142180646;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:159:159:143:147:11:12:0.0754717:1:10:84:59:2:10:86:61 chr7 142180704 . G T 376.1 PASS AF=0.264423;AO=55;DP=208;FAO=55;FDP=208;FR=.;FRO=153;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=79;FSRR=74;FWDB=0.0151043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.31;QD=7.2326;RBI=0.0292144;REFB=-0.00718456;REVB=-0.0250069;RO=153;SAF=26;SAR=29;SRF=79;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540391;STB=0.532052;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0167008;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:153:153:55:55:0.264423:29:26:79:74:29:26:79:74 chr7 142180737 . T A 339.19 PASS AF=0.256545;AO=49;DP=191;FAO=49;FDP=191;FR=.;FRO=142;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=-0.0142712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.024;QD=7.10354;RBI=0.014935;REFB=-0.0140054;REVB=-0.00440301;RO=142;SAF=23;SAR=26;SRF=68;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118465;STB=0.50707;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0588125;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:142:142:49:49:0.256545:26:23:68:74:26:23:68:74 chr7 142180770 . T C 239.21 PASS AF=0.248227;AO=33;DP=139;FAO=35;FDP=141;FR=.;FRO=106;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.00358018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.364;QD=6.78614;RBI=0.00596107;REFB=-0.00386909;REVB=-0.0047662;RO=105;SAF=16;SAR=17;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468001;STB=0.531879;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0127944;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:105:106:33:35:0.248227:17:16:47:58:18:17:47:59 chr7 142231701 . G T 855.58 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7733;QD=57.0385;RBI=0.0417259;REFB=0;REVB=0.0303345;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564201;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:18:39:0:0:19:41:0:0 chr7 142242511 . A G 44.39 PASS AF=0.0884354;AO=13;DP=147;FAO=13;FDP=147;FR=.;FRO=134;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=-0.0478102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1082;QD=1.20794;RBI=0.0578524;REFB=-0.00420171;REVB=-0.0325742;RO=134;SAF=5;SAR=8;SRF=63;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1002;STB=0.579216;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0329321;OID=.;OPOS=142242511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:147:147:134:134:13:13:0.0884354:8:5:63:71:8:5:63:71 chr7 142242552 . G T 56.79 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=94;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=58;FWDB=-0.0088653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.461;QD=2.41677;RBI=0.0176852;REFB=-0.00174194;REVB=-0.0153027;RO=82;SAF=4;SAR=8;SRF=24;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581497;STB=0.540918;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0121001;OID=.;OPOS=142242552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:94:94:82:82:12:12:0.12766:8:4:24:58:8:4:24:58 chr7 142247134 . T C 907.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196432;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.399;QD=58.538;RBI=0.0464217;REFB=0;REVB=0.0420609;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019817;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:20:41:0:0:21:41:0:0 chr7 142247263 . G A 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0125582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260;QD=4.15607;RBI=0.0130657;REFB=-0.000512088;REVB=0.00360632;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914448;STB=0.545305;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00385254;OID=.;OPOS=142247263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:26:27:6:6:0.181818:3:3:15:11:3:3:15:12 chr7 142247270 . TG CA 43.84 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0497762;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.884;QD=5.48034;RBI=0.0502387;REFB=-0.0180305;REVB=0.00680129;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348364;STB=0.522871;STBP=0.907;TYPE=mnp;VARB=0.0192438;OID=.;OPOS=142247270;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:15:10:3:4:15:10 chr7 142247285 . G C 94.67 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.025116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5839;QD=10.82;RBI=0.0251173;REFB=-0.01484;REVB=-0.000258914;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168049;STB=0.59984;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0276301;OID=.;OPOS=142247285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:15:8:6:6:15:8 chr7 142247288 . T C 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0188824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.767;QD=10.1418;RBI=0.0267683;REFB=-0.0093578;REVB=-0.0189735;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157864;STB=0.594443;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0210767;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:6:6:16:9:6:6:16:9 chr7 142247347 . AT CC 117.41 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0841357;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=87.2828;QD=12.0421;RBI=0.108532;REFB=-0.011443;REVB=-0.0685592;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733535;STB=0.538407;STBP=0.733;TYPE=mnp;VARB=0.0165878;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:25:14:14:0.358974:7:7:12:9:7:7:14:11 chr7 142247380 . T A 74.58 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0488966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3692;QD=10.2867;RBI=0.0817038;REFB=-0.0174207;REVB=0.065457;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162054;STB=0.549196;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00951753;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:19:19:9:10:0.344828:3:6:10:9:4:6:10:9 chr7 142247396 . A T 58.06 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0286406;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.803;QD=8.9323;RBI=0.0387176;REFB=-0.00905671;REVB=-0.0260532;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618928;STB=0.538366;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0387541;OID=.;OPOS=142247396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:27:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:8:10:4:4:8:10 chr7 142247571 . A G 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00417641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.329;QD=5.68977;RBI=0.0109673;REFB=-0.021838;REVB=0.0101409;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128081;STB=0.59968;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0455479;OID=.;OPOS=142247571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:3:3:7:11:3:3:7:12 chr7 142250938 . T G 636.53 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.56;QD=60.6221;RBI=0.0702828;REFB=0;REVB=0.052298;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531109;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:16:24:0:0:16:26:0:0 chr7 142250988 . G A 656.25 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00339284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5197;QD=59.6593;RBI=0.0565983;REFB=-0.0896057;REVB=0.0564965;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00242783;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:22:21:0:1:22:21:0:1 chr7 142251132 . G T 613.58 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.566;QD=61.358;RBI=0.0422994;REFB=0;REVB=0.0274452;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170705;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:21:19:0:0 chr7 142326607 . C T 378.83 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00587201;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.878;QD=18.4795;RBI=0.00755001;REFB=-0.0210639;REVB=-0.00474575;RO=45;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322602;STB=0.512814;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0202209;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:45:43:38:39:0.47561:19:19:24:21:20:19:22:21 chr7 142326909 . C G 728.7 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218891;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8858;QD=57.153;RBI=0.0694954;REFB=0;REVB=0.0659582;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774783;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr7 142334648 . A T 326.05 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00528111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.409;QD=17.3893;RBI=0.0472613;REFB=-0.00259695;REVB=-0.0469653;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848956;STB=0.547502;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00217398;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:17:18:17:23:17:18:17:23 chr7 142378633 . G A 531.83 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00272675;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6472;QD=57.4955;RBI=0.0236489;REFB=-0.143373;REVB=0.0234912;RO=2;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00618158;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00220006;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:2:1:34:36:0.972973:19:15:1:1:19:17:1:0 chr7 142378831 . C G 631.45 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.364;QD=60.1377;RBI=0.12748;REFB=0;REVB=0.126982;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158388;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:15:25:0:0:17:25:0:0 chr7 142423562 . C T 1171.88 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9215;QD=60.877;RBI=0.0190681;REFB=0;REVB=0.00967619;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5565e-05;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr7 142458409 . C G 54.02 PASS AF=0.0871795;AO=17;DP=194;FAO=17;FDP=195;FR=.;FRO=178;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=99;FSRR=79;FWDB=-0.00390014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3856;QD=1.10802;RBI=0.00973103;REFB=-0.00210939;REVB=0.00891526;RO=177;SAF=10;SAR=7;SRF=99;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343402;STB=0.529848;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0227037;OID=.;OPOS=142458409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:194:195:177:178:17:17:0.0871795:7:10:99:78:7:10:99:79 chr7 142458412 . C T 52.47 PASS AF=0.0841584;AO=17;DP=185;FAO=17;FDP=202;FR=.;FRO=185;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=104;FSRR=81;FWDB=-0.0531062;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.6312;QD=1.0391;RBI=0.0538351;REFB=-0.00599211;REVB=-0.00882895;RO=168;SAF=11;SAR=6;SRF=90;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133819;STB=0.580959;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0599974;OID=.;OPOS=142458412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:185:202:168:185:17:17:0.0841584:6:11:90:78:6:11:104:81 chr7 142458414 . C T 57.46 PASS AF=0.0878049;AO=17;DP=204;FAO=18;FDP=205;FR=.;FRO=187;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=105;FSRR=82;FWDB=-0.0292535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.087;QD=1.12122;RBI=0.0301983;REFB=-0.00140714;REVB=-0.00749484;RO=186;SAF=11;SAR=6;SRF=104;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104524;STB=0.54657;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0173242;OID=.;OPOS=142458414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:204:205:186:187:17:18:0.0878049:6:11:104:82:7:11:105:82 chr7 142458437 . C T 1196.87 PASS AF=0.491736;AO=116;DP=241;FAO=119;FDP=242;FR=.;FRO=123;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=-0.00930321;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3455;QD=19.7829;RBI=0.0117096;REFB=-0.0239771;REVB=-0.0071109;RO=120;SAF=62;SAR=54;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396653;STB=0.508619;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0193347;OID=.;OPOS=142458437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:120:123:116:119:0.491736:54:62:59:61:57:62:62:61 chr7 142458451 . A T 74.58 PASS AF=0.0931174;AO=23;DP=247;FAO=23;FDP=247;FR=.;FRO=224;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=105;FSRR=119;FWDB=0.00190511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.948;QD=1.20779;RBI=0.00482567;REFB=0.000617213;REVB=-0.00443369;RO=222;SAF=16;SAR=7;SRF=104;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269511;STB=0.703981;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0168074;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:247:247:222:224:23:23:0.0931174:7:16:104:118:7:16:105:119 chr7 142460313 . T C 501.26 PASS AF=0.340659;AO=62;DP=182;FAO=62;FDP=182;FR=.;FRO=120;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=60;FWDB=-0.0109878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.119;QD=11.0168;RBI=0.0192994;REFB=-0.0105144;REVB=0.0158662;RO=119;SAF=38;SAR=24;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136398;STB=0.575733;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0172274;OID=.;OPOS=142460313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:119:120:62:62:0.340659:24:38:59:60:24:38:60:60 chr7 142460335 . A G 300.04 PASS AF=0.261628;AO=43;DP=169;FAO=45;FDP=172;FR=.;FRO=127;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=68;FSRR=59;FWDB=-0.0120122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.791;QD=6.97757;RBI=0.0171962;REFB=-0.00432222;REVB=0.0123051;RO=126;SAF=21;SAR=22;SRF=67;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539737;STB=0.534316;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0274712;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:126:127:43:45:0.261628:22:21:67:59:23:22:68:59 chr7 142460339 . G A 32.67 PASS AF=0.0701754;AO=12;DP=171;FAO=12;FDP=171;FR=.;FRO=159;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=85;FSRR=74;FWDB=-0.0208909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1423;QD=0.764242;RBI=0.03794;REFB=-0.000431231;REVB=0.0316705;RO=158;SAF=5;SAR=7;SRF=84;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124379;STB=0.608517;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0119949;OID=.;OPOS=142460339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:171:171:158:159:12:12:0.0701754:7:5:84:74:7:5:85:74 chr7 142460369 . G A 222.54 PASS AF=0.223602;AO=35;DP=163;FAO=36;FDP=161;FR=.;FRO=125;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=0.0385535;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.152;QD=5.52886;RBI=0.0387244;REFB=-0.00180828;REVB=-0.00363492;RO=125;SAF=14;SAR=21;SRF=69;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191793;STB=0.604259;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00664716;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:125:125:35:36:0.223602:21:14:69:56:21:15:69:56 chr7 142460394 . T C 93.95 PASS AF=0.136986;AO=20;DP=146;FAO=20;FDP=146;FR=.;FRO=126;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=70;FSRR=56;FWDB=-0.00442424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8536;QD=2.57396;RBI=0.0275716;REFB=-0.00353029;REVB=-0.0272143;RO=126;SAF=8;SAR=12;SRF=70;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193916;STB=0.632303;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0185405;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:146:146:126:126:20:20:0.136986:12:8:70:56:12:8:70:56 chr7 142460412 . A C 66.74 PASS AF=0.12605;AO=15;DP=119;FAO=15;FDP=119;FR=.;FRO=104;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.0141113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.736;QD=2.24335;RBI=0.0152961;REFB=-0.00780946;REVB=-0.00590274;RO=103;SAF=7;SAR=8;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095063;STB=0.570698;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0369467;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:119:119:103:104:15:15:0.12605:8:7:56:47:8:7:57:47 chr7 142460415 . T C 61.59 PASS AF=0.125;AO=13;DP=111;FAO=14;FDP=112;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.0251633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.561;QD=2.19952;RBI=0.0319399;REFB=-0.00190176;REVB=0.0196715;RO=98;SAF=6;SAR=7;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839301;STB=0.526748;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0498473;OID=.;OPOS=142460415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:111:112:98:98:13:14:0.125:7:6:52:46:7:7:52:46 chr7 142460865 . T C 83.09 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0387502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4744;QD=9.49604;RBI=0.0525531;REFB=-0.025633;REVB=-0.0354999;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237362;STB=0.642612;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0748324;OID=.;OPOS=142460865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:8:16:5:6:8:16 chr7 142470290 . T C 288.71 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.000378763;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.616;QD=13.2739;RBI=0.00474174;REFB=-0.0152232;REVB=-0.00472659;RO=52;SAF=13;SAR=20;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195691;STB=0.611468;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0277124;OID=.;OPOS=142470290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:54:33:33:0.37931:20:13:30:22:20:13:31:23 chr7 142478897 . T C 575.13 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.14443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.131;QD=60.5395;RBI=0.145786;REFB=0;REVB=0.0198376;RO=0;SAF=4;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183761;OID=.;OPOS=142478897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:34:4:0:0:34:4:0:0 chr7 142479915 . T C 453.34 PASS AF=0.462963;AO=46;DP=103;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00341842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.438;QD=16.7905;RBI=0.00498887;REFB=-0.0104956;REVB=-0.00363362;RO=53;SAF=17;SAR=29;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835333;STB=0.515501;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00543291;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:108:53:58:46:50:0.462963:29:17:24:29:29:21:26:32 chr7 142479940 . C T 579.7 PASS AF=0.424837;AO=64;DP=152;FAO=65;FDP=153;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0174813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.155;QD=15.1556;RBI=0.0274037;REFB=-0.00381538;REVB=-0.0211037;RO=87;SAF=31;SAR=33;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101689;STB=0.502112;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00907785;OID=.;OPOS=142479940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:87:88:64:65:0.424837:33:31:43:44:33:32:43:45 chr7 142479954 . C T 1028.99 PASS AF=0.620915;AO=94;DP=157;FAO=95;FDP=153;FR=.;FRO=58;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0114251;FXX=0.0316436;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.286;QD=26.9018;RBI=0.0115284;REFB=-0.0196263;REVB=0.00153996;RO=59;SAF=48;SAR=46;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859698;STB=0.541171;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0129723;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:153:59:58:94:95:0.620915:46:48:23:36:47:48:23:35 chr7 142480002 . C A 1400.87 PASS AF=0.672316;AO=119;DP=177;FAO=119;FDP=177;FR=.;FRO=58;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.023265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.982;QD=31.6582;RBI=0.0346186;REFB=-0.0470899;REVB=0.0256357;RO=58;SAF=59;SAR=60;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395246;STB=0.521228;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0185573;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:58:58:119:119:0.672316:60:59:25:33:60:59:25:33 chr7 142480012 . C T 418.48 PASS AF=0.307263;AO=55;DP=182;FAO=55;FDP=179;FR=.;FRO=124;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=0.0392857;FXX=0.0164826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.309;QD=9.3516;RBI=0.0399505;REFB=-0.00434904;REVB=-0.00725802;RO=122;SAF=23;SAR=32;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785445;STB=0.546036;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00593997;OID=.;OPOS=142480012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:179:122:124:55:55:0.307263:32:23:59:63:32:23:60:64 chr7 142480034 . C A 442.54 PASS AF=0.333333;AO=50;DP=171;FAO=60;FDP=180;FR=.;FRO=120;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=0.0153445;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.439;QD=9.83411;RBI=0.0153628;REFB=-0.0163424;REVB=0.000750001;RO=116;SAF=15;SAR=35;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21125;STB=0.580126;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0324031;OID=.;OPOS=142480034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:180:116:120:50:60:0.333333:35:15:54:62:38:22:58:62 chr7 142480067 . C T 763.16 PASS AF=0.650943;AO=69;DP=107;FAO=69;FDP=106;FR=.;FRO=37;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0221006;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.677;QD=28.7985;RBI=0.0237673;REFB=-0.00550214;REVB=-0.00874362;RO=37;SAF=34;SAR=35;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914943;STB=0.549424;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00196817;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:37:37:69:69:0.650943:35:34:13:24:35:34:13:24 chr7 142481234 . T C 598.0 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.453;QD=59.7999;RBI=0.044489;REFB=0;REVB=0.0389392;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387599;OID=.;OPOS=142481234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:17:23:0:0 chr7 142481807 . C T 640.46 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.416;QD=59.5778;RBI=0.0212818;REFB=0;REVB=0.00420911;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671761;OID=.;OPOS=142481807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:20:23:0:0 chr7 142481867 . C G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5523;QD=61.6837;RBI=0.0463042;REFB=0;REVB=-0.0376218;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126262;OID=.;OPOS=142481867;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr7 142495126 . GG AT 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00498776;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=215.024;QD=14.6657;RBI=0.0152383;REFB=-0.0180764;REVB=-0.0143989;RO=21;SAF=13;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359446;STB=0.713945;STBP=0.077;TYPE=mnp;VARB=0.0225755;OID=.;OPOS=142495126;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:2:13:13:8:2:13:13:8 chr7 142498833 . A T 289.76 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0434899;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3965;QD=15.6626;RBI=0.0588257;REFB=-0.022483;REVB=0.0396118;RO=39;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163561;STB=0.523048;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0233747;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:42:32:32:0.432432:21:11:14:25:21:11:16:26 chr7 142498837 . C T 323.17 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0356668;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.767;QD=16.7881;RBI=0.042204;REFB=-0.00114172;REVB=0.0225623;RO=41;SAF=11;SAR=24;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081625;STB=0.540878;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00151198;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:41:42:35:35:0.454545:24:11:16:25:24:11:16:26 chr7 142498897 . A G 381.84 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00630565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.567;QD=17.1613;RBI=0.0314306;REFB=-0.0135278;REVB=-0.0307916;RO=49;SAF=16;SAR=24;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012564;STB=0.507039;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0192481;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:24:16:19:30:24:16:19:30 chr7 142499071 . T C 530.48 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0250018;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.876;QD=22.336;RBI=0.025034;REFB=-0.0271823;REVB=0.00127052;RO=41;SAF=22;SAR=28;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595719;STB=0.554784;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0213506;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:45:50:50:0.526316:28:22:21:20:28:22:25:20 chr7 142499836 . T C 36.37 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0396952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9012;QD=2.50849;RBI=0.04099;REFB=0.00546994;REVB=-0.010221;RO=50;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357181;STB=0.784787;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0441193;OID=.;OPOS=142499836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:58:50:51:7:7:0.12069:6:1:20:30:6:1:21:30 chr7 142499854 . T C 32.13 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00750812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5726;QD=2.57052;RBI=0.00754577;REFB=0.00209297;REVB=-0.000752808;RO=44;SAF=1;SAR=5;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343668;STB=0.768239;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.016986;OID=.;OPOS=142499854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:5:1:19:25:5:1:19:25 chr7 142499862 . C T 32.6 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0335119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.099;QD=2.77409;RBI=0.0396691;REFB=-0.00516406;REVB=0.021227;RO=40;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318435;STB=0.755348;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0363933;OID=.;OPOS=142499862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:40:41:6:6:0.12766:5:1:16:24:5:1:17:24 chr7 142499874 . T C 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00576413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0116;QD=3.24544;RBI=0.0390677;REFB=-0.00316527;REVB=0.0386402;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350753;STB=0.760933;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0265318;OID=.;OPOS=142499874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:5:1:15:20:5:1:15:20 chr7 142499880 . C T 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.143892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.12;QD=3.24569;RBI=0.152813;REFB=-0.009078;REVB=-0.0514476;RO=34;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335764;STB=0.760933;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0415697;OID=.;OPOS=142499880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:34:35:6:6:0.146341:5:1:14:20:5:1:15:20 chr7 142510309 . A G 162.94 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0490822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4824;QD=9.17948;RBI=0.049195;REFB=-0.00347446;REVB=-0.00332921;RO=49;SAF=17;SAR=5;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336354;STB=0.701084;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00533601;OID=.;OPOS=142510309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:5:17:25:24:5:17:25:24 chr7 142510350 . G A 180.85 PASS AF=0.284091;AO=24;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0157664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.04;QD=8.22053;RBI=0.0184223;REFB=-0.00151218;REVB=-0.00952901;RO=62;SAF=18;SAR=6;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250018;STB=0.618082;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00526078;OID=.;OPOS=142510350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:63:24:25:0.284091:6:18:35:27:7:18:36:27 chr7 142510446 . G A 293.22 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00889266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.169;QD=12.4772;RBI=0.0167946;REFB=-0.00874698;REVB=0.0142471;RO=60;SAF=15;SAR=19;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102345;STB=0.558789;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.01915;OID=.;OPOS=142510446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:60:34:34:0.361702:19:15:32:28:19:15:32:28 chr7 142566684 . C CCT 145.49 PASS AF=0.346939;AO=14;DP=51;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0283813;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=2;MLLD=127.16;QD=11.877;RBI=0.0284853;REFB=0.000315426;REVB=0.00243263;RO=32;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227598;STB=0.611623;STBP=0.314;TYPE=ins;VARB=-0.000968598;OID=.;OPOS=142566685;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346939:14:51:17:49:32:4:13:12:20:99:32:3:11:12:20 chr7 142569596 . A G 125.38 PASS AF=0.305085;AO=17;DP=58;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00917788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0459;QD=8.50043;RBI=0.0325627;REFB=-0.00917519;REVB=-0.0312425;RO=40;SAF=6;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147632;STB=0.595129;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0150646;OID=.;OPOS=142569596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:40:41:17:18:0.305085:11:6:19:21:12:6:19:22 chr7 142570142 . T C 461.88 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00456845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.914;QD=21.4827;RBI=0.0378052;REFB=-0.0179523;REVB=-0.0375282;RO=40;SAF=28;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10746;STB=0.554283;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.015634;OID=.;OPOS=142570142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:17:28:20:20:17:28:21:20 chr7 142572649 . A G 479.42 PASS AF=0.560976;AO=44;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0036199;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.7966;QD=23.3863;RBI=0.0533391;REFB=-0.0601187;REVB=-0.0532161;RO=38;SAF=18;SAR=26;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356206;STB=0.501113;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0474283;OID=.;OPOS=142572649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:36:44:46:0.560976:26:18:14:24:28:18:14:22 chr7 142572908 . T C 445.78 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00132681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.379;QD=18.195;RBI=0.00181419;REFB=-0.017153;REVB=-0.00123728;RO=53;SAF=23;SAR=22;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129403;STB=0.572108;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0192941;OID=.;OPOS=142572908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:22:23:20:33:22:23:20:33 chr7 142573263 . C T 365.24 PASS AF=0.409524;AO=41;DP=103;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.0110263;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5871;QD=13.914;RBI=0.0120655;REFB=-0.0205081;REVB=0.00489876;RO=57;SAF=30;SAR=11;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601938;STB=0.549256;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0514183;OID=.;OPOS=142573263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:57:62:41:43:0.409524:11:30:39:18:11:32:42:20 chr7 142574913 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0103337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.331;QD=14.6574;RBI=0.044638;REFB=-0.00435205;REVB=0.0434254;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122807;STB=0.57132;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00362953;OID=.;OPOS=142574913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:7:10:6:7:7:10 chr7 142622714 . G A 485.21 PASS AF=0.442623;AO=53;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0471513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2809;QD=15.9086;RBI=0.0473265;REFB=-0.0108645;REVB=-0.00406779;RO=68;SAF=29;SAR=24;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916184;STB=0.545162;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.019421;OID=.;OPOS=142622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:53:54:0.442623:24:29:31:37:25:29:31:37 chr7 142625249 . T C 102.61 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0294444;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.622;QD=7.07622;RBI=0.0299292;REFB=-0.0178472;REVB=0.00536511;RO=44;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951509;STB=0.567417;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0349444;OID=.;OPOS=142625249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:44:43:15:15:0.258621:7:8:20:24:7:8:19:24 chr7 142625258 . G A 101.42 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0159789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.518;QD=6.87601;RBI=0.0167787;REFB=-0.0129347;REVB=-0.00511868;RO=44;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951509;STB=0.558481;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0281702;OID=.;OPOS=142625258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:7:8:20:24:7:8:20:24 chr7 142625882 . G A 707.09 PASS AF=0.4;AO=78;DP=196;FAO=78;FDP=195;FR=.;FRO=117;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=75;FWDB=-0.0176665;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.966;QD=14.5044;RBI=0.0180556;REFB=-0.0169335;REVB=0.00372839;RO=117;SAF=38;SAR=40;SRF=42;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137913;STB=0.577259;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0277064;OID=.;OPOS=142625882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:117:117:78:78:0.4:40:38:42:75:40:38:42:75 chr7 142625933 . G A 663.42 PASS AF=0.366972;AO=80;DP=218;FAO=80;FDP=218;FR=.;FRO=138;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=88;FWDB=0.0831479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2445;QD=12.1729;RBI=0.0837202;REFB=-0.0205056;REVB=-0.00977268;RO=136;SAF=41;SAR=39;SRF=49;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169101;STB=0.594655;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0378711;OID=.;OPOS=142625933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:136:138:80:80:0.366972:39:41:49:87:39:41:50:88 chr7 142626549 . C T 110.6 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0273508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.111;QD=15.2556;RBI=0.0274594;REFB=-0.0134127;REVB=-0.00243913;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313219;STB=0.670447;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0227243;OID=.;OPOS=142626549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:10:3:8:7:10:3:8:8 chr7 142626656 . C T 110.15 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0246114;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.864;QD=13.769;RBI=0.0246573;REFB=-0.00478518;REVB=-0.00150353;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154361;STB=0.56593;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00628108;OID=.;OPOS=142626656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:20:19:13:13:0.40625:10:3:7:13:10:3:6:13 chr7 142636541 . T G 113.11 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0215977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6138;QD=6.75306;RBI=0.0414505;REFB=-0.00127287;REVB=-0.0353791;RO=50;SAF=6;SAR=11;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27348;STB=0.667051;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00169241;OID=.;OPOS=142636541;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:50:50:17:17:0.253731:11:6:29:21:11:6:29:21 chr7 142636599 . G A 187.71 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0224088;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2833;QD=10.7265;RBI=0.0229199;REFB=-0.00235003;REVB=0.0048137;RO=47;SAF=13;SAR=11;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376065;STB=0.530096;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00209832;OID=.;OPOS=142636599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:47:46:24:24:0.342857:11:13:27:20:11:13:27:19 chr7 142636704 . T C 278.4 PASS AF=0.604651;AO=18;DP=40;FAO=26;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0251637;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.371;QD=25.8975;RBI=0.0761062;REFB=-0.0313008;REVB=-0.0718257;RO=9;SAF=16;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.558778;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0319267;OID=.;OPOS=142636704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:9:17:18:26:0.604651:2:16:8:1:10:16:8:9 chr7 142640596 . T G 311.49 PASS AF=0.478873;AO=30;DP=66;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00448555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.547;QD=17.5488;RBI=0.0132955;REFB=-0.0175959;REVB=-0.012516;RO=33;SAF=19;SAR=11;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276989;STB=0.682498;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0102017;OID=.;OPOS=142640596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:33:37:30:34:0.478873:11:19:11:22:11:23:12:25 chr7 143017807 . G T 884.33 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00168069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.941;QD=51.2655;RBI=0.00236428;REFB=-0.0443072;REVB=0.00166286;RO=2;SAF=58;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160106;STB=0.591804;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000309532;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:69:69:2:5:64:64:0.927536:6:58:2:0:6:58:2:3 chr7 143036337 . C T 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00513916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.978;QD=7.73065;RBI=0.0136017;REFB=0.00119789;REVB=-0.0125934;RO=39;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361667;STB=0.721611;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00456218;OID=.;OPOS=143036337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:4:10:16:23:4:10:16:23 chr7 143042837 . C T 366.32 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0151156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.116;QD=16.2811;RBI=0.0306036;REFB=-0.0211952;REVB=-0.0266102;RO=50;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123875;STB=0.573876;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0276547;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:50:51:39:39:0.433333:21:18:17:33:21:18:17:34 chr7 143043240 . C T 171.12 PASS AF=0.381818;AO=22;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0675745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4993;QD=12.4448;RBI=0.0776821;REFB=-0.0149606;REVB=0.0383171;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973697;STB=0.538282;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0335332;OID=.;OPOS=143043240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:34:22:21:0.381818:14:8:11:20:13:8:11:23 chr7 143053260 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.997;QD=59.0183;RBI=0.0137315;REFB=0;REVB=0.0100438;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1458e-06;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr7 143078395 . T TC 37.47 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=32;FWDB=6.54305e-05;FXX=0.0227221;HRUN=0;LEN=1;MLLD=92.0104;QD=3.48568;RBI=0.0305424;REFB=-0.00548012;REVB=-0.0305423;RO=37;SAF=1;SAR=10;SRF=1;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335844;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0491677;OID=.;OPOS=143078396;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255814:11:49:11:43:32:0:11:0:32:37:37:1:10:1:36 chr7 143088823 . T C 303.54 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00433653;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.86;QD=31.1321;RBI=0.021782;REFB=-0.00634645;REVB=0.021346;RO=13;SAF=16;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960925;STB=0.552804;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00245208;OID=.;OPOS=143088823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:10:16:6:7:10:16:6:7 chr7 143088867 . T C 133.55 PASS AF=0.576923;AO=13;DP=24;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0247826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.229;QD=20.5455;RBI=0.0561323;REFB=-0.0167929;REVB=-0.0503652;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139543;STB=0.599867;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0111238;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:26:11:11:13:15:0.576923:6:7:4:7:6:9:4:7 chr7 143093538 . G A 434.24 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=-0.00336653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9953;QD=18.2836;RBI=0.126485;REFB=-0.00806483;REVB=-0.12644;RO=50;SAF=22;SAR=22;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269499;STB=0.652569;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00757461;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:51:44:44:0.463158:22:22:11:39:22:22:11:40 chr7 143097100 . A G 229.51 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0452711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7341;QD=22.3909;RBI=0.0462252;REFB=-0.00609176;REVB=-0.00934304;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159319;STB=0.50892;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0125741;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:9:10:12:10:9:10 chr7 143141475 . T C 365.15 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.554;QD=52.164;RBI=0.019594;REFB=-0.166304;REVB=-0.0105445;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00707295;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:18:9:0:1:18:9:0:1 chr7 143270172 . A G 754.37 PASS AF=0.654545;AO=67;DP=105;FAO=72;FDP=110;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0387651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8395;QD=27.4316;RBI=0.0402961;REFB=-0.0145089;REVB=0.0110021;RO=38;SAF=23;SAR=44;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1115;STB=0.562074;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0140989;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:110:38:38:67:72:0.654545:44:23:19:19:48:24:19:19 chr7 143632618 . C T 187.34 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0252565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.397;QD=8.92108;RBI=0.0309233;REFB=-0.0087691;REVB=-0.0178427;RO=59;SAF=13;SAR=12;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266055;STB=0.515747;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0190654;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:59:25:25:0.297619:12:13:32:27:12:13:32:27 chr7 143633297 . A G 221.74 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0581689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2647;QD=18.4779;RBI=0.0591084;REFB=-0.0150137;REVB=-0.0104965;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214664;STB=0.610802;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0169359;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:26:22:22:0.458333:9:13:9:16:9:13:10:16 chr7 143657801 . A G 398.78 PASS AF=0.414414;AO=44;DP=109;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0199135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.543;QD=14.3705;RBI=0.0199147;REFB=-0.0210333;REVB=0.000222406;RO=64;SAF=20;SAR=24;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314368;STB=0.508232;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0283071;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:64:65:44:46:0.414414:24:20:31:33:24:22:32:33 chr7 143701884 . C T 75.49 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0281548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4189;QD=11.6139;RBI=0.0497099;REFB=-0.00047837;REVB=0.0409681;RO=16;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431396;STB=0.767623;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00501359;OID=.;OPOS=143701884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:9:1:6:10:9:1:6:10 chr7 143748364 . T C 455.75 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0229341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.892;QD=25.6761;RBI=0.0441931;REFB=-0.0404452;REVB=0.0377764;RO=28;SAF=19;SAR=24;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00972716;STB=0.505317;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0246765;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:28:43:43:0.605634:24:19:12:16:24:19:12:16 chr7 143771408 . G C 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0276911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.623;QD=21.7458;RBI=0.0360523;REFB=-0.0213992;REVB=0.0230862;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772372;STB=0.543438;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.027037;OID=.;OPOS=143771408;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:15:7:8:12:15:7:8:12 chr7 143771536 . G A 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0211842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.701;QD=24.2743;RBI=0.023209;REFB=-0.0174706;REVB=0.00948083;RO=21;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16393;STB=0.590441;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0124268;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:20:11:12:9:20:11:12:9 chr7 143771937 . G C 115.79 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0104481;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.989;QD=9.85475;RBI=0.0113656;REFB=-0.00477735;REVB=-0.00447376;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102189;STB=0.524965;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00799041;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:32:33:14:14:0.297872:8:6:11:21:8:6:13:20 chr7 143807515 . T G 708.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.227;QD=62.9675;RBI=0.11552;REFB=0;REVB=0.115475;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369417;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr7 143807518 . T C 702.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.533;QD=62.4121;RBI=0.0158448;REFB=0;REVB=0.00232056;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204169;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:21:20:0:0:21:24:0:0 chr7 143826603 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.636;QD=59.4353;RBI=0.0138466;REFB=0;REVB=-0.0123939;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13762e-05;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr7 143826697 . C G 157.69 PASS AF=0.772727;AO=13;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.058292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7922;QD=28.6716;RBI=0.0855563;REFB=-0.044576;REVB=0.0626253;RO=5;SAF=1;SAR=12;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621431;STB=0.666464;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0590611;OID=.;OPOS=143826697;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:13:17:0.772727:12:1:5:0:12:5:5:0 chr7 143826729 . ACTT A 114.1 PASS AF=1;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268573;FXX=0.374766;HRUN=1;LEN=3;MLLD=198.657;QD=45.6405;RBI=0.0315768;REFB=0;REVB=0.0166067;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.72939e-05;OID=.;OPOS=143826730;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:9:16:10:10:0:1:9:0:0:3:0:1:8:0:0 chr7 143884103 . G A 733.26 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.792;QD=56.4044;RBI=0.0524175;REFB=0;REVB=0.0435751;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025287;OID=.;OPOS=143884103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:24:24:0:0:28:24:0:0 chr7 143956742 . C G 160.66 PASS AF=0.177515;AO=30;DP=168;FAO=30;FDP=169;FR=.;FRO=139;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=61;FSRR=78;FWDB=-0.0710033;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6189;QD=3.80266;RBI=0.0746953;REFB=-0.0084205;REVB=-0.0231931;RO=137;SAF=11;SAR=19;SRF=59;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853688;STB=0.561765;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0379782;OID=.;OPOS=143956742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:137:139:30:30:0.177515:19:11:59:78:19:11:61:78 chr7 144015434 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0036;QD=63.8708;RBI=0.0409109;REFB=0;REVB=0.0254006;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384164;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr7 144015437 . C T 789.21 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000976597;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8178;QD=64.4253;RBI=0.0271354;REFB=0;REVB=0.0271179;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172329;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr7 144060802 . C T 52.88 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.000621409;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.56;QD=19.2301;RBI=0.057742;REFB=-0.0171396;REVB=-0.0577387;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250326;STB=0.64252;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0158651;OID=.;OPOS=144060802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:12:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:4:0:2:5:4:0 chr7 144095600 . A G 195.32 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483112;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0956;QD=48.831;RBI=0.0869121;REFB=0;REVB=-0.0722478;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000871774;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:1:0:16:16:1:5:11:0:1:5:11:0:0 chr7 144096052 . CA AC,CAC 47.01 PASS AF=0.0123457,0.135802;AO=6,15;DP=84;FAO=1,11;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=1,10;FSAR=0,1;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00535697,-0.00835129;FXX=0.03571;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=114.149,106.521;QD=2.32125;RBI=0.020635,0.180865;REFB=-0.00116199,-0.00144393;REVB=-0.0199275,-0.180672;RO=59;SAF=4,6;SAR=2,9;SRF=36;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0676482,-0.257802;STB=0.989911,0.885307;STBP=0.524,0.013;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0394521,0.104954;OID=.,.;OPOS=144096052,144096054;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:84:81:59:69:6,15:1,11:0.0123457,0.135802:2,9:4,6:36:23:0,1:1,10:35:34 chr7 144098990 . C CA 425.53 PASS AF=1;AO=4;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.5315;QD=44.7925;RBI=0.0487734;REFB=0;REVB=-0.0459963;RO=34;SAF=1;SAR=3;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306936;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00178679;OID=.;OPOS=144098991;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:38:38:38:0:19:19:0:0:8:34:1:3:18:16 chr7 144098992 . G A 516.11 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00308513;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7082;QD=54.3277;RBI=0.0459109;REFB=-0.0658485;REVB=0.0458071;RO=3;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00475622;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:3:2:35:36:0.947368:17:18:1:2:18:18:1:1 chr7 148106477 . C G 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0206777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.978;QD=16.8737;RBI=0.038522;REFB=-0.0229093;REVB=0.032502;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211223;STB=0.621369;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0105968;OID=.;OPOS=148106477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:14:6:13:13:14:6:13:13 chr7 148106490 . G A 258.77 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0052588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.876;QD=18.1594;RBI=0.00837105;REFB=-0.0162093;REVB=-0.00651302;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135822;STB=0.57674;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0156645;OID=.;OPOS=148106490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:25:25:0.438596:16:9:14:14:16:9:14:14 chr7 148113623 . ATAGTT A 605.68 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667794;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=5;MLLD=269.867;QD=60.5684;RBI=0.0667978;REFB=0;REVB=-0.00156585;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.67369e-05;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:39:40:40:0:12:28:0:0:4:0:12:25:0:0 chr7 148143136 . A G 2165.09 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481515;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0349;QD=63.2144;RBI=0.00730379;REFB=0;REVB=-0.00549178;RO=0;SAF=59;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.05421e-05;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:137:137:1:78:59:0:0:78:59:0:0 chr7 148481488 . G A 523.74 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191647;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.657;QD=59.8559;RBI=0.0191994;REFB=0;REVB=0.00115292;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80771e-05;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr7 148638572 . G A 382.1 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0614114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0569;QD=13.5256;RBI=0.0656184;REFB=0.00789595;REVB=-0.0231175;RO=68;SAF=28;SAR=17;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117386;STB=0.566542;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0118522;OID=.;OPOS=148638572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:68:45:45:0.39823:17:28:35:33:17:28:35:33 chr7 148684245 . C T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0201708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.462;QD=22.1888;RBI=0.0328894;REFB=-0.0165621;REVB=0.025978;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132995;STB=0.507456;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0146693;OID=.;OPOS=148684245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:10:8:9:12:10:8 chr7 148769065 . GGC GAG,G 135.41 PASS AF=0.5,0.5;AO=3,4;DP=15;FAO=7,7;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7,3;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417256,-0.0679739;FXX=0.0666222;HRUN=4,4;LEN=2,2;MLLD=113.541,24.2083;QD=38.6888;RBI=0.0753917,0.344351;REFB=0,0;REVB=0.0627924,0.337576;RO=1;SAF=3,2;SAR=0,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0.466357;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.166656;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0759906,0.0542483;OID=.,.;OPOS=148769066,148769066;OREF=GC,GC;OALT=AG,-;OMAPALT=GAG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.5:3,4:15:7,7:14:0:7,3:0,4:0:0:28:1:3,2:0,2:0:1 chr7 148801091 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00554256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.704;QD=11.9194;RBI=0.00767286;REFB=0.00441555;REVB=0.00530593;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757329;STB=0.54533;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00277245;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:2:7:5:2:2:7 chr7 148801337 . T C 324.38 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.000329713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.057;QD=19.6591;RBI=0.000867225;REFB=-0.016727;REVB=0.000802103;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107107;STB=0.559468;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0120205;OID=.;OPOS=148801337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:16:18:13:19:16:18:13:19 chr7 148801658 . C T 86.49 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=13;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0683475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.096;QD=24.7104;RBI=0.0702875;REFB=0.0246456;REVB=0.0163999;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252808;STB=0.642594;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.000819469;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:14:4:4:9:10:0.714286:5:4:0:4:5:5:0:4 chr7 148801823 . G C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00275378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.55;QD=14.6973;RBI=0.0206947;REFB=0.0101548;REVB=0.0205107;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138322;STB=0.578876;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0132096;OID=.;OPOS=148801823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:21:9:9:12:21:9 chr7 148822810 . C T 1767.96 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.314;QD=60.4431;RBI=0.0623914;REFB=0;REVB=0.0207884;RO=1;SAF=69;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013223;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:117:1:0:111:117:1:42:69:1:0:42:75:0:0 chr7 148848358 . G A 69.3 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0257777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.17;QD=12.6;RBI=0.0312027;REFB=-0.0336632;REVB=-0.0175818;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303064;STB=0.617401;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0700948;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:22:22:12:12:9:10:0.454545:2:7:6:6:3:7:6:6 chr7 148851213 . G A 148.43 PASS AF=0.425;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0035461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.072;QD=14.8426;RBI=0.00464814;REFB=-0.0109369;REVB=-0.00300506;RO=24;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24468;STB=0.662379;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0117765;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:23:16:17:0.425:5:11:11:13:5:12:10:13 chr7 148947279 . A G 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.014508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.699;QD=22.9147;RBI=0.0145763;REFB=-0.0168895;REVB=0.00141038;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300734;STB=0.517203;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00654942;OID=.;OPOS=148947279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:2:2:4:5:2:2 chr7 148991624 . C T 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0148128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.232;QD=14.7968;RBI=0.0157715;REFB=-0.0147038;REVB=0.00541503;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233296;STB=0.636116;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0219465;OID=.;OPOS=148991624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:5:8:4:7:5:8 chr7 148991711 . CA C,CG 156.95 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=2,12;DP=14;FAO=2,12;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166513,-0.0853683;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.409,127.552;QD=44.8431;RBI=0.0761783,0.103373;REFB=0,0;REVB=0.0743362,0.0582937;RO=0;SAF=1,6;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0491566,-0.00866319;OID=.,.;OPOS=148991712,148991712;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:2,12:14:2,12:14:0:1,6:1,6:0:0:10:0:1,6:1,6:0:0 chr7 149112306 . A G 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.252;QD=59.0134;RBI=0.00234885;REFB=0;REVB=0.00127015;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16822e-06;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr7 149152770 . A G 55.71 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.047962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.7;QD=11.1424;RBI=0.0590085;REFB=-0.0258581;REVB=-0.034375;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252187;STB=0.649658;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0180724;OID=.;OPOS=149152770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:9:3:4:4:9:3 chr7 149152906 . G A 183.54 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00277966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.465;QD=11.8411;RBI=0.00323131;REFB=-0.00311078;REVB=0.00164769;RO=39;SAF=8;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1119;STB=0.575154;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00730436;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:39:22:23:0.370968:14:8:18:21:15:8:18:21 chr7 149243619 . C T 164.74 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0330726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3753;QD=14.02;RBI=0.042193;REFB=-0.00242677;REVB=-0.0262003;RO=29;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21761;STB=0.596904;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00375932;OID=.;OPOS=149243619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:17:18:0.382979:5:12:15:14:6:12:15:14 chr7 149317062 . C T 712.15 PASS AF=0.486842;AO=74;DP=152;FAO=74;FDP=152;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0032739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0222;QD=18.7407;RBI=0.0362999;REFB=-0.0142045;REVB=0.0361519;RO=78;SAF=38;SAR=36;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036375;STB=0.52008;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0146113;OID=.;OPOS=149317062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:78:78:74:74:0.486842:36:38:37:41:36:38:37:41 chr7 149318375 . C T 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.742;QD=23.216;RBI=0.0136668;REFB=0.0755437;REVB=0.000654494;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00111046;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr7 149344105 . A G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0484008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.317;QD=54.481;RBI=0.0524873;REFB=0.0830924;REVB=0.0203047;RO=1;SAF=1;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304915;STB=0.666526;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.000322564;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:30:1:1:0:30:1:1:0 chr7 149426305 . G GC 558.18 PASS AF=1;AO=49;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124089;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.9254;QD=42.1269;RBI=0.131283;REFB=0;REVB=0.0428628;RO=3;SAF=26;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512583;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0041955;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:54:53:53:0:30:23:0:0:11:3:26:23:3:0 chr7 149427409 . T G 1480.04 PASS AF=0.980769;AO=100;DP=103;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0119978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.487;QD=56.9246;RBI=0.0631003;REFB=-0.0347866;REVB=-0.0619492;RO=2;SAF=58;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160759;STB=0.508473;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00249493;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:104:2:2:100:102:0.980769:42:58:2:0:44:58:2:0 chr7 149430438 . C G 215.63 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0590858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.522;QD=14.8712;RBI=0.0592829;REFB=-0.0163609;REVB=0.00483011;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112221;STB=0.556476;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0152597;OID=.;OPOS=149430438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:16:9:15:17:16:9:15:18 chr7 149462523 . C G 474.27 PASS AF=0.452174;AO=51;DP=114;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.000708714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.104;QD=16.4962;RBI=0.00800303;REFB=-0.017232;REVB=-0.00797159;RO=62;SAF=29;SAR=22;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943953;STB=0.541969;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0200193;OID=.;OPOS=149462523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:62:63:51:52:0.452174:22:29:41:21:22:30:41:22 chr7 149473115 . T C 1358.6 PASS AF=0.515038;AO=126;DP=262;FAO=137;FDP=266;FR=.;FRO=129;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=58;FSRR=71;FWDB=-0.00140153;FXX=0.0184495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.499;QD=20.43;RBI=0.00805253;REFB=-0.00748955;REVB=-0.00792962;RO=115;SAF=70;SAR=56;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903464;STB=0.536778;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00625775;OID=.;OPOS=149473115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:266:115:129:126:137:0.515038:56:70:52:63:65:72:58:71 chr7 149474393 . A G 206.22 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00745112;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.03;QD=12.8889;RBI=0.0243207;REFB=-0.00989003;REVB=-0.0231512;RO=38;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645466;STB=0.526295;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0143455;OID=.;OPOS=149474393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:39:25:25:0.390625:15:10:13:25:15:10:14:25 chr7 149475926 . G A 223.95 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00414819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.117;QD=12.797;RBI=0.0155032;REFB=-0.00212734;REVB=-0.014938;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131587;STB=0.575288;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00317671;OID=.;OPOS=149475926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:14:13:26:17:14:13:26:17 chr7 149479335 . G C 412.08 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0050229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.426;QD=14.8497;RBI=0.0141548;REFB=-0.0218072;REVB=-0.0132336;RO=61;SAF=26;SAR=21;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143655;STB=0.584123;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0304957;OID=.;OPOS=149479335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:64:47:47:0.423423:21:26:25:36:21:26:26:38 chr7 149480020 . T C 277.38 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0238181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2368;QD=18.4917;RBI=0.0744201;REFB=-0.0147149;REVB=-0.0705057;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128463;STB=0.571383;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0126937;OID=.;OPOS=149480020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:18:12:8:22:18:12:8:22 chr7 149480042 . GC AC,G 475.99 PASS AF=0.448276,0.396552;AO=25,12;DP=54;FAO=26,23;FDP=58;FR=.;FRO=9;FSAF=10,1;FSAR=16,22;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0145126,-0.0380583;FXX=0.0169463;HRUN=4,3;LEN=1,1;MLLD=35.5438,16.0104;QD=32.8271;RBI=0.0486539,0.0462765;REFB=-0.0455143,0.0532853;REVB=-0.046439,0.0263264;RO=9;SAF=9,0;SAR=16,12;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0.348568;SSEP=0,0.475322;SSSB=-0.256129,-0.849641;STB=0.628722,0.895463;STBP=0.013,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0795457,0.0650777;OID=.,.;OPOS=149480042,149480043;OREF=G,C;OALT=A,-;OMAPALT=AC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:54:58:9:9:25,12:26,23:0.448276,0.396552:16,12:9,0:8:1:16,22:10,1:8:1 chr7 149480069 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0314279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.575;QD=18.8286;RBI=0.033839;REFB=-0.0160727;REVB=0.0125444;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214713;STB=0.620579;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0187407;OID=.;OPOS=149480069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:5:17:11:9:5:17 chr7 149480598 . G A 239.07 PASS AF=0.465517;AO=25;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0288536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7642;QD=16.4876;RBI=0.0354873;REFB=-0.026867;REVB=0.0206595;RO=32;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00642615;STB=0.51128;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0338864;OID=.;OPOS=149480598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:31:25:27:0.465517:10:15:19:13:11:16:19:12 chr7 149482580 . G A 70.99 PASS AF=0.615385;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00194003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.74;QD=21.8422;RBI=0.0265951;REFB=-0.0468416;REVB=0.0265243;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368547;STB=0.72346;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0144846;OID=.;OPOS=149482580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:7:8:0.615385:6:1:2:1:7:1:2:1 chr7 149484590 . T C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0452333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.93;QD=6.92911;RBI=0.0545807;REFB=-0.00719944;REVB=0.0305451;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800118;STB=0.551548;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.011025;OID=.;OPOS=149484590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:6:9:4:2:6:9 chr7 149484798 . C T 49.13 PASS AF=0.6;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0134913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.391;QD=19.6539;RBI=0.0323169;REFB=0.0167045;REVB=0.029366;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.624607;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00778519;OID=.;OPOS=149484798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:10:10:1:2:5:6:0.6:3:2:0:1:3:3:0:2 chr7 149484959 . G A 50.23 PASS AF=0.4375;AO=3;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0167479;FXX=0.0587889;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.528;QD=12.5573;RBI=0.135436;REFB=-0.0290181;REVB=0.134397;RO=5;SAF=2;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152533;STB=0.622323;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0155397;OID=.;OPOS=149484959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:17:16:5:9:3:7:0.4375:1:2:4:1:3:4:7:2 chr7 149484986 . G T 47.73 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0345864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.83;QD=11.9326;RBI=0.0651399;REFB=-0.0612363;REVB=0.0551995;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.509065;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0267057;OID=.;OPOS=149484986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:8:9:7:7:0.4375:3:4:4:4:3:4:5:4 chr7 149485031 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.108743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.607;QD=14.044;RBI=0.108865;REFB=-0.00302173;REVB=0.00514871;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0052584;OID=.;OPOS=149485031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr7 149485740 . C T 151.0 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0123308;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.599;QD=18.8749;RBI=0.0160933;REFB=-0.0129786;REVB=-0.0103414;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747459;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185638;OID=.;OPOS=149485740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:16:16:16:0.5:9:7:6:8:9:7:7:9 chr7 149485978 . GGAC G 34.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0206851;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=269.707;QD=4.97561;RBI=0.0215999;REFB=-0.00614553;REVB=-0.00621918;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.420518;SSSB=-0.459736;STB=0.768344;STBP=0.168;TYPE=del;VARB=0.014289;OID=.;OPOS=149485979;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:7:28:7:28:21:1:6:9:12:34:18:1:6:9:9 chr7 149486294 . A G 328.52 PASS AF=0.37;AO=36;DP=99;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0270873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.201;QD=13.1406;RBI=0.0327419;REFB=-0.0191893;REVB=-0.0183932;RO=63;SAF=20;SAR=16;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01778;STB=0.500544;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0325367;OID=.;OPOS=149486294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:63:63:36:37:0.37:16:20:34:29:17:20:34:29 chr7 149486367 . C A 291.3 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0141272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.82;QD=14.3849;RBI=0.0399824;REFB=-0.0157009;REVB=0.0374033;RO=48;SAF=16;SAR=17;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146005;STB=0.582663;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0283721;OID=.;OPOS=149486367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:17:16:30:18:17:16:30:18 chr7 149486726 . T C 183.71 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0277793;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0492;QD=17.0895;RBI=0.0537245;REFB=-0.00501662;REVB=0.0459851;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248915;STB=0.642187;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00581289;OID=.;OPOS=149486726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:9:15:7:12:9:15 chr7 149488686 . T G 53.48 PASS AF=0.263158;AO=5;DP=18;FAO=5;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00109604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.024;QD=11.2587;RBI=0.0382984;REFB=-0.00419259;REVB=0.0382827;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216791;STB=0.571122;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00873775;OID=.;OPOS=149488686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:18:19:8:11:5:5:0.263158:4:1:3:5:4:1:3:8 chr7 149488922 . A G 621.33 PASS AF=0.484848;AO=63;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.00559907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2343;QD=18.8283;RBI=0.022118;REFB=0.000660514;REVB=-0.0213976;RO=68;SAF=36;SAR=27;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675897;STB=0.532433;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00045982;OID=.;OPOS=149488922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:68:63:64:0.484848:27:36:34:34:28:36:34:34 chr7 149488991 . T C 546.76 PASS AF=0.548387;AO=47;DP=90;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00669849;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.789;QD=23.5167;RBI=0.00766901;REFB=-0.0306693;REVB=-0.00373415;RO=42;SAF=25;SAR=22;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546385;STB=0.512285;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0263499;OID=.;OPOS=149488991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:42:42:47:51:0.548387:22:25:25:17:22:29:25:17 chr7 149489037 . T C 435.95 PASS AF=0.621212;AO=39;DP=65;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00686829;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.194;QD=26.421;RBI=0.00712673;REFB=-0.0355218;REVB=-0.00190181;RO=25;SAF=20;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234122;STB=0.521471;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.016456;OID=.;OPOS=149489037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:25:25:39:41:0.621212:19:20:12:13:19:22:12:13 chr7 149489443 . C A 327.87 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0228972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.163;QD=24.2865;RBI=0.0250932;REFB=-0.0046026;REVB=-0.0102657;RO=20;SAF=9;SAR=24;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646659;STB=0.550575;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0029001;OID=.;OPOS=149489443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:21:33:33:0.611111:24:9:7:13:24:9:8:13 chr7 149492732 . C T 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0899686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5258;QD=11.9184;RBI=0.0921619;REFB=-0.00973884;REVB=-0.0199867;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318742;STB=0.689164;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0188734;OID=.;OPOS=149492732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:2:7:3:4:2:7 chr7 149498893 . A G 283.11 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0209157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.887;QD=17.4221;RBI=0.0215473;REFB=-0.0213864;REVB=-0.00517874;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761356;STB=0.542686;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0224439;OID=.;OPOS=149498893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:18:13:17:17:18:13:17:17 chr7 149498903 . T C 258.45 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0331011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7781;QD=16.4095;RBI=0.0353326;REFB=-0.0188551;REVB=-0.0123576;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969237;STB=0.547137;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0185513;OID=.;OPOS=149498903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:17:12:17:16:17:12:17:17 chr7 149500809 . AGGGGG AGGGG,AGGGGC,CAGGGG,GAGGGG 446.33 PASS AF=0.774194,0,0,0;AO=41,8,6,4;DP=94;FAO=72,0,0,0;FDP=93;FR=.;FRO=21;FSAF=60,0,0,0;FSAR=12,0,0,0;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00693769,0.0352846,-0.0220593,-0.0174705;FXX=0.0312467;HRUN=5,5,1,1;LEN=1,1,2,2;MLLD=10.5897,14.0606,17.8191,150.503;QD=19.197;RBI=0.220635,0.036945,0.0600249,0.0838676;REFB=-0.0338785,-0.00389316,-0.0185371,0.0170431;REVB=0.220526,0.0109514,0.0558245,0.0820277;RO=25;SAF=39,3,6,4;SAR=2,5,0,0;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.384615,0,0,0;SSSB=0.553248,-0.261076,0.669132,0.592909;STB=0.593192,0.5,0.5,0.5;STBP=0.008,1,1,1;TYPE=del,snp,mnp,mnp;VARB=0.0565416,0.0424967,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=149500810,149500814,149500809,149500809;OREF=G,G,AG,AG;OALT=-,C,CA,GA;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC,CAGGGG,GAGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:94:93:25:21:41,8,6,4:72,0,0,0:0.774194,0,0,0:2,5,0,0:39,3,6,4:15:10:12,0,0,0:60,0,0,0:12:9 chr7 149500817 . GC G 120.03 PASS AF=0.463158;AO=35;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=10;FWDB=0.014483;FXX=0.0306091;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.1676;QD=5.05369;RBI=0.12219;REFB=-0.0934948;REVB=-0.121329;RO=49;SAF=23;SAR=12;SRF=39;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169967;STB=0.567588;STBP=0.323;TYPE=del;VARB=0.126666;OID=.;OPOS=149500818;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463158:35:96:44:95:51:31:13:41:10:99:49:23:12:39:10 chr7 149506211 . G GC 2317.02 PASS AF=1;AO=197;DP=216;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804348;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.7268;QD=45.8816;RBI=0.0804407;REFB=0;REVB=0.000971855;RO=19;SAF=70;SAR=127;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862559;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00120314;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:197:216:202:202:0:73:129:0:0:41:19:70:127:16:3 chr7 149511985 . A G 463.39 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0564561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.564;QD=52.9587;RBI=0.0593442;REFB=-0.0228829;REVB=0.0182879;RO=2;SAF=11;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776232;STB=0.541641;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000620411;OID=.;OPOS=149511985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:22:11:2:0:22:11:2:0 chr7 149529970 . G T 446.33 PASS AF=0.390977;AO=50;DP=131;FAO=52;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=0.00802745;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.218;QD=13.4233;RBI=0.00835938;REFB=-0.00706612;REVB=0.00233224;RO=80;SAF=33;SAR=17;SRF=51;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269;STB=0.521196;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00877336;OID=.;OPOS=149529970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:80:81:50:52:0.390977:17:33:51:29:17:35:52:29 chr7 149558409 . G C 79.0 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0106783;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.611;QD=13.7386;RBI=0.0389478;REFB=-0.00892368;REVB=0.0374554;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400953;STB=0.719518;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0162405;OID=.;OPOS=149558409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:23:14:13:10:10:0.434783:2:8:6:8:2:8:6:7 chr7 149559273 . C T 325.79 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00629629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.163;QD=24.5876;RBI=0.0228367;REFB=-0.0260072;REVB=0.0219515;RO=21;SAF=17;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141903;STB=0.577912;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0139048;OID=.;OPOS=149559273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:15:17:7:14:15:17:7:14 chr7 149559465 . C T 294.74 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0278517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1115;QD=18.4215;RBI=0.045333;REFB=-0.0118387;REVB=0.0357682;RO=30;SAF=12;SAR=20;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137175;STB=0.568925;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0117125;OID=.;OPOS=149559465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:32:32:32:0.5:20:12:7:23:20:12:8:24 chr7 149562627 . CCG C 57.71 PASS AF=0.391304;AO=7;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00564665;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=127.472;QD=10.0357;RBI=0.0135353;REFB=-0.035208;REVB=-0.0123012;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0.402516;SSEP=0;SSSB=0.388841;STB=0.777026;STBP=0.075;TYPE=del;VARB=0.035269;OID=.;OPOS=149562628;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:7:24:9:23:14:8:1:8:6:57:14:6:1:8:6 chr7 149576818 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.159758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.348;QD=10.0339;RBI=0.160299;REFB=-0.0288636;REVB=-0.0131569;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.665925;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0179439;OID=.;OPOS=149576818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:3:4:4:1:3:4 chr7 149983565 . T C 307.54 PASS AF=0.439024;AO=32;DP=80;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0147214;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.341;QD=15.0019;RBI=0.0147215;REFB=-0.0132808;REVB=4.12995e-05;RO=44;SAF=19;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211678;STB=0.501424;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0181094;OID=.;OPOS=149983565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:44:46:32:36:0.439024:13:19:27:17:14:22:28:18 chr7 150020722 . C T 312.47 PASS AF=0.507692;AO=31;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00181836;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.247;QD=19.2288;RBI=0.010267;REFB=-0.0100377;REVB=-0.0101047;RO=30;SAF=20;SAR=11;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12233;STB=0.559525;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00971555;OID=.;OPOS=150020722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:32:31:33:0.507692:11:20:23:7:13:20:23:9 chr7 150028958 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.797;QD=57.2026;RBI=0.0106362;REFB=0;REVB=0.00325481;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07598e-05;OID=.;OPOS=150028958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr7 150034184 . T C 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0289925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.034;QD=45.1041;RBI=0.0296353;REFB=-0.0467084;REVB=0.00613886;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0044496;OID=.;OPOS=150034184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:1:0:6:12:1:0 chr7 150034378 . A G 462.65 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176062;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.505;QD=57.8313;RBI=0.0176178;REFB=0;REVB=-0.000637065;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105635;OID=.;OPOS=150034378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:11:20:0:0:11:21:0:0 chr7 150035183 . C T 603.09 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0915801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.738;QD=58.8383;RBI=0.0956871;REFB=-0.09467;REVB=0.027733;RO=2;SAF=8;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448757;OID=.;OPOS=150035183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:41:2:0:35:41:1:27:8:2:0:29:12:0:0 chr7 150035459 . T G 209.77 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063253;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4233;QD=49.3577;RBI=0.0658837;REFB=0;REVB=-0.0184317;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000960211;OID=.;OPOS=150035459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:15:17:1:6:9:0:0:8:9:0:0 chr7 150035500 . C G 239.3 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4496;QD=50.3784;RBI=0.0446661;REFB=0;REVB=-0.00959317;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142691;OID=.;OPOS=150035500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr7 150035526 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.535;QD=48.7373;RBI=0.0344848;REFB=0;REVB=0.0278476;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15821e-05;OID=.;OPOS=150035526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr7 150037660 . A G 716.97 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.688;QD=62.3451;RBI=0.0563806;REFB=0;REVB=0.00964097;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501319;OID=.;OPOS=150037660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:31:13:0:0:33:13:0:0 chr7 150068371 . T C 998.08 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172374;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.24;QD=59.5869;RBI=0.0357422;REFB=0;REVB=0.031311;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134808;OID=.;OPOS=150068371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr7 150068605 . G A 1486.37 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091722;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.727;QD=59.455;RBI=0.101877;REFB=0;REVB=0.0443391;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225039;OID=.;OPOS=150068605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:100:0:0:95:100:1:57:38:0:0:57:43:0:0 chr7 150068620 . C T 1470.45 PASS AF=0.971698;AO=100;DP=103;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.115037;FXX=0.00934492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.2992;QD=55.4888;RBI=0.115801;REFB=-0.0785037;REVB=0.013278;RO=3;SAF=51;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00865611;STB=0.50458;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00456726;OID=.;OPOS=150068620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:106:3:3:100:103:0.971698:49:51:2:1:51:52:2:1 chr7 150068933 . T C 625.43 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334666;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.117;QD=61.018;RBI=0.0460639;REFB=0;REVB=0.0316522;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00099045;OID=.;OPOS=150068933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:23:18:0:0 chr7 150070630 . A G 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3919;QD=44.6828;RBI=0.0191277;REFB=0;REVB=0.0134532;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109455;OID=.;OPOS=150070630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr7 150070663 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.246;QD=46.8469;RBI=0.0437771;REFB=0;REVB=0.0283716;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41614e-05;OID=.;OPOS=150070663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr7 150070814 . G A 1047.98 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0341828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7287;QD=58.221;RBI=0.0608574;REFB=-0.105613;REVB=-0.0503503;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.508194;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00102444;OID=.;OPOS=150070814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:30:41:0:0:30:41:0:1 chr7 150093701 . A C 1243.65 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011604;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.671;QD=61.4148;RBI=0.0117193;REFB=0;REVB=-0.00163946;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017516;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:34:47:0:0 chr7 150163837 . A G 159.36 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0945172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.3461;QD=10.4496;RBI=0.0987183;REFB=4.94468e-05;REVB=0.0284919;RO=39;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125513;STB=0.585021;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0029375;OID=.;OPOS=150163837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:39:40:21:21:0.344262:15:6:15:24:15:6:16:24 chr7 150171710 . T C 252.11 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0136998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.818;QD=17.092;RBI=0.0178237;REFB=-0.00372308;REVB=0.0114017;RO=29;SAF=7;SAR=21;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069893;STB=0.56837;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00293123;OID=.;OPOS=150171710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:31:28:28:0.474576:21:7:9:20:21:7:11:20 chr7 150217089 . G A 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0132134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.349;QD=11.3327;RBI=0.0277708;REFB=-0.00958673;REVB=-0.0244258;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622529;STB=0.537135;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0194151;OID=.;OPOS=150217089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:4:10:18:9:4:10:18:9 chr7 150217248 . A G 1035.15 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.366;QD=59.1513;RBI=0.0132227;REFB=0;REVB=0.0125395;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11895e-05;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:37:32:0:0:38:32:0:0 chr7 150217335 . G T 212.57 PASS AF=0.46;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00319631;FXX=0.0384541;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.33;QD=17.0057;RBI=0.0196715;REFB=-0.00582606;REVB=-0.0194101;RO=24;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268513;STB=0.534678;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00454503;OID=.;OPOS=150217335;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:24:27:23:23:0.46:8:15:15:9:8:15:16:11 chr7 150218002 . C T 199.88 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00661088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.949;QD=13.5514;RBI=0.0549926;REFB=-0.0265388;REVB=-0.0545938;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290379;STB=0.655524;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0205325;OID=.;OPOS=150218002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:10:14:10:24:10:14:11:24 chr7 150269542 . G T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0127087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.537;QD=14.6972;RBI=0.0213397;REFB=-0.0142619;REVB=0.0171428;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287219;STB=0.664082;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0280042;OID=.;OPOS=150269542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:13:8:20:10:13:8:20:10 chr7 150488616 . A G 785.79 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.082;QD=64.1464;RBI=0.0126099;REFB=0;REVB=0.00714089;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98406e-06;OID=.;OPOS=150488616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr7 150490376 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4937;QD=48.7372;RBI=0.0359179;REFB=0;REVB=0.00920897;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164765;OID=.;OPOS=150490376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr7 150491084 . T G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0335;QD=53.9073;RBI=0.0854683;REFB=0;REVB=0.0812192;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014128;OID=.;OPOS=150491084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr7 150500729 . A G 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.061;QD=44.0922;RBI=0.0346684;REFB=-0.0942543;REVB=0.028597;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.517221;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00886726;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:14:3:0:0:14:3:0:1 chr7 150501516 . A G 773.57 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187471;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6591;QD=56.2595;RBI=0.0296132;REFB=0;REVB=0.0229235;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242666;OID=.;OPOS=150501516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:52:55:1:27:25:0:0:29:26:0:0 chr7 150556002 . T C 444.79 PASS AF=0.392308;AO=50;DP=131;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0167658;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.128;QD=13.6858;RBI=0.0177179;REFB=-0.0111811;REVB=0.00572996;RO=79;SAF=19;SAR=31;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125651;STB=0.555259;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0132815;OID=.;OPOS=150556002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:79:79:50:51:0.392308:31:19:39:40:31:20:38:41 chr7 150556055 . CG GC 1079.84 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276735;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.504;QD=59.991;RBI=0.030696;REFB=0;REVB=0.0132823;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000119134;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:43:28:0:0:43:29:0:0 chr7 150645534 . T G 319.01 PASS AF=0.432099;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=-0.000415897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.373;QD=15.7535;RBI=0.0367862;REFB=-0.0131381;REVB=-0.0367839;RO=45;SAF=31;SAR=3;SRF=35;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294308;STB=0.670847;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0264103;OID=.;OPOS=150645534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:46:34:35:0.432099:3:31:35:10:3:32:36:10 chr7 150648198 . A G 587.8 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.469;QD=58.7798;RBI=0.0344928;REFB=0;REVB=0.0299062;RO=0;SAF=5;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165183;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:32:5:0:0:35:5:0:0 chr7 150648789 . T C 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0181771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.28;QD=22.7946;RBI=0.022196;REFB=-0.0443414;REVB=0.0127379;RO=20;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131879;STB=0.559274;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0399021;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:11:13:14:6:11:13:14:7 chr7 150649531 . G A 349.81 PASS AF=0.448276;AO=36;DP=85;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.014847;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.903;QD=16.0831;RBI=0.140491;REFB=-0.0461871;REVB=0.139704;RO=47;SAF=18;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106882;STB=0.521266;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.043455;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:47:48:36:39:0.448276:18:18:23:24:21:18:24:24 chr7 150649603 . G A 598.45 PASS AF=0.431507;AO=62;DP=149;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.00333178;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.298;QD=16.396;RBI=0.00717769;REFB=-0.0134152;REVB=0.00635755;RO=86;SAF=24;SAR=38;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832659;STB=0.559121;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0200496;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:146:86:83:62:63:0.431507:38:24:40:46:39:24:40:43 chr7 150695726 . T C 605.06 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.646;QD=60.5061;RBI=0.0460081;REFB=0;REVB=-0.0212442;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27904e-05;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:19:21:0:0 chr7 150696111 . T C,G 2393.2 PASS AF=0.0722892,0.927711;AO=16,140;DP=158;FAO=12,154;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=0,83;FSAR=12,71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245536,0.0115436;FXX=0.0119041;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.085,115.208;QD=57.6675;RBI=0.0240503,0.0134737;REFB=0,0;REVB=-0.0239246,0.00694888;RO=0;SAF=4,70;SAR=12,70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.07465e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0612142,-0.00069816;OID=.,.;OPOS=150696111,150696111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:158:166:0:0:16,140:12,154:0.0722892,0.927711:12,70:4,70:0:0:12,71:0,83:0:0 chr7 150704250 . C G 219.68 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0198804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7511;QD=17.5746;RBI=0.0469903;REFB=8.45194e-05;REVB=-0.0425777;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366837;STB=0.707141;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.000643859;OID=.;OPOS=150704250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:8:14:7:21:8:14:7:21 chr7 150732871 . G A 221.21 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0286897;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.471;QD=14.9975;RBI=0.0452257;REFB=-0.0231964;REVB=0.0349609;RO=31;SAF=4;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397777;STB=0.738044;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.027493;OID=.;OPOS=150732871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:33:25:26:0.440678:21:4:15:16:22:4:16:17 chr7 150733025 . T A 204.66 PASS AF=0.382353;AO=24;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00897608;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8301;QD=12.0389;RBI=0.0138994;REFB=-0.0119762;REVB=-0.0106125;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812859;STB=0.535442;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.021815;OID=.;OPOS=150733025;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:42:24:26:0.382353:12:12:23:17:12:14:25:17 chr7 150734380 . T C 318.83 PASS AF=0.432099;AO=33;DP=74;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00138792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6995;QD=15.7445;RBI=0.0528188;REFB=-0.0543224;REVB=-0.0528006;RO=41;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632685;STB=0.532976;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0577289;OID=.;OPOS=150734380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:81:41:46:33:35:0.432099:19:14:20:21:21:14:21:25 chr7 150746166 . G A 534.25 PASS AF=0.376471;AO=64;DP=170;FAO=64;FDP=170;FR=.;FRO=106;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=63;FWDB=7.59438e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8749;QD=12.5705;RBI=0.00885298;REFB=-0.000523102;REVB=-0.00885265;RO=105;SAF=33;SAR=31;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116201;STB=0.568319;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00120254;OID=.;OPOS=150746166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:105:106:64:64:0.376471:31:33:43:62:31:33:43:63 chr7 150763655 . T A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.154;QD=40.7629;RBI=0.0695772;REFB=0;REVB=0.0446814;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201918;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr7 150765065 . T C 2739.57 PASS AF=0.994382;AO=173;DP=176;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.544;QD=61.5633;RBI=0.0206488;REFB=-0.0726057;REVB=0.0165914;RO=1;SAF=90;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525958;STB=0.502702;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=8.49776e-05;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:178:1:1:173:177:0.994382:83:90:1:0:85:92:1:0 chr7 150773779 . TGGGGGGG TGGGGGG,TGGGGGGC 139.34 PASS AF=0.368421,0.140351;AO=16,9;DP=58;FAO=21,8;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=9,8;FSAR=12,0;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.172984,-0.0254128;FXX=0.0172384;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.70819,16.6721;QD=9.77829;RBI=0.17351,0.0789705;REFB=-0.103408,-0.07863;REVB=-0.0135021,-0.0747698;RO=21;SAF=6,7;SAR=10,2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.194315,0.269229;STB=0.561345,0.998405;STBP=0.457,0.005;TYPE=del,snp;VARB=0.0736265,0.131972;OID=.,.;OPOS=150773780,150773786;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGGGG,TGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421,0.140351:16,9:58:21,8:57:28:9,8:12,0:15:13:85:21:6,7:10,2:12:9 chr7 150846137 . C T 365.81 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0108434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2908;QD=18.7594;RBI=0.0734324;REFB=-0.0306478;REVB=-0.0726274;RO=39;SAF=23;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132451;STB=0.567865;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0349244;OID=.;OPOS=150846137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:40:38:38:0.487179:15:23:18:21:15:23:19:21 chr7 150864240 . G C 411.0 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8629;QD=56.6893;RBI=0.0673546;REFB=0;REVB=0.00485185;RO=0;SAF=3;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066717;OID=.;OPOS=150864240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:26:3:0:0:26:3:0:0 chr7 150873664 . G T 271.53 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0557829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.088;QD=19.3953;RBI=0.0565883;REFB=-0.0209501;REVB=0.00951373;RO=26;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947866;STB=0.559546;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0136376;OID=.;OPOS=150873664;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:12:17:18:8:12:17:19:8 chr7 150878260 . C G 529.81 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0900959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9909;QD=57.277;RBI=0.105384;REFB=-0.0736249;REVB=-0.0546678;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034147;OID=.;OPOS=150878260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:37:1:0:36:37:1:23:13:1:0:23:14:0:0 chr7 150883593 . G A 593.37 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-7.1858e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.907;QD=20.6389;RBI=0.00203752;REFB=-0.0224731;REVB=0.0020375;RO=54;SAF=27;SAR=33;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273016;STB=0.510952;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.022594;OID=.;OPOS=150883593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:55:60:60:0.521739:33:27:26:28:33:27:26:29 chr7 150916228 . G A 519.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.707;QD=59.4244;RBI=0.072513;REFB=0;REVB=0.0579756;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477357;OID=.;OPOS=150916228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr7 150921950 . A G 1572.76 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0691657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.773;QD=62.9102;RBI=0.0691729;REFB=-0.0873027;REVB=0.00099925;RO=1;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109034;STB=0.505746;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=3.0879e-05;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:1:1:99:99:0.99:43:56:0:1:43:56:0:1 chr7 150931268 . C G 957.89 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468059;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0871;QD=58.9467;RBI=0.0480794;REFB=0;REVB=0.0109926;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000535589;OID=.;OPOS=150931268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:34:30:0:0:35:30:0:0 chr7 150934975 . C G 1201.13 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0492965;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.46;QD=60.0563;RBI=0.0494313;REFB=-0.0697434;REVB=0.00364703;RO=1;SAF=25;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185567;STB=0.509801;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.000559934;OID=.;OPOS=150934975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:80:1:1:79:79:0.9875:54:25:1:0:54:25:1:0 chr7 151049231 . C T 132.78 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0013905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.793;QD=7.81066;RBI=0.0143664;REFB=-0.00893363;REVB=-0.0142989;RO=48;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179804;STB=0.598977;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0198163;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:48:49:19:19:0.279412:9:10:18:30:9:10:19:30 chr7 151064064 . C T 257.13 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0333501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.405;QD=16.0709;RBI=0.0373873;REFB=-0.0216057;REVB=0.0168993;RO=34;SAF=8;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235209;STB=0.627147;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0288066;OID=.;OPOS=151064064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:21:8:17:17:21:8:17:18 chr7 151078343 . TG GT,T 55.84 PASS AF=0,0.416667;AO=2,13;DP=36;FAO=0,15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=0,4;FSAR=0,11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0411304,-0.0651387;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=63.3115,12.7776;QD=6.20488;RBI=0.055277,0.0993703;REFB=-0.0342093,-0.0880622;REVB=-0.0369302,0.0750427;RO=20;SAF=0,4;SAR=2,9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.531429,-0.257812;STB=0.5,0.662422;STBP=1,0.102;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.141146;OID=.,.;OPOS=151078343,151078344;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:36:36:20:21:2,13:0,15:0,0.416667:2,9:0,4:11:9:0,11:0,4:11:10 chr7 151078352 . TG T 103.86 PASS AF=0.513514;AO=16;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0707683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.4105;QD=11.2276;RBI=0.0725782;REFB=-0.0271401;REVB=0.0161072;RO=18;SAF=2;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535543;STB=0.656076;STBP=0.08;TYPE=del;VARB=0.0472987;OID=.;OPOS=151078353;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513514:16:36:19:37:18:5:14:10:8:86:18:2:14:11:7 chr7 151106066 . C T 913.79 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.396;QD=58.0182;RBI=0.0493012;REFB=0;REVB=0.0490897;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101911;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:30:32:0:0:30:33:0:0 chr7 151133271 . G A 715.16 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000416107;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.072;QD=57.2125;RBI=0.0294152;REFB=0;REVB=0.0294122;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41483e-05;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr7 151257523 . GA G 82.06 PASS AF=0.36;AO=21;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00775916;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.8288;QD=6.56482;RBI=0.0690663;REFB=-0.0509089;REVB=-0.0686291;RO=27;SAF=2;SAR=19;SRF=9;SRR=18;SSEN=0.32008;SSEP=0;SSSB=-0.404792;STB=0.826936;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0636501;OID=.;OPOS=151257524;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:21:51:18:50:32:1:17:10:22:82:27:2:19:9:18 chr7 151613438 . G A 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.0178873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.876;QD=10.81;RBI=0.0273508;REFB=-0.00899408;REVB=-0.0206909;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241614;STB=0.639215;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0163173;OID=.;OPOS=151613438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:11:8:8:28:11:8:8:28 chr7 151680072 . T C 1459.02 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264915;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8453;QD=62.0858;RBI=0.10949;REFB=-0.0821188;REVB=0.106237;RO=1;SAF=46;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166838;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:94:1:0:93:94:1:47:46:1:0:47:47:0:0 chr7 151722338 . G A 3107.38 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.186;QD=61.5323;RBI=0.0351919;REFB=0;REVB=0.0211815;RO=0;SAF=129;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11744e-05;OID=.;OPOS=151722338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:201:202:1:72:129:0:0:73:129:0:0 chr7 151722388 . A G 910.82 PASS AF=0.470588;AO=94;DP=202;FAO=96;FDP=204;FR=.;FRO=108;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=64;FSRR=44;FWDB=-0.00883814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.179;QD=17.8593;RBI=0.00884475;REFB=-0.0155133;REVB=-0.00034196;RO=103;SAF=45;SAR=49;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10726;STB=0.554423;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0107109;OID=.;OPOS=151722388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:204:103:108:94:96:0.470588:49:45:61:42:49:47:64:44 chr7 151833692 . T C 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0208071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.491;QD=29.0284;RBI=0.024883;REFB=0.0165938;REVB=0.0136465;RO=8;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1332;STB=0.57383;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00866489;OID=.;OPOS=151833692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:11:7:5:3:11:7:5:3 chr7 151873853 . C T 340.62 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0992241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1127;QD=54.4993;RBI=0.103676;REFB=0;REVB=-0.0300556;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00367518;OID=.;OPOS=151873853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr7 151874498 . C T 267.99 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0253292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.23;QD=22.3326;RBI=0.0262133;REFB=-0.0398831;REVB=0.00675042;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133043;STB=0.563708;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0168287;OID=.;OPOS=151874498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:23:24:25:0.520833:12:12:8:15:13:12:8:15 chr7 151945051 . A G 151.6 PASS AF=0.101911;AO=46;DP=469;FAO=48;FDP=471;FR=.;FRO=423;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=213;FSRR=210;FWDB=0.00452741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.714;QD=1.28751;RBI=0.0316476;REFB=-0.000611272;REVB=-0.0313221;RO=378;SAF=17;SAR=29;SRF=194;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178426;STB=0.635019;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00830529;OID=.;OPOS=151945051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:469:471:378:423:46:48:0.101911:29:17:194:184:31:17:213:210 chr7 151945060 . G A 53.18 PASS AF=0.0614754;AO=29;DP=481;FAO=30;FDP=488;FR=.;FRO=458;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=216;FSRR=242;FWDB=-0.0241171;FXX=0.00204495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3126;QD=0.435866;RBI=0.0254654;REFB=-0.00334078;REVB=-0.00817635;RO=436;SAF=9;SAR=20;SRF=197;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155697;STB=0.66613;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0283137;OID=.;OPOS=151945060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:481:488:436:458:29:30:0.0614754:20:9:197:239:21:9:216:242 chr7 151945071 . G GT 488.14 PASS AF=0.275053;AO=120;DP=482;FAO=129;FDP=469;FR=.;FRO=340;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=157;FSRR=183;FWDB=0.0908982;FXX=0.00845648;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.4609;QD=4.16324;RBI=0.123982;REFB=0.00755958;REVB=-0.0843156;RO=352;SAF=46;SAR=74;SRF=165;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109938;STB=0.555215;STBP=0.131;TYPE=ins;VARB=-0.0235486;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275053:120:482:129:469:340:50:79:157:183:99:352:46:74:165:187 chr7 151945101 . G C 202.13 PASS AF=0.122642;AO=52;DP=424;FAO=52;FDP=424;FR=.;FRO=372;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=175;FSRR=197;FWDB=-0.0200286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9278;QD=1.90689;RBI=0.0607367;REFB=-0.00937941;REVB=0.0573393;RO=372;SAF=15;SAR=37;SRF=175;SRR=197;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238573;STB=0.666916;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0855091;OID=.;OPOS=151945101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:424:424:372:372:52:52:0.122642:37:15:175:197:37:15:175:197 chr7 151945140 . C T 427.56 PASS AF=0.256198;AO=62;DP=242;FAO=62;FDP=242;FR=.;FRO=180;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=77;FSRR=103;FWDB=-0.0409332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7247;QD=7.06709;RBI=0.0518777;REFB=-0.00919667;REVB=-0.031871;RO=179;SAF=31;SAR=31;SRF=77;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873279;STB=0.553702;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.028275;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:179:180:62:62:0.256198:31:31:77:102:31:31:77:103 chr7 151945167 . G T 230.63 PASS AF=0.248175;AO=34;DP=137;FAO=34;FDP=137;FR=.;FRO=103;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.00153831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.958;QD=6.73363;RBI=0.0135487;REFB=-0.00674361;REVB=-0.0134611;RO=102;SAF=21;SAR=13;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159977;STB=0.593165;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0213972;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:102:103:34:34:0.248175:13:21:50:52:13:21:51:52 chr7 151945204 . G A 105.29 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0472126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6261;QD=11.0831;RBI=0.0661616;REFB=-0.0141057;REVB=-0.0463501;RO=25;SAF=12;SAR=1;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558406;STB=0.846388;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0298857;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:1:12:14:11:1:12:14:11 chr7 151962176 . T A 1113.95 PASS AF=0.421233;AO=107;DP=280;FAO=123;FDP=292;FR=.;FRO=169;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=98;FSRR=71;FWDB=-0.00205969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.24;QD=15.2597;RBI=0.00575888;REFB=-0.0301636;REVB=-0.00537795;RO=168;SAF=51;SAR=56;SRF=98;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11562;STB=0.590537;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0284738;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:292:168:169:107:123:0.421233:56:51:98:70:71:52:98:71 chr7 151970856 . T A 2758.13 PASS AF=0.658333;AO=235;DP=359;FAO=237;FDP=360;FR=.;FRO=123;FSAF=114;FSAR=123;FSRF=53;FSRR=70;FWDB=-0.0223501;FXX=0.00826424;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4865;QD=30.6459;RBI=0.0264028;REFB=-0.0125304;REVB=0.0140565;RO=112;SAF=114;SAR=121;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125706;STB=0.517169;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00706431;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:360:112:123:235:237:0.658333:121:114:52:60:123:114:53:70 chr7 152099906 . T A 1394.11 PASS AF=0.754967;AO=112;DP=149;FAO=114;FDP=151;FR=.;FRO=37;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0393199;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7685;QD=36.9301;RBI=0.0510731;REFB=-0.0424054;REVB=0.0325946;RO=37;SAF=49;SAR=63;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483616;STB=0.525201;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0103375;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:37:37:112:114:0.754967:63:49:20:17:64:50:20:17 chr7 152099917 . G A 1548.58 PASS AF=0.783439;AO=123;DP=157;FAO=123;FDP=157;FR=.;FRO=34;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0123129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.272;QD=39.4543;RBI=0.0182072;REFB=-0.0175905;REVB=-0.0134124;RO=34;SAF=53;SAR=70;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285347;STB=0.51519;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00558285;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:34:34:123:123:0.783439:70:53:17:17:70:53:17:17 chr7 152099924 . T C 1398.96 PASS AF=0.754967;AO=113;DP=152;FAO=114;FDP=151;FR=.;FRO=37;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00461746;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.054;QD=37.0584;RBI=0.0148468;REFB=-0.0292059;REVB=0.0141106;RO=37;SAF=50;SAR=63;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205549;STB=0.511877;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00835068;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:37:37:113:114:0.754967:63:50:18:19:64:50:18:19 chr7 154461112 . A G 469.15 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0113854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1422;QD=14.2168;RBI=0.0296776;REFB=0.00378117;REVB=0.0274069;RO=79;SAF=25;SAR=28;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023342;STB=0.513168;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00562923;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:79:79:53:53:0.401515:28:25:39:40:28:25:39:40 chr7 154667628 . A G 669.35 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4323;QD=62.2649;RBI=0.0275085;REFB=0;REVB=0.0198874;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2288e-06;OID=.;OPOS=154667628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:13:29:0:0:14:29:0:0 chr7 154672662 . C T 729.85 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.087;QD=62.1148;RBI=0.0370986;REFB=0;REVB=0.0231626;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291246;OID=.;OPOS=154672662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:24:22:1:0:24:23:0:0 chr7 154679447 . G A 972.58 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3569;QD=58.9442;RBI=0.0287672;REFB=0;REVB=-0.015119;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202811;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr7 154681050 . C T 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0274428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.8;QD=53.9321;RBI=0.0319461;REFB=0.069777;REVB=0.0163539;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000341186;OID=.;OPOS=154681050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:0:1:14:16:0:1 chr7 154681215 . G GA 176.64 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.068;QD=41.5626;RBI=0.0951874;REFB=0;REVB=-0.0796829;RO=14;SAF=0;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.608678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00056283;OID=.;OPOS=154681216;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:16:17:17:0:10:7:0:0:4:14:0:2:9:5 chr7 154681216 . G A 151.43 PASS AF=0.875;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00886012;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.706;QD=37.8579;RBI=0.00893761;REFB=-0.0498117;REVB=0.00117434;RO=2;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347762;STB=0.519203;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00434588;OID=.;OPOS=154681216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:16:2:2:14:14:0.875:5:9:1:1:5:9:1:1 chr7 154684153 . T C 380.25 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0198446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.136;QD=24.9344;RBI=0.0255315;REFB=-0.00499618;REVB=-0.016064;RO=24;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000813482;STB=0.500446;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240083;OID=.;OPOS=154684153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:17:20:13:11:17:20:13:11 chr7 154685560 . A AC 60.27 PASS AF=0.418605;AO=7;DP=48;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0547481;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.2314;QD=5.60605;RBI=0.056273;REFB=-0.00197603;REVB=-0.0130114;RO=41;SAF=7;SAR=0;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.645354;STB=0.508762;STBP=0.958;TYPE=ins;VARB=-0.0159723;OID=.;OPOS=154685561;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605:7:48:18:43:25:12:6:17:8:60:41:7:0:24:17 chr7 154685562 . T C 91.78 PASS AF=0.26087;AO=13;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00808997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1623;QD=7.9805;RBI=0.011303;REFB=-0.0063178;REVB=0.00789372;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336326;STB=0.723815;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0207608;OID=.;OPOS=154685562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:46:46:32:34:13:12:0.26087:7:6:24:8:7:5:25:9 chr7 154685612 . G T 146.23 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0701337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9899;QD=16.7116;RBI=0.0846367;REFB=-0.00630664;REVB=0.0473776;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241071;STB=0.638126;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.013018;OID=.;OPOS=154685612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:12:7:10:6:12:7 chr7 154738409 . T C 320.75 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0442234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.728;QD=14.0991;RBI=0.0500596;REFB=-0.0208961;REVB=0.0234575;RO=55;SAF=26;SAR=10;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281565;STB=0.660923;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0340309;OID=.;OPOS=154738409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:10:26:26:29:10:26:26:29 chr7 154760266 . TCTGCTG T 129.28 PASS AF=0.5;AO=11;DP=21;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.052617;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=6;MLLD=184.514;QD=18.4684;RBI=0.069463;REFB=-0.0758237;REVB=0.0453494;RO=6;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140261;STB=0.549925;STBP=0.675;TYPE=del;VARB=0.0771958;OID=.;OPOS=154760267;OREF=CTGCTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:21:14:28:14:3:11:4:10:99:6:2:9:2:4 chr7 154760666 . C T 61.22 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0135233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.193;QD=18.8381;RBI=0.119222;REFB=-0.0176322;REVB=-0.118453;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151251;STB=0.588011;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00724762;OID=.;OPOS=154760666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:2:3:3:5:2:3 chr7 154862621 . T A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00883023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4419;QD=12.5694;RBI=0.0183248;REFB=0.0104459;REVB=0.016057;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605125;STB=0.535666;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00928525;OID=.;OPOS=154862621;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:10:5:10:16:10:5:10:16 chr7 155150472 . G A 742.44 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235086;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.786;QD=57.1108;RBI=0.0284436;REFB=0;REVB=0.0160122;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62542e-05;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:20:31:0:0:21:31:0:0 chr7 155150560 . A G 769.88 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0523191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6204;QD=54.9913;RBI=0.0734354;REFB=0.0457747;REVB=-0.0515312;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136645;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0133956;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:21:34:1:0:21:34:1:0 chr7 155150602 . T C 668.41 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.496;QD=62.1772;RBI=0.0343487;REFB=0;REVB=0.0297107;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28489e-05;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:21:20:0:0:23:20:0:0 chr7 155150765 . C T 400.38 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.01;QD=53.3836;RBI=0.0419912;REFB=-0.0868397;REVB=0.038886;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037234;STB=0.519986;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00062721;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:12:17:0:1:12:17:0:1 chr7 155151018 . G A 480.74 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0397455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8291;QD=53.4152;RBI=0.125306;REFB=-0.106531;REVB=0.118835;RO=2;SAF=27;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452331;STB=0.524257;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0770629;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:7:27:1:1:7:27:1:1 chr7 155151095 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.413;QD=56.1909;RBI=0.0756558;REFB=0;REVB=-0.0735562;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.62673e-05;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr7 155151194 . G A 972.72 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1951;QD=58.9529;RBI=0.087139;REFB=0;REVB=0.0825952;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643264;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr7 155151307 . A G 909.79 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143148;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.532;QD=58.6958;RBI=0.0227649;REFB=0;REVB=0.0177011;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37233e-05;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr7 155151367 . G T 817.68 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.92;QD=57.3807;RBI=0.0377925;REFB=0;REVB=-0.00635428;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141587;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:20:36:0:0:21:36:0:0 chr7 155151369 . C T 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0409243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.947;QD=55.2224;RBI=0.0535257;REFB=0.00061168;REVB=0.0344993;RO=1;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229889;STB=0.512191;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=7.83874e-05;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:20:36:0:1:20:36:0:1 chr7 155151433 . T C 323.39 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.421;QD=53.8985;RBI=0.057104;REFB=0;REVB=0.0112111;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368746;OID=.;OPOS=155151433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:15:9:0:0 chr7 155151437 . G A 293.32 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0901543;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0391;QD=53.331;RBI=0.0906772;REFB=0;REVB=0.00972443;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184615;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr7 155151448 . AC A 42.11 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0261303;FXX=0.062461;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.3867;QD=11.2304;RBI=0.0346469;REFB=-0.0429857;REVB=0.0227511;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.5;SSSB=0.490947;STB=0.713795;STBP=0.137;TYPE=del;VARB=0.0736236;OID=.;OPOS=155151449;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:7:16:8:15:7:5:3:1:6:41:8:5:2:1:7 chr7 155503920 . A T 800.75 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8783;QD=55.2243;RBI=0.181952;REFB=0;REVB=0.0352685;RO=0;SAF=11;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00377862;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:58:0:0:55:58:1:44:11:0:0:45:13:0:0 chr7 155534702 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0302548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.622;QD=9.47634;RBI=0.0417881;REFB=-0.0284228;REVB=0.0288252;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439263;STB=0.763154;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.035643;OID=.;OPOS=155534702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:15:6:7:3:15:6 chr7 155755826 . A G 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0732793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.854;QD=18.0857;RBI=0.0753081;REFB=-0.0170397;REVB=-0.0173625;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872687;STB=0.54901;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0134509;OID=.;OPOS=155755826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:15:11:14:13:15:11:14:13 chr7 155757502 . T C 563.96 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00528943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8526;QD=57.8421;RBI=0.020623;REFB=-0.13335;REVB=0.0199332;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00223646;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:0:1:19:19:0:1 chr7 156469123 . G A 984.5 PASS AF=0.513369;AO=95;DP=185;FAO=96;FDP=187;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=68;FSRF=26;FSRR=65;FWDB=0.00318689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.502;QD=21.0589;RBI=0.0102992;REFB=-0.0112363;REVB=-0.00979378;RO=88;SAF=27;SAR=68;SRF=24;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124607;STB=0.503515;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0133791;OID=.;OPOS=156469123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:88:91:95:96:0.513369:68:27:24:64:68:28:26:65 chr7 156469133 . C G 659.39 PASS AF=0.45;AO=71;DP=159;FAO=72;FDP=160;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=24;FSRR=64;FWDB=-0.00977226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.429;QD=16.4847;RBI=0.0174244;REFB=-0.0231942;REVB=0.0144261;RO=85;SAF=19;SAR=52;SRF=22;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110531;STB=0.506218;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.023916;OID=.;OPOS=156469133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:85:88:71:72:0.45:52:19:22:63:53:19:24:64 chr7 156469179 . C T 411.04 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.015196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.805;QD=21.0789;RBI=0.0224552;REFB=-0.0486061;REVB=-0.0165324;RO=37;SAF=18;SAR=23;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772525;STB=0.542635;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0227327;OID=.;OPOS=156469179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:23:18:13:24:23:18:13:24 chr7 156469190 . A G 919.88 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.981;QD=58.4053;RBI=0.0296045;REFB=0;REVB=0.0293582;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46869e-05;OID=.;OPOS=156469190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr7 156518192 . G A 152.38 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0370189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.601;QD=10.6935;RBI=0.0374905;REFB=-0.000523626;REVB=-0.0059281;RO=35;SAF=3;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364188;STB=0.70636;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00104078;OID=.;OPOS=156518192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:37:20:20:0.350877:17:3:14:21:17:3:14:23 chr7 156518195 . G A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0235029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.099;QD=13.9116;RBI=0.0439343;REFB=0.00903918;REVB=-0.0371192;RO=30;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200311;STB=0.632614;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0166739;OID=.;OPOS=156518195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:17:4:10:20:17:4:11:20 chr7 156554830 . T C 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0189125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.165;QD=11.8818;RBI=0.0214464;REFB=-0.016604;REVB=-0.0101127;RO=28;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11147;STB=0.565949;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0194548;OID=.;OPOS=156554830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:9:6:14:14:9:6:14:14 chr7 156664783 . C T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00995526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.666;QD=21.7448;RBI=0.0158596;REFB=0.00136535;REVB=0.0123458;RO=16;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266919;STB=0.650994;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00187317;OID=.;OPOS=156664783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:5:14:7:9:5:14:7:9 chr7 156742501 . C G 193.75 PASS AF=0.72;AO=16;DP=24;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0119059;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.676;QD=30.9995;RBI=0.0847568;REFB=-0.0329123;REVB=0.0839164;RO=8;SAF=15;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316784;STB=0.512182;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0139064;OID=.;OPOS=156742501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:24:25:8:7:16:18:0.72:1:15:6:2:3:15:6:1 chr7 156742965 . G C 50.6 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0356754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9442;QD=14.4569;RBI=0.176173;REFB=-0.0699346;REVB=0.172523;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191087;STB=0.574264;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.075581;OID=.;OPOS=156742965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:13:14:7:7:6:7:0.5:3:3:5:2:3:4:5:2 chr7 156743264 . C A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0281675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.038;QD=18.7669;RBI=0.028192;REFB=-0.0242158;REVB=-0.00117469;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.013656;OID=.;OPOS=156743264;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:0:3:4:2:0:3 chr7 157061474 . T C 1175.78 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0246372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.358;QD=59.5334;RBI=0.0333692;REFB=-0.0406007;REVB=0.0225058;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111373;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000453675;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:36:42:1:0:36:42:1:0 chr7 157162035 . T G 283.65 PASS AF=0.4125;AO=32;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0034075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.723;QD=14.1822;RBI=0.00440276;REFB=-0.0214325;REVB=0.00278805;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509857;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0331574;OID=.;OPOS=157162035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:47:32:33:0.4125:16:16:22:22:16:17:25:22 chr7 157162068 . T C 1249.44 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0213872;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.07;QD=58.1136;RBI=0.0216093;REFB=-0.102275;REVB=-0.00309013;RO=3;SAF=39;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350432;STB=0.518514;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000912256;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:86:3:3:83:83:0.965116:44:39:3:0:44:39:3:0 chr7 157162103 . A G 311.87 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.000705852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.996;QD=14.176;RBI=0.0108303;REFB=-0.0329162;REVB=0.0108073;RO=53;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045078;STB=0.525618;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0280402;OID=.;OPOS=157162103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:17:18:25:28:17:18:25:28 chr7 157319423 . G C 493.46 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.000787772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.814;QD=25.6343;RBI=0.00585796;REFB=-0.0246046;REVB=0.00580475;RO=31;SAF=14;SAR=32;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696431;STB=0.538146;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.014512;OID=.;OPOS=157319423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:31:46:46:0.597403:32:14:12:19:32:14:12:19 chr7 157319862 . C T 105.09 PASS AF=0.52;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0145678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.316;QD=16.8149;RBI=0.0944262;REFB=-0.0553074;REVB=0.0932956;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183634;STB=0.59984;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0499699;OID=.;OPOS=157319862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:12:13:0.52:8:4:6:5:9:4:6:6 chr7 157414064 . G A 374.93 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.000205391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.521;QD=15.7865;RBI=0.0241694;REFB=-0.0143866;REVB=-0.0241685;RO=54;SAF=21;SAR=19;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02551;STB=0.519737;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0261541;OID=.;OPOS=157414064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:55:40:40:0.421053:19:21:27:27:19:21:27:28 chr7 157931091 . C T 848.88 PASS AF=0.546053;AO=83;DP=152;FAO=83;FDP=152;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0296423;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.233;QD=22.339;RBI=0.0415354;REFB=-0.0368997;REVB=-0.0290952;RO=69;SAF=46;SAR=37;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513304;STB=0.528054;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0309464;OID=.;OPOS=157931091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:69:69:83:83:0.546053:37:46:34:35:37:46:34:35 chr7 157931119 . A G 478.47 PASS AF=0.397059;AO=53;DP=135;FAO=54;FDP=136;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0112701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.986;QD=14.0726;RBI=0.0226844;REFB=-0.0217176;REVB=-0.0196867;RO=82;SAF=18;SAR=35;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241345;STB=0.627712;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0361093;OID=.;OPOS=157931119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:82:82:53:54:0.397059:35:18:46:36:35:19:46:36 chr7 157931144 . C T 410.09 PASS AF=0.395161;AO=48;DP=121;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0408672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8728;QD=13.2285;RBI=0.0431075;REFB=-0.0585896;REVB=0.0137162;RO=67;SAF=18;SAR=30;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124962;STB=0.562453;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0227912;OID=.;OPOS=157931144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:67:75:48:49:0.395161:30:18:33:34:31:18:35:40 chr7 157959636 . G A 188.97 PASS AF=0.4;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00399632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.473;QD=12.5982;RBI=0.0130203;REFB=-0.00778191;REVB=0.0123918;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169778;STB=0.607056;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0199931;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:23:24:0.4:12:11:23:13:13:11:23:13 chr7 157959911 . A G 239.59 PASS AF=0.353659;AO=30;DP=80;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0595322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7489;QD=11.6871;RBI=0.0632099;REFB=-0.0263751;REVB=0.0212463;RO=45;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185946;STB=0.599433;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0441898;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:45:53:30:29:0.353659:14:16:16:29:13:16:21:32 chr7 157985149 . C G 171.63 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00278232;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2561;QD=17.1627;RBI=0.0165342;REFB=0.00354892;REVB=0.0162984;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651628;STB=0.537314;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00754877;OID=.;OPOS=157985149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:12:10:7:11:12:10 chr7 158263331 . T C 262.63 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0439608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9112;QD=42.021;RBI=0.0890295;REFB=0.0127163;REVB=-0.077419;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031885;STB=0.538426;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00988383;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:1:3:22:22:0.88:14:8:0:1:14:8:2:1 chr7 158263336 . G C 338.14 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.472;QD=54.1016;RBI=0.0313769;REFB=0;REVB=0.0211739;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18202e-05;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:13:10:0:0:15:10:0:0 chr7 158263344 . T A 345.66 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.978;QD=53.1784;RBI=0.0153706;REFB=0;REVB=0.0103825;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329529;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr7 158325503 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.223;QD=51.1846;RBI=0.0545056;REFB=0;REVB=0.0505904;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591955;OID=.;OPOS=158325503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr7 158524504 . G A,T 616.73 PASS AF=0.926829,0.0731707;AO=37,3;DP=40;FAO=38,3;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304382,0.00623675;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.253,146.937;QD=60.1689;RBI=0.0144715,0.0242849;REFB=0,0;REVB=0.0141477,0.0234704;RO=0;SAF=15,1;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.82408e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000129524,0.0113038;OID=.,.;OPOS=158524504,158524504;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:40:41:0:0:37,3:38,3:0.926829,0.0731707:22,2:15,1:0:0:23,2:15,1:0:0 chr7 158526495 . G A 828.06 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681258;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.181;QD=57.1075;RBI=0.006815;REFB=0;REVB=-0.000181502;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179108;OID=.;OPOS=158526495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:55:58:1:24:31:0:0:24:34:0:0 chr7 158526880 . G A 619.16 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0399639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4082;QD=58.9674;RBI=0.0603859;REFB=-0.10713;REVB=0.0452697;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521728;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00278665;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:30:11:0:0:30:11:1:0 chr7 158528233 . A G 1099.15 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158039;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5128;QD=60.2271;RBI=0.0161814;REFB=0;REVB=0.00347477;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282919;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:35:37:0:0:36:37:0:0 chr7 158534372 . G A 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000126448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3743;QD=54.5119;RBI=0.0695932;REFB=0;REVB=0.0695931;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104264;OID=.;OPOS=158534372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr7 158534381 . G C 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738818;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.6;QD=52.6045;RBI=0.0076431;REFB=0;REVB=0.00195749;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89436e-05;OID=.;OPOS=158534381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr7 158536267 . T C 464.6 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.079;QD=58.0744;RBI=0.025866;REFB=0;REVB=-0.0252435;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139109;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr7 158536334 . GT AC,AT,CT 322.76 PASS AF=0,0.888889,0.0740741;AO=3,21,2;DP=27;FAO=0,24,2;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=0,11,2;FSAR=0,13,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212475,0.0299362,0.0323167;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=140.642,167.61,80.7163;QD=47.8165;RBI=0.0214976,0.0330106,0.0400564;REFB=-0.192227,-0.152139,-0.00251757;REVB=0.00326924,0.0139112,-0.0236675;RO=1;SAF=3,8,2;SAR=0,13,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.0542216,0;STB=0.5,0.521721,0.5;STBP=1,0.313,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0,0.000529137,0.185046;OID=.,.,.;OPOS=158536334,158536334,158536334;OREF=GT,G,G;OALT=AC,A,C;OMAPALT=AC,AT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:8:27:27:1:1:3,21,2:0,24,2:0,0.888889,0.0740741:0,13,0:3,8,2:1:0:0,13,0:0,11,2:1:0 chr7 158536345 . A G 384.92 PASS AF=1;AO=19;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.636;QD=54.9887;RBI=0.0993014;REFB=0;REVB=-0.0481741;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0055419;OID=.;OPOS=158536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:19:28:1:10:9:0:0:14:14:0:0 chr7 158536376 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112476;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.758;QD=49.5992;RBI=0.00432988;REFB=0;REVB=-0.00418124;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1185e-05;OID=.;OPOS=158536376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr7 158536388 . A C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.418;QD=43.4824;RBI=0.0822751;REFB=0;REVB=-0.0354329;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142265;OID=.;OPOS=158536388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr7 158536408 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.825;QD=35.5758;RBI=0.0392446;REFB=0;REVB=-0.0387707;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000898845;OID=.;OPOS=158536408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr7 158536411 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.444;QD=33.4285;RBI=0.0811941;REFB=0;REVB=-0.0776969;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00231716;OID=.;OPOS=158536411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 158672476 . C G 279.11 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103345;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.51;QD=53.1645;RBI=0.103362;REFB=0;REVB=-0.0018717;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153132;OID=.;OPOS=158672476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr7 158672592 . GT G 41.18 PASS AF=0.4;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00595743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.4397;QD=8.23588;RBI=0.0994514;REFB=-0.143964;REVB=-0.0992728;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237604;STB=0.635966;STBP=0.466;TYPE=del;VARB=0.167611;OID=.;OPOS=158672593;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:7:20:8:20:12:1:7:3:9:41:10:1:6:3:7 chr7 158672619 . A G 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0123;QD=56.7018;RBI=0.0158027;REFB=0;REVB=0.00332314;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020593;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chr7 158715219 . A G 633.28 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0524324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0015;QD=48.7135;RBI=0.0528931;REFB=0.0417737;REVB=-0.00696573;RO=4;SAF=26;SAR=22;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303692;STB=0.516174;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0134148;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:52:4:4:48:48:0.923077:22:26:3:1:22:26:3:1 chr7 158719084 . C T 515.46 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.062;QD=58.9093;RBI=0.0433856;REFB=0;REVB=0.0339704;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322244;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:13:19:0:0:13:22:0:0 chr7 158827326 . G A 200.47 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0374291;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.942;QD=19.5585;RBI=0.0566526;REFB=-0.0104475;REVB=-0.0425274;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173788;STB=0.598827;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00851282;OID=.;OPOS=158827326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:21:20:20:0.487805:14:6:10:11:14:6:10:11 chr7 158835804 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.018029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.427;QD=19.9932;RBI=0.0188215;REFB=-0.0498924;REVB=0.00540413;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590749;STB=0.533303;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0525014;OID=.;OPOS=158835804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:13:10:11:11:13:10 chr7 158851234 . T G 405.9 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.048;QD=55.9854;RBI=0.0228003;REFB=0;REVB=0.0204677;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139129;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr7 158896517 . G A 361.01 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00402514;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1942;QD=16.9886;RBI=0.0272954;REFB=-0.00197596;REVB=-0.0269969;RO=47;SAF=11;SAR=26;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246619;STB=0.625419;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0041628;OID=.;OPOS=158896517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:47:47:37:38:0.447059:26:11:25:22:26:12:25:22 chr7 158902567 . G A 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0209837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.897;QD=22.437;RBI=0.0262666;REFB=-0.00788127;REVB=0.0157993;RO=25;SAF=19;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167675;STB=0.59246;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00607839;OID=.;OPOS=158902567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:14:19:9:16:14:19:9:16 chr8 381344 . C G 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0265;QD=59.8344;RBI=0.0255039;REFB=0;REVB=0.0251035;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389548;OID=.;OPOS=381344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr8 381410 . A G 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00803547;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.999;QD=12.2166;RBI=0.00807114;REFB=0.000370924;REVB=-0.000758018;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168743;STB=0.599863;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0007528;OID=.;OPOS=381410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:5:10:14:13:5:10:14:13 chr8 382957 . T C 242.44 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0108262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.709;QD=14.9196;RBI=0.0209552;REFB=-0.02889;REVB=0.0179419;RO=36;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529582;STB=0.539043;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.035288;OID=.;OPOS=382957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:17:11:16:20:17:11:17:20 chr8 577101 . A G 739.15 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000909928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1579;QD=56.8575;RBI=0.0180878;REFB=0;REVB=0.0180649;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104589;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:27:25:0:0 chr8 607766 . C G 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1883;QD=59.8353;RBI=0.0125885;REFB=0;REVB=0.00181945;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234775;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr8 608034 . T C 543.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00018291;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.328;QD=60.3933;RBI=0.009186;REFB=0;REVB=0.00918418;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76931e-05;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr8 609879 . AT GC 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000186454;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=234.622;QD=61.684;RBI=0.0100723;REFB=0;REVB=0.0100706;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.78724e-05;OID=.;OPOS=609879;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr8 618728 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.579;QD=57.1772;RBI=0.0315641;REFB=0;REVB=0.0215486;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06425e-05;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:24:26:0:0:25:26:0:0 chr8 943504 . G C 219.11 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.067;QD=48.6908;RBI=0.0383397;REFB=0;REVB=0.0349325;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249234;OID=.;OPOS=943504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr8 943508 . C T 116.15 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.0101812;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.558;QD=20.1996;RBI=0.0115611;REFB=-0.0323771;REVB=0.00547749;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301655;STB=0.666472;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0175847;OID=.;OPOS=943508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:10:3:0:10:10:3:0:10 chr8 977316 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.586;QD=47.8217;RBI=0.0245488;REFB=0;REVB=-0.0225913;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016362;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr8 977320 . G A 40.75 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0113711;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.65;QD=12.5399;RBI=0.0366606;REFB=-0.0406071;REVB=-0.0348525;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.624638;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0410567;OID=.;OPOS=977320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:13:13:5:7:6:6:0.461538:2:4:4:1:2:4:6:1 chr8 977340 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.025245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.709;QD=10.6345;RBI=0.0308376;REFB=-0.00288501;REVB=0.0177101;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364734;STB=0.713848;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00288085;OID=.;OPOS=977340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:11:2:4:4:11:2 chr8 978573 . A G 117.13 PASS AF=0.290909;AO=15;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.047922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9657;QD=8.51838;RBI=0.0863876;REFB=-0.0149392;REVB=-0.071877;RO=39;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130564;STB=0.557307;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0374105;OID=.;OPOS=978573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:15:16:0.290909:8:7:14:25:9:7:14:25 chr8 1649960 . G A 446.77 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.069;QD=57.6475;RBI=0.0349246;REFB=0;REVB=0.0187684;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4549e-05;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr8 1650536 . A AC,C 474.7 PASS AF=0.333333,0.564103;AO=13,20;DP=40;FAO=13,22;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=10,7;FSAR=3,15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00466432,0.0132468;FXX=0;HRUN=1,9;LEN=1,1;MLLD=200.591,192.034;QD=48.6875;RBI=0.0126023,0.0193814;REFB=-0.0117406,0.0126897;REVB=0.0117074,0.0141479;RO=5;SAF=11,4;SAR=2,16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.195689,-0.19683;STB=0.581261,0.531467;STBP=0.319,0.494;TYPE=ins,snp;VARB=0.011793,-0.00709077;OID=.,.;OPOS=1650537,1650536;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:40:39:5:4:13,20:13,22:0.333333,0.564103:2,16:11,4:3:2:3,15:10,7:2:2 chr8 1651129 . G A 216.01 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.875;QD=48.0031;RBI=0.0413101;REFB=0;REVB=0.0400796;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00800039;OID=.;OPOS=1651129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:10:8:0:0 chr8 1808256 . A G 348.59 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00747706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.97;QD=22.8585;RBI=0.0102632;REFB=-0.0520143;REVB=-0.00703049;RO=26;SAF=4;SAR=31;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276327;STB=0.654824;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0404879;OID=.;OPOS=1808256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:31:4:8:18:31:4:8:18 chr8 1817367 . G A 470.07 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0619323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2077;QD=20.6626;RBI=0.0698372;REFB=-0.0228445;REVB=-0.0322742;RO=43;SAF=26;SAR=20;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676342;STB=0.527015;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0214726;OID=.;OPOS=1817367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:43:45:46:46:0.505495:20:26:21:22:20:26:23:22 chr8 1833801 . G C 543.92 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0186538;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3035;QD=19.7789;RBI=0.0198474;REFB=0.00719377;REVB=0.00677904;RO=52;SAF=24;SAR=32;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14607;STB=0.580282;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00692833;OID=.;OPOS=1833801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:52:54:56:56:0.509091:32:24:31:21:32:24:32:22 chr8 1857548 . T C 146.47 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0400625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.926;QD=16.7397;RBI=0.0410422;REFB=-0.0511925;REVB=0.00891378;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50908;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0504722;OID=.;OPOS=1857548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:19:16:16:0.457143:9:7:7:9:9:7:8:11 chr8 1876631 . C T 1338.48 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.84;QD=62.2548;RBI=0.00529009;REFB=0;REVB=-0.00510181;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92875e-05;OID=.;OPOS=1876631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:83:86:1:36:47:0:0:36:50:0:0 chr8 1900911 . C T 607.97 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0262598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9794;QD=25.0708;RBI=0.0345448;REFB=-0.0306849;REVB=0.0224447;RO=42;SAF=33;SAR=22;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155306;STB=0.585031;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0240614;OID=.;OPOS=1900911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:42:55:55:0.56701:22:33:17:25:22:33:17:25 chr8 1906630 . G A,T 713.77 PASS AF=0.0377358,0.943396;AO=2,50;DP=53;FAO=2,50;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=2,30;FSAR=0,20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0158019,-0.00920102;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=88.6232,180.497;QD=53.8697;RBI=0.0181332,0.0264477;REFB=-0.0469779,-0.0622337;REVB=0.0088946,0.0247956;RO=0;SAF=2,30;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.508193;STBP=1,0.525;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0181702,0.000782453;OID=.,.;OPOS=1906630,1906630;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:1:2,50:2,50:0.0377358,0.943396:0,20:2,30:0:0:0,20:2,30:1:0 chr8 1953194 . T G 418.2 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.801;QD=53.9617;RBI=0.0223784;REFB=-0.150784;REVB=-0.0178262;RO=1;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619954;STB=0.53331;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00152566;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:7:23:0:1:7:23:0:1 chr8 1953223 . C T 187.51 PASS AF=0.542857;AO=15;DP=31;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0193479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.051;QD=21.43;RBI=0.0211417;REFB=-0.00608904;REVB=0.00852222;RO=16;SAF=13;SAR=2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187678;STB=0.526287;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00634524;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:35:16:16:15:19:0.542857:2:13:12:4:4:15:12:4 chr8 1953567 . C A 1112.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.55;QD=59.3227;RBI=0.0769508;REFB=0;REVB=0.0178185;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635172;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:75:0:0:69:75:1:41:28:0:0:41:34:0:0 chr8 1953642 . CAGAG CAG,CAGAA 757.16 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=39,2;DP=47;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278128,0.0226798;FXX=0.019996;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=255.348,232.96;QD=61.8089;RBI=0.0542224,0.0396411;REFB=0,0;REVB=0.0465459,0.0325122;RO=0;SAF=20,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.3303e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00124691,0.0354165;OID=.,.;OPOS=1953643,1953646;OREF=AG,G;OALT=-,A;OMAPALT=CAG,CAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.959184,0.0408163:39,2:47:47,2:49:0:21,0:26,2:0:0:9:0:20,0:19,2:0:0 chr8 1953757 . CAA ATT,CAT 667.92 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=2,40;DP=45;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836079,0.00968902;FXX=0.0222173;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=18.3854,45.2226;QD=60.7201;RBI=0.0106344,0.0349363;REFB=0,0;REVB=0.00657168,0.0335659;RO=0;SAF=0,20;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.131446,-0.00287732;OID=.,.;OPOS=1953757,1953759;OREF=CAA,A;OALT=ATT,T;OMAPALT=ATT,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:45:44:0:0:2,40:1,43:0.0227273,0.977273:2,20:0,20:0:0:1,23:0,20:0:0 chr8 1954237 . G C 1283.94 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00814535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.003;QD=60.4205;RBI=0.0104395;REFB=-0.0665396;REVB=0.00652969;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.504949;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0013013;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:0:1:83:84:0.988235:50:33:0:0:50:34:0:1 chr8 1954587 . G A,T 133.89 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=10,2;DP=12;FAO=11,1;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217546,-0.00470512;FXX=0.076864;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.5718,170.159;QD=44.6294;RBI=0.0447401,0.0250558;REFB=0,0;REVB=0.0390949,-0.0246101;RO=0;SAF=7,1;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00679246,0.0416991;OID=.,.;OPOS=1954587,1954587;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:12:12:0:0:10,2:11,1:0.916667,0.0833333:3,1:7,1:0:0:4,0:7,1:0:0 chr8 1954983 . T C 155.53 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0318278;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.69;QD=14.4677;RBI=0.0319353;REFB=0.00575785;REVB=-0.00261885;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212121;STB=0.633267;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00699497;OID=.;OPOS=1954983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:26:17:17:0.395349:5:12:14:13:5:12:13:13 chr8 2021547 . G A 692.27 PASS AF=0.523077;AO=68;DP=130;FAO=68;FDP=130;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0244582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3916;QD=21.3006;RBI=0.0245224;REFB=-0.0186941;REVB=0.001774;RO=62;SAF=33;SAR=35;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997787;STB=0.554732;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.021523;OID=.;OPOS=2021547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:62:62:68:68:0.523077:35:33:23:39:35:33:23:39 chr8 2040337 . T C 1804.12 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0758168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.67;QD=61.1567;RBI=0.0838866;REFB=0;REVB=-0.0358995;RO=0;SAF=49;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050483;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:69:49:0:0:69:49:0:0 chr8 2048811 . A C 747.14 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.688;QD=52.4307;RBI=0.0139682;REFB=-0.0660482;REVB=0.00958673;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192307;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000847171;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:55:57:1:1:54:56:0.982456:30:24:1:0:32:24:1:0 chr8 2048831 . A G 153.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0193056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.83;QD=11.6167;RBI=0.0234563;REFB=-0.00593984;REVB=-0.0133225;RO=33;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194043;STB=0.605817;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.012448;OID=.;OPOS=2048831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:13:6:16:17:13:6:16:18 chr8 2050519 . C T 269.0 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.020986;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7956;QD=21.9592;RBI=0.0223523;REFB=-0.00706588;REVB=-0.00769492;RO=24;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266643;STB=0.649232;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0101579;OID=.;OPOS=2050519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:16:9:16:8:16:9:16:8 chr8 2056569 . C T 194.52 PASS AF=0.337838;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00592976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2292;QD=10.5145;RBI=0.0093108;REFB=-0.00258435;REVB=0.00717837;RO=49;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175174;STB=0.587029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00589458;OID=.;OPOS=2056569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:24:25:0.337838:11:13:19:30:12:13:19:30 chr8 2148550 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.842;QD=60.2306;RBI=0.0223687;REFB=0;REVB=0.0220244;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142016;OID=.;OPOS=2148550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr8 2148587 . TATGTGTGTACATATGTAC T 81.4 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.044028;FXX=0.11107;HRUN=1;LEN=18;MLLD=422.138;QD=13.5667;RBI=0.0440364;REFB=-0.0241464;REVB=-0.000861992;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538234;STB=0.842944;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.0280565;OID=.;OPOS=2148588;OREF=ATGTGTGTACATATGTAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:10:28:10:24:14:1:9:8:6:81:13:1:9:7:6 chr8 2148769 . TGC GTT,TGT 682.25 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=2,42;DP=44;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000955069,0.0315749;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=3,1;MLLD=92.0923,129.716;QD=62.023;RBI=0.00674836,0.0362681;REFB=0,0;REVB=-0.00668043,0.0178438;RO=0;SAF=1,16;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.108526,-0.00159175;OID=.,.;OPOS=2148769,2148771;OREF=TGC,C;OALT=GTT,T;OMAPALT=GTT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:44:44:0:0:2,42:1,43:0.0227273,0.977273:1,26:1,16:0:0:1,26:0,17:0:0 chr8 2795430 . T G 150.69 PASS AF=0.551724;AO=14;DP=27;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0634559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9293;QD=20.7849;RBI=0.0653517;REFB=-0.0362878;REVB=0.0156266;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324097;STB=0.510903;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0479986;OID=.;OPOS=2795430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:13:13:14:16:0.551724:7:7:7:6:7:9:7:6 chr8 2795835 . T C 885.98 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253648;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.18;QD=58.0969;RBI=0.0217742;REFB=0;REVB=0.021626;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108303;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:37:23:0:0:37:24:0:0 chr8 2807783 . G A 361.84 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0199437;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.514;QD=17.2307;RBI=0.0313479;REFB=-0.0179584;REVB=-0.0241854;RO=46;SAF=16;SAR=22;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202507;STB=0.613324;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0165276;OID=.;OPOS=2807783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:46:46:38:38:0.452381:22:16:29:17:22:16:29:17 chr8 2820745 . G C 1387.73 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0047085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.473;QD=60.3359;RBI=0.0538086;REFB=-0.0391981;REVB=0.0536022;RO=1;SAF=42;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111514;STB=0.511625;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=9.34841e-05;OID=.;OPOS=2820745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:1:2:90:90:0.978261:48:42:1:0:48:42:2:0 chr8 2832139 . C G 1176.01 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0514849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.984;QD=59.5449;RBI=0.0515206;REFB=-0.0956051;REVB=-0.00191948;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000335089;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:50:28:0:0:50:28:1:0 chr8 2909992 . G A 1245.86 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000971609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.247;QD=61.524;RBI=0.0132106;REFB=0;REVB=0.0131748;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34047e-05;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr8 2910020 . A G 1142.4 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194584;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.683;QD=59.3452;RBI=0.0198822;REFB=0.029857;REVB=0.00408332;RO=1;SAF=48;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975781;STB=0.505153;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00041688;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:28:48:1:0:28:48:1:0 chr8 2965244 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.642;QD=62.0211;RBI=0.0223567;REFB=0;REVB=0.00854435;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00998e-05;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:17:25:0:0 chr8 3072132 . G T 178.78 PASS AF=0.343284;AO=22;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00777338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.366;QD=10.6737;RBI=0.0189107;REFB=-0.00732108;REVB=0.0172391;RO=44;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302963;STB=0.658099;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0113261;OID=.;OPOS=3072132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:22:23:0.343284:9:13:14:30:10:13:14:30 chr8 3200877 . C T 663.0 PASS AF=0.471831;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0340366;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.69;QD=18.6761;RBI=0.0389023;REFB=-0.0116562;REVB=-0.0188388;RO=73;SAF=32;SAR=35;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631538;STB=0.527019;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0140624;OID=.;OPOS=3200877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:73:75:67:67:0.471831:35:32:30:43:35:32:32:43 chr8 3253768 . C T 535.64 PASS AF=0.452381;AO=58;DP=128;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00919226;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.794;QD=17.0044;RBI=0.103678;REFB=-0.0475884;REVB=-0.10327;RO=68;SAF=30;SAR=28;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309875;STB=0.526307;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0531827;OID=.;OPOS=3253768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:68:69:58:57:0.452381:28:30:33:35:27:30:33:36 chr8 3265590 . C T 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.12;QD=53.9052;RBI=0.0206679;REFB=0;REVB=-0.00502782;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103135;OID=.;OPOS=3265590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr8 3351147 . G A 91.09 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.027154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5868;QD=8.28097;RBI=0.0804562;REFB=-0.016294;REVB=-0.0757354;RO=31;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360643;STB=0.732162;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0393833;OID=.;OPOS=3351147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:31:32:12:12:0.272727:9:3:17:14:9:3:18:14 chr8 3351195 . C A 132.48 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00186268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.374;QD=9.99832;RBI=0.0367102;REFB=-0.00557972;REVB=-0.0366629;RO=36;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141327;STB=0.584194;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0127236;OID=.;OPOS=3351195;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:11:6:17:19:11:6:17:19 chr8 3558050 . G A 1245.26 PASS AF=0.965116;AO=82;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0335936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.095;QD=57.9188;RBI=0.0384654;REFB=-0.0606898;REVB=0.0187365;RO=4;SAF=28;SAR=54;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00897293;STB=0.51351;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00194728;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:4:3:82:83:0.965116:54:28:1:3:54:29:0:3 chr8 3807528 . C T 740.29 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.858;QD=56.945;RBI=0.0275333;REFB=0;REVB=0.0198032;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82283e-05;OID=.;OPOS=3807528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr8 5768667 . A T 731.46 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351644;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.695;QD=63.6048;RBI=0.0490771;REFB=0;REVB=0.0342349;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110302;OID=.;OPOS=5768667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr8 6272399 . G T 386.06 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0505835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2354;QD=20.8679;RBI=0.0540575;REFB=-0.00861683;REVB=-0.0190661;RO=32;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143764;STB=0.582132;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0105806;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:32:35:39:39:0.527027:19:20:22:10:19:20:24:11 chr8 6296550 . G T 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0392911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1662;QD=59.4246;RBI=0.0505949;REFB=-0.0229097;REVB=-0.0318756;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228919;STB=0.512189;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000206354;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:20:22:0:1:20:22:0:1 chr8 6302112 . AAT A 86.31 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0270715;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=29.7596;QD=10.1538;RBI=0.055543;REFB=-0.104366;REVB=0.0484991;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983446;STB=0.583219;STBP=0.448;TYPE=del;VARB=0.139942;OID=.;OPOS=6302113;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:14:36:15:34:19:5:10:9:10:86:20:5:9:9:11 chr8 6302183 . G C 62.94 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0321009;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.125;QD=14.8102;RBI=0.0322402;REFB=-0.00527172;REVB=0.00299378;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347252;STB=0.703751;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.014225;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:19:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:2:7:3:5:2:7 chr8 6302418 . A G 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.219;QD=60.6039;RBI=0.112412;REFB=0;REVB=-0.109389;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000571488;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr8 6302671 . C T 346.21 PASS AF=0.74359;AO=27;DP=38;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0154056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.168;QD=35.509;RBI=0.0255941;REFB=-0.00257423;REVB=0.0204384;RO=10;SAF=6;SAR=21;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328432;STB=0.646048;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000332644;OID=.;OPOS=6302671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:39:10:10:27:29:0.74359:21:6:8:2:21:8:8:2 chr8 6302971 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0040046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.789;QD=10.3902;RBI=0.018561;REFB=-0.000192835;REVB=0.0181239;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357723;STB=0.660622;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.000979804;OID=.;OPOS=6302971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:3:4:9:1:3:4:9:2 chr8 6319260 . T C 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00602573;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.509;QD=15.8128;RBI=0.0230254;REFB=-0.0120523;REVB=-0.0222229;RO=44;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132383;STB=0.507458;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0128746;OID=.;OPOS=6319260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:22:12:15:29:22:12:15:29 chr8 6319284 . T C 316.98 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00164494;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.988;QD=17.6099;RBI=0.0373958;REFB=-0.0127591;REVB=0.0373596;RO=38;SAF=11;SAR=23;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00836336;STB=0.504679;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0103364;OID=.;OPOS=6319284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:38:34:34:0.472222:23:11:12:26:23:11:12:26 chr8 6338306 . C A 800.44 PASS AF=0.539007;AO=76;DP=140;FAO=76;FDP=141;FR=.;FRO=65;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00145264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7417;QD=22.7074;RBI=0.00149654;REFB=-0.0195884;REVB=0.000359816;RO=64;SAF=49;SAR=27;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126433;STB=0.573415;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0158845;OID=.;OPOS=6338306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:64:65:76:76:0.539007:27:49:32:32:27:49:32:33 chr8 6377433 . C T 368.63 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.00581907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.656;QD=13.4048;RBI=0.0255254;REFB=-0.0142064;REVB=-0.0248532;RO=66;SAF=17;SAR=27;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255913;STB=0.514467;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0270131;OID=.;OPOS=6377433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:44:44:0.4:27:17:24:42:27:17:24:42 chr8 6378763 . C T 294.47 PASS AF=0.477612;AO=30;DP=65;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0108497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.434;QD=17.5804;RBI=0.0118324;REFB=-0.0187461;REVB=0.00472111;RO=35;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102103;STB=0.518061;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0194168;OID=.;OPOS=6378763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:35:35:30:32:0.477612:20:10:12:23:20:12:12:23 chr8 6389889 . C A 1368.54 PASS AF=0.957447;AO=90;DP=95;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0245643;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.876;QD=58.2356;RBI=0.0605029;REFB=-0.0944478;REVB=0.055292;RO=3;SAF=48;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00818754;STB=0.50927;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00214363;OID=.;OPOS=6389889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:95:94:3:4:90:90:0.957447:42:48:2:1:42:48:3:1 chr8 6474473 . C G 245.99 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0145721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.879;QD=11.1813;RBI=0.0213427;REFB=-0.0140531;REVB=0.0155937;RO=58;SAF=7;SAR=23;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259841;STB=0.652372;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0192418;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:23:7:25:33:23:7:25:33 chr8 6478986 . C G,T 672.6 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,42;DP=44;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010992,0.0275155;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.009,50.135;QD=61.1458;RBI=0.0169762,0.0430427;REFB=0,0;REVB=0.0129371,0.0330995;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0208844,0.0101929;OID=.,.;OPOS=6478986,6478986;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:2,42:2,42:0.0454545,0.954545:0,19:2,23:0:0:0,19:2,23:0:0 chr8 6479042 . C T 997.38 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0317244;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.436;QD=57.8192;RBI=0.0365141;REFB=-0.0911252;REVB=0.0180788;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000414263;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:0:1:68:68:0.985507:39:29:0:0:39:29:1:0 chr8 6479178 . C A 256.41 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00498668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.92;QD=22.7922;RBI=0.0397538;REFB=-0.0274409;REVB=-0.0394398;RO=19;SAF=5;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261405;STB=0.631708;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0220646;OID=.;OPOS=6479178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:21:24:24:0.533333:19:5:9:10:19:5:9:12 chr8 6500544 . C T 378.36 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0230931;FXX=0.0240935;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.515;QD=18.6842;RBI=0.0242041;REFB=-0.0144385;REVB=0.00724905;RO=42;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340556;STB=0.518978;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0174661;OID=.;OPOS=6500544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:42:42:39:39:0.481481:20:19:22:20:20:19:22:20 chr8 6615663 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3819;QD=55.0981;RBI=0.072932;REFB=0;REVB=0.0213475;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130833;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr8 6673377 . CA C 440.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.342;QD=56.8992;RBI=0.0498882;REFB=0;REVB=-0.00820065;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000272163;OID=.;OPOS=6673378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:31:31:31:0:14:17:0:0:4:0:14:17:0:0 chr8 6735300 . T A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0519069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.36;QD=17.1567;RBI=0.0524814;REFB=-0.0246664;REVB=0.00774384;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115476;STB=0.565841;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0183711;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:13:7:8:9:13:7 chr8 6793540 . C T 617.05 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031541;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.764;QD=61.705;RBI=0.0341494;REFB=0;REVB=-0.0130899;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182049;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr8 6793581 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.039364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3128;QD=16.1193;RBI=0.0423524;REFB=-0.00915691;REVB=0.0156269;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10868;STB=0.562401;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0132999;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:3:10:8:4:3:10 chr8 6913031 . G A 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0236575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.873;QD=22.1267;RBI=0.0252961;REFB=-0.00378662;REVB=-0.00895638;RO=33;SAF=21;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418185;STB=0.523044;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00316784;OID=.;OPOS=6913031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:19:21:19:14:19:21:19:14 chr8 7154917 . A C 406.32 PASS AF=0.408696;AO=48;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.101153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0228;QD=14.133;RBI=0.104011;REFB=0.00306955;REVB=-0.024212;RO=65;SAF=24;SAR=24;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150066;STB=0.592882;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00443384;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:68:48:47:0.408696:24:24:23:42:23:24:24:44 chr8 7215694 . A G 770.55 PASS AF=0.580645;AO=71;DP=125;FAO=72;FDP=124;FR=.;FRO=52;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0198194;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8684;QD=24.8564;RBI=0.0198409;REFB=0.00342183;REVB=0.000922912;RO=51;SAF=49;SAR=22;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211106;STB=0.613915;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00212716;OID=.;OPOS=7215694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:51:52:71:72:0.580645:22:49:22:29:23:49:22:30 chr8 7217172 . G A 104.03 PASS AF=0.163934;AO=20;DP=122;FAO=20;FDP=122;FR=.;FRO=102;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=-0.0370266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.83;QD=3.4109;RBI=0.0413468;REFB=-0.00457142;REVB=-0.0184008;RO=100;SAF=10;SAR=10;SRF=39;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140712;STB=0.590077;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0272061;OID=.;OPOS=7217172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:100:102:20:20:0.163934:10:10:39:61:10:10:40:62 chr8 7217795 . T G 213.47 PASS AF=0.269565;AO=30;DP=116;FAO=31;FDP=115;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.0200136;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.831;QD=7.42517;RBI=0.0218837;REFB=-0.00691984;REVB=0.00885176;RO=83;SAF=16;SAR=14;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557148;STB=0.549264;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.018156;OID=.;OPOS=7217795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:83:84:30:31:0.269565:14:16:48:35:15:16:49:35 chr8 7217837 . A C 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0170801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.298;QD=13.2875;RBI=0.0202693;REFB=0.0142242;REVB=0.0109141;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799782;STB=0.533309;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.0180251;OID=.;OPOS=7217837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:41:27:27:0.397059:15:12:14:24:15:12:16:25 chr8 7218632 . C T 420.39 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0149495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2549;QD=14.7504;RBI=0.0149894;REFB=-0.00629469;REVB=0.00109317;RO=64;SAF=20;SAR=28;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209909;STB=0.625309;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00780424;OID=.;OPOS=7218632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:66:48:48:0.421053:28:20:40:24:28:20:42:24 chr8 7308386 . T C 37.57 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0109348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2038;QD=1.70753;RBI=0.0176165;REFB=-0.00335182;REVB=0.013812;RO=79;SAF=5;SAR=4;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016731;STB=0.512792;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0358328;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:79:79:9:9:0.102273:4:5:45:34:4:5:45:34 chr8 7308729 . G C 298.53 PASS AF=0.272152;AO=43;DP=160;FAO=43;FDP=158;FR=.;FRO=115;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=0.0445218;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.401;QD=7.55765;RBI=0.0447581;REFB=-0.00444861;REVB=0.00459277;RO=114;SAF=26;SAR=17;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11907;STB=0.567722;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0202736;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:114:115:43:43:0.272152:17:26:58:56:17:26:59:56 chr8 7718187 . T G 682.98 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0443019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.495;QD=52.537;RBI=0.0454582;REFB=0.0255124;REVB=0.0101875;RO=2;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291179;STB=0.501547;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.000387958;OID=.;OPOS=7718187;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:27:23:1:1:27:23:1:1 chr8 7718266 . A T 310.27 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298847;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.504;QD=53.9591;RBI=0.0309141;REFB=0;REVB=-0.00791095;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113662;OID=.;OPOS=7718266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr8 8098577 . G A 618.38 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157744;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.216;QD=61.838;RBI=0.0159515;REFB=0;REVB=-0.0023701;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238188;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr8 8234077 . G C 229.29 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0782259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6745;QD=48.2716;RBI=0.0830438;REFB=0;REVB=0.0278743;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000910975;OID=.;OPOS=8234077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr8 8234192 . G C 648.55 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8448;QD=61.7671;RBI=0.044209;REFB=0;REVB=0.0428965;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027808;OID=.;OPOS=8234192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr8 8234218 . CG TA 805.3 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224307;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.788;QD=64.4238;RBI=0.0377825;REFB=0;REVB=0.0304036;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000149444;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:22:28:0:0 chr8 8234714 . C T 298.34 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.029457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.4804;QD=45.8988;RBI=0.0434292;REFB=0.0286103;REVB=-0.0319121;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031885;STB=0.533304;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0031993;OID=.;OPOS=8234714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:26:26:1:2:22:22:0.846154:8:14:1:0:8:14:2:0 chr8 8234868 . C CGCCGCT 75.6 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00752005;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=6;MLLD=242.016;QD=21.5991;RBI=0.0177492;REFB=-0.0342586;REVB=0.0160774;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.599771;STBP=0.369;TYPE=ins;VARB=0.017118;OID=.;OPOS=8234869;OREF=-;OALT=GCCGCT;OMAPALT=CGCCGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857:9:14:9:14:5:6:3:2:3:30:5:6:3:2:3 chr8 8439879 . A G 238.95 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4828;QD=50.3048;RBI=0.07323;REFB=0;REVB=-0.0731512;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152994;OID=.;OPOS=8439879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr8 8440074 . G A 376.98 PASS AF=0.55;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.00215008;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.419;QD=25.132;RBI=0.0167599;REFB=0.00417833;REVB=0.0166214;RO=19;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204748;STB=0.618308;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00394557;OID=.;OPOS=8440074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:19:20:33:33:0.55:15:18:16:3:15:18:17:3 chr8 8560602 . C T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3554;QD=50.134;RBI=0.030623;REFB=0.0106918;REVB=0.00957769;RO=1;SAF=22;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183228;STB=0.599903;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000270219;OID=.;OPOS=8560602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:2:22:0:1:2:22:0:1 chr8 8560909 . G C 1011.95 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00355217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.817;QD=57.8255;RBI=0.0452441;REFB=-0.0641625;REVB=0.0451044;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122766;STB=0.506327;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000387618;OID=.;OPOS=8560909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:30:38:1:0:30:39:1:0 chr8 8561391 . A AT,ATT 197.16 PASS AF=1,0;AO=17,3;DP=28;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.224066,-0.120559;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.7596,9.04541;QD=30.3317;RBI=0.271009,0.145056;REFB=-0.0263264,-0.0365845;REVB=0.152448,0.0806646;RO=8;SAF=6,3;SAR=11,0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.161931,0.630366;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0020981,0;OID=.,.;OPOS=8561392,8561392;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:17,3:28:26,0:26:0:12,0:14,0:0:0:3:8:6,3:11,0:5:3 chr8 8561399 . G T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.364;QD=56.1906;RBI=0.0381256;REFB=0;REVB=-0.0329946;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11362e-05;OID=.;OPOS=8561399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr8 8561442 . A G 296.12 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0236914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4548;QD=49.3526;RBI=0.052599;REFB=-0.0347282;REVB=-0.0469614;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0127561;OID=.;OPOS=8561442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:14:9:0:1:14:9:0:1 chr8 8561452 . A G 183.01 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124433;FXX=0.222099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.647;QD=52.2881;RBI=0.042501;REFB=0;REVB=-0.0406387;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123838;OID=.;OPOS=8561452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr8 8643582 . C G 657.57 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00750491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6237;QD=59.7794;RBI=0.0161521;REFB=-0.137259;REVB=-0.0143027;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00390795;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:0:1:24:19:0:1 chr8 8747894 . A G 764.17 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0724766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5081;QD=53.6259;RBI=0.0752771;REFB=-0.170138;REVB=-0.0203416;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159783;STB=0.508472;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00528113;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:57:57:1:1:55:56:0.982456:29:26:0:1:29:27:0:1 chr8 8819186 . T A 221.39 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00162976;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.285;QD=13.4175;RBI=0.0131411;REFB=-0.00371049;REVB=-0.0130396;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942287;STB=0.542246;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00633896;OID=.;OPOS=8819186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:26:27:0.409091:13:13:16:23:14:13:16:23 chr8 8860620 . T C 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0409906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.156;QD=13.8305;RBI=0.0413041;REFB=-0.043186;REVB=-0.00507969;RO=37;SAF=5;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390764;STB=0.740736;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0530444;OID=.;OPOS=8860620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:39:27:27:0.409091:22:5:19:18:22:5:21:18 chr8 8887542 . TAAC T 184.03 PASS AF=0.3875;AO=32;DP=81;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0037352;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=3;MLLD=245.25;QD=9.20152;RBI=0.013717;REFB=0.00336364;REVB=0.0131987;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481451;STB=0.539761;STBP=0.584;TYPE=del;VARB=-0.0049397;OID=.;OPOS=8887543;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3875:32:81:31:80:49:17:14:30:19:99:41:18:14:25:16 chr8 9037942 . C T 238.19 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00992794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.393;QD=18.6812;RBI=0.010498;REFB=-0.0283502;REVB=-0.0034122;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240132;STB=0.513503;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0305784;OID=.;OPOS=9037942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:9:16:16:10:9:16:16:10 chr8 9414049 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.547;QD=62.3493;RBI=0.048438;REFB=0;REVB=0.0477477;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127565;OID=.;OPOS=9414049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr8 9414159 . G C 395.84 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.04985;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.64;QD=45.2389;RBI=0.0680169;REFB=-0.0673843;REVB=0.046274;RO=4;SAF=23;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00506959;STB=0.506698;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00386654;OID=.;OPOS=9414159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:35:4:5:30:30:0.857143:7:23:3:1:7:23:4:1 chr8 9414237 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.103;QD=45.8068;RBI=0.0379358;REFB=0;REVB=0.0319994;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137489;OID=.;OPOS=9414237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr8 9414503 . T C 668.96 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0131165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.155;QD=50.4877;RBI=0.0456514;REFB=-0.0929644;REVB=0.0437265;RO=3;SAF=23;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220838;STB=0.511747;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00615948;OID=.;OPOS=9414503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:53:53:3:3:50:50:0.943396:27:23:2:1:27:23:2:1 chr8 9414924 . G C,T 298.47 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=8,2;DP=23;FAO=20,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118273,0.0173933;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.97,154.566;QD=51.9076;RBI=0.0158376,0.0207614;REFB=0,0;REVB=-0.0105331,-0.0113361;RO=0;SAF=6,1;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000358763,0.00665854;OID=.,.;OPOS=9414924,9414924;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:23:23:0:0:8,2:20,3:0.869565,0.130435:2,1:6,1:0:0:4,1:16,2:0:0 chr8 9415168 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.002;QD=57.1775;RBI=0.0198671;REFB=0;REVB=0.000142646;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83674e-05;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr8 9415389 . T TA 874.5 PASS AF=1;AO=9;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066307;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.77;QD=41.6428;RBI=0.068097;REFB=0;REVB=0.0155106;RO=75;SAF=7;SAR=2;SRF=52;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125137;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00175492;OID=.;OPOS=9415390;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:84:84:84:0:59:25:0:0:18:75:7:2:52:23 chr8 9415390 . G A 1063.5 PASS AF=0.904762;AO=75;DP=84;FAO=76;FDP=84;FR=.;FRO=8;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00925316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.04;QD=50.6426;RBI=0.0354294;REFB=-0.0140255;REVB=0.0341997;RO=8;SAF=52;SAR=23;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394738;STB=0.521349;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00392447;OID=.;OPOS=9415390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:8:8:75:76:0.904762:23:52:7:1:24:52:7:1 chr8 9416258 . G C 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0349785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.896;QD=60.5094;RBI=0.0441773;REFB=-0.00908267;REVB=0.0269841;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000306606;OID=.;OPOS=9416258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:0:1:45:45:0.978261:22:23:0:0:22:23:1:0 chr8 9564485 . G A 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00381433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.045;QD=13.2874;RBI=0.0121647;REFB=-0.00389762;REVB=-0.0115512;RO=41;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840983;STB=0.548269;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00759216;OID=.;OPOS=9564485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:19:8:15:26:19:8:15:26 chr8 9567700 . C A 306.71 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0101054;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5332;QD=17.78;RBI=0.0585672;REFB=0.00547452;REVB=0.0576888;RO=37;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467095;STB=0.509278;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00583776;OID=.;OPOS=9567700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:37:36:33:33:0.478261:18:15:17:20:18:15:17:19 chr8 9577940 . T C 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.986;QD=58.4151;RBI=0.0251665;REFB=0;REVB=-0.0178795;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09461e-07;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:44:19:0:0:44:19:0:0 chr8 9609331 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.607;QD=50.4135;RBI=0.0384466;REFB=0;REVB=-0.0110502;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149989;OID=.;OPOS=9609331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr8 9639155 . TA T 55.8 PASS AF=0.265625;AO=16;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.090587;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.0132;QD=3.48737;RBI=0.108072;REFB=-0.0658113;REVB=-0.0589361;RO=43;SAF=1;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.669448;STB=0.794155;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.137682;OID=.;OPOS=9639156;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265625:16:64:17:64:47:3:14:26:21:55:43:1:15:24:19 chr8 9734267 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.519;QD=42.1821;RBI=0.0641426;REFB=0;REVB=0.0595785;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284981;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:3:8:0:0 chr8 9734284 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.354;QD=37.4885;RBI=0.0318212;REFB=0;REVB=0.0252525;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454769;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr8 10211175 . C T 311.11 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0158035;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7074;QD=15.7526;RBI=0.0378476;REFB=0.000214909;REVB=-0.0343903;RO=44;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851494;STB=0.540517;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00199791;OID=.;OPOS=10211175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:79:44:45:34:34:0.43038:18:16:17:27:18:16:18:27 chr8 10285810 . T C 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0165612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.604;QD=21.1684;RBI=0.0183477;REFB=-0.00368573;REVB=0.00789714;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223089;STB=0.719257;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00131836;OID=.;OPOS=10285810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:2:3:7:7:0.7:6:1:1:1:6:1:2:1 chr8 10285825 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8388;QD=37.4883;RBI=0.0324465;REFB=0;REVB=-0.00469082;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000860266;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr8 10333799 . G A 254.18 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.016651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.847;QD=28.242;RBI=0.0182507;REFB=-0.0201511;REVB=-0.00747217;RO=13;SAF=6;SAR=17;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257618;STB=0.643111;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0168326;OID=.;OPOS=10333799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:17:6:8:5:17:6:8:5 chr8 10383138 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00385566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.315;QD=14.6498;RBI=0.0197493;REFB=-0.0244653;REVB=0.0193693;RO=19;SAF=2;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374061;STB=0.722517;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0262911;OID=.;OPOS=10383138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:12:2:8:11:12:2:8:11 chr8 10390452 . C T 291.53 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00188613;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.821;QD=14.2208;RBI=0.0646332;REFB=-0.00249247;REVB=-0.0646057;RO=49;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048115;STB=0.527365;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00449327;OID=.;OPOS=10390452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:49:49:33:33:0.402439:14:19:26:23:14:19:26:23 chr8 10396054 . A C 258.77 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00963148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.885;QD=16.6951;RBI=0.025978;REFB=-0.0226787;REVB=-0.0241266;RO=33;SAF=20;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209069;STB=0.600168;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0304024;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:33:28:29:0.467742:8:20:17:16:9:20:17:16 chr8 10464885 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.127;QD=43.4862;RBI=0.0636399;REFB=0;REVB=0.0633694;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605376;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr8 10465748 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.472;QD=40.7626;RBI=0.050676;REFB=0;REVB=0.00397332;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400808;OID=.;OPOS=10465748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr8 10465771 . G T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.364;QD=37.4852;RBI=0.0500955;REFB=0;REVB=0.00484134;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160423;OID=.;OPOS=10465771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr8 10467124 . G C 543.84 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0107891;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.513;QD=18.4354;RBI=0.010867;REFB=-0.0119934;REVB=-0.00129838;RO=61;SAF=36;SAR=21;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248788;STB=0.513792;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0142417;OID=.;OPOS=10467124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:61:61:57:57:0.483051:21:36:37:24:21:36:37:24 chr8 10467207 . C A 1607.59 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.518;QD=64.3035;RBI=0.129911;REFB=0;REVB=0.106229;RO=0;SAF=60;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526096;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:38:60:0:0:38:62:0:0 chr8 10467637 . T C 76.46 PASS AF=0.75;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.141196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6485;QD=25.4861;RBI=0.142622;REFB=0.00708016;REVB=0.0201151;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14689;STB=0.528239;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00726445;OID=.;OPOS=10467637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:12:2:3:8:9:0.75:3:5:2:0:4:5:2:1 chr8 10468172 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00599971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.565;QD=12.182;RBI=0.0239531;REFB=-0.00182292;REVB=0.0231895;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.599808;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00207179;OID=.;OPOS=10468172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:10:5:5:5:10:5 chr8 10469282 . TGGGGG GTGGGG,TGGGG,TGGGGC 101.58 PASS AF=0,0.444444,0.111111;AO=2,7,3;DP=29;FAO=0,12,3;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=0,1,0;FSAR=0,11,3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00564936,0.140936,0.0860295;FXX=0.0689417;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=25.8457,13.5199,16.9355;QD=15.0493;RBI=0.1613,0.17849,0.104529;REFB=-0.0105895,-0.0633793,-0.0413629;REVB=-0.161201,-0.109525,-0.0593731;RO=11;SAF=0,1,0;SAR=2,6,3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.540541,0;SSSB=-0.663928,-0.583505,-0.71899;STB=0.5,0.886368,0.997336;STBP=1,0.001,0.02;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0263857,0.162352;OID=.,.,.;OPOS=10469282,10469283,10469287;OREF=TG,G,G;OALT=GT,-,C;OMAPALT=GTGGGG,TGGGG,TGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:29:27:11:12:2,7,3:0,12,3:0,0.444444,0.111111:2,6,3:0,1,0:8:3:0,11,3:0,1,0:9:3 chr8 10469817 . G A 431.03 PASS AF=0.335366;AO=55;DP=165;FAO=55;FDP=164;FR=.;FRO=109;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=-0.00697758;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.282;QD=10.513;RBI=0.0145406;REFB=-0.016606;REVB=0.0127571;RO=100;SAF=33;SAR=22;SRF=59;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117246;STB=0.508858;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.045956;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:100:109:55:55:0.335366:22:33:59:41:22:33:64:45 chr8 10474042 . T G 194.72 PASS AF=0.418182;AO=21;DP=53;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0305685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.485;QD=14.1616;RBI=0.0307211;REFB=-0.0303341;REVB=-0.0030577;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187701;STB=0.615905;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0385931;OID=.;OPOS=10474042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:31:32:21:23:0.418182:12:9:8:23:12:11:9:23 chr8 10480295 . T TG 37.05 PASS AF=0.354839;AO=9;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.011554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.5587;QD=4.78006;RBI=0.283115;REFB=-0.0570899;REVB=-0.282879;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192227;STB=0.657925;STBP=0.229;TYPE=ins;VARB=-0.0082907;OID=.;OPOS=10480296;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:9:31:11:31:20:3:8:10:10:37:20:3:6:10:10 chr8 10530218 . C T 766.35 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.181;QD=63.8624;RBI=0.0466631;REFB=0;REVB=-0.0138449;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116276;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr8 10555229 . A C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00404019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.268;QD=13.9482;RBI=0.00903045;REFB=-0.00657264;REVB=-0.00807626;RO=27;SAF=13;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130747;STB=0.576696;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0082319;OID=.;OPOS=10555229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:4:13:18:9:4:13:18:9 chr8 10583506 . A G 239.66 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00186388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.892;QD=18.0873;RBI=0.00971896;REFB=-0.0144206;REVB=-0.00953856;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118443;STB=0.566423;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0169486;OID=.;OPOS=10583506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:11:16:12:14:11:16 chr8 10691277 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00291133;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.902;QD=39.2068;RBI=0.090558;REFB=0;REVB=0.0905112;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483826;OID=.;OPOS=10691277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr8 10754511 . C T 1519.07 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4402;QD=58.4259;RBI=0.0305293;REFB=0;REVB=0.0122952;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.81544e-05;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:51:51:0:0:51:53:0:0 chr8 10966158 . T C 99.58 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0645304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0492;QD=26.5559;RBI=0.111556;REFB=-0.0349266;REVB=0.0909973;RO=4;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24643;STB=0.639731;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.025534;OID=.;OPOS=10966158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:3:8:1:3:3:8:1:3 chr8 11162496 . A C 902.82 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.245;QD=58.2462;RBI=0.00609186;REFB=0;REVB=-0.00407429;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61086e-06;OID=.;OPOS=11162496;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:36:25:0:0:37:25:0:0 chr8 11184937 . G A 1835.85 PASS AF=1;AO=114;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145104;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5574;QD=61.1951;RBI=0.0226727;REFB=0;REVB=0.0174213;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048081;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:114:120:1:64:50:0:0:65:55:0:0 chr8 11188743 . C T 1171.74 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.296;QD=60.8695;RBI=0.04362;REFB=0;REVB=0.0362588;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147051;OID=.;OPOS=11188743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:28:49:0:0:28:49:0:0 chr8 11188752 . G A 979.5 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0237436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.021;QD=53.671;RBI=0.0525336;REFB=-0.0849919;REVB=0.0468617;RO=2;SAF=45;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205466;STB=0.505927;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00093542;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:73:2:4:69:69:0.945205:24:45:2:0:24:45:3:1 chr8 11189316 . G C 147.92 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0724071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.437;QD=36.9811;RBI=0.0935428;REFB=-0.137302;REVB=0.0592238;RO=2;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150537;STB=0.583212;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.01825;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:16:16:2:2:14:14:0.875:9:5:2:0:9:5:2:0 chr8 11189488 . T C 1071.34 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0986429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.067;QD=57.138;RBI=0.098666;REFB=-0.000665432;REVB=-0.00213289;RO=2;SAF=35;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00103772;STB=0.500549;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000186418;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:38:35:1:1:38:35:1:1 chr8 11189535 . T C 421.87 PASS AF=0.939394;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00416509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1578;QD=51.1353;RBI=0.0677769;REFB=-0.112216;REVB=0.0676488;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581366;STB=0.52776;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00917691;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:31:33:2:2:29:31:0.939394:14:15:2:0:14:17:2:0 chr8 11204165 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5877;QD=51.1829;RBI=0.0310953;REFB=0;REVB=-0.0165799;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102753;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr8 11204184 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.459;QD=50.4135;RBI=0.0244619;REFB=0;REVB=0.0243038;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106441;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr8 11301753 . A C 3475.13 PASS AF=1;AO=220;DP=223;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333002;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6197;QD=62.6149;RBI=0.0425332;REFB=0;REVB=0.0264608;RO=0;SAF=123;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01271e-05;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:222:0:0:220:222:1:97:123:0:0:99:123:0:0 chr8 11414237 . T C 815.07 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0873964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5556;QD=57.1979;RBI=0.088674;REFB=0;REVB=-0.0149982;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121293;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr8 11418385 . G A 601.24 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00432238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.711;QD=58.6579;RBI=0.0187652;REFB=-0.138406;REVB=0.0182606;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000622414;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:16:24:0:0:16:24:1:0 chr8 11418773 . C T 1257.9 PASS AF=0.965517;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0656535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.4992;QD=57.8343;RBI=0.0660266;REFB=-0.0618925;REVB=0.00700884;RO=3;SAF=23;SAR=59;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234711;STB=0.512394;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0019235;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:87:3:3:82:84:0.965517:59:23:0:3:59:25:0:3 chr8 11421793 . C T 885.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000820964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.376;QD=58.0563;RBI=0.110573;REFB=0;REVB=0.11057;RO=0;SAF=52;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42673e-05;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:9:52:0:0:9:52:0:0 chr8 11619261 . T A 1011.8 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143521;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1314;QD=59.5177;RBI=0.0925986;REFB=0;REVB=0.0914796;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791493;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr8 11619334 . C T 1244.9 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0691884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8452;QD=55.9507;RBI=0.0856952;REFB=-0.1046;REVB=0.0505632;RO=5;SAF=35;SAR=49;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237773;STB=0.51257;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00669766;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:89:89:5:5:84:84:0.94382:49:35:1:4:49:35:1:4 chr8 11619635 . T A 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.901;QD=56.1876;RBI=0.0208874;REFB=0;REVB=0.00807442;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75115e-05;OID=.;OPOS=11619635;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:5:23:0:0:5:23:0:0 chr8 11619986 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.752;QD=53.9104;RBI=0.125125;REFB=0;REVB=-0.025118;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927547;OID=.;OPOS=11619986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr8 11620077 . GACACACACACACACACA CAGACACACACACACACA,GACACACACACACACA,GACACACACACACACAC 73.85 PASS AF=0.25,0.75,0;AO=2,3,2;DP=8;FAO=2,6,0;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4,0;FSAR=1,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0785403,0.0296597,0.00937867;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,2,1;MLLD=69.2411,87.5919,77.1208;QD=36.9258;RBI=0.129706,0.0938844,0.0935863;REFB=0,0,0;REVB=0.103223,0.0890763,0.0931151;RO=0;SAF=1,1,2;SAR=1,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=-0.0122727,0.0455274,0;OID=.,.,.;OPOS=11620077,11620078,11620094;OREF=GAC,AC,A;OALT=CAG,-,-;OMAPALT=CAGACACACACACACACA,GACACACACACACACA,GACACACACACACACAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:8:8:0:0:2,3,2:2,6,0:0.25,0.75,0:1,2,0:1,1,2:0:0:1,2,0:1,4,0:0:0 chr8 11620315 . T C 676.85 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00334499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.718;QD=60.164;RBI=0.00518233;REFB=-0.0452516;REVB=-0.00395824;RO=1;SAF=12;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375364;STB=0.519991;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000182265;OID=.;OPOS=11620315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:32:12:1:0:32:12:1:0 chr8 11621351 . C G 698.38 PASS AF=1;AO=40;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1516;QD=60.7289;RBI=0.0255864;REFB=0;REVB=0.000106364;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0077741;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:40:46:1:23:17:0:0:25:21:0:0 chr8 11621450 . G A 1062.2 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7084;QD=59.8423;RBI=0.0556074;REFB=0;REVB=0.0114944;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250557;OID=.;OPOS=11621450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:47:24:0:0:47:24:0:0 chr8 11666218 . GTCCCAC G 285.79 PASS AF=0.586957;AO=25;DP=33;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.122462;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=6;MLLD=177.719;QD=24.8513;RBI=0.122948;REFB=-0.025353;REVB=0.0109225;RO=0;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.857792;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0128332;OID=.;OPOS=11666219;OREF=TCCCAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586957:25:33:27:46:19:2:25:13:6:99:0:0:25:0:0 chr8 11667179 . C T 482.87 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00751459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.316;QD=19.1234;RBI=0.0183211;REFB=0.00432578;REVB=0.0167091;RO=51;SAF=34;SAR=16;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14786;STB=0.582158;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00370872;OID=.;OPOS=11667179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:16:34:27:24:16:34:27:24 chr8 11683653 . T C 640.1 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000987496;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.477;QD=55.6611;RBI=0.00774686;REFB=-0.0119361;REVB=0.00768367;RO=1;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153996;STB=0.523799;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=9.38576e-05;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:46:46:1:3:43:43:0.934783:30:13:0:1:30:13:0:3 chr8 11689119 . G C 976.25 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771861;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8895;QD=59.1668;RBI=0.078616;REFB=0;REVB=0.0149257;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067119;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr8 11701842 . A C 613.22 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7241;QD=61.322;RBI=0.0472233;REFB=0;REVB=0.00684892;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0005985;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr8 11701887 . CTG C,CT 670.59 PASS AF=1,0;AO=36,6;DP=43;FAO=44,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160919,-0.00353756;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=209.696,188.701;QD=60.963;RBI=0.0577224,0.0491221;REFB=0,0;REVB=0.0576999,0.0489946;RO=0;SAF=24,6;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00011869,0;OID=.,.;OPOS=11701888,11701889;OREF=TG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:36,6:43:44,0:44:0:31,0:13,0:0:0:4:0:24,6:12,0:0:0 chr8 11705677 . C G 598.27 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208222;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.981;QD=61.3607;RBI=0.0217407;REFB=0;REVB=0.00625272;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48588e-05;OID=.;OPOS=11705677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr8 11706581 . T G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.663;QD=57.3845;RBI=0.0427944;REFB=0;REVB=0.0425452;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130333;OID=.;OPOS=11706581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr8 11710888 . G C 668.19 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0100536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.633;QD=54.5463;RBI=0.0444663;REFB=-0.127619;REVB=0.0433149;RO=4;SAF=22;SAR=23;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781107;STB=0.541648;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00263182;OID=.;OPOS=11710888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:4:4:45:45:0.918367:23:22:4:0:23:22:4:0 chr8 11793447 . T C 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2147;QD=62.3123;RBI=0.138103;REFB=0;REVB=0.0108242;RO=0;SAF=25;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726217;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:61:25:0:0:61:25:0:0 chr8 11832079 . A G 478.99 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872687;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.913;QD=56.3515;RBI=0.0233987;REFB=-0.0490105;REVB=-0.0217104;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001788;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:19:15:0:0 chr8 11851513 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0237146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.011;QD=14.7979;RBI=0.029099;REFB=-0.0289801;REVB=0.0168632;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233296;STB=0.636116;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0299616;OID=.;OPOS=11851513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:5:8:4:7:5:8 chr8 11872239 . C A 69.94 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0124382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8432;QD=6.6608;RBI=0.0125908;REFB=-0.0120739;REVB=0.00195427;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748139;STB=0.546969;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.067027;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:7:3:8:24:7:3:8:24 chr8 11872314 . T C 49.71 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.24;QD=33.1415;RBI=0.0209132;REFB=0;REVB=0.0209132;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159009;OID=.;OPOS=11872314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:5:0:0:0:6:0:0:0 chr8 11995274 . G A 175.58 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.507;QD=46.822;RBI=0.120008;REFB=0;REVB=-0.00285974;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00203326;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr8 12042821 . TC CT 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0175381;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=233.254;QD=36.8927;RBI=0.0311109;REFB=-0.0557698;REVB=0.0256963;RO=2;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144584;STB=0.580518;STBP=0.233;TYPE=mnp;VARB=0.010957;OID=.;OPOS=12042821;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:12:2:1:1:12:2:1:1 chr8 12042879 . G GC,T 161.37 PASS AF=0.772727,0.0454545;AO=3,2;DP=22;FAO=17,1;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=3,0;FSAR=14,1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.02897,0.232982;FXX=0;HRUN=0,5;LEN=1,1;MLLD=58.8807,23.9073;QD=29.3395;RBI=0.0314134,0.262478;REFB=-0.0729734,-0.0689721;REVB=0.0121466,0.120889;RO=16;SAF=0,0;SAR=3,2;SRF=4;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.540074,-0.450392;STB=0.523336,0.98415;STBP=0.826,0.544;TYPE=ins,snp;VARB=0.00418633,-0.12247;OID=.,.;OPOS=12042880,12042879;OREF=-,G;OALT=C,T;OMAPALT=GC,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:22:22:16:4:3,2:17,1:0.772727,0.0454545:3,2:0,0:4:12:14,1:3,0:1:3 chr8 12042880 . T C 132.22 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0109905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7638;QD=24.0407;RBI=0.0120198;REFB=-0.0385617;REVB=0.00486657;RO=8;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912885;STB=0.550952;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00480161;OID=.;OPOS=12042880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:22:8:8:14:14:0.636364:11:3:1:7:11:3:1:7 chr8 12516729 . T G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0233936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1455;QD=15.1664;RBI=0.0236428;REFB=-0.0340552;REVB=-0.00342396;RO=20;SAF=2;SAR=13;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343947;STB=0.519973;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0425947;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:13:2:3:17:13:2:3:17 chr8 12580049 . G A 387.51 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.961;QD=55.3586;RBI=0.0151546;REFB=0;REVB=0.0134066;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019323;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:6:21:0:0:7:21:0:0 chr8 12809667 . A T 1469.32 PASS AF=0.44382;AO=157;DP=355;FAO=158;FDP=356;FR=.;FRO=198;FSAF=77;FSAR=81;FSRF=100;FSRR=98;FWDB=0.00750303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.657;QD=16.5092;RBI=0.0109621;REFB=-0.0147212;REVB=-0.00799201;RO=197;SAF=76;SAR=81;SRF=100;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236536;STB=0.509849;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0175736;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:356:197:198:157:158:0.44382:81:76:100:97:81:77:100:98 chr8 12809700 . G A 1541.98 PASS AF=0.492114;AO=155;DP=317;FAO=156;FDP=317;FR=.;FRO=161;FSAF=70;FSAR=86;FSRF=78;FSRR=83;FWDB=-0.00638173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.55;QD=19.4571;RBI=0.0260816;REFB=-0.0116604;REVB=0.0252888;RO=160;SAF=70;SAR=85;SRF=78;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334011;STB=0.518281;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00990542;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:317:160:161:155:156:0.492114:85:70:78:82:86:70:78:83 chr8 12878637 . A G 746.58 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7801;QD=63.539;RBI=0.073101;REFB=0;REVB=-0.0727097;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108116;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr8 12878677 . T C 292.96 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00582876;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.712;QD=16.983;RBI=0.0202669;REFB=-0.023081;REVB=0.0194106;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248254;STB=0.517549;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0187728;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:38:37:31:32:0.463768:18:13:15:23:18:14:15:22 chr8 12878807 . T G 227.14 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=45;FWDB=-0.00918289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.763;QD=11.3569;RBI=0.00920567;REFB=-0.00172386;REVB=-0.000647187;RO=52;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307109;STB=0.672978;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00265348;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:18:10:7:45:18:10:7:45 chr8 12879062 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00212835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.184;QD=9.10001;RBI=0.0187233;REFB=-0.0145879;REVB=-0.0186019;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147874;STB=0.590353;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0228255;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:11:8:5:4:11:8 chr8 12879099 . G A 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0117151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.285;QD=10.7152;RBI=0.0276965;REFB=-0.00362217;REVB=-0.0250969;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138489;STB=0.582664;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00819374;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:16:13:8:6:16:13 chr8 12879198 . A T 279.85 PASS AF=0.609756;AO=22;DP=38;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0939976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.809;QD=27.3019;RBI=0.0948307;REFB=-0.0224706;REVB=0.0125421;RO=14;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693794;STB=0.565764;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.011952;OID=.;OPOS=12879198;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:14:16:22:25:0.609756:12:10:5:9:13:12:5:11 chr8 12879334 . T C 127.69 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00207058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0855;QD=11.8781;RBI=0.104995;REFB=-0.00408486;REVB=0.104975;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190077;STB=0.612749;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0118351;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:10:5:14:14:10:5:14:14 chr8 12888743 . A G 258.12 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0353615;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.18;QD=23.465;RBI=0.0566026;REFB=-0.00117572;REVB=0.0441975;RO=20;SAF=19;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496062;STB=0.527754;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000958614;OID=.;OPOS=12888743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:20:24:24:0.545455:5:19:15:5:5:19:15:5 chr8 12888908 . T G 766.25 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.495;QD=63.8542;RBI=0.0600921;REFB=0;REVB=0.0254756;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598746;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr8 12941709 . C A 101.77 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0437011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.255;QD=15.0776;RBI=0.0481064;REFB=0.00182646;REVB=-0.0201108;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121912;STB=0.548308;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00271011;OID=.;OPOS=12941709;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:15:15:11:12:0.444444:6:5:5:10:7:5:5:10 chr8 12943065 . T C 152.45 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.047;QD=40.6535;RBI=0.0426503;REFB=0.0241491;REVB=-0.00399314;RO=1;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478651;STB=0.526279;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.000361028;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:9:5:0:1:9:5:0:1 chr8 12958025 . C A 428.8 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6248;QD=57.1739;RBI=0.108238;REFB=0;REVB=0.0267411;RO=0;SAF=26;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193103;OID=.;OPOS=12958025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:4:26:0:0:4:26:0:0 chr8 13072177 . C T 361.67 PASS AF=0.5;AO=35;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.000386966;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.567;QD=19.0355;RBI=0.011475;REFB=-0.0112265;REVB=0.0114685;RO=40;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139165;STB=0.605208;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0146146;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:38:35:38:0.5:20:15:23:17:23:15:23:15 chr8 13356802 . G A 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0113116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4565;QD=9.19817;RBI=0.0153977;REFB=-0.0256661;REVB=0.0104469;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350874;STB=0.521677;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0431612;OID=.;OPOS=13356802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:6:7:4:3:6:7 chr8 13356818 . TT CG,CT 280.96 PASS AF=0.363636,0.636364;AO=8,14;DP=22;FAO=8,14;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4,6;FSAR=4,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137792,0.00307401;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=167.419,224.696;QD=51.0833;RBI=0.0120013,0.00943727;REFB=0,0;REVB=0.011922,0.00892259;RO=0;SAF=4,6;SAR=4,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.008208,0.00264877;OID=.,.;OPOS=13356818,13356818;OREF=TT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:55:22:22:0:0:8,14:8,14:0.363636,0.636364:4,8:4,6:0:0:4,8:4,6:0:0 chr8 13357340 . G C 300.76 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0374333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.633;QD=21.8737;RBI=0.0379108;REFB=-0.00846468;REVB=-0.005998;RO=24;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10036;STB=0.547673;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00560904;OID=.;OPOS=13357340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:30:31:0.563636:15:15:15:9:15:16:15:9 chr8 13424583 . C T 894.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.738;QD=57.6936;RBI=0.0289513;REFB=0;REVB=0.0193857;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211204;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:19:41:0:0:19:43:0:0 chr8 13424866 . G C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0279111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.713;QD=28.5377;RBI=0.0432494;REFB=-0.0597834;REVB=0.0330375;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0170107;OID=.;OPOS=13424866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:0:1:5:2:0:1 chr8 13425353 . T A 328.89 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0474647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.445;QD=50.5986;RBI=0.0571724;REFB=-0.0669822;REVB=0.0318714;RO=1;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281249;STB=0.515139;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00382959;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:9:16:1:0:9:16:1:0 chr8 13947515 . A G 401.05 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0117259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.339;QD=19.0976;RBI=0.0174001;REFB=-0.00928458;REVB=0.0128557;RO=43;SAF=24;SAR=17;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111468;STB=0.56203;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0108497;OID=.;OPOS=13947515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:17:24:20:23:17:24:20:23 chr8 15095085 . C G 462.7 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0157158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9412;QD=17.4604;RBI=0.0848655;REFB=-0.0442508;REVB=0.0833976;RO=55;SAF=23;SAR=27;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974699;STB=0.54934;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.040909;OID=.;OPOS=15095085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:56:50:50:0.471698:27:23:31:24:27:23:31:25 chr8 15978063 . C T 657.93 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00482216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.326;QD=59.8113;RBI=0.0182878;REFB=-0.111829;REVB=0.0176406;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.509799;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000435182;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:25:18:0:1:25:18:0:1 chr8 16043667 . C T 250.15 PASS AF=0.460317;AO=27;DP=61;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0069023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.9;QD=15.8827;RBI=0.108631;REFB=-0.00952431;REVB=-0.108412;RO=33;SAF=18;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15554;STB=0.587567;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0115233;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:33:34:27:29:0.460317:9:18:17:16:10:19:17:17 chr8 16927250 . A C 375.25 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0792678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.426;QD=15.7999;RBI=0.0795353;REFB=-0.0230013;REVB=0.00651783;RO=55;SAF=12;SAR=28;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17314;STB=0.598101;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0210262;OID=.;OPOS=16927250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:28:12:25:30:28:12:25:30 chr8 16939284 . G A 65.32 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00715036;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.453;QD=9.33174;RBI=0.0216674;REFB=-0.000274544;REVB=-0.0204536;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905072;STB=0.555432;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.000356616;OID=.;OPOS=16939284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:29:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:9:10:4:5:9:10 chr8 16939299 . C CA 38.35 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0120781;FXX=0.0344709;HRUN=0;LEN=1;MLLD=196.799;QD=5.47895;RBI=0.0121498;REFB=-0.00335127;REVB=-0.00131785;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139361;STB=0.535625;STBP=0.853;TYPE=ins;VARB=0.0124908;OID=.;OPOS=16939300;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:7:29:8:28:20:4:4:9:11:38:20:4:3:9:11 chr8 17079357 . CAT CGT,TCG 515.27 PASS AF=0.971429,0.0285714;AO=31,2;DP=36;FAO=34,1;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311075,0.000580631;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=144.34,119.772;QD=58.8874;RBI=0.0154973,0.0140599;REFB=0,0;REVB=-0.0151819,0.0140479;RO=0;SAF=11,1;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00224161,0.0347427;OID=.,.;OPOS=17079358,17079357;OREF=A,CAT;OALT=G,TCG;OMAPALT=CGT,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:36:35:0:0:31,2:34,1:0.971429,0.0285714:20,1:11,1:0:0:20,1:14,0:0:0 chr8 17092164 . G T 1026.31 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5274;QD=59.496;RBI=0.0344613;REFB=0;REVB=0.0330769;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021587;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr8 17125768 . T C 464.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6276;QD=58.1231;RBI=0.0511511;REFB=0;REVB=0.0326736;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601244;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:12:19:0:0:12:20:0:0 chr8 17132462 . A G 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00207989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3845;QD=10.8838;RBI=0.0134081;REFB=0.00817639;REVB=0.0132458;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19924;STB=0.59612;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.0295207;OID=.;OPOS=17132462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:4:5:5:9:4:5:6:9 chr8 17142065 . C T 715.09 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031429;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.154;QD=57.2069;RBI=0.0403491;REFB=0;REVB=0.0253035;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92254e-05;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:24:26:0:0 chr8 17157259 . G A 939.79 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.645;QD=57.8333;RBI=0.0313893;REFB=0;REVB=-0.00879938;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162689;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:62:65:1:37:25:0:0:38:27:0:0 chr8 17206588 . G A 288.46 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0129654;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.107;QD=24.5501;RBI=0.0142857;REFB=-0.00837091;REVB=-0.00599829;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171175;STB=0.584652;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00736604;OID=.;OPOS=17206588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:21:26:26:0.553191:16:10:13:9:16:10:12:9 chr8 17230644 . G C 1245.12 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00955656;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.186;QD=61.4875;RBI=0.00971053;REFB=0;REVB=-0.0017224;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69077e-05;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:42:38:0:0:43:38:0:0 chr8 17270759 . C T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.033821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.808;QD=15.1567;RBI=0.0440121;REFB=-0.0183432;REVB=-0.0281639;RO=32;SAF=6;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31741;STB=0.681592;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0388933;OID=.;OPOS=17270759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:19:6:17:15:19:6:17:15 chr8 17270763 . G C 270.18 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.017859;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.385;QD=18.9597;RBI=0.0241044;REFB=-0.0427411;REVB=-0.0161889;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170827;STB=0.597497;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0292598;OID=.;OPOS=17270763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:28:29:29:0.508772:15:14:7:18:15:14:8:20 chr8 17270770 . T C 242.53 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0155697;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3611;QD=17.0195;RBI=0.018759;REFB=-0.0187033;REVB=-0.0104634;RO=30;SAF=6;SAR=21;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301216;STB=0.671095;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0540707;OID=.;OPOS=17270770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:30:27:27:0.473684:21:6:15:15:21:6:15:15 chr8 17270787 . A G 824.23 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.815;QD=56.8434;RBI=0.00614367;REFB=0;REVB=0.00359893;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04969e-05;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:40:17:0:0:41:17:0:0 chr8 17270837 . G C 173.04 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.116967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5226;QD=18.7073;RBI=0.120992;REFB=0.0247066;REVB=-0.0309489;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146444;STB=0.582246;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0213739;OID=.;OPOS=17270837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:13:5:3:16:13:5:3:16 chr8 17396415 . G C 189.22 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00267994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2623;QD=13.0497;RBI=0.0131153;REFB=-0.00293144;REVB=0.0128386;RO=34;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579333;STB=0.546034;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00417404;OID=.;OPOS=17396415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:16:7:12:22:16:7:13:22 chr8 17424920 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.883;QD=52.6111;RBI=0.0545097;REFB=0;REVB=0.0407295;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381793;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr8 17425296 . C T 267.27 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.000293615;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.554;QD=18.1203;RBI=0.0171921;REFB=-0.0368013;REVB=-0.0171895;RO=29;SAF=23;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165795;STB=0.587794;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0164321;OID=.;OPOS=17425296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:29:30:29:29:0.491525:6:23:19:10:6:23:20:10 chr8 17486282 . T C 689.33 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.3;QD=62.6667;RBI=0.0429436;REFB=0;REVB=0.0313643;RO=0;SAF=3;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293949;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:40:3:0:0:41:3:0:0 chr8 17500119 . C T 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0113313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.838;QD=18.0081;RBI=0.0218579;REFB=-0.00863045;REVB=-0.0186913;RO=39;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218769;STB=0.510826;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00922594;OID=.;OPOS=17500119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:41:37:37:0.474359:20:17:17:22:20:17:18:23 chr8 17500223 . T C 590.0 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0476699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6347;QD=22.9126;RBI=0.0558849;REFB=-0.00934239;REVB=-0.0291667;RO=44;SAF=25;SAR=33;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369535;STB=0.525576;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00498542;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:44:45:58:58:0.563107:33:25:21:23:33:25:22:23 chr8 17503125 . C T 457.47 PASS AF=0.462963;AO=51;DP=109;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0178627;FXX=0.00917347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.9772;QD=16.9433;RBI=0.018832;REFB=0.00443735;REVB=0.00596374;RO=54;SAF=16;SAR=35;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266383;STB=0.638257;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00328982;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:54:58:51:50:0.462963:35:16:32:22:34:16:33:25 chr8 17503270 . G C 682.01 PASS AF=0.980392;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0224218;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.827;QD=53.4906;RBI=0.0843136;REFB=-0.1009;REVB=0.0812776;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170959;STB=0.507933;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00131776;OID=.;OPOS=17503270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:51:1:1:46:50:0.980392:27:19:0:1:31:19:0:1 chr8 17503316 . T G 392.04 PASS AF=0.44086;AO=40;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0283929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.189;QD=16.862;RBI=0.0311585;REFB=-0.0119872;REVB=0.0128335;RO=52;SAF=9;SAR=31;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860991;STB=0.552889;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0126222;OID=.;OPOS=17503316;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:40:41:0.44086:31:9:15:37:32:9:15:37 chr8 17513472 . C T 908.84 PASS AF=0.481675;AO=91;DP=191;FAO=92;FDP=191;FR=.;FRO=99;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.00387575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.159;QD=19.0334;RBI=0.0338763;REFB=-0.0111482;REVB=-0.0336539;RO=98;SAF=41;SAR=50;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111902;STB=0.506313;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0114853;OID=.;OPOS=17513472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:98:99:91:92:0.481675:50:41:43:55:50:42:44:55 chr8 17611886 . G A 319.86 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00485383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.347;QD=18.5423;RBI=0.00538085;REFB=-0.021138;REVB=-0.00232248;RO=34;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507688;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0215119;OID=.;OPOS=17611886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:35:34:34:0.492754:16:18:18:16:16:18:18:17 chr8 17612456 . C T 733.91 PASS AF=1;AO=40;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6613;QD=61.1589;RBI=0.112666;REFB=0;REVB=0.101177;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00371469;OID=.;OPOS=17612456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:40:48:1:14:26:0:0:14:34:0:0 chr8 17612639 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0169411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.941;QD=20.1601;RBI=0.0172647;REFB=-0.0250751;REVB=-0.00332687;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106233;STB=0.560268;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.037885;OID=.;OPOS=17612639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:7:7:10:6:7:7 chr8 17612846 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00843436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.81;QD=15.8821;RBI=0.0126677;REFB=-0.00479414;REVB=-0.00945152;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00371414;OID=.;OPOS=17612846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:4:6:7:3:4:6 chr8 17612875 . A G 130.61 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0379901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.751;QD=22.7152;RBI=0.0394819;REFB=-0.047056;REVB=0.0107506;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011206;STB=0.50632;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0439446;OID=.;OPOS=17612875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:8:6:4:5:8:6:4:5 chr8 17739538 . T C 113.79 PASS AF=0.304348;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0184715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.611;QD=9.89516;RBI=0.0419192;REFB=-0.00111954;REVB=0.03763;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211774;STB=0.654337;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00767452;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:32:13:14:0.304348:7:6:20:11:8:6:21:11 chr8 17743020 . G A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0133643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.298;QD=16.5274;RBI=0.0217314;REFB=-0.0165444;REVB=-0.0171361;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276792;STB=0.526696;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.025214;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:15:10:12:16:15:10:13:16 chr8 17796382 . AC GT,TC 578.56 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=35,2;DP=40;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433232,-0.00475338;FXX=0.0249938;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=231.474,195.642;QD=59.3399;RBI=0.0165444,0.00809043;REFB=0,0;REVB=0.0159671,0.00654678;RO=0;SAF=14,1;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.27896e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000404007,-0.0259065;OID=.,.;OPOS=17796382,17796382;OREF=AC,A;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:39:0:0:35,2:37,2:0.948718,0.0512821:21,1:14,1:0:0:21,1:16,1:0:0 chr8 17814915 . A G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00536311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.211;QD=57.8245;RBI=0.0304826;REFB=0.177743;REVB=0.0300071;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.513506;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00151741;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:18:20:0:0:18:20:0:1 chr8 17817553 . G T 154.24 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00234214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.286;QD=14.3482;RBI=0.0107678;REFB=-0.0190397;REVB=-0.01051;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293769;STB=0.517026;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0263154;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:10:16:10:7:10:16 chr8 17820714 . A T 308.43 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0480263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9898;QD=18.4134;RBI=0.0539396;REFB=-0.0206113;REVB=0.0245551;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241659;STB=0.50649;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0335458;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:34:32:33:0.492537:18:14:14:20:19:14:14:20 chr8 17885406 . C G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0263071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4466;QD=12.8605;RBI=0.0901775;REFB=0.00966928;REVB=-0.0862549;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0131287;OID=.;OPOS=17885406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:3:5:5:2:3:5 chr8 17918934 . A G 1214.92 PASS AF=0.453901;AO=126;DP=280;FAO=128;FDP=282;FR=.;FRO=154;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=67;FSRR=87;FWDB=0.00713948;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9849;QD=17.2329;RBI=0.00714181;REFB=-0.0194692;REVB=0.000182406;RO=152;SAF=61;SAR=65;SRF=66;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494757;STB=0.522757;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0252011;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:282:152:154:126:128:0.453901:65:61:66:86:67:61:67:87 chr8 18077007 . G C 374.87 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0171983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.55;QD=49.9831;RBI=0.0225217;REFB=-0.0035187;REVB=0.0145411;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.510302;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000316704;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:28:28:0.933333:18:10:1:0:18:10:1:1 chr8 18080747 . T G 60.46 PASS AF=0.139535;AO=5;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0341319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0064;QD=5.62434;RBI=0.14956;REFB=0.0274116;REVB=0.145613;RO=28;SAF=5;SAR=0;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.667475;STB=0.839223;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00573244;OID=.;OPOS=18080747;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:43:43:28:33:5:6:0.139535:0:5:13:15:1:5:14:19 chr8 18080818 . A C 128.82 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0255727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6664;QD=8.44714;RBI=0.025918;REFB=-0.0160071;REVB=-0.00421634;RO=43;SAF=6;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135157;STB=0.581302;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0386452;OID=.;OPOS=18080818;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:12:6:19:24:12:6:19:24 chr8 18080923 . G A 779.15 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664108;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3101;QD=56.6653;RBI=0.00918129;REFB=0;REVB=0.00633972;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442747;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:25:30:0:0 chr8 18257795 . C T 92.48 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0331365;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.801;QD=16.8143;RBI=0.0385388;REFB=-0.026864;REVB=-0.0196777;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160306;STB=0.593048;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0180695;OID=.;OPOS=18257795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:6:5:7:4:6:5 chr8 18258103 . G A 38.11 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0260674;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2646;QD=7.62229;RBI=0.0494463;REFB=-0.0218582;REVB=-0.042017;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224315;STB=0.620278;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.029618;OID=.;OPOS=18258103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:21:20:13:14:6:6:0.3:2:4:6:7:2:4:7:7 chr8 18258316 . G A 178.51 PASS AF=0.5625;AO=15;DP=30;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0117154;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.53;QD=22.3135;RBI=0.0273025;REFB=-0.0307112;REVB=0.0246612;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638684;STB=0.511615;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0242727;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:15:14:15:18:0.5625:10:5:6:9:12:6:5:9 chr8 18388177 . T G 312.61 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0202055;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2055;QD=21.5593;RBI=0.0242175;REFB=0.00473198;REVB=0.01335;RO=26;SAF=23;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257664;STB=0.643263;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00281079;OID=.;OPOS=18388177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:9:23:11:15:9:23:11:15 chr8 18457957 . A G 615.88 PASS AF=0.963636;AO=39;DP=53;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0143493;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.5738;QD=44.7915;RBI=0.0615017;REFB=-0.0612539;REVB=0.0598044;RO=3;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530019;STB=0.503936;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00645736;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:55:3:2:39:53:0.963636:25:14:0:3:32:21:1:1 chr8 18620570 . T C 487.61 PASS AF=0.52809;AO=46;DP=91;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0594324;FXX=0.0219756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1637;QD=21.9152;RBI=0.0815913;REFB=-0.0419567;REVB=-0.055901;RO=42;SAF=10;SAR=36;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249309;STB=0.624581;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0314433;OID=.;OPOS=18620570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:42:42:46:47:0.52809:36:10:19:23:36:11:19:23 chr8 18656805 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.545;QD=63.5821;RBI=0.0378308;REFB=0;REVB=0.0358584;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42766e-05;OID=.;OPOS=18656805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr8 18729459 . T C 1343.68 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.389;QD=61.0763;RBI=0.0366734;REFB=-0.092106;REVB=0.00768914;RO=0;SAF=21;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76295e-08;STB=0.503759;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000313348;OID=.;OPOS=18729459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:87:87:0.988636:66:21:0:0:66:21:0:1 chr8 18729496 . G A 772.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148916;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.849;QD=57.2143;RBI=0.0149158;REFB=0;REVB=-0.000847907;RO=0;SAF=7;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78334e-05;OID=.;OPOS=18729496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:46:7:0:0:47:7:0:0 chr8 18729816 . C CA 750.53 PASS AF=0.985075;AO=10;DP=69;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.071111;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=108.465;QD=44.8078;RBI=0.072146;REFB=-0.0820291;REVB=0.0121768;RO=56;SAF=8;SAR=2;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294879;STB=0.510201;STBP=0.269;TYPE=ins;VARB=0.00452639;OID=.;OPOS=18729817;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.985075:10:69:66:67:1:42:24:0:1:3:56:8:2:33:23 chr8 18729817 . GT AG 716.46 PASS AF=0.848485;AO=54;DP=67;FAO=56;FDP=66;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00442982;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.05;QD=43.422;RBI=0.0386783;REFB=-0.211939;REVB=0.0384238;RO=10;SAF=33;SAR=21;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589797;STB=0.533359;STBP=0.207;TYPE=mnp;VARB=0.00744457;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:67:66:10:10:54:56:0.848485:21:33:8:2:23:33:8:2 chr8 19190491 . A G 298.32 PASS AF=0.65;AO=17;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.00776347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.962;QD=29.8323;RBI=0.0166677;REFB=-0.0549565;REVB=0.0147493;RO=14;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531189;STB=0.671519;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0126025;OID=.;OPOS=19190491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:17:26:0.65:13:4:13:1:15:11:13:1 chr8 19192332 . G T 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.064059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.369;QD=58.2417;RBI=0.0759774;REFB=-0.0785067;REVB=0.0408535;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00633837;OID=.;OPOS=19192332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:22:17:0:1:22:17:0:1 chr8 19218766 . A G 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0341138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5688;QD=14.9769;RBI=0.136657;REFB=0.0274096;REVB=0.132331;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13532;STB=0.578169;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.0183031;OID=.;OPOS=19218766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:9:2:3:7:9:2 chr8 19221664 . G C 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00234955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.194;QD=25.4979;RBI=0.0140048;REFB=-0.00897849;REVB=0.0138063;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158135;STB=0.588155;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00607152;OID=.;OPOS=19221664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:16:7:8:8:16:7:8:8 chr8 19221700 . G A 252.6 PASS AF=0.533333;AO=21;DP=42;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0422548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.063;QD=22.4532;RBI=0.0466118;REFB=-0.0388543;REVB=0.0196774;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918802;STB=0.536555;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0322279;OID=.;OPOS=19221700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:19:21:21:24:0.533333:11:10:7:12:13:11:8:13 chr8 19316086 . G A 1745.04 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811143;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4452;QD=61.2293;RBI=0.011826;REFB=0;REVB=0.00860574;RO=0;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514603;OID=.;OPOS=19316086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:114:0:0:114:114:1:67:47:0:0:67:47:0:0 chr8 19362768 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.858;QD=60.7162;RBI=0.0303287;REFB=0;REVB=0.0267162;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16402e-05;OID=.;OPOS=19362768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:26:50:0:0:26:50:0:0 chr8 19677915 . G A 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.000131475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.366;QD=19.8665;RBI=0.00291195;REFB=-0.015502;REVB=0.00290898;RO=45;SAF=18;SAR=26;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941844;STB=0.552308;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0209146;OID=.;OPOS=19677915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:26:18:23:22:26:18:23:22 chr8 19824071 . A G 803.49 PASS AF=0.5;AO=82;DP=165;FAO=82;FDP=164;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=58;FWDB=0.015812;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.647;QD=19.5972;RBI=0.017989;REFB=-0.0053269;REVB=-0.00857815;RO=82;SAF=38;SAR=44;SRF=24;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158521;STB=0.586897;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00496434;OID=.;OPOS=19824071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:82:82:82:82:0.5:44:38:24:58:44:38:24:58 chr8 20036713 . A G 416.08 PASS AF=0.546667;AO=40;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0370753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.316;QD=22.1907;RBI=0.0412094;REFB=0.00556788;REVB=0.01799;RO=34;SAF=15;SAR=25;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827897;STB=0.549771;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00386471;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:40:41:0.546667:25:15:16:18:26:15:16:18 chr8 20068163 . T G 1609.03 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.992;QD=59.5936;RBI=0.0597591;REFB=0;REVB=0.0261973;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102165;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:108:0:0:104:108:1:62:42:0:0:64:44:0:0 chr8 20082778 . CTTTTTTTTTTTGA CTTTTTTTTTTGA,CTTTTTTTTTTGAT,CTTTTTTTTTTTTGA 36.91 PASS AF=0.47619,0.190476,0.0952381;AO=6,2,3;DP=22;FAO=10,4,2;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=3,2,0;FSAR=7,2,2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.241053,-0.0772578,0.268817;FXX=0.0454339;HRUN=11,11,11;LEN=1,3,1;MLLD=4.21968,47.1455,4.46895;QD=7.03034;RBI=0.49552,0.0870596,0.509603;REFB=0.0306045,-0.000862785,-0.0306044;REVB=0.432935,0.0401323,-0.432935;RO=5;SAF=2,2,0;SAR=4,0,3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.333798,0.78221,0;STB=0.631356,0.77681,0.5;STBP=0.335,0.396,1;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.179943,0.0932466,0.077084;OID=.,.,.;OPOS=20082779,20082789,20082779;OREF=T,TGA,-;OALT=-,GAT,T;OMAPALT=CTTTTTTTTTTGA,CTTTTTTTTTTGAT,CTTTTTTTTTTTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.47619,0.190476,0.0952381:6,2,3:22:10,4,2:21:5:3,2,0:7,2,2:0:5:20:5:2,2,0:4,0,3:0:5 chr8 20110641 . C T 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.415;QD=62.6665;RBI=0.0483289;REFB=0;REVB=0.0236329;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293927;OID=.;OPOS=20110641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr8 21455993 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.404;QD=50.4118;RBI=0.0502454;REFB=0;REVB=0.0208962;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229086;OID=.;OPOS=21455993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:5:12:0:0:7:12:0:0 chr8 21456116 . G A 410.93 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656429;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.7606;QD=56.6793;RBI=0.0662387;REFB=0;REVB=0.00886443;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000844387;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr8 21456138 . C T 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0088067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.114;QD=28.1266;RBI=0.016952;REFB=0.00563742;REVB=0.0144849;RO=14;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866671;STB=0.547905;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00285963;OID=.;OPOS=21456138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:15:9:7:7:15:9:7:7 chr8 21833965 . C T 199.38 PASS AF=0.45283;AO=20;DP=49;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0572044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.852;QD=15.0476;RBI=0.0624051;REFB=-0.0224929;REVB=-0.0249411;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12016;STB=0.586592;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0499438;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:27:29:20:24:0.45283:8:12:13:14:8:16:15:14 chr8 21846586 . G C 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00384366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.926;QD=12.0843;RBI=0.0115544;REFB=-0.00725288;REVB=0.0108963;RO=30;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251259;STB=0.648686;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.012426;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:5:11:14:16:5:11:14:16 chr8 21862551 . A G 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0104875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.127;QD=8.25247;RBI=0.0104881;REFB=0.0411247;REVB=0.000112846;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264239;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0180668;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:5:7:2:4:5:7 chr8 21927460 . C G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.72;QD=57.1063;RBI=0.0455384;REFB=0;REVB=5.45253e-07;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1561e-05;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr8 21939435 . C T 935.77 PASS AF=0.956522;AO=67;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0857677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8996;QD=54.2473;RBI=0.117964;REFB=-0.124699;REVB=0.0809904;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119641;STB=0.51153;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0134188;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:1:3:67:66:0.956522:39:28:0:1:39:27:2:1 chr8 21961834 . G A 1159.58 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00017216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5079;QD=60.238;RBI=0.000766895;REFB=0;REVB=-0.000747321;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49539e-06;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:29:48:0:0:29:48:0:0 chr8 21965113 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0022;QD=52.6094;RBI=0.0137352;REFB=0;REVB=-0.00159444;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293478;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr8 21967237 . T A 338.95 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00542886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.384;QD=15.2337;RBI=0.0357497;REFB=-0.0113319;REVB=-0.035335;RO=52;SAF=17;SAR=20;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419847;STB=0.523739;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0189188;OID=.;OPOS=21967237;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:20:17:26:26:20:17:26:26 chr8 22034460 . GCCCCG GCCCG,GCCCGC,GCCG 174.66 PASS AF=0.652174,0,0.217391;AO=11,2,4;DP=24;FAO=15,0,5;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=13,0,5;FSAR=2,0,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00375131,-0.0684905,-0.00160339;FXX=0.0416493;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,2;MLLD=15.309,10.5436,16.8655;QD=30.3749;RBI=0.235357,0.259526,0.181824;REFB=-0.05015,-0.00999253,-0.032272;REVB=0.235327,0.250325,0.181817;RO=4;SAF=10,2,4;SAR=1,0,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.1846,0.569412,0.687804;STB=0.55166,0.5,0.5;STBP=0.648,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=-0.0137345,0,-0.00689501;OID=.,.,.;OPOS=22034461,22034464,22034461;OREF=C,CG,CC;OALT=-,GC,-;OMAPALT=GCCCG,GCCCGC,GCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.652174,0,0.217391:11,2,4:24:15,0,5:23:3:13,0,5:2,0,0:3:0:24:4:10,2,4:1,0,0:3:1 chr8 22049594 . C T 204.71 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0765415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.116;QD=15.7468;RBI=0.0771674;REFB=-0.0180398;REVB=-0.00980825;RO=29;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204287;STB=0.616335;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0249119;OID=.;OPOS=22049594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:8:15:13:16:8:15:13:16 chr8 22054197 . T C 554.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5778;QD=59.952;RBI=0.0735412;REFB=0;REVB=0.0494279;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.73691e-05;OID=.;OPOS=22054197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:10:26:0:0:11:26:0:0 chr8 22056821 . T C 223.93 PASS AF=0.397059;AO=28;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0176424;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.491;QD=13.1724;RBI=0.0246261;REFB=-0.0120812;REVB=-0.0171812;RO=41;SAF=7;SAR=21;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299158;STB=0.638364;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00956943;OID=.;OPOS=22056821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:41:41:28:27:0.397059:21:7:21:20:19:8:21:20 chr8 22059323 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00139639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.806;QD=13.6609;RBI=0.0315452;REFB=-0.00177546;REVB=0.0315143;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21218;STB=0.624812;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00458978;OID=.;OPOS=22059323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:10:4:10:11:10:4:10:11 chr8 22079355 . A G 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.633;QD=59.0099;RBI=0.0460726;REFB=0;REVB=0.0440499;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224266;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr8 22105502 . T C 496.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.195;QD=58.3684;RBI=0.0433058;REFB=0;REVB=0.0420198;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208166;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:15:17:0:0:16:18:0:0 chr8 22262321 . T C 571.89 PASS AF=0.588889;AO=49;DP=89;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0103682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.648;QD=25.4175;RBI=0.0104089;REFB=0.00163726;REVB=-0.000919885;RO=36;SAF=23;SAR=26;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879516;STB=0.539349;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.000990315;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:36:37:49:53:0.588889:26:23:21:15:28:25:21:16 chr8 22262418 . A G 421.64 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.024677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.629;QD=18.1352;RBI=0.0249699;REFB=-0.00954554;REVB=0.00381315;RO=50;SAF=19;SAR=24;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213959;STB=0.511942;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0111235;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:24:19:21:29:24:19:21:29 chr8 22279010 . G GGGA 191.51 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00331124;FXX=0.0289813;HRUN=3;LEN=3;MLLD=184.433;QD=11.4332;RBI=0.00367541;REFB=-0.0072996;REVB=0.00159511;RO=44;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506328;STB=0.522369;STBP=0.81;TYPE=ins;VARB=0.00945089;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358209:24:68:24:67:43:12:12:20:23:99:44:12:12:20:24 chr8 22428658 . T C 417.93 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8815;QD=53.9261;RBI=0.065254;REFB=-0.0513145;REVB=-0.0605095;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0118446;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:1:0:14:16:1:0 chr8 22439020 . G A 129.93 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0702158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8853;QD=13.3256;RBI=0.0799364;REFB=-0.0424951;REVB=0.0382044;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880615;STB=0.505148;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.072481;OID=.;OPOS=22439020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:11:13:8:7:11:13 chr8 22463623 . C T 591.34 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0564864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.8419;QD=18.7728;RBI=0.056541;REFB=-0.0250756;REVB=0.00248455;RO=64;SAF=30;SAR=31;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220431;STB=0.508194;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0200232;OID=.;OPOS=22463623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:64:65:61:61:0.484127:31:30:33:31:31:30:33:32 chr8 22471824 . G A 203.14 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=77;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00778006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.025;QD=10.4173;RBI=0.00788989;REFB=-0.0139572;REVB=-0.0013119;RO=44;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664165;STB=0.563802;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0255759;OID=.;OPOS=22471824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:44:52:25:26:0.333333:11:14:22:22:12:14:23:29 chr8 22472256 . G T 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.054866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.274;QD=4.8111;RBI=0.0558379;REFB=-0.00415412;REVB=-0.0103724;RO=23;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.609472;STB=0.890032;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0299693;OID=.;OPOS=22472256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:1:5:6:17:1:5:6:17 chr8 22473158 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00429262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.816;QD=14.1387;RBI=0.0147936;REFB=0.00242954;REVB=0.0141571;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19662;STB=0.558741;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00304824;OID=.;OPOS=22473158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:20:14:14:0.411765:7:7:5:12:7:7:8:12 chr8 22473465 . T C 196.66 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0139179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.518;QD=18.2937;RBI=0.0145697;REFB=-0.0315661;REVB=0.00430913;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337905;STB=0.519211;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0405169;OID=.;OPOS=22473465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:13:10:8:12:13:10 chr8 22473850 . T C 157.52 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00788751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8328;QD=24.2333;RBI=0.0320291;REFB=-0.0353242;REVB=0.0310427;RO=10;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12655;STB=0.571334;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0236875;OID=.;OPOS=22473850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:26:10:10:16:16:0.615385:4:12:6:4:4:12:6:4 chr8 22477131 . ACAT A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0238961;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=181.72;QD=19.0179;RBI=0.0288581;REFB=-0.0265089;REVB=0.0161793;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046223;STB=0.512803;STBP=0.919;TYPE=del;VARB=0.0231764;OID=.;OPOS=22477132;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:15:29:15:29:14:5:10:5:9:99:13:5:10:5:8 chr8 22482851 . A C 686.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.357;QD=62.3863;RBI=0.0390447;REFB=0;REVB=0.0151311;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001429;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:22:22:0:0 chr8 22491980 . G T 459.19 PASS AF=0.40625;AO=54;DP=128;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.00579785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.089;QD=14.3495;RBI=0.0329262;REFB=-0.0087015;REVB=0.0324117;RO=73;SAF=24;SAR=30;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063752;STB=0.51732;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0152095;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:76:54:52:0.40625:30:24:28:45:30:22:30:46 chr8 22492052 . G A 399.3 PASS AF=0.42;AO=41;DP=99;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.000320507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.167;QD=15.9718;RBI=0.00372261;REFB=-0.00449561;REVB=-0.00370879;RO=55;SAF=13;SAR=28;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328409;STB=0.545677;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00682207;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:55:58:41:42:0.42:28:13:19:36:29:13:22:36 chr8 22584718 . T C 441.37 PASS AF=0.386364;AO=49;DP=130;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.104501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.77;QD=13.3748;RBI=0.108327;REFB=-0.0224577;REVB=-0.0285369;RO=81;SAF=18;SAR=31;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220562;STB=0.633041;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0227661;OID=.;OPOS=22584718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:81:81:49:51:0.386364:31:18:46:35:33:18:46:35 chr8 22785159 . G A 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0320176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.215;QD=11.6277;RBI=0.038244;REFB=-0.0158956;REVB=-0.0209159;RO=44;SAF=11;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109045;STB=0.576864;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.021156;OID=.;OPOS=22785159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:44:46:26:26:0.361111:15:11:23:21:15:11:25:21 chr8 22864622 . T C 1264.53 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0636929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5626;QD=61.6842;RBI=0.0640915;REFB=0;REVB=-0.00713712;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000566376;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:28:54:0:0:28:54:0:0 chr8 22875908 . C CG 44.92 PASS AF=0.538462;AO=2;DP=15;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0764526;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=109.043;QD=13.8205;RBI=0.0768584;REFB=0.00493169;REVB=0.00788771;RO=12;SAF=2;SAR=0;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.630414;STB=0.680376;STBP=0.222;TYPE=ins;VARB=0.000745776;OID=.;OPOS=22875909;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:2:15:7:13:6:4:3:1:5:37:12:2:0:4:8 chr8 22886020 . A G 464.71 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.167;QD=58.0885;RBI=0.135057;REFB=0;REVB=0.0204439;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280838;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:20:10:0:0:21:11:0:0 chr8 22900701 . G A 488.38 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0105331;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.446;QD=21.7058;RBI=0.023415;REFB=-0.0262304;REVB=0.0209121;RO=42;SAF=26;SAR=21;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120818;STB=0.559297;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0159998;OID=.;OPOS=22900701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:43:47:47:0.522222:21:26:29:13:21:26:29:14 chr8 22926313 . G A 499.63 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0311749;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.742;QD=54.0138;RBI=0.0415067;REFB=-0.00364965;REVB=0.0274032;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735457;STB=0.503935;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=7.30636e-05;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:15:20:1:1:15:20:1:1 chr8 22960704 . G C 1815.65 PASS AF=0.976;AO=119;DP=123;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00689501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8193;QD=58.1009;RBI=0.0173138;REFB=0.0213714;REVB=-0.0158817;RO=3;SAF=48;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339862;STB=0.501706;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00585782;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:125:3:3:119:122:0.976:71:48:1:2:73:49:1:2 chr8 22960873 . G C 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00658574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.052;QD=57.1971;RBI=0.00924709;REFB=0;REVB=0.00649128;RO=0;SAF=27;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44223e-07;OID=.;OPOS=22960873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:3:27:0:0:3:27:0:0 chr8 22974450 . T C 160.62 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.294;QD=45.8921;RBI=0.0661392;REFB=0;REVB=-0.0416809;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153785;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:6:6:0:0:8:6:0:0 chr8 23001988 . A G 653.42 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.931;QD=60.7834;RBI=0.114246;REFB=0;REVB=-0.110451;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124917;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:17:24:0:0:17:26:0:0 chr8 23021346 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.914;QD=57.7124;RBI=0.0076379;REFB=0;REVB=-0.00526426;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86923e-07;OID=.;OPOS=23021346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr8 23049292 . C T 681.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.95;QD=61.925;RBI=0.0556505;REFB=0;REVB=0.0404516;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233886;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:25:19:0:0 chr8 23059324 . C G 802.37 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5806;QD=64.1898;RBI=0.097635;REFB=0;REVB=0.0741924;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118732;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr8 23060256 . T C 956.47 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184997;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8195;QD=58.8596;RBI=0.0357716;REFB=0;REVB=0.0306165;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433457;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr8 23147564 . G A 636.97 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9617;QD=56.6192;RBI=0.118108;REFB=-0.145605;REVB=0.113406;RO=2;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0084084;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00867498;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:45:45:2:1:42:44:0.977778:17:25:1:1:19:25:1:0 chr8 23148930 . A G 1606.73 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346135;FXX=0.045041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.706;QD=60.6313;RBI=0.0418106;REFB=0;REVB=0.0234526;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324431;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:52:53:0:0:52:54:0:0 chr8 23148940 . G A 1936.72 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00010596;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.13;QD=61.9751;RBI=0.038452;REFB=0;REVB=0.0384519;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69719e-05;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:63:62:0:0:63:62:0:0 chr8 23150878 . T G 1362.99 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8149;QD=61.9541;RBI=0.0551384;REFB=0;REVB=0.0550416;RO=0;SAF=24;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147053;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:84:88:1:60:24:0:0:64:24:0:0 chr8 23152334 . A G 1559.25 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180147;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.861;QD=59.9712;RBI=0.0233683;REFB=0;REVB=0.0148845;RO=0;SAF=33;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79873e-05;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:103:104:1:70:33:0:0:71:33:0:0 chr8 23153022 . T C 1251.01 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184973;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.115;QD=61.7784;RBI=0.0481447;REFB=0;REVB=0.0444495;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0592e-05;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr8 23154982 . C T 195.91 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355351;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.726;QD=48.9767;RBI=0.0438798;REFB=0;REVB=0.0437357;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275547;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr8 23154989 . T G 223.12 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00659718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.616;QD=49.5812;RBI=0.0307399;REFB=0;REVB=0.0300236;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195118;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr8 23167353 . T G 281.69 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00764173;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.755;QD=20.1208;RBI=0.021787;REFB=-0.0112063;REVB=-0.0204029;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113636;STB=0.502391;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00538523;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:26:29:30:0.535714:13:16:14:12:14:16:14:12 chr8 23174499 . G A 216.29 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0197517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3095;QD=22.184;RBI=0.0606705;REFB=-0.0015262;REVB=0.0573653;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259015;STB=0.530583;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00451725;OID=.;OPOS=23174499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:13:8:7:10:13:8:8:10 chr8 23186007 . T C 219.66 PASS AF=0.44898;AO=23;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.170404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.176;QD=17.9313;RBI=0.170436;REFB=-0.00226661;REVB=-0.00326457;RO=25;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330868;STB=0.666508;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00324385;OID=.;OPOS=23186007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:27:23:22:0.44898:6:17:10:15:6:16:12:15 chr8 23190926 . C T 187.4 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0046149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.721;QD=14.6981;RBI=0.0210401;REFB=-0.0209227;REVB=-0.0205277;RO=30;SAF=16;SAR=5;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360021;STB=0.70804;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.025225;OID=.;OPOS=23190926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:5:16:13:17:5:16:13:17 chr8 23190941 . T C 220.53 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00347974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.033;QD=14.228;RBI=0.0653204;REFB=-0.0161292;REVB=-0.0652276;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120106;STB=0.568474;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0206748;OID=.;OPOS=23190941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:10:16:18:18:10:16:18:18 chr8 23190995 . T C 335.2 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00283897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3802;QD=28.5276;RBI=0.0738241;REFB=-0.0542586;REVB=-0.0737695;RO=17;SAF=10;SAR=19;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840842;STB=0.553656;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0190431;OID=.;OPOS=23190995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:17:18:29:29:0.617021:19:10:4:13:19:10:4:14 chr8 23217723 . T G 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0276025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.211;QD=17.9914;RBI=0.0305216;REFB=-0.0175827;REVB=-0.0130258;RO=29;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0193385;OID=.;OPOS=23217723;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:10:19:19:10:10:19:19:11 chr8 23225745 . C T 105.82 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0340768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.935;QD=21.1651;RBI=0.0521411;REFB=-0.0107494;REVB=0.0394648;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594792;STB=0.533841;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00817411;OID=.;OPOS=23225745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:4:4:5:7:4:4 chr8 23290518 . C T 177.41 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.067492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.392;QD=14.4827;RBI=0.0685276;REFB=-0.00385985;REVB=-0.0118685;RO=30;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270416;STB=0.656974;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.010468;OID=.;OPOS=23290518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:6:13:13:17:6:13:13:17 chr8 23429329 . T C 598.06 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0578882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7107;QD=19.7705;RBI=0.0732137;REFB=0.0342352;REVB=0.0448241;RO=59;SAF=28;SAR=33;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291032;STB=0.512111;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0364535;OID=.;OPOS=23429329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:60:61:61:0.504132:33:28:29:30:33:28:29:31 chr8 23432326 . T A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.215;QD=58.5867;RBI=0.00548055;REFB=0;REVB=-0.00232869;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33019e-05;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr8 23432332 . C T 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0167182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.093;QD=16.5359;RBI=0.0244247;REFB=-0.0286667;REVB=-0.0178063;RO=23;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333222;STB=0.691657;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0235787;OID=.;OPOS=23432332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:13:5:14:9:13:5:14:9 chr8 23432776 . A C 1142.36 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00134924;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.665;QD=59.3434;RBI=0.0231791;REFB=-0.0612926;REVB=0.0231398;RO=1;SAF=36;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129635;STB=0.506848;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000152913;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:40:36:1:0:40:36:1:0 chr8 24208847 . G A 1292.89 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.311;QD=61.5661;RBI=0.0386811;REFB=0;REVB=0.00881111;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31305e-05;OID=.;OPOS=24208847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:45:38:0:0:45:39:0:0 chr8 24211278 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.216;QD=52.6132;RBI=0.0311684;REFB=0;REVB=0.0151029;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108451;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr8 24211331 . G A 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000475892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.596;QD=55.0891;RBI=0.0282805;REFB=0;REVB=-0.0282765;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233826;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr8 24211884 . A ATGTC,C 300.47 PASS AF=0.555556,0.0444444;AO=24,2;DP=46;FAO=25,2;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=6,1;FSAR=19,1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.015139,0.015175;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=175.534,48.4737;QD=26.7084;RBI=0.0152672,0.0322865;REFB=-0.0453542,0.0129168;REVB=-0.00197488,0.028498;RO=18;SAF=6,1;SAR=18,1;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.305482,-0.111109;STB=0.674172,0.599046;STBP=0.016,0.75;TYPE=ins,snp;VARB=0.0161257,0.052167;OID=.,.;OPOS=24211885,24211884;OREF=-,A;OALT=TGTC,C;OMAPALT=ATGTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:18:18:24,2:25,2:0.555556,0.0444444:18,1:6,1:11:7:19,1:6,1:11:7 chr8 24211889 . T TGTC 41.63 PASS AF=0.166667;AO=5;DP=50;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00726754;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=233.14;QD=3.96466;RBI=0.0112561;REFB=-0.0052387;REVB=-0.00859555;RO=43;SAF=2;SAR=3;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911506;STB=0.625574;STBP=0.55;TYPE=ins;VARB=0.0221474;OID=.;OPOS=24211890;OREF=-;OALT=GTC;OMAPALT=TGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:5:50:7:42:35:3:4:10:25:41:43:2:3:14:29 chr8 24304703 . C T 801.21 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.655;QD=57.2291;RBI=0.0196041;REFB=0;REVB=-0.000762703;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.38631e-05;OID=.;OPOS=24304703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr8 24774683 . C A 746.25 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2347;QD=54.2729;RBI=0.0568845;REFB=0;REVB=-0.0333483;RO=2;SAF=24;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000949053;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:2:0:53:55:1:29:24:2:0:29:26:0:0 chr8 24776423 . C T 189.83 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0131944;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3607;QD=20.5223;RBI=0.0180077;REFB=-0.0140018;REVB=-0.012255;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116263;STB=0.565645;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0076848;OID=.;OPOS=24776423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:8:10:8:11:8:10 chr8 24810088 . T A 151.04 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0147957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4489;QD=11.1881;RBI=0.0527759;REFB=-0.032539;REVB=-0.0506595;RO=34;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368238;STB=0.510752;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0602108;OID=.;OPOS=24810088;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:35:18:19:0.351852:10:8:15:19:10:9:16:19 chr8 24811064 . AGG ACG,A,AG 376.38 PASS AF=0,0,1;AO=2,8,27;DP=39;FAO=0,0,37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,34;FSAR=0,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359182,-0.10172,-0.199744;FXX=0.0512689;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=21.9526,9.34126,12.6422;QD=40.6897;RBI=0.0661042,0.154012,0.264864;REFB=0,0,0;REVB=-0.0554946,-0.115641,-0.17394;RO=0;SAF=2,7,25;SAR=0,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.78849e-08,6.18567e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0491179,0,-0.0276167;OID=.,.,.;OPOS=24811065,24811065,24811065;OREF=G,GG,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=ACG,A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:2,8,27:39:0,0,37:37:0:0,0,34:0,0,3:0:0:3:0:2,7,25:0,1,2:0:0 chr8 25182969 . C A,T 749.15 PASS AF=0.0806452,0.854839;AO=5,53;DP=62;FAO=5,53;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=2,26;FSAR=3,27;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0288638,0.00396515;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.0637,174.132;QD=48.3321;RBI=0.0303114,0.00708841;REFB=-0.157187,-0.035403;REVB=0.00925549,-0.00587564;RO=4;SAF=2,26;SAR=3,27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.251123,-0.0342117;STB=0.651584,0.518193;STBP=0.387,0.381;TYPE=snp,snp;VARB=0.160884,0.000298272;OID=.,.;OPOS=25182969,25182969;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:62:62:4:4:5,53:5,53:0.0806452,0.854839:3,27:2,26:3:1:3,27:2,26:3:1 chr8 25203022 . A G 724.2 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.625;QD=62.9736;RBI=0.0281632;REFB=0;REVB=0.00892076;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148011;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chr8 25222165 . A G 137.76 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00394443;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.544;QD=10.8049;RBI=0.0130545;REFB=-0.00727584;REVB=0.0124444;RO=35;SAF=10;SAR=7;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824522;STB=0.561973;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.014199;OID=.;OPOS=25222165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:35:34:17:17:0.333333:7:10:23:12:7:10:23:11 chr8 25230168 . C T 248.48 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00663967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7321;QD=15.7766;RBI=0.0214842;REFB=-0.0523359;REVB=-0.0204325;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683277;STB=0.512812;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0454074;OID=.;OPOS=25230168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:28:29:0.460317:10:18:24:10:10:19:23:11 chr8 25234858 . A G 1161.96 PASS AF=0.891304;AO=82;DP=92;FAO=82;FDP=92;FR=.;FRO=10;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0593945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1701;QD=50.5202;RBI=0.0610385;REFB=-0.0518843;REVB=0.0140709;RO=10;SAF=39;SAR=43;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664082;STB=0.535214;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0429776;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:92:92:10:10:82:82:0.891304:43:39:8:2:43:39:8:2 chr8 25253109 . C T 289.96 PASS AF=0.577778;AO=24;DP=43;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00459232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.417;QD=25.774;RBI=0.0860788;REFB=-0.0144046;REVB=0.0859562;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136729;STB=0.587667;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0149035;OID=.;OPOS=25253109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:19:19:24:26:0.577778:13:11:12:7:15:11:12:7 chr8 25258442 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00835222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.395;QD=10.3787;RBI=0.0177476;REFB=0.0119179;REVB=-0.0156594;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232378;STB=0.515118;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.0253629;OID=.;OPOS=25258442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:8:9:0.36:2:6:11:4:3:6:11:5 chr8 25267622 . A G 191.0 PASS AF=0.72;AO=17;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.024017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.487;QD=30.5604;RBI=0.0269164;REFB=-0.017459;REVB=-0.0121523;RO=7;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222069;STB=0.519978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00502663;OID=.;OPOS=25267622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:17:18:0.72:9:8:3:4:9:9:3:4 chr8 25280800 . C G 252.91 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00807364;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.419;QD=26.6216;RBI=0.0429863;REFB=-0.0117382;REVB=-0.0422213;RO=14;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183196;STB=0.61102;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0106183;OID=.;OPOS=25280800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:14:15:23:23:0.605263:11:12:11:3:11:12:12:3 chr8 25287397 . T C 273.53 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0168254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4615;QD=25.4447;RBI=0.0408578;REFB=-0.0737568;REVB=-0.0372326;RO=18;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210518;STB=0.616423;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0664142;OID=.;OPOS=25287397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:14:11:13:5:14:11:13:5 chr8 25317824 . A T 194.16 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0201025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.783;QD=12.5262;RBI=0.0241927;REFB=-0.0196957;REVB=-0.0134603;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268688;STB=0.504307;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0358144;OID=.;OPOS=25317824;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:24:24:0.387097:9:15:24:13:9:15:24:14 chr8 25323777 . T C 766.23 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.56;QD=63.8523;RBI=0.0436223;REFB=0;REVB=0.0281316;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51216e-05;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr8 25325730 . T C 318.88 PASS AF=0.281879;AO=42;DP=149;FAO=42;FDP=149;FR=.;FRO=107;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=-8.7562e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.874;QD=8.56063;RBI=0.0472234;REFB=-0.00154123;REVB=0.0472233;RO=106;SAF=26;SAR=16;SRF=60;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668261;STB=0.543443;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00201959;OID=.;OPOS=25325730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:106:107:42:42:0.281879:16:26:60:46:16:26:60:47 chr8 25364834 . A T 234.69 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0236473;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.284;QD=12.8596;RBI=0.0241409;REFB=-0.0155198;REVB=0.00485719;RO=44;SAF=8;SAR=20;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197796;STB=0.608614;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.037946;OID=.;OPOS=25364834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:45:28:28:0.383562:20:8:20:24:20:8:20:25 chr8 25364960 . A G 93.26 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0492921;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8533;QD=16.2194;RBI=0.0713117;REFB=-0.0266141;REVB=0.0515329;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325354;STB=0.671941;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0878367;OID=.;OPOS=25364960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:23:23:11:12:11:11:0.478261:3:8:4:7:3:8:5:7 chr8 26240646 . A G 2267.49 PASS AF=0.974684;AO=152;DP=156;FAO=154;FDP=158;FR=.;FRO=4;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0213976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.251;QD=57.4048;RBI=0.053211;REFB=-0.0668075;REVB=-0.0487192;RO=4;SAF=79;SAR=73;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112475;STB=0.505847;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00231501;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:156:158:4:4:152:154:0.974684:73:79:3:1:74:80:3:1 chr8 26269191 . C T 322.2 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0423333;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.902;QD=27.4213;RBI=0.0499254;REFB=-0.0398201;REVB=0.0264657;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113153;STB=0.574416;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0275253;OID=.;OPOS=26269191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:19:28:28:0.595745:14:14:7:13:14:14:6:13 chr8 26362201 . A T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.136;QD=55.0094;RBI=0.0475485;REFB=-0.00511397;REVB=0.0437839;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00037244;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:1:0:16:16:1:0 chr8 26481771 . T C 1413.03 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934456;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4567;QD=62.8012;RBI=0.018319;REFB=0;REVB=-0.0157565;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123529;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:91:90:1:43:48:0:0:42:48:0:0 chr8 26510792 . T C 1528.8 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.563;QD=63.0431;RBI=0.0384831;REFB=0;REVB=0.0262799;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6181e-05;OID=.;OPOS=26510792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:93:97:1:51:42:0:0:51:46:0:0 chr8 26628028 . A G 902.47 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.976;QD=58.2236;RBI=0.0387336;REFB=0;REVB=0.0260656;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158021;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr8 26636925 . T C 812.86 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345216;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0049;QD=54.1906;RBI=0.0447407;REFB=-0.150347;REVB=0.0284603;RO=3;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165209;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00442839;OID=.;OPOS=26636925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:3:1:57:59:0.983333:28:29:1:2:29:30:0:1 chr8 27101204 . T A 1447.19 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00086081;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.841;QD=57.3143;RBI=0.00374641;REFB=0.0152443;REVB=0.00364617;RO=2;SAF=47;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00095076;STB=0.500501;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=2.71994e-05;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:52:47:1:1:52:47:1:1 chr8 27101206 . A C 1477.7 PASS AF=0.980769;AO=99;DP=102;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0201862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1743;QD=56.8345;RBI=0.03364;REFB=0.0332033;REVB=-0.0269103;RO=2;SAF=47;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00095076;STB=0.500378;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00143361;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:104:2:2:99:102:0.980769:52:47:1:1:53:49:1:1 chr8 27255128 . T C 417.75 PASS AF=0.403361;AO=47;DP=117;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0176381;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.593;QD=14.0421;RBI=0.0281737;REFB=-0.0159092;REVB=0.0219693;RO=69;SAF=17;SAR=30;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653392;STB=0.521055;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00987538;OID=.;OPOS=27255128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:69:71:47:48:0.403361:30:17:29:40:30:18:29:42 chr8 27255146 . G A 493.5 PASS AF=0.432;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0235603;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.066;QD=15.7919;RBI=0.0243569;REFB=-0.0277921;REVB=-0.0061781;RO=71;SAF=15;SAR=39;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136551;STB=0.576854;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0348039;OID=.;OPOS=27255146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:71:71:54:54:0.432:39:15:28:43:39:15:28:43 chr8 27255263 . A G 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0157849;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.594;QD=12.8341;RBI=0.0180004;REFB=-0.00463556;REVB=0.00865156;RO=49;SAF=9;SAR=21;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239649;STB=0.637974;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00831273;OID=.;OPOS=27255263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:21:9:25:24:21:9:25:24 chr8 27293865 . C T 666.86 PASS AF=0.439759;AO=71;DP=166;FAO=73;FDP=166;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0122191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.605;QD=16.0689;RBI=0.0122423;REFB=-0.0106746;REVB=-0.000753918;RO=92;SAF=31;SAR=40;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00927331;STB=0.50926;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0134033;OID=.;OPOS=27293865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:92:93:71:73:0.439759:40:31:41:51:42:31:41:52 chr8 27297827 . G T 360.96 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.0109491;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.218;QD=15.1983;RBI=0.0121461;REFB=-0.010003;REVB=0.00525774;RO=55;SAF=17;SAR=22;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277967;STB=0.659923;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0153698;OID=.;OPOS=27297827;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:55:56:39:39:0.410526:22:17:39:16:22:17:40:16 chr8 27308538 . G A 207.92 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0114755;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.395;QD=15.1214;RBI=0.0169701;REFB=-0.0135451;REVB=0.0125018;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180257;STB=0.574406;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0173976;OID=.;OPOS=27308538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:28:31:24:24:0.436364:14:10:17:11:14:10:17:14 chr8 27308585 . A C 228.18 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0137495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.466;QD=21.7311;RBI=0.0450453;REFB=-0.00372221;REVB=-0.0428956;RO=20;SAF=16;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404837;STB=0.727066;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0016049;OID=.;OPOS=27308585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:6:16:5:15:6:16:5:15 chr8 27311703 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.513;QD=58.0609;RBI=0.0229645;REFB=0;REVB=0.0125067;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61003e-05;OID=.;OPOS=27311703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr8 27312040 . C T 156.48 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00698537;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.4078;QD=9.7801;RBI=0.0712222;REFB=-0.0312185;REVB=0.0708788;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216255;STB=0.523104;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.040465;OID=.;OPOS=27312040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:64:35:43:21:21:0.328125:8:13:21:14:8:13:28:15 chr8 27312135 . G A 275.03 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0458542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.877;QD=15.4948;RBI=0.0467479;REFB=-0.005539;REVB=0.00909719;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285818;STB=0.509085;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0121986;OID=.;OPOS=27312135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:40:31:31:0.43662:15:16:19:20:15:16:20:20 chr8 27315876 . A G 698.88 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00601758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.036;QD=54.8138;RBI=0.0067434;REFB=-0.101448;REVB=0.00304339;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000947966;OID=.;OPOS=27315876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:32:18:0:0:32:18:0:1 chr8 27315900 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.872;QD=56.9563;RBI=0.0153736;REFB=0;REVB=0.0115408;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9049e-05;OID=.;OPOS=27315900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr8 27316117 . G A 471.55 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00964051;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.49;QD=23.5775;RBI=0.011541;REFB=-0.00956243;REVB=0.00634479;RO=29;SAF=34;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203658;STB=0.584153;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00652569;OID=.;OPOS=27316117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:29:35:45:45:0.5625:11:34:15:14:11:34:21:14 chr8 27362587 . G A 324.62 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0213579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.712;QD=14.5896;RBI=0.0213579;REFB=-0.00985193;REVB=3.40094e-05;RO=52;SAF=13;SAR=23;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068365;STB=0.545788;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0175872;OID=.;OPOS=27362587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:53:36:36:0.404494:23:13:22:30:23:13:23:30 chr8 27462481 . A G 993.66 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343807;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9396;QD=59.3231;RBI=0.03448;REFB=0;REVB=0.00261525;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262553;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr8 27591164 . C T 121.96 PASS AF=0.483871;AO=12;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.125715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4592;QD=15.7373;RBI=0.126334;REFB=-0.0465577;REVB=-0.0124912;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298853;STB=0.55806;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0414131;OID=.;OPOS=27591164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:12:15:0.483871:10:2:6:9:10:5:7:9 chr8 27592828 . G A 312.79 PASS AF=0.372549;AO=36;DP=97;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0244352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4953;QD=12.2661;RBI=0.0340425;REFB=-0.0235981;REVB=0.0237026;RO=61;SAF=17;SAR=19;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351137;STB=0.51652;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0514351;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:102:61:64:36:38:0.372549:19:17:29:32:20:18:32:32 chr8 27631179 . A C 286.35 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.08;QD=24.3703;RBI=0.0205397;REFB=-0.047699;REVB=0.0203135;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128985;STB=0.579941;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0364647;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:14:12:6:14:14:12:6:15 chr8 27634064 . C T 123.01 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0117677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.315;QD=16.4016;RBI=0.0210214;REFB=-0.0101602;REVB=-0.017419;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180327;STB=0.603627;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0201859;OID=.;OPOS=27634064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:6:10:6:8:6:10 chr8 27661318 . C A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00584326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.388;QD=12.1821;RBI=0.0324926;REFB=-0.0300864;REVB=0.0319629;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179822;STB=0.608457;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0383018;OID=.;OPOS=27661318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:2:8:10:5:2:8:10:5 chr8 27667969 . C G 226.81 PASS AF=0.55;AO=20;DP=38;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0445952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.691;QD=22.6808;RBI=0.0501931;REFB=-0.0327949;REVB=0.0230352;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520529;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0216211;OID=.;OPOS=27667969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:18:18:20:22:0.55:10:10:9:9:12:10:9:9 chr8 27679981 . T C 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0300061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3092;QD=16.1054;RBI=0.0385238;REFB=-0.0468557;REVB=-0.0241602;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114288;STB=0.506571;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0545718;OID=.;OPOS=27679981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:8:14:11:6:8:14 chr8 27690557 . A C 112.81 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0585669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.027;QD=17.3546;RBI=0.0588461;REFB=0.0106546;REVB=-0.00572574;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345229;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0111089;OID=.;OPOS=27690557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:12:13:0.5:6:6:6:7:6:7:6:7 chr8 27729532 . G A 263.36 PASS AF=0.483333;AO=26;DP=58;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0329572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.945;QD=17.5571;RBI=0.0353423;REFB=-0.013559;REVB=-0.0127632;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171449;STB=0.583278;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0149355;OID=.;OPOS=27729532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:31:31:26:29:0.483333:13:13:21:10:14:15:21:10 chr8 27737198 . A G 318.99 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.00548308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.855;QD=15.7526;RBI=0.0057031;REFB=-0.0127515;REVB=0.0015688;RO=46;SAF=20;SAR=15;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243302;STB=0.636603;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0163979;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:15:20:15:31:15:20:15:31 chr8 27767171 . G A 195.43 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0252801;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0148;QD=14.2129;RBI=0.0883358;REFB=0.0107623;REVB=0.0846412;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193691;STB=0.621512;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0141908;OID=.;OPOS=27767171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:32:23:23:0.418182:7:16:16:15:7:16:16:16 chr8 27767231 . C G 250.57 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0176316;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.523;QD=14.5258;RBI=0.0177162;REFB=-0.00685041;REVB=-0.00172965;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177848;STB=0.620846;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0148451;OID=.;OPOS=27767231;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:38:40:28:29:0.42029:16:12:23:15:17:12:25:15 chr8 27903069 . C T 390.59 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0187267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.234;QD=16.6209;RBI=0.0220293;REFB=-0.0196175;REVB=-0.0116017;RO=51;SAF=22;SAR=19;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103714;STB=0.557654;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0289559;OID=.;OPOS=27903069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:51:53:41:41:0.43617:19:22:22:29:19:22:23:30 chr8 27915830 . T C 1932.99 PASS AF=0.911565;AO=130;DP=144;FAO=134;FDP=147;FR=.;FRO=13;FSAF=77;FSAR=57;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0169875;FXX=0.0199987;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.8448;QD=52.5984;RBI=0.0262196;REFB=-0.144955;REVB=0.0199723;RO=14;SAF=73;SAR=57;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00184842;STB=0.503268;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0180665;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:144:147:14:13:130:134:0.911565:57:73:8:6:57:77:7:6 chr8 27918057 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.874;QD=59.8394;RBI=0.0379826;REFB=0;REVB=0.0366113;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24048e-05;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr8 27927849 . C G 740.76 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.903;QD=56.9813;RBI=0.0583782;REFB=0;REVB=-0.00289688;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163954;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:28:22:0:0:29:23:0:0 chr8 28040712 . G A 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.00130714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.66;QD=23.1237;RBI=0.0161191;REFB=-0.006265;REVB=-0.016066;RO=22;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20334;STB=0.61149;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00607558;OID=.;OPOS=28040712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:13:17:18:4:13:17:18:4 chr8 28206275 . G C 131.88 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0124358;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.503;QD=13.5263;RBI=0.0135375;REFB=-0.0223354;REVB=-0.00534933;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189194;STB=0.609619;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0574708;OID=.;OPOS=28206275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:7:17:8:7:7:17 chr8 28286174 . T G 506.32 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0500594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6775;QD=56.2575;RBI=0.0614204;REFB=0.106771;REVB=0.0355882;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5263;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00205187;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:0:1:35:35:0.972222:9:26:0:0:9:26:0:1 chr8 28384712 . A G 1817.33 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.19;QD=61.0868;RBI=0.00497982;REFB=0;REVB=0.00480808;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38532e-06;OID=.;OPOS=28384712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:119:0:0:116:119:1:59:57:0:0:62:57:0:0 chr8 28574803 . G A 237.65 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0291976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.42;QD=20.2252;RBI=0.0311974;REFB=-0.0199344;REVB=0.01099;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118415;STB=0.57558;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0148509;OID=.;OPOS=28574803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:22:23:0.489362:12:10:14:10:13:10:14:10 chr8 28638455 . G A 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0334405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4653;QD=13.7745;RBI=0.0339162;REFB=0.00684511;REVB=-0.00566083;RO=41;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106074;STB=0.560682;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0171961;OID=.;OPOS=28638455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:19:9:17:24:19:9:17:24 chr8 28984042 . T C 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00405479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.627;QD=7.86309;RBI=0.00502653;REFB=-0.00719902;REVB=0.00297065;RO=34;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134355;STB=0.583194;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0265475;OID=.;OPOS=28984042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:5:7:16:18:5:7:16:18 chr8 29005093 . A G 379.39 PASS AF=0.445652;AO=39;DP=90;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00128729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6482;QD=16.4951;RBI=0.00155095;REFB=-0.0102167;REVB=0.000865068;RO=51;SAF=5;SAR=34;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442432;STB=0.701401;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0117207;OID=.;OPOS=29005093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:51:51:39:41:0.445652:34:5:23:28:34:7:23:28 chr8 29048391 . T C 239.34 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00635101;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.617;QD=27.3528;RBI=0.0413066;REFB=-0.0197244;REVB=0.0408154;RO=13;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180237;STB=0.58755;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0260627;OID=.;OPOS=29048391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:13:13:21:22:0.628571:12:9:9:4:12:10:9:4 chr8 29197763 . G A 248.4 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0443192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.582;QD=25.4768;RBI=0.0470626;REFB=-0.010455;REVB=-0.0158335;RO=15;SAF=11;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152501;STB=0.568481;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00601067;OID=.;OPOS=29197763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:16:23:23:0.589744:12:11:4:11:12:11:5:11 chr8 29927300 . C G 684.69 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.746;QD=62.2445;RBI=0.0319119;REFB=0;REVB=0.00638641;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54805e-05;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:40:44:1:30:10:0:0:30:14:0:0 chr8 29927321 . A G 563.75 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0347013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.699;QD=57.82;RBI=0.0414773;REFB=-0.0260472;REVB=0.0227198;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000371958;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:0:1:23:15:0:1 chr8 29961951 . C T 468.53 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0150937;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9945;QD=22.5799;RBI=0.022522;REFB=-0.0203333;REVB=-0.0167158;RO=38;SAF=26;SAR=19;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654599;STB=0.536066;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00673563;OID=.;OPOS=29961951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:38:38:45:45:0.542169:19:26:19:19:19:26:19:19 chr8 29965519 . T C 568.35 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0942328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.487;QD=58.2927;RBI=0.0988649;REFB=-0.0855919;REVB=0.0299071;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00364886;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr8 29989564 . A G 122.9 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00468434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.887;QD=12.9363;RBI=0.00728502;REFB=-0.0306991;REVB=-0.00557928;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146058;STB=0.574368;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0612592;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:21:23:14:15:0.394737:8:6:12:9:9:6:12:11 chr8 29996158 . A G 144.37 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=7.64499e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.334;QD=18.629;RBI=0.00494156;REFB=-0.0252907;REVB=0.00494097;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675673;STB=0.526284;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0285587;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:15:15:16:0.516129:5:10:11:4:5:11:11:4 chr8 29996256 . T C 81.31 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0380554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1805;QD=16.2618;RBI=0.0422405;REFB=-0.106866;REVB=0.0183315;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167675;STB=0.655927;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0422248;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:20:20:8:10:10:10:0.5:7:3:4:4:7:3:6:4 chr8 30423886 . C CAG 203.02 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.00738862;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.776;QD=12.3045;RBI=0.00977982;REFB=-0.0173593;REVB=0.00640728;RO=42;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107585;STB=0.575568;STBP=0.427;TYPE=ins;VARB=0.0571343;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378788:25:67:25:66:41:8:17:9:32:99:42:8:17:10:32 chr8 30608976 . C T 836.07 PASS AF=0.983333;AO=55;DP=58;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0347849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6009;QD=55.7381;RBI=0.0372193;REFB=-0.124607;REVB=0.0132397;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219159;STB=0.509801;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00137073;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:60:1:1:55:59:0.983333:21:34:0:1:25:34:0:1 chr8 30620840 . G GT,T 617.97 PASS AF=1,0;AO=43,3;DP=60;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523049,-0.0418173;FXX=0.0338926;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=15.2698,9.99639;QD=43.3662;RBI=0.100563,0.0480222;REFB=0,0;REVB=0.0858905,0.0236102;RO=12;SAF=12,1;SAR=31,2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0269521,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0029783,0;OID=.,.;OPOS=30620841,30620840;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:57:12:0:43,3:57,0:1,0:31,2:12,1:4:8:39,0:18,0:0:0 chr8 30924557 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.644;QD=58.5875;RBI=0.0205025;REFB=0;REVB=0.00201708;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105767;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr8 30973957 . G T 835.27 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104367;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.828;QD=57.6048;RBI=0.0137727;REFB=0;REVB=0.00898689;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36568e-05;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:26:32:0:0 chr8 30999280 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.941;QD=59.4356;RBI=0.034074;REFB=0;REVB=0.0232063;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0639e-05;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr8 32453358 . G A 222.6 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9275;QD=49.4662;RBI=0.0671548;REFB=0;REVB=0.0612665;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311636;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:15:18:1:5:10:0:0:6:12:0:0 chr8 32621844 . G T 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.631;QD=51.9132;RBI=0.035025;REFB=0;REVB=0.00159819;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511208;OID=.;OPOS=32621844;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr8 32663420 . A G 897.68 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.666;QD=57.9146;RBI=0.0451075;REFB=0;REVB=0.0138003;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2874e-05;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:36:22:0:0:38:24:0:0 chr8 33246538 . A G 709.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.865;QD=63.0552;RBI=0.0801319;REFB=0;REVB=-0.0280384;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257717;OID=.;OPOS=33246538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:22:23:0:0 chr8 33246591 . G C 452.12 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266069;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.084;QD=58.3382;RBI=0.0309582;REFB=0;REVB=0.0158267;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233374;OID=.;OPOS=33246591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr8 33246685 . G A 352.96 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.501;QD=54.3016;RBI=0.0309872;REFB=0;REVB=0.00787663;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226374;OID=.;OPOS=33246685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr8 33313329 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00626745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.506;QD=20.0173;RBI=0.033372;REFB=0.00557191;REVB=0.0327781;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176087;STB=0.599886;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00203516;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:9:8:12:6:9:8 chr8 33356074 . A G 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00568935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.353;QD=20.8715;RBI=0.0146729;REFB=-0.0175523;REVB=-0.013525;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31464;STB=0.675521;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0104998;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:4:16:9:12:4:16 chr8 33369944 . T C 220.61 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0129733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6138;QD=18.009;RBI=0.0201114;REFB=0.00718189;REVB=0.0153675;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137578;STB=0.519982;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0108492;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:27:22:22:0.44898:13:9:11:15:13:9:12:15 chr8 33369994 . A G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.023277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8917;QD=14.7421;RBI=0.0248388;REFB=0.00217833;REVB=-0.00866894;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297347;STB=0.517221;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0047516;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:11:14:10:7:11:14 chr8 33416189 . G A 89.47 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0162846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7925;QD=7.45623;RBI=0.0401937;REFB=-0.0176132;REVB=0.0367471;RO=34;SAF=5;SAR=7;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236142;STB=0.642628;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0456472;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:34:36:12:12:0.25:7:5:21:13:7:5:22:14 chr8 33416222 . C T 132.26 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00251198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5743;QD=10.5811;RBI=0.00450057;REFB=-0.0159729;REVB=0.00373431;RO=34;SAF=5;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314627;STB=0.687266;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0436017;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:11:5:20:14:11:5:20:14 chr8 33437926 . C T 113.75 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.000244079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.682;QD=7.98275;RBI=0.0150399;REFB=0.00121581;REVB=-0.015038;RO=41;SAF=13;SAR=3;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464963;STB=0.78385;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00337369;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:3:13:18:23:3:13:18:23 chr8 33573577 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2062;QD=35.5687;RBI=0.0736297;REFB=0;REVB=0.0703859;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108603;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr8 36925165 . A G 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0117438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.85;QD=13.2111;RBI=0.0130503;REFB=-0.0329783;REVB=-0.0056916;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25965;STB=0.650958;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0328146;OID=.;OPOS=36925165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:15:7:8:6:15:7 chr8 37455990 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0509978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6036;QD=12.3973;RBI=0.0648945;REFB=-0.0286052;REVB=-0.0401312;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317065;STB=0.691596;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0155262;OID=.;OPOS=37455990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:1:4:2:3:1:4 chr8 37456438 . A G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00476861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.882;QD=17.6438;RBI=0.00736092;REFB=-0.015865;REVB=-0.00560746;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240193;STB=0.637406;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0121436;OID=.;OPOS=37456438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:6:1:4:5:6:1 chr8 37556427 . C A 331.16 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.0516324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6834;QD=19.4801;RBI=0.0519294;REFB=-0.0163202;REVB=-0.00554626;RO=33;SAF=8;SAR=27;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02065;STB=0.511453;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0185125;OID=.;OPOS=37556427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:27:8:7:26:27:8:7:26 chr8 37635649 . A G 228.13 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00555149;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.439;QD=15.7328;RBI=0.0141088;REFB=-0.00960945;REVB=0.0129707;RO=32;SAF=18;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257711;STB=0.646293;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0153196;OID=.;OPOS=37635649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:32:32:26:26:0.448276:8:18:14:18:8:18:14:18 chr8 37672471 . A G 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.02687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4602;QD=15.229;RBI=0.0273791;REFB=0.00283813;REVB=0.00525539;RO=28;SAF=13;SAR=6;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817474;STB=0.54687;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00184208;OID=.;OPOS=37672471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:6:13:21:7:6:13:21:7 chr8 37691603 . T G 31.67 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00683734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5807;QD=3.3336;RBI=0.0205382;REFB=-0.00359682;REVB=-0.0193667;RO=31;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203462;STB=0.640494;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.132418;OID=.;OPOS=37691603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:38:38:31:32:6:6:0.157895:5:1:9:22:5:1:9:23 chr8 37728017 . A G 669.8 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5835;QD=62.3065;RBI=0.0684374;REFB=0;REVB=0.0408663;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842154;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr8 37728019 . T G 669.89 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6864;QD=62.3156;RBI=0.0640122;REFB=0;REVB=0.0442523;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01508e-05;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr8 37796493 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0115934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2396;QD=14.0431;RBI=0.0489294;REFB=-0.0267896;REVB=0.0475361;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118169;STB=0.571155;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0284835;OID=.;OPOS=37796493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:3:1:2:3:3:1 chr8 37823798 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.324;QD=50.4133;RBI=0.0188909;REFB=0;REVB=-0.0131071;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39865e-06;OID=.;OPOS=37823798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr8 37979919 . G A,C 385.14 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,26;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615556,0.00971449;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.97,165.411;QD=55.0201;RBI=0.0308131,0.0180625;REFB=0,0;REVB=-0.030192,-0.0152276;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00564313,0.000936552;OID=.,.;OPOS=37979919,37979919;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:2,26:2,26:0.0714286,0.928571:0,14:2,12:0:0:0,14:2,12:0:0 chr8 37985897 . A G 799.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7815;QD=57.095;RBI=0.0585046;REFB=0;REVB=-0.0361706;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000709281;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr8 38005835 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.036;QD=62.0211;RBI=0.0423298;REFB=0;REVB=0.0250438;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020215;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr8 38095662 . C T 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.000852278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.619;QD=17.6941;RBI=0.0237187;REFB=-0.0214787;REVB=-0.0237033;RO=38;SAF=17;SAR=18;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26113;STB=0.649182;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0210616;OID=.;OPOS=38095662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:18:17:8:30:18:17:8:31 chr8 38458371 . G T 935.27 PASS AF=0.614815;AO=83;DP=135;FAO=83;FDP=135;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0052163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.085;QD=27.7117;RBI=0.00580494;REFB=-0.00357929;REVB=-0.00254706;RO=52;SAF=32;SAR=51;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701258;STB=0.538025;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00706393;OID=.;OPOS=38458371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:52:52:83:83:0.614815:51:32:25:27:51:32:25:27 chr8 38458552 . G GTCT 1722.76 PASS AF=1;AO=108;DP=124;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125932;FXX=0.0423693;HRUN=0;LEN=3;MLLD=174.308;QD=60.9827;RBI=0.0548652;REFB=0;REVB=0.0534004;RO=7;SAF=71;SAR=37;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.84987e-05;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:108:124:113:113:0:74:39:0:0:9:7:71:37:7:0 chr8 38458659 . C T 771.92 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.251;QD=55.1375;RBI=0.0322672;REFB=-0.0947969;REVB=0.00400776;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154549;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000359561;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:1:0:25:30:1:0 chr8 38827185 . GCCT GCT,GCTG 1012.25 PASS AF=1,0;AO=64,6;DP=75;FAO=74,0;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662031,-0.0240608;FXX=0.0133316;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=21.8994,160.403;QD=54.7161;RBI=0.108794,0.0329366;REFB=0,0;REVB=0.0863324,-0.0224922;RO=1;SAF=29,0;SAR=35,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0160078,-0.782178;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00262281,0;OID=.,.;OPOS=38827186,38827187;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:64,6:75:74,0:74:0:32,0:42,0:0:0:6:1:29,0:35,6:1:0 chr8 38835666 . T C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.916;QD=48.7333;RBI=0.0454778;REFB=0;REVB=0.0407117;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788665;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr8 38848850 . C T 743.83 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.658;QD=63.3049;RBI=0.0398424;REFB=0;REVB=0.0350435;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05603e-05;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:21:23:0:0:22:25:0:0 chr8 38964647 . G A 748.5 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.633;QD=56.4904;RBI=0.0458426;REFB=0;REVB=0.0110818;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110383;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:30:23:0:0 chr8 38965271 . C T 2819.05 PASS AF=0.939698;AO=187;DP=199;FAO=187;FDP=199;FR=.;FRO=12;FSAF=98;FSAR=89;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0408695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.116;QD=56.6643;RBI=0.0630823;REFB=-0.119741;REVB=0.0480527;RO=0;SAF=98;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528843;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000776869;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:199:199:0:12:187:187:0.939698:89:98:0:0:89:98:12:0 chr8 39080632 . C G 1065.67 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362047;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.78;QD=60.0376;RBI=0.0425652;REFB=0;REVB=-0.0223835;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62619e-05;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:41:29:0:0:42:29:0:0 chr8 39091526 . T C 813.91 PASS AF=0.469274;AO=81;DP=178;FAO=84;FDP=179;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=66;FSRF=25;FSRR=70;FWDB=0.0114646;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.016;QD=18.188;RBI=0.0282081;REFB=-0.0165972;REVB=0.0257733;RO=95;SAF=18;SAR=63;SRF=25;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554961;STB=0.536881;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0264843;OID=.;OPOS=39091526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:95:95:81:84:0.469274:63:18:25:70:66:18:25:70 chr8 39128387 . C T 115.4 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0139837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.416;QD=14.4245;RBI=0.0200249;REFB=-0.0152041;REVB=-0.0143336;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154634;STB=0.578767;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0343355;OID=.;OPOS=39128387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:30:32:17:18:9:9:0.28125:6:3:8:9:6:3:8:10 chr8 39311600 . C T 1822.29 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.6;QD=61.2533;RBI=0.0607849;REFB=0;REVB=-0.060624;RO=0;SAF=73;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157165;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:46:73:0:0:46:73:0:0 chr8 39312886 . G A 1485.34 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.199;QD=63.2061;RBI=0.0290638;REFB=0;REVB=0.0225067;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184361;OID=.;OPOS=39312886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:94:0:0:87:94:1:36:51:0:0:41:53:0:0 chr8 39323387 . T C 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0138387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.572;QD=16.8738;RBI=0.0140177;REFB=-0.0158753;REVB=-0.00223299;RO=26;SAF=17;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489806;STB=0.784295;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0136007;OID=.;OPOS=39323387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:3:17:11:15:3:17:11:15 chr8 39331010 . G A 106.36 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0128497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7222;QD=11.8177;RBI=0.109003;REFB=-0.0188552;REVB=-0.108243;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282588;STB=0.667859;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.02447;OID=.;OPOS=39331010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:10:13:4:9:10:13 chr8 39331043 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00370679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.331;QD=14.3349;RBI=0.0200181;REFB=-0.0101318;REVB=-0.0196719;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271638;STB=0.657425;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0187274;OID=.;OPOS=39331043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:6:11:10:16:6:11:10:16 chr8 39331093 . T C 195.54 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0163221;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.93;QD=17.0032;RBI=0.0203937;REFB=-0.0220141;REVB=0.0122266;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562407;STB=0.532079;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0271582;OID=.;OPOS=39331093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:9:17:12:8:9:17 chr8 39331447 . C T 479.1 PASS AF=0.376623;AO=57;DP=153;FAO=58;FDP=154;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.0422409;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0037;QD=12.4441;RBI=0.0462053;REFB=-0.0271057;REVB=-0.0187254;RO=84;SAF=32;SAR=25;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274674;STB=0.545276;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0382425;OID=.;OPOS=39331447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:84:96:57:58:0.376623:25:32:45:39:26:32:46:50 chr8 39331451 . CA C 158.58 PASS AF=0.415094;AO=56;DP=160;FAO=66;FDP=159;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.0455775;FXX=0.00624961;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.0589;QD=3.98951;RBI=0.0963077;REFB=-0.0291663;REVB=-0.0848402;RO=69;SAF=28;SAR=28;SRF=36;SRR=33;SSEN=0.419355;SSEP=0;SSSB=-0.0215065;STB=0.515719;STBP=0.767;TYPE=del;VARB=-0.0119442;OID=.;OPOS=39331452;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094:56:160:66:159:93:33:33:44:49:99:69:28:28:36:33 chr8 39840234 . A G 167.67 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0101607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4178;QD=15.5971;RBI=0.0103254;REFB=-0.00835753;REVB=-0.00183697;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134157;STB=0.577341;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0126289;OID=.;OPOS=39840234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:13:12:11:7:13:12 chr8 39862881 . C T 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00537193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.756;QD=15.8864;RBI=0.0196218;REFB=-0.0112249;REVB=-0.0188721;RO=42;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092336;STB=0.552027;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0127497;OID=.;OPOS=39862881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:15:18:19:23:15:18:19:23 chr8 39872866 . A C 545.6 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2236;QD=58.9839;RBI=0.0272166;REFB=0;REVB=0.00602669;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359809;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:23:14:0:0 chr8 39872935 . T A 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0280907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.956;QD=21.2654;RBI=0.0281134;REFB=-0.0451548;REVB=0.00112849;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112803;STB=0.575841;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0301564;OID=.;OPOS=39872935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:9:11:7:10:9:11:7:11 chr8 39873478 . T C 74.93 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.1547;QD=37.4664;RBI=0.0115597;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000811332;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr8 40011079 . G A 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.977;QD=61.3284;RBI=0.0242217;REFB=0;REVB=0.0181998;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199051;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr8 40012063 . A G 229.11 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00644746;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.241;QD=43.639;RBI=0.00872088;REFB=0.0184931;REVB=-0.0058723;RO=1;SAF=13;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340907;STB=0.535678;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00199513;OID=.;OPOS=40012063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:22:21:1:2:19:19:0.904762:6:13:1:0:6:13:2:0 chr8 41132742 . A T 219.26 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0171771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.677;QD=25.7955;RBI=0.0255688;REFB=-0.0526762;REVB=0.0189396;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145747;STB=0.594814;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0568824;OID=.;OPOS=41132742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:11:13:20:21:0.617647:10:10:8:3:10:11:10:3 chr8 41166188 . TC T 37.58 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0462544;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=20.0057;QD=7.91159;RBI=0.212892;REFB=0.0205266;REVB=0.207807;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469701;STB=0.50767;STBP=0.995;TYPE=del;VARB=0.0173216;OID=.;OPOS=41166189;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:6:18:7:19:12:4:3:7:5:37:11:3:3:6:5 chr8 41391704 . A G 771.53 PASS AF=0.465517;AO=81;DP=174;FAO=81;FDP=174;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=0.0400151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7924;QD=17.7362;RBI=0.0614947;REFB=-0.00565126;REVB=0.0466947;RO=93;SAF=34;SAR=47;SRF=36;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325558;STB=0.518015;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00720509;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:93:93:81:81:0.465517:47:34:36:57:47:34:36:57 chr8 41517958 . A AG 1377.91 PASS AF=1;AO=114;DP=148;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.4388;QD=39.9396;RBI=0.149763;REFB=0;REVB=-0.0143673;RO=25;SAF=47;SAR=67;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158525;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00148635;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:148:138:138:0:61:77:0:0:28:25:47:67:22:3 chr8 41519462 . A G 106.9 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.025995;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.342;QD=11.2524;RBI=0.0301612;REFB=-0.0124413;REVB=0.0152958;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364726;STB=0.729243;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0260016;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:26:25:13:13:0.342105:10:3:14:12:10:3:14:11 chr8 41521663 . T C 173.06 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0301963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.172;QD=18.7088;RBI=0.0367969;REFB=0.0142224;REVB=0.0210284;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195539;STB=0.511099;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0132441;OID=.;OPOS=41521663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:7:12:11:7:7:12 chr8 41525914 . C T 369.26 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.041825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5734;QD=19.9601;RBI=0.0418278;REFB=-0.03059;REVB=-0.000486747;RO=36;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243561;STB=0.513506;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0305095;OID=.;OPOS=41525914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:19:19:17:19:19:19:17:19 chr8 41553928 . C G 134.14 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00692292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8658;QD=9.41347;RBI=0.02004;REFB=-0.0284009;REVB=0.0188063;RO=39;SAF=6;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183921;STB=0.609631;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0429869;OID=.;OPOS=41553928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:12:6:19:20:12:6:19:20 chr8 41585438 . G A 259.46 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=106;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0103453;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5279;QD=9.88412;RBI=0.0192119;REFB=-0.0115202;REVB=-0.0161886;RO=70;SAF=17;SAR=17;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11605;STB=0.561869;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0178689;OID=.;OPOS=41585438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:70:71:34:34:0.32381:17:17:28:42:17:17:29:42 chr8 41787705 . CTCATT C 46.09 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00777357;FXX=0.153728;HRUN=1;LEN=5;MLLD=254.11;QD=16.7616;RBI=0.0128079;REFB=-0.0114151;REVB=-0.0101791;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297985;STB=0.651594;STBP=0.428;TYPE=del;VARB=0.00735476;OID=.;OPOS=41787706;OREF=TCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:6:13:6:11:5:1:5:2:3:33:4:1:5:2:2 chr8 42013563 . T TATG 660.1 PASS AF=0.894737;AO=51;DP=57;FAO=51;FDP=57;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0112782;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=299.845;QD=46.3229;RBI=0.011427;REFB=-0.0148413;REVB=-0.00183819;RO=6;SAF=29;SAR=22;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137776;STB=0.507345;STBP=0.778;TYPE=ins;VARB=0.00127954;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:51:57:51:57:6:29:22:3:3:29:6:29:22:3:3 chr8 42036577 . A G 296.33 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00681909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.195;QD=25.7678;RBI=0.0169836;REFB=-0.0181609;REVB=0.0155545;RO=19;SAF=7;SAR=20;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487037;STB=0.526862;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0134223;OID=.;OPOS=42036577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:20:7:4:15:20:7:4:15 chr8 42044954 . G A 474.21 PASS AF=0.547619;AO=45;DP=86;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.000330565;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.847;QD=22.5813;RBI=0.0152284;REFB=-0.0268779;REVB=0.0152248;RO=38;SAF=17;SAR=28;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148183;STB=0.5741;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0224712;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:38:38:45:46:0.547619:28:17:21:17:28:18:21:17 chr8 42231786 . G A 307.63 PASS AF=0.351351;AO=39;DP=111;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.00765267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9838;QD=11.0859;RBI=0.00906278;REFB=-0.00765661;REVB=-0.00485495;RO=71;SAF=18;SAR=21;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983688;STB=0.560742;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00990994;OID=.;OPOS=42231786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:71:72:39:39:0.351351:21:18:39:32:21:18:40:32 chr8 42882555 . A ATTTGT 957.21 PASS AF=0.921053;AO=58;DP=77;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00346111;FXX=0.0499937;HRUN=3;LEN=5;MLLD=259.274;QD=50.3794;RBI=0.0251026;REFB=0.00723585;REVB=-0.0248629;RO=6;SAF=35;SAR=23;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189611;STB=0.503406;STBP=0.879;TYPE=ins;VARB=-0.0014377;OID=.;OPOS=42882556;OREF=-;OALT=TTTGT;OMAPALT=ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.921053:58:77:70:76:6:38:32:3:3:23:6:35:23:3:3 chr8 43054553 . T C 784.84 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.331;QD=57.079;RBI=0.0277616;REFB=0;REVB=0.00783681;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46387e-05;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr8 43152430 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00378188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.561;QD=15.379;RBI=0.0163638;REFB=-0.00633011;REVB=0.0159207;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244233;STB=0.653614;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00360994;OID=.;OPOS=43152430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:6:6:10:3:6:6:11:3 chr8 43152432 . G A 102.62 PASS AF=0.48;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00339728;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.997;QD=16.4198;RBI=0.0439936;REFB=-0.00839131;REVB=0.0438622;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288616;STB=0.639785;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00797813;OID=.;OPOS=43152432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:11:12:0.48:6:5:10:3:6:6:10:3 chr8 47979781 . G C 805.04 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4321;QD=64.403;RBI=0.0149674;REFB=0;REVB=-0.0124299;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.76831e-05;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:29:21:0:0 chr8 48102786 . C T 610.59 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0112432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.242;QD=56.7991;RBI=0.0290571;REFB=-0.0532039;REVB=-0.0267937;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253524;STB=0.526303;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00467943;OID=.;OPOS=48102786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:43:1:2:41:41:0.953488:23:18:1:0:23:18:2:0 chr8 48102987 . A G 323.36 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.325;QD=53.893;RBI=0.0999496;REFB=0;REVB=0.0978962;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098085;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr8 48104722 . G A,T 770.09 PASS AF=0.0545455,0.945455;AO=3,52;DP=55;FAO=3,52;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=2,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120009,-0.0405445;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=32.6378,73.4111;QD=56.0067;RBI=0.0292952,0.0511684;REFB=0,0;REVB=-0.0267243,-0.0312146;RO=0;SAF=1,16;SAR=2,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0997544,-0.000921663;OID=.,.;OPOS=48104722,48104722;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:55:55:0:0:3,52:3,52:0.0545455,0.945455:2,36:1,16:0:0:2,36:1,16:0:0 chr8 48805816 . A AG,G 232.84 PASS AF=1,0;AO=11,9;DP=22;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558011,0.00511358;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.6376,5.20261;QD=46.5671;RBI=0.122182,0.32119;REFB=0,0;REVB=-0.108696,-0.32115;RO=2;SAF=8,1;SAR=3,8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0754271,-0.241727;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00272413,0;OID=.,.;OPOS=48805817,48805816;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:20:2:0:11,9:20,0:1,0:3,8:8,1:1:1:11,0:9,0:0:0 chr8 48843315 . G A 345.53 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0045411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5539;QD=16.8549;RBI=0.00455751;REFB=-0.0101496;REVB=0.000386318;RO=45;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505925;STB=0.528386;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0120989;OID=.;OPOS=48843315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:20:17:23:22:20:17:23:22 chr8 48885436 . T A 746.78 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0193111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.355;QD=53.3412;RBI=0.0336577;REFB=-0.0757271;REVB=0.0275667;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000775215;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:56:56:0:1:54:55:0.982143:26:28:0:0:27:28:0:1 chr8 49375958 . T C 363.78 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0047517;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.246;QD=19.9333;RBI=0.00602976;REFB=0.00418773;REVB=0.00371206;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207471;STB=0.50847;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00239934;OID=.;OPOS=49375958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:34:36:37:37:0.506849:15:22:21:13:15:22:22:14 chr8 50242815 . C T 417.65 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1833;QD=53.8902;RBI=0.0627525;REFB=0.0183016;REVB=-0.0618821;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00111884;OID=.;OPOS=50242815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:1:0:14:16:1:0 chr8 50242991 . G T 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127051;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.466;QD=62.3669;RBI=0.0203501;REFB=0;REVB=0.0158967;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6427e-05;OID=.;OPOS=50242991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr8 52252193 . G T 276.98 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0287706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.395;QD=13.511;RBI=0.0455166;REFB=-0.00996127;REVB=-0.0352705;RO=50;SAF=13;SAR=19;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122516;STB=0.569956;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0311688;OID=.;OPOS=52252193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:19:13:26:24:19:13:26:24 chr8 52321243 . T C 1770.77 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396266;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.71;QD=61.061;RBI=0.0396775;REFB=0;REVB=0.00200924;RO=0;SAF=36;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001308;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:113:116:1:77:36:0:0:77:39:0:0 chr8 52321686 . C T 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00903044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.367;QD=11.4384;RBI=0.0179927;REFB=-0.00123553;REVB=-0.0155624;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132226;STB=0.578393;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00278432;OID=.;OPOS=52321686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:10:14:6:7:10:14 chr8 52325767 . T G 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00324787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.719;QD=18.309;RBI=0.0145019;REFB=-0.0185955;REVB=0.0141336;RO=38;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16093;STB=0.577847;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0176415;OID=.;OPOS=52325767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:40:37:37:0.480519:23:14:21:17:23:14:21:19 chr8 52325796 . G A 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.106029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1748;QD=17.859;RBI=0.108249;REFB=-0.0275739;REVB=-0.0218106;RO=35;SAF=10;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215965;STB=0.62358;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0305001;OID=.;OPOS=52325796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:37:34:34:0.478873:24:10:18:17:24:10:19:18 chr8 52366200 . G A 719.08 PASS AF=0.522388;AO=70;DP=134;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0297523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.222;QD=21.4651;RBI=0.030079;REFB=-0.00624245;REVB=-0.00442102;RO=64;SAF=33;SAR=37;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070864;STB=0.53888;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00802356;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:64:64:70:70:0.522388:37:33:25:39:37:33:25:39 chr8 52730441 . T C 183.48 PASS AF=0.201342;AO=29;DP=148;FAO=30;FDP=149;FR=.;FRO=119;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=-0.0329155;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4485;QD=4.92556;RBI=0.0607519;REFB=-0.00369406;REVB=0.0510623;RO=117;SAF=10;SAR=19;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236808;STB=0.636354;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0149399;OID=.;OPOS=52730441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:117:119:29:30:0.201342:19:10:62:55:19:11:64:55 chr8 52730521 . C T 723.28 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273767;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4816;QD=62.8941;RBI=0.0597461;REFB=0;REVB=0.0531047;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717637;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:24:20:0:0:26:20:0:0 chr8 52730864 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.204;QD=61.3353;RBI=0.0227531;REFB=0;REVB=0.0153933;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92799e-05;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr8 52731968 . G A 35.8 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00105848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.725;QD=1.93522;RBI=0.0209909;REFB=-0.00410119;REVB=0.0209642;RO=65;SAF=4;SAR=4;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271313;STB=0.52696;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0282702;OID=.;OPOS=52731968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:65:66:8:8:0.108108:4:4:34:31:4:4:35:31 chr8 52731975 . C A 140.22 PASS AF=0.273973;AO=18;DP=72;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00860102;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.913;QD=7.68304;RBI=0.00880454;REFB=-0.00500748;REVB=-0.00188209;RO=52;SAF=10;SAR=8;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677574;STB=0.529544;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0158643;OID=.;OPOS=52731975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:52:53:18:20:0.273973:8:10:26:26:9:11:27:26 chr8 52731980 . C G 97.77 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0154753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.892;QD=5.43146;RBI=0.023565;REFB=-0.00531519;REVB=0.0177714;RO=56;SAF=7;SAR=9;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121425;STB=0.57603;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0272555;OID=.;OPOS=52731980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:72:72:56:56:16:16:0.222222:9:7:30:26:9:7:30:26 chr8 52731999 . C T 166.48 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0152792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.58;QD=9.93935;RBI=0.0166111;REFB=-0.00278266;REVB=0.00651733;RO=45;SAF=13;SAR=9;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11748;STB=0.56902;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00561257;OID=.;OPOS=52731999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:9:13:22:23:9:13:22:23 chr8 52733050 . T A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00606528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.909;QD=12.482;RBI=0.0134977;REFB=-0.00925504;REVB=-0.0120582;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272843;STB=0.516102;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0485173;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:9:10:6:6:9:10 chr8 52746153 . C T 292.07 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0270858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.379;QD=16.0037;RBI=0.0270893;REFB=-0.0130625;REVB=-0.000435432;RO=40;SAF=20;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10191;STB=0.545582;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0158101;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:32:33:0.452055:12:20:21:19:13:20:21:19 chr8 53537316 . A G 271.53 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00190153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9017;QD=20.8867;RBI=0.0252449;REFB=0.00534757;REVB=0.0251732;RO=23;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276093;STB=0.643143;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00305167;OID=.;OPOS=53537316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:24:28:28:0.538462:17:11:17:6:17:11:17:7 chr8 53555069 . A G 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0101513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4936;QD=13.3133;RBI=0.0101739;REFB=0.0156233;REVB=0.000677262;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162886;STB=0.509361;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0296451;OID=.;OPOS=53555069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:13:9:14:19:13:9:14:19 chr8 53586706 . A G 242.01 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0290812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.356;QD=16.9832;RBI=0.0296512;REFB=-0.0246754;REVB=0.00578618;RO=29;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267676;STB=0.64275;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0122443;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:18:9:18:11:18:9:18:12 chr8 54147644 . G A 80.21 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0366071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.97;QD=16.8863;RBI=0.0474276;REFB=-0.00646818;REVB=0.0301545;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130908;STB=0.576311;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00966973;OID=.;OPOS=54147644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:4:5:7:3:4:5 chr8 54745538 . C G 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.493;QD=57.543;RBI=0.0299752;REFB=0;REVB=0.00455408;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341506;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr8 55537278 . C T 395.29 PASS AF=0.590909;AO=34;DP=61;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0337305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.529;QD=23.9571;RBI=0.0344964;REFB=-0.0366541;REVB=0.00722845;RO=27;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325901;STB=0.518858;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0257035;OID=.;OPOS=55537278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:27:27:34:39:0.590909:19:15:13:14:22:17:13:14 chr8 55586495 . C T 515.04 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0172117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0862;QD=15.4898;RBI=0.041748;REFB=-0.0224684;REVB=-0.0380349;RO=74;SAF=30;SAR=27;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538486;STB=0.530053;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.030963;OID=.;OPOS=55586495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:74:76:57:57:0.428571:27:30:35:39:27:30:36:40 chr8 55632762 . C T 1647.78 PASS AF=0.982301;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.02364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.17;QD=58.3285;RBI=0.0281692;REFB=-0.155274;REVB=0.0153184;RO=2;SAF=39;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131843;STB=0.506943;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000523511;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:113:2:2:110:111:0.982301:71:39:0:2:71:40:0:2 chr8 56054696 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00858276;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.67;QD=19.0179;RBI=0.00877626;REFB=-0.0127099;REVB=0.00183277;RO=14;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420722;STB=0.744835;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0112553;OID=.;OPOS=56054696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:13:2:7:7:13:2:7:7 chr8 56076708 . TTGC T 164.92 PASS AF=0.534884;AO=20;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00733007;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=235.945;QD=15.341;RBI=0.0308074;REFB=-0.0279951;REVB=0.0299227;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176923;STB=0.619729;STBP=0.1;TYPE=del;VARB=0.0234714;OID=.;OPOS=56076709;OREF=TGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534884:20:43:23:43:20:15:8:8:12:99:20:12:8:8:12 chr8 56076791 . G A 165.64 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0217527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.48;QD=12.0466;RBI=0.0225161;REFB=-0.0208256;REVB=0.00581319;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103314;STB=0.568901;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0368946;OID=.;OPOS=56076791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:31:34:20:21:0.381818:11:9:17:14:11:10:20:14 chr8 56652048 . CAT C 818.03 PASS AF=0.4;AO=88;DP=240;FAO=92;FDP=230;FR=.;FRO=138;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=-0.00859793;FXX=0.0456413;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.279;QD=14.2267;RBI=0.0209855;REFB=-0.0121277;REVB=0.0191433;RO=139;SAF=46;SAR=42;SRF=74;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010515;STB=0.510877;STBP=0.805;TYPE=del;VARB=0.018692;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:88:240:92:230:138:47:45:73:65:99:139:46:42:74:65 chr8 56657801 . C T 267.06 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00265443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1464;QD=20.1555;RBI=0.0069999;REFB=-0.0154871;REVB=0.00647708;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441036;STB=0.524572;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.018046;OID=.;OPOS=56657801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:12:16:13:12:12:16:13:12 chr8 56686224 . T C 769.39 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8488;QD=56.9917;RBI=0.0179411;REFB=0;REVB=0.0175189;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154533;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr8 56821700 . T G 918.29 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.094;QD=58.3039;RBI=0.0199716;REFB=0;REVB=0.0102981;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010503;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:35:28:0:0 chr8 56821795 . T G 825.65 PASS AF=1;AO=46;DP=53;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.107;QD=56.9416;RBI=0.047431;REFB=0;REVB=0.0140403;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163872;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:58:0:0:46:58:1:28:18:0:0:37:21:0:0 chr8 56821809 . C T 822.49 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00248456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.347;QD=55.7621;RBI=0.0188356;REFB=-0.0759873;REVB=0.018671;RO=1;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012925;STB=0.506847;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000551017;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:36:22:0:1:36:22:0:1 chr8 56821945 . G A 727.56 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.353;QD=63.2664;RBI=0.016884;REFB=0;REVB=0.00249392;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155308;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr8 57074194 . T C 490.67 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00825273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.338;QD=22.3031;RBI=0.0265195;REFB=-0.0186205;REVB=0.0252027;RO=41;SAF=18;SAR=29;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599578;STB=0.532973;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0186394;OID=.;OPOS=57074194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:29:18:13:28:29:18:13:28 chr8 57129291 . A T 353.54 PASS AF=0.5;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0261874;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.451;QD=19.1103;RBI=0.0261918;REFB=-0.0241323;REVB=-0.000477072;RO=38;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020851;STB=0.527721;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0248118;OID=.;OPOS=57129291;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:38:37:36:37:0.5:21:15:15:23:21:16:14:23 chr8 57358251 . C T 626.48 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.062181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.175;QD=58.277;RBI=0.0700085;REFB=-0.10857;REVB=0.0321671;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0087769;OID=.;OPOS=57358251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:41:42:0.976744:22:19:1:0:23:19:1:0 chr8 59060275 . A G 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0216426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.538;QD=14.1189;RBI=0.0280204;REFB=-0.0101238;REVB=-0.0177972;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133746;STB=0.572025;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0165587;OID=.;OPOS=59060275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:38:27:27:0.415385:13:14:13:21:13:14:15:23 chr8 59061072 . T C 277.13 PASS AF=0.388235;AO=25;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0347083;FXX=0.0116266;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.967;QD=13.0413;RBI=0.0582259;REFB=0.00495021;REVB=-0.0467502;RO=41;SAF=4;SAR=21;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357563;STB=0.616784;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0114505;OID=.;OPOS=59061072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:52:25:33:0.388235:21:4:17:24:23:10:25:27 chr8 59361140 . TCAA T,TCA 220.5 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=15,2;DP=18;FAO=16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175773,-0.131365;FXX=0.0526039;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=272.039,23.6801;QD=48.9989;RBI=0.0165589,0.219926;REFB=0,0;REVB=0.0164654,0.176382;RO=0;SAF=5,1;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00700338,-0.0140911;OID=.,.;OPOS=59361141,59361142;OREF=CAA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.888889,0.111111:15,2:18:16,2:18:0:6,1:10,1:0:0:10:0:5,1:10,1:0:0 chr8 59496490 . A G 156.16 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0206137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.713;QD=15.6162;RBI=0.03444;REFB=-0.0292544;REVB=-0.0275897;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623546;STB=0.536039;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0431712;OID=.;OPOS=59496490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:15:8:5:12:15:8 chr8 59512334 . G A 1216.73 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125971;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.912;QD=61.6067;RBI=0.0542207;REFB=0;REVB=0.0527371;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27736e-05;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr8 59547804 . C A 412.92 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0126836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.25;QD=21.4506;RBI=0.0198922;REFB=-0.028526;REVB=-0.015324;RO=36;SAF=21;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338146;STB=0.518674;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0255585;OID=.;OPOS=59547804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:20:21:17:19:20:21:17:19 chr8 61488824 . T C 1178.7 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.597;QD=60.446;RBI=0.0325156;REFB=0;REVB=-0.020552;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92428e-06;OID=.;OPOS=61488824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:74:78:1:30:44:0:0:32:46:0:0 chr8 61488859 . A G 1208.0 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5698;QD=60.4002;RBI=0.0536755;REFB=0;REVB=0.0345014;RO=1;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089789;OID=.;OPOS=61488859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:1:0:79:80:1:34:45:0:1:35:45:0:0 chr8 62489334 . C T 109.23 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=33;FWDB=0.0267472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.088;QD=8.09104;RBI=0.0337223;REFB=0.000712131;REVB=-0.0205374;RO=39;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925253;STB=0.555487;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00170416;OID=.;OPOS=62489334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:12:3:6:33:12:3:6:33 chr8 62490978 . T C 191.47 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.035493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0976;QD=9.69488;RBI=0.0361819;REFB=-0.0313256;REVB=-0.0070271;RO=52;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249159;STB=0.645696;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0202294;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:54:25:25:0.316456:9:16:22:30:9:16:23:31 chr8 62491943 . G A 110.63 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0147567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1672;QD=15.2596;RBI=0.0149146;REFB=-0.00860886;REVB=-0.0021647;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170229;STB=0.598777;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00962278;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:9:7:8:5:9:7 chr8 62491985 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.15182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6712;QD=12.0509;RBI=0.151922;REFB=-0.0068558;REVB=0.00556159;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929071;STB=0.555432;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.000105068;OID=.;OPOS=62491985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:7:6:5:4:7:6 chr8 62544428 . G T 800.28 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.915;QD=64.0225;RBI=0.050763;REFB=0;REVB=0.0199893;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251888;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:22:25:0:0:22:28:0:0 chr8 62595068 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.65;QD=54.5168;RBI=0.0133602;REFB=0;REVB=-0.0091692;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97829e-06;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr8 63659635 . G A 547.98 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00874268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3156;QD=19.0602;RBI=0.0176419;REFB=-0.00612806;REVB=0.0153232;RO=56;SAF=17;SAR=40;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147765;STB=0.593158;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0061317;OID=.;OPOS=63659635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:56:58:57:57:0.495652:40:17:25:31:40:17:27:31 chr8 63942717 . C T 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00417415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7039;QD=47.8126;RBI=0.0175049;REFB=-0.0895572;REVB=0.017;RO=1;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708105;STB=0.538424;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00925346;OID=.;OPOS=63942717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:6:15:0:1:6:15:0:1 chr8 63951237 . C T 1036.36 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243614;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.681;QD=60.079;RBI=0.0374173;REFB=0;REVB=0.0284003;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724291;OID=.;OPOS=63951237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr8 63951312 . A G 213.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.755;QD=47.3536;RBI=0.0746008;REFB=0;REVB=-0.0228547;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228749;OID=.;OPOS=63951312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:13:4:0:0:13:5:0:0 chr8 63978658 . TA T 212.71 PASS AF=1;AO=29;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231858;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.13208;QD=18.4964;RBI=0.0677467;REFB=0.00183719;REVB=0.0636555;RO=7;SAF=10;SAR=19;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00149221;OID=.;OPOS=63978659;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:46:46:46:0:18:28:0:0:3:7:10:19:2:5 chr8 64081978 . T G 61.04 PASS AF=0.125;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00588062;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.8732;QD=3.39117;RBI=0.0636532;REFB=-0.0682518;REVB=-0.063381;RO=46;SAF=1;SAR=8;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531249;STB=0.83785;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.117935;OID=.;OPOS=64081978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:73:72:46:57:9:9:0.125:8:1:24:22:8:1:25:32 chr8 64098729 . A AG 943.61 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369515;FXX=0.0302984;HRUN=0;LEN=1;MLLD=223.948;QD=58.9754;RBI=0.0695646;REFB=0;REVB=0.0589391;RO=2;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00624921;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000217911;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:66:64:64:0:25:39:0:0:5:2:25:38:1:1 chr8 64147395 . T C 615.57 PASS AF=0.591398;AO=55;DP=93;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0156351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.598;QD=26.4761;RBI=0.0279267;REFB=-0.0329773;REVB=0.0231397;RO=38;SAF=28;SAR=27;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129032;STB=0.50704;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.01732;OID=.;OPOS=64147395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:38:55:55:0.591398:27:28:20:18:27:28:20:18 chr8 64147448 . C T 156.24 PASS AF=0.365385;AO=16;DP=50;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0299286;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.181;QD=12.0183;RBI=0.0337079;REFB=-0.0195982;REVB=0.015508;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137893;STB=0.63144;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0273632;OID=.;OPOS=64147448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:34:33:16:19:0.365385:7:9:15:19:7:12:14:19 chr8 65290650 . C T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00184236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.823;QD=15.172;RBI=0.0182538;REFB=-0.0157437;REVB=0.0181606;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153997;STB=0.589178;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0175529;OID=.;OPOS=65290650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:12:12:6:11:12:12 chr8 66515783 . G A 127.62 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0111022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.241;QD=11.8716;RBI=0.0280356;REFB=-0.00312313;REVB=-0.0257437;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367416;STB=0.52171;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00399238;OID=.;OPOS=66515783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:8:7:14:14:8:7:14:14 chr8 66516490 . C T 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0139362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.301;QD=19.385;RBI=0.0184449;REFB=0.00635103;REVB=0.0120829;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162722;STB=0.592311;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0022269;OID=.;OPOS=66516490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:7:13:10:11:7:13:10:11 chr8 66517486 . C T 100.29 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.025264;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8292;QD=11.7982;RBI=0.0331022;REFB=-0.0686559;REVB=-0.021389;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697263;STB=0.528258;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0334162;OID=.;OPOS=66517486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:21:13:13:0.382353:8:5:9:11:8:5:9:12 chr8 66525548 . T C 255.25 PASS AF=0.5;AO=20;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00986616;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.927;QD=21.2707;RBI=0.0155033;REFB=-0.00506035;REVB=0.0119587;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111128;STB=0.520888;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00625017;OID=.;OPOS=66525548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:24:20:24:0.5:9:11:8:11:11:13:12:12 chr8 66683300 . T C 248.21 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00443561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3474;QD=16.2758;RBI=0.0571452;REFB=-0.00683917;REVB=0.0569728;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189961;STB=0.606485;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00922118;OID=.;OPOS=66683300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:10:23:14:14:10:23 chr8 67062066 . T G 205.37 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0122339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.334;QD=12.8357;RBI=0.016324;REFB=-0.015187;REVB=0.0108076;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104483;STB=0.559952;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0340772;OID=.;OPOS=67062066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:11:14:18:21:11:14:18:21 chr8 67109101 . G A 60.92 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0494478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6773;QD=6.58566;RBI=0.054786;REFB=-0.0161388;REVB=0.0235884;RO=28;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23803;STB=0.654301;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0403327;OID=.;OPOS=67109101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:2:7:17:11:2:7:17:11 chr8 67341378 . G A 560.85 PASS AF=0.398773;AO=65;DP=164;FAO=65;FDP=163;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=0.000745575;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.888;QD=13.7631;RBI=0.00498276;REFB=-0.0255028;REVB=-0.00492666;RO=99;SAF=30;SAR=35;SRF=39;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734022;STB=0.53867;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.036639;OID=.;OPOS=67341378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:99:98:65:65:0.398773:35:30:39:60:35:30:39:59 chr8 67380528 . T C 280.33 PASS AF=0.375;AO=31;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00553072;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7429;QD=12.7422;RBI=0.0204525;REFB=-0.00028967;REVB=0.0196905;RO=54;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174811;STB=0.601167;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=9.33941e-05;OID=.;OPOS=67380528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:55:31:33:0.375:14:17:21:33:15:18:21:34 chr8 68163686 . C T 355.56 PASS AF=0.506667;AO=35;DP=72;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00290921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.712;QD=18.9632;RBI=0.0220973;REFB=-0.0350193;REVB=0.021905;RO=37;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124574;STB=0.573296;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0251055;OID=.;OPOS=68163686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:37:37:35:38:0.506667:18:17:13:24:19:19:13:24 chr8 68494981 . C CATT 511.89 PASS AF=0.394737;AO=59;DP=157;FAO=60;FDP=152;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.0286699;FXX=0.0256394;HRUN=1;LEN=3;MLLD=259.168;QD=13.4708;RBI=0.0311586;REFB=-0.0113821;REVB=-0.0122023;RO=93;SAF=23;SAR=36;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571368;STB=0.539149;STBP=0.448;TYPE=ins;VARB=0.015668;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:59:157:60:152:92:23:37:41:51:99:93:23:36:41:52 chr8 68864728 . G A 1578.43 PASS AF=1;AO=89;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.299;QD=63.775;RBI=0.0918307;REFB=0;REVB=0.0605843;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666795;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:89:99:1:51:38:0:0:57:42:0:0 chr8 68993013 . AT GC 364.71 PASS AF=0.475;AO=36;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.010326;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=2;MLLD=116.468;QD=18.2356;RBI=0.0214487;REFB=-0.0396632;REVB=0.0187995;RO=37;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368779;STB=0.536405;STBP=0.527;TYPE=mnp;VARB=0.0639046;OID=.;OPOS=68993013;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:37:42:36:38:0.475:18:18:17:20:20:18:17:25 chr8 69012364 . G A 186.98 PASS AF=0.342857;AO=25;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0328275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.372;QD=10.6848;RBI=0.0473744;REFB=0.00514265;REVB=-0.0341569;RO=45;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344978;STB=0.541632;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0102949;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:46:25:24:0.342857:12:13:22:23:11:13:22:24 chr8 69020496 . T C 244.15 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0425559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4826;QD=23.2527;RBI=0.0468302;REFB=0.0114258;REVB=0.0195464;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371334;STB=0.502073;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0108982;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:11:12:10:9:11:12:10:9 chr8 69046409 . G A 364.38 PASS AF=0.392857;AO=43;DP=111;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00792557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2766;QD=13.0135;RBI=0.00992318;REFB=0.00405676;REVB=0.00597116;RO=68;SAF=20;SAR=23;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260034;STB=0.508193;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0104899;OID=.;OPOS=69046409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:68:68:43:44:0.392857:23:20:30:38:24:20:30:38 chr8 69136871 . T A 244.55 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0221815;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.23;QD=17.468;RBI=0.0373209;REFB=-0.012272;REVB=0.0300139;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146823;STB=0.571187;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0176613;OID=.;OPOS=69136871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:29:27:27:0.482143:14:13:9:19:14:13:10:19 chr8 69143589 . A G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0105883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.65;QD=13.8496;RBI=0.0106407;REFB=0.005964;REVB=0.00105381;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429906;STB=0.758716;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0133701;OID=.;OPOS=69143589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:12:4:16:8:12:4:17:8 chr8 69216990 . G A 175.55 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0297185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.705;QD=14.3309;RBI=0.0362081;REFB=-0.0386171;REVB=0.0206843;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253342;STB=0.656974;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0443751;OID=.;OPOS=69216990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:30:18:19:0.387755:12:6:17:13:13:6:17:13 chr8 69699756 . G A 272.0 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.111951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0109;QD=19.4285;RBI=0.113018;REFB=-0.0151118;REVB=0.015496;RO=26;SAF=7;SAR=21;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141658;STB=0.554213;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00814189;OID=.;OPOS=69699756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:27:28:29:0.517857:21:7:10:16:21:8:10:17 chr8 69730432 . G A 171.54 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0126533;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5285;QD=22.1336;RBI=0.0842427;REFB=-0.0304825;REVB=-0.0832871;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757294;STB=0.513292;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0277239;OID=.;OPOS=69730432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:11:14:17:17:0.548387:9:8:4:7:9:8:7:7 chr8 69730488 . G C 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00307559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.013;QD=28.0219;RBI=0.00800763;REFB=-0.0411886;REVB=0.00739344;RO=19;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444457;STB=0.524479;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0238658;OID=.;OPOS=69730488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:15:14:8:11:15:14:8:11 chr8 70072423 . G A 1156.25 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.46;QD=60.065;RBI=0.0347147;REFB=0;REVB=-0.00480053;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121042;OID=.;OPOS=70072423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:47:26:0:0:49:28:0:0 chr8 70571313 . G A 370.14 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0212006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9119;QD=30.2151;RBI=0.0238049;REFB=-0.0298765;REVB=-0.0108263;RO=16;SAF=9;SAR=22;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133245;STB=0.557754;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00941731;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:18:31:31:0.632653:22:9:2:14:22:9:3:15 chr8 70571531 . G A 300.34 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0348662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.765;QD=30.8036;RBI=0.0590208;REFB=-0.0295507;REVB=-0.0476215;RO=13;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173196;STB=0.594526;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0213516;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:11:15:11:2:11:15:11:2 chr8 70571622 . A G 354.5 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.000703747;FXX=0.0217368;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.033;QD=15.7557;RBI=0.0154866;REFB=-0.0191293;REVB=-0.0154706;RO=52;SAF=24;SAR=14;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157772;STB=0.589174;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0268458;OID=.;OPOS=70571622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:52:52:38:38:0.422222:14:24:25:27:14:24:25:27 chr8 70573004 . G A 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0200971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.113;QD=18.7953;RBI=0.0415671;REFB=-0.017135;REVB=0.0363858;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265334;STB=0.660539;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.021168;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:16:7:15:11:16:7:16:11 chr8 70584628 . T C 411.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4552;QD=56.6917;RBI=0.0339594;REFB=0;REVB=-0.0261561;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108678;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr8 70602259 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0746213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7264;QD=40.7629;RBI=0.0750267;REFB=0;REVB=-0.00778808;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00489114;OID=.;OPOS=70602259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr8 70602299 . A G 232.7 PASS AF=0.6875;AO=16;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0763397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1755;QD=29.0875;RBI=0.0776097;REFB=-0.00221063;REVB=0.0139828;RO=4;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476188;STB=0.54388;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0255187;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:32:4:10:16:22:0.6875:10:6:2:2:15:7:2:8 chr8 70602341 . A G 2777.07 PASS AF=0.948454;AO=178;DP=191;FAO=184;FDP=194;FR=.;FRO=10;FSAF=99;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0139808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.815;QD=57.2591;RBI=0.0802157;REFB=-0.05279;REVB=0.078988;RO=10;SAF=96;SAR=82;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034407;STB=0.517478;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00154746;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:191:194:10:10:178:184:0.948454:82:96:2:8:85:99:2:8 chr8 70602538 . T A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0732845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.04;QD=36.3498;RBI=0.0804547;REFB=0.0751379;REVB=0.0332016;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.599799;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000766623;OID=.;OPOS=70602538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:2:9:0:1:2:9:0:1 chr8 70612636 . T TA 292.59 PASS AF=1;AO=5;DP=46;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240867;FXX=0.222173;HRUN=0;LEN=1;MLLD=113.612;QD=33.4389;RBI=0.0282439;REFB=0;REVB=-0.0147495;RO=40;SAF=3;SAR=2;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309748;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000568085;OID=.;OPOS=70612637;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:46:35:35:0:10:25:0:0:3:40:3:2:13:27 chr8 70612637 . C A,T 690.85 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=42,3;DP=45;FAO=42,3;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=27,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281659,-0.022451;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.993,92.4244;QD=61.4089;RBI=0.0281688,0.022818;REFB=0,0;REVB=0.000401428,-0.00407583;RO=0;SAF=15,0;SAR=27,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.13648e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00117715,0.141879;OID=.,.;OPOS=70612637,70612637;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:45:45:0:0:42,3:42,3:0.933333,0.0666667:27,3:15,0:0:0:27,3:15,0:0:0 chr8 70612692 . G A 130.52 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.215948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1508;QD=43.506;RBI=0.230773;REFB=0;REVB=0.0813797;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146975;OID=.;OPOS=70612692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:9:2:0:0:10:2:0:0 chr8 70744812 . G A 1070.83 PASS AF=0.987013;AO=45;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208013;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.5156;QD=55.6276;RBI=0.224367;REFB=-0.06091;REVB=0.2234;RO=1;SAF=35;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013242;STB=0.506848;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00397144;OID=.;OPOS=70744812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:45:76:0.987013:10:35:1:0:40:36:1:0 chr8 70835081 . C T 130.34 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00869856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.577;QD=13.7203;RBI=0.0443691;REFB=-0.00164706;REVB=-0.0435081;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964467;STB=0.52171;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00250346;OID=.;OPOS=70835081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:9:6:9:13:9:6:10:13 chr8 70964399 . A G 689.34 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.799;QD=62.6674;RBI=0.0412336;REFB=0;REVB=0.038898;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88962e-05;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:23:21:0:0 chr8 70967607 . T C 381.06 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0518984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5939;QD=52.5596;RBI=0.054788;REFB=-0.125001;REVB=0.017558;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371713;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00379873;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:15:12:1:0:15:13:1:0 chr8 70970878 . G A 505.28 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.014651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8354;QD=22.7094;RBI=0.0155573;REFB=-0.00468757;REVB=0.00523209;RO=41;SAF=21;SAR=27;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424942;STB=0.523394;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00292765;OID=.;OPOS=70970878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:27:21:20:21:27:21:20:21 chr8 70978690 . C T 287.89 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0176489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.1838;QD=25.0339;RBI=0.0344367;REFB=0.0406492;REVB=0.0295703;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131927;STB=0.573322;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0219342;OID=.;OPOS=70978690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:10:16:9:11:10:16:9:11 chr8 70980738 . T C 195.06 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0152622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.4983;QD=14.186;RBI=0.0274541;REFB=-0.0143761;REVB=-0.0228209;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125562;STB=0.578881;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0180302;OID=.;OPOS=70980738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:11:12:20:11:11:12:21:11 chr8 71039118 . C G 64.15 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00277695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.135;QD=9.50328;RBI=0.0251697;REFB=-0.0165523;REVB=-0.025016;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219477;STB=0.636033;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.03172;OID=.;OPOS=71039118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:2:7:11:7:2:7:11:7 chr8 71486568 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.779;QD=33.4285;RBI=0.0730195;REFB=0;REVB=0.0125039;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00510286;OID=.;OPOS=71486568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr8 71575184 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.2305;QD=40.7626;RBI=0.11637;REFB=0;REVB=-0.113984;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00346987;OID=.;OPOS=71575184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr8 71646084 . C T 122.45 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0168395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.946;QD=15.7999;RBI=0.0235757;REFB=-0.00719179;REVB=0.0164998;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837908;STB=0.548319;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0114721;OID=.;OPOS=71646084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:7:10:7:7:7:10 chr8 72111599 . A G 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.438;QD=58.1313;RBI=0.0401729;REFB=0;REVB=-0.000586;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020508;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr8 72129009 . G A,C 866.8 PASS AF=0.901639,0.0983607;AO=55,6;DP=62;FAO=55,6;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=30,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157776,0.0145977;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.5278,138.22;QD=56.8392;RBI=0.0200042,0.0265343;REFB=0,0;REVB=0.0122978,-0.022158;RO=0;SAF=25,2;SAR=30,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00437447,0.0606502;OID=.,.;OPOS=72129009,72129009;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:62:61:0:0:55,6:55,6:0.901639,0.0983607:30,4:25,2:0:0:30,4:25,2:0:0 chr8 72211295 . T C 632.78 PASS AF=0.395604;AO=69;DP=179;FAO=72;FDP=182;FR=.;FRO=110;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=0.023628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.248;QD=13.9073;RBI=0.0236348;REFB=-0.0186804;REVB=0.000565586;RO=110;SAF=29;SAR=40;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00778246;STB=0.502024;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0285112;OID=.;OPOS=72211295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:182:110:110:69:72:0.395604:40:29:47:63:41:31:47:63 chr8 72383124 . T C 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0188217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.004;QD=50.6202;RBI=0.0429309;REFB=-0.0840629;REVB=0.038585;RO=2;SAF=6;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132186;STB=0.571376;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00436537;OID=.;OPOS=72383124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:23:6:2:0:23:6:2:0 chr8 72727820 . C T 609.54 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=143;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.0442406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2848;QD=17.0502;RBI=0.0443674;REFB=-0.0279242;REVB=0.00335159;RO=76;SAF=38;SAR=26;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929309;STB=0.549117;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.030889;OID=.;OPOS=72727820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:76:79:64:64:0.447552:26:38:38:38:26:38:40:39 chr8 72754502 . G A 184.71 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0182079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.934;QD=12.1123;RBI=0.0259472;REFB=-0.00829579;REVB=0.0184859;RO=37;SAF=18;SAR=5;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183003;STB=0.619452;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0223992;OID=.;OPOS=72754502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:38:23:23:0.377049:5:18:24:13:5:18:24:14 chr8 72755647 . C CT 456.71 PASS AF=1;AO=29;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815507;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.263;QD=49.3738;RBI=0.100582;REFB=0;REVB=-0.0588745;RO=7;SAF=22;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256541;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.001095;OID=.;OPOS=72755648;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:37:37:37:0:23:14:0:0:8:7:22:7:1:6 chr8 72935000 . C A,CTAA 488.79 PASS AF=0.210526,0.736842;AO=8,26;DP=38;FAO=8,28;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=7,18;FSAR=1,10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.024171,-0.0157589;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=86.6053,210.267;QD=51.4513;RBI=0.0249431,0.0245416;REFB=-0.0438817,-0.0344558;REVB=0.00615799,0.0188134;RO=2;SAF=7,16;SAR=1,10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.233526,0.01607;STB=0.635964,0.510302;STBP=0.246,0.783;TYPE=snp,ins;VARB=0.0188713,0.00251632;OID=.,.;OPOS=72935000,72935001;OREF=C,-;OALT=A,TAA;OMAPALT=A,CTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:52:38:38:2:2:8,26:8,28:0.210526,0.736842:1,10:7,16:1:1:1,10:7,18:1:1 chr8 72935045 . G C 1072.86 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140125;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9235;QD=60.4429;RBI=0.0140961;REFB=0;REVB=0.00153236;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168079;OID=.;OPOS=72935045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:28:42:0:0:28:43:0:0 chr8 72942210 . G T 375.61 PASS AF=1;AO=19;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6451;QD=55.6463;RBI=0.0290205;REFB=0;REVB=-0.0274526;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245311;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:19:27:1:5:14:0:0:13:14:0:0 chr8 72964965 . G A 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0246565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.611;QD=13.9657;RBI=0.0275547;REFB=-0.00630929;REVB=0.0123011;RO=44;SAF=11;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211752;STB=0.620609;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0109364;OID=.;OPOS=72964965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:19:11:25:19:19:11:25:19 chr8 72966002 . G A 965.16 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00547573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3497;QD=56.7739;RBI=0.0598956;REFB=-0.0157014;REVB=-0.0596448;RO=1;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125996;STB=0.506492;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000249964;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:37:29:0:1:38:29:0:1 chr8 72975801 . T G 718.81 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00666368;FXX=0.0175408;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.538;QD=51.3438;RBI=0.0126357;REFB=-0.0298989;REVB=-0.0107358;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209328;STB=0.513807;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000224468;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:57:56:1:3:53:53:0.946429:31:22:1:0:31:22:2:1 chr8 72981327 . A G,T 1484.04 PASS AF=0.934579,0.0373832;AO=101,4;DP=107;FAO=100,4;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=51,3;FSAR=49,1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00905881,0.00709915;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.727,153.893;QD=55.4781;RBI=0.0106035,0.0242106;REFB=-0.0188106,-0.0943948;REVB=-0.00551119,0.0231464;RO=2;SAF=51,3;SAR=50,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0185965,0.407562;STB=0.514849,0.798623;STBP=0.131,0.152;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00121949,0.0578464;OID=.,.;OPOS=72981327,72981327;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:107:107:2:3:101,4:100,4:0.934579,0.0373832:50,1:51,3:0:2:49,1:51,3:0:3 chr8 74005131 . A G 2590.11 PASS AF=0.982659;AO=170;DP=173;FAO=170;FDP=173;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=111;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0176567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.179;QD=59.887;RBI=0.0188242;REFB=0.00744206;REVB=-0.0065262;RO=2;SAF=59;SAR=111;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372952;STB=0.506091;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.000203674;OID=.;OPOS=74005131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:173:173:2:3:170:170:0.982659:111:59:1:1:111:59:2:1 chr8 74005179 . T G 453.27 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.048762;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8865;QD=21.8444;RBI=0.0525681;REFB=-0.0330226;REVB=-0.0196385;RO=39;SAF=6;SAR=38;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299115;STB=0.667749;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0374959;OID=.;OPOS=74005179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:39:39:44:44:0.53012:38:6:14:25:38:6:14:25 chr8 74169337 . T C 225.44 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0291675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3855;QD=10.997;RBI=0.0338148;REFB=0.0220153;REVB=0.0171085;RO=54;SAF=8;SAR=20;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276903;STB=0.661645;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0405479;OID=.;OPOS=74169337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:54:28:28:0.341463:20:8:28:26:20:8:28:26 chr8 74234185 . G A 354.02 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0203893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.256;QD=29.5019;RBI=0.0216218;REFB=-0.0613108;REVB=0.00719603;RO=18;SAF=15;SAR=15;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758554;STB=0.541639;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0486173;OID=.;OPOS=74234185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:15:15:7:11:15:15:7:11 chr8 74527996 . C T 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.716;QD=62.3458;RBI=0.034216;REFB=0;REVB=0.0039658;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114008;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr8 74581288 . AGA AGAG,GAG 732.35 PASS AF=0.979167,0;AO=43,2;DP=49;FAO=47,0;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0425984,0.0264598;FXX=0.020404;HRUN=0,4;LEN=1,3;MLLD=195.787,173.091;QD=61.0291;RBI=0.0580529,0.0567829;REFB=-0.0525383,-0.201907;REVB=0.0394399,0.0502412;RO=1;SAF=22,1;SAR=21,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0218371,0.25849;STB=0.510634,0.5;STBP=0.547,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00112791,0;OID=.,.;OPOS=74581291,74581288;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:43,2:47,0:0.979167,0:21,1:22,1:0:1:23,0:24,0:0:1 chr8 74893452 . A G 236.52 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0115359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.696;QD=33.788;RBI=0.016533;REFB=-0.00331182;REVB=0.0118433;RO=7;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000948142;OID=.;OPOS=74893452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:9:12:4:3:9:12:4:3 chr8 74893821 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0130314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.135;QD=15.6509;RBI=0.0156659;REFB=-0.00485427;REVB=-0.00869502;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304145;STB=0.675546;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00880633;OID=.;OPOS=74893821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:8:13:5:11:8:13 chr8 74893850 . C G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00951212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.012;QD=16.417;RBI=0.025998;REFB=-0.00718064;REVB=-0.0241953;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413564;STB=0.510294;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0134496;OID=.;OPOS=74893850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:5:9:9:6:5:9:10:6 chr8 74893880 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.00960845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.223;QD=14.6579;RBI=0.0271033;REFB=-0.00683229;REVB=-0.025343;RO=17;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174999;STB=0.599866;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0119183;OID=.;OPOS=74893880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:3:10:15:2:3:10:15:2 chr8 74894627 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00297434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.421;QD=14.1695;RBI=0.0427826;REFB=0.00480013;REVB=-0.0426791;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271144;STB=0.545364;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00838709;OID=.;OPOS=74894627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:12:12:9:10:0.454545:4:5:7:5:5:5:7:5 chr8 74917084 . A G 781.56 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0325332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1406;QD=54.8461;RBI=0.0473869;REFB=-0.137216;REVB=-0.0344544;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00310074;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:35:21:0:0:35:21:1:0 chr8 74960935 . G A 237.87 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0109265;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.748;QD=16.1266;RBI=0.0127557;REFB=-0.0364807;REVB=0.00658182;RO=29;SAF=8;SAR=19;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626374;STB=0.51044;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0310801;OID=.;OPOS=74960935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:32:27:27:0.457627:19:8:7:22:19:8:10:22 chr8 74991826 . G C 330.86 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00173086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.116;QD=25.4507;RBI=0.00381738;REFB=0.000140341;REVB=-0.00340243;RO=20;SAF=13;SAR=19;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784985;STB=0.543012;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.000118266;OID=.;OPOS=74991826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:19:13:6:14:19:13:6:14 chr8 75262798 . G C 1127.47 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5291;QD=60.132;RBI=0.0839381;REFB=0;REVB=0.0823949;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642807;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:41:33:0:0:42:33:0:0 chr8 75274141 . T G 446.35 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.272;QD=57.5936;RBI=0.0314552;REFB=0;REVB=0.0308984;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194766;OID=.;OPOS=75274141;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr8 75460784 . T TG 1366.48 PASS AF=1;AO=98;DP=174;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481011;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.9788;QD=43.3803;RBI=0.0602109;REFB=-0.0404705;REVB=0.0362166;RO=60;SAF=41;SAR=57;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229927;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00369039;OID=.;OPOS=75460785;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:98:174:126:126:0:50:76:0:0:19:60:41:57:45:15 chr8 75460789 . A AG 1068.61 PASS AF=0.990826;AO=98;DP=120;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.1026;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.6093;QD=39.2149;RBI=0.104981;REFB=0.0143003;REVB=-0.0222312;RO=16;SAF=42;SAR=56;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144998;STB=0.505494;STBP=0.282;TYPE=ins;VARB=0.0019126;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990826:98:120:108:109:1:45:63:1:0:16:16:42:56:6:10 chr8 75614614 . C A 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0215304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.824;QD=18.8273;RBI=0.0533482;REFB=0.00137305;REVB=0.0488106;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041964;STB=0.523786;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00112022;OID=.;OPOS=75614614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:12:10:10:10:12:10 chr8 75614617 . A G 197.49 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0181306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2038;QD=18.8089;RBI=0.0275746;REFB=-0.00906455;REVB=0.0207759;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046355;STB=0.526289;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.015226;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:11:11:9:11:11:11 chr8 75664694 . CA C 177.56 PASS AF=0.348485;AO=21;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0190422;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.954;QD=10.7612;RBI=0.0220126;REFB=-0.0189842;REVB=-0.011043;RO=43;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015445;STB=0.523789;STBP=0.794;TYPE=del;VARB=0.0339104;OID=.;OPOS=75664695;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348485:21:66:23:66:43:12:11:24:19:99:43:12:9:24:19 chr8 76452313 . G A 215.14 PASS AF=0.438596;AO=22;DP=54;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0308025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3569;QD=15.0977;RBI=0.0441807;REFB=-0.0416397;REVB=0.0316723;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177837;STB=0.521722;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0887564;OID=.;OPOS=76452313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:32:32:22:25:0.438596:12:10:14:18:15:10:14:18 chr8 76468282 . G A 706.71 PASS AF=0.419355;AO=76;DP=193;FAO=78;FDP=186;FR=.;FRO=108;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=-0.043039;FXX=0.0362676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.383;QD=15.1981;RBI=0.0520483;REFB=-0.0161364;REVB=-0.0292689;RO=100;SAF=32;SAR=44;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115679;STB=0.520357;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0189829;OID=.;OPOS=76468282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:186:100:108:76:78:0.419355:44:32:41:59:46:32:48:60 chr8 76468309 . GTTTTTTTTTTTT GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTTTTT 230.3 PASS AF=0.414414,0.27027,0.18018,0.018018;AO=27,18,7,16;DP=113;FAO=46,30,20,2;FDP=111;FR=.;FRO=13;FSAF=13,7,2,1;FSAR=33,23,18,1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0652513,0.16171,-0.00337339,-0.100465;FXX=0.0263135;HRUN=12,12,12,12;LEN=2,1,1,1;MLLD=5.91894,3.3081,15.1928,4.13599;QD=8.29903;RBI=0.199816,0.400422,0.144254,0.39329;REFB=0.100729,0.17847,0.102023,-0.19273;REVB=0.188861,0.366316,0.144214,-0.380241;RO=16;SAF=8,2,2,5;SAR=19,16,5,11;SRF=2;SRR=14;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.149142,-0.0284804,0.257247,0.211955;STB=0.506772,0.530377,0.666464,0.665191;STBP=0.884,0.626,0.103,0.734;TYPE=del,del,snp,ins;VARB=0.184745,0.103479,-0.0464282,-0.132161;OID=.,.,.,.;OPOS=76468310,76468310,76468321,76468310;OREF=TT,T,T,-;OALT=-,-,A,T;OMAPALT=GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.414414,0.27027,0.18018,0.018018:27,18,7,16:113:46,30,20,2:111:13:13,7,2,1:33,23,18,1:4:9:53:16:8,2,2,5:19,16,5,11:2:14 chr8 76476396 . G A 165.04 PASS AF=0.27381;AO=22;DP=83;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0298566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8946;QD=7.85903;RBI=0.0300977;REFB=-0.00990911;REVB=-0.00380143;RO=61;SAF=6;SAR=16;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299272;STB=0.690277;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0304362;OID=.;OPOS=76476396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:61:61:22:23:0.27381:16:6:31:30:17:6:31:30 chr8 76476457 . G A 120.28 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0856882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.909;QD=6.77636;RBI=0.0873049;REFB=-0.00221391;REVB=0.0167237;RO=53;SAF=4;SAR=14;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334094;STB=0.707069;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00470115;OID=.;OPOS=76476457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:14:4:25:28:14:4:25:28 chr8 76478768 . C T 1384.7 PASS AF=0.396419;AO=155;DP=392;FAO=155;FDP=391;FR=.;FRO=236;FSAF=86;FSAR=69;FSRF=117;FSRR=119;FWDB=-0.0228397;FXX=0.00761402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.452;QD=14.1657;RBI=0.0230749;REFB=-0.0160957;REVB=0.00328627;RO=236;SAF=87;SAR=68;SRF=116;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755252;STB=0.535803;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0205509;OID=.;OPOS=76478768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:391:236:236:155:155:0.396419:68:87:116:120:69:86:117:119 chr8 77048621 . C A 258.86 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00503852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.878;QD=16.4353;RBI=0.0149902;REFB=-0.00497656;REVB=-0.014118;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146421;STB=0.582532;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00611425;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:18:11:18:16:18:11:18:16 chr8 77745635 . G A 194.16 PASS AF=0.320513;AO=27;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0997726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5681;QD=9.95693;RBI=0.103985;REFB=-0.0162504;REVB=-0.0292967;RO=51;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491537;STB=0.583541;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0303438;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:53:27:25:0.320513:17:10:21:30:17:8:23:30 chr8 77768390 . T G 425.71 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0165265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.757;QD=18.9206;RBI=0.0208564;REFB=-0.0287935;REVB=0.0127225;RO=45;SAF=21;SAR=22;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143635;STB=0.577547;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0254961;OID=.;OPOS=77768390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:47:43:43:0.477778:22:21:15:30:22:21:16:31 chr8 77777735 . C G 180.07 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00523678;FXX=0.0727141;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.938;QD=14.1233;RBI=0.0242346;REFB=-0.00122655;REVB=-0.0236621;RO=20;SAF=3;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370614;STB=0.794386;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00990781;OID=.;OPOS=77777735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:51:20:30:21:21:0.411765:18:3:9:11:18:3:17:13 chr8 77778119 . G T 101.17 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0135842;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.248;QD=7.63564;RBI=0.014253;REFB=-0.00248976;REVB=0.00431471;RO=38;SAF=2;SAR=12;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359222;STB=0.702784;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00750687;OID=.;OPOS=77778119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:38:39:14:14:0.264151:12:2:14:24:12:2:13:26 chr8 77895865 . A G 523.81 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206871;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.056;QD=59.8644;RBI=0.022662;REFB=0;REVB=0.00925265;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58039e-05;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr8 77912148 . G A 352.92 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.0771786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6272;QD=18.5745;RBI=0.0813318;REFB=-0.0185172;REVB=-0.025658;RO=39;SAF=12;SAR=25;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736158;STB=0.54088;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.017287;OID=.;OPOS=77912148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:25:12:10:29:25:12:10:29 chr8 77912230 . G T 114.03 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00410935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.969;QD=18.2453;RBI=0.0264028;REFB=0.00121252;REVB=-0.026081;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101714;STB=0.558193;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00231556;OID=.;OPOS=77912230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:5:7:6:7:5:7 chr8 79610710 . A G 736.11 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217982;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.905;QD=64.0091;RBI=0.0471503;REFB=0;REVB=0.0418089;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168496;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr8 80941997 . T C 228.28 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0440524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3454;QD=19.8501;RBI=0.0451592;REFB=-0.0180421;REVB=0.009937;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216178;STB=0.60779;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0165328;OID=.;OPOS=80941997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:22:23:0.5:10:12:7:16:11:12:7:16 chr8 80949457 . C T 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00649955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.581;QD=12.6191;RBI=0.0125172;REFB=-0.00806073;REVB=-0.0106975;RO=38;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616696;STB=0.535489;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0113496;OID=.;OPOS=80949457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:10:14:20:18:10:14:20:18 chr8 81116920 . G C 168.75 PASS AF=0.338462;AO=21;DP=63;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0275126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6744;QD=10.3847;RBI=0.0304569;REFB=0.0157617;REVB=-0.0130645;RO=42;SAF=10;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107861;STB=0.568183;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0336159;OID=.;OPOS=81116920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:42:43:21:22:0.338462:11:10:24:18:12:10:24:19 chr8 81884480 . G C 205.4 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0114259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.552;QD=23.474;RBI=0.0197476;REFB=-0.0141773;REVB=0.0161064;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414547;STB=0.523196;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0142323;OID=.;OPOS=81884480;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:13:7:6:9:13:7:6:9 chr8 82355621 . A G 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0480326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1922;QD=16.2687;RBI=0.0603418;REFB=-0.000569636;REVB=-0.0365239;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109898;STB=0.506321;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0036238;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:7:11:9:6:7:11 chr8 82357112 . T C 692.06 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.00303792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.153;QD=21.1315;RBI=0.00681893;REFB=-0.0127129;REVB=-0.00610482;RO=63;SAF=43;SAR=25;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181334;STB=0.599787;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0104236;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:63:68:68:0.519084:25:43:27:36:25:43:27:36 chr8 82633452 . C G 275.02 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0272579;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.631;QD=20.0014;RBI=0.0285349;REFB=-0.019016;REVB=-0.00844098;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266087;STB=0.506325;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0222044;OID=.;OPOS=82633452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:26:29:29:0.527273:13:16:13:12:13:16:14:12 chr8 85833168 . A G 264.38 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0075847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8742;QD=20.7354;RBI=0.052094;REFB=-0.0137036;REVB=-0.0515389;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197941;STB=0.605985;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0164218;OID=.;OPOS=85833168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:24:27:27:0.529412:14:13:16:6:14:13:17:7 chr8 85833439 . A G 443.62 PASS AF=0.66129;AO=41;DP=62;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00320642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.178;QD=28.6207;RBI=0.00325177;REFB=-0.0486526;REVB=-0.000541232;RO=21;SAF=16;SAR=25;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249048;STB=0.513551;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.016763;OID=.;OPOS=85833439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:21:41:41:0.66129:25:16:9:12:25:16:9:12 chr8 86126827 . C CAACATT 908.37 PASS AF=0.881579;AO=63;DP=76;FAO=67;FDP=76;FR=.;FRO=9;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0189268;FXX=0;HRUN=2;LEN=6;MLLD=294.979;QD=47.8092;RBI=0.020185;REFB=-0.0227084;REVB=0.00701489;RO=9;SAF=34;SAR=29;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022459;STB=0.509238;STBP=0.693;TYPE=ins;VARB=0.00178382;OID=.;OPOS=86126828;OREF=-;OALT=AACATT;OMAPALT=CAACATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.881579:63:76:67:76:9:35:32:4:5:41:9:34:29:4:5 chr8 86240815 . C G 658.08 PASS AF=0.458065;AO=71;DP=155;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.0355488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.713;QD=16.9826;RBI=0.0379559;REFB=-0.0133494;REVB=-0.0133014;RO=84;SAF=42;SAR=29;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113695;STB=0.563171;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0123655;OID=.;OPOS=86240815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:84:84:71:71:0.458065:29:42:40:44:29:42:40:44 chr8 86385657 . A G 153.83 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00275839;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.633;QD=15.3827;RBI=0.00346258;REFB=-0.00641035;REVB=-0.00209302;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623546;STB=0.536039;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00716304;OID=.;OPOS=86385657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:12:5:8:15:12:5:8:15 chr8 86389459 . G A 174.14 PASS AF=0.275862;AO=23;DP=86;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.070539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.27;QD=8.00626;RBI=0.0705748;REFB=-0.00585137;REVB=0.00224851;RO=62;SAF=6;SAR=17;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176226;STB=0.585501;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0148373;OID=.;OPOS=86389459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:62:63:23:24:0.275862:17:6:24:38:17:7:25:38 chr8 86747791 . C CA 53.92 PASS AF=0.777778;AO=4;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.818;QD=23.9662;RBI=0.00373839;REFB=-0.0729021;REVB=-0.00373839;RO=4;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0481602;OID=.;OPOS=86747792;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:4:9:7:9:2:0:7:0:2:10:4:0:4:0:4 chr8 87076520 . C A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00649384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.316;QD=14.8515;RBI=0.0100204;REFB=-0.017486;REVB=0.00763142;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813853;STB=0.546997;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0280867;OID=.;OPOS=87076520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:13:16:9:10:13:16 chr8 87229702 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0226502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.561;QD=15.2624;RBI=0.0226547;REFB=-0.00935588;REVB=0.000450945;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835315;STB=0.548314;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0138226;OID=.;OPOS=87229702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:10:6:6:7:10:6 chr8 87229739 . C T 157.47 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00374904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7151;QD=11.2476;RBI=0.00462208;REFB=-0.0099249;REVB=-0.00270339;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245656;STB=0.624883;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0185808;OID=.;OPOS=87229739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:19:20:0.357143:9:10:11:25:10:10:11:25 chr8 87241847 . G A 450.07 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.04287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8031;QD=18.9501;RBI=0.0796848;REFB=0.0152107;REVB=-0.0671701;RO=46;SAF=23;SAR=22;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109017;STB=0.547854;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0206231;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:50:45:45:0.473684:22:23:18:28:22:23:21:29 chr8 87474085 . A G 165.03 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00701152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6868;QD=14.045;RBI=0.013688;REFB=0.00638907;REVB=0.0117559;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409314;STB=0.523783;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00456592;OID=.;OPOS=87474085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:14:15:10:8:14:15 chr8 87479810 . C T 550.36 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00675257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6842;QD=21.5826;RBI=0.00944329;REFB=-0.00971952;REVB=-0.00660141;RO=47;SAF=23;SAR=32;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131435;STB=0.57222;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00962791;OID=.;OPOS=87479810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:55:55:0.539216:32:23:27:20:32:23:27:20 chr8 87480890 . C T 359.07 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0174753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6473;QD=18.1807;RBI=0.0353992;REFB=-0.0316094;REVB=-0.030785;RO=39;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153204;STB=0.572725;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0349693;OID=.;OPOS=87480890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:39:41:38:38:0.481013:22:16:23:16:22:16:23:18 chr8 87484669 . C T 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0185599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.941;QD=16.6257;RBI=0.0218475;REFB=-0.00824702;REVB=0.0115256;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412168;STB=0.523773;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0138138;OID=.;OPOS=87484669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:6:8:8:5:6:8 chr8 87489562 . AAC A 227.43 PASS AF=0.465753;AO=31;DP=69;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0215111;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=2;MLLD=272.347;QD=12.4617;RBI=0.0249949;REFB=-0.00717733;REVB=0.0127287;RO=26;SAF=7;SAR=24;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00581332;STB=0.592696;STBP=0.208;TYPE=del;VARB=0.00824921;OID=.;OPOS=87489563;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465753:31:69:34:73:39:7:27:13:26:99:26:7:24:6:20 chr8 87497176 . G A 198.6 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0328607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.06;QD=19.3756;RBI=0.0334082;REFB=-0.0215103;REVB=-0.00602348;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129649;STB=0.573694;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0262092;OID=.;OPOS=87497176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:14:6:9:12:14:6:9:12 chr8 87567193 . C T 230.33 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0976533;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5432;QD=13.9592;RBI=0.104944;REFB=0.0125061;REVB=-0.0384333;RO=39;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103909;STB=0.559493;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0224058;OID=.;OPOS=87567193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:19:8:15:24:19:8:15:24 chr8 87573317 . G A 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00952664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.524;QD=17.5879;RBI=0.0239765;REFB=-0.01192;REVB=-0.0220026;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165649;STB=0.509425;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0143133;OID=.;OPOS=87573317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:11:17:13:9:11:17 chr8 87588043 . C T 46.37 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0372355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7976;QD=9.76162;RBI=0.0375732;REFB=-0.00946856;REVB=0.00502623;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453553;STB=0.773931;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0167492;OID=.;OPOS=87588043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:9:3:5:2:9:3 chr8 87666251 . T G 885.4 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.077;QD=58.0591;RBI=0.029728;REFB=0;REVB=0.0230615;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19989e-05;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:30:31:0:0 chr8 87679303 . A C 1336.01 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8185;QD=60.0453;RBI=0.0330319;REFB=-0.146636;REVB=0.0286071;RO=2;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017225;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00625144;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:2:0:87:89:1:54:33:0:2:56:33:0:0 chr8 88622043 . T G 693.91 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173323;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.888;QD=63.0824;RBI=0.0806111;REFB=0;REVB=0.0787257;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742331;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr8 89081730 . T C 956.93 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0974788;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9488;QD=57.9959;RBI=0.100566;REFB=0;REVB=0.0247281;RO=0;SAF=17;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104144;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:49:17:0:0:49:17:0:0 chr8 90802491 . A G 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0498474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.884;QD=11.2145;RBI=0.049852;REFB=-0.00817753;REVB=-0.000679917;RO=33;SAF=4;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190405;STB=0.614305;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0126338;OID=.;OPOS=90802491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:12:4:13:20:12:4:13:20 chr8 90938629 . T C 372.25 PASS AF=0.426966;AO=27;DP=90;FAO=38;FDP=89;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=49;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.00310254;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.288;QD=16.7305;RBI=0.0294386;REFB=-0.0355376;REVB=0.0292747;RO=38;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221716;STB=0.625309;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0495409;OID=.;OPOS=90938629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:38:49:27:38:0.426966:16:11:8:30:17:21:16:33 chr8 90958422 . T C 267.7 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0239688;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.539;QD=15.9819;RBI=0.0383359;REFB=-0.0156191;REVB=0.0299188;RO=37;SAF=21;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272335;STB=0.654099;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.016023;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:9:21:16:21:9:21:16:21 chr8 90965673 . A AT,T 32.01 PASS AF=0.0957447,0;AO=11,12;DP=97;FAO=9,0;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0528003,0.0153902;FXX=0.0105252;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=12.3299,233.153;QD=1.36216;RBI=0.162851,0.022655;REFB=-0.0312027,-0.000810123;REVB=-0.154054,-0.016625;RO=73;SAF=2,1;SAR=9,11;SRF=45;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.506836,-0.629171;STB=0.892166,0.5;STBP=0.019,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0573632,0;OID=.,.;OPOS=90965674,90965673;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:97:94:73:85:11,12:9,0:0.0957447,0:9,11:2,1:45:28:8,0:1,0:47:38 chr8 90967711 . A G,T 920.87 PASS AF=0.969231,0.0307692;AO=61,3;DP=65;FAO=63,2;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=45,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795634,-0.0151437;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.292,105.199;QD=56.6686;RBI=0.0796852,0.029043;REFB=0,0;REVB=-0.00440459,-0.0247823;RO=1;SAF=17,1;SAR=44,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0269523,-0.266641;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00136796,0.08233;OID=.,.;OPOS=90967711,90967711;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:65:65:1:0:61,3:63,2:0.969231,0.0307692:44,2:17,1:1:0:45,1:18,1:0:0 chr8 90990479 . C G 594.85 PASS AF=0.41875;AO=67;DP=162;FAO=67;FDP=160;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=-0.0117422;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1616;QD=14.8713;RBI=0.0179168;REFB=-0.00227006;REVB=-0.0135326;RO=88;SAF=29;SAR=38;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193475;STB=0.60359;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000922082;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:88:93:67:67:0.41875:38:29:55:33:38:29:57:36 chr8 90995019 . C T 326.38 PASS AF=0.578947;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00593872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.839;QD=22.9038;RBI=0.0135209;REFB=-0.0240037;REVB=-0.0121468;RO=24;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887484;STB=0.541376;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0166394;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:24:32:33:0.578947:17:15:14:10:17:16:14:10 chr8 91940446 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00858246;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.017;QD=17.0333;RBI=0.0110495;REFB=-0.00821644;REVB=-0.00695933;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182845;STB=0.604282;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0072974;OID=.;OPOS=91940446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:14:8:10:8:14:8 chr8 91971072 . A ATTCT 116.32 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=33;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0232694;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=4;MLLD=285.246;QD=15.0094;RBI=0.0252093;REFB=-0.00888606;REVB=-0.00969765;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23251;STB=0.627723;STBP=0.224;TYPE=ins;VARB=0.00990814;OID=.;OPOS=91971073;OREF=-;OALT=TTCT;OMAPALT=ATTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:12:33:14:31:17:5:9:10:7:99:20:4:8:11:9 chr8 91990893 . G A 236.55 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0284071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9691;QD=15.77;RBI=0.061897;REFB=-0.048663;REVB=-0.0549934;RO=33;SAF=8;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282369;STB=0.660109;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0242104;OID=.;OPOS=91990893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:19:8:19:14:19:8:19:14 chr8 92083424 . A G 803.71 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0906901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3314;QD=54.4887;RBI=0.0946141;REFB=-0.0262627;REVB=0.0269655;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132859;STB=0.506847;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0018756;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:35:22:0:1:36:22:0:1 chr8 92136728 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.294;QD=58.2395;RBI=0.0253281;REFB=0;REVB=0.0248916;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52119e-05;OID=.;OPOS=92136728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr8 92971404 . GTTTTT GTTTT,GTTTTA 122.1 PASS AF=0.5,0.1;AO=12,3;DP=29;FAO=15,3;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8,3;FSAR=7,0;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.272622,-0.110822;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.5076,16.8086;QD=16.2794;RBI=0.293505,0.120464;REFB=-0.00330067,0.00819839;REVB=-0.108731,-0.047224;RO=12;SAF=6,3;SAR=6,0;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.292983,0.760258;STB=0.624232,0.997336;STBP=0.174,0.018;TYPE=del,snp;VARB=-0.0278939,-0.00806575;OID=.,.;OPOS=92971405,92971409;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTTTT,GTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.1:12,3:29:15,3:30:12:8,3:7,0:3:9:52:12:6,3:6,0:2:10 chr8 94744813 . C T 132.55 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0237106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8141;QD=15.1487;RBI=0.0379901;REFB=-0.0257504;REVB=-0.0296825;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324157;STB=0.698139;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0236378;OID=.;OPOS=94744813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:20:14:15:0.428571:4:10:8:12:4:11:8:12 chr8 94745050 . T C 137.83 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00160357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.485;QD=11.4854;RBI=0.0128455;REFB=-0.00803495;REVB=-0.012745;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26186;STB=0.663067;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0221737;OID=.;OPOS=94745050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:6:10:12:19:6:10:12:20 chr8 94745386 . G T 128.01 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0251041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6751;QD=20.4813;RBI=0.0690006;REFB=0.055937;REVB=-0.0642719;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284972;STB=0.662409;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0402655;OID=.;OPOS=94745386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:4:10:4:7:4:10:4:7 chr8 94746698 . G T 47.43 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0342987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.914;QD=10.5395;RBI=0.0354898;REFB=-0.0151397;REVB=-0.00911736;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219799;STB=0.613693;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0303097;OID=.;OPOS=94746698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:9:11:6:7:0.388889:2:4:4:5:2:5:6:5 chr8 94752754 . G A 180.87 PASS AF=0.263158;AO=24;DP=94;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0266298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.226;QD=7.61568;RBI=0.0272973;REFB=-0.00594875;REVB=0.00599996;RO=70;SAF=8;SAR=16;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176422;STB=0.617264;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0121475;OID=.;OPOS=94752754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:70:70:24:25:0.263158:16:8:33:37:17:8:33:37 chr8 94794620 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.743;QD=61.3358;RBI=0.0395922;REFB=0;REVB=0.0233347;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158457;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr8 94808165 . A G 973.52 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284059;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8736;QD=59.001;RBI=0.0304561;REFB=0;REVB=-0.0109855;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166414;OID=.;OPOS=94808165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:28:38:0:0 chr8 94827660 . A C 154.08 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0495419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.528;QD=14.3327;RBI=0.0506234;REFB=-0.00897609;REVB=-0.010408;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094611;STB=0.505488;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0152487;OID=.;OPOS=94827660;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:14:12:8:9:14:12 chr8 94935937 . T C 141.27 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0143848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.713;QD=21.7341;RBI=0.056796;REFB=0.01611;REVB=0.0549442;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232282;STB=0.6314;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0137372;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:7:4:10:5:7:4 chr8 94936532 . G C 263.63 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.018973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.331;QD=26.363;RBI=0.0190289;REFB=-0.0288171;REVB=0.00145783;RO=16;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17357;STB=0.596408;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0195894;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:16:8:9:7:16:8:9:7 chr8 95143172 . T G 228.81 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504376;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.962;QD=50.8468;RBI=0.0125943;REFB=0;REVB=0.0115402;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666047;OID=.;OPOS=95143172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr8 95143186 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.383;QD=51.1843;RBI=0.020916;REFB=0;REVB=-0.00483268;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104938;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr8 95158382 . C T 996.5 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.139;QD=58.6177;RBI=0.0386104;REFB=0;REVB=0.0358573;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93859e-05;OID=.;OPOS=95158382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:32:35:0:0:33:35:0:0 chr8 95186382 . G A 427.3 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0086549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.094;QD=16.9228;RBI=0.0495293;REFB=-0.00205433;REVB=0.0487672;RO=55;SAF=17;SAR=29;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122149;STB=0.568344;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0038013;OID=.;OPOS=95186382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:29:17:27:28:29:17:27:28 chr8 95188850 . T C 2555.35 PASS AF=0.988166;AO=167;DP=170;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.014635;FXX=0.00588201;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.716;QD=60.4817;RBI=0.0146545;REFB=-0.0969942;REVB=-0.000756451;RO=1;SAF=72;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656397;STB=0.50083;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=2.21598e-05;OID=.;OPOS=95188850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:169:1:2:167:167:0.988166:95:72:1:0:95:72:1:1 chr8 95416309 . T A 210.14 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.000472856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7989;QD=15.566;RBI=0.0211487;REFB=-0.0294121;REVB=0.0211434;RO=30;SAF=18;SAR=6;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10182;STB=0.558089;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0787818;OID=.;OPOS=95416309;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:6:18:20:10:6:18:20:10 chr8 95419698 . A G 468.54 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.00143108;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.485;QD=15.4889;RBI=0.0106946;REFB=-0.00512232;REVB=-0.0105984;RO=66;SAF=25;SAR=27;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118166;STB=0.567974;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00638534;OID=.;OPOS=95419698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:66:69:52:52:0.429752:27:25:24:42:27:25:25:44 chr8 95523359 . TTA T,TAA 33.41 PASS AF=0.140625,0;AO=8,3;DP=70;FAO=9,0;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=3,0;FSAR=6,0;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0579271,-0.0504702;FXX=0.0588149;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.6925,20.0585;QD=2.0881;RBI=0.0583735,0.0795039;REFB=-0.0239452,-0.0156533;REVB=0.00720482,0.0614299;RO=48;SAF=2,3;SAR=6,0;SRF=28;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.393594,0.441934;STB=0.693458,0.5;STBP=0.229,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0260998,0;OID=.,.;OPOS=95523360,95523360;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.140625,0:8,3:70:9,0:64:55:3,0:6,0:31:24:34:48:2,3:6,0:28:20 chr8 95541302 . A G 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0316486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0685;QD=20.7376;RBI=0.0500602;REFB=-0.0225154;REVB=0.0387865;RO=16;SAF=15;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357308;STB=0.704867;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.020697;OID=.;OPOS=95541302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:3:15:8:8:3:15:8:8 chr8 95541371 . T A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0100381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.66;QD=22.9082;RBI=0.0395916;REFB=-0.0246772;REVB=0.0382979;RO=16;SAF=17;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252143;STB=0.662164;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0169696;OID=.;OPOS=95541371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:4:17:9:7:4:17:9:8 chr8 95559092 . T C 315.5 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0231034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.316;QD=25.2401;RBI=0.098604;REFB=-0.0294252;REVB=-0.0958591;RO=22;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559648;STB=0.503103;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0171967;OID=.;OPOS=95559092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:10:18:14:8:10:18:14:8 chr8 95668231 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0154368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.477;QD=14.3348;RBI=0.0557957;REFB=-0.0216858;REVB=-0.0536178;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356048;STB=0.520685;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0270028;OID=.;OPOS=95668231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:6:11:16:10:6:11:16:10 chr8 95668315 . G T 182.9 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0376821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5116;QD=13.3015;RBI=0.0486988;REFB=0.011888;REVB=0.0308485;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801421;STB=0.557041;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0224629;OID=.;OPOS=95668315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:8:14:18:14:8:14:18:15 chr8 95680229 . C T 250.8 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00266641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5449;QD=12.2343;RBI=0.0202205;REFB=0.0261975;REVB=-0.0200439;RO=52;SAF=14;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015586;STB=0.508966;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.0432649;OID=.;OPOS=95680229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:16:14:25:27:16:14:25:27 chr8 95690579 . T C 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0110285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.613;QD=14.8958;RBI=0.0119357;REFB=-0.0299617;REVB=-0.00456424;RO=44;SAF=14;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133156;STB=0.575363;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0470283;OID=.;OPOS=95690579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:18:14:25:19:18:14:25:19 chr8 95719387 . A T 178.72 PASS AF=0.383333;AO=21;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0256822;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6723;QD=11.9148;RBI=0.025808;REFB=-0.0207196;REVB=0.0025454;RO=36;SAF=16;SAR=5;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462436;STB=0.709405;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0227298;OID=.;OPOS=95719387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:37:21:23:0.383333:5:16:12:24:7:16:13:24 chr8 95732283 . G C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0343259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.845;QD=11.919;RBI=0.03503;REFB=-0.0475347;REVB=-0.00698825;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757329;STB=0.54533;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0422729;OID=.;OPOS=95732283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:2:7:5:2:2:7 chr8 95802040 . AT A 76.49 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0689572;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.9889;QD=5.46367;RBI=0.069443;REFB=0.00667703;REVB=0.00820011;RO=39;SAF=4;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215517;STB=0.642666;STBP=0.175;TYPE=del;VARB=-0.0103061;OID=.;OPOS=95802041;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:16:58:16:56:40:4:12:17:23:76:39:4:12:16:23 chr8 95802044 . A G 123.74 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0110146;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.923;QD=8.68367;RBI=0.0110466;REFB=-0.0127743;REVB=-0.000839945;RO=38;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191816;STB=0.601242;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0269823;OID=.;OPOS=95802044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:40:17:17:0.298246:12:5:17:21:12:5:17:23 chr8 95802061 . A T 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0313631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.742;QD=12.229;RBI=0.0448268;REFB=-0.0235701;REVB=-0.0320281;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839477;STB=0.50485;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0240232;OID=.;OPOS=95802061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:13:9:15:21:13:9:15:21 chr8 95854688 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00418957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.912;QD=11.8302;RBI=0.00965044;REFB=-0.00180547;REVB=0.00869359;RO=18;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553037;STB=0.839586;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0108797;OID=.;OPOS=95854688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:10:1:9:9:10:1:9:9 chr8 95877787 . T C 377.88 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0137425;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.606;QD=21.2888;RBI=0.0137751;REFB=-0.0273188;REVB=0.000946593;RO=33;SAF=22;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799206;STB=0.544204;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0299275;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:33:33:38:38:0.535211:16:22:16:17:16:22:16:17 chr8 95938422 . C A 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00374124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.138;QD=16.8731;RBI=0.00445707;REFB=-0.0127515;REVB=-0.00242252;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318301;STB=0.680503;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0186744;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:7:19:8:12:7:19 chr8 95942244 . G A 216.7 PASS AF=0.52381;AO=20;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00180414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1357;QD=20.6378;RBI=0.00209888;REFB=-0.0609507;REVB=-0.00107256;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261066;STB=0.63605;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0458944;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:20:22:0.52381:8:12:6:14:9:13:6:14 chr8 96053782 . GCTC GC,GCTT 752.32 PASS AF=1,0;AO=48,3;DP=53;FAO=53,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124992,-0.0041754;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=245.05,212.107;QD=56.7788;RBI=0.0150975,0.00420342;REFB=0,0;REVB=0.0150457,0.000484511;RO=0;SAF=25,1;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=2.73179e-05,0;OID=.,.;OPOS=96053783,96053785;OREF=CT,C;OALT=-,T;OMAPALT=GC,GCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:48,3:53:53,0:53:0:28,0:25,0:0:0:4:0:25,1:23,2:0:0 chr8 97605800 . C T 408.87 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00110802;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.43;QD=22.4035;RBI=0.0175749;REFB=-0.0294407;REVB=0.0175399;RO=32;SAF=16;SAR=24;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824198;STB=0.553046;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0257779;OID=.;OPOS=97605800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:33:40:40:0.547945:24:16:16:16:24:16:17:16 chr8 97847358 . G T 1357.07 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0237289;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.2009;QD=59.003;RBI=0.036652;REFB=-0.0216613;REVB=-0.027934;RO=3;SAF=48;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127857;STB=0.50675;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.000684597;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:3:3:89:89:0.967391:41:48:1:2:41:48:1:2 chr8 98289986 . C T 959.24 PASS AF=0.575949;AO=91;DP=160;FAO=91;FDP=158;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0148538;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.173;QD=24.2846;RBI=0.0200153;REFB=-0.023333;REVB=-0.0134156;RO=67;SAF=38;SAR=53;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105809;STB=0.557569;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0158376;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:67:67:91:91:0.575949:53:38:37:30:53:38:37:30 chr8 98943446 . T C 450.83 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131856;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7547;QD=58.171;RBI=0.0315239;REFB=0;REVB=-0.0286338;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61139e-05;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr8 98954012 . T C 874.02 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0241;QD=57.3129;RBI=0.0376817;REFB=0;REVB=0.000494768;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148331;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:34:26:0:0:34:27:0:0 chr8 99039774 . C T 415.23 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00398609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.219;QD=15.2376;RBI=0.00409981;REFB=-0.0115837;REVB=-0.000958939;RO=59;SAF=30;SAR=17;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150317;STB=0.590322;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0139033;OID=.;OPOS=99039774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:62:47:47:0.431193:17:30:29:30:17:30:30:32 chr8 99205612 . C T 694.73 PASS AF=0.589286;AO=66;DP=112;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0110262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.46;QD=24.8118;RBI=0.0110515;REFB=-0.0156014;REVB=0.000747034;RO=46;SAF=36;SAR=30;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508195;STB=0.527679;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00892404;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:46:46:66:66:0.589286:30:36:22:24:30:36:22:24 chr8 99208190 . A C 183.84 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0160796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.083;QD=17.936;RBI=0.0550685;REFB=-0.0432741;REVB=0.0526687;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325711;STB=0.686443;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0238445;OID=.;OPOS=99208190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:5:14:9:13:5:14:9:13 chr8 99441904 . G C,T 1009.58 PASS AF=0.0289855,0.971014;AO=3,65;DP=68;FAO=2,67;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=2,39;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.001237,0.00823794;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.923,179.328;QD=58.5265;RBI=0.0230957,0.0253745;REFB=0,0;REVB=0.0230625,0.024;RO=0;SAF=3,37;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.99207e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0206325,0.000339759;OID=.,.;OPOS=99441904,99441904;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:68:69:0:0:3,65:2,67:0.0289855,0.971014:0,28:3,37:0:0:0,28:2,39:0:0 chr8 100133706 . T G 200.52 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0115171;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.125;QD=20.0521;RBI=0.0387287;REFB=-0.0368108;REVB=0.0369766;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138568;STB=0.578454;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0202697;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:20:20:20:0.5:13:7:10:10:13:7:10:10 chr8 100865836 . G A 72.19 PASS AF=0.277778;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.012893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.377;QD=8.02074;RBI=0.0239631;REFB=-0.0100675;REVB=-0.0201991;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526144;STB=0.517207;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0262453;OID=.;OPOS=100865836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:36:36:25:26:9:10:0.277778:4:5:14:11:4:6:15:11 chr8 100899793 . G A 131.29 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0754814;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.395;QD=9.90871;RBI=0.0763445;REFB=-0.0115727;REVB=0.0114473;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606771;STB=0.535921;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0218671;OID=.;OPOS=100899793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:36:36:17:17:0.320755:10:7:13:23:10:7:13:23 chr8 100975002 . A G 120.72 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00366811;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.406;QD=34.4923;RBI=0.0241056;REFB=-0.0740059;REVB=0.0238249;RO=2;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179011;STB=0.599828;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0011848;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:14:14:2:2:12:12:0.857143:8:4:2:0:8:4:2:0 chr8 101143384 . C G 55.84 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.04022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9867;QD=10.6356;RBI=0.0561117;REFB=0.0100422;REVB=-0.0391263;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.715586;STB=0.918352;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0104634;OID=.;OPOS=101143384;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:1:7:1:12:1:7:1:12 chr8 101153024 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.346;QD=57.8848;RBI=0.0332972;REFB=0;REVB=-0.0139308;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78879e-05;OID=.;OPOS=101153024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr8 101154066 . G A 339.95 PASS AF=0.630435;AO=28;DP=44;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0206176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.091;QD=29.5606;RBI=0.0228087;REFB=-0.0221591;REVB=-0.00975452;RO=16;SAF=15;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187596;STB=0.59429;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0140258;OID=.;OPOS=101154066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:16:17:28:29:0.630435:13:15:4:12:13:16:5:12 chr8 101157467 . T A 146.42 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00321725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.184;QD=16.7339;RBI=0.0145885;REFB=-0.011856;REVB=-0.0142294;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577034;STB=0.548326;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0144984;OID=.;OPOS=101157467;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:19:15:16:0.457143:8:7:10:9:9:7:10:9 chr8 101157818 . G C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.024741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.73;QD=19.1086;RBI=0.0289558;REFB=-0.0319207;REVB=0.0150439;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265094;STB=0.651856;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0228973;OID=.;OPOS=101157818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:1:5:4:5:1:5 chr8 101196929 . A G 357.74 PASS AF=0.463415;AO=35;DP=79;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00496201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.387;QD=17.4506;RBI=0.0148227;REFB=-0.0274516;REVB=0.0139675;RO=44;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253165;STB=0.508448;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0312286;OID=.;OPOS=101196929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:44:44:35:38:0.463415:19:16:19:25:21:17:19:25 chr8 101252680 . T C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00272655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.154;QD=14.4116;RBI=0.0109666;REFB=-0.00943512;REVB=-0.0106223;RO=27;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235907;STB=0.532127;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.015565;OID=.;OPOS=101252680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:5:13:19:8:5:13:19:9 chr8 101253184 . G A 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0159024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.569;QD=27.2513;RBI=0.0162609;REFB=-0.0297419;REVB=0.00339532;RO=18;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936646;STB=0.551686;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0193299;OID=.;OPOS=101253184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:14:13:11:7:14:13:11:7 chr8 101586133 . T C 198.14 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.00363994;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.949;QD=17.2297;RBI=0.0122379;REFB=-0.000220515;REVB=-0.011684;RO=26;SAF=3;SAR=17;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00740039;STB=0.504233;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.000185501;OID=.;OPOS=101586133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:17:3:4:22:17:3:4:22 chr8 101608919 . T C 201.51 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0438367;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1832;QD=20.6676;RBI=0.044058;REFB=-0.0193058;REVB=0.00440988;RO=17;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140662;STB=0.56362;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0124852;OID=.;OPOS=101608919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:19:19:20:0.512821:6:13:9:8:7:13:10:9 chr8 101648164 . C G 314.87 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0587765;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7404;QD=14.645;RBI=0.0591551;REFB=-0.00101812;REVB=0.00668182;RO=51;SAF=16;SAR=19;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141351;STB=0.508017;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00253005;OID=.;OPOS=101648164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:51:51:35:35:0.406977:19:16:24:27:19:16:24:27 chr8 101670026 . G T 112.86 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0269257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.266;QD=28.2159;RBI=0.0422571;REFB=-0.0338746;REVB=0.032568;RO=4;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376194;STB=0.716928;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0485001;OID=.;OPOS=101670026;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:11:1:2:2:11:1:2:2 chr8 101752155 . C T 285.01 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.03875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2865;QD=23.7509;RBI=0.0535067;REFB=-0.0326658;REVB=-0.0368972;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17124;STB=0.595742;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.029976;OID=.;OPOS=101752155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:18:8:11:11:18:8:11:11 chr8 101970394 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.147;QD=53.9111;RBI=0.0366509;REFB=0;REVB=-0.0249772;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49661e-05;OID=.;OPOS=101970394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr8 102209357 . A T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.486;QD=57.0005;RBI=0.0253852;REFB=0;REVB=-0.00904893;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4203e-05;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr8 102504974 . C G 255.69 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.479;QD=51.1385;RBI=0.0482447;REFB=0;REVB=0.0352666;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147054;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:15:4:0:0:16:4:0:0 chr8 103137663 . T C 1060.82 PASS AF=0.450199;AO=113;DP=251;FAO=113;FDP=251;FR=.;FRO=138;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=58;FSRR=80;FWDB=0.00463765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.956;QD=16.9055;RBI=0.0185274;REFB=-0.0047087;REVB=0.0179376;RO=138;SAF=66;SAR=47;SRF=58;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162214;STB=0.58985;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00458703;OID=.;OPOS=103137663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:138:138:113:113:0.450199:47:66:58:80:47:66:58:80 chr8 103137693 . T C 1048.61 PASS AF=0.441065;AO=112;DP=258;FAO=116;FDP=263;FR=.;FRO=147;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=67;FSRR=80;FWDB=-0.00222414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8848;QD=15.9485;RBI=0.00455521;REFB=-0.000918561;REVB=-0.00397532;RO=144;SAF=61;SAR=51;SRF=65;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094294;STB=0.548751;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00182502;OID=.;OPOS=103137693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:263:144:147:112:116:0.441065:51:61:65:79:53:63:67:80 chr8 103220280 . C T 78.66 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.000490819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.507;QD=9.25465;RBI=0.00233537;REFB=-0.00503005;REVB=0.00228321;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406483;STB=0.550468;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0304103;OID=.;OPOS=103220280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:34:34:23:23:10:11:0.323529:6:4:10:13:7:4:10:13 chr8 103572992 . C G 182.51 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.5858;QD=42.9435;RBI=0.058723;REFB=-0.0872955;REVB=0.0559987;RO=1;SAF=12;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036598;STB=0.519975;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0225819;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:4:12:1:0:4:12:1:0 chr8 103573001 . C G 42.73 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00448871;FXX=0.0713776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.677;QD=13.1462;RBI=0.00658141;REFB=-0.0470596;REVB=0.00481315;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280783;STB=0.69176;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0549272;OID=.;OPOS=103573001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:13:13:6:7:6:6:0.461538:3:3:5:1:3:3:6:1 chr8 103573006 . G A 53.93 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00206779;FXX=0.133244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.49;QD=16.5945;RBI=0.0853121;REFB=-0.038747;REVB=0.0852871;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168138;STB=0.627576;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0116246;OID=.;OPOS=103573006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:12:13:6:6:6:7:0.538462:2:4:5:1:3:4:5:1 chr8 104166902 . G C,GC 551.63 PASS AF=0,1;AO=2,41;DP=55;FAO=0,51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131216,0.205969;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=130.309,16.1744;QD=43.2653;RBI=0.03807,0.241441;REFB=0.0298427,0.0201021;REVB=-0.0357372,-0.125978;RO=10;SAF=2,20;SAR=0,21;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.542827,-0.0408731;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00685255;OID=.,.;OPOS=104166902,104166903;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:55:51:10:0:2,41:0,51:0,1:0,21:2,20:6:4:0,24:0,27:0:0 chr8 104312341 . A G 696.74 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0044558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.884;QD=52.5837;RBI=0.00478772;REFB=-0.119228;REVB=0.00175161;RO=1;SAF=33;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140577;STB=0.5147;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.000628455;OID=.;OPOS=104312341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:18:33:1:0:18:33:2:0 chr8 104337096 . A G 1584.95 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.97;QD=64.0383;RBI=0.0256356;REFB=0;REVB=-0.0135899;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97678e-05;OID=.;OPOS=104337096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:39:57:0:0:42:57:0:0 chr8 104337367 . A C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5121;QD=55.6538;RBI=0.0246739;REFB=0;REVB=0.0147499;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118183;OID=.;OPOS=104337367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr8 104343686 . G A 802.11 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0788308;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.11;QD=55.3177;RBI=0.0790951;REFB=-0.109189;REVB=0.00646093;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020053;STB=0.5098;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000757221;OID=.;OPOS=104343686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:55:57:0.982759:23:32:0:1:25:32:0:1 chr8 104343822 . A G 725.34 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.004;QD=61.7314;RBI=0.00624641;REFB=0;REVB=0.00237648;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12417e-05;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:32:14:0:0:33:14:0:0 chr8 104394744 . T C 2683.52 PASS AF=0.994318;AO=174;DP=178;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0300932;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4138;QD=60.989;RBI=0.0745335;REFB=-0.130299;REVB=0.0681883;RO=0;SAF=80;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502645;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0016047;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:178:176:0:1:174:175:0.994318:94:80:0:0:94:81:0:1 chr8 104934028 . G A 256.16 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0217107;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.457;QD=15.2933;RBI=0.0219302;REFB=-0.0108101;REVB=0.00309513;RO=35;SAF=6;SAR=22;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165726;STB=0.584683;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0127348;OID=.;OPOS=104934028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:35:38:28:29:0.432836:22:6:12:23:23:6:12:26 chr8 105027694 . TAAA TAA,TAAG 106.84 PASS AF=0.571429,0.428571;AO=3,2;DP=14;FAO=8,6;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339848,-0.00668349;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.1082,171.925;QD=30.5246;RBI=0.496239,0.0821134;REFB=-0.018357,-0.0287696;REVB=0.495074,0.0818409;RO=5;SAF=1,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0.306122,0;SSEP=0,0;SSSB=0.462295,0.78221;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0138478,0.00984798;OID=.,.;OPOS=105027695,105027697;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TAA,TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.571429,0.428571:3,2:14:8,6:14:0:1,6:7,0:0:0:37:5:1,2:2,0:0:5 chr8 105105846 . C T 293.81 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0358142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.646;QD=17.2831;RBI=0.035817;REFB=-0.00336582;REVB=0.000446392;RO=34;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558592;STB=0.545843;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00425209;OID=.;OPOS=105105846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:36:32:32:0.470588:17:15:18:16:17:15:20:16 chr8 105261725 . G A 278.39 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.037956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0252;QD=16.3757;RBI=0.0497746;REFB=0.0135893;REVB=-0.0322002;RO=37;SAF=19;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947997;STB=0.55996;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.0161534;OID=.;OPOS=105261725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:37:30:31:0.455882:11:19:20:17:11:20:20:17 chr8 105263979 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.953;QD=58.1421;RBI=0.0413675;REFB=0;REVB=0.0307668;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104403;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr8 105361095 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0203794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.244;QD=17.3781;RBI=0.067269;REFB=-0.0196573;REVB=-0.0641077;RO=10;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337697;STB=0.701294;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00301737;OID=.;OPOS=105361095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:10:1:3:7:10:1:3:7 chr8 105361354 . G C 319.25 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=14;FWDB=-0.0425675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.706;QD=13.442;RBI=0.0436319;REFB=-0.00843509;REVB=0.00957885;RO=58;SAF=16;SAR=20;SRF=45;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352033;STB=0.691515;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00779832;OID=.;OPOS=105361354;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:59:36:36:0.378947:20:16:45:13:20:16:45:14 chr8 105367121 . A G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00348528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.083;QD=14.6981;RBI=0.0143193;REFB=-0.00605139;REVB=0.0138886;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409559;STB=0.523779;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00770242;OID=.;OPOS=105367121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:5:11:15:8:5:11:15:8 chr8 105478933 . G A 491.73 PASS AF=0.546512;AO=46;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0681264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5051;QD=22.8713;RBI=0.098586;REFB=0.0109167;REVB=0.0712601;RO=39;SAF=26;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022595;STB=0.516609;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00753912;OID=.;OPOS=105478933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:46:47:0.546512:20:26:21:18:20:27:21:18 chr8 107754473 . G A 963.72 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8771;QD=57.5353;RBI=0.0434483;REFB=0;REVB=0.0363922;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00895539;OID=.;OPOS=107754473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:63:67:1:26:37:0:0:29:38:0:0 chr8 107764454 . GTG AGG,GG,GT,GTAG 553.46 PASS AF=0.0357143,0.785714,0.0535714,0.125;AO=3,2,3,5;DP=14;FAO=2,44,3,7;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19,1,2;FSAR=0,25,2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283126,0.01152,0.0089523,0.0126419;FXX=0;HRUN=2,1,1,0;LEN=2,1,1,1;MLLD=63.2988,147.968,143.047,48.0278;QD=39.5328;RBI=0.0197979,0.0706318,0.0741823,0.0169104;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0195945,0.069686,0.0736402,-0.0112315;RO=0;SAF=2,2,2,0;SAR=1,0,1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,ins;VARB=-0.00309448,0.0396477,0.00865042,0.0334804;OID=.,.,.,.;OPOS=107764454,107764455,107764456,107764456;OREF=GT,T,G,-;OALT=AG,-,-,A;OMAPALT=AGG,GG,GT,GTAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:33:14:56:0:0:3,2,3,5:2,44,3,7:0.0357143,0.785714,0.0535714,0.125:1,0,1,5:2,2,2,0:0:0:0,25,2,5:2,19,1,2:0:0 chr8 107764500 . AGC AG,TAG 179.06 PASS AF=0.452381,0;AO=17,2;DP=42;FAO=19,0;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9,0;FSAR=10,0;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.000748394,0.00353419;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=166.997,167.612;QD=17.0528;RBI=0.0270713,0.0256705;REFB=-0.00302451,-0.00235514;REVB=-0.0270609,-0.025426;RO=21;SAF=9,0;SAR=8,2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.187863,-0.442452;STB=0.593814,0.5;STBP=0.312,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00561989,0;OID=.,.;OPOS=107764502,107764500;OREF=C,AGC;OALT=-,TAG;OMAPALT=AG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:23:17,2:19,0:0.452381,0:8,2:9,0:7:14:10,0:9,0:7:16 chr8 108970367 . A G 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.108;QD=63.6146;RBI=0.00859697;REFB=0;REVB=0.00658981;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28966e-06;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:48:47:0:0:48:47:0:0 chr8 109455863 . C T 116.19 PASS AF=0.6;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0147044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.15;QD=23.2379;RBI=0.0408385;REFB=-0.0383745;REVB=0.0380994;RO=6;SAF=1;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123875;STB=0.5;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0203266;OID=.;OPOS=109455863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:20:20:6:6:11:12:0.6:10:1:1:5:10:2:1:5 chr8 110254895 . C A 2064.64 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.286;QD=62.565;RBI=0.0129552;REFB=0;REVB=0.0116261;RO=0;SAF=63;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00645e-06;OID=.;OPOS=110254895;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:69:63:0:0:69:63:0:0 chr8 110301998 . T C 379.49 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415555;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.558;QD=56.2206;RBI=0.0419164;REFB=0;REVB=-0.00548887;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289573;OID=.;OPOS=110301998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr8 110302047 . T G 450.78 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169071;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.139;QD=58.1646;RBI=0.0169341;REFB=0;REVB=0.000955939;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223302;OID=.;OPOS=110302047;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr8 110412519 . G A 1073.1 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00892636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1007;QD=58.0051;RBI=0.0291819;REFB=0.0665788;REVB=0.0277832;RO=1;SAF=21;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00936528;STB=0.504761;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.000610068;OID=.;OPOS=110412519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:74:1:1:71:73:0.986486:50:21:0:1:52:21:0:1 chr8 110413762 . T C 774.62 PASS AF=0.935484;AO=57;DP=63;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00667672;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.965;QD=49.9756;RBI=0.0507122;REFB=-0.0113333;REVB=0.0502707;RO=4;SAF=37;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200639;STB=0.528406;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000161293;OID=.;OPOS=110413762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:63:62:4:4:57:58:0.935484:20:37:2:2:20:38:1:3 chr8 110416813 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.626;QD=58.5998;RBI=0.0269093;REFB=0;REVB=-0.026481;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129068;OID=.;OPOS=110416813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr8 110420384 . T C 1030.59 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000568077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.336;QD=58.0616;RBI=0.0621449;REFB=-0.171972;REVB=0.0621423;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141118;STB=0.507461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000706855;OID=.;OPOS=110420384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:37:33:1:0:37:33:1:0 chr8 110420429 . A G 817.65 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0676;QD=57.3792;RBI=0.118174;REFB=0;REVB=0.0279361;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157186;OID=.;OPOS=110420429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:30:27:0:0 chr8 110437384 . A G 576.22 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0121837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.876;QD=56.2162;RBI=0.0428093;REFB=-0.167267;REVB=0.0410389;RO=2;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390161;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00631986;OID=.;OPOS=110437384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:2:1:38:40:0.97561:23:15:0:2:25:15:0:1 chr8 110455321 . C A 1668.71 PASS AF=1;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431565;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7759;QD=60.6804;RBI=0.0525271;REFB=0;REVB=0.0299435;RO=0;SAF=40;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389594;OID=.;OPOS=110455321;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:109:110:1:69:40:0:0:69:41:0:0 chr8 110460488 . G T 1308.94 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108228;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4702;QD=60.8808;RBI=0.0359677;REFB=-0.133722;REVB=0.0343008;RO=1;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126311;STB=0.506665;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00619781;OID=.;OPOS=110460488;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:85:85:0.988372:37:48:0:1:37:48:0:1 chr8 110465060 . G C 937.36 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.364;QD=58.585;RBI=0.0220902;REFB=0;REVB=0.0048768;RO=0;SAF=17;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48942e-05;OID=.;OPOS=110465060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:47:17:0:0:47:17:0:0 chr8 110476993 . A G 654.08 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870224;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4033;QD=60.8442;RBI=0.101052;REFB=0;REVB=0.0513673;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00349434;OID=.;OPOS=110476993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:42:43:1:29:13:1:0:29:14:0:0 chr8 110489620 . A T 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.528;QD=56.9933;RBI=0.0708404;REFB=0;REVB=0.00748343;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256139;OID=.;OPOS=110489620;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr8 110491840 . C G 727.6 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.027;QD=63.2691;RBI=0.0307665;REFB=0;REVB=0.00135944;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018796;OID=.;OPOS=110491840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:23:23:0:0 chr8 110505886 . C T 952.31 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.313;QD=58.6035;RBI=0.0636896;REFB=0;REVB=0.0516173;RO=0;SAF=45;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235374;OID=.;OPOS=110505886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:18:45:0:0:20:45:0:0 chr8 110534512 . G A 689.26 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8784;QD=62.6599;RBI=0.0168256;REFB=0;REVB=0.0167693;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153829;OID=.;OPOS=110534512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr8 110539186 . G A 1393.87 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235453;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.737;QD=61.2691;RBI=0.0250743;REFB=0.109669;REVB=0.00862222;RO=0;SAF=31;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.000592672;OID=.;OPOS=110539186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:0:1:89:90:0.989011:58:31:0:0:59:31:1:0 chr8 110542298 . C T 2090.74 PASS AF=0.89881;AO=146;DP=163;FAO=151;FDP=168;FR=.;FRO=17;FSAF=48;FSAR=103;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0024711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9379;QD=49.7795;RBI=0.0628606;REFB=0.00801475;REVB=0.062812;RO=16;SAF=49;SAR=97;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120754;STB=0.569051;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0147809;OID=.;OPOS=110542298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:163:168:16:17:146:151:0.89881:97:49:15:1:103:48:16:1 chr8 110542299 . C T 63.02 PASS AF=0.112426;AO=17;DP=168;FAO=19;FDP=169;FR=.;FRO=150;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=101;FWDB=-0.0274149;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8478;QD=1.49157;RBI=0.0274521;REFB=-0.00203841;REVB=-0.00142853;RO=148;SAF=14;SAR=3;SRF=48;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55286;STB=0.859873;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.104121;OID=.;OPOS=110542299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:168:169:148:150:17:19:0.112426:3:14:48:100:4:15:49:101 chr8 110542337 . T C 3119.86 PASS AF=0.995192;AO=203;DP=208;FAO=207;FDP=208;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189734;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.898;QD=59.9974;RBI=0.0870721;REFB=-0.141792;REVB=0.0849798;RO=3;SAF=74;SAR=129;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109469;STB=0.501887;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000364968;OID=.;OPOS=110542337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:208:3:1:203:207:0.995192:129:74:0:3:132:75:0:1 chr8 110542343 . G GA 1884.71 PASS AF=1;AO=154;DP=210;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000605567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.8897;QD=37.1371;RBI=0.184996;REFB=0;REVB=-0.184995;RO=38;SAF=58;SAR=96;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381191;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00147268;OID=.;OPOS=110542344;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:154:210:203:203:0:74:129:0:0:36:38:58:96:18:20 chr8 110657514 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.848;QD=60.9786;RBI=0.0362185;REFB=0;REVB=0.035497;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9469e-05;OID=.;OPOS=110657514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chr8 111946844 . G C 419.49 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138619;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7345;QD=57.861;RBI=0.0367226;REFB=0;REVB=0.0340058;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166257;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr8 113241088 . T G 742.33 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448636;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.557;QD=63.177;RBI=0.0467265;REFB=0;REVB=0.013062;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199295;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:20:27:0:0 chr8 113364696 . A G 119.22 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0938212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0406;QD=13.625;RBI=0.122836;REFB=-0.0448984;REVB=0.0792856;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12693;STB=0.574359;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0737124;OID=.;OPOS=113364696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:10:11:9:5:10:11 chr8 113516209 . G A 588.23 PASS AF=1;AO=23;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269016;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.857;QD=60.3317;RBI=0.0305896;REFB=0;REVB=0.0145611;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.99415e-05;OID=.;OPOS=113516209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:23:39:1:18:5:0:0:31:8:0:0 chr8 113655752 . T C 389.47 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0214165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.884;QD=13.2023;RBI=0.0221082;REFB=-0.00213256;REVB=-0.00548684;RO=70;SAF=20;SAR=26;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115193;STB=0.565189;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00309809;OID=.;OPOS=113655752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:70:72:46:46:0.389831:26:20:38:32:26:20:39:33 chr8 113668456 . G A 243.63 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0335958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.489;QD=17.7185;RBI=0.0486686;REFB=-0.0151223;REVB=-0.035213;RO=26;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490108;STB=0.546524;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0250134;OID=.;OPOS=113668456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:28:27:27:0.490909:12:15:13:13:12:15:13:15 chr8 114186003 . T C 271.19 PASS AF=0.359551;AO=31;DP=88;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0135811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.79;QD=12.1884;RBI=0.0139139;REFB=-0.0130065;REVB=0.00302485;RO=57;SAF=19;SAR=12;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994866;STB=0.543995;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0200978;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:57:57:31:32:0.359551:12:19:30:27:13:19:30:27 chr8 116423424 . T C 539.92 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0160067;FXX=0.0487686;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.255;QD=55.3767;RBI=0.0207807;REFB=0.0453016;REVB=0.0132523;RO=2;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445524;STB=0.523797;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.000157341;OID=.;OPOS=116423424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:40:39:2:2:37:37:0.948718:20:17:0:2:20:17:0:2 chr8 116423490 . A T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.704;QD=60.2307;RBI=0.0532881;REFB=0;REVB=0.0508128;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291249;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr8 116424270 . A AC,C 433.37 PASS AF=0.939394,0.030303;AO=20,8;DP=34;FAO=31,1;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20,0;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00690674,0.0191892;FXX=0.0294031;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=206.684,199.593;QD=52.5293;RBI=0.0133585,0.0245953;REFB=-0.0378978,-0.0911564;REVB=0.0114345,0.0153851;RO=2;SAF=11,5;SAR=9,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0918973,0.218484;STB=0.521725,0.5;STBP=0.275,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00339269,0.00020466;OID=.,.;OPOS=116424271,116424270;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:34:33:2:1:20,8:31,1:0.939394,0.030303:9,3:11,5:0:2:11,1:20,0:0:1 chr8 117035009 . C T 345.13 PASS AF=0.375;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0264134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.34;QD=12.3259;RBI=0.0268129;REFB=-0.0263537;REVB=-0.00461164;RO=67;SAF=14;SAR=28;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271098;STB=0.65053;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0347479;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:70:42:42:0.375:28:14:39:28:28:14:40:30 chr8 117791733 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.824;QD=58.1418;RBI=0.0604399;REFB=0;REVB=0.0594712;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423775;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr8 117858350 . G A 304.18 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00639973;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.745;QD=14.6593;RBI=0.00700493;REFB=-0.00100525;REVB=-0.00284824;RO=47;SAF=24;SAR=10;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354422;STB=0.710737;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00128171;OID=.;OPOS=117858350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:49:34:34:0.409639:10:24:17:30:10:24:17:32 chr8 117858389 . G A 379.61 PASS AF=0.43956;AO=39;DP=90;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0149383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.601;QD=16.6863;RBI=0.0320046;REFB=-0.00374887;REVB=-0.0283044;RO=51;SAF=26;SAR=13;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24179;STB=0.640245;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00403738;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:51:51:39:40:0.43956:13:26:22:29:13:27:22:29 chr8 117858445 . A T 417.75 PASS AF=0.506024;AO=41;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0163361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.633;QD=20.1326;RBI=0.0184112;REFB=-0.0354521;REVB=-0.00849154;RO=41;SAF=28;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208123;STB=0.604991;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0312921;OID=.;OPOS=117858445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:41:42:0.506024:13:28:19:22:14:28:19:22 chr8 117887130 . T C 316.57 PASS AF=0.717949;AO=19;DP=34;FAO=28;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00153032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.409;QD=32.4691;RBI=0.0176406;REFB=-0.00514695;REVB=0.0175741;RO=8;SAF=0;SAR=19;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.842249;STB=0.760299;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0139018;OID=.;OPOS=117887130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:34:39:8:10:19:28:0.717949:19:0:3:5:27:1:3:7 chr8 117950768 . G C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00506494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=378.508;QD=19.134;RBI=0.0101722;REFB=0.00893085;REVB=0.00882158;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00348532;OID=.;OPOS=117950768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr8 118030465 . C G 138.27 PASS AF=0.736842;AO=13;DP=18;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0498733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.034;QD=29.1088;RBI=0.0636728;REFB=-0.0381115;REVB=0.0395839;RO=5;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523783;STB=0.535662;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0130807;OID=.;OPOS=118030465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:19:5:5:13:14:0.736842:9:4:2:3:10:4:2:3 chr8 118184783 . C T 200.92 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0101041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.09;QD=15.1635;RBI=0.0120115;REFB=-0.00550408;REVB=-0.0064948;RO=30;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904492;STB=0.50515;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0077952;OID=.;OPOS=118184783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:9:14:18:12:9:14:18:12 chr8 118819578 . C T 146.88 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0152226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.209;QD=13.3527;RBI=0.0165034;REFB=-0.00660868;REVB=0.0063746;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111959;STB=0.535774;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0120927;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:27:16:17:0.386364:11:5:11:16:11:6:11:16 chr8 119391791 . T C 309.26 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00217344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5417;QD=16.0655;RBI=0.0289926;REFB=-0.0089923;REVB=0.028911;RO=43;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11579;STB=0.565179;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00939998;OID=.;OPOS=119391791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:15:19:19:24:15:19:19:24 chr8 119964052 . G C 2896.56 PASS AF=1;AO=184;DP=186;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867712;FXX=0.0160419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.252;QD=62.9687;RBI=0.0314159;REFB=-0.107974;REVB=0.0301938;RO=1;SAF=101;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004691;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797094;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:184:1:0:184:184:1:83:101:1:0:83:101:0:0 chr8 120596023 . A G 501.54 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.359;QD=59.005;RBI=0.0482917;REFB=0;REVB=-0.00705242;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4441e-05;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:16:18:0:0 chr8 120628514 . TC T 39.76 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0748103;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.7334;QD=4.18565;RBI=0.0890935;REFB=-0.044562;REVB=0.0483847;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18379;STB=0.61685;STBP=0.375;TYPE=del;VARB=0.0935878;OID=.;OPOS=120628515;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:12:39:12:38:26:4:8:5:21:39:25:4:8:5:20 chr8 120724209 . T C 508.27 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0386775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.684;QD=20.7457;RBI=0.0394993;REFB=-0.00894268;REVB=0.00801523;RO=48;SAF=19;SAR=30;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270327;STB=0.51069;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00891328;OID=.;OPOS=120724209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:49:49:49:0.5:30:19:20:28:30:19:20:29 chr8 120790304 . T C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0255312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.495;QD=11.0859;RBI=0.0258669;REFB=-0.0128178;REVB=-0.00415345;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39805;STB=0.73251;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0205438;OID=.;OPOS=120790304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:19:6:8:5:19:6 chr8 120803637 . C G 305.26 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00119183;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6367;QD=14.8907;RBI=0.0124358;REFB=-0.025664;REVB=-0.0123786;RO=46;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143718;STB=0.505033;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0384856;OID=.;OPOS=120803637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:48:34:34:0.414634:18:16:21:25:18:16:23:25 chr8 120847078 . C G 86.64 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00638758;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.083;QD=11.5521;RBI=0.0199654;REFB=-0.0234831;REVB=-0.0189161;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933329;STB=0.555457;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0338435;OID=.;OPOS=120847078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:7:12:6:5:7:12 chr8 120847123 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.000792267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.687;QD=15.1964;RBI=0.00115286;REFB=-0.0127609;REVB=-0.000837499;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216564;STB=0.5999;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0169919;OID=.;OPOS=120847123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:6:12:21:4:6:12:21:5 chr8 120847188 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.000397587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.596;QD=16.6185;RBI=0.00826488;REFB=-0.0226274;REVB=-0.00825531;RO=27;SAF=17;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426443;STB=0.517376;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0271181;OID=.;OPOS=120847188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:6:17:19:8:6:17:20:8 chr8 120903471 . C CA,CTA 1575.26 PASS AF=1,0;AO=84,14;DP=116;FAO=106,0;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60,0;FSAR=46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518413,0.0270235;FXX=0.0185168;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=170.546,133.254;QD=59.4438;RBI=0.0641412,0.0376745;REFB=0,0;REVB=0.03777,0.0262507;RO=9;SAF=44,13;SAR=40,1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.067072,0.0932553;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000316164,0;OID=.,.;OPOS=120903472,120903472;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:84,14:116:106,0:106:0:60,0:46,0:0:0:9:9:44,13:40,1:8:1 chr8 121013770 . A G 259.78 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0161787;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.331;QD=30.5625;RBI=0.0301714;REFB=-0.00484565;REVB=0.0254669;RO=11;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176713;STB=0.596819;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0037079;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:34:11:11:23:23:0.676471:12:11:2:9:12:11:2:9 chr8 121061879 . G A 391.6 PASS AF=0.396552;AO=44;DP=114;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.00325559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.396;QD=13.5035;RBI=0.0278922;REFB=-0.0224699;REVB=0.0277015;RO=68;SAF=16;SAR=28;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546396;STB=0.533966;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.036637;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:68:70:44:46:0.396552:28:16:28:40:30:16:28:42 chr8 121210069 . T C 198.64 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0500354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8047;QD=19.38;RBI=0.0504176;REFB=-0.0436447;REVB=0.00619625;RO=21;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261478;STB=0.649833;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0400561;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:16:4:9:12:16:4:9:12 chr8 121215991 . T C 415.03 PASS AF=0.488372;AO=41;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0210492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.199;QD=19.3036;RBI=0.0210998;REFB=-0.0195537;REVB=0.00146092;RO=43;SAF=23;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151618;STB=0.594015;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0184879;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:44:41:42:0.488372:18:23:17:26:18:24:17:27 chr8 121228679 . A C 581.66 PASS AF=0.401198;AO=67;DP=167;FAO=67;FDP=167;FR=.;FRO=100;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.0549969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1748;QD=13.9319;RBI=0.0758968;REFB=-0.00871076;REVB=0.0523036;RO=100;SAF=34;SAR=33;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346578;STB=0.519493;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.014471;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:100:100:67:67:0.401198:33:34:54:46:33:34:54:46 chr8 121256150 . T C 203.08 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0749468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9137;QD=21.9546;RBI=0.192408;REFB=-0.0103965;REVB=-0.177212;RO=17;SAF=16;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324028;STB=0.684006;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00275255;OID=.;OPOS=121256150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:4:16:8:9:4:16:8:9 chr8 121259861 . CG CA,C 921.37 PASS AF=0.503876,0.317829;AO=55,23;DP=133;FAO=65,41;FDP=129;FR=.;FRO=23;FSAF=34,17;FSAR=31,24;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.00453956,-0.0528792;FXX=0.0300729;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=169.707,8.39623;QD=28.5695;RBI=0.00890478,0.210303;REFB=-0.0239719,-0.056051;REVB=-0.00766077,-0.203546;RO=20;SAF=27,8;SAR=28,15;SRF=19;SRR=1;SSEN=0,0.450091;SSEP=0,0;SSSB=-0.227377,-0.470924;STB=0.591492,0.659169;STBP=0.005,0.001;TYPE=snp,del;VARB=0.0211375,0.00854068;OID=.,.;OPOS=121259862,121259862;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.503876,0.317829:55,23:133:65,41:129:23:34,17:31,24:20:3:99:20:27,8:28,15:19:1 chr8 121383048 . T C 374.43 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00437275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7154;QD=49.9233;RBI=0.0152453;REFB=-0.00494395;REVB=0.0146047;RO=1;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206934;STB=0.521724;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00337236;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:28:28:0.933333:22:6:0:1:22:6:0:2 chr8 121530190 . A G 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.614;QD=64.4106;RBI=0.0520679;REFB=0;REVB=0.0152567;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010988;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr8 121550388 . A G 156.05 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0171406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.995;QD=15.2244;RBI=0.0198503;REFB=-0.0144216;REVB=-0.0100116;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00767178;STB=0.517221;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0254119;OID=.;OPOS=121550388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:8:9:12:11:8:9:12:12 chr8 121644825 . C T 400.25 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.011188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.649;QD=18.6161;RBI=0.0204272;REFB=-0.020055;REVB=-0.0170908;RO=45;SAF=24;SAR=17;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331682;STB=0.683378;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0259177;OID=.;OPOS=121644825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:17:24:10:35:17:24:10:35 chr8 123964431 . G A 102.34 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0178046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.471;QD=17.0568;RBI=0.0283819;REFB=0.0123674;REVB=0.0221028;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301131;STB=0.54831;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00923415;OID=.;OPOS=123964431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:24:24:10:12:12:12:0.5:8:4:3:7:8:4:3:9 chr8 123964953 . C T 253.34 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0147844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7146;QD=21.561;RBI=0.0152633;REFB=-0.00909296;REVB=-0.00379355;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109969;STB=0.561355;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00800245;OID=.;OPOS=123964953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:6:17:15:9:6:17 chr8 124027628 . T C 233.51 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0176586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.306;QD=16.9822;RBI=0.0259816;REFB=-0.0104665;REVB=0.0190583;RO=27;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162518;STB=0.575787;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00748517;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:29:26:26:0.472727:17:9:14:13:17:9:14:15 chr8 124169554 . G A 1602.89 PASS AF=0.948718;AO=111;DP=117;FAO=111;FDP=117;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0089308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.241;QD=54.7995;RBI=0.0100106;REFB=-0.00222023;REVB=0.00452252;RO=6;SAF=65;SAR=46;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041618;STB=0.521961;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=1.49602e-06;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:117:117:6:6:111:111:0.948718:46:65:1:5:46:65:1:5 chr8 124195140 . A G 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0130408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4632;QD=12.9406;RBI=0.0581734;REFB=-0.00139766;REVB=-0.0566928;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371566;STB=0.521711;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000502611;OID=.;OPOS=124195140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:4:11:19:6:4:11:19:6 chr8 124221800 . G A 214.89 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0174348;FXX=0.0344788;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.702;QD=10.233;RBI=0.0319409;REFB=-0.00890527;REVB=-0.0267629;RO=56;SAF=14;SAR=12;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811327;STB=0.571379;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0165517;OID=.;OPOS=124221800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:26:28:0.333333:12:14:34:22:14:14:34:22 chr8 124525483 . C T 580.32 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00548148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9731;QD=22.7578;RBI=0.0064738;REFB=-0.00927325;REVB=-0.00344433;RO=45;SAF=25;SAR=32;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872392;STB=0.547687;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00785117;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:45:57:57:0.558824:32:25:15:30:32:25:15:30 chr8 124664130 . C T 1051.95 PASS AF=0.948718;AO=73;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0632673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4128;QD=53.9461;RBI=0.0632698;REFB=-0.245114;REVB=0.000565433;RO=1;SAF=44;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106301;STB=0.521271;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0139677;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:78:78:1:4:73:74:0.948718:29:44:1:0:29:45:4:0 chr8 124664167 . T C 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0077729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.51;QD=59.833;RBI=0.0241098;REFB=0;REVB=0.0228225;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95989e-05;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:45:57:0:0:45:57:0:0 chr8 124664792 . C T 801.69 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000690609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.705;QD=57.2639;RBI=0.0151081;REFB=0;REVB=-0.0150923;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54988e-05;OID=.;OPOS=124664792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:28:28:0:0 chr8 124664873 . AT GC 767.69 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775236;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.832;QD=56.8657;RBI=0.010585;REFB=0;REVB=0.0072072;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00947998;OID=.;OPOS=124664873;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:52:54:1:22:30:0:0:24:30:0:0 chr8 124749610 . C T 692.59 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9707;QD=61.5636;RBI=0.0503137;REFB=0;REVB=0.0405512;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673947;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:42:45:1:19:23:0:0:22:23:0:0 chr8 124824826 . G A 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.78;QD=61.5351;RBI=0.0195118;REFB=0;REVB=0.0114319;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011488;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr8 124987478 . T C 347.62 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0144897;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.542;QD=16.9569;RBI=0.0298211;REFB=-0.00250848;REVB=0.0260642;RO=45;SAF=17;SAR=20;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158184;STB=0.588573;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00297048;OID=.;OPOS=124987478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:20:17:28:17:20:17:28:17 chr8 125061895 . G A 738.55 PASS AF=0.484472;AO=72;DP=155;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.0271207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.132;QD=18.349;RBI=0.0276669;REFB=-0.0240371;REVB=0.00547051;RO=83;SAF=33;SAR=39;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924476;STB=0.534512;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0232058;OID=.;OPOS=125061895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:161:83:83:72:78:0.484472:39:33:46:37:40:38:46:37 chr8 125072426 . T C 223.1 PASS AF=0.478261;AO=18;DP=42;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.013225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.842;QD=19.3995;RBI=0.0430313;REFB=-0.0267699;REVB=0.0409486;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662078;STB=0.509041;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0347516;OID=.;OPOS=125072426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:24:24:18:22:0.478261:5:13:16:8:7:15:16:8 chr8 125076589 . T G 603.06 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0489948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7219;QD=23.8834;RBI=0.0573841;REFB=-0.0395644;REVB=0.0298737;RO=39;SAF=33;SAR=25;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797895;STB=0.524706;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0391393;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:39:43:58:58:0.574257:25:33:18:21:25:33:22:21 chr8 125107201 . G A 359.59 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0134457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.74;QD=17.3296;RBI=0.0224922;REFB=0.00449614;REVB=0.0180309;RO=45;SAF=23;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135704;STB=0.576067;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00403397;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:15:23:21:24:15:23:21:24 chr8 125107207 . C T 379.25 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0112986;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.911;QD=18.9623;RBI=0.0213243;REFB=0.00732598;REVB=-0.018085;RO=40;SAF=23;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127972;STB=0.577552;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.0166113;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:40:41:39:39:0.4875:16:23:18:22:16:23:18:23 chr8 125272972 . T A 453.8 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0164996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.516;QD=55.0065;RBI=0.0269024;REFB=-0.0720691;REVB=0.0212486;RO=1;SAF=11;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405505;STB=0.521725;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00476393;OID=.;OPOS=125272972;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:21:11:1:0:21:11:1:0 chr8 125463250 . T C 248.22 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.000308181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.058;QD=16.2766;RBI=0.0244558;REFB=-0.00203296;REVB=-0.0244538;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158266;STB=0.588736;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00293093;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:15:13:10:23:15:13:10:23 chr8 125463435 . C G 421.52 PASS AF=0.60274;AO=40;DP=68;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00801858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.549;QD=23.0969;RBI=0.011845;REFB=-0.00526396;REVB=0.00871821;RO=28;SAF=22;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162753;STB=0.534231;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00472722;OID=.;OPOS=125463435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:73:28:29:40:44:0.60274:18:22:16:12:22:22:17:12 chr8 125498547 . C T 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0406091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.17;QD=15.6496;RBI=0.0542693;REFB=-0.0200523;REVB=-0.0360008;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570481;STB=0.532831;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0153307;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:8:13:9:7:8:13 chr8 125499363 . G A 255.79 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00283635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.026;QD=13.2877;RBI=0.00688924;REFB=-0.00643659;REVB=-0.00627828;RO=46;SAF=19;SAR=11;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052;STB=0.537874;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00842929;OID=.;OPOS=125499363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:47:30:30:0.38961:11:19:27:19:11:19:27:20 chr8 125528135 . G A 257.93 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0567166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6129;QD=18.4234;RBI=0.0605044;REFB=-0.00698846;REVB=-0.0210717;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129449;STB=0.572486;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00592336;OID=.;OPOS=125528135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:11:17:13:15:11:17:13:15 chr8 125579973 . C T 352.63 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0528068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.569;QD=28.7863;RBI=0.0543114;REFB=-0.0398909;REVB=-0.0126956;RO=19;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315339;STB=0.508469;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.023584;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:29:30:0.612245:18:11:8:11:18:12:8:11 chr8 125579990 . C T 321.75 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.014471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0207;QD=23.8334;RBI=0.0476359;REFB=0.0040071;REVB=-0.0453847;RO=22;SAF=12;SAR=20;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898922;STB=0.504947;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00464643;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:20:12:8:14:20:12:8:14 chr8 125740204 . G A 453.64 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.000771891;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0237;QD=24.8572;RBI=0.032836;REFB=-0.0416102;REVB=0.0328269;RO=30;SAF=26;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202955;STB=0.61113;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0325769;OID=.;OPOS=125740204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:30:30:43:43:0.589041:17:26:10:20:17:26:10:20 chr8 125989698 . C T 189.24 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0151307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.987;QD=21.0271;RBI=0.0289935;REFB=-0.0310673;REVB=0.0247323;RO=14;SAF=5;SAR=13;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637858;STB=0.555501;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0310815;OID=.;OPOS=125989698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:14:17:18:19:0.527778:13:5:3:11:14:5:3:14 chr8 126012245 . A C 215.66 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.000449916;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.13;QD=14.6207;RBI=0.00770651;REFB=0.0067571;REVB=-0.00769337;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19703;STB=0.602865;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00579312;OID=.;OPOS=126012245;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:34:25:25:0.423729:15:10:7:25:15:10:8:26 chr8 126033096 . T C 557.27 PASS AF=0.487395;AO=57;DP=118;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00223039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.106;QD=18.7317;RBI=0.0164017;REFB=-0.0295205;REVB=-0.0162494;RO=61;SAF=34;SAR=23;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219018;STB=0.515784;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0301477;OID=.;OPOS=126033096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:61:61:57:58:0.487395:23:34:35:26:23:35:35:26 chr8 126034052 . C T 294.2 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0279479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.77;QD=17.5639;RBI=0.0287065;REFB=-0.00755327;REVB=0.00655584;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241659;STB=0.504741;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00603165;OID=.;OPOS=126034052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:18:14:14:20:18:14:15:20 chr8 126071452 . T C 304.38 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00614824;FXX=0.0119033;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.072;QD=14.6687;RBI=0.0215157;REFB=-0.0107717;REVB=-0.0206186;RO=44;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134259;STB=0.594004;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00828662;OID=.;OPOS=126071452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:83:44:49:34:34:0.409639:14:20:20:24:14:20:21:28 chr8 126091094 . T C 527.22 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00214763;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.858;QD=18.6626;RBI=0.0075724;REFB=0.0017635;REVB=-0.00726147;RO=56;SAF=29;SAR=26;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898215;STB=0.54926;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00123272;OID=.;OPOS=126091094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:58:55:55:0.486726:26:29:24:32:26:29:25:33 chr8 126095503 . G A 74.25 PASS AF=0.344828;AO=11;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00414314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.949;QD=10.2407;RBI=0.0170418;REFB=-0.00119854;REVB=-0.0165305;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431518;STB=0.737945;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0041919;OID=.;OPOS=126095503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:11:10:0.344828:9:2:10:8:8:2:10:9 chr8 126142476 . G C 1003.74 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0876422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0491;QD=57.3564;RBI=0.0912892;REFB=0;REVB=0.0255453;RO=2;SAF=30;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676315;OID=.;OPOS=126142476;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:70:2:0:67:70:1:37:30:2:0:37:33:0:0 chr8 126283111 . G T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00702025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.4;QD=12.1823;RBI=0.0230435;REFB=-0.0106226;REVB=-0.0219481;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20027;STB=0.618812;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00917948;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:6:9:4:6:6:9 chr8 127565184 . A G 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0306115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.176;QD=22.7214;RBI=0.0314054;REFB=-0.0184065;REVB=-0.00701683;RO=23;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816014;STB=0.544984;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0159579;OID=.;OPOS=127565184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:14:17:15:8:14:17:15:8 chr8 127683774 . G T 169.23 PASS AF=0.425;AO=12;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0295037;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.908;QD=16.923;RBI=0.0330197;REFB=-0.0146635;REVB=0.0148267;RO=21;SAF=11;SAR=1;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490545;STB=0.506571;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0335412;OID=.;OPOS=127683774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:22:12:17:0.425:1:11:13:8:6:11:14:8 chr8 127683850 . T C 1106.54 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00548131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.783;QD=58.239;RBI=0.04609;REFB=-0.01149;REVB=0.045763;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.508195;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000343783;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:74:75:0.986842:30:44:0:0:30:45:0:1 chr8 128428638 . G A 1002.49 PASS AF=0.497462;AO=98;DP=197;FAO=98;FDP=197;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=0.0137629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.33;QD=20.3551;RBI=0.0162179;REFB=-0.0101779;REVB=-0.00857925;RO=99;SAF=35;SAR=63;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112673;STB=0.562059;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0106328;OID=.;OPOS=128428638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:99:99:98:98:0.497462:63:35:47:52:63:35:47:52 chr8 128428795 . G A 223.04 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0285951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5524;QD=12.5658;RBI=0.0596436;REFB=-0.0158523;REVB=-0.052342;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221038;STB=0.630712;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0207931;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:43:44:27:27:0.380282:14:13:12:31:14:13:12:32 chr8 128428823 . G C 227.05 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.00318902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.897;QD=13.555;RBI=0.00377851;REFB=0.00302015;REVB=0.00202664;RO=40;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323243;STB=0.682905;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00436721;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:11:16:11:29:11:16:11:29 chr8 128429262 . G C 206.98 PASS AF=0.95;AO=17;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.263588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1326;QD=41.3954;RBI=0.263592;REFB=-0.176887;REVB=-0.00151587;RO=2;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130187;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0261606;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:2:1:17:19:0.95:11:6:2:0:11:8:0:1 chr8 128429510 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9771;QD=51.184;RBI=0.165899;REFB=0;REVB=0.165798;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00406003;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr8 128429519 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.636;QD=52.6132;RBI=0.023194;REFB=0;REVB=-0.00173504;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311111;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr8 128429660 . T C 726.7 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0115261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8162;QD=52.8506;RBI=0.0159458;REFB=0.0124674;REVB=-0.0110189;RO=2;SAF=20;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447913;STB=0.522719;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.000692172;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:55:2:2:52:53:0.963636:32:20:2:0:32:21:2:0 chr8 128429721 . T C 393.01 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.526;QD=56.1442;RBI=0.088519;REFB=0;REVB=-0.0189479;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407893;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr8 128429732 . C T 145.2 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.988;QD=44.6774;RBI=0.114832;REFB=0;REVB=0.00959598;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117535;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:10:3:0:0 chr8 128430478 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.274;QD=46.848;RBI=0.0645458;REFB=0;REVB=0.0641877;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167932;OID=.;OPOS=128430478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr8 128430807 . C A 126.51 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0319006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.888;QD=18.742;RBI=0.0388642;REFB=-0.0476624;REVB=-0.0221986;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460702;STB=0.555473;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0183845;OID=.;OPOS=128430807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:10:4:4:8:10:4:5:8 chr8 128430872 . A AATG 162.41 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0260191;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=275.139;QD=38.2134;RBI=0.0280193;REFB=0.009485;REVB=-0.0103964;RO=3;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060143;STB=0.551651;STBP=0.368;TYPE=ins;VARB=-0.000791868;OID=.;OPOS=128430873;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=AATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:15:18:15:17:2:3:12:1:1:10:3:3:12:1:2 chr8 128431385 . C T 56.72 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00341886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.983;QD=10.3131;RBI=0.013748;REFB=0.000849092;REVB=-0.0133162;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266423;STB=0.531174;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00181824;OID=.;OPOS=128431385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:22:13:14:8:8:0.363636:6:2:3:10:6:2:3:11 chr8 128431694 . A G 281.31 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0643016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.498;QD=19.4009;RBI=0.0643722;REFB=-0.0240439;REVB=-0.00301433;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645969;STB=0.535939;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.023243;OID=.;OPOS=128431694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:16:14:11:17:16:14:11:17 chr8 128432206 . C A 78.52 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0212675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.008;QD=14.9555;RBI=0.0212734;REFB=-0.0136645;REVB=0.000503712;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566031;STB=0.515122;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.011398;OID=.;OPOS=128432206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:11:11:9:10:0.47619:7:2:2:9:8:2:2:9 chr8 128747953 . G T 71.3 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0629662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3468;QD=17.8243;RBI=0.071709;REFB=-0.0621485;REVB=0.0343138;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566609;STB=0.613759;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0366292;OID=.;OPOS=128747953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:16:7:7:8:9:0.5625:4:4:4:3:2:7:4:3 chr8 129021179 . G A 200.34 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0162852;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.465;QD=13.582;RBI=0.0164659;REFB=-0.016212;REVB=0.00243229;RO=32;SAF=5;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298869;STB=0.657003;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0201978;OID=.;OPOS=129021179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:35:23:24:0.40678:18:5:15:17:18:6:17:18 chr8 129022785 . T C 741.55 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159756;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.625;QD=57.042;RBI=0.0334253;REFB=0;REVB=0.0293604;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70085e-05;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr8 129022816 . G A 351.31 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00621184;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.279;QD=23.0366;RBI=0.0318163;REFB=-0.0507118;REVB=0.031204;RO=25;SAF=23;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141173;STB=0.570961;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0166925;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:25:26:35:35:0.57377:12:23:12:13:12:23:13:13 chr8 129022818 . T A 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0259378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.917;QD=21.892;RBI=0.0360179;REFB=-0.00980613;REVB=0.0249904;RO=28;SAF=23;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104241;STB=0.557677;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00326685;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:12:23:15:13:12:23:15:13 chr8 129162433 . G T 133.09 PASS AF=0.592593;AO=14;DP=25;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0419226;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=33.8005;QD=19.717;RBI=0.102646;REFB=-0.0758511;REVB=0.0936945;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42361;STB=0.748351;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0562637;OID=.;OPOS=129162433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:27:11:11:14:16:0.592593:11:3:8:3:13:3:8:3 chr8 130760802 . G A 253.21 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0418604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.77;QD=19.1098;RBI=0.0426502;REFB=-0.0231334;REVB=0.00817;RO=26;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215813;STB=0.620697;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0266132;OID=.;OPOS=130760802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:10:17:10:16:10:17:10:16 chr8 130761773 . T C 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.00058579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.804;QD=12.3034;RBI=0.00792764;REFB=-0.0218785;REVB=-0.00790597;RO=43;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829496;STB=0.547493;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0303521;OID=.;OPOS=130761773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:17:9:12:31:17:9:12:31 chr8 131124559 . T C 885.17 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.83;QD=58.0437;RBI=0.0214717;REFB=0;REVB=0.0152175;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37767e-05;OID=.;OPOS=131124559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:43:17:0:0:44:17:0:0 chr8 131921956 . A G 1486.32 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00659295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.405;QD=58.287;RBI=0.00688365;REFB=-0.143281;REVB=-0.00197934;RO=1;SAF=58;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811007;STB=0.504273;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000218023;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:101:101:0.990196:43:58:1:0:43:58:1:0 chr8 132947786 . C T 180.5 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.087053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.836;QD=16.0446;RBI=0.0949757;REFB=-0.0139123;REVB=-0.0379757;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158444;STB=0.583241;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0246552;OID=.;OPOS=132947786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:26:19:19:0.422222:14:5:10:15:14:5:10:16 chr8 132982824 . A G 292.29 PASS AF=0.4125;AO=31;DP=78;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.029659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5955;QD=14.6143;RBI=0.0399918;REFB=-0.0254202;REVB=0.026827;RO=47;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570603;STB=0.556929;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0272494;OID=.;OPOS=132982824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:47:47:31:33:0.4125:21:10:13:34:21:12:13:34 chr8 133023933 . G A 150.93 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.000300482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.061;QD=12.5775;RBI=0.0465434;REFB=-0.0276329;REVB=-0.0465424;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404487;STB=0.523781;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0446481;OID=.;OPOS=133023933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:11:6:12:19:11:6:12:19 chr8 133047071 . G A 280.91 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00457492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.395;QD=14.4055;RBI=0.00593011;REFB=-0.00861837;REVB=-0.00377311;RO=46;SAF=13;SAR=19;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120969;STB=0.568727;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0143987;OID=.;OPOS=133047071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:19:13:24:22:19:13:24:22 chr8 133048619 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.00803302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.182;QD=16.6185;RBI=0.0253237;REFB=-0.017217;REVB=-0.0240159;RO=28;SAF=18;SAR=5;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442702;STB=0.50251;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0245474;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:5:18:22:6:5:18:22:6 chr8 133053309 . T C 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.021307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.529;QD=17.5877;RBI=0.0448676;REFB=-0.00553549;REVB=0.0394856;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165649;STB=0.509425;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00422152;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:17:11:9:13:17:11 chr8 133053318 . T C 188.81 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0152805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.271;QD=14.2499;RBI=0.0258167;REFB=-6.26414e-05;REVB=-0.0208088;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101053;STB=0.565979;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.000676722;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:11:11:18:12:11:11:19:12 chr8 133067315 . G A 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0258887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.119;QD=9.25828;RBI=0.0346834;REFB=-0.00728739;REVB=-0.0230805;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556225;STB=0.533841;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0201067;OID=.;OPOS=133067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:7:5:13:15:7:5:13:15 chr8 133089975 . A G 1043.56 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0509;QD=59.6318;RBI=0.0899034;REFB=0;REVB=-0.0872454;RO=0;SAF=19;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295213;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:51:19:0:0:51:19:0:0 chr8 133092138 . G A 309.5 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.005663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.731;QD=16.0777;RBI=0.00588477;REFB=-0.00355157;REVB=-0.00160031;RO=43;SAF=7;SAR=27;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160466;STB=0.591183;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00488241;OID=.;OPOS=133092138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:27:7:14:29:27:7:14:29 chr8 133101818 . G A 1208.64 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.116;QD=61.197;RBI=0.0088409;REFB=0;REVB=0.00867396;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3222e-05;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:52:27:0:0:52:27:0:0 chr8 133107830 . T C 1175.86 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021066;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.66;QD=61.0835;RBI=0.0244089;REFB=0;REVB=0.0123297;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71915e-05;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:33:43:0:0:34:43:0:0 chr8 133112392 . G A 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00110302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.386;QD=18.0355;RBI=0.00405913;REFB=-0.00849426;REVB=0.00390639;RO=27;SAF=2;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450101;STB=0.764026;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.007416;OID=.;OPOS=133112392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:20:2:10:17:20:2:10:17 chr8 133113531 . A T 192.27 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0279007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.8145;QD=16.0226;RBI=0.0344527;REFB=-0.00641424;REVB=-0.0202123;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159691;STB=0.576842;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0308935;OID=.;OPOS=133113531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:28:20:20:0.416667:15:5:10:16:15:5:10:18 chr8 133175736 . T C 34.77 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0160412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8235;QD=4.79652;RBI=0.0601527;REFB=0.00149361;REVB=0.0579744;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164016;STB=0.61361;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.000387452;OID=.;OPOS=133175736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:5:1:6:17:5:1:6:17 chr8 133723166 . A G 433.25 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=95;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0203597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.094;QD=18.0519;RBI=0.0214122;REFB=-0.00522118;REVB=-0.0066306;RO=52;SAF=26;SAR=17;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281584;STB=0.520762;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00788099;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:52:52:43:44:0.458333:17:26:30:22:17:27:30:22 chr8 133769554 . TGA T 455.26 PASS AF=0.46875;AO=40;DP=98;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0197377;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=131.767;QD=18.969;RBI=0.0263997;REFB=-0.0333316;REVB=-0.0175319;RO=46;SAF=19;SAR=21;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00312755;STB=0.512529;STBP=0.823;TYPE=del;VARB=0.0312479;OID=.;OPOS=133769555;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:40:98:45:96:51:21:24:25:26:99:46:19:21:22:24 chr8 133844508 . C T 419.29 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.000532028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8571;QD=20.2068;RBI=0.00527535;REFB=-0.0080649;REVB=-0.00524846;RO=40;SAF=17;SAR=25;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171911;STB=0.600982;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0076977;OID=.;OPOS=133844508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:41:42:42:0.506024:25:17:24:16:25:17:25:16 chr8 133858712 . G A 402.5 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00209052;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.765;QD=16.4287;RBI=0.00297172;REFB=-0.0148263;REVB=0.00211206;RO=52;SAF=19;SAR=23;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486322;STB=0.524127;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0134262;OID=.;OPOS=133858712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:52:56:42:42:0.428571:23:19:21:31:23:19:23:33 chr8 133859877 . G T 196.9 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0201044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2174;QD=20.7266;RBI=0.0298635;REFB=-0.00787549;REVB=0.0220826;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999867;STB=0.505489;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0150384;OID=.;OPOS=133859877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:12:8:7:10:12:8:7:11 chr8 133883744 . C T 239.32 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0248175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.635;QD=20.8102;RBI=0.0274867;REFB=-0.00459119;REVB=-0.0118157;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829982;STB=0.546519;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00356494;OID=.;OPOS=133883744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:14:9:7:16:14:9:7:16 chr8 133900252 . T G 803.85 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017008;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.923;QD=57.4179;RBI=0.0170125;REFB=0;REVB=-0.000390658;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.93585e-05;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr8 133900386 . T C 468.45 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00938906;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.227;QD=58.5564;RBI=0.0207851;REFB=0;REVB=0.0185437;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378771;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr8 133909974 . A G 752.23 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270844;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0571;QD=64.0199;RBI=0.0299241;REFB=0;REVB=-0.0127234;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045154;OID=.;OPOS=133909974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr8 133920518 . A G 390.39 PASS AF=0.446809;AO=40;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0249823;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.792;QD=16.6121;RBI=0.0297601;REFB=-0.0153742;REVB=-0.0161724;RO=50;SAF=21;SAR=19;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496005;STB=0.526437;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0187109;OID=.;OPOS=133920518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:52:40:42:0.446809:19:21:26:24:19:23:26:26 chr8 133931748 . T C 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0150873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.295;QD=16.5725;RBI=0.0153499;REFB=-0.00334626;REVB=-0.00282687;RO=35;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697352;STB=0.539299;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00352619;OID=.;OPOS=133931748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:20:10:14:21:20:10:14:21 chr8 133975283 . G A 324.49 PASS AF=0.72973;AO=15;DP=38;FAO=27;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0529181;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.821;QD=35.0804;RBI=0.0561143;REFB=-0.0239095;REVB=0.0186677;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196568;STB=0.564267;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0133205;OID=.;OPOS=133975283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:38:37:10:10:15:27:0.72973:10:5:6:4:17:10:6:4 chr8 133984058 . C T 415.17 PASS AF=0.371212;AO=49;DP=132;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.00124652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.703;QD=12.5808;RBI=0.0230821;REFB=-0.0108512;REVB=-0.0230484;RO=83;SAF=31;SAR=18;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768588;STB=0.543841;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0179803;OID=.;OPOS=133984058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:83:83:49:49:0.371212:18:31:47:36:18:31:47:36 chr8 134108453 . C T 214.65 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00941562;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9306;QD=10.7324;RBI=0.0180251;REFB=-0.0135268;REVB=-0.0153704;RO=54;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425032;STB=0.51902;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0305154;OID=.;OPOS=134108453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:54:53:27:27:0.3375:14:13:24:30:14:13:24:29 chr8 134108546 . T C 387.51 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.00871415;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.467;QD=12.8103;RBI=0.0151136;REFB=-0.00169916;REVB=-0.0123485;RO=68;SAF=16;SAR=30;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225967;STB=0.625402;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00352116;OID=.;OPOS=134108546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:68:75:46:46:0.380165:30:16:38:30:30:16:41:34 chr8 134114771 . C T 86.82 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00365986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.153;QD=12.8615;RBI=0.0327316;REFB=-0.000917588;REVB=0.0325263;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777998;STB=0.546014;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00121172;OID=.;OPOS=134114771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:9:7:4:7:9:7 chr8 134125682 . G A 159.53 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0106301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.816;QD=17.7251;RBI=0.0478323;REFB=-0.00773003;REVB=-0.0466361;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196355;STB=0.611524;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0129574;OID=.;OPOS=134125682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:13:6:9:8:13:6 chr8 134260948 . A G 564.84 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.778;QD=57.9319;RBI=0.105394;REFB=-0.148451;REVB=-0.103879;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0050107;OID=.;OPOS=134260948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:1:0:16:22:1:0 chr8 134292514 . T G,TG 290.27 PASS AF=0,1;AO=2,3;DP=24;FAO=0,24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015148,-0.0497457;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.368,24.6612;QD=48.3787;RBI=0.0154035,0.0770582;REFB=0,0;REVB=0.00279373,0.0588501;RO=19;SAF=1,1;SAR=1,2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.131617,-0.0417057;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000600944;OID=.,.;OPOS=134292514,134292515;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:24:24:19:0:2,3:0,24:0,1:1,2:1,1:7:12:0,15:0,9:0:0 chr8 134292516 . A G 230.88 PASS AF=0.833333;AO=19;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0779226;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.6667;QD=38.4802;RBI=0.0900345;REFB=-0.0782098;REVB=0.045103;RO=5;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128251;STB=0.527;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00890779;OID=.;OPOS=134292516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:24:24:5:4:19:20:0.833333:12:7:2:3:13:7:2:2 chr8 134474148 . C T 284.42 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00642244;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.727;QD=14.9694;RBI=0.0339635;REFB=-0.00529247;REVB=-0.0333507;RO=43;SAF=22;SAR=10;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680368;STB=0.533561;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00967641;OID=.;OPOS=134474148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:44:32:32:0.421053:10:22:27:16:10:22:28:16 chr8 134488007 . G A 177.44 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0109871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.618;QD=21.5084;RBI=0.0780747;REFB=-0.0143493;REVB=0.0772977;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230217;STB=0.629001;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0390993;OID=.;OPOS=134488007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:11:4:10:8:11:4 chr8 135521970 . G A 457.13 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0202896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.742;QD=21.0176;RBI=0.0219248;REFB=-0.0203825;REVB=0.00830815;RO=42;SAF=19;SAR=26;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156689;STB=0.508658;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0138124;OID=.;OPOS=135521970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:26:19:17:25:26:19:17:25 chr8 135522364 . A G 319.56 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0103582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6333;QD=18.5252;RBI=0.0317331;REFB=-0.0305745;REVB=-0.029995;RO=31;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723797;STB=0.506845;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0433376;OID=.;OPOS=135522364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:35:34:34:0.492754:18:16:12:19:18:16:16:19 chr8 135602581 . A G 646.0 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0214957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3895;QD=50.6665;RBI=0.0347818;REFB=-0.0541019;REVB=-0.0273442;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.515044;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0282765;OID=.;OPOS=135602581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:1:3:48:48:0.941176:28:20:1:0:28:20:2:1 chr8 135602590 . C T 213.87 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.026303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8719;QD=20.8655;RBI=0.0377056;REFB=0.00955108;REVB=-0.0270159;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703917;STB=0.539531;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00935151;OID=.;OPOS=135602590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:12:9:7:13:12:9:7:13 chr8 135612595 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.236;QD=43.4854;RBI=0.0971834;REFB=0;REVB=-0.0967383;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650505;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr8 135612745 . A G 1586.85 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.508;QD=64.115;RBI=0.0520637;REFB=0;REVB=0.035965;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111153;OID=.;OPOS=135612745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:95:99:1:48:47:0:0:50:49:0:0 chr8 135614705 . A C,G 727.71 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,50;DP=52;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417931,-0.0109922;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.092,58.9927;QD=55.9774;RBI=0.00559707,0.028023;REFB=0,0;REVB=-0.00372298,-0.0257771;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.161147,-0.000915113;OID=.,.;OPOS=135614705,135614705;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:2,50:2,50:0.0384615,0.961538:0,30:2,20:0:0:0,30:2,20:0:0 chr8 135614972 . A G 1011.89 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0187158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7578;QD=57.8222;RBI=0.0187323;REFB=-0.0110758;REVB=-0.000786598;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171851;STB=0.509088;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=3.00596e-05;OID=.;OPOS=135614972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:42:27:1:0:42:27:1:0 chr8 135649848 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00188531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.052;QD=16.728;RBI=0.015588;REFB=-0.0213453;REVB=0.0154736;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27835;STB=0.658351;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0276015;OID=.;OPOS=135649848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:5:14:7:9:5:14 chr8 136659426 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.961;QD=46.848;RBI=0.0299442;REFB=0;REVB=-0.0128514;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86494e-05;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr8 139143942 . A G 556.26 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00803221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.7902;QD=60.1359;RBI=0.0177317;REFB=0;REVB=0.0158081;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95535e-05;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:25:12:0:0 chr8 139143971 . G A 90.32 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0438169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1632;QD=16.4209;RBI=0.0448152;REFB=-0.0186047;REVB=0.00940669;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.546136;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0354576;OID=.;OPOS=139143971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:4:7:6:5:4:7 chr8 139149406 . G A 265.52 PASS AF=0.54;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00448214;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.481;QD=21.2415;RBI=0.0596745;REFB=-0.0273106;REVB=0.0595059;RO=23;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166278;STB=0.592524;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0274756;OID=.;OPOS=139149406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:23:23:27:27:0.54:16:11:14:9:16:11:14:9 chr8 139165272 . T C 207.7 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0146945;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.71;QD=15.1055;RBI=0.0165074;REFB=-0.0139928;REVB=0.00752096;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170092;STB=0.604113;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0188584;OID=.;OPOS=139165272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:31:24:24:0.436364:11:13:11:19:11:13:11:20 chr8 139165289 . T C 198.3 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0164436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9853;QD=13.2197;RBI=0.0245358;REFB=-0.0257239;REVB=0.0182103;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244708;STB=0.639235;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0261436;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:11:13:11:25:11:13:11:25 chr8 139626176 . C G 1511.43 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3738;QD=59.2719;RBI=0.0474682;REFB=0;REVB=-0.00831838;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905528;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:47:54:0:0:47:55:0:0 chr8 139647262 . A G 73.13 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0151881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.424;QD=10.8334;RBI=0.0163974;REFB=-0.00396415;REVB=-0.00618025;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211684;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00953532;OID=.;OPOS=139647262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:27:27:15:17:7:9:0.333333:2:5:8:7:4:5:9:8 chr8 139672671 . T C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0362726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.113;QD=13.7525;RBI=0.0394705;REFB=-0.0227653;REVB=-0.0155634;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29946;STB=0.673251;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.040552;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:16:7:9:6:16:7 chr8 139697478 . T C 969.42 PASS AF=0.377551;AO=109;DP=293;FAO=111;FDP=294;FR=.;FRO=183;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=80;FSRR=103;FWDB=0.0182684;FXX=0.00675653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4129;QD=13.1894;RBI=0.0208336;REFB=-0.0107439;REVB=-0.0100152;RO=165;SAF=57;SAR=52;SRF=73;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862829;STB=0.552979;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0192773;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:294:165:183:109:111:0.377551:52:57:73:92:53:58:80:103 chr8 139701209 . G T 274.27 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0192415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.002;QD=12.9069;RBI=0.0212532;REFB=-0.0113447;REVB=0.00902568;RO=53;SAF=14;SAR=18;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989357;STB=0.556665;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0242141;OID=.;OPOS=139701209;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:18:14:28:25:18:14:28:25 chr8 139712323 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.204;QD=59.8383;RBI=0.03748;REFB=0;REVB=0.0294785;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163335;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr8 139712346 . A G 266.09 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0270001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2611;QD=21.2869;RBI=0.0314082;REFB=-0.00559342;REVB=-0.0160459;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188312;STB=0.606024;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00842673;OID=.;OPOS=139712346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:8:17:12:13:8:17:12:13 chr8 139727981 . A G 308.12 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.148894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.554;QD=20.8897;RBI=0.149867;REFB=3.73462e-05;REVB=0.0170519;RO=27;SAF=4;SAR=28;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102942;STB=0.557483;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00153414;OID=.;OPOS=139727981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:28:4:5:22:28:4:5:22 chr8 139736933 . C A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.021;QD=61.684;RBI=0.0790977;REFB=0;REVB=0.0302429;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239119;OID=.;OPOS=139736933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr8 139768085 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.826;QD=55.098;RBI=0.0245051;REFB=0;REVB=0.02228;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97765e-05;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr8 139809111 . G T 80.95 PASS AF=0.268293;AO=10;DP=40;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0170127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.92;QD=7.89725;RBI=0.0184119;REFB=0.00468192;REVB=0.00704026;RO=27;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090069;STB=0.553389;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0113701;OID=.;OPOS=139809111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:40:41:27:30:10:11:0.268293:6:4:11:16:7:4:13:17 chr8 139838912 . T C 803.54 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.192;QD=64.2835;RBI=0.0485055;REFB=0;REVB=0.0445129;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303962;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:22:28:0:0 chr8 140630990 . A G 713.42 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831216;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3391;QD=57.0734;RBI=0.0198345;REFB=0;REVB=0.0180088;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372929;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr8 140945896 . G A 182.09 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0199987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.812;QD=16.9388;RBI=0.0388506;REFB=-0.0275517;REVB=-0.0333079;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22791;STB=0.629411;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0289037;OID=.;OPOS=140945896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:7:17:9:10:7:17 chr8 141310644 . G A 1615.48 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547598;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.878;QD=59.8328;RBI=0.013168;REFB=0;REVB=-0.0119754;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129576;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:107:108:1:63:44:0:0:63:45:0:0 chr8 141461062 . G A 519.53 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.126;QD=59.3749;RBI=0.107505;REFB=0;REVB=0.0208858;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171738;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:10:23:0:0:11:24:0:0 chr8 141461185 . A G 315.8 PASS AF=1;AO=16;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00463685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.296;QD=50.5281;RBI=0.0833932;REFB=0;REVB=0.0832642;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007864;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:16:25:1:3:13:0:0:12:13:0:0 chr8 141461266 . A G 894.0 PASS AF=1;AO=54;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7263;QD=57.6773;RBI=0.0336026;REFB=0;REVB=-0.0329941;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281161;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:54:62:1:23:31:0:0:26:36:0:0 chr8 141461267 . C G 33.97 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0266234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.7654;QD=2.15678;RBI=0.0302815;REFB=-0.0391303;REVB=0.0144279;RO=56;SAF=5;SAR=2;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196782;STB=0.651721;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0243344;OID=.;OPOS=141461267;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:56:56:7:7:0.111111:2:5:31:25:2:5:31:25 chr8 141559358 . G A 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00248313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.991;QD=19.5188;RBI=0.00389632;REFB=-0.019312;REVB=0.00300256;RO=26;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948994;STB=0.553034;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.018957;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:10:18:14:12:10:18:14:12 chr8 141566311 . C T 234.88 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0428886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.873;QD=15.4019;RBI=0.0450226;REFB=-0.0215907;REVB=-0.0136969;RO=32;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13091;STB=0.544272;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.028778;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:32:34:27:27:0.442623:18:9:7:25:18:9:9:25 chr8 141568622 . G A 1478.43 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025551;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3418;QD=63.5885;RBI=0.025552;REFB=0;REVB=-0.000229878;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855597;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chr8 141679817 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.005;QD=52.6131;RBI=0.0865018;REFB=0;REVB=-0.00880575;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505643;OID=.;OPOS=141679817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr8 142146708 . T C 524.74 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154856;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.493;QD=59.9702;RBI=0.020348;REFB=0;REVB=0.0132;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247674;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr8 142152442 . A G 867.95 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.704;QD=57.8633;RBI=0.0363999;REFB=0;REVB=0.0269902;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272117;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr8 142154291 . G A 485.25 PASS AF=0.516484;AO=46;DP=90;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00829756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.664;QD=21.3298;RBI=0.0113705;REFB=-0.0279735;REVB=-0.0077743;RO=43;SAF=24;SAR=22;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069732;STB=0.537367;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0191216;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:43:44:46:47:0.516484:22:24:19:24:22:25:20:24 chr8 142161032 . A C 332.91 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00750115;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.249;QD=18.7554;RBI=0.00842706;REFB=-0.00825163;REVB=0.00384032;RO=34;SAF=9;SAR=25;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26135;STB=0.652822;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0122124;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:36:34:35:0.492958:25:9:18:16:26:9:19:17 chr8 142161873 . C T 181.78 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0334467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0613;QD=17.3121;RBI=0.0340487;REFB=0.00249988;REVB=0.00637429;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243816;STB=0.59313;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.000812775;OID=.;OPOS=142161873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:23:19:19:0.452381:12:7:3:18:12:7:5:18 chr8 142161888 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0408766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.736;QD=15.7005;RBI=0.0410156;REFB=1.29356e-05;REVB=0.00337352;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313285;STB=0.677217;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.000398458;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:3:16:8:7:3:16 chr8 142168337 . C T 237.12 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0163958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4835;QD=19.76;RBI=0.0521438;REFB=-0.0458852;REVB=-0.049499;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189338;STB=0.605975;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0380216;OID=.;OPOS=142168337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:6:19:13:10:6:19 chr8 142185580 . G A 117.18 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0244487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.592;QD=12.0185;RBI=0.0251555;REFB=-0.00235495;REVB=0.00592127;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204309;STB=0.512802;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00413251;OID=.;OPOS=142185580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:25:13:14:0.358974:6:7:13:12:7:7:13:12 chr8 142185696 . C T 167.42 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0553048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.337;QD=23.0917;RBI=0.0619788;REFB=-0.0104779;REVB=-0.0279778;RO=12;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311293;STB=0.677182;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00397984;OID=.;OPOS=142185696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:14:3:6:6:14:3:6:6 chr8 142185718 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0437489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4108;QD=7.83581;RBI=0.0457665;REFB=0.0146485;REVB=-0.0134391;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909561;STB=0.55796;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.032845;OID=.;OPOS=142185718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:3:13:6:1:3:13 chr8 142200467 . G A 203.03 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00036735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.878;QD=12.3051;RBI=0.0168917;REFB=-0.0126931;REVB=0.0168877;RO=39;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187161;STB=0.624739;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0264703;OID=.;OPOS=142200467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:41:25:25:0.378788:17:8:19:20:17:8:21:20 chr8 142202856 . C T 199.58 PASS AF=0.655172;AO=17;DP=27;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0206171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.791;QD=27.5289;RBI=0.027451;REFB=-0.0499901;REVB=-0.0181242;RO=9;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189665;STB=0.611398;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0380807;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:29:9:10:17:19:0.655172:8:9:2:7:9:10:2:8 chr8 142202884 . T C 561.63 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107682;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.59;QD=60.7168;RBI=0.0228994;REFB=0;REVB=0.0202097;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3402e-05;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:16:21:0:0 chr8 142204326 . C G 120.43 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00543739;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.689;QD=12.6768;RBI=0.0137775;REFB=-0.0128104;REVB=0.0126592;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20259;STB=0.596878;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0277972;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:26:24:14:14:0.368421:6:8:10:16:6:8:10:14 chr8 142218119 . G A 270.87 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00150965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2037;QD=30.0964;RBI=0.0956048;REFB=-0.0487276;REVB=0.0955929;RO=12;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254735;STB=0.514007;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0208285;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:36:12:12:24:24:0.666667:13:11:5:7:13:11:5:7 chr8 142221361 . C G 340.68 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.216;QD=54.5091;RBI=0.0252997;REFB=0;REVB=0.025035;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3536e-05;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chr8 142221794 . C A 859.87 PASS AF=0.494318;AO=87;DP=176;FAO=87;FDP=176;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=31;FSRR=58;FWDB=-0.0464446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.396;QD=19.5424;RBI=0.0477333;REFB=-0.0181764;REVB=-0.0110168;RO=88;SAF=35;SAR=52;SRF=31;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480658;STB=0.528694;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.021962;OID=.;OPOS=142221794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:88:89:87:87:0.494318:52:35:31:57:52:35:31:58 chr8 142222374 . A G 1792.53 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183036;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7707;QD=61.2829;RBI=0.0452033;REFB=0;REVB=-0.0413317;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53183e-05;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:117:117:1:60:57:0:0:60:57:0:0 chr8 142222445 . T C 1746.76 PASS AF=0.983193;AO=115;DP=121;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0192789;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0946;QD=58.7148;RBI=0.0255184;REFB=-0.111285;REVB=0.0167187;RO=2;SAF=46;SAR=69;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135646;STB=0.507142;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00285716;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:119:2:2:115:117:0.983193:69:46:0:2:69:48:0:2 chr8 142225990 . G A 280.65 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0237692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7619;QD=21.1813;RBI=0.0322599;REFB=0.00544599;REVB=0.0218112;RO=23;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359237;STB=0.507807;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00511206;OID=.;OPOS=142225990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:14:15:12:11:14:15:12:12 chr8 142228809 . T C 355.9 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.962;QD=50.8427;RBI=0.0222464;REFB=-0.144496;REVB=-0.019449;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029965;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00843538;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:26:27:0.964286:11:15:1:0:12:15:1:0 chr8 142228909 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0352569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.991;QD=12.7823;RBI=0.0410287;REFB=-0.0335385;REVB=0.0209834;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302009;STB=0.677085;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0421262;OID=.;OPOS=142228909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:4:10:4:6:4:10 chr8 142229891 . A G 2294.38 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039856;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.362;QD=60.7783;RBI=0.039861;REFB=0;REVB=0.000627275;RO=0;SAF=65;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15547e-05;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:149:151:1:84:65:0:0:85:66:0:0 chr8 142266691 . A C 1183.59 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.172;QD=59.9286;RBI=0.0253627;REFB=0;REVB=0.0185991;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41295e-05;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:46:31:0:0:48:31:0:0 chr8 142367014 . C T 407.32 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00838882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.166;QD=23.2757;RBI=0.0128353;REFB=-0.0290914;REVB=0.00971461;RO=30;SAF=24;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131311;STB=0.572218;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0138753;OID=.;OPOS=142367014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:16:24:13:17:16:24:13:17 chr8 142367335 . T C 375.28 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4818;QD=55.5964;RBI=0.055613;REFB=0;REVB=-0.0455211;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183106;OID=.;OPOS=142367335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr8 142367400 . G A 579.84 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269063;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.4;QD=57.9838;RBI=0.0444631;REFB=-0.0876399;REVB=0.0353981;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028395;STB=0.515144;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000619509;OID=.;OPOS=142367400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:41:40:1:1:39:39:0.975:16:23:0:1:16:23:0:1 chr8 142367559 . G A 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.681;QD=52.6098;RBI=0.0154366;REFB=0;REVB=-0.00348314;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68227e-05;OID=.;OPOS=142367559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr8 142459814 . C T 1343.63 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.568;QD=61.0741;RBI=0.0252253;REFB=0.0973899;REVB=0.0134023;RO=1;SAF=24;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193301;STB=0.510202;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.000184169;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:63:24:1:0:63:24:1:0 chr8 142476529 . G A 534.77 PASS AF=0.95;AO=36;DP=39;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00412383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.2;QD=53.4772;RBI=0.0570442;REFB=-0.206585;REVB=0.0568949;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524987;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00206965;OID=.;OPOS=142476529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:39:40:0:2:36:38:0.95:17:19:0:0:19:19:0:2 chr8 142488837 . G A 821.09 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595139;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.091;QD=57.6203;RBI=0.055533;REFB=0;REVB=0.0552132;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344666;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr8 142490078 . CG C,CA 1438.06 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=17,63;DP=95;FAO=2,92;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=2,40;FSAR=0,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121158,0.0390482;FXX=0.0105252;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.0895,152.186;QD=61.1942;RBI=0.0369384,0.0476702;REFB=0,0;REVB=0.0348948,0.0273438;RO=0;SAF=7,26;SAR=10,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00663614,0.000621436;OID=.,.;OPOS=142490079,142490079;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0212766,0.978723:17,63:95:2,92:94:0:2,40:0,52:0:0:4:0:7,26:10,37:0:0 chr8 142490080 . T A 119.74 PASS AF=0.215054;AO=16;DP=90;FAO=20;FDP=93;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0155757;FXX=0.0210504;HRUN=7;LEN=1;MLLD=85.8287;QD=5.15011;RBI=0.0169391;REFB=-0.0223443;REVB=0.00665809;RO=73;SAF=6;SAR=10;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824555;STB=0.50924;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0315988;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:73:73:16:20:0.215054:10:6:32:41:11:9:32:41 chr8 142490120 . G T 1030.02 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0141169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.224;QD=58.0295;RBI=0.0289526;REFB=-0.0362336;REVB=0.0252778;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000287568;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:27:43:0:0:27:43:0:1 chr8 142505038 . T C 770.51 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.739;QD=56.0371;RBI=0.0454668;REFB=0;REVB=0.0214832;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149808;OID=.;OPOS=142505038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:28:26:1:0:28:27:0:0 chr8 142505578 . C A 321.38 PASS AF=0.428571;AO=34;DP=86;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0580047;FXX=0.0344788;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2947;QD=15.3039;RBI=0.0594014;REFB=-0.00947011;REVB=0.0128052;RO=47;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943631;STB=0.54685;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0196459;OID=.;OPOS=142505578;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:47:48:34:36:0.428571:21:13:14:33:22:14:15:33 chr8 142506461 . A G 295.66 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0248896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.074;QD=17.9187;RBI=0.0361689;REFB=-0.0240088;REVB=-0.026243;RO=32;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306687;STB=0.505227;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.023788;OID=.;OPOS=142506461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:34:32:32:0.484848:21:11:12:20:21:11:12:22 chr8 142517222 . A G 319.23 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4351;QD=53.2045;RBI=0.073025;REFB=0;REVB=-0.019149;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185023;OID=.;OPOS=142517222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr8 142517227 . C T 272.76 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0153687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8504;QD=45.4601;RBI=0.030478;REFB=0.0112739;REVB=0.0263193;RO=2;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921477;STB=0.549954;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00586427;OID=.;OPOS=142517227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:13:9:2:0:13:9:2:0 chr8 143257759 . T TC 270.77 PASS AF=1;AO=7;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114602;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=86.353;QD=49.2314;RBI=0.117619;REFB=0;REVB=0.0264678;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108749;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00108041;OID=.;OPOS=143257760;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:23:22:22:0:7:15:0:0:4:15:3:4:5:10 chr8 143257760 . G C 113.19 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000993314;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=82.159;QD=19.686;RBI=0.0299144;REFB=-0.0691254;REVB=0.0298979;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243221;STB=0.639766;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00916876;OID=.;OPOS=143257760;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:23:23:10:10:13:13:0.565217:10:3:5:5:10:3:5:5 chr8 143413136 . C T 556.91 PASS AF=0.487395;AO=57;DP=118;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.00345701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.687;QD=18.7198;RBI=0.0148135;REFB=-0.00940987;REVB=0.0144045;RO=61;SAF=38;SAR=19;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286918;STB=0.651313;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.010846;OID=.;OPOS=143413136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:61:61:57:58:0.487395:19:38:22:39:20:38:22:39 chr8 143425720 . T C 286.09 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0842085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.214;QD=20.4353;RBI=0.0845918;REFB=-0.0368374;REVB=-0.00804382;RO=26;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179418;STB=0.599931;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0247888;OID=.;OPOS=143425720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:20:10:14:12:20:10:14:12 chr8 143427178 . C G 134.17 PASS AF=0.306452;AO=14;DP=57;FAO=19;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0048085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.187;QD=8.65581;RBI=0.063217;REFB=-0.00392211;REVB=0.0630338;RO=37;SAF=5;SAR=9;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307382;STB=0.655485;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00971785;OID=.;OPOS=143427178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:62:37:43:14:19:0.306452:9:5:23:14:13:6:23:20 chr8 143436034 . A G 143.23 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.00491309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.938;QD=9.87817;RBI=0.00550066;REFB=-0.00492184;REVB=-0.00247363;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287839;STB=0.666513;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0224791;OID=.;OPOS=143436034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:10:9:9:30:10:9:9:30 chr8 143603418 . G C 1225.8 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0170388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7489;QD=57.6849;RBI=0.0206552;REFB=0.00775291;REVB=0.0116754;RO=3;SAF=24;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297478;STB=0.515728;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00118724;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:3:3:82:82:0.964706:58:24:2:1:58:24:2:1 chr8 143623372 . C A 577.93 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00136919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.902;QD=21.4048;RBI=0.0130343;REFB=-0.0268816;REVB=-0.0129621;RO=48;SAF=36;SAR=22;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854431;STB=0.557659;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0230209;OID=.;OPOS=143623372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:50:58:58:0.537037:22:36:25:23:22:36:25:25 chr8 143623459 . G T 436.32 PASS AF=0.466019;AO=46;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0312405;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.471;QD=16.9446;RBI=0.0329151;REFB=-0.024819;REVB=0.0103649;RO=54;SAF=21;SAR=25;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131064;STB=0.565646;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0300108;OID=.;OPOS=143623459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:55:46:48:0.466019:25:21:32:22:26:22:32:23 chr8 143694775 . G C 255.68 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0234674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.898;QD=29.2201;RBI=0.0278263;REFB=-0.0256975;REVB=-0.0149528;RO=12;SAF=19;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380438;STB=0.71229;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0161631;OID=.;OPOS=143694775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:4:19:4:8:4:19:4:8 chr8 143695144 . G A 509.46 PASS AF=0.482143;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0277643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.123;QD=18.1952;RBI=0.0453505;REFB=-0.0345345;REVB=0.0358582;RO=58;SAF=23;SAR=30;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626377;STB=0.538756;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0360254;OID=.;OPOS=143695144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:58:58:53:54:0.482143:30:23:29:29:31:23:29:29 chr8 143746050 . C T 251.96 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.000317301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.098;QD=14.8212;RBI=0.00381255;REFB=-0.0211671;REVB=-0.00379932;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000918638;STB=0.507671;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0342186;OID=.;OPOS=143746050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:16:13:17:21:16:13:18:21 chr8 143746069 . T C 257.97 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0527468;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.5738;QD=16.1234;RBI=0.0553739;REFB=0.00248476;REVB=-0.0168536;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123005;STB=0.558946;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00536181;OID=.;OPOS=143746069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:16:13:11:23:16:13:12:23 chr8 143746087 . CCA C 599.6 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00204018;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=2;MLLD=287.684;QD=42.8284;RBI=0.00498588;REFB=0.00491141;REVB=0.00454936;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.533523;STBP=0.09;TYPE=del;VARB=-0.000142693;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571:52:53:52:56:4:17:35:3:1:6:0:17:35:0:0 chr8 143746416 . A G 67.98 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00974249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.5;QD=13.597;RBI=0.0112604;REFB=-0.0105059;REVB=0.00564632;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937493;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0085731;OID=.;OPOS=143746416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:5:6:4:5:5:6 chr8 143746701 . A G 223.8 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00300893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2042;QD=19.4612;RBI=0.00773593;REFB=0.000507796;REVB=0.00712677;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177949;STB=0.608601;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.000198501;OID=.;OPOS=143746701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:11:11:16:7:11:11:17:7 chr8 143747271 . C G 305.1 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0240394;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6426;QD=14.883;RBI=0.0261027;REFB=0.0125748;REVB=0.0101715;RO=48;SAF=21;SAR=13;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311109;STB=0.517601;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0178857;OID=.;OPOS=143747271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:48:48:34:34:0.414634:13:21:31:17:13:21:31:17 chr8 143761931 . C T 215.96 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0125352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.217;QD=15.1548;RBI=0.0486529;REFB=-0.00968625;REVB=-0.0470103;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130774;STB=0.573856;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00647409;OID=.;OPOS=143761931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:11:14:22:10:11:14:22:10 chr8 143762807 . G A 1436.0 PASS AF=0.544715;AO=134;DP=246;FAO=134;FDP=246;FR=.;FRO=112;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=43;FSRR=69;FWDB=0.0337758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2904;QD=23.3496;RBI=0.0356877;REFB=-0.020627;REVB=-0.0115241;RO=112;SAF=73;SAR=61;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133832;STB=0.572849;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0168521;OID=.;OPOS=143762807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:112:112:134:134:0.544715:61:73:43:69:61:73:43:69 chr8 143763490 . T C 142.57 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0202717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.05;QD=14.2571;RBI=0.0362385;REFB=-0.0392562;REVB=0.0300381;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221035;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0588417;OID=.;OPOS=143763490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:8:8:11:12:8:8:12:12 chr8 143783164 . G A 344.55 PASS AF=0.45679;AO=33;DP=76;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0457053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6621;QD=17.0146;RBI=0.078075;REFB=0.00822212;REVB=0.0632987;RO=43;SAF=6;SAR=27;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175123;STB=0.628724;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0090242;OID=.;OPOS=143783164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:43:44:33:37:0.45679:27:6:13:30:31:6:14:30 chr8 143784275 . C T 64.73 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00488529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.66;QD=7.61539;RBI=0.00785527;REFB=-0.0168146;REVB=-0.00615135;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116534;STB=0.512171;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.083895;OID=.;OPOS=143784275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:34:34:22:24:9:10:0.294118:5:4:10:12:6:4:10:14 chr8 143808951 . C T 223.41 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0895498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.373;QD=49.6457;RBI=0.0940663;REFB=0;REVB=0.0287975;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010591;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:7:11:0:0 chr8 143833850 . G A 1093.4 PASS AF=0.630573;AO=99;DP=157;FAO=99;FDP=157;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=83;FSRF=14;FSRR=44;FWDB=0.0472088;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3995;QD=27.8574;RBI=0.0690826;REFB=-0.0506982;REVB=0.0504355;RO=58;SAF=16;SAR=83;SRF=14;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933167;STB=0.55063;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0287322;OID=.;OPOS=143833850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:58:58:99:99:0.630573:83:16:14:44:83:16:14:44 chr8 143833856 . C T 953.17 PASS AF=0.584416;AO=90;DP=154;FAO=90;FDP=154;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=77;FSRF=17;FSRR=47;FWDB=0.0260197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.652;QD=24.7576;RBI=0.0340753;REFB=-0.0196537;REVB=0.0220022;RO=62;SAF=13;SAR=77;SRF=15;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132009;STB=0.588963;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00863706;OID=.;OPOS=143833856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:62:64:90:90:0.584416:77:13:15:47:77:13:17:47 chr8 143845982 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.292;QD=35.5759;RBI=0.00621865;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52194e-05;OID=.;OPOS=143845982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr8 143922620 . C T 149.14 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0181381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.837;QD=9.62194;RBI=0.041913;REFB=-0.00497674;REVB=-0.037785;RO=42;SAF=12;SAR=8;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615914;STB=0.536387;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0166547;OID=.;OPOS=143922620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:8:12:23:19:8:12:23:19 chr8 143959174 . T C 71.85 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0290906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.835;QD=4.63572;RBI=0.0415414;REFB=-0.00794429;REVB=-0.029655;RO=49;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268335;STB=0.680553;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0320715;OID=.;OPOS=143959174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:49:50:12:12:0.193548:4:8:22:27:4:8:22:28 chr8 143959250 . T C 705.86 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7187;QD=54.2967;RBI=0.0263572;REFB=-0.0555474;REVB=-0.00824339;RO=1;SAF=18;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254383;STB=0.513508;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00175267;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:33:18:1:0:33:18:1:0 chr8 143961005 . T C,G 382.69 PASS AF=0.892857,0.107143;AO=25,2;DP=27;FAO=25,3;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14,3;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146432,-0.00253036;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=252.916,159.324;QD=54.6697;RBI=0.0278187,0.0335867;REFB=0,0;REVB=0.0236528,0.0334912;RO=0;SAF=14,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.99383e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00183222,0.0601172;OID=.,.;OPOS=143961005,143961005;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:27:28:0:0:25,2:25,3:0.892857,0.107143:11,0:14,2:0:0:11,0:14,3:0:0 chr8 143994702 . G T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0283364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.65;QD=7.32298;RBI=0.0291027;REFB=-0.0210836;REVB=0.00663465;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324321;STB=0.699439;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0217505;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:11:3:3:3:11:3 chr8 143995761 . C T 698.46 PASS AF=0.535433;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0017612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.581;QD=21.9986;RBI=0.0158301;REFB=-0.0247837;REVB=0.0157318;RO=59;SAF=33;SAR=35;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339858;STB=0.518633;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0238703;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:59:59:68:68:0.535433:35:33:31:28:35:33:31:28 chr8 143996581 . G A 459.17 PASS AF=0.594595;AO=43;DP=73;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.00227299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.711;QD=24.82;RBI=0.019744;REFB=-0.0200153;REVB=0.0196127;RO=30;SAF=13;SAR=30;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328161;STB=0.669897;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0211744;OID=.;OPOS=143996581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:30:30:43:44:0.594595:30:13:22:8:30:14:22:8 chr8 144239859 . A G 428.9 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.000277823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0835;QD=15.7393;RBI=0.01954;REFB=-0.00382971;REVB=0.019538;RO=61;SAF=24;SAR=24;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156123;STB=0.587121;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00401769;OID=.;OPOS=144239859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:48:48:0.440367:24:24:40:21:24:24:40:21 chr8 144240257 . C G 494.79 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=136;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0201768;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.457;QD=14.6605;RBI=0.0287263;REFB=0.0227162;REVB=0.0204474;RO=80;SAF=34;SAR=21;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216082;STB=0.614637;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0327972;OID=.;OPOS=144240257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:80:80:55:55:0.407407:21:34:33:47:21:34:34:46 chr8 144295183 . G T 104.88 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=27;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00914891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.876;QD=13.9842;RBI=0.0225216;REFB=-0.030544;REVB=0.0205796;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122544;STB=0.528454;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0348224;OID=.;OPOS=144295183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:30:16:17:11:13:0.433333:7:4:6:10:7:6:7:10 chr8 144295782 . G T 342.81 PASS AF=0.390476;AO=40;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0942644;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6345;QD=13.0593;RBI=0.137025;REFB=-0.00897708;REVB=0.0994482;RO=64;SAF=21;SAR=19;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00677651;STB=0.502091;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0195922;OID=.;OPOS=144295782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:64:40:41:0.390476:19:21:34:30:20:21:33:31 chr8 144332012 . T C 475.32 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.151;QD=57.6142;RBI=0.0608618;REFB=0;REVB=0.0598878;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792327;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:15:16:0:0:16:17:0:0 chr8 144332082 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.115;QD=52.6132;RBI=0.0931804;REFB=0;REVB=0.0502699;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138022;OID=.;OPOS=144332082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr8 144333315 . G A 1185.36 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0189195;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.991;QD=58.5361;RBI=0.0361815;REFB=-0.176016;REVB=0.0308407;RO=2;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230796;STB=0.512192;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00169816;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:81:2:2:79:79:0.975309:40:39:0:2:40:39:0:2 chr8 144333434 . G A 807.36 PASS AF=0.924242;AO=59;DP=67;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.120485;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.042;QD=48.9308;RBI=0.126577;REFB=-0.0823583;REVB=0.0387948;RO=4;SAF=14;SAR=45;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117318;STB=0.567544;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00373453;OID=.;OPOS=144333434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:66:4:5:59:61:0.924242:45:14:4:0:45:16:5:0 chr8 144351631 . CA C,CG 867.81 PASS AF=0.0983607,0.901639;AO=12,47;DP=59;FAO=6,55;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=5,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332213,0.0297663;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.696,212.925;QD=56.9054;RBI=0.0419375,0.0485847;REFB=0,0;REVB=0.0255949,0.0383985;RO=0;SAF=1,17;SAR=11,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0439887,9.99116e-05;OID=.,.;OPOS=144351632,144351632;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0983607,0.901639:12,47:59:6,55:61:0:1,17:5,38:0:0:12:0:1,17:11,30:0:0 chr8 144357213 . G C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.171;QD=50.4112;RBI=0.0382502;REFB=0;REVB=0.0358752;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135715;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr8 144378184 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000166316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.378;QD=42.1826;RBI=0.0532431;REFB=0;REVB=0.0532429;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184995;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr8 144378868 . A G 191.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000190297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.551;QD=47.8105;RBI=0.000314341;REFB=0;REVB=0.000250196;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94901e-05;OID=.;OPOS=144378868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr8 144391924 . CT TC 108.95 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600958;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=89.2231;QD=36.3154;RBI=0.096622;REFB=0;REVB=0.0756591;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00774573;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:12:0:0:9:12:1:5:4:0:0:8:4:0:0 chr8 144391929 . T TA 74.7 PASS AF=1;AO=2;DP=12;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10469;FXX=0.249792;HRUN=0;LEN=1;MLLD=107.329;QD=33.199;RBI=0.11811;REFB=0;REVB=0.0546807;RO=10;SAF=0;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00356276;OID=.;OPOS=144391930;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:12:9:9:0:3:6:0:0:3:10:0:2:4:6 chr8 144391930 . G A 109.9 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.06;QD=36.6324;RBI=0.036575;REFB=-0.154596;REVB=0.0306431;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00893403;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:12:12:1:1:10:11:0.916667:6:4:0:1:7:4:0:1 chr8 144409934 . C A 2769.19 PASS AF=0.953125;AO=183;DP=192;FAO=183;FDP=192;FR=.;FRO=9;FSAF=99;FSAR=84;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0226781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.693;QD=57.6914;RBI=0.0279287;REFB=-0.0402811;REVB=0.0163007;RO=9;SAF=99;SAR=84;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130739;STB=0.500688;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00337193;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:192:192:9:9:183:183:0.953125:84:99:5:4:84:99:5:4 chr8 144409938 . A AG,G 2554.97 PASS AF=0.994413,0.00558659;AO=148,13;DP=190;FAO=178,1;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=96,1;FSAR=82,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106061,0.0288484;FXX=0.0218567;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=23.2792,6.40989;QD=57.0942;RBI=0.0667667,0.0294554;REFB=0,0;REVB=-0.0659189,-0.00594905;RO=16;SAF=77,9;SAR=71,4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0426086,-0.0665616;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00313309,-0.0140926;OID=.,.;OPOS=144409939,144409938;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:190:179:16:0:148,13:178,1:0.994413,0.00558659:71,4:77,9:12:4:82,0:96,1:0:0 chr8 144522236 . AG A 43.13 PASS AF=0.416667;AO=8;DP=21;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0645555;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1587;QD=7.18887;RBI=0.123489;REFB=-0.0604564;REVB=-0.105272;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.463768;SSSB=-0.57458;STB=0.842944;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.07898;OID=.;OPOS=144522237;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:8:21:10:24:14:1:9:8:6:43:12:1:7:8:4 chr8 144620183 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.554;QD=48.7371;RBI=0.10582;REFB=0;REVB=0.103252;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100928;OID=.;OPOS=144620183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr8 144620342 . T C 1089.38 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011042;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.847;QD=58.8853;RBI=0.0138973;REFB=-0.174889;REVB=-0.00843859;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137071;STB=0.507244;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000607051;OID=.;OPOS=144620342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:72:73:0.986486:34:38:0:1:34:39:0:1 chr8 144620855 . C A 1461.62 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0098209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.399;QD=56.2163;RBI=0.0130533;REFB=0.0218901;REVB=-0.00859878;RO=3;SAF=61;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00358752;STB=0.501892;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00248556;OID=.;OPOS=144620855;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:3:3:101:101:0.971154:40:61:2:1:40:61:2:1 chr8 144621084 . T G 803.11 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.883;QD=55.3868;RBI=0.0172227;REFB=0.0707508;REVB=-0.00408302;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149682;STB=0.507934;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000973656;OID=.;OPOS=144621084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:31:25:0:1:31:26:0:1 chr8 144624438 . C T 573.18 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0191368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.496;QD=55.9195;RBI=0.0195669;REFB=-0.0129886;REVB=0.00407973;RO=2;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492729;STB=0.526302;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000190543;OID=.;OPOS=144624438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:18:21:0:2:18:21:0:2 chr8 144642178 . TA AC,CA 1070.49 PASS AF=0.0410959,0.958904;AO=3,64;DP=72;FAO=3,70;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=3,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.140597,0.0717722;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=99.3807,138.469;QD=58.6569;RBI=0.141287,0.0726546;REFB=0,0;REVB=0.0139497,0.011289;RO=0;SAF=0,4;SAR=3,60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0467789,-0.00108108;OID=.,.;OPOS=144642178,144642178;OREF=TA,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:72:73:0:0:3,64:3,70:0.0410959,0.958904:3,60:0,4:0:0:3,65:0,5:0:0 chr8 144642244 . A G 271.19 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2449;QD=51.6555;RBI=0.00971461;REFB=0;REVB=-0.000512235;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130571;OID=.;OPOS=144642244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr8 144642490 . G A 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0084191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.147;QD=54.4809;RBI=0.0139838;REFB=-0.0152076;REVB=0.0111654;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405228;STB=0.521725;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000547761;OID=.;OPOS=144642490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:1:0:20:11:1:0 chr8 144642626 . A G 223.14 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.194;QD=49.5856;RBI=0.127271;REFB=0;REVB=-0.127161;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118286;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr8 144642854 . G A 1012.78 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0328833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.223;QD=57.8729;RBI=0.0590841;REFB=-0.0722915;REVB=0.0490879;RO=0;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00188937;OID=.;OPOS=144642854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:0:1:68:69:0.985714:47:21:0:0:48:21:0:1 chr8 144643603 . G A 1018.17 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.815;QD=58.181;RBI=0.0304367;REFB=-0.0275555;REVB=-0.00622114;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84946e-05;OID=.;OPOS=144643603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr8 144649968 . C T 1225.41 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8628;QD=60.5139;RBI=0.0692144;REFB=0;REVB=0.0692059;RO=1;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317608;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:81:1:0:80:81:1:41:39:0:1:42:39:0:0 chr8 144652587 . GC G 94.24 PASS AF=0.26;AO=12;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0328423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.286;QD=7.53914;RBI=0.0927643;REFB=-0.0412318;REVB=-0.086756;RO=36;SAF=12;SAR=0;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.751369;STB=0.860077;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.037035;OID=.;OPOS=144652588;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26:12:50:13:50:37:12:1:21:16:94:36:12:0:20:16 chr8 144657801 . G A,C 352.17 PASS AF=0.821429,0.142857;AO=23,4;DP=28;FAO=23,4;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=3,0;FSAR=20,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0751453,0.00933611;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.4784,150.239;QD=50.3099;RBI=0.0782282,0.0181481;REFB=-0.0600647,-0.073737;REVB=0.0217445,-0.0155625;RO=0;SAF=3,0;SAR=20,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.512185,0.5;STBP=0.638,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0109887,0.0671238;OID=.,.;OPOS=144657801,144657801;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:28:28:0:1:23,4:23,4:0.821429,0.142857:20,4:3,0:0:0:20,4:3,0:0:1 chr8 144658711 . G C 182.01 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0712784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.987;QD=16.9313;RBI=0.0724491;REFB=-0.015773;REVB=0.0129714;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254427;STB=0.646575;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0247767;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:14:5:12:12:14:5:12:12 chr8 144660046 . G A 1489.92 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178946;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.948;QD=62.7334;RBI=0.0446081;REFB=0;REVB=0.0408616;RO=1;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33378e-05;OID=.;OPOS=144660046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:95:1:0:94:95:1:42:52:0:1:43:52:0:0 chr8 144661938 . C T 314.11 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0260614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3714;QD=30.645;RBI=0.0502705;REFB=-0.0215145;REVB=0.0429875;RO=14;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17249;STB=0.594772;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0128638;OID=.;OPOS=144661938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:17:10:9:5:17:10:9:5 chr8 144671244 . C A 456.24 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0516637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.068;QD=50.6938;RBI=0.0644359;REFB=-0.0910221;REVB=0.0385078;RO=3;SAF=11;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569702;STB=0.530593;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0077232;OID=.;OPOS=144671244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:3:3:33:33:0.916667:22:11:2:1:22:11:2:1 chr8 144671685 . G C 171.23 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.383;QD=45.6614;RBI=0.16454;REFB=0;REVB=0.163928;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659791;OID=.;OPOS=144671685;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:1:12:0:0:2:13:0:0 chr8 144671922 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.767;QD=33.4282;RBI=0.0210046;REFB=0;REVB=0.0197659;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235651;OID=.;OPOS=144671922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr8 144681777 . G T 1671.52 PASS AF=0.944;AO=110;DP=117;FAO=118;FDP=125;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0338137;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.7134;QD=53.4888;RBI=0.0714562;REFB=-0.113003;REVB=0.0629494;RO=7;SAF=41;SAR=69;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105769;STB=0.503821;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.017719;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:117:125:7:7:110:118:0.944:69:41:2:5:77:41:2:5 chr8 144732363 . T C 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0270531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.574;QD=52.768;RBI=0.0279354;REFB=0.00724261;REVB=-0.00696561;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00132317;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:18:10:1:0:18:10:1:0 chr8 144732418 . A G 419.57 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.929;QD=55.9428;RBI=0.0192263;REFB=0;REVB=-0.0183632;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970523;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:19:11:0:0 chr8 144732450 . G A 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0165746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.969;QD=26.849;RBI=0.0165748;REFB=-0.0175493;REVB=-8.67327e-05;RO=7;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143879;STB=0.580534;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0169877;OID=.;OPOS=144732450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:10:5:4:3:10:5:4:3 chr8 144735347 . C T 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0372346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9309;QD=6.25128;RBI=0.0468341;REFB=0.00612445;REVB=0.028408;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334106;STB=0.521667;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.0113463;OID=.;OPOS=144735347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:8:9:3:3:8:9 chr8 144735977 . T C 786.79 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0444858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.977;QD=55.213;RBI=0.0550837;REFB=-0.0186173;REVB=0.0324842;RO=1;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110967;STB=0.50588;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000220434;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:42:14:0:1:42:14:0:1 chr8 144774233 . T C 185.51 PASS AF=0.403509;AO=21;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0242633;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.62;QD=13.018;RBI=0.0361472;REFB=-0.01474;REVB=0.0267939;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133511;STB=0.575321;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0133074;OID=.;OPOS=144774233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:34:21:23:0.403509:11:10:12:22:12:11:12:22 chr8 144775871 . C A 131.79 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.026485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.583;QD=14.6433;RBI=0.0413598;REFB=-0.0141052;REVB=-0.0317676;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781561;STB=0.545393;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0172995;OID=.;OPOS=144775871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:10:11:9:6:10:11 chr8 144776109 . A G 242.37 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00970172;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.684;QD=51.0258;RBI=0.0166816;REFB=0;REVB=-0.0135703;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101189;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr8 144801243 . C T 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00260245;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.615;QD=14.3247;RBI=0.0135249;REFB=-0.0147563;REVB=0.0132721;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737497;STB=0.541821;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0219036;OID=.;OPOS=144801243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:12:16:25:14:12:16:25:14 chr8 144801593 . C A 640.99 PASS AF=0.488722;AO=64;DP=132;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.00416438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.742;QD=19.2778;RBI=0.0995025;REFB=-0.0304728;REVB=0.0994154;RO=64;SAF=30;SAR=34;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12693;STB=0.557076;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0350448;OID=.;OPOS=144801593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:64:68:64:65:0.488722:34:30:39:25:35:30:39:29 chr8 144802735 . AG CC,CG 208.88 PASS AF=0.395833,0.0625;AO=17,3;DP=46;FAO=19,3;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9,2;FSAR=10,1;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0104053,0.00742914;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=173.087,146.446;QD=17.4062;RBI=0.0322874,0.0423994;REFB=-0.0298047,-0.0357675;REVB=0.0305648,0.0417435;RO=26;SAF=7,2;SAR=10,1;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.092905,0.177221;STB=0.515206,0.650149;STBP=0.834,0.666;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0364175,-0.0272492;OID=.,.;OPOS=144802735,144802735;OREF=AG,A;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:26:26:17,3:19,3:0.395833,0.0625:10,1:7,2:13:13:10,1:9,2:13:13 chr8 144808747 . G A 59.35 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0931878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7038;QD=15.8276;RBI=0.112899;REFB=-0.00237021;REVB=0.0637349;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566609;STB=0.53325;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0141769;OID=.;OPOS=144808747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:3:4:4:4:3:4 chr8 144810322 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0430149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.229;QD=23.2184;RBI=0.0433217;REFB=0.0180529;REVB=0.00514612;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00159996;OID=.;OPOS=144810322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr8 144811338 . C G 702.97 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.399;QD=61.1279;RBI=0.0590564;REFB=-0.0476344;REVB=0.00849927;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667833;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:21:25:0:0 chr8 144822037 . G T 612.56 PASS AF=0.470149;AO=62;DP=128;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0136379;FXX=0.0289834;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.103;QD=18.2853;RBI=0.0147558;REFB=-0.0296652;REVB=0.00563376;RO=64;SAF=28;SAR=34;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865004;STB=0.535352;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0299068;OID=.;OPOS=144822037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:134:64:71:62:63:0.470149:34:28:23:41:34:29:28:43 chr8 144885580 . A G 2532.95 PASS AF=0.972376;AO=162;DP=168;FAO=176;FDP=181;FR=.;FRO=5;FSAF=91;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.057388;FXX=0.0054942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3353;QD=55.9768;RBI=0.0577181;REFB=-0.0212351;REVB=0.00616351;RO=6;SAF=87;SAR=75;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252303;STB=0.508762;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00570857;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:168:181:6:5:162:176:0.972376:75:87:1:5:85:91:1:4 chr8 144885669 . G C 272.48 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0102139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.582;QD=17.3003;RBI=0.0224868;REFB=-0.0311584;REVB=-0.0200333;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114464;STB=0.564313;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0201456;OID=.;OPOS=144885669;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:19:11:16:17:19:11:16:17 chr8 144889172 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.898;QD=63.583;RBI=0.0568871;REFB=0;REVB=0.0184345;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162916;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:25:22:0:0 chr8 144890873 . A T 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.012;QD=55.0893;RBI=0.00116065;REFB=0;REVB=0.00116065;RO=0;SAF=0;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2026e-06;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:26:0:0:0:26:0:0:0 chr8 144893084 . G A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0159565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.916;QD=24.0668;RBI=0.017446;REFB=-0.0234417;REVB=0.00705367;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181774;STB=0.510191;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0143231;OID=.;OPOS=144893084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:10:6:4:6:10:6:4:6 chr8 144894496 . G A 750.99 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546538;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.601;QD=63.9139;RBI=0.0702684;REFB=0;REVB=0.0441656;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296324;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr8 144895553 . G A 117.06 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0686639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1672;QD=12.0058;RBI=0.113045;REFB=-0.010103;REVB=0.0898027;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512802;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0229752;OID=.;OPOS=144895553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:7:7:12:12:7:7:13:12 chr8 144904690 . A G 246.55 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00232374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5216;QD=46.9618;RBI=0.052567;REFB=-0.0579361;REVB=0.0525157;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00546389;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:1:0:9:11:1:0 chr8 144917790 . A G 252.27 PASS AF=0.38961;AO=29;DP=78;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0313344;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.665;QD=13.1048;RBI=0.0315997;REFB=-0.0325903;REVB=-0.00408663;RO=48;SAF=15;SAR=14;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950174;STB=0.571382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0273734;OID=.;OPOS=144917790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:48:47:29:30:0.38961:14:15:29:19:15:15:29:18 chr8 144940222 . A C 553.67 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.016501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.25;QD=18.3033;RBI=0.0287188;REFB=-0.0311858;REVB=-0.023505;RO=63;SAF=7;SAR=51;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543583;STB=0.806201;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.023297;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:63:58:58:0.479339:51:7:37:26:51:7:37:26 chr8 144940230 . G C 716.29 PASS AF=0.514706;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=59;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.00959986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.328;QD=21.0673;RBI=0.0521272;REFB=-0.0245549;REVB=0.0512356;RO=66;SAF=11;SAR=59;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440177;STB=0.745183;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0318284;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:66:66:70:70:0.514706:59:11:37:29:59:11:37:29 chr8 144940290 . C G 58.34 PASS AF=0.088785;AO=19;DP=214;FAO=19;FDP=214;FR=.;FRO=195;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=136;FWDB=-0.0025351;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2431;QD=1.09054;RBI=0.0203943;REFB=-0.00571362;REVB=-0.0202362;RO=192;SAF=11;SAR=8;SRF=58;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327834;STB=0.699964;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0592631;OID=.;OPOS=144940290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:214:214:192:195:19:19:0.088785:8:11:58:134:9:10:59:136 chr8 144940300 . G A 1341.41 PASS AF=0.596154;AO=124;DP=208;FAO=124;FDP=208;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=93;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=-0.0294009;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.902;QD=25.7964;RBI=0.0294237;REFB=-0.0164517;REVB=0.00115773;RO=81;SAF=31;SAR=93;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140966;STB=0.571416;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.010898;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:81:84:124:124:0.596154:93:31:33:48:93:31:33:51 chr8 144941181 . G C 555.63 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.115;QD=60.0684;RBI=0.0497162;REFB=0;REVB=0.030342;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231501;OID=.;OPOS=144941181;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:15:22:0:0 chr8 144943252 . G C 553.33 PASS AF=0.413793;AO=59;DP=145;FAO=60;FDP=145;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.0413875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1015;QD=15.2642;RBI=0.0453136;REFB=-0.0117604;REVB=0.0184499;RO=84;SAF=27;SAR=32;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195038;STB=0.519078;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0155849;OID=.;OPOS=144943252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:84:85:59:60:0.413793:32:27:40:44:33:27:41:44 chr8 144944176 . T C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00752517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.52;QD=14.6503;RBI=0.0158941;REFB=-0.020374;REVB=-0.0139998;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370608;STB=0.71093;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0198382;OID=.;OPOS=144944176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:7:16:10:21:7:16:10:21 chr8 144944460 . C A 58.43 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0527625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.718;QD=8.05965;RBI=0.0553498;REFB=0.00316599;REVB=-0.0167247;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306884;STB=0.566785;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00358123;OID=.;OPOS=144944460;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:28:29:20:20:8:9:0.310345:5:3:7:13:5:4:7:13 chr8 144944638 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0410721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5895;QD=22.7197;RBI=0.0553288;REFB=-0.0638608;REVB=0.0370723;RO=9;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203306;STB=0.615819;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0244293;OID=.;OPOS=144944638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:3:11:5:4:3:11:5:4 chr8 144945191 . T C 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0456579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.897;QD=13.459;RBI=0.048308;REFB=-0.0105553;REVB=-0.0157804;RO=26;SAF=3;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448047;STB=0.76435;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0217091;OID=.;OPOS=144945191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:13:3:15:11:13:3:15:11 chr8 144945792 . T C 471.95 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.024041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.464;QD=18.328;RBI=0.024424;REFB=-0.021485;REVB=-0.00430824;RO=53;SAF=19;SAR=31;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402028;STB=0.522274;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.021578;OID=.;OPOS=144945792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:31:19:18:35:31:19:18:35 chr8 144945912 . G A 230.24 PASS AF=0.536585;AO=17;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00566505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.83;QD=22.4624;RBI=0.00651721;REFB=-0.0212615;REVB=-0.00322199;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340244;STB=0.675889;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.015428;OID=.;OPOS=144945912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:19:17:22:0.536585:12:5:10:4:16:6:12:7 chr8 144946252 . C T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0163366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.543;QD=24.803;RBI=0.0279898;REFB=-0.0169989;REVB=-0.0227276;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175933;STB=0.5998;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.012946;OID=.;OPOS=144946252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:3:1:6:4:3:1 chr8 144946799 . C T 430.3 PASS AF=0.45283;AO=47;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0199984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.834;QD=16.2378;RBI=0.0262199;REFB=-0.0181689;REVB=0.0169572;RO=57;SAF=33;SAR=14;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13496;STB=0.571398;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0146351;OID=.;OPOS=144946799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:58:47:48:0.45283:14:33:33:24:15:33:33:25 chr8 144990528 . A G 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0263596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.902;QD=5.19177;RBI=0.0588169;REFB=-0.0153673;REVB=-0.0525794;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130174;STB=0.585962;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0725329;OID=.;OPOS=144990528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:3:4:12:14:3:4:12:14 chr8 144991176 . T C 107.16 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00421537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.162;QD=22.5593;RBI=0.00434035;REFB=-0.00379561;REVB=-0.00103407;RO=7;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40371;STB=0.729337;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00183344;OID=.;OPOS=144991176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:9:3:6:1:9:3:6:1 chr8 144992103 . T C 382.49 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=-0.0242924;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.13;QD=16.9994;RBI=0.0317026;REFB=-0.0102398;REVB=-0.0203699;RO=50;SAF=22;SAR=18;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195554;STB=0.608894;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00990788;OID=.;OPOS=144992103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:50:50:40:40:0.444444:18:22:37:13:18:22:37:13 chr8 144992767 . C T 415.59 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0164841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.14;QD=27.7062;RBI=0.0349084;REFB=-0.0170396;REVB=0.0307713;RO=21;SAF=22;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261941;STB=0.514278;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00894507;OID=.;OPOS=144992767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:17:22:11:10:17:22:11:10 chr8 144992862 . A G 228.24 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00581982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.222;QD=20.7487;RBI=0.00948142;REFB=-0.015597;REVB=0.00748512;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124079;STB=0.571343;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00481168;OID=.;OPOS=144992862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:17:17:0.386364:6:11:11:10:6:11:11:10 chr8 144993324 . C T 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.11114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.796;QD=14.0778;RBI=0.115878;REFB=-0.0459797;REVB=-0.032795;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294635;STB=0.659715;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0230322;OID=.;OPOS=144993324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:9:3:8:7:9:3:8:8 chr8 144993377 . A G 198.6 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0503932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2333;QD=19.3758;RBI=0.0520854;REFB=-0.00924963;REVB=0.0131685;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320247;STB=0.679173;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00794457;OID=.;OPOS=144993377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:9:11:4:17:9:11:4:17 chr8 144995494 . C T 460.66 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0358552;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.351;QD=21.4261;RBI=0.0359909;REFB=-0.0369756;REVB=0.00312211;RO=41;SAF=17;SAR=28;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334975;STB=0.51851;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0242004;OID=.;OPOS=144995494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:41:41:45:45:0.523256:28:17:17:24:28:17:17:24 chr8 144995736 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00821661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.211;QD=15.2621;RBI=0.0248959;REFB=0.00036073;REVB=0.0235009;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441132;STB=0.756355;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.000149595;OID=.;OPOS=144995736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:11:5:10:3:11:5 chr8 144996029 . A G 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0493921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.163;QD=19.1072;RBI=0.0509149;REFB=-0.0363425;REVB=-0.0123592;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152681;STB=0.588041;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.014242;OID=.;OPOS=144996029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:4:2:5:4:4:2 chr8 144996408 . T G 286.41 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00242523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.213;QD=18.1845;RBI=0.00500449;REFB=-0.0302933;REVB=-0.00437758;RO=31;SAF=13;SAR=18;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153227;STB=0.57369;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0292285;OID=.;OPOS=144996408;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:18:13:8:23:18:13:9:23 chr8 144997927 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.021306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1221;QD=18.8859;RBI=0.108589;REFB=0.00309153;REVB=0.106479;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151251;STB=0.588011;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00424889;OID=.;OPOS=144997927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:2:3:3:5:2:3 chr8 144998444 . C T 48.83 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0855457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1006;QD=13.9526;RBI=0.0929092;REFB=0.0267602;REVB=0.03625;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125462;STB=0.574264;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0152089;OID=.;OPOS=144998444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:2:5:4:3:2:5 chr8 144999417 . C T 55.06 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0979027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1641;QD=9.57532;RBI=0.103119;REFB=0.00592506;REVB=0.0323811;RO=15;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456052;STB=0.787884;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.000469668;OID=.;OPOS=144999417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:7:1:7:8:7:1:7:8 chr8 145001031 . T C 350.86 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0206561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.881;QD=15.4225;RBI=0.0250535;REFB=-0.0361615;REVB=0.0141776;RO=52;SAF=14;SAR=24;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138458;STB=0.573437;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0413704;OID=.;OPOS=145001031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:53:38:38:0.417582:24:14:26:26:24:14:26:27 chr8 145001038 . G A 553.14 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00361359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.882;QD=24.584;RBI=0.0173852;REFB=-0.0143983;REVB=0.0170055;RO=39;SAF=24;SAR=27;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089185;STB=0.548794;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0124933;OID=.;OPOS=145001038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:27:24:14:25:27:24:14:25 chr8 145001509 . T C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0223698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9482;QD=22.9566;RBI=0.0273947;REFB=-0.0153036;REVB=-0.0158134;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176453;STB=0.599867;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00677128;OID=.;OPOS=145001509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:12:4:5:6:12:4:5:6 chr8 145001588 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0293688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.939;QD=26.0262;RBI=0.0322077;REFB=-0.0457977;REVB=0.0132215;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281147;STB=0.666027;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00239795;OID=.;OPOS=145001588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:0:1:1:5:0:1 chr8 145007187 . G A 168.71 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.167939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4236;QD=17.3032;RBI=0.175512;REFB=-0.0587066;REVB=0.0510018;RO=16;SAF=3;SAR=14;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994104;STB=0.689413;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0623711;OID=.;OPOS=145007187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:21:17:18:0.461538:14:3:4:12:15:3:9:12 chr8 145008560 . A G 205.45 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00589542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.028;QD=16.4358;RBI=0.0341086;REFB=-0.0246636;REVB=-0.0335952;RO=28;SAF=5;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187176;STB=0.6223;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0294891;OID=.;OPOS=145008560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:16:5:11:17:16:5:12:17 chr8 145011204 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0013656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.597;QD=17.3212;RBI=0.0435986;REFB=-0.0158752;REVB=-0.0435772;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186679;STB=0.588128;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0116771;OID=.;OPOS=145011204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:8:8:5:12:8:8:6:12 chr8 145057868 . A G 427.51 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0126777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3509;QD=22.2085;RBI=0.0310146;REFB=-0.0341711;REVB=-0.0283051;RO=35;SAF=27;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379807;STB=0.520948;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0228446;OID=.;OPOS=145057868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:15:27:21:14:15:27:21:14 chr8 145058986 . A G 163.07 PASS AF=0.53125;AO=15;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0101614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.199;QD=20.3839;RBI=0.0220476;REFB=-0.0292256;REVB=-0.0195664;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135139;STB=0.51011;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.035453;OID=.;OPOS=145058986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:11:15:15:17:0.53125:10:5:2:9:11:6:5:10 chr8 145059425 . T C 80.32 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0261163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.362;QD=16.9091;RBI=0.0295502;REFB=-0.0380316;REVB=0.0138258;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214946;STB=0.627605;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0128517;OID=.;OPOS=145059425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:9:1:2:7:9:1:2:7 chr8 145060112 . G A 154.11 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.040997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.114;QD=14.3357;RBI=0.0566807;REFB=0.000502851;REVB=0.0391402;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132462;STB=0.586856;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.000535387;OID=.;OPOS=145060112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:8:9:10:15:8:9:10:16 chr8 145066886 . A G 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.607;QD=60.6049;RBI=0.0599126;REFB=0;REVB=-0.0372152;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11264e-05;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr8 145107795 . G A 770.61 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00858925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.008;QD=55.0436;RBI=0.0169442;REFB=-0.0194188;REVB=0.0146059;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149647;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000584079;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:0:1:31:24:0:1 chr8 145150832 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.721;QD=46.8479;RBI=0.00892721;REFB=0;REVB=-0.00426441;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02334e-05;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:11:3:0:0:12:3:0:0 chr8 145154282 . G A 161.41 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0363039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.164;QD=18.9898;RBI=0.0376072;REFB=-0.0389042;REVB=0.00981484;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362131;STB=0.70564;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0212079;OID=.;OPOS=145154282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:12:5:12:5:12:5:12:5 chr8 145160646 . T C 419.97 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.641;QD=55.9963;RBI=0.036576;REFB=0;REVB=0.00115306;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042367;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chr8 145161823 . G A 86.05 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350706;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.951;QD=38.2441;RBI=0.040093;REFB=0;REVB=-0.0194295;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00656201;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:9:0:0:10:9:1:6:4:0:0:5:4:0:0 chr8 145161896 . T C 327.82 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282723;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0026;QD=54.6371;RBI=0.0719142;REFB=0;REVB=-0.0661236;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00896e-05;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr8 145163414 . C G 1448.54 PASS AF=0.980198;AO=100;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0235711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7018;QD=57.3678;RBI=0.0505187;REFB=-0.0737396;REVB=0.0446827;RO=1;SAF=68;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014592;STB=0.503988;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0011413;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:1:2:100:99:0.980198:32:68:0:1:32:67:1:1 chr8 145163477 . GGC G,GG,GGG 420.19 PASS AF=0,0.910714,0;AO=12,27,5;DP=60;FAO=0,51,0;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=0,32,0;FSAR=0,19,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0751678,-0.0565621,0.0207718;FXX=0.0666556;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=8.99568,12.6896,5.61639;QD=30.0137;RBI=0.325345,0.262906,0.59555;REFB=0.126785,-0.0875798,-0.22542;REVB=-0.316543,0.256749,0.595188;RO=11;SAF=3,26,2;SAR=9,1,3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0.418605,0,0;SSEP=0,0.533333,0;SSSB=-0.198673,0.624648,-0.059321;STB=0.5,0.536218,0.5;STBP=1,0.119,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0686402,0.0248573,0.0372983;OID=.,.,.;OPOS=145163478,145163479,145163479;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.910714,0:12,27,5:60:0,51,0:56:5:0,32,0:0,19,0:5:0:14:11:3,26,2:9,1,3:5:6 chr8 145163647 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.078;QD=37.4878;RBI=0.0587974;REFB=0;REVB=0.0386385;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222891;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr8 145164847 . A G 207.06 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0738984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1454;QD=48.7193;RBI=0.0792319;REFB=0;REVB=-0.0285782;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00425042;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr8 145166134 . C G 238.29 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00538984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.316;QD=16.1555;RBI=0.00575933;REFB=-0.00995266;REVB=-0.00202965;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21566;STB=0.609556;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0135216;OID=.;OPOS=145166134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:14:13:8:23:14:13:9:23 chr8 145168611 . A G 681.35 PASS AF=0.830769;AO=53;DP=65;FAO=54;FDP=65;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.024513;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.46;QD=41.9295;RBI=0.024907;REFB=-0.0712041;REVB=0.00441297;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.548165;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00153708;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:0:11:53:54:0.830769:28:25:0:0:29:25:2:9 chr8 145170440 . A C 889.4 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305419;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.032;QD=58.3215;RBI=0.0313248;REFB=0;REVB=-0.0069593;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60347e-05;OID=.;OPOS=145170440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr8 145170704 . A C,T 464.99 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=3,30;DP=33;FAO=3,30;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=3,9;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216239,0.099382;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.268,49.438;QD=56.3619;RBI=0.0249523,0.105091;REFB=0,0;REVB=0.0124509,0.0341651;RO=0;SAF=3,9;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.092637,0.0080493;OID=.,.;OPOS=145170704,145170704;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:33:33:0:0:3,30:3,30:0.0909091,0.909091:0,21:3,9:0:0:0,21:3,9:0:0 chr8 145223288 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.372;QD=50.4132;RBI=0.05049;REFB=0;REVB=0.00501842;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064673;OID=.;OPOS=145223288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr8 145578296 . A G 323.53 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=0.0127797;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.288;QD=16.3812;RBI=0.0597131;REFB=-0.00138614;REVB=-0.0583296;RO=43;SAF=21;SAR=14;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205853;STB=0.618723;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00404483;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:35:35:0.443038:14:21:34:9:14:21:35:9 chr8 145603114 . A C 102.27 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0517646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.505;QD=9.09043;RBI=0.0588288;REFB=-0.0088449;REVB=-0.0279511;RO=30;SAF=1;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534264;STB=0.829139;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0243581;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:30:32:13:13:0.288889:12:1:12:18:12:1:12:20 chr8 145618597 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00725076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.073;QD=14.3337;RBI=0.0192548;REFB=-0.0063499;REVB=0.0178374;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265087;STB=0.651894;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0118051;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:1:9:6:3:1:9 chr8 145623963 . G A 175.22 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.021232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.421;QD=11.8792;RBI=0.021745;REFB=-0.0374015;REVB=0.00469585;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053986;STB=0.520046;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0685884;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:13:9:13:23:13:9:14:23 chr8 145639726 . T C 1558.31 PASS AF=1;AO=100;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000473586;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4409;QD=59.935;RBI=0.136124;REFB=0;REVB=0.136123;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000808;OID=.;OPOS=145639726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:100:104:1:54:46:0:0:58:46:0:0 chr8 145640411 . A G 575.29 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000459519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.155;QD=60.557;RBI=0.0109459;REFB=0;REVB=-0.0109362;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7719e-05;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:17:21:0:0 chr8 145641328 . C T 424.38 PASS AF=0.488636;AO=42;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.021565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.885;QD=19.2901;RBI=0.0351287;REFB=-0.0111926;REVB=0.0277304;RO=45;SAF=21;SAR=21;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930109;STB=0.533883;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0261714;OID=.;OPOS=145641328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:42:43:0.488636:21:21:27:18:21:22:26:19 chr8 145641347 . G A 512.49 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00142178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.249;QD=21.5784;RBI=0.0302041;REFB=-0.0357973;REVB=0.0301706;RO=43;SAF=25;SAR=24;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579428;STB=0.525966;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0242108;OID=.;OPOS=145641347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:43:46:49:49:0.515789:24:25:19:24:24:25:21:25 chr8 145641392 . G A 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0128202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.179;QD=16.4504;RBI=0.0142889;REFB=-0.0100221;REVB=0.00630992;RO=45;SAF=9;SAR=27;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222114;STB=0.625824;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0135178;OID=.;OPOS=145641392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:27:9:20:25:27:9:20:25 chr8 145641564 . T G 142.02 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00808429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.416;QD=13.8556;RBI=0.00810038;REFB=-0.0072881;REVB=-0.000510337;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322766;STB=0.701035;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0139179;OID=.;OPOS=145641564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:12:4:13:11:12:4:14:11 chr8 145642002 . C T 141.24 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0791937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7048;QD=13.4512;RBI=0.0795604;REFB=-0.000783368;REVB=-0.00762934;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163822;STB=0.595123;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00243856;OID=.;OPOS=145642002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:9:17:8:8:9:17 chr8 145652340 . TGGGGGGGGC TGGGGGGGCG 36.33 PASS AF=0.104762;AO=14;DP=108;FAO=11;FDP=105;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=94;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=29;FWDB=-0.0428163;FXX=0.0186898;HRUN=8;LEN=2;MLLD=80.9288;QD=1.38392;RBI=0.0944208;REFB=-0.00810364;REVB=-0.0841549;RO=46;SAF=6;SAR=8;SRF=38;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482269;STB=0.70556;STBP=0.199;TYPE=mnp;VARB=0.154873;OID=.;OPOS=145652348;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=TGGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.104762:14:108:11:105:94:5:6:65:29:36:46:6:8:38:8 chr8 145661320 . G A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0195823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.327;QD=19.9285;RBI=0.0284802;REFB=-0.0273952;REVB=0.0206798;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209806;STB=0.61886;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0277987;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:7:2:6:6:7:2 chr8 145661675 . G A 48.82 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0583097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8853;QD=13.9493;RBI=0.120365;REFB=0.012037;REVB=0.105299;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334793;STB=0.705189;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00173731;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:4:3:1:6:4:3 chr8 145665407 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0161412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.233;QD=12.0517;RBI=0.0169392;REFB=-0.0299457;REVB=-0.00513815;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170594;STB=0.510181;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0445435;OID=.;OPOS=145665407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:6:7:5:4:6:7 chr8 145665516 . T C 307.64 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.176;QD=51.2741;RBI=0.0307003;REFB=0;REVB=0.0142895;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344048;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:14:10:0:0 chr8 145665761 . G A 509.94 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0396828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.337;QD=23.7182;RBI=0.0437748;REFB=-0.0547696;REVB=0.0184798;RO=36;SAF=25;SAR=23;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102918;STB=0.543986;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0387977;OID=.;OPOS=145665761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:38:48:48:0.55814:23:25:14:22:23:25:16:22 chr8 145689915 . G A 1072.81 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0521348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.27;QD=57.2163;RBI=0.0877936;REFB=-0.152105;REVB=0.0706377;RO=2;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201214;STB=0.510635;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00176821;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:46:27:0:2:46:27:0:2 chr8 145690308 . C T 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.709;QD=60.3759;RBI=0.0414094;REFB=0;REVB=0.0201373;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160873;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr8 145690348 . G A 674.6 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0557203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5289;QD=49.0619;RBI=0.0665966;REFB=-0.0529546;REVB=0.0364741;RO=4;SAF=37;SAR=14;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783192;STB=0.541757;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0173908;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:55:4:4:51:51:0.927273:14:37:1:3:14:37:1:3 chr8 145690396 . A C 734.91 PASS AF=0.916667;AO=55;DP=61;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.000303687;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9776;QD=48.994;RBI=0.00547312;REFB=-0.110546;REVB=0.00546469;RO=4;SAF=31;SAR=24;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570344;STB=0.5373;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00460741;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:61:60:4:5:55:55:0.916667:24:31:4:0:24:31:5:0 chr8 145692385 . C T 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3891;QD=56.7037;RBI=0.0124944;REFB=0;REVB=-0.00877076;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40841e-06;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr8 145693720 . A G 2834.14 PASS AF=0.98913;AO=183;DP=184;FAO=182;FDP=184;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00022095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.694;QD=61.6117;RBI=0.0252829;REFB=-0.00593612;REVB=0.025282;RO=0;SAF=91;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05065e-08;STB=0.505494;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=6.49608e-05;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:184:184:0:2:183:182:0.98913:92:91:0:0:92:90:2:0 chr8 145699761 . GCC GC,G,GGC 128.36 PASS AF=0.270833,0.229167,0;AO=13,11,3;DP=48;FAO=13,11,0;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12,11,0;FSAR=1,0,0;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.141577,-0.0727102,-0.10759;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=11.9721,25.6598,16.3128;QD=10.6969;RBI=0.164532,0.0854599,0.111439;REFB=-0.130929,-0.0678708,-0.0599294;REVB=0.0838268,0.0449068,-0.029036;RO=17;SAF=13,11,2;SAR=0,0,1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0.243808,0.243808,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.812495,0.798225,0.214282;STB=0.86598,0.998806,0.5;STBP=0.013,0.002,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0817959,0.0159978,0.0566533;OID=.,.,.;OPOS=145699762,145699762,145699762;OREF=C,CC,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GC,G,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270833,0.229167,0:13,11,3:48:13,11,0:48:24:12,11,0:1,0,0:12:12:38:17:13,11,2:0,0,1:8:9 chr8 145723419 . T G 159.79 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0059592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.056;QD=10.4781;RBI=0.0481342;REFB=-0.0159248;REVB=-0.0477639;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637573;STB=0.548241;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0271496;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:40:20:21:0.344262:10:10:15:19:10:11:18:22 chr8 145724275 . T C 135.45 PASS AF=0.32;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0129244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6173;QD=10.8362;RBI=0.0144629;REFB=-0.0153183;REVB=0.00649133;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106139;STB=0.581988;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0166964;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:34:34:15:16:0.32:8:7:19:15:9:7:19:15 chr8 145729727 . C A 289.19 PASS AF=0.373626;AO=31;DP=88;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=45;FWDB=-0.00500155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.541;QD=12.7118;RBI=0.0159138;REFB=-0.032772;REVB=-0.0151073;RO=52;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371167;STB=0.695718;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0650414;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:52:57:31:34:0.373626:13:18:12:40:16:18:12:45 chr8 145737636 . A G 669.53 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6962;QD=62.2817;RBI=0.0194758;REFB=0;REVB=-0.00322765;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350323;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:20:23:0:0 chr8 145737816 . C T 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0136302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.417;QD=13.9571;RBI=0.0148765;REFB=-0.0765385;REVB=0.00596044;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0658652;OID=.;OPOS=145737816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:4:3:3:4:4:3 chr8 145738767 . CG CC,C 628.08 PASS AF=0,1;AO=2,39;DP=44;FAO=0,44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102192,0.102007;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=6.01388,23.6811;QD=57.098;RBI=0.110527,0.105019;REFB=0,0;REVB=-0.0421061,-0.0249711;RO=1;SAF=0,23;SAR=2,16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0199479;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0225877,0.00344059;OID=.,.;OPOS=145738768,145738768;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,39:44:0,44:44:0:0,24:0,20:0:0:4:1:0,23:2,16:1:0 chr8 145741702 . C G 154.47 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0418799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0152;QD=19.9321;RBI=0.041988;REFB=-0.00702095;REVB=0.00301064;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806815;STB=0.56513;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0232453;OID=.;OPOS=145741702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:32:31:9:13:15:15:0.483871:10:5:4:5:9:6:7:6 chr8 145741765 . G A 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0136503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.863;QD=14.6643;RBI=0.0306337;REFB=0.00703848;REVB=-0.0274243;RO=21;SAF=13;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187151;STB=0.61057;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0097208;OID=.;OPOS=145741765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:2:13:16:5:2:13:16:5 chr8 145742514 . A G 2588.18 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148552;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.614;QD=61.9924;RBI=0.0148564;REFB=0;REVB=0.000187485;RO=0;SAF=98;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33877e-05;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:167:167:1:69:98:0:0:69:98:0:0 chr8 145742879 . T C 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.110475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8496;QD=6.57346;RBI=0.110713;REFB=-0.010907;REVB=-0.00724903;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00935593;OID=.;OPOS=145742879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:8:8:3:3:8:8 chr8 145745182 . T C 1371.01 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3646;QD=62.3185;RBI=0.0211427;REFB=0;REVB=-0.0143585;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126571;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:32:54:0:0:32:56:0:0 chr8 145756170 . G A 755.65 PASS AF=0.462428;AO=80;DP=173;FAO=80;FDP=173;FR=.;FRO=93;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.0103111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.28;QD=17.4718;RBI=0.0418667;REFB=-0.0266905;REVB=0.0405771;RO=89;SAF=40;SAR=40;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802939;STB=0.549121;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0134278;OID=.;OPOS=145756170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:89:93:80:80:0.462428:40:40:37:52:40:40:38:55 chr8 146010776 . T C 128.73 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00151925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.89;QD=12.5593;RBI=0.0201025;REFB=-0.0133947;REVB=0.020045;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270961;STB=0.660551;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0338525;OID=.;OPOS=146010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:11:4:13:13:11:4:13:13 chr8 146010817 . C A 169.89 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00880359;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.74;QD=16.1804;RBI=0.038646;REFB=-0.0133796;REVB=-0.0376299;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287999;STB=0.516556;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0155083;OID=.;OPOS=146010817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:10:14:11:7:10:14 chr8 146045868 . T C 131.52 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0268951;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.223;QD=13.489;RBI=0.0321661;REFB=-0.0019725;REVB=0.0176439;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745361;STB=0.543422;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00882141;OID=.;OPOS=146045868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:16:8:6:9:16:8 chr8 146067054 . G A 188.28 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0457268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.775;QD=20.92;RBI=0.0504572;REFB=-0.0329992;REVB=-0.0213303;RO=17;SAF=14;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420107;STB=0.736593;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0379982;OID=.;OPOS=146067054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:5:14:4:13:5:14:4:13 chr8 146068322 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00409115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.243;QD=20.2685;RBI=0.0055979;REFB=-0.00366014;REVB=0.00382086;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00527828;OID=.;OPOS=146068322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:11:10:10:11:11:10:10:11 chr8 146068594 . T C 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.795;QD=55.0926;RBI=0.062211;REFB=0;REVB=0.0347034;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000899358;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr8 146076708 . C T 368.92 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00729927;FXX=0.0111099;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.1969;QD=16.5804;RBI=0.0279865;REFB=-0.0238994;REVB=0.0270179;RO=45;SAF=22;SAR=18;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790903;STB=0.522023;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0210341;OID=.;OPOS=146076708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:45:49:40:40:0.449438:18:22:21:24:18:22:25:24 chr8 146115367 . A G 786.4 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9265;QD=62.9117;RBI=0.0837373;REFB=0;REVB=0.0626608;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208938;OID=.;OPOS=146115367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:20:27:0:0:22:28:0:0 chr8 146156247 . C A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00929362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.381;QD=18.4984;RBI=0.0191013;REFB=-0.0121089;REVB=0.016688;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133523;STB=0.574532;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.011654;OID=.;OPOS=146156247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:14:13:9:18:14:13:9:18 chr8 146171437 . A G 224.89 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0191506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.183;QD=19.9905;RBI=0.0271459;REFB=-0.00538231;REVB=-0.0192394;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293246;STB=0.663894;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00617718;OID=.;OPOS=146171437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:12:10:18:5:12:10:18:5 chr8 146229160 . GT AG,GA 695.56 PASS AF=0.0625,0.916667;AO=3,40;DP=48;FAO=3,44;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=2,29;FSAR=1,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288298,0.0280611;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=205.042,234.783;QD=57.9637;RBI=0.0291349,0.0282737;REFB=-0.0521188,-0.0462662;REVB=-0.0042059,-0.00346085;RO=1;SAF=2,28;SAR=1,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163246,-0.0164593;STB=0.59939,0.508471;STBP=0.681,0.614;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00873741,0.000476233;OID=.,.;OPOS=146229160,146229161;OREF=GT,T;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:48:48:1:1:3,40:3,44:0.0625,0.916667:1,12:2,28:1:0:1,15:2,29:1:0 chr9 154795 . T C 837.87 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0344278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6577;QD=54.9423;RBI=0.0350687;REFB=-0.127603;REVB=0.00667404;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.509801;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00093972;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:0:1:59:60:0.983607:34:25:0:0:35:25:1:0 chr9 162405 . C G 112.57 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00188419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8558;QD=37.5216;RBI=0.0170485;REFB=-0.118889;REVB=-0.016944;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00470675;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:11:12:0:1:11:11:0.916667:5:6:0:0:5:6:1:0 chr9 214804 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=34;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.42;QD=59.0541;RBI=0.02206;REFB=0;REVB=0.0211772;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129697;OID=.;OPOS=214804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:34:39:1:12:22:0:0:17:22:0:0 chr9 214864 . C T 1498.03 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00240455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.017;QD=61.7743;RBI=0.0499598;REFB=-0.131705;REVB=0.0499019;RO=2;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158007;STB=0.504064;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000967396;OID=.;OPOS=214864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:97:2:1:94:96:0.989691:59:35:0:2:61:35:0:1 chr9 215494 . C T 1434.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000833277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.251;QD=63.0506;RBI=0.0310208;REFB=0;REVB=0.0310096;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50854e-05;OID=.;OPOS=215494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:48:42:0:0:49:42:0:0 chr9 215511 . C T 1507.28 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.116;QD=62.1559;RBI=0.00188544;REFB=-0.106102;REVB=-0.00137185;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310737;OID=.;OPOS=215511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:97:0:0:95:97:1:49:46:0:0:51:46:0:0 chr9 286593 . C A 1223.97 PASS AF=0.923077;AO=83;DP=90;FAO=84;FDP=91;FR=.;FRO=7;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0183489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9439;QD=53.801;RBI=0.052836;REFB=0.0195144;REVB=0.0495476;RO=7;SAF=34;SAR=49;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458356;STB=0.52447;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0160455;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:90:91:7:7:83:84:0.923077:49:34:5:2:50:34:5:2 chr9 421032 . C G 657.38 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.064;QD=59.7619;RBI=0.0145258;REFB=0.0253501;REVB=0.000782711;RO=1;SAF=9;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136157;STB=0.507243;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0011941;OID=.;OPOS=421032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:34:9:0:1:34:9:0:1 chr9 429719 . T C 662.13 PASS AF=0.9;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00718402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8954;QD=52.9707;RBI=0.0107698;REFB=-0.0206597;REVB=-0.00802365;RO=4;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302355;STB=0.504502;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00969348;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:50:50:4:5:45:45:0.9:25:20:1:3:25:20:2:3 chr9 433978 . A G 685.48 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0167302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.387;QD=50.7759;RBI=0.0167683;REFB=0.115766;REVB=-0.00113043;RO=3;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042124;STB=0.522379;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00455567;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:32:19:0:3:32:19:0:3 chr9 441952 . G A,T 601.08 PASS AF=0.95,0.05;AO=38,2;DP=40;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112081,0.00858931;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.649,157.16;QD=60.1084;RBI=0.0112322,0.0148604;REFB=0,0;REVB=0.000734405,0.0121267;RO=0;SAF=15,1;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00167834,-0.000836714;OID=.,.;OPOS=441952,441952;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:40:40:0:0:38,2:38,2:0.95,0.05:23,1:15,1:0:0:23,1:15,1:0:0 chr9 676954 . T C 687.99 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.658;QD=62.545;RBI=0.0669144;REFB=0;REVB=0.0654724;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215272;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr9 712137 . G C 340.56 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00677716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.561;QD=23.4865;RBI=0.0335141;REFB=-0.0218861;REVB=0.0328217;RO=24;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407926;STB=0.522436;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.015619;OID=.;OPOS=712137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:18:16:10:14:18:16:10:14 chr9 712156 . T G 329.92 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0132563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.099;QD=23.1524;RBI=0.0207859;REFB=-0.0143704;REVB=-0.0160101;RO=22;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332166;STB=0.519219;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0126908;OID=.;OPOS=712156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:22:24:33:33:0.578947:15:18:11:11:15:18:12:12 chr9 712674 . C T 195.75 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00961161;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.309;QD=17.0215;RBI=0.00969383;REFB=-0.0100058;REVB=0.00125988;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105214;STB=0.559942;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0127517;OID=.;OPOS=712674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:17:9:9:11:17:9 chr9 712766 . G A 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00439131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.747;QD=22.1882;RBI=0.0113177;REFB=-0.010026;REVB=0.010431;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196107;STB=0.510992;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00738386;OID=.;OPOS=712766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:11:10:9:9:11:10:9:9 chr9 713307 . A G 59.38 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0281198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.024;QD=15.8354;RBI=0.0397925;REFB=-0.00575342;REVB=0.0281552;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379034;STB=0.72356;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00821468;OID=.;OPOS=713307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:5:2:6:2:5:2 chr9 730054 . A G 176.12 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00628725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8883;QD=10.2099;RBI=0.00983971;REFB=-0.0090155;REVB=0.00756904;RO=45;SAF=8;SAR=15;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236955;STB=0.632068;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0209781;OID=.;OPOS=730054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:46:23:23:0.333333:15:8:25:20:15:8:25:21 chr9 731224 . A G 226.38 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0206712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.5954;QD=17.0856;RBI=0.0218583;REFB=-0.0178924;REVB=0.00710542;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184807;STB=0.60358;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0147845;OID=.;OPOS=731224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:8:20:13:12:8:20 chr9 738434 . C T 325.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00667757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.482;QD=14.8062;RBI=0.0130141;REFB=-0.00782556;REVB=-0.0111703;RO=51;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591813;STB=0.53907;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0104225;OID=.;OPOS=738434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:52:36:36:0.409091:17:19:24:27:17:19:24:28 chr9 740901 . C T 418.32 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00453267;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.256;QD=17.0743;RBI=0.00953371;REFB=0.00472985;REVB=0.00838729;RO=53;SAF=17;SAR=26;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394003;STB=0.523822;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00657211;OID=.;OPOS=740901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:53:55:43:43:0.438776:26:17:23:30:26:17:24:31 chr9 742342 . A G 413.65 PASS AF=1;AO=22;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0797029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9303;QD=57.0547;RBI=0.134691;REFB=0;REVB=0.108578;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00804667;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:22:29:1:15:7:0:0:22:7:0:0 chr9 990653 . G T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.023264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.618;QD=22.7239;RBI=0.0234175;REFB=-0.0154575;REVB=-0.0026764;RO=16;SAF=4;SAR=16;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592253;STB=0.533299;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00931379;OID=.;OPOS=990653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:16:4:4:12:16:4:4:12 chr9 991114 . A G 256.79 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0288598;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6606;QD=15.8023;RBI=0.0288601;REFB=0.0308908;REVB=-0.000118916;RO=37;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713545;STB=0.509911;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0375036;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:36:29:29:0.446154:19:10:13:24:19:10:13:23 chr9 1001922 . C G 348.85 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0140352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4964;QD=22.8753;RBI=0.0197747;REFB=-0.0162017;REVB=-0.0139303;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266183;STB=0.514656;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0113776;OID=.;OPOS=1001922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:16:19:15:11:16:19:15:11 chr9 1056959 . G A,C 439.96 PASS AF=0.0967742,0.903226;AO=3,28;DP=32;FAO=3,28;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770932,-0.00137659;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.1811,145.033;QD=56.7693;RBI=0.0101153,0.0113432;REFB=0,0;REVB=0.00654865,0.0112594;RO=0;SAF=1,8;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.75204e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.116455,-0.00148031;OID=.,.;OPOS=1056959,1056959;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:32:31:0:0:3,28:3,28:0.0967742,0.903226:2,20:1,8:0:0:2,20:1,8:0:0 chr9 1057555 . T C 1062.33 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000868779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.884;QD=59.8494;RBI=0.00683069;REFB=0;REVB=-0.00677522;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43127e-05;OID=.;OPOS=1057555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr9 2101545 . T A 173.77 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0679646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6455;QD=19.308;RBI=0.0682997;REFB=-0.0176075;REVB=-0.00675729;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146151;STB=0.582731;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0201638;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:7:11:8:10:7:11 chr9 2645743 . C T 93.76 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0362616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.793;QD=10.7156;RBI=0.0442616;REFB=-0.0300034;REVB=0.0253809;RO=23;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578504;STB=0.86594;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0361955;OID=.;OPOS=2645743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:34:35:23:23:11:12:0.342857:10:1:12:11:11:1:12:11 chr9 2717922 . C G 613.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.038;QD=61.3349;RBI=0.0523505;REFB=0;REVB=0.0263682;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139903;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr9 2718498 . A G 99.72 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0457758;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0381;QD=13.7549;RBI=0.0461159;REFB=-0.000614541;REVB=0.00559003;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228527;STB=0.618844;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000467436;OID=.;OPOS=2718498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:17:12:12:0.413793:8:4:9:7:8:4:9:8 chr9 2718534 . C G 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0143802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.7;QD=17.0986;RBI=0.0159457;REFB=-0.00803433;REVB=-0.00689022;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413564;STB=0.523775;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0117006;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:9:5:6:9:9:5:6:9 chr9 2729475 . C T 386.27 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0313237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.916;QD=18.1774;RBI=0.0352068;REFB=-0.0159386;REVB=0.0160731;RO=45;SAF=20;SAR=20;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316064;STB=0.517638;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0142892;OID=.;OPOS=2729475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:20:20:24:21:20:20:24:21 chr9 2729686 . C G 207.73 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00486893;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.618;QD=15.1074;RBI=0.0131788;REFB=-0.0129865;REVB=-0.0122463;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157594;STB=0.598995;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0121595;OID=.;OPOS=2729686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:9:15:14:16:9:15:14:17 chr9 2811505 . G A 530.38 PASS AF=0.53;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.013949;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.569;QD=21.2152;RBI=0.0171469;REFB=-0.0166674;REVB=-0.00997208;RO=46;SAF=25;SAR=28;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871273;STB=0.542015;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0184621;OID=.;OPOS=2811505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:46:47:53:53:0.53:28:25:17:29:28:25:18:29 chr9 2828765 . C G 140.24 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.019915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.932;QD=16.4991;RBI=0.021863;REFB=-0.0537708;REVB=0.00902119;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058016;STB=0.529375;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0322734;OID=.;OPOS=2828765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:17:18:15:16:0.470588:8:7:9:8:8:8:10:8 chr9 3824936 . T A 215.04 PASS AF=0.863636;AO=13;DP=16;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0329299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.033;QD=39.0985;RBI=0.0419238;REFB=-0.0165273;REVB=0.0259467;RO=3;SAF=0;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.825085;STB=0.64267;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00404378;OID=.;OPOS=3824936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:22:3:3:13:19:0.863636:13:0:1:2:18:1:1:2 chr9 4118208 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.879;QD=44.6898;RBI=0.0206471;REFB=0;REVB=-0.0204833;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208319;OID=.;OPOS=4118208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr9 4576680 . T C 199.13 PASS AF=0.4;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00447661;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.844;QD=13.2756;RBI=0.0593275;REFB=-0.0134372;REVB=0.0591584;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711603;STB=0.543441;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0203882;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:23:24:0.4:14:9:16:19:15:9:16:20 chr9 4664829 . T C 375.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3662;QD=55.636;RBI=0.0308107;REFB=0;REVB=0.0298147;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343551;OID=.;OPOS=4664829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr9 4706214 . C T 260.21 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0190517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.69;QD=24.7821;RBI=0.0229032;REFB=-0.0178477;REVB=-0.0127117;RO=15;SAF=6;SAR=18;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179552;STB=0.573465;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0208655;OID=.;OPOS=4706214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:15:18:24:24:0.571429:18:6:7:8:18:6:7:11 chr9 4711440 . T A 710.99 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0685;QD=60.5096;RBI=0.0400164;REFB=-0.121914;REVB=-0.0368363;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018429;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.002628;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:20:25:1:0:21:25:1:0 chr9 5094034 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.331;QD=58.1421;RBI=0.0267452;REFB=0;REVB=0.0197644;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012141;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr9 5095049 . ATAGAG A 340.74 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316956;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=299.122;QD=54.5177;RBI=0.0595862;REFB=0;REVB=0.0504569;RO=0;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000251153;OID=.;OPOS=5095050;OREF=TAGAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:24:25:25:0:22:3:0:0:4:0:21:3:0:0 chr9 5335470 . C T 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.695;QD=62.4649;RBI=0.036399;REFB=0;REVB=-0.0137463;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129596;OID=.;OPOS=5335470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chr9 5431913 . A G 236.68 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0157223;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.403;QD=13.3338;RBI=0.0158111;REFB=-0.0125094;REVB=0.00167304;RO=42;SAF=16;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231541;STB=0.530675;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0161822;OID=.;OPOS=5431913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:27:28:0.394366:11:16:24:18:11:17:24:19 chr9 5557672 . T C 1787.98 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0131903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4685;QD=60.1;RBI=0.0779467;REFB=0.0363626;REVB=-0.0768225;RO=1;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747975;STB=0.503936;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00621221;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:63:55:0:1:63:55:0:1 chr9 5732483 . T C 471.48 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0105352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.334;QD=23.574;RBI=0.0530716;REFB=-0.00607936;REVB=0.0520154;RO=33;SAF=27;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671291;STB=0.538444;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0039835;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:35:45:45:0.5625:18:27:17:16:18:27:18:17 chr9 5774225 . T G 670.13 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0150712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.575;QD=21.4443;RBI=0.0311129;REFB=-0.0273264;REVB=0.027219;RO=59;SAF=32;SAR=34;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00883904;STB=0.504853;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.019647;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:59:66:66:0.528:34:32:28:31:34:32:28:31 chr9 5890162 . G T 154.62 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0272215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2893;QD=14.7256;RBI=0.0584766;REFB=-0.00493864;REVB=-0.0517543;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556242;STB=0.532126;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00411797;OID=.;OPOS=5890162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:16:9:7:10:16:9 chr9 5909152 . T G 195.05 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0110185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1996;QD=18.1437;RBI=0.0125334;REFB=0.00917839;REVB=0.00597323;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362675;STB=0.669683;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0095455;OID=.;OPOS=5909152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:22:23:19:20:0.465116:5:14:8:14:6:14:9:14 chr9 5919250 . T G 271.19 PASS AF=0.615385;AO=7;DP=54;FAO=32;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0499756;FXX=0.0188644;HRUN=11;LEN=1;MLLD=40.0579;QD=20.8604;RBI=0.17615;REFB=0.00405995;REVB=-0.168912;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09181;STB=0.566968;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000768539;OID=.;OPOS=5919250;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:54:52:8:18:7:32:0.615385:2:5:5:3:12:20:8:10 chr9 5968416 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0278686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.171;QD=9.56967;RBI=0.0384877;REFB=-0.0335356;REVB=-0.0265452;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106688;STB=0.565057;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0636486;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:9:6:4:4:9:6 chr9 5969249 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0677385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.508;QD=13.2123;RBI=0.0726535;REFB=-0.0223727;REVB=0.0262684;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287743;STB=0.650958;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0224931;OID=.;OPOS=5969249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:8:6:15:6:8:6:15:7 chr9 6007500 . G A 704.42 PASS AF=0.535433;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.00495599;FXX=0.030532;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.194;QD=22.1863;RBI=0.0497956;REFB=-0.00245058;REVB=0.0495484;RO=56;SAF=35;SAR=33;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914376;STB=0.544491;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0025002;OID=.;OPOS=6007500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:127:56:59:68:68:0.535433:33:35:35:21:33:35:36:23 chr9 6007767 . C A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0159913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.928;QD=13.2052;RBI=0.0672374;REFB=-0.0136762;REVB=0.0653081;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130858;OID=.;OPOS=6007767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:4:2:2:4:4:2 chr9 6015011 . T C 443.47 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00635927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.909;QD=25.7084;RBI=0.0462378;REFB=0.0146044;REVB=0.0457984;RO=27;SAF=20;SAR=22;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567481;STB=0.53102;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0104162;OID=.;OPOS=6015011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:22:20:15:12:22:20:15:12 chr9 6328947 . T C 191.12 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.328;QD=47.7799;RBI=0.0215287;REFB=0;REVB=0.0151056;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022007;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr9 6329888 . A G 774.84 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751411;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.05;QD=64.57;RBI=0.0842388;REFB=0;REVB=0.0380788;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236973;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr9 6330321 . T A 189.58 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0108001;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.384;QD=15.1663;RBI=0.0108439;REFB=-0.00413727;REVB=-0.000972749;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242292;STB=0.648505;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00487545;OID=.;OPOS=6330321;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:29:21:21:0.42:7:14:12:16:7:14:12:17 chr9 6330915 . G A 689.36 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.688;QD=62.6691;RBI=0.0254787;REFB=0;REVB=0.0253347;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76038e-05;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:22:22:0:0 chr9 6645251 . C T 197.42 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0198199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.923;QD=18.8016;RBI=0.0215091;REFB=-0.0172479;REVB=-0.0083554;RO=22;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299078;STB=0.67087;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0282251;OID=.;OPOS=6645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:5:15:10:12:5:15:10:12 chr9 6984236 . G A 165.95 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00331616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.178;QD=22.1263;RBI=0.0518535;REFB=-0.0112619;REVB=0.0517473;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341381;STB=0.547271;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0214459;OID=.;OPOS=6984236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:12:13:16:17:0.566667:6:10:8:4:7:10:9:4 chr9 7076463 . G A 97.02 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.014399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.642;QD=12.9362;RBI=0.0155801;REFB=-0.0105712;REVB=0.00595055;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35761;STB=0.723753;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0312357;OID=.;OPOS=7076463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:18:18:11:12:0.4:3:8:7:11:3:9:7:11 chr9 7103816 . C T 390.75 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00545785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.327;QD=13.3589;RBI=0.00621589;REFB=-0.0151712;REVB=-0.00297475;RO=71;SAF=26;SAR=20;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166806;STB=0.594355;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0175459;OID=.;OPOS=7103816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:71:71:46:46:0.393162:20:26:29:42:20:26:29:42 chr9 7798435 . C T 601.98 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.45;QD=60.1976;RBI=0.0213171;REFB=0;REVB=0.00643228;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64648e-05;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:23:14:0:0:24:16:0:0 chr9 7798518 . G C 1438.26 PASS AF=0.989247;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0377275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6635;QD=61.8608;RBI=0.041948;REFB=-0.144061;REVB=0.0183376;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00302143;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:93:0:1:89:92:0.989247:44:45:0:0:47:45:1:0 chr9 8389364 . C G 313.9 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.0251901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.213;QD=11.626;RBI=0.0266075;REFB=-0.022173;REVB=0.00856851;RO=60;SAF=16;SAR=23;SRF=15;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184984;STB=0.541812;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0388967;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:108:60:69:39:39:0.361111:23:16:15:45:23:16:24:45 chr9 8454566 . T C 157.77 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0433785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8041;QD=12.136;RBI=0.0571883;REFB=-0.00270798;REVB=0.0372666;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107722;STB=0.57048;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00725568;OID=.;OPOS=8454566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:10:9:12:20:10:9:12:21 chr9 8465598 . A G 571.38 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0321902;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.529;QD=18.8886;RBI=0.0324684;REFB=-0.0005153;REVB=-0.00424112;RO=62;SAF=20;SAR=39;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141692;STB=0.578608;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000471219;OID=.;OPOS=8465598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:62:62:59:59:0.487603:39:20:30:32:39:20:30:32 chr9 8485834 . G A 277.03 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0145714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.454;QD=13.5138;RBI=0.0192535;REFB=-0.0156948;REVB=-0.0125845;RO=50;SAF=18;SAR=14;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130503;STB=0.574088;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0232232;OID=.;OPOS=8485834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:14:18:34:16:14:18:34:16 chr9 8485928 . G A 565.86 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.0156681;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.1615;QD=15.6099;RBI=0.0168959;REFB=0.00653171;REVB=-0.00632318;RO=81;SAF=30;SAR=31;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609817;STB=0.543587;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00664201;OID=.;OPOS=8485928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:81:84:61:61:0.42069:31:30:35:46:31:30:35:49 chr9 8486482 . T C 284.28 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0412887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.213;QD=17.2288;RBI=0.0413332;REFB=0.00126681;REVB=0.00191811;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134961;STB=0.568817;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00117562;OID=.;OPOS=8486482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:19:12:18:16:19:12:18:17 chr9 8518052 . G C 798.55 PASS AF=0.587302;AO=74;DP=126;FAO=74;FDP=126;FR=.;FRO=52;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.018844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4292;QD=25.3507;RBI=0.0192872;REFB=0.0022858;REVB=0.00411094;RO=52;SAF=43;SAR=31;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915517;STB=0.549835;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00183896;OID=.;OPOS=8518052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:52:52:74:74:0.587302:31:43:24:28:31:43:24:28 chr9 8518143 . T C 452.28 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.0694815;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.295;QD=14.7083;RBI=0.0699205;REFB=-0.0311514;REVB=-0.00782323;RO=72;SAF=21;SAR=30;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2194;STB=0.623182;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.033872;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:72:51:51:0.414634:30:21:45:27:30:21:45:27 chr9 12775889 . A G 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0295781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.83;QD=5.4423;RBI=0.0322894;REFB=-0.0230004;REVB=0.0129516;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444608;STB=0.514238;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0516443;OID=.;OPOS=12775889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:2:4:12:7:2:4:13:7 chr9 13105959 . T G 960.41 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.725;QD=56.495;RBI=0.0801494;REFB=-0.137142;REVB=0.0714073;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00452375;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:68:0:1:65:67:0.985294:32:33:0:0:33:34:0:1 chr9 13112116 . A G 1666.46 PASS AF=0.957983;AO=114;DP=119;FAO=114;FDP=119;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0340901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.938;QD=56.0155;RBI=0.038225;REFB=-0.00305149;REVB=0.0172922;RO=5;SAF=46;SAR=68;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162066;STB=0.508546;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000224111;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:119:119:5:5:114:114:0.957983:68:46:3:2:68:46:3:2 chr9 13192276 . G T 203.07 PASS AF=0.478261;AO=19;DP=44;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00108299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6047;QD=17.6583;RBI=0.0349736;REFB=-0.0787251;REVB=0.0349568;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079722;STB=0.588156;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0644556;OID=.;OPOS=13192276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:23:24:19:22:0.478261:9:10:14:9:12:10:15:9 chr9 13219570 . T C 500.07 PASS AF=0.391608;AO=56;DP=143;FAO=56;FDP=143;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0121996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.209;QD=13.988;RBI=0.0144404;REFB=-0.0179688;REVB=0.00772624;RO=87;SAF=31;SAR=25;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763634;STB=0.543164;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0236791;OID=.;OPOS=13219570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:87:87:56:56:0.391608:25:31:42:45:25:31:42:45 chr9 14082784 . G A 74.73 PASS AF=0.155556;AO=6;DP=43;FAO=7;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00902354;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.908;QD=6.64282;RBI=0.0121607;REFB=-0.000410726;REVB=0.0081522;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187526;STB=0.529329;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.000649812;OID=.;OPOS=14082784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:43:45:15:28:6:7:0.155556:3:3:5:10:4:3:11:17 chr9 14618856 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.427;QD=62.3484;RBI=0.0233135;REFB=0;REVB=0.0218803;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124001;OID=.;OPOS=14618856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr9 14662260 . A G 162.27 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.0854858;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8873;QD=14.1109;RBI=0.0890993;REFB=-0.0230539;REVB=-0.0251172;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413943;STB=0.740523;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0684392;OID=.;OPOS=14662260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:28:17:18:0.391304:8:9:4:24:8:10:4:24 chr9 14737506 . T G 449.03 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00154864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2954;QD=23.9481;RBI=0.0203394;REFB=-0.0378939;REVB=-0.0202803;RO=32;SAF=11;SAR=32;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167725;STB=0.592547;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0176358;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:43:43:0.573333:32:11:14:18:32:11:14:18 chr9 14747412 . A G 280.89 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0326684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.315;QD=25.5358;RBI=0.0351613;REFB=-0.0184875;REVB=0.0130036;RO=18;SAF=4;SAR=20;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725101;STB=0.540505;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0243417;OID=.;OPOS=14747412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:24:24:0.545455:20:4:4:14:20:4:4:14 chr9 14770787 . T G 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00575072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.862;QD=19.8558;RBI=0.00648269;REFB=-0.00486338;REVB=0.0029924;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581332;STB=0.532252;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00404964;OID=.;OPOS=14770787;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:19:20:17:21:19:20:17:21 chr9 14775853 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.339;QD=58.2386;RBI=0.025916;REFB=0;REVB=0.0106411;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.656e-05;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr9 14784566 . G C 463.33 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.00692278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.655;QD=17.4841;RBI=0.0197673;REFB=-0.00877024;REVB=0.0185154;RO=54;SAF=24;SAR=26;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156318;STB=0.584442;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00916463;OID=.;OPOS=14784566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:56:50:50:0.471698:26:24:17:37:26:24:18:38 chr9 14801710 . C A 708.84 PASS AF=0.477707;AO=74;DP=158;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.0377845;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.138;QD=18.0595;RBI=0.0393115;REFB=-0.0211655;REVB=0.0108502;RO=79;SAF=36;SAR=38;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525792;STB=0.52787;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0274361;OID=.;OPOS=14801710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:79:82:74:75:0.477707:38:36:34:45:39:36:35:47 chr9 14823221 . G T 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00110893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.996;QD=12.7237;RBI=0.014945;REFB=-8.05847e-05;REVB=0.0149038;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140428;STB=0.580576;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.000229106;OID=.;OPOS=14823221;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:12:11:22:14:12:11:22:14 chr9 14846026 . T C 220.53 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0289003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.3;QD=14.2278;RBI=0.0290671;REFB=0.00152949;REVB=-0.00310977;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188386;STB=0.596703;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00137371;OID=.;OPOS=14846026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:36:26:26:0.419355:13:13:24:11:13:13:24:12 chr9 14846036 . C G 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.315;QD=57.7094;RBI=0.0421863;REFB=0;REVB=0.0373824;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157466;OID=.;OPOS=14846036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr9 14859356 . T C 444.31 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.035207;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7711;QD=22.4967;RBI=0.0415291;REFB=0.00599979;REVB=-0.0220258;RO=38;SAF=18;SAR=25;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209159;STB=0.527138;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00402602;OID=.;OPOS=14859356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:38:36:43:43:0.544304:25:18:15:23:25:18:13:23 chr9 15188106 . T C 1330.22 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0223285;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.485;QD=59.785;RBI=0.0497589;REFB=-0.124818;REVB=0.0444678;RO=1;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106475;STB=0.511109;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000652082;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:1:2:87:87:0.977528:44:43:0:1:44:43:0:2 chr9 15464898 . C A 159.45 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0991654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9753;QD=17.7163;RBI=0.127268;REFB=0.0171591;REVB=-0.0797713;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935847;STB=0.553204;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0258176;OID=.;OPOS=15464898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:6:13:10:7:6:13 chr9 15591372 . T A 181.41 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00355856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.549;QD=24.1876;RBI=0.00900706;REFB=-0.0151537;REVB=-0.00827429;RO=12;SAF=12;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350648;STB=0.69544;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00587527;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:12:12:18:18:0.6:6:12:2:10:6:12:2:10 chr9 15744683 . G A 340.78 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0179057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6674;QD=15.6679;RBI=0.034962;REFB=-0.0101141;REVB=-0.0300288;RO=50;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420834;STB=0.523701;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0181909;OID=.;OPOS=15744683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:23:14:17:33:23:14:17:33 chr9 15784631 . A G 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0413822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.931;QD=10.5426;RBI=0.0415493;REFB=-0.0132319;REVB=0.00372299;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237364;STB=0.51426;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0211116;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:11:10:5:6:11:10 chr9 15922137 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.177;QD=62.3499;RBI=0.0651426;REFB=0;REVB=0.0613753;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174095;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr9 16411463 . G T 607.77 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9767;QD=60.7767;RBI=0.0272595;REFB=0;REVB=-0.0177751;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00057512;OID=.;OPOS=16411463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr9 16413158 . C A 215.74 PASS AF=0.276786;AO=31;DP=110;FAO=31;FDP=112;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0210129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.501;QD=7.70482;RBI=0.0289518;REFB=-0.0200459;REVB=-0.0199165;RO=78;SAF=18;SAR=13;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158621;STB=0.580593;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0602227;OID=.;OPOS=16413158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:78:81:31:31:0.276786:13:18:35:43:13:18:38:43 chr9 16417431 . G A 1543.33 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340804;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.628;QD=59.9351;RBI=0.0398763;REFB=0;REVB=0.0207037;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202014;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:53:50:0:0:53:50:0:0 chr9 16418440 . TGGCCCCTCAA T 102.85 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.011305;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=10;MLLD=241.339;QD=8.39614;RBI=0.0701163;REFB=-0.0166694;REVB=-0.0691989;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155842;STB=0.638732;STBP=0.159;TYPE=del;VARB=0.027656;OID=.;OPOS=16418441;OREF=GGCCCCTCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367347:18:50:18:49:31:12:6:14:17:99:25:12:6:13:12 chr9 16435714 . T C 392.82 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=0.00200528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.835;QD=15.4048;RBI=0.0100959;REFB=-0.0326343;REVB=-0.00989476;RO=58;SAF=19;SAR=24;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157916;STB=0.582137;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0309967;OID=.;OPOS=16435714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:43:44:0.431373:24:19:17:41:25:19:17:41 chr9 16435848 . T C 295.47 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0400898;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7375;QD=18.1828;RBI=0.0443425;REFB=0.00396843;REVB=0.0189489;RO=30;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142676;STB=0.590896;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00227411;OID=.;OPOS=16435848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:33:32:32:0.492308:21:11:15:15:21:11:17:16 chr9 16685539 . T C 282.39 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.284;QD=51.3435;RBI=0.0420225;REFB=0;REVB=0.0150253;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231805;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:10:10:0:0:10:12:0:0 chr9 17001122 . C A 521.33 PASS AF=0.5;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=40;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=9;FWDB=-0.00682847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2992;QD=20.853;RBI=0.0140208;REFB=-0.0266643;REVB=-0.0122456;RO=49;SAF=40;SAR=10;SRF=40;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232139;STB=0.515917;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0340995;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:49:50:50:50:0.5:10:40:40:9:10:40:41:9 chr9 17001200 . C A 683.56 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.00437076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.417;QD=18.7278;RBI=0.0103261;REFB=-0.0249687;REVB=-0.00935547;RO=77;SAF=46;SAR=23;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588558;STB=0.532654;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0358525;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:77:77:69:69:0.472603:23:46:47:30:23:46:47:30 chr9 17001216 . A C 627.21 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=0.0221025;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.976;QD=18.3127;RBI=0.0223759;REFB=-0.0248219;REVB=-0.00348693;RO=73;SAF=42;SAR=22;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416924;STB=0.523162;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0168515;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:73:64:64:0.467153:22:42:45:28:22:42:45:28 chr9 17053994 . G A 44.02 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0112803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2971;QD=6.5221;RBI=0.0407189;REFB=-0.0364944;REVB=-0.0391252;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113585;STB=0.583117;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.063357;OID=.;OPOS=17053994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:27:19:20:7:7:0.259259:5:2:4:15:5:2:4:16 chr9 17054142 . A G 158.77 PASS AF=0.375;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0982147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.926;QD=11.3404;RBI=0.103367;REFB=-0.0247001;REVB=0.0322285;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01598;STB=0.512533;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0598588;OID=.;OPOS=17054142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:33:35:20:21:0.375:13:7:12:21:13:8:14:21 chr9 17273731 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00956335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.302;QD=20.3162;RBI=0.0521844;REFB=-0.0122771;REVB=0.0513006;RO=18;SAF=16;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166687;STB=0.595237;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00937476;OID=.;OPOS=17273731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:3:16:13:5:3:16:13:5 chr9 17342383 . C T 785.03 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.684;QD=57.0931;RBI=0.0201913;REFB=0;REVB=0.00275943;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34577e-05;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr9 17394996 . T C 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.759;QD=59.6779;RBI=0.0533672;REFB=0;REVB=0.0503167;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143169;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr9 17409366 . G A 808.6 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0225337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.978;QD=53.9063;RBI=0.0324095;REFB=0.122399;REVB=0.0232939;RO=2;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254872;STB=0.513509;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00318206;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:36:22:0:2:36:22:0:2 chr9 18651156 . C T 211.17 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0149112;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.377;QD=18.3626;RBI=0.0283284;REFB=-0.0136764;REVB=-0.0240864;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215653;STB=0.607869;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0193342;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:20:21:0.456522:10:10:18:7:10:11:18:7 chr9 18651282 . A G 362.72 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0054375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.555;QD=20.727;RBI=0.00703809;REFB=-0.0199389;REVB=0.00446859;RO=32;SAF=11;SAR=26;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236708;STB=0.625655;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0131699;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:26:11:18:14:26:11:18:15 chr9 18681821 . A G 176.23 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0268886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.208;QD=20.7327;RBI=0.0313242;REFB=-0.0278988;REVB=-0.0160688;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148665;STB=0.594495;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0243197;OID=.;OPOS=18681821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:8:10:11:4:8:10:12:4 chr9 18775810 . C A 336.96 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0622632;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.466;QD=14.6503;RBI=0.06279;REFB=-0.0216571;REVB=-0.00811709;RO=55;SAF=14;SAR=23;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250358;STB=0.641785;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0220154;OID=.;OPOS=18775810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:55:55:37:37:0.402174:23:14:34:21:23:14:34:21 chr9 18776840 . A C 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.318;QD=57.6724;RBI=0.0232021;REFB=0;REVB=-0.000248374;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143901;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr9 18777196 . A C 356.24 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0143736;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.465;QD=24.1515;RBI=0.0178159;REFB=-0.028233;REVB=-0.0105264;RO=24;SAF=15;SAR=20;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138347;STB=0.575716;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0307396;OID=.;OPOS=18777196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:24:24:35:35:0.59322:20:15:6:18:20:15:6:18 chr9 18777368 . T C 247.33 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0101512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.753;QD=13.7408;RBI=0.0666743;REFB=-0.0179008;REVB=-0.065897;RO=43;SAF=20;SAR=9;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460421;STB=0.526297;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0229211;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:9:20:28:15:9:20:28:15 chr9 18777422 . G A 384.82 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.0165752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.678;QD=15.3928;RBI=0.0295382;REFB=-0.0150778;REVB=0.0244492;RO=59;SAF=30;SAR=11;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109214;STB=0.562029;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0207463;OID=.;OPOS=18777422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:11:30:38:21:11:30:38:21 chr9 18887908 . G C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0140968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1153;QD=17.3791;RBI=0.0273552;REFB=-0.0246934;REVB=-0.0234432;RO=37;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127065;STB=0.571384;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0317132;OID=.;OPOS=18887908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:22:11:17:20:22:11:17:20 chr9 18905753 . G T 514.33 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.0132808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.21;QD=17.5841;RBI=0.0302044;REFB=-0.0144583;REVB=-0.027128;RO=61;SAF=32;SAR=23;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730175;STB=0.543878;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0223273;OID=.;OPOS=18905753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:61:62:55:55:0.470085:23:32:40:21:23:32:41:21 chr9 18950787 . G A 1348.66 PASS AF=0.855932;AO=99;DP=116;FAO=101;FDP=118;FR=.;FRO=17;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0078153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.157;QD=45.7171;RBI=0.010214;REFB=-0.0213884;REVB=-0.00657621;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.55923;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0105807;OID=.;OPOS=18950787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:116:118:0:17:99:101:0.855932:57:42:0:0:59:42:14:3 chr9 18950895 . T C 1376.34 PASS AF=0.95098;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0328007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.135;QD=53.974;RBI=0.0405911;REFB=-0.218179;REVB=0.0239113;RO=0;SAF=29;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30323e-08;STB=0.517727;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00108658;OID=.;OPOS=18950895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:102:102:0:5:97:97:0.95098:68:29:0:0:68:29:0:5 chr9 19063108 . T C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.388;QD=57.2347;RBI=0.0304664;REFB=0;REVB=0.0289871;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15132e-05;OID=.;OPOS=19063108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr9 19076673 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=331.265;QD=45.8068;RBI=0.0190113;REFB=0;REVB=0.0184077;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92842e-05;OID=.;OPOS=19076673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chr9 19080577 . G A 179.71 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.000571246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.459;QD=15.627;RBI=0.0150806;REFB=-0.00699062;REVB=-0.0150698;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986702;STB=0.578864;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00908545;OID=.;OPOS=19080577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:27:19:19:0.413043:11:8:13:12:11:8:15:12 chr9 19093239 . A G 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.116596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.958;QD=17.0635;RBI=0.116735;REFB=0.000649214;REVB=-0.00567611;RO=31;SAF=19;SAR=9;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330929;STB=0.685789;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000687746;OID=.;OPOS=19093239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:9:19:10:21:9:19:10:21 chr9 19492973 . A G 320.22 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0243574;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.264;QD=18.0406;RBI=0.0353688;REFB=-0.0253436;REVB=-0.0256451;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759469;STB=0.548467;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0252181;OID=.;OPOS=19492973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:34:34:0.478873:16:18:22:14:16:18:23:14 chr9 19576949 . T G 894.34 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.028939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.2;QD=55.036;RBI=0.0508421;REFB=-0.0784314;REVB=0.0418025;RO=2;SAF=35;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032653;STB=0.50173;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000743599;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:28:35:1:1:28:35:1:1 chr9 19622268 . T C 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.852;QD=51.1756;RBI=0.0617525;REFB=0;REVB=0.0273781;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657914;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr9 20418323 . T C 726.88 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382668;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.058;QD=57.0101;RBI=0.0444939;REFB=0;REVB=0.0227015;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106461;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr9 20866974 . C G 888.29 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333662;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9285;QD=58.2485;RBI=0.0736353;REFB=0;REVB=0.0656419;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996531;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr9 20953049 . A G 132.09 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0866166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.25;QD=9.9688;RBI=0.0866211;REFB=-0.013523;REVB=-0.000880201;RO=35;SAF=6;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247989;STB=0.638229;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0158016;OID=.;OPOS=20953049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:36:17:17:0.320755:11:6:20:15:11:6:20:16 chr9 20988426 . A G 744.37 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.706;QD=63.351;RBI=0.0245022;REFB=0;REVB=-0.0213658;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91402e-06;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:44:47:1:20:24:0:0:23:24:0:0 chr9 21029330 . T C 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00885059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.606;QD=16.105;RBI=0.0276635;REFB=-0.00661128;REVB=0.0262095;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104869;STB=0.560437;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0135396;OID=.;OPOS=21029330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:10:12:11:6:10:12 chr9 21077716 . G A 123.91 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0355739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.283;QD=17.0909;RBI=0.0403229;REFB=-0.0208497;REVB=0.0189852;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347727;STB=0.519971;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.020341;OID=.;OPOS=21077716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:8:7:6:8:8:7 chr9 21187121 . T A 122.34 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00190476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.258;QD=15.7859;RBI=0.00601146;REFB=-0.0245474;REVB=-0.00570171;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167604;STB=0.597015;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0193004;OID=.;OPOS=21187121;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:8:9:5:9:8:9 chr9 21187311 . C T 606.8 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.179;QD=59.2002;RBI=0.0120582;REFB=-0.0680125;REVB=0.00688128;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369034;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:41:0:0:40:41:1:27:13:0:0:27:14:0:0 chr9 21206763 . G T 57.33 PASS AF=0.36;AO=7;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0298063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2757;QD=9.17357;RBI=0.0496029;REFB=-0.0201776;REVB=0.0396488;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278858;STB=0.648314;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0204963;OID=.;OPOS=21206763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:25:25:15:16:7:9:0.36:5:2:8:7:6:3:9:7 chr9 21207000 . C G 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00781505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.865;QD=3.15728;RBI=0.0475358;REFB=-0.00638933;REVB=-0.046889;RO=36;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199337;STB=0.644672;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0424631;OID=.;OPOS=21207000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:2:4:18:18:2:4:18:18 chr9 21207005 . C G 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0142506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.868;QD=3.07318;RBI=0.0324635;REFB=-0.00149717;REVB=-0.0291685;RO=37;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213859;STB=0.655726;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0101215;OID=.;OPOS=21207005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:2:4:18:19:2:4:18:19 chr9 21207031 . T C 31.04 PASS AF=0.104478;AO=4;DP=64;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0236601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.457;QD=1.85331;RBI=0.0240065;REFB=-0.0155524;REVB=-0.00406295;RO=59;SAF=3;SAR=1;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180627;STB=0.62151;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0616214;OID=.;OPOS=21207031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:64:67:59:60:4:7:0.104478:1:3:34:25:4:3:34:26 chr9 21207037 . A T 47.96 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0250814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.883;QD=2.49138;RBI=0.0434617;REFB=-0.0132008;REVB=-0.0354943;RO=67;SAF=6;SAR=4;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095389;STB=0.568283;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.076101;OID=.;OPOS=21207037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:77:77:67:67:10:10:0.12987:4:6:35:32:4:6:35:32 chr9 21227622 . A C 57.24 PASS AF=0.150685;AO=7;DP=75;FAO=11;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0436538;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0575;QD=3.1365;RBI=0.0483171;REFB=-0.00204527;REVB=0.0207095;RO=41;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425662;STB=0.773121;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0105894;OID=.;OPOS=21227622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:73:41:62:7:11:0.150685:2:5:14:27:3:8:24:38 chr9 21227942 . G T 345.97 PASS AF=0.607143;AO=33;DP=55;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.000356415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0181;QD=24.7123;RBI=0.0082314;REFB=-0.0299661;REVB=0.00822368;RO=22;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671879;STB=0.531098;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0212008;OID=.;OPOS=21227942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:22:22:33:34:0.607143:15:18:14:8:15:19:14:8 chr9 21228040 . C G 98.86 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0387084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.163;QD=14.1231;RBI=0.0422757;REFB=-0.0201342;REVB=0.016997;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239425;STB=0.666389;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.028172;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:13:16:10:12:0.428571:7:3:7:6:8:4:10:6 chr9 21228183 . C A 139.33 PASS AF=0.313953;AO=3;DP=85;FAO=27;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00826993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.39;QD=6.48062;RBI=0.0111084;REFB=-0.0322353;REVB=0.00741658;RO=56;SAF=1;SAR=2;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191682;STB=0.509277;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0972878;OID=.;OPOS=21228183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:85:86:56:58:3:27:0.313953:2:1:31:25:12:15:33:25 chr9 21304803 . G A 182.08 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0206678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.73;QD=16.9374;RBI=0.0215956;REFB=-0.0171451;REVB=-0.00626201;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662337;STB=0.537857;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0261708;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:13:11:10:9:13:11 chr9 21350620 . G A 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0226066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.198;QD=14.0468;RBI=0.0227798;REFB=0.00524885;REVB=-0.00280377;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18728;STB=0.607732;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0102665;OID=.;OPOS=21350620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:8:21:10:8:8:21 chr9 21482088 . CGT CAT,TCA 582.68 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=28,3;DP=40;FAO=38,1;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972771,0.00429511;FXX=0.0487686;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=125.176,117.974;QD=59.7625;RBI=0.0548179,0.0542812;REFB=0,0;REVB=0.0539479,0.054111;RO=0;SAF=12,0;SAR=16,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00505592,-0.0717886;OID=.,.;OPOS=21482089,21482088;OREF=G,CGT;OALT=A,TCA;OMAPALT=CAT,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:40:39:0:0:28,3:38,1:0.974359,0.025641:16,3:12,0:0:0:22,1:16,0:0:0 chr9 21482125 . T TA 158.45 PASS AF=0.379747;AO=28;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0661905;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.38;QD=8.02254;RBI=0.0686492;REFB=0.0029637;REVB=0.018208;RO=51;SAF=7;SAR=21;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186692;STB=0.588057;STBP=0.253;TYPE=ins;VARB=-0.00791446;OID=.;OPOS=21482126;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.379747:28:80:30:79:49:8:22:19:30:99:51:7:21:20:31 chr9 21699406 . G A 273.95 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.000879026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.822;QD=24.9044;RBI=0.0436391;REFB=-0.02978;REVB=-0.0436303;RO=19;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840438;STB=0.546523;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0337047;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:16:9:5:14:16:9:5:14 chr9 21699444 . C T 276.18 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0467878;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1197;QD=20.0858;RBI=0.0468079;REFB=0.00726112;REVB=0.0013726;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023074;STB=0.51965;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00682206;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:25:26:29:29:0.527273:19:10:8:17:19:10:8:18 chr9 21968199 . C G 1107.14 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0751138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.4975;QD=58.2707;RBI=0.0754666;REFB=-0.0587595;REVB=-0.00728855;RO=1;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122874;STB=0.506327;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0107927;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:38:36:0:1:39:36:0:1 chr9 22029445 . G A 851.1 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000871043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.921;QD=57.7014;RBI=0.0827362;REFB=0;REVB=0.0827317;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168628;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:29:30:0:0 chr9 23762176 . G A 687.01 PASS AF=0.45679;AO=74;DP=162;FAO=74;FDP=162;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.000709548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.577;QD=16.9632;RBI=0.00183785;REFB=-0.0108407;REVB=0.00169536;RO=88;SAF=37;SAR=37;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100173;STB=0.555541;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0142388;OID=.;OPOS=23762176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:88:88:74:74:0.45679:37:37:35:53:37:37:35:53 chr9 24545513 . G A 1062.38 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.679;QD=59.8524;RBI=0.0346076;REFB=0;REVB=0.0292754;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81081e-05;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr9 24905556 . A G 1316.05 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.144;QD=61.2119;RBI=0.0322598;REFB=0;REVB=0.0237898;RO=1;SAF=40;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140893;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:1:0:85:86:1:45:40:1:0:45:41:0:0 chr9 24905678 . C A 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00798499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.046;QD=16.1648;RBI=0.00956529;REFB=-0.0176241;REVB=-0.00526637;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594841;STB=0.533426;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0214954;OID=.;OPOS=24905678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:14:19:26:15:14:19:26:15 chr9 25678640 . T A 572.79 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963979;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.073;QD=60.2936;RBI=0.100758;REFB=0;REVB=0.0293205;RO=1;SAF=12;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374231;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339574;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:1:0:37:38:1:25:12:1:0:25:13:0:0 chr9 26116150 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.327;QD=46.8478;RBI=0.0779215;REFB=0;REVB=0.056281;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752851;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr9 27168571 . T C 211.24 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0118293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.614;QD=14.0827;RBI=0.0436028;REFB=-0.00782167;REVB=0.0419675;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136336;STB=0.589861;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0163946;OID=.;OPOS=27168571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:35:24:25:0.416667:9:15:26:9:10:15:26:9 chr9 27183463 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.509;QD=50.4135;RBI=0.0232793;REFB=0;REVB=-0.0210872;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178495;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr9 27202870 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.775;QD=59.4356;RBI=0.034134;REFB=0;REVB=0.00158461;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149023;OID=.;OPOS=27202870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr9 27205021 . G A 343.12 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.00445469;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.237;QD=15.9591;RBI=0.0114211;REFB=-0.0201501;REVB=-0.0105165;RO=49;SAF=17;SAR=20;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254966;STB=0.642696;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0233012;OID=.;OPOS=27205021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:49:49:37:37:0.430233:20:17:35:14:20:17:35:14 chr9 27213580 . T C 138.5 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00596277;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.914;QD=17.313;RBI=0.00690658;REFB=-0.0109673;REVB=0.00348514;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058016;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0141495;OID=.;OPOS=27213580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:9:8:8:7:9:8 chr9 27328885 . AC A,AA 1427.85 PASS AF=0.0326087,0.967391;AO=10,78;DP=88;FAO=3,89;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=1,49;FSAR=2,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369877,0.0346531;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=244.654,257.846;QD=62.0806;RBI=0.0370472,0.034778;REFB=0,0;REVB=0.00209741,0.00294477;RO=0;SAF=10,39;SAR=0,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0238439,0.00223427;OID=.,.;OPOS=27328886,27328886;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0326087,0.967391:10,78:88:3,89:92:0:1,49:2,40:0:0:5:0:10,39:0,39:0:0 chr9 27378301 . A G 175.94 PASS AF=1;AO=11;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3447;QD=46.918;RBI=0.110548;REFB=0;REVB=0.0950946;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0035055;OID=.;OPOS=27378301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:11:15:1:2:9:0:0:4:11:0:0 chr9 27524731 . A G 489.24 PASS AF=0.9;AO=35;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0153952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5526;QD=48.9235;RBI=0.0533985;REFB=-0.173124;REVB=0.0511311;RO=2;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622358;STB=0.558791;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.01515;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:40:40:2:4:35:36:0.9:14:21:0:2:15:21:0:4 chr9 32069857 . T G 192.72 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.020104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0913;QD=24.0897;RBI=0.0440639;REFB=-0.0054156;REVB=-0.0392104;RO=13;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564238;STB=0.531565;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00348734;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:6:13:8:5:6:13:8:5 chr9 32069938 . G C 45.0 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0218058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5535;QD=7.8262;RBI=0.0300757;REFB=-0.00412897;REVB=0.0207136;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611001;STB=0.571216;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00522936;OID=.;OPOS=32069938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:2:5:10:5:2:5:10:6 chr9 32425910 . A G 587.52 PASS AF=0.439716;AO=62;DP=141;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0092809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.31;QD=16.6672;RBI=0.025146;REFB=-0.0169139;REVB=-0.0233707;RO=78;SAF=38;SAR=24;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177809;STB=0.602725;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0251103;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:78:79:62:62:0.439716:24:38:34:44:24:38:34:45 chr9 32436014 . A G 257.52 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.000114268;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4256;QD=17.1678;RBI=0.030414;REFB=-0.0164866;REVB=0.0304137;RO=31;SAF=23;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14549;STB=0.582217;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0307481;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:31:29:29:0.483333:6:23:21:10:6:23:21:10 chr9 32450187 . T C 360.34 PASS AF=0.697674;AO=29;DP=42;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0117373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.831;QD=33.5201;RBI=0.0344927;REFB=-0.0212301;REVB=0.0324343;RO=13;SAF=26;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412929;STB=0.69067;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00947547;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:13:13:29:30:0.697674:3:26:6:7:4:26:6:7 chr9 32498291 . A G 366.89 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.671;QD=54.3545;RBI=0.056431;REFB=0;REVB=0.0561088;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381878;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr9 32568168 . A T 105.23 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0389708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.058;QD=11.0763;RBI=0.0396186;REFB=-0.0291246;REVB=0.00713498;RO=25;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221741;STB=0.633922;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0362654;OID=.;OPOS=32568168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:10:3:10:15:10:3:10:15 chr9 32634193 . C T 271.67 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0163961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.884;QD=14.6847;RBI=0.0334656;REFB=0.0236937;REVB=0.0291739;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188595;STB=0.606262;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0412007;OID=.;OPOS=32634193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:16:15:13:30:16:15:13:30 chr9 32785399 . C T 1339.23 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263762;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.193;QD=62.2896;RBI=0.0888246;REFB=0;REVB=-0.0887855;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.67714e-05;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:34:51:0:0:35:51:0:0 chr9 32785468 . A C 669.04 PASS AF=0.445122;AO=73;DP=163;FAO=73;FDP=164;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=0.0076586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.2;QD=16.318;RBI=0.0353397;REFB=-0.016277;REVB=0.0344999;RO=90;SAF=21;SAR=52;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195612;STB=0.606973;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0189761;OID=.;OPOS=32785468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:90:91:73:73:0.445122:52:21:42:48:52:21:42:49 chr9 32785888 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.243;QD=51.1844;RBI=0.0425159;REFB=0;REVB=0.0206579;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196068;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr9 32786553 . T C 464.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.09;QD=58.1123;RBI=0.0466997;REFB=0;REVB=0.0157207;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509196;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr9 32786586 . G T 357.72 PASS AF=0.964286;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.874;QD=51.1024;RBI=0.0215435;REFB=-0.0841396;REVB=0.0101568;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319949;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00139858;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:28:1:1:25:27:0.964286:11:14:1:0:12:15:1:0 chr9 32786653 . G T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.744;QD=59.0187;RBI=0.0308376;REFB=0;REVB=0.0168335;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54746e-05;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr9 32820257 . C A,T 996.21 PASS AF=0.0555556,0.916667;AO=4,65;DP=72;FAO=4,66;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=3,35;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0449543,0.00841764;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.1125,143.864;QD=55.3447;RBI=0.0456647,0.033345;REFB=-0.103207,-0.0522322;REVB=-0.00802342,-0.032265;RO=2;SAF=3,34;SAR=1,31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.407562,0.0295018;STB=0.748744,0.51562;STBP=0.206,0.173;TYPE=snp,snp;VARB=0.0707567,0.00042941;OID=.,.;OPOS=32820257,32820257;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:72:72:2:2:4,65:4,66:0.0555556,0.916667:1,31:3,34:0:2:1,31:3,35:0:2 chr9 33026572 . T C 260.64 PASS AF=0.483333;AO=27;DP=58;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0171153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7;QD=17.3758;RBI=0.0535639;REFB=-0.030611;REVB=-0.0507558;RO=31;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522636;STB=0.531715;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0197717;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:31:31:27:29:0.483333:16:11:11:20:17:12:11:20 chr9 33135238 . G A 163.07 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00899875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.567;QD=22.4929;RBI=0.0247412;REFB=-0.0101793;REVB=-0.0230467;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186812;STB=0.604716;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00824588;OID=.;OPOS=33135238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:4:8:7:10:4:8 chr9 33240225 . G A 1018.79 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=76;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0355358;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.166;QD=54.3356;RBI=0.0537505;REFB=-0.18965;REVB=0.0403277;RO=2;SAF=27;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656523;STB=0.50675;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00343919;OID=.;OPOS=33240225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:75:2:4:71:71:0.946667:44:27:1:1:44:27:2:2 chr9 33395196 . A G 95.31 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0512036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.204;QD=34.6587;RBI=0.0585341;REFB=0.0160932;REVB=0.0283624;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0022351;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:0:1:5:5:0:1 chr9 33441957 . AGGGGGCT AGGGGCGT,AGGGGCT,AGGGGGC,AGGGGGGC 163.72 PASS AF=0,0.25,0.625,0.0833333;AO=2,3,12,2;DP=24;FAO=0,6,15,2;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,14,2;FSAR=0,6,1,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0571948,0.0602156,-0.168881,-0.123612;FXX=0;HRUN=5,5,2,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=68.9461,14.2606,15.3542,14.3981;QD=27.286;RBI=0.0592835,0.298889,0.232112,0.275488;REFB=-0.0101467,-0.0898275,0.0671742,0.112537;REVB=0.0155977,0.292761,-0.159234,-0.246198;RO=2;SAF=0,0,12,2;SAR=2,3,0,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.53125,0,0;SSSB=0,0,0.836514,0.727176;STB=0.5,0.5,0.666386,0.993266;STBP=1,1,0.064,0.227;TYPE=mnp,del,del,mnp;VARB=0.014252,0.0936308,0.00295544,0.0632425;OID=.,.,.,.;OPOS=33441962,33441958,33441964,33441963;OREF=GC,G,T,CT;OALT=CG,-,-,GC;OMAPALT=AGGGGCGT,AGGGGCT,AGGGGGC,AGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.25,0.625,0.0833333:2,3,12,2:24:0,6,15,2:24:1:0,0,14,2:0,6,1,0:0:1:35:2:0,0,12,2:2,3,0,0:0:2 chr9 33442952 . G A 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00748439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0555;QD=17.731;RBI=0.0213738;REFB=-0.00159152;REVB=-0.0200206;RO=18;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113657;STB=0.588366;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0011613;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:13:4:6:12:13:4:7:12 chr9 33447424 . C G 1209.81 PASS AF=0.431438;AO=129;DP=299;FAO=129;FDP=299;FR=.;FRO=170;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=76;FSRR=94;FWDB=-0.00649956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.075;QD=16.1847;RBI=0.00979135;REFB=-0.0157854;REVB=-0.007323;RO=166;SAF=57;SAR=72;SRF=75;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102056;STB=0.502994;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0256724;OID=.;OPOS=33447424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:166:170:129:129:0.431438:72:57:75:91:72:57:76:94 chr9 33524684 . G A 608.67 PASS AF=1;AO=33;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.314;QD=60.8666;RBI=0.045056;REFB=0;REVB=0.0416199;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539718;OID=.;OPOS=33524684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:33:40:1:15:18:0:0:17:23:0:0 chr9 33618358 . A G 376.66 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00819052;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.546;QD=21.2202;RBI=0.0166015;REFB=-0.0184044;REVB=-0.0144403;RO=33;SAF=15;SAR=23;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519125;STB=0.52872;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0158604;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:33:33:38:38:0.535211:23:15:15:18:23:15:15:18 chr9 33618460 . A T 127.74 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=0.0284963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.101;QD=11.8826;RBI=0.031233;REFB=-0.00622916;REVB=0.0127851;RO=27;SAF=2;SAR=13;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552834;STB=0.538958;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0117122;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:13:2:3:24:13:2:3:25 chr9 33618497 . G A 82.3 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0467626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8277;QD=8.89724;RBI=0.0645758;REFB=-0.0129533;REVB=-0.0445341;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568061;STB=0.534423;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0195105;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:9:2:4:22:9:2:4:22 chr9 33625082 . G C 511.3 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0191989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.74;QD=21.304;RBI=0.0196279;REFB=-0.0141547;REVB=0.00408143;RO=47;SAF=27;SAR=22;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402327;STB=0.522218;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0118872;OID=.;OPOS=33625082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:22:27:28:19:22:27:28:19 chr9 33625185 . C T 283.25 PASS AF=0.383721;AO=30;DP=83;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0148178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.495;QD=13.1744;RBI=0.0149088;REFB=-0.00585612;REVB=0.00164461;RO=52;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142034;STB=0.579784;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00977962;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:52:53:30:33:0.383721:14:16:21:31:15:18:22:31 chr9 33638046 . G C 234.71 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00585428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1331;QD=15.3911;RBI=0.0660937;REFB=-0.00258701;REVB=0.0658339;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442509;STB=0.524982;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00521183;OID=.;OPOS=33638046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:18:9:10:24:18:9:10:24 chr9 33662181 . TCTGTAGCCCCAA T 168.87 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0250867;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=12;MLLD=258.089;QD=14.6847;RBI=0.0314445;REFB=0.00251711;REVB=0.0189582;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194029;STB=0.680569;STBP=0.077;TYPE=del;VARB=-0.00209858;OID=.;OPOS=33662182;OREF=CTGTAGCCCCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:18:48:18:46:28:8:10:21:7:99:18:8:10:12:6 chr9 33662389 . A G 375.13 PASS AF=0.659574;AO=29;DP=45;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0207617;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3022;QD=31.9263;RBI=0.0207677;REFB=-0.0179241;REVB=0.000499155;RO=16;SAF=14;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701157;STB=0.537166;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0125812;OID=.;OPOS=33662389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:16:16:29:31:0.659574:15:14:6:10:16:15:6:10 chr9 33675629 . A C 482.67 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00192804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.759;QD=16.0889;RBI=0.00299839;REFB=0.00179972;REVB=-0.00229631;RO=67;SAF=25;SAR=28;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903329;STB=0.505049;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00235115;OID=.;OPOS=33675629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:28:25:31:36:28:25:31:36 chr9 33676094 . C G 883.69 PASS AF=0.491713;AO=88;DP=180;FAO=89;FDP=181;FR=.;FRO=92;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.0235331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.518;QD=19.529;RBI=0.0252614;REFB=-0.0193487;REVB=0.00918312;RO=91;SAF=50;SAR=38;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158519;STB=0.580731;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.019083;OID=.;OPOS=33676094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:91:92:88:89:0.491713:38:50:36:55:39:50:37:55 chr9 33794797 . TGA T 56.57 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0175221;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.787;QD=4.11384;RBI=0.0905374;REFB=-0.0260461;REVB=-0.0888257;RO=42;SAF=6;SAR=2;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36133;STB=0.805151;STBP=0.053;TYPE=del;VARB=0.0653748;OID=.;OPOS=33794798;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:8:55:10:55:45:8:2:19:26:56:42:6:2:19:23 chr9 33794809 . G A 64.61 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0252579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4008;QD=4.2366;RBI=0.0252739;REFB=-0.0046923;REVB=0.000900139;RO=50;SAF=9;SAR=2;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522422;STB=0.840774;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00940792;OID=.;OPOS=33794809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:2:9:19:31:2:9:19:31 chr9 33794812 . G T 71.65 PASS AF=0.193548;AO=10;DP=60;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00360359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.573;QD=4.6227;RBI=0.00432623;REFB=-0.00420428;REVB=-0.00239383;RO=50;SAF=8;SAR=2;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49666;STB=0.849958;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0295639;OID=.;OPOS=33794812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:60:62:50:50:10:12:0.193548:2:8:19:31:2:10:19:31 chr9 33796660 . T C 37.31 PASS AF=0.0900901;AO=10;DP=111;FAO=10;FDP=111;FR=.;FRO=101;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=0.00017753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.293;QD=1.34447;RBI=0.00122771;REFB=-0.00422754;REVB=0.00121481;RO=100;SAF=5;SAR=5;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230072;STB=0.513487;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0302497;OID=.;OPOS=33796660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:111:111:100:101:10:10:0.0900901:5:5:52:48:5:5:52:49 chr9 33796672 . TG CA 35.62 PASS AF=0.0862069;AO=10;DP=116;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=0.00647545;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=235.745;QD=1.22821;RBI=0.0223554;REFB=0.000300698;REVB=-0.021397;RO=104;SAF=5;SAR=5;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219464;STB=0.508604;STBP=0.944;TYPE=mnp;VARB=-0.00532017;OID=.;OPOS=33796672;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:116:116:104:106:10:10:0.0862069:5:5:54:50:5:5:54:52 chr9 33796799 . A T 44.65 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0358865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.861;QD=2.58842;RBI=0.0384912;REFB=-0.00253688;REVB=-0.0139187;RO=60;SAF=3;SAR=6;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126603;STB=0.591627;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0168176;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:6:3:26:34:6:3:26:34 chr9 33798016 . CA CG,TG 704.97 PASS AF=0.881356,0.0508475;AO=50,3;DP=59;FAO=52,3;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=29,2;FSAR=23,1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0390566,0.000655732;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=66.3343,105.809;QD=47.7944;RBI=0.0391672,0.011777;REFB=-0.0631297,-0.0312139;REVB=-0.00294175,-0.0117588;RO=4;SAF=27,2;SAR=23,1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00559684,0.149914;STB=0.504171,0.599313;STBP=0.885,0.678;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00742696,0.0443722;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:59:59:4:4:50,3:52,3:0.881356,0.0508475:23,1:27,2:2:2:23,1:29,2:2:2 chr9 33798075 . T C 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.000195639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.931;QD=2.3512;RBI=0.0256025;REFB=-0.00479065;REVB=-0.0256018;RO=47;SAF=3;SAR=3;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036924;STB=0.528208;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0325592;OID=.;OPOS=33798075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:3:3:25:22:3:3:25:22 chr9 33798574 . G A 59.85 PASS AF=0.139535;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=86;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0217799;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.123;QD=2.7837;RBI=0.0244607;REFB=-0.00121807;REVB=-0.0111337;RO=74;SAF=10;SAR=2;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369903;STB=0.773833;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0166861;OID=.;OPOS=33798574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:88:86:74:74:12:12:0.139535:2:10:42:32:2:10:41:33 chr9 33798596 . T C 69.11 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.013167;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5546;QD=3.37103;RBI=0.0549766;REFB=-0.00135321;REVB=-0.0533766;RO=69;SAF=11;SAR=2;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477588;STB=0.825562;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00608706;OID=.;OPOS=33798596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:83:82:69:69:13:13:0.158537:2:11:33:36:2:11:33:36 chr9 33927899 . G A 1231.79 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0325735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.246;QD=60.0875;RBI=0.0394198;REFB=-0.136634;REVB=0.0222011;RO=1;SAF=43;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108852;STB=0.505746;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0012592;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:1:1:81:81:0.987805:38:43:1:0:38:43:1:0 chr9 33935736 . A G 237.07 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00374925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.379;QD=19.7555;RBI=0.00646133;REFB=-0.0210695;REVB=-0.00526231;RO=24;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139813;STB=0.585729;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0255904;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:25:23:23:0.479167:9:14:18:6:9:14:19:6 chr9 33971740 . A G 312.1 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0182356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.712;QD=29.7235;RBI=0.018236;REFB=-0.0215303;REVB=-0.00011741;RO=15;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109713;STB=0.560394;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0115914;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:17:10:8:7:17:10:8:7 chr9 34017106 . C T 702.43 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419388;FXX=0.0384541;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.437;QD=56.1942;RBI=0.041945;REFB=0.0153702;REVB=-0.000717896;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30473e-05;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr9 34107505 . C T 176.23 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.051567;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.2162;QD=11.9479;RBI=0.0522579;REFB=0.00643976;REVB=0.00846952;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839477;STB=0.515042;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.0124732;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:36:37:22:22:0.372881:9:13:21:15:9:13:21:16 chr9 34251943 . G C 754.98 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221057;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0165;QD=56.9796;RBI=0.0222295;REFB=0;REVB=-0.00234235;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281511;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chr9 34252466 . GCTAACTAAC GCTAAC,GCTAACTATT 551.43 PASS AF=1,0;AO=32,4;DP=41;FAO=38,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274939,-0.027415;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=4,2;MLLD=260.59,106.214;QD=58.0449;RBI=0.0280276,0.0284482;REFB=0,0;REVB=0.00544376,0.00759718;RO=0;SAF=9,0;SAR=23,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.02243e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-2.76672e-05,0;OID=.,.;OPOS=34252467,34252474;OREF=CTAA,AC;OALT=-,TT;OMAPALT=GCTAAC,GCTAACTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:32,4:41:38,0:38:0:12,0:26,0:0:0:4:0:9,0:23,4:0:0 chr9 34256347 . C T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0215068;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.602;QD=46.9601;RBI=0.0239373;REFB=0.0369611;REVB=0.0105096;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000287671;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:0:1:10:10:0:1 chr9 34370020 . T A 160.09 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7635;QD=45.7399;RBI=0.176485;REFB=0;REVB=0.112961;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00935286;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:7:7:0:0 chr9 34371788 . A T 2105.69 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.596;QD=61.9321;RBI=0.0438164;REFB=-0.0548536;REVB=0.0315507;RO=1;SAF=50;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941193;STB=0.50495;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000155275;OID=.;OPOS=34371788;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:85:50:1:0:85:50:1:0 chr9 34372783 . G C 643.48 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00708868;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.557;QD=59.8586;RBI=0.0484967;REFB=-0.101335;REVB=0.0479758;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302621;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000593657;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:43:1:1:42:42:0.976744:27:15:1:0:27:15:1:0 chr9 34372873 . C G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.244;QD=62.6703;RBI=0.010581;REFB=0;REVB=0.00328399;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88609e-05;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr9 34382726 . A G 1996.91 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043687;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7359;QD=61.9197;RBI=0.0512967;REFB=0;REVB=0.026885;RO=0;SAF=51;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666393;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:126:129:1:75:51:0:0:78:51:0:0 chr9 34521148 . G A 693.08 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015341;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.502;QD=63.0073;RBI=0.0201826;REFB=0;REVB=0.0131145;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421983;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:24:20:0:0 chr9 34622389 . A C 81.69 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.016746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5131;QD=10.2112;RBI=0.0724083;REFB=-0.0144433;REVB=-0.0704453;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978809;STB=0.556863;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0253007;OID=.;OPOS=34622389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:29:32:19:21:10:11:0.34375:6:4:6:13:7:4:6:15 chr9 34627940 . C T 90.99 PASS AF=0.478261;AO=9;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.175631;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6476;QD=15.8243;RBI=0.176252;REFB=-0.0310841;REVB=-0.0147832;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281248;STB=0.566808;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0561178;OID=.;OPOS=34627940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:23:23:11:12:9:11:0.478261:6:3:7:4:6:5:7:5 chr9 34709981 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00259267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0232;QD=12.0511;RBI=0.0523454;REFB=-0.0636384;REVB=-0.0522812;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372698;STB=0.707368;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0826106;OID=.;OPOS=34709981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:2:7:5:7:2:7:6:7 chr9 34723744 . C A 638.94 PASS AF=0.934783;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0468777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4318;QD=55.5595;RBI=0.0471398;REFB=-0.0330551;REVB=0.00496482;RO=3;SAF=22;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178995;STB=0.508643;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00230921;OID=.;OPOS=34723744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:46:3:3:42:43:0.934783:20:22:2:1:20:23:2:1 chr9 34723935 . C T 426.23 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594691;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.929;QD=56.831;RBI=0.0820729;REFB=0;REVB=0.0565631;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934247;OID=.;OPOS=34723935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:0:0:29:30:1:6:23:0:0:6:24:0:0 chr9 34724241 . C A 1358.49 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.898;QD=62.4593;RBI=0.0303235;REFB=0;REVB=0.0270655;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24391e-05;OID=.;OPOS=34724241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:35:51:0:0:35:52:0:0 chr9 34724786 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.242;QD=43.4858;RBI=0.0337188;REFB=0;REVB=0.0334212;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360531;OID=.;OPOS=34724786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr9 34724796 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.071;QD=42.1826;RBI=0.0813408;REFB=0;REVB=0.0808727;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119646;OID=.;OPOS=34724796;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr9 34725047 . C T 545.58 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00487767;FXX=0.0329634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.272;QD=24.7991;RBI=0.0072968;REFB=-0.00138037;REVB=-0.00542694;RO=37;SAF=32;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124201;STB=0.563247;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00129428;OID=.;OPOS=34725047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:37:38:50:50:0.568182:18:32:18:19:18:32:19:19 chr9 34725069 . T A 195.83 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0228856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.345;QD=8.70348;RBI=0.026183;REFB=-0.00811898;REVB=0.01272;RO=63;SAF=14;SAR=12;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157229;STB=0.585303;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0422678;OID=.;OPOS=34725069;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:64:26:26:0.288889:12:14:42:21:12:14:42:22 chr9 34834494 . C T 797.87 PASS AF=0.409091;AO=90;DP=220;FAO=90;FDP=220;FR=.;FRO=130;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=73;FSRR=57;FWDB=0.00722532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.356;QD=14.5068;RBI=0.0494275;REFB=-0.0191363;REVB=-0.0488966;RO=129;SAF=51;SAR=39;SRF=73;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000830309;STB=0.503082;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0260696;OID=.;OPOS=34834494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:129:130:90:90:0.409091:39:51:73:56:39:51:73:57 chr9 34834880 . A C 116.18 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.078;QD=42.2473;RBI=0.0597982;REFB=0;REVB=0.0100569;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651809;OID=.;OPOS=34834880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:1:9:0:0:1:10:0:0 chr9 34835273 . A C 707.11 PASS AF=0.481013;AO=74;DP=159;FAO=76;FDP=158;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0398578;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.292;QD=17.9015;RBI=0.0405892;REFB=-0.0241056;REVB=0.00767077;RO=77;SAF=24;SAR=50;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105113;STB=0.560482;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.034492;OID=.;OPOS=34835273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:77:82:74:76:0.481013:50:24:33:44:50:26:37:45 chr9 34835861 . C G 575.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.228;QD=60.5989;RBI=0.0561357;REFB=0;REVB=0.0221361;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427235;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr9 34978431 . G A 921.8 PASS AF=0.984615;AO=61;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.92;QD=56.7263;RBI=0.0182969;REFB=0.0604967;REVB=0.00690526;RO=1;SAF=35;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132969;STB=0.506665;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.000162237;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:61:64:0.984615:26:35:1:0:27:37:1:0 chr9 35089431 . AAG AA,A 230.99 PASS AF=1,0;AO=11,5;DP=32;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.258096,0.104089;FXX=0.0312402;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=10.8997,6.53447;QD=29.8047;RBI=0.281959,0.349497;REFB=0,0;REVB=-0.113522,-0.333637;RO=6;SAF=8,0;SAR=3,5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.285418,0;SSSB=-0.087178,-0.791225;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0099976,0;OID=.,.;OPOS=35089433,35089432;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:11,5:32:31,0:31:0:14,0:17,0:0:0:4:6:8,0:3,5:5:1 chr9 35104340 . GC G 48.54 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0430947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.2896;QD=8.82633;RBI=0.0458859;REFB=-0.0463458;REVB=0.0157597;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0.408377;SSEP=0;SSSB=-0.550504;STB=0.744113;STBP=0.085;TYPE=del;VARB=0.0671962;OID=.;OPOS=35104341;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:8:22:9:22:13:2:7:8:5:48:13:1:7:8:5 chr9 35107858 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496652;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.424;QD=56.7062;RBI=0.0496671;REFB=0;REVB=0.000436752;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7766e-05;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr9 35480564 . T C 771.22 PASS AF=0.438503;AO=79;DP=183;FAO=82;FDP=187;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=0.00962683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.79;QD=16.4966;RBI=0.0151149;REFB=-0.0267871;REVB=0.0116526;RO=102;SAF=30;SAR=49;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647092;STB=0.527876;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0304745;OID=.;OPOS=35480564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:187:102:105:79:82:0.438503:49:30:45:57:50:32:46:59 chr9 35482075 . T C 181.38 PASS AF=0.342857;AO=22;DP=68;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00468517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.018;QD=10.3644;RBI=0.0156626;REFB=-0.0232617;REVB=-0.0149454;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132824;STB=0.56245;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0334583;OID=.;OPOS=35482075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:44:46:22:24:0.342857:12:10:15:29:14:10:15:31 chr9 35482149 . C T 322.33 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0315301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7882;QD=16.5299;RBI=0.043136;REFB=0.00284883;REVB=0.0294376;RO=42;SAF=14;SAR=21;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119288;STB=0.557345;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00450166;OID=.;OPOS=35482149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:21:14:12:30:21:14:13:30 chr9 35546734 . T TG 66.27 PASS AF=1;AO=2;DP=13;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296429;FXX=0.461184;HRUN=0;LEN=1;MLLD=21.2212;QD=37.8674;RBI=0.0296495;REFB=0;REVB=0.000627283;RO=11;SAF=1;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465033;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00574548;OID=.;OPOS=35546735;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:13:7:7:0:7:0:0:0:3:11:1:1:6:5 chr9 35546735 . A G 115.61 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00870857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.634;QD=35.5726;RBI=0.0111268;REFB=-0.120128;REVB=-0.00692574;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538398;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00773375;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:11:12:0.923077:5:6:1:0:6:6:1:0 chr9 35562393 . A ATAGT 48.43 PASS AF=0.5;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00488931;FXX=0.293945;HRUN=1;LEN=4;MLLD=218.948;QD=16.1426;RBI=0.00992408;REFB=0.0129823;REVB=0.00863609;RO=4;SAF=5;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.624529;STBP=0.485;TYPE=ins;VARB=-0.00919968;OID=.;OPOS=35562394;OREF=-;OALT=TAGT;OMAPALT=ATAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:17:6:12:6:5:1:4:2:45:4:5:0:4:0 chr9 35562549 . G A 87.64 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0134587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.118;QD=13.4833;RBI=0.0984142;REFB=-0.0307127;REVB=0.0974896;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542807;STB=0.531857;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0446963;OID=.;OPOS=35562549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:9:6:5:6:9:6 chr9 35606884 . G A 303.07 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00156559;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.831;QD=16.8373;RBI=0.00290121;REFB=-0.00348577;REVB=-0.00244254;RO=39;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100986;STB=0.556641;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00470369;OID=.;OPOS=35606884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:39:39:33:33:0.458333:16:17:16:23:16:17:16:23 chr9 35612978 . G A 257.83 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0574306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.743;QD=18.4161;RBI=0.0607591;REFB=-0.0236799;REVB=0.019834;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0284205;OID=.;OPOS=35612978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:17:11:11:17:17:11:11:17 chr9 35660990 . A G 782.09 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.901;QD=63.844;RBI=0.0104771;REFB=0;REVB=0.0103784;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37753e-05;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:21:28:0:0 chr9 35662251 . T C 745.57 PASS AF=1;AO=47;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5275;QD=56.2697;RBI=0.0388387;REFB=0;REVB=0.0129759;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150224;OID=.;OPOS=35662251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:47:53:1:30:17:0:0:32:21:0:0 chr9 35841783 . G A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0225725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.56;QD=17.0992;RBI=0.0376428;REFB=-0.016823;REVB=0.0301241;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220441;STB=0.626683;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0335148;OID=.;OPOS=35841783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:9:5:9:6:9:5:9:6 chr9 35842610 . C T 797.34 PASS AF=0.491018;AO=82;DP=167;FAO=82;FDP=167;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=57;FSRR=28;FWDB=0.00255491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.52;QD=19.098;RBI=0.0209307;REFB=-0.0234916;REVB=0.0207742;RO=82;SAF=45;SAR=37;SRF=57;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13663;STB=0.563353;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0212637;OID=.;OPOS=35842610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:82:85:82:82:0.491018:37:45:57:25:37:45:57:28 chr9 35870001 . T C 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0313826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7569;QD=18.0497;RBI=0.0559256;REFB=-0.016321;REVB=-0.0462904;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175521;STB=0.599822;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0260991;OID=.;OPOS=35870001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:1:7:7:3:1:7 chr9 35906519 . G A 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.229;QD=58.238;RBI=0.0344426;REFB=0;REVB=0.0201705;RO=0;SAF=15;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106961;OID=.;OPOS=35906519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:47:15:0:0:47:15:0:0 chr9 35910690 . G A 244.66 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0422351;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7909;QD=21.2746;RBI=0.057509;REFB=-0.0388869;REVB=0.0390319;RO=19;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108815;STB=0.539649;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0481212;OID=.;OPOS=35910690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:19:22:23:24:0.521739:16:7:6:13:16:8:9:13 chr9 35957355 . G A 527.65 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00186446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.428;QD=57.0433;RBI=0.0136359;REFB=-0.158097;REVB=0.0135078;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00176973;OID=.;OPOS=35957355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:0:1:36:36:0.972973:22:14:0:0:22:14:1:0 chr9 35957669 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.319;QD=58.1417;RBI=0.0492264;REFB=0;REVB=0.0348263;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209994;OID=.;OPOS=35957669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:23:9:0:0 chr9 35958047 . T C 626.57 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.377;QD=61.1288;RBI=0.0417424;REFB=0;REVB=0.0202374;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401195;OID=.;OPOS=35958047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:20:17:0:0:22:19:0:0 chr9 36066899 . T C 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0308359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.504;QD=14.0965;RBI=0.0465762;REFB=-0.0271231;REVB=0.0349069;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304843;STB=0.678114;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0283145;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:7:11:4:9:7:11 chr9 36085307 . C T 98.0 PASS AF=0.4;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00462995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.674;QD=13.0672;RBI=0.0109113;REFB=-0.0340346;REVB=0.00988024;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147429;STB=0.59984;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0564275;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:30:17:18:12:12:0.4:6:6:11:6:6:6:12:6 chr9 36087876 . G A 491.14 PASS AF=0.490566;AO=51;DP=105;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0400925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.802;QD=18.5337;RBI=0.0443497;REFB=-0.0427075;REVB=0.0189601;RO=54;SAF=28;SAR=23;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627747;STB=0.538979;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0314852;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:54:54:51:52:0.490566:23:28:26:28:23:29:26:28 chr9 36674842 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.251;QD=62.0196;RBI=0.0376461;REFB=0;REVB=-0.0292642;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353148;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr9 36677335 . T C 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0231885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1409;QD=17.1561;RBI=0.0296471;REFB=-0.00130963;REVB=0.0184728;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190375;STB=0.510904;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0032499;OID=.;OPOS=36677335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:13:4:5:15:13:4:5:15 chr9 36840623 . G A 822.21 PASS AF=1;AO=55;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.248573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.695;QD=54.8141;RBI=0.258983;REFB=0;REVB=0.0726894;RO=5;SAF=10;SAR=45;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186813;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030716;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:5:0:55:60:1:45:10:5:0:45:15:0:0 chr9 37429814 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0858171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.682;QD=48.7369;RBI=0.0861371;REFB=0;REVB=-0.00741872;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000796534;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr9 37430875 . C G 83.87 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0195865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.504;QD=10.1661;RBI=0.0210471;REFB=-0.00738174;REVB=-0.00770402;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226644;STB=0.650002;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0129559;OID=.;OPOS=37430875;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:7:4:12:9:7:4:13:9 chr9 37439785 . G GAAAC 86.91 PASS AF=0.769231;AO=8;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0440499;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=286.392;QD=26.7416;RBI=0.0440657;REFB=-0.0062321;REVB=0.00118236;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203264;STB=0.599815;STBP=0.301;TYPE=ins;VARB=0.0022878;OID=.;OPOS=37439786;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=GAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.769231:8:13:10:13:3:4:6:0:3:15:3:3:5:0:3 chr9 37441808 . A G 451.4 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427556;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.073;QD=58.2445;RBI=0.0427936;REFB=0;REVB=-0.00180346;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252979;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:20:11:0:0 chr9 37503124 . G A 1040.87 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0952113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3168;QD=59.4782;RBI=0.0972422;REFB=0;REVB=0.01977;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517924;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:43:25:0:0:43:27:0:0 chr9 37537557 . G A 75.29 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.196103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3834;QD=37.6454;RBI=0.202553;REFB=0;REVB=0.05071;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0172568;OID=.;OPOS=37537557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:5:8:1:2:3:0:0:2:6:0:0 chr9 37541459 . G A 291.08 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00772289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.737;QD=26.4615;RBI=0.022446;REFB=-0.0332487;REVB=0.0210756;RO=18;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168969;STB=0.593567;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0201629;OID=.;OPOS=37541459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:16:10:11:7:16:10:11:7 chr9 37707441 . G A 86.08 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00233278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.701;QD=14.971;RBI=0.00597198;REFB=-0.0257591;REVB=-0.00549752;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535863;STB=0.531844;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0178499;OID=.;OPOS=37707441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:23:23:12:12:9:9:0.391304:4:5:6:6:4:5:6:6 chr9 37740637 . T C 251.28 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0348267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.459;QD=18.9644;RBI=0.0352662;REFB=-0.014155;REVB=-0.0055502;RO=26;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217795;STB=0.605183;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0106086;OID=.;OPOS=37740637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:26:26:27:0.509434:18:8:14:12:18:9:14:12 chr9 37745413 . G A 68.35 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00734113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.992;QD=13.6692;RBI=0.00767442;REFB=-0.0356035;REVB=0.00223708;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255081;STB=0.652961;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.02731;OID=.;OPOS=37745413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:6:5:2:7:6:5 chr9 37746136 . G A 94.52 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0155525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.815;QD=21.0047;RBI=0.0172506;REFB=-0.0404294;REVB=-0.00746334;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175522;STB=0.599822;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0328665;OID=.;OPOS=37746136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:2:5:5:6:2:5 chr9 37780558 . C A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00704292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.585;QD=16.1062;RBI=0.0121435;REFB=-0.0129932;REVB=-0.00989249;RO=21;SAF=14;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266103;STB=0.674465;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0183147;OID=.;OPOS=37780558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:3:14:13:8:3:14:13:9 chr9 37782111 . C T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00975219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8949;QD=23.5282;RBI=0.014954;REFB=-0.00553719;REVB=-0.0113365;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873407;STB=0.548969;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00290782;OID=.;OPOS=37782111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:14:6:6:9:14:6:6:9 chr9 37862124 . A T 269.42 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00893047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1591;QD=14.1798;RBI=0.0396876;REFB=-0.0266163;REVB=0.0386698;RO=45;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546321;STB=0.531015;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0168785;OID=.;OPOS=37862124;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:17:14:18:27:17:14:18:27 chr9 37862178 . A T 213.14 PASS AF=0.431034;AO=19;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0815441;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=200.61;QD=14.6995;RBI=0.0815488;REFB=0.00504006;REVB=-0.000869986;RO=18;SAF=2;SAR=17;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211831;STB=0.603683;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00673603;OID=.;OPOS=37862178;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:18:33:19:25:0.431034:17:2:4:14:20:5:11:22 chr9 37865943 . A G 239.76 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=-0.000886372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.175;QD=14.3137;RBI=0.00165931;REFB=-0.00580895;REVB=0.00140273;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365428;STB=0.704789;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0121692;OID=.;OPOS=37865943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:12:16:8:31:12:16:8:31 chr9 37866739 . ATTTTTTTTA ATTTTTTA,ATTTTTTTA,ATTTTTTTAT 97.75 PASS AF=0.0909091,0,0.909091;AO=2,3,2;DP=12;FAO=1,0,10;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,10;FSAR=0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455234,-0.0866852,0.169994;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,2;MLLD=8.67439,6.14079,15.9212;QD=35.546;RBI=0.0455234,0.0866852,0.169994;REFB=0,0,0;REVB=0,0,0;RO=2;SAF=2,3,2;SAR=0,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.153092,0,0.0373331;OID=.,.,.;OPOS=37866740,37866740,37866747;OREF=TT,T,TA;OALT=-,-,AT;OMAPALT=ATTTTTTA,ATTTTTTTA,ATTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0909091,0,0.909091:2,3,2:12:1,0,10:11:0:1,0,10:0,0,0:0:0:4:2:2,3,2:0,0,0:2:0 chr9 37884237 . A G 226.4 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0256348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.823;QD=17.087;RBI=0.0265627;REFB=-0.0136145;REVB=-0.00695935;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018742;STB=0.510566;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0195413;OID=.;OPOS=37884237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:12:13:14:14:12:13:14:14 chr9 37919743 . T C 225.12 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00687629;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.623;QD=25.0136;RBI=0.00917587;REFB=-0.00649811;REVB=0.00607563;RO=15;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150202;STB=0.508372;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00402431;OID=.;OPOS=37919743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:15:15:21:21:0.583333:8:13:9:6:8:13:9:6 chr9 37948724 . T C 523.02 PASS AF=1;AO=27;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.28;QD=59.7738;RBI=0.0805008;REFB=0;REVB=0.0401999;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109824;OID=.;OPOS=37948724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:27:35:1:16:11:0:0:20:15:0:0 chr9 38395928 . C T 328.99 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=0.00953464;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.29;QD=15.3018;RBI=0.025421;REFB=3.33103e-05;REVB=0.0235652;RO=42;SAF=21;SAR=15;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158439;STB=0.609448;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-1.12276e-05;OID=.;OPOS=38395928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:42:50:36:36:0.418605:15:21:31:11:15:21:38:12 chr9 38395940 . T C 1035.1 PASS AF=0.891566;AO=74;DP=84;FAO=74;FDP=83;FR=.;FRO=9;FSAF=59;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0474093;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5995;QD=49.8842;RBI=0.047565;REFB=-0.048211;REVB=0.00384474;RO=9;SAF=59;SAR=15;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216089;STB=0.61535;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0203656;OID=.;OPOS=38395940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:84:83:9:9:74:74:0.891566:15:59:0:9:15:59:0:9 chr9 38396002 . C T 160.39 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=0.0551267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9332;QD=10.3479;RBI=0.0605904;REFB=-0.0108325;REVB=-0.0251444;RO=41;SAF=11;SAR=10;SRF=33;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331274;STB=0.689503;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00780139;OID=.;OPOS=38396002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:10:11:33:8:10:11:33:8 chr9 38396502 . G A 770.29 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272443;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0004;QD=64.1907;RBI=0.027532;REFB=0;REVB=0.00396946;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953054;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr9 38398150 . G C 364.47 PASS AF=0.590164;AO=35;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00766448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.223;QD=23.8996;RBI=0.0076649;REFB=-0.0104847;REVB=8.03019e-05;RO=25;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778625;STB=0.547419;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00588206;OID=.;OPOS=38398150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:35:36:0.590164:19:16:14:11:20:16:14:11 chr9 38571986 . C G 149.28 PASS AF=0.234043;AO=22;DP=94;FAO=22;FDP=94;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0142203;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.453;QD=6.35226;RBI=0.0293275;REFB=-0.00649018;REVB=-0.0256493;RO=72;SAF=13;SAR=9;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164471;STB=0.601065;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0213688;OID=.;OPOS=38571986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:72:72:22:22:0.234043:9:13:33:39:9:13:33:39 chr9 38615698 . C T 370.7 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0161882;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0477;QD=13.122;RBI=0.0783736;REFB=0.00625163;REVB=-0.0766835;RO=69;SAF=17;SAR=27;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540907;STB=0.52162;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0130048;OID=.;OPOS=38615698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:69:69:44:44:0.389381:27:17:30:39:27:17:29:40 chr9 38621344 . G A 286.8 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0482596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.895;QD=31.0052;RBI=0.0486244;REFB=-0.0239135;REVB=-0.00594512;RO=12;SAF=19;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131455;STB=0.572541;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0113583;OID=.;OPOS=38621344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:6:19:7:5:6:19:7:5 chr9 39103763 . A G 287.43 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00414815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.45;QD=16.1932;RBI=0.0290931;REFB=-0.0152566;REVB=-0.0287958;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062575;STB=0.535189;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0229495;OID=.;OPOS=39103763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:16:16:17:22:16:16:17:22 chr9 39287976 . C T 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0492271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.965;QD=16.9234;RBI=0.0530781;REFB=-0.0165194;REVB=-0.0198488;RO=36;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231706;STB=0.601207;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0200652;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:40:34:34:0.459459:14:20:12:24:14:20:16:24 chr9 40503085 . A G 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0876386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.057;QD=44.0921;RBI=0.0888182;REFB=-0.0876221;REVB=0.0144272;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00531824;OID=.;OPOS=40503085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:0:1:10:7:0:1 chr9 40503105 . G C 61.99 PASS AF=0.25;AO=8;DP=35;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0490036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0369;QD=6.88762;RBI=0.0492358;REFB=-0.00204525;REVB=-0.004776;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167222;STB=0.636033;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00892419;OID=.;OPOS=40503105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:36:27:27:8:9:0.25:6:2:10:17:7:2:10:17 chr9 40774051 . T A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00492515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.301;QD=15.577;RBI=0.0205156;REFB=-0.0230191;REVB=-0.0199156;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137954;STB=0.578156;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.027847;OID=.;OPOS=40774051;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:11:13:12:18:11:13:12:18 chr9 40784154 . TCTC T 195.13 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0175986;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=3;MLLD=198.968;QD=17.3446;RBI=0.0178972;REFB=-0.0430341;REVB=-0.00325561;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200255;STB=0.597601;STBP=0.28;TYPE=del;VARB=0.0533862;OID=.;OPOS=40784155;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:19:48:20:45:25:7:13:13:12:99:28:6:13:14:14 chr9 40784183 . A G 506.24 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.525;QD=57.8556;RBI=0.0966462;REFB=0;REVB=-0.00330733;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494383;OID=.;OPOS=40784183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:31:35:1:23:8:0:0:25:10:0:0 chr9 43685298 . G T 86.72 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00163867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9255;QD=12.8471;RBI=0.0125791;REFB=-0.0248796;REVB=0.0124719;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231583;STB=0.618829;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0476913;OID=.;OPOS=43685298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:7:4:9:6:7:4:9:7 chr9 43818062 . T A 652.22 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00770314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.831;QD=57.9748;RBI=0.025739;REFB=-0.172474;REVB=0.0245592;RO=2;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551391;STB=0.514279;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000686518;OID=.;OPOS=43818062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:45:45:2:1:43:44:0.977778:16:27:0:2:17:27:0:1 chr9 43822668 . C T 70.52 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.000577243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.948;QD=18.8059;RBI=0.0374183;REFB=0.00100915;REVB=-0.0374138;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183303;STB=0.624664;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0035377;OID=.;OPOS=43822668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:15:15:6:6:7:8:0.533333:2:5:3:3:2:6:3:3 chr9 43822686 . C A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0138267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.972;QD=10.1734;RBI=0.0185511;REFB=0.00116879;REVB=-0.012368;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27543;STB=0.666172;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00122693;OID=.;OPOS=43822686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:7:2:3:3:7:2 chr9 66457019 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0223671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.332;QD=11.4398;RBI=0.0661405;REFB=-0.0278229;REVB=-0.0622437;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500501;STB=0.809307;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0431349;OID=.;OPOS=66457019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:7:7:1:8:7:7 chr9 66457040 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0031624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.652;QD=5.00552;RBI=0.0106321;REFB=-0.00336116;REVB=-0.0101509;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161628;STB=0.606802;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0103786;OID=.;OPOS=66457040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:3:3:14:8:3:3:14:8 chr9 66457076 . T C 34.68 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.015441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1075;QD=4.62424;RBI=0.0189255;REFB=0.00749438;REVB=-0.0109431;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148935;STB=0.59968;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0616327;OID=.;OPOS=66457076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:15:9:3:3:15:9 chr9 66457388 . T G 57.53 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.00407119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.577;QD=12.7833;RBI=0.174625;REFB=-0.0110543;REVB=0.174577;RO=9;SAF=7;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.707998;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0175548;OID=.;OPOS=66457388;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:9:10:7:8:0.444444:0:7:9:0:1:7:10:0 chr9 66457440 . A G 37.91 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.000371461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.118;QD=2.75743;RBI=0.00435777;REFB=-0.000807804;REVB=0.00434191;RO=47;SAF=3;SAR=4;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247736;STB=0.666223;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00673629;OID=.;OPOS=66457440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:47:48:7:7:0.127273:4:3:30:17:4:3:30:18 chr9 66457451 . T C 49.26 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.000208004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6952;QD=3.23036;RBI=0.00887178;REFB=0.00530857;REVB=-0.00886934;RO=50;SAF=3;SAR=6;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273825;STB=0.701694;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00767192;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:50:52:9:9:0.147541:6:3:28:22:6:3:30:22 chr9 66457465 . T G 92.14 PASS AF=0.237288;AO=16;DP=61;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00172599;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.353;QD=6.24668;RBI=0.0383796;REFB=-0.00818601;REVB=-0.0383408;RO=44;SAF=7;SAR=9;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129303;STB=0.542313;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0368503;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:61:59:44:45:16:14:0.237288:9:7:24:20:7:7:25:20 chr9 66457467 . GTTTTTTTC GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT 227.82 PASS AF=0.565217,0.26087,0.108696;AO=11,10,6;DP=56;FAO=26,12,5;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=15,5,1;FSAR=11,7,4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.305394,-0.0020484,-0.17581;FXX=0.17854;HRUN=7,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=7.16573,19.3593,22.3457;QD=19.8104;RBI=0.338725,0.0887423,0.211917;REFB=-0.230696,-0.0392116,0.104488;REVB=0.146523,-0.0887187,-0.118319;RO=14;SAF=5,3,2;SAR=6,7,4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.17847,-0.33729,-0.331207;STB=0.509529,0.550477,0.704971;STBP=0.787,0.441,0.259;TYPE=del,del,snp;VARB=0.110174,-6.90858e-05,-0.150744;OID=.,.,.;OPOS=66457468,66457475,66457475;OREF=T,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.565217,0.26087,0.108696:11,10,6:56:26,12,5:46:3:15,5,1:11,7,4:2:1:59:14:5,3,2:6,7,4:9:5 chr9 66457480 . G A 105.31 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.053589;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6999;QD=6.48058;RBI=0.0792222;REFB=0.000842267;REVB=0.058347;RO=50;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507683;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00126773;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:50:49:16:16:0.246154:8:8:25:25:8:8:25:24 chr9 66457498 . G T 156.1 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.010158;FXX=0.0444395;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.252;QD=7.26034;RBI=0.0288067;REFB=-0.00475053;REVB=-0.0269563;RO=64;SAF=10;SAR=12;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602028;STB=0.536448;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0100223;OID=.;OPOS=66457498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:86:64:64:22:22:0.255814:12:10:26:38:12:10:26:38 chr9 66457549 . A T 364.12 PASS AF=0.335878;AO=44;DP=142;FAO=44;FDP=131;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.00802631;FXX=0.0839102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.031;QD=11.1182;RBI=0.0395788;REFB=-0.0224744;REVB=-0.0387564;RO=83;SAF=26;SAR=18;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191233;STB=0.609186;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.038843;OID=.;OPOS=66457549;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:131:83:87:44:44:0.335878:18:26:35:48:18:26:37:50 chr9 66457585 . G T 230.87 PASS AF=0.297297;AO=31;DP=109;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.0348296;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.921;QD=8.31955;RBI=0.0348303;REFB=-0.0148719;REVB=0.000220428;RO=78;SAF=11;SAR=20;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549394;STB=0.548989;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.026776;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:78:78:31:33:0.297297:20:11:31:47:22:11:31:47 chr9 66457588 . T C 132.02 PASS AF=0.205607;AO=21;DP=106;FAO=22;FDP=107;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=-0.0167891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.837;QD=4.93534;RBI=0.0216439;REFB=-0.00858544;REVB=-0.0136595;RO=84;SAF=12;SAR=9;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267045;STB=0.649872;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0823378;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:84:85:21:22:0.205607:9:12:30:54:10:12:30:55 chr9 66457593 . CAG AGG,CGA,CGG 890.97 PASS AF=0.232323,0,0.525253;AO=19,4,44;DP=99;FAO=23,0,52;FDP=99;FR=.;FRO=24;FSAF=8,0,22;FSAR=15,0,30;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00727428,-0.0273658,0.00450026;FXX=0.009999;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=129.875,57.4014,148.062;QD=35.9989;RBI=0.00842549,0.0402533,0.0286508;REFB=-0.0442954,-0.0145655,-0.0587627;REVB=-0.00425131,-0.0295203,0.0282951;RO=23;SAF=7,2,19;SAR=12,2,25;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0213728,0.176754,0.0545178;STB=0.50819,0.5,0.529278;STBP=0.896,1,0.453;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0353217,0,0.0220103;OID=.,.,.;OPOS=66457593,66457594,66457594;OREF=CA,AG,A;OALT=AG,GA,G;OMAPALT=AGG,CGA,CGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:99:99:23:24:19,4,44:23,0,52:0.232323,0,0.525253:12,2,25:7,2,19:8:15:15,0,30:8,0,22:8:16 chr9 66457601 . G T 90.41 PASS AF=0.168539;AO=6;DP=95;FAO=15;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0265825;FXX=0.0531858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.642;QD=4.06337;RBI=0.035168;REFB=0.000313024;REVB=-0.0230253;RO=62;SAF=4;SAR=2;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218712;STB=0.63803;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0330199;OID=.;OPOS=66457601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:95:89:62:72:6:15:0.168539:2:4:29:33:11:4:30:42 chr9 66457604 . GC AT,GT 166.13 PASS AF=0.0344828,0.241379;AO=4,21;DP=91;FAO=3,21;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=2,9;FSAR=1,12;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.033864,-0.0200911;FXX=0.0439512;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=180.11,147.848;QD=7.63832;RBI=0.0339056,0.0236375;REFB=-0.00883113,-0.00412945;REVB=0.00167892,-0.0124531;RO=62;SAF=3,9;SAR=1,12;SRF=22;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.368194,0.0943062;STB=0.764816,0.54925;STBP=0.482,0.642;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0591453,0.0137329;OID=.,.;OPOS=66457604,66457605;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:91:87:62:63:4,21:3,21:0.0344828,0.241379:1,12:3,9:22:40:1,12:2,9:23:40 chr9 66457609 . G A 58.72 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.0470821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.103;QD=2.66915;RBI=0.0491867;REFB=-0.00574544;REVB=-0.0142341;RO=75;SAF=3;SAR=9;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190475;STB=0.631344;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0426863;OID=.;OPOS=66457609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:88:75:76:12:12:0.136364:9:3:29:46:9:3:29:47 chr9 66457612 . CC AT,CT 55.45 PASS AF=0.0617284,0.0864198;AO=5,5;DP=82;FAO=5,7;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=1,5;FSAR=4,2;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0444686,-0.0396226;FXX=0.0240935;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=252.681,49.5035;QD=2.73839;RBI=0.0444801,0.0396611;REFB=-0.00460558,-0.0044482;REVB=-0.00101391,0.00174767;RO=66;SAF=1,3;SAR=4,2;SRF=23;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.180711,0.259438;STB=0.683396,0.79237;STBP=0.45,0.151;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0178965,0.0470048;OID=.,.;OPOS=66457612,66457613;OREF=CC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:82:81:66:69:5,5:5,7:0.0617284,0.0864198:4,2:1,3:23:43:4,2:1,5:25:44 chr9 66457620 . C T 57.32 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=79;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00217999;FXX=0.0624922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.396;QD=3.05722;RBI=0.0172695;REFB=0.00222134;REVB=-0.0171314;RO=57;SAF=4;SAR=7;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961943;STB=0.552066;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0156763;OID=.;OPOS=66457620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:79:75:57:64:11:11:0.146667:7:4:25:32:7:4:27:37 chr9 66457628 . G A 50.37 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=68;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0828174;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6307;QD=2.87826;RBI=0.0838259;REFB=-0.00610864;REVB=-0.0129636;RO=56;SAF=6;SAR=3;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284745;STB=0.756281;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0548301;OID=.;OPOS=66457628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:68:70:56:60:9:10:0.142857:3:6:24:32:3:7:23:37 chr9 66458150 . C T 111.37 PASS AF=0.153846;AO=22;DP=142;FAO=22;FDP=143;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=-0.0191345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.655;QD=3.11516;RBI=0.0229332;REFB=-0.0070001;REVB=-0.0126412;RO=117;SAF=11;SAR=11;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543264;STB=0.503493;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0417781;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:117:121:22:22:0.153846:11:11:59:58:11:11:60:61 chr9 66458154 . A AC 47.62 PASS AF=0.153846;AO=21;DP=145;FAO=22;FDP=143;FR=.;FRO=121;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=0.0134619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.1425;QD=1.33213;RBI=0.0519093;REFB=0.00314828;REVB=-0.0501333;RO=123;SAF=8;SAR=13;SRF=64;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176295;STB=0.626483;STBP=0.221;TYPE=ins;VARB=-0.0127354;OID=.;OPOS=66458155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:21:145:22:143:121:8:14:62:59:47:123:8:13:64:59 chr9 66458183 . A G 109.95 PASS AF=0.14966;AO=20;DP=145;FAO=22;FDP=147;FR=.;FRO=125;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=66;FWDB=-0.00374775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3635;QD=2.99181;RBI=0.00466639;REFB=-0.000304252;REVB=-0.00278021;RO=119;SAF=6;SAR=14;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223072;STB=0.594336;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00146782;OID=.;OPOS=66458183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:119:125:20:22:0.14966:14:6:56:63:14:8:59:66 chr9 66458195 . TC GA,GC 161.86 PASS AF=0.0571429,0.15;AO=7,21;DP=139;FAO=8,21;FDP=140;FR=.;FRO=111;FSAF=2,6;FSAR=6,15;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=-0.0343491,-0.0234866;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=147.571,69.4631;QD=4.62469;RBI=0.0435017,0.0237744;REFB=-0.000343117,-0.0053527;REVB=0.0266934,-0.00368767;RO=106;SAF=2,6;SAR=5,15;SRF=51;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.201425,-0.25756;STB=0.706128,0.655019;STBP=0.286,0.161;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0118829,0.0117756;OID=.,.;OPOS=66458195,66458195;OREF=TC,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:139:140:106:111:7,21:8,21:0.0571429,0.15:5,15:2,6:51:55:6,15:2,6:51:60 chr9 66458231 . GCC GC,GCG 735.15 PASS AF=0.712766,0.0319149;AO=56,7;DP=99;FAO=67,3;FDP=94;FR=.;FRO=24;FSAF=33,0;FSAR=34,3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00555995,0.0361227;FXX=0.1607;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.7294,14.4476;QD=31.283;RBI=0.02297,0.0555202;REFB=-0.0733858,-0.0477855;REVB=-0.022287,-0.042162;RO=23;SAF=27,1;SAR=29,6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0492136,-0.368418;STB=0.52002,0.995827;STBP=0.531,0.123;TYPE=del,snp;VARB=0.0237459,0.0168193;OID=.,.;OPOS=66458232,66458233;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.712766,0.0319149:56,7:99:67,3:94:24:33,0:34,3:10:14:99:23:27,1:29,6:9:14 chr9 66499292 . T C 87.69 PASS AF=0.134752;AO=19;DP=141;FAO=19;FDP=141;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=0.0206351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.907;QD=2.4878;RBI=0.021363;REFB=-0.00497983;REVB=0.00552919;RO=121;SAF=7;SAR=12;SRF=61;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171226;STB=0.614799;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0209502;OID=.;OPOS=66499292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:141:141:121:122:19:19:0.134752:12:7:61:60:12:7:61:61 chr9 66499336 . A C 153.64 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=85;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0244056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.181;QD=7.22993;RBI=0.0244061;REFB=0.0043754;REVB=0.000147702;RO=63;SAF=9;SAR=13;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637705;STB=0.538678;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0134031;OID=.;OPOS=66499336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:63:63:22:22:0.258824:13:9:29:34:13:9:29:34 chr9 66499356 . G A 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0319624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.117;QD=7.40616;RBI=0.0321273;REFB=-0.00325315;REVB=0.00325107;RO=40;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115914;STB=0.571327;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0070992;OID=.;OPOS=66499356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:6:8:19:21:6:8:19:21 chr9 68415318 . G A 33.45 PASS AF=0.0684211;AO=13;DP=190;FAO=13;FDP=190;FR=.;FRO=177;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=76;FSRR=101;FWDB=-0.0333096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.344;QD=0.704294;RBI=0.0396037;REFB=-0.0028865;REVB=-0.0214226;RO=176;SAF=4;SAR=9;SRF=76;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140298;STB=0.620497;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0403985;OID=.;OPOS=68415318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:190:190:176:177:13:13:0.0684211:9:4:76:100:9:4:76:101 chr9 68415338 . A C 197.13 PASS AF=0.208861;AO=33;DP=158;FAO=33;FDP=158;FR=.;FRO=125;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=74;FWDB=-0.0555275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.398;QD=4.99069;RBI=0.0575322;REFB=-0.00169403;REVB=-0.0150548;RO=123;SAF=15;SAR=18;SRF=49;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728681;STB=0.537361;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00558077;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:123:125:33:33:0.208861:18:15:49:74:18:15:51:74 chr9 68415353 . T G 95.21 PASS AF=0.140845;AO=20;DP=141;FAO=20;FDP=142;FR=.;FRO=122;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=75;FWDB=-0.010818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.442;QD=2.68204;RBI=0.0114336;REFB=-0.00188527;REVB=-0.00370096;RO=120;SAF=9;SAR=11;SRF=45;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975976;STB=0.556779;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0157654;OID=.;OPOS=68415353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:141:142:120:122:20:20:0.140845:11:9:45:75:11:9:47:75 chr9 68415354 . GC GT,TA 93.15 PASS AF=0.109489,0.0437956;AO=15,6;DP=138;FAO=15,6;FDP=137;FR=.;FRO=116;FSAF=9,1;FSAR=6,5;FSRF=45;FSRR=71;FWDB=0.0154577,-0.0175116;FXX=0.00724585;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=66.5001,152.102;QD=2.71963;RBI=0.0402137,0.0214293;REFB=-0.0093193,-0.00263022;REVB=-0.0371242,-0.0123514;RO=115;SAF=9,1;SAR=6,5;SRF=44;SRR=71;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.261657,-0.226466;STB=0.68119,0.750694;STBP=0.165,0.269;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0701152,-0.00347063;OID=.,.;OPOS=68415355,68415354;OREF=C,GC;OALT=T,TA;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:138:137:115:116:15,6:15,6:0.109489,0.0437956:6,5:9,1:44:71:6,5:9,1:45:71 chr9 68415386 . G A 102.33 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0337443;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2524;QD=5.45737;RBI=0.0495332;REFB=-0.020318;REVB=-0.036261;RO=61;SAF=7;SAR=9;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00648866;STB=0.502535;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0774643;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:61:59:16:16:0.213333:9:7:27:34:9:7:26:33 chr9 68415387 . GA AT,GT 455.58 PASS AF=0.0857143,0.542857;AO=6,38;DP=70;FAO=6,38;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=4,17;FSAR=2,21;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0484149,-0.0251601;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=59.7079,141.378;QD=26.0332;RBI=0.0488566,0.0279593;REFB=0.0173619,-0.00692681;REVB=-0.00655494,0.0121938;RO=24;SAF=4,17;SAR=2,21;SRF=8;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.378376,0.0824056;STB=0.744357,0.541925;STBP=0.219,0.437;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00786941,0.0100025;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:70:70:24:26:6,38:6,38:0.0857143,0.542857:2,21:4,17:8:16:2,21:4,17:9:17 chr9 68415397 . T C 40.81 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0292054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.544;QD=2.59122;RBI=0.0293003;REFB=-0.0038035;REVB=-0.00235606;RO=55;SAF=4;SAR=4;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120883;STB=0.58709;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0450053;OID=.;OPOS=68415397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:4:4:22:33:4:4:22:33 chr9 69002294 . C T 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.00159787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.735;QD=9.916;RBI=0.0377943;REFB=-0.00981225;REVB=-0.0377605;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187728;STB=0.610901;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0248905;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:2:7:15:2:2:7:15:2 chr9 69002304 . C A 53.12 PASS AF=0.275862;AO=7;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0370029;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6489;QD=7.32731;RBI=0.0371162;REFB=0.000435775;REVB=0.00289737;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21781e-08;STB=0.533247;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00545888;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:7:8:0.275862:2:5:15:6:2:6:15:6 chr9 69002317 . T C 118.86 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0161087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8408;QD=13.2067;RBI=0.0217612;REFB=-0.010572;REVB=0.0146309;RO=20;SAF=12;SAR=2;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24928;STB=0.666389;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0271729;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:22:14:14:0.388889:2:12:14:6:2:12:15:7 chr9 69256816 . G A 907.6 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028885;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.71;QD=58.5546;RBI=0.00801468;REFB=0;REVB=0.00747607;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522291;OID=.;OPOS=69256816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr9 71396239 . C T 217.6 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0448741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.609;QD=22.9056;RBI=0.0449;REFB=-0.00307198;REVB=0.0015262;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818895;STB=0.563051;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00185253;OID=.;OPOS=71396239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:17:21:21:0.552632:15:6:3:12:15:6:3:14 chr9 71396746 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.124;QD=57.2019;RBI=0.0678012;REFB=0;REVB=0.0109671;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539125;OID=.;OPOS=71396746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr9 71397734 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.31;QD=45.8068;RBI=0.0333081;REFB=0;REVB=0.0258323;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80479e-05;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr9 71397747 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0310809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.904;QD=12.0155;RBI=0.0355658;REFB=0.0291208;REVB=-0.0172887;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0137145;OID=.;OPOS=71397747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:4:3:4:2:4:3 chr9 71843023 . C A 654.86 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0888266;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.8083;QD=55.733;RBI=0.094852;REFB=-0.0166164;REVB=0.0332676;RO=3;SAF=26;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939517;STB=0.505008;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00320746;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:18:26:2:1:18:26:2:1 chr9 71862975 . C T 417.04 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00300537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.567;QD=19.6254;RBI=0.0221243;REFB=-0.0285655;REVB=0.0219193;RO=43;SAF=18;SAR=24;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055067;STB=0.530598;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0245675;OID=.;OPOS=71862975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:24:18:21:22:24:18:21:22 chr9 71862987 . G A 406.9 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00712263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.143;QD=20.0939;RBI=0.00981017;REFB=-0.00922005;REVB=0.00674593;RO=40;SAF=18;SAR=23;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323555;STB=0.517946;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00937773;OID=.;OPOS=71862987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:23:18:19:21:23:18:19:21 chr9 71986276 . G C 180.57 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00772868;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4329;QD=22.5713;RBI=0.0146644;REFB=-0.0210083;REVB=0.0124624;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088825;STB=0.549944;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0306674;OID=.;OPOS=71986276;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:11:7:7:7:11:7:7:7 chr9 71986308 . AAAAAAAT AAAAAAAC,TAAAAAAC 527.81 PASS AF=0.756757,0.243243;AO=15,7;DP=35;FAO=28,9;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=8,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102718,0.0250419;FXX=0.0512689;HRUN=1,7;LEN=1,8;MLLD=126.155,124.409;QD=57.0602;RBI=0.0237253,0.0253658;REFB=0,0;REVB=0.0213864,0.00404091;RO=0;SAF=14,0;SAR=1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00226015,0.0870797;OID=.,.;OPOS=71986315,71986308;OREF=T,AAAAAAAT;OALT=C,TAAAAAAC;OMAPALT=AAAAAAAC,TAAAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:35:37:0:0:15,7:28,9:0.756757,0.243243:1,7:14,0:0:0:8,9:20,0:0:0 chr9 72002911 . T TGTTATA 952.1 PASS AF=0.77451;AO=75;DP=105;FAO=79;FDP=102;FR=.;FRO=23;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.000955413;FXX=0.0377323;HRUN=1;LEN=6;MLLD=255.528;QD=37.3371;RBI=0.00658227;REFB=-0.0259839;REVB=0.00651256;RO=25;SAF=42;SAR=33;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135213;STB=0.557563;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.0054655;OID=.;OPOS=72002912;OREF=-;OALT=GTTATA;OMAPALT=TGTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.77451:75:105:79:102:23:46:33:19:4:99:25:42:33:21:4 chr9 72373624 . A G 1842.07 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00225064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.825;QD=60.3957;RBI=0.0025018;REFB=0.010226;REVB=0.00109254;RO=0;SAF=46;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04499e-08;STB=0.503311;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=2.94695e-06;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:0:1:121:121:0.991803:75:46:0:0:75:46:0:1 chr9 72472831 . C T 288.59 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.00901154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.483;QD=11.5436;RBI=0.00977527;REFB=0.00309178;REVB=0.00378789;RO=65;SAF=26;SAR=8;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273449;STB=0.656108;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00588845;OID=.;OPOS=72472831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:65:66:34:34:0.34:8:26:36:29:8:26:37:29 chr9 72499548 . A T 86.88 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0160303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6879;QD=12.8707;RBI=0.018228;REFB=-0.0243154;REVB=0.00867693;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115667;STB=0.567454;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0251448;OID=.;OPOS=72499548;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:3:13:8:3:3:13 chr9 72741247 . C T 771.96 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961989;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.155;QD=57.1824;RBI=0.0122691;REFB=0;REVB=0.00761496;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120806;OID=.;OPOS=72741247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr9 72741298 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.559;QD=63.2856;RBI=0.0420216;REFB=0;REVB=0.0210588;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204249;OID=.;OPOS=72741298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr9 72741312 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.944;QD=61.3361;RBI=0.0292291;REFB=0;REVB=-0.020559;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67056e-06;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr9 72755128 . TAAA T 516.09 PASS AF=1;AO=42;DP=46;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290712;FXX=0.0850883;HRUN=3;LEN=3;MLLD=142.543;QD=48.0088;RBI=0.0304939;REFB=0;REVB=0.00920555;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000155745;OID=.;OPOS=72755129;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:46:43:43:0:22:21:0:0:9:0:21:21:0:0 chr9 72897434 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0643287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.069;QD=57.8846;RBI=0.0657455;REFB=0;REVB=0.0135755;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011703;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr9 72897440 . T C 873.06 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143164;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.847;QD=58.2038;RBI=0.0189965;REFB=0;REVB=0.0124863;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765558;OID=.;OPOS=72897440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:37:22:0:0:38:22:0:0 chr9 73150984 . C T 435.08 PASS AF=0.52439;AO=40;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00720933;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.31;QD=21.2236;RBI=0.016486;REFB=-0.00671211;REVB=0.0148262;RO=40;SAF=15;SAR=25;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704914;STB=0.519991;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00591771;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:40:39:40:43:0.52439:25:15:18:22:26:17:17:22 chr9 73151715 . C T 439.48 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0136189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.439;QD=21.974;RBI=0.0257079;REFB=-0.01029;REVB=-0.0218041;RO=37;SAF=10;SAR=33;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274009;STB=0.652275;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.01089;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:33:10:19:18:33:10:19:18 chr9 73151970 . C T 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.013527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.714;QD=11.628;RBI=0.0154885;REFB=-0.0130834;REVB=0.00754414;RO=45;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787145;STB=0.538432;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0221286;OID=.;OPOS=73151970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:46:26:26:0.361111:14:12:24:21:14:12:24:22 chr9 73194338 . C T 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00332878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5695;QD=19.1076;RBI=0.019365;REFB=0.00726002;REVB=0.0190768;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152681;STB=0.588041;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00377995;OID=.;OPOS=73194338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:2:4:4:5:2:4 chr9 73376414 . G T 393.24 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00268203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.203;QD=19.6619;RBI=0.0197875;REFB=0.000517202;REVB=0.0196049;RO=40;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000624846;OID=.;OPOS=73376414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:40:39:40:0.5:22:17:17:23:23:17:17:23 chr9 73391369 . T C 142.64 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0198015;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.549;QD=14.2644;RBI=0.0247415;REFB=-0.0256929;REVB=-0.0148339;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858883;STB=0.562422;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0327652;OID=.;OPOS=73391369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:7:9:11:12:7:9:11:13 chr9 73408518 . T G 1148.73 PASS AF=0.491453;AO=115;DP=233;FAO=115;FDP=234;FR=.;FRO=119;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=70;FSRR=49;FWDB=0.0364317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.7;QD=19.6364;RBI=0.0393831;REFB=-0.0205234;REVB=0.0149587;RO=118;SAF=47;SAR=68;SRF=69;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162336;STB=0.591288;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0195409;OID=.;OPOS=73408518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:118:119:115:115:0.491453:68:47:69:49:68:47:70:49 chr9 73461337 . T A 1392.78 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=95;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0690309;FXX=0.0312467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.158;QD=59.9044;RBI=0.0771123;REFB=-0.0683648;REVB=0.0343662;RO=3;SAF=43;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884638;STB=0.500592;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00252357;OID=.;OPOS=73461337;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:95:93:3:2:90:91:0.978495:47:43:1:2:48:43:1:1 chr9 74671719 . T C 201.75 PASS AF=0.373134;AO=26;DP=65;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0817845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8113;QD=12.0447;RBI=0.0830069;REFB=-0.0213866;REVB=0.014193;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134419;STB=0.512535;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0333504;OID=.;OPOS=74671719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:39:42:26:25:0.373134:13:13:19:20:13:12:21:21 chr9 74834384 . C T 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00339648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.623;QD=13.4057;RBI=0.00619005;REFB=-0.0105172;REVB=0.005175;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306926;STB=0.675526;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0148812;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:8:15:12:22:8:15:12:22 chr9 74846104 . A G 442.83 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0101284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.639;QD=16.2506;RBI=0.0136771;REFB=-0.0219928;REVB=-0.00919124;RO=59;SAF=19;SAR=30;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033091;STB=0.512287;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0284207;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:60:49:49:0.449541:30:19:21:38:30:19:22:38 chr9 74969365 . CAAGTG C,CAAGTT 228.23 PASS AF=0.380282,0;AO=27,3;DP=78;FAO=27,0;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=10,0;FSAR=17,0;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0242976,-0.0147542;FXX=0.077912;HRUN=2,1;LEN=5,1;MLLD=241.731,96.0961;QD=12.8579;RBI=0.0245966,0.0342172;REFB=-0.00941789,-0.00448086;REVB=-0.00382315,-0.0308727;RO=43;SAF=10,0;SAR=17,3;SRF=23;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.178488,-0.509687;STB=0.596102,0.5;STBP=0.215,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0151051,0;OID=.,.;OPOS=74969366,74969370;OREF=AAGTG,G;OALT=-,T;OMAPALT=C,CAAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380282,0:27,3:78:27,0:71:44:10,0:17,0:23:21:99:43:10,0:17,3:23:20 chr9 74969864 . T C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0228707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6897;QD=12.8688;RBI=0.0342744;REFB=-0.0304725;REVB=0.0255278;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146881;STB=0.586057;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0298666;OID=.;OPOS=74969864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:5:11:6:5:5:11 chr9 74975136 . T C 825.29 PASS AF=0.967213;AO=60;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0600437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8996;QD=54.1172;RBI=0.0659657;REFB=-0.121326;REVB=0.0273172;RO=1;SAF=37;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125858;STB=0.504444;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00664879;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:1:2:60:59:0.967213:23:37:1:0:22:37:1:1 chr9 77257346 . G A 389.12 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0184377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4441;QD=24.3198;RBI=0.0326349;REFB=0.0136013;REVB=-0.0269274;RO=26;SAF=14;SAR=24;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158004;STB=0.5868;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00656791;OID=.;OPOS=77257346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:24:14:15:11:24:14:15:11 chr9 77376633 . A G 340.25 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0599879;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.555;QD=12.7197;RBI=0.0599957;REFB=-0.00488922;REVB=0.000963463;RO=65;SAF=21;SAR=20;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380209;STB=0.526183;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00489568;OID=.;OPOS=77376633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:65:66:41:41:0.383178:20:21:31:34:20:21:31:35 chr9 77376647 . T C 336.45 PASS AF=0.376147;AO=40;DP=110;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00384258;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.552;QD=12.3467;RBI=0.0057855;REFB=-0.0133173;REVB=-0.00432511;RO=65;SAF=21;SAR=19;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688653;STB=0.535075;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0260983;OID=.;OPOS=77376647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:65:68:40:41:0.376147:19:21:30:35:20:21:31:37 chr9 77397519 . T C 385.13 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0123378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4569;QD=17.9129;RBI=0.0129576;REFB=-0.0112953;REVB=-0.00395968;RO=45;SAF=20;SAR=19;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00163824;STB=0.501747;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00915463;OID=.;OPOS=77397519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:39:40:0.465116:19:20:23:22:19:21:24:22 chr9 77407636 . C T 362.79 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0073145;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.533;QD=15.2752;RBI=0.0164266;REFB=-0.00841849;REVB=-0.0147082;RO=55;SAF=23;SAR=16;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468897;STB=0.532508;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0144;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:55:56:39:39:0.410526:16:23:30:25:16:23:30:26 chr9 77423042 . C T 441.07 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.00755107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3282;QD=17.468;RBI=0.0101944;REFB=-0.00609203;REVB=0.00684889;RO=54;SAF=19;SAR=28;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528381;STB=0.529399;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00707428;OID=.;OPOS=77423042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:28:19:19:35:28:19:19:35 chr9 77436641 . G A 345.1 PASS AF=0.45679;AO=35;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0423267;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.961;QD=17.0419;RBI=0.0423358;REFB=-0.0144102;REVB=-0.000875909;RO=40;SAF=19;SAR=16;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204048;STB=0.578191;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0205569;OID=.;OPOS=77436641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:44:35:37:0.45679:16:19:30:10:17:20:30:14 chr9 77472604 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0948294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.055;QD=11.9196;RBI=0.0949826;REFB=-0.0284515;REVB=0.0053911;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206013;STB=0.622323;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0287435;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:2:7:4:3:2:7 chr9 77563087 . C T 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00423697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.704;QD=16.9795;RBI=0.0284567;REFB=-0.0394075;REVB=-0.0281395;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658746;STB=0.527252;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.031377;OID=.;OPOS=77563087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:13:13:12:16:13:13:13:16 chr9 77752510 . C T 684.79 PASS AF=0.476821;AO=71;DP=151;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=0.0088855;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4831;QD=18.1401;RBI=0.0133711;REFB=0.00567406;REVB=-0.00999164;RO=80;SAF=25;SAR=46;SRF=51;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272399;STB=0.649728;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00480197;OID=.;OPOS=77752510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:80:79:71:72:0.476821:46:25:51:29:47:25:50:29 chr9 78291861 . GAC ACT,TAC 286.5 PASS AF=0,0.535714;AO=4,25;DP=56;FAO=0,30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=0,13;FSAR=0,17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00630144,-0.0152918;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=144.902,164.47;QD=20.4645;RBI=0.0162581,0.0271347;REFB=0.00488473,0.00377119;REVB=0.0149873,0.0224155;RO=24;SAF=0,13;SAR=4,12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.630762,0.0174911;STB=0.5,0.513276;STBP=1,0.846;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00205157;OID=.,.;OPOS=78291861,78291861;OREF=GAC,G;OALT=ACT,T;OMAPALT=ACT,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:56:56:24:26:4,25:0,30:0,0.535714:4,12:0,13:12:12:0,17:0,13:12:14 chr9 78773953 . G A 155.53 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0111712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.353;QD=15.1733;RBI=0.0158638;REFB=-0.0112583;REVB=-0.0112634;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152993;STB=0.576279;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0189871;OID=.;OPOS=78773953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:24:17:17:0.414634:7:10:10:13:7:10:11:13 chr9 78790153 . A G 213.67 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1699;QD=44.984;RBI=0.0583993;REFB=0.192942;REVB=0.0556856;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0144606;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:10:8:1:0:10:8:1:0 chr9 78790157 . G C 152.23 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0602918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.657;QD=40.5955;RBI=0.0606496;REFB=-0.112674;REVB=0.00657886;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534678;STB=0.52937;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00463114;OID=.;OPOS=78790157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:6:8:1:0:6:8:1:0 chr9 78790162 . G C 95.32 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0931158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4439;QD=34.6606;RBI=0.093116;REFB=0.00532299;REVB=0.00020421;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00216052;OID=.;OPOS=78790162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:1:0:4:6:1:0 chr9 78790167 . G C 73.16 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00613139;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6494;QD=32.5142;RBI=0.0354794;REFB=-0.134754;REVB=-0.0349456;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0273264;OID=.;OPOS=78790167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:10:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chr9 78790172 . G C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00466537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.747;QD=28.5377;RBI=0.0600506;REFB=-0.0174182;REVB=0.0598691;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0126075;OID=.;OPOS=78790172;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:1:0:3:4:1:0 chr9 78790177 . G C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0459396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.87;QD=23.2184;RBI=0.0701993;REFB=-0.0851524;REVB=0.0530801;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0107197;OID=.;OPOS=78790177;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr9 78790182 . G C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0460836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.182;QD=23.2182;RBI=0.0552382;REFB=-0.0581831;REVB=-0.030456;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00853146;OID=.;OPOS=78790182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr9 78790187 . G C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6685;QD=23.2182;RBI=0.037223;REFB=-0.059583;REVB=-0.0357797;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0151148;OID=.;OPOS=78790187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr9 78790192 . C A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0398015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9177;QD=23.2184;RBI=0.0495939;REFB=0.0197901;REVB=-0.029587;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00485842;OID=.;OPOS=78790192;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr9 78907125 . C T 57.21 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00576883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5823;QD=9.53442;RBI=0.0106245;REFB=-0.00442867;REVB=-0.00892191;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500064;STB=0.850192;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00104358;OID=.;OPOS=78907125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:23:24:13:15:8:9:0.375:1:7:6:7:1:8:6:9 chr9 78937974 . C T 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00882371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.326;QD=11.6765;RBI=0.0294717;REFB=-0.0215094;REVB=-0.0281198;RO=47;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382846;STB=0.51484;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0284338;OID=.;OPOS=78937974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:14:13:21:26:14:13:22:26 chr9 78942956 . A G 334.91 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0311594;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8846;QD=21.2643;RBI=0.0603629;REFB=-0.0216503;REVB=0.0516988;RO=28;SAF=23;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629295;STB=0.528718;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0227855;OID=.;OPOS=78942956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:63:28:29:34:34:0.539683:11:23:17:11:11:23:18:11 chr9 79009106 . A C 417.98 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0534302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.2;QD=53.9323;RBI=0.0554379;REFB=0.0532426;REVB=-0.0147844;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00267868;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:15:14:0:1:16:14:0:1 chr9 79118661 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.33;QD=63.5816;RBI=0.0319587;REFB=0;REVB=0.0293359;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012106;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr9 79121085 . G T 1534.91 PASS AF=0.981308;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0610637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6657;QD=57.3799;RBI=0.0614607;REFB=0.0690657;REVB=0.00697473;RO=2;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178979;STB=0.509089;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00124049;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:107:2:2:103:105:0.981308:52:51:0:2:54:51:0:2 chr9 79121281 . C T 374.36 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0280923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.402;QD=31.8604;RBI=0.028112;REFB=-0.0193842;REVB=-0.00105176;RO=16;SAF=21;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271578;STB=0.648778;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0115523;OID=.;OPOS=79121281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:10:21:4:12:10:21:4:12 chr9 79121906 . C T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0274377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1414;QD=51.5082;RBI=0.0546251;REFB=0.0359549;REVB=-0.0472343;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00297589;OID=.;OPOS=79121906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:1:0:15:11:1:0 chr9 79186729 . T C 91.77 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0629818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3668;QD=30.5908;RBI=0.0631925;REFB=-0.00778802;REVB=0.00515596;RO=2;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24836;STB=0.642514;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0321786;OID=.;OPOS=79186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:1:9:1:1:1:9:1:1 chr9 79186750 . G T 305.75 PASS AF=0.806452;AO=24;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0108263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.382;QD=39.4515;RBI=0.0354167;REFB=-0.118752;REVB=0.0337214;RO=4;SAF=13;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110334;STB=0.503873;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00831153;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:31:31:4:6:24:25:0.806452:11:13:2:2:12:13:3:3 chr9 79186765 . C G 422.22 PASS AF=0.842105;AO=31;DP=37;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0358899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.803;QD=44.4445;RBI=0.0382652;REFB=-0.0707616;REVB=0.0132718;RO=6;SAF=16;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548693;STB=0.53123;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0116988;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:38:6:6:31:32:0.842105:15:16:2:4:15:17:2:4 chr9 79186781 . T C 503.9 PASS AF=0.822222;AO=37;DP=45;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.032999;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6059;QD=44.7908;RBI=0.0331414;REFB=-0.0986895;REVB=0.00306822;RO=8;SAF=19;SAR=18;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457148;STB=0.524597;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.012697;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:45:45:8:8:37:37:0.822222:18:19:3:5:18:19:3:5 chr9 79186787 . C T 157.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00811275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.981;QD=9.66848;RBI=0.0117309;REFB=-0.0118404;REVB=-0.00847331;RO=44;SAF=16;SAR=5;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326738;STB=0.694336;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0243019;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:5:16:22:22:5:16:22:22 chr9 79186820 . A C 1101.09 PASS AF=0.841584;AO=85;DP=101;FAO=85;FDP=101;FR=.;FRO=16;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0144694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5068;QD=43.6077;RBI=0.0386697;REFB=-0.00628854;REVB=-0.0358606;RO=16;SAF=54;SAR=31;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429235;STB=0.522835;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000885061;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:101:101:16:16:85:85:0.841584:31:54:8:8:31:54:8:8 chr9 79186886 . C G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.012125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1011;QD=14.0974;RBI=0.0411034;REFB=-0.0533778;REVB=0.0392743;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391998;STB=0.751109;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0111976;OID=.;OPOS=79186886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:11:2:8:9:11:2:9:9 chr9 79318471 . C T 586.34 PASS AF=0.87234;AO=40;DP=48;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0220166;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.807;QD=49.901;RBI=0.0250639;REFB=-0.0774025;REVB=-0.0119778;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.501557;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00952464;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:48:47:0:6:40:41:0.87234:21:19:0:0:21:20:3:3 chr9 79318677 . T C 1471.74 PASS AF=0.971429;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00574758;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6745;QD=56.0664;RBI=0.0158006;REFB=-0.237494;REVB=0.0147182;RO=3;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312478;STB=0.516126;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00909756;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:105:3:3:101:102:0.971429:44:57:0:3:45:57:0:3 chr9 79318921 . A G 511.8 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0342552;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2545;QD=56.8664;RBI=0.0348126;REFB=0.00126949;REVB=-0.00620513;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.512188;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000605144;OID=.;OPOS=79318921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:14:20:1:0:15:20:1:0 chr9 79318998 . A G 411.04 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4968;QD=56.6952;RBI=0.0809192;REFB=0;REVB=0.0284534;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111439;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr9 79320640 . C T 930.23 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653824;FXX=0.0596926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.625;QD=59.0619;RBI=0.074254;REFB=0;REVB=0.0351967;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019877;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:26:36:0:0:27:36:0:0 chr9 79321276 . T C 418.29 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8867;QD=53.9724;RBI=0.0378331;REFB=-0.164806;REVB=0.0264634;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00511327;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:0:1:30:30:0.967742:18:12:0:0:18:12:0:1 chr9 79321871 . C T 610.44 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0199457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.577;QD=56.785;RBI=0.0289184;REFB=-0.100726;REVB=0.0209391;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.524988;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00700877;OID=.;OPOS=79321871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:19:22:0:1:19:22:0:2 chr9 79322068 . G T 448.56 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0315757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.002;QD=54.3714;RBI=0.13398;REFB=-0.0679462;REVB=-0.130206;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000104389;OID=.;OPOS=79322068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:19:12:0:1:19:13:0:1 chr9 79322674 . A G 955.11 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1185;QD=58.7757;RBI=0.084809;REFB=0;REVB=0.0502893;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789195;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:34:30:0:0:34:31:0:0 chr9 79322720 . A G 725.47 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0309209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.3856;QD=60.4559;RBI=0.0309591;REFB=-0.145037;REVB=-0.00153761;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.511623;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0025615;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:26:20:1:0:26:21:1:0 chr9 79324135 . A ATGACTGTTGCAG 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0236584;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=254.605;QD=8.2546;RBI=0.0236611;REFB=-0.0187786;REVB=-0.000357796;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528478;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=ins;VARB=0.0256371;OID=.;OPOS=79324136;OREF=-;OALT=TGACTGTTGCAG;OMAPALT=ATGACTGTTGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:18:6:18:12:1:5:8:4:37:12:1:5:8:4 chr9 79324741 . T C 708.24 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00482841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2674;QD=49.7009;RBI=0.0814806;REFB=-0.0099788;REVB=0.0813374;RO=3;SAF=19;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334053;STB=0.529359;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00515863;OID=.;OPOS=79324741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:57:57:3:4:53:53:0.929825:34:19:2:1:34:19:3:1 chr9 79325558 . G C 723.77 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.016619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2994;QD=54.6239;RBI=0.0475509;REFB=-0.0556044;REVB=-0.0445522;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000656785;OID=.;OPOS=79325558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:29:23:0:0:29:23:1:0 chr9 79325615 . A G 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1325;QD=58.5754;RBI=0.114773;REFB=0;REVB=-0.110327;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151173;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr9 79827964 . G C 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0232596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.743;QD=15.1709;RBI=0.0278394;REFB=-0.027174;REVB=-0.0152977;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349719;STB=0.700606;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0475446;OID=.;OPOS=79827964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:7:17:6:11:7:17 chr9 79936415 . A G 406.32 PASS AF=0.46;AO=42;DP=98;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00673134;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.679;QD=16.2529;RBI=0.00971108;REFB=-0.014169;REVB=-0.00699958;RO=56;SAF=17;SAR=25;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249426;STB=0.506576;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.022094;OID=.;OPOS=79936415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:56:54:42:46:0.46:25:17:24:32:25:21:24:30 chr9 79984232 . T C 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0158686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2457;QD=14.6857;RBI=0.0449114;REFB=-0.00630375;REVB=0.0420146;RO=43;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153087;STB=0.586881;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0111153;OID=.;OPOS=79984232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:12:19:20:23:12:19:20:23 chr9 79986057 . A G 238.96 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00843437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8312;QD=18.0348;RBI=0.0415038;REFB=-0.0206185;REVB=-0.0406378;RO=27;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086802;STB=0.548553;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0271794;OID=.;OPOS=79986057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:16:10:8:19:16:10:8:19 chr9 80049298 . C T 385.45 PASS AF=0.445652;AO=40;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00328587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.718;QD=16.7586;RBI=0.0314473;REFB=-0.0132971;REVB=0.0312751;RO=51;SAF=22;SAR=18;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598383;STB=0.525744;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0163066;OID=.;OPOS=80049298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:40:41:0.445652:18:22:25:26:19:22:25:26 chr9 80335288 . C T 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.010561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.166;QD=20.7547;RBI=0.0107024;REFB=0.00379875;REVB=0.00173393;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202987;STB=0.615227;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00290904;OID=.;OPOS=80335288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:10:5:7:5:10:5:7:5 chr9 80335438 . A C 90.84 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0892019;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.6224;QD=8.25783;RBI=0.0922071;REFB=-0.0113302;REVB=0.0233489;RO=32;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21607;STB=0.629444;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0503408;OID=.;OPOS=80335438;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:44:32:32:12:12:0.272727:8:4:6:26:8:4:6:26 chr9 80881406 . T C 251.69 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0941815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6787;QD=18.9951;RBI=0.097907;REFB=-0.0220469;REVB=-0.0267513;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166292;STB=0.584464;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0213216;OID=.;OPOS=80881406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:26:27:27:0.509434:10:17:11:14:10:17:12:14 chr9 80912115 . G C 544.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.531;QD=57.2859;RBI=0.0370718;REFB=-0.0706832;REVB=-0.0338383;RO=1;SAF=27;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170335;STB=0.509086;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0057387;OID=.;OPOS=80912115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:10:27:1:0:10:27:1:0 chr9 82187750 . A G 1892.09 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133899;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.162;QD=61.5314;RBI=0.0116849;REFB=0;REVB=-0.0116079;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42517e-05;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:122:123:1:61:61:0:0:62:61:0:0 chr9 83179630 . G A 176.66 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00815667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8995;QD=14.1329;RBI=0.0343615;REFB=0.0108612;REVB=0.0333793;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210404;STB=0.612646;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0191614;OID=.;OPOS=83179630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:12:7:17:13:12:7:17:14 chr9 83179857 . C T 251.71 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0017779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.356;QD=13.6061;RBI=0.0322578;REFB=-0.015723;REVB=-0.0322087;RO=42;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552761;STB=0.533311;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0228003;OID=.;OPOS=83179857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:44:30:30:0.405405:18:12:19:23:18:12:20:24 chr9 84215034 . A T 336.8 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0281216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6044;QD=17.7262;RBI=0.0749018;REFB=-0.0339834;REVB=0.0694223;RO=40;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185782;STB=0.51038;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0381731;OID=.;OPOS=84215034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:20:16:17:23:20:16:17:23 chr9 84267147 . T C 1029.34 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891324;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1937;QD=59.6722;RBI=0.0558762;REFB=0;REVB=0.0551607;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568334;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr9 84268878 . A G 90.09 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00186876;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.613;QD=13.3473;RBI=0.080741;REFB=0.00949312;REVB=0.0807194;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813502;STB=0.54786;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0176474;OID=.;OPOS=84268878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:28:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:10:6:5:6:10:6 chr9 84340199 . G A 259.13 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-2.86613e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.232;QD=24.1054;RBI=0.0296237;REFB=0.00499408;REVB=0.0296237;RO=19;SAF=4;SAR=20;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438737;STB=0.747431;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00571614;OID=.;OPOS=84340199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:20:4:12:7:20:4:12:7 chr9 84607758 . T A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.299;QD=58.5862;RBI=0.0530932;REFB=0;REVB=0.0471721;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75403e-05;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr9 85627408 . G A,T 1226.85 PASS AF=0.963855,0.0361446;AO=75,5;DP=80;FAO=80,3;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44,1;FSAR=36,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102343,-0.0339026;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.1118,27.0424;QD=59.1255;RBI=0.0376707,0.0451732;REFB=0,0;REVB=0.0376568,-0.0298535;RO=0;SAF=41,2;SAR=34,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000208363,0.142812;OID=.,.;OPOS=85627408,85627408;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:80:83:0:0:75,5:80,3:0.963855,0.0361446:34,3:41,2:0:0:36,2:44,1:0:0 chr9 85863091 . A G 263.87 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0157524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.515;QD=16.7534;RBI=0.0179249;REFB=-0.00141337;REVB=0.00855367;RO=32;SAF=5;SAR=25;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358857;STB=0.714122;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00138534;OID=.;OPOS=85863091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:25:5:15:17:25:5:16:17 chr9 86238086 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.914;QD=37.4885;RBI=0.00431073;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193523;OID=.;OPOS=86238086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr9 86278817 . C A 1208.31 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.839;QD=61.18;RBI=0.0429108;REFB=0;REVB=0.0315949;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05373e-05;OID=.;OPOS=86278817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:75:79:1:27:48:0:0:27:52:0:0 chr9 86284178 . C A 959.98 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124598;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.538;QD=59.0756;RBI=0.012548;REFB=0;REVB=-0.00148555;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70328e-05;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr9 86327898 . C T 755.8 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016999;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.798;QD=57.0411;RBI=0.0331685;REFB=0;REVB=0.0284812;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82019e-05;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr9 86607917 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.968;QD=59.0187;RBI=0.0180685;REFB=0;REVB=0.0122029;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6365e-05;OID=.;OPOS=86607917;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:27:7:0:0:27:7:0:0 chr9 86617265 . A G 603.0 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0823;QD=58.8292;RBI=0.024668;REFB=-0.136259;REVB=0.00940194;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126984;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:41:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr9 86618233 . C A,T 451.2 PASS AF=0.848485,0.151515;AO=26,4;DP=30;FAO=28,5;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=8,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106031,-0.0129744;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.1602,66.4217;QD=54.6914;RBI=0.0782117,0.112927;REFB=0,0;REVB=0.0774896,0.112179;RO=0;SAF=18,1;SAR=8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.28381e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00046328,0.0799617;OID=.,.;OPOS=86618233,86618233;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:30:33:0:0:26,4:28,5:0.848485,0.151515:8,3:18,1:0:0:8,4:20,1:0:0 chr9 86900369 . T A 242.2 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00250689;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.051;QD=14.6788;RBI=0.0131006;REFB=-0.00502143;REVB=-0.0128585;RO=38;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688333;STB=0.539142;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00645719;OID=.;OPOS=86900369;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:38:38:28:28:0.424242:10:18:22:16:10:18:22:16 chr9 86917301 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0250697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7973;QD=12.7299;RBI=0.0290644;REFB=-0.0259412;REVB=-0.0147055;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728013;STB=0.542768;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0451492;OID=.;OPOS=86917301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:1:11:8:1:1:11 chr9 86920236 . T C 214.37 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00440336;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.97;QD=17.1494;RBI=0.00906787;REFB=-0.0166;REVB=-0.00792695;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833645;STB=0.534678;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0208947;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:27:23:23:0.46:15:8:12:16:15:8:11:16 chr9 88257903 . T A 36.21 PASS AF=0.2;AO=8;DP=34;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.00323435;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.2917;QD=4.13867;RBI=0.0604647;REFB=-0.00241643;REVB=0.0603782;RO=26;SAF=8;SAR=0;SRF=2;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.853734;STB=0.928197;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0294265;OID=.;OPOS=88257903;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:34:35:26:28:8:7:0.2:0:8:2:24:1:6:5:23 chr9 88920094 . C T 103.88 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0460624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.986;QD=10.1349;RBI=0.0591386;REFB=-0.02052;REVB=-0.0370895;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1722;STB=0.603613;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.03647;OID=.;OPOS=88920094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:5:8:13:15:5:8:13:15 chr9 88937851 . ATTT A,ATT 136.1 PASS AF=0.385965,0;AO=19,6;DP=55;FAO=22,0;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13,0;FSAR=9,0;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0539464,-0.156932;FXX=0.0338926;HRUN=7,7;LEN=3,1;MLLD=34.4965,7.27577;QD=9.55081;RBI=0.0623251,0.180241;REFB=0.00502851,0.0112981;REVB=0.0312122,0.0886508;RO=19;SAF=11,4;SAR=8,2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.139431,0.280568;STB=0.547768,0.5;STBP=0.563,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00537871,0.00229954;OID=.,.;OPOS=88937852,88937852;OREF=TTT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385965,0:19,6:55:22,0:57:35:13,0:9,0:18:17:99:19:11,4:8,2:8:11 chr9 88959938 . C T 801.67 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.498;QD=57.2624;RBI=0.0122458;REFB=0;REVB=0.0121592;RO=0;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54583e-05;OID=.;OPOS=88959938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:15:40:0:0:15:41:0:0 chr9 89772284 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.827;QD=45.8067;RBI=0.0917322;REFB=0;REVB=0.0914042;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880277;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr9 90265015 . C T 201.62 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0205182;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.684;QD=20.1615;RBI=0.0208375;REFB=-0.0210956;REVB=-0.00363416;RO=20;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568813;STB=0.532225;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0220661;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:20:20:20:0.5:15:5:6:14:15:5:6:14 chr9 90321583 . C T 127.42 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0836685;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.898;QD=18.2034;RBI=0.0845866;REFB=-0.0125019;REVB=0.0124293;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130632;STB=0.574366;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0230588;OID=.;OPOS=90321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:4:10:8:6:4:10 chr9 90322023 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.113;QD=57.3857;RBI=0.0266128;REFB=0;REVB=0.0243077;RO=0;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18697e-05;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:16:41:0:0:16:41:0:0 chr9 90343780 . A C 715.0 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00471398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.241;QD=60.8514;RBI=0.0161115;REFB=0.107231;REVB=0.0154064;RO=1;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014927;STB=0.507933;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.000673613;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:31:15:0:1:31:15:0:1 chr9 90388370 . G A 191.66 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0094242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7696;QD=16.3113;RBI=0.00954918;REFB=-0.0238035;REVB=-0.00153989;RO=27;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120424;STB=0.569306;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0322888;OID=.;OPOS=90388370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:6:14:16:11:6:14:16:11 chr9 90388539 . T A 410.2 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=72;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0173561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.227;QD=22.4767;RBI=0.0236718;REFB=-0.0235948;REVB=0.0160971;RO=32;SAF=19;SAR=21;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704968;STB=0.54337;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0180662;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:32:32:40:41:0.561644:21:19:18:14:22:19:18:14 chr9 90500405 . A C 724.97 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.488;QD=56.8604;RBI=0.0531226;REFB=0;REVB=0.0217738;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78012e-05;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:25:23:0:0:25:26:0:0 chr9 90501280 . G A 1451.1 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0559023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.342;QD=61.7489;RBI=0.0565948;REFB=0.00448671;REVB=0.00882621;RO=1;SAF=31;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783573;STB=0.504064;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-3.78492e-06;OID=.;OPOS=90501280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:94:1:1:91:93:0.989362:60:31:0:1:61:32:0:1 chr9 90501448 . C A 1614.39 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259851;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.449;QD=58.1762;RBI=0.0380292;REFB=0;REVB=0.0277668;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017276;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:111:0:0:102:111:1:45:57:0:0:49:62:0:0 chr9 90502458 . T A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2884;QD=55.6559;RBI=0.0791168;REFB=0;REVB=-0.0640956;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00270205;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr9 90503734 . C T 109.02 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0448153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0129;QD=36.3403;RBI=0.0476166;REFB=-0.0197993;REVB=-0.0160912;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994753;STB=0.555452;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.013628;OID=.;OPOS=90503734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:1:0:7:4:1:0 chr9 90536734 . GC G 75.4 PASS AF=0.65;AO=11;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0369228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.4959;QD=15.0797;RBI=0.196894;REFB=-0.0672953;REVB=0.193401;RO=7;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0.570681;SSEP=0;SSSB=-0.497773;STB=0.799398;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0817376;OID=.;OPOS=90536735;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65:11:20:13:20:7:1:12:4:3:38:7:1:10:4:3 chr9 90538288 . C T 195.38 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965569;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6287;QD=48.8437;RBI=0.0966797;REFB=0;REVB=-0.0048697;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173651;OID=.;OPOS=90538288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr9 90588903 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3439;QD=51.1815;RBI=0.0210511;REFB=0;REVB=0.0206921;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743599;OID=.;OPOS=90588903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr9 90746125 . G T 148.37 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00812685;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.465;QD=10.7903;RBI=0.0785527;REFB=-0.018689;REVB=0.0781311;RO=36;SAF=11;SAR=8;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136423;STB=0.579397;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.02879;OID=.;OPOS=90746125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:8:11:25:11:8:11:25:11 chr9 90746326 . C T 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0081079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.729;QD=10.1415;RBI=0.00837468;REFB=-0.00301334;REVB=-0.00209695;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296676;STB=0.678277;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00399849;OID=.;OPOS=90746326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:10:15:4:8:10:15 chr9 90747023 . C T 402.53 PASS AF=0.540541;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0124754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.119;QD=21.7583;RBI=0.0139288;REFB=-0.0279943;REVB=-0.00619491;RO=33;SAF=19;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232132;STB=0.513507;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0194375;OID=.;OPOS=90747023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:34:39:40:0.540541:20:19:17:16:20:20:18:16 chr9 91618328 . G A 267.59 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0246558;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3347;QD=26.7588;RBI=0.0913285;REFB=-0.0128052;REVB=-0.0879374;RO=15;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666186;STB=0.551904;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00679803;OID=.;OPOS=91618328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:16:24:24:0.6:15:9:7:8:15:9:8:8 chr9 91652414 . A T 230.23 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0102455;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.615;QD=21.9267;RBI=0.0103585;REFB=0.00571529;REVB=-0.00152575;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664426;STB=0.550616;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00410516;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:21:22:0.52381:10:11:12:8:10:12:13:7 chr9 91656963 . T C 1141.37 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0121374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.612;QD=57.7908;RBI=0.0128129;REFB=-0.010312;REVB=-0.00410527;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012618;STB=0.500164;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000412962;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:76:77:0.974684:39:37:1:0:39:38:1:1 chr9 91657089 . G A 458.46 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0174699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.916;QD=16.9801;RBI=0.0292849;REFB=-0.019277;REVB=0.0235034;RO=55;SAF=21;SAR=29;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109718;STB=0.541971;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0173372;OID=.;OPOS=91657089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:58:50:50:0.462963:29:21:17:38:29:21:20:38 chr9 91978722 . G A 306.99 PASS AF=0.613636;AO=23;DP=40;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0324373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.762;QD=27.9084;RBI=0.121612;REFB=0.00746909;REVB=0.117207;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309972;STB=0.549879;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00123507;OID=.;OPOS=91978722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:44:17:17:23:27:0.613636:9:14:11:6:13:14:11:6 chr9 92003679 . C T 514.57 PASS AF=0.583333;AO=47;DP=83;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0195691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0945;QD=24.5031;RBI=0.0240499;REFB=-0.0153406;REVB=0.0139804;RO=35;SAF=28;SAR=19;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739785;STB=0.541076;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0111365;OID=.;OPOS=92003679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:35:35:47:49:0.583333:19:28:24:11:20:29:24:11 chr9 94456643 . G C 771.2 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6269;QD=54.119;RBI=0.0353064;REFB=-0.0818661;REVB=0.0339585;RO=2;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348843;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168457;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:2:0:55:57:1:26:29:0:2:28:29:0:0 chr9 94456705 . T A 276.82 PASS AF=0.571429;AO=22;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.108789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.0851;QD=19.7726;RBI=0.119344;REFB=0.0193359;REVB=0.0490714;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338162;STB=0.522458;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00157296;OID=.;OPOS=94456705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:24:22:32:0.571429:12:10:7:10:17:15:10:14 chr9 94456714 . C T 755.63 PASS AF=1;AO=43;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.553;QD=62.9689;RBI=0.0135754;REFB=0;REVB=0.00472556;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80913e-05;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:43:48:1:23:20:0:0:28:20:0:0 chr9 94485232 . G A 298.98 PASS AF=0.395349;AO=31;DP=84;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0120954;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.45;QD=13.9059;RBI=0.015013;REFB=-0.0136479;REVB=0.00889338;RO=53;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075911;STB=0.528909;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0181945;OID=.;OPOS=94485232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:53:52:31:34:0.395349:16:15:22:31:18:16:22:30 chr9 94486321 . C T 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.414;QD=53.9081;RBI=0.00692673;REFB=0;REVB=0.00364246;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46318e-06;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr9 94486688 . G A 74.09 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.000218055;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.532;QD=18.5232;RBI=0.00387476;REFB=-0.0133723;REVB=0.00386862;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092312;STB=0.553081;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0101519;OID=.;OPOS=94486688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:6:1:2:7:6:1 chr9 94495608 . T C 144.73 PASS AF=0.652174;AO=9;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.103289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.627;QD=25.1706;RBI=0.155862;REFB=-0.114379;REVB=0.116723;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324128;STB=0.624863;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0802323;OID=.;OPOS=94495608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:9:15:0.652174:7:2:0:8:12:3:0:8 chr9 94518328 . C T 321.14 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00155389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.288;QD=19.1727;RBI=0.0076151;REFB=-0.000348944;REVB=-0.00745488;RO=33;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402297;STB=0.522375;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.000283289;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:17:17:18:15:17:17:18:15 chr9 94843156 . AC A 96.35 PASS AF=0.677419;AO=18;DP=30;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0755397;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.905;QD=12.4322;RBI=0.14395;REFB=-0.174163;REVB=0.122537;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.493827;SSSB=0.0641625;STB=0.539839;STBP=0.533;TYPE=del;VARB=0.179154;OID=.;OPOS=94843157;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.677419:18:30:21:31:10:11:10:4:6:46:10:9:9:4:6 chr9 95148045 . C T 497.53 PASS AF=0.533333;AO=47;DP=89;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=0.000643771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.453;QD=22.1126;RBI=0.0212459;REFB=0.0033264;REVB=-0.0212362;RO=42;SAF=17;SAR=30;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143369;STB=0.583301;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00328621;OID=.;OPOS=95148045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:42:42:47:48:0.533333:30:17:9:33:30:18:9:33 chr9 95219248 . A G 916.52 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8147;QD=55.5468;RBI=0.17342;REFB=-0.078291;REVB=0.0115227;RO=3;SAF=26;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239249;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:3:0:63:66:1:37:26:3:0:37:29:0:0 chr9 95219597 . G A 524.04 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388335;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.139;QD=59.8902;RBI=0.0482041;REFB=0;REVB=-0.0285585;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139798;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr9 95237024 . CTCATCA C,CTCA 281.93 PASS AF=0.772727,0.227273;AO=15,5;DP=21;FAO=17,5;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=14,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449839,0.0982948;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=6,3;MLLD=251.072,121.844;QD=51.2591;RBI=0.0449991,0.104415;REFB=0,0;REVB=-0.00117121,0.0352228;RO=0;SAF=3,2;SAR=12,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0119753,-0.0320048;OID=.,.;OPOS=95237025,95237025;OREF=TCATCA,TCA;OALT=-,-;OMAPALT=C,CTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.772727,0.227273:15,5:21:17,5:22:0:3,2:14,3:0:0:27:0:3,2:12,3:0:0 chr9 95284982 . T G 1173.3 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.721;QD=59.4074;RBI=0.0482277;REFB=-0.123696;REVB=0.0444008;RO=1;SAF=27;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172042;STB=0.50877;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000883722;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:50:27:1:0:50:28:1:0 chr9 95380726 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1877;QD=51.9149;RBI=0.0131481;REFB=0;REVB=0.00882651;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030887;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr9 95400370 . G A 325.65 PASS AF=0.515152;AO=29;DP=67;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00829626;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.978;QD=19.7364;RBI=0.0106343;REFB=-0.00762177;REVB=0.00665279;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508474;STB=0.515143;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00472318;OID=.;OPOS=95400370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:26:32:29:34:0.515152:15:14:11:15:17:17:17:15 chr9 95576250 . A T 487.81 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.000576325;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.008;QD=21.442;RBI=0.000601665;REFB=-0.0171239;REVB=-0.000172769;RO=44;SAF=19;SAR=28;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853128;STB=0.547168;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0162041;OID=.;OPOS=95576250;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:44:47:47:0.516484:28:19:22:22:28:19:22:22 chr9 95738781 . C A 456.87 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00598353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.18;QD=16.7659;RBI=0.0143406;REFB=-0.0178208;REVB=-0.0130327;RO=57;SAF=32;SAR=18;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243635;STB=0.635707;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0315417;OID=.;OPOS=95738781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:59:50:50:0.458716:18:32:22:35:18:32:23:36 chr9 95780465 . A G 1663.56 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.396;QD=59.9479;RBI=0.02319;REFB=0;REVB=0.0229764;RO=0;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036191;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:111:0:0:107:111:1:67:40:0:0:68:43:0:0 chr9 95797999 . C T 128.26 PASS AF=0.357143;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0161203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.43;QD=12.2152;RBI=0.0218879;REFB=-0.0170996;REVB=-0.0148059;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615589;STB=0.556886;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.037623;OID=.;OPOS=95797999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:27:14:15:0.357143:7:7:15:12:8:7:15:12 chr9 95838070 . G C 443.68 PASS AF=0.358621;AO=51;DP=144;FAO=52;FDP=145;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0106904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5368;QD=12.2395;RBI=0.114409;REFB=-0.0158248;REVB=-0.113909;RO=92;SAF=29;SAR=22;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655218;STB=0.533729;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0312545;OID=.;OPOS=95838070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:92:93:51:52:0.358621:22:29:47:45:23:29:47:46 chr9 95840256 . A G 339.69 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0211263;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4375;QD=15.0971;RBI=0.0241885;REFB=-0.0355846;REVB=-0.0117798;RO=50;SAF=8;SAR=29;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312669;STB=0.677177;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0404456;OID=.;OPOS=95840256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:50:53:37:37:0.411111:29:8:24:26:29:8:25:28 chr9 95887320 . G T 135.92 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0154997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3549;QD=17.5383;RBI=0.0244891;REFB=-0.0144089;REVB=0.0189599;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291666;STB=0.680613;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0105923;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:10:5:10:5:10:5:11:5 chr9 96015256 . C T 820.25 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0920844;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.81;QD=57.5616;RBI=0.0940665;REFB=0;REVB=0.0192089;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225286;OID=.;OPOS=96015256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:32:25:0:0 chr9 96021312 . G A,C 701.61 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=47,3;DP=51;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=41,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627906,0.0358704;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.565,97.668;QD=55.028;RBI=0.0677378,0.0402039;REFB=0,0;REVB=0.0254115,-0.0181568;RO=0;SAF=8,0;SAR=39,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000474906,0.183431;OID=.,.;OPOS=96021312,96021312;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:51:51:0:0:47,3:50,1:0.980392,0.0196078:39,3:8,0:0:0:41,1:9,0:0:0 chr9 96051521 . A G 182.62 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0456294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.819;QD=42.969;RBI=0.045762;REFB=-0.050641;REVB=0.0034811;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701691;STB=0.538413;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00789271;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:10:6:1:0:10:6:1:0 chr9 96097747 . C T 1437.74 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474285;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.625;QD=63.1976;RBI=0.0688388;REFB=0;REVB=0.049893;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38302e-05;OID=.;OPOS=96097747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:38:53:0:0:38:53:0:0 chr9 96209943 . T C 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00786051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.107;QD=4.2381;RBI=0.00896438;REFB=-0.00945185;REVB=-0.00430958;RO=47;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187305;STB=0.624753;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0519384;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:4:6:21:26:4:6:21:26 chr9 96238578 . C T 785.26 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.87;QD=64.1027;RBI=0.0206082;REFB=0;REVB=-0.00572952;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45185e-05;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr9 96328303 . T C 482.08 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0563556;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3141;QD=22.9562;RBI=0.0566297;REFB=-0.0101052;REVB=0.00556511;RO=38;SAF=24;SAR=22;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157187;STB=0.586171;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00893288;OID=.;OPOS=96328303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:38:38:46:46:0.547619:22:24:27:11:22:24:27:11 chr9 96407983 . C T 409.97 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0288865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.992;QD=15.618;RBI=0.0325068;REFB=-0.00187038;REVB=0.0149085;RO=58;SAF=27;SAR=19;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104704;STB=0.563646;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00303807;OID=.;OPOS=96407983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:59:46:46:0.438095:19:27:28:30:19:27:28:31 chr9 96441750 . C T 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00673514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.649;QD=13.7843;RBI=0.0102399;REFB=-0.00857721;REVB=-0.00771313;RO=33;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236802;STB=0.635674;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0174227;OID=.;OPOS=96441750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:8:15:14:19:8:15:14:19 chr9 96860722 . T A 54.29 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0966467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5949;QD=8.68646;RBI=0.0974543;REFB=-0.0114743;REVB=0.0125203;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429261;STB=0.764058;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0541566;OID=.;OPOS=96860722;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:11:6:6:2:11:6 chr9 97055376 . G A 291.34 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0145692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.62;QD=16.8893;RBI=0.0577234;REFB=-0.042729;REVB=0.0558545;RO=37;SAF=23;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311873;STB=0.675716;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0287488;OID=.;OPOS=97055376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:9:23:15:22:9:23:15:22 chr9 97062981 . C T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.150709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7477;QD=25.4669;RBI=0.15071;REFB=0.00341977;REVB=-0.000422192;RO=3;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671366;STB=0.538372;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00769856;OID=.;OPOS=97062981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:7:2:1:2:7:2:1:2 chr9 97080944 . GAGA G 405.2 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382285;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=3;MLLD=190.917;QD=55.8901;RBI=0.0406129;REFB=0;REVB=-0.0137109;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000115088;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:29:29:29:0:11:18:0:0:4:0:11:15:0:0 chr9 97082699 . G A 240.41 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0126436;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.64;QD=19.2329;RBI=0.0182373;REFB=-0.0265428;REVB=-0.013143;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21779;STB=0.621269;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0303423;OID=.;OPOS=97082699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:25:25:25:0.5:12:13:19:6:12:13:19:6 chr9 97349666 . C G 716.83 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0249721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.954;QD=51.2024;RBI=0.0365456;REFB=-0.057893;REVB=0.0266829;RO=3;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044814;STB=0.523801;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00318914;OID=.;OPOS=97349666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:3:3:53:53:0.946429:30:23:0:3:30:23:0:3 chr9 97365720 . T C 867.65 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.469;QD=56.8952;RBI=0.0117521;REFB=0;REVB=0.00435576;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21638e-05;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:56:61:1:17:39:0:0:20:41:0:0 chr9 97369149 . C T 993.93 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0578541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3058;QD=57.6189;RBI=0.0605996;REFB=-0.0864692;REVB=-0.0180339;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011966;STB=0.506327;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000871424;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:39:29:0:1:39:29:0:1 chr9 97369151 . G A 494.06 PASS AF=0.652174;AO=45;DP=69;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0234268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.951;QD=28.6413;RBI=0.025928;REFB=-0.00754858;REVB=0.0111107;RO=24;SAF=16;SAR=29;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124572;STB=0.567829;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00239086;OID=.;OPOS=97369151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:24:45:45:0.652174:29:16:13:11:29:16:13:11 chr9 97382707 . G A 199.36 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0230398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4449;QD=19.9362;RBI=0.023594;REFB=-0.000525452;REVB=-0.0050835;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314054;STB=0.674846;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000113104;OID=.;OPOS=97382707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:17:3:10:10:17:3 chr9 97686330 . G A 308.4 PASS AF=0.43038;AO=35;DP=80;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.0300284;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.139;QD=15.6153;RBI=0.0326123;REFB=-0.0275068;REVB=-0.0127222;RO=43;SAF=24;SAR=11;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136918;STB=0.522891;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0316973;OID=.;OPOS=97686330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:43:45:35:34:0.43038:11:24:30:13:11:23:32:13 chr9 97768286 . T C 222.34 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0083219;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.406;QD=18.5286;RBI=0.0321774;REFB=-0.0172412;REVB=0.0310826;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214295;STB=0.603572;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.013271;OID=.;OPOS=97768286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:26:22:22:0.458333:13:9:5:20:13:9:6:20 chr9 97849090 . A G 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00725689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.548;QD=28.8522;RBI=0.038587;REFB=-0.0338674;REVB=-0.0378984;RO=16;SAF=20;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189204;STB=0.604756;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0132589;OID=.;OPOS=97849090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:7:20:8:8:7:20:8:8 chr9 98209593 . G GA 384.08 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0879453;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=278.181;QD=54.8685;RBI=0.0900519;REFB=0;REVB=-0.0193642;RO=27;SAF=0;SAR=3;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.699993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000950072;OID=.;OPOS=98209594;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:28:28:0:21:7:0:0:4:27:0:3:21:6 chr9 98209594 . G A 351.16 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0167486;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=319.427;QD=46.8212;RBI=0.0319294;REFB=-0.104445;REVB=0.027184;RO=3;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18421;STB=0.59992;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000678684;OID=.;OPOS=98209594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:6:21:0:3:6:21:0:3 chr9 98691137 . T C 174.2 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0101998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.769;QD=19.3549;RBI=0.0158236;REFB=-0.0209223;REVB=0.0120976;RO=18;SAF=1;SAR=17;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623374;STB=0.866805;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0121577;OID=.;OPOS=98691137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:17:1:9:9:17:1:9:9 chr9 98734891 . A T 109.56 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0253519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1229;QD=17.5293;RBI=0.0274124;REFB=-0.00699037;REVB=0.0104268;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124041;STB=0.562406;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0200968;OID=.;OPOS=98734891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:25:9:12:13:13:0.52:6:7:5:4:6:7:8:4 chr9 98766861 . G T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0128496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.531;QD=11.6342;RBI=0.0150174;REFB=-0.000291985;REVB=0.00777233;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033367;OID=.;OPOS=98766861;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:8:8:5:5:8:8 chr9 99694397 . C G 85.67 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0254204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9021;QD=6.58978;RBI=0.0788348;REFB=0.0112912;REVB=0.074624;RO=40;SAF=7;SAR=5;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187817;STB=0.616262;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0858819;OID=.;OPOS=99694397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:5:7:29:11:5:7:29:11 chr9 100053194 . G A 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.937;QD=63.8695;RBI=0.0588473;REFB=0;REVB=0.0349535;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90079e-05;OID=.;OPOS=100053194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr9 100069648 . T C 1552.74 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964723;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.429;QD=64.0303;RBI=0.0154949;REFB=0;REVB=-0.0121253;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305849;OID=.;OPOS=100069648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr9 100190780 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000483449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.474;QD=62.6711;RBI=0.026161;REFB=0;REVB=0.0261565;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125362;OID=.;OPOS=100190780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr9 100194406 . T C 1713.24 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.656;QD=60.6457;RBI=0.020766;REFB=0;REVB=-0.00776267;RO=0;SAF=46;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16576e-05;OID=.;OPOS=100194406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:67:46:0:0:67:46:0:0 chr9 100365086 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.000480638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.948;QD=15.2625;RBI=0.00148641;REFB=-0.0184533;REVB=-0.00140656;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154499;STB=0.589338;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0228003;OID=.;OPOS=100365086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:10:6:7:6:10:6 chr9 100367810 . G A 225.28 PASS AF=0.402985;AO=17;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0360382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.481;QD=13.4496;RBI=0.0360391;REFB=-0.0115841;REVB=-0.000255974;RO=29;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18128;STB=0.517308;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0466793;OID=.;OPOS=100367810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:39:17:27:0.402985:5:12:16:13:11:16:22:17 chr9 100367813 . A G 255.37 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.000350579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.565;QD=13.2662;RBI=0.0101251;REFB=-0.0159686;REVB=-0.010119;RO=47;SAF=18;SAR=12;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970377;STB=0.555518;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0282472;OID=.;OPOS=100367813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:12:18:24:23:12:18:24:23 chr9 100380093 . T C 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00417096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.962;QD=19.3694;RBI=0.0222763;REFB=-0.00982685;REVB=0.0218823;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2482;STB=0.640149;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0128115;OID=.;OPOS=100380093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:11:4:9:7:11:4 chr9 100388197 . C T 871.26 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.817;QD=56.21;RBI=0.0340696;REFB=-0.0440304;REVB=0.0279641;RO=1;SAF=23;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200789;STB=0.510635;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00345026;OID=.;OPOS=100388197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:38:23:1:0:38:23:1:0 chr9 100420976 . G A 142.92 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00375603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.4508;QD=9.85641;RBI=0.0105549;REFB=-0.0163347;REVB=-0.00986395;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902959;STB=0.542917;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0366882;OID=.;OPOS=100420976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:39:19:19:0.327586:10:9:15:23:10:9:16:23 chr9 100616583 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.863;QD=48.7354;RBI=0.0590902;REFB=0;REVB=-0.011491;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454177;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr9 100617375 . T C 1201.27 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.218;QD=60.0636;RBI=0.0491738;REFB=0;REVB=0.0491611;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194796;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:80:0:0:76:80:1:33:43:0:0:37:43:0:0 chr9 100617433 . A C 266.43 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0517412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4906;QD=15.9062;RBI=0.0519436;REFB=-0.0133982;REVB=0.00458103;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337606;STB=0.519025;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0340893;OID=.;OPOS=100617433;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:16:21:16:14:16:21 chr9 100617479 . G T 221.85 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0374696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1036;QD=18.4873;RBI=0.0389667;REFB=-0.00147395;REVB=0.0106972;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109688;STB=0.562441;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00211223;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:15:7:11:15:15:7:11:15 chr9 100617583 . T C 225.96 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0166687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.902;QD=20.5417;RBI=0.0190224;REFB=-0.0160405;REVB=-0.00916541;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161935;STB=0.590829;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0109481;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:7:15:11:11:7:15 chr9 100617949 . T C 181.0 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.00529336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.265;QD=16.4548;RBI=0.00529351;REFB=-0.00341033;REVB=4.05418e-05;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178686;STB=0.608592;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00832358;OID=.;OPOS=100617949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:7:12:19:5:7:12:20:5 chr9 100618578 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0772473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8723;QD=14.3339;RBI=0.0978467;REFB=0.0105236;REVB=-0.060057;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133598;STB=0.578146;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0213925;OID=.;OPOS=100618578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:7:3:4:5:7:3 chr9 100672338 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00645827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.86;QD=16.4176;RBI=0.0260817;REFB=-0.0369209;REVB=-0.0252694;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135265;STB=0.576824;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0365759;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:2:14:11:3:2:14 chr9 100675816 . A G 187.42 PASS AF=0.5;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0510117;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.656;QD=19.7279;RBI=0.0557763;REFB=0.00184607;REVB=0.0225566;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255949;STB=0.64599;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000469599;OID=.;OPOS=100675816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:16:19:18:19:0.5:13:5:9:7:14:5:10:9 chr9 100684719 . A C 306.0 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00692292;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.59;QD=26.0425;RBI=0.0115577;REFB=-0.0168414;REVB=-0.00925498;RO=20;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148386;STB=0.582217;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0120808;OID=.;OPOS=100684719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:20:27:27:0.574468:16:11:12:8:16:11:12:8 chr9 100684757 . A G 267.31 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00139363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.827;QD=21.8216;RBI=0.0430348;REFB=-0.0340308;REVB=-0.0430123;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16068;STB=0.58988;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0334376;OID=.;OPOS=100684757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:15:9:14:11:15:9 chr9 100693354 . GTTTTTT GTTTTTC,GTTTTT 35.36 PASS AF=0.0588235,0.264706;AO=2,10;DP=35;FAO=2,9;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=2,7;FSAR=0,2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0873889,-0.174225;FXX=0.0285633;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=190.518,7.72134;QD=4.15946;RBI=0.0882016,0.227998;REFB=-0.0124757,-0.104264;REVB=0.0119456,0.147067;RO=18;SAF=2,9;SAR=0,1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.499987,0.4959;STB=0.994056,0.67699;STBP=0.178,0.257;TYPE=snp,del;VARB=0.110387,0.13435;OID=.,.;OPOS=100693360,100693355;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=GTTTTTC,GTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0588235,0.264706:2,10:35:2,9:34:23:2,7:0,2:13:10:25:18:2,9:0,1:10:8 chr9 101068580 . G A 493.39 PASS AF=0.510638;AO=47;DP=92;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00631355;FXX=0.0208312;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.911;QD=20.9952;RBI=0.0239249;REFB=-0.0354601;REVB=0.0230768;RO=45;SAF=24;SAR=23;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977481;STB=0.55317;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0469471;OID=.;OPOS=101068580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:45:46:47:48:0.510638:23:24:18:27:24:24:18:28 chr9 101533220 . C T 567.85 PASS AF=0.930233;AO=38;DP=41;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0638824;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.042;QD=52.8235;RBI=0.0653152;REFB=-0.124178;REVB=0.0136058;RO=3;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460515;STB=0.524578;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00388427;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:43:3:3:38:40:0.930233:29:9:0:3:29:11:0:3 chr9 101748234 . G A 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0222255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.97;QD=9.84284;RBI=0.0272811;REFB=-0.0118607;REVB=0.0158205;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563151;STB=0.534177;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0260972;OID=.;OPOS=101748234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:11:9:4:6:11:9 chr9 101767245 . G A 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00485038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.738;QD=18.9386;RBI=0.0117165;REFB=-0.0182555;REVB=0.0106654;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255077;STB=0.641337;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0184303;OID=.;OPOS=101767245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:14:16:7:22:14:16:7:22 chr9 101767314 . C CA 161.51 PASS AF=0.527778;AO=4;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0381086;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=132.199;QD=17.9452;RBI=0.0400302;REFB=-0.0250967;REVB=0.0122534;RO=31;SAF=1;SAR=3;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562104;STB=0.653948;STBP=0.092;TYPE=ins;VARB=0.015926;OID=.;OPOS=101767315;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527778:4:36:19:36:17:8:11:2:15:99:31:1:3:9:22 chr9 101767315 . G A 132.06 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.0190489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.866;QD=14.6734;RBI=0.0431672;REFB=-0.00177822;REVB=0.0387369;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343433;STB=0.694442;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00123186;OID=.;OPOS=101767315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:3:18:8:7:3:18 chr9 101778265 . G T 243.79 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.004791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5395;QD=18.7533;RBI=0.00480061;REFB=-0.0143421;REVB=-0.000303689;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265093;STB=0.653739;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0165831;OID=.;OPOS=101778265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:13:13:20:5:13:13:21:5 chr9 101784438 . A G 418.36 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=94;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0100594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.088;QD=17.6153;RBI=0.0167659;REFB=-0.0228894;REVB=-0.0134128;RO=47;SAF=24;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982744;STB=0.542486;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0252205;OID=.;OPOS=101784438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:47:52:42:43:0.452632:18:24:22:25:19:24:25:27 chr9 101796897 . G A 34.2 PASS AF=0.170732;AO=2;DP=42;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.0620019;FXX=0.179964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.804;QD=3.33692;RBI=0.0620919;REFB=-0.000946595;REVB=0.00334238;RO=36;SAF=1;SAR=1;SRF=3;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535619;STB=0.659833;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00934428;OID=.;OPOS=101796897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:42:41:36:34:2:7:0.170732:1:1:3:33:5:2:5:29 chr9 101832262 . A AG 81.9 PASS AF=0.545455;AO=4;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0388263;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.0998;QD=14.8902;RBI=0.123893;REFB=-0.0431798;REVB=0.117652;RO=17;SAF=0;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.690024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0518613;OID=.;OPOS=101832263;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:4:23:12:22:10:6:6:5:5:65:17:0:4:10:7 chr9 101832263 . G GGT 52.23 PASS AF=0.4;AO=3;DP=23;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0939219;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=2;MLLD=17.2316;QD=10.4465;RBI=0.21724;REFB=-0.140413;REVB=0.195888;RO=16;SAF=2;SAR=1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119082;STB=0.78504;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=0.266838;OID=.;OPOS=101832264;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:3:23:8:20:12:6:2:3:9:52:16:2:1:9:7 chr9 101915292 . G A 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0367295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.399;QD=17.5012;RBI=0.0391772;REFB=-0.0335743;REVB=0.0136306;RO=28;SAF=18;SAR=8;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643672;STB=0.536056;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0181751;OID=.;OPOS=101915292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:8:18:21:7:8:18:21:7 chr9 102068770 . T C 353.54 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0165915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.503;QD=23.969;RBI=0.0168799;REFB=-0.0584514;REVB=0.00310671;RO=24;SAF=27;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139882;STB=0.577311;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0329399;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:8:27:15:9:8:27:15:9 chr9 102068832 . G A 2216.9 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9417;QD=62.4478;RBI=0.111689;REFB=-0.0457487;REVB=0.0506124;RO=1;SAF=65;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725878;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145968;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:141:142:1:0:140:142:1:75:65:1:0:76:66:0:0 chr9 102595685 . C T 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0127058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.068;QD=11.6231;RBI=0.017727;REFB=-0.0039017;REVB=0.0123615;RO=38;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563099;STB=0.503265;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00669017;OID=.;OPOS=102595685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:14:8:14:24:14:8:14:24 chr9 102713580 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.483;QD=60.6094;RBI=0.00617353;REFB=0;REVB=0.00402404;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48004e-05;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr9 102732237 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.004;QD=56.7054;RBI=0.0276546;REFB=0;REVB=0.01166;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134121;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr9 102736844 . A G 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0241571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.307;QD=25.7315;RBI=0.025237;REFB=-0.0229478;REVB=-0.00730352;RO=19;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219314;STB=0.622251;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0139806;OID=.;OPOS=102736844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:19:7:10:9:19:7:10:9 chr9 103054951 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00663653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.907;QD=16.4266;RBI=0.0297836;REFB=-0.0131153;REVB=-0.0290347;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578471;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0140912;OID=.;OPOS=103054951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:7:4:3:7:7:4:4:7 chr9 103060386 . T G 247.31 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0195242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1474;QD=13.7395;RBI=0.0517092;REFB=-0.00089045;REVB=0.0478816;RO=43;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00518691;STB=0.502957;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00171466;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:12:17:25:18:12:17:25:18 chr9 103064530 . G A 105.31 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00899445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.708;QD=11.0851;RBI=0.0101806;REFB=-0.0105571;REVB=0.00476902;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494956;STB=0.540921;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0207753;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:7:6:10:14:7:6:10:15 chr9 104032338 . C T 559.0 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00770793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.069;QD=17.4688;RBI=0.00950516;REFB=-0.0236846;REVB=-0.005562;RO=69;SAF=25;SAR=34;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956241;STB=0.553196;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0307978;OID=.;OPOS=104032338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:69:59:59:0.460938:34:25:36:33:34:25:36:33 chr9 104133628 . C T 297.92 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2994;QD=51.8115;RBI=0.115088;REFB=0;REVB=0.113794;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209044;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:17:6:0:0 chr9 104324545 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.332;QD=61.0491;RBI=0.0162073;REFB=0;REVB=0.0148762;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36384e-05;OID=.;OPOS=104324545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:40:37:0:0:41:37:0:0 chr9 104333264 . C T 411.5 PASS AF=0.661017;AO=38;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.000973155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.61;QD=27.8981;RBI=0.0199376;REFB=-0.0145965;REVB=0.0199138;RO=20;SAF=24;SAR=14;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047183;STB=0.530711;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0096543;OID=.;OPOS=104333264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:20:38:39:0.661017:14:24:14:6:15:24:14:6 chr9 104385712 . A G 170.54 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0385378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5524;QD=17.9518;RBI=0.0393431;REFB=-0.0228244;REVB=-0.00791939;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461927;STB=0.526287;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0398334;OID=.;OPOS=104385712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:9:11:9:9:9:11 chr9 104449063 . C T 1370.88 PASS AF=0.989474;AO=84;DP=86;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00265859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8984;QD=57.7213;RBI=0.011192;REFB=-0.152004;REVB=0.0108716;RO=0;SAF=56;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00941522;OID=.;OPOS=104449063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:95:0:1:84:94:0.989474:28:56:0:0:37:57:0:1 chr9 104449098 . C T 373.71 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00797986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6441;QD=18.0101;RBI=0.0139663;REFB=-0.00767935;REVB=-0.0114621;RO=43;SAF=22;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569085;STB=0.51002;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00567464;OID=.;OPOS=104449098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:17:22:24:19:17:22:24:20 chr9 104499575 . T C 588.6 PASS AF=0.525862;AO=59;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0477177;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1586;QD=20.2966;RBI=0.0558096;REFB=-0.0139285;REVB=0.0289435;RO=52;SAF=41;SAR=18;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274355;STB=0.644049;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0124273;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:52:55:59:61:0.525862:18:41:20:32:18:43:23:32 chr9 105405415 . G A 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00933441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.209;QD=10.169;RBI=0.00998391;REFB=-0.0125568;REVB=-0.00354221;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153944;STB=0.593048;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0237211;OID=.;OPOS=105405415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:11:11:4:7:11:11 chr9 105405434 . T C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0146094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.356;QD=10.5427;RBI=0.0186497;REFB=0.00224848;REVB=0.0115922;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208678;STB=0.636635;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00317981;OID=.;OPOS=105405434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:5:6:7:13:5:6:7:14 chr9 105767131 . C A 137.81 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0283314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.6;QD=13.7812;RBI=0.0283364;REFB=-0.0148027;REVB=-0.000533821;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787323;STB=0.524969;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0253871;OID=.;OPOS=105767131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:7:8:11:13:8:8:11:13 chr9 105780618 . G A 1752.21 PASS AF=0.991597;AO=113;DP=115;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0584927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1735;QD=58.8977;RBI=0.0845004;REFB=-0.146256;REVB=0.0609829;RO=0;SAF=48;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503596;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0087855;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:119:0:1:113:118:0.991597:65:48:0:0:69:49:0:1 chr9 106896809 . G A 3383.65 PASS AF=0.977876;AO=220;DP=225;FAO=221;FDP=226;FR=.;FRO=5;FSAF=89;FSAR=132;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00731159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.925;QD=59.8876;RBI=0.00755966;REFB=-0.0731097;REVB=0.0019207;RO=4;SAF=88;SAR=132;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532084;STB=0.504669;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00026553;OID=.;OPOS=106896809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:225:226:4:5:220:221:0.977876:132:88:1:3:132:89:1:4 chr9 107266596 . T C 1106.42 PASS AF=0.95;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00344015;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.287;QD=55.3211;RBI=0.0181823;REFB=-0.0487754;REVB=0.0178539;RO=3;SAF=47;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021561;STB=0.506253;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.000912924;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:80:80:3:4:76:76:0.95:29:47:1:2:29:47:2:2 chr9 107266774 . C G 1301.05 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.013288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.729;QD=58.474;RBI=0.0280712;REFB=-0.138528;REVB=0.024727;RO=2;SAF=40;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023097;STB=0.506819;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00154305;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:2:3:86:86:0.966292:46:40:2:0:46:40:2:1 chr9 107266844 . A G 1213.36 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.369;QD=60.6682;RBI=0.137266;REFB=0;REVB=-0.00292796;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255591;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:80:0:0:74:80:1:45:29:0:0:46:34:0:0 chr9 107266943 . G A 641.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690882;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.041;QD=62.5544;RBI=0.024124;REFB=0;REVB=0.0231135;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832379;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr9 107267304 . C T 1546.68 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321032;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0608;QD=58.921;RBI=0.0322627;REFB=0;REVB=-0.0032034;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315971;OID=.;OPOS=107267304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:102:105:1:48:54:0:0:49:56:0:0 chr9 107298249 . G A 261.25 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0160017;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.645;QD=20.4903;RBI=0.0160018;REFB=-0.00141831;REVB=4.86909e-05;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597796;STB=0.513265;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0012974;OID=.;OPOS=107298249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:24:26:27:0.529412:12:14:14:9:12:15:14:10 chr9 107331474 . C A 335.79 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0151991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.092;QD=22.3861;RBI=0.019891;REFB=-0.019474;REVB=0.0128312;RO=25;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992332;STB=0.562464;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0123846;OID=.;OPOS=107331474;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:26:34:34:0.566667:18:16:15:10:18:16:16:10 chr9 107331504 . C A 947.07 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0171312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.235;QD=55.7101;RBI=0.0396662;REFB=-0.0990995;REVB=-0.0357761;RO=2;SAF=31;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00168916;STB=0.500894;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000364644;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:35:31:1:1:35:31:1:1 chr9 107360768 . GT G 321.27 PASS AF=0.455696;AO=30;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0129714;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.8;QD=16.2666;RBI=0.0134314;REFB=-0.0221799;REVB=0.00348471;RO=46;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353892;STB=0.580554;STBP=0.206;TYPE=del;VARB=0.0217575;OID=.;OPOS=107360769;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455696:30:78:36:79:43:22:14:20:23:99:46:16:14:23:23 chr9 107360826 . A G 367.46 PASS AF=0.5;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.000578619;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0996;QD=18.8443;RBI=0.00156083;REFB=0.00873255;REVB=0.00144962;RO=39;SAF=26;SAR=12;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299829;STB=0.669931;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0113086;OID=.;OPOS=107360826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:38:39:0.5:12:26:14:25:12:27:14:25 chr9 107360851 . T C 377.55 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0119215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.128;QD=21.5744;RBI=0.0407515;REFB=-0.0163729;REVB=0.0389687;RO=31;SAF=26;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200508;STB=0.618983;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00871638;OID=.;OPOS=107360851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:32:38:38:0.542857:12:26:14:17:12:26:14:18 chr9 107360922 . A G 1324.13 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187542;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9627;QD=62.3119;RBI=0.0394658;REFB=0;REVB=0.034725;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83781e-05;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:46:38:0:0:46:39:0:0 chr9 107361129 . C T 215.87 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0146569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9768;QD=13.7059;RBI=0.0654609;REFB=-0.00351487;REVB=-0.063799;RO=35;SAF=18;SAR=7;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335968;STB=0.711444;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00224517;OID=.;OPOS=107361129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:37:25:26:0.412698:7:18:14:21:7:19:14:23 chr9 107361312 . T C 267.4 PASS AF=0.88;AO=11;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00739576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.554;QD=42.7833;RBI=0.00805505;REFB=-0.0246767;REVB=0.00319163;RO=3;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901728;STB=0.53157;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0029071;OID=.;OPOS=107361312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:11:22:0.88:9:2:1:2:9:13:1:2 chr9 107361439 . G C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00739252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.516;QD=47.8145;RBI=0.00921416;REFB=-0.0311746;REVB=0.00550013;RO=1;SAF=16;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279913;STB=0.515137;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00242117;OID=.;OPOS=107361439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:5:16:1:0:5:16:1:0 chr9 107361451 . GC AG 200.5 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089669;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.462;QD=42.2109;RBI=0.191057;REFB=0;REVB=0.168708;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0148039;OID=.;OPOS=107361451;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr9 107361460 . G A 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6848;QD=50.4088;RBI=0.0801269;REFB=0;REVB=0.0594286;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00432949;OID=.;OPOS=107361460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr9 107361490 . A T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9923;QD=39.2042;RBI=0.0683711;REFB=0;REVB=-0.00978279;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266005;OID=.;OPOS=107361490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr9 107361599 . G C 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0157296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.462;QD=26.4607;RBI=0.0222857;REFB=-0.0285397;REVB=0.015787;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161208;STB=0.508922;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0175803;OID=.;OPOS=107361599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:11:15:10:8:11:15:10:8 chr9 107361642 . G A 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00804698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.612;QD=11.9168;RBI=0.0135295;REFB=-0.00780045;REVB=-0.0108763;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142326;STB=0.514006;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0126604;OID=.;OPOS=107361642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:37:22:22:0.372881:10:12:19:15:10:12:21:16 chr9 107361710 . G A 387.29 PASS AF=0.52;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0401102;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.609;QD=20.6555;RBI=0.0431929;REFB=-0.0171427;REVB=-0.016025;RO=35;SAF=21;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142031;STB=0.584479;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0217733;OID=.;OPOS=107361710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:35:36:39:39:0.52:18:21:13:22:18:21:13:23 chr9 107367008 . T C 602.06 PASS AF=0.55;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00423498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.269;QD=24.0823;RBI=0.00950544;REFB=-0.0172514;REVB=0.0085099;RO=44;SAF=38;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130074;STB=0.578033;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0164814;OID=.;OPOS=107367008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:44:45:55:55:0.55:17:38:24:20:17:38:24:21 chr9 107367132 . G A 260.85 PASS AF=0.410959;AO=31;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.055782;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0394;QD=14.2934;RBI=0.0669421;REFB=-0.0376248;REVB=0.0370084;RO=40;SAF=9;SAR=22;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317233;STB=0.705519;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0412708;OID=.;OPOS=107367132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:43:31:30:0.410959:22:9:24:16:22:8:26:17 chr9 107367392 . TGTTA T 75.65 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00635644;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=4;MLLD=256.196;QD=9.1699;RBI=0.0108323;REFB=-0.016176;REVB=-0.00877119;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411622;STB=0.506316;STBP=0.987;TYPE=del;VARB=0.0333868;OID=.;OPOS=107367393;OREF=GTTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:9:33:10:33:23:4:6:9:14:75:22:4:5:9:13 chr9 107367612 . C T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0261676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.964;QD=17.7318;RBI=0.0291809;REFB=-0.00983291;REVB=0.0129144;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258674;STB=0.645241;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0110348;OID=.;OPOS=107367612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:16:3:7:10:16:3 chr9 107367664 . AGC A 49.24 PASS AF=0.5;AO=5;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0190963;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.725;QD=14.0688;RBI=0.0341461;REFB=-0.0238616;REVB=0.028307;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370384;STB=0.705463;STBP=0.375;TYPE=del;VARB=0.0203851;OID=.;OPOS=107367665;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:13:7:14:7:5:2:7:0:45:6:4:1:6:0 chr9 107367841 . A T 235.21 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0185118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.001;QD=25.4285;RBI=0.0202655;REFB=-0.00979672;REVB=-0.0082465;RO=14;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140711;STB=0.503813;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00899597;OID=.;OPOS=107367841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:13:9:6:8:13:9:6:9 chr9 107379895 . G T 167.19 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0118769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.296;QD=15.5528;RBI=0.0181243;REFB=-0.00828152;REVB=-0.0136905;RO=24;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234359;STB=0.62805;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00864415;OID=.;OPOS=107379895;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:14:4:10:14:14:4:10:15 chr9 107380177 . A G 144.26 PASS AF=0.298507;AO=19;DP=66;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00174783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.369;QD=8.61279;RBI=0.00568425;REFB=-0.00653575;REVB=-0.00540886;RO=45;SAF=11;SAR=8;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00141059;STB=0.5185;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0199585;OID=.;OPOS=107380177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:45:47:19:20:0.298507:8:11:26:19:8:12:27:20 chr9 107380215 . T A 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0114836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.03;QD=8.52507;RBI=0.0195369;REFB=-0.0185342;REVB=0.0158056;RO=39;SAF=11;SAR=5;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18551;STB=0.612445;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0142716;OID=.;OPOS=107380215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:5:11:21:18:5:11:21:18 chr9 107380396 . T G 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0254343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.679;QD=19.0005;RBI=0.0283791;REFB=-0.0149368;REVB=0.0125884;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237321;OID=.;OPOS=107380396;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:9:8:7:9:9:8:8:9 chr9 107380414 . C A 136.79 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.02951;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5035;QD=17.0984;RBI=0.0415678;REFB=-0.0552509;REVB=-0.0292752;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364105;STB=0.502089;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0639389;OID=.;OPOS=107380414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:8:9:8:7:8:9 chr9 107456763 . T C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0156875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.265;QD=15.2625;RBI=0.0229444;REFB=-0.0102957;REVB=-0.0167435;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344161;STB=0.701422;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0144427;OID=.;OPOS=107456763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:3:10:7:9:3:10:7:9 chr9 107456933 . C T 187.91 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0751549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.537;QD=20.3147;RBI=0.0752438;REFB=-0.0340041;REVB=-0.00365671;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121217;STB=0.568675;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0252796;OID=.;OPOS=107456933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:13:6:8:10:13:6:8:10 chr9 107457275 . A C 421.76 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.024161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.064;QD=26.3599;RBI=0.0265301;REFB=-0.0121459;REVB=0.0109587;RO=24;SAF=21;SAR=19;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159436;STB=0.586914;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00748854;OID=.;OPOS=107457275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:19:21:7:17:19:21:7:17 chr9 107457532 . C T 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2775;QD=56.704;RBI=0.0448324;REFB=0;REVB=-0.0447589;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0009782;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr9 107457725 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0112174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.473;QD=13.9481;RBI=0.0144178;REFB=-0.00673958;REVB=0.00905768;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252606;STB=0.646886;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0310125;OID=.;OPOS=107457725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:16:11:11:6:16:11 chr9 107457759 . C T 233.66 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00871254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6635;QD=24.5953;RBI=0.0396955;REFB=-0.0270498;REVB=-0.0387276;RO=16;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699798;STB=0.538989;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0187598;OID=.;OPOS=107457759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:9:13:8:8:9:13:8:8 chr9 107510145 . G C 203.13 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0483736;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.0597;QD=21.9602;RBI=0.0526698;REFB=-0.0685898;REVB=-0.0208351;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736356;STB=0.551674;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0405045;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:17:20:20:0.540541:12:8:5:11:12:8:5:12 chr9 107531151 . TGC GCT,TCC 139.31 PASS AF=0,0.355556;AO=2,16;DP=45;FAO=0,16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=0,13;FSAR=0,3;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.102259,0.0195385;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=3,1;MLLD=41.5853,133.156;QD=12.383;RBI=0.106177,0.0288483;REFB=-0.00308228,-0.017461;REVB=-0.0285757,-0.0212242;RO=27;SAF=2,13;SAR=0,3;SRF=8;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.580472,0.546516;STB=0.5,0.805247;STBP=1,0.006;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0271949;OID=.,.;OPOS=107531151,107531152;OREF=TGC,G;OALT=GCT,C;OMAPALT=GCT,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:45:27:29:2,16:0,16:0,0.355556:0,3:2,13:8:19:0,3:0,13:10:19 chr9 107533175 . C G 407.82 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.023067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.711;QD=14.3094;RBI=0.0252422;REFB=-0.0169629;REVB=-0.0102509;RO=66;SAF=17;SAR=30;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223424;STB=0.630102;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0249159;OID=.;OPOS=107533175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:66:67:47:47:0.412281:30:17:38:28:30:17:39:28 chr9 107562804 . T C 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0140472;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.726;QD=14.7942;RBI=0.016044;REFB=-0.0131578;REVB=0.00775151;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222065;STB=0.522588;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0214142;OID=.;OPOS=107562804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:10:8:11:15:10:8:11:16 chr9 107586753 . T C 273.9 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00519832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.057;QD=17.6712;RBI=0.0112145;REFB=-0.0134523;REVB=-0.00993692;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20608;STB=0.615308;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0125139;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:12:18:12:20:12:18:12:20 chr9 107588033 . C T 295.76 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0126072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.015;QD=22.3215;RBI=0.0126072;REFB=-0.0330421;REVB=-6.73969e-06;RO=22;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603097;STB=0.542685;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0265213;OID=.;OPOS=107588033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:22:23:30:30:0.566038:14:16:10:12:14:16:10:13 chr9 107591272 . G T 432.05 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0278601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.999;QD=20.3316;RBI=0.0486977;REFB=-0.00268605;REVB=-0.039941;RO=42;SAF=23;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523569;STB=0.529012;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00495663;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:20:23:20:22:20:23:20:22 chr9 108152199 . G A 803.19 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.347;QD=55.3925;RBI=0.0253371;REFB=-0.0878855;REVB=-0.0138933;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184904;STB=0.5098;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000335399;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:25:32:0:1:25:32:0:1 chr9 109689859 . T C 287.88 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.00974363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.32;QD=25.0329;RBI=0.0121565;REFB=0.00221558;REVB=0.00726926;RO=20;SAF=20;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346942;STB=0.519216;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00150307;OID=.;OPOS=109689859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:6:20:16:4:6:20:16:4 chr9 109691676 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0120223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.912;QD=11.8305;RBI=0.0326274;REFB=-0.0257762;REVB=-0.0303317;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256069;STB=0.6519;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0558087;OID=.;OPOS=109691676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:11:7:7:4:11:7 chr9 109773700 . T C 493.88 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0111065;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.973;QD=22.9711;RBI=0.0158925;REFB=0.00671404;REVB=0.0113674;RO=39;SAF=21;SAR=26;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546657;STB=0.530072;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00687156;OID=.;OPOS=109773700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:26:21:20:19:26:21:20:19 chr9 110249505 . C T 157.55 PASS AF=0.4;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0177889;FXX=0.0425441;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1694;QD=14.0043;RBI=0.072688;REFB=-0.0398786;REVB=0.0704776;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293899;STB=0.514003;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0192653;OID=.;OPOS=110249505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:20:27:17:18:0.4:13:4:1:19:13:5:7:20 chr9 111617650 . G A 401.6 PASS AF=0.585714;AO=36;DP=65;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0244303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4794;QD=22.9485;RBI=0.121187;REFB=-0.0425542;REVB=0.118699;RO=29;SAF=23;SAR=13;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141716;STB=0.591372;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0619185;OID=.;OPOS=111617650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:29:29:36:41:0.585714:13:23:23:6:17:24:23:6 chr9 111618163 . G A 98.49 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0193851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.115;QD=14.0701;RBI=0.0258111;REFB=-0.0176027;REVB=0.017042;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822464;STB=0.548112;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0427265;OID=.;OPOS=111618163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:8:8:5:7:8:8 chr9 111618309 . T C 204.55 PASS AF=0.645161;AO=19;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0238707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6253;QD=26.3936;RBI=0.0239588;REFB=0.00139975;REVB=0.00205277;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472971;STB=0.533947;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.000555022;OID=.;OPOS=111618309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:31:31:11:11:19:20:0.645161:9:10:5:6:9:11:5:6 chr9 111618602 . A G 446.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2682;QD=57.6682;RBI=0.0359035;REFB=0;REVB=0.0316851;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655706;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr9 111618796 . C T 255.2 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=8.67475e-05;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.598;QD=17.5997;RBI=0.00767912;REFB=-0.0101116;REVB=0.00767863;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185878;STB=0.610473;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0128068;OID=.;OPOS=111618796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:30:27:28:0.482759:10:17:13:17:10:18:13:17 chr9 111618926 . A G 189.08 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0258739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.821;QD=13.0399;RBI=0.0285199;REFB=-0.0196962;REVB=-0.0119969;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711603;STB=0.540922;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0313197;OID=.;OPOS=111618926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:14:9:16:19:14:9:16:19 chr9 111625259 . G A 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0102168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.743;QD=21.7461;RBI=0.0145844;REFB=-0.022258;REVB=-0.0104079;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469145;STB=0.526292;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0281109;OID=.;OPOS=111625259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:12:10:8:12:12:10:8:12 chr9 111625620 . G A 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0178251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6976;QD=6.25146;RBI=0.0181698;REFB=-0.0102679;REVB=0.00352205;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954119;STB=0.562286;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.009647;OID=.;OPOS=111625620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:7:10:4:2:7:10 chr9 111625913 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.254;QD=62.3491;RBI=0.0234106;REFB=0;REVB=0.0233504;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112042;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr9 111641825 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00543409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.044;QD=17.3255;RBI=0.007579;REFB=0.00854223;REVB=0.00528317;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193849;STB=0.610509;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00966722;OID=.;OPOS=111641825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:15:10:12:8:15:10 chr9 111651620 . A T 226.14 PASS AF=0.345679;AO=27;DP=80;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.00256274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1946;QD=11.1672;RBI=0.0044804;REFB=-0.0306002;REVB=0.00367509;RO=52;SAF=13;SAR=14;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173101;STB=0.602549;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.056409;OID=.;OPOS=111651620;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:52:53:27:28:0.345679:14:13:33:19:15:13:33:20 chr9 111653574 . C G 549.8 PASS AF=0.457364;AO=58;DP=128;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0932;QD=17.048;RBI=0.0243098;REFB=-0.0108448;REVB=-0.0136733;RO=69;SAF=24;SAR=34;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161704;STB=0.580025;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0173012;OID=.;OPOS=111653574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:69:70:58:59:0.457364:34:24:40:29:34:25:40:30 chr9 111659483 . T G 190.47 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0199976;FXX=0.0714158;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.181;QD=14.6514;RBI=0.0200025;REFB=-0.0139786;REVB=0.00044341;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155175;STB=0.576855;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0237975;OID=.;OPOS=111659483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:30:22:22:0.423077:11:11:10:19:11:11:11:19 chr9 111660851 . C T 142.23 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0120849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9806;QD=16.2547;RBI=0.0732531;REFB=0.0140157;REVB=0.0722494;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577034;STB=0.548326;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0115099;OID=.;OPOS=111660851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:19:15:16:0.457143:8:7:10:9:9:7:10:9 chr9 111727670 . C G 141.84 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0100703;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.239;QD=13.1944;RBI=0.0263842;REFB=-0.00611554;REVB=0.0243868;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161809;STB=0.589789;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0144978;OID=.;OPOS=111727670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:27:16:16:0.372093:11:5:11:13:11:5:12:15 chr9 111754288 . T C 739.32 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.918;QD=54.7646;RBI=0.0399948;REFB=-0.1064;REVB=0.025755;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154473;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00036757;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:30:23:0:1:30:23:0:1 chr9 111755008 . C T 272.1 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0379051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.489;QD=17.2759;RBI=0.0416434;REFB=-0.0135735;REVB=-0.0172448;RO=33;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132708;STB=0.574396;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0112181;OID=.;OPOS=111755008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:17:13:19:14:17:13:19:14 chr9 111781779 . T C 159.2 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0113663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.123;QD=9.95;RBI=0.0153557;REFB=-0.0109672;REVB=0.0103251;RO=42;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240996;STB=0.633552;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0152464;OID=.;OPOS=111781779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:43:21:21:0.328125:8:13:17:25:8:13:18:25 chr9 111782670 . G A 96.71 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.109355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9162;QD=12.4786;RBI=0.110293;REFB=-0.00773238;REVB=0.0143527;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230768;STB=0.651918;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00704198;OID=.;OPOS=111782670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:18:19:12:12:0.387097:8:4:10:8:8:4:11:8 chr9 111849505 . G A 388.96 PASS AF=0.481928;AO=38;DP=81;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.014292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8229;QD=18.745;RBI=0.0188701;REFB=-0.00129029;REVB=-0.0123215;RO=43;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867955;STB=0.545266;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00120495;OID=.;OPOS=111849505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:43:43:38:40:0.481928:16:22:21:22:17:23:21:22 chr9 111868885 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0127409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.193;QD=9.49527;RBI=0.0136881;REFB=-0.00917917;REVB=-0.00500341;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137716;STB=0.508365;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0140593;OID=.;OPOS=111868885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:9:15:7:4:9:15 chr9 111881856 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00849799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.524;QD=11.9196;RBI=0.0191841;REFB=-0.0254408;REVB=-0.0171993;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922775;STB=0.555401;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0441401;OID=.;OPOS=111881856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:6:3:3:4:6:3 chr9 111881927 . T C 64.1 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0175455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.03;QD=9.49579;RBI=0.0768986;REFB=-0.0141195;REVB=-0.0748702;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125693;STB=0.576108;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0208601;OID=.;OPOS=111881927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:6:12:5:4:6:12 chr9 111945049 . T G 518.59 PASS AF=0.486726;AO=52;DP=109;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.000947696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9972;QD=18.3571;RBI=0.0144285;REFB=-0.0025097;REVB=-0.0143974;RO=57;SAF=17;SAR=35;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180408;STB=0.594088;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000279622;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:113:57:58:52:55:0.486726:35:17:29:28:37:18:29:29 chr9 112069477 . T A 44.78 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0231899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.579;QD=7.46341;RBI=0.0412827;REFB=-0.018007;REVB=-0.0341539;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613202;STB=0.555401;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0263951;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:4:3:6:10:4:3:6:11 chr9 112087048 . G T 129.99 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.016408;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.11;QD=19.9986;RBI=0.0195016;REFB=0.0123864;REVB=0.0105401;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178529;STB=0.599876;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.0040544;OID=.;OPOS=112087048;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:14:14:0.538462:11:3:1:11:11:3:1:11 chr9 112141051 . G A 218.64 PASS AF=0.44;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0110804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.62;QD=17.4908;RBI=0.011352;REFB=-0.0376097;REVB=0.00246808;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130437;STB=0.584761;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0522223;OID=.;OPOS=112141051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:28:21:22:0.44:11:10:17:11:12:10:17:11 chr9 112145799 . G A 407.58 PASS AF=0.360294;AO=48;DP=133;FAO=49;FDP=136;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0093432;FXX=0.0215812;HRUN=6;LEN=1;MLLD=209.288;QD=11.9875;RBI=0.0187325;REFB=0.000347966;REVB=0.0162361;RO=83;SAF=21;SAR=27;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497426;STB=0.520248;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.000690969;OID=.;OPOS=112145799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:83:87:48:49:0.360294:27:21:40:43:28:21:40:47 chr9 112629397 . G A 153.17 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0060401;FXX=0.257981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.736;QD=26.6375;RBI=0.0122772;REFB=-0.00412244;REVB=-0.0106886;RO=9;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10207;STB=0.55805;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00574617;OID=.;OPOS=112629397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:23:9:9:14:14:0.608696:12:2:2:7:12:2:2:7 chr9 112629858 . A G 740.32 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.349;QD=56.9479;RBI=0.0363828;REFB=0;REVB=0.0303156;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50253e-05;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr9 112709689 . C T 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0267271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.546;QD=19.9745;RBI=0.0277398;REFB=-0.00122773;REVB=-0.00742703;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444401;STB=0.5251;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00114626;OID=.;OPOS=112709689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:10:10:9:11:10:10 chr9 112899361 . A C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.63;QD=59.0186;RBI=0.0526833;REFB=0;REVB=0.0410023;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21429e-05;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr9 112900480 . GGGC G,GGG 107.16 PASS AF=0,1;AO=3,5;DP=24;FAO=0,21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.159355,-0.170806;FXX=0.159936;HRUN=5,7;LEN=3,1;MLLD=17.4844,7.99145;QD=20.412;RBI=0.601332,0.178687;REFB=0.291445,0.0491666;REVB=-0.579833,-0.0524831;RO=0;SAF=0,5;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.354167,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0238628;OID=.,.;OPOS=112900481,112900483;OREF=GGC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:3,5:24:0,21:21:0:0,12:0,9:0:0:5:0:0,5:3,0:0:0 chr9 112900785 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4386;QD=43.4861;RBI=0.00740908;REFB=0;REVB=0.00740908;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360479;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr9 112931646 . G A 81.78 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.0219953;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3538;QD=7.11156;RBI=0.0476519;REFB=-0.0217228;REVB=-0.0422719;RO=33;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313432;STB=0.678737;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0503744;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:46:46:33:35:11:11:0.23913:5:6:26:7:5:6:27:8 chr9 112932329 . G A 567.23 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.892;QD=59.7084;RBI=0.0361554;REFB=0;REVB=0.0123764;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206069;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:1:0:37:38:1:14:23:1:0:14:24:0:0 chr9 112932590 . G GT,T 39.86 PASS AF=0.380952,0;AO=3,2;DP=22;FAO=8,0;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2,0;FSAR=6,0;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.291915,-0.0312265;FXX=0.0454339;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=13.3094,184.671;QD=7.59289;RBI=0.293647,0.0312699;REFB=-0.0266259,-0.00755566;REVB=0.0318459,0.001647;RO=17;SAF=0,0;SAR=3,2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.580631,-0.494586;STB=0.545336,0.5;STBP=0.848,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0652304,0;OID=.,.;OPOS=112932591,112932590;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:22:21:17:13:3,2:8,0:0.380952,0:3,2:0,0:7:10:6,0:2,0:4:9 chr9 112960852 . C T 257.96 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00522573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.597;QD=11.5938;RBI=0.00817855;REFB=-0.003804;REVB=-0.0062913;RO=58;SAF=18;SAR=13;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265341;STB=0.515323;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0118858;OID=.;OPOS=112960852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:13:18:35:23:13:18:35:23 chr9 112960858 . T C 215.89 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0561772;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2682;QD=10.4043;RBI=0.0654663;REFB=-0.00388087;REVB=-0.0336148;RO=56;SAF=16;SAR=11;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251282;STB=0.514695;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0105083;OID=.;OPOS=112960858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:56:56:27:27:0.325301:11:16:32:24:11:16:32:24 chr9 112960869 . A G 1098.71 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.303;QD=60.2031;RBI=0.0138081;REFB=0;REVB=0.00845726;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14367e-05;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:35:37:0:0:36:37:0:0 chr9 112963504 . A G 888.55 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170357;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.179;QD=58.2654;RBI=0.0171548;REFB=0;REVB=0.00201802;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21197e-05;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:32:27:0:0:34:27:0:0 chr9 113006420 . A G 1485.39 PASS AF=1;AO=61;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=85;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.545;QD=61.2532;RBI=0.104806;REFB=0;REVB=0.104026;RO=1;SAF=53;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00882552;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692489;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:1:0:61:97:1:8:53:1:0:12:85:0:0 chr9 113006421 . T G 330.69 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=8;FWDB=-0.0296991;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.882;QD=13.4977;RBI=0.0301353;REFB=-0.0640789;REVB=0.00510844;RO=61;SAF=33;SAR=4;SRF=53;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611112;STB=0.535115;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00602356;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:37:37:0.377551:4:33:53:8:4:33:53:8 chr9 113132221 . G A 263.78 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0194332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4527;QD=12.8674;RBI=0.0202758;REFB=-0.000664695;REVB=-0.00578442;RO=51;SAF=15;SAR=16;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918454;STB=0.552557;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000912346;OID=.;OPOS=113132221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:16:15:29:22:16:15:29:22 chr9 113192655 . T G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.504;QD=60.2045;RBI=0.0312307;REFB=0;REVB=0.0258535;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85135e-05;OID=.;OPOS=113192655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr9 113197636 . T G 407.75 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0168989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.222;QD=25.8892;RBI=0.0174113;REFB=-0.000998607;REVB=-0.00419293;RO=24;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169142;STB=0.592545;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000747542;OID=.;OPOS=113197636;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:24:15:15:9:24:15:15:9 chr9 113220820 . C T 1072.27 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3602;QD=58.7546;RBI=0.0450377;REFB=0;REVB=0.0408794;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116761;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767882;OID=.;OPOS=113220820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:73:1:0:71:73:1:40:31:0:1:41:32:0:0 chr9 113233720 . G A 1403.24 PASS AF=0.960784;AO=97;DP=101;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0311837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.858;QD=55.029;RBI=0.0366035;REFB=-0.0950407;REVB=0.0191676;RO=4;SAF=73;SAR=24;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727331;STB=0.538453;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00534242;OID=.;OPOS=113233720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:102:4:4:97:98:0.960784:24:73:0:4:24:74:0:4 chr9 113275227 . C T 353.78 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0259082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.593;QD=18.6202;RBI=0.0339179;REFB=0.00503815;REVB=0.0218904;RO=39;SAF=21;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121178;STB=0.567531;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00646367;OID=.;OPOS=113275227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:16:21:17:22:16:21:17:22 chr9 113302016 . G A 2401.22 PASS AF=0.443878;AO=250;DP=557;FAO=261;FDP=588;FR=.;FRO=327;FSAF=138;FSAR=123;FSRF=162;FSRR=165;FWDB=-0.0652187;FXX=0.00507606;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2073;QD=16.3348;RBI=0.066747;REFB=-0.0272324;REVB=-0.0142016;RO=305;SAF=129;SAR=121;SRF=143;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469043;STB=0.518552;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0249813;OID=.;OPOS=113302016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:557:588:305:327:250:261:0.443878:121:129:143:162:123:138:162:165 chr9 113550168 . T C 82.25 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0177873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4674;QD=19.3523;RBI=0.0848411;REFB=0.0170257;REVB=-0.0829555;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219729;STB=0.588064;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0166501;OID=.;OPOS=113550168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:6:7:10:10:0.588235:5:5:5:1:5:5:5:2 chr9 113636353 . T G 36.97 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0295262;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.315;QD=6.42916;RBI=0.0365429;REFB=-0.00754343;REVB=-0.0215311;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467764;STB=0.819797;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0344691;OID=.;OPOS=113636353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:23:23:16:17:6:6:0.26087:1:5:7:9:1:5:7:10 chr9 113636379 . C T 122.26 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0263959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6974;QD=15.7748;RBI=0.0290931;REFB=-0.0247203;REVB=-0.0122337;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122807;STB=0.548319;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0462932;OID=.;OPOS=113636379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:13:14:0.451613:6:7:7:10:7:7:7:10 chr9 113636393 . TTA T,TT,TTT 134.11 PASS AF=0.7,0.05,0;AO=6,6,4;DP=31;FAO=14,1,0;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=4,0,0;FSAR=10,1,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.233157,0.121669,-0.0943029;FXX=0.259163;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=18.2044,8.76332,8.08445;QD=26.822;RBI=0.238781,0.128237,0.136426;REFB=-0.152672,-0.176433,-0.0613388;REVB=0.0515177,-0.0405136,-0.0985849;RO=4;SAF=1,1,0;SAR=5,5,4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.248791,0.248791,0;STB=0.528262,0.983509,0.5;STBP=0.768,0.563,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0570499,0.122368,0;OID=.,.,.;OPOS=113636394,113636395,113636395;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7,0.05,0:6,6,4:31:14,1,0:20:5:4,0,0:10,1,0:1:4:20:4:1,1,0:5,5,4:0:4 chr9 114090279 . A G 179.21 PASS AF=0.586207;AO=15;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0746937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2562;QD=24.718;RBI=0.0747935;REFB=-0.0433214;REVB=-0.00386275;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12655;STB=0.542324;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0364371;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:29:11:11:15:17:0.586207:8:7:7:4:8:9:7:4 chr9 114359624 . C A 817.71 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.786;QD=57.3833;RBI=0.0235327;REFB=0;REVB=0.0120856;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116319;OID=.;OPOS=114359624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:21:36:0:0 chr9 114366094 . G C 750.62 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170556;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.054;QD=63.8828;RBI=0.032645;REFB=0;REVB=0.0278352;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250414;OID=.;OPOS=114366094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr9 114371322 . T A 996.05 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0697941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1024;QD=57.742;RBI=0.125953;REFB=-0.139187;REVB=0.104847;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145389;STB=0.50746;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00587329;OID=.;OPOS=114371322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:35:32:1:0:35:33:1:0 chr9 114371493 . C T 715.65 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323511;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.711;QD=57.2519;RBI=0.0431665;REFB=0;REVB=-0.0285789;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000463318;OID=.;OPOS=114371493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr9 114454544 . T C 918.9 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0154398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2737;QD=54.0529;RBI=0.0199605;REFB=0.0135858;REVB=-0.0126503;RO=3;SAF=24;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263741;STB=0.513978;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00106526;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:41:24:2:1:41:24:2:1 chr9 114454580 . A G 1076.81 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217019;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.705;QD=59.0033;RBI=0.0217154;REFB=-0.0629759;REVB=-0.000768186;RO=0;SAF=21;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12784e-05;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:73:0:0:72:73:1:51:21:0:0:51:22:0:0 chr9 114462322 . A G 1154.55 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.693;QD=60.7659;RBI=0.0720815;REFB=0;REVB=0.0278225;RO=0;SAF=18;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208979;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:55:18:0:0:55:21:0:0 chr9 114464487 . T C 755.91 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658788;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6852;QD=57.0495;RBI=0.0614382;REFB=0;REVB=0.0610839;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.42023e-06;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr9 114490308 . T C 323.28 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.327;QD=53.8803;RBI=0.00745339;REFB=0;REVB=-0.000409396;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57184e-05;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr9 114694486 . A G 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00547904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.672;QD=56.0111;RBI=0.0466496;REFB=-0.0451379;REVB=-0.0463267;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.51612;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00119188;OID=.;OPOS=114694486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:19:15:0:0:19:15:1:0 chr9 114803286 . C T 116.58 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00602724;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6969;QD=8.47887;RBI=0.0760126;REFB=0.00640052;REVB=-0.0757732;RO=40;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645152;STB=0.53198;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0117052;OID=.;OPOS=114803286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:40:39:16:16:0.290909:10:6:13:27:10:6:13:26 chr9 114980967 . T C 170.33 PASS AF=0.5;AO=10;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0530412;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=48.5149;QD=18.9252;RBI=0.0694239;REFB=-0.0614078;REVB=0.0447918;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327406;STB=0.778384;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0149113;OID=.;OPOS=114980967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:12:18:10:18:0.5:8:2:6:6:16:2:9:9 chr9 114982463 . T C 230.55 PASS AF=0.611111;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0586556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7228;QD=25.6169;RBI=0.0594962;REFB=-0.0222572;REVB=-0.00996622;RO=12;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033438;STB=0.550487;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0113898;OID=.;OPOS=114982463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:12:14:21:22:0.611111:8:13:8:4:9:13:10:4 chr9 114982549 . C T 307.02 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00986252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.803;QD=27.291;RBI=0.0259653;REFB=-0.0278243;REVB=0.0240193;RO=16;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546842;STB=0.551686;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0148006;OID=.;OPOS=114982549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:18:27:27:0.6:14:13:9:7:14:13:11:7 chr9 115034899 . A T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0310219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.401;QD=21.0138;RBI=0.0317971;REFB=-0.0301775;REVB=0.00697853;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886587;STB=0.526832;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0160148;OID=.;OPOS=115034899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:6:7:11:11:0.611111:7:4:3:3:7:4:3:4 chr9 115095743 . T C 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.019033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.048;QD=19.4668;RBI=0.0201551;REFB=-0.00559766;REVB=0.00663112;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287106;STB=0.662501;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00948886;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:7:15:9:15:7:15:9:15 chr9 115421788 . C A 620.42 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8394;QD=59.0872;RBI=0.0369105;REFB=-0.12206;REVB=0.0307976;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323316;STB=0.517233;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0017823;OID=.;OPOS=115421788;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:1:1:41:41:0.97619:27:14:1:0:27:14:1:0 chr9 115567184 . T C 669.26 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0718102;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9229;QD=52.4911;RBI=0.0800572;REFB=0.0201047;REVB=0.0353899;RO=2;SAF=24;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03761;STB=0.519992;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000225281;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:25:24:2:0:25:24:2:0 chr9 115580008 . G C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.758;QD=57.0007;RBI=0.0253516;REFB=0;REVB=0.0150288;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.84847e-06;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr9 115600848 . T C 1025.8 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140022;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.977;QD=59.4667;RBI=0.0213609;REFB=0;REVB=0.0213149;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167382;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:36:33:0:0 chr9 115617061 . T C 906.12 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.021;QD=57.5313;RBI=0.0112203;REFB=0;REVB=0.0106492;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79107e-05;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:39:22:0:0:40:23:0:0 chr9 115632969 . A G 1150.34 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.615;QD=60.5444;RBI=0.0713789;REFB=0;REVB=0.0297674;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225932;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr9 115635641 . C G 1323.7 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454248;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.165;QD=62.2916;RBI=0.0454565;REFB=0;REVB=0.00169752;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90273e-05;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr9 115637050 . G GT,GTT 191.76 PASS AF=1,0;AO=21,8;DP=38;FAO=35,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.181103,-0.100454;FXX=0.0540395;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.88771,8.65593;QD=21.9157;RBI=0.181116,0.100649;REFB=0.0256422,0.0313897;REVB=0.00217559,-0.00625982;RO=8;SAF=14,4;SAR=7,4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.154824,0.105859;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00379264,0.0255251;OID=.,.;OPOS=115637051,115637051;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:21,8:38:35,0:35:0:19,0:16,0:0:0:3:8:14,4:7,4:3:5 chr9 115652881 . G T 78.9 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0409748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.43;QD=17.5338;RBI=0.0424136;REFB=-0.00759486;REVB=-0.0109537;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315978;STB=0.526974;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.008339;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:9:10:0.555556:7:2:2:6:7:3:2:6 chr9 115873890 . G C 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0521946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.663;QD=24.1896;RBI=0.0532005;REFB=-0.0593841;REVB=0.0102966;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214373;STB=0.63617;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.036558;OID=.;OPOS=115873890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:5:6:12:12:0.666667:8:4:0:5:8:4:0:6 chr9 115925104 . C T 1650.04 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00942942;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.255;QD=58.4086;RBI=0.0220615;REFB=-0.0364774;REVB=-0.0199448;RO=1;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771984;STB=0.508063;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.000116798;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:113:1:2:111:111:0.982301:61:50:0:1:61:50:0:2 chr9 115926197 . TG T 851.51 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474902;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.6144;QD=47.9725;RBI=0.0907083;REFB=0;REVB=-0.0772831;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00221998;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:71:71:71:0:40:31:0:0:15:0:38:30:0:0 chr9 115928275 . T C 802.98 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.772;QD=64.2386;RBI=0.0373927;REFB=0;REVB=0.0371883;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04474e-05;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr9 115931692 . A G 336.56 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.00515234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1063;QD=17.4836;RBI=0.0892517;REFB=-0.0299345;REVB=-0.0891028;RO=41;SAF=6;SAR=30;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152421;STB=0.586154;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0326193;OID=.;OPOS=115931692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:30:6:11:30:30:6:11:30 chr9 115950156 . G A 199.05 PASS AF=0.4;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00160749;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.277;QD=13.2697;RBI=0.0234736;REFB=-0.0260639;REVB=-0.0234185;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428441;STB=0.508373;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0336033;OID=.;OPOS=115950156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:36:24:24:0.4:11:13:17:17:11:13:19:17 chr9 115950706 . A C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0136958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.687;QD=14.5589;RBI=0.0151165;REFB=-0.019416;REVB=-0.00639798;RO=35;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323739;STB=0.682794;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0201421;OID=.;OPOS=115950706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:10:16:10:25:10:16:10:25 chr9 115962208 . C T 230.97 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0228913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3938;QD=17.7671;RBI=0.0268566;REFB=-0.00267261;REVB=-0.014045;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589451;STB=0.529388;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00232327;OID=.;OPOS=115962208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:24:25:0.480769:17:7:9:17:17:8:10:17 chr9 115983540 . G A 749.75 PASS AF=0.51049;AO=72;DP=142;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00124343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.9904;QD=20.9721;RBI=0.0193325;REFB=-0.0167945;REVB=0.0192925;RO=70;SAF=35;SAR=37;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388201;STB=0.524634;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0188748;OID=.;OPOS=115983540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:70:70:72:73:0.51049:37:35:31:39:37:36:31:39 chr9 115985499 . G C 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00379421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.423;QD=5.01788;RBI=0.0131213;REFB=-0.00347311;REVB=-0.0125608;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193675;STB=0.627745;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0120298;OID=.;OPOS=115985499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:3:4:11:16:3:4:11:16 chr9 116044998 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0331545;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=344.176;QD=8.81109;RBI=0.0352341;REFB=-0.0085382;REVB=-0.0119256;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434685;STB=0.776761;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0203222;OID=.;OPOS=116044998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:6:5:5:1:6:5 chr9 116060124 . T C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0335886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5172;QD=21.5109;RBI=0.0413144;REFB=-0.00567133;REVB=-0.0240559;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194103;STB=0.595654;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00571863;OID=.;OPOS=116060124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:9:12:6:12:9:12:7:12 chr9 116060221 . C T 212.18 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0056155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2128;QD=27.3785;RBI=0.0219435;REFB=-0.0533615;REVB=0.0212128;RO=11;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562032;STB=0.531117;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0310244;OID=.;OPOS=116060221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:9:11:7:4:9:11:7:4 chr9 116061628 . T C 204.32 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00824756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6549;QD=16.3452;RBI=0.0236326;REFB=-0.045318;REVB=0.0221467;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111063;STB=0.563507;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0639881;OID=.;OPOS=116061628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:10:11:12:17:10:11:12:17 chr9 116061671 . C T 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00448913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.592;QD=16.5359;RBI=0.01315;REFB=-0.0127933;REVB=0.01236;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201114;STB=0.614849;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.016945;OID=.;OPOS=116061671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:8:15:8:10:8:15 chr9 116132092 . G C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00739227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.013;QD=13.336;RBI=0.0097264;REFB=-0.0119911;REVB=-0.00632118;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189194;STB=0.609619;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0226356;OID=.;OPOS=116132092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:7:17:8:7:7:17 chr9 116136198 . C T 268.83 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00530206;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.046;QD=46.7534;RBI=0.0373196;REFB=-0.087537;REVB=0.036941;RO=2;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200927;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000607987;OID=.;OPOS=116136198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:2:1:21:22:0.956522:8:13:1:1:9:13:1:0 chr9 116149967 . C T 260.3 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0384033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.724;QD=18.9312;RBI=0.0502988;REFB=-0.0277261;REVB=-0.0324832;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339652;STB=0.507931;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0219952;OID=.;OPOS=116149967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:27:27:28:0.509091:16:11:12:15:16:12:12:15 chr9 116152891 . A G 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.675;QD=54.5101;RBI=0.014709;REFB=0;REVB=0.00926559;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48285e-05;OID=.;OPOS=116152891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr9 116152940 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.868;QD=56.706;RBI=0.0217523;REFB=0;REVB=0.0177857;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32303e-05;OID=.;OPOS=116152940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:18:11:0:0 chr9 116153900 . A G 714.43 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550231;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.358;QD=63.5049;RBI=0.0602473;REFB=0;REVB=0.0245398;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388419;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr9 116346287 . C T 131.16 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0154364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1359;QD=15.4309;RBI=0.0367432;REFB=-0.00952295;REVB=0.0333434;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128581;STB=0.585548;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0155332;OID=.;OPOS=116346287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:8:7:6:12:8:7:6:13 chr9 116356373 . G C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6079;QD=61.3351;RBI=0.0594577;REFB=0;REVB=0.0155341;RO=0;SAF=3;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581846;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:37:3:0:0:37:3:0:0 chr9 116356516 . A G 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.131;QD=43.4774;RBI=0.0651274;REFB=0;REVB=-0.0608566;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000681396;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr9 116356528 . GC G,GG 114.62 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,9;DP=11;FAO=1,10;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436346,-0.00488821;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=259.231,271.468;QD=41.6793;RBI=0.0211201,0.0260172;REFB=0,0;REVB=0.0206645,0.0255538;RO=0;SAF=1,1;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0315194,0.0128824;OID=.,.;OPOS=116356529,116356529;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:2,9:11:1,10:11:0:1,1:0,9:0:0:5:0:1,1:1,8:0:0 chr9 116764283 . C T 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00730105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.778;QD=21.2648;RBI=0.0122087;REFB=-0.00398804;REVB=0.00978501;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110265;STB=0.561738;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00369316;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:8:12:13:5:8:12:13:5 chr9 116770776 . C T 176.37 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0305727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.477;QD=16.034;RBI=0.0361048;REFB=-0.0178349;REVB=0.019206;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554787;STB=0.526288;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.035369;OID=.;OPOS=116770776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:18:19:0.431818:10:8:12:12:10:9:13:12 chr9 116770785 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0170403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.549;QD=16.1065;RBI=0.017425;REFB=-0.0245568;REVB=-0.00364148;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174965;STB=0.600483;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0164221;OID=.;OPOS=116770785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:10:7:13:9:10:7:13:9 chr9 116779080 . C T 180.07 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=65;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00650809;FXX=0.0461467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.609;QD=11.6171;RBI=0.00962762;REFB=-0.00837533;REVB=-0.00709478;RO=37;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247597;STB=0.637985;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00884419;OID=.;OPOS=116779080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:37:39:22:23:0.370968:7:15:17:20:7:16:19:20 chr9 116813001 . T C 257.7 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0714723;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.137;QD=16.1061;RBI=0.0756973;REFB=0.00532097;REVB=-0.0249357;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239608;STB=0.608226;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00934777;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:35:29:29:0.453125:17:12:6:27:17:12:8:27 chr9 116813654 . G A 729.59 PASS AF=0.453488;AO=78;DP=172;FAO=78;FDP=172;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=-0.00760619;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.339;QD=16.9673;RBI=0.00903972;REFB=-0.012637;REVB=-0.00488492;RO=89;SAF=36;SAR=42;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445315;STB=0.537547;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0121285;OID=.;OPOS=116813654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:89:94:78:78:0.453488:42:36:37:52:42:36:37:57 chr9 116818025 . C A,CA 38.47 PASS AF=0.0222222,0.177778;AO=11,5;DP=46;FAO=1,8;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=0,4;FSAR=1,4;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00591036,-0.0653223;FXX=0.0217344;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=241.308,14.0287;QD=3.41996;RBI=0.0103973,0.106652;REFB=-0.000968738,-0.0935257;REVB=-0.00855399,0.0843066;RO=29;SAF=7,3;SAR=4,2;SRF=16;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.103053,0.0573479;STB=0.991484,0.568015;STBP=0.291,0.724;TYPE=snp,ins;VARB=0.0925798,0.190155;OID=.,.;OPOS=116818025,116818026;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:46:45:29:36:11,5:1,8:0.0222222,0.177778:4,2:7,3:16:13:1,4:0,4:21:15 chr9 116818032 . A AC 190.1 PASS AF=0.488889;AO=6;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0136353;FXX=0.0217344;HRUN=0;LEN=1;MLLD=214.082;QD=16.8976;RBI=0.0210335;REFB=-0.0298129;REVB=-0.0160152;RO=37;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122559;STB=0.580049;STBP=0.325;TYPE=ins;VARB=0.0237146;OID=.;OPOS=116818033;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488889:6:44:22:45:23:13:9:10:13:99:37:4:2:21:16 chr9 116818033 . A C 139.43 PASS AF=0.32;AO=15;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00771024;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=189.551;QD=11.1546;RBI=0.0175387;REFB=-0.0135042;REVB=-0.015753;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149979;STB=0.562422;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0144467;OID=.;OPOS=116818033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:15:16:0.32:6:9:16:18:7:9:16:18 chr9 116931099 . G A 88.19 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5626;QD=39.197;RBI=0.0988998;REFB=0;REVB=0.0988998;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00675923;OID=.;OPOS=116931099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr9 116958216 . C T 345.2 PASS AF=0.375;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00922679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.563;QD=12.3287;RBI=0.0307152;REFB=-0.00706411;REVB=-0.0292966;RO=70;SAF=27;SAR=15;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191421;STB=0.609322;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0095236;OID=.;OPOS=116958216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:70:70:42:42:0.375:15:27:33:37:15:27:33:37 chr9 116980052 . C T 104.01 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0430522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8646;QD=10.4014;RBI=0.0576456;REFB=-0.00207868;REVB=0.0383344;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695362;STB=0.541767;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00891544;OID=.;OPOS=116980052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:12:15:8:5:12:15 chr9 117002517 . C T 387.25 PASS AF=0.376;AO=44;DP=125;FAO=47;FDP=125;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=55;FWDB=0.02349;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.361;QD=12.392;RBI=0.0235097;REFB=-0.00282805;REVB=-0.000962471;RO=79;SAF=13;SAR=31;SRF=24;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111693;STB=0.532288;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00492245;OID=.;OPOS=117002517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:79:78:44:47:0.376:31:13:24:55:31:16:23:55 chr9 117033022 . T C 223.51 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0498916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0619;QD=14.9008;RBI=0.0644555;REFB=0.014519;REVB=-0.0408086;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149471;STB=0.516654;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0135472;OID=.;OPOS=117033022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:13:13:17:16:13:13:18:16 chr9 117044538 . G T 314.87 PASS AF=0.423529;AO=31;DP=81;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0103718;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.626;QD=14.8175;RBI=0.0249417;REFB=-0.0537445;REVB=-0.0226829;RO=48;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377253;STB=0.541154;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0646141;OID=.;OPOS=117044538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:85:48:49:31:36:0.423529:17:14:20:28:18:18:21:28 chr9 117044751 . T C 766.35 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.072;QD=63.8629;RBI=0.0112053;REFB=0;REVB=0.0110045;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22568e-05;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr9 117050998 . G A 212.26 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0125564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.28;QD=13.6944;RBI=0.0296718;REFB=-0.0279354;REVB=0.026884;RO=36;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472438;STB=0.536054;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0433322;OID=.;OPOS=117050998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:36:25:26:0.419355:15:10:16:20:16:10:16:20 chr9 117051020 . A G 260.28 PASS AF=0.491525;AO=26;DP=57;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00220143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.608;QD=17.6458;RBI=0.0136239;REFB=-0.0158379;REVB=0.0134449;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522167;STB=0.506489;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0157884;OID=.;OPOS=117051020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:30:30:26:29:0.491525:16:10:10:20:19:10:10:20 chr9 117051586 . C G 141.35 PASS AF=0.26506;AO=20;DP=80;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0127119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6427;QD=6.81215;RBI=0.0436096;REFB=-0.00660316;REVB=-0.0417158;RO=56;SAF=15;SAR=5;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377151;STB=0.676406;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0621919;OID=.;OPOS=117051586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:56:61:20:22:0.26506:5:15:25:31:7:15:27:34 chr9 117064345 . G A,T 509.25 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=33,2;DP=35;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146191,-0.0296973;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.0716,149.25;QD=58.2;RBI=0.0146896,0.0481466;REFB=0,0;REVB=-0.00143677,-0.0378969;RO=0;SAF=24,0;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00200021,-0.0508634;OID=.,.;OPOS=117064345,117064345;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:33,2:33,2:0.942857,0.0571429:9,2:24,0:0:0:9,2:24,0:0:0 chr9 117085526 . G A 582.41 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0186119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.029;QD=58.2414;RBI=0.0262971;REFB=0.0411705;REVB=0.0185778;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218009;STB=0.511622;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000316166;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:1:0:18:21:1:0 chr9 117085635 . T C 399.38 PASS AF=0.971429;AO=20;DP=33;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.116492;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.2647;QD=45.6429;RBI=0.147058;REFB=-0.0853785;REVB=0.0897534;RO=1;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026357;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00995516;OID=.;OPOS=117085635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:33:35:1:1:20:34:0.971429:17:3:0:1:20:14:0:1 chr9 117103973 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.038;QD=61.3346;RBI=0.0389841;REFB=0;REVB=-0.0322467;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80991e-05;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:11:29:0:0:11:29:0:0 chr9 117110046 . C T 172.13 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0127751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.527;QD=26.4815;RBI=0.0481845;REFB=-0.0573454;REVB=0.0464602;RO=9;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163095;STB=0.50908;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0367882;OID=.;OPOS=117110046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:8:9:5:4:8:9:5:4 chr9 117166338 . G C 579.57 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.052533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.471;QD=55.1967;RBI=0.0661906;REFB=0.0346526;REVB=0.0402675;RO=3;SAF=9;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190729;STB=0.507933;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.000165529;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:3:1:39:41:0.97619:30:9:1:2:31:10:0:1 chr9 117186677 . A G 874.82 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.598;QD=57.3654;RBI=0.033896;REFB=0;REVB=0.0175625;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006093;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:32:29:0:0 chr9 117188566 . C T 1343.43 PASS AF=0.91453;AO=92;DP=107;FAO=107;FDP=117;FR=.;FRO=10;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.00355853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.136;QD=45.9291;RBI=0.0423076;REFB=-0.172753;REVB=0.0421577;RO=0;SAF=59;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36474e-08;STB=0.536758;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00281552;OID=.;OPOS=117188566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:107:117:0:10:92:107:0.91453:33:59:0:0:44:63:10:0 chr9 117377843 . G C 447.2 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.213;QD=57.7031;RBI=0.0287539;REFB=0;REVB=0.0280943;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125718;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:21:10:0:0 chr9 117428960 . T C 118.3 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0193399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8785;QD=12.7891;RBI=0.0193524;REFB=-0.0205878;REVB=0.000696787;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987965;STB=0.558056;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0245656;OID=.;OPOS=117428960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:11:12:6:8:11:12 chr9 117430611 . A T 196.45 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=77;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0605505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.564;QD=10.0744;RBI=0.0716052;REFB=-0.0140236;REVB=-0.0382224;RO=50;SAF=8;SAR=17;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169516;STB=0.622544;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0313872;OID=.;OPOS=117430611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:50:52:25:26:0.333333:17:8:23:27:18:8:25:27 chr9 117433685 . C T 448.68 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.006391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2853;QD=15.7433;RBI=0.0995586;REFB=0.00266285;REVB=-0.0993533;RO=64;SAF=26;SAR=24;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585652;STB=0.532757;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00571347;OID=.;OPOS=117433685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:24:26:37:27:24:26:37:27 chr9 117553249 . T C 142.68 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.102341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.151;QD=22.829;RBI=0.102341;REFB=0.00587247;REVB=0.000152855;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237195;STB=0.513351;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00757998;OID=.;OPOS=117553249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:7:8:5:5:7:8:5:5 chr9 117792583 . C G 266.28 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00573981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8214;QD=15.897;RBI=0.0387878;REFB=-0.00394573;REVB=0.0383608;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194566;STB=0.510971;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00445502;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:18:19:16:14:18:19 chr9 117797597 . T C 133.2 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0289658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.817;QD=15.2233;RBI=0.029778;REFB=-0.0142396;REVB=-0.00690732;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328654;STB=0.646851;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0192469;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:20:14:15:0.428571:11:3:10:10:11:4:10:10 chr9 117808785 . T A 540.06 PASS AF=0.483051;AO=54;DP=117;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.00343235;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.38;QD=18.3073;RBI=0.00669789;REFB=-0.0140566;REVB=0.00575159;RO=61;SAF=35;SAR=19;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261079;STB=0.524991;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0125922;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:61:61:54:57:0.483051:19:35:38:23:19:38:38:23 chr9 117846570 . C T 377.21 PASS AF=0.542857;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00115754;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.249;QD=21.5547;RBI=0.0111647;REFB=-0.0233392;REVB=-0.0111045;RO=32;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138099;STB=0.568826;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0214053;OID=.;OPOS=117846570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:37:38:0.542857:20:17:20:12:20:18:20:12 chr9 117848201 . T C 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0123712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.326;QD=29.0498;RBI=0.0202046;REFB=-0.0165501;REVB=-0.0159743;RO=5;SAF=11;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322057;STB=0.681131;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0136546;OID=.;OPOS=117848201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:3:11:1:4:3:11:1:4 chr9 117848393 . CT C,CC 773.94 PASS AF=0.04,0.96;AO=9,41;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321072,0.0419599;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.69,176.705;QD=61.9155;RBI=0.0331853,0.0421021;REFB=0,0;REVB=0.0083898,0.00345719;RO=0;SAF=8,15;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0320458,0.00245945;OID=.,.;OPOS=117848394,117848394;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.04,0.96:9,41:50:2,48:50:0:1,22:1,26:0:0:6:0:8,15:1,26:0:0 chr9 118163563 . C T 1402.14 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7186;QD=62.3171;RBI=0.053121;REFB=0;REVB=0.0405695;RO=0;SAF=22;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510354;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:88:90:1:66:22:0:0:66:24:0:0 chr9 119106881 . C A 400.54 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0498397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.987;QD=14.1784;RBI=0.0537458;REFB=-0.0159278;REVB=-0.0201149;RO=66;SAF=29;SAR=18;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185215;STB=0.604351;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0424533;OID=.;OPOS=119106881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:66:47:47:0.415929:18:29:29:37:18:29:29:37 chr9 119158814 . T C 292.76 PASS AF=0.492754;AO=29;DP=65;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0174954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.875;QD=16.9715;RBI=0.0179692;REFB=-0.0294408;REVB=-0.00409904;RO=35;SAF=24;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400503;STB=0.620998;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0224536;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:35:35:29:34:0.492754:5:24:17:18:10:24:17:18 chr9 119162545 . C A 139.28 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00499154;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.008;QD=19.2104;RBI=0.0452168;REFB=-0.0483434;REVB=-0.0449404;RO=14;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247399;STB=0.642646;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0447383;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:3:12:8:6:3:12:8:6 chr9 119163989 . A G 1246.91 PASS AF=0.556075;AO=119;DP=215;FAO=119;FDP=214;FR=.;FRO=95;FSAF=76;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.0624031;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.753;QD=23.3067;RBI=0.0680282;REFB=-0.00709922;REVB=0.0270866;RO=94;SAF=76;SAR=43;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168596;STB=0.589799;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00992393;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:94:95:119:119:0.556075:43:76:41:53:43:76:42:53 chr9 119199820 . C G 1030.83 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0708409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2498;QD=54.2542;RBI=0.0709428;REFB=-0.0115941;REVB=0.00380103;RO=4;SAF=36;SAR=36;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248461;STB=0.513154;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00740749;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:76:76:4:4:72:72:0.947368:36:36:3:1:36:36:3:1 chr9 119462112 . C T 715.14 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122387;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.359;QD=57.2109;RBI=0.0210489;REFB=0;REVB=0.0171251;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.70963e-06;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr9 119463189 . T C 152.71 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0294917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0856;QD=13.5746;RBI=0.029657;REFB=-0.0223595;REVB=0.00312711;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122911;STB=0.571347;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0275826;OID=.;OPOS=119463189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:10:18:9:8:10:18 chr9 119495697 . T C 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319;QD=64.1538;RBI=0.0131144;REFB=0;REVB=0.0119857;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45808e-06;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:57:42:0:0:57:42:0:0 chr9 120039299 . T C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00071302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.891;QD=59.9376;RBI=0.0287362;REFB=0;REVB=0.0287274;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97377e-05;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:43:58:0:0:43:58:0:0 chr9 120053776 . T C 1515.27 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748369;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.702;QD=63.8008;RBI=0.0103034;REFB=0;REVB=0.00708205;RO=0;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187174;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:61:34:0:0:61:34:0:0 chr9 120470358 . G A 802.93 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302727;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.073;QD=57.3522;RBI=0.0308514;REFB=0;REVB=0.00594753;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174348;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:28:28:0:0 chr9 121976309 . G A 279.38 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0159032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.976;QD=21.9122;RBI=0.0159455;REFB=-0.0361927;REVB=-0.00116041;RO=22;SAF=10;SAR=18;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290582;STB=0.669303;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0188581;OID=.;OPOS=121976309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:18:10:16:6:18:10:17:6 chr9 122001000 . G A 424.88 PASS AF=0.367647;AO=50;DP=136;FAO=50;FDP=136;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=-0.0094121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.357;QD=12.4966;RBI=0.013456;REFB=-0.0110707;REVB=0.00961642;RO=82;SAF=24;SAR=26;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15481;STB=0.578424;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0194836;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:82:86:50:50:0.367647:26:24:51:31:26:24:52:34 chr9 123291036 . C G 702.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201424;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.715;QD=57.3782;RBI=0.0201536;REFB=0;REVB=0.000671663;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621238;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr9 123342259 . C A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.725;QD=58.4196;RBI=0.0632872;REFB=0;REVB=0.0317925;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177259;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr9 123342275 . A G 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.452;QD=57.234;RBI=0.0267626;REFB=0;REVB=-0.0185809;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159374;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr9 123618971 . A G 330.84 PASS AF=0.615385;AO=31;DP=51;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00433124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.99;QD=25.449;RBI=0.0547274;REFB=0.0171427;REVB=-0.0545558;RO=20;SAF=21;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274265;STB=0.653367;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0110508;OID=.;OPOS=123618971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:20:20:31:32:0.615385:10:21:6:14:10:22:6:14 chr9 123626311 . C A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00208672;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.863;QD=18.6371;RBI=0.0117284;REFB=-0.0355048;REVB=0.0115413;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619456;STB=0.535353;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.032091;OID=.;OPOS=123626311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:6:10:11:5:6:10 chr9 123632045 . A G 197.73 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.027049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.626;QD=14.6464;RBI=0.0278094;REFB=-0.0391947;REVB=0.00645857;RO=29;SAF=20;SAR=3;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506071;STB=0.796515;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0349217;OID=.;OPOS=123632045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:31:23:23:0.425926:3:20:13:16:3:20:14:17 chr9 123671520 . G A 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00152987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3751;QD=6.57414;RBI=0.0337911;REFB=0.0222679;REVB=0.0337565;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588627;STB=0.877291;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0549418;OID=.;OPOS=123671520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:22:15:16:6:6:0.272727:5:1:11:4:5:1:12:4 chr9 123673771 . G T 359.5 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0153916;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.959;QD=19.6988;RBI=0.0327171;REFB=-0.0284356;REVB=-0.0288705;RO=35;SAF=11;SAR=26;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102298;STB=0.551754;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0258401;OID=.;OPOS=123673771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:35:36:37:37:0.506849:26:11:14:21:26:11:14:22 chr9 123675801 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0159912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6689;QD=18.6445;RBI=0.0206997;REFB=-0.0103381;REVB=-0.0131438;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254209;STB=0.646828;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0196024;OID=.;OPOS=123675801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:11:3:6:7:11:3:6:7 chr9 123725971 . C T 209.27 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0176363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.116;QD=11.6264;RBI=0.0202371;REFB=-0.0176916;REVB=0.00992478;RO=45;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145111;STB=0.576864;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0313822;OID=.;OPOS=123725971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:46:26:26:0.361111:11:15:20:25:11:15:21:25 chr9 123734287 . GAAAC G 93.48 PASS AF=0.394737;AO=13;DP=34;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0186159;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=244.942;QD=9.83977;RBI=0.0245797;REFB=-0.00810524;REVB=0.0160503;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147914;STB=0.610968;STBP=0.32;TYPE=del;VARB=0.0108803;OID=.;OPOS=123734288;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:13:34:15:38:23:8:7:8:15:93:18:7:6:7:11 chr9 123783934 . T C 103.14 PASS AF=0.246377;AO=14;DP=66;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0181647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.189;QD=5.97942;RBI=0.0182621;REFB=-0.010081;REVB=-0.0018829;RO=52;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168416;STB=0.58022;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0340948;OID=.;OPOS=123783934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:52:52:14:17:0.246377:7:7:19:33:9:8:19:33 chr9 123800218 . C T 171.74 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0179182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3546;QD=11.0798;RBI=0.0884867;REFB=-0.01783;REVB=-0.0866536;RO=40;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899686;STB=0.552192;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0314198;OID=.;OPOS=123800218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:12:10:15:25:12:10:15:25 chr9 123914874 . C T 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0353169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.806;QD=15.419;RBI=0.0487914;REFB=-4.52726e-05;REVB=-0.0336648;RO=39;SAF=12;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062174;STB=0.517846;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.000298026;OID=.;OPOS=123914874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:42:32:32:0.432432:20:12:17:22:20:12:17:25 chr9 124043867 . C T 182.01 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0153493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.907;QD=16.9309;RBI=0.0524771;REFB=-0.0077242;REVB=0.0501821;RO=24;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214869;STB=0.623817;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0133612;OID=.;OPOS=124043867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:5:14:13:11:5:14:13:11 chr9 124044995 . C T 110.18 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0299188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.106;QD=14.6912;RBI=0.0299189;REFB=0.00422545;REVB=-4.88483e-05;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185962;STB=0.596717;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0032665;OID=.;OPOS=124044995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:17:13:13:0.433333:6:7:11:4:6:7:12:5 chr9 124045949 . GTTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTC GTTCATTCATTCATTCATTCATTC,GTTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATAT 410.93 PASS AF=0.785714,0.214286;AO=21,5;DP=46;FAO=22,6;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=10,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307261,0.0323921;FXX=0.450892;HRUN=1,2;LEN=8,2;MLLD=140.017,153.407;QD=58.7036;RBI=0.0496141,0.0355118;REFB=0,0;REVB=0.0389547,-0.0145548;RO=0;SAF=12,1;SAR=9,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0167127,0.00809155;OID=.,.;OPOS=124045950,124045979;OREF=TTCATTCA,TC;OALT=-,AT;OMAPALT=GTTCATTCATTCATTCATTCATTC,GTTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.785714,0.214286:21,5:46:22,6:28:0:12,2:10,4:0:0:55:0:12,1:9,4:0:0 chr9 124046691 . G T 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0102708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.944;QD=27.3145;RBI=0.0305859;REFB=-0.0503063;REVB=0.0288098;RO=12;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213687;STB=0.618928;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0339408;OID=.;OPOS=124046691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:15:6:7:5:15:6:7:5 chr9 124046722 . C T 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0177645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.188;QD=11.9521;RBI=0.0190401;REFB=-0.00124851;REVB=0.00685176;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249111;STB=0.648983;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00761812;OID=.;OPOS=124046722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:4:7:3:5:4:7 chr9 124218133 . C T 888.41 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339779;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.784;QD=58.2563;RBI=0.0377774;REFB=0;REVB=-0.0165116;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21535e-05;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr9 124257091 . C T 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0715;QD=58.1363;RBI=0.061717;REFB=0;REVB=-0.0348422;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329655;OID=.;OPOS=124257091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr9 124329446 . A G 215.11 PASS AF=0.462963;AO=22;DP=50;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0124433;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9138;QD=15.9338;RBI=0.0330523;REFB=-0.0160867;REVB=-0.0306206;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630464;STB=0.511173;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0175107;OID=.;OPOS=124329446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:26:29:22:25:0.462963:9:13:17:9:9:16:18:11 chr9 124966449 . C T 155.71 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00165556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3369;QD=15.5706;RBI=0.0349509;REFB=-0.0433631;REVB=-0.0349117;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276232;STB=0.660812;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0532605;OID=.;OPOS=124966449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:13:4:11:12:13:4:11:12 chr9 124975982 . CGG C,CG 66.41 PASS AF=0.05,0.6;AO=3,9;DP=24;FAO=1,12;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=1,11;FSAR=0,1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0796893,-0.154393;FXX=0.19992;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.872,10.2391;QD=13.2818;RBI=0.112952,0.193664;REFB=-0.0576193,-0.105333;REVB=-0.0800491,-0.116912;RO=4;SAF=3,9;SAR=0,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.982709,0.563984;STBP=0.577,0.785;TYPE=del,del;VARB=0.0633425,0.00192854;OID=.,.;OPOS=124975983,124975983;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.05,0.6:3,9:24:1,12:20:7:1,11:0,1:6:1:27:4:3,9:0,0:4:0 chr9 125133479 . T C 834.87 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00728895;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.348;QD=55.6582;RBI=0.0149006;REFB=-0.0667667;REVB=0.0129961;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192526;STB=0.510201;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000317859;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:60:1:1:59:59:0.983333:35:24:1:0:35:24:1:0 chr9 125240032 . G A 306.48 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0057514;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.348;QD=22.7019;RBI=0.0261588;REFB=-0.0095041;REVB=-0.0255187;RO=22;SAF=21;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108447;STB=0.571936;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00582134;OID=.;OPOS=125240032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:23:31:31:0.574074:10:21:12:10:10:21:12:11 chr9 125289083 . A G 397.59 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468163;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.562;QD=56.7988;RBI=0.052488;REFB=0;REVB=-0.0237325;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00225158;OID=.;OPOS=125289083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr9 125289521 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.572;QD=55.6559;RBI=0.0864996;REFB=0;REVB=0.0176025;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831239;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr9 125315542 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.697;QD=59.0187;RBI=0.0236393;REFB=0;REVB=0.00977177;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41582e-05;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr9 125315557 . T C 497.6 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187105;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1096;QD=56.8682;RBI=0.054945;REFB=-0.0984323;REVB=0.0516611;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00308219;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:17:17:0:0:17:17:0:1 chr9 125315778 . G C 732.36 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0045;QD=62.3285;RBI=0.0569476;REFB=0;REVB=-0.0157378;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00064627;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr9 125316033 . T C 534.61 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0164474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.865;QD=54.8312;RBI=0.0384986;REFB=-0.0427005;REVB=0.0348084;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322723;STB=0.533315;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00225566;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:23:14:1:0:23:14:2:0 chr9 125316042 . T C 651.6 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.217;QD=59.2359;RBI=0.0361749;REFB=-0.0593741;REVB=0.00956911;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253524;STB=0.512815;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00197931;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:44:1:1:41:43:0.977273:23:18:1:0:24:19:1:0 chr9 125316179 . T G 766.51 PASS AF=0.949153;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0449204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2635;QD=51.9665;RBI=0.0481031;REFB=-0.206069;REVB=0.0172065;RO=3;SAF=32;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247465;STB=0.513374;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00562565;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:58:59:3:3:55:56:0.949153:23:32:1:2:23:33:1:2 chr9 125316350 . C T 1787.0 PASS AF=0.991667;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00436836;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1822;QD=59.5667;RBI=0.00437235;REFB=-0.162555;REVB=0.000186776;RO=1;SAF=66;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714204;STB=0.503703;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00225039;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:1:1:117:119:0.991667:51:66:1:0:52:67:1:0 chr9 125316455 . C T 770.62 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.110851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.2;QD=55.0446;RBI=0.111463;REFB=0.0632346;REVB=-0.0116575;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132766;STB=0.506847;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.001559;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:19:35:1:0:19:36:1:0 chr9 125330125 . C G 211.09 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267186;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0921;QD=49.6682;RBI=0.028182;REFB=0;REVB=-0.00896346;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308329;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr9 125330184 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9121;QD=37.4884;RBI=0.0962404;REFB=0;REVB=0.0954598;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00597924;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr9 125330325 . C G 483.25 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.208;QD=58.5757;RBI=0.0855912;REFB=0;REVB=-0.0854608;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000494635;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:31:33:1:19:12:0:0:20:13:0:0 chr9 125330678 . T G 1581.05 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128541;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5882;QD=59.1048;RBI=0.0349845;REFB=-0.0576206;REVB=0.0325375;RO=1;SAF=64;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735807;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479793;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:108:107:1:0:105:107:1:41:64:1:0:42:65:0:0 chr9 125330739 . G A 1731.12 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3004;QD=60.741;RBI=0.0207779;REFB=0;REVB=-0.00405385;RO=0;SAF=46;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07277e-05;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:67:46:0:0:67:47:0:0 chr9 125377087 . A G 699.24 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0569036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0762;QD=54.8419;RBI=0.0575041;REFB=-0.0574902;REVB=-0.00828875;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171119;STB=0.509087;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00728336;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:49:50:0.980392:27:22:0:1:27:23:0:1 chr9 125377505 . A G 464.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.913;QD=58.1213;RBI=0.0386051;REFB=0;REVB=0.0265244;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158647;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:21:9:0:0:23:9:0:0 chr9 125377734 . A G 163.73 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0275379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.41;QD=16.7928;RBI=0.027595;REFB=0.00476313;REVB=-0.00177437;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504499;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00520517;OID=.;OPOS=125377734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:21:17:18:0.461538:11:6:6:11:11:7:8:13 chr9 125378014 . T G 284.19 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.012;QD=51.6715;RBI=0.0845118;REFB=0;REVB=0.0103632;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054234;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:15:7:0:0 chr9 125390874 . A C 766.86 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.458;QD=56.8047;RBI=0.0223645;REFB=0;REVB=0.0171325;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88817e-05;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:24:26:0:0:24:30:0:0 chr9 125391026 . A C 1023.45 PASS AF=0.985714;AO=58;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.015;QD=58.4829;RBI=0.0764006;REFB=0;REVB=0.0658227;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000466867;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:70:0:0:58:69:0.985714:37:21:0:0:41:28:0:0 chr9 125391127 . C T 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8961;QD=50.1327;RBI=0.0205391;REFB=0.0908919;REVB=-0.0139699;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487199;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00363768;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:1:0:15:9:1:0 chr9 125391241 . G A 64.42 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0799385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.231;QD=9.91116;RBI=0.0799685;REFB=-0.0179862;REVB=-0.00218867;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908725;STB=0.555429;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0511876;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:10:7:3:6:10:7 chr9 125391369 . A G 242.38 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00716494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.702;QD=29.3798;RBI=0.0115191;REFB=-0.0146415;REVB=0.00901966;RO=11;SAF=16;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719714;STB=0.539534;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00530463;OID=.;OPOS=125391369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:6:16:9:2:6:16:9:2 chr9 125391409 . A G 196.47 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0262325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.847;QD=25.3515;RBI=0.0545941;REFB=-0.0561199;REVB=0.0478788;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107692;STB=0.569325;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0318905;OID=.;OPOS=125391409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:18:19:0.612903:7:11:9:3:8:11:9:3 chr9 125424507 . A C 213.33 PASS AF=0.5;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0172815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3962;QD=20.3167;RBI=0.0466386;REFB=-0.00935789;REVB=-0.0433187;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272282;STB=0.641123;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00729557;OID=.;OPOS=125424507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:21:21:21:0.5:8:13:6:14:8:13:7:14 chr9 125437830 . G GTT 237.38 PASS AF=0.4;AO=37;DP=103;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0372903;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=2;MLLD=39.6048;QD=9.49508;RBI=0.0797274;REFB=-0.0159424;REVB=-0.0704691;RO=62;SAF=20;SAR=17;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062443;STB=0.545295;STBP=0.485;TYPE=ins;VARB=0.0225318;OID=.;OPOS=125437831;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:37:103:40:100:60:21:19:36:24:99:62:20:17:37:25 chr9 125486968 . G A 1901.51 PASS AF=0.984375;AO=124;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0222353;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.531;QD=59.4223;RBI=0.0248009;REFB=-0.096748;REVB=0.0109852;RO=2;SAF=16;SAR=108;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243875;STB=0.512002;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-4.4095e-05;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:2:2:124:126:0.984375:108:16:1:1:109:17:1:1 chr9 125512192 . TC T,TA 606.01 PASS AF=0.0952381,0.904762;AO=5,34;DP=42;FAO=4,38;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821912,0.148798;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.7367,44.4935;QD=57.7148;RBI=0.105712,0.149177;REFB=0,0;REVB=0.0664797,0.0106328;RO=1;SAF=5,14;SAR=0,20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767767,0.022804;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.10365,0.027814;OID=.,.;OPOS=125512193,125512193;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0952381,0.904762:5,34:42:4,38:42:0:2,18:2,20:0:0:14:1:5,14:0,20:0:1 chr9 125512575 . G A 153.08 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.463;QD=43.7377;RBI=0.046593;REFB=0;REVB=0.039722;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152891;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:8:6:0:0 chr9 125512770 . T C 687.08 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6414;QD=61.0739;RBI=0.0556956;REFB=0;REVB=0.0441112;RO=0;SAF=1;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139671;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:43:1:0:0:44:1:0:0 chr9 125512788 . G A 960.33 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5579;QD=58.2019;RBI=0.0838126;REFB=0;REVB=0.0669717;RO=0;SAF=8;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259404;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:66:0:0:60:66:1:52:8:0:0:58:8:0:0 chr9 125512795 . G C 1044.14 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.301;QD=59.6651;RBI=0.10654;REFB=0;REVB=-0.0188799;RO=0;SAF=8;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190321;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:62:8:0:0:62:8:0:0 chr9 125512826 . G A 1353.52 PASS AF=0.967391;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00914659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1408;QD=58.8487;RBI=0.0255036;REFB=-0.111867;REVB=0.0238071;RO=3;SAF=15;SAR=73;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177432;STB=0.509464;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00335963;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:92:3:3:88:89:0.967391:73:15:1:2:74:15:1:2 chr9 125524836 . A G 772.38 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00833177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.8633;QD=61.7902;RBI=0.00833619;REFB=-0.136344;REVB=0.000271391;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021881;STB=0.511623;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00180819;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:21:28:0:1:21:28:0:1 chr9 125581309 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAG 38.81 PASS AF=0.146789,0.0183486;AO=17,6;DP=112;FAO=16,2;FDP=109;FR=.;FRO=91;FSAF=3,0;FSAR=13,2;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.256928,0.171352;FXX=0.0267833;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.07386,22.7659;QD=1.42427;RBI=0.268002,0.172115;REFB=-0.0730086,-0.0513427;REVB=-0.0762439,-0.0161868;RO=65;SAF=2,0;SAR=15,6;SRF=32;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.526351,-0.575223;STB=0.765328,0.994677;STBP=0.032,0.197;TYPE=del,snp;VARB=0.0518518,0.159617;OID=.,.;OPOS=125581310,125581316;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.146789,0.0183486:17,6:112:16,2:109:91:3,0:13,2:43:48:33:65:2,0:15,6:32:33 chr9 125582173 . C T 270.99 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0193732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1199;QD=19.3567;RBI=0.0247503;REFB=-0.0192127;REVB=0.0154032;RO=26;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170704;STB=0.605021;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.018159;OID=.;OPOS=125582173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:19:10:14:12:19:10:15:12 chr9 125611809 . A T 61.37 PASS AF=0.375;AO=16;DP=44;FAO=27;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.293858;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=15.4435;QD=3.40943;RBI=0.2957;REFB=-0.0321283;REVB=-0.0329593;RO=20;SAF=1;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471091;STB=0.830485;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.130383;OID=.;OPOS=125611809;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:44:72:20:44:16:27:0.375:15:1:6:14:24:3:24:20 chr9 125637471 . A T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.337;QD=56.1904;RBI=0.0144189;REFB=0;REVB=-0.00751309;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17874e-05;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr9 125637648 . T C 272.41 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7746;QD=51.8872;RBI=0.0129577;REFB=0;REVB=0.00383826;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520764;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr9 125652757 . G A,T 936.22 PASS AF=0.940299,0.0447761;AO=62,4;DP=66;FAO=63,3;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=24,2;FSAR=39,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137309,0.0231054;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.6824,54.7605;QD=55.8935;RBI=0.0280838,0.0255447;REFB=-0.0941432,-0.135327;REVB=-0.0244982,-0.0108936;RO=0;SAF=24,2;SAR=38,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.510201,0.59939;STBP=0.292,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=0.00341374,0.0448398;OID=.,.;OPOS=125652757,125652757;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:66:67:0:1:62,4:63,3:0.940299,0.0447761:38,2:24,2:0:0:39,1:24,2:1:0 chr9 125866104 . C T 349.12 PASS AF=0.463415;AO=35;DP=79;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00836953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.754;QD=17.0302;RBI=0.00868358;REFB=-0.0166079;REVB=0.00231419;RO=44;SAF=23;SAR=12;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707498;STB=0.538922;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0220637;OID=.;OPOS=125866104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:44:44:35:38:0.463415:12:23:26:18:13:25:26:18 chr9 126028395 . C G 850.18 PASS AF=0.96875;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0479548;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.08;QD=53.1362;RBI=0.0492181;REFB=-0.0957319;REVB=0.0110796;RO=2;SAF=33;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307191;STB=0.502048;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00426542;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:62:64:2:2:60:62:0.96875:27:33:1:1:27:35:1:1 chr9 126125318 . C A 757.3 PASS AF=0.904762;AO=57;DP=63;FAO=57;FDP=63;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.000850497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9897;QD=48.0827;RBI=0.0442405;REFB=-0.203592;REVB=0.0442323;RO=6;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705836;STB=0.537487;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0214432;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:63:63:6:6:57:57:0.904762:37:20:0:6:37:20:0:6 chr9 126128211 . T C 315.84 PASS AF=0.363636;AO=35;DP=97;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0028211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.522;QD=12.7612;RBI=0.0262854;REFB=-0.0168171;REVB=-0.0261336;RO=61;SAF=12;SAR=23;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021674;STB=0.533314;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0329663;OID=.;OPOS=126128211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:61:63:35:36:0.363636:23:12:22:39:24:12:24:39 chr9 126128253 . G C 140.37 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00728315;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.9271;QD=9.35789;RBI=0.00783617;REFB=-0.00933658;REVB=0.00289159;RO=41;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076233;STB=0.545405;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0197942;OID=.;OPOS=126128253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:14:5:13:28:14:5:13:28 chr9 126129904 . C T 1404.94 PASS AF=0.478114;AO=140;DP=298;FAO=142;FDP=297;FR=.;FRO=155;FSAF=53;FSAR=89;FSRF=70;FSRR=85;FWDB=0.0219868;FXX=0.00999967;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3925;QD=18.9218;RBI=0.0453165;REFB=-0.000217583;REVB=-0.0396253;RO=154;SAF=53;SAR=87;SRF=69;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688581;STB=0.542758;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00100246;OID=.;OPOS=126129904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:297:154:155:140:142:0.478114:87:53:69:85:89:53:70:85 chr9 126131161 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.010945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.503;QD=16.0426;RBI=0.011669;REFB=-0.0142355;REVB=-0.00404646;RO=26;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431865;STB=0.749722;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.016244;OID=.;OPOS=126131161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:4:15:10:16:4:15:10:16 chr9 126132919 . G A 60.1 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0214281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8379;QD=17.1722;RBI=0.0304732;REFB=-0.0500342;REVB=-0.0216668;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771948;STB=0.545336;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0431166;OID=.;OPOS=126132919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:2:4:6:2:2:4 chr9 126133547 . T C 190.57 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.264;QD=47.6428;RBI=0.0657193;REFB=0;REVB=0.0293091;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973088;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr9 126134542 . G A 464.95 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.00397365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.211;QD=19.5768;RBI=0.00948492;REFB=-0.0241594;REVB=0.00861242;RO=49;SAF=18;SAR=28;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234848;STB=0.513038;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0370061;OID=.;OPOS=126134542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:28:18:18:31:28:18:18:31 chr9 126136247 . A G 221.96 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00980934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.193;QD=14.5549;RBI=0.115976;REFB=0.011314;REVB=-0.11556;RO=35;SAF=22;SAR=4;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340048;STB=0.697007;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0513814;OID=.;OPOS=126136247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:4:22:21:14:4:22:21:14 chr9 126136914 . C G 222.79 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00463448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.606;QD=18.961;RBI=0.0257961;REFB=-0.0245735;REVB=-0.0253763;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231686;STB=0.638664;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0305601;OID=.;OPOS=126136914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:12:10:17:7:12:10:18:7 chr9 126144746 . T C 62.22 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8029;QD=35.5563;RBI=0.0583681;REFB=0;REVB=-0.00545861;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00496938;OID=.;OPOS=126144746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr9 126770250 . C G 3037.16 PASS AF=0.994898;AO=176;DP=177;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=116;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.95;QD=61.9828;RBI=0.0390113;REFB=-0.00392783;REVB=0.0312069;RO=1;SAF=65;SAR=111;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726687;STB=0.503144;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=4.04694e-05;OID=.;OPOS=126770250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:177:196:1:1:176:195:0.994898:111:65:1:0:116:79:1:0 chr9 126783433 . G C 1318.17 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.071;QD=62.0314;RBI=0.0330926;REFB=0;REVB=-0.0021424;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73663e-05;OID=.;OPOS=126783433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:42:41:0:0:42:43:0:0 chr9 127101924 . C T 1365.8 PASS AF=0.909091;AO=99;DP=107;FAO=100;FDP=110;FR=.;FRO=10;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00292664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0234;QD=49.6654;RBI=0.0348489;REFB=-0.0466965;REVB=-0.0347258;RO=8;SAF=47;SAR=52;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141542;STB=0.50639;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00625421;OID=.;OPOS=127101924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:107:110:8:10:99:100:0.909091:52:47:3:5:53:47:4:6 chr9 127113660 . A G 468.18 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00905164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.858;QD=25.6539;RBI=0.0117961;REFB=-0.00534757;REVB=0.00756411;RO=28;SAF=19;SAR=25;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283896;STB=0.521369;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00312805;OID=.;OPOS=127113660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:29:44:44:0.60274:25:19:11:17:25:19:11:18 chr9 127113732 . C T 155.94 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0219113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.024;QD=10.9433;RBI=0.0246516;REFB=-0.00673718;REVB=-0.0112958;RO=37;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197506;STB=0.511534;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0190636;OID=.;OPOS=127113732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:11:9:16:21:11:9:16:21 chr9 127114323 . G C 454.45 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00467225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.365;QD=19.9759;RBI=0.0307255;REFB=-0.0133234;REVB=-0.0303682;RO=46;SAF=26;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913772;STB=0.550716;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00912813;OID=.;OPOS=127114323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:19:26:22:24:19:26:22:24 chr9 127214450 . C T 163.84 PASS AF=0.314286;AO=17;DP=68;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.000959573;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.472;QD=9.36227;RBI=0.0140099;REFB=-0.0124872;REVB=-0.013977;RO=25;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474222;STB=0.656354;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0152214;OID=.;OPOS=127214450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:25:48:17:22:0.314286:3:14:10:15:7:15:22:26 chr9 127216839 . C T 744.41 PASS AF=0.503448;AO=72;DP=146;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00784712;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.853;QD=20.5354;RBI=0.0185741;REFB=-0.00788281;REVB=0.0168351;RO=72;SAF=41;SAR=31;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509703;STB=0.530924;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0182781;OID=.;OPOS=127216839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:72:72:72:73:0.503448:31:41:37:35:31:42:37:35 chr9 127228596 . A G 170.44 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.011066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.002;QD=25.2501;RBI=0.0681214;REFB=-0.0167634;REVB=-0.0672166;RO=10;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287151;STB=0.662505;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0181016;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:14:3:5:5:14:3:5:5 chr9 127230891 . G A 1161.33 PASS AF=0.952381;AO=79;DP=84;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0408909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.92;QD=55.3014;RBI=0.042406;REFB=-0.172413;REVB=-0.0112341;RO=5;SAF=28;SAR=51;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298828;STB=0.520667;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00337286;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:84:84:5:4:79:80:0.952381:51:28:3:2:52:28:3:1 chr9 127231774 . C G 546.35 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0393;QD=57.5107;RBI=0.0401207;REFB=0.00355084;REVB=0.0374937;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00160514;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:0:1:37:37:0.973684:19:18:0:0:19:18:1:0 chr9 127369679 . C T 611.64 PASS AF=0.953488;AO=38;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.048624;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.776;QD=56.8964;RBI=0.0489801;REFB=-0.118896;REVB=0.00589586;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.533317;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00224223;OID=.;OPOS=127369679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:1:2:38:41:0.953488:25:13:1:0:27:14:2:0 chr9 127563364 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.053;QD=55.0979;RBI=0.0835547;REFB=0;REVB=0.0700438;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636258;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr9 127566378 . A C,G 520.84 PASS AF=0.131579,0.842105;AO=4,32;DP=37;FAO=5,32;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=5,18;FSAR=0,14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00467911,-0.00313425;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.108,98.3228;QD=54.8249;RBI=0.0126115,0.0379035;REFB=-0.0922378,-0.133493;REVB=0.0117114,-0.0377737;RO=0;SAF=4,18;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.513505;STBP=1,0.52;TYPE=snp,snp;VARB=0.0760296,-0.0152234;OID=.,.;OPOS=127566378,127566378;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:37:38:0:1:4,32:5,32:0.131579,0.842105:0,14:4,18:0:0:0,14:5,18:1:0 chr9 127616537 . A G 96.65 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0784876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7739;QD=12.4711;RBI=0.139201;REFB=-0.0102044;REVB=-0.114964;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424538;STB=0.741626;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0123075;OID=.;OPOS=127616537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:2:17:6:6:2:17 chr9 127618776 . A G 70.42 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0172463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1353;QD=17.6062;RBI=0.0777782;REFB=-0.0181381;REVB=0.075842;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296964;STB=0.666386;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00945617;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:7:0:2:7:7:0 chr9 127618839 . C G 526.67 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5671;QD=56.9371;RBI=0.0203243;REFB=0.0116893;REVB=-0.0123653;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.511621;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00343891;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:15:21:1:0:15:21:1:0 chr9 127661645 . G A 290.59 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0137058;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.14;QD=14.0043;RBI=0.0162249;REFB=-0.00851104;REVB=-0.00868332;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179688;STB=0.521052;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0194964;OID=.;OPOS=127661645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:50:33:33:0.39759:18:15:21:27:18:15:21:29 chr9 127674200 . A C 771.84 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397051;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.612;QD=57.1733;RBI=0.0546364;REFB=0;REVB=0.0375319;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.32655e-05;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr9 127951863 . G A 152.37 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00993498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1998;QD=40.6319;RBI=0.0473462;REFB=0.0111233;REVB=0.0462921;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519972;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0142354;OID=.;OPOS=127951863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:2:12:0:0:2:12:1:0 chr9 127962916 . G A 454.95 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.74;QD=55.1449;RBI=0.0579524;REFB=-0.136952;REVB=0.0562628;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00179287;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:0:1:18:14:0:1 chr9 128072273 . G C 740.79 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443038;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5044;QD=56.9836;RBI=0.0444178;REFB=0;REVB=0.00317998;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542244;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr9 128074807 . T C 719.4 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3714;QD=55.3383;RBI=0.0530763;REFB=0;REVB=-0.0448509;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356545;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:26:25:1:0:26:26:0:0 chr9 128246786 . G A 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00944607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.337;QD=25.2439;RBI=0.00959404;REFB=-0.018981;REVB=-0.00167852;RO=22;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217522;STB=0.619919;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0175263;OID=.;OPOS=128246786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:14:14:17:5:14:14:17:5 chr9 128728459 . A G 93.34 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0562152;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.907;QD=17.7789;RBI=0.0576122;REFB=-0.00706672;REVB=-0.0126104;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278546;STB=0.516099;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0109929;OID=.;OPOS=128728459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:3:7:8:3:3:7 chr9 129265715 . C G 1081.11 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00487961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9486;QD=60.0618;RBI=0.134394;REFB=0;REVB=0.134305;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115263;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:33:38:0:0:34:38:0:0 chr9 129453229 . A G 275.62 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0078483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.76;QD=18.0734;RBI=0.014507;REFB=-0.0448181;REVB=-0.0122006;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124366;STB=0.573722;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0455083;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:31:29:30:0.491803:15:14:10:19:15:15:11:20 chr9 129455587 . G C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00838348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.088;QD=12.8688;RBI=0.0197456;REFB=-0.00804985;REVB=-0.0178775;RO=16;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317065;STB=0.694003;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0147719;OID=.;OPOS=129455587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:10:1:4:12:10:1:4:12 chr9 129460914 . A G 86.97 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00143446;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.62;QD=11.5966;RBI=0.0185468;REFB=-0.00489844;REVB=-0.0184912;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128913;STB=0.507678;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00650979;OID=.;OPOS=129460914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:30:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:5:14:8:3:5:14 chr9 129595895 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.279;QD=50.4134;RBI=0.0560287;REFB=0;REVB=0.0142185;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045552;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr9 129643296 . G T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00965757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5697;QD=12.3948;RBI=0.0591409;REFB=-0.0541927;REVB=-0.0583471;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0445752;OID=.;OPOS=129643296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:1:4:4:1:1:4 chr9 129645251 . C T 293.87 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0010314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.793;QD=27.3371;RBI=0.0122845;REFB=-0.0394369;REVB=0.0122412;RO=16;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096893;STB=0.542463;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0300111;OID=.;OPOS=129645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:16:17:26:26:0.604651:15:11:9:7:15:11:9:8 chr9 129646734 . TTTG T 110.31 PASS AF=0.270588;AO=20;DP=68;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.054203;FXX=0.0555494;HRUN=6;LEN=3;MLLD=196.652;QD=5.19122;RBI=0.0571165;REFB=0.00243884;REVB=0.0180093;RO=15;SAF=3;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.566667;SSSB=-0.340561;STB=0.800701;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=-0.00475956;OID=.;OPOS=129646735;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270588:20:68:23:85:62:3:20:29:33:99:15:3:17:7:8 chr9 129646762 . AGTTTTTTTTTTTA AGTTTTTTTTTTTG,TAGTTTTTTTTTTG 396.78 PASS AF=0.606061,0.030303;AO=17,3;DP=68;FAO=40,2;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=5,1;FSAR=35,1;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00355559,0.0291486;FXX=0.0704126;HRUN=3,1;LEN=1,14;MLLD=128.768,124.556;QD=24.0473;RBI=0.0155981,0.0335281;REFB=-0.0207639,-0.021482;REVB=0.0151875,0.0165679;RO=9;SAF=3,1;SAR=14,2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.148112,0;STB=0.732418,0.538082;STBP=0.002,0.864;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0141797,-0.0186659;OID=.,.;OPOS=129646775,129646762;OREF=A,AGTTTTTTTTTTTA;OALT=G,TAGTTTTTTTTTTG;OMAPALT=AGTTTTTTTTTTTG,TAGTTTTTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:9:24:17,3:40,2:0.606061,0.030303:14,2:3,1:3:6:35,1:5,1:13:11 chr9 129752239 . C T 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0304717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.497;QD=24.7078;RBI=0.0442116;REFB=-0.028379;REVB=0.0320334;RO=17;SAF=5;SAR=18;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137802;STB=0.577188;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0093451;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:18:5:6:11:18:5:6:11 chr9 129831658 . T TA 883.17 PASS AF=1;AO=10;DP=80;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.839;QD=47.7391;RBI=0.116456;REFB=0;REVB=-0.0993524;RO=70;SAF=4;SAR=6;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356012;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00571303;OID=.;OPOS=129831659;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:80:74:74:0:33:41:0:0:16:70:4:6:30:40 chr9 129831659 . T A 872.82 PASS AF=0.835443;AO=67;DP=80;FAO=66;FDP=79;FR=.;FRO=13;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00115564;FXX=0.0124984;HRUN=9;LEN=1;MLLD=220.19;QD=44.1933;RBI=0.00389372;REFB=-0.119391;REVB=-0.00371827;RO=12;SAF=28;SAR=39;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239444;STB=0.508894;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00100232;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:79:12:13:67:66:0.835443:39:28:6:6:39:27:6:7 chr9 129853997 . T C 366.0 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0418819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0092;QD=16.4493;RBI=0.042384;REFB=-0.0244774;REVB=-0.00650448;RO=49;SAF=22;SAR=17;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112402;STB=0.567309;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0286732;OID=.;OPOS=129853997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:50:39:39:0.438202:17:22:33:16:17:22:34:16 chr9 129854199 . G A 253.54 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0109903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.721;QD=12.6771;RBI=0.0117592;REFB=0.00567026;REVB=0.00418242;RO=50;SAF=7;SAR=23;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146341;STB=0.584685;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0134248;OID=.;OPOS=129854199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:23:7:17:33:23:7:17:33 chr9 130259618 . A C 165.28 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=-0.0347765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3369;QD=14.0662;RBI=0.044482;REFB=-0.0153122;REVB=-0.0277353;RO=28;SAF=1;SAR=17;SRF=2;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726037;STB=0.612463;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0188758;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:29:18:18:0.382979:17:1:2:26:17:1:3:26 chr9 130267777 . C G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0243038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.816;QD=9.49166;RBI=0.0254766;REFB=-2.00487e-05;REVB=0.00764082;RO=18;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553439;STB=0.845286;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-8.2387e-05;OID=.;OPOS=130267777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:1:8:8:10:1:8:8:10 chr9 130341253 . A G 144.97 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5168;QD=44.6059;RBI=0.0322383;REFB=0;REVB=-0.00504371;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734406;OID=.;OPOS=130341253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr9 130475011 . T C 448.31 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0187616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7479;QD=24.2328;RBI=0.0706967;REFB=-0.0274849;REVB=0.0681618;RO=29;SAF=18;SAR=25;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223294;STB=0.500323;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174223;OID=.;OPOS=130475011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:31:43:43:0.581081:25:18:13:16:25:18:13:18 chr9 130475442 . A C 405.91 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00510276;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2386;QD=15.4634;RBI=0.00775395;REFB=-0.0177258;REVB=-0.00583829;RO=59;SAF=17;SAR=29;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0035618;STB=0.501996;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0291244;OID=.;OPOS=130475442;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:59:59:46:46:0.438095:29:17:22:37:29:17:22:37 chr9 130477768 . G A 288.81 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00121429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.546;QD=21.0044;RBI=0.00335724;REFB=-0.0117435;REVB=-0.00312994;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13083;STB=0.572281;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0121141;OID=.;OPOS=130477768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:7:18:17:13:7:18 chr9 130489558 . A G 335.73 PASS AF=0.402174;AO=36;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0245069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.568;QD=14.597;RBI=0.0362718;REFB=-0.00547483;REVB=-0.0267405;RO=53;SAF=26;SAR=10;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163646;STB=0.580769;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00592662;OID=.;OPOS=130489558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:55:36:37:0.402174:10:26:31:22:11:26:32:23 chr9 130489743 . A G 53.34 PASS AF=0.25;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00942723;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.87;QD=6.66784;RBI=0.00990037;REFB=-0.00425703;REVB=-0.00302399;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153322;STB=0.57672;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0164939;OID=.;OPOS=130489743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:33:32:25:24:8:8:0.25:6:2:9:16:6:2:8:16 chr9 130493510 . CAAA CAA,CAAG 402.53 PASS AF=0.211538,0.596154;AO=9,28;DP=52;FAO=11,31;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=2,23;FSAR=9,8;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0223208,0.0243763;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.8995,212.834;QD=30.9636;RBI=0.214545,0.064833;REFB=-0.0645906,-0.0209699;REVB=-0.213381,-0.0600759;RO=10;SAF=2,22;SAR=7,6;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.357143,0;SSSB=-0.623294,-0.17171;STB=0.856559,0.589234;STBP=0.001,0.132;TYPE=del,snp;VARB=-0.0113601,0.0327936;OID=.,.;OPOS=130493511,130493513;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAA,CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.211538,0.596154:9,28:52:11,31:52:10:2,23:9,8:10:0:63:10:2,22:7,6:10:0 chr9 130494811 . T C 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0206058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.923;QD=12.4671;RBI=0.0218576;REFB=-0.03048;REVB=-0.00729073;RO=33;SAF=16;SAR=4;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324195;STB=0.690698;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0244725;OID=.;OPOS=130494811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:4:16:18:15:4:16:18:15 chr9 130494957 . T C 1438.34 PASS AF=0.99;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0095679;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.49;QD=57.5334;RBI=0.0381465;REFB=-0.0885351;REVB=0.0369271;RO=1;SAF=47;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998494;STB=0.505262;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0020598;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:101:100:1:1:98:99:0.99:51:47:1:0:52:47:1:0 chr9 130495633 . C G 225.95 PASS AF=0.397059;AO=25;DP=66;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00710757;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=198.567;QD=13.291;RBI=0.0192395;REFB=-0.00958081;REVB=0.0178785;RO=18;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873892;STB=0.547791;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0128495;OID=.;OPOS=130495633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:18:41:25:27:0.397059:11:14:8:10:13:14:18:23 chr9 130504070 . G A 419.95 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00179341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.1;QD=14.6071;RBI=0.014749;REFB=-0.0196309;REVB=0.0146396;RO=67;SAF=23;SAR=25;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171019;STB=0.509622;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0253984;OID=.;OPOS=130504070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:25:23:31:36:25:23:31:36 chr9 130536717 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00341034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.749;QD=17.56;RBI=0.00366548;REFB=-0.0185193;REVB=0.00134364;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156776;STB=0.588693;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0175846;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:5:16:11:7:5:16 chr9 130586621 . C G 265.93 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0168994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.749;QD=17.4382;RBI=0.0306886;REFB=-0.0169052;REVB=0.0256164;RO=31;SAF=22;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365426;STB=0.685783;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0246447;OID=.;OPOS=130586621;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:29:30:0.491803:7:22:12:19:8:22:12:19 chr9 130630639 . A G 1399.58 PASS AF=1;AO=76;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3955;QD=62.9025;RBI=0.136638;REFB=0;REVB=0.136155;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385217;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:76:89:1:40:36:0:0:53:36:0:0 chr9 130647583 . T C 1387.91 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0201548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8363;QD=61.0071;RBI=0.0662275;REFB=-0.0763599;REVB=-0.0630861;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000943619;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:0:1:89:90:0.989011:50:39:0:0:51:39:1:0 chr9 130648680 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.614;QD=54.5159;RBI=0.0652073;REFB=0;REVB=0.0603028;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103287;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr9 130670310 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.152;QD=43.4862;RBI=0.0294128;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102267;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr9 130674667 . C T 582.36 PASS AF=0.488;AO=60;DP=123;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.0692422;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.2111;QD=18.6356;RBI=0.0804114;REFB=-0.019882;REVB=-0.040884;RO=62;SAF=37;SAR=23;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279149;STB=0.509931;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0228037;OID=.;OPOS=130674667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:62:64:60:61:0.488:23:37:40:22:24:37:40:24 chr9 130677112 . G A 132.12 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.071666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3568;QD=24.0222;RBI=0.0808014;REFB=-0.030554;REVB=0.037321;RO=8;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335036;STB=0.691984;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0269333;OID=.;OPOS=130677112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:12:2:4:4:12:2:4:4 chr9 130690412 . G C 683.64 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00906042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.231;QD=52.5878;RBI=0.034563;REFB=-0.114981;REVB=0.0333543;RO=1;SAF=7;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108252;STB=0.511359;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00049613;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:52:1:2:50:50:0.961538:43:7:0:1:43:7:0:2 chr9 130698029 . G C 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.00324337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.091;QD=10.3431;RBI=0.0434633;REFB=-0.017792;REVB=-0.0433421;RO=41;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356125;STB=0.706133;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0224814;OID=.;OPOS=130698029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:8:13:12:29:8:13:12:29 chr9 130698043 . A G 784.42 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.517;QD=57.0487;RBI=0.100322;REFB=0;REVB=0.0455872;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449021;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr9 130698845 . C T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0263036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.752;QD=21.7452;RBI=0.0402771;REFB=-0.0290913;REVB=-0.0305019;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214157;STB=0.512035;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0213944;OID=.;OPOS=130698845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:8:8:10:9:8:8 chr9 130703789 . G A 260.65 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0275693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8968;QD=22.1831;RBI=0.0806366;REFB=0.0295183;REVB=0.0757773;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158787;STB=0.587091;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0176814;OID=.;OPOS=130703789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:22:24:25:0.531915:14:10:5:16:15:10:5:17 chr9 130703852 . A AAAC 123.37 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=26;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0076362;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=3;MLLD=206.36;QD=23.4985;RBI=0.0183695;REFB=0.00766683;REVB=0.016707;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206621;STB=0.705536;STBP=0.038;TYPE=ins;VARB=-0.00382323;OID=.;OPOS=130703853;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:11:26:14:21:7:2:12:4:3:49:15:2:9:5:10 chr9 130707081 . A G 257.94 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0544992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.483;QD=13.9429;RBI=0.0683526;REFB=-0.0152755;REVB=-0.0412542;RO=44;SAF=19;SAR=10;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097781;STB=0.563064;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0314616;OID=.;OPOS=130707081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:44:44:29:30:0.405405:10:19:25:19:10:20:25:19 chr9 130829039 . A G 327.79 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200863;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9387;QD=54.6318;RBI=0.0308379;REFB=0;REVB=-0.023399;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000948778;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr9 130860866 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.484;QD=62.3507;RBI=0.0265991;REFB=0;REVB=0.0200311;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71822e-06;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr9 130864676 . T C 410.23 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1498;QD=56.5827;RBI=0.0761687;REFB=0;REVB=0.0533475;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19104e-05;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr9 130869499 . A T 908.91 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246733;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4002;QD=58.6391;RBI=0.0257778;REFB=0;REVB=0.00746468;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76888e-05;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:28:34:0:0 chr9 130883511 . C T 1465.57 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.044502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.429;QD=57.4734;RBI=0.0480046;REFB=-0.0590509;REVB=0.0180004;RO=2;SAF=54;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017244;STB=0.504504;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000386078;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:2:1:100:101:0.990196:46:54:2:0:46:55:1:0 chr9 130941259 . G T 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0401721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.015;QD=28.0799;RBI=0.0444713;REFB=-0.057257;REVB=0.0190761;RO=15;SAF=5;SAR=20;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40809;STB=0.727074;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0309907;OID=.;OPOS=130941259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:20:5:11:4:20:5:11:4 chr9 130984755 . C T 753.55 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.184;QD=56.8717;RBI=0.0180324;REFB=0;REVB=0.0168918;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00531e-05;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:19:33:0:0:20:33:0:0 chr9 131085358 . C G 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0117656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.515;QD=13.7539;RBI=0.0228745;REFB=-0.019207;REVB=-0.0196167;RO=21;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037545;STB=0.504499;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.026566;OID=.;OPOS=131085358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:23:15:15:0.394737:11:4:5:16:11:4:6:17 chr9 131085373 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.676;QD=57.2025;RBI=0.0201411;REFB=0;REVB=-0.00680746;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60897e-05;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr9 131235321 . A G 614.5 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.782;QD=61.45;RBI=0.00916721;REFB=0;REVB=0.00870075;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77581e-05;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:25:12:0:0:28:12:0:0 chr9 131247176 . C T 54.72 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0582305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.1637;QD=24.3178;RBI=0.0640787;REFB=-0.00990765;REVB=0.0267448;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145918;STB=0.583115;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00382174;OID=.;OPOS=131247176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:2:0:2:5:2:0 chr9 131262911 . G GT 69.62 PASS AF=0.571429;AO=14;DP=37;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.256216;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.24586;QD=7.95621;RBI=0.286112;REFB=-0.0402119;REVB=-0.127332;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183534;STB=0.560917;STBP=0.433;TYPE=ins;VARB=0.0811782;OID=.;OPOS=131262912;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:14:37:20:35:15:12:8:11:4:44:19:7:7:13:6 chr9 131285955 . A G 321.81 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0148714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.963;QD=23.838;RBI=0.0306468;REFB=-0.0137005;REVB=-0.0267968;RO=22;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367198;STB=0.520225;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00625264;OID=.;OPOS=131285955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:19:13:10:12:19:13:10:12 chr9 131346218 . A C 1044.86 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.438;QD=59.7063;RBI=0.0327579;REFB=0;REVB=0.00983435;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70691e-05;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:42:27:0:0:43:27:0:0 chr9 131360750 . C T 670.88 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.177;QD=62.4075;RBI=0.0692263;REFB=0;REVB=0.0657431;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119589;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr9 131375701 . A G 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9112;QD=57.1712;RBI=0.0251526;REFB=0;REVB=-0.0112154;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170863;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr9 131379967 . C T 470.64 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.767;QD=57.0469;RBI=0.0391718;REFB=0;REVB=0.00617952;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233201;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:16:17:0:0 chr9 131397187 . TC T 39.44 PASS AF=0.4375;AO=5;DP=18;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.243535;FXX=0.111049;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.4843;QD=9.85875;RBI=0.257856;REFB=-0.0623796;REVB=-0.0847382;RO=8;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.321192;SSSB=0.33255;STB=0.631215;STBP=0.422;TYPE=del;VARB=0.0187949;OID=.;OPOS=131397188;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:5:18:7:16:9:4:3:3:6:39:8:3:2:2:6 chr9 131397479 . G A 1480.22 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.058;QD=58.6226;RBI=0.0213501;REFB=-0.0215136;REVB=0.015279;RO=1;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998653;STB=0.505262;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=8.52783e-05;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:47:53:0:1:47:53:0:1 chr9 131398636 . C T 816.59 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.562;QD=57.3049;RBI=0.053409;REFB=0;REVB=0.0307016;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264309;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:25:32:0:0 chr9 131403096 . A G 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0138784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.903;QD=43.016;RBI=0.0157412;REFB=0.0591291;REVB=0.00742803;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043542;STB=0.52378;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.0018515;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:6:10:1:0:6:10:1:0 chr9 131465167 . A G 619.77 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.103483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3752;QD=59.0256;RBI=0.106271;REFB=0.112916;REVB=-0.0241814;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0257325;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:0:1:23:18:0:1 chr9 131479023 . T C 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.23;QD=53.362;RBI=0.0445998;REFB=-0.0476121;REVB=0.0262008;RO=1;SAF=19;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238907;STB=0.512812;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00107655;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:10:19:1:0:10:19:1:0 chr9 131483749 . T A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.258;QD=56.191;RBI=0.0424072;REFB=0;REVB=-0.0206756;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5526e-05;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:22:6:0:0:22:6:0:0 chr9 131492850 . T C 256.16 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.35;QD=51.2322;RBI=0.0686863;REFB=0;REVB=0.00449087;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159634;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:13:7:0:0 chr9 131515547 . G T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00265414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3651;QD=15.7846;RBI=0.0428235;REFB=0.00662287;REVB=0.0427412;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434626;STB=0.502509;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00376243;OID=.;OPOS=131515547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:11:6:5:9:11:6 chr9 131565554 . T C 249.88 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0033666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.457;QD=16.6588;RBI=0.0126588;REFB=-0.036823;REVB=0.012203;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452343;STB=0.516655;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.03354;OID=.;OPOS=131565554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:14:14:17:14:14:14:17:15 chr9 131570274 . C T 95.71 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.017357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.466;QD=22.5199;RBI=0.0181203;REFB=-0.0340195;REVB=0.00520381;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184829;STB=0.604217;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0169696;OID=.;OPOS=131570274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:5:1:5:6:5:1 chr9 131586374 . G A 141.78 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.114303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2286;QD=15.3278;RBI=0.11682;REFB=-0.0171026;REVB=0.0241213;RO=19;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376132;STB=0.700963;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0193171;OID=.;OPOS=131586374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:19:21:16:16:0.432432:3:13:9:10:3:13:11:10 chr9 131588652 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2947;QD=48.7352;RBI=0.0688523;REFB=0;REVB=0.02804;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144838;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:11:6:0:0 chr9 131588888 . G C 208.81 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0543147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6632;QD=25.3105;RBI=0.0601945;REFB=-0.0566965;REVB=-0.0259479;RO=13;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183368;STB=0.510194;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0192294;OID=.;OPOS=131588888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:15:5:3:10:15:5:3:10 chr9 131670457 . T C 205.79 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00611606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.777;QD=23.5188;RBI=0.0294292;REFB=-0.0181295;REVB=0.0287866;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255391;STB=0.514271;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0164357;OID=.;OPOS=131670457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:10:10:8:7:10:10:8:7 chr9 131679809 . A G 297.52 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0155818;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1938;QD=13.2231;RBI=0.0212175;REFB=-0.0131805;REVB=-0.0144011;RO=56;SAF=18;SAR=16;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460346;STB=0.5263;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0231074;OID=.;OPOS=131679809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:56:56:34:34:0.377778:16:18:32:24:16:18:32:24 chr9 131830567 . G A 452.84 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.026197;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.326;QD=24.4777;RBI=0.0273535;REFB=-0.0408891;REVB=0.00786966;RO=31;SAF=17;SAR=26;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118792;STB=0.565187;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0213626;OID=.;OPOS=131830567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:26:17:17:14:26:17:17:14 chr9 131860901 . G T 898.74 PASS AF=0.970588;AO=62;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0147808;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.307;QD=52.867;RBI=0.0233438;REFB=-0.0937892;REVB=0.0180683;RO=2;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028594;STB=0.513509;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000569444;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:67:68:2:2:62:66:0.970588:32:30:0:2:36:30:0:2 chr9 131909736 . C T 229.42 PASS AF=0.465517;AO=25;DP=54;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.095565;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.504;QD=15.8219;RBI=0.0960639;REFB=-0.00779534;REVB=-0.00977765;RO=28;SAF=6;SAR=19;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127283;STB=0.503837;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00617977;OID=.;OPOS=131909736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:28:31:25:27:0.465517:19:6:7:21:19:8:9:22 chr9 131938242 . CCG CC,C 69.82 PASS AF=0.0434783,0.434783;AO=3,6;DP=27;FAO=1,10;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=0,7;FSAR=1,3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.165077,0.17291;FXX=0.079968;HRUN=4,5;LEN=1,2;MLLD=15.9317,25.1596;QD=12.1425;RBI=0.174105,0.232123;REFB=-0.0530899,-0.0838082;REVB=0.0553372,0.154865;RO=15;SAF=0,6;SAR=3,0;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0.311747,0;SSSB=-0.551412,0.786004;STB=0.984963,0.736388;STBP=0.535,0.068;TYPE=del,del;VARB=-0.0458532,0.147439;OID=.,.;OPOS=131938244,131938243;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0434783,0.434783:3,6:27:1,10:23:12:0,7:1,3:3:9:63:15:0,6:3,0:4:11 chr9 132400480 . G A 198.52 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0274176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.81;QD=44.1155;RBI=0.0284119;REFB=-0.188033;REVB=0.00745037;RO=1;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1013;STB=0.555487;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00346817;OID=.;OPOS=132400480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:4:13:0:1:4:13:0:1 chr9 132402908 . C G 1249.49 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048299;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2592;QD=61.7033;RBI=0.00730336;REFB=0;REVB=0.00547823;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78574e-06;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr9 132573536 . G T 754.17 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.46;QD=56.9184;RBI=0.0463369;REFB=0;REVB=-0.0372268;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1613e-05;OID=.;OPOS=132573536;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr9 132585058 . G A 1927.86 PASS AF=0.976923;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0525798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.604;QD=59.3189;RBI=0.0666952;REFB=-0.0677017;REVB=0.0410319;RO=1;SAF=64;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736724;STB=0.511449;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000282062;OID=.;OPOS=132585058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:130:1:3:127:127:0.976923:63:64:1:0:63:64:3:0 chr9 132591372 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.471;QD=56.706;RBI=0.0507356;REFB=0;REVB=0.0482215;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216041;OID=.;OPOS=132591372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr9 132591425 . C T 425.22 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0100021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2068;QD=51.5423;RBI=0.129618;REFB=-0.048959;REVB=0.129232;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345091;STB=0.505007;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0307095;OID=.;OPOS=132591425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:33:1:2:30:31:0.939394:13:17:0:1:13:18:1:1 chr9 132591509 . A G 416.54 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5402;QD=55.5384;RBI=0.0553897;REFB=0;REVB=0.0518404;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245361;OID=.;OPOS=132591509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:17:13:0:0 chr9 132597021 . C T 4666.15 PASS AF=0.980707;AO=305;DP=310;FAO=305;FDP=311;FR=.;FRO=6;FSAF=96;FSAR=209;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0435646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5511;QD=60.0148;RBI=0.0436712;REFB=-0.159997;REVB=0.00305028;RO=4;SAF=96;SAR=209;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00185429;STB=0.503319;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00463441;OID=.;OPOS=132597021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:310:311:4:6:305:305:0.980707:209:96:1:3:209:96:1:5 chr9 132618578 . T C 521.16 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.297;QD=59.5609;RBI=0.0754826;REFB=0;REVB=0.0081397;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207722;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:25:8:0:0:25:10:0:0 chr9 132620364 . T C 340.51 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0902223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.942;QD=54.4811;RBI=0.0905428;REFB=0;REVB=0.00761149;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322269;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:16:6:0:0:16:9:0:0 chr9 132623293 . C T 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7782;QD=53.2691;RBI=0.0583501;REFB=0;REVB=0.0495654;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262667;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr9 132623868 . T C 1153.56 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3014;QD=60.7136;RBI=0.0199025;REFB=0;REVB=0.0190869;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0047e-05;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:34:41:0:0:34:42:0:0 chr9 132630664 . TGAC T 83.04 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569078;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=3;MLLD=239.913;QD=41.5185;RBI=0.0569078;REFB=0;REVB=4.0987e-05;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000633522;OID=.;OPOS=132630665;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:10:8:8:0:6:2:0:0:3:0:6:2:0:0 chr9 132631680 . T C 741.61 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00912595;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.772;QD=54.9341;RBI=0.0241315;REFB=-0.017353;REVB=0.0223394;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000431144;OID=.;OPOS=132631680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:0:1:53:53:0.981481:28:25:0:0:28:25:1:0 chr9 132636031 . A G 130.64 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0953886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.647;QD=43.5461;RBI=0.123591;REFB=0;REVB=-0.0785865;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142958;OID=.;OPOS=132636031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:7:5:0:0 chr9 132636033 . TG CG,GC 128.36 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=10,2;DP=12;FAO=10,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223552,-0.0384531;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=166.962,134.386;QD=42.7864;RBI=0.0420818,0.0462191;REFB=0,0;REVB=0.0356528,0.025643;RO=0;SAF=3,2;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000193136,0.0793375;OID=.,.;OPOS=132636033,132636033;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:12:12:0:0:10,2:10,2:0.833333,0.166667:7,0:3,2:0:0:7,0:3,2:0:0 chr9 132636937 . AG A 34.23 PASS AF=0.311111;AO=15;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0400208;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9711;QD=3.04283;RBI=0.0983228;REFB=-0.0661307;REVB=-0.0898093;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0.388889;SSSB=0.423436;STB=0.773452;STBP=0.026;TYPE=del;VARB=0.0851662;OID=.;OPOS=132636938;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311111:15:45:14:45:31:10:4:9:22:34:27:10:5:7:20 chr9 132637712 . G A 446.74 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.517;QD=57.6443;RBI=0.0794035;REFB=0;REVB=0.0724589;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295614;OID=.;OPOS=132637712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr9 132649662 . A G,T 728.62 PASS AF=0.93617,0.0638298;AO=44,3;DP=47;FAO=44,3;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20,3;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00369278,-0.00836879;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.399,138.014;QD=62.0102;RBI=0.00529922,0.014761;REFB=0,0;REVB=0.00380067,0.0121593;RO=0;SAF=20,3;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.30465e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00037605,0.0117185;OID=.,.;OPOS=132649662,132649662;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:47:47:0:0:44,3:44,3:0.93617,0.0638298:24,0:20,3:0:0:24,0:20,3:0:0 chr9 132651363 . G C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00423098;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=172.55;QD=23.2179;RBI=0.00657759;REFB=-0.00515714;REVB=-0.00503623;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00213721;OID=.;OPOS=132651363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr9 132671359 . T TG 44.31 PASS AF=0.545455;AO=9;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.119673;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.76379;QD=8.05554;RBI=0.148056;REFB=-0.0504762;REVB=-0.087171;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303064;STB=0.533277;STBP=0.786;TYPE=ins;VARB=0.0078411;OID=.;OPOS=132671360;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:9:23:12:22:10:4:8:4:6:36:12:2:7:6:6 chr9 132686186 . A G 714.85 PASS AF=0.978723;AO=47;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0117125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.37;QD=60.838;RBI=0.0130436;REFB=-0.0561367;REVB=0.00574034;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000470722;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:47:46:0.978723:28:19:0:0:28:18:1:0 chr9 132872686 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9041;QD=59.0176;RBI=0.0396354;REFB=0;REVB=-0.000425196;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607656;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr9 132883161 . C CCTT 1043.9 PASS AF=0.838384;AO=71;DP=103;FAO=83;FDP=99;FR=.;FRO=16;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0177275;FXX=0.0198;HRUN=3;LEN=3;MLLD=192.226;QD=42.1777;RBI=0.0386187;REFB=-0.0815502;REVB=0.0343095;RO=19;SAF=33;SAR=38;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127713;STB=0.547168;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=0.00845158;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.838384:71:103:83:99:16:38:45:12:4:89:19:33:38:15:4 chr9 132988709 . T G 322.87 PASS AF=0.559322;AO=34;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0258926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7687;QD=21.8893;RBI=0.0321397;REFB=-0.0119482;REVB=-0.0190404;RO=25;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169181;STB=0.612431;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00816227;OID=.;OPOS=132988709;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:34:33:0.559322:21:13:15:10:21:12:16:10 chr9 133048501 . G A 964.94 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508564;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.923;QD=58.4809;RBI=0.0510631;REFB=0;REVB=-0.00458964;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153737;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:1:0:65:66:1:37:28:1:0:37:29:0:0 chr9 133235986 . T C 220.32 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00116146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.727;QD=24.4801;RBI=0.0183824;REFB=-0.0169535;REVB=-0.0183457;RO=12;SAF=13;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320756;STB=0.694483;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00468009;OID=.;OPOS=133235986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:12:15:20:21:0.583333:7:13:2:10:8:13:2:13 chr9 133260082 . G A 208.84 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0240566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0093;QD=25.3139;RBI=0.0332781;REFB=-0.0159461;REVB=-0.0229937;RO=13;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645519;STB=0.503594;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0100651;OID=.;OPOS=133260082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:6:14:9:4:6:14:9:4 chr9 133284310 . G A 59.35 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0139408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.599;QD=15.8273;RBI=0.0308092;REFB=-0.0301422;REVB=0.0274747;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287934;STB=0.666295;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0133301;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:1:6:4:4:1:6 chr9 133294244 . G A 228.11 PASS AF=0.52381;AO=20;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00555613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.507;QD=21.7249;RBI=0.0347179;REFB=-0.0318447;REVB=0.0342704;RO=13;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127709;STB=0.61393;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.03269;OID=.;OPOS=133294244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:13:20:20:22:0.52381:14:6:6:7:14:8:12:8 chr9 133294288 . G A 89.18 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0231104;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.185;QD=12.7396;RBI=0.0234317;REFB=-0.0193104;REVB=-0.00386728;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777998;STB=0.530977;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0166648;OID=.;OPOS=133294288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:27:28:16:17:11:11:0.392857:7:4:7:9:7:4:7:10 chr9 133302769 . GC G 30.05 PASS AF=0.268293;AO=9;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0554999;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.1214;QD=2.93136;RBI=0.0603406;REFB=-0.0450227;REVB=-0.02368;RO=23;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395364;STB=0.653552;STBP=0.266;TYPE=del;VARB=0.0687218;OID=.;OPOS=133302770;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268293:9:41:11:41:30:3:8:14:16:30:23:1:8:8:15 chr9 133305012 . G A 352.99 PASS AF=0.37069;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.0149196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.4;QD=12.1721;RBI=0.0151026;REFB=-0.013656;REVB=0.00234353;RO=73;SAF=19;SAR=24;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161238;STB=0.591843;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0181792;OID=.;OPOS=133305012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:73:73:43:43:0.37069:24:19:43:30:24:19:43:30 chr9 133346920 . A G 1272.38 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754368;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.034;QD=62.0675;RBI=0.076507;REFB=0;REVB=0.012752;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251056;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:55:27:0:0:55:27:0:0 chr9 133553993 . C T 710.96 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00204087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.77;QD=52.6639;RBI=0.00818594;REFB=-0.0370635;REVB=-0.00792745;RO=1;SAF=30;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154392;STB=0.515619;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00136854;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:51:52:0.962963:21:30:1:0:21:31:2:0 chr9 133558282 . A G 894.25 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0345761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.913;QD=55.0309;RBI=0.0346933;REFB=0.0702645;REVB=0.00284862;RO=2;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304411;STB=0.516124;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000685489;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:30:33:0:2:30:33:0:2 chr9 133710804 . T C 600.35 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00635495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.557;QD=45.3093;RBI=0.0191553;REFB=-0.0219643;REVB=-0.0180705;RO=6;SAF=35;SAR=12;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148035;STB=0.579322;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00205159;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:6:6:47:47:0.886792:12:35:1:5:12:35:1:5 chr9 133710819 . T TC 1269.45 PASS AF=1;AO=83;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462383;FXX=0.0116266;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.5887;QD=59.7389;RBI=0.0479317;REFB=0;REVB=-0.0126279;RO=1;SAF=57;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823791;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000570372;OID=.;OPOS=133710820;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:87:85:85:0:58:27:0:0:7:1:57:26:1:0 chr9 133761001 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00438178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.905;QD=14.654;RBI=0.0134824;REFB=-0.000217883;REVB=-0.0127505;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117469;STB=0.568802;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=7.84365e-06;OID=.;OPOS=133761001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:2:6:5:3:2:6 chr9 133787225 . A G 1565.79 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448808;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.625;QD=63.2642;RBI=0.0505351;REFB=0;REVB=0.0232274;RO=0;SAF=30;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000993273;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:95:99:1:65:30:0:0:65:34:0:0 chr9 133884820 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.797;QD=39.2052;RBI=0.0668258;REFB=0;REVB=0.0658188;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017173;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr9 133901819 . C A 889.05 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.562;QD=56.448;RBI=0.0345629;REFB=-0.122118;REVB=0.0208454;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154778;STB=0.508194;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000221158;OID=.;OPOS=133901819;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:32:30:1:0:32:30:1:0 chr9 133911598 . A G 763.3 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.896;QD=56.5404;RBI=0.0204258;REFB=0;REVB=0.0177015;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71982e-05;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:25:26:0:0:28:26:0:0 chr9 133911610 . C T 209.85 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0853758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2639;QD=15.5443;RBI=0.0899647;REFB=-0.0201735;REVB=0.028366;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733835;STB=0.541632;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0298824;OID=.;OPOS=133911610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:11:13:14:16:11:13:14:16 chr9 133914321 . C T 226.38 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0241496;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0176;QD=16.1703;RBI=0.0299891;REFB=-0.0309232;REVB=0.0177805;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168664;STB=0.620692;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0202371;OID=.;OPOS=133914321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:30:25:26:0.464286:9:16:13:15:9:17:13:17 chr9 133924451 . C T 49.17 PASS AF=0.5;AO=5;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00173579;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.231;QD=14.0477;RBI=0.0259474;REFB=-0.0415327;REVB=0.0258892;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.639615;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0340553;OID=.;OPOS=133924451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:5:7:0.5:3:2:2:5:3:4:2:5 chr9 133927878 . A G 479.53 PASS AF=0.469027;AO=50;DP=110;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.000290194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.839;QD=16.9745;RBI=0.00315488;REFB=-0.00653202;REVB=0.00314151;RO=60;SAF=31;SAR=19;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020615;STB=0.512707;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00614174;OID=.;OPOS=133927878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:60:60:50:53:0.469027:19:31:36:24:20:33:36:24 chr9 133981629 . T C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.000648714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.714;QD=20.4856;RBI=0.0121421;REFB=-0.0328732;REVB=0.0121248;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352117;STB=0.519971;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.02269;OID=.;OPOS=133981629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:5:6:7:7:5:6 chr9 133986980 . T G 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00204237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.401;QD=47.8796;RBI=0.0254384;REFB=-0.0260762;REVB=0.0253563;RO=2;SAF=14;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617812;STB=0.533307;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00142803;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:11:14:2:0:11:14:2:0 chr9 133987060 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.462;QD=53.2772;RBI=0.0308623;REFB=0;REVB=0.0301021;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115153;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr9 133996457 . TTTT GTTT,TTTG 688.78 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=2,26;DP=44;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.155808,-0.247854;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=5.86819,33.1067;QD=58.6198;RBI=0.228788,0.252699;REFB=0,0;REVB=-0.167535,-0.0492485;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0713046,-0.00435324;OID=.,.;OPOS=133996457,133996460;OREF=T,T;OALT=G,G;OMAPALT=GTTT,TTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:44:47:0:0:2,26:1,46:0.0212766,0.978723:2,13:0,13:0:0:1,21:0,25:0:0 chr9 133996503 . T A 710.98 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.049091;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.403;QD=54.691;RBI=0.0574753;REFB=-0.161041;REVB=0.029891;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511107;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000521496;OID=.;OPOS=133996503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:52:1:1:49:51:0.980769:28:21:1:0:29:22:1:0 chr9 134019967 . C T 99.25 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0084087;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.58;QD=14.7036;RBI=0.0131105;REFB=-0.016092;REVB=-0.0100588;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280497;STB=0.628946;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0205928;OID=.;OPOS=134019967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:7:5:2:12:7:5:3:12 chr9 134020092 . C T 134.28 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=-0.0245226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.914;QD=16.2759;RBI=0.0305498;REFB=-0.0284946;REVB=0.018219;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258187;STB=0.644293;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.049072;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:12:3:1:17:12:3:1:17 chr9 134108844 . T C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00940411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.009;QD=16.7279;RBI=0.0339752;REFB=0.00473657;REVB=0.0326478;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124711;STB=0.571341;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00728077;OID=.;OPOS=134108844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:12:7:8:8:12:7 chr9 134133539 . G T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.546;QD=61.684;RBI=0.0306004;REFB=0;REVB=0.00792431;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1693e-05;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr9 134136515 . A G 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.026;QD=60.7157;RBI=0.0602522;REFB=0;REVB=-0.0556667;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03588e-05;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr9 134136677 . A G 669.63 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352451;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2389;QD=62.2911;RBI=0.041156;REFB=0;REVB=-0.0212508;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249514;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:25:17:0:0:25:18:0:0 chr9 134139956 . T G 175.53 PASS AF=0.38;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0233081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.485;QD=14.0421;RBI=0.0233157;REFB=-0.0195821;REVB=0.000598424;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524461;STB=0.54617;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0370683;OID=.;OPOS=134139956;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:31:18:19:0.38:9:9:14:17:9:10:14:17 chr9 134183379 . C T 1305.41 PASS AF=0.927835;AO=87;DP=96;FAO=90;FDP=97;FR=.;FRO=7;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0108989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8661;QD=53.8313;RBI=0.0432692;REFB=-0.11488;REVB=0.0418741;RO=5;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531345;STB=0.517902;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00514534;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:96:97:5:7:87:90:0.927835:42:45:0:5:42:48:2:5 chr9 134183503 . T C 937.15 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500035;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.254;QD=58.5716;RBI=0.0642508;REFB=0;REVB=0.0403461;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212835;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:37:26:0:0:37:27:0:0 chr9 134346315 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.633;QD=56.1907;RBI=0.0263674;REFB=0;REVB=0.00253112;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384027;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr9 134350323 . C G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.406;QD=54.5175;RBI=0.0648417;REFB=0;REVB=0.011715;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289172;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr9 134350458 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167463;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.381;QD=61.3363;RBI=0.0691385;REFB=0;REVB=0.0670797;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245025;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr9 134350647 . T C 294.84 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.791;QD=51.2768;RBI=0.0621386;REFB=0;REVB=0.0228813;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896849;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:14:9:0:0 chr9 134351065 . G T 271.99 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.27;QD=51.8077;RBI=0.158398;REFB=0;REVB=0.0457565;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00653961;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr9 134373770 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0635499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.053;QD=42.1826;RBI=0.069025;REFB=0;REVB=0.0269418;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129965;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr9 134385436 . A G 698.91 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0702908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.242;QD=54.8167;RBI=0.0728468;REFB=0.033308;REVB=-0.0191275;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00126869;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:0:1:49:50:0.980392:33:16:0:0:34:16:1:0 chr9 134386744 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.881;QD=62.6711;RBI=0.052093;REFB=0;REVB=0.0514163;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013643;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr9 134387488 . T C 505.35 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493471;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2499;QD=59.4533;RBI=0.0494414;REFB=0;REVB=-0.0030525;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366543;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr9 134401335 . C T 471.55 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441849;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5859;QD=58.9441;RBI=0.0443099;REFB=0;REVB=-0.00332513;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141607;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr9 134406071 . C G 231.71 PASS AF=0.95;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0953735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.292;QD=46.342;RBI=0.0983205;REFB=-0.0755583;REVB=-0.0238916;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000458131;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:19:20:0:1:19:19:0.95:8:11:0:0:8:11:1:0 chr9 134453976 . G A 175.58 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00529387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.404;QD=13.7708;RBI=0.0416397;REFB=-0.0150042;REVB=0.0413018;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320977;STB=0.5185;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0171607;OID=.;OPOS=134453976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:7:13:21:10:7:13:21:10 chr9 134497321 . C T 395.62 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0134992;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.674;QD=17.39;RBI=0.0182483;REFB=-0.0358053;REVB=-0.0122789;RO=50;SAF=15;SAR=26;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148741;STB=0.508334;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0497273;OID=.;OPOS=134497321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:50:50:41:41:0.450549:26:15:19:31:26:15:19:31 chr9 134658234 . G A 182.16 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00472357;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.926;QD=14.2871;RBI=0.0236008;REFB=-0.016321;REVB=0.0231232;RO=31;SAF=3;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405083;STB=0.732564;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0176068;OID=.;OPOS=134658234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:30:20:21:0.411765:17:3:14:17:18:3:13:17 chr9 135073877 . C T 413.59 PASS AF=0.453608;AO=40;DP=93;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0121781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.377;QD=17.0553;RBI=0.0135202;REFB=-0.00715395;REVB=0.00587281;RO=52;SAF=22;SAR=18;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00781653;STB=0.525761;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00890194;OID=.;OPOS=135073877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:52:53:40:44:0.453608:18:22:29:23:22:22:29:24 chr9 135102254 . C T 699.92 PASS AF=0.482759;AO=69;DP=144;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0245868;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.657;QD=19.3081;RBI=0.0407415;REFB=-0.0332594;REVB=-0.0324863;RO=71;SAF=27;SAR=42;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826708;STB=0.535401;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0343088;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:71:75:69:70:0.482759:42:27:34:37:42:28:35:40 chr9 135105944 . G A 175.09 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0196219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.454;QD=20.0108;RBI=0.0352583;REFB=-0.0225255;REVB=0.0292939;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723083;STB=0.540938;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0222151;OID=.;OPOS=135105944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:9:8:7:11:9:8 chr9 135105964 . A G 494.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523515;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0648;QD=58.1543;RBI=0.0635945;REFB=0;REVB=0.0361051;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48868e-05;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:22:12:0:0 chr9 135114365 . G A 212.04 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00346185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.542;QD=18.8476;RBI=0.00538812;REFB=-0.0114952;REVB=0.00412886;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251306;STB=0.624875;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0140763;OID=.;OPOS=135114365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:24:21:21:0.466667:6:15:10:12:6:15:12:12 chr9 135139826 . T C 54.52 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0374762;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.491;QD=7.78794;RBI=0.0441179;REFB=-0.00481837;REVB=-0.0232793;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113905;STB=0.555414;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0110658;OID=.;OPOS=135139826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:28:19:20:8:8:0.285714:3:5:10:9:3:5:11:9 chr9 135172412 . A G 362.66 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0141683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.455;QD=20.7237;RBI=0.0178467;REFB=-0.0215647;REVB=-0.0108519;RO=32;SAF=15;SAR=22;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265965;STB=0.505615;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0127198;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:22:15:12:20:22:15:13:20 chr9 135173685 . T C 318.51 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0154995;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.286;QD=20.8859;RBI=0.0522628;REFB=-0.0345042;REVB=-0.0499115;RO=27;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152292;STB=0.589582;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0233427;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:28:33:33:0.540984:13:20:21:6:13:20:22:6 chr9 135202829 . T C 36.76 PASS AF=0.24;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0199852;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.352;QD=5.88086;RBI=0.0282239;REFB=0.00720544;REVB=0.0199294;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39826;STB=0.768238;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0083969;OID=.;OPOS=135202829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:25:19:19:6:6:0.24:5:1:9:10:5:1:9:10 chr9 135203231 . C T 348.46 PASS AF=0.5;AO=38;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0140319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9397;QD=18.8357;RBI=0.0166206;REFB=-0.00257683;REVB=-0.00890784;RO=34;SAF=12;SAR=26;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217752;STB=0.642887;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00400739;OID=.;OPOS=135203231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:37:38:37:0.5:26:12:19:15:26:11:21:16 chr9 135203409 . A C 150.41 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00126794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.367;QD=8.24172;RBI=0.0108368;REFB=-0.0151408;REVB=0.0107624;RO=50;SAF=13;SAR=8;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11957;STB=0.586124;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0452045;OID=.;OPOS=135203409;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:52:21:21:0.287671:8:13:26:24:8:13:26:26 chr9 135203838 . G A 203.41 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0130531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.273;QD=14.2741;RBI=0.018691;REFB=-0.0139614;REVB=-0.0133781;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24987;STB=0.642736;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0200989;OID=.;OPOS=135203838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:8:16:14:19:8:16:14:19 chr9 135206460 . A G 106.21 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0459347;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8277;QD=18.4716;RBI=0.0472782;REFB=-0.0196816;REVB=0.0111907;RO=11;SAF=11;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33346;STB=0.697995;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0481331;OID=.;OPOS=135206460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:25:23:11:11:12:12:0.521739:1:11:8:3:1:11:8:3 chr9 135263573 . G T 689.25 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4679;QD=62.659;RBI=0.0280812;REFB=0;REVB=0.0162481;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31522e-05;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr9 135273607 . C G 288.48 PASS AF=0.434211;AO=32;DP=77;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0145699;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.782;QD=15.1833;RBI=0.0190058;REFB=-0.00115345;REVB=-0.012204;RO=45;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510686;STB=0.500834;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.000758266;OID=.;OPOS=135273607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:45:43:32:33:0.434211:20:12:19:26:20:13:17:26 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=51;DP=45;LEN=76;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=7;SRR=0;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:45:0:51:24:14:7:0 chr9 135297013 . T TTCTC 105.66 PASS AF=1;AO=8;DP=35;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.356888;HRUN=1;LEN=4;MLLD=364.432;QD=46.9589;RBI=0.00245751;REFB=0;REVB=-0.00245751;RO=25;SAF=0;SAR=8;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.828105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.37091e-05;OID=.;OPOS=135297014;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:8:35:9:9:0:0:9:0:0:3:25:0:8:21:4 chr9 135297016 . T G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.915;QD=25.4671;RBI=0.0108289;REFB=0.0251597;REVB=-0.0108289;RO=3;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123118;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:9:0:0:3:9:0:0:3 chr9 135374764 . G A 475.13 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0181841;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.138;QD=21.1171;RBI=0.0236353;REFB=-0.0217574;REVB=-0.0150986;RO=44;SAF=20;SAR=26;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231811;STB=0.512815;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0189318;OID=.;OPOS=135374764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:44:44:46:46:0.511111:26:20:18:26:26:20:18:26 chr9 135374898 . T C 615.32 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0131124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2243;QD=17.8354;RBI=0.0371798;REFB=-0.00419683;REVB=-0.0347908;RO=74;SAF=32;SAR=32;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391503;STB=0.521732;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00415701;OID=.;OPOS=135374898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:74:64:64:0.463768:32:32:34:40:32:32:34:40 chr9 135448319 . G GA 692.42 PASS AF=1;AO=10;DP=70;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396847;FXX=0.0447694;HRUN=0;LEN=1;MLLD=149.676;QD=43.2762;RBI=0.0424607;REFB=0;REVB=0.0151007;RO=57;SAF=8;SAR=2;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000260786;OID=.;OPOS=135448320;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:70:64:64:0:29:35:0:0:14:57:8:2:25:32 chr9 135448320 . C A,T 795.56 PASS AF=0.820896,0.104478;AO=54,7;DP=66;FAO=55,7;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=23,6;FSAR=32,1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000154805,-0.0633;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=155.211,108.812;QD=47.496;RBI=0.00869009,0.0636063;REFB=-0.00816727,-0.0734774;REVB=0.00868871,0.006235;RO=5;SAF=22,6;SAR=32,1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0315462,0.275355;STB=0.515484,0.666109;STBP=0.427,0.323;TYPE=snp,snp;VARB=0.000240269,0.22667;OID=.,.;OPOS=135448320,135448320;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:66:67:5:5:54,7:55,7:0.820896,0.104478:32,1:22,6:3:2:32,1:23,6:3:2 chr9 135470414 . T C 1528.8 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.326;QD=59.3708;RBI=0.00574284;REFB=0;REVB=0.00306145;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0218e-05;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:55:46:0:0:56:47:0:0 chr9 135554566 . G A 1023.91 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0582298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1713;QD=56.8837;RBI=0.061878;REFB=-0.0287221;REVB=-0.0209327;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122785;STB=0.506327;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0103794;OID=.;OPOS=135554566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:69:71:0.986111:38:31:0:1:39:32:0:1 chr9 135771332 . GA G,GG 425.18 PASS AF=0.969697,0;AO=22,7;DP=30;FAO=32,0;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18,0;FSAR=14,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.135931,-0.0880585;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=25.7075,20.185;QD=51.5374;RBI=0.174749,0.18314;REFB=-0.0159147,-0.11713;REVB=-0.109818,-0.160581;RO=1;SAF=15,2;SAR=7,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0298327,-0.173072;STB=0.513505,0.5;STBP=0.52,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0105191,0.00512952;OID=.,.;OPOS=135771333,135771333;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.969697,0:22,7:30:32,0:33:1:18,0:14,0:1:0:5:1:15,2:7,5:1:0 chr9 135771980 . GA G 160.93 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.035;QD=37.8651;RBI=0.295035;REFB=0;REVB=0.269934;RO=3;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243419;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0312868;OID=.;OPOS=135771981;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:17:17:17:0:8:9:0:0:3:3:8:4:0:3 chr9 135906434 . C T 70.1 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0371034;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.469;QD=14.7574;RBI=0.0413718;REFB=-0.0241773;REVB=0.018302;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293173;STB=0.517204;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0398273;OID=.;OPOS=135906434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:8:2:2:7:8:2 chr9 135930250 . G C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00648082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.555;QD=10.6346;RBI=0.0215066;REFB=0.00271895;REVB=-0.0205069;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442988;STB=0.776954;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00510672;OID=.;OPOS=135930250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:1:7:7:6:1:7:7:6 chr9 135930371 . G C 174.8 PASS AF=0.5;AO=15;DP=34;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0109146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.72;QD=18.3994;RBI=0.0150028;REFB=-0.00691282;REVB=0.0102935;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00583424;OID=.;OPOS=135930371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:38:17:19:15:19:0.5:7:8:8:9:10:9:9:10 chr9 135930467 . G A 248.23 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00893795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.657;QD=16.2776;RBI=0.0181111;REFB=-0.0181395;REVB=0.015752;RO=33;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313006;STB=0.517649;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0212836;OID=.;OPOS=135930467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:17:11:14:19:17:11:14:19 chr9 135930637 . G A 173.5 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0545512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.532;QD=20.4119;RBI=0.0556376;REFB=-0.00672416;REVB=0.0109411;RO=16;SAF=2;SAR=16;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114056;STB=0.563573;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0052088;OID=.;OPOS=135930637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:16:2:1:15:16:2:1:15 chr9 135930671 . C T 77.92 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0159289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.783;QD=14.1681;RBI=0.0500926;REFB=-0.0226095;REVB=0.0474925;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150374;STB=0.612713;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.035445;OID=.;OPOS=135930671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:12:10:10:0.454545:8:2:1:9:8:2:1:11 chr9 135930735 . T C 67.16 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410728;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.824;QD=38.3785;RBI=0.0653888;REFB=0;REVB=0.0508795;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159998;OID=.;OPOS=135930735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr9 135946599 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.203;QD=35.5758;RBI=0.03647;REFB=0;REVB=0.0329107;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144169;OID=.;OPOS=135946599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr9 135956743 . C T 334.77 PASS AF=1;AO=7;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122777;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.8924;QD=53.5637;RBI=0.136475;REFB=0;REVB=0.0595925;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00513314;OID=.;OPOS=135956743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:7:25:1:0:7:0:0:17:8:0:0 chr9 135957091 . A G 980.62 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127389;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.29;QD=59.4316;RBI=0.0220463;REFB=0;REVB=-0.0179933;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111086;OID=.;OPOS=135957091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr9 135960308 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.327;QD=37.4868;RBI=0.0304011;REFB=0;REVB=-0.00419902;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000707066;OID=.;OPOS=135960308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr9 135961809 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.777;QD=57.2026;RBI=0.0265432;REFB=0;REVB=0.0101787;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9989e-05;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr9 135968511 . C CTG 519.17 PASS AF=0.857143;AO=40;DP=52;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00881612;FXX=0.0576812;HRUN=2;LEN=2;MLLD=232.642;QD=42.3809;RBI=0.0126135;REFB=-0.0426566;REVB=0.00902084;RO=7;SAF=18;SAR=22;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112774;STB=0.557684;STBP=0.052;TYPE=ins;VARB=0.00330273;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:40:52:42:49:7:19:23:6:1:40:7:18:22:6:1 chr9 135974079 . G C 790.06 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661048;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.116;QD=64.4948;RBI=0.014278;REFB=0;REVB=0.0126556;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55521e-05;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr9 135974100 . G A 715.17 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00292504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.593;QD=60.8653;RBI=0.0424333;REFB=-0.0686357;REVB=0.0423324;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177403;STB=0.50943;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000370024;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:26:20:0:1:26:20:0:1 chr9 136004699 . G A 1361.8 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0236219;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.3;QD=59.2089;RBI=0.0240607;REFB=-0.0754583;REVB=0.00457406;RO=2;SAF=27;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338108;STB=0.52631;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000291615;OID=.;OPOS=136004699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:2:3:89:89:0.967391:62:27:2:0:62:27:3:0 chr9 136031346 . A G 564.92 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.598;QD=59.4656;RBI=0.0636815;REFB=0;REVB=0.0636535;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453381;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:28:7:0:0:31:7:0:0 chr9 136037742 . G A 976.95 PASS AF=0.985714;AO=63;DP=67;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0891263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8656;QD=55.8259;RBI=0.163417;REFB=0.0388157;REVB=0.136973;RO=2;SAF=33;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138569;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00301882;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:70:2:1:63:69:0.985714:30:33:1:1:34:35:1:0 chr9 136081283 . C T 171.22 PASS AF=0.258065;AO=24;DP=88;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00971176;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.3781;QD=7.36432;RBI=0.033702;REFB=-0.0236195;REVB=-0.0322724;RO=64;SAF=12;SAR=12;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378791;STB=0.526859;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0214276;OID=.;OPOS=136081283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:64:69:24:24:0.258065:12:12:30:34:12:12:32:37 chr9 136081289 . T C 199.01 PASS AF=0.27451;AO=25;DP=101;FAO=28;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0163986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.174;QD=7.80438;RBI=0.0250522;REFB=-0.00925772;REVB=-0.0189394;RO=69;SAF=14;SAR=11;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064654;STB=0.571378;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.033611;OID=.;OPOS=136081289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:69:74:25:28:0.27451:11:14:35:34:12:16:35:39 chr9 136081356 . T G 179.75 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=98;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=-0.0494447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.939;QD=7.33682;RBI=0.0567854;REFB=-0.00657755;REVB=-0.0279251;RO=72;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183797;STB=0.613776;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0424346;OID=.;OPOS=136081356;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:72:73:25:25:0.255102:13:12:24:48:13:12:24:49 chr9 136081362 . G A 159.67 PASS AF=0.247312;AO=22;DP=93;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.0863259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.441;QD=6.86772;RBI=0.0886192;REFB=-0.00181573;REVB=-0.0200299;RO=69;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194172;STB=0.624899;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0252106;OID=.;OPOS=136081362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:69:70:22:23:0.247312:12:10:21:48:12:11:22:48 chr9 136083580 . T G 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00818356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.796;QD=11.4256;RBI=0.04002;REFB=-0.000580733;REVB=0.0391744;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782587;STB=0.545412;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00148933;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:11:10:15:22:11:10:15:22 chr9 136131289 . C T 590.93 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.489;QD=56.2793;RBI=0.0642353;REFB=-0.187652;REVB=0.041417;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208334;STB=0.521728;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00296652;OID=.;OPOS=136131289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:41:42:1:2:39:40:0.952381:17:22:1:0:18:22:2:0 chr9 136131347 . G A 747.85 PASS AF=0.951613;AO=55;DP=61;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00898879;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.149;QD=48.2484;RBI=0.0104458;REFB=-0.233614;REVB=-0.00532125;RO=4;SAF=36;SAR=19;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216253;STB=0.517485;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00239647;OID=.;OPOS=136131347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:61:62:4:3:55:59:0.951613:19:36:2:2:20:39:1:2 chr9 136131437 . C T 638.02 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662502;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0688;QD=62.2454;RBI=0.0824598;REFB=0;REVB=0.0490971;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348835;OID=.;OPOS=136131437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr9 136131472 . A T 435.94 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.872;QD=54.4925;RBI=0.0141509;REFB=0.0232937;REVB=-0.0074251;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00036041;OID=.;OPOS=136131472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:1:0:11:20:1:0 chr9 136132873 . T C 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.799;QD=61.536;RBI=0.0388753;REFB=0;REVB=0.00865121;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52284e-05;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr9 136177993 . G A 1251.05 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150867;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.328;QD=61.0269;RBI=0.036724;REFB=0;REVB=0.036693;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391497;OID=.;OPOS=136177993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:36:44:0:0:37:45:0:0 chr9 136219448 . C G 823.18 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0606237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.659;QD=53.9791;RBI=0.0611715;REFB=-0.166187;REVB=0.00816796;RO=2;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024187;STB=0.512816;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000844049;OID=.;OPOS=136219448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:61:2:2:59:59:0.967213:38:21:0:2:38:21:0:2 chr9 136227260 . A G 1040.78 PASS AF=0.985714;AO=62;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713966;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.06;QD=59.4729;RBI=0.115069;REFB=0;REVB=0.0902412;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276471;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:70:0:0:62:69:0.985714:35:27:0:0:39:30:0:0 chr9 136237783 . C A 505.43 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562115;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.348;QD=59.4619;RBI=0.0562115;REFB=0;REVB=1.22937e-05;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201177;OID=.;OPOS=136237783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr9 136268038 . C T 1737.24 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547607;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9931;QD=60.9559;RBI=0.0696146;REFB=0;REVB=0.0429821;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004005;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:113:114:1:53:60:0:0:53:61:0:0 chr9 136277480 . A G 393.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.959;QD=56.1763;RBI=0.0364472;REFB=0;REVB=0.036152;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297659;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr9 136291063 . C T 1219.22 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00691128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.599;QD=56.7079;RBI=0.0604153;REFB=-0.0487236;REVB=0.0600187;RO=4;SAF=53;SAR=29;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100049;STB=0.505288;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.000305366;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:86:86:4:4:82:82:0.953488:29:53:3:1:29:53:3:1 chr9 136295290 . A C 952.69 PASS AF=0.945946;AO=65;DP=70;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00904719;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.6106;QD=51.4965;RBI=0.0270232;REFB=0.02884;REVB=0.0254637;RO=5;SAF=38;SAR=27;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300175;STB=0.509879;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00101261;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:70:74:5:4:65:70:0.945946:27:38:4:1:30:40:3:1 chr9 136304497 . A G 483.2 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.789;QD=58.5702;RBI=0.0157354;REFB=0;REVB=0.00040228;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011041;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr9 136308542 . C T 1495.14 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583313;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.841;QD=63.6232;RBI=0.0586193;REFB=0;REVB=0.00580378;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010048;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:52:42:0:0:52:42:0:0 chr9 136320698 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0400257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.635;QD=11.0198;RBI=0.041597;REFB=-0.016525;REVB=-0.0113247;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074933;STB=0.545312;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0222297;OID=.;OPOS=136320698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:1:7:5:1:1:7 chr9 136328657 . T C 606.25 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0647517;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.106;QD=60.6246;RBI=0.0837924;REFB=0;REVB=0.0531825;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374308;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:21:19:0:0 chr9 136330519 . G C 265.2 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0242105;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1931;QD=12.7808;RBI=0.076343;REFB=-0.0169008;REVB=0.0724024;RO=52;SAF=14;SAR=17;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320067;STB=0.518362;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0320298;OID=.;OPOS=136330519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:52:52:31:31:0.373494:17:14:25:27:17:14:25:27 chr9 136340200 . T G 699.78 PASS AF=0.978261;AO=42;DP=44;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271403;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.299;QD=60.8505;RBI=0.0564502;REFB=-0.0223455;REVB=0.0494978;RO=2;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719999;STB=0.517234;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000210141;OID=.;OPOS=136340200;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:46:2:1:42:45:0.978261:12:30:0:2:14:31:0:1 chr9 136379890 . A G 538.45 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.367;QD=59.8283;RBI=0.0138519;REFB=0;REVB=-0.00848588;RO=0;SAF=7;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12976e-05;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:29:7:0:0:29:7:0:0 chr9 136402577 . CT CG,C 88.91 PASS AF=0,0.316667;AO=5,15;DP=60;FAO=0,19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=0,17;FSAR=0,2;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0617996,-0.000625485;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.54,16.2012;QD=5.92741;RBI=0.099563,0.0890956;REFB=-0.0356602,-0.0693986;REVB=-0.0780616,-0.0890934;RO=36;SAF=5,12;SAR=0,3;SRF=12;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.694277,0.530316;STB=0.5,0.873862;STBP=1,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0784675,0.125551;OID=.,.;OPOS=136402578,136402578;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.316667:5,15:60:0,19:60:41:0,17:0,2:16:25:84:36:5,12:0,3:12:24 chr9 136518097 . A G 1695.04 PASS AF=0.991304;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00762243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.051;QD=58.9579;RBI=0.0100996;REFB=0.0311592;REVB=-0.0066258;RO=0;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-7.61541e-05;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:115:0:1:112:114:0.991304:54:58:0:0:55:59:1:0 chr9 136536679 . G A 765.96 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0137;QD=63.8297;RBI=0.111068;REFB=0;REVB=0.109014;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851173;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:22:24:0:0:24:24:0:0 chr9 136536793 . C G 1361.45 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0190659;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.3609;QD=61.1889;RBI=0.0195279;REFB=-0.000201292;REVB=0.00422253;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-5.15913e-05;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:89:0:1:86:88:0.988764:55:31:0:0:55:33:0:1 chr9 136555623 . C T 177.71 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.000141215;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.767;QD=12.2557;RBI=0.0100929;REFB=-0.00152543;REVB=-0.0100919;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969754;STB=0.574065;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0065664;OID=.;OPOS=136555623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:36:22:22:0.37931:13:9:17:17:13:9:19:17 chr9 136555629 . T C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0120662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.014;QD=13.4055;RBI=0.0148417;REFB=-0.00671316;REVB=0.00864195;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682366;STB=0.539136;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00647724;OID=.;OPOS=136555629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:13:10:17:17:13:10:17:17 chr9 136559460 . C T 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0641313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.614;QD=19.0005;RBI=0.0651702;REFB=-0.000536903;REVB=0.01159;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339574;STB=0.694412;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000487717;OID=.;OPOS=136559460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:13:4:10:7:13:4:10:7 chr9 136573412 . G A 589.73 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0221588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.233;QD=24.0704;RBI=0.0238875;REFB=-0.0465591;REVB=-0.0089221;RO=44;SAF=40;SAR=14;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278739;STB=0.653753;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0271851;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:54:54:0.55102:14:40:19:25:14:40:19:25 chr9 136599146 . C T 1215.62 PASS AF=0.461818;AO=127;DP=275;FAO=127;FDP=275;FR=.;FRO=148;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=79;FSRR=69;FWDB=0.00668964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.686;QD=17.6818;RBI=0.0359929;REFB=-0.0225613;REVB=0.0353658;RO=146;SAF=68;SAR=59;SRF=78;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.001155;STB=0.500892;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0261017;OID=.;OPOS=136599146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:146:148:127:127:0.461818:59:68:78:68:59:68:79:69 chr9 136628770 . T C 1100.45 PASS AF=1;AO=63;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.643;QD=59.4836;RBI=0.0335833;REFB=0;REVB=0.0335208;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13711e-05;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:63:74:1:24:39:0:0:30:44:0:0 chr9 136628771 . G C 56.67 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.00520635;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.9629;QD=3.06318;RBI=0.081792;REFB=-0.049782;REVB=0.0816261;RO=63;SAF=5;SAR=6;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202566;STB=0.637444;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0195326;OID=.;OPOS=136628771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:63:63:11:11:0.148649:6:5:39:24:6:5:39:24 chr9 136898627 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0195378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.555;QD=13.4411;RBI=0.0196184;REFB=-0.0165732;REVB=-0.00177705;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603878;STB=0.535642;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0302935;OID=.;OPOS=136898627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:7:6:4:6:7:6 chr9 136907005 . G A 212.33 PASS AF=0.423077;AO=19;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.120834;FXX=0.0188644;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.3045;QD=16.3332;RBI=0.127839;REFB=-0.12461;REVB=-0.0417374;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165394;STB=0.603572;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0744422;OID=.;OPOS=136907005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:17:26:19:22:0.423077:11:8:4:13:13:9:6:20 chr9 136913355 . T C 288.0 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0140884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.09;QD=18.5809;RBI=0.0282102;REFB=-0.0306871;REVB=0.0244404;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891329;STB=0.549807;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0256017;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:12:19:16:15:12:19:16:15 chr9 137271318 . C A 772.86 PASS AF=0.95082;AO=56;DP=60;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0624321;FXX=0.0161264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=92.2619;QD=50.6792;RBI=0.0662244;REFB=-0.0416936;REVB=0.0220887;RO=4;SAF=25;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679184;STB=0.511771;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00357991;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:61:4:3:56:58:0.95082:31:25:2:2:33:25:2:1 chr9 137293761 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278226;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.125;QD=42.1806;RBI=0.0284585;REFB=0;REVB=0.00598255;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7881e-05;OID=.;OPOS=137293761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr9 137332311 . T G 1900.95 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.956;QD=61.3209;RBI=0.0290532;REFB=0;REVB=0.028938;RO=0;SAF=55;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129908;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:122:124:1:67:55:0:0:68:56:0:0 chr9 137630587 . T C 137.29 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0143042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0662;QD=11.2074;RBI=0.0156637;REFB=-0.00643608;REVB=0.00638298;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515226;STB=0.530574;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0135973;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:8:8:18:15:8:8:18:15 chr9 137674589 . T C 66.01 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0287349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.097;QD=9.77941;RBI=0.0305347;REFB=-0.03658;REVB=-0.0103283;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.621397;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0660093;OID=.;OPOS=137674589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:27:27:16:18:9:9:0.333333:2:7:14:2:2:7:16:2 chr9 137686906 . C T 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.249;QD=59.5017;RBI=0.0325854;REFB=0;REVB=0.0126398;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49013e-05;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:25:44:0:0:25:44:0:0 chr9 137690318 . AG GT,TG 225.77 PASS AF=0,0.471698;AO=2,19;DP=51;FAO=0,25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=0,5;FSAR=0,20;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0433386,0.0510264;FXX=0.036357;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=58.6037,53.1919;QD=17.039;RBI=0.058893,0.0653571;REFB=0.000528593,-0.00735266;REVB=-0.0398767,0.0408393;RO=21;SAF=1,4;SAR=1,15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.116694,-0.202485;STB=0.5,0.633545;STBP=1,0.107;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0250056;OID=.,.;OPOS=137690318,137690318;OREF=AG,A;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:51:53:21:28:2,19:0,25:0,0.471698:1,15:1,4:8:13:0,20:0,5:11:17 chr9 137708934 . T G 138.95 PASS AF=0.555556;AO=12;DP=29;FAO=15;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.031888;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6088;QD=20.5847;RBI=0.0364644;REFB=-0.0350813;REVB=-0.0176865;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0298576;OID=.;OPOS=137708934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:27:13:12:12:15:0.555556:5:7:9:4:5:10:8:4 chr9 137711997 . G C 371.39 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0333256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6319;QD=30.3179;RBI=0.0356633;REFB=-0.0366151;REVB=0.0126994;RO=17;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264876;STB=0.635673;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0196852;OID=.;OPOS=137711997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:17:18:31:31:0.632653:20:11:13:4:20:11:13:5 chr9 137735592 . G A 358.03 PASS AF=0.5;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0353972;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.565;QD=19.3527;RBI=0.0376795;REFB=-0.0208155;REVB=-0.0129146;RO=36;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125;STB=0.567335;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0385048;OID=.;OPOS=137735592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:36:37:36:37:0.5:18:18:13:23:18:19:14:23 chr9 137775139 . A G 850.87 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4778;QD=57.6861;RBI=0.0508295;REFB=0;REVB=-0.0424622;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000758457;OID=.;OPOS=137775139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr9 137775155 . T C 817.41 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.792;QD=57.3623;RBI=0.0284953;REFB=0;REVB=-0.0185757;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.16797e-05;OID=.;OPOS=137775155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:24:33:0:0 chr9 137779152 . G A 353.72 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0530739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5982;QD=18.6166;RBI=0.0596588;REFB=-0.0185154;REVB=-0.0272459;RO=39;SAF=25;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205981;STB=0.615148;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0202961;OID=.;OPOS=137779152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:12:25:18:21:12:25:18:21 chr9 137801014 . G A 181.43 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00844578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.787;QD=16.4937;RBI=0.0276112;REFB=-0.0277218;REVB=-0.0262878;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853572;STB=0.548875;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0311715;OID=.;OPOS=137801014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:11:14:9:10:11:14 chr9 137801314 . A G 178.1 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0331333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.89;QD=10.4764;RBI=0.034782;REFB=-0.0112464;REVB=-0.0105816;RO=43;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07227;STB=0.538732;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0201646;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:43:45:23:23:0.338235:13:10:16:27:13:10:17:28 chr9 137801800 . T C 406.73 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.016449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5421;QD=20.0853;RBI=0.0364592;REFB=0.0144583;REVB=0.0325378;RO=41;SAF=26;SAR=14;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279895;STB=0.663987;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0145735;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:40:40:41:0.506173:14:26:14:27:14:27:13:27 chr9 137968919 . G A,GAA 1210.42 PASS AF=0.0125,0.9875;AO=4,65;DP=82;FAO=1,79;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=1,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191679,0.0157649;FXX=0.0123442;HRUN=2,0;LEN=1,2;MLLD=23.323,230.187;QD=60.5212;RBI=0.102156,0.0341371;REFB=0,0;REVB=0.100342,0.0302788;RO=5;SAF=1,35;SAR=3,30;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0609289,0.0456537;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0346295,0.000435921;OID=.,.;OPOS=137968919,137968920;OREF=G,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:82:80:5:0:4,65:1,79:0.0125,0.9875:3,30:1,35:1:4:1,41:0,38:0:0 chr9 137978552 . A G 454.78 PASS AF=0.632353;AO=42;DP=66;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0358322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9266;QD=26.7515;RBI=0.0398223;REFB=-0.0165581;REVB=-0.0173744;RO=24;SAF=26;SAR=16;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250715;STB=0.510912;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.011032;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:24:25:42:43:0.632353:16:26:14:10:16:27:15:10 chr9 137982127 . T C 324.17 PASS AF=0.444444;AO=29;DP=74;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0136648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.88;QD=16.0085;RBI=0.0218133;REFB=-0.0323942;REVB=0.0170027;RO=44;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066825;STB=0.544529;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0435945;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:81:44:45:29:36:0.444444:16:13:20:24:22:14:21:24 chr9 138236031 . A G 649.48 PASS AF=0.509804;AO=47;DP=104;FAO=52;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0156341;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.017;QD=25.4697;RBI=0.0188245;REFB=-0.0177811;REVB=-0.0104851;RO=32;SAF=15;SAR=32;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967668;STB=0.541671;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0100344;OID=.;OPOS=138236031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:32:33:47:52:0.509804:32:15:14:18:35:17:14:19 chr9 138236212 . T G 1580.78 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.639;QD=63.8701;RBI=0.0285277;REFB=0;REVB=0.0181022;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10115e-06;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:99:0:0:95:99:1:54:41:0:0:55:44:0:0 chr9 138376649 . T C 239.9 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.013871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7405;QD=14.3223;RBI=0.0511526;REFB=0.000424788;REVB=0.049236;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342345;STB=0.519467;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.000144236;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:12:16:21:18:12:16:21:18 chr9 138376972 . A G 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.000514894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.978;QD=27.859;RBI=0.094202;REFB=-0.0266312;REVB=-0.0942006;RO=8;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013827;STB=0.507683;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0089199;OID=.;OPOS=138376972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:6:11:5:3:6:11:5:3 chr9 138377657 . T C 598.14 PASS AF=0.525862;AO=59;DP=115;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=49;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00802667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.397;QD=20.6254;RBI=0.0254467;REFB=-0.00387282;REVB=0.0241476;RO=53;SAF=47;SAR=12;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333372;STB=0.682385;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00313052;OID=.;OPOS=138377657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:53:55:59:61:0.525862:12:47:25:28:12:49:27:28 chr9 138377853 . A G 259.0 PASS AF=0.518519;AO=24;DP=50;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0561936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.113;QD=19.1852;RBI=0.0585122;REFB=-0.0360269;REVB=0.0163082;RO=26;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136499;STB=0.515141;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0271901;OID=.;OPOS=138377853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:26:26:24:28:0.518519:7:17:15:11:11:17:15:11 chr9 138378856 . A G 380.78 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.024413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.478;QD=19.5273;RBI=0.0381891;REFB=-0.0294864;REVB=-0.0293668;RO=39;SAF=15;SAR=24;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179819;STB=0.599082;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0223149;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:24:15:8:31:24:15:8:31 chr9 138379002 . T G 252.31 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.601;QD=50.4614;RBI=0.0973221;REFB=0;REVB=0.0947266;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886428;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:7:13:0:0 chr9 138379419 . C T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0800495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.489;QD=21.0074;RBI=0.0803387;REFB=-0.0106723;REVB=0.00681055;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233393;STB=0.63144;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0155374;OID=.;OPOS=138379419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:7:12:6:11:7:12:6:11 chr9 138380264 . T C 234.21 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0188085;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.89;QD=18.369;RBI=0.0262969;REFB=-0.0247971;REVB=0.0183784;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122443;STB=0.568696;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0219613;OID=.;OPOS=138380264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:16:10:13:12:16:10 chr9 138391299 . T A 676.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3502;QD=61.4772;RBI=0.0668169;REFB=0;REVB=0.0666875;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628815;OID=.;OPOS=138391299;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:12:29:0:0:15:29:0:0 chr9 138440525 . C G 413.47 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0149667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.002;QD=22.0515;RBI=0.026718;REFB=-0.0160065;REVB=0.0221326;RO=33;SAF=15;SAR=26;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193545;STB=0.506326;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0300174;OID=.;OPOS=138440525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:34:41:41:0.546667:26:15:12:21:26:15:12:22 chr9 138440527 . T C 431.93 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00644666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.295;QD=23.0364;RBI=0.00713707;REFB=-0.00856202;REVB=-0.0030624;RO=32;SAF=15;SAR=27;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115187;STB=0.503104;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0151804;OID=.;OPOS=138440527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:33:42:42:0.56:27:15:11:21:27:15:12:21 chr9 138440641 . T C 767.15 PASS AF=1;AO=42;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4055;QD=63.9293;RBI=0.0758518;REFB=0;REVB=0.0180211;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179165;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:42:48:1:31:11:0:0:32:16:0:0 chr9 138456155 . C A 71.91 PASS AF=0.261905;AO=9;DP=41;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00328575;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.001;QD=6.84885;RBI=0.00908358;REFB=-0.0191547;REVB=-0.00846849;RO=31;SAF=1;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538093;STB=0.687429;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0595389;OID=.;OPOS=138456155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:42:31:31:9:11:0.261905:8:1:16:15:8:3:16:15 chr9 138457209 . C G 221.75 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0104088;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4387;QD=17.3918;RBI=0.0149928;REFB=-0.026945;REVB=0.0107908;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520842;STB=0.529387;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0364069;OID=.;OPOS=138457209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:15:12:12:12:15:12 chr9 138457475 . CTG CCG,CG,CGT 235.1 PASS AF=0.0227273,0.477273,0.0454545;AO=3,18,2;DP=45;FAO=1,21,2;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=0,4,0;FSAR=1,17,2;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0395504,0.0413228,0.0405251;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=300.152,304.605,306.333;QD=21.3725;RBI=0.0396319,0.0414103,0.040556;REFB=-0.00689221,-0.00707966,-0.00618983;REVB=-0.00253958,-0.00269118,-0.0015837;RO=20;SAF=0,3,0;SAR=3,15,2;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.528374,-0.187089,-0.438113;STB=0.985146,0.544439,0.992355;STBP=0.497,0.632,0.352;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0160583,0.00095884,0.0316087;OID=.,.,.;OPOS=138457476,138457476,138457476;OREF=T,T,TG;OALT=C,-,GT;OMAPALT=CCG,CG,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0227273,0.477273,0.0454545:3,18,2:45:1,21,2:44:20:0,4,0:1,17,2:5:15:99:20:0,3,0:3,15,2:6:14 chr9 138458462 . C T 613.79 PASS AF=0.435897;AO=68;DP=155;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=59;FWDB=0.0493706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1998;QD=15.7382;RBI=0.0495781;REFB=0.0246668;REVB=0.00453111;RO=87;SAF=31;SAR=37;SRF=29;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126235;STB=0.572728;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0288135;OID=.;OPOS=138458462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:87:88:68:68:0.435897:37:31:29:58:37:31:29:59 chr9 138458570 . C T 1088.49 PASS AF=0.470339;AO=111;DP=235;FAO=111;FDP=236;FR=.;FRO=125;FSAF=69;FSAR=42;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=-0.00880815;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.821;QD=18.449;RBI=0.0190434;REFB=-0.0172736;REVB=-0.016884;RO=122;SAF=69;SAR=42;SRF=68;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636607;STB=0.538455;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0174337;OID=.;OPOS=138458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:236:122:125:111:111:0.470339:42:69:68:54:42:69:69:56 chr9 138515991 . A G 213.5 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00741635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4474;QD=16.1134;RBI=0.0315621;REFB=-0.00113333;REVB=-0.0306784;RO=29;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233088;STB=0.63271;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000679271;OID=.;OPOS=138515991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:17:7:15:14:17:7:15:14 chr9 138516190 . T C 203.29 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0563135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0279;QD=14.2661;RBI=0.0577761;REFB=0.0151357;REVB=-0.0129177;RO=33;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994971;STB=0.556913;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.022736;OID=.;OPOS=138516190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:16:8:14:19:16:8:14:19 chr9 138518010 . A G 1054.09 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.139;QD=59.3854;RBI=0.023968;REFB=0;REVB=0.00107882;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11089e-05;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:34:33:0:0:35:36:0:0 chr9 138523332 . C A 884.52 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.118;QD=58.001;RBI=0.0354825;REFB=0;REVB=0.0301519;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94605e-05;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:30:27:0:0:33:28:0:0 chr9 138530995 . AG AGA,GA 44.78 PASS AF=0.0888889,0.0177778;AO=26,10;DP=228;FAO=20,4;FDP=225;FR=.;FRO=201;FSAF=17,3;FSAR=3,1;FSRF=83;FSRR=118;FWDB=-0.0406879,-0.046517;FXX=0;HRUN=0,5;LEN=1,2;MLLD=112.379,119.393;QD=0.796049;RBI=0.0409995,0.0465623;REFB=-0.00211846,-0.00180559;REVB=-0.00504518,-0.00205369;RO=184;SAF=23,9;SAR=3,1;SRF=68;SRR=116;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.604076,0.481965;STB=0.872374,0.804497;STBP=0.001,0.31;TYPE=ins,mnp;VARB=0.128246,0.208264;OID=.,.;OPOS=138530997,138530995;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:228:225:184:201:26,10:20,4:0.0888889,0.0177778:3,1:23,9:68:116:3,1:17,3:83:118 chr9 138586198 . G A 355.89 PASS AF=0.903226;AO=26;DP=29;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0125904;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=179.71;QD=45.9207;RBI=0.0335696;REFB=-0.0849488;REVB=0.0311191;RO=3;SAF=14;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896665;STB=0.545422;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000920023;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:29:31:3:3:26:28:0.903226:12:14:3:0:13:15:3:0 chr9 138586966 . GC AA 1718.81 PASS AF=1;AO=110;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205838;FXX=0.0173898;HRUN=4;LEN=2;MLLD=157.126;QD=60.8428;RBI=0.0231997;REFB=0;REVB=0.0107021;RO=0;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.81618e-05;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:110:113:1:46:64:0:0:46:67:0:0 chr9 138590928 . C T 151.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.020131;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.4708;QD=18.9175;RBI=0.0235233;REFB=-0.0214663;REVB=0.0121692;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140286;STB=0.539948;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0212737;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:16:11:16:0.5:4:7:10:3:4:12:11:5 chr9 138591266 . A G 255.69 PASS AF=0.375;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0112647;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.794;QD=12.7846;RBI=0.0126847;REFB=-0.0171129;REVB=-0.00583166;RO=45;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643483;STB=0.545926;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0300483;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:45:50:30:30:0.375:19:11:14:31:19:11:15:35 chr9 138714857 . C G 327.4 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00229664;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.879;QD=17.4614;RBI=0.0134626;REFB=-0.0062122;REVB=0.0132652;RO=40;SAF=24;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907918;STB=0.55099;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00925147;OID=.;OPOS=138714857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:40:35:35:0.466667:11:24:24:16:11:24:24:16 chr9 138838140 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.22;QD=56.7065;RBI=0.00548234;REFB=0;REVB=0.00512904;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64821e-05;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr9 138898893 . C G 1380.07 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020151;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.988;QD=61.3364;RBI=0.0250508;REFB=-0.134064;REVB=-0.0148821;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.505153;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000242064;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:0:1:89:89:0.988889:48:41:0:0:48:41:0:1 chr9 138903671 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.823;QD=45.8054;RBI=0.0397874;REFB=0;REVB=0.003966;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759538;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr9 138905136 . C T 457.14 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00955553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.816;QD=15.4962;RBI=0.00956195;REFB=-0.0114925;REVB=0.00035028;RO=66;SAF=27;SAR=24;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753029;STB=0.546251;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0146172;OID=.;OPOS=138905136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:67:51:51:0.432203:24:27:30:36:24:27:30:37 chr9 139118673 . T C 310.39 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0202853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6712;QD=23.4255;RBI=0.0325406;REFB=0.0390192;REVB=-0.0254439;RO=21;SAF=12;SAR=19;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420038;STB=0.510303;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.0294709;OID=.;OPOS=139118673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:22:31:31:0.584906:19:12:7:14:19:12:8:14 chr9 139142710 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.436;QD=40.7626;RBI=0.0525298;REFB=0;REVB=0.00202254;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043155;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr9 139142808 . T C 660.68 PASS AF=0.9;AO=44;DP=49;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0174286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8152;QD=52.8545;RBI=0.0443578;REFB=-0.0310598;REVB=0.0407904;RO=5;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794282;STB=0.542354;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.022383;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:49:50:5:5:44:45:0.9:27:17:0:5:27:18:0:5 chr9 139235480 . CTC CGT,CT,GCT 239.36 PASS AF=0,0.571429,0;AO=5,17,6;DP=51;FAO=0,28,0;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=0,4,0;FSAR=0,24,0;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=-0.00165725,0.0218913,0.0116817;FXX=0.039208;HRUN=1,4,1;LEN=2,1,3;MLLD=44.3301,15.3203,13.6595;QD=19.5393;RBI=0.0250752,0.0883941,0.0116955;REFB=-0.0166312,-0.00799637,-0.0592134;REVB=-0.0250203,0.0856405,-0.000567259;RO=17;SAF=0,4,0;SAR=5,13,6;SRF=2;SRR=15;SSEN=0,0.306569,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.60927,0.159605,-0.644598;STB=0.5,0.544274,0.5;STBP=1,0.668,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,-0.0673505,0;OID=.,.,.;OPOS=139235481,139235482,139235480;OREF=TC,C,CTC;OALT=GT,-,GCT;OMAPALT=CGT,CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:51:49:17:21:5,17,6:0,28,0:0,0.571429,0:5,13,6:0,4,0:2:15:0,24,0:0,4,0:2:19 chr9 139235526 . C A 197.59 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0125405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.252;QD=18.8185;RBI=0.017048;REFB=-0.0242006;REVB=0.0115486;RO=22;SAF=3;SAR=17;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547913;STB=0.531217;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0468164;OID=.;OPOS=139235526;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:17:3:4:18:17:3:4:18 chr9 139235590 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0175909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.988;QD=9.44487;RBI=0.0248406;REFB=-0.0100194;REVB=0.0175389;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203317;STB=0.624609;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0163512;OID=.;OPOS=139235590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:3:7:3:3:3:7 chr9 139252495 . G A 2893.64 PASS AF=1;AO=183;DP=185;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495433;FXX=0.0161282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.757;QD=63.2489;RBI=0.0783935;REFB=0;REVB=0.0607536;RO=0;SAF=75;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22025e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158904;OID=.;OPOS=139252495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:183:0:0:183:183:1:108:75:0:0:108:75:0:0 chr9 139256468 . C G 682.18 PASS AF=0.489209;AO=68;DP=140;FAO=68;FDP=139;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.00039014;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.695;QD=19.631;RBI=0.00645394;REFB=-0.0102769;REVB=0.00644213;RO=70;SAF=29;SAR=39;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158825;STB=0.584029;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0111982;OID=.;OPOS=139256468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:70:71:68:68:0.489209:39:29:42:28:39:29:42:29 chr9 139256535 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGGT 758.39 PASS AF=0.551724,0.448276;AO=18,32;DP=123;FAO=64,52;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=31,30;FSAR=33,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.700686,0.00143666;FXX=0.0491763;HRUN=5,4;LEN=1,1;MLLD=4.84342,180.254;QD=26.1514;RBI=0.700831,0.00745039;REFB=0.00163473,0.049135;REVB=0.0142295,0.00731056;RO=26;SAF=0,21;SAR=18,11;SRF=22;SRR=4;SSEN=0.349206,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.865647,-0.182773;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.163981,0.0321749;OID=.,.;OPOS=139256536,139256541;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.551724,0.448276:18,32:123:64,52:116:0:31,30:33,22:0:0:99:26:0,21:18,11:22:4 chr9 139261991 . A G 68.81 PASS AF=0.5;AO=10;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.107517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6818;QD=15.2918;RBI=0.121867;REFB=0.0296274;REVB=-0.0573741;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0983417;OID=.;OPOS=139261991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:10:9:0.5:5:5:4:4:4:5:4:5 chr9 139262395 . C T 577.16 PASS AF=0.64557;AO=51;DP=80;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0136117;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2867;QD=29.2231;RBI=0.0363632;REFB=-0.00827704;REVB=0.0337195;RO=25;SAF=26;SAR=25;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180957;STB=0.516123;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00457088;OID=.;OPOS=139262395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:25:28:51:51:0.64557:25:26:12:13:25:26:13:15 chr9 139266405 . G A 456.58 PASS AF=0.473214;AO=47;DP=103;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00591747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.316;QD=16.3062;RBI=0.0467574;REFB=-0.0161114;REVB=-0.0463814;RO=56;SAF=22;SAR=25;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371522;STB=0.521642;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0204334;OID=.;OPOS=139266405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:112:56:59:47:53:0.473214:25:22:26:30:30:23:28:31 chr9 139266496 . C T 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00353273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.046;QD=20.7237;RBI=0.0270173;REFB=-0.0412989;REVB=0.0267854;RO=31;SAF=10;SAR=27;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172043;STB=0.584789;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0238288;OID=.;OPOS=139266496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:33:37:37:0.528571:27:10:14:17:27:10:14:19 chr9 139272058 . A G 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0448483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2384;QD=16.7543;RBI=0.0457274;REFB=0.00729709;REVB=0.00892312;RO=28;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012813;STB=0.50724;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0127977;OID=.;OPOS=139272058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:16:8:9:19:16:8:9:19 chr9 139273238 . A AG 42.65 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=13.201;QD=28.4344;RBI=0.297079;REFB=0;REVB=0.297079;RO=2;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0601917;OID=.;OPOS=139273239;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:6:6:6:0:0:6:0:0:4:2:0:4:0:2 chr9 139273288 . C T 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.125457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1987;QD=14.6536;RBI=0.128333;REFB=-0.0389958;REVB=-0.0270172;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247547;STB=0.651594;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0420934;OID=.;OPOS=139273288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:2:3:5:1:2:3 chr9 139273402 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00562024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.41;QD=17.0327;RBI=0.0192562;REFB=-0.00626011;REVB=-0.0184178;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210182;STB=0.620552;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0102068;OID=.;OPOS=139273402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:10:12:6:12:10:12 chr9 139275294 . G C 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00554402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.088;QD=5.78779;RBI=0.0200269;REFB=-0.0120209;REVB=0.0192442;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045161;STB=0.529329;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0393224;OID=.;OPOS=139275294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:9:14:4:3:9:14 chr9 139279173 . G A 138.96 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0218401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.147;QD=19.8513;RBI=0.0260918;REFB=-0.0193422;REVB=0.0142754;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244954;STB=0.640013;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0166201;OID=.;OPOS=139279173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:4:11:6:7:4:11:6:7 chr9 139289825 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0174949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.283;QD=18.8207;RBI=0.0262547;REFB=-0.039177;REVB=-0.0195765;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174365;STB=0.624787;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0213194;OID=.;OPOS=139289825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:9:10:12:12:0.545455:8:4:5:4:8:4:6:4 chr9 139298580 . C T 256.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00420045;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.208;QD=19.7484;RBI=0.00430249;REFB=-0.0249217;REVB=-0.000931501;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00127697;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232484;OID=.;OPOS=139298580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:25:27:27:0.519231:14:13:12:13:14:13:12:13 chr9 139298593 . A G 283.1 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0184546;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.634;QD=21.3658;RBI=0.0588415;REFB=-0.0274471;REVB=-0.0558726;RO=24;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296995;STB=0.523544;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0244125;OID=.;OPOS=139298593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:28:29:0.54717:15:13:12:12:16:13:12:12 chr9 139299637 . C T 237.13 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00192225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.848;QD=19.7611;RBI=0.0231153;REFB=0.000815151;REVB=-0.0230352;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14923;STB=0.583735;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0012796;OID=.;OPOS=139299637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:10:13:18:7:10:13:18:7 chr9 139306467 . C T 557.6 PASS AF=0.422535;AO=60;DP=142;FAO=60;FDP=142;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=61;FWDB=-0.0255523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9815;QD=15.7069;RBI=0.0940614;REFB=-0.010968;REVB=-0.0905242;RO=80;SAF=19;SAR=41;SRF=20;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081591;STB=0.54163;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0204877;OID=.;OPOS=139306467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:80:82:60:60:0.422535:41:19:20:60:41:19:21:61 chr9 139316601 . C T 170.11 PASS AF=0.6;AO=16;DP=28;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.103784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4762;QD=22.6808;RBI=0.104229;REFB=-0.0364795;REVB=0.00962401;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219838;STB=0.600722;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0511437;OID=.;OPOS=139316601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:30:12:12:16:18:0.6:12:4:6:6:13:5:6:6 chr9 139324740 . C T 371.19 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00830493;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.111;QD=22.4963;RBI=0.00998294;REFB=-0.00905746;REVB=-0.00553961;RO=29;SAF=25;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217375;STB=0.620121;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00663712;OID=.;OPOS=139324740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:29:29:37:37:0.560606:12:25:12:17:12:25:12:17 chr9 139327034 . A G 384.62 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0329774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4776;QD=20.7902;RBI=0.0620051;REFB=-0.0263589;REVB=-0.0525084;RO=34;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637283;STB=0.541327;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0226308;OID=.;OPOS=139327034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:35:39:39:0.527027:19:20:20:14:19:20:21:14 chr9 139327439 . A G 104.93 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0283493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.777;QD=11.3439;RBI=0.0578134;REFB=-0.0187309;REVB=-0.0503856;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769089;STB=0.545388;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0288008;OID=.;OPOS=139327439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:4:9:18:6:4:9:18:6 chr9 139328551 . T C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00139482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.974;QD=22.5856;RBI=0.00175969;REFB=-0.0298404;REVB=0.00107285;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244871;STB=0.636158;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0188678;OID=.;OPOS=139328551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:3:8:6:0:3:8:6:0 chr9 139343718 . TCTG TTG,TTGT,TTTG 614.18 PASS AF=0.170732,0,0.829268;AO=7,3,30;DP=42;FAO=7,0,34;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,14;FSAR=2,0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0948015,0.0823297,0.0716685;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=178.433,141.229,185.142;QD=59.9203;RBI=0.0948015,0.0826559,0.0716726;REFB=0,0,0;REVB=-2.34885e-05,-0.00733654,-0.000772384;RO=0;SAF=6,3,9;SAR=1,0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.00661779,-0.000775476,0.00721394;OID=.,.,.;OPOS=139343719,139343719,139343719;OREF=C,CTG,C;OALT=-,TGT,T;OMAPALT=TTG,TTGT,TTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.170732,0,0.829268:7,3,30:42:7,0,34:41:0:5,0,14:2,0,20:0:0:24:0:6,3,9:1,0,21:0:0 chr9 139371234 . G A 183.08 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0173229;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.475;QD=17.0311;RBI=0.0234571;REFB=-0.0232863;REVB=0.0158163;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662337;STB=0.537857;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0215329;OID=.;OPOS=139371234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:13:11:10:9:13:11 chr9 139371786 . A C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00709787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.815;QD=22.5856;RBI=0.0128961;REFB=-0.0407893;REVB=0.010767;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886587;STB=0.550468;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0191495;OID=.;OPOS=139371786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:7:4:3:3:7:4:3:3 chr9 139380320 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00168537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.643;QD=7.62915;RBI=0.0201306;REFB=-0.0165712;REVB=-0.0200599;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486163;STB=0.799314;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0465487;OID=.;OPOS=139380320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:14:6:6:2:14:6 chr9 139391636 . G A 2805.6 PASS AF=1;AO=174;DP=177;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539614;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.206;QD=62.6949;RBI=0.0221893;REFB=0;REVB=0.0215231;RO=0;SAF=87;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23782e-05;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:179:0:0:174:179:1:87:87:0:0:91:88:0:0 chr9 139397707 . G A 776.15 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0560506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.077;QD=53.5275;RBI=0.0987955;REFB=-0.128349;REVB=0.0813565;RO=2;SAF=29;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314024;STB=0.516123;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00158045;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:58:2:2:55:56:0.965517:26:29:2:0:26:30:2:0 chr9 139402760 . G A 393.29 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0697189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4927;QD=22.4739;RBI=0.108397;REFB=-0.037346;REVB=0.0830005;RO=31;SAF=24;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823774;STB=0.545431;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0317804;OID=.;OPOS=139402760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:15:24:16:15:15:24:16:15 chr9 139407932 . A G 227.3 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00909239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.373;QD=17.1546;RBI=0.0120878;REFB=-0.000747477;REVB=-0.0079651;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757569;STB=0.542822;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000871448;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:17:8:11:17:17:8:11:17 chr9 139418260 . A G 45.32 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0421954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.881;QD=7.88097;RBI=0.0511252;REFB=-0.00654753;REVB=0.0288675;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.599657;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00873571;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:23:14:15:6:6:0.26087:4:2:6:8:4:2:7:8 chr9 139616742 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.873;QD=57.2024;RBI=0.048193;REFB=0;REVB=0.00941854;RO=0;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156123;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:26:4:0:0:26:4:0:0 chr9 139617662 . T C 88.04 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.5557;QD=39.13;RBI=0.161996;REFB=0;REVB=0.152124;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00608766;OID=.;OPOS=139617662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr9 139634495 . G A 695.54 PASS AF=1;AO=42;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155334;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.325;QD=63.2305;RBI=0.055832;REFB=0;REVB=0.0536277;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136976;OID=.;OPOS=139634495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:42:44:1:21:21:0:0:23:21:0:0 chr9 139635430 . C T 619.11 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434139;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.335;QD=61.9105;RBI=0.0436433;REFB=0;REVB=0.00446909;RO=0;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603921;OID=.;OPOS=139635430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:32:8:0:0:32:8:0:0 chr9 139648918 . T G 253.42 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283528;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1531;QD=50.683;RBI=0.0892454;REFB=0;REVB=0.0846218;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205492;OID=.;OPOS=139648918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:3:16:0:0:4:16:0:0 chr9 139649612 . C A 929.33 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0235071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.491;QD=55.4826;RBI=0.0412504;REFB=-0.102788;REVB=0.0338971;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516661;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000670512;OID=.;OPOS=139649612;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:0:2:64:65:0.970149:29:35:0:0:29:36:0:2 chr9 139652329 . G C 1206.13 PASS AF=0.942529;AO=82;DP=87;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0321157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.837;QD=55.4544;RBI=0.0322417;REFB=-0.112594;REVB=-0.00284711;RO=3;SAF=48;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01728;STB=0.500866;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00117608;OID=.;OPOS=139652329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:87:87:3:5:82:82:0.942529:34:48:1:2:34:48:3:2 chr9 139656670 . T C 1453.38 PASS AF=0.980198;AO=92;DP=98;FAO=99;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0282685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.986;QD=57.5594;RBI=0.0622575;REFB=0.050256;REVB=0.0554697;RO=1;SAF=50;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938747;STB=0.508619;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.000503275;OID=.;OPOS=139656670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:101:1:2:92:99:0.980198:42:50:1:0:42:57:2:0 chr9 139656706 . A C 1648.99 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.693;QD=59.9632;RBI=0.00716463;REFB=0;REVB=-0.00409106;RO=0;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106433;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:48:61:0:0:49:61:0:0 chr9 139657834 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.091;QD=57.8847;RBI=0.0602495;REFB=0;REVB=0.0597672;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14974e-05;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:21:38:0:0:21:39:0:0 chr9 139690839 . TG GT,TA 721.79 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=2,47;DP=51;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101084,-0.0137914;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=130.624,123.212;QD=56.6113;RBI=0.0173064,0.0237077;REFB=0,0;REVB=0.0140475,0.0192835;RO=0;SAF=0,26;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0893759,-0.000384983;OID=.,.;OPOS=139690839,139690840;OREF=TG,G;OALT=GT,A;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:51:0:0:2,47:1,50:0.0196078,0.980392:2,21:0,26:0:0:1,24:0,26:0:0 chr9 139693596 . T C 4038.57 PASS AF=1;AO=258;DP=261;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705249;FXX=0.0152085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6672;QD=62.3718;RBI=0.0117139;REFB=0;REVB=-0.00935301;RO=0;SAF=130;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10045e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760253;OID=.;OPOS=139693596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:261:259:0:0:258:259:1:128:130:0:0:128:131:0:0 chr9 139694521 . T G 2367.38 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5842;QD=61.0937;RBI=0.0404055;REFB=0;REVB=0.0403407;RO=0;SAF=67;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47889e-05;OID=.;OPOS=139694521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:155:0:0:152:155:1:85:67:0:0:87:68:0:0 chr9 139694569 . A C 481.07 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00712358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2474;QD=17.3358;RBI=0.0355138;REFB=-0.0145957;REVB=-0.034792;RO=56;SAF=18;SAR=34;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473502;STB=0.525235;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0201998;OID=.;OPOS=139694569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:56:59:52:52:0.468468:34:18:22:34:34:18:23:36 chr9 139726239 . A G 231.7 PASS AF=0.465517;AO=24;DP=52;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0574707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.4363;QD=15.9792;RBI=0.075231;REFB=-0.0336442;REVB=-0.0485471;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680146;STB=0.586976;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0435193;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:58:28:31:24:27:0.465517:12:12:16:12:14:13:20:11 chr9 139732331 . G C 432.88 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0129628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.803;QD=16.1823;RBI=0.0144245;REFB=0.000742741;REVB=0.00632701;RO=59;SAF=24;SAR=24;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00835756;STB=0.504671;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.000574051;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:48:48:0.448598:24:24:29:30:24:24:29:30 chr9 139739643 . T C 97.28 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00550786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.778;QD=12.9706;RBI=0.00550952;REFB=-0.0390447;REVB=-0.000135026;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235598;STB=0.633127;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0138856;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:17:18:11:12:0.4:6:5:4:13:6:6:5:13 chr9 139747739 . T A 160.1 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.025352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2964;QD=18.8356;RBI=0.038272;REFB=-0.0440346;REVB=-0.0286709;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303232;STB=0.670952;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0396865;OID=.;OPOS=139747739;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:13:4:10:7:13:4 chr9 139749067 . C T 332.54 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0494496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.813;QD=26.6029;RBI=0.0517337;REFB=-0.0202223;REVB=-0.0152023;RO=20;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010532;STB=0.514276;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0227338;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:21:29:29:0.58:17:12:8:12:17:12:8:13 chr9 139752899 . T G 69.39 PASS AF=0.235294;AO=6;DP=48;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0399054;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.629;QD=5.44261;RBI=0.0439483;REFB=-0.026947;REVB=0.0184123;RO=39;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155354;STB=0.534825;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.108563;OID=.;OPOS=139752899;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:48:51:39:39:6:12:0.235294:2:4:21:18:5:7:21:18 chr9 139839904 . T G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0975656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0181;QD=54.4806;RBI=0.0976339;REFB=0.0145386;REVB=0.0036507;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000898578;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:19:12:0:1:19:12:0:1 chr9 139840543 . A G 205.2 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8155;QD=48.2811;RBI=0.0490998;REFB=0;REVB=0.00552397;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490573;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:7:10:0:0 chr9 139848688 . C T 1674.5 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.665;QD=60.3423;RBI=0.0196328;REFB=0;REVB=0.0190555;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47632e-05;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:57:53:0:0:58:53:0:0 chr9 139866247 . T G 79.74 PASS AF=0.529412;AO=7;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.184811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.5456;QD=18.7619;RBI=0.223249;REFB=0.0140349;REVB=-0.12524;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763028;STB=0.613759;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0351418;OID=.;OPOS=139866247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:5:7:7:9:0.529412:6:1:1:4:7:2:3:4 chr9 139872048 . A G 2274.08 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.231;QD=63.6107;RBI=0.032124;REFB=0;REVB=-0.0275426;RO=0;SAF=80;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3019e-05;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:63:80:0:0:63:80:0:0 chr9 139878317 . C T 537.75 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0489;QD=59.7496;RBI=0.0626308;REFB=0;REVB=0.0489549;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813254;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:15:21:0:0 chr9 139878828 . T C 272.07 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0621757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.525;QD=51.8237;RBI=0.0685597;REFB=0;REVB=0.0288897;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.44453e-05;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:18:21:1:9:9:0:0:12:9:0:0 chr9 139902214 . A G 1278.93 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7767;QD=61.6353;RBI=0.0944549;REFB=0;REVB=-0.094434;RO=0;SAF=54;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430253;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:29:54:0:0:29:54:0:0 chr9 139904037 . A G 272.29 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.34;QD=51.8641;RBI=0.0205759;REFB=0;REVB=0.0121664;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77564e-05;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr9 139906359 . G A 708.93 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0306037;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.756;QD=59.0773;RBI=0.0510565;REFB=-0.191261;REVB=0.0408678;RO=2;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335578;STB=0.517849;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00215353;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:48:2:2:46:46:0.958333:27:19:0:2:27:19:0:2 chr9 139912483 . CA CG,TG 142.7 PASS AF=0.846154,0.153846;AO=11,2;DP=13;FAO=11,2;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172211,-0.0167643;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=131.935,84.6022;QD=43.9065;RBI=0.0475964,0.0831246;REFB=0,0;REVB=0.0443717,-0.0814166;RO=0;SAF=3,2;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00394256,-0.0138347;OID=.,.;OPOS=139912484,139912483;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:13:13:0:0:11,2:11,2:0.846154,0.153846:8,0:3,2:0:0:8,0:3,2:0:0 chr9 139913239 . T G 1524.05 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.733;QD=63.5022;RBI=0.0544722;REFB=0;REVB=0.0498075;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45613e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:49:44:0:0:51:45:0:0 chr9 139923265 . A G 129.43 PASS AF=0.314815;AO=16;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0150131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.754;QD=9.58721;RBI=0.0152622;REFB=-0.0326857;REVB=-0.00274576;RO=37;SAF=5;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326181;STB=0.70564;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0607796;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:37:37:16:17:0.314815:11:5:22:15:12:5:22:15 chr9 139925871 . AG A 36.07 PASS AF=0.380952;AO=6;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.137632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.8168;QD=6.87121;RBI=0.144486;REFB=-0.055915;REVB=0.0439728;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0.4;SSEP=0;SSSB=-0.30002;STB=0.646696;STBP=0.288;TYPE=del;VARB=0.117211;OID=.;OPOS=139925872;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:6:20:8:21:13:3:5:8:5:36:13:2:4:8:5 chr9 139926402 . T C 134.04 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.154289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.589;QD=17.2959;RBI=0.154754;REFB=-0.0520334;REVB=-0.01199;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137254;STB=0.566917;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0492329;OID=.;OPOS=139926402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:16:15:15:0.483871:11:4:6:9:11:4:6:10 chr9 139935624 . TGGGGC TGGG,TGGGC 190.54 PASS AF=0,1;AO=4,11;DP=25;FAO=0,24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225693,0.259949;FXX=0.039984;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=8.72792,12.6142;QD=31.7569;RBI=0.0319929,0.291516;REFB=-0.0428659,-0.0188447;REVB=0.0226753,0.13194;RO=7;SAF=3,7;SAR=1,4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.198753,0.0469824;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0184295,0.0295189;OID=.,.;OPOS=139935628,139935625;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,11:25:0,24:24:0:0,15:0,9:0:0:3:7:3,7:1,4:4:3 chr9 139937795 . T C 742.35 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763829;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.45;QD=57.1037;RBI=0.0436976;REFB=0;REVB=0.0430248;RO=0;SAF=12;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183658;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:40:12:0:0:40:12:0:0 chr9 139937799 . G A 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8237;QD=64.4081;RBI=0.0590434;REFB=0;REVB=-0.0323827;RO=0;SAF=12;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108432;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:38:12:0:0:38:12:0:0 chr9 139943112 . A G 169.52 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0062092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.874;QD=10.5949;RBI=0.00621303;REFB=-0.00477985;REVB=-0.000218243;RO=42;SAF=14;SAR=8;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10381;STB=0.560775;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00807989;OID=.;OPOS=139943112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:8:14:23:19:8:14:23:19 chr9 139943549 . G A 400.49 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0560239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.782;QD=53.3991;RBI=0.0591419;REFB=-0.137505;REVB=0.0189495;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344547;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00106368;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:13:15:0:1:14:15:0:1 chr9 139944736 . C G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00757482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.94;QD=13.8495;RBI=0.0774076;REFB=0.0012132;REVB=-0.0770361;RO=25;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562203;STB=0.53283;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00340548;OID=.;OPOS=139944736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:5:11:16:9:5:11:16:9 chr9 139945363 . G A 94.26 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00289872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.314;QD=13.4655;RBI=0.146187;REFB=-0.0118396;REVB=0.146158;RO=15;SAF=10;SAR=1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.634159;STB=0.811956;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0184423;OID=.;OPOS=139945363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:28:28:15:16:11:12:0.428571:1:10:5:10:2:10:5:11 chr9 139973820 . C T 375.79 PASS AF=0.24359;AO=57;DP=232;FAO=57;FDP=234;FR=.;FRO=177;FSAF=3;FSAR=54;FSRF=74;FSRR=103;FWDB=0.0245557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4347;QD=6.4238;RBI=0.0642217;REFB=-0.0164552;REVB=-0.0593417;RO=175;SAF=3;SAR=54;SRF=72;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.630695;STB=0.898072;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0555687;OID=.;OPOS=139973820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:234:175:177:57:57:0.24359:54:3:72:103:54:3:74:103 chr9 139981627 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.283;QD=47.8224;RBI=0.00889194;REFB=0;REVB=0.00802805;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172674;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr9 139996641 . C A 46.1 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.134203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0018;QD=12.2933;RBI=0.160762;REFB=-0.0321422;REVB=0.0885101;RO=8;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.793299;STB=0.838983;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0475877;OID=.;OPOS=139996641;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:15:8:8:6:7:0.466667:0:6:2:6:1:6:2:6 chr9 140002989 . T C 407.89 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0627069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0624;QD=17.7342;RBI=0.0744781;REFB=-0.0118052;REVB=0.0401849;RO=49;SAF=25;SAR=17;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636734;STB=0.530771;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0118038;OID=.;OPOS=140002989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:49:50:42:42:0.456522:17:25:26:23:17:25:27:23 chr9 140003427 . A G 130.6 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0259954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.315;QD=13.747;RBI=0.028287;REFB=-0.0166327;REVB=-0.0111532;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106364;STB=0.588108;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0165583;OID=.;OPOS=140003427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:12:3:6:16:12:3:7:16 chr9 140006202 . G A 85.16 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0666322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8873;QD=11.3548;RBI=0.0790859;REFB=0.00249443;REVB=0.0425996;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23035;STB=0.660123;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.000435633;OID=.;OPOS=140006202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:19:19:10:11:0.366667:4:6:15:4:5:6:15:4 chr9 140006425 . C G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0506424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8172;QD=16.6271;RBI=0.0553854;REFB=0.00752397;REVB=0.0224254;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182354;STB=0.55483;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00432969;OID=.;OPOS=140006425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:14:13:13:0.481481:6:7:9:3:6:7:9:5 chr9 140008750 . G C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0312732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2157;QD=16.3858;RBI=0.0321033;REFB=0.00848556;REVB=0.00725356;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341417;STB=0.695816;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00896278;OID=.;OPOS=140008750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:1:7:4:5:1:7 chr9 140094137 . G A 225.07 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0782509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8037;QD=14.0668;RBI=0.0876976;REFB=0.0158987;REVB=0.0395937;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509316;STB=0.502895;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0143024;OID=.;OPOS=140094137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:13:14:19:18:13:14:19:18 chr9 140120395 . G GT 92.9 PASS AF=0.916667;AO=4;DP=16;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.13582;FXX=0.249844;HRUN=0;LEN=1;MLLD=59.2664;QD=30.9661;RBI=0.137102;REFB=-0.0609146;REVB=-0.0187036;RO=11;SAF=4;SAR=0;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.778933;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=ins;VARB=0.00539685;OID=.;OPOS=140120396;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:4:16:11:12:1:6:5:0:1:7:11:4:0:2:9 chr9 140123132 . C G 87.48 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.036073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6144;QD=13.4583;RBI=0.0396294;REFB=-0.0147614;REVB=0.0164081;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379619;STB=0.522347;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0267213;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:9:6:4:7:9:6 chr9 140128085 . T C 333.37 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0254495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1576;QD=19.6102;RBI=0.0535379;REFB=-0.00595627;REVB=0.0471024;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053852;STB=0.52989;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00915619;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:17:18:19:14:17:18:19:14 chr9 140130606 . A T 1091.63 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255552;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1623;QD=60.6459;RBI=0.00824218;REFB=0;REVB=-0.00783599;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199254;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr9 140139757 . G A 414.79 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249609;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.343;QD=57.2121;RBI=0.158359;REFB=0;REVB=0.158339;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590945;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr9 140147152 . C G 190.85 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0291936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2198;QD=13.3932;RBI=0.0472472;REFB=-0.0242218;REVB=0.0371488;RO=34;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273005;STB=0.657048;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0328481;OID=.;OPOS=140147152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:7:16:15:19:7:16:15:19 chr9 140147273 . C T 260.88 PASS AF=0.359551;AO=30;DP=86;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00667162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.764;QD=11.7248;RBI=0.0130891;REFB=-0.0168141;REVB=0.0112612;RO=51;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204895;STB=0.608997;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0299033;OID=.;OPOS=140147273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:51:57:30:32:0.359551:12:18:21:30:12:20:26:31 chr9 140167022 . G A 369.36 PASS AF=0.45122;AO=34;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0568054;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.994;QD=18.0175;RBI=0.0571305;REFB=0.0024394;REVB=0.00608583;RO=41;SAF=6;SAR=28;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103509;STB=0.534413;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0035014;OID=.;OPOS=140167022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:42:34:37:0.45122:28:6:10:31:29:8:11:31 chr9 140176294 . G T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0421207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.622;QD=18.767;RBI=0.0434861;REFB=0.0206297;REVB=0.0108116;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194334;STB=0.614989;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0117918;OID=.;OPOS=140176294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:1:2:2:4:1:2 chr9 140177040 . A T 972.72 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0693008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6533;QD=58.9529;RBI=0.0801695;REFB=0;REVB=-0.0403056;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120655;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:45:21:0:0:45:21:0:0 chr9 140243844 . C T 479.36 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.072;QD=58.104;RBI=0.0600659;REFB=0;REVB=0.0322163;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704016;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr9 140247143 . T G 1071.88 PASS AF=0.986486;AO=69;DP=70;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0481676;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4381;QD=57.9396;RBI=0.0509788;REFB=-0.0619563;REVB=-0.0166949;RO=1;SAF=44;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010624;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0034693;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:74:1:1:69:73:0.986486:25:44:1:0:25:48:1:0 chr9 140250818 . C G,T 1066.09 PASS AF=0.109589,0.890411;AO=8,65;DP=73;FAO=8,65;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=3,33;FSAR=5,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187125,-0.0132673;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=35.1816,130.01;QD=58.416;RBI=0.018956,0.021516;REFB=0,0;REVB=0.00302867,0.0169387;RO=0;SAF=3,33;SAR=5,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0300454,-0.00100483;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:73:73:0:0:8,65:8,65:0.109589,0.890411:5,32:3,33:0:0:5,32:3,33:0:0 chr9 140262426 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.032;QD=48.7371;RBI=0.0332003;REFB=0;REVB=0.00322327;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314713;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr9 140277826 . C T 393.73 PASS AF=0.418182;AO=44;DP=112;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0228539;FXX=0.0350846;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.4297;QD=14.3175;RBI=0.022897;REFB=0.00217991;REVB=-0.00140462;RO=59;SAF=12;SAR=32;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157231;STB=0.57257;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00228353;OID=.;OPOS=140277826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:59:64:44:46:0.418182:32:12:24:35:33:13:25:39 chr9 140327663 . C G,T 1537.61 PASS AF=0.0373832,0.953271;AO=4,102;DP=107;FAO=4,102;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=3,66;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00311641,0.00544033;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.7689,196.2;QD=57.4809;RBI=0.0421407,0.0287368;REFB=-0.110262,-0.0993214;REVB=0.0420254,0.0282171;RO=1;SAF=3,66;SAR=1,36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.272709,0.0129959;STB=0.665771,0.506848;STBP=0.288,0.267;TYPE=snp,snp;VARB=0.0764536,-8.12277e-05;OID=.,.;OPOS=140327663,140327663;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:107:107:1:1:4,102:4,102:0.0373832,0.953271:1,36:3,66:0:1:1,36:3,66:0:1 chr9 140330976 . T C 1142.32 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184775;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.027;QD=59.3414;RBI=0.0845946;REFB=-0.0436761;REVB=-0.082552;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114027;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00113863;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:35:41:1:0:35:41:1:0 chr9 140332478 . A G 574.69 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000948061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.097;QD=60.4939;RBI=0.0264844;REFB=0;REVB=0.0264674;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118733;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:19:19:0:0 chr9 140356422 . G C 874.33 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236043;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.076;QD=56.4083;RBI=0.061473;REFB=-0.0812443;REVB=0.0567606;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145233;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000835213;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:32:29:0:1:32:29:0:1 chr9 140357972 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.951;QD=57.1054;RBI=0.00871516;REFB=0;REVB=-0.00617119;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31472e-08;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr9 140374861 . A G 777.97 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.884;QD=56.5794;RBI=0.0342622;REFB=0;REVB=0.0199823;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128631;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:19:33:0:0:20:35:0:0 chr9 140409961 . GC G 71.6 PASS AF=0.705882;AO=8;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0380025;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.9149;QD=16.8466;RBI=0.248368;REFB=-0.152621;REVB=0.245443;RO=7;SAF=0;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.764827;STB=0.7017;STBP=0.084;TYPE=del;VARB=0.107062;OID=.;OPOS=140409962;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882:8:17:12:17:5:1:11:2:3:18:7:0:8:2:5 chr9 140414410 . C T 406.89 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0114389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.851;QD=20.0932;RBI=0.0141547;REFB=-0.0206013;REVB=0.00833714;RO=40;SAF=14;SAR=27;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327735;STB=0.518191;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0145802;OID=.;OPOS=140414410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:27:14:15:25:27:14:15:25 chr9 140435087 . G A 209.64 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0278946;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.8427;QD=15.5287;RBI=0.0576285;REFB=-0.0471729;REVB=0.0504275;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942901;STB=0.504946;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0892796;OID=.;OPOS=140435087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:30:24:24:0.444444:15:9:10:16:15:9:11:19 chr9 140777306 . C G 380.8 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0239932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3742;QD=19.5279;RBI=0.0381931;REFB=-0.0222084;REVB=-0.029716;RO=39;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023256;STB=0.512916;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0210162;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:18:21:22:17:18:21:22:17 chr9 140786918 . T C 227.12 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.103148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.1387;QD=13.5595;RBI=0.103407;REFB=-0.0105303;REVB=0.00731475;RO=37;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136271;STB=0.574411;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0257417;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:40:27:27:0.402985:18:9:17:20:18:9:18:22 chr9 140866007 . G A 647.22 PASS AF=0.398907;AO=73;DP=183;FAO=73;FDP=183;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=0.00722909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.746;QD=14.1469;RBI=0.0237637;REFB=-0.00403104;REVB=0.0226375;RO=110;SAF=32;SAR=41;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273151;STB=0.515368;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00532572;OID=.;OPOS=140866007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:110:110:73:73:0.398907:41:32:51:59:41:32:51:59 chr9 140878616 . G A 433.44 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=129;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.0169945;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.929;QD=13.5449;RBI=0.0176742;REFB=-0.00796373;REVB=-0.00485416;RO=76;SAF=30;SAR=20;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17686;STB=0.59996;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0100345;OID=.;OPOS=140878616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:76:78:50:50:0.390625:20:30:33:43:20:30:34:44 chr9 140881313 . CA C,CC 608.59 PASS AF=0.025,0.975;AO=4,35;DP=39;FAO=1,39;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821311,-0.00511648;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.172,195.849;QD=60.8594;RBI=0.0928796,0.0950404;REFB=0,0;REVB=0.0925158,0.0949026;RO=0;SAF=1,22;SAR=3,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,-4.39865e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00899155,0.000885064;OID=.,.;OPOS=140881314,140881314;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025,0.975:4,35:39:1,39:40:0:1,22:0,17:0:0:3:0:1,22:3,13:0:0 chr9 140911670 . C T 594.09 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00930714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.314;QD=60.9321;RBI=0.00931198;REFB=0;REVB=-0.00030031;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.2993e-05;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr9 140952690 . G A 487.53 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0219398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.024;QD=21.668;RBI=0.0287108;REFB=-0.00938287;REVB=0.0185191;RO=43;SAF=19;SAR=28;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114406;STB=0.563191;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00833121;OID=.;OPOS=140952690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:28:19:23:20:28:19:23:20 chr9 141016262 . T G 1510.77 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000253248;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9817;QD=59.8323;RBI=0.00970471;REFB=0;REVB=0.00970141;RO=0;SAF=63;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32819e-05;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:37:63:0:0:38:63:0:0 chr9 141069521 . T C 144.12 PASS AF=0.625;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0197841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.998;QD=24.0207;RBI=0.0278444;REFB=-0.0425749;REVB=-0.0195933;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238512;STB=0.639163;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0165291;OID=.;OPOS=141069521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:14:15:0.625:6:8:2:7:6:9:2:7 chr9 141069563 . A G 145.04 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.46;QD=44.628;RBI=0.0700686;REFB=0;REVB=0.0303315;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139779;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr9 141069905 . C T 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00904815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.48;QD=30.8207;RBI=0.0098419;REFB=-0.0508121;REVB=0.00387222;RO=3;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117832;STB=0.565118;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0137489;OID=.;OPOS=141069905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:10:2:0:3:10:2:0:3 chr9 141070125 . C T 215.09 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00569862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.753;QD=21.5092;RBI=0.00594655;REFB=-0.0224326;REVB=0.0016992;RO=19;SAF=16;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245201;STB=0.606305;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0193104;OID=.;OPOS=141070125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:4:16:11:8:5:16:11:8 chr9 141070283 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.149;QD=55.0978;RBI=0.0177847;REFB=0;REVB=0.015946;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43268e-05;OID=.;OPOS=141070283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr9 141070335 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4698;QD=39.2053;RBI=0.0214891;REFB=0;REVB=0.0208789;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256675;OID=.;OPOS=141070335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr9 141070916 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.252;QD=44.6894;RBI=0.0565852;REFB=0;REVB=0.0433626;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000985574;OID=.;OPOS=141070916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr9 141071438 . A G 1595.36 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.015;QD=59.0875;RBI=0.109017;REFB=-0.0761986;REVB=0.0153367;RO=0;SAF=45;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148827;OID=.;OPOS=141071438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:107:108:0:0:106:108:1:61:45:0:0:61:47:0:0 chr9 141071475 . C G 1788.08 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7285;QD=60.613;RBI=0.0310673;REFB=0;REVB=-0.0307605;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126618;OID=.;OPOS=141071475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:64:53:0:0:65:53:0:0 chr9 141071552 . C T 131.41 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.114105;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.981;QD=13.4778;RBI=0.114146;REFB=0.00254001;REVB=-0.00304369;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392307;STB=0.720712;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0050183;OID=.;OPOS=141071552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:2:22:9:6:2:22 chr9 141107536 . GGCAGCAGCAGCA G 140.29 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.013878;FXX=0.0681663;HRUN=2;LEN=12;MLLD=299.034;QD=13.6872;RBI=0.043794;REFB=-0.0147893;REVB=0.041537;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.609652;STBP=0.199;TYPE=del;VARB=0.0110497;OID=.;OPOS=141107537;OREF=GCAGCAGCAGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487805:20:23:20:41:21:10:10:15:6:99:1:10:10:1:0 chr10 93816 . C T 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.019459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.012;QD=17.9427;RBI=0.0263321;REFB=-0.00413849;REVB=0.0177405;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955016;STB=0.561754;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00208423;OID=.;OPOS=93816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:15:13:16:12:15:13:17:12 chr10 93945 . G A 544.91 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0213;QD=57.3586;RBI=0.0346628;REFB=0.021137;REVB=0.0308031;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508767;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-1.0303e-05;OID=.;OPOS=93945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:28:9:0:0:28:9:0:1 chr10 94545 . C T 966.1 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0675029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.874;QD=56.006;RBI=0.0711818;REFB=-0.205126;REVB=0.022588;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145389;STB=0.515147;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00230247;OID=.;OPOS=94545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:1:2:67:67:0.971014:35:32:1:0:35:32:2:0 chr10 283619 . TAAAG TAAG,TAAGA 250.36 PASS AF=0.553191,0;AO=22,2;DP=49;FAO=26,0;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13,0;FSAR=13,0;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.097075,-0.0724437;FXX=0.040808;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=19.4444,162.695;QD=21.3068;RBI=0.114918,0.0726799;REFB=-0.0509378,-0.00697858;REVB=-0.0615022,-0.00585585;RO=18;SAF=9,2;SAR=13,0;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0292275,0.545442;STB=0.51063,0.5;STBP=0.868,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0190604,0.0314048;OID=.,.;OPOS=283620,283622;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=TAAG,TAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.553191,0:22,2:49:26,0:47:21:13,0:13,0:11:10:99:18:9,2:13,0:8:10 chr10 294953 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.711;QD=51.1844;RBI=0.0655962;REFB=0;REVB=0.0651554;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255341;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr10 328070 . A G 98.67 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.000849749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.059;QD=14.6178;RBI=0.00593802;REFB=-0.00353246;REVB=0.0058769;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317544;STB=0.638051;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00471292;OID=.;OPOS=328070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:26:27:15:15:10:12:0.444444:2:8:8:7:3:9:8:7 chr10 445061 . C T 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.048;QD=60.2245;RBI=0.0590485;REFB=0;REVB=0.0539188;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479349;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr10 1081882 . T C 1644.55 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276219;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.096;QD=60.3503;RBI=0.0389923;REFB=0;REVB=-0.0275215;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69855e-06;OID=.;OPOS=1081882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:61:47:0:0:61:48:0:0 chr10 1089616 . T C 768.82 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.736;QD=56.9499;RBI=0.0146046;REFB=0;REVB=0.01215;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1383e-05;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr10 1142208 . T C 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.838;QD=58.9605;RBI=0.0585199;REFB=0;REVB=-2.21922e-05;RO=0;SAF=18;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56877e-05;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:48:18:0:0:48:18:0:0 chr10 1149586 . C T 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0129503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.833;QD=17.8597;RBI=0.0274331;REFB=-0.0107436;REVB=-0.024184;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107812;STB=0.567573;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00932285;OID=.;OPOS=1149586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:34:34:0.478873:20:14:19:17:20:14:20:17 chr10 1175894 . A G 704.91 PASS AF=0.947368;AO=52;DP=56;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0206295;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0851;QD=49.4675;RBI=0.0515803;REFB=-0.0987138;REVB=0.0472752;RO=4;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782673;STB=0.529401;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0137719;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:56:57:4:3:52:54:0.947368:22:30:0:4:24:30:0:3 chr10 1230968 . C T 2784.13 PASS AF=1;AO=177;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.246;QD=62.2153;RBI=0.138994;REFB=0;REVB=0.023583;RO=2;SAF=56;SAR=121;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166941;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194328;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:2:0:177:179:1:121:56:2:0:121:58:0:0 chr10 1569095 . G A 624.1 PASS AF=0.447368;AO=68;DP=153;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.041283;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.031;QD=16.4238;RBI=0.0479938;REFB=-0.0139769;REVB=0.0244769;RO=84;SAF=29;SAR=39;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712771;STB=0.539604;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0148032;OID=.;OPOS=1569095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:84:84:68:68:0.447368:39:29:30:54:39:29:30:54 chr10 3143643 . A C 579.84 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659509;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.661;QD=61.0355;RBI=0.0409724;REFB=0;REVB=0.0404381;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28328e-05;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr10 3150973 . C T 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0990069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.424;QD=56.1786;RBI=0.0991746;REFB=0;REVB=-0.00576486;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406877;OID=.;OPOS=3150973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr10 3155620 . A G 1320.62 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5064;QD=62.1468;RBI=0.0510073;REFB=0;REVB=-0.0479491;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151248;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr10 3178881 . C T 173.45 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0207192;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6095;QD=11.3737;RBI=0.0211149;REFB=-0.00316178;REVB=-0.00406881;RO=40;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181635;STB=0.597471;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00526512;OID=.;OPOS=3178881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:40:39:22:22:0.360656:14:8:21:19:14:8:20:19 chr10 3180227 . T C 336.57 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0555352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2285;QD=14.7942;RBI=0.0624196;REFB=-0.0083826;REVB=-0.0284966;RO=54;SAF=16;SAR=21;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109651;STB=0.562132;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0122437;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:21:16:29:25:21:16:29:25 chr10 3181003 . A G 173.66 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.050224;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.084;QD=17.8112;RBI=0.051074;REFB=-0.011968;REVB=0.00927913;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107884;STB=0.561337;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0116771;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:14:7:8:10:14:7 chr10 3189380 . C T 315.18 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0200302;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.147;QD=17.0368;RBI=0.0242829;REFB=-0.00269582;REVB=-0.0137278;RO=40;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291206;STB=0.50888;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00364377;OID=.;OPOS=3189380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:40:33:34:0.459459:15:18:23:17:15:19:23:17 chr10 3190265 . A G 125.07 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00650937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1392;QD=9.6206;RBI=0.0120527;REFB=-0.0114799;REVB=0.0101437;RO=34;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784672;STB=0.530265;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0290695;OID=.;OPOS=3190265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:36:16:16:0.307692:6:10:19:15:6:10:21:15 chr10 3200292 . G A 263.58 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0134239;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.433;QD=17.5722;RBI=0.0168535;REFB=-0.0114283;REVB=0.0101902;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924849;STB=0.535154;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0126742;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:31:29:29:0.483333:13:16:13:16:13:16:15:16 chr10 3202065 . T C 392.33 PASS AF=0.44086;AO=40;DP=92;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00139252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.41;QD=16.8744;RBI=0.00769534;REFB=-0.00853437;REVB=0.0075683;RO=50;SAF=22;SAR=18;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029887;STB=0.509737;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00747058;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:50:52:40:41:0.44086:18:22:26:24:19:22:27:25 chr10 3206027 . A G 349.86 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00547324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.197;QD=15.2113;RBI=0.00556153;REFB=-0.000591927;REVB=0.000987038;RO=54;SAF=22;SAR=15;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138579;STB=0.568276;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000794754;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:54:37:38:0.413043:15:22:25:29:16:22:25:29 chr10 3208557 . A G 89.48 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0408329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.114;QD=15.5625;RBI=0.0412717;REFB=-0.0151022;REVB=0.00600216;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943118;STB=0.573634;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0163086;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:12:12:10:11:0.478261:6:4:6:6:7:4:6:6 chr10 3214369 . A G 315.9 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0150037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.521;QD=24.2996;RBI=0.0174677;REFB=-0.00926439;REVB=0.00894473;RO=20;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347265;STB=0.511433;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00544864;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:20:11:8:12:20:11:8:13 chr10 3821327 . A T 138.68 PASS AF=0.326531;AO=15;DP=50;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0127244;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.496;QD=11.3207;RBI=0.0171907;REFB=-0.0144248;REVB=0.011559;RO=33;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1306;STB=0.538855;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0276036;OID=.;OPOS=3821327;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:33:33:15:16:0.326531:11:4:12:21:11:5:12:21 chr10 4872921 . C T 378.73 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0200693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.453;QD=16.4667;RBI=0.0420481;REFB=-0.00898375;REVB=-0.0369495;RO=50;SAF=16;SAR=24;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17817;STB=0.59995;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0143582;OID=.;OPOS=4872921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:52:40:40:0.434783:24:16:29:21:24:16:30:22 chr10 5019959 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.02;QD=51.1846;RBI=0.0588415;REFB=0;REVB=0.0375642;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909906;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr10 5046907 . A G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.033658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8417;QD=7.83589;RBI=0.0371246;REFB=-0.0126109;REVB=0.0156644;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613202;STB=0.538354;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0618154;OID=.;OPOS=5046907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:10:6:3:4:10:6 chr10 5120157 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000413168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.054;QD=51.9167;RBI=0.0358748;REFB=0;REVB=0.0358724;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014778;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr10 5136651 . C G 1514.77 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.21;QD=62.4647;RBI=0.0144237;REFB=-0.0619667;REVB=0.00645096;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.505049;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00134181;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:49:47:0:0:49:47:0:1 chr10 5139685 . G A 751.54 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.216;QD=56.72;RBI=0.0301304;REFB=0;REVB=0.00357822;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74018e-05;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:53:0:0:48:53:1:33:15:0:0:36:17:0:0 chr10 5199934 . G C 381.2 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0653629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.257;QD=52.5786;RBI=0.0714504;REFB=-0.149952;REVB=0.0288592;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488676;STB=0.526297;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00494377;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:9:18:0:1:9:19:0:1 chr10 5202060 . C T 154.69 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.6334;QD=44.1959;RBI=0.0499157;REFB=0;REVB=0.0275812;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184661;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:6:6:0:0:6:8:0:0 chr10 5202104 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6558;QD=43.4857;RBI=0.0306138;REFB=0;REVB=-0.0276972;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00213013;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr10 5244441 . A G,T 684.63 PASS AF=0.8,0.14;AO=41,6;DP=48;FAO=40,7;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=16,3;FSAR=24,4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0293579,-0.0130676;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=180.011,26.4384;QD=54.7707;RBI=0.0399499,0.0407214;REFB=-0.0584079,-0.198917;REVB=0.0270944,0.0385678;RO=1;SAF=18,2;SAR=23,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0253524,-0.171372;STB=0.542835,0.666221;STBP=0.069,0.198;TYPE=snp,snp;VARB=0.0020552,0.0910471;OID=.,.;OPOS=5244441,5244441;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:48:50:1:3:41,6:40,7:0.8,0.14:23,4:18,2:1:0:24,4:16,3:3:0 chr10 5255025 . A G 1088.55 PASS AF=1;AO=58;DP=75;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445377;FXX=0.0399947;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.242;QD=60.4751;RBI=0.0988533;REFB=0;REVB=-0.0882517;RO=5;SAF=26;SAR=32;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00729131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203535;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:72:5:0:58:72:1:32:26:2:3:33:39:0:0 chr10 5415954 . A G 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0152167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.853;QD=16.8254;RBI=0.0194236;REFB=-0.0171038;REVB=-0.0120719;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264576;STB=0.515137;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.02562;OID=.;OPOS=5415954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:14:7:10:18:14:7:10:18 chr10 5435918 . G A 340.23 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.000201402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8633;QD=21.6018;RBI=0.020056;REFB=0.00108833;REVB=0.020055;RO=28;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153507;STB=0.589367;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000520539;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:28:34:35:0.555556:16:18:20:8:17:18:20:8 chr10 5436260 . A G 329.59 PASS AF=0.397849;AO=33;DP=89;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.00176172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.041;QD=14.1759;RBI=0.0259348;REFB=-0.0351954;REVB=-0.0258749;RO=55;SAF=17;SAR=16;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194583;STB=0.569325;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0437675;OID=.;OPOS=5436260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:55:56:33:37:0.397849:16:17:38:17:16:21:38:18 chr10 5437365 . A G 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00413854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.73;QD=14.4732;RBI=0.019153;REFB=-0.0105724;REVB=-0.0187005;RO=42;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147563;STB=0.508374;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0160653;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:14:16:23:19:14:16:23:19 chr10 5446794 . C T 183.67 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00966089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8203;QD=17.9194;RBI=0.00992519;REFB=0.0192526;REVB=-0.00227522;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405916;STB=0.523136;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0215187;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:13:9:7:12:13:9 chr10 5471200 . C T 1555.92 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0518;QD=59.8432;RBI=0.00568444;REFB=0;REVB=0.00505552;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33678e-05;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:55:48:0:0:56:48:0:0 chr10 5495218 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.855;QD=59.016;RBI=0.0857093;REFB=0;REVB=0.0855585;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197884;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr10 5499703 . ATA AT,ATT,TAT 932.43 PASS AF=1,0,0;AO=35,37,7;DP=84;FAO=64,0,0;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0,0;FSAR=33,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393842,-0.0422314,-0.0442019;FXX=0.0588149;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=147.658,141.422,133.023;QD=58.2766;RBI=0.100586,0.0503526,0.0607993;REFB=0,0,0;REVB=0.0925555,0.0274208,0.0417463;RO=3;SAF=6,23,5;SAR=29,14,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0459858,0.090314,0.367917;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.000963718,0.00996822,0.142245;OID=.,.,.;OPOS=5499705,5499705,5499703;OREF=A,A,ATA;OALT=-,T,TAT;OMAPALT=AT,ATT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:84:64:3:0:35,37,7:64,0,0:1,0,0:29,14,2:6,23,5:0:3:33,0,0:31,0,0:0:0 chr10 5541230 . T C 344.23 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0139829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.483;QD=14.0504;RBI=0.0354926;REFB=-0.0130624;REVB=-0.0326221;RO=59;SAF=22;SAR=16;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761862;STB=0.548781;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0166206;OID=.;OPOS=5541230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:60:38:38:0.387755:16:22:30:29:16:22:30:30 chr10 5541294 . C T 564.33 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00229304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.016;QD=24.2723;RBI=0.0103045;REFB=-0.0411802;REVB=0.0100462;RO=41;SAF=28;SAR=24;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00151691;STB=0.500832;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.026799;OID=.;OPOS=5541294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:24:28:22:19:24:28:22:19 chr10 5567366 . G A 1396.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8455;QD=62.7609;RBI=0.0157128;REFB=0;REVB=0.0155989;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06773e-05;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr10 5567695 . G A 1499.28 PASS AF=0.980769;AO=101;DP=107;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.063741;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.998;QD=57.6648;RBI=0.0702066;REFB=-0.175624;REVB=0.0294286;RO=1;SAF=74;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006369;STB=0.505779;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00275504;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:104:1:2:101:102:0.980769:27:74:1:0:27:75:1:1 chr10 5567967 . G T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.189;QD=64.154;RBI=0.0455367;REFB=0;REVB=0.0226044;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33837e-05;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:60:39:0:0:60:39:0:0 chr10 5673528 . G A 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.46;QD=58.5808;RBI=0.111469;REFB=0;REVB=0.0173763;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002893;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr10 5684544 . T A 31.53 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0134466;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=41.1945;QD=7.00745;RBI=0.0177914;REFB=-0.00388561;REVB=-0.01165;RO=12;SAF=0;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.756567;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0351429;OID=.;OPOS=5684544;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:17:18:12:12:5:6:0.333333:5:0:8:4:5:1:8:4 chr10 5765637 . CA AT,TA 178.12 PASS AF=0,0.413043;AO=4,12;DP=44;FAO=0,19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=0,7;FSAR=0,12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.036731,0.0381617;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=60.1607,51.9103;QD=15.4889;RBI=0.0481462,0.0381618;REFB=-0.0289349,-0.0540453;REVB=-0.031127,-0.000106747;RO=23;SAF=0,5;SAR=4,7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.710357,-0.299696;STB=0.5,0.63144;STBP=1,0.157;TYPE=mnp,snp;VARB=0.123284,0.0232302;OID=.,.;OPOS=5765637,5765637;OREF=CA,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:44:46:23:27:4,12:0,19:0,0.413043:4,7:0,5:16:7:0,12:0,7:16:11 chr10 5781628 . T G 703.65 PASS AF=0.958333;AO=47;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.145;QD=58.6374;RBI=0.0600558;REFB=0.00696257;REVB=-0.0589145;RO=1;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303164;STB=0.508193;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00400563;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:47:46:0.958333:15:32:0:1:15:31:1:1 chr10 5781969 . A T 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1205;QD=56.1801;RBI=0.073974;REFB=0;REVB=0.0603506;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216003;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr10 5784151 . A G 160.5 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0170134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.1033;QD=18.3429;RBI=0.0287337;REFB=-0.0363693;REVB=0.0231553;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265834;STB=0.515134;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0339603;OID=.;OPOS=5784151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:9:9:8:9:9:9 chr10 5788608 . G C 195.61 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644088;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.978;QD=48.9022;RBI=0.0230672;REFB=0;REVB=0.0221497;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112518;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr10 5789966 . CCTGCCTCAG C 69.1 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0286173;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=9;MLLD=234.256;QD=12.5645;RBI=0.0295763;REFB=-0.0322402;REVB=-0.00747029;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376093;STB=0.6996;STBP=0.112;TYPE=del;VARB=0.027858;OID=.;OPOS=5789967;OREF=CTGCCTCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:10:26:10:22:12:3:7:8:4:69:11:3:7:8:3 chr10 5790420 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.335;QD=47.8219;RBI=0.0282769;REFB=0;REVB=-0.00412116;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000564984;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr10 5790616 . A G 136.35 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0552005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.28;QD=9.24418;RBI=0.0571263;REFB=-0.00951679;REVB=-0.0147078;RO=40;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00151174;STB=0.500894;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0450628;OID=.;OPOS=5790616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:9:10:21:19:9:10:21:19 chr10 5799613 . A G 797.3 PASS AF=0.520548;AO=76;DP=146;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.018731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9894;QD=21.8438;RBI=0.01879;REFB=-0.0187765;REVB=0.00148757;RO=70;SAF=44;SAR=32;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13158;STB=0.572235;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0161953;OID=.;OPOS=5799613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:70:70:76:76:0.520548:32:44:30:40:32:44:30:40 chr10 5804531 . G A 726.69 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.975;QD=55.8989;RBI=0.0257468;REFB=0;REVB=0.0253719;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7741e-05;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:31:21:0:0 chr10 5808086 . G A 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00721157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.608;QD=19.3865;RBI=0.00895334;REFB=-0.0280543;REVB=-0.00530617;RO=34;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660368;STB=0.536783;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0263662;OID=.;OPOS=5808086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:23:12:14:20:23:12:14:20 chr10 5920121 . T C 483.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.993;QD=58.5488;RBI=0.0286803;REFB=0;REVB=0.0272127;RO=0;SAF=27;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141906;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:4:27:0:0:4:29:0:0 chr10 5925971 . C A 391.56 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.0399;QD=55.9371;RBI=0.0509613;REFB=0;REVB=-0.0156116;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425833;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:16:12:0:0 chr10 6001696 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0203651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.097;QD=11.257;RBI=0.0206887;REFB=-0.0117726;REVB=0.00364515;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126983;STB=0.576728;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.021446;OID=.;OPOS=6001696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:6:6:5:3:6:6 chr10 6002368 . T G 491.22 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0761843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0094;QD=20.0499;RBI=0.0765173;REFB=-0.0105308;REVB=0.00713135;RO=50;SAF=28;SAR=20;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776303;STB=0.543085;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0121056;OID=.;OPOS=6002368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:20:28:25:25:20:28:25:25 chr10 6191733 . G A 192.14 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0176932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0204;QD=23.2898;RBI=0.0820787;REFB=-0.00945693;REVB=-0.080149;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501505;STB=0.528024;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00409741;OID=.;OPOS=6191733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:11:8:5:9:11:8:5:9 chr10 6191735 . T C 435.8 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00480405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.775;QD=54.4753;RBI=0.00571559;REFB=-0.0394067;REVB=-0.00309662;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000663646;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:18:13:0:0:18:13:0:1 chr10 6287695 . G A 187.65 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.025;QD=46.9127;RBI=0.076121;REFB=0;REVB=0.0491662;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655135;OID=.;OPOS=6287695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:16:0:0:14:16:1:7:7:0:0:7:9:0:0 chr10 6392848 . G A 551.13 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.38;QD=59.5815;RBI=0.00743846;REFB=0;REVB=-4.75136e-05;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140842;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:12:24:0:0:13:24:0:0 chr10 6393009 . A G 363.05 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0539092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9592;QD=51.864;RBI=0.053941;REFB=-0.051456;REVB=0.001854;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029965;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00378306;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:15:11:0:1:15:12:0:1 chr10 6393260 . C G 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.436;QD=47.8125;RBI=0.0418104;REFB=-0.118493;REVB=0.0247398;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00354842;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:9:12:0:0:9:12:0:1 chr10 6393706 . ACAGG A 155.48 PASS AF=1;AO=10;DP=15;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414465;FXX=0.187383;HRUN=1;LEN=4;MLLD=208.624;QD=47.8404;RBI=0.0546901;REFB=0;REVB=0.0545328;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000386334;OID=.;OPOS=6393707;OREF=CAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:15:13:13:0:6:7:0:0:3:0:6:4:0:0 chr10 6527143 . G A 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00155044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.645;QD=15.7907;RBI=0.0200095;REFB=-0.00228295;REVB=0.0199494;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23497;STB=0.631832;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00216701;OID=.;OPOS=6527143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:14:17:12:27:14:17:12:27 chr10 7285632 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.605;QD=53.2761;RBI=0.0525597;REFB=0;REVB=0.0357207;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123026;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr10 7528738 . G A 419.74 PASS AF=0.385827;AO=50;DP=127;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0994464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0104;QD=13.2201;RBI=0.100651;REFB=-0.0291768;REVB=-0.0155236;RO=76;SAF=29;SAR=21;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439867;STB=0.512581;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0367203;OID=.;OPOS=7528738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:76:78:50:49:0.385827:21:29:41:35:21:28:43:35 chr10 7605077 . TCCAT TCAT,TCATC 1028.91 PASS AF=1,0;AO=66,3;DP=74;FAO=74,0;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154209,-0.00286205;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=23.0113,6.58422;QD=55.6166;RBI=0.0895026,0.11647;REFB=0,0;REVB=-0.0881641,-0.116434;RO=0;SAF=36,1;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.213368,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00146996,0.0384219;OID=.,.;OPOS=7605078,7605079;OREF=C,CAT;OALT=-,ATC;OMAPALT=TCAT,TCATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:66,3:74:74,0:74:0:38,0:36,0:0:0:6:0:36,1:30,2:0:0 chr10 7605101 . A G 1281.25 PASS AF=0.966292;AO=83;DP=86;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=3.76194e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1083;QD=57.5845;RBI=0.0239519;REFB=-0.0276026;REVB=-0.0239519;RO=3;SAF=42;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106079;STB=0.505617;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00693706;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:89:3:3:83:86:0.966292:41:42:2:1:43:43:2:1 chr10 7618501 . A G 1512.62 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.561;QD=59.9058;RBI=0.0152012;REFB=0;REVB=-0.00658507;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64821e-05;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:41:59:0:0:41:60:0:0 chr10 7618685 . GT CG,GG 606.27 PASS AF=0.317073,0.682927;AO=13,28;DP=41;FAO=13,28;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=4,8;FSAR=9,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119711,0.0149271;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=83.7673,159.763;QD=59.1479;RBI=0.0320748,0.024363;REFB=0,0;REVB=0.029757,0.0192545;RO=0;SAF=4,8;SAR=9,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.75204e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0245469,0.00723192;OID=.,.;OPOS=7618685,7618686;OREF=GT,T;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:41:41:0:0:13,28:13,28:0.317073,0.682927:9,20:4,8:0:0:9,20:4,8:0:0 chr10 7679393 . C T 121.46 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0791312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5802;QD=15.1826;RBI=0.0818874;REFB=0.028634;REVB=-0.0210669;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279744;STB=0.660653;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0348053;OID=.;OPOS=7679393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:5:13:6:8:5:13 chr10 7763661 . A G 1556.03 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.517;QD=59.8474;RBI=0.0343846;REFB=0;REVB=0.0189811;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46873e-05;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr10 7780646 . C G 404.73 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00281438;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5899;QD=16.8638;RBI=0.0220634;REFB=-0.00405908;REVB=0.0218832;RO=54;SAF=11;SAR=31;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280393;STB=0.658417;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00448617;OID=.;OPOS=7780646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:54:54:42:42:0.4375:31:11:28:26:31:11:28:26 chr10 7797903 . C CAACT 348.18 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106822;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=268.017;QD=53.5662;RBI=0.0305147;REFB=0;REVB=0.0285839;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000867177;OID=.;OPOS=7797904;OREF=-;OALT=AACT;OMAPALT=CAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:26:26:26:0:17:9:0:0:4:0:16:8:0:0 chr10 7808086 . T C 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0286367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1202;QD=7.0479;RBI=0.0351776;REFB=-0.0119536;REVB=-0.0204303;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306466;STB=0.695912;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0321186;OID=.;OPOS=7808086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:2:6:11:11:2:6:11:11 chr10 8006798 . A G 303.42 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0186871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.889;QD=22.0665;RBI=0.0946972;REFB=-0.0178741;REVB=0.092835;RO=23;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186979;STB=0.609366;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0170495;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:31:31:0.563636:14:17:18:5:14:17:19:5 chr10 8007559 . GT CC 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.027196;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=138.324;QD=22.5346;RBI=0.0421043;REFB=-0.0185071;REVB=0.0321427;RO=15;SAF=3;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213212;STB=0.621215;STBP=0.197;TYPE=mnp;VARB=0.0116045;OID=.;OPOS=8007559;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:16:3:5:10:16:3:5:10 chr10 11299735 . A T 919.87 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.107;QD=58.4041;RBI=0.0169578;REFB=0;REVB=0.0166876;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67518e-05;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:23:39:0:0:23:40:0:0 chr10 11356160 . C T 1480.43 PASS AF=0.990385;AO=97;DP=99;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00366653;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.714;QD=56.9397;RBI=0.0213161;REFB=0.00148341;REVB=0.0209984;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.505375;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000670313;OID=.;OPOS=11356160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:104:0:1:97:103:0.990385:54:43:0:0:57:46:1:0 chr10 11373418 . A ATC 646.11 PASS AF=0.607843;AO=56;DP=106;FAO=62;FDP=102;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00728887;FXX=0.0467246;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.099;QD=25.3377;RBI=0.0195535;REFB=-0.000799547;REVB=-0.0181442;RO=41;SAF=25;SAR=31;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511256;STB=0.548662;STBP=0.255;TYPE=ins;VARB=0.000330498;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.607843:56:106:62:102:40:25:37:21:19:99:41:25:31:21:20 chr10 11373420 . G C 132.8 PASS AF=0.221053;AO=21;DP=106;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.0112078;FXX=0.103764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4013;QD=5.59162;RBI=0.0543202;REFB=-0.020641;REVB=-0.0531514;RO=71;SAF=15;SAR=6;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375862;STB=0.743217;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00916614;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:95:71:74:21:21:0.221053:6:15:29:42:6:15:29:45 chr10 11504313 . C T 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1758;QD=63.868;RBI=0.0168737;REFB=0;REVB=-0.00279797;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017944;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr10 11789382 . G A 272.49 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5523;QD=51.9034;RBI=0.0442254;REFB=0;REVB=-0.0288864;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00203886;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr10 11789402 . G GA 144.5 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199268;FXX=0.296187;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.0601;QD=30.4202;RBI=0.0415512;REFB=0;REVB=0.0364613;RO=24;SAF=1;SAR=2;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936103;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00466627;OID=.;OPOS=11789403;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:27:19:19:0:11:8:0:0:3:24:1:2:10:14 chr10 11789405 . G A 365.02 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0408738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.093;QD=52.1463;RBI=0.0577449;REFB=0.00395657;REVB=0.0407898;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040394;STB=0.521723;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00027401;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:16:11:1:0:16:11:1:0 chr10 11797436 . T C 867.8 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.465;QD=57.8531;RBI=0.0516494;REFB=0;REVB=-0.0377833;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177973;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50125e-05;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:58:60:1:32:26:1:0:32:28:0:0 chr10 11797467 . G A 1018.13 PASS AF=1;AO=68;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104666;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.977;QD=55.7879;RBI=0.181894;REFB=-0.0478205;REVB=0.181592;RO=2;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023155;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:73:2:0:68:73:1:29:39:0:2:34:39:0:0 chr10 11805354 . A G 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.292;QD=63.5759;RBI=0.0306611;REFB=0;REVB=0.0253834;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261001;OID=.;OPOS=11805354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr10 11805357 . GC AC,AT 697.07 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=41,2;DP=45;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500205,0.00847556;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=55.9541,68.342;QD=61.962;RBI=0.0554432,0.0176805;REFB=0,0;REVB=0.0239145,0.0155166;RO=0;SAF=19,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00036131,0.0257466;OID=.,.;OPOS=11805357,11805357;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:0:0:41,2:43,2:0.955556,0.0444444:22,2:19,0:0:0:23,2:20,0:0:0 chr10 12071397 . G A 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00410224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.412;QD=13.9657;RBI=0.00723593;REFB=0.00056561;REVB=-0.00596074;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127259;STB=0.507242;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.000662453;OID=.;OPOS=12071397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:16:14:20:24:16:14:20:24 chr10 12111090 . T C 1156.82 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657665;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9954;QD=60.8852;RBI=0.0752112;REFB=0;REVB=0.0364898;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385477;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr10 12143105 . C G 412.94 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00907215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.532;QD=24.2906;RBI=0.0630508;REFB=0.000578223;REVB=-0.0623947;RO=28;SAF=24;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496691;STB=0.527259;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.000616258;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:16:24:15:13:16:24:15:13 chr10 12148259 . A C 761.31 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000854672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.446;QD=63.4421;RBI=0.0101446;REFB=0;REVB=-0.0101085;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86422e-05;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:24:22:0:0:25:23:0:0 chr10 12148286 . T C 779.72 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0320086;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.4421;QD=53.7739;RBI=0.0423202;REFB=-0.176046;REVB=0.0276847;RO=2;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116172;STB=0.500616;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00423616;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:58:2:2:56:56:0.965517:27:29:1:1:27:29:1:1 chr10 12149939 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.283;QD=47.8205;RBI=0.0290189;REFB=0;REVB=-0.000197086;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198945;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr10 12191933 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.238;QD=57.1055;RBI=0.022835;REFB=0;REVB=0.00935895;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94666e-05;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr10 12209752 . T C 662.32 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.162225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.066;QD=49.0611;RBI=0.1677;REFB=-0.160261;REVB=0.042498;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184579;STB=0.518511;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0035615;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:54:54:1:4:50:50:0.925926:25:25:1:0:25:25:1:3 chr10 12292344 . A G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0127114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.864;QD=14.0974;RBI=0.0127854;REFB=-0.0126739;REVB=-0.00137338;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732572;STB=0.542649;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0123876;OID=.;OPOS=12292344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:11:7:6:7:11:7 chr10 12292454 . A G 195.37 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.036872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3811;QD=17.3663;RBI=0.0407348;REFB=-0.00988392;REVB=0.0173142;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160953;STB=0.679563;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0109794;OID=.;OPOS=12292454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:25:19:20:0.444444:13:6:8:8:13:7:17:8 chr10 12867598 . C G 110.09 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0643416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4373;QD=14.6783;RBI=0.0645001;REFB=0.00974711;REVB=0.00451922;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252173;STB=0.646244;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0228902;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:11:6:8:5:11:6 chr10 12940455 . A G 377.15 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0976611;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.876;QD=52.0205;RBI=0.0979481;REFB=-0.118589;REVB=0.00749218;RO=1;SAF=8;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545937;STB=0.52939;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000570954;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:29:1:1:27:28:0.965517:19:8:1:0:20:8:1:0 chr10 13158257 . G A 61.84 PASS AF=0.615385;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00548969;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.186;QD=19.0262;RBI=0.0235744;REFB=-0.00453428;REVB=0.0229263;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206743;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.0117758;OID=.;OPOS=13158257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:14:13:5:5:7:8:0.615385:3:4:3:2:3:5:3:2 chr10 13158262 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.205;QD=46.8479;RBI=0.0922811;REFB=0;REVB=0.0907841;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689377;OID=.;OPOS=13158262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr10 13166076 . A G 417.97 PASS AF=0.967742;AO=22;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.298;QD=53.932;RBI=0.0331215;REFB=-0.0139456;REVB=0.0113002;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.512812;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000435132;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:22:30:0.967742:13:9:0:0:19:11:0:1 chr10 13206233 . A T 731.24 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208294;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.169;QD=63.5858;RBI=0.0301676;REFB=0;REVB=0.0218225;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122499;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr10 13230950 . C T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0415231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.509;QD=16.7551;RBI=0.0417332;REFB=-0.0169022;REVB=-0.00418245;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333349;STB=0.677428;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0175759;OID=.;OPOS=13230950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:9:15:7:20:9:15:8:20 chr10 13275553 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.649;QD=43.4862;RBI=0.0842256;REFB=0;REVB=0.0822492;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858753;OID=.;OPOS=13275553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr10 13337588 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.368;QD=56.1915;RBI=0.0287185;REFB=0;REVB=-0.0187877;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00456e-06;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr10 13375906 . T C 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00332099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.7;QD=28.8059;RBI=0.00425244;REFB=0.00622814;REVB=-0.00265599;RO=17;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434396;STB=0.502391;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00394821;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:15:13:8:9:15:13:8:9 chr10 13481427 . T A 282.58 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0466199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4129;QD=17.3896;RBI=0.050397;REFB=-0.00762596;REVB=0.0191426;RO=33;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006628;STB=0.513505;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0124145;OID=.;OPOS=13481427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:19:12:13:20:19:12:14:20 chr10 13494594 . T C 407.43 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.00953578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.815;QD=14.2959;RBI=0.0293025;REFB=-0.0100991;REVB=0.0277075;RO=67;SAF=19;SAR=28;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169826;STB=0.595704;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0174485;OID=.;OPOS=13494594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:67:47:47:0.412281:28:19:38:29:28:19:38:29 chr10 13534851 . A G 233.2 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0210644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.083;QD=19.8471;RBI=0.0253004;REFB=0.00949161;REVB=0.0140143;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352189;STB=0.512185;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00947768;OID=.;OPOS=13534851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:22:23:0.489362:12:10:11:13:13:10:11:13 chr10 13629210 . GTTTTG GTTT,GTTTG 65.69 PASS AF=0.414634,0.0243902;AO=5,5;DP=44;FAO=17,1;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=2,0;FSAR=15,1;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.119699,-0.113372;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.3336,11.6854;QD=6.40923;RBI=0.128728,0.113455;REFB=-0.120078,-0.164708;REVB=-0.0473613,-0.00432446;RO=22;SAF=2,1;SAR=3,4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.457831,0.457831;SSSB=-0.0647329,-0.32522;STB=0.762338,0.98857;STBP=0.014,0.468;TYPE=del,del;VARB=0.177559,0.0695757;OID=.,.;OPOS=13629214,13629211;OREF=TG,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTT,GTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634,0.0243902:5,5:44:17,1:41:23:2,0:15,1:10:13:55:22:2,1:3,4:10:12 chr10 13633835 . A G 1307.06 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505774;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8955;QD=62.2408;RBI=0.0517288;REFB=0;REVB=-0.0108534;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604821;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:82:84:1:45:37:0:0:45:39:0:0 chr10 13685766 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.972;QD=51.1844;RBI=0.0260616;REFB=0;REVB=0.0255787;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186456;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr10 13687890 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.133;QD=50.4133;RBI=0.0319954;REFB=0;REVB=-0.00324917;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285473;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr10 13705529 . T C 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0235151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9996;QD=6.2613;RBI=0.0242572;REFB=-0.00926029;REVB=0.00595402;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382737;STB=0.7373;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0291365;OID=.;OPOS=13705529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:16:5:4:3:16:5 chr10 13769842 . A G 433.52 PASS AF=0.813953;AO=31;DP=42;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0377442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.871;QD=40.3275;RBI=0.0577509;REFB=-0.0590987;REVB=0.0437097;RO=8;SAF=9;SAR=22;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382113;STB=0.519988;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0139301;OID=.;OPOS=13769842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:43:8:8:31:35:0.813953:22:9:3:5:25:10:3:5 chr10 14816335 . C T 218.33 PASS AF=0.525;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00782224;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.298;QD=21.8334;RBI=0.00992425;REFB=-0.0269625;REVB=0.00610764;RO=17;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165624;STB=0.5999;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0217428;OID=.;OPOS=14816335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:19:21:21:0.525:15:6:8:9:15:6:9:10 chr10 14976414 . G A 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00920345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.63;QD=28.5595;RBI=0.0160732;REFB=-0.000670787;REVB=0.0131774;RO=10;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903223;STB=0.54995;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000358536;OID=.;OPOS=14976414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:11:9:6:4:11:9:6:4 chr10 14976727 . G C 216.55 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=28;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0526247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7817;QD=29.8689;RBI=0.0612421;REFB=0.0148896;REVB=-0.0313247;RO=9;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112637;STB=0.567204;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00961578;OID=.;OPOS=14976727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:9:9:19:20:0.689655:12:7:5:4:13:7:5:4 chr10 15573050 . A G 1116.77 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.697;QD=60.3658;RBI=0.0892543;REFB=0;REVB=0.0647625;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503068;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr10 15713667 . C G 36.93 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0387439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.488;QD=13.4276;RBI=0.0403851;REFB=-0.0293132;REVB=0.0113959;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28673;STB=0.666254;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0211743;OID=.;OPOS=15713667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:5:6:0.545455:4:1:0:4:5:1:0:5 chr10 16547058 . A G 1509.21 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0375894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.823;QD=60.3685;RBI=0.0377383;REFB=-0.0249873;REVB=0.00334914;RO=2;SAF=33;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278724;STB=0.51083;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000261367;OID=.;OPOS=16547058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:100:100:2:3:97:97:0.97:64:33:2:0:64:33:2:1 chr10 16556204 . C CAT 85.66 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0105327;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.989;QD=11.4216;RBI=0.0110063;REFB=-0.0183314;REVB=-0.00319384;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163444;STB=0.577828;STBP=0.615;TYPE=ins;VARB=0.0272513;OID=.;OPOS=16556205;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:11:32:11:30:19:2:9:5:14:85:21:2:9:6:15 chr10 16796919 . C A 1000.51 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.001;QD=58.8533;RBI=0.0118988;REFB=0;REVB=-0.0084589;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72881e-06;OID=.;OPOS=16796919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr10 16870912 . G T 674.21 PASS AF=0.5;AO=64;DP=131;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00549876;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.66;QD=20.1256;RBI=0.00551433;REFB=-0.019865;REVB=-0.000414052;RO=67;SAF=36;SAR=28;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00962886;STB=0.507582;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0179299;OID=.;OPOS=16870912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:67:67:64:67:0.5:28:36:37:30:29:38:37:30 chr10 16918997 . T C 399.29 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0172037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.204;QD=15.3573;RBI=0.0320804;REFB=-0.0106556;REVB=-0.0270774;RO=59;SAF=15;SAR=30;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265627;STB=0.649284;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0170319;OID=.;OPOS=16918997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:30:15:35:24:30:15:35:24 chr10 16919052 . T C 300.23 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0556349;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.825;QD=16.2286;RBI=0.0559741;REFB=-0.0157736;REVB=-0.00615239;RO=41;SAF=9;SAR=24;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300582;STB=0.670049;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0132936;OID=.;OPOS=16919052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:24:9:23:18:24:9:23:18 chr10 16943371 . G A,C 733.31 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,44;DP=46;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028135,-0.028843;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.54,242.92;QD=62.4095;RBI=0.0518649,0.0493864;REFB=0,0;REVB=0.0435705,0.0400887;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.130544,-0.00062832;OID=.,.;OPOS=16943371,16943371;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:46:47:0:0:2,44:2,45:0.0425532,0.957447:0,33:2,11:0:0:0,34:2,11:0:0 chr10 16955834 . C T 131.29 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.016607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2589;QD=14.1931;RBI=0.0181477;REFB=0.000386649;REVB=-0.00731752;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125611;STB=0.560358;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0012451;OID=.;OPOS=16955834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:9:6:11:10:9:6:11:11 chr10 16967401 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.815;QD=62.0197;RBI=0.0247493;REFB=0;REVB=-0.00969409;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94469e-05;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr10 16967586 . C G 103.74 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0168073;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.278;QD=9.43132;RBI=0.0364969;REFB=0.00444337;REVB=-0.0323965;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957769;STB=0.576399;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.0127374;OID=.;OPOS=16967586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:29:31:13:13:0.295455:6:7:18:11:6:7:20:11 chr10 17024503 . G A 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00211102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.078;QD=55.0442;RBI=0.00846499;REFB=-0.000992468;REVB=0.00819754;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165384;STB=0.508769;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=2.2848e-05;OID=.;OPOS=17024503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:28:27:0:1:28:27:0:1 chr10 17024615 . A T 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.385;QD=55.0901;RBI=0.0676853;REFB=0;REVB=0.0101887;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240147;OID=.;OPOS=17024615;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr10 17113563 . C T 567.43 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0216574;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0061;QD=22.4726;RBI=0.0298126;REFB=-0.0199209;REVB=-0.0204878;RO=45;SAF=27;SAR=29;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00548812;STB=0.503008;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0156429;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:45:56:56:0.554455:29:27:22:23:29:27:22:23 chr10 17130199 . G A 142.97 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00239878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3341;QD=10.7899;RBI=0.0456588;REFB=-0.0099155;REVB=-0.0455957;RO=33;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17443;STB=0.623236;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0115001;OID=.;OPOS=17130199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:35:18:18:0.339623:6:12:17:16:6:12:17:18 chr10 17147521 . G T 293.93 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0251462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1412;QD=17.5482;RBI=0.0768508;REFB=-0.00106807;REVB=-0.0726203;RO=35;SAF=11;SAR=21;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266734;STB=0.649391;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.000313367;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:21:11:22:13:21:11:22:13 chr10 17156151 . A G 407.34 PASS AF=0.56338;AO=32;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0327902;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.472;QD=22.9487;RBI=0.0329586;REFB=-0.0157045;REVB=-0.00332731;RO=27;SAF=19;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213169;STB=0.563349;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0131051;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:31:32:40:0.56338:13:19:9:18:20:20:11:20 chr10 17204247 . A T 55.95 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=20;FAO=5;FDP=9;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.104754;FXX=0.0999001;HRUN=15;LEN=1;MLLD=25.0204;QD=24.8669;RBI=0.232113;REFB=0.102755;REVB=-0.20713;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230959;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.222421;OID=.;OPOS=17204247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:20:9:5:2:10:5:0.555556:6:4:4:1:3:2:1:1 chr10 17210822 . A C 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00954822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.031;QD=13.4589;RBI=0.0190312;REFB=-0.0235691;REVB=0.0164626;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781197;STB=0.545399;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0342315;OID=.;OPOS=17210822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:8:18:10:6:8:18 chr10 17243638 . G C 239.54 PASS AF=0.411765;AO=22;DP=61;FAO=21;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00760182;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.634;QD=18.7872;RBI=0.00829871;REFB=-0.0183608;REVB=-0.0033288;RO=28;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12086;STB=0.533302;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0256451;OID=.;OPOS=17243638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:51:28:25:22:21:0.411765:17:5:9:19:14:7:7:18 chr10 17256354 . ATT ATA,AT 1047.97 PASS AF=0.0808824,0.919118;AO=11,58;DP=131;FAO=11,125;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=0,51;FSAR=11,74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821044,1.06606;FXX=0.0144917;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=195.316,11.0486;QD=30.8228;RBI=0.0849846,1.06836;REFB=-0.031054,-0.041023;REVB=-0.0219376,0.0700196;RO=52;SAF=0,2;SAR=11,56;SRF=41;SRR=11;SSEN=0,0.448276;SSEP=0,0;SSSB=-0.811148,-0.798877;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.067892,0.0279438;OID=.,.;OPOS=17256356,17256355;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0808824,0.919118:11,58:131:11,125:136:0:0,51:11,74:0:0:36:52:0,2:11,56:41:11 chr10 17641309 . T C 268.22 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.000265995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.394;QD=21.8952;RBI=0.00733576;REFB=-0.0169737;REVB=0.00733094;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037189;STB=0.529581;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0256241;OID=.;OPOS=17641309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:13:11:12:12:14:11:12:12 chr10 17891705 . A G 427.96 PASS AF=0.37594;AO=49;DP=132;FAO=50;FDP=133;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=56;FWDB=0.0197212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.804;QD=12.871;RBI=0.0197298;REFB=-0.00444936;REVB=-0.000584806;RO=81;SAF=13;SAR=36;SRF=26;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748103;STB=0.533995;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0110619;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:81:83:49:50:0.37594:36:13:26:55:36:14:27:56 chr10 18242304 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.322;QD=57.2014;RBI=0.0220525;REFB=0;REVB=0.000878965;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136814;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr10 18254606 . C A 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00212308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.106;QD=23.8999;RBI=0.00767396;REFB=0.00729145;REVB=0.00737443;RO=23;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928247;STB=0.551738;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00439771;OID=.;OPOS=18254606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:17:10:11:12:17:10:11:12 chr10 18266989 . G A 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0120853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.91;QD=14.0966;RBI=0.0121008;REFB=0.00191831;REVB=0.000612095;RO=17;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371638;STB=0.73261;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00277829;OID=.;OPOS=18266989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:18:13:13:0.419355:3:10:7:10:3:10:7:11 chr10 18439808 . T G 61.2 PASS AF=0.4;AO=11;DP=23;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0269647;FXX=0.130378;HRUN=25;LEN=1;MLLD=79.898;QD=12.2391;RBI=0.0277283;REFB=0.00204253;REVB=-0.00646241;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268832;STB=0.850411;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00246976;OID=.;OPOS=18439808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:23:20:12:12:11:8:0.4:4:7:4:8:1:7:4:8 chr10 18828464 . T C 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0320639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0583;QD=18.4808;RBI=0.0709603;REFB=-0.0116505;REVB=-0.0633029;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103365;STB=0.558841;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00956334;OID=.;OPOS=18828464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:11:10:7:12:11:10 chr10 18829981 . A ATGTT 166.07 PASS AF=0.25;AO=22;DP=100;FAO=24;FDP=96;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.00227434;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=4;MLLD=226.233;QD=6.91943;RBI=0.00230805;REFB=-0.00435252;REVB=-0.000393045;RO=74;SAF=8;SAR=14;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724839;STB=0.521259;STBP=0.805;TYPE=ins;VARB=0.0132953;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:22:100:24:96:72:10:14:32:40:99:74:8:14:31:43 chr10 19492832 . A C 757.21 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.529;QD=63.1012;RBI=0.0888522;REFB=0;REVB=0.0130478;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304863;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:32:15:0:0:33:15:0:0 chr10 19498278 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.4;QD=57.5452;RBI=0.0284842;REFB=0;REVB=0.0141237;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73717e-05;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr10 19620407 . A C 506.75 PASS AF=0.387097;AO=60;DP=155;FAO=60;FDP=155;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.0255893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4972;QD=13.0775;RBI=0.0516056;REFB=-0.0166453;REVB=0.0448144;RO=94;SAF=32;SAR=28;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104655;STB=0.555728;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0334579;OID=.;OPOS=19620407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:94:95:60:60:0.387097:28:32:41:53:28:32:42:53 chr10 19620439 . A G 522.85 PASS AF=0.385093;AO=62;DP=161;FAO=62;FDP=161;FR=.;FRO=99;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.0075233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.102;QD=12.99;RBI=0.0331559;REFB=-0.0125997;REVB=0.0322911;RO=96;SAF=30;SAR=32;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613716;STB=0.53678;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0183404;OID=.;OPOS=19620439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:96:99:62:62:0.385093:32:30:41:55:32:30:42:57 chr10 19636869 . G T 176.24 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00488258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0008;QD=20.7342;RBI=0.00491237;REFB=0.00325235;REVB=-0.000540233;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990444;STB=0.555497;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00253486;OID=.;OPOS=19636869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:13:5:3:13:13:5:3:13 chr10 19641035 . T C 477.71 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0086108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.326;QD=22.219;RBI=0.0100788;REFB=-0.0337262;REVB=-0.00523801;RO=38;SAF=19;SAR=27;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508738;STB=0.517609;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0245104;OID=.;OPOS=19641035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:40:46:46:0.534884:27:19:18:20:27:19:18:22 chr10 19678286 . C T 1154.18 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.075;QD=60.7461;RBI=0.0409548;REFB=0;REVB=0.027543;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116364;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:45:30:0:0:46:30:0:0 chr10 19678449 . A G 346.27 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00978608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.213;QD=16.8914;RBI=0.020678;REFB=-0.00343729;REVB=-0.0182158;RO=43;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396341;STB=0.508301;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0038881;OID=.;OPOS=19678449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:45:37:37:0.45122:20:17:18:25:20:17:20:25 chr10 19678497 . G A 850.32 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00792697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6229;QD=57.6489;RBI=0.0297863;REFB=0;REVB=0.0287121;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31139e-05;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr10 19778072 . A G 1368.61 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00118638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.086;QD=60.1588;RBI=0.00892064;REFB=0.0169712;REVB=0.00884139;RO=2;SAF=26;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150409;STB=0.507811;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00012645;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:88:89:0.978022:62:26:0:2:63:26:0:2 chr10 19780543 . C T 331.03 PASS AF=0.439024;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0407146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2317;QD=16.1478;RBI=0.0548512;REFB=-0.0345252;REVB=0.0367557;RO=46;SAF=14;SAR=21;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166685;STB=0.5994;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0293927;OID=.;OPOS=19780543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:35:36:0.439024:21:14:26:20:22:14:26:20 chr10 19884264 . G A 255.78 PASS AF=0.484848;AO=29;DP=63;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0662187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.914;QD=15.5019;RBI=0.0669121;REFB=-0.0414732;REVB=0.00960753;RO=31;SAF=9;SAR=20;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130852;STB=0.505227;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0372588;OID=.;OPOS=19884264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:31:34:29:32:0.484848:20:9:10:21:21:11:12:22 chr10 19887292 . T G 688.67 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=124;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00879791;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.959;QD=22.2152;RBI=0.0345768;REFB=-0.0230664;REVB=0.0334388;RO=56;SAF=43;SAR=24;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123019;STB=0.564057;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0210005;OID=.;OPOS=19887292;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:57:67:67:0.540323:24:43:28:28:24:43:29:28 chr10 19896830 . C A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.672;QD=57.5445;RBI=0.0116582;REFB=0;REVB=0.0098721;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74285e-05;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr10 20036605 . A AGT 130.05 PASS AF=1;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139934;FXX=0.266489;HRUN=0;LEN=2;MLLD=112.103;QD=47.2897;RBI=0.0279577;REFB=0;REVB=0.0242037;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410382;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000249491;OID=.;OPOS=20036606;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:24:11:11:0:5:6:0:0:3:12:5:6:11:1 chr10 20036609 . C A 97.86 PASS AF=0.909091;AO=8;DP=12;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.038932;FXX=0.214133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1508;QD=35.5842;RBI=0.0441832;REFB=-0.0836378;REVB=0.0208914;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.047066;OID=.;OPOS=20036609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:12:11:1:1:8:10:0.909091:3:5:1:0:4:6:1:0 chr10 20357183 . A G 152.44 PASS AF=0.425;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0179762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.389;QD=15.2439;RBI=0.0182421;REFB=-0.00357071;REVB=0.0031033;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223352;STB=0.592375;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0089817;OID=.;OPOS=20357183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:16:17:0.425:9:7:5:17:10:7:6:17 chr10 20500592 . T C 460.16 PASS AF=0.464646;AO=44;DP=97;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00673312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.15;QD=18.5923;RBI=0.0172332;REFB=-0.0170803;REVB=0.0158635;RO=53;SAF=26;SAR=18;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808853;STB=0.554431;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0208656;OID=.;OPOS=20500592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:53:53:44:46:0.464646:18:26:27:26:18:28:27:26 chr10 20534333 . A G 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0240832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4028;QD=15.6166;RBI=0.0268998;REFB=0.00271112;REVB=0.0119834;RO=42;SAF=11;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241334;STB=0.642769;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00545783;OID=.;OPOS=20534333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:43:33:33:0.434211:22:11:24:18:22:11:25:18 chr10 21071191 . G C 127.72 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0167569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.273;QD=11.8812;RBI=0.0167619;REFB=-0.00389896;REVB=0.000408619;RO=26;SAF=13;SAR=2;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121165;STB=0.632228;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00861961;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:28:15:15:0.348837:2:13:21:5:2:13:21:7 chr10 21074344 . A G 475.62 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0116792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0454;QD=21.8676;RBI=0.0371143;REFB=-0.00608855;REVB=0.0352288;RO=41;SAF=28;SAR=18;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206939;STB=0.614108;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00516863;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:18:28:15:26:18:28:15:26 chr10 21074455 . T C 688.53 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.000991602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.262;QD=20.7077;RBI=0.0159222;REFB=-0.0194501;REVB=0.0158913;RO=65;SAF=37;SAR=31;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100461;STB=0.55527;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0184553;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:65:68:68:0.511278:31:37:28:37:31:37:28:37 chr10 21108377 . C T 337.56 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.000978296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.062;QD=14.838;RBI=0.0309063;REFB=-0.012364;REVB=-0.0308908;RO=52;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113146;STB=0.562763;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0138239;OID=.;OPOS=21108377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:52:54:37:37:0.406593:18:19:21:31:18:19:22:32 chr10 21157621 . G T 830.75 PASS AF=0.566176;AO=77;DP=136;FAO=77;FDP=136;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0166486;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0438;QD=24.4337;RBI=0.0499324;REFB=-0.0205213;REVB=-0.0470751;RO=59;SAF=42;SAR=35;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798147;STB=0.543467;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0156677;OID=.;OPOS=21157621;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:59:59:77:77:0.566176:35:42:38:21:35:42:38:21 chr10 21414892 . C G 820.02 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.934;QD=55.5947;RBI=0.0570491;REFB=-0.0736373;REVB=-0.0543496;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000327088;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:1:0:28:30:1:0 chr10 21415006 . T C 663.22 PASS AF=0.458599;AO=71;DP=159;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=-0.00174679;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.684;QD=16.8972;RBI=0.00356419;REFB=-0.0121279;REVB=-0.00310679;RO=83;SAF=33;SAR=38;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144616;STB=0.582476;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0133338;OID=.;OPOS=21415006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:83:85:71:72:0.458599:38:33:51:32:39:33:52:33 chr10 21435340 . ACACT A 158.37 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00757586;FXX=0.083316;HRUN=1;LEN=4;MLLD=216.52;QD=14.3968;RBI=0.0191506;REFB=-0.00486555;REVB=-0.0175884;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277166;STB=0.51611;STBP=0.893;TYPE=del;VARB=0.00936652;OID=.;OPOS=21435341;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:17:48:17:44:27:8:9:12:15:99:27:8:9:12:15 chr10 21962451 . AG AA,A 58.29 PASS AF=0.0487805,0.256098;AO=4,27;DP=83;FAO=4,21;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=1,5;FSAR=3,16;FSRF=12;FSRR=45;FWDB=0.00530665,0.0410391;FXX=0.0120467;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=24.6277,7.36137;QD=2.84347;RBI=0.0337577,0.0416214;REFB=-0.0647997,-0.11444;REVB=0.033338,0.00693816;RO=42;SAF=1,4;SAR=3,23;SRF=9;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0539704,-0.123727;STB=0.551482,0.52857;STBP=0.917,0.797;TYPE=snp,del;VARB=0.00548788,0.0857686;OID=.,.;OPOS=21962452,21962452;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0487805,0.256098:4,27:83:4,21:82:57:1,5:3,16:12:45:46:42:1,4:3,23:9:33 chr10 22498209 . A G 149.4 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00677525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.24;QD=20.6074;RBI=0.0746447;REFB=-0.0462461;REVB=0.0743366;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913102;STB=0.55166;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0424557;OID=.;OPOS=22498209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:12:13:15:16:0.551724:8:7:7:5:8:8:8:5 chr10 22498468 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0157852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3035;QD=13.5053;RBI=0.0495714;REFB=-0.0158592;REVB=0.046991;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208227;STB=0.53211;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0224501;OID=.;OPOS=22498468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:7:5:7:9:7:5:8:9 chr10 22498484 . C CAGA 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.025564;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.925;QD=16.6272;RBI=0.0302405;REFB=-0.0255787;REVB=-0.0161547;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230409;STB=0.632566;STBP=0.196;TYPE=ins;VARB=0.0250923;OID=.;OPOS=22498485;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:13:27:13:27:14:8:5:5:9:99:14:8:5:5:9 chr10 22498749 . A T 1402.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2425;QD=62.3287;RBI=0.0444299;REFB=0;REVB=0.0314653;RO=0;SAF=59;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605216;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:30:59:0:0:30:60:0:0 chr10 22518522 . T C 102.32 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0276212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.7783;QD=24.0748;RBI=0.0416246;REFB=-0.00119518;REVB=-0.0311397;RO=5;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166212;STB=0.517212;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.000628283;OID=.;OPOS=22518522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:16:17:5:5:11:12:0.705882:9:2:1:4:10:2:1:4 chr10 22825596 . C T 135.61 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0210145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5868;QD=18.0806;RBI=0.0326634;REFB=-0.0183382;REVB=-0.0250058;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124555;STB=0.571331;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0354253;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:10:5:7:8:10:5:7:8 chr10 22839628 . T C 258.36 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.00748535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.688;QD=13.9656;RBI=0.00750438;REFB=0.00931508;REVB=0.000534157;RO=43;SAF=10;SAR=20;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366989;STB=0.525756;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0125554;OID=.;OPOS=22839628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:43:44:30:30:0.405405:20:10:13:30:20:10:13:31 chr10 23297301 . C T 2756.67 PASS AF=0.972973;AO=179;DP=187;FAO=180;FDP=185;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0132367;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.611;QD=59.6037;RBI=0.0272685;REFB=0.00967491;REVB=-0.0238403;RO=5;SAF=44;SAR=135;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173027;STB=0.509024;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.000479991;OID=.;OPOS=23297301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:187:185:5:5:179:180:0.972973:135:44:0:5:136:44:0:5 chr10 23482634 . GTC G,GC,GCC 93.46 PASS AF=0.818182,0.181818,0;AO=4,4,4;DP=13;FAO=9,2,0;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2,0;FSAR=2,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928316,-0.0117613,-0.0242461;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=92.3596,87.9222,79.6953;QD=33.9857;RBI=0.0542835,0.0170507,0.0372808;REFB=0,0,0;REVB=0.0534838,0.0123449,-0.0283193;RO=0;SAF=4,2,4;SAR=0,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00203581,0.0349726,0;OID=.,.,.;OPOS=23482635,23482635,23482635;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=G,GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.818182,0.181818,0:4,4,4:13:9,2,0:11:0:7,2,0:2,0,0:0:0:7:0:4,2,4:0,2,0:0:0 chr10 23482991 . AGAT A 191.95 PASS AF=0.5;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00486891;FXX=0.0952154;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.054;QD=20.2047;RBI=0.00881789;REFB=-0.0248171;REVB=0.00735179;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0270934;OID=.;OPOS=23482992;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:18:41:19:38:19:10:9:10:9:99:14:10:8:8:6 chr10 23556110 . A G 200.0 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0137854;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=102.719;QD=13.5591;RBI=0.0140431;REFB=-0.0157495;REVB=0.00267761;RO=33;SAF=18;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349968;STB=0.716627;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0306485;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:35:24:24:0.40678:6:18:14:19:6:18:14:21 chr10 23633566 . C A 170.21 PASS AF=0.252632;AO=24;DP=95;FAO=24;FDP=95;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0283804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.107;QD=7.16671;RBI=0.0314833;REFB=-0.0161724;REVB=-0.0136291;RO=71;SAF=13;SAR=11;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145996;STB=0.588265;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0488729;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:71:71:24:24:0.252632:11:13:30:41:11:13:30:41 chr10 23688486 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0216128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.299;QD=12.0145;RBI=0.038036;REFB=-0.00955073;REVB=-0.0312989;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585813;STB=0.852542;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00934336;OID=.;OPOS=23688486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:1:6:1:5:1:6 chr10 23688521 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0141592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.371;QD=12.0157;RBI=0.0325123;REFB=-0.0033028;REVB=0.0292671;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633322;STB=0.852542;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00241184;OID=.;OPOS=23688521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:1:5:0:6:1:5:1:6 chr10 24721946 . A C 204.5 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00228729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4642;QD=22.722;RBI=0.0413826;REFB=-0.0395836;REVB=0.0413194;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178387;STB=0.5999;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0459347;OID=.;OPOS=24721946;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:10:6:12:8:10:6 chr10 24790393 . A G 992.79 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.973;QD=57.5529;RBI=0.0310916;REFB=-0.135223;REVB=0.00280453;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129488;STB=0.506847;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000575571;OID=.;OPOS=24790393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:36:32:0:1:36:32:0:1 chr10 24813454 . G A 168.81 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0142948;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3351;QD=15.3461;RBI=0.0386129;REFB=-0.0274263;REVB=0.0358695;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139073;STB=0.580553;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.050406;OID=.;OPOS=24813454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:6:12:14:12:6:12:14:12 chr10 24832885 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0216526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.626;QD=12.7823;RBI=0.0381571;REFB=-0.0194759;REVB=0.0314186;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400953;STB=0.74022;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0167026;OID=.;OPOS=24832885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:8:2:8:6:8:2:8:6 chr10 24873369 . C G 331.28 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00678452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.357;QD=18.6636;RBI=0.0178885;REFB=-0.0104438;REVB=-0.016552;RO=35;SAF=23;SAR=12;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282143;STB=0.663369;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0223243;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:36:35:35:0.492958:12:23:12:23:12:23:12:24 chr10 24879281 . A G 934.31 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.433;QD=57.496;RBI=0.00976933;REFB=0;REVB=0.00761808;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25821e-05;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:65:0:0:57:65:1:27:30:0:0:32:33:0:0 chr10 24908686 . T C 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00385834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.749;QD=15.2612;RBI=0.0359229;REFB=-0.0318964;REVB=-0.0357151;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230345;STB=0.513348;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0229476;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:7:9:7:6:7:9 chr10 24909854 . T C 521.58 PASS AF=0.451613;AO=54;DP=122;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0116573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7952;QD=16.8251;RBI=0.0353505;REFB=-0.023283;REVB=0.0333732;RO=67;SAF=19;SAR=35;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216887;STB=0.631129;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0306768;OID=.;OPOS=24909854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:67:68:54:56:0.451613:35:19:38:29:37:19:39:29 chr10 24929141 . G A 3300.98 PASS AF=0.99537;AO=214;DP=217;FAO=215;FDP=216;FR=.;FRO=1;FSAF=106;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00986199;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.686;QD=61.1293;RBI=0.0508332;REFB=-0.133602;REVB=0.0498674;RO=0;SAF=105;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502347;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000206911;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:217:216:0:1:214:215:0.99537:109:105:0:0:109:106:1:0 chr10 25701341 . C G 402.55 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0817706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7542;QD=15.633;RBI=0.0817804;REFB=-0.0107974;REVB=0.00126467;RO=50;SAF=20;SAR=25;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00425466;STB=0.541107;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0122363;OID=.;OPOS=25701341;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:103:50:58:45:45:0.436893:25:20:22:28:25:20:30:28 chr10 25861632 . C T 433.16 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0287227;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6411;QD=14.9367;RBI=0.0380999;REFB=-0.0182471;REVB=-0.0250322;RO=66;SAF=29;SAR=20;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485211;STB=0.523456;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0251019;OID=.;OPOS=25861632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:67:49:49:0.422414:20:29:36:30:20:29:37:30 chr10 25888180 . A G 61.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.913;QD=34.9318;RBI=0.0275081;REFB=0;REVB=-0.00782404;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828876;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:5:2:0:0 chr10 26355906 . G A 291.97 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00987892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6067;QD=21.6277;RBI=0.100433;REFB=-0.0091657;REVB=-0.0999457;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480084;STB=0.526565;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00780084;OID=.;OPOS=26355906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:13:17:15:9:13:17:15:9 chr10 26355992 . A G 146.82 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0145746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.945;QD=11.294;RBI=0.019153;REFB=-0.0158062;REVB=-0.0124265;RO=30;SAF=3;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391877;STB=0.725521;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0303176;OID=.;OPOS=26355992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:34:18:18:0.346154:15:3:14:16:15:3:15:19 chr10 26357747 . CG TA 143.19 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00668818;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.056;QD=13.6366;RBI=0.0613263;REFB=-0.00684979;REVB=-0.0609605;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14358;STB=0.583234;STBP=0.417;TYPE=mnp;VARB=0.00878704;OID=.;OPOS=26357747;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:8:18:9:7:8:18 chr10 26446312 . G A 328.31 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.022024;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.283;QD=20.2035;RBI=0.0249602;REFB=-0.0220487;REVB=-0.0117455;RO=31;SAF=24;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609026;STB=0.533878;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0183381;OID=.;OPOS=26446312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:10:24:20:11:10:24:20:11 chr10 26463043 . A T 41.89 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00873994;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=223.891;QD=7.97869;RBI=0.00918716;REFB=-0.00615886;REVB=0.0028315;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427406;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00949483;OID=.;OPOS=26463043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:21:21:8:15:6:6:0.285714:2:4:5:3:2:4:10:5 chr10 26463130 . C A 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0451484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.981;QD=10.8834;RBI=0.0451677;REFB=-0.00386429;REVB=0.0013214;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128213;STB=0.59612;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00494687;OID=.;OPOS=26463130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:5:4:8:6:5:4:9:6 chr10 26505822 . G A 427.07 PASS AF=0.478261;AO=41;DP=89;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.101027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0267;QD=18.5683;RBI=0.123544;REFB=-0.0608604;REVB=0.0711099;RO=48;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519145;STB=0.544359;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0740695;OID=.;OPOS=26505822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:48:48:41:44:0.478261:20:21:22:26:21:23:21:27 chr10 26991067 . CG C 127.02 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0718072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.9454;QD=42.3395;RBI=0.0723807;REFB=0;REVB=0.00909334;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00569258;OID=.;OPOS=26991068;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:12:12:12:0:4:8:0:0:4:0:4:8:0:0 chr10 27035259 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0262339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.977;QD=18.6371;RBI=0.027039;REFB=-0.0159105;REVB=-0.00654916;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161058;OID=.;OPOS=27035259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:7:9:9:7:7:9 chr10 27303605 . A T 241.07 PASS AF=0.45;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.116612;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3319;QD=16.0712;RBI=0.12691;REFB=-0.0296964;REVB=0.0500792;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178571;STB=0.555514;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0250856;OID=.;OPOS=27303605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:60:28:33:27:27:0.45:12:15:10:18:12:15:15:18 chr10 27317840 . C T 207.93 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0430135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4562;QD=13.4148;RBI=0.0430641;REFB=-0.0184018;REVB=-0.00208774;RO=37;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191341;STB=0.609635;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0340565;OID=.;OPOS=27317840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:16:9:20:17:16:9:20:17 chr10 27349268 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.022398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.854;QD=14.6498;RBI=0.0249605;REFB=-0.0179092;REVB=-0.0110162;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390222;STB=0.726176;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0193446;OID=.;OPOS=27349268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:13:6:10:4:13:6 chr10 27377283 . A T 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0106187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.17;QD=12.5628;RBI=0.0123835;REFB=-0.0119607;REVB=-0.00637136;RO=35;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193169;STB=0.611548;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0111321;OID=.;OPOS=27377283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:8:14:16:19:8:14:16:19 chr10 27381349 . T C 173.05 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.026799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6;QD=18.7079;RBI=0.0572648;REFB=-0.0242078;REVB=0.050607;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512182;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.029297;OID=.;OPOS=27381349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:8:10:10:8:8:10:11:8 chr10 27389197 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.68;QD=52.6132;RBI=0.0501395;REFB=0;REVB=0.0481552;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363425;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:4:18:0:0:4:18:0:0 chr10 27400861 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1463;QD=56.7047;RBI=0.0404908;REFB=0;REVB=0.034646;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762968;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr10 27434483 . G A 410.64 PASS AF=0.554054;AO=40;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0179168;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.768;QD=22.1969;RBI=0.0183518;REFB=-0.0286855;REVB=0.00397214;RO=34;SAF=15;SAR=25;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131868;STB=0.569049;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0148918;OID=.;OPOS=27434483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:33:40:41:0.554054:25:15:18:16:26:15:17:16 chr10 27436566 . T C 130.53 PASS AF=0.3;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.015879;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.564;QD=8.70214;RBI=0.0263725;REFB=-0.00904945;REVB=-0.0210563;RO=41;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124158;STB=0.580067;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0206544;OID=.;OPOS=27436566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:41:42:18:18:0.3:10:8:14:27:10:8:14:28 chr10 27459319 . T C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00253444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.948;QD=15.1959;RBI=0.0411859;REFB=0.00381568;REVB=0.0411078;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552695;STB=0.519203;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00475854;OID=.;OPOS=27459319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:9:5:7:10:9:5:7:11 chr10 27459670 . C T 167.41 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0301813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.705;QD=23.0916;RBI=0.0370598;REFB=-0.00590741;REVB=0.0215062;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174678;STB=0.598208;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00593678;OID=.;OPOS=27459670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:7:5:11:6:7:5 chr10 27459746 . C G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0255837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.762;QD=15.9169;RBI=0.0290623;REFB=-0.00727649;REVB=-0.0137874;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274687;STB=0.515899;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00974141;OID=.;OPOS=27459746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:4:9:10:5:4:9:10:5 chr10 27475444 . T C 163.19 PASS AF=0.4;AO=16;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0204218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.21;QD=14.5058;RBI=0.0245941;REFB=0.00323202;REVB=0.0137048;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929258;STB=0.559936;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00412455;OID=.;OPOS=27475444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:27:16:18:0.4:10:6:8:19:11:7:8:19 chr10 27475693 . T C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0487785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.484;QD=17.1572;RBI=0.0489185;REFB=-0.0108806;REVB=-0.00369881;RO=19;SAF=3;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34437;STB=0.716248;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.010603;OID=.;OPOS=27475693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:14:3:9:10:14:3:10:10 chr10 27508758 . T C 260.2 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0209207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6205;QD=14.4556;RBI=0.0731765;REFB=-0.0220799;REVB=0.0701222;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047558;STB=0.541639;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0355121;OID=.;OPOS=27508758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:42:29:30:0.416667:14:15:22:17:15:15:24:18 chr10 27538797 . G A 180.46 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0294352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.029;QD=16.041;RBI=0.0306141;REFB=-0.00449372;REVB=-0.00841407;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296408;STB=0.668043;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00301411;OID=.;OPOS=27538797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:20:6:10:9:20:6 chr10 27624494 . G A 332.95 PASS AF=0.467532;AO=30;DP=72;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0112577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3657;QD=17.2962;RBI=0.0496016;REFB=-0.0249189;REVB=0.0483071;RO=39;SAF=20;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13622;STB=0.574032;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0267647;OID=.;OPOS=27624494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:39:41:30:36:0.467532:10:20:21:18:12:24:22:19 chr10 27687775 . T C 762.72 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4785;QD=54.4797;RBI=0.0154021;REFB=0.0348159;REVB=-0.0041286;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192307;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00178812;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:30:24:1:0:30:25:1:0 chr10 27692205 . G A 336.68 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00300576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.769;QD=17.2659;RBI=0.0316054;REFB=-0.0150262;REVB=-0.0314621;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107317;STB=0.565921;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0277232;OID=.;OPOS=27692205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:19:17:24:17:19:17:25:17 chr10 27692279 . A C 351.07 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00932494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.119;QD=18.0038;RBI=0.0112169;REFB=-0.0163864;REVB=0.0062342;RO=40;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125801;STB=0.513506;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0164444;OID=.;OPOS=27692279;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:37:37:0.474359:19:18:20:20:19:18:21:20 chr10 27702624 . G T 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0179963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.141;QD=18.248;RBI=0.0189846;REFB=-0.0269355;REVB=0.00604543;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322932;STB=0.51849;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0176695;OID=.;OPOS=27702624;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:6:6:7:6:6:6 chr10 27794104 . T G 216.35 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0199657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.82;QD=18.0294;RBI=0.0384267;REFB=-0.000104801;REVB=0.0328327;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604045;STB=0.520814;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.000370061;OID=.;OPOS=27794104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:11:10:14:12:11:11:14:12 chr10 28228865 . A G 303.0 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0121519;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.767;QD=14.4287;RBI=0.029589;REFB=-0.0180069;REVB=-0.0269786;RO=49;SAF=19;SAR=14;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173501;STB=0.505048;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0191102;OID=.;OPOS=28228865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:33:34:0.404762:14:19:29:20:14:20:29:21 chr10 28260151 . A G 496.92 PASS AF=0.51;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00581944;FXX=0.0196059;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.233;QD=19.877;RBI=0.00896155;REFB=-0.00937865;REVB=-0.00681494;RO=48;SAF=20;SAR=31;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151128;STB=0.588573;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00852363;OID=.;OPOS=28260151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:48:49:51:51:0.51:31:20:27:21:31:20:28:21 chr10 28345418 . T C 298.27 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00672966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.157;QD=13.5576;RBI=0.00718003;REFB=-0.00329154;REVB=0.00250289;RO=54;SAF=16;SAR=18;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130698;STB=0.574425;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00687633;OID=.;OPOS=28345418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:18:16:32:22:18:16:32:22 chr10 28378758 . T C 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0074965;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.783;QD=16.5778;RBI=0.00750042;REFB=-0.00299184;REVB=-0.00024238;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10177;STB=0.557108;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00367603;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:16:16:15:23:16:16:15:23 chr10 28438917 . G T 287.38 PASS AF=0.619048;AO=24;DP=39;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0205348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.374;QD=27.3698;RBI=0.0219397;REFB=-0.0488508;REVB=0.00772487;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041004;STB=0.533308;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0282497;OID=.;OPOS=28438917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:15:16:24:26:0.619048:13:11:6:9:14:12:6:10 chr10 28731618 . T C 657.76 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182503;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3932;QD=61.1872;RBI=0.113113;REFB=0;REVB=0.111631;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188999;OID=.;OPOS=28731618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:40:43:1:20:20:0:0:22:21:0:0 chr10 28900846 . C A 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.695;QD=62.9758;RBI=0.00601894;REFB=0;REVB=-0.00230555;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16745e-05;OID=.;OPOS=28900846;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr10 28909299 . GTT GT,GTA 453.79 PASS AF=1,0;AO=31,2;DP=34;FAO=34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344518,-0.0558071;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.429,6.10259;QD=53.3866;RBI=0.0360353,0.0589393;REFB=0,0;REVB=0.010565,0.0189579;RO=0;SAF=17,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000836871,0;OID=.,.;OPOS=28909300,28909301;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:31,2:34:34,0:34:0:19,0:15,0:0:0:4:0:17,1:14,1:0:0 chr10 28970487 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0283619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.463;QD=9.44485;RBI=0.0364981;REFB=-0.0119542;REVB=-0.0229721;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0207512;OID=.;OPOS=28970487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:5:5:4:2:5:5 chr10 29163377 . C G 54.31 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00474556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.5085;QD=8.69026;RBI=0.013403;REFB=-0.0129185;REVB=0.0125348;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021884;STB=0.51348;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0319385;OID=.;OPOS=29163377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:4:13:6:2:4:13 chr10 29163413 . G A 311.27 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000674019;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.095;QD=54.1333;RBI=0.0116002;REFB=0;REVB=-0.0115806;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166478;OID=.;OPOS=29163413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr10 29578084 . A G 964.37 PASS AF=0.971014;AO=69;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0266085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3061;QD=55.9053;RBI=0.0364501;REFB=-0.00530018;REVB=-0.0249117;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516662;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000552899;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:0:2:69:67:0.971014:38:31:0:0:38:29:2:0 chr10 29754543 . C T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.0161618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.058;QD=23.5284;RBI=0.0161618;REFB=0.00175863;REVB=-1.86809e-05;RO=15;SAF=19;SAR=1;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625283;STB=0.535173;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.000645147;OID=.;OPOS=29754543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:1:19:14:1:1:19:14:1 chr10 29754675 . A G 83.5 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00575922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.593;QD=9.82332;RBI=0.00850521;REFB=-0.00620846;REVB=-0.00625859;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138367;STB=0.636116;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0155733;OID=.;OPOS=29754675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:21:23:10:11:0.323529:4:6:10:11:4:7:10:13 chr10 29769589 . C T 345.9 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.023262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.527;QD=24.7074;RBI=0.0314217;REFB=-0.00880608;REVB=-0.0211235;RO=21;SAF=18;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135922;STB=0.564816;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00564378;OID=.;OPOS=29769589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:22:34:34:0.607143:16:18:7:14:16:18:8:14 chr10 29777559 . T A 127.98 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00207283;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6689;QD=11.3756;RBI=0.0129125;REFB=-0.0037122;REVB=0.012745;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221887;STB=0.631407;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00800695;OID=.;OPOS=29777559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:6:9:12:18:6:9:12:18 chr10 29783856 . C T 51.04 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.00104475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.024;QD=2.34678;RBI=0.127588;REFB=-0.00015998;REVB=-0.127584;RO=71;SAF=6;SAR=5;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755763;STB=0.517938;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=3.53544e-05;OID=.;OPOS=29783856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:82:87:71:76:11:11:0.126437:5:6:43:28:5:6:43:33 chr10 29783908 . A G 348.78 PASS AF=0.358333;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0202911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.903;QD=11.6261;RBI=0.0250942;REFB=-0.0031549;REVB=-0.0147645;RO=77;SAF=22;SAR=21;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00575297;STB=0.503294;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00526059;OID=.;OPOS=29783908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:77:77:43:43:0.358333:21:22:39:38:21:22:39:38 chr10 29784072 . G C 783.09 PASS AF=0.656566;AO=65;DP=99;FAO=65;FDP=99;FR=.;FRO=34;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00598632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.531;QD=31.6401;RBI=0.0121648;REFB=-0.032605;REVB=0.01059;RO=34;SAF=35;SAR=30;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431943;STB=0.523357;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.019134;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:34:34:65:65:0.656566:30:35:16:18:30:35:16:18 chr10 29784114 . T C 516.55 PASS AF=0.686567;AO=45;DP=67;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00305362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3054;QD=30.8385;RBI=0.0162591;REFB=-0.0139328;REVB=0.0159698;RO=21;SAF=24;SAR=21;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791129;STB=0.545672;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00737897;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:21:21:45:46:0.686567:21:24:14:7:22:24:14:7 chr10 29822032 . C T 255.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.995;QD=51.1725;RBI=0.0298882;REFB=0;REVB=-0.0288601;RO=0;SAF=19;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351875;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:1:19:0:0:1:19:0:0 chr10 29833998 . A G 298.0 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00738195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.636;QD=20.912;RBI=0.01148;REFB=-0.0259672;REVB=-0.00879187;RO=26;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134321;STB=0.501193;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0248917;OID=.;OPOS=29833998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:26:30:31:0.54386:18:12:10:16:19:12:10:16 chr10 29834003 . G A 289.74 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0173264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3775;QD=21.4619;RBI=0.0173454;REFB=-0.00803432;REVB=-0.000811052;RO=23;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101286;STB=0.507687;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00208455;OID=.;OPOS=29834003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:29:30:0.555556:18:11:9:14:18:12:10:14 chr10 29839787 . A G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0131007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.867;QD=22.5337;RBI=0.0417684;REFB=-0.0204478;REVB=0.0396607;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255202;STB=0.642062;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0176478;OID=.;OPOS=29839787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:12:3:10:9:12:3 chr10 29839864 . A C 1235.34 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2939;QD=61.0043;RBI=0.0347131;REFB=0;REVB=-0.0142177;RO=1;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122965;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297488;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:1:0:80:81:1:38:42:0:1:39:42:0:0 chr10 29840038 . A G 625.5 PASS AF=0.622222;AO=55;DP=89;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0071878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.446;QD=27.7999;RBI=0.00977788;REFB=-0.0222548;REVB=-0.00662892;RO=33;SAF=21;SAR=34;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737594;STB=0.530367;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0153264;OID=.;OPOS=29840038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:33:34:55:56:0.622222:34:21:16:17:34:22:16:18 chr10 29840164 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0219119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.969;QD=11.0924;RBI=0.0462259;REFB=-0.029543;REVB=-0.0407026;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0294851;OID=.;OPOS=29840164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:2:4:3:2:2:4 chr10 29843833 . C T 153.57 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0123006;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1813;QD=12.2852;RBI=0.0132056;REFB=-0.00407788;REVB=-0.00480464;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135916;STB=0.571347;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00598672;OID=.;OPOS=29843833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:12:6:14:17:12:6:14:18 chr10 30315930 . C G 472.67 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0171093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.046;QD=21.2435;RBI=0.0172432;REFB=-0.0149728;REVB=0.00214508;RO=43;SAF=29;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168039;STB=0.592976;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0129383;OID=.;OPOS=30315930;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:17:29:19:24:17:29:19:24 chr10 30316208 . T C 282.33 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0233279;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.935;QD=19.4713;RBI=0.0289691;REFB=-0.0175718;REVB=-0.0171761;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469714;STB=0.535939;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0160139;OID=.;OPOS=30316208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:28:30:30:0.517241:16:14:12:17:16:14:11:17 chr10 30317826 . A G 191.65 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0180402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.188;QD=13.4493;RBI=0.0183714;REFB=-0.00744305;REVB=0.00347264;RO=33;SAF=17;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126678;STB=0.586128;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0114637;OID=.;OPOS=30317826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:6:17:21:12:6:17:21:13 chr10 30317838 . A G 163.25 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0179459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.355;QD=12.321;RBI=0.0571467;REFB=-0.0153689;REVB=-0.0542558;RO=33;SAF=15;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278915;STB=0.626238;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0191754;OID=.;OPOS=30317838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:33:19:20:0.377358:4:15:19:14:5:15:19:14 chr10 30336682 . T C 168.33 PASS AF=0.323077;AO=18;DP=63;FAO=21;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.00829279;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.636;QD=10.3588;RBI=0.0106525;REFB=-0.0190625;REVB=0.00668623;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903685;STB=0.602317;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0247204;OID=.;OPOS=30336682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:32:43:18:21:0.323077:11:7:10:22:11:10:14:29 chr10 30629226 . G A 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00933163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.887;QD=17.2455;RBI=0.0247828;REFB=-0.0159516;REVB=0.0229588;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110904;STB=0.506323;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0283158;OID=.;OPOS=30629226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:13:8:10:17:13:8:10:17 chr10 30844579 . G A 637.94 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0689843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.265;QD=59.3431;RBI=0.117185;REFB=-0.0762841;REVB=0.0947281;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000866352;OID=.;OPOS=30844579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:0:1:42:42:0.976744:24:18:0:0:24:18:0:1 chr10 30918549 . G C 273.77 PASS AF=0.300813;AO=36;DP=123;FAO=37;FDP=123;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=-0.00243174;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.526;QD=8.90296;RBI=0.0186182;REFB=-0.00310605;REVB=-0.0184587;RO=86;SAF=14;SAR=22;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267865;STB=0.670006;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00530623;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:86:86:36:37:0.300813:22:14:53:33:23:14:54:32 chr10 30918597 . T C 135.61 PASS AF=0.205357;AO=23;DP=111;FAO=23;FDP=112;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0147152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8407;QD=4.84333;RBI=0.027186;REFB=0.0118685;REVB=-0.0228591;RO=88;SAF=7;SAR=16;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292837;STB=0.680156;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0487404;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:88:89:23:23:0.205357:16:7:47:41:16:7:47:42 chr10 30989135 . T C 482.56 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0175865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.492;QD=23.2559;RBI=0.0375497;REFB=-0.017023;REVB=0.0331767;RO=37;SAF=20;SAR=26;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193909;STB=0.501066;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0112233;OID=.;OPOS=30989135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:26:20:16:21:26:20:16:21 chr10 30989188 . G C 615.28 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.776;QD=61.5275;RBI=0.102981;REFB=0;REVB=-0.0129393;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032381;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:36:40:1:23:13:0:0:23:17:0:0 chr10 30993404 . G A 698.39 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.086249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6094;QD=54.7755;RBI=0.0922515;REFB=-0.0759251;REVB=0.0327329;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015953;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00317813;OID=.;OPOS=30993404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:49:50:0.980392:20:29:1:0:20:30:1:0 chr10 30993448 . G A 836.97 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.995;QD=55.7981;RBI=0.0364;REFB=-0.100238;REVB=0.00446061;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00380632;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:26:33:0:0:26:33:1:0 chr10 31001494 . A C 171.29 PASS AF=0.404255;AO=13;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0715148;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=53.6914;QD=14.5778;RBI=0.0874114;REFB=-0.0308885;REVB=0.0502632;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120083;STB=0.573449;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0571337;OID=.;OPOS=31001494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:28:13:19:0.404255:4:9:8:6:6:13:16:12 chr10 31134214 . A G 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0163926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.016;QD=23.675;RBI=0.0164826;REFB=-0.040706;REVB=-0.00172075;RO=16;SAF=15;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23189;STB=0.630122;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0218779;OID=.;OPOS=31134214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:6:15:7:9:6:15:7:9 chr10 31651923 . C T 104.84 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0338952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.662;QD=10.7531;RBI=0.0417828;REFB=-0.0100606;REVB=-0.0244319;RO=25;SAF=1;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497086;STB=0.824358;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0190495;OID=.;OPOS=31651923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:12:1:9:16:12:1:10:16 chr10 32045045 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.414;QD=52.6132;RBI=0.0576095;REFB=0;REVB=0.0230447;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044925;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr10 32095666 . T C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00151548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.441;QD=20.4858;RBI=0.00559998;REFB=-0.0210624;REVB=-0.00539101;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910022;STB=0.55165;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0170298;OID=.;OPOS=32095666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:6:5:8:6:6:5 chr10 32120678 . C T 96.42 PASS AF=0.413793;AO=6;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.028607;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.7272;QD=13.299;RBI=0.14101;REFB=0.0260603;REVB=0.138078;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414775;STB=0.646796;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0178295;OID=.;OPOS=32120678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:30:29:13:17:6:12:0.413793:3:3:7:6:9:3:8:9 chr10 32128611 . A G 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0300187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.279;QD=25.3158;RBI=0.0325093;REFB=-0.0345335;REVB=-0.0124793;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448418;STB=0.524975;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0264399;OID=.;OPOS=32128611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:12:8:6:7:12:8:6:7 chr10 32141460 . T C 260.55 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00464571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.369;QD=24.8145;RBI=0.0530651;REFB=-0.038591;REVB=0.0528613;RO=17;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659176;STB=0.52379;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.031556;OID=.;OPOS=32141460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:12:12:10:7:12:12:10:8 chr10 32345710 . G A 2580.4 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156512;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5929;QD=61.8061;RBI=0.0160531;REFB=0;REVB=-0.00356952;RO=0;SAF=69;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30747e-06;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:166:167:1:97:69:0:0:97:70:0:0 chr10 32635834 . G A 187.77 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0110554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5162;QD=24.2282;RBI=0.0162165;REFB=-0.0108254;REVB=-0.011864;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421872;STB=0.749658;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0185107;OID=.;OPOS=32635834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:30:31:9:10:11:12:0.387097:6:5:9:0:7:5:10:0 chr10 32974969 . A G 242.48 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123322;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7047;QD=51.0479;RBI=0.0620277;REFB=0;REVB=0.0607894;RO=2;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761434;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272529;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:2:0:16:19:1:5:11:2:0:5:14:0:0 chr10 33018351 . G C 1631.7 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507873;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.785;QD=60.4332;RBI=0.0513042;REFB=0;REVB=0.00726409;RO=0;SAF=22;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19337e-05;OID=.;OPOS=33018351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:104:108:1:82:22:0:0:85:23:0:0 chr10 33123824 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.404;QD=56.7066;RBI=0.0301107;REFB=0;REVB=0.00400485;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142968;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr10 33143396 . G A 683.62 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0967972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8976;QD=62.1477;RBI=0.0977251;REFB=0;REVB=-0.0134352;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000916987;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:31:12:0:0:32:12:0:0 chr10 33211227 . T G 256.57 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00880634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6186;QD=16.0356;RBI=0.0100468;REFB=-0.0142975;REVB=-0.00483599;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147217;STB=0.5083;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0163996;OID=.;OPOS=33211227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:12:17:20:15:12:17:20:15 chr10 33217110 . G A 232.04 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.014506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8561;QD=14.7326;RBI=0.0435652;REFB=-0.0236622;REVB=-0.0410792;RO=36;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860247;STB=0.548701;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0378937;OID=.;OPOS=33217110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:12:15:23:13:12:15:23:13 chr10 33468014 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.665;QD=52.6106;RBI=0.0408789;REFB=0;REVB=0.0253398;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653735;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr10 33475282 . C T 1148.96 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00897561;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.747;QD=58.175;RBI=0.009809;REFB=-0.086445;REVB=0.00395664;RO=1;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106357;STB=0.511108;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00146517;OID=.;OPOS=33475282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:79:1:2:77:77:0.974684:44:33:0:1:44:33:0:2 chr10 33495267 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.501;QD=62.022;RBI=0.0632203;REFB=0;REVB=0.00762983;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011924;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr10 33502240 . C T 293.54 PASS AF=0.386364;AO=31;DP=84;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0356052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9222;QD=13.3429;RBI=0.0356087;REFB=-0.016721;REVB=-0.000500715;RO=53;SAF=19;SAR=12;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105306;STB=0.523795;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0453811;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:53:54:31:34:0.386364:12:19:32:21:12:22:33:21 chr10 33510663 . G A 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.517;QD=60.0289;RBI=0.0417747;REFB=0;REVB=0.00753885;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108064;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr10 33510768 . G A 759.81 PASS AF=0.984127;AO=32;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143813;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.481;QD=48.2418;RBI=0.133744;REFB=-0.00510749;REVB=0.132969;RO=0;SAF=28;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00809154;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:0:1:32:62:0.984127:4:28:0:0:34:28:1:0 chr10 33552695 . CA CG,TG 1105.47 PASS AF=0.539474,0.460526;AO=40,35;DP=76;FAO=41,35;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25,18;FSAR=16,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335368,-0.0171507;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=57.8076,238.962;QD=58.1825;RBI=0.041757,0.0181351;REFB=0,0;REVB=0.0248783,0.00589362;RO=0;SAF=25,18;SAR=15,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.11116e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0340327,0.0214464;OID=.,.;OPOS=33552696,33552695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:76:76:0:0:40,35:41,35:0.539474,0.460526:15,17:25,18:0:0:16,17:25,18:0:0 chr10 33577361 . G A 1054.01 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.106956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9179;QD=56.9733;RBI=0.107732;REFB=0.0172142;REVB=-0.0129113;RO=2;SAF=28;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325832;STB=0.517237;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000337262;OID=.;OPOS=33577361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:44:28:2:0:44:28:2:0 chr10 34591402 . C T 763.93 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0681;QD=56.5874;RBI=0.0495136;REFB=0;REVB=-0.00550353;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000988388;OID=.;OPOS=34591402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:20:33:0:0:21:33:0:0 chr10 34688287 . G A 623.64 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0069;QD=59.3939;RBI=0.0361827;REFB=-0.0961319;REVB=-0.0074271;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320569;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:19:23:0:0 chr10 35302705 . C T 648.28 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350921;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.971;QD=61.7408;RBI=0.0353205;REFB=0;REVB=0.0040106;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0035817;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:23:19:0:0 chr10 35321414 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.306;QD=58.142;RBI=0.0274773;REFB=0;REVB=0.00824702;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50614e-05;OID=.;OPOS=35321414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr10 35338699 . G A 748.96 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0133533;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.884;QD=51.6526;RBI=0.0344497;REFB=-0.0753614;REVB=0.0317565;RO=3;SAF=31;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227188;STB=0.512067;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000628711;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:24:31:1:2:24:31:1:2 chr10 35362977 . A G 433.41 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230851;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2287;QD=57.7876;RBI=0.0551932;REFB=0;REVB=0.0501335;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171017;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr10 35426755 . A G 1116.83 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.791;QD=60.3693;RBI=0.0319088;REFB=0;REVB=0.00151465;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3927e-05;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr10 35464778 . C T 801.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.965;QD=57.232;RBI=0.0139485;REFB=0;REVB=0.00844346;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58336e-05;OID=.;OPOS=35464778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr10 35772402 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.755;QD=59.0187;RBI=0.0247822;REFB=0;REVB=-0.0135067;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71023e-05;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:27:7:0:0:27:7:0:0 chr10 36812362 . C T 338.45 PASS AF=0.37963;AO=39;DP=106;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0283241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4581;QD=12.535;RBI=0.0335931;REFB=-0.00319125;REVB=-0.0180621;RO=67;SAF=16;SAR=23;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428043;STB=0.511201;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00633265;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:67:67:39:41:0.37963:23:16:25:42:25:16:25:42 chr10 36812879 . A G 455.8 PASS AF=0.425;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.00223077;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.325;QD=15.1935;RBI=0.00960378;REFB=-0.00289409;REVB=0.00934111;RO=69;SAF=27;SAR=24;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184968;STB=0.603459;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00493161;OID=.;OPOS=36812879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:69:69:51:51:0.425:24:27:24:45:24:27:24:45 chr10 37447358 . T G 288.24 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00192269;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.671;QD=16.0131;RBI=0.00208713;REFB=-0.00509613;REVB=0.000812022;RO=39;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162102;STB=0.598529;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00555325;OID=.;OPOS=37447358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:12:20:18:21:12:20:18:22 chr10 37447445 . A G 494.28 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0106486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.152;QD=17.653;RBI=0.023246;REFB=-0.0120579;REVB=-0.0206636;RO=59;SAF=17;SAR=36;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072785;STB=0.540525;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00984103;OID=.;OPOS=37447445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:59:53:53:0.473214:36:17:23:36:36:17:23:36 chr10 37451617 . T C 504.98 PASS AF=0.324742;AO=63;DP=194;FAO=63;FDP=194;FR=.;FRO=131;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=79;FWDB=-0.0265815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.964;QD=10.412;RBI=0.0335118;REFB=-0.0182196;REVB=-0.0204074;RO=127;SAF=32;SAR=31;SRF=52;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114499;STB=0.574764;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0265499;OID=.;OPOS=37451617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:127:131:63:63:0.324742:31:32:52:75:31:32:52:79 chr10 37488689 . G C 1475.99 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00277504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.711;QD=57.3202;RBI=0.0195219;REFB=0.0384049;REVB=0.0193237;RO=2;SAF=34;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270854;STB=0.514283;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00108389;OID=.;OPOS=37488689;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:67:34:2:0:67:34:2:0 chr10 37505141 . G A 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0098513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4979;QD=19.3674;RBI=0.0130205;REFB=-0.0641808;REVB=0.00851378;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117906;STB=0.566425;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0321286;OID=.;OPOS=37505141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:5:11:12:3:5:11:12:3 chr10 37505192 . C T 252.34 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0138007;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.206;QD=26.5623;RBI=0.0181582;REFB=-0.033561;REVB=-0.0118009;RO=15;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705874;STB=0.539136;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0214523;OID=.;OPOS=37505192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:15:23:23:0.605263:10:13:7:8:10:13:7:8 chr10 37890955 . G A 54.99 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.011618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.403;QD=9.5634;RBI=0.0185646;REFB=-0.00609969;REVB=0.0144799;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319318;STB=0.697155;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0216007;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:8:7:6:2:8:7 chr10 37891465 . G T 236.89 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.000508478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.726;QD=19.7407;RBI=0.0566492;REFB=-0.0216007;REVB=0.0566469;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110123;STB=0.561991;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0158677;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:11:12:16:9:11:12:16:9 chr10 37891576 . G A 242.35 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0498012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9889;QD=14.9138;RBI=0.0514931;REFB=0.0070541;REVB=0.0130912;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226866;STB=0.633712;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0101501;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:15:13:25:11:15:13:26:11 chr10 38118901 . C T 191.39 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0246004;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6771;QD=14.7221;RBI=0.0638674;REFB=-0.026717;REVB=-0.0589395;RO=30;SAF=4;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351774;STB=0.704139;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0381293;OID=.;OPOS=38118901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:18:4:14:16:18:4:14:16 chr10 38344700 . C G 501.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.923;QD=59.0006;RBI=0.0285956;REFB=0;REVB=-0.00649635;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63505e-05;OID=.;OPOS=38344700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr10 38407519 . A G 250.5 PASS AF=0.954545;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.768;QD=45.5446;RBI=0.0383503;REFB=-0.0793059;REVB=0.00280693;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00253153;OID=.;OPOS=38407519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:22:0:1:19:21:0.954545:10:9:0:0:11:10:0:1 chr10 38645403 . T C 1214.54 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126803;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.572;QD=59.9772;RBI=0.0534983;REFB=-0.137238;REVB=0.0519738;RO=1;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106396;STB=0.505617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000688017;OID=.;OPOS=38645403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:80:80:0.987654:44:36:0:1:44:36:0:1 chr10 38672144 . A C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0295023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.2;QD=14.3997;RBI=0.0301073;REFB=-0.00563966;REVB=-0.00600538;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102778;STB=0.558573;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00960771;OID=.;OPOS=38672144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:10:15:17:17:10:15:17:17 chr10 38680963 . G T 63.71 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.026603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.194;QD=9.1019;RBI=0.0761092;REFB=-0.00427868;REVB=-0.0713084;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204999;STB=0.624732;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0103496;OID=.;OPOS=38680963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:7:12:4:5:7:12 chr10 38740000 . T C 216.95 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0661797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0428;QD=45.6728;RBI=0.0769638;REFB=-0.0724948;REVB=0.0392897;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523783;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00150354;OID=.;OPOS=38740000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:18:19:0:1:18:18:0.947368:10:8:0:0:10:8:0:1 chr10 38740029 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.419;QD=47.8211;RBI=0.0277837;REFB=0;REVB=0.0176813;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491604;OID=.;OPOS=38740029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:9:7:0:0 chr10 38740050 . C T 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0283567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4435;QD=19.107;RBI=0.0381954;REFB=-0.00359288;REVB=-0.0255888;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341797;STB=0.699519;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00325331;OID=.;OPOS=38740050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:4:2:7:2:4:2 chr10 38740353 . T C 766.25 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0935486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.606;QD=63.8541;RBI=0.0951615;REFB=0;REVB=0.0174457;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202571;OID=.;OPOS=38740353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr10 38740382 . T C 689.13 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.622;QD=62.6484;RBI=0.0137116;REFB=0;REVB=0.000800969;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45309e-05;OID=.;OPOS=38740382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr10 38740546 . G T 735.02 PASS AF=0.981481;AO=50;DP=51;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0616082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.004;QD=54.4459;RBI=0.0648789;REFB=-0.0245214;REVB=0.0203397;RO=1;SAF=3;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991413;STB=0.504949;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.000120856;OID=.;OPOS=38740546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:54:1:1:50:53:0.981481:47:3:0:1:50:3:0:1 chr10 38740590 . A G 329.79 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414801;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6462;QD=54.9653;RBI=0.0690078;REFB=0;REVB=0.0551497;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100256;OID=.;OPOS=38740590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr10 42941616 . C T 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.016163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.559;QD=21.7439;RBI=0.0183001;REFB=-0.0173884;REVB=-0.00858202;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210827;STB=0.618918;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0213459;OID=.;OPOS=42941616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:13:6:9:7:13:6:9:7 chr10 42965636 . C T 671.92 PASS AF=0.9375;AO=44;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0174254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4725;QD=55.9933;RBI=0.0189187;REFB=-0.0776475;REVB=-0.00736692;RO=3;SAF=15;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851164;STB=0.542838;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00583519;OID=.;OPOS=42965636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:44:45:0.9375:29:15:3:0:29:16:3:0 chr10 43078525 . A G 188.82 PASS AF=0.42;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0268368;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0797;QD=15.1059;RBI=0.0268752;REFB=-0.0276118;REVB=-0.00143648;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167792;STB=0.60293;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0273932;OID=.;OPOS=43078525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:29:20:21:0.42:10:10:9:18:10:11:10:19 chr10 43089965 . G A 274.74 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00133697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.056;QD=19.9812;RBI=0.00512694;REFB=-0.0152409;REVB=-0.00494955;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169289;STB=0.526298;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0148352;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:26:28:29:0.527273:14:14:12:13:14:15:12:14 chr10 43281089 . T C 255.25 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0090042;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.532;QD=17.6032;RBI=0.0264242;REFB=-0.0158523;REVB=-0.0248427;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523077;STB=0.550985;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0252583;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:32:30:28:28:0.482759:16:12:12:20:16:12:10:20 chr10 43312807 . C T 307.0 PASS AF=0.425;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.00336938;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.003;QD=15.3499;RBI=0.00412381;REFB=-0.010864;REVB=-0.00237762;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214376;STB=0.612437;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0153741;OID=.;OPOS=43312807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:45:46:34:34:0.425:17:17:13:32:17:17:14:32 chr10 43595968 . A G 454.0 PASS AF=0.480769;AO=48;DP=101;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00708273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9096;QD=17.4614;RBI=0.0195253;REFB=-0.0282599;REVB=-0.0181953;RO=52;SAF=27;SAR=21;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946745;STB=0.55161;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0353385;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:52:54:48:50:0.480769:21:27:24:28:21:29:26:28 chr10 43606687 . A G 2879.49 PASS AF=1;AO=181;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226258;FXX=0.0317444;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.046;QD=62.9397;RBI=0.0235127;REFB=0;REVB=-0.0063969;RO=0;SAF=64;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693698;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:183:0:0:181:183:1:117:64:0:0:117:66:0:0 chr10 43610119 . G A 271.99 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0372452;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.369;QD=22.6661;RBI=0.0462885;REFB=-0.0185728;REVB=0.0274848;RO=23;SAF=4;SAR=21;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193246;STB=0.609401;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0111804;OID=.;OPOS=43610119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:23:23:25:25:0.520833:21:4:7:16:21:4:7:16 chr10 43613843 . G T 1068.94 PASS AF=0.514286;AO=103;DP=205;FAO=108;FDP=210;FR=.;FRO=102;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=37;FSRR=65;FWDB=0.0488987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.381;QD=20.3608;RBI=0.0559414;REFB=-0.0458096;REVB=0.0271728;RO=101;SAF=41;SAR=62;SRF=36;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395487;STB=0.508741;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0440562;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:210:101:102:103:108:0.514286:62:41:36:65:67:41:37:65 chr10 43615633 . C G 292.35 PASS AF=0.327586;AO=38;DP=117;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0238611;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.505;QD=10.081;RBI=0.0376535;REFB=-0.0156855;REVB=-0.0291279;RO=78;SAF=15;SAR=23;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643527;STB=0.537363;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0335511;OID=.;OPOS=43615633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:78:78:38:38:0.327586:23:15:35:43:23:15:35:43 chr10 43624105 . G A 174.06 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0261274;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7106;QD=11.0511;RBI=0.0403433;REFB=-0.00897736;REVB=-0.0307399;RO=38;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124087;STB=0.533304;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0163911;OID=.;OPOS=43624105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:41:22:22:0.349206:14:8:10:28:14:8:13:28 chr10 43690189 . G A 1466.57 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032944;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.7;QD=58.6626;RBI=0.035061;REFB=-0.0105594;REVB=0.0119986;RO=1;SAF=31;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150525;STB=0.507935;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000242866;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:98:99:0.99:67:31:1:0:68:31:1:0 chr10 43691691 . C T 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0255254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0801;QD=14.7966;RBI=0.0909893;REFB=-0.0425598;REVB=-0.0873355;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195771;STB=0.615163;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0801845;OID=.;OPOS=43691691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:7:6:3:8:7:6 chr10 43837352 . A G 234.87 PASS AF=0.818182;AO=17;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00437865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.135;QD=42.7042;RBI=0.0257742;REFB=-0.010527;REVB=0.0253995;RO=2;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831816;STB=0.541621;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000168847;OID=.;OPOS=43837352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:22:22:2:2:17:18:0.818182:10:7:0:2:11:7:0:2 chr10 43978087 . A G 594.31 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.598;QD=60.9549;RBI=0.0710615;REFB=0;REVB=0.0597387;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167265;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:27:11:0:0:28:11:0:0 chr10 44052903 . A C 311.06 PASS AF=0.53125;AO=30;DP=62;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0146324;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.342;QD=19.4415;RBI=0.0432373;REFB=-0.0301594;REVB=0.040686;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804786;STB=0.524592;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0248778;OID=.;OPOS=44052903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:29:30:30:34:0.53125:13:17:19:10:13:21:20:10 chr10 44053013 . G C 362.47 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0504196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.688;QD=27.8821;RBI=0.0504663;REFB=0.004652;REVB=0.00217145;RO=17;SAF=20;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144154;STB=0.569435;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0017806;OID=.;OPOS=44053013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:18:34:34:0.653846:14:20:6:11:14:20:7:11 chr10 44053585 . C T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0141595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.292;QD=17.4015;RBI=0.0235336;REFB=-0.0250557;REVB=-0.0187973;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0190739;OID=.;OPOS=44053585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:6:7:7:6:6:7 chr10 44285777 . T C 230.43 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0114941;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.605;QD=17.7255;RBI=0.016385;REFB=0.00639856;REVB=0.011677;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00710047;STB=0.503997;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.0143635;OID=.;OPOS=44285777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:16:11:10:15:16:11 chr10 44788299 . C CT 77.42 PASS AF=0.818182;AO=2;DP=15;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=129.602;QD=28.1514;RBI=0.0832622;REFB=-0.0310836;REVB=0.0832622;RO=13;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00878429;OID=.;OPOS=44788300;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:2:15:9:11:2:0:9:0:2:10:13:0:2:0:13 chr10 44788300 . C T 41.57 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=35;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9496;QD=3.95904;RBI=0.0600378;REFB=-0.101079;REVB=0.0600378;RO=35;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.135881;OID=.;OPOS=44788300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:7:0:0:35:7:0:0:35 chr10 44793299 . C T 226.99 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00419991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6094;QD=15.6543;RBI=0.0377071;REFB=-0.0180045;REVB=-0.0374725;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759405;STB=0.542825;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0202045;OID=.;OPOS=44793299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:16:10:10:22:16:10:10:22 chr10 45430462 . C T 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0235116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.062;QD=10.8097;RBI=0.0242548;REFB=-0.0035249;REVB=-0.00595836;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570419;STB=0.540713;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00460943;OID=.;OPOS=45430462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:8:11:22:13:8:11:23:13 chr10 45473317 . C T 216.14 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0134881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.019;QD=11.084;RBI=0.0190352;REFB=-0.00916889;REVB=-0.0134318;RO=50;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400957;STB=0.530064;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0301505;OID=.;OPOS=45473317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:51:27:27:0.346154:12:15:26:24:12:15:26:25 chr10 45478092 . A G 97.6 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.120857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3503;QD=24.4011;RBI=0.149569;REFB=-0.0175185;REVB=-0.0881165;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.000128631;OID=.;OPOS=45478092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:2:3:7:4:2:3 chr10 45479434 . G A 508.06 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=44;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=6;FWDB=-0.0104306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.513;QD=20.7372;RBI=0.0307805;REFB=-0.0324237;REVB=0.0289593;RO=49;SAF=44;SAR=5;SRF=43;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479524;STB=0.526648;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0345279;OID=.;OPOS=45479434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:5:44:43:6:5:44:43:6 chr10 45499974 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0116949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.245;QD=14.6525;RBI=0.011739;REFB=-0.00535862;REVB=0.00101722;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344857;STB=0.70522;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0424141;OID=.;OPOS=45499974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:1:4:2:4:1:4 chr10 45500221 . A G 291.26 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0254762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.534;QD=16.8847;RBI=0.0279375;REFB=-0.0152404;REVB=0.0114659;RO=37;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349143;STB=0.519587;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0135784;OID=.;OPOS=45500221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:15:17:21:16:15:17:21:16 chr10 45878050 . G A 243.33 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0177265;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9949;QD=20.7086;RBI=0.0317816;REFB=-0.0496604;REVB=-0.0263788;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231063;STB=0.637251;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0116502;OID=.;OPOS=45878050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:24:23:23:0.489362:12:11:17:6:12:11:18:6 chr10 46965018 . C G 100.58 PASS AF=0.186813;AO=17;DP=92;FAO=17;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=-0.00133825;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.95;QD=4.42094;RBI=0.0415585;REFB=-0.00277439;REVB=-0.0415369;RO=74;SAF=8;SAR=9;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242042;STB=0.653337;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0179297;OID=.;OPOS=46965018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:74:74:17:17:0.186813:9:8:49:25:9:8:49:25 chr10 46965727 . G A 43.29 PASS AF=0.212121;AO=6;DP=32;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.017182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.504;QD=5.24709;RBI=0.0663936;REFB=-0.0131186;REVB=-0.0641318;RO=26;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1572;STB=0.52624;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0390015;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:33:26:26:6:7:0.212121:2:4:14:12:3:4:14:12 chr10 46967672 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0108049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.001;QD=21.0155;RBI=0.0148799;REFB=-0.0123471;REVB=-0.0102305;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193001;STB=0.510903;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00721289;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:7:6:7:9:7:6 chr10 46970792 . G C 133.55 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00803797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.482;QD=15.7122;RBI=0.0161207;REFB=-0.0214051;REVB=-0.0139738;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123511;STB=0.571332;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0223714;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:10:9:9:6:10:9 chr10 46998894 . G A 189.15 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0347728;FXX=0.063482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6123;QD=12.8236;RBI=0.0976504;REFB=-0.0209924;REVB=0.0912494;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830421;STB=0.573466;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0552349;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:33:36:23:23:0.389831:13:10:17:16:13:10:20:16 chr10 46998995 . C G 298.33 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0144414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.397;QD=13.5603;RBI=0.0164581;REFB=-0.0317102;REVB=0.00789401;RO=54;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287799;STB=0.663108;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0417116;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:14:20:17:37:14:20:17:37 chr10 46998999 . G A 596.46 PASS AF=0.623529;AO=53;DP=85;FAO=53;FDP=85;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0288538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.055;QD=28.0687;RBI=0.0598348;REFB=-0.0131067;REVB=0.0524182;RO=32;SAF=16;SAR=37;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237235;STB=0.629439;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.014833;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:32:32:53:53:0.623529:37:16:20:12:37:16:20:12 chr10 46999019 . G A 597.85 PASS AF=0.675325;AO=52;DP=77;FAO=52;FDP=77;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0125568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.99;QD=31.0569;RBI=0.0320025;REFB=-0.0422037;REVB=0.0294362;RO=25;SAF=14;SAR=38;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246453;STB=0.633983;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0132069;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:25:25:52:52:0.675325:38:14:16:9:38:14:16:9 chr10 46999030 . C T 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00602153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.157;QD=9.88296;RBI=0.0161572;REFB=-0.0153223;REVB=0.0149933;RO=43;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422384;STB=0.744886;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0302535;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:7:14:12:31:7:14:12:31 chr10 46999151 . T C 181.45 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0227781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6999;QD=16.4952;RBI=0.0273045;REFB=-0.0113666;REVB=0.0150564;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200832;STB=0.578864;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0165542;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:25:19:19:0.431818:11:8:14:8:11:8:14:11 chr10 46999178 . A C 213.48 PASS AF=0.461538;AO=19;DP=47;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00375042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.838;QD=16.4213;RBI=0.00396648;REFB=-0.0177658;REVB=0.00129124;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154777;STB=0.53843;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.016478;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:52:28:28:19:24:0.461538:8:11:12:16:12:12:12:16 chr10 46999189 . CA CG,TG 722.74 PASS AF=0.520833,0.479167;AO=25,22;DP=49;FAO=25,23;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13,13;FSAR=12,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034923,0.0492569;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=77.0787,139.467;QD=60.2286;RBI=0.0362007,0.049264;REFB=0,0;REVB=0.00953284,0.000839734;RO=0;SAF=13,12;SAR=12,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00998119,0.0150662;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:49:48:0:0:25,22:25,23:0.520833,0.479167:12,10:13,12:0:0:12,10:13,13:0:0 chr10 46999198 . G T 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00477788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.329;QD=22.5829;RBI=0.00586918;REFB=-0.0214518;REVB=-0.00340868;RO=23;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837099;STB=0.537354;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0182787;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:11:15:11:12:11:15:12:12 chr10 46999465 . A G 154.91 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0391014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.408;QD=22.9489;RBI=0.0440129;REFB=0.00244376;REVB=0.0202044;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329238;STB=0.518495;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00104932;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:8:8:5:6:8:8:5:6 chr10 46999577 . G T 61.35 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0451183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.836;QD=18.8782;RBI=0.0548251;REFB=-0.0373042;REVB=0.031147;RO=5;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453777;STB=0.526251;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0554592;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:2:6:4:1:2:6:4:1 chr10 46999596 . G A 71.67 PASS AF=0.526316;AO=8;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0619275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.0991;QD=15.0887;RBI=0.136313;REFB=-0.035595;REVB=0.121434;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763832;STB=0.533268;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0311287;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:10:9:8:10:0.526316:3:5:7:3:4:6:6:3 chr10 46999604 . A G 244.53 PASS AF=0.952381;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00680695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.225;QD=46.5763;RBI=0.0776791;REFB=-0.00229133;REVB=0.0773803;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5185;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000458982;OID=.;OPOS=46999604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:21:0:1:18:20:0.952381:5:13:0:0:7:13:1:0 chr10 46999732 . G A 530.7 PASS AF=0.53;AO=54;DP=101;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00796654;FXX=0.00990001;HRUN=6;LEN=1;MLLD=157.995;QD=21.2278;RBI=0.0079701;REFB=-0.00921685;REVB=0.000238205;RO=46;SAF=33;SAR=21;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11359;STB=0.554892;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00691382;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:46:47:54:53:0.53:21:33:22:24:21:32:23:24 chr10 46999747 . T C 382.63 PASS AF=0.431373;AO=42;DP=100;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0107076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4699;QD=15.0052;RBI=0.0207418;REFB=-0.0186982;REVB=-0.0177642;RO=56;SAF=18;SAR=24;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911616;STB=0.548813;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.025878;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:56:58:42:44:0.431373:24:18:29:27:25:19:30:28 chr10 46999922 . G T 128.71 PASS AF=0.518519;AO=11;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00244481;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.748;QD=19.0682;RBI=0.0315629;REFB=-0.0390052;REVB=0.0314681;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228385;STB=0.677122;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0393645;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:14:13:11:14:0.518519:9:2:5:9:12:2:5:8 chr10 47000004 . T C 507.34 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464329;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0087;QD=59.6875;RBI=0.0309218;REFB=0;REVB=-0.0305712;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284978;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr10 47000071 . G A 252.91 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00788108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.446;QD=21.5239;RBI=0.0271349;REFB=-0.016921;REVB=-0.0259652;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575258;STB=0.532331;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0310177;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:17:7:8:15:17:7:8:15 chr10 47000079 . T C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00521975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.619;QD=20.2744;RBI=0.0214478;REFB=-0.0258862;REVB=-0.0208029;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50819;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.02495;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:15:8:8:15:15:8:8:16 chr10 47000146 . C T 224.69 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0781856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.937;QD=24.9653;RBI=0.0815019;REFB=-0.0564734;REVB=-0.0230126;RO=9;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21212;STB=0.574403;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0451049;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:9:14:21:21:0.583333:15:6:0:9:15:6:2:12 chr10 47000188 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3673;QD=44.6849;RBI=0.0857572;REFB=0;REVB=-0.0853954;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170882;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr10 47000239 . C T 114.97 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0100918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.86;QD=19.1615;RBI=0.032506;REFB=-0.0224602;REVB=-0.0308997;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796854;STB=0.545386;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0134293;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:7:4:6:7:7:4 chr10 47000321 . G A 398.06 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00415152;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.818;QD=17.8902;RBI=0.00417418;REFB=-0.00229833;REVB=0.000434317;RO=48;SAF=26;SAR=15;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012195;STB=0.506814;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00316305;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:15:26:31:17:15:26:31:17 chr10 47000366 . C G 545.33 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0371081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4749;QD=18.8044;RBI=0.0536765;REFB=-0.0121002;REVB=0.0387834;RO=57;SAF=34;SAR=23;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327284;STB=0.510635;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0116218;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:59:57:57:0.491379:23:34:32:25:23:34:34:25 chr10 47000374 . T C 590.91 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00738187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.384;QD=18.7589;RBI=0.00741301;REFB=-0.0133868;REVB=-0.000678793;RO=65;SAF=36;SAR=25;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244224;STB=0.513509;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0125083;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:65:61:61:0.484127:25:36:40:25:25:36:40:25 chr10 47000381 . T C 1936.31 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0140576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.649;QD=60.9863;RBI=0.0235403;REFB=-0.0765208;REVB=0.018882;RO=1;SAF=75;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629386;STB=0.503311;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000272206;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:51:75:1:0:51:75:1:0 chr10 47000426 . T C 1892.13 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3985;QD=61.0365;RBI=0.0443344;REFB=0;REVB=0.0210947;RO=0;SAF=66;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192977;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:124:0:0:113:124:1:47:66:0:0:52:72:0:0 chr10 47000487 . G A 568.42 PASS AF=0.46875;AO=59;DP=127;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00141889;FXX=0.022899;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.08;QD=17.7631;RBI=0.00760002;REFB=-0.00745923;REVB=0.00746639;RO=67;SAF=29;SAR=30;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000968965;STB=0.508856;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00884287;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:67:68:59:60:0.46875:30:29:33:34:31:29:34:34 chr10 47000547 . G T 304.33 PASS AF=0.432099;AO=31;DP=77;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00094784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.224;QD=15.0288;RBI=0.00659736;REFB=-0.00211312;REVB=-0.00652892;RO=45;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102535;STB=0.550509;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0025085;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:45:46:31:35:0.432099:19:12:17:28:19:16:17:29 chr10 47000728 . T C 383.68 PASS AF=0.455556;AO=35;DP=85;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0187782;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.023;QD=17.0525;RBI=0.0313687;REFB=-0.0222003;REVB=0.0251271;RO=50;SAF=21;SAR=14;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437371;STB=0.526748;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0277521;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:90:50:49:35:41:0.455556:14:21:32:18:17:24:31:18 chr10 47000765 . C T 110.0 PASS AF=0.178571;AO=20;DP=112;FAO=20;FDP=112;FR=.;FRO=92;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.0133808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5976;QD=3.92849;RBI=0.0425599;REFB=-0.0206985;REVB=-0.0404018;RO=91;SAF=14;SAR=6;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339637;STB=0.721811;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0895023;OID=.;OPOS=47000765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:91:92:20:20:0.178571:6:14:39:52:6:14:39:53 chr10 47000863 . A G 1204.44 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.223;QD=60.9845;RBI=0.033213;REFB=0;REVB=0.0201509;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98863e-05;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:38:39:0:0:38:41:0:0 chr10 47000873 . T A,G 1105.07 PASS AF=0.407895,0.592105;AO=31,45;DP=76;FAO=31,45;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=14,26;FSAR=17,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181335,-0.00661304;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.233,156.849;QD=58.1614;RBI=0.0272408,0.00668643;REFB=0,0;REVB=0.0203282,0.000987932;RO=0;SAF=14,26;SAR=17,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.15971e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00546839,0.0141459;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:76:76:0:0:31,45:31,45:0.407895,0.592105:17,19:14,26:0:0:17,19:14,26:0:0 chr10 47000898 . C T 405.5 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0104461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.485;QD=19.7806;RBI=0.0268605;REFB=-0.0359723;REVB=-0.024746;RO=40;SAF=28;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195958;STB=0.615906;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0208265;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:41:41:41:0.5:13:28:19:21:13:28:19:22 chr10 47001032 . G A 149.62 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00124572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.747;QD=19.949;RBI=0.00425785;REFB=-0.0605444;REVB=-0.00407154;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148555;STB=0.594924;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0345409;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:15:16:0.533333:8:7:9:5:9:7:9:5 chr10 47001098 . C T 404.86 PASS AF=0.66;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00281115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.727;QD=32.389;RBI=0.010203;REFB=-0.0165238;REVB=0.00980809;RO=16;SAF=18;SAR=15;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125238;STB=0.555523;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00479565;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:16:17:33:33:0.66:15:18:12:4:15:18:12:5 chr10 47001371 . C G 962.21 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.473;QD=58.3157;RBI=0.0239521;REFB=0;REVB=0.0176509;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27686e-05;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:63:66:1:31:32:0:0:33:33:0:0 chr10 47001409 . G A 396.0 PASS AF=0.455556;AO=40;DP=89;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0055364;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1887;QD=17.5998;RBI=0.028338;REFB=-0.0169696;REVB=0.0277919;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545808;STB=0.536568;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0297529;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:49:49:40:41:0.455556:19:21:23:26:19:22:23:26 chr10 47001485 . A T 68.23 PASS AF=0.12931;AO=15;DP=116;FAO=15;FDP=116;FR=.;FRO=101;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.0149363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.993;QD=2.35289;RBI=0.0175417;REFB=-0.0059746;REVB=-0.00919882;RO=101;SAF=6;SAR=9;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452907;STB=0.531872;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0212641;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:116:116:101:101:15:15:0.12931:9:6:44:57:9:6:44:57 chr10 47001504 . G T 277.95 PASS AF=0.321739;AO=35;DP=114;FAO=37;FDP=115;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.0248424;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.805;QD=9.66791;RBI=0.0252794;REFB=-0.0054218;REVB=0.0046799;RO=78;SAF=13;SAR=22;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793273;STB=0.540624;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0161088;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:78:78:35:37:0.321739:22:13:34:44:23:14:34:44 chr10 47001543 . C T 277.34 PASS AF=0.336735;AO=32;DP=96;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.0531764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.183;QD=11.3199;RBI=0.0532673;REFB=-0.0101489;REVB=-0.00311013;RO=59;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181899;STB=0.596251;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0228503;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:59:65:32:33:0.336735:16:16:20:39:16:17:24:41 chr10 47001786 . A C 190.53 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0143529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.146;QD=15.2423;RBI=0.0144426;REFB=-0.0231385;REVB=0.00160669;RO=30;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286432;STB=0.666489;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0267467;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:15:5:15:15:15:5:15:15 chr10 47001946 . T C 75.78 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0118538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.587;QD=5.22649;RBI=0.0176001;REFB=-0.00589654;REVB=-0.0130096;RO=45;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895729;STB=0.549336;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0266947;OID=.;OPOS=47001946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:57:58:45:46:12:12:0.206897:5:7:23:22:5:7:24:22 chr10 47001954 . C T 210.21 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0463526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8599;QD=15.5712;RBI=0.0515187;REFB=-0.0310801;REVB=-0.0224859;RO=29;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185096;STB=0.615286;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0230091;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:30:24:24:0.444444:8:16:14:15:8:16:14:16 chr10 47001984 . G A 673.55 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0992271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0692;QD=52.8276;RBI=0.112627;REFB=-0.128086;REVB=0.05328;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00241494;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:49:50:0.980392:21:28:0:0:22:28:1:0 chr10 47002049 . C T 75.44 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0386549;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4285;QD=5.2029;RBI=0.0780598;REFB=-0.0100307;REVB=-0.0678169;RO=42;SAF=8;SAR=4;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679352;STB=0.506483;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0322896;OID=.;OPOS=47002049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:59:58:42:46:12:12:0.206897:4:8:30:12:4:8:31:15 chr10 47002079 . T C 306.59 PASS AF=0.441558;AO=32;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00585499;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5178;QD=15.9269;RBI=0.0382281;REFB=-0.0172687;REVB=0.037777;RO=40;SAF=15;SAR=17;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177641;STB=0.587203;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0313761;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:43:32:34:0.441558:17:15:26:14:18:16:27:16 chr10 47002118 . T A 492.81 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00466705;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.77;QD=17.2917;RBI=0.0431161;REFB=-0.010807;REVB=0.0428628;RO=59;SAF=30;SAR=23;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118837;STB=0.574609;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0146608;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:59:61:53:53:0.464912:23:30:26:33:23:30:26:35 chr10 47002127 . T C 1893.56 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.243;QD=61.0827;RBI=0.0380358;REFB=0;REVB=0.0336784;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35249e-05;OID=.;OPOS=47002127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:124:0:0:116:124:1:61:55:0:0:65:59:0:0 chr10 47002135 . A G 605.8 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0156339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.091;QD=19.0802;RBI=0.0369762;REFB=-0.00927121;REVB=-0.0335085;RO=62;SAF=26;SAR=36;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593272;STB=0.54572;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0126725;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:62:65:62:62:0.488189:36:26:30:32:36:26:33:32 chr10 47002501 . T A 107.37 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.022933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.962;QD=12.6318;RBI=0.0440745;REFB=-0.01635;REVB=0.0376383;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479278;STB=0.528258;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0176331;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:5:8:12:9:5:8:12:9 chr10 47002542 . C A 699.33 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.669;QD=62.1622;RBI=0.0403062;REFB=0;REVB=0.0164039;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50091e-05;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:22:23:0:0 chr10 47002606 . G A 277.58 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0251341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3737;QD=16.0916;RBI=0.0389935;REFB=-0.00890703;REVB=-0.0298123;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00253091;STB=0.505614;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0104115;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:38:31:31:0.449275:16:15:18:19:16:15:18:20 chr10 47002617 . T C 294.19 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0364853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5892;QD=17.5634;RBI=0.0388366;REFB=0.00402906;REVB=-0.013308;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133228;STB=0.507458;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00529664;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:16:16:17:18:16:16:17:18 chr10 47002724 . G A 118.85 PASS AF=0.35;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0317669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4741;QD=11.8852;RBI=0.0344511;REFB=-0.0351635;REVB=-0.0133319;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864895;STB=0.570792;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0215536;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:23:26:14:14:0.35:9:5:10:13:9:5:12:14 chr10 47002757 . A G 527.11 PASS AF=1;AO=28;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8325;QD=58.5679;RBI=0.0643667;REFB=0;REVB=-0.0584404;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750991;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:28:36:1:14:14:0:0:17:19:0:0 chr10 47002792 . T C 105.31 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0210485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3186;QD=11.0855;RBI=0.0340422;REFB=-0.000956908;REVB=-0.026755;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157691;STB=0.594562;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00115787;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:9:4:11:14:9:4:11:14 chr10 47002916 . CTTT CCTT,CTTC,CTT 709.8 PASS AF=0.9375,0.0208333,0.0416667;AO=30,5,9;DP=48;FAO=45,1,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0,0;FSAR=26,1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561017,-0.125494,-0.210216;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=29.0914,23.0792,20.984;QD=59.1501;RBI=0.0575364,0.137839,0.225928;REFB=0,0,0;REVB=0.0127687,-0.0570145,-0.0827807;RO=0;SAF=10,0,9;SAR=20,5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.0173256,0.0514457,-0.0601898;OID=.,.,.;OPOS=47002917,47002919,47002917;OREF=T,T,T;OALT=C,C,-;OMAPALT=CCTT,CTTC,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.9375,0.0208333,0.0416667:30,5,9:48:45,1,2:48:0:19,0,0:26,1,2:0:0:9:0:10,0,9:20,5,0:0:0 chr10 47002937 . A G 143.7 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00489949;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9985;QD=9.91014;RBI=0.0233727;REFB=0.0132438;REVB=-0.0228534;RO=39;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627825;STB=0.537206;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.0281121;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:14:5:12:27:14:5:12:27 chr10 47002942 . C G 115.94 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0754005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7758;QD=8.28116;RBI=0.075438;REFB=0.0248475;REVB=0.00238051;RO=39;SAF=4;SAR=12;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119948;STB=0.566579;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0575816;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:39:40:16:16:0.285714:12:4:13:26:12:4:13:27 chr10 47003115 . C T 323.41 PASS AF=0.383838;AO=22;DP=100;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=51;FWDB=-0.0676598;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4691;QD=13.067;RBI=0.0705956;REFB=-0.0205583;REVB=-0.0201466;RO=47;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924153;STB=0.521333;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.018625;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:47:61:22:38:0.383838:16:6:10:37:31:7:10:51 chr10 47003177 . A G 204.8 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=43;FWDB=0.0104754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.439;QD=10.6391;RBI=0.01068;REFB=-0.0155952;REVB=-0.00208054;RO=51;SAF=5;SAR=21;SRF=8;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685046;STB=0.5396;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0173028;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:21:5:8:43:21:5:8:43 chr10 47003215 . T C 208.37 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0116657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.313;QD=11.4175;RBI=0.0168842;REFB=-0.0122941;REVB=-0.012206;RO=47;SAF=4;SAR=22;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212592;STB=0.625309;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.023435;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:22:4:13:34:22:4:13:34 chr10 47003229 . C G 186.03 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=0.0271108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.983;QD=10.4807;RBI=0.0278041;REFB=-2.82616e-05;REVB=-0.00617004;RO=46;SAF=5;SAR=19;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505628;STB=0.525022;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.000212259;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:47:24:24:0.338028:19:5:11:35:19:5:11:36 chr10 47003250 . C T 173.01 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0378226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.033;QD=11.3447;RBI=0.0399802;REFB=-0.00599098;REVB=0.0129563;RO=38;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108509;STB=0.511063;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00804701;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:39:21:22:0.360656:14:7:13:25:15:7:13:26 chr10 47003615 . C T 206.72 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00199006;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.141;QD=16.2135;RBI=0.0192739;REFB=-0.0136148;REVB=-0.0191709;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773359;STB=0.519839;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0164173;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:28:22:23:0.45098:9:13:18:9:9:14:18:10 chr10 47003896 . C T 257.3 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0115262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.656;QD=17.4442;RBI=0.012013;REFB=0.000136852;REVB=0.00338525;RO=30;SAF=9;SAR=19;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467927;STB=0.5326;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.000179899;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:30:28:29:0.491525:19:9:11:19:20:9:11:19 chr10 47004068 . T C 332.86 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.004769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.767;QD=19.0208;RBI=0.00899975;REFB=-0.0225105;REVB=-0.00763231;RO=35;SAF=24;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113055;STB=0.56314;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0149969;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:11:24:20:15:11:24:20:15 chr10 47004182 . G A 476.59 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0210331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.7686;QD=50.167;RBI=0.0363458;REFB=-0.0911607;REVB=0.0296416;RO=3;SAF=22;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510379;STB=0.527853;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00330189;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:38:38:3:3:34:35:0.921053:12:22:1:2:12:23:1:2 chr10 47004217 . T C 231.45 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00918966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.746;QD=23.7382;RBI=0.0557698;REFB=-0.0122289;REVB=0.0550075;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585855;STB=0.53268;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0142876;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:12:10:9:8:12:10:9:8 chr10 47004289 . C T 61.12 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0347982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1805;QD=6.79123;RBI=0.054377;REFB=-0.0237015;REVB=-0.0417846;RO=27;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369084;STB=0.736288;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0779971;OID=.;OPOS=47004289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:7:2:14:13:7:2:14:13 chr10 47004355 . C CA 217.69 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0187281;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=198.119;QD=21.2382;RBI=0.0207849;REFB=-0.00996627;REVB=-0.00901495;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127072;STB=0.578992;STBP=0.323;TYPE=ins;VARB=0.0135646;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536585:21:41:22:41:19:13:9:8:11:99:19:12:9:8:11 chr10 47004362 . C T 291.14 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0023632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.955;QD=26.4674;RBI=0.00443592;REFB=-0.0118914;REVB=-0.00375403;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138919;STB=0.576864;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0022526;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:11:15:7:11:11:15:7:11 chr10 47004463 . G A 97.54 PASS AF=0.207792;AO=14;DP=75;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.030053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.964;QD=5.06699;RBI=0.0309315;REFB=-0.00485374;REVB=0.00731918;RO=61;SAF=3;SAR=11;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200141;STB=0.590431;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0181703;OID=.;OPOS=47004463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:75:77:61:61:14:16:0.207792:11:3:21:40:12:4:21:40 chr10 47004633 . CA TG 166.88 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0027111;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.499;QD=21.5326;RBI=0.00812298;REFB=-0.00355384;REVB=-0.0076572;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236509;STB=0.633982;STBP=0.111;TYPE=mnp;VARB=0.00497367;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:14:17:17:0.548387:12:5:8:6:12:5:8:6 chr10 47004702 . A G 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0277352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8241;QD=23.5275;RBI=0.0564525;REFB=0.00516937;REVB=-0.0491695;RO=15;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214787;STB=0.619603;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0101965;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:11:9:11:4:11:9:11:4 chr10 47004971 . A G 219.17 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0248877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.688;QD=25.0474;RBI=0.047116;REFB=-0.0234314;REVB=-0.0400065;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862618;STB=0.5479;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0189314;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:11:10:5:9:11:10:5:9 chr10 47004994 . A G 97.03 PASS AF=0.611111;AO=12;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0240758;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.716;QD=21.5619;RBI=0.0240877;REFB=0.0161828;REVB=-0.000756147;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273921;STB=0.666419;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00927394;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:7:7:12:11:0.611111:8:4:0:7:7:4:0:7 chr10 47005267 . C T 370.52 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0013879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.339;QD=30.2461;RBI=0.0431788;REFB=-0.00121456;REVB=0.0431565;RO=18;SAF=21;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128679;STB=0.570768;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000625684;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:10:21:9:9:10:21:9:9 chr10 47005466 . C T 604.52 PASS AF=0.512605;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00700209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.618;QD=20.32;RBI=0.0353588;REFB=-0.00902624;REVB=-0.0346586;RO=53;SAF=38;SAR=23;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669726;STB=0.544866;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0116885;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:53:58:61:61:0.512605:23:38:29:24:23:38:31:27 chr10 47005504 . T C 838.52 PASS AF=0.535484;AO=83;DP=156;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.010862;FXX=0.012738;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.037;QD=21.6393;RBI=0.0320012;REFB=-0.0270642;REVB=0.0301014;RO=72;SAF=48;SAR=35;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286885;STB=0.515691;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0173836;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:72:72:83:83:0.535484:35:48:44:28:35:48:44:28 chr10 47005575 . C T 718.06 PASS AF=0.487013;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=154;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.00339743;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.26;QD=18.651;RBI=0.007631;REFB=-0.00998259;REVB=0.00683298;RO=79;SAF=32;SAR=43;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511524;STB=0.528248;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0131119;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:79:79:75:75:0.487013:43:32:38:41:43:32:38:41 chr10 47005611 . CAGA C 139.75 PASS AF=0.211009;AO=21;DP=109;FAO=23;FDP=109;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.00467929;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.85;QD=5.12838;RBI=0.0146545;REFB=-0.00692258;REVB=-0.0138873;RO=81;SAF=5;SAR=16;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340104;STB=0.659379;STBP=0.09;TYPE=del;VARB=0.0232666;OID=.;OPOS=47005612;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211009:21:109:23:109:86:7:16:43:43:99:81:5:16:40:41 chr10 47087078 . G T 247.3 PASS AF=0.293103;AO=34;DP=117;FAO=34;FDP=116;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.0391774;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.301;QD=8.52773;RBI=0.0393519;REFB=-0.0118573;REVB=0.00370194;RO=81;SAF=9;SAR=25;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223007;STB=0.637669;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0228469;OID=.;OPOS=47087078;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:81:82:34:34:0.293103:25:9:35:46:25:9:36:46 chr10 47087474 . C T 1772.25 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00867369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1836;QD=59.0749;RBI=0.0147581;REFB=-0.0812593;REVB=0.0119402;RO=2;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150731;STB=0.507935;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00632241;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:62:56:0:2:62:56:0:2 chr10 47087501 . C T 583.44 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0251194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.734;QD=20.8371;RBI=0.0263277;REFB=-0.019941;REVB=0.00788428;RO=53;SAF=26;SAR=33;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595125;STB=0.532733;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0257585;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:33:26:27:26:33:26:27:26 chr10 47087608 . T C 1463.92 PASS AF=0.969697;AO=92;DP=98;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0244733;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.244;QD=59.1483;RBI=0.0361136;REFB=-0.109693;REVB=0.0265565;RO=4;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394514;STB=0.515148;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00485343;OID=.;OPOS=47087608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:98:99:4:3:92:96:0.969697:46:46:0:4:48:48:0:3 chr10 47087680 . C T 863.85 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=66;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0165275;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7413;QD=53.9904;RBI=0.01654;REFB=-0.0680359;REVB=-0.000642496;RO=3;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367462;STB=0.512816;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00217116;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:66:64:3:2:61:62:0.96875:37:24:0:3:38:24:0:2 chr10 47087731 . C T 955.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.31;QD=58.773;RBI=0.14944;REFB=0;REVB=0.0108193;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680256;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr10 47087830 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.803;QD=57.2026;RBI=0.051936;REFB=0;REVB=-0.00445326;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225734;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr10 47416908 . A G 2742.12 PASS AF=0.473773;AO=275;DP=591;FAO=280;FDP=591;FR=.;FRO=311;FSAF=189;FSAR=91;FSRF=183;FSRR=128;FWDB=0.00157993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.472;QD=18.5592;RBI=0.103603;REFB=-0.0138126;REVB=0.103591;RO=312;SAF=186;SAR=89;SRF=183;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952331;STB=0.550094;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0128795;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:591:591:312:311:275:280:0.473773:89:186:183:129:91:189:183:128 chr10 47747159 . G C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0393988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.707;QD=28.5377;RBI=0.0436933;REFB=-0.0617087;REVB=0.0188902;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0161873;OID=.;OPOS=47747159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:0:1:6:1:0:1 chr10 47911590 . GT AG 542.27 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779121;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=2;MLLD=254.542;QD=60.2522;RBI=0.0165693;REFB=0;REVB=0.0146233;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.55718e-05;OID=.;OPOS=47911590;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr10 48370595 . G A 367.77 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=0.0869591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0074;QD=16.7166;RBI=0.102969;REFB=-0.0261854;REVB=0.055143;RO=45;SAF=14;SAR=25;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124574;STB=0.585228;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0285342;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:49:39:39:0.443182:25:14:11:34:25:14:11:38 chr10 48373123 . G A 55.24 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0140369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.808;QD=10.0444;RBI=0.0161522;REFB=-0.0324468;REVB=-0.00799122;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37647;STB=0.666263;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0521774;OID=.;OPOS=48373123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:14:14:7:8:0.363636:2:5:5:9:3:5:5:9 chr10 48373576 . T C 170.35 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00482309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3648;QD=23.4965;RBI=0.0201163;REFB=-0.0253096;REVB=0.0195296;RO=12;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399495;STB=0.567497;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0313181;OID=.;OPOS=48373576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:29:29:12:11:17:18:0.62069:5:12:9:3:6:12:9:2 chr10 48373663 . C T 181.95 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.011964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6294;QD=16.9255;RBI=0.024228;REFB=-0.0518104;REVB=-0.0210679;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134659;STB=0.521175;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0754617;OID=.;OPOS=48373663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:24:19:19:0.44186:11:8:10:13:11:8:11:13 chr10 49313245 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00129648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.65;QD=23.2182;RBI=0.131438;REFB=-0.00766225;REVB=0.131431;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0228557;OID=.;OPOS=49313245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr10 49659351 . C T 175.99 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0824759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3003;QD=19.5545;RBI=0.108201;REFB=-0.0323311;REVB=0.0700363;RO=18;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13943;STB=0.538417;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0354394;OID=.;OPOS=49659351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:18:17:18:0.5:14:3:5:13:14:4:5:13 chr10 49659559 . C T 259.61 PASS AF=0.483333;AO=27;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0118609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.953;QD=17.3071;RBI=0.0183902;REFB=-0.0309391;REVB=0.0140542;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00226867;STB=0.500575;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.037232;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:31:27:29:0.483333:13:14:16:15:14:15:16:15 chr10 49659644 . A G 68.17 PASS AF=0.6;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.055222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.157;QD=18.1779;RBI=0.055293;REFB=-0.00775419;REVB=-0.00280126;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246937;STB=0.651856;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00606628;OID=.;OPOS=49659644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:6:6:8:9:0.6:4:4:1:5:4:5:1:5 chr10 49667795 . T C 857.83 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.324;QD=57.1889;RBI=0.0216852;REFB=0;REVB=0.0215502;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194668;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:21:37:0:0:23:37:0:0 chr10 49687800 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0024933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.515;QD=8.81209;RBI=0.0232141;REFB=-0.00721042;REVB=-0.0230798;RO=10;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521666;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0107882;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:5:6:0.352941:2:3:6:4:2:4:7:4 chr10 49860258 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.191;QD=59.4352;RBI=0.042318;REFB=0;REVB=0.0423014;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99475e-05;OID=.;OPOS=49860258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr10 49998780 . G A 1163.75 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000171265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.438;QD=58.1875;RBI=0.0687151;REFB=-0.127469;REVB=0.0687149;RO=1;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126212;STB=0.513155;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00143569;OID=.;OPOS=49998780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:1:2:78:78:0.975:37:41:0:1:37:41:0:2 chr10 50004372 . C T 1556.96 PASS AF=0.981481;AO=107;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0332352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6948;QD=57.6652;RBI=0.058421;REFB=-0.0803512;REVB=-0.0480462;RO=1;SAF=59;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797715;STB=0.501061;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00167066;OID=.;OPOS=50004372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:1:2:107:106:0.981481:48:59:1:0:47:59:1:1 chr10 50013402 . T C 934.07 PASS AF=0.956522;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0451051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.129;QD=54.1489;RBI=0.0459879;REFB=-0.0350912;REVB=-0.00896754;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.520542;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0022877;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:69:0:3:65:66:0.956522:31:34:0:0:31:35:3:0 chr10 50025396 . G A 513.66 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.576;QD=58.7039;RBI=0.0555275;REFB=0;REVB=0.0251843;RO=0;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332086;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:29:5:0:0:30:5:0:0 chr10 50038800 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.023;QD=56.1916;RBI=0.0356385;REFB=0;REVB=0.016321;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr10 50083111 . T C 1191.05 PASS AF=0.931818;AO=82;DP=88;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.000350262;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.8758;QD=54.1388;RBI=0.0343667;REFB=-0.0583666;REVB=-0.034365;RO=5;SAF=29;SAR=53;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183658;STB=0.514055;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00394675;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:88:88:5:6:82:82:0.931818:53:29:1:4:53:29:1:5 chr10 50109902 . G A 675.82 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8157;QD=53.0056;RBI=0.0347523;REFB=-0.11068;REVB=0.00102809;RO=2;SAF=26;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348198;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00211984;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:2:1:48:50:0.980392:22:26:2:0:23:27:1:0 chr10 50121784 . T C 1732.1 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0430543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9546;QD=59.7278;RBI=0.0576903;REFB=-0.00678064;REVB=0.0383992;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.504424;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000160764;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:0:1:115:115:0.991379:56:59:0:0:56:59:0:1 chr10 50122181 . C A 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.071;QD=62.9788;RBI=0.0273665;REFB=0;REVB=0.00407447;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23174e-05;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr10 50227785 . T C 1133.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.17;QD=60.4403;RBI=0.055819;REFB=0;REVB=0.0301594;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216592;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:49:26:0:0:49:26:0:0 chr10 50339925 . G A 49.24 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0360392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.6171;QD=15.1496;RBI=0.0667538;REFB=0.0569332;REVB=0.0561894;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0404666;OID=.;OPOS=50339925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:4:2:3:4:4:2 chr10 50340304 . C A 312.24 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0317022;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.591;QD=16.653;RBI=0.0318323;REFB=-0.0165131;REVB=0.00287527;RO=37;SAF=17;SAR=17;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138854;STB=0.586617;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0352755;OID=.;OPOS=50340304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:41:34:34:0.453333:17:17:24:13:17:17:27:14 chr10 50341954 . A G 226.97 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0258808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.277;QD=15.6533;RBI=0.028002;REFB=-0.0204336;REVB=-0.0106909;RO=31;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064517;STB=0.559392;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0267636;OID=.;OPOS=50341954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:32:25:26:0.448276:19:6:9:22:20:6:10:22 chr10 50374819 . T C 110.58 PASS AF=0.608696;AO=12;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0106446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.865;QD=19.2321;RBI=0.130109;REFB=-0.0685419;REVB=0.129672;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257835;STB=0.580527;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.063324;OID=.;OPOS=50374819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:23:23:9:9:12:14:0.608696:3:9:4:5:5:9:4:5 chr10 50531604 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.925;QD=48.7367;RBI=0.0147188;REFB=0;REVB=-0.0113238;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99247e-05;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr10 50532588 . C G 71.67 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00982676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.325;QD=19.1111;RBI=0.03158;REFB=-0.0143408;REVB=0.0300121;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137772;STB=0.578784;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00411686;OID=.;OPOS=50532588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:5:1:3:6:5:1 chr10 50532683 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9334;QD=33.4261;RBI=0.0865083;REFB=0;REVB=0.0782529;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00390308;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr10 50533463 . T A 102.49 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0220228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.914;QD=17.8237;RBI=0.0425445;REFB=-0.016082;REVB=-0.0364009;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416756;STB=0.521703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0133847;OID=.;OPOS=50533463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:9:11:12:12:0.521739:6:6:5:4:6:6:6:5 chr10 50533617 . T C 239.42 PASS AF=1;AO=12;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4261;QD=50.4039;RBI=0.045254;REFB=0;REVB=0.0234886;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729827;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:12:19:1:11:1:0:0:13:6:0:0 chr10 50533841 . G C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00912004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.274;QD=13.9591;RBI=0.047931;REFB=-0.013546;REVB=0.0470553;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548641;STB=0.817436;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0266168;OID=.;OPOS=50533841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:7:0:5:2:7:0 chr10 50534350 . G A 183.04 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0199108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8083;QD=17.4319;RBI=0.0555778;REFB=0.00579524;REVB=0.0518889;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208944;STB=0.618204;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00718663;OID=.;OPOS=50534350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:6:17:10:9:6:17 chr10 50534599 . G A 110.46 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0502692;FXX=0.153787;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6962;QD=20.0835;RBI=0.0597809;REFB=-0.0242005;REVB=0.0323538;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444442;STB=0.705552;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00827337;OID=.;OPOS=50534599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:22:8:10:12:12:0.545455:4:8:0:8:4:8:2:8 chr10 50678331 . C T 401.93 PASS AF=0.540541;AO=39;DP=73;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00312486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.979;QD=21.7257;RBI=0.00364764;REFB=-0.00751096;REVB=-0.00188163;RO=33;SAF=20;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985305;STB=0.54052;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00757837;OID=.;OPOS=50678331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:33:34:39:40:0.540541:19:20:13:20:20:20:14:20 chr10 50681033 . G A 279.85 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0113794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.568;QD=11.9084;RBI=0.0118235;REFB=-0.0228909;REVB=-0.00321012;RO=59;SAF=15;SAR=18;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601879;STB=0.545427;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0456625;OID=.;OPOS=50681033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:61:33:33:0.351064:18:15:30:29:18:15:32:29 chr10 50723684 . G A 964.24 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.106;QD=58.4385;RBI=0.0224899;REFB=0;REVB=0.019286;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654069;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:43:22:0:0:44:22:0:0 chr10 50724016 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.242;QD=62.022;RBI=0.0269029;REFB=0;REVB=0.0177239;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79737e-05;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr10 50732280 . C T 168.27 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0054624;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.996;QD=20.3968;RBI=0.0282018;REFB=-0.0273433;REVB=0.0276678;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283807;STB=0.66059;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0305274;OID=.;OPOS=50732280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:11:5:11:6:11:5 chr10 50740600 . C T 320.76 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00433411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.359;QD=21.3841;RBI=0.0222405;REFB=-0.00629453;REVB=-0.0218141;RO=27;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935779;STB=0.551693;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00877486;OID=.;OPOS=50740600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:16:17:17:10:16:17:17:10 chr10 50740876 . G C 239.33 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00356123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.876;QD=20.8112;RBI=0.00731709;REFB=-0.0234716;REVB=-0.00639198;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139686;STB=0.567458;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0233382;OID=.;OPOS=50740876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:22:23:0.5:12:10:7:16:13:10:7:16 chr10 50819182 . T C 235.16 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0369943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.978;QD=14.4716;RBI=0.0404125;REFB=-0.0220385;REVB=0.0162664;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149458;STB=0.599708;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0360851;OID=.;OPOS=50819182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:36:37:27:28:0.430769:16:11:20:16:17:11:21:16 chr10 50820345 . C A 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.16;QD=62.9796;RBI=0.0818627;REFB=0;REVB=0.0162766;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200596;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr10 50820424 . G T 227.77 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0321342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9936;QD=21.1877;RBI=0.0541032;REFB=-0.00302705;REVB=0.0435264;RO=21;SAF=3;SAR=19;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322873;STB=0.695999;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0040837;OID=.;OPOS=50820424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:20:22:23:0.534884:19:3:8:13:20:3:8:12 chr10 50820693 . G T 284.44 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0140988;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.117;QD=19.9606;RBI=0.0291964;REFB=-0.0310016;REVB=0.0255666;RO=27;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133375;STB=0.556738;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0251918;OID=.;OPOS=50820693;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:27:27:30:30:0.526316:19:11:14:13:19:11:13:14 chr10 50822376 . C G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0341249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.373;QD=19.6458;RBI=0.0370741;REFB=-0.0106003;REVB=-0.0144907;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221094;STB=0.64333;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0105838;OID=.;OPOS=50822376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:11:11:0.578947:6:5:1:6:6:5:1:7 chr10 50856652 . G A 708.03 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.867;QD=62.9361;RBI=0.0246282;REFB=0;REVB=0.0240747;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151788;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr10 50863147 . T C 348.96 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.025927;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.143;QD=19.9407;RBI=0.0259508;REFB=-0.0296718;REVB=-0.00111213;RO=33;SAF=26;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172744;STB=0.605673;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0248481;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:36:36:0.514286:10:26:18:15:10:26:18:16 chr10 50916484 . A G 769.71 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.942;QD=57.0154;RBI=0.0234422;REFB=0;REVB=-0.00431843;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26458e-05;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:20:32:0:0:21:33:0:0 chr10 50942763 . C T 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2281;QD=64.1436;RBI=0.057014;REFB=0;REVB=-0.0485433;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184822;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr10 50960209 . G A 374.3 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.913;QD=55.4524;RBI=0.10743;REFB=0;REVB=0.105864;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310312;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:7:18:0:0:9:18:0:0 chr10 51465552 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.176;QD=33.4285;RBI=0.0756132;REFB=0;REVB=-0.0440037;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216923;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr10 51549545 . G T 1019.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.555;QD=59.1061;RBI=0.0118701;REFB=0;REVB=0.00764228;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22945e-05;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:32:35:0:0:34:35:0:0 chr10 51568378 . T G 317.62 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0109361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.75;QD=13.0977;RBI=0.020107;REFB=-0.0188095;REVB=0.0168728;RO=61;SAF=15;SAR=21;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065482;STB=0.537501;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0311918;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:21:15:29:32:21:15:29:32 chr10 51623147 . C T 79.71 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0364694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8446;QD=15.9412;RBI=0.0474793;REFB=-0.0307863;REVB=0.0304018;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172412;STB=0.599808;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.029757;OID=.;OPOS=51623147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:7:3:5:5:7:3 chr10 51623174 . C A 41.0 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00582367;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.258;QD=16.3983;RBI=0.00943996;REFB=0.00216458;REVB=0.00742952;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279564;STB=0.66611;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00263047;OID=.;OPOS=51623174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:3:1:4:2:3:1 chr10 51623866 . A G 91.96 PASS AF=0.833333;AO=8;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0461368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.747;QD=30.653;RBI=0.0627227;REFB=-0.00342722;REVB=-0.0424916;RO=2;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233526;STB=0.642514;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00257204;OID=.;OPOS=51623866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:8:10:0.833333:1:7:1:1:1:9:1:1 chr10 51631812 . A G 174.37 PASS AF=0.653846;AO=18;DP=27;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0379366;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5415;QD=26.8268;RBI=0.0925892;REFB=-0.0343517;REVB=0.0844605;RO=8;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26728;STB=0.632264;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0254612;OID=.;OPOS=51631812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:26:8:9:18:17:0.653846:14:4:5:3:13:4:5:4 chr10 51827763 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.866;QD=42.1826;RBI=0.0325364;REFB=0;REVB=0.0228292;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443842;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr10 52002980 . T G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.254;QD=57.3856;RBI=0.02444;REFB=0;REVB=0.0165274;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50473e-05;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr10 52005153 . A G 914.92 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155879;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.553;QD=57.1824;RBI=0.0388842;REFB=-0.040123;REVB=0.0356229;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263218;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:64:0:0:61:64:1:22:39:0:0:22:42:0:0 chr10 52103707 . A G 1281.15 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.141;QD=61.0074;RBI=0.05154;REFB=0;REVB=0.0345552;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105908;OID=.;OPOS=52103707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:46:36:0:0:48:36:0:0 chr10 54405572 . A G 498.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.432;QD=58.6594;RBI=0.0747224;REFB=0;REVB=0.0746981;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037677;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr10 54528266 . G C 99.87 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00812481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4015;QD=15.365;RBI=0.014015;REFB=0.00664209;REVB=-0.0114196;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131584;STB=0.57564;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00450129;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:3:11:8:4:3:11 chr10 55568972 . T G 886.5 PASS AF=0.891892;AO=65;DP=74;FAO=66;FDP=74;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0278725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9832;QD=47.9188;RBI=0.0293565;REFB=-0.111592;REVB=0.00921578;RO=7;SAF=29;SAR=36;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101334;STB=0.558806;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0238736;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:74:74:7:8:65:66:0.891892:36:29:7:0:36:30:8:0 chr10 55582905 . G T 989.8 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0048283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.294;QD=54.9889;RBI=0.00485754;REFB=0.00924584;REVB=-0.00053218;RO=3;SAF=34;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136838;STB=0.507244;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.000211407;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:35:34:2:1:35:34:2:1 chr10 55590946 . CAGAC TAGAT 543.34 PASS AF=1;AO=4;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03996;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=5;MLLD=75.1086;QD=55.727;RBI=0.120263;REFB=0;REVB=0.11343;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00597302;OID=.;OPOS=55590946;OREF=CAGAC;OALT=TAGAT;OMAPALT=TAGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:4:39:1:3:1:0:0:32:7:0:0 chr10 55617017 . C T 873.64 PASS AF=0.40249;AO=97;DP=241;FAO=97;FDP=241;FR=.;FRO=144;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=66;FSRR=78;FWDB=-0.0504272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.007;QD=14.5003;RBI=0.051025;REFB=0.0116901;REVB=0.00778746;RO=144;SAF=46;SAR=51;SRF=66;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170013;STB=0.509529;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.020068;OID=.;OPOS=55617017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:144:144:97:97:0.40249:51:46:66:78:51:46:66:78 chr10 55755491 . C T 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.18;QD=63.5783;RBI=0.0220519;REFB=0;REVB=-0.0105596;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30067e-05;OID=.;OPOS=55755491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr10 55949151 . G A 205.05 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.000869846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3815;QD=15.7734;RBI=0.0547081;REFB=-0.0315376;REVB=-0.0547012;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180829;STB=0.602561;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0283368;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:18:11:13:10:18:11 chr10 55955444 . T G 233.45 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00564896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.914;QD=16.9783;RBI=0.0254934;REFB=-0.0165632;REVB=0.0248597;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780541;STB=0.543876;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0266133;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:12:14:18:11:12:14:18:11 chr10 55955485 . A G 336.51 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0168224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4883;QD=17.257;RBI=0.105929;REFB=-0.0397496;REVB=0.104585;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771216;STB=0.50432;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0450135;OID=.;OPOS=55955485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:16:20:23:19:16:20:23:19 chr10 55955610 . C T 418.87 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.013544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.528;QD=21.7593;RBI=0.0135455;REFB=-0.0248231;REVB=-0.000206777;RO=34;SAF=17;SAR=24;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274931;STB=0.526705;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0212511;OID=.;OPOS=55955610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:35:41:42:0.545455:24:17:13:21:24:18:13:22 chr10 56335031 . A G 851.28 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3531;QD=55.8215;RBI=0.0301901;REFB=0.000572039;REVB=-0.00625658;RO=1;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230088;STB=0.512191;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000128216;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:20:40:0:1:20:40:0:1 chr10 56335067 . A G 1123.88 PASS AF=0.908046;AO=73;DP=97;FAO=79;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0113483;FXX=0.0224694;HRUN=11;LEN=1;MLLD=195.023;QD=51.6725;RBI=0.0174257;REFB=-0.194308;REVB=-0.0132239;RO=13;SAF=40;SAR=33;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027173;STB=0.504042;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00217279;OID=.;OPOS=56335067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:97:87:13:8:73:79:0.908046:33:40:7:6:33:46:5:3 chr10 56345303 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.022;QD=61.6832;RBI=0.0609659;REFB=0;REVB=0.0265545;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331556;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr10 56345335 . T C 583.6 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0698322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8446;QD=58.36;RBI=0.0731771;REFB=-0.164517;REVB=-0.0218711;RO=1;SAF=13;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346908;STB=0.518509;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00618228;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:1:1:39:39:0.975:26:13:1:0:26:13:1:0 chr10 56423968 . A C 377.83 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0210277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.471;QD=16.2506;RBI=0.0212806;REFB=-0.00600751;REVB=-0.00327094;RO=52;SAF=19;SAR=21;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330112;STB=0.523489;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0114426;OID=.;OPOS=56423968;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:21:19:23:29:21:19:23:30 chr10 57357632 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0333172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.129;QD=11.8306;RBI=0.0884215;REFB=-0.0220774;REVB=-0.0819043;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246768;STB=0.683863;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0147334;OID=.;OPOS=57357632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:16:18:11:11:0.37931:8:3:8:8:8:3:10:8 chr10 57358664 . C A 300.58 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00647233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1947;QD=21.4699;RBI=0.0102368;REFB=-0.0134063;REVB=0.00793108;RO=25;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109243;STB=0.506049;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0103381;OID=.;OPOS=57358664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:12:19:15:10:12:19:15:10 chr10 57358667 . G A 742.72 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00474634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.065;QD=53.0515;RBI=0.0129815;REFB=0.030324;REVB=0.0120827;RO=2;SAF=33;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784626;STB=0.504165;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0011919;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:21:33:1:1:21:33:1:1 chr10 57359697 . C T 218.1 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00593775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.787;QD=15.5784;RBI=0.0684104;REFB=-0.00346448;REVB=-0.0681522;RO=31;SAF=23;SAR=2;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525484;STB=0.807645;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00194175;OID=.;OPOS=57359697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:2:23:18:13:2:23:18:13 chr10 57359815 . TCCCT ATCCT,TCCCC 175.51 PASS AF=0,0.409091;AO=2,16;DP=44;FAO=0,18;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=0,8;FSAR=0,10;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0907392,0.0548472;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=36.521,89.6586;QD=15.9558;RBI=0.0953147,0.0550484;REFB=-0.0641823,-0.00409266;REVB=-0.0291768,-0.00470188;RO=18;SAF=1,7;SAR=1,9;SRF=3;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.391293,0.268139;STB=0.5,0.590069;STBP=1,0.348;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00459626;OID=.,.;OPOS=57359815,57359819;OREF=TC,T;OALT=AT,C;OMAPALT=ATCCT,TCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:44:44:18:24:2,16:0,18:0,0.409091:1,9:1,7:3:15:0,10:0,8:7:17 chr10 58118630 . T C 826.33 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.122;QD=56.0222;RBI=0.072029;REFB=0;REVB=-0.0271098;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115106;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:59:0:0:56:59:1:30:26:0:0:32:27:0:0 chr10 59997568 . C A 356.74 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00043056;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.628;QD=19.0263;RBI=0.0163202;REFB=-0.024366;REVB=-0.0163146;RO=38;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362208;STB=0.520162;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0251169;OID=.;OPOS=59997568;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:19:18:20:18:19:18:20:18 chr10 60128731 . T C 66.3 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0148896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.406;QD=12.055;RBI=0.0149152;REFB=-0.0143415;REVB=-0.000874423;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519322;STB=0.807046;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0125127;OID=.;OPOS=60128731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:2:7:3:10:2:7:3:10 chr10 60573753 . G T 1578.62 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.771;QD=63.7825;RBI=0.0807343;REFB=0;REVB=0.0756752;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108501;OID=.;OPOS=60573753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:99:0:0:94:99:1:45:49:0:0:50:49:0:0 chr10 60577393 . T C 1009.6 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0467925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4454;QD=57.6914;RBI=0.0688372;REFB=0.0226118;REVB=0.0504879;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160211;STB=0.508472;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0053611;OID=.;OPOS=60577393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:40:29:1:0:40:29:1:0 chr10 60588553 . T C 1208.79 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.188;QD=61.2047;RBI=0.0183766;REFB=0;REVB=0.00385221;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84628e-05;OID=.;OPOS=60588553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr10 61005244 . G C 995.01 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131917;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9885;QD=58.5297;RBI=0.0447625;REFB=0;REVB=0.0427745;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165774;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226814;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:1:0:67:68:1:39:28:1:0:39:29:0:0 chr10 61122268 . T TTA 396.89 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752243;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.096;QD=56.6984;RBI=0.0899507;REFB=0;REVB=0.0493197;RO=1;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545937;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000865956;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:29:28:28:0:19:9:0:0:4:1:19:8:0:1 chr10 61414011 . G T 346.12 PASS AF=0.506849;AO=32;DP=68;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00305551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.204;QD=18.9653;RBI=0.00614308;REFB=-0.000560899;REVB=0.00532929;RO=35;SAF=20;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797572;STB=0.562905;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000790642;OID=.;OPOS=61414011;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:73:35:36:32:37:0.506849:12:20:19:16:13:24:19:17 chr10 61549657 . AT A 195.68 PASS AF=0.56;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0871471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.8267;QD=15.6546;RBI=0.0908992;REFB=-0.0566648;REVB=0.0258464;RO=22;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179339;STB=0.585736;STBP=0.178;TYPE=del;VARB=0.0452418;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:27:50:28:50:22:10:18:12:10:99:22:9:18:12:10 chr10 61551428 . T C 162.28 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.000542683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.576;QD=19.6698;RBI=0.0269756;REFB=0.0141282;REVB=-0.0269702;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765883;STB=0.543427;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.0144814;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:8:8:10:7:8:8 chr10 61552692 . G T 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00079897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.939;QD=24.9761;RBI=0.00243342;REFB=-0.0254757;REVB=-0.00229851;RO=21;SAF=19;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00313503;STB=0.501721;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0168344;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:14:19:12:9:14:19:12:9 chr10 61665886 . C A 1965.84 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.627;QD=61.9161;RBI=0.052257;REFB=0;REVB=0.0505105;RO=0;SAF=74;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22251e-05;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:127:0:0:122:127:1:48:74:0:0:52:75:0:0 chr10 61719232 . A AT 1131.56 PASS AF=1;AO=94;DP=116;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741073;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.6963;QD=40.7769;RBI=0.158599;REFB=0;REVB=-0.158425;RO=11;SAF=54;SAR=40;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00349448;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:94:116:111:111:0:60:51:0:0:23:11:54:40:8:3 chr10 61841573 . CTTTTC CTTT,CTTTC,CTTTCC 601.84 PASS AF=0,1,0;AO=6,39,3;DP=53;FAO=0,50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,0;FSAR=0,42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122958,0.025537,0.148171;FXX=0.0384541;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=8.05645,17.2826,4.90813;QD=48.147;RBI=0.190199,0.152352,0.151075;REFB=0,0,0;REVB=-0.14511,-0.150197,-0.0294783;RO=1;SAF=3,4,1;SAR=3,35,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.422397,0.422397,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.123249,-0.103603,-0.266641;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00207882,0.0368195;OID=.,.,.;OPOS=61841577,61841574,61841577;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC,CTTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:6,39,3:53:0,50,0:50:0:0,8,0:0,42,0:0:0:3:1:3,4,1:3,35,2:1:0 chr10 61868716 . C A 426.89 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0189288;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.87;QD=18.9729;RBI=0.0226959;REFB=-0.0196234;REVB=0.012522;RO=46;SAF=19;SAR=24;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213115;STB=0.622845;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0216703;OID=.;OPOS=61868716;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:46:47:43:43:0.477778:24:19:31:15:24:19:32:15 chr10 62060128 . A G 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00326555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.748;QD=20.7505;RBI=0.0107219;REFB=-0.0120833;REVB=0.0102125;RO=38;SAF=17;SAR=24;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291198;STB=0.516121;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0101934;OID=.;OPOS=62060128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:24:17:17:21:24:17:17:21 chr10 63188682 . A G 154.12 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00040026;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7942;QD=12.3294;RBI=0.0678931;REFB=-0.0108103;REVB=-0.0678919;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123489;STB=0.572317;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0265337;OID=.;OPOS=63188682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:7:11:16:16:7:11:16:16 chr10 63422751 . CTGG CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA 1009.34 PASS AF=0.339806,0.524272,0.0679612;AO=21,35,7;DP=120;FAO=35,54,7;FDP=103;FR=.;FRO=7;FSAF=34,23,7;FSAR=1,31,0;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0123893,0.0397325,-0.0319784;FXX=0.08035;HRUN=5,5,3;LEN=14,15,4;MLLD=175.792,177.738,252.162;QD=39.1976;RBI=0.0125741,0.0397376,0.0321773;REFB=-0.0171876,-0.0152688,-0.00558985;REVB=-0.00214759,-0.000638112,-0.00357235;RO=20;SAF=20,6,7;SAR=1,29,0;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.692242,-0.221951,0.758886;STB=0.888559,0.550706,0.998569;STBP=0,0.036,0;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.0452809,0.00356248,0.0465332;OID=.,.,.;OPOS=63422755,63422755,63422751;OREF=-,-,CTGG;OALT=GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA,GGCA;OMAPALT=CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:120:103:20:7:21,35,7:35,54,7:0.339806,0.524272,0.0679612:1,29,0:20,6,7:8:12:1,31,0:34,23,7:0:7 chr10 63520698 . T C 1193.81 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0101241;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.348;QD=57.5332;RBI=0.0148207;REFB=-0.139313;REVB=0.0108239;RO=2;SAF=28;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759006;STB=0.51248;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.000104165;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:84:83:2:3:80:80:0.963855:52:28:1:1:52:28:2:1 chr10 63958112 . T C 905.91 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864556;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.059;QD=58.4457;RBI=0.0929337;REFB=0;REVB=0.0340896;RO=0;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270499;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:46:16:0:0:46:16:0:0 chr10 63995983 . C T 1677.23 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.76;QD=60.4406;RBI=0.0382835;REFB=0;REVB=-0.0356441;RO=0;SAF=48;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7518e-05;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:63:48:0:0:63:48:0:0 chr10 64000878 . T G 340.45 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0227259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.684;QD=50.4367;RBI=0.0501756;REFB=-0.0175959;REVB=0.0447339;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00031575;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:15:10:0:1:15:11:0:1 chr10 64110037 . C T 35.17 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0678505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4493;QD=10.0488;RBI=0.0684936;REFB=-0.0133195;REVB=-0.00936359;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12327;STB=0.576643;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0192454;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:2:6:5:1:2:6 chr10 64415184 . A G 1341.16 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0806204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.091;QD=60.9617;RBI=0.082135;REFB=0.0458687;REVB=0.0157005;RO=1;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824131;STB=0.504347;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-6.27271e-06;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:57:30:0:1:57:30:0:1 chr10 64564892 . G T 41.15 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0022276;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.795;QD=16.4586;RBI=0.0022276;REFB=-0.0251284;REVB=0;RO=4;SAF=6;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00661785;OID=.;OPOS=64564892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:0:6:4:0:0:6:4:0 chr10 64564934 . C G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=-0.00238306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.754;QD=20.5464;RBI=0.0439622;REFB=-0.0129737;REVB=-0.0438976;RO=22;SAF=19;SAR=3;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09292;STB=0.551843;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.013568;OID=.;OPOS=64564934;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:3:19:20:2:3:19:20:2 chr10 64572037 . ATT A,AT,TAT 318.05 PASS AF=0,1,0;AO=7,26,3;DP=42;FAO=0,43,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,0;FSAR=0,25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425801,-0.0833241,-0.0168345;FXX=0;HRUN=8,8,1;LEN=2,1,2;MLLD=10.3799,9.80049,211.525;QD=29.5859;RBI=0.0441879,0.0862356,0.0365828;REFB=-0.00797989,-0.00681069,0.0481584;REVB=0.0118114,0.0222187,-0.0324792;RO=5;SAF=4,10,3;SAR=3,16,0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.394184,0.125104,0.794084;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0786902,-0.0182417,0;OID=.,.,.;OPOS=64572038,64572038,64572037;OREF=TT,T,AT;OALT=-,-,TA;OMAPALT=A,AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:42:43:5:0:7,26,3:0,43,0:0,1,0:3,16,0:4,10,3:0:5:0,25,0:0,18,0:0:0 chr10 64573771 . C T 453.82 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.592;QD=55.0082;RBI=0.0569811;REFB=0;REVB=0.00807007;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685406;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:6:25:0:0:6:27:0:0 chr10 64869942 . A G 43.33 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0268411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6222;QD=5.77799;RBI=0.0420195;REFB=-0.000112372;REVB=0.0323295;RO=23;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.69369;STB=0.922209;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00140846;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:1:6:4:19:1:6:4:19 chr10 64913646 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0120622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.721;QD=13.631;RBI=0.0191739;REFB=-0.00583271;REVB=0.0149045;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355666;STB=0.705454;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00611932;OID=.;OPOS=64913646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:8:1:4:4:8:1 chr10 64914016 . T TA 121.0 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0877595;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.1103;QD=12.4104;RBI=0.104076;REFB=-0.0198647;REVB=-0.0559469;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204779;STB=0.636198;STBP=0.163;TYPE=ins;VARB=0.0125236;OID=.;OPOS=64914017;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:17:40:18:39:21:4:14:9:12:99:22:4:13:9:13 chr10 64914518 . CATA C 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0150611;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.643;QD=18.1597;RBI=0.0152249;REFB=-0.0134191;REVB=-0.00222706;RO=40;SAF=12;SAR=24;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188121;STB=0.611048;STBP=0.074;TYPE=del;VARB=0.0146311;OID=.;OPOS=64914519;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:36:76:36:75:39:12:24:21:18:99:40:12:24:21:19 chr10 64927823 . C G 166.56 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0450753;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.766;QD=14.1756;RBI=0.0470459;REFB=-0.0174688;REVB=0.0134736;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774132;STB=0.544974;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0220011;OID=.;OPOS=64927823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:15:14:10:8:15:14 chr10 64945364 . G A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00682428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.414;QD=13.2126;RBI=0.0332078;REFB=-0.00281327;REVB=-0.0324991;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948902;STB=0.555477;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00355249;OID=.;OPOS=64945364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:9:13:7:7:9:13 chr10 64967445 . A T 765.06 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8044;QD=56.6714;RBI=0.0254078;REFB=0;REVB=0.00611214;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581627;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:29:25:0:0 chr10 64968002 . G A 295.79 PASS AF=0.65;AO=23;DP=37;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00442362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.536;QD=29.579;RBI=0.010448;REFB=-0.00889379;REVB=-0.00946535;RO=14;SAF=16;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243383;STB=0.62439;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0098167;OID=.;OPOS=64968002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:14:14:23:26:0.65:7:16:5:9:8:18:5:9 chr10 64974537 . A T 318.75 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00989001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.306;QD=20.9016;RBI=0.0100708;REFB=-0.0320898;REVB=-0.00189986;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673239;STB=0.537291;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0284373;OID=.;OPOS=64974537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:18:15:15:13:18:15:15:13 chr10 64979734 . C T 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.026035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.863;QD=15.0641;RBI=0.0266082;REFB=-0.0115965;REVB=-0.00549286;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217349;STB=0.627931;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0212505;OID=.;OPOS=64979734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:14:13:9:25:14:13:9:26 chr10 65380900 . G C 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00998717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9641;QD=15.1717;RBI=0.0162645;REFB=0.00454803;REVB=0.0128371;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550525;STB=0.531755;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00474024;OID=.;OPOS=65380900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:10:14:9:8:10:14 chr10 65381315 . A T 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.0105708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.506;QD=16.8944;RBI=0.0113173;REFB=-0.0113585;REVB=-0.0040421;RO=35;SAF=8;SAR=24;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270947;STB=0.524737;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.013547;OID=.;OPOS=65381315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:37:32:32:0.463768:24:8:8:27:24:8:8:29 chr10 68040325 . C T 501.03 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.575;QD=58.9452;RBI=0.0202238;REFB=0;REVB=0.0174695;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51079e-05;OID=.;OPOS=68040325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:23:10:0:0:24:10:0:0 chr10 68685929 . G C 710.02 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130816;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.688;QD=54.6167;RBI=0.0207257;REFB=0.145867;REVB=0.0160756;RO=1;SAF=33;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140577;STB=0.50746;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.000706665;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:18:33:1:0:18:33:1:0 chr10 69676830 . T C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0127723;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.188;QD=15.6194;RBI=0.0160413;REFB=-0.0149425;REVB=0.00970532;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195225;STB=0.612774;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0171402;OID=.;OPOS=69676830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:12:6:13:12:12:6:13:12 chr10 69773841 . G A 354.53 PASS AF=0.387387;AO=42;DP=109;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0512685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8318;QD=12.7757;RBI=0.053268;REFB=-0.00362758;REVB=0.0144574;RO=64;SAF=20;SAR=22;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419898;STB=0.507122;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00458766;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:64:68:42:43:0.387387:22:20:33:31:22:21:34:34 chr10 69917921 . C T 1155.8 PASS AF=0.975309;AO=76;DP=79;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0352931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.6549;QD=57.0765;RBI=0.0361252;REFB=-0.0313508;REVB=-0.00770872;RO=3;SAF=28;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228518;STB=0.502782;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00245806;OID=.;OPOS=69917921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:81:3:2:76:79:0.975309:48:28:2:1:48:31:1:1 chr10 69917925 . T C 1171.05 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0322261;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.302;QD=57.1242;RBI=0.032714;REFB=-0.0266433;REVB=0.00562884;RO=3;SAF=33;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00600861;STB=0.503176;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.000193892;OID=.;OPOS=69917925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:3:3:79:79:0.963415:46:33:1:2:46:33:1:2 chr10 69926097 . T C 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.268;QD=60.974;RBI=0.0226592;REFB=0;REVB=-0.0164224;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26359e-06;OID=.;OPOS=69926097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr10 69926334 . C G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.03;QD=57.6807;RBI=0.0366597;REFB=0;REVB=0.0100215;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118301;OID=.;OPOS=69926334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr10 69933921 . G A 657.44 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049733;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.036;QD=62.6129;RBI=0.0510362;REFB=0;REVB=0.0114597;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705076;OID=.;OPOS=69933921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr10 69933969 . G A 752.83 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.522;QD=56.817;RBI=0.0148786;REFB=0;REVB=-0.00547242;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.488e-05;OID=.;OPOS=69933969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:32:21:0:0 chr10 69934258 . C G 40.29 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00672191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.157;QD=7.32545;RBI=0.0108867;REFB=0.00228748;REVB=-0.00856365;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442109;STB=0.804999;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00906714;OID=.;OPOS=69934258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:21:22:15:15:6:7:0.318182:5:1:8:7:6:1:8:7 chr10 69948844 . T C 1434.36 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.796;QD=63.049;RBI=0.0215071;REFB=0;REVB=-0.01741;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49601e-05;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr10 69959242 . C A 1470.31 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.708;QD=57.6593;RBI=0.0323679;REFB=-0.0789254;REVB=0.0296581;RO=1;SAF=55;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854764;STB=0.504424;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000888241;OID=.;OPOS=69959242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:100:101:0.990196:45:55:1:0:45:56:1:0 chr10 69991853 . A G 145.21 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.632;QD=44.6787;RBI=0.0497493;REFB=0;REVB=0.0386586;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967518;OID=.;OPOS=69991853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr10 70051810 . A G 707.89 PASS AF=0.74359;AO=57;DP=77;FAO=58;FDP=78;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00613728;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=240.209;QD=36.302;RBI=0.00957556;REFB=-0.00833102;REVB=-0.00735017;RO=19;SAF=16;SAR=41;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077711;STB=0.538448;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00206388;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:19:20:57:58:0.74359:41:16:8:11:42:16:8:12 chr10 70051811 . A G 40.83 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=50;FWDB=-0.023169;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=86.1029;QD=2.09365;RBI=0.0249807;REFB=-0.013478;REVB=0.0093399;RO=69;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340738;STB=0.737274;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0127353;OID=.;OPOS=70051811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:69:69:9:9:0.115385:4:5:19:50:4:5:19:50 chr10 70051928 . A G 1212.4 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464312;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.808;QD=61.3875;RBI=0.0488396;REFB=0;REVB=0.0151475;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80871e-05;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr10 70102936 . T A 732.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.388;QD=62.3646;RBI=0.0608482;REFB=0;REVB=0.00864857;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229825;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:26:21:0:0 chr10 70103272 . G C 375.75 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000407163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7078;QD=48.4837;RBI=0.0428218;REFB=0.00775135;REVB=0.0428198;RO=2;SAF=13;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663506;STB=0.53569;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000773387;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:31:31:2:2:28:29:0.935484:15:13:2:0:16:13:2:0 chr10 70105560 . G A 706.19 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3111;QD=54.3223;RBI=0.0133377;REFB=-0.058866;REVB=-0.00593057;RO=1;SAF=9;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113466;STB=0.506022;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000902106;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:41:9:0:1:41:10:0:1 chr10 70182185 . T C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0079686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.852;QD=15.7844;RBI=0.0140181;REFB=0.0052485;REVB=0.0115329;RO=17;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355609;STB=0.710172;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0108023;OID=.;OPOS=70182185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:2:12:10:7:2:12:10:7 chr10 70332580 . A G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.788;QD=41.8678;RBI=0.0323782;REFB=0.0116086;REVB=0.022814;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000220944;OID=.;OPOS=70332580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:0:1:8:7:0:1 chr10 70333555 . C T 230.58 PASS AF=0.55;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.000538451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.74;QD=23.0579;RBI=0.00307259;REFB=0.00715462;REVB=-0.00302504;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140481;STB=0.590826;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00268373;OID=.;OPOS=70333555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:18:22:22:0.55:13:9:10:7:13:9:11:7 chr10 70405855 . A G 272.8 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4393;QD=49.5997;RBI=0.0925724;REFB=0;REVB=0.0607246;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0043385;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:10:12:0:0 chr10 70495544 . T C 327.09 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516274;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4502;QD=54.5144;RBI=0.0576983;REFB=0;REVB=-0.0257625;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553298;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr10 70502288 . G A,T 736.35 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=44,2;DP=46;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105625,0.00141768;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.2065,74.1806;QD=62.6683;RBI=0.0108078,0.00907281;REFB=0,0;REVB=0.00228941,-0.00896136;RO=0;SAF=25,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000529748,0.113654;OID=.,.;OPOS=70502288,70502288;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:47:0:0:44,2:45,2:0.957447,0.0425532:19,2:25,0:0:0:19,2:26,0:0:0 chr10 70534744 . A C 45.79 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.073;QD=30.5252;RBI=0.206215;REFB=0;REVB=0.20536;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00461537;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:2:3:0:0:3:3:0:0 chr10 70641860 . T C 754.88 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.155;QD=54.9004;RBI=0.0343379;REFB=-0.123565;REVB=0.000428597;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00156104;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:28:26:0:0:28:26:1:0 chr10 70696713 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.805;QD=64.1536;RBI=0.0314409;REFB=0;REVB=0.0303726;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89334e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr10 70700944 . A G 160.27 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0843853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7462;QD=45.7913;RBI=0.0871498;REFB=0;REVB=0.0217764;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00453037;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr10 70748784 . G A 198.6 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00302361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.581;QD=19.3755;RBI=0.062379;REFB=-0.0202789;REVB=0.0623056;RO=20;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359977;STB=0.697456;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0644604;OID=.;OPOS=70748784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:16:4:11:9:16:4:11:10 chr10 70856852 . G A 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00664482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.604;QD=6.68534;RBI=0.0221402;REFB=-0.0114724;REVB=-0.0211195;RO=45;SAF=5;SAR=10;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220017;STB=0.636179;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0401871;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:10:5:23:22:10:5:23:22 chr10 70884013 . G A 165.1 PASS AF=0.472222;AO=10;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0191946;FXX=0.0270197;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.2871;QD=18.3446;RBI=0.22158;REFB=-0.027222;REVB=-0.220747;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193381;STB=0.566847;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00751059;OID=.;OPOS=70884013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:8:17:10:17:0.472222:5:5:6:2:12:5:7:10 chr10 70892791 . C T 142.7 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00571059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.79;QD=22.8322;RBI=0.0248727;REFB=-0.0105613;REVB=-0.0242083;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189223;STB=0.60721;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0080003;OID=.;OPOS=70892791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:11:4:5:5:11:4:5:5 chr10 70922159 . T C 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0285199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.078;QD=14.0541;RBI=0.0289058;REFB=-0.00291294;REVB=0.00470766;RO=35;SAF=21;SAR=4;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235023;STB=0.63624;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0107859;OID=.;OPOS=70922159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:4:21:24:11:4:21:24:11 chr10 70931199 . G A 164.13 PASS AF=0.4;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0522793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.903;QD=14.5891;RBI=0.0523409;REFB=-0.00735175;REVB=0.00253945;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944675;STB=0.593643;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0127964;OID=.;OPOS=70931199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:25:27:17:18:0.4:11:6:11:14:12:6:13:14 chr10 70992635 . G A 242.89 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.007656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.248;QD=19.0503;RBI=0.00890137;REFB=-0.0121485;REVB=0.00454093;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391914;STB=0.514275;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0111186;OID=.;OPOS=70992635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:25:26:0.509804:16:9:8:17:17:9:8:17 chr10 70992664 . C T 704.35 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127339;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4037;QD=57.498;RBI=0.0372922;REFB=0;REVB=0.0350508;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287878;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr10 71018660 . T C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.002;QD=60.883;RBI=0.010045;REFB=0;REVB=0.00807044;RO=0;SAF=25;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16317e-05;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:52:25:0:0:52:25:0:0 chr10 71027231 . G C 1129.34 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0417125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.518;QD=57.9147;RBI=0.0658958;REFB=-0.152945;REVB=0.051013;RO=2;SAF=31;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462003;STB=0.502442;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00148786;OID=.;OPOS=71027231;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:78:2:2:76:76:0.974359:45:31:1:1:45:31:1:1 chr10 71055459 . T C,TC 153.11 PASS AF=0.642857,0.357143;AO=7,5;DP=14;FAO=9,5;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4,2;FSAR=5,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144111,-0.0204797;FXX=0;HRUN=11,0;LEN=1,1;MLLD=79.0765,78.5922;QD=43.7449;RBI=0.0360353,0.0449966;REFB=0,0;REVB=-0.0330282,-0.0400659;RO=1;SAF=4,2;SAR=3,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.124421,0.121807;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00719763,0.0159583;OID=.,.;OPOS=71055459,71055460;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:14:14:1:0:7,5:9,5:0.642857,0.357143:3,3:4,2:0:1:5,3:4,2:0:0 chr10 71060610 . A G 199.18 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.253;QD=44.2626;RBI=0.0750492;REFB=-0.141701;REVB=0.0722568;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521714;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00661888;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:0:1:17:17:0.944444:11:6:0:0:11:6:0:1 chr10 71060621 . C T 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0331499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.597;QD=8.69814;RBI=0.0331599;REFB=-0.00194801;REVB=0.000814254;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345387;STB=0.70542;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00229574;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:2:12:4:3:2:12 chr10 71060634 . G A 276.01 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00864803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6354;QD=48.0021;RBI=0.00874277;REFB=0.0175656;REVB=0.00128362;RO=1;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250044;STB=0.513501;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00501385;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:18:4:0:1:18:4:0:1 chr10 71142420 . G A 156.11 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.088308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.4941;QD=13.2856;RBI=0.104618;REFB=0.0303759;REVB=0.0560949;RO=26;SAF=1;SAR=9;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.745435;STB=0.940243;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0363836;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:47:47:26:26:10:10:0.212766:9:1:22:4:9:1:22:4 chr10 71160828 . C T 289.47 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0243519;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8689;QD=21.052;RBI=0.0254293;REFB=-0.0406789;REVB=0.00732359;RO=24;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138753;STB=0.518784;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0223461;OID=.;OPOS=71160828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:25:30:30:0.545455:12:18:14:10:12:18:14:11 chr10 71160897 . C T 286.79 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0181246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.849;QD=31.0045;RBI=0.0196305;REFB=-0.0100723;REVB=0.00754027;RO=12;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375207;STB=0.520591;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00706585;OID=.;OPOS=71160897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:12:13:7:5:12:13:7:5 chr10 71160971 . G T 94.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0118585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.901;QD=22.3476;RBI=0.139447;REFB=-0.0114709;REVB=0.138942;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138703;STB=0.57818;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0114577;OID=.;OPOS=71160971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:4:7:5:1:4:7:5:1 chr10 71161281 . T C 137.92 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0219266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.185;QD=11.738;RBI=0.026532;REFB=-0.0150703;REVB=0.0149389;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11147;STB=0.55242;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0396535;OID=.;OPOS=71161281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:31:15:16:0.340426:6:9:14:14:6:10:17:14 chr10 71164692 . T C 258.36 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0176987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4564;QD=13.9655;RBI=0.0360445;REFB=-0.00567263;REVB=-0.0314;RO=44;SAF=19;SAR=11;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292432;STB=0.516623;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00449053;OID=.;OPOS=71164692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:11:19:29:15:11:19:29:15 chr10 71168685 . A T 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000200794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.914;QD=57.1741;RBI=0.0529524;REFB=0;REVB=0.052952;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195933;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chr10 71168766 . C G 701.64 PASS AF=0.511111;AO=68;DP=134;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.00643563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.245;QD=20.7892;RBI=0.0140787;REFB=-0.0100273;REVB=-0.0125217;RO=66;SAF=34;SAR=34;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135772;STB=0.577437;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00795986;OID=.;OPOS=71168766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:66:66:68:69:0.511111:34:34:43:23:35:34:43:23 chr10 71332204 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.000237856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.336;QD=18.1536;RBI=0.00765488;REFB=-0.00868289;REVB=0.00765118;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975156;STB=0.555502;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0125232;OID=.;OPOS=71332204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:13:8:12:13:13:8:12:13 chr10 71390392 . C T 708.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.444;QD=62.9685;RBI=0.03347;REFB=0;REVB=0.0173824;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361215;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr10 71392557 . C T 393.22 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.664;QD=56.1742;RBI=0.0378405;REFB=0;REVB=-0.0248826;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68005e-05;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr10 71392692 . T C,G 1041.48 PASS AF=0.921053,0.0394737;AO=70,3;DP=76;FAO=70,3;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=31,2;FSAR=39,1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0437601,-0.00139983;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=123.93,14.0028;QD=54.8145;RBI=0.0533673,0.0182373;REFB=-0.0132199,-0.0228527;REVB=0.0305471,-0.0181835;RO=2;SAF=31,2;SAR=39,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0295251,-0.272699;STB=0.52307,0.713247;STBP=0.072,0.746;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00479178,0.0653674;OID=.,.;OPOS=71392692,71392692;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:2:3:70,3:70,3:0.921053,0.0394737:39,1:31,2:2:0:39,1:31,2:3:0 chr10 71562437 . G A 105.82 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00411779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.898;QD=11.4404;RBI=0.01463;REFB=-0.00330409;REVB=-0.0140386;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267631;STB=0.631369;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.010641;OID=.;OPOS=71562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:24:12:13:0.351351:9:3:10:11:9:4:12:12 chr10 71620403 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0140566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.924;QD=19.1804;RBI=0.0142949;REFB=-0.0194968;REVB=0.00259913;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582442;STB=0.533281;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0161604;OID=.;OPOS=71620403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:6:5:5:8:6:5 chr10 71620436 . A AC,ACC 215.05 PASS AF=1,0;AO=17,3;DP=23;FAO=22,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067306,0.0364873;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=16.8803,9.71659;QD=39.1001;RBI=0.0850449,0.0448661;REFB=0,0;REVB=-0.0519859,-0.0261083;RO=2;SAF=9,1;SAR=8,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00567123,-0.111102;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00272982,0;OID=.,.;OPOS=71620437,71620437;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=AC,ACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:17,3:23:22,0:22:0:10,0:12,0:0:0:4:2:9,1:8,2:1:1 chr10 71640255 . G A 57.45 PASS AF=0.380952;AO=5;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0153702;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.232;QD=10.9423;RBI=0.202931;REFB=-0.0106161;REVB=0.202348;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555414;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0156659;OID=.;OPOS=71640255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:10:13:5:8:0.380952:3:2:4:6:5:3:6:7 chr10 71657272 . A G 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.431;QD=56.9478;RBI=0.0235912;REFB=0.0884572;REVB=-0.0129319;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000458901;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:22:14:1:0:22:14:1:0 chr10 71658512 . G A 662.34 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.872;QD=60.2126;RBI=0.00337064;REFB=-0.098501;REVB=0.00118971;RO=1;SAF=16;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284424;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560305;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:1:0:43:44:1:27:16:1:0:27:17:0:0 chr10 71678058 . C G 424.59 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0205852;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8563;QD=18.6631;RBI=0.0702148;REFB=0.0368192;REVB=-0.0671295;RO=48;SAF=37;SAR=6;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352577;STB=0.688269;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0428589;OID=.;OPOS=71678058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:48:48:43:43:0.472527:6:37:29:19:6:37:30:18 chr10 71872410 . C T 352.67 PASS AF=0.486842;AO=35;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0017615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.747;QD=18.5617;RBI=0.010351;REFB=-0.0175912;REVB=0.0102;RO=39;SAF=14;SAR=21;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100375;STB=0.502578;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0127755;OID=.;OPOS=71872410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:39:35:37:0.486842:21:14:16:23:22:15:16:23 chr10 71874683 . G A 217.79 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0116438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0364;QD=16.7533;RBI=0.0281496;REFB=-0.0153892;REVB=-0.0256286;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631938;STB=0.535685;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.017125;OID=.;OPOS=71874683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:11:17:13:11:11:17 chr10 71874734 . G A 303.2 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0138763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2957;QD=22.0506;RBI=0.0378347;REFB=0.0235127;REVB=0.0351982;RO=24;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383599;STB=0.521213;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0217384;OID=.;OPOS=71874734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:17:14:12:12:17:14:12:12 chr10 71874784 . C T 374.97 PASS AF=0.542857;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0271711;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.544;QD=21.4267;RBI=0.0272464;REFB=-0.0122945;REVB=-0.00202314;RO=32;SAF=13;SAR=24;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182138;STB=0.604468;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.011658;OID=.;OPOS=71874784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:37:38:0.542857:24:13:18:14:25:13:18:14 chr10 71876382 . C T 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0281432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.698;QD=18.1176;RBI=0.0414895;REFB=-0.0288882;REVB=-0.0304851;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325649;STB=0.518498;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0178733;OID=.;OPOS=71876382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:5:13:15:5:5:13:15:5 chr10 71905569 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.086;QD=42.1826;RBI=0.0898235;REFB=0;REVB=0.0858908;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832712;OID=.;OPOS=71905569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr10 72043389 . T G 529.32 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.524;QD=58.8132;RBI=0.0264316;REFB=0;REVB=-0.00753691;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135257;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:24:11:0:0:25:11:0:0 chr10 72179746 . C T 198.3 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.735;QD=44.0662;RBI=0.0464213;REFB=0.0217548;REVB=0.0412291;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=1.37228e-05;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:11:6:1:0:11:6:1:0 chr10 72181460 . G T 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.449;QD=60.9722;RBI=0.0457883;REFB=0;REVB=-0.0147383;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000954208;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr10 72195439 . T C 327.39 PASS AF=1;AO=6;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547565;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.909;QD=54.5642;RBI=0.0653323;REFB=0;REVB=0.0356375;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832584;OID=.;OPOS=72195439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:6:24:1:4:2:0:0:5:19:0:0 chr10 72196167 . T TA 31.29 PASS AF=0.4;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0837947;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.8296;QD=8.34509;RBI=0.1387;REFB=-0.0321527;REVB=0.110527;RO=14;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481903;STB=0.768236;STBP=0.141;TYPE=ins;VARB=0.0500548;OID=.;OPOS=72196168;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:5:19:6:15:9:5:1:4:5:31:14:4:1:5:9 chr10 72289701 . G A 143.29 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0314087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.531;QD=14.6961;RBI=0.0788911;REFB=-0.00189451;REVB=-0.0723692;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474047;STB=0.505611;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00229514;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:23:16:16:0.410256:5:11:16:6:5:11:16:7 chr10 72293713 . C T 389.18 PASS AF=0.442105;AO=41;DP=94;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0134898;FXX=0.0594001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.147;QD=16.3864;RBI=0.0135164;REFB=-0.0480189;REVB=-0.000846763;RO=52;SAF=15;SAR=26;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1377;STB=0.577427;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.038416;OID=.;OPOS=72293713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:52:53:41:42:0.442105:26:15:26:26:27:15:26:27 chr10 72307101 . C T 356.9 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0652722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.328;QD=21.3077;RBI=0.0653846;REFB=-0.0106772;REVB=-0.00383351;RO=30;SAF=17;SAR=20;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763811;STB=0.542087;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0136364;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:20:17:11:19:20:17:11:19 chr10 72324143 . A G 1513.84 PASS AF=0.930435;AO=107;DP=115;FAO=107;FDP=115;FR=.;FRO=8;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0127538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3177;QD=52.6552;RBI=0.0405608;REFB=0.0252745;REVB=-0.0385035;RO=8;SAF=48;SAR=59;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683633;STB=0.503611;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00823141;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:115:115:8:8:107:107:0.930435:59:48:4:4:59:48:4:4 chr10 72500761 . CCT C,CC,CCC 549.96 PASS AF=0,0.972973,0.027027;AO=7,12,17;DP=37;FAO=0,36,1;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,1;FSAR=0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161555,0.100348,0.167685;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=119.44,137.137,126.932;QD=59.4554;RBI=0.0756088,0.159506,0.22145;REFB=0,0,0;REVB=-0.0738626,-0.123986,-0.144644;RO=0;SAF=7,12,1;SAR=0,0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.000199014,-0.0603784;OID=.,.,.;OPOS=72500762,72500763,72500763;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.972973,0.027027:7,12,17:37:0,36,1:37:0:0,20,1:0,16,0:0:0:4:0:7,12,1:0,0,16:0:0 chr10 72500863 . C G 803.53 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0592553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.118;QD=55.4158;RBI=0.0592971;REFB=-0.1085;REVB=0.00222615;RO=1;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122514;STB=0.506491;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.000251971;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:38:19:0:1:38:19:0:1 chr10 72503344 . G A 1446.78 PASS AF=0.962617;AO=101;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00695669;FXX=0.0183469;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.725;QD=54.0852;RBI=0.0454422;REFB=-0.152754;REVB=0.0449065;RO=6;SAF=58;SAR=43;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439387;STB=0.511856;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00188186;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:107:107:6:4:101:103:0.962617:43:58:1:5:45:58:1:3 chr10 72503840 . G A 734.1 PASS AF=0.496552;AO=73;DP=145;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0917217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0658;QD=20.2509;RBI=0.091775;REFB=0.00214444;REVB=-0.00312768;RO=69;SAF=33;SAR=40;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048967;STB=0.531367;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00204829;OID=.;OPOS=72503840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:69:73:73:72:0.496552:40:33:35:34:39:33:38:35 chr10 72517830 . G A 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3914;QD=53.9026;RBI=0.077989;REFB=0;REVB=0.0537656;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188896;OID=.;OPOS=72517830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr10 72518009 . A G 626.64 PASS AF=0.890909;AO=48;DP=54;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0150053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8001;QD=45.5738;RBI=0.0150057;REFB=-0.0135561;REVB=0.000101608;RO=5;SAF=23;SAR=25;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919291;STB=0.53742;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00267958;OID=.;OPOS=72518009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:55:5:6:48:49:0.890909:25:23:5:0:25:24:5:1 chr10 72520660 . T C 323.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7172;QD=53.8994;RBI=0.0696541;REFB=0;REVB=-0.0654139;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111131;OID=.;OPOS=72520660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr10 72535007 . C T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0938;QD=58.1392;RBI=0.0731201;REFB=0;REVB=-0.0242303;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549919;OID=.;OPOS=72535007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr10 72536936 . A G 89.98 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.0371107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.1945;QD=8.56905;RBI=0.0828938;REFB=-0.0128398;REVB=-0.0741227;RO=30;SAF=9;SAR=3;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824916;STB=0.549921;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0295505;OID=.;OPOS=72536936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:42:42:30:30:12:12:0.285714:3:9:24:6:3:9:24:6 chr10 72619205 . C T 1493.83 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.411;QD=62.898;RBI=0.015163;REFB=0;REVB=0.0149837;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503364;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:93:95:1:56:37:0:0:57:38:0:0 chr10 72637087 . C T 358.26 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0174487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.157;QD=15.7478;RBI=0.0176423;REFB=0.00323019;REVB=0.00260625;RO=52;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737112;STB=0.547797;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00234735;OID=.;OPOS=72637087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:38:39:0.428571:21:17:27:25:22:17:27:25 chr10 73044580 . G A 512.57 PASS AF=0.618421;AO=47;DP=74;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00390339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.308;QD=26.9772;RBI=0.0460576;REFB=-0.0350149;REVB=-0.0458919;RO=27;SAF=20;SAR=27;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129346;STB=0.504585;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0198504;OID=.;OPOS=73044580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:27:29:47:47:0.618421:27:20:12:15:27:20:12:17 chr10 73104056 . A G 790.89 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560974;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.683;QD=64.5623;RBI=0.0572683;REFB=0;REVB=-0.0115212;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546022;OID=.;OPOS=73104056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:29:19:0:0:29:20:0:0 chr10 73111408 . C T 1497.31 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00490654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7563;QD=58.148;RBI=0.00534068;REFB=-0.0492801;REVB=0.00210921;RO=1;SAF=49;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958391;STB=0.50505;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000407428;OID=.;OPOS=73111408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:103:1:1:101:102:0.990291:52:49:1:0:53:49:1:0 chr10 73115941 . TG CA 948.94 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282694;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.19;QD=58.3966;RBI=0.0297543;REFB=0;REVB=0.00928237;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.20506e-05;OID=.;OPOS=73115941;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:63:65:1:42:21:0:0:42:23:0:0 chr10 73121913 . A G 804.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.423;QD=64.3804;RBI=0.044945;REFB=0;REVB=0.00476714;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124718;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr10 73121945 . T C 732.48 PASS AF=0.947368;AO=39;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0281423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.168;QD=51.4023;RBI=0.0311489;REFB=-0.0298068;REVB=0.0133515;RO=2;SAF=26;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347063;STB=0.508769;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00237639;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:2:3:39:54:0.947368:13:26:2:0:27:27:2:1 chr10 73270906 . T C 939.82 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00926652;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.33;QD=55.2837;RBI=0.00992508;REFB=-0.0308647;REVB=0.00355509;RO=2;SAF=29;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306939;STB=0.501808;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=9.71873e-05;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:2:2:65:66:0.970588:36:29:1:1:37:29:1:1 chr10 73270982 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.836;QD=56.1903;RBI=0.0780545;REFB=0;REVB=-0.00394938;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039834;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr10 73434888 . G C 81.43 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0108356;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9953;QD=14.1624;RBI=0.0524472;REFB=-0.00890964;REVB=-0.0513157;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185395;STB=0.608488;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00913032;OID=.;OPOS=73434888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:24:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:4:9:5:5:4:9 chr10 73455201 . T C 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.782;QD=58.5987;RBI=0.0270684;REFB=0;REVB=-0.0229534;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111153;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr10 73455273 . T C 787.26 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0317097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.423;QD=55.2466;RBI=0.0343144;REFB=-0.125567;REVB=0.0131136;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165422;STB=0.508769;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000851693;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:28:28:1:0:28:28:1:0 chr10 73472868 . C G 174.09 PASS AF=0.387755;AO=11;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00662117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.682;QD=14.2115;RBI=0.0497119;REFB=-0.0150283;REVB=0.049269;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.536442;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0267107;OID=.;OPOS=73472868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:30:11:19:0.387755:4:7:12:10:9:10:14:16 chr10 73472882 . C T 189.26 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00126938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.816;QD=13.0522;RBI=0.00529431;REFB=-0.00798236;REVB=-0.00513989;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222449;STB=0.512771;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0073132;OID=.;OPOS=73472882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:16:19:12:11:16:19 chr10 73492011 . T C 164.64 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0125619;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6324;QD=16.8865;RBI=0.0772467;REFB=-0.031617;REVB=0.0762184;RO=20;SAF=15;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399928;STB=0.758268;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.030421;OID=.;OPOS=73492011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:17:18:0.461538:2:15:12:8:2:16:12:9 chr10 73492079 . A G 508.85 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.22593e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6341;QD=58.1548;RBI=0.0171056;REFB=0;REVB=0.0171054;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015166;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:11:23:0:0:12:23:0:0 chr10 73501556 . G A 628.82 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0564395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.154;QD=57.1656;RBI=0.0569024;REFB=-0.150862;REVB=0.00724286;RO=1;SAF=12;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375076;STB=0.538443;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00198182;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:1:2:42:42:0.954545:30:12:1:0:30:12:2:0 chr10 73520632 . A C 418.97 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00895323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8385;QD=20.1914;RBI=0.113854;REFB=-0.0024319;REVB=0.113501;RO=40;SAF=23;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421158;STB=0.529635;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00369388;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:41:42:42:0.506024:19:23:20:20:19:23:20:21 chr10 73537978 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0468931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.974;QD=15.2622;RBI=0.0654907;REFB=-0.0319761;REVB=0.0457173;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522596;STB=0.530339;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0266261;OID=.;OPOS=73537978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:9:7:5:8:9:7 chr10 73544086 . G A 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00507512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.302;QD=17.0946;RBI=0.00567306;REFB=-0.0210051;REVB=0.0025351;RO=39;SAF=9;SAR=26;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26721;STB=0.653173;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0235313;OID=.;OPOS=73544086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:41:35:35:0.460526:26:9:20:19:26:9:21:20 chr10 73550969 . G A 1611.12 PASS AF=0.990909;AO=104;DP=104;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0467484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.973;QD=58.586;RBI=0.0699357;REFB=-0.0354022;REVB=0.0520154;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000450911;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:110:0:1:104:109:0.990909:51:53:0:0:55:54:0:1 chr10 73558886 . G A 642.44 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.232;QD=59.7621;RBI=0.0593288;REFB=-0.120574;REVB=0.0364477;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253627;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119593;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:43:1:0:42:43:1:18:24:0:1:19:24:0:0 chr10 73558952 . C T 646.7 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00292204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.472;QD=48.8076;RBI=0.0253693;REFB=-0.138471;REVB=0.0252005;RO=3;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214323;STB=0.521194;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00121978;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:53:53:3:4:49:49:0.924528:23:26:1:2:23:26:1:3 chr10 73562744 . G A 900.33 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1832;QD=57.1635;RBI=0.0705959;REFB=0;REVB=0.00170986;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863717;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:36:25:0:0:37:26:0:0 chr10 73569761 . C T 567.6 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=133;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0110863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.469;QD=17.0708;RBI=0.0214456;REFB=-0.0149454;REVB=-0.0183578;RO=73;SAF=36;SAR=24;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664086;STB=0.537025;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0204164;OID=.;OPOS=73569761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:73:73:60:60:0.451128:24:36:39:34:24:36:39:34 chr10 73571765 . T C 320.78 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0273073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5232;QD=33.7664;RBI=0.0357473;REFB=-0.0242734;REVB=0.023069;RO=11;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149023;STB=0.581336;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0104793;OID=.;OPOS=73571765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:15:12:8:3:15:12:8:3 chr10 73574843 . G A 127.0 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0147349;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.009;QD=18.1429;RBI=0.0601891;REFB=-0.0152485;REVB=0.0583576;RO=13;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316854;STB=0.670464;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0100111;OID=.;OPOS=73574843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:13:14:14:14:0.5:3:11:6:7:3:11:7:7 chr10 73576307 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.466;QD=44.6898;RBI=0.0408935;REFB=0;REVB=0.0164296;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036227;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr10 73585526 . A G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00517675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.305;QD=18.7119;RBI=0.00734316;REFB=-0.000399746;REVB=0.00520799;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227404;STB=0.629483;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000397951;OID=.;OPOS=73585526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:11:8:12:6:11:8 chr10 73819105 . C T 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0188369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.992;QD=6.52643;RBI=0.0498208;REFB=-0.000564553;REVB=0.0461224;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856982;STB=0.555391;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00359768;OID=.;OPOS=73819105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:13:7:2:5:13:7 chr10 73822855 . C T 200.82 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00301322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9545;QD=20.5971;RBI=0.0287782;REFB=-0.0177338;REVB=0.02862;RO=19;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161041;STB=0.509082;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0152228;OID=.;OPOS=73822855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:14:6:6:13:14:6:6:13 chr10 74237247 . C CT,T 848.51 PASS AF=1,0;AO=55,3;DP=64;FAO=63,0;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914851,-0.00477668;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=24.4833,147.981;QD=53.8736;RBI=0.128297,0.0511984;REFB=0,0;REVB=-0.12797,-0.0509751;RO=4;SAF=29,0;SAR=26,3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0353882,-0.642277;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00220799,0;OID=.,.;OPOS=74237248,74237247;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:4:0:55,3:63,0:1,0:26,3:29,0:1:3:32,0:31,0:0:0 chr10 74834629 . T C 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.000350328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.049;QD=14.7417;RBI=0.0285689;REFB=-0.0226989;REVB=0.0285668;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091655;STB=0.55301;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0262683;OID=.;OPOS=74834629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:11:14:8:9:11:14 chr10 74894519 . G A 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0379272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.603;QD=19.8489;RBI=0.0379608;REFB=-0.0161331;REVB=0.00159735;RO=13;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244954;STB=0.640013;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0100263;OID=.;OPOS=74894519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:11:4:7:6:11:4:7:6 chr10 75135899 . G A 351.11 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0174574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8996;QD=23.4075;RBI=0.0562999;REFB=-0.00750378;REVB=-0.0535249;RO=24;SAF=24;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296728;STB=0.671068;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00423306;OID=.;OPOS=75135899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:25:35:35:0.583333:11:24:7:17:11:24:7:18 chr10 75451768 . A G 89.68 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.000805047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.856;QD=7.47318;RBI=0.0101115;REFB=-0.0123812;REVB=-0.0100794;RO=36;SAF=6;SAR=6;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273089;STB=0.66642;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0211486;OID=.;OPOS=75451768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:6:6:26:10:6:6:26:10 chr10 75526198 . C T 494.02 PASS AF=0.473214;AO=52;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0153328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.532;QD=17.6434;RBI=0.0329612;REFB=-0.0165079;REVB=0.0291778;RO=59;SAF=27;SAR=25;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749496;STB=0.536169;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0204879;OID=.;OPOS=75526198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:59:52:53:0.473214:25:27:26:33:26:27:26:33 chr10 75533448 . A G 168.79 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0727088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8637;QD=16.4668;RBI=0.0861596;REFB=-0.031165;REVB=-0.0462265;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189746;STB=0.624479;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0310045;OID=.;OPOS=75533448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:13:5:10:12:13:5:11:12 chr10 75576857 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0704789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3714;QD=18.6447;RBI=0.0706384;REFB=-0.00266214;REVB=0.00474385;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219641;STB=0.625487;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00336787;OID=.;OPOS=75576857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:5:8:5:9:5:8 chr10 76781905 . GGAA G 58.3 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00431869;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=3;MLLD=147.83;QD=8.32792;RBI=0.0107502;REFB=-0.0319735;REVB=0.00984453;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341696;STB=0.689235;STBP=0.199;TYPE=del;VARB=0.0610567;OID=.;OPOS=76781906;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:10:28:10:28:18:2:8:8:10:58:14:2:8:7:7 chr10 76784739 . AAG AA,A 31.69 PASS AF=0.108108,0.162162;AO=4,6;DP=39;FAO=4,6;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=0,1;FSAR=4,5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00868628,0.0180222;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.2081,24.9776;QD=3.4257;RBI=0.0476652,0.0258527;REFB=-0.0580604,-0.0334875;REVB=0.046867,0.0185354;RO=24;SAF=1,1;SAR=3,5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.302817,0;SSSB=-0.290777,-0.422638;STB=0.997588,0.840471;STBP=0.018,0.091;TYPE=del,del;VARB=0.148487,0.126664;OID=.,.;OPOS=76784741,76784740;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.108108,0.162162:4,6:39:4,6:37:27:0,1:4,5:16:11:20:24:1,1:3,5:12:12 chr10 76790016 . T C 147.21 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0666054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7775;QD=18.4016;RBI=0.0789513;REFB=-0.0620916;REVB=-0.0423913;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199204;STB=0.600709;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.074166;OID=.;OPOS=76790016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:11:5:8:7:11:5:8:8 chr10 76790612 . TGGC TG,TGC 215.41 PASS AF=0,1;AO=5,15;DP=21;FAO=0,21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016812,0.122233;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=80.6415,21.2743;QD=41.0309;RBI=0.129332,0.126125;REFB=0,0;REVB=-0.129321,0.0310902;RO=0;SAF=0,7;SAR=5,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.464789,0.464789;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00922668;OID=.,.;OPOS=76790614,76790613;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TG,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,15:21:0,21:21:0:0,7:0,14:0:0:4:0:0,7:5,8:0:0 chr10 76803567 . T G 269.97 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0241209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.014;QD=16.6134;RBI=0.02637;REFB=-0.0180161;REVB=-0.0106564;RO=35;SAF=25;SAR=5;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274642;STB=0.656815;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0354107;OID=.;OPOS=76803567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:5:25:22:13:5:25:22:13 chr10 76854564 . C T 1396.39 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.486;QD=62.759;RBI=0.0395492;REFB=0;REVB=0.0123792;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107722;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr10 76855412 . G A 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.019684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.087;QD=21.2919;RBI=0.0345318;REFB=-0.0174518;REVB=0.0283722;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106875;STB=0.559952;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0116906;OID=.;OPOS=76855412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:14:11:14:11:14:11 chr10 76855421 . G A 266.05 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0165318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2629;QD=21.2837;RBI=0.0208736;REFB=0.0233072;REVB=-0.0127438;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106875;STB=0.559952;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0245079;OID=.;OPOS=76855421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:11:14:11:14:11:14:11:14 chr10 76861680 . T C 750.51 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8579;QD=56.6421;RBI=0.0602651;REFB=0;REVB=0.0254907;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077048;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:30:23:0:0 chr10 76865429 . A AC,C 33.82 PASS AF=0.15625,0;AO=8,5;DP=64;FAO=10,0;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0674223,-0.0608112;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=89.4703,149.786;QD=2.11379;RBI=0.0793622,0.137275;REFB=-0.000816905,-0.00204684;REVB=-0.041864,-0.123071;RO=49;SAF=0,0;SAR=8,5;SRF=29;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.705945,-0.623981;STB=0.887345,0.5;STBP=0.011,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0178575,0;OID=.,.;OPOS=76865430,76865429;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:64:64:49:54:8,5:10,0:0.15625,0:8,5:0,0:29:20:9,0:1,0:29:25 chr10 76867899 . T C 284.52 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00199212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7544;QD=17.7822;RBI=0.0218359;REFB=-0.030497;REVB=-0.0217449;RO=33;SAF=6;SAR=25;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272486;STB=0.654339;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0291114;OID=.;OPOS=76867899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:25:6:14:19:25:6:14:19 chr10 78084184 . C T 296.27 PASS AF=0.419753;AO=31;DP=77;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.012361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.2335;QD=14.6307;RBI=0.141338;REFB=-0.034649;REVB=0.140797;RO=46;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962664;STB=0.518508;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.042371;OID=.;OPOS=78084184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:46:47:31:34:0.419753:14:17:21:25:17:17:22:25 chr10 78629795 . C G 718.99 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200014;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.806;QD=62.5205;RBI=0.0512949;REFB=0;REVB=0.0512559;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69714e-05;OID=.;OPOS=78629795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:16:29:0:0:17:29:0:0 chr10 78944590 . G A 268.75 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0144364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.005;QD=22.3957;RBI=0.0197656;REFB=-0.00884144;REVB=-0.0135008;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196709;STB=0.620476;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00833937;OID=.;OPOS=78944590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:16:9:13:9:16:9:14:9 chr10 79570873 . G T 62.22 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0128423;FXX=0.0555247;HRUN=7;LEN=1;MLLD=32.9385;QD=14.6411;RBI=0.126644;REFB=0.011315;REVB=-0.125991;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477139;STB=0.599629;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0574626;OID=.;OPOS=79570873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:18:17:6:7:5:6:0.352941:1:4:5:1:1:5:5:2 chr10 79584178 . G C 175.94 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.153;QD=46.9176;RBI=0.0854937;REFB=0;REVB=0.014893;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169242;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:9:6:0:0 chr10 79606441 . A C 203.77 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0127009;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.263;QD=14.2997;RBI=0.0300898;REFB=-0.00117512;REVB=0.0272778;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267709;OID=.;OPOS=79606441;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:33:24:24:0.421053:8:16:22:11:8:16:22:11 chr10 79616605 . T C 1821.2 PASS AF=0.98374;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.020497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.704;QD=59.2261;RBI=0.0287283;REFB=-0.0312987;REVB=0.0201292;RO=0;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501165;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00117037;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:123:0:2:120:121:0.98374:68:52:0:0:69:52:1:1 chr10 79628875 . A G 773.0 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.277;QD=63.1018;RBI=0.0377758;REFB=0;REVB=0.0304718;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149409;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:11:36:0:0:12:37:0:0 chr10 79628961 . G A 194.13 PASS AF=0.380952;AO=25;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.100403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.097;QD=12.3257;RBI=0.103299;REFB=-0.000898012;REVB=0.0242895;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665745;STB=0.52379;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00289177;OID=.;OPOS=79628961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:39:25:24:0.380952:13:12:18:20:12:12:18:21 chr10 79760818 . A G 156.75 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0231825;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4758;QD=11.0001;RBI=0.0635982;REFB=-0.0281649;REVB=-0.0592225;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155393;STB=0.558826;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0560126;OID=.;OPOS=79760818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:35:37:20:20:0.350877:13:7:8:27:13:7:10:27 chr10 79762028 . G A 314.5 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0201022;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.757;QD=16.9997;RBI=0.0326792;REFB=-6.84017e-05;REVB=-0.025765;RO=40;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481638;STB=0.527011;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.000718554;OID=.;OPOS=79762028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:17:17:22:18:17:17:22:18 chr10 79793688 . C T 175.78 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0225263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4933;QD=18.029;RBI=0.0406248;REFB=0.0281086;REVB=0.0338074;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290149;STB=0.669266;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0225977;OID=.;OPOS=79793688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:18:19:0.487179:10:8:3:17:10:9:3:17 chr10 80310465 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.934;QD=33.4285;RBI=0.0140598;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337087;OID=.;OPOS=80310465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr10 80310636 . G A 2014.34 PASS AF=0.984962;AO=132;DP=132;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00125975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.037;QD=60.5815;RBI=0.00593373;REFB=0.0217797;REVB=-0.00579846;RO=0;SAF=76;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.94421e-08;STB=0.501236;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.000394572;OID=.;OPOS=80310636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:133:0:2:132:131:0.984962:56:76:0:0:55:76:1:1 chr10 81053475 . G A 375.61 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.021384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1856;QD=50.0808;RBI=0.041442;REFB=-0.0957089;REVB=0.0354987;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.538434;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00457979;OID=.;OPOS=81053475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:29:30:1:2:27:28:0.933333:12:15:0:1:12:16:0:2 chr10 81146091 . G A 414.95 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0154711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.214;QD=18.8613;RBI=0.016976;REFB=-0.0549818;REVB=-0.00698778;RO=44;SAF=23;SAR=19;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832542;STB=0.555714;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0330857;OID=.;OPOS=81146091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:44:46:42:42:0.477273:19:23:28:16:19:23:30:16 chr10 81270253 . A G 36.54 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00618991;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.863;QD=5.21978;RBI=0.0123224;REFB=0.00626007;REVB=0.0106549;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439403;STB=0.781819;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00969221;OID=.;OPOS=81270253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:16:6:4:2:16:6 chr10 81270319 . T A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0165394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.554;QD=6.81382;RBI=0.0216495;REFB=-0.0151088;REVB=0.0139695;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385725;STB=0.744008;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0218991;OID=.;OPOS=81270319;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:12:7:5:2:12:7 chr10 81272881 . A G 56.26 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0431799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7779;QD=11.2529;RBI=0.0654095;REFB=-0.0261451;REVB=0.0491314;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284261;STB=0.670319;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0172435;OID=.;OPOS=81272881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:8:4:5:3:8:4 chr10 81319423 . C T 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.412;QD=64.1506;RBI=0.0765879;REFB=0;REVB=0.0389178;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118334;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr10 81319483 . A G 470.47 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034257;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.592;QD=58.8088;RBI=0.0355076;REFB=0;REVB=0.00934054;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292656;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:21:11:0:0 chr10 81373674 . T C 855.24 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00754002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.86;QD=56.0814;RBI=0.00913781;REFB=-0.0273799;REVB=-0.00516214;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140874;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000306406;OID=.;OPOS=81373674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:33:27:0:1:33:27:0:1 chr10 81701722 . T C 1249.32 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0445527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8951;QD=58.7917;RBI=0.04608;REFB=0.0663823;REVB=0.0117656;RO=1;SAF=50;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937821;STB=0.509613;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.000629225;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:85:1:2:82:83:0.976471:32:50:1:0:32:51:2:0 chr10 81841692 . G T 262.13 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0224977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.16;QD=25.5735;RBI=0.0233483;REFB=-0.0231209;REVB=-0.00624471;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16197;STB=0.589986;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0183229;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:9:15:7:10:9:15:7:10 chr10 81915136 . T C 733.02 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0512727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.963;QD=61.0852;RBI=0.0513369;REFB=-0.155996;REVB=0.00256616;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200022;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00347225;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:23:23:0:1:23:24:0:1 chr10 81917708 . A G 593.41 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.744;QD=60.8629;RBI=0.0590512;REFB=0;REVB=0.00296872;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338503;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr10 81926702 . G A 3055.93 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.673;QD=63.6653;RBI=0.0226068;REFB=0;REVB=0.0203075;RO=0;SAF=124;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09494e-05;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:192:192:1:68:124:0:0:68:124:0:0 chr10 82012599 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0208349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.771;QD=16.9316;RBI=0.026141;REFB=-0.0229371;REVB=-0.015788;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511116;STB=0.599822;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.023591;OID=.;OPOS=82012599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:10:12:12:12:0.5:3:9:7:3:3:9:7:5 chr10 82012748 . G A 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0922222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3633;QD=18.7428;RBI=0.0960158;REFB=-0.00423378;REVB=-0.0267227;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149414;STB=0.58797;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00409361;OID=.;OPOS=82012748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:2:2:5:2:2:2 chr10 82012954 . A G 110.98 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0433016;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.745;QD=13.4519;RBI=0.0490747;REFB=-0.00876177;REVB=-0.0230933;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296918;STB=0.684416;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0179479;OID=.;OPOS=82012954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:19:20:13:13:0.393939:5:8:6:13:5:8:6:14 chr10 82012967 . G T 143.96 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00787189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.463;QD=15.1541;RBI=0.0224135;REFB=-0.0359691;REVB=0.0209857;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282106;STB=0.672868;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0349141;OID=.;OPOS=82012967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:6:10:7:14:6:10:7:15 chr10 82013119 . G A 352.23 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00313863;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.157;QD=20.7191;RBI=0.00905891;REFB=-0.03114;REVB=0.00849781;RO=32;SAF=20;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739456;STB=0.540961;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0293744;OID=.;OPOS=82013119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:32:36:36:0.529412:16:20:15:17:16:20:15:17 chr10 82013134 . C T 229.28 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00622287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.446;QD=14.1094;RBI=0.0216333;REFB=-0.0216551;REVB=0.020719;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00984521;STB=0.513879;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0189773;OID=.;OPOS=82013134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:38:26:27:0.415385:11:15:21:16:12:15:22:16 chr10 82013146 . T C 236.18 PASS AF=0.45;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0188751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.74;QD=15.7452;RBI=0.0207958;REFB=-0.0172435;REVB=-0.00872916;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236231;STB=0.505614;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0141119;OID=.;OPOS=82013146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:33:26:27:0.45:12:14:18:14:12:15:18:15 chr10 82013314 . A G 322.65 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0962885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.704;QD=21.8743;RBI=0.09651;REFB=-0.00343867;REVB=-0.00653491;RO=26;SAF=7;SAR=26;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279062;STB=0.655634;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00209557;OID=.;OPOS=82013314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:26:7:13:13:26:7:13:13 chr10 82033594 . G A 1003.28 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0020442;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.65;QD=56.5228;RBI=0.0212643;REFB=-0.0630334;REVB=0.0211658;RO=2;SAF=37;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193837;STB=0.501026;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000531167;OID=.;OPOS=82033594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:32:37:1:1:32:37:1:1 chr10 82034842 . A G 1005.5 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9765;QD=59.1471;RBI=0.0641618;REFB=0;REVB=0.0641472;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652638;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:36:30:0:0:38:30:0:0 chr10 82034854 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.142;QD=57.7119;RBI=0.029854;REFB=0;REVB=0.00602603;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24839e-05;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr10 82036321 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0130473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.691;QD=11.1978;RBI=0.0134422;REFB=-0.0140675;REVB=-0.00323412;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187393;STB=0.611467;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0268007;OID=.;OPOS=82036321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:9:13:5:7:9:13 chr10 82040052 . A G 709.34 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8914;QD=63.0522;RBI=0.0880029;REFB=0;REVB=0.031737;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947859;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:26:17:0:0:27:18:0:0 chr10 82095968 . T G 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.621;QD=55.5186;RBI=0.0211417;REFB=-0.0187932;REVB=-0.00449988;RO=1;SAF=5;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845854;STB=0.545425;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000266773;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:28:5:1:0:28:5:1:0 chr10 82192713 . T A 298.35 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9984;QD=51.8866;RBI=0.114818;REFB=0;REVB=0.0549085;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197675;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:17:4:0:0:18:5:0:0 chr10 82363340 . C A 361.49 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.00912848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.205;QD=12.0498;RBI=0.0190042;REFB=-0.0204529;REVB=-0.0166682;RO=76;SAF=22;SAR=22;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145888;STB=0.50833;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0388889;OID=.;OPOS=82363340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:76:76:44:44:0.366667:22:22:37:39:22:22:37:39 chr10 82363404 . A G 468.45 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0251481;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.058;QD=16.8812;RBI=0.0252166;REFB=-0.00923242;REVB=-0.00185733;RO=60;SAF=23;SAR=28;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638518;STB=0.535586;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00886395;OID=.;OPOS=82363404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:60:60:51:51:0.459459:28:23:31:29:28:23:31:29 chr10 82369195 . C T 305.33 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0200026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2374;QD=20.3554;RBI=0.02098;REFB=-0.00712073;REVB=-0.0063293;RO=28;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693877;STB=0.538438;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0218182;OID=.;OPOS=82369195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:14:18:18:10:14:18:18:10 chr10 82369219 . T A 322.5 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0128468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.334;QD=16.5382;RBI=0.0394018;REFB=-0.0245118;REVB=0.0372486;RO=43;SAF=24;SAR=10;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185494;STB=0.589955;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0198523;OID=.;OPOS=82369219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:43:43:34:35:0.448718:10:24:23:20:11:24:23:20 chr10 84745256 . C T 255.91 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0393825;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4975;QD=28.4344;RBI=0.0409161;REFB=-0.0350756;REVB=0.0110971;RO=13;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856894;STB=0.547223;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0203917;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:13:13:23:23:0.638889:13:10:4:9:13:10:4:9 chr10 85960395 . A G 223.5 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0213001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6105;QD=26.2942;RBI=0.0361408;REFB=-0.0308239;REVB=0.029197;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148218;STB=0.582096;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0160126;OID=.;OPOS=85960395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:11:10:9:4:11:10:9:4 chr10 85972043 . A G 346.16 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.00703898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3043;QD=32.2012;RBI=0.0459759;REFB=-0.0531191;REVB=-0.0454339;RO=14;SAF=26;SAR=3;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539562;STB=0.529392;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0252581;OID=.;OPOS=85972043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:3:26:13:1:3:26:13:1 chr10 85974236 . T C 345.81 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-9.32162e-05;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.834;QD=14.1148;RBI=0.0196784;REFB=-0.00765657;REVB=-0.0196782;RO=60;SAF=25;SAR=13;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325744;STB=0.684836;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0114598;OID=.;OPOS=85974236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:13:25:21:39:13:25:21:39 chr10 85978939 . G A 297.37 PASS AF=0.44;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0158551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2527;QD=15.8597;RBI=0.0170871;REFB=-0.00881269;REVB=-0.00637062;RO=42;SAF=9;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166803;STB=0.578048;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0127465;OID=.;OPOS=85978939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:32:33:0.44:23:9:18:24:23:10:18:24 chr10 85978991 . C T 256.79 PASS AF=0.4;AO=28;DP=73;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.000638559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.51;QD=13.6953;RBI=0.00797209;REFB=-0.034648;REVB=-0.00794647;RO=44;SAF=8;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148509;STB=0.581546;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0479658;OID=.;OPOS=85978991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:44:45:28:30:0.4:20:8:18:26:21:9:19:26 chr10 85981801 . T G 85.21 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00567845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.083;QD=10.9952;RBI=0.0138123;REFB=-0.0057347;REVB=-0.012591;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978809;STB=0.568741;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0128344;OID=.;OPOS=85981801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:31:19:20:10:11:0.354839:6:4:6:13:6:5:7:13 chr10 85992478 . T C 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.000696616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.312;QD=15.1664;RBI=0.0266498;REFB=-0.00851927;REVB=0.0266407;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507199;STB=0.529372;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00950221;OID=.;OPOS=85992478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:11:9:6:9:11:9 chr10 85992511 . T C 126.13 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0216998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2366;QD=11.7329;RBI=0.0486002;REFB=-0.00495888;REVB=0.0434867;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52171;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0127072;OID=.;OPOS=85992511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:14:15:0.348837:7:7:14:14:8:7:14:14 chr10 85993836 . A G 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.988;QD=57.6712;RBI=0.0346603;REFB=0;REVB=0.0163369;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.703e-05;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr10 85993910 . G A 335.39 PASS AF=0.591837;AO=27;DP=47;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0243033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.206;QD=27.3789;RBI=0.0332461;REFB=-0.0344856;REVB=0.0226859;RO=20;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024201;STB=0.524523;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0432024;OID=.;OPOS=85993910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:20:20:27:29:0.591837:17:10:8:12:19:10:8:12 chr10 85997250 . G A 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00325582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.855;QD=6.24965;RBI=0.0338436;REFB=-0.0144577;REVB=0.0336866;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104655;STB=0.533225;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0211265;OID=.;OPOS=85997250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:12:17:6:6:0.26087:2:4:9:3:2:4:12:5 chr10 86131059 . A G 148.09 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0124848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.721;QD=17.9508;RBI=0.0522248;REFB=-0.0391055;REVB=0.0507105;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265217;STB=0.515133;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.021234;OID=.;OPOS=86131059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:8:9:8:8:8:9 chr10 86273249 . T C 290.31 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0232627;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1715;QD=21.5045;RBI=0.0242475;REFB=-0.0294565;REVB=0.00684046;RO=23;SAF=9;SAR=21;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0040504;STB=0.51738;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0276925;OID=.;OPOS=86273249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:24:30:30:0.555556:21:9:7:16:21:9:8:16 chr10 86274871 . C T 1568.39 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.525;QD=64.0158;RBI=0.021469;REFB=0;REVB=0.0187976;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78626e-05;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:59:38:0:0:60:38:0:0 chr10 87359678 . A T 123.41 PASS AF=0.517241;AO=13;DP=27;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.3924;QD=17.0219;RBI=0.0321497;REFB=-0.116548;REVB=-0.0321497;RO=14;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.134482;OID=.;OPOS=87359678;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:14:14:13:15:0.517241:13:0:0:14:15:0:0:14 chr10 87359826 . A G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0244962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.72;QD=6.81322;RBI=0.0260236;REFB=-0.011641;REVB=0.00878442;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169726;STB=0.609427;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.029477;OID=.;OPOS=87359826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:11:8:2:5:11:8 chr10 87361961 . G A 122.08 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0013117;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.253;QD=22.196;RBI=0.0193883;REFB=-0.010085;REVB=-0.0193439;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466193;STB=0.54231;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00983255;OID=.;OPOS=87361961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:22:22:8:9:13:13:0.590909:9:4:2:6:9:4:2:7 chr10 87898729 . G A 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.909;QD=58.4159;RBI=0.0656154;REFB=0;REVB=0.0579896;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290153;OID=.;OPOS=87898729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:42:21:0:0:42:21:0:0 chr10 88195291 . G GA 46.1 PASS AF=0.155172;AO=10;DP=60;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0094777;FXX=0.0169463;HRUN=0;LEN=1;MLLD=69.2745;QD=3.17957;RBI=0.0112483;REFB=-0.00325749;REVB=-0.00605775;RO=48;SAF=2;SAR=8;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519673;STB=0.810947;STBP=0.058;TYPE=ins;VARB=0.0883443;OID=.;OPOS=88195292;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.155172:10:60:9:58:49:2:7:30:19:46:48:2:8:31:17 chr10 88197699 . AATTTTTTGA AATTTTTGA,AATTTTTGAT,ATTTTTGA 37.06 PASS AF=0.0588235,0,0.176471;AO=5,2,7;DP=37;FAO=2,0,6;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2,0,3;FSAR=0,0,3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0315757,-0.0519007,0.0519165;FXX=0;HRUN=6,6,5;LEN=1,3,2;MLLD=11.5558,120.602,21.8559;QD=4.36029;RBI=0.058577,0.0708155,0.113646;REFB=-0.0781247,-0.00773233,-0.0513599;REVB=-0.049338,-0.0481784,-0.101095;RO=19;SAF=4,0,3;SAR=1,2,4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.391633,-0.505018,-0.0520582;STB=0.995039,0.5,0.531146;STBP=0.181,1,0.902;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.166423,0.088001,0.0837583;OID=.,.,.;OPOS=88197701,88197706,88197700;OREF=T,TGA,AT;OALT=-,GAT,-;OMAPALT=AATTTTTGA,AATTTTTGAT,ATTTTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0588235,0,0.176471:5,2,7:37:2,0,6:34:26:2,0,3:0,0,3:12:14:24:19:4,0,3:1,2,4:9:10 chr10 88203068 . T C 542.11 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216894;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.818;QD=60.2347;RBI=0.040463;REFB=0;REVB=0.0341588;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114966;OID=.;OPOS=88203068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr10 88277457 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0355237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.275;QD=15.3791;RBI=0.0455734;REFB=-0.0116026;REVB=-0.0285481;RO=12;SAF=11;SAR=1;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658929;STB=0.872287;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00620409;OID=.;OPOS=88277457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:14:12:12:0.461538:1:11:3:9:1:11:5:9 chr10 88414570 . G A 723.88 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495605;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.9953;QD=56.7749;RBI=0.0578389;REFB=0;REVB=0.0298176;RO=0;SAF=2;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846234;OID=.;OPOS=88414570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:49:2:0:0:49:2:0:0 chr10 88422116 . C T 1664.86 PASS AF=1;AO=100;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.661;QD=59.9949;RBI=0.0815304;REFB=0;REVB=0.0488263;RO=0;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278543;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:100:111:1:61:39:0:0:64:47:0:0 chr10 88422151 . C A 2005.9 PASS AF=0.985075;AO=128;DP=132;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0897809;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.97;QD=59.8777;RBI=0.0898105;REFB=-0.142423;REVB=0.00230497;RO=2;SAF=62;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150806;STB=0.507575;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00171358;OID=.;OPOS=88422151;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:132:134:2:2:128:132:0.985075:66:62:2:0:67:65:2:0 chr10 88505700 . T G 298.14 PASS AF=0.530612;AO=21;DP=52;FAO=26;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0041208;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.702;QD=24.3379;RBI=0.0150538;REFB=-0.0145188;REVB=0.0144789;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418656;STB=0.538432;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0135055;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:49:25:22:21:26:0.530612:11:10:13:12:14:12:12:10 chr10 88635779 . C A 71.33 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0205072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8422;QD=7.71181;RBI=0.0891134;REFB=0.00323548;REVB=-0.0867217;RO=27;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412752;STB=0.753373;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.021724;OID=.;OPOS=88635779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:3:7:9:18:3:7:9:18 chr10 88683890 . T A 247.6 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0256847;FXX=0.0832986;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.703;QD=45.0175;RBI=0.0266976;REFB=0.0445304;REVB=-0.0072842;RO=2;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272783;STB=0.514836;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.000441728;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:23:22:2:2:20:20:0.909091:13:7:1:1:13:7:1:1 chr10 88702350 . G C 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3757;QD=49.5928;RBI=0.0525383;REFB=0;REVB=0.0285677;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018511;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr10 88717140 . T A 1519.44 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214011;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.705;QD=63.9764;RBI=0.0309412;REFB=0;REVB=0.0223461;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93453e-05;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:42:53:0:0 chr10 88717154 . C T 1229.97 PASS AF=0.894231;AO=90;DP=105;FAO=93;FDP=104;FR=.;FRO=11;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0390207;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.046;QD=47.3067;RBI=0.0675828;REFB=-0.203064;REVB=0.0551799;RO=11;SAF=49;SAR=41;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745771;STB=0.51728;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00521878;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:105:104:11:11:90:93:0.894231:41:49:2:9:44:49:4:7 chr10 88730106 . C T 175.17 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1248;QD=46.7125;RBI=0.0843918;REFB=0;REVB=0.0814664;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00451538;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr10 88730177 . A G 145.3 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.189;QD=44.707;RBI=0.0606036;REFB=0;REVB=0.0486631;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126483;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:10:3:0:0 chr10 88730312 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.958;QD=53.911;RBI=0.0457317;REFB=0;REVB=0.0386805;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104686;OID=.;OPOS=88730312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr10 88768253 . A G 763.83 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310784;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5927;QD=55.5513;RBI=0.0579141;REFB=0;REVB=0.0488689;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256743;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:23:30:0:0:24:31:0:0 chr10 88768657 . C T 919.81 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5612;QD=58.4008;RBI=0.0753341;REFB=0;REVB=-0.0086429;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504339;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:41:21:0:0:41:22:0:0 chr10 88782084 . A G 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7057;QD=53.9054;RBI=0.0221563;REFB=0;REVB=-0.00519427;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000752977;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr10 88782151 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.2;QD=35.5758;RBI=0.022933;REFB=0;REVB=-0.0119468;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000870484;OID=.;OPOS=88782151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr10 88820789 . T C 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.845;QD=63.2791;RBI=0.0339035;REFB=0;REVB=0.0318341;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77095e-05;OID=.;OPOS=88820789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr10 88988115 . G A 255.18 PASS AF=0.605263;AO=21;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00242836;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.181;QD=26.8605;RBI=0.0363669;REFB=-0.0443915;REVB=0.0362858;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426112;STB=0.535785;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0276115;OID=.;OPOS=88988115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:21:23:0.605263:15:6:5:10:17:6:5:10 chr10 88992641 . G A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.709;QD=52.7696;RBI=0.0437059;REFB=-0.0296127;REVB=0.0383988;RO=1;SAF=23;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198141;STB=0.510631;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00126356;OID=.;OPOS=88992641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:5:23:1:0:5:23:1:0 chr10 89267957 . C T 331.25 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00588538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.56;QD=13.6597;RBI=0.0161991;REFB=-0.0100299;REVB=-0.0150922;RO=60;SAF=20;SAR=17;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259865;STB=0.514821;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0156083;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:17:20:31:29:17:20:31:29 chr10 89420789 . A G 311.55 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0619883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.82;QD=19.1725;RBI=0.062272;REFB=-0.0246463;REVB=-0.00593669;RO=31;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272385;STB=0.522819;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0259712;OID=.;OPOS=89420789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:17:16:16:15:17:16:17:15 chr10 89720907 . T G 1685.76 PASS AF=0.974359;AO=112;DP=116;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000770606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.578;QD=57.6329;RBI=0.036729;REFB=-0.0564682;REVB=0.0367209;RO=3;SAF=50;SAR=62;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276324;STB=0.514016;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0124954;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:117:3:3:112:114:0.974359:62:50:3:0:62:52:3:0 chr10 90342837 . C G 728.89 PASS AF=0.450867;AO=78;DP=174;FAO=78;FDP=173;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.051097;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7404;QD=16.853;RBI=0.0554914;REFB=-0.0268747;REVB=-0.0216424;RO=94;SAF=44;SAR=34;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214891;STB=0.509318;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0323424;OID=.;OPOS=90342837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:94:95:78:78:0.450867:34:44:51:43:34:44:52:43 chr10 90345429 . G A 254.15 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0615224;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6464;QD=17.2304;RBI=0.0664113;REFB=-0.0417559;REVB=-0.0250091;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447531;STB=0.504947;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0432114;OID=.;OPOS=90345429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:31:28:28:0.474576:16:12:13:17:16:12:13:18 chr10 90356598 . A G 955.78 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023631;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2513;QD=57.0612;RBI=0.0516218;REFB=-0.118501;REVB=0.0458954;RO=0;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00446682;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:0:0:64:67:1:46:18:0:0:49:18:0:0 chr10 90425327 . T C 405.36 PASS AF=0.458333;AO=34;DP=98;FAO=44;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0268711;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3196;QD=16.8898;RBI=0.0283859;REFB=-0.0103747;REVB=0.00914914;RO=50;SAF=26;SAR=8;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328963;STB=0.560317;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0146321;OID=.;OPOS=90425327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:50:52:34:44:0.458333:8:26:24:26:18:26:25:27 chr10 90429652 . A G 244.91 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.018425;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.146;QD=17.4934;RBI=0.0413285;REFB=-0.0157068;REVB=-0.0369941;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948121;STB=0.553153;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0123669;OID=.;OPOS=90429652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:18:11:13:14:18:11 chr10 90438207 . A G 288.57 PASS AF=0.388235;AO=32;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0273427;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.046;QD=13.5796;RBI=0.029286;REFB=-0.00874095;REVB=0.0104901;RO=50;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940535;STB=0.562461;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.01593;OID=.;OPOS=90438207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:52:32:33:0.388235:20:12:23:27:21:12:24:28 chr10 90490921 . G A 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0164421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.207;QD=18.7951;RBI=0.0171499;REFB=-0.00508753;REVB=-0.00487607;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038358;STB=0.52172;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00835246;OID=.;OPOS=90490921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:13:14:11:12:13:14 chr10 90503075 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00917467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.723;QD=16.6186;RBI=0.02622;REFB=-0.0142545;REVB=-0.0245625;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063522;STB=0.536051;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0151283;OID=.;OPOS=90503075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:14:14:10:13:14:14 chr10 90512306 . G C 202.68 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0611812;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2504;QD=20.788;RBI=0.0617402;REFB=-0.0430909;REVB=0.00828923;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640112;STB=0.537238;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.058457;OID=.;OPOS=90512306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:15:19:20:20:0.512821:9:11:7:8:9:11:9:10 chr10 90524237 . T C 197.09 PASS AF=0.4;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00841626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.492;QD=13.1393;RBI=0.0445693;REFB=-0.00878284;REVB=0.0437675;RO=36;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124948;STB=0.542516;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.015975;OID=.;OPOS=90524237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:36:23:24:0.4:18:5:11:25:18:6:11:25 chr10 90530660 . C A 119.62 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0778178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3191;QD=8.6995;RBI=0.0778858;REFB=0.00780274;REVB=-0.00325294;RO=38;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314421;STB=0.692092;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0231155;OID=.;OPOS=90530660;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:38:39:16:16:0.290909:7:9:11:27:7:9:11:28 chr10 90537942 . C T 441.4 PASS AF=0.470588;AO=47;DP=101;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0575457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4442;QD=17.31;RBI=0.0617169;REFB=0.0113285;REVB=-0.0223039;RO=54;SAF=24;SAR=23;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150732;STB=0.5882;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0130315;OID=.;OPOS=90537942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:54:54:47:48:0.470588:23:24:36:18:24:24:36:18 chr10 90580144 . C T 451.57 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0111792;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.393;QD=24.4089;RBI=0.0409519;REFB=-0.031895;REVB=-0.0393965;RO=31;SAF=26;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032625;STB=0.517873;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0175109;OID=.;OPOS=90580144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:31:31:43:43:0.581081:17:26:20:11:17:26:20:11 chr10 90585819 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0344981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.61;QD=12.3288;RBI=0.0617237;REFB=0.00647818;REVB=-0.0511829;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172723;STB=0.526268;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0131817;OID=.;OPOS=90585819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:5:6:9:7:5:6:10:7 chr10 90673024 . G A 437.75 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=79;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.012827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3204;QD=21.8876;RBI=0.0148869;REFB=0.00566511;REVB=-0.00755568;RO=37;SAF=18;SAR=24;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201225;STB=0.506281;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.0034382;OID=.;OPOS=90673024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:37:37:42:43:0.5375:24:18:15:22:25:18:15:22 chr10 90749256 . G A 841.09 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128486;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.917;QD=57.023;RBI=0.0403763;REFB=0;REVB=0.0382774;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264054;OID=.;OPOS=90749256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:39:19:0:0:39:20:0:0 chr10 90771829 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2887;QD=59.8362;RBI=0.063499;REFB=0;REVB=-0.0410433;RO=0;SAF=7;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105532;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:29:7:0:0:29:7:0:0 chr10 90966546 . C T 78.73 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0385018;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.342;QD=12.1122;RBI=0.0409431;REFB=-0.0136192;REVB=0.0139263;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644098;STB=0.538385;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0165826;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:28:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:9:7:5:5:9:7 chr10 90966996 . C G 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0562044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.34;QD=14.7965;RBI=0.070494;REFB=-0.0260144;REVB=-0.0425495;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208455;STB=0.512173;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0433249;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:5:8:7:4:5:8 chr10 91007360 . T G 95.37 PASS AF=0.363636;AO=9;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0447771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.62;QD=11.5598;RBI=0.0463391;REFB=-0.0240035;REVB=-0.0119298;RO=20;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39347;STB=0.599822;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.03815;OID=.;OPOS=91007360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:34:33:20:21:9:12:0.363636:8:1:7:13:9:3:8:13 chr10 91066460 . T A 170.26 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0154289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.243;QD=17.0263;RBI=0.0156214;REFB=0.000918788;REVB=0.00244465;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124324;STB=0.571347;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00136443;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:12:6:10:12:12:6:10:12 chr10 91066769 . C A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.887;QD=56.9368;RBI=0.0424144;REFB=0;REVB=-0.0217789;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65026e-05;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr10 91067595 . C G 337.15 PASS AF=0.387755;AO=32;DP=92;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0263357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.705;QD=13.7611;RBI=0.0274486;REFB=-0.00863952;REVB=0.00773665;RO=60;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200124;STB=0.602498;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0120693;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:98:60:60:32:38:0.387755:14:18:23:37:17:21:23:37 chr10 91099943 . C G 242.24 PASS AF=0.5;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0121658;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.034;QD=21.0644;RBI=0.0467591;REFB=-0.0365618;REVB=-0.0451487;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13598;STB=0.587709;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0289568;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:23:23:0.5:9:14:10:12:9:14:10:13 chr10 91100068 . C A 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0736049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.704;QD=14.9768;RBI=0.0738831;REFB=-0.0213025;REVB=0.00640561;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131181;STB=0.576768;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0140324;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:6:5:6:4:6:5 chr10 91143529 . T A 322.96 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000653637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.322;QD=21.8958;RBI=0.00538521;REFB=-0.0193532;REVB=-0.00534539;RO=26;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866404;STB=0.547916;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0138918;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:20:13:13:13:20:13:13:13 chr10 91162497 . A G 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282069;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=274.482;QD=50.4065;RBI=0.0287172;REFB=0;REVB=-0.00538918;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5456e-05;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr10 91162677 . C T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00422669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2806;QD=23.5285;RBI=0.028058;REFB=-0.0103409;REVB=-0.0277378;RO=15;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914013;STB=0.55097;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0181541;OID=.;OPOS=91162677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:11:9:5:10:11:9:5:10 chr10 91172555 . AAG A,AA 102.48 PASS AF=0.09375,0.3125;AO=5,7;DP=32;FAO=3,10;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=1,3;FSAR=2,7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0126591,0.020307;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=163.721,172.523;QD=12.8099;RBI=0.0127354,0.0217393;REFB=-0.0217347,-0.0152722;REVB=0.00139261,0.00776035;RO=18;SAF=3,0;SAR=2,7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.115693,-0.741465;STB=0.66556,0.654357;STBP=0.631,0.268;TYPE=del,del;VARB=-0.0257987,0.0459161;OID=.,.;OPOS=91172556,91172557;OREF=AG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.09375,0.3125:5,7:32:3,10:32:19:1,3:2,7:10:9:69:18:3,0:2,7:9:9 chr10 91178000 . C T 86.5 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0102599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.545;QD=12.3566;RBI=0.0163236;REFB=-0.0115043;REVB=-0.0126962;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562428;STB=0.837923;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0128495;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:17:17:10:11:0.392857:8:2:13:4:9:2:13:4 chr10 91352966 . G A 2257.2 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0281917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1651;QD=62.6999;RBI=0.0455827;REFB=-0.0287645;REVB=0.0358191;RO=0;SAF=59;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25139e-08;STB=0.502958;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=3.96109e-05;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:0:1:143:143:0.993056:84:59:0:0:84:59:0:1 chr10 91404448 . C G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0427278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.839;QD=17.3782;RBI=0.0468769;REFB=-0.0380298;REVB=0.0192816;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512816;STB=0.516099;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0355064;OID=.;OPOS=91404448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:8:3:2:7:8:3:3:7 chr10 91470834 . A C 376.11 PASS AF=0.90625;AO=27;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.101614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7056;QD=47.0134;RBI=0.103099;REFB=-0.0985293;REVB=0.0174386;RO=3;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569103;STB=0.528283;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0532922;OID=.;OPOS=91470834;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:27:29:0.90625:23:4:0:3:25:4:0:3 chr10 91484780 . G A 238.95 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00149024;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.025;QD=16.1999;RBI=0.0123583;REFB=-0.0202693;REVB=-0.0122681;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236231;STB=0.523912;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.019855;OID=.;OPOS=91484780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:26:27:0.457627:14:12:14:18:14:13:14:18 chr10 91497207 . A G 655.17 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=136;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0353518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.196;QD=19.2696;RBI=0.036183;REFB=-0.0195233;REVB=0.00771076;RO=70;SAF=29;SAR=37;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122694;STB=0.567818;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.019242;OID=.;OPOS=91497207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:70:70:66:66:0.485294:37:29:40:30:37:29:40:30 chr10 91497902 . C CTAAAAG 111.0 PASS AF=0.219512;AO=16;DP=84;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.016216;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=234.172;QD=5.41479;RBI=0.0201174;REFB=-0.00797501;REVB=-0.011906;RO=66;SAF=6;SAR=10;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250939;STB=0.501423;STBP=0.991;TYPE=ins;VARB=0.0283262;OID=.;OPOS=91497903;OREF=-;OALT=TAAAAG;OMAPALT=CTAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219512:16:84:18:82:64:7:11:25:39:99:66:6:10:26:40 chr10 91497912 . A G 263.38 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0894857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1399;QD=17.5588;RBI=0.0922543;REFB=-0.0059008;REVB=0.022431;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186401;STB=0.603615;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0204507;OID=.;OPOS=91497912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:17:12:7:24:17:12:7:24 chr10 91498127 . T C 632.92 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3281;QD=61.7479;RBI=0.0103201;REFB=0;REVB=-0.000422438;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80904e-05;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:26:13:0:0:26:15:0:0 chr10 91498254 . A G 83.52 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.000877465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.451;QD=9.82558;RBI=0.00587651;REFB=-0.00256263;REVB=0.00581063;RO=23;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294975;STB=0.682383;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00733694;OID=.;OPOS=91498254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:9:2:9:14:9:2:9:14 chr10 91503660 . A G 208.83 PASS AF=0.606061;AO=10;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00805722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.3358;QD=25.3127;RBI=0.0456844;REFB=-0.00231775;REVB=0.0449683;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393982;STB=0.506323;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00192816;OID=.;OPOS=91503660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:13:10:20:0.606061:2:8:5:7:12:8:5:8 chr10 91738556 . C A 1356.43 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0340125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0401;QD=58.9752;RBI=0.0381479;REFB=0.0116721;REVB=-0.0172746;RO=2;SAF=40;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231037;STB=0.50675;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00210306;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:2:3:89:89:0.967391:49:40:2:0:48:41:2:1 chr10 91923501 . G A 357.17 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-7.6976e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.729;QD=18.3164;RBI=0.0280091;REFB=-0.0230753;REVB=-0.028009;RO=40;SAF=18;SAR=19;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590607;STB=0.539063;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0193149;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:37:38:0.487179:19:18:22:18:20:18:22:18 chr10 92456074 . C T 351.15 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00310366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.854;QD=18.0079;RBI=0.0349719;REFB=-0.020159;REVB=-0.0348339;RO=41;SAF=22;SAR=15;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880267;STB=0.549022;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0255178;OID=.;OPOS=92456074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:15:22:28:13:15:22:28:13 chr10 92456132 . T C 429.63 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0162909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.558;QD=19.7533;RBI=0.0205005;REFB=-0.0292508;REVB=-0.012445;RO=42;SAF=30;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102983;STB=0.573099;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0258395;OID=.;OPOS=92456132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:44:43:43:0.494253:13:30:25:17:13:30:25:19 chr10 92654697 . T G 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.000286052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.878;QD=19.9917;RBI=0.0132376;REFB=-0.0127751;REVB=-0.0132345;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215978;STB=0.512184;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0131859;OID=.;OPOS=92654697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:12:10:11:12:12:10:11:12 chr10 93040348 . C T 277.6 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0158424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.506;QD=20.5629;RBI=0.018567;REFB=-0.0022578;REVB=-0.00968258;RO=23;SAF=7;SAR=21;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140122;STB=0.546674;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00162737;OID=.;OPOS=93040348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:25:28:29:0.537037:21:7:9:14:21:8:9:16 chr10 93608142 . G A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0189637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.57;QD=17.1002;RBI=0.0206613;REFB=-0.0207461;REVB=-0.00820169;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212445;STB=0.512178;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0230516;OID=.;OPOS=93608142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:11:4:4:10:11:4 chr10 93667635 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.62;QD=63.583;RBI=0.0412407;REFB=0;REVB=-0.00140196;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107577;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr10 93668110 . T A 149.53 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.090689;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2869;QD=17.0892;RBI=0.101838;REFB=-0.0477842;REVB=0.0463298;RO=19;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253336;STB=0.64124;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0629904;OID=.;OPOS=93668110;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:19:19:16:16:0.457143:13:3:1:18:13:3:1:18 chr10 93756882 . AACT AA,A 210.83 PASS AF=0.37037,0.0740741;AO=13,6;DP=55;FAO=20,4;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=8,4;FSAR=12,0;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00321148,-0.0174892;FXX=0.0181785;HRUN=1,3;LEN=2,3;MLLD=221.546,217.86;QD=15.6173;RBI=0.0114201,0.0186903;REFB=-0.0171784,-0.017865;REVB=-0.0109593,-0.00659201;RO=26;SAF=2,6;SAR=11,0;SRF=10;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.341244,0.728455;STB=0.540942,0.997362;STBP=0.624,0.028;TYPE=del,del;VARB=0.0171093,0.0509799;OID=.,.;OPOS=93756884,93756883;OREF=CT,ACT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037,0.0740741:13,6:55:20,4:54:30:8,4:12,0:14:16:99:26:2,6:11,0:10:16 chr10 93841227 . A G 764.98 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.867;QD=63.7486;RBI=0.131273;REFB=0;REVB=0.00789471;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050058;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:27:21:0:0 chr10 93999850 . A G 116.06 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000714297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.118;QD=42.2038;RBI=0.0973926;REFB=0;REVB=0.09739;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112317;OID=.;OPOS=93999850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:2:6:0:0:4:7:0:0 chr10 94112156 . G C 212.33 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0149975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4216;QD=14.3951;RBI=0.0151757;REFB=-0.0287392;REVB=-0.00231836;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175823;STB=0.591763;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0387597;OID=.;OPOS=94112156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:25:25:0.423729:15:10:19:14:15:10:19:15 chr10 94449904 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0122592;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.806;QD=20.8979;RBI=0.0305165;REFB=-0.00977569;REVB=0.0279458;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772509;STB=0.681335;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00424264;OID=.;OPOS=94449904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:12:2:4:6:8:0.666667:4:2:1:1:6:2:3:1 chr10 94695617 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.842;QD=56.1909;RBI=0.059465;REFB=0;REVB=-0.0589297;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259157;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr10 95072906 . T C 1479.85 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00423578;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.417;QD=62.3093;RBI=0.0122177;REFB=-0.00941299;REVB=0.01146;RO=1;SAF=46;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101963;STB=0.505375;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=9.15307e-05;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:48:46:1:0:48:46:1:0 chr10 95168634 . A G 359.11 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0198277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1755;QD=14.8086;RBI=0.0208846;REFB=-0.018149;REVB=-0.00655962;RO=58;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316037;STB=0.517915;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0283687;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:22:17:27:31:22:17:27:31 chr10 95216623 . A G 436.03 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0228373;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=284.086;QD=54.5036;RBI=0.0239904;REFB=-0.173291;REVB=-0.00734838;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321576;STB=0.51723;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00047333;OID=.;OPOS=95216623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:1:0:17:14:1:0 chr10 95237963 . A G 328.8 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0382134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8239;QD=17.7729;RBI=0.0396405;REFB=-0.0405594;REVB=-0.0105405;RO=38;SAF=5;SAR=30;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285908;STB=0.674439;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0563305;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:30:5:13:25:30:5:14:25 chr10 95262981 . A G 519.87 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8419;QD=59.4134;RBI=0.0814995;REFB=0;REVB=0.0598524;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199892;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr10 95276742 . G C 762.15 PASS AF=0.564885;AO=70;DP=127;FAO=74;FDP=131;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.000107277;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.416;QD=23.2718;RBI=0.00428586;REFB=0.00177227;REVB=0.00428451;RO=57;SAF=36;SAR=34;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0098813;STB=0.506222;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00115746;OID=.;OPOS=95276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:131:57:57:70:74:0.564885:34:36:30:27:34:40:30:27 chr10 95279506 . A T 271.7 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00568701;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.556;QD=23.1234;RBI=0.00917993;REFB=-0.00181002;REVB=0.00720618;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357422;STB=0.530588;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0015146;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:22:25:25:0.531915:13:12:12:11:13:12:12:10 chr10 95279653 . A G 526.86 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4928;QD=56.9581;RBI=0.0246023;REFB=-0.105581;REVB=0.00469069;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283532;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00253933;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:16:20:0:1:16:20:0:1 chr10 95288874 . A G 105.27 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.00425672;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.146;QD=7.51935;RBI=0.00481321;REFB=-0.00974775;REVB=0.00224661;RO=41;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317734;STB=0.689754;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0430558;OID=.;OPOS=95288874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:41:41:15:15:0.267857:7:8:11:30:7:8:11:30 chr10 95381773 . T A 820.08 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106972;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.339;QD=57.5494;RBI=0.0255158;REFB=0;REVB=0.0231652;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63172e-05;OID=.;OPOS=95381773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:32:25:0:0 chr10 95389041 . G A 684.06 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4222;QD=60.8052;RBI=0.0509632;REFB=0;REVB=0.00815595;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304704;OID=.;OPOS=95389041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:21:22:0:0:22:23:0:0 chr10 95389083 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.391;QD=62.6711;RBI=0.0364723;REFB=0;REVB=0.0255079;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102426;OID=.;OPOS=95389083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr10 95395364 . C G 595.46 PASS AF=0.909091;AO=38;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0188929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.967;QD=54.1325;RBI=0.0190706;REFB=0.0149605;REVB=0.00259732;RO=3;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111885;STB=0.559969;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00115293;OID=.;OPOS=95395364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:38:40:0.909091:11:27:0:3:11:29:0:3 chr10 95431668 . A G 82.57 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00883981;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.982;QD=6.23167;RBI=0.0184571;REFB=-0.00362323;REVB=-0.0162026;RO=41;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087556;STB=0.555462;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0803528;OID=.;OPOS=95431668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:54:53:41:41:12:12:0.226415:7:5:20:21:7:5:20:21 chr10 95433124 . A G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.00539906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.389;QD=9.49161;RBI=0.0298731;REFB=0.00409427;REVB=0.0293812;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00318901;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:8:1:2:16:8:1:2:16 chr10 95454681 . G C 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0032583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.875;QD=15.7376;RBI=0.00508451;REFB=-0.00990419;REVB=-0.0039033;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120305;STB=0.567724;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0247199;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:15:14:13:23:15:14:13:23 chr10 95458141 . A G 206.76 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.000364249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.638;QD=13.1277;RBI=0.0167604;REFB=-0.00495758;REVB=0.0167564;RO=38;SAF=8;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144118;STB=0.582922;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00701344;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:17:8:17:21:17:8:17:21 chr10 95459817 . C T 417.09 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00802223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4599;QD=14.2595;RBI=0.0342341;REFB=-0.0166725;REVB=-0.0332809;RO=69;SAF=23;SAR=25;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000949045;STB=0.500535;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0262242;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:69:48:48:0.410256:25:23:33:36:25:23:33:36 chr10 95552653 . T C 582.17 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0128466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.4271;QD=58.2173;RBI=0.0316555;REFB=-0.184565;REVB=0.0289316;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00493291;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:18:21:0:0:18:21:0:1 chr10 95791613 . T C 143.2 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0059498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.645;QD=14.687;RBI=0.0192714;REFB=-0.00637037;REVB=0.0183299;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151826;STB=0.588123;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0109174;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:10:6:12:11:10:6:12:11 chr10 95791763 . G A 202.62 PASS AF=0.466667;AO=19;DP=43;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0180962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.674;QD=18.0105;RBI=0.0188705;REFB=-0.0103004;REVB=-0.00535001;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370151;STB=0.542816;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0120444;OID=.;OPOS=95791763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:24:24:19:21:0.466667:11:8:11:13:13:8:11:13 chr10 96039597 . G C 282.01 PASS AF=0.538462;AO=22;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00526512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.432;QD=21.6932;RBI=0.147147;REFB=-0.0159427;REVB=0.147053;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223076;STB=0.672387;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0222348;OID=.;OPOS=96039597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:23:22:28:0.538462:14:8:14:9:20:8:15:8 chr10 96058298 . C T 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.01507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.1895;QD=13.7243;RBI=0.0153596;REFB=-0.0183404;REVB=-0.00296812;RO=45;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109316;STB=0.562057;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.023822;OID=.;OPOS=96058298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:17:13:15:30:17:13:15:30 chr10 96066341 . A G 313.06 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00264946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.348;QD=16.9223;RBI=0.00457604;REFB=-0.00324402;REVB=0.00373101;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442068;STB=0.524785;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00310429;OID=.;OPOS=96066341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:18:16:17:23:18:16:17:23 chr10 96104665 . T G 356.02 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00660064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.49;QD=30.2992;RBI=0.0496341;REFB=-0.0398777;REVB=0.0491932;RO=17;SAF=17;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102348;STB=0.55615;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0211311;OID=.;OPOS=96104665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:13:17:7:10:13:17:7:10 chr10 96106240 . G C 94.82 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00584633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.469;QD=10.8366;RBI=0.00945772;REFB=-0.00302565;REVB=-0.00743431;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335648;STB=0.695828;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0158123;OID=.;OPOS=96106240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:35:22:23:12:12:0.342857:10:2:9:13:10:2:9:14 chr10 96114835 . G A 138.65 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0386471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4517;QD=19.8065;RBI=0.0451948;REFB=0.00737956;REVB=-0.0234303;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455686;STB=0.755252;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0106021;OID=.;OPOS=96114835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:1:12:5:10:1:12 chr10 96305729 . T C 765.4 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0465159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.865;QD=51.8918;RBI=0.0465288;REFB=-0.118449;REVB=-0.00109807;RO=3;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398041;STB=0.521119;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.000740875;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:34:22:0:3:34:22:0:3 chr10 96313960 . A C 819.28 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203788;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.941;QD=57.4935;RBI=0.0462014;REFB=0;REVB=0.0414641;RO=0;SAF=13;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234517;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:44:13:0:0:44:13:0:0 chr10 96493058 . C T 188.22 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0515913;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0923;QD=19.305;RBI=0.06705;REFB=-0.00492268;REVB=-0.0428257;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366709;STB=0.722638;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00553959;OID=.;OPOS=96493058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:15:4:11:8:15:4:12:8 chr10 96541616 . G A 216.65 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.023793;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.367;QD=21.1369;RBI=0.039934;REFB=-0.0184762;REVB=-0.0320721;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134807;STB=0.558759;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.021837;OID=.;OPOS=96541616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:15:16:18:18:0.439024:9:9:10:5:9:9:10:6 chr10 96602622 . C T 132.26 PASS AF=0.283582;AO=18;DP=66;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00795506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.918;QD=7.8958;RBI=0.0230469;REFB=-0.00362229;REVB=-0.0216305;RO=45;SAF=13;SAR=5;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782455;STB=0.547317;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.012097;OID=.;OPOS=96602622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:45:48:18:19:0.283582:5:13:30:15:6:13:30:18 chr10 96827178 . T C 190.52 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0435974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.412;QD=20.0545;RBI=0.0454406;REFB=-0.0302102;REVB=0.0128107;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130094;STB=0.583704;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0234779;OID=.;OPOS=96827178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:19:20:0.526316:8:11:13:5:9:11:13:5 chr10 97072040 . A G 278.86 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=40;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00937926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.828;QD=27.2059;RBI=0.0117017;REFB=-0.000495229;REVB=0.00699704;RO=16;SAF=18;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162976;STB=0.595099;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000280939;OID=.;OPOS=97072040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:16:16:24:25:0.609756:6:18:9:7:6:19:9:7 chr10 97082543 . C T 147.61 PASS AF=0.470588;AO=14;DP=32;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0107229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.97;QD=17.3657;RBI=0.0132136;REFB=-0.0267154;REVB=0.00772132;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275051;STB=0.634442;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0331509;OID=.;OPOS=97082543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:18:18:14:16:0.470588:4:10:8:10:5:11:8:10 chr10 97106165 . T C 676.71 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0187413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.7375;QD=60.1523;RBI=0.0301097;REFB=-0.0751238;REVB=-0.023566;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000526928;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:27:17:0:0:27:17:0:1 chr10 97116219 . C T 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00562599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0059;QD=7.32778;RBI=0.0706712;REFB=0.00285514;REVB=0.070447;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486163;STB=0.786211;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0035916;OID=.;OPOS=97116219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:6:2:14:6:6:2:14:7 chr10 97127462 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.241;QD=43.4862;RBI=0.0294999;REFB=0;REVB=-0.0087089;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153001;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr10 97141523 . G A 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1959;QD=63.2796;RBI=0.011488;REFB=0;REVB=-0.00476247;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120077;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr10 97174164 . A G 544.16 PASS AF=0.609756;AO=44;DP=77;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0126104;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.263;QD=26.5444;RBI=0.0536813;REFB=-0.0728607;REVB=0.0521791;RO=33;SAF=34;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312011;STB=0.611065;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.047669;OID=.;OPOS=97174164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:33:32:44:50:0.609756:10:34:14:19:15:35:14:18 chr10 97192324 . A G 1645.81 PASS AF=0.982301;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0212807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7485;QD=58.2588;RBI=0.0216023;REFB=-0.00088143;REVB=-0.00371396;RO=3;SAF=62;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00527937;STB=0.507935;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000136298;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:3:2:110:111:0.982301:48:62:2:1:49:62:2:0 chr10 97447373 . A T 423.01 PASS AF=0.362319;AO=50;DP=138;FAO=50;FDP=138;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.0116981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.077;QD=12.2611;RBI=0.0224815;REFB=-0.0184934;REVB=0.0191982;RO=88;SAF=29;SAR=21;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901302;STB=0.551471;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0235389;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:88:88:50:50:0.362319:21:29:44:44:21:29:44:44 chr10 97632082 . C T 157.12 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0300994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.732;QD=9.66873;RBI=0.0396477;REFB=-0.00385791;REVB=0.0258064;RO=43;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147412;STB=0.578872;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00745097;OID=.;OPOS=97632082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:44:21:21:0.323077:9:12:19:24:9:12:20:24 chr10 97698370 . C T 534.11 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.661;QD=59.345;RBI=0.0364308;REFB=0;REVB=0.0182082;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143461;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:19:15:0:0:20:16:0:0 chr10 97787033 . C T 472.02 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0110954;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.13;QD=16.2767;RBI=0.0132647;REFB=-0.000910603;REVB=-0.00726943;RO=64;SAF=23;SAR=29;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263758;STB=0.51473;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00090191;OID=.;OPOS=97787033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:64:64:52:52:0.448276:29:23:30:34:29:23:30:34 chr10 97817650 . G T 223.6 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.0123243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.851;QD=14.9065;RBI=0.0418634;REFB=-0.0131391;REVB=0.0400082;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297442;STB=0.666553;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0238971;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:13:13:27:7:13:13:27:7 chr10 97920062 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0031473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.134;QD=16.728;RBI=0.00721127;REFB=-0.00244253;REVB=-0.00648822;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1459;STB=0.583835;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00421694;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:6:10:9:10:6:10:9:10 chr10 97920099 . T TC 416.56 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.2175;QD=45.0331;RBI=0.281187;REFB=0;REVB=0.269053;RO=3;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.012334;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:38:37:37:0:17:20:0:0:7:3:17:17:0:3 chr10 97990583 . A G 279.96 PASS AF=0.5;AO=18;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0129897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.409;QD=18.6642;RBI=0.0609977;REFB=-0.056851;REVB=0.0595986;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201628;STB=0.671196;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0389417;OID=.;OPOS=97990583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:18:30:0.5:12:6:15:14:23:7:16:14 chr10 98078127 . C T 798.57 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000675931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.326;QD=57.0408;RBI=0.0134333;REFB=0;REVB=0.0134163;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2373e-05;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:22:33:0:0:22:34:0:0 chr10 98078239 . A G 612.9 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6095;QD=61.29;RBI=0.0284132;REFB=0;REVB=0.0281541;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508653;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr10 98287261 . G C 274.33 PASS AF=0.884615;AO=22;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.012221;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.415;QD=42.2046;RBI=0.0160634;REFB=-0.0137876;REVB=0.010425;RO=2;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921477;STB=0.571366;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000459293;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:2:3:22:23:0.884615:13:9:2:0:14:9:3:0 chr10 98319503 . A T 93.05 PASS AF=0.733333;AO=5;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0377884;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=49.9289;QD=24.8122;RBI=0.0459077;REFB=0.0158962;REVB=0.0260682;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.749526;STB=0.53839;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.000414471;OID=.;OPOS=98319503;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:15:15:2:4:5:11:0.733333:5:0:1:1:7:4:2:2 chr10 98380277 . C T 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.404;QD=62.3472;RBI=0.0206008;REFB=0;REVB=0.0101087;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142064;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr10 98386483 . C T 231.43 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0115132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.105;QD=16.241;RBI=0.0184869;REFB=-0.0205838;REVB=0.0144642;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110609;STB=0.562131;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0255907;OID=.;OPOS=98386483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:14:13:18:12:14:13:18:12 chr10 98386558 . G A 803.39 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0572061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1229;QD=55.406;RBI=0.0572241;REFB=0.188438;REVB=-0.00143332;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00535144;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:1:0:28:29:1:0 chr10 98469507 . C A 99.26 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0265999;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.133;QD=12.0312;RBI=0.0266635;REFB=-0.0219236;REVB=0.00183994;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256805;STB=0.652804;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0201691;OID=.;OPOS=98469507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:12:9:8:4:12:9 chr10 98742750 . A C 236.63 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0258971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8776;QD=15.775;RBI=0.028461;REFB=-0.000548789;REVB=0.0118054;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00327958;STB=0.501853;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.000483245;OID=.;OPOS=98742750;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:14:13:16:17:14:13:16:17 chr10 98806512 . G C 262.3 PASS AF=0.478261;AO=17;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.105958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2338;QD=22.8087;RBI=0.106543;REFB=0.016188;REVB=0.0111469;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302351;STB=0.538426;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0115728;OID=.;OPOS=98806512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:17:22:0.478261:10:7:8:10:14:8:8:10 chr10 98808866 . C G 725.83 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.759;QD=56.9278;RBI=0.0588109;REFB=0;REVB=0.0121722;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001805;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:47:51:1:24:23:0:0:24:27:0:0 chr10 98819317 . A G 236.09 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00593332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.749;QD=19.273;RBI=0.00594308;REFB=-0.00880634;REVB=-0.000340372;RO=26;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176959;STB=0.600738;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00771485;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:17:6:11:15:17:6:11:15 chr10 98901433 . C T 3119.8 PASS AF=0.994924;AO=196;DP=198;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00166967;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8921;QD=63.3461;RBI=0.00254732;REFB=-0.0278507;REVB=0.00192381;RO=1;SAF=87;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434942;STB=0.502283;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000521525;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:197:1:1:196:196:0.994924:109:87:0:1:109:87:0:1 chr10 98901438 . T C 310.92 PASS AF=0.216346;AO=25;DP=208;FAO=45;FDP=208;FR=.,HEALED;FRO=162;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=82;FSRR=80;FWDB=-0.01355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.786;QD=5.97926;RBI=0.0178311;REFB=-0.0269082;REVB=0.0115907;RO=146;SAF=10;SAR=15;SRF=67;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761809;STB=0.736731;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0591661;OID=.;OPOS=98901438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:146:162:25:45:0.216346:15:10:67:79:35:10:82:80 chr10 98901463 . T C 49.97 PASS AF=0.0750988;AO=19;DP=253;FAO=19;FDP=253;FR=.;FRO=234;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=101;FSRR=133;FWDB=-0.0118257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7593;QD=0.789966;RBI=0.0512941;REFB=-0.00325277;REVB=-0.0499123;RO=234;SAF=14;SAR=5;SRF=101;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334841;STB=0.770372;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.06701;OID=.;OPOS=98901463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:253:253:234:234:19:19:0.0750988:5:14:101:133:5:14:101:133 chr10 99016088 . T C 146.8 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00916009;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.966;QD=15.0563;RBI=0.0123259;REFB=-0.0221098;REVB=0.00824743;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258665;STB=0.636773;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0185347;OID=.;OPOS=99016088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:10:6:14:8:10:6:14:9 chr10 99019177 . A G 409.54 PASS AF=0.461538;AO=41;DP=90;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00697341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.969;QD=18.0018;RBI=0.0224739;REFB=-0.00604283;REVB=-0.0213646;RO=49;SAF=24;SAR=17;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542454;STB=0.535602;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00740828;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:49:49:41:42:0.461538:17:24:26:23:17:25:26:23 chr10 99080246 . CTTTG CTTG,CTTTT 187.95 PASS AF=0.430556,0;AO=25,3;DP=73;FAO=31,0;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=19,0;FSAR=12,0;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0674794,-0.0332056;FXX=0.0136968;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=18.2275,36.566;QD=10.4419;RBI=0.111918,0.0878801;REFB=-0.00186459,-0.000178256;REVB=0.0892864,-0.0813652;RO=37;SAF=18,0;SAR=7,3;SRF=25;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0555229,-0.605259;STB=0.512812,0.5;STBP=0.868,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00856393,0;OID=.,.;OPOS=99080247,99080250;OREF=T,G;OALT=-,T;OMAPALT=CTTG,CTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430556,0:25,3:73:31,0:72:41:19,0:12,0:26:15:99:37:18,0:7,3:25:12 chr10 99125949 . C T 387.81 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.00979435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.073;QD=15.992;RBI=0.0103677;REFB=-0.028324;REVB=0.00340003;RO=55;SAF=12;SAR=29;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627561;STB=0.543304;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0354644;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:29:12:19:36:29:12:20:36 chr10 99129230 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0153599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.775;QD=10.0737;RBI=0.0296564;REFB=-0.0212627;REVB=-0.0253688;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583904;STB=0.535624;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0567697;OID=.;OPOS=99129230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:6:8:5:3:6:8 chr10 99139140 . G A 269.97 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00860607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1624;QD=22.9761;RBI=0.00968736;REFB=-0.0206107;REVB=-0.00444752;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213863;STB=0.511936;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.025472;OID=.;OPOS=99139140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:12:10:12:13:12:10 chr10 99160965 . A G 627.24 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0650849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9397;QD=57.0218;RBI=0.0700236;REFB=-0.0427774;REVB=0.0258314;RO=2;SAF=16;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551181;STB=0.529398;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0101705;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:26:16:2:0:26:16:2:0 chr10 99181008 . G A 95.91 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0121011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2347;QD=22.5677;RBI=0.0376766;REFB=-0.0197015;REVB=-0.0356804;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215005;STB=0.511607;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00991637;OID=.;OPOS=99181008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:5:6:11:11:0.647059:7:4:2:3:7:4:2:4 chr10 99205686 . A G 182.08 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0216236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.468;QD=18.6753;RBI=0.0234349;REFB=-0.0168967;REVB=0.00903403;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519108;STB=0.515136;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0205873;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:20:18:19:0.487179:8:10:11:9:8:11:11:9 chr10 99215764 . G A 86.26 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0661165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0758;QD=12.3223;RBI=0.0914947;REFB=-0.011062;REVB=-0.0632446;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766352;STB=0.545372;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0273412;OID=.;OPOS=99215764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:8:9:5:6:8:9 chr10 99219885 . G A 149.41 PASS AF=0.425;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00806196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.186;QD=14.9413;RBI=0.0106113;REFB=-0.0184574;REVB=-0.00689958;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197031;STB=0.603381;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0255676;OID=.;OPOS=99219885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:16:17:0.425:9:7:14:8:9:8:15:8 chr10 99220707 . C T 87.4 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0159888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8819;QD=13.4466;RBI=0.046266;REFB=-0.0137615;REVB=0.0434155;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538304;STB=0.809643;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0176745;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:13:2:8:3:13:2 chr10 99220766 . TAA CAT,TA 35.39 PASS AF=0.0909091,0.272727;AO=2,6;DP=24;FAO=2,6;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=0,2;FSAR=2,4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0106041,0.0231343;FXX=0.0832986;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=87.8462,13.8802;QD=6.43368;RBI=0.0303898,0.0370431;REFB=-0.0312111,-0.103513;REVB=-0.0284797,0.0289309;RO=11;SAF=0,2;SAR=2,4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.711767,-0.471991;STB=0.997498,0.822729;STBP=0.015,0.125;TYPE=mnp,del;VARB=0.196524,0.0817429;OID=.,.;OPOS=99220766,99220767;OREF=TAA,A;OALT=CAT,-;OMAPALT=CAT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:24:22:11:14:2,6:2,6:0.0909091,0.272727:2,4:0,2:9:2:2,4:0,2:12:2 chr10 99229394 . GA AA,AT 260.78 PASS AF=0.510204,0;AO=22,2;DP=48;FAO=25,0;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14,0;FSAR=11,0;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00302544,0.00183409;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=103.357,39.4349;QD=21.2885;RBI=0.0444738,0.00366562;REFB=-0.00335556,-0.0139646;REVB=0.0443708,0.00317378;RO=23;SAF=13,0;SAR=9,2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0239256,-0.522115;STB=0.511619,0.5;STBP=0.893,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00447878,0;OID=.,.;OPOS=99229394,99229394;OREF=G,GA;OALT=A,AT;OMAPALT=AA,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:24:22,2:25,0:0.510204,0:9,2:13,0:13:10:11,0:14,0:14:10 chr10 99240048 . C T 258.46 PASS AF=0.4;AO=31;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0678538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.138;QD=13.7845;RBI=0.0689705;REFB=-0.020502;REVB=0.0123609;RO=42;SAF=11;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128546;STB=0.575706;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0273587;OID=.;OPOS=99240048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:45:31:30:0.4:20:11:20:22:19:11:22:23 chr10 99240758 . G C 1915.49 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.388;QD=61.79;RBI=0.0242103;REFB=0;REVB=0.0180327;RO=0;SAF=59;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98857e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:122:124:1:63:59:0:0:64:60:0:0 chr10 99332488 . A C 145.18 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=-0.0286469;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.507;QD=15.2823;RBI=0.0305665;REFB=-0.00913596;REVB=0.0106614;RO=18;SAF=15;SAR=0;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.772039;STB=0.562413;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0326345;OID=.;OPOS=99332488;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:22:15:16:0.421053:0:15:17:1:1:15:20:2 chr10 99337572 . G A 200.06 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0264513;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.247;QD=19.518;RBI=0.0825534;REFB=-0.0178574;REVB=0.078201;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15199;STB=0.585871;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0258653;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:13:8:11:9:13:8 chr10 99371344 . C A 521.17 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0154081;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.906;QD=19.6666;RBI=0.0192211;REFB=-0.00980965;REVB=0.011491;RO=50;SAF=17;SAR=37;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240897;STB=0.634157;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0113979;OID=.;OPOS=99371344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:52:54:54:0.509434:37:17:29:21:37:17:30:22 chr10 99422648 . A G 55.81 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0833885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2808;QD=10.6297;RBI=0.0833897;REFB=-0.0493033;REVB=0.000460189;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829008;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0795925;OID=.;OPOS=99422648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:4:4:7:5:4:4:7:6 chr10 99434760 . C T 64.83 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00508537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.713;QD=10.3722;RBI=0.0327715;REFB=-0.00820973;REVB=0.0323745;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456799;STB=0.779962;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00507262;OID=.;OPOS=99434760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:3:6:3:12:3:6:3:13 chr10 99435006 . G T 135.77 PASS AF=0.7;AO=13;DP=19;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0353549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4357;QD=27.1541;RBI=0.0409628;REFB=-0.0356465;REVB=-0.0206878;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114837;STB=0.571326;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00957227;OID=.;OPOS=99435006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:6:6:13:14:0.7:6:7:2:4:6:8:2:4 chr10 99439541 . G C 260.57 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.093316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7236;QD=24.8158;RBI=0.109929;REFB=0.0460155;REVB=0.0581083;RO=18;SAF=9;SAR=15;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181339;STB=0.599924;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0355797;OID=.;OPOS=99439541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:15:9:3:15:15:9:3:15 chr10 99504630 . G T 102.58 PASS AF=0.48;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0689115;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8342;QD=16.4128;RBI=0.0692435;REFB=0.0193844;REVB=-0.0067718;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103751;STB=0.559901;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.02555;OID=.;OPOS=99504630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:13:13:12:12:0.48:6:6:5:8:6:6:5:8 chr10 99969568 . A G 428.44 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.752;QD=57.1254;RBI=0.0567413;REFB=0;REVB=0.0529806;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506392;OID=.;OPOS=99969568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr10 99991408 . A G,T 1234.49 PASS AF=0.939024,0.0609756;AO=77,5;DP=82;FAO=77,5;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41,1;FSAR=36,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470898,0.0169242;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.543,46.4243;QD=60.2191;RBI=0.0534547,0.0182952;REFB=0,0;REVB=0.0252972,-0.0069489;RO=0;SAF=41,1;SAR=36,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.52206e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000547467,0.173842;OID=.,.;OPOS=99991408,99991408;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:82:82:0:0:77,5:77,5:0.939024,0.0609756:36,4:41,1:0:0:36,4:41,1:0:0 chr10 100017453 . T G 327.47 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00183191;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.332;QD=54.5785;RBI=0.00411759;REFB=0;REVB=0.00368764;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156494;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr10 100017553 . G T 85.21 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0296091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.41;QD=11.3614;RBI=0.0412566;REFB=-0.00460993;REVB=-0.0287298;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411763;STB=0.7495;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00847038;OID=.;OPOS=100017553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:9:2:10:9:9:2:10:9 chr10 100018844 . G A 888.69 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0841;QD=56.4248;RBI=0.0452308;REFB=-0.0836662;REVB=0.0293283;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00192721;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:34:28:0:0:34:28:0:1 chr10 100219314 . G A 1018.52 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115775;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.696;QD=58.201;RBI=0.0316641;REFB=-0.0402702;REVB=0.0294716;RO=1;SAF=25;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185316;STB=0.509801;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000246897;OID=.;OPOS=100219314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:44:25:1:0:44:25:1:0 chr10 100219374 . T A 866.26 PASS AF=1;AO=51;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903113;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.568;QD=57.7506;RBI=0.0418206;REFB=0;REVB=0.0408338;RO=0;SAF=10;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406299;OID=.;OPOS=100219374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:51:60:1:41:10:0:0:49:11:0:0 chr10 100453722 . A AAAAAAGATAT 66.86 PASS AF=0.357143;AO=7;DP=31;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.037009;FXX=0;HRUN=6;LEN=10;MLLD=297.972;QD=9.55187;RBI=0.037061;REFB=-0.00429689;REVB=0.00196364;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28358;STB=0.565086;STBP=0.652;TYPE=ins;VARB=0.0124756;OID=.;OPOS=100453723;OREF=-;OALT=AAAAAGATAT;OMAPALT=AAAAAAGATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:7:31:10:28:18:4:6:9:9:66:23:2:5:12:11 chr10 101090428 . T G 804.87 PASS AF=1;AO=48;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7297;QD=56.4819;RBI=0.147827;REFB=0;REVB=0.0721611;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189378;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:48:57:1:33:15:0:0:40:17:0:0 chr10 101124239 . TG AT,T,TT 177.02 PASS AF=0,0.6,0;AO=2,23,2;DP=45;FAO=0,27,0;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=0,25,0;FSAR=0,2,0;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0690459,-0.0661573,-0.125849;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=36.6438,15.8348,21.5641;QD=15.7347;RBI=0.117422,0.120242,0.134904;REFB=0.00283271,-0.109093,-0.0531291;REVB=-0.0949771,-0.100406,-0.0485928;RO=17;SAF=2,21,2;SAR=0,2,0;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.362573,0;SSSB=0.661835,0.64023,0.661835;STB=0.5,0.873026,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0741381,0;OID=.,.,.;OPOS=101124239,101124240,101124240;OREF=TG,G,G;OALT=AT,-,T;OMAPALT=AT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:45:17:18:2,23,2:0,27,0:0,0.6,0:0,2,0:2,21,2:4:13:0,2,0:0,25,0:4:14 chr10 101152191 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00249702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.275;QD=10.3903;RBI=0.0450838;REFB=-0.0362103;REVB=-0.0450146;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396358;STB=0.749166;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0408298;OID=.;OPOS=101152191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:6:5:1:6:6:5 chr10 101293035 . C A 851.04 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.721;QD=57.6979;RBI=0.0326351;REFB=0;REVB=-0.0209447;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70816e-05;OID=.;OPOS=101293035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:35:22:0:0:37:22:0:0 chr10 101295863 . A G 532.84 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00435;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.005;QD=56.0885;RBI=0.0101179;REFB=-0.0371776;REVB=0.00913504;RO=2;SAF=15;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583611;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00202274;OID=.;OPOS=101295863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:2:1:35:37:0.973684:20:15:2:0:20:17:1:0 chr10 101473218 . A G 418.29 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0249021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.227;QD=53.9734;RBI=0.0534072;REFB=-0.154903;REVB=-0.0472464;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00454049;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:30:30:0.967742:16:14:0:0:16:14:0:1 chr10 101544447 . A T 1152.72 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.928;QD=60.6696;RBI=0.0247704;REFB=0;REVB=0.0113527;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62477e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:73:76:1:43:30:0:0:43:33:0:0 chr10 101590129 . G A 238.12 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0595482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7749;QD=13.8041;RBI=0.0649537;REFB=-0.00700216;REVB=0.0259421;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162315;STB=0.622553;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0178948;OID=.;OPOS=101590129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:39:41:27:28:0.405797:11:16:17:22:10:18:18:23 chr10 101690050 . C T 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0139185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.82;QD=21.7435;RBI=0.0196709;REFB=0.00482618;REVB=0.0139003;RO=10;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111594;STB=0.575663;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00292734;OID=.;OPOS=101690050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:10:11:15:15:0.576923:5:10:8:2:5:10:9:2 chr10 101716484 . G A 210.51 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.942;QD=44.318;RBI=0.0569717;REFB=-0.0161242;REVB=0.0554796;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.571342;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000193674;OID=.;OPOS=101716484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:19:0:1:18:18:0.947368:3:15:0:0:3:15:0:1 chr10 101823396 . C T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0149943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.317;QD=15.6457;RBI=0.0282944;REFB=-0.00298178;REVB=0.0239946;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859778;STB=0.548975;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00415071;OID=.;OPOS=101823396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:11:11:17:12:11:11:17:12 chr10 101977883 . C T 470.54 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0197;QD=57.0352;RBI=0.0279488;REFB=0;REVB=0.0227278;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649683;OID=.;OPOS=101977883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:20:13:0:0 chr10 102006625 . G A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.000903501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.678;QD=16.1562;RBI=0.0212415;REFB=-0.0123274;REVB=0.0212223;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178544;STB=0.600677;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0137074;OID=.;OPOS=102006625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:16:11:19:13:16:11:19:13 chr10 102006681 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0249473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.857;QD=18.4828;RBI=0.0264334;REFB=-0.0389942;REVB=-0.00873829;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382695;STB=0.521716;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0349726;OID=.;OPOS=102006681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:8:13:11:8:8:13 chr10 102016044 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00868362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.218;QD=12.1825;RBI=0.0660201;REFB=-0.0045379;REVB=0.0654465;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0177515;OID=.;OPOS=102016044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:9:6:4:6:9:6 chr10 102046380 . T G 159.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0672427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7743;QD=18.7162;RBI=0.0675315;REFB=-0.0583449;REVB=0.00623832;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658609;STB=0.536439;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.062883;OID=.;OPOS=102046380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:16:17:0.5:11:5:4:12:12:5:4:13 chr10 102048208 . G T 387.21 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0227051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.33;QD=15.9675;RBI=0.0227136;REFB=-0.00673279;REVB=0.000620837;RO=55;SAF=18;SAR=23;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899931;STB=0.545662;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00709094;OID=.;OPOS=102048208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:23:18:29:26:23:18:29:27 chr10 102050242 . C A 236.27 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.039421;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1803;QD=24.8708;RBI=0.039911;REFB=0.0409435;REVB=0.00623458;RO=16;SAF=2;SAR=20;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491336;STB=0.780926;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0258652;OID=.;OPOS=102050242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:20:2:8:8:20:2:8:8 chr10 102056745 . C T 234.93 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00544388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.821;QD=18.7946;RBI=0.00862758;REFB=-0.0129844;REVB=0.00669322;RO=26;SAF=16;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231566;STB=0.623265;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0242844;OID=.;OPOS=102056745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:7:16:12:14:7:16:13:14 chr10 102089663 . C T 381.0 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0429571;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8665;QD=16.7472;RBI=0.0453909;REFB=-0.00259177;REVB=0.0146636;RO=51;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188139;STB=0.510562;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00228024;OID=.;OPOS=102089663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:51:51:40:40:0.43956:22:18:22:29:22:18:22:29 chr10 102107251 . C G 613.14 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00178258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5678;QD=18.7217;RBI=0.0944593;REFB=-0.00984013;REVB=0.0944425;RO=66;SAF=32;SAR=31;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347478;STB=0.511151;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0101182;OID=.;OPOS=102107251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:66:68:63:63:0.480916:31:32:36:30:31:32:36:32 chr10 102116311 . A C 352.88 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.021058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.969;QD=15.86;RBI=0.0287315;REFB=-0.0182839;REVB=-0.0195463;RO=51;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298927;STB=0.516845;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0240468;OID=.;OPOS=102116311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:19:19:24:27:19:19:24:27 chr10 102309597 . C G 1437.37 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00089641;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2076;QD=63.1811;RBI=0.0190128;REFB=0;REVB=0.0189917;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95069e-05;OID=.;OPOS=102309597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr10 102506070 . G C 3281.1 PASS AF=0.986111;AO=151;DP=220;FAO=213;FDP=216;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=111;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.284696;FXX=0.018181;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7874;QD=60.7611;RBI=0.284902;REFB=0.0803074;REVB=-0.0108458;RO=2;SAF=52;SAR=99;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0042784;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241023;OID=.;OPOS=102506070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:220:216:2:0:151:213:0.986111:99:52:1:1:102:111:0:0 chr10 102568983 . A C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0258366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.308;QD=16.8227;RBI=0.0304352;REFB=-0.00237725;REVB=0.0160863;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290716;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00337324;OID=.;OPOS=102568983;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:4:5:7:7:0.583333:4:3:0:4:4:3:1:4 chr10 102685853 . TTA T,TT,TTT 32.77 PASS AF=0.118421,0.0131579,0;AO=10,13,3;DP=77;FAO=9,1,0;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=2,0,0;FSAR=7,1,0;FSRF=19;FSRR=47;FWDB=-0.166695,-0.0343108,0.132778;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=18.9103,9.82681,17.8407;QD=1.72489;RBI=0.275239,0.335884,0.180143;REFB=-0.0549883,-0.0673992,-0.0137348;REVB=-0.219019,-0.334127,-0.121744;RO=44;SAF=2,0,0;SAR=8,13,3;SRF=13;SRR=31;SSEN=0,0.392857,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.156421,-0.712854,-0.414241;STB=0.576289,0.986052,0.5;STBP=0.682,0.526,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.191988,0.0258266,0;OID=.,.,.;OPOS=102685854,102685855,102685855;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.118421,0.0131579,0:10,13,3:77:9,1,0:76:66:2,0,0:7,1,0:19:47:26:44:2,0,0:8,13,3:13:31 chr10 102734778 . C G 148.38 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.000501055;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.161;QD=10.7916;RBI=0.0318498;REFB=0.000859561;REVB=-0.0318458;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298664;STB=0.673299;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00223986;OID=.;OPOS=102734778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:36:36:19:19:0.345455:11:8:25:11:11:8:25:11 chr10 102745062 . G T 296.0 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00697794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.4767;QD=13.3032;RBI=0.0463344;REFB=0.000498444;REVB=-0.045806;RO=49;SAF=13;SAR=21;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197232;STB=0.590703;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00104423;OID=.;OPOS=102745062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:55:34:34:0.382022:21:13:28:21:21:13:29:26 chr10 102746503 . C T 187.9 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00830548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.826;QD=20.3131;RBI=0.0124527;REFB=-0.0170147;REVB=-0.00927843;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129111;STB=0.573298;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0119353;OID=.;OPOS=102746503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:5:14:11:7:5:14:11:7 chr10 102750623 . T C 279.06 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0364783;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5579;QD=13.7807;RBI=0.0490568;REFB=-0.0206179;REVB=0.0328009;RO=49;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000679258;STB=0.500387;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0256718;OID=.;OPOS=102750623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:49:32:32:0.395062:15:17:26:23:15:17:26:23 chr10 102750783 . C A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0858314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.29;QD=10.3903;RBI=0.0858577;REFB=-0.0209333;REVB=0.00212348;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40224;STB=0.738729;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0408181;OID=.;OPOS=102750783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:6:1:0:10:6:1:0:11 chr10 102766574 . A G 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=30;FWDB=-0.0524625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.066;QD=12.8725;RBI=0.0646819;REFB=-0.0230525;REVB=-0.0378343;RO=32;SAF=3;SAR=16;SRF=2;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235669;STB=0.632917;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0518945;OID=.;OPOS=102766574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:16:3:2:30:16:3:2:30 chr10 102767574 . A T 71.4 PASS AF=0.3125;AO=4;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0709811;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=10.7381;QD=8.92515;RBI=0.229167;REFB=0.00571685;REVB=0.217897;RO=10;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335037;STB=0.512794;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0154552;OID=.;OPOS=102767574;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:32:32:10:14:4:10:0.3125:2:2:2:8:8:2:3:11 chr10 102770082 . T G 2244.84 PASS AF=1;AO=135;DP=138;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9441;QD=59.0748;RBI=0.0808274;REFB=0;REVB=0.0469008;RO=1;SAF=55;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856437;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021842;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:152:1:0:135:152:1:80:55:1:0:84:68:0:0 chr10 102770327 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.957;QD=60.2302;RBI=0.10553;REFB=0;REVB=-0.105383;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000513777;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr10 102824349 . G C 747.56 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0503382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0692;QD=51.5556;RBI=0.0545383;REFB=-0.00191626;REVB=0.0209877;RO=3;SAF=34;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00500664;STB=0.502659;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00175584;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:21:34:2:1:21:34:2:1 chr10 102827757 . G GT 138.75 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.086076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5995;QD=12.3337;RBI=0.0889323;REFB=-0.0132734;REVB=0.022358;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217987;STB=0.622118;STBP=0.116;TYPE=ins;VARB=0.0156233;OID=.;OPOS=102827758;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488889:22:45:22:45:23:11:11:6:17:99:23:11:11:6:17 chr10 102897305 . C T 114.19 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0342153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.014;QD=10.3805;RBI=0.0438964;REFB=-0.0299753;REVB=-0.0274993;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202554;STB=0.621535;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0768264;OID=.;OPOS=102897305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:5:9:14:16:5:9:14:16 chr10 102897311 . A G 114.03 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0166038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.044;QD=10.3659;RBI=0.0415018;REFB=-0.0236213;REVB=0.0380357;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202554;STB=0.621535;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.066303;OID=.;OPOS=102897311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:5:9:14:16:5:9:14:16 chr10 103124606 . A G 4130.1 PASS AF=0.892308;AO=290;DP=327;FAO=290;FDP=325;FR=.;FRO=35;FSAF=127;FSAR=163;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00317251;FXX=0.00611602;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.042;QD=50.8321;RBI=0.00651543;REFB=-0.00359415;REVB=-0.00569088;RO=37;SAF=127;SAR=163;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281587;STB=0.517648;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000123995;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:325:37:35:290:290:0.892308:163:127:21:16:163:127:21:14 chr10 103124647 . A G 4824.14 PASS AF=0.859649;AO=343;DP=399;FAO=343;FDP=399;FR=.;FRO=56;FSAF=147;FSAR=196;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0381546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8618;QD=48.3623;RBI=0.0413526;REFB=-0.0305745;REVB=0.0159455;RO=55;SAF=147;SAR=196;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693775;STB=0.502556;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00414954;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:399:55:56:343:343:0.859649:196:147:25:30:196:147:25:31 chr10 103124696 . T C 3359.17 PASS AF=0.832765;AO=240;DP=292;FAO=244;FDP=293;FR=.;FRO=49;FSAF=114;FSAR=130;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0556194;FXX=0.0134676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.994;QD=45.859;RBI=0.055702;REFB=-0.0228175;REVB=-0.00303285;RO=47;SAF=112;SAR=128;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000441165;STB=0.500365;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00134293;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:293:47:49:240:244:0.832765:128:112:22:25:130:114:23:26 chr10 103124715 . A G 2113.22 PASS AF=0.796117;AO=151;DP=193;FAO=164;FDP=206;FR=.;FRO=42;FSAF=82;FSAR=82;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0774418;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.937;QD=41.0334;RBI=0.0778977;REFB=-0.0324088;REVB=-0.00841527;RO=42;SAF=70;SAR=81;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00576171;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:206:42:42:151:164:0.796117:81:70:21:21:82:82:21:21 chr10 103124726 . A G 1344.35 PASS AF=0.755396;AO=101;DP=136;FAO=105;FDP=139;FR=.;FRO=34;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0435225;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.761;QD=38.6864;RBI=0.0450455;REFB=0.00105473;REVB=-0.011614;RO=34;SAF=51;SAR=50;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531582;STB=0.525335;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000213785;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:34:34:101:105:0.755396:50:51:21:13:51:54:21:13 chr10 103124736 . C T 594.73 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00544346;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.142;QD=27.3438;RBI=0.00544459;REFB=-0.0330427;REVB=0.000111052;RO=34;SAF=35;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564541;STB=0.530794;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0179776;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:34:53:53:0.609195:18:35:20:14:18:35:20:14 chr10 103124746 . G A 230.92 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0627248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3371;QD=16.4945;RBI=0.0817632;REFB=-0.0323364;REVB=-0.0524482;RO=30;SAF=18;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281794;STB=0.515911;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0394711;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:8:18:20:10:8:18:20:10 chr10 103577643 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=32;FWDB=-0.00114402;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=318.13;QD=14.7663;RBI=0.00626784;REFB=-0.00911349;REVB=-0.00616255;RO=32;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445486;STB=0.719143;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0151363;OID=.;OPOS=103577643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:17:8:0:32:17:8:1:32 chr10 103899871 . A G 207.16 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00589484;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.101;QD=19.7291;RBI=0.0215625;REFB=-0.0164564;REVB=0.0207411;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256086;STB=0.644719;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.013274;OID=.;OPOS=103899871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:15:7:12:8:15:7 chr10 103991381 . G A 312.21 PASS AF=0.485714;AO=32;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0117642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6793;QD=17.8406;RBI=0.0796558;REFB=-0.0216268;REVB=0.0787823;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370496;STB=0.501703;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0323147;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:36:32:34:0.485714:19:13:16:20:19:15:16:20 chr10 104136469 . T C 507.79 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00874943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.931;QD=56.4216;RBI=0.0273074;REFB=-0.0392527;REVB=0.0258678;RO=1;SAF=24;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190857;STB=0.509798;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=9.04957e-05;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:10:24:1:0:10:25:1:0 chr10 104160434 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.255;QD=59.4332;RBI=0.031576;REFB=0;REVB=0.0277777;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91703e-05;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr10 104180934 . C T 288.78 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0107136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.156;QD=16.2695;RBI=0.012464;REFB=-0.0126331;REVB=0.0063694;RO=39;SAF=5;SAR=27;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285796;STB=0.66353;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0162067;OID=.;OPOS=104180934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:27:5:14:25:27:5:14:25 chr10 104184081 . G A 158.16 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00595736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.405;QD=16.6482;RBI=0.00807423;REFB=-0.0125311;REVB=-0.00545005;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213306;STB=0.622495;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0151023;OID=.;OPOS=104184081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:12:9:11:6:12:9 chr10 104184953 . C G 66.43 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0610963;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0611;QD=9.84207;RBI=0.0645454;REFB=-0.0161518;REVB=0.0208171;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30146;STB=0.705928;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.055165;OID=.;OPOS=104184953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:28:27:17:18:9:9:0.333333:7:2:8:9:7:2:9:9 chr10 104229785 . C T 1157.57 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225562;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.676;QD=59.3627;RBI=0.0295772;REFB=-0.0372839;REVB=0.0191318;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.506023;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=6.81006e-05;OID=.;OPOS=104229785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:41:36:0:0:41:36:0:1 chr10 104231054 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.517;QD=62.3508;RBI=0.0574231;REFB=0;REVB=-0.00893657;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163156;OID=.;OPOS=104231054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr10 104236457 . C T 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0109;QD=59.0159;RBI=0.0166272;REFB=0;REVB=0.0122459;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440073;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr10 104239100 . T C 755.54 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000268346;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.049;QD=54.9485;RBI=0.0104109;REFB=0.0531893;REVB=0.0104075;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.508769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000261769;OID=.;OPOS=104239100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:28:26:0:0:28:26:0:1 chr10 104389932 . T G 1489.86 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421365;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.116;QD=59.5945;RBI=0.0612266;REFB=0;REVB=0.0444208;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22067e-05;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:100:0:0:90:100:1:45:45:0:0:53:47:0:0 chr10 104435746 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.972;QD=57.1774;RBI=0.0229189;REFB=0;REVB=-0.00540638;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2171e-05;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr10 104493328 . C T 396.29 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.036402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4864;QD=17.8109;RBI=0.0802039;REFB=-0.0309982;REVB=-0.0714672;RO=47;SAF=33;SAR=8;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258493;STB=0.642316;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0361721;OID=.;OPOS=104493328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:48:41:41:0.460674:8:33:28:19:8:33:29:19 chr10 104563743 . C G 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00318815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.288;QD=19.7364;RBI=0.00335134;REFB=-0.0123441;REVB=0.00103304;RO=37;SAF=32;SAR=6;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25573;STB=0.643981;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00999678;OID=.;OPOS=104563743;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:6:32:24:13:6:32:24:13 chr10 104572963 . T C 62.46 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.189;QD=35.6936;RBI=0.0419673;REFB=0;REVB=0.0277481;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31946e-05;OID=.;OPOS=104572963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:5:7:1:1:4:0:0:3:4:0:0 chr10 104574329 . A T 465.11 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.438;QD=58.1386;RBI=0.0485741;REFB=0;REVB=0.0104409;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117456;OID=.;OPOS=104574329;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:25:6:0:0:26:6:0:0 chr10 104574562 . T G 232.57 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.505;QD=48.9621;RBI=0.0228971;REFB=0;REVB=-0.0205429;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00364932;OID=.;OPOS=104574562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:14:4:0:0:14:5:0:0 chr10 105210210 . G T 88.76 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0348114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.036;QD=14.794;RBI=0.041817;REFB=-0.0106769;REVB=0.0231695;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703453;STB=0.586311;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0160981;OID=.;OPOS=105210210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:14:13:10:11:0.458333:5:5:8:6:6:5:8:5 chr10 105215016 . A C,G 898.68 PASS AF=0.0461538,0.953846;AO=3,59;DP=62;FAO=3,62;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=3,31;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947335,0.0109227;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.735,94.8151;QD=55.3031;RBI=0.0167435,0.0562284;REFB=0,0;REVB=-0.0138058,0.0551573;RO=0;SAF=3,31;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0446516,0.00127766;OID=.,.;OPOS=105215016,105215016;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:62:65:0:0:3,59:3,62:0.0461538,0.953846:0,28:3,31:0:0:0,31:3,31:0:0 chr10 105218252 . A G 1494.98 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016151;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.79;QD=63.6162;RBI=0.0165577;REFB=0;REVB=-0.00364692;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87146e-06;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr10 105218254 . C T 1475.71 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561749;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8924;QD=63.4712;RBI=0.0588361;REFB=0;REVB=-0.0174947;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168991;OID=.;OPOS=105218254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr10 105218359 . T C 1064.93 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240662;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.075;QD=59.9961;RBI=0.0242417;REFB=0;REVB=-0.00291156;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222737;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:41:28:0:0:42:29:0:0 chr10 105233110 . C T 717.23 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0115307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8625;QD=51.2305;RBI=0.165378;REFB=-0.00648909;REVB=0.164975;RO=3;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190824;STB=0.50943;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00152372;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:56:3:3:52:53:0.946429:25:27:1:2:26:27:1:2 chr10 105361816 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9485;QD=39.204;RBI=0.0752424;REFB=0;REVB=0.0420655;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180613;OID=.;OPOS=105361816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr10 105362179 . G A 206.59 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0450818;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.999;QD=22.9539;RBI=0.0459273;REFB=-0.020283;REVB=0.00877233;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267581;STB=0.64985;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0136944;OID=.;OPOS=105362179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:16:20:20:0.555556:13:7:11:5:13:7:11:5 chr10 105362209 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.1447;QD=54.5157;RBI=0.0474837;REFB=0;REVB=0.00334031;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052162;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr10 105362287 . C G 37.12 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.043448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2462;QD=8.24918;RBI=0.0441523;REFB=-0.0201356;REVB=0.0078548;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946031;STB=0.559795;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0290219;OID=.;OPOS=105362287;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:7:5:2:4:7:5 chr10 105372696 . G A 263.45 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0054922;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2423;QD=19.5149;RBI=0.0239632;REFB=-0.0220003;REVB=-0.0233253;RO=25;SAF=8;SAR=20;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370286;STB=0.714133;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0170377;OID=.;OPOS=105372696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:26:28:28:0.518519:20:8:18:7:20:8:19:7 chr10 105657316 . G C 534.42 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0324624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.165;QD=56.2543;RBI=0.0497934;REFB=-0.000823253;REVB=0.0377568;RO=2;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077756;STB=0.519989;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000276358;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:2:1:36:37:0.973684:11:25:0:2:12:25:0:1 chr10 105659826 . T C 1422.54 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0546616;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.176;QD=57.4764;RBI=0.0646236;REFB=-0.128764;REVB=0.034472;RO=2;SAF=46;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000989828;STB=0.500522;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000900718;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:99:2:2:97:97:0.979798:51:46:1:1:51:46:1:1 chr10 105796819 . A G 317.94 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3032;QD=52.9897;RBI=0.0474013;REFB=0;REVB=-0.043786;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001625;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr10 105798872 . T C 425.54 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.0456916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.764;QD=15.3349;RBI=0.0468097;REFB=-0.0324912;REVB=-0.0101696;RO=62;SAF=21;SAR=27;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222256;STB=0.627855;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.029291;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:62:63:48:48:0.432432:27:21:41:21:27:21:42:21 chr10 105799216 . G T 448.16 PASS AF=0.479592;AO=46;DP=99;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0628907;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.1199;QD=18.2922;RBI=0.0675453;REFB=-0.0236416;REVB=-0.02464;RO=52;SAF=23;SAR=23;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146897;STB=0.56095;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0408338;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:52:51:46:47:0.479592:23:23:34:18:23:24:32:19 chr10 105801253 . G A 245.87 PASS AF=0.490909;AO=15;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00193111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4961;QD=17.8817;RBI=0.10642;REFB=-0.0382421;REVB=0.106403;RO=27;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878064;STB=0.563639;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.043652;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:28:15:27:0.490909:11:4:9:18:14:13:10:18 chr10 105805497 . C T 205.23 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0122075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.173;QD=12.827;RBI=0.0122226;REFB=0.00196167;REVB=0.000606782;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25194;STB=0.644059;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00124455;OID=.;OPOS=105805497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:10:15:14:25:10:15:14:25 chr10 105810400 . T C 490.04 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0130937;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.017;QD=18.3193;RBI=0.017535;REFB=-0.00488108;REVB=0.0116632;RO=55;SAF=9;SAR=43;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248973;STB=0.639755;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00557497;OID=.;OPOS=105810400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:55:55:52:52:0.485981:43:9:20:35:43:9:20:35 chr10 105816916 . C T 1861.87 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3552;QD=60.5485;RBI=0.0391558;REFB=-0.107122;REVB=0.0363722;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000765137;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:0:1:122:122:0.99187:61:61:0:0:61:61:1:0 chr10 105817891 . G A 264.21 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00772688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.566;QD=20.3234;RBI=0.0252105;REFB=-0.00368961;REVB=-0.0239972;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101745;STB=0.556918;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00796477;OID=.;OPOS=105817891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:26:26:0.5:10:16:12:12:10:16:12:12 chr10 105819956 . G A 657.46 PASS AF=0.528455;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0276382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.936;QD=21.3809;RBI=0.0285673;REFB=-0.0160644;REVB=0.00722608;RO=56;SAF=45;SAR=20;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20542;STB=0.622301;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0143391;OID=.;OPOS=105819956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:56:58:65:65:0.528455:20:45:26:30:20:45:26:32 chr10 105824333 . G A 224.5 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0174097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8032;QD=17.6078;RBI=0.017637;REFB=-0.0106765;REVB=-0.00282227;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120301;STB=0.567514;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0176689;OID=.;OPOS=105824333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:15:9:7:20:15:9:7:20 chr10 105957714 . A G 1387.22 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00153738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7405;QD=60.3141;RBI=0.0352011;REFB=-0.118988;REVB=0.0351675;RO=1;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123092;STB=0.512818;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00121866;OID=.;OPOS=105957714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:92:1:2:90:90:0.978261:38:52:0:1:38:52:0:2 chr10 105963552 . CA CG,TG 287.31 PASS AF=0.727273,0.272727;AO=15,6;DP=23;FAO=16,6;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5,5;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167114,-0.00759235;FXX=0.0434594;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=69.4993,88.9376;QD=52.2374;RBI=0.0232495,0.0189961;REFB=0,0;REVB=0.0161638,-0.0174129;RO=0;SAF=5,5;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00400473,0.00825069;OID=.,.;OPOS=105963553,105963552;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:23:22:0:0:15,6:16,6:0.727273,0.272727:10,1:5,5:0:0:11,1:5,5:0:0 chr10 106152111 . T A 266.13 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00378635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.449;QD=21.7245;RBI=0.0174102;REFB=-0.0381588;REVB=-0.0169935;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119132;STB=0.550733;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0445096;OID=.;OPOS=106152111;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:16:8:11:13:16:9:11:13 chr10 106849612 . A G 354.26 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0459366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.485;QD=21.47;RBI=0.0490445;REFB=-0.0321461;REVB=-0.0171811;RO=29;SAF=20;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114363;STB=0.570431;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0269475;OID=.;OPOS=106849612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:30:36:36:0.545455:16:20:12:17:16:20:12:18 chr10 107024459 . G A 616.9 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=109;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00608186;FXX=0.0275204;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.365;QD=23.2791;RBI=0.00708135;REFB=-0.00518977;REVB=-0.0036272;RO=45;SAF=34;SAR=26;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888298;STB=0.50064;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00385601;OID=.;OPOS=107024459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:45:46:60:60:0.566038:26:34:26:19:26:34:26:20 chr10 108367020 . C T 413.59 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.014526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.106;QD=15.0396;RBI=0.0146167;REFB=0.00631962;REVB=-0.00162564;RO=62;SAF=18;SAR=29;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129245;STB=0.510896;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00645967;OID=.;OPOS=108367020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:63:47:47:0.427273:29:18:23:39:29:18:23:40 chr10 108380213 . G A 1586.16 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.68;QD=64.0875;RBI=0.0430672;REFB=0;REVB=0.0302038;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46516e-07;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:57:42:0:0:57:42:0:0 chr10 108389111 . A G 1716.27 PASS AF=0.983051;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0293021;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.649;QD=58.1788;RBI=0.0379712;REFB=-0.141386;REVB=0.0241495;RO=3;SAF=68;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293441;STB=0.510202;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00090417;OID=.;OPOS=108389111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:118:118:3:2:115:116:0.983051:47:68:0:3:48:68:0:2 chr10 108729824 . C T 443.32 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.00697669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9716;QD=15.028;RBI=0.0543345;REFB=0.0153545;REVB=-0.0538847;RO=67;SAF=20;SAR=30;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185484;STB=0.59996;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0175622;OID=.;OPOS=108729824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:68:50:50:0.423729:30:20:39:28:30:20:39:29 chr10 109221364 . G A 415.36 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.00910021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.044;QD=19.3191;RBI=0.0100327;REFB=-0.0224525;REVB=-0.00422378;RO=43;SAF=14;SAR=28;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321806;STB=0.522114;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0225249;OID=.;OPOS=109221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:44:42:42:0.488372:28:14:13:30:28:14:13:31 chr10 112044841 . TTAAAAC T,TT 81.72 PASS AF=0,0.5;AO=3,8;DP=16;FAO=0,11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=0,4;FSAR=0,7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0111736,0.0414939;FXX=0.119952;HRUN=3,4;LEN=6,5;MLLD=177.216,186.155;QD=14.8576;RBI=0.0340067,0.0505251;REFB=0.0090716,0.00924269;REVB=0.0321186,0.0288278;RO=0;SAF=3,1;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.31058;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00923265;OID=.,.;OPOS=112044842,112044843;OREF=TAAAAC,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:3,8:16:0,11:22:11:0,4:0,7:4:7:76:0:3,1:0,7:0:0 chr10 112266822 . GC AT 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266024;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.503;QD=64.1539;RBI=0.0267983;REFB=0;REVB=0.00323496;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.52933e-05;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr10 112271257 . C G 381.13 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0103286;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9302;QD=23.4542;RBI=0.0176756;REFB=0.00449187;REVB=-0.0143439;RO=26;SAF=13;SAR=25;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613236;STB=0.521411;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00321398;OID=.;OPOS=112271257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:26:27:38:38:0.584615:25:13:7:19:25:13:8:19 chr10 112361870 . A G 790.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0880593;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0573;QD=55.5034;RBI=0.0915153;REFB=-0.09772;REVB=0.024912;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165422;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00255873;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:28:28:0:1:28:28:0:1 chr10 112402492 . G C,T 837.45 PASS AF=0.533333,0.466667;AO=32,28;DP=60;FAO=32,28;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17,12;FSAR=15,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349885,-0.00994181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.6036,128.358;QD=55.8301;RBI=0.0382899,0.0171015;REFB=0,0;REVB=-0.0155539,-0.0139148;RO=0;SAF=17,12;SAR=15,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0405989,0.0277306;OID=.,.;OPOS=112402492,112402492;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:60:60:0:0:32,28:32,28:0.533333,0.466667:15,16:17,12:0:0:15,16:17,12:0:0 chr10 112572458 . G C 619.92 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000884409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.5843;QD=59.0403;RBI=0.0514844;REFB=-0.0533258;REVB=0.0514769;RO=1;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302497;STB=0.516121;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000955262;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:15:26:0:1:15:26:0:1 chr10 112641052 . A AG 239.36 PASS AF=1;AO=4;DP=39;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0956179;FXX=0.420942;HRUN=0;LEN=1;MLLD=95.499;QD=43.5195;RBI=0.125038;REFB=0;REVB=-0.0805717;RO=35;SAF=3;SAR=1;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0320493;OID=.;OPOS=112641053;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:39:22:22:0:20:2:0:0:3:35:3:1:25:10 chr10 112641053 . A G 492.34 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0208938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.4597;QD=51.8253;RBI=0.0687065;REFB=-0.183444;REVB=0.0654526;RO=2;SAF=24;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373831;STB=0.529395;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00866234;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:38:38:2:3:34:35:0.921053:10:24:2:0:11:24:3:0 chr10 112839579 . A G 242.16 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0170757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.837;QD=16.9936;RBI=0.0176524;REFB=0.00343161;REVB=0.00447545;RO=30;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363373;STB=0.502331;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00427432;OID=.;OPOS=112839579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:30:26:27:0.473684:19:7:9:21:19:8:9:21 chr10 113913222 . T C 701.59 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3659;QD=59.7096;RBI=0.0398327;REFB=0;REVB=0.0313871;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317845;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:47:0:0:41:47:1:26:15:0:0:32:15:0:0 chr10 113917085 . T A 1028.42 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019883;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.597;QD=58.767;RBI=0.0208864;REFB=0;REVB=0.00639597;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75108e-05;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:67:70:1:32:35:0:0:33:37:0:0 chr10 113920465 . G A 2178.53 PASS AF=0.986928;AO=145;DP=152;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.026489;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5191;QD=56.9551;RBI=0.0718517;REFB=-0.211782;REVB=0.0667907;RO=4;SAF=66;SAR=79;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234666;STB=0.500656;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00346319;OID=.;OPOS=113920465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:152:153:4:2:145:151:0.986928:79:66:0:4:83:68:1:1 chr10 113935379 . T C 610.7 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.33;QD=56.8097;RBI=0.0295684;REFB=-0.223345;REVB=-0.0156369;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0141745;OID=.;OPOS=113935379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:43:43:0:1:41:42:0.976744:22:19:0:0:23:19:1:0 chr10 113940329 . T C,G 855.94 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=56,3;DP=59;FAO=58,2;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0920107,0.119184;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.438,62.6407;QD=57.0624;RBI=0.109443,0.131456;REFB=0,0;REVB=0.0592606,0.055461;RO=0;SAF=25,0;SAR=31,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000155996,0.0274784;OID=.,.;OPOS=113940329,113940329;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:59:60:0:0:56,3:58,2:0.966667,0.0333333:31,3:25,0:0:0:33,2:25,0:0:0 chr10 114186624 . G A 1139.01 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118067;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.263;QD=60.7471;RBI=0.0120848;REFB=0;REVB=0.00257735;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261856;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:42:32:0:0:43:32:0:0 chr10 114711243 . G C 1587.97 PASS AF=0.45283;AO=167;DP=367;FAO=168;FDP=371;FR=.;FRO=203;FSAF=94;FSAR=74;FSRF=137;FSRR=66;FWDB=-0.0807326;FXX=0.0026881;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4712;QD=17.121;RBI=0.0863769;REFB=-0.00680548;REVB=-0.0307119;RO=197;SAF=94;SAR=73;SRF=134;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119184;STB=0.565009;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0117366;OID=.;OPOS=114711243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:371:197:203:167:168:0.45283:73:94:134:63:74:94:137:66 chr10 114831434 . A T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.020132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.073;QD=15.1603;RBI=0.0254952;REFB=-0.0110531;REVB=0.0156431;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198429;STB=0.615235;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0141494;OID=.;OPOS=114831434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:11:5:11:11:11:5:11:11 chr10 114925369 . C A 340.66 PASS AF=0.62963;AO=32;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.15063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3873;QD=25.234;RBI=0.15072;REFB=-0.0106778;REVB=0.00518939;RO=22;SAF=15;SAR=17;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182412;STB=0.629559;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0064613;OID=.;OPOS=114925369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:20:32:34:0.62963:17:15:5:17:17:17:3:17 chr10 114925998 . A T 39.37 PASS AF=0.103704;AO=12;DP=136;FAO=14;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=121;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=80;FWDB=-0.0122299;FXX=0.0217376;HRUN=6;LEN=1;MLLD=22.5367;QD=1.16639;RBI=0.0646128;REFB=-0.00412822;REVB=-0.0634449;RO=91;SAF=1;SAR=11;SRF=30;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413143;STB=0.853819;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0323789;OID=.;OPOS=114925998;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:136:135:91:121:12:14:0.103704:11:1:30:61:13:1:41:80 chr10 115334124 . C T 751.9 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0767199;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6116;QD=61.3794;RBI=0.0865421;REFB=-0.0966513;REVB=-0.040045;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00236663;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:0:1:48:48:0.979592:23:25:0:0:22:26:0:1 chr10 115355479 . T C 434.77 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.016078;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.737;QD=20.7031;RBI=0.0295133;REFB=-0.00266123;REVB=0.0247494;RO=41;SAF=12;SAR=31;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114436;STB=0.563605;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00404259;OID=.;OPOS=115355479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:31:12:16:25:31:12:16:25 chr10 115370254 . A G 1116.09 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0420006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8563;QD=58.7418;RBI=0.0429284;REFB=-0.0565014;REVB=0.0088769;RO=1;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101746;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000626661;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:46:28:0:1:47:28:0:1 chr10 115370274 . T C 1083.74 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172441;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0792;QD=60.2076;RBI=0.0329166;REFB=0;REVB=0.0328714;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025672;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:44:27:0:0:45:27:0:0 chr10 115375528 . C A 491.32 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00814118;FXX=0.0380916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.236;QD=19.4583;RBI=0.0381674;REFB=-0.0216663;REVB=0.037289;RO=41;SAF=33;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115163;STB=0.605221;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0208826;OID=.;OPOS=115375528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:101:41:50:51:51:0.50495:18:33:21:20:18:33:22:28 chr10 115377290 . T C 218.89 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0382621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6236;QD=23.6633;RBI=0.0382631;REFB=-0.00565532;REVB=0.000282896;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184479;STB=0.510299;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00450269;OID=.;OPOS=115377290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:11:10:8:8:11:10:8:8 chr10 115393929 . G A 395.42 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00789299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.316;QD=17.5742;RBI=0.00807768;REFB=-0.017268;REVB=0.00171747;RO=49;SAF=23;SAR=18;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298464;STB=0.516704;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0241132;OID=.;OPOS=115393929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:18:23:26:23:18:23:26:23 chr10 115405615 . T C 395.77 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0480647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.708;QD=20.2958;RBI=0.0486921;REFB=0.015168;REVB=-0.00779127;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434276;STB=0.524076;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00911244;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:23:17:18:20:23:17:18:20 chr10 115405664 . C T 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0289833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.788;QD=19.6661;RBI=0.0290346;REFB=-0.00664297;REVB=0.00172458;RO=32;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788144;STB=0.543802;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00513098;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:19:15:17:15:19:15:17:15 chr10 115410234 . T C 555.41 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.00973019;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.257;QD=18.3608;RBI=0.0181928;REFB=-0.00901925;REVB=0.0153721;RO=63;SAF=35;SAR=23;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222174;STB=0.623015;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00756825;OID=.;OPOS=115410234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:63:58:58:0.479339:23:35:23:40:23:35:23:40 chr10 115411614 . A G 218.88 PASS AF=0.490196;AO=21;DP=48;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0687925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2062;QD=17.1673;RBI=0.0689771;REFB=-0.0162085;REVB=-0.0050436;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00191448;STB=0.511102;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0494251;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:23:26:21:25:0.490196:11:10:11:12:11:14:14:12 chr10 115417289 . G A 444.4 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=-0.0255442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.193;QD=23.0857;RBI=0.0256598;REFB=-0.0193199;REVB=-0.002433;RO=34;SAF=19;SAR=24;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223832;STB=0.622114;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0154139;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:24:19:6:28:24:19:6:28 chr10 115439530 . G C 199.71 PASS AF=0.5;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0396962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2721;QD=19.0197;RBI=0.0848858;REFB=-0.0126911;REVB=-0.075032;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108694;STB=0.551674;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0128448;OID=.;OPOS=115439530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:21:21:21:0.5:14:7:9:11:14:7:9:12 chr10 115439569 . C T 1122.71 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0273712;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.933;QD=55.4425;RBI=0.0498479;REFB=-0.154252;REVB=0.0416609;RO=4;SAF=38;SAR=39;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000606112;STB=0.500321;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00099255;OID=.;OPOS=115439569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:81:81:4:4:77:77:0.950617:39:38:2:2:39:38:2:2 chr10 115439640 . CTT C 247.28 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.0563799;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=36.0198;QD=10.5226;RBI=0.0574654;REFB=0.0140043;REVB=-0.0111163;RO=47;SAF=26;SAR=13;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156607;STB=0.522501;STBP=0.732;TYPE=del;VARB=-0.0198033;OID=.;OPOS=115439641;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532:39:94:40:94:54:26:14:37:17:99:47:26:13:32:15 chr10 115457264 . T G 418.43 PASS AF=0.421053;AO=47;DP=112;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.000152798;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.342;QD=14.6817;RBI=0.0541893;REFB=-0.0217647;REVB=-0.0541891;RO=64;SAF=29;SAR=18;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416887;STB=0.520825;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.032576;OID=.;OPOS=115457264;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:64:66:47:48:0.421053:18:29:37:27:18:30:39:27 chr10 115525175 . T C 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.146;QD=56.4877;RBI=0.0132477;REFB=-0.126829;REVB=-0.00395181;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.511621;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00143796;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:21:14:0:0:21:14:0:1 chr10 115526177 . A G 207.4 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0155721;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.056;QD=22.4212;RBI=0.0156026;REFB=-0.00654596;REVB=0.000974604;RO=17;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303388;STB=0.671459;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00323651;OID=.;OPOS=115526177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:17:17:20:20:0.540541:5:15:7:10:5:15:7:10 chr10 115529576 . T A 252.79 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0449967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.807;QD=21.0656;RBI=0.0487051;REFB=-0.0443505;REVB=0.0186409;RO=24;SAF=5;SAR=19;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309167;STB=0.675571;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0374207;OID=.;OPOS=115529576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:19:5:12:12:19:5:12:12 chr10 115535599 . T C 328.05 PASS AF=0.578947;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0399004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.396;QD=23.0208;RBI=0.0499718;REFB=-0.0483728;REVB=0.0300855;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812013;STB=0.501607;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0342827;OID=.;OPOS=115535599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:24:32:33:0.578947:15:17:13:11:15:18:13:11 chr10 115540411 . T C 358.87 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0209779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.846;QD=25.1839;RBI=0.0219148;REFB=-0.0288592;REVB=-0.00633932;RO=22;SAF=22;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219339;STB=0.620273;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0147124;OID=.;OPOS=115540411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:13:22:7:15:13:22:7:15 chr10 115609915 . C G 300.64 PASS AF=0.5;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0188454;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.777;QD=18.7899;RBI=0.0237627;REFB=-0.00851609;REVB=-0.0144746;RO=32;SAF=12;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105058;STB=0.564475;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0226386;OID=.;OPOS=115609915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:31:32:0.5:19:12:16:16:20:12:16:16 chr10 115675025 . G A 99.89 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0522859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5488;QD=15.3672;RBI=0.0584931;REFB=-0.0133957;REVB=0.0262226;RO=14;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485423;STB=0.785196;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0262584;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:2:10:5:9:2:10:5:9 chr10 115804036 . A G 218.57 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0147051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2225;QD=24.2857;RBI=0.120792;REFB=-0.00661964;REVB=-0.119894;RO=13;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310577;STB=0.512184;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00110845;OID=.;OPOS=115804036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:13:15:21:21:0.583333:9:12:8:5:9:12:9:6 chr10 115805056 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.301;QD=42.1827;RBI=0.0340731;REFB=0;REVB=0.0146833;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135418;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr10 116032519 . A G 211.98 PASS AF=0.478261;AO=19;DP=44;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.023093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2354;QD=18.4329;RBI=0.145649;REFB=-0.0210265;REVB=0.143806;RO=25;SAF=17;SAR=2;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199212;STB=0.547297;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0225502;OID=.;OPOS=116032519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:25:24:19:22:0.478261:2:17:20:5:5:17:20:4 chr10 116050008 . A G 198.37 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.045279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.909;QD=19.8367;RBI=0.0540678;REFB=-0.0127317;REVB=0.029549;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113366;OID=.;OPOS=116050008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:10:10:10:10:10:10 chr10 116060387 . T C 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0518345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.984;QD=20.7548;RBI=0.0519618;REFB=-0.0216821;REVB=0.0036351;RO=12;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421615;STB=0.523779;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0162209;OID=.;OPOS=116060387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:12:3:2:10:12:3:2:10 chr10 116073696 . C T 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.525;QD=59.4996;RBI=0.0244521;REFB=0;REVB=0.0056011;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105947;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 696.95 PASS AF=1;AO=41;DP=53;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113283;FXX=0.083316;HRUN=3;LEN=3;MLLD=130.929;QD=63.3594;RBI=0.0133465;REFB=0;REVB=-0.00705673;RO=9;SAF=17;SAR=24;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481638;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000141994;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:53:44:44:0:19:25:0:0:4:9:17:24:5:4 chr10 116307504 . A G 245.02 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00767446;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.293;QD=14.001;RBI=0.0105628;REFB=-0.0083753;REVB=0.00725778;RO=40;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225009;STB=0.515141;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0103927;OID=.;OPOS=116307504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:40:41:28:29:0.414286:16:12:18:22:17:12:18:23 chr10 116335246 . G A 656.03 PASS AF=0.633333;AO=57;DP=90;FAO=57;FDP=90;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.0157741;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.5;QD=29.1568;RBI=0.0316479;REFB=-0.01351;REVB=0.0274366;RO=33;SAF=24;SAR=33;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148965;STB=0.580539;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00497961;OID=.;OPOS=116335246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:33:33:57:57:0.633333:33:24:7:26:33:24:7:26 chr10 116659253 . A G 253.34 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0152829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6613;QD=17.472;RBI=0.0237622;REFB=-0.00750347;REVB=-0.0181955;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329824;STB=0.518505;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0078944;OID=.;OPOS=116659253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:13:15:15:15:13:15:15:15 chr10 116931101 . C CTT,T 407.95 PASS AF=0.896552,0.103448;AO=19,8;DP=33;FAO=26,3;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348689,-0.0263459;FXX=0.0644953;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=41.8442,201.045;QD=56.2693;RBI=0.00838948,0.029663;REFB=0,0;REVB=-0.00763053,-0.0136302;RO=6;SAF=8,5;SAR=11,3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0395441,0.213494;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00378736,0.0390331;OID=.,.;OPOS=116931102,116931101;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:33:29:6:0:19,8:26,3:0.896552,0.103448:11,3:8,5:2:4:14,2:12,1:0:0 chr10 117075175 . G A 1152.53 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.288;QD=60.6594;RBI=0.0141139;REFB=0;REVB=-0.0139906;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67085e-05;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr10 117226713 . T C 362.33 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0143102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.018;QD=23.3761;RBI=0.0584172;REFB=-0.0333891;REVB=0.0566373;RO=23;SAF=16;SAR=20;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086004;STB=0.539546;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0338765;OID=.;OPOS=117226713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:26:36:36:0.580645:20:16:13:10:20:16:14:12 chr10 117228794 . A G 742.94 PASS AF=0.405;AO=81;DP=200;FAO=81;FDP=200;FR=.;FRO=119;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=-0.00297201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.095;QD=14.8588;RBI=0.0105353;REFB=-0.0033535;REVB=-0.0101074;RO=117;SAF=29;SAR=52;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132144;STB=0.579906;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00485573;OID=.;OPOS=117228794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:117:119:81:81:0.405:52:29:56:61:52:29:58:61 chr10 117486763 . G T 528.55 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0020785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.321;QD=17.9171;RBI=0.028244;REFB=-0.0167101;REVB=0.0281674;RO=62;SAF=31;SAR=25;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572539;STB=0.53174;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0206271;OID=.;OPOS=117486763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:25:31:38:24:25:31:38:24 chr10 117823739 . A G 755.27 PASS AF=0.982759;AO=52;DP=54;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00494887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.1833;QD=52.0876;RBI=0.0339257;REFB=-0.0787445;REVB=0.0335628;RO=2;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00543769;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:58:2:1:52:57:0.982759:26:26:1:1:31:26:1:0 chr10 118228763 . T C 565.96 PASS AF=0.461538;AO=59;DP=129;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0794045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0223;QD=17.4142;RBI=0.0798939;REFB=0.00347885;REVB=-0.00882907;RO=70;SAF=30;SAR=29;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500222;STB=0.523069;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00330419;OID=.;OPOS=118228763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:70:70:59:60:0.461538:29:30:32:38:30:30:32:38 chr10 118231305 . A G 447.29 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0172472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.045;QD=18.4449;RBI=0.0195918;REFB=-0.0164049;REVB=0.00929354;RO=51;SAF=17;SAR=28;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053463;STB=0.536125;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.022578;OID=.;OPOS=118231305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:28:17:22:29:28:17:23:29 chr10 118231360 . G A 933.39 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5759;QD=58.3367;RBI=0.0720612;REFB=0;REVB=0.064663;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237531;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:42:21:0:0:43:21:0:0 chr10 118231362 . TA T,TG 898.12 PASS AF=0.0952381,0.904762;AO=8,54;DP=63;FAO=6,57;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=4,17;FSAR=2,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132704,0.0104961;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.216,153.46;QD=57.0234;RBI=0.0205812,0.0190892;REFB=0,0;REVB=0.0157316,0.0159445;RO=0;SAF=5,15;SAR=3,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00966759,0.00264777;OID=.,.;OPOS=118231363,118231363;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0952381,0.904762:8,54:63:6,57:63:0:4,17:2,40:0:0:17:0:5,15:3,39:0:0 chr10 118313265 . T C 1512.45 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6067;QD=59.8992;RBI=0.0820336;REFB=0;REVB=0.058964;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340115;OID=.;OPOS=118313265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:49:52:0:0:49:52:0:0 chr10 118363642 . T C 1861.86 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7063;QD=60.5482;RBI=0.0260602;REFB=-0.0327742;REVB=0.019011;RO=1;SAF=45;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104394;STB=0.505494;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000281523;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:77:45:1:0:77:45:1:0 chr10 118368606 . T C 149.63 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0280191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.076;QD=11.9703;RBI=0.0324041;REFB=-0.0147;REVB=-0.0162775;RO=31;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303681;STB=0.701547;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0260692;OID=.;OPOS=118368606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:33:17:17:0.34:4:13:16:15:4:13:16:17 chr10 118380511 . A G 246.91 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.606;QD=49.3829;RBI=0.0828722;REFB=0;REVB=0.0304311;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290839;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:11:9:0:0 chr10 118383463 . A AG 1436.99 PASS AF=1;AO=118;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167374;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.7192;QD=45.6186;RBI=0.200475;REFB=0;REVB=0.110346;RO=8;SAF=62;SAR=56;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181267;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00308635;OID=.;OPOS=118383464;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:118:127:126:126:0:65:61:0:0:27:8:62:56:3:5 chr10 118387282 . A G 706.78 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.869;QD=62.8249;RBI=0.0111143;REFB=0;REVB=0.00469789;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24844e-05;OID=.;OPOS=118387282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:23:22:0:0 chr10 118387381 . C CG 42.06 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.151159;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=18.2012;QD=12.9424;RBI=0.153367;REFB=-0.0693645;REVB=0.0259319;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267756;STB=0.79926;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=0.120694;OID=.;OPOS=118387382;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:6:16:7:13:6:5:2:0:6:34:10:4:2:4:6 chr10 118397884 . A G 154.64 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0461386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7517;QD=14.7273;RBI=0.0469426;REFB=-0.0234618;REVB=0.00865073;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283057;STB=0.664523;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0384616;OID=.;OPOS=118397884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:14:11:12:5:14:11 chr10 118397894 . A G 155.14 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0143463;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.399;QD=14.1037;RBI=0.0143568;REFB=-0.0138558;REVB=0.000549725;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285067;STB=0.666465;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0298273;OID=.;OPOS=118397894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:27:17:17:0.386364:12:5:15:12:12:5:15:12 chr10 118397971 . A G 217.76 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0266155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.256;QD=16.7506;RBI=0.026616;REFB=-0.00638771;REVB=-0.000174271;RO=28;SAF=6;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298518;STB=0.670062;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00228601;OID=.;OPOS=118397971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:18:6:15:13:18:6:15:13 chr10 118404620 . A G 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00767104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.458;QD=17.6174;RBI=0.00790955;REFB=-0.0115575;REVB=0.00192773;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159552;STB=0.589878;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0237039;OID=.;OPOS=118404620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:10:17:11:13:10:17 chr10 118620459 . A C 1300.48 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.017;QD=61.9274;RBI=0.0303262;REFB=0;REVB=0.0233944;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001741;OID=.;OPOS=118620459;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:43:39:0:0:44:40:0:0 chr10 118890573 . T C 126.32 PASS AF=0.380952;AO=13;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0100129;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3272;QD=12.0308;RBI=0.0260499;REFB=-0.0247837;REVB=-0.0240487;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120418;STB=0.599886;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0652662;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:26:13:16:0.380952:9:4:6:21:10:6:6:20 chr10 119133968 . G C 1974.48 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=128;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.232;QD=61.2242;RBI=0.0122653;REFB=-0.118753;REVB=0.00221374;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.503875;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=2.41429e-05;OID=.;OPOS=119133968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:129:0:1:126:128:0.992248:62:64:0:0:64:64:0:1 chr10 119134058 . T C 1844.05 PASS AF=0.94697;AO=125;DP=130;FAO=125;FDP=132;FR=.;FRO=7;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.028566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.261;QD=55.8804;RBI=0.0303212;REFB=0.0278223;REVB=-0.0101664;RO=4;SAF=68;SAR=57;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122366;STB=0.506161;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00963354;OID=.;OPOS=119134058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:130:132:4:7:125:125:0.94697:57:68:3:1:57:68:3:4 chr10 119768022 . GAAT GA,GAT,G 932.99 PASS AF=0,0.644444,0.355556;AO=18,18,13;DP=71;FAO=0,58,32;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25,18;FSAR=0,33,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481296,0.795401,0.16547;FXX=0.0217368;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,3;MLLD=129.463,16.6009,124.572;QD=41.4661;RBI=0.048214,0.805731,0.165499;REFB=-0.0060536,-0.0140359,-0.00825145;REVB=-0.00285058,0.128607,0.00309843;RO=15;SAF=16,0,2;SAR=2,18,11;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.154466,-0.860994,-0.598053;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0775686,0.030706,0.0605036;OID=.,.,.;OPOS=119768024,119768023,119768023;OREF=AT,A,AAT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GA,GAT,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.644444,0.355556:18,18,13:71:0,58,32:90:0:0,25,18:0,33,14:0:0:99:15:16,0,2:2,18,11:12:3 chr10 119768551 . C T 1426.72 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00630349;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.292;QD=62.0313;RBI=0.00641085;REFB=-0.135158;REVB=-0.00116834;RO=1;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137366;STB=0.507245;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00100082;OID=.;OPOS=119768551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:34:57:0:1:34:57:0:1 chr10 120069611 . T C 365.7 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.804;QD=54.1776;RBI=0.0401872;REFB=0;REVB=0.0375463;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025581;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:9:17:0:0:9:18:0:0 chr10 120070427 . G T 58.4 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.114519;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3945;QD=12.2947;RBI=0.116138;REFB=-0.00438517;REVB=-0.0193221;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305926;STB=0.685222;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00138491;OID=.;OPOS=120070427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:6:5:6:2:6:5 chr10 120353910 . T C 557.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.484;QD=60.2197;RBI=0.0419997;REFB=0;REVB=-0.00685084;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016481;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:29:8:0:0:29:8:0:0 chr10 120446114 . A G 204.97 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0032049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.772;QD=17.0804;RBI=0.0697012;REFB=-0.032739;REVB=0.0696275;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279524;STB=0.660218;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0427832;OID=.;OPOS=120446114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:15:6:15:12:15:6:15:12 chr10 120791060 . A C 95.64 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.626;QD=38.2579;RBI=0.0932074;REFB=0;REVB=0.0407075;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00670441;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:7:2:0:0:8:2:0:0 chr10 120792297 . G GCTA 644.45 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0284641;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=292.308;QD=52.6085;RBI=0.0359887;REFB=0.00556201;REVB=0.0220222;RO=5;SAF=17;SAR=27;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119859;STB=0.564073;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=-0.000418441;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.897959:44:49:44:49:5:17:27:5:0:25:5:17:27:5:0 chr10 120792684 . A G 116.76 PASS AF=1;AO=7;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.121;QD=42.4597;RBI=0.103074;REFB=0;REVB=0.0939747;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157178;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:7:11:1:5:2:0:0:9:2:0:0 chr10 120792703 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.99;QD=45.8068;RBI=0.109026;REFB=0;REVB=-0.00900139;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164429;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr10 120793384 . TAAAAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAC 105.88 PASS AF=0.71875,0.0625,0.1875;AO=11,5,5;DP=32;FAO=23,2,6;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13,1,3;FSAR=10,1,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.166887,-0.0885448,-0.0614938;FXX=0;HRUN=15,15,15;LEN=1,2,1;MLLD=3.40459,5.59884,203.314;QD=13.2346;RBI=0.219242,0.116372,0.0616053;REFB=-0.0324731,-0.019557,0.000352975;REVB=0.142181,0.0755129,0.00370409;RO=5;SAF=7,2,2;SAR=4,3,3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.240587,0.179553,0.179553;STB=0.523789,0.665164,0.571194;STBP=0.298,0.662,0.508;TYPE=del,del,snp;VARB=0.161892,0.157909,-0.000761966;OID=.,.,.;OPOS=120793385,120793385,120793398;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.71875,0.0625,0.1875:11,5,5:32:23,2,6:32:1:13,1,3:10,1,3:0:1:39:5:7,2,2:4,3,3:1:4 chr10 120795459 . T C 328.65 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00505558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.368;QD=18.0083;RBI=0.0155427;REFB=-0.0114536;REVB=0.0146975;RO=38;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086723;STB=0.54841;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0137997;OID=.;OPOS=120795459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:18:17:22:16:18:17:22:16 chr10 120820528 . A G 199.28 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.536;QD=44.2838;RBI=0.0264338;REFB=-0.16611;REVB=-0.0116138;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398535;STB=0.521714;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00428145;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:17:17:0.944444:11:6:0:1:11:6:0:1 chr10 120828969 . A G 410.87 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.213;QD=56.6721;RBI=0.0557925;REFB=0;REVB=0.0443556;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472259;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:16:13:0:0 chr10 120896027 . G A 890.24 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648457;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.46;QD=57.4349;RBI=0.0631506;REFB=0;REVB=-0.0628167;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177055;OID=.;OPOS=120896027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:60:62:1:33:27:0:0:34:28:0:0 chr10 120909313 . T A 44.44 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00994124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0611;QD=8.88782;RBI=0.0765994;REFB=-0.0200893;REVB=-0.0759516;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224998;STB=0.636016;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0119703;OID=.;OPOS=120909313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:3:10:4:3:3:10 chr10 120909785 . C T 343.88 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00457181;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.733;QD=18.5879;RBI=0.00478737;REFB=-0.0103899;REVB=-0.00142039;RO=36;SAF=23;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202477;STB=0.613503;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00965888;OID=.;OPOS=120909785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:36:38:36:36:0.486486:13:23:15:21:13:23:16:22 chr10 120914692 . G A 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0744897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6478;QD=10.6681;RBI=0.0752766;REFB=-0.0179651;REVB=-0.0108556;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165991;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0290192;OID=.;OPOS=120914692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:8:10:4:6:8:10 chr10 120917445 . G A 99.92 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0301683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3568;QD=9.08345;RBI=0.0349593;REFB=0.00438232;REVB=0.0176643;RO=31;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800431;STB=0.548661;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.0183638;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:5:8:17:14:5:8:17:14 chr10 120917616 . G A 293.17 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0145638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.877;QD=22.9939;RBI=0.0150677;REFB=-0.0174658;REVB=-0.00386402;RO=22;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971037;STB=0.553808;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0111684;OID=.;OPOS=120917616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:11:18:11:11:11:18:11:11 chr10 120919246 . T C 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.784;QD=61.6792;RBI=0.0337038;REFB=0;REVB=0.0308101;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250099;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr10 120920588 . T C 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0973669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9382;QD=8.08951;RBI=0.10021;REFB=0.0209427;REVB=0.0236987;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951184;STB=0.558696;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0419297;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:5:4:8:14:5:4:8:14 chr10 120933324 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00958398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5191;QD=51.9157;RBI=0.0316565;REFB=0;REVB=0.0301709;RO=0;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310366;OID=.;OPOS=120933324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:20:1:0:0:20:1:0:0 chr10 121199310 . T C 34.4 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00761691;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.861;QD=3.8224;RBI=0.0335816;REFB=-0.00927781;REVB=-0.0327064;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564391;STB=0.860961;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0434176;OID=.;OPOS=121199310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:36:36:28:30:6:6:0.166667:1:5:9:19:1:5:11:19 chr10 121436068 . T G 213.15 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00413922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.293;QD=16.0866;RBI=0.0126025;REFB=-0.00646666;REVB=-0.0119034;RO=29;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694183;STB=0.522369;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00676308;OID=.;OPOS=121436068;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:29:23:24:0.45283:8:15:17:12:9:15:17:12 chr10 121436286 . C T 87.52 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0650252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7903;QD=14.5869;RBI=0.0900708;REFB=-0.00711738;REVB=0.0623256;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572116;STB=0.533274;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.016265;OID=.;OPOS=121436286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:4:9:7:4:4:9 chr10 121436362 . A G 727.42 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.091;QD=63.2539;RBI=0.0211002;REFB=0;REVB=0.00580182;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56559e-05;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr10 121527997 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.488;QD=63.2847;RBI=0.0686209;REFB=0;REVB=0.0110648;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160721;OID=.;OPOS=121527997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr10 121551581 . A C 971.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234329;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.539;QD=58.8501;RBI=0.0413527;REFB=0;REVB=0.0340726;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81739e-05;OID=.;OPOS=121551581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:27:36:0:0:27:39:0:0 chr10 121586882 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.719;QD=51.9167;RBI=0.0478226;REFB=0;REVB=0.0324062;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020812;OID=.;OPOS=121586882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:17:3:0:0:17:4:0:0 chr10 121590796 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00603801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.187;QD=10.5421;RBI=0.0096058;REFB=-0.0118481;REVB=0.00747087;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792063;STB=0.547855;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0219622;OID=.;OPOS=121590796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:7:14:8:3:7:14 chr10 121689136 . C G 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00137003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3285;QD=17.2457;RBI=0.0100495;REFB=-0.00145755;REVB=0.00995565;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052726;STB=0.530092;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00253533;OID=.;OPOS=121689136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:14:13:9:12:14:13 chr10 121693250 . A G 200.31 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00341992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4431;QD=28.6163;RBI=0.0324147;REFB=-0.0265969;REVB=0.0322337;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111661;STB=0.561733;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0235478;OID=.;OPOS=121693250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:9:10:3:6:9:10:3:6 chr10 122216804 . G A 798.75 PASS AF=0.686275;AO=69;DP=101;FAO=70;FDP=102;FR=.;FRO=32;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0128659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.268;QD=31.3234;RBI=0.0681934;REFB=-0.027647;REVB=0.0669687;RO=30;SAF=50;SAR=19;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061505;STB=0.501718;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0117986;OID=.;OPOS=122216804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:30:32:69:70:0.686275:19:50:22:8:20:50:23:9 chr10 122358342 . G C 1092.77 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0207475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2461;QD=57.5144;RBI=0.0339768;REFB=-0.117718;REVB=0.0269066;RO=2;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210174;STB=0.511108;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00173538;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:76:2:2:74:74:0.973684:44:30:0:2:44:30:0:2 chr10 122358463 . G A 364.82 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00390869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.172;QD=15.8617;RBI=0.0277001;REFB=-0.0147046;REVB=0.027423;RO=52;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119311;STB=0.571393;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0280543;OID=.;OPOS=122358463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:53:39:39:0.423913:21:18:18:34:21:18:18:35 chr10 122358604 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0166415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.79;QD=21.1726;RBI=0.0173383;REFB=-0.0216433;REVB=-0.00486603;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10909;STB=0.56239;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0114927;OID=.;OPOS=122358604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:9:3:3:5:9:3:3:5 chr10 122624679 . G A 425.31 PASS AF=0.525;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0170989;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9412;QD=21.2655;RBI=0.0237624;REFB=-0.0186202;REVB=-0.016501;RO=38;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606061;STB=0.53352;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0179104;OID=.;OPOS=122624679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:38:38:42:42:0.525:25:17:18:20:25:17:18:20 chr10 122645376 . A T 153.3 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.103719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5234;QD=14.2603;RBI=0.104144;REFB=-5.26793e-05;REVB=-0.00939526;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705817;STB=0.540935;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00122051;OID=.;OPOS=122645376;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:12:14:8:9:12:14 chr10 122663585 . G A 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.019597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.906;QD=10.853;RBI=0.0330146;REFB=-0.00954674;REVB=-0.0265691;RO=38;SAF=16;SAR=5;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175159;STB=0.615266;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0168629;OID=.;OPOS=122663585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:21:21:0.35:5:16:24:14:5:16:24:15 chr10 122665459 . C G 496.83 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.011931;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2424;QD=16.424;RBI=0.0119404;REFB=-0.00725305;REVB=0.000475608;RO=67;SAF=26;SAR=28;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633329;STB=0.535328;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00900562;OID=.;OPOS=122665459;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:67:54:54:0.446281:28:26:28:39:28:26:28:39 chr10 123239112 . G A 657.49 PASS AF=0.458065;AO=71;DP=156;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.00163365;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3392;QD=16.9675;RBI=0.0242138;REFB=-0.0175548;REVB=-0.0241586;RO=84;SAF=36;SAR=35;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979785;STB=0.554327;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0219329;OID=.;OPOS=123239112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:84:84:71:71:0.458065:35:36:51:33:35:36:51:33 chr10 123298158 . T C 3116.73 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.397;QD=63.9329;RBI=0.0578837;REFB=0;REVB=0.0561334;RO=0;SAF=92;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28357e-05;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:195:0:0:192:195:1:100:92:0:0:103:92:0:0 chr10 123549691 . T G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.722;QD=57.202;RBI=0.0226676;REFB=0;REVB=0.0198865;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84046e-05;OID=.;OPOS=123549691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr10 123596254 . T C 117.01 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0729623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0487;QD=21.2741;RBI=0.0785519;REFB=-0.0523255;REVB=0.0291015;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338674;STB=0.692011;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.043641;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:4:9:2:7:4:9:2:7 chr10 123673339 . T C 205.06 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00453472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8031;QD=16.4047;RBI=0.0227685;REFB=0.00819243;REVB=0.0223124;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130137;STB=0.507456;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00740117;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:14:7:10:19:14:7:10:19 chr10 123733603 . TTA T,TTT 52.77 PASS AF=0.421053,0;AO=8,2;DP=23;FAO=8,0;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.2181,-0.00463656;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=30.3802,20.0781;QD=11.1089;RBI=0.238688,0.0237296;REFB=-0.0743459,-0.00304561;REVB=0.096976,-0.0232722;RO=12;SAF=4,0;SAR=4,2;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.432428,-0.440425;STB=0.626586,0.5;STBP=0.476,1;TYPE=del,snp;VARB=0.103718,0;OID=.,.;OPOS=123733604,123733605;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053,0:8,2:23:8,0:19:11:3,0:5,0:2:9:53:12:4,0:4,2:1:11 chr10 123845322 . T C 428.21 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000516893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.846;QD=57.0942;RBI=0.005479;REFB=0;REVB=-0.00545456;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42211e-05;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:10:19:0:0:11:19:0:0 chr10 123970389 . T C,TC 37.22 PASS AF=0.0322581,0.258065;AO=3,9;DP=31;FAO=1,8;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=0,2;FSAR=1,6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.137211,-0.0626047;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=38.4214,16.9311;QD=4.80317;RBI=0.138131,0.153193;REFB=-0.000594557,-0.067466;REVB=-0.015916,-0.139817;RO=18;SAF=0,3;SAR=3,6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.671112,-0.353661;STB=0.99143,0.749375;STBP=0.278,0.119;TYPE=snp,ins;VARB=0.110263,-0.0217329;OID=.,.;OPOS=123970389,123970390;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:31:31:18:22:3,9:1,8:0.0322581,0.258065:3,6:0,3:12:6:1,6:0,2:13:9 chr10 123976391 . C A 764.84 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0188174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.504;QD=51.8533;RBI=0.029622;REFB=-0.0875036;REVB=0.0228773;RO=3;SAF=25;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532799;STB=0.528292;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00138116;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:59:59:3:3:56:56:0.949153:31:25:3:0:31:25:3:0 chr10 123996976 . G A 322.13 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.023356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.189;QD=28.0108;RBI=0.023793;REFB=-0.0209746;REVB=0.0045394;RO=18;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170385;STB=0.594335;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.014692;OID=.;OPOS=123996976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:20:8:9:9:20:8:9:9 chr10 124001539 . G C 184.79 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.011603;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.6788;QD=18.4793;RBI=0.049918;REFB=-0.0301072;REVB=0.0485508;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115002;STB=0.574511;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0309509;OID=.;OPOS=124001539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:11:8:6:14:11:8:6:15 chr10 124013604 . C A 419.25 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0196658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.801;QD=20.2049;RBI=0.0230089;REFB=-0.0163738;REVB=-0.0119443;RO=41;SAF=27;SAR=15;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152898;STB=0.508471;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0164281;OID=.;OPOS=124013604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:15:27:27:14:15:27:27:14 chr10 124036328 . G A 460.74 PASS AF=0.677419;AO=42;DP=62;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00609564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.725;QD=29.7252;RBI=0.00610639;REFB=-0.014365;REVB=-0.000362216;RO=20;SAF=22;SAR=20;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141629;STB=0.507689;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00840875;OID=.;OPOS=124036328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:20:20:42:42:0.677419:20:22:10:10:20:22:10:10 chr10 124045663 . GC G,GT 97.75 PASS AF=0.538462,0;AO=17,2;DP=39;FAO=21,0;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=16,0;FSAR=5,0;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0951025,0.00832387;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.3597,61.358;QD=10.0252;RBI=0.113632,0.0999904;REFB=-0.155223,-0.0127941;REVB=0.0621907,-0.0996434;RO=17;SAF=15,0;SAR=2,2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.657143,0;SSSB=0.522708,-0.494586;STB=0.689834,0.5;STBP=0.024,1;TYPE=del,snp;VARB=0.182635,0;OID=.,.;OPOS=124045664,124045664;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462,0:17,2:39:21,0:39:18:16,0:5,0:7:11:84:17:15,0:2,2:7:10 chr10 124066731 . T G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.040332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.398;QD=21.0156;RBI=0.0802542;REFB=0.00428195;REVB=-0.0693835;RO=13;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139462;STB=0.57951;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00317867;OID=.;OPOS=124066731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:3:13:9:4:3:13:9:4 chr10 124089036 . G A 849.63 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0369397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.616;QD=53.1017;RBI=0.0401638;REFB=-0.0547289;REVB=0.0157668;RO=2;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147621;STB=0.508976;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000527985;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:2:3:61:61:0.953125:32:29:1:1:32:29:2:1 chr10 124094467 . T C 95.65 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.02176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.729;QD=11.5936;RBI=0.0219558;REFB=-0.0160902;REVB=-0.00292581;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064554;STB=0.538397;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0358802;OID=.;OPOS=124094467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:11:10:5:7:11:10 chr10 124096035 . T C 429.4 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.902;QD=57.2537;RBI=0.0170896;REFB=0;REVB=0.0154861;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40453e-05;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:9:20:0:0:9:21:0:0 chr10 124096041 . T C 465.11 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.195;QD=58.1393;RBI=0.0224936;REFB=0;REVB=-0.0139946;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27622e-06;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:9:22:0:0:10:22:0:0 chr10 124096061 . A C 629.66 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.643;QD=61.4301;RBI=0.0027569;REFB=0;REVB=0.00108383;RO=0;SAF=32;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34329e-06;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:8:32:0:0:8:33:0:0 chr10 124183697 . T G,TG 238.47 PASS AF=0.0102041,0.316327;AO=4,12;DP=104;FAO=1,31;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=1,17;FSAR=0,14;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.00599634,0.00674734;FXX=0.0297;HRUN=22,1;LEN=1,1;MLLD=178.427,211.544;QD=9.73357;RBI=0.0228261,0.0160066;REFB=-0.00226968,-0.000756156;REVB=-0.0220244,-0.0145149;RO=85;SAF=3,4;SAR=1,8;SRF=56;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0906104,-0.382951;STB=0.987755,0.550476;STBP=0.491,0.506;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00419654,0.00257043;OID=.,.;OPOS=124183697,124183698;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:104:98:85:66:4,12:1,31:0.0102041,0.316327:1,8:3,4:56:29:0,14:1,17:41:25 chr10 124183698 . T G 67.53 PASS AF=0.132075;AO=15;DP=107;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=0.00407466;FXX=0.00934492;HRUN=22;LEN=1;MLLD=182.734;QD=2.54842;RBI=0.0122997;REFB=0.00184329;REVB=-0.0116052;RO=92;SAF=10;SAR=5;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105568;STB=0.62112;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00831814;OID=.;OPOS=124183698;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:107:106:92:92:15:14:0.132075:5:10:54:38:4:10:54:38 chr10 124183732 . T C 3148.75 PASS AF=1;AO=204;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752278;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3735;QD=61.439;RBI=0.0231519;REFB=-0.0898056;REVB=-0.0218957;RO=0;SAF=91;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11724e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776075;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:206:205:0:0:204:205:1:113:91:0:0:114:91:0:0 chr10 124189197 . A G 757.67 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0421695;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5313;QD=55.1035;RBI=0.0430596;REFB=-0.081531;REVB=0.00871001;RO=1;SAF=46;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553097;STB=0.5294;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00133488;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:55:1:1:54:54:0.981818:8:46:0:1:8:46:0:1 chr10 124214355 . C T 674.98 PASS AF=0.435294;AO=74;DP=170;FAO=74;FDP=170;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.00231934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.128;QD=15.8818;RBI=0.00776177;REFB=-0.0322408;REVB=-0.00740714;RO=95;SAF=32;SAR=42;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527387;STB=0.532575;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0353581;OID=.;OPOS=124214355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:95:96:74:74:0.435294:42:32:46:49:42:32:47:49 chr10 124214448 . G T 319.38 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.016132;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.282;QD=20.6053;RBI=0.0234576;REFB=-0.0197427;REVB=-0.0170299;RO=30;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095981;STB=0.577213;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.012949;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:30:29:33:33:0.532258:15:18:13:17:15:18:11:18 chr10 124320355 . G A 154.91 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.0195551;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.884;QD=13.4701;RBI=0.0220098;REFB=-0.0164511;REVB=-0.0101011;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385245;STB=0.717195;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0248193;OID=.;OPOS=124320355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:22:28:17:18:0.391304:8:9:3:19:9:9:4:24 chr10 124325512 . G A 385.81 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-1.46804e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.547;QD=15.5884;RBI=0.0127024;REFB=-0.0128646;REVB=-0.0127024;RO=58;SAF=22;SAR=19;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162634;STB=0.591323;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.022012;OID=.;OPOS=124325512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:19:22:40:18:19:22:40:18 chr10 124329710 . C A 201.21 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.000771795;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.626;QD=16.0964;RBI=0.00771504;REFB=-0.011311;REVB=-0.00767634;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306992;STB=0.517494;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.015771;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:14:8:11:17:14:8:11:17 chr10 124329746 . A T 138.98 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00551192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.605;QD=12.0852;RBI=0.00602906;REFB=-0.0128158;REVB=0.002443;RO=29;SAF=2;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359178;STB=0.711546;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0137826;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:14:2:10:19:14:2:10:20 chr10 124330427 . C T 194.23 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00016652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.808;QD=10.3592;RBI=0.0292479;REFB=0.00151608;REVB=-0.0292474;RO=49;SAF=17;SAR=8;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2878;STB=0.662206;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00874119;OID=.;OPOS=124330427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:50:25:25:0.333333:8:17:21:28:8:17:22:28 chr10 124330459 . G A 437.91 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00125556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.583;QD=21.6254;RBI=0.0357848;REFB=0.00651241;REVB=-0.0357628;RO=38;SAF=19;SAR=24;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474032;STB=0.502617;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00753542;OID=.;OPOS=124330459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:24:19:17:21:24:19:17:21 chr10 124331867 . C T 2086.6 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00945924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.401;QD=61.8253;RBI=0.0150937;REFB=-0.0846377;REVB=0.0117619;RO=0;SAF=68;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00014182;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:0:1:134:134:0.992593:66:68:0:0:66:68:1:0 chr10 124333297 . G T 429.17 PASS AF=0.408333;AO=44;DP=122;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0150595;FXX=0.0163921;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.438;QD=14.3055;RBI=0.0172552;REFB=-0.00543279;REVB=-0.00842341;RO=55;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771646;STB=0.511107;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0091605;OID=.;OPOS=124333297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:55:71:44:49:0.408333:23:21:22:33:26:23:32:39 chr10 124337380 . G A 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.021519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.672;QD=19.9056;RBI=0.0215206;REFB=0.00384164;REVB=-0.00026275;RO=28;SAF=8;SAR=23;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677912;STB=0.537802;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00399311;OID=.;OPOS=124337380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:23:8:9:19:23:8:9:19 chr10 124339332 . T C 1503.07 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4178;QD=59.5277;RBI=0.0210654;REFB=0;REVB=0.0158615;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246087;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:48:52:0:0:48:53:0:0 chr10 124340407 . C T 242.44 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.00462209;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.886;QD=21.5499;RBI=0.00654572;REFB=0.000287146;REVB=-0.00463494;RO=22;SAF=17;SAR=6;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501556;STB=0.779588;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000214243;OID=.;OPOS=124340407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:6:17:3:19:6:17:3:19 chr10 124348643 . G A 911.74 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0124511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.775;QD=55.2567;RBI=0.0136524;REFB=0.0105026;REVB=0.00559965;RO=2;SAF=40;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230303;STB=0.512191;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-1.31846e-05;OID=.;OPOS=124348643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:24:40:2:0:24:40:2:0 chr10 124351013 . C T 594.21 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3029;QD=60.9446;RBI=0.061424;REFB=0;REVB=-0.0397098;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124285;OID=.;OPOS=124351013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr10 124351954 . G A 1268.67 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.822;QD=60.4127;RBI=0.0237213;REFB=-0.0899801;REVB=0.0157902;RO=1;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101845;STB=0.505262;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000402534;OID=.;OPOS=124351954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:46:36:0:1:47:36:0:1 chr10 124353100 . C T 333.17 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00139562;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6495;QD=44.4232;RBI=0.043744;REFB=-0.0572651;REVB=-0.0437217;RO=4;SAF=17;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412522;STB=0.522329;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00438101;OID=.;OPOS=124353100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:31:30:4:4:26:26:0.866667:9:17:2:2:9:17:2:2 chr10 124357536 . T A 612.85 PASS AF=0.54955;AO=60;DP=110;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.02257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.122;QD=22.0845;RBI=0.0273747;REFB=-0.0295882;REVB=-0.015491;RO=48;SAF=19;SAR=41;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346303;STB=0.526151;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.022247;OID=.;OPOS=124357536;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:48:50:60:61:0.54955:41:19:17:31:41:20:19:31 chr10 124358420 . C A,G 1996.4 PASS AF=0.496403,0.496403;AO=67,67;DP=137;FAO=69,69;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=29,33;FSAR=40,36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0677016,0.0961812;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=49.0148,37.2714;QD=57.4505;RBI=0.0720055,0.0986549;REFB=-0.152693,-0.149968;REVB=0.0245212,0.0219536;RO=1;SAF=28,32;SAR=39,35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0165774,-0.0145389;STB=0.508472,0.507461;STBP=0.309,0.335;TYPE=snp,snp;VARB=0.0167946,0.0265492;OID=.,.;OPOS=124358420,124358420;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:137:139:1:1:67,67:69,69:0.496403,0.496403:39,35:28,32:1:0:40,36:29,33:1:0 chr10 124358483 . G A 511.31 PASS AF=0.509615;AO=51;DP=99;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0833317;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2313;QD=19.6658;RBI=0.0894802;REFB=-0.00882643;REVB=-0.0325965;RO=48;SAF=20;SAR=31;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413228;STB=0.501682;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0148202;OID=.;OPOS=124358483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:104:48:51:51:53:0.509615:31:20:21:27:31:22:21:30 chr10 124377608 . A G 383.09 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=0.00769984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.745;QD=22.8708;RBI=0.00987389;REFB=-0.0227867;REVB=-0.00618113;RO=29;SAF=8;SAR=30;SRF=3;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13902;STB=0.5758;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00994817;OID=.;OPOS=124377608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:30:8:3:26:30:8:3:26 chr10 124377636 . C T 181.26 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=40;FWDB=-0.00871927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8501;QD=9.41596;RBI=0.0148704;REFB=0.0133716;REVB=0.0120459;RO=53;SAF=2;SAR=22;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369143;STB=0.726631;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0107966;OID=.;OPOS=124377636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:22:2:13:40:22:2:13:40 chr10 124377660 . C T 178.44 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0237929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.002;QD=8.81178;RBI=0.0288826;REFB=-0.00526053;REVB=-0.0163739;RO=57;SAF=6;SAR=18;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12112;STB=0.572455;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0180886;OID=.;OPOS=124377660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:57:24:24:0.296296:18:6:19:38:18:6:19:38 chr10 124377837 . T C 530.82 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0205656;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.1;QD=22.3501;RBI=0.0394847;REFB=-0.0283994;REVB=0.033706;RO=44;SAF=21;SAR=29;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881452;STB=0.554118;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0239316;OID=.;OPOS=124377837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:45:50:50:0.526316:29:21:23:21:29:21:24:21 chr10 124379794 . G A 516.73 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.0112375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.84;QD=16.2748;RBI=0.0117815;REFB=0.0135714;REVB=0.00353895;RO=70;SAF=24;SAR=32;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103551;STB=0.560727;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0175364;OID=.;OPOS=124379794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:70:71:56:56:0.440945:32:24:23:47:32:24:23:48 chr10 124380676 . C A 687.91 PASS AF=0.48;AO=68;DP=148;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.000376305;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.064;QD=18.3442;RBI=0.0118439;REFB=-0.0292985;REVB=0.0118379;RO=80;SAF=30;SAR=38;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869613;STB=0.516349;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0352216;OID=.;OPOS=124380676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:80:78:68:72:0.48:38:30:36:44:41:31:36:42 chr10 124402677 . A G 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0109143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3308;QD=12.4666;RBI=0.0384313;REFB=-0.00833152;REVB=-0.0368489;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163518;STB=0.594086;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0105201;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:23:10:9:11:23:10 chr10 124457452 . C T 1426.84 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132548;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.046;QD=62.0366;RBI=0.0187546;REFB=-0.112698;REVB=0.0132682;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00014831;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:92:0:1:91:91:0.98913:53:38:0:0:53:38:0:1 chr10 124457906 . C T 1508.16 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0154218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.773;QD=57.4538;RBI=0.0173564;REFB=-0.0706138;REVB=0.0079632;RO=1;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825224;STB=0.508619;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000904996;OID=.;OPOS=124457906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:1:2:103:103:0.980952:57:46:0:1:57:46:0:2 chr10 124459139 . T C 728.84 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2444;QD=57.164;RBI=0.0525675;REFB=0;REVB=0.0525108;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619763;OID=.;OPOS=124459139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:33:17:0:0:34:17:0:0 chr10 124610027 . G A 1154.06 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370392;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7025;QD=60.7399;RBI=0.0312353;REFB=0;REVB=-0.0310149;RO=1;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000844241;OID=.;OPOS=124610027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:1:0:73:76:1:41:32:0:1:42:34:0:0 chr10 124648150 . A G 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445062;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6665;QD=36.2815;RBI=0.124229;REFB=0;REVB=0.115983;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0144988;OID=.;OPOS=124648150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr10 124816515 . C G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4794;QD=49.5928;RBI=0.0560033;REFB=0;REVB=0.0365982;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130644;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr10 125426412 . A G 387.47 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00355612;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.47;QD=23.4831;RBI=0.0131027;REFB=-0.00771269;REVB=-0.0126109;RO=28;SAF=23;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305772;STB=0.516798;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00529336;OID=.;OPOS=125426412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:15:23:18:10:15:23:18:10 chr10 125426565 . G C 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.212;QD=60.5449;RBI=0.0217613;REFB=0;REVB=0.017141;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120647;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr10 125449015 . G A 563.78 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0162484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.375;QD=57.8235;RBI=0.0175786;REFB=-0.0655669;REVB=-0.00670806;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000349989;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:1:0:19:19:1:0 chr10 125450857 . C G 743.43 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711175;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.583;QD=63.2708;RBI=0.108662;REFB=0;REVB=0.0821568;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510169;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:42:47:1:23:19:0:0:25:22:0:0 chr10 125506302 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.598;QD=59.4354;RBI=0.0166341;REFB=0;REVB=0.0139118;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24818e-05;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr10 125521533 . G A 285.55 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0115648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.658;QD=18.13;RBI=0.0371158;REFB=-0.00889921;REVB=0.0352681;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148549;STB=0.572848;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00554444;OID=.;OPOS=125521533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:32:30:31:0.492063:13:17:12:18:13:18:14:18 chr10 125521590 . G A 256.19 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00686588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.584;QD=16.012;RBI=0.0139215;REFB=-0.0161008;REVB=-0.0121106;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759947;STB=0.511937;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0283327;OID=.;OPOS=125521590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:35:29:29:0.453125:18:11:12:19:18:11:14:21 chr10 125521626 . G A 237.67 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0035642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.144;QD=18.6406;RBI=0.0143249;REFB=-0.0265024;REVB=0.0138744;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16068;STB=0.569584;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00491362;OID=.;OPOS=125521626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:26:25:25:0.490196:11:14:9:15:11:14:11:15 chr10 125805650 . GGCCCCC GCCCC,GGCCCC,GGCCCCT 464.58 PASS AF=0.02,0.96,0.02;AO=20,17,3;DP=51;FAO=1,48,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,1;FSAR=1,34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.225867,-0.0779765,0.126353;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=9.04693,11.0784,8.16301;QD=37.1667;RBI=0.287273,0.223377,0.136863;REFB=0,0,0;REVB=-0.17751,0.209324,0.0525956;RO=4;SAF=3,6,1;SAR=17,11,2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0.416667,0,0;SSEP=0.388489,0.354167,0;SSSB=0.0969608,0.140596,0.413613;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0269901,0.0117316,-0.0059689;OID=.,.,.;OPOS=125805651,125805652,125805656;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GCCCC,GGCCCC,GGCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.96,0.02:20,17,3:51:1,48,1:50:0:0,14,1:1,34,0:0:0:6:4:3,6,1:17,11,2:0:4 chr10 126089434 . G A 217.61 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00629427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.32;QD=22.9059;RBI=0.00934231;REFB=-0.00280925;REVB=-0.00690369;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300258;STB=0.667328;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0043276;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:13:8:13:4:13:8:13:4 chr10 126172863 . A G 658.27 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0589671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.726;QD=59.8427;RBI=0.0711483;REFB=-0.131571;REVB=-0.0398115;RO=1;SAF=16;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284424;STB=0.515144;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00125571;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:27:16:1:0:27:16:1:0 chr10 126517989 . G A 292.77 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00890832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.632;QD=17.2216;RBI=0.020305;REFB=-0.0162495;REVB=-0.0182465;RO=35;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202708;STB=0.619493;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.017616;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:14:18:12:23:14:18:12:24 chr10 126674093 . T C 559.24 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.257;QD=60.4581;RBI=0.103121;REFB=0;REVB=0.102957;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036361;OID=.;OPOS=126674093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:34:37:1:12:22:0:0:15:22:0:0 chr10 126674227 . C CT 969.08 PASS AF=1;AO=84;DP=101;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.2813;QD=39.5544;RBI=0.0753574;REFB=-0.0107831;REVB=-0.0407971;RO=11;SAF=37;SAR=47;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082733;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000233716;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:101:98:98:0:46:52:0:0:15:11:37:47:9:2 chr10 126677239 . GAAGAA G 134.85 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.010317;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=225.976;QD=23.4515;RBI=0.0115308;REFB=-0.0045049;REVB=-0.00514947;RO=7;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196226;STB=0.608566;STBP=0.127;TYPE=del;VARB=0.00253638;OID=.;OPOS=126677240;OREF=AAGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.695652:16:23:16:23:7:8:8:6:1:41:7:8:8:6:1 chr10 126677262 . G A 34.87 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0229301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4898;QD=4.81026;RBI=0.0437817;REFB=0.00164738;REVB=-0.0372967;RO=23;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47679;STB=0.822428;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0240294;OID=.;OPOS=126677262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:1:5:10:13:1:5:10:13 chr10 126677266 . A T 45.83 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0493343;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.7878;QD=6.32087;RBI=0.0503726;REFB=-0.0253337;REVB=0.0101749;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478097;STB=0.847466;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0588916;OID=.;OPOS=126677266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:15:22:7:7:0.241379:1:6:7:8:1:6:9:13 chr10 126677287 . GACAA G 34.04 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0147708;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=262.292;QD=3.89;RBI=0.0150588;REFB=-0.00838118;REVB=-0.00293101;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450998;STB=0.807002;STBP=0.124;TYPE=del;VARB=0.0371221;OID=.;OPOS=126677288;OREF=ACAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171429:6:35:6:35:29:5:1:14:15:34:28:5:1:13:15 chr10 126677308 . A T 42.52 PASS AF=0.184211;AO=8;DP=37;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0144294;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.4364;QD=4.47558;RBI=0.0996785;REFB=-0.0275794;REVB=-0.0986286;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295319;STB=0.668791;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0973952;OID=.;OPOS=126677308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:38:29:31:8:7:0.184211:2:6:15:14:2:5:16:15 chr10 126677323 . A T 50.46 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00122115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.924;QD=4.92265;RBI=0.00771967;REFB=-0.014461;REVB=-0.00762248;RO=33;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298624;STB=0.700771;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0535189;OID=.;OPOS=126677323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:2:6:17:16:2:6:17:16 chr10 126677363 . T C 32.8 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00476017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.0774;QD=2.9153;RBI=0.0340733;REFB=-0.00100691;REVB=0.0337392;RO=38;SAF=5;SAR=1;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410915;STB=0.798936;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0148407;OID=.;OPOS=126677363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:38:39:6:6:0.133333:1:5:19:19:1:5:20:19 chr10 126677366 . CT CG,TG 41.87 PASS AF=0.166667,0;AO=7,2;DP=44;FAO=7,0;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=6,0;FSAR=1,0;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0126087,-0.0230875;FXX=0.0454442;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=140.973,186.206;QD=3.98739;RBI=0.0180048,0.0277271;REFB=-0.00594861,-0.00105853;REVB=0.0128527,-0.0153546;RO=35;SAF=6,1;SAR=1,1;SRF=18;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.447834,-0.0120986;STB=0.817192,0.5;STBP=0.097,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0388285,0;OID=.,.;OPOS=126677367,126677366;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:44:42:35:35:7,2:7,0:0.166667,0:1,1:6,1:18:17:1,0:6,0:18:17 chr10 126677391 . A C 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0442589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8632;QD=3.64945;RBI=0.0710986;REFB=-0.00714339;REVB=0.0556431;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432217;STB=0.808442;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0351016;OID=.;OPOS=126677391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:1:5:15:16:1:5:15:16 chr10 126683087 . T C 46.22 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00123613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.416;QD=2.28268;RBI=0.0106993;REFB=-0.00636916;REVB=0.0106277;RO=71;SAF=6;SAR=4;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146303;STB=0.6057;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0334127;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:71:71:10:10:0.123457:4:6:34:37:4:6:34:37 chr10 126683103 . C T 64.54 PASS AF=0.138298;AO=13;DP=94;FAO=13;FDP=94;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.022789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.595;QD=2.74658;RBI=0.0517711;REFB=-0.00469799;REVB=-0.0464856;RO=78;SAF=4;SAR=9;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152698;STB=0.604074;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0379922;OID=.;OPOS=126683103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:94:94:78:81:13:13:0.138298:9:4:33:45:9:4:34:47 chr10 126683123 . A C 99.75 PASS AF=0.173077;AO=18;DP=104;FAO=18;FDP=104;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.0904159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6368;QD=3.83638;RBI=0.0952653;REFB=-0.0210949;REVB=0.0300074;RO=86;SAF=7;SAR=11;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856777;STB=0.505599;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.098397;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:86:86:18:18:0.173077:11:7:34:52:11:7:34:52 chr10 126683151 . C T 121.28 PASS AF=0.218391;AO=16;DP=84;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0136255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4689;QD=5.57605;RBI=0.0649012;REFB=-0.0130757;REVB=-0.0634548;RO=68;SAF=5;SAR=11;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170952;STB=0.604537;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.063701;OID=.;OPOS=126683151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:68:68:16:19:0.218391:11:5:30:38:13:6:30:38 chr10 126683162 . C T 113.59 PASS AF=0.214286;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00355951;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.085;QD=5.40887;RBI=0.00574543;REFB=-0.0100531;REVB=-0.00450997;RO=66;SAF=6;SAR=12;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120631;STB=0.576184;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0165639;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:66:66:18:18:0.214286:12:6:28:38:12:6:28:38 chr10 126683190 . C A 102.78 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0194966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.225;QD=6.04585;RBI=0.0226888;REFB=-0.00810599;REVB=-0.0116045;RO=52;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126747;STB=0.507864;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0135415;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:10:6:19:33:10:6:19:33 chr10 126683197 . T C 76.23 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.00586968;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.155;QD=4.48415;RBI=0.00596243;REFB=-0.00946365;REVB=0.00104759;RO=55;SAF=5;SAR=8;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525328;STB=0.533929;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0223205;OID=.;OPOS=126683197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:69:68:55:55:13:13:0.191176:8:5:19:36:8:5:19:36 chr10 126691605 . C A 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00989092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.79;QD=1.61346;RBI=0.0434354;REFB=-0.0026806;REVB=-0.0422943;RO=69;SAF=7;SAR=1;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381081;STB=0.831245;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0344503;OID=.;OPOS=126691605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:82:69:74:8:8:0.097561:1:7:41:28:1:7:41:33 chr10 126691608 . C T 33.78 PASS AF=0.1;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00131983;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.751;QD=1.68897;RBI=0.0172676;REFB=-0.000472418;REVB=-0.0172171;RO=72;SAF=7;SAR=1;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419417;STB=0.837099;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00617775;OID=.;OPOS=126691608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:80:72:72:8:8:0.1:1:7:39:33:1:7:39:33 chr10 126714714 . G C 635.56 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251851;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.261;QD=62.0062;RBI=0.040713;REFB=0;REVB=0.0319885;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198701;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:19:22:0:0 chr10 126714966 . A G 206.4 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2525;QD=48.5655;RBI=0.0786484;REFB=0;REVB=0.0785843;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105086;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:6:11:0:0 chr10 126721441 . C A 407.87 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.994;QD=56.2582;RBI=0.0120969;REFB=0;REVB=0.0120969;RO=0;SAF=0;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93268e-05;OID=.;OPOS=126721441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:28:0:0:0:29:0:0:0 chr10 126727602 . T A 240.23 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.00352181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.357;QD=10.0094;RBI=0.00583244;REFB=-0.00422819;REVB=-0.00464911;RO=66;SAF=12;SAR=18;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260976;STB=0.515274;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.013436;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:66:30:30:0.3125:18:12:25:41:18:12:25:41 chr10 126727604 . T C 229.89 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0237508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9525;QD=9.88791;RBI=0.0253825;REFB=-0.00967605;REVB=0.00895377;RO=64;SAF=12;SAR=17;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281877;STB=0.516514;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0272806;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:64:29:29:0.311828:17:12:25:39:17:12:25:39 chr10 126727630 . T G 164.9 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0161449;FXX=0.113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.241;QD=8.45626;RBI=0.0176422;REFB=-0.0059641;REVB=0.00711266;RO=56;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287322;STB=0.517226;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0156938;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:78:56:56:22:22:0.282051:15:7:19:37:15:7:19:37 chr10 127445408 . G T 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0451;QD=35.5643;RBI=0.0671423;REFB=0;REVB=0.0627362;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337318;OID=.;OPOS=127445408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr10 127455397 . T C 272.3 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0203524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1941;QD=19.4496;RBI=0.0419459;REFB=0.00356691;REVB=0.0366775;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141965;STB=0.501867;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00242514;OID=.;OPOS=127455397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:12:16:15:12:13:16:15:12 chr10 127462525 . A G 584.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4537;QD=59.9722;RBI=0.0892815;REFB=0;REVB=-0.0342141;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00378894;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:25:13:0:0:26:13:0:0 chr10 127530325 . T C 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00944708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.571;QD=10.4386;RBI=0.012787;REFB=-0.0174144;REVB=0.00861744;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128007;STB=0.563122;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0405967;OID=.;OPOS=127530325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:7:6:15:11:7:6:15:12 chr10 127579210 . T C 400.08 PASS AF=0.326667;AO=49;DP=150;FAO=49;FDP=150;FR=.;FRO=101;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=0.0237556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1062;QD=10.6688;RBI=0.0590956;REFB=-0.00815716;REVB=0.0541107;RO=100;SAF=22;SAR=27;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341991;STB=0.515856;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0180911;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:100:101:49:49:0.326667:27:22:42:58:27:22:43:58 chr10 127579238 . G T 328.19 PASS AF=0.292517;AO=43;DP=147;FAO=43;FDP=147;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=-0.00993057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.707;QD=8.93032;RBI=0.0225904;REFB=-0.0030037;REVB=-0.0202906;RO=104;SAF=19;SAR=24;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046791;STB=0.527424;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00814871;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:104:104:43:43:0.292517:24:19:42:62:24:19:42:62 chr10 127585169 . G C 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0319825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.508;QD=8.30671;RBI=0.0336399;REFB=-0.00651312;REVB=-0.0104287;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187422;STB=0.615111;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0277922;OID=.;OPOS=127585169;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:6:12:4:4:6:12 chr10 127585173 . T C 84.9 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.142894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0644;QD=13.0619;RBI=0.143681;REFB=-0.0448776;REVB=-0.0150131;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020009;STB=0.545351;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0424603;OID=.;OPOS=127585173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:26:26:14:15:8:9:0.346154:5:3:5:9:6:3:6:9 chr10 127585179 . G C 211.75 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0485273;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.221;QD=35.2924;RBI=0.0515914;REFB=-0.0233707;REVB=-0.0175148;RO=3;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110114;STB=0.547896;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00572202;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:3:5:19:19:0.791667:11:8:0:3:11:8:1:4 chr10 127585260 . G A 45.05 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0188666;FXX=0.0999001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.156;QD=20.0242;RBI=0.0217039;REFB=0.0434763;REVB=0.010729;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146968;STB=0.58791;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0105809;OID=.;OPOS=127585260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:10:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:2:1:1:5:2:1 chr10 127668431 . A G 347.58 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0483269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.019;QD=19.8616;RBI=0.0495881;REFB=-0.0133418;REVB=-0.0111128;RO=32;SAF=11;SAR=25;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673063;STB=0.542471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0112585;OID=.;OPOS=127668431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:34:36:36:0.514286:25:11:12:20:25:11:13:21 chr10 127730728 . C T 382.14 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0209827;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.889;QD=19.3486;RBI=0.0429155;REFB=-0.0309449;REVB=-0.0374362;RO=40;SAF=25;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110497;STB=0.561574;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0248986;OID=.;OPOS=127730728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:40:40:39:39:0.493671:14:25:21:19:14:25:21:19 chr10 127737930 . G A 385.34 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.000995953;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.692;QD=28.5438;RBI=0.00101723;REFB=0.00107884;REVB=-0.000206967;RO=18;SAF=24;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000463165;OID=.;OPOS=127737930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:36:36:0.666667:12:24:12:6:12:24:12:6 chr10 127753478 . G A 255.98 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00171026;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.838;QD=15.514;RBI=0.0357728;REFB=-0.00767044;REVB=0.0357319;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104889;STB=0.555518;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00840615;OID=.;OPOS=127753478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:37:29:29:0.439394:16:13:12:23:16:13:13:24 chr10 127834139 . T G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.307;QD=51.9167;RBI=0.0315974;REFB=0;REVB=0.0208159;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.73775e-06;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr10 128019025 . C G 1256.02 PASS AF=0.914894;AO=86;DP=94;FAO=86;FDP=94;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0385177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5252;QD=53.4476;RBI=0.0523619;REFB=-0.249785;REVB=0.0354704;RO=6;SAF=34;SAR=52;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557429;STB=0.520262;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0177837;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:94:94:6:8:86:86:0.914894:52:34:5:1:52:34:5:3 chr10 128150096 . G T 273.22 PASS AF=0.370787;AO=34;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0163059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.4937;QD=12.2795;RBI=0.0682035;REFB=0.00238317;REVB=-0.0662256;RO=50;SAF=23;SAR=11;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214159;STB=0.652387;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00657318;OID=.;OPOS=128150096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:56:34:33:0.370787:11:23:24:26:10:23:26:30 chr10 128192985 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.541;QD=55.0987;RBI=0.03196;REFB=0;REVB=0.0318816;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97383e-05;OID=.;OPOS=128192985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr10 128202435 . T C 969.87 PASS AF=1;AO=59;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.3996;QD=57.0512;RBI=0.101754;REFB=0;REVB=0.101636;RO=1;SAF=43;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285714;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114131;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:59:68:1:16:43:0:1:24:44:0:0 chr10 128926013 . A G 2070.26 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.661;QD=62.2633;RBI=0.0291414;REFB=0;REVB=0.0152183;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02031e-05;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:133:0:0:131:133:1:63:68:0:0:63:70:0:0 chr10 129160458 . G A 334.76 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0223031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5601;QD=18.5977;RBI=0.0252142;REFB=-0.0545674;REVB=-0.0117613;RO=35;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276832;STB=0.63629;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0512501;OID=.;OPOS=129160458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:36:35:36:0.5:21:14:25:10:21:15:25:11 chr10 129216658 . T C 349.54 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0352888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.98;QD=17.6981;RBI=0.0393695;REFB=-0.024704;REVB=-0.0174546;RO=42;SAF=23;SAR=14;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499523;STB=0.527962;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0198522;OID=.;OPOS=129216658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:14:23:24:18:14:23:24:18 chr10 129245684 . G A 345.49 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0147365;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.7087;QD=12.7957;RBI=0.0524515;REFB=-0.00808238;REVB=0.0503388;RO=63;SAF=14;SAR=28;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192282;STB=0.6064;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0165141;OID=.;OPOS=129245684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:66:42:42:0.388889:28:14:32:31:28:14:33:33 chr10 129245689 . C T 639.61 PASS AF=0.574074;AO=61;DP=107;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0129737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.09;QD=23.6893;RBI=0.0129746;REFB=-0.0231572;REVB=0.000154658;RO=44;SAF=30;SAR=31;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116305;STB=0.548875;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0130744;OID=.;OPOS=129245689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:44:46:61:62:0.574074:31:30:15:29:32:30:17:29 chr10 129249662 . G A 919.83 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0141307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.322;QD=54.1075;RBI=0.0644329;REFB=-0.0954319;REVB=0.0628643;RO=3;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119863;STB=0.50635;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00556;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:3:3:65:65:0.955882:34:31:1:2:34:31:1:2 chr10 129249676 . C T 232.44 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0199326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.574;QD=12.5644;RBI=0.0298305;REFB=-0.020741;REVB=0.0221935;RO=45;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074136;STB=0.549098;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0357311;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:46:28:28:0.378378:13:15:21:24:13:15:21:25 chr10 129249693 . G A 221.7 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00480562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.569;QD=12.3165;RBI=0.01383;REFB=-0.0150345;REVB=0.0129683;RO=44;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356664;STB=0.52793;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0239908;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:45:27:27:0.375:12:15:23:21:12:15:23:22 chr10 129249701 . C G 1058.13 PASS AF=0.986301;AO=67;DP=68;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7604;QD=57.9799;RBI=0.112794;REFB=0.0103925;REVB=0.107839;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122746;STB=0.506492;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00103741;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:73:1:1:67:72:0.986301:29:38:1:0:34:38:1:0 chr10 129249925 . T C 321.85 PASS AF=0.372727;AO=38;DP=107;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=0.000920001;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.743;QD=11.7035;RBI=0.0200754;REFB=-0.0491441;REVB=0.0200543;RO=67;SAF=30;SAR=8;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191388;STB=0.559969;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0198095;OID=.;OPOS=129249925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:67:69:38:41:0.372727:8:30:44:23:11:30:45:24 chr10 129534478 . A AGCGCGGC,C 84.42 PASS AF=0.75,0.25;AO=6,4;DP=10;FAO=6,2;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010708,0.0485532;FXX=0.1998;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=241.625,51.7167;QD=42.211;RBI=0.0198519,0.0663316;REFB=0,0;REVB=0.0167164,-0.0451937;RO=0;SAF=3,4;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0197845,0.00626403;OID=.,.;OPOS=129534479,129534478;OREF=-,A;OALT=GCGCGGC,C;OMAPALT=AGCGCGGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:10:8:0:0:6,4:6,2:0.75,0.25:3,0:3,4:0:0:3,0:3,2:0:0 chr10 129534679 . T C 1452.21 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.887;QD=63.1395;RBI=0.0555239;REFB=0;REVB=0.055223;RO=0;SAF=69;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78144e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97552e-05;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:20:69:0:0:23:69:0:0 chr10 129534739 . C G 1271.45 PASS AF=0.956522;AO=83;DP=91;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00675946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.2103;QD=55.2805;RBI=0.0110704;REFB=-0.232893;REVB=-0.00876717;RO=4;SAF=48;SAR=35;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378447;STB=0.504081;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0144672;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:92:4:4:83:88:0.956522:35:48:4:0:36:52:2:2 chr10 129534864 . A C 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.446;QD=60.2018;RBI=0.0256234;REFB=0;REVB=-0.00795385;RO=0;SAF=22;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0106e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:51:22:0:0:51:22:0:0 chr10 129536992 . G GGCC 154.6 PASS AF=0.375;AO=15;DP=50;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0215192;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=3;MLLD=213.895;QD=12.8832;RBI=0.0226408;REFB=-0.0191423;REVB=-0.00703776;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120461;STB=0.583243;STBP=0.391;TYPE=ins;VARB=0.0343068;OID=.;OPOS=129536993;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=GGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:15:50:18:48:30:9:9:19:11:99:33:8:7:21:12 chr10 129763277 . C T 1386.77 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.989;QD=62.3268;RBI=0.00956508;REFB=0;REVB=0.00333005;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92852e-05;OID=.;OPOS=129763277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:86:89:1:52:34:0:0:54:35:0:0 chr10 129845902 . G A 122.12 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0239764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.311;QD=10.3928;RBI=0.0567258;REFB=-0.00629297;REVB=0.0514096;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299155;STB=0.517834;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0178915;OID=.;OPOS=129845902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:6:9:20:12:6:9:20:12 chr10 129859992 . T C 287.58 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00521144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.593;QD=15.9769;RBI=0.0117388;REFB=0.000802031;REVB=0.0105186;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135101;STB=0.576077;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00102427;OID=.;OPOS=129859992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:14:18:17:23:14:18:17:23 chr10 129866449 . C G 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0386657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4483;QD=15.6182;RBI=0.0913184;REFB=-0.0117227;REVB=0.0827286;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199228;STB=0.629478;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.027179;OID=.;OPOS=129866449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:5:13:13:11:5:13:13:12 chr10 129871690 . A G 230.31 PASS AF=0.55;AO=18;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0465006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8709;QD=23.0311;RBI=0.055884;REFB=-0.00971066;REVB=-0.0309953;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153541;STB=0.590826;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00454432;OID=.;OPOS=129871690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:18:18:22:0.55:10:8:9:5:13:9:11:7 chr10 129882401 . C T 660.56 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5299;QD=61.4473;RBI=0.0169952;REFB=0;REVB=0.0126008;RO=0;SAF=34;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2078e-05;OID=.;OPOS=129882401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:8:34:0:0:9:34:0:0 chr10 129883370 . A G 2126.74 PASS AF=0.985612;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0526409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4198;QD=61.2011;RBI=0.0585364;REFB=-0.101634;REVB=-0.0256018;RO=2;SAF=70;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000299594;STB=0.500158;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00419543;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:139:2:2:137:137:0.985612:67:70:1:1:67:70:1:1 chr10 129883933 . C T 715.43 PASS AF=0.978723;AO=41;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00169319;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.424;QD=60.8875;RBI=0.00669163;REFB=-0.0246118;REVB=0.00647387;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.508193;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000135754;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:41:46:0.978723:25:16:0:0:30:16:0:1 chr10 129899578 . T C 586.68 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00181105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.213;QD=21.3337;RBI=0.0177191;REFB=-0.0153616;REVB=0.0176264;RO=51;SAF=24;SAR=35;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104859;STB=0.557619;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0117044;OID=.;OPOS=129899578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:51:51:59:59:0.536364:35:24:27:24:35:24:27:24 chr10 129899778 . G C 331.09 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0689001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5818;QD=21.3606;RBI=0.0759511;REFB=-0.0348866;REVB=-0.0319584;RO=27;SAF=23;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16628;STB=0.585488;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0263046;OID=.;OPOS=129899778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:28:34:34:0.548387:11:23:13:14:11:23:14:14 chr10 129901066 . C A 551.52 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0597709;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8592;QD=24.2428;RBI=0.0667879;REFB=-0.0165818;REVB=0.0298004;RO=40;SAF=30;SAR=21;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170585;STB=0.593512;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0180185;OID=.;OPOS=129901066;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:51:51:0.56044:21:30:15:25:21:30:15:25 chr10 129901393 . T C 636.64 PASS AF=0.567568;AO=61;DP=110;FAO=63;FDP=111;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00155204;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.196;QD=22.9419;RBI=0.00609336;REFB=-0.0368646;REVB=0.00589238;RO=49;SAF=17;SAR=44;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666425;STB=0.516081;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0134717;OID=.;OPOS=129901393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:49:48:61:63:0.567568:44:17:17:32:44:19:16:32 chr10 129901722 . G A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0156825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.798;QD=19.3862;RBI=0.0160092;REFB=-0.0201795;REVB=-0.0032173;RO=21;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296371;STB=0.668169;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0284061;OID=.;OPOS=129901722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:6:14:8:13:6:14:8:13 chr10 129901726 . C T 229.2 PASS AF=0.536585;AO=20;DP=39;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00599461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.796;QD=22.3607;RBI=0.041195;REFB=-0.0268582;REVB=0.0407565;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201123;STB=0.624886;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0242043;OID=.;OPOS=129901726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:17:19:20:22:0.536585:8:12:6:11:8:14:7:12 chr10 129901825 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0180986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.437;QD=15.1011;RBI=0.0265813;REFB=-0.0223865;REVB=0.0194681;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138559;STB=0.589667;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.022006;OID=.;OPOS=129901825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:8:16:16:14:8:16:16:15 chr10 129901946 . T G 196.71 PASS AF=0.413793;AO=22;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.000118807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.106;QD=13.5662;RBI=0.000428649;REFB=-0.0258806;REVB=0.000411856;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112816;STB=0.567843;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0426283;OID=.;OPOS=129901946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:34:22:24:0.413793:8:14:17:15:8:16:19:15 chr10 129902158 . C T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.144189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1231;QD=6.81404;RBI=0.14598;REFB=-0.0200626;REVB=0.0227932;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114368;STB=0.569413;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0225409;OID=.;OPOS=129902158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:17:19:7:7:0.269231:5:2:5:12:5:2:7:12 chr10 129902368 . T A 88.17 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0234999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.202;QD=14.1075;RBI=0.0236042;REFB=-0.016071;REVB=-0.00221613;RO=14;SAF=10;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535047;STB=0.824013;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0285952;OID=.;OPOS=129902368;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:1:10:7:7:1:10:7:7 chr10 129903016 . T C 271.93 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00441204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.904;QD=19.4233;RBI=0.017768;REFB=-0.00646502;REVB=0.0172115;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550256;STB=0.538242;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0134066;OID=.;OPOS=129903016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:27:29:29:0.517857:13:16:16:10:13:16:17:10 chr10 129904477 . C T 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0130174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.783;QD=6.2063;RBI=0.0189146;REFB=-0.011483;REVB=-0.0137226;RO=30;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0371656;OID=.;OPOS=129904477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:6:3:10:20:6:3:10:20 chr10 129904917 . G A 377.84 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.020692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.926;QD=19.1309;RBI=0.0206956;REFB=-0.00894344;REVB=0.000388134;RO=37;SAF=23;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347233;STB=0.507688;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.018018;OID=.;OPOS=129904917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:40:38:39:0.493671:15:23:21:16:16:23:23:17 chr10 129906468 . C T 595.6 PASS AF=0.5;AO=60;DP=121;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0255844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.328;QD=19.528;RBI=0.0269424;REFB=-0.0186922;REVB=0.00844577;RO=60;SAF=19;SAR=41;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177349;STB=0.6055;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0133663;OID=.;OPOS=129906468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:60:61:60:61:0.5:41:19:30:30:42:19:31:30 chr10 129907544 . G C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0455311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9232;QD=12.7384;RBI=0.0465819;REFB=-0.00122374;REVB=0.00983839;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3708;STB=0.728476;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000484427;OID=.;OPOS=129907544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:7:1:4:6:7:1:4:6 chr10 129911856 . C G 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0564658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.516;QD=13.9468;RBI=0.0579395;REFB=-0.0123664;REVB=-0.0129843;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133714;STB=0.578217;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0151587;OID=.;OPOS=129911856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:12:5:11:16:12:5:11:16 chr10 129913960 . A T 264.72 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00084726;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.096;QD=12.9132;RBI=0.0166057;REFB=-0.00799946;REVB=-0.0165841;RO=51;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11421;STB=0.565524;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0205441;OID=.;OPOS=129913960;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:51:51:31:31:0.378049:19:12:25:26:19:12:25:26 chr10 131634108 . G GA 60.29 PASS AF=0.439024;AO=15;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0583382;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.1563;QD=5.88225;RBI=0.0929743;REFB=-0.0309361;REVB=-0.0723938;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202117;STB=0.897559;STBP=0;TYPE=ins;VARB=-0.00556635;OID=.;OPOS=131634109;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.439024:15:42:18:41:23:1:17:13:10:60:23:3:12:8:15 chr10 131635547 . T C 274.21 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0105128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.299;QD=24.928;RBI=0.0124929;REFB=-0.0359781;REVB=-0.00674947;RO=19;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142641;STB=0.578887;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0307169;OID=.;OPOS=131635547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:14:11:5:14:14:11:5:14 chr10 131934747 . G C 193.86 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0591012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7065;QD=16.8571;RBI=0.0683287;REFB=-0.00546234;REVB=0.0342909;RO=24;SAF=4;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338911;STB=0.700809;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00723544;OID=.;OPOS=131934747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:26:20:20:0.434783:16:4:12:12:16:4:13:13 chr10 131934763 . C T 202.75 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0551971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.398;QD=16.8958;RBI=0.0558025;REFB=-0.0378519;REVB=0.00819753;RO=27;SAF=3;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458661;STB=0.766623;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0379285;OID=.;OPOS=131934763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:18:3:14:13:18:3:14:13 chr10 131959150 . C T 187.84 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00489045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.828;QD=16.3337;RBI=0.0122493;REFB=-0.0132677;REVB=-0.0112307;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10041;STB=0.557464;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0148974;OID=.;OPOS=131959150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:13:13:12:8:13:13 chr10 131967693 . T A 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0109868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.824;QD=14.1964;RBI=0.0165965;REFB=-0.00778664;REVB=0.0124392;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106098;STB=0.560458;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0109517;OID=.;OPOS=131967693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:12:11:12:20:12:11:12:20 chr10 132303374 . G C 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0111693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.388;QD=12.5788;RBI=0.0147032;REFB=-0.0160071;REVB=-0.00956201;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183377;STB=0.607911;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0232831;OID=.;OPOS=132303374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:11:6:16:15:11:6:16:15 chr10 132891202 . C A 207.99 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00412717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0427;QD=18.0859;RBI=0.0149815;REFB=-0.0454623;REVB=-0.0144018;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284033;STB=0.506323;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0307523;OID=.;OPOS=132891202;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:25:21:21:0.456522:12:9:11:13:12:9:11:14 chr10 133058628 . G A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0371007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.971;QD=16.1191;RBI=0.0497152;REFB=0.00576189;REVB=0.0330928;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179293;STB=0.602678;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0039474;OID=.;OPOS=133058628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:10:3:5:7:10:3 chr10 133607904 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.218;QD=48.7373;RBI=0.0445251;REFB=0;REVB=0.0149349;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531802;OID=.;OPOS=133607904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr10 133607937 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00481219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.473;QD=48.7373;RBI=0.00481456;REFB=0;REVB=-0.000150851;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41176e-05;OID=.;OPOS=133607937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chr10 133607947 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.586;QD=47.8223;RBI=0.0210893;REFB=0;REVB=-0.0115583;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432204;OID=.;OPOS=133607947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr10 133608210 . A G 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.116;QD=57.3841;RBI=0.0208565;REFB=0;REVB=-0.0182191;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48749e-05;OID=.;OPOS=133608210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:39:18:0:0:39:18:0:0 chr10 133608237 . G A 742.67 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0444845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9744;QD=53.0475;RBI=0.0484388;REFB=-0.104126;REVB=0.0191689;RO=1;SAF=17;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269107;STB=0.527767;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00218789;OID=.;OPOS=133608237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:37:17:1:0:37:17:2:0 chr10 133608291 . TT GG 207.32 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592075;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=90.4015;QD=48.7822;RBI=0.0595678;REFB=0;REVB=-0.00654201;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000511159;OID=.;OPOS=133608291;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:8:9:0:0 chr10 133608495 . A T 1029.56 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373658;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6591;QD=59.6846;RBI=0.0639796;REFB=0;REVB=0.0519345;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74794e-05;OID=.;OPOS=133608495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr10 133761285 . G A 385.9 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0313513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7202;QD=15.7512;RBI=0.0314514;REFB=-0.0301061;REVB=0.002508;RO=56;SAF=26;SAR=15;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104963;STB=0.565185;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0384966;OID=.;OPOS=133761285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:56:57:41:41:0.418367:15:26:30:26:15:26:30:27 chr10 133918420 . G A 641.85 PASS AF=0.409091;AO=70;DP=174;FAO=72;FDP=176;FR=.;FRO=104;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=0.0134025;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.002;QD=14.5874;RBI=0.0146824;REFB=-0.0153875;REVB=0.00599555;RO=104;SAF=25;SAR=45;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14659;STB=0.588249;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0237213;OID=.;OPOS=133918420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:104:104:70:72:0.409091:45:25:51:53:47:25:51:53 chr10 133948634 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.936;QD=62.3503;RBI=0.0164344;REFB=0;REVB=0.0162487;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34094e-05;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr10 133954011 . C T 642.86 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.00447177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.655;QD=17.7342;RBI=0.00449905;REFB=-0.0102494;REVB=-0.000494685;RO=77;SAF=35;SAR=31;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401433;STB=0.52155;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0108015;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:77:79:66:66:0.455172:31:35:44:33:31:35:45:34 chr10 133955427 . A G 355.32 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.017005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.637;QD=16.3367;RBI=0.0218797;REFB=-0.0137835;REVB=0.0137677;RO=48;SAF=20;SAR=17;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144362;STB=0.592034;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0247801;OID=.;OPOS=133955427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:49:37:38:0.436782:17:20:19:29:17:21:19:30 chr10 133961494 . C T 283.69 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0381181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.528;QD=19.9077;RBI=0.0430335;REFB=-0.0217648;REVB=0.0199723;RO=26;SAF=8;SAR=22;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219322;STB=0.633413;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0136265;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:22:8:13:13:22:8:14:13 chr10 133963466 . A G 2670.74 PASS AF=1;AO=168;DP=174;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958721;FXX=0.0338964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9753;QD=62.4733;RBI=0.0203952;REFB=0;REVB=0.0180014;RO=0;SAF=80;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124373;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:174:171:0:0:168:171:1:88:80:0:0:90:81:0:0 chr10 133981682 . G A 771.36 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00393218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.485;QD=61.7086;RBI=0.00667304;REFB=-0.00672424;REVB=-0.00539142;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017757;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=4.36752e-05;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:23:26:1:0:23:26:1:0 chr10 134013990 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.631;QD=40.7626;RBI=0.0650902;REFB=0;REVB=0.00732323;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000952756;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr10 134017294 . GA G,GC,GG 749.4 PASS AF=0,0.0204082,0.979592;AO=6,2,41;DP=49;FAO=0,1,48;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,36;FSAR=0,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193684,-0.0254243,-0.00284604;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=63.0716,47.1307,80.0609;QD=61.1752;RBI=0.0251781,0.0275046,0.0559744;REFB=0,0,0;REVB=0.0160873,0.0104934,0.055902;RO=0;SAF=3,1,33;SAR=3,1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.8059e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,-0.00617861,0.00274873;OID=.,.,.;OPOS=134017295,134017295,134017295;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0204082,0.979592:6,2,41:49:0,1,48:49:0:0,1,36:0,0,12:0:0:4:0:3,1,33:3,1,8:0:0 chr10 134018834 . C T 638.37 PASS AF=0.427711;AO=71;DP=166;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.0141688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.055;QD=15.3823;RBI=0.0142157;REFB=-0.0100186;REVB=0.00115373;RO=95;SAF=30;SAR=41;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128041;STB=0.571554;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0151184;OID=.;OPOS=134018834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:95:95:71:71:0.427711:41:30:52:43:41:30:52:43 chr10 134036193 . A G 182.03 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00355169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4714;QD=16.933;RBI=0.0296763;REFB=0.00767779;REVB=-0.029463;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187431;STB=0.606688;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00683266;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:8:16:9:10:8:16 chr10 134145314 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6039;QD=37.4875;RBI=0.102719;REFB=0;REVB=-0.0453165;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014549;OID=.;OPOS=134145314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr10 134161633 . A G 397.4 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770115;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.96;QD=56.7719;RBI=0.0132094;REFB=0;REVB=0.0107323;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66882e-05;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr10 134218269 . C T 726.33 PASS AF=0.931034;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0571543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.095;QD=50.0917;RBI=0.057172;REFB=-0.157332;REVB=-0.0014234;RO=2;SAF=17;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522596;STB=0.533898;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000933556;OID=.;OPOS=134218269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:58:58:2:4:54:54:0.931034:37:17:2:0:37:17:3:1 chr10 134218296 . C G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0264667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.008;QD=18.8857;RBI=0.0286507;REFB=-0.00291146;REVB=-0.0109714;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233315;STB=0.631318;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0171469;OID=.;OPOS=134218296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:7:1:0:5:7:1:0:5 chr10 134459388 . A G 183.52 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.00711367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7365;QD=11.8397;RBI=0.0531624;REFB=-0.0141438;REVB=-0.0526843;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144525;STB=0.583022;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0231023;OID=.;OPOS=134459388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:10:13:27:12:10:13:27:12 chr10 134598628 . A G 733.48 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189957;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.301;QD=63.7807;RBI=0.0205861;REFB=0;REVB=0.0079342;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956002;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr10 134622408 . T C 520.23 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8495;QD=59.4546;RBI=0.0424046;REFB=0;REVB=0.0125125;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431904;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:28:6:0:0:29:6:0:0 chr10 134623959 . T C 694.16 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196041;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.995;QD=63.1054;RBI=0.0249951;REFB=0;REVB=-0.0155059;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16985e-05;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr10 134624504 . C T 779.45 PASS AF=0.512987;AO=79;DP=155;FAO=79;FDP=154;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0475682;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.243;QD=20.2454;RBI=0.0480045;REFB=-0.022623;REVB=-0.00645749;RO=74;SAF=39;SAR=40;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420723;STB=0.526153;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0214677;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:74:75:79:79:0.512987:40:39:33:41:40:39:33:42 chr10 134738338 . C T 616.47 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.0637627;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9777;QD=18.1314;RBI=0.0638185;REFB=-0.0260023;REVB=-0.00266736;RO=71;SAF=35;SAR=29;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015828;STB=0.504639;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0261851;OID=.;OPOS=134738338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:71:72:64:64:0.470588:29:35:40:31:29:35:40:32 chr10 134777790 . G A 985.47 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=76;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00598781;FXX=0.0129853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.528;QD=51.8667;RBI=0.038384;REFB=-0.124506;REVB=0.0379141;RO=2;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192929;STB=0.529404;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00174064;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:76:76:2:6:70:70:0.921053:48:22:0:2:48:22:0:6 chr10 134884516 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.063;QD=63.5817;RBI=0.035193;REFB=0;REVB=0.0351419;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217706;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:13:34:0:0:13:34:0:0 chr10 134884546 . A G 775.95 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.656;QD=63.3427;RBI=0.0590463;REFB=0;REVB=0.0245826;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307537;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:15:33:0:0:15:34:0:0 chr10 134884595 . G A 1087.42 PASS AF=0.895349;AO=77;DP=86;FAO=77;FDP=86;FR=.;FRO=9;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0306828;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.042;QD=50.5777;RBI=0.0464185;REFB=-0.0965801;REVB=0.0348316;RO=9;SAF=45;SAR=32;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944182;STB=0.550109;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00310157;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:86:9:9:77:77:0.895349:32:45:1:8:32:45:1:8 chr10 134884610 . C G 1477.17 PASS AF=0.962617;AO=102;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00119655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5453;QD=55.2213;RBI=0.0640456;REFB=-0.0630932;REVB=0.0640344;RO=3;SAF=51;SAR=51;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902944;STB=0.509165;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00882889;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:3:4:102:103:0.962617:51:51:1:2:52:51:1:3 chr10 134886618 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.884;QD=45.8068;RBI=0.0203429;REFB=0;REVB=0.0186962;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112639;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr10 134902396 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0791507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.839;QD=44.6893;RBI=0.0899049;REFB=0;REVB=0.0426387;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017195;OID=.;OPOS=134902396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr10 134902398 . C T 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.221;QD=44.6871;RBI=0.0776532;REFB=0;REVB=0.0610888;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127913;OID=.;OPOS=134902398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr10 134942166 . A G 392.36 PASS AF=0.333333;AO=48;DP=144;FAO=48;FDP=144;FR=.;FRO=96;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.0186301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.182;QD=10.8988;RBI=0.0509738;REFB=-0.0130558;REVB=-0.0474473;RO=96;SAF=20;SAR=28;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167932;STB=0.596734;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0199746;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:96:96:48:48:0.333333:28:20:54:42:28:20:54:42 chr10 134997480 . C T 195.57 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0342369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5945;QD=17.7788;RBI=0.0344184;REFB=0.000657593;REVB=0.00352959;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284768;STB=0.53122;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.000780381;OID=.;OPOS=134997480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:24:20:20:0.454545:15:5:5:17:15:5:5:19 chr10 134999602 . G C 725.53 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4135;QD=56.9043;RBI=0.0143092;REFB=0;REVB=0.010006;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01002e-05;OID=.;OPOS=134999602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:30:20:0:0:30:21:0:0 chr10 135000148 . T C 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0346163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.765;QD=22.9154;RBI=0.0480112;REFB=-0.0222733;REVB=-0.0332684;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197751;STB=0.6109;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00896422;OID=.;OPOS=135000148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:0:4:7:2:0:4 chr10 135000159 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0302875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.886;QD=20.8978;RBI=0.0697094;REFB=0.0157169;REVB=-0.0627859;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196883;STB=0.61088;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0152059;OID=.;OPOS=135000159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:7:1:0:4:7:1:0:4 chr10 135012162 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0534389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.834;QD=8.69803;RBI=0.0576068;REFB=-0.00697902;REVB=-0.0215135;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.595941;STB=0.867405;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0083736;OID=.;OPOS=135012162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:10:4:6:1:10:4 chr10 135012652 . T C 272.19 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00602639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.813;QD=24.7441;RBI=0.0276549;REFB=-0.0261187;REVB=-0.0269903;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879069;STB=0.555511;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.015168;OID=.;OPOS=135012652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:14:10:10:9:15:10:10:9 chr10 135015427 . C A 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0728072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.715;QD=14.6553;RBI=0.078826;REFB=-0.00779824;REVB=0.0302101;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.624573;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0108919;OID=.;OPOS=135015427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:3:2:4:2:3:2 chr10 135015788 . GA AG,G 32.14 PASS AF=0,0.225;AO=3,6;DP=43;FAO=0,9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=0,2;FSAR=0,7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0884321,0.0627808;FXX=0.0697512;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=27.8083,14.9254;QD=3.21363;RBI=0.103038,0.0803676;REFB=-0.00404119,-0.0220653;REVB=-0.0528837,-0.0501749;RO=28;SAF=0,2;SAR=3,4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.570294,-0.240096;STB=0.5,0.720688;STBP=1,0.175;TYPE=mnp,del;VARB=0.0450723,0.0611052;OID=.,.;OPOS=135015788,135015789;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:43:40:28:31:3,6:0,9:0,0.225:3,4:0,2:15:13:0,7:0,2:15:16 chr10 135016089 . T C 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=0.0779555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.721;QD=23.0407;RBI=0.0779555;REFB=-0.0135011;REVB=-8.50585e-05;RO=40;SAF=13;SAR=35;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106195;STB=0.558058;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0118561;OID=.;OPOS=135016089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:35:13:7:33:35:13:7:33 chr10 135016175 . T G 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0684468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.541;QD=22.9147;RBI=0.0723826;REFB=-0.0265762;REVB=0.0235433;RO=4;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17833;STB=0.599811;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00473466;OID=.;OPOS=135016175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:8:1:0:4:8:1:0:4 chr10 135032376 . A G 215.8 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00916652;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.663;QD=21.0533;RBI=0.0260611;REFB=-0.0238747;REVB=0.0243958;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173986;STB=0.509795;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0280728;OID=.;OPOS=135032376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:8:13:12:8:8:13:12:8 chr10 135051543 . T C 181.18 PASS AF=0.42;AO=17;DP=47;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0141582;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.628;QD=14.4946;RBI=0.0220186;REFB=-0.0287232;REVB=0.0168631;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712159;STB=0.503813;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0334468;OID=.;OPOS=135051543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:25:29:17:21:0.42:7:10:13:12:10:11:15:14 chr10 135051562 . A G 798.01 PASS AF=1;AO=49;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2182;QD=56.0007;RBI=0.0754306;REFB=0;REVB=0.0746992;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345968;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:49:57:1:28:21:0:0:36:21:0:0 chr10 135053604 . G A 99.98 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.000689724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.737;QD=15.3809;RBI=0.0100561;REFB=-0.016784;REVB=0.0100324;RO=14;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485423;STB=0.785196;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0111468;OID=.;OPOS=135053604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:2:10:5:9:2:10:5:9 chr10 135053710 . C A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0180214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.484;QD=24.0656;RBI=0.0344092;REFB=-0.0258176;REVB=0.0293124;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432421;STB=0.524241;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0243612;OID=.;OPOS=135053710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:5:5:7:9:5:5 chr10 135053721 . C A 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0208244;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.623;QD=14.1713;RBI=0.0301719;REFB=-0.0094712;REVB=0.0218332;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171427;STB=0.642579;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00740834;OID=.;OPOS=135053721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:12:10:10:0.454545:4:6:4:6:4:6:4:8 chr10 135053764 . GGCCCCG GCCCG,GGCCC,GGCCCG 122.29 PASS AF=0,0.933333,0;AO=4,3,2;DP=16;FAO=0,14,0;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3,0;FSAR=0,11,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.116183,0.0918686,0.100535;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,2,1;MLLD=9.92178,19.4257,8.90626;QD=32.6098;RBI=0.161267,0.156059,0.397434;REFB=0.162811,-0.0827211,-0.110814;REVB=-0.111842,0.126153,0.384508;RO=4;SAF=0,1,2;SAR=4,2,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0.441379,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.413613,0.767801;STB=0.5,0.521709,0.5;STBP=1,0.653,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.030804,0.0750739;OID=.,.,.;OPOS=135053765,135053769,135053766;OREF=GC,CG,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GCCCG,GGCCC,GGCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.933333,0:4,3,2:16:0,14,0:15:1:0,3,0:0,11,0:0:1:4:4:0,1,2:4,2,0:0:4 chr10 135061112 . C T 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0573669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.675;QD=18.0496;RBI=0.0593333;REFB=-0.00184993;REVB=0.0151485;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193381;STB=0.6109;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000602466;OID=.;OPOS=135061112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:6:2:5:5:6:2 chr10 135076596 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00059223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.929;QD=17.8402;RBI=0.0197975;REFB=-0.0119843;REVB=0.0197887;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245508;STB=0.639808;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0198213;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:4:10:6:8:4:10 chr10 135076712 . AG A,GA 95.61 PASS AF=0.608696,0.0434783;AO=11,3;DP=22;FAO=14,1;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=2,0;FSAR=12,1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0137492,0.00932886;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=13.6836,124.195;QD=16.6277;RBI=0.113217,0.0201934;REFB=-0.185243,0.00954511;REVB=-0.112379,-0.0179094;RO=7;SAF=1,0;SAR=10,3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.299652,0;SSSB=-0.28385,-0.618996;STB=0.571317,0.984745;STBP=0.571,0.54;TYPE=del,mnp;VARB=0.136993,-0.112655;OID=.,.;OPOS=135076713,135076712;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:23:7:8:11,3:14,1:0.608696,0.0434783:10,3:1,0:2:5:12,1:2,0:2:6 chr10 135082346 . A G 151.82 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00509375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3685;QD=8.67552;RBI=0.0424947;REFB=-0.0175152;REVB=-0.0421883;RO=47;SAF=12;SAR=9;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0496608;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:49:21:21:0.3:9:12:27:20:9:12:28:21 chr10 135084232 . C CAGA 626.0 PASS AF=0.396648;AO=69;DP=180;FAO=71;FDP=179;FR=.;FRO=108;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=-0.0264197;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=3;MLLD=231.011;QD=13.9888;RBI=0.032575;REFB=-0.020879;REVB=0.019056;RO=109;SAF=29;SAR=40;SRF=62;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160592;STB=0.59422;STBP=0.052;TYPE=ins;VARB=0.0337142;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396648:69:180:71:179:108:29:42:61:47:99:109:29:40:62:47 chr10 135084322 . A G 634.41 PASS AF=0.467626;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0842642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0025;QD=18.2565;RBI=0.0914342;REFB=0.00707537;REVB=-0.0354931;RO=72;SAF=14;SAR=51;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277865;STB=0.657658;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0119124;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:72:74:65:65:0.467626:51:14:33:39:51:14:34:40 chr10 135085321 . C T 297.03 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00965811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.639;QD=36.0038;RBI=0.0102288;REFB=-0.0442073;REVB=0.00336896;RO=8;SAF=14;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269443;STB=0.514694;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0121577;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:11:14:4:4:11:14:4:4 chr10 135085426 . A G 436.65 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=53;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00234169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.483;QD=32.3445;RBI=0.00295751;REFB=-0.044436;REVB=0.00180648;RO=14;SAF=22;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00363786;STB=0.508666;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0114593;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:14:15:39:39:0.722222:17:22:8:6:17:22:8:7 chr10 135085754 . G A 630.72 PASS AF=0.52;AO=62;DP=127;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=-0.00262538;FXX=0.0234357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.352;QD=20.1831;RBI=0.00904951;REFB=-0.0143626;REVB=0.00866031;RO=58;SAF=19;SAR=43;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138731;STB=0.504444;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0110389;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:58:60:62:65:0.52:43:19:17:41:46:19:18:42 chr10 135087521 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00729042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.294;QD=13.4865;RBI=0.0127581;REFB=-0.0376678;REVB=-0.0104699;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202897;STB=0.620415;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.034563;OID=.;OPOS=135087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:5:6:3:6:5:6 chr10 135089035 . A G 406.21 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0158505;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8746;QD=14.0071;RBI=0.0159089;REFB=-0.0217608;REVB=-0.0013618;RO=66;SAF=22;SAR=25;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141127;STB=0.519932;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0332629;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:66:69:47:47:0.405172:25:22:30:36:25:22:30:39 chr10 135095848 . TAG GTA,TA 36.42 PASS AF=0.0212766,0.170213;AO=2,16;DP=48;FAO=1,8;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=1,1;FSAR=0,7;FSRF=4;FSRR=34;FWDB=0.145006,-0.0727479;FXX=0.020829;HRUN=1,7;LEN=3,1;MLLD=184.327,9.5439;QD=3.0992;RBI=0.145899,0.121309;REFB=-0.00205635,-0.10921;REVB=-0.0161138,-0.0970757;RO=28;SAF=2,0;SAR=0,16;SRF=4;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.699991,-0.759028;STB=0.997437,0.539381;STBP=0.046,0.894;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0541913,0.104536;OID=.,.;OPOS=135095848,135095850;OREF=TAG,G;OALT=GTA,-;OMAPALT=GTA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:48:47:28:38:2,16:1,8:0.0212766,0.170213:0,16:2,0:4:24:0,7:1,1:4:34 chr10 135097434 . A G 156.05 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0251606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.708;QD=15.2244;RBI=0.0333923;REFB=-0.0151163;REVB=-0.0219543;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206074;STB=0.613508;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0367999;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:22:24:17:17:0.414634:9:8:15:7:9:8:16:8 chr10 135098672 . G A 211.87 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0225611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.754;QD=16.6172;RBI=0.0441291;REFB=-0.0183448;REVB=0.0379259;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978278;STB=0.555507;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0301731;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:13:10:15:13:13:10:15:13 chr10 135098798 . G A 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.000762369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.459;QD=14.0958;RBI=0.0222385;REFB=-0.00351751;REVB=0.0222254;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248152;STB=0.642659;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00807009;OID=.;OPOS=135098798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:14:4:6:7:14:4 chr10 135098830 . T C 138.8 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.022966;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.894;QD=18.5063;RBI=0.0250288;REFB=-0.0124052;REVB=0.00995023;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211642;STB=0.608563;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00755112;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:15:15:15:0.5:6:9:13:3:6:9:12:3 chr10 135098845 . C T 149.11 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.00340804;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.746;QD=16.1202;RBI=0.0134027;REFB=0.00737693;REVB=0.0129621;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938147;STB=0.588137;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0146477;OID=.;OPOS=135098845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:17:21:16:16:0.432432:4:12:14:3:4:12:18:3 chr10 135112940 . C T 253.81 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0107629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.169;QD=21.6012;RBI=0.0152716;REFB=-0.0236158;REVB=0.0108342;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204803;STB=0.614877;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.028958;OID=.;OPOS=135112940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:9:15:9:14:9:15:9:14 chr10 135165790 . A G 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.774;QD=57.1727;RBI=0.0397812;REFB=0;REVB=-0.0199846;RO=0;SAF=42;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41016e-05;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:9:42:0:0:9:42:0:0 chr10 135180430 . A G 1472.2 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.341;QD=63.3202;RBI=0.0152753;REFB=0;REVB=-0.00480387;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93218e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr10 135184126 . G A 1356.5 PASS AF=0.947368;AO=90;DP=95;FAO=90;FDP=95;FR=.;FRO=5;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.021221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.639;QD=57.1157;RBI=0.0507452;REFB=-0.101232;REVB=0.046095;RO=1;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126372;STB=0.520974;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00115195;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:95:95:1:5:90:90:0.947368:37:53:0:1:37:53:1:4 chr10 135186806 . A G 289.19 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7494;QD=52.5807;RBI=0.0292969;REFB=0;REVB=0.00702395;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420939;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr10 135204950 . C G 881.24 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.246;QD=55.0773;RBI=0.0321126;REFB=-0.228488;REVB=-6.52061e-05;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149869;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00163108;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:64:64:1:1:62:63:0.984375:31:31:1:0:32:31:1:0 chr10 135205009 . C G 1496.49 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472559;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.113;QD=63.6803;RBI=0.0473824;REFB=0;REVB=0.00345897;RO=0;SAF=63;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92278e-05;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:31:63:0:0:31:63:0:0 chr10 135233541 . A G 1346.88 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00596276;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.684;QD=61.2216;RBI=0.0460026;REFB=-0.113689;REVB=0.0456146;RO=0;SAF=58;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00052811;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:86:87:0.988636:28:58:0:0:28:59:1:0 chr10 135269788 . G A 219.17 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0388747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.856;QD=13.9154;RBI=0.0595904;REFB=-0.0327574;REVB=0.0451639;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181801;STB=0.603099;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0542948;OID=.;OPOS=135269788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:25:12:13:13:25:12 chr10 135269866 . G T 105.15 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0229157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0742;QD=16.1767;RBI=0.0258552;REFB=-0.0319812;REVB=-0.0119734;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140406;STB=0.583156;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0612959;OID=.;OPOS=135269866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:26:26:13:13:9:9:0.346154:4:5:9:4:4:5:9:4 chr10 135270837 . TC T 218.69 PASS AF=0.697674;AO=28;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.213999;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.4051;QD=20.3434;RBI=0.234898;REFB=0.084098;REVB=0.0968563;RO=13;SAF=12;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261079;STB=0.515045;STBP=0.793;TYPE=del;VARB=-0.0315483;OID=.;OPOS=135270838;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.697674:28:43:30:43:13:13:17:5:8:50:13:12:16:5:8 chr10 135271789 . C T 1212.68 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.052;QD=60.6342;RBI=0.0258846;REFB=0;REVB=0.025001;RO=1;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160409;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18e-05;OID=.;OPOS=135271789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:1:0:78:80:1:29:49:0:1:31:49:0:0 chr10 135278193 . A G 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.238;QD=58.13;RBI=0.029743;REFB=0;REVB=-0.011867;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11528e-05;OID=.;OPOS=135278193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr10 135278244 . CTGGGGTGTGGGGT CTGGGGT,CTGGGGTGTGGGGA 186.43 PASS AF=0.533333,0.466667;AO=7,7;DP=18;FAO=8,7;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7,6;FSAR=1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199279,-0.0025838;FXX=0.210416;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=120.361,72.4446;QD=49.7139;RBI=0.0864313,0.0104536;REFB=0,0;REVB=0.0864083,0.0101292;RO=0;SAF=5,6;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00420295,0.0646301;OID=.,.;OPOS=135278245,135278257;OREF=TGGGGTG,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTGGGGT,CTGGGGTGTGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.533333,0.466667:7,7:18:8,7:15:0:7,6:1,1:0:0:51:0:5,6:2,1:0:0 chr10 135279810 . T G 725.99 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013286;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.72;QD=63.1291;RBI=0.0347663;REFB=0;REVB=0.0321276;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011632;OID=.;OPOS=135279810;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:22:24:0:0 chr10 135280765 . C T 1013.69 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0208568;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6237;QD=56.3163;RBI=0.0420163;REFB=-0.0531846;REVB=0.0364742;RO=1;SAF=42;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111254;STB=0.511625;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000709265;OID=.;OPOS=135280765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:72:1:2:70:70:0.972222:28:42:1:0:28:42:2:0 chr10 135347397 . T C 834.17 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0294;QD=57.5292;RBI=0.0309267;REFB=0;REVB=-0.00219751;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263593;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr10 135351362 . T C 339.81 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.000501713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.891;QD=29.5483;RBI=0.00535593;REFB=-0.0253249;REVB=-0.00533238;RO=16;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114228;STB=0.573084;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.012886;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:17:29:29:0.630435:16:13:10:6:16:13:11:6 chr10 135368163 . A G 120.6 PASS AF=0.411765;AO=11;DP=31;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00865047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.575;QD=14.1879;RBI=0.0148317;REFB=0.0125216;REVB=0.0120477;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.512802;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0134404;OID=.;OPOS=135368163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:19:20:11:14:0.411765:7:4:9:10:8:6:9:11 chr10 135368590 . T C 427.87 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00250465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.448;QD=19.4487;RBI=0.00562604;REFB=-0.0183288;REVB=-0.00503776;RO=45;SAF=23;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423705;STB=0.523546;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0178709;OID=.;OPOS=135368590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:20:23:22:23:20:23:22:23 chr10 135369532 . T C 171.54 PASS AF=0.381818;AO=22;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0302769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6654;QD=12.4758;RBI=0.0480707;REFB=0.00699356;REVB=-0.0373376;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222312;STB=0.610329;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.016037;OID=.;OPOS=135369532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:22:21:0.381818:14:8:19:14:13:8:19:15 chr10 135370343 . G A 233.6 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.077163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2891;QD=15.0709;RBI=0.0782827;REFB=-0.036072;REVB=-0.0131933;RO=35;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118557;STB=0.567316;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0457105;OID=.;OPOS=135370343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:10:17:18:17:10:17:18:17 chr10 135370633 . C T 63.56 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0858716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0732;QD=9.07981;RBI=0.0869102;REFB=-0.0135449;REVB=-0.013396;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165991;STB=0.5998;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0397303;OID=.;OPOS=135370633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:4:15:6:3:4:15 chr10 135370639 . C A 54.98 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0314793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0819;QD=9.56169;RBI=0.0336067;REFB=-0.021424;REVB=-0.011767;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129171;STB=0.578129;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0413208;OID=.;OPOS=135370639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:4:11:5:3:4:11 chr10 135372870 . C G 235.81 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0130241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.25;QD=19.2501;RBI=0.0213476;REFB=-0.0161908;REVB=-0.0169142;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328143;STB=0.506324;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0173185;OID=.;OPOS=135372870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:13:10:10:15:13:10:11:15 chr10 135373591 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0254081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.857;QD=15.8821;RBI=0.0278329;REFB=-0.00292484;REVB=0.011362;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00757897;OID=.;OPOS=135373591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:6:4:5:5:6:4 chr10 135381425 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0203132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.451;QD=11.2551;RBI=0.0916502;REFB=-0.0158849;REVB=-0.0893708;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192383;STB=0.617332;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0150036;OID=.;OPOS=135381425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:5:7:6:2:5:7 chr10 135381443 . C T 65.12 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0370024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3453;QD=10.8538;RBI=0.0471943;REFB=-0.00410818;REVB=0.0292938;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268092;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382758;OID=.;OPOS=135381443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:6:3:5:9:6:3:5:10 chr10 135381623 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0141409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.668;QD=18.2511;RBI=0.095773;REFB=-0.0224272;REVB=-0.0947233;RO=15;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227272;STB=0.631385;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0285867;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:3:12:9:6:3:12:9:6 chr10 135381766 . C T 172.9 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.00233818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.935;QD=21.6127;RBI=0.0171276;REFB=-0.00344385;REVB=0.0169673;RO=14;SAF=3;SAR=15;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150322;STB=0.583252;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0031577;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:15:3:1:13:15:3:1:13 chr10 135381927 . T G 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00295391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.745;QD=15.6986;RBI=0.0767013;REFB=-0.0130315;REVB=-0.0766444;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288517;STB=0.666444;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00937441;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:5:10:7:12:5:10:7:12 chr10 135438888 . C T 206.84 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3941;QD=48.6678;RBI=0.0521949;REFB=0;REVB=0.0414388;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232852;OID=.;OPOS=135438888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr10 135438929 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00864342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.637;QD=48.7373;RBI=0.0216744;REFB=0;REVB=0.0198764;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46607e-05;OID=.;OPOS=135438929;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr10 135438951 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.915;QD=47.8224;RBI=0.0334776;REFB=0;REVB=0.0254396;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272653;OID=.;OPOS=135438951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr10 135438955 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.614;QD=47.8224;RBI=0.0434605;REFB=0;REVB=0.0207811;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287515;OID=.;OPOS=135438955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr10 135438967 . C T 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.107487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.685;QD=41.868;RBI=0.110851;REFB=-0.0149459;REVB=0.0271013;RO=1;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129286;STB=0.571326;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.000704027;OID=.;OPOS=135438967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:12:3:1:0:12:3:1:0 chr10 135438977 . G A 168.84 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.244;QD=45.0229;RBI=0.050276;REFB=0;REVB=0.042035;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111301;OID=.;OPOS=135438977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:12:2:0:0:12:3:0:0 chr10 135440203 . A T 544.72 PASS AF=0.846154;AO=44;DP=52;FAO=44;FDP=52;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00858217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.132;QD=41.9017;RBI=0.0236973;REFB=0.0341586;REVB=0.0220887;RO=8;SAF=26;SAR=18;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268395;STB=0.514382;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00537177;OID=.;OPOS=135440203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:8:8:44:44:0.846154:18:26:4:4:18:26:4:4 chr11 193722 . A G 123.88 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0135859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.836;QD=12.0854;RBI=0.0215013;REFB=-0.0332514;REVB=-0.0166652;RO=24;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303149;STB=0.637486;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0616912;OID=.;OPOS=193722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:26:14:15:0.365854:3:11:13:11:4:11:14:12 chr11 193863 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.377;QD=60.0308;RBI=0.0165905;REFB=0;REVB=0.013091;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06235e-05;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr11 193865 . T G 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0198545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.863;QD=15.2188;RBI=0.0218047;REFB=-0.0108937;REVB=-0.00901341;RO=41;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199999;STB=0.613496;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0129432;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:10:21:20:21:10:21:20:21 chr11 197337 . G A 770.29 PASS AF=0.892308;AO=55;DP=66;FAO=58;FDP=65;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00491801;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.479;QD=47.4027;RBI=0.016546;REFB=0.0117477;REVB=0.0157982;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533466;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00104473;OID=.;OPOS=197337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:66:65:0:7:55:58:0.892308:30:25:0:0:32:26:1:6 chr11 223796 . A G 473.0 PASS AF=0.918919;AO=32;DP=35;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.152288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.153;QD=51.1349;RBI=0.152443;REFB=-0.0912251;REVB=-0.00687266;RO=3;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595296;STB=0.530595;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00762521;OID=.;OPOS=223796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:37:3:3:32:34:0.918919:22:10:0:3:23:11:0:3 chr11 223823 . G A 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.36;QD=44.6062;RBI=0.0173978;REFB=-0.0859742;REVB=-0.0173978;RO=2;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00931182;OID=.;OPOS=223823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:21:0:0:2:21:0:0:2 chr11 223832 . C A 219.27 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9324;QD=39.8678;RBI=0.00715273;REFB=-0.0120963;REVB=-0.00715273;RO=3;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185194;OID=.;OPOS=223832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:19:0:0:3:19:0:0:3 chr11 237087 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.849;QD=62.908;RBI=0.0267259;REFB=0;REVB=-0.018308;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82116e-06;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr11 244106 . A G 262.08 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7679;QD=49.9193;RBI=0.0342217;REFB=0;REVB=0.0113628;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951195;OID=.;OPOS=244106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:11:10:0:0 chr11 244108 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.709;QD=51.9167;RBI=0.0298531;REFB=0;REVB=0.0296256;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109877;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr11 244115 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.247;QD=51.1842;RBI=0.0349331;REFB=0;REVB=0.0348946;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370506;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr11 244129 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.843;QD=52.6129;RBI=0.0615486;REFB=0;REVB=-0.0159266;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000708739;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr11 244141 . G A 246.18 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000301509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.224;QD=46.8912;RBI=0.0093624;REFB=-0.0538001;REVB=-0.00935754;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00607276;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:0:1:11:9:0:1 chr11 244167 . C T 182.66 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0214006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.8297;QD=42.9778;RBI=0.0232706;REFB=0.0149895;REVB=0.00913979;RO=1;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397692;STB=0.521712;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.000902118;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:11:5:0:1:11:5:0:1 chr11 244171 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.079;QD=48.7373;RBI=0.064205;REFB=0;REVB=0.0158697;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309265;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr11 244197 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.48;QD=40.763;RBI=0.0327404;REFB=0;REVB=0.0316144;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159892;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr11 244414 . C T 727.56 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7068;QD=63.2659;RBI=0.0658467;REFB=0;REVB=-0.047119;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.4831e-06;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr11 244490 . ATACCTTTTAGTACCTTTTAGA ATACCTTTTAG,ATACCTTTTAGA 406.52 PASS AF=0,1;AO=4,24;DP=29;FAO=0,29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729092,0.00303188;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=11,10;MLLD=190.045,309.242;QD=56.0722;RBI=0.0112849,0.0280604;REFB=0,0;REVB=0.00861346,0.0278961;RO=0;SAF=0,11;SAR=4,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,5.83377e-05;OID=.,.;OPOS=244501,244491;OREF=TACCTTTTAGA,TACCTTTTAG;OALT=-,-;OMAPALT=ATACCTTTTAG,ATACCTTTTAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,24:29:0,29:29:0:0,12:0,17:0:0:4:0:0,11:4,13:0:0 chr11 284257 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0035223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.429;QD=12.3946;RBI=0.00700966;REFB=-0.0147661;REVB=-0.00606043;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481776;STB=0.528262;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0290811;OID=.;OPOS=284257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:10:4:6:18:10:4:6:18 chr11 290816 . A G 122.41 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0253115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.249;QD=8.44227;RBI=0.0320332;REFB=-0.0150363;REVB=-0.0196329;RO=40;SAF=12;SAR=5;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196636;STB=0.628663;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.023071;OID=.;OPOS=290816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:41:17:17:0.293103:5:12:22:18:5:12:22:19 chr11 290891 . T C 247.23 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0249295;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4185;QD=17.9804;RBI=0.0508889;REFB=-0.0369361;REVB=-0.0443644;RO=28;SAF=20;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179251;STB=0.601186;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0175449;OID=.;OPOS=290891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:28:27:27:0.490909:7:20:16:12:7:20:16:12 chr11 290918 . G A 258.56 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00749642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.914;QD=16.4167;RBI=0.00879447;REFB=-0.0187665;REVB=-0.00459853;RO=34;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691128;STB=0.53898;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0286764;OID=.;OPOS=290918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:10:19:20:14:10:19:20:14 chr11 294119 . C T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0307669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.276;QD=12.9421;RBI=0.0320025;REFB=-0.0158436;REVB=-0.00880672;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745361;STB=0.526281;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.033533;OID=.;OPOS=294119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:6:9:16:8:6:9:16:9 chr11 294375 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0361688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.957;QD=14.0978;RBI=0.0380623;REFB=-0.000473564;REVB=-0.0118556;RO=18;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421697;STB=0.751109;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000425964;OID=.;OPOS=294375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:11:2:9:9:11:2:9:9 chr11 299411 . C G 191.66 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0541186;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.209;QD=15.3327;RBI=0.0553209;REFB=-0.0215437;REVB=-0.0114705;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241459;STB=0.509794;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0344571;OID=.;OPOS=299411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:29:19:19:0.38:14:5:1:15:14:5:8:21 chr11 308290 . T C 297.37 PASS AF=1;AO=17;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128642;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3944;QD=54.067;RBI=0.00824066;REFB=0;REVB=0.00813963;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164626;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:22:0:0:17:22:1:9:8:0:0:14:8:0:0 chr11 308314 . T C 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.911;QD=49.5908;RBI=0.0163805;REFB=0;REVB=0.0146432;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112074;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr11 308363 . G C 175.49 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.21061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.121;QD=46.7976;RBI=0.210611;REFB=0;REVB=0.000675523;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00187252;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr11 308426 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0092639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3111;QD=33.4271;RBI=0.017919;REFB=0;REVB=0.0153386;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619279;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 309127 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.714;QD=59.0187;RBI=0.0223253;REFB=0;REVB=0.0101297;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122675;OID=.;OPOS=309127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr11 314207 . C G 633.42 PASS AF=1;AO=31;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323925;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2786;QD=61.7968;RBI=0.10942;REFB=0;REVB=0.104515;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208823;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:41:0:0:31:41:1:8:23:0:0:17:24:0:0 chr11 372156 . G GT 111.68 PASS AF=0.535714;AO=6;DP=37;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.118638;FXX=0.243178;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.192;QD=15.9543;RBI=0.121295;REFB=-0.108113;REVB=0.0252493;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313816;STB=0.599885;STBP=0.473;TYPE=ins;VARB=0.105998;OID=.;OPOS=372157;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714:6:37:15:28:13:12:3:12:1:97:31:5:1:19:12 chr11 372157 . C T 183.99 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=1;FWDB=0.0265298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.302;QD=18.8708;RBI=0.0406342;REFB=-0.0238265;REVB=0.0307784;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=20;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538655;STB=0.773957;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0208929;OID=.;OPOS=372157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:20:18:19:0.487179:12:6:20:1:12:7:19:1 chr11 372700 . G C 63.03 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0309865;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=210.525;QD=8.40339;RBI=0.0314707;REFB=-0.013765;REVB=0.00549942;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110878;STB=0.578785;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0269758;OID=.;OPOS=372700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:20:21:9:9:0.3:6:3:5:15:6:3:5:16 chr11 379598 . A G 199.26 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0167501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.072;QD=19.926;RBI=0.0169072;REFB=-0.0288247;REVB=0.00229973;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234192;STB=0.63284;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0210378;OID=.;OPOS=379598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:14:6:11:9:14:6:11:9 chr11 400040 . A G 355.12 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0411798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.108;QD=18.9397;RBI=0.0420944;REFB=-9.97274e-05;REVB=0.00872735;RO=37;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731467;STB=0.546613;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.000116557;OID=.;OPOS=400040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:37:37:0.493333:18:19:22:15:18:19:23:15 chr11 400109 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.953;QD=54.5173;RBI=0.0591498;REFB=0;REVB=-0.0185758;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284343;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:22:3:0:0:22:3:0:0 chr11 403980 . G A 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.010545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.945;QD=22.8668;RBI=0.0180911;REFB=-0.00793238;REVB=-0.0147001;RO=28;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177891;STB=0.597631;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00619795;OID=.;OPOS=403980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:19:18:20:8:19:18:20:8 chr11 404317 . C T 76.43 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.062682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5821;QD=12.2281;RBI=0.156895;REFB=-0.0153403;REVB=0.143829;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920876;STB=0.51996;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.035417;OID=.;OPOS=404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:15:15:9:10:0.4:5:4:8:7:5:5:8:7 chr11 404468 . G A 212.38 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0260127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.0628;QD=16.337;RBI=0.0330666;REFB=-0.0460212;REVB=-0.0204143;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22758;STB=0.601827;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0739314;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:25:28:23:24:0.461538:9:14:9:16:10:14:11:17 chr11 406043 . G A 1635.2 PASS AF=0.990991;AO=100;DP=103;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.215;QD=58.9261;RBI=0.0231485;REFB=-0.0348226;REVB=-2.6883e-06;RO=1;SAF=43;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109042;STB=0.505154;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=3.33485e-05;OID=.;OPOS=406043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:111:1:1:100:110:0.990991:57:43:1:0:62:48:1:0 chr11 428385 . A G 322.25 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1192;QD=53.7086;RBI=0.0220102;REFB=0;REVB=-0.0202928;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00058095;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 428489 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.509;QD=47.8218;RBI=0.0402444;REFB=0;REVB=0.0336449;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455295;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr11 429659 . C T 324.89 PASS AF=0.64;AO=29;DP=48;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00152362;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2427;QD=25.9911;RBI=0.0333731;REFB=-0.0130887;REVB=0.0333383;RO=14;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522956;STB=0.566968;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.016449;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:14:18:29:32:0.64:17:12:7:7:20:12:10:8 chr11 431757 . C T 280.02 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0106223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.875;QD=12.4455;RBI=0.0229302;REFB=-0.00684546;REVB=0.0203214;RO=56;SAF=10;SAR=23;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151038;STB=0.58266;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0124082;OID=.;OPOS=431757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:57:33:33:0.366667:23:10:24:32:23:10:24:33 chr11 431834 . A G 294.22 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0867071;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.705;QD=53.4951;RBI=0.0880368;REFB=0;REVB=0.0152429;RO=0;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000568933;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:20:1:0:0:21:1:0:0 chr11 433387 . A G 911.76 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00866863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.109;QD=55.2583;RBI=0.0130779;REFB=0.00933876;REVB=0.00979215;RO=2;SAF=25;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656076;STB=0.503475;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.000384085;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:39:25:1:1:39:25:1:1 chr11 494942 . G C 88.82 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0279655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7346;QD=15.4477;RBI=0.0465161;REFB=0.000207202;REVB=0.037171;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190272;STB=0.60957;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00262845;OID=.;OPOS=494942;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:9:3:5:6:9:3 chr11 499059 . C T 547.02 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0315704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.67;QD=20.2599;RBI=0.0602029;REFB=-0.0190368;REVB=0.0512611;RO=51;SAF=20;SAR=36;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00396538;STB=0.505778;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0218444;OID=.;OPOS=499059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:52:56:56:0.518519:36:20:18:33:36:20:18:34 chr11 499547 . A C 269.67 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00246447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.821;QD=16.8544;RBI=0.0195754;REFB=-0.00460557;REVB=-0.0194197;RO=32;SAF=10;SAR=20;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297432;STB=0.680293;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00845668;OID=.;OPOS=499547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:34:30:30:0.46875:20:10:21:11:20:10:23:11 chr11 499583 . G A 257.09 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00241494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.185;QD=16.0679;RBI=0.00673526;REFB=-0.0114441;REVB=-0.00628743;RO=35;SAF=8;SAR=21;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32679;STB=0.684907;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0447739;OID=.;OPOS=499583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:21:8:21:14:21:8:21:14 chr11 534242 . A G 320.8 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.025238;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.788;QD=21.3864;RBI=0.0275528;REFB=0.021148;REVB=-0.0110546;RO=26;SAF=7;SAR=26;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247758;STB=0.6499;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.011958;OID=.;OPOS=534242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:26:7:12:14:26:7:13:14 chr11 549959 . C T 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.508;QD=62.3371;RBI=0.0249893;REFB=0;REVB=0.0235003;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104545;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr11 551235 . G A 558.06 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00189668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.577;QD=23.0126;RBI=0.0111779;REFB=-0.0095029;REVB=0.0110158;RO=45;SAF=26;SAR=26;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00936881;STB=0.505153;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.01202;OID=.;OPOS=551235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:26:26:22:23:26:26:22:23 chr11 551753 . G A 534.75 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00567919;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.744;QD=17.1119;RBI=0.00998286;REFB=-0.00118385;REVB=0.00821001;RO=67;SAF=28;SAR=29;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422575;STB=0.527253;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00131302;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:68:57:57:0.456:29:28:30:37:29:28:30:38 chr11 552590 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0211033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.764;QD=9.44486;RBI=0.0502261;REFB=-0.0115997;REVB=-0.0455775;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170271;OID=.;OPOS=552590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:5:5:3:3:5:5 chr11 554047 . G A 226.65 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0255664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.919;QD=13.5313;RBI=0.0256882;REFB=-0.0107228;REVB=-0.00249837;RO=40;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719517;STB=0.541119;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0217761;OID=.;OPOS=554047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:11:16:21:19:11:16:21:19 chr11 554166 . C G 984.45 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8898;QD=58.7733;RBI=0.0591862;REFB=0;REVB=-0.00520152;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021117;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:36:27:0:0:36:31:0:0 chr11 554214 . G C 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0936798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9738;QD=57.5425;RBI=0.0948542;REFB=0;REVB=-0.0148799;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627446;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr11 556521 . C G 605.7 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.744;QD=60.5701;RBI=0.0327174;REFB=0;REVB=-0.0125376;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389703;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr11 556857 . G C 801.8 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.969;QD=57.2713;RBI=0.0747207;REFB=0;REVB=0.0364929;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323355;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:34:21:0:0:34:22:0:0 chr11 557989 . C T 510.17 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0285152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9398;QD=18.3843;RBI=0.0291372;REFB=-0.0208285;REVB=0.00598832;RO=55;SAF=37;SAR=17;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188699;STB=0.597379;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0271989;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:57:54:54:0.486486:17:37:27:28:17:37:29:28 chr11 558165 . T G 129.02 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.005007;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.488;QD=23.459;RBI=0.0183584;REFB=-0.019686;REVB=-0.0176624;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276816;STB=0.66637;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0217604;OID=.;OPOS=558165;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:23:22:8:8:11:12:0.545455:3:8:3:5:3:9:3:5 chr11 558884 . C T 128.1 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.89;QD=42.6984;RBI=0.12468;REFB=0;REVB=-0.0117149;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00411257;OID=.;OPOS=558884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:1:0:10:12:1:5:5:1:0:5:7:0:0 chr11 559016 . C T 160.25 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00382384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2892;QD=45.7866;RBI=0.0602054;REFB=0;REVB=0.0600838;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130831;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr11 562351 . GC G 37.01 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0446561;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0144;QD=4.62581;RBI=0.0474318;REFB=-0.103946;REVB=-0.0159878;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207796;STB=0.538384;STBP=0.819;TYPE=del;VARB=0.165078;OID=.;OPOS=562352;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:10:32:10:32:22:6:4:12:10:37:21:7:3:11:10 chr11 562437 . G A 298.82 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00255471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.564;QD=18.6759;RBI=0.00376527;REFB=-0.0486583;REVB=-0.002766;RO=28;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782058;STB=0.579949;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0381585;OID=.;OPOS=562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:32:32:32:0.5:20:12:13:15:20:12:17:15 chr11 587425 . C A 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0144389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.52;QD=16.8738;RBI=0.0144454;REFB=-0.0110409;REVB=-0.000435574;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658443;STB=0.537574;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0130967;OID=.;OPOS=587425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:10:16:11:9:10:16 chr11 607175 . G A 103.55 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0815679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4632;QD=14.2832;RBI=0.0817724;REFB=-0.00332552;REVB=-0.00577864;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194659;STB=0.613455;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00363176;OID=.;OPOS=607175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:8:8:9:4:8:8 chr11 609068 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0168717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.309;QD=13.4859;RBI=0.0200436;REFB=-0.0121115;REVB=-0.0108208;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15627;STB=0.620415;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0256667;OID=.;OPOS=609068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:3:6:5:5:3:6:5:6 chr11 609353 . G A 240.45 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0264979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.256;QD=21.3736;RBI=0.0271154;REFB=0.00758051;REVB=0.0057535;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636784;STB=0.535684;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00540219;OID=.;OPOS=609353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:8:14:13:10:8:14 chr11 610277 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.23;QD=57.201;RBI=0.0490657;REFB=0;REVB=-0.0256136;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000797788;OID=.;OPOS=610277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr11 614864 . C T 625.94 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.047798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.466;QD=52.1619;RBI=0.0482235;REFB=-0.127831;REVB=0.0063921;RO=3;SAF=22;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598361;STB=0.550997;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00315063;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:48:48:3:5:43:43:0.895833:21:22:3:0:21:22:5:0 chr11 615010 . GA TT 67.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0917975;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.671;QD=19.4095;RBI=0.0976105;REFB=-0.0505056;REVB=0.0331819;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212395;STB=0.618832;STBP=0.702;TYPE=mnp;VARB=0.0639416;OID=.;OPOS=615010;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:8:1:0:5:8:1:0:5 chr11 616970 . A T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.654;QD=49.5991;RBI=0.0435973;REFB=0;REVB=0.0169325;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298585;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr11 617378 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0729957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.194;QD=15.2588;RBI=0.07385;REFB=-0.0132123;REVB=0.0112002;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308536;STB=0.680376;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.019854;OID=.;OPOS=617378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:5:1:4:3:5:1 chr11 617420 . A G 196.9 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0226958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.888;QD=18.7526;RBI=0.0280311;REFB=-0.0668318;REVB=0.0164513;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314054;STB=0.690313;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0370793;OID=.;OPOS=617420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:22:20:20:0.47619:10:10:17:3:10:10:19:3 chr11 617519 . A G 400.27 PASS AF=0.435644;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00845849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3123;QD=15.8523;RBI=0.0290038;REFB=-0.0215088;REVB=-0.027743;RO=55;SAF=24;SAR=19;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128351;STB=0.523907;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0182467;OID=.;OPOS=617519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:55:57:43:44:0.435644:19:24:30:25:19:25:30:27 chr11 617537 . C T 572.94 PASS AF=0.552083;AO=52;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0112065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6225;QD=23.8725;RBI=0.0206772;REFB=-0.0470309;REVB=0.017377;RO=43;SAF=28;SAR=24;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163359;STB=0.513423;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0289312;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:43:52:53:0.552083:24:28:24:19:25:28:24:19 chr11 617967 . C G 940.81 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0545607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.383;QD=57.0185;RBI=0.0595855;REFB=-0.122125;REVB=0.0239491;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014534;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0030205;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:32:33:0:1:32:33:0:1 chr11 618013 . C T 429.33 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00954445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.239;QD=20.6905;RBI=0.0873075;REFB=-0.046407;REVB=0.0867842;RO=39;SAF=23;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631103;STB=0.540854;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0455469;OID=.;OPOS=618013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:20:23:18:21:20:23:18:22 chr11 618998 . G A 117.8 PASS AF=0.6;AO=10;DP=28;FAO=12;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.127628;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.5043;QD=23.5602;RBI=0.135984;REFB=-0.0675084;REVB=-0.0469343;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296967;STB=0.677105;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0622977;OID=.;OPOS=618998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:28:20:6:5:10:12:0.6:6:4:0:6:3:9:1:4 chr11 621632 . TCG GTC,TCA 183.03 PASS AF=0,0.4;AO=2,22;DP=55;FAO=0,22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=0,7;FSAR=0,15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0792597,-0.00723251;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=33.7228,158.979;QD=13.3112;RBI=0.0971328,0.00868488;REFB=-0.0177234,-0.0228864;REVB=-0.0561489,-0.00480812;RO=29;SAF=2,7;SAR=0,15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.521293,-0.0679929;STB=0.5,0.550412;STBP=1,0.568;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0343626;OID=.,.;OPOS=621632,621634;OREF=TCG,G;OALT=GTC,A;OMAPALT=GTC,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:55:55:29:33:2,22:0,22:0,0.4:0,15:2,7:11:18:0,15:0,7:13:20 chr11 654043 . G A 250.3 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0282964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5718;QD=20.0236;RBI=0.0378651;REFB=0.00840826;REVB=0.025161;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00607167;STB=0.503422;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00623138;OID=.;OPOS=654043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:14:10:11:15:14:10:11:15 chr11 709401 . A G 198.34 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0746607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5578;QD=44.0744;RBI=0.0919034;REFB=0.216741;REVB=-0.0535912;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518497;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0196686;OID=.;OPOS=709401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:13:4:0:0:13:4:0:1 chr11 720197 . C T 253.77 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0646691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3071;QD=21.5974;RBI=0.0648962;REFB=0.000677638;REVB=0.00542404;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161976;STB=0.509083;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.000612084;OID=.;OPOS=720197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:10:13:14:10:10:13 chr11 726178 . G C 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.085;QD=48.7291;RBI=0.0546515;REFB=0;REVB=0.0367885;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75197e-05;OID=.;OPOS=726178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr11 771034 . A G 366.14 PASS AF=0.673077;AO=34;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0629923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8443;QD=28.1648;RBI=0.0675649;REFB=-0.0162546;REVB=-0.0244334;RO=17;SAF=10;SAR=24;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830652;STB=0.535959;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00989086;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:17:34:35:0.673077:24:10:7:10:24:11:7:10 chr11 790762 . G A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.108884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.292;QD=22.5805;RBI=0.113495;REFB=0.00623931;REVB=0.0320216;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463935;STB=0.526272;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0178574;OID=.;OPOS=790762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:4:3:6:6:4:3 chr11 822588 . C T 73.45 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00987093;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.557;QD=8.64144;RBI=0.0165569;REFB=-0.00172828;REVB=0.0132927;RO=25;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360961;STB=0.736329;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00915948;OID=.;OPOS=822588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:34:25:24:10:10:0.294118:2:8:13:12:2:8:12:12 chr11 823809 . C G 190.93 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.14265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.6875;QD=15.9106;RBI=0.15008;REFB=-0.0476657;REVB=-0.0466359;RO=18;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216443;STB=0.538422;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0340906;OID=.;OPOS=823809;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:28:19:20:0.416667:6:13:8:10:6:14:18:10 chr11 829539 . A G 308.3 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0217472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.622;QD=13.4045;RBI=0.0362397;REFB=-0.0279515;REVB=-0.0289893;RO=57;SAF=13;SAR=22;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152061;STB=0.586989;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0405997;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:22:13:29:28:22:13:29:28 chr11 830487 . C T 49.56 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0887558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.013;QD=15.2487;RBI=0.0889213;REFB=-0.0255925;REVB=0.00542269;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258845;STB=0.521675;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0266084;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:6:1:0:5:6:1:1:5 chr11 830670 . G T 258.78 PASS AF=0.6;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0194293;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.926;QD=25.8776;RBI=0.0436126;REFB=-0.0371363;REVB=0.0390457;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204144;STB=0.596408;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0277396;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:16:16:23:24:0.6:16:7:9:7:16:8:9:7 chr11 831122 . C T 120.99 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=-0.00430598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.434;QD=8.20278;RBI=0.039635;REFB=-0.0102376;REVB=0.0394004;RO=42;SAF=8;SAR=9;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374907;STB=0.719084;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0346463;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:9:8:33:9:9:8:33:9 chr11 837582 . G A 304.92 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0448027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2783;QD=15.0578;RBI=0.0450463;REFB=-0.0547434;REVB=-0.00467768;RO=47;SAF=11;SAR=23;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438367;STB=0.524843;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0523113;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:23:11:17:30:23:11:17:30 chr11 840477 . A G 147.66 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0378688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.949;QD=26.8477;RBI=0.0439825;REFB=-0.00935292;REVB=-0.0223698;RO=7;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104535;STB=0.558206;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00555699;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:8:7:2:5:8:7:2:5 chr11 862652 . T C 629.16 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.043489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2362;QD=57.1963;RBI=0.0629456;REFB=-0.00430037;REVB=-0.0455067;RO=2;SAF=28;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158867;STB=0.508471;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.000894796;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:14:28:1:1:14:28:1:1 chr11 870095 . G A 357.5 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=39;FWDB=-0.0141439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.296;QD=16.8235;RBI=0.0144287;REFB=-0.020533;REVB=0.00285233;RO=43;SAF=13;SAR=25;SRF=4;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295436;STB=0.613064;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0222514;OID=.;OPOS=870095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:43:47:38:38:0.447059:25:13:4:39:25:13:8:39 chr11 870446 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.182;QD=64.1539;RBI=0.0723231;REFB=0;REVB=0.0335614;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176961;OID=.;OPOS=870446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr11 900929 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.148;QD=47.8224;RBI=0.0495632;REFB=0;REVB=0.0357704;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532476;OID=.;OPOS=900929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr11 903070 . G C 272.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.852;QD=51.9063;RBI=0.0166024;REFB=0;REVB=0.0160114;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162208;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr11 986800 . C T 101.0 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.030257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1067;QD=16.1606;RBI=0.089142;REFB=0.00483687;REVB=0.0838499;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268212;STB=0.666444;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000534644;OID=.;OPOS=986800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:13:13:11:12:0.48:8:3:1:12:8:4:1:12 chr11 1010649 . CG GT,TG 790.2 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=2,54;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005021,-0.0409618;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=27.6499,76.2046;QD=56.443;RBI=0.0119162,0.0416605;REFB=0,0;REVB=-0.0108067,-0.00759782;RO=0;SAF=1,15;SAR=1,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.179776,-0.00212785;OID=.,.;OPOS=1010649,1010649;OREF=CG,C;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:56:0:0:2,54:1,55:0.0178571,0.982143:1,39:1,15:0:0:0,40:1,15:0:0 chr11 1016054 . C T 37.53 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0077205;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.36;QD=7.14915;RBI=0.0513301;REFB=-0.00839752;REVB=-0.0507462;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433819;STB=0.76127;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0727899;OID=.;OPOS=1016054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:13:2:3:3:13:2 chr11 1016594 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00754237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8338;QD=9.44427;RBI=0.136451;REFB=-0.0166963;REVB=-0.136243;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41225;STB=0.719306;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0417094;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:4:2:7:2:4:2:7:3 chr11 1016604 . ACT GGC 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00498343;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=146.507;QD=10.6346;RBI=0.0965197;REFB=-0.0150783;REVB=-0.096391;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31536;STB=0.689206;STBP=0.236;TYPE=mnp;VARB=0.0285674;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:9:4:5:3:9:4 chr11 1016614 . G T 210.7 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0380016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9712;QD=19.1546;RBI=0.0423837;REFB=0.0185374;REVB=-0.0187685;RO=22;SAF=2;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524047;STB=0.815581;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.027915;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:19:2:11:11:19:2:12:11 chr11 1016618 . G C 236.14 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0209641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.723;QD=19.2764;RBI=0.0211131;REFB=-0.0148232;REVB=0.00250347;RO=26;SAF=3;SAR=20;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392831;STB=0.727036;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0151537;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:20:3:11:15:20:3:11:15 chr11 1016655 . G A 36.5 PASS AF=0.0978261;AO=7;DP=90;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=70;FWDB=-0.00279035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.187;QD=1.58699;RBI=0.0170706;REFB=-0.0069583;REVB=-0.016841;RO=83;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380767;STB=0.836662;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0582862;OID=.;OPOS=1016655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:92:83:83:7:9:0.0978261:4:3:13:70:4:5:13:70 chr11 1016665 . C T 98.73 PASS AF=0.175258;AO=17;DP=98;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=66;FWDB=-0.00607868;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.321;QD=4.07153;RBI=0.0541248;REFB=-0.0229658;REVB=-0.0537824;RO=78;SAF=3;SAR=14;SRF=14;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00650215;STB=0.50209;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.091711;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:98:97:78:80:17:17:0.175258:14:3:14:64:14:3:14:66 chr11 1016724 . A G 52.58 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=83;FWDB=-0.0544346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.954;QD=1.98411;RBI=0.0579447;REFB=-0.0107207;REVB=-0.0198612;RO=93;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122384;STB=0.58848;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0537972;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:106:106:93:94:12:12:0.113208:10:2:11:82:10:2:11:83 chr11 1016776 . C T 324.2 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.00133424;FXX=0.126422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.019;QD=17.0632;RBI=0.0168875;REFB=-0.0274587;REVB=-0.0168347;RO=42;SAF=3;SAR=31;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375691;STB=0.717431;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0354685;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:76:42:42:34:34:0.447368:31:3:12:30:31:3:12:30 chr11 1016825 . G A 99.16 PASS AF=0.134969;AO=22;DP=163;FAO=22;FDP=163;FR=.;FRO=141;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=106;FWDB=0.000608881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6175;QD=2.43335;RBI=0.0288876;REFB=-0.00543366;REVB=-0.0288812;RO=141;SAF=4;SAR=18;SRF=35;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122173;STB=0.585892;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.043779;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:141:141:22:22:0.134969:18:4:35:106:18:4:35:106 chr11 1016833 . G T 30.34 PASS AF=0.0662983;AO=11;DP=175;FAO=12;FDP=181;FR=.;FRO=169;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=128;FWDB=-0.0130772;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8118;QD=0.670428;RBI=0.0250118;REFB=-0.00418147;REVB=-0.0213208;RO=164;SAF=5;SAR=6;SRF=41;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243416;STB=0.676788;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0746025;OID=.;OPOS=1016833;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:175:181:164:169:11:12:0.0662983:6:5:41:123:7:5:41:128 chr11 1016834 . G A 123.01 PASS AF=0.147541;AO=28;DP=186;FAO=27;FDP=183;FR=.;FRO=156;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=119;FWDB=0.0339603;FXX=0.0161282;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6375;QD=2.68869;RBI=0.0413541;REFB=-0.0101036;REVB=0.0235978;RO=143;SAF=10;SAR=18;SRF=37;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147479;STB=0.629837;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0904365;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:183:143:156:28:27:0.147541:18:10:37:106:17:10:37:119 chr11 1016869 . AGG CAG,CAT,TGG 440.87 PASS AF=0,0,0.389313;AO=9,11,51;DP=153;FAO=0,0,51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=0,0,24;FSAR=0,0,27;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.000285703,0.00629823,0.00797015;FXX=0.143781;HRUN=2,2,2;LEN=2,3,1;MLLD=118.491,149.204,113.448;QD=13.4617;RBI=0.000653699,0.00845765,0.0181692;REFB=-0.0122468,-0.0162551,-0.026262;REVB=-0.000587959,-0.00564484,-0.0163278;RO=73;SAF=2,1,24;SAR=7,10,27;SRF=29;SRR=44;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.232838,-0.461993,0.0774133;STB=0.5,0.5,0.551204;STBP=1,1,0.385;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0,0,0.0316355;OID=.,.,.;OPOS=1016869,1016869,1016869;OREF=AG,AGG,A;OALT=CA,CAT,T;OMAPALT=CAG,CAT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:153:131:73:80:9,11,51:0,0,51:0,0,0.389313:7,10,27:2,1,24:29:44:0,0,27:0,0,24:31:49 chr11 1016889 . GG AA,GA 369.57 PASS AF=0.08,0.35;AO=8,33;DP=99;FAO=8,35;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=5,17;FSAR=3,18;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00340764,-0.002033;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=144.204,183.068;QD=14.7829;RBI=0.00425673,0.0124362;REFB=-0.0180586,-0.0229916;REVB=0.00255103,-0.0122689;RO=55;SAF=5,16;SAR=3,17;SRF=33;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0314655,-0.125458;STB=0.526249,0.568383;STBP=0.933,0.319;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0391073,0.0326438;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:99:100:55:57:8,33:8,35:0.08,0.35:3,17:5,16:33:22:3,18:5,17:34:23 chr11 1016894 . G A 83.4 PASS AF=0.164948;AO=15;DP=98;FAO=16;FDP=97;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.000405781;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2116;QD=3.43917;RBI=0.0123435;REFB=-0.0120529;REVB=-0.0123369;RO=83;SAF=11;SAR=4;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267113;STB=0.636432;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.103898;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:98:97:83:81:15:16:0.164948:4:11:44:39:5:11:43:38 chr11 1016910 . G A 39.72 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=0.00833806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7747;QD=2.44442;RBI=0.0499777;REFB=-0.0117926;REVB=-0.0492773;RO=57;SAF=7;SAR=1;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328626;STB=0.755989;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0483315;OID=.;OPOS=1016910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:57:57:8:8:0.123077:1:7:38:19:1:7:38:19 chr11 1016914 . G T 266.52 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.043882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6102;QD=16.4012;RBI=0.0449198;REFB=-0.0408882;REVB=-0.00960004;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131952;STB=0.582658;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0414343;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:35:29:30:0.461538:12:17:25:10:13:17:25:10 chr11 1016928 . C G 569.04 PASS AF=0.810345;AO=47;DP=58;FAO=47;FDP=58;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0237793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.614;QD=39.2442;RBI=0.0240633;REFB=-0.0577775;REVB=-0.00368621;RO=11;SAF=29;SAR=18;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059798;STB=0.532096;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0107881;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:58:58:11:11:47:47:0.810345:18:29:5:6:18:29:5:6 chr11 1016933 . C T 242.33 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0163862;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1942;QD=18.6408;RBI=0.0321772;REFB=-0.0334649;REVB=-0.0276923;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855759;STB=0.557991;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0520945;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:26:26:26:0.5:11:15:12:13:11:15:12:14 chr11 1016957 . T G 113.29 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0182908;FXX=0.121921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.9;QD=12.5882;RBI=0.0232591;REFB=-0.0349387;REVB=-0.0143678;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125248;STB=0.573803;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0421833;OID=.;OPOS=1016957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:8:15:7:6:8:15 chr11 1016959 . T C 74.09 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0172874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.371;QD=7.05608;RBI=0.0176347;REFB=-0.00363966;REVB=-0.00348251;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.534256;STB=0.843422;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00268498;OID=.;OPOS=1016959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:42:42:30:31:7:7:0.166667:2:5:7:23:2:5:7:24 chr11 1016963 . G T 122.79 PASS AF=0.325;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00910455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.782;QD=12.2793;RBI=0.0314497;REFB=-0.0176988;REVB=-0.030103;RO=21;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765938;STB=0.508461;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00740811;OID=.;OPOS=1016963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:25:13:13:0.325:10:3:6:15:10:3:6:19 chr11 1016968 . T G 46.15 PASS AF=0.1;AO=4;DP=40;FAO=4;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0381158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.75;QD=4.61478;RBI=0.0490245;REFB=0.00143547;REVB=-0.0308316;RO=29;SAF=3;SAR=1;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497787;STB=0.870773;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0148897;OID=.;OPOS=1016968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:40:40:29:32:4:4:0.1:1:3:8:21:1:3:8:24 chr11 1017029 . T G 414.57 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=41;FWDB=0.101907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1604;QD=19.5093;RBI=0.12195;REFB=-0.0510972;REVB=-0.0669834;RO=42;SAF=1;SAR=41;SRF=2;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181998;STB=0.599943;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0620271;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:41:1:2:40:41:1:2:41 chr11 1017036 . G A 43.12 PASS AF=0.115789;AO=10;DP=96;FAO=11;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=82;FWDB=0.0245432;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2375;QD=1.81558;RBI=0.024619;REFB=-0.014746;REVB=0.0019308;RO=68;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377611;STB=0.753855;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0667501;OID=.;OPOS=1017036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:96:95:68:84:10:11:0.115789:9:1:2:66:10:1:2:82 chr11 1017041 . GT TG 32.85 PASS AF=0.0849057;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=106;FR=.;FRO=97;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=96;FWDB=0.0460495;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=2;MLLD=136.745;QD=1.2398;RBI=0.0702714;REFB=-0.00353958;REVB=-0.0530802;RO=94;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613497;STB=0.866424;STBP=0.911;TYPE=mnp;VARB=0.103327;OID=.;OPOS=1017041;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:106:94:97:9:9:0.0849057:8:1:1:93:8:1:1:96 chr11 1017045 . G T 56.43 PASS AF=0.116071;AO=13;DP=112;FAO=13;FDP=112;FR=.;FRO=99;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=98;FWDB=-0.0161173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.876;QD=2.01537;RBI=0.0703819;REFB=-0.00273697;REVB=-0.0685117;RO=99;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.693449;STB=0.889943;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0181107;OID=.;OPOS=1017045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:112:112:99:99:13:13:0.116071:10:3:1:98:10:3:1:98 chr11 1017069 . G A 178.15 PASS AF=0.211679;AO=29;DP=137;FAO=29;FDP=137;FR=.;FRO=108;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=95;FWDB=-0.0198132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6987;QD=5.20136;RBI=0.0210946;REFB=-0.0119835;REVB=-0.0072401;RO=107;SAF=2;SAR=27;SRF=13;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195498;STB=0.623935;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0302266;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:107:108:29:29:0.211679:27:2:13:94:27:2:13:95 chr11 1017084 . G A 251.31 PASS AF=0.242236;AO=38;DP=155;FAO=39;FDP=161;FR=.;FRO=122;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=96;FWDB=0.0130008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.685;QD=6.2436;RBI=0.0357129;REFB=-0.0143226;REVB=-0.0332624;RO=115;SAF=5;SAR=33;SRF=26;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20474;STB=0.577006;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0330733;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:161:115:122:38:39:0.242236:33:5:26:89:33:6:26:96 chr11 1017110 . C T 421.4 PASS AF=0.313187;AO=61;DP=179;FAO=57;FDP=182;FR=.;FRO=125;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=103;FWDB=-0.0211371;FXX=0.0215042;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.704;QD=9.26144;RBI=0.0223778;REFB=-0.0257344;REVB=-0.00734757;RO=118;SAF=20;SAR=41;SRF=21;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215495;STB=0.632247;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0633136;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:182:118:125:61:57:0.313187:41:20:21:97:38:19:22:103 chr11 1017112 . GT CC,GC 764.25 PASS AF=0.28655,0.19883;AO=51,41;DP=182;FAO=49,34;FDP=171;FR=.;FRO=88;FSAF=17,10;FSAR=32,24;FSRF=13;FSRR=75;FWDB=0.0106534,0.0214628;FXX=0.0604362;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=128.676,107.654;QD=17.8771;RBI=0.0296961,0.0275905;REFB=-0.0232446,-0.0237699;REVB=0.0277194,0.0173374;RO=79;SAF=18,10;SAR=33,31;SRF=10;SRR=69;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.298483,0.207769;STB=0.6545,0.641955;STBP=0.039,0.152;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0494504,-0.00369565;OID=.,.;OPOS=1017112,1017113;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:171:79:88:51,41:49,34:0.28655,0.19883:33,31:18,10:10:69:32,24:17,10:13:75 chr11 1017135 . G A 87.67 PASS AF=0.110048;AO=23;DP=211;FAO=23;FDP=209;FR=.;FRO=186;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=143;FWDB=0.0141723;FXX=0.00947822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.22;QD=1.67786;RBI=0.0283328;REFB=-0.00210671;REVB=-0.0245335;RO=184;SAF=6;SAR=17;SRF=42;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546701;STB=0.535386;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0223141;OID=.;OPOS=1017135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:211:209:184:186:23:23:0.110048:17:6:42:142:17:6:43:143 chr11 1017154 . T G 92.12 PASS AF=0.115;AO=23;DP=200;FAO=23;FDP=200;FR=.;FRO=177;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=137;FWDB=-0.0156959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.959;QD=1.84235;RBI=0.0262748;REFB=-0.00463774;REVB=-0.0210714;RO=174;SAF=7;SAR=16;SRF=38;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139685;STB=0.587424;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.044068;OID=.;OPOS=1017154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:200:200:174:177:23:23:0.115:16:7:38:136:16:7:40:137 chr11 1017158 . G T 72.72 PASS AF=0.107527;AO=20;DP=186;FAO=20;FDP=186;FR=.;FRO=166;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=126;FWDB=-0.0380545;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2346;QD=1.56395;RBI=0.0487302;REFB=-0.0109886;REVB=-0.0304383;RO=166;SAF=6;SAR=14;SRF=41;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821124;STB=0.565976;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0985036;OID=.;OPOS=1017158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:186:186:166:166:20:20:0.107527:14:6:41:125:14:6:40:126 chr11 1017161 . C T 39.58 PASS AF=0.0756757;AO=14;DP=185;FAO=14;FDP=185;FR=.;FRO=171;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=129;FWDB=-0.0304066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.583;QD=0.855877;RBI=0.0521965;REFB=-0.00375459;REVB=-0.0424254;RO=162;SAF=4;SAR=10;SRF=41;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472932;STB=0.54718;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0662543;OID=.;OPOS=1017161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:185:185:162:171:14:14:0.0756757:10:4:41:121:10:4:42:129 chr11 1017169 . G A 36.78 PASS AF=0.0760234;AO=14;DP=170;FAO=13;FDP=171;FR=.;FRO=158;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=116;FWDB=0.0113093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6929;QD=0.86045;RBI=0.0289545;REFB=-0.00298181;REVB=0.0266545;RO=147;SAF=3;SAR=11;SRF=40;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888203;STB=0.543409;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0475278;OID=.;OPOS=1017169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:170:171:147:158:14:13:0.0760234:11:3:40:107:10:3:42:116 chr11 1017173 . G A 1170.56 PASS AF=0.628743;AO=105;DP=167;FAO=105;FDP=167;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=77;FSRF=14;FSRR=48;FWDB=0.0141265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.976;QD=28.0373;RBI=0.0319287;REFB=-0.0510393;REVB=0.0286336;RO=62;SAF=28;SAR=77;SRF=14;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366256;STB=0.519747;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0335962;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:62:62:105:105:0.628743:77:28:14:48:77:28:14:48 chr11 1017183 . G T 113.48 PASS AF=0.148387;AO=23;DP=155;FAO=23;FDP=155;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=102;FWDB=0.0961273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8879;QD=2.92852;RBI=0.0972208;REFB=-0.00503609;REVB=-0.0145408;RO=132;SAF=7;SAR=16;SRF=30;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125744;STB=0.582445;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0460044;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:132:132:23:23:0.148387:16:7:30:102:16:7:30:102 chr11 1017220 . T C 562.75 PASS AF=0.653846;AO=51;DP=78;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0168864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5652;QD=28.859;RBI=0.0196097;REFB=-0.0688248;REVB=-0.00996943;RO=27;SAF=18;SAR=33;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669471;STB=0.536242;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0731102;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:27:27:51:51:0.653846:33:18:7:20:33:18:7:20 chr11 1017231 . A G 517.54 PASS AF=0.64;AO=43;DP=69;FAO=48;FDP=75;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.033603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.952;QD=27.6021;RBI=0.0347124;REFB=-0.0509606;REVB=0.00870568;RO=26;SAF=15;SAR=28;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618427;STB=0.53816;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0295462;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:75:26:27:43:48:0.64:28:15:7:19:31:17:7:20 chr11 1017239 . CG TA 344.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00893784;FXX=0.0624902;HRUN=2;LEN=2;MLLD=185.659;QD=22.9902;RBI=0.012953;REFB=-0.0336247;REVB=0.00937531;RO=26;SAF=11;SAR=23;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497439;STB=0.527381;STBP=0.667;TYPE=mnp;VARB=0.0163669;OID=.;OPOS=1017239;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:60:26:26:34:34:0.566667:23:11:7:19:23:11:7:19 chr11 1017302 . G C 52.12 PASS AF=0.177419;AO=13;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=45;FWDB=0.0414264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7959;QD=3.36259;RBI=0.0416571;REFB=-0.0201713;REVB=0.00437781;RO=47;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066406;STB=0.599845;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0564496;OID=.;OPOS=1017302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:62:62:47:51:13:11:0.177419:11:2:6:41:9:2:6:45 chr11 1017314 . TGGGGT TGGG,TGGGT,TGGTGT 352.27 PASS AF=0,0.538462,0.307692;AO=7,12,14;DP=55;FAO=0,28,16;FDP=52;FR=.;FRO=8;FSAF=0,1,3;FSAR=0,27,13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0573746,0.0606417,0.00562626;FXX=0.161264;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=15.9234,10.3812,138.874;QD=27.0973;RBI=0.132905,0.0639837,0.0299122;REFB=-0.0368528,-0.106611,-0.049504;REVB=-0.119882,0.0204081,-0.0293783;RO=9;SAF=0,0,3;SAR=7,12,11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0.368421,0.368421,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.776003,-0.821146,-0.283077;STB=0.5,0.812927,0.640648;STBP=1,0.001,0.09;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00305516,-0.0252228,0.0698574;OID=.,.,.;OPOS=1017318,1017315,1017317;OREF=GT,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TGGG,TGGGT,TGGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.538462,0.307692:7,12,14:55:0,28,16:52:8:0,1,3:0,27,13:4:4:99:9:0,0,3:7,12,11:5:4 chr11 1017325 . A C 120.61 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=46;FWDB=0.0181399;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.795;QD=6.79501;RBI=0.0218087;REFB=-0.0179678;REVB=-0.0121063;RO=52;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176748;STB=0.609034;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0376821;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:53:18:18:0.253521:14:4:7:45:14:4:7:46 chr11 1017337 . TC CA 118.13 PASS AF=0.24;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=51;FWDB=-0.00616694;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=2;MLLD=107.634;QD=6.30019;RBI=0.0715027;REFB=-0.00242517;REVB=-0.0712363;RO=54;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368867;STB=0.723965;STBP=0.142;TYPE=mnp;VARB=0.0154265;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:54:57:18:18:0.24:12:6:6:48:12:6:6:51 chr11 1017381 . G C 92.59 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.00225504;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8433;QD=5.36772;RBI=0.0120104;REFB=-0.0119921;REVB=0.0117968;RO=54;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342521;STB=0.709197;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0232908;OID=.;OPOS=1017381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:69:54:54:15:15:0.217391:7:8:14:40:7:8:14:40 chr11 1017384 . G C 120.98 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.00178782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.206;QD=7.01308;RBI=0.00814039;REFB=-0.00950783;REVB=-0.00794164;RO=49;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108829;STB=0.559936;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0260571;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:51:18:18:0.26087:11:7:15:34:11:7:16:35 chr11 1017418 . TGGG TGG,TGGT 344.51 PASS AF=0.272727,0.477273;AO=11,18;DP=44;FAO=12,21;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=0,12;FSAR=12,9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0314566,0.031546;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.3888,29.5495;QD=31.3191;RBI=0.119251,0.0732562;REFB=-0.0159919,0.012403;REVB=-0.115027,0.0661159;RO=10;SAF=0,9;SAR=11,9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.838184,-0.193294;STB=0.998912,0.555504;STBP=0,0.405;TYPE=del,snp;VARB=0.0887621,-0.0323991;OID=.,.;OPOS=1017419,1017421;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGG,TGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.272727,0.477273:11,18:44:12,21:44:11:0,12:12,9:8:3:76:10:0,9:11,9:8:2 chr11 1017440 . C T 154.32 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.00620005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.562;QD=10.6424;RBI=0.0154475;REFB=-0.0202861;REVB=-0.0141487;RO=37;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707847;STB=0.536045;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0448057;OID=.;OPOS=1017440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:38:20:20:0.344828:16:4:9:28:16:4:9:29 chr11 1017443 . C G 176.78 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0210786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.552;QD=13.3415;RBI=0.029757;REFB=-0.0160235;REVB=-0.0210041;RO=29;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346606;STB=0.509794;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0230746;OID=.;OPOS=1017443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:29:32:20:21:0.396226:15:5:8:21:16:5:8:24 chr11 1017552 . T C 247.39 PASS AF=0.24359;AO=38;DP=156;FAO=38;FDP=156;FR=.;FRO=118;FSAF=5;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=102;FWDB=0.00372052;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.923;QD=6.34341;RBI=0.00627657;REFB=-0.0181127;REVB=-0.00505501;RO=118;SAF=5;SAR=33;SRF=16;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108734;STB=0.506575;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0533365;OID=.;OPOS=1017552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:118:118:38:38:0.24359:33:5:16:102:33:5:16:102 chr11 1017596 . T G 195.86 PASS AF=0.261261;AO=29;DP=111;FAO=29;FDP=111;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=60;FWDB=-0.0262202;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.621;QD=7.05789;RBI=0.0306084;REFB=-0.00839345;REVB=-0.0157916;RO=82;SAF=7;SAR=22;SRF=22;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437451;STB=0.526384;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0286499;OID=.;OPOS=1017596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:82:82:29:29:0.261261:22:7:22:60:22:7:22:60 chr11 1017655 . G A 174.64 PASS AF=0.5;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0276568;FXX=0.149963;HRUN=5;LEN=1;MLLD=143.27;QD=20.546;RBI=0.0324499;REFB=-0.0737524;REVB=-0.0169735;RO=16;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079858;STB=0.566847;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0373875;OID=.;OPOS=1017655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:34:16:17:17:17:0.5:5:12:10:6:5:12:10:7 chr11 1017744 . T C 113.42 PASS AF=0.148387;AO=23;DP=155;FAO=23;FDP=155;FR=.;FRO=132;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=103;FWDB=0.0238754;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.758;QD=2.927;RBI=0.0250775;REFB=-0.005896;REVB=0.00767119;RO=131;SAF=1;SAR=22;SRF=29;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461415;STB=0.840345;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0283914;OID=.;OPOS=1017744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:131:132:23:23:0.148387:22:1:29:102:22:1:29:103 chr11 1017746 . T G 372.82 PASS AF=0.318182;AO=48;DP=153;FAO=49;FDP=154;FR=.;FRO=105;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=87;FWDB=0.0393153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.8424;QD=9.68352;RBI=0.0429552;REFB=-0.00568571;REVB=-0.0173049;RO=102;SAF=12;SAR=36;SRF=18;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12472;STB=0.572721;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0294053;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:102:105:48:49:0.318182:36:12:18:84:37:12:18:87 chr11 1017767 . G C 242.59 PASS AF=0.24026;AO=37;DP=154;FAO=37;FDP=154;FR=.;FRO=117;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=90;FWDB=-0.0121058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.814;QD=6.30107;RBI=0.0181596;REFB=-0.00668379;REVB=-0.013536;RO=117;SAF=20;SAR=17;SRF=27;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388749;STB=0.728037;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0418895;OID=.;OPOS=1017767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:117:117:37:37:0.24026:17:20:27:90:17:20:27:90 chr11 1017773 . G A 264.54 PASS AF=0.258065;AO=37;DP=155;FAO=40;FDP=155;FR=.;FRO=115;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=70;FWDB=0.0291152;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4184;QD=6.82684;RBI=0.0330586;REFB=-0.00832903;REVB=0.015658;RO=115;SAF=7;SAR=30;SRF=45;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308398;STB=0.704029;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.03053;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:115:115:37:40:0.258065:30:7:45:70:33:7:45:70 chr11 1017783 . A G 841.53 PASS AF=0.505952;AO=83;DP=165;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=-0.0189564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.026;QD=20.0365;RBI=0.0218489;REFB=-0.00936737;REVB=-0.0108642;RO=81;SAF=34;SAR=49;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484442;STB=0.532156;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00657235;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:168:81:83:83:85:0.505952:49:34:29:52:50:35:29:54 chr11 1017789 . A C 49.07 PASS AF=0.0882353;AO=15;DP=168;FAO=15;FDP=170;FR=.;FRO=155;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=86;FWDB=0.00286181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.017;QD=1.15463;RBI=0.0138839;REFB=0.00116933;REVB=-0.0135857;RO=150;SAF=3;SAR=12;SRF=67;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309117;STB=0.745762;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.012605;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:168:170:150:155:15:15:0.0882353:12:3:67:83:12:3:69:86 chr11 1017793 . T G 46.28 PASS AF=0.0852273;AO=14;DP=177;FAO=15;FDP=176;FR=.;FRO=161;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=87;FWDB=0.0139875;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3062;QD=1.05192;RBI=0.0298059;REFB=-0.00203103;REVB=-0.02632;RO=160;SAF=1;SAR=13;SRF=74;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481635;STB=0.911635;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0211409;OID=.;OPOS=1017793;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:177:176:160:161:14:15:0.0852273:13:1:74:86:14:1:74:87 chr11 1017797 . C G 47.22 PASS AF=0.0887574;AO=14;DP=169;FAO=15;FDP=169;FR=.;FRO=154;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=80;FWDB=-0.0196729;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.911;QD=1.11767;RBI=0.0226521;REFB=-0.00474701;REVB=-0.0112292;RO=155;SAF=1;SAR=13;SRF=74;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495465;STB=0.917224;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0478888;OID=.;OPOS=1017797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:169:169:155:154:14:15:0.0887574:13:1:74:81:14:1:74:80 chr11 1017833 . C T 126.67 PASS AF=0.161074;AO=24;DP=149;FAO=24;FDP=149;FR=.;FRO=125;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=75;FWDB=-0.00129678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.74;QD=3.40056;RBI=0.0401863;REFB=-0.0168514;REVB=-0.0401654;RO=121;SAF=13;SAR=11;SRF=50;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16311;STB=0.617244;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0859287;OID=.;OPOS=1017833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:121:125:24:24:0.161074:11:13:50:71:11:13:50:75 chr11 1017834 . G A 56.82 PASS AF=0.101351;AO=15;DP=148;FAO=15;FDP=148;FR=.;FRO=133;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=71;FWDB=-0.0243343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.413;QD=1.53556;RBI=0.0256386;REFB=-0.00571106;REVB=-0.00807334;RO=132;SAF=2;SAR=13;SRF=62;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432493;STB=0.831518;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0468554;OID=.;OPOS=1017834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:148:148:132:133:15:15:0.101351:13:2:62:70:13:2:62:71 chr11 1017844 . TC CG,TG 219.88 PASS AF=0.110236,0.15748;AO=14,20;DP=134;FAO=14,20;FDP=127;FR=.;FRO=93;FSAF=7,6;FSAR=7,14;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.0225479,-0.0909028;FXX=0.0592549;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=136.616,119.592;QD=6.92525;RBI=0.0289579,0.0950468;REFB=-0.0208738,-0.0254247;REVB=-0.0181701,-0.027759;RO=85;SAF=7,6;SAR=7,14;SRF=41;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0219738,-0.239197;STB=0.504666,0.665278;STBP=0.951,0.115;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0701099,0.0501576;OID=.,.;OPOS=1017844,1017845;OREF=TC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:134:127:85:93:14,20:14,20:0.110236,0.15748:7,14:7,6:41:44:7,14:7,6:46:47 chr11 1017858 . A G 183.0 PASS AF=0.214815;AO=30;DP=132;FAO=29;FDP=135;FR=.;FRO=106;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.0739218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2203;QD=5.42214;RBI=0.0927419;REFB=-0.0259472;REVB=-0.0560056;RO=101;SAF=11;SAR=19;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139878;STB=0.566882;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0588342;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:101:106:30:29:0.214815:19:11:48:53:18:11:49:57 chr11 1017893 . A G 103.93 PASS AF=0.165289;AO=16;DP=118;FAO=20;FDP=121;FR=.;FRO=101;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.0029832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.249;QD=3.43578;RBI=0.0604786;REFB=-0.00827792;REVB=-0.060405;RO=98;SAF=1;SAR=15;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.547023;STB=0.770085;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0320296;OID=.;OPOS=1017893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:98:101:16:20:0.165289:15:1:41:57:17:3:42:59 chr11 1017912 . G A 34.96 PASS AF=0.0847458;AO=10;DP=118;FAO=10;FDP=118;FR=.;FRO=108;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=71;FWDB=-0.0348584;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.188;QD=1.18519;RBI=0.0353089;REFB=-0.00214114;REVB=0.00562233;RO=107;SAF=1;SAR=9;SRF=37;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357497;STB=0.80967;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0191269;OID=.;OPOS=1017912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:118:118:107:108:10:10:0.0847458:9:1:37:70:9:1:37:71 chr11 1017935 . A G 48.15 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=84;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.0995988;FXX=0.0595167;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9506;QD=2.43776;RBI=0.115064;REFB=0.00086401;REVB=-0.0576172;RO=68;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150407;STB=0.635461;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0174026;OID=.;OPOS=1017935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:84:79:68:69:10:10:0.126582:8:2:20:48:8:2:22:47 chr11 1018116 . T G 103.65 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0300023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9936;QD=14.2958;RBI=0.0380283;REFB=-0.0090097;REVB=-0.0233668;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129195;STB=0.576773;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0470429;OID=.;OPOS=1018116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:29:29:16:16:10:10:0.344828:5:5:6:10:5:5:6:10 chr11 1018295 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0153848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.416;QD=12.9753;RBI=0.0280187;REFB=-0.0279975;REVB=-0.0234169;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411763;STB=0.736509;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0243525;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:3:15:5:7:3:15 chr11 1018314 . G A 42.82 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00602965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.671;QD=5.18999;RBI=0.0211773;REFB=-0.00840052;REVB=-0.0203007;RO=26;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278058;STB=0.691663;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0926226;OID=.;OPOS=1018314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:6:1:8:18:6:1:8:18 chr11 1018366 . C T 40.27 PASS AF=0.155556;AO=6;DP=44;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=-0.0433497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.715;QD=3.57957;RBI=0.0534909;REFB=-0.0211456;REVB=-0.0313381;RO=37;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451338;STB=0.564506;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0861327;OID=.;OPOS=1018366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:45:37:38:6:7:0.155556:5:1:7:30:6:1:7:31 chr11 1018374 . T A 709.49 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0521;QD=63.0657;RBI=0.0495519;REFB=0;REVB=0.0493514;RO=0;SAF=8;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357562;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:33:8:0:0:37:8:0:0 chr11 1018379 . G C 32.55 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=34;FWDB=0.0476899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.644;QD=2.77014;RBI=0.0477204;REFB=-0.0160869;REVB=-0.0017059;RO=41;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00847976;STB=0.506308;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0914122;OID=.;OPOS=1018379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:5:1:7:34:5:1:7:34 chr11 1018385 . T A 65.11 PASS AF=0.192308;AO=9;DP=51;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=0.00409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.724;QD=5.00827;RBI=0.00894317;REFB=-0.00733067;REVB=-0.00795313;RO=41;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998336;STB=0.54422;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0460233;OID=.;OPOS=1018385;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:51:52:41:42:9:10:0.192308:7:2:7:34:8:2:7:35 chr11 1018419 . G A 95.9 PASS AF=0.2;AO=16;DP=80;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=56;FWDB=-0.0564928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.566;QD=4.79478;RBI=0.0565242;REFB=-0.0130792;REVB=-0.00188623;RO=63;SAF=1;SAR=15;SRF=8;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236228;STB=0.655099;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0339038;OID=.;OPOS=1018419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:80:80:63:64:16:16:0.2:15:1:8:55:15:1:8:56 chr11 1018456 . G A 87.17 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=37;FWDB=-0.0245618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.299;QD=6.22619;RBI=0.0312739;REFB=-0.00882156;REVB=-0.0193591;RO=43;SAF=1;SAR=12;SRF=6;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201163;STB=0.631336;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0372389;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:12:1:6:37:12:1:6:37 chr11 1018493 . TGGG TGG,TGGT 243.25 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=15,6;DP=35;FAO=30,6;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=3,1;FSAR=27,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.476687,0.0912534;FXX=0.0526177;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=8.95168,163.64;QD=27.028;RBI=0.512691,0.0934936;REFB=-0.113886,-0.0436292;REVB=0.188737,-0.020344;RO=9;SAF=0,1;SAR=15,5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0.368421,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.814824,-0.0887268;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.126028,0.0517831;OID=.,.;OPOS=1018494,1018496;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGG,TGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.833333,0.166667:15,6:35:30,6:36:0:3,1:27,5:0:0:36:9:0,1:15,5:2:7 chr11 1019375 . C T 1426.14 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134983;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.511;QD=62.0059;RBI=0.0222367;REFB=0.0127346;REVB=0.0176711;RO=1;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957612;STB=0.505049;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=1.91121e-05;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:92:1:1:91:91:0.98913:49:42:0:1:49:42:0:1 chr11 1093710 . C G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.388;QD=43.4843;RBI=0.0427264;REFB=0;REVB=0.0266272;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129024;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr11 1094690 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.671;QD=43.4861;RBI=0.0198053;REFB=0;REVB=0.0195535;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227231;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr11 1096494 . T C 1397.7 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7496;QD=62.8178;RBI=0.0534519;REFB=0;REVB=0.00700824;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17962e-05;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:89:0:0:84:89:1:50:34:0:0:50:39:0:0 chr11 1101649 . T C 673.24 PASS AF=0.963636;AO=47;DP=53;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.14409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3199;QD=48.9628;RBI=0.144931;REFB=0.0338042;REVB=-0.0155947;RO=5;SAF=16;SAR=31;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126409;STB=0.503175;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00334339;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:53:55:5:2:47:53:0.963636:31:16:5:0:31:22:1:1 chr11 1158073 . T C 1785.83 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.62;QD=61.0541;RBI=0.0199502;REFB=0;REVB=0.0106541;RO=0;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05847e-06;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:56:61:0:0:56:61:0:0 chr11 1161315 . T C,G 685.05 PASS AF=0.911111,0.0888889;AO=41,3;DP=44;FAO=41,4;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=24,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474704,-0.0181237;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.6403,159.852;QD=60.893;RBI=0.0513424,0.020241;REFB=0,0;REVB=0.0195601,-0.00901262;RO=0;SAF=17,0;SAR=24,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.2194e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-2.26657e-05,0.15194;OID=.,.;OPOS=1161315,1161315;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:44:45:0:0:41,3:41,4:0.911111,0.0888889:24,3:17,0:0:0:24,4:17,0:0:0 chr11 1212877 . A G 194.35 PASS AF=0.238095;AO=30;DP=126;FAO=30;FDP=126;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=-0.0260254;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.237;QD=6.16998;RBI=0.0294187;REFB=-0.0136326;REVB=0.0137165;RO=94;SAF=11;SAR=19;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268962;STB=0.65507;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0477372;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:94:96:30:30:0.238095:19:11:55:39:19:11:55:41 chr11 1212878 . C G 32.11 PASS AF=0.078125;AO=9;DP=127;FAO=10;FDP=128;FR=.;FRO=118;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=0.0351186;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.919;QD=1.00358;RBI=0.0364944;REFB=-0.00469257;REVB=0.00992615;RO=116;SAF=5;SAR=4;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414346;STB=0.515594;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0200909;OID=.;OPOS=1212878;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:127:128:116:118:9:10:0.078125:4:5:60:56:5:5:61:57 chr11 1212887 . C T 34.12 PASS AF=0.0833333;AO=10;DP=120;FAO=10;FDP=120;FR=.;FRO=110;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.00933354;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.761;QD=1.13731;RBI=0.0167278;REFB=-0.00746696;REVB=-0.0138819;RO=110;SAF=6;SAR=4;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092862;STB=0.575605;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0891137;OID=.;OPOS=1212887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:120:110:110:10:10:0.0833333:4:6:57:53:4:6:57:53 chr11 1212899 . G A 65.22 PASS AF=0.144444;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=90;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.00109278;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2033;QD=2.8988;RBI=0.0188667;REFB=-0.0110544;REVB=0.018835;RO=74;SAF=6;SAR=7;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123973;STB=0.562406;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0771121;OID=.;OPOS=1212899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:89:90:74:77:13:13:0.144444:7:6:27:47:7:6:30:47 chr11 1212902 . C G 72.31 PASS AF=0.179775;AO=17;DP=85;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0215445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1652;QD=3.24997;RBI=0.0334012;REFB=-0.0342938;REVB=0.025524;RO=66;SAF=1;SAR=16;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63713;STB=0.91003;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.219781;OID=.;OPOS=1212902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:85:89:66:73:17:16:0.179775:16:1:33:33:15:1:35:38 chr11 1212921 . C T 59.74 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0637014;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.742;QD=4.19237;RBI=0.0660633;REFB=-0.0039698;REVB=-0.0175069;RO=46;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459792;STB=0.787282;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0284025;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:59:57:46:47:10:10:0.175439:3:7:14:32:3:7:15:32 chr11 1212954 . C A 79.06 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0253627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.799;QD=6.87514;RBI=0.0254498;REFB=-0.000972672;REVB=0.00210342;RO=35;SAF=3;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330945;STB=0.709289;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00696803;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:8:3:19:16:8:3:19:16 chr11 1213017 . C T 36.44 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00834152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.511;QD=6.9407;RBI=0.0281319;REFB=-0.00663652;REVB=-0.0268668;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493865;STB=0.818575;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0264737;OID=.;OPOS=1213017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:1:5:6:9:1:5:6:9 chr11 1213047 . T C 83.51 PASS AF=0.307692;AO=10;DP=36;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.101595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5531;QD=8.56524;RBI=0.119565;REFB=-0.0532465;REVB=-0.0630421;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326955;STB=0.640809;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.138168;OID=.;OPOS=1213047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:39:23:27:10:12:0.307692:4:6:7:16:6:6:8:19 chr11 1213174 . A G 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=34;FWDB=-0.0090099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.585;QD=6.73515;RBI=0.0135144;REFB=-0.0162766;REVB=-0.0100728;RO=34;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501022;STB=0.795815;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0236608;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:34:36:11:11:0.234043:7:4:2:32:7:4:2:34 chr11 1213177 . C T 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=34;FWDB=-0.00828375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.478;QD=6.73534;RBI=0.0439673;REFB=-0.010141;REVB=-0.0431798;RO=36;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515434;STB=0.795815;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0296876;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:7:4:2:34:7:4:2:34 chr11 1213204 . C G 74.81 PASS AF=0.23913;AO=10;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=31;FWDB=-0.00471758;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.104;QD=6.50496;RBI=0.0287749;REFB=-0.00461658;REVB=-0.0283855;RO=35;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.577886;STB=0.811662;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0189771;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:46:46:35:35:10:11:0.23913:4:6:4:31:5:6:4:31 chr11 1220760 . T C 309.53 PASS AF=0.375;AO=40;DP=107;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.0337266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7835;QD=11.0546;RBI=0.034165;REFB=-0.0245387;REVB=-0.00545531;RO=67;SAF=23;SAR=17;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934562;STB=0.521787;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0650744;OID=.;OPOS=1220760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:112:67:70:40:42:0.375:17:23:44:23:17:25:44:26 chr11 1220796 . T C 426.23 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0056116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.545;QD=14.2076;RBI=0.00584496;REFB=-0.0297601;REVB=0.0016351;RO=71;SAF=19;SAR=30;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141877;STB=0.580077;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.03317;OID=.;OPOS=1220796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:49:49:0.408333:30:19:37:34:30:19:37:34 chr11 1246941 . A G 83.86 PASS AF=0.275;AO=10;DP=41;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00482746;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.766;QD=8.38616;RBI=0.00914264;REFB=0.00412708;REVB=0.00776425;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139321;STB=0.588621;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00582367;OID=.;OPOS=1246941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:41:40:31:29:10:11:0.275:6:4:16:15:7:4:14:15 chr11 1247458 . C T 498.12 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0256329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.74;QD=16.8855;RBI=0.032576;REFB=-0.0307835;REVB=0.0201035;RO=61;SAF=21;SAR=33;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119222;STB=0.507949;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.029644;OID=.;OPOS=1247458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:64:54:54:0.457627:33:21:23:38:33:21:24:40 chr11 1250488 . C T 275.78 PASS AF=0.47619;AO=31;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0299908;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.681;QD=17.5098;RBI=0.0360683;REFB=-0.0190545;REVB=0.0200369;RO=32;SAF=10;SAR=21;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780663;STB=0.55552;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.018108;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:33:31:30:0.47619:21:10:8:24:20:10:8:25 chr11 1252708 . G C 266.81 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00777374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.666;QD=20.1366;RBI=0.0139013;REFB=-0.0280784;REVB=-0.0115245;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529508;STB=0.547136;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0267681;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:23:25:28:28:0.528302:14:14:10:13:14:14:10:15 chr11 1253942 . T C 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0567052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.751;QD=28.9131;RBI=0.0574901;REFB=-0.0512782;REVB=-0.00946737;RO=15;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145294;STB=0.58009;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0196399;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:16:10:9:6:16:10:9:6 chr11 1253969 . A G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0834759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.678;QD=6.26176;RBI=0.0837823;REFB=-0.0032782;REVB=-0.00715888;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283315;STB=0.683671;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00379578;OID=.;OPOS=1253969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:5:2:11:10:5:2:11:10 chr11 1255773 . C T 357.1 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.014119;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.796;QD=19.3028;RBI=0.014432;REFB=-0.0268845;REVB=0.00298934;RO=37;SAF=13;SAR=24;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263903;STB=0.514686;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0431083;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:37:37:37:0.5:24:13:14:23:24:13:14:23 chr11 1258217 . T G 45.99 PASS AF=0.104762;AO=11;DP=104;FAO=11;FDP=105;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=-0.0438399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.732;QD=1.75185;RBI=0.0733946;REFB=-0.00143208;REVB=-0.0588628;RO=92;SAF=8;SAR=3;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193106;STB=0.648771;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.021851;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:104:105:92:94:11:11:0.104762:3:8:53:39:3:8:54:40 chr11 1258226 . C T 46.82 PASS AF=0.106796;AO=11;DP=103;FAO=11;FDP=103;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=-0.00849251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.457;QD=1.8182;RBI=0.0364842;REFB=-0.00251469;REVB=-0.0354821;RO=92;SAF=8;SAR=3;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205197;STB=0.65619;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0196044;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:103:103:92:92:11:11:0.106796:3:8:52:40:3:8:52:40 chr11 1258240 . CA TG 41.26 PASS AF=0.10101;AO=10;DP=100;FAO=10;FDP=99;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0139264;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.744;QD=1.6669;RBI=0.0188957;REFB=-0.00164105;REVB=-0.0127711;RO=89;SAF=9;SAR=1;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439516;STB=0.853201;STBP=0.03;TYPE=mnp;VARB=0.0244429;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:100:99:89:89:10:10:0.10101:1:9:51:38:1:9:51:38 chr11 1258283 . G A 71.34 PASS AF=0.142857;AO=14;DP=98;FAO=14;FDP=98;FR=.;FRO=84;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.011578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.852;QD=2.91197;RBI=0.0247115;REFB=-0.00617647;REVB=-0.0218314;RO=84;SAF=10;SAR=4;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204689;STB=0.64242;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0464695;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:98:98:84:84:14:14:0.142857:4:10:47:37:4:10:47:37 chr11 1258286 . C T 55.12 PASS AF=0.12;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=100;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.00154724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.013;QD=2.20488;RBI=0.0276988;REFB=-0.00825982;REVB=-0.0276556;RO=87;SAF=8;SAR=4;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14521;STB=0.601225;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.038874;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:100:87:88:12:12:0.12:4:8:48:39:4:8:49:39 chr11 1258295 . A G 58.29 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=94;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0231353;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.996;QD=2.48029;RBI=0.0242009;REFB=-0.00965682;REVB=-0.00710208;RO=78;SAF=9;SAR=3;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288532;STB=0.716293;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0438832;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:94:94:78:82:12:12:0.12766:3:9:41:37:3:9:42:40 chr11 1262194 . GAAAA GAAA,GAAAC,GAAGA 36.88 PASS AF=0.101449,0.0434783,0.0434783;AO=13,3,3;DP=69;FAO=7,3,3;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=2,1,1;FSAR=5,2,2;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.191231,-0.127608,-0.059154;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=15.9643,30.1773,154.507;QD=2.13814;RBI=0.257895,0.138375,0.0843137;REFB=-0.0955257,-0.0542654,-0.0149599;REVB=-0.173034,0.053516,-0.06008;RO=44;SAF=4,1,1;SAR=9,2,2;SRF=33;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.504921,-0.403972,-0.403972;STB=0.812266,0.794328,0.794328;STBP=0.103,0.47,0.47;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.175594,0.0795287,0.0295915;OID=.,.,.;OPOS=1262195,1262198,1262197;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=GAAA,GAAAC,GAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.101449,0.0434783,0.0434783:13,3,3:69:7,3,3:69:56:2,1,1:5,2,2:38:18:15:44:4,1,1:9,2,2:33:11 chr11 1262312 . G A 238.16 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00448631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3965;QD=20.2691;RBI=0.0561623;REFB=-0.0191242;REVB=0.0559828;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268513;STB=0.515138;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0272622;OID=.;OPOS=1262312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:15:8:9:15:15:8:9:15 chr11 1264823 . T C 62.33 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.947;QD=35.6167;RBI=0.118753;REFB=0;REVB=0.0294562;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897486;OID=.;OPOS=1264823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:6:0:0:0:6:1:0:0 chr11 1265786 . C T 35.36 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.2702;QD=23.571;RBI=0.0958646;REFB=-0.200119;REVB=0.0958646;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0637078;OID=.;OPOS=1265786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr11 1268608 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.122715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.462;QD=11.0195;RBI=0.122902;REFB=0.00159124;REVB=-0.00677075;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12327;STB=0.576643;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00588017;OID=.;OPOS=1268608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:2:6:5:1:2:6 chr11 1272858 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0375166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.477;QD=8.25476;RBI=0.0419739;REFB=-0.0176488;REVB=-0.0188233;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36112;STB=0.713773;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0192083;OID=.;OPOS=1272858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:1:11:4:2:1:11 chr11 1276327 . G A 464.33 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0136627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.079;QD=19.7588;RBI=0.0240455;REFB=-0.0279295;REVB=0.0197868;RO=47;SAF=16;SAR=30;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138599;STB=0.503559;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0330737;OID=.;OPOS=1276327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:48:46:46:0.489362:30:16:17:30:30:16:17:31 chr11 1309956 . C T 181.61 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0219175;FXX=0.108094;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.337;QD=11.0064;RBI=0.0297902;REFB=-0.0105493;REVB=-0.0201763;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175547;STB=0.566379;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0210255;OID=.;OPOS=1309956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:66:30:40:20:20:0.30303:9:11:17:13:9:11:18:22 chr11 1482851 . T C 124.16 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.112782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1019;QD=19.1008;RBI=0.114005;REFB=-0.0449284;REVB=-0.0166533;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248773;STB=0.615228;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0770735;OID=.;OPOS=1482851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:7:7:2:9:7:7:3:9 chr11 1491096 . G A 199.26 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0370607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.327;QD=27.4836;RBI=0.0524053;REFB=-0.0720874;REVB=0.0370516;RO=10;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187834;STB=0.604537;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0205075;OID=.;OPOS=1491096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:13:6:6:4:13:6:6:4 chr11 1501670 . G C 785.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4252;QD=57.0978;RBI=0.0343155;REFB=0;REVB=0.0342672;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447924;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr11 1502097 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.228;QD=57.3857;RBI=0.0184708;REFB=0;REVB=-0.0162675;RO=0;SAF=12;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77043e-05;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:45:12:0:0:45:12:0:0 chr11 1507731 . A G 327.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626531;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.307;QD=54.5683;RBI=0.021173;REFB=0;REVB=-0.0202247;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106684;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr11 1576137 . C T 269.32 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=1;FSRF=53;FSRR=0;FWDB=0.00473279;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.283;QD=12.6741;RBI=0.091568;REFB=-6.17906e-05;REVB=0.0914456;RO=50;SAF=31;SAR=1;SRF=50;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413353;STB=0.730354;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00148501;OID=.;OPOS=1576137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:50:53:32:32:0.376471:1:31:50:0:1:31:53:0 chr11 1628965 . G A 42.06 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0118428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.311;QD=9.34588;RBI=0.0120151;REFB=-0.0347616;REVB=0.00202791;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.666173;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.049133;OID=.;OPOS=1628965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:18:18:10:11:6:7:0.388889:4:2:5:5:5:2:6:5 chr11 1628992 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0592214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.832;QD=16.4545;RBI=0.0599146;REFB=-0.0599059;REVB=-0.00908764;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.037976;OID=.;OPOS=1628992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:10:3:4:6:6:0.6:4:2:1:2:4:2:1:3 chr11 1651830 . G T 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0104723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.476;QD=21.7445;RBI=0.0105663;REFB=-0.0420038;REVB=-0.00140573;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343481;STB=0.516599;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.026986;OID=.;OPOS=1651830;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:16:19:19:0.542857:10:9:6:8:10:9:7:9 chr11 1651917 . C T 164.81 PASS AF=0.515152;AO=18;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00276943;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.568;QD=19.977;RBI=0.0213168;REFB=-0.0301662;REVB=-0.0211361;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591057;STB=0.518497;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0185869;OID=.;OPOS=1651917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:16:18:17:0.515152:10:8:6:10:10:7:6:10 chr11 1775245 . G A 46.6 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0125269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.325;QD=10.356;RBI=0.0223119;REFB=-0.00786686;REVB=0.0184634;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263346;STB=0.516083;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0435082;OID=.;OPOS=1775245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:5:6:4:3:5:6 chr11 1857173 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=36;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.332;QD=64.415;RBI=0.0339263;REFB=0;REVB=0.0218421;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87469e-06;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:36:50:1:27:9:0:0:34:16:0:0 chr11 1858262 . C T 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.51;QD=54.5131;RBI=0.0183471;REFB=0;REVB=0.0152647;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35634e-05;OID=.;OPOS=1858262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr11 1861760 . T C 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.195;QD=62.6686;RBI=0.0676051;REFB=0;REVB=0.0629257;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423176;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr11 1887806 . T A 88.88 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0186125;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.599;QD=10.7729;RBI=0.0208351;REFB=-0.0194611;REVB=0.00936358;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430323;STB=0.536844;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0446342;OID=.;OPOS=1887806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:35:33:21:22:10:11:0.333333:7:3:7:14:8:3:7:15 chr11 1890990 . G A 151.81 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0881441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.418;QD=20.9394;RBI=0.0885896;REFB=-0.0325569;REVB=0.00887236;RO=13;SAF=2;SAR=14;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447873;STB=0.758648;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0115571;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:14:2:7:6:14:2:7:6 chr11 1891722 . C T 119.91 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00638694;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.233;QD=12.9629;RBI=0.0294673;REFB=-0.00437448;REVB=-0.0287668;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135697;STB=0.603293;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00306423;OID=.;OPOS=1891722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:23:14:14:0.378378:4:10:10:7:4:10:13:10 chr11 1902768 . G A 733.47 PASS AF=0.489796;AO=72;DP=148;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0196297;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.726;QD=19.9584;RBI=0.026637;REFB=-0.0522553;REVB=0.0180057;RO=68;SAF=29;SAR=43;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744837;STB=0.567394;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0515198;OID=.;OPOS=1902768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:68:75:72:72:0.489796:43:29:33:35:43:29:40:35 chr11 1910635 . C T 118.55 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0204431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.9;QD=22.5805;RBI=0.028679;REFB=-0.0203789;REVB=0.0201137;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985854;STB=0.555473;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0056665;OID=.;OPOS=1910635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:6:2:5:8:6:2 chr11 1911115 . T C 130.42 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5005;QD=43.4732;RBI=0.0535658;REFB=0;REVB=0.0510882;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222783;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:5:7:0:0 chr11 1959707 . C T 382.42 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0606402;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6414;QD=17.5827;RBI=0.0619836;REFB=-0.0264543;REVB=0.0128348;RO=46;SAF=27;SAR=12;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113238;STB=0.559291;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0219149;OID=.;OPOS=1959707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:46:47:39:40:0.45977:12:27:27:19:13:27:27:20 chr11 1977552 . G A 306.57 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0251488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.329;QD=27.2507;RBI=0.0287861;REFB=-0.0210612;REVB=-0.0140063;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186981;STB=0.603202;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0119971;OID=.;OPOS=1977552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:11:16:6:12:11:16:6:12 chr11 1977561 . G C 136.41 PASS AF=0.454545;AO=13;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0772834;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1352;QD=16.5343;RBI=0.0820042;REFB=-0.0358693;REVB=-0.027422;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231534;STB=0.555481;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0405089;OID=.;OPOS=1977561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:18:13:15:0.454545:9:4:10:9:9:6:9:9 chr11 2016659 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0228608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.56;QD=12.0155;RBI=0.0234672;REFB=-0.00232041;REVB=-0.00530026;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00516126;OID=.;OPOS=2016659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr11 2016662 . T C 38.58 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0180319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.741;QD=11.0215;RBI=0.0536724;REFB=-0.00137875;REVB=-0.0505528;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116777;STB=0.571195;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=2.13689e-05;OID=.;OPOS=2016662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:3:5:3:3:3:5 chr11 2016924 . A G 39.46 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00670226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.2473;QD=13.1543;RBI=0.00670226;REFB=-0.0726393;REVB=0;RO=6;SAF=6;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0671739;OID=.;OPOS=2016924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:0:6:6:0:0:6:6:0 chr11 2017017 . A C 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0184221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9167;QD=24.1063;RBI=0.10566;REFB=-0.00516416;REVB=-0.104042;RO=19;SAF=18;SAR=6;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103677;STB=0.557332;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00265436;OID=.;OPOS=2017017;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:6:18:16:3:6:18:16:3 chr11 2017110 . C G 504.99 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=47;FWDB=0.00198354;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3594;QD=17.5648;RBI=0.0330126;REFB=-0.0038671;REVB=-0.0329529;RO=61;SAF=26;SAR=28;SRF=14;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245187;STB=0.635133;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00508042;OID=.;OPOS=2017110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:61:61:54:54:0.469565:28:26:14:47:28:26:14:47 chr11 2017439 . C G 313.14 PASS AF=0.532258;AO=29;DP=58;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0571643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6863;QD=20.2025;RBI=0.0621604;REFB=-0.0164339;REVB=0.0244164;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868084;STB=0.574666;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0227475;OID=.;OPOS=2017439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:25:29:29:33:0.532258:18:11:12:13:22:11:14:15 chr11 2018336 . A T 278.67 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0253292;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.13;QD=16.155;RBI=0.0321158;REFB=-0.0456715;REVB=-0.0197448;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621493;STB=0.523794;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0405112;OID=.;OPOS=2018336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:37:38:31:31:0.449275:11:20:26:11:11:20:26:12 chr11 2018853 . G A 293.21 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0421734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.434;QD=12.4771;RBI=0.0430011;REFB=-0.0349948;REVB=0.00839636;RO=59;SAF=14;SAR=20;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107803;STB=0.567425;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.055788;OID=.;OPOS=2018853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:60:34:34:0.361702:20:14:30:29:20:14:31:29 chr11 2181060 . T G 175.0 PASS AF=1;AO=11;DP=20;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.654;QD=46.6662;RBI=0.272612;REFB=0;REVB=0.272403;RO=6;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.848351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218174;OID=.;OPOS=2181060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:15:6:0:11:15:1:0:11:0:6:1:14:0:0 chr11 2190951 . C T 357.97 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9799;QD=55.0722;RBI=0.091066;REFB=0;REVB=-0.0122956;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108866;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:21:5:0:0:21:5:0:0 chr11 2337218 . G A 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00961311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.246;QD=15.6502;RBI=0.0335955;REFB=-0.0100769;REVB=0.0321907;RO=21;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102123;STB=0.559244;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00883267;OID=.;OPOS=2337218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:12:4:7:14:12:4:7:14 chr11 2337693 . G A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00276417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.322;QD=17.6896;RBI=0.0220355;REFB=-0.00686833;REVB=0.0218615;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283464;STB=0.516114;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00970012;OID=.;OPOS=2337693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:14:7:8:18:14:7:8:18 chr11 2343016 . C T 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00363448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.255;QD=12.1812;RBI=0.0575055;REFB=-0.00348802;REVB=0.0573905;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336027;STB=0.51996;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00853992;OID=.;OPOS=2343016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:8:7:5:5:8:7 chr11 2424683 . CA C,CC 433.21 PASS AF=1,0;AO=15,14;DP=29;FAO=30,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606448,-0.0815305;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=192.722,180.557;QD=57.7618;RBI=0.0645909,0.0827069;REFB=0,0;REVB=0.0222304,0.0138999;RO=0;SAF=2,13;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000159648,0;OID=.,.;OPOS=2424684,2424684;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:15,14:29:30,0:30:0:15,0:15,0:0:0:4:0:2,13:13,1:0:0 chr11 2427291 . A C 781.53 PASS AF=1;AO=47;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4095;QD=55.8239;RBI=0.0569622;REFB=0;REVB=-0.0556115;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66996e-05;OID=.;OPOS=2427291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:47:56:1:36:11:0:0:40:16:0:0 chr11 2435946 . A G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0360175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.88;QD=21.1691;RBI=0.0856446;REFB=0.117968;REVB=0.0777029;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202067;STB=0.615098;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00903466;OID=.;OPOS=2435946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:3:0:2:5:3:0 chr11 2435956 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0216328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.654;QD=18.7441;RBI=0.0534136;REFB=-0.00375185;REVB=0.0488368;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250326;STB=0.64252;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00248797;OID=.;OPOS=2435956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:4:0:2:5:4:0 chr11 2439542 . A G 226.29 PASS AF=0.471698;AO=23;DP=51;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.029286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.378;QD=17.0784;RBI=0.0310308;REFB=-0.00468222;REVB=-0.0102587;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183613;STB=0.628008;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0125812;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:27:28:23:25:0.471698:15:8:5:22:15:10:5:23 chr11 2439767 . T C 106.92 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00871292;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.791;QD=20.3657;RBI=0.0218411;REFB=-0.00320484;REVB=-0.0200279;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253577;STB=0.644916;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00176933;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:3:6:4:8:3:6 chr11 2610034 . C G 791.66 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.024281;FXX=0.0158705;HRUN=6;LEN=1;MLLD=88.5221;QD=51.0746;RBI=0.065745;REFB=-0.110455;REVB=-0.0610969;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528562;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00283671;OID=.;OPOS=2610034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:0:4:58:58:0.935484:33:25:0:0:33:25:0:4 chr11 2797237 . G A 490.94 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0171374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.192;QD=19.2525;RBI=0.0425942;REFB=-0.0356465;REVB=0.0389945;RO=51;SAF=27;SAR=24;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0378676;OID=.;OPOS=2797237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:24:27:27:24:24:27:27:24 chr11 2870108 . A G 326.05 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0120938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.417;QD=17.3892;RBI=0.0169059;REFB=-0.00880196;REVB=0.0118131;RO=40;SAF=13;SAR=22;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219989;STB=0.512308;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00652789;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:22:13:14:26:22:13:14:26 chr11 2920666 . C T 137.53 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0318148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8046;QD=7.23846;RBI=0.0360351;REFB=-0.0157288;REVB=-0.0169218;RO=56;SAF=5;SAR=15;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283537;STB=0.673728;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0528974;OID=.;OPOS=2920666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:15:5:26:30:15:5:26:30 chr11 2924610 . G A 125.22 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0405397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.395;QD=10.4354;RBI=0.0405479;REFB=0.000126075;REVB=0.000817889;RO=33;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640785;STB=0.53841;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=5.77041e-05;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:9:6:15:18:9:6:15:18 chr11 2929552 . A G 358.22 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.197924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.964;QD=55.111;RBI=0.199278;REFB=0;REVB=0.0231919;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010777;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:16:6:0:0:16:10:0:0 chr11 2999507 . G T 272.75 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00388527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.31;QD=24.2446;RBI=0.00430163;REFB=-0.0291969;REVB=0.00184625;RO=20;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071103;STB=0.53965;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0220041;OID=.;OPOS=2999507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:17:8:8:12:17:8:8:12 chr11 3028140 . G A 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0225305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.406;QD=17.4003;RBI=0.0231718;REFB=-0.0548789;REVB=0.00541355;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228078;STB=0.628964;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0277218;OID=.;OPOS=3028140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:11:2:5:8:11:2 chr11 3061780 . C T 422.53 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0245354;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6561;QD=23.1522;RBI=0.0255575;REFB=0.00183574;REVB=0.0071551;RO=31;SAF=14;SAR=27;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118588;STB=0.559656;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00169538;OID=.;OPOS=3061780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:31:32:41:41:0.561644:27:14:15:16:27:14:15:17 chr11 3109408 . C T 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00551893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.767;QD=6.2512;RBI=0.0170189;REFB=-0.0215194;REVB=-0.0160992;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141582;STB=0.608351;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0922323;OID=.;OPOS=3109408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:3:3:6:10:3:3:6:11 chr11 3111866 . C T 140.63 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0223675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9202;QD=13.0815;RBI=0.0296201;REFB=-0.0288469;REVB=0.0194176;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697015;STB=0.540931;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.041502;OID=.;OPOS=3111866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:11:5:10:17:11:5:10:17 chr11 3129027 . G A 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0400381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.176;QD=16.1048;RBI=0.0688831;REFB=-0.00233665;REVB=0.0560521;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149397;STB=0.586103;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00621914;OID=.;OPOS=3129027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:11:11:11:6:11:11 chr11 3243346 . C T 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9227;QD=37.4785;RBI=0.0415053;REFB=0;REVB=0.0346185;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911162;OID=.;OPOS=3243346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr11 3243367 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.025;QD=40.7629;RBI=0.0262565;REFB=0;REVB=0.0238426;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011284;OID=.;OPOS=3243367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr11 3243427 . T C 394.58 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00678687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.366;QD=52.6105;RBI=0.00929841;REFB=-0.137308;REVB=-0.00635601;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00216087;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:30:0:1:28:29:0.966667:14:14:0:0:14:15:0:1 chr11 3243638 . A G 1042.6 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.708;QD=59.577;RBI=0.0670005;REFB=0;REVB=0.009164;RO=0;SAF=19;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25812e-05;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:66:70:1:47:19:0:0:48:22:0:0 chr11 3243665 . C T 901.75 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0128259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.387;QD=53.836;RBI=0.0214781;REFB=-0.137893;REVB=0.017228;RO=3;SAF=17;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291981;STB=0.515459;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00257806;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:67:3:3:64:64:0.955224:47:17:0:3:47:17:0:3 chr11 3243673 . G C 988.08 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.518;QD=58.99;RBI=0.110236;REFB=0;REVB=0.0266426;RO=0;SAF=16;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119312;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:50:16:0:0:50:17:0:0 chr11 3243908 . T TA 111.68 PASS AF=1;AO=2;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04066;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=69.2395;QD=40.6121;RBI=0.184091;REFB=0;REVB=0.179544;RO=8;SAF=2;SAR=0;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.634114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0020064;OID=.;OPOS=3243909;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:11:11:11:0:5:6:0:0:4:8:2:0:3:5 chr11 3243909 . G A 68.99 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0201268;FXX=0.0908265;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.6655;QD=27.5957;RBI=0.0886862;REFB=-0.0563055;REVB=-0.0863722;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218484;STB=0.624686;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00233775;OID=.;OPOS=3243909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:2:0:5:3:2:0 chr11 3244005 . TC T 504.18 PASS AF=1;AO=45;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141704;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.9032;QD=41.1577;RBI=0.225139;REFB=0;REVB=-0.174951;RO=1;SAF=14;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000526192;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:50:49:49:0:15:34:0:0:10:1:14:31:1:0 chr11 3249552 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.15;QD=52.6107;RBI=0.0827915;REFB=0;REVB=0.0291538;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119997;OID=.;OPOS=3249552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr11 3249984 . C T 754.0 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.642;QD=61.5512;RBI=0.0276098;REFB=-0.131879;REVB=0.0128698;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000430772;OID=.;OPOS=3249984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:0:1:24:24:0:1 chr11 3249990 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0262297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.935;QD=15.6259;RBI=0.0323335;REFB=-0.00579426;REVB=0.0189065;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832917;STB=0.547895;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00906426;OID=.;OPOS=3249990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:12:15:9:10:12:15 chr11 3381369 . G C 308.21 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.000776583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.588;QD=20.8958;RBI=0.00366107;REFB=-0.0185695;REVB=-0.00357776;RO=26;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623041;STB=0.525408;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0110881;OID=.;OPOS=3381369;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:27:32:32:0.542373:16:16:15:11:16:16:15:12 chr11 3436489 . G GT 192.65 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130921;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.0363;QD=42.8109;RBI=0.150569;REFB=0;REVB=0.0743695;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00728963;OID=.;OPOS=3436490;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:18:18:0:11:7:0:0:4:17:2:0:10:7 chr11 3436490 . C G,T 210.97 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,16;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595992,0.0870186;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=8.46986,85.2188;QD=46.8819;RBI=0.128484,0.0925935;REFB=0,0;REVB=-0.113825,0.0316437;RO=0;SAF=2,9;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.154169,0.0037717;OID=.,.;OPOS=3436490,3436490;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:18:18:0:0:2,16:1,17:0.0555556,0.944444:0,7:2,9:0:0:0,7:1,10:0:0 chr11 3436492 . A G 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0708383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0175;QD=49.5911;RBI=0.0764339;REFB=0;REVB=0.0287066;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000852885;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr11 3661140 . T C 721.85 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.909;QD=62.7693;RBI=0.0277091;REFB=0;REVB=0.0276854;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88935e-05;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:25:19:0:0:26:20:0:0 chr11 3661585 . A ATGG 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322848;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=154.097;QD=32.822;RBI=0.0708387;REFB=-0.0277956;REVB=-0.0630541;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=ins;VARB=0.00067171;OID=.;OPOS=3661586;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:9:10:9:10:1:4:5:1:0:6:1:4:5:1:0 chr11 3681519 . T C 177.47 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0101328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.667;QD=21.511;RBI=0.0218568;REFB=-0.0439128;REVB=-0.0193661;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125302;STB=0.520525;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0242342;OID=.;OPOS=3681519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:8:10:8:6:8:10:9:6 chr11 3744565 . A AT 44.12 PASS AF=0.209877;AO=20;DP=86;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0133692;FXX=0.0121936;HRUN=0;LEN=1;MLLD=96.4071;QD=2.17858;RBI=0.0201637;REFB=-0.00446972;REVB=-0.0150944;RO=65;SAF=4;SAR=16;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493094;STB=0.879315;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.15275;OID=.;OPOS=3744566;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209877:20:86:17:81:64:2:15:38:26:44:65:4:16:39:26 chr11 3744606 . T C 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0197305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0798;QD=13.7262;RBI=0.0202358;REFB=-0.00515573;REVB=0.00449372;RO=35;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265211;STB=0.508975;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0183017;OID=.;OPOS=3744606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:17:8:12:23:17:8:12:24 chr11 3838910 . G C 141.99 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3658;QD=43.6906;RBI=0.0799663;REFB=0;REVB=0.0438774;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031037;OID=.;OPOS=3838910;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr11 3838953 . T C 62.33 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.6;QD=35.6174;RBI=0.0567967;REFB=0;REVB=-0.0221393;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125103;OID=.;OPOS=3838953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:5:7:1:2:3:0:0:2:5:0:0 chr11 4116265 . AGG A,AG,AGGG 45.3 PASS AF=0,0.55,0.1;AO=2,7,2;DP=20;FAO=0,11,2;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=0,3,1;FSAR=0,8,1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.015768,-0.0276866,0.0262752;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=14.578,9.94089,8.06515;QD=9.0591;RBI=0.096914,0.179137,0.173792;REFB=0.0553413,0.0949254,-0.095447;REVB=-0.0956226,-0.176985,0.171794;RO=6;SAF=0,2,0;SAR=2,5,2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.562437,-0.0441607,-0.562437;STB=0.5,0.506317,0.665187;STBP=1,1,0.751;TYPE=del,del,ins;VARB=0,-0.0363983,0.063453;OID=.,.,.;OPOS=4116266,4116266,4116266;OREF=GG,G,-;OALT=-,-,G;OMAPALT=A,AG,AGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.55,0.1:2,7,2:20:0,11,2:20:7:0,3,1:0,8,1:2:5:24:6:0,2,0:2,5,2:2:4 chr11 4159466 . G A 79.88 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0405633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.645;QD=5.8091;RBI=0.0456898;REFB=-0.00692666;REVB=-0.0210279;RO=42;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938668;STB=0.552542;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0227165;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:54:55:42:43:12:12:0.218182:8:4:17:25:8:4:17:26 chr11 4411241 . C T 512.59 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0493624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4922;QD=21.8125;RBI=0.0903448;REFB=0.00179845;REVB=0.0756674;RO=45;SAF=30;SAR=19;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504065;STB=0.527767;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.000469406;OID=.;OPOS=4411241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:19:30:30:15:19:30:30:15 chr11 4592706 . T TAC 282.22 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0153048;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.694;QD=11.1771;RBI=0.0283069;REFB=0.0126814;REVB=-0.0238127;RO=66;SAF=16;SAR=19;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486344;STB=0.528061;STBP=0.726;TYPE=ins;VARB=-0.0276689;OID=.;OPOS=4592707;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346535:35:102:35:101:66:16:19:33:33:99:66:16:19:33:33 chr11 4592708 . C CAG 404.77 PASS AF=0.441176;AO=43;DP=105;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00566153;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.246;QD=15.8731;RBI=0.0130481;REFB=0.00878417;REVB=-0.0117558;RO=57;SAF=22;SAR=21;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109496;STB=0.57214;STBP=0.208;TYPE=ins;VARB=-0.00949185;OID=.;OPOS=4592709;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:43:105:45:102:57:24:21:23:34:99:57:22:21:23:34 chr11 4608542 . C T 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0247088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.29;QD=25.5727;RBI=0.025994;REFB=-0.00148869;REVB=0.00807259;RO=17;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920578;STB=0.505108;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.000755163;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:11:13:9:8:11:13:9:8 chr11 4615234 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00612425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.133;QD=14.6539;RBI=0.0500429;REFB=-0.0602008;REVB=0.0496668;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105859;STB=0.562346;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0385017;OID=.;OPOS=4615234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:5:3:4:4:5:3 chr11 4615390 . C T 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9958;QD=55.6519;RBI=0.062111;REFB=0;REVB=0.0551888;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173211;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr11 4615508 . C G 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.026173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9978;QD=13.0288;RBI=0.0283779;REFB=0.00703406;REVB=-0.0109671;RO=46;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289803;STB=0.516605;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.012021;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:19:10:17:29:19:10:17:29 chr11 4703165 . C A 784.67 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0666878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1286;QD=57.0669;RBI=0.0833002;REFB=0;REVB=0.0499166;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182896;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr11 4730985 . C T 345.99 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0333702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.406;QD=24.7138;RBI=0.0347853;REFB=-0.0102562;REVB=-0.00982091;RO=22;SAF=12;SAR=22;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00835041;STB=0.504584;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00828886;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:22:12:8:14:22:12:8:14 chr11 4731180 . G A 385.88 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0118201;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2375;QD=14.8416;RBI=0.0262781;REFB=-0.0095598;REVB=-0.0234696;RO=58;SAF=29;SAR=15;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097667;STB=0.547148;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00893159;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:60:44:44:0.423077:15:29:33:25:15:29:35:25 chr11 4731468 . G A 173.03 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0583738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4688;QD=18.7056;RBI=0.0637263;REFB=-0.0228124;REVB=-0.0255646;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172572;STB=0.598078;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0400796;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:11:8:11:7:11:8 chr11 4731583 . C T 331.29 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0249808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.719;QD=13.6613;RBI=0.038087;REFB=-0.011105;REVB=0.0287503;RO=59;SAF=15;SAR=22;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576192;STB=0.528286;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0123734;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:60:37:37:0.381443:22:15:27:32:22:15:27:33 chr11 4928621 . G A 327.83 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0165096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.357;QD=17.7206;RBI=0.0168201;REFB=0.013727;REVB=0.00321676;RO=38;SAF=21;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167074;STB=0.599943;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0169506;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:14:21:16:22:14:21:16:23 chr11 4929061 . C G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0146527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0052;QD=9.49161;RBI=0.0154429;REFB=0.000325451;REVB=0.00487664;RO=18;SAF=8;SAR=1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372062;STB=0.736195;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00135081;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:1:8:12:6:1:8:12:6 chr11 4945196 . T G 57.31 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.102558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3869;QD=12.7351;RBI=0.103878;REFB=0.0080112;REVB=0.0165015;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.514669;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0171117;OID=.;OPOS=4945196;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:4:6:5:3:4:6 chr11 4945229 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0735046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.799;QD=14.0438;RBI=0.0737513;REFB=0.0118113;REVB=-0.0060273;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341697;STB=0.699373;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00871775;OID=.;OPOS=4945229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:4:0:2:3:4:0 chr11 4964753 . A G 1472.28 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.456;QD=63.3238;RBI=0.0235461;REFB=0;REVB=-0.0184708;RO=0;SAF=32;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0191e-06;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:61:32:0:0:61:32:0:0 chr11 4965301 . G T 762.69 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0356723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7514;QD=54.4781;RBI=0.0469893;REFB=0.0889078;REVB=-0.0305856;RO=3;SAF=37;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00375315;STB=0.515146;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00219896;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:3:1:53:55:0.982143:16:37:2:1:16:39:0:1 chr11 4967468 . G A 754.07 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.797;QD=53.8622;RBI=0.0295502;REFB=-0.0986125;REVB=0.029327;RO=2;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111088;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:2:0:54:56:1:21:33:0:2:23:33:0:0 chr11 4968198 . C A 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2464;QD=45.1033;RBI=0.153057;REFB=0.0752661;REVB=-0.149596;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437188;STB=0.523783;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0123385;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:10:8:0:1:10:8:0:1 chr11 4976086 . C T 532.48 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106886;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1454;QD=59.1649;RBI=0.104619;REFB=0;REVB=0.104613;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228311;OID=.;OPOS=4976086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:18:18:0:0 chr11 4976554 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00021736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1891;QD=35.5754;RBI=0.112198;REFB=0;REVB=-0.112198;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00562769;OID=.;OPOS=4976554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr11 4976811 . C A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.143158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4752;QD=45.8026;RBI=0.183738;REFB=0;REVB=-0.115175;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0118852;OID=.;OPOS=4976811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr11 5079946 . C T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.486;QD=63.8695;RBI=0.0317479;REFB=0;REVB=0.0129355;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3463e-05;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr11 5080844 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3318;QD=33.4284;RBI=0.11001;REFB=0;REVB=0.00100263;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00523264;OID=.;OPOS=5080844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr11 5141902 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.845;QD=51.9167;RBI=0.0578489;REFB=0;REVB=0.0559686;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223661;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr11 5141980 . A G 435.87 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.213;QD=54.4842;RBI=0.0397333;REFB=-0.174081;REVB=0.0380212;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00318074;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:19:12:0:1:19:12:0:1 chr11 5142134 . C T 37.81 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00118255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.339;QD=9.45324;RBI=0.00755103;REFB=-0.0207506;REVB=-0.00745786;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429227;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.036619;OID=.;OPOS=5142134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:10:10:5:6:0.375:1:4:4:6:2:4:4:6 chr11 5142270 . T G 782.04 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.744;QD=63.8398;RBI=0.026725;REFB=0;REVB=0.0246542;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109074;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr11 5142549 . T C 975.79 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0302465;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.415;QD=54.974;RBI=0.0385786;REFB=-0.138108;REVB=0.023947;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.517236;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00109793;OID=.;OPOS=5142549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:0:2:68:69:0.971831:27:41:0:0:28:41:0:2 chr11 5153261 . A G 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.005;QD=61.6742;RBI=0.0429291;REFB=0;REVB=0.0353122;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754273;OID=.;OPOS=5153261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr11 5153659 . C G 347.89 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.000476555;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1878;QD=22.4447;RBI=0.0557121;REFB=-0.0208786;REVB=-0.0557101;RO=23;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573695;STB=0.501844;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0150254;OID=.;OPOS=5153659;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:23:27:35:35:0.564516:18:17:13:10:18:17:13:14 chr11 5172786 . A G 592.75 PASS AF=1;AO=33;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024925;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.241;QD=60.7944;RBI=0.0496555;REFB=0;REVB=0.0495929;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164173;OID=.;OPOS=5172786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:33:39:1:9:24:0:0:14:25:0:0 chr11 5221645 . C G 190.85 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087753;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.52;QD=47.7125;RBI=0.0141502;REFB=0;REVB=0.0111005;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189786;OID=.;OPOS=5221645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:6:8:0:0:6:10:0:0 chr11 5221825 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.998;QD=33.4285;RBI=0.0213795;REFB=0;REVB=-0.0196497;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240395;OID=.;OPOS=5221825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr11 5248243 . A G 194.85 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00359954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.17;QD=17.3204;RBI=0.0147349;REFB=-0.00978764;REVB=0.0142885;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106824;STB=0.560915;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.013643;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:14:11:11:9:14:11 chr11 5269583 . GTGA AGAG 757.8 PASS AF=1;AO=50;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381958;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=4;MLLD=283.286;QD=56.1334;RBI=0.0547594;REFB=0;REVB=0.0392386;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000308617;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:50:54:1:21:29:0:0:23:31:0:0 chr11 5322520 . G A 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0532644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.055;QD=20.7386;RBI=0.0534777;REFB=-0.0190001;REVB=0.00477145;RO=16;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2738;STB=0.65606;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0236219;OID=.;OPOS=5322520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:14:4:8:8:14:4:8:8 chr11 5322737 . A G 241.78 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0266511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.649;QD=21.98;RBI=0.0276797;REFB=-0.0106089;REVB=-0.00747561;RO=21;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115364;STB=0.564796;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00591085;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:15:8:10:11:15:8:10:11 chr11 5323071 . C T 728.36 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.838;QD=63.3356;RBI=0.0137345;REFB=0;REVB=0.0082781;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48095e-05;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:31:14:0:0:31:15:0:0 chr11 5344681 . G A 167.07 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0231803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2795;QD=15.1884;RBI=0.0239499;REFB=0.0028002;REVB=0.00602271;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270856;STB=0.666481;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00284305;OID=.;OPOS=5344681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:6:12:10:15:6:12:10:16 chr11 5344772 . T C 244.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0114938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.953;QD=17.1336;RBI=0.0126709;REFB=-0.01544;REVB=-0.0053332;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170017;STB=0.5877;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0210553;OID=.;OPOS=5344772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:10:17:13:16:10:17:14:16 chr11 5344847 . A G 220.69 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0775078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3732;QD=18.3908;RBI=0.0786463;REFB=0.00884749;REVB=0.0133337;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563503;STB=0.520814;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0123384;OID=.;OPOS=5344847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:11:11:11:14:11:11:12:14 chr11 5344902 . C G 77.95 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0132534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9125;QD=14.1731;RBI=0.0394557;REFB=-0.0755064;REVB=-0.0371631;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286528;STB=0.642579;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0647634;OID=.;OPOS=5344902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:4:6:3:8:4:6:4:8 chr11 5345170 . A G 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.029999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6609;QD=9.19823;RBI=0.0320191;REFB=-0.0300811;REVB=-0.011193;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431814;STB=0.756173;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0453571;OID=.;OPOS=5345170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:11:2:4:3:11:2 chr11 5345486 . G A 157.56 PASS AF=0.377358;AO=18;DP=51;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0243759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.105;QD=11.8913;RBI=0.0245903;REFB=-0.005857;REVB=0.00323972;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15923;STB=0.626238;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.012406;OID=.;OPOS=5345486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:32:33:18:20:0.377358:13:5:13:19:15:5:14:19 chr11 5443442 . GA CA,CG 461.63 PASS AF=0.911765,0.0588235;AO=31,2;DP=34;FAO=31,2;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00525588,0.00313097;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=108.778,67.6937;QD=54.3098;RBI=0.039889,0.0376402;REFB=-0.0440605,-0.121041;REVB=0.0395412,0.0375097;RO=1;SAF=15,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0282674,0;STB=0.515142,0.5;STBP=0.517,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0012125,0.0395823;OID=.,.;OPOS=5443442,5443442;OREF=G,GA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:1:1:31,2:31,2:0.911765,0.0588235:16,2:15,0:0:1:16,2:15,0:0:1 chr11 5443700 . C T 854.55 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.914;QD=56.97;RBI=0.0282935;REFB=0;REVB=-0.00836726;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.87588e-05;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:34:26:0:0 chr11 5443739 . T C 609.88 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0433018;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.044;QD=46.914;RBI=0.0455347;REFB=-0.086262;REVB=0.0140843;RO=3;SAF=23;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199719;STB=0.529832;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00105396;OID=.;OPOS=5443739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:52:52:3:5:47:47:0.903846:24:23:2:1:24:23:4:1 chr11 5443867 . C T 276.78 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0533498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0168;QD=48.1347;RBI=0.0602491;REFB=-0.111892;REVB=-0.0279956;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542958;STB=0.529385;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0021983;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:14:8:1:0:14:8:1:0 chr11 5443887 . T C 336.0 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.408;QD=53.7604;RBI=0.0920809;REFB=0;REVB=0.0626809;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268429;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:15:10:0:0 chr11 5443893 . G A 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6125;QD=50.8366;RBI=0.045446;REFB=-0.0402555;REVB=0.0380688;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487725;STB=0.526294;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00256894;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:16:9:1:0:16:9:1:0 chr11 5443963 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.747;QD=45.8047;RBI=0.11054;REFB=0;REVB=-0.0106611;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00358096;OID=.;OPOS=5443963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr11 5443969 . A C 141.35 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.135;QD=43.4921;RBI=0.0216321;REFB=0;REVB=-0.0113454;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00392433;OID=.;OPOS=5443969;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:10:2:0:0:10:3:0:0 chr11 5444061 . G A 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.671;QD=59.4314;RBI=0.00875115;REFB=0;REVB=-0.00809979;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68768e-05;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr11 5444136 . C T 1499.5 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2828;QD=63.1369;RBI=0.0288249;REFB=0;REVB=0.0199925;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.492e-06;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:40:54:0:0:40:55:0:0 chr11 5444353 . T C 313.5 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0484862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.0623;QD=50.1599;RBI=0.0672715;REFB=-0.128832;REVB=0.046632;RO=2;SAF=5;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153047;STB=0.538428;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0108668;OID=.;OPOS=5444353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:25:25:2:1:23:24:0.96:18:5:2:0:18:6:1:0 chr11 5462085 . G A 247.1 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0341828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.265;QD=47.067;RBI=0.0397564;REFB=-0.167273;REVB=0.0203004;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.533299;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00204476;OID=.;OPOS=5462085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:13:7:1:0:13:7:1:0 chr11 5462105 . T C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.898;QD=48.7342;RBI=0.0361173;REFB=0;REVB=0.00318306;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420577;OID=.;OPOS=5462105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr11 5462255 . C G 711.29 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9865;QD=55.7873;RBI=0.0437145;REFB=0;REVB=0.0320515;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000499112;OID=.;OPOS=5462255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:48:51:1:16:32:0:0:18:33:0:0 chr11 5462374 . C T 1208.63 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0657;QD=61.1967;RBI=0.0464575;REFB=0;REVB=0.0378078;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72281e-05;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:50:29:0:0:50:29:0:0 chr11 5462702 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.442;QD=49.5989;RBI=0.0467361;REFB=0;REVB=0.0197042;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613964;OID=.;OPOS=5462702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr11 5475118 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.617;QD=63.2853;RBI=0.0346833;REFB=0;REVB=0.0346222;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177692;OID=.;OPOS=5475118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr11 5510284 . A G 1000.15 PASS AF=0.985714;AO=66;DP=68;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0544572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.647;QD=57.1513;RBI=0.0544642;REFB=-0.0737196;REVB=0.000878343;RO=1;SAF=24;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192778;STB=0.509088;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000684292;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:70:1:1:66:69:0.985714:42:24:1:0:42:27:1:0 chr11 5510341 . C T 1697.17 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133986;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.54;QD=60.6133;RBI=0.0357301;REFB=0;REVB=0.0331228;RO=0;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0353e-05;OID=.;OPOS=5510341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:54:58:0:0:54:58:0:0 chr11 5510423 . ATCT A,TTCA 1279.12 PASS AF=0.879121,0.120879;AO=77,6;DP=87;FAO=80,11;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42,9;FSAR=38,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577552,0.00622594;FXX=0.0990001;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=175.217,98.2891;QD=56.2251;RBI=0.0577552,0.0160335;REFB=0,0;REVB=-7.42093e-05,0.0147753;RO=0;SAF=41,4;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.52206e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00166201,0.0554062;OID=.,.;OPOS=5510424,5510423;OREF=TCT,ATCT;OALT=-,TTCA;OMAPALT=A,TTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:87:91:0:0:77,6:80,11:0.879121,0.120879:36,2:41,4:0:0:38,2:42,9:0:0 chr11 5510497 . T C 1316.17 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0507294;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3804;QD=59.8258;RBI=0.0641243;REFB=-0.0257476;REVB=0.0392231;RO=1;SAF=48;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976784;STB=0.501616;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00298754;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:88:1:2:85:86:0.977273:37:48:1:0:37:49:1:1 chr11 5510626 . T C 712.2 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333441;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.751;QD=63.307;RBI=0.0498812;REFB=0;REVB=0.0370986;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011743;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr11 5510928 . G A 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.221;QD=56.1789;RBI=0.0461256;REFB=0;REVB=0.00102277;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464442;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr11 5529865 . G A 508.37 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00436835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.943;QD=56.486;RBI=0.0149441;REFB=-0.020321;REVB=0.0142913;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519988;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000738059;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:23:12:0:0:23:12:1:0 chr11 5536415 . C T 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0339241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.966;QD=9.82111;RBI=0.0345723;REFB=-0.0116225;REVB=-0.00666368;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190881;STB=0.613312;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.019097;OID=.;OPOS=5536415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:18:5:4:7:18:5 chr11 5536537 . A C 1319.5 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0175;QD=60.6667;RBI=0.0512068;REFB=-0.0357252;REVB=-0.0279344;RO=2;SAF=58;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160551;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478378;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:87:87:2:0:85:87:1:27:58:2:0:27:60:0:0 chr11 5536852 . A G 255.5 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0145676;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.82;QD=15.2536;RBI=0.0251637;REFB=-0.0204707;REVB=0.0205182;RO=36;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155491;STB=0.555519;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0304682;OID=.;OPOS=5536852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:38:28:29:0.432836:17:11:9:27:18:11:11:27 chr11 5537045 . T G 171.57 PASS AF=0.545455;AO=16;DP=31;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0114873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.195;QD=20.796;RBI=0.0116703;REFB=-0.0204917;REVB=0.00205855;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804595;STB=0.526852;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0144404;OID=.;OPOS=5537045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:14:15:16:18:0.545455:10:6:4:10:11:7:5:10 chr11 5537161 . A G 195.72 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0089067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.439;QD=25.2537;RBI=0.0188187;REFB=-0.0323002;REVB=-0.0165776;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031244;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0194675;OID=.;OPOS=5537161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:11:8:5:7:11:8:5:7 chr11 5537245 . G T 260.67 PASS AF=0.422535;AO=28;DP=69;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00746736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.103;QD=14.6858;RBI=0.0141179;REFB=-0.00927362;REVB=0.0119813;RO=41;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499565;STB=0.526298;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0167574;OID=.;OPOS=5537245;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:41:41:28:30:0.422535:13:15:20:21:14:16:20:21 chr11 5537780 . C A 129.15 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0193282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8915;QD=12.9145;RBI=0.0225027;REFB=0.00339699;REVB=-0.0115236;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362272;STB=0.71302;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0122395;OID=.;OPOS=5537780;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:4:11:10:15:4:11:10:15 chr11 5566030 . A G 306.03 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.677;QD=53.222;RBI=0.0345747;REFB=0;REVB=0.02851;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210087;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:11:12:0:0 chr11 5566051 . C A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=10;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0791155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5372;QD=12.0501;RBI=0.081999;REFB=0.0143758;REVB=-0.021554;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231477;STB=0.744113;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0409224;OID=.;OPOS=5566051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:11:13:10:9:0.409091:7:3:6:5:7:2:8:5 chr11 5566112 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0206073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.22;QD=11.9196;RBI=0.0223225;REFB=-0.0153668;REVB=0.00858103;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561098;STB=0.82253;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0217788;OID=.;OPOS=5566112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:6:1:6:2:6:1:6:3 chr11 5566365 . T C 871.39 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.575;QD=56.2184;RBI=0.148617;REFB=-0.109022;REVB=0.147637;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000868773;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:33:28:0:0:33:28:0:1 chr11 5566489 . C T 357.67 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00824322;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.703;QD=19.3332;RBI=0.0390005;REFB=-0.020338;REVB=0.0381194;RO=32;SAF=13;SAR=23;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959504;STB=0.557244;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0194493;OID=.;OPOS=5566489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:32:37:36:37:0.5:23:13:15:17:24:13:17:20 chr11 5602275 . A G 726.04 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2517;QD=63.1341;RBI=0.0737309;REFB=0;REVB=0.073163;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011263;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr11 5602438 . T A 426.46 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0200217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1816;QD=51.6918;RBI=0.0507145;REFB=-0.188025;REVB=0.046595;RO=2;SAF=19;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133849;STB=0.507182;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00982928;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:33:33:2:2:31:31:0.939394:12:19:1:1:12:19:1:1 chr11 5602605 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.354;QD=61.3347;RBI=0.0508652;REFB=0;REVB=0.047899;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241292;OID=.;OPOS=5602605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr11 5602615 . A G 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.993;QD=61.6792;RBI=0.0605788;REFB=0;REVB=-0.0101897;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706105;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr11 5602679 . T C 692.91 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301305;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.374;QD=62.9917;RBI=0.0301901;REFB=0;REVB=0.00189569;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133862;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr11 5602790 . A G 1358.96 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.443;QD=62.4811;RBI=0.0278726;REFB=0;REVB=0.0263946;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72822e-05;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:49:37:0:0:50:37:0:0 chr11 5602927 . CG C,CC 1081.56 PASS AF=0.131579,0.855263;AO=12,63;DP=76;FAO=10,65;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=7,30;FSAR=3,35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00996012,0.0166079;FXX=0.0256377;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.815,205.333;QD=56.9241;RBI=0.0170465,0.0204764;REFB=-0.00931666,-0.00734893;REVB=0.013834,0.0119775;RO=1;SAF=9,28;SAR=3,35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0475628,-0.0165659;STB=0.533268,0.508194;STBP=0.622,0.339;TYPE=del,snp;VARB=0.0167096,-0.00255958;OID=.,.;OPOS=5602928,5602928;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.131579,0.855263:12,63:76:10,65:76:1:7,30:3,35:1:0:40:1:9,28:3,35:1:0 chr11 5602968 . G A 1066.43 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.032;QD=58.4347;RBI=0.0238064;REFB=-0.0631515;REVB=0.015595;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122822;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000248308;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:38:33:0:1:38:34:0:1 chr11 5625784 . A G 194.06 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00999784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.201;QD=13.8612;RBI=0.0296533;REFB=-0.0242726;REVB=-0.0279171;RO=32;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129113;STB=0.58434;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0258968;OID=.;OPOS=5625784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:33:23:23:0.410714:8:15:17:15:8:15:17:16 chr11 5625847 . A G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0103501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.635;QD=15.6194;RBI=0.0298469;REFB=-4.57723e-05;REVB=-0.0279949;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036135;STB=0.52081;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-2.402e-05;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:13:12:8:10:13:12 chr11 5632212 . G A 2075.55 PASS AF=0.966443;AO=139;DP=144;FAO=144;FDP=149;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=79;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00470135;FXX=0.0132442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.711;QD=55.7195;RBI=0.0226217;REFB=-0.135127;REVB=0.0221278;RO=5;SAF=62;SAR=77;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235535;STB=0.511781;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000627109;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:144:149:5:5:139:144:0.966443:77:62:4:1:79:65:4:1 chr11 5632525 . C A 120.19 PASS AF=0.65;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.100812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.916;QD=24.037;RBI=0.103814;REFB=-0.0202981;REVB=-0.0247886;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067621;STB=0.516104;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.024867;OID=.;OPOS=5632525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:20:7:7:12:13:0.65:8:4:3:4:8:5:3:4 chr11 5663706 . G C 133.4 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0290603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1158;QD=15.6936;RBI=0.0320214;REFB=-0.0262727;REVB=0.0134487;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964265;STB=0.555483;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.035229;OID=.;OPOS=5663706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:7:12:8:7:7:12 chr11 5664831 . C A 906.32 PASS AF=0.969697;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0520479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.937;QD=54.9287;RBI=0.0573409;REFB=-0.00603561;REVB=0.0240624;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159989;STB=0.515147;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000236064;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:66:1:2:61:64:0.969697:29:32:0:1:32:32:0:2 chr11 5688940 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.529;QD=47.8209;RBI=0.0317038;REFB=0;REVB=0.030218;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731207;OID=.;OPOS=5688940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr11 5691191 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.243;QD=46.848;RBI=0.0485939;REFB=0;REVB=0.0378321;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101108;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 5691214 . A C 233.9 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976272;FXX=0.049975;HRUN=6;LEN=1;MLLD=217.603;QD=49.2419;RBI=0.0124778;REFB=0;REVB=-0.00777069;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36478e-05;OID=.;OPOS=5691214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr11 5700340 . T C 175.91 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.676;QD=46.9093;RBI=0.0307458;REFB=0;REVB=-0.00152303;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338863;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:8:7:0:0 chr11 5758062 . T C 885.83 PASS AF=1;AO=61;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4188;QD=54.5124;RBI=0.190915;REFB=0;REVB=0.0121987;RO=4;SAF=31;SAR=30;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367846;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:4:0:61:65:1:30:31:4:0:30:35:0:0 chr11 5758118 . A C 1075.74 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.904;QD=59.7635;RBI=0.0372664;REFB=0;REVB=0.0160936;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92898e-05;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:35:34:0:0:36:36:0:0 chr11 5758641 . GTTT GTT,GTTC 623.46 PASS AF=0.3,0.528571;AO=14,33;DP=73;FAO=21,37;FDP=70;FR=.;FRO=12;FSAF=0,18;FSAR=21,19;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.23718,-0.0784734;FXX=0.0410903;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.3198,39.7736;QD=35.626;RBI=0.325104,0.103475;REFB=-0.0501318,-0.0693889;REVB=-0.222348,-0.0674467;RO=10;SAF=1,14;SAR=13,19;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.629327,-0.118793;STB=0.999306,0.564322;STBP=0,0.147;TYPE=del,snp;VARB=-0.0442909,0.0357112;OID=.,.;OPOS=5758642,5758644;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTT,GTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3,0.528571:14,33:73:21,37:70:12:0,18:21,19:9:3:99:10:1,14:13,19:7:3 chr11 5776287 . C T 2137.85 PASS AF=0.992806;AO=136;DP=137;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00776785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.268;QD=61.521;RBI=0.0097201;REFB=-0.0794839;REVB=0.00584302;RO=1;SAF=70;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674303;STB=0.503448;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000365635;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:139:1:1:136:138:0.992806:66:70:1:0:66:72:1:0 chr11 5776470 . T G 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9064;QD=58.1313;RBI=0.0476282;REFB=0;REVB=0.0282021;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774337;OID=.;OPOS=5776470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr11 5776623 . A T 692.93 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199768;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.418;QD=62.9939;RBI=0.0438397;REFB=0;REVB=0.0390236;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187658;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr11 5809308 . A T 1153.36 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5098;QD=60.703;RBI=0.0415015;REFB=0;REVB=0.00442714;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199396;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr11 5809548 . G A 580.61 PASS AF=0.97619;AO=38;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000423549;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8363;QD=55.2959;RBI=0.055728;REFB=-0.168815;REVB=0.0557264;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0089954;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:42:1:1:38:41:0.97619:20:18:0:1:23:18:0:1 chr11 5841856 . C T 912.44 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.896;QD=57.0272;RBI=0.0412612;REFB=-0.0529169;REVB=0.0145603;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145288;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756268;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:64:1:0:63:64:1:31:32:1:0:31:33:0:0 chr11 5842310 . T G 619.89 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00769116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.713;QD=59.0369;RBI=0.0237894;REFB=0.00163062;REVB=0.0225119;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000145486;OID=.;OPOS=5842310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:20:21:1:0:20:21:1:0 chr11 5842356 . A G 483.15 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.592;QD=58.5631;RBI=0.0273454;REFB=0;REVB=0.0142552;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178216;OID=.;OPOS=5842356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr11 5877979 . T A 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0026631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.809;QD=11.5709;RBI=0.00800203;REFB=-0.00985824;REVB=-0.00754589;RO=42;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523399;STB=0.530278;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0146494;OID=.;OPOS=5877979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:12:12:23:19:12:12:23:19 chr11 5906048 . G A 143.88 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0149642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9341;QD=15.1456;RBI=0.0563374;REFB=-0.0204743;REVB=0.0543136;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760933;STB=0.543865;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0363162;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:14:8:7:9:14:8 chr11 5906073 . G T 137.6 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00662138;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.7726;QD=17.7546;RBI=0.0072997;REFB=-0.0312497;REVB=0.00307294;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836314;STB=0.547763;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0284451;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:10:6:7:8:10:6 chr11 5906143 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00506395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.4;QD=14.0439;RBI=0.0260657;REFB=-0.00456107;REVB=-0.0255691;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422723;STB=0.749163;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00505514;OID=.;OPOS=5906143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:0:4:2:3:0:4 chr11 5906192 . A C 120.36 PASS AF=0.65;AO=11;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0296357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.223;QD=24.0716;RBI=0.0417418;REFB=-0.0389913;REVB=-0.0293956;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380046;STB=0.692011;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0264736;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:6:7:11:13:0.65:4:7:0:6:4:9:1:6 chr11 5906203 . T G 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00498362;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.154;QD=21.5473;RBI=0.00559474;REFB=-0.00937683;REVB=0.00254256;RO=8;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310935;STB=0.678749;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00632953;OID=.;OPOS=5906203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:8:10:14:14:0.583333:4:10:2:6:4:10:3:7 chr11 5906291 . T C 313.02 PASS AF=0.37;AO=38;DP=94;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00497897;FXX=0.0196059;HRUN=7;LEN=1;MLLD=91.3517;QD=12.5209;RBI=0.00529343;REFB=-0.00750576;REVB=0.00179729;RO=56;SAF=17;SAR=21;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185093;STB=0.599519;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0165406;OID=.;OPOS=5906291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:100:56:63:38:37:0.37:21:17:35:21:20:17:39:24 chr11 5968728 . T C 312.81 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0232139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4404;QD=19.5504;RBI=0.0519781;REFB=-0.0288563;REVB=0.0465063;RO=31;SAF=19;SAR=14;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626034;STB=0.534749;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.037535;OID=.;OPOS=5968728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:14:19:20:11:14:19:20:11 chr11 5989293 . G A 224.57 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.000973952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5848;QD=17.6137;RBI=0.0170174;REFB=-0.00673486;REVB=0.0169895;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038358;STB=0.531888;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00754131;OID=.;OPOS=5989293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:27:23:24:0.470588:12:11:14:13:13:11:14:13 chr11 5989415 . C T 356.78 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0122485;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.25;QD=21.9554;RBI=0.0157717;REFB=-0.0499619;REVB=0.00993583;RO=29;SAF=20;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196208;STB=0.608049;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0295103;OID=.;OPOS=5989415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:16:20:9:20:16:20:9:20 chr11 6007272 . A G 96.54 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0122254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.472;QD=14.3017;RBI=0.0192021;REFB=-0.012189;REVB=-0.0148075;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143835;STB=0.540471;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0227012;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:26:27:15:15:11:12:0.444444:8:3:6:9:8:4:6:9 chr11 6007396 . C T 262.69 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0303101;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.875;QD=25.0184;RBI=0.0327699;REFB=-0.0367743;REVB=-0.0124566;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311231;STB=0.53716;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0101052;OID=.;OPOS=6007396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:18:24:24:0.571429:14:10:6:10:14:10:6:12 chr11 6007613 . T G 192.48 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.000410794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.734;QD=13.5075;RBI=0.0352173;REFB=-0.00241614;REVB=-0.0352149;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189783;STB=0.61692;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0039575;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:14:9:19:14:14:9:20:14 chr11 6007680 . A G 222.36 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0777886;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.082;QD=18.1515;RBI=0.0858197;REFB=-0.0218924;REVB=0.0362485;RO=26;SAF=5;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226019;STB=0.622305;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.021573;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:27:22:22:0.44898:17:5:11:15:17:5:11:16 chr11 6007743 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0188566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4176;QD=12.8681;RBI=0.0449175;REFB=-0.0115951;REVB=-0.0407678;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256532;STB=0.654229;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0235193;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:9:2:6:10:9:2:6:10 chr11 6007772 . G A 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.034096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.532;QD=19.9282;RBI=0.0349043;REFB=-0.00819238;REVB=-0.0074682;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282836;STB=0.516103;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00567045;OID=.;OPOS=6007772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:9:3:2:7:9:3:2:7 chr11 6129837 . C T 614.24 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4008;QD=58.4985;RBI=0.0404034;REFB=-0.143678;REVB=0.0339603;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208425;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00528098;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:40:41:0.97619:18:22:1:0:18:23:1:0 chr11 6173364 . T A 399.96 PASS AF=0.967742;AO=26;DP=29;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.3994;QD=51.6078;RBI=0.0360724;REFB=0.0153547;REVB=-0.0346132;RO=3;SAF=8;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0057468;STB=0.526298;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00315374;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:31:3:1:26:30:0.967742:18:8:1:2:21:9:1:0 chr11 6221169 . A G 955.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.337;QD=58.7749;RBI=0.0530357;REFB=0;REVB=0.0156313;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69724e-05;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:23:42:0:0:23:42:0:0 chr11 6221214 . T A 966.22 PASS AF=0.985507;AO=65;DP=66;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9477;QD=56.0128;RBI=0.0321596;REFB=-0.045591;REVB=0.026345;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013692;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00171275;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:69:1:1:65:68:0.985507:34:31:0:1:34:34:0:1 chr11 6221427 . T C 275.62 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0235271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8627;QD=32.4257;RBI=0.0256506;REFB=-0.00869869;REVB=-0.0102191;RO=10;SAF=6;SAR=18;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161866;STB=0.589207;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00567063;OID=.;OPOS=6221427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:18:6:5:5:18:6:5:5 chr11 6231731 . C T 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.231;QD=59.4257;RBI=0.0788017;REFB=0;REVB=0.0478959;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643301;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr11 6243804 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.583;QD=57.8846;RBI=0.047389;REFB=0;REVB=0.00695435;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54482e-05;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr11 6340525 . A T 358.01 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.76;QD=55.0779;RBI=0.0926376;REFB=0;REVB=-0.00578331;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273938;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:21:5:0:0:21:5:0:0 chr11 6340706 . A G 213.84 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0148236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.131;QD=12.7668;RBI=0.030096;REFB=-0.00349329;REVB=-0.0261922;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147752;STB=0.569567;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00692193;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:41:25:26:0.38806:10:15:18:21:11:15:19:22 chr11 6411935 . T C 131.46 PASS AF=0.7;AO=9;DP=14;FAO=14;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0330788;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0703;QD=26.2914;RBI=0.0464101;REFB=-0.0241097;REVB=0.0325529;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.687242;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0071048;OID=.;OPOS=6411935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:14:20:0:6:9:14:0.7:6:3:0:0:9:5:6:0 chr11 6412931 . T C 123.89 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0160363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.278;QD=17.0877;RBI=0.0499299;REFB=-0.00900332;REVB=-0.0472846;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299972;STB=0.517217;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.015084;OID=.;OPOS=6412931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:7:8:7:7:7:8 chr11 6549779 . A C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.726;QD=64.4141;RBI=0.0159478;REFB=0;REVB=0.00772381;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88832e-05;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr11 6549995 . A G 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.989;QD=59.0094;RBI=0.033608;REFB=0;REVB=0.0114383;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181043;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr11 6550004 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.485;QD=56.1915;RBI=0.0225067;REFB=0;REVB=0.0135574;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019961;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr11 6550309 . G A 697.11 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00496111;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.174;QD=54.6753;RBI=0.00996879;REFB=-0.159714;REVB=0.00864663;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229535;STB=0.51219;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000337392;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:30:20:1:0:30:20:1:0 chr11 6555365 . A G 383.24 PASS AF=0.965517;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0801313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9119;QD=52.8606;RBI=0.0911021;REFB=-0.192712;REVB=0.0433425;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488217;STB=0.526297;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00712174;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:29:1:1:26:28:0.965517:9:17:0:1:9:19:0:1 chr11 6567894 . GC CA,GCTGCCCTACTGCA 379.04 PASS AF=0.0540541,0.756757;AO=2,27;DP=38;FAO=2,28;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=2,15;FSAR=0,13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0297722,-0.0231178;FXX=0.0512689;HRUN=2,1;LEN=2,12;MLLD=136.133,306.793;QD=40.9776;RBI=0.0297918,0.0290523;REFB=-0.0258597,-0.057086;REVB=0.00108069,-0.0175956;RO=7;SAF=2,15;SAR=0,12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.577625,-0.00609679;STB=0.993369,0.507182;STBP=0.302,0.915;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0312982,0.0125296;OID=.,.;OPOS=6567894,6567896;OREF=GC,-;OALT=CA,TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CA,GCTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:38:37:7:7:2,27:2,28:0.0540541,0.756757:0,12:2,15:4:3:0,13:2,15:4:3 chr11 6567895 . C CTGCCCTACTGCA 50.0 PASS AO=29;DP=57;LEN=12;RO=28;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=11;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=6567896;OREF=-;OALT=TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:57:28:29:17:17:12:11 chr11 6585007 . G A 593.73 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00395404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0032;QD=60.895;RBI=0.00529902;REFB=0;REVB=0.00352777;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.387e-06;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr11 6622714 . G A 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.09;QD=61.3334;RBI=0.0317632;REFB=0;REVB=0.0127039;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124191;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr11 6630028 . TC CT,T 1002.55 PASS AF=0,1;AO=4,75;DP=87;FAO=0,85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34;FSAR=0,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111643,-0.00587789;FXX=0.0229859;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=7.43826,16.3427;QD=47.179;RBI=0.112034,0.021819;REFB=0,0;REVB=-0.00934968,-0.0210123;RO=1;SAF=4,26;SAR=0,49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.650794;SSSB=0,-0.0178482;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.000566615;OID=.,.;OPOS=6630028,6630029;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:87:85:1:0:4,75:0,85:0,1:0,49:4,26:1:0:0,51:0,34:0:0 chr11 6634149 . C T 741.98 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016206;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.814;QD=57.0754;RBI=0.024451;REFB=0;REVB=0.018309;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09945e-05;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr11 6634189 . G A 885.31 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.419;QD=58.0532;RBI=0.0121452;REFB=0;REVB=0.0116518;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69473e-05;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr11 6636849 . A G 67.74 PASS AF=0.135593;AO=9;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0246501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.352;QD=4.59279;RBI=0.0419499;REFB=-0.0277349;REVB=-0.0339436;RO=46;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.662827;STB=0.91808;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.169064;OID=.;OPOS=6636849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:46:47:9:8:0.135593:1:8:13:33:1:7:14:33 chr11 6638506 . A C,T 638.97 PASS AF=0.0769231,0.865385;AO=4,45;DP=54;FAO=4,45;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=1,26;FSAR=3,19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00957724,0.0235656;FXX=0.0370302;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=30.3051,190.662;QD=49.1514;RBI=0.0408282,0.037125;REFB=0.0432775,-0.0164546;REVB=-0.039689,0.0286867;RO=1;SAF=1,26;SAR=3,19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.272709,-0.0177343;STB=0.69129,0.505701;STBP=0.36,0.805;TYPE=snp,snp;VARB=0.0394055,0.00092921;OID=.,.;OPOS=6638506,6638506;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:54:52:1:3:4,45:4,45:0.0769231,0.865385:3,19:1,26:1:0:3,19:1,26:2:1 chr11 6645578 . G A 165.66 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0191265;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.052;QD=20.7079;RBI=0.0246009;REFB=0.000553383;REVB=0.0154719;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233972;STB=0.617837;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.000368182;OID=.;OPOS=6645578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:17:17:0.53125:6:11:5:9:6:11:6:9 chr11 6662745 . C CAG,CCAG 285.74 PASS AF=0.162791,0.44186;AO=13,13;DP=100;FAO=7,19;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=7,18;FSAR=0,1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.03887,0.0609595;FXX=0.104145;HRUN=1,5;LEN=2,3;MLLD=128.267,129.28;QD=26.5805;RBI=0.0459994,0.0659855;REFB=-0.0323478,-0.0334709;REVB=-0.024598,-0.0252592;RO=72;SAF=13,12;SAR=0,1;SRF=17;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.797622,0.731051;STB=0.998335,0.88736;STBP=0.003,0.002;TYPE=ins,ins;VARB=0.0836551,0.0559866;OID=.,.;OPOS=6662746,6662746;OREF=-,-;OALT=AG,CAG;OMAPALT=CAG,CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.162791,0.44186:13,13:100:7,19:43:17:7,18:0,1:7:10:99:72:13,12:0,1:17:55 chr11 6735869 . A G 203.3 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0207804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.224;QD=14.2666;RBI=0.0268128;REFB=0.00665233;REVB=-0.0169441;RO=31;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206611;STB=0.621516;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0151523;OID=.;OPOS=6735869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:33:24:24:0.421053:17:7:15:16:17:7:16:17 chr11 6738411 . A G 285.05 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00752855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8311;QD=23.7542;RBI=0.0433732;REFB=-0.0188616;REVB=0.0427148;RO=22;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950376;STB=0.55304;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0270596;OID=.;OPOS=6738411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:17:9:10:12:17:9:10:12 chr11 6738728 . T C 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0168136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7948;QD=12.7905;RBI=0.0573295;REFB=-0.00881991;REVB=-0.0548085;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449826;STB=0.50632;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0116638;OID=.;OPOS=6738728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:5:9:15:7:5:9:15:8 chr11 6739109 . G A 320.15 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0027199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7709;QD=21.343;RBI=0.025385;REFB=0.0344235;REVB=-0.0252389;RO=26;SAF=11;SAR=22;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451637;STB=0.536563;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.0284096;OID=.;OPOS=6739109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:22:11:10:16:22:11:11:16 chr11 6739407 . A G 250.96 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.0140657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9792;QD=19.6834;RBI=0.0245387;REFB=-0.0130675;REVB=0.0201073;RO=25;SAF=18;SAR=8;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164049;STB=0.590846;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0155053;OID=.;OPOS=6739407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:8:18:21:4:8:18:21:4 chr11 6739814 . C T 212.48 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0174792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.604;QD=21.2475;RBI=0.0177504;REFB=-0.0562837;REVB=0.00309107;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286187;STB=0.506323;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0523704;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:12:8:7:12:13:8:7:12 chr11 6739822 . T C 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0151387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6889;QD=19.6676;RBI=0.0151837;REFB=0.00973503;REVB=-0.00116806;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0116662;OID=.;OPOS=6739822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:12:7:7:12:12:7:7:12 chr11 6741108 . G C 167.23 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00929716;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8257;QD=29.0842;RBI=0.0318649;REFB=-0.0634713;REVB=-0.0304784;RO=7;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854928;STB=0.547428;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0218275;OID=.;OPOS=6741108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:24:23:7:7:16:16:0.695652:9:7:2:5:9:7:2:5 chr11 6789294 . G C 313.14 PASS AF=0.404494;AO=32;DP=85;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00349754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.524;QD=14.0739;RBI=0.0177419;REFB=-0.0072674;REVB=0.0173938;RO=51;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190636;STB=0.584224;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0126414;OID=.;OPOS=6789294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:51:53:32:36:0.404494:15:17:18:33:18:18:19:34 chr11 6790106 . T C 342.95 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0289068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4977;QD=16.7294;RBI=0.0290789;REFB=-0.0194461;REVB=-0.00315902;RO=45;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937944;STB=0.552603;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0273666;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:20:17:25:20:20:17:25:20 chr11 6807163 . C T 174.7 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0270469;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.43;QD=10.4296;RBI=0.0311198;REFB=-0.0120509;REVB=-0.0153918;RO=43;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663346;STB=0.524979;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0241486;OID=.;OPOS=6807163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:43:44:23:23:0.343284:16:7:11:32:16:7:12:32 chr11 6807243 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.216;QD=47.8224;RBI=0.118617;REFB=0;REVB=0.0360681;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809797;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr11 6816778 . A G 383.93 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.31;QD=54.8465;RBI=0.00973958;REFB=0;REVB=0.00339512;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284605;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:13:13:0:0:13:15:0:0 chr11 6891113 . A G 479.63 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0526219;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7243;QD=15.2264;RBI=0.0785441;REFB=-0.038165;REVB=0.0583105;RO=72;SAF=26;SAR=27;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00457382;STB=0.501497;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0473508;OID=.;OPOS=6891113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:72:73:53:53:0.420635:27:26:35:37:27:26:36:37 chr11 6891528 . C G 154.76 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0195677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1211;QD=14.7391;RBI=0.0305454;REFB=-0.0116245;REVB=0.0234548;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234768;STB=0.646886;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0155902;OID=.;OPOS=6891528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:11:6:14:10:11:6:15:10 chr11 6891605 . A G 164.38 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0190409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6998;QD=14.6112;RBI=0.025823;REFB=-0.00323399;REVB=-0.0174433;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769453;STB=0.544505;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00532949;OID=.;OPOS=6891605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:10:8:14:13:10:8:14:13 chr11 6891704 . T C 101.3 PASS AF=0.325;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0133817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.144;QD=10.1298;RBI=0.0174894;REFB=-0.0114022;REVB=-0.011261;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360835;STB=0.683958;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0282496;OID=.;OPOS=6891704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:12:13:0.325:5:7:7:20:6:7:7:20 chr11 6891758 . A C 115.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00737158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.752;QD=20.035;RBI=0.0202029;REFB=-0.0211589;REVB=-0.01881;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483496;STB=0.779045;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0244551;OID=.;OPOS=6891758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:11:2:7:3:11:2:7:3 chr11 6898663 . G A 54.29 PASS AF=0.32;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0417094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3382;QD=8.68603;RBI=0.0654085;REFB=-0.000271607;REVB=-0.0503846;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276261;STB=0.636085;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00621515;OID=.;OPOS=6898663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:7:8:0.32:2:5:15:2:2:6:15:2 chr11 6913243 . TA CG,TG 300.41 PASS AF=0.391304,0.608696;AO=9,14;DP=24;FAO=9,14;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8,6;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502556,-0.0131854;FXX=0.0416493;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=84.4621,79.4888;QD=52.2447;RBI=0.0241573,0.0149033;REFB=0,0;REVB=-0.0236288,-0.00694662;RO=0;SAF=8,6;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0280719,0.0325609;OID=.,.;OPOS=6913243,6913244;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:67:24:23:0:0:9,14:9,14:0.391304,0.608696:1,8:8,6:0:0:1,8:8,6:0:0 chr11 6942476 . C A 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0164966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0648;QD=13.4405;RBI=0.0275096;REFB=-0.00162321;REVB=-0.0220146;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306446;STB=0.681047;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000879143;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:5:8:3:7:5:8 chr11 6942628 . A C 354.39 PASS AF=0.452381;AO=36;DP=82;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.00554522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.323;QD=16.8756;RBI=0.0134706;REFB=-0.0139955;REVB=-0.0122763;RO=46;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670951;STB=0.554221;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0198655;OID=.;OPOS=6942628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:46:46:36:38:0.452381:22:14:15:31:22:16:15:31 chr11 6942726 . G C 234.07 PASS AF=0.457627;AO=25;DP=57;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0323021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.6718;QD=15.8691;RBI=0.0336335;REFB=-0.0337756;REVB=-0.00936915;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871916;STB=0.553212;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0225034;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:32:32:25:27:0.457627:16:9:9:23:17:10:9:23 chr11 6942952 . T C 283.65 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0184049;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.067;QD=17.1909;RBI=0.0193345;REFB=-0.00837658;REVB=0.00592318;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166017;STB=0.592964;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0100723;OID=.;OPOS=6942952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:17:14:22:13:17:14:22:13 chr11 6943254 . C T 164.8 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.046146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.328;QD=21.265;RBI=0.0527121;REFB=-0.040092;REVB=-0.0254778;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121635;STB=0.568881;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0254203;OID=.;OPOS=6943254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:12:5:6:8:12:5:6:8 chr11 6953858 . A G 191.27 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4533;QD=47.8161;RBI=0.0519226;REFB=0;REVB=0.0266359;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202625;OID=.;OPOS=6953858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:7:8:0:0:8:8:0:0 chr11 6976988 . A T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.604;QD=54.5176;RBI=0.0395874;REFB=0;REVB=0.0385501;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242613;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr11 7021276 . C A 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00552019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.223;QD=13.5806;RBI=0.0216355;REFB=-0.0145938;REVB=-0.0209194;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107236;STB=0.562427;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0248065;OID=.;OPOS=7021276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:8:9:12:16:8:9:12:16 chr11 7022038 . A G 261.5 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0104854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4805;QD=14.7325;RBI=0.0192532;REFB=-0.00238634;REVB=-0.0161475;RO=41;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115727;STB=0.56567;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00266699;OID=.;OPOS=7022038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:18:12:21:20:18:12:21:20 chr11 7022160 . A G 889.54 PASS AF=1;AO=53;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334669;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.585;QD=58.3304;RBI=0.0606233;REFB=0;REVB=0.0505485;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408947;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:53:61:1:25:28:0:0:32:29:0:0 chr11 7022531 . A T 672.51 PASS AF=0.981481;AO=49;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.464;QD=49.8153;RBI=0.038632;REFB=-0.0540751;REVB=0.0345864;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00318717;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:54:0:1:49:53:0.981481:31:18:0:0:32:21:1:0 chr11 7022717 . T C 728.72 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.294;QD=57.1547;RBI=0.0179185;REFB=0;REVB=0.00156996;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88012e-05;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr11 7059960 . A C 702.78 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176166;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.437;QD=61.1114;RBI=0.0203399;REFB=-0.0919977;REVB=0.0101671;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240908;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00107182;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:46:1:1:45:45:0.978261:26:19:1:0:26:19:1:0 chr11 7063755 . C T 1339.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.212;QD=62.3233;RBI=0.0178491;REFB=0;REVB=0.0118295;RO=0;SAF=55;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13135e-06;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:30:55:0:0:31:55:0:0 chr11 7071031 . G A 697.6 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0463814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6055;QD=54.7136;RBI=0.046389;REFB=-0.0976391;REVB=0.000837462;RO=1;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125523;STB=0.506664;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00279152;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:49:50:0.980392:37:12:0:1:37:13:0:1 chr11 7079038 . G A 1790.49 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00134883;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.021;QD=60.1847;RBI=0.00387854;REFB=0.0301372;REVB=-0.00363645;RO=1;SAF=36;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0057577;STB=0.50303;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.000359753;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:119:1:1:118:118:0.991597:82:36:0:1:82:36:0:1 chr11 7110363 . G A 537.53 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0110744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.463;QD=17.624;RBI=0.020167;REFB=-0.0169638;REVB=-0.0168543;RO=65;SAF=35;SAR=22;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191077;STB=0.606198;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0286298;OID=.;OPOS=7110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:65:57:57:0.467213:22:35:27:38:22:35:27:38 chr11 7110402 . C T 724.72 PASS AF=0.48;AO=69;DP=147;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0501462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.19;QD=19.326;RBI=0.0503165;REFB=-0.0228118;REVB=0.00413603;RO=78;SAF=30;SAR=39;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629026;STB=0.529053;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0199917;OID=.;OPOS=7110402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:78:78:69:72:0.48:39:30:39:39:40:32:39:39 chr11 7324475 . T C 381.71 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.205;QD=52.6496;RBI=0.0170808;REFB=0.059896;REVB=0.00922908;RO=1;SAF=5;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842652;STB=0.54542;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.000513993;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:23:5:1:0:23:5:1:0 chr11 7439264 . C T 215.48 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0265842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1923;QD=13.0596;RBI=0.0287327;REFB=0.0201503;REVB=-0.0109017;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225571;STB=0.634911;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0291912;OID=.;OPOS=7439264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:40:26:26:0.393939:15:11:25:14:15:11:26:14 chr11 7488872 . C T 1608.86 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194529;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9128;QD=59.0408;RBI=0.0464386;REFB=0;REVB=0.0421679;RO=1;SAF=43;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747438;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128374;OID=.;OPOS=7488872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:109:109:1:0:106:109:1:63:43:0:1:65:44:0:0 chr11 7488927 . A C 1817.31 PASS AF=0.98374;AO=118;DP=122;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0693624;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.658;QD=59.0995;RBI=0.0973125;REFB=0.0258945;REVB=0.0682538;RO=2;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163714;STB=0.508332;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000188925;OID=.;OPOS=7488927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:123:2:2:118:121:0.98374:57:61:0:2:59:62:0:2 chr11 7489819 . A C 357.46 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0580098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.86;QD=49.3052;RBI=0.0584679;REFB=-0.101981;REVB=-0.00730491;RO=2;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071931;STB=0.503873;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0139386;OID=.;OPOS=7489819;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:12:15:1:1:12:15:1:1 chr11 7619518 . T C 1378.18 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00376611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.815;QD=59.2766;RBI=0.0137972;REFB=-0.117131;REVB=0.0132732;RO=2;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178795;STB=0.509257;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000382918;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:93:93:2:2:90:91:0.978495:52:38:0:2:53:38:0:2 chr11 7661047 . TCTC T 169.78 PASS AF=0.381818;AO=18;DP=53;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0127842;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=3;MLLD=217.762;QD=12.3474;RBI=0.0129835;REFB=-0.0261277;REVB=0.00226583;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536969;STB=0.538282;STBP=0.68;TYPE=del;VARB=0.0399448;OID=.;OPOS=7661048;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.381818:18:53:21:55:34:13:8:23:11:99:31:12:6:22:9 chr11 7670440 . A G 1225.82 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.376;QD=61.291;RBI=0.0310797;REFB=0;REVB=-0.00619462;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109144;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:39:39:0:0:40:40:0:0 chr11 7673015 . G A 564.84 PASS AF=0.53211;AO=57;DP=108;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0135101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.089;QD=20.728;RBI=0.0141094;REFB=-0.0239083;REVB=0.00406848;RO=51;SAF=26;SAR=31;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629828;STB=0.529904;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0223478;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:51:51:57:58:0.53211:31:26:27:24:31:27:27:24 chr11 7686602 . G GTGTT 71.41 PASS AF=0.25;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0236138;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=4;MLLD=278.343;QD=7.14083;RBI=0.0465531;REFB=-0.00358808;REVB=-0.0401195;RO=30;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894938;STB=0.556701;STBP=0.706;TYPE=ins;VARB=0.0130601;OID=.;OPOS=7686603;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=GTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:10:41:10:40:30:7:3:19:11:71:30:7:3:19:11 chr11 7686674 . T C 198.86 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0103758;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2858;QD=13.0401;RBI=0.0199682;REFB=-0.0272418;REVB=0.0170608;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114959;STB=0.565932;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0409699;OID=.;OPOS=7686674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:37:24:24:0.393443:13:11:21:16:13:11:21:16 chr11 7687146 . G A 343.19 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0195818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.273;QD=24.0835;RBI=0.0196097;REFB=-0.011672;REVB=0.00104489;RO=23;SAF=14;SAR=20;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155481;STB=0.508542;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00951601;OID=.;OPOS=7687146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:20:14:9:14:20:14:9:14 chr11 7687715 . T C 1325.15 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473254;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.768;QD=62.36;RBI=0.057536;REFB=0;REVB=0.0327215;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124334;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr11 7716855 . T A 1695.12 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4558;QD=60.5399;RBI=0.0447729;REFB=0;REVB=-0.0106631;RO=0;SAF=67;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176999;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:45:67:0:0:45:67:0:0 chr11 7717214 . AAA GCC 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445729;FXX=0;HRUN=25;LEN=3;MLLD=257.39;QD=35.5759;RBI=0.00445729;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.83977e-05;OID=.;OPOS=7717214;OREF=AAA;OALT=GCC;OMAPALT=GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr11 7717219 . A T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085467;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=312.411;QD=39.2068;RBI=0.0462934;REFB=0;REVB=0.0454976;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186451;OID=.;OPOS=7717219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr11 7721870 . G A 2277.07 PASS AF=0.975758;AO=154;DP=164;FAO=161;FDP=165;FR=.;FRO=4;FSAF=87;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0659301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0655;QD=55.2017;RBI=0.0789664;REFB=-0.259323;REVB=0.0434617;RO=9;SAF=80;SAR=74;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154634;STB=0.507077;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0121654;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:164:165:9:4:154:161:0.975758:74:80:6:3:74:87:1:3 chr11 7727886 . C T 210.23 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0658218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.769;QD=11.844;RBI=0.0666776;REFB=-0.00148231;REVB=-0.0106489;RO=45;SAF=7;SAR=18;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703973;STB=0.518782;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00245795;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:25:26:0.366197:18:7:15:30:18:8:15:30 chr11 7750622 . T C 267.25 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0119531;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.392;QD=13.1974;RBI=0.0139987;REFB=-0.011254;REVB=-0.00728602;RO=48;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377253;STB=0.519761;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0185871;OID=.;OPOS=7750622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:48:50:31:31:0.382716:17:14:20:28:17:14:21:29 chr11 7817538 . T C 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0128963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.929;QD=10.4728;RBI=0.0207578;REFB=-0.0188407;REVB=-0.0162657;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114302;STB=0.567428;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0354793;OID=.;OPOS=7817538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:8:9:22:13:8:9:22:13 chr11 7817665 . T C 179.66 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00215042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.797;QD=15.6228;RBI=0.00674226;REFB=-0.0295487;REVB=-0.00639013;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228457;STB=0.63144;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0536108;OID=.;OPOS=7817665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:16:11:12:7:16:11 chr11 7817852 . C G 372.61 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0370871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.309;QD=17.7432;RBI=0.0393602;REFB=-0.0288758;REVB=-0.0131821;RO=45;SAF=10;SAR=28;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132172;STB=0.578671;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0249417;OID=.;OPOS=7817852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:45:38:39:0.464286:28:10:17:28:29:10:17:28 chr11 7817856 . C T 318.43 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0113415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.72;QD=15.7251;RBI=0.0158116;REFB=-0.01345;REVB=-0.0110171;RO=46;SAF=10;SAR=25;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980645;STB=0.555523;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0151572;OID=.;OPOS=7817856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:25:10:17:29:25:10:17:29 chr11 7817959 . G A 88.02 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0122468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0443;QD=15.308;RBI=0.0685919;REFB=0.00654034;REVB=0.0674898;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773769;STB=0.519964;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000565927;OID=.;OPOS=7817959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:23:12:12:10:11:0.478261:5:5:5:7:6:5:5:7 chr11 7818056 . T C 55.8 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0240989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1973;QD=10.6294;RBI=0.0279987;REFB=-0.0229396;REVB=0.0142537;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500064;STB=0.810699;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0299394;OID=.;OPOS=7818056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:1:7:6:7:1:7:6:7 chr11 7818151 . G A 124.81 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0013675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.645;QD=20.8018;RBI=0.0314734;REFB=-0.0514288;REVB=0.0314437;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175524;STB=0.59985;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0259073;OID=.;OPOS=7818151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:4:10:5:5:4:10:5:5 chr11 7818190 . C T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0232439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.564;QD=21.9442;RBI=0.0437911;REFB=-0.0150917;REVB=-0.0371131;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334215;STB=0.518844;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0102997;OID=.;OPOS=7818190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:6:10:7:5:6:10:7:5 chr11 7818313 . C T 95.79 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00700553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.344;QD=14.7376;RBI=0.079449;REFB=-0.0425941;REVB=0.0791396;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957667;STB=0.514262;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.068149;OID=.;OPOS=7818313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:25:26:14:14:11:12:0.461538:3:8:9:5:4:8:9:5 chr11 7847208 . T C 43.63 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0312167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.853;QD=6.01781;RBI=0.0566085;REFB=-0.0255215;REVB=-0.0472233;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187877;STB=0.621021;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0327521;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:3:4:9:13:3:4:9:13 chr11 7847466 . A G 160.21 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.276666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.764;QD=45.7745;RBI=0.276667;REFB=0;REVB=-0.000593009;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103933;OID=.;OPOS=7847466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:13:0:0:0:13:1:0:0 chr11 7870670 . A G 487.58 PASS AF=0.392157;AO=53;DP=149;FAO=60;FDP=153;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=0.00259909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.84;QD=12.7472;RBI=0.029545;REFB=-0.00902213;REVB=-0.0294304;RO=85;SAF=33;SAR=20;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525286;STB=0.518913;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.014649;OID=.;OPOS=7870670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:153:85:93:53:60:0.392157:20:33:49:36:24:36:53:40 chr11 7870760 . G A 245.77 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0335888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.493;QD=11.1715;RBI=0.0341206;REFB=-0.00588982;REVB=-0.00600058;RO=57;SAF=13;SAR=17;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105283;STB=0.566622;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0108188;OID=.;OPOS=7870760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:57:58:30:30:0.340909:17:13:30:27:17:13:31:27 chr11 7871011 . A G 1477.61 PASS AF=1;AO=82;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535898;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3948;QD=58.5192;RBI=0.0662468;REFB=0;REVB=0.0389458;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511718;OID=.;OPOS=7871011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:82:101:1:46:36:0:0:57:44:0:0 chr11 7871012 . T G 76.67 PASS AF=0.144231;AO=14;DP=103;FAO=15;FDP=104;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.012788;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.6854;QD=2.9489;RBI=0.0257945;REFB=-0.00868081;REVB=0.0224014;RO=89;SAF=6;SAR=8;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262703;STB=0.514819;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00919384;OID=.;OPOS=7871012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:103:104:89:89:14:15:0.144231:8:6:40:49:8:7:40:49 chr11 7949350 . A G 1560.15 PASS AF=0.99;AO=95;DP=95;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.648;QD=62.4061;RBI=0.0138357;REFB=-0.196088;REVB=-0.00773829;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.505375;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0010362;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:100:0:1:95:99:0.99:43:52:0:0:46:53:0:1 chr11 7949791 . A C 346.93 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.029939;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.5145;QD=51.3971;RBI=0.0439096;REFB=-0.131943;REVB=-0.0321203;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00464145;OID=.;OPOS=7949791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:14:12:0:0:14:12:1:0 chr11 7949860 . G A 620.59 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.508;QD=60.545;RBI=0.0243398;REFB=0;REVB=-0.0206926;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817536;OID=.;OPOS=7949860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:18:23:0:0 chr11 8014479 . C T 66.26 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00680669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.317;QD=12.0476;RBI=0.0549566;REFB=-0.0102804;REVB=0.0545335;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604717;STB=0.536003;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0260779;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:8:5:4:5:8:5 chr11 8123499 . G A 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0128667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.875;QD=20.4368;RBI=0.0133448;REFB=-0.0146996;REVB=-0.00354005;RO=26;SAF=23;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3503;STB=0.695913;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0135095;OID=.;OPOS=8123499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:7:23:10:16:7:23:10:16 chr11 8127495 . T C 416.73 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0261849;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9712;QD=17.0092;RBI=0.0606136;REFB=-0.0130888;REVB=-0.0546659;RO=52;SAF=23;SAR=20;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903776;STB=0.545003;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0164803;OID=.;OPOS=8127495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:55:43:43:0.438776:20:23:23:29:20:23:25:30 chr11 8159892 . G T 335.39 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0225158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.974;QD=13.2826;RBI=0.0347149;REFB=-0.0184968;REVB=-0.0264228;RO=61;SAF=14;SAR=25;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264274;STB=0.645495;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0406111;OID=.;OPOS=8159892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:62:39:39:0.386139:25:14:37:24:25:14:37:25 chr11 8174966 . G A 274.52 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0465118;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.378;QD=19.6085;RBI=0.0479341;REFB=-0.0080808;REVB=-0.01159;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356987;STB=0.500616;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00804054;OID=.;OPOS=8174966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:27:29:29:0.517857:15:14:11:14:15:14:13:14 chr11 8435077 . CA TC 336.35 PASS AF=0.430233;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00232936;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.396;QD=15.6442;RBI=0.00948068;REFB=-0.0082583;REVB=-0.00919007;RO=49;SAF=8;SAR=28;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420443;STB=0.74145;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0195989;OID=.;OPOS=8435077;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:36:37:0.430233:28:8:30:19:29:8:30:19 chr11 8662516 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4932;QD=39.2068;RBI=0.0301883;REFB=0;REVB=0.0300926;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219154;OID=.;OPOS=8662516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 8671369 . C T 1436.48 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160791;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9473;QD=63.142;RBI=0.0414454;REFB=0;REVB=0.0381992;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212502;OID=.;OPOS=8671369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:53:38:0:0:53:38:0:0 chr11 8693405 . G T 1155.77 PASS AF=0.975;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0138159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.425;QD=57.7886;RBI=0.0180956;REFB=-0.160615;REVB=0.0116864;RO=1;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155115;STB=0.502316;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00115622;OID=.;OPOS=8693405;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:80:1:2:76:78:0.975:30:46:0:1:32:46:1:1 chr11 8715262 . T TCAGG 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939265;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=313.613;QD=39.2068;RBI=0.00939265;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.22136e-05;OID=.;OPOS=8715263;OREF=-;OALT=CAGG;OMAPALT=TCAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:9:9:9:0:9:0:0:0:4:0:9:0:0:0 chr11 8717003 . C T 575.07 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.446;QD=60.5338;RBI=0.0261448;REFB=0;REVB=-0.0240739;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206296;OID=.;OPOS=8717003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr11 8751889 . C G 193.74 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114144;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.941;QD=43.0529;RBI=0.155497;REFB=-0.0510398;REVB=0.155077;RO=2;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11358;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00674244;OID=.;OPOS=8751889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:18:2:0:15:18:1:7:8:0:2:10:8:0:0 chr11 8788168 . A T 612.37 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.523;QD=61.2374;RBI=0.02687;REFB=0;REVB=0.00268614;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.44877e-05;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr11 8788225 . A C 630.25 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074996;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.804;QD=61.4877;RBI=0.0235442;REFB=0;REVB=0.0223179;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159025;OID=.;OPOS=8788225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:1:0:35:41:1:22:13:1:0:27:14:0:0 chr11 8942999 . G A 2082.33 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5684;QD=62.6265;RBI=0.111559;REFB=0;REVB=0.00269655;RO=1;SAF=53;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346631;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:133:1:0:127:133:1:74:53:1:0:75:58:0:0 chr11 8947019 . CAA CA,CAG,CCA 454.24 PASS AF=0,0.96875,0.03125;AO=8,21,3;DP=32;FAO=0,31,1;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17,1;FSAR=0,14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357059,0.273096,-0.0147427;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=25.4007,46.8101,13.4884;QD=56.7802;RBI=0.0357147,0.281407,0.074652;REFB=0,0,0;REVB=-0.000791891,-0.0678857,-0.0731818;RO=0;SAF=8,7,3;SAR=0,14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,0.0117319,0.123017;OID=.,.,.;OPOS=8947020,8947021,8947020;OREF=A,A,A;OALT=-,G,C;OMAPALT=CA,CAG,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.96875,0.03125:8,21,3:32:0,31,1:32:0:0,17,1:0,14,0:0:0:4:0:8,7,3:0,14,0:0:0 chr11 8947283 . G C 765.8 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0752;QD=63.8162;RBI=0.114529;REFB=0;REVB=0.114303;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171067;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr11 8948680 . A T 803.91 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322962;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.874;QD=57.4218;RBI=0.0407668;REFB=0;REVB=-0.0248774;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73627e-05;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:40:16:0:0:40:16:0:0 chr11 8959511 . T G 379.89 PASS AF=0.789474;AO=30;DP=38;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00546046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.868;QD=39.9881;RBI=0.0106585;REFB=-0.0316382;REVB=0.00915358;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.572907;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000855566;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:0:8:30:30:0.789474:16:14:0:0:16:14:1:7 chr11 8959545 . C A 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.01;QD=63.8698;RBI=0.00718933;REFB=0;REVB=-0.00621613;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15925e-05;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr11 8968878 . GAGGACAT G 38.55 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279989;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=7;MLLD=322.956;QD=25.6971;RBI=0.0538904;REFB=-0.00287583;REVB=0.0460461;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=del;VARB=0.000661962;OID=.;OPOS=8968879;OREF=AGGACAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:5:7:5:6:1:1:4:1:0:7:1:1:4:1:0 chr11 9005036 . T A 888.87 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270246;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.22;QD=58.2863;RBI=0.0292267;REFB=0;REVB=0.0111297;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169727;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr11 9045960 . T A 501.33 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.0139499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.188;QD=15.6665;RBI=0.0243812;REFB=-0.01622;REVB=-0.0199961;RO=71;SAF=24;SAR=31;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875281;STB=0.555178;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0299811;OID=.;OPOS=9045960;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:73:55:55:0.429688:31:24:25:46:31:24:25:48 chr11 9052423 . A C 749.96 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143743;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.258;QD=55.5529;RBI=0.145421;REFB=0;REVB=0.0220274;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501312;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:51:54:1:25:26:0:0:26:28:0:0 chr11 9069046 . G A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.032154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.34;QD=16.4058;RBI=0.0403938;REFB=-0.0220173;REVB=0.0244495;RO=37;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796175;STB=0.544875;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0228305;OID=.;OPOS=9069046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:20:11:16:21:20:11:16:21 chr11 9225486 . C G 1148.92 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.716;QD=59.684;RBI=0.0496221;REFB=0;REVB=0.042188;RO=1;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114027;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225882;OID=.;OPOS=9225486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:76:77:1:41:35:0:1:42:35:0:0 chr11 9228785 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0915802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4874;QD=49.5986;RBI=0.0921645;REFB=0;REVB=0.0103608;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00252557;OID=.;OPOS=9228785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr11 9316937 . G A 629.41 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7206;QD=59.9442;RBI=0.0200046;REFB=0;REVB=0.00134762;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761173;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:39:42:1:24:15:0:0:26:16:0:0 chr11 9406349 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.872;QD=59.5017;RBI=0.0550146;REFB=0;REVB=0.0341479;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92545e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr11 9450377 . T G 337.48 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0149936;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.622;QD=20.1482;RBI=0.0153734;REFB=-0.0158907;REVB=-0.00339615;RO=30;SAF=20;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601719;STB=0.549328;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0180222;OID=.;OPOS=9450377;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:32:35:35:0.522388:15:20:15:15:15:20:15:17 chr11 9537904 . G C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.379;QD=58.5859;RBI=0.0115853;REFB=0;REVB=0.0094867;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79755e-05;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr11 9754191 . G A 131.92 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0135905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.815;QD=14.6581;RBI=0.0216311;REFB=-0.00940393;REVB=-0.0168286;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186732;STB=0.607412;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0092259;OID=.;OPOS=9754191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:6:15:8:7:6:15 chr11 9754221 . C T 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0205786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.277;QD=9.0988;RBI=0.0652962;REFB=-0.024126;REVB=0.0619687;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147874;STB=0.590353;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0362328;OID=.;OPOS=9754221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:8:11:4:5:8:11 chr11 9769562 . C G 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0192799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.158;QD=21.0642;RBI=0.0370345;REFB=-0.00737862;REVB=-0.0316202;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040998;STB=0.523057;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00748503;OID=.;OPOS=9769562;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:16:8:9:15:16:8:9:15 chr11 9800601 . G A 228.24 PASS AF=0.480769;AO=23;DP=50;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0186375;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.626;QD=17.5566;RBI=0.024335;REFB=-0.00607315;REVB=-0.0156473;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716914;STB=0.529388;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00648814;OID=.;OPOS=9800601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:27:27:23:25:0.480769:16:7:10:17:17:8:10:17 chr11 10019879 . G A 182.39 PASS AF=0.408163;AO=18;DP=47;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00756641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.23;QD=14.8887;RBI=0.00767946;REFB=-0.00950037;REVB=0.00131283;RO=29;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344911;STB=0.684867;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0100306;OID=.;OPOS=10019879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:29:29:18:20:0.408163:7:11:8:21:8:12:8:21 chr11 10328747 . T TC 69.22 PASS AF=0.486486;AO=14;DP=39;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00528564;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.68575;QD=7.48354;RBI=0.0117358;REFB=-0.0237109;REVB=0.0104781;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264141;STB=0.648806;STBP=0.1;TYPE=ins;VARB=0.0358597;OID=.;OPOS=10328748;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486:14:39:18:37:19:11:7:6:13:65:23:9:5:9:14 chr11 10521764 . T C 1208.95 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.099;QD=61.2126;RBI=0.00589176;REFB=0;REVB=0.00290023;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5122e-05;OID=.;OPOS=10521764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:44:34:0:0:45:34:0:0 chr11 10555589 . A G 1176.67 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0328934;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3598;QD=59.578;RBI=0.041304;REFB=0.0117186;REVB=0.0249809;RO=1;SAF=31;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150232;STB=0.507934;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000348318;OID=.;OPOS=10555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:78:78:0.987342:47:31:1:0:47:31:1:0 chr11 10597081 . G A 1233.23 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139182;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.659;QD=60.1576;RBI=0.034974;REFB=0;REVB=0.0320853;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189862;OID=.;OPOS=10597081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:78:82:1:39:39:0:0:40:42:0:0 chr11 10647702 . G A 2487.74 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.965;QD=61.4257;RBI=0.0397963;REFB=0;REVB=0.00594261;RO=0;SAF=87;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52785e-05;OID=.;OPOS=10647702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:157:162:0:0:157:162:1:70:87:0:0:73:89:0:0 chr11 10650329 . C T 378.76 PASS AF=0.90625;AO=26;DP=30;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0436184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9132;QD=47.345;RBI=0.0457932;REFB=-0.0763279;REVB=0.0139448;RO=3;SAF=15;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017655;STB=0.514029;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0223024;OID=.;OPOS=10650329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:32:3:3:26:29:0.90625:11:15:2:1:14:15:2:1 chr11 10655609 . C T 788.8 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230497;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2089;QD=57.3675;RBI=0.0231211;REFB=0;REVB=-0.00181538;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344858;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr11 10673739 . T C,G 3511.68 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=216,13;DP=229;FAO=216,12;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=81,11;FSAR=135,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123098,-0.0256782;FXX=0.00436662;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.472,72.142;QD=61.6084;RBI=0.0253761,0.032719;REFB=0,0;REVB=0.0221904,-0.0202771;RO=0;SAF=81,12;SAR=135,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.87413e-08,-3.00075e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000754703,0.0435632;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:229:228:0:0:216,13:216,12:0.947368,0.0526316:135,1:81,12:0:0:135,1:81,11:0:0 chr11 10715124 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.198;QD=57.7124;RBI=0.0320953;REFB=0;REVB=0.0220382;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2342e-05;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr11 10786142 . C T 1264.05 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9709;QD=61.661;RBI=0.0172293;REFB=0;REVB=0.0138248;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54705e-05;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:55:27:0:0:55:27:0:0 chr11 10822350 . C T 1709.21 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.648;QD=60.5029;RBI=0.0120161;REFB=0;REVB=0.00533854;RO=0;SAF=71;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29374e-05;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:41:71:0:0:41:72:0:0 chr11 10823079 . T C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00893175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9162;QD=9.56958;RBI=0.108421;REFB=-0.000229296;REVB=0.108053;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.653494;STB=0.900092;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00141254;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:1:7:3:11:1:7:3:12 chr11 10828361 . C A 200.51 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0617355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2081;QD=11.9709;RBI=0.062684;REFB=0.00771748;REVB=0.0108637;RO=42;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165731;STB=0.57825;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0105794;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:42:42:24:25:0.373134:9:15:20:22:10:15:20:22 chr11 11292700 . G C 543.14 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00598284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.987;QD=22.6308;RBI=0.0105348;REFB=-0.0354098;REVB=-0.00867107;RO=45;SAF=20;SAR=31;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140849;STB=0.577609;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0411578;OID=.;OPOS=11292700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:31:20:25:20:31:20:25:20 chr11 11373508 . T C 355.67 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9129;QD=54.7189;RBI=0.0705053;REFB=0;REVB=0.0676956;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833699;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:13:13:0:0 chr11 11373587 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.143;QD=61.0492;RBI=0.0233833;REFB=0;REVB=0.000722388;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73939e-05;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr11 11373635 . C T 1540.52 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.593;QD=59.8259;RBI=0.0136203;REFB=0;REVB=-0.0135635;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76298e-05;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:54:49:0:0:54:49:0:0 chr11 11373808 . T G 1358.54 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.751;QD=62.4616;RBI=0.0198433;REFB=0;REVB=-0.0136342;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67358e-06;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:51:36:0:0:51:36:0:0 chr11 11373925 . A C 1357.87 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1814;QD=62.4307;RBI=0.0494332;REFB=0;REVB=0.0243422;RO=1;SAF=52;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141452;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:1:0:86:87:1:34:52:1:0:34:53:0:0 chr11 11374016 . T A 1540.6 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.542;QD=59.8291;RBI=0.0365113;REFB=0;REVB=-0.0214121;RO=0;SAF=63;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30423e-06;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:39:63:0:0:39:64:0:0 chr11 11374283 . T G 1668.51 PASS AF=0.974138;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0248416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.596;QD=57.535;RBI=0.0253028;REFB=-0.0286399;REVB=0.00480878;RO=3;SAF=62;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022418;STB=0.511809;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000888943;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:3:3:113:113:0.974138:51:62:3:0:51:62:3:0 chr11 11913585 . G T 1070.01 PASS AF=0.948718;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0102503;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.425;QD=54.8725;RBI=0.021267;REFB=-0.0779364;REVB=-0.0186338;RO=4;SAF=29;SAR=45;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144691;STB=0.507657;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000718286;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:78:4:4:74:74:0.948718:45:29:1:3:45:29:1:3 chr11 11986061 . T C 218.74 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00381259;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.4;QD=15.6243;RBI=0.00850823;REFB=-0.00348102;REVB=-0.00760619;RO=32;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107715;STB=0.511102;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00413878;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:31:24:25:0.446429:10:14:19:13:10:15:18:13 chr11 12225946 . T G 481.55 PASS AF=0.445652;AO=37;DP=93;FAO=41;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0141911;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.928;QD=20.9368;RBI=0.0160574;REFB=-0.0332723;REVB=0.00751342;RO=45;SAF=24;SAR=13;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161682;STB=0.571902;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0338716;OID=.;OPOS=12225946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:45:44:37:41:0.445652:13:24:22:23:15:26:22:22 chr11 12229655 . T G 583.58 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=54;FWDB=0.0100661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.78;QD=17.6841;RBI=0.0199361;REFB=-0.0120643;REVB=-0.0172082;RO=70;SAF=27;SAR=34;SRF=17;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201149;STB=0.613602;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0114623;OID=.;OPOS=12229655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:71:61:61:0.462121:34:27:17:53:34:27:17:54 chr11 12284002 . T G 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.000773939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.136;QD=22.724;RBI=0.000895802;REFB=-0.055493;REVB=-0.000451086;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809967;STB=0.545409;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0351982;OID=.;OPOS=12284002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:8:12:8:8:8:12:8:8 chr11 12285090 . C T 351.96 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.00236684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.162;QD=19.0249;RBI=0.020683;REFB=-0.020384;REVB=0.0205471;RO=37;SAF=20;SAR=15;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126346;STB=0.557246;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0183961;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:37:37:35:37:0.5:15:20:26:11:15:22:26:11 chr11 12315186 . G A 225.69 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=0.0140708;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.123;QD=10.8764;RBI=0.0433206;REFB=-0.0123532;REVB=-0.0409718;RO=55;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226052;STB=0.629871;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0150053;OID=.;OPOS=12315186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:55:55:28:28:0.337349:15:13:15:40:15:13:15:40 chr11 12315335 . C A 194.21 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0103059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.801;QD=24.2765;RBI=0.027221;REFB=0.000854798;REVB=0.0251947;RO=13;SAF=1;SAR=18;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463672;STB=0.768841;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.000794765;OID=.;OPOS=12315335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:18:1:4:9:18:1:4:9 chr11 12315407 . G C 182.96 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000496315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.881;QD=43.0486;RBI=0.0590084;REFB=-0.0995429;REVB=0.0590063;RO=2;SAF=11;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615517;STB=0.521712;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0088213;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:2:1:15:16:0.941176:4:11:1:1:5:11:1:0 chr11 12315716 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0503469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.34;QD=39.3181;RBI=0.0529972;REFB=-0.0128678;REVB=0.0165497;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.555467;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000617346;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:4:9:0:1:4:9:0:1 chr11 12315891 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.664;QD=47.8217;RBI=0.060261;REFB=0;REVB=0.0588403;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681167;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr11 12315915 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.635;QD=49.5992;RBI=0.0154255;REFB=0;REVB=-0.00657944;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70744e-05;OID=.;OPOS=12315915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr11 12534707 . G A 163.75 PASS AF=0.367347;AO=15;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0162366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.753;QD=13.3672;RBI=0.0182012;REFB=-0.018663;REVB=0.00822545;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261101;STB=0.590477;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0283321;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:31:15:18:0.367347:7:8:22:7:7:11:23:8 chr11 12903443 . C T 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00600324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.809;QD=19.344;RBI=0.0321901;REFB=-0.0140109;REVB=-0.0316254;RO=18;SAF=14;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45317;STB=0.757667;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0183623;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:4:14:5:13:4:14:5:13 chr11 13398129 . T A 1072.09 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753016;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.997;QD=59.5605;RBI=0.0619292;REFB=0;REVB=0.0614696;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141678;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:33:38:0:0:34:38:0:0 chr11 13408159 . A C 223.72 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00510062;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.788;QD=12.0927;RBI=0.00577522;REFB=-0.0151279;REVB=0.00270866;RO=46;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372393;STB=0.52868;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0299696;OID=.;OPOS=13408159;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:46:47:27:27:0.364865:12:15:24:22:12:15:24:23 chr11 13410690 . TGAAA T 40.38 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00466602;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=261.107;QD=14.6847;RBI=0.045959;REFB=-0.0443932;REVB=0.0457215;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526224;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0310157;OID=.;OPOS=13410691;OREF=GAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:5:11:6:11:5:1:5:1:4:30:5:1:4:1:4 chr11 13441126 . A G 208.06 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00638049;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.344;QD=13.4231;RBI=0.0141053;REFB=-0.00594833;REVB=-0.0125797;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118765;STB=0.504583;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00912121;OID=.;OPOS=13441126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:37:25:25:0.403226:11:14:20:15:11:14:21:16 chr11 13443250 . C T 339.21 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0121534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.197;QD=20.5583;RBI=0.0320228;REFB=-0.0111079;REVB=-0.0296269;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727594;STB=0.540349;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0113519;OID=.;OPOS=13443250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:21:14:15:16:21:14:15:16 chr11 13461457 . C A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0271944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.286;QD=11.0924;RBI=0.0289863;REFB=-0.00682313;REVB=0.0100335;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00720917;OID=.;OPOS=13461457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:4:2:3:2:4:2 chr11 13929046 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.089;QD=51.9167;RBI=0.022469;REFB=0;REVB=-0.018236;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117554;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr11 14101493 . G C,GC 562.84 PASS AF=0,1;AO=2,33;DP=41;FAO=0,41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386562,0.0581612;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.367,24.4775;QD=54.9116;RBI=0.0387412,0.160078;REFB=0,0;REVB=0.00256467,0.149138;RO=6;SAF=0,20;SAR=2,13;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.562437,0.0799828;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00695695;OID=.,.;OPOS=14101493,14101494;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:41:41:6:0:2,33:0,41:0,1:2,13:0,20:2:4:0,19:0,22:0:0 chr11 14284277 . C T 192.99 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0214504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.538;QD=13.7852;RBI=0.037559;REFB=-0.0283826;REVB=0.0308311;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219509;STB=0.62547;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0246665;OID=.;OPOS=14284277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:14:9:20:13:14:9:20:13 chr11 14535368 . A G 265.17 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00199462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.38;QD=15.598;RBI=0.0728033;REFB=-0.0098333;REVB=0.072776;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403712;STB=0.522802;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0139138;OID=.;OPOS=14535368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:13:17:20:18:13:17:20:18 chr11 14632570 . A C 520.68 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.408;QD=59.5066;RBI=0.0504353;REFB=0;REVB=0.0187656;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026738;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:22:13:0:0 chr11 14810762 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.859;QD=58.0609;RBI=0.0123699;REFB=0;REVB=0.00369031;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36846e-05;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr11 14902177 . T C 311.18 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0360345;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3913;QD=16.8207;RBI=0.0381469;REFB=-0.0308974;REVB=0.012518;RO=39;SAF=12;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13352;STB=0.56924;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0275115;OID=.;OPOS=14902177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:40:34:34:0.459459:22:12:19:20:22:12:19:21 chr11 14913575 . G A 4016.1 PASS AF=0.992366;AO=254;DP=259;FAO=260;FDP=262;FR=.;FRO=2;FSAF=138;FSAR=122;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0428082;FXX=0.00757547;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.11;QD=61.3145;RBI=0.0715107;REFB=-0.0210404;REVB=0.057282;RO=2;SAF=137;SAR=117;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00059005;STB=0.503597;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000110981;OID=.;OPOS=14913575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:259:262:2:2:254:260:0.992366:117:137:1:1:122:138:2:0 chr11 14991539 . T C 2254.81 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0290481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2591;QD=62.6336;RBI=0.0483859;REFB=0.00292845;REVB=-0.0386963;RO=0;SAF=85;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.34831e-08;STB=0.504347;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.000378311;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:144:0:1:142:143:0.993056:57:85:0:0:57:86:0:1 chr11 15199957 . T C 1083.49 PASS AF=0.973684;AO=67;DP=69;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0924542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.2985;QD=57.026;RBI=0.104675;REFB=-0.0820734;REVB=0.0490829;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133112;STB=0.51351;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00290854;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:76:1:2:67:74:0.973684:35:32:0:1:36:38:0:2 chr11 15243097 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0368878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.874;QD=17.8394;RBI=0.0560181;REFB=-0.0214359;REVB=0.0421582;RO=13;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185802;STB=0.565935;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0206513;OID=.;OPOS=15243097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:12:2:2:11:12:2:3:11 chr11 15992319 . A C 140.18 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00740827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.124;QD=12.4608;RBI=0.0164733;REFB=-0.0051801;REVB=0.0147135;RO=27;SAF=1;SAR=14;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324796;STB=0.636165;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0123483;OID=.;OPOS=15992319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:29:15:16:0.355556:14:1:5:22:14:2:7:22 chr11 16133413 . A G 1081.19 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.548;QD=60.0662;RBI=0.0402151;REFB=0;REVB=0.0286569;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96119e-05;OID=.;OPOS=16133413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:38:32:0:0:39:33:0:0 chr11 16863907 . C T 222.76 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00686883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.841;QD=18.9584;RBI=0.0194599;REFB=-0.0342159;REVB=-0.0182074;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482031;STB=0.527248;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.041094;OID=.;OPOS=16863907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:9:13:16:9:9:13:16:9 chr11 16872822 . C G 335.72 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00141413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4237;QD=22.3816;RBI=0.00261589;REFB=0.00431809;REVB=0.00220071;RO=26;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130384;STB=0.57195;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00322086;OID=.;OPOS=16872822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:20:14:15:11:20:14:15:11 chr11 17108868 . ACT A 131.4 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0247313;FXX=0.153807;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.199;QD=15.9269;RBI=0.0492013;REFB=-0.0134978;REVB=-0.0425339;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235894;STB=0.634352;STBP=0.299;TYPE=del;VARB=0.014944;OID=.;OPOS=17108869;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:14:39:14:33:19:5:9:3:16:99:19:5:9:3:16 chr11 17172133 . T C 240.57 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0636334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.66;QD=12.1805;RBI=0.065478;REFB=-0.00641449;REVB=-0.0154323;RO=50;SAF=18;SAR=11;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156796;STB=0.590362;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0191305;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:11:18:24:26:11:18:24:26 chr11 17191264 . C T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0138388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.037;QD=21.7451;RBI=0.0393547;REFB=-0.0276033;REVB=-0.0368413;RO=15;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276178;STB=0.648469;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0191868;OID=.;OPOS=17191264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:19:19:0.542857:16:3:6:9:16:3:6:10 chr11 17333663 . G A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0659;QD=50.4112;RBI=0.0343257;REFB=0;REVB=-0.0225819;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017195;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr11 17339127 . T C 319.3 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00660674;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.482;QD=45.6145;RBI=0.0261422;REFB=-0.122928;REVB=0.0252936;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.507457;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00671902;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:28:28:1:3:25:25:0.892857:15:10:0:1:15:10:1:2 chr11 17352477 . TACA T 84.42 PASS AF=0.37931;AO=9;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00307754;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=3;MLLD=286.119;QD=11.6448;RBI=0.0167815;REFB=-0.00475799;REVB=0.0164969;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359952;STB=0.69481;STBP=0.152;TYPE=del;VARB=0.00706215;OID=.;OPOS=17352478;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:9:28:11:29:18:5:6:14:4:84:18:4:5:14:4 chr11 17408251 . G A 119.72 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00531867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.912;QD=14.9655;RBI=0.118927;REFB=0.00136206;REVB=0.118808;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149726;STB=0.551811;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00132772;OID=.;OPOS=17408251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:15:18:13:14:0.4375:5:8:9:6:5:9:10:8 chr11 17408404 . C T 316.88 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00909704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.728;QD=17.8523;RBI=0.00950989;REFB=-0.0180654;REVB=-0.00277163;RO=36;SAF=11;SAR=22;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11134;STB=0.544143;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0228088;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:37:33:34:0.478873:22:11:16:20:22:12:16:21 chr11 17408630 . C T 387.59 PASS AF=0.612903;AO=37;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00977637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.797;QD=25.0059;RBI=0.016319;REFB=-0.0433834;REVB=0.0130665;RO=23;SAF=22;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202001;STB=0.594545;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0146584;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:24:37:38:0.612903:15:22:7:16:16:22:8:16 chr11 17408796 . G A 245.21 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0210754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1995;QD=15.5687;RBI=0.0555229;REFB=0.0301539;REVB=0.0513675;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506801;STB=0.536816;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0150357;OID=.;OPOS=17408796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:35:27:28:0.444444:11:16:19:16:11:17:19:16 chr11 17409069 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00479881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.115;QD=20.838;RBI=0.0207616;REFB=0.00229089;REVB=0.0201994;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338781;STB=0.691926;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00119206;OID=.;OPOS=17409069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:5:0:5:4:5:0 chr11 17409572 . T C 225.59 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.01581;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.103;QD=18.7988;RBI=0.0164618;REFB=-0.0167775;REVB=-0.00458655;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181358;STB=0.510279;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0313751;OID=.;OPOS=17409572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:26:22:22:0.458333:14:8:9:17:14:8:9:17 chr11 17418477 . C A 205.41 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00928778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6442;QD=14.6724;RBI=0.0298029;REFB=-0.0187734;REVB=0.0283187;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120773;STB=0.559298;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.021185;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:13:11:18:13:13:11:18:14 chr11 17448704 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0244572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.793;QD=17.9406;RBI=0.02576;REFB=-0.035301;REVB=0.00808844;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844457;STB=0.529381;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0471375;OID=.;OPOS=17448704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:12:7:6:15:12:7:7:15 chr11 17449929 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0204053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.717;QD=19.3697;RBI=0.0280363;REFB=2.2891e-05;REVB=0.0192266;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383022;STB=0.521712;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-3.30092e-05;OID=.;OPOS=17449929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:10:5:6:10:10:5 chr11 17452492 . G A 167.31 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0225082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.256;QD=11.7409;RBI=0.0225122;REFB=-0.0264966;REVB=0.000421364;RO=36;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273264;STB=0.658671;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0269183;OID=.;OPOS=17452492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:7:14:15:21:7:14:15:21 chr11 17518325 . TGGGGGGC TGGGGGCG 72.55 PASS AF=0.15;AO=3;DP=65;FAO=9;FDP=60;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=43;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=41;FWDB=-0.139725;FXX=0.0769112;HRUN=6;LEN=2;MLLD=37.2648;QD=4.83647;RBI=0.145564;REFB=-0.0305845;REVB=-0.0408124;RO=21;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.943159;STBP=0.159;TYPE=mnp;VARB=-0.0694033;OID=.;OPOS=17518331;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=TGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15:3:65:9:60:43:7:2:2:41:29:21:0:3:0:21 chr11 17542439 . T C,G 942.77 PASS AF=0.955882,0.0441176;AO=60,4;DP=64;FAO=65,3;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=33,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330064,-0.00437301;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.326,121.891;QD=55.4573;RBI=0.0682199,0.010335;REFB=0,0;REVB=0.06814,0.00936422;RO=0;SAF=32,0;SAR=28,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000809152,0.07019;OID=.,.;OPOS=17542439,17542439;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:64:68:0:0:60,4:65,3:0.955882,0.0441176:28,4:32,0:0:0:33,3:32,0:0:0 chr11 17547920 . C T 579.18 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0235352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.822;QD=21.6517;RBI=0.0323526;REFB=-0.021286;REVB=0.0221988;RO=47;SAF=25;SAR=33;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134343;STB=0.573518;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0209403;OID=.;OPOS=17547920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:49:58:58:0.542056:33:25:28:19:33:25:29:20 chr11 17593709 . T C 567.31 PASS AF=0.451128;AO=59;DP=132;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.00272011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.464;QD=17.062;RBI=0.0201827;REFB=-0.024623;REVB=-0.0199986;RO=73;SAF=36;SAR=23;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1714;STB=0.598703;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0294598;OID=.;OPOS=17593709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:73:73:59:60:0.451128:23:36:32:41:23:37:32:41 chr11 17596313 . G A 631.38 PASS AF=0.516129;AO=63;DP=123;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=5.72496e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.927;QD=20.367;RBI=0.0125247;REFB=-0.0106064;REVB=0.0125245;RO=59;SAF=45;SAR=18;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153936;STB=0.584268;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0134061;OID=.;OPOS=17596313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:59:60:63:64:0.516129:18:45:33:26:18:46:34:26 chr11 17600033 . G A 619.77 PASS AF=0.5;AO=61;DP=127;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0335225;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0037;QD=19.3679;RBI=0.0401207;REFB=-0.0226977;REVB=0.0220436;RO=57;SAF=23;SAR=38;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565269;STB=0.53199;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0304304;OID=.;OPOS=17600033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:57:64:61:64:0.5:38:23:25:32:38:26:30:34 chr11 17615203 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.628;QD=56.7066;RBI=0.0356409;REFB=0;REVB=0.030867;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95437e-05;OID=.;OPOS=17615203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr11 17618490 . C T 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.000674733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.245;QD=17.5645;RBI=0.00107743;REFB=-0.0356473;REVB=-0.000839991;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200919;STB=0.611874;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0388008;OID=.;OPOS=17618490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:16:16:10:25:16:16:10:25 chr11 17627613 . G C 823.52 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.955;QD=56.7943;RBI=0.0499445;REFB=0;REVB=0.0221328;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108896;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:18:39:0:0:19:39:0:0 chr11 17631751 . C T 636.86 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.063418;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.5098;QD=55.3787;RBI=0.0704785;REFB=-0.176538;REVB=0.0307469;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.505721;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00675745;OID=.;OPOS=17631751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:1:3:43:43:0.934783:25:18:0:1:25:18:1:2 chr11 17632651 . C T 1301.53 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000160322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4411;QD=61.9775;RBI=0.00320997;REFB=0;REVB=-0.00320596;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.461e-05;OID=.;OPOS=17632651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr11 17656686 . C T 921.71 PASS AF=0.970588;AO=62;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0964539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9838;QD=54.2184;RBI=0.103742;REFB=-0.026168;REVB=0.0381984;RO=4;SAF=36;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496208;STB=0.512191;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00565596;OID=.;OPOS=17656686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:68:68:4:2:62:66:0.970588:26:36:4:0:26:40:2:0 chr11 17663444 . C T 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.197;QD=63.336;RBI=0.0476049;REFB=0;REVB=0.0332765;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113015;OID=.;OPOS=17663444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr11 17663742 . G C 1452.93 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.692;QD=63.171;RBI=0.0789692;REFB=0;REVB=0.0196701;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173829;OID=.;OPOS=17663742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr11 17948311 . T C 579.43 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129859;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.841;QD=60.9927;RBI=0.0237935;REFB=0;REVB=0.0199373;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215547;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr11 18028151 . C T 253.97 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00309767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2099;QD=15.3921;RBI=0.00758834;REFB=-0.0170892;REVB=-0.00692729;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17971;STB=0.615227;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.044411;OID=.;OPOS=18028151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:37:29:29:0.439394:17:12:21:14:17:12:23:14 chr11 18108492 . T C 364.44 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0118781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0086;QD=18.4529;RBI=0.0910227;REFB=-0.0116585;REVB=0.0902444;RO=41;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124505;STB=0.574572;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0152852;OID=.;OPOS=18108492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:37:38:0.481013:22:15:22:19:23:15:22:19 chr11 18159169 . A G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.969;QD=59.8331;RBI=0.0472627;REFB=0;REVB=-0.0276403;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79814e-05;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:46:56:0:0:46:56:0:0 chr11 18159254 . A G 315.07 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00555368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0883;QD=14.486;RBI=0.0642437;REFB=-0.0308876;REVB=-0.0640032;RO=49;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109648;STB=0.563105;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0307207;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:49:52:35:35:0.402299:20:15:16:33:20:15:17:35 chr11 18194944 . T A 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0280864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.904;QD=17.4544;RBI=0.0357985;REFB=-0.0116465;REVB=-0.0221967;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118576;STB=0.506662;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0111227;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:9:18:19:10:9:18:19:10 chr11 18195051 . T C 945.11 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191068;FXX=0.0447694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.441;QD=59.0691;RBI=0.0354159;REFB=0;REVB=0.0298197;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60071e-05;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:22:41:0:0:23:41:0:0 chr11 18195348 . C T 221.72 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0857857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.575;QD=12.318;RBI=0.086921;REFB=-0.027503;REVB=0.0140028;RO=45;SAF=5;SAR=22;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246915;STB=0.644232;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0351678;OID=.;OPOS=18195348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:22:5:16:29:22:5:16:29 chr11 18210580 . C T 235.94 PASS AF=0.391892;AO=27;DP=73;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.0669831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2043;QD=12.7535;RBI=0.110038;REFB=-0.0324353;REVB=0.0873015;RO=41;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390366;STB=0.711358;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0342233;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:45:27:29:0.391892:10:17:10:31:12:17:10:35 chr11 18210814 . GC AA 338.34 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0172139;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=2;MLLD=215.474;QD=18.2884;RBI=0.0185123;REFB=-0.0205668;REVB=0.00681079;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255893;STB=0.527762;STBP=0.649;TYPE=mnp;VARB=0.015873;OID=.;OPOS=18210814;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:38:35:36:0.486486:17:18:18:19:17:19:18:20 chr11 18210849 . C T 315.07 PASS AF=0.515152;AO=31;DP=63;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0668437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2488;QD=19.0952;RBI=0.0771832;REFB=-0.0104012;REVB=0.0385898;RO=32;SAF=10;SAR=21;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252872;STB=0.60317;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0134653;OID=.;OPOS=18210849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:32:32:31:34:0.515152:21:10:19:13:21:13:19:13 chr11 18231289 . C A 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00433233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.635;QD=22.582;RBI=0.0505432;REFB=-0.0209333;REVB=-0.0503572;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101745;STB=0.556918;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00951937;OID=.;OPOS=18231289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:10:16:12:12:10:16:12:12 chr11 18231749 . T G 122.31 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.104658;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.765;QD=14.8249;RBI=0.138917;REFB=-0.0450698;REVB=-0.0913485;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021973;STB=0.504418;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0620451;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:20:19:14:14:0.424242:8:6:9:11:8:6:8:11 chr11 18253176 . C T 152.27 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0345944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.547;QD=21.003;RBI=0.0513823;REFB=0.000389156;REVB=-0.0379917;RO=13;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280762;STB=0.660791;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00255206;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:3:13:7:6:3:13:7:6 chr11 18267027 . C T 1075.8 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=76;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0107321;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0147;QD=57.376;RBI=0.0152143;REFB=-0.155743;REVB=-0.0107841;RO=1;SAF=25;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185398;STB=0.50417;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00186521;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:75:1:2:72:73:0.973333:47:25:1:0:47:26:1:1 chr11 18267463 . A G 127.03 PASS AF=0.275362;AO=18;DP=70;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0169415;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2569;QD=7.36408;RBI=0.0311912;REFB=-0.0140173;REVB=-0.0261893;RO=50;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139037;STB=0.599896;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0326712;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:50:50:18:19:0.275362:8:10:22:28:8:11:22:28 chr11 18267471 . A G 182.65 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0209416;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.386;QD=11.2398;RBI=0.0362887;REFB=-0.0228332;REVB=-0.0296365;RO=41;SAF=6;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367637;STB=0.708146;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0346548;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:17:6:24:17:17:6:24:18 chr11 18267478 . G A 118.21 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.012437;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.496;QD=7.62665;RBI=0.0150303;REFB=-0.005419;REVB=0.00843982;RO=42;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146787;STB=0.593113;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0368584;OID=.;OPOS=18267478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:42:45:17:17:0.274194:8:9:17:25:8:9:18:27 chr11 18267597 . T TGGAAA 37.81 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00511242;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=5;MLLD=168.291;QD=7.56122;RBI=0.0114299;REFB=-0.00575227;REVB=0.0102228;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551606;STB=0.858263;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=0.0107386;OID=.;OPOS=18267598;OREF=-;OALT=GGAAA;OMAPALT=TGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:6:21:6:20:14:1:5:10:4:37:13:1:5:9:4 chr11 18291321 . T C 483.44 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=-0.00334243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.551;QD=17.5795;RBI=0.00334915;REFB=-0.0169151;REVB=-0.000211954;RO=58;SAF=25;SAR=27;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230202;STB=0.627208;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0191197;OID=.;OPOS=18291321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:58:52:52:0.472727:27:25:42:16:27:25:42:16 chr11 18327684 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.265;QD=43.4862;RBI=0.0101995;REFB=0;REVB=0.0101009;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37699e-05;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr11 18388128 . G C 476.59 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0347255;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.381;QD=56.0693;RBI=0.0395477;REFB=-0.217977;REVB=0.0189251;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301269;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00271314;OID=.;OPOS=18388128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:0:1:15:18:0:1 chr11 18424451 . C T 941.01 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00230644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.335;QD=57.0312;RBI=0.0107712;REFB=0.0364189;REVB=-0.0105214;RO=1;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192744;STB=0.510201;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-1.3259e-05;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:24:41:0:1:24:41:0:1 chr11 18424487 . A G 791.35 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00365826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7646;QD=53.651;RBI=0.0430721;REFB=0.0173073;REVB=-0.0429165;RO=2;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376775;STB=0.519993;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000516582;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:56:57:0.966102:24:32:0:2:24:33:0:2 chr11 18467821 . T C 616.72 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429114;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.7;QD=61.6718;RBI=0.0462375;REFB=0;REVB=0.0172197;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001453;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr11 18505552 . G A 188.33 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0962157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.677;QD=25.1106;RBI=0.0963609;REFB=-0.0466341;REVB=0.00528745;RO=10;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589397;STB=0.556359;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.048768;OID=.;OPOS=18505552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:10:11:19:19:0.633333:13:6:4:6:13:6:5:6 chr11 18555901 . C G 215.09 PASS AF=0.525;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0256423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.653;QD=21.5085;RBI=0.0290876;REFB=-0.00298734;REVB=0.0137317;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343021;STB=0.687188;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00173025;OID=.;OPOS=18555901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:19:21:21:0.525:13:8:14:3:13:8:15:4 chr11 18555949 . T C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00370381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.008;QD=12.8691;RBI=0.0101817;REFB=-0.0303287;REVB=0.00948417;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488009;STB=0.542213;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0547684;OID=.;OPOS=18555949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:33:20:21:0.388889:10:10:18:15:11:10:18:15 chr11 18600322 . T G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0424794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.82;QD=17.8275;RBI=0.0425744;REFB=-0.00438268;REVB=-0.00284349;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126749;STB=0.572403;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00576479;OID=.;OPOS=18600322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:3:8:7:5:3:8 chr11 18633971 . G A 183.06 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.058668;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.707;QD=9.26895;RBI=0.0610339;REFB=-0.0219919;REVB=0.0168286;RO=52;SAF=11;SAR=13;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159237;STB=0.609922;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0398027;OID=.;OPOS=18633971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:52:55:24:24:0.303797:13:11:31:21:13:11:34:21 chr11 18724558 . C T 130.74 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00843854;FXX=0.0434688;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.548;QD=11.8855;RBI=0.0246985;REFB=-0.00583689;REVB=0.0232122;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245901;STB=0.645956;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0134925;OID=.;OPOS=18724558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:29:29:15:15:0.340909:10:5:16:13:10:5:16:13 chr11 18728650 . T C 372.96 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00426176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.965;QD=17.7601;RBI=0.011739;REFB=-0.0196589;REVB=-0.010938;RO=45;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765571;STB=0.542835;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0224202;OID=.;OPOS=18728650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:23:16:22:23:23:16:22:23 chr11 18735396 . G T 191.38 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.679;QD=47.8453;RBI=0.0498806;REFB=0;REVB=0.0221884;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575514;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:14:16:1:3:11:0:0:3:13:0:0 chr11 18735947 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.119;QD=56.1871;RBI=0.133768;REFB=0;REVB=0.0516978;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225943;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:23:5:0:0:23:5:0:0 chr11 18737095 . C T 885.66 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.505;QD=58.0758;RBI=0.0350287;REFB=0;REVB=0.0196898;RO=0;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169196;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:41:18:0:0:41:20:0:0 chr11 18738281 . C T 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.478;QD=53.9068;RBI=0.050546;REFB=0;REVB=-0.0368155;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85162e-05;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr11 18743180 . C G 382.58 PASS AF=0.405405;AO=42;DP=108;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00752658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.03;QD=13.7866;RBI=0.0321088;REFB=-0.0142611;REVB=0.0312142;RO=66;SAF=18;SAR=24;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774034;STB=0.546684;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0197115;OID=.;OPOS=18743180;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:66:66:42:45:0.405405:24:18:33:33:26:19:33:33 chr11 18764026 . G C 274.89 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0687195;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.346;QD=39.2701;RBI=0.0692025;REFB=-0.0842742;REVB=0.0081613;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.536393;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00623853;OID=.;OPOS=18764026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:0:5:23:23:0.821429:14:9:0:0:14:9:1:4 chr11 18956194 . T C 606.68 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.020564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.183;QD=19.2597;RBI=0.0220542;REFB=-0.00255617;REVB=-0.00796907;RO=62;SAF=33;SAR=29;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20311;STB=0.602708;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00216462;OID=.;OPOS=18956194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:64:62:62:0.492063:29:33:19:43:29:33:21:43 chr11 19167850 . A G 400.4 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0133993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.923;QD=21.3549;RBI=0.0139043;REFB=-0.00807245;REVB=0.00371352;RO=34;SAF=16;SAR=24;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603211;STB=0.527459;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00854995;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:35:40:40:0.533333:24:16:16:18:24:16:16:19 chr11 19245854 . T C 1553.12 PASS AF=0.981651;AO=101;DP=103;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00925968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.761;QD=56.9951;RBI=0.0238419;REFB=-0.0591979;REVB=0.0219703;RO=1;SAF=41;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114303;STB=0.502264;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.000143281;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:103:109:1:2:101:107:0.981651:60:41:1:0:66:41:1:1 chr11 19612775 . C T 746.93 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3527;QD=63.5683;RBI=0.0592125;REFB=0;REVB=-0.0325948;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150742;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr11 19735987 . A G 167.02 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0254798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.824;QD=8.24796;RBI=0.0312563;REFB=-0.00413829;REVB=-0.0181034;RO=58;SAF=7;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204729;STB=0.623027;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00901201;OID=.;OPOS=19735987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:16:7:27:31:16:7:27:31 chr11 19799522 . GCCCCG GCCC,GCCCC,GCCCG 781.92 PASS AF=0,0.530201,0.0268456;AO=16,60,19;DP=153;FAO=0,79,4;FDP=149;FR=.;FRO=66;FSAF=0,37,1;FSAR=0,42,3;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0308159,0.017193,-0.243956;FXX=0.0132442;HRUN=4,1,4;LEN=2,1,1;MLLD=78.7891,82.4471,11.8968;QD=20.9911;RBI=0.0313818,0.0172148,0.254608;REFB=-0.042267,-0.0313448,-0.100157;REVB=-0.005933,-0.000866234,-0.0728742;RO=48;SAF=9,25,10;SAR=7,35,9;SRF=19;SRR=29;SSEN=0.4,0,0.4;SSEP=0.492063,0,0.492063;SSSB=0.200957,0.0174501,0.155018;STB=0.5,0.506314,0.703479;STBP=1,0.895,0.512;TYPE=del,del,del;VARB=-0.0014824,0.0246679,0.102587;OID=.,.,.;OPOS=19799526,19799527,19799523;OREF=CG,G,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.530201,0.0268456:16,60,19:153:0,79,4:149:66:0,37,1:0,42,3:30:36:99:48:9,25,10:7,35,9:19:29 chr11 19854088 . G A 349.98 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=-0.00878627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2878;QD=19.1772;RBI=0.02079;REFB=-0.00779124;REVB=-0.0188421;RO=35;SAF=9;SAR=28;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903024;STB=0.554113;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00765694;OID=.;OPOS=19854088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:36:37:37:0.506849:28:9:6:29:28:9:6:30 chr11 19955500 . A G 1377.19 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.965;QD=62.5997;RBI=0.0189119;REFB=0;REVB=0.00941874;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22699e-06;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:33:55:0:0:33:55:0:0 chr11 19970558 . T C 906.45 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00314853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.493;QD=56.6529;RBI=0.00525398;REFB=0.0450203;REVB=-0.00420607;RO=1;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113779;STB=0.506022;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00115244;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:41:21:0:1:41:22:0:1 chr11 19970579 . C G,T 1444.22 PASS AF=0.047619,0.92381;AO=7,97;DP=105;FAO=5,97;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=1,41;FSAR=4,56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0112369,0.00287822;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=18.3977,85.919;QD=55.0181;RBI=0.0563993,0.0145941;REFB=-0.0485289,-0.0841266;REVB=-0.0552685,-0.0143075;RO=0;SAF=1,41;SAR=6,56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.55487e-08;STB=0.635921,0.513041;STBP=0.704,0.161;TYPE=snp,snp;VARB=0.0600803,0.000753439;OID=.,.;OPOS=19970579,19970579;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:105:105:0:3:7,97:5,97:0.047619,0.92381:6,56:1,41:0:0:4,56:1,41:0:3 chr11 20065779 . C G 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1791;QD=40.7542;RBI=0.102576;REFB=0;REVB=-0.0156487;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00558888;OID=.;OPOS=20065779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr11 20067064 . C T 226.97 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0173506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.502;QD=15.6534;RBI=0.0275217;REFB=0.0088179;REVB=0.0213635;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329591;STB=0.674682;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00482355;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:11:15:7:24:11:15:8:24 chr11 20089792 . G C 361.2 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0586018;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1894;QD=12.0401;RBI=0.0633236;REFB=-0.0161461;REVB=-0.0239938;RO=75;SAF=25;SAR=19;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241098;STB=0.518425;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0261481;OID=.;OPOS=20089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:76:44:44:0.366667:19:25:41:34:19:25:41:35 chr11 20089944 . T C 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0212063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.894;QD=13.5534;RBI=0.0221444;REFB=-0.0132005;REVB=0.0063771;RO=40;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353067;STB=0.520193;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0123205;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:19:8:13:27:19:8:13:27 chr11 20099112 . A T 285.35 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.010392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.769;QD=17.0356;RBI=0.0107157;REFB=-0.0216881;REVB=0.00261376;RO=33;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330593;STB=0.51039;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0188887;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:35:31:32:0.477612:18:13:15:18:18:14:16:19 chr11 20099541 . C T 53.61 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0252761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7391;QD=7.94223;RBI=0.0386535;REFB=-0.0412937;REVB=-0.029244;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513548;STB=0.812866;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.085393;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:5:14:2:6:5:14 chr11 20101704 . C T 457.56 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00226376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.433;QD=20.5645;RBI=0.0102967;REFB=-0.0177173;REVB=0.0100447;RO=44;SAF=26;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110516;STB=0.561218;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0156717;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:19:26:20:24:19:26:20:24 chr11 20101744 . C A 305.07 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00690324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6812;QD=16.2702;RBI=0.0463676;REFB=0.0158955;REVB=-0.0458508;RO=41;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286463;STB=0.648563;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0118859;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:41:41:33:34:0.453333:12:21:14:27:13:21:14:27 chr11 20104669 . G A 208.92 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0177304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3713;QD=18.167;RBI=0.0257099;REFB=-0.00716448;REVB=-0.0186181;RO=23;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308939;STB=0.677245;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0149405;OID=.;OPOS=20104669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:25:21:21:0.456522:6:15:9:14:6:15:10:15 chr11 20112492 . G A 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00181629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.755;QD=16.2791;RBI=0.0187491;REFB=-0.00474824;REVB=0.0186609;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197961;STB=0.511155;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00644964;OID=.;OPOS=20112492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:13:15:17:16:13:15:17:16 chr11 20117232 . T C 1189.7 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.28533e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.617;QD=61.0104;RBI=0.0564437;REFB=0;REVB=0.0564436;RO=0;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130747;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:26:51:0:0:27:51:0:0 chr11 20124914 . A C 885.27 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.458;QD=58.0502;RBI=0.031804;REFB=0;REVB=-0.0232256;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85909e-06;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr11 20140387 . A G 411.64 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0608229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9597;QD=19.3711;RBI=0.0772857;REFB=-0.050327;REVB=-0.0476828;RO=41;SAF=19;SAR=23;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100996;STB=0.553373;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.04729;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:41:43:42:42:0.494118:23:19:14:27:23:19:15:28 chr11 20140471 . A G 458.48 PASS AF=0.55;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0420975;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2675;QD=22.9242;RBI=0.042098;REFB=-0.0449871;REVB=-0.000208426;RO=36;SAF=14;SAR=29;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581594;STB=0.52365;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0189218;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:36:36:43:44:0.55:29:14:14:22:29:15:14:22 chr11 20404613 . T G 786.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.598;QD=57.2321;RBI=0.0531992;REFB=0;REVB=0.0442142;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38184e-05;OID=.;OPOS=20404613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:31:20:0:0:31:24:0:0 chr11 20429454 . T C 868.36 PASS AF=0.984127;AO=55;DP=58;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00189083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.217;QD=55.1338;RBI=0.0303682;REFB=-0.0590168;REVB=0.0303093;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219159;STB=0.509431;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00175625;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:63:1:1:55:62:0.984127:21:34:0:1:26:36:0:1 chr11 20529886 . G A 1294.44 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.59;QD=60.2067;RBI=0.0119041;REFB=0.0943943;REVB=-0.0016385;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000146054;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:0:1:84:85:0.988372:48:36:0:0:48:37:0:1 chr11 20623156 . C G 718.86 PASS AF=1;AO=41;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8792;QD=56.3815;RBI=0.2312;REFB=0;REVB=0.227974;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261043;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:41:51:1:21:20:0:0:30:21:0:0 chr11 20639400 . A G 844.47 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129862;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9091;QD=56.298;RBI=0.013218;REFB=0.0865402;REVB=0.00246444;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00288318;OID=.;OPOS=20639400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:60:1:1:58:59:0.983333:26:32:0:1:26:33:0:1 chr11 20648364 . G C 313.4 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0582945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2722;QD=19.5875;RBI=0.058304;REFB=0.00097412;REVB=0.00105053;RO=30;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20716;STB=0.623579;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.000972571;OID=.;OPOS=20648364;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:22:11:17:13:22:11:18:13 chr11 20648380 . G A 236.35 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.019002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8223;QD=17.5076;RBI=0.053876;REFB=0.00746138;REVB=0.0504138;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148161;STB=0.583516;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00749692;OID=.;OPOS=20648380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:17:9:14:14:17:9:14:14 chr11 20673867 . G A 694.14 PASS AF=0.507353;AO=68;DP=135;FAO=69;FDP=136;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0018297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.983;QD=20.4159;RBI=0.00640322;REFB=-0.0176649;REVB=0.00613624;RO=65;SAF=39;SAR=29;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454279;STB=0.521339;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0132881;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:65:67:68:69:0.507353:29:39:34:31:30:39:35:32 chr11 20805286 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0534804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.704;QD=14.1698;RBI=0.0556955;REFB=-0.0241599;REVB=-0.0155511;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271484;STB=0.660047;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0244185;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:7:5:7:3:7:5 chr11 20805335 . C T 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.004608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.776;QD=29.8279;RBI=0.00701012;REFB=-0.0522067;REVB=-0.00528281;RO=6;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105593;OID=.;OPOS=20805335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:8:8:3:3:8:8:3:3 chr11 21305927 . T C 1555.16 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.189;QD=59.244;RBI=0.0495304;REFB=0;REVB=0.0307508;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164955;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:103:105:1:58:45:0:0:59:46:0:0 chr11 21581805 . C T 379.44 PASS AF=0.481481;AO=30;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.018684;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7495;QD=18.7378;RBI=0.0673293;REFB=-0.0195807;REVB=0.064685;RO=32;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08582;STB=0.53647;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0217958;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:42:30:39:0.481481:18:12:10:22:24:15:19:23 chr11 22242729 . T C 280.23 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=0.00601968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.834;QD=10.9896;RBI=0.0137306;REFB=-0.0153275;REVB=0.0123407;RO=66;SAF=9;SAR=26;SRF=20;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652154;STB=0.546191;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0284698;OID=.;OPOS=22242729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:67:35:35:0.343137:26:9:20:46:26:9:21:46 chr11 22401037 . CT C 87.94 PASS AF=0.5;AO=23;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.166483;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.99743;QD=6.06467;RBI=0.170623;REFB=-0.0319233;REVB=0.0373562;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778015;STB=0.517479;STBP=0.818;TYPE=del;VARB=0.0434484;OID=.;OPOS=22401038;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:23:58:29:58:29:13:16:12:17:78:23:11:12:9:14 chr11 22646571 . T C 621.31 PASS AF=0.455782;AO=62;DP=153;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.00623497;FXX=0.0392131;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.781;QD=16.9063;RBI=0.0338081;REFB=-0.014077;REVB=0.0332282;RO=74;SAF=30;SAR=32;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553732;STB=0.515073;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00977117;OID=.;OPOS=22646571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:147:74:80:62:67:0.455782:32:30:40:34:32:35:44:36 chr11 22647008 . G T 153.54 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.000953015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.31;QD=14.2825;RBI=0.0221871;REFB=-0.00881058;REVB=0.0221667;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192031;STB=0.621481;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00976046;OID=.;OPOS=22647008;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:7:10:10:15:7:10:10:16 chr11 22647366 . G A 179.19 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0146431;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5499;QD=23.1216;RBI=0.0275674;REFB=-0.0112044;REVB=-0.0233569;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.57135;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0110563;OID=.;OPOS=22647366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:5:8:8:10:5:8 chr11 22696451 . A G 701.89 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.92;QD=62.3901;RBI=0.124278;REFB=0;REVB=0.124052;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402336;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:11:30:0:0:15:30:0:0 chr11 22709973 . C A 2062.76 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.138;QD=61.575;RBI=0.0366049;REFB=0;REVB=-0.0341681;RO=1;SAF=60;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6869e-05;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:134:134:1:0:132:134:1:72:60:0:1:74:60:0:0 chr11 22834189 . C T 271.03 PASS AF=0.363636;AO=31;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0248329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7436;QD=12.3193;RBI=0.0837242;REFB=-0.00915839;REVB=-0.0799567;RO=56;SAF=17;SAR=14;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739925;STB=0.53123;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0138208;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:31:32:0.363636:14:17:27:29:15:17:27:29 chr11 25098938 . G C 516.86 PASS AF=0.416058;AO=51;DP=131;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=60;FWDB=0.037457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8752;QD=15.0908;RBI=0.0414822;REFB=-0.0233869;REVB=-0.0178254;RO=80;SAF=14;SAR=37;SRF=20;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338197;STB=0.567229;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0340452;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:137:80:80:51:57:0.416058:37:14:20:60:37:20:20:60 chr11 26481611 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.108;QD=49.5992;RBI=0.0437346;REFB=0;REVB=0.0402583;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023743;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr11 26568966 . A G 877.59 PASS AF=0.55102;AO=81;DP=147;FAO=81;FDP=147;FR=.;FRO=66;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.014964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0399;QD=23.8801;RBI=0.0454296;REFB=-0.0278575;REVB=-0.0428944;RO=66;SAF=42;SAR=39;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276792;STB=0.515117;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.024233;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:66:66:81:81:0.55102:39:42:32:34:39:42:32:34 chr11 26586801 . G A 871.42 PASS AF=0.916667;AO=64;DP=72;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0125342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.812;QD=48.4122;RBI=0.0433043;REFB=-0.203716;REVB=0.0414506;RO=7;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090271;STB=0.539462;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00268241;OID=.;OPOS=26586801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:72:72:7:6:64:66:0.916667:33:31:0:7:35:31:0:6 chr11 26587133 . T C 1389.54 PASS AF=1;AO=87;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854577;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.553;QD=61.7575;RBI=0.0944432;REFB=0;REVB=0.0402058;RO=1;SAF=39;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119943;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340682;OID=.;OPOS=26587133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:1:0:87:90:1:48:39:1:0:48:42:0:0 chr11 26621117 . A C 610.98 PASS AF=0.433121;AO=63;DP=153;FAO=68;FDP=157;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=-0.00542687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.248;QD=15.5664;RBI=0.00615325;REFB=-0.0249662;REVB=0.00290028;RO=87;SAF=17;SAR=46;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932861;STB=0.543068;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0266731;OID=.;OPOS=26621117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:157:87:89:63:68:0.433121:46:17:30:57:48:20:32:57 chr11 26656563 . C T 452.59 PASS AF=0.623188;AO=42;DP=67;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.042054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.717;QD=26.2372;RBI=0.0426533;REFB=-0.0140363;REVB=0.00712523;RO=25;SAF=24;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482534;STB=0.528289;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0100895;OID=.;OPOS=26656563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:25:26:42:43:0.623188:18:24:16:9:18:25:17:9 chr11 26677947 . C T 537.24 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0251443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7031;QD=21.4896;RBI=0.0424632;REFB=-0.00176056;REVB=-0.0342182;RO=49;SAF=26;SAR=25;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108149;STB=0.559664;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0003845;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:25:26:19:30:25:26:19:30 chr11 26692733 . T C 381.36 PASS AF=0.394737;AO=44;DP=114;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0102361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1457;QD=13.3811;RBI=0.0103111;REFB=0.0268165;REVB=-0.0012412;RO=69;SAF=19;SAR=25;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112446;STB=0.546854;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0451748;OID=.;OPOS=26692733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:69:44:45:0.394737:25:19:37:32:25:20:36:33 chr11 26692742 . G A 407.15 PASS AF=0.425926;AO=45;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00664619;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.015;QD=15.0795;RBI=0.0285021;REFB=0.0125564;REVB=-0.0277163;RO=61;SAF=18;SAR=27;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161536;STB=0.577914;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.014618;OID=.;OPOS=26692742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:62:45:46:0.425926:27:18:34:27:27:19:34:28 chr11 26694979 . A G 240.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0242166;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0251;QD=14.384;RBI=0.0390703;REFB=-0.0121155;REVB=0.0306602;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138454;STB=0.578667;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0188133;OID=.;OPOS=26694979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:39:28:28:0.41791:16:12:22:17:16:12:22:17 chr11 26702664 . C T 1180.65 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00425021;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1476;QD=59.7796;RBI=0.0670952;REFB=-0.0531259;REVB=-0.0669604;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.50769;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000508891;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:0:1:78:78:0.987342:32:46:0:0:32:46:0:1 chr11 26705310 . A G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0393219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.848;QD=15.6192;RBI=0.0508808;REFB=-0.00985892;REVB=-0.03229;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101062;STB=0.558076;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0149277;OID=.;OPOS=26705310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:10:15:9:9:10:15 chr11 26734209 . C T 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.182;QD=61.3744;RBI=0.0482944;REFB=0;REVB=0.0174876;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31075e-05;OID=.;OPOS=26734209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr11 26743240 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.016202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.845;QD=15.2624;RBI=0.0173045;REFB=0.00198712;REVB=-0.00607789;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604238;STB=0.534832;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00199501;OID=.;OPOS=26743240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:3:13:10:3:3:13 chr11 27017607 . C G 258.41 PASS AF=0.4;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0124268;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.022;QD=13.7819;RBI=0.0207711;REFB=-0.014736;REVB=0.0166438;RO=44;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100068;STB=0.54809;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0408354;OID=.;OPOS=27017607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:44:45:30:30:0.4:17:13:15:29:17:13:16:29 chr11 27018019 . G A 321.61 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0213936;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.609;QD=26.8005;RBI=0.0214194;REFB=0.0034984;REVB=0.0010503;RO=20;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139227;STB=0.576869;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00356619;OID=.;OPOS=27018019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:15:13:13:7:15:13:13:7 chr11 27018626 . G A 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00296698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.029;QD=14.1319;RBI=0.00497142;REFB=-0.00558296;REVB=0.00398899;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796189;STB=0.54617;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00943528;OID=.;OPOS=27018626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:17:14:10:9:17:14 chr11 27077118 . C T 1419.38 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.377;QD=61.7122;RBI=0.0313975;REFB=-0.086814;REVB=0.0179826;RO=1;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104175;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000982449;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:45:46:0:1:45:46:0:1 chr11 27390089 . T C 934.75 PASS AF=0.985294;AO=64;DP=65;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00259647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.822;QD=54.9855;RBI=0.0176018;REFB=0.258732;REVB=-0.0174093;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133044;STB=0.506492;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00113401;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:68:1:1:64:67:0.985294:35:29:0:1:38:29:0:1 chr11 27406844 . G A 293.4 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0177084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3991;QD=23.0121;RBI=0.0219193;REFB=-0.0272794;REVB=0.0129179;RO=22;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325014;STB=0.517993;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00887219;OID=.;OPOS=27406844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:12:17:12:10:12:17:12:10 chr11 27517670 . T C 46.28 PASS AF=0.5;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0132498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.483;QD=18.5118;RBI=0.013296;REFB=-0.0206399;REVB=0.00110775;RO=2;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407562;STB=0.713517;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0265327;OID=.;OPOS=27517670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:2:3:4:5:0.5:3:1:2:0:3:2:3:0 chr11 27518920 . A G 226.16 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0186808;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.464;QD=19.2474;RBI=0.0189166;REFB=-0.00859969;REVB=0.00297757;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129568;STB=0.573058;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0120532;OID=.;OPOS=27518920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:17:8:10:12:17:8 chr11 27679662 . T C 769.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.819;QD=56.9941;RBI=0.0870254;REFB=0;REVB=0.0793466;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236908;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:23:29:0:0:25:29:0:0 chr11 27679916 . C T 366.96 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0330889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.097;QD=19.0627;RBI=0.0403764;REFB=-0.00285117;REVB=-0.0231382;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610035;STB=0.533963;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00414536;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:16:22:20:19:16:22:20:19 chr11 27680744 . A T 268.72 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.023362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.6443;QD=22.3931;RBI=0.0492933;REFB=-0.00606718;REVB=-0.0434056;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143842;STB=0.580367;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00616539;OID=.;OPOS=27680744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:11:14:9:14:11:14:9:14 chr11 30255185 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.839;QD=63.871;RBI=0.0418766;REFB=0;REVB=0.0316466;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168431;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr11 30965855 . A T 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.482;QD=63.5763;RBI=0.00872092;REFB=0;REVB=0.00795775;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56135e-05;OID=.;OPOS=30965855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr11 30974115 . C A 469.73 PASS AF=0.555556;AO=44;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0473686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0128;QD=23.1963;RBI=0.0620279;REFB=0.014986;REVB=-0.0400459;RO=36;SAF=17;SAR=27;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140551;STB=0.580681;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00816734;OID=.;OPOS=30974115;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:44:45:0.555556:27:17:20:16:28:17:20:16 chr11 31327316 . C T 213.67 PASS AF=0.285714;AO=28;DP=97;FAO=28;FDP=98;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0182088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7824;QD=8.72123;RBI=0.0280501;REFB=-0.00775863;REVB=0.0213366;RO=68;SAF=8;SAR=20;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300779;STB=0.688485;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0259664;OID=.;OPOS=31327316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:68:70:28:28:0.285714:20:8:36:32:20:8:38:32 chr11 31458730 . T G 349.16 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.699;QD=51.7278;RBI=0.0226875;REFB=-0.0980908;REVB=0.0154743;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488217;STB=0.526295;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00232391;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:1:0:17:9:1:0 chr11 32103440 . T G 392.4 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0132522;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.713;QD=19.378;RBI=0.0221432;REFB=-0.0295774;REVB=-0.0177398;RO=41;SAF=22;SAR=18;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18816;STB=0.604345;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0318296;OID=.;OPOS=32103440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:41:40:40:0.493827:18:22:14:27:18:22:14:27 chr11 32124579 . C T 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.010714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.954;QD=10.7925;RBI=0.0127501;REFB=-0.00717061;REVB=-0.00691194;RO=35;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110656;STB=0.565237;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0193209;OID=.;OPOS=32124579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:11:7:17:18:11:7:17:18 chr11 32124978 . T C 141.3 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0262336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9831;QD=13.4569;RBI=0.045325;REFB=-0.00488244;REVB=0.0369615;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140771;STB=0.516109;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0122125;OID=.;OPOS=32124978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:12:4:6:19:12:4:6:20 chr11 32125961 . C T 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0100771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.264;QD=9.33497;RBI=0.010133;REFB=-0.00841407;REVB=-0.00106307;RO=30;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637608;STB=0.547099;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0115588;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:31:13:13:0.295455:8:5:10:20:8:5:10:21 chr11 32624405 . C T 216.84 PASS AF=0.446809;AO=17;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0131535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.195;QD=18.4544;RBI=0.0134318;REFB=-0.00848288;REVB=0.00272032;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216683;STB=0.533445;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0143366;OID=.;OPOS=32624405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:25:17:21:0.446809:12:5:11:11:13:8:11:14 chr11 32657266 . T C 242.86 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.000275328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.239;QD=12.7818;RBI=0.0188331;REFB=-0.00404066;REVB=0.0188311;RO=47;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106257;STB=0.506088;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00991287;OID=.;OPOS=32657266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:17:12:19:28:17:12:19:28 chr11 32722320 . A T 351.57 PASS AF=0.47191;AO=37;DP=82;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0190941;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.6854;QD=15.8007;RBI=0.0733614;REFB=-0.0974367;REVB=0.070833;RO=45;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937944;STB=0.600593;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0411013;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:89:45:47:37:42:0.47191:20:17:25:20:25:17:28:19 chr11 32874926 . G A 199.73 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0127667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9215;QD=17.7534;RBI=0.0234521;REFB=-0.0165157;REVB=-0.0196726;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099707;STB=0.530273;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0416911;OID=.;OPOS=32874926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:24:20:21:0.466667:15:5:8:16:15:6:8:16 chr11 32954344 . G A 654.59 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249209;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.064;QD=62.3416;RBI=0.0255855;REFB=0;REVB=-0.00579367;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352312;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr11 32956244 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8368;QD=50.4121;RBI=0.0343298;REFB=0;REVB=0.00711148;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133355;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr11 32956620 . A G 538.13 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.906;QD=59.7922;RBI=0.035861;REFB=0;REVB=-0.0169057;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89589e-05;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:14:22:0:0 chr11 33076191 . T C 726.87 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420358;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.184;QD=57.0093;RBI=0.0421416;REFB=0;REVB=0.00298367;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214528;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr11 33076209 . A G 229.11 PASS AF=0.469388;AO=21;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00377015;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.489;QD=18.7026;RBI=0.00757954;REFB=-0.00915845;REVB=-0.00657537;RO=26;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110682;STB=0.548344;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00996628;OID=.;OPOS=33076209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:26:21:23:0.469388:15:6:10:16:16:7:10:16 chr11 33078230 . A G 432.04 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0323967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.203;QD=20.3315;RBI=0.0324065;REFB=-0.0286693;REVB=-0.000797396;RO=42;SAF=28;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182663;STB=0.601422;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0252978;OID=.;OPOS=33078230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:15:28:19:23:15:28:19:23 chr11 33079580 . A G 343.19 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0485336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0781;QD=24.0833;RBI=0.0813773;REFB=0.0158837;REVB=0.0653204;RO=23;SAF=10;SAR=24;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117262;STB=0.564666;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0107638;OID=.;OPOS=33079580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:24:10:10:13:24:10:10:13 chr11 33564123 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0068896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.556;QD=14.1699;RBI=0.00714019;REFB=-0.0202686;REVB=0.00187502;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340037;STB=0.6996;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0148138;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:8:4:7:3:8:4 chr11 33565593 . C T 95.93 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0168773;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.531;QD=10.6586;RBI=0.0216571;REFB=0.000654069;REVB=0.0135715;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00434491;OID=.;OPOS=33565593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:14:10:5:7:14:10 chr11 33581306 . G A 169.07 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0102376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3223;QD=8.67038;RBI=0.0109626;REFB=0.00807859;REVB=0.00392043;RO=55;SAF=15;SAR=8;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314695;STB=0.686117;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0135846;OID=.;OPOS=33581306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:55:23:23:0.294872:8:15:21:34:8:15:21:34 chr11 33631423 . G A 288.9 PASS AF=0.577778;AO=22;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0170081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.45;QD=25.6798;RBI=0.0236297;REFB=-0.0352292;REVB=0.0164039;RO=18;SAF=16;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330752;STB=0.643606;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0317932;OID=.;OPOS=33631423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:18:19:22:26:0.577778:6:16:6:12:9:17:6:13 chr11 33640104 . A C 307.15 PASS AF=0.515625;AO=31;DP=62;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0140343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.396;QD=19.1969;RBI=0.0299951;REFB=-0.0212832;REVB=-0.0265093;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174903;STB=0.57095;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0168797;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:30:31:31:33:0.515625:13:18:23:7:13:20:23:8 chr11 33667333 . A G 375.02 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00460581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.933;QD=31.2516;RBI=0.0174216;REFB=-0.0483923;REVB=0.0168017;RO=16;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231017;STB=0.605197;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0138587;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:30:32:0.666667:20:10:11:5:20:12:11:5 chr11 33680371 . C T 300.36 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0836157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.36;QD=11.6644;RBI=0.0851853;REFB=-0.0281208;REVB=-0.0162771;RO=66;SAF=18;SAR=19;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182921;STB=0.50105;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.050228;OID=.;OPOS=33680371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:66:66:37:37:0.359223:19:18:32:34:19:18:32:34 chr11 33881016 . T C 490.22 PASS AF=1;AO=26;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.179;QD=54.4683;RBI=0.139682;REFB=-0.100794;REVB=0.0539458;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00652998;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:36:0:0:26:36:1:22:4:0:0:25:11:0:0 chr11 33903328 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1635;QD=40.7608;RBI=0.0882297;REFB=0;REVB=-0.0803002;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00756977;OID=.;OPOS=33903328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr11 34093349 . AT A 645.46 PASS AF=1;AO=68;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.139499;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.8393;QD=31.1067;RBI=0.143867;REFB=-0.00214166;REVB=0.0351827;RO=3;SAF=35;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.368421;SSSB=0.014475;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00184003;OID=.;OPOS=34093350;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:83:83:83:0:43:40:0:0:10:3:35:33:1:2 chr11 34101204 . GT G 108.85 PASS AF=0.730769;AO=12;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.229196;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.4654;QD=16.7459;RBI=0.2581;REFB=-0.146921;REVB=0.118679;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221412;STB=0.507684;STBP=0.917;TYPE=del;VARB=0.116927;OID=.;OPOS=34101205;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.730769:12:26:19:26:7:16:3:6:1:18:12:9:3:11:1 chr11 34122066 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00156021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.341;QD=17.5879;RBI=0.0101788;REFB=-0.014187;REVB=0.0100585;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616093;STB=0.535024;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0162148;OID=.;OPOS=34122066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:11:17:12:10:11:17 chr11 34122369 . G T 1381.23 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.408;QD=61.3881;RBI=0.0180197;REFB=-0.011833;REVB=-0.000792334;RO=1;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111504;STB=0.505881;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=7.84421e-05;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:42:47:0:1:42:47:0:1 chr11 34152939 . T C 1309.17 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423494;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.061;QD=61.6078;RBI=0.0710694;REFB=0;REVB=0.0709432;RO=1;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153161;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:1:0:85:85:1:41:44:1:0:41:44:0:0 chr11 34154641 . C T 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.5261;QD=57.6748;RBI=0.01615;REFB=0;REVB=-0.0142885;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9669e-05;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr11 34378381 . G C 833.43 PASS AF=0.537931;AO=78;DP=145;FAO=78;FDP=145;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.0103472;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9455;QD=22.9911;RBI=0.0219007;REFB=-0.0519435;REVB=0.0193023;RO=65;SAF=46;SAR=32;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145422;STB=0.58638;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.042946;OID=.;OPOS=34378381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:65:67:78:78:0.537931:32:46:27:38:32:46:27:40 chr11 34482908 . C T 1181.56 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.013;QD=59.0779;RBI=0.132348;REFB=0;REVB=0.00934932;RO=2;SAF=38;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124095;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:80:2:0:76:80:1:38:38:2:0:38:42:0:0 chr11 34501596 . A G 410.81 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.764;QD=56.6636;RBI=0.0223479;REFB=0;REVB=-0.0057356;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91013e-05;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr11 34680598 . C A 98.56 PASS AF=0.461538;AO=9;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00315715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.756;QD=15.1624;RBI=0.00338304;REFB=-0.0181411;REVB=-0.00121547;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138405;STB=0.689293;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0393117;OID=.;OPOS=34680598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:26:26:12:14:9:12:0.461538:2:7:8:4:2:10:8:6 chr11 34680634 . G A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00141329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.851;QD=53.3622;RBI=0.00266095;REFB=-0.051695;REVB=0.00225461;RO=1;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443037;STB=0.523793;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000637095;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:10:19:0:1:10:19:0:1 chr11 34680853 . G T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0204294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.46;QD=14.3998;RBI=0.0215244;REFB=-0.0318717;REVB=0.00677784;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132132;STB=0.575282;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0303056;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:15:10:18:16:15:10:18:16 chr11 34909926 . T G 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.000574901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.959;QD=13.0718;RBI=0.00391373;REFB=0.00249052;REVB=0.00387127;RO=50;SAF=16;SAR=15;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173995;STB=0.509954;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00397707;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:15:16:25:25:15:16:25:25 chr11 34910397 . C T 209.82 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0098928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.84;QD=12.5267;RBI=0.0405272;REFB=-0.0195495;REVB=-0.0393012;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185968;STB=0.611858;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.036954;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:41:25:26:0.38806:13:12:12:27:13:13:13:28 chr11 34918375 . A G 137.64 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0175156;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.486;QD=10.7949;RBI=0.0180258;REFB=-0.0120488;REVB=0.00425834;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114096;STB=0.566855;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0200735;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:34:34:17:17:0.333333:11:6:9:25:11:6:9:25 chr11 34937813 . G A 416.09 PASS AF=0.438776;AO=42;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=-0.0136277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.018;QD=16.9831;RBI=0.0213981;REFB=-0.0148055;REVB=-0.0164974;RO=54;SAF=22;SAR=20;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245454;STB=0.623175;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.022812;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:55:42:43:0.438776:20:22:15:39:21:22:16:39 chr11 34938265 . C T 488.93 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00799441;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.269;QD=21.4916;RBI=0.00989467;REFB=-0.0262297;REVB=0.00583042;RO=40;SAF=26;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655083;STB=0.514845;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0194596;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:44:47:47:0.516484:21:26:19:21:21:26:23:21 chr11 34963416 . T C 223.17 PASS AF=0.373333;AO=25;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00237947;FXX=0.0506265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.146;QD=11.9026;RBI=0.00308983;REFB=-0.00958056;REVB=0.00197109;RO=45;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070852;STB=0.573282;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0127122;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:47:25:28:0.373333:14:11:17:28:14:14:18:29 chr11 34991727 . T C 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0378037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0869;QD=12.0242;RBI=0.0425248;REFB=-0.00332254;REVB=0.019474;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035838;STB=0.521241;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00864421;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:11:9:5:7:11:9 chr11 34999745 . C G 219.99 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00337992;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5626;QD=23.1571;RBI=0.00654091;REFB=-0.0214204;REVB=-0.00559996;RO=16;SAF=14;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276324;STB=0.642719;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0128651;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:17:21:21:0.552632:7:14:5:11:7:14:6:11 chr11 35017205 . G T 185.62 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00802014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.253;QD=13.7494;RBI=0.0310947;REFB=-0.00587578;REVB=-0.0300426;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111153;STB=0.563701;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00527563;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:10:12:14:18:10:12:14:18 chr11 35017363 . C A 74.15 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0181336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.962;QD=10.2273;RBI=0.0383056;REFB=-0.00660492;REVB=-0.0337415;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144092;STB=0.587603;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0281271;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:8:11:7:3:8:11 chr11 35201842 . C T 211.85 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0402328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5945;QD=16.6153;RBI=0.0642101;REFB=-0.0262734;REVB=-0.0500426;RO=28;SAF=16;SAR=7;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155115;STB=0.587028;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0295768;OID=.;OPOS=35201842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:7:16:23:5:7:16:23:5 chr11 35226155 . A G 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00340227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.323;QD=16.0926;RBI=0.00657301;REFB=-0.0252583;REVB=0.00562397;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105199;STB=0.559284;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.031459;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:18:13:20:18:18:13:20:18 chr11 35229673 . T C 892.11 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114863;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.418;QD=57.5553;RBI=0.13039;REFB=0;REVB=0.129883;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010867;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:60:62:1:25:35:0:0:27:35:0:0 chr11 35274829 . A G 594.92 PASS AF=0.350711;AO=73;DP=211;FAO=74;FDP=211;FR=.;FRO=137;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=67;FSRR=70;FWDB=0.0151826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.939;QD=11.278;RBI=0.028366;REFB=-0.0150793;REVB=0.0239608;RO=132;SAF=23;SAR=50;SRF=67;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227088;STB=0.622507;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0489101;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:132:137:73:74:0.350711:50:23:67:65:51:23:67:70 chr11 36103228 . A G 937.6 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00811374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.098;QD=54.3536;RBI=0.00830614;REFB=0.048628;REVB=-0.00177744;RO=3;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047968;STB=0.525416;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.000328723;OID=.;OPOS=36103228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:69:69:3:3:66:66:0.956522:28:38:0:3:28:38:0:3 chr11 36293048 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.467;QD=54.5177;RBI=0.0301058;REFB=0;REVB=0.0116765;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157983;OID=.;OPOS=36293048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr11 36422792 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.326;QD=53.9099;RBI=0.0347809;REFB=0;REVB=0.0346065;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171713;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr11 36472800 . A G 1540.5 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0155;QD=59.8253;RBI=0.0366537;REFB=0;REVB=-0.0260945;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190675;OID=.;OPOS=36472800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:59:44:0:0:59:44:0:0 chr11 36484208 . T C 1098.62 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.773;QD=60.1985;RBI=0.0368008;REFB=0;REVB=0.0257155;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11605e-05;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr11 36595599 . C CG 43.48 PASS AF=1;AO=2;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694139;FXX=0.110988;HRUN=0;LEN=1;MLLD=29.4195;QD=21.741;RBI=0.0826431;REFB=-0.0120312;REVB=0.0448508;RO=7;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.67228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0383815;OID=.;OPOS=36595600;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:9:8:8:0:3:5:0:0:3:7:2:0:2:5 chr11 36595600 . A G 54.8 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0179513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3961;QD=24.3538;RBI=0.0547108;REFB=-0.0665778;REVB=-0.0516819;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28674;STB=0.666171;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.012298;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:5:2:2:0:5:2:2:0 chr11 36596031 . GGC G 32.18 PASS AF=0.352941;AO=4;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.118486;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=17.6901;QD=7.57123;RBI=0.134173;REFB=-0.10623;REVB=-0.0629547;RO=12;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.328125;SSSB=0.655507;STB=0.6187;STBP=0.563;TYPE=del;VARB=0.190983;OID=.;OPOS=36596032;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:4:17:6:17:11:2:4:2:9:32:12:3:1:1:11 chr11 36597313 . A G 150.09 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.016738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5753;QD=19.3666;RBI=0.0176377;REFB=0.0194236;REVB=0.00556148;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464188;STB=0.526284;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.0170252;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:5:11:11:4:5:11:11:4 chr11 36601170 . G A 1016.61 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216811;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.497;QD=59.8004;RBI=0.0268769;REFB=0;REVB=0.0158839;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853888;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr11 41144553 . C T 3271.47 PASS AF=0.986239;AO=213;DP=218;FAO=215;FDP=218;FR=.;FRO=3;FSAF=123;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0349476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1722;QD=60.027;RBI=0.0570653;REFB=-0.133567;REVB=0.0451123;RO=3;SAF=123;SAR=90;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015612;STB=0.508021;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00186585;OID=.;OPOS=41144553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:218:218:3:3:213:215:0.986239:90:123:0:3:92:123:0:3 chr11 43876698 . C T 257.55 PASS AF=0.5;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.00368377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0344;QD=18.3963;RBI=0.0170211;REFB=-0.0335275;REVB=-0.0166177;RO=27;SAF=11;SAR=17;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328694;STB=0.689063;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0330214;OID=.;OPOS=43876698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:28:28:28:0.5:17:11:21:6:17:11:22:6 chr11 43905517 . G T 531.3 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0104928;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.865;QD=27.2463;RBI=0.0307927;REFB=0.00052996;REVB=-0.0289498;RO=29;SAF=29;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859364;STB=0.554017;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=1.63992e-06;OID=.;OPOS=43905517;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:29:30:48:48:0.615385:19:29:14:15:19:29:14:16 chr11 43911365 . T C 821.54 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127722;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.996;QD=57.6522;RBI=0.0018078;REFB=0;REVB=0.0012794;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021698;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:33:24:0:0 chr11 43940644 . G T 225.87 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00580632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.563;QD=13.2862;RBI=0.0129311;REFB=-0.0225487;REVB=-0.0115542;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111538;STB=0.563829;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0303089;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:11:16:20:21:11:16:20:21 chr11 43946967 . A G 1313.28 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6067;QD=61.083;RBI=0.0297326;REFB=0;REVB=0.0233501;RO=1;SAF=37;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126311;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000920444;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:86:86:1:0:85:86:1:48:37:1:0:48:38:0:0 chr11 43947990 . T C 214.19 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0476262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4312;QD=45.0926;RBI=0.0704472;REFB=0.0181801;REVB=-0.0519091;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437188;STB=0.523783;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00783446;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:10:8:0:1:10:8:0:1 chr11 44080210 . T C 390.37 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00272107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.118;QD=19.0425;RBI=0.0391531;REFB=-0.0119451;REVB=0.0390584;RO=41;SAF=16;SAR=24;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147519;STB=0.588191;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0140485;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:24:16:23:18:24:16:24:18 chr11 44096238 . G A 86.21 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0184308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.503;QD=12.3162;RBI=0.0192151;REFB=-0.0302778;REVB=0.00543389;RO=17;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757846;STB=0.545365;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0522525;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:10:1:2:15:10:1:2:15 chr11 44286566 . G A 998.53 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0485376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.645;QD=57.0591;RBI=0.0878242;REFB=-0.051404;REVB=0.0731928;RO=0;SAF=17;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000393789;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:0:1:67:69:0.985714:50:17:0:0:52:17:0:1 chr11 44286627 . G A 378.81 PASS AF=0.642857;AO=35;DP=57;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0143271;FXX=0.0175408;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.495;QD=27.0575;RBI=0.0209146;REFB=-0.0146754;REVB=0.0152367;RO=19;SAF=10;SAR=25;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10134;STB=0.538527;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00616651;OID=.;OPOS=44286627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:19:20:35:36:0.642857:25:10:8:11:25:11:8:12 chr11 44297054 . T C 1713.22 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.313;QD=60.6448;RBI=0.0418702;REFB=0;REVB=0.0392299;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8688e-05;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:53:60:0:0:53:60:0:0 chr11 44331309 . G A 109.21 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0476306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7869;QD=36.4033;RBI=0.0917958;REFB=-0.0880401;REVB=0.0784716;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0142253;OID=.;OPOS=44331309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:1:0:3:8:1:0 chr11 44331509 . C G 748.13 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.375;QD=63.6706;RBI=0.0297797;REFB=0;REVB=0.0189765;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141676;OID=.;OPOS=44331509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:45:47:1:33:12:0:0:33:14:0:0 chr11 44636833 . G A 970.28 PASS AF=0.530726;AO=90;DP=174;FAO=95;FDP=179;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=63;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.00179208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.16;QD=21.6823;RBI=0.00441396;REFB=-0.0136926;REVB=0.00403379;RO=84;SAF=29;SAR=61;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915363;STB=0.540798;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0112825;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:179:84:84:90:95:0.530726:61:29:35:49:63:32:35:49 chr11 44636839 . C T 688.19 PASS AF=0.431034;AO=72;DP=181;FAO=75;FDP=174;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=67;FWDB=0.00799368;FXX=0.0439536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.408;QD=15.8204;RBI=0.0183997;REFB=-0.0109224;REVB=0.0165726;RO=92;SAF=35;SAR=37;SRF=32;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140284;STB=0.582858;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00624823;OID=.;OPOS=44636839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:174:92:99:72:75:0.431034:37:35:32:60:40:35:32:67 chr11 44640268 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0602183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.003;QD=9.11019;RBI=0.0665109;REFB=-0.00857579;REVB=-0.0282392;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228754;STB=0.642474;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0138152;OID=.;OPOS=44640268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:2:6:9:7:2:6:9:7 chr11 44640640 . C G 1900.12 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.618;QD=60.8039;RBI=0.0252191;REFB=-0.0880179;REVB=0.0195769;RO=1;SAF=52;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655358;STB=0.503448;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000344071;OID=.;OPOS=44640640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:125:125:1:1:124:124:0.992:72:52:0:1:72:52:0:1 chr11 44924950 . GC G,GG 507.56 PASS AF=0.52,0.02;AO=49,4;DP=101;FAO=52,2;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=29,2;FSAR=23,0;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0224424,-0.0207082;FXX=0.00990001;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.986,106.16;QD=20.3022;RBI=0.0238909,0.0228207;REFB=-0.0146361,-0.00972484;REVB=-0.00819227,-0.00958933;RO=42;SAF=26,4;SAR=23,0;SRF=22;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00572269,0.550782;STB=0.527262,0.994839;STBP=0.601,0.172;TYPE=del,snp;VARB=0.0154614,0.0428241;OID=.,.;OPOS=44924951,44924951;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52,0.02:49,4:101:52,2:100:46:29,2:23,0:23:23:99:42:26,4:23,0:22:20 chr11 44925359 . C CT 174.05 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.040365;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.9179;QD=14.8127;RBI=0.0796208;REFB=-0.000266177;REVB=-0.0686305;RO=23;SAF=6;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190339;STB=0.620304;STBP=0.108;TYPE=ins;VARB=-0.002847;OID=.;OPOS=44925360;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.531915:24:48:25:47:22:6:19:10:12:99:23:6:18:10:13 chr11 44940828 . G A 223.88 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0059926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.71;QD=19.4675;RBI=0.0106187;REFB=-0.00545807;REVB=0.00876616;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638561;STB=0.548149;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00693858;OID=.;OPOS=44940828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:22:22:0.478261:13:9:11:12:13:9:12:12 chr11 45670395 . C T 517.71 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0352429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.072;QD=54.4958;RBI=0.0401157;REFB=-0.0660958;REVB=-0.0191626;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.531232;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00431728;OID=.;OPOS=45670395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:0:2:35:36:0.947368:21:14:0:0:21:15:2:0 chr11 45793154 . A C 269.23 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0142733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2777;QD=16.5679;RBI=0.021122;REFB=0.00476884;REVB=-0.0155696;RO=35;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10001;STB=0.5562;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00653062;OID=.;OPOS=45793154;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:16:14:20:15:16:14:20:15 chr11 45793218 . G C 273.08 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0236427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.6538;QD=14.004;RBI=0.0374439;REFB=0.00224551;REVB=0.0290356;RO=46;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999068;STB=0.556674;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0045457;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:15:17:20:26:15:17:20:26 chr11 45834198 . T C 188.03 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0177613;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.304;QD=10.593;RBI=0.0254808;REFB=-0.0202025;REVB=-0.0182704;RO=47;SAF=7;SAR=17;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645219;STB=0.537794;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0380389;OID=.;OPOS=45834198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:17:7:16:31:17:7:16:31 chr11 45848227 . A G 60.72 PASS AF=0.119658;AO=14;DP=118;FAO=14;FDP=117;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.00693085;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.971;QD=2.07599;RBI=0.0214288;REFB=-0.00592905;REVB=-0.020277;RO=104;SAF=8;SAR=6;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09912;STB=0.567141;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0584549;OID=.;OPOS=45848227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:118:117:104:103:14:14:0.119658:6:8:51:53:6:8:51:52 chr11 45848232 . T C 67.23 PASS AF=0.127119;AO=15;DP=118;FAO=15;FDP=118;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.0358432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6906;QD=2.27911;RBI=0.038359;REFB=-0.00601191;REVB=-0.0136629;RO=103;SAF=8;SAR=7;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711399;STB=0.550102;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0184069;OID=.;OPOS=45848232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:118:118:103:103:15:15:0.127119:7:8:49:54:7:8:49:54 chr11 45848271 . A G 83.46 PASS AF=0.158416;AO=15;DP=100;FAO=16;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.0116132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.188;QD=3.30546;RBI=0.0362125;REFB=-0.000638477;REVB=-0.0342998;RO=85;SAF=8;SAR=7;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638037;STB=0.514833;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00304021;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:100:101:85:85:15:16:0.158416:7:8:41:44:8:8:41:44 chr11 45848275 . T C 76.27 PASS AF=0.151515;AO=14;DP=99;FAO=15;FDP=99;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0095318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.29;QD=3.0818;RBI=0.035407;REFB=-0.00766547;REVB=0.0340999;RO=83;SAF=8;SAR=6;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126211;STB=0.558312;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0469065;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:99:99:83:84:14:15:0.151515:6:8:39:44:7:8:39:45 chr11 45868849 . GC CG,GCG 197.59 PASS AF=0.0540541,0.513514;AO=5,16;DP=38;FAO=2,19;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=1,8;FSAR=1,11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00968385,0.0842846;FXX=0.0263089;HRUN=5,3;LEN=2,1;MLLD=20.1458,21.0863;QD=21.3611;RBI=0.10704,0.10718;REFB=0.0277729,0.0115108;REVB=0.106601,0.0662095;RO=16;SAF=4,5;SAR=1,11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.522492,0;STB=0.665192,0.551671;STBP=0.732,0.557;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0905498,-0.00980853;OID=.,.;OPOS=45868849,45868851;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:38:37:16:16:5,16:2,19:0.0540541,0.513514:1,11:4,5:5:11:1,11:1,8:5:11 chr11 45903256 . C G 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0805252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.704;QD=19.3861;RBI=0.0815157;REFB=-0.0148934;REVB=0.0126683;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196773;STB=0.523391;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.015788;OID=.;OPOS=45903256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:34:35:35:0.507246:20:15:13:19:20:15:13:21 chr11 45903613 . A C 209.25 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0138798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.03;QD=18.5998;RBI=0.0254541;REFB=-0.0198359;REVB=-0.0213369;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126084;STB=0.5822;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0234076;OID=.;OPOS=45903613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:21:21:0.466667:9:12:10:13:9:12:10:14 chr11 45935384 . A G 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7472;QD=57.1741;RBI=0.0501397;REFB=0;REVB=-0.0345026;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00037923;OID=.;OPOS=45935384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr11 45937267 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.549;QD=51.1843;RBI=0.0700304;REFB=0;REVB=0.0570232;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001374;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr11 45949534 . C T 488.87 PASS AF=0.971429;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0765579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6018;QD=55.8714;RBI=0.0766519;REFB=-0.108699;REVB=-0.00379431;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00365343;OID=.;OPOS=45949534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:35:1:1:32:34:0.971429:20:12:1:0:20:14:1:0 chr11 46342081 . TG T 390.25 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297712;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.328;QD=42.1897;RBI=0.133796;REFB=0;REVB=0.133763;RO=3;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00598873;OID=.;OPOS=46342082;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:38:37:37:0:15:22:0:0:7:3:13:18:0:3 chr11 46342259 . A AG 158.46 PASS AF=0.941176;AO=14;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.213765;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.2782;QD=37.2853;RBI=0.26409;REFB=-0.0748317;REVB=0.155075;RO=4;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100039;STB=0.533291;STBP=0.293;TYPE=ins;VARB=0.046966;OID=.;OPOS=46342260;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:14:18:16:17:1:9:7:0:1:5:4:7:7:3:1 chr11 46342942 . C T 45.0 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000610443;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.217;QD=19.9988;RBI=0.00598584;REFB=-0.0200217;REVB=-0.00595464;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00701616;OID=.;OPOS=46342942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:9:9:1:3:6:6:0.666667:3:3:1:0:3:3:2:1 chr11 46401517 . A G 388.9 PASS AF=0.356061;AO=47;DP=132;FAO=47;FDP=132;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0356224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.113;QD=11.7849;RBI=0.0356798;REFB=-0.0175237;REVB=-0.00202369;RO=83;SAF=18;SAR=29;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726631;STB=0.542762;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0215119;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:83:85:47:47:0.356061:29:18:37:46:29:18:38:47 chr11 46702920 . T C 1406.58 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00747623;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.652;QD=60.4979;RBI=0.0090905;REFB=-0.0302516;REVB=-0.00517139;RO=2;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210562;STB=0.511109;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-4.93368e-05;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:2:2:91:91:0.978495:44:47:0:2:44:47:0:2 chr11 46726894 . G A 351.2 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0162632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.394;QD=23.4134;RBI=0.0163197;REFB=-0.0261796;REVB=0.00135642;RO=25;SAF=14;SAR=21;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181679;STB=0.599943;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0200943;OID=.;OPOS=46726894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:21:14:16:9:21:14:16:9 chr11 46801502 . T C 327.33 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8285;QD=50.3589;RBI=0.0139086;REFB=-0.0109101;REVB=-0.00382556;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319949;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000262751;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:0:1:14:11:0:1 chr11 46879971 . CAA ACG,CAG 94.97 PASS AF=0.2,0.8;AO=2,6;DP=10;FAO=2,8;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481434,0.081181;FXX=0;HRUN=6,3;LEN=3,1;MLLD=168.423,239.616;QD=37.9869;RBI=0.0482443,0.0811994;REFB=0,0;REVB=0.00311806,-0.00173014;RO=0;SAF=0,1;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0285111,0.00430746;OID=.,.;OPOS=46879971,46879973;OREF=CAA,A;OALT=ACG,G;OMAPALT=ACG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:10:10:0:0:2,6:2,8:0.2,0.8:2,5:0,1:0:0:2,7:0,1:0:0 chr11 46879990 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.288;QD=43.4861;RBI=0.0360546;REFB=0;REVB=0.0248052;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27596e-05;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr11 46890165 . C T 216.84 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000544092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.099;QD=45.6506;RBI=0.0282325;REFB=-0.189391;REVB=0.0282273;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399301;STB=0.521715;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00166402;OID=.;OPOS=46890165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:19:19:1:1:18:18:0.947368:11:7:0:1:11:7:0:1 chr11 46893108 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.652;QD=62.9818;RBI=0.0504178;REFB=0;REVB=-0.0224152;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000451392;OID=.;OPOS=46893108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr11 46898771 . T C 1519.39 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369451;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5063;QD=63.9745;RBI=0.0214374;REFB=0;REVB=0.0211166;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119552;OID=.;OPOS=46898771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:59:36:0:0:59:36:0:0 chr11 46914583 . T C 365.6 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.1757;QD=54.1627;RBI=0.119209;REFB=0;REVB=0.0459995;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00423998;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr11 46914598 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000781398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4261;QD=58.1394;RBI=0.0540991;REFB=0;REVB=0.0540934;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000982117;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr11 46969616 . T C 1217.9 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185364;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.06;QD=60.1433;RBI=0.0493756;REFB=0.00953861;REVB=0.0457641;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.506023;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000283772;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:1:1:78:80:0.987654:39:39:1:0:39:41:1:0 chr11 47185680 . G A 176.95 PASS AF=0.38;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0602905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.394;QD=14.1556;RBI=0.0735476;REFB=-0.039802;REVB=0.0421225;RO=29;SAF=13;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163357;STB=0.570362;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0689607;OID=.;OPOS=47185680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:29:31:18:19:0.38:5:13:17:12:6:13:18:13 chr11 47187067 . G A 72.86 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00399507;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.984;QD=20.8179;RBI=0.0108005;REFB=-0.00348104;REVB=0.0100345;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157607;STB=0.589973;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0013738;OID=.;OPOS=47187067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:1:4:5:4:1:4 chr11 47188314 . T C 868.34 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.506;QD=57.8893;RBI=0.0628261;REFB=0;REVB=-0.00115094;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45165e-05;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:27:29:0:0:27:33:0:0 chr11 47188411 . C T 421.34 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00842193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.712;QD=23.4078;RBI=0.0166715;REFB=-0.00811673;REVB=-0.0143878;RO=31;SAF=16;SAR=25;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126033;STB=0.569324;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00776665;OID=.;OPOS=47188411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:25:16:17:14:25:16:17:14 chr11 47196982 . C T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0341983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.161;QD=9.49505;RBI=0.0462569;REFB=-0.0124881;REVB=-0.0311477;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15701;STB=0.595568;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0355094;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:12:12:4:7:12:12 chr11 47238522 . T C 625.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.007;QD=61.0103;RBI=0.0491534;REFB=0;REVB=0.00959143;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727272;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:23:18:0:0 chr11 47259668 . T C 245.93 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00475346;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.471;QD=23.4216;RBI=0.00814603;REFB=-0.0195447;REVB=0.00661532;RO=19;SAF=17;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00239887;STB=0.501339;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180397;OID=.;OPOS=47259668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:19:23:23:0.547619:6:17:14:5:6:17:14:5 chr11 47266762 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0363839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.52;QD=17.4014;RBI=0.0373882;REFB=-0.00859351;REVB=0.00860736;RO=13;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106751;OID=.;OPOS=47266762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:3:10:10:3:3:10:10:3 chr11 47267079 . C T 214.18 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0527793;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.369;QD=26.7726;RBI=0.0529484;REFB=-0.00244538;REVB=-0.00422731;RO=12;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196274;STB=0.610048;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00243044;OID=.;OPOS=47267079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:16:4:5:7:16:4:5:7 chr11 47269129 . C T 231.44 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0376849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1711;QD=12.3434;RBI=0.0416016;REFB=0.0207294;REVB=0.0176223;RO=47;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142537;STB=0.581778;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0331959;OID=.;OPOS=47269129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:13:15:19:28:13:15:19:28 chr11 47269159 . T C 336.73 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00860143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.502;QD=14.8013;RBI=0.00868217;REFB=0.00326597;REVB=0.00118128;RO=54;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636216;STB=0.536014;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00952059;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:19:18:23:31:19:18:23:31 chr11 47270255 . C T 172.42 PASS AF=0.4;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00743727;FXX=0.0384541;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.51;QD=13.7939;RBI=0.0657109;REFB=-0.0105676;REVB=-0.0652887;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24418;STB=0.631446;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0180933;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:29:30:20:20:0.4:13:7:17:12:13:7:17:13 chr11 47298360 . G A 359.58 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0495555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.319;QD=22.8307;RBI=0.0500678;REFB=-0.0141435;REVB=0.00714391;RO=27;SAF=18;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720703;STB=0.539661;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00914628;OID=.;OPOS=47298360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:18:18:11:16:18:18:11:16 chr11 47303275 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0295279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.519;QD=14.0964;RBI=0.0355096;REFB=-0.0320232;REVB=-0.0197241;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250796;STB=0.514679;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0220658;OID=.;OPOS=47303275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:8:6:5:6:8:6 chr11 47331116 . T C 689.47 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.923;QD=61.2859;RBI=0.0386483;REFB=0;REVB=-0.0136722;RO=1;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268299;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223335;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:44:45:1:17:27:0:1:18:27:0:0 chr11 47354787 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.008474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.478;QD=12.3948;RBI=0.00862165;REFB=-0.00477112;REVB=-0.00158874;RO=24;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.605204;STB=0.848568;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0147984;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:3:11:4:20:3:11:4:20 chr11 47364762 . A G 531.03 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.056;QD=59.0028;RBI=0.0288369;REFB=0;REVB=0.0277734;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06748e-05;OID=.;OPOS=47364762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:15:21:0:0 chr11 47369235 . TG T 42.53 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0608944;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.5265;QD=11.3422;RBI=0.203059;REFB=-0.0784808;REVB=0.193714;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379034;STB=0.72356;STBP=0.121;TYPE=del;VARB=0.113303;OID=.;OPOS=47369236;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:8:15:8:15:7:2:6:5:2:36:7:2:6:5:2 chr11 47431703 . A G 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00363368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9599;QD=26.6383;RBI=0.0804656;REFB=-0.0934347;REVB=-0.0803835;RO=8;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111987;STB=0.562422;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0389186;OID=.;OPOS=47431703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:7:9:3:5:7:9:3:5 chr11 47431728 . A G 180.61 PASS AF=0.85;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.127101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7821;QD=36.1215;RBI=0.127106;REFB=-0.0267397;REVB=0.00116597;RO=1;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828326;STB=0.507034;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0203629;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:18:20:1:3:16:17:0.85:11:5:1:0:12:5:1:2 chr11 47434986 . G A 321.76 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0293575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3806;QD=23.8339;RBI=0.0670621;REFB=-0.0649149;REVB=0.0602948;RO=22;SAF=11;SAR=21;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211243;STB=0.511621;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0415197;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:21:11:7:15:21:11:7:15 chr11 47459469 . G A 496.51 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0180849;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.684;QD=20.4746;RBI=0.0210899;REFB=-0.0311252;REVB=-0.0108497;RO=49;SAF=20;SAR=28;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662639;STB=0.536658;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0276965;OID=.;OPOS=47459469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:49:49:48:48:0.494845:28:20:17:32:28:20:17:32 chr11 47460306 . A G 129.35 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.1047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0179;QD=12.9351;RBI=0.107873;REFB=-0.019917;REVB=-0.0259722;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275815;STB=0.526281;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0275669;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:9:6:9:15:9:6:9:16 chr11 47463220 . C T 444.59 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0128873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2365;QD=20.4408;RBI=0.0406016;REFB=-0.00515616;REVB=0.0385021;RO=43;SAF=10;SAR=34;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140265;STB=0.578193;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00612093;OID=.;OPOS=47463220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:34:10:15:28:34:10:15:28 chr11 47464258 . C T 266.59 PASS AF=0.585366;AO=22;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=-0.00532601;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.459;QD=26.0086;RBI=0.0207911;REFB=-0.00393585;REVB=0.0200973;RO=16;SAF=20;SAR=2;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263298;STB=0.643977;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00961501;OID=.;OPOS=47464258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:16:17:22:24:0.585366:2:20:16:0:3:21:17:0 chr11 47469439 . A G 576.19 PASS AF=0.56;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0295178;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.348;QD=23.0474;RBI=0.0295421;REFB=-0.0269709;REVB=-0.00119801;RO=42;SAF=24;SAR=32;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752419;STB=0.53178;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0184219;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:42:44:56:56:0.56:32:24:22:20:32:24:22:22 chr11 47579103 . CCG ATA 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152643;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=303.594;QD=35.5759;RBI=0.0152643;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000117502;OID=.;OPOS=47579103;OREF=CCG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr11 47579119 . A T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0768209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.034;QD=59.0186;RBI=0.0780872;REFB=0;REVB=0.0140054;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267272;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr11 47593945 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.886;QD=56.7063;RBI=0.0700477;REFB=0;REVB=0.0613286;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274274;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr11 47609867 . G A 1040.2 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=77;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0191013;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.5251;QD=54.7473;RBI=0.0349678;REFB=-0.134869;REVB=0.0292898;RO=3;SAF=44;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219637;STB=0.506133;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00253114;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:77:76:3:4:72:72:0.947368:28:44:1:2:28:44:2:2 chr11 47681370 . T G 33.49 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0297247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.895;QD=19.136;RBI=0.0299346;REFB=-0.166633;REVB=-0.0035386;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0246081;OID=.;OPOS=47681370;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr11 47748509 . T C 772.24 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2146;QD=61.7793;RBI=0.060664;REFB=-0.118715;REVB=0.0550939;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209097;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00506797;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:22:27:0:1:22:27:0:1 chr11 47826090 . AA CA,CG 333.68 PASS AF=0.92,0.08;AO=23,2;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105487,-0.00235049;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=253.632,128.736;QD=53.389;RBI=0.0455761,0.0776613;REFB=0,0;REVB=0.0455639,0.0776258;RO=0;SAF=12,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00589989,0.0362396;OID=.,.;OPOS=47826090,47826090;OREF=A,AA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:23,2:23,2:0.92,0.08:11,2:12,0:0:0:11,2:12,0:0:0 chr11 47834592 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.526;QD=48.7368;RBI=0.0715444;REFB=0;REVB=0.0238308;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101857;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr11 47857253 . T C 631.73 PASS AF=1;AO=35;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0903682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7876;QD=60.1652;RBI=0.0916815;REFB=0;REVB=0.0154623;RO=0;SAF=4;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151755;OID=.;OPOS=47857253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:35:42:1:31:4:0:0:37:5:0:0 chr11 48118347 . T TA 111.65 PASS AF=0.5;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.116728;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.7514;QD=13.1357;RBI=0.123701;REFB=0.0321408;REVB=-0.0409466;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796379;STB=0.529582;STBP=0.761;TYPE=ins;VARB=-0.0524608;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:16:35:17:34:17:9:8:10:7:99:17:8:8:10:7 chr11 48145247 . T C 360.78 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.00237383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.784;QD=13.1193;RBI=0.00238492;REFB=-0.0159429;REVB=-0.000229707;RO=65;SAF=24;SAR=19;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00462045;STB=0.505577;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0281644;OID=.;OPOS=48145247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:67:43:43:0.390909:19:24:36:29:19:24:38:29 chr11 48188872 . G A 226.67 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0390095;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5898;QD=17.1071;RBI=0.0407202;REFB=-0.00266622;REVB=0.0116787;RO=28;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158005;STB=0.58958;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.014853;OID=.;OPOS=48188872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:28:25:25:0.471698:18:7:12:16:18:7:12:16 chr11 48190383 . A T 753.19 PASS AF=0.981818;AO=49;DP=50;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.606;QD=54.7777;RBI=0.0121628;REFB=-0.0260322;REVB=-0.000865775;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165122;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-3.92355e-05;OID=.;OPOS=48190383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:55:1:1:49:54:0.981818:28:21:0:1:31:23:0:1 chr11 48190527 . T C 726.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2376;QD=63.1965;RBI=0.0484865;REFB=0;REVB=0.0344806;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724333;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr11 48190777 . G T 391.01 PASS AF=0.386555;AO=48;DP=119;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0294972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7295;QD=13.143;RBI=0.0357797;REFB=0.00909962;REVB=0.0202511;RO=69;SAF=30;SAR=18;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15624;STB=0.602552;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0132305;OID=.;OPOS=48190777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:73:48:46:0.386555:18:30:33:36:17:29:34:39 chr11 48238421 . T G 1436.55 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431247;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.642;QD=63.1451;RBI=0.0484317;REFB=0;REVB=0.0220429;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028541;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:90:91:1:52:38:0:0:52:39:0:0 chr11 48238549 . G A 441.0 PASS AF=0.383459;AO=50;DP=132;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.0508798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0157;QD=13.2632;RBI=0.0515918;REFB=-0.00832173;REVB=0.00854176;RO=82;SAF=22;SAR=28;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0010825;STB=0.5048;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0227353;OID=.;OPOS=48238549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:82:82:50:51:0.383459:28:22:36:46:29:22:36:46 chr11 48239071 . C A 183.86 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0354535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.349;QD=15.9879;RBI=0.0772403;REFB=0.0178784;REVB=0.068623;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785432;STB=0.532079;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.0233331;OID=.;OPOS=48239071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:19:20:0.434783:8:11:17:9:8:12:17:9 chr11 48239182 . C A 32.84 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00503266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.204;QD=18.7645;RBI=0.110551;REFB=-0.0508993;REVB=0.110436;RO=1;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.749895;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0423793;OID=.;OPOS=48239182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:4:5:0.714286:0:4:0:1:1:4:1:1 chr11 48285842 . A G 860.77 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.282;QD=57.3848;RBI=0.0581125;REFB=0;REVB=0.0425607;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119833;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:33:23:0:0:37:23:0:0 chr11 48328644 . C T 555.97 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.918;QD=60.1051;RBI=0.0256778;REFB=0;REVB=0.0107979;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.50373e-05;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr11 48346513 . T C 46.69 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.00523032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0452;QD=2.87333;RBI=0.0236441;REFB=-0.000800322;REVB=-0.0230584;RO=56;SAF=3;SAR=6;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417732;STB=0.529348;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0058757;OID=.;OPOS=48346513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:56:56:9:9:0.138462:6:3:17:39:6:3:17:39 chr11 48346523 . C T 51.01 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.0229509;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8387;QD=2.87366;RBI=0.0258968;REFB=0.00135678;REVB=-0.0119959;RO=61;SAF=3;SAR=7;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394959;STB=0.527812;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00961244;OID=.;OPOS=48346523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:72:71:61:61:10:10:0.140845:7:3:20:41:7:3:20:41 chr11 48346535 . G C 52.24 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.147424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.296;QD=3.07308;RBI=0.149565;REFB=-0.004494;REVB=-0.0252173;RO=55;SAF=3;SAR=7;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388744;STB=0.527341;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0216815;OID=.;OPOS=48346535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:65:68:55:58:10:10:0.147059:7:3:18:37:7:3:19:39 chr11 48346541 . A T 72.21 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.0146982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5623;QD=3.85143;RBI=0.0371656;REFB=-0.00525373;REVB=-0.0341357;RO=57;SAF=6;SAR=7;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096224;STB=0.589826;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0162871;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:75:57:62:13:13:0.173333:7:6:22:35:7:6:22:40 chr11 48346547 . C T 88.73 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0028131;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.335;QD=4.66981;RBI=0.00433403;REFB=-0.000999041;REVB=0.00329701;RO=61;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157585;STB=0.599874;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0029803;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:61:61:15:15:0.197368:8:7:21:40:8:7:21:40 chr11 48346551 . C A 98.25 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.00712959;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.78;QD=5.17111;RBI=0.0221484;REFB=-0.00806444;REVB=-0.0209695;RO=60;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282464;STB=0.675517;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.025275;OID=.;OPOS=48346551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:77:76:60:60:16:16:0.210526:7:9:20:40:7:9:20:40 chr11 48346579 . C A 149.36 PASS AF=0.241758;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0062554;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.037;QD=6.56533;RBI=0.00849263;REFB=-0.0120634;REVB=-0.00574409;RO=67;SAF=12;SAR=10;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192778;STB=0.582345;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0427276;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:67:69:22:22:0.241758:10:12:26:41:11:11:27:42 chr11 48346588 . A C 170.73 PASS AF=0.255319;AO=24;DP=94;FAO=24;FDP=94;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.00484595;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.289;QD=7.26528;RBI=0.00833025;REFB=-0.0108244;REVB=-0.00677567;RO=69;SAF=14;SAR=10;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215216;STB=0.624025;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0221254;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:69:70:24:24:0.255319:10:14:28:41:10:14:29:41 chr11 48346604 . T G 264.94 PASS AF=0.3;AO=34;DP=118;FAO=36;FDP=120;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.001607;FXX=0.00826378;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.519;QD=8.83122;RBI=0.0132762;REFB=-0.00312785;REVB=-0.0131785;RO=82;SAF=20;SAR=14;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149677;STB=0.615428;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0103016;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:82:84:34:36:0.3:14:20:38:44:13:23:40:44 chr11 48346615 . G A 331.94 PASS AF=0.313869;AO=43;DP=139;FAO=43;FDP=137;FR=.;FRO=94;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=-0.0235641;FXX=0.0143875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.8876;QD=9.69174;RBI=0.024667;REFB=0.00217367;REVB=-0.00729366;RO=88;SAF=29;SAR=14;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210084;STB=0.631258;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00530063;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:88:94:43:43:0.313869:14:29:44:44:14:29:46:48 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 223.6 PASS AF=0.297619;AO=45;DP=175;FAO=50;FDP=168;FR=.;FRO=118;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=-0.00686865;FXX=0.0175428;HRUN=5;LEN=9;MLLD=286.408;QD=5.32376;RBI=0.0226283;REFB=-0.00603454;REVB=-0.0215606;RO=92;SAF=25;SAR=20;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00141984;STB=0.569404;STBP=0.242;TYPE=del;VARB=0.0179312;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297619:45:175:50:168:118:27:23:52:66:99:92:25:20:51:41 chr11 48346681 . G A 371.35 PASS AF=0.266667;AO=52;DP=195;FAO=52;FDP=195;FR=.;FRO=143;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=65;FSRR=78;FWDB=0.00542486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.646;QD=7.61751;RBI=0.00556551;REFB=-0.00592682;REVB=0.00124331;RO=143;SAF=28;SAR=24;SRF=65;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103482;STB=0.561297;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00962628;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:143:143:52:52:0.266667:24:28:65:78:24:28:65:78 chr11 48346729 . G C 225.85 PASS AF=0.231788;AO=34;DP=150;FAO=35;FDP=151;FR=.;FRO=116;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=65;FWDB=-0.0012195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.479;QD=5.98279;RBI=0.0095987;REFB=-0.00223426;REVB=-0.00952092;RO=114;SAF=1;SAR=33;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.694302;STB=0.898947;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00738142;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:114:116:34:35:0.231788:33:1:50:64:33:2:51:65 chr11 48346791 . C T 164.31 PASS AF=0.294872;AO=19;DP=75;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.000384495;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.255;QD=8.42635;RBI=0.0033878;REFB=-0.0113435;REVB=0.00336591;RO=56;SAF=1;SAR=18;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.671846;STB=0.867394;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0203488;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:56:55:19:23:0.294872:18:1:29:27:21:2:28:27 chr11 48346822 . A C 152.86 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00538526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.988;QD=8.86134;RBI=0.00620034;REFB=0.0121382;REVB=0.00307299;RO=48;SAF=4;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423918;STB=0.754714;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.021139;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:17:4:25:23:17:4:25:23 chr11 48346843 . C T 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.017432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.397;QD=8.68722;RBI=0.0177883;REFB=0.00410676;REVB=-0.00354222;RO=39;SAF=3;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412508;STB=0.745441;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00641197;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:40:17:17:0.298246:14:3:19:20:14:3:19:21 chr11 48346916 . G C 194.45 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0172569;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9177;QD=10.234;RBI=0.0193339;REFB=0.00253277;REVB=0.00871778;RO=51;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124682;STB=0.572869;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00269772;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:51:51:25:25:0.328947:11:14:23:28:11:14:23:28 chr11 48346924 . T C 213.17 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0123028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5923;QD=10.3987;RBI=0.0236016;REFB=0.00744949;REVB=0.0201415;RO=55;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11504;STB=0.567008;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0150864;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:55:27:27:0.329268:13:14:23:32:13:14:23:32 chr11 48346932 . G A 221.81 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0161174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.221;QD=10.198;RBI=0.0164639;REFB=-0.0124519;REVB=-0.00336011;RO=58;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140114;STB=0.575457;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0237307;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:59:28:28:0.321839:13:15:24:34:13:15:25:34 chr11 48346961 . AA TG 304.44 PASS AF=0.33913;AO=39;DP=114;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00294491;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=187.191;QD=10.5891;RBI=0.0153518;REFB=-0.00920841;REVB=-0.0150667;RO=74;SAF=18;SAR=21;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130545;STB=0.500673;STBP=0.999;TYPE=mnp;VARB=0.0178254;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:74:76:39:39:0.33913:21:18:35:39:21:18:35:41 chr11 48346996 . G A 110.3 PASS AF=0.168;AO=21;DP=125;FAO=21;FDP=125;FR=.;FRO=104;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=0.0164763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1597;QD=3.52952;RBI=0.0345793;REFB=-0.00700941;REVB=0.0304017;RO=103;SAF=10;SAR=11;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117679;STB=0.511812;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.028641;OID=.;OPOS=48346996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:103:104:21:21:0.168:11:10:50:53:11:10:51:53 chr11 48346999 . T G 306.36 PASS AF=0.32;AO=39;DP=125;FAO=40;FDP=125;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00688596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1009;QD=9.80344;RBI=0.00978734;REFB=-0.0189066;REVB=-0.00695525;RO=84;SAF=18;SAR=21;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451986;STB=0.513009;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0343313;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:84:85:39:40:0.32:21:18:42:42:21:19:42:43 chr11 48347014 . G A 310.2 PASS AF=0.322581;AO=40;DP=124;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0512901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.352;QD=10.0063;RBI=0.0523022;REFB=-0.00528734;REVB=-0.0102394;RO=82;SAF=18;SAR=22;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072242;STB=0.549975;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0633995;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:82:84:40:40:0.322581:22:18:42:40:22:18:44:40 chr11 48347023 . C T 308.72 PASS AF=0.344828;AO=37;DP=118;FAO=40;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00191486;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.003;QD=10.6456;RBI=0.0105715;REFB=-0.0155956;REVB=-0.0103966;RO=61;SAF=17;SAR=20;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159359;STB=0.533575;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0219671;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:61:76:37:40:0.344828:20:17:37:24:21:19:40:36 chr11 48347067 . C T 252.84 PASS AF=0.311927;AO=34;DP=109;FAO=34;FDP=109;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0296933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.699;QD=9.27867;RBI=0.0327956;REFB=-0.0201476;REVB=-0.0139233;RO=75;SAF=15;SAR=19;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169935;STB=0.599087;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0498245;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:75:75:34:34:0.311927:19:15:44:31:19:15:44:31 chr11 48347100 . C T 163.31 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0530057;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.663;QD=7.96651;RBI=0.0535847;REFB=-0.0106823;REVB=0.00785601;RO=57;SAF=8;SAR=15;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216;STB=0.640902;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0360971;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:57:59:23:23:0.280488:15:8:30:27:15:8:32:27 chr11 48347124 . A G 109.32 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.070538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5313;QD=7.41123;RBI=0.0773892;REFB=-0.016795;REVB=-0.031835;RO=39;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134615;STB=0.600731;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0401184;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:39:43:16:16:0.271186:10:6:19:20:10:6:22:21 chr11 48347130 . C G 114.97 PASS AF=0.285714;AO=17;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0172211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5627;QD=8.21229;RBI=0.0370002;REFB=-0.00730949;REVB=-0.0327482;RO=39;SAF=6;SAR=11;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273249;STB=0.641418;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0165431;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:40:17:16:0.285714:11:6:23:16:10:6:23:17 chr11 48347140 . T C 723.61 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0533669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.827;QD=54.6119;RBI=0.0540792;REFB=-0.087976;REVB=-0.00874848;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184631;STB=0.50943;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00076268;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:26:25:1:0:26:26:1:0 chr11 48347142 . C T 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0394064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.613;QD=8.52504;RBI=0.0424586;REFB=-0.0156176;REVB=-0.0158072;RO=39;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587699;STB=0.535425;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0282017;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:9:7:19:20:9:7:19:20 chr11 48347144 . T C 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0336219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7466;QD=8.68709;RBI=0.035811;REFB=-0.0173695;REVB=0.0123286;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193469;STB=0.520637;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0274021;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:40:17:17:0.298246:9:8:19:20:9:8:20:20 chr11 48347267 . T C 262.67 PASS AF=0.295082;AO=36;DP=122;FAO=36;FDP=122;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=0.0131474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.868;QD=8.61217;RBI=0.0137294;REFB=-0.000647908;REVB=-0.00395509;RO=83;SAF=14;SAR=22;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263992;STB=0.649293;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00290758;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:83:86:36:36:0.295082:22:14:51:32:22:14:52:34 chr11 48347306 . G T 234.57 PASS AF=0.257353;AO=32;DP=135;FAO=35;FDP=136;FR=.;FRO=101;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.00124934;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.05;QD=6.89915;RBI=0.00445101;REFB=-0.00751607;REVB=0.00427207;RO=102;SAF=13;SAR=19;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166117;STB=0.592849;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0223225;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:102:101:32:35:0.257353:19:13:55:47:20:15:56:45 chr11 48347342 . G A 125.74 PASS AF=0.192982;AO=22;DP=114;FAO=22;FDP=114;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.0219123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.625;QD=4.41191;RBI=0.0316326;REFB=-0.00913255;REVB=-0.0228139;RO=92;SAF=6;SAR=16;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235656;STB=0.651501;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0392968;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:92:92:22:22:0.192982:16:6:41:51:16:6:41:51 chr11 48347346 . A T 132.95 PASS AF=0.20354;AO=21;DP=111;FAO=23;FDP=113;FR=.;FRO=90;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=-0.0409622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.99;QD=4.70615;RBI=0.0576797;REFB=-0.0173991;REVB=-0.0406086;RO=87;SAF=7;SAR=14;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787063;STB=0.593008;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0691706;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:87:90:21:23:0.20354:14:7:34:53:16:7:37:53 chr11 48347358 . C T 124.4 PASS AF=0.2;AO=20;DP=100;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.0405642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0253;QD=4.97597;RBI=0.0448364;REFB=-0.00206363;REVB=0.0191012;RO=79;SAF=5;SAR=15;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138748;STB=0.596283;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00119684;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:79:80:20:20:0.2:15:5:27:52:15:5:28:52 chr11 48347363 . C T 91.07 PASS AF=0.175824;AO=16;DP=91;FAO=16;FDP=91;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=52;FWDB=-0.067628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.343;QD=4.00314;RBI=0.0688529;REFB=-0.00312062;REVB=-0.0129294;RO=75;SAF=5;SAR=11;SRF=23;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085913;STB=0.505611;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0154659;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:91:91:75:75:16:16:0.175824:11:5:23:52:11:5:23:52 chr11 48347392 . T C 77.01 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.0285394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.861;QD=5.4044;RBI=0.0384799;REFB=-0.00583629;REVB=0.0258109;RO=44;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155587;STB=0.619246;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0252056;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:44:45:12:12:0.210526:10:2:11:33:10:2:12:33 chr11 48347394 . G T 38.41 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0905347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1756;QD=2.84482;RBI=0.0937208;REFB=-0.00413724;REVB=0.0242296;RO=45;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063519;STB=0.533241;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0261152;OID=.;OPOS=48347394;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:45:47:7:7:0.12963:5:2:11:34:5:2:12:35 chr11 48347419 . A G 33.14 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0185967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5905;QD=3.15608;RBI=0.0187565;REFB=-0.00422536;REVB=-0.00244354;RO=34;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0214942;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:34:36:6:6:0.142857:4:2:12:22:4:2:12:24 chr11 48347492 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00995619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3274;QD=12.8607;RBI=0.0177971;REFB=0.00365238;REVB=0.0147517;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308464;STB=0.685728;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00746061;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:5:3:5:2:5:3 chr11 48347498 . A T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0460593;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=345.783;QD=13.9591;RBI=0.0465507;REFB=-0.0232035;REVB=-0.00674633;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358511;STB=0.713673;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0240997;OID=.;OPOS=48347498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:5:2:5:2:5:2 chr11 48366958 . T G 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0182059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.478;QD=13.7479;RBI=0.0261737;REFB=-0.00891928;REVB=0.0188044;RO=32;SAF=5;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153192;STB=0.588658;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00340295;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:17:5:11:21:17:5:11:21 chr11 48366968 . TGAGG GACAT,TGACA 190.64 PASS AF=0,0.423077;AO=2,20;DP=53;FAO=0,22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=0,5;FSAR=0,17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.018228,-0.0065941;FXX=0.0188644;HRUN=5,3;LEN=5,2;MLLD=247.156,267.15;QD=14.6648;RBI=0.0191135,0.00758823;REFB=-0.00431725,-0.00443445;REVB=-0.00575041,-0.00375487;RO=29;SAF=1,4;SAR=1,16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.11074,-0.236928;STB=0.5,0.60167;STBP=1,0.283;TYPE=mnp,mnp;VARB=0,0.005356;OID=.,.;OPOS=48366968,48366971;OREF=TGAGG,GG;OALT=GACAT,CA;OMAPALT=GACAT,TGACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:53:52:29:30:2,20:0,22:0,0.423077:1,16:1,4:11:18:0,17:0,5:11:19 chr11 48367050 . T TAG 157.46 PASS AF=0.425;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00202956;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.214;QD=15.7456;RBI=0.00399095;REFB=-0.0265491;REVB=0.00343636;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154947;STB=0.56368;STBP=0.525;TYPE=ins;VARB=0.0342909;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:16:42:17:40:23:5:12:9:14:99:24:4:12:9:15 chr11 48367073 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430678;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.606;QD=60.2307;RBI=0.0053279;REFB=0;REVB=-0.00313659;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1764e-05;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr11 48367097 . A G 67.31 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0371926;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.203;QD=11.7065;RBI=0.0651815;REFB=-0.0115272;REVB=0.0535289;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48899;STB=0.791819;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0287432;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:14:14:9:9:0.391304:7:2:10:4:7:2:10:4 chr11 48367190 . A T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00201888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.083;QD=12.8683;RBI=0.013435;REFB=-0.0237779;REVB=0.0132824;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473621;STB=0.782062;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0300203;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:9:2:10:6:9:2:10:6 chr11 48367195 . C T 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0200053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.062;QD=12.4817;RBI=0.0602412;REFB=-0.00512014;REVB=-0.0568225;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424241;STB=0.737303;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0300811;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:9:3:12:6:9:3:12:7 chr11 48367249 . C T 102.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0271083;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.128;QD=8.72465;RBI=0.0271276;REFB=-0.00836872;REVB=-0.00102179;RO=33;SAF=2;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420387;STB=0.756633;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0157283;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:34:13:13:0.276596:11:2:15:18:11:2:15:19 chr11 48367252 . G A 123.95 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0950364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0274;QD=10.3291;RBI=0.100684;REFB=-0.0313345;REVB=-0.0332482;RO=33;SAF=3;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306296;STB=0.686592;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0608033;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:12:3:14:19:12:3:14:19 chr11 48367311 . T C 233.24 PASS AF=0.3625;AO=28;DP=83;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.029706;FXX=0.0361402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8639;QD=11.6621;RBI=0.0357216;REFB=-0.0162961;REVB=-0.019839;RO=49;SAF=7;SAR=21;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155639;STB=0.615458;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00993959;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:49:51:28:29:0.3625:21:7:18:31:22:7:20:31 chr11 48367363 . C T 222.82 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0346419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.226;QD=10.4856;RBI=0.0416721;REFB=-0.0217941;REVB=-0.0231624;RO=55;SAF=7;SAR=21;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155428;STB=0.582671;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0433055;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:55:57:28:28:0.329412:21:7:20:35:21:7:20:37 chr11 48367387 . C T 199.15 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0144543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3972;QD=10.9125;RBI=0.0161119;REFB=-0.0147164;REVB=-0.00711808;RO=46;SAF=7;SAR=19;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130078;STB=0.570656;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0280726;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:46:47:26:26:0.356164:19:7:17:29:19:7:17:30 chr11 48367419 . G A 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00936785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.804;QD=12.059;RBI=0.0190213;REFB=-0.0075164;REVB=-0.0165545;RO=41;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349428;STB=0.529912;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0147133;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:16:9:16:25:16:9:17:25 chr11 48367424 . C G 202.31 PASS AF=0.378788;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0022855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.079;QD=12.2614;RBI=0.0250494;REFB=-0.0237754;REVB=-0.0249449;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176337;STB=0.506324;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0375236;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:41:24:25:0.378788:15:9:16:25:15:10:16:25 chr11 48367455 . G A 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.000203911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.829;QD=12.9224;RBI=0.0140003;REFB=-0.0049712;REVB=-0.0139988;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21751;STB=0.624888;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00725638;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:9:13:13:21:9:13:13:21 chr11 48367469 . TG CA 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0239952;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.714;QD=13.7002;RBI=0.0389164;REFB=-0.035867;REVB=-0.0306385;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149609;STB=0.575953;STBP=0.451;TYPE=mnp;VARB=0.044834;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:8:10:12:17:8:10:13:17 chr11 48367474 . A G 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0199794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.617;QD=12.0835;RBI=0.0341683;REFB=-0.00831321;REVB=-0.0277181;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194375;STB=0.624844;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0113968;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:6:10:13:16:6:10:13:17 chr11 48367499 . A G 83.88 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0109386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.509;QD=10.1667;RBI=0.0177881;REFB=-0.0156382;REVB=-0.0140272;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397039;STB=0.738702;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0341763;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:3:8:8:14:3:8:8:14 chr11 48367511 . T G 65.17 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0752653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.379;QD=10.0268;RBI=0.0895035;REFB=-0.00137081;REVB=-0.0484355;RO=15;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.678061;STB=0.888025;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0194111;OID=.;OPOS=48367511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:26:15:17:9:9:0.346154:1:8:3:12:1:8:5:12 chr11 48373748 . C G 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0309275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6817;QD=3.43697;RBI=0.0611549;REFB=8.86848e-05;REVB=-0.052758;RO=31;SAF=1;SAR=5;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587262;STB=0.89825;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00844132;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:31:33:6:6:0.153846:5:1:22:9:5:1:24:9 chr11 48373770 . T A 57.14 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.00459454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.815;QD=4.57132;RBI=0.0145101;REFB=-0.000243329;REVB=0.0137635;RO=41;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232579;STB=0.650868;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00224352;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:4:5:30:11:4:5:30:11 chr11 48373797 . C T 66.45 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=-0.00819673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.225;QD=4.50528;RBI=0.0423028;REFB=-0.00433193;REVB=-0.0415011;RO=47;SAF=8;SAR=3;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630871;STB=0.546478;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0371092;OID=.;OPOS=48373797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:47:48:11:11:0.186441:3:8:36:11:3:8:37:11 chr11 48373805 . G A 86.58 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=11;FWDB=-0.0276476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1516;QD=5.32821;RBI=0.029846;REFB=-0.0100588;REVB=-0.0112426;RO=51;SAF=11;SAR=3;SRF=40;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00256695;STB=0.501626;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156658;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:51:51:14:14:0.215385:3:11:40:11:3:11:40:11 chr11 48373815 . A G 86.61 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=0.0287271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1154;QD=5.33008;RBI=0.0299652;REFB=0.00655943;REVB=0.00852454;RO=49;SAF=12;SAR=2;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168844;STB=0.622023;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0225244;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:64:65:49:51:14:14:0.215385:2:12:38:11:2:12:39:12 chr11 48373817 . C T 86.61 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=-0.00797583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.233;QD=5.32967;RBI=0.00827405;REFB=-0.00159326;REVB=-0.00220138;RO=49;SAF=12;SAR=2;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202395;STB=0.622023;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00628812;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:49:51:14:14:0.215385:2:12:37:12:2:12:39:12 chr11 48373827 . G A 75.22 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=13;FWDB=-0.0286535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.679;QD=4.36036;RBI=0.0287474;REFB=-0.00221025;REVB=0.00232186;RO=56;SAF=12;SAR=1;SRF=43;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363376;STB=0.752856;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00511034;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:56:56:13:13:0.188406:1:12:43:13:1:12:43:13 chr11 48373885 . A G 388.31 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=121;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.000187795;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.207;QD=12.9437;RBI=0.000746435;REFB=-0.0145064;REVB=0.000722426;RO=73;SAF=27;SAR=19;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176582;STB=0.504863;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0242647;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:73:74:46:46:0.383333:19:27:44:29:19:27:44:30 chr11 48373900 . A G 421.74 PASS AF=0.385827;AO=49;DP=128;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=0.0120411;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9835;QD=13.2831;RBI=0.01572;REFB=-0.00935647;REVB=-0.010106;RO=77;SAF=28;SAR=21;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578069;STB=0.527767;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0154953;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:77:78:49:49:0.385827:21:28:48:29:21:28:48:30 chr11 48373936 . A G 478.6 PASS AF=0.397059;AO=54;DP=136;FAO=54;FDP=136;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0290953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8545;QD=14.0765;RBI=0.0296034;REFB=-0.00573234;REVB=0.00546142;RO=82;SAF=28;SAR=26;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454973;STB=0.525674;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00939985;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:82:82:54:54:0.397059:26:28:46:36:26:28:46:36 chr11 48373946 . C A 145.93 PASS AF=0.2;AO=25;DP=124;FAO=25;FDP=125;FR=.;FRO=100;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.0301767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.25;QD=4.66982;RBI=0.0434455;REFB=-0.0087344;REVB=-0.031255;RO=98;SAF=15;SAR=10;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765363;STB=0.556957;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0267267;OID=.;OPOS=48373946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:98:100:25:25:0.2:10:15:53:45:10:15:53:47 chr11 48373976 . T G 348.46 PASS AF=0.39604;AO=39;DP=100;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0083628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.299;QD=13.8005;RBI=0.0169817;REFB=-0.0152158;REVB=-0.0147798;RO=61;SAF=22;SAR=17;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604026;STB=0.54075;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0192848;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:61:61:39:40:0.39604:17:22:31:30:17:23:31:30 chr11 48373986 . A G 361.71 PASS AF=0.414894;AO=38;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.057105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.994;QD=15.3919;RBI=0.0572758;REFB=-0.0028579;REVB=0.00441922;RO=53;SAF=21;SAR=17;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447671;STB=0.532437;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00767536;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:55:38:39:0.414894:17:21:27:26:17:22:28:27 chr11 48374000 . C CT 31.53 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0362897;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.81683;QD=1.94018;RBI=0.167834;REFB=-0.0536238;REVB=0.163863;RO=53;SAF=9;SAR=7;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191293;STB=0.523048;STBP=0.842;TYPE=ins;VARB=-0.0395013;OID=.;OPOS=48374001;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246154:16:78:16:65:49:8:8:23:26:31:53:9:7:29:24 chr11 48387098 . A C 147.78 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00112591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.428;QD=12.0636;RBI=0.00287189;REFB=-0.0094939;REVB=0.00264198;RO=32;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143183;STB=0.558183;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00756188;OID=.;OPOS=48387098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:32:32:16:17:0.346939:6:10:16:16:7:10:16:16 chr11 48387107 . T C 123.96 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.000615152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.445;QD=9.91646;RBI=0.0206917;REFB=-0.0208731;REVB=-0.0206826;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883719;STB=0.553121;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0400086;OID=.;OPOS=48387107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:7:8:16:19:7:8:16:19 chr11 48387115 . G A 79.43 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00916073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.138;QD=6.9066;RBI=0.0231797;REFB=-0.0137236;REVB=-0.0212927;RO=35;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106166;STB=0.566808;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0502284;OID=.;OPOS=48387115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:5:6:16:19:5:6:16:19 chr11 48387118 . G A 91.63 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.014012;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.169;QD=8.14487;RBI=0.0250847;REFB=-0.00345409;REVB=-0.0208064;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135193;STB=0.59394;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0309603;OID=.;OPOS=48387118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:45:45:32:33:12:12:0.266667:5:7:15:17:5:7:15:18 chr11 48387154 . A G 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0309493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.523;QD=4.41839;RBI=0.0332836;REFB=-0.00674847;REVB=0.012245;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381157;STB=0.754706;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00925194;OID=.;OPOS=48387154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:2:5:12:19:2:5:12:19 chr11 48387335 . C A 92.09 PASS AF=0.272727;AO=13;DP=45;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00374803;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.938;QD=8.3715;RBI=0.0089314;REFB=-0.00200502;REVB=-0.00810692;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189949;STB=0.645907;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0059367;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:45:44:31:32:13:12:0.272727:8:5:17:14:8:4:17:15 chr11 48387370 . A G 124.51 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00367509;FXX=0.0333278;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.346;QD=8.58666;RBI=0.0132899;REFB=-0.00856638;REVB=-0.0127716;RO=41;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00847143;STB=0.505086;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0306405;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:9:8:19:22:9:8:19:22 chr11 48387424 . G T 205.41 PASS AF=0.303371;AO=26;DP=90;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.00637154;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.883;QD=9.23205;RBI=0.00769869;REFB=-0.0120156;REVB=-0.00432126;RO=60;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134892;STB=0.552392;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0187735;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:60:62:26:27:0.303371:14:12:21:39:15:12:23:39 chr11 48387490 . G A 181.98 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0268122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6086;QD=7.74372;RBI=0.038846;REFB=-0.00783831;REVB=-0.0281089;RO=69;SAF=10;SAR=15;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110856;STB=0.506661;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0261702;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:69:69:25:25:0.265957:15:10:27:42:15:10:27:42 chr11 48387506 . A G 115.48 PASS AF=0.227848;AO=17;DP=76;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0200799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4522;QD=5.84697;RBI=0.0202454;REFB=-0.0267727;REVB=-0.00258296;RO=55;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249123;STB=0.620127;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0285909;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:55:61:17:18:0.227848:8:9:18:37:9:9:21:40 chr11 48387526 . G T 83.23 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00906371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4856;QD=4.75572;RBI=0.0246874;REFB=-0.00721349;REVB=0.0229633;RO=55;SAF=7;SAR=7;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14817;STB=0.599863;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0311638;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:55:56:14:14:0.2:7:7:21:34:7:7:21:35 chr11 48387535 . T C 60.15 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0283253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2565;QD=4.22106;RBI=0.0284338;REFB=-0.000129138;REVB=-0.00248127;RO=47;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118653;STB=0.578794;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00341611;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:5:5:19:28:5:5:19:28 chr11 48387540 . G T 66.13 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.028424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.409;QD=5.08672;RBI=0.0319105;REFB=-0.000567846;REVB=-0.0145037;RO=41;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448849;STB=0.538385;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00242099;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:41:42:10:10:0.192308:5:5:19:22:5:5:19:23 chr11 48387584 . A T 36.86 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0858026;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8863;QD=6.40973;RBI=0.0858095;REFB=-0.0401034;REVB=-0.00108459;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443236;STB=0.792598;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0487522;OID=.;OPOS=48387584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:23:23:17:17:6:6:0.26087:5:1:9:8:5:1:9:8 chr11 48387591 . A G 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00553362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.236;QD=6.25225;RBI=0.0587148;REFB=-0.0275621;REVB=-0.0584535;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416902;STB=0.792598;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0668278;OID=.;OPOS=48387591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:23:16:17:6:6:0.26087:5:1:8:8:5:1:9:8 chr11 48387930 . T C 31.84 PASS AF=0.0775194;AO=10;DP=129;FAO=10;FDP=129;FR=.;FRO=119;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=68;FWDB=0.00481118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.583;QD=0.987162;RBI=0.00580842;REFB=-0.00240974;REVB=0.00325426;RO=117;SAF=2;SAR=8;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274061;STB=0.7356;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00841324;OID=.;OPOS=48387930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:129:129:117:119:10:10:0.0775194:8:2:50:67:8:2:51:68 chr11 48387960 . T C 39.84 PASS AF=0.0909091;AO=11;DP=121;FAO=11;FDP=121;FR=.;FRO=110;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=66;FWDB=-0.00163509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8807;QD=1.31694;RBI=0.0112082;REFB=-0.00105935;REVB=0.0110883;RO=110;SAF=3;SAR=8;SRF=44;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160251;STB=0.628515;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0244328;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:121:121:110:110:11:11:0.0909091:8:3:44:66:8:3:44:66 chr11 48387978 . T A 65.94 PASS AF=0.12963;AO=14;DP=108;FAO=14;FDP=108;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.00875502;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.647;QD=2.4423;RBI=0.0132489;REFB=-0.00353933;REVB=-0.00994397;RO=94;SAF=7;SAR=7;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10584;STB=0.573971;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0304597;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:108:108:94:94:14:14:0.12963:7:7:39:55:7:7:39:55 chr11 48387983 . T C 73.21 PASS AF=0.138889;AO=15;DP=109;FAO=15;FDP=108;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.0167837;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.288;QD=2.71134;RBI=0.0201698;REFB=-0.0029238;REVB=-0.0111861;RO=93;SAF=7;SAR=8;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735429;STB=0.550496;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0599677;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:109:108:93:93:15:15:0.138889:8:7:38:55:8:7:38:55 chr11 48510654 . A C 310.23 PASS AF=0.523077;AO=32;DP=64;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00326544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.236;QD=19.0909;RBI=0.00781597;REFB=-0.028666;REVB=-0.00710114;RO=30;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112109;STB=0.550017;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0225952;OID=.;OPOS=48510654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:31:32:34:0.523077:20:12:15:15:21:13:15:16 chr11 48510777 . G A 496.12 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00501081;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.071;QD=21.1113;RBI=0.0227395;REFB=-0.0350041;REVB=0.0221805;RO=46;SAF=26;SAR=22;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601229;STB=0.5332;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0389593;OID=.;OPOS=48510777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:46:46:48:48:0.510638:22:26:28:18:22:26:28:18 chr11 48997107 . G A 219.28 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0032755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1645;QD=24.3641;RBI=0.0651785;REFB=-0.0470921;REVB=-0.0650962;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107809;STB=0.559944;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.033847;OID=.;OPOS=48997107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:10:5:10:11:10:5 chr11 48997334 . T G 175.61 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00158312;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.951;QD=17.1328;RBI=0.0120414;REFB=-0.00659816;REVB=0.0119369;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12534;STB=0.557582;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.013195;OID=.;OPOS=48997334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:22:18:19:0.463415:8:10:15:7:8:11:15:7 chr11 49000423 . C G 421.86 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0196614;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.117;QD=22.8031;RBI=0.0207833;REFB=-0.00677742;REVB=0.00673608;RO=33;SAF=8;SAR=33;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270164;STB=0.650304;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00493044;OID=.;OPOS=49000423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:33:8:15:18:33:8:15:18 chr11 49000522 . C T 437.82 PASS AF=0.646154;AO=40;DP=64;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0282664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8155;QD=26.9427;RBI=0.042063;REFB=-0.0247775;REVB=0.0311497;RO=23;SAF=9;SAR=31;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336455;STB=0.523798;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0110777;OID=.;OPOS=49000522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:23:23:40:42:0.646154:31:9:6:17:33:9:6:17 chr11 49000558 . G A 78.19 PASS AF=0.275;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0619735;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.619;QD=7.81867;RBI=0.0688837;REFB=-0.0166224;REVB=-0.0300708;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156485;STB=0.563529;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.085217;OID=.;OPOS=49000558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:43:40:21:29:11:11:0.275:9:2:4:17:8:3:6:23 chr11 49055751 . T C 126.91 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0145319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3699;QD=19.5241;RBI=0.039021;REFB=-0.025771;REVB=-0.0362141;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362916;STB=0.710245;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0190597;OID=.;OPOS=49055751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:12:13:14:0.538462:5:8:2:10:5:9:2:10 chr11 49059362 . C A 447.24 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00429575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6665;QD=18.4428;RBI=0.015624;REFB=-0.00737654;REVB=0.0150219;RO=52;SAF=25;SAR=20;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397135;STB=0.522135;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0114355;OID=.;OPOS=49059362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:20:25:31:21:20:25:31:21 chr11 49075605 . G A 248.4 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0137397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.914;QD=13.9945;RBI=0.0150531;REFB=-0.012476;REVB=0.00614938;RO=42;SAF=12;SAR=16;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318108;STB=0.684981;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0103102;OID=.;OPOS=49075605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:42:42:28:29:0.408451:16:12:31:11:17:12:31:11 chr11 49196490 . T C 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0258586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.388;QD=5.00561;RBI=0.0261111;REFB=0.00180307;REVB=0.00362276;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463449;STB=0.811413;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00358102;OID=.;OPOS=49196490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:20:22:6:6:0.214286:5:1:11:9:5:1:12:10 chr11 49197416 . A G 268.59 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00280129;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.11;QD=24.4169;RBI=0.00613325;REFB=-0.0161751;REVB=-0.00545615;RO=19;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642779;STB=0.546523;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0200492;OID=.;OPOS=49197416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:8:16:14:5:9:16:14:5 chr11 49207315 . A G 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00772398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.758;QD=6.31079;RBI=0.00784855;REFB=-0.0102621;REVB=-0.00139281;RO=34;SAF=4;SAR=6;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292246;STB=0.683867;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0247017;OID=.;OPOS=49207315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:6:4:22:12:6:4:22:12 chr11 49221885 . T A 337.34 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.00679937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.116;QD=13.1006;RBI=0.0119771;REFB=-0.0217611;REVB=0.00986004;RO=63;SAF=14;SAR=26;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224022;STB=0.627522;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0205333;OID=.;OPOS=49221885;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:63:40:40:0.38835:26:14:35:28:26:14:35:28 chr11 49227620 . A G 244.33 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0123237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5211;QD=17.4522;RBI=0.0264756;REFB=-0.0161047;REVB=0.0234325;RO=29;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113725;STB=0.564054;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0210314;OID=.;OPOS=49227620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:18:9:13:16:18:9:13:16 chr11 49598178 . G A 418.1 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.037467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3601;QD=17.421;RBI=0.0427169;REFB=-0.0170023;REVB=0.0205172;RO=53;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1271;STB=0.571187;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0232111;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:18:25:24:29:18:25:24:29 chr11 49598209 . T C 378.05 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00504792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7687;QD=18.9022;RBI=0.00515487;REFB=-0.0348252;REVB=0.00104458;RO=41;SAF=20;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081073;STB=0.550838;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0337412;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:38:39:0.4875:18:20:18:23:18:21:18:23 chr11 49830142 . G T 396.36 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0259464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.837;QD=12.7858;RBI=0.0344199;REFB=-0.0221452;REVB=-0.0226166;RO=77;SAF=21;SAR=26;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049177;STB=0.527921;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0384662;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:77:77:47:47:0.379032:26:21:31:46:26:21:31:46 chr11 49974371 . G A 270.62 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.483;QD=51.5456;RBI=0.0104086;REFB=0;REVB=-0.00135519;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20886e-05;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:9:12:0:0 chr11 49974670 . C T 72.0 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0487421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6882;QD=8.229;RBI=0.0490914;REFB=-0.0189595;REVB=-0.00584548;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115678;STB=0.586034;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0131918;OID=.;OPOS=49974670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:35:24:25:10:10:0.285714:4:6:12:12:4:6:12:13 chr11 49974931 . G A 68.91 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0102275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.981;QD=5.99259;RBI=0.0234627;REFB=-0.0116144;REVB=-0.0211162;RO=35;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167697;STB=0.599791;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0493824;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:35:36:10:10:0.217391:7:3:15:20:7:3:15:21 chr11 51411460 . G A 318.4 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0078928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5084;QD=13.2667;RBI=0.0106423;REFB=-0.0208747;REVB=-0.00713886;RO=60;SAF=23;SAR=13;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15595;STB=0.589342;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0311454;OID=.;OPOS=51411460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:13:23:30:30:13:23:30:30 chr11 51411510 . C T 559.19 PASS AF=0.453704;AO=46;DP=116;FAO=49;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0106932;FXX=0.0769165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.242;QD=20.7106;RBI=0.0156961;REFB=-0.00693874;REVB=-0.0114902;RO=53;SAF=22;SAR=24;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609738;STB=0.50588;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0207854;OID=.;OPOS=51411510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:108:53:50:46:49:0.453704:24:22:22:31:28:21:22:28 chr11 51411740 . A T 234.33 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.013019;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.526;QD=24.0335;RBI=0.0460175;REFB=-0.0362854;REVB=0.0441375;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158448;STB=0.599908;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0190021;OID=.;OPOS=51411740;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:17:22:22:0.564103:8:14:8:10:8:14:7:10 chr11 51412327 . T A 94.44 PASS AF=0.27907;AO=11;DP=41;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00350837;FXX=0.0444346;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.845;QD=8.78531;RBI=0.0211497;REFB=-0.005063;REVB=-0.0208567;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248891;STB=0.604484;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00745535;OID=.;OPOS=51412327;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:41:43:22:31:11:12:0.27907:5:6:7:15:6:6:11:20 chr11 51412379 . T C 238.52 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0424539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2351;QD=27.2592;RBI=0.0502614;REFB=-0.0413253;REVB=0.0269048;RO=13;SAF=4;SAR=18;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404611;STB=0.726478;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0419875;OID=.;OPOS=51412379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:18:4:9:4:18:4:9:4 chr11 51515460 . C T 237.79 PASS AF=0.466667;AO=25;DP=57;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0541757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.8887;QD=15.8529;RBI=0.106304;REFB=0.00696533;REVB=0.0914637;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197864;STB=0.519079;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00431847;OID=.;OPOS=51515460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:32:32:25:28:0.466667:12:13:16:16:15:13:16:16 chr11 51515640 . A G 162.9 PASS AF=0.261364;AO=23;DP=88;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0331179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.295;QD=7.40443;RBI=0.0345469;REFB=-0.0096388;REVB=-0.00983314;RO=65;SAF=9;SAR=14;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305958;STB=0.518502;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.033813;OID=.;OPOS=51515640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:65:65:23:23:0.261364:14:9:27:38:14:9:27:38 chr11 51515912 . C T 167.69 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0562578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0658;QD=11.9775;RBI=0.0674368;REFB=-0.00648973;REVB=-0.0371857;RO=34;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150683;STB=0.594507;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.015755;OID=.;OPOS=51515912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:10:11:13:21:10:11:13:22 chr11 55029787 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.611;QD=50.4135;RBI=0.062656;REFB=0;REVB=-0.00469133;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266208;OID=.;OPOS=55029787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr11 55339829 . A G 1362.17 PASS AF=0.967391;AO=88;DP=94;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00862665;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.716;QD=59.2249;RBI=0.0267762;REFB=-0.00755728;REVB=0.0253485;RO=3;SAF=54;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255979;STB=0.513271;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=6.09436e-05;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:94:92:3:3:88:89:0.967391:34:54:3:0:34:55:3:0 chr11 55494267 . ACA GTG 73.93 PASS AF=0.134454;AO=16;DP=119;FAO=16;FDP=119;FR=.;FRO=103;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=-0.0508019;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=211.11;QD=2.48516;RBI=0.0544769;REFB=-0.00715043;REVB=-0.0196698;RO=99;SAF=6;SAR=10;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101867;STB=0.580543;STBP=0.519;TYPE=mnp;VARB=0.0424797;OID=.;OPOS=55494267;OREF=ACA;OALT=GTG;OMAPALT=GTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:119:119:99:103:16:16:0.134454:10:6:45:54:10:6:48:55 chr11 55494278 . A G 97.64 PASS AF=0.161017;AO=19;DP=119;FAO=19;FDP=118;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.018827;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6026;QD=3.30995;RBI=0.023654;REFB=0.00963757;REVB=-0.0143197;RO=100;SAF=8;SAR=11;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144058;STB=0.514691;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0499596;OID=.;OPOS=55494278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:119:118:100:99:19:19:0.161017:11:8:41:59:11:8:40:59 chr11 55494281 . G A 97.56 PASS AF=0.161017;AO=19;DP=118;FAO=19;FDP=118;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=0.00482513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.934;QD=3.30711;RBI=0.00483238;REFB=-0.00149267;REVB=-0.00026464;RO=96;SAF=8;SAR=11;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468997;STB=0.523478;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00811309;OID=.;OPOS=55494281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:118:118:96:99:19:19:0.161017:11:8:37:59:11:8:39:60 chr11 55494285 . T C 103.84 PASS AF=0.165289;AO=20;DP=121;FAO=20;FDP=121;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=0.0173257;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6649;QD=3.43272;RBI=0.0353248;REFB=0.00382401;REVB=0.0307841;RO=101;SAF=10;SAR=10;SRF=40;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132869;STB=0.586693;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00653088;OID=.;OPOS=55494285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:101:101:20:20:0.165289:10:10:40:61:10:10:40:61 chr11 55494298 . A C 153.57 PASS AF=0.20155;AO=26;DP=127;FAO=26;FDP=129;FR=.;FRO=103;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=62;FWDB=-0.0241579;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8683;QD=4.76198;RBI=0.0372739;REFB=0.00272658;REVB=0.0283856;RO=101;SAF=11;SAR=15;SRF=40;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354451;STB=0.520574;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00915538;OID=.;OPOS=55494298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:101:103:26:26:0.20155:15:11:40:61:15:11:41:62 chr11 55541098 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.928;QD=62.3502;RBI=0.0217504;REFB=0;REVB=-0.0194023;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234298;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr11 55563602 . G A 1256.3 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0328944;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.255;QD=59.8238;RBI=0.0730994;REFB=-0.0634765;REVB=0.06528;RO=1;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996906;STB=0.505153;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00172359;OID=.;OPOS=55563602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:81:83:0.988095:47:34:0:1:48:35:0:1 chr11 55563738 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.84;QD=62.3496;RBI=0.0430135;REFB=0;REVB=0.0323208;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159139;OID=.;OPOS=55563738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr11 55563776 . T A,G 778.33 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,53;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,31;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372065,0.041793;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=112.039,177.22;QD=55.5952;RBI=0.0517572,0.0704531;REFB=0,0;REVB=0.0359789,0.0567185;RO=0;SAF=2,31;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.76368e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0329923,0.000915957;OID=.,.;OPOS=55563776,55563776;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:2,53:2,54:0.0357143,0.964286:0,22:2,31:0:0:0,23:2,31:0:0 chr11 55578987 . T C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6759;QD=57.6756;RBI=0.0280639;REFB=0;REVB=-0.00487638;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182718;OID=.;OPOS=55578987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr11 55578991 . C T 428.19 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4682;QD=57.0921;RBI=0.0547881;REFB=0;REVB=0.0270607;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127337;OID=.;OPOS=55578991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:19:9:0:0:21:9:0:0 chr11 55579102 . C T 1453.21 PASS AF=0.962264;AO=100;DP=105;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0244544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.688;QD=54.8382;RBI=0.0260991;REFB=-0.0116733;REVB=0.00911854;RO=4;SAF=43;SAR=57;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134097;STB=0.50665;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000304226;OID=.;OPOS=55579102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:106:4:4:100:102:0.962264:57:43:1:3:59:43:1:3 chr11 55579145 . C T 50.7 PASS AF=0.0952381;AO=14;DP=148;FAO=14;FDP=147;FR=.;FRO=133;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=73;FWDB=-0.0171268;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.696;QD=1.37967;RBI=0.0188766;REFB=-0.00409488;REVB=-0.00793712;RO=132;SAF=6;SAR=8;SRF=60;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031027;STB=0.52068;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0404309;OID=.;OPOS=55579145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:148:147:132:133:14:14:0.0952381:8:6:60:72:8:6:60:73 chr11 55579182 . A G 133.51 PASS AF=0.146597;AO=28;DP=191;FAO=28;FDP=191;FR=.;FRO=163;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=90;FSRR=73;FWDB=-0.00390908;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.617;QD=2.79591;RBI=0.0052433;REFB=-0.00247032;REVB=0.00349448;RO=163;SAF=13;SAR=15;SRF=90;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111677;STB=0.57451;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0147955;OID=.;OPOS=55579182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:163:163:28:28:0.146597:15:13:90:73:15:13:90:73 chr11 55579419 . T C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0413209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.338;QD=52.1531;RBI=0.0455211;REFB=-0.0988624;REVB=0.0190984;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00132888;OID=.;OPOS=55579419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:0:1:12:15:0:1 chr11 55579801 . T C 1329.59 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.209;QD=61.8414;RBI=0.0481984;REFB=0;REVB=0.00375092;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793799;OID=.;OPOS=55579801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:42:41:0:0:42:44:0:0 chr11 55587117 . T A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.398;QD=45.8053;RBI=0.0242064;REFB=0;REVB=0.0214994;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235774;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr11 55587511 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.511;QD=59.5013;RBI=0.0101232;REFB=0;REVB=0.00361064;RO=0;SAF=15;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53731e-05;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:54:15:0:0:54:15:0:0 chr11 55594869 . G A 2033.57 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364454;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.607;QD=62.5713;RBI=0.0385416;REFB=0;REVB=-0.0125373;RO=0;SAF=51;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33408e-05;OID=.;OPOS=55594869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:130:0:0:130:130:1:79:51:0:0:79:51:0:0 chr11 55595012 . A T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.034;QD=59.8377;RBI=0.0103362;REFB=0;REVB=0.00918358;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07667e-05;OID=.;OPOS=55595012;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:28:8:0:0:28:8:0:0 chr11 55595017 . GA TG 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117696;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=2;MLLD=229.297;QD=59.4596;RBI=0.0196421;REFB=0;REVB=-0.0157254;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00013268;OID=.;OPOS=55595017;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:27:7:0:0:27:7:0:0 chr11 55595114 . GCG TTC 741.75 PASS AF=1;AO=49;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652574;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=250.542;QD=55.981;RBI=0.0754502;REFB=0;REVB=0.0378709;RO=0;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000246728;OID=.;OPOS=55595114;OREF=GCG;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:49:53:1:37:12:0:0:39:14:0:0 chr11 55652971 . C A 246.82 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00623907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.728;QD=47.013;RBI=0.00783443;REFB=-0.120011;REVB=0.00473839;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.526289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000832692;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:20:20:0.952381:9:11:0:0:9:11:0:1 chr11 55681494 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.642;QD=49.5992;RBI=0.0557422;REFB=0;REVB=0.014786;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725245;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr11 55681566 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.597;QD=39.2041;RBI=0.0264997;REFB=0;REVB=-0.00373765;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305377;OID=.;OPOS=55681566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 55702929 . A G 255.74 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.31;QD=51.1486;RBI=0.149355;REFB=0;REVB=0.147816;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267443;OID=.;OPOS=55702929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:8:12:0:0 chr11 55703247 . G A 772.71 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00536129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.064;QD=61.8168;RBI=0.0224868;REFB=-0.132837;REVB=0.0218384;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000833728;OID=.;OPOS=55703247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:29:20:0:0:29:20:0:1 chr11 55703728 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.457;QD=55.098;RBI=0.0536033;REFB=0;REVB=0.0293731;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481907;OID=.;OPOS=55703728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr11 55746891 . G A 2588.84 PASS AF=1;AO=165;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284419;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.944;QD=62.0082;RBI=0.0287571;REFB=0;REVB=-0.00424591;RO=0;SAF=62;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30626e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36394e-05;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:165:167:1:103:62:0:0:105:62:0:0 chr11 55761221 . C T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8283;QD=63.8696;RBI=0.018784;REFB=0;REVB=-0.000201077;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180736;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr11 55761528 . T C 851.21 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0050742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.18;QD=57.7092;RBI=0.00652622;REFB=0;REVB=0.00410416;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71619e-06;OID=.;OPOS=55761528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:34:25:0:0 chr11 55761738 . T G 755.48 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.47;QD=62.9566;RBI=0.00603943;REFB=0;REVB=0.00546081;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188083;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:22:24:0:0:22:26:0:0 chr11 55798152 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.641;QD=64.1524;RBI=0.0356438;REFB=0;REVB=0.00488761;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.17758e-05;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:15:34:0:0:15:34:0:0 chr11 55861592 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0730805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.293;QD=15.7841;RBI=0.0767864;REFB=-0.0192771;REVB=-0.0235668;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112472;STB=0.565122;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0208613;OID=.;OPOS=55861592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:8:9:9:5:8:9 chr11 55872657 . A C 310.25 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700635;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.707;QD=53.9572;RBI=0.0759644;REFB=0;REVB=0.0293545;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490464;OID=.;OPOS=55872657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr11 55872876 . C T 1454.43 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0539218;FXX=0.0190458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.659;QD=56.4828;RBI=0.0578086;REFB=-0.207268;REVB=0.0208392;RO=1;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870439;STB=0.500676;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000909849;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:1:2:100:101:0.980583:54:46:0:1:54:47:1:1 chr11 55873024 . A G 1231.47 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262606;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.07;QD=60.8131;RBI=0.0312651;REFB=0;REVB=0.0169672;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131729;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:79:81:1:31:48:0:0:32:49:0:0 chr11 55873368 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.399;QD=59.8376;RBI=0.0177932;REFB=0;REVB=0.000242444;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013734;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr11 55890257 . C T 1466.78 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126874;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7907;QD=58.6711;RBI=0.0346043;REFB=0.0477785;REVB=-0.0321945;RO=1;SAF=22;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00612159;STB=0.503225;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.000138781;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:77:22:0:1:77:22:0:1 chr11 55999678 . G T 267.34 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0108635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6745;QD=18.4372;RBI=0.0367775;REFB=-0.0023394;REVB=-0.0351364;RO=29;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135216;STB=0.575862;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00126051;OID=.;OPOS=55999678;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:9:20:16:13:9:20:16:13 chr11 56000403 . C G 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.67;QD=61.6741;RBI=0.0384804;REFB=0;REVB=0.0364492;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165171;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr11 56043702 . G C 239.55 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.408;QD=50.4308;RBI=0.0617951;REFB=0;REVB=0.0380006;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714203;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:12:7:0:0 chr11 56086147 . T G 323.28 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9502;QD=53.8792;RBI=0.136533;REFB=0;REVB=0.0473654;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366856;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr11 56113516 . T C 624.54 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000931415;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.637;QD=59.48;RBI=0.0389283;REFB=-0.15419;REVB=0.0389172;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.000553192;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:41:41:0.97619:12:29:0:0:12:29:0:1 chr11 56113575 . A G 230.46 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00708949;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.43;QD=14.4039;RBI=0.0114403;REFB=-0.00942078;REVB=0.00897886;RO=37;SAF=22;SAR=5;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907361;STB=0.551931;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00933402;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:37:27:27:0.421875:5:22:28:9:5:22:28:9 chr11 56113593 . C A 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=0.00338387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.362;QD=17.265;RBI=0.0364175;REFB=-0.0103499;REVB=-0.0362599;RO=42;SAF=27;SAR=9;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153961;STB=0.508616;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0109172;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:9:27:32:10:9:27:32:10 chr11 56127746 . A G 358.81 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000561409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.706;QD=55.2018;RBI=0.0824978;REFB=0;REVB=0.0824959;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323665;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:26:0:0:23:26:1:8:15:0:0:11:15:0:0 chr11 56128524 . C T 493.95 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.894;QD=58.1122;RBI=0.0489995;REFB=0;REVB=0.0365657;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74988e-05;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:20:14:0:0 chr11 56128673 . A AT 71.51 PASS AF=0.37037;AO=17;DP=59;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0937284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.0822;QD=5.29718;RBI=0.121059;REFB=-0.0123237;REVB=-0.0766177;RO=41;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126628;STB=0.50203;STBP=0.98;TYPE=ins;VARB=-0.0103074;OID=.;OPOS=56128674;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:17:59:20:54:34:7:13:12:22:71:41:5:12:16:25 chr11 56143156 . C T 547.94 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0331572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.622;QD=23.5672;RBI=0.0335109;REFB=-0.00804932;REVB=0.00485649;RO=42;SAF=26;SAR=25;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125384;STB=0.568758;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00739642;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:42:51:51:0.548387:25:26:15:27:25:26:15:27 chr11 56143158 . A G 546.15 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0227219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.878;QD=23.2402;RBI=0.0227272;REFB=-0.0098077;REVB=0.000489265;RO=40;SAF=26;SAR=25;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127954;STB=0.56284;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0204488;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:40:43:51:51:0.542553:25:26:14:26:25:26:16:27 chr11 56143424 . A G 278.88 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0272342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.516;QD=16.4044;RBI=0.0273292;REFB=-0.0293871;REVB=0.00227715;RO=37;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657879;STB=0.537031;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0139466;OID=.;OPOS=56143424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:13:18:19:18:13:18:19:18 chr11 56143592 . C T 231.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00378073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.299;QD=12.3465;RBI=0.0163622;REFB=-0.0195625;REVB=0.0159195;RO=45;SAF=17;SAR=11;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425206;STB=0.52063;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0269125;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:47:28:28:0.373333:11:17:29:16:11:17:30:17 chr11 56143690 . C A 200.53 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0881707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0141;QD=20.5672;RBI=0.0894216;REFB=-0.00594372;REVB=-0.0149046;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846433;STB=0.56362;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00934779;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:13:7:8:10:13:7:9:10 chr11 56143696 . C T 153.26 PASS AF=0.394737;AO=11;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00514388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.743;QD=16.1328;RBI=0.00751588;REFB=-0.0165911;REVB=-0.00547987;RO=21;SAF=0;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.789347;STB=0.662422;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.045285;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:11:15:0.394737:11:0:11:10:11:4:11:10 chr11 56143716 . TG CA 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00847538;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.36;QD=11.4396;RBI=0.0117448;REFB=-0.014072;REVB=0.00813072;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299035;STB=0.669574;STBP=0.162;TYPE=mnp;VARB=0.028813;OID=.;OPOS=56143716;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:10:3:11:12:10:3:11:13 chr11 56143723 . T C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.006496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.07;QD=9.1886;RBI=0.025123;REFB=-0.00748828;REVB=-0.0242686;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294273;STB=0.680509;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0203215;OID=.;OPOS=56143723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:8:3:13:12:8:3:13:12 chr11 56143725 . C G 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00531909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.356;QD=8.51151;RBI=0.0240041;REFB=-0.00425006;REVB=-0.0234073;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282276;STB=0.674342;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0267094;OID=.;OPOS=56143725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:7:3:13:11:7:3:13:11 chr11 56143729 . CC TG 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000638444;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=224.661;QD=8.51179;RBI=0.0260279;REFB=-0.00657694;REVB=-0.0260201;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282276;STB=0.674342;STBP=0.212;TYPE=mnp;VARB=0.0164364;OID=.;OPOS=56143729;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:7:3:13:11:7:3:13:11 chr11 56184888 . G A 437.52 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0304962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.78;QD=16.6676;RBI=0.0305285;REFB=-0.0102248;REVB=0.0014051;RO=56;SAF=29;SAR=19;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186778;STB=0.608668;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.013391;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:57:48:48:0.457143:19:29:23:33:19:29:23:34 chr11 56185224 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0079456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.279;QD=16.8229;RBI=0.0851072;REFB=-0.00964361;REVB=-0.0847355;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258094;STB=0.650752;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00925289;OID=.;OPOS=56185224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:4:1:4:3:4:1 chr11 56185345 . A G 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00565293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.74;QD=12.8593;RBI=0.0239337;REFB=-0.0616925;REVB=-0.0232565;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196457;STB=0.615099;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0572969;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:1:7:5:2:1:7 chr11 56185684 . C G 315.47 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0173183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5306;QD=22.5333;RBI=0.0344478;REFB=-0.00491893;REVB=-0.029778;RO=24;SAF=13;SAR=19;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.513945;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00291971;OID=.;OPOS=56185684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:19:13:9:15:19:13:9:15 chr11 56294275 . T C 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8957;QD=56.9535;RBI=0.00939152;REFB=0;REVB=0.00927891;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21238e-05;OID=.;OPOS=56294275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr11 56294338 . G A 791.11 PASS AF=0.907692;AO=59;DP=65;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00221585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.558;QD=48.6836;RBI=0.0292585;REFB=-0.119981;REVB=0.0291745;RO=6;SAF=36;SAR=23;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793405;STB=0.542212;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00292693;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:65:65:6:6:59:59:0.907692:23:36:1:5:23:36:1:5 chr11 56310222 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.43;QD=48.7366;RBI=0.0323185;REFB=0;REVB=0.0240734;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549935;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr11 56310497 . C T 246.53 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0091779;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.933;QD=22.4121;RBI=0.0251963;REFB=-0.0377353;REVB=-0.0234653;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725604;STB=0.526293;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0133064;OID=.;OPOS=56310497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:20:21:23:23:0.522727:13:10:7:13:13:10:8:13 chr11 56344260 . A G 113.46 PASS AF=0.35;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0102788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0004;QD=11.3462;RBI=0.0259852;REFB=-0.00665379;REVB=-0.0238658;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771953;STB=0.581978;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.017191;OID=.;OPOS=56344260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:13:14:0.35:8:5:8:17:8:6:8:18 chr11 56344993 . C A 718.88 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.414;QD=62.5115;RBI=0.0437431;REFB=0;REVB=0.0428917;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44871e-05;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:23:20:0:0:25:21:0:0 chr11 56380546 . CCAGA C 145.05 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00153312;FXX=0.0399947;HRUN=2;LEN=4;MLLD=243.981;QD=8.05835;RBI=0.0190071;REFB=-0.0130609;REVB=-0.0189452;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124416;STB=0.547424;STBP=0.565;TYPE=del;VARB=0.022897;OID=.;OPOS=56380547;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:26:69:26:72:46:10:16:21:25:99:40:10:16:20:20 chr11 56431216 . C T 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00998645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.048;QD=19.7382;RBI=0.0155574;REFB=-0.0177917;REVB=0.0119291;RO=44;SAF=26;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13823;STB=0.576804;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0188182;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:17:26:20:24:17:26:20:24 chr11 56431834 . A G 252.74 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0469229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.936;QD=22.9765;RBI=0.0477899;REFB=-0.0290341;REVB=-0.0090614;RO=19;SAF=4;SAR=20;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234107;STB=0.652029;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0305207;OID=.;OPOS=56431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:20:4:7:12:20:4:8:12 chr11 56467881 . T C 490.6 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-6.23482e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5308;QD=14.2202;RBI=0.0153502;REFB=-0.00568748;REVB=-0.0153501;RO=82;SAF=33;SAR=22;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948708;STB=0.550277;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00770457;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:82:83:55:55:0.398551:22:33:42:40:22:33:43:40 chr11 56467926 . A G 643.72 PASS AF=0.394595;AO=72;DP=183;FAO=73;FDP=185;FR=.;FRO=112;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=-0.0537898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5526;QD=13.9183;RBI=0.0552768;REFB=-0.00361404;REVB=-0.012735;RO=111;SAF=39;SAR=33;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594759;STB=0.520766;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00641582;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:185:111:112:72:73:0.394595:33:39:54:57:34:39:56:56 chr11 56468020 . TG CA,CG 1074.37 PASS AF=0.285714,0.392857;AO=38,54;DP=140;FAO=40,55;FDP=140;FR=.;FRO=45;FSAF=16,19;FSAR=24,36;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0309285,-0.00914993;FXX=0.0140835;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=142.516,94.9714;QD=30.6962;RBI=0.0350805,0.0121598;REFB=-0.0283319,-0.0437238;REVB=-0.016555,0.00800872;RO=43;SAF=15,18;SAR=23,36;SRF=12;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118671,0.0503527;STB=0.549976,0.517263;STBP=0.443,0.764;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0255686,0.00778057;OID=.,.;OPOS=56468020,56468020;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:140:140:43:45:38,54:40,55:0.285714,0.392857:23,36:15,18:12:31:24,36:16,19:14:31 chr11 56468044 . T G 527.12 PASS AF=0.470588;AO=54;DP=117;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=-0.0328504;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.781;QD=17.7181;RBI=0.0335038;REFB=0.0008791;REVB=-0.00658443;RO=59;SAF=16;SAR=38;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286165;STB=0.51214;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00103886;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:59:63:54:56:0.470588:38:16:19:40:38:18:19:44 chr11 56468047 . AC AT,GT 1556.2 PASS AF=0.490741,0.509259;AO=52,54;DP=109;FAO=53,55;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=16,17;FSAR=37,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269852,0.00509266;FXX=0.0181802;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=114.839,162.632;QD=57.6371;RBI=0.00329841,0.00575284;REFB=0,0;REVB=-0.0018967,-0.00267582;RO=0;SAF=15,16;SAR=37,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.22487e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00254443,0.00834455;OID=.,.;OPOS=56468048,56468047;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:109:108:0:0:52,54:53,55:0.490741,0.509259:37,38:15,16:0:0:37,38:16,17:0:0 chr11 56468111 . C T 144.01 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=-0.00437631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.946;QD=6.94005;RBI=0.0288417;REFB=-0.019995;REVB=-0.0285077;RO=59;SAF=5;SAR=16;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103923;STB=0.550847;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0552118;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:59:62:21:21:0.253012:16:5:18:41:16:5:18:44 chr11 56468155 . T G 225.59 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=0.0375399;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.502;QD=12.8909;RBI=0.0385388;REFB=-0.00866109;REVB=0.00871749;RO=42;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152047;STB=0.572983;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0125988;OID=.;OPOS=56468155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:42:43:27:27:0.385714:18:9:9:33:18:9:10:33 chr11 56468198 . A G 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0256484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0778;QD=12.5476;RBI=0.0487717;REFB=-0.0127043;REVB=-0.041483;RO=42;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449457;STB=0.511474;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0255736;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:44:27:27:0.380282:14:13:22:20:14:13:22:22 chr11 56468200 . C T 222.57 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0338583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5837;QD=12.5391;RBI=0.0402953;REFB=0.000177936;REVB=0.0218478;RO=44;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199792;STB=0.511474;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00101626;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:14:13:22:22:14:13:22:22 chr11 56468202 . G A 222.7 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00125279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.008;QD=12.5465;RBI=0.010948;REFB=-0.0140916;REVB=0.0108761;RO=44;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045458;STB=0.50261;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.01732;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:14:13:21:23:14:13:21:23 chr11 56468212 . G A 227.96 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00327497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.452;QD=11.5424;RBI=0.0152281;REFB=-0.0210863;REVB=0.0148718;RO=51;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00706406;STB=0.504084;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.018658;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:15:13:24:27:15:13:24:27 chr11 56468259 . C T 450.3 PASS AF=0.636364;AO=42;DP=66;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0141912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.031;QD=27.2907;RBI=0.0149017;REFB=-0.0425236;REVB=0.00454648;RO=21;SAF=28;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640684;STB=0.516846;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0140552;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:21:24:42:42:0.636364:14:28:12:9:14:28:15:9 chr11 56468368 . C T 67.29 PASS AF=0.108974;AO=17;DP=159;FAO=17;FDP=156;FR=.;FRO=139;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=82;FSRR=57;FWDB=-0.0163245;FXX=0.0188667;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.026;QD=1.72535;RBI=0.0690934;REFB=-0.00472475;REVB=-0.0671372;RO=138;SAF=7;SAR=10;SRF=81;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211078;STB=0.654719;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0543919;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:159:156:138:139:17:17:0.108974:10:7:81:57:10:7:82:57 chr11 56468403 . G A 67.76 PASS AF=0.105882;AO=18;DP=170;FAO=18;FDP=170;FR=.;FRO=152;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=82;FSRR=70;FWDB=-0.0166241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5961;QD=1.59446;RBI=0.022852;REFB=-0.000459168;REVB=-0.0156797;RO=150;SAF=9;SAR=9;SRF=82;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568284;STB=0.535255;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00452617;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:170:170:150:152:18:18:0.105882:9:9:82:68:9:9:82:70 chr11 56468416 . G A 45.11 PASS AF=0.0853659;AO=14;DP=164;FAO=14;FDP=164;FR=.;FRO=150;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=80;FSRR=70;FWDB=0.0417163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0272;QD=1.10022;RBI=0.041896;REFB=-0.00373246;REVB=-0.00387606;RO=150;SAF=7;SAR=7;SRF=80;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383819;STB=0.530445;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0442119;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:164:164:150:150:14:14:0.0853659:7:7:80:70:7:7:80:70 chr11 56468554 . A C 47.03 PASS AF=0.101695;AO=12;DP=118;FAO=12;FDP=118;FR=.;FRO=106;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0244908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3261;QD=1.59433;RBI=0.0251847;REFB=-0.000552601;REVB=-0.00587102;RO=106;SAF=4;SAR=8;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188762;STB=0.643435;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00370075;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:118:118:106:106:12:12:0.101695:8:4:52:54:8:4:52:54 chr11 56468560 . TA CG 43.82 PASS AF=0.0940171;AO=11;DP=118;FAO=11;FDP=117;FR=.;FRO=106;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=-0.000929173;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.922;QD=1.498;RBI=0.00585288;REFB=-0.00374936;REVB=-0.00577866;RO=102;SAF=3;SAR=8;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239489;STB=0.695286;STBP=0.215;TYPE=mnp;VARB=0.0383225;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:118:117:102:106:11:11:0.0940171:8:3:48:54:8:3:51:55 chr11 56468637 . C T 194.94 PASS AF=0.183246;AO=35;DP=191;FAO=35;FDP=191;FR=.;FRO=156;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=74;FSRR=82;FWDB=-0.020914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0568;QD=4.08258;RBI=0.0669971;REFB=-0.0247739;REVB=-0.0636491;RO=155;SAF=20;SAR=15;SRF=74;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120621;STB=0.579059;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0594126;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:155:156:35:35:0.183246:15:20:74:81:15:20:74:82 chr11 56468646 . C T 195.37 PASS AF=0.183246;AO=35;DP=191;FAO=35;FDP=191;FR=.;FRO=156;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=74;FSRR=82;FWDB=-0.00599684;FXX=0.00520806;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.996;QD=4.09143;RBI=0.0154966;REFB=-0.000489209;REVB=0.0142893;RO=151;SAF=20;SAR=15;SRF=70;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137965;STB=0.579059;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00253716;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:151:156:35:35:0.183246:15:20:70:81:15:20:74:82 chr11 56468694 . C T 112.46 PASS AF=0.157143;AO=22;DP=140;FAO=22;FDP=140;FR=.;FRO=118;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=-0.0193773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7248;QD=3.21307;RBI=0.0325132;REFB=-0.00819085;REVB=-0.026108;RO=117;SAF=14;SAR=8;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200813;STB=0.63624;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0441895;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:117:118:22:22:0.157143:8:14:56:61:8:14:56:62 chr11 56468699 . T A 84.11 PASS AF=0.138462;AO=18;DP=130;FAO=18;FDP=130;FR=.;FRO=112;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.0250355;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6762;QD=2.58802;RBI=0.025308;REFB=-0.00827385;REVB=-0.00370419;RO=110;SAF=11;SAR=7;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206178;STB=0.63268;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0430731;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:130:130:110:112:18:18:0.138462:7:11:49:61:7:11:51:61 chr11 56468704 . T C 87.2 PASS AF=0.146341;AO=18;DP=123;FAO=18;FDP=123;FR=.;FRO=105;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.00818158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1284;QD=2.83583;RBI=0.0083516;REFB=-0.0144707;REVB=0.00167658;RO=105;SAF=12;SAR=6;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284089;STB=0.691281;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0874471;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:123:123:105:105:18:18:0.146341:6:12:46:59:6:12:46:59 chr11 56468720 . T C 79.29 PASS AF=0.151515;AO=14;DP=100;FAO=15;FDP=99;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.0099246;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.168;QD=3.20363;RBI=0.0124038;REFB=-0.0118167;REVB=-0.00744022;RO=85;SAF=7;SAR=7;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110539;STB=0.607861;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.057528;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:100:99:85:84:14:15:0.151515:7:7:35:50:7:8:34:50 chr11 56508525 . A G 137.78 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0394178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9526;QD=19.0045;RBI=0.0680847;REFB=-0.0227442;REVB=0.0555137;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156623;STB=0.588672;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0455443;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:10:4:7:8:10:4 chr11 56510672 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.487;QD=39.2068;RBI=0.0252955;REFB=0;REVB=0.00866695;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331991;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 56756399 . G T 291.01 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0191291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.624;QD=26.4557;RBI=0.0285965;REFB=-0.00603829;REVB=-0.0212564;RO=18;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410526;STB=0.52271;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00187871;OID=.;OPOS=56756399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:13:13:10:8:13:13:10:8 chr11 56756664 . G A,T 541.27 PASS AF=0.891892,0.108108;AO=33,4;DP=37;FAO=33,4;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16,4;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236888,-0.0125381;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.8924,157.206;QD=58.5151;RBI=0.0369652,0.0141306;REFB=0,0;REVB=-0.0283773,-0.00651693;RO=0;SAF=16,4;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.60901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00796363,0.0377766;OID=.,.;OPOS=56756664,56756664;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:37:37:0:0:33,4:33,4:0.891892,0.108108:17,0:16,4:0:0:17,0:16,4:0:0 chr11 56956516 . G A 1175.32 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0756938;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6001;QD=61.0556;RBI=0.0778049;REFB=0;REVB=-0.0180014;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000516799;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr11 57004344 . G T 522.43 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130913;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.383;QD=59.7062;RBI=0.0486441;REFB=0;REVB=0.0468494;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39513e-05;OID=.;OPOS=57004344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:32:35:1:18:14:0:0:21:14:0:0 chr11 57077464 . T C 272.06 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0658652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0286;QD=17.0035;RBI=0.0673739;REFB=0.0225755;REVB=-0.0141781;RO=31;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110584;STB=0.588615;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.026499;OID=.;OPOS=57077464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:34:30:30:0.46875:19:11:15:16:19:11:18:16 chr11 57081197 . G C 62.55 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0147919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9118;QD=4.54915;RBI=0.0180472;REFB=-0.0061544;REVB=-0.0103393;RO=44;SAF=7;SAR=3;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251876;STB=0.660048;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0890773;OID=.;OPOS=57081197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:44:45:10:10:0.181818:3:7:22:22:3:7:23:22 chr11 57137371 . G A 301.5 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00250372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.214;QD=16.7498;RBI=0.0146326;REFB=-0.010803;REVB=-0.0144168;RO=39;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722334;STB=0.540516;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0166665;OID=.;OPOS=57137371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:16:17:23:16:16:17:23:16 chr11 57137424 . C T 350.4 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.12781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7881;QD=17.7417;RBI=0.128368;REFB=-0.0110967;REVB=0.0119459;RO=41;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124505;STB=0.563677;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0137984;OID=.;OPOS=57137424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:42:37:37:0.468354:22:15:22:19:22:15:22:20 chr11 57147016 . A G 990.56 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.737;QD=59.1382;RBI=0.0110828;REFB=0;REVB=-0.00851382;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05318e-06;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:22:45:0:0:22:45:0:0 chr11 57148175 . A G 1295.08 PASS AF=1;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405294;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.758;QD=62.4137;RBI=0.0410505;REFB=0;REVB=-0.00651994;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070556;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:83:0:0:82:83:1:40:42:0:0:40:43:0:0 chr11 57155001 . G A 2736.61 PASS AF=0.983516;AO=176;DP=182;FAO=179;FDP=182;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=106;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0409556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.266;QD=60.1452;RBI=0.0438467;REFB=-0.0464847;REVB=0.015658;RO=1;SAF=71;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665728;STB=0.504409;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.000816495;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:182:182:1:3:176:179:0.983516:105:71:1:0:106:73:2:1 chr11 57155288 . T C 2828.45 PASS AF=1;AO=175;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176483;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.043;QD=62.8544;RBI=0.0474867;REFB=0;REVB=0.0440855;RO=0;SAF=81;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62039e-05;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:175:180:1:94:81:0:0:95:85:0:0 chr11 57157405 . A G 100.46 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0218923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.925;QD=16.0737;RBI=0.0278944;REFB=-0.0364553;REVB=-0.0172866;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177348;STB=0.602479;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0396365;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:5:8:5:7:5:8 chr11 57313469 . C G 1987.51 PASS AF=0.929487;AO=145;DP=156;FAO=145;FDP=156;FR=.;FRO=11;FSAF=59;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00269329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.8272;QD=50.9618;RBI=0.0579356;REFB=-0.141404;REVB=0.057873;RO=7;SAF=59;SAR=86;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110025;STB=0.51654;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0155422;OID=.;OPOS=57313469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:156:156:7:11:145:145:0.929487:86:59:2:5:86:59:2:9 chr11 57353983 . T G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.91604e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.956;QD=53.9105;RBI=0.0233674;REFB=0;REVB=0.0233673;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30653e-05;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr11 57463500 . T C 641.07 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00930927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9271;QD=58.2794;RBI=0.0436103;REFB=0.0169841;REVB=0.0426051;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284198;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00133355;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:44:1:1:41:43:0.977273:16:25:0:1:18:25:0:1 chr11 57468129 . T C 745.66 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066505;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.047;QD=56.2759;RBI=0.0673792;REFB=0;REVB=0.0108189;RO=1;SAF=15;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86559e-05;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:1:0:52:53:1:37:15:1:0:37:16:0:0 chr11 57571232 . C T 791.85 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.59;QD=63.3476;RBI=0.0328149;REFB=0;REVB=-0.0295616;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117657;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:33:17:0:0 chr11 57794197 . C G 820.43 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454277;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.829;QD=57.5737;RBI=0.0233821;REFB=0;REVB=0.0229366;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21276e-05;OID=.;OPOS=57794197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr11 57798723 . A G 446.87 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.646;QD=57.6604;RBI=0.0668072;REFB=0;REVB=0.0602008;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084432;OID=.;OPOS=57798723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr11 57798942 . A G 697.13 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0218987;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.859;QD=54.6771;RBI=0.0264093;REFB=-0.0660069;REVB=-0.0147613;RO=0;SAF=6;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84987e-08;STB=0.505616;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.000101737;OID=.;OPOS=57798942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:51:0:1:50:50:0.980392:44:6:0:0:44:6:0:1 chr11 57948952 . G A 306.15 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.306;QD=53.2434;RBI=0.0579001;REFB=0;REVB=0.0426655;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386767;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr11 57958775 . C T 1080.43 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.6;QD=60.0237;RBI=0.0234207;REFB=0;REVB=0.00843485;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83887e-05;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:36:35:0:0:36:36:0:0 chr11 57958972 . C A 382.45 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0241997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.218;QD=52.7517;RBI=0.0242666;REFB=-0.00382204;REVB=0.00180152;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000939247;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:0:1:15:13:0:1 chr11 57971171 . C T 33.03 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0635486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.121;QD=3.07251;RBI=0.0793449;REFB=-0.0428636;REVB=-0.0475099;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153616;STB=0.612518;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0609087;OID=.;OPOS=57971171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:4:2:17:20:4:2:17:20 chr11 57971195 . G A 689.47 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.525;QD=62.679;RBI=0.0370925;REFB=0;REVB=-0.00136541;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116204;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:22:20:0:0:22:22:0:0 chr11 57971201 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.937;QD=62.6701;RBI=0.0158306;REFB=0;REVB=-0.0156301;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.99117e-05;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr11 57982229 . A G 770.15 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297272;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.584;QD=64.1795;RBI=0.0380659;REFB=0;REVB=0.023776;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260295;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr11 57982584 . T C 898.51 PASS AF=0.891892;AO=66;DP=74;FAO=66;FDP=74;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0193534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1653;QD=48.5678;RBI=0.0238165;REFB=-0.102414;REVB=0.0138805;RO=4;SAF=31;SAR=35;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571532;STB=0.503286;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0053917;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:74:74:4:8:66:66:0.891892:35:31:4:0:35:31:4:4 chr11 57982620 . A G 923.18 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466197;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.99;QD=58.6147;RBI=0.0469774;REFB=0;REVB=0.0057865;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105732;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr11 57982726 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.956;QD=56.1916;RBI=0.0562249;REFB=0;REVB=0.0029264;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266765;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr11 57982763 . A G 104.24 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9628;QD=37.9045;RBI=0.103447;REFB=0;REVB=0.024115;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0067204;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:11:0:0:9:11:1:3:6:0:0:4:7:0:0 chr11 57982832 . T A 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.62;QD=49.5896;RBI=0.0234797;REFB=0;REVB=0.0234047;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889048;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr11 57982896 . G T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.911;QD=56.9373;RBI=0.00959072;REFB=0;REVB=-0.00593569;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66593e-05;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr11 57983194 . A G 428.11 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0961899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.781;QD=57.0807;RBI=0.096223;REFB=0;REVB=-0.00252544;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226569;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr11 57996312 . C G 398.51 PASS AF=0.428571;AO=41;DP=94;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.033871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9067;QD=16.2657;RBI=0.0338793;REFB=-0.0200482;REVB=-0.000748925;RO=52;SAF=13;SAR=28;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075058;STB=0.515144;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0203976;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:52:56:41:42:0.428571:28:13:20:32:28:14:20:36 chr11 58034543 . C T 376.41 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0206728;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.514;QD=20.9115;RBI=0.0208125;REFB=4.52987e-05;REVB=-0.0024068;RO=32;SAF=23;SAR=15;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239714;STB=0.618397;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.000363313;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:32:34:38:38:0.527778:15:23:10:22:15:23:12:22 chr11 58034597 . C G 164.18 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00338855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.837;QD=11.1305;RBI=0.0279184;REFB=-0.0174722;REVB=0.027712;RO=38;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384509;STB=0.522367;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0260739;OID=.;OPOS=58034597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:12:9:15:23:12:9:15:23 chr11 58034651 . C T 166.68 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00785886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.6899;QD=15.8739;RBI=0.0100168;REFB=0.00950607;REVB=-0.00621087;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130319;STB=0.576184;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.0325392;OID=.;OPOS=58034651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:17:18:0.428571:11:6:11:12:12:6:11:13 chr11 58123152 . T C 1120.44 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0225634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.19;QD=58.9706;RBI=0.0342206;REFB=-0.0760265;REVB=0.0257283;RO=1;SAF=24;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193011;STB=0.509801;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00114549;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:50:24:1:0:50:25:1:0 chr11 58125620 . T C 691.34 PASS AF=0.916667;AO=43;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0156176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.711;QD=57.6119;RBI=0.0526316;REFB=0.025795;REVB=0.0502611;RO=2;SAF=28;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323695;STB=0.517234;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00391119;OID=.;OPOS=58125620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:43:44:0.916667:15:28:2:0:16:28:2:0 chr11 58126305 . A T 392.21 PASS AF=0.857143;AO=29;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00923579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.327;QD=44.8241;RBI=0.011407;REFB=-0.0164305;REVB=0.00669481;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.552546;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00239849;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:0:5:29:30:0.857143:17:12:0:0:17:13:4:1 chr11 58207204 . A G 1041.06 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463422;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.12;QD=59.4894;RBI=0.0595577;REFB=0;REVB=0.0374102;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144984;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:27:43:0:0 chr11 58318619 . C G 799.74 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.319;QD=54.2199;RBI=0.0221512;REFB=-0.113745;REVB=0.0221222;RO=2;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349001;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328838;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:2:0:57:59:1:26:31:0:2:28:31:0:0 chr11 58478084 . T C 2204.73 PASS AF=0.95625;AO=149;DP=160;FAO=153;FDP=160;FR=.;FRO=7;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00607861;FXX=0.0123449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2541;QD=55.1183;RBI=0.0527704;REFB=-0.0140678;REVB=0.0524191;RO=7;SAF=63;SAR=86;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000502212;STB=0.500415;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00383581;OID=.;OPOS=58478084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:160:160:7:7:149:153:0.95625:86:63:3:4:86:67:3:4 chr11 58491921 . A T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00862322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.622;QD=16.7274;RBI=0.0338736;REFB=0.005709;REVB=0.0327576;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376286;STB=0.722915;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0103057;OID=.;OPOS=58491921;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:19:16:16:0.457143:11:5:12:4:11:5:14:5 chr11 58602309 . C T 138.01 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0569431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7113;QD=19.0365;RBI=0.130078;REFB=0.0119864;REVB=0.116952;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245508;STB=0.618031;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00909041;OID=.;OPOS=58602309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:6:8:4:10:7:8:4:10 chr11 58892558 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.010114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.367;QD=13.4559;RBI=0.0136101;REFB=-0.0245118;REVB=0.00910725;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206621;STB=0.623511;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0313592;OID=.;OPOS=58892558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:9:2:5:10:9:2:5:10 chr11 58894253 . T C 320.49 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.00833762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7979;QD=12.3267;RBI=0.0262892;REFB=-0.0139038;REVB=0.024932;RO=64;SAF=16;SAR=23;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400577;STB=0.51665;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0214403;OID=.;OPOS=58894253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:65:39:39:0.375:23:16:24:40:23:16:25:40 chr11 58894303 . G T 245.99 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0741684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6004;QD=13.4788;RBI=0.0745944;REFB=0.0109279;REVB=0.00796124;RO=44;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969299;STB=0.555061;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0122387;OID=.;OPOS=58894303;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:18:11:13:31:18:11:13:31 chr11 58919813 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0390193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.668;QD=16.2715;RBI=0.0763035;REFB=-0.00964414;REVB=0.0655723;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316188;STB=0.518194;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00953616;OID=.;OPOS=58919813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:9:9:8:7:9:9 chr11 58940178 . GCCCCCG GCCC,GCCCCG 162.87 PASS AF=0.375,0.541667;AO=7,9;DP=23;FAO=9,13;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=0,8;FSAR=9,5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0150322,-0.0540396;FXX=0.039984;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=162.648,11.4538;QD=27.1452;RBI=0.0639463,0.0600608;REFB=-0.0541633,-0.117439;REVB=0.0621543,0.0262111;RO=3;SAF=0,7;SAR=7,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.771117,0.236511;STB=0.99794,0.516104;STBP=0.077,0.864;TYPE=del,del;VARB=0.0453334,0.0644933;OID=.,.;OPOS=58940182,58940179;OREF=CCG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.375,0.541667:7,9:23:9,13:24:2:0,8:9,5:1:1:62:3:0,7:7,2:1:2 chr11 58978940 . C T 376.73 PASS AF=0.43956;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.019648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1316;QD=16.5597;RBI=0.0254879;REFB=-0.0210546;REVB=-0.0162354;RO=47;SAF=21;SAR=18;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272224;STB=0.544532;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0244648;OID=.;OPOS=58978940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:91:47:51:39:40:0.43956:18:21:24:23:18:22:24:27 chr11 58982071 . C T 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00846044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3383;QD=22.3976;RBI=0.0447717;REFB=-0.00856611;REVB=-0.0439651;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724577;STB=0.540504;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00418311;OID=.;OPOS=58982071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:7:12:12:10:7:12 chr11 59058590 . C G 1253.16 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.525;QD=61.1299;RBI=0.0237645;REFB=0;REVB=0.0220036;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6055e-05;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:38:42:0:0:40:42:0:0 chr11 59132798 . G C 798.42 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4447;QD=57.0301;RBI=0.0448595;REFB=0;REVB=0.030827;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390315;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:52:56:1:33:19:0:0:37:19:0:0 chr11 59132882 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.313;QD=55.6561;RBI=0.0139294;REFB=0;REVB=0.0138889;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50975e-05;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr11 59211188 . G A 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.688;QD=61.3267;RBI=0.0262314;REFB=0;REVB=0.0187613;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234953;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr11 59211265 . T C 175.61 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5638;QD=46.8303;RBI=0.0259273;REFB=0;REVB=-0.011005;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255835;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr11 59224720 . A G 1498.68 PASS AF=0.980952;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0625547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.313;QD=57.0927;RBI=0.0649458;REFB=-0.0990606;REVB=-0.0174605;RO=2;SAF=58;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160782;STB=0.508332;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00102443;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:105:105:2:2:102:103:0.980952:44:58:2:0:44:59:2:0 chr11 59271637 . T C 164.07 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00637692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.406;QD=11.1237;RBI=0.0275622;REFB=-0.0251073;REVB=-0.0268144;RO=37;SAF=6;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31729;STB=0.692882;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0628531;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:38:21:21:0.355932:15:6:21:16:15:6:22:16 chr11 59323951 . G A 1926.28 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0190043;FXX=0.00775134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.218;QD=60.1963;RBI=0.0223961;REFB=-0.14265;REVB=0.0118501;RO=2;SAF=56;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166651;STB=0.508771;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000176406;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:128:128:2:2:126:126:0.984375:70:56:2:0:70:56:2:0 chr11 59480951 . T C 398.76 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353208;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.773;QD=56.9654;RBI=0.0186171;REFB=0;REVB=0.0182789;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028786;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr11 59611362 . G A 197.4 PASS AF=0.418182;AO=21;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0222675;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.833;QD=14.3563;RBI=0.042247;REFB=0.00384202;REVB=0.0359022;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322033;STB=0.660239;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00478396;OID=.;OPOS=59611362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:32:21:23:0.418182:14:7:19:10:15:8:20:12 chr11 59623433 . G A 141.39 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0287852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.576;QD=9.58577;RBI=0.0308628;REFB=0.00269562;REVB=-0.0111322;RO=39;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429645;STB=0.532314;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00629998;OID=.;OPOS=59623433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:39:40:19:19:0.322034:11:8:15:24:11:8:15:25 chr11 59814173 . G A 598.19 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006059;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0792;QD=61.3532;RBI=0.0347925;REFB=0;REVB=0.0342609;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398521;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr11 59863104 . A G 225.71 PASS AF=0.510638;AO=20;DP=42;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0524607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.6452;QD=19.2097;RBI=0.0894922;REFB=-0.0351624;REVB=-0.0725033;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030433;STB=0.557574;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0349188;OID=.;OPOS=59863104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:47:22:23:20:24:0.510638:14:6:6:16:14:10:7:16 chr11 59946302 . C T 148.56 PASS AF=0.625;AO=12;DP=26;FAO=15;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00978686;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.978;QD=24.7592;RBI=0.0159495;REFB=-0.0220066;REVB=-0.0125938;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793731;STB=0.508369;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0120906;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:24:7:9:12:15:0.625:7:5:3:4:7:8:5:4 chr11 59947252 . C T 425.97 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0331458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5687;QD=21.8446;RBI=0.0348396;REFB=-0.00367236;REVB=0.0107311;RO=36;SAF=14;SAR=28;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237992;STB=0.631515;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00403206;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:28:14:22:14:28:14:22:14 chr11 60057525 . T C 236.34 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0334803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1397;QD=17.5065;RBI=0.0347884;REFB=0.00565279;REVB=0.00945024;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641081;STB=0.535996;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00369907;OID=.;OPOS=60057525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:12:14:17:11:12:14:17:11 chr11 60059810 . A G 143.2 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=0.0394374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4559;QD=12.4525;RBI=0.0447377;REFB=0.00550327;REVB=-0.0211223;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409775;STB=0.740424;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.000937464;OID=.;OPOS=60059810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:16:17:0.369565:8:8:4:25:8:9:4:25 chr11 60070176 . A G 197.48 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.031602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5013;QD=18.8079;RBI=0.0334935;REFB=-0.0310215;REVB=-0.0110964;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252761;STB=0.642389;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0375953;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:6:16:9:11:6:16 chr11 60073597 . C T 593.82 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=51;FWDB=-0.0410934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3118;QD=17.5946;RBI=0.0417148;REFB=-0.00806065;REVB=0.00717351;RO=73;SAF=30;SAR=32;SRF=22;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179624;STB=0.599392;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00738408;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:32:30:22:51:32:30:22:51 chr11 60152563 . T A 1553.8 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.276;QD=62.7799;RBI=0.0749393;REFB=-0.105716;REVB=0.0705631;RO=1;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958177;STB=0.505049;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000513462;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:99:1:1:98:98:0.989899:49:49:0:1:49:49:0:1 chr11 60152584 . G A 1559.33 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541914;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3144;QD=59.9744;RBI=0.0542362;REFB=0;REVB=0.00220495;RO=0;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357471;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:57:47:0:0:57:47:0:0 chr11 60157107 . T G 704.57 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0647731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.485;QD=59.9637;RBI=0.0714938;REFB=-0.0785576;REVB=0.0302624;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000688285;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:47:0:1:44:46:0.978723:28:16:0:0:29:17:0:1 chr11 60157166 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=334.511;QD=56.7066;RBI=0.0227205;REFB=0;REVB=0.0224892;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05648e-05;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr11 60165352 . ATT A 1165.79 PASS AF=1;AO=90;DP=101;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377468;FXX=0.0769157;HRUN=2;LEN=2;MLLD=164.687;QD=48.5747;RBI=0.0405121;REFB=0;REVB=-0.0147108;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.06501e-05;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:101:96:96:0:38:58:0:0:21:0:32:58:0:0 chr11 60172087 . C T 389.06 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.099;QD=53.6631;RBI=0.031966;REFB=0;REVB=0.0175337;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137673;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:14:13:0:0:14:15:0:0 chr11 60173360 . A G 356.94 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.381;QD=54.9136;RBI=0.0153366;REFB=0;REVB=-0.00374;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94709e-05;OID=.;OPOS=60173360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:11:11:0:0:12:14:0:0 chr11 60182970 . A T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00125751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.239;QD=24.9294;RBI=0.0225247;REFB=-0.00640106;REVB=-0.0224896;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267126;STB=0.647575;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00641767;OID=.;OPOS=60182970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:11:14:4:15:11:14:4:15 chr11 60184277 . A C 78.56 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0308926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.175;QD=14.9641;RBI=0.0626483;REFB=-0.0247459;REVB=0.0545018;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555438;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0351539;OID=.;OPOS=60184277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:2:8:8:2:2:8:8:3 chr11 60198328 . C T 249.84 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0675282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2318;QD=19.987;RBI=0.0706074;REFB=-0.00232075;REVB=0.0206238;RO=25;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150369;STB=0.598062;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000907377;OID=.;OPOS=60198328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:17:7:11:14:17:7:12:14 chr11 60230531 . C T 187.5 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0139374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6067;QD=13.636;RBI=0.0220837;REFB=-0.0680795;REVB=0.01713;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079195;STB=0.556211;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0899244;OID=.;OPOS=60230531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:32:22:23:0.418182:12:10:17:15:13:10:17:15 chr11 60264947 . C T 705.3 PASS AF=0.979592;AO=45;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0374353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0139;QD=57.5756;RBI=0.106877;REFB=-0.0532841;REVB=0.100106;RO=3;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065425;STB=0.511106;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00255385;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:3:1:45:48:0.979592:20:25:0:3:22:26:0:1 chr11 60265002 . C T 107.43 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.000122677;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.109;QD=9.54969;RBI=0.0394169;REFB=-0.000348478;REVB=-0.0394167;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593855;STB=0.505147;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.000544119;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:45:30:32:13:13:0.288889:6:7:16:14:6:7:17:15 chr11 60285575 . A G,T 1458.94 PASS AF=0.978495,0.0215054;AO=89,4;DP=93;FAO=91,2;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=58,2;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017822,0.00721483;FXX=0.0106372;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.866,126.942;QD=62.7499;RBI=0.040978,0.0318994;REFB=0,0;REVB=0.0368995,0.0310728;RO=0;SAF=56,4;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000396321,0.0148541;OID=.,.;OPOS=60285575,60285575;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:93:93:0:0:89,4:91,2:0.978495,0.0215054:33,0:56,4:0:0:33,0:58,2:0:0 chr11 60291413 . C T 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0140998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.114;QD=17.5589;RBI=0.0158614;REFB=-0.0163976;REVB=-0.00726487;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750124;STB=0.542809;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0152442;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:11:10:10:8:11:10 chr11 60496978 . G A 195.79 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00367357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.658;QD=17.7988;RBI=0.0457228;REFB=-0.0140846;REVB=-0.045575;RO=22;SAF=17;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511144;STB=0.796546;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0132931;OID=.;OPOS=60496978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:24:20:20:0.454545:3:17:8:14:3:17:9:15 chr11 60506469 . C T 154.42 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00098382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0814;QD=16.2543;RBI=0.026002;REFB=-0.0156783;REVB=-0.0259834;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367177;STB=0.715739;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0256439;OID=.;OPOS=60506469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:6:10:5:16:6:11:5:16 chr11 60559805 . A G 789.95 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456208;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.801;QD=56.4248;RBI=0.0621983;REFB=0;REVB=0.0422774;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717152;OID=.;OPOS=60559805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:53:56:1:36:17:0:0:38:18:0:0 chr11 60610039 . G A 130.87 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0061551;FXX=0.0249938;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.409;QD=13.422;RBI=0.0138741;REFB=-0.00715297;REVB=-0.012434;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22441;STB=0.62906;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00819315;OID=.;OPOS=60610039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:5:19:9:6:5:19 chr11 60610065 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.979;QD=58.5873;RBI=0.0392574;REFB=0;REVB=-0.00452031;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108728;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr11 60620585 . A G 478.44 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.685;QD=56.2877;RBI=0.0470509;REFB=0;REVB=0.0466672;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179301;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:34:0:0:32:34:1:9:23:0:0:10:24:0:0 chr11 60620590 . C G 669.58 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3968;QD=62.2866;RBI=0.0107807;REFB=0;REVB=-0.0068216;RO=0;SAF=33;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222104;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:10:33:0:0:10:33:0:0 chr11 60635091 . T C 330.48 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.016718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.119;QD=50.8429;RBI=0.0182237;REFB=-0.141968;REVB=0.00725321;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00252815;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:24:25:0.961538:12:12:1:0:13:12:1:0 chr11 60638461 . C T 1125.98 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00735444;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.282;QD=57.7424;RBI=0.00935638;REFB=-0.0706392;REVB=-0.00578396;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511625;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00173944;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:78:0:2:75:76:0.974359:42:33:0:0:42:34:0:2 chr11 60638470 . A G 1043.27 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.577;QD=59.6156;RBI=0.0240759;REFB=0;REVB=-0.014917;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72693e-06;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr11 60689445 . T C 1051.14 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.746;QD=58.3967;RBI=0.135352;REFB=0;REVB=0.000463937;RO=0;SAF=4;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116062;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:62:72:0:0:62:72:1:58:4:0:0:58:14:0:0 chr11 60695301 . C A 1546.4 PASS AF=0.972477;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0445771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.88;QD=56.7487;RBI=0.0539897;REFB=-0.103065;REVB=0.0304594;RO=1;SAF=41;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114343;STB=0.508088;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000937617;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:109:1:3:106:106:0.972477:65:41:1:0:65:41:2:1 chr11 60703777 . G A 347.97 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0749009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8375;QD=51.5513;RBI=0.0800387;REFB=-0.0904955;REVB=0.0282143;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00355243;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:13:12:1:0:13:13:1:0 chr11 60705454 . A G 712.35 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064206;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1841;QD=53.7623;RBI=0.0647386;REFB=0;REVB=0.00828719;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00458672;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:48:53:1:31:17:0:0:31:22:0:0 chr11 60776103 . T C 77.08 PASS AF=0.384615;AO=11;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0504559;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8854;QD=11.8585;RBI=0.0606421;REFB=0.00574796;REVB=-0.0336403;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206119;STB=0.671317;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0248266;OID=.;OPOS=60776103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:26:15:16:11:10:0.384615:5:6:5:10:4:6:5:11 chr11 60776209 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00073452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.132;QD=8.30756;RBI=0.0273047;REFB=-0.00809946;REVB=-0.0272948;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167269;STB=0.583146;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0335468;OID=.;OPOS=60776209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:26:17:18:7:8:0.307692:5:2:3:14:6:2:3:15 chr11 60776306 . CG TC,TG 145.63 PASS AF=0.461538,0.538462;AO=6,7;DP=14;FAO=6,7;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1;FSAR=4,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0943931,0.0793623;FXX=0.0713776;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=100.498,102.383;QD=44.8083;RBI=0.0945036,0.0795902;REFB=0,0;REVB=0.0045691,-0.00601876;RO=0;SAF=2,1;SAR=4,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0233999,0.0185487;OID=.,.;OPOS=60776306,60776306;OREF=CG,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:14:13:0:0:6,7:6,7:0.461538,0.538462:4,6:2,1:0:0:4,6:2,1:0:0 chr11 60785352 . A G 612.77 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.664;QD=61.2774;RBI=0.0134416;REFB=0;REVB=0.0124668;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13071e-05;OID=.;OPOS=60785352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:24:16:0:0 chr11 60785464 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0354072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.184;QD=15.1969;RBI=0.0380159;REFB=-0.0130766;REVB=-0.0138397;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132436;STB=0.58662;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.022137;OID=.;OPOS=60785464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:18:14:14:0.4375:9:5:4:13:9:5:4:14 chr11 60892606 . A G 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5196;QD=59.4292;RBI=0.0915844;REFB=0;REVB=0.0615287;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018672;OID=.;OPOS=60892606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr11 60893235 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.547;QD=56.1916;RBI=0.0257757;REFB=0;REVB=0.00851656;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38924e-05;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr11 60899767 . A G 501.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5497;QD=59.0047;RBI=0.0765731;REFB=0;REVB=-0.0595862;RO=0;SAF=29;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00189735;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:5:29:0:0:5:29:0:0 chr11 61062431 . TC T 34.66 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.109681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.3187;QD=9.24205;RBI=0.167226;REFB=-0.0342858;REVB=0.126233;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.480159;SSSB=-0.33738;STB=0.713469;STBP=0.251;TYPE=del;VARB=0.0435364;OID=.;OPOS=61062432;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:6:15:6:15:9:1:5:4:5:34:9:1:5:4:5 chr11 61106544 . T C 537.08 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.017706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.544;QD=21.4832;RBI=0.0474038;REFB=0.00193949;REVB=0.0439729;RO=49;SAF=16;SAR=35;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221301;STB=0.622623;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0016;OID=.;OPOS=61106544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:35:16:27:22:35:16:27:22 chr11 61106892 . G C 937.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9528;QD=58.568;RBI=0.0812946;REFB=0;REVB=-0.0373905;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265869;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:37:26:0:0:38:26:0:0 chr11 61108974 . G A 357.21 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.271;QD=54.9557;RBI=0.078639;REFB=0;REVB=0.0621942;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170987;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr11 61112802 . C T 744.14 PASS AF=0.981818;AO=51;DP=52;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0577091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3111;QD=54.119;RBI=0.0749556;REFB=-0.00530538;REVB=0.0478331;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171217;STB=0.508769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.001543;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:55:1:1:51:54:0.981818:24:27:1:0:26:28:1:0 chr11 61165280 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6421;QD=57.5446;RBI=0.0208688;REFB=0;REVB=0.00614756;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108334;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr11 61165731 . C CA 195.37 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328168;FXX=0.0587889;HRUN=0;LEN=1;MLLD=314.288;QD=48.8434;RBI=0.0474326;REFB=0;REVB=0.0342478;RO=3;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000406305;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:19:16:16:0:7:9:0:0:4:3:7:9:2:1 chr11 61165741 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.01;QD=45.8068;RBI=0.035834;REFB=0;REVB=-0.0130074;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106102;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr11 61166306 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.283;QD=50.4133;RBI=0.0108195;REFB=0;REVB=-0.00348495;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33976e-05;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr11 61179285 . G A 1513.33 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.901;QD=59.9337;RBI=0.0062488;REFB=0;REVB=-0.00252171;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29937e-06;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:43:57:0:0:44:57:0:0 chr11 61204361 . A C 1036.71 PASS AF=0.936709;AO=71;DP=76;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00460895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1157;QD=52.4916;RBI=0.0540772;REFB=-0.0377673;REVB=0.0538804;RO=5;SAF=40;SAR=31;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462283;STB=0.503789;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0122866;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:76:79:5:5:71:74:0.936709:31:40:3:2:34:40:3:2 chr11 61249383 . C A 803.89 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02958;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8489;QD=57.4209;RBI=0.0523971;REFB=0;REVB=0.0432491;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304056;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr11 61277031 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.936;QD=46.8454;RBI=0.0523948;REFB=0;REVB=0.0168182;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100886;OID=.;OPOS=61277031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 61277698 . AC CG,GC 598.23 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,36;DP=40;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027486,0.0317917;FXX=0.0476077;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=118.535,141.778;QD=59.8231;RBI=0.0468283,0.0609752;REFB=0,0;REVB=0.0379132,0.0520314;RO=0;SAF=2,21;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0241914,0.0060576;OID=.,.;OPOS=61277698,61277698;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:2,36:2,38:0.05,0.95:0,15:2,21:0:0:0,15:2,23:0:0 chr11 61277775 . A G 1014.23 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0049593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.038;QD=58.7958;RBI=0.00976017;REFB=0;REVB=-0.00840633;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.66911e-06;OID=.;OPOS=61277775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:37:30:0:0:38:31:0:0 chr11 61277885 . G A 1171.46 PASS AF=0.923077;AO=81;DP=92;FAO=84;FDP=91;FR=.;FRO=7;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0186167;FXX=0.0108684;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.848;QD=51.493;RBI=0.0293947;REFB=-0.0403776;REVB=0.0227479;RO=6;SAF=54;SAR=27;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047984;STB=0.53225;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=2.58882e-05;OID=.;OPOS=61277885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:92:91:6:7:81:84:0.923077:27:54:2:4:28:56:2:5 chr11 61278246 . T C,G 545.68 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=35,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220249,-0.0067737;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.7085,108.796;QD=58.9923;RBI=0.0180361,0.00860558;REFB=0,0;REVB=-0.0179011,-0.00530783;RO=0;SAF=22,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.39865e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00772127,0.0568778;OID=.,.;OPOS=61278246,61278246;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:35,2:35,2:0.945946,0.0540541:13,0:22,2:0:0:13,0:22,2:0:0 chr11 61505168 . G A 604.0 PASS AF=0.6;AO=54;DP=90;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.00115655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.582;QD=26.8446;RBI=0.0237351;REFB=-0.031897;REVB=0.0237069;RO=36;SAF=26;SAR=28;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192707;STB=0.604614;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0169189;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:36:36:54:54:0.6:28:26:8:28:28:26:8:28 chr11 61511133 . G A 362.31 PASS AF=0.625;AO=33;DP=55;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0427007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.879;QD=25.8789;RBI=0.0530523;REFB=-0.0329186;REVB=0.0314832;RO=22;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220777;STB=0.503573;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0216069;OID=.;OPOS=61511133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:22:21:33:35:0.625:16:17:12:10:17:18:11:10 chr11 61513952 . G A 844.63 PASS AF=0.512048;AO=85;DP=166;FAO=85;FDP=166;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=18;FSRR=63;FWDB=0.0248056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.398;QD=20.3525;RBI=0.0318807;REFB=-0.0119952;REVB=-0.0200265;RO=80;SAF=39;SAR=46;SRF=18;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21329;STB=0.618481;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0153788;OID=.;OPOS=61513952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:80:81:85:85:0.512048:46:39:18:62:46:39:18:63 chr11 61524974 . G A 270.05 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00827242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.822;QD=16.3664;RBI=0.0315055;REFB=-0.00818731;REVB=-0.0304;RO=35;SAF=20;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697352;STB=0.533311;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0073293;OID=.;OPOS=61524974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:10:20:21:14:10:20:22:14 chr11 61534871 . TA CC,CT,TC 756.03 PASS AF=0.0185185,0,0.981481;AO=2,2,50;DP=55;FAO=1,0,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,29;FSAR=0,0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618561,-0.0276069,-0.0154246;FXX=0.0181785;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=140.842,59.1569,95.2014;QD=56.002;RBI=0.0117038,0.0414159,0.0340277;REFB=0,0,0;REVB=-0.00993564,0.0308729,0.0303309;RO=0;SAF=2,2,26;SAR=0,0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.10374e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0737741,0,-0.00146596;OID=.,.,.;OPOS=61534871,61534871,61534872;OREF=TA,TA,A;OALT=CC,CT,C;OMAPALT=CC,CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:5:55:54:0:0:2,2,50:1,0,53:0.0185185,0,0.981481:0,0,24:2,2,26:0:0:0,0,24:1,0,29:0:0 chr11 61551356 . T C 168.71 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00878096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.74;QD=16.0674;RBI=0.0167632;REFB=-0.0251129;REVB=0.0142794;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351017;STB=0.520112;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0242989;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:13:5:6:18:13:5:6:18 chr11 61578346 . GGCC GC,GGC,GGCT 258.62 PASS AF=0.0533333,0.666667,0.04;AO=19,16,6;DP=85;FAO=4,50,3;FDP=75;FR=.;FRO=18;FSAF=2,25,0;FSAR=2,25,3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0928966,-0.00613125,-0.0152905;FXX=0.0740649;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=10.719,8.16012,143.539;QD=13.7932;RBI=0.126762,0.0410601,0.0453831;REFB=-0.0769567,-0.178876,-0.00736769;REVB=-0.0862485,-0.0405998,-0.0427296;RO=24;SAF=11,11,0;SAR=8,5,6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0.366667,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0894443,0.0247079,-0.749995;STB=0.68103,0.5588,0.997465;STBP=0.485,0.135,0.016;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0840455,0.0551129,0.113073;OID=.,.,.;OPOS=61578347,61578348,61578349;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GC,GGC,GGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0533333,0.666667,0.04:19,16,6:85:4,50,3:75:18:2,25,0:2,25,3:13:5:42:24:11,11,0:8,5,6:16:8 chr11 61582708 . T C 64.29 PASS AF=0.310345;AO=10;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0328371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1685;QD=8.86815;RBI=0.0722691;REFB=-0.028702;REVB=-0.0643781;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2505;STB=0.618777;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0489374;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:29:17:20:10:9:0.310345:3:7:8:9:3:6:10:10 chr11 61593816 . C T 364.29 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0250198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.817;QD=21.1183;RBI=0.0335887;REFB=-0.0373478;REVB=0.0224101;RO=30;SAF=19;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379854;STB=0.506266;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0253475;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:32:37:37:0.536232:18:19:14:16:18:19:16:16 chr11 61669946 . G A 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.0182833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.553;QD=13.7244;RBI=0.0194349;REFB=-0.0120483;REVB=0.00659062;RO=45;SAF=14;SAR=16;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278648;STB=0.657246;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0178476;OID=.;OPOS=61669946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:16:14:33:12:16:14:33:12 chr11 61672235 . T C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.043025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8647;QD=12.2125;RBI=0.0850219;REFB=-0.0111345;REVB=-0.0733319;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346153;STB=0.704037;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00896731;OID=.;OPOS=61672235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:8:14:4:9:8:14 chr11 61672265 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.000642253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.084;QD=11.1978;RBI=0.0117508;REFB=-0.00191372;REVB=0.0117332;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456963;STB=0.77099;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00234272;OID=.;OPOS=61672265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:3:9:7:15:3:9:7:15 chr11 61719387 . T C 420.31 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0107319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0624;QD=49.4476;RBI=0.0513217;REFB=-0.0776123;REVB=-0.050187;RO=3;SAF=14;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090009;STB=0.548356;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0327039;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:17:14:3:0:17:14:3:0 chr11 61722645 . C A 180.28 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0108177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162;QD=24.0371;RBI=0.0883359;REFB=-0.000810673;REVB=0.087671;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060464;STB=0.545405;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00107767;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:12:12:17:18:0.6:7:10:8:4:8:10:8:4 chr11 61730234 . T C 137.62 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00723624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.527;QD=39.3196;RBI=0.0479967;REFB=-0.15374;REVB=0.047448;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00658811;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:1:0:6:7:1:0 chr11 61897939 . A AC 31.1 PASS AF=0.131579;AO=26;DP=119;FAO=15;FDP=114;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0473309;FXX=0.0420133;HRUN=0;LEN=1;MLLD=74.1577;QD=1.09124;RBI=0.0501391;REFB=-0.00408341;REVB=-0.0165445;RO=92;SAF=14;SAR=12;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757747;STB=0.582928;STBP=0.527;TYPE=ins;VARB=0.140779;OID=.;OPOS=61897940;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.131579:26:119:15:114:99:6:9:49:50:31:92:14:12:44:48 chr11 61906374 . T C 96.23 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0130938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.293;QD=13.2726;RBI=0.0323104;REFB=-0.000832132;REVB=0.0295383;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358412;STB=0.681519;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00274514;OID=.;OPOS=61906374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:29:16:17:11:12:0.413793:3:8:6:10:4:8:6:11 chr11 62010863 . C T 1728.2 PASS AF=0.983051;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0135801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.953;QD=58.5829;RBI=0.013913;REFB=-0.0816001;REVB=0.00302516;RO=2;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150706;STB=0.507935;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=5.21893e-05;OID=.;OPOS=62010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:115:116:0.983051:62:53:0:2:62:54:0:2 chr11 62236219 . T C 78.62 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0296093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.335;QD=14.9752;RBI=0.0315442;REFB=-0.0196291;REVB=-0.0108779;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539815;STB=0.814204;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0179733;OID=.;OPOS=62236219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:9:2:8:2:9:2 chr11 62292882 . G T 1017.96 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2601;QD=59.0121;RBI=0.0368196;REFB=0;REVB=-0.0114678;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990348;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:34:35:0:0 chr11 62293822 . C T 917.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.376;QD=58.2465;RBI=0.0489156;REFB=0;REVB=0.0414501;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101718;OID=.;OPOS=62293822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:21:40:0:0:22:41:0:0 chr11 62381106 . G C 81.97 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0408024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3532;QD=32.789;RBI=0.154643;REFB=-0.113844;REVB=0.149163;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533262;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0262674;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:2:7:0:0:2:7:1:0 chr11 62383715 . G C 78.63 PASS AF=1;AO=4;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669155;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8283;QD=39.3161;RBI=0.0713386;REFB=0;REVB=-0.0247289;RO=0;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213817;OID=.;OPOS=62383715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:4:8:1:1:3:0:0:3:5:0:0 chr11 62383716 . A C 30.31 PASS AF=0.5;AO=4;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0798592;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=55.3193;QD=12.1231;RBI=0.0802042;REFB=-0.0251077;REVB=-0.00743072;RO=5;SAF=2;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0702136;OID=.;OPOS=62383716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:9:10:5:5:4:5:0.5:2:2:3:2:2:3:3:2 chr11 62430659 . T A,C 672.64 PASS AF=0.931818,0.0681818;AO=40,3;DP=43;FAO=41,3;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1;FSAR=7,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231291,0.0168527;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=240.228,202.739;QD=61.1494;RBI=0.054679,0.0432922;REFB=0,0;REVB=0.0495463,0.0398773;RO=0;SAF=33,1;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.48559e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000705182,0.0801433;OID=.,.;OPOS=62430659,62430659;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:43:44:0:0:40,3:41,3:0.931818,0.0681818:7,2:33,1:0:0:7,2:34,1:0:0 chr11 62437335 . A G 249.33 PASS AF=0.467742;AO=25;DP=58;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00293427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2018;QD=16.0857;RBI=0.101529;REFB=-0.00746993;REVB=0.101486;RO=32;SAF=6;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259584;STB=0.662428;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0138122;OID=.;OPOS=62437335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:32:33:25:29:0.467742:19:6:15:17:23:6:15:18 chr11 62439569 . G A 1362.18 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00988671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.27;QD=61.2214;RBI=0.0603075;REFB=-0.073696;REVB=0.0594916;RO=1;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957343;STB=0.505049;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00115885;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:49:39:0:1:49:39:0:1 chr11 62457864 . T TC 50.76 PASS AF=0.244444;AO=7;DP=44;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0926389;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.8412;QD=4.51199;RBI=0.0929475;REFB=-0.0215263;REVB=-0.00756831;RO=36;SAF=7;SAR=0;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.713456;STB=0.9046;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.162546;OID=.;OPOS=62457865;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244444:7:44:11:45:34:10:1:13:21:50:36:7:0:15:21 chr11 62473014 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0200122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.205;QD=12.7819;RBI=0.0277495;REFB=-0.0209206;REVB=0.0192236;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465938;STB=0.786787;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0705107;OID=.;OPOS=62473014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:11:14:10:10:0.416667:9:1:5:6:9:1:6:8 chr11 62495890 . A T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0161401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.498;QD=10.3903;RBI=0.036442;REFB=-0.0135455;REVB=0.0326729;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090156;STB=0.555391;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0328101;OID=.;OPOS=62495890;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:7:4:2:5:7:4 chr11 62563353 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.997;QD=54.517;RBI=0.0072694;REFB=0;REVB=0.00277991;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62338e-05;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr11 62564009 . T C 86.89 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0948717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.926;QD=12.8731;RBI=0.0948908;REFB=0.01511;REVB=0.0019025;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37532;STB=0.725348;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.012668;OID=.;OPOS=62564009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:9:2:8:8:9:2:8:8 chr11 62609112 . A G 403.44 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0117929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.257;QD=16.9872;RBI=0.0133457;REFB=-0.0223933;REVB=0.00624788;RO=53;SAF=19;SAR=23;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112725;STB=0.563188;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0246719;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:23:19:30:23:23:19:30:23 chr11 62609171 . TATT CTGC 1725.11 PASS AF=0.739583;AO=131;DP=201;FAO=142;FDP=192;FR=.;FRO=50;FSAF=46;FSAR=96;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00210071;FXX=0.0541845;HRUN=1;LEN=4;MLLD=195.689;QD=35.9398;RBI=0.0330683;REFB=-0.0252684;REVB=0.0330015;RO=47;SAF=45;SAR=86;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055517;STB=0.544917;STBP=0.049;TYPE=mnp;VARB=0.00893756;OID=.;OPOS=62609171;OREF=TATT;OALT=CTGC;OMAPALT=CTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:192:47:50:131:142:0.739583:86:45:21:26:96:46:24:26 chr11 62766431 . A T 110.5 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00833146;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.254;QD=13.3937;RBI=0.0418663;REFB=-0.0266226;REVB=-0.041029;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498891;STB=0.529366;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0466325;OID=.;OPOS=62766431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:20:20:13:13:0.393939:4:9:13:7:4:9:13:7 chr11 62847453 . T C 648.03 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4557;QD=60.2818;RBI=0.0876759;REFB=0;REVB=0.0182824;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172384;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:0:0:42:43:1:25:17:0:0:25:18:0:0 chr11 62848487 . A C 593.81 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.866;QD=60.9033;RBI=0.0342806;REFB=0;REVB=0.0252434;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120504;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr11 62886319 . G C 243.34 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00748983;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1001;QD=51.2283;RBI=0.0328189;REFB=0;REVB=0.0319528;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559535;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr11 62902172 . A C 517.74 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00299871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3772;QD=54.4985;RBI=0.0050217;REFB=-0.0304617;REVB=0.00402806;RO=2;SAF=27;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321959;STB=0.517232;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000627478;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:9:27:1:1:9:27:1:1 chr11 62910849 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.69;QD=58.4197;RBI=0.0342671;REFB=0;REVB=0.0323779;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72183e-05;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr11 62911079 . G C 902.6 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.465;QD=58.2319;RBI=0.0550448;REFB=0;REVB=0.0179874;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345669;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr11 63057925 . G A 560.76 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224365;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.793;QD=60.6232;RBI=0.0306955;REFB=0;REVB=0.0209479;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22966e-05;OID=.;OPOS=63057925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr11 63064823 . T C 1306.24 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0729792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3717;QD=58.7075;RBI=0.086442;REFB=-0.251844;REVB=0.0463277;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51351;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00740419;OID=.;OPOS=63064823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:89:0:2:86:87:0.977528:51:35:0:0:51:36:2:0 chr11 63072310 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.594;QD=58.0607;RBI=0.0331215;REFB=0;REVB=-0.0301723;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105049;OID=.;OPOS=63072310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr11 63129876 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.163;QD=56.7062;RBI=0.0303979;REFB=0;REVB=-0.0110991;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21752e-05;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr11 63258416 . T C 969.0 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.377;QD=58.7276;RBI=0.00563869;REFB=0;REVB=0.00518839;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48302e-05;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:23:42:0:0:24:42:0:0 chr11 63313644 . T C 1082.7 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769782;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0294;QD=60.1501;RBI=0.0611356;REFB=0;REVB=0.0606491;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66126e-06;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr11 63413962 . AAAAT A 584.0 PASS AF=0.944444;AO=43;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0351148;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=4;MLLD=240.689;QD=43.2591;RBI=0.0351991;REFB=-0.0255074;REVB=0.0024356;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.617;TYPE=del;VARB=0.00113805;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:43:54:51:54:3:25:26:2:1:4:0:19:24:0:0 chr11 63487386 . T C 464.0 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0281824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.575;QD=53.0286;RBI=0.0371978;REFB=-0.136109;REVB=0.0242782;RO=2;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156293;STB=0.508375;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00114781;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:35:35:2:2:33:33:0.942857:21:12:1:1:21:12:1:1 chr11 63585804 . C A 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.14651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.752;QD=44.0918;RBI=0.150481;REFB=0.0136508;REVB=0.034343;RO=1;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1013;STB=0.555487;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000497348;OID=.;OPOS=63585804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:13:4:1:0:13:4:1:0 chr11 63661820 . C T 615.49 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.093;QD=60.0473;RBI=0.0452444;REFB=0;REVB=0.00650915;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26626e-05;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:18:20:0:0:18:23:0:0 chr11 63681513 . T C 651.03 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1649;QD=62.003;RBI=0.0554242;REFB=0;REVB=0.0261387;RO=0;SAF=37;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43317e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000370912;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:5:37:0:0:5:37:0:0 chr11 63766431 . G C 52.94 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0306117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9319;QD=21.1762;RBI=0.0555361;REFB=0.0169689;REVB=-0.0463377;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202067;STB=0.615098;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0107103;OID=.;OPOS=63766431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:3:0:2:5:3:0 chr11 63884453 . C T 1673.41 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5243;QD=59.2359;RBI=0.0520315;REFB=-0.0692025;REVB=0.0390774;RO=1;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784736;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016688;OID=.;OPOS=63884453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:113:113:1:0:111:113:1:60:51:0:1:62:51:0:0 chr11 63884474 . C T 1522.8 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0819255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5619;QD=58.5693;RBI=0.087897;REFB=0.123039;REVB=0.0318448;RO=1;SAF=49;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958459;STB=0.50495;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000569773;OID=.;OPOS=63884474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:1:1:102:103:0.990385:53:49:1:0:53:50:1:0 chr11 63885632 . A G 388.81 PASS AF=0.935484;AO=30;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0927184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6009;QD=50.1685;RBI=0.104038;REFB=-0.0485496;REVB=0.0471923;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.529392;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0161613;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:0:2:30:29:0.935484:17:13:0:0:16:13:0:2 chr11 63988045 . G A 685.53 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00823519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.234;QD=50.7803;RBI=0.0420771;REFB=0.0127958;REVB=0.0412634;RO=3;SAF=30;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273314;STB=0.514536;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-4.70756e-05;OID=.;OPOS=63988045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:21:30:1:2:21:30:1:2 chr11 63994692 . T C 1044.2 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.162;QD=59.6685;RBI=0.0756771;REFB=0;REVB=0.00722055;RO=0;SAF=19;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.45441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04682e-05;OID=.;OPOS=63994692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:50:19:0:0:50:20:0:0 chr11 63994696 . T C 651.54 PASS AF=0.815385;AO=54;DP=64;FAO=53;FDP=65;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=46;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0011052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5925;QD=40.095;RBI=0.0390132;REFB=-0.00497415;REVB=-0.0389975;RO=10;SAF=8;SAR=46;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356019;STB=0.730665;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0249896;OID=.;OPOS=63994696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:64:65:10:12:54:53:0.815385:46:8:10:0:46:7:12:0 chr11 63997329 . A G 1375.28 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5772;QD=62.5127;RBI=0.0337198;REFB=0;REVB=-0.0336762;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.92236e-05;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:43:44:0:0:43:45:0:0 chr11 63997338 . T C 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.117;QD=63.3368;RBI=0.074789;REFB=0;REVB=0.0736369;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114007;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr11 64004643 . C G 179.98 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091388;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.897;QD=47.9943;RBI=0.106741;REFB=0;REVB=0.0551537;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186044;OID=.;OPOS=64004643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr11 64011441 . T C 477.52 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126323;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.085;QD=57.8816;RBI=0.12654;REFB=0;REVB=0.00739937;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000894037;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:17:16:0:0 chr11 64011556 . A G 46.78 PASS AF=0.75;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0.110988;HRUN=10;LEN=1;MLLD=215.051;QD=23.3911;RBI=0.0418604;REFB=0.0165598;REVB=-0.0418604;RO=2;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00155195;OID=.;OPOS=64011556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:9:8:2:2:6:6:0.75:6:0:0:2:6:0:0:2 chr11 64012225 . G C 292.61 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.403;QD=50.8888;RBI=0.131506;REFB=0;REVB=0.121077;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162177;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:1:0:20:23:1:11:9:0:1:13:10:0:0 chr11 64022459 . A G 1226.92 PASS AF=1;AO=57;DP=73;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.106;QD=61.3458;RBI=0.0459492;REFB=0;REVB=0.043426;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138363;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:73:80:0:0:57:80:1:32:25:0:0:43:37:0:0 chr11 64034911 . G A 110.73 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0170914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.227;QD=26.0542;RBI=0.0256448;REFB=-0.0560357;REVB=0.0191192;RO=4;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776539;STB=0.566903;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00334927;OID=.;OPOS=64034911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:4:5:12:12:0.705882:7:5:1:3:7:5:1:4 chr11 64083221 . G C 51.71 PASS AF=0.152542;AO=7;DP=57;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0274231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.063;QD=3.50586;RBI=0.0984812;REFB=-0.00328561;REVB=0.094586;RO=50;SAF=3;SAR=4;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131137;STB=0.673773;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0138522;OID=.;OPOS=64083221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:57:59:50:50:7:9:0.152542:4:3:27:23:6:3:27:23 chr11 64083252 . T C 63.89 PASS AF=0.238095;AO=9;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0438073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.742;QD=6.08516;RBI=0.0456868;REFB=-0.00451176;REVB=0.0129694;RO=32;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253312;STB=0.69015;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.033603;OID=.;OPOS=64083252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:42:42:32:32:9:10:0.238095:5:4:8:24:5:5:8:24 chr11 64083269 . G A 83.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0489546;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8182;QD=9.00776;RBI=0.0495321;REFB=-0.00380942;REVB=-0.00754174;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258749;STB=0.663008;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0298138;OID=.;OPOS=64083269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:37:25:26:11:11:0.297297:6:5:6:19:6:5:6:20 chr11 64083276 . A T 94.8 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0449565;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7879;QD=9.97886;RBI=0.0472006;REFB=-0.00354237;REVB=-0.0143809;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112953;STB=0.550377;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.02829;OID=.;OPOS=64083276;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:38:22:26:12:12:0.315789:7:5:7:15:7:5:9:17 chr11 64083290 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0297425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.407;QD=12.329;RBI=0.0302149;REFB=0.000155071;REVB=0.00532206;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229905;STB=0.636116;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000686605;OID=.;OPOS=64083290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:10:7:7:4:10:7 chr11 64083293 . G T 87.43 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0116121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.392;QD=13.4508;RBI=0.0747274;REFB=-0.00381975;REVB=0.0738197;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291961;STB=0.67093;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0260925;OID=.;OPOS=64083293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:10:5:7:4:10:5 chr11 64083295 . CGGG C 72.04 PASS AF=0.44;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0187812;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=178.167;QD=11.5265;RBI=0.0289534;REFB=-0.0436711;REVB=0.0220356;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0.426471;SSEP=0;SSSB=-0.396837;STB=0.689811;STBP=0.111;TYPE=del;VARB=0.0304985;OID=.;OPOS=64083296;OREF=GGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:10:25:11:25:14:4:7:10:4:72:14:3:7:10:4 chr11 64083300 . G A 86.99 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00845953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.118;QD=12.8879;RBI=0.0154949;REFB=-0.027513;REVB=-0.0129819;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317216;STB=0.68595;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0231293;OID=.;OPOS=64083300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:11:5:7:4:11:5 chr11 64083318 . G A 75.56 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0202351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.033;QD=11.625;RBI=0.0247535;REFB=-0.0175964;REVB=-0.0142575;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167304;STB=0.5998;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0484655;OID=.;OPOS=64083318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:9:7:6:4:9:7 chr11 64083320 . T C 86.8 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0327446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.545;QD=12.8598;RBI=0.0584216;REFB=-0.0439626;REVB=-0.0483826;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107964;STB=0.563643;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0531089;OID=.;OPOS=64083320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:9:7:6:5:9:7 chr11 64083328 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0574676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6848;QD=14.0788;RBI=0.090456;REFB=0.0533239;REVB=0.0698553;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14236;STB=0.583194;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0612666;OID=.;OPOS=64083328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:9:7:7:5:9:7 chr11 64083331 . C T 99.3 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0657946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4637;QD=14.7109;RBI=0.0679999;REFB=-0.0106493;REVB=-0.0171772;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143325;STB=0.565108;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0281321;OID=.;OPOS=64083331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:15:12:12:0.444444:7:5:8:6:7:5:8:7 chr11 64084113 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.315;QD=57.1051;RBI=0.0183828;REFB=0;REVB=0.00563618;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28127e-05;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:32:23:0:0 chr11 64085785 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.068;QD=62.9812;RBI=0.0484696;REFB=0;REVB=-0.0207442;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152604;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr11 64116843 . A C 256.14 PASS AF=1;AO=15;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6369;QD=51.2283;RBI=0.185216;REFB=0;REVB=0.0843396;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00783924;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:15:20:1:11:4:0:0:14:6:0:0 chr11 64118662 . A C 102.03 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0721526;FXX=0.0302984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=19.0231;QD=6.37667;RBI=0.0918726;REFB=-0.0760425;REVB=0.0568733;RO=30;SAF=1;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.702874;STB=0.908348;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0902986;OID=.;OPOS=64118662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:66:64:30:43:11:11:0.171875:10:1:22:8:10:1:26:17 chr11 64359274 . C T 151.09 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00566581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.519;QD=20.1451;RBI=0.0145732;REFB=-0.00790491;REVB=0.0134267;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402008;STB=0.522699;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00793065;OID=.;OPOS=64359274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:12:4:3:11:12:4:3:11 chr11 64359286 . C T 125.81 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00249421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.44;QD=18.6385;RBI=0.028664;REFB=-0.00616285;REVB=0.0285553;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211639;STB=0.514265;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00562275;OID=.;OPOS=64359286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:9:5:4:8:9:5:5:8 chr11 64360274 . T C 197.79 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0123319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.469;QD=14.6507;RBI=0.0125511;REFB=-0.0229261;REVB=0.0023355;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174729;STB=0.599911;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0300438;OID=.;OPOS=64360274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:15:8:16:15:15:8:16:15 chr11 64367325 . A G 1128.15 PASS AF=1;AO=65;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9597;QD=59.3761;RBI=0.0467122;REFB=0;REVB=0.0119708;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105755;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:65:76:1:42:23:0:0:45:31:0:0 chr11 64367862 . T C 124.37 PASS AF=0.382353;AO=11;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00895872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2868;QD=14.6318;RBI=0.0109342;REFB=-0.0215124;REVB=0.00626888;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255529;STB=0.614814;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0373682;OID=.;OPOS=64367862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:11:13:0.382353:5:6:14:4:5:8:15:4 chr11 64373738 . GAAAAAAAAC GAAAAAAAAA,GAAAAAAAC 71.74 PASS AF=0,0.485294;AO=3,28;DP=73;FAO=0,33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=0,16;FSAR=0,17;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.131536,0.216558;FXX=0.0422476;HRUN=1,8;LEN=1,1;MLLD=57.0177,6.52792;QD=4.22024;RBI=0.131873,0.26134;REFB=0.0098084,-0.15313;REVB=-0.00942114,-0.146291;RO=31;SAF=1,11;SAR=2,17;SRF=21;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.347133,-0.261922;STB=0.5,0.573668;STBP=1,0.29;TYPE=snp,del;VARB=0,0.158243;OID=.,.;OPOS=64373747,64373739;OREF=C,A;OALT=A,-;OMAPALT=GAAAAAAAAA,GAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.485294:3,28:73:0,33:68:35:0,16:0,17:22:13:73:31:1,11:2,17:21:10 chr11 64418900 . G A 415.6 PASS AF=0.525;AO=41;DP=79;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00519952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.11;QD=20.7802;RBI=0.0129268;REFB=-0.0252303;REVB=-0.011835;RO=38;SAF=20;SAR=21;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791061;STB=0.548671;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0234849;OID=.;OPOS=64418900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:38:38:41:42:0.525:21:20:22:16:22:20:22:16 chr11 64507680 . A C 239.3 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0933;QD=50.3785;RBI=0.0222899;REFB=0;REVB=0.00951725;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356292;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr11 64511050 . G C 863.51 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0227939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.707;QD=52.3337;RBI=0.049349;REFB=-0.171803;REVB=0.0437694;RO=4;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471465;STB=0.518513;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00286152;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:66:4:3:62:63:0.954545:38:24:0:4:39:24:0:3 chr11 64559898 . T C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00309672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.028;QD=21.1726;RBI=0.0202523;REFB=-0.008199;REVB=0.0200142;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292681;STB=0.666389;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00910822;OID=.;OPOS=64559898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:6:2:8:4:6:2 chr11 64572018 . T C 166.85 PASS AF=0.515152;AO=18;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0701021;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9252;QD=20.2246;RBI=0.0711209;REFB=-0.0346404;REVB=0.011995;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424398;STB=0.545399;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0241426;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:16:18:17:0.515152:12:6:4:10:12:5:6:10 chr11 64572557 . A G 582.4 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00736083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.129;QD=58.2396;RBI=0.0592188;REFB=-0.0480303;REVB=0.0587596;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208334;STB=0.511105;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00130211;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:17:22:1:0:17:22:1:0 chr11 64572602 . G A 257.72 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0303041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.206;QD=23.429;RBI=0.0352575;REFB=-0.0209476;REVB=0.018021;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155156;STB=0.586395;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0187919;OID=.;OPOS=64572602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:13:11:13:7:13:11:13:7 chr11 64591679 . G A 451.06 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395603;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.708;QD=58.2009;RBI=0.0155815;REFB=0;REVB=0.0150709;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45989e-05;OID=.;OPOS=64591679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr11 64606177 . C T 800.96 PASS AF=0.895522;AO=60;DP=67;FAO=60;FDP=67;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0464384;FXX=0.0147037;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.8076;QD=47.8185;RBI=0.0723819;REFB=-0.180804;REVB=0.0555213;RO=7;SAF=36;SAR=24;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583629;STB=0.503105;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00848682;OID=.;OPOS=64606177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:67:67:7:7:60:60:0.895522:24:36:4:3:24:36:4:3 chr11 64621856 . A G 341.76 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.864;QD=54.6819;RBI=0.100174;REFB=0;REVB=0.0986438;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697025;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:21:25:1:9:12:0:0:12:13:0:0 chr11 64622869 . G C 288.85 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0148385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0909;QD=21.0076;RBI=0.0519965;REFB=0.0120644;REVB=-0.0498342;RO=25;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00588925;STB=0.503266;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00843088;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:19:11:9:16:19:11:9:16 chr11 64645871 . A G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0141003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.941;QD=15.7844;RBI=0.0184979;REFB=-0.0234718;REVB=-0.0119731;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960359;STB=0.555476;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0343939;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:9:8:8:6:9:8 chr11 64656757 . G A 63.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0402032;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.3376;QD=9.34302;RBI=0.0491879;REFB=-0.019845;REVB=0.02834;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620281;STB=0.537732;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0697961;OID=.;OPOS=64656757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:7:11:5:4:7:11 chr11 64673862 . G A 149.97 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0255065;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.419;QD=15.7864;RBI=0.0255214;REFB=-0.00884303;REVB=0.000871779;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513688;STB=0.526283;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0135378;OID=.;OPOS=64673862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:22:16:16:0.421053:8:8:8:10:8:8:12:10 chr11 64677293 . G C 277.67 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0581985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0199;QD=48.29;RBI=0.0626809;REFB=-0.0316622;REVB=0.0232771;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0029099;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:23:1:1:21:22:0.956522:13:8:0:1:14:8:0:1 chr11 64680819 . G A 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0119728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.102;QD=18.3444;RBI=0.0337094;REFB=-0.041626;REVB=-0.0315115;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265834;STB=0.515134;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0320633;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:9:9:8:9:9:9 chr11 64695360 . G A 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0183098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.926;QD=9.99285;RBI=0.0186368;REFB=-0.00961835;REVB=-0.00347591;RO=36;SAF=4;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356195;STB=0.713338;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.028589;OID=.;OPOS=64695360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:13:4:19:17:13:4:19:17 chr11 64789194 . T C 293.41 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0249282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.95;QD=14.8561;RBI=0.0264939;REFB=-0.0186166;REVB=0.00897277;RO=44;SAF=21;SAR=12;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488256;STB=0.543662;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0184635;OID=.;OPOS=64789194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:44:46:33:33:0.417722:12:21:26:18:12:21:26:20 chr11 64799729 . G A 278.81 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0243876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.266;QD=21.8672;RBI=0.0294271;REFB=-0.0178982;REVB=0.0164682;RO=23;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996141;STB=0.555514;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.011575;OID=.;OPOS=64799729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:20:8:9:14:20:8:9:14 chr11 64799998 . T C 340.68 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.00477363;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.056;QD=17.9303;RBI=0.0165915;REFB=-0.00923163;REVB=-0.0158899;RO=40;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116522;STB=0.57836;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0093853;OID=.;OPOS=64799998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:40:36:36:0.473684:19:17:14:26:19:17:13:27 chr11 64807294 . G A 224.78 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00803093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2926;QD=15.2391;RBI=0.0130914;REFB=-0.0291241;REVB=-0.0103387;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141872;STB=0.58025;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0381357;OID=.;OPOS=64807294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:12:14:13:20:12:14:13:20 chr11 64833935 . G A 475.89 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0114684;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.469;QD=16.8458;RBI=0.0122706;REFB=-0.0103763;REVB=-0.00436395;RO=58;SAF=24;SAR=28;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457646;STB=0.528187;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0128819;OID=.;OPOS=64833935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:61:52:52:0.460177:28:24:24:34:28:24:25:36 chr11 64846718 . C T 162.58 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00301666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.204;QD=19.707;RBI=0.00530893;REFB=-0.0244536;REVB=0.00436858;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326819;STB=0.518497;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0206306;OID=.;OPOS=64846718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:10:6:7:10:10:6 chr11 64851453 . CTTA CT,CTA,CTCA 232.62 PASS AF=0,1,0;AO=3,14,2;DP=19;FAO=0,19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,0;FSAR=0,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688878,-0.0305965,-0.0603579;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=102.602,24.4821,49.536;QD=48.9725;RBI=0.0831542,0.0820079,0.0880245;REFB=0,0,0;REVB=-0.0465735,-0.0760865,-0.0640722;RO=0;SAF=2,5,0;SAR=1,9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00736673,0;OID=.,.,.;OPOS=64851455,64851454,64851455;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CT,CTA,CTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:3,14,2:19:0,19,0:19:0:0,7,0:0,12,0:0:0:4:0:2,5,0:1,9,2:0:0 chr11 64852421 . T C 601.7 PASS AF=0.931818;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0143885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0908;QD=54.7;RBI=0.0147255;REFB=-0.136302;REVB=0.00313259;RO=3;SAF=11;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111986;STB=0.559969;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00632943;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:40:41:0.931818:29:11:3:0:30:11:3:0 chr11 64855464 . T G 43.2 PASS AF=0.0805687;AO=21;DP=208;FAO=17;FDP=211;FR=.;FRO=194;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=103;FSRR=91;FWDB=-0.110908;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2477;QD=0.819047;RBI=0.128793;REFB=-0.00780392;REVB=-0.0654761;RO=185;SAF=3;SAR=18;SRF=98;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472428;STB=0.939059;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.150813;OID=.;OPOS=64855464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:208:211:185:194:21:17:0.0805687:18:3:98:87:16:1:103:91 chr11 64855986 . A G 177.48 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0380271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.403;QD=21.5127;RBI=0.0380355;REFB=-0.0129176;REVB=-0.000799628;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179883;STB=0.609648;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0121075;OID=.;OPOS=64855986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:12:6:2:12:12:6:2:13 chr11 64856500 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.392;QD=39.2044;RBI=0.0847342;REFB=0;REVB=0.020759;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00508285;OID=.;OPOS=64856500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr11 64877197 . C T 157.8 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0166397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.2924;QD=16.6104;RBI=0.023987;REFB=-0.0155034;REVB=0.0172771;RO=21;SAF=1;SAR=16;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41714;STB=0.749604;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0137619;OID=.;OPOS=64877197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:16:1:5:16:16:1:5:16 chr11 64878661 . T C 859.88 PASS AF=0.969231;AO=58;DP=62;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0929905;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6221;QD=52.9155;RBI=0.0970074;REFB=-0.157392;REVB=0.0276262;RO=3;SAF=10;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12233;STB=0.53124;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0153227;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:65:3:2:58:63:0.969231:48:10:3:0:48:15:2:0 chr11 64880743 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00177632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.995;QD=12.0152;RBI=0.0593125;REFB=-0.0140733;REVB=-0.0592859;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392853;STB=0.523732;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0347349;OID=.;OPOS=64880743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:6:1:1:5:6:1 chr11 64882789 . C T 432.38 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3061;QD=54.0478;RBI=0.038133;REFB=0.0169316;REVB=0.0269719;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000319534;OID=.;OPOS=64882789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:30:31:0.96875:14:16:1:0:15:16:1:0 chr11 64884052 . G A 646.73 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0424145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.13;QD=48.8097;RBI=0.043267;REFB=-0.158969;REVB=0.00854647;RO=2;SAF=32;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285083;STB=0.508109;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00130002;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:2:4:49:49:0.924528:17:32:2:0:17:32:3:1 chr11 64895202 . A G 719.95 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.313;QD=56.4667;RBI=0.0122937;REFB=0;REVB=0.00997723;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91443e-05;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:46:51:1:28:18:0:0:31:20:0:0 chr11 64900270 . G T 244.76 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0944054;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7908;QD=15.2975;RBI=0.10645;REFB=0.00823915;REVB=0.0491857;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18178;STB=0.601698;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00790483;OID=.;OPOS=64900270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:36:27:28:0.4375:12:15:13:22:12:16:14:22 chr11 64948326 . GCCCT GCCCTG,GCCT 73.9 PASS AF=0.362069,0;AO=17,7;DP=62;FAO=21,0;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8,0;FSAR=13,0;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0137995,-0.205062;FXX=0.0169463;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=11.8118,12.3178;QD=5.09645;RBI=0.0347531,0.223344;REFB=-0.0770633,-0.119393;REVB=0.0318959,-0.0884999;RO=31;SAF=4,2;SAR=13,5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0,0.32126;SSEP=0,0;SSSB=-0.394812,-0.348447;STB=0.551733,0.5;STBP=0.544,1;TYPE=ins,del;VARB=0.104384,0.0559729;OID=.,.;OPOS=64948331,64948327;OREF=-,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCTG,GCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362069,0:17,7:62:21,0:58:37:8,0:13,0:17:20:75:31:4,2:13,5:18:13 chr11 64972286 . G C 358.06 PASS AF=0.453488;AO=35;DP=82;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0019583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.756;QD=16.654;RBI=0.00753634;REFB=-0.0204301;REVB=-0.00727747;RO=44;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00214077;STB=0.515482;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0247027;OID=.;OPOS=64972286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:44:47:35:39:0.453488:23:12:15:29:23:16:18:29 chr11 64981472 . G C 238.24 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0731856;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2095;QD=16.1516;RBI=0.0890403;REFB=0.0102783;REVB=-0.0507153;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00327958;STB=0.506913;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0196799;OID=.;OPOS=64981472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:32:27:27:0.457627:14:13:16:17:14:13:15:17 chr11 64981853 . G T 265.14 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0179255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1193;QD=27.1935;RBI=0.0846625;REFB=0.0293029;REVB=0.082743;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235021;STB=0.629371;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0175987;OID=.;OPOS=64981853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:13:11:12:3:13:11:12:3 chr11 64990041 . G C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0429392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.294;QD=22.1434;RBI=0.0444226;REFB=-0.0016197;REVB=-0.0113837;RO=13;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291666;STB=0.666444;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00159131;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:14:3:6:7:14:3:6:7 chr11 65000719 . C T 337.06 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0171695;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.004;QD=46.4906;RBI=0.0345683;REFB=-0.118042;REVB=0.0300029;RO=2;SAF=4;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822555;STB=0.534386;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00446962;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:29:29:2:2:26:27:0.931034:22:4:1:1:22:5:1:1 chr11 65004301 . G T 919.37 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7678;QD=58.3724;RBI=0.115418;REFB=0;REVB=0.0748877;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847633;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:27:33:0:0:30:33:0:0 chr11 65004309 . C T 280.24 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0715851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.649;QD=16.7307;RBI=0.0727948;REFB=-0.0356925;REVB=0.0132157;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111519;STB=0.506264;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0435744;OID=.;OPOS=65004309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:16:15:17:19:16:15:17:19 chr11 65089792 . G C 171.43 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0620124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.3728;QD=17.5829;RBI=0.0631204;REFB=-0.0047313;REVB=-0.0117748;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519108;STB=0.508661;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0074378;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:21:18:18:0.461538:10:8:9:11:10:8:9:12 chr11 65144075 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.275;QD=62.6705;RBI=0.0639955;REFB=0;REVB=-0.00755715;RO=0;SAF=9;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189366;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:34:9:0:0:35:9:0:0 chr11 65144138 . TGGC TGC,TGCG 164.12 PASS AF=0.888889,0;AO=14,2;DP=18;FAO=16,0;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=2,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.108465,0.131794;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=20.62,39.596;QD=36.4709;RBI=0.131103,0.153896;REFB=-0.09254,-0.0616704;REVB=-0.073643,-0.079463;RO=2;SAF=2,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.508475,0;SSSB=0.069999,0;STB=0.533293,0.5;STBP=0.643,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0198373,0;OID=.,.;OPOS=65144139,65144140;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGC,TGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889,0:14,2:18:16,0:18:2:2,0:14,0:0:2:7:2:2,0:12,2:0:2 chr11 65168281 . C T 378.02 PASS AF=0.381356;AO=41;DP=115;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.00204301;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.444;QD=12.8143;RBI=0.0028967;REFB=-0.0136188;REVB=0.00205353;RO=72;SAF=19;SAR=22;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212687;STB=0.531307;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0178795;OID=.;OPOS=65168281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:72:73:41:45:0.381356:22:19:32:40:23:22:32:41 chr11 65180883 . A G 1264.73 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.595;QD=61.6942;RBI=0.0535664;REFB=0;REVB=0.0163191;RO=0;SAF=16;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00557e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30926e-05;OID=.;OPOS=65180883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:65:16:0:0:66:16:0:0 chr11 65211940 . C A 214.61 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0287682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1586;QD=13.8459;RBI=0.0333394;REFB=-0.0309586;REVB=0.0168495;RO=36;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472438;STB=0.512648;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0452938;OID=.;OPOS=65211940;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:36:25:26:0.419355:10:15:20:16:11:15:20:16 chr11 65211979 . G A 459.94 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0560151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5572;QD=21.1467;RBI=0.069175;REFB=-0.0222781;REVB=0.0405892;RO=42;SAF=21;SAR=24;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335036;STB=0.51851;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0224392;OID=.;OPOS=65211979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:24:21:18:24:24:21:18:24 chr11 65222952 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.74;QD=57.2024;RBI=0.0270303;REFB=0;REVB=0.0154952;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156277;OID=.;OPOS=65222952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr11 65307852 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0257142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.373;QD=15.2623;RBI=0.0333637;REFB=-0.00676596;REVB=0.0212583;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553224;STB=0.531868;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00818478;OID=.;OPOS=65307852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:11:2:2:14:11:2:2:14 chr11 65347636 . G C 697.27 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0128145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.45;QD=60.632;RBI=0.112496;REFB=-0.109866;REVB=0.111764;RO=0;SAF=37;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30556e-08;STB=0.529398;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00594218;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:46:0:1:45:45:0.978261:8:37:0:0:8:37:0:1 chr11 65349849 . A T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.102;QD=35.5704;RBI=0.121929;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109469;OID=.;OPOS=65349849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr11 65351074 . G A 63.31 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00616594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.009;QD=8.73292;RBI=0.0310532;REFB=-0.0144427;REVB=-0.0304349;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289506;STB=0.680978;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0496043;OID=.;OPOS=65351074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:2:7:11:9:2:7:11:9 chr11 65361309 . T C 36.33 PASS AF=0.230769;AO=7;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00653939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4895;QD=5.58913;RBI=0.0237909;REFB=-0.0111371;REVB=-0.0228745;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107842;STB=0.72495;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0269604;OID=.;OPOS=65361309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:26:19:20:7:6:0.230769:5:2:7:12:5:1:8:12 chr11 65361338 . G A 54.63 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0443079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4347;QD=9.10566;RBI=0.046896;REFB=0.00594235;REVB=-0.0153638;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847122;STB=0.552494;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0270779;OID=.;OPOS=65361338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:5:11:6:2:5:11 chr11 65365697 . C T 284.63 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.046395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6544;QD=29.9605;RBI=0.0477881;REFB=-0.0518782;REVB=0.0114544;RO=13;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363425;STB=0.519984;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0299127;OID=.;OPOS=65365697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:12:13:6:7:12:13:6:7 chr11 65383896 . G C 1415.18 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4225;QD=62.8971;RBI=0.0639788;REFB=0;REVB=-0.0187668;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000499589;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:40:49:0:0:41:49:0:0 chr11 65384727 . C T 386.22 PASS AF=0.527027;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00794566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.518;QD=20.8767;RBI=0.0111367;REFB=-0.00594703;REVB=0.00780336;RO=33;SAF=22;SAR=16;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103865;STB=0.547682;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00444194;OID=.;OPOS=65384727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:33:35:38:39:0.527027:16:22:23:10:16:23:24:11 chr11 65385606 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.014;QD=57.3856;RBI=0.0308789;REFB=0;REVB=-7.67629e-05;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010418;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:28:27:0:0:28:29:0:0 chr11 65386206 . C G 162.55 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0271357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.342;QD=9.5615;RBI=0.0339984;REFB=-0.00629848;REVB=-0.0204828;RO=46;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105505;STB=0.562105;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0244765;OID=.;OPOS=65386206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:13:9:23:23:13:9:23:23 chr11 65392695 . C T 172.27 PASS AF=0.5;AO=16;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.100382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7314;QD=19.1408;RBI=0.108346;REFB=-0.00768086;REVB=0.0407731;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117301;STB=0.615266;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0133906;OID=.;OPOS=65392695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:18:16:18:0.5:10:6:5:14:10:8:4:14 chr11 65405699 . C T 305.04 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0177115;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.236;QD=20.0023;RBI=0.076779;REFB=-0.00868479;REVB=-0.0747082;RO=29;SAF=29;SAR=3;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316792;STB=0.680032;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.010514;OID=.;OPOS=65405699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:29:29:32:32:0.52459:3:29:21:8:3:29:21:8 chr11 65412467 . G A 220.54 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0187247;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.838;QD=16.0393;RBI=0.018727;REFB=-0.0331257;REVB=-0.000293658;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146536;STB=0.580583;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0285172;OID=.;OPOS=65412467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:24:25:0.454545:11:13:20:9:12:13:20:10 chr11 65421986 . C T 115.9 PASS AF=0.764706;AO=8;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0871916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.621;QD=27.2702;RBI=0.0876813;REFB=-0.044191;REVB=0.00925371;RO=2;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426219;STB=0.786308;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00860425;OID=.;OPOS=65421986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:2:4:8:13:0.764706:7:1:2:0:12:1:3:1 chr11 65423082 . G A 1017.82 PASS AF=0.972222;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00384834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5296;QD=56.5454;RBI=0.00695255;REFB=-0.0110651;REVB=0.00579035;RO=2;SAF=29;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004054;STB=0.50245;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00366655;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:72:2:2:68:70:0.972222:39:29:1:1:41:29:1:1 chr11 65546857 . A C 448.67 PASS AF=0.478723;AO=43;DP=93;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00397472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.014;QD=19.0923;RBI=0.00894037;REFB=-0.0318359;REVB=-0.00800823;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549014;STB=0.519222;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0396763;OID=.;OPOS=65546857;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:49:49:43:45:0.478723:23:20:20:29:25:20:20:29 chr11 65547333 . G A 448.14 PASS AF=0.5;AO=42;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00916779;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.058;QD=19.9175;RBI=0.00916818;REFB=-0.0207168;REVB=8.39435e-05;RO=42;SAF=19;SAR=23;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654565;STB=0.556197;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0275191;OID=.;OPOS=65547333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:45:42:45:0.5:23:19:16:26:24:21:16:29 chr11 65547393 . G A 290.37 PASS AF=0.435897;AO=30;DP=73;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0118877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.2045;QD=14.8906;RBI=0.0253331;REFB=-0.038114;REVB=0.0223707;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20608;STB=0.60025;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0690921;OID=.;OPOS=65547393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:78:43:44:30:34:0.435897:15:15:13:30:18:16:13:31 chr11 65563503 . A T 90.57 PASS AF=0.216216;AO=7;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00850165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.282;QD=9.79148;RBI=0.0136141;REFB=0.000234748;REVB=0.0106333;RO=22;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565666;STB=0.781939;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0197219;OID=.;OPOS=65563503;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:37:37:22:25:7:8:0.216216:6:1:14:8:6:2:16:9 chr11 65617113 . AG A,CA 301.19 PASS AF=1,0;AO=24,2;DP=27;FAO=27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122437,-0.00401287;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=15.8223,6.11203;QD=44.6207;RBI=0.137053,0.0280533;REFB=0,0;REVB=0.0615856,-0.0277648;RO=0;SAF=9,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0090753,0;OID=.,.;OPOS=65617114,65617113;OREF=G,AG;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24,2:27,0:1,0:15,0:9,2:0:0:16,0:11,0:0:0 chr11 65623519 . G A 223.28 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0316912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.0436;QD=14.8854;RBI=0.0356293;REFB=0.0145244;REVB=0.0162822;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125926;STB=0.571374;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0122457;OID=.;OPOS=65623519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:12:14:14:20:12:14:14:20 chr11 65624934 . A C 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00550918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.796;QD=12.8341;RBI=0.0113072;REFB=-0.0255838;REVB=0.00987434;RO=49;SAF=20;SAR=10;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198247;STB=0.613957;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0362511;OID=.;OPOS=65624934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:10:20:24:25:10:20:24:25 chr11 65628334 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00359607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.011;QD=14.9784;RBI=0.0198236;REFB=-0.0273629;REVB=-0.0194947;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13532;STB=0.578169;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0185547;OID=.;OPOS=65628334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:9:2:3:7:9:2 chr11 65629932 . T C 173.52 PASS AF=0.387755;AO=17;DP=47;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0295387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.332;QD=14.1651;RBI=0.0295906;REFB=-0.0379811;REVB=0.00175178;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168131;STB=0.588772;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0269579;OID=.;OPOS=65629932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:30:30:17:19:0.387755:10:7:17:13:11:8:17:13 chr11 65629934 . G C 176.99 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0447574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2406;QD=14.4479;RBI=0.0518719;REFB=-0.00132431;REVB=-0.0262197;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221481;STB=0.627776;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000745643;OID=.;OPOS=65629934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:19:11:11:8:19:11 chr11 65631167 . C T 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00549068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.563;QD=13.0463;RBI=0.00729562;REFB=-0.0161241;REVB=0.00480402;RO=47;SAF=19;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112293;STB=0.571633;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0241096;OID=.;OPOS=65631167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:48:30:30:0.384615:11:19:25:22:11:19:25:23 chr11 65631973 . G A 251.22 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0156847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.461;QD=17.032;RBI=0.0164511;REFB=-0.0283563;REVB=-0.00496279;RO=31;SAF=19;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162523;STB=0.597753;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0376137;OID=.;OPOS=65631973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:27:28:0.474576:8:19:17:14:8:20:17:14 chr11 65632262 . G T 121.59 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.000867266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.222;QD=15.6888;RBI=0.0220335;REFB=-0.022219;REVB=-0.0220164;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19662;STB=0.61275;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0298954;OID=.;OPOS=65632262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:5:12:7:7:5:12 chr11 65632497 . CT CTC,TC 38.39 PASS AF=0.166667,0.0208333;AO=10,4;DP=49;FAO=8,1;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=4,0;FSAR=4,1;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0526584,-0.0470923;FXX=0.020404;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=65.8784,78.566;QD=3.19931;RBI=0.0526732,0.047147;REFB=-0.0108218,-0.00608419;REVB=0.00124917,-0.00227026;RO=34;SAF=3,2;SAR=7,2;SRF=16;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.216161,0.0323436;STB=0.55306,0.988742;STBP=0.77,0.447;TYPE=ins,mnp;VARB=0.160856,0.16129;OID=.,.;OPOS=65632499,65632497;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:49:48:34:39:10,4:8,1:0.166667,0.0208333:7,2:3,2:16:18:4,1:4,0:17:22 chr11 65636053 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.339;QD=45.8068;RBI=0.0367846;REFB=0;REVB=0.0359946;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432292;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr11 65638719 . G A 197.68 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.068257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.646;QD=18.8271;RBI=0.0699003;REFB=-0.0211988;REVB=0.0150679;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423538;STB=0.502401;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.015147;OID=.;OPOS=65638719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:12:10:9:11:12:10 chr11 65649774 . A G 508.63 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5645;QD=56.5145;RBI=0.020419;REFB=-0.0583852;REVB=-0.0154744;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.512813;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000518682;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:16:19:0:0:16:19:1:0 chr11 65649984 . T C 501.26 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.341;QD=58.9713;RBI=0.0238409;REFB=0;REVB=0.0125568;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257314;OID=.;OPOS=65649984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:10:23:0:0:11:23:0:0 chr11 65664346 . T C 245.33 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0249776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.681;QD=17.5235;RBI=0.0272151;REFB=-0.0229477;REVB=-0.0108066;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499385;STB=0.518505;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0163257;OID=.;OPOS=65664346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:26:29:27:27:0.482143:14:13:14:12:14:13:15:14 chr11 65684929 . C T 696.85 PASS AF=0.962264;AO=52;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0332672;FXX=0.0185151;HRUN=6;LEN=1;MLLD=315.752;QD=52.5921;RBI=0.0336761;REFB=-0.0325956;REVB=0.00523197;RO=2;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336162;STB=0.518511;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000900253;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:53:2:2:52:51:0.962264:27:25:0:2:26:25:0:2 chr11 65685225 . T C 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.51;QD=57.6747;RBI=0.0655034;REFB=0;REVB=-0.0652387;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210545;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr11 65713207 . T C 617.25 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175698;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6765;QD=61.7249;RBI=0.0484496;REFB=0;REVB=0.0451516;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010452;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr11 65727301 . A G 86.37 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00487149;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.961;QD=10.4694;RBI=0.00518104;REFB=-0.00725791;REVB=-0.00176403;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531452;STB=0.532104;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00842869;OID=.;OPOS=65727301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:34:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:13:9:4:7:13:9 chr11 65732651 . G A 324.82 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0160562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.895;QD=17.0956;RBI=0.0162124;REFB=-0.040863;REVB=-0.00224475;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957347;STB=0.53844;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0395683;OID=.;OPOS=65732651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:41:35:35:0.460526:18:17:15:24:18:17:17:24 chr11 65733393 . C T 323.57 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0130502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.673;QD=16.809;RBI=0.0149564;REFB=-0.00833366;REVB=-0.0073065;RO=41;SAF=10;SAR=25;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21249;STB=0.627454;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.016685;OID=.;OPOS=65733393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:25:10:20:21:25:10:21:21 chr11 65788072 . C T 182.05 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.8;QD=45.5123;RBI=0.0306378;REFB=0;REVB=0.0242604;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116167;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:10:6:0:0 chr11 65792968 . G A 303.98 PASS AF=0.675;AO=26;DP=39;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0163774;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3253;QD=30.3982;RBI=0.0188189;REFB=-0.0694632;REVB=0.00927002;RO=11;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396784;STB=0.507687;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0304752;OID=.;OPOS=65792968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:11:13:26:27:0.675:16:10:5:6:16:11:5:8 chr11 65793454 . C T 232.62 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.211;QD=46.5232;RBI=0.0355975;REFB=-0.167131;REVB=0.028643;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517223;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0013571;OID=.;OPOS=65793454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:20:20:0:1:19:19:0.95:14:5:0:0:14:5:0:1 chr11 65793797 . G A 1011.47 PASS AF=0.972222;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0103413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.439;QD=56.1928;RBI=0.0281416;REFB=-0.196504;REVB=0.0261726;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113897;STB=0.511625;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00216564;OID=.;OPOS=65793797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:72:1:2:68:70:0.972222:41:27:0:1:42:28:0:2 chr11 65809874 . CC AT,CA 719.79 PASS AF=0.0555556,0.925926;AO=3,49;DP=54;FAO=3,50;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=0,21;FSAR=3,29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318483,0.0397737;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=108.308,126.383;QD=53.3175;RBI=0.0319357,0.0406778;REFB=-0.00200702,-0.139732;REVB=0.00236152,0.00852839;RO=0;SAF=0,21;SAR=3,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.994936,0.511623;STBP=0.121,0.31;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00257316,0.00157887;OID=.,.;OPOS=65809874,65809875;OREF=CC,C;OALT=AT,A;OMAPALT=AT,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:54:54:0:1:3,49:3,50:0.0555556,0.925926:3,28:0,21:0:0:3,29:0,21:1:0 chr11 65810209 . C T 173.97 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.568;QD=46.3917;RBI=0.102702;REFB=0;REVB=-0.000659796;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916366;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:9:6:0:0 chr11 65810749 . T C 428.97 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.04;QD=57.1959;RBI=0.039545;REFB=0;REVB=0.0357189;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182648;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:24:30:1:15:9:0:0:20:10:0:0 chr11 65820673 . A G 1513.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.582;QD=59.9515;RBI=0.114566;REFB=0;REVB=0.0243781;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522956;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:59:40:0:0:59:42:0:0 chr11 65826704 . G A 137.56 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0064061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.76;QD=39.3025;RBI=0.0258451;REFB=-0.078627;REVB=0.0250386;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431971;STB=0.523774;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0102098;OID=.;OPOS=65826704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:10:3:0:1:10:3:0:1 chr11 65868310 . T A 557.07 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7349;QD=60.2232;RBI=0.0609472;REFB=0;REVB=-0.0265309;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137949;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:36:37:1:15:21:1:0:15:22:0:0 chr11 65985000 . A C 645.6 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.8266;QD=60.0555;RBI=0.0490889;REFB=0;REVB=0.0481175;RO=1;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774823;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:1:0:42:43:1:13:29:0:1:14:29:0:0 chr11 66006325 . TG GT,T 83.76 PASS AF=0.0185185,0.37037;AO=2,20;DP=54;FAO=1,20;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=0,4;FSAR=1,16;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.0280285,0.220886;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=177.787,12.1214;QD=6.20432;RBI=0.06936,0.272962;REFB=-0.00317751,-0.0848647;REVB=-0.0634445,-0.160368;RO=29;SAF=0,3;SAR=2,17;SRF=23;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.63893,-0.637809;STB=0.994748,0.828263;STBP=0.136,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.142712,0.10394;OID=.,.;OPOS=66006325,66006326;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:81:54:54:29:33:2,20:1,20:0.0185185,0.37037:2,17:0,3:23:6:1,16:0,4:25:8 chr11 66010633 . T C 409.79 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.248;QD=56.5231;RBI=0.00621471;REFB=0;REVB=0.00268598;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27066e-05;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:11:16:0:0:12:17:0:0 chr11 66031660 . C T 279.58 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0458617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.135;QD=48.6225;RBI=0.045981;REFB=-0.0799543;REVB=-0.00331089;RO=1;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250044;STB=0.513501;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00069021;OID=.;OPOS=66031660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:18:4:0:1:18:4:0:1 chr11 66035286 . CA C 767.85 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421218;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8025;QD=55.8439;RBI=0.0931515;REFB=0;REVB=-0.083084;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000290681;OID=.;OPOS=66035287;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:57:55:55:0:27:28:0:0:4:0:27:28:0:0 chr11 66099987 . C T 396.0 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.486;QD=51.097;RBI=0.0597665;REFB=-0.149288;REVB=0.0475202;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00176415;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:31:31:0:1:29:30:0.967742:15:14:0:0:16:14:1:0 chr11 66100152 . T C 955.03 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.584;QD=57.8808;RBI=0.105937;REFB=0;REVB=0.0990259;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943385;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:1:0:61:66:1:33:28:0:1:37:29:0:0 chr11 66105194 . G A 278.92 PASS AF=0.851852;AO=22;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.011027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.127;QD=41.321;RBI=0.0304377;REFB=-0.0146785;REVB=-0.02837;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.554407;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0034597;OID=.;OPOS=66105194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:0:4:22:23:0.851852:9:13:0:0:9:14:1:3 chr11 66106138 . C G 69.8 PASS AF=0.272727;AO=7;DP=24;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.000934542;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4137;QD=12.6911;RBI=0.00182738;REFB=-0.015417;REVB=0.00157034;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476186;STB=0.559795;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0920756;OID=.;OPOS=66106138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:24:22:13:12:7:6:0.272727:3:4:8:5:2:4:7:5 chr11 66107674 . A G 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.485;QD=53.9041;RBI=0.0136365;REFB=0;REVB=0.0129626;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010733;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 66131149 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.053;QD=49.5991;RBI=0.0322775;REFB=0;REVB=-0.0273311;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231754;OID=.;OPOS=66131149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr11 66161072 . C T 532.01 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140352;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.917;QD=59.1125;RBI=0.140678;REFB=0;REVB=-0.0095791;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022817;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524561;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:1:0:35:36:1:15:20:1:0:15:21:0:0 chr11 66358126 . C T 940.97 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.236;QD=57.0282;RBI=0.0239804;REFB=-0.0364737;REVB=0.0190114;RO=1;SAF=35;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133067;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000144391;OID=.;OPOS=66358126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:30:35:1:0:30:35:1:0 chr11 66472274 . T C 145.21 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.867;QD=44.6807;RBI=0.0183524;REFB=0;REVB=0.0150853;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171602;OID=.;OPOS=66472274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:4:8:0:0:4:9:0:0 chr11 66834252 . C T 787.73 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0543506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.393;QD=55.2791;RBI=0.0551869;REFB=-0.0923948;REVB=0.00957131;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000404693;OID=.;OPOS=66834252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:0:1:56:56:0.982456:24:32:0:0:24:32:1:0 chr11 66837965 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.48;QD=58.142;RBI=0.026408;REFB=0;REVB=0.0248091;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36108e-05;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr11 66995603 . T C 769.38 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.547;QD=56.9907;RBI=0.00819255;REFB=0;REVB=0.005095;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57802e-05;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr11 67050291 . T TA 194.4 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130713;FXX=0.105208;HRUN=0;LEN=1;MLLD=182.54;QD=45.7414;RBI=0.133435;REFB=0;REVB=0.0268153;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439097;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000822822;OID=.;OPOS=67050292;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:17:17:0:4:13:0:0:3:17:0:2:4:13 chr11 67050292 . G A 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0517028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.853;QD=40.5924;RBI=0.0590926;REFB=-0.0394761;REVB=0.0286139;RO=2;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654562;STB=0.535674;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00126838;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:13:4:0:2:13:4:0:2 chr11 67068859 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.858;QD=58.1401;RBI=0.041306;REFB=0;REVB=0.0361306;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62457e-05;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr11 67071584 . C G 837.23 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0871212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2237;QD=55.8154;RBI=0.0898752;REFB=-0.121137;REVB=0.0220782;RO=1;SAF=19;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241821;STB=0.512816;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00182167;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:40:19:1:0:40:19:1:0 chr11 67077660 . G A 225.9 PASS AF=0.45614;AO=24;DP=55;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.044959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1413;QD=15.8523;RBI=0.0514987;REFB=-0.00824794;REVB=0.0251159;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993981;STB=0.529707;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0117779;OID=.;OPOS=67077660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:31:31:24:26:0.45614:10:14:15:16:12:14:15:16 chr11 67177278 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.79;QD=62.0209;RBI=0.0123482;REFB=0;REVB=0.00618182;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85788e-05;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr11 67192555 . G A 251.58 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00152488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.775;QD=20.5369;RBI=0.035433;REFB=-0.0200993;REVB=0.0354002;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752953;STB=0.550908;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0194564;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:13:11:9:15:13:11:9:16 chr11 67200819 . C T 98.16 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0303558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.578;QD=14.0232;RBI=0.037271;REFB=0.000116563;REVB=0.0216253;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822464;STB=0.548112;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.000690748;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:8:8:7:5:8:8 chr11 67257556 . C T 183.85 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0192048;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.613;QD=17.1025;RBI=0.0213214;REFB=-0.0147076;REVB=0.00926169;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190857;STB=0.598399;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0189447;OID=.;OPOS=67257556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:24:19:19:0.44186:12:7:13:10:12:7:13:11 chr11 67257823 . C A 246.34 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3872;QD=46.9222;RBI=0.0353135;REFB=-0.0480035;REVB=-0.00211462;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0178099;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:0:1:12:8:0:1 chr11 67258390 . CA C,CG 402.32 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=4,27;DP=31;FAO=4,26;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=4,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01012,-0.00841139;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.1877,55.3226;QD=53.6421;RBI=0.0290268,0.00983541;REFB=0,0;REVB=-0.0272055,0.00509743;RO=0;SAF=0,7;SAR=4,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.41836e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0228115,-0.00728864;OID=.,.;OPOS=67258391,67258391;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.133333,0.866667:4,27:31:4,26:30:0:0,7:4,19:0:0:17:0:0,7:4,20:0:0 chr11 67263767 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.527;QD=55.0986;RBI=0.0631851;REFB=0;REVB=0.0605645;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107855;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr11 67288594 . C T 165.65 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0156877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.231;QD=14.4041;RBI=0.0160335;REFB=-0.00318648;REVB=0.00331203;RO=28;SAF=3;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35074;STB=0.707283;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00646884;OID=.;OPOS=67288594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:15:3:12:16:15:3:12:16 chr11 67351585 . C G 207.86 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=0.00108254;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.012;QD=16.9681;RBI=0.0424106;REFB=-0.00824436;REVB=-0.0423968;RO=25;SAF=14;SAR=7;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256192;STB=0.633225;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0151271;OID=.;OPOS=67351585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:28:21:21:0.428571:7:14:22:3:7:14:24:4 chr11 67395456 . A T 67.67 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0260525;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.47;QD=24.607;RBI=0.0267001;REFB=-0.021374;REVB=0.00584493;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125389;STB=0.588042;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0064147;OID=.;OPOS=67395456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:11:11:2:3:7:8:0.727273:1:6:2:0:1:7:3:0 chr11 67430762 . T C 910.46 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000572276;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.7;QD=56.9039;RBI=0.0072904;REFB=-0.119789;REVB=0.00726791;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000621761;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:0:1:63:63:0.984375:32:31:0:0:32:31:0:1 chr11 67431974 . C T 328.69 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00898131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.754;QD=18.0102;RBI=0.0172181;REFB=-0.0251072;REVB=0.0146901;RO=37;SAF=11;SAR=24;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11947;STB=0.575791;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0301929;OID=.;OPOS=67431974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:24:11:16:21:24:11:17:21 chr11 67432804 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.338;QD=62.0216;RBI=0.016241;REFB=0;REVB=0.00790213;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06853e-05;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr11 67432854 . T C 804.32 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5151;QD=64.3457;RBI=0.0470381;REFB=0;REVB=0.0394077;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358445;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr11 67433869 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.904;QD=42.1824;RBI=0.0605835;REFB=0;REVB=0.0512668;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000907675;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr11 67434416 . C A 537.87 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.373;QD=59.7629;RBI=0.0550593;REFB=0;REVB=0.0527323;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154405;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:33:36:1:20:13:0:0:22:14:0:0 chr11 67564181 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00153236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.211;QD=12.7824;RBI=0.0161666;REFB=-0.0154647;REVB=0.0160938;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209438;STB=0.624739;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0165234;OID=.;OPOS=67564181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:7:7:3:7:7:7 chr11 67564197 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.87;QD=53.2769;RBI=0.0236493;REFB=0;REVB=0.00658114;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158032;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr11 67564238 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.2;QD=39.2068;RBI=0.100612;REFB=0;REVB=0.0875591;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220415;OID=.;OPOS=67564238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr11 67564241 . C T 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5712;QD=39.2019;RBI=0.155997;REFB=0;REVB=-0.109018;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191603;OID=.;OPOS=67564241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr11 67572698 . G T 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.025001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.827;QD=11.2575;RBI=0.0265254;REFB=-0.0123977;REVB=0.00886276;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131886;STB=0.59976;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0185775;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:4:4:7:4:4:4:8:4 chr11 67663113 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0154463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.293;QD=14.0438;RBI=0.0547781;REFB=-0.0186265;REVB=0.0525552;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251123;STB=0.651584;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0193571;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:3:1:3:2:3:1 chr11 67663116 . T A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.667;QD=39.2054;RBI=0.0195458;REFB=0;REVB=-0.00182698;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440699;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 67765163 . A AG,G 766.42 PASS AF=1,0;AO=45,2;DP=50;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118345,0.0175157;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=27.6598,4.08914;QD=61.3135;RBI=0.140479,0.0175688;REFB=0,0;REVB=0.075689,-0.0013659;RO=3;SAF=39,0;SAR=6,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.121682,-0.599865;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00490979,0;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:3:0:45,2:50,0:1,0:6,2:39,0:1:2:10,0:40,0:0:0 chr11 67786064 . A AC,C 1054.92 PASS AF=1,0;AO=61,12;DP=77;FAO=74,0;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435348,-0.134986;FXX=0.038956;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.3009,5.08332;QD=57.0225;RBI=0.0622972,0.188426;REFB=0,0;REVB=-0.0445607,-0.131466;RO=4;SAF=20,6;SAR=41,6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0102822,0.111553;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000256695,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:74:4:0:61,12:74,0:1,0:41,6:20,6:1:3:48,0:26,0:0:0 chr11 67789293 . G GC 637.41 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.066633;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.5359;QD=47.2154;RBI=0.0668229;REFB=0;REVB=0.00503476;RO=5;SAF=10;SAR=42;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100562;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00165033;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:59:54:54:0:12:42:0:0:11:5:10:42:3:2 chr11 67810468 . CCGGGGGG CCGGGGG,CCGGGGGC,CGGGGG 178.07 PASS AF=0.260417,0.15625,0;AO=18,5,11;DP=96;FAO=25,15,0;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=13,11,0;FSAR=12,4,0;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0618351,0.0137198,-0.207716;FXX=0.0103082;HRUN=6,6,5;LEN=1,1,2;MLLD=10.4262,21.271,17.9871;QD=7.41969;RBI=0.123111,0.0483645,0.22841;REFB=-0.087279,-0.0435244,-0.00711898;REVB=-0.106455,-0.0463777,-0.0950003;RO=32;SAF=2,1,9;SAR=16,4,2;SRF=12;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0.54717,0,0;SSSB=-0.424705,-0.237995,0.52167;STB=0.550699,0.727483,0.5;STBP=0.549,0.06,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0933532,0.0373935,-0.147851;OID=.,.,.;OPOS=67810470,67810475,67810469;OREF=G,G,CG;OALT=-,C,-;OMAPALT=CCGGGGG,CCGGGGGC,CGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.260417,0.15625,0:18,5,11:96:25,15,0:96:56:13,11,0:12,4,0:25:31:64:32:2,1,9:16,4,2:12:20 chr11 67811088 . G A 424.01 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00425157;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.179;QD=16.1527;RBI=0.00526404;REFB=-0.0233719;REVB=-0.00310392;RO=58;SAF=29;SAR=18;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135102;STB=0.57565;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0274497;OID=.;OPOS=67811088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:58:58:47:47:0.447619:18:29:28:30:18:29:28:30 chr11 67814979 . G C 1484.25 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406445;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3494;QD=62.4946;RBI=0.0422077;REFB=-0.103362;REVB=-0.0113802;RO=1;SAF=37;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126417;STB=0.506665;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00186401;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:57:37:1:0:57:37:1:0 chr11 67957518 . A T 817.65 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.083;QD=57.3792;RBI=0.0530899;REFB=0;REVB=0.014848;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229392;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr11 68030173 . C A 694.9 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6945;QD=60.4264;RBI=0.0136905;REFB=-0.0117137;REVB=-0.00750088;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025391;STB=0.513507;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00332029;OID=.;OPOS=68030173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:18:27:0:1:18:27:0:1 chr11 68171013 . T C 1354.29 PASS AF=0.932692;AO=97;DP=105;FAO=97;FDP=104;FR=.;FRO=7;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0366637;FXX=0.0095229;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.93;QD=52.088;RBI=0.0380135;REFB=-0.0627195;REVB=0.0100399;RO=5;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426635;STB=0.521176;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000331376;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:105:104:5:7:97:97:0.932692:53:44:0:5:53:44:1:6 chr11 68192690 . G A 917.21 PASS AF=0.970149;AO=63;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.026236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2504;QD=54.7589;RBI=0.0530951;REFB=-0.09104;REVB=0.0461601;RO=3;SAF=36;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377377;STB=0.513154;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00111143;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:3:2:63:65:0.970149:27:36:3:0:28:37:2:0 chr11 68549340 . A G 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.345;QD=63.2803;RBI=0.00484552;REFB=0;REVB=-0.00368618;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1655e-06;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr11 68748003 . T C 291.99 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0474833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.747;QD=21.6286;RBI=0.0477817;REFB=-0.022551;REVB=-0.00533103;RO=23;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356625;STB=0.511271;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0232027;OID=.;OPOS=68748003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:13:17:12:11:13:17:13:11 chr11 68777183 . G T 168.84 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0524326;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.781;QD=21.1055;RBI=0.0524957;REFB=-0.0610242;REVB=-0.00257354;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137855;STB=0.588131;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0514594;OID=.;OPOS=68777183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:16:17:0.53125:7:9:6:9:7:10:6:9 chr11 68822739 . T C 881.41 PASS AF=1;AO=54;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.787;QD=57.7972;RBI=0.0646207;REFB=0;REVB=0.0523105;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500153;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:54:61:1:34:20:0:0:37:24:0:0 chr11 68834968 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.159;QD=48.7368;RBI=0.0458211;REFB=0;REVB=0.0339702;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727304;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr11 68840397 . T C 104.6 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0232494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.121;QD=19.9238;RBI=0.028502;REFB=-0.00870305;REVB=0.0164873;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303028;STB=0.537129;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0213431;OID=.;OPOS=68840397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:7:5:3:5:7:5:3:6 chr11 68840399 . G A 91.15 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0129833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0422;QD=17.3617;RBI=0.0384312;REFB=-0.0141157;REVB=0.0361717;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320029;STB=0.518484;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0264414;OID=.;OPOS=68840399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:4:6:7:4:4:6 chr11 68840412 . C G 99.9 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0142742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.429;QD=15.3694;RBI=0.0348471;REFB=-0.0334034;REVB=-0.0317894;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164026;STB=0.57564;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0317793;OID=.;OPOS=68840412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:14:14:11:12:0.461538:7:4:3:11:8:4:3:11 chr11 68851414 . T C 425.6 PASS AF=0.5;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.00214445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.833;QD=19.7956;RBI=0.0128365;REFB=-0.0224448;REVB=-0.0126561;RO=43;SAF=16;SAR=26;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776569;STB=0.549631;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0189879;OID=.;OPOS=68851414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:42:43:0.5:26:16:13:30:26:17:13:30 chr11 68851466 . G T 440.71 PASS AF=0.480392;AO=43;DP=96;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00344558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.32;QD=17.2829;RBI=0.0373626;REFB=-0.0270181;REVB=0.0372034;RO=51;SAF=16;SAR=27;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206977;STB=0.515999;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0526724;OID=.;OPOS=68851466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:102:51:53:43:49:0.480392:27:16:20:31:31:18:21:32 chr11 69063136 . C T 940.88 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9799;QD=57.0229;RBI=0.0458854;REFB=-0.126412;REVB=0.0330433;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00564294;OID=.;OPOS=69063136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:40:25:0:0:40:25:1:0 chr11 69063393 . T C 727.68 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.688;QD=63.2763;RBI=0.0453005;REFB=0;REVB=0.0240283;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104849;OID=.;OPOS=69063393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr11 69063510 . G A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0320407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1183;QD=6.92906;RBI=0.0350646;REFB=-0.00517676;REVB=0.0142451;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46896;STB=0.78843;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0277183;OID=.;OPOS=69063510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:5:1:8:6:5:1:8:7 chr11 69063572 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0163776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.263;QD=15.9172;RBI=0.0190865;REFB=-0.0358239;REVB=-0.00980141;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127637;STB=0.573658;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0246348;OID=.;OPOS=69063572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:9:6:7:6:9:6 chr11 69063728 . G C 156.27 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.000560268;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=212.314;QD=15.627;RBI=0.00109132;REFB=-0.0200126;REVB=-0.000936527;RO=20;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10871;STB=0.538414;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0176166;OID=.;OPOS=69063728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:23:17:17:0.425:14:3:5:15:14:3:5:18 chr11 69063984 . C T 238.72 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0433521;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.27;QD=13.839;RBI=0.0509587;REFB=0.0151861;REVB=-0.0267841;RO=38;SAF=6;SAR=22;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137825;STB=0.564054;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.0214414;OID=.;OPOS=69063984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:38:41:28:28:0.405797:22:6:12:26:22:6:12:29 chr11 69462910 . G A 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0361592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.156;QD=11.261;RBI=0.0377489;REFB=0.00720269;REVB=0.0108395;RO=30;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197041;STB=0.618873;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0145282;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:12:3:10:20:12:3:10:20 chr11 70007311 . A G 124.74 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0108748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8003;QD=10.1829;RBI=0.0633912;REFB=0.0114358;REVB=-0.0624514;RO=34;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974757;STB=0.558743;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.0271732;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:5:10:20:14:5:10:20:14 chr11 70007392 . A G 185.46 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0243986;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.861;QD=12.1615;RBI=0.0338813;REFB=-0.0287149;REVB=-0.0235086;RO=38;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196892;STB=0.59814;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0471303;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:38:23:23:0.377049:8:15:18:20:8:15:19:19 chr11 70016247 . T G,TG 201.52 PASS AF=0.0113636,0.363636;AO=5,26;DP=92;FAO=1,32;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=1,13;FSAR=0,19;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0172807,0.015712;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=24.693,17.6819;QD=9.15976;RBI=0.0176916,0.093594;REFB=0.0200173,0.0308078;REVB=0.00379073,0.0922658;RO=60;SAF=2,12;SAR=3,14;SRF=18;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118072,0.197438;STB=0.992949,0.540414;STBP=0.252,0.572;TYPE=snp,ins;VARB=0.0325466,-0.0526111;OID=.,.;OPOS=70016247,70016248;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:92:88:60:55:5,26:1,32:0.0113636,0.363636:3,14:2,12:18:42:0,19:1,13:19:36 chr11 70709933 . A T 310.79 PASS AF=0.551724;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.01436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.292;QD=21.4336;RBI=0.0176024;REFB=-0.049024;REVB=0.0101801;RO=26;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927657;STB=0.540515;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0307595;OID=.;OPOS=70709933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:26:26:31:32:0.551724:20:11:12:14:20:12:12:14 chr11 71146248 . AAGCAAGGAACAG A 32.23 PASS AF=0.2;AO=6;DP=42;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0082698;FXX=0.0476077;HRUN=4;LEN=12;MLLD=397.22;QD=3.22301;RBI=0.0117828;REFB=-0.00263242;REVB=-0.00839313;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250098;STB=0.73018;STBP=0.2;TYPE=del;VARB=0.0144679;OID=.;OPOS=71146249;OREF=AGCAAGGAACAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:6:42:8:40:32:6:2:15:17:32:33:4:2:15:18 chr11 71146691 . A G 380.24 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0161983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.704;QD=24.9339;RBI=0.0202641;REFB=-0.0218787;REVB=0.0121757;RO=24;SAF=19;SAR=18;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129073;STB=0.570634;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0177499;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:18:19:8:16:18:19:8:16 chr11 71146952 . G A 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00208198;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.473;QD=11.0159;RBI=0.046627;REFB=-0.00731839;REVB=-0.0465805;RO=28;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135442;STB=0.581274;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0153865;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:4:10:17:11:4:10:17:11 chr11 71152461 . A G 205.02 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.02886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8711;QD=16.4016;RBI=0.0419474;REFB=-0.0101936;REVB=-0.0304415;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117043;STB=0.566606;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0169275;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:13:8:8:21:13:8:8:21 chr11 71155153 . A G 693.4 PASS AF=0.573913;AO=66;DP=117;FAO=66;FDP=115;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00501211;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.772;QD=24.1183;RBI=0.0152985;REFB=-0.00581628;REVB=-0.0144542;RO=48;SAF=26;SAR=40;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00153039;STB=0.502762;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00396852;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:48:49:66:66:0.573913:40:26:19:29:40:26:19:30 chr11 71174553 . C T 139.53 PASS AF=0.339623;AO=17;DP=52;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0175069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.9461;QD=10.5309;RBI=0.0320386;REFB=-0.00734336;REVB=-0.0268324;RO=33;SAF=13;SAR=4;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277443;STB=0.679394;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0195555;OID=.;OPOS=71174553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:35:17:18:0.339623:4:13:18:15:4:14:19:16 chr11 71184678 . A C 2700.85 PASS AF=0.994318;AO=175;DP=176;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0670875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.539;QD=61.3828;RBI=0.08091;REFB=0.0166565;REVB=0.0452292;RO=0;SAF=73;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502439;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=4.80346e-05;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:176:0:1:175:175:0.994318:102:73:0:0:102:73:0:1 chr11 71185479 . T C 333.45 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0128817;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0574;QD=13.7507;RBI=0.0183435;REFB=-0.0164353;REVB=0.0130593;RO=60;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169341;STB=0.596305;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0130542;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:60:60:37:37:0.381443:17:20:23:37:17:20:23:37 chr11 71185518 . T C 496.74 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0165419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.715;QD=15.0528;RBI=0.0165429;REFB=-0.0176713;REVB=0.000182399;RO=77;SAF=24;SAR=31;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220029;STB=0.512355;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0224006;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:77:55:55:0.416667:31:24:32:45:31:24:32:45 chr11 71189436 . T C 153.23 PASS AF=0.328125;AO=20;DP=63;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00834827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.609;QD=9.57694;RBI=0.0132892;REFB=-0.00891802;REVB=-0.0103397;RO=42;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528266;STB=0.538885;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0180279;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:42:43:20:21:0.328125:11:9:17:25:11:10:18:25 chr11 71239086 . C A 303.06 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0965403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.352;QD=25.7922;RBI=0.0967918;REFB=0.00822953;REVB=-0.0069725;RO=20;SAF=9;SAR=18;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120978;STB=0.56662;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00441715;OID=.;OPOS=71239086;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:18:9:4:16:18:9:4:16 chr11 71249386 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9692;QD=42.1825;RBI=0.0158825;REFB=0;REVB=-0.0158149;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000444919;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr11 71498591 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0940497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.05;QD=33.4275;RBI=0.0985025;REFB=0;REVB=0.0292814;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134169;OID=.;OPOS=71498591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 71498601 . G T 38.39 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.869;QD=25.5943;RBI=0.135464;REFB=-0.0871459;REVB=0.0270299;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00912848;OID=.;OPOS=71498601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:6:6:0:0:5:6:1:2:3:0:0:2:4:0:0 chr11 71498648 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.17;QD=35.5759;RBI=0.0537372;REFB=0;REVB=-0.0531571;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169546;OID=.;OPOS=71498648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr11 71544269 . C T 340.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0404;QD=54.4745;RBI=0.125333;REFB=0;REVB=-0.00588994;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183206;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr11 71548465 . A G 726.76 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153591;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0852;QD=55.9044;RBI=0.153777;REFB=-0.0834623;REVB=-0.00756696;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000790605;OID=.;OPOS=71548465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:0:0:51:52:1:20:31:0:0:20:32:0:0 chr11 71548492 . C T 167.82 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0158046;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.615;QD=14.9175;RBI=0.0413095;REFB=-0.0123211;REVB=-0.0381666;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252392;STB=0.644297;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0133996;OID=.;OPOS=71548492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:20:7:9:9:20:7 chr11 71548520 . A T 463.67 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.592;QD=57.959;RBI=0.0106104;REFB=0;REVB=-0.00907059;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.43642e-06;OID=.;OPOS=71548520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:11:20:0:0:12:20:0:0 chr11 71548544 . A G 255.85 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1145;QD=51.17;RBI=0.0307983;REFB=0;REVB=0.00279125;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108094;OID=.;OPOS=71548544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr11 71707489 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.054;QD=51.9163;RBI=0.0490632;REFB=0;REVB=0.0142103;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355164;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:15:6:0:0 chr11 71708013 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.049;QD=56.1916;RBI=0.0428401;REFB=0;REVB=0.0123064;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119704;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr11 71714526 . G C 1348.53 PASS AF=0.9375;AO=89;DP=95;FAO=90;FDP=96;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0185993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.156;QD=56.1888;RBI=0.0680833;REFB=-0.0686553;REVB=0.0654936;RO=6;SAF=56;SAR=33;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582151;STB=0.530875;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0004454;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:95:96:6:6:89:90:0.9375:33:56:1:5:33:57:1:5 chr11 71719818 . T G 261.13 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0205831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0415;QD=17.1231;RBI=0.0247393;REFB=-0.0438738;REVB=-0.0137247;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816066;STB=0.54584;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0267252;OID=.;OPOS=71719818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:16:16:17:12:16:16 chr11 71941212 . A G 410.34 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0807;QD=56.5989;RBI=0.0386996;REFB=0;REVB=-0.0120211;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551995;OID=.;OPOS=71941212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr11 72281818 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.983;QD=61.3353;RBI=0.0311483;REFB=0;REVB=0.0302619;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177902;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr11 72281884 . C T 922.94 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522284;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5125;QD=58.599;RBI=0.0531962;REFB=0;REVB=0.010101;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966916;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:29:32:0:0:29:34:0:0 chr11 72287350 . A G 114.94 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.75;QD=41.7961;RBI=0.189516;REFB=0;REVB=0.0382306;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526894;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220293;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:1:0:10:11:1:8:2:0:1:9:2:0:0 chr11 72289291 . T C 225.28 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0197391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.122;QD=15.2731;RBI=0.0205142;REFB=-0.0209694;REVB=0.0055858;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681841;STB=0.534387;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0367621;OID=.;OPOS=72289291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:33:26:26:0.440678:15:11:11:20:15:11:12:21 chr11 72291927 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.478;QD=47.8222;RBI=0.00809268;REFB=0;REVB=0.00535395;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30266e-06;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 72293602 . A G 638.26 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00108556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.417;QD=59.3733;RBI=0.0544501;REFB=-0.0796457;REVB=0.0544393;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00133738;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:20:22:1:0:20:22:1:0 chr11 72295502 . T C 1041.57 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269975;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.553;QD=58.6798;RBI=0.0333671;REFB=-0.0275409;REVB=-0.0196087;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00061702;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:34:36:0:0:34:36:0:1 chr11 72295906 . A G 248.99 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.433;QD=49.797;RBI=0.0574152;REFB=0;REVB=-0.0248382;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195245;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:11:9:0:0 chr11 72363759 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0586623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.407;QD=22.6784;RBI=0.0586763;REFB=0.0138671;REVB=0.00128399;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189353;STB=0.608468;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00686891;OID=.;OPOS=72363759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:7:3:3:2:7:3:3:2 chr11 72368986 . T G 72.33 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0148893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5186;QD=8.50967;RBI=0.0398174;REFB=0.016088;REVB=-0.0369288;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38483;STB=0.70554;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0195408;OID=.;OPOS=72368986;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:5:5:4:19:5:5:5:19 chr11 72408657 . C T 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0119724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.653;QD=14.6163;RBI=0.0327096;REFB=-0.00992491;REVB=-0.0304398;RO=38;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095687;STB=0.505431;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0155599;OID=.;OPOS=72408657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:15:13:18:20:15:13:18:20 chr11 72532569 . G T 591.5 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0275925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9727;QD=56.3337;RBI=0.0814789;REFB=0.00452309;REVB=0.0766646;RO=2;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00450343;STB=0.502403;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00136976;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:22:18:1:1:22:18:1:1 chr11 72532621 . T G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000988324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.784;QD=63.583;RBI=0.0192073;REFB=0;REVB=0.0191819;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10894e-05;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr11 72532708 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01692;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.047;QD=54.5177;RBI=0.0172523;REFB=0;REVB=0.0033695;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6666e-05;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr11 72945341 . C T 871.21 PASS AF=0.598485;AO=79;DP=132;FAO=79;FDP=132;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0101497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2354;QD=26.4001;RBI=0.0234874;REFB=-0.0453439;REVB=-0.0211811;RO=52;SAF=37;SAR=42;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617822;STB=0.536845;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0363451;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:52:53:79:79:0.598485:42:37:20:32:42:37:20:33 chr11 72946020 . C T 363.12 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.064564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.079;QD=48.4164;RBI=0.0681624;REFB=-0.109996;REVB=0.0218541;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032084;STB=0.53331;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00670698;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:30:1:2:28:28:0.933333:14:14:1:0:14:14:2:0 chr11 72946140 . G C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9635;QD=43.4836;RBI=0.083342;REFB=0;REVB=0.0761296;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021195;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr11 73141776 . T C 180.57 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0526401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5604;QD=12.8975;RBI=0.0530054;REFB=-0.0305929;REVB=-0.00621247;RO=34;SAF=17;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293628;STB=0.670884;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0381915;OID=.;OPOS=73141776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:5:17:18:16:5:17:18:16 chr11 73441772 . A C 206.85 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091337;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=186.435;QD=48.671;RBI=0.020441;REFB=0;REVB=0.0182868;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63661e-05;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr11 73471689 . TA CT,TAC 30.33 PASS AF=0,0.166667;AO=2,9;DP=49;FAO=0,8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=0,2;FSAR=0,6;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0974388,0.0823753;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=2,1;MLLD=69.859,21.3294;QD=2.52789;RBI=0.123618,0.156938;REFB=0.00324133,-0.0318201;REVB=-0.0760725,-0.133581;RO=36;SAF=0,0;SAR=2,9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.442867,-0.732804;STB=0.5,0.681337;STBP=1,0.289;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.14678;OID=.,.;OPOS=73471689,73471691;OREF=TA,-;OALT=CT,C;OMAPALT=CT,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:49:48:36:40:2,9:0,8:0,0.166667:2,9:0,0:19:17:0,6:0,2:18:22 chr11 73543621 . T C 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.273;QD=57.6739;RBI=0.0529816;REFB=0;REVB=0.0490453;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444168;OID=.;OPOS=73543621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr11 73611349 . G C 231.84 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0115073;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.854;QD=14.4903;RBI=0.0248726;REFB=-0.00419298;REVB=0.0220505;RO=37;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430176;STB=0.524457;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00657538;OID=.;OPOS=73611349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:37:27:27:0.421875:15:12:18:19:15:12:18:19 chr11 73620537 . C G 509.85 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00894714;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.4971;QD=23.9929;RBI=0.178176;REFB=-0.117897;REVB=-0.177951;RO=16;SAF=21;SAR=27;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087342;STB=0.558259;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0797782;OID=.;OPOS=73620537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:16:36:48:48:0.564706:27:21:10:6:27:21:11:25 chr11 73670645 . T C 1157.27 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387107;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.672;QD=60.9088;RBI=0.0445741;REFB=0;REVB=0.0220983;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153044;OID=.;OPOS=73670645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr11 73689104 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.000835083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1859;QD=14.6653;RBI=0.00313034;REFB=0.0221254;REVB=0.00301689;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125611;STB=0.572936;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0281773;OID=.;OPOS=73689104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:10:11:6:9:10:11 chr11 73715542 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0197769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.209;QD=8.73825;RBI=0.0373425;REFB=-0.025855;REVB=0.0316756;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172769;STB=0.60583;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0331034;OID=.;OPOS=73715542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:8:12:4:5:8:12 chr11 73717254 . A G 194.9 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.03515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.978;QD=17.3241;RBI=0.0381542;REFB=-0.0147875;REVB=-0.0148398;RO=23;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283136;STB=0.666489;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0270778;OID=.;OPOS=73717254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:25:20:20:0.444444:5:15:11:12:5:15:12:13 chr11 73745147 . A G 93.29 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00657345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.918;QD=10.0857;RBI=0.00700662;REFB=-0.00441894;REVB=0.0024254;RO=25;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509031;STB=0.808982;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00578475;OID=.;OPOS=73745147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:2:10:10:15:2:10:10:15 chr11 73760413 . G T 591.63 PASS AF=0.556701;AO=53;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00358495;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.695;QD=24.397;RBI=0.0116883;REFB=-0.0195837;REVB=0.0111249;RO=40;SAF=28;SAR=25;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567379;STB=0.527959;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0112233;OID=.;OPOS=73760413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:43:53:54:0.556701:25:28:24:16:26:28:25:18 chr11 73789332 . C T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00577079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.083;QD=21.5108;RBI=0.0118301;REFB=-0.0209976;REVB=0.0103272;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230217;STB=0.629001;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.018602;OID=.;OPOS=73789332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:4:11:8:10:4:11 chr11 73806443 . C T 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.0424584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6949;QD=12.2161;RBI=0.0559786;REFB=-0.0109897;REVB=-0.0364813;RO=27;SAF=1;SAR=14;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324796;STB=0.699656;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0180427;OID=.;OPOS=73806443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:14:1:5:22:14:1:5:22 chr11 73882090 . TG GG,T,TGG,TGGG 53.74 PASS AF=0.05,0.0333333,0.1,0.1;AO=4,13,7,7;DP=62;FAO=3,2,6,6;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=2,0,3,5;FSAR=1,2,3,1;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00305917,0.0629678,-0.0707531,-0.0351653;FXX=0.0322529;HRUN=1,6,6,6;LEN=1,1,1,2;MLLD=45.4491,9.92598,7.27757,14.1109;QD=3.58238;RBI=0.0279542,0.220612,0.219751,0.111475;REFB=0.00251824,-0.00338082,0.00860138,0.00229165;REVB=0.0277864,-0.211435,0.208049,0.105783;RO=26;SAF=2,4,1,7;SAR=2,9,6,0;SRF=12;SRR=14;SSEN=0,0.65625,0,0;SSEP=0,0.576271,0,0;SSSB=0.0434779,-0.182869,-0.432901,0.726948;STB=0.738268,0.993845,0.591542,0.858763;STBP=0.477,0.179,0.637,0.101;TYPE=snp,del,ins,ins;VARB=0.0120805,-0.00718507,-0.121409,0.00748515;OID=.,.,.,.;OPOS=73882090,73882091,73882091,73882091;OREF=T,G,-,-;OALT=G,-,G,GG;OMAPALT=GG,T,TGG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:19:62:60:26:43:4,13,7,7:3,2,6,6:0.05,0.0333333,0.1,0.1:2,9,6,0:2,4,1,7:12:14:1,2,3,1:2,0,3,5:17:26 chr11 73965138 . C T 55.79 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00590859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.184;QD=10.1431;RBI=0.0533931;REFB=-0.00537527;REVB=0.0530652;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345387;STB=0.726821;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0189724;OID=.;OPOS=73965138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:14:14:7:8:0.363636:3:4:12:2:4:4:12:2 chr11 73965162 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00780977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6973;QD=9.56981;RBI=0.104122;REFB=-0.0272607;REVB=-0.103829;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129171;STB=0.578129;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0294693;OID=.;OPOS=73965162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:11:4:3:5:11:4 chr11 73978243 . G A 308.12 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.00855558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.64;QD=20.8896;RBI=0.0171227;REFB=-0.0203868;REVB=0.014832;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186352;STB=0.602589;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0206564;OID=.;OPOS=73978243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:18:14:6:21:18:14:6:21 chr11 74043708 . G A 497.04 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000241349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.931;QD=58.4757;RBI=0.0249285;REFB=0;REVB=0.0249273;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161528;OID=.;OPOS=74043708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:30:34:1:17:13:0:0:21:13:0:0 chr11 74046975 . C T 263.79 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00189239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.264;QD=15.7487;RBI=0.0116592;REFB=-0.0106422;REVB=-0.0115046;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713018;STB=0.537289;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00988228;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:29:30:0.447761:15:14:20:16:15:15:21:16 chr11 74049569 . A G 401.13 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0241211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5985;QD=14.7203;RBI=0.0281059;REFB=-0.0143166;REVB=-0.0144262;RO=63;SAF=17;SAR=29;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804366;STB=0.545321;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0151973;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:29:17:28:35:29:17:28:35 chr11 74053547 . C T 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.646;QD=59.5008;RBI=0.01782;REFB=0;REVB=0.0073393;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83265e-05;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr11 74109166 . A G 244.1 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0134862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.177;QD=23.8146;RBI=0.0258881;REFB=-0.0363976;REVB=-0.0220979;RO=18;SAF=16;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594314;STB=0.539647;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0261274;OID=.;OPOS=74109166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:18:22:23:0.560976:6:16:12:6:6:17:12:6 chr11 74110353 . A G 66.27 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0035281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.732;QD=12.0497;RBI=0.0237488;REFB=-0.0063463;REVB=-0.0234853;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865477;STB=0.580461;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00697362;OID=.;OPOS=74110353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:3:6:7:5:3:6:7:6 chr11 74167409 . T C 229.02 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00106283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6907;QD=43.6233;RBI=0.0185697;REFB=-0.151364;REVB=-0.0185392;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540538;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00859802;OID=.;OPOS=74167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:19:20:0.952381:11:8:1:0:11:9:1:0 chr11 74168411 . A G 303.65 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0169829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1509;QD=26.4044;RBI=0.0225702;REFB=-0.0713713;REVB=0.014866;RO=19;SAF=6;SAR=21;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188118;STB=0.604854;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0514923;OID=.;OPOS=74168411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:21:6:8:11:21:6:8:11 chr11 74203308 . T A 334.02 PASS AF=0.617021;AO=28;DP=48;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0174815;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0712;QD=28.427;RBI=0.0176507;REFB=-0.00392198;REVB=0.00243862;RO=17;SAF=17;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175143;STB=0.596425;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00147394;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:17:18:28:29:0.617021:11:17:6:11:12:17:6:12 chr11 74204269 . T G 638.77 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0693469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.638;QD=59.4201;RBI=0.103008;REFB=-0.107386;REVB=0.0761686;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.508471;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00636979;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:29:13:0:0:29:13:0:1 chr11 74208029 . C T 444.94 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0450981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.992;QD=17.9774;RBI=0.0479378;REFB=-0.00885958;REVB=-0.016254;RO=53;SAF=25;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117508;STB=0.570439;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0106955;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:53:54:45:45:0.454545:20:25:23:30:20:25:23:31 chr11 74208592 . G T 54.71 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0158843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6188;QD=11.5178;RBI=0.0554816;REFB=-0.0281402;REVB=0.0531592;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396358;STB=0.635998;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0657042;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:18:19:11:11:7:8:0.421053:6:1:5:6:6:2:5:6 chr11 74278090 . C T 1543.46 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213713;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.067;QD=58.7985;RBI=0.0214475;REFB=-0.122918;REVB=-0.00180575;RO=1;SAF=58;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811183;STB=0.504273;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000326377;OID=.;OPOS=74278090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:46:58:1:0:46:58:1:0 chr11 74278176 . C T 248.41 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0596197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1852;QD=13.9949;RBI=0.0931918;REFB=-0.00560559;REVB=-0.0716254;RO=42;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207456;STB=0.511803;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00980215;OID=.;OPOS=74278176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:13:16:24:18:13:16:24:18 chr11 74329615 . T C 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.58;QD=47.8179;RBI=0.0167209;REFB=0;REVB=0.0147704;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209773;OID=.;OPOS=74329615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 74396330 . C T 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.259;QD=57.1957;RBI=0.0391692;REFB=0;REVB=0.0388777;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253137;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr11 74413872 . A G 275.6 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.000492352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2406;QD=18.0721;RBI=0.09983;REFB=-0.00317758;REVB=-0.0998288;RO=31;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196683;STB=0.610114;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00110459;OID=.;OPOS=74413872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:11:19:13:18:11:19:13:18 chr11 74419357 . C T 670.59 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0256793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7568;QD=54.742;RBI=0.0447932;REFB=-0.0324487;REVB=0.0367015;RO=4;SAF=28;SAR=17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197778;STB=0.510552;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0183592;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:49:49:4:4:45:45:0.918367:17:28:2:2:17:28:2:2 chr11 74419378 . C T 176.52 PASS AF=0.411765;AO=19;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0479589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3661;QD=13.845;RBI=0.100648;REFB=-0.00466758;REVB=-0.0884869;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119036;STB=0.583252;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0197114;OID=.;OPOS=74419378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:30:19:21:0.411765:7:12:14:13:7:14:16:14 chr11 74421964 . C T 303.65 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00123802;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5903;QD=14.4597;RBI=0.045639;REFB=0.0014249;REVB=0.0456222;RO=50;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000523957;OID=.;OPOS=74421964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:17:17:25:25:17:17:25:25 chr11 74546905 . G A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00967447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.574;QD=21.1302;RBI=0.0112457;REFB=-0.00966188;REVB=-0.00573334;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100802;STB=0.556693;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0103248;OID=.;OPOS=74546905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:11:10:13:9:11:10 chr11 74553074 . C T 1058.48 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9046;QD=59.6326;RBI=0.0358286;REFB=0;REVB=-0.0208002;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5776e-05;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:39:32:0:0 chr11 74559446 . G C 339.18 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=57;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0702348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0384;QD=23.3915;RBI=0.0981019;REFB=-0.0273149;REVB=0.0684913;RO=24;SAF=15;SAR=18;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12739;STB=0.574906;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.020175;OID=.;OPOS=74559446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:24:24:33:34:0.586207:18:15:7:17:18:16:7:17 chr11 74559481 . C T 255.76 PASS AF=0.585366;AO=22;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0199301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.771;QD=24.9517;RBI=0.035616;REFB=-0.0316853;REVB=0.0295177;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109725;STB=0.569302;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0321928;OID=.;OPOS=74559481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:16:17:22:24:0.585366:12:10:5:11:13:11:5:12 chr11 74563077 . G A 405.9 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.022542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.777;QD=17.6478;RBI=0.0285592;REFB=-0.0174032;REVB=0.0175354;RO=50;SAF=13;SAR=29;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772292;STB=0.543304;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0210364;OID=.;OPOS=74563077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:29:13:19:31:29:13:19:31 chr11 74705696 . T C 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0659131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.732;QD=16.4161;RBI=0.0672487;REFB=-0.0378778;REVB=-0.0133363;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314877;STB=0.685403;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0369662;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:12:2:6:10:12:2:6:10 chr11 74862391 . A G 409.32 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0125206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.1175;QD=51.1655;RBI=0.0286624;REFB=0.10137;REVB=0.0257832;RO=2;SAF=22;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413228;STB=0.522712;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0022853;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:32:2:2:29:30:0.9375:7:22:1:1:7:23:1:1 chr11 74873754 . GCACAGAAAA G 43.4 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0117802;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=368.479;QD=5.78729;RBI=0.0118334;REFB=-0.00726453;REVB=-0.00112021;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789762;STB=0.529329;STBP=0.901;TYPE=del;VARB=0.0257321;OID=.;OPOS=74873755;OREF=CACAGAAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:7:30:7:30:23:4:3:14:9:43:22:4:3:14:8 chr11 74880370 . G A 364.87 PASS AF=0.421569;AO=41;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0168082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.558;QD=14.3087;RBI=0.0288589;REFB=-0.0360312;REVB=0.0234589;RO=56;SAF=17;SAR=24;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160345;STB=0.586917;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0429539;OID=.;OPOS=74880370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:59:41:43:0.421569:24:17:32:24:24:19:35:24 chr11 74883577 . G A 484.74 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114644;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.634;QD=55.3993;RBI=0.0148732;REFB=-0.14532;REVB=-0.00947515;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00109495;OID=.;OPOS=74883577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:33:34:0.971429:17:16:0:0:17:17:0:1 chr11 74904362 . T C 1510.81 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.753;QD=63.6132;RBI=0.027087;REFB=0;REVB=0.0232978;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23036e-05;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:46:48:0:0:47:48:0:0 chr11 74977067 . C T 214.12 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0350528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.016;QD=14.7671;RBI=0.0353054;REFB=0.000772119;REVB=0.00421543;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506399;STB=0.519984;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.000793982;OID=.;OPOS=74977067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:13:12:17:15:13:12:17:16 chr11 74995350 . C T 120.11 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0195055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1939;QD=14.1301;RBI=0.0246664;REFB=0.00564655;REVB=0.0150986;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331196;STB=0.557438;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.0128276;OID=.;OPOS=74995350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:18:20:14:14:0.411765:9:5:7:11:9:5:9:11 chr11 75145952 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.699;QD=59.8394;RBI=0.0207904;REFB=0;REVB=0.0178927;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46654e-05;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr11 75277628 . A G 735.4 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.788;QD=56.5688;RBI=0.0293535;REFB=0;REVB=0.0276137;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112694;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:47:52:1:26:21:0:0:29:23:0:0 chr11 75277992 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.923;QD=58.5878;RBI=0.0321057;REFB=0;REVB=0.00295761;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102139;OID=.;OPOS=75277992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr11 75298797 . A G 133.98 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00542142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1615;QD=16.2393;RBI=0.0186651;REFB=-0.0174867;REVB=-0.0178604;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240435;STB=0.637277;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0269633;OID=.;OPOS=75298797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:5:13:7:8:5:13 chr11 75428958 . A G 191.6 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.023211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.275;QD=15.641;RBI=0.0243495;REFB=-0.0110779;REVB=-0.00735838;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193357;STB=0.590073;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0227879;OID=.;OPOS=75428958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:19:20:0.408163:7:12:13:16:8:12:13:16 chr11 75946552 . G A 279.91 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0205259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.287;QD=14.1725;RBI=0.020727;REFB=-0.0224579;REVB=0.00288;RO=47;SAF=17;SAR=15;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681475;STB=0.538683;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0306073;OID=.;OPOS=75946552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:15:17:28:19:15:17:28:19 chr11 76207633 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.52;QD=60.2306;RBI=0.0143739;REFB=0;REVB=0.00928888;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75401e-05;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:36:37:1:23:13:0:1:24:13:0:0 chr11 76368553 . A G 88.58 PASS AF=0.24;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0607009;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7464;QD=7.08636;RBI=0.100609;REFB=-0.0138626;REVB=0.0802343;RO=38;SAF=3;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318747;STB=0.701775;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0410505;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:51:50:38:38:12:12:0.24:9:3:19:19:9:3:19:19 chr11 76370792 . A G 839.14 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.026;QD=56.8906;RBI=0.017152;REFB=0;REVB=0.00182271;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110675;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:24:32:0:0:25:34:0:0 chr11 76372052 . A G 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8772;QD=57.1737;RBI=0.0569554;REFB=0;REVB=-0.0535808;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044135;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr11 76372418 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1839;QD=56.1893;RBI=0.0767785;REFB=0;REVB=0.0204949;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138417;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr11 76400134 . C T 313.41 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0241813;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3716;QD=21.9938;RBI=0.0263365;REFB=-0.0190782;REVB=0.0104345;RO=25;SAF=29;SAR=3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349948;STB=0.697877;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0246182;OID=.;OPOS=76400134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:25:25:32:32:0.561404:3:29:17:8:3:29:17:8 chr11 76400254 . T C 536.36 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0616936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.274;QD=23.838;RBI=0.0618701;REFB=0.0042832;REVB=-0.00467077;RO=40;SAF=21;SAR=29;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204526;STB=0.612093;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00248314;OID=.;OPOS=76400254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:29:21:27:13:29:21:27:13 chr11 76418737 . A G 191.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.167107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2976;QD=47.8089;RBI=0.167622;REFB=0;REVB=0.0131328;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00572632;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr11 76507692 . T A 580.12 PASS AF=0.403614;AO=65;DP=164;FAO=67;FDP=166;FR=.;FRO=99;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=0.0184414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8776;QD=13.9788;RBI=0.033983;REFB=-0.0160885;REVB=0.028544;RO=99;SAF=26;SAR=39;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379578;STB=0.528678;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0346061;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:99:99:65:67:0.403614:39:26:43:56:41:26:43:56 chr11 76508378 . A G 137.85 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00136637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2533;QD=19.0141;RBI=0.0285643;REFB=0.0464477;REVB=-0.0285316;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677684;STB=0.518494;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0135784;OID=.;OPOS=76508378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:7:8:8:5:7:8:8:6 chr11 76637651 . G A 412.45 PASS AF=0.396694;AO=47;DP=122;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.00491002;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7225;QD=13.6349;RBI=0.0279576;REFB=0.00145139;REVB=-0.0275231;RO=70;SAF=20;SAR=27;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643986;STB=0.538445;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0046239;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:70:73:47:48:0.396694:27:20:34:36:28:20:35:38 chr11 76637680 . G A 429.18 PASS AF=0.387597;AO=46;DP=126;FAO=50;FDP=129;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.0546162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.155;QD=13.308;RBI=0.0563603;REFB=0.00242688;REVB=0.0139124;RO=78;SAF=23;SAR=23;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566103;STB=0.53487;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00441044;OID=.;OPOS=76637680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:78:79:46:50:0.387597:23:23:35:43:25:25:35:44 chr11 76687399 . A C 439.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00102512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.479;QD=21.9743;RBI=0.0109474;REFB=-1.97903e-05;REVB=0.0108993;RO=37;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113924;STB=0.506281;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=2.61601e-05;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:18:25:22:15:18:25:22:15 chr11 76701606 . G A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0081387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.652;QD=13.7471;RBI=0.00822081;REFB=-0.0130123;REVB=-0.00115902;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363894;STB=0.528984;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.018399;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:12:10:13:18:12:10:13:19 chr11 76732308 . G A 158.24 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0121113;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.78;QD=11.3025;RBI=0.0126074;REFB=0.00045671;REVB=0.00350211;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955434;STB=0.553518;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00108512;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:36:19:20:0.357143:9:10:14:18:10:10:15:21 chr11 76732949 . T C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0283226;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=107.263;QD=6.92881;RBI=0.0318004;REFB=-0.00260135;REVB=0.01446;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442109;STB=0.78843;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0080163;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:8:7:5:1:8:7 chr11 76751541 . CT C 297.85 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.8632;QD=44.1251;RBI=0.0582074;REFB=0;REVB=-0.0351734;RO=0;SAF=22;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00340339;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:27:27:27:0:22:5:0:0:6:0:22:4:0:0 chr11 76751584 . CT C,CC 737.94 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=50,3;DP=53;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=44,3;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00439759,-0.00444639;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=298.352,277.074;QD=55.6939;RBI=0.0129711,0.0581154;REFB=0,0;REVB=0.0122029,-0.057945;RO=0;SAF=44,3;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.84987e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000680009,0.0244074;OID=.,.;OPOS=76751585,76751585;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.943396,0.0566038:50,3:53:50,3:53:0:44,3:6,0:0:0:9:0:44,3:6,0:0:0 chr11 76751603 . CT C 723.76 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0636809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.9105;QD=46.6938;RBI=0.12842;REFB=0;REVB=-0.111518;RO=0;SAF=51;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15842e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00358583;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:61:62:62:0:54:8:0:0:13:0:51:8:0:0 chr11 76799004 . T C 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00133093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.301;QD=23.8996;RBI=0.00687466;REFB=-0.00998626;REVB=0.00674459;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690909;STB=0.538433;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00883161;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:13:14:10:13:13:14:10:13 chr11 76827360 . A G 326.61 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.000777542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4433;QD=15.0165;RBI=0.071476;REFB=-0.0367423;REVB=-0.0714717;RO=50;SAF=13;SAR=23;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042685;STB=0.519496;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0450307;OID=.;OPOS=76827360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:36:36:0.413793:23:13:20:30:23:13:20:31 chr11 76836864 . G A 2258.5 PASS AF=0.974522;AO=152;DP=156;FAO=153;FDP=157;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0122467;FXX=0.0125778;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.102;QD=57.5414;RBI=0.0154094;REFB=-0.132465;REVB=0.00935248;RO=4;SAF=70;SAR=82;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010336;STB=0.505486;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.000364268;OID=.;OPOS=76836864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:156:157:4:4:152:153:0.974522:82:70:1:3:82:71:1:3 chr11 76853783 . T C 246.89 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.013318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.274;QD=17.9555;RBI=0.0192729;REFB=-0.0346846;REVB=-0.013931;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154442;STB=0.589675;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0250098;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:28:27:27:0.490909:18:9:13:13:18:9:14:14 chr11 76868372 . T C 291.95 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0107328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8585;QD=17.1732;RBI=0.0750267;REFB=-0.00295217;REVB=0.074255;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16715;STB=0.593691;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00435138;OID=.;OPOS=76868372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:19:13:21:15:19:13:21:15 chr11 76890115 . C T 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00939074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.026;QD=9.65095;RBI=0.031278;REFB=-0.0175714;REVB=-0.029835;RO=33;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186404;STB=0.612839;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0466874;OID=.;OPOS=76890115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:5:9:16:17:5:9:16:17 chr11 76895770 . GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 48.54 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0107954;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=22;MLLD=566.181;QD=4.97852;RBI=0.0143628;REFB=-0.00559236;REVB=-0.0094736;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213753;STB=0.593026;STBP=0.526;TYPE=del;VARB=0.0144323;OID=.;OPOS=76895771;OREF=GGAGGCGGGGACACCAGGGCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25641:10:40:10:39:29:3:7:12:17:48:23:3:7:11:12 chr11 76910766 . C T 335.38 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0116962;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.295;QD=17.4221;RBI=0.0141021;REFB=-0.0229418;REVB=0.00787836;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923093;STB=0.55841;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0212811;OID=.;OPOS=76910766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:35:36:0.467532:18:17:16:25:18:18:16:25 chr11 76912636 . A T 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0216517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.29;QD=20.0307;RBI=0.030037;REFB=-0.0390821;REVB=0.0208189;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778135;STB=0.543882;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0273322;OID=.;OPOS=76912636;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:10:14:13:13:10:14:13:13 chr11 76917220 . A G 139.82 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0109707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.7613;QD=12.7111;RBI=0.0593703;REFB=-0.0375616;REVB=0.0583479;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632847;STB=0.536992;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0669625;OID=.;OPOS=76917220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:6:10:19:9:6:10:19:9 chr11 76919478 . C A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0235606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.451;QD=9.57095;RBI=0.0303941;REFB=-0.0426865;REVB=-0.0192015;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354635;STB=0.521685;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0404826;OID=.;OPOS=76919478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:7:8:4:4:7:8 chr11 76928149 . A G 2700.57 PASS AF=0.972527;AO=173;DP=178;FAO=177;FDP=182;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=104;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0154737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.214;QD=59.3533;RBI=0.0207819;REFB=-0.0511053;REVB=0.0138728;RO=5;SAF=69;SAR=104;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222375;STB=0.510941;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000342019;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:178:182:5:5:173:177:0.972527:104:69:4:1:104:73:4:1 chr11 76954788 . T TA 475.47 PASS AF=1;AO=36;DP=50;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840109;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.8547;QD=44.2294;RBI=0.0127702;REFB=0;REVB=-0.0096177;RO=14;SAF=18;SAR=18;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.42948e-05;OID=.;OPOS=76954789;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:50:43:43:0:19:24:0:0:9:14:18:18:7:7 chr11 76954812 . T C 632.68 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8425;QD=61.7248;RBI=0.0498249;REFB=0;REVB=0.0446602;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390018;OID=.;OPOS=76954812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:25:16:0:0 chr11 76954833 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.041;QD=61.3359;RBI=0.0374843;REFB=0;REVB=0.0216434;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43202e-05;OID=.;OPOS=76954833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr11 76979586 . T G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0321895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.713;QD=21.0155;RBI=0.0325728;REFB=-0.0149714;REVB=0.00498271;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810966;STB=0.504581;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0119887;OID=.;OPOS=76979586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:5:8:10:6:5:8 chr11 77033699 . A G 728.06 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.494;QD=56.0042;RBI=0.00680779;REFB=0;REVB=0.00660195;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92926e-05;OID=.;OPOS=77033699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr11 77378388 . T C 167.34 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0136594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.563;QD=23.081;RBI=0.0141614;REFB=-0.0221568;REVB=0.00373684;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399905;STB=0.522423;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0222665;OID=.;OPOS=77378388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:5:7:9:8:5:7 chr11 77378505 . A G 173.14 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0553833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0219;QD=36.4506;RBI=0.069241;REFB=-0.108699;REVB=0.0415573;RO=3;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693073;STB=0.503812;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0260647;OID=.;OPOS=77378505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:11:5:1:2:11:5:1:2 chr11 77402734 . C A 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0362463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.751;QD=15.6261;RBI=0.0366722;REFB=-0.0113202;REVB=0.00557299;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333621;STB=0.691212;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0161936;OID=.;OPOS=77402734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:16:7:11:6:16:7 chr11 77409568 . T C 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.06743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.046;QD=24.9289;RBI=0.0675215;REFB=-0.0152372;REVB=0.00351496;RO=19;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693373;STB=0.538431;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00783029;OID=.;OPOS=77409568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:15:10:6:13:15:10:6:13 chr11 77412851 . A G 243.95 PASS AF=0.480769;AO=20;DP=48;FAO=25;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0132906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.15;QD=18.7657;RBI=0.0185429;REFB=-0.0282548;REVB=0.0129305;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766705;STB=0.572312;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0215304;OID=.;OPOS=77412851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:15:24:20:25:0.480769:10:10:9:6:12:13:16:8 chr11 77504709 . C T 306.68 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0297643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.572;QD=22.7166;RBI=0.0301413;REFB=-0.0233214;REVB=-0.00475184;RO=23;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143568;STB=0.578831;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0159443;OID=.;OPOS=77504709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:12:19:18:5:12:19:18:5 chr11 77504771 . A AC 53.36 PASS AF=0.328125;AO=17;DP=65;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0355387;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=47.0867;QD=3.33508;RBI=0.0386678;REFB=-0.0085396;REVB=-0.015238;RO=47;SAF=11;SAR=6;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390002;STB=0.561737;STBP=0.504;TYPE=ins;VARB=0.0970198;OID=.;OPOS=77504772;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328125:17:65:21:64:43:14:7:25:18:53:47:11:6:29:18 chr11 77553638 . T C 255.85 PASS AF=1;AO=14;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.7;QD=51.1696;RBI=0.0484527;REFB=0;REVB=0.0146942;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218767;OID=.;OPOS=77553638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:14:20:1:5:9:0:0:7:13:0:0 chr11 77583266 . G A 293.59 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0243026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4686;QD=19.9043;RBI=0.0612861;REFB=0.00992882;REVB=0.0562616;RO=27;SAF=28;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49261;STB=0.790464;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00669997;OID=.;OPOS=77583266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:3:28:14:13:3:28:14:14 chr11 77597486 . C T 805.59 PASS AF=0.871429;AO=61;DP=70;FAO=61;FDP=70;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0230883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.6239;QD=46.0337;RBI=0.0230885;REFB=0.00911279;REVB=8.70205e-05;RO=8;SAF=18;SAR=43;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17032;STB=0.599966;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00104485;OID=.;OPOS=77597486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:70:70:8:9:61:61:0.871429:43:18:8:0:43:18:9:0 chr11 77597567 . C T 328.82 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00206744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.808;QD=43.8422;RBI=0.0117317;REFB=-0.00873258;REVB=-0.0115481;RO=4;SAF=7;SAR=19;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204379;STB=0.61102;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00118546;OID=.;OPOS=77597567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:19:7:4:0:19:7:4:0 chr11 77597794 . G C 446.16 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.302;QD=57.5694;RBI=0.0201559;REFB=0;REVB=0.0190395;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30229e-05;OID=.;OPOS=77597794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:21:10:0:0 chr11 77629132 . A AT 238.88 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.7615;QD=45.5006;RBI=0.0937458;REFB=0;REVB=-0.0899632;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0067097;OID=.;OPOS=77629133;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:21:21:21:0:11:10:0:0:4:0:11:10:0:0 chr11 77635882 . A C 126.15 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0067627;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.066;QD=8.85228;RBI=0.0314322;REFB=-0.00670747;REVB=-0.030696;RO=39;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14745;STB=0.579616;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0135808;OID=.;OPOS=77635882;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:39:40:17:17:0.298246:7:10:18:21:7:10:19:21 chr11 77727379 . T C 91.14 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0195759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.339;QD=17.3598;RBI=0.0393285;REFB=-0.013351;REVB=0.0341103;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578471;STB=0.533274;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.011064;OID=.;OPOS=77727379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:3:7:7:4:3:7 chr11 77734209 . T C 1135.15 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.67;QD=60.5411;RBI=0.00568058;REFB=0;REVB=-0.00395385;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88536e-07;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr11 77790653 . T C 1754.23 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211866;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5279;QD=61.0167;RBI=0.0540853;REFB=0;REVB=-0.0497629;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126656;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:56:59:0:0:56:59:0:0 chr11 77909014 . G A 389.67 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0185592;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.211;QD=37.1113;RBI=0.0373259;REFB=-0.0181999;REVB=0.0323849;RO=11;SAF=16;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296724;STB=0.516119;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00509247;OID=.;OPOS=77909014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:43:42:11:11:31:31:0.738095:15:16:5:6:15:16:5:6 chr11 77920563 . G T 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0139974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.662;QD=21.2923;RBI=0.0142747;REFB=-0.0249387;REVB=0.00280026;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106646;STB=0.559761;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.037052;OID=.;OPOS=77920563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:12:13:10:15:12:13:10:15 chr11 77920863 . C A 77.35 PASS AF=0.344828;AO=7;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.044811;FXX=0.0333222;HRUN=8;LEN=1;MLLD=28.2965;QD=10.6685;RBI=0.116054;REFB=0.0249148;REVB=0.107054;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922775;STB=0.583166;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0610939;OID=.;OPOS=77920863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:29:9:19:7:10:0.344828:4:3:3:6:6:4:10:9 chr11 77920930 . A G 44.11 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0545137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.809;QD=6.78675;RBI=0.0642208;REFB=-0.0168533;REVB=-0.0339496;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204458;STB=0.644765;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0471672;OID=.;OPOS=77920930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:18:19:7:7:0.269231:3:4:7:11:3:4:7:12 chr11 77921527 . G C 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0270409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.818;QD=19.4078;RBI=0.0270538;REFB=-0.0326094;REVB=-0.000835524;RO=28;SAF=10;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12149;STB=0.567855;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0229802;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:20:10:13:15:20:10:13:15 chr11 77928184 . TC TCATTA,T 149.78 PASS AF=0.5,0.03125;AO=13,5;DP=33;FAO=16,1;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7,1;FSAR=9,0;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0131797,-0.0954889;FXX=0.0302939;HRUN=1,5;LEN=4,1;MLLD=251.385,12.2647;QD=18.7226;RBI=0.0136198,0.138108;REFB=-0.0660322,-0.154523;REVB=0.00343427,-0.0997787;RO=11;SAF=5,4;SAR=8,1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0.378378;SSSB=0.0976611,0.531405;STB=0.551804,0.99258;STBP=0.605,0.244;TYPE=ins,del;VARB=0.0337476,0.140676;OID=.,.;OPOS=77928186,77928185;OREF=-,C;OALT=ATTA,-;OMAPALT=TCATTA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.03125:13,5:33:16,1:32:15:7,1:9,0:5:10:99:11:5,4:8,1:3:8 chr11 77930138 . T C 120.79 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0212334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.254;QD=15.0989;RBI=0.0298193;REFB=-0.0362987;REVB=0.0209364;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395996;STB=0.522903;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0720705;OID=.;OPOS=77930138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:11:7:6:8:11:7 chr11 77930345 . T C 153.57 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0590411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.813;QD=21.9383;RBI=0.0598598;REFB=-0.04441;REVB=-0.00986631;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180541;STB=0.587265;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0292538;OID=.;OPOS=77930345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:11:12:16:16:0.571429:11:5:6:5:11:5:6:6 chr11 77936166 . A G 238.56 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0280365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.677;QD=27.2639;RBI=0.0348997;REFB=0.0218599;REVB=0.0207832;RO=13;SAF=6;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899249;STB=0.549953;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.0124655;OID=.;OPOS=77936166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:16:6:5:8:16:6:5:8 chr11 77937800 . G A 361.64 PASS AF=0.47561;AO=30;DP=74;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0549555;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.931;QD=17.6411;RBI=0.0551818;REFB=-0.0142202;REVB=-0.00499289;RO=41;SAF=6;SAR=24;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220949;STB=0.507439;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0160711;OID=.;OPOS=77937800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:82:41:43:30:39:0.47561:24:6:15:26:25:14:16:27 chr11 78437182 . G A 1381.22 PASS AF=0.961165;AO=96;DP=104;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0612118;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4243;QD=53.6397;RBI=0.0650365;REFB=-0.0966865;REVB=0.0219741;RO=6;SAF=37;SAR=59;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519406;STB=0.513872;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00201072;OID=.;OPOS=78437182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:103:6:4:96:99:0.961165:59:37:5:1:59:40:3:1 chr11 78574164 . A G 413.01 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00763272;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.851;QD=21.1801;RBI=0.0483328;REFB=-0.018421;REVB=-0.0477263;RO=37;SAF=23;SAR=18;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029399;STB=0.516244;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0172435;OID=.;OPOS=78574164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:18:23:22:15:18:23:22:15 chr11 78600878 . C T 320.46 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.048221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.358;QD=21.3639;RBI=0.0508357;REFB=-0.0303532;REVB=-0.0160936;RO=26;SAF=22;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171812;STB=0.58818;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0162913;OID=.;OPOS=78600878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:11:22:12:14:11:22:13:14 chr11 78775732 . AC AA,A 58.64 PASS AF=0.111111,0.388889;AO=2,7;DP=17;FAO=2,7;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2,6;FSAR=0,1;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00149195,0.0579833;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=23.4182,16.8998;QD=13.0302;RBI=0.111991,0.0747296;REFB=-0.0541116,-0.0846271;REVB=0.111981,0.0471428;RO=7;SAF=2,6;SAR=0,1;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0.278351;SSSB=0.804017,0.662668;STB=0.997267,0.88425;STBP=0.019,0.022;TYPE=snp,del;VARB=-0.044557,0.0528137;OID=.,.;OPOS=78775733,78775733;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.111111,0.388889:2,7:17:2,7:18:9:2,6:0,1:1:8:43:7:2,6:0,1:0:7 chr11 79133220 . T C 126.25 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0782158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0186;QD=18.704;RBI=0.0845667;REFB=0.00401095;REVB=0.0321531;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237804;STB=0.595095;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00112324;OID=.;OPOS=79133220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:13:13:14:0.518519:10:3:6:7:10:4:6:7 chr11 81262829 . G C 164.45 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00670172;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.96;QD=11.1488;RBI=0.0359588;REFB=-0.0346044;REVB=-0.0353288;RO=37;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587604;STB=0.527001;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0205407;OID=.;OPOS=81262829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:38:21:21:0.355932:13:8:16:21:13:8:16:22 chr11 81262836 . T A 161.22 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=57;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.000900067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.6;QD=11.1185;RBI=0.00426226;REFB=-0.0239031;REVB=-0.00416615;RO=37;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251715;STB=0.501741;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0366404;OID=.;OPOS=81262836;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:37:37:20:21:0.362069:12:8:14:23:13:8:14:23 chr11 81264998 . G T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.482;QD=63.2847;RBI=0.0140066;REFB=0;REVB=-0.00237987;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45794e-05;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr11 81265047 . C T 270.01 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00181503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4369;QD=22.9794;RBI=0.00745765;REFB=-0.0144149;REVB=-0.00723341;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130674;STB=0.572824;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0099797;OID=.;OPOS=81265047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:8:14:12:13:8:14 chr11 82443672 . C G 323.49 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0122167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.1498;QD=47.9249;RBI=0.0123187;REFB=-0.175223;REVB=0.00158136;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.504501;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0177032;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:27:27:1:2:25:25:0.925926:14:11:1:0:14:11:1:1 chr11 82443817 . G A 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8308;QD=59.0153;RBI=0.0516726;REFB=0;REVB=0.04064;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981531;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr11 82535963 . C T 204.59 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0359048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.762;QD=16.3674;RBI=0.0534777;REFB=-0.0142261;REVB=-0.0396323;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882352;STB=0.550675;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0191491;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:7:14:17:12:7:14:17:12 chr11 82643760 . G T 482.85 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9793;QD=58.5278;RBI=0.014928;REFB=0;REVB=-0.00472037;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026198;OID=.;OPOS=82643760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr11 82644904 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.24;QD=35.5756;RBI=0.0130088;REFB=0;REVB=0.0124693;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234852;OID=.;OPOS=82644904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr11 82973004 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0801102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.454;QD=57.6804;RBI=0.0893932;REFB=0;REVB=0.0396676;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210965;OID=.;OPOS=82973004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr11 82996986 . A C 274.15 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0096875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.267;QD=24.923;RBI=0.0146928;REFB=-0.0182163;REVB=-0.0110468;RO=19;SAF=18;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326002;STB=0.681668;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0139969;OID=.;OPOS=82996986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:7:18:6:13:7:18:6:13 chr11 85195025 . A C 2620.36 PASS AF=0.956284;AO=174;DP=183;FAO=175;FDP=183;FR=.;FRO=8;FSAF=50;FSAR=125;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0234263;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.428;QD=57.2756;RBI=0.0297693;REFB=0.0130388;REVB=-0.018369;RO=8;SAF=50;SAR=124;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166895;STB=0.50867;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.000577634;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:183:183:8:8:174:175:0.956284:124:50:1:7:125:50:1:7 chr11 85195075 . T C 3289.6 PASS AF=0.956332;AO=219;DP=229;FAO=219;FDP=229;FR=.;FRO=10;FSAF=71;FSAR=148;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00188426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.433;QD=57.4602;RBI=0.0122792;REFB=-0.0118044;REVB=0.0121337;RO=9;SAF=71;SAR=148;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000782427;STB=0.501207;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.000444426;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:229:229:9:10:219:219:0.956332:148:71:3:6:148:71:3:7 chr11 85195154 . A T 2524.45 PASS AF=0.944751;AO=168;DP=179;FAO=171;FDP=181;FR=.;FRO=10;FSAF=80;FSAR=91;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0351859;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.926;QD=55.7889;RBI=0.0609733;REFB=-0.0127658;REVB=0.0497966;RO=10;SAF=78;SAR=90;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145385;STB=0.507324;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.000556192;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:179:181:10:10:168:171:0.944751:90:78:6:4:91:80:6:4 chr11 85195185 . T C 1313.04 PASS AF=0.93617;AO=88;DP=95;FAO=88;FDP=94;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0231244;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.58;QD=55.8739;RBI=0.0231352;REFB=0.0134028;REVB=-0.000707326;RO=5;SAF=44;SAR=44;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508602;STB=0.521272;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00117258;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:95:94:5:6:88:88:0.93617:44:44:5:0:44:44:5:1 chr11 85195190 . CA GG 985.38 PASS AF=0.922078;AO=64;DP=70;FAO=71;FDP=77;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0159908;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.482;QD=51.1884;RBI=0.0321864;REFB=-0.00655557;REVB=0.0279331;RO=6;SAF=36;SAR=28;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044684;STB=0.523417;STBP=0.173;TYPE=mnp;VARB=0.000518977;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:70:77:6:6:64:71:0.922078:28:36:5:1:33:38:5:1 chr11 85195226 . T C 239.71 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0151044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.468;QD=35.5126;RBI=0.0441333;REFB=-0.0460183;REVB=0.0414681;RO=5;SAF=14;SAR=7;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139445;STB=0.542818;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0116772;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:27:27:5:6:21:21:0.777778:7:14:5:0:7:14:5:1 chr11 85374467 . GAAAAAAAAAAAAAAATC AAAAAAAAAAAAAAAATC,GAAAAAAAAAAAAAAAAT,GAAAAAAAAAAAAAATC,GAAAAAAAAAAAAATC 75.66 PASS AF=0.1875,0.125,0.6875,0;AO=2,2,8,4;DP=39;FAO=6,4,22,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2,6,0;FSAR=5,2,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241484,0.454444,-0.747866,-0.449246;FXX=0.135099;HRUN=1,1,15,15;LEN=1,2,1,2;MLLD=97.9169,70.0425,2.08446,4.19865;QD=9.45806;RBI=0.112227,0.455329,0.933533,0.535659;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.109599,0.0283814,0.55873,0.291733;RO=4;SAF=1,0,1,2;SAR=1,2,7,2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.237547,-0.569412,-0.141787,0.201109;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,mnp,del,del;VARB=0.0989977,1.47758,0.146861,-0.123998;OID=.,.,.,.;OPOS=85374467,85374483,85374468,85374468;OREF=G,TC,A,AA;OALT=A,AT,-,-;OMAPALT=AAAAAAAAAAAAAAAATC,GAAAAAAAAAAAAAAAAT,GAAAAAAAAAAAAAATC,GAAAAAAAAAAAAATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:23:39:32:4:0:2,2,8,4:6,4,22,0:0.1875,0.125,0.6875,0:1,2,7,2:1,0,1,2:1:3:5,2,16,0:1,2,6,0:0:0 chr11 85374993 . C T 246.83 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0610595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.002;QD=31.8496;RBI=0.0625094;REFB=0.00929786;REVB=-0.0133854;RO=9;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133553;STB=0.572892;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00363412;OID=.;OPOS=85374993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:15:7:1:8:15:7:1:8 chr11 85435730 . C T 1421.56 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00782031;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.056;QD=61.1424;RBI=0.087661;REFB=-0.115856;REVB=-0.0873114;RO=1;SAF=28;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166258;STB=0.508473;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000715464;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:1:1:91:92:0.989247:63:28:1:0:63:29:1:0 chr11 85436352 . G A 1183.17 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0231519;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.724;QD=59.9073;RBI=0.0243335;REFB=-0.0193746;REVB=0.00749068;RO=1;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114055;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000156833;OID=.;OPOS=85436352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:79:1:1:78:78:0.987342:41:37:0:1:41:37:0:1 chr11 85436394 . T C 1061.91 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.947;QD=59.8258;RBI=0.0398691;REFB=0;REVB=0.0398345;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24722e-05;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:39:30:0:0:40:31:0:0 chr11 85436500 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.014;QD=59.0159;RBI=0.0439585;REFB=0;REVB=0.0427554;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186247;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr11 85436699 . A G 1044.17 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6167;QD=59.6668;RBI=0.0216097;REFB=0;REVB=0.0171644;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18301e-05;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr11 85436868 . G C 651.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.706;QD=62.0176;RBI=0.0152554;REFB=0;REVB=0.010881;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135369;OID=.;OPOS=85436868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:26:16:0:0 chr11 85437896 . A G 468.17 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335053;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0218;QD=55.0782;RBI=0.176848;REFB=0;REVB=0.173645;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00661009;OID=.;OPOS=85437896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:13:18:0:0:16:18:0:0 chr11 85447611 . T C 1076.74 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478463;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3513;QD=58.9995;RBI=0.0539811;REFB=0;REVB=0.0249938;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826964;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:73:0:0:71:73:1:35:36:0:0:36:37:0:0 chr11 85456703 . T C 1453.37 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9426;QD=63.1899;RBI=0.0725814;REFB=0;REVB=-0.0718989;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361555;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr11 85968623 . C T 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0177167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1021;QD=18.3434;RBI=0.0380939;REFB=-0.0235703;REVB=-0.0337233;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807695;STB=0.54602;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0243901;OID=.;OPOS=85968623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:9:9:10:7:9:9 chr11 86098680 . T C 1078.45 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0773931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5691;QD=56.7606;RBI=0.0900384;REFB=-0.102274;REVB=0.0460132;RO=2;SAF=31;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00414093;STB=0.502189;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00991993;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:43:31:1:1:43:31:1:1 chr11 86123467 . G A 257.53 PASS AF=0.320755;AO=34;DP=106;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0188323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.585;QD=9.71794;RBI=0.0259989;REFB=-0.0108249;REVB=-0.0179245;RO=72;SAF=21;SAR=13;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748905;STB=0.543702;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0208623;OID=.;OPOS=86123467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:72:72:34:34:0.320755:13:21:40:32:13:21:40:32 chr11 86153911 . G A 455.89 PASS AF=0.6;AO=40;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00337825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.114;QD=26.051;RBI=0.00875301;REFB=-0.103229;REVB=-0.00807481;RO=19;SAF=24;SAR=16;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155177;STB=0.508317;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.044499;OID=.;OPOS=86153911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:19:25:40:42:0.6:16:24:16:3:16:26:16:9 chr11 86161388 . C G 295.65 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0120388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6859;QD=17.9182;RBI=0.0139825;REFB=-0.0129438;REVB=0.00711177;RO=34;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357176;STB=0.519987;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00797876;OID=.;OPOS=86161388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:12:20:20:14:12:20:20:14 chr11 86175193 . A G 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00161507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.219;QD=57.436;RBI=0.0071895;REFB=0.0985472;REVB=-0.00700575;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.506327;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-4.9969e-06;OID=.;OPOS=86175193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:28:39:0:0:28:39:1:0 chr11 86267678 . G A 758.29 PASS AF=0.586777;AO=71;DP=121;FAO=71;FDP=121;FR=.;FRO=50;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00190089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.672;QD=25.0675;RBI=0.0144007;REFB=0.00109076;REVB=0.0142747;RO=49;SAF=50;SAR=21;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222791;STB=0.61834;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000583583;OID=.;OPOS=86267678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:49:50:71:71:0.586777:21:50:21:28:21:50:22:28 chr11 86660886 . G A 237.25 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0182011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.087;QD=11.4335;RBI=0.0185133;REFB=0.00251836;REVB=-0.00338567;RO=54;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138739;STB=0.580294;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0044796;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:12:17:25:29:12:17:25:29 chr11 87908448 . A G 1749.13 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00380633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1616;QD=60.8392;RBI=0.00406493;REFB=0;REVB=-0.0014267;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11419e-05;OID=.;OPOS=87908448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:56:59:0:0:56:59:0:0 chr11 88045583 . A G 801.07 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3699;QD=57.2195;RBI=0.0408055;REFB=0;REVB=0.0401107;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280262;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr11 88645129 . T A 136.73 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0165089;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=246.659;QD=10.9386;RBI=0.0271434;REFB=-0.0040955;REVB=-0.0215457;RO=34;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209751;STB=0.624844;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00781768;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:6:10:15:19:6:10:15:19 chr11 89069084 . C T 391.88 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0197625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.643;QD=17.0381;RBI=0.0221908;REFB=-0.0100462;REVB=-0.0100933;RO=50;SAF=19;SAR=22;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164079;STB=0.595631;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.012087;OID=.;OPOS=89069084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:22:19:15:35:22:19:15:36 chr11 89070602 . A G 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.01859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.374;QD=25.3678;RBI=0.0298569;REFB=-0.0147235;REVB=0.0233634;RO=14;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127962;STB=0.571359;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00856227;OID=.;OPOS=89070602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:7:14:7:7:7:14:7:7 chr11 89133449 . C T 851.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.005;QD=57.721;RBI=0.0494907;REFB=0;REVB=-0.0049948;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178484;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:28:31:0:0 chr11 89443808 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5308;QD=47.822;RBI=0.0996955;REFB=0;REVB=0.094276;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242098;OID=.;OPOS=89443808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 89531540 . C T 900.96 PASS AF=0.929577;AO=65;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0407742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.686;QD=50.7582;RBI=0.0417248;REFB=-0.0286628;REVB=0.00885582;RO=6;SAF=28;SAR=37;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380514;STB=0.511444;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00181672;OID=.;OPOS=89531540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:71:71:6:5:65:66:0.929577:37:28:4:2:37:29:3:2 chr11 89531619 . A G 42.99 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0378162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6553;QD=5.37327;RBI=0.0719327;REFB=-0.00894663;REVB=0.0611903;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247446;STB=0.660438;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0597131;OID=.;OPOS=89531619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:9:16:3:4:9:16 chr11 89774236 . C G 213.91 PASS AF=0.625;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00943531;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.746;QD=26.7391;RBI=0.0259794;REFB=-0.0106616;REVB=-0.0242054;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803379;STB=0.544542;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00740278;OID=.;OPOS=89774236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:32:12:12:20:20:0.625:11:9:4:8:11:9:4:8 chr11 89774397 . T C 89.45 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0211017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0632;QD=7.30211;RBI=0.0227511;REFB=0.000303627;REVB=0.00850472;RO=37;SAF=2;SAR=10;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322831;STB=0.707568;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00225922;OID=.;OPOS=89774397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:10:2:14:23:10:2:14:23 chr11 89774448 . G A 369.3 PASS AF=0.407767;AO=32;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.00714164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0214;QD=14.3417;RBI=0.0926803;REFB=-0.0244593;REVB=0.0924047;RO=58;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183902;STB=0.555007;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0411084;OID=.;OPOS=89774448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:60:32:42:0.407767:14:18:23:35:22:20:23:37 chr11 89868755 . G A 357.29 PASS AF=0.44186;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0367863;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0686;QD=16.6182;RBI=0.0545531;REFB=0.000140414;REVB=-0.040284;RO=48;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206053;STB=0.620566;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.000144033;OID=.;OPOS=89868755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:37:38:0.44186:17:20:16:32:17:21:16:32 chr11 89880604 . G A 297.18 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0193238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.242;QD=18.288;RBI=0.0239382;REFB=-0.0176354;REVB=-0.0141289;RO=33;SAF=10;SAR=22;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27399;STB=0.653367;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0184573;OID=.;OPOS=89880604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:22:10:20:13:22:10:20:13 chr11 89916080 . G C 378.78 PASS AF=0.411215;AO=43;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0217262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.638;QD=14.1599;RBI=0.0223889;REFB=-0.00987087;REVB=0.00540709;RO=62;SAF=24;SAR=19;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610824;STB=0.545084;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0216366;OID=.;OPOS=89916080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:63:43:44:0.411215:19:24:31:31:19:25:31:32 chr11 89935586 . G T 261.99 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0245713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2776;QD=12.4758;RBI=0.0449639;REFB=-0.00776313;REVB=-0.0376563;RO=53;SAF=12;SAR=19;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235777;STB=0.635172;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.016353;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:19:12:32:21:19:12:32:21 chr11 89939448 . G A 139.35 PASS AF=0.444444;AO=13;DP=34;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0443083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5773;QD=15.483;RBI=0.0445199;REFB=0.00768625;REVB=0.00433482;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210035;STB=0.655745;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0125092;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:20:20:13:16:0.444444:10:3:8:12:13:3:8:12 chr11 91545212 . C G 143.86 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0523848;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.636;QD=22.1324;RBI=0.0543823;REFB=-0.0556143;REVB=0.0146034;RO=10;SAF=2;SAR=13;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537238;STB=0.541608;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0377709;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:26:10:11:15:15:0.576923:13:2:1:9:13:2:2:9 chr11 92531356 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.889;QD=56.7066;RBI=0.022507;REFB=0;REVB=0.0195911;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00068e-05;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr11 92532677 . T C 272.42 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5205;QD=51.8901;RBI=0.111689;REFB=0;REVB=-0.011078;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00338393;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr11 92534442 . A G 366.84 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.071809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.063;QD=52.4059;RBI=0.0753218;REFB=-0.114723;REVB=0.0227344;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000717134;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:0:1:27:27:0.964286:15:12:0:0:15:12:1:0 chr11 92623877 . G A 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0275909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.32;QD=16.4203;RBI=0.0361686;REFB=-0.0048323;REVB=0.0233861;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128991;STB=0.57247;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00485063;OID=.;OPOS=92623877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:14:15:13:21:14:15:13:21 chr11 92627848 . A G 1457.53 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570878;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.617;QD=62.6895;RBI=0.0573991;REFB=0;REVB=-0.00596931;RO=1;SAF=58;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03043e-05;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:95:93:1:0:92:93:1:34:58:1:0:34:59:0:0 chr11 92629305 . C T 433.96 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0503584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1717;QD=18.2719;RBI=0.0571709;REFB=-0.0260622;REVB=-0.0270654;RO=50;SAF=25;SAR=19;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178145;STB=0.593782;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0289924;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:51:44:44:0.463158:19:25:19:31:19:25:20:31 chr11 92715363 . C T 257.66 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0289633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.85;QD=19.8203;RBI=0.0703999;REFB=-0.0224343;REVB=-0.064166;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308503;STB=0.670309;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0129719;OID=.;OPOS=92715363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:13:14:4:21:13:14:4:21 chr11 92718105 . G A 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00180486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.639;QD=24.3901;RBI=0.00292437;REFB=-0.01697;REVB=0.00230096;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158572;STB=0.58815;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0169534;OID=.;OPOS=92718105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:10:10:4:10:10:10:4:10 chr11 92718127 . G C 74.26 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0128593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.954;QD=10.2425;RBI=0.0302203;REFB=0.0019692;REVB=-0.0273478;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520284;STB=0.824905;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00133845;OID=.;OPOS=92718127;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:9:1:9:10:9:1:9:10 chr11 93085537 . T G 885.31 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.504;QD=58.053;RBI=0.0233686;REFB=0;REVB=0.0156152;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97802e-05;OID=.;OPOS=93085537;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:33:25:0:0:34:27:0:0 chr11 93129483 . GA CG 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00573691;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=96.0901;QD=47.8213;RBI=0.00783821;REFB=0;REVB=0.00534091;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.02869e-06;OID=.;OPOS=93129483;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr11 93141580 . C A 500.09 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.341;QD=58.8339;RBI=0.0378609;REFB=0;REVB=0.0348001;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343276;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:30:34:1:22:8:0:0:26:8:0:0 chr11 93211764 . A G 867.37 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1966;QD=57.8245;RBI=0.0706076;REFB=0;REVB=0.0604991;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103462;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr11 93212254 . C T 1320.85 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.171;QD=62.1576;RBI=0.0476907;REFB=0;REVB=0.0474094;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194444;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr11 93400796 . C T 126.4 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0672848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.729;QD=14.4459;RBI=0.0673296;REFB=-0.0335206;REVB=0.00245658;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336769;STB=0.666455;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0259405;OID=.;OPOS=93400796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:14:15:0.428571:9:5:14:6:9:6:14:6 chr11 93402006 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0429637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.003;QD=13.2122;RBI=0.0446805;REFB=-0.0171246;REVB=0.0122665;RO=22;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277332;STB=0.666389;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0165905;OID=.;OPOS=93402006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:12:2:7:15:12:2:7:15 chr11 93402096 . C A 152.38 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0828698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.773;QD=40.6357;RBI=0.0828763;REFB=0.00501129;REVB=0.00103298;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521709;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00238378;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:11:3:0:0:11:3:0:1 chr11 93408831 . G A 727.15 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.429;QD=63.23;RBI=0.0383023;REFB=0;REVB=-0.0186577;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30474e-05;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chr11 93425159 . C A 1507.67 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0461922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0434;QD=58.5502;RBI=0.0517194;REFB=-0.067112;REVB=0.0232632;RO=1;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811007;STB=0.504273;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00326944;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:1:1:101:102:0.990291:58:43:0:1:58:44:0:1 chr11 93431931 . C A 128.21 PASS AF=0.368421;AO=11;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0403746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.533;QD=13.4961;RBI=0.0415389;REFB=-0.0152984;REVB=-0.00976587;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136395;STB=0.523776;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0477072;OID=.;OPOS=93431931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:38:38:21:23:11:14:0.368421:8:3:8:13:8:6:9:14 chr11 93460160 . A C 133.84 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0152973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.836;QD=25.4928;RBI=0.0154021;REFB=-0.00851186;REVB=0.00179444;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168706;STB=0.59446;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00347032;OID=.;OPOS=93460160;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:8:6:5:2:8:6:5:2 chr11 93462607 . A T 350.84 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00940387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1071;QD=15.4213;RBI=0.00941026;REFB=-0.018888;REVB=0.000346532;RO=53;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136092;STB=0.507688;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0277968;OID=.;OPOS=93462607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:22:16:23:30:22:16:23:30 chr11 93464175 . A C 217.62 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00210901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.859;QD=22.9069;RBI=0.0021207;REFB=-0.0268636;REVB=-0.00022241;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448759;STB=0.50251;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0283967;OID=.;OPOS=93464175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:8:9:11:10:8:9 chr11 93474570 . T A,TGCGTGA 1185.67 PASS AF=0.0347826,0.8;AO=5,80;DP=118;FAO=4,92;FDP=115;FR=.;FRO=19;FSAF=3,52;FSAR=1,40;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0126223,-0.00634596;FXX=0.00861995;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=74.6445,165.1;QD=41.2409;RBI=0.0148174,0.00803886;REFB=-0.0100925,-0.025451;REVB=-0.00776095,0.00493478;RO=23;SAF=3,43;SAR=2,37;SRF=19;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.319733,-0.122684;STB=0.545239,0.539444;STBP=0.906,0.077;TYPE=snp,ins;VARB=0.00607785,0.00561514;OID=.,.;OPOS=93474570,93474571;OREF=T,-;OALT=A,GCGTGA;OMAPALT=A,TGCGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:118:115:23:19:5,80:4,92:0.0347826,0.8:2,37:3,43:19:4:1,40:3,52:15:4 chr11 93517874 . C G 195.97 PASS AF=0.357143;AO=22;DP=68;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.0357892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.006;QD=11.1983;RBI=0.0393144;REFB=-0.018574;REVB=-0.0162711;RO=46;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084422;STB=0.547969;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0412576;OID=.;OPOS=93517874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:46:45:22:25:0.357143:16:6:10:36:18:7:10:35 chr11 93517886 . G C 124.13 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=0.078976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.707;QD=9.93002;RBI=0.0840044;REFB=-0.00235039;REVB=-0.0286273;RO=35;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113954;STB=0.567486;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00652284;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:12:3:5:30:12:3:5:30 chr11 93529655 . G A 230.87 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00542322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.335;QD=23.0874;RBI=0.0317456;REFB=-0.0168921;REVB=0.031279;RO=18;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158448;STB=0.588703;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0229122;OID=.;OPOS=93529655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:14:8:10:8:14:8:10:8 chr11 93797619 . A G 575.56 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0445486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4321;QD=52.324;RBI=0.0519714;REFB=-0.134968;REVB=0.0267666;RO=4;SAF=16;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176322;STB=0.509429;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00863241;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:44:44:4:4:40:40:0.909091:24:16:2:2:24:16:2:2 chr11 93845511 . A G 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.014;QD=59.676;RBI=0.0770591;REFB=0;REVB=0.0432922;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158371;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:44:26:0:0:44:26:0:0 chr11 93862493 . A C 1226.79 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6949;QD=61.3393;RBI=0.066541;REFB=0;REVB=-0.0481542;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000733902;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr11 94231257 . C G 364.86 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.451;QD=52.1223;RBI=0.0383404;REFB=0.018419;REVB=0.0285585;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00138394;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:1:0:15:12:1:0 chr11 94231847 . G A 211.9 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00138986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5534;QD=16.6197;RBI=0.0144995;REFB=-0.00746282;REVB=0.0144327;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225392;STB=0.636247;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0084734;OID=.;OPOS=94231847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:28:23:23:0.45098:14:9:17:10:14:9:18:10 chr11 94245740 . A G 837.04 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.059;QD=55.8024;RBI=0.0187655;REFB=-0.0515559;REVB=-0.00576185;RO=1;SAF=23;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200708;STB=0.510635;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00161027;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:36:23:1:0:36:23:1:0 chr11 94261255 . C G 1388.25 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0504124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.458;QD=60.3589;RBI=0.0541714;REFB=-0.0548465;REVB=0.0198273;RO=2;SAF=33;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590255;STB=0.503115;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.000852729;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:92:2:2:90:90:0.978261:57:33:1:1:57:33:1:1 chr11 94282014 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00958372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.564;QD=17.644;RBI=0.0228569;REFB=-0.00450354;REVB=0.0207507;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201011;STB=0.616187;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0020879;OID=.;OPOS=94282014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:2:5:4:5:2:5 chr11 94320237 . T C 196.49 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0024177;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.76;QD=17.4661;RBI=0.00739602;REFB=-0.0206948;REVB=0.0069897;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194604;STB=0.5111;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0249086;OID=.;OPOS=94320237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:13:12:10:10:13:12 chr11 94322352 . AG TA 310.0 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.030773;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.353;QD=26.3832;RBI=0.0330393;REFB=-0.0136021;REVB=0.0120258;RO=20;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812113;STB=0.54499;STBP=0.486;TYPE=mnp;VARB=0.0111702;OID=.;OPOS=94322352;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:20:20:27:27:0.574468:12:15:9:11:12:15:9:11 chr11 94326765 . G C 255.15 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00776716;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9267;QD=21.7146;RBI=0.0170754;REFB=0.00173747;REVB=0.0152066;RO=23;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134595;STB=0.575693;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000971748;OID=.;OPOS=94326765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:23:24:24:0.510638:8:16:12:11:8:16:12:11 chr11 94337220 . C T 173.58 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00798357;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.289;QD=11.021;RBI=0.028996;REFB=-0.0191157;REVB=-0.0278753;RO=39;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325248;STB=0.688495;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0331065;OID=.;OPOS=94337220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:39:41:22:22:0.349206:7:15:15:24:7:15:16:25 chr11 94533373 . C T 996.54 PASS AF=0.5;AO=102;DP=205;FAO=102;FDP=204;FR=.;FRO=102;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=0.00709972;FXX=0.00487781;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.005;QD=19.5401;RBI=0.0117055;REFB=-0.0091204;REVB=0.00930661;RO=98;SAF=61;SAR=41;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892444;STB=0.545062;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00997522;OID=.;OPOS=94533373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:98:102:102:102:0.5:41:61:49:49:41:61:52:50 chr11 94602414 . C T 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0391725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.811;QD=26.8495;RBI=0.0580504;REFB=-0.0308692;REVB=-0.0428412;RO=6;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137956;STB=0.599866;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0054643;OID=.;OPOS=94602414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:6:7:15:15:0.681818:6:9:2:4:6:9:2:5 chr11 94608997 . TA T,TT 55.68 PASS AF=0.297297,0.0810811;AO=6,4;DP=34;FAO=11,3;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=2,0;FSAR=9,3;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.013009,0.13453;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.5746,15.2737;QD=6.01939;RBI=0.0936934,0.142362;REFB=-0.0122009,-0.0207606;REVB=0.0927859,0.0465678;RO=20;SAF=0,0;SAR=6,4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.677481,-0.602961;STB=0.651862,0.995413;STBP=0.285,0.147;TYPE=del,snp;VARB=-0.0256114,-0.0313831;OID=.,.;OPOS=94608998,94608998;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297,0.0810811:6,4:34:11,3:37:23:2,0:9,3:8:15:39:20:0,0:6,4:7:13 chr11 94699507 . A AT,T 1079.88 PASS AF=1,0;AO=64,7;DP=80;FAO=74,0;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016359,-0.00368885;FXX=0.0749906;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.8934,242.979;QD=58.3719;RBI=0.0749104,0.033673;REFB=0,0;REVB=0.0731023,-0.0334704;RO=3;SAF=29,7;SAR=35,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0387761,0.812474;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00061758,0;OID=.,.;OPOS=94699508,94699507;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:74:3:0:64,7:74,0:1,0:35,0:29,7:0:3:38,0:36,0:0:0 chr11 94731759 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.18;QD=52.6116;RBI=0.0365198;REFB=0;REVB=0.00833458;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621544;OID=.;OPOS=94731759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr11 94758838 . C T 220.71 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0162926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.707;QD=18.0169;RBI=0.0527985;REFB=-0.0135427;REVB=-0.0502219;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124296;STB=0.56092;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0131146;OID=.;OPOS=94758838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:9:13:12:14:9:13:13:14 chr11 94759059 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.904;QD=33.4285;RBI=0.0378383;REFB=0;REVB=0.00699839;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449556;OID=.;OPOS=94759059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr11 94759726 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0120838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.067;QD=19.3688;RBI=0.0222097;REFB=0.00413011;REVB=-0.0186347;RO=7;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782;STB=0.545356;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0123083;OID=.;OPOS=94759726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:9:1:1:6:9:1:1:6 chr11 94800902 . G GC 879.94 PASS AF=1;AO=71;DP=77;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0768038;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.9665;QD=47.5644;RBI=0.109829;REFB=0;REVB=0.0785082;RO=4;SAF=38;SAR=33;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00039066;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:77:74:74:0:39:35:0:0:15:4:38:33:1:3 chr11 94862577 . G T 555.86 PASS AF=0.422535;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=142;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.084287;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.277;QD=15.6581;RBI=0.0844904;REFB=-3.50227e-05;REVB=0.00585916;RO=80;SAF=30;SAR=30;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127869;STB=0.5704;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000120881;OID=.;OPOS=94862577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:80:82:60:60:0.422535:30:30:30:50:30:30:31:51 chr11 94963937 . G A 83.56 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00679247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0005;QD=20.8906;RBI=0.0555087;REFB=-0.0103351;REVB=0.0550915;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166463;STB=0.594418;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00419014;OID=.;OPOS=94963937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:1:5:6:4:1:5 chr11 95512060 . A G 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00662965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8818;QD=13.4951;RBI=0.0253394;REFB=0.00473804;REVB=0.0244568;RO=43;SAF=16;SAR=13;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564701;STB=0.523976;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00821351;OID=.;OPOS=95512060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:13:16:26:17:13:16:26:18 chr11 95521648 . A G 269.96 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0200322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0212;QD=22.9755;RBI=0.0339098;REFB=0.00590381;REVB=0.0273603;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00312376;STB=0.511936;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00232969;OID=.;OPOS=95521648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:12:13:11:10:12:13:12:10 chr11 95546675 . A G 83.84 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00142107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.273;QD=10.1621;RBI=0.0127234;REFB=-0.0140576;REVB=0.0126437;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153944;STB=0.593048;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0205464;OID=.;OPOS=95546675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:7:4:11:11:7:4:11:11 chr11 95657111 . T G 539.92 PASS AF=0.60241;AO=49;DP=81;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0253026;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1332;QD=26.0204;RBI=0.0271149;REFB=-0.0348428;REVB=-0.00974653;RO=32;SAF=13;SAR=36;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147087;STB=0.578427;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0220398;OID=.;OPOS=95657111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:32:33:49:50:0.60241:36:13:14:18:37:13:14:19 chr11 95712897 . G T 732.23 PASS AF=0.522059;AO=71;DP=136;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0247094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.956;QD=21.5362;RBI=0.0248288;REFB=-0.00546407;REVB=-0.00243184;RO=65;SAF=28;SAR=43;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190516;STB=0.510465;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00506326;OID=.;OPOS=95712897;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:65:65:71:71:0.522059:43:28:27:38:43:28:27:38 chr11 95713024 . G A 339.59 PASS AF=0.392157;AO=37;DP=103;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0161867;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.691;QD=13.3172;RBI=0.0167468;REFB=-0.0266549;REVB=0.00429504;RO=50;SAF=15;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977164;STB=0.506503;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0372516;OID=.;OPOS=95713024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:50:62:37:40:0.392157:22:15:25:25:23:17:27:35 chr11 96125435 . CTT CTC,C 401.27 PASS AF=0.0681818,0.420455;AO=5,36;DP=88;FAO=6,37;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=4,18;FSAR=2,19;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0109571,-0.0365052;FXX=0.0222198;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=257.255,41.736;QD=18.2396;RBI=0.0167973,0.0454991;REFB=-0.00771392,-0.0164257;REVB=-0.0127315,0.0271576;RO=41;SAF=3,17;SAR=2,19;SRF=15;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.261951,0.10234;STB=0.724298,0.547594;STBP=0.281,0.45;TYPE=snp,del;VARB=0.0405935,0.0156353;OID=.,.;OPOS=96125437,96125436;OREF=T,TT;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0681818,0.420455:5,36:88:6,37:88:45:4,18:2,19:18:27:99:41:3,17:2,19:15:26 chr11 96126361 . A G 333.86 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=48;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0367608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5934;QD=27.2537;RBI=0.0382857;REFB=-0.00999841;REVB=-0.0106974;RO=20;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747776;STB=0.54864;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00952084;OID=.;OPOS=96126361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:20:28:29:0.591837:11:17:14:6:12:17:14:6 chr11 97716872 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.69;QD=48.7373;RBI=0.0977611;REFB=0;REVB=0.0667594;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761571;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr11 99690286 . T G 151.74 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00667522;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.805;QD=9.95004;RBI=0.00669205;REFB=-0.00367667;REVB=-0.000474353;RO=41;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183075;STB=0.607736;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0129348;OID=.;OPOS=99690286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:8:12:18:23:8:12:18:23 chr11 99690376 . C T 187.33 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0236582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.846;QD=12.7005;RBI=0.0249254;REFB=-0.00175202;REVB=0.00784614;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111107;STB=0.563822;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00476272;OID=.;OPOS=99690376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:11:12:15:21:11:12:15:21 chr11 99690428 . T G 60.26 PASS AF=0.18;AO=8;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00662028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0837;QD=4.82105;RBI=0.0474991;REFB=-0.0106441;REVB=-0.0470354;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149167;STB=0.605152;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0383636;OID=.;OPOS=99690428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:50:50:37:40:8:9:0.18:4:4:23:14:5:4:23:17 chr11 100792244 . G A 273.31 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0324452;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.442;QD=23.7659;RBI=0.0471879;REFB=-0.00426551;REVB=-0.0342638;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122149;STB=0.555713;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00581935;OID=.;OPOS=100792244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:21:25:25:0.543478:9:16:11:11:9:16:11:10 chr11 100814570 . A G 1479.52 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167022;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.711;QD=58.5948;RBI=0.0170577;REFB=-0.0437681;REVB=0.00346445;RO=0;SAF=30;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-1.38009e-05;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:101:0:1:100:100:0.990099:70:30:0:0:70:30:1:0 chr11 100846936 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.93;QD=52.6132;RBI=0.0288543;REFB=0;REVB=-0.00720162;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25969e-05;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr11 100847050 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.63;QD=50.4102;RBI=0.0388852;REFB=0;REVB=-0.000107766;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252975;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 100847069 . G A 143.82 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.387;QD=44.2507;RBI=0.00965517;REFB=0;REVB=0.00753317;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54451e-05;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:9:4:0:0 chr11 100863096 . A G 613.45 PASS AF=0.888889;AO=47;DP=54;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00335419;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.913;QD=45.4407;RBI=0.0194245;REFB=-0.0905959;REVB=0.0191327;RO=6;SAF=22;SAR=25;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678863;STB=0.502317;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00585984;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:6:6:47:48:0.888889:25:22:3:3:25:23:3:3 chr11 100863354 . C A 1417.21 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00423628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.043;QD=61.618;RBI=0.00465246;REFB=-0.0284713;REVB=0.00192337;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.505617;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000269751;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:44:47:0:0:44:47:0:1 chr11 100864367 . G A 1368.09 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839397;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.285;QD=62.1859;RBI=0.0129839;REFB=0;REVB=0.00990568;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013437;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:49:38:0:0:49:39:0:0 chr11 101771248 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.954;QD=47.8224;RBI=0.0567133;REFB=0;REVB=-0.027668;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000694758;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 101832478 . G T 74.95 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.521;QD=37.4767;RBI=0.0910196;REFB=0;REVB=-0.0460838;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237214;OID=.;OPOS=101832478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr11 101832708 . A T 306.49 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0231171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.676;QD=47.1525;RBI=0.0233577;REFB=0.029801;REVB=-0.00334354;RO=2;SAF=14;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.533306;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00034412;OID=.;OPOS=101832708;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:10:14:2:0:10:14:2:0 chr11 101833644 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00285815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.46;QD=59.839;RBI=0.0245708;REFB=0;REVB=0.024404;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79897e-05;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr11 101857758 . G A 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3012;QD=50.4086;RBI=0.0441566;REFB=0;REVB=-0.0377564;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210658;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr11 102199611 . A T 182.11 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.504;QD=42.8497;RBI=0.0147177;REFB=0.026248;REVB=0;RO=1;SAF=15;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169276;OID=.;OPOS=102199611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:1:1:15:16:0.941176:0:15:1:0:0:16:1:0 chr11 102398329 . C T 133.62 PASS AF=0.369565;AO=11;DP=48;FAO=17;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0282272;FXX=0.041658;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.617;QD=11.6192;RBI=0.0282847;REFB=-0.0194112;REVB=-0.00180274;RO=24;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181957;STB=0.523532;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0349904;OID=.;OPOS=102398329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:24:29:11:17:0.369565:8:3:10:14:10:7:13:16 chr11 102495998 . T G 695.54 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0716481;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9874;QD=59.1947;RBI=0.0737653;REFB=-0.161071;REVB=-0.0175464;RO=1;SAF=16;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028453;STB=0.505514;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00906802;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:1:2:44:45:0.957447:28:16:1:0:28:17:1:1 chr11 102563739 . C T 350.03 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0264334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.7925;QD=13.8625;RBI=0.03451;REFB=0.00320685;REVB=-0.0221858;RO=61;SAF=20;SAR=20;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148789;STB=0.584118;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.01339;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:61:40:40:0.39604:20:20:22:39:20:20:22:39 chr11 102567207 . T A 155.91 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.000343088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.253;QD=10.9407;RBI=0.0231248;REFB=-0.0240553;REVB=-0.0231222;RO=36;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153681;STB=0.596398;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0502852;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:10:10:13:23:10:10:13:24 chr11 102576358 . T C 1143.44 PASS AF=0.987342;AO=75;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.346;QD=57.8959;RBI=0.020035;REFB=0.122435;REVB=0.0142217;RO=2;SAF=40;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00164471;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000276634;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:2:1:75:78:0.987342:35:40:1:1:35:43:0:1 chr11 102576375 . G A 1194.31 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0145813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2169;QD=59.7156;RBI=0.0658131;REFB=-0.00420677;REVB=-0.0641775;RO=1;SAF=41;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114068;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000490354;OID=.;OPOS=102576375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:38:41:1:0:38:41:1:0 chr11 102593248 . T C 1817.41 PASS AF=0.976;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.005277;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.4889;QD=58.157;RBI=0.077771;REFB=-0.0239983;REVB=-0.0775917;RO=3;SAF=60;SAR=62;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00722491;STB=0.503804;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.000396123;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:125:3:3:122:122:0.976:62:60:1:2:62:60:1:2 chr11 102595492 . G A,T 529.37 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=32,3;DP=35;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00490122,-0.0110768;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.111,148.833;QD=57.2295;RBI=0.02024,0.0117518;REFB=0,0;REVB=0.0196376,-0.00392528;RO=0;SAF=23,3;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.02243e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00522484,0.0364084;OID=.,.;OPOS=102595492,102595492;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:35:37:0:0:32,3:35,2:0.945946,0.0540541:9,0:23,3:0:0:9,0:26,2:0:0 chr11 102666316 . T C 138.4 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0577532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.34;QD=20.5034;RBI=0.0590641;REFB=-0.0386686;REVB=0.0123747;RO=12;SAF=1;SAR=13;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221076;STB=0.530569;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.041896;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:12:14:15:0.555556:13:1:2:10:13:2:2:10 chr11 102709425 . A G 285.44 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0301131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.988;QD=15.4291;RBI=0.0323243;REFB=-0.0276774;REVB=-0.0117501;RO=42;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657797;STB=0.546846;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0366222;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:42:31:32:0.432432:18:13:15:27:18:14:15:27 chr11 102713465 . A G 402.17 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.000304906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.346;QD=18.9256;RBI=0.00176952;REFB=-0.00635202;REVB=0.00174305;RO=43;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000522101;STB=0.506311;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00767884;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:20:21:22:21:20:21:22:22 chr11 102713620 . T C 249.92 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0343405;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=69.4978;QD=19.9939;RBI=0.0369548;REFB=-0.00406063;REVB=-0.0136525;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907275;STB=0.559951;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0291754;OID=.;OPOS=102713620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:12:12:10:15:12:12:10:16 chr11 102736642 . T C 259.41 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0862938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0065;QD=14.214;RBI=0.0876522;REFB=-0.0130759;REVB=-0.015372;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108586;STB=0.561603;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0252677;OID=.;OPOS=102736642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:15:15:17:26:15:15:17:26 chr11 102738795 . G T 434.69 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00958868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0726;QD=54.3356;RBI=0.0269613;REFB=0.0378974;REVB=-0.0251986;RO=2;SAF=9;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927899;STB=0.523794;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00218104;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:2:1:29:31:0.96875:20:9:2:0:21:10:1:0 chr11 102991197 . C T 263.58 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0269544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.237;QD=15.7359;RBI=0.0324193;REFB=-0.026637;REVB=-0.0180132;RO=37;SAF=12;SAR=17;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229821;STB=0.635206;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0286224;OID=.;OPOS=102991197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:37:29:30:0.447761:17:12:24:13:18:12:24:13 chr11 103027234 . A G 548.01 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0297526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.404;QD=23.5705;RBI=0.0299112;REFB=-0.0249699;REVB=-0.00307609;RO=41;SAF=30;SAR=21;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217937;STB=0.613991;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0196987;OID=.;OPOS=103027234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:42:51:51:0.548387:21:30:13:28:21:30:14:28 chr11 103029516 . A G 327.36 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0133422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.463;QD=17.6949;RBI=0.0212128;REFB=-0.0307345;REVB=0.0164915;RO=39;SAF=11;SAR=24;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477656;STB=0.526762;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0289256;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:24:11:14:25:24:11:14:25 chr11 103047007 . C A 1455.44 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.042463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4839;QD=61.9335;RBI=0.0807032;REFB=0.0713242;REVB=-0.0686287;RO=1;SAF=36;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129867;STB=0.506848;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00636066;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:57:36:1:0:57:36:1:0 chr11 103057048 . A G 418.65 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0228023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.058;QD=15.6506;RBI=0.0229795;REFB=-0.00228412;REVB=0.00284879;RO=59;SAF=28;SAR=19;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187255;STB=0.609131;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00314352;OID=.;OPOS=103057048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:60:47:47:0.439252:19:28:24:35:19:28:24:36 chr11 103058126 . C T 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.000964018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.297;QD=12.922;RBI=0.00710889;REFB=-0.023624;REVB=-0.00704323;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667556;STB=0.531006;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0323808;OID=.;OPOS=103058126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:8:14:19:14:8:14:20:14 chr11 103082558 . A G 731.77 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=126;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0144218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3778;QD=23.2309;RBI=0.0404102;REFB=-0.0415259;REVB=0.0377492;RO=55;SAF=38;SAR=32;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615104;STB=0.528917;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0317629;OID=.;OPOS=103082558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:55:56:70:70:0.555556:32:38:34:21:32:38:34:22 chr11 103082590 . G A 613.03 PASS AF=0.435897;AO=67;DP=155;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.0237204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.356;QD=15.7187;RBI=0.0237327;REFB=-0.0173748;REVB=-0.000763309;RO=88;SAF=37;SAR=30;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877843;STB=0.544105;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0226324;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:88:88:67:68:0.435897:30:37:41:47:31:37:41:47 chr11 103124135 . T G 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00595703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.104;QD=10.4387;RBI=0.00608715;REFB=-0.0065678;REVB=-0.00125184;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105416;STB=0.563122;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0157464;OID=.;OPOS=103124135;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:6:7:12:15:6:7:12:15 chr11 103128425 . G A 145.61 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.0199354;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.739;QD=10.218;RBI=0.0206318;REFB=0.00164087;REVB=0.00531506;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364733;STB=0.731489;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00506256;OID=.;OPOS=103128425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:32:38:19:19:0.333333:7:12:9:23:7:12:10:28 chr11 103152919 . G A 194.82 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0075853;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.548;QD=10.1206;RBI=0.0107027;REFB=-0.00850461;REVB=0.00755055;RO=51;SAF=15;SAR=10;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825575;STB=0.555511;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0196867;OID=.;OPOS=103152919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:51:52:25:25:0.324675:10:15:27:24:10:15:27:25 chr11 103158278 . C T 1029.75 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141789;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.563;QD=59.6956;RBI=0.0222811;REFB=0;REVB=-0.0171874;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210693;OID=.;OPOS=103158278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr11 103274940 . A T 795.05 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.267;QD=56.7891;RBI=0.0629785;REFB=0;REVB=0.0622693;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111902;OID=.;OPOS=103274940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:17:37:0:0:18:38:0:0 chr11 103275028 . C CT 324.75 PASS AF=0.978261;AO=6;DP=51;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0379632;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0873;QD=28.239;RBI=0.104527;REFB=0.00810634;REVB=-0.0973894;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492908;STB=0.516122;STBP=0.267;TYPE=ins;VARB=0.000485817;OID=.;OPOS=103275029;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.978261:6:51:45:46:1:15:30:1:0:4:43:2:4:16:27 chr11 103275034 . G T 621.29 PASS AF=0.934783;AO=39;DP=43;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0284957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1449;QD=54.0254;RBI=0.0288572;REFB=0.055395;REVB=0.00455365;RO=4;SAF=12;SAR=27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868283;STB=0.551699;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0136327;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:46:4:3:39:43:0.934783:27:12:3:1:30:13:3:0 chr11 103277984 . G T 312.81 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0039;QD=50.0493;RBI=0.0262455;REFB=-0.0963479;REVB=0.0198586;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00533686;OID=.;OPOS=103277984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:10:14:0:1:10:14:0:1 chr11 103278048 . G C 426.84 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.635;QD=56.912;RBI=0.054142;REFB=0;REVB=0.0367973;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270797;OID=.;OPOS=103278048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:19:11:0:0 chr11 103278083 . C G 410.52 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.986;QD=56.6238;RBI=0.0459916;REFB=0;REVB=0.0374554;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339598;OID=.;OPOS=103278083;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:16:9:0:0:19:10:0:0 chr11 103278129 . C CTCTA 195.62 PASS AF=0.857143;AO=17;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.034318;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=290.441;QD=37.2616;RBI=0.0358823;REFB=-0.0767388;REVB=-0.0104791;RO=3;SAF=3;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196077;STB=0.583234;STBP=0.114;TYPE=ins;VARB=0.00441549;OID=.;OPOS=103278130;OREF=-;OALT=TCTA;OMAPALT=CTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:17:21:18:21:3:4:14:2:1:14:3:3:14:2:1 chr11 103279098 . C T 1358.55 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1989;QD=62.4623;RBI=0.041734;REFB=0;REVB=-0.0396082;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270837;OID=.;OPOS=103279098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chr11 103778154 . C T 993.12 PASS AF=0.586667;AO=88;DP=150;FAO=88;FDP=150;FR=.;FRO=62;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00639266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.101;QD=26.4833;RBI=0.00693309;REFB=-0.0143261;REVB=-0.00268357;RO=62;SAF=44;SAR=44;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490867;STB=0.526661;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00966899;OID=.;OPOS=103778154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:62:62:88:88:0.586667:44:44:27:35:44:44:27:35 chr11 103780455 . A G 398.78 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0121305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6353;QD=20.9885;RBI=0.042548;REFB=-0.0351043;REVB=-0.0407822;RO=36;SAF=23;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169785;STB=0.509391;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0321177;OID=.;OPOS=103780455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:17:23:20:16:17:23:20:16 chr11 103909754 . G C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0206678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.889;QD=22.5808;RBI=0.0241159;REFB=-0.0389228;REVB=0.0124265;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101303;STB=0.557426;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0239199;OID=.;OPOS=103909754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:4:3:7:5:4:3 chr11 104758035 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000841578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6166;QD=53.2742;RBI=0.00341169;REFB=0;REVB=0.00330626;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93508e-05;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr11 104761100 . T C 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.351;QD=59.432;RBI=0.0107266;REFB=0;REVB=0.0102653;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04871e-05;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr11 104761206 . C T 972.7 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.019;QD=58.9512;RBI=0.0398985;REFB=0;REVB=-0.0380484;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471988;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr11 104763117 . G A,C 1012.63 PASS AF=0.985507,0.0144928;AO=64,4;DP=69;FAO=68,1;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260342,-0.0221925;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.466,107.089;QD=58.7034;RBI=0.0054683,0.0297925;REFB=0,0;REVB=0.00480879,-0.0198768;RO=0;SAF=33,3;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=5.73535e-05,0.0845961;OID=.,.;OPOS=104763117,104763117;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:69:69:0:0:64,4:68,1:0.985507,0.0144928:31,1:33,3:0:0:31,1:37,0:0:0 chr11 104763716 . A G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.718;QD=59.5018;RBI=0.0114259;REFB=0;REVB=-0.000239465;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63695e-06;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr11 104768000 . G A 632.12 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1574;QD=61.6703;RBI=0.0146069;REFB=0;REVB=-0.00756041;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181025;OID=.;OPOS=104768000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr11 104768098 . T C 752.76 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7452;QD=61.4496;RBI=0.0602158;REFB=-0.0687128;REVB=0.0427548;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00217627;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:0:1:28:20:0:1 chr11 104819327 . T C 766.16 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.98;QD=63.8468;RBI=0.0117025;REFB=0;REVB=0.00870337;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9143e-05;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr11 104839222 . A G 676.12 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.573;QD=60.0992;RBI=0.0349006;REFB=-0.164629;REVB=-0.0211843;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000603963;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:22:22:0:0:22:22:1:0 chr11 104869708 . G C 1439.98 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121319;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.561;QD=63.2958;RBI=0.0200722;REFB=0;REVB=0.0159909;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117273;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr11 105223502 . T C 999.5 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0452239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0999;QD=56.31;RBI=0.0511803;REFB=0.100581;REVB=-0.023963;RO=2;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242294;STB=0.512817;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0101659;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:38:31:0:2:38:31:0:2 chr11 105782654 . C T 1600.58 PASS AF=0.455285;AO=168;DP=372;FAO=168;FDP=369;FR=.;FRO=201;FSAF=79;FSAR=89;FSRF=92;FSRR=109;FWDB=0.00393162;FXX=0.0107236;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.448;QD=17.3505;RBI=0.0148069;REFB=-0.00553212;REVB=0.0142753;RO=199;SAF=79;SAR=89;SRF=90;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177417;STB=0.506853;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00535095;OID=.;OPOS=105782654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:369:199:201:168:168:0.455285:89:79:90:109:89:79:92:109 chr11 105852683 . AC A 472.93 PASS AF=0.378378;AO=55;DP=150;FAO=56;FDP=148;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=-0.0114643;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8658;QD=12.7819;RBI=0.0310476;REFB=-0.0409001;REVB=-0.0288535;RO=92;SAF=25;SAR=30;SRF=32;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120446;STB=0.573504;STBP=0.199;TYPE=del;VARB=0.0548389;OID=.;OPOS=105852684;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378378:55:150:56:148:92:26:30:32:60:99:92:25:30:32:60 chr11 105878844 . C T 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00749264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.103;QD=14.7942;RBI=0.00891114;REFB=-0.00305628;REVB=-0.00482376;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136183;STB=0.578859;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00713168;OID=.;OPOS=105878844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:13:14:7:11:13:14 chr11 107263518 . C A 249.61 PASS AF=0.4;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0216653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7052;QD=13.3124;RBI=0.022064;REFB=-0.0158173;REVB=-0.00417545;RO=44;SAF=20;SAR=9;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636941;STB=0.529392;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.034038;OID=.;OPOS=107263518;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:29:30:0.4:9:20:28:16:10:20:28:17 chr11 107286943 . C T 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00158438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.688;QD=6.39512;RBI=0.0381587;REFB=-0.00271448;REVB=-0.0381258;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868355;STB=0.555432;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00580545;OID=.;OPOS=107286943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:14:15:4:5:14:15 chr11 107299623 . A C 408.75 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00537773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4619;QD=15.5714;RBI=0.00545707;REFB=-0.0113464;REVB=0.000927176;RO=58;SAF=20;SAR=26;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389696;STB=0.516068;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0142278;OID=.;OPOS=107299623;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:58:59:46:46:0.438095:26:20:23:35:26:20:24:35 chr11 107381765 . G A 162.93 PASS AF=0.485714;AO=18;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.041197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.789;QD=18.62;RBI=0.0413401;REFB=-0.0253206;REVB=-0.00343689;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734303;STB=0.58636;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0283192;OID=.;OPOS=107381765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:18:17:0.485714:12:6:7:10:12:5:8:10 chr11 107420530 . A G 876.09 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.634;QD=56.522;RBI=0.0503397;REFB=-0.0446909;REVB=0.00572176;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394315;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:1:0:61:62:1:32:29:1:0:32:30:0:0 chr11 107462522 . G C 436.98 PASS AF=0.969697;AO=26;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00260901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.672;QD=52.9676;RBI=0.0621523;REFB=-0.13403;REVB=0.0620975;RO=2;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925505;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00130757;OID=.;OPOS=107462522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:33:2:1:26:32:0.969697:9:17:0:2:15:17:0:1 chr11 107463159 . A G 1963.05 PASS AF=0.992248;AO=125;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0419501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.796;QD=60.8697;RBI=0.0689313;REFB=-0.137564;REVB=0.0546965;RO=1;SAF=68;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826295;STB=0.504132;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000685507;OID=.;OPOS=107463159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:129:1:1:125:128:0.992248:57:68:0:1:60:68:0:1 chr11 107578721 . C G 563.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171914;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.997;QD=60.8699;RBI=0.0187705;REFB=0;REVB=0.00753566;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515044;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr11 107917087 . A G 723.9 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0238463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0263;QD=54.6337;RBI=0.0353031;REFB=-0.0964649;REVB=0.0260319;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149535;STB=0.507933;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00313108;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:31:21:0:1:31:21:0:1 chr11 108044091 . T A 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.055101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7901;QD=17.7303;RBI=0.0555054;REFB=-0.0228168;REVB=-0.0066878;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955401;STB=0.554393;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.026165;OID=.;OPOS=108044091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:8:9:12:7:8:9:12:7 chr11 108183167 . A G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.206;QD=55.6518;RBI=0.0342836;REFB=0;REVB=0.0263531;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185145;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr11 108380335 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.796;QD=61.3364;RBI=0.0487115;REFB=0;REVB=0.0146886;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197457;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr11 108381247 . C T 1084.53 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00794644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.278;QD=58.6235;RBI=0.0095915;REFB=-0.117687;REVB=0.00537132;RO=1;SAF=17;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027006;STB=0.514282;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-6.92794e-05;OID=.;OPOS=108381247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:56:17:1:0:56:17:1:0 chr11 108384207 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.164;QD=51.1825;RBI=0.0517509;REFB=0;REVB=-0.00506759;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051016;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr11 108409784 . T A 1159.04 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00387774;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.204;QD=61.0023;RBI=0.022974;REFB=0;REVB=0.0226444;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536971;OID=.;OPOS=108409784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:28:48:0:0:28:48:0:0 chr11 109295829 . G A 209.7 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00559964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.654;QD=18.6401;RBI=0.0186419;REFB=-0.0101168;REVB=0.017781;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256468;STB=0.644224;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00942808;OID=.;OPOS=109295829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:6:18:10:11:6:18 chr11 109298332 . G A 199.71 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0253313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.57;QD=27.5459;RBI=0.0387342;REFB=0.0203616;REVB=-0.0293029;RO=10;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163744;STB=0.509081;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0186625;OID=.;OPOS=109298332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:29:29:10:10:19:19:0.655172:10:9:5:5:10:9:5:5 chr11 110038260 . G T 674.85 PASS AF=0.447853;AO=73;DP=164;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=-0.00188948;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.524;QD=16.5608;RBI=0.00786492;REFB=-0.0117765;REVB=-0.00763458;RO=90;SAF=38;SAR=35;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127188;STB=0.513227;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0121629;OID=.;OPOS=110038260;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:90:90:73:73:0.447853:35:38:48:42:35:38:49:41 chr11 111156645 . G C 295.45 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.020061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1987;QD=15.3481;RBI=0.0735583;REFB=-0.00139561;REVB=-0.0707699;RO=44;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726583;STB=0.541122;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00010491;OID=.;OPOS=111156645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:21:12:19:25:21:12:19:25 chr11 111164651 . T C 316.37 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00320825;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.313;QD=16.2242;RBI=0.00896678;REFB=-0.0120465;REVB=0.00837319;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133993;STB=0.55879;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0136013;OID=.;OPOS=111164651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:43:34:35:0.448718:20:14:23:19:20:15:23:20 chr11 111167557 . A C 209.0 PASS AF=0.9;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00490652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.042;QD=41.8005;RBI=0.00682236;REFB=-0.0679644;REVB=0.00474032;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.505612;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000952259;OID=.;OPOS=111167557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:20:1:2:17:18:0.9:7:10:0:1:8:10:1:1 chr11 111167776 . C G 530.31 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00576348;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.162;QD=54.3902;RBI=0.00604184;REFB=-0.164023;REVB=0.00181277;RO=2;SAF=11;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077756;STB=0.53844;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00110543;OID=.;OPOS=111167776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:38:39:2:2:36:37:0.948718:25:11:2:0:25:12:2:0 chr11 111167792 . T G 277.65 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.006214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3353;QD=26.4427;RBI=0.0451257;REFB=-0.0902729;REVB=-0.0446958;RO=14;SAF=8;SAR=17;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081954;STB=0.512132;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.04987;OID=.;OPOS=111167792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:14:17:25:25:0.595238:17:8:3:11:17:8:5:12 chr11 111168767 . C T 368.14 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0159103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1752;QD=18.4071;RBI=0.0311344;REFB=-0.0177454;REVB=-0.0267622;RO=40;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472221;STB=0.525998;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0101974;OID=.;OPOS=111168767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:41:38:39:0.4875:18:20:19:21:18:21:20:21 chr11 111325007 . C T 107.59 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113328;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.671;QD=43.0375;RBI=0.111773;REFB=0;REVB=-0.111197;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672476;OID=.;OPOS=111325007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr11 111327213 . G A 285.8 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7117;QD=51.964;RBI=0.0673568;REFB=0;REVB=0.00301767;RO=0;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910326;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:2:18:0:0:2:20:0:0 chr11 111368047 . G T 861.25 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0399485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.198;QD=54.6823;RBI=0.0399691;REFB=-0.0820678;REVB=-0.00128078;RO=2;SAF=18;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495931;STB=0.526307;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000780641;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:63:2:2:61:61:0.968254:43:18:2:0:43:18:2:0 chr11 111420364 . A G 994.03 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151834;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.493;QD=59.3449;RBI=0.0538739;REFB=0;REVB=0.0516901;RO=0;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126598;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:48:19:0:0:48:19:0:0 chr11 111431656 . GAAT G 568.32 PASS AF=0.9;AO=52;DP=62;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00945166;FXX=0.0476115;HRUN=2;LEN=3;MLLD=271.631;QD=37.8878;RBI=0.0184821;REFB=-0.043537;REVB=0.0158825;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.791;TYPE=del;VARB=0.00704718;OID=.;OPOS=111431657;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:52:62:54:60:6:30:24:3:3:12:0:30:22:0:0 chr11 111553893 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.893;QD=51.9126;RBI=0.0208476;REFB=0;REVB=0.0175644;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155585;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr11 111724133 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9908;QD=44.6885;RBI=0.0478309;REFB=0;REVB=-0.0429857;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175934;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr11 111742145 . CG C 115.22 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.382;QD=41.8972;RBI=0.0137421;REFB=0;REVB=0.00504268;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.82661e-05;OID=.;OPOS=111742146;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:11:11:11:0:10:1:0:0:4:0:10:0:0:0 chr11 111749349 . A T 885.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.119;QD=58.0557;RBI=0.0323313;REFB=0;REVB=0.00754987;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34117e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr11 111753191 . A C 200.36 PASS AF=0.426471;AO=15;DP=69;FAO=29;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0537236;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3216;QD=11.786;RBI=0.0578734;REFB=-0.00240118;REVB=-0.0215198;RO=24;SAF=15;SAR=0;SRF=24;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.567522;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0370043;OID=.;OPOS=111753191;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:24:39:15:29:0.426471:0:15:24:0:13:16:26:13 chr11 111795085 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5337;QD=40.7629;RBI=0.0355657;REFB=0;REVB=-0.0136655;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105818;OID=.;OPOS=111795085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr11 111796717 . G T 151.41 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00257187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1742;QD=13.7648;RBI=0.0348389;REFB=-0.00660438;REVB=0.0347438;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353648;STB=0.666481;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0148495;OID=.;OPOS=111796717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:26:17:18:0.409091:5:12:10:17:6:12:10:16 chr11 111848531 . C T 639.57 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0671396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5784;QD=59.4948;RBI=0.0703054;REFB=0.0191045;REVB=0.0208596;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000412528;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:25:16:0:1:25:17:0:1 chr11 111853106 . G GC 269.67 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.0543;QD=34.7961;RBI=0.0391992;REFB=0;REVB=0.0288821;RO=4;SAF=11;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813395;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00493704;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:31:31:31:0:15:16:0:0:5:4:11:15:3:1 chr11 111896324 . C T 198.25 PASS AF=0.47619;AO=18;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0229562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.496;QD=18.8812;RBI=0.0247132;REFB=-0.00701997;REVB=-0.00915161;RO=21;SAF=14;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469775;STB=0.767395;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00777764;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:22:18:20:0.47619:4:14:6:15:4:16:7:15 chr11 111908162 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3416;QD=61.6819;RBI=0.0409973;REFB=0;REVB=-0.00417805;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038363;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr11 111916647 . G A 175.45 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0669827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.771;QD=13.7609;RBI=0.0672807;REFB=-0.0269754;REVB=-0.0063252;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120975;STB=0.559627;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0414833;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:31:20:20:0.392157:9:11:13:17:9:11:14:17 chr11 111956989 . C A 1176.7 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319803;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.8;QD=61.1275;RBI=0.0260403;REFB=0;REVB=0.0258431;RO=0;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53705e-05;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:26:51:0:0:26:51:0:0 chr11 111959625 . C T 591.07 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.100672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2194;QD=21.8915;RBI=0.102949;REFB=-0.00571849;REVB=-0.0215323;RO=48;SAF=35;SAR=24;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259004;STB=0.519683;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00627473;OID=.;OPOS=111959625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:49:59:59:0.546296:24:35:27:21:24:35:27:22 chr11 112065434 . T C 753.44 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.234;QD=56.8635;RBI=0.0412043;REFB=0;REVB=0.0371034;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17611e-05;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:32:19:0:0:34:19:0:0 chr11 112088499 . A C 1435.31 PASS AF=0.963964;AO=100;DP=111;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0303868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.495;QD=51.7229;RBI=0.176302;REFB=-0.105914;REVB=0.173664;RO=11;SAF=69;SAR=31;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142057;STB=0.524995;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0173546;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:111:111:11:4:100:107:0.963964:31:69:0:11:38:69:0:4 chr11 112123095 . A G 465.02 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1744;QD=58.128;RBI=0.0777481;REFB=0;REVB=-0.0732932;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00172574;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr11 112223299 . G A 279.39 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.542;QD=50.7987;RBI=0.0393245;REFB=0;REVB=0.0391928;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299922;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr11 112832339 . GC GA,G 191.53 PASS AF=0,1;AO=2,13;DP=17;FAO=0,17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0714812,0.0516799;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.7593,25.1636;QD=45.0663;RBI=0.071716,0.0731648;REFB=0,0;REVB=-0.00579914,-0.0517907;RO=0;SAF=2,3;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0,0.000180871;OID=.,.;OPOS=112832340,112832340;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,13:17:0,17:17:0:0,7:0,10:0:0:4:0:2,3:0,10:0:0 chr11 112832353 . T C 114.76 PASS AF=0.75;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000992357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.452;QD=28.6886;RBI=0.0145516;REFB=-0.0280453;REVB=-0.0145177;RO=4;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680141;STB=0.545377;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00109127;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:15:16:4:4:11:12:0.75:7:4:2:2:8:4:2:2 chr11 112832358 . T C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.835;QD=36.3488;RBI=0.0293466;REFB=0.0320499;REVB=0.0130859;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127515;STB=0.571292;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.000285876;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:8:3:1:0:8:3:1:0 chr11 113103996 . T G 326.63 PASS AF=0.330769;AO=41;DP=128;FAO=43;FDP=130;FR=.;FRO=87;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=0.00605833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8649;QD=10.0501;RBI=0.0141677;REFB=-0.0143616;REVB=0.012807;RO=86;SAF=18;SAR=23;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803979;STB=0.558147;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0338571;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:86:87:41:43:0.330769:23:18:32:54:23:20:33:54 chr11 113111501 . T C 147.57 PASS AF=0.875;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0214895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3152;QD=36.8934;RBI=0.0220552;REFB=-0.0548117;REVB=-0.0049628;RO=2;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755861;STB=0.538409;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00358537;OID=.;OPOS=113111501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:16:2:2:13:14:0.875:11:2:0:2:12:2:0:2 chr11 113113515 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.356;QD=60.6099;RBI=0.0632031;REFB=0;REVB=0.0309342;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227453;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr11 113194168 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.248;QD=51.9167;RBI=0.020233;REFB=0;REVB=-0.00626197;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91465e-05;OID=.;OPOS=113194168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr11 113200709 . G A 609.46 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00522265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.727;QD=19.66;RBI=0.00749253;REFB=-0.0143934;REVB=-0.00537233;RO=62;SAF=23;SAR=39;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614322;STB=0.533943;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0153648;OID=.;OPOS=113200709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:62:62:62:0.5:39:23:27:35:39:23:27:35 chr11 113212553 . T C 243.81 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.000364993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4241;QD=15.2382;RBI=0.0603923;REFB=-0.0183594;REVB=-0.0603912;RO=35;SAF=22;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285029;STB=0.672737;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0119959;OID=.;OPOS=113212553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:36:28:28:0.4375:6:22:19:16:6:22:19:17 chr11 113264272 . T C 312.43 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.010672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.587;QD=12.133;RBI=0.0574094;REFB=-0.00367554;REVB=0.0564088;RO=65;SAF=13;SAR=25;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155322;STB=0.589132;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00850387;OID=.;OPOS=113264272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:25:13:31:34:25:13:31:34 chr11 113264470 . A C 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0138189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.892;QD=9.93209;RBI=0.0198625;REFB=-0.00600695;REVB=-0.0142673;RO=35;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838656;STB=0.550655;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0105661;OID=.;OPOS=113264470;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:10:5:14:21:10:5:14:21 chr11 113266821 . G A 184.8 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0339283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.412;QD=18.4804;RBI=0.0340885;REFB=-0.00882031;REVB=0.00330063;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248159;STB=0.626813;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00408293;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:8:11:6:14:8:11:7:14 chr11 113270015 . G C 285.93 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0244674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.363;QD=21.9944;RBI=0.0249073;REFB=-0.0531404;REVB=-0.00466079;RO=23;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00132143;STB=0.505614;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0120774;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:28:29:0.557692:17:11:9:14:18:11:9:14 chr11 113270374 . C T 1730.03 PASS AF=0.97541;AO=116;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0235987;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.167;QD=56.7223;RBI=0.0370221;REFB=-0.14023;REVB=0.0285261;RO=4;SAF=82;SAR=34;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343217;STB=0.500643;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00108013;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:122:122:4:3:116:119:0.97541:34:82:1:3:37:82:2:1 chr11 113270828 . G A 403.48 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0166387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5266;QD=16.8117;RBI=0.018789;REFB=-0.00493796;REVB=-0.00872803;RO=53;SAF=15;SAR=27;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100055;STB=0.56247;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00693041;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:54:42:42:0.4375:27:15:24:29:27:15:25:29 chr11 113283477 . A G 247.74 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0128495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.28;QD=19.4302;RBI=0.013352;REFB=-0.0294824;REVB=-0.00362866;RO=25;SAF=22;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226324;STB=0.628459;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0356632;OID=.;OPOS=113283477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:4:22:17:8:4:22:17:8 chr11 113561054 . A G 2083.79 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.522;QD=62.6704;RBI=0.0320931;REFB=0;REVB=0.0104699;RO=0;SAF=68;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39301e-05;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:130:133:1:62:68:0:0:63:70:0:0 chr11 113561057 . A G 2011.25 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0209818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3807;QD=60.4886;RBI=0.0215171;REFB=-0.148986;REVB=-0.00476986;RO=2;SAF=68;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137721;STB=0.507245;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00170574;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:2:2:131:131:0.984962:63:68:2:0:63:68:2:0 chr11 113570405 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.642;QD=42.1812;RBI=0.0814214;REFB=0;REVB=0.0806368;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129393;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr11 113576932 . A G 560.12 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0890814;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0172;QD=60.5536;RBI=0.115126;REFB=0;REVB=0.0729278;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179901;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:16:21:0:0 chr11 113670052 . T A 457.65 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00242932;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.284;QD=55.473;RBI=0.018574;REFB=-0.0590151;REVB=0.0184145;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000471167;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:0:1:32:32:0.969697:20:12:0:0:20:12:0:1 chr11 113674561 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00426973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.505;QD=16.7285;RBI=0.00576013;REFB=0.00148249;REVB=-0.00386633;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194019;STB=0.61137;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00184119;OID=.;OPOS=113674561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:11:8:10:6:11:8 chr11 113678765 . T C 329.93 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.013749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.047;QD=18.3297;RBI=0.0299861;REFB=-0.0114223;REVB=0.0266482;RO=37;SAF=22;SAR=12;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295046;STB=0.510632;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0104945;OID=.;OPOS=113678765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:37:34:35:0.486111:12:22:25:12:12:23:25:12 chr11 113679119 . C T 63.65 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.013639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7443;QD=9.09297;RBI=0.0260853;REFB=-0.0103868;REVB=0.0222355;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474619;STB=0.782082;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0355855;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:4:15:3:6:4:15 chr11 113803028 . A C 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00710069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.284;QD=16.3499;RBI=0.0124996;REFB=-0.0207825;REVB=0.0102869;RO=40;SAF=25;SAR=9;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042574;STB=0.530869;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0285281;OID=.;OPOS=113803028;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:42:34:34:0.447368:9:25:28:12:9:25:29:13 chr11 113803666 . G A 162.18 PASS AF=0.305556;AO=21;DP=71;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.023029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.03;QD=9.01005;RBI=0.0230403;REFB=-0.0132787;REVB=-0.000719787;RO=50;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122364;STB=0.586389;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0394422;OID=.;OPOS=113803666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:50:50:21:22:0.305556:10:11:21:29:10:12:21:29 chr11 113848273 . A T 55.2 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00578758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4201;QD=9.59912;RBI=0.0190873;REFB=-0.0598728;REVB=-0.0181887;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283525;STB=0.697155;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0494254;OID=.;OPOS=113848273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:6:2:7:7:6:2:8:7 chr11 113853989 . C A 123.08 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0243481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.821;QD=16.411;RBI=0.0264406;REFB=-0.00407176;REVB=0.0103091;RO=16;SAF=12;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512193;STB=0.79952;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0142123;OID=.;OPOS=113853989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:2:12:6:10:2:12:6:10 chr11 114393652 . C T 1018.13 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0296184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.738;QD=56.5628;RBI=0.0535575;REFB=-0.0512032;REVB=0.0446223;RO=1;SAF=34;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137031;STB=0.500397;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00044458;OID=.;OPOS=114393652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:36:34:1:0:36:34:1:1 chr11 114393801 . ATTTTTTC ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 467.18 PASS AF=0.155844,0.805195,0.012987;AO=7,19,3;DP=78;FAO=12,62,1;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=11,28,0;FSAR=1,34,1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.102109,-0.241506,-0.343619;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=127.135,8.13037,11.6935;QD=24.2691;RBI=0.138161,0.7098,0.464463;REFB=0.0151061,0.0807454,0.0580728;REVB=0.0930704,0.667451,0.312492;RO=29;SAF=7,8,2;SAR=0,11,1;SRF=6;SRR=23;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.407407,0;SSSB=0.799997,0.243266,0.482861;STB=0.749461,0.514281,0.5;STBP=0.012,0.236,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.120532,-0.0308492,-0.134717;OID=.,.,.;OPOS=114393806,114393802,114393807;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.155844,0.805195,0.012987:7,19,3:78:12,62,1:77:2:11,28,0:1,34,1:0:2:66:29:7,8,2:0,11,1:6:23 chr11 114401577 . T C 946.33 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00743847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.64;QD=55.6662;RBI=0.00746779;REFB=-0.0700032;REVB=-0.000661041;RO=0;SAF=18;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99443e-08;STB=0.508359;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-3.7268e-05;OID=.;OPOS=114401577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:0:2:66:66:0.970588:48:18:0:0:48:18:1:1 chr11 114421857 . T C 51.04 PASS AF=0.222222;AO=7;DP=35;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00320556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.354;QD=5.67142;RBI=0.0110797;REFB=-0.00416083;REVB=0.0106059;RO=28;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464371;STB=0.832408;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0203;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:36:28:28:7:8:0.222222:6:1:14:14:7:1:14:14 chr11 114421861 . G A 42.3 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0540165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5287;QD=4.70024;RBI=0.0583266;REFB=0.00880768;REVB=-0.0220046;RO=29;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449791;STB=0.809832;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0856808;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:6:1:14:15:6:1:14:15 chr11 114441943 . G A 430.65 PASS AF=0.804878;AO=31;DP=40;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00404627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2396;QD=42.0151;RBI=0.0132389;REFB=-0.0283932;REVB=-0.0126054;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.601747;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00371935;OID=.;OPOS=114441943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:41:0:8:31:33:0.804878:21:10:0:0:21:12:7:1 chr11 114442103 . A G 197.57 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969453;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.046;QD=49.3919;RBI=0.0233678;REFB=0;REVB=0.021262;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00433699;OID=.;OPOS=114442103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr11 114569054 . A G 979.86 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3082;QD=58.4991;RBI=0.0974801;REFB=0;REVB=0.0180201;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508247;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:67:0:0:61:67:1:26:35:0:0:29:38:0:0 chr11 114576626 . A T 753.63 PASS AF=1;AO=46;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050871;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.6206;QD=55.8245;RBI=0.0750115;REFB=0;REVB=0.0551259;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024732;OID=.;OPOS=114576626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:46:54:1:28:18:0:0:32:22:0:0 chr11 116633825 . C T 364.28 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0241858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.195;QD=23.8875;RBI=0.0302132;REFB=-0.00478368;REVB=0.0181076;RO=24;SAF=21;SAR=15;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128302;STB=0.558708;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00423626;OID=.;OPOS=116633825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:25:36:36:0.590164:15:21:18:6:15:21:18:7 chr11 116661826 . T C 796.29 PASS AF=1;AO=44;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.159;QD=56.8775;RBI=0.0366411;REFB=0;REVB=0.0131743;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131439;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:44:56:1:19:25:0:0:22:34:0:0 chr11 116662579 . C T 618.12 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743278;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.134;QD=61.812;RBI=0.0188695;REFB=0;REVB=0.017344;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441879;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr11 116692334 . C T 699.9 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.635;QD=62.2134;RBI=0.1263;REFB=0;REVB=0.12385;RO=0;SAF=34;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521948;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:8:34:0:0:10:35:0:0 chr11 116693464 . C T 1143.62 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.946;QD=60.1903;RBI=0.0549992;REFB=0;REVB=-0.00866631;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103306;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:36:38:0:0:37:39:0:0 chr11 116701535 . T C 78.39 PASS AF=0.47619;AO=6;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0136948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.321;QD=14.9318;RBI=0.0225061;REFB=-0.0628675;REVB=0.0178599;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219799;STB=0.523762;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0822688;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:11:6:10:0.47619:4:2:5:4:5:5:6:5 chr11 116766978 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATG,TAAAATAG 41.59 PASS AF=0.0857143,0.0571429,0.0428571;AO=12,4,3;DP=71;FAO=6,4,3;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=5,0,3;FSAR=1,4,0;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0742505,-0.0172875,-0.0231301;FXX=0.0140825;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,3;MLLD=9.76811,23.7784,222.024;QD=2.37633;RBI=0.157749,0.0685531,0.0386034;REFB=-0.0723672,-0.0456014,-0.00846119;REVB=-0.139181,-0.0663376,-0.0309067;RO=44;SAF=6,0,3;SAR=6,4,0;SRF=22;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.553532,0.490258;STB=0.84504,0.997064,0.996905;STBP=0.11,0.061,0.048;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=-0.0242186,0.179069,0.0100909;OID=.,.,.;OPOS=116766979,116766984,116766983;OREF=A,AT,AAT;OALT=-,TG,TAG;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATG,TAAAATAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0857143,0.0571429,0.0428571:12,4,3:71:6,4,3:70:57:5,0,3:1,4,0:25:32:16:44:6,0,3:6,4,0:22:22 chr11 117042377 . G A 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.566;QD=62.019;RBI=0.0255051;REFB=0;REVB=0.0240803;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22147e-05;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr11 117053433 . C A 228.2 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0021819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0105;QD=13.8302;RBI=0.00406198;REFB=-0.00841399;REVB=0.00342622;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030348;STB=0.520533;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0168562;OID=.;OPOS=117053433;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:39:26:27:0.409091:15:11:15:23:15:12:16:23 chr11 117074109 . G A 221.71 PASS AF=0.385714;AO=26;DP=69;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0541498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4809;QD=12.6691;RBI=0.0557619;REFB=-0.00651715;REVB=-0.0133113;RO=42;SAF=8;SAR=18;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028103;STB=0.512811;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00914408;OID=.;OPOS=117074109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:42:43:26:27:0.385714:18:8:12:30:19:8:12:31 chr11 117076875 . G A 91.14 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0122934;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6097;QD=3.96281;RBI=0.0622324;REFB=-0.00712391;REVB=0.0610061;RO=73;SAF=9;SAR=7;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00109437;STB=0.519207;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0381485;OID=.;OPOS=117076875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:93:92:73:76:16:16:0.173913:7:9:41:32:7:9:41:35 chr11 117077034 . A G 293.49 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0246625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.016;QD=19.8974;RBI=0.0256859;REFB=-0.00653679;REVB=-0.0071783;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255078;STB=0.646323;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0108998;OID=.;OPOS=117077034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:28:31:31:0.525424:16:15:5:22:16:15:5:23 chr11 117096652 . G A 159.54 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0166772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4182;QD=17.7268;RBI=0.0496195;REFB=0.0118697;REVB=0.0467329;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417334;STB=0.523782;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0148195;OID=.;OPOS=117096652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:12:7:7:10:12:7 chr11 117156552 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.304;QD=59.0175;RBI=0.0052381;REFB=0;REVB=0.00502719;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56309e-05;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr11 117160347 . A G 635.87 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170092;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.953;QD=62.0357;RBI=0.0307779;REFB=0;REVB=-0.0256509;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1162e-05;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:18:23:0:0 chr11 117163824 . C G 1194.61 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0318234;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9596;QD=59.7303;RBI=0.0568687;REFB=-0.00863041;REVB=0.0471309;RO=0;SAF=61;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73794e-08;STB=0.51351;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00111706;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:0:1:79:79:0.9875:18:61:0:0:18:61:0:1 chr11 117252489 . T C 775.76 PASS AF=0.391753;AO=61;DP=196;FAO=76;FDP=194;FR=.,HEALED;FRO=109;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=76;FSRR=33;FWDB=0.00590948;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.336;QD=15.995;RBI=0.0310943;REFB=-0.0155795;REVB=-0.0305276;RO=101;SAF=37;SAR=24;SRF=71;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114693;STB=0.526174;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0265372;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:101:109:61:76:0.391753:24:37:71:30:26:50:76:33 chr11 117282800 . G T 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0024982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.32;QD=17.9397;RBI=0.0104639;REFB=-0.0208364;REVB=0.0101613;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169672;STB=0.596755;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0339339;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:10:12:7:12:10:12 chr11 117309989 . C T 357.47 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0342767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.449;QD=49.3063;RBI=0.10345;REFB=-0.0253793;REVB=-0.0976061;RO=2;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842653;STB=0.54542;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000197738;OID=.;OPOS=117309989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:10:17:0:2:10:17:0:2 chr11 117310022 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.119;QD=57.2025;RBI=0.0157113;REFB=0;REVB=-0.0111165;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.96078e-05;OID=.;OPOS=117310022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr11 117335722 . T C 835.25 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00738073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7304;QD=55.6835;RBI=0.0315124;REFB=-0.10118;REVB=0.0306359;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165496;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0024465;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:1:1:58:59:0.983333:28:30:0:1:29:30:0:1 chr11 117693255 . T C 1024.97 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167651;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.768;QD=59.4188;RBI=0.0284366;REFB=0;REVB=0.0229689;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185194;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76441e-05;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:1:0:65:69:1:40:25:1:0:42:27:0:0 chr11 117698762 . G A 969.99 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1912;QD=56.2312;RBI=0.0467771;REFB=-0.0674457;REVB=0.031595;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145412;STB=0.50704;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0114262;OID=.;OPOS=117698762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:36:32:1:0:35:33:0:1 chr11 117774291 . A C 464.97 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1695;QD=58.1211;RBI=0.0803068;REFB=0;REVB=-0.0801671;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227606;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00093208;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:1:0:31:32:1:11:20:1:0:11:21:0:0 chr11 117781435 . A G 381.81 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050504;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.347;QD=56.565;RBI=0.090324;REFB=0;REVB=0.074885;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740336;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr11 117789342 . T C 579.18 PASS AF=0.746269;AO=46;DP=63;FAO=50;FDP=67;FR=.;FRO=17;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0976057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.035;QD=34.5779;RBI=0.0979237;REFB=-0.0285419;REVB=-0.00788634;RO=17;SAF=35;SAR=11;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325594;STB=0.678419;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0102487;OID=.;OPOS=117789342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:17:17:46:50:0.746269:11:35:3:14:11:39:3:14 chr11 117789345 . G C 503.88 PASS AF=0.707692;AO=45;DP=64;FAO=46;FDP=65;FR=.;FRO=19;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.108806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.3911;QD=31.0082;RBI=0.14848;REFB=-0.0307742;REVB=0.101032;RO=19;SAF=37;SAR=8;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405927;STB=0.722205;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0139805;OID=.;OPOS=117789345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:19:19:45:46:0.707692:8:37:4:15:8:38:4:15 chr11 117789367 . A G 43.63 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0286937;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.608;QD=5.28821;RBI=0.0334352;REFB=-0.0128428;REVB=-0.0171636;RO=26;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278058;STB=0.691663;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0356774;OID=.;OPOS=117789367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:33:26:26:7:7:0.212121:6:1:8:18:6:1:8:18 chr11 117864047 . A G 182.08 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00700661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.015;QD=16.9372;RBI=0.0166188;REFB=-0.0548643;REVB=-0.0150696;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248915;STB=0.642187;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0226748;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:9:15:7:12:9:15 chr11 117864113 . G A 141.18 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00967259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.229;QD=13.4457;RBI=0.0132073;REFB=-0.00728827;REVB=-0.00899304;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147043;STB=0.571341;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0146896;OID=.;OPOS=117864113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:8:8:16:9:8:8:16:10 chr11 117864846 . A G 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0200387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.599;QD=16.48;RBI=0.0200483;REFB=-0.00731964;REVB=0.000618975;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358843;STB=0.721998;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0134987;OID=.;OPOS=117864846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:25:19:19:0.431818:6:13:7:16:6:13:7:18 chr11 117869670 . A G 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0893158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.597;QD=45.1058;RBI=0.0895362;REFB=-0.10707;REVB=-0.00627923;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515135;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00126756;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:19:0:1:18:18:0.947368:16:2:0:0:16:2:0:1 chr11 117896135 . C T 819.19 PASS AF=0.323077;AO=105;DP=326;FAO=105;FDP=325;FR=.;FRO=220;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=92;FSRR=128;FWDB=-0.00693359;FXX=0.00306739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.238;QD=10.0823;RBI=0.00960815;REFB=-0.00267766;REVB=-0.00665145;RO=220;SAF=39;SAR=66;SRF=92;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057906;STB=0.533302;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00526614;OID=.;OPOS=117896135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:325:220:220:105:105:0.323077:66:39:92:128:66:39:92:128 chr11 117965530 . A G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0136787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2736;QD=18.25;RBI=0.023379;REFB=-0.00847328;REVB=-0.0189597;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459857;STB=0.526276;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00954776;OID=.;OPOS=117965530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:4:8:8:5:4:8 chr11 117965602 . C T 156.4 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0715717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3069;QD=24.061;RBI=0.0718065;REFB=-0.0202587;REVB=0.00580256;RO=9;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226843;STB=0.613484;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0122673;OID=.;OPOS=117965602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:9:10:16:16:0.615385:12:4:5:4:12:4:5:5 chr11 117982495 . T G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.33;QD=56.9569;RBI=0.0276791;REFB=0;REVB=0.0191437;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40324e-05;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr11 117988082 . T C 773.38 PASS AF=0.934426;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0055145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.635;QD=50.7133;RBI=0.0400358;REFB=-0.0462225;REVB=0.0396542;RO=4;SAF=32;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00913243;STB=0.504083;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00429088;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:61:4:4:56:57:0.934426:24:32:2:2:25:32:2:2 chr11 118034223 . G A 456.91 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00548559;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.901;QD=25.3838;RBI=0.0293161;REFB=-0.0442672;REVB=0.0287983;RO=14;SAF=24;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147135;STB=0.568593;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0255075;OID=.;OPOS=118034223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:14:22:35:40:0.555556:11:24:6:8:16:24:9:13 chr11 118034228 . T G 403.78 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0364814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2761;QD=22.1248;RBI=0.0418476;REFB=-0.00947385;REVB=0.0205019;RO=33;SAF=24;SAR=16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240514;STB=0.632367;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00934464;OID=.;OPOS=118034228;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:16:24:10:23:16:24:10:23 chr11 118074337 . A G 556.72 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1711;QD=60.1861;RBI=0.107465;REFB=0;REVB=0.0982556;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968764;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr11 118081345 . A T 1491.52 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.171;QD=63.4691;RBI=0.0200619;REFB=0;REVB=0.0122065;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22613e-06;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:42:51:0:0:42:52:0:0 chr11 118083664 . A G 1077.3 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444491;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.469;QD=59.85;RBI=0.0195793;REFB=0;REVB=0.0190681;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183566;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr11 118107805 . A G 773.2 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.944;QD=61.8558;RBI=0.0391527;REFB=-0.127268;REVB=0.0371978;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200211;STB=0.510634;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00116433;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:23:26:0:1:23:26:0:1 chr11 118110977 . T C 1555.86 PASS AF=0.981481;AO=104;DP=106;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.037544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.2872;QD=57.6243;RBI=0.0487671;REFB=-0.141876;REVB=-0.0311236;RO=2;SAF=50;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000689431;STB=0.500175;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00147733;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:108:2:2:104:106:0.981481:54:50:1:1:54:52:1:1 chr11 118179197 . A G 120.1 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0313389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.896;QD=9.41984;RBI=0.0368998;REFB=-0.00974678;REVB=0.01948;RO=36;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104465;STB=0.563293;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0316059;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:10:5:15:21:10:5:15:21 chr11 118182829 . T A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00699803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.686;QD=7.04755;RBI=0.0299363;REFB=-0.00120354;REVB=-0.0291069;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246752;STB=0.655357;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00330431;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:3:5:9:13:3:5:9:13 chr11 118374647 . C T 286.1 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0166265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.805;QD=20.4354;RBI=0.0406401;REFB=-0.0251441;REVB=-0.0370834;RO=26;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059952;STB=0.526298;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0283154;OID=.;OPOS=118374647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:26:29:30:0.535714:17:12:9:17:18:12:9:17 chr11 118405068 . A G 74.8 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0084;QD=37.3993;RBI=0.0556092;REFB=0;REVB=-0.0549879;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000951316;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr11 118405305 . G A 462.02 PASS AF=0.942857;AO=31;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00745941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.507;QD=52.8026;RBI=0.0340258;REFB=-0.12705;REVB=0.0331981;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.549969;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00264418;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:0:2:31:33:0.942857:22:9:0:0:24:9:2:0 chr11 118405835 . G A 186.57 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0780766;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.819;QD=18.657;RBI=0.0798249;REFB=-0.0138851;REVB=0.0166146;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086445;STB=0.548847;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0129406;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:5:16:13:6:5:16 chr11 118406137 . G A 182.99 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0114411;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.732;QD=14.3525;RBI=0.0122958;REFB=-0.00779754;REVB=0.00450413;RO=24;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301528;STB=0.593872;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0111035;OID=.;OPOS=118406137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:30:20:21:0.411765:16:4:11:13:16:5:11:19 chr11 118430519 . C T 668.3 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6666;QD=62.167;RBI=0.0222186;REFB=0;REVB=-0.0116418;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114216;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr11 118471423 . T C 958.48 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0757708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9029;QD=57.2229;RBI=0.0758112;REFB=-0.00754263;REVB=-0.00247634;RO=1;SAF=20;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101625;STB=0.505375;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00179242;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:46:20:0:1:46:20:0:1 chr11 118472354 . C A 998.86 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0679677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1167;QD=56.2739;RBI=0.0771347;REFB=-0.0453938;REVB=0.0364711;RO=2;SAF=37;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193837;STB=0.501026;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00252921;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:32:37:1:1:32:37:1:1 chr11 118505676 . GT G,GG 1641.56 PASS AF=0.991379,0.00862069;AO=107,7;DP=117;FAO=115,1;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=57,1;FSAR=58,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359548,0.0281876;FXX=0.00854628;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.159,59.9037;QD=56.6056;RBI=0.0504327,0.126736;REFB=0,0;REVB=-0.0353653,-0.123561;RO=0;SAF=57,1;SAR=50,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.67725e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00119195,-0.0610607;OID=.,.;OPOS=118505677,118505677;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991379,0.00862069:107,7:117:115,1:116:0:57,1:58,0:0:0:3:0:57,1:50,6:0:0 chr11 118529017 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.118;QD=40.7629;RBI=0.0847824;REFB=0;REVB=0.0826652;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162914;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr11 118529044 . C CG 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00073307;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=184.712;QD=46.848;RBI=0.0103595;REFB=0;REVB=0.0103335;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.54828e-05;OID=.;OPOS=118529045;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:15:15:15:0:5:10:0:0:4:0:5:10:0:0 chr11 118529069 . G C 223.12 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3492;QD=49.583;RBI=0.0950318;REFB=0;REVB=0.0682227;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44719e-05;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr11 118529078 . G C 183.91 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.029675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5132;QD=38.7174;RBI=0.119009;REFB=-0.113865;REVB=0.11525;RO=2;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761434;STB=0.538418;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0113078;OID=.;OPOS=118529078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:2:2:16:17:0.894737:11:5:0:2:12:5:0:2 chr11 118621824 . AG AGT,GT 814.87 PASS AF=0.945205,0.0547945;AO=49,5;DP=73;FAO=69,4;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39,4;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0932854,0.0593959;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,2;MLLD=15.0325,5.58039;QD=44.6506;RBI=0.289876,0.143851;REFB=0,0;REVB=0.274456,0.131017;RO=5;SAF=26,5;SAR=23,0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0919547,0.812479;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00657537,0.035156;OID=.,.;OPOS=118621826,118621824;OREF=-,AG;OALT=T,GT;OMAPALT=AGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:73:73:5:0:49,5:69,4:0.945205,0.0547945:23,0:26,5:0:5:30,0:39,4:0:0 chr11 118622744 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3507;QD=56.1906;RBI=0.0307598;REFB=0;REVB=0.0242391;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100901;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr11 118765267 . G C 315.62 PASS AF=0.473684;AO=31;DP=71;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00725331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.281;QD=16.6117;RBI=0.0111999;REFB=-0.0321366;REVB=0.00853391;RO=34;SAF=10;SAR=21;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307982;STB=0.511939;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0367835;OID=.;OPOS=118765267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:76:34:40:31:36:0.473684:21:10:10:24:25:11:13:27 chr11 118769442 . A G 544.82 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00639579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.083;QD=22.9396;RBI=0.0197498;REFB=-0.00918151;REVB=-0.0186855;RO=42;SAF=21;SAR=30;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932787;STB=0.562475;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00873663;OID=.;OPOS=118769442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:44:51:51:0.536842:30:21:22:20:30:21:24:20 chr11 118898435 . AC A 495.45 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0214309;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.5702;QD=41.2874;RBI=0.093389;REFB=-0.0913657;REVB=0.0908968;RO=2;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00170451;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=del;VARB=0.00874429;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.979167:46:49:47:48:1:22:25:1:0:5:2:22:24:1:1 chr11 118899021 . G A 66.3 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0199309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8524;QD=12.0537;RBI=0.039591;REFB=-0.00593177;REVB=-0.0342083;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929071;STB=0.555432;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00855506;OID=.;OPOS=118899021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:6:7:4:5:6:7 chr11 118919206 . T C 305.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4677;QD=53.0969;RBI=0.0961796;REFB=0;REVB=0.0908362;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021039;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr11 118925341 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0321208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.352;QD=12.6377;RBI=0.0326047;REFB=-0.0206186;REVB=0.0055965;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652316;STB=0.538402;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0295908;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:10:11:6:7:10:11 chr11 118927013 . T C,TC 414.43 PASS AF=0,1;AO=2,28;DP=34;FAO=0,34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272428,0.117684;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=207.769,18.7353;QD=48.7559;RBI=0.0277633,0.174887;REFB=0,0;REVB=0.00535071,0.129368;RO=4;SAF=1,10;SAR=1,18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.237547,0.0272547;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0100676;OID=.,.;OPOS=118927013,118927014;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:34:34:4:0:2,28:0,34:0,1:1,18:1,10:1:3:0,22:0,12:0:0 chr11 118940957 . C G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0108689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.277;QD=19.3688;RBI=0.0252562;REFB=-0.0121445;REVB=0.0227978;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051088;STB=0.529353;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00868417;OID=.;OPOS=118940957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:4:3:5:5:4:3 chr11 118947634 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0396862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.992;QD=12.3955;RBI=0.0729548;REFB=-0.0432466;REVB=-0.0612161;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0553162;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:2:3:2:3:2:3 chr11 118949331 . C T 167.8 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0450639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9702;QD=15.6088;RBI=0.05519;REFB=-0.0218469;REVB=0.0318619;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223322;STB=0.629478;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0227184;OID=.;OPOS=118949331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:13:5:12:13:13:5:12:13 chr11 118952173 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0522581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.924;QD=11.6341;RBI=0.0620395;REFB=0.000327477;REVB=0.0334363;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501911;STB=0.7994;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00166414;OID=.;OPOS=118952173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:2:8:5:11:2:8:5:11 chr11 118962230 . G T 248.49 PASS AF=0.517241;AO=20;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0368463;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.9697;QD=17.1375;RBI=0.0974023;REFB=-0.148912;REVB=0.090164;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260532;STB=0.550425;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0688927;OID=.;OPOS=118962230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:23:28:20:30:0.517241:6:14:10:13:14:16:12:16 chr11 118967758 . T C,G 473.26 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=31,2;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110917,0.00315306;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.937,150.388;QD=57.3647;RBI=0.0143984,0.00403096;REFB=0,0;REVB=0.0143556,-0.00251136;RO=0;SAF=20,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00515447,0.0722583;OID=.,.;OPOS=118967758,118967758;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:31,2:31,2:0.939394,0.0606061:11,1:20,1:0:0:11,1:20,1:0:0 chr11 118968623 . G A 366.94 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0265277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3348;QD=17.4735;RBI=0.0267151;REFB=-0.0288011;REVB=0.00315838;RO=45;SAF=22;SAR=16;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231108;STB=0.518787;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0366324;OID=.;OPOS=118968623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:45:38:39:0.464286:16:22:25:20:16:23:25:20 chr11 119005088 . C T 617.2 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.488;QD=60.2147;RBI=0.0833896;REFB=0;REVB=0.0341306;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726903;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:30:8:0:0:32:9:0:0 chr11 119005132 . C T 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.102907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.535;QD=19.1079;RBI=0.103009;REFB=0.02583;REVB=-0.00457388;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057902;STB=0.533262;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00969976;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:1:5:7:2:1:5 chr11 119043656 . C T 278.61 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00850571;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.53;QD=13.7586;RBI=0.00851349;REFB=-0.00889549;REVB=0.000363875;RO=49;SAF=21;SAR=11;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161325;STB=0.592205;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0195942;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:49:32:32:0.395062:11:21:25:24:11:21:25:24 chr11 119052826 . C A 1279.32 PASS AF=0.512397;AO=123;DP=244;FAO=124;FDP=242;FR=.;FRO=118;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=49;FSRR=69;FWDB=0.035427;FXX=0.0162595;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2931;QD=21.1457;RBI=0.052131;REFB=-0.039966;REVB=0.0382435;RO=116;SAF=64;SAR=59;SRF=48;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942535;STB=0.552962;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.038323;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:242:116:118:123:124:0.512397:59:64:48:68:59:65:49:69 chr11 119054488 . C T 274.02 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00386533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.685;QD=19.9288;RBI=0.025645;REFB=-0.0401289;REVB=0.0253521;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216825;STB=0.512063;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0302751;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:13:16:15:11:13:16:15:11 chr11 119059404 . G A 168.35 PASS AF=0.612903;AO=11;DP=32;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0225112;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.769;QD=21.7222;RBI=0.0234855;REFB=-0.0183836;REVB=-0.00669463;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110704;STB=0.561334;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0263884;OID=.;OPOS=119059404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:7:12:11:19:0.612903:3:8:5:2:3:16:9:3 chr11 119063908 . C T 51.1 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0799813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.071;QD=7.86208;RBI=0.0806313;REFB=-0.0197295;REVB=-0.0102173;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200918;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0315706;OID=.;OPOS=119063908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:10:8:5:3:10:8 chr11 119065709 . G C 255.2 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00494008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.49;QD=29.1652;RBI=0.00692139;REFB=-0.0279607;REVB=-0.00484781;RO=12;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237676;STB=0.63146;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0132468;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:16:7:8:4:16:7:8:4 chr11 119181170 . T C 233.68 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0173868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.875;QD=24.5981;RBI=0.0201849;REFB=-0.000196884;REVB=-0.0102533;RO=16;SAF=16;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327887;STB=0.683244;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000302085;OID=.;OPOS=119181170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:6:16:5:11:6:16:5:11 chr11 119205830 . A G 634.12 PASS AF=0.458333;AO=65;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00743487;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9884;QD=17.6144;RBI=0.0322054;REFB=-0.00131201;REVB=-0.0313354;RO=77;SAF=33;SAR=32;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241843;STB=0.520827;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00130605;OID=.;OPOS=119205830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:77:78:65:66:0.458333:32:33:41:36:33:33:42:36 chr11 119206375 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00212787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.761;QD=12.9417;RBI=0.00970363;REFB=-0.0172845;REVB=0.00946745;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325778;STB=0.692041;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0239901;OID=.;OPOS=119206375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:11:4:14:11:11:4:14:11 chr11 119216231 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.995;QD=62.9812;RBI=0.0323462;REFB=0;REVB=-0.0313005;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211378;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr11 119216279 . G A 184.66 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0131934;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=272.41;QD=26.3805;RBI=0.020076;REFB=-0.00923273;REVB=-0.0151321;RO=7;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531051;STB=0.564029;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00415969;OID=.;OPOS=119216279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:7:10:18:18:0.642857:6:12:4:3:6:12:5:5 chr11 119229964 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.061;QD=61.5362;RBI=0.0157972;REFB=0;REVB=0.00209519;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25749e-05;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr11 119244095 . C G,T 714.56 PASS AF=0.0652174,0.934783;AO=3,43;DP=46;FAO=3,43;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545404,0.0175456;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=32.0055,182.568;QD=62.1359;RBI=0.0205107,0.0318728;REFB=0,0;REVB=-0.0197723,0.0266089;RO=0;SAF=1,19;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.165873,0.000489948;OID=.,.;OPOS=119244095,119244095;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:46:46:0:0:3,43:3,43:0.0652174,0.934783:2,24:1,19:0:0:2,24:1,19:0:0 chr11 119252199 . T G 3441.74 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451497;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.82;QD=62.294;RBI=0.064731;REFB=0.0786871;REVB=0.0463854;RO=0;SAF=110;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48927e-05;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:222:221:0:0:221:221:1:111:110:0:0:110:111:0:0 chr11 119290034 . G C 48.86 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.000956184;FXX=0.0555247;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.483;QD=11.4969;RBI=0.00892009;REFB=-0.00958921;REVB=0.0088687;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283636;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00898874;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:6:4:3:4:6:4 chr11 119369297 . G A 263.47 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00535174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6561;QD=17.5645;RBI=0.0073429;REFB=-0.00561742;REVB=-0.00502764;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241134;STB=0.513504;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00636665;OID=.;OPOS=119369297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:18:11:11:20:18:11:11:20 chr11 119510644 . A C 2847.91 PASS AF=0.994536;AO=181;DP=182;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00369437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1392;QD=62.2495;RBI=0.00988241;REFB=0.0246868;REVB=0.0091659;RO=1;SAF=97;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488309;STB=0.502564;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000487247;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:183:1:1:181:182:0.994536:84:97:1:0:85:97:1:0 chr11 119879425 . T C 769.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.786;QD=56.9863;RBI=0.0588389;REFB=0;REVB=0.0555706;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349017;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:33:20:0:0:33:21:0:0 chr11 119986119 . T C 150.85 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0120271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.63;QD=12.571;RBI=0.0122173;REFB=-0.0151766;REVB=0.00214771;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129409;STB=0.575596;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0253919;OID=.;OPOS=119986119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:9:8:11:20:9:8:11:20 chr11 119993897 . CCT C 280.36 PASS AF=0.828571;AO=27;DP=33;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0346781;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=2;MLLD=236.51;QD=32.0415;RBI=0.0427348;REFB=-0.0572653;REVB=0.0249739;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.543969;STBP=0.229;TYPE=del;VARB=0.00623662;OID=.;OPOS=119993898;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.828571:27:33:29:35:6:12:17:4:2:24:0:11:16:0:0 chr11 119999191 . A G 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.571;QD=58.4167;RBI=0.0469431;REFB=0;REVB=0.00314126;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217222;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr11 120040581 . G A 370.42 PASS AF=0.575758;AO=35;DP=62;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0161779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9453;QD=22.4499;RBI=0.0675903;REFB=-0.0667951;REVB=0.0656257;RO=27;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397166;STB=0.519221;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.052748;OID=.;OPOS=120040581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:27:28:35:38:0.575758:16:19:16:11:18:20:16:12 chr11 120040642 . C G 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00842055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.531;QD=21.0496;RBI=0.0155918;REFB=-0.0275832;REVB=-0.0131224;RO=31;SAF=17;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717712;STB=0.539661;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0210295;OID=.;OPOS=120040642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:19:17:12:19:19:17:12:19 chr11 120040921 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00914846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.103;QD=14.652;RBI=0.0965228;REFB=-0.0360165;REVB=0.0960883;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0222253;OID=.;OPOS=120040921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:3:2:2:4:3:2 chr11 120040954 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=8.55503e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.462;QD=14.1699;RBI=0.00986466;REFB=-0.00304641;REVB=-0.00986429;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1968;STB=0.612713;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00340445;OID=.;OPOS=120040954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:2:8:11:1:2:8:11:1 chr11 120041408 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00560908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.74;QD=8.81178;RBI=0.00662737;REFB=-0.0110325;REVB=-0.0035299;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233732;STB=0.642579;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0318314;OID=.;OPOS=120041408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:9:14:4:6:9:14 chr11 120041423 . G A 107.69 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0364148;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.354;QD=11.9654;RBI=0.0371218;REFB=0.00247552;REVB=0.00721073;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147429;STB=0.573803;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00342606;OID=.;OPOS=120041423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:23:12:13:0.361111:6:6:6:11:7:6:8:15 chr11 120041444 . C T 141.21 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0254021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5369;QD=13.4483;RBI=0.0387136;REFB=0.00410406;REVB=0.0292144;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106944;STB=0.562422;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0103165;OID=.;OPOS=120041444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:7:9:12:14:7:9:12:14 chr11 120041928 . C T 97.13 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.000156343;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.083;QD=21.5853;RBI=0.0201619;REFB=-0.0594072;REVB=0.0201613;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145526;STB=0.583179;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0330015;OID=.;OPOS=120041928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:7:7:11:11:0.611111:4:7:3:4:4:7:3:4 chr11 120041945 . G A 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0173424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.407;QD=18.2483;RBI=0.0252417;REFB=-0.0214818;REVB=0.0183407;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582442;STB=0.556873;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0183818;OID=.;OPOS=120041945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:5:8:6:5:5:8:6:6 chr11 120041956 . T C 138.85 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0134889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.964;QD=19.8363;RBI=0.0141978;REFB=0.0152135;REVB=-0.00443024;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395277;STB=0.538411;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0129371;OID=.;OPOS=120041956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:7:8:7:5:7:8:8:5 chr11 120042082 . G A 182.13 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0407682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.254;QD=16.9427;RBI=0.0430932;REFB=-0.0197093;REVB=-0.0139636;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167139;STB=0.509544;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0183181;OID=.;OPOS=120042082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:14:5:6:18:14:5:6:18 chr11 120042087 . T C 172.59 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0738348;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9669;QD=17.7019;RBI=0.0772807;REFB=-0.021484;REVB=0.0228193;RO=20;SAF=3;SAR=15;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124079;STB=0.599877;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0369882;OID=.;OPOS=120042087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:21:18:18:0.461538:15:3:5:15:15:3:6:15 chr11 120099658 . A G 229.27 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00216649;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.334;QD=11.7572;RBI=0.1031;REFB=-0.0161307;REVB=-0.103078;RO=50;SAF=17;SAR=11;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987067;STB=0.557075;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.029041;OID=.;OPOS=120099658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:50:50:28:28:0.358974:11:17:26:24:11:17:26:24 chr11 120099679 . G A 364.11 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0211159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.265;QD=15.8308;RBI=0.0221751;REFB=-0.0231638;REVB=0.00677139;RO=53;SAF=26;SAR=13;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904947;STB=0.551154;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0285687;OID=.;OPOS=120099679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:13:26:31:22:13:26:31:22 chr11 120099791 . C T 569.17 PASS AF=0.475806;AO=57;DP=122;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0181065;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.61;QD=18.3604;RBI=0.0753679;REFB=-0.0169999;REVB=0.0731606;RO=65;SAF=42;SAR=15;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259129;STB=0.625328;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0144441;OID=.;OPOS=120099791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:65:65:57:59:0.475806:15:42:32:33:17:42:32:33 chr11 120100597 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0184647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.713;QD=16.1063;RBI=0.0224637;REFB=-0.00674995;REVB=0.0127935;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492737;STB=0.528269;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00283393;OID=.;OPOS=120100597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:14:8:7:10:14:8 chr11 120111041 . G C 163.88 PASS AF=0.548387;AO=15;DP=29;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.022372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.526;QD=21.1456;RBI=0.15649;REFB=-0.015378;REVB=0.154882;RO=14;SAF=15;SAR=0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.658954;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00858538;OID=.;OPOS=120111041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:14:14:15:17:0.548387:0:15:14:0:2:15:14:0 chr11 120175749 . A G 1351.21 PASS AF=0.988889;AO=81;DP=84;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327129;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7217;QD=60.0537;RBI=0.046778;REFB=-0.0910008;REVB=0.0334372;RO=1;SAF=38;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122979;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00322899;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:90:1:1:81:89:0.988889:43:38:1:0:50:39:1:0 chr11 120187971 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0223558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1888;QD=8.81178;RBI=0.0774073;REFB=0.0139063;REVB=-0.0741088;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373433;STB=0.723744;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0391155;OID=.;OPOS=120187971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:17:6:6:4:17:6 chr11 120190066 . TAAAAAAAAG TAAAAAAA,TAAAAAAAG 67.81 PASS AF=0.168367,0;AO=37,36;DP=208;FAO=33,0;FDP=196;FR=.;FRO=163;FSAF=15,0;FSAR=18,0;FSRF=78;FSRR=85;FWDB=-0.125116,-0.129073;FXX=0.0101005;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=15.2693,8.39091;QD=1.38397;RBI=0.178354,0.326741;REFB=-0.0468302,-0.0436723;REVB=-0.127107,-0.300166;RO=84;SAF=18,9;SAR=19,27;SRF=50;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.128902,-0.414612;STB=0.520025,0.5;STBP=0.835,1;TYPE=del,del;VARB=0.140354,-0.103705;OID=.,.;OPOS=120190074,120190067;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAAAAA,TAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.168367,0:37,36:208:33,0:196:163:15,0:18,0:78:85:60:84:18,9:19,27:50:34 chr11 120190141 . T C 179.93 PASS AF=0.254717;AO=28;DP=108;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.0104116;FXX=0.0275204;HRUN=9;LEN=1;MLLD=168.5;QD=6.78963;RBI=0.01598;REFB=-0.00115105;REVB=-0.0121226;RO=69;SAF=5;SAR=23;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424335;STB=0.802927;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00788439;OID=.;OPOS=120190141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:69:79:28:27:0.254717:23:5:34:35:23:4:40:39 chr11 120198093 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00509774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.401;QD=11.8306;RBI=0.0369344;REFB=0.00025686;REVB=-0.0365809;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881603;STB=0.552534;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.0020946;OID=.;OPOS=120198093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:8:10:7:4:8:10 chr11 120292569 . AT A,AA 667.33 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=8,34;DP=42;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444256,0.0651062;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=248.782,267.153;QD=62.0769;RBI=0.051316,0.0690951;REFB=0,0;REVB=0.0256846,0.0231368;RO=0;SAF=7,7;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,-3.32246e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0261368,0.00173765;OID=.,.;OPOS=120292570,120292570;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0232558,0.976744:8,34:42:1,42:43:0:0,14:1,28:0:0:5:0:7,7:1,27:0:0 chr11 120340060 . A T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0077456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.399;QD=19.3436;RBI=0.0135416;REFB=0.000451892;REVB=-0.0111077;RO=18;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217118;STB=0.624844;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.000369324;OID=.;OPOS=120340060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:15:3:6:12:15:3:6:12 chr11 120355230 . A G 389.91 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00938156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5227;QD=21.6619;RBI=0.0095267;REFB=-0.0230918;REVB=0.00165663;RO=33;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14077;STB=0.577675;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0380819;OID=.;OPOS=120355230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:17:22:13:20:17:22:13:20 chr11 120357842 . CTT C 202.02 PASS AF=0.509091;AO=19;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0127127;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=2;MLLD=42.8374;QD=14.692;RBI=0.0140341;REFB=0.0115688;REVB=-0.00594489;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736349;STB=0.526988;STBP=0.733;TYPE=del;VARB=-0.0114422;OID=.;OPOS=120357843;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509091:19:56:28:55:27:19:9:17:10:99:25:10:9:15:10 chr11 120531117 . T G,TG 101.46 PASS AF=0,0.278351;AO=6,20;DP=104;FAO=0,27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=0,3;FSAR=0,24;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.00312816,-0.153066;FXX=0.029997;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=160.057,11.9233;QD=4.18386;RBI=0.00362611,0.156045;REFB=-0.00287857,-0.0905099;REVB=0.00183394,-0.0303446;RO=70;SAF=5,3;SAR=1,17;SRF=26;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.470361,-0.35687;STB=0.5,0.789549;STBP=1,0.001;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.160603;OID=.,.;OPOS=120531117,120531118;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:104:97:70:70:6,20:0,27:0,0.278351:1,17:5,3:26:44:0,24:0,3:28:42 chr11 120776000 . AG A,AA 806.56 PASS AF=0.02,0.98;AO=12,35;DP=47;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399431,0.0408198;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=235.183,253.669;QD=64.5251;RBI=0.107749,0.125281;REFB=0,0;REVB=0.100072,0.118444;RO=0;SAF=2,28;SAR=10,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00496921,0.000104113;OID=.,.;OPOS=120776001,120776001;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.98:12,35:47:1,49:50:0:1,29:0,20:0:0:3:0:2,28:10,7:0:0 chr11 120823608 . G A 358.53 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0120645;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.351;QD=18.3859;RBI=0.0134861;REFB=-0.0209147;REVB=0.0060269;RO=37;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103304;STB=0.537796;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.025977;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:37:40:37:38:0.487179:22:15:11:26:22:16:14:26 chr11 120827609 . A G 889.14 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0280279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3686;QD=53.8873;RBI=0.0287164;REFB=-0.173267;REVB=-0.00625072;RO=2;SAF=29;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270456;STB=0.501432;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00929258;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:66:66:2:2:64:64:0.969697:35:29:1:1:35:29:1:1 chr11 120996292 . A G 503.28 PASS AF=0.505155;AO=48;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0173533;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.432;QD=20.7538;RBI=0.0179606;REFB=-0.0323914;REVB=-0.00463095;RO=49;SAF=17;SAR=31;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147648;STB=0.589695;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0447158;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:48:48:49:0.505155:31:17:25:24:32:17:25:23 chr11 120998942 . C T 489.12 PASS AF=0.428571;AO=53;DP=124;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0339617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.013;QD=15.5276;RBI=0.0359545;REFB=-0.0138094;REVB=0.0118036;RO=69;SAF=29;SAR=24;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113207;STB=0.555535;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0168894;OID=.;OPOS=120998942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:69:72:53:54:0.428571:24:29:30:39:24:30:33:39 chr11 121000784 . T C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.023707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0513;QD=9.13233;RBI=0.0238082;REFB=-0.0148867;REVB=0.00219259;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212501;STB=0.629375;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0161038;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:13:9:6:4:13:9 chr11 121032978 . G A 364.09 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121062;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.921;QD=56.014;RBI=0.0126125;REFB=0;REVB=0.0035374;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123249;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr11 121038810 . C T 523.09 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00652174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.267;QD=26.4854;RBI=0.0169812;REFB=-0.0230715;REVB=0.0156789;RO=31;SAF=20;SAR=28;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230873;STB=0.625728;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0103168;OID=.;OPOS=121038810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:31:48:48:0.607595:28:20:23:8:28:20:23:8 chr11 121367626 . T C 212.71 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0013883;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.347;QD=15.7564;RBI=0.00209122;REFB=-0.0333891;REVB=-0.00156392;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124136;STB=0.57888;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0275614;OID=.;OPOS=121367626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:30:23:24:0.444444:8:15:16:14:8:16:16:14 chr11 121403229 . T C 1497.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.787;QD=63.056;RBI=0.0258343;REFB=0;REVB=-0.00214946;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94896e-05;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:47:46:0:0:47:48:0:0 chr11 121437819 . C G 776.19 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.918;QD=63.3621;RBI=0.030396;REFB=0;REVB=0.00722696;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273752;OID=.;OPOS=121437819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:25:24:0:0 chr11 121448090 . T G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0172738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.114;QD=14.0974;RBI=0.0223338;REFB=-0.00927617;REVB=-0.0141567;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202649;STB=0.618857;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0146356;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:9:9:9:4:9:9 chr11 121461593 . G C 306.86 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0381418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9638;QD=18.0503;RBI=0.0753624;REFB=-0.0174137;REVB=0.0649976;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814091;STB=0.529813;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0149391;OID=.;OPOS=121461593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:35:33:33:0.485294:17:16:19:14:17:16:19:16 chr11 121475922 . T A 65.73 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0509061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.364;QD=6.41312;RBI=0.0526791;REFB=-0.00038759;REVB=-0.013552;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29915;STB=0.689273;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00131948;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:41:41:31:31:10:10:0.243902:7:3:17:14:7:3:17:14 chr11 121491782 . G A 1098.48 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6356;QD=60.1907;RBI=0.0158395;REFB=0;REVB=-0.0153827;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29768e-05;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr11 122022927 . C T 100.22 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0215294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.757;QD=8.01758;RBI=0.0215335;REFB=-0.00625004;REVB=0.000420847;RO=37;SAF=6;SAR=7;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158553;STB=0.597414;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.025962;OID=.;OPOS=122022927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:7:6:22:15:7:6:22:15 chr11 122322268 . A C 401.06 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0100883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5465;QD=16.3698;RBI=0.0132668;REFB=-0.0135878;REVB=-0.00861593;RO=56;SAF=9;SAR=33;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264634;STB=0.650459;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0179059;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:33:9:24:32:33:9:24:32 chr11 122430682 . C A 220.58 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0109231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.964;QD=12.0866;RBI=0.0279636;REFB=0.00157894;REVB=-0.0257419;RO=46;SAF=18;SAR=9;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321067;STB=0.68455;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00302382;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:9:18:17:29:9:18:17:29 chr11 122665437 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.161;QD=58.4196;RBI=0.0323106;REFB=0;REVB=0.0293979;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98261e-05;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr11 122671963 . T A 271.92 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00438072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.332;QD=13.9447;RBI=0.0171977;REFB=-0.0175439;REVB=-0.0166304;RO=46;SAF=12;SAR=19;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439733;STB=0.517231;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0202109;OID=.;OPOS=122671963;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:31:32:0.410256:19:12:16:30:20:12:16:30 chr11 122681534 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0522313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.818;QD=9.44525;RBI=0.052809;REFB=-0.0158776;REVB=-0.00778964;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11246;STB=0.624609;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0253124;OID=.;OPOS=122681534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:10:10:5:6:0.375:3:2:3:7:3:3:3:7 chr11 122742028 . C A,G 331.97 PASS AF=0.12,0.88;AO=3,22;DP=25;FAO=3,22;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3,10;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683617,0.0065624;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.373,188.655;QD=53.1153;RBI=0.0435878,0.0305392;REFB=0,0;REVB=0.0430484,0.0298258;RO=0;SAF=3,10;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0320464,0.00817073;OID=.,.;OPOS=122742028,122742028;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:25:25:0:0:3,22:3,22:0.12,0.88:0,12:3,10:0:0:0,12:3,10:0:0 chr11 123065683 . C T 2386.18 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0507;QD=64.0585;RBI=0.0558074;REFB=0;REVB=0.0237385;RO=0;SAF=61;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245394;OID=.;OPOS=123065683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:87:61:0:0:88:61:0:0 chr11 123306172 . T C 238.06 PASS AF=0.45;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0100456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.787;QD=15.8708;RBI=0.036321;REFB=-0.0130394;REVB=0.0349041;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235997;STB=0.639899;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.035771;OID=.;OPOS=123306172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:33:27:27:0.45:16:11:21:11:16:11:22:11 chr11 123477352 . G A 275.77 PASS AF=0.442857;AO=29;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0429416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4688;QD=15.7581;RBI=0.100299;REFB=-0.0384672;REVB=0.090642;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821428;STB=0.54459;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0453132;OID=.;OPOS=123477352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:39:29:31:0.442857:14:15:17:22:15:16:17:22 chr11 123480981 . T C 323.32 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0357921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7825;QD=20.5284;RBI=0.055826;REFB=0.00747979;REVB=-0.0428424;RO=25;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069147;STB=0.56372;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00675284;OID=.;OPOS=123480981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:25:29:33:34:0.539683:13:20:13:12:13:21:14:15 chr11 123596703 . A C 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00818143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.832;QD=16.1189;RBI=0.0333246;REFB=-0.0342411;REVB=0.0323047;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261872;STB=0.515126;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.03095;OID=.;OPOS=123596703;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:9:4:4:8:9:4 chr11 123598941 . T C 311.01 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0115028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.172;QD=13.978;RBI=0.0313069;REFB=-0.00764672;REVB=-0.0291171;RO=53;SAF=16;SAR=19;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460332;STB=0.503553;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.01141;OID=.;OPOS=123598941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:54:35:35:0.393258:19:16:24:29:19:16:25:29 chr11 123600475 . A G 185.44 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0255989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.013;QD=8.42928;RBI=0.0746795;REFB=-0.00866073;REVB=-0.070155;RO=63;SAF=12;SAR=13;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100826;STB=0.55988;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0203387;OID=.;OPOS=123600475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:63:63:25:25:0.284091:13:12:25:38:13:12:25:38 chr11 123676231 . G T 161.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0133979;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.435;QD=12.9322;RBI=0.0175926;REFB=-0.00360913;REVB=-0.0114015;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141826;STB=0.59081;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00594692;OID=.;OPOS=123676231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:32:31:19:19:0.38:13:6:14:18:13:6:14:17 chr11 123676413 . G A 253.78 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.022415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9513;QD=21.5984;RBI=0.0224434;REFB=-0.00984888;REVB=-0.001128;RO=23;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516496;STB=0.545621;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0191436;OID=.;OPOS=123676413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:23:24:0.510638:17:6:5:18:17:7:5:18 chr11 123753937 . A G 1514.2 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217159;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.489;QD=63.756;RBI=0.0268014;REFB=0;REVB=0.0157078;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86947e-05;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr11 123753958 . C T 425.61 PASS AF=0.488636;AO=41;DP=86;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0221765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.203;QD=19.346;RBI=0.0234834;REFB=-0.0113937;REVB=-0.00772463;RO=43;SAF=21;SAR=20;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171538;STB=0.579521;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0135825;OID=.;OPOS=123753958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:43:45:41:43:0.488636:20:21:14:29:21:22:16:29 chr11 123754844 . T C 801.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.77;QD=57.2506;RBI=0.058009;REFB=0;REVB=0.0419908;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040749;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:35:19:0:0:37:19:0:0 chr11 123777497 . GC AC,AT 351.79 PASS AF=0.576923,0.423077;AO=15,11;DP=27;FAO=15,11;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7,5;FSAR=8,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173412,-0.0275825;FXX=0.0370233;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=62.9184,93.688;QD=54.1212;RBI=0.0844286,0.0643101;REFB=0,0;REVB=0.0826285,0.0580947;RO=0;SAF=7,5;SAR=8,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0216285,0.00463711;OID=.,.;OPOS=123777497,123777497;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:90:27:26:0:0:15,11:15,11:0.576923,0.423077:8,6:7,5:0:0:8,6:7,5:0:0 chr11 123777536 . G A 187.36 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.000306735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7129;QD=14.6947;RBI=0.048684;REFB=-0.00877666;REVB=0.0486831;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978491;STB=0.505613;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0165886;OID=.;OPOS=123777536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:14:16:11:10:14:16 chr11 123777736 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0204902;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.693;QD=8.81109;RBI=0.0247377;REFB=-0.00133271;REVB=-0.0138602;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00297435;OID=.;OPOS=123777736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:6:5:3:3:6:5 chr11 123777986 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.564;QD=60.6103;RBI=0.0411835;REFB=0;REVB=0.0265883;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164256;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr11 123778031 . G A 231.09 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00993352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.878;QD=20.0948;RBI=0.0132821;REFB=-0.010999;REVB=0.00881692;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847083;STB=0.568801;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0129398;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:22:23:0.5:14:8:10:12:15:8:11:12 chr11 123778173 . T G 82.14 PASS AF=0.5625;AO=7;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.199992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7067;QD=20.5347;RBI=0.205262;REFB=-0.0384293;REVB=0.0462141;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183473;STB=0.588041;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0541055;OID=.;OPOS=123778173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:16:6:6:7:9:0.5625:4:3:4:2:5:4:4:2 chr11 123813940 . G C 64.44 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0228662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.225;QD=9.91368;RBI=0.0229551;REFB=-0.0500714;REVB=-0.0020189;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075443;STB=0.545359;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0737199;OID=.;OPOS=123813940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:3:14:7:2:3:14 chr11 123814489 . A G 161.72 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00123131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.087;QD=20.2153;RBI=0.0046744;REFB=-0.00783982;REVB=-0.00450931;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100831;STB=0.505697;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00795954;OID=.;OPOS=123814489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:6:9:10:7:6:9 chr11 123894119 . A G 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.013185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.566;QD=2.21977;RBI=0.023124;REFB=-0.00448672;REVB=-0.0189967;RO=53;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276218;STB=0.725357;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0601099;OID=.;OPOS=123894119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:53:55:7:7:0.112903:6:1:17:36:6:1:18:37 chr11 123894136 . A G 72.44 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0491187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.709;QD=3.91587;RBI=0.0513614;REFB=-0.00976196;REVB=-0.0150118;RO=60;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821299;STB=0.549218;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0513726;OID=.;OPOS=123894136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:60:61:13:13:0.175676:9:4:22:38:9:4:22:39 chr11 123900371 . C A 445.93 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0247002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.831;QD=23.4701;RBI=0.0265374;REFB=-0.00356932;REVB=-0.00970215;RO=33;SAF=31;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106537;STB=0.558731;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00282574;OID=.;OPOS=123900371;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:12:31:20:13:12:31:20:13 chr11 123909627 . T C 65.25 PASS AF=0.375;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0297907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1401;QD=10.8755;RBI=0.141847;REFB=-0.039116;REVB=-0.138683;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206442;STB=0.677488;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0181264;OID=.;OPOS=123909627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:14:15:9:9:0.375:1:8:11:3:1:8:11:4 chr11 123909637 . G T 74.54 PASS AF=0.346154;AO=6;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0153578;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=255.278;QD=11.4677;RBI=0.0587561;REFB=-0.00886193;REVB=-0.0567134;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273912;STB=0.62712;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00356441;OID=.;OPOS=123909637;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:26:11:14:6:9:0.346154:1:5:9:2:1:8:11:3 chr11 123909695 . G C 191.43 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=6.6369e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.307;QD=14.4476;RBI=0.0915223;REFB=-0.0136324;REVB=0.0915222;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00545082;STB=0.537537;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0220674;OID=.;OPOS=123909695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:30:21:21:0.396226:12:9:11:15:12:9:11:19 chr11 124095414 . C G 1834.43 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383092;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8258;QD=60.1452;RBI=0.0463266;REFB=-0.00662954;REVB=0.0260491;RO=1;SAF=51;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683504;STB=0.503546;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=8.08607e-05;OID=.;OPOS=124095414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:120:121:0.991803:69:51:0:1:70:51:0:1 chr11 124095525 . T C 1099.15 PASS AF=0.987013;AO=73;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000201994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7459;QD=57.0988;RBI=0.023126;REFB=-0.0211524;REVB=-0.0231251;RO=1;SAF=48;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185424;STB=0.509431;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00126768;OID=.;OPOS=124095525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:77:1:1:73:76:0.987013:25:48:0:1:26:50:0:1 chr11 124095647 . A C 1137.39 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508652;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5879;QD=60.6607;RBI=0.0650241;REFB=0;REVB=0.0405077;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401356;OID=.;OPOS=124095647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr11 124096122 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4518;QD=48.7369;RBI=0.0684835;REFB=0;REVB=-0.0446458;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290848;OID=.;OPOS=124096122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr11 124096195 . G A 123.04 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0435279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.2391;QD=37.8578;RBI=0.0834708;REFB=0.0168888;REVB=-0.0712229;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00614845;OID=.;OPOS=124096195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:0:1:7:5:0:1 chr11 124096247 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.849;QD=50.4135;RBI=0.013311;REFB=0;REVB=0.0128161;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7673e-05;OID=.;OPOS=124096247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr11 124120821 . T C 936.4 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0328;QD=58.5248;RBI=0.158331;REFB=0;REVB=0.158227;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149363;OID=.;OPOS=124120821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr11 124252422 . G A 651.48 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00340499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.549;QD=62.0454;RBI=0.00575827;REFB=0;REVB=0.00464367;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95514e-06;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:23:17:0:0:24:18:0:0 chr11 124252718 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.937;QD=43.485;RBI=0.0597192;REFB=0;REVB=0.0130103;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155684;OID=.;OPOS=124252718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr11 124252750 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.786;QD=37.4847;RBI=0.0725159;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00612321;OID=.;OPOS=124252750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr11 124252892 . A G 198.39 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0264;QD=44.0869;RBI=0.0640602;REFB=-0.172539;REVB=0.0526474;RO=1;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278054;STB=0.515134;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.025447;OID=.;OPOS=124252892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:16:1:0:1:16:1:0:1 chr11 124253100 . G A 116.5 PASS AF=0.233766;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=45;FWDB=-0.0218951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.315;QD=6.05171;RBI=0.0225646;REFB=-0.0126299;REVB=-0.005456;RO=59;SAF=3;SAR=15;SRF=14;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136582;STB=0.586102;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.041568;OID=.;OPOS=124253100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:59:59:18:18:0.233766:15:3:14:45:15:3:14:45 chr11 124253147 . A G 339.26 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0358006;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0043;QD=19.9566;RBI=0.0454471;REFB=-0.0500749;REVB=-0.0279957;RO=31;SAF=10;SAR=25;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477124;STB=0.507768;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.044086;OID=.;OPOS=124253147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:31:33:35:35:0.514706:25:10:9:22:25:10:9:24 chr11 124253161 . G A 257.61 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0585094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.8109;QD=16.8927;RBI=0.0758765;REFB=-0.0205458;REVB=-0.0483104;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125827;STB=0.519986;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0181288;OID=.;OPOS=124253161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:31:27:28:0.459016:18:9:9:17:18:10:10:21 chr11 124253170 . G A 223.16 PASS AF=0.433333;AO=24;DP=58;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.000509687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.851;QD=14.8775;RBI=0.000509687;REFB=-0.00475607;REVB=-8.37134e-08;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461527;STB=0.555514;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0130453;OID=.;OPOS=124253170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:34:34:24:26:0.433333:16:8:10:24:16:10:10:24 chr11 124253181 . T C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.523;QD=63.5803;RBI=0.0214873;REFB=0;REVB=-0.00465304;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48391e-05;OID=.;OPOS=124253181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr11 124266906 . C T 372.55 PASS AF=0.903226;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0180733;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.165;QD=48.0709;RBI=0.0328537;REFB=-0.0737959;REVB=-0.0274358;RO=2;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546421;STB=0.506049;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.010496;OID=.;OPOS=124266906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:30:31:2:3:27:28:0.903226:16:11:0:2:17:11:1:2 chr11 124266912 . A G 368.34 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0626268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.2;QD=47.5277;RBI=0.0750771;REFB=-0.00388507;REVB=0.0414059;RO=2;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516604;STB=0.506049;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.000795707;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:2:3:28:28:0.903226:17:11:0:2:17:11:1:2 chr11 124294236 . A G 271.58 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00281183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.598;QD=20.8911;RBI=0.0131175;REFB=-0.028735;REVB=-0.0128126;RO=24;SAF=7;SAR=21;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271529;STB=0.652058;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0367035;OID=.;OPOS=124294236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:21:7:13:11:21:7:13:11 chr11 124294349 . C A 46.43 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.012129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.188;QD=9.77422;RBI=0.0129953;REFB=-0.0323471;REVB=-0.00466541;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196632;STB=0.618737;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0446403;OID=.;OPOS=124294349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:9:3:3:4:9:3 chr11 124310622 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0409125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.574;QD=11.1024;RBI=0.0409151;REFB=-0.0174281;REVB=-0.000463652;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125396;STB=0.576693;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0431519;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:4:6:5:2:4:6 chr11 124440617 . C T 1038.06 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.081;QD=59.3179;RBI=0.018209;REFB=0;REVB=0.0145755;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23019e-05;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:65:70:1:42:23:0:0:43:27:0:0 chr11 124493199 . C A 392.06 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0159771;FXX=0.00854628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.797;QD=13.5194;RBI=0.0219398;REFB=-0.0277236;REVB=0.0150362;RO=63;SAF=15;SAR=31;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13075;STB=0.601777;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0463609;OID=.;OPOS=124493199;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:116:63:70:46:46:0.396552:31:15:28:35:31:15:34:36 chr11 124501994 . T C 442.96 PASS AF=0.408;AO=53;DP=123;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.024988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.449;QD=14.1748;RBI=0.0454691;REFB=0.00231223;REVB=0.0379873;RO=70;SAF=29;SAR=24;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16287;STB=0.565111;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00333986;OID=.;OPOS=124501994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:70:74:53:51:0.408:24:29:27:43:24:27:31:43 chr11 124623558 . G A 214.29 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0497413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.774;QD=25.2103;RBI=0.0584211;REFB=-0.0155015;REVB=0.0306403;RO=13;SAF=14;SAR=6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38209;STB=0.692129;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0221612;OID=.;OPOS=124623558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:20:21:0.617647:6:14:2:11:7:14:2:11 chr11 124744033 . G A 220.43 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0360125;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.845;QD=13.9956;RBI=0.0407601;REFB=-0.0302139;REVB=0.0190914;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140858;STB=0.549468;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0433033;OID=.;OPOS=124744033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:34:37:26:26:0.412698:12:14:23:11:12:14:23:14 chr11 124754768 . G T 216.13 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0228074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.781;QD=13.3005;RBI=0.0322462;REFB=-0.015567;REVB=-0.0227956;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126032;STB=0.588977;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0356572;OID=.;OPOS=124754768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:39:26:26:0.4:15:11:11:25:15:11:11:28 chr11 124789755 . T C 998.75 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.16;QD=58.7501;RBI=0.02381;REFB=0;REVB=0.0137332;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695226;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:41:25:0:0:41:27:0:0 chr11 124793682 . T C 765.77 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5598;QD=63.8144;RBI=0.0311948;REFB=0;REVB=0.0310678;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265646;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr11 124857708 . G A 83.18 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0115858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.42;QD=10.0825;RBI=0.0345526;REFB=-0.00514046;REVB=-0.0325523;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178214;STB=0.590003;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0178481;OID=.;OPOS=124857708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:5:6:8:13:5:6:9:13 chr11 124862514 . A G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.090551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8775;QD=18.9996;RBI=0.0989226;REFB=0.00676656;REVB=0.0398271;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554799;STB=0.531561;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00150211;OID=.;OPOS=124862514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:7:10:11:6:7:10 chr11 124863136 . C A 158.11 PASS AF=0.439024;AO=14;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0531076;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.236;QD=15.425;RBI=0.0658955;REFB=-0.0318094;REVB=-0.0390103;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282102;STB=0.512182;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0563532;OID=.;OPOS=124863136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:13:23:14:18:0.439024:6:8:7:6:9:9:11:12 chr11 124908352 . T C 204.42 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00367508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.126;QD=22.7138;RBI=0.010255;REFB=0.0194227;REVB=0.00957382;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272455;STB=0.652027;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0186363;OID=.;OPOS=124908352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:8:12:4:12:8:12:4:12 chr11 124947149 . G A 200.96 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00670162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.906;QD=15.1668;RBI=0.0163614;REFB=-0.0318015;REVB=-0.0149259;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141297;STB=0.599584;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0363864;OID=.;OPOS=124947149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:28:30:23:23:0.433962:9:14:13:15:9:14:13:17 chr11 124947396 . A G 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0291615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.67;QD=20.2739;RBI=0.0296537;REFB=-0.00614465;REVB=-0.00538042;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167399;STB=0.509426;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00700672;OID=.;OPOS=124947396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:14:10:10:13:14:10 chr11 124951311 . T C 151.01 PASS AF=0.351852;AO=17;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.00593071;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=233.635;QD=11.1855;RBI=0.00777028;REFB=-0.00273724;REVB=0.00502035;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066627;STB=0.529685;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00443869;OID=.;OPOS=124951311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:20:35:17:19:0.351852:5:12:14:6:5:14:27:8 chr11 124955032 . T C 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.452;QD=61.6768;RBI=0.0526736;REFB=0;REVB=0.0324913;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419707;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr11 124972208 . A G 619.88 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0046564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.496;QD=59.0361;RBI=0.0104991;REFB=-0.00873118;REVB=-0.00941;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=3.65902e-05;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:0:1:23:18:0:1 chr11 124972518 . A G 490.04 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0410248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0344;QD=56.0043;RBI=0.0481471;REFB=-0.0428404;REVB=0.0252013;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000683564;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:17:17:0:1:17:17:0:1 chr11 124972522 . T C 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.62;QD=60.222;RBI=0.0418209;REFB=0;REVB=0.0408478;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65067e-05;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr11 125003004 . A G 95.11 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0453894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.398;QD=12.6817;RBI=0.0486865;REFB=0.006037;REVB=-0.0176118;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759404;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0101914;OID=.;OPOS=125003004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:29:30:18:18:11:12:0.4:8:3:6:12:8:4:6:12 chr11 125301587 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.902;QD=57.2371;RBI=0.0473578;REFB=0;REVB=-0.0471001;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141155;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr11 125443429 . T C 212.33 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0119623;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.691;QD=15.1664;RBI=0.0213111;REFB=-0.0154652;REVB=0.0176371;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520547;STB=0.541367;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0137043;OID=.;OPOS=125443429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:26:31:24:25:0.446429:16:8:10:16:17:8:12:19 chr11 125443473 . A C 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0269125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1878;QD=6.7873;RBI=0.0370436;REFB=-0.0130689;REVB=0.0254548;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232136;STB=0.644829;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0311712;OID=.;OPOS=125443473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:7:16:4:4:7:16 chr11 125452300 . A AC,C 565.81 PASS AF=0.977778,0.0222222;AO=37,2;DP=46;FAO=44,1;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321645,-0.00952703;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=20.2322,98.4034;QD=50.2944;RBI=0.0397406,0.0352678;REFB=0,0;REVB=-0.0233402,-0.0339566;RO=5;SAF=15,1;SAR=22,1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0443585,-0.0967026;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0011498,0.0642837;OID=.,.;OPOS=125452301,125452300;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:46:45:5:0:37,2:44,1:0.977778,0.0222222:22,1:15,1:3:2:25,0:19,1:0:0 chr11 125452313 . A G 170.34 PASS AF=0.38;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0168508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.571;QD=13.6273;RBI=0.0308857;REFB=-0.0206151;REVB=-0.0258839;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249236;STB=0.654876;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0424717;OID=.;OPOS=125452313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:31:18:19:0.38:8:10:10:21:8:11:10:21 chr11 125479363 . G A 204.19 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0265603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4943;QD=12.5653;RBI=0.0490817;REFB=-0.00579022;REVB=-0.0412742;RO=40;SAF=6;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257417;STB=0.649444;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00681924;OID=.;OPOS=125479363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:19:6:18:22:19:6:18:22 chr11 125479496 . C T 323.53 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0142661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.468;QD=16.8068;RBI=0.0259819;REFB=-0.0185613;REVB=-0.0217149;RO=42;SAF=10;SAR=25;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248032;STB=0.639916;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0177611;OID=.;OPOS=125479496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:25:10:22:20:25:10:22:20 chr11 125525195 . A G,T 1981.63 PASS AF=0.953846,0.0461538;AO=123,6;DP=129;FAO=124,6;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=62,0;FSAR=62,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738133,0.014474;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.334,132.655;QD=60.9733;RBI=0.00895554,0.015003;REFB=0,0;REVB=-0.00507125,-0.00394894;RO=0;SAF=61,0;SAR=62,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.55703e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00136212,0.0157367;OID=.,.;OPOS=125525195,125525195;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:129:130:0:0:123,6:124,6:0.953846,0.0461538:62,6:61,0:0:0:62,6:62,0:0:0 chr11 125617317 . A G 153.09 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0321868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1141;QD=21.8703;RBI=0.0334282;REFB=-0.055392;REVB=-0.00902526;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234285;STB=0.63142;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0429982;OID=.;OPOS=125617317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:9:3:9:7:9:3 chr11 125617606 . G A 165.12 PASS AF=0.428571;AO=16;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0931682;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5359;QD=15.7258;RBI=0.093389;REFB=0.00224469;REVB=0.00641901;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214953;STB=0.644998;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000405567;OID=.;OPOS=125617606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:16:18:0.428571:6:10:10:14:6:12:10:14 chr11 125617610 . A G 227.29 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0161929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.455;QD=21.1431;RBI=0.0170092;REFB=0.0107836;REVB=-0.00520623;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202833;STB=0.602013;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00654129;OID=.;OPOS=125617610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:13:9:13:7:13:9:13:8 chr11 125648503 . G A 576.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.154;QD=60.635;RBI=0.0327952;REFB=0;REVB=0.00553301;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193734;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:27:10:0:0:28:10:0:0 chr11 125707761 . A C 190.7 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00753329;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.396;QD=13.1514;RBI=0.00945177;REFB=-0.0230116;REVB=-0.00570836;RO=35;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237898;STB=0.513666;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0337811;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:10:13:19:16:10:13:19:16 chr11 125708198 . C T 389.38 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.433;QD=55.6254;RBI=0.0271864;REFB=0;REVB=0.0243788;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134164;OID=.;OPOS=125708198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:28:0:0:23:28:1:6:17:0:0:8:20:0:0 chr11 125763746 . C G 455.65 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0235092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1004;QD=14.1286;RBI=0.0355741;REFB=-0.0132606;REVB=0.0266989;RO=74;SAF=20;SAR=32;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12291;STB=0.566519;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0183342;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:74:77:52:52:0.403101:32:20:37:37:32:20:38:39 chr11 125766044 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.214;QD=56.1915;RBI=0.0113974;REFB=0;REVB=-0.00637887;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4608e-05;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr11 125766173 . A C 502.03 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.353;QD=59.062;RBI=0.0656704;REFB=0;REVB=-0.000885293;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276597;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:16:18:0:0 chr11 125769354 . T C 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00366845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.109;QD=16.0654;RBI=0.00500798;REFB=-0.00253567;REVB=0.00340915;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414175;STB=0.523783;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00300787;OID=.;OPOS=125769354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:11:13:9:9:11:13 chr11 125788678 . T C 816.86 PASS AF=0.456989;AO=85;DP=186;FAO=85;FDP=186;FR=.;FRO=101;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=0.0441318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.32;QD=17.5669;RBI=0.0457573;REFB=-0.00949213;REVB=0.0120878;RO=100;SAF=28;SAR=57;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165604;STB=0.595158;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00826989;OID=.;OPOS=125788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:100:101:85:85:0.456989:57:28:49:51:57:28:50:51 chr11 125821763 . C T 182.29 PASS AF=0.320513;AO=22;DP=75;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0821286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3441;QD=9.34832;RBI=0.101011;REFB=-0.00912338;REVB=0.0588049;RO=52;SAF=13;SAR=9;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785144;STB=0.529706;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0338277;OID=.;OPOS=125821763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:52:53:22:25:0.320513:9:13:34:18:10:15:34:19 chr11 125830970 . A T 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.014942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.006;QD=13.7473;RBI=0.0400184;REFB=-0.00760042;REVB=-0.0371242;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12169;STB=0.575693;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0126772;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:14:8:8:23:14:8:8:24 chr11 125851055 . A G 249.16 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00921034;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.631;QD=16.3385;RBI=0.00923158;REFB=-0.0174612;REVB=-0.000625847;RO=32;SAF=19;SAR=9;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567139;STB=0.525673;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0144133;OID=.;OPOS=125851055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:9:19:20:12:9:19:21:12 chr11 125851177 . GCCCG GCCCA,TGCCG 171.27 PASS AF=0.388889,0;AO=17,2;DP=54;FAO=21,0;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12,0;FSAR=9,0;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00442102,-0.171651;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=158.64,33.6216;QD=12.6869;RBI=0.00498513,0.171897;REFB=-0.0188556,0.0145164;REVB=-0.00230351,-0.00920066;RO=27;SAF=9,2;SAR=8,0;SRF=6;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.323217,0.633636;STB=0.642357,0.5;STBP=0.124,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.02637,0;OID=.,.;OPOS=125851181,125851177;OREF=G,GC;OALT=A,TG;OMAPALT=GCCCA,TGCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:33:17,2:21,0:0.388889,0:8,0:9,2:6:21:9,0:12,0:11:22 chr11 125871715 . G A 188.55 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0314215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.953;QD=9.0868;RBI=0.0315926;REFB=-0.00869569;REVB=-0.00328294;RO=58;SAF=9;SAR=16;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207908;STB=0.623075;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0152187;OID=.;OPOS=125871715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:58:25:25:0.301205:16:9:31:27:16:9:31:27 chr11 125871735 . C T 130.62 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00156772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.767;QD=7.35863;RBI=0.00159675;REFB=-0.00165642;REVB=0.000303052;RO=51;SAF=6;SAR=13;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283406;STB=0.665486;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00495857;OID=.;OPOS=125871735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:51:52:19:19:0.267606:13:6:28:23:13:6:28:24 chr11 126074192 . A G 198.0 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.018218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7962;QD=13.1999;RBI=0.0190056;REFB=0.000121466;REVB=0.00541468;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562209;STB=0.550519;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.000444748;OID=.;OPOS=126074192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:36:24:24:0.4:14:10:16:18:14:10:18:18 chr11 126081403 . T C 1302.78 PASS AF=1;AO=83;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187185;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.052;QD=62.0373;RBI=0.0273869;REFB=0;REVB=-0.0273228;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000435783;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:83:84:1:34:49:0:0:34:50:0:0 chr11 126135973 . C T 313.69 PASS AF=0.406977;AO=34;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0149473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.726;QD=14.5904;RBI=0.0150002;REFB=-0.00547457;REVB=-0.00125827;RO=50;SAF=17;SAR=17;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126052;STB=0.572145;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.010232;OID=.;OPOS=126135973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:51:34:35:0.406977:17:17:31:19:18:17:31:20 chr11 126139100 . T C 736.74 PASS AF=0.932203;AO=54;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0248886;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.881;QD=49.9481;RBI=0.0343336;REFB=-0.0817567;REVB=0.0236507;RO=4;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783054;STB=0.539985;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00418993;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:4:4:54:55:0.932203:22:32:0:4:23:32:0:4 chr11 126139313 . T A 783.7 PASS AF=1;AO=55;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7061;QD=53.1318;RBI=0.129564;REFB=0;REVB=-0.0131519;RO=4;SAF=31;SAR=24;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330057;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:4:0:55:59:1:24:31:4:0:24:35:0:0 chr11 126151545 . G A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00175996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.559;QD=12.5696;RBI=0.0201382;REFB=-0.0057853;REVB=0.0200611;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103918;STB=0.561319;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0100787;OID=.;OPOS=126151545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:5:10:15:11:5:10:15:11 chr11 126162468 . G A 135.11 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0209467;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.463;QD=15.8954;RBI=0.0224532;REFB=-0.0209672;REVB=-0.00808592;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279505;STB=0.646411;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00993893;OID=.;OPOS=126162468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:19:15:15:0.441176:8:7:3:14:8:7:4:15 chr11 126174038 . C T 246.64 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0335735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8631;QD=24.6643;RBI=0.0344714;REFB=-0.0351606;REVB=0.00781617;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621324;STB=0.546597;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0193878;OID=.;OPOS=126174038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:11:12:7:9:11:12:7:10 chr11 126174164 . C T 202.01 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0580221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7575;QD=21.2647;RBI=0.0593868;REFB=0.0111434;REVB=0.0126585;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975482;STB=0.569212;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00842061;OID=.;OPOS=126174164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:18:19:20:0.526316:13:6:4:14:13:7:4:14 chr11 126176578 . G A 610.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.79;QD=61.0354;RBI=0.0318816;REFB=0;REVB=-0.0119126;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41488e-05;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr11 126201403 . T C 98.59 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0310053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8772;QD=8.96308;RBI=0.0519976;REFB=-0.0052155;REVB=0.0417423;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488446;STB=0.522354;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0130015;OID=.;OPOS=126201403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:44:44:29:31:13:13:0.295455:5:8:19:10:5:8:20:11 chr11 126228403 . G C 359.06 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.00204844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.488;QD=15.1183;RBI=0.00311121;REFB=-0.0140562;REVB=-0.00234169;RO=56;SAF=14;SAR=25;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043165;STB=0.524363;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.021193;OID=.;OPOS=126228403;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:25:14:18:38:25:14:18:38 chr11 126277216 . C T 793.22 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.064242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.345;QD=53.7777;RBI=0.0645185;REFB=-0.111644;REVB=-0.00596639;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324906;STB=0.516661;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00224088;OID=.;OPOS=126277216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:59:2:2:56:57:0.966102:28:28:2:0:28:29:2:0 chr11 126278075 . C T 417.93 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0608848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.966;QD=53.926;RBI=0.0630298;REFB=-0.0101455;REVB=-0.0163034;RO=1;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182905;STB=0.509797;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000504099;OID=.;OPOS=126278075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:25:5:0:1:25:5:0:1 chr11 126294817 . G A 512.39 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162484;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1463;QD=58.5585;RBI=0.0954475;REFB=0;REVB=0.0940543;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184775;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:33:35:1:22:11:0:1:24:11:0:0 chr11 126310082 . A T 212.12 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0144537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.586;QD=21.2124;RBI=0.0180222;REFB=-0.0284937;REVB=0.0107652;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327634;STB=0.688348;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0322799;OID=.;OPOS=126310082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:13:7:14:5:14:7:14:5 chr11 126310299 . T C 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0450587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.947;QD=11.4386;RBI=0.0606693;REFB=0.00167591;REVB=0.0406261;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194513;STB=0.627903;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00244251;OID=.;OPOS=126310299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:8:5:13:10:8:5:14:10 chr11 126870418 . C G,T 544.14 PASS AF=0.0512821,0.923077;AO=2,36;DP=39;FAO=2,36;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=2,15;FSAR=0,21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197209,0.0325222;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.156,106.559;QD=55.8094;RBI=0.0197261,0.0394376;REFB=0.0899057,0.0739707;REVB=-0.000452353,0.0223075;RO=1;SAF=2,15;SAR=0,21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0301788;STB=0.5,0.51612;STBP=1,0.294;TYPE=snp,snp;VARB=0.209451,-0.000494066;OID=.,.;OPOS=126870418,126870418;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:39:39:1:1:2,36:2,36:0.0512821,0.923077:0,21:2,15:1:0:0,21:2,15:1:0 chr11 128328913 . G A 177.11 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.108411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5932;QD=13.3664;RBI=0.108769;REFB=-0.0265234;REVB=-0.00881255;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10265;STB=0.533302;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0357906;OID=.;OPOS=128328913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:31:32:20:21:0.396226:11:9:11:20:12:9:12:20 chr11 128328959 . C T 330.78 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0424848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7644;QD=25.4449;RBI=0.0424951;REFB=-0.0404771;REVB=-0.000935858;RO=20;SAF=11;SAR=21;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800152;STB=0.544013;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.019567;OID=.;OPOS=128328959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:21:11:9:11:21:11:9:11 chr11 128333503 . T C 519.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0314;QD=59.4201;RBI=0.0849506;REFB=0;REVB=0.0445619;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218547;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr11 128638215 . CTGGGGGGGCA CTGGGGGCA,CTGGGGGGCA,CTGGGGGGCAG,CTGGGGGGCGA,GCTGGGGGGCA 340.97 PASS AF=0.0128205,0.794872,0,0,0;AO=11,26,3,5,4;DP=78;FAO=1,62,0,0,0;FDP=78;FR=.;FRO=15;FSAF=0,31,0,0,0;FSAR=1,31,0,0,0;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0869544,0.170382,0.12118,0.0934694,0.0342172;FXX=0;HRUN=7,7,7,7,1;LEN=2,1,3,2,3;MLLD=12.736,9.20978,13.552,20.4207,31.1214;QD=17.4854;RBI=0.115739,0.223294,0.135043,0.105886,0.11793;REFB=-0.0341402,-0.0624247,-0.0304972,0.015574,-0.00685106;REVB=-0.0763842,-0.144328,-0.0595982,-0.0497536,-0.112857;RO=22;SAF=2,14,0,0,4;SAR=9,12,3,5,0;SRF=18;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.636416,-0.238261,-0.737491,-0.789337,0.54739;STB=0.99016,0.506491,0.5,0.5,0.5;STBP=0.477,0.854,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,mnp,mnp;VARB=0.0819449,0.0173848,0,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=128638217,128638217,128638223,128638223,128638215;OREF=GG,G,GCA,GC,CTG;OALT=-,-,CAG,CG,GCT;OMAPALT=CTGGGGGCA,CTGGGGGGCA,CTGGGGGGCAG,CTGGGGGGCGA,GCTGGGGGGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:78:78:22:15:11,26,3,5,4:1,62,0,0,0:0.0128205,0.794872,0,0,0:9,12,3,5,0:2,14,0,0,4:18:4:1,31,0,0,0:0,31,0,0,0:8:7 chr11 128675292 . T A 530.89 PASS AF=0.543478;AO=49;DP=91;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00141553;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.824;QD=23.082;RBI=0.00724722;REFB=-0.0355933;REVB=-0.00710764;RO=42;SAF=25;SAR=24;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714907;STB=0.534484;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0146482;OID=.;OPOS=128675292;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:42:42:49:50:0.543478:24:25:25:17:24:26:25:17 chr11 128781339 . T C 279.52 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00421238;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.533;QD=14.3343;RBI=0.00767679;REFB=-0.00872786;REVB=0.00641787;RO=46;SAF=16;SAR=15;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516809;STB=0.520149;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0116681;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:46:46:31:32:0.410256:15:16:26:20:15:17:26:20 chr11 128781978 . T G 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0171232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8827;QD=15.1946;RBI=0.0171807;REFB=0.000255147;REVB=-0.00140445;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258764;STB=0.660653;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00033088;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:8:6:12:5:8:6:13:5 chr11 128782002 . T C 184.84 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00706501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.026;QD=18.4837;RBI=0.00757967;REFB=-0.0174581;REVB=-0.00274538;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181591;STB=0.603026;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.010747;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:13:8:11:8:13:8 chr11 128782012 . C G 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9316;QD=62.3368;RBI=0.0353561;REFB=0;REVB=-0.0223565;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38635e-05;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr11 128805548 . G A 171.06 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0847434;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5292;QD=11.5973;RBI=0.0851025;REFB=-0.00597655;REVB=0.00781025;RO=37;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657229;STB=0.537931;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0223827;OID=.;OPOS=128805548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:37:22:22:0.372881:13:9:13:24:13:9:13:24 chr11 128805557 . T C 244.68 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0259682;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.697;QD=15.0574;RBI=0.0337175;REFB=-0.02737;REVB=0.0215063;RO=35;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021528;STB=0.519241;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0287545;OID=.;OPOS=128805557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:37:27:28:0.430769:18:9:11:24:19:9:13:24 chr11 128839156 . T C 419.58 PASS AF=0.448598;AO=46;DP=105;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0558559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0062;QD=15.6852;RBI=0.0646405;REFB=-0.0416034;REVB=0.0325348;RO=59;SAF=17;SAR=29;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19234;STB=0.615275;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0694299;OID=.;OPOS=128839156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:59:59:46:48:0.448598:29:17:33:26:31:17:33:26 chr11 128839526 . C G 668.29 PASS AF=0.651685;AO=57;DP=88;FAO=58;FDP=89;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0271699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.835;QD=30.0353;RBI=0.028852;REFB=-0.03244;REVB=0.00970755;RO=30;SAF=20;SAR=37;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845809;STB=0.540064;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0187781;OID=.;OPOS=128839526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:30:31:57:58:0.651685:37:20:7:23:37:21:8:23 chr11 129312660 . C T 207.56 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0346846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3152;QD=15.0953;RBI=0.0396877;REFB=-0.0244351;REVB=-0.0192896;RO=31;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142003;STB=0.581126;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0392177;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:17:7:13:18:17:7:13:18 chr11 129722553 . C T 72.89 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0639958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6147;QD=9.11103;RBI=0.0640473;REFB=-0.00522664;REVB=-0.00256594;RO=21;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626297;STB=0.571275;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0196206;OID=.;OPOS=129722553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:31:32:21:22:10:10:0.3125:8:2:5:16:8:2:6:16 chr11 129754644 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00137861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.587;QD=17.4276;RBI=0.00317072;REFB=-0.00755;REVB=0.00285533;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460803;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0100366;OID=.;OPOS=129754644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:12:11:10:9:12:11 chr11 129758327 . G A 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0140392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.419;QD=10.4293;RBI=0.0260052;REFB=-0.00190333;REVB=-0.02189;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23209;STB=0.633602;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00333221;OID=.;OPOS=129758327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:30:14:14:0.318182:4:10:14:13:4:10:16:14 chr11 129794950 . T C 404.31 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0171004;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8373;QD=19.2531;RBI=0.0330093;REFB=-0.0188055;REVB=0.0282346;RO=43;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191248;STB=0.510633;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0136222;OID=.;OPOS=129794950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:23:18:18:25:23:18:18:25 chr11 129801043 . C T 602.53 PASS AF=0.396552;AO=69;DP=174;FAO=69;FDP=174;FR=.;FRO=105;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=-0.00526379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2121;QD=13.8514;RBI=0.0140297;REFB=-0.00255285;REVB=-0.0130048;RO=105;SAF=37;SAR=32;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145236;STB=0.581641;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00314727;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:105:105:69:69:0.396552:32:37:42:63:32:37:42:63 chr11 129801124 . T C 365.85 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0197044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.145;QD=13.6767;RBI=0.0211177;REFB=-0.0180021;REVB=0.00759573;RO=64;SAF=27;SAR=16;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202517;STB=0.614657;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0149881;OID=.;OPOS=129801124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:16:27:28:36:16:27:28:36 chr11 130066334 . A AT 146.09 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048358;FXX=0.157812;HRUN=0;LEN=1;MLLD=42.2093;QD=36.5232;RBI=0.0561954;REFB=0;REVB=0.0286256;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566117;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000764657;OID=.;OPOS=130066335;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:16:16:0:9:7:0:0:3:17:2:0:7:10 chr11 130066335 . C G,T 223.69 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,16;DP=19;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492297,0.0511957;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.6539,91.7184;QD=49.7096;RBI=0.0706448,0.0513997;REFB=0,0;REVB=-0.0506668,0.00457496;RO=0;SAF=2,7;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.200419,0.00384998;OID=.,.;OPOS=130066335,130066335;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:19:18:0:0:2,16:2,16:0.111111,0.888889:0,9:2,7:0:0:0,9:2,7:0:0 chr11 130271678 . T G 255.84 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00251802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.916;QD=23.2583;RBI=0.0177379;REFB=-0.0542488;REVB=0.0175583;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277624;STB=0.515491;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0478661;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:10:14:11:9:10:14:11:9 chr11 130281488 . G A 392.78 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.772;QD=56.1115;RBI=0.0505823;REFB=0;REVB=0.0283938;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114358;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:24:1:0:0:27:1:0:0 chr11 130289117 . T C 737.52 PASS AF=0.6;AO=69;DP=114;FAO=69;FDP=115;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0225717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.851;QD=25.6527;RBI=0.033256;REFB=-0.0132242;REVB=0.0244229;RO=45;SAF=33;SAR=36;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400025;STB=0.517393;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00780087;OID=.;OPOS=130289117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:45:46:69:69:0.6:36:33:24:21:36:33:24:22 chr11 130332581 . G A 370.76 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0286852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.319;QD=30.2659;RBI=0.0369426;REFB=-0.0280006;REVB=-0.0232791;RO=17;SAF=10;SAR=21;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641731;STB=0.549386;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0230194;OID=.;OPOS=130332581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:18:31:31:0.632653:21:10:7:10:21:10:8:10 chr11 130343304 . ACCCCCG ACCCC,ACCCCG,CCCCCCG 92.34 PASS AF=0.0243902,0.512195,0.0731707;AO=5,18,3;DP=41;FAO=1,21,3;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=0,16,3;FSAR=1,5,0;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0710501,-0.149564,-0.00790395;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=2,1,1;MLLD=17.663,8.932,135.816;QD=9.00868;RBI=0.141754,0.15379,0.0266198;REFB=-0.0693922,-0.169181,0.00534684;REVB=-0.122663,0.0358021,-0.0254193;RO=11;SAF=2,16,3;SAR=3,2,0;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.148611,0.541106,0.71899;STB=0.989595,0.634008,0.996157;STBP=0.467,0.066,0.076;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0557368,0.135766,0.044255;OID=.,.,.;OPOS=130343309,130343305,130343304;OREF=CG,C,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=ACCCC,ACCCCG,CCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:41:41:11:16:5,18,3:1,21,3:0.0243902,0.512195,0.0731707:3,2,0:2,16,3:3:8:1,5,0:0,16,3:8:8 chr11 130750642 . A C 270.81 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0048661;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.559;QD=22.5678;RBI=0.00992578;REFB=-0.015005;REVB=-0.00865113;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325798;STB=0.521722;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0155916;OID=.;OPOS=130750642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:23:24:25:0.520833:13:11:10:12:13:12:10:13 chr11 130775688 . C T 460.17 PASS AF=0.623188;AO=42;DP=68;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.024455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.09;QD=26.6763;RBI=0.0258396;REFB=-0.0328868;REVB=0.00834478;RO=26;SAF=10;SAR=32;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979515;STB=0.542812;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0141752;OID=.;OPOS=130775688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:26:26:42:43:0.623188:32:10:9:17:32:11:9:17 chr11 130775782 . C T 425.27 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00342318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.375;QD=21.5327;RBI=0.0162938;REFB=-0.0164044;REVB=0.0159301;RO=37;SAF=18;SAR=24;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072645;STB=0.540127;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0173873;OID=.;OPOS=130775782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:24:18:19:18:24:18:19:18 chr11 130776524 . T C 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.031392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.93;QD=11.3681;RBI=0.0580528;REFB=0.00119575;REVB=-0.0488331;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359763;STB=0.521434;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00626939;OID=.;OPOS=130776524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:11:8:5:6:11:8 chr11 130776613 . A G 129.72 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0621857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.321;QD=13.6548;RBI=0.0623256;REFB=-0.0154168;REVB=-0.00417402;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333056;STB=0.519409;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0240191;OID=.;OPOS=130776613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:13:10:7:8:13:10 chr11 130777886 . G A 365.6 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00332253;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.557;QD=16.2487;RBI=0.0196322;REFB=-0.0165711;REVB=-0.019349;RO=51;SAF=22;SAR=17;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248035;STB=0.513946;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0272307;OID=.;OPOS=130777886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:51:51:39:39:0.433333:17:22:30:21:17:22:30:21 chr11 130780015 . C T 299.17 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00923479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.071;QD=16.1713;RBI=0.024978;REFB=-0.00628811;REVB=0.0232082;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160633;STB=0.595706;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00960654;OID=.;OPOS=130780015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:41:33:33:0.445946:16:17:14:26:16:17:14:27 chr11 130780225 . C A 1031.23 PASS AF=0.973333;AO=70;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.126689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8311;QD=54.9991;RBI=0.126751;REFB=-0.165849;REVB=-0.00394189;RO=5;SAF=30;SAR=40;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219313;STB=0.501668;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0064734;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:75:75:5:2:70:73:0.973333:40:30:3:2:41:32:1:1 chr11 130784396 . G A 282.86 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00633481;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.276;QD=17.1429;RBI=0.0179919;REFB=-0.0177636;REVB=0.0168398;RO=35;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458302;STB=0.525746;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0152083;OID=.;OPOS=130784396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:20:11:14:21:20:11:14:21 chr11 130784488 . A G 366.03 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00518934;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3569;QD=18.5332;RBI=0.0582996;REFB=-0.00208298;REVB=-0.0580682;RO=41;SAF=11;SAR=27;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245842;STB=0.637719;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00254722;OID=.;OPOS=130784488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:27:11:22:19:27:11:22:19 chr11 130784694 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0328527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.244;QD=22.9154;RBI=0.0416018;REFB=0.00906661;REVB=0.0255228;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228994;STB=0.63128;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00832776;OID=.;OPOS=130784694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:3:1:6:3:3:1 chr11 130784707 . C T 105.63 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0122131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3875;QD=23.4724;RBI=0.0139283;REFB=-0.0709968;REVB=-0.00669609;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283365;STB=0.528254;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.026533;OID=.;OPOS=130784707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:17:18:6:6:11:12:0.666667:6:5:3:3:7:5:3:3 chr11 130784754 . C G 74.65 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0122123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5803;QD=10.6647;RBI=0.0305951;REFB=0.0619575;REVB=-0.028052;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289664;STB=0.63354;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0853311;OID=.;OPOS=130784754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:16:18:10:10:0.357143:6:4:11:5:6:4:11:7 chr11 130784971 . C G 127.19 PASS AF=0.470588;AO=13;DP=31;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.022617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2362;QD=14.964;RBI=0.0339874;REFB=-0.0216541;REVB=0.0253696;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304843;STB=0.591128;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0328193;OID=.;OPOS=130784971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:18:18:13:16:0.470588:4:9:7:11:7:9:7:11 chr11 130785205 . G A 231.84 PASS AF=0.75;AO=20;DP=27;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0222376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5127;QD=33.1205;RBI=0.0830154;REFB=-0.0217035;REVB=-0.0799815;RO=7;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210072;STB=0.599902;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00375908;OID=.;OPOS=130785205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:28:7:7:20:21:0.75:14:6:5:2:14:7:5:2 chr11 130785304 . T C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0115927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.498;QD=10.2403;RBI=0.0361557;REFB=0.00293469;REVB=-0.0342468;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236005;STB=0.514257;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00617412;OID=.;OPOS=130785304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:6:4:8:11:6:4:8:11 chr11 131531000 . T C 1741.29 PASS AF=1;AO=102;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208967;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.943;QD=60.5666;RBI=0.0230657;REFB=0;REVB=0.00976495;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245086;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:102:115:1:61:41:0:0:68:47:0:0 chr11 131531015 . T G 1867.06 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0291264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.92;QD=59.7459;RBI=0.0298963;REFB=-0.13824;REVB=-0.00674091;RO=1;SAF=47;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621073;STB=0.501995;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.000394882;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:125:1:2:123:123:0.984:76:47:0:1:76:47:1:1 chr11 131531223 . A G 1144.95 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0092938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3156;QD=57.9724;RBI=0.0152706;REFB=-0.0426745;REVB=-0.0121168;RO=1;SAF=26;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091908;STB=0.509613;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00467235;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:51:26:0:1:51:26:0:2 chr11 131531564 . A T 1476.44 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.105;QD=62.1658;RBI=0.0322701;REFB=-0.0834195;REVB=-0.017441;RO=1;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111554;STB=0.505881;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000146045;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:42:52:0:1:42:52:0:1 chr11 131531720 . C T 465.06 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.33;QD=58.1326;RBI=0.0194205;REFB=0;REVB=0.019333;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93839e-05;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr11 132177633 . A C,G 1478.75 PASS AF=0.897959,0.102041;AO=84,10;DP=95;FAO=88,10;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=30,8;FSAR=58,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342248,0.00276908;FXX=0.0101;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=268.858,234.807;QD=60.357;RBI=0.00705521,0.00657174;REFB=0,0;REVB=0.00616949,0.00595987;RO=0;SAF=30,8;SAR=54,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00158515,0.0316702;OID=.,.;OPOS=132177633,132177633;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:95:98:0:0:84,10:88,10:0.897959,0.102041:54,2:30,8:0:0:58,2:30,8:0:0 chr11 133306894 . C G 222.15 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0184608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0869;QD=12.6943;RBI=0.0964134;REFB=-0.0158097;REVB=0.0946295;RO=43;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272288;STB=0.655778;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0286165;OID=.;OPOS=133306894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:10:17:16:27:10:17:16:27 chr11 133714522 . G A 267.02 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.072908;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1258;QD=20.1521;RBI=0.0729084;REFB=-0.0256393;REVB=0.000242149;RO=25;SAF=10;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240587;STB=0.63405;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00454627;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:25:28:28:0.528302:18:10:16:9:18:10:16:9 chr11 133788992 . T C 228.88 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0195471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.37;QD=16.0618;RBI=0.0384183;REFB=-0.041131;REVB=-0.0330738;RO=31;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981343;STB=0.555512;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0471313;OID=.;OPOS=133788992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:10:16:16:15:10:16:16:15 chr11 133805585 . C T 386.04 PASS AF=0.420561;AO=43;DP=105;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0224514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.993;QD=14.4315;RBI=0.0225903;REFB=-0.00571665;REVB=-0.00250129;RO=60;SAF=19;SAR=24;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145461;STB=0.578478;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00598626;OID=.;OPOS=133805585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:60:62:43:45:0.420561:24:19:35:25:25:20:36:26 chr11 133806078 . T G,TG 98.5 PASS AF=0,0.357143;AO=4,6;DP=56;FAO=0,20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=0,16;FSAR=0,4;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0256935,-0.0440859;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.606,15.3247;QD=7.03592;RBI=0.0463178,0.0617803;REFB=-0.00476816,-0.0990771;REVB=-0.0385381,-0.043281;RO=46;SAF=3,6;SAR=1,0;SRF=19;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.341316,0.663675;STB=0.5,0.810884;STBP=1,0.003;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.146125;OID=.,.;OPOS=133806078,133806079;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:56:56:46:36:4,6:0,20:0,0.357143:1,0:3,6:19:27:0,4:0,16:11:25 chr11 133814191 . A G 685.39 PASS AF=0.623762;AO=63;DP=101;FAO=63;FDP=101;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0114625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.99;QD=27.1442;RBI=0.018797;REFB=-0.00577441;REVB=-0.0148976;RO=38;SAF=25;SAR=38;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145857;STB=0.579206;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00334255;OID=.;OPOS=133814191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:38:38:63:63:0.623762:38:25:23:15:38:25:23:15 chr11 133815981 . C G 61.28 PASS AF=0.321429;AO=7;DP=26;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0155039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.847;QD=8.75391;RBI=0.073715;REFB=-0.0036214;REVB=0.0720661;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194397;STB=0.599771;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00739174;OID=.;OPOS=133815981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:26:28:18:19:7:9:0.321429:2:5:10:8:3:6:10:9 chr11 133939045 . CT C 61.94 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0447657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.7037;QD=16.5169;RBI=0.200355;REFB=-0.0685711;REVB=0.19529;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.691832;STBP=0.129;TYPE=del;VARB=0.0774136;OID=.;OPOS=133939046;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:7:15:10:15:5:1:9:2:3:22:5:1:6:2:3 chr11 134151975 . G C 1574.78 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.433;QD=59.9914;RBI=0.0619114;REFB=0;REVB=0.0619006;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51495e-05;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:101:105:1:55:46:0:0:59:46:0:0 chr11 134158745 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00570848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1899;QD=17.0331;RBI=0.0312849;REFB=-0.00561924;REVB=0.0307597;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606777;STB=0.503468;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0115592;OID=.;OPOS=134158745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:13:5:6:16:13:5:6:16 chr11 134179637 . C G 380.03 PASS AF=0.43617;AO=37;DP=91;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.020433;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.739;QD=16.1716;RBI=0.0416421;REFB=-0.00770549;REVB=0.0362843;RO=51;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517283;STB=0.512189;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00690853;OID=.;OPOS=134179637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:51:53:37:41:0.43617:17:20:25:26:21:20:27:26 chr11 134179686 . C T 632.7 PASS AF=0.602151;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0384601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0218;QD=27.2128;RBI=0.0464074;REFB=-0.0433174;REVB=0.0259705;RO=36;SAF=26;SAR=30;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257399;STB=0.519623;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0274604;OID=.;OPOS=134179686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:36:37:56:56:0.602151:30:26:18:18:30:26:19:18 chr11 134182375 . G A 1249.54 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207054;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.958;QD=61.7055;RBI=0.0860132;REFB=0;REVB=0.0834838;RO=0;SAF=29;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105882;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:52:29:0:0:52:29:0:0 chr11 134188542 . T C 478.16 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00325466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.0553;QD=16.9259;RBI=0.00635347;REFB=-0.0125022;REVB=-0.00545654;RO=61;SAF=27;SAR=25;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899426;STB=0.550066;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0169413;OID=.;OPOS=134188542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:52:52:0.460177:25:27:26:35:25:27:26:35 chr11 134208765 . T C 159.54 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0060971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.87;QD=17.7263;RBI=0.0376722;REFB=-0.00682826;REVB=0.0371755;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293785;STB=0.666481;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00985182;OID=.;OPOS=134208765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:5:14:7:10:5:14 chr11 134208908 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0285529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2325;QD=15.2587;RBI=0.0288672;REFB=-0.00316397;REVB=-0.00424834;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304739;STB=0.681283;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00907333;OID=.;OPOS=134208908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:2:4:2:5:2:4 chr11 134249321 . T C 1527.59 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.643;QD=61.7207;RBI=0.0608851;REFB=0;REVB=0.0605715;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758012;OID=.;OPOS=134249321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:99:0:0:87:99:1:43:44:0:0:53:46:0:0 chr12 90902 . C T 1801.15 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.099606;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.047;QD=60.0382;RBI=0.105011;REFB=-0.082249;REVB=0.0332572;RO=1;SAF=52;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904575;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012104;OID=.;OPOS=90902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:119:120:1:0:117:120:1:65:52:1:0:65:55:0:0 chr12 92991 . C G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00963158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7708;QD=8.69773;RBI=0.00963289;REFB=0.00507926;REVB=0.000158873;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376308;STB=0.726721;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0280414;OID=.;OPOS=92991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:3:11:3:4:3:11 chr12 235022 . C T 357.54 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0265245;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.979;QD=49.3159;RBI=0.0613183;REFB=-0.131867;REVB=0.0552846;RO=2;SAF=19;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308107;STB=0.516604;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00126603;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:8:19:1:1:8:19:1:1 chr12 284058 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.701;QD=49.5965;RBI=0.0361955;REFB=0;REVB=-0.00759775;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252019;OID=.;OPOS=284058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr12 311949 . A G 229.32 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0411612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4157;QD=22.3729;RBI=0.0961055;REFB=-0.00300221;REVB=-0.0868448;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545875;STB=0.530584;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.000985723;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:13:9:9:10:13:9:9:10 chr12 368953 . T C 188.02 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0268405;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5515;QD=14.1905;RBI=0.0458967;REFB=-0.000287235;REVB=0.0372303;RO=30;SAF=17;SAR=5;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137931;STB=0.572963;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.000973708;OID=.;OPOS=368953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:31:22:22:0.415094:5:17:20:10:5:17:21:10 chr12 463248 . G C 289.96 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0207161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.89;QD=32.2178;RBI=0.0207406;REFB=-0.0220951;REVB=0.00100778;RO=11;SAF=15;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828024;STB=0.545418;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00780888;OID=.;OPOS=463248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:36:36:11:11:25:25:0.694444:10:15:5:6:10:15:5:6 chr12 496439 . A T 676.79 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.93;QD=60.1587;RBI=0.0153927;REFB=-0.0846912;REVB=-0.00555764;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51851;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=6.80427e-06;OID=.;OPOS=496439;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:31:13:0:0:31:13:1:0 chr12 520947 . A C 449.85 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00612996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.515;QD=24.3164;RBI=0.00681518;REFB=-0.0142183;REVB=-0.0029783;RO=31;SAF=31;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124578;STB=0.568565;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00956006;OID=.;OPOS=520947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:12:31:18:13:12:31:18:13 chr12 662448 . T C 663.86 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0113342;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.812;QD=23.7091;RBI=0.0179459;REFB=-0.0368589;REVB=0.0139136;RO=48;SAF=35;SAR=29;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289595;STB=0.515805;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0269638;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:48:48:64:64:0.571429:29:35:28:20:29:35:28:20 chr12 862989 . T C 1084.04 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0747995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3065;QD=58.5965;RBI=0.0766425;REFB=-0.0416409;REVB=-0.0167065;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-2.28345e-05;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:0:1:72:73:0.986486:36:36:0:0:37:36:1:0 chr12 863152 . G A 68.32 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0414344;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.29;QD=12.4212;RBI=0.0423923;REFB=-0.0273309;REVB=0.00896069;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09343;STB=0.567408;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0330982;OID=.;OPOS=863152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:22:11:13:8:9:0.409091:6:2:2:9:7:2:4:9 chr12 890356 . T C 237.45 PASS AF=0.45;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00632111;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.828;QD=15.8302;RBI=0.00900189;REFB=-0.0127065;REVB=0.00640918;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760059;STB=0.542826;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0188849;OID=.;OPOS=890356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:33:27:27:0.45:11:16:22:11:11:16:22:11 chr12 939302 . A G 187.47 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0420032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.943;QD=20.8302;RBI=0.0476332;REFB=-0.0114451;REVB=-0.0224645;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144674;STB=0.581311;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.029433;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:6:11:9:10:6:11 chr12 968489 . T C 141.29 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0238944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.23;QD=21.7365;RBI=0.0428933;REFB=0.012042;REVB=0.0356216;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980137;STB=0.555479;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00429668;OID=.;OPOS=968489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:5:6:10:5:5:6 chr12 971291 . C T 223.33 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0173479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0935;QD=19.4199;RBI=0.0292977;REFB=0.00430163;REVB=-0.0236095;RO=24;SAF=20;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403567;STB=0.735023;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00394939;OID=.;OPOS=971291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:2:20:16:8:2:20:16:8 chr12 974355 . T TC 109.17 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0742773;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.3706;QD=12.4767;RBI=0.0912338;REFB=-0.0148336;REVB=0.0529764;RO=26;SAF=2;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442857;STB=0.607962;STBP=0.4;TYPE=ins;VARB=0.00953932;OID=.;OPOS=974356;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:17:43:17:35:18:2:15:4:14:99:26:2:15:11:15 chr12 974404 . T C 182.82 PASS AF=0.5;AO=16;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0567534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.842;QD=24.3762;RBI=0.0569357;REFB=-0.00555022;REVB=-0.00455179;RO=10;SAF=1;SAR=15;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980127;STB=0.645914;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00321924;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:30:30:10:11:16:15:0.5:15:1:1:9:14:1:2:9 chr12 987482 . G A 226.05 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0102341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.541;QD=20.5498;RBI=0.0128803;REFB=0.00275399;REVB=0.00782088;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00313287;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:11:11:11:11:11:11 chr12 990912 . A C 261.44 PASS AF=0.605263;AO=18;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00228199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5535;QD=27.5202;RBI=0.0477442;REFB=-0.0237968;REVB=-0.0476897;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424398;STB=0.542677;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0246847;OID=.;OPOS=990912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:18:23:0.605263:12:6:4:10:14:9:4:10 chr12 994014 . C T 229.59 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0128393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.773;QD=22.3986;RBI=0.0314177;REFB=-0.0342386;REVB=0.0286745;RO=17;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756476;STB=0.524567;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0242197;OID=.;OPOS=994014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:19:22:22:0.536585:16:6:6:11:16:6:6:13 chr12 994487 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.553;QD=59.4356;RBI=0.0169382;REFB=0;REVB=0.0148003;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53579e-05;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr12 998365 . G T 161.48 PASS AF=0.5;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.024763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6165;QD=18.9975;RBI=0.0841165;REFB=-0.000191276;REVB=0.0803889;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234444;STB=0.619575;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00203712;OID=.;OPOS=998365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:17:17:17:0.5:6:11:6:10:6:11:7:10 chr12 1017197 . C T 365.28 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.886;QD=54.1154;RBI=0.0417169;REFB=0;REVB=-0.0277796;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323932;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:9:16:0:0:9:18:0:0 chr12 1902766 . T G 446.93 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0121194;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.784;QD=16.7075;RBI=0.0289151;REFB=-0.0179839;REVB=-0.0262526;RO=57;SAF=18;SAR=31;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140389;STB=0.574269;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0189125;OID=.;OPOS=1902766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:58:49:49:0.457944:31:18:29:28:31:18:29:29 chr12 1955786 . G A 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00650469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.573;QD=23.6752;RBI=0.0093483;REFB=-0.0193609;REVB=0.00671415;RO=15;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930786;STB=0.561741;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0107094;OID=.;OPOS=1955786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:13:8:4:11:13:8:4:12 chr12 1965369 . G A 280.24 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0147826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1219;QD=14.3715;RBI=0.0387964;REFB=-0.0204582;REVB=0.0358697;RO=45;SAF=9;SAR=22;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129291;STB=0.574951;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0298591;OID=.;OPOS=1965369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:45:46:31:32:0.410256:22:9:18:27:23:9:18:28 chr12 1995403 . T C 1339.52 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0148143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.511;QD=60.2034;RBI=0.177627;REFB=-0.133252;REVB=0.177008;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123057;STB=0.506328;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00167945;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:87:88:0.988764:38:49:0:1:39:49:0:1 chr12 2062323 . T TTGC 123.57 PASS AF=0.441176;AO=9;DP=45;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0269591;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=104.646;QD=14.5374;RBI=0.0290148;REFB=-0.115908;REVB=0.0107268;RO=34;SAF=2;SAR=7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411935;STB=0.59132;STBP=0.343;TYPE=ins;VARB=0.163625;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:9:45:15:34:19:7:8:12:7:99:34:2:7:19:15 chr12 2062353 . G C 49.25 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00763499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3505;QD=4.10389;RBI=0.00846914;REFB=-0.0408032;REVB=0.00366513;RO=40;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122376;STB=0.583131;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.112735;OID=.;OPOS=2062353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:4:4:16:24:4:4:16:24 chr12 2694638 . C T 257.73 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0254419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.014;QD=15.6202;RBI=0.034607;REFB=-0.00312243;REVB=0.0234596;RO=37;SAF=11;SAR=18;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238658;STB=0.647197;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00489708;OID=.;OPOS=2694638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:36:29:30:0.454545:18:11:23:14:19:11:23:13 chr12 2721137 . C T 303.03 PASS AF=0.56;AO=26;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0743462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3389;QD=24.2428;RBI=0.0752367;REFB=-0.0370467;REVB=0.0115414;RO=22;SAF=22;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162232;STB=0.564682;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0553308;OID=.;OPOS=2721137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:26:28:0.56:4:22:16:6:5:23:16:6 chr12 2750893 . C T 357.28 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.000422686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.958;QD=14.4354;RBI=0.0115817;REFB=-0.0266778;REVB=-0.011574;RO=59;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235587;STB=0.627548;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0343766;OID=.;OPOS=2750893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:60:39:39:0.393939:17:22:20:39:17:22:21:39 chr12 2788879 . G A 464.8 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0029521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.546;QD=27.7494;RBI=0.0180105;REFB=-0.0368703;REVB=0.0177669;RO=23;SAF=20;SAR=23;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119349;STB=0.57179;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0164227;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:24:43:43:0.641791:23:20:15:8:23:20:16:8 chr12 2791130 . C T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0175687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.984;QD=17.064;RBI=0.0269966;REFB=0.00762018;REVB=0.0204977;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052286;STB=0.529391;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00563117;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:16:15:12:16:16:15 chr12 2791132 . A G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0438642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.695;QD=15.9154;RBI=0.0472339;REFB=-0.00244865;REVB=-0.0175206;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012469;STB=0.507037;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00390351;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:12:16:19:15:12:16:19:15 chr12 2791205 . A G 871.34 PASS AF=0.927536;AO=62;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0313425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.996;QD=50.5125;RBI=0.0380591;REFB=-0.0437553;REVB=0.0215904;RO=5;SAF=19;SAR=43;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10927;STB=0.553174;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00325395;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:69:69:5:5:62:64:0.927536:43:19:5:0:43:21:5:0 chr12 2937150 . C T 313.09 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00915578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.823;QD=19.568;RBI=0.0319032;REFB=-0.0167345;REVB=0.0305612;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221023;STB=0.635608;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0176088;OID=.;OPOS=2937150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:31:33:33:0.515625:19:14:20:9:19:14:22:9 chr12 2944024 . G C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00409134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.248;QD=17.4272;RBI=0.00426232;REFB=-0.018893;REVB=-0.0011951;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439952;STB=0.50251;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0254518;OID=.;OPOS=2944024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:11:12:10:9:11:12 chr12 2968458 . T C 356.74 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024991;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2751;QD=54.8833;RBI=0.0480096;REFB=0;REVB=-0.0409924;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151355;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr12 2996174 . A G 304.09 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0212087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.055;QD=19.9405;RBI=0.0212523;REFB=-0.0155423;REVB=-0.00136065;RO=29;SAF=10;SAR=22;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064552;STB=0.53594;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0191979;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:22:10:11:18:22:10:11:18 chr12 2997397 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.041939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4491;QD=17.8398;RBI=0.0441264;REFB=-0.00216763;REVB=-0.0137208;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797661;STB=0.545392;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00130984;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:10:4:3:11:10:4:3:11 chr12 3310439 . C T 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0154981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.305;QD=14.8348;RBI=0.0156708;REFB=-0.0214978;REVB=0.00232041;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179026;STB=0.601986;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0266634;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:19:11:12:10:19:11 chr12 3393419 . C T 695.56 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111069;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.289;QD=52.4954;RBI=0.0136875;REFB=-0.00491156;REVB=0.00799906;RO=2;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351305;STB=0.501866;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=8.06891e-05;OID=.;OPOS=3393419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:28:23:1:1:28:23:1:1 chr12 3409277 . C T 506.25 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754203;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.002;QD=59.5588;RBI=0.0325121;REFB=0;REVB=0.0316252;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162767;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr12 3701464 . G A 86.65 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0241442;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5633;QD=6.18931;RBI=0.0252612;REFB=0.00425297;REVB=0.00742851;RO=42;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158227;STB=0.592666;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0213895;OID=.;OPOS=3701464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:55:56:42:43:13:13:0.232143:9:4:18:24:9:4:18:25 chr12 3749874 . T C 352.03 PASS AF=0.583333;AO=29;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0144928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.445;QD=23.4686;RBI=0.0170915;REFB=-0.0450833;REVB=0.00905961;RO=25;SAF=22;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265805;STB=0.564065;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0405098;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:29:35:0.583333:7:22:12:13:13:22:12:13 chr12 3835401 . G A 78.87 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0257073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7577;QD=28.6813;RBI=0.0717727;REFB=-0.110724;REVB=-0.0670108;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176689;STB=0.599781;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0256157;OID=.;OPOS=3835401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:5:4:2:0:5:4:2:0 chr12 4406979 . C A 69.62 PASS AF=0.30303;AO=8;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.027884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7955;QD=8.43831;RBI=0.0278945;REFB=-0.0450432;REVB=-0.000768022;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136707;STB=0.634622;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0810907;OID=.;OPOS=4406979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:32:33:23:23:8:10:0.30303:6:2:8:15:8:2:8:15 chr12 4407061 . T C 255.1 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0709426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1035;QD=22.1828;RBI=0.071029;REFB=-0.0354759;REVB=0.00350214;RO=22;SAF=4;SAR=20;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484473;STB=0.527005;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0384151;OID=.;OPOS=4407061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:20:4:3:19:20:4:3:19 chr12 4410829 . A C 92.95 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0218391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8344;QD=9.53377;RBI=0.0231722;REFB=-0.000742402;REVB=-0.00774626;RO=26;SAF=1;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501789;STB=0.811419;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00239084;OID=.;OPOS=4410829;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:26:27:12:12:0.307692:11:1:10:16:11:1:10:17 chr12 4411085 . T G 43.13 PASS AF=0.212121;AO=13;DP=39;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0134391;FXX=0.153807;HRUN=11;LEN=1;MLLD=163.065;QD=5.22782;RBI=0.0280201;REFB=0.0017078;REVB=-0.0245869;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429136;STB=0.814547;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0213768;OID=.;OPOS=4411085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:39:33:26:26:13:7:0.212121:6:7:13:13:6:1:13:13 chr12 4412762 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0196685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.44;QD=19.5232;RBI=0.0202766;REFB=-0.0153721;REVB=-0.0049286;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460702;STB=0.526277;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0157447;OID=.;OPOS=4412762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:4:8:10:4:4:8 chr12 4414126 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.268;QD=40.7629;RBI=0.0472766;REFB=0;REVB=0.0472766;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738519;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr12 4459032 . G A 399.39 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451732;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.129;QD=57.055;RBI=0.0473424;REFB=0;REVB=0.0141663;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135674;OID=.;OPOS=4459032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr12 4462161 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.86;QD=63.8716;RBI=0.052356;REFB=0;REVB=-0.0512909;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.50077e-05;OID=.;OPOS=4462161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr12 4478080 . T A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00014503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.798;QD=57.2026;RBI=0.0657657;REFB=0;REVB=0.0657656;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148296;OID=.;OPOS=4478080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr12 4479549 . G A 45.78 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00379175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.591;QD=26.1585;RBI=0.00712622;REFB=-0.133483;REVB=-0.00603371;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281147;STB=0.666027;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000996057;OID=.;OPOS=4479549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:0:1:1:5:0:1 chr12 4554548 . G C 1095.08 PASS AF=0.939024;AO=73;DP=78;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0327317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2898;QD=53.4183;RBI=0.0518218;REFB=-0.0231245;REVB=0.0401763;RO=5;SAF=30;SAR=43;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00136967;STB=0.500978;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0171797;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:78:82:5:5:73:77:0.939024:43:30:2:3:45:32:2:3 chr12 4702173 . C T 388.39 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0553605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8853;QD=31.7056;RBI=0.0601913;REFB=0.00606416;REVB=-0.0236263;RO=17;SAF=26;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102547;STB=0.556383;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00389503;OID=.;OPOS=4702173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:6:26:12:5:6:26:12:5 chr12 4705317 . C T 272.55 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00280758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8581;QD=24.2268;RBI=0.00282019;REFB=-0.00387868;REVB=0.000266411;RO=18;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771509;STB=0.522917;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00254848;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:18:20:25:25:0.555556:15:10:9:9:15:10:9:11 chr12 4716513 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.000440026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.29;QD=14.7663;RBI=0.0211797;REFB=-0.0305115;REVB=-0.0211752;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112218;STB=0.55429;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0361231;OID=.;OPOS=4716513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:12:13:13:19:12:13:14:19 chr12 4716572 . C A 120.7 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.111315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4453;QD=14.6304;RBI=0.111346;REFB=-0.018221;REVB=0.00262493;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698633;STB=0.526278;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0140695;OID=.;OPOS=4716572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:8:6:9:9:8:6:9:10 chr12 4735737 . A G 1262.6 PASS AF=0.902913;AO=93;DP=103;FAO=93;FDP=103;FR=.;FRO=10;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0341226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9073;QD=49.0329;RBI=0.035258;REFB=0.012388;REVB=0.00887557;RO=10;SAF=53;SAR=40;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684491;STB=0.536249;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0131708;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:103:103:10:10:93:93:0.902913:40:53:2:8:40:53:2:8 chr12 4736086 . A G 260.91 PASS AF=0.6;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0187401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2108;QD=26.0906;RBI=0.0475468;REFB=0.00654243;REVB=0.0436979;RO=15;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643783;STB=0.562445;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00470476;OID=.;OPOS=4736086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:16:23:24:0.6:6:17:10:5:6:18:10:6 chr12 4736495 . C T 924.96 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0463959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.767;QD=55.2218;RBI=0.063524;REFB=-0.179324;REVB=0.0433902;RO=2;SAF=37;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248459;STB=0.513154;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00300478;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:2:2:64:65:0.970149:27:37:2:0:28:37:2:0 chr12 4736631 . A G 1444.86 PASS AF=0.989583;AO=92;DP=94;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8266;QD=60.2024;RBI=0.0261815;REFB=-0.13872;REVB=0.00237894;RO=2;SAF=26;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141488;STB=0.503703;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00835405;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:94:96:2:1:92:95:0.989583:66:26:0:2:67:28:0:1 chr12 4736676 . A AC 456.26 PASS AF=1;AO=11;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.184068;FXX=0.0266631;HRUN=0;LEN=1;MLLD=8.50221;QD=25.0007;RBI=0.184514;REFB=0;REVB=0.0128265;RO=61;SAF=0;SAR=11;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00576092;OID=.;OPOS=4736677;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:74:73:73:0:18:55:0:0:4:61:0:11:17:44 chr12 4736677 . G C,T 1079.59 PASS AF=0.853333,0.146667;AO=62,11;DP=73;FAO=64,11;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=44,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167759,-0.0239007;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.167,123.219;QD=57.5779;RBI=0.0189197,0.0239047;REFB=0,0;REVB=0.00874788,-0.000435258;RO=0;SAF=18,0;SAR=44,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.25982e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00519179,0.17219;OID=.,.;OPOS=4736677,4736677;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:55:73:75:0:0:62,11:64,11:0.853333,0.146667:44,11:18,0:0:0:44,11:20,0:0:0 chr12 4736690 . A G 990.07 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0311061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2949;QD=55.0038;RBI=0.0345813;REFB=-0.167121;REVB=0.0151089;RO=3;SAF=19;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569841;STB=0.503017;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00417021;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:72:3:3:69:69:0.958333:50:19:1:2:50:19:1:2 chr12 4737318 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.359;QD=51.9166;RBI=0.0200235;REFB=0;REVB=-0.013139;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85789e-05;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr12 4737459 . C A,T 715.74 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=2,50;DP=53;FAO=2,51;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625131,0.0563717;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=103.413,164.918;QD=54.0184;RBI=0.0648889,0.0565138;REFB=-0.0550467,-0.0966726;REVB=0.0173977,0.0040049;RO=1;SAF=0,28;SAR=2,22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0165169;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0637427,-0.000709307;OID=.,.;OPOS=4737459,4737459;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:1:0:2,50:2,51:0.0377358,0.962264:2,22:0,28:1:0:2,22:0,29:0:0 chr12 4737715 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.874;QD=58.6006;RBI=0.0699372;REFB=0;REVB=0.0177117;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112394;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr12 4830000 . T G 358.01 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0228886;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.596;QD=19.3519;RBI=0.0343637;REFB=-0.0209123;REVB=-0.0256316;RO=37;SAF=15;SAR=21;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644865;STB=0.527312;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.024853;OID=.;OPOS=4830000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:36:37:0.5:21:15:18:19:21:16:18:19 chr12 4835882 . T G 307.95 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0208799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.282;QD=24.153;RBI=0.0323221;REFB=-0.00756965;REVB=0.0246728;RO=21;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645959;STB=0.535596;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0072537;OID=.;OPOS=4835882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:14:16:13:8:14:16:13:8 chr12 4873163 . G T 847.96 PASS AF=0.552448;AO=77;DP=141;FAO=79;FDP=143;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.00911402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6782;QD=23.7193;RBI=0.0208998;REFB=0.00645683;REVB=0.0188079;RO=63;SAF=36;SAR=41;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720126;STB=0.540626;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00621806;OID=.;OPOS=4873163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:63:64:77:79:0.552448:41:36:24:39:41:38:25:39 chr12 4881766 . C T 171.13 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0118944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.454;QD=12.446;RBI=0.052075;REFB=-0.00259065;REVB=0.0506984;RO=34;SAF=8;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190771;STB=0.610329;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00618698;OID=.;OPOS=4881766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:13:8:19:15:13:8:19:15 chr12 4921228 . T C 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.023104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3867;QD=18.7852;RBI=0.0285373;REFB=-0.0104202;REVB=0.0167506;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108508;STB=0.560403;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00839843;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:17:16:20:13:17:16:20:13 chr12 4921301 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0106688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.89;QD=19.0179;RBI=0.0116742;REFB=-0.0233657;REVB=0.00473966;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511612;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0237704;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:10:4:4:10:11:4:4:10 chr12 4921689 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.023169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9037;QD=12.2121;RBI=0.0536302;REFB=-0.00676607;REVB=-0.0483673;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147588;STB=0.601612;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00812139;OID=.;OPOS=4921689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:13:13:0.371429:5:8:10:11:5:8:10:12 chr12 4922030 . C G 420.57 PASS AF=0.483146;AO=41;DP=87;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00466211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.493;QD=18.9019;RBI=0.00934014;REFB=-0.025432;REVB=0.00809339;RO=44;SAF=20;SAR=21;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137912;STB=0.572895;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0509236;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:44:46:41:43:0.483146:21:20:28:16:21:22:30:16 chr12 4922734 . A G 135.11 PASS AF=0.441176;AO=16;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00470603;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.252;QD=15.8955;RBI=0.0192314;REFB=-0.0150026;REVB=-0.0186467;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119416;STB=0.585548;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0161115;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:19:16:15:0.441176:7:9:13:6:7:8:13:6 chr12 4923049 . T C 132.01 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00713944;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.189;QD=13.8959;RBI=0.00723863;REFB=0.0208575;REVB=-0.00119425;RO=21;SAF=2;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359446;STB=0.749605;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0266645;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:23:15:15:0.394737:13:2:8:13:13:2:10:13 chr12 4923051 . T C 31.53 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0326267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6301;QD=3.50308;RBI=0.0345016;REFB=-0.0136012;REVB=-0.0112189;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031286;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.108649;OID=.;OPOS=4923051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:35:36:29:30:6:6:0.166667:4:2:9:20:4:2:10:20 chr12 4923364 . T C 255.4 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.022636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.016;QD=15.7168;RBI=0.0234604;REFB=-0.00718707;REVB=-0.00616432;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152792;STB=0.586003;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0123697;OID=.;OPOS=4923364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:13:23:14:15:13:23 chr12 4923697 . G T 291.42 PASS AF=0.359223;AO=31;DP=97;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.0113255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.641;QD=11.3174;RBI=0.0226911;REFB=-0.015114;REVB=0.0196626;RO=66;SAF=16;SAR=15;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177937;STB=0.614763;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0212281;OID=.;OPOS=4923697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:103:66:66:31:37:0.359223:15:16:44:22:19:18:44:22 chr12 4923842 . C T 76.03 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0219541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.779;QD=12.1649;RBI=0.0328356;REFB=0.0269542;REVB=-0.0244171;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430131;STB=0.758071;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0225484;OID=.;OPOS=4923842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:9:6:8:2:9:6 chr12 5021984 . T A 300.18 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.964;QD=52.2054;RBI=0.0239985;REFB=0;REVB=0.0217199;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372931;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:19:3:0:0:20:3:0:0 chr12 5026471 . C T 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0542;QD=45.8039;RBI=0.0352494;REFB=0;REVB=0.013281;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217346;OID=.;OPOS=5026471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr12 5154462 . T C 530.08 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.058792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.892;QD=58.8974;RBI=0.0612054;REFB=0;REVB=0.0170179;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24665e-06;OID=.;OPOS=5154462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:16:20:0:0 chr12 5687561 . C A 42.31 PASS AF=0.112782;AO=19;DP=133;FAO=15;FDP=133;FR=.;FRO=118;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=71;FSRR=47;FWDB=-0.0679143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8102;QD=1.27238;RBI=0.0738114;REFB=-0.0238614;REVB=-0.0289098;RO=113;SAF=2;SAR=17;SRF=70;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61673;STB=0.887268;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.182589;OID=.;OPOS=5687561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:133:133:113:118:19:15:0.112782:17:2:70:43:13:2:71:47 chr12 6030302 . T C 104.37 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.00455292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.262;QD=10.4368;RBI=0.0085715;REFB=-0.00976629;REVB=0.00726234;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270293;STB=0.666444;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0333076;OID=.;OPOS=6030302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:6:7:20:6:6:7:21:6 chr12 6030405 . A G 247.85 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.000555708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4746;QD=18.7055;RBI=0.0458288;REFB=-0.0260658;REVB=-0.0458254;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206941;STB=0.605004;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0238407;OID=.;OPOS=6030405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:26:26:27:0.509434:13:13:19:7:13:14:19:7 chr12 6030437 . A G 274.61 PASS AF=0.491803;AO=28;DP=59;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0216615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.814;QD=18.0073;RBI=0.0456039;REFB=-0.0111734;REVB=-0.0401311;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730345;STB=0.540812;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0113277;OID=.;OPOS=6030437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:31:31:28:30:0.491803:13:15:19:12:14:16:19:12 chr12 6054395 . A G 125.69 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=-0.0980623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.573;QD=10.6966;RBI=0.0987703;REFB=-0.0236132;REVB=-0.0118045;RO=32;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321068;STB=0.685515;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0466481;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:9:6:5:27:9:6:5:27 chr12 6061069 . T G 65.32 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00754095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.475;QD=10.8863;RBI=0.00932008;REFB=-0.00222477;REVB=-0.00547704;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289686;STB=0.67699;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00207516;OID=.;OPOS=6061069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:7:8:7:2:7:8 chr12 6091000 . A G 2318.59 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0399316;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.837;QD=63.0908;RBI=0.040752;REFB=-0.0423884;REVB=0.00813592;RO=1;SAF=65;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726045;STB=0.503816;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000265287;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:81:65:1:0:81:65:1:0 chr12 6105387 . G A 206.08 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0199032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.898;QD=16.8233;RBI=0.0407091;REFB=-0.0131636;REVB=-0.035512;RO=26;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24787;STB=0.652012;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0285063;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:28:21:21:0.428571:17:4:10:16:17:4:11:17 chr12 6127535 . T G 102.29 PASS AF=0.166667;AO=19;DP=116;FAO=19;FDP=114;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.0112528;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.218;QD=3.589;RBI=0.0184781;REFB=-0.00721864;REVB=-0.0146565;RO=94;SAF=17;SAR=2;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545988;STB=0.860337;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0353981;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:94:95:19:19:0.166667:2:17:47:47:2:17:49:46 chr12 6127891 . C A 156.36 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0797756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9116;QD=17.3729;RBI=0.0804652;REFB=-0.0161209;REVB=-0.0105119;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158357;STB=0.526285;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0216663;OID=.;OPOS=6127891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:19:16:17:0.472222:9:7:8:11:9:8:8:11 chr12 6127919 . T G 82.56 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0324122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.51;QD=19.4262;RBI=0.0338086;REFB=-0.036801;REVB=0.00961637;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123424;STB=0.588064;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0289285;OID=.;OPOS=6127919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:9:10:0.588235:4:5:5:2:5:5:5:2 chr12 6127943 . A G 306.27 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00197856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.663;QD=53.2642;RBI=0.00737338;REFB=0;REVB=0.00710296;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90125e-05;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:9:12:0:0:10:13:0:0 chr12 6128443 . T C 398.71 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270469;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0246;QD=56.9578;RBI=0.0561587;REFB=0;REVB=-0.0492165;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000994852;OID=.;OPOS=6128443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr12 6143984 . T C 801.54 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.658;QD=57.253;RBI=0.00862549;REFB=0;REVB=-0.00599618;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27613e-07;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:19:35:0:0:20:36:0:0 chr12 6153514 . A G 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00804256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.344;QD=12.869;RBI=0.0168758;REFB=0.00814184;REVB=0.0148361;RO=33;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168018;STB=0.597307;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.011873;OID=.;OPOS=6153514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:14:7:16:17:14:7:16:17 chr12 6153534 . T C 259.03 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00997485;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.87;QD=15.9401;RBI=0.0333357;REFB=-0.005732;REVB=0.0318083;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118634;STB=0.553201;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00751296;OID=.;OPOS=6153534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:34:36:29:29:0.446154:18:11:17:17:18:11:17:19 chr12 6167118 . C T 296.69 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00403008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.735;QD=15.615;RBI=0.00509363;REFB=-0.0236489;REVB=0.00311505;RO=43;SAF=9;SAR=24;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259681;STB=0.647425;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0261107;OID=.;OPOS=6167118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:24:9:22:21:24:9:22:21 chr12 6167196 . A G 132.4 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0370258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.564;QD=14.7114;RBI=0.0371399;REFB=-0.0208076;REVB=0.00290824;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824005;STB=0.531873;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.020383;OID=.;OPOS=6167196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:21:14:15:0.416667:9:5:6:15:10:5:6:15 chr12 6172202 . T C 633.7 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0240742;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.544;QD=17.8507;RBI=0.0314535;REFB=-0.0497401;REVB=-0.0202424;RO=75;SAF=29;SAR=36;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969805;STB=0.55383;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0583774;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:75:77:65:65:0.457746:36:29:41:34:36:29:42:35 chr12 6204902 . CA C 363.82 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.6199;QD=51.974;RBI=0.0182709;REFB=0;REVB=-0.0138234;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000190859;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:28:28:28:0:17:11:0:0:4:0:16:11:0:0 chr12 6495275 . C A 584.93 PASS AF=0.901961;AO=45;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0355828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.004;QD=45.8771;RBI=0.0428932;REFB=-0.0775498;REVB=0.023952;RO=6;SAF=21;SAR=24;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805905;STB=0.531502;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00347615;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:51:51:6:5:45:46:0.901961:24:21:5:1:24:22:4:1 chr12 6500105 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.47;QD=42.1826;RBI=0.0437633;REFB=0;REVB=0.00617665;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00074591;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr12 6560473 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000909626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.183;QD=47.8223;RBI=0.00953617;REFB=0;REVB=0.00949269;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.543e-05;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr12 6562753 . A G 176.64 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0199084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2695;QD=14.4195;RBI=0.020837;REFB=-0.0162492;REVB=0.00615126;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174078;STB=0.586869;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.028035;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:10:9:9:20:10:9:10:20 chr12 6562810 . A G 155.44 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0756905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.427;QD=15.1646;RBI=0.0756905;REFB=-0.0122003;REVB=-8.19973e-05;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904212;STB=0.552263;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0230268;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:10:7:12:12:10:7:12:12 chr12 6572048 . A G 163.43 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0185739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4048;QD=13.3415;RBI=0.0467944;REFB=-0.0227817;REVB=-0.0429502;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237241;STB=0.638732;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0149194;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:12:6:17:14:12:6:17:14 chr12 6618871 . C T 103.98 PASS AF=0.631579;AO=10;DP=17;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.043999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6925;QD=21.89;RBI=0.0744096;REFB=-0.0603161;REVB=0.0600073;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051088;STB=0.526272;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0414697;OID=.;OPOS=6618871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:19:7:7:10:12:0.631579:5:5:3:4:6:6:3:4 chr12 6619284 . C G 765.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.159;QD=63.821;RBI=0.0543099;REFB=0;REVB=0.0132793;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220741;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:22:26:0:0 chr12 6619402 . T C 284.52 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0100543;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.959;QD=21.8864;RBI=0.0615349;REFB=-0.0101302;REVB=0.0607079;RO=23;SAF=21;SAR=8;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107872;STB=0.559402;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00993035;OID=.;OPOS=6619402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:23:29:29:0.557692:8:21:19:4:8:21:19:4 chr12 6631169 . C A 314.53 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.26;QD=52.4208;RBI=0.0548699;REFB=0;REVB=0.0376593;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00355774;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:14:10:0:0 chr12 6637845 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7799;QD=53.2734;RBI=0.0768904;REFB=0;REVB=0.0712973;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840776;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr12 6638116 . C T 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0097341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.658;QD=24.5992;RBI=0.0300554;REFB=-0.0163013;REVB=0.0284354;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139797;STB=0.590826;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0150188;OID=.;OPOS=6638116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:22:22:0.578947:13:9:9:6:13:9:10:6 chr12 6639088 . A G 972.84 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0542;QD=58.9599;RBI=0.0651267;REFB=0;REVB=0.059983;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339131;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:29:34:0:0:32:34:0:0 chr12 6639981 . C G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0517327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.446;QD=11.1978;RBI=0.0608646;REFB=-0.00327291;REVB=-0.0320659;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112953;STB=0.566903;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.000941244;OID=.;OPOS=6639981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:15:7:5:7:15:7 chr12 6643991 . C G 82.31 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00182136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.346;QD=8.89876;RBI=0.0366515;REFB=-0.00155593;REVB=-0.0366062;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218675;STB=0.513345;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00445081;OID=.;OPOS=6643991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:4:7:17:9:4:7:17:9 chr12 6646320 . T C 205.86 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0191683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0975;QD=16.1455;RBI=0.0357098;REFB=-0.0125791;REVB=0.0301291;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839702;STB=0.577824;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.012025;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:27:23:24:0.470588:14:9:12:13:15:9:14:13 chr12 6647109 . T C 254.1 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0631812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.717;QD=17.8312;RBI=0.0633341;REFB=-0.000166159;REVB=-0.00439883;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172182;STB=0.596206;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.000255048;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:10:19:13:15:10:19 chr12 6648855 . A G 85.16 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0231681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4539;QD=14.1937;RBI=0.0286953;REFB=-0.0328308;REVB=-0.0169309;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825183;STB=0.52936;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0493791;OID=.;OPOS=6648855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:23:24:13:13:10:11:0.458333:3:7:10:3:3:8:10:3 chr12 6747295 . G A 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00767103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8602;QD=20.1587;RBI=0.0847971;REFB=-0.0261574;REVB=-0.0844494;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164179;STB=0.593102;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0296361;OID=.;OPOS=6747295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:6:10:6:8:6:10:6:8 chr12 6835068 . A G 287.82 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0359401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.246;QD=46.0505;RBI=0.0376043;REFB=-0.0987054;REVB=0.0110632;RO=2;SAF=9;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922593;STB=0.549956;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0130169;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:14:9:2:0:14:9:2:0 chr12 6835081 . G A 227.03 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267168;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.542;QD=50.4512;RBI=0.0496915;REFB=0;REVB=0.0418982;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36341e-05;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr12 6836852 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1301;QD=51.9155;RBI=0.0616874;REFB=0;REVB=-0.0488167;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325079;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr12 6836913 . G T 385.68 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0192021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.574;QD=48.2101;RBI=0.0193653;REFB=-0.0121408;REVB=-0.00250914;RO=3;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844685;STB=0.545424;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0010593;OID=.;OPOS=6836913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:15:14:0:3:15:14:0:3 chr12 6840209 . G A 256.34 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5588;QD=51.2683;RBI=0.179622;REFB=0;REVB=-0.0500678;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00410915;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:9:9:0:0:9:11:0:0 chr12 6926363 . T C 559.58 PASS AF=0.981132;AO=26;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.145575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.0817;QD=42.2327;RBI=0.145576;REFB=0.0293846;REVB=-0.000496757;RO=0;SAF=1;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08431e-08;STB=0.50943;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.025653;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:53:0:1:26:52:0.981132:25:1:0:0:26:26:0:1 chr12 6928075 . T C 189.55 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.136;QD=47.3874;RBI=0.034108;REFB=0;REVB=0.0159437;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895463;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:11:3:0:0:12:4:0:0 chr12 6928586 . CA AG 1120.54 PASS AF=0.922222;AO=78;DP=90;FAO=83;FDP=90;FR=.;FRO=7;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0901711;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=36.1371;QD=49.802;RBI=0.0994852;REFB=-0.0652395;REVB=0.0420294;RO=7;SAF=42;SAR=36;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393797;STB=0.532142;STBP=0.044;TYPE=mnp;VARB=0.0153745;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:90:90:7:7:78:83:0.922222:36:42:2:5:37:46:1:6 chr12 6932967 . G C 56.93 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0190487;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.674;QD=10.3505;RBI=0.0210622;REFB=-0.0102822;REVB=-0.00898669;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.614538;STB=0.874062;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0202696;OID=.;OPOS=6932967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:14:14:8:8:0.363636:7:1:10:4:7:1:10:4 chr12 6933223 . C T 379.49 PASS AF=0.584615;AO=34;DP=61;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0140082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.252;QD=23.3532;RBI=0.029094;REFB=-0.0507838;REVB=0.0254997;RO=23;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498462;STB=0.509929;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0415345;OID=.;OPOS=6933223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:23:27:34:38:0.584615:14:20:12:11:16:22:15:12 chr12 6933787 . A G 124.03 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0125804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2263;QD=17.1081;RBI=0.0413567;REFB=-0.017601;REVB=-0.0393968;RO=15;SAF=12;SAR=2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188477;STB=0.609991;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0154072;OID=.;OPOS=6933787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:2:12:11:4:2:12:11:4 chr12 6941021 . G A 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00605289;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.855;QD=20.7383;RBI=0.0229846;REFB=-0.0130256;REVB=-0.0221733;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198161;STB=0.612117;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.016259;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:6:12:7:9:6:12:7:9 chr12 6942823 . A G 594.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.176;QD=60.9571;RBI=0.0454216;REFB=0;REVB=0.00594606;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012427;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr12 6946247 . G T 62.7 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0582479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.514;QD=20.8994;RBI=0.0669555;REFB=-0.0208649;REVB=0.0330184;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336275;STB=0.699397;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00573482;OID=.;OPOS=6946247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:7:1:2:2:7:1:2:2 chr12 6948468 . T C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00404624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.407;QD=14.3343;RBI=0.039144;REFB=-0.0219593;REVB=-0.0389343;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498364;STB=0.529346;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0346057;OID=.;OPOS=6948468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:5:5:4:5:5:5 chr12 6948528 . T C 81.42 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0473773;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.643;QD=16.2835;RBI=0.0474892;REFB=-0.017809;REVB=-0.0032581;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300918;STB=0.691952;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0156924;OID=.;OPOS=6948528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:20:9:10:10:10:0.5:4:6:2:7:4:6:2:8 chr12 6950930 . AT A 56.52 PASS AF=0.35;AO=12;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0170116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.5315;QD=5.65156;RBI=0.0224728;REFB=-0.0114925;REVB=0.0146845;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376385;STB=0.52937;STBP=0.812;TYPE=del;VARB=0.0228912;OID=.;OPOS=6950931;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:12:40:14:40:26:8:6:16:10:56:26:7:5:16:10 chr12 6954875 . C T 634.74 PASS AF=0.916667;AO=42;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0986127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.716;QD=52.8946;RBI=0.104156;REFB=-0.140581;REVB=0.0335273;RO=4;SAF=12;SAR=30;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886014;STB=0.517233;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00319093;OID=.;OPOS=6954875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:4:4:42:44:0.916667:30:12:3:1:30:14:2:2 chr12 6965194 . A G 1419.76 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.309;QD=61.7287;RBI=0.0589466;REFB=0;REVB=0.0548449;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049848;OID=.;OPOS=6965194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:87:92:1:51:36:0:0:55:37:0:0 chr12 6976688 . A G 939.21 PASS AF=0.580645;AO=88;DP=153;FAO=90;FDP=155;FR=.;FRO=65;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00265531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.191;QD=24.2377;RBI=0.0198803;REFB=-0.0455955;REVB=-0.0197022;RO=65;SAF=59;SAR=29;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111515;STB=0.552575;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0379449;OID=.;OPOS=6976688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:65:65:88:90:0.580645:29:59:35:30:31:59:35:30 chr12 7015707 . G T 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00712432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.736;QD=13.0149;RBI=0.00933307;REFB=0.00307767;REVB=0.00602911;RO=32;SAF=14;SAR=6;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654793;STB=0.537699;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00503875;OID=.;OPOS=7015707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:6:14:24:8:6:14:24:8 chr12 7022085 . T A 278.86 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.0206834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.471;QD=16.4035;RBI=0.0416776;REFB=-0.0326619;REVB=-0.0361832;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335115;STB=0.675956;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0256272;OID=.;OPOS=7022085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:15:16:6:30:15:16:7:30 chr12 7023123 . A G 237.07 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0158064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.418;QD=19.7561;RBI=0.0395096;REFB=-0.0103586;REVB=-0.0362101;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112004;STB=0.563123;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0095508;OID=.;OPOS=7023123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:12:11:15:10:12:11:15:10 chr12 7026307 . G C 236.99 PASS AF=0.777778;AO=20;DP=26;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0554949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3558;QD=35.1095;RBI=0.0891985;REFB=-0.0434673;REVB=0.0698333;RO=6;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211228;STB=0.615279;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0171443;OID=.;OPOS=7026307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:27:6:6:20:21:0.777778:10:10:6:0:11:10:6:0 chr12 7027259 . C T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00107828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.419;QD=9.4952;RBI=0.039302;REFB=0.00585293;REVB=-0.0392872;RO=24;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480709;STB=0.529356;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0145188;OID=.;OPOS=7027259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:9:2:5:19:9:2:5:19 chr12 7044943 . G A 281.95 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00454486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.187;QD=22.5557;RBI=0.0504439;REFB=-0.0078743;REVB=-0.0502387;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357815;STB=0.519985;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0129665;OID=.;OPOS=7044943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:13:13:11:13:13:13:11:13 chr12 7053022 . C T 135.03 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771248;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.827;QD=45.0099;RBI=0.0845007;REFB=0;REVB=0.0345274;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112105;OID=.;OPOS=7053022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr12 7055860 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000473862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.112;QD=63.8718;RBI=0.00408708;REFB=0;REVB=0.00405951;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98789e-06;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr12 7065635 . T C 749.67 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269585;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.624;QD=63.8021;RBI=0.0451484;REFB=0;REVB=0.0362162;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145273;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr12 7079215 . T G 393.09 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000248589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.473;QD=56.1562;RBI=0.0195373;REFB=0;REVB=0.0195357;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78929e-05;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr12 7080212 . T C 211.19 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276458;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.925;QD=49.6911;RBI=0.0663738;REFB=0;REVB=0.0663162;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588089;OID=.;OPOS=7080212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr12 7170336 . G A 270.61 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=104;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.0122839;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.569;QD=10.7172;RBI=0.0176872;REFB=-0.000956711;REVB=-0.0127256;RO=63;SAF=9;SAR=25;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729381;STB=0.55157;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00203714;OID=.;OPOS=7170336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:101:63:67:34:34:0.336634:25:9:20:43:25:9:22:45 chr12 7241055 . A G 259.82 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00513935;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1489;QD=11.9459;RBI=0.00764068;REFB=-0.0190349;REVB=-0.00565394;RO=57;SAF=22;SAR=9;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276544;STB=0.654556;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0316808;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:57:56:31:31:0.356322:9:22:27:30:9:22:27:29 chr12 7242204 . C T 328.6 PASS AF=0.492958;AO=33;DP=69;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0545717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3444;QD=18.5125;RBI=0.138071;REFB=0.00684836;REVB=0.126829;RO=36;SAF=24;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208126;STB=0.62527;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00307535;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:36:36:33:35:0.492958:9:24:19:17:9:26:19:17 chr12 7281317 . C T 236.52 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0114649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2795;QD=15.768;RBI=0.028446;REFB=0.00696076;REVB=-0.0260333;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136109;STB=0.507687;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00893988;OID=.;OPOS=7281317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:11:16:20:13:11:16:20:13 chr12 7309471 . C A 140.85 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0204095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.827;QD=13.1022;RBI=0.024127;REFB=-0.00688541;REVB=-0.0128671;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318642;STB=0.716451;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.025138;OID=.;OPOS=7309471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:15:16:0.372093:5:10:10:17:5:11:9:18 chr12 7309473 . G C 140.15 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0106369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.742;QD=12.741;RBI=0.0162979;REFB=-0.0055179;REVB=-0.0123482;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337406;STB=0.70645;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0314577;OID=.;OPOS=7309473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:5:11:10:17:5:11:10:18 chr12 7528471 . G A 228.29 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0235891;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.904;QD=15.7441;RBI=0.027966;REFB=-0.00644947;REVB=-0.0150218;RO=31;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981343;STB=0.547908;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0109265;OID=.;OPOS=7528471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:16:10:15:16:16:10:15:17 chr12 7551022 . A T 712.13 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324475;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.702;QD=63.3001;RBI=0.050458;REFB=0;REVB=0.0386415;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107813;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr12 7551050 . A C 771.49 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137863;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.475;QD=57.1474;RBI=0.0341929;REFB=0;REVB=0.0341651;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07226e-06;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:19:34:0:0:19:35:0:0 chr12 7585971 . A G 253.54 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00542368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.432;QD=19.1351;RBI=0.0265129;REFB=-0.0393591;REVB=0.0259522;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071012;STB=0.546748;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0341409;OID=.;OPOS=7585971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:26:26:27:0.509434:16:10:12:14:17:10:12:14 chr12 7772997 . G A 1103.02 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510586;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.801;QD=60.4392;RBI=0.051752;REFB=0;REVB=-0.00844338;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209669;OID=.;OPOS=7772997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr12 7773058 . C A 841.0 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.998;QD=57.0166;RBI=0.0361784;REFB=0;REVB=0.0361407;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137363;OID=.;OPOS=7773058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:34:25:0:0 chr12 7773096 . T C 801.92 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6137;QD=64.1533;RBI=0.0974609;REFB=0;REVB=0.074449;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111772;OID=.;OPOS=7773096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:48:50:1:26:22:0:0:28:22:0:0 chr12 7867847 . G C 221.78 PASS AF=0.385714;AO=26;DP=69;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.00346745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.594;QD=12.6732;RBI=0.0131347;REFB=0.000208301;REVB=0.0126688;RO=41;SAF=19;SAR=7;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070219;STB=0.50276;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-2.97131e-05;OID=.;OPOS=7867847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:43:26:27:0.385714:7:19:32:9:7:20:32:11 chr12 7894056 . G A 224.07 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0117829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3784;QD=13.1806;RBI=0.0125411;REFB=-0.00966845;REVB=-0.00429444;RO=41;SAF=9;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195531;STB=0.61216;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0122342;OID=.;OPOS=7894056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:18:9:21:20:18:9:21:20 chr12 7966958 . C T 1201.92 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0122509;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.803;QD=58.6304;RBI=0.0260533;REFB=-0.181495;REVB=0.0229932;RO=2;SAF=49;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00546281;STB=0.502886;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000643815;OID=.;OPOS=7966958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:31:49:1:1:31:49:1:1 chr12 8008874 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0176182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.992;QD=19.646;RBI=0.0316738;REFB=-0.0236096;REVB=-0.0263217;RO=8;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38497;STB=0.723682;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0170539;OID=.;OPOS=8008874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:2:9:3:5:2:9:3:5 chr12 8043688 . G C 916.17 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.625;QD=58.1698;RBI=0.0205719;REFB=0;REVB=0.0196392;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84113e-05;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:36:26:0:0:37:26:0:0 chr12 8278181 . A T 541.45 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.633;QD=56.9942;RBI=0.0523676;REFB=-0.0482247;REVB=0.0494845;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000692879;OID=.;OPOS=8278181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:19:18:0:0:19:18:1:0 chr12 8329676 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2334;QD=33.4285;RBI=0.0216353;REFB=0;REVB=-0.00502867;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183841;OID=.;OPOS=8329676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr12 8329700 . A C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00618176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.385;QD=34.666;RBI=0.00922134;REFB=-0.100203;REVB=0.00684244;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526894;STB=0.529355;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00163877;OID=.;OPOS=8329700;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:2:8:1:0:2:8:1:0 chr12 8374770 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.737;QD=46.8475;RBI=0.0872625;REFB=0;REVB=0.0863639;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132696;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr12 8374781 . C CACG 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157315;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=298.908;QD=43.4862;RBI=0.0223249;REFB=0;REVB=0.0158404;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000129824;OID=.;OPOS=8374782;OREF=-;OALT=ACG;OMAPALT=CACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:12:12:12:0:3:9:0:0:4:0:3:9:0:0 chr12 8376110 . T C 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02869;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.091;QD=57.2359;RBI=0.0287097;REFB=0;REVB=0.00106306;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92085e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr12 8666296 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.092578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.934;QD=12.9744;RBI=0.0936918;REFB=-0.00754988;REVB=-0.0144038;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293607;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00926927;OID=.;OPOS=8666296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:6:6:8:9:6:6:9:9 chr12 8693333 . G A 173.01 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00605568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8407;QD=18.7039;RBI=0.0555657;REFB=0.0104781;REVB=0.0552347;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511099;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0222004;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:11:7:7:11:11:7:7:12 chr12 8926011 . T C 2293.8 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.186;QD=63.7167;RBI=0.0678704;REFB=0;REVB=0.067761;RO=0;SAF=65;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38078e-05;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:78:65:0:0:79:65:0:0 chr12 9004512 . G A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.977;QD=58.7811;RBI=0.0157994;REFB=0;REVB=-0.015331;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33621e-05;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr12 9004892 . C A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.712;QD=55.095;RBI=0.0567865;REFB=0;REVB=0.0565677;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370948;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr12 9013755 . C T 513.91 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3551;QD=58.7329;RBI=0.0165398;REFB=0;REVB=0.00758118;RO=0;SAF=4;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184936;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:30:4:0:0:30:5:0:0 chr12 9016573 . A G 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.475;QD=57.5406;RBI=0.0262582;REFB=0;REVB=-0.0255777;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162011;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr12 9020489 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.638;QD=51.9167;RBI=0.165065;REFB=0;REVB=0.164528;RO=0;SAF=20;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855381;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:1:20:0:0:1:20:0:0 chr12 9070366 . T A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0070187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.44;QD=15.6538;RBI=0.00987216;REFB=-0.0199335;REVB=0.00694243;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13588;STB=0.576864;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0244161;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:11:15:14:18:11:15:14:18 chr12 9074259 . C T 68.33 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0166842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.072;QD=15.1853;RBI=0.0171662;REFB=-0.0364135;REVB=-0.00403936;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322799;STB=0.695121;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0452142;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:1:8:6:3:1:8:6:3 chr12 9086898 . A G 455.92 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.000341272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.628;QD=15.3251;RBI=0.0337337;REFB=-0.00658771;REVB=0.033732;RO=68;SAF=29;SAR=22;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100176;STB=0.556195;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0079513;OID=.;OPOS=9086898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:68:51:51:0.428571:22:29:32:36:22:29:32:36 chr12 9093001 . G A 32.49 PASS AF=0.2;AO=5;DP=33;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0425234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.098;QD=3.71292;RBI=0.0452794;REFB=-0.0113323;REVB=-0.0155556;RO=28;SAF=5;SAR=0;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632425;STB=0.779086;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.12024;OID=.;OPOS=9093001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:33:35:28:28:5:7:0.2:0:5:16:12:1:6:16:12 chr12 9142297 . T C 153.79 PASS AF=0.375;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0400488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.987;QD=12.816;RBI=0.0411759;REFB=-0.00526799;REVB=-0.00956821;RO=31;SAF=3;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333739;STB=0.714014;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0076852;OID=.;OPOS=9142297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:30:17:18:0.375:14:3:13:18:15:3:13:17 chr12 9161648 . T C 284.38 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0258643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5655;QD=23.6985;RBI=0.0290853;REFB=-0.0220737;REVB=-0.0133039;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982537;STB=0.54542;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0125587;OID=.;OPOS=9161648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:25:26:0.541667:13:12:8:14:14:12:8:14 chr12 9248233 . T C 1478.03 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0119656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.921;QD=56.3058;RBI=0.0218206;REFB=-0.101263;REVB=0.0182472;RO=2;SAF=38;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145952;STB=0.501199;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00559678;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:2:3:102:102:0.971429:64:38:0:2:64:38:1:2 chr12 9305473 . T C 1779.97 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00207543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.075;QD=58.3596;RBI=0.00990734;REFB=-0.0504765;REVB=0.00968752;RO=2;SAF=53;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175839;STB=0.5055;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=7.2519e-05;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:122:2:3:119:119:0.97541:66:53:2:0:66:53:2:1 chr12 9307373 . T G 1453.01 PASS AF=0.99;AO=94;DP=98;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0896981;FXX=0.0196059;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7474;QD=58.1203;RBI=0.102777;REFB=-0.0319706;REVB=0.0501728;RO=2;SAF=42;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220401;STB=0.505617;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000316186;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:100:2:1:94:99:0.99:52:42:2:0:55:44:1:0 chr12 9315209 . A G 355.17 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0002952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.57;QD=16.3294;RBI=0.000512924;REFB=-0.00472923;REVB=-0.000419461;RO=49;SAF=10;SAR=27;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182327;STB=0.588107;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00504934;OID=.;OPOS=9315209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:49:37:38:0.436782:27:10:21:28:27:11:21:28 chr12 9316773 . T C 426.67 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0476387;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6444;QD=20.0785;RBI=0.0703467;REFB=-0.0348028;REVB=-0.0517611;RO=39;SAF=21;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00102679;STB=0.517497;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.050049;OID=.;OPOS=9316773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:39:42:43:43:0.505882:22:21:19:20:22:21:22:20 chr12 9317784 . A G 300.93 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0475327;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.333;QD=14.6797;RBI=0.0522691;REFB=-0.0253454;REVB=0.0217418;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204722;STB=0.515686;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0337733;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:49:33:33:0.402439:18:15:21:25:18:15:21:28 chr12 9317885 . G A 172.87 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0230841;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.757;QD=17.2866;RBI=0.0250531;REFB=-0.0174238;REVB=0.00973565;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253582;STB=0.624151;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0193029;OID=.;OPOS=9317885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:10:8:4:17:10:8:5:17 chr12 9345273 . A G 918.79 PASS AF=1;AO=37;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207456;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3812;QD=56.5408;RBI=0.063246;REFB=0;REVB=0.0597468;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376825;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:37:65:1:12:25:0:0:37:28:0:0 chr12 9345274 . C G 229.28 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.043551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.524;QD=13.8954;RBI=0.0632446;REFB=-0.0260721;REVB=0.0458606;RO=39;SAF=2;SAR=24;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.690682;STB=0.901728;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00749299;OID=.;OPOS=9345274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:39:26:27:0.409091:24:2:26:13:25:2:26:13 chr12 9439294 . T C 363.09 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=0.0191021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.426;QD=15.6166;RBI=0.0191707;REFB=0.000635377;REVB=0.00161997;RO=53;SAF=25;SAR=14;SRF=12;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405421;STB=0.720924;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00120936;OID=.;OPOS=9439294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:39:39:0.419355:14:25:12:41:14:25:13:41 chr12 9447484 . C T 79.31 PASS AF=0.145455;AO=16;DP=110;FAO=16;FDP=110;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.0136298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.308;QD=2.88388;RBI=0.0136302;REFB=-0.014949;REVB=-0.000106093;RO=93;SAF=7;SAR=9;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232421;STB=0.510404;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0312476;OID=.;OPOS=9447484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:110:110:93:94:16:16:0.145455:9:7:39:54:9:7:40:54 chr12 9450357 . A G 109.92 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.747;QD=39.9691;RBI=0.0954931;REFB=0;REVB=0.0594873;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00660016;OID=.;OPOS=9450357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:1:0:10:11:1:6:4:1:0:6:5:0:0 chr12 9451450 . G A 33.81 PASS AF=0.0722892;AO=12;DP=167;FAO=12;FDP=166;FR=.;FRO=154;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=71;FSRR=83;FWDB=-0.0480588;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.666;QD=0.814705;RBI=0.0482192;REFB=-0.00692812;REVB=0.0039303;RO=155;SAF=7;SAR=5;SRF=72;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129159;STB=0.612142;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0740452;OID=.;OPOS=9451450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:167:166:155:154:12:12:0.0722892:5:7:72:83:5:7:71:83 chr12 9452062 . A C 86.48 PASS AF=1;AO=4;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.0291;QD=38.4371;RBI=0.239309;REFB=0;REVB=0.236548;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0272106;OID=.;OPOS=9452062;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:4:9:1:2:2:0:0:7:2:0:0 chr12 9571670 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.214;QD=33.4285;RBI=0.0121542;REFB=0;REVB=0.0121542;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221618;OID=.;OPOS=9571670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr12 9572819 . C T 38.95 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0288354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1507;QD=11.9845;RBI=0.0547481;REFB=-0.0264932;REVB=-0.046539;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210115;STB=0.624638;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00959715;OID=.;OPOS=9572819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:1:6:4:2:1:6 chr12 9573130 . C T 161.63 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00880042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.229;QD=8.85655;RBI=0.0141504;REFB=-0.0161625;REVB=0.0110809;RO=47;SAF=15;SAR=7;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206613;STB=0.625697;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0283071;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:47:51:22:22:0.30137:7:15:24:23:7:15:26:25 chr12 9573223 . C A 770.7 PASS AF=0.673267;AO=68;DP=101;FAO=68;FDP=101;FR=.;FRO=33;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0160352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2962;QD=30.5228;RBI=0.03267;REFB=-0.0185612;REVB=-0.0284641;RO=33;SAF=41;SAR=27;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406814;STB=0.521933;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0201271;OID=.;OPOS=9573223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:33:33:68:68:0.673267:27:41:22:11:27:41:22:11 chr12 9573224 . C T 263.58 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0189778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0274;QD=10.4388;RBI=0.0269234;REFB=-0.0037015;REVB=0.0190974;RO=68;SAF=22;SAR=11;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801066;STB=0.546734;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00539147;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:68:68:33:33:0.326733:11:22:41:27:11:22:41:27 chr12 9574002 . C T 773.48 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.452;QD=56.2528;RBI=0.0375664;REFB=0;REVB=0.0304677;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91507e-05;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:1:0:50:55:1:26:24:1:0:29:26:0:0 chr12 9574042 . C A 398.76 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0212174;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.573;QD=23.4562;RBI=0.0409181;REFB=-0.0280055;REVB=-0.0349873;RO=29;SAF=16;SAR=23;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573978;STB=0.531571;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0208297;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:29:29:39:39:0.573529:23:16:14:15:23:16:14:15 chr12 9578197 . A T 553.2 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0272047;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3809;QD=49.1736;RBI=0.0310303;REFB=-0.0301498;REVB=0.014926;RO=6;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528295;STB=0.528288;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0102339;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:47:45:6:6:39:39:0.866667:25:14:1:5:25:14:1:5 chr12 9580395 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.541;QD=33.4285;RBI=0.0154381;REFB=0;REVB=0.0146122;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388647;OID=.;OPOS=9580395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr12 9581791 . T C 97.62 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00780435;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.801;QD=7.09995;RBI=0.015998;REFB=-0.00853009;REVB=-0.0139653;RO=40;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287296;STB=0.667284;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0201161;OID=.;OPOS=9581791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:56:55:40:41:14:14:0.254545:5:9:16:24:5:9:17:24 chr12 9590052 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00761254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.48;QD=14.9785;RBI=0.0293095;REFB=0.0150311;REVB=-0.0283036;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204937;STB=0.618823;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0141381;OID=.;OPOS=9590052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:3:8:5:5:3:8 chr12 9590651 . A ACTGAGTAAC 63.77 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0271184;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=9;MLLD=244.611;QD=4.11438;RBI=0.0271923;REFB=-0.00641935;REVB=-0.00200367;RO=52;SAF=2;SAR=9;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565407;STB=0.861122;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.0222748;OID=.;OPOS=9590652;OREF=-;OALT=CTGAGTAAC;OMAPALT=ACTGAGTAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177419:11:64:11:62:51:2:9:34:17:63:52:2:9:35:17 chr12 9597776 . G A 1537.91 PASS AF=0.963636;AO=106;DP=111;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00334271;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.683;QD=55.9241;RBI=0.0135572;REFB=-0.0849446;REVB=0.0131386;RO=4;SAF=52;SAR=54;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165981;STB=0.508752;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.000340778;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:111:110:4:4:106:106:0.963636:54:52:1:3:54:52:1:3 chr12 9750669 . A G 286.68 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0448307;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.153;QD=18.2019;RBI=0.0448331;REFB=-0.0176606;REVB=-0.000465316;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507687;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0151295;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:32:31:31:0.492063:16:15:15:16:16:15:15:17 chr12 9994445 . GTGT G 837.2 PASS AF=1;AO=53;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064961;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.059;QD=57.738;RBI=0.0206591;REFB=0;REVB=0.0196112;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.1265e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:59:58:58:0:26:32:0:0:5:0:26:27:0:0 chr12 10041364 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.976;QD=63.5826;RBI=0.0350073;REFB=0;REVB=-0.0312888;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213342;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr12 10046047 . T TA 581.23 PASS AF=1;AO=8;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187635;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.1001;QD=33.2133;RBI=0.137422;REFB=0;REVB=-0.136135;RO=62;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00634376;OID=.;OPOS=10046048;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:70:70:70:0:34:36:0:0:13:62:3:5:31:31 chr12 10046052 . C A 1079.58 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9162;QD=59.9769;RBI=0.0472141;REFB=0;REVB=-0.0469555;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354636;OID=.;OPOS=10046052;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr12 10069302 . C T 695.96 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.413;QD=60.5181;RBI=0.0237397;REFB=-0.0972491;REVB=0.0153458;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218529;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000574668;OID=.;OPOS=10069302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:0:1:21:24:0:1 chr12 10078946 . CAAATT C 67.7 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00470865;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=5;MLLD=272.381;QD=7.52275;RBI=0.0234775;REFB=-0.00630732;REVB=0.0230005;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282608;STB=0.66642;STBP=0.191;TYPE=del;VARB=0.013478;OID=.;OPOS=10078947;OREF=AAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:12:37:12:36:24:6:6:6:18:67:24:6:6:6:18 chr12 10136671 . TG T,TA 1305.13 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=10,69;DP=86;FAO=2,84;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=1,32;FSAR=1,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101268,0.00999653;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.967,143.723;QD=60.7037;RBI=0.0369779,0.031821;REFB=0,0;REVB=0.0355642,0.03021;RO=0;SAF=6,27;SAR=4,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.56939e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00805193,0.00633885;OID=.,.;OPOS=10136672,10136672;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0232558,0.976744:10,69:86:2,84:86:0:1,32:1,52:0:0:4:0:6,27:4,42:0:0 chr12 10137556 . A AC 440.05 PASS AF=1;AO=4;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911915;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=182.273;QD=55.0061;RBI=0.174875;REFB=0;REVB=-0.149216;RO=30;SAF=3;SAR=1;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252276;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000138441;OID=.;OPOS=10137557;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:34:32:32:0:18:14:0:0:4:30:3:1:16:14 chr12 10137557 . A C 380.15 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0046796;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=208.242;QD=46.0786;RBI=0.00990861;REFB=-0.181543;REVB=-0.00873395;RO=4;SAF=15;SAR=14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052492;STB=0.528282;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00209227;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:4:4:29:29:0.878788:14:15:3:1:14:15:3:1 chr12 10147850 . T C 754.6 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0203805;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.913;QD=52.0413;RBI=0.0292664;REFB=-0.089337;REVB=0.0210037;RO=2;SAF=28;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324832;STB=0.525415;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00413834;OID=.;OPOS=10147850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:58:2:3:55:55:0.948276:27:28:2:0:27:28:3:0 chr12 10149406 . T C 741.32 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00746435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3804;QD=54.9127;RBI=0.0119539;REFB=-0.0874128;REVB=0.00933695;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171308;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00161755;OID=.;OPOS=10149406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:1:0:26:27:1:0 chr12 10149851 . C T 1399.86 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000167941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.887;QD=61.5323;RBI=0.00913354;REFB=0.0601279;REVB=0.009132;RO=1;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885968;STB=0.504672;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000530955;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:53:37:0:1:53:37:0:1 chr12 10151642 . T C 1719.31 PASS AF=0.983471;AO=114;DP=119;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0277246;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4281;QD=56.8368;RBI=0.136398;REFB=-0.176516;REVB=0.133551;RO=0;SAF=44;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40696e-08;STB=0.506578;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00326541;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:119:121:0:2:114:119:0.983471:70:44:0:0:75:44:0:2 chr12 10165469 . A G 490.08 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0166865;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.65;QD=16.7549;RBI=0.0167824;REFB=-0.00885153;REVB=-0.00179187;RO=64;SAF=25;SAR=28;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888616;STB=0.549531;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0104286;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:64:64:53:53:0.452991:28:25:36:28:28:25:36:28 chr12 10167277 . G C 194.93 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0223681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.702;QD=17.3272;RBI=0.0337747;REFB=-0.0191773;REVB=0.0253061;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494707;STB=0.528189;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0240279;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:10:15:11:9:10:15 chr12 10206925 . A G 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00482268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.166;QD=15.7906;RBI=0.00482483;REFB=-0.00150312;REVB=0.000143979;RO=38;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118418;STB=0.558786;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00278487;OID=.;OPOS=10206925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:16:15:23:15:16:15:23:16 chr12 10236797 . A G 140.1 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00262655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.549;QD=12.7364;RBI=0.003675;REFB=-0.0217245;REVB=-0.00257038;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252144;STB=0.624844;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0276461;OID=.;OPOS=10236797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:26:28:16:16:0.363636:6:10:10:16:6:10:12:16 chr12 10236824 . C T 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.037207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.988;QD=10.2709;RBI=0.0437234;REFB=-0.00478626;REVB=-0.0229646;RO=35;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285887;STB=0.669651;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0172432;OID=.;OPOS=10236824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:6:10:13:22:6:10:13:22 chr12 10236921 . G T 36.52 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0675881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2292;QD=6.95656;RBI=0.0773962;REFB=0.00560234;REVB=-0.0377097;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190473;STB=0.609348;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0121201;OID=.;OPOS=10236921;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:21:14:15:6:6:0.285714:5:1:4:10:5:1:4:11 chr12 10251445 . C G 284.62 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0196851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.4759;QD=18.9746;RBI=0.102062;REFB=-0.0896811;REVB=-0.100146;RO=15;SAF=10;SAR=20;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210347;STB=0.505297;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.053776;OID=.;OPOS=10251445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:15:29:30:31:0.516667:20:10:10:5:20:11:10:19 chr12 10366088 . C T 190.91 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.651;QD=47.7279;RBI=0.0494052;REFB=0;REVB=-0.00699115;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557221;OID=.;OPOS=10366088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr12 10367240 . CT C 589.13 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.4347;QD=47.1306;RBI=0.0524516;REFB=0;REVB=-0.0331312;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000246081;OID=.;OPOS=10367241;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:50:50:50:0:22:28:0:0:11:0:20:28:0:0 chr12 10462052 . T G 969.26 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.21;QD=57.8665;RBI=0.156756;REFB=0;REVB=0.0192458;RO=1;SAF=26;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000952378;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:64:67:1:38:26:1:0:38:29:0:0 chr12 10467533 . T A 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00193904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.613;QD=16.0653;RBI=0.00472931;REFB=-0.0342868;REVB=-0.00431353;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199228;STB=0.615249;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0387965;OID=.;OPOS=10467533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:13:5:11:13:13:5:11:13 chr12 10525740 . C T 362.17 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00488571;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.232;QD=17.4537;RBI=0.0164396;REFB=-0.0129727;REVB=-0.0156968;RO=45;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115698;STB=0.564627;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0210719;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:45:45:38:38:0.457831:18:20:29:16:18:20:29:16 chr12 10532111 . T G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0290238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.407;QD=13.486;RBI=0.0307211;REFB=-0.00447856;REVB=-0.0100698;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947861;STB=0.505605;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0063835;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:5:6:5:4:5:6 chr12 10532326 . T C 268.58 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00147555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.453;QD=22.3815;RBI=0.00739415;REFB=-0.0207269;REVB=-0.00724543;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957053;STB=0.56039;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0245639;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:23:24:25:0.520833:16:8:10:13:17:8:10:13 chr12 10562089 . A C 352.55 PASS AF=0.358333;AO=43;DP=122;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=0.00864852;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.424;QD=11.7518;RBI=0.0164019;REFB=-0.0148921;REVB=-0.0139365;RO=70;SAF=25;SAR=18;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240495;STB=0.644852;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0249022;OID=.;OPOS=10562089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:70:77:43:43:0.358333:18:25:25:45:18:25:27:50 chr12 10570965 . C G 1121.39 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500898;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5495;QD=60.6154;RBI=0.0528254;REFB=0;REVB=0.0167788;RO=0;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728503;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:24:49:0:0:25:49:0:0 chr12 10571042 . A G 1170.96 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0446196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5142;QD=57.1202;RBI=0.0563236;REFB=-0.0286534;REVB=0.0343721;RO=3;SAF=40;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341853;STB=0.518068;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0023851;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:3:3:79:79:0.963415:39:40:3:0:39:40:3:0 chr12 10571091 . T G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.187;QD=58.4194;RBI=0.024119;REFB=0;REVB=0.0102732;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35269e-05;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr12 10571106 . G C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8978;QD=57;RBI=0.0165477;REFB=0;REVB=0.0143705;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140286;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr12 10572982 . A G 1268.08 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630243;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0437;QD=61.8576;RBI=0.0630357;REFB=0;REVB=0.00120053;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388119;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:30:52:0:0:30:52:0:0 chr12 10573095 . A G 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.945;QD=58.6486;RBI=0.020189;REFB=-0.0239947;REVB=0.00832409;RO=1;SAF=27;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170572;STB=0.509086;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00025888;OID=.;OPOS=10573095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:13:27:1:0:13:27:1:0 chr12 10587111 . A G 3246.9 PASS AF=0.749263;AO=254;DP=340;FAO=254;FDP=339;FR=.;FRO=85;FSAF=133;FSAR=121;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.0168224;FXX=0.00294109;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.725;QD=38.3115;RBI=0.0169968;REFB=-0.0060076;REVB=-0.00242884;RO=83;SAF=133;SAR=121;SRF=52;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478865;STB=0.528135;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00186744;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:339:83:85:254:254:0.749263:121:133:52:31:121:133:54:31 chr12 10587645 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.994;QD=37.4885;RBI=0.0131239;REFB=0;REVB=-0.0067033;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101511;OID=.;OPOS=10587645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr12 10603669 . G GC 2527.94 PASS AF=1;AO=19;DP=174;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115788;FXX=0.01156;HRUN=0;LEN=1;MLLD=140.881;QD=59.1332;RBI=0.118004;REFB=0;REVB=0.0227601;RO=153;SAF=3;SAR=16;SRF=83;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.84998e-05;OID=.;OPOS=10603670;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:174:171:171:0:87:84:0:0:14:153:3:16:83:70 chr12 10603670 . T C 2112.0 PASS AF=0.878613;AO=151;DP=173;FAO=152;FDP=173;FR=.;FRO=21;FSAF=83;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0205865;FXX=0.0114279;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.339;QD=48.8323;RBI=0.0310377;REFB=-0.179394;REVB=0.0232279;RO=21;SAF=82;SAR=69;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923474;STB=0.54891;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0024463;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:173:173:21:21:151:152:0.878613:69:82:3:18:69:83:3:18 chr12 10658942 . C T 798.53 PASS AF=0.520548;AO=76;DP=142;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0162001;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.331;QD=21.8776;RBI=0.0840628;REFB=-0.0175264;REVB=-0.082487;RO=64;SAF=46;SAR=30;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370384;STB=0.523892;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0178186;OID=.;OPOS=10658942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:146:64:70:76:76:0.520548:30:46:36:28:30:46:39:31 chr12 10659438 . T C 2197.67 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.355;QD=63.2424;RBI=0.0151641;REFB=0;REVB=0.012575;RO=0;SAF=61;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40196e-06;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:78:61:0:0:78:61:0:0 chr12 10659964 . C G 801.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.92;QD=57.2296;RBI=0.00794099;REFB=0;REVB=0.0054293;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07339e-07;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:27:29:0:0 chr12 10675250 . G C 457.96 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6856;QD=55.5106;RBI=0.0367185;REFB=0;REVB=0.00352136;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159007;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:31:33:1:15:16:0:0:16:17:0:0 chr12 10763205 . T C 81.83 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0258078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.615;QD=19.2543;RBI=0.0273587;REFB=-0.000889217;REVB=-0.00908048;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286547;STB=0.674342;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.046797;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:7:7:9:10:0.588235:3:6:2:5:3:7:2:5 chr12 10763236 . G C 311.22 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0811736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5468;QD=51.8698;RBI=0.11024;REFB=0;REVB=0.0745897;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104784;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:9:15:0:0 chr12 10771779 . C T 1096.67 PASS AF=0.412698;AO=118;DP=302;FAO=130;FDP=315;FR=.;FRO=185;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=85;FSRR=100;FWDB=-0.0133228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6897;QD=13.9259;RBI=0.0298276;REFB=-0.0089265;REVB=0.0266868;RO=180;SAF=59;SAR=59;SRF=81;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053868;STB=0.514799;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.015469;OID=.;OPOS=10771779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:315:180:185:118:130:0.412698:59:59:81:99:67:63:85:100 chr12 10782115 . T C 292.14 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0548111;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.774;QD=21.6398;RBI=0.0596599;REFB=-0.0248205;REVB=-0.0235594;RO=25;SAF=20;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281714;STB=0.667824;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.016721;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:24:29:30:0.555556:9:20:9:16:9:21:8:16 chr12 10783729 . A G 244.22 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0249611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6003;QD=13.025;RBI=0.0387034;REFB=0.00801363;REVB=0.0295787;RO=46;SAF=20;SAR=9;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966266;STB=0.555516;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.015239;OID=.;OPOS=10783729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:9:20:28:18:9:20:28:18 chr12 10871667 . A G 837.57 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2468;QD=55.838;RBI=0.107673;REFB=-0.0501583;REVB=0.101364;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00211295;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:58:59:0.983333:29:29:0:1:30:29:0:1 chr12 10875488 . T C 48.0 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0286028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.537;QD=11.9997;RBI=0.0286887;REFB=-0.0359456;REVB=0.00221763;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.689164;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0295436;OID=.;OPOS=10875488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:3:4:2:6:3:4:2:7 chr12 10958658 . T C 694.66 PASS AF=1;AO=48;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581968;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.878;QD=54.4832;RBI=0.0784983;REFB=-0.0362208;REVB=0.0782823;RO=2;SAF=21;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427126;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348997;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:51:2:0:48:51:1:27:21:2:0:28:23:0:0 chr12 10978402 . G A 347.82 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.737;QD=53.5108;RBI=0.0423083;REFB=0;REVB=-0.0349955;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53484e-05;OID=.;OPOS=10978402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr12 10999708 . T C 1191.99 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109269;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.04;QD=61.1275;RBI=0.0665223;REFB=0;REVB=0.0656187;RO=0;SAF=52;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286143;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:75:78:1:23:52:0:0:23:55:0:0 chr12 11083356 . A G 1198.08 PASS AF=0.97561;AO=76;DP=79;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.042057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0998;QD=58.4428;RBI=0.0438548;REFB=-0.0531053;REVB=0.012428;RO=1;SAF=20;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230684;STB=0.507426;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0072377;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:82:1:2:76:80:0.97561:56:20:1:0:59:21:1:1 chr12 11083677 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.071;QD=52.6132;RBI=0.026246;REFB=0;REVB=0.0136887;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300351;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr12 11091693 . T A 785.19 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.652;QD=57.1047;RBI=0.0104186;REFB=0;REVB=0.00358954;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71997e-05;OID=.;OPOS=11091693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:27:28:0:0 chr12 11150240 . T C 283.84 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0166942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.532;QD=43.6669;RBI=0.0204012;REFB=-0.09946;REVB=0.0117267;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076973;STB=0.559948;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00123684;OID=.;OPOS=11150240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:2:3:23:23:0.884615:12:11:2:0:12:11:3:0 chr12 11174276 . G A 586.98 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00533198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4258;QD=60.2032;RBI=0.0103187;REFB=0;REVB=0.00883438;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105697;OID=.;OPOS=11174276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:11:27:0:0:12:27:0:0 chr12 11174753 . G A 410.92 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.058;QD=56.6791;RBI=0.058556;REFB=0;REVB=-0.0375528;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53583e-05;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:10:18:0:0:10:19:0:0 chr12 11183035 . C T 73.59 PASS AF=0.104167;AO=20;DP=192;FAO=20;FDP=192;FR=.;FRO=172;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=98;FSRR=74;FWDB=-0.024683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.085;QD=1.53317;RBI=0.0252221;REFB=-0.00632349;REVB=-0.00518697;RO=172;SAF=9;SAR=11;SRF=98;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144745;STB=0.605973;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0364055;OID=.;OPOS=11183035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:192:192:172:172:20:20:0.104167:11:9:98:74:11:9:98:74 chr12 11183046 . C T 68.65 PASS AF=0.0961538;AO=20;DP=208;FAO=20;FDP=208;FR=.;FRO=188;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=108;FSRR=80;FWDB=-0.021482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3663;QD=1.32026;RBI=0.0255407;REFB=-0.00526053;REVB=0.0138148;RO=179;SAF=9;SAR=11;SRF=99;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12377;STB=0.611003;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.065382;OID=.;OPOS=11183046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:208:208:179:188:20:20:0.0961538:11:9:99:80:11:9:108:80 chr12 11183052 . G A 57.45 PASS AF=0.0878049;AO=19;DP=205;FAO=18;FDP=205;FR=.;FRO=187;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=108;FSRR=79;FWDB=-0.0135263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.516;QD=1.12094;RBI=0.0299043;REFB=-0.00300472;REVB=-0.0266704;RO=183;SAF=10;SAR=9;SRF=105;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569814;STB=0.570655;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0335678;OID=.;OPOS=11183052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:205:205:183:187:19:18:0.0878049:9:10:105:78:9:9:108:79 chr12 11183066 . A T 46.94 PASS AF=0.079602;AO=16;DP=201;FAO=16;FDP=201;FR=.;FRO=185;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=107;FSRR=78;FWDB=-0.0145852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.004;QD=0.934136;RBI=0.0169721;REFB=-0.00241276;REVB=-0.008679;RO=185;SAF=9;SAR=7;SRF=107;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184046;STB=0.514883;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0284062;OID=.;OPOS=11183066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:201:201:185:185:16:16:0.079602:7:9:107:78:7:9:107:78 chr12 11183217 . C T 769.96 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124929;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.831;QD=64.1636;RBI=0.013193;REFB=0;REVB=0.00424061;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92391e-05;OID=.;OPOS=11183217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr12 11183255 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.176;QD=61.3357;RBI=0.0150994;REFB=0;REVB=3.28218e-05;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45385e-05;OID=.;OPOS=11183255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:26:13:0:0:27:13:0:0 chr12 11183451 . A T 1145.43 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0639337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3186;QD=57.9963;RBI=0.0688523;REFB=-0.0284891;REVB=-0.0255561;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.500494;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-2.4522e-05;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:0:2:76:77:0.974684:40:36:0:0:40:37:1:1 chr12 11183512 . A G 795.43 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0645487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1706;QD=52.1594;RBI=0.0646745;REFB=-0.0315904;REVB=0.00403229;RO=3;SAF=32;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421925;STB=0.52238;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00174765;OID=.;OPOS=11183512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:61:61:3:3:58:58:0.95082:26:32:3:0:26:32:3:0 chr12 11183642 . A G 71.37 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.03057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5382;QD=7.71555;RBI=0.0309757;REFB=-0.00865855;REVB=-0.00499663;RO=27;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533681;STB=0.533266;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0199148;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:6:4:12:15:6:4:12:15 chr12 11183676 . C T 69.94 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0319902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.312;QD=6.66131;RBI=0.0340616;REFB=-0.00355791;REVB=-0.0116969;RO=32;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839014;STB=0.55329;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0167454;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:6:4:15:17:6:4:15:17 chr12 11183697 . C A 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0173661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2647;QD=5.37232;RBI=0.0282486;REFB=-0.00402518;REVB=-0.0222801;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138339;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:4:4:15:15:4:4:15:15 chr12 11183722 . A C 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.000577245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.2805;QD=3.64976;RBI=0.0121383;REFB=-0.00221358;REVB=0.0121245;RO=30;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200694;STB=0.629189;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00803998;OID=.;OPOS=11183722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:37:30:31:6:6:0.162162:4:2:15:15:4:2:15:16 chr12 11183832 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.482;QD=56.1908;RBI=0.0263501;REFB=0;REVB=0.0138154;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159458;OID=.;OPOS=11183832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr12 11214145 . C T 1845.01 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101903;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.536;QD=60.9922;RBI=0.0210074;REFB=0;REVB=0.0183704;RO=0;SAF=42;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.7228e-06;OID=.;OPOS=11214145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:119:121:1:77:42:0:0:77:44:0:0 chr12 11214212 . A T 1096.13 PASS AF=0.962025;AO=75;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00424985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.525;QD=55.5003;RBI=0.00449474;REFB=-0.0468584;REVB=-0.00146336;RO=3;SAF=41;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015621;STB=0.507865;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00187004;OID=.;OPOS=11214212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:75:76:0.962025:34:41:1:2:35:41:1:2 chr12 11244126 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0665509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5608;QD=23.2183;RBI=0.0666924;REFB=-0.0148962;REVB=0.00434261;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00428022;OID=.;OPOS=11244126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr12 11244634 . G A 49.19 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.051;QD=32.7903;RBI=0.150834;REFB=0;REVB=0.150795;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00738499;OID=.;OPOS=11244634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:1:4:0:0:2:4:0:0 chr12 11286088 . A C 1958.08 PASS AF=0.985294;AO=122;DP=128;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00497342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.1289;QD=57.5906;RBI=0.0234944;REFB=-0.128037;REVB=0.0229619;RO=6;SAF=57;SAR=65;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177883;STB=0.507935;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00371041;OID=.;OPOS=11286088;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:136:6:2:122:134:0.985294:65:57:4:2:72:62:2:0 chr12 11286790 . A C 89.46 PASS AF=0.769231;AO=7;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0134544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.74;QD=27.5258;RBI=0.0582625;REFB=0.0351304;REVB=0.0566878;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168825;STB=0.516097;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00752703;OID=.;OPOS=11286790;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:7:10:0.769231:1:6:2:1:4:6:2:1 chr12 11338613 . CA GG 499.75 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218361;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=311.058;QD=58.7945;RBI=0.0914494;REFB=0;REVB=0.0888042;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00102906;OID=.;OPOS=11338613;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr12 11338669 . C T 1026.84 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.981;QD=59.5269;RBI=0.02887;REFB=0;REVB=0.0251858;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46367e-05;OID=.;OPOS=11338669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:39:29:0:0:40:29:0:0 chr12 11338750 . T C 1608.28 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00224634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.089;QD=59.0194;RBI=0.0260272;REFB=-0.0545151;REVB=0.02593;RO=1;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811401;STB=0.504273;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000390235;OID=.;OPOS=11338750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:58:50:0:1:58:50:0:1 chr12 11338781 . C A 1250.92 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4954;QD=60.2852;RBI=0.0527028;REFB=-0.0805801;REVB=-0.0287519;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227786;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:83:83:0:0:82:83:1:46:36:0:0:46:37:0:0 chr12 11418954 . A G 712.01 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246211;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.267;QD=63.2898;RBI=0.0344028;REFB=0;REVB=0.0240283;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016869;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr12 11462275 . A G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00363547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.932;QD=54.481;RBI=0.0230424;REFB=-0.0101738;REVB=0.0227538;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=9.84458e-05;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:1:0:11:20:1:0 chr12 11992168 . G A 287.99 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00902233;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.378;QD=15.5668;RBI=0.0191105;REFB=0.00304474;REVB=-0.0168466;RO=40;SAF=17;SAR=15;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250844;STB=0.637419;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00369779;OID=.;OPOS=11992168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:42:32:32:0.432432:15:17:11:29:15:17:12:30 chr12 12044404 . T TA 41.42 PASS AF=0.141732;AO=17;DP=118;FAO=18;FDP=127;FR=.;FRO=109;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=79;FSRR=30;FWDB=-0.0156736;FXX=0.0155027;HRUN=0;LEN=1;MLLD=220.626;QD=1.30468;RBI=0.108915;REFB=-0.0010154;REVB=-0.107781;RO=101;SAF=12;SAR=5;SRF=78;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108586;STB=0.502729;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00547803;OID=.;OPOS=12044405;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.141732:17:118:18:127:109:13:5:79:30:41:101:12:5:78:23 chr12 12045264 . G T 283.68 PASS AF=0.469697;AO=28;DP=64;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=0.0915311;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.505;QD=17.1926;RBI=0.0928431;REFB=-0.0273459;REVB=0.0155529;RO=35;SAF=3;SAR=25;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19333;STB=0.509798;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.030626;OID=.;OPOS=12045264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:35:35:28:31:0.469697:25:3:7:28:26:5:6:29 chr12 12048234 . C A 57.18 PASS AF=0.106383;AO=12;DP=46;FAO=5;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=0.0403551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.912;QD=4.86597;RBI=0.0403771;REFB=-0.0052449;REVB=-0.00133252;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313674;STB=0.715143;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0456566;OID=.;OPOS=12048234;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:46:47:25:38:12:5:0.106383:8:4:3:22:3:2:7:31 chr12 12230938 . C G 165.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198672;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.266;QD=47.2337;RBI=0.0233163;REFB=0;REVB=-0.0122043;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336313;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr12 12240199 . C T 385.17 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00463761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.459;QD=20.5424;RBI=0.0049765;REFB=-0.0168773;REVB=0.00180504;RO=35;SAF=22;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916977;STB=0.557505;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.013063;OID=.;OPOS=12240199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:36:39:39:0.52:17:22:16:19:17:22:16:20 chr12 12247616 . T C 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00208689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.301;QD=18.6205;RBI=0.0305053;REFB=-0.0245993;REVB=-0.0304338;RO=39;SAF=24;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177381;STB=0.599064;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0247954;OID=.;OPOS=12247616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:13:24:18:21:13:24:18:21 chr12 12301898 . C T 901.03 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188345;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.587;QD=57.208;RBI=0.0215389;REFB=0;REVB=-0.0104492;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00599642;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:33:27:0:0:33:30:0:0 chr12 12483275 . G A 271.91 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0341312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3293;QD=14.8991;RBI=0.0344645;REFB=0.00817772;REVB=-0.00478113;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827527;STB=0.546886;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0148972;OID=.;OPOS=12483275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:13:18:21:21:13:18:21:21 chr12 12483713 . A G 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.150181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5155;QD=29.0512;RBI=0.150181;REFB=-0.0154932;REVB=0.000140628;RO=5;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166281;STB=0.59308;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0122415;OID=.;OPOS=12483713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:10:4:3:2:10:4:3:2 chr12 12510097 . C T 643.62 PASS AF=0.452055;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.0110002;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1883;QD=17.6335;RBI=0.0125689;REFB=-0.0179737;REVB=-0.00608056;RO=78;SAF=39;SAR=27;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395977;STB=0.529927;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.01887;OID=.;OPOS=12510097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:78:80:66:66:0.452055:27:39:43:35:27:39:43:37 chr12 12814818 . C T 1116.72 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00859689;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.279;QD=58.7746;RBI=0.0389834;REFB=-0.0824384;REVB=-0.0380236;RO=1;SAF=32;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145539;STB=0.50769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000192016;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:42:32:1:0:43:32:1:0 chr12 12871099 . T G 269.09 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0131715;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8671;QD=13.6248;RBI=0.0897256;REFB=-0.0175686;REVB=-0.0887536;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850781;STB=0.529489;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0297686;OID=.;OPOS=12871099;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:45:48:31:31:0.392405:14:17:21:24:14:17:24:24 chr12 12941884 . C T 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.271;QD=59.6783;RBI=0.0202289;REFB=0;REVB=-0.0169546;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52152e-05;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:46:24:0:0:46:24:0:0 chr12 12967127 . C T 445.11 PASS AF=0.41129;AO=50;DP=123;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=-0.00954232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8276;QD=14.3585;RBI=0.0180528;REFB=0.0189687;REVB=-0.0153248;RO=73;SAF=23;SAR=27;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141338;STB=0.584583;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0280511;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:73:73:50:51:0.41129:27:23:24:49:27:24:24:49 chr12 13028652 . CA C,CG 297.27 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=3,18;DP=23;FAO=1,22;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669354,0.0734323;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.223,165.839;QD=51.6989;RBI=0.0675325,0.0746365;REFB=0,0;REVB=-0.00896105,-0.0133531;RO=0;SAF=3,4;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0413918,0.000873865;OID=.,.;OPOS=13028653,13028653;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0434783,0.956522:3,18:23:1,22:23:0:1,7:0,15:0:0:5:0:3,4:0,14:0:0 chr12 13208552 . C T 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0259621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7511;QD=10.8532;RBI=0.033031;REFB=-0.00118904;REVB=-0.0204209;RO=39;SAF=14;SAR=7;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316573;STB=0.518501;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00145834;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:7:14:25:14:7:14:25:14 chr12 13214537 . A G 347.44 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00308007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.848;QD=17.1575;RBI=0.00840101;REFB=-0.0285375;REVB=0.00781602;RO=44;SAF=19;SAR=18;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187254;STB=0.604379;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0404173;OID=.;OPOS=13214537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:18:19:31:13:18:19:31:13 chr12 13221606 . T C 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0195477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5127;QD=60.8515;RBI=0.036778;REFB=0.0452223;REVB=-0.031153;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200022;STB=0.510634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00108649;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:23:23:1:0:23:23:1:0 chr12 13349823 . C T 888.11 PASS AF=0.927536;AO=63;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0449673;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7307;QD=51.4844;RBI=0.0569832;REFB=-0.129444;REVB=0.0350003;RO=3;SAF=28;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019244;STB=0.503885;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0048443;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:69:69:3:5:63:64:0.927536:35:28:2:1:35:29:2:3 chr12 13369196 . C T 173.79 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0885496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4896;QD=12.8736;RBI=0.0916787;REFB=-0.0115323;REVB=0.0237479;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188015;STB=0.597108;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0220702;OID=.;OPOS=13369196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:11:10:21:11:11:10:21:12 chr12 13369574 . A G 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0060803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.959;QD=15.268;RBI=0.0210781;REFB=-0.0117007;REVB=-0.020182;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304601;STB=0.508468;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0169057;OID=.;OPOS=13369574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:13:13:17:15:13:13:17:16 chr12 13525603 . T G 372.21 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0585536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.974;QD=31.0173;RBI=0.0587403;REFB=-0.0183462;REVB=0.00467971;RO=17;SAF=6;SAR=25;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418925;STB=0.522997;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0153628;OID=.;OPOS=13525603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:25:6:4:13:25:6:4:13 chr12 13526328 . G T 198.69 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00132357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3485;QD=19.3847;RBI=0.0158198;REFB=-0.00657385;REVB=-0.0157643;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267355;STB=0.515136;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00750941;OID=.;OPOS=13526328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:9:12:12:8:9:12 chr12 13593879 . G A 713.61 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0806497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.743;QD=59.4671;RBI=0.0853753;REFB=-0.0351548;REVB=0.0280101;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218529;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000109386;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:45:47:0.979167:21:24:0:1:23:24:1:0 chr12 13717508 . G A 256.12 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00011048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.265;QD=16.2617;RBI=0.0216472;REFB=-0.00753476;REVB=0.0216469;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546039;STB=0.531228;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0100476;OID=.;OPOS=13717508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:34:28:29:0.460317:16:12:16:17:17:12:16:18 chr12 14577892 . A T 113.06 PASS AF=0.5;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00166776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4969;QD=17.3933;RBI=0.00539675;REFB=-0.0174206;REVB=-0.00513259;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101817;STB=0.543555;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0307505;OID=.;OPOS=14577892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:13:13:13:0.5:4:9:7:5:4:9:8:5 chr12 14587301 . A G 202.75 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.010722;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.276;QD=20.7945;RBI=0.0128376;REFB=-0.0111105;REVB=0.00705978;RO=19;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157965;STB=0.589242;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0094824;OID=.;OPOS=14587301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:19:20:20:0.512821:7:13:9:10:7:13:9:10 chr12 14631254 . CCA C,CC,CCC 73.34 PASS AF=0.243243,0.108108,0;AO=8,7,2;DP=40;FAO=9,4,0;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5,2,0;FSAR=4,2,0;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0649213,-0.156507,-0.105493;FXX=0;HRUN=4,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=23.0956,12.6804,18.0111;QD=7.92867;RBI=0.113812,0.188786,0.107478;REFB=-0.0371964,-0.0389703,-0.00164917;REVB=0.0934795,0.105574,0.0205579;RO=19;SAF=5,3,0;SAR=3,4,2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0.309524,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.337897,0.136363,-0.449404;STB=0.657567,0.642203,0.5;STBP=0.335,0.594,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.129268,0.104201,0;OID=.,.,.;OPOS=14631255,14631256,14631256;OREF=CA,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243,0.108108,0:8,7,2:40:9,4,0:37:24:5,2,0:4,2,0:8:16:44:19:5,3,0:3,4,2:6:13 chr12 14656768 . G C 296.33 PASS AF=0.382022;AO=33;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=0.00495977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9249;QD=13.3182;RBI=0.0172847;REFB=-0.0101332;REVB=-0.0165579;RO=54;SAF=25;SAR=8;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504721;STB=0.531065;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0153991;OID=.;OPOS=14656768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:55:33:34:0.382022:8:25:39:15:8:26:40:15 chr12 14656851 . T A 345.99 PASS AF=0.388889;AO=40;DP=109;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=17;FWDB=-0.000738749;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.544;QD=12.8143;RBI=0.0262651;REFB=-0.0154758;REVB=0.0262547;RO=67;SAF=23;SAR=17;SRF=50;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200758;STB=0.622897;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0235721;OID=.;OPOS=14656851;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:67:66:40:42:0.388889:17:23:50:17:19:23:49:17 chr12 14688644 . C T 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.947;QD=61.3736;RBI=0.0315029;REFB=0;REVB=-0.0276041;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84782e-05;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:48:32:0:0:48:32:0:0 chr12 14794062 . G A 1475.94 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0243543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9742;QD=62.1448;RBI=0.0243718;REFB=0.0231331;REVB=-0.000922609;RO=1;SAF=40;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117049;STB=0.506023;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00127937;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:53:40:1:0:53:41:1:0 chr12 14829893 . A C 3460.22 PASS AF=0.982684;AO=224;DP=230;FAO=227;FDP=231;FR=.;FRO=4;FSAF=110;FSAR=117;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0387243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3505;QD=59.9172;RBI=0.0603309;REFB=-0.0629252;REVB=0.0462628;RO=6;SAF=110;SAR=114;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872373;STB=0.508928;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00139889;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:230:231:6:4:224:227:0.982684:114:110:4:2:117:110:4:0 chr12 14927994 . T C 631.9 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.771;QD=61.6483;RBI=0.11629;REFB=0;REVB=-0.112156;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123529;OID=.;OPOS=14927994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr12 14929667 . C G 154.12 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0403838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7539;QD=22.8322;RBI=0.0452401;REFB=-0.0687546;REVB=0.0203917;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143451;STB=0.580545;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0514818;OID=.;OPOS=14929667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:4:7:7:9:4:7 chr12 14929872 . A G 959.55 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038466;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.683;QD=59.0494;RBI=0.0579846;REFB=0;REVB=0.0433887;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394427;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr12 14930055 . G T 282.34 PASS AF=0.92;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0384138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8602;QD=45.1742;RBI=0.0398803;REFB=-0.083275;REVB=0.0107153;RO=2;SAF=7;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114979;STB=0.555506;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00843627;OID=.;OPOS=14930055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:25:2:2:22:23:0.92:15:7:2:0:15:8:2:0 chr12 14982352 . G C 993.01 PASS AF=0.42471;AO=110;DP=259;FAO=110;FDP=259;FR=.;FRO=149;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=65;FSRR=84;FWDB=0.0471792;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7007;QD=15.3361;RBI=0.0688566;REFB=-0.0118198;REVB=0.0501534;RO=148;SAF=45;SAR=65;SRF=64;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247239;STB=0.516056;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0162132;OID=.;OPOS=14982352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:148:149:110:110:0.42471:65:45:64:84:65:45:65:84 chr12 15035081 . T C 430.43 PASS AF=0.518072;AO=41;DP=81;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00921869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.131;QD=20.7434;RBI=0.0339027;REFB=-0.00492245;REVB=0.0326253;RO=40;SAF=31;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193027;STB=0.581085;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00556002;OID=.;OPOS=15035081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:40:40:41:43:0.518072:10:31:23:17:12:31:23:17 chr12 15038703 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.015341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0319;QD=16.1721;RBI=0.0389624;REFB=-0.0137873;REVB=-0.0358151;RO=20;SAF=14;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387664;STB=0.728822;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0224461;OID=.;OPOS=15038703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:2:14:12:8:2:14:12:8 chr12 15081897 . A C 1160.85 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271852;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.422;QD=61.0973;RBI=0.0593054;REFB=0;REVB=-0.0527076;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210733;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr12 15095558 . C G 858.59 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.724;QD=57.2393;RBI=0.0474928;REFB=0;REVB=0.0226839;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119332;OID=.;OPOS=15095558;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:27:30:0:0:29:31:0:0 chr12 15103605 . A G 1624.22 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2711;QD=60.1564;RBI=0.0853987;REFB=0;REVB=0.0354887;RO=0;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440443;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:58:49:0:0:58:50:0:0 chr12 15132119 . A T 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0356507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.975;QD=18.7118;RBI=0.0376368;REFB=-0.0118347;REVB=-0.0120647;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119094;STB=0.567494;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00784304;OID=.;OPOS=15132119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:12:7:9:9:12:7 chr12 15262179 . G A 212.09 PASS AF=0.419355;AO=24;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.00857125;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.752;QD=13.6831;RBI=0.0100708;REFB=-0.0026493;REVB=-0.00528714;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210906;STB=0.625865;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00272054;OID=.;OPOS=15262179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:35:36:24:26:0.419355:14:10:8:27:14:12:9:27 chr12 15733669 . G A 491.45 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0331897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.0888;QD=23.127;RBI=0.0449511;REFB=0.00311962;REVB=0.0303157;RO=38;SAF=25;SAR=22;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687124;STB=0.537753;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00310806;OID=.;OPOS=15733669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:22:25:17:21:22:25:17:21 chr12 16189694 . T A 1541.46 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0182291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.553;QD=57.6245;RBI=0.0182605;REFB=-0.0309233;REVB=-0.00107154;RO=2;SAF=52;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000168916;STB=0.500089;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000424189;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:53:52:1:1:53:52:1:1 chr12 16347327 . G A 492.17 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0141463;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.254;QD=16.8263;RBI=0.0153897;REFB=-0.0136587;REVB=-0.00606022;RO=63;SAF=25;SAR=28;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127639;STB=0.574884;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0240816;OID=.;OPOS=16347327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:63:64:53:53:0.452991:28:25:38:25:28:25:39:25 chr12 16369828 . A T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.445;QD=63.2865;RBI=0.0353809;REFB=0;REVB=0.022935;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19974e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr12 16377347 . C T 180.83 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.000219162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.658;QD=13.9101;RBI=0.011782;REFB=-0.0136972;REVB=-0.0117799;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107591;STB=0.552436;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0207351;OID=.;OPOS=16377347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:9:12:14:16:9:12:15:16 chr12 16397677 . G A 1774.2 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00931245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.365;QD=59.1399;RBI=0.0100739;REFB=0.0710063;REVB=-0.00384222;RO=2;SAF=43;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462606;STB=0.502436;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-9.73227e-06;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:75:43:1:1:75:43:1:1 chr12 16425656 . A T 200.45 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00690557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.981;QD=9.66008;RBI=0.00707872;REFB=-0.00414056;REVB=0.00155604;RO=57;SAF=11;SAR=15;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184918;STB=0.510871;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00574347;OID=.;OPOS=16425656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:57:26:26:0.313253:15:11:25:32:15:11:25:32 chr12 16430284 . G A 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.179;QD=60.5979;RBI=0.0436543;REFB=0;REVB=0.0311736;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85611e-06;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr12 16510584 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00388728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.455;QD=12.1827;RBI=0.0129796;REFB=-0.0193909;REVB=0.0123839;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505935;STB=0.786298;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0168881;OID=.;OPOS=16510584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:8:2:10:4:8:2:10:5 chr12 18435452 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0548548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.217;QD=8.30742;RBI=0.0732458;REFB=-0.00462033;REVB=-0.0485376;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741896;STB=0.531173;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0241969;OID=.;OPOS=18435452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:16:18:8:8:0.307692:3:5:11:5:3:5:12:6 chr12 18473928 . T C 352.66 PASS AF=0.364407;AO=43;DP=119;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0123269;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.199;QD=11.9547;RBI=0.0180404;REFB=-0.0108972;REVB=-0.0131721;RO=75;SAF=15;SAR=28;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194787;STB=0.611598;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0146559;OID=.;OPOS=18473928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:75:75:43:43:0.364407:28:15:39:36:28:15:39:36 chr12 18499636 . C T 478.08 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.000488864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6085;QD=19.7148;RBI=0.0173294;REFB=-0.0157764;REVB=0.0173225;RO=49;SAF=20;SAR=27;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00285702;STB=0.502917;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0151847;OID=.;OPOS=18499636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:49:50:47:47:0.484536:27:20:21:28:27:20:21:29 chr12 18511315 . T C 222.03 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0115169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.846;QD=14.5591;RBI=0.0230205;REFB=-0.00891599;REVB=-0.0199325;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419753;STB=0.530616;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0117047;OID=.;OPOS=18511315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:15:11:13:21:15:11:13:22 chr12 19329493 . T C 287.8 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.886;QD=52.3275;RBI=0.146989;REFB=0;REVB=0.0436283;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240998;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:13:9:0:0 chr12 19329505 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0162928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.022;QD=19.646;RBI=0.0199546;REFB=-0.0476421;REVB=0.0115209;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897445;STB=0.551626;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.032967;OID=.;OPOS=19329505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:3:5:8:3:3:5 chr12 19598956 . C A 127.18 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.101366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.914;QD=11.5618;RBI=0.113054;REFB=-0.0181829;REVB=-0.0500601;RO=27;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236711;STB=0.673899;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.035839;OID=.;OPOS=19598956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:29:15:15:0.340909:12:3:10:17:12:3:12:17 chr12 19877449 . A G 2635.05 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341812;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.121;QD=62.0013;RBI=0.0135204;REFB=0;REVB=0.0130812;RO=0;SAF=68;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.09061e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58726e-05;OID=.;OPOS=19877449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:170:170:1:102:68:0:0:102:68:0:0 chr12 20522252 . G A 155.23 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.00652644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9639;QD=15.1441;RBI=0.114653;REFB=-0.0415734;REVB=0.114467;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22609;STB=0.628247;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0644628;OID=.;OPOS=20522252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:20:4:6:11:20:4 chr12 20704509 . T G 1064.25 PASS AF=0.604938;AO=98;DP=162;FAO=98;FDP=162;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=93;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0337833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.559;QD=26.2778;RBI=0.0471367;REFB=-0.0237019;REVB=-0.0328719;RO=62;SAF=5;SAR=93;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.625745;STB=0.854922;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0260225;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:62:64:98:98:0.604938:93:5:32:30:93:5:34:30 chr12 20766559 . C T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.952;QD=63.8701;RBI=0.0602807;REFB=0;REVB=-0.00729976;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6234e-05;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:35:13:0:0:35:13:0:0 chr12 20903757 . T C 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0376087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4139;QD=13.9106;RBI=0.0686408;REFB=-0.0655378;REVB=-0.0574208;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223506;STB=0.618934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0823963;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:31:21:21:0.403846:8:13:12:18:8:13:13:18 chr12 20905250 . C T 381.04 PASS AF=0.47619;AO=37;DP=81;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00699422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.18;QD=18.1448;RBI=0.0253808;REFB=-0.0242435;REVB=0.024398;RO=42;SAF=21;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420691;STB=0.501193;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0276584;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:42:44:37:40:0.47619:16:21:22:20:19:21:23:21 chr12 21011480 . T G 739.96 PASS AF=0.605263;AO=69;DP=114;FAO=69;FDP=114;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0017685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.854;QD=25.9635;RBI=0.0127752;REFB=-0.0262707;REVB=0.0126522;RO=44;SAF=23;SAR=46;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127899;STB=0.566018;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.024459;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:44:45:69:69:0.605263:46:23:22:22:46:23:22:23 chr12 21011813 . C T 301.62 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=-0.0492572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2174;QD=17.485;RBI=0.0582305;REFB=-0.0108724;REVB=0.0310567;RO=37;SAF=18;SAR=14;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223524;STB=0.640251;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00429317;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:36:32:33:0.478261:14:18:29:8:15:18:29:7 chr12 21013948 . C T 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0192676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4417;QD=9.18763;RBI=0.0484304;REFB=-0.0328565;REVB=-0.0444326;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158628;STB=0.59569;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0674532;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:17:8:5:6:17:8 chr12 21015760 . G A 513.42 PASS AF=0.444444;AO=55;DP=125;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.01426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5912;QD=16.2991;RBI=0.0143343;REFB=0.00370755;REVB=0.00145774;RO=70;SAF=19;SAR=36;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147033;STB=0.574441;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.000946433;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:70:70:55:56:0.444444:36:19:34:36:36:20:34:36 chr12 21036411 . A G 442.31 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00979188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5335;QD=22.6824;RBI=0.0165773;REFB=-0.0462093;REVB=0.0133763;RO=33;SAF=22;SAR=21;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00278577;STB=0.511622;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0799936;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:35:43:43:0.551282:21:22:17:16:21:22:17:18 chr12 21054369 . G A 1436.12 PASS AF=0.978947;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0633217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.618;QD=60.4683;RBI=0.0640409;REFB=-0.0587482;REVB=0.00957031;RO=1;SAF=49;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957698;STB=0.509998;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000159889;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:95:1:2:92:93:0.978947:43:49:1:0:44:49:2:0 chr12 21054918 . T C 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00966297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.652;QD=15.0669;RBI=0.0415685;REFB=-0.0193229;REVB=0.0404298;RO=46;SAF=10;SAR=24;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135733;STB=0.572324;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0324906;OID=.;OPOS=21054918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:24:10:19:27:24:10:19:28 chr12 21176135 . T C 2017.21 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6623;QD=61.5942;RBI=0.163094;REFB=0;REVB=0.162981;RO=0;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934818;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:131:131:0:0:130:131:1:63:67:0:0:64:67:0:0 chr12 21201663 . G A 707.92 PASS AF=0.471698;AO=74;DP=159;FAO=75;FDP=159;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.0051581;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.322;QD=17.8094;RBI=0.0276344;REFB=-0.0196933;REVB=0.0271487;RO=83;SAF=25;SAR=49;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622165;STB=0.533179;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0224879;OID=.;OPOS=21201663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:83:84:74:75:0.471698:49:25:33:50:49:26:34:50 chr12 21243001 . C T 219.49 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00508732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.084;QD=17.5591;RBI=0.014968;REFB=-0.00614863;REVB=-0.0140769;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252491;STB=0.642735;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0122652;OID=.;OPOS=21243001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:10:12:8:20:10:12:8:20 chr12 21329738 . A G 383.14 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.12726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6741;QD=52.8473;RBI=0.130212;REFB=-0.0728407;REVB=0.0275669;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00783718;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:13:14:1:0:13:15:1:0 chr12 21331549 . T C 436.34 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=127;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.0218724;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3267;QD=13.852;RBI=0.0220023;REFB=-0.038841;REVB=0.00238749;RO=76;SAF=24;SAR=26;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916359;STB=0.551704;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0637343;OID=.;OPOS=21331549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:76:76:50:50:0.396825:26:24:30:46:26:24:30:46 chr12 21331625 . C T 1529.01 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4211;QD=63.7087;RBI=0.0640364;REFB=0;REVB=-0.00607484;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206775;OID=.;OPOS=21331625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:52:43:0:0:53:43:0:0 chr12 21428246 . A C 802.83 PASS AF=0.477273;AO=84;DP=176;FAO=84;FDP=176;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.00760997;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.081;QD=18.2461;RBI=0.0299177;REFB=-0.0214385;REVB=0.0289336;RO=74;SAF=41;SAR=43;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00137674;STB=0.511902;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0211121;OID=.;OPOS=21428246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:74:92:84:84:0.477273:43:41:36:38:43:41:47:45 chr12 21654831 . G T 801.63 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.004;QD=64.1304;RBI=0.0700878;REFB=0;REVB=0.0262842;RO=0;SAF=10;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013525;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:46:50:1:36:10:0:0:36:14:0:0 chr12 21712574 . C T 635.64 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1811;QD=60.5369;RBI=0.0588193;REFB=0;REVB=-0.050087;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0009266;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:19:23:0:0 chr12 21713402 . T C 1494.74 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221982;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.611;QD=63.6061;RBI=0.0223073;REFB=0;REVB=0.00220322;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96615e-05;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:53:41:0:0:53:41:0:0 chr12 21797029 . A G 617.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631556;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.745;QD=61.7235;RBI=0.065428;REFB=0;REVB=0.0170938;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347682;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:25:15:0:0 chr12 22017422 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.977;QD=46.8479;RBI=0.0215915;REFB=0;REVB=0.000146474;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189043;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr12 22063115 . A G 1576.78 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310872;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.64;QD=63.7084;RBI=0.0625168;REFB=0;REVB=0.0542396;RO=0;SAF=60;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44164e-05;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:95:99:1:35:60:0:0:38:61:0:0 chr12 22213786 . C T 212.38 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.00599215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.07;QD=14.3986;RBI=0.0460439;REFB=-0.0106447;REVB=-0.0456524;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322383;STB=0.681447;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.022107;OID=.;OPOS=22213786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:14:11:26:8:14:11:26:8 chr12 22348500 . A G 1840.89 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.871;QD=61.363;RBI=0.0558414;REFB=0;REVB=0.00487217;RO=0;SAF=51;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28874e-05;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:69:51:0:0:69:51:0:0 chr12 22354921 . A G 222.08 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.573;QD=46.7543;RBI=0.0126721;REFB=-0.0356875;REVB=9.73678e-05;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229145;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr12 22478425 . A G 832.47 PASS AF=0.924242;AO=61;DP=66;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0191911;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.643;QD=50.4528;RBI=0.0198599;REFB=-0.13276;REVB=0.0051106;RO=2;SAF=24;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377168;STB=0.50052;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0034069;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:66:66:2:5:61:61:0.924242:37:24:2:0:37:24:2:3 chr12 22602796 . A G 109.22 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0286872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6195;QD=8.56627;RBI=0.0286887;REFB=-0.0166171;REVB=0.000294617;RO=36;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143957;STB=0.502853;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0343493;OID=.;OPOS=22602796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:37:14:14:0.27451:8:6:15:21:8:6:16:21 chr12 23998921 . C T 126.38 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00106547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.813;QD=11.2335;RBI=0.0292834;REFB=0.00540022;REVB=0.029264;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385257;STB=0.522905;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0087263;OID=.;OPOS=23998921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:6:9:17:13:6:9:17:13 chr12 24859899 . G A 457.1 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00534105;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.354;QD=23.1441;RBI=0.0112567;REFB=-0.0303507;REVB=0.00990887;RO=35;SAF=19;SAR=25;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262306;STB=0.514414;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0226358;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:25:19:14:21:25:19:14:21 chr12 24964383 . T C 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0415144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7061;QD=12.9737;RBI=0.0415879;REFB=-0.0027588;REVB=0.00247139;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358031;STB=0.707139;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00679319;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:14:4:7:5:14:4 chr12 24964523 . C T 118.14 PASS AF=0.378378;AO=15;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0186517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.588;QD=12.7717;RBI=0.0405094;REFB=0.024466;REVB=0.0359601;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123809;STB=0.53643;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0148747;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:23:15:14:0.378378:6:9:15:6:5:9:16:7 chr12 24967846 . A G 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00146658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.605;QD=5.44272;RBI=0.0334823;REFB=-0.00382028;REVB=0.0334501;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116287;STB=0.575523;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0135796;OID=.;OPOS=24967846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:2:4:15:5:2:4:15:5 chr12 24968150 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.293;QD=35.5759;RBI=0.079975;REFB=0;REVB=0.0796136;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442746;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr12 24970708 . G A 781.27 PASS AF=1;AO=47;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8959;QD=56.8196;RBI=0.0447036;REFB=0;REVB=-0.0358541;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000383557;OID=.;OPOS=24970708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:47:55:1:24:23:0:0:30:25:0:0 chr12 24970709 . T A 30.05 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.020342;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.6503;QD=2.14628;RBI=0.0220784;REFB=-0.0208349;REVB=-0.00858238;RO=50;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394932;STB=0.811414;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0350142;OID=.;OPOS=24970709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:5:1:25:25:5:1:25:25 chr12 25054891 . G A 306.79 PASS AF=0.425;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.021334;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0937;QD=15.3395;RBI=0.0215411;REFB=-0.00499675;REVB=-0.00297939;RO=46;SAF=16;SAR=18;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183726;STB=0.60344;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00877234;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:46:46:34:34:0.425:18:16:30:16:18:16:30:16 chr12 25148755 . C G 1051.8 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0192742;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.842;QD=58.4335;RBI=0.0192939;REFB=-0.0687771;REVB=-0.000871504;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137051;STB=0.507244;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=3.45056e-05;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:34:37:0:1:34:37:0:1 chr12 25148947 . C A 365.29 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0184072;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.676;QD=15.7116;RBI=0.0189762;REFB=-0.00512555;REVB=-0.00461198;RO=53;SAF=15;SAR=24;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721107;STB=0.546984;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0105402;OID=.;OPOS=25148947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:53:54:39:39:0.419355:24:15:24:29:24:15:25:29 chr12 25242595 . C G 985.24 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1591;QD=58.8203;RBI=0.0553292;REFB=0;REVB=-0.0496364;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044282;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:43:23:0:0:43:24:0:0 chr12 25243115 . G C 152.05 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0116731;FXX=0.151469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.26;QD=21.7219;RBI=0.0402348;REFB=0.00416639;REVB=0.0385042;RO=13;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126934;STB=0.571341;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00119635;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:13:13:15:15:0.535714:11:4:2:11:11:4:2:11 chr12 25311489 . G T 93.92 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0382649;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.631;QD=17.8895;RBI=0.0511057;REFB=-0.0311417;REVB=-0.0338761;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376028;STB=0.521699;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0451849;OID=.;OPOS=25311489;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:5:5:5:6:5:5 chr12 25343516 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.05;QD=44.6897;RBI=0.02696;REFB=0;REVB=0.0258845;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347389;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr12 25357574 . CAA C,CGA 647.46 PASS AF=0.860465,0.139535;AO=37,6;DP=43;FAO=37,6;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=26,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101497,-0.017878;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=150.455,96.6573;QD=60.2286;RBI=0.0267587,0.0178792;REFB=0,0;REVB=0.024759,-0.000205011;RO=0;SAF=11,1;SAR=26,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00540594,0.0793021;OID=.,.;OPOS=25357575,25357575;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.860465,0.139535:37,6:43:37,6:43:0:11,1:26,5:0:0:32:0:11,1:26,5:0:0 chr12 25357628 . TA T 115.55 PASS AF=1;AO=9;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.989;QD=35.5542;RBI=0.00792836;REFB=0;REVB=0.00729289;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000612754;OID=.;OPOS=25357629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:13:13:13:0:3:10:0:0:3:0:1:8:0:0 chr12 25358432 . AT A 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00728823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.661;QD=15.5758;RBI=0.00999982;REFB=-0.0142461;REVB=-0.00684676;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241388;STB=0.646043;STBP=0.073;TYPE=del;VARB=0.0176446;OID=.;OPOS=25358433;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446429:25:57:25:56:31:14:11:9:22:99:32:14:11:10:22 chr12 25361091 . T C 1647.82 PASS AF=0.94958;AO=112;DP=120;FAO=113;FDP=119;FR=.;FRO=6;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0366019;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.229;QD=55.3888;RBI=0.0495044;REFB=-0.0459663;REVB=0.0333315;RO=3;SAF=61;SAR=51;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105337;STB=0.510936;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00382459;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:120:119:3:6:112:113:0.94958:51:61:1:2:51:62:2:4 chr12 25362217 . A G 715.28 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0515246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.839;QD=60.8749;RBI=0.0521374;REFB=-0.0242681;REVB=0.00797073;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177343;STB=0.50943;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000442281;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:26:19:0:1:26:20:0:1 chr12 25362465 . G A 130.36 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.936;QD=43.4519;RBI=0.102956;REFB=0;REVB=0.101687;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535658;OID=.;OPOS=25362465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:12:0:0:10:12:1:3:7:0:0:4:8:0:0 chr12 25362552 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.566;QD=52.6132;RBI=0.0564433;REFB=0;REVB=-0.0542892;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07274e-05;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr12 25368462 . C T 1036.74 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0410164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.14;QD=57.5969;RBI=0.0411511;REFB=-0.0742213;REVB=0.00332745;RO=1;SAF=27;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171877;STB=0.508769;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00155635;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:43:27:1:0:43:28:1:0 chr12 25671759 . T A 1380.61 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.217;QD=60.6863;RBI=0.129731;REFB=0;REVB=0.123724;RO=1;SAF=40;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116948;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018166;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:91:1:0:84:91:1:44:40:1:0:50:41:0:0 chr12 26217567 . T C 155.63 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0216463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.672;QD=17.7866;RBI=0.0289845;REFB=-0.00709605;REVB=-0.0192753;RO=17;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205582;STB=0.617493;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00797181;OID=.;OPOS=26217567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:18:16:17:0.485714:13:3:6:11:14:3:6:12 chr12 26491475 . T C 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.012267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.273;QD=15.1643;RBI=0.013435;REFB=-0.0150126;REVB=0.00547889;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117085;STB=0.56748;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0242526;OID=.;OPOS=26491475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:13:7:7:8:13:7 chr12 26491838 . G A 234.43 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0336334;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.9;QD=24.0446;RBI=0.0337777;REFB=-0.011503;REVB=0.00311839;RO=17;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400618;STB=0.522367;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0118652;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:17:22:22:0.564103:8:14:10:7:8:14:10:7 chr12 26732987 . G A 227.47 PASS AF=0.472727;AO=24;DP=53;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0595718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1046;QD=16.5432;RBI=0.0599305;REFB=-0.0252816;REVB=-0.00654695;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252775;STB=0.62386;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0447272;OID=.;OPOS=26732987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:28:29:24:26:0.472727:15:9:18:10:16:10:18:11 chr12 26733062 . T C 226.99 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00469063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.008;QD=15.6543;RBI=0.0173843;REFB=0.0014077;REVB=-0.0167396;RO=31;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042803;STB=0.535789;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00185838;OID=.;OPOS=26733062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:32:26:26:0.448276:17:9:12:19:17:9:13:19 chr12 26749831 . G A 532.38 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0129637;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.272;QD=22.6543;RBI=0.0129746;REFB=-0.0301623;REVB=0.000531826;RO=43;SAF=33;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132067;STB=0.568422;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0262533;OID=.;OPOS=26749831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:43:44:50:50:0.531915:17:33:22:21:17:33:23:21 chr12 26755546 . C T 1007.59 PASS AF=0.349711;AO=120;DP=345;FAO=121;FDP=346;FR=.;FRO=225;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=115;FSRR=110;FWDB=-0.0286652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9983;QD=11.6485;RBI=0.0467509;REFB=-0.0108885;REVB=-0.0369317;RO=222;SAF=66;SAR=54;SRF=114;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041891;STB=0.527859;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0202629;OID=.;OPOS=26755546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:346:222:225:120:121:0.349711:54:66:114:108:54:67:115:110 chr12 26806955 . G A 172.45 PASS AF=0.360656;AO=20;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.000434847;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.195;QD=11.3081;RBI=0.0205221;REFB=-0.0163559;REVB=-0.0205175;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346842;STB=0.508189;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0286629;OID=.;OPOS=26806955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:39:20:22:0.360656:10:10:16:14:11:11:19:20 chr12 26809316 . G A 324.51 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0288949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.828;QD=19.6671;RBI=0.0320575;REFB=-0.00174472;REVB=0.0138841;RO=31;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817155;STB=0.543802;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00134568;OID=.;OPOS=26809316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:32:33:34:0.515152:15:18:14:17:15:19:15:17 chr12 26810777 . T C 430.4 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0206999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.962;QD=15.9408;RBI=0.0440937;REFB=-0.0167557;REVB=0.0389329;RO=60;SAF=25;SAR=23;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136121;STB=0.576006;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0199991;OID=.;OPOS=26810777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:23:25:23:37:23:25:23:37 chr12 26810816 . T G 313.26 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0235339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9644;QD=14.5702;RBI=0.0561424;REFB=-0.00485673;REVB=0.0509718;RO=50;SAF=12;SAR=23;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858958;STB=0.556155;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00789871;OID=.;OPOS=26810816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:51:35:35:0.406977:23:12:21:29:23:12:22:29 chr12 26834804 . T TACTC 182.51 PASS AF=0.328767;AO=22;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00996954;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=276.645;QD=10.0003;RBI=0.0179256;REFB=-0.00642641;REVB=-0.0148975;RO=49;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649951;STB=0.563165;STBP=0.472;TYPE=ins;VARB=0.0122935;OID=.;OPOS=26834805;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=TACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328767:22:73:24:73:49:14:10:24:25:99:49:12:10:24:25 chr12 27064232 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.575;QD=60.7162;RBI=0.00716179;REFB=0;REVB=0.000874779;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.5125e-06;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr12 27143508 . G A 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0151184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.046;QD=17.6167;RBI=0.01531;REFB=-0.00372004;REVB=-0.00241445;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137635;STB=0.577824;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00325536;OID=.;OPOS=27143508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:9:15:13:14:9:15:13:14 chr12 27175640 . A G 700.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1443;QD=60.9128;RBI=0.0943065;REFB=-0.0524089;REVB=-0.0815933;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000748213;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:46:0:0:45:46:1:31:14:0:0:32:14:0:0 chr12 27470866 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000761978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.432;QD=60.9785;RBI=0.00130286;REFB=0;REVB=0.0010568;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8222e-07;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr12 27627805 . G A 212.68 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0562032;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.456;QD=14.1787;RBI=0.0568803;REFB=-0.0133365;REVB=-0.00875053;RO=35;SAF=7;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140496;STB=0.580577;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0211828;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:35:35:25:25:0.416667:18:7:14:21:18:7:14:21 chr12 27641473 . G A 305.64 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.63;QD=53.1546;RBI=0.0612626;REFB=0;REVB=0.0181502;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287431;OID=.;OPOS=27641473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr12 27648710 . C T 166.41 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0209342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.586;QD=14.7915;RBI=0.0396158;REFB=-0.0263594;REVB=-0.0336329;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353057;STB=0.701921;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0554116;OID=.;OPOS=27648710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:7:20:7:11:7:20 chr12 27648786 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0715883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.714;QD=43.486;RBI=0.0724428;REFB=0;REVB=0.0110938;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012462;OID=.;OPOS=27648786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr12 27788021 . G A 190.85 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0217128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3463;QD=30.5366;RBI=0.0735749;REFB=0.0332643;REVB=0.0702981;RO=7;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12882;STB=0.571347;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0101838;OID=.;OPOS=27788021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:12:6:4:3:12:6:4:3 chr12 27800746 . G T 1438.11 PASS AF=0.989247;AO=93;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00875087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.782;QD=61.8541;RBI=0.044298;REFB=-0.0724363;REVB=0.0434251;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00129658;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:93:92:0.989247:50:43:0:0:49:43:0:1 chr12 27826778 . T TG 257.19 PASS AF=1;AO=5;DP=27;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732508;FXX=0.11534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.7122;QD=44.7284;RBI=0.081783;REFB=0;REVB=-0.0363702;RO=19;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00209229;OID=.;OPOS=27826779;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:27:23:23:0:7:16:0:0:5:19:1:4:8:11 chr12 27849795 . CA CG,TG 431.79 PASS AF=0.387097,0.612903;AO=11,19;DP=31;FAO=12,19;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6,8;FSAR=6,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550133,-0.014417;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=40.8426,203.23;QD=55.7153;RBI=0.0582961,0.0239634;REFB=0,0;REVB=-0.0192866,0.0191414;RO=0;SAF=5,8;SAR=6,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.41338e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0131202,-0.00127034;OID=.,.;OPOS=27849796,27849795;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:97:31:31:0:0:11,19:12,19:0.387097,0.612903:6,11:5,8:0:0:6,11:6,8:0:0 chr12 27867706 . C T 154.85 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0105265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.841;QD=14.7472;RBI=0.0161788;REFB=-0.0100756;REVB=0.012286;RO=25;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389921;STB=0.725015;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0179194;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:5:12:8:17:5:12:8:17 chr12 27915718 . A T 201.13 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0338333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.407;QD=12.0075;RBI=0.0367822;REFB=-0.0292454;REVB=-0.0144304;RO=42;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785593;STB=0.557097;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0225115;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:24:25:0.373134:12:12:24:18:13:12:24:18 chr12 27959201 . G A 652.9 PASS AF=0.918367;AO=43;DP=48;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00608539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.94;QD=53.2979;RBI=0.0260298;REFB=-0.0413739;REVB=0.0253084;RO=5;SAF=17;SAR=26;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412955;STB=0.506491;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.000438281;OID=.;OPOS=27959201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:49:5:4:43:45:0.918367:26:17:3:2:26:19:2:2 chr12 28102840 . G A 850.65 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.394;QD=57.671;RBI=0.0306025;REFB=0;REVB=-0.00874192;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.6233e-05;OID=.;OPOS=28102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr12 28457618 . A C 994.16 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0670961;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.824;QD=56.8091;RBI=0.0699957;REFB=-0.1828;REVB=0.0199378;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00272069;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:70:1:1:67:69:0.985714:32:35:1:0:34:35:1:0 chr12 28605426 . G A 124.93 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0300554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.174;QD=7.6881;RBI=0.031078;REFB=-0.00278655;REVB=-0.00790636;RO=46;SAF=6;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204213;STB=0.616888;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00641431;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:47:18:18:0.276923:12:6:23:23:12:6:23:24 chr12 28658350 . C T 121.68 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00435137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.766;QD=7.05409;RBI=0.0134619;REFB=-0.000755408;REVB=-0.0127393;RO=51;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083379;STB=0.550669;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00222113;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:9:9:22:29:9:9:22:29 chr12 29423460 . G A 784.8 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7547;QD=64.0655;RBI=0.0311071;REFB=0;REVB=0.0256421;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241133;OID=.;OPOS=29423460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:22:27:0:0 chr12 29630081 . G A 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7731;QD=52.1514;RBI=0.0135315;REFB=-0.0658074;REVB=0.00613383;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00616744;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:0:1:12:15:0:1 chr12 29639186 . T C 204.23 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0203803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.224;QD=12.568;RBI=0.0302892;REFB=-0.0201813;REVB=0.022407;RO=39;SAF=6;SAR=19;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388045;STB=0.730578;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.031453;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:19:6:23:16:19:6:24:16 chr12 29642573 . A C 160.47 PASS AF=0.372549;AO=17;DP=48;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0241254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.0196;QD=12.5856;RBI=0.0242564;REFB=-0.0296842;REVB=-0.00251717;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447419;STB=0.510537;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0528205;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:31:32:17:19:0.372549:7:10:17:14:8:11:18:14 chr12 29648275 . G A 386.8 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0367822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.829;QD=15.7876;RBI=0.038896;REFB=-0.0248521;REVB=-0.0126478;RO=56;SAF=23;SAR=18;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991443;STB=0.550873;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0378315;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:56:57:41:41:0.418367:18:23:26:30:18:23:27:30 chr12 30781912 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0235193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.298;QD=17.8275;RBI=0.032974;REFB=-0.0315951;REVB=0.0231113;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273019;STB=0.658254;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0146118;OID=.;OPOS=30781912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:9:3:6:5:9:3:6:5 chr12 30782076 . T C 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0232322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.827;QD=16.8738;RBI=0.0277832;REFB=-0.0114588;REVB=0.0152371;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011497;STB=0.506572;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0186824;OID=.;OPOS=30782076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:12:14:11:9:12:14 chr12 30783475 . A G 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0052689;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.207;QD=14.4062;RBI=0.00526933;REFB=-0.0153195;REVB=6.71704e-05;RO=45;SAF=20;SAR=12;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510686;STB=0.536889;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0171367;OID=.;OPOS=30783475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:12:20:26:19:12:20:26:20 chr12 30823971 . A G 809.09 PASS AF=0.606557;AO=75;DP=123;FAO=74;FDP=122;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0293983;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.032;QD=26.5276;RBI=0.0302082;REFB=0.00640474;REVB=-0.00694792;RO=48;SAF=32;SAR=43;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231798;STB=0.510348;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00448788;OID=.;OPOS=30823971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:48:48:75:74:0.606557:43:32:22:26:42:32:22:26 chr12 30868002 . C T 418.3 PASS AF=0.447917;AO=42;DP=95;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0148622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.369;QD=17.4292;RBI=0.0162746;REFB=-0.00951619;REVB=0.00663161;RO=53;SAF=20;SAR=22;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126478;STB=0.576073;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0120304;OID=.;OPOS=30868002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:53:53:42:43:0.447917:22:20:32:21:23:20:32:21 chr12 30877391 . G T 480.1 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0151013;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5983;QD=15.6131;RBI=0.0286214;REFB=0.00864937;REVB=-0.0243132;RO=68;SAF=29;SAR=24;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106236;STB=0.567212;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0154011;OID=.;OPOS=30877391;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:68:70:53:53:0.430894:24:29:30:38:24:29:30:40 chr12 30881809 . T C 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00709153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.267;QD=15.2187;RBI=0.0565;REFB=-0.0107691;REVB=0.0560532;RO=41;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0039628;STB=0.502241;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0150147;OID=.;OPOS=30881809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:15:16:21:20:15:16:21:20 chr12 30888001 . T C 641.84 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00144208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.817;QD=22.5206;RBI=0.00494868;REFB=-0.00889411;REVB=0.00473391;RO=51;SAF=36;SAR=27;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146133;STB=0.579975;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00855015;OID=.;OPOS=30888001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:51:63:63:0.552632:27:36:20:31:27:36:20:31 chr12 31107955 . G A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00485413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.747;QD=7.46507;RBI=0.0243886;REFB=-0.0164721;REVB=-0.0239007;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33863;STB=0.713674;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0449531;OID=.;OPOS=31107955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:10:7:5:2:10:7 chr12 31132532 . G A 98.88 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00990278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.389;QD=7.19102;RBI=0.00991724;REFB=-0.00840732;REVB=-0.000535353;RO=40;SAF=4;SAR=10;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398007;STB=0.735712;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0163263;OID=.;OPOS=31132532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:55:55:40:41:14:14:0.254545:10:4:25:15:10:4:25:16 chr12 31135478 . T C 1488.03 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3789;QD=58.9319;RBI=0.0618976;REFB=0;REVB=-0.0591686;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245765;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:99:101:1:50:49:0:0:51:50:0:0 chr12 31135579 . T C 332.51 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0498687;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.554;QD=13.7117;RBI=0.0503996;REFB=-0.0194141;REVB=-0.00729642;RO=59;SAF=11;SAR=26;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112644;STB=0.571568;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0297117;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:59:60:37:37:0.381443:26:11:23:36:26:11:24:36 chr12 31231210 . A C 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00762141;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.768;QD=17.672;RBI=0.0133576;REFB=-0.0141684;REVB=-0.01097;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156743;STB=0.51723;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0168636;OID=.;OPOS=31231210;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:16:14:15:16:16:14:16:16 chr12 31240862 . A T 159.32 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00543187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4801;QD=17.7023;RBI=0.0121194;REFB=-0.035967;REVB=0.010834;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145576;STB=0.582688;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0526971;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:8:9:13:6:8:9:13:6 chr12 31240925 . A G 371.46 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0187086;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.674;QD=22.5129;RBI=0.0202704;REFB=-0.0245635;REVB=0.00780252;RO=28;SAF=16;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159012;STB=0.522376;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0233561;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:28:29:36:37:0.560606:20:16:13:15:21:16:14:15 chr12 31242399 . T C 568.31 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0373149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.821;QD=16.3543;RBI=0.0473855;REFB=-0.0230249;REVB=-0.0292059;RO=78;SAF=39;SAR=22;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169896;STB=0.595028;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0358186;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:78:61:61:0.438849:22:39:37:41:22:39:37:41 chr12 31249861 . C G 302.03 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=4;FWDB=0.0662725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3496;QD=14.3826;RBI=0.0927147;REFB=0.00231217;REVB=0.064838;RO=49;SAF=28;SAR=6;SRF=45;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197849;STB=0.613204;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000902823;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:6:28:45:4:6:28:46:4 chr12 31253995 . C T 220.84 PASS AF=0.458333;AO=20;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0680757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.813;QD=18.4035;RBI=0.0680864;REFB=-0.0323126;REVB=0.00120623;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296852;STB=0.655291;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0149537;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:20:22:0.458333:13:7:17:9:14:8:17:9 chr12 31255263 . G A 123.05 PASS AF=0.307692;AO=14;DP=53;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0249301;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.186;QD=9.46544;RBI=0.0249309;REFB=-0.0168525;REVB=-0.000202138;RO=36;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165217;STB=0.596038;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0492773;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:36:36:14:16:0.307692:7:7:13:23:8:8:13:23 chr12 31256905 . T C 115.15 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0469446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.498;QD=10.7114;RBI=0.0480732;REFB=-0.0170187;REVB=-0.0103551;RO=29;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779517;STB=0.546806;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0488659;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:10:4:10:19:10:4:10:19 chr12 31267744 . A C 140.88 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.000746498;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.714;QD=12.5222;RBI=0.00479534;REFB=-0.0115221;REVB=0.00473688;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196835;STB=0.616368;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.018629;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:29:29:16:16:0.355556:11:5:14:15:11:5:14:15 chr12 31282765 . A T 57.11 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00449078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.544;QD=28.5538;RBI=0.0236023;REFB=-0.068138;REVB=0.0231711;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000799009;OID=.;OPOS=31282765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr12 31282784 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.656;QD=40.7629;RBI=0.0491137;REFB=0;REVB=0.0472328;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080586;OID=.;OPOS=31282784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr12 31285214 . A G 154.93 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0500563;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0129;QD=13.7714;RBI=0.0674887;REFB=0.00771083;REVB=0.0452669;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140705;STB=0.594481;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0110727;OID=.;OPOS=31285214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:27:28:17:17:0.377778:11:6:13:14:11:6:14:14 chr12 31288955 . G A 778.99 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.882;QD=63.5908;RBI=0.0498967;REFB=0;REVB=0.0443642;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00931e-05;OID=.;OPOS=31288955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:44:49:1:23:21:0:0:27:22:0:0 chr12 31297871 . G C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9651;QD=59.0181;RBI=0.0408417;REFB=0;REVB=0.0140578;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000994417;OID=.;OPOS=31297871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr12 31300891 . C A 1395.53 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00366986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.667;QD=61.342;RBI=0.00852713;REFB=-0.00586492;REVB=-0.00769702;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=9.798e-05;OID=.;OPOS=31300891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:91:0:1:88:90:0.989011:42:46:0:0:43:47:1:0 chr12 31301888 . T C 757.47 PASS AF=0.904762;AO=57;DP=63;FAO=57;FDP=63;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00439687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.504;QD=48.0936;RBI=0.0222614;REFB=-0.0600902;REVB=0.0218228;RO=5;SAF=19;SAR=38;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00609799;OID=.;OPOS=31301888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:63:63:5:6:57:57:0.904762:38:19:2:3:38:19:2:4 chr12 31310983 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.922;QD=62.0216;RBI=0.0214866;REFB=0;REVB=0.0186156;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61234e-05;OID=.;OPOS=31310983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr12 31311973 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1336;QD=53.9104;RBI=0.0717294;REFB=0;REVB=-0.0366103;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00258542;OID=.;OPOS=31311973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr12 31359083 . C T 1547.7 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00468485;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.006;QD=57.858;RBI=0.00954164;REFB=-0.128146;REVB=-0.00831234;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000635722;OID=.;OPOS=31359083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:108:107:0:1:105:106:0.990654:59:46:0:0:60:46:1:0 chr12 31604928 . G C 368.94 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0253164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.628;QD=27.3289;RBI=0.0253494;REFB=-0.0271008;REVB=0.00129296;RO=19;SAF=27;SAR=8;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166495;STB=0.509086;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0129904;OID=.;OPOS=31604928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:8:27:15:4:8:27:15:4 chr12 31605044 . G T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00644843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.805;QD=23.0884;RBI=0.0079637;REFB=-0.0144691;REVB=-0.00467315;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536082;STB=0.529927;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0110053;OID=.;OPOS=31605044;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:10:12:11:7:10:12:11:7 chr12 31648826 . C T 154.9 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00691837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.985;QD=17.7024;RBI=0.0508627;REFB=-0.0334419;REVB=0.05039;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259586;STB=0.655461;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0289423;OID=.;OPOS=31648826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:8:8:14:4:9:8:14:4 chr12 31659332 . A T 125.67 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0150424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2658;QD=10.6955;RBI=0.0152095;REFB=0.0134112;REVB=0.00224804;RO=32;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521333;STB=0.531208;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.0298078;OID=.;OPOS=31659332;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:10:5:12:20:10:5:12:20 chr12 31944691 . A C 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0181092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.79;QD=22.1886;RBI=0.0183389;REFB=-0.016242;REVB=-0.00289353;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292847;STB=0.66251;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0132518;OID=.;OPOS=31944691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:11:10:15:3:11:10:15:3 chr12 32134240 . C T 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.387;QD=56.9973;RBI=0.025066;REFB=0;REVB=-0.0146296;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11973e-05;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr12 32134638 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.984;QD=51.9153;RBI=0.0804983;REFB=0;REVB=0.00949257;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587834;OID=.;OPOS=32134638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr12 32134943 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.844;QD=45.8067;RBI=0.0265589;REFB=0;REVB=-0.011577;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86138e-05;OID=.;OPOS=32134943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr12 32135441 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.675;QD=51.9167;RBI=0.04075;REFB=0;REVB=0.032151;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255007;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr12 32137447 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.137;QD=47.8224;RBI=0.018719;REFB=0;REVB=0.00890608;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140655;OID=.;OPOS=32137447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr12 32137512 . C G 534.78 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.562;QD=59.4204;RBI=0.019427;REFB=0;REVB=-0.0109373;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54357e-05;OID=.;OPOS=32137512;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr12 32260876 . G C 327.98 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00023474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1154;QD=30.5095;RBI=0.0441475;REFB=0.0258413;REVB=-0.0441469;RO=15;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159307;STB=0.587565;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0196252;OID=.;OPOS=32260876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:18:10:9:6:18:10:9:6 chr12 32481093 . G C 798.52 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.298;QD=63.8812;RBI=0.0341499;REFB=0;REVB=0.0249399;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017757;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12159e-05;OID=.;OPOS=32481093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:23:26:1:0:23:27:0:0 chr12 32490764 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0405695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.683;QD=25.3616;RBI=0.0414661;REFB=-0.0136259;REVB=-0.00857605;RO=8;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32837;STB=0.681602;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00376676;OID=.;OPOS=32490764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:7:8:0:8:7:8:0:8 chr12 32530684 . C T 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0184975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.802;QD=20.455;RBI=0.0209217;REFB=-0.00290868;REVB=-0.00977547;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115311;STB=0.564981;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00428865;OID=.;OPOS=32530684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:8:9:10:5:8:9:10:5 chr12 32552769 . C G 263.17 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00313131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.624;QD=17.5447;RBI=0.018114;REFB=-0.00324711;REVB=-0.0178413;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627078;STB=0.535154;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00407112;OID=.;OPOS=32552769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:16:13:16:15:16:13:16:15 chr12 32735236 . C T 30.49 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0275724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.313;QD=11.0858;RBI=0.0726909;REFB=-0.0290573;REVB=0.0672586;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0447395;OID=.;OPOS=32735236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:2:3:3:2:2:3:3:3 chr12 38710819 . C T 659.54 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=131;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.0207019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7271;QD=20.1386;RBI=0.0534483;REFB=0.00624822;REVB=0.0492763;RO=64;SAF=29;SAR=37;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879256;STB=0.543522;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00718813;OID=.;OPOS=38710819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:64:65:66:66:0.503817:37:29:22:42:37:29:23:42 chr12 38712142 . C G 2572.36 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280049;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.313;QD=61.9847;RBI=0.0351498;REFB=0;REVB=0.0212422;RO=0;SAF=94;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08003e-05;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:166:0:0:166:166:1:72:94:0:0:72:94:0:0 chr12 39711878 . TCCT TC,TCT 90.24 PASS AF=0,0.551724;AO=3,9;DP=28;FAO=0,16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=0,15;FSAR=0,1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0881532,-0.0504987;FXX=0.0333222;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=54.1628,18.4482;QD=12.4473;RBI=0.132541,0.126735;REFB=-0.000442511,-0.082114;REVB=-0.0989757,-0.116239;RO=13;SAF=3,8;SAR=0,1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.699984,0.611305;STB=0.5,0.886972;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.0556484;OID=.,.;OPOS=39711880,39711879;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.551724:3,9:28:0,16:29:13:0,15:0,1:4:9:72:13:3,8:0,1:4:9 chr12 40148894 . TTA T,TTT 329.06 PASS AF=0.696429,0;AO=23,11;DP=85;FAO=39,0;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=27,0;FSAR=12,0;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0634058,-0.210752;FXX=0.176445;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=17.9392,8.56875;QD=23.504;RBI=0.229274,0.213458;REFB=-0.0589091,0.0372786;REVB=-0.220332,0.0338844;RO=34;SAF=13,1;SAR=10,10;SRF=29;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.326097,-0.766547;STB=0.571395,0.5;STBP=0.169,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0495903,0;OID=.,.;OPOS=40148895,40148896;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.696429,0:23,11:85:39,0:56:17:27,0:12,0:15:2:79:34:13,1:10,10:29:5 chr12 40152900 . G A 954.9 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.29;QD=58.7631;RBI=0.022256;REFB=0;REVB=0.0216868;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25913e-05;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:30:35:0:0 chr12 40619082 . G A 1084.83 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437566;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.141;QD=60.2683;RBI=0.0127456;REFB=0;REVB=-0.011971;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28635e-05;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr12 40634283 . A AT,T 41.54 PASS AF=0.208333,0.125;AO=9,3;DP=26;FAO=5,3;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1,1;FSAR=4,2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0872181,-0.0807125;FXX=0.0768935;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=51.4237,70.1012;QD=6.92386;RBI=0.0896954,0.0959208;REFB=-0.0281386,-0.023526;REVB=-0.0209351,-0.0518294;RO=13;SAF=0,1;SAR=9,2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.8004,-0.300774;STB=0.665927,0.538201;STBP=0.537,0.918;TYPE=ins,snp;VARB=0.0836857,0.132179;OID=.,.;OPOS=40634284,40634283;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:26:24:13:16:9,3:5,3:0.208333,0.125:9,2:0,1:8:5:4,2:1,1:6:10 chr12 40645042 . ATTTTC ATTTC,ATTTCA 43.88 PASS AF=0.149425,0.045977;AO=18,6;DP=89;FAO=13,4;FDP=87;FR=.;FRO=70;FSAF=9,4;FSAR=4,0;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.127442,-0.0746958;FXX=0.0224694;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.6865,113.897;QD=2.01744;RBI=0.176992,0.0951152;REFB=-0.0993987,-0.0123451;REVB=-0.12282,-0.058885;RO=53;SAF=13,6;SAR=5,0;SRF=28;SRR=25;SSEN=0.320755,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25179,0.599102;STB=0.597429,0.996975;STBP=0.486,0.067;TYPE=del,mnp;VARB=0.123663,0.163972;OID=.,.;OPOS=40645043,40645046;OREF=T,TC;OALT=-,CA;OMAPALT=ATTTC,ATTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.149425,0.045977:18,6:89:13,4:87:70:9,4:4,0:41:29:26:53:13,6:5,0:28:25 chr12 40713834 . C A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00490956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.275;QD=20.5428;RBI=0.0108692;REFB=-0.0247827;REVB=-0.00969719;RO=25;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141118;STB=0.579642;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0288694;OID=.;OPOS=40713834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:8:16:13:12:8:16:13:12 chr12 40713873 . A G 294.11 PASS AF=0.473684;AO=23;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0172551;FXX=0.0172384;HRUN=8;LEN=1;MLLD=224.672;QD=20.6392;RBI=0.0308598;REFB=-0.0284622;REVB=0.025585;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248077;STB=0.625759;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00302711;OID=.;OPOS=40713873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:58:57:17:16:23:27:0.473684:10:13:4:13:11:16:4:12 chr12 40716260 . T C 544.92 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.012636;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4051;QD=22.7048;RBI=0.0531161;REFB=-0.022736;REVB=0.0515912;RO=44;SAF=23;SAR=28;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749284;STB=0.53487;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0357246;OID=.;OPOS=40716260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:44:45:51:51:0.53125:28:23:16:28:28:23:17:28 chr12 40762110 . C T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00546143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.597;QD=17.4276;RBI=0.0093216;REFB=-0.00923447;REVB=-0.00755414;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238133;STB=0.50251;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0113387;OID=.;OPOS=40762110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:23:19:19:0.452381:10:9:10:10:10:9:11:12 chr12 40787264 . A G 359.5 PASS AF=0.360656;AO=44;DP=122;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0103504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3558;QD=11.787;RBI=0.0171341;REFB=-0.0062847;REVB=-0.0136546;RO=78;SAF=22;SAR=22;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716767;STB=0.540965;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0104663;OID=.;OPOS=40787264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:78:78:44:44:0.360656:22:22:34:44:22:22:34:44 chr12 40814107 . A G 292.3 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00863217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.823;QD=18.5585;RBI=0.0136318;REFB=-0.0193859;REVB=0.0105505;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163053;STB=0.508469;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0210097;OID=.;OPOS=40814107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:31:31:32:0.507937:17:14:13:17:17:15:14:17 chr12 40814197 . G A 232.23 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0142828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.305;QD=23.8188;RBI=0.0297814;REFB=-0.020844;REVB=-0.0261329;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260489;STB=0.652052;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0232297;OID=.;OPOS=40814197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:17:22:22:0.564103:12:10:2:14:12:10:2:15 chr12 40815007 . C G 44.04 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0413654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.212;QD=6.52511;RBI=0.0500606;REFB=-0.0146799;REVB=-0.0281952;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537883;STB=0.846807;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.032905;OID=.;OPOS=40815007;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:6:1:12:8:6:1:12:8 chr12 40815060 . C T 83.9 PASS AF=0.25;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0429249;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.487;QD=7.6274;RBI=0.0474627;REFB=-0.00455305;REVB=-0.0202524;RO=33;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363836;STB=0.52278;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0093391;OID=.;OPOS=40815060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:47:44:33:33:11:11:0.25:5:6:17:16:5:6:17:16 chr12 40820403 . C T 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0100466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.043;QD=21.3984;RBI=0.0223256;REFB=-0.0219906;REVB=-0.0199373;RO=28;SAF=11;SAR=23;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00196057;STB=0.501084;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0183214;OID=.;OPOS=40820403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:23:11:9:19:23:11:9:19 chr12 40821176 . G A 128.96 PASS AF=0.3;AO=19;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0119295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7229;QD=8.59717;RBI=0.0619396;REFB=-0.011849;REVB=-0.06078;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07768;STB=0.522363;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0436772;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:42:19:18:0.3:8:11:21:20:8:10:22:20 chr12 40821278 . G C 251.49 PASS AF=0.365854;AO=29;DP=81;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0347416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0748;QD=12.2678;RBI=0.0387652;REFB=-0.00706797;REVB=-0.0171978;RO=52;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10016;STB=0.566622;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0139068;OID=.;OPOS=40821278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:52:52:29:30:0.365854:13:16:24:28:13:17:24:28 chr12 40821795 . G A 287.56 PASS AF=0.311475;AO=36;DP=121;FAO=38;FDP=122;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=-0.00478898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.328;QD=9.42812;RBI=0.0112387;REFB=-0.0124106;REVB=-0.0101673;RO=85;SAF=15;SAR=21;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798546;STB=0.572151;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.023451;OID=.;OPOS=40821795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:85:84:36:38:0.311475:21:15:30:55:21:17:29:55 chr12 40821847 . C A 438.27 PASS AF=0.375;AO=50;DP=135;FAO=51;FDP=136;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=0.00626616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.834;QD=12.8902;RBI=0.0235996;REFB=-0.0146977;REVB=-0.0227525;RO=83;SAF=16;SAR=34;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364554;STB=0.505492;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0224157;OID=.;OPOS=40821847;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:83:85:50:51:0.375:34:16:29:54:34:17:29:56 chr12 40821871 . G T 378.67 PASS AF=0.356589;AO=46;DP=129;FAO=46;FDP=129;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=58;FWDB=-0.019686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.644;QD=11.7416;RBI=0.0234719;REFB=-0.00284185;REVB=-0.0127826;RO=83;SAF=15;SAR=31;SRF=25;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322732;STB=0.518439;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00422378;OID=.;OPOS=40821871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:83:83:46:46:0.356589:31:15:25:58:31:15:25:58 chr12 40823474 . G A 210.39 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0104383;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.517;QD=18.2949;RBI=0.010918;REFB=-0.00361028;REVB=-0.00320049;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125597;STB=0.571361;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00447618;OID=.;OPOS=40823474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:11:14:9:12:11:14 chr12 40826201 . G A 177.9 PASS AF=0.247706;AO=27;DP=109;FAO=27;FDP=109;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0154731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.046;QD=6.52856;RBI=0.0259167;REFB=-8.87607e-05;REVB=0.0207908;RO=81;SAF=15;SAR=12;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076536;STB=0.550983;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.000406049;OID=.;OPOS=40826201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:81:82:27:27:0.247706:12:15:40:41:12:15:40:42 chr12 40826535 . T C 241.7 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00106278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.653;QD=21.9726;RBI=0.0256389;REFB=-0.0228582;REVB=0.0256169;RO=20;SAF=6;SAR=17;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340775;STB=0.682708;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0274101;OID=.;OPOS=40826535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:21:23:23:0.522727:17:6:13:7:17:6:13:8 chr12 40835749 . T C 1508.74 PASS AF=0.99;AO=97;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.657;QD=60.3498;RBI=0.0287789;REFB=-0.0713571;REVB=0.0124806;RO=3;SAF=51;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270793;STB=0.504672;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000725139;OID=.;OPOS=40835749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:3:1:97:99:0.99:46:51:3:0:46:53:1:0 chr12 40837264 . T C 487.27 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316793;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.174;QD=59.0629;RBI=0.0472944;REFB=0;REVB=0.0351167;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196897;OID=.;OPOS=40837264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr12 40843504 . A C 542.41 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245864;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.648;QD=60.2682;RBI=0.0445769;REFB=0;REVB=0.0371834;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262421;OID=.;OPOS=40843504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr12 41967677 . G A 984.01 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00771263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2426;QD=57.0438;RBI=0.0853564;REFB=0.0223195;REVB=-0.0850072;RO=1;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101641;STB=0.505262;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00131815;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:46:21:0:1:47:21:0:1 chr12 42481732 . G A 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.421;QD=46.8374;RBI=0.104785;REFB=0;REVB=-0.00415311;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00200989;OID=.;OPOS=42481732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr12 42629550 . T C 714.98 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0275585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.234;QD=60.849;RBI=0.0284756;REFB=-0.177963;REVB=0.00716842;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268486;STB=0.514279;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00541716;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:17:29:0:1:17:29:0:1 chr12 42636124 . A G 575.84 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.689;QD=60.6148;RBI=0.0498792;REFB=0;REVB=0.0401291;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212272;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr12 42737665 . G A 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.362;QD=64.1506;RBI=0.0378715;REFB=0;REVB=-0.0110617;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185962;OID=.;OPOS=42737665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr12 42839836 . A C 1598.64 PASS AF=0.990826;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0496975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0003;QD=58.6656;RBI=0.0550977;REFB=-0.109325;REVB=0.0237888;RO=2;SAF=58;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00167211;STB=0.504201;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00170511;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:2:1:106:108:0.990826:48:58:1:1:49:59:1:0 chr12 42853084 . C A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.032;QD=59.0182;RBI=0.0407879;REFB=0;REVB=0.0293421;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465257;OID=.;OPOS=42853084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr12 42853520 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.775;QD=59.4353;RBI=0.0197043;REFB=0;REVB=0.0115898;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55495e-05;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr12 43860526 . A G 300.72 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00342599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.056;QD=21.48;RBI=0.00454609;REFB=-0.0129659;REVB=0.00298822;RO=22;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430482;STB=0.508891;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0163514;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:22:25:30:31:0.553571:12:18:12:10:13:18:15:10 chr12 44189471 . CAAAAC CAAAACT,CAAAC 60.88 PASS AF=0,0.631579;AO=2,2;DP=19;FAO=0,12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=0,6;FSAR=0,6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.210544,-0.101488;FXX=0.049975;HRUN=3,4;LEN=1,1;MLLD=14.5147,12.474;QD=12.8166;RBI=0.34139,0.232748;REFB=-0.113925,-0.0969355;REVB=-0.268734,0.209456;RO=8;SAF=0,1;SAR=2,1;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.490468,0.438176;STB=0.5,0.578819;STBP=1,0.433;TYPE=ins,del;VARB=0,0.0875928;OID=.,.;OPOS=44189477,44189472;OREF=-,A;OALT=T,-;OMAPALT=CAAAACT,CAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.631579:2,2:19:0,12:19:7:0,6:0,6:2:5:34:8:0,1:2,1:1:7 chr12 45307633 . T C 289.32 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0149774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.872;QD=11.6895;RBI=0.0167749;REFB=0.00157492;REVB=-0.00755476;RO=64;SAF=19;SAR=15;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136674;STB=0.583531;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00447405;OID=.;OPOS=45307633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:64:65:34:34:0.343434:15:19:28:36:15:19:28:37 chr12 45410075 . A G 521.53 PASS AF=0.592593;AO=46;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.018642;FXX=0.0581328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.849;QD=25.7546;RBI=0.0203159;REFB=-0.0176914;REVB=0.0080754;RO=34;SAF=28;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086514;STB=0.537306;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0148391;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:33:46:48:0.592593:18:28:17:17:19:29:17:16 chr12 45417666 . T C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.021556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.06;QD=24.0271;RBI=0.021595;REFB=0.021844;REVB=-0.00129735;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467187;STB=0.526278;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0151199;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:8:6:4:4:8:6:4:4 chr12 45824840 . A T 371.97 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00988763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6774;QD=18.369;RBI=0.0172561;REFB=-0.0104549;REVB=0.0141424;RO=42;SAF=22;SAR=17;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190718;STB=0.606083;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0189165;OID=.;OPOS=45824840;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:17:22:15:27:17:22:15:27 chr12 45825730 . C G 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00731509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.386;QD=22.5808;RBI=0.00759165;REFB=-0.00729485;REVB=-0.00203041;RO=7;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57431;STB=0.834744;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00408878;OID=.;OPOS=45825730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:11:1:5:2:11:1:5:2 chr12 46246206 . G T 1589.67 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.87;QD=59.9877;RBI=0.0405195;REFB=0;REVB=0.00966151;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92778e-05;OID=.;OPOS=46246206;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:51:55:0:0:51:55:0:0 chr12 46758494 . A G 118.93 PASS AF=0.366667;AO=8;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0234946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.239;QD=15.8569;RBI=0.0235778;REFB=-0.0151357;REVB=-0.00197841;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368003;STB=0.717584;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0277992;OID=.;OPOS=46758494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:30:30:15:16:8:11:0.366667:3:5:4:11:4:7:4:12 chr12 46759017 . T A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00482732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.177;QD=8.69805;RBI=0.0218759;REFB=-0.0174706;REVB=-0.0213366;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439136;STB=0.76852;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0204105;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:4:10:2:5:4:10 chr12 46761127 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0171701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.582;QD=12.0157;RBI=0.0280619;REFB=0.00256296;REVB=-0.022196;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00419411;OID=.;OPOS=46761127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:2:5:4:2:2:5 chr12 47168898 . G A 1364.8 PASS AF=0.941748;AO=98;DP=104;FAO=97;FDP=103;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0229896;FXX=0.00961446;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.716;QD=53.0017;RBI=0.0382645;REFB=-0.0129549;REVB=0.0305884;RO=6;SAF=39;SAR=59;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115978;STB=0.506595;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000337523;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:104:103:6:6:98:97:0.941748:59:39:3:3:59:38:3:3 chr12 47470223 . T A,TTACTA 385.04 PASS AF=0.107143,0.892857;AO=4,22;DP=33;FAO=3,25;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592402,0.00939795;FXX=0.0344709;HRUN=3,3;LEN=1,5;MLLD=129.368,243.388;QD=55.0055;RBI=0.0140287,0.0149088;REFB=0,0;REVB=-0.0127165,-0.0115737;RO=6;SAF=2,12;SAR=2,10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.156622,-0.0481785;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00536908,-0.00174546;OID=.,.;OPOS=47470223,47470224;OREF=T,-;OALT=A,TACTA;OMAPALT=A,TTACTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:33:28:6:0:4,22:3,25:0.107143,0.892857:2,10:2,12:4:2:1,12:2,13:0:0 chr12 47581629 . T C 572.02 PASS AF=0.526786;AO=57;DP=113;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0277384;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.441;QD=20.4294;RBI=0.0565573;REFB=-0.0136058;REVB=0.049288;RO=52;SAF=37;SAR=20;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317251;STB=0.502262;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0138138;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:52:53:57:59:0.526786:20:37:32:20:22:37:33:20 chr12 47740069 . C A 1549.18 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.235;QD=63.8839;RBI=0.0520005;REFB=0;REVB=0.044254;RO=0;SAF=33;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63552e-05;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:64:33:0:0:64:33:0:0 chr12 47758032 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.266;QD=33.4285;RBI=0.037768;REFB=0;REVB=0.037768;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540299;OID=.;OPOS=47758032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr12 48134695 . T C 263.68 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00391619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3918;QD=26.3681;RBI=0.0118088;REFB=0.015669;REVB=0.0111405;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182494;STB=0.60118;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0126843;OID=.;OPOS=48134695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:15:9:10:6:15:9:10:6 chr12 48144925 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.496;QD=57.2377;RBI=0.0604935;REFB=0;REVB=0.0321284;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104321;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:27:29:0:0 chr12 48151822 . C G 571.29 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.104341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5213;QD=23.0822;RBI=0.106923;REFB=-0.00452888;REVB=0.0233561;RO=46;SAF=14;SAR=39;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148484;STB=0.582057;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0051245;OID=.;OPOS=48151822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:53:53:0.535354:39:14:19:27:39:14:19:27 chr12 48176792 . C T 829.01 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5786;QD=57.1731;RBI=0.116195;REFB=0;REVB=0.112125;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125881;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:33:22:0:0:35:23:0:0 chr12 48176900 . T G 208.44 PASS AF=0.9;AO=19;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0135523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.326;QD=41.688;RBI=0.0686187;REFB=-0.0245087;REVB=0.0672671;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399998;STB=0.511615;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0200377;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:1:2:19:18:0.9:11:8:0:1:11:7:1:1 chr12 48177170 . C G 226.47 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.00214888;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216.433;QD=17.0922;RBI=0.00931058;REFB=-0.0154235;REVB=-0.0090592;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230576;STB=0.642098;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0103828;OID=.;OPOS=48177170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:28:25:25:0.471698:12:13:20:6:12:13:22:6 chr12 48177238 . A G 1198.03 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.497;QD=60.6599;RBI=0.024411;REFB=0;REVB=0.0226828;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189925;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:75:79:1:31:44:0:0:34:45:0:0 chr12 48272895 . A G 313.89 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00183479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.846;QD=14.5995;RBI=0.0226015;REFB=-0.0183336;REVB=-0.0225269;RO=49;SAF=18;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590868;STB=0.543975;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0195169;OID=.;OPOS=48272895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:51:35:35:0.406977:17:18:28:21:17:18:30:21 chr12 48375568 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.069;QD=60.9771;RBI=0.0368275;REFB=0;REVB=-0.036805;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159027;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr12 48375965 . C T 195.6 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0558444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.566;QD=43.4678;RBI=0.078805;REFB=-0.0387703;REVB=0.0556024;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51611;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0111076;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:16:17:0.944444:14:2:0:0:15:2:0:1 chr12 48376291 . G A 340.3 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777632;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6214;QD=54.4477;RBI=0.11296;REFB=0;REVB=0.112692;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703005;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chr12 48380682 . G A 442.6 PASS AF=0.565789;AO=41;DP=75;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00310486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.467;QD=23.2947;RBI=0.00670066;REFB=-0.0199613;REVB=0.0059379;RO=33;SAF=20;SAR=21;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762535;STB=0.531178;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0152931;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:33:33:41:43:0.565789:21:20:13:20:23:20:13:20 chr12 48389643 . A C 269.56 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.00691396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5126;QD=22.941;RBI=0.0201394;REFB=-0.00909392;REVB=0.0189154;RO=21;SAF=3;SAR=22;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502467;STB=0.533873;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0213182;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:22:3:2:19:22:3:2:20 chr12 48391416 . G T 479.89 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0124415;FXX=0.0107515;HRUN=6;LEN=1;MLLD=134.19;QD=20.865;RBI=0.0125812;REFB=0.000613284;REVB=-0.00186972;RO=42;SAF=17;SAR=26;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524721;STB=0.523696;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00410736;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:42:44:43:44:0.478261:26:17:19:23:27:17:19:25 chr12 48398080 . T A 834.31 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000955673;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5382;QD=57.5389;RBI=0.0437152;REFB=0;REVB=0.0437047;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388658;OID=.;OPOS=48398080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:56:58:1:38:18:0:0:39:19:0:0 chr12 48413944 . C T 761.19 PASS AF=0.964912;AO=56;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00274254;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1271;QD=53.4169;RBI=0.00391968;REFB=0.00800267;REVB=-0.00280043;RO=1;SAF=11;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103654;STB=0.511107;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.000708578;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:57:1:2:56:55:0.964912:45:11:0:1:44:11:0:2 chr12 48413949 . CAAT CAT,CATC,CCAT 628.29 PASS AF=0,0.0465116,0.930233;AO=5,2,36;DP=45;FAO=0,2,40;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,9;FSAR=0,2,31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0615448,-0.0216195,0.172121;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=21.5022,6.47679,42.7777;QD=58.4451;RBI=0.0653593,0.0253982,0.183549;REFB=-0.152856,-0.0969138,-0.0459512;REVB=0.0220016,0.013329,0.0637541;RO=1;SAF=5,0,4;SAR=0,2,32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.767767,0,0.0144081;STB=0.5,0.5,0.507933;STBP=1,1,0.632;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0,0.112593,0.00735173;OID=.,.,.;OPOS=48413950,48413951,48413950;OREF=A,AT,A;OALT=-,TC,C;OMAPALT=CAT,CATC,CCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0465116,0.930233:5,2,36:45:0,2,40:43:1:0,0,9:0,2,31:0:1:8:1:5,0,4:0,2,32:0:1 chr12 48418710 . T C 170.25 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0461481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4039;QD=17.0247;RBI=0.0681521;REFB=0.00576947;REVB=0.0501504;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791737;STB=0.545403;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00652011;OID=.;OPOS=48418710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:13:9:6:12:13:9 chr12 48438140 . CAT C 78.4 PASS AF=1;AO=4;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158972;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.541;QD=39.2015;RBI=0.171767;REFB=0;REVB=0.0650537;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00770706;OID=.;OPOS=48438141;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:9:8:8:0:6:2:0:0:3:0:4:0:0:0 chr12 48501161 . A T 820.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.972;QD=55.5994;RBI=0.00814806;REFB=0;REVB=-0.0028368;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555529;OID=.;OPOS=48501161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:55:59:1:28:27:0:0:30:29:0:0 chr12 48512285 . C A 725.79 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.09;QD=56.9248;RBI=0.041942;REFB=0;REVB=0.0394828;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65243e-05;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:47:51:1:26:21:0:0:30:21:0:0 chr12 48866585 . A C 183.53 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0103944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.739;QD=11.8406;RBI=0.0310895;REFB=-0.00319813;REVB=0.0293004;RO=39;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00970709;STB=0.505613;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00486621;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:11:12:20:19:11:12:20:19 chr12 48866792 . C T 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0309923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.621;QD=18.6431;RBI=0.0351987;REFB=2.08611e-05;REVB=-0.0166861;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986172;STB=0.521708;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=3.67223e-05;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:8:6:5:7:8:6:5:8 chr12 48882759 . CT C,TC 328.93 PASS AF=0.45,0;AO=31,3;DP=83;FAO=36,0;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19,0;FSAR=17,0;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0239792,-0.0275754;FXX=0.0123442;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=162.191,164.907;QD=16.4467;RBI=0.0268935,0.031248;REFB=-0.00557944,-0.00501249;REVB=-0.0121761,-0.0146983;RO=46;SAF=16,1;SAR=15,2;SRF=28;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0977452,-0.254022;STB=0.560276,0.5;STBP=0.344,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00562191,0.0539398;OID=.,.;OPOS=48882760,48882759;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:46:44:31,3:36,0:0.45,0:15,2:16,1:28:18:17,0:19,0:28:16 chr12 48883012 . T C 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0321201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9974;QD=5.00554;RBI=0.0689214;REFB=0.00753427;REVB=0.0609792;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382422;STB=0.762911;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.012789;OID=.;OPOS=48883012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:5:1:10:12:5:1:10:12 chr12 48919556 . A G 1008.44 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.921;QD=59.3201;RBI=0.0279837;REFB=0;REVB=0.00132141;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118222;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr12 48919793 . T C 470.23 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000475458;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.428;QD=58.7791;RBI=0.00908639;REFB=0;REVB=-0.00907394;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3295e-05;OID=.;OPOS=48919793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:33:32:1:20:13:0:0:19:13:0:0 chr12 48954040 . A G 396.24 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0240137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0667;QD=25.9828;RBI=0.0249884;REFB=-0.0137353;REVB=-0.00691127;RO=23;SAF=31;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237352;STB=0.631061;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0130649;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:7:31:13:10:7:31:13:10 chr12 48961745 . A G 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0239273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.376;QD=14.2704;RBI=0.0354679;REFB=-0.00978882;REVB=0.0261813;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179342;STB=0.601943;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0150871;OID=.;OPOS=48961745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:11:13:12:21:11:13:12:21 chr12 49048738 . G T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.577;QD=60.5104;RBI=0.0219822;REFB=-0.0194158;REVB=0.0166223;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000136966;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:1:0:23:22:1:0 chr12 49075811 . T G 611.34 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.509;QD=61.1339;RBI=0.0236056;REFB=0;REVB=-0.00609577;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.81244e-05;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:14:25:0:0:14:26:0:0 chr12 49086963 . G A 821.08 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377159;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.882;QD=57.6198;RBI=0.0380347;REFB=0;REVB=0.00491443;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116826;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:22:35:0:0 chr12 49167453 . G A 112.71 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0126251;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.899;QD=13.6617;RBI=0.0151323;REFB=-0.0148445;REVB=-0.00834223;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401643;STB=0.729391;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0136106;OID=.;OPOS=49167453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:12:13:0.393939:4:8:5:14:4:9:6:14 chr12 49221622 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.485;QD=61.3352;RBI=0.0634208;REFB=0;REVB=0.0396811;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261261;OID=.;OPOS=49221622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr12 49230035 . T G 375.18 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.511;QD=55.5817;RBI=0.0337538;REFB=0;REVB=0.0166078;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.55256e-05;OID=.;OPOS=49230035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr12 49308284 . A G 238.7 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0244865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0467;QD=14.0413;RBI=0.0548536;REFB=-0.0424969;REVB=-0.0490849;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129439;STB=0.573478;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0583328;OID=.;OPOS=49308284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:14:14:15:25:14:14:15:25 chr12 49312593 . A G 303.04 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0241487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8606;QD=14.6043;RBI=0.0364314;REFB=0.00886644;REVB=0.027278;RO=49;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00822316;STB=0.504663;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.0116484;OID=.;OPOS=49312593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:19:15:22:27:19:15:22:27 chr12 49314862 . C A 205.08 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00473192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2826;QD=13.2306;RBI=0.0505418;REFB=-0.0426103;REVB=-0.0503198;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290639;STB=0.519984;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0524485;OID=.;OPOS=49314862;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:24:25:0.403226:12:12:19:17:12:13:18:19 chr12 49314994 . A G 207.31 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0208633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.793;QD=24.3894;RBI=0.0224669;REFB=-0.01804;REVB=0.00833568;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181401;STB=0.607453;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0090373;OID=.;OPOS=49314994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:19:20:0.588235:10:9:10:4:11:9:10:4 chr12 49332092 . G A 394.4 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00675147;FXX=0.0303;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5037;QD=16.4332;RBI=0.0105657;REFB=-0.013553;REVB=0.00812721;RO=55;SAF=23;SAR=18;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198777;STB=0.611588;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0169908;OID=.;OPOS=49332092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:18:23:20:35:18:23:20:35 chr12 49334762 . G C 1000.59 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000727321;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.631;QD=58.858;RBI=0.0356353;REFB=0;REVB=-0.0356279;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.67049e-05;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:66:68:1:44:22:0:0:45:23:0:0 chr12 49359587 . T G 333.13 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0278601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.363;QD=16.4506;RBI=0.0403783;REFB=-0.0249493;REVB=0.0292271;RO=45;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989249;STB=0.555525;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0270682;OID=.;OPOS=49359587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:18:18:18:27:18:18:18:27 chr12 49359989 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0139707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.599;QD=8.69138;RBI=0.0139791;REFB=-0.00506727;REVB=-0.000486331;RO=17;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509815;STB=0.822616;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0192546;OID=.;OPOS=49359989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:1:7:8:9:1:7:8:9 chr12 49376075 . TCCT TCT,TCTC 246.38 PASS AF=0.527273,0;AO=25,3;DP=57;FAO=29,0;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16,0;FSAR=13,0;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0556139,-0.0168895;FXX=0.0350816;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=21.4662,31.4221;QD=17.9186;RBI=0.184808,0.0173816;REFB=0.0423272,0.0151978;REVB=0.176241,0.00410656;RO=23;SAF=14,1;SAR=11,2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00453611,-0.245189;STB=0.524573,0.5;STBP=0.738,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0274439,0;OID=.,.;OPOS=49376076,49376077;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=TCT,TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527273,0:25,3:57:29,0:55:26:16,0:13,0:13:13:99:23:14,1:11,2:13:10 chr12 49391196 . TC CT,T 179.99 PASS AF=0.0920245,0.251534;AO=16,55;DP=157;FAO=15,41;FDP=163;FR=.;FRO=107;FSAF=0,9;FSAR=15,32;FSRF=78;FSRR=29;FWDB=-0.00981897,-0.0434736;FXX=0.00609719;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=110.67,8.22113;QD=4.4169;RBI=0.0340718,0.0602597;REFB=-0.0244129,-0.175776;REVB=-0.0326263,-0.0417287;RO=79;SAF=0,20;SAR=16,35;SRF=59;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0.381818;SSSB=-0.804532,-0.386053;STB=0.999519,0.835139;STBP=0,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.154994,0.167891;OID=.,.;OPOS=49391196,49391197;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:157:163:79:107:16,55:15,41:0.0920245,0.251534:16,35:0,20:59:20:15,32:0,9:78:29 chr12 49424534 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00837008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.796;QD=9.4449;RBI=0.00929273;REFB=-0.0218016;REVB=0.0040369;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391993;STB=0.749062;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0419986;OID=.;OPOS=49424534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:5:5:5:1:5:5 chr12 49434511 . T C 136.32 PASS AF=0.485714;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0848787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.0435;QD=15.5798;RBI=0.0851565;REFB=-0.0319237;REVB=0.00687289;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104939;STB=0.543347;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0391809;OID=.;OPOS=49434511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:15:17:0.485714:6:9:12:5:6:11:13:5 chr12 49447808 . GT G 65.1 PASS AF=0.295082;AO=22;DP=62;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0489247;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.3278;QD=4.26864;RBI=0.0766347;REFB=-0.0512842;REVB=-0.0589852;RO=38;SAF=6;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0.431034;SSEP=0;SSSB=-0.343434;STB=0.871157;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0748841;OID=.;OPOS=49447809;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295082:22:62:18:61:43:2:16:26:17:65:38:6:16:22:16 chr12 49500398 . G A 485.67 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0282312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.775;QD=20.2364;RBI=0.0316607;REFB=-0.025006;REVB=-0.0143318;RO=48;SAF=27;SAR=20;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278143;STB=0.510748;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0244803;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:48:48:47:48:0.5:20:27:29:19:20:28:29:19 chr12 49500509 . C T 289.73 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00159848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.97;QD=18.9988;RBI=0.0138399;REFB=-0.0146428;REVB=-0.0137473;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159237;STB=0.588611;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0111137;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:14:17:11:19:14:17:11:19 chr12 49522605 . C T 91.97 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0224153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.987;QD=8.97252;RBI=0.0246804;REFB=-0.00729403;REVB=0.0103285;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273809;STB=0.655476;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0136797;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:41:28:29:12:12:0.292683:4:8:12:16:4:8:13:16 chr12 49579696 . C G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00663531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.411;QD=14.6975;RBI=0.0190237;REFB=-0.0205799;REVB=0.017829;RO=30;SAF=5;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162183;STB=0.593872;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0273467;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:16:5:11:19:16:5:11:19 chr12 49580180 . T C 357.95 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0139601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.985;QD=14.4627;RBI=0.0182399;REFB=0.0127777;REVB=-0.0117392;RO=59;SAF=14;SAR=25;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159372;STB=0.505048;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0252396;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:59:60:39:39:0.393939:25:14:22:37:25:14:22:38 chr12 49667103 . A T 779.74 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0390246;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.246;QD=53.7752;RBI=0.0438666;REFB=-0.216836;REVB=0.020034;RO=1;SAF=16;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285524;STB=0.508979;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00103421;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:59:58:1:2:56:56:0.965517:40:16:1:0:40:16:1:1 chr12 49719554 . GC G 77.66 PASS AF=0.382353;AO=27;DP=67;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=-0.151737;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.5397;QD=4.56813;RBI=0.152045;REFB=-0.100941;REVB=0.00966199;RO=38;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253645;STB=0.688404;STBP=0.036;TYPE=del;VARB=0.118211;OID=.;OPOS=49719555;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:27:67:26:68:42:12:14:7:35:77:38:11:16:7:31 chr12 49993943 . GC G,GCA 34.68 PASS AF=0.181818,0.136364;AO=3,3;DP=22;FAO=4,3;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3,3;FSAR=1,0;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.178787,-0.0344703;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=13.3705,153.869;QD=6.30457;RBI=0.297986,0.0437104;REFB=-0.174523,-0.0411135;REVB=0.238392,0.0268775;RO=14;SAF=3,3;SAR=0,0;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.626624,0.626624;STB=0.684733,0.995944;STBP=0.466,0.129;TYPE=del,ins;VARB=0.126964,0.0988548;OID=.,.;OPOS=49993944,49993945;OREF=C,-;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818,0.136364:3,3:22:4,3:22:15:3,3:1,0:8:7:18:14:3,3:0,0:7:7 chr12 50158514 . A G 31.82 PASS AF=0.416667;AO=6;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0192471;FXX=0.076864;HRUN=13;LEN=1;MLLD=222.157;QD=10.6078;RBI=0.0207493;REFB=-0.0160454;REVB=-0.00775117;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.7397;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.014389;OID=.;OPOS=50158514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:7:7:6:5:0.416667:4:2:4:3:4:1:4:3 chr12 50185334 . A G 188.3 PASS AF=1;AO=10;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.555;QD=47.074;RBI=0.0638613;REFB=0;REVB=0.0586282;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130661;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:10:16:1:4:6:0:0:6:10:0:0 chr12 50189602 . A G 719.11 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.797;QD=56.4007;RBI=0.0745905;REFB=0;REVB=-0.0169252;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396222;OID=.;OPOS=50189602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:47:51:1:35:12:0:0:36:15:0:0 chr12 50189807 . C A 239.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1031;QD=50.4019;RBI=0.0317475;REFB=0;REVB=-0.00143982;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000862435;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr12 50189834 . T G 159.72 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.876;QD=45.6349;RBI=0.0604654;REFB=0;REVB=0.0339196;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3414e-05;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:3:10:0:0:4:10:0:0 chr12 50190653 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.275;QD=47.8224;RBI=0.0396967;REFB=0;REVB=-0.0394934;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237353;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr12 50190667 . A T 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.965;QD=47.8167;RBI=0.0360089;REFB=0;REVB=-0.000586664;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020647;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr12 50192207 . C CG,G 51.24 PASS AF=0.236842,0;AO=10,2;DP=37;FAO=9,0;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=3,0;FSAR=6,0;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.032084,-0.0583354;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=50.0243,164.396;QD=5.39374;RBI=0.032554,0.0619159;REFB=-0.00394148,-0.00528967;REVB=-0.00551158,-0.0207501;RO=25;SAF=3,2;SAR=7,0;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.218721,0.490704;STB=0.617913,0.5;STBP=0.454,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0312349,0;OID=.,.;OPOS=50192208,50192207;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:37:38:25:29:10,2:9,0:0.236842,0:7,0:3,2:12:13:6,0:3,0:14:15 chr12 50232169 . A T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.323;QD=42.1825;RBI=0.0305097;REFB=0;REVB=0.0273842;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110129;OID=.;OPOS=50232169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr12 50283307 . G C 409.12 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0357947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1854;QD=14.482;RBI=0.0825695;REFB=-0.0312253;REVB=0.0744074;RO=62;SAF=30;SAR=17;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112051;STB=0.574635;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0303677;OID=.;OPOS=50283307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:66:47:47:0.415929:17:30:33:29:17:30:34:32 chr12 50348078 . T C 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0217973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.354;QD=13.0606;RBI=0.0249597;REFB=-0.031711;REVB=-0.01216;RO=40;SAF=16;SAR=10;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170959;STB=0.509796;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0520158;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:10:16:24:16:10:16:24:16 chr12 50352393 . G C 71.64 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0515529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.231;QD=19.1037;RBI=0.0515922;REFB=0.027668;REVB=0.00201544;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057902;STB=0.533262;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.0217719;OID=.;OPOS=50352393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:1:5:7:2:1:5 chr12 50452708 . C G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.479;QD=61.5362;RBI=0.0329782;REFB=0;REVB=0.0148593;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56318e-05;OID=.;OPOS=50452708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr12 50467644 . G T 120.09 PASS AF=0.424242;AO=8;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0182175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2128;QD=14.5564;RBI=0.0182734;REFB=-0.00761936;REVB=-0.00142906;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293402;STB=0.777253;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0155294;OID=.;OPOS=50467644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:19:8:14:0.424242:7:1:5:12:13:1:6:13 chr12 50467769 . G A 97.9 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0153397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.748;QD=13.5039;RBI=0.0329144;REFB=-0.0192153;REVB=0.0291213;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955706;STB=0.567462;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0275569;OID=.;OPOS=50467769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:16:17:12:12:0.413793:4:8:12:4:4:8:13:4 chr12 50476158 . G T 2034.22 PASS AF=0.957143;AO=133;DP=141;FAO=134;FDP=140;FR=.;FRO=6;FSAF=82;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0113774;FXX=0.0140835;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.546;QD=58.1206;RBI=0.0192086;REFB=-0.0163293;REVB=-0.0154766;RO=3;SAF=82;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222285;STB=0.510032;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=4.42091e-05;OID=.;OPOS=50476158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:141:140:3:6:133:134:0.957143:51:82:2:1:52:82:5:1 chr12 50523947 . A G 485.25 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0997301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9905;QD=55.4568;RBI=0.109204;REFB=-0.0322382;REVB=0.0444903;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.041877;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:22:12:0:1:22:12:0:1 chr12 50523964 . T C 357.09 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0174452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.8;QD=49.2537;RBI=0.0202274;REFB=-0.0988836;REVB=-0.0102377;RO=2;SAF=4;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184038;STB=0.599917;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00129953;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:23:4:2:0:23:4:2:0 chr12 50526814 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.887;QD=54.5177;RBI=0.0238364;REFB=0;REVB=0.0206804;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102416;OID=.;OPOS=50526814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr12 50537815 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.361;QD=58.2394;RBI=0.0174664;REFB=0;REVB=0.00740797;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72801e-05;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:42:20:0:0:42:20:0:0 chr12 50650057 . T C 446.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2744;QD=57.6683;RBI=0.0501924;REFB=0;REVB=0.0294553;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237356;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr12 50744119 . G A 482.77 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.423;QD=58.5176;RBI=0.0281899;REFB=0;REVB=0.0196023;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04236e-06;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr12 50744171 . T C 800.91 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.899;QD=64.0724;RBI=0.0524791;REFB=0;REVB=0.0339382;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351154;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:23:27:0:0 chr12 50744753 . T C 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00450887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.066;QD=40.5912;RBI=0.0103169;REFB=-0.0459593;REVB=0.00927946;RO=2;SAF=13;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654562;STB=0.535674;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00504924;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:4:13:2:0:4:13:2:0 chr12 50746917 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.478;QD=35.5753;RBI=0.0622745;REFB=0;REVB=-0.000533441;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014316;OID=.;OPOS=50746917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr12 50749221 . G C 445.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8766;QD=57.5409;RBI=0.084684;REFB=0;REVB=0.0290495;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242143;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr12 50749227 . T G 389.15 PASS AF=0.90625;AO=30;DP=33;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0152013;FXX=0.0302939;HRUN=6;LEN=1;MLLD=171.509;QD=48.6437;RBI=0.0181018;REFB=-0.0814484;REVB=-0.00982837;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.551688;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000751603;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:32:1:3:30:29:0.90625:14:16:0:1:13:16:0:3 chr12 50749554 . G T 428.87 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.696;QD=57.1822;RBI=0.0438798;REFB=0;REVB=-0.0418575;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145773;OID=.;OPOS=50749554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr12 50754563 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000211307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.879;QD=53.9112;RBI=0.0198866;REFB=0;REVB=0.0198855;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32256e-05;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr12 50824275 . C G 632.06 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5938;QD=61.6648;RBI=0.0516801;REFB=0;REVB=0.0379414;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000957348;OID=.;OPOS=50824275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:13:27:0:0:14:27:0:0 chr12 50847391 . C T 340.44 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0387392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7992;QD=18.1569;RBI=0.0414683;REFB=-0.00860925;REVB=-0.014795;RO=39;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164455;STB=0.591877;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0110883;OID=.;OPOS=50847391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:14:22:17:22:14:22:17:22 chr12 50870145 . G A 2515.55 PASS AF=0.988024;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0274867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.063;QD=60.2527;RBI=0.0281884;REFB=-0.0212802;REVB=0.00625063;RO=2;SAF=74;SAR=91;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103431;STB=0.505434;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000265393;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:167:2:2:165:165:0.988024:91:74:0:2:91:74:0:2 chr12 51089734 . T A 206.32 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00107396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.906;QD=13.0999;RBI=0.0190018;REFB=-0.00889991;REVB=0.0189714;RO=38;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257038;STB=0.647165;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0190092;OID=.;OPOS=51089734;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:9:16:15:23:9:16:15:23 chr12 51126212 . G A 172.34 PASS AF=0.315068;AO=22;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0183775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.635;QD=9.44326;RBI=0.0196897;REFB=-0.0194287;REVB=-0.00706757;RO=49;SAF=7;SAR=15;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138729;STB=0.566691;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0385713;OID=.;OPOS=51126212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:50:22:23:0.315068:15:7:21:28:15:8:22:28 chr12 51135275 . T C 859.09 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00679497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8279;QD=54.5456;RBI=0.0832589;REFB=-0.133503;REVB=0.0829811;RO=1;SAF=35;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132969;STB=0.513884;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00557313;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:26:35:1:0:26:35:2:0 chr12 51141883 . A G 433.08 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354596;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.726;QD=57.7435;RBI=0.0546624;REFB=0;REVB=-0.0416004;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287985;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr12 51203371 . C T 70.53 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0672088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.962;QD=17.6326;RBI=0.0676417;REFB=-0.0559728;REVB=-0.00764005;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041038;STB=0.523757;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0275071;OID=.;OPOS=51203371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:2:5:6:3:2:5 chr12 51213765 . T C 201.98 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0647656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2184;QD=21.2609;RBI=0.0722381;REFB=0.00427698;REVB=-0.0319962;RO=18;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192818;STB=0.609258;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00183595;OID=.;OPOS=51213765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:15:5:8:10:15:5:8:10 chr12 51235317 . A G 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00079897;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7752;QD=58.6149;RBI=0.0122193;REFB=0;REVB=0.0121932;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62022e-05;OID=.;OPOS=51235317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:7:25:0:0:7:25:0:0 chr12 51236802 . T C 54.44 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0355092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8337;QD=9.46798;RBI=0.189592;REFB=-0.0635498;REVB=0.186237;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10912;STB=0.56739;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.13778;OID=.;OPOS=51236802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:10:5:2:6:10:5 chr12 51333796 . C CA 120.38 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0141015;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.2148;QD=9.82681;RBI=0.121543;REFB=0.0140931;REVB=-0.120722;RO=29;SAF=5;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37347;STB=0.745359;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=-0.0265316;OID=.;OPOS=51333797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:21:52:21:49:28:4:17:16:12:99:29:5:16:17:12 chr12 51402905 . T G 542.29 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387043;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.982;QD=60.2546;RBI=0.0722798;REFB=0;REVB=0.0610439;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322928;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr12 51404467 . C T 109.23 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00368655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3631;QD=14.0939;RBI=0.0206152;REFB=-0.0373542;REVB=-0.0202829;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142857;STB=0.599845;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0227095;OID=.;OPOS=51404467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:5:8:8:9:5:8:8:10 chr12 51442944 . G A 465.64 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.00610635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.316;QD=17.7388;RBI=0.0102055;REFB=-0.0211989;REVB=0.00817704;RO=55;SAF=17;SAR=33;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00571371;STB=0.503175;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0212633;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:33:17:19:36:33:17:19:36 chr12 51636259 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.764;QD=55.0987;RBI=0.0438312;REFB=0;REVB=-0.032558;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.37619e-06;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr12 51681903 . T C 1670.91 PASS AF=0.991304;AO=111;DP=114;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00351553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.085;QD=58.1187;RBI=0.0271227;REFB=-0.189747;REVB=0.0268939;RO=2;SAF=62;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00199425;STB=0.50505;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00142869;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:114:115:2:1:111:114:0.991304:49:62:1:1:49:65:0:1 chr12 51685831 . T C 246.55 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.071;QD=46.9616;RBI=0.029133;REFB=-0.119606;REVB=0.0152764;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533299;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000940199;OID=.;OPOS=51685831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:13:7:0:0:13:7:1:0 chr12 51696500 . G A 96.04 PASS AF=0.375;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.055621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9694;QD=12.0048;RBI=0.0600921;REFB=-0.050577;REVB=-0.0227457;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374704;STB=0.749531;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0500725;OID=.;OPOS=51696500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:32:17:20:12:12:0.375:10:2:8:9:10:2:10:10 chr12 51707626 . C T 445.79 PASS AF=0.714286;AO=40;DP=56;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00933298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.685;QD=31.842;RBI=0.0213289;REFB=-0.0373988;REVB=0.0191786;RO=16;SAF=17;SAR=23;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401804;STB=0.521768;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.007161;OID=.;OPOS=51707626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:16:16:40:40:0.714286:23:17:8:8:23:17:8:8 chr12 51722311 . C T 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.324;QD=62.9786;RBI=0.0252337;REFB=0;REVB=-0.00238286;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86869e-05;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr12 51723602 . GGCC G,GC 182.06 PASS AF=0.0344828,0.827586;AO=6,11;DP=30;FAO=1,24;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=1,13;FSAR=0,11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.103252,-0.100979;FXX=0.0333222;HRUN=5,5;LEN=3,2;MLLD=14.3483,16.0191;QD=25.1118;RBI=0.193381,0.165869;REFB=-0.0247467,-0.00391917;REVB=0.163509,0.13159;RO=11;SAF=6,8;SAR=0,3;SRF=1;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.827439,0.514168;STB=0.992027,0.541632;STBP=0.249,0.346;TYPE=del,del;VARB=-0.039352,0.0180681;OID=.,.;OPOS=51723603,51723603;OREF=GCC,GC;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0344828,0.827586:6,11:30:1,24:29:4:1,13:0,11:1:3:11:11:6,8:0,3:1:10 chr12 51740388 . C A 391.29 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.373;QD=53.9706;RBI=0.0411183;REFB=0;REVB=0.0248891;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150742;OID=.;OPOS=51740388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:26:29:1:8:18:0:0:9:20:0:0 chr12 51771040 . T C 550.72 PASS AF=0.595238;AO=49;DP=88;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00418365;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.099;QD=26.2245;RBI=0.0770194;REFB=-0.0125443;REVB=0.0769057;RO=34;SAF=28;SAR=21;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00962513;STB=0.500483;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00819595;OID=.;OPOS=51771040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:84:34:34:49:50:0.595238:21:28:19:15:22:28:19:15 chr12 52080965 . C T 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.58;QD=55.2209;RBI=0.0273419;REFB=-0.00992605;REVB=0.017591;RO=1;SAF=12;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105982;STB=0.505616;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=4.3683e-05;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:44:12:0:1:44:12:0:1 chr12 52204246 . T C 349.84 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0124049;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.216;QD=19.991;RBI=0.0330122;REFB=0.00470919;REVB=0.0305928;RO=34;SAF=13;SAR=23;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151723;STB=0.584378;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00517408;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:34:36:36:0.514286:23:13:18:16:23:13:18:16 chr12 52211942 . G A 158.92 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0151609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.747;QD=17.6574;RBI=0.0194587;REFB=-0.0102373;REVB=0.0121978;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271658;STB=0.656098;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0138394;OID=.;OPOS=52211942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:19:16:17:0.472222:10:6:2:15:11:6:2:17 chr12 52215102 . T G 58.79 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00152805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.732;QD=14.6979;RBI=0.0243128;REFB=-0.00901262;REVB=-0.0242647;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09181;STB=0.576719;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00914478;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:15:16:8:8:7:8:0.5:2:5:5:3:2:6:5:3 chr12 52282470 . GACCCCC CGACCCC,GACCCC,GACCCCG 51.44 PASS AF=0,0.309524,0;AO=2,6,5;DP=42;FAO=0,13,0;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=0,12,0;FSAR=0,1,0;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0447529,-0.0709967,-0.130713;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=3,1,1;MLLD=55.5526,11.1192,29.4237;QD=4.89914;RBI=0.0451504,0.201454,0.154208;REFB=-0.0183583,-0.0826566,-0.0233256;REVB=-0.00597857,0.188529,0.0818176;RO=23;SAF=2,5,5;SAR=0,1,0;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.483597,0.403803,0.667745;STB=0.5,0.842577,0.5;STBP=1,0.012,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.124103,0.150959;OID=.,.,.;OPOS=52282470,52282472,52282476;OREF=GAC,C,C;OALT=CGA,-,G;OMAPALT=CGACCCC,GACCCC,GACCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:42:42:23:29:2,6,5:0,13,0:0,0.309524,0:0,1,0:2,5,5:12:11:0,1,0:0,12,0:17:12 chr12 52284233 . T C 739.94 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.851;QD=62.9739;RBI=0.0253355;REFB=0;REVB=-0.0251529;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04203e-05;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:22:24:0:0:23:24:0:0 chr12 52296868 . CTTTTTTA ACTTTTTA,CTTTTT,CTTTTTA 157.4 PASS AF=0,0.211921,0.0993377;AO=8,19,20;DP=155;FAO=0,32,15;FDP=151;FR=.;FRO=104;FSAF=0,4,6;FSAR=0,28,9;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=-0.0299226,0.0104555,-0.0471581;FXX=0.0194793;HRUN=1,6,6;LEN=2,2,1;MLLD=25.4157,16.08,9.19678;QD=4.16951;RBI=0.0668916,0.13471,0.113792;REFB=-0.0538136,-0.0674891,-0.0966285;REVB=-0.0598258,-0.134303,-0.10356;RO=73;SAF=3,1,12;SAR=5,18,8;SRF=31;SRR=42;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.059406,-0.611104,0.217514;STB=0.5,0.797458,0.529372;STBP=1,0.002,0.831;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.114661,0.112261;OID=.,.,.;OPOS=52296868,52296874,52296869;OREF=CT,TA,T;OALT=AC,-,-;OMAPALT=ACTTTTTA,CTTTTT,CTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:96:155:151:73:104:8,19,20:0,32,15:0,0.211921,0.0993377:5,18,8:3,1,12:31:42:0,28,9:0,4,6:45:59 chr12 52471159 . C T 230.73 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0300889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6907;QD=17.7484;RBI=0.0450893;REFB=-0.0171768;REVB=-0.0335813;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870828;STB=0.537837;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0264062;OID=.;OPOS=52471159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:13:12:10:16:13:12:11:16 chr12 52564449 . C T 193.69 PASS AF=0.655172;AO=17;DP=28;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00905811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1184;QD=26.7162;RBI=0.161173;REFB=-0.0241062;REVB=0.160919;RO=11;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570112;STB=0.525665;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0187881;OID=.;OPOS=52564449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:28:29:11:10:17:19:0.655172:5:12:7:4:7:12:7:3 chr12 52565321 . A AT 276.83 PASS AF=1;AO=3;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420533;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=197.392;QD=48.1442;RBI=0.0531675;REFB=0;REVB=-0.0325315;RO=20;SAF=2;SAR=1;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419799;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.13227e-05;OID=.;OPOS=52565322;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:23:23:23:0:16:7:0:0:4:20:2:1:14:6 chr12 52565322 . G T 235.77 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00511501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.534;QD=41.0037;RBI=0.0311629;REFB=-0.21697;REVB=-0.0307403;RO=3;SAF=14;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00944992;STB=0.505149;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00215163;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:23:23:3:3:20:20:0.869565:6:14:2:1:6:14:2:1 chr12 52602013 . C T 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.944;QD=58.2362;RBI=0.061026;REFB=0;REVB=0.0300679;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129551;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr12 52631313 . A G 1512.12 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5197;QD=63.0049;RBI=0.130388;REFB=0;REVB=0.125917;RO=1;SAF=66;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160683;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00092444;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:1:0:95:96:1:29:66:0:1:30:66:0:0 chr12 52639302 . G C 703.88 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0831;QD=62.5666;RBI=0.0599905;REFB=0;REVB=0.025168;RO=0;SAF=9;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000412637;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:36:9:0:0:36:9:0:0 chr12 52646239 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0254369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.461;QD=12.4824;RBI=0.0264484;REFB=0.00201223;REVB=-0.00724441;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368382;STB=0.709789;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00395652;OID=.;OPOS=52646239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:2:17:7:5:2:17 chr12 52648080 . G A 371.41 PASS AF=0.413462;AO=42;DP=102;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0171455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6489;QD=14.2852;RBI=0.0430414;REFB=-0.0115228;REVB=0.0394791;RO=60;SAF=23;SAR=19;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497628;STB=0.529477;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0219356;OID=.;OPOS=52648080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:60:61:42:43:0.413462:19:23:30:30:19:24:31:30 chr12 52661302 . C A 385.87 PASS AF=0.966667;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0307827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8106;QD=51.4489;RBI=0.0987154;REFB=-0.00775911;REVB=0.0937931;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.519986;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00761114;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:30:0:1:27:29:0.966667:11:16:0:0:12:17:0:1 chr12 52681925 . A C 1000.31 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4272;QD=58.842;RBI=0.0405474;REFB=0;REVB=0.0169414;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39468e-05;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:42:25:0:0:42:26:0:0 chr12 52699548 . T C 1392.81 PASS AF=1;AO=66;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202343;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.428;QD=63.3094;RBI=0.0751276;REFB=0;REVB=0.0723515;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398696;OID=.;OPOS=52699548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:66:88:1:41:25:0:0:62:26:0:0 chr12 52708420 . G A 1512.4 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.421;QD=59.8969;RBI=0.0265088;REFB=0;REVB=0.0250109;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95977e-05;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:60:41:0:0:60:41:0:0 chr12 52708565 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.626;QD=57.6798;RBI=0.0357193;REFB=0;REVB=0.0335498;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118741;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:15:16:0:0 chr12 52712975 . G A 709.75 PASS AF=0.962264;AO=49;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.057643;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.713;QD=53.5663;RBI=0.0597239;REFB=-0.0548706;REVB=0.015628;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154304;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0023313;OID=.;OPOS=52712975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:49:51:0.962264:30:19:0:1:30:21:0:1 chr12 52753861 . C T 791.21 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0493;QD=56.5147;RBI=0.0654655;REFB=0;REVB=0.0292684;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128441;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:29:27:0:0 chr12 52774235 . A G 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6098;QD=62.9785;RBI=0.00998282;REFB=0;REVB=-0.0097125;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.87609e-05;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr12 52777502 . A G 922.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299004;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.462;QD=58.5811;RBI=0.0364308;REFB=0;REVB=0.0208127;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101504;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:36:26:0:0:37:26:0:0 chr12 52789509 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.885;QD=58.5877;RBI=0.0173867;REFB=0;REVB=-0.00125147;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4081e-05;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr12 52789597 . A G 427.88 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0096486;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.559;QD=51.864;RBI=0.0125879;REFB=-0.0202348;REVB=0.00808457;RO=2;SAF=12;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133849;STB=0.507182;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00111932;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:19:12:1:1:19:12:1:1 chr12 52789605 . T A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.956;QD=57.6804;RBI=0.0235443;REFB=0;REVB=0.0167928;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61957e-07;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr12 52818504 . T G 322.08 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0179598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.303;QD=23.8579;RBI=0.0193663;REFB=-0.0495027;REVB=-0.00724545;RO=11;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195315;STB=0.535187;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0281423;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:11:17:28:29:0.537037:18:10:8:3:18:11:8:9 chr12 52822258 . A G 118.87 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0420466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.283;QD=13.2081;RBI=0.045509;REFB=-0.0423736;REVB=0.0174113;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1136;STB=0.599867;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0604185;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:22:13:14:0.388889:8:5:6:15:8:6:6:16 chr12 52824352 . G A 404.78 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0114484;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.364;QD=15.8735;RBI=0.0298027;REFB=-0.009344;REVB=0.0275161;RO=57;SAF=16;SAR=29;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22502;STB=0.62621;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0200601;OID=.;OPOS=52824352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:57:57:45:45:0.441176:29:16:33:24:29:16:33:24 chr12 52825362 . CG CA,GC 282.38 PASS AF=0.54717,0;AO=29,2;DP=54;FAO=29,0;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15,0;FSAR=14,0;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0176714,-0.0252119;FXX=0.0185151;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=97.8312,90.5503;QD=21.3119;RBI=0.0275851,0.10727;REFB=-0.0446262,-0.00631788;REVB=-0.0211816,-0.104265;RO=19;SAF=15,0;SAR=14,2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.106635,-0.466529;STB=0.601485,0.5;STBP=0.135,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.023205,0.0820047;OID=.,.;OPOS=52825363,52825362;OREF=G,CG;OALT=A,GC;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:19:24:29,2:29,0:0.54717,0:14,2:15,0:7:12:14,0:15,0:7:17 chr12 52827818 . T C 151.43 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0529696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.534;QD=12.8878;RBI=0.0531303;REFB=-0.00284523;REVB=-0.00412859;RO=30;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335576;STB=0.696736;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00474872;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:12:5:18:12:12:5:18:12 chr12 52841765 . G A 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00782665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.492;QD=16.6184;RBI=0.00784336;REFB=-0.00284427;REVB=-0.000511701;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374422;STB=0.521258;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00532067;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:14:9:12:16:14:9:12:16 chr12 52843779 . T C 50.63 PASS AF=0.123711;AO=9;DP=97;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0227275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.388;QD=2.08772;RBI=0.0245022;REFB=-0.00186203;REVB=0.00915518;RO=85;SAF=2;SAR=7;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310843;STB=0.557962;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0184364;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:97:97:85:85:9:12:0.123711:7:2:41:44:7:5:41:44 chr12 52844265 . T C 433.24 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00608513;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.948;QD=16.196;RBI=0.0177205;REFB=-0.0243704;REVB=0.016643;RO=59;SAF=15;SAR=33;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138017;STB=0.577431;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0260409;OID=.;OPOS=52844265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:48:48:0.448598:33:15:26:33:33:15:26:33 chr12 52845801 . T C 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00620845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.544;QD=12.0242;RBI=0.0691228;REFB=-0.0282079;REVB=-0.0688434;RO=19;SAF=11;SAR=1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553936;STB=0.832639;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0212342;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:19:20:12:12:0.375:1:11:10:9:1:11:11:9 chr12 52863038 . G A 176.24 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0324086;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.196;QD=11.9483;RBI=0.0370194;REFB=-0.01515;REVB=0.0178918;RO=37;SAF=16;SAR=6;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164075;STB=0.595653;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0200511;OID=.;OPOS=52863038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:37:22:22:0.372881:6:16:22:15:6:16:22:15 chr12 52863213 . C T 354.33 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00983936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.547;QD=13.8953;RBI=0.0360918;REFB=-0.023893;REVB=-0.0347247;RO=61;SAF=20;SAR=21;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159914;STB=0.590238;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0360601;OID=.;OPOS=52863213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:21:20:39:22:21:20:39:22 chr12 52863621 . T G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00891203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.403;QD=12.0207;RBI=0.0235004;REFB=-1.99188e-05;REVB=-0.021745;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226397;STB=0.634719;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.000125355;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:4:10:13:12:4:10:13:12 chr12 52866060 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.344;QD=60.6094;RBI=0.0425372;REFB=0;REVB=0.0320954;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257284;OID=.;OPOS=52866060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr12 52886478 . T C 218.35 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0177171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.491;QD=13.6467;RBI=0.030868;REFB=-0.0412425;REVB=0.0252772;RO=36;SAF=18;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208012;STB=0.636255;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0452539;OID=.;OPOS=52886478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:38:26:26:0.40625:8:18:18:18:8:18:18:20 chr12 52886490 . A G 252.31 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00591966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.272;QD=14.017;RBI=0.031643;REFB=-0.0385434;REVB=-0.0310844;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782566;STB=0.519468;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0363447;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:42:29:30:0.416667:16:13:20:18:16:14:21:21 chr12 52912906 . G T 201.44 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0260676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8154;QD=13.6569;RBI=0.042223;REFB=0.00313598;REVB=-0.0332153;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168571;STB=0.595613;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00254082;OID=.;OPOS=52912906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:22:12:13:12:22:12 chr12 52912909 . G T 195.62 PASS AF=0.413793;AO=25;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00671147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.6;QD=13.4913;RBI=0.0244984;REFB=-0.0119639;REVB=0.0235611;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155735;STB=0.625962;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0161117;OID=.;OPOS=52912909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:34:25:24:0.413793:12:13:21:10:13:11:23:11 chr12 52938364 . T C 1545.96 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732192;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.927;QD=59.4599;RBI=0.0150785;REFB=0;REVB=0.0131815;RO=0;SAF=34;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22297e-05;OID=.;OPOS=52938364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:101:104:1:67:34:0:0:70:34:0:0 chr12 52938497 . A C 358.91 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.665;QD=55.2168;RBI=0.147339;REFB=0;REVB=-0.0081953;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140258;OID=.;OPOS=52938497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:12:11:0:0:12:14:0:0 chr12 52939407 . AGAG A 149.36 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281841;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=3;MLLD=259.975;QD=45.9575;RBI=0.0380251;REFB=0;REVB=0.0255259;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000416956;OID=.;OPOS=52939408;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:14:13:13:0:5:8:0:0:4:0:5:8:0:0 chr12 52943144 . G A 693.23 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0961604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9401;QD=53.3257;RBI=0.115378;REFB=-0.0782899;REVB=0.0637602;RO=2;SAF=27;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00374337;OID=.;OPOS=52943144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:52:2:0:50:52:1:23:27:2:0:23:29:0:0 chr12 52965173 . T G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00242352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.653;QD=59.5018;RBI=0.0247156;REFB=0;REVB=-0.0245965;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39849e-05;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr12 52965722 . T C 972.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.988;QD=58.9205;RBI=0.0362473;REFB=0;REVB=0.00260577;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82701e-05;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:41:24:0:0:41:25:0:0 chr12 52965761 . C T 975.91 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0548273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.607;QD=57.4066;RBI=0.0707632;REFB=-0.129538;REVB=0.0447369;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.511624;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00390749;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:46:21:0:0:46:21:1:0 chr12 52965782 . T C 837.64 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3215;QD=55.8424;RBI=0.0441207;REFB=-0.0879346;REVB=-0.0373187;RO=1;SAF=17;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269414;STB=0.514281;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00165714;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:42:17:1:0:42:17:1:0 chr12 52966390 . A T 169.12 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00692121;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.38;QD=10.4074;RBI=0.0106291;REFB=-0.015982;REVB=0.00806692;RO=43;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102855;STB=0.506019;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0323181;OID=.;OPOS=52966390;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:43:43:22:22:0.338462:14:8:16:27:14:8:16:27 chr12 52966428 . G C 137.39 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.001678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.446;QD=11.2151;RBI=0.00948783;REFB=-0.012823;REVB=-0.00933827;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206245;STB=0.529989;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0296354;OID=.;OPOS=52966428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:33:16:16:0.326531:9:7:13:18:9:7:13:20 chr12 52981442 . C A 400.7 PASS AF=0.465909;AO=42;DP=90;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00248192;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9842;QD=18.2137;RBI=0.0119615;REFB=-0.0239777;REVB=0.0117012;RO=45;SAF=23;SAR=19;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113273;STB=0.542333;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0233277;OID=.;OPOS=52981442;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:45:47:42:41:0.465909:19:23:30:15:18:23:30:17 chr12 52984620 . C T 217.8 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0114255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3688;QD=16.7542;RBI=0.0295145;REFB=0.00370365;REVB=0.0272133;RO=28;SAF=18;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163164;STB=0.592941;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00781842;OID=.;OPOS=52984620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:6:18:17:11:6:18:17:11 chr12 52985293 . A G 1279.67 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=88;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0455167;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0997;QD=59.5195;RBI=0.0689702;REFB=0.0458955;REVB=-0.0518181;RO=2;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278394;STB=0.514702;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00187301;OID=.;OPOS=52985293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:86:2:2:84:84:0.976744:33:51:0:2:33:51:0:2 chr12 52986187 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.692;QD=47.8224;RBI=0.063296;REFB=0;REVB=0.0593121;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381714;OID=.;OPOS=52986187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr12 52992812 . T C 808.34 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.038132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8252;QD=53.8896;RBI=0.0481953;REFB=0.0407708;REVB=0.0294744;RO=2;SAF=23;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039261;STB=0.520826;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0012271;OID=.;OPOS=52992812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:35:23:2:0:35:23:2:0 chr12 52994955 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0464456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.299;QD=13.6602;RBI=0.0481861;REFB=-0.00377403;REVB=-0.0128339;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426707;STB=0.747692;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00554169;OID=.;OPOS=52994955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:6:15:4:10:6:15 chr12 53007492 . C T 368.56 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.000520302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6322;QD=19.3977;RBI=0.00765511;REFB=-0.0303808;REVB=0.0076374;RO=36;SAF=27;SAR=11;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735044;STB=0.531131;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0223316;OID=.;OPOS=53007492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:38:38:38:0.5:11:27:23:13:11:27:25:13 chr12 53011955 . G A 346.99 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.000742544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.973;QD=14.61;RBI=0.0165125;REFB=0.0042912;REVB=0.0164958;RO=56;SAF=20;SAR=18;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857588;STB=0.553045;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00707706;OID=.;OPOS=53011955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:57:38:38:0.4:18:20:34:22:18:20:35:22 chr12 53045615 . A G 41.85 PASS AF=0.266667;AO=4;DP=15;FAO=4;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0439763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0876;QD=11.1589;RBI=0.071499;REFB=-0.0492163;REVB=0.0563755;RO=9;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579645;STB=0.582928;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.014052;OID=.;OPOS=53045615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:15:15:9:8:4:4:0.266667:2:2:4:5:2:2:3:5 chr12 53045626 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.981;QD=43.4856;RBI=0.0375628;REFB=0;REVB=0.0375096;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285844;OID=.;OPOS=53045626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr12 53069014 . T C 815.21 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0263827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6576;QD=52.5944;RBI=0.0269812;REFB=-0.000626063;REVB=0.00565164;RO=3;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576513;STB=0.530602;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000556437;OID=.;OPOS=53069014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:3:3:59:59:0.951613:23:36:0:3:23:36:0:3 chr12 53070121 . T G 685.25 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0146113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7989;QD=58.3193;RBI=0.064112;REFB=-0.182293;REVB=-0.0624248;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018429;STB=0.519222;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00684607;OID=.;OPOS=53070121;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:1:2:45:45:0.957447:20:25:1:0:20:25:2:0 chr12 53085089 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0564164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.549;QD=53.2763;RBI=0.056459;REFB=0;REVB=-0.00219274;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236267;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:20:3:0:0:20:3:0:0 chr12 53088484 . C T 1568.37 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3068;QD=63.3686;RBI=0.0284762;REFB=0;REVB=-0.019469;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82015e-05;OID=.;OPOS=53088484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:48:49:0:0:49:50:0:0 chr12 53096913 . G A 66.61 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.552;QD=38.0653;RBI=0.0132151;REFB=0;REVB=-0.0132151;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16193e-05;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr12 53162773 . A G 548.41 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0309;QD=59.2871;RBI=0.0480843;REFB=0;REVB=-0.00136622;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908741;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:17:20:0:0 chr12 53164848 . G A 740.59 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134675;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.354;QD=56.9687;RBI=0.0317575;REFB=0;REVB=0.0287605;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211638;OID=.;OPOS=53164848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr12 53165940 . C T 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.634;QD=57.1022;RBI=0.0478688;REFB=0;REVB=0.00894682;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173672;OID=.;OPOS=53165940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr12 53186088 . G C 191.89 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00718448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.135;QD=15.9906;RBI=0.0100524;REFB=-0.0102614;REVB=-0.00703088;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00794639;STB=0.512646;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0124747;OID=.;OPOS=53186088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:28:19:20:0.416667:8:11:16:12:9:11:16:12 chr12 53186122 . G A 519.58 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.602;QD=59.38;RBI=0.0317046;REFB=0;REVB=0.0283072;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148221;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:15:18:0:0:16:19:0:0 chr12 53204614 . C T 560.61 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249124;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.556;QD=60.6063;RBI=0.04224;REFB=0;REVB=0.0341114;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38975e-05;OID=.;OPOS=53204614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr12 53217701 . C A 262.05 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0286423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.426;QD=25.5661;RBI=0.0288561;REFB=-0.0250392;REVB=0.00350556;RO=17;SAF=8;SAR=16;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333929;STB=0.518503;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0148853;OID=.;OPOS=53217701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:16:8:5:12:16:8:5:12 chr12 53227803 . A G 347.62 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00308443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.606;QD=51.4996;RBI=0.00720333;REFB=-0.00775762;REVB=-0.00650955;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029965;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=3.11356e-05;OID=.;OPOS=53227803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:0:1:15:11:0:1 chr12 53238387 . C T 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0211824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9081;QD=8.8098;RBI=0.021215;REFB=-0.0316332;REVB=0.00117584;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561709;STB=0.847941;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0483678;OID=.;OPOS=53238387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:8:3:5:1:8:3 chr12 53240025 . C T 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0532991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.843;QD=21.5454;RBI=0.0624679;REFB=-0.0318156;REVB=0.0325799;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127847;STB=0.507236;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0207798;OID=.;OPOS=53240025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:3:7:10:4:3:7 chr12 53240584 . A G 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0124544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.114;QD=14.7006;RBI=0.0305015;REFB=0.000224746;REVB=0.0278429;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111711;STB=0.565108;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000558899;OID=.;OPOS=53240584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:7:8:5:7:7:8 chr12 53242440 . A G 333.61 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0144463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2498;QD=24.2622;RBI=0.0351633;REFB=-0.039086;REVB=-0.0320588;RO=22;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257879;STB=0.640634;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.017662;OID=.;OPOS=53242440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:16:17:19:3:16:17:19:3 chr12 53294381 . T C 52.59 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00301646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.589;QD=6.78547;RBI=0.0128969;REFB=-0.00920756;REVB=-0.0125391;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267706;STB=0.668882;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0342108;OID=.;OPOS=53294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:14:9:5:3:14:9 chr12 53343461 . A AC 54.15 PASS AF=0.363636;AO=10;DP=35;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0473761;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.2502;QD=6.56399;RBI=0.0499936;REFB=-0.043669;REVB=-0.0159647;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682721;STB=0.515126;STBP=0.936;TYPE=ins;VARB=0.0541736;OID=.;OPOS=53343462;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:10:35:12:33:21:6:6:11:10:54:24:6:4:13:11 chr12 53343493 . G A 192.7 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0652677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2304;QD=23.3576;RBI=0.0659093;REFB=-0.0507361;REVB=-0.00917384;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739392;STB=0.541358;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0312925;OID=.;OPOS=53343493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:6:8:9:10:6:8 chr12 53433089 . C A 1204.88 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00150787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.946;QD=58.7747;RBI=0.0529154;REFB=-0.116744;REVB=0.0528939;RO=2;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197198;STB=0.505153;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000845473;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:2:1:80:81:0.987805:47:33:0:2:48:33:0:1 chr12 53433486 . C T 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0220463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.45;QD=16.4439;RBI=0.0238271;REFB=-0.0161062;REVB=0.00903833;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617371;STB=0.535433;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0221448;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:13:7:11:16:13:7:11:16 chr12 53449597 . T C 423.81 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0121938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.96;QD=21.1905;RBI=0.0131937;REFB=-0.00451716;REVB=0.00503853;RO=38;SAF=16;SAR=26;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114504;STB=0.506326;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00620195;OID=.;OPOS=53449597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:26:16:14:24:26:16:14:24 chr12 53451849 . G C 268.78 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0219915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.779;QD=22.3983;RBI=0.0230594;REFB=-0.00972385;REVB=-0.00693613;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214386;STB=0.61974;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0139737;OID=.;OPOS=53451849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:15:10:15:8:15:10:15:8 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 241.28 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=40;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.014162;FXX=0.0757461;HRUN=2;LEN=11;MLLD=302.568;QD=15.8213;RBI=0.0142494;REFB=-0.0395805;REVB=0.00157624;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.58328;STBP=0.204;TYPE=del;VARB=0.0337063;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.540984:32:40:33:61:28:24:9:16:12:99:0:23:9:0:0 chr12 53453456 . C T 783.8 PASS AF=0.465909;AO=81;DP=177;FAO=82;FDP=176;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=0.00763467;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.584;QD=17.8135;RBI=0.016528;REFB=-0.0121128;REVB=0.014659;RO=93;SAF=38;SAR=43;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763832;STB=0.547858;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0148384;OID=.;OPOS=53453456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:93:94:81:82:0.465909:43:38:51:42:44:38:52:42 chr12 53457618 . C T 285.4 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0757723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.333;QD=18.1205;RBI=0.0763176;REFB=-0.00773269;REVB=0.00910675;RO=32;SAF=5;SAR=26;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424429;STB=0.523794;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00769621;OID=.;OPOS=53457618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:26:5:6:26:26:5:6:26 chr12 53458391 . G A 270.9 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0138014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.501;QD=12.1752;RBI=0.0232855;REFB=-0.0108668;REVB=-0.0187547;RO=57;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160824;STB=0.592278;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.023945;OID=.;OPOS=53458391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:15:17:22:35:15:17:22:35 chr12 53458589 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0087547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.395;QD=20.838;RBI=0.0369821;REFB=-0.0409579;REVB=0.0359309;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455969;STB=0.526256;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0136;OID=.;OPOS=53458589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:3:6:3:2:3:6:3:2 chr12 53459101 . G A 331.05 PASS AF=0.433735;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0142947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.76;QD=15.954;RBI=0.0284525;REFB=-0.0241768;REVB=0.024601;RO=47;SAF=10;SAR=25;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159436;STB=0.595364;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0296336;OID=.;OPOS=53459101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:47:35:36:0.433735:25:10:20:27:26:10:20:27 chr12 53607263 . AGGGGGC AGGGGC,AGGGGCG,GAGGGGC 113.44 PASS AF=0.806452,0,0;AO=17,2,3;DP=33;FAO=25,0,0;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=20,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0651221,-0.0866775,-0.0299364;FXX=0.0312402;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=9.04065,11.6017,114.434;QD=14.6372;RBI=0.126389,0.123839,0.135872;REFB=-0.212651,-0.146381,-0.0395839;REVB=-0.10832,0.0884484,-0.132533;RO=8;SAF=16,2,0;SAR=1,0,3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.324721,0.519945,-0.73181;STB=0.538429,0.5,0.5;STBP=0.491,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.161698,0,0.0329774;OID=.,.,.;OPOS=53607264,53607268,53607263;OREF=G,GC,AG;OALT=-,CG,GA;OMAPALT=AGGGGC,AGGGGCG,GAGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:33:31:8:6:17,2,3:25,0,0:0.806452,0,0:1,0,3:16,2,0:6:2:5,0,0:20,0,0:4:2 chr12 53647373 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.801;QD=57.3855;RBI=0.0415237;REFB=0;REVB=0.0400049;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82247e-05;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:20:36:0:0:20:37:0:0 chr12 53662624 . C A 604.71 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243709;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.131;QD=58.9961;RBI=0.0285078;REFB=-0.0319151;REVB=-0.0147903;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000174591;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:1:0:20:20:1:0 chr12 53670545 . C A 1377.99 PASS AF=0.989247;AO=85;DP=87;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020015;FXX=0.0312467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.6323;QD=59.2684;RBI=0.0673423;REFB=-0.0502668;REVB=0.0642992;RO=2;SAF=46;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00180469;STB=0.505375;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00330863;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:93:2:1:85:92:0.989247:39:46:1:1:46:46:1:0 chr12 53681883 . A T 375.3 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.875;QD=55.5997;RBI=0.0248189;REFB=0;REVB=-0.0158517;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90862e-05;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr12 53682326 . G A 1464.35 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2399;QD=61.6568;RBI=0.13091;REFB=0;REVB=0.0932063;RO=3;SAF=50;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013175;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160588;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:95:3:0:91:95:1:41:50:1:2:43:52:0:0 chr12 53686703 . G A 689.13 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9419;QD=62.6482;RBI=0.0925222;REFB=0;REVB=0.0862231;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652296;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr12 53693532 . AA GC 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597041;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=165.667;QD=37.4885;RBI=0.00656853;REFB=0;REVB=0.00273856;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000156841;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr12 53700848 . C T 1666.93 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191406;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5863;QD=58.4888;RBI=0.0510814;REFB=-0.120047;REVB=0.0473598;RO=0;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00610976;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:114:0:0:111:114:1:48:63:0:0:47:67:0:0 chr12 53700860 . A G 1837.61 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.222;QD=61.2536;RBI=0.0191407;REFB=0;REVB=0.0163065;RO=0;SAF=68;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00819e-05;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:52:68:0:0:52:68:0:0 chr12 53703021 . G A 708.33 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9869;QD=62.9626;RBI=0.0824183;REFB=0;REVB=0.0315724;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015954;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr12 53722098 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.405;QD=58.5866;RBI=0.0383766;REFB=0;REVB=-0.0313192;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42351e-05;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr12 53722128 . G A 272.35 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.51;QD=51.8763;RBI=0.0389979;REFB=0;REVB=0.0168982;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054675;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:18:3:0:0:18:3:0:0 chr12 53729425 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0323809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.047;QD=10.1742;RBI=0.0386671;REFB=-0.00243273;REVB=0.0211334;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.571184;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00461448;OID=.;OPOS=53729425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:4:5:4:2:4:5 chr12 54067544 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.027;QD=37.4885;RBI=0.00519349;REFB=0;REVB=-0.00426866;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77036e-05;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr12 54109659 . C T 1259.26 PASS AF=0.977011;AO=83;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.121515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5748;QD=57.897;RBI=0.156773;REFB=-0.118235;REVB=0.0990545;RO=2;SAF=56;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166145;STB=0.508473;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0121567;OID=.;OPOS=54109659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:83:85:0.977011:27:56:2:0:27:58:2:0 chr12 54109733 . A G 2632.9 PASS AF=1;AO=168;DP=173;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326637;FXX=0.01734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.462;QD=61.9507;RBI=0.0391677;REFB=0;REVB=-0.0216146;RO=0;SAF=99;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037093;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:173:170:0:0:168:170:1:69:99:0:0:69:101:0:0 chr12 54340077 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.419;QD=61.8526;RBI=0.00567883;REFB=0;REVB=0.00373039;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15249e-05;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr12 54367061 . T G 721.45 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0538504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.861;QD=60.1213;RBI=0.0615099;REFB=-0.0844628;REVB=0.0297255;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.507243;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00501391;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:46:47:0.979167:12:34:0:0:13:34:1:0 chr12 54385599 . C T 214.7 PASS AF=0.385714;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.113794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.831;QD=12.2683;RBI=0.113804;REFB=-0.0146178;REVB=0.00151333;RO=41;SAF=6;SAR=20;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873748;STB=0.565906;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0212617;OID=.;OPOS=54385599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:41:43:26:27:0.385714:20:6:12:29:21:6:13:30 chr12 54496166 . G T 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00800243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.678;QD=8.40186;RBI=0.0111072;REFB=-0.00232714;REVB=0.00770259;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195762;STB=0.620179;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00559499;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:8:13:4:5:8:13 chr12 54496219 . A G 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00760775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.257;QD=6.31735;RBI=0.02567;REFB=-0.00212337;REVB=-0.0245168;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190026;STB=0.512165;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00513863;OID=.;OPOS=54496219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:5:3:9:16:5:3:9:16 chr12 54674638 . T C 341.31 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00887418;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.342;QD=27.8617;RBI=0.010901;REFB=-0.0307565;REVB=-0.00633095;RO=18;SAF=14;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012002;STB=0.510197;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0167824;OID=.;OPOS=54674638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:19:29:30:0.612245:15:14:9:9:15:15:9:10 chr12 54711574 . A G 67.46 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9388;QD=29.9841;RBI=0.0393314;REFB=-0.000419392;REVB=0.0268069;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.538369;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.013056;OID=.;OPOS=54711574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:6:2:0:0:6:2:0:1 chr12 54799450 . A G 468.91 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000766776;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.95;QD=58.6135;RBI=0.010015;REFB=0;REVB=-0.00998557;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58943e-05;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr12 54905815 . C G 738.03 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617428;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.022;QD=53.6747;RBI=0.0620626;REFB=-0.0812371;REVB=0.00629238;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106521;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:55:0:0:53:55:1:29:24:0:0:29:26:0:0 chr12 54970454 . T C 1377.11 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9856;QD=62.5959;RBI=0.0139323;REFB=0;REVB=-0.00364749;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24902e-05;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:54:34:0:0:54:34:0:0 chr12 54972992 . T C 538.03 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3522;QD=59.7807;RBI=0.0205786;REFB=0;REVB=0.0179474;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87948e-05;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr12 54973623 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.29624e-07;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.34;QD=63.8711;RBI=0.0116692;REFB=0;REVB=-0.0116692;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91812e-05;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr12 54975837 . T C 2303.3 PASS AF=0.957317;AO=156;DP=163;FAO=157;FDP=164;FR=.;FRO=7;FSAF=45;FSAR=112;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0335712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2663;QD=56.1781;RBI=0.0557106;REFB=-0.0602193;REVB=-0.0444595;RO=6;SAF=44;SAR=112;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468273;STB=0.529032;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00233878;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:163:164:6:7:156:157:0.957317:112:44:5:1:112:45:6:1 chr12 55248357 . G T 1153.29 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.214;QD=60.6993;RBI=0.0261116;REFB=0;REVB=0.0171397;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.69107e-06;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr12 55250612 . A G 1080.48 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.196;QD=60.0264;RBI=0.031854;REFB=0;REVB=0.0255939;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142032;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:34:36:0:0:35:37:0:0 chr12 55344024 . G A 385.15 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.0212061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0632;QD=15.4061;RBI=0.0595503;REFB=-0.0131822;REVB=0.0556466;RO=58;SAF=26;SAR=15;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634095;STB=0.539434;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0150159;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:59:41:41:0.41:15:26:40:18:15:26:41:18 chr12 55344133 . C G 600.48 PASS AF=0.426752;AO=67;DP=160;FAO=67;FDP=157;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.0113108;FXX=0.0187488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.82;QD=15.2989;RBI=0.0135638;REFB=-0.00406912;REVB=-0.00748627;RO=89;SAF=33;SAR=34;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101672;STB=0.553127;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00482484;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:157:89:90:67:67:0.426752:34:33:35:54:34:33:36:54 chr12 55422672 . ATTTTTTTTCA ATTTTTTTCA,ATTTTTTTCAT 31.61 PASS AF=0.193548,0;AO=26,5;DP=93;FAO=18,0;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=10,0;FSAR=8,0;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0126001,0.00777826;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,3;MLLD=7.75068,130.52;QD=1.35967;RBI=0.0822135,0.0241396;REFB=-0.134917,-0.0113152;REVB=-0.0812422,-0.0228521;RO=40;SAF=11,0;SAR=15,5;SRF=25;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.21116,-0.664513;STB=0.539524,0.5;STBP=0.744,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.183345,0;OID=.,.;OPOS=55422673,55422680;OREF=T,TCA;OALT=-,CAT;OMAPALT=ATTTTTTTCA,ATTTTTTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193548,0:26,5:93:18,0:93:75:10,0:8,0:38:37:33:40:11,0:15,5:25:15 chr12 55523586 . AT A 223.29 PASS AF=0.506024;AO=38;DP=85;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.148637;FXX=0.0235266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.3285;QD=10.7608;RBI=0.164824;REFB=0.0254944;REVB=-0.0712314;RO=39;SAF=17;SAR=21;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129085;STB=0.565683;STBP=0.238;TYPE=del;VARB=-0.00766348;OID=.;OPOS=55523587;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506024:38:85:42:83:41:20:22:25:16:99:39:17:21:23:16 chr12 55523685 . C T 607.12 PASS AF=0.425;AO=68;DP=161;FAO=68;FDP=160;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.000734585;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0002;QD=15.178;RBI=0.0251144;REFB=-0.0141043;REVB=-0.0251037;RO=90;SAF=35;SAR=33;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105439;STB=0.564497;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0121973;OID=.;OPOS=55523685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:90:92:68:68:0.425:33:35:37:53:33:35:37:55 chr12 55523860 . A C 164.69 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0164819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.44;QD=9.54749;RBI=0.0188664;REFB=-0.0148596;REVB=-0.00918086;RO=47;SAF=11;SAR=11;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615026;STB=0.536199;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.030792;OID=.;OPOS=55523860;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:11:11:26:21:11:11:26:21 chr12 55524172 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0460224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1459;QD=10.075;RBI=0.0462864;REFB=-0.0126716;REVB=0.00493637;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020009;STB=0.512165;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0198763;OID=.;OPOS=55524172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:5:9:5:3:5:9 chr12 55524314 . T C 250.73 PASS AF=0.48;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0158393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2704;QD=20.0586;RBI=0.0209553;REFB=-0.0214783;REVB=0.0137201;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16417;STB=0.600578;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0209025;OID=.;OPOS=55524314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:23:24:0.48:12:11:17:9:13:11:17:9 chr12 55641255 . C T 210.2 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00324549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.929;QD=15.5706;RBI=0.0105326;REFB=-0.0143603;REVB=-0.0100201;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132046;STB=0.548348;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0214377;OID=.;OPOS=55641255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:30:24:24:0.444444:14:10:8:20:14:10:10:20 chr12 55641295 . A G 219.06 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00885714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.482;QD=13.9086;RBI=0.0232433;REFB=-0.0136416;REVB=0.0214896;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283182;STB=0.50793;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.022373;OID=.;OPOS=55641295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:37:26:26:0.412698:13:13:19:17:13:13:19:18 chr12 55641328 . G A 318.97 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0490078;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.365;QD=17.9699;RBI=0.059558;REFB=0.0083117;REVB=-0.0338437;RO=37;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425543;STB=0.523795;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00942941;OID=.;OPOS=55641328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:37:34:34:0.478873:19:15:18:19:19:15:18:19 chr12 55641920 . G A 47.2 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0277433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.065;QD=11.1053;RBI=0.028045;REFB=-0.0171929;REVB=0.00410256;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.599717;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0120983;OID=.;OPOS=55641920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:10:10:6:7:0.411765:3:3:6:4:4:3:6:4 chr12 55642071 . G A 181.23 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00782627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1907;QD=9.41454;RBI=0.0245942;REFB=-0.00206307;REVB=-0.0233158;RO=49;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127346;STB=0.516926;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00369684;OID=.;OPOS=55642071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:53:24:24:0.311688:11:13:26:23:11:13:30:23 chr12 55688267 . G A 708.46 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.615;QD=62.974;RBI=0.0451604;REFB=0;REVB=0.045054;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271685;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr12 55714772 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.02485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.424;QD=9.49156;RBI=0.0255872;REFB=-0.0364957;REVB=0.00609762;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406201;STB=0.743692;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0499463;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:5:13:3:6:5:13 chr12 55714876 . C G 263.87 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00880534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1851;QD=16.4917;RBI=0.0239188;REFB=-0.0107864;REVB=0.022239;RO=34;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618042;STB=0.522565;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0158353;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:29:30:0.46875:11:18:19:15:12:18:19:15 chr12 55715119 . G A 254.45 PASS AF=0.52;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00604489;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.498;QD=20.3556;RBI=0.0135503;REFB=-0.0305199;REVB=0.0121272;RO=24;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122157;STB=0.506821;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0170914;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:24:26:26:0.52:17:9:8:16:17:9:8:16 chr12 55725746 . A T 141.91 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=9.92897e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.474;QD=9.62074;RBI=0.0136952;REFB=-0.00327955;REVB=0.0136949;RO=40;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114645;STB=0.567498;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00636047;OID=.;OPOS=55725746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:10:9:15:25:10:9:15:25 chr12 55759191 . ATTTTTTTTCA ATTTTTTTCA,ATTTTTTTCAT 173.94 PASS AF=0.702128,0.0425532;AO=24,4;DP=48;FAO=33,2;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=11,1;FSAR=22,1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0865989,-0.147935;FXX=0.020829;HRUN=8,8;LEN=1,3;MLLD=8.32698,16.3287;QD=14.8032;RBI=0.0998279,0.148078;REFB=0.0233394,-0.0136818;REVB=0.0496612,0.00651181;RO=10;SAF=6,3;SAR=18,1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.10087,0.372583;STB=0.5,0.641551;STBP=1,0.738;TYPE=del,mnp;VARB=0.0466181,0.0217573;OID=.,.;OPOS=55759192,55759199;OREF=T,TCA;OALT=-,CAT;OMAPALT=ATTTTTTTCA,ATTTTTTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.702128,0.0425532:24,4:48:33,2:47:12:11,1:22,1:4:8:32:10:6,3:18,1:4:6 chr12 55794976 . A G 116.71 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0310862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.738;QD=11.6711;RBI=0.0326187;REFB=-0.00818152;REVB=0.00988054;RO=26;SAF=1;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.632173;STB=0.885705;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00753136;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:13:1:14:12:13:1:14:12 chr12 55805864 . T A 396.59 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.014499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.818;QD=15.1081;RBI=0.0147753;REFB=-0.0129131;REVB=0.00284386;RO=60;SAF=25;SAR=20;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228044;STB=0.512815;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0139464;OID=.;OPOS=55805864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:60:45:45:0.428571:20:25:32:28:20:25:32:28 chr12 55806238 . A G 319.05 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0124971;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.513;QD=23.2035;RBI=0.0130481;REFB=-0.0154843;REVB=0.00375157;RO=23;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203618;STB=0.611856;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00994497;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:23:23:32:32:0.581818:17:15:17:6:17:15:17:6 chr12 55806437 . T C 342.68 PASS AF=0.368421;AO=41;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0103331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.517;QD=12.0238;RBI=0.026168;REFB=-0.00331465;REVB=0.0240414;RO=72;SAF=19;SAR=22;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683323;STB=0.531792;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00496794;OID=.;OPOS=55806437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:72:72:41:42:0.368421:22:19:29:43:23:19:29:43 chr12 55806558 . A G 223.03 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0220519;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.644;QD=18.5854;RBI=0.0332744;REFB=-0.0208887;REVB=0.0249179;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31171;STB=0.67392;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0126425;OID=.;OPOS=55806558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:26:22:22:0.458333:8:14:7:17:8:14:8:18 chr12 55806629 . G C 235.89 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0260468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0592;QD=19.6577;RBI=0.052253;REFB=0.0351674;REVB=-0.0452983;RO=25;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519923;STB=0.529386;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0371949;OID=.;OPOS=55806629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:8:15:15:10:8:15:15:10 chr12 55807356 . G A 130.63 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00400574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.376;QD=13.7508;RBI=0.0200157;REFB=-0.0194555;REVB=0.0196108;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177503;STB=0.592465;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0247493;OID=.;OPOS=55807356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:23:15:15:0.394737:10:5:11:11:10:5:11:12 chr12 55807493 . C T 238.23 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00734129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.732;QD=20.2745;RBI=0.0125549;REFB=-0.0383841;REVB=0.0101848;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181034;STB=0.510195;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0358181;OID=.;OPOS=55807493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:13:11:11:12:13:11 chr12 55808469 . C G 1788.26 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215638;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3011;QD=61.1371;RBI=0.0510012;REFB=0;REVB=-0.0462182;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51711e-05;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:63:54:0:0:63:54:0:0 chr12 55820121 . C T 892.83 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0448055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6512;QD=54.9435;RBI=0.0448096;REFB=0.0155958;REVB=-0.000605987;RO=2;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277594;STB=0.514701;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00393927;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:33:30:0:2:33:30:0:2 chr12 55863224 . C G 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0489994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1251;QD=10.6291;RBI=0.0556294;REFB=0.0037206;REVB=-0.0263379;RO=44;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969348;STB=0.556166;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0172548;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:15:8:12:32:15:8:12:32 chr12 55863381 . A G 374.96 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0571;QD=53.5653;RBI=0.0624491;REFB=0;REVB=0.0169398;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175783;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:1:0:27:28:1:15:12:1:0:15:13:0:0 chr12 55863537 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00157106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.035;QD=19.646;RBI=0.0105957;REFB=0.0140559;REVB=-0.0104786;RO=8;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544708;STB=0.821192;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0129154;OID=.;OPOS=55863537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:10:1:5:3:10:1:5:3 chr12 55886294 . G A 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0545377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.241;QD=16.9305;RBI=0.0701119;REFB=-0.00956897;REVB=-0.0440604;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321591;STB=0.542183;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0105668;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:5:7:6:5:5:7:6:6 chr12 55886379 . C T 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00647152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.637;QD=16.9305;RBI=0.0166106;REFB=-0.00175271;REVB=-0.0152981;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200903;OID=.;OPOS=55886379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:4:8:8:4:4:8 chr12 55886464 . TG GT,TGT 31.7 PASS AF=0,0.233333;AO=2,12;DP=30;FAO=0,7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=0,1;FSAR=0,6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0608153,0.00865674;FXX=0;HRUN=6,0;LEN=2,1;MLLD=30.1109,23.9434;QD=4.22723;RBI=0.0618767,0.00948589;REFB=0.00178477,-0.00337166;REVB=-0.0114117,-0.00387853;RO=16;SAF=0,1;SAR=2,11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.560396,-0.596078;STB=0.5,0.749167;STBP=1,0.209;TYPE=mnp,ins;VARB=0.045512,0.100357;OID=.,.;OPOS=55886464,55886466;OREF=TG,-;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:30:30:16:23:2,12:0,7:0,0.233333:2,11:0,1:9:7:0,6:0,1:9:14 chr12 55886489 . T A 141.04 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0836017;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.0541;QD=13.7599;RBI=0.0862238;REFB=-0.00496729;REVB=0.0211022;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395556;STB=0.721233;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00940737;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:25:16:16:0.390244:12:4:15:9:12:4:15:10 chr12 55945119 . A G 792.24 PASS AF=1;AO=47;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320165;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.365;QD=56.5885;RBI=0.042685;REFB=0;REVB=0.0282303;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781974;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:47:56:1:23:24:0:0:23:33:0:0 chr12 55945856 . A G 170.32 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0947725;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.236;QD=16.6169;RBI=0.09664;REFB=-0.0190459;REVB=0.0189068;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23275;STB=0.624479;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0159674;OID=.;OPOS=55945856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:23:18:18:0.439024:13:5:11:11:13:5:11:12 chr12 56030938 . C T 380.08 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0312109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.513;QD=16.7068;RBI=0.0313413;REFB=-0.0063527;REVB=-0.00285635;RO=47;SAF=13;SAR=27;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621038;STB=0.54162;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00765436;OID=.;OPOS=56030938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:51:40:40:0.43956:27:13:18:29:27:13:20:31 chr12 56031273 . G A 119.42 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0102412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2679;QD=15.9221;RBI=0.0427866;REFB=-0.0129867;REVB=-0.0415429;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248365;STB=0.645912;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.015525;OID=.;OPOS=56031273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:12:2:5:11:12:2:5:11 chr12 56089357 . C T 1114.09 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.189;QD=60.2212;RBI=0.0752289;REFB=0;REVB=-0.00466993;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158988;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr12 56233518 . G A 47.38 PASS AF=0.35;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0337562;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8437;QD=9.4754;RBI=0.0635327;REFB=-0.014596;REVB=-0.053823;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301111;STB=0.666222;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.015895;OID=.;OPOS=56233518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:14:13:7:7:0.35:3:4:4:10:3:4:4:9 chr12 56236531 . A G 1500.39 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7237;QD=63.1744;RBI=0.0981088;REFB=0;REVB=0.094904;RO=0;SAF=64;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348912;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:91:95:1:27:64:0:0:28:67:0:0 chr12 56330572 . G A 258.87 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0292666;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.305;QD=11.6344;RBI=0.0452061;REFB=-0.0147069;REVB=0.0344537;RO=56;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820983;STB=0.557138;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0418911;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:56:58:31:31:0.348315:16:15:23:33:16:15:23:35 chr12 56335107 . A G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0149838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.535;QD=19.0584;RBI=0.0196259;REFB=-0.0251282;REVB=-0.0126752;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248635;STB=0.639862;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0192093;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:5:15:9:10:5:15 chr12 56348028 . G A 104.36 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0022084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.709;QD=10.4365;RBI=0.00591606;REFB=0.00143559;REVB=-0.00548841;RO=26;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538541;STB=0.817661;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00958181;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:2:11:10:16:2:11:11:16 chr12 56351346 . G A 216.38 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00587973;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.913;QD=13.1141;RBI=0.0205587;REFB=-0.00263216;REVB=-0.0197;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105939;STB=0.56056;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00253337;OID=.;OPOS=56351346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:13:13:16:24:13:13:16:24 chr12 56361104 . G A 263.57 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00480566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.454;QD=10.4384;RBI=0.004813;REFB=-0.0102593;REVB=-0.000265682;RO=68;SAF=15;SAR=18;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103416;STB=0.560107;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0211722;OID=.;OPOS=56361104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:68:68:33:33:0.326733:18:15:37:31:18:15:37:31 chr12 56361581 . TG T 30.2 PASS AF=0.533333;AO=6;DP=16;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.000266967;FXX=0.062461;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.96845;QD=8.05225;RBI=0.130594;REFB=-0.0951949;REVB=0.130594;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303121;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=del;VARB=0.113456;OID=.;OPOS=56361582;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:6:16:8:15:7:3:5:3:4:24:7:1:5:3:4 chr12 56398454 . G C 626.79 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00930465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1395;QD=61.1497;RBI=0.0467172;REFB=0;REVB=-0.0457812;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00072724;OID=.;OPOS=56398454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:9:31:0:0:9:32:0:0 chr12 56435929 . C G 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00873019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.116;QD=38.2037;RBI=0.0095702;REFB=0.0337347;REVB=-0.00392077;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607183;STB=0.503932;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00287034;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:1:2:15:15:0.882353:8:7:1:0:8:7:1:1 chr12 56551339 . C A,CAA,CAAA 308.4 PASS AF=0.08,0.2,0.72;AO=8,5,9;DP=28;FAO=2,5,18;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2,7;FSAR=1,3,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025644,-0.192268,-0.137032;FXX=0.0740466;HRUN=1,6,6;LEN=1,2,3;MLLD=190.563,20.9622,22.983;QD=49.3447;RBI=0.0315942,0.201649,0.143109;REFB=0,0,0;REVB=-0.0184549,0.0607882,0.0412609;RO=3;SAF=3,1,3;SAR=5,4,6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0212058,-0.116878,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.00901791,-0.098771,0.030734;OID=.,.,.;OPOS=56551339,56551340,56551340;OREF=C,-,-;OALT=A,AA,AAA;OMAPALT=A,CAA,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:12:28:25:3:0:8,5,9:2,5,18:0.08,0.2,0.72:5,4,6:3,1,3:1:2:1,3,11:1,2,7:0:0 chr12 56647911 . G C 482.38 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9155;QD=58.4699;RBI=0.0243947;REFB=0;REVB=0.0215602;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113198;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr12 56649601 . A G 2082.87 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.543;QD=62.6426;RBI=0.0744779;REFB=0;REVB=0.0570677;RO=0;SAF=50;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08448e-05;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:133:0:0:126:133:1:76:50:0:0:80:53:0:0 chr12 56722060 . T G 906.7 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0416037;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3816;QD=56.6688;RBI=0.0503798;REFB=-0.08537;REVB=0.0284123;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129354;STB=0.506847;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00204339;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:36:26:0:1:36:27:0:1 chr12 56814653 . G A 193.85 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0178414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.217;QD=13.1425;RBI=0.0178414;REFB=-0.0173933;REVB=-2.39961e-05;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194684;STB=0.587232;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0161408;OID=.;OPOS=56814653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:33:35:24:24:0.40678:11:13:24:9:11:13:24:11 chr12 56815922 . C T 223.14 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0369498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.966;QD=16.5289;RBI=0.036953;REFB=-0.022381;REVB=-0.000489884;RO=27;SAF=17;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140326;STB=0.505978;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.021698;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:29:25:25:0.462963:8:17:18:9:8:17:20:9 chr12 56822378 . T A 64.43 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0391079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1269;QD=9.91166;RBI=0.0915355;REFB=-0.00861602;REVB=0.0827606;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283174;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0124776;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:8:9:5:4:8:9 chr12 56825311 . C T 221.99 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00769213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.805;QD=25.3697;RBI=0.0217303;REFB=-0.0067679;REVB=-0.0203233;RO=14;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16217;STB=0.589663;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00444923;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:12:9:3:11:12:9:3:11 chr12 56827694 . C G 199.86 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00604816;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4514;QD=26.6483;RBI=0.0338661;REFB=-0.0140931;REVB=-0.0333216;RO=11;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16279;STB=0.59081;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0076657;OID=.;OPOS=56827694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:11:11:19:19:0.633333:13:6:6:5:13:6:6:5 chr12 56862886 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0221;QD=58.5866;RBI=0.0122552;REFB=0;REVB=0.0088371;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149273;OID=.;OPOS=56862886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr12 56989729 . GTT GGT,G,GT 129.16 PASS AF=0,0.047619,0.952381;AO=2,6,10;DP=21;FAO=0,1,20;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,9;FSAR=0,1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0825541,-0.10102,-0.183407;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=8.9312,9.29807,8.21425;QD=24.6012;RBI=0.126851,0.108761,0.200106;REFB=-0.0184076,-0.0115359,-0.00744182;REVB=0.0963117,0.0402962,0.0800269;RO=2;SAF=0,3,5;SAR=2,3,5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.215133,0.148436;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.030413,-0.0233243;OID=.,.,.;OPOS=56989730,56989730,56989730;OREF=T,TT,T;OALT=G,-,-;OMAPALT=GGT,G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.047619,0.952381:2,6,10:21:0,1,20:21:0:0,0,9:0,1,11:0:0:7:2:0,3,5:2,3,5:0:2 chr12 57106660 . A T 274.16 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355047;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.306;QD=52.2203;RBI=0.0378487;REFB=0;REVB=-0.0131128;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691245;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr12 57108203 . A G 739.22 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0425245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.441;QD=53.7612;RBI=0.0537979;REFB=0.0276506;REVB=0.0329527;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209328;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000261947;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:53:54:0.981818:22:31:0:1:23:31:0:1 chr12 57109792 . A G 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0227276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.893;QD=53.9321;RBI=0.0292504;REFB=-0.0023223;REVB=0.018413;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000231775;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:0:1:16:14:0:1 chr12 57109931 . A T 95.55 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.551;QD=38.2192;RBI=0.0629458;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167231;OID=.;OPOS=57109931;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:0:9:0:0:0:10:0:0 chr12 57112637 . G A 60.71 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.02;QD=34.6907;RBI=0.0400508;REFB=0;REVB=-0.00273624;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604007;OID=.;OPOS=57112637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:4:3:0:0 chr12 57113282 . C T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00649673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.734;QD=9.19977;RBI=0.00731525;REFB=-0.0266257;REVB=-0.00336234;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115383;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0491952;OID=.;OPOS=57113282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:6:7:3:4:6:7 chr12 57114100 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107935;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.614;QD=46.848;RBI=0.0115337;REFB=0;REVB=0.00406533;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2925e-05;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr12 57114307 . A T 536.34 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.58;QD=59.5933;RBI=0.0347308;REFB=0;REVB=0.03057;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233426;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr12 57133140 . T G 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6107;QD=58.1298;RBI=0.0218268;REFB=0;REVB=0.021731;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470597;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr12 57137828 . T A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.582;QD=57.6806;RBI=0.0295349;REFB=0;REVB=0.00164092;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112705;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr12 57390038 . T C 574.41 PASS AF=0.6375;AO=51;DP=81;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0204278;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7385;QD=28.7205;RBI=0.0219836;REFB=0.00088241;REVB=0.00812297;RO=29;SAF=15;SAR=36;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116936;STB=0.563732;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00132639;OID=.;OPOS=57390038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:29:29:51:51:0.6375:36:15:13:16:36:15:13:16 chr12 57395498 . GGACA G 112.78 PASS AF=0.425;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0130396;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=4;MLLD=289.486;QD=11.278;RBI=0.0249584;REFB=-0.0206118;REVB=0.0212812;RO=22;SAF=3;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381713;STB=0.715042;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.024667;OID=.;OPOS=57395499;OREF=GACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:17:41:17:40:23:3:14:11:12:99:22:3:14:11:11 chr12 57395678 . T G 249.51 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0084866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3619;QD=14.2576;RBI=0.00851887;REFB=-0.0130082;REVB=0.000740878;RO=37;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117926;STB=0.537523;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0200631;OID=.;OPOS=57395678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:41:29:29:0.414286:16:13:21:16:16:13:21:20 chr12 57406444 . T C 525.7 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0112507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.891;QD=17.5235;RBI=0.0195909;REFB=-0.032475;REVB=-0.0160382;RO=64;SAF=29;SAR=27;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00214376;STB=0.501191;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0343056;OID=.;OPOS=57406444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:56:56:0.466667:27:29:33:31:27:29:33:31 chr12 57422934 . G A 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0403266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8626;QD=18.2999;RBI=0.0404416;REFB=-0.0143815;REVB=-0.00304806;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185001;STB=0.604551;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0180726;OID=.;OPOS=57422934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:7:16:10:10:7:16 chr12 57449610 . T G 219.89 PASS AF=0.36;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00495811;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.51;QD=11.7272;RBI=0.00734219;REFB=-0.00668165;REVB=0.00541525;RO=47;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111163;STB=0.558477;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0146769;OID=.;OPOS=57449610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:47:48:27:27:0.36:17:10:22:25:17:10:22:26 chr12 57449705 . T C 180.72 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00655872;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.479;QD=16.0642;RBI=0.0439113;REFB=-0.004806;REVB=0.0434187;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229768;STB=0.641712;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00816617;OID=.;OPOS=57449705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:18:19:0.422222:11:7:16:10:12:7:16:10 chr12 57451960 . C CT 133.53 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.141511;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.0277;QD=9.71107;RBI=0.161576;REFB=0.0222222;REVB=-0.0779826;RO=35;SAF=18;SAR=4;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266945;STB=0.618489;STBP=0.198;TYPE=ins;VARB=-0.0526166;OID=.;OPOS=57451961;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418182:22:58:23:55:32:19:4:22:10:99:35:18:4:22:13 chr12 57489648 . C T 177.65 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0205946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0187;QD=12.2517;RBI=0.0206366;REFB=-0.0283088;REVB=-0.00131504;RO=36;SAF=16;SAR=6;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432883;STB=0.525073;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0388339;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:6:16:25:11:6:16:25:11 chr12 57489709 . T C 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0112582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.912;QD=13.0146;RBI=0.029119;REFB=-0.0171659;REVB=-0.0268546;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327042;STB=0.527317;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0277226;OID=.;OPOS=57489709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:9:11:18:13:9:11:19:13 chr12 57548466 . C T 242.72 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00381498;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.708;QD=17.0331;RBI=0.00997537;REFB=-0.0206975;REVB=0.00921704;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423401;STB=0.523792;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0210255;OID=.;OPOS=57548466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:30:30:27:27:0.473684:15:12:12:18:15:12:12:18 chr12 57567762 . C T 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.219;QD=57.194;RBI=0.0417196;REFB=0;REVB=0.041335;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161065;OID=.;OPOS=57567762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr12 57588433 . G A 2331.85 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.41;QD=63.8862;RBI=0.0277649;REFB=0;REVB=0.0211819;RO=0;SAF=59;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06486e-05;OID=.;OPOS=57588433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:87:59:0:0:87:59:0:0 chr12 57589659 . C T 696.27 PASS AF=1;AO=47;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.230366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.756;QD=52.5485;RBI=0.233242;REFB=0;REVB=0.0365127;RO=4;SAF=18;SAR=29;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093702;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015808;OID=.;OPOS=57589659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:4:0:47:53:1:29:18:4:0:31:22:0:0 chr12 57589784 . A C 244.73 PASS AF=0.875;AO=20;DP=23;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0365098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1721;QD=40.7887;RBI=0.0391265;REFB=-0.0577066;REVB=-0.0140683;RO=3;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398736;STB=0.523787;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0188956;OID=.;OPOS=57589784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:24:3:3:20:21:0.875:10:10:2:1:11:10:2:1 chr12 57590797 . C T 2237.62 PASS AF=0.972973;AO=143;DP=147;FAO=144;FDP=148;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0337039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.254;QD=60.4761;RBI=0.0541268;REFB=-0.12738;REVB=0.0423528;RO=3;SAF=76;SAR=67;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208122;STB=0.514491;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000570538;OID=.;OPOS=57590797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:147:148:3:4:143:144:0.972973:67:76:0:3:67:77:0:4 chr12 57590869 . T C 3190.17 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.839;QD=64.124;RBI=0.0209845;REFB=0;REVB=-0.00813213;RO=0;SAF=81;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3274e-06;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:199:0:0:198:199:1:117:81:0:0:117:82:0:0 chr12 57593716 . TCCCCCG TCCCC,TCCCCG,TCCCCGG 43.15 PASS AF=0.368421,0.105263,0;AO=4,5,3;DP=24;FAO=7,2,0;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2,0,0;FSAR=5,2,0;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00634317,-0.127877,-0.130015;FXX=0.0951928;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=20.2894,10.8376,14.9549;QD=9.08466;RBI=0.029801,0.193346,0.185798;REFB=-0.0832657,-0.11671,-0.0449783;REVB=0.0291181,0.145018,0.132729;RO=8;SAF=0,3,3;SAR=4,2,0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.730747,-0.0255761,0.630366;STB=0.780525,0.996669,0.5;STBP=0.086,0.051,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.129124,0.0504696,0;OID=.,.,.;OPOS=57593721,57593717,57593721;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=TCCCC,TCCCCG,TCCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421,0.105263,0:4,5,3:24:7,2,0:19:10:2,0,0:5,2,0:8:2:34:8:0,3,3:4,2,0:5:3 chr12 57619362 . G A 1124.89 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0349649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.826;QD=58.4359;RBI=0.0379464;REFB=-0.0835148;REVB=0.0147439;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012289;STB=0.506492;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000268004;OID=.;OPOS=57619362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:37:38:1:0:38:38:1:0 chr12 57627074 . G T 839.02 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063779;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.69;QD=57.8636;RBI=0.0710822;REFB=0;REVB=0.0313833;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256301;OID=.;OPOS=57627074;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr12 57649840 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0350449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.04;QD=21.613;RBI=0.0360457;REFB=-0.0228899;REVB=0.00843522;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00666255;STB=0.509083;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0217891;OID=.;OPOS=57649840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:14:10:9:13:14:10:10:13 chr12 57870740 . G T 39.0 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0142952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.541;QD=12.001;RBI=0.0165181;REFB=-0.0423223;REVB=0.00827618;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0673911;OID=.;OPOS=57870740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:5:2:2:4:5:2 chr12 57871555 . A G 86.49 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.281;QD=38.4396;RBI=0.127972;REFB=0;REVB=-0.00432236;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133305;OID=.;OPOS=57871555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:7:1:0:0:7:2:0:0 chr12 57958313 . A G 1113.7 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.644;QD=60.1999;RBI=0.079534;REFB=0;REVB=0.0231484;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159632;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:36:33:0:0:41:33:0:0 chr12 57985204 . C T 1291.63 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0023889;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.827;QD=60.7827;RBI=0.0283052;REFB=-0.0791364;REVB=0.0282042;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000244897;OID=.;OPOS=57985204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:85:0:1:84:84:0.988235:49:35:0:0:49:35:1:0 chr12 57994743 . T G 1320.47 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2788;QD=62.1397;RBI=0.0532647;REFB=0;REVB=-0.0219441;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000461923;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr12 57995089 . T C 415.48 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150988;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.681;QD=57.3073;RBI=0.0360535;REFB=0;REVB=0.0327396;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130731;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr12 58002599 . C T 587.48 PASS AF=1;AO=29;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2643;QD=60.2545;RBI=0.0869956;REFB=0;REVB=0.0691849;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267898;OID=.;OPOS=58002599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:1:0:29:39:1:11:18:0:1:20:19:0:0 chr12 58010163 . A G 768.99 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.772;QD=56.9624;RBI=0.00583786;REFB=0;REVB=0.00333634;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24948e-06;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:18:35:0:0:18:36:0:0 chr12 58017701 . T G 740.21 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.016;QD=56.9393;RBI=0.0234507;REFB=0;REVB=-0.00809359;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8669e-05;OID=.;OPOS=58017701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr12 58019472 . T G 548.58 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0691036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6482;QD=59.3058;RBI=0.122905;REFB=0;REVB=-0.101638;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00176175;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:24:13:0:0 chr12 58143097 . C CG 33.86 PASS AF=0.145833;AO=8;DP=51;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.0395767;FXX=0.020404;HRUN=0;LEN=1;MLLD=62.8449;QD=2.82132;RBI=0.0413504;REFB=0.00220753;REVB=-0.0119806;RO=43;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435775;STB=0.763457;STBP=0.213;TYPE=ins;VARB=-0.0412508;OID=.;OPOS=58143098;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.145833:8:51:7:48:41:4:3:10:31:33:43:5:3:11:32 chr12 58159828 . G A 353.49 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00921386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.012;QD=23.9655;RBI=0.0135236;REFB=-0.0314455;REVB=0.00989907;RO=24;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219326;STB=0.620553;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0244812;OID=.;OPOS=58159828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:22:13:16:8:22:13:16:8 chr12 58174306 . T C,G 719.19 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=48,3;DP=51;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00296128,-0.0204061;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.2862,91.3884;QD=56.4072;RBI=0.0288921,0.0415826;REFB=0,0;REVB=-0.02874,-0.0362313;RO=0;SAF=14,2;SAR=34,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000884153,0.0802278;OID=.,.;OPOS=58174306,58174306;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:51:51:0:0:48,3:50,1:0.980392,0.0196078:34,1:14,2:0:0:34,1:16,0:0:0 chr12 58176614 . T C 431.03 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.028348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3906;QD=53.8788;RBI=0.0488594;REFB=0.0884978;REVB=-0.0397948;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00534492;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:20:11:0:0:20:11:0:1 chr12 58203377 . T A 1433.03 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4463;QD=62.9905;RBI=0.0263378;REFB=0;REVB=0.0243066;RO=0;SAF=57;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73513e-05;OID=.;OPOS=58203377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:33:57:0:0:34:57:0:0 chr12 58204283 . T C 561.7 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0501801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.8592;QD=57.6105;RBI=0.0578768;REFB=0.0663589;REVB=0.0288389;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000731701;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:19:19:0:0:19:19:1:0 chr12 58220809 . G C 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0594315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.866;QD=2.70741;RBI=0.0608245;REFB=-0.00842703;REVB=-0.0129427;RO=42;SAF=4;SAR=2;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06555;STB=0.548233;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0311684;OID=.;OPOS=58220809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:2:4:30:12:2:4:30:12 chr12 58220816 . A G 39.73 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.020222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1613;QD=3.11643;RBI=0.0283706;REFB=-0.0025321;REVB=0.0198988;RO=44;SAF=5;SAR=2;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104992;STB=0.576694;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0314618;OID=.;OPOS=58220816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:2:5:28:16:2:5:28:16 chr12 58220823 . C T 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00737744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.188;QD=3.89781;RBI=0.0343279;REFB=0.00388077;REVB=0.0335258;RO=42;SAF=6;SAR=2;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151966;STB=0.606857;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0217202;OID=.;OPOS=58220823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:2:6:27:15:2:6:27:15 chr12 58220841 . C T 48.5 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00355553;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.973;QD=3.80419;RBI=0.0360137;REFB=-0.00321154;REVB=-0.0358378;RO=44;SAF=6;SAR=2;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159723;STB=0.620367;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0096345;OID=.;OPOS=58220841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:52:51:44:43:8:8:0.156863:2:6:28:16:2:6:27:16 chr12 58220844 . C T 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0129991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4243;QD=3.67706;RBI=0.0219428;REFB=0.0207172;REVB=-0.0176779;RO=44;SAF=6;SAR=2;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159723;STB=0.613333;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.096784;OID=.;OPOS=58220844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:2:6:28:16:2:6:28:16 chr12 58335626 . A T 553.34 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0104997;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.648;QD=20.8807;RBI=0.0158863;REFB=-0.0319298;REVB=0.0119219;RO=50;SAF=31;SAR=25;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757243;STB=0.541595;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.028277;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:50:50:56:56:0.528302:25:31:32:18:25:31:32:18 chr12 58345606 . T C 214.87 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00707061;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.303;QD=10.6107;RBI=0.0364603;REFB=-0.00663714;REVB=-0.0357681;RO=54;SAF=13;SAR=14;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178312;OID=.;OPOS=58345606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:54:54:27:27:0.333333:14:13:26:28:14:13:26:28 chr12 58350631 . C T 1264.64 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4152;QD=61.6898;RBI=0.0280709;REFB=0;REVB=-0.00809817;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252491;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr12 59197107 . G A 205.12 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0329839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6976;QD=15.7784;RBI=0.0349421;REFB=-0.00649067;REVB=-0.011533;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111896;STB=0.511935;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00227293;OID=.;OPOS=59197107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:29:23:23:0.442308:10:13:15:11:10:13:17:12 chr12 62104219 . A C 197.29 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0513549;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3834;QD=17.9352;RBI=0.051903;REFB=-0.0317483;REVB=0.00752239;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323679;STB=0.518415;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0518964;OID=.;OPOS=62104219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:10:14:11:9:10:14 chr12 62114671 . T C 149.84 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0377523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4356;QD=19.3338;RBI=0.0557586;REFB=0.0145482;REVB=0.0410339;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589001;STB=0.533293;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.011486;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:12:4:3:12:12:4:3:12 chr12 62894636 . T A 943.49 PASS AF=0.471698;AO=97;DP=209;FAO=100;FDP=212;FR=.;FRO=112;FSAF=31;FSAR=69;FSRF=42;FSRR=70;FWDB=0.0114074;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4901;QD=17.8017;RBI=0.0193865;REFB=-0.0231459;REVB=0.0156751;RO=110;SAF=29;SAR=68;SRF=42;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908881;STB=0.538939;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0360035;OID=.;OPOS=62894636;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:212:110:112:97:100:0.471698:68:29:42:68:69:31:42:70 chr12 62986998 . T C 251.59 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.045242;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.841;QD=14.5851;RBI=0.0452878;REFB=-0.0137755;REVB=0.00203565;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00177845;STB=0.501009;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0210135;OID=.;OPOS=62986998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:40:40:29:29:0.42029:13:16:22:18:13:16:22:18 chr12 63083521 . G A 356.53 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=0.035103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.782;QD=16.7779;RBI=0.037135;REFB=-0.0254405;REVB=-0.0121159;RO=47;SAF=16;SAR=21;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232907;STB=0.622633;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0368511;OID=.;OPOS=63083521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:47:37:38:0.447059:21:16:10:37:22:16:10:37 chr12 63359168 . G A 1300.49 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000584621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.977;QD=58.4488;RBI=0.0186044;REFB=0.0282989;REVB=0.0185952;RO=3;SAF=46;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845613;STB=0.504466;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00264711;OID=.;OPOS=63359168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:86:86:0.966292:40:46:2:1:40:46:2:1 chr12 63359409 . C A 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.266;QD=58.5821;RBI=0.0387666;REFB=0;REVB=-0.0366145;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186634;OID=.;OPOS=63359409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr12 64062023 . A C 182.84 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.059807;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.79;QD=16.6214;RBI=0.0601592;REFB=-0.00340019;REVB=-0.00650012;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695562;STB=0.540016;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00480323;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:25:19:19:0.431818:14:5:8:17:14:5:8:17 chr12 64062052 . G A 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0263448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.749;QD=15.6446;RBI=0.0274791;REFB=-0.00383801;REVB=-0.00781373;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763129;STB=0.543439;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0108598;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:12:10:11:18:12:10:11:18 chr12 64062065 . T C 155.85 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.020589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.292;QD=10.9369;RBI=0.0338305;REFB=-0.0115912;REVB=-0.0268439;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127196;STB=0.574393;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0236195;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:8:12:18:19:8:12:18:19 chr12 64472803 . A T 1029.24 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287922;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1172;QD=57.1799;RBI=0.0458972;REFB=-0.161477;REVB=-0.0357431;RO=1;SAF=38;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122803;STB=0.50769;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00257878;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:70:71:0.986111:32:38:1:0:32:39:0:1 chr12 64519806 . T C 288.59 PASS AF=0.349515;AO=34;DP=101;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0110549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.731;QD=11.2075;RBI=0.0112813;REFB=-0.0158631;REVB=-0.0022488;RO=67;SAF=18;SAR=16;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435311;STB=0.543665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0278246;OID=.;OPOS=64519806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:67:67:34:36:0.349515:16:18:38:29:18:18:38:29 chr12 64587633 . C A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.971;QD=57.6807;RBI=0.03606;REFB=0;REVB=-0.0140651;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08428e-05;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr12 64609562 . C T 878.94 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034668;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.719;QD=56.7061;RBI=0.0434233;REFB=-0.137036;REVB=0.0261478;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681312;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:62:0:0:61:62:1:35:26:0:0:36:26:0:0 chr12 64669090 . C A 638.02 PASS AF=0.378238;AO=73;DP=194;FAO=73;FDP=193;FR=.;FRO=120;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=-0.0102575;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3523;QD=13.2232;RBI=0.0880705;REFB=0.0111881;REVB=-0.0874711;RO=118;SAF=39;SAR=34;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00968364;STB=0.50057;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0171336;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:118:120:73:73:0.378238:34:39:62:56:34:39:64:56 chr12 64712511 . A G 639.39 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109838;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.738;QD=62.3791;RBI=0.0230276;REFB=0;REVB=-0.0202392;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95238e-05;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr12 64803798 . A C 182.05 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0285615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.53;QD=14.0041;RBI=0.0301947;REFB=-0.0075054;REVB=0.0097959;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189355;STB=0.608594;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0131277;OID=.;OPOS=64803798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:19:12:12:9:19:12 chr12 65108160 . G C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.799;QD=63.2868;RBI=0.042589;REFB=0;REVB=0.0416816;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57707e-05;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr12 65146532 . C T 1349.04 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.043856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5401;QD=60.6311;RBI=0.0469512;REFB=0.263226;REVB=0.0167649;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.504424;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000251446;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:89:0:1:87:88:0.988764:57:30:0:0:56:32:0:1 chr12 65150485 . C T 564.4 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0368292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0692;QD=53.7526;RBI=0.0376318;REFB=-0.119928;REVB=0.00773056;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529397;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00880907;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:0:3:39:39:0.928571:24:15:0:0:24:15:0:3 chr12 65154730 . C G 249.73 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00825918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6901;QD=16.6489;RBI=0.00897804;REFB=-0.018378;REVB=-0.00352013;RO=32;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497671;STB=0.528041;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0184608;OID=.;OPOS=65154730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:18:10:13:19:18:10:13:19 chr12 65332874 . G A 36.95 PASS AF=0.454545;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.111712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.498;QD=13.4345;RBI=0.112089;REFB=0.00820233;REVB=0.00918474;RO=2;SAF=0;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.725637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00610282;OID=.;OPOS=65332874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:11:11:2:5:4:5:0.454545:4:0:1:1:4:1:1:4 chr12 65448986 . G A 253.18 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0178365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6979;QD=19.1079;RBI=0.0189795;REFB=-0.029212;REVB=0.00648698;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154442;STB=0.586601;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0269609;OID=.;OPOS=65448986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:18:9:13:13:18:9:13:13 chr12 65514265 . G GC 432.65 PASS AF=1;AO=9;DP=72;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722649;FXX=0.422476;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.7341;QD=42.21;RBI=0.0402166;REFB=-0.044566;REVB=0.0395621;RO=63;SAF=9;SAR=0;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.712835;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00636769;OID=.;OPOS=65514266;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:9:72:41:41:0:29:12:0:0:3:63:9:0:23:40 chr12 65514266 . T C 806.85 PASS AF=0.873239;AO=60;DP=71;FAO=62;FDP=71;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0541045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3892;QD=45.4562;RBI=0.0656246;REFB=-0.15835;REVB=0.0371388;RO=9;SAF=22;SAR=38;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159174;STB=0.56785;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0156276;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:71:71:9:9:60:62:0.873239:38:22:9:0:39:23:8:1 chr12 65641985 . C T 579.13 PASS AF=0.448529;AO=62;DP=137;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.00399751;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0865;QD=17.0333;RBI=0.0189663;REFB=-0.0162972;REVB=-0.0185402;RO=73;SAF=29;SAR=33;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247653;STB=0.509895;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0172433;OID=.;OPOS=65641985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:73:75:62:61:0.448529:33:29:36:37:32:29:37:38 chr12 65672558 . C A 249.42 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0449305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8452;QD=18.4754;RBI=0.05618;REFB=-0.0299508;REVB=0.0337261;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490108;STB=0.537162;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0320428;OID=.;OPOS=65672558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:15:12:13:13:15:12:14:13 chr12 66358347 . C T 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0718993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9963;QD=56.9504;RBI=0.0719241;REFB=0;REVB=-0.00189009;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000729072;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr12 66359752 . C A 885.46 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.648;QD=58.063;RBI=0.0173424;REFB=0;REVB=0.00325715;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90189e-05;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:20:40:0:0:21:40:0:0 chr12 66532493 . A G 115.67 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0123311;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.848;QD=10.5154;RBI=0.0134884;REFB=-0.0261917;REVB=-0.0054663;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119092;STB=0.571327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0598848;OID=.;OPOS=66532493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:14:16:6:8:14:16 chr12 66546100 . A G 364.33 PASS AF=0.805556;AO=25;DP=34;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00128934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.3963;QD=40.4811;RBI=0.0126314;REFB=-0.137449;REVB=0.0125655;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.597303;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00758851;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:34:36:0:7:25:29:0.805556:17:8:0:0:21:8:5:2 chr12 66605228 . A G 206.89 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0389319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.089;QD=17.2404;RBI=0.0806632;REFB=-0.0273448;REVB=-0.070646;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231419;STB=0.631458;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0396952;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:9:18:9:12:9:18 chr12 66686545 . T G 449.0 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=85;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00610333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9699;QD=20.4092;RBI=0.0641969;REFB=-0.0355727;REVB=-0.0639061;RO=41;SAF=20;SAR=24;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00779253;STB=0.5102;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0339913;OID=.;OPOS=66686545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:41:43:44:45:0.511364:24:20:19:22:25:20:20:23 chr12 66696410 . C T 527.92 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=18;FWDB=0.00165538;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.688;QD=17.7453;RBI=0.053501;REFB=-0.0157623;REVB=-0.0534754;RO=63;SAF=24;SAR=32;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267457;STB=0.647837;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0212439;OID=.;OPOS=66696410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:63:63:56:56:0.470588:32:24:45:18:32:24:45:18 chr12 66725160 . C T 672.98 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0279173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.507;QD=50.7907;RBI=0.056775;REFB=-0.118286;REVB=-0.049437;RO=3;SAF=25;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532012;STB=0.528291;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.000192279;OID=.;OPOS=66725160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:53:53:3:3:50:50:0.943396:25:25:3:0:25:25:3:0 chr12 66731864 . C A 279.8 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00398315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.319;QD=48.6616;RBI=0.0238084;REFB=-0.185049;REVB=0.0234728;RO=1;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298327;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00158416;OID=.;OPOS=66731864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:15:7:0:1:15:7:0:1 chr12 66739539 . A G 905.65 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171217;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.799;QD=58.4292;RBI=0.0142027;REFB=0;REVB=0.0140991;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02938e-05;OID=.;OPOS=66739539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr12 66786091 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=11;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.06145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.076;QD=46.8476;RBI=0.062967;REFB=0;REVB=0.013738;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000593064;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:11:15:1:8:3:0:0:9:6:0:0 chr12 67706466 . G A 82.79 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0433936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6575;QD=9.19854;RBI=0.0630081;REFB=0.0038809;REVB=-0.0456839;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331235;STB=0.679509;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0150211;OID=.;OPOS=67706466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:36:24:25:11:11:0.305556:6:5:18:6:6:5:18:7 chr12 68045403 . G A 2407.84 PASS AF=0.96988;AO=160;DP=165;FAO=161;FDP=166;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=111;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0247657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.595;QD=58.0202;RBI=0.0301357;REFB=-0.0111165;REVB=0.0171705;RO=5;SAF=49;SAR=111;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330007;STB=0.516989;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00022949;OID=.;OPOS=68045403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:165:166:5:5:160:161:0.96988:111:49:4:1:111:50:4:1 chr12 68052178 . G T 703.31 PASS AF=0.814286;AO=56;DP=70;FAO=57;FDP=70;FR=.;FRO=13;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.00161932;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=96.8979;QD=40.1892;RBI=0.020184;REFB=-0.146778;REVB=0.020119;RO=12;SAF=40;SAR=16;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227609;STB=0.624618;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00628167;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:70:70:12:13:56:57:0.814286:16:40:1:11:17:40:1:12 chr12 68595787 . A G 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00346083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.442;QD=15.6991;RBI=0.00346433;REFB=-0.000892639;REVB=0.000155869;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202667;STB=0.615856;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00272993;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:14:5:7:8:14:5 chr12 68707287 . G A 336.55 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00448625;FXX=0.0224694;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.271;QD=15.4734;RBI=0.0385163;REFB=-0.0192208;REVB=-0.0382542;RO=48;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210991;STB=0.507765;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0261668;OID=.;OPOS=68707287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:48:50:36:37:0.425287:18:18:25:23:18:19:25:25 chr12 68708761 . C T 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0171877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.462;QD=20.8117;RBI=0.0176828;REFB=-0.0387628;REVB=-0.0041553;RO=22;SAF=19;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278359;STB=0.674954;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0344513;OID=.;OPOS=68708761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:4:19:13:9:4:19:13:10 chr12 68708789 . TAAAA TAAAC,TAAA 41.04 PASS AF=0.04,0.22;AO=6,9;DP=51;FAO=2,11;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=2,9;FSAR=0,2;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0427791,0.00424709;FXX=0.019604;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=84.3519,13.3424;QD=3.28323;RBI=0.0429899,0.0532659;REFB=-0.00555284,-0.0564365;REVB=0.00425172,0.0530963;RO=29;SAF=5,8;SAR=1,1;SRF=18;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.307099,0.428617;STB=0.993409,0.67129;STBP=0.31,0.266;TYPE=snp,del;VARB=0.157429,0.135033;OID=.,.;OPOS=68708793,68708790;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=TAAAC,TAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.04,0.22:6,9:51:2,11:50:37:2,9:0,2:24:13:25:29:5,8:1,1:18:11 chr12 68710339 . TA T,TT 87.47 PASS AF=0.466667,0.0444444;AO=8,3;DP=48;FAO=21,2;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8,0;FSAR=13,2;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0754044,0.324399;FXX=0.062487;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.02565,10.4017;QD=7.77512;RBI=0.0951343,0.324451;REFB=-0.07334,-0.129513;REVB=-0.0580061,0.00578358;RO=16;SAF=0,0;SAR=8,3;SRF=2;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.701208,-0.508852;STB=0.534574,0.992992;STBP=0.708,0.35;TYPE=del,snp;VARB=0.0359718,0.109972;OID=.,.;OPOS=68710340,68710340;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667,0.0444444:8,3:48:21,2:45:22:8,0:13,2:7:15:79:16:0,0:8,3:2:14 chr12 68720627 . G A 355.31 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.0134698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.403;QD=12.467;RBI=0.0152863;REFB=-0.0129509;REVB=-0.00722722;RO=71;SAF=14;SAR=29;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0020403;STB=0.501162;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0220409;OID=.;OPOS=68720627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:71:71:43:43:0.377193:29:14:23:48:29:14:23:48 chr12 68724951 . G T 513.02 PASS AF=0.495413;AO=53;DP=108;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00405797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.165;QD=18.8264;RBI=0.00759234;REFB=-0.0143609;REVB=0.0064169;RO=55;SAF=21;SAR=32;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020981;STB=0.505616;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0147776;OID=.;OPOS=68724951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:55:55:53:54:0.495413:32:21:23:32:32:22:23:32 chr12 69186904 . G A 134.21 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0312909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.618;QD=16.2675;RBI=0.0484271;REFB=-0.0306669;REVB=0.0369604;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669461;STB=0.538411;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0403585;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:6:12:9:6:6:12 chr12 69187427 . T A,G 400.89 PASS AF=0.896552,0.103448;AO=26,3;DP=29;FAO=26,3;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252125,0.0266354;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.864,164.383;QD=55.2955;RBI=0.0341288,0.037441;REFB=0,0;REVB=0.0230022,-0.0263132;RO=0;SAF=10,0;SAR=16,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.71087e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00141704,0.0130177;OID=.,.;OPOS=69187427,69187427;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:29:29:0:0:26,3:26,3:0.896552,0.103448:16,3:10,0:0:0:16,3:10,0:0:0 chr12 69187584 . AG AGA,GA 622.73 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=39,3;DP=48;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229385,-0.0154308;FXX=0.041658;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=82.8507,71.2402;QD=54.1504;RBI=0.0419954,0.0155669;REFB=-0.00349677,0.0160878;REVB=0.0351772,0.00205382;RO=1;SAF=14,2;SAR=25,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0183853,0.266641;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00136096,-0.0438945;OID=.,.;OPOS=69187586,69187584;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:46:1:0:39,3:44,2:0.956522,0.0434783:25,1:14,2:0:1:27,1:17,1:0:0 chr12 69265578 . A G 336.65 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00311036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.509;QD=17.2638;RBI=0.00886921;REFB=-0.00588714;REVB=0.00830594;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188919;STB=0.605576;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00626593;OID=.;OPOS=69265578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:16:20:15:27:16:20:15:27 chr12 69645862 . TCA CTG,TC,TCG 250.79 PASS AF=0.05,0,0.95;AO=2,7,11;DP=20;FAO=1,0,19;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7;FSAR=1,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114658,0.0486211,0.0492383;FXX=0;HRUN=7,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=48.5452,159.341,170.079;QD=50.158;RBI=0.0168648,0.054391,0.0550853;REFB=0,0,0;REVB=0.0123677,0.0243796,0.0246977;RO=0;SAF=0,5,2;SAR=2,2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.136171,-0.0119662,0.00165598;OID=.,.,.;OPOS=69645862,69645864,69645864;OREF=TCA,A,A;OALT=CTG,-,G;OMAPALT=CTG,TC,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:5:20:20:0:0:2,7,11:1,0,19:0.05,0,0.95:2,2,9:0,5,2:0:0:1,0,12:0,0,7:0:0 chr12 69646913 . G GA 272.44 PASS AF=1;AO=3;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109668;FXX=0.0357015;HRUN=0;LEN=1;MLLD=202.23;QD=40.3616;RBI=0.10978;REFB=0;REVB=-0.00494947;RO=26;SAF=2;SAR=1;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253111;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000197098;OID=.;OPOS=69646914;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:29:27:27:0:12:15:0:0:5:26:2:1:11:15 chr12 69646914 . G A 362.59 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0421724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.656;QD=51.7992;RBI=0.0455975;REFB=0.0556908;REVB=0.0173385;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040394;STB=0.521723;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000793155;OID=.;OPOS=69646914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:16:11:1:0:16:11:1:0 chr12 69794856 . G A 205.43 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0527665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3765;QD=14.6738;RBI=0.0665991;REFB=-0.0165024;REVB=0.0406342;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13089;STB=0.565813;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0221554;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:14:10:17:14:14:10:17:15 chr12 69967862 . G A 388.69 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=101;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0347076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.245;QD=15.2427;RBI=0.0352033;REFB=-0.0274158;REVB=-0.00588671;RO=54;SAF=13;SAR=30;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770985;STB=0.565319;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0437235;OID=.;OPOS=69967862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:54:58:43:44:0.431373:30:13:20:34:31:13:23:35 chr12 69968753 . T G 130.91 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0132682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5434;QD=10.2674;RBI=0.0209015;REFB=0.00936015;REVB=-0.0161501;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181906;STB=0.607715;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0211286;OID=.;OPOS=69968753;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:8:8:12:23:8:8:12:23 chr12 69971500 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.699;QD=43.4862;RBI=0.0295178;REFB=0;REVB=0.0276303;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157929;OID=.;OPOS=69971500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr12 69971713 . C T 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.186;QD=59.6775;RBI=0.054962;REFB=0;REVB=0.0473074;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010576;OID=.;OPOS=69971713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr12 69972381 . G A 223.07 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2826;QD=49.5701;RBI=0.037194;REFB=0;REVB=-0.0082632;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607541;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr12 69973192 . CAAACG CAACG,CAACGT 95.72 PASS AF=0.4,0.0333333;AO=11,2;DP=30;FAO=12,1;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6,0;FSAR=6,1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.116286,-0.0884269;FXX=0.0322477;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=21.3661,27.9251;QD=12.7629;RBI=0.145885,0.0888789;REFB=-0.0625986,-0.026587;REVB=-0.0880911,-0.00895248;RO=16;SAF=5,1;SAR=6,1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0172723,0.062606;STB=0.551639,0.988027;STBP=0.643,0.445;TYPE=del,mnp;VARB=0.0605254,0.100076;OID=.,.;OPOS=69973193,69973195;OREF=A,ACG;OALT=-,CGT;OMAPALT=CAACG,CAACGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.0333333:11,2:30:12,1:30:17:6,0:6,1:7:10:87:16:5,1:6,1:7:9 chr12 70037520 . G A 539.0 PASS AF=0.405229;AO=62;DP=152;FAO=62;FDP=153;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=62;FWDB=-0.00414619;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.467;QD=14.0916;RBI=0.00434341;REFB=-0.00296606;REVB=0.00129396;RO=89;SAF=21;SAR=41;SRF=28;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285443;STB=0.513407;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00419855;OID=.;OPOS=70037520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:89:91:62:62:0.405229:41:21:28:61:41:21:29:62 chr12 70091432 . T C 677.08 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.918;QD=60.1849;RBI=0.0932738;REFB=-0.0286259;REVB=0.0875846;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.50943;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000346084;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:43:44:0.977778:25:18:0:0:26:18:0:1 chr12 70190408 . A C 180.36 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0224308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4034;QD=16.0322;RBI=0.0872324;REFB=-0.029452;REVB=0.0842992;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10353;STB=0.559379;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0447146;OID=.;OPOS=70190408;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:11:15:9:10:11:15 chr12 70209464 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAC 229.8 PASS AF=0.459459,0.513514;AO=4,8;DP=39;FAO=17,19;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=4,7;FSAR=13,12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.350653,0.057694;FXX=0.0512689;HRUN=14,14;LEN=1,1;MLLD=3.07056,242.63;QD=24.8428;RBI=0.357765,0.0577003;REFB=-0.162303,-0.0189405;REVB=-0.0709797,0.000852945;RO=6;SAF=0,2;SAR=4,6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.65814,0.0861157;STB=0.518497,0.519979;STBP=0.64,0.53;TYPE=del,snp;VARB=0.171267,0.00987316;OID=.,.;OPOS=70209465,70209475;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.459459,0.513514:4,8:39:17,19:37:1:4,7:13,12:0:1:60:6:0,2:4,6:1:5 chr12 70273985 . T G 1303.29 PASS AF=0.527426;AO=125;DP=238;FAO=125;FDP=237;FR=.;FRO=112;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=65;FSRR=47;FWDB=0.00359473;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7127;QD=21.9965;RBI=0.0180697;REFB=-0.0173193;REVB=0.0177085;RO=110;SAF=59;SAR=66;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101677;STB=0.551066;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0197735;OID=.;OPOS=70273985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:110:112:125:125:0.527426:66:59:65:45:66:59:65:47 chr12 70321450 . C T 338.71 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.628;QD=54.1927;RBI=0.0403971;REFB=0;REVB=0.0374259;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00074023;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:21:25:1:7:14:0:0:11:14:0:0 chr12 70330087 . A G 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00900622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.782;QD=10.9731;RBI=0.0198679;REFB=-0.00379617;REVB=-0.0177094;RO=31;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205912;STB=0.621152;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00996797;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:7:8:22:9:7:8:22:9 chr12 70346583 . T C 356.68 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=1.76041e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.841;QD=16.7849;RBI=0.0302881;REFB=-0.0328707;REVB=0.0302881;RO=47;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395563;STB=0.514918;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0348283;OID=.;OPOS=70346583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:37:38:0.447059:19:18:21:26:20:18:21:26 chr12 70351684 . C A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00424487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.392;QD=22.6323;RBI=0.00699558;REFB=-0.00935985;REVB=0.00556051;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203985;STB=0.581968;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00540138;OID=.;OPOS=70351684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:7:8:13:13:0.619048:6:7:6:1:6:7:6:2 chr12 70352021 . C T 248.37 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0073462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.958;QD=13.9928;RBI=0.0101522;REFB=-0.0340217;REVB=-0.00700714;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128865;STB=0.572484;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0367587;OID=.;OPOS=70352021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:42:29:29:0.408451:13:16:17:23:13:16:18:24 chr12 70715490 . C A 158.09 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0270001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1568;QD=18.5986;RBI=0.0275169;REFB=-0.0432805;REVB=-0.00530807;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685931;STB=0.539123;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0457964;OID=.;OPOS=70715490;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:4:13:12:5:4:13:12:5 chr12 70748600 . A G 357.15 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0465502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9618;QD=31.0566;RBI=0.0473473;REFB=-0.00360632;REVB=0.00865145;RO=16;SAF=22;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364341;STB=0.519986;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00381758;OID=.;OPOS=70748600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:8:22:11:5:8:22:11:5 chr12 70912510 . C T 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.249;QD=58.7805;RBI=0.0351359;REFB=0;REVB=0.0142263;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149271;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr12 70928724 . A G 545.08 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.632;QD=57.3767;RBI=0.0298687;REFB=-0.152072;REVB=0.0129534;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00107499;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:38:0:1:35:37:0.973684:20:15:0:0:22:15:1:0 chr12 70953277 . T C 432.29 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0590426;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.832;QD=17.4662;RBI=0.0612923;REFB=-0.0110637;REVB=0.0164534;RO=53;SAF=28;SAR=18;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975147;STB=0.554431;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0173635;OID=.;OPOS=70953277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:53:53:46:46:0.464646:18:28:27:26:18:28:27:26 chr12 70963619 . G A 416.76 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.02423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.081;QD=15.4356;RBI=0.0311504;REFB=-0.00449896;REVB=0.0195768;RO=59;SAF=25;SAR=22;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401964;STB=0.522673;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00480533;OID=.;OPOS=70963619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:61:47:47:0.435185:22:25:29:30:22:25:30:31 chr12 70990054 . T C 148.11 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0142281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.135;QD=17.9529;RBI=0.0146767;REFB=-0.00283013;REVB=0.00360105;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135474;STB=0.577262;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00193609;OID=.;OPOS=70990054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:7:10:7:9:7:10 chr12 71002865 . T A 1205.04 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00832807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.479;QD=59.5082;RBI=0.0430903;REFB=-0.0316208;REVB=0.0422779;RO=1;SAF=52;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901699;STB=0.504761;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00158776;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:1:1:78:80:0.987654:26:52:1:0:28:52:1:0 chr12 71002893 . C T 1506.29 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00043965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4139;QD=58.4968;RBI=0.00970706;REFB=0.0696837;REVB=0.00969709;RO=1;SAF=66;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713477;STB=0.503703;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=6.55208e-05;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:1:1:101:102:0.990291:35:66:1:0:35:67:1:0 chr12 71003524 . CTT C 931.26 PASS AF=1;AO=69;DP=78;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333618;FXX=0.0749906;HRUN=2;LEN=2;MLLD=264.939;QD=50.3384;RBI=0.034152;REFB=0;REVB=-0.00730407;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.51482e-05;OID=.;OPOS=71003525;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:78:74:74:0:42:32:0:0:16:0:38:31:0:0 chr12 71139664 . T C 943.81 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.688;QD=56.3468;RBI=0.0570358;REFB=-0.0413731;REVB=0.0553113;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000734397;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:0:1:65:66:0.985075:35:30:0:0:36:30:0:1 chr12 71960208 . G A,T 524.9 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=33,3;DP=36;FAO=33,3;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000447974,-0.00344602;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.343,125.618;QD=58.3216;RBI=0.00936748,0.00926591;REFB=0,0;REVB=-0.00935676,-0.00860128;RO=0;SAF=25,0;SAR=8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000130376,0.121622;OID=.,.;OPOS=71960208,71960208;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:36:36:0:0:33,3:33,3:0.916667,0.0833333:8,3:25,0:0:0:8,3:25,0:0:0 chr12 72071045 . A G 742.53 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129616;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.503;QD=61.8773;RBI=0.018148;REFB=-0.0502186;REVB=-0.0127022;RO=1;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22247e-05;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:48:1:0:47:48:1:18:29:0:1:19:29:0:0 chr12 72307616 . A G 507.34 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0365641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9828;QD=56.3715;RBI=0.0458288;REFB=0.0826717;REVB=-0.0276288;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217573;STB=0.511621;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00458827;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:21:14:0:1:21:14:0:1 chr12 72372862 . A G 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0498805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.641;QD=14.0542;RBI=0.0502573;REFB=-0.00786334;REVB=-0.00614242;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470914;STB=0.52686;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.014191;OID=.;OPOS=72372862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:14:11:17:18:14:11:17:18 chr12 72416235 . A T 1482.86 PASS AF=0.979381;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00237961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.691;QD=61.149;RBI=0.0243014;REFB=-0.0182117;REVB=0.0241846;RO=2;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206026;STB=0.510636;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000669861;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:97:2:2:93:95:0.979381:45:48:0:2:46:49:0:2 chr12 73058186 . G A 1513.77 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271524;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.535;QD=63.7378;RBI=0.0274371;REFB=0;REVB=0.00394196;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88502e-05;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr12 74932159 . G C 727.8 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.015;QD=63.2865;RBI=0.0260431;REFB=0;REVB=0.0241291;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123623;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:21:25:0:0 chr12 74932327 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00910156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.223;QD=12.0157;RBI=0.0100686;REFB=-0.00189531;REVB=0.00430554;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00176408;OID=.;OPOS=74932327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr12 74932565 . T C 682.98 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0383038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3702;QD=52.5367;RBI=0.0392828;REFB=-0.00661518;REVB=-0.00871546;RO=2;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017426;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:25:25:1:1:25:25:1:1 chr12 74933166 . G A 791.82 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0142833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.354;QD=53.6827;RBI=0.0375733;REFB=-0.0534505;REVB=0.0347525;RO=2;SAF=25;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398104;STB=0.502111;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=6.89009e-05;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:32:25:1:1:32:25:1:1 chr12 74934634 . G A 471.9 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.635;QD=55.5181;RBI=0.0236594;REFB=-0.0410554;REVB=0.0130491;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000231815;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:20:13:1:0:20:13:1:0 chr12 74934637 . T C 436.26 PASS AF=0.942857;AO=31;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00950933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.398;QD=49.8586;RBI=0.0228783;REFB=-0.145148;REVB=0.0208084;RO=3;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145355;STB=0.506325;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00439334;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:3:2:31:33:0.942857:18:13:1:2:20:13:1:1 chr12 74934743 . G T 149.64 PASS AF=0.425;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0188323;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.289;QD=14.9639;RBI=0.0224131;REFB=-0.0048593;REVB=-0.0121527;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00969069;STB=0.531112;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0101112;OID=.;OPOS=74934743;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:16:17:0.425:5:11:16:7:6:11:16:7 chr12 74934909 . AGTGTGTGT A 49.06 PASS AF=0.375;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0861927;FXX=0.359856;HRUN=1;LEN=8;MLLD=188.727;QD=12.2656;RBI=0.0862541;REFB=-0.0259518;REVB=0.0032542;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327571;STB=0.749521;STBP=0.816;TYPE=del;VARB=0.0348113;OID=.;OPOS=74934910;OREF=GTGTGTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:6:17:6:16:10:1:5:0:10:49:6:1:5:0:6 chr12 75715330 . C A 449.95 PASS AF=0.368932;AO=33;DP=104;FAO=38;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0203849;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.23;QD=17.4736;RBI=0.0213941;REFB=-0.0361567;REVB=0.00649332;RO=50;SAF=12;SAR=21;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189399;STB=0.578906;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0507488;OID=.;OPOS=75715330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:50:52:33:38:0.368932:21:12:27:23:22:16:29:23 chr12 75737595 . T C 367.98 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00352129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.061;QD=19.3673;RBI=0.0863208;REFB=-0.0191814;REVB=0.086249;RO=38;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480967;STB=0.526746;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0207184;OID=.;OPOS=75737595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:22:16:18:20:22:16:18:20 chr12 75760742 . G A 462.96 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.00998652;FXX=0.023254;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.3372;QD=14.6971;RBI=0.0112772;REFB=-0.0298279;REVB=-0.00523871;RO=72;SAF=21;SAR=31;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311818;STB=0.523983;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0400981;OID=.;OPOS=75760742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:72:74:52:52:0.412698:31:21:27:45:31:21:27:47 chr12 75785100 . C T 148.44 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0660238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.866;QD=17.9929;RBI=0.073011;REFB=0.0296074;REVB=0.0311685;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415363;STB=0.545399;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0174337;OID=.;OPOS=75785100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:15:16:0.484848:10:5:5:12:10:6:5:12 chr12 75816814 . G GACA 94.0 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00689738;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.478;QD=9.89424;RBI=0.0165928;REFB=-0.00451358;REVB=-0.0150913;RO=26;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497711;STB=0.5713;STBP=0.641;TYPE=ins;VARB=0.00915123;OID=.;OPOS=75816815;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=GACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:12:39:12:38:26:2:10:6:20:93:26:2:10:5:21 chr12 75893388 . T A 1121.28 PASS AF=0.962963;AO=75;DP=78;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0244415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.783;QD=55.3719;RBI=0.0415391;REFB=-0.110228;REVB=0.0335873;RO=3;SAF=26;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00107039;STB=0.500525;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00269084;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:81:3:3:75:78:0.962963:49:26:1:2:51:27:1:2 chr12 75893404 . C A 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.152;QD=59.1421;RBI=0.0335006;REFB=0;REVB=0.00622777;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.07886e-05;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr12 75902186 . T C 853.34 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0154841;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.017;QD=54.18;RBI=0.0299212;REFB=-0.015651;REVB=0.0256031;RO=2;SAF=42;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219486;STB=0.511624;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00122319;OID=.;OPOS=75902186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:19:42:2:0:19:42:2:0 chr12 76351726 . C G 225.64 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0457265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1431;QD=21.4892;RBI=0.0475498;REFB=-0.00923337;REVB=0.013041;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256761;STB=0.642738;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00719062;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:11:11:16:4:11:11:16:4 chr12 76424937 . TTGCTGCTGCTGCTGC CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG 268.12 PASS AF=0.0952381,0.809524,0.0952381;AO=7,10,2;DP=20;FAO=2,17,2;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4,0;FSAR=0,13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644862,0.0271952,0.0181314;FXX=0.0454339;HRUN=2,1,1;LEN=4,3,1;MLLD=176.001,163.136,77.8341;QD=51.0706;RBI=0.0711264,0.0774603,0.0232907;REFB=0,0,0;REVB=0.0708334,0.0725294,0.0146187;RO=0;SAF=2,2,0;SAR=5,8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.27427e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0363541,0.00782053,0.0733455;OID=.,.,.;OPOS=76424937,76424938,76424952;OREF=TTGC,TGC,C;OALT=CTGT,-,G;OMAPALT=CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:20:21:0:0:7,10,2:2,17,2:0.0952381,0.809524,0.0952381:5,8,2:2,2,0:0:0:0,13,2:2,4,0:0:0 chr12 76426110 . GGA G 520.44 PASS AF=0.888889;AO=47;DP=52;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0267089;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=226.92;QD=38.5513;RBI=0.0346588;REFB=-0.0600437;REVB=0.0220878;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502317;STBP=0.929;TYPE=del;VARB=0.00788877;OID=.;OPOS=76426111;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:47:52:48:54:6:25:23:3:3:14:0:24:23:0:0 chr12 76427547 . C CTTAAT 209.27 PASS AF=1;AO=14;DP=22;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030553;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=5;MLLD=251.584;QD=49.2391;RBI=0.03244;REFB=0;REVB=-0.0109025;RO=5;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000309821;OID=.;OPOS=76427548;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=CTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:22:17:17:0:11:6:0:0:4:5:9:5:5:0 chr12 76449900 . T C 426.64 PASS AF=0.941176;AO=28;DP=31;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0211934;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=57.2566;QD=50.1931;RBI=0.0218423;REFB=-0.121871;REVB=0.0052846;RO=2;SAF=7;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403291;STB=0.515685;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00801325;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:34:2:2:28:32:0.941176:21:7:1:1:23:9:1:1 chr12 76453966 . G A 723.18 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6274;QD=56.7196;RBI=0.00438245;REFB=0;REVB=-0.00216969;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03113e-05;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:49:51:1:21:28:0:0:23:28:0:0 chr12 76709606 . T C,G 706.95 PASS AF=0.96,0.04;AO=48,2;DP=50;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00972322,-0.00846991;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=279.713,238.57;QD=56.5558;RBI=0.0123188,0.019178;REFB=0,0;REVB=0.00756384,0.0172063;RO=0;SAF=24,1;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0016944,0.0366269;OID=.,.;OPOS=76709606,76709606;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:50:50:0:0:48,2:48,2:0.96,0.04:24,1:24,1:0:0:24,1:24,1:0:0 chr12 76709610 . T C 792.88 PASS AF=1;AO=52;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.416;QD=55.6409;RBI=0.043455;REFB=-0.0286567;REVB=0.0284145;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018468;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609013;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:1:0:52:57:1:25:27:0:1:29:28:0:0 chr12 76747084 . T G 56.09 PASS AF=0.258065;AO=5;DP=28;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.018766;FXX=0.0312402;HRUN=16;LEN=1;MLLD=73.8266;QD=7.23696;RBI=0.0311467;REFB=-0.0878931;REVB=-0.0248587;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.825392;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00614831;OID=.;OPOS=76747084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:28:31:0:23:5:8:0.258065:3:2:0:0:6:2:17:6 chr12 77175467 . A G 119.36 PASS AF=0.4;AO=15;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0218707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7561;QD=13.6412;RBI=0.0219578;REFB=0.000886448;REVB=-0.00195371;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27904;STB=0.683994;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.000271611;OID=.;OPOS=77175467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:15:14:0.4:9:6:3:17:8:6:3:18 chr12 77256681 . T G 168.88 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0369457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7174;QD=24.1262;RBI=0.074833;REFB=-0.0421287;REVB=0.0650768;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035106;STB=0.519628;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0299025;OID=.;OPOS=77256681;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:7:10:7:4:7:10:7:4 chr12 77417509 . G T 402.06 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0136787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.911;QD=21.7331;RBI=0.0217737;REFB=0.0109352;REVB=-0.0169407;RO=29;SAF=10;SAR=30;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235621;STB=0.618984;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00595018;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:29:34:40:40:0.540541:30:10:15:14:30:10:16:18 chr12 77419571 . T C 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0294895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.134;QD=12.7849;RBI=0.0297809;REFB=-0.036467;REVB=0.00415559;RO=43;SAF=9;SAR=18;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312773;STB=0.679114;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0460845;OID=.;OPOS=77419571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:18:9:27:16:18:9:27:16 chr12 77449790 . A G 1489.86 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00437248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.596;QD=60.1964;RBI=0.0157653;REFB=-0.0825714;REVB=0.0151468;RO=1;SAF=40;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117078;STB=0.50777;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00144714;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:1:3:96:96:0.969697:56:40:1:0:56:40:2:1 chr12 78225374 . A G 800.89 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.689;QD=54.2975;RBI=0.0359916;REFB=-0.0840441;REVB=-0.0234491;RO=2;SAF=23;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392525;STB=0.510201;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000866142;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:2:1:57:58:0.983051:34:23:2:0:34:24:1:0 chr12 78400884 . G A 69.58 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0201879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.675;QD=6.47264;RBI=0.0561602;REFB=-0.00140921;REVB=-0.0524063;RO=33;SAF=3;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360993;STB=0.728065;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00550905;OID=.;OPOS=78400884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:7:3:20:13:7:3:20:13 chr12 78430874 . GTC CGT,GTCC 34.23 PASS AF=0.0487805,0.170732;AO=2,7;DP=41;FAO=2,7;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=0,2;FSAR=2,5;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0263444,0.0933196;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=3,1;MLLD=111.299,16.0253;QD=3.3394;RBI=0.08479,0.143012;REFB=-0.00195667,-0.00191099;REVB=-0.0805936,0.108369;RO=29;SAF=0,2;SAR=2,5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.562737,-0.45692;STB=0.996488,0.799262;STBP=0.045,0.117;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0220979,0.054776;OID=.,.;OPOS=78430874,78430876;OREF=GTC,-;OALT=CGT,C;OMAPALT=CGT,GTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:41:41:29:32:2,7:2,7:0.0487805,0.170732:2,5:0,2:20:9:2,5:0,2:22:10 chr12 78530979 . G A 95.22 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=29;FAO=12;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.000338571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.076;QD=14.1069;RBI=0.0143231;REFB=-0.0252005;REVB=0.0143191;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168645;STB=0.592443;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0248745;OID=.;OPOS=78530979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:29:27:14:15:10:12:0.444444:4:6:6:8:6:6:5:10 chr12 78542699 . T C 89.89 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.018553;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.96;QD=14.382;RBI=0.0263668;REFB=0.00488299;REVB=0.0187348;RO=14;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535047;STB=0.824013;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00946388;OID=.;OPOS=78542699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:25:14:14:11:11:0.44:10:1:7:7:10:1:7:7 chr12 78598891 . G A 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.237;QD=57.235;RBI=0.0305998;REFB=0;REVB=0.00065141;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32656e-05;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr12 79611374 . C T 263.61 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.00370871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1169;QD=12.8588;RBI=0.0169605;REFB=0.00118028;REVB=-0.01655;RO=51;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07522;STB=0.54297;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00134889;OID=.;OPOS=79611374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:18:13:18:33:18:13:18:33 chr12 79685913 . C A 123.85 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0134593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8608;QD=17.0825;RBI=0.0527991;REFB=-0.0079545;REVB=-0.0510548;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519971;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0203509;OID=.;OPOS=79685913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:8:6:6:8:8:6:7:8 chr12 80014907 . A T 521.69 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00769797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.157;QD=18.4667;RBI=0.00901373;REFB=-0.00987152;REVB=-0.0046892;RO=58;SAF=28;SAR=27;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243893;STB=0.513509;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0122077;OID=.;OPOS=80014907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:55:55:0.486726:27:28:28:30:27:28:28:30 chr12 80190650 . C G 1712.43 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.738;QD=60.617;RBI=0.0206375;REFB=0;REVB=0.0204516;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61679e-05;OID=.;OPOS=80190650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:60:53:0:0:60:53:0:0 chr12 80712420 . G A 1171.33 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.402;QD=60.0684;RBI=0.0352721;REFB=0;REVB=-0.00577084;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49682e-05;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:40:36:0:0:42:36:0:0 chr12 80735770 . A AC 190.88 PASS AF=1;AO=4;DP=26;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598064;FXX=0.192234;HRUN=0;LEN=1;MLLD=90.8327;QD=36.3577;RBI=0.0674394;REFB=0;REVB=0.0311651;RO=22;SAF=1;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292336;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0135504;OID=.;OPOS=80735771;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:26:21:21:0:7:14:0:0:3:22:1:3:11:11 chr12 80735771 . T A,C 342.93 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=4,22;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023896,0.0516006;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.8403,134.138;QD=52.759;RBI=0.0635826,0.0590151;REFB=0,0;REVB=-0.0589214,0.0286383;RO=0;SAF=1,11;SAR=3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.119292,0.000133153;OID=.,.;OPOS=80735771,80735771;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:26:26:0:0:4,22:2,24:0.0769231,0.923077:3,11:1,11:0:0:2,12:0,12:0:0 chr12 80737521 . C T 803.41 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.987;QD=55.4075;RBI=0.0124358;REFB=-0.0609202;REVB=0.0028777;RO=1;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021926;STB=0.511624;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-4.50087e-05;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:21:36:0:1:21:36:0:1 chr12 80747242 . A G 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9944;QD=59.4259;RBI=0.0760968;REFB=0;REVB=-0.00560491;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070965;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr12 80752660 . A G 759.89 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.572;QD=55.2649;RBI=0.0104446;REFB=-0.0462121;REVB=-0.00148412;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140687;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212376;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:33:21:0:1:34:21:0:0 chr12 80761430 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.414;QD=63.583;RBI=0.0255334;REFB=0;REVB=-0.0255084;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74477e-05;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr12 80761465 . G A 558.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012357;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.6454;QD=60.3754;RBI=0.0294808;REFB=0;REVB=-0.026766;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105122;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr12 80765800 . A G 850.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.094;QD=57.6446;RBI=0.0424876;REFB=0;REVB=0.0199604;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05728e-05;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:30:29:0:0 chr12 80771813 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.54;QD=61.684;RBI=0.016988;REFB=0;REVB=0.00937816;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64317e-05;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr12 80816492 . C T 483.22 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9455;QD=58.5723;RBI=0.0380741;REFB=0;REVB=-0.0330759;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000980412;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr12 80818227 . C T 492.18 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0205606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.612;QD=22.6287;RBI=0.038361;REFB=-0.00986646;REVB=-0.0323855;RO=39;SAF=25;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790378;STB=0.549028;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.01029;OID=.;OPOS=80818227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:39:40:47:47:0.54023:22:25:17:22:22:25:17:23 chr12 80818876 . A G 1403.76 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0388056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1219;QD=59.1056;RBI=0.0388806;REFB=-0.0888444;REVB=-0.00241387;RO=1;SAF=36;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129856;STB=0.501923;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00198849;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:1:3:92:92:0.968421:56:36:1:0:56:36:1:2 chr12 80889829 . T A 1283.34 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.118;QD=61.8476;RBI=0.0167909;REFB=0;REVB=0.00862485;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17405e-05;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr12 80899900 . AC A,AA 222.03 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=3,14;DP=17;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327102,0.0319314;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=256.467,267.849;QD=49.3408;RBI=0.053031,0.0509549;REFB=0,0;REVB=0.0417412,0.0397088;RO=0;SAF=2,6;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0274486,0.000198002;OID=.,.;OPOS=80899901,80899901;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:3,14:17:1,17:18:0:1,8:0,9:0:0:4:0:2,6:1,8:0:0 chr12 80900397 . C A,G 619.52 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=2,39;DP=41;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00296034,0.0160177;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.393,69.1009;QD=60.4409;RBI=0.0161918,0.0422807;REFB=0,0;REVB=-0.0159189,-0.0391292;RO=0;SAF=1,20;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.3303e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0603818,-0.0288976;OID=.,.;OPOS=80900397,80900397;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:41:0:0:2,39:2,39:0.0487805,0.95122:1,19:1,20:0:0:1,19:1,20:0:0 chr12 81028838 . C T 280.2 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0104054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.754;QD=16.7284;RBI=0.0106965;REFB=-0.0145803;REVB=-0.00247842;RO=35;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905033;STB=0.558643;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0201088;OID=.;OPOS=81028838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:13:18:17:18:13:18:17:19 chr12 81329536 . A C 79.92 PASS AF=0.25;AO=12;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0811775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2394;QD=7.26501;RBI=0.0872252;REFB=-0.00108345;REVB=0.0319133;RO=31;SAF=9;SAR=3;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105124;STB=0.554353;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.000431019;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:31:33:12:11:0.25:3:9:21:10:3:8:22:11 chr12 81627238 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.047707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.968;QD=16.3854;RBI=0.053283;REFB=-0.0253425;REVB=-0.02373;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315978;STB=0.518476;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0103479;OID=.;OPOS=81627238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:2:6:7:2:2:6 chr12 81769581 . C T 594.71 PASS AF=0.616279;AO=53;DP=86;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0104641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7099;QD=27.6607;RBI=0.0320775;REFB=-0.00145659;REVB=-0.0303227;RO=33;SAF=33;SAR=20;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123883;STB=0.506745;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000677166;OID=.;OPOS=81769581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:33:33:53:53:0.616279:20:33:20:13:20:33:20:13 chr12 81833745 . G T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.141;QD=63.8714;RBI=0.0267224;REFB=0;REVB=0.0254647;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106725;OID=.;OPOS=81833745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr12 82783668 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.62;QD=62.0216;RBI=0.015557;REFB=0;REVB=-0.0118188;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47733e-06;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr12 82792787 . C A 300.78 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.895;QD=52.3095;RBI=0.0119329;REFB=0;REVB=0.00563697;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77382e-05;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr12 85432040 . T A 591.21 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0405829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9046;QD=20.3866;RBI=0.0780552;REFB=-0.0319822;REVB=-0.0666756;RO=56;SAF=37;SAR=23;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735431;STB=0.540535;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0336792;OID=.;OPOS=85432040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:23:37:30:26:23:37:30:26 chr12 85438499 . G A 205.15 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0561264;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.42;QD=13.4527;RBI=0.0582157;REFB=-0.0146664;REVB=-0.0154564;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101478;STB=0.568008;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.024303;OID=.;OPOS=85438499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:36:36:24:25:0.409836:11:13:16:20:11:14:16:20 chr12 85449465 . T A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0139699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.366;QD=9.19978;RBI=0.0259215;REFB=-0.0254362;REVB=-0.021835;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343745;STB=0.71926;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0272799;OID=.;OPOS=85449465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:5:8:6:1:5:8 chr12 85466723 . G A 306.6 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00220984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.114;QD=13.047;RBI=0.0107669;REFB=-0.0063694;REVB=0.0105377;RO=56;SAF=21;SAR=14;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902532;STB=0.568926;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0109994;OID=.;OPOS=85466723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:59:35:35:0.37234:14:21:29:27:14:21:29:30 chr12 88380094 . T C 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00936114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.425;QD=25.1489;RBI=0.0117678;REFB=-0.036711;REVB=-0.00713093;RO=21;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870209;STB=0.548351;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.028497;OID=.;OPOS=88380094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:10:17:11:10:10:17:11:10 chr12 88440676 . G C 422.51 PASS AF=0.477778;AO=40;DP=88;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0128568;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5819;QD=18.7781;RBI=0.0249499;REFB=-0.0244349;REVB=0.0213822;RO=46;SAF=19;SAR=21;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127518;STB=0.555931;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0231641;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:46:47:40:43:0.477778:21:19:28:18:22:21:28:19 chr12 88452656 . T C 221.65 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00189523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.863;QD=12.3138;RBI=0.0179167;REFB=-0.0119372;REVB=0.0178162;RO=45;SAF=11;SAR=16;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184209;STB=0.605859;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0195834;OID=.;OPOS=88452656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:16:11:26:19:16:11:26:19 chr12 88500847 . T C 400.74 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0111502;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.0962;QD=18.2156;RBI=0.0248413;REFB=-0.00130249;REVB=0.0221983;RO=44;SAF=21;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957161;STB=0.568789;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00123679;OID=.;OPOS=88500847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:44:47:41:41:0.465909:20:21:18:26:20:21:18:29 chr12 88505078 . T C 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9974;QD=53.2711;RBI=0.0326525;REFB=0;REVB=0.0275853;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133743;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr12 88522793 . A AT 31.21 PASS AF=0.162791;AO=9;DP=44;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0510106;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.873;QD=2.90332;RBI=0.0516159;REFB=-0.000668532;REVB=-0.00788183;RO=35;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439738;STB=0.917141;STBP=0.086;TYPE=ins;VARB=0.0661589;OID=.;OPOS=88522794;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162791:9:44:7:43:36:6:1:9:27:31:35:6:3:10:25 chr12 88547277 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.328;QD=62.0205;RBI=0.0282179;REFB=0;REVB=0.0245103;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254409;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr12 89743223 . G A 1588.7 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341377;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.612;QD=59.951;RBI=0.0456961;REFB=0;REVB=0.0303767;RO=0;SAF=42;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024767;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:64:42:0:0:64:42:0:0 chr12 89745477 . C A 1111.4 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9062;QD=59.2748;RBI=0.0792439;REFB=0;REVB=0.0166131;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139406;OID=.;OPOS=89745477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:1:0:73:75:1:31:42:1:0:31:44:0:0 chr12 89853408 . G A 193.92 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0108328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.614;QD=17.2374;RBI=0.0260534;REFB=-0.011686;REVB=0.0236945;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172385;STB=0.594502;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00563502;OID=.;OPOS=89853408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:24:15:20:0.444444:8:7:14:8:11:9:15:9 chr12 89866054 . TAGAAAGAAGAAG TAGA,TAG 74.22 PASS AF=0.0555556,0.5;AO=3,6;DP=17;FAO=1,9;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=1,7;FSAR=0,2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0188733,-0.017747;FXX=0.09995;HRUN=3,3;LEN=9,10;MLLD=260.45,256.819;QD=16.4928;RBI=0.0217315,0.0268929;REFB=0.0131146,0.0124381;REVB=0.0107729,0.0202056;RO=4;SAF=2,5;SAR=1,1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0848588,0.0921951;STB=0.989059,0.65587;STBP=0.496,0.228;TYPE=del,del;VARB=-0.0343468,-0.00416459;OID=.,.;OPOS=89866058,89866055;OREF=AAGAAGAAG,AGAAAGAAGA;OALT=-,-;OMAPALT=TAGA,TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0555556,0.5:3,6:17:1,9:18:8:1,7:0,2:4:4:57:4:2,5:1,1:3:1 chr12 89915722 . T C 150.99 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.109655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4315;QD=11.1845;RBI=0.110565;REFB=0.00796087;REVB=0.0141556;RO=35;SAF=3;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480437;STB=0.785382;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00747616;OID=.;OPOS=89915722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:16:3:19:16:16:3:19:16 chr12 89917518 . A G 139.46 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0609363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2908;QD=12.3964;RBI=0.0623809;REFB=-0.00871839;REVB=0.0133471;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264837;STB=0.515561;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0126483;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:9:7:12:17:9:7:12:17 chr12 90028901 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00836543;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.997;QD=16.8248;RBI=0.00872557;REFB=-0.00894422;REVB=-0.00248095;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107314;STB=0.561345;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0134315;OID=.;OPOS=90028901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:15:13:12:9:15:13 chr12 91348786 . G T 217.83 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00442625;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.657;QD=16.7561;RBI=0.00800149;REFB=-0.0257747;REVB=-0.00666574;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934047;STB=0.552589;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0285435;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:9:15:20:8:9:15:20:8 chr12 91449729 . G A 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0187194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.942;QD=20.543;RBI=0.0188157;REFB=-0.00210762;REVB=-0.00190045;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107227;STB=0.559315;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00156882;OID=.;OPOS=91449729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:20:19:22:14:20:19:22:14 chr12 91449990 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0316416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.127;QD=20.8977;RBI=0.0550957;REFB=-0.0189935;REVB=-0.0451037;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215906;STB=0.624687;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0103912;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:3:1:5:3:3:1 chr12 92818482 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7322;QD=46.8479;RBI=0.0539603;REFB=0;REVB=-0.050505;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00290709;OID=.;OPOS=92818482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:2:13:0:0:2:13:0:0 chr12 92818786 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231737;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.945;QD=42.1826;RBI=0.00518091;REFB=0;REVB=0.00463375;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54631e-05;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr12 92818999 . G T 272.94 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.721;QD=51.989;RBI=0.195703;REFB=0;REVB=0.01051;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416326;OID=.;OPOS=92818999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:17:3:0:0:17:4:0:0 chr12 92819139 . A C 206.49 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.157;QD=48.5854;RBI=0.0277576;REFB=0;REVB=0.0262841;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065844;OID=.;OPOS=92819139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr12 92819699 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4161;QD=43.4857;RBI=0.0954868;REFB=0;REVB=-0.0240183;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188716;OID=.;OPOS=92819699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr12 92821860 . CT C,CC 1495.87 PASS AF=0.927928,0.0630631;AO=96,12;DP=112;FAO=103,7;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=48,6;FSAR=55,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315286,0.022651;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.7866,84.4442;QD=53.9053;RBI=0.0315387,0.0235166;REFB=-0.0546478,-0.0481428;REVB=0.000800883,-0.00632134;RO=2;SAF=45,8;SAR=51,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0206077,-0.100229;STB=0.505154,0.538356;STBP=0.275,0.653;TYPE=del,snp;VARB=0.00297393,-0.00558802;OID=.,.;OPOS=92821861,92821861;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.927928,0.0630631:96,12:112:103,7:111:1:48,6:55,1:1:0:16:2:45,8:51,4:2:0 chr12 92822903 . G C 220.05 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.192483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3855;QD=48.8994;RBI=0.1937;REFB=0;REVB=0.0216819;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342047;OID=.;OPOS=92822903;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:12:4:0:0:12:6:0:0 chr12 93102295 . G A 1190.17 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0357;QD=61.0342;RBI=0.0629464;REFB=0;REVB=-0.0124358;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299118;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr12 93147907 . A T 1411.2 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530556;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.615;QD=62.7202;RBI=0.077509;REFB=0;REVB=0.0565044;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384998;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:50:39:0:0:50:40:0:0 chr12 93150102 . T C 705.2 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00958647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.942;QD=62.6845;RBI=0.0299357;REFB=0;REVB=0.0283592;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26674e-05;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr12 93155535 . G A 804.99 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.393;QD=64.3991;RBI=0.0441022;REFB=0;REVB=0.0409408;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148132;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr12 93166538 . A G 558.77 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.017593;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.698;QD=51.9785;RBI=0.0234013;REFB=-0.173573;REVB=0.0154306;RO=3;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492942;STB=0.534466;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00120264;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:43:3:4:39:39:0.906977:27:12:0:3:27:12:0:4 chr12 93169465 . T G 350.51 PASS AF=0.612245;AO=28;DP=47;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0224464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.475;QD=28.613;RBI=0.0324187;REFB=-0.0243067;REVB=0.0233908;RO=19;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855762;STB=0.546954;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0136105;OID=.;OPOS=93169465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:19:19:28:30:0.612245:16:12:6:13:17:13:6:13 chr12 93196422 . T G 267.68 PASS AF=0.846154;AO=23;DP=27;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00554392;FXX=0.0370233;HRUN=9;LEN=1;MLLD=208.091;QD=41.1819;RBI=0.0176867;REFB=-0.246133;REVB=0.0167954;RO=2;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115122;STB=0.572451;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00217815;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:27:26:2:4:23:22:0.846154:7:16:0:2:7:15:1:3 chr12 93202801 . C T 1163.67 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00662321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.005;QD=60.4504;RBI=0.0434373;REFB=0;REVB=0.0429294;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34779e-05;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:77:0:0:71:77:1:28:43:0:0:34:43:0:0 chr12 93346453 . A C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0304267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.307;QD=13.959;RBI=0.0343776;REFB=-0.0221968;REVB=0.0160011;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0274323;OID=.;OPOS=93346453;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:5:2:1:5:5:2:2:5 chr12 93692934 . G A 128.81 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.055212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.686;QD=12.5672;RBI=0.0552164;REFB=-0.017633;REVB=0.000698637;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270961;STB=0.660551;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0470115;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:11:4:13:13:11:4:13:13 chr12 94132057 . G T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0340397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.592;QD=21.613;RBI=0.0363347;REFB=-0.0461409;REVB=0.0127087;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140411;STB=0.579089;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.037758;OID=.;OPOS=94132057;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:17:7:10:13:17:7:10:13 chr12 94132186 . T A 268.24 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00165143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.651;QD=22.3537;RBI=0.028739;REFB=-0.0128238;REVB=0.0286915;RO=22;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186198;STB=0.579768;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0116584;OID=.;OPOS=94132186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:23:24:25:0.520833:9:15:9:13:10:15:10:13 chr12 94543506 . C T 1216.57 PASS AF=1;AO=66;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135309;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5068;QD=60.8285;RBI=0.157614;REFB=0;REVB=0.0808315;RO=1;SAF=47;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994854;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00289499;OID=.;OPOS=94543506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:1:0:66:80:1:19:47:1:0:30:50:0:0 chr12 94645255 . A G 1468.0 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.92;QD=62.468;RBI=0.0103825;REFB=0;REVB=-0.00448457;RO=0;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17224e-06;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:94:0:0:93:94:1:59:34:0:0:59:35:0:0 chr12 94671743 . G C 1115.83 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00521907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.882;QD=56.4976;RBI=0.0402947;REFB=-0.0274089;REVB=0.0399553;RO=3;SAF=31;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191556;STB=0.510131;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00183015;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:45:31:2:1:45:31:2:1 chr12 94673509 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAC 51.22 PASS AF=0.52381,0;AO=10,2;DP=21;FAO=11,0;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4,0;FSAR=7,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0299647,-0.0905906;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.5583,19.0045;QD=9.75711;RBI=0.20136,0.211824;REFB=-0.0424239,-0.013574;REVB=-0.199118,-0.191475;RO=9;SAF=3,1;SAR=7,1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.365854,0;SSSB=-0.304629,-0.174857;STB=0.613825,0.5;STBP=0.305,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0232396,0.0401655;OID=.,.;OPOS=94673510,94673514;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381,0:10,2:21:11,0:21:10:4,0:7,0:6:4:50:9:3,1:7,1:6:3 chr12 94769758 . A G 842.54 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0229733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.369;QD=54.3574;RBI=0.02298;REFB=0.0109626;REVB=-0.000555194;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.502762;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000339044;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:0:2:60:60:0.967742:35:25:0:0:35:25:1:1 chr12 94772742 . C T 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.13872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.968;QD=6.5732;RBI=0.142282;REFB=-0.00240307;REVB=-0.0316379;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873336;STB=0.571206;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00412232;OID=.;OPOS=94772742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:15:16:6:6:0.272727:4:2:4:11:4:2:4:12 chr12 94909304 . A G 219.38 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.611;QD=48.751;RBI=0.116597;REFB=0;REVB=0.058554;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208778;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:16:1:0:0:17:1:0:0 chr12 94955644 . G T 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.394;QD=57.5436;RBI=0.0125158;REFB=0;REVB=0.0106082;RO=0;SAF=13;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86726e-05;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:45:13:0:0:45:13:0:0 chr12 95470600 . A ATCTT 180.65 PASS AF=0.370968;AO=20;DP=72;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0157276;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=4;MLLD=208.69;QD=11.6549;RBI=0.0416729;REFB=-0.00918386;REVB=-0.0385911;RO=49;SAF=14;SAR=6;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385675;STB=0.681658;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=0.0187535;OID=.;OPOS=95470601;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.370968:20:72:23:62:39:16:7:16:23:99:49:14:6:18:31 chr12 95475220 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0267207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.217;QD=11.1975;RBI=0.0267275;REFB=-0.00549512;REVB=-0.000603188;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105621;STB=0.529363;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00843553;OID=.;OPOS=95475220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:20:22:12:12:0.352941:6:6:12:8:6:6:12:10 chr12 95478353 . C T 173.01 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.014509;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.501;QD=20.3544;RBI=0.0296311;REFB=0.0100495;REVB=-0.0258358;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784583;STB=0.529379;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00684192;OID=.;OPOS=95478353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:16:17:18:0.529412:9:8:9:7:9:9:9:7 chr12 95500727 . C G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0252385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3611;QD=14.657;RBI=0.0852584;REFB=-0.0135049;REVB=0.0814372;RO=16;SAF=12;SAR=1;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510151;STB=0.538406;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0257029;OID=.;OPOS=95500727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:1:12:15:1:1:12:16:1 chr12 95681554 . C T 377.12 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0268915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.837;QD=21.2462;RBI=0.0281392;REFB=-0.00272127;REVB=-0.00828655;RO=33;SAF=21;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825422;STB=0.545633;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00298705;OID=.;OPOS=95681554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:17:21:15:18:17:21:15:18 chr12 95694394 . G A 171.92 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.00366171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.004;QD=18.0971;RBI=0.0101188;REFB=-0.00725746;REVB=-0.00943303;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328711;STB=0.684033;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0115804;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:3:17:9:9:3:17 chr12 95774672 . C G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0149114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.349;QD=13.6308;RBI=0.027563;REFB=-0.0078622;REVB=0.0231813;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645053;STB=0.538364;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0102166;OID=.;OPOS=95774672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:4:5:5:3:4:5 chr12 95906603 . C A 224.74 PASS AF=0.385714;AO=26;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0180078;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.795;QD=12.8424;RBI=0.0239974;REFB=-0.0118228;REVB=-0.0158617;RO=42;SAF=18;SAR=8;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883977;STB=0.526296;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0209397;OID=.;OPOS=95906603;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:26:27:0.385714:8:18:26:16:9:18:27:16 chr12 95927762 . T C 946.04 PASS AF=0.931507;AO=66;DP=72;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0746234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.548;QD=51.8376;RBI=0.0965054;REFB=-0.119942;REVB=0.0611935;RO=5;SAF=25;SAR=41;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856043;STB=0.545441;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0063162;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:73:5:5:66:68:0.931507:41:25:5:0:43:25:5:0 chr12 96052721 . G A 35.37 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0145878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.881;QD=5.44162;RBI=0.0384829;REFB=-0.011046;REVB=-0.0356108;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.649568;STB=0.903243;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0178969;OID=.;OPOS=96052721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:1:5:4:16:1:5:4:16 chr12 96346594 . T C 150.08 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0438166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4877;QD=19.3655;RBI=0.069958;REFB=0.0197699;REVB=0.0545365;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154064;STB=0.588118;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.0142054;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:12:4:6:9:12:4:6:9 chr12 96374563 . T C 610.44 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00681814;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.785;QD=56.7849;RBI=0.0122511;REFB=0.0476368;REVB=0.0101785;RO=2;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055073;STB=0.527764;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000496237;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:40:41:0.953488:16:24:0:2:17:24:0:2 chr12 96374614 . C T 357.93 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.058729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.225;QD=55.0656;RBI=0.0640834;REFB=0;REVB=0.0256434;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171189;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr12 96661610 . TAAAAG T 47.62 PASS AF=0.3;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0196575;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=5;MLLD=233.04;QD=6.34882;RBI=0.0295033;REFB=-0.00077383;REVB=0.0220006;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345317;STB=0.695229;STBP=0.18;TYPE=del;VARB=0.00186113;OID=.;OPOS=96661611;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:9:31:9:30:21:3:6:13:8:47:20:3:6:13:7 chr12 96673764 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0519486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3859;QD=10.3785;RBI=0.0554807;REFB=-0.0176464;REVB=0.0194796;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117295;STB=0.571265;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0362708;OID=.;OPOS=96673764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:7:9:6:3:7:9 chr12 96676330 . C A 125.85 PASS AF=0.305085;AO=17;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00216254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.619;QD=8.53213;RBI=0.0118158;REFB=-0.00655406;REVB=-0.0116162;RO=41;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134538;STB=0.559257;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.01546;OID=.;OPOS=96676330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:17:18:0.305085:8:9:17:24:9:9:17:24 chr12 96697149 . C T 161.04 PASS AF=0.368421;AO=19;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0772981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4788;QD=11.3009;RBI=0.0776853;REFB=-0.0190757;REVB=0.00774651;RO=37;SAF=13;SAR=6;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110365;STB=0.505295;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0314423;OID=.;OPOS=96697149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:37:36:19:21:0.368421:6:13:22:15:8:13:22:14 chr12 96821251 . A T 1548.73 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4129;QD=63.865;RBI=0.0564179;REFB=0;REVB=0.0393603;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494999;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:56:41:0:0:56:41:0:0 chr12 96883418 . C T 437.28 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0378002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8133;QD=16.6582;RBI=0.0530291;REFB=0.00133805;REVB=0.0371917;RO=57;SAF=27;SAR=21;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868084;STB=0.548328;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.000782617;OID=.;OPOS=96883418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:21:27:37:20:21:27:37:20 chr12 96900801 . G T 218.27 PASS AF=0.36;AO=26;DP=74;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.044312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.174;QD=11.6408;RBI=0.0443633;REFB=-0.0189358;REVB=0.00213444;RO=48;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662903;STB=0.525154;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0313995;OID=.;OPOS=96900801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:48:26:27:0.36:14:12:25:23:14:13:25:23 chr12 96927972 . A G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0830889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.165;QD=17.2293;RBI=0.103337;REFB=0.0483781;REVB=0.0614388;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771948;STB=0.545336;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0369268;OID=.;OPOS=96927972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:2:4:6:2:2:4 chr12 96992494 . C T 285.39 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.000598476;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3232;QD=15.0206;RBI=0.0148978;REFB=-0.00411231;REVB=0.0148858;RO=43;SAF=14;SAR=17;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179184;STB=0.596189;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00288633;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:44:31:32:0.421053:17:14:27:16:17:15:28:16 chr12 97020673 . T C 347.44 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0210586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.695;QD=17.1574;RBI=0.021086;REFB=-0.0172082;REVB=-0.00107462;RO=44;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142204;STB=0.579435;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0197671;OID=.;OPOS=97020673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:18:19:29:15:18:19:29:15 chr12 97023937 . A C 300.43 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00748023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.538;QD=19.0751;RBI=0.0976444;REFB=0.0123154;REVB=0.0973574;RO=31;SAF=10;SAR=22;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134377;STB=0.575115;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00954783;OID=.;OPOS=97023937;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:22:10:14:17:22:10:14:17 chr12 97045481 . C T 380.81 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00634979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.409;QD=19.5286;RBI=0.00742425;REFB=-0.0120669;REVB=-0.00384704;RO=39;SAF=16;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934822;STB=0.551973;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00811519;OID=.;OPOS=97045481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:23:16:20:19:23:16:20:19 chr12 97098549 . T C 112.3 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0266084;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4628;QD=15.4902;RBI=0.0277217;REFB=-0.0117537;REVB=-0.00777731;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107329;STB=0.58366;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0255797;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:12:13:0.448276:5:7:11:5:6:7:11:5 chr12 97102578 . G A 38.54 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0319325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4798;QD=11.0103;RBI=0.0581742;REFB=0.0076104;REVB=-0.0486267;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12327;STB=0.576643;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0109444;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:2:6:5:1:2:6 chr12 97136239 . G A 270.74 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.0003129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.328;QD=16.9212;RBI=0.00672239;REFB=-0.0119211;REVB=-0.0067151;RO=34;SAF=20;SAR=10;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144012;STB=0.580197;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0110513;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:10:20:27:7:10:20:27:7 chr12 97254620 . G A 313.51 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=107;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0274345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.366;QD=11.6114;RBI=0.0325929;REFB=-0.0283558;REVB=-0.0175966;RO=68;SAF=25;SAR=14;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1286;STB=0.569835;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0431496;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:68:69:39:39:0.361111:14:25:36:32:14:25:37:32 chr12 98115538 . A T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.643;QD=37.4879;RBI=0.0131629;REFB=0;REVB=0.00330698;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373597;OID=.;OPOS=98115538;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr12 98332904 . TCA T 520.09 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153463;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.957;QD=57.788;RBI=0.015392;REFB=0;REVB=0.00118463;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000125236;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:37:36:36:0:22:14:0:0:4:0:20:13:0:0 chr12 98811687 . G C 577.33 PASS AF=0.604651;AO=52;DP=86;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.019501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9998;QD=26.8525;RBI=0.0533106;REFB=0.0104486;REVB=-0.0496159;RO=34;SAF=28;SAR=24;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916986;STB=0.549981;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00816595;OID=.;OPOS=98811687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:34:52:52:0.604651:24:28:14:20:24:28:14:20 chr12 98849314 . A T 220.37 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00952671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.169;QD=16.0266;RBI=0.0267104;REFB=-0.00867458;REVB=-0.0249537;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681198;STB=0.538431;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0100712;OID=.;OPOS=98849314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:10:15:20:10:10:15:20:10 chr12 98897267 . C T 205.93 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0111425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.886;QD=23.5346;RBI=0.011176;REFB=-0.00994901;REVB=0.000863623;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698218;STB=0.55097;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0225299;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:11:9:5:9:11:9:5:10 chr12 99007623 . C T 106.3 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00706021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2602;QD=6.74934;RBI=0.0615437;REFB=-0.00292353;REVB=-0.0611374;RO=46;SAF=9;SAR=7;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849573;STB=0.5417;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0058209;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:47:16:16:0.253968:7:9:29:17:7:9:29:18 chr12 99477625 . T C 165.95 PASS AF=0.360656;AO=19;DP=57;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.029695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0297;QD=10.8823;RBI=0.0296991;REFB=-0.00265679;REVB=-0.000497232;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297975;STB=0.508189;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00886288;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:38:39:19:22:0.360656:10:9:19:19:11:11:20:19 chr12 99640428 . T C 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00267412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.474;QD=17.6943;RBI=0.00671956;REFB=-0.0029037;REVB=0.00616454;RO=39;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171977;STB=0.595968;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0025964;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:19:16:25:14:19:16:25:14 chr12 99640557 . T C 1406.49 PASS AF=0.978495;AO=89;DP=92;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0406849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.418;QD=60.4944;RBI=0.0504848;REFB=-0.0891225;REVB=0.0298906;RO=2;SAF=42;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220304;STB=0.511361;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00277243;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:93:2:2:89:91:0.978495:47:42:2:0:48:43:2:0 chr12 100893636 . C T 282.87 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0405341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9106;QD=14.8876;RBI=0.0507291;REFB=-0.00440176;REVB=-0.0305029;RO=44;SAF=14;SAR=18;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290854;STB=0.663366;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00563792;OID=.;OPOS=100893636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:18:14:32:12:18:14:32:12 chr12 101017445 . T C 1408.27 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189183;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.117;QD=61.2292;RBI=0.0571555;REFB=-0.0988831;REVB=0.0539337;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.505154;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000299688;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:92:0:1:90:91:0.98913:43:47:0:0:43:48:1:0 chr12 101552075 . G A 773.45 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0137366;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0244;QD=55.2463;RBI=0.0479562;REFB=-0.0876196;REVB=0.0459467;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00164462;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:24:31:0:1:24:31:0:1 chr12 101560328 . C A 129.37 PASS AF=0.375;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00348113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6529;QD=12.9365;RBI=0.0131894;REFB=0.0102101;REVB=-0.0127217;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326311;STB=0.70335;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00478025;OID=.;OPOS=101560328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:25:15:15:0.375:7:8:5:18:7:8:5:20 chr12 101561940 . A T 122.29 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0109812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.373;QD=15.7793;RBI=0.0240917;REFB=-0.0214443;REVB=0.0214435;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270067;STB=0.64335;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.021689;OID=.;OPOS=101561940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:4:10:7:9:4:10:8:9 chr12 101587518 . C T 106.71 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0161088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.492;QD=11.8564;RBI=0.0213522;REFB=-0.0236226;REVB=-0.0140151;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187393;STB=0.615207;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0307088;OID=.;OPOS=101587518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:23:12:13:0.361111:5:7:9:13:5:8:10:13 chr12 101595998 . G C 120.51 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00594698;FXX=0.049975;HRUN=6;LEN=1;MLLD=203.63;QD=25.3698;RBI=0.0436596;REFB=-0.0261437;REVB=0.0432527;RO=4;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136379;STB=0.565115;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0047156;OID=.;OPOS=101595998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:20:19:4:6:11:12:0.631579:8:3:1:3:8:4:1:5 chr12 101680131 . T C 412.71 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00546574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.351;QD=18.7595;RBI=0.0160515;REFB=-0.00947549;REVB=-0.0150922;RO=46;SAF=19;SAR=23;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125775;STB=0.57001;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0143537;OID=.;OPOS=101680131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:23:19:27:19:23:19:27:19 chr12 101683929 . C T 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0177853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.9;QD=19.3861;RBI=0.0213602;REFB=0.000402812;REVB=-0.0118296;RO=21;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190376;STB=0.608579;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.000713747;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:5:15:12:9:5:15:12:9 chr12 101685783 . C T 317.45 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0181351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.197;QD=18.4027;RBI=0.0243985;REFB=-0.0260196;REVB=0.016322;RO=35;SAF=14;SAR=20;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145487;STB=0.581149;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.02675;OID=.;OPOS=101685783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:20:14:20:15:20:14:20:15 chr12 101723197 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0675691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.461;QD=21.5458;RBI=0.0680032;REFB=0.0102044;REVB=0.00767206;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323166;STB=0.678369;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0050786;OID=.;OPOS=101723197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:9:5:0:10:9:5:0:10 chr12 101734349 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0342208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.686;QD=9.49157;RBI=0.040453;REFB=0.00230276;REVB=-0.0215727;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10141;STB=0.576108;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0142866;OID=.;OPOS=101734349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:9:9:0.333333:4:5:11:6:4:5:12:6 chr12 101750814 . T A 689.28 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.666;QD=62.6616;RBI=0.0199088;REFB=0;REVB=0.0195591;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99965e-05;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:25:19:0:0 chr12 101755809 . T C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0140907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.852;QD=19.6682;RBI=0.0156422;REFB=-0.026058;REVB=0.00679194;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317661;STB=0.67811;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0254274;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:4:15:8:11:4:15 chr12 101757446 . T C 183.35 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0033583;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.948;QD=11.6412;RBI=0.0107487;REFB=0.0017813;REVB=0.0102106;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294405;STB=0.509795;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00321013;OID=.;OPOS=101757446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:40:23:23:0.365079:13:10:18:21:13:10:18:22 chr12 101866174 . C A 753.39 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00228874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9616;QD=61.5009;RBI=0.0362346;REFB=-0.04409;REVB=-0.0361622;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000407169;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:1:0:24:24:1:0 chr12 102045163 . C G 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0284078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2374;QD=6.01576;RBI=0.0301483;REFB=-0.054175;REVB=-0.0100955;RO=22;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339937;STB=0.728959;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0403046;OID=.;OPOS=102045163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:6:1:8:14:6:1:8:14 chr12 102064118 . T C 1115.86 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8959;QD=60.3169;RBI=0.0338823;REFB=0;REVB=-0.00846613;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329744;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr12 102069077 . A G 358.12 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0118886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.004;QD=31.1407;RBI=0.0140632;REFB=-0.00648417;REVB=0.00751232;RO=16;SAF=17;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269085;STB=0.501474;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00453002;OID=.;OPOS=102069077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:13:17:9:7:13:17:9:7 chr12 102079418 . G A 331.49 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0357914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4429;QD=18.6755;RBI=0.0441806;REFB=-0.0217889;REVB=0.0259018;RO=35;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506169;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0172764;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:36:35:35:0.492958:15:20:20:15:15:20:21:15 chr12 102117589 . C T 1130.9 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.234;QD=60.3146;RBI=0.00992392;REFB=0;REVB=0.00687334;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48393e-05;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:41:33:0:0:41:34:0:0 chr12 102140676 . CT C 34.19 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0472702;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.6538;QD=4.4119;RBI=0.121411;REFB=-0.0349276;REVB=0.111831;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030867;STB=0.516097;STBP=0.939;TYPE=del;VARB=0.0569903;OID=.;OPOS=102140677;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:10:29:10:31:21:5:5:10:11:34:17:5:5:8:9 chr12 102140683 . TAAAAA TAAAA,TAAAAG 53.66 PASS AF=0.25,0.166667;AO=7,4;DP=24;FAO=6,4;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2,4;FSAR=4,0;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0424666,0.112189;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=16.1752,30.8987;QD=8.94308;RBI=0.092795,0.14609;REFB=-0.0029335,-0.0211298;REVB=0.0825075,0.0935727;RO=13;SAF=2,4;SAR=5,0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.199998,0.691137;STB=0.571184,0.997228;STBP=0.749,0.026;TYPE=del,snp;VARB=0.10071,0.0322644;OID=.,.;OPOS=102140684,102140688;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TAAAA,TAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.166667:7,4:24:6,4:24:14:2,4:4,0:6:8:27:13:2,4:5,0:6:7 chr12 102158763 . T C 689.45 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.692;QD=62.6776;RBI=0.0176133;REFB=0;REVB=0.00736828;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38111e-05;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr12 102173654 . T C 529.92 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0554258;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.879;QD=57.2891;RBI=0.0671857;REFB=-0.00157203;REVB=0.0379722;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000672836;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:0:1:36:36:0.972973:18:18:0:0:18:18:1:0 chr12 102279193 . G A 713.91 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.549;QD=60.7582;RBI=0.0126011;REFB=0;REVB=-0.00710234;RO=2;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356532;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:2:0:44:47:1:18:26:1:1:19:28:0:0 chr12 102315358 . TG T,TT 785.63 PASS AF=0.02,0.98;AO=6,43;DP=49;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556698,0.0491364;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.439,171.469;QD=62.8504;RBI=0.0569196,0.050584;REFB=0,0;REVB=0.0118622,0.0120146;RO=0;SAF=2,14;SAR=4,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.13233e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00872318,0.00236771;OID=.,.;OPOS=102315359,102315359;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.98:6,43:49:1,49:50:0:0,16:1,33:0:0:7:0:2,14:4,29:0:0 chr12 102517753 . T C 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0435212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.035;QD=21.8711;RBI=0.0435232;REFB=-0.0254639;REVB=0.0004179;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883058;STB=0.548985;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0145797;OID=.;OPOS=102517753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:14:14:14:9:14:14:14:9 chr12 102576340 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0116458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8369;QD=14.3343;RBI=0.121196;REFB=0.00388865;REVB=-0.120635;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241623;STB=0.642535;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00645617;OID=.;OPOS=102576340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:4:6:3:6:4:6 chr12 102795623 . G T 301.05 PASS AF=0.380435;AO=34;DP=91;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0196021;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.844;QD=13.0892;RBI=0.0196028;REFB=-0.00973807;REVB=-0.000162405;RO=55;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139413;STB=0.579164;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0135101;OID=.;OPOS=102795623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:55:57:34:35:0.380435:16:18:22:33:17:18:22:35 chr12 103237468 . G C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.887;QD=57.5445;RBI=0.033512;REFB=0;REVB=-0.0332918;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60885e-05;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr12 103246700 . C T 490.19 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.462;QD=56.0217;RBI=0.070294;REFB=-0.0702758;REVB=0.0543303;RO=1;SAF=2;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184931;STB=0.599931;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000898172;OID=.;OPOS=103246700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:32:2:1:0:32:2:1:0 chr12 103872172 . T G 233.66 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00267956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.943;QD=24.5957;RBI=0.040082;REFB=-0.035067;REVB=0.0399924;RO=15;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575662;STB=0.519213;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0204563;OID=.;OPOS=103872172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:16:22:22:0.578947:10:12:7:8:10:12:8:8 chr12 104067693 . T G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.00251454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.565;QD=19.976;RBI=0.00298633;REFB=-0.0286616;REVB=0.00161098;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34822;STB=0.694003;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0267819;OID=.;OPOS=104067693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:3:17:9:11:3:17 chr12 104067812 . C T 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.895;QD=56.9341;RBI=0.0618165;REFB=0;REVB=0.0101407;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118549;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr12 104086631 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.221;QD=57.8847;RBI=0.0391445;REFB=0;REVB=0.00904395;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23966e-05;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr12 104100617 . C T 3218.94 PASS AF=0.985981;AO=210;DP=213;FAO=211;FDP=214;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=118;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0366298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.832;QD=60.1672;RBI=0.0370606;REFB=-0.0498522;REVB=-0.00563427;RO=3;SAF=92;SAR=118;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622224;STB=0.503209;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-1.54148e-05;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:213:214:3:3:210:211:0.985981:118:92:2:1:118:93:2:1 chr12 104153004 . C G 279.3 PASS AF=0.421053;AO=30;DP=74;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0167525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.107;QD=14.6997;RBI=0.0188961;REFB=-0.0158881;REVB=0.00874165;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0208344;OID=.;OPOS=104153004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:44:44:30:32:0.421053:14:16:22:22:16:16:22:22 chr12 104186946 . G T 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0625092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.802;QD=16.105;RBI=0.0797813;REFB=-0.0276466;REVB=-0.0495747;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492737;STB=0.528269;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0340972;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:14:8:7:10:14:8 chr12 104208868 . C T 249.94 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0131252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.8;QD=16.6627;RBI=0.0132584;REFB=-0.0162574;REVB=0.00187403;RO=32;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676627;STB=0.524674;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0155086;OID=.;OPOS=104208868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:32:27:28:0.466667:17:10:14:18:17:11:14:18 chr12 104254932 . G A 266.06 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0271755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9328;QD=21.2844;RBI=0.0576307;REFB=0.00620828;REVB=-0.0508212;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524281;STB=0.520644;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0190206;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:10:15:13:11:10:15:14:11 chr12 104309559 . C T 553.3 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0611186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7399;QD=22.1321;RBI=0.0613182;REFB=-0.0373039;REVB=0.00494379;RO=47;SAF=26;SAR=26;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274969;STB=0.509996;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0171056;OID=.;OPOS=104309559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:48:52:52:0.52:26:26:22:25:26:26:23:25 chr12 104324266 . G A 291.83 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.011989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.902;QD=21.6169;RBI=0.0247092;REFB=-0.0199082;REVB=-0.0216058;RO=24;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129481;STB=0.571383;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.015817;OID=.;OPOS=104324266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:12:18:18:6:12:18:18:6 chr12 104341103 . C T 428.97 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.926;QD=57.1966;RBI=0.0228572;REFB=0;REVB=0.0163261;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128306;OID=.;OPOS=104341103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:26:30:1:12:14:0:0:14:16:0:0 chr12 104349525 . T C 619.97 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.293;QD=59.0444;RBI=0.0391459;REFB=-0.131407;REVB=0.0371934;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00139167;OID=.;OPOS=104349525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:20:21:0:1:20:21:0:1 chr12 104359779 . C T 125.89 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.00461017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.534;QD=8.9919;RBI=0.00631321;REFB=-0.0478316;REVB=0.00431312;RO=38;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396825;STB=0.724308;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0561061;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:39:17:17:0.303571:6:11:11:27:6:11:12:27 chr12 104380734 . G A 315.54 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00496623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1583;QD=25.2432;RBI=0.00498067;REFB=-0.0188523;REVB=-0.000379026;RO=22;SAF=18;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189408;STB=0.605187;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0267869;OID=.;OPOS=104380734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:10:18:9:13:10:18:9:13 chr12 104382264 . G A 119.04 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.0664213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.748;QD=5.17571;RBI=0.0667144;REFB=-0.0137589;REVB=0.00624692;RO=71;SAF=8;SAR=11;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162746;STB=0.51946;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0550864;OID=.;OPOS=104382264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:71:73:19:19:0.206522:11:8:29:42:11:8:29:44 chr12 104413436 . C T 618.71 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.00693984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.844;QD=20.9732;RBI=0.010035;REFB=-0.0315659;REVB=-0.00724848;RO=56;SAF=22;SAR=40;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147357;STB=0.508096;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0238748;OID=.;OPOS=104413436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:56:62:62:0.525424:40:22:19:37:40:22:19:37 chr12 104492192 . TA T,TT 48.39 PASS AF=0.166667,0.119048;AO=7,5;DP=40;FAO=7,5;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=1,1;FSAR=6,4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0457215,0.00652281;FXX=0.0232504;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.2394,19.7946;QD=4.60854;RBI=0.119201,0.00664593;REFB=-0.101476,-0.0614843;REVB=-0.110084,-0.00127331;RO=22;SAF=0,1;SAR=7,4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.763508,-0.486379;STB=0.862619,0.824858;STBP=0.05,0.166;TYPE=del,snp;VARB=0.0283962,0.0499978;OID=.,.;OPOS=104492193,104492193;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.119048:7,5:40:7,5:42:30:1,1:6,4:18:12:21:22:0,1:7,4:14:8 chr12 104645363 . G A 738.68 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0144666;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.688;QD=61.5562;RBI=0.0161016;REFB=0.0592994;REVB=0.00706957;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177461;STB=0.50943;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000829625;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:47:47:0.979167:26:21:0:1:26:21:0:1 chr12 104645405 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.535;QD=57.1773;RBI=0.0360057;REFB=0;REVB=0.0354985;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118895;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr12 104682562 . A T 178.98 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00152468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.341;QD=22.372;RBI=0.0615922;REFB=-0.00690583;REVB=0.0615733;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464767;STB=0.549944;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0049773;OID=.;OPOS=104682562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:14:17:18:0.5625:7:10:8:7:7:11:7:7 chr12 104698582 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0158738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.132;QD=14.3343;RBI=0.0249851;REFB=0.00851555;REVB=-0.0192945;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196839;STB=0.617362;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00812687;OID=.;OPOS=104698582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:6:4:2:7:6:4 chr12 104703836 . A G 220.88 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0246977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.165;QD=18.0312;RBI=0.0253896;REFB=-0.0168233;REVB=-0.00588689;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987944;STB=0.505613;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0287561;OID=.;OPOS=104703836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:12:15:12:10:12:15 chr12 104709559 . C T 139.97 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0153338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.563;QD=12.4419;RBI=0.0259633;REFB=-0.0130015;REVB=-0.0209516;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299448;STB=0.635191;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0198524;OID=.;OPOS=104709559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:29:15:16:0.355556:5:10:11:17:6:10:12:17 chr12 104985407 . T C 74.35 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00410423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.47;QD=22.8773;RBI=0.017457;REFB=-0.0112705;REVB=-0.0169676;RO=3;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198601;STB=0.705321;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0384253;OID=.;OPOS=104985407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:3:4:9:9:0.692308:1:8:2:1:1:8:2:2 chr12 104985443 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0449545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.922;QD=16.199;RBI=0.0470186;REFB=0.00559528;REVB=0.0137782;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.57112;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00196243;OID=.;OPOS=104985443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:2:1:1:4:2:1 chr12 105245665 . T C 184.15 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0564849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3559;QD=15.3456;RBI=0.0630675;REFB=-0.0275942;REVB=0.0280531;RO=28;SAF=5;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246402;STB=0.642704;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0301672;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:15:5:13:15:15:5:13:15 chr12 105282893 . T C 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0302066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.345;QD=15.6034;RBI=0.0365359;REFB=-0.0149579;REVB=-0.0205531;RO=37;SAF=20;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104512;STB=0.553155;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0145742;OID=.;OPOS=105282893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:10:20:21:16:10:20:22:16 chr12 105380152 . A C 194.91 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0185553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1378;QD=14.1755;RBI=0.0621584;REFB=-0.00952037;REVB=-0.0593243;RO=31;SAF=2;SAR=21;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24971;STB=0.672413;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0108109;OID=.;OPOS=105380152;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:21:2:6:25:21:2:7:25 chr12 105433523 . T A 137.25 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0066045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.76;QD=8.71436;RBI=0.0332107;REFB=-0.0252839;REVB=-0.0325474;RO=43;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152121;STB=0.596916;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0625836;OID=.;OPOS=105433523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:44:19:19:0.301587:9:10:17:26:9:10:17:27 chr12 105434467 . C T 156.05 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.000955856;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.263;QD=10.9509;RBI=0.0303151;REFB=-0.00506484;REVB=-0.0303;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045018;STB=0.52629;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00956351;OID=.;OPOS=105434467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:37:37:20:20:0.350877:10:10:20:17:10:10:20:17 chr12 105440719 . C T 433.86 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=50;FWDB=0.021358;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.433;QD=14.8329;RBI=0.0328132;REFB=-0.0203025;REVB=-0.0249107;RO=63;SAF=20;SAR=29;SRF=17;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14901;STB=0.589078;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0169609;OID=.;OPOS=105440719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:63:68:49:49:0.418803:29:20:17:46:29:20:18:50 chr12 105546172 . G A 1335.26 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.253;QD=60.0117;RBI=0.030958;REFB=-0.171385;REVB=0.0290631;RO=2;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024918;STB=0.506328;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00100017;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:89:2:1:86:88:0.988764:37:49:0:2:39:49:0:1 chr12 105561664 . C T 346.31 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641966;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.416;QD=55.409;RBI=0.00685144;REFB=0;REVB=-0.00239377;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890219;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr12 105567068 . T A 954.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8129;QD=58.719;RBI=0.0136108;REFB=0;REVB=0.00464608;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08253e-05;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr12 105567070 . T A 956.15 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.895;QD=58.8399;RBI=0.042547;REFB=0;REVB=-0.00247854;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96672e-05;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:32:31:0:0:32:33:0:0 chr12 105567087 . T TA 694.18 PASS AF=1;AO=9;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0610475;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.5924;QD=44.786;RBI=0.0641491;REFB=0;REVB=-0.0197055;RO=54;SAF=4;SAR=5;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00153776;OID=.;OPOS=105567088;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:64:62:62:0:34:28:0:0:13:54:4:5:29:25 chr12 105567089 . T A 700.5 PASS AF=0.873016;AO=54;DP=62;FAO=55;FDP=63;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.000811972;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.6884;QD=44.4761;RBI=0.0687944;REFB=-0.172596;REVB=0.0687896;RO=8;SAF=31;SAR=23;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488302;STB=0.524189;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0309723;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:62:63:8:8:54:55:0.873016:23:31:3:5:24:31:3:5 chr12 105568122 . G A,T 2641.76 PASS AF=0.948276,0.0517241;AO=159,12;DP=172;FAO=165,9;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=66,0;FSAR=99,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281919,-0.00904378;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.5269,121.08;QD=60.7302;RBI=0.0315949,0.0111123;REFB=0,0;REVB=0.0142637,-0.00645698;RO=0;SAF=63,3;SAR=96,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.48925e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00281163,0.122683;OID=.,.;OPOS=105568122,105568122;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:172:174:0:0:159,12:165,9:0.948276,0.0517241:96,9:63,3:0:0:99,9:66,0:0:0 chr12 105568176 . G A 1806.32 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291772;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.966;QD=61.2312;RBI=0.0303089;REFB=0;REVB=-0.008205;RO=0;SAF=37;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56643e-05;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:81:37:0:0:81:37:0:0 chr12 106460938 . G C 255.7 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0159943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.352;QD=17.9438;RBI=0.0202465;REFB=-0.0155622;REVB=-0.0124138;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556173;STB=0.549036;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0194807;OID=.;OPOS=106460938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:28:29:27:28:0.491228:17:10:12:16:18:10:13:16 chr12 106461053 . TGGGGGA TGGGG,TGGGGA 46.15 PASS AF=0,0.555556;AO=2,6;DP=18;FAO=0,10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=0,6;FSAR=0,4;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0648027,0.279618;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=170.78,10.133;QD=10.2547;RBI=0.0654097,0.280252;REFB=0.016363,-0.019369;REVB=0.00889051,0.0188293;RO=8;SAF=2,3;SAR=0,3;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.495365;STB=0.5,0.699688;STBP=1,0.136;TYPE=del,del;VARB=0,0.046613;OID=.,.;OPOS=106461058,106461054;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.555556:2,6:18:0,10:18:8:0,6:0,4:8:0:30:8:2,3:0,3:8:0 chr12 106633569 . C T 362.06 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.083637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4973;QD=20.6894;RBI=0.0850105;REFB=-0.0193545;REVB=0.0152198;RO=33;SAF=20;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030266;STB=0.516749;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00817117;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:17:20:19:14:17:20:19:14 chr12 106647842 . C T 77.26 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0368936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0811;QD=13.4372;RBI=0.0405957;REFB=-0.0147283;REVB=0.0169373;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266518;STB=0.653583;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0183723;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:11:2:4:6:11:2 chr12 106704974 . G A 223.03 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00748089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.93;QD=10.4957;RBI=0.011625;REFB=-0.00181796;REVB=0.00889812;RO=57;SAF=20;SAR=8;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306263;STB=0.679311;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00702995;OID=.;OPOS=106704974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:8:20:26:31:8:20:26:31 chr12 106763456 . C T 196.42 PASS AF=0.59375;AO=15;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.146475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.641;QD=24.5525;RBI=0.146617;REFB=-0.0175603;REVB=-0.00644409;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333241;STB=0.609007;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0138496;OID=.;OPOS=106763456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:13:15:19:0.59375:11:4:9:5:11:8:9:4 chr12 106838340 . T C 364.32 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00720674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.682;QD=23.8897;RBI=0.0129077;REFB=0.000857224;REVB=0.0107085;RO=25;SAF=14;SAR=22;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129814;STB=0.571388;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.000285742;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:22:14:14:11:22:14:14:11 chr12 106893863 . G T 341.04 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.050981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.046;QD=20.9872;RBI=0.0724361;REFB=-0.0278586;REVB=-0.051458;RO=30;SAF=21;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167181;STB=0.592539;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0197845;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:14:21:12:18:14:21:12:18 chr12 106893930 . A T 224.1 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.007607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.491;QD=17.5764;RBI=0.00791914;REFB=-0.00838288;REVB=-0.00220143;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868684;STB=0.548979;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0116639;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:11:16:12:12:11:16 chr12 106903321 . T C 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.010374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.138;QD=17.032;RBI=0.0114708;REFB=-0.0120668;REVB=0.00489487;RO=22;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30648;STB=0.677205;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0203577;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:14:4:11:11:14:4:11:11 chr12 107090201 . T C 854.63 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0454213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.552;QD=56.0414;RBI=0.0454247;REFB=0.0128525;REVB=-0.000549639;RO=1;SAF=19;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241821;STB=0.512191;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=3.71688e-05;OID=.;OPOS=107090201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:40:19:1:0:40:20:1:0 chr12 107395106 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.54;QD=60.9757;RBI=0.0668261;REFB=0;REVB=0.0612864;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052096;OID=.;OPOS=107395106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr12 107713696 . G A 347.64 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00497878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8825;QD=51.5019;RBI=0.00899181;REFB=-0.167635;REVB=0.00748761;RO=1;SAF=22;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102655;STB=0.55551;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0038681;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:4:22:0:1:4:22:0:1 chr12 107937768 . G A 191.93 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.00889313;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.739;QD=15.9944;RBI=0.00891158;REFB=-0.0235455;REVB=-0.000573124;RO=28;SAF=15;SAR=4;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00581119;STB=0.512807;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0301599;OID=.;OPOS=107937768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:19:20:0.416667:4:15:22:6:4:16:22:6 chr12 108147705 . T C 536.3 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0242015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.062;QD=20.2375;RBI=0.0440531;REFB=-0.0143151;REVB=0.0368098;RO=47;SAF=34;SAR=21;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128682;STB=0.581877;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0130421;OID=.;OPOS=108147705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:51:55:55:0.518868:21:34:22:25:21:34:23:28 chr12 108618630 . C T 619.33 PASS AF=0.5;AO=62;DP=125;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0477507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.007;QD=19.6613;RBI=0.0478379;REFB=-0.0187268;REVB=0.002886;RO=63;SAF=31;SAR=31;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021725;STB=0.507938;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0173963;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:63:63:62:63:0.5:31:31:30:33:32:31:30:33 chr12 108918146 . C T 505.5 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00890105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.55;QD=17.7369;RBI=0.00963507;REFB=-0.0205209;REVB=0.00368861;RO=60;SAF=27;SAR=27;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157912;STB=0.508769;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.02357;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:27:27:31:29:27:27:31:29 chr12 108923950 . A G 98.37 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0310253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.658;QD=13.5676;RBI=0.0320733;REFB=-0.0245972;REVB=0.00813184;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165255;STB=0.517213;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.03213;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:29:17:17:11:12:0.413793:6:5:8:9:6:6:8:9 chr12 108954823 . C T 253.94 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0154643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1148;QD=15.3902;RBI=0.0265341;REFB=-0.0173265;REVB=0.0215619;RO=37;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144291;STB=0.58146;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0222296;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:16:13:22:15:16:13:22:15 chr12 108955106 . C CT 145.87 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0324874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.6595;QD=21.6109;RBI=0.0330031;REFB=-0.0561436;REVB=-0.00581152;RO=11;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0222486;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:17:29:18:27:9:6:12:3:6:48:11:5:12:3:8 chr12 108985945 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6442;QD=37.4885;RBI=0.0574964;REFB=0;REVB=0.054405;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986319;OID=.;OPOS=108985945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr12 108986031 . C T 61.89 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0256657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9737;QD=20.631;RBI=0.175711;REFB=-0.0495423;REVB=0.173826;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921951;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0420908;OID=.;OPOS=108986031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:12:12:4:4:6:7:0.583333:1:5:3:1:2:5:3:1 chr12 108986112 . G C 202.14 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00970724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.65;QD=21.2779;RBI=0.0100415;REFB=-0.0254685;REVB=-0.0025694;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134987;STB=0.575841;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0246649;OID=.;OPOS=108986112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:11:7:11:9:11:7 chr12 109182049 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0766916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.071;QD=12.3282;RBI=0.0788624;REFB=-0.0146547;REVB=-0.0183757;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185652;STB=0.632838;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0209446;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:8:3:7:9:8:3:8:9 chr12 109273419 . G A 318.47 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.004133;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.801;QD=12.6127;RBI=0.00739392;REFB=-0.018702;REVB=-0.00613094;RO=63;SAF=24;SAR=14;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172579;STB=0.598673;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.025258;OID=.;OPOS=109273419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:63:63:38:38:0.376238:14:24:30:33:14:24:30:33 chr12 109277492 . C A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.00888395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.56;QD=14.7015;RBI=0.0256864;REFB=-0.0156697;REVB=-0.0241011;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300428;STB=0.670902;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0254038;OID=.;OPOS=109277492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:2:13:7:5:2:13 chr12 109309571 . C T 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0162112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.705;QD=8.23032;RBI=0.0196254;REFB=0.00250173;REVB=-0.0110613;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127655;STB=0.579452;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00680703;OID=.;OPOS=109309571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:7:3:10:15:7:3:10:15 chr12 109309649 . C CG 30.42 PASS AF=0.163265;AO=11;DP=50;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=34;FWDB=0.00442162;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=118.307;QD=2.4831;RBI=0.0114043;REFB=-0.0048904;REVB=-0.0105123;RO=38;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522845;STB=0.891942;STBP=0.094;TYPE=ins;VARB=0.190903;OID=.;OPOS=109309650;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.163265:11:50:8:49:41:6:2:7:34:30:38:7:4:7:31 chr12 109511256 . T C 677.97 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321391;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.115;QD=54.2374;RBI=0.0353609;REFB=-0.0659572;REVB=0.0147471;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000403726;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:49:49:0.98:23:26:0:0:22:27:0:1 chr12 109519189 . C T 101.85 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0575738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6807;QD=8.85684;RBI=0.0630236;REFB=0.00652521;REVB=-0.0256365;RO=33;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084448;STB=0.551644;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0273102;OID=.;OPOS=109519189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:8:5:15:18:8:5:15:18 chr12 109524232 . A G 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00751016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.594;QD=16.0711;RBI=0.00928006;REFB=0.000691687;REVB=-0.00545134;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152846;STB=0.586147;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00130443;OID=.;OPOS=109524232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:12:17:15:20:12:17:15:20 chr12 109605730 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.691;QD=60.2044;RBI=0.0275193;REFB=0;REVB=-0.00500495;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77937e-05;OID=.;OPOS=109605730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr12 109617865 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.168;QD=64.1536;RBI=0.0386475;REFB=0;REVB=0.00168335;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102071;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr12 109623516 . G A 260.1 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0212043;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.894;QD=23.6457;RBI=0.0469584;REFB=-0.000101067;REVB=-0.0418983;RO=20;SAF=7;SAR=17;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150717;STB=0.58327;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000779784;OID=.;OPOS=109623516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:20:24:24:0.545455:17:7:3:17:17:7:3:17 chr12 109675029 . T C 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.081;QD=59.4995;RBI=0.0259441;REFB=0;REVB=0.0170583;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14852e-06;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr12 109696838 . G A 1498.99 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261637;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.475;QD=62.4579;RBI=0.0310504;REFB=-0.0944685;REVB=0.016721;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000197483;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:0:1:95:95:0.989583:48:47:0:0:48:47:0:1 chr12 109835590 . A G 103.56 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0119628;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.469;QD=9.2056;RBI=0.015541;REFB=-0.0237552;REVB=-0.00992035;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062043;STB=0.529366;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0374831;OID=.;OPOS=109835590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:31:32:13:13:0.288889:9:4:11:20:9:4:11:21 chr12 109848567 . T C 131.32 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0121779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.738;QD=14.1963;RBI=0.018234;REFB=-0.0166929;REVB=-0.0135712;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214544;STB=0.625838;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0273525;OID=.;OPOS=109848567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:4:11:12:10:4:11:12:10 chr12 109862640 . G A 33.55 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00764679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.0884;QD=3.83397;RBI=0.00964295;REFB=0.00165799;REVB=-0.00587478;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200756;STB=0.65333;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0254813;OID=.;OPOS=109862640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:34:35:28:29:6:6:0.171429:2:4:14:14:2:4:14:15 chr12 109883374 . T C 93.32 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0137345;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.143;QD=16.9681;RBI=0.0152323;REFB=-0.00818231;REVB=0.00658684;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01047;OID=.;OPOS=109883374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:11:11:11:11:0.5:6:5:5:6:6:5:5:6 chr12 109962278 . G A 241.74 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0037414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.814;QD=19.7338;RBI=0.00408142;REFB=-0.0321858;REVB=0.00163095;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132543;STB=0.550978;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0233186;OID=.;OPOS=109962278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:25:23:24:0.489796:12:11:15:9:12:12:15:10 chr12 110222191 . G A 222.75 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0174128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8493;QD=18.9578;RBI=0.031466;REFB=-0.0149023;REVB=-0.0262088;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098829;STB=0.555934;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0307695;OID=.;OPOS=110222191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:14:11:12:10:14:11 chr12 110240838 . T G 123.61 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00827045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.284;QD=17.0492;RBI=0.0458676;REFB=0.00125902;REVB=-0.0451158;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336217;STB=0.689423;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00713335;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:2:13:7:7:2:13 chr12 110290073 . G A 45.62 PASS AF=0.28;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00872426;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.789;QD=7.29988;RBI=0.0175493;REFB=-0.00287126;REVB=0.0152271;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425239;STB=0.824;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0130655;OID=.;OPOS=110290073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:25:15:18:7:7:0.28:1:6:8:7:1:6:8:10 chr12 110368201 . G A 242.51 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0200338;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.516;QD=21.5566;RBI=0.0336603;REFB=-0.0177469;REVB=0.0270493;RO=21;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105327;STB=0.557682;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0170645;OID=.;OPOS=110368201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:22:22:23:0.511111:15:7:9:12:16:7:9:13 chr12 111319026 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0170323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.367;QD=13.456;RBI=0.037918;REFB=-0.0149504;REVB=-0.0338774;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250796;STB=0.507029;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0280353;OID=.;OPOS=111319026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:6:5:6:8:6:5:7:8 chr12 111375170 . A G 416.37 PASS AF=0.314286;AO=55;DP=175;FAO=55;FDP=175;FR=.;FRO=120;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=77;FWDB=-0.0024016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5888;QD=9.51698;RBI=0.00436116;REFB=-0.00316046;REVB=-0.00364034;RO=119;SAF=27;SAR=28;SRF=42;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164369;STB=0.591209;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00803435;OID=.;OPOS=111375170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:119:120:55:55:0.314286:28:27:42:77:28:27:43:77 chr12 111375172 . C T 431.21 PASS AF=0.318182;AO=56;DP=175;FAO=56;FDP=176;FR=.;FRO=120;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=78;FWDB=0.0180933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.122;QD=9.80022;RBI=0.0200846;REFB=-0.00700719;REVB=-0.00871902;RO=119;SAF=29;SAR=27;SRF=42;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193714;STB=0.613625;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0169409;OID=.;OPOS=111375172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:119:120:56:56:0.318182:27:29:42:77:27:29:42:78 chr12 111747963 . C T 140.08 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00255209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.558;QD=20.7524;RBI=0.0092376;REFB=0.00792581;REVB=-0.00887807;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355152;STB=0.682686;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00458693;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:10:5:9:2:10:5:9:3 chr12 111760251 . G C 107.38 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0451814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0181;QD=12.6328;RBI=0.151833;REFB=-0.0308223;REVB=-0.144955;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274105;STB=0.516105;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0460094;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:15:6:4:9:15:6 chr12 111786082 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.988;QD=40.7622;RBI=0.130931;REFB=0;REVB=0.130017;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416425;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr12 111786676 . G A 31.07 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0128248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.844;QD=13.8087;RBI=0.0131999;REFB=0.0310239;REVB=0.00312432;RO=4;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0038193;OID=.;OPOS=111786676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:8:9:4:4:4:5:0.555556:3:1:1:3:3:2:1:3 chr12 111786892 . T C 277.33 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0274445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.919;QD=26.4127;RBI=0.0449141;REFB=-0.0370272;REVB=0.0355539;RO=16;SAF=7;SAR=18;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2195;STB=0.612671;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0251724;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:18:7:9:7:18:7:9:8 chr12 111798553 . A G 722.14 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=128;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0115512;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9661;QD=22.0502;RBI=0.0121299;REFB=-0.0403948;REVB=0.00370175;RO=57;SAF=40;SAR=30;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109322;STB=0.545042;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0562653;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:57:61:70:70:0.534351:30:40:25:32:30:40:29:32 chr12 111884608 . T C 741.25 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777716;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.156;QD=57.0189;RBI=0.00855832;REFB=0;REVB=0.0035722;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186193;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr12 111886967 . T A 222.71 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00934871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.965;QD=16.4967;RBI=0.0123288;REFB=-0.00715333;REVB=0.00803742;RO=27;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140326;STB=0.505978;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00947442;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:29:25:25:0.462963:17:8:9:18:17:8:9:20 chr12 111993712 . C T 237.01 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0915882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4469;QD=19.7509;RBI=0.0920215;REFB=-0.0210175;REVB=-0.00891963;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595413;STB=0.523789;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0127982;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:25:23:23:0.479167:10:13:12:12:10:13:13:12 chr12 112191641 . G A 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00425601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.39;QD=8.51177;RBI=0.0469512;REFB=-0.0206333;REVB=0.0467579;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956655;STB=0.558707;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0502621;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:10:14:5:5:10:14 chr12 112194727 . C T 140.39 PASS AF=0.7;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0204567;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.997;QD=28.0781;RBI=0.0326488;REFB=-0.00800378;REVB=0.0254453;RO=5;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320249;STB=0.71963;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00282022;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:5:6:14:14:0.7:12:2:3:2:12:2:4:2 chr12 112375990 . A C 150.03 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.037974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4961;QD=12.2473;RBI=0.0648713;REFB=-0.0379191;REVB=0.0525952;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703329;STB=0.521714;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0716175;OID=.;OPOS=112375990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:32:32:16:17:0.346939:8:8:14:18:9:8:14:18 chr12 112416586 . C T 69.52 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0546579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6532;QD=16.3579;RBI=0.0802805;REFB=-0.00213442;REVB=0.0588003;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243059;STB=0.640727;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0102779;OID=.;OPOS=112416586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:2:6:4:5:2:6 chr12 112460147 . T G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0191315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.837;QD=17.4012;RBI=0.0217851;REFB=-0.0179626;REVB=-0.01042;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692208;STB=0.539815;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0164964;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:6:7:8:5:6:7 chr12 112460749 . A G 1687.09 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.243;QD=60.2531;RBI=0.0103436;REFB=0;REVB=-0.00222164;RO=0;SAF=39;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21313e-05;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:72:39:0:0:73:39:0:0 chr12 112464893 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0178392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.417;QD=19.0582;RBI=0.0193596;REFB=-0.0351532;REVB=0.00752049;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113156;STB=0.563967;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0321125;OID=.;OPOS=112464893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:13:7:9:10:13:7 chr12 112477055 . T C 186.88 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0103918;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.664;QD=19.6711;RBI=0.0200969;REFB=-0.0152655;REVB=-0.0172017;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22185;STB=0.633674;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0195334;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:10:9:4:14:10:9:4:15 chr12 112491361 . C CT 36.03 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0309382;FXX=0.0232504;HRUN=0;LEN=1;MLLD=93.4898;QD=3.43167;RBI=0.035084;REFB=-0.00723633;REVB=-0.0165443;RO=30;SAF=1;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565351;STB=0.815497;STBP=0.069;TYPE=ins;VARB=0.147926;OID=.;OPOS=112491362;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:12:42:9:42:33:1:8:14:19:36:30:1:11:14:16 chr12 112577990 . T C 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0876024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.744;QD=17.6433;RBI=0.0883229;REFB=-0.0156326;REVB=0.0112588;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041038;STB=0.523757;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0114163;OID=.;OPOS=112577990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:2:5:6:3:2:5 chr12 112580071 . C T 273.91 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0430745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.99;QD=15.217;RBI=0.0434544;REFB=0.00686672;REVB=-0.00573327;RO=39;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888638;STB=0.560938;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0105405;OID=.;OPOS=112580071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:41:31:31:0.430556:18:13:13:26:18:13:13:28 chr12 112598321 . G A 128.49 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.051299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.72;QD=12.8488;RBI=0.0547487;REFB=-0.0116222;REVB=0.0191268;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291138;STB=0.666481;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0137851;OID=.;OPOS=112598321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:4:21:9:6:4:21 chr12 112667675 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.837;QD=58.5874;RBI=0.0314897;REFB=0;REVB=0.0213327;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250733;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr12 112703732 . A C 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.00881876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.508;QD=16.0643;RBI=0.0144756;REFB=-0.00913889;REVB=-0.0114792;RO=31;SAF=21;SAR=5;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049883;STB=0.528279;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0157492;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:5:21:24:7:5:21:24:7 chr12 112704961 . A G 78.98 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00245148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.668;QD=16.6274;RBI=0.00948441;REFB=-0.0722576;REVB=-0.00916211;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571344;STB=0.533268;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0440542;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:8:9:9:10:0.526316:4:5:5:3:4:6:6:3 chr12 112705013 . C T 84.99 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0770684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3854;QD=22.6634;RBI=0.0782035;REFB=-0.0244237;REVB=0.0132757;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11821;STB=0.567431;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.013281;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:3:2:6:4:3:2 chr12 113312971 . G T 704.22 PASS AF=0.490066;AO=70;DP=152;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=55;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=0.0246157;FXX=0.0258048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.014;QD=18.6547;RBI=0.0313803;REFB=-0.0236329;REVB=0.0194625;RO=76;SAF=15;SAR=55;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173775;STB=0.559099;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0254878;OID=.;OPOS=113312971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:76:77:70:74:0.490066:55:15:27:49:55:19:27:50 chr12 113313470 . C T 2926.01 PASS AF=0.975124;AO=195;DP=201;FAO=196;FDP=201;FR=.;FRO=5;FSAF=104;FSAR=92;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0155388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8626;QD=58.229;RBI=0.0717131;REFB=-0.0812737;REVB=0.0700094;RO=4;SAF=103;SAR=92;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851868;STB=0.501733;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0163058;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:201:201:4:5:195:196:0.975124:92:103:3:1:92:104:3:2 chr12 113319600 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9852;QD=62.3495;RBI=0.0311691;REFB=0;REVB=-0.0298407;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031382;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr12 113325629 . T C 903.48 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0354972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.378;QD=56.4677;RBI=0.0355465;REFB=-0.0473365;REVB=0.00187132;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=8.68837e-05;OID=.;OPOS=113325629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:35:28:0:1:35:28:0:1 chr12 113348870 . G A 871.2 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0272565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0932;QD=56.2067;RBI=0.0273586;REFB=-0.0378913;REVB=-0.00236103;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159989;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00213804;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:32:29:1:0:32:29:1:0 chr12 113357193 . G A 130.38 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.928;QD=43.4591;RBI=0.063962;REFB=0;REVB=-0.0617075;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00431884;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr12 113357209 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.858;QD=47.8223;RBI=0.0405244;REFB=0;REVB=0.0346775;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208679;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr12 113357237 . G C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5078;QD=51.9151;RBI=0.0259285;REFB=0;REVB=-0.0246971;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271937;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr12 113357442 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703849;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8657;QD=62.9811;RBI=0.0890164;REFB=0;REVB=0.0544966;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301039;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr12 113369715 . TA T 827.64 PASS AF=0.96875;AO=57;DP=66;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00977797;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.065;QD=51.7275;RBI=0.00980146;REFB=-0.0106242;REVB=-0.000678218;RO=4;SAF=26;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364174;STB=0.501012;STBP=0.89;TYPE=del;VARB=-6.66645e-05;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96875:57:66:62:64:2:29:33:1:1:6:4:26:31:3:1 chr12 113369759 . G C 885.29 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3791;QD=58.0517;RBI=0.0240946;REFB=0;REVB=-0.00338204;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202285;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr12 113376388 . G A 798.85 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0064;QD=57.0609;RBI=0.0779703;REFB=0;REVB=0.0517978;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130344;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:38:17:0:0:38:18:0:0 chr12 113376452 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00095399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.98;QD=46.848;RBI=0.0677938;REFB=0;REVB=0.0677871;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423723;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chr12 113386950 . T C,G 711.43 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=46,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607765,-0.0276259;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=215.803,10.3606;QD=55.7981;RBI=0.0609839,0.0461514;REFB=0,0;REVB=0.00502456,-0.0369697;RO=0;SAF=3,0;SAR=46,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000350783,0.12148;OID=.,.;OPOS=113386950,113386950;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:46,2:3,0:0:0:46,2:3,0:0:0 chr12 113398919 . G A 657.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.409;QD=59.7538;RBI=0.102996;REFB=0;REVB=0.00910569;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154049;OID=.;OPOS=113398919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:40:44:1:19:21:0:0:20:24:0:0 chr12 113425154 . C G 101.9 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.998;QD=40.7597;RBI=0.0585514;REFB=0;REVB=-0.0255849;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223029;OID=.;OPOS=113425154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:8:1:0:0:8:2:0:0 chr12 113435450 . A T 1245.9 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000304319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.231;QD=61.5261;RBI=0.0205044;REFB=0;REVB=0.0205022;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00146e-05;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:35:45:0:0:35:46:0:0 chr12 113448288 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.905;QD=57.0008;RBI=0.0333875;REFB=0;REVB=0.0307787;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67656e-05;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr12 113553481 . C T 197.69 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.046199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.926;QD=14.644;RBI=0.0467172;REFB=-0.0060514;REVB=0.00693916;RO=31;SAF=6;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204047;STB=0.624884;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00482766;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:31:22:23:0.425926:16:6:14:17:17:6:14:17 chr12 113565889 . G A 208.3 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00652156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.248;QD=33.3278;RBI=0.0377948;REFB=0.0302335;REVB=0.0372279;RO=6;SAF=5;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123997;STB=0.568452;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00244642;OID=.;OPOS=113565889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:14:5:3:3:14:5:3:3 chr12 113724816 . C T 320.2 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0525278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.734;QD=21.3469;RBI=0.0554921;REFB=-0.0327207;REVB=0.0178942;RO=27;SAF=21;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693877;STB=0.538438;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0407862;OID=.;OPOS=113724816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:12:21:15:12:12:21:15:12 chr12 113796566 . A C 203.18 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0340159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.037;QD=18.9004;RBI=0.0370269;REFB=-0.0321385;REVB=-0.0146256;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872089;STB=0.510194;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0347342;OID=.;OPOS=113796566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:8:12:13:9:9:12:13:9 chr12 114282496 . C T 1769.96 PASS AF=0.459459;AO=186;DP=410;FAO=187;FDP=407;FR=.;FRO=220;FSAF=58;FSAR=129;FSRF=76;FSRR=144;FWDB=0.0317221;FXX=0.00731689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.694;QD=17.3952;RBI=0.0320829;REFB=-0.00993502;REVB=0.00479813;RO=218;SAF=58;SAR=128;SRF=76;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411604;STB=0.521918;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00930528;OID=.;OPOS=114282496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:407:218:220:186:187:0.459459:128:58:76:142:129:58:76:144 chr12 114362483 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000278316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.502;QD=62.3504;RBI=0.0118686;REFB=0;REVB=0.0118654;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85804e-05;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr12 114374887 . T C 464.84 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0142443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9875;QD=22.1354;RBI=0.0397346;REFB=-0.028278;REVB=0.0370936;RO=39;SAF=23;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632821;STB=0.534868;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0315274;OID=.;OPOS=114374887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:22:23:17:22:22:23:17:22 chr12 114377835 . A G 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0159687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.767;QD=14.9474;RBI=0.0268189;REFB=-0.0114365;REVB=-0.0215465;RO=41;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202428;STB=0.519374;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0131724;OID=.;OPOS=114377835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:42:31:31:0.424658:13:18:23:18:13:18:23:19 chr12 114377877 . T C 195.47 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00949993;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.131;QD=14.2159;RBI=0.012518;REFB=-0.0102137;REVB=0.00815178;RO=32;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968991;STB=0.555506;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0132999;OID=.;OPOS=114377877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:32:23:23:0.418182:8:15:18:14:8:15:18:14 chr12 114377885 . G C 298.67 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0279678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3821;QD=23.8935;RBI=0.0366494;REFB=-0.048485;REVB=-0.023685;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111291;STB=0.561803;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0234096;OID=.;OPOS=114377885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:13:14:15:8:13:14:15:8 chr12 114377899 . G C 753.23 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979504;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.471;QD=55.7945;RBI=0.0594045;REFB=0;REVB=0.0585914;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259352;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:53:54:1:24:29:0:1:25:29:0:0 chr12 114383651 . C T 262.89 PASS AF=0.363636;AO=30;DP=87;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00533668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.362;QD=11.9497;RBI=0.0124668;REFB=-0.00958;REVB=-0.0112668;RO=56;SAF=9;SAR=21;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138022;STB=0.568921;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0174468;OID=.;OPOS=114383651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:56:56:30:32:0.363636:21:9:23:33:22:10:23:33 chr12 114386572 . C T 296.34 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00383832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.933;QD=28.9111;RBI=0.0264174;REFB=-0.0240827;REVB=-0.0261371;RO=15;SAF=20;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328523;STB=0.51812;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0125304;OID=.;OPOS=114386572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:6:20:11:4:6:20:11:4 chr12 114386639 . A G 391.61 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0105129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7537;QD=22.0626;RBI=0.0112116;REFB=-0.00360217;REVB=-0.00389592;RO=32;SAF=21;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183251;STB=0.600808;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00255494;OID=.;OPOS=114386639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:18:21:10:22:18:21:10:22 chr12 114395651 . T C 374.28 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00987432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8874;QD=18.2574;RBI=0.0220543;REFB=0.0204417;REVB=0.0197203;RO=43;SAF=15;SAR=23;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177654;STB=0.60372;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0225169;OID=.;OPOS=114395651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:43:38:39:0.47561:23:15:25:18:24:15:25:18 chr12 114793240 . C T 90.52 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.000979994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.654;QD=10.3451;RBI=0.00763031;REFB=-0.00424962;REVB=-0.00756712;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202168;STB=0.653587;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00847014;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:35:35:22:23:11:12:0.342857:4:7:10:12:4:8:10:13 chr12 116586414 . CTA C 188.82 PASS AF=0.944444;AO=11;DP=16;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0966166;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=98.6419;QD=41.9593;RBI=0.281417;REFB=-0.0895374;REVB=0.264312;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599866;STBP=0.075;TYPE=del;VARB=0.0103101;OID=.;OPOS=116586415;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:11:16:17:18:1:2:15:1:0:6:0:1:10:0:0 chr12 117014131 . G GA,GAA 180.29 PASS AF=1,0;AO=20,6;DP=35;FAO=32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.174529,-0.0952388;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.39587,9.80877;QD=22.5356;RBI=0.175025,0.0955421;REFB=-0.03794,-0.0491796;REVB=-0.0131611,-0.00760656;RO=7;SAF=9,3;SAR=11,3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0574354,-0.0631528;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0274725,-0.00609391;OID=.,.;OPOS=117014132,117014132;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:20,6:35:32,0:32:0:16,0:16,0:0:0:3:7:9,3:11,3:4:3 chr12 117217141 . T C 395.95 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0159612;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.008;QD=51.0899;RBI=0.0361998;REFB=-0.105908;REVB=0.032491;RO=2;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547301;STB=0.529392;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00448716;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:31:2:2:29:29:0.935484:16:13:0:2:16:13:0:2 chr12 117289613 . G C 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0269048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.023;QD=21.971;RBI=0.0368523;REFB=-0.0216479;REVB=0.0251838;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131193;STB=0.573336;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0176608;OID=.;OPOS=117289613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:11:9:5:12:11:9:5:12 chr12 117465857 . T C 797.96 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.553;QD=56.997;RBI=0.0206191;REFB=0;REVB=0.0203892;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05939e-05;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:33:23:0:0 chr12 117593387 . G A 2742.29 PASS AF=0.935961;AO=190;DP=203;FAO=190;FDP=203;FR=.;FRO=13;FSAF=92;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.014277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.876;QD=54.0353;RBI=0.0278154;REFB=-0.129268;REVB=0.0238718;RO=11;SAF=92;SAR=98;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505056;STB=0.526149;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0010994;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:203:203:11:13:190:190:0.935961:98:92:0:11:98:92:1:12 chr12 117593391 . A G 3180.03 PASS AF=1;AO=206;DP=208;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0672582;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.646;QD=61.4498;RBI=0.0672845;REFB=0;REVB=-0.001883;RO=1;SAF=93;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419698;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.60986e-05;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:208:207:1:0:206:207:1:113:93:0:1:114:93:0:0 chr12 117669914 . G A 638.43 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.025;QD=59.389;RBI=0.111841;REFB=0;REVB=0.0091667;RO=2;SAF=12;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719402;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951762;OID=.;OPOS=117669914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:2:0:40:43:1:28:12:2:0:28:15:0:0 chr12 117685270 . G A 745.44 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.447;QD=55.2175;RBI=0.0223743;REFB=-0.0471307;REVB=0.00342143;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566892;OID=.;OPOS=117685270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:54:1:0:53:54:1:32:21:1:0:32:22:0:0 chr12 117693817 . G A 435.59 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201476;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8307;QD=54.4487;RBI=0.0489815;REFB=-0.100944;REVB=0.044646;RO=1;SAF=7;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620412;STB=0.533311;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00638795;OID=.;OPOS=117693817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:24:7:1:0:24:7:1:0 chr12 117701714 . A G 941.36 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147887;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.239;QD=58.835;RBI=0.0412831;REFB=0;REVB=-0.0385433;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57314e-05;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr12 117718572 . G A 732.65 PASS AF=0.584746;AO=69;DP=118;FAO=69;FDP=118;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0668911;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.593;QD=24.8354;RBI=0.0698988;REFB=-0.0184027;REVB=0.0202837;RO=49;SAF=35;SAR=34;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958551;STB=0.55215;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0102927;OID=.;OPOS=117718572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:49:49:69:69:0.584746:34:35:31:18:34:35:31:18 chr12 117890947 . T C 977.29 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000693169;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.453;QD=57.4874;RBI=0.0371251;REFB=-0.0727481;REVB=-0.0371186;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00028871;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:66:67:0.985294:34:32:0:0:34:33:1:0 chr12 118020115 . G A 151.51 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.039273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.576;QD=12.8948;RBI=0.0393141;REFB=-0.0216678;REVB=-0.0017984;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152462;STB=0.588732;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0424931;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:8:9:20:10:8:9:20:10 chr12 118199286 . C G 189.65 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.322;QD=47.4136;RBI=0.027921;REFB=0;REVB=0.0126467;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327083;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr12 118467553 . A G 109.55 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.020782;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.416;QD=8.76431;RBI=0.0223415;REFB=-0.0136396;REVB=0.00820079;RO=29;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128852;STB=0.654289;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0331172;OID=.;OPOS=118467553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:36:14:14:0.28:12:2:6:23:12:2:10:26 chr12 118473054 . T C 136.82 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0325394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.836;QD=18.2428;RBI=0.0329253;REFB=-0.0128202;REVB=0.00502661;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885829;STB=0.566284;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0133848;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:8:7:8:6:8:7:9:6 chr12 118506186 . A T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0040721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.587;QD=15.1663;RBI=0.0121946;REFB=-0.0278719;REVB=0.0114946;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329428;STB=0.519058;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0371092;OID=.;OPOS=118506186;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:10:10:7:8:10:10 chr12 118509191 . G A 355.23 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.015;QD=54.65;RBI=0.0787745;REFB=0;REVB=0.0546135;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98912e-05;OID=.;OPOS=118509191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:8:17:0:0:9:17:0:0 chr12 118520170 . G A 147.87 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00893917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.228;QD=17.3964;RBI=0.0307011;REFB=-0.0222249;REVB=0.0293709;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13486;STB=0.568095;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.016481;OID=.;OPOS=118520170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:18:15:16:0.470588:5:10:9:8:6:10:9:9 chr12 118682751 . C T 423.11 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457717;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.477;QD=56.4152;RBI=0.0515697;REFB=-0.0651423;REVB=0.0237569;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345853;OID=.;OPOS=118682751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr12 118827781 . G A 140.92 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0366772;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8451;QD=12.811;RBI=0.0684018;REFB=-0.0230564;REVB=-0.0577372;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407541;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0543218;OID=.;OPOS=118827781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:28:16:16:0.363636:8:8:14:12:8:8:14:14 chr12 118828755 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0535012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.933;QD=9.09986;RBI=0.0571169;REFB=-0.00431564;REVB=0.0199991;RO=19;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456797;STB=0.790427;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00752045;OID=.;OPOS=118828755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:8:1:8:11:8:1:8:11 chr12 118855405 . A G 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00956378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.873;QD=16.5647;RBI=0.0132683;REFB=-0.000421162;REVB=0.00919677;RO=47;SAF=18;SAR=20;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364125;STB=0.514698;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.000535427;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:48:38:38:0.44186:20:18:24:23:20:18:24:24 chr12 119431750 . G T 327.73 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0477255;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.661;QD=48.5521;RBI=0.062531;REFB=-0.112877;REVB=0.040403;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319949;STB=0.504501;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00229171;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:1:2:25:25:0.925926:11:14:1:0:11:14:1:1 chr12 119588962 . G A 1102.33 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0096121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0005;QD=58.791;RBI=0.037606;REFB=-0.00344295;REVB=0.0363568;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012613;STB=0.506492;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000151279;OID=.;OPOS=119588962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:37:36:0:1:38:36:0:1 chr12 119871387 . A G 672.37 PASS AF=0.944444;AO=49;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0218479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.391;QD=49.8053;RBI=0.0653779;REFB=-0.0861802;REVB=0.0616193;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531902;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0121796;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:0:3:49:51:0.944444:28:21:0:0:29:22:3:0 chr12 120067561 . T C 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.65;QD=61.3746;RBI=0.0237257;REFB=0;REVB=0.0018924;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93944e-05;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr12 120171995 . T C 113.02 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0405678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1916;QD=9.41799;RBI=0.0679765;REFB=0.00943429;REVB=-0.0545441;RO=33;SAF=12;SAR=2;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5147;STB=0.82303;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0281369;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:34:14:14:0.291667:2:12:15:18:2:12:15:19 chr12 120189879 . A G 167.14 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0115986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.783;QD=15.1941;RBI=0.0155375;REFB=-0.0298371;REVB=-0.0103387;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145161;STB=0.583245;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0433905;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:8:18:10:8:8:18 chr12 120189888 . T C 142.42 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00472735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.211;QD=14.2415;RBI=0.00852354;REFB=-0.0326352;REVB=-0.00709245;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172932;STB=0.59988;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.045372;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:8:16:8:8:8:16 chr12 120457035 . A G 249.75 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.00557062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8875;QD=18.5002;RBI=0.00969335;REFB=0.0052602;REVB=0.00793279;RO=27;SAF=10;SAR=17;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148908;STB=0.582765;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00588709;OID=.;OPOS=120457035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:17:10:6:21:17:10:6:21 chr12 120536629 . C T 256.47 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0108371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.758;QD=22.7969;RBI=0.0165288;REFB=-0.0165892;REVB=0.0124803;RO=21;SAF=18;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133935;STB=0.575276;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0152673;OID=.;OPOS=120536629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:6:18:13:8:6:18:13:8 chr12 120575549 . A C 972.48 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.849;QD=58.9382;RBI=0.051255;REFB=0;REVB=0.0413814;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192315;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:33:32:0:0:34:32:0:0 chr12 120589160 . A G 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0403013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.205;QD=53.4963;RBI=0.0425648;REFB=0.0285275;REVB=0.0136955;RO=2;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622008;STB=0.533314;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.000503478;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:14:20:0:2:14:20:0:2 chr12 120649970 . C T 221.64 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.124;QD=49.2543;RBI=0.0491541;REFB=0;REVB=0.0358597;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540979;OID=.;OPOS=120649970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr12 120661977 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.307;QD=51.9152;RBI=0.0252775;REFB=0;REVB=-0.0250707;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315366;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr12 120762765 . C T 432.17 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00363817;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.006;QD=22.4506;RBI=0.00890385;REFB=-0.0218102;REVB=-0.00812664;RO=34;SAF=23;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149003;STB=0.502182;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0183606;OID=.;OPOS=120762765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:35:42:42:0.545455:19:23:18:16:19:23:19:16 chr12 120882217 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.628;QD=53.9112;RBI=0.0306246;REFB=0;REVB=0.0250436;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95697e-05;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr12 120882264 . AAAG AA,A 230.29 PASS AF=0,1;AO=3,14;DP=21;FAO=0,18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544059,-0.0644371;FXX=0.09995;HRUN=7,7;LEN=2,3;MLLD=200.704,209.046;QD=51.1751;RBI=0.0553286,0.0651069;REFB=0,0;REVB=-0.0100627,-0.00931488;RO=0;SAF=0,7;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.000202385;OID=.,.;OPOS=120882266,120882265;OREF=AG,AAG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,14:21:0,18:18:0:0,7:0,11:0:0:4:0:0,7:3,7:0:0 chr12 120884328 . C T 358.02 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0866;QD=55.0792;RBI=0.0912617;REFB=0;REVB=0.0830597;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102209;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr12 120894974 . C G 43.97 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0246759;FXX=0.0444395;HRUN=7;LEN=1;MLLD=28.9148;QD=2.04526;RBI=0.0289828;REFB=-0.0248267;REVB=-0.0152019;RO=53;SAF=8;SAR=1;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541472;STB=0.903339;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.118409;OID=.;OPOS=120894974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:90:86:53:76:9:9:0.104651:1:8:24:29:1:8:31:45 chr12 120934407 . C T 699.34 PASS AF=0.932203;AO=49;DP=55;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0897695;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.5656;QD=47.413;RBI=0.197799;REFB=-0.16387;REVB=0.176255;RO=6;SAF=25;SAR=24;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208663;STB=0.500616;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0261833;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:55:59:6:4:49:55:0.932203:24:25:3:3:28:27:2:2 chr12 120934624 . A C 340.82 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2435;QD=54.5313;RBI=0.05544;REFB=0;REVB=0.0327354;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018329;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:9:16:0:0 chr12 120966921 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.197;QD=42.1826;RBI=0.0585848;REFB=0;REVB=0.0226783;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924234;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr12 121017171 . A G 1164.65 PASS AF=1;AO=75;DP=79;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401193;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.865;QD=61.2972;RBI=0.0545659;REFB=0;REVB=0.0369849;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425708;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:76:0:0:75:76:1:32:43:0:0:33:43:0:0 chr12 121131891 . C T 341.5 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0043706;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.251;QD=17.9737;RBI=0.00437154;REFB=-0.0229815;REVB=-9.05376e-05;RO=40;SAF=20;SAR=16;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140661;STB=0.578272;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0211747;OID=.;OPOS=121131891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:16:20:28:12:16:20:28:12 chr12 121174899 . T C 669.35 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0570148;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5357;QD=21.2493;RBI=0.0570173;REFB=-0.0218548;REVB=-0.000538601;RO=59;SAF=39;SAR=27;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129989;STB=0.575449;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0214073;OID=.;OPOS=121174899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:59:60:66:66:0.52381:27:39:26:33:27:39:26:34 chr12 121174938 . C T 456.61 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0623541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.261;QD=25.7245;RBI=0.0656119;REFB=-0.0153834;REVB=0.0204179;RO=28;SAF=23;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252265;STB=0.513791;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0124058;OID=.;OPOS=121174938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:28:43:43:0.605634:20:23:14:14:20:23:14:14 chr12 121175221 . G A 834.42 PASS AF=0.512195;AO=84;DP=167;FAO=84;FDP=164;FR=.;FRO=80;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.00536152;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.665;QD=20.3518;RBI=0.0129192;REFB=-0.0217823;REVB=-0.0117541;RO=79;SAF=50;SAR=34;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168078;STB=0.595215;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0133986;OID=.;OPOS=121175221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:164:79:80:84:84:0.512195:34:50:32:47:34:50:32:48 chr12 121175984 . T C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00422324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.485;QD=18.8197;RBI=0.0173994;REFB=-0.00908241;REVB=0.0168791;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652227;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00533907;OID=.;OPOS=121175984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:9:10:12:12:0.545455:7:5:3:6:7:5:4:6 chr12 121176679 . C T 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.024461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.716;QD=14.0973;RBI=0.028198;REFB=-0.0129807;REVB=-0.0140281;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932572;STB=0.554372;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0126627;OID=.;OPOS=121176679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:10:8:7:6:10:8 chr12 121416622 . C G 224.14 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0442262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.035;QD=12.8079;RBI=0.0442302;REFB=-0.0251241;REVB=-0.000600758;RO=42;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701769;STB=0.546956;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0387631;OID=.;OPOS=121416622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:14:13:23:19:14:13:24:19 chr12 121416650 . A C 219.91 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00396485;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.536;QD=11.574;RBI=0.0166634;REFB=-0.0256417;REVB=-0.0161849;RO=48;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205116;STB=0.518505;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.048042;OID=.;OPOS=121416650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:48:49:27:27:0.355263:14:13:24:24:14:13:25:24 chr12 121434630 . C CTCATTCAT 336.1 PASS AF=0.7;AO=25;DP=42;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0142809;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=8;MLLD=267.27;QD=33.6103;RBI=0.0166439;REFB=-0.0111284;REVB=-0.00854831;RO=13;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156768;STB=0.555517;STBP=0.327;TYPE=ins;VARB=0.0066606;OID=.;OPOS=121434631;OREF=-;OALT=TCATTCAT;OMAPALT=CTCATTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:25:42:28:40:12:12:16:3:9:93:13:12:13:3:10 chr12 121435427 . G A 58.89 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0114796;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.874;QD=16.8244;RBI=0.0130723;REFB=-0.0430399;REVB=0.00625323;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183303;STB=0.624664;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0276595;OID=.;OPOS=121435427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:14:6:6:7:8:0.571429:2:5:3:3:2:6:3:3 chr12 121435475 . G A 164.67 PASS AF=0.772727;AO=15;DP=20;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0157374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.865;QD=29.9407;RBI=0.0325472;REFB=-0.0611691;REVB=0.0284895;RO=5;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128204;STB=0.578217;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00937897;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:22:5:5:15:17:0.772727:5:10:2:3:5:12:2:3 chr12 121435587 . G T 382.9 PASS AF=0.707317;AO=22;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.000103043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.037;QD=37.3562;RBI=0.0585393;REFB=0.000218183;REVB=0.0585392;RO=10;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126273;STB=0.533876;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0119964;OID=.;OPOS=121435587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:41:41:10:10:22:29:0.707317:13:9:2:8:20:9:2:8 chr12 121437221 . T C 1019.89 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=76;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0814745;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2367;QD=54.3943;RBI=0.0845649;REFB=-0.00987944;REVB=0.0226522;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155009;STB=0.504226;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00344901;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:76:75:1:4:71:71:0.946667:30:41:0:1:30:41:2:2 chr12 121437382 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.022;QD=47.8223;RBI=0.0136266;REFB=0;REVB=0.0136266;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08844e-05;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:16:0:0:0:16:0:0:0 chr12 121439598 . G A 327.89 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0395918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.466;QD=20.4933;RBI=0.0396286;REFB=-0.00683222;REVB=0.00170735;RO=30;SAF=9;SAR=25;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195555;STB=0.609042;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0070529;OID=.;OPOS=121439598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:25:9:14:16:25:9:14:16 chr12 121442199 . T A 156.92 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=25;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0745281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.084;QD=24.1409;RBI=0.0762068;REFB=-0.00224716;REVB=0.0159076;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236567;STB=0.636211;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00454592;OID=.;OPOS=121442199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:10:10:15:16:0.615385:9:6:1:9:9:7:1:9 chr12 121454257 . T A 500.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.978;QD=58.8882;RBI=0.0194031;REFB=0;REVB=0.0107216;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396115;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr12 121471337 . G A 474.9 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0117887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.112;QD=17.7533;RBI=0.0121164;REFB=-0.0154594;REVB=-0.00279882;RO=56;SAF=26;SAR=25;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932598;STB=0.551754;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0154017;OID=.;OPOS=121471337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:25:26:23:33:25:26:23:33 chr12 121600253 . T C 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3123;QD=61.3275;RBI=0.0252832;REFB=0;REVB=-0.025203;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365932;OID=.;OPOS=121600253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr12 121615103 . G A 399.22 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00189292;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.825;QD=18.1464;RBI=0.0230911;REFB=-0.0108133;REVB=-0.0230134;RO=47;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827698;STB=0.546187;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0184923;OID=.;OPOS=121615103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:47:47:41:41:0.465909:20:21:20:27:20:21:20:27 chr12 121622304 . A C 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.140145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.558;QD=17.6434;RBI=0.146118;REFB=-0.0299703;REVB=0.0413502;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657708;STB=0.538372;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0152134;OID=.;OPOS=121622304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:2:5:7:2:2:5 chr12 121622520 . A T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.865;QD=53.2769;RBI=0.0144892;REFB=0;REVB=0.0102439;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70292e-05;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr12 121622563 . G A 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0150117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3301;QD=18.049;RBI=0.0212744;REFB=-0.0155526;REVB=0.0150748;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353742;STB=0.701759;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00278623;OID=.;OPOS=121622563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:1:7:4:6:1:7 chr12 121659917 . G A 123.08 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0270448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7356;QD=16.4107;RBI=0.0710124;REFB=-0.0127734;REVB=0.0656608;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09589;STB=0.555473;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0183868;OID=.;OPOS=121659917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:6:10:10:4:6:10 chr12 121660787 . T C 150.3 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00370394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2464;QD=18.2181;RBI=0.0362004;REFB=0.0142101;REVB=-0.0360104;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10988;STB=0.545398;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0201113;OID=.;OPOS=121660787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:8:8:6:10:8:8:7:10 chr12 121675575 . G T 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0134273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.622;QD=6.10493;RBI=0.0229772;REFB=0.000944075;REVB=-0.0186456;RO=26;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527407;STB=0.845837;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00376939;OID=.;OPOS=121675575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:1:7:12:14:1:7:12:14 chr12 121691088 . G T 96.77 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0613837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7202;QD=12.487;RBI=0.0632308;REFB=0.00125574;REVB=-0.0151716;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467161;STB=0.502758;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156891;OID=.;OPOS=121691088;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:8:11:7:5:8:11 chr12 121840634 . T C 296.19 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0359632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.552;QD=28.8968;RBI=0.0360094;REFB=-0.0249752;REVB=0.00182341;RO=15;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157387;STB=0.508664;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0163546;OID=.;OPOS=121840634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:15:11:6:9:15:11:6:9 chr12 122042844 . A G 175.6 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0613186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4812;QD=36.9692;RBI=0.0775207;REFB=-0.243511;REVB=0.0474288;RO=3;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478102;STB=0.526283;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0458294;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:19:19:3:3:16:16:0.842105:8:8:1:2:8:8:1:2 chr12 122079348 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0554824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.248;QD=10.0339;RBI=0.0765513;REFB=-0.0182545;REVB=-0.0527429;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413035;STB=0.749164;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0155352;OID=.;OPOS=122079348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:1:6:2:3:1:6 chr12 122079429 . T C 47.69 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.00422613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.209;QD=11.9223;RBI=0.015391;REFB=-0.00775228;REVB=-0.0147994;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575869;STB=0.84542;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0130067;OID=.;OPOS=122079429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:2:5:0:8:2:5:0:9 chr12 122079441 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0224985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.273;QD=12.8607;RBI=0.0225002;REFB=-0.00538996;REVB=0.000280666;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575869;STB=0.832591;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00385209;OID=.;OPOS=122079441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:0:8:2:5:0:8 chr12 122079668 . A G 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0392167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9348;QD=12.7267;RBI=0.0641002;REFB=-0.0302203;REVB=-0.0507039;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652168;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0245972;OID=.;OPOS=122079668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:6:3:3:8:6:3:4:8 chr12 122186268 . C T 109.23 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0205368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2488;QD=14.0942;RBI=0.0367303;REFB=-0.0335219;REVB=0.0304525;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35308;STB=0.70557;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0419775;OID=.;OPOS=122186268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:6:12:4:9:6:12 chr12 122186317 . G A 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0350864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8599;QD=17.3202;RBI=0.0383284;REFB=0.0101216;REVB=-0.0154276;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259185;STB=0.647307;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0109734;OID=.;OPOS=122186317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:5:13:7:9:5:13 chr12 122234089 . T A 472.85 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000485385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4144;QD=57.3151;RBI=0.0403069;REFB=0;REVB=0.040304;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101632;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:12:21:0:0 chr12 122243905 . C T 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.07;QD=57.7088;RBI=0.02275;REFB=0;REVB=0.0168832;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12487e-05;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr12 122248339 . C T 350.6 PASS AF=0.4625;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0395216;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.859;QD=17.5302;RBI=0.0410951;REFB=0.0118161;REVB=-0.011263;RO=42;SAF=18;SAR=18;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207065;STB=0.612188;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00560036;OID=.;OPOS=122248339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:42:43:36:37:0.4625:18:18:30:12:18:19:31:12 chr12 122248582 . C G 545.21 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00978872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.42;QD=57.3905;RBI=0.0184869;REFB=-0.116635;REVB=0.0156827;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.512814;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00366693;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:19:18:0:1:19:18:0:1 chr12 122261456 . G A 911.21 PASS AF=0.627907;AO=80;DP=117;FAO=81;FDP=129;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0194208;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.293;QD=28.2545;RBI=0.0319078;REFB=-0.0628429;REVB=0.0253167;RO=36;SAF=26;SAR=54;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126646;STB=0.605379;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0360155;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:129:36:48:80:81:0.627907:54:26:19:17:54:27:29:19 chr12 122295335 . T C 766.27 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8905;QD=63.8556;RBI=0.0187878;REFB=0;REVB=0.0181064;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011374;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr12 122326812 . T C 271.21 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0630444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4851;QD=51.6591;RBI=0.0691676;REFB=0;REVB=-0.0284528;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00266373;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr12 122353796 . A G 62.35 PASS AF=0.25;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.125224;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=25.3497;QD=6.92736;RBI=0.126066;REFB=-0.0273757;REVB=-0.0145437;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828821;STB=0.52824;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0586338;OID=.;OPOS=122353796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:36:24:27:9:9:0.25:5:4:9:15:5:4:11:16 chr12 122355716 . C T 629.69 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.216;QD=61.4329;RBI=0.0598068;REFB=0;REVB=0.0266159;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224555;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr12 122369762 . C T 215.96 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0605339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.374;QD=15.1553;RBI=0.0646971;REFB=0.00990143;REVB=-0.0228333;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3875;STB=0.71684;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0176097;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:32:25:25:0.438596:8:17:8:22:8:17:9:23 chr12 122396395 . C T 324.46 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0150569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.575;QD=17.0769;RBI=0.0155944;REFB=-0.00466508;REVB=0.00405884;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426178;STB=0.512041;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00529919;OID=.;OPOS=122396395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:41:34:35:0.460526:18:16:19:21:18:17:19:22 chr12 122405912 . G T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0592535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9759;QD=7.5262;RBI=0.0691566;REFB=0.00620387;REVB=0.0356603;RO=24;SAF=7;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16235;STB=0.6032;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0180201;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:2:7:16:8:2:7:16:8 chr12 122674032 . C T 438.68 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0433646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4301;QD=50.135;RBI=0.0436264;REFB=-0.0626224;REVB=0.00477188;RO=2;SAF=11;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188614;STB=0.530078;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00799966;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:35:35:2:3:32:32:0.914286:21:11:1:1:21:11:2:1 chr12 122674758 . G A 771.08 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229663;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1187;QD=57.117;RBI=0.0380599;REFB=0;REVB=0.0303497;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520647;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr12 122676013 . A C 936.3 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.292;QD=58.5187;RBI=0.0170099;REFB=0;REVB=-0.0166491;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73397e-05;OID=.;OPOS=122676013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:28:36:0:0 chr12 122689181 . C G 42.13 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00791003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6903;QD=4.55471;RBI=0.0801277;REFB=0.00212707;REVB=-0.0797363;RO=29;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353661;STB=0.724556;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0165598;OID=.;OPOS=122689181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:37:29:30:7:7:0.189189:2:5:12:17:2:5:13:17 chr12 122689244 . C T 120.59 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0507338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7775;QD=8.93287;RBI=0.0728187;REFB=0.00744207;REVB=0.0522363;RO=37;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20639;STB=0.629478;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0134289;OID=.;OPOS=122689244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:37:38:16:16:0.296296:8:8:12:25:8:8:12:26 chr12 122691738 . C A 376.5 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.186;QD=55.7774;RBI=0.101155;REFB=0;REVB=0.091618;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068566;OID=.;OPOS=122691738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:25:27:1:11:14:0:0:13:14:0:0 chr12 122692820 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.825;QD=48.7366;RBI=0.0365707;REFB=0;REVB=-0.00428639;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205412;OID=.;OPOS=122692820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr12 122734569 . C T 185.78 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0613008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2511;QD=19.0548;RBI=0.0680192;REFB=-0.0100496;REVB=-0.0294759;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335535;STB=0.689105;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00744103;OID=.;OPOS=122734569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:15:5:12:7:15:5 chr12 122756342 . G A 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00517107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.591;QD=22.9824;RBI=0.0228296;REFB=-0.00437526;REVB=0.0222363;RO=22;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00175164;STB=0.500978;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339731;OID=.;OPOS=122756342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:8:17:15:7:8:17:15:7 chr12 122812503 . G C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00533446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.587;QD=13.6308;RBI=0.0543135;REFB=-0.0143461;REVB=-0.0540509;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355666;STB=0.705454;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0098436;OID=.;OPOS=122812503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:1:8:4:4:1:8 chr12 122989235 . A C 487.03 PASS AF=0.5;AO=45;DP=95;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=0.0119958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.265;QD=19.0992;RBI=0.115968;REFB=-0.0191832;REVB=0.115346;RO=48;SAF=27;SAR=18;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864784;STB=0.58944;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00839551;OID=.;OPOS=122989235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:102:48:51:45:51:0.5:18:27:33:15:24:27:36:15 chr12 123064536 . T G 93.0 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0127722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.499;QD=9.53821;RBI=0.0137266;REFB=-0.0184769;REVB=0.00502883;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046513;STB=0.528254;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0247194;OID=.;OPOS=123064536;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:8:4:10:17:8:4:10:17 chr12 123087442 . A G 216.67 PASS AF=0.536585;AO=16;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0582748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.155;QD=21.1386;RBI=0.0648308;REFB=-0.0386639;REVB=0.028409;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11014;STB=0.598492;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0313664;OID=.;OPOS=123087442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:16:22:0.536585:12:4:3:15:13:9:4:15 chr12 123185864 . A G 150.82 PASS AF=0.219298;AO=25;DP=115;FAO=25;FDP=114;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.00911778;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.008;QD=5.29198;RBI=0.0203568;REFB=-0.00570669;REVB=-0.0182007;RO=89;SAF=15;SAR=10;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119946;STB=0.574408;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0163823;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:89:89:25:25:0.219298:10:15:45:44:10:15:45:44 chr12 123199327 . A G 36.52 PASS AF=0.1;AO=5;DP=50;FAO=5;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00572093;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.202;QD=2.92196;RBI=0.047102;REFB=-0.00329814;REVB=-0.0467533;RO=39;SAF=3;SAR=2;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710255;STB=0.568688;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.028561;OID=.;OPOS=123199327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:50:50:39:42:5:5:0.1:2:3:21:18:2:3:22:20 chr12 123200247 . G C 1377.72 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.364;QD=62.6237;RBI=0.0114;REFB=0;REVB=0.00515552;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38808e-05;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:39:48:0:0:39:49:0:0 chr12 123200334 . T C 32.79 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.0297753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.421;QD=2.91479;RBI=0.0310061;REFB=-0.00142589;REVB=-0.00864933;RO=39;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608665;STB=0.9081;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00989849;OID=.;OPOS=123200334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:1:5:10:29:1:5:10:29 chr12 123200693 . A G 67.39 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00526323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3229;QD=13.4776;RBI=0.0449833;REFB=-0.00689213;REVB=-0.0446744;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769224;STB=0.545355;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0240569;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:7:4:4:5:7:4 chr12 123200768 . T G 98.21 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0150873;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.414;QD=12.6724;RBI=0.0171619;REFB=-0.00472182;REVB=0.00817962;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158921;STB=0.612725;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00630487;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:20:19:12:12:0.387097:6:6:13:7:6:6:13:6 chr12 123200937 . T G 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0147736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.022;QD=14.0965;RBI=0.0184154;REFB=0.0129379;REVB=-0.0109939;RO=18;SAF=1;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45546;STB=0.77722;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0183967;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:12:1:6:12:12:1:6:12 chr12 123246781 . T A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0635175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.342;QD=19.134;RBI=0.0636273;REFB=-0.00408898;REVB=-0.00373744;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00135114;OID=.;OPOS=123246781;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr12 123253852 . T C 83.84 PASS AF=0.193182;AO=13;DP=87;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0158468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.718;QD=3.81091;RBI=0.0610043;REFB=-0.0183944;REVB=0.0589101;RO=71;SAF=9;SAR=4;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267944;STB=0.57709;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0346217;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:88:71:71:13:17:0.193182:4:9:34:37:7:10:35:36 chr12 123253856 . C CAT,T 1163.93 PASS AF=0.6,0.294737;AO=55,29;DP=95;FAO=57,28;FDP=95;FR=.;FRO=10;FSAF=32,14;FSAR=25,14;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0137807,0.000982768;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=136.797,60.7963;QD=49.0076;RBI=0.0141938,0.089676;REFB=-0.0900557,0.00744312;REVB=-0.00339911,-0.0896706;RO=10;SAF=32,14;SAR=23,15;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.110766,0.134348;STB=0.554021,0.578892;STBP=0.04,0.114;TYPE=ins,snp;VARB=0.0319188,0.0309387;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:95:95:10:10:55,29:57,28:0.6,0.294737:23,15:32,14:2:8:25,14:32,14:2:8 chr12 123333065 . C T 267.11 PASS AF=0.528302;AO=29;DP=55;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0154947;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5583;QD=20.1591;RBI=0.0411973;REFB=-0.0414644;REVB=-0.0381724;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125896;STB=0.563713;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0178692;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:25:25:29:28:0.528302:13:16:10:15:13:15:10:15 chr12 123339932 . C G 38.71 PASS AF=0.277778;AO=3;DP=16;FAO=5;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0801091;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=19.4624;QD=8.60246;RBI=0.136126;REFB=-0.0812445;REVB=0.110059;RO=7;SAF=3;SAR=0;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.684179;STB=0.748928;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0758551;OID=.;OPOS=123339932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:18:7:9:3:5:0.277778:0:3:3:4:1:4:4:5 chr12 123340453 . G GC 84.16 PASS AF=0.6875;AO=7;DP=22;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0471834;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.8629;QD=21.0393;RBI=0.201615;REFB=0.0299391;REVB=0.196016;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342331;STB=0.581253;STBP=0.387;TYPE=ins;VARB=0.0108343;OID=.;OPOS=123340454;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:7:22:11:16:5:6:5:4:1:31:15:2:5:9:6 chr12 123344021 . G A 267.68 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0229486;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.416;QD=27.4541;RBI=0.0229777;REFB=2.59217e-05;REVB=-0.00115623;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00582899;STB=0.503223;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-5.88237e-05;OID=.;OPOS=123344021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:15:15:24:24:0.615385:13:11:7:8:13:11:7:8 chr12 123345736 . C G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.592;QD=46.9601;RBI=0.0226546;REFB=0.0332738;REVB=0.0134633;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.000211292;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:0:1:12:8:0:1 chr12 123350154 . CCTTT C 56.23 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0090899;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=4;MLLD=100.17;QD=11.2465;RBI=0.0100641;REFB=0.00167959;REVB=0.00431969;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166061;STB=0.624687;STBP=0.423;TYPE=del;VARB=-0.00246695;OID=.;OPOS=123350155;OREF=CTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:20:8:20:12:5:3:5:7:56:11:5:3:5:6 chr12 123460823 . A C,G 1020.6 PASS AF=0.0833333,0.902778;AO=5,65;DP=71;FAO=6,65;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=2,50;FSAR=4,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0195406,0.0347523;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=49.9367,126.404;QD=56.7001;RBI=0.0197842,0.0617254;REFB=-0.112332,-0.0419536;REVB=-0.00309513,0.0510128;RO=1;SAF=1,50;SAR=4,15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.277405,-0.00935636;STB=0.599655,0.504949;STBP=0.252,0.642;TYPE=snp,snp;VARB=0.144291,0.000655361;OID=.,.;OPOS=123460823,123460823;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:71:72:1:1:5,65:6,65:0.0833333,0.902778:4,15:1,50:1:0:4,15:2,50:1:0 chr12 123467163 . C G 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0124021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.492;QD=25.5725;RBI=0.0186593;REFB=-0.0202811;REVB=0.0139412;RO=17;SAF=8;SAR=16;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852749;STB=0.547132;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0141123;OID=.;OPOS=123467163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:16:8:4:13:16:8:4:13 chr12 123469647 . G T 1126.55 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00945004;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.295;QD=57.7719;RBI=0.0359739;REFB=-0.147439;REVB=0.0347105;RO=2;SAF=26;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350062;STB=0.517852;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000426071;OID=.;OPOS=123469647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:75:76:0.974359:49:26:2:0:49:27:2:0 chr12 123645803 . G A 1572.93 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.308;QD=59.9212;RBI=0.0132618;REFB=0;REVB=0.00243312;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65717e-05;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:55:50:0:0:55:50:0:0 chr12 123664514 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0520599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.308;QD=42.1825;RBI=0.0524884;REFB=0;REVB=-0.00669313;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00045712;OID=.;OPOS=123664514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr12 123665695 . A G 475.82 PASS AF=0.833333;AO=32;DP=44;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0312329;FXX=0.0454442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.207;QD=45.3165;RBI=0.0378462;REFB=0.0146804;REVB=0.0213738;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.605999;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00186289;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:44:42:0:7:32:35:0.833333:19:13:0:0:22:13:7:0 chr12 123746357 . C G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.445;QD=58.1404;RBI=0.0373918;REFB=0;REVB=0.0155299;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111789;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr12 123799974 . A G 490.25 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0467;QD=56.0283;RBI=0.0377406;REFB=-0.038256;REVB=0.0221755;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000846573;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:0:1:18:16:0:1 chr12 123810873 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.166;QD=56.1914;RBI=0.0142894;REFB=0;REVB=-0.00772657;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55596e-05;OID=.;OPOS=123810873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr12 123875320 . C T 253.1 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00150523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.612;QD=15.1104;RBI=0.0126278;REFB=-0.0262518;REVB=-0.0125377;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435988;STB=0.524674;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.022777;OID=.;OPOS=123875320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:14:15:18:20:14:15:18:20 chr12 123879666 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00585266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.995;QD=15.626;RBI=0.00998927;REFB=-0.00240204;REVB=0.00809518;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130319;STB=0.575294;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00351844;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:6:11:12:11:6:11:12:11 chr12 123879668 . G C 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0226131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.451;QD=13.7531;RBI=0.0498626;REFB=-0.025346;REVB=-0.0444402;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241174;STB=0.641823;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00356097;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:4:11:12:11:4:11:12:11 chr12 123889486 . G C 66.99 PASS AF=0.138614;AO=14;DP=95;FAO=14;FDP=101;FR=.;FRO=87;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=-0.0498744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.8329;QD=2.65326;RBI=0.0703761;REFB=-0.00384832;REVB=-0.0496522;RO=81;SAF=5;SAR=9;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974146;STB=0.541293;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0130639;OID=.;OPOS=123889486;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:95:101:81:87:14:14:0.138614:9:5:35:46:9:5:35:52 chr12 123889492 . A C 69.29 PASS AF=0.135922;AO=14;DP=103;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=0.000388469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.217;QD=2.69099;RBI=0.0170095;REFB=-0.00903794;REVB=-0.0170051;RO=88;SAF=5;SAR=9;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387729;STB=0.533285;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0233574;OID=.;OPOS=123889492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:103:103:88:89:14:14:0.135922:9:5:34:54:9:5:35:54 chr12 123892095 . T C 151.88 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0269156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.635;QD=8.55662;RBI=0.0269844;REFB=0.001287;REVB=-0.00192484;RO=50;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291782;STB=0.671723;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00188103;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:9:12:16:34:9:12:16:34 chr12 123892186 . T C 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0016483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.477;QD=14.7348;RBI=0.0095101;REFB=-0.014684;REVB=-0.00936617;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786801;STB=0.544522;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.015489;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:16:11:12:24:16:11:12:24 chr12 123892235 . G A 102.47 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.048381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1244;QD=17.8211;RBI=0.0524022;REFB=0.00689165;REVB=-0.0201313;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113581;STB=0.56511;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0176067;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:4:7:6:6:4:7 chr12 123892590 . C T 68.21 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0141056;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.927;QD=4.78683;RBI=0.0397674;REFB=-0.00233618;REVB=-0.0371818;RO=46;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913109;STB=0.559889;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0146634;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:58:57:46:46:11:11:0.192982:4:7:26:20:4:7:26:20 chr12 123892824 . C T 234.09 PASS AF=0.95;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00592664;FXX=0.0475964;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.4783;QD=46.8174;RBI=0.0122066;REFB=-0.0639488;REVB=-0.0106713;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.533298;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00394354;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:20:1:1:19:19:0.95:12:7:1:0:12:7:1:0 chr12 123893830 . C T 417.96 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0282849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.883;QD=53.9305;RBI=0.0326752;REFB=-0.0446124;REVB=0.0163595;RO=1;SAF=1;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015813;STB=0.508469;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.000686177;OID=.;OPOS=123893830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:29:1:0:1:29:1:0:1 chr12 124008073 . A G 1116.61 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.9592;QD=60.3572;RBI=0.0184703;REFB=0;REVB=-0.0153197;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108709;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr12 124069213 . T C 347.64 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0256936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5512;QD=51.5027;RBI=0.0273619;REFB=0.0380994;REVB=0.00940815;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029965;STB=0.516117;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00196593;OID=.;OPOS=124069213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:1:0:11:15:1:0 chr12 124090453 . A G 1083.85 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864681;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.979;QD=60.2141;RBI=0.0121613;REFB=0;REVB=-0.00855157;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74457e-08;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr12 124209332 . T C 194.75 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753061;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.047;QD=48.6877;RBI=0.0753932;REFB=0;REVB=0.00362357;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811744;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr12 124210782 . T C 558.98 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.216;QD=55.8977;RBI=0.0770083;REFB=-0.0752292;REVB=0.0711912;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.514278;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00206653;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:40:40:0:1:38:39:0.975:17:21:0:0:17:22:0:1 chr12 124229429 . T C 1026.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.555;QD=59.497;RBI=0.0333251;REFB=0;REVB=0.0297301;RO=0;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174545;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:21:48:0:0:21:48:0:0 chr12 124243577 . T C 410.07 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0203464;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.206;QD=17.8289;RBI=0.020364;REFB=-0.0136587;REVB=0.000844303;RO=48;SAF=18;SAR=24;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886512;STB=0.549976;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.016273;OID=.;OPOS=124243577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:48:50:42:42:0.456522:24:18:25:23:24:18:26:24 chr12 124243707 . T C 750.87 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295993;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2637;QD=63.9036;RBI=0.0352118;REFB=0;REVB=0.0190724;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023065;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:28:18:0:0:29:18:0:0 chr12 124265687 . T C 742.77 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0502674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7339;QD=53.0549;RBI=0.0544293;REFB=-0.131648;REVB=-0.0208742;RO=2;SAF=38;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241604;STB=0.512816;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00188895;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:16:38:2:0:16:38:2:0 chr12 124267703 . T C 1091.11 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.003;QD=59.7867;RBI=0.0435853;REFB=0;REVB=0.0274421;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126765;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:36:37:0:0 chr12 124274474 . A G 1214.56 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141044;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.657;QD=61.4965;RBI=0.0387906;REFB=0;REVB=0.0361355;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31521e-05;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:34:44:0:0:35:44:0:0 chr12 124325977 . T G 387.64 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00338499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.91;QD=18.4591;RBI=0.0401554;REFB=-0.0200935;REVB=-0.0400125;RO=44;SAF=18;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896316;STB=0.549975;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0223813;OID=.;OPOS=124325977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:22:18:24:20:22:18:24:20 chr12 124360037 . C T 265.85 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00801427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.895;QD=20.0641;RBI=0.0111372;REFB=-0.0100163;REVB=-0.00773362;RO=25;SAF=20;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345373;STB=0.696822;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.010557;OID=.;OPOS=124360037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:25:27:28:0.528302:7:20:9:16:7:21:9:16 chr12 124387574 . G A 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0136011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.23;QD=17.6725;RBI=0.0169025;REFB=-0.00409503;REVB=0.0100352;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024132;STB=0.513505;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0042553;OID=.;OPOS=124387574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:12:18:20:12:12:18:20:12 chr12 124387586 . A G 220.27 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0193938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.358;QD=14.2107;RBI=0.0208726;REFB=-0.014247;REVB=-0.00771666;RO=35;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163152;STB=0.519465;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0191644;OID=.;OPOS=124387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:10:16:21:14:10:16:21:15 chr12 124417889 . C T 946.91 PASS AF=0.487437;AO=97;DP=198;FAO=97;FDP=199;FR=.;FRO=102;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=0.0620562;FXX=0.0148508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8085;QD=19.0334;RBI=0.0621656;REFB=-0.00892175;REVB=0.00368556;RO=101;SAF=49;SAR=48;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643819;STB=0.537785;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0103687;OID=.;OPOS=124417889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:101:102:97:97:0.487437:48:49:44:57:48:49:44:58 chr12 124418674 . C T 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00287135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.661;QD=18.8279;RBI=0.0303139;REFB=-0.00302434;REVB=-0.0301776;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814281;STB=0.546071;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00421552;OID=.;OPOS=124418674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:8:14:11:9:8:14 chr12 124419062 . A C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00440479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.406;QD=12.4825;RBI=0.00656146;REFB=-0.0150941;REVB=-0.00486318;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220102;STB=0.629419;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0187701;OID=.;OPOS=124419062;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:12:7:7:5:12:7 chr12 124498909 . G A 140.69 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=53;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0151095;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.307;QD=10.4217;RBI=0.01519;REFB=-0.0176865;REVB=0.00156182;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701741;STB=0.518651;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0335389;OID=.;OPOS=124498909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:36:36:17:18:0.333333:10:7:17:19:10:8:17:19 chr12 124824721 . CGCCGCTGCTGCCGCTGCT CGCCGCTGCTGCCGCTGCTG,CGCCGCTGCTGCCGCTGCTGCCGCTGCT,TGCCGCTGCTGCCGCTGCT 141.22 PASS AF=0.230769,0.461538,0.307692;AO=2,5,2;DP=16;FAO=3,6,4;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,2;FSAR=3,3,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149796,-0.0127496,-0.0554487;FXX=0.187383;HRUN=0,0,5;LEN=1,9,1;MLLD=170.1,213.833,68.0251;QD=43.4521;RBI=0.0315956,0.0157675,0.0566383;REFB=0,0,0;REVB=0.0278189,-0.00927698,-0.0115473;RO=0;SAF=0,2,1;SAR=2,3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.00591486,0.00672104,0.0171364;OID=.,.,.;OPOS=124824740,124824722,124824721;OREF=-,-,C;OALT=G,GCCGCTGCT,T;OMAPALT=CGCCGCTGCTGCCGCTGCTG,CGCCGCTGCTGCCGCTGCTGCCGCTGCT,TGCCGCTGCTGCCGCTGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:26:16:13:0:0:2,5,2:3,6,4:0.230769,0.461538,0.307692:2,3,1:0,2,1:0:0:3,3,2:0,3,2:0:0 chr12 124829234 . C T 456.36 PASS AF=0.475728;AO=45;DP=101;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00342322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.7;QD=17.7229;RBI=0.0113993;REFB=-0.0105968;REVB=0.0108732;RO=54;SAF=23;SAR=22;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253292;STB=0.524742;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0113685;OID=.;OPOS=124829234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:54:54:45:49:0.475728:22:23:29:25:25:24:29:25 chr12 124856660 . T A 388.28 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00360981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.809;QD=21.2753;RBI=0.0164472;REFB=-0.0404282;REVB=0.0160462;RO=34;SAF=14;SAR=25;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12383;STB=0.568563;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0379286;OID=.;OPOS=124856660;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:25:14:17:17:25:14:17:17 chr12 124968349 . T C 55.82 PASS AF=0.32;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0196831;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8933;QD=8.93176;RBI=0.0284538;REFB=0.00301659;REVB=0.0205474;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232376;STB=0.64321;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00967465;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:26:25:17:17:8:8:0.32:5:3:10:7:5:3:10:7 chr12 124968359 . C T 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0916095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.333;QD=27.1536;RBI=0.091909;REFB=-0.00663647;REVB=0.00741334;RO=6;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810806;STB=0.545388;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00352887;OID=.;OPOS=124968359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:5:9:3:3:5:9:3:3 chr12 124979789 . T G 181.25 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.00661823;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.928;QD=10.9848;RBI=0.0176485;REFB=-0.02361;REVB=-0.0163606;RO=38;SAF=5;SAR=18;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010966;STB=0.507806;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0362413;OID=.;OPOS=124979789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:43:23:23:0.348485:18:5:8:30:18:5:9:34 chr12 125270773 . A G 276.3 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0097641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.646;QD=15.7886;RBI=0.0113462;REFB=-0.0297585;REVB=-0.00577907;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00180422;STB=0.528265;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0434589;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:39:31:31:0.442857:12:19:22:14:12:19:22:17 chr12 125284748 . A G 575.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4732;QD=60.5962;RBI=0.0262255;REFB=0;REVB=-0.0183973;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70853e-06;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr12 125298877 . G A 371.7 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.00607707;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.893;QD=14.4351;RBI=0.0199255;REFB=-0.0117172;REVB=0.0189762;RO=56;SAF=23;SAR=20;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124552;STB=0.587589;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0117434;OID=.;OPOS=125298877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:56:60:43:43:0.417476:20:23:23:33:20:23:23:37 chr12 125324553 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.158;QD=40.7629;RBI=0.0225161;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121912;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr12 125324570 . C T 95.3 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000988452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.764;QD=34.6551;RBI=0.000988452;REFB=-0.0770331;REVB=0;RO=1;SAF=10;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127304;OID=.;OPOS=125324570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:0:10:1:0:0:10:1:0 chr12 125386076 . T C 243.46 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140918;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.24;QD=51.2541;RBI=0.0722877;REFB=0;REVB=0.0709008;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127921;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:20:19:1:12:8:0:0:11:8:0:0 chr12 125386091 . A G 77.9 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0127458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3523;QD=14.1635;RBI=0.0142829;REFB=-0.00479953;REVB=0.00644563;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271484;STB=0.660047;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00832968;OID=.;OPOS=125386091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:7:5:7:3:7:5 chr12 125386114 . T A 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0115766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.148;QD=14.7966;RBI=0.014833;REFB=-0.00449651;REVB=-0.00927352;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233296;STB=0.636116;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0119957;OID=.;OPOS=125386114;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:8:5:7:4:8:5 chr12 125396488 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.010451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.265;QD=11.0924;RBI=0.0149118;REFB=0.00241072;REVB=-0.0106366;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00256578;OID=.;OPOS=125396488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr12 125397364 . A G 118.44 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0351957;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.178;QD=20.5987;RBI=0.0472334;REFB=-0.0186342;REVB=-0.0315;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398568;STB=0.710208;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0102604;OID=.;OPOS=125397364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:11:10:13:13:0.565217:9:4:9:2:9:4:8:2 chr12 125397750 . A G 323.41 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2018;QD=53.9011;RBI=0.0514785;REFB=0;REVB=-0.0433291;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00189814;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:23:24:1:10:13:0:1:11:13:0:0 chr12 125398039 . G C 217.87 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00892285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3978;QD=15.562;RBI=0.0422108;REFB=-0.0203899;REVB=0.041257;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584794;STB=0.541367;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0167499;OID=.;OPOS=125398039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:16:8:12:19:17:8:12:19 chr12 125398517 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.069;QD=40.7629;RBI=0.0295235;REFB=0;REVB=-0.0217722;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.66619e-06;OID=.;OPOS=125398517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr12 125399068 . C T 463.05 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.108066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1493;QD=52.9199;RBI=0.126123;REFB=-0.173041;REVB=0.0650289;RO=2;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621641;STB=0.533313;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0322247;OID=.;OPOS=125399068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:35:35:2:2:33:33:0.942857:14:19:0:2:14:19:0:2 chr12 125399150 . G A 428.03 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0187126;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4518;QD=19.2374;RBI=0.0188514;REFB=-0.0260479;REVB=-0.00228377;RO=45;SAF=29;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179334;STB=0.599267;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0210194;OID=.;OPOS=125399150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:46:42:43:0.483146:13:29:23:22:13:30:24:22 chr12 125399167 . T C 505.53 PASS AF=0.509804;AO=53;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.0104779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.09;QD=19.8248;RBI=0.0537044;REFB=-0.0251877;REVB=-0.0526724;RO=49;SAF=29;SAR=24;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149768;STB=0.590736;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0178116;OID=.;OPOS=125399167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:50:53:52:0.509804:24:29:35:14:24:28:36:14 chr12 125411882 . GT AC 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00671274;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.645;QD=23.5284;RBI=0.00973658;REFB=0.00276473;REVB=0.00705267;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255391;STB=0.514271;STBP=0.847;TYPE=mnp;VARB=-0.00235642;OID=.;OPOS=125411882;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:10:10:7:8:10:10:7:8 chr12 125412470 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00744709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.008;QD=14.1955;RBI=0.0121081;REFB=-0.00357643;REVB=0.00954703;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218426;STB=0.626174;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00498066;OID=.;OPOS=125412470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:7:15:7:8:7:15 chr12 125424502 . A G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00111099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.682;QD=51.9116;RBI=0.0524707;REFB=0;REVB=-0.0524589;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209299;OID=.;OPOS=125424502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr12 125424510 . T A 383.87 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.273;QD=54.8391;RBI=0.0182274;REFB=0;REVB=0.0164257;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011907;OID=.;OPOS=125424510;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:11:15:0:0:12:16:0:0 chr12 125432618 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00612626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.339;QD=13.6602;RBI=0.0156685;REFB=-0.00715593;REVB=-0.0144212;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159853;STB=0.594448;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0123316;OID=.;OPOS=125432618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:11:3:7:14:11:3:7:14 chr12 125441359 . T C 74.76 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.017013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5429;QD=10.6803;RBI=0.0170369;REFB=0.00241573;REVB=0.000901552;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478032;STB=0.775545;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0125246;OID=.;OPOS=125441359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:8:2:11:6:8:2:11:7 chr12 125448960 . C T 734.98 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0463233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.939;QD=61.2481;RBI=0.0652436;REFB=-0.130712;REVB=0.0459443;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268575;STB=0.51428;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000571445;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:47:47:0.979167:30:17:1:0:30:17:1:0 chr12 125449470 . G A 499.55 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.017049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.37;QD=54.0055;RBI=0.077688;REFB=-0.0366303;REVB=0.0757942;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583611;STB=0.531232;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00165921;OID=.;OPOS=125449470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:15:20:0:2:15:20:0:2 chr12 125561151 . A G 269.95 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0211606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.405;QD=22.9748;RBI=0.0474073;REFB=-0.00224804;REVB=0.0424227;RO=22;SAF=5;SAR=20;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22879;STB=0.629099;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00333669;OID=.;OPOS=125561151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:20:5:9:13:20:5:9:13 chr12 125562809 . G A 639.25 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00133685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.7;QD=59.4649;RBI=0.00309831;REFB=-0.0248584;REVB=0.00279506;RO=1;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347212;STB=0.517233;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-5.02623e-06;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:13:28:0:1:14:28:0:1 chr12 125562892 . C T 117.78 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00613181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.021;QD=12.3975;RBI=0.0251944;REFB=-0.0247344;REVB=-0.0244368;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323337;STB=0.519057;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0314437;OID=.;OPOS=125562892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:8:6:11:13:8:6:11:13 chr12 125587278 . G A 278.07 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.116348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0543;QD=24.7177;RBI=0.121926;REFB=-0.0611205;REVB=0.0364565;RO=18;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30766;STB=0.542338;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.050375;OID=.;OPOS=125587278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:20:20:25:0.555556:16:4:9:9:16:9:9:11 chr12 125626685 . C T 499.84 PASS AF=0.516129;AO=47;DP=92;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0162957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.665;QD=21.4986;RBI=0.0162981;REFB=-0.016216;REVB=-0.000279177;RO=45;SAF=23;SAR=24;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388709;STB=0.516122;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.012135;OID=.;OPOS=125626685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:45:45:47:48:0.516129:24:23:24:21:24:24:24:21 chr12 125834095 . C A 260.33 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00607291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.173;QD=14.4627;RBI=0.0121781;REFB=-0.0107093;REVB=-0.0105558;RO=41;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188251;STB=0.599933;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0170623;OID=.;OPOS=125834095;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:12:18:17:24:12:18:18:24 chr12 125834395 . T C 753.9 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5349;QD=61.5431;RBI=0.0194578;REFB=-0.170128;REVB=-0.0139879;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218744;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00256063;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:27:21:1:0:27:21:1:0 chr12 125900095 . T A 153.1 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0613851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.986;QD=12.0081;RBI=0.0645998;REFB=-0.0250084;REVB=0.0201248;RO=33;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295683;STB=0.517302;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0470401;OID=.;OPOS=125900095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:7:11:21:12:7:11:21:12 chr12 126068417 . T C 2351.78 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.785;QD=61.0852;RBI=0.0299533;REFB=0;REVB=0.00303293;RO=0;SAF=73;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08026e-05;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:81:73:0:0:81:73:0:0 chr12 126137060 . C T 146.01 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0433385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1033;QD=7.58471;RBI=0.0435259;REFB=-0.0100598;REVB=-0.00403432;RO=56;SAF=15;SAR=6;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250692;STB=0.652023;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0291164;OID=.;OPOS=126137060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:56:56:21:21:0.272727:6:15:29:27:6:15:29:27 chr12 127068865 . A G 255.84 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.137;QD=51.1685;RBI=0.0278118;REFB=0;REVB=0.00443087;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280057;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr12 127068892 . C T 519.09 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2412;QD=59.3244;RBI=0.0528702;REFB=0;REVB=-0.0385095;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43425e-05;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:28:7:0:0:28:7:0:0 chr12 127650467 . G C 4266.91 PASS AF=0.959184;AO=277;DP=290;FAO=282;FDP=294;FR=.;FRO=12;FSAF=123;FSAR=159;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0125522;FXX=0.00338972;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.37;QD=58.0532;RBI=0.012591;REFB=0.00449185;REVB=-0.00098749;RO=10;SAF=122;SAR=155;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010727;STB=0.512978;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-2.8807e-05;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:290:294:10:12:277:282:0.959184:155:122:6:4:159:123:9:3 chr12 127650471 . AT GG 4758.6 PASS AF=0.98125;AO=268;DP=319;FAO=314;FDP=320;FR=.;FRO=6;FSAF=154;FSAR=160;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0410296;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=287.746;QD=59.4824;RBI=0.0448858;REFB=-0.0309041;REVB=0.018202;RO=6;SAF=121;SAR=147;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204294;STB=0.500179;STBP=0.946;TYPE=mnp;VARB=0.0062052;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:319:320:6:6:268:314:0.98125:147:121:3:3:160:154:3:3 chr12 127650538 . A G 10806.3 PASS AF=0.969739;AO=703;DP=725;FAO=705;FDP=727;FR=.;FRO=22;FSAF=344;FSAR=361;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00446625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9527;QD=59.4568;RBI=0.0416427;REFB=-0.0344824;REVB=-0.0414025;RO=16;SAF=342;SAR=361;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00323122;STB=0.500365;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00167755;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:725:727:16:22:703:705:0.969739:361:342:9:7:361:344:11:11 chr12 127650583 . T G 8669.69 PASS AF=0.962649;AO=564;DP=586;FAO=567;FDP=589;FR=.;FRO=22;FSAF=273;FSAR=294;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0512078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2271;QD=58.8774;RBI=0.0513573;REFB=0.0257057;REVB=0.00391645;RO=22;SAF=273;SAR=291;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151537;STB=0.507812;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00373405;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:586:589:22:22:564:567:0.962649:291:273:6:16:294:273:6:16 chr12 127650599 . A G 5565.95 PASS AF=0.975936;AO=313;DP=378;FAO=365;FDP=374;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=172;FSAR=193;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0486201;FXX=0.00795735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.098;QD=59.5288;RBI=0.0500619;REFB=-0.0469;REVB=0.0119282;RO=11;SAF=123;SAR=190;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143635;STB=0.506016;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00133893;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:378:374:11:9:313:365:0.975936:190:123:2:9:193:172:2:7 chr12 127650616 . G A 593.65 PASS AF=0.272436;AO=85;DP=313;FAO=85;FDP=312;FR=.;FRO=227;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=92;FSRR=135;FWDB=-0.0302686;FXX=0.00636922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.84;QD=7.61089;RBI=0.0311585;REFB=-0.00523908;REVB=0.0073935;RO=226;SAF=42;SAR=43;SRF=91;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113558;STB=0.564723;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0117153;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:312:226:227:85:85:0.272436:43:42:91:135:43:42:92:135 chr12 127650639 . AAA GAA,GAG 2601.06 PASS AF=0.945355,0.0327869;AO=119,7;DP=179;FAO=173,6;FDP=183;FR=.;FRO=4;FSAF=68,0;FSAR=105,6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0390528,0.0330573;FXX=0.00543449;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=141.29,112.56;QD=56.8538;RBI=0.0439421,0.0489743;REFB=-0.0102567,-0.000384085;REVB=-0.0201443,-0.0361345;RO=4;SAF=58,0;SAR=61,7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0146672,-0.760919;STB=0.503393,0.996948;STBP=0.572,0.189;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00161506,0.139126;OID=.,.;OPOS=127650639,127650639;OREF=A,AAA;OALT=G,GAG;OMAPALT=GAA,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:179:183:4:4:119,7:173,6:0.945355,0.0327869:61,7:58,0:1:3:105,6:68,0:1:3 chr12 127650662 . T C 310.77 PASS AF=0.862069;AO=23;DP=28;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0356234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.013;QD=42.8644;RBI=0.0385915;REFB=-0.0920715;REVB=0.0148418;RO=4;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176344;STB=0.511173;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00427303;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:28:29:4:4:23:25:0.862069:16:7:1:3:17:8:1:3 chr12 127650669 . A G 43.48 PASS AF=0.6;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0486463;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.388;QD=17.3907;RBI=0.0489454;REFB=-0.00706682;REVB=-0.0054029;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921951;STB=0.555356;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00576093;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:11:10:4:4:6:6:0.6:5:1:1:3:5:1:1:3 chr12 127650883 . G T 218.07 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182375;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2387;QD=45.9094;RBI=0.117311;REFB=-0.0276282;REVB=0.115884;RO=1;SAF=17;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299342;STB=0.66643;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00273158;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:1:17:0:1:1:17:0:1 chr12 127650890 . G C 260.8 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00893505;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.943;QD=47.4177;RBI=0.0150283;REFB=-0.0804182;REVB=-0.0120836;RO=1;SAF=20;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301145;STB=0.666462;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00585465;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:22:22:1:1:21:21:0.954545:1:20:0:1:1:20:0:1 chr12 127650927 . TA T,TT 438.14 PASS AF=0.911765,0.0588235;AO=30,2;DP=33;FAO=31,2;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=30,1;FSAR=1,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0131076,0.046116;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.4942,9.08274;QD=51.5458;RBI=0.0171309,0.0808479;REFB=-0.0243743,-0.0266598;REVB=0.0110298,-0.0664055;RO=1;SAF=29,1;SAR=1,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.304639,0.25849;STB=0.666526,0.665164;STBP=0.024,0.662;TYPE=del,snp;VARB=0.00308917,-0.0451009;OID=.,.;OPOS=127650928,127650928;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.911765,0.0588235:30,2:33:31,2:34:1:30,1:1,1:0:1:9:1:29,1:1,1:0:1 chr12 128778703 . G A 134.23 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0654676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7305;QD=16.2698;RBI=0.0806389;REFB=-0.0222033;REVB=0.047081;RO=18;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133398;STB=0.507682;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0244633;OID=.;OPOS=128778703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:4:11:13:5:4:11:13:5 chr12 128899673 . A G 319.06 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00362642;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0704;QD=18.496;RBI=0.0647693;REFB=-0.00888301;REVB=-0.0646677;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408235;STB=0.522772;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0175272;OID=.;OPOS=128899673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:15:19:18:17:15:19:18:17 chr12 128900005 . G A 223.54 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00884811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.364;QD=26.2984;RBI=0.0156;REFB=-0.0108707;REVB=0.012848;RO=13;SAF=3;SAR=18;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263464;STB=0.648485;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00528908;OID=.;OPOS=128900005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:18:3:5:8:18:3:5:8 chr12 129181810 . A G 2385.9 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.52;QD=61.1768;RBI=0.0346141;REFB=0;REVB=-0.0343926;RO=0;SAF=79;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46824e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01264e-05;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:77:79:0:0:77:79:0:0 chr12 129181834 . A G 2698.17 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361211;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4352;QD=62.3855;RBI=0.0419606;REFB=0;REVB=0.0213531;RO=0;SAF=78;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96255e-05;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:95:78:0:0:95:78:0:0 chr12 129189941 . G A 49.47 PASS AF=0.5;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0178601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.192;QD=14.1332;RBI=0.0192432;REFB=0.0242183;REVB=-0.00716371;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183303;STB=0.581152;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.025099;OID=.;OPOS=129189941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:13:14:6:7:7:7:0.5:5:2:3:3:5:2:3:4 chr12 129190021 . A G 198.48 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0900756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5724;QD=44.1063;RBI=0.0969678;REFB=-0.0789031;REVB=0.0359047;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00291231;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:0:1:7:10:0:1 chr12 129190474 . G A 512.3 PASS AF=0.504673;AO=53;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00945878;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.204;QD=19.1515;RBI=0.0116694;REFB=-0.017599;REVB=-0.00683422;RO=48;SAF=23;SAR=30;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932417;STB=0.551044;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.019954;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:53:53:54:0.504673:30:23:26:22:31:23:28:25 chr12 129278864 . A G 136.27 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0571062;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.2182;QD=38.9329;RBI=0.113793;REFB=-0.121416;REVB=-0.098426;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00728528;OID=.;OPOS=129278864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:0:1:6:7:0:1 chr12 129298735 . C G 299.58 PASS AF=0.37234;AO=34;DP=93;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=0.0568725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.873;QD=12.7481;RBI=0.0571135;REFB=-0.0355525;REVB=0.00524167;RO=59;SAF=21;SAR=13;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114285;STB=0.557609;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.053352;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:59:59:34:35:0.37234:13:21:42:17:13:22:42:17 chr12 129298779 . C T 56.09 PASS AF=0.148649;AO=10;DP=73;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0898915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9589;QD=3.03198;RBI=0.0913375;REFB=-0.0163295;REVB=0.016188;RO=62;SAF=7;SAR=3;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336025;STB=0.672771;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.105888;OID=.;OPOS=129298779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:73:74:62:63:10:11:0.148649:3:7:26:36:4:7:27:36 chr12 129298799 . T C 177.71 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.032281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6539;QD=10.6098;RBI=0.054074;REFB=-0.00772082;REVB=-0.0433813;RO=44;SAF=4;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422799;STB=0.750517;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0222649;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:19:4:22:22:19:4:22:22 chr12 129298848 . G A 412.0 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.0285337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6822;QD=22.2703;RBI=0.0523898;REFB=-0.0208278;REVB=0.0439377;RO=33;SAF=3;SAR=38;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243807;STB=0.636791;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0175295;OID=.;OPOS=129298848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:38:3:6:27:38:3:6:27 chr12 129299385 . G A 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0284393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.06;QD=27.3089;RBI=0.0380478;REFB=0.0148434;REVB=0.0252754;RO=20;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741615;STB=0.540862;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00997627;OID=.;OPOS=129299385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:16:13:7:13:16:13:7:13 chr12 129328752 . C A 496.04 PASS AF=0.558442;AO=29;DP=79;FAO=43;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00375786;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6001;QD=25.7681;RBI=0.0378384;REFB=-0.0576898;REVB=0.0376513;RO=25;SAF=8;SAR=21;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256587;STB=0.595286;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0386691;OID=.;OPOS=129328752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:25:30:29:43:0.558442:21:8:14:11:27:16:18:12 chr12 129329082 . T C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.0461214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.663;QD=9.84383;RBI=0.0664913;REFB=-0.0306994;REVB=-0.0478949;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0299242;OID=.;OPOS=129329082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:18:20:10:10:0.333333:9:1:1:17:9:1:2:18 chr12 129383848 . GTGT G 441.16 PASS AF=0.45283;AO=49;DP=112;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.011462;FXX=0.0619414;HRUN=1;LEN=3;MLLD=260.827;QD=16.6477;RBI=0.0118135;REFB=-0.0107113;REVB=0.00286046;RO=54;SAF=20;SAR=29;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035127;STB=0.529614;STBP=0.596;TYPE=del;VARB=0.0118919;OID=.;OPOS=129383849;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45283:49:112:48:106:58:19:29:26:32:99:54:20:29:24:30 chr12 129559557 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.143;QD=59.4351;RBI=0.018805;REFB=0;REVB=-0.00116473;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3474e-05;OID=.;OPOS=129559557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr12 130185054 . A T 1472.49 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4992;QD=63.3331;RBI=0.0315312;REFB=0;REVB=-0.0298927;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76602e-05;OID=.;OPOS=130185054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chr12 130647709 . G C 2920.06 PASS AF=0.979487;AO=186;DP=195;FAO=191;FDP=195;FR=.;FRO=4;FSAF=84;FSAR=107;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.10408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.192;QD=59.8988;RBI=0.112482;REFB=-0.119004;REVB=0.0426564;RO=7;SAF=79;SAR=107;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203684;STB=0.501253;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.000771254;OID=.;OPOS=130647709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:195:195:7:4:186:191:0.979487:107:79:5:2:107:84:2:2 chr12 130649543 . C G 398.41 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.019138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.2052;QD=53.1207;RBI=0.0191638;REFB=-0.110732;REVB=-0.000993019;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00158203;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:28:29:0.966667:16:12:0:0:16:13:0:1 chr12 130649672 . G A 187.36 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0235449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3361;QD=17.4286;RBI=0.0286952;REFB=-0.0126968;REVB=-0.0164027;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15049;STB=0.565971;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.015513;OID=.;OPOS=130649672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:19:20:0.465116:12:7:12:11:12:8:12:11 chr12 130649770 . C T 326.17 PASS AF=0.523077;AO=33;DP=64;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0134642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.43;QD=20.0717;RBI=0.0204651;REFB=-0.026864;REVB=0.0154122;RO=30;SAF=8;SAR=25;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165234;STB=0.586926;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0348419;OID=.;OPOS=130649770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:31:33:34:0.523077:25:8:12:18:25:9:13:18 chr12 130649962 . C T 199.73 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.015537;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9642;QD=9.39911;RBI=0.0310142;REFB=-0.00576472;REVB=0.0268418;RO=58;SAF=15;SAR=11;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300731;STB=0.512456;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00983487;OID=.;OPOS=130649962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:58:59:26:26:0.305882:11:15:32:26:11:15:33:26 chr12 130650016 . G C 187.98 PASS AF=0.320513;AO=23;DP=77;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.083882;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.562;QD=9.63991;RBI=0.083919;REFB=-0.0195553;REVB=0.00249267;RO=51;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059631;STB=0.532761;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0450985;OID=.;OPOS=130650016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:51:53:23:25:0.320513:11:12:24:27:12:13:25:28 chr12 130650041 . G A 523.58 PASS AF=0.633803;AO=40;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00374143;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.183;QD=29.4977;RBI=0.00494533;REFB=-0.0337311;REVB=-0.00323388;RO=13;SAF=14;SAR=26;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228978;STB=0.607172;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.01016;OID=.;OPOS=130650041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:13:18:40:45:0.633803:26:14:11:2:29:16:13:5 chr12 130841638 . G A 115.74 PASS AF=0.378378;AO=12;DP=35;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00190458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.658;QD=12.5129;RBI=0.0196253;REFB=-0.00834648;REVB=0.0195327;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256455;STB=0.679735;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0147501;OID=.;OPOS=130841638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:23:23:12:14:0.378378:8:4:13:10:10:4:13:10 chr12 130847389 . A G 173.0 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=34;FWDB=-0.00801946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.691;QD=11.3443;RBI=0.00984211;REFB=-0.0040984;REVB=-0.00570572;RO=38;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327509;STB=0.678316;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0047136;OID=.;OPOS=130847389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:39:21:22:0.360656:13:8:5:33:14:8:5:34 chr12 130884347 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0295736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.353;QD=14.6657;RBI=0.0303083;REFB=-0.0154497;REVB=0.00663277;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320951;STB=0.517218;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0141849;OID=.;OPOS=130884347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:21:15:15:0.416667:9:6:7:12:9:6:9:12 chr12 130912757 . C T 175.1 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.033671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9487;QD=20.0118;RBI=0.046604;REFB=-0.00320851;REVB=-0.032221;RO=17;SAF=15;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169319;STB=0.596896;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00130723;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:3:15:12:5:3:15:12:5 chr12 130921471 . T C 73.63 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.261;QD=36.8138;RBI=0.0425543;REFB=0;REVB=0.0344056;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109535;OID=.;OPOS=130921471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:5:3:0:0 chr12 131275484 . G A 990.57 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.506;QD=59.1382;RBI=0.0176433;REFB=0;REVB=0.0172574;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98888e-05;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr12 131276448 . G T 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.625;QD=61.3744;RBI=0.0294405;REFB=0;REVB=0.0124566;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24951e-05;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr12 131296908 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.895;QD=33.4285;RBI=0.0339948;REFB=0;REVB=-0.010637;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145797;OID=.;OPOS=131296908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr12 131299974 . A G 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1759;QD=57.1965;RBI=0.0589245;REFB=0;REVB=-0.0173496;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454772;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr12 131306314 . C G 804.42 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3837;QD=64.3534;RBI=0.0447335;REFB=0;REVB=0.0331076;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826526;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr12 131360715 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.758;QD=59.0186;RBI=0.00633153;REFB=0;REVB=-0.000794458;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24913e-05;OID=.;OPOS=131360715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:21:13:0:0 chr12 131466562 . T C 857.77 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9742;QD=57.1844;RBI=0.0530517;REFB=0;REVB=0.0355168;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561907;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:38:21:0:0:38:22:0:0 chr12 131589419 . TG T 92.78 PASS AF=0.529412;AO=16;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.248461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.9131;QD=10.9158;RBI=0.250103;REFB=-0.0568531;REVB=-0.02861;RO=13;SAF=15;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.485036;SSSB=0.556075;STB=0.838993;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.0193315;OID=.;OPOS=131589420;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:16:34:18:34:16:17:1:9:7:81:13:15:1:7:6 chr12 131590404 . G A 414.6 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0263192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.986;QD=16.4196;RBI=0.0264385;REFB=-0.00630033;REVB=0.00250904;RO=54;SAF=16;SAR=29;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163929;STB=0.583143;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0110461;OID=.;OPOS=131590404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:54:56:45:45:0.445545:29:16:28:26:29:16:28:28 chr12 131620588 . A G 160.79 PASS AF=0.377049;AO=21;DP=59;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00865146;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1602;QD=10.5435;RBI=0.0260272;REFB=-0.0150636;REVB=0.0245472;RO=37;SAF=6;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290908;STB=0.644646;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0560184;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:37:38:21:23:0.377049:15:6:20:17:16:7:20:18 chr12 131622735 . T C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0175456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.624;QD=20.6009;RBI=0.0188733;REFB=-0.025315;REVB=-0.00695368;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242331;STB=0.63623;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0144478;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:8:12:6:13:8:12:6:13 chr12 132195858 . TGGGGGCA TGGGGCA,TGGGGCAG,TGGGGCGA,TGGGGGCAG 90.09 PASS AF=0.234043,0.106383,0.0851064,0.12766;AO=12,9,3,5;DP=47;FAO=11,5,4,6;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=9,4,4,3;FSAR=2,1,0,3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0427195,0.00121452,-0.0400613,-0.0404416;FXX=0;HRUN=5,5,5,1;LEN=1,3,2,1;MLLD=8.53297,16.2318,95.4648,14.4539;QD=7.66738;RBI=0.121883,0.0911188,0.104017,0.0631912;REFB=-0.173985,-0.144565,-0.00287494,-0.0964881;REVB=-0.114152,-0.0911107,-0.0959928,-0.0485552;RO=14;SAF=10,7,3,2;SAR=2,2,0,3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0.365854,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.435749,0.377757,0.650928,-0.0327935;STB=0.729264,0.744707,0.99701,0.518457;STBP=0.087,0.258,0.047,0.92;TYPE=del,mnp,mnp,ins;VARB=0.175104,0.216785,0.064582,0.157892;OID=.,.,.,.;OPOS=132195859,132195863,132195863,132195866;OREF=G,GCA,GC,-;OALT=-,CAG,CG,G;OMAPALT=TGGGGCA,TGGGGCAG,TGGGGCGA,TGGGGGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234043,0.106383,0.0851064,0.12766:12,9,3,5:47:11,5,4,6:47:21:9,4,4,3:2,1,0,3:11:10:24:14:10,7,3,2:2,2,0,3:6:8 chr12 132237796 . A G 166.95 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0285555;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9232;QD=13.3559;RBI=0.04024;REFB=-0.0294513;REVB=0.0283521;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374753;STB=0.521716;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0325872;OID=.;OPOS=132237796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:11:8:12:19:11:8:12:19 chr12 132237848 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.83;QD=54.5159;RBI=0.0104734;REFB=0;REVB=-0.0104734;RO=0;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79674e-05;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:25:0:0:0:25:0:0:0 chr12 132250712 . G C 225.23 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0205147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.406;QD=13.4463;RBI=0.0205148;REFB=-0.0052575;REVB=6.36352e-05;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147556;STB=0.562867;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00921147;OID=.;OPOS=132250712;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:40:26:27:0.402985:11:15:17:22:12:15:18:22 chr12 132271113 . T C 1051.05 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118618;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.337;QD=60.0598;RBI=0.0312832;REFB=0;REVB=0.0289472;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22936e-05;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:46:24:0:0:46:24:0:0 chr12 132323250 . C G 584.37 PASS AF=0.378378;AO=63;DP=176;FAO=70;FDP=185;FR=.;FRO=115;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=-0.0067111;FXX=0.0106946;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.82;QD=12.6351;RBI=0.0765701;REFB=-0.0469799;REVB=0.0762754;RO=113;SAF=30;SAR=33;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517169;STB=0.558123;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0710138;OID=.;OPOS=132323250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:185:113:115:63:70:0.378378:33:30:59:54:40:30:60:55 chr12 132326298 . G A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0132212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.49;QD=13.7842;RBI=0.0133499;REFB=-0.0139547;REVB=-0.00184959;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809336;STB=0.538428;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0168021;OID=.;OPOS=132326298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:14:9:15:17:14:9:15:18 chr12 132335592 . G A 349.19 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0156642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6284;QD=20.2428;RBI=0.0273979;REFB=-0.0103509;REVB=0.0224784;RO=33;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188213;STB=0.604259;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0128822;OID=.;OPOS=132335592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:21:15:21:12:21:15:21:12 chr12 132396603 . C T 778.61 PASS AF=0.390351;AO=88;DP=230;FAO=89;FDP=228;FR=.;FRO=139;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=72;FWDB=-0.00389949;FXX=0.0129865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.856;QD=13.6598;RBI=0.0341765;REFB=-0.0316871;REVB=0.0339533;RO=134;SAF=48;SAR=40;SRF=62;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888324;STB=0.541855;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0477079;OID=.;OPOS=132396603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:228:134:139:88:89:0.390351:40:48:62:72:40:49:67:72 chr12 132401566 . C T 196.11 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0284951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.679;QD=17.0529;RBI=0.0335108;REFB=-0.0291892;REVB=-0.0176353;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113182;STB=0.554399;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0389095;OID=.;OPOS=132401566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:26:20:20:0.434783:6:14:13:9:6:14:16:10 chr12 132402016 . G GC 754.08 PASS AF=0.991379;AO=12;DP=117;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0469356;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.00678;QD=26.0028;RBI=0.0611982;REFB=0.00854414;REVB=0.0392716;RO=103;SAF=3;SAR=9;SRF=25;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117047;STB=0.50289;STBP=0.628;TYPE=ins;VARB=0.00551192;OID=.;OPOS=132402017;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991379:12:117:115:116:1:29:86:0:1:12:103:3:9:25:78 chr12 132402020 . T C 1434.5 PASS AF=0.890756;AO=101;DP=115;FAO=106;FDP=119;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0320194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4291;QD=48.2186;RBI=0.0522576;REFB=0.00726479;REVB=0.0412991;RO=13;SAF=25;SAR=76;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274918;STB=0.515726;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0126754;OID=.;OPOS=132402020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:115:119:13:13:101:106:0.890756:76:25:2:11:78:28:2:11 chr12 132402021 . T C 40.24 PASS AF=0.109244;AO=12;DP=119;FAO=13;FDP=119;FR=.;FRO=106;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=79;FWDB=-0.000497622;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.18;QD=1.35275;RBI=0.0174954;REFB=-0.000725982;REVB=-0.0174883;RO=105;SAF=2;SAR=10;SRF=26;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141822;STB=0.529055;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.143029;OID=.;OPOS=132402021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:119:119:105:106:12:13:0.109244:10:2:26:79:10:3:27:79 chr12 132403160 . TA GC,TG 646.18 PASS AF=0.0697674,0.930233;AO=2,40;DP=43;FAO=3,40;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=3,6;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680782,0.0796578;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=198.935,238.968;QD=60.1094;RBI=0.0681536,0.0796581;REFB=0,0;REVB=-0.00320498,0.000237699;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.21163e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.089747,-0.000406154;OID=.,.;OPOS=132403160,132403161;OREF=TA,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:43:43:0:0:2,40:3,40:0.0697674,0.930233:0,34:2,6:0:0:0,34:3,6:0:0 chr12 132405879 . G A 313.76 PASS AF=0.485714;AO=18;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0624292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.526;QD=17.9293;RBI=0.0713504;REFB=-0.0295873;REVB=0.0345467;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426144;STB=0.66374;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0487083;OID=.;OPOS=132405879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:36:18:34:0.485714:11:7:12:22:11:23:13:23 chr12 132416813 . G A 318.38 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0223954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0793;QD=23.1549;RBI=0.0375787;REFB=-0.0220869;REVB=-0.0301762;RO=20;SAF=13;SAR=18;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142014;STB=0.506489;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0105973;OID=.;OPOS=132416813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:23:31:32:0.581818:18:13:8:12:19:13:9:14 chr12 132446448 . G A 196.49 PASS AF=0.678571;AO=18;DP=27;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0237093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5332;QD=28.0703;RBI=0.0390022;REFB=-0.110382;REVB=0.0309684;RO=9;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303348;STB=0.655027;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.085831;OID=.;OPOS=132446448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:28:9:9:18:19:0.678571:9:9:0:9:10:9:0:9 chr12 132490820 . G A 256.32 PASS AF=0.392405;AO=28;DP=76;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00855628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.743;QD=12.9784;RBI=0.032049;REFB=-0.0193353;REVB=0.0308857;RO=47;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169544;STB=0.612132;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0266607;OID=.;OPOS=132490820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:47:48:28:31:0.392405:19:9:22:25:22:9:22:26 chr12 132491322 . A G 869.61 PASS AF=0.520958;AO=86;DP=169;FAO=87;FDP=167;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=0.00408512;FXX=0.0118336;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.3997;QD=20.8289;RBI=0.0353057;REFB=-0.0453714;REVB=0.0350686;RO=78;SAF=37;SAR=49;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870627;STB=0.542694;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0305065;OID=.;OPOS=132491322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:78:80:86:87:0.520958:49:37:26:52:49:38:28:52 chr12 132508389 . A G 191.6 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0189039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.775;QD=22.541;RBI=0.0236116;REFB=-0.00740325;REVB=0.0141474;RO=15;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128426;STB=0.57241;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00620747;OID=.;OPOS=132508389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:14:5:6:9:14:5:6:9 chr12 132527986 . G A 202.4 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0232187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.081;QD=11.0903;RBI=0.0310849;REFB=-0.00557335;REVB=-0.0206679;RO=46;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0019438;STB=0.506844;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00893731;OID=.;OPOS=132527986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:25:26:0.356164:13:12:22:24:13:13:23:24 chr12 132528835 . G A 895.13 PASS AF=0.461929;AO=91;DP=198;FAO=91;FDP=197;FR=.;FRO=106;FSAF=29;FSAR=62;FSRF=35;FSRR=71;FWDB=0.0470947;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2169;QD=18.1753;RBI=0.0474473;REFB=-0.00236479;REVB=0.00577338;RO=105;SAF=29;SAR=62;SRF=35;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162138;STB=0.507091;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00317523;OID=.;OPOS=132528835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:105:106:91:91:0.461929:62:29:35:70:62:29:35:71 chr12 132589649 . C T 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0131537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.107;QD=10.853;RBI=0.0292349;REFB=-0.00506314;REVB=-0.0261086;RO=39;SAF=15;SAR=6;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45974;STB=0.765531;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0127232;OID=.;OPOS=132589649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:6:15:11:28:6:15:11:28 chr12 132598995 . C T 112.17 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00112765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.761;QD=16.6183;RBI=0.0172891;REFB=-0.029341;REVB=-0.0172523;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278084;STB=0.661981;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0303089;OID=.;OPOS=132598995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:7:7:10:3:7:7 chr12 132624252 . G A 259.9 PASS AF=0.785714;AO=13;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.129636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.814;QD=37.1282;RBI=0.132759;REFB=-0.070562;REVB=0.0286232;RO=6;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187025;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0165904;OID=.;OPOS=132624252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:28:6:6:13:22:0.785714:10:3:3:3:11:11:3:3 chr12 132626425 . G A 220.92 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00931181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2326;QD=14.4868;RBI=0.0492686;REFB=-0.0145548;REVB=0.0483806;RO=35;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175336;STB=0.599921;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0180468;OID=.;OPOS=132626425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:9:17:17:18:9:17:17:18 chr12 132626668 . T C 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0113399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.756;QD=16.1059;RBI=0.0254989;REFB=-0.0164877;REVB=-0.0228386;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169315;STB=0.610978;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0425779;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:11:6:11:10:11:6:12:10 chr12 132627365 . G A 253.54 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00169808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.341;QD=17.4857;RBI=0.0182406;REFB=-0.0196289;REVB=0.0181614;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049778;STB=0.537287;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0159751;OID=.;OPOS=132627365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:12:16:15:14:12:16:15:15 chr12 132635521 . T C 55.04 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00148966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.164;QD=9.57176;RBI=0.0649484;REFB=-0.0195364;REVB=-0.0649313;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456052;STB=0.787884;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0157754;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:1:7:8:7:1:7:8:7 chr12 132682481 . T G 621.4 PASS AF=0.418182;AO=69;DP=166;FAO=69;FDP=165;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=-0.0210686;FXX=0.0236672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.444;QD=15.0643;RBI=0.0301095;REFB=-0.0220787;REVB=0.0215103;RO=96;SAF=38;SAR=31;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233553;STB=0.513077;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0178643;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:96:96:69:69:0.418182:31:38:55:41:31:38:55:41 chr12 132682484 . A G 662.74 PASS AF=0.434524;AO=73;DP=168;FAO=73;FDP=168;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=-0.0276984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.194;QD=15.7794;RBI=0.0311659;REFB=-0.0303939;REVB=-0.0142868;RO=94;SAF=38;SAR=35;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655324;STB=0.533161;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0313583;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:94:95:73:73:0.434524:35:38:55:39:35:38:55:40 chr12 132688137 . A G 374.64 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00252531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.06;QD=31.8842;RBI=0.00635387;REFB=-0.025667;REVB=-0.00583048;RO=15;SAF=12;SAR=19;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809456;STB=0.504345;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0132035;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:15:16:31:31:0.659574:19:12:6:9:19:12:6:10 chr12 132824440 . CT CTC,TC 71.52 PASS AF=0.464286,0;AO=9,2;DP=28;FAO=13,0;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5,0;FSAR=8,0;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0474291,-0.0406739;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=69.7412,72.194;QD=10.2165;RBI=0.0508753,0.0499981;REFB=-0.00292108,0.00225042;REVB=-0.0184057,-0.0290765;RO=15;SAF=4,0;SAR=5,2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0469885,-0.504245;STB=0.545384,0.5;STBP=0.661,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.135383,0.0668477;OID=.,.;OPOS=132824442,132824440;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:28:28:15:15:9,2:13,0:0.464286,0:5,2:4,0:6:9:8,0:5,0:7:8 chr12 132862976 . G A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00690592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.338;QD=17.7317;RBI=0.0168958;REFB=-0.00801396;REVB=0.01542;RO=19;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15356;STB=0.588366;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0206507;OID=.;OPOS=132862976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:13:4:7:12:13:4:7:12 chr12 133158097 . T C 123.89 PASS AF=0.375;AO=13;DP=38;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0310432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.528;QD=12.3888;RBI=0.0326862;REFB=-0.0077947;REVB=0.0102325;RO=24;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353588;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017228;OID=.;OPOS=133158097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:24:25:13:15:0.375:10:3:5:19:12:3:5:20 chr12 133158650 . C T 80.83 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0331943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2329;QD=14.6969;RBI=0.147061;REFB=-0.0331218;REVB=0.143266;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61306;STB=0.788919;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.069757;OID=.;OPOS=133158650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:20:22:11:11:9:11:0.5:8:1:8:3:9:2:8:3 chr12 133181399 . T C 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0431592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.651;QD=47.8797;RBI=0.0448912;REFB=-0.0780937;REVB=-0.0123494;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044143;STB=0.507686;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0056648;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:27:1:2:25:25:0.925926:15:10:1:0:15:10:1:1 chr12 133196596 . T C 341.94 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00417146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.147;QD=52.6056;RBI=0.0459098;REFB=0;REVB=-0.0457199;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484289;OID=.;OPOS=133196596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:11:13:0:0:11:15:0:0 chr12 133201947 . T C 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2523;QD=52.6035;RBI=0.0299789;REFB=0;REVB=0.0246271;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828175;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr12 133208979 . T C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00180987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.231;QD=59.855;RBI=0.00515816;REFB=0;REVB=0.00483022;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05219e-06;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr12 133212582 . G A 405.69 PASS AF=0.9375;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0149041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.211;QD=50.7109;RBI=0.0149268;REFB=-0.0272246;REVB=-0.000822956;RO=2;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465115;STB=0.523794;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00158683;OID=.;OPOS=133212582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:32:2:2:28:30:0.9375:19:9:0:2:20:10:0:2 chr12 133253995 . G A 727.56 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.308;QD=57.0632;RBI=0.00545342;REFB=0;REVB=-0.00250573;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66676e-06;OID=.;OPOS=133253995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:47:51:1:27:20:0:0:28:23:0:0 chr12 133272470 . G T 255.66 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7699;QD=51.1326;RBI=0.0657811;REFB=0;REVB=0.058566;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550742;OID=.;OPOS=133272470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr12 133294332 . G GT 724.55 PASS AF=1;AO=16;DP=116;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.196227;FXX=0.452135;HRUN=0;LEN=1;MLLD=111.77;QD=46.0032;RBI=0.199108;REFB=-0.0100985;REVB=-0.0337461;RO=100;SAF=16;SAR=0;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.694719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0321266;OID=.;OPOS=133294333;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:116:63:63:0:63:0:0:0:4:100:16:0:51:49 chr12 133294333 . C T 1274.13 PASS AF=0.843478;AO=96;DP=115;FAO=97;FDP=115;FR=.;FRO=18;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.0417536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7607;QD=44.3175;RBI=0.0444299;REFB=-0.0733222;REVB=0.0151872;RO=18;SAF=48;SAR=48;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148832;STB=0.578931;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00550655;OID=.;OPOS=133294333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:115:115:18:18:96:97:0.843478:48:48:18:0:49:48:18:0 chr12 133303973 . C G 319.5 PASS AF=1;AO=17;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.4542;QD=53.2506;RBI=0.203045;REFB=0;REVB=0.148842;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00846875;OID=.;OPOS=133303973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:17:24:1:6:11:0:0:9:15:0:0 chr12 133306710 . C T 590.59 PASS AF=0.954545;AO=39;DP=45;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.118094;FXX=0.0434688;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6126;QD=53.6895;RBI=0.145174;REFB=-0.122138;REVB=0.084435;RO=3;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00372627;STB=0.51851;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0191837;OID=.;OPOS=133306710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:45:44:3:2:39:42:0.954545:25:14:1:2:26:16:0:2 chr12 133318406 . G T 562.99 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0296438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4284;QD=19.5823;RBI=0.0475345;REFB=-0.00736142;REVB=-0.0371587;RO=56;SAF=28;SAR=30;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062991;STB=0.530247;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0072894;OID=.;OPOS=133318406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:56:57:58:58:0.504348:30:28:31:25:30:28:31:26 chr12 133331364 . G A 939.9 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.020799;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.791;QD=54.4871;RBI=0.0208013;REFB=-0.0885212;REVB=-0.000312427;RO=2;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295067;STB=0.508584;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000612301;OID=.;OPOS=133331364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:69:2:3:66:66:0.956522:31:35:0:2:31:35:1:2 chr12 133363376 . G T 787.92 PASS AF=1;AO=44;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.936;QD=64.3202;RBI=0.0931938;REFB=0;REVB=-0.000372297;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019995;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:44:49:1:29:15:0:0:29:20:0:0 chr12 133384864 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.589;QD=43.4846;RBI=0.0238461;REFB=0;REVB=-0.0228109;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124691;OID=.;OPOS=133384864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr12 133393323 . C T 775.26 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.037347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.46;QD=53.4659;RBI=0.0395906;REFB=-0.0405937;REVB=0.0131386;RO=2;SAF=35;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261828;STB=0.513884;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00126943;OID=.;OPOS=133393323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:21:35:2:0:21:35:2:0 chr12 133411987 . G C 1166.97 PASS AF=0.975;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.040901;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.894;QD=58.3483;RBI=0.0419768;REFB=-0.121654;REVB=-0.00944263;RO=2;SAF=31;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005059;STB=0.502673;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000346604;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:80:2:2:78:78:0.975:47:31:1:1:47:31:1:1 chr12 133423695 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.727;QD=46.848;RBI=0.0375624;REFB=0;REVB=-0.0180843;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116029;OID=.;OPOS=133423695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr12 133433173 . T C 574.64 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4884;QD=60.4885;RBI=0.0476902;REFB=0;REVB=-0.0394237;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161945;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:14:23:0:0:15:23:0:0 chr12 133435716 . T G 802.52 PASS AF=0.966667;AO=54;DP=56;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0282653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.748;QD=53.5016;RBI=0.0430524;REFB=-0.141143;REVB=0.0324743;RO=2;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348761;STB=0.516661;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00217562;OID=.;OPOS=133435716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:60:2:2:54:58:0.966667:26:28:0:2:29:29:0:2 chr12 133618022 . G A 169.62 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0226517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0971;QD=15.7783;RBI=0.0685883;REFB=-0.0379709;REVB=-0.0647399;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941938;STB=0.554315;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0579564;OID=.;OPOS=133618022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:12:13:11:7:12:13 chr12 133634450 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.515;QD=39.2067;RBI=0.0116121;REFB=0;REVB=0.0113332;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04144e-05;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr12 133664122 . G A 103.86 PASS AF=0.846154;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0356513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8997;QD=31.9568;RBI=0.0360896;REFB=-0.00286215;REVB=0.00560762;RO=2;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680994;STB=0.542293;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000997451;OID=.;OPOS=133664122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:13:2:2:10:11:0.846154:3:7:1:1:3:8:1:1 chr12 133677542 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0163119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.3086;QD=12.7288;RBI=0.0797738;REFB=0.00991117;REVB=-0.0780883;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940419;STB=0.555438;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.0194933;OID=.;OPOS=133677542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:9:3:3:6:9:3 chr12 133682655 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.043;QD=46.8481;RBI=0.0286223;REFB=0;REVB=0.0227076;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198482;OID=.;OPOS=133682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr12 133683261 . T C 265.44 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.892;QD=50.5604;RBI=0.0670462;REFB=0;REVB=0.0656759;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126338;OID=.;OPOS=133683261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:5:15:0:0:5:16:0:0 chr12 133683280 . A T 225.65 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191975;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.4057;QD=45.1291;RBI=0.0608303;REFB=0.00658039;REVB=0.0577216;RO=1;SAF=13;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340907;STB=0.518499;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00280135;OID=.;OPOS=133683280;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:6:13:1:0:6:13:1:0 chr12 133683628 . A T 296.36 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0340878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.376;QD=49.3938;RBI=0.0418463;REFB=-0.158848;REVB=0.0242721;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00530698;OID=.;OPOS=133683628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:14:9:0:0:14:9:0:1 chr12 133683750 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.162;QD=46.848;RBI=0.0311506;REFB=0;REVB=0.0075928;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139939;OID=.;OPOS=133683750;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr12 133697130 . CA GG 175.46 PASS AF=0.269663;AO=24;DP=90;FAO=24;FDP=89;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0102203;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.317;QD=7.8859;RBI=0.0236966;REFB=-0.00487315;REVB=-0.0213793;RO=62;SAF=14;SAR=10;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574364;STB=0.524252;STBP=0.802;TYPE=mnp;VARB=0.0167756;OID=.;OPOS=133697130;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:62:65:24:24:0.269663:10:14:39:23:10:14:40:25 chr12 133698478 . TG T 37.71 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0332508;FXX=0.0526039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.0127;QD=8.37967;RBI=0.0550571;REFB=-0.102527;REVB=-0.0438825;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0.457143;SSEP=0;SSSB=-0.298237;STB=0.666171;STBP=0.371;TYPE=del;VARB=0.113634;OID=.;OPOS=133698479;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:8:18:8:18:10:1:7:3:7:37:9:1:7:3:6 chr12 133732624 . C T 136.24 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00678879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1937;QD=17.5794;RBI=0.0202812;REFB=-0.0548167;REVB=0.0191113;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861724;STB=0.549291;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0356795;OID=.;OPOS=133732624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:7:9:7:8:7:9 chr12 133768553 . A T 260.31 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0208698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.278;QD=14.6656;RBI=0.0327171;REFB=-0.0138039;REVB=0.0251965;RO=39;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012674;STB=0.511019;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0195016;OID=.;OPOS=133768553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:41:29:30:0.422535:13:16:22:17:13:17:24:17 chr12 133770096 . G A 240.46 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0369887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.153;QD=12.1753;RBI=0.0435359;REFB=-0.00934291;REVB=-0.0229611;RO=50;SAF=14;SAR=15;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1506;STB=0.586388;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.01463;OID=.;OPOS=133770096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:15:14:31:19:15:14:31:19 chr12 133778796 . C T 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0256256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.304;QD=5.95708;RBI=0.0260902;REFB=-0.00776541;REVB=-0.00490129;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393166;STB=0.749063;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0178891;OID=.;OPOS=133778796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:17:18:6:6:0.25:5:1:8:9:5:1:8:10 chr12 133778887 . G A 111.29 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0084671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.157;QD=15.8992;RBI=0.0152643;REFB=-0.0303668;REVB=-0.0127006;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188592;STB=0.608534;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0185382;OID=.;OPOS=133778887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:5:10:6:7:5:10 chr12 133779164 . C T 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0299615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.791;QD=27.3147;RBI=0.0601385;REFB=-0.0208297;REVB=0.0521435;RO=12;SAF=4;SAR=17;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604385;STB=0.533599;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0106451;OID=.;OPOS=133779164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:17:4:3:9:17:4:3:9 chr12 133780851 . G C 88.95 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0200471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3656;QD=27.3685;RBI=0.0205939;REFB=0.0158847;REVB=0.00471417;RO=3;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394666;STB=0.729154;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00150292;OID=.;OPOS=133780851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:1:9:1:2:1:9:1:2 chr12 133781231 . GA G 75.69 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00475771;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.5846;QD=8.64981;RBI=0.0259313;REFB=-0.0094034;REVB=0.0254911;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188234;STB=0.627703;STBP=0.277;TYPE=del;VARB=0.0242973;OID=.;OPOS=133781232;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:13:36:13:35:22:4:9:11:11:75:21:4:9:10:11 chr12 133781428 . A C 211.57 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00357487;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.241;QD=14.1045;RBI=0.00357585;REFB=-0.00916598;REVB=-8.37811e-05;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042925;STB=0.517228;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0111195;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:35:25:25:0.416667:15:10:15:19:15:10:15:20 chr12 133781605 . A G 207.06 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0151031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.522;QD=17.6219;RBI=0.0152017;REFB=-0.0266486;REVB=-0.00172835;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328094;STB=0.687317;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0222947;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:10:16:6:15:10:16 chr12 133803551 . G C 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0223478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8584;QD=22.7228;RBI=0.0325747;REFB=-0.020811;REVB=-0.0236999;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117295;STB=0.506572;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0142394;OID=.;OPOS=133803551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:6:14:11:5:6:14:11:5 chr12 133808129 . C T 312.66 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.029201;FXX=0.0483793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.862;QD=21.1971;RBI=0.0294228;REFB=-0.0261914;REVB=0.00360622;RO=26;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139001;STB=0.585494;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0208085;OID=.;OPOS=133808129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:26:27:32:32:0.542373:19:13:15:11:19:13:16:11 chr12 133810703 . G C 264.78 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0199392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0049;QD=20.767;RBI=0.0221922;REFB=0.0025614;REVB=-0.00974287;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598413;STB=0.533309;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00312851;OID=.;OPOS=133810703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:9:15:15:12:9:15 chr13 19600126 . G A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00978487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.577;QD=7.32151;RBI=0.0158544;REFB=-0.000805193;REVB=-0.0124747;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.571184;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00262693;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:6:8:4:2:6:8 chr13 19600200 . C T 84.81 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0436173;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2223;QD=19.9562;RBI=0.0717092;REFB=-0.014053;REVB=-0.0569188;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219729;STB=0.64679;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00315678;OID=.;OPOS=19600200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:6:7:10:10:0.588235:5:5:1:5:5:5:1:6 chr13 19600475 . C A 409.08 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0677317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4628;QD=17.9814;RBI=0.0678676;REFB=-0.0147886;REVB=-0.00429167;RO=49;SAF=17;SAR=25;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339769;STB=0.501898;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0194373;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:25:17:20:29:25:17:20:29 chr13 19600529 . G A 209.41 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0737646;FXX=0.019996;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.825;QD=17.0949;RBI=0.0738511;REFB=-0.0224599;REVB=0.00357242;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127841;STB=0.591756;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0252121;OID=.;OPOS=19600529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:26:27:21:22:0.44898:11:10:9:17:11:11:9:18 chr13 19748249 . G C 154.08 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.118312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.247;QD=14.3328;RBI=0.118383;REFB=-0.000819375;REVB=-0.00410535;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556242;STB=0.517026;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.000138088;OID=.;OPOS=19748249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:26:17:17:0.395349:10:7:9:16:10:7:10:16 chr13 19751544 . C T 247.3 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0377226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.623;QD=13.7389;RBI=0.0447947;REFB=-0.0194104;REVB=-0.0241571;RO=41;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199635;STB=0.503353;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0188931;OID=.;OPOS=19751544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:43:29:29:0.402778:14:15:22:19:14:15:22:21 chr13 20000630 . T C 375.4 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.76;QD=53.6291;RBI=0.0148485;REFB=0;REVB=-0.00721004;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134143;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:18:8:0:0:19:9:0:0 chr13 20038584 . A G 623.6 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0536486;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.229;QD=59.3907;RBI=0.0539835;REFB=-0.071333;REVB=0.00600319;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000516743;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:42:0:1:41:41:0.97619:17:24:0:0:17:24:1:0 chr13 20066994 . T C 62.46 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=80;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0372263;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.8701;QD=3.16267;RBI=0.0423984;REFB=-0.00432815;REVB=-0.0202935;RO=67;SAF=6;SAR=6;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277991;STB=0.518956;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0235241;OID=.;OPOS=20066994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:80:79:67:67:12:12:0.151899:6:6:35:32:6:6:35:32 chr13 20247226 . CGG CG,CGT 95.34 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=3,6;DP=11;FAO=1,8;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126408,0.152306;FXX=0.181653;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=30.7169,30.9344;QD=42.3724;RBI=0.0126409,0.166136;REFB=0,0;REVB=6.5166e-05,-0.0663621;RO=0;SAF=3,4;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0171377,0.0867485;OID=.,.;OPOS=20247227,20247228;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=CG,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:3,6:11:1,8:9:0:1,6:0,2:0:0:7:0:3,4:0,2:0:0 chr13 20277413 . T C 148.98 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0270524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.833;QD=7.94557;RBI=0.0324239;REFB=-0.00833263;REVB=-0.0178739;RO=54;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139266;STB=0.583256;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.02083;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:54:54:21:21:0.28:10:11:22:32:10:11:22:32 chr13 20398669 . T C 239.33 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9069;QD=50.385;RBI=0.135016;REFB=0;REVB=0.0472963;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00583948;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr13 20398742 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8599;QD=49.5951;RBI=0.0819003;REFB=0;REVB=-0.0634552;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0036503;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr13 20716411 . C T 231.84 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0094273;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.964;QD=29.9143;RBI=0.047947;REFB=-0.0535878;REVB=0.047011;RO=10;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072241;STB=0.539839;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0272899;OID=.;OPOS=20716411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:10:10:21:21:0.677419:10:11:4:6:10:11:4:6 chr13 20716533 . G T 372.5 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0217;QD=55.1853;RBI=0.128354;REFB=0;REVB=0.0094207;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023457;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:17:8:0:0:17:10:0:0 chr13 20763380 . T C 362.53 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00972812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1147;QD=15.5927;RBI=0.0233241;REFB=-0.0116098;REVB=0.0211985;RO=54;SAF=16;SAR=23;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149689;STB=0.584487;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0228011;OID=.;OPOS=20763380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:23:16:30:24:23:16:30:24 chr13 20763642 . C T 173.35 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.015736;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.65;QD=16.5099;RBI=0.018443;REFB=-0.0123316;REVB=-0.00961892;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137426;STB=0.57886;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.015937;OID=.;OPOS=20763642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:10:14:8:10:10:14 chr13 21063524 . A G 30.64 PASS AF=0.263158;AO=5;DP=19;FAO=5;FDP=19;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0310233;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8808;QD=6.45022;RBI=0.0314922;REFB=-0.0157865;REVB=-0.00541463;RO=14;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505846;STB=0.533202;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0219604;OID=.;OPOS=21063524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:19:19:14:14:5:5:0.263158:3:2:5:9:3:2:5:9 chr13 21063533 . T G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00174927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.766;QD=7.76205;RBI=0.0155278;REFB=-0.000263303;REVB=0.0154289;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316032;STB=0.519934;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.000772737;OID=.;OPOS=21063533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:4:9:4:2:4:9 chr13 21205192 . G A 392.97 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.482;QD=56.1383;RBI=0.0408779;REFB=0;REVB=0.0326296;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261291;OID=.;OPOS=21205192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:12:16:0:0 chr13 21356650 . T A 676.55 PASS AF=0.45625;AO=72;DP=159;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0141622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.914;QD=16.9137;RBI=0.0329389;REFB=-0.00980049;REVB=-0.029739;RO=87;SAF=29;SAR=43;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102899;STB=0.552224;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0184529;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:87:87:72:73:0.45625:43:29:44:43:43:30:44:43 chr13 21358061 . A G 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00309019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8063;QD=22.5854;RBI=0.00392498;REFB=0.0200508;REVB=0.00241996;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.592415;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00578625;OID=.;OPOS=21358061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:3:3:8:3:3:3 chr13 21547317 . T C 143.65 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00174621;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.667;QD=22.0999;RBI=0.00844316;REFB=-0.0205118;REVB=0.00826061;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00912176;STB=0.505148;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0177221;OID=.;OPOS=21547317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:27:26:11:11:15:15:0.576923:8:7:5:6:8:7:5:6 chr13 21562832 . C T 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00524382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.445;QD=59.425;RBI=0.0409834;REFB=0.0740164;REVB=0.0406465;RO=1;SAF=27;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170712;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000442492;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:15:27:1:0:15:27:1:0 chr13 21562948 . G A 78.86 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0186389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.8;QD=15.0207;RBI=0.0299649;REFB=-0.043312;REVB=0.0234625;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406606;STB=0.523762;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0576208;OID=.;OPOS=21562948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:6:5:5:5:6:5 chr13 21620085 . T C 712.21 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00564826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.808;QD=58.1395;RBI=0.0197476;REFB=-0.150369;REVB=0.0189226;RO=2;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031325;STB=0.51666;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00101031;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:49:2:2:46:47:0.959184:29:17:0:2:29:18:0:2 chr13 21714920 . G A 83.07 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00688188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.348;QD=9.49423;RBI=0.0108535;REFB=-0.00800518;REVB=-0.00839281;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141068;STB=0.584958;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0226745;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:8:16:6:5:8:16 chr13 21720956 . C T 300.37 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0283803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9033;QD=30.807;RBI=0.02839;REFB=-0.00949176;REVB=-0.000741471;RO=13;SAF=14;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093201;STB=0.551142;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00237025;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:12:14:5:8:12:14:5:8 chr13 21732094 . C T 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00363061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.511;QD=59.0424;RBI=0.0096113;REFB=-0.0096103;REVB=-0.0088992;RO=1;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164662;STB=0.508768;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000254735;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:28:13:0:1:28:13:0:1 chr13 21751528 . A AC 229.04 PASS AF=1;AO=27;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197568;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.62584;QD=20.8221;RBI=0.197783;REFB=0;REVB=-0.00921721;RO=13;SAF=4;SAR=23;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00888471;OID=.;OPOS=21751529;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:44:44:44:0:10:34:0:0:4:13:4:23:5:8 chr13 21752154 . G A 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.903;QD=59.0151;RBI=0.00480225;REFB=0;REVB=0.00428566;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64562e-05;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr13 22275394 . A G 1190.88 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0147942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.769;QD=58.0916;RBI=0.0413957;REFB=-0.0896629;REVB=0.0386619;RO=3;SAF=32;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423298;STB=0.514702;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000565772;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:3:2:79:80:0.97561:47:32:3:0:47:33:2:0 chr13 22275583 . G A,T 789.65 PASS AF=0.982456,0.0175439;AO=54,2;DP=56;FAO=56,1;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473738,-0.00672102;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.203,129.82;QD=55.4137;RBI=0.00933512,0.00701645;REFB=0,0;REVB=0.00804373,0.00201457;RO=0;SAF=24,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00124306,0.0439593;OID=.,.;OPOS=22275583,22275583;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:57:0:0:54,2:56,1:0.982456,0.0175439:30,2:24,0:0:0:31,1:25,0:0:0 chr13 23253313 . T A,C 616.76 PASS AF=0.0465116,0.930233;AO=3,38;DP=42;FAO=2,40;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=0,24;FSAR=2,16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00462191,0.0188004;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.7844,127.854;QD=57.3727;RBI=0.0623761,0.0971229;REFB=-0.00668415,0.0400267;REVB=-0.0622046,0.0952859;RO=0;SAF=0,24;SAR=3,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.76123e-08;STB=0.993266,0.510199;STBP=0.232,0.51;TYPE=snp,snp;VARB=0.155241,0.00149904;OID=.,.;OPOS=23253313,23253313;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:42:43:0:1:3,38:2,40:0.0465116,0.930233:3,14:0,24:0:0:2,16:0,24:1:0 chr13 23824783 . T G 1066.05 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0174;QD=58.4134;RBI=0.0473542;REFB=-0.0530493;REVB=0.0392128;RO=1;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129566;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00060401;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:36:36:0:1:36:36:0:1 chr13 23898509 . T C 1539.76 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.821;QD=58.6577;RBI=0.062341;REFB=-0.106813;REVB=0.0611113;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00080288;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:44:60:0:0:44:60:1:0 chr13 23898664 . A G 1029.75 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0630862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.778;QD=58.0142;RBI=0.0639177;REFB=-0.138144;REVB=-0.0102768;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000513075;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:40:30:0:0:40:30:0:1 chr13 23907677 . C T 1080.09 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.192;QD=60.0049;RBI=0.0493865;REFB=0;REVB=0.0400377;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78736e-05;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr13 23908034 . A G 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1468;QD=63.8684;RBI=0.0419036;REFB=0;REVB=0.0307065;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414117;OID=.;OPOS=23908034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr13 23911748 . C T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0113398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.555;QD=9.83029;RBI=0.0123146;REFB=-0.00762065;REVB=0.0048019;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305305;STB=0.681923;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0181196;OID=.;OPOS=23911748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:7:5:18:8:7:5:18:8 chr13 23913827 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0248834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.667;QD=10.7538;RBI=0.033292;REFB=-0.0252185;REVB=-0.0221173;RO=26;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433429;STB=0.759595;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.045946;OID=.;OPOS=23913827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:3:10:10:16:3:10:10:16 chr13 23985391 . T C 1184.54 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.694;QD=59.9768;RBI=0.0527478;REFB=0;REVB=0.0160722;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457045;OID=.;OPOS=23985391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:79:0:0:73:79:1:43:30:0:0:44:35:0:0 chr13 24167505 . T A 442.78 PASS AF=0.47;AO=43;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00868146;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.672;QD=17.7113;RBI=0.0241197;REFB=-0.0405757;REVB=-0.0225032;RO=41;SAF=26;SAR=17;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00471098;STB=0.554771;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0448295;OID=.;OPOS=24167505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:53:43:47:0.47:17:26:25:16:20:27:25:28 chr13 24234517 . A G 993.5 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386006;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4;QD=59.3136;RBI=0.0556592;REFB=0;REVB=-0.040099;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04599e-05;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr13 24243200 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0817201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.177;QD=44.6897;RBI=0.0906061;REFB=0;REVB=0.0391317;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120538;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr13 24411772 . T C 1043.99 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.913;QD=59.6568;RBI=0.0469683;REFB=0;REVB=0.041496;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79342e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:33:37:0:0 chr13 24465717 . A G 85.43 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0167794;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0374;QD=10.6787;RBI=0.0180392;REFB=-0.0207115;REVB=-0.00662308;RO=21;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604813;STB=0.871711;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0308368;OID=.;OPOS=24465717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:32:21:21:11:11:0.34375:10:1:12:9:10:1:12:9 chr13 24465743 . A G 195.44 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566087;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.705;QD=48.8607;RBI=0.0568093;REFB=0;REVB=-0.0047693;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681459;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr13 24468704 . G A 444.71 PASS AF=0.345679;AO=56;DP=162;FAO=56;FDP=162;FR=.;FRO=106;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.0334079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8869;QD=10.9804;RBI=0.0484921;REFB=0.0127993;REVB=0.0351482;RO=105;SAF=29;SAR=27;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907009;STB=0.548597;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0239154;OID=.;OPOS=24468704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:105:106:56:56:0.345679:27:29:46:59:27:29:47:59 chr13 24468711 . G C 125.58 PASS AF=0.157233;AO=25;DP=160;FAO=25;FDP=159;FR=.;FRO=134;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=73;FWDB=-0.0163635;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.993;QD=3.15935;RBI=0.0281302;REFB=-0.00368984;REVB=-0.0228811;RO=133;SAF=14;SAR=11;SRF=62;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119312;STB=0.587637;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0291527;OID=.;OPOS=24468711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:133:134:25:25:0.157233:11:14:62:71:11:14:61:73 chr13 24468763 . T C 66.14 PASS AF=0.115108;AO=16;DP=139;FAO=16;FDP=139;FR=.;FRO=123;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=72;FWDB=0.000416471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.659;QD=1.90331;RBI=0.00817697;REFB=-0.00312221;REVB=-0.00816636;RO=121;SAF=7;SAR=9;SRF=51;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200504;STB=0.520636;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0213924;OID=.;OPOS=24468763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:139:139:121:123:16:16:0.115108:9:7:51:70:9:7:51:72 chr13 24471039 . T G 206.9 PASS AF=0.278846;AO=29;DP=104;FAO=29;FDP=104;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.00560258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.924;QD=7.95748;RBI=0.0332656;REFB=-0.00555951;REVB=-0.0327904;RO=72;SAF=14;SAR=15;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11388;STB=0.559959;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0183474;OID=.;OPOS=24471039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:72:75:29:29:0.278846:15:14:28:44:15:14:30:45 chr13 24471048 . C T 210.41 PASS AF=0.277778;AO=30;DP=106;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.0030357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.977;QD=7.79304;RBI=0.0192341;REFB=-0.0202625;REVB=-0.018993;RO=76;SAF=13;SAR=17;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644255;STB=0.536144;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.019865;OID=.;OPOS=24471048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:76:78:30:30:0.277778:17:13:29:47:17:13:30:48 chr13 24876752 . T C 231.91 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00822554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.747;QD=23.786;RBI=0.0239107;REFB=-0.0249339;REVB=-0.0224514;RO=18;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147786;STB=0.598835;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0276728;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:17:21:22:0.564103:15:6:8:10:16:6:8:9 chr13 24890157 . C T 250.99 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0206895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.807;QD=14.55;RBI=0.0224103;REFB=-0.0156265;REVB=-0.00861191;RO=40;SAF=19;SAR=9;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116334;STB=0.573266;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0201501;OID=.;OPOS=24890157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:40:40:28:29:0.42029:9:19:23:17:9:20:23:17 chr13 24890228 . A C 372.69 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00731332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.671;QD=25.7024;RBI=0.0138838;REFB=-0.0219394;REVB=-0.0118015;RO=19;SAF=24;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130548;STB=0.549972;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00817839;OID=.;OPOS=24890228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:19:22:36:36:0.62069:12:24:9:10:12:24:12:10 chr13 24895437 . G A 45.56 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.189;QD=26.0354;RBI=0.078904;REFB=-0.161725;REVB=0.0762766;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00859836;OID=.;OPOS=24895437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr13 24895559 . A G 138.08 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0325858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1516;QD=12.2733;RBI=0.0326436;REFB=-0.0200512;REVB=0.00194263;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01619;STB=0.529375;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0654071;OID=.;OPOS=24895559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:29:15:16:0.355556:8:7:13:14:9:7:14:15 chr13 24895684 . A G 773.01 PASS AF=0.920635;AO=57;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0258443;FXX=0.0307645;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.894;QD=49.0802;RBI=0.0266155;REFB=-0.0872559;REVB=0.00636062;RO=6;SAF=30;SAR=27;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252262;STB=0.522495;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0084342;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:63:63:6:5:57:58:0.920635:27:30:4:2:28:30:4:1 chr13 25000617 . C G 346.43 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0095927;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.373;QD=19.2459;RBI=0.0096635;REFB=0.00155745;REVB=0.0011676;RO=36;SAF=14;SAR=21;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310402;STB=0.662077;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00214439;OID=.;OPOS=25000617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:35:36:0.5:21:14:27:9:21:15:27:9 chr13 25008588 . A G 985.42 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7747;QD=58.8307;RBI=0.0400793;REFB=0;REVB=0.0305495;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347742;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr13 25008630 . A G 1063.72 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000104761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.054;QD=58.2858;RBI=0.0239037;REFB=-0.150078;REVB=0.0239035;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000690614;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:73:0:1:72:72:0.986301:32:40:0:0:32:40:1:0 chr13 25008903 . G T 330.51 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.928;QD=50.8472;RBI=0.0289512;REFB=-0.156068;REVB=0.0242572;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00176227;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:1:0:13:12:1:0 chr13 25009099 . A C 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7481;QD=57.7103;RBI=0.0457889;REFB=0;REVB=-0.0442955;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273151;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr13 25009297 . G T 221.96 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0105661;FXX=0.019996;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.8288;QD=18.1193;RBI=0.0129737;REFB=-0.0230099;REVB=0.00752829;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199506;STB=0.596331;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0188492;OID=.;OPOS=25009297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:27:22:22:0.44898:7:15:12:13:7:15:14:13 chr13 25009441 . C G 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0211563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.604;QD=20.3969;RBI=0.025336;REFB=-0.00768087;REVB=0.01394;RO=26;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501575;STB=0.518383;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0066839;OID=.;OPOS=25009441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:16:15:11:15:16:15:12:15 chr13 25009485 . C G 183.48 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0542284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7643;QD=17.9001;RBI=0.0547151;REFB=-0.00337618;REVB=0.00728118;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612775;STB=0.534847;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00250125;OID=.;OPOS=25009485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:9:13:10:9:9:13 chr13 25016008 . C T 799.15 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159156;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.016;QD=57.0819;RBI=0.0165738;REFB=0;REVB=0.00462416;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35785e-05;OID=.;OPOS=25016008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:29:25:0:0:30:26:0:0 chr13 25016092 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9256;QD=56.7052;RBI=0.0663906;REFB=0;REVB=0.0444041;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111069;OID=.;OPOS=25016092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr13 25020863 . G A 604.73 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.497;QD=60.4727;RBI=0.0175824;REFB=0;REVB=0.0119364;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76576e-05;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:22:18:0:0 chr13 25021200 . AG CA,CG 218.84 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,16;DP=18;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000381556,0.016279;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=101.586,168.715;QD=48.63;RBI=0.00163649,0.0531326;REFB=0,0;REVB=-0.00159138,0.0505773;RO=0;SAF=0,8;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0205698,0.00458362;OID=.,.;OPOS=25021200,25021200;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:18:18:0:0:2,16:2,16:0.111111,0.888889:2,8:0,8:0:0:2,8:0,8:0:0 chr13 25021211 . C T 203.8 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0185004;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.427;QD=37.055;RBI=0.0193003;REFB=-0.0358786;REVB=0.00549889;RO=4;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140822;STB=0.576842;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0177829;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:22:22:4:4:18:18:0.818182:11:7:0:4:11:7:0:4 chr13 25021245 . A G 290.12 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0152143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.221;QD=40.0162;RBI=0.104649;REFB=-0.0712695;REVB=-0.103537;RO=5;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131958;STB=0.571372;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0101769;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:29:29:5:5:24:24:0.827586:15:9:0:5:15:9:0:5 chr13 25027744 . A G 755.78 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308699;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8903;QD=57.0401;RBI=0.050833;REFB=0;REVB=0.0403861;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517169;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr13 25029218 . C T 835.81 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446461;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2226;QD=57.642;RBI=0.0520607;REFB=0;REVB=0.0267775;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611256;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr13 25265103 . A G 116.15 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0117091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.884;QD=11.3315;RBI=0.0261454;REFB=0.00381026;REVB=0.0233769;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324566;STB=0.697734;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00941606;OID=.;OPOS=25265103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:6:8:7:19:6:8:7:20 chr13 25265139 . T C 141.32 PASS AF=0.316667;AO=20;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0255884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5562;QD=9.42118;RBI=0.0696809;REFB=-0.0165975;REVB=-0.0648125;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143438;STB=0.626813;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0321843;OID=.;OPOS=25265139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:41:20:19:0.316667:9:11:16:22:8:11:16:25 chr13 25378476 . A G 265.15 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00623901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.347;QD=15.5968;RBI=0.0303426;REFB=-0.0342455;REVB=0.0296943;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059164;STB=0.547913;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.033766;OID=.;OPOS=25378476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:38:30:30:0.441176:14:16:17:19:14:16:17:21 chr13 25419176 . A G 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=32;FWDB=-0.0137888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2777;QD=14.4199;RBI=0.020314;REFB=0.0124929;REVB=0.0149174;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=5;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311531;STB=0.673363;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0119408;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:16:11:5:32:16:11:5:32 chr13 25428002 . C A 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0358443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7303;QD=13.454;RBI=0.0434536;REFB=-0.0283212;REVB=-0.0245642;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716086;STB=0.542293;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0337111;OID=.;OPOS=25428002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:5:10:8:3:5:10 chr13 25440318 . G A 63.21 PASS AF=0.321429;AO=10;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0512989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2798;QD=9.03044;RBI=0.0590743;REFB=-0.00984291;REVB=-0.0292951;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224862;STB=0.599771;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0271265;OID=.;OPOS=25440318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:10:9:0.321429:3:7:9:9:3:6:10:9 chr13 25460428 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.149;QD=56.9567;RBI=0.0466696;REFB=0;REVB=0.0176801;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84821e-05;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr13 25466955 . T C 524.42 PASS AF=0.826923;AO=43;DP=52;FAO=43;FDP=52;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0254162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.38;QD=40.3397;RBI=0.0360461;REFB=-0.0201246;REVB=0.0255606;RO=6;SAF=29;SAR=14;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858639;STB=0.543908;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000361335;OID=.;OPOS=25466955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:6:9:43:43:0.826923:14:29:2:4:14:29:4:5 chr13 25487103 . T C 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.134;QD=57.1745;RBI=0.0315506;REFB=0;REVB=0.0303996;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140126;OID=.;OPOS=25487103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr13 25542441 . G A 939.73 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=57;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0625717;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.5938;QD=50.7963;RBI=0.106712;REFB=-0.108191;REVB=0.0864417;RO=5;SAF=13;SAR=56;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809304;STB=0.567143;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0114732;OID=.;OPOS=25542441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:74:74:5:5:69:69:0.932432:56:13:3:2:57:12:4:1 chr13 25802676 . A G 136.43 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00963447;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.616;QD=16.5372;RBI=0.0135628;REFB=-0.00698791;REVB=0.009546;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155927;STB=0.610954;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00341444;OID=.;OPOS=25802676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:18:15:15:0.454545:11:4:7:10:11:4:8:10 chr13 25825889 . T C 519.8 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0605314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0249;QD=23.1021;RBI=0.0605478;REFB=0.0137183;REVB=0.00141225;RO=41;SAF=22;SAR=27;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231345;STB=0.626736;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0108879;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:27:22:30:11:27:22:30:11 chr13 25876011 . G A 528.09 PASS AF=0.474576;AO=55;DP=117;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=0.0205201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.7;QD=17.9013;RBI=0.0213879;REFB=-0.00916823;REVB=-0.00603061;RO=62;SAF=24;SAR=31;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128684;STB=0.575581;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0135835;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:62:62:55:56:0.474576:31:24:19:43:31:25:19:43 chr13 26273385 . G C 1045.94 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00903126;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5845;QD=59.768;RBI=0.0104217;REFB=0;REVB=-0.00520083;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421075;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:32:38:0:0 chr13 26518801 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0176878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.708;QD=10.1733;RBI=0.0258471;REFB=-0.0179035;REVB=0.0188472;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318047;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0208029;OID=.;OPOS=26518801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:3:6:2:4:3:6 chr13 26620777 . G A 355.65 PASS AF=0.614035;AO=34;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0137955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.301;QD=24.9582;RBI=0.026847;REFB=-0.0301262;REVB=-0.0230314;RO=22;SAF=23;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102529;STB=0.546409;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0219772;OID=.;OPOS=26620777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:34:35:0.614035:11:23:12:10:12:23:12:10 chr13 26620924 . G A 379.46 PASS AF=0.550725;AO=37;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00220357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.52;QD=21.9979;RBI=0.0175628;REFB=-0.0273339;REVB=0.017424;RO=31;SAF=23;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090124;STB=0.541155;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00990847;OID=.;OPOS=26620924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:37:38:0.550725:14:23:16:15:15:23:16:15 chr13 26620978 . G T 236.33 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.037438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5782;QD=15.7556;RBI=0.061569;REFB=-0.0162422;REVB=0.0488788;RO=33;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125926;STB=0.571374;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0224231;OID=.;OPOS=26620978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:9:18:18:15:9:18:18:15 chr13 27250823 . T C 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000552576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.279;QD=58.2361;RBI=0.0235441;REFB=0;REVB=0.0235376;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94133e-05;OID=.;OPOS=27250823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr13 27257004 . C T 724.64 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0222693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.49;QD=59.1539;RBI=0.0851734;REFB=-0.140774;REVB=0.0822106;RO=2;SAF=28;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761039;STB=0.504049;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00164272;OID=.;OPOS=27257004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:49:49:2:2:47:47:0.959184:19:28:1:1:19:28:1:1 chr13 27917812 . T C 120.36 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00722183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.147;QD=24.0713;RBI=0.0134904;REFB=-0.00754856;REVB=0.0113946;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118466;STB=0.566825;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00412315;OID=.;OPOS=27917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:5:8:3:4:5:8:3:4 chr13 28009920 . G C 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0116396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.252;QD=14.7941;RBI=0.0169225;REFB=-0.00208916;REVB=-0.0122838;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036135;STB=0.544505;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00321104;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:27:18:18:0.4:8:10:13:12:8:10:13:14 chr13 28121707 . G A 435.49 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00577417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.763;QD=21.2435;RBI=0.00799337;REFB=-0.000110614;REVB=-0.00552746;RO=39;SAF=14;SAR=28;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051244;STB=0.523955;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.000121035;OID=.;OPOS=28121707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:42:43:0.52439:28:14:11:28:29:14:11:28 chr13 28143229 . A G 253.02 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0589976;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2815;QD=12.9752;RBI=0.0590265;REFB=-0.0208692;REVB=0.00184747;RO=49;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615701;STB=0.528478;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0332493;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:49:48:30:30:0.384615:17:13:24:25:17:13:23:25 chr13 28367061 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.406;QD=33.4285;RBI=0.0237878;REFB=0;REVB=-0.00521002;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106647;OID=.;OPOS=28367061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr13 28367956 . C T 48.17 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0381241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3498;QD=12.8456;RBI=0.0417453;REFB=0.00891862;REVB=-0.0170067;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196457;STB=0.615099;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0093864;OID=.;OPOS=28367956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:1:7:5:2:1:7 chr13 28537242 . A C 717.56 PASS AF=1;AO=38;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156689;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.7588;QD=61.0686;RBI=0.132531;REFB=0;REVB=-0.131602;RO=0;SAF=32;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00178923;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:38:47:1:6:32:0:0:8:39:0:0 chr13 28537317 . G A 544.25 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0446206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.034;QD=57.2894;RBI=0.0693714;REFB=-0.0754415;REVB=0.0531167;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346573;STB=0.518508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00463273;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:0:1:13:24:0:1 chr13 28610183 . A G 762.6 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.566;QD=63.5503;RBI=0.0103517;REFB=0;REVB=0.00809955;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46026e-05;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr13 28624294 . G A 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.159;QD=61.0484;RBI=0.0507628;REFB=0;REVB=-0.0062976;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.0814e-05;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr13 28636084 . G A 966.91 PASS AF=0.957746;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00921794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.059;QD=54.4739;RBI=0.0101646;REFB=-0.167889;REVB=0.00428353;RO=1;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185257;STB=0.528293;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000876262;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:71:1:3:67:68:0.957746:25:42:0:1:25:43:0:3 chr13 28835527 . T C,TC 1314.22 PASS AF=0.0119048,0.988095;AO=4,80;DP=91;FAO=1,83;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=1,44;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425146,0.0100493;FXX=0.0561735;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=237.792,261.198;QD=62.5818;RBI=0.0071961,0.0108299;REFB=0,0;REVB=-0.00580595,-0.00403706;RO=7;SAF=3,42;SAR=1,38;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0448885,-0.0288679;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0189096,0.00050063;OID=.,.;OPOS=28835527,28835528;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:91:84:7:0:4,80:1,83:0.0119048,0.988095:1,38:3,42:5:2:0,39:1,44:0:0 chr13 28883061 . G A 350.0 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.483;QD=53.8456;RBI=0.0140397;REFB=0;REVB=0.0138057;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497558;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:15:11:0:0 chr13 28970915 . TCC TC,TCT 142.93 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,11;DP=13;FAO=1,12;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000624366,-0.0215334;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.8342,52.5159;QD=43.9783;RBI=0.0674459,0.096287;REFB=0,0;REVB=-0.067443,0.0938483;RO=0;SAF=1,5;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0146969,0.0054152;OID=.,.;OPOS=28970916,28970917;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0769231,0.923077:2,11:13:1,12:13:0:1,5:0,7:0:0:6:0:1,5:1,6:0:0 chr13 29274977 . T TA,TTA 110.41 PASS AF=0.472222,0;AO=11,5;DP=39;FAO=17,0;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6,0;FSAR=11,0;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00431865,-0.00305635;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=16.4256,22.6479;QD=12.2678;RBI=0.102647,0.140943;REFB=-0.0347398,0.0148205;REVB=-0.102556,-0.140909;RO=22;SAF=6,0;SAR=5,5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0503109,-0.678213;STB=0.538415,0.5;STBP=0.691,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0406754,-0.0105934;OID=.,.;OPOS=29274978,29274978;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222,0:11,5:39:17,0:36:19:6,0:11,0:8:11:99:22:6,0:5,5:11:11 chr13 29275102 . T A,C 436.96 PASS AF=0.121212,0.878788;AO=2,30;DP=32;FAO=4,29;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519353,0.010006;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.232,126.336;QD=52.9653;RBI=0.0264421,0.0109868;REFB=0,0;REVB=0.025927,-0.00453772;RO=0;SAF=1,9;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.010238,-0.00127017;OID=.,.;OPOS=29275102,29275102;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:32:33:0:0:2,30:4,29:0.121212,0.878788:1,21:1,9:0:0:2,20:2,9:0:0 chr13 29275129 . C T 165.99 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0205097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.738;QD=22.1317;RBI=0.0206617;REFB=-0.0107001;REVB=0.00250158;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233275;STB=0.615861;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00721372;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:11:6:8:4:11:6:8:5 chr13 29855847 . C T 496.44 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.031068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.788;QD=20.9025;RBI=0.0319378;REFB=0.000927397;REVB=-0.00740283;RO=47;SAF=23;SAR=25;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481602;STB=0.526629;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00135089;OID=.;OPOS=29855847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:25:23:20:27:25:23:20:27 chr13 29898768 . A C 145.81 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00195755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.281;QD=25.3589;RBI=0.00200429;REFB=-0.0486518;REVB=0.000430281;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140777;STB=0.578841;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0196942;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:9:6:5:3:9:6:5:3 chr13 30084173 . G A 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.543;QD=58.0601;RBI=0.0298698;REFB=0;REVB=0.0130125;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99078e-05;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr13 30087768 . C T 399.16 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0669801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6046;QD=53.2211;RBI=0.067898;REFB=-0.0757685;REVB=-0.0111264;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238907;STB=0.512812;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.029413;OID=.;OPOS=30087768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:19:10:0:1:19:10:0:1 chr13 30087778 . T A 473.31 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.738;QD=57.3712;RBI=0.0146801;REFB=0;REVB=0.0103454;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152076;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:22:10:0:0:23:10:0:0 chr13 30091714 . G A 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.699;QD=60.5464;RBI=0.0322879;REFB=0;REVB=0.0317604;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09136e-05;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr13 30091817 . AAG A,AA,AAC 1743.84 PASS AF=0.0887097,0.0645161,0.846774;AO=15,18,88;DP=126;FAO=11,8,105;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=10,7,35;FSAR=1,1,70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00094352,0.0460935,0.0558111;FXX=0;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=169.527,180.265,191.783;QD=56.2529;RBI=0.00791771,0.0467189,0.0563782;REFB=0,0,0;REVB=-0.0078613,-0.00761852,-0.00797665;RO=0;SAF=14,17,19;SAR=1,1,69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00476015,0.0184469,0.00399079;OID=.,.,.;OPOS=30091818,30091819,30091819;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0887097,0.0645161,0.846774:15,18,88:126:11,8,105:124:0:10,7,35:1,1,70:0:0:23:0:14,17,19:1,1,69:0:0 chr13 30107067 . G C 1534.46 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.878;QD=59.5906;RBI=0.0125843;REFB=0;REVB=0.00750947;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6919e-05;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:47:54:0:0:48:55:0:0 chr13 30339472 . C T 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00491896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6068;QD=21.8711;RBI=0.016255;REFB=0.00398575;REVB=-0.0154929;RO=23;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670451;STB=0.537286;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00244266;OID=.;OPOS=30339472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:10:18:13:10:10:18:13:10 chr13 30781111 . C A 175.52 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0630478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.986;QD=20.0599;RBI=0.0636824;REFB=-0.0234557;REVB=-0.00896808;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755876;STB=0.564786;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0469203;OID=.;OPOS=30781111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:17:17:18:0.514286:13:4:3:14:13:5:3:14 chr13 31036642 . C G 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.000675762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.168;QD=16.4434;RBI=0.0053032;REFB=-0.00117902;REVB=0.00525997;RO=27;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33279;STB=0.690795;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00276025;OID=.;OPOS=31036642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:14:6:17:10:14:6:17:10 chr13 31036681 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.275;QD=60.6087;RBI=0.0273886;REFB=0;REVB=0.00949184;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7436e-05;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr13 31287979 . G GTA 418.43 PASS AF=1;AO=27;DP=41;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387201;FXX=0.199943;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.329;QD=59.7753;RBI=0.057123;REFB=0;REVB=0.0419975;RO=13;SAF=9;SAR=18;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827337;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00209886;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:41:28:28:0:9:19:0:0:3:13:9:18:6:7 chr13 31287981 . G A 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0252073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4708;QD=7.2598;RBI=0.0433989;REFB=-0.0148114;REVB=-0.0353278;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185716;STB=0.615166;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0264723;OID=.;OPOS=31287981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:10:19:5:5:10:19 chr13 31480826 . CA C,CG 85.9 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=3,6;DP=9;FAO=3,6;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=3,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882776,0.0113123;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.6539,63.7756;QD=38.1783;RBI=0.0357399,0.0507241;REFB=0,0;REVB=0.0346325,0.0494466;RO=0;SAF=0,4;SAR=3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00903825,0.0066712;OID=.,.;OPOS=31480827,31480827;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.666667:3,6:9:3,6:9:0:0,4:3,2:0:0:13:0:0,4:3,2:0:0 chr13 31495834 . C A 491.11 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0823254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6973;QD=20.0454;RBI=0.0886154;REFB=-0.0120371;REVB=-0.0327906;RO=50;SAF=19;SAR=29;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205349;STB=0.613839;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.010008;OID=.;OPOS=31495834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:29:19:31:19:29:19:31:19 chr13 31728703 . T C 107.24 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0119637;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.747;QD=14.7911;RBI=0.017418;REFB=-0.010835;REVB=0.0126592;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262873;STB=0.505609;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0152189;OID=.;OPOS=31728703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:16:13:13:0.448276:5:8:9:5:5:8:10:6 chr13 31821240 . C T 980.84 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381375;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2699;QD=59.4449;RBI=0.0396341;REFB=0;REVB=-0.0107885;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375458;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr13 31821992 . T C 977.89 PASS AF=0.971831;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0372969;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.535;QD=55.0924;RBI=0.0441636;REFB=-0.170241;REVB=0.0236507;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.513154;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000949485;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:71:0:2:67:69:0.971831:32:35:0:0:32:37:2:0 chr13 31891746 . G A 1249.44 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.013;QD=60.2139;RBI=0.0325595;REFB=-0.129896;REVB=0.023681;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00198514;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:0:1:82:82:0.987952:52:30:0:0:52:30:1:0 chr13 31905557 . C T 707.79 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.230293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.303;QD=57.7786;RBI=0.269855;REFB=0;REVB=0.140666;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00751585;OID=.;OPOS=31905557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:25:22:0:0:26:23:0:0 chr13 32360547 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.331;QD=59.8394;RBI=0.023733;REFB=0;REVB=0.00611469;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21675e-05;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr13 32360583 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.079;QD=56.1914;RBI=0.0432045;REFB=0;REVB=0.0413026;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302418;OID=.;OPOS=32360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr13 32371361 . A G 2071.05 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299178;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.735;QD=62.2872;RBI=0.0301159;REFB=0;REVB=0.00344845;RO=0;SAF=63;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36555e-05;OID=.;OPOS=32371361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:132:133:1:69:63:0:0:69:64:0:0 chr13 32376718 . A G 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6937;QD=57.6763;RBI=0.0640342;REFB=0;REVB=0.0283497;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119726;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr13 32635267 . C T 397.68 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0109677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.661;QD=15.7496;RBI=0.0522244;REFB=-0.00833086;REVB=-0.0510597;RO=57;SAF=19;SAR=25;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147388;STB=0.582661;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0146042;OID=.;OPOS=32635267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:25:19:33:24:25:19:33:24 chr13 32660137 . T G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.926;QD=57.0007;RBI=0.0258218;REFB=0;REVB=0.0216334;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01061e-05;OID=.;OPOS=32660137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:38:16:0:0:38:16:0:0 chr13 32676114 . A G 75.16 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0190713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.115;QD=11.1344;RBI=0.0193468;REFB=-0.00122165;REVB=0.00325298;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194738;STB=0.629388;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00211043;OID=.;OPOS=32676114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:16:17:10:10:0.37037:5:5:5:11:5:5:5:12 chr13 32906729 . A C,T 733.18 PASS AF=0.963636,0.0181818;AO=52,2;DP=55;FAO=53,1;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21,1;FSAR=32,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211495,0.00495246;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=126.503,93.771;QD=53.3218;RBI=0.0269737,0.00511121;REFB=-0.124724,-0.0319815;REVB=0.0167416,0.00126396;RO=0;SAF=20,2;SAR=32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.00761e-08,0;STB=0.511624,0.5;STBP=0.284,1;TYPE=snp,snp;VARB=-1.72163e-05,0.0439697;OID=.,.;OPOS=32906729,32906729;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:55:55:0:1:52,2:53,1:0.963636,0.0181818:32,0:20,2:0:0:32,0:21,1:1:0 chr13 32913055 . A G 1041.84 PASS AF=1;AO=70;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.112;QD=57.0873;RBI=0.0523647;REFB=-0.0951833;REVB=0.0424356;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0039492;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:73:0:0:70:73:1:31:39:0:0:33:40:0:0 chr13 32915005 . G C 689.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4075;QD=62.6553;RBI=0.0213292;REFB=0;REVB=-0.0197271;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318591;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr13 32929387 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.423;QD=39.2059;RBI=0.0422733;REFB=0;REVB=-0.0173442;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639362;OID=.;OPOS=32929387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr13 33002130 . CGGGGGC CGGGGC,CGGGGCG 44.49 PASS AF=0.315789,0.0263158;AO=13,2;DP=40;FAO=12,1;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=2,0;FSAR=10,1;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0173212,-0.067104;FXX=0.0256345;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.5582,20.2333;QD=4.68278;RBI=0.124237,0.108052;REFB=-0.0972551,-0.0660046;REVB=-0.123023,-0.0846897;RO=23;SAF=1,1;SAR=12,1;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.551489,0.0618654;STB=0.729901,0.988695;STBP=0.079,0.46;TYPE=del,mnp;VARB=0.143379,0.0532662;OID=.,.;OPOS=33002131,33002135;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGGC,CGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789,0.0263158:13,2:40:12,1:38:25:2,0:10,1:11:14:43:23:1,1:12,1:10:13 chr13 33590851 . T C 418.89 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.736;QD=55.8516;RBI=0.0180923;REFB=0;REVB=-0.0174633;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162411;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:12:16:0:0:14:16:0:0 chr13 33627917 . T G 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0135175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.966;QD=25.7109;RBI=0.013891;REFB=-0.0133473;REVB=-0.00319938;RO=5;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646167;STB=0.509419;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00529556;OID=.;OPOS=33627917;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:5:6:13:13:0.684211:4:9:4:1:4:9:4:2 chr13 33635835 . T C 958.56 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.633;QD=57.2277;RBI=0.0215308;REFB=0.0400744;REVB=0.00252417;RO=1;SAF=27;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171769;STB=0.509088;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000213588;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:39:27:1:0:39:27:1:0 chr13 33678505 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0162042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.826;QD=18.8207;RBI=0.0461335;REFB=0.00434033;REVB=0.043194;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144193;STB=0.583186;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00278009;OID=.;OPOS=33678505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:6:4:3:9:6:4 chr13 33704290 . G A 519.85 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.00743546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.115;QD=18.2403;RBI=0.0129247;REFB=-0.0112925;REVB=0.0105718;RO=59;SAF=27;SAR=28;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126618;STB=0.570033;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0123417;OID=.;OPOS=33704290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:28:27:21:38:28:27:21:38 chr13 36246436 . T C 559.43 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.0125034;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.893;QD=18.9637;RBI=0.0125057;REFB=-0.0130825;REVB=-0.000237754;RO=60;SAF=24;SAR=34;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612253;STB=0.542773;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0133348;OID=.;OPOS=36246436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:60:60:58:58:0.491525:34:24:21:39:34:24:20:40 chr13 36348718 . G GAGT,T 417.04 PASS AF=0.330935,0.0431655;AO=43,6;DP=142;FAO=46,6;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=21,4;FSAR=25,2;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0114466,0.0352434;FXX=0.00714235;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=182.664,69.1084;QD=12.0011;RBI=0.0151793,0.0382131;REFB=-0.0162967,-0.00253814;REVB=-0.00996916,0.0147694;RO=89;SAF=19,4;SAR=24,2;SRF=38;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0176228,0.238643;STB=0.513035,0.707668;STBP=0.822,0.371;TYPE=ins,snp;VARB=0.0281075,-0.00887972;OID=.,.;OPOS=36348719,36348718;OREF=-,G;OALT=AGT,T;OMAPALT=GAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:139:89:87:43,6:46,6:0.330935,0.0431655:24,2:19,4:38:51:25,2:21,4:38:49 chr13 36385031 . G T 281.62 PASS AF=0.324561;AO=36;DP=113;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=0.0106167;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.611;QD=9.88122;RBI=0.0122491;REFB=0.00131825;REVB=-0.00610943;RO=50;SAF=16;SAR=20;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982356;STB=0.64338;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00272065;OID=.;OPOS=36385031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:50:77:36:37:0.324561:20:16:27:23:21:16:50:27 chr13 36402426 . A G 554.06 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00300125;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3369;QD=19.2716;RBI=0.0215037;REFB=-0.0172318;REVB=0.0212932;RO=54;SAF=30;SAR=28;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0011191;STB=0.504503;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00964585;OID=.;OPOS=36402426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:57:58:58:0.504348:28:30:28:26:28:30:30:27 chr13 36744910 . C T 1227.25 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0773293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.17;QD=61.3627;RBI=0.0804133;REFB=0;REVB=-0.0220565;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317968;OID=.;OPOS=36744910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr13 36801415 . C T 1792.31 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0594743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.509;QD=59.25;RBI=0.0605433;REFB=-0.0506371;REVB=0.0113268;RO=2;SAF=62;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00066072;STB=0.500348;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00115551;OID=.;OPOS=36801415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:2:2:119:119:0.983471:57:62:1:1:57:62:1:1 chr13 36828237 . T C 971.0 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.416;QD=58.8487;RBI=0.122047;REFB=0;REVB=0.105925;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172962;OID=.;OPOS=36828237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr13 36855375 . C T 595.12 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0518969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9343;QD=58.0605;RBI=0.0596594;REFB=0.0475114;REVB=0.0294272;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00216469;OID=.;OPOS=36855375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:1:0:19:21:1:0 chr13 36855405 . A G 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00608644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.58;QD=55.5183;RBI=0.0116779;REFB=-0.000208124;REVB=0.00996639;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301269;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=1.05921e-05;OID=.;OPOS=36855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:0:1:15:18:0:1 chr13 36857639 . T A,C 810.21 PASS AF=0.0175439,0.982456;AO=2,55;DP=57;FAO=1,56;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129329,0.0414911;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.585,93.0114;QD=56.8566;RBI=0.0243929,0.0977943;REFB=0,0;REVB=-0.0206822,0.0885563;RO=0;SAF=0,37;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.85968e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.167008,0.00134895;OID=.,.;OPOS=36857639,36857639;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:57:57:0:0:2,55:1,56:0.0175439,0.982456:2,18:0,37:0:0:1,19:0,37:0:0 chr13 36877978 . T C 231.77 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0232685;FXX=0.039984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=195.376;QD=38.6285;RBI=0.0588495;REFB=-0.0574729;REVB=0.0540541;RO=3;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398736;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240527;OID=.;OPOS=36877978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:25:24:3:4:20:20:0.833333:10:10:1:2:10:10:2:2 chr13 36886469 . T C 474.38 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0317154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.82;QD=55.8098;RBI=0.0641858;REFB=-0.185801;REVB=0.0558028;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526299;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00310418;OID=.;OPOS=36886469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:34:0:1:33:33:0.970588:24:9:0:0:24:9:1:0 chr13 36939688 . C T 908.65 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2828;QD=56.7905;RBI=0.0519014;REFB=0;REVB=-0.0473803;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289389;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:27:35:0:0:29:35:0:0 chr13 36939758 . A G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.952;QD=61.6951;RBI=0.0362175;REFB=0;REVB=0.0357316;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43565e-05;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr13 37269675 . C A 271.45 PASS AF=0.455882;AO=29;DP=70;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0148925;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3566;QD=15.9674;RBI=0.0166047;REFB=-0.0234796;REVB=-0.00734374;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253496;STB=0.632105;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0189666;OID=.;OPOS=37269675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:35:37:29:31:0.455882:16:13:7:28:16:15:9:28 chr13 37269835 . G A 1171.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.682;QD=60.8813;RBI=0.0392181;REFB=0;REVB=0.0161382;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013929;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr13 37271163 . C A 102.39 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00897227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5883;QD=17.8073;RBI=0.0125675;REFB=-0.0239816;REVB=-0.00880005;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321591;STB=0.518487;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.017148;OID=.;OPOS=37271163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:5:6:7:5:5:6 chr13 37271428 . GCA G 44.6 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.332963;HRUN=1;LEN=2;MLLD=122.731;QD=29.731;RBI=0.00857772;REFB=-0.038602;REVB=-0.00857772;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0117256;OID=.;OPOS=37271429;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:5:7:5:6:1:0:5:0:1:8:1:0:5:0:1 chr13 37372429 . T C 296.31 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0154518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5135;QD=49.3848;RBI=0.059916;REFB=-0.0178305;REVB=0.0578892;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342828;STB=0.518502;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0232385;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:10:13:1:0:10:13:1:0 chr13 37580139 . G A 902.51 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142773;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.201;QD=58.2263;RBI=0.0368295;REFB=0;REVB=0.0368018;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610438;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:35:27:0:0 chr13 37583831 . G A 419.99 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229319;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0131;QD=57.93;RBI=0.0253943;REFB=0;REVB=0.0109086;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245573;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr13 37625601 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.0882;QD=53.9105;RBI=0.027227;REFB=0;REVB=-0.0229667;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000532617;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr13 37679268 . G T 732.73 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152518;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5309;QD=61.0606;RBI=0.0495176;REFB=-0.037634;REVB=0.0471102;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51428;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00128881;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:0:1:47:47:0.979167:17:30:0:0:17:30:0:1 chr13 37679535 . G C 1135.26 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.327;QD=60.5473;RBI=0.0120436;REFB=0;REVB=0.00700615;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43156e-05;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:42:32:0:0:43:32:0:0 chr13 37679729 . C T 223.17 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0852007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.012;QD=49.5943;RBI=0.085201;REFB=0;REVB=-0.0002031;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123494;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:14:3:0:0:15:3:0:0 chr13 37679776 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.473;QD=40.7629;RBI=0.00142451;REFB=0;REVB=0.00142451;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83579e-06;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr13 38429073 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.552;QD=60.9772;RBI=0.0840355;REFB=0;REVB=0.064109;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706986;OID=.;OPOS=38429073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr13 38924083 . A T 2015.76 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166454;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.365;QD=61.55;RBI=0.0125105;REFB=0;REVB=0.0123993;RO=0;SAF=52;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386364;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:131:0:0:128:131:1:76:52:0:0:78:53:0:0 chr13 38924263 . T C 1807.67 PASS AF=0.975806;AO=120;DP=124;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0364934;FXX=0.0158718;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3983;QD=58.312;RBI=0.0637682;REFB=0.0115822;REVB=-0.0522935;RO=3;SAF=59;SAR=61;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733529;STB=0.503735;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.000274933;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:124:124:3:3:120:121:0.975806:61:59:1:2:62:59:1:2 chr13 38932207 . TA T,TT 152.05 PASS AF=0.277778,0.194444;AO=15,28;DP=81;FAO=10,7;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=2,4;FSAR=8,3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.014437,-0.0137648;FXX=0.199956;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.328,149.104;QD=16.8946;RBI=0.118263,0.104867;REFB=-0.00564859,-0.00497797;REVB=0.117378,0.10396;RO=32;SAF=8,23;SAR=7,5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0734819,0.397808;STB=0.764147,0.505602;STBP=0.053,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00671616,0.0236284;OID=.,.;OPOS=38932208,38932208;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778,0.194444:15,28:81:10,7:36:19:2,4:8,3:11:8:36:32:8,23:7,5:15:17 chr13 38933475 . G A,GA 49.62 PASS AF=0,0.148515;AO=7,22;DP=104;FAO=0,15;FDP=101;FR=.;FRO=86;FSAF=0,10;FSAR=0,5;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.0231355,-0.0144528;FXX=0.0194156;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=132.966,53.4318;QD=1.9653;RBI=0.0406314,0.0562354;REFB=-0.00745199,-0.0102627;REVB=-0.0334015,-0.0543464;RO=72;SAF=7,13;SAR=0,9;SRF=32;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.617115,0.18118;STB=0.5,0.662035;STBP=1,0.187;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.149225;OID=.,.;OPOS=38933475,38933476;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:104:101:72:86:7,22:0,15:0,0.148515:0,9:7,13:32:40:0,5:0,10:41:45 chr13 39262057 . G A 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.017;QD=62.0064;RBI=0.0280363;REFB=0;REVB=0.0191931;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63814e-05;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:54:30:0:0:54:30:0:0 chr13 39262435 . C G 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0165997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.491;QD=24.8183;RBI=0.0229501;REFB=-0.00418863;REVB=0.015848;RO=18;SAF=6;SAR=18;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904059;STB=0.549961;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00239445;OID=.;OPOS=39262435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:18:6:3:15:18:6:3:15 chr13 39263713 . GT G,GC 402.84 PASS AF=1,0;AO=10,15;DP=29;FAO=29,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114313,-0.0169044;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.5716,55.0614;QD=55.5645;RBI=0.0179358,0.285132;REFB=0,0;REVB=-0.013821,-0.28463;RO=0;SAF=8,2;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000212154,0.0432223;OID=.,.;OPOS=39263714,39263714;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:10,15:29:29,0:29:0:11,0:18,0:0:0:4:0:8,2:2,13:0:0 chr13 39264690 . T C 526.77 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00147045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.17;QD=56.9478;RBI=0.0146323;REFB=-0.0651254;REVB=0.0145582;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000642572;OID=.;OPOS=39264690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:22:13:1:0:22:14:1:0 chr13 39430313 . A AT 1010.74 PASS AF=1;AO=20;DP=116;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072466;FXX=0.0861995;HRUN=0;LEN=1;MLLD=142.227;QD=38.1413;RBI=0.0851704;REFB=0;REVB=0.0447513;RO=90;SAF=3;SAR=17;SRF=60;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609855;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000998508;OID=.;OPOS=39430314;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:116:106:106:0:65:41:0:0:22:90:3:17:60:30 chr13 39430314 . C G,T 1476.48 PASS AF=0.146552,0.793103;AO=17,89;DP=114;FAO=17,92;FDP=116;FR=.;FRO=7;FSAF=0,60;FSAR=17,32;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00209695,0.0068164;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=47.5432,187.033;QD=50.913;RBI=0.00271323,0.0265038;REFB=0.0447973,0.0382495;REVB=-0.00172176,0.0256122;RO=7;SAF=0,60;SAR=17,29;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.852394,-0.00630955;STB=0.999066,0.504853;STBP=0,0.767;TYPE=snp,snp;VARB=0.0215268,0.000972199;OID=.,.;OPOS=39430314,39430314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:87:114:116:7:7:17,89:17,92:0.146552,0.793103:17,29:0,60:5:2:17,32:0,60:5:2 chr13 39433579 . CT C 88.41 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0701129;FXX=0.0151492;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.102;QD=5.44073;RBI=0.193012;REFB=-0.0462588;REVB=0.179827;RO=37;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=24;SSEN=0.37037;SSEP=0;SSSB=0.374697;STB=0.726859;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.101738;OID=.;OPOS=39433580;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369231:24:66:24:65:41:17:7:14:27:88:37:17:7:13:24 chr13 39433606 . A G 268.39 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0116381;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.321;QD=16.0235;RBI=0.0286354;REFB=-0.0163544;REVB=-0.0261637;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010932;STB=0.500506;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0202348;OID=.;OPOS=39433606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:37:30:30:0.447761:17:13:16:20:17:13:16:21 chr13 39540589 . TC T 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00353419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.199;QD=19.6924;RBI=0.011099;REFB=-0.0227328;REVB=-0.0105213;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504917;STB=0.52828;STBP=0.7;TYPE=del;VARB=0.0242522;OID=.;OPOS=39540590;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509804:26:51:26:51:25:10:16:11:14:99:25:10:16:11:14 chr13 39544363 . G A 323.03 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0170845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.371;QD=19.2853;RBI=0.0384643;REFB=-0.00388826;REVB=0.0344619;RO=33;SAF=22;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122364;STB=0.568225;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00359294;OID=.;OPOS=39544363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:12:22:17:16:12:22:17:16 chr13 39584677 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0125859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.474;QD=14.6538;RBI=0.0152335;REFB=-0.0289386;REVB=-0.00858233;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323874;STB=0.687096;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0412835;OID=.;OPOS=39584677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:7:1:4:4:7:1 chr13 40229842 . A AG 59.2 PASS AF=0.483871;AO=10;DP=34;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0653372;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.81968;QD=7.63838;RBI=0.148338;REFB=0.00256306;REVB=-0.133174;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264681;STB=0.58109;STBP=0.404;TYPE=ins;VARB=-0.000665041;OID=.;OPOS=40229843;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:10:34:15:31:16:7:8:10:6:55:21:5:5:10:11 chr13 40229891 . G A 332.87 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0041385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4507;QD=19.0209;RBI=0.0569958;REFB=-0.0101606;REVB=0.0568454;RO=35;SAF=27;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245233;STB=0.63771;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0074347;OID=.;OPOS=40229891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:8:27:19:16:8:27:19:16 chr13 40229957 . T A 368.9 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0160461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.817;QD=16.9609;RBI=0.0257166;REFB=-0.0136535;REVB=-0.0200964;RO=46;SAF=29;SAR=10;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199823;STB=0.627805;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0337171;OID=.;OPOS=40229957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:48:39:39:0.448276:10:29:26:20:10:29:26:22 chr13 40230229 . C T 273.1 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0200154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0166;QD=15.172;RBI=0.0209916;REFB=-0.0299839;REVB=-0.00632686;RO=36;SAF=11;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630994;STB=0.506818;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0186639;OID=.;OPOS=40230229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:41:31:31:0.430556:20:11:15:21:20:11:15:26 chr13 40230294 . T C 703.16 PASS AF=0.465839;AO=75;DP=161;FAO=75;FDP=161;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.0125919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.473;QD=17.4699;RBI=0.0217027;REFB=-0.0398891;REVB=0.0176762;RO=86;SAF=22;SAR=53;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112053;STB=0.562317;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0381615;OID=.;OPOS=40230294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:86:86:75:75:0.465839:53:22:34:52:53:22:34:52 chr13 40238175 . C T 252.63 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0116233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.965;QD=17.4231;RBI=0.0128623;REFB=-0.0251549;REVB=-0.00550807;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598804;STB=0.533558;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0254669;OID=.;OPOS=40238175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:13:15:18:12:13:15:18:12 chr13 40298639 . A T 38.83 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.155201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.558;QD=11.094;RBI=0.256876;REFB=-0.143338;REVB=0.204689;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434081;STB=0.713847;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.159444;OID=.;OPOS=40298639;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:13:14:6:6:7:8:0.571429:4:3:6:0:4:4:6:0 chr13 41382711 . A T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.15;QD=58.1421;RBI=0.00592711;REFB=0;REVB=0.00573015;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03135e-06;OID=.;OPOS=41382711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr13 41705495 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.279;QD=60.2307;RBI=0.0872164;REFB=0;REVB=0.0859983;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298348;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr13 41706800 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.542;QD=61.3359;RBI=0.00519007;REFB=0;REVB=0.00260742;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11051e-06;OID=.;OPOS=41706800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr13 41834744 . C T 801.01 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4132;QD=57.2149;RBI=0.0524655;REFB=0;REVB=0.00589364;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678573;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr13 41897192 . G T 47.43 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.088621;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3826;QD=3.64874;RBI=0.0887247;REFB=-0.00184488;REVB=-0.00428878;RO=39;SAF=4;SAR=4;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141522;STB=0.549873;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0741525;OID=.;OPOS=41897192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:39:44:8:8:0.153846:4:4:24:15:3:5:25:19 chr13 41902939 . T C 554.85 PASS AF=0.95;AO=26;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0107669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7444;QD=55.4853;RBI=0.0478075;REFB=-0.00711713;REVB=-0.0465793;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504041;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00121746;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:0:2:26:38:0.95:13:13:0:0:16:22:1:1 chr13 42032572 . T C 322.38 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0429159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.461;QD=16.5322;RBI=0.0432153;REFB=-0.0286878;REVB=-0.00507859;RO=42;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235125;STB=0.507458;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0328966;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:15:20:23:19:15:20:24:19 chr13 42381889 . T C 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0108266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.54;QD=21.2933;RBI=0.0256735;REFB=-0.0194439;REVB=0.023279;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143548;STB=0.58058;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0201993;OID=.;OPOS=42381889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:15:10:14:11:15:10:14:11 chr13 42385446 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.000442439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.251;QD=13.9479;RBI=0.0198764;REFB=-0.00738946;REVB=-0.0198715;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505211;STB=0.529377;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0118013;OID=.;OPOS=42385446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:14:13:9:8:14:13 chr13 42734176 . C T 247.36 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.000131918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.218;QD=13.7422;RBI=0.000369154;REFB=-0.0158765;REVB=0.000344778;RO=42;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658703;STB=0.531228;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0224138;OID=.;OPOS=42734176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:43:29:29:0.402778:17:12:20:22:17:12:20:23 chr13 42772717 . G T 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00122845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.649;QD=23.0083;RBI=0.00503661;REFB=-0.00210295;REVB=0.0048845;RO=24;SAF=12;SAR=21;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762143;STB=0.542062;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00125202;OID=.;OPOS=42772717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:21:12:11:13:21:12:11:13 chr13 42793479 . G A 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0670434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.504;QD=12.4818;RBI=0.0670996;REFB=-0.00983748;REVB=-0.00274545;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153067;STB=0.590753;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00747322;OID=.;OPOS=42793479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:9:10:8:4:9:10 chr13 42803341 . T C 2059.06 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0475231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2561;QD=61.0091;RBI=0.0475902;REFB=0.0672982;REVB=-0.00252534;RO=2;SAF=58;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125054;STB=0.503267;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000162541;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:135:135:2:1:133:134:0.992593:75:58:0:2:76:58:0:1 chr13 42876103 . C T 122.73 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0174885;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.305;QD=14.8759;RBI=0.0336957;REFB=-0.0127702;REVB=0.028802;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219339;STB=0.634352;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0180274;OID=.;OPOS=42876103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:5:9:15:3:5:9:16:3 chr13 43469157 . G A 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.917;QD=63.5801;RBI=0.0393925;REFB=0;REVB=-0.0301197;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92015e-05;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr13 43469211 . G A 882.55 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.986;QD=57.8719;RBI=0.0123949;REFB=0;REVB=0.00938373;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02559e-05;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:25:35:0:0:26:35:0:0 chr13 43528113 . T G 165.44 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00994303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.222;QD=11.4098;RBI=0.0171371;REFB=-0.016652;REVB=-0.0139576;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342123;STB=0.696986;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0624824;OID=.;OPOS=43528113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:8:13:11:26:8:13:11:26 chr13 43597865 . A G 103.8 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0249125;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.51;QD=10.1268;RBI=0.0297813;REFB=-0.0297127;REVB=-0.0163186;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347068;STB=0.67128;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0723713;OID=.;OPOS=43597865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:12:13:0.317073:8:4:18:10:8:5:18:10 chr13 43788158 . G A 342.38 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0302889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.266;QD=21.3984;RBI=0.0304681;REFB=-0.0153072;REVB=-0.00329952;RO=28;SAF=12;SAR=22;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125748;STB=0.568226;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0111277;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:29:34:35:0.546875:22:12:14:14:22:13:15:14 chr13 45554013 . A G 291.29 PASS AF=0.525424;AO=23;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0367046;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=259.156;QD=19.7484;RBI=0.0378739;REFB=-0.0168114;REVB=0.00933832;RO=19;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638071;STB=0.633004;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0119586;OID=.;OPOS=45554013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:27:23:31:0.525424:15:8:8:11:22:9:15:12 chr13 45563464 . G C 742.63 PASS AF=0.454023;AO=79;DP=174;FAO=79;FDP=174;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.00763062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.818;QD=17.0718;RBI=0.0104306;REFB=-0.0129048;REVB=0.00711131;RO=94;SAF=30;SAR=49;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252827;STB=0.51768;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.014491;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:94:95:79:79:0.454023:49:30:38:56:49:30:39:56 chr13 45914701 . AGT AG,TAG 34.2 PASS AF=0.263158,0.105263;AO=5,3;DP=19;FAO=5,2;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3,0;FSAR=2,2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0184932,0.0501349;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,3;MLLD=15.6999,78.7771;QD=7.20012;RBI=0.0255006,0.0547693;REFB=-0.0496189,-0.0034031;REVB=-0.017558,-0.0220492;RO=11;SAF=4,0;SAR=1,3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.39117,-0.630413;STB=0.571141,0.994326;STBP=0.727,0.18;TYPE=del,mnp;VARB=0.101014,0.147066;OID=.,.;OPOS=45914703,45914701;OREF=T,AGT;OALT=-,TAG;OMAPALT=AG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:19:19:11:12:5,3:5,2:0.263158,0.105263:1,3:4,0:5:6:2,2:3,0:6:6 chr13 46067593 . G A 905.03 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0855572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0613;QD=55.6943;RBI=0.0885617;REFB=0.0999284;REVB=0.0228721;RO=1;SAF=16;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028594;STB=0.515147;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00167982;OID=.;OPOS=46067593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:47:16:1:0:48:16:1:0 chr13 46070396 . T C 236.29 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00233695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.634;QD=17.5027;RBI=0.013848;REFB=-0.0129584;REVB=0.0136493;RO=27;SAF=3;SAR=22;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283433;STB=0.686394;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0373547;OID=.;OPOS=46070396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:28:25:26:0.481481:22:3:8:19:23:3:9:19 chr13 46077381 . G A 207.05 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.467;QD=48.717;RBI=0.00757119;REFB=0;REVB=0.00737818;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44888e-05;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:4:12:0:0:4:13:0:0 chr13 46103935 . A G 615.81 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0566159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.468;QD=58.6486;RBI=0.0820201;REFB=-0.0705735;REVB=0.0593459;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00108568;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:19:22:0:0:19:22:0:1 chr13 46108853 . TG CA 976.11 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057226;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=2;MLLD=255.35;QD=59.1584;RBI=0.00887694;REFB=0;REVB=-0.00678616;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.76307e-05;OID=.;OPOS=46108853;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr13 46115731 . C A 824.68 PASS AF=0.9375;AO=59;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0458043;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3912;QD=51.5423;RBI=0.0688759;REFB=-0.0880632;REVB=0.0514378;RO=4;SAF=23;SAR=36;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137961;STB=0.506491;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00763597;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:64:64:4:4:59:60:0.9375:36:23:2:2:36:24:2:2 chr13 46137837 . T C 2319.77 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269003;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.896;QD=63.9935;RBI=0.0622052;REFB=0;REVB=0.0560879;RO=0;SAF=63;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76138e-06;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:145:0:0:145:145:1:82:63:0:0:82:63:0:0 chr13 46541673 . T A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.089;QD=57.2377;RBI=0.0225204;REFB=0;REVB=0.0186027;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97021e-05;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr13 46562935 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.709;QD=64.1537;RBI=0.0216223;REFB=0;REVB=0.00835246;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59906e-05;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr13 46629944 . A G 551.45 PASS AF=0.926829;AO=37;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0372523;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.018;QD=53.7998;RBI=0.0372971;REFB=-0.13031;REVB=0.00182761;RO=2;SAF=17;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519525;STB=0.538441;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00173588;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:41:41:2:3:37:38:0.926829:20:17:2:0:20:18:3:0 chr13 46641466 . A G 236.02 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0186761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.581;QD=13.2966;RBI=0.018776;REFB=-0.0221458;REVB=0.00193508;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281239;STB=0.527899;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0318599;OID=.;OPOS=46641466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:43:43:27:28:0.394366:15:12:18:25:15:13:18:25 chr13 46641481 . T C 1071.95 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.948;QD=58.7367;RBI=0.0518819;REFB=0;REVB=0.0332313;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122741;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:69:73:1:39:30:0:0:42:31:0:0 chr13 46648094 . C T 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.288;QD=19.9056;RBI=0.0183441;REFB=0.0108381;REVB=0.00229497;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105002;STB=0.558305;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0128708;OID=.;OPOS=46648094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:15:16:11:17:15:16:11:17 chr13 46656669 . A G 1679.2 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334578;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.599;QD=60.5116;RBI=0.0350833;REFB=0;REVB=0.010555;RO=0;SAF=43;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63972e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29355e-05;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:67:43:0:0:67:44:0:0 chr13 46700642 . G T 88.07 PASS AF=0.227273;AO=11;DP=62;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0171506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.281;QD=5.33783;RBI=0.0180118;REFB=0.000662523;REVB=-0.00550317;RO=49;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270423;STB=0.71073;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00182269;OID=.;OPOS=46700642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:62:66:49:51:11:15:0.227273:5:6:16:33:6:9:16:35 chr13 46708291 . T C 852.66 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0203206;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.991;QD=50.9052;RBI=0.0351196;REFB=-0.0152375;REVB=0.0286436;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145261;STB=0.508668;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.000288991;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:68:67:1:5:62:62:0.925373:30:32:1:0:30:32:2:3 chr13 46801792 . C T 394.48 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00530655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.504;QD=19.9735;RBI=0.0328199;REFB=-0.0172867;REVB=-0.0323881;RO=39;SAF=18;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560801;STB=0.531115;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0144661;OID=.;OPOS=46801792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:22:18:20:19:22:18:20:19 chr13 46801970 . A G 303.29 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0355516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.705;QD=25.8115;RBI=0.0399046;REFB=-0.0175356;REVB=0.0181235;RO=20;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724507;STB=0.540163;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0193002;OID=.;OPOS=46801970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:11:16:10:10:11:16:10:10 chr13 46840996 . A C 197.27 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0503705;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.418;QD=17.934;RBI=0.0574954;REFB=-0.0194461;REVB=-0.0277225;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334495;STB=0.680372;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0403522;OID=.;OPOS=46840996;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:24:20:20:0.454545:14:6:14:7:14:6:15:9 chr13 46844627 . C A 229.02 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0317399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1127;QD=16.0714;RBI=0.0320374;REFB=0.00125202;REVB=0.00435638;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195899;STB=0.519759;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00157369;OID=.;OPOS=46844627;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:31:25:26:0.45614:15:10:13:18:16:10:13:18 chr13 46935652 . C T 115.21 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0167694;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6955;QD=8.08466;RBI=0.0277153;REFB=-0.0165078;REVB=-0.0220664;RO=40;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178582;STB=0.599874;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0468469;OID=.;OPOS=46935652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:40:41:16:16:0.280702:6:10:19:21:6:10:20:21 chr13 46946157 . C T 818.1 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.329;QD=57.4102;RBI=0.0419373;REFB=0;REVB=0.0377749;RO=0;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32357e-05;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:42:13:0:0:43:14:0:0 chr13 46948612 . G C 34.36 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0529112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7219;QD=1.7623;RBI=0.0959384;REFB=-0.00512205;REVB=-0.0800287;RO=70;SAF=3;SAR=5;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129891;STB=0.600396;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0318462;OID=.;OPOS=46948612;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:70:70:8:8:0.102564:5:3:34:36:5:3:34:36 chr13 46948660 . A G 69.52 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.000623476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7044;QD=4.96563;RBI=0.00658229;REFB=-0.0242682;REVB=0.0065527;RO=45;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146877;STB=0.596829;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0742955;OID=.;OPOS=46948660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:8:3:17:28:8:3:17:28 chr13 46984623 . C A 33.62 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0348974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.575;QD=3.53938;RBI=0.059329;REFB=0.00489949;REVB=-0.0479803;RO=32;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538743;STB=0.538331;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0491077;OID=.;OPOS=46984623;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:2:4:20:12:2:4:20:12 chr13 47260054 . T C 898.51 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9321;QD=57.9685;RBI=0.0271148;REFB=0;REVB=-0.0270147;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204317;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr13 47273458 . G C 425.34 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0014164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.055;QD=21.5362;RBI=0.00526081;REFB=-0.00726315;REVB=-0.00506655;RO=34;SAF=28;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143855;STB=0.589242;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00548601;OID=.;OPOS=47273458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:37:42:42:0.531646:14:28:17:17:14:28:18:19 chr13 47279454 . A G 379.57 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0120592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.984;QD=16.6842;RBI=0.0274356;REFB=-0.0120496;REVB=-0.0246432;RO=50;SAF=23;SAR=17;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352144;STB=0.525921;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0183625;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:51:40:40:0.43956:17:23:27:23:17:23:27:24 chr13 47308109 . A G 2008.93 PASS AF=0.971631;AO=126;DP=142;FAO=137;FDP=141;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0259382;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.04;QD=56.9909;RBI=0.0274681;REFB=-0.207795;REVB=0.00903911;RO=4;SAF=62;SAR=64;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287698;STB=0.512985;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00144109;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:142:141:4:4:126:137:0.971631:64:62:0:4:75:62:0:4 chr13 47315984 . T C 760.64 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.093069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.346;QD=55.319;RBI=0.0969532;REFB=0;REVB=-0.0271677;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000945163;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:39:13:0:0:39:16:0:0 chr13 47354101 . C T 735.82 PASS AF=0.96;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.011078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2751;QD=58.8656;RBI=0.049359;REFB=0.0202238;REVB=0.0480998;RO=1;SAF=26;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177461;STB=0.51785;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00125825;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:50:1:2:47:48:0.96:21:26:1:0:21:27:2:0 chr13 47469940 . G A 439.51 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0127847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.795;QD=21.9755;RBI=0.0226668;REFB=-0.0109002;REVB=0.0187173;RO=36;SAF=24;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211798;STB=0.517152;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0082839;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:36:37:43:43:0.5375:19:24:21:15:19:24:22:15 chr13 47470824 . C T 305.73 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0142011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6984;QD=47.0359;RBI=0.0717585;REFB=-0.0653343;REVB=0.0703393;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040273;STB=0.503223;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00969977;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:26:1:2:24:24:0.923077:13:11:1:0:13:11:1:1 chr13 48033224 . G A 715.87 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930589;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.211;QD=63.6328;RBI=0.0122057;REFB=0;REVB=0.00789814;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000559623;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr13 48547467 . A T 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0899268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8061;QD=64.15;RBI=0.0899327;REFB=0;REVB=0.00103054;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118798;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr13 48611934 . G A 793.23 PASS AF=0.456522;AO=80;DP=181;FAO=84;FDP=184;FR=.;FRO=100;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.0164361;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.86;QD=17.244;RBI=0.0335015;REFB=-0.0225581;REVB=0.0291925;RO=95;SAF=46;SAR=34;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483133;STB=0.531405;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.029283;OID=.;OPOS=48611934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:184:95:100:80:84:0.456522:34:46:50:45:38:46:49:51 chr13 49070345 . C T 357.92 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0053578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.018;QD=22.3701;RBI=0.00996238;REFB=-0.0190535;REVB=-0.00839899;RO=28;SAF=16;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127699;STB=0.507038;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0160588;OID=.;OPOS=49070345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:20:16:12:16:20:16:12:16 chr13 49096022 . T C 120.27 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.00901716;FXX=0.0701631;HRUN=7;LEN=1;MLLD=120.498;QD=9.07667;RBI=0.0151398;REFB=-0.00446329;REVB=0.0121615;RO=36;SAF=9;SAR=7;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34539;STB=0.68402;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00969296;OID=.;OPOS=49096022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:36:37:16:16:0.301887:7:9:30:6:7:9:30:7 chr13 49107241 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.53;QD=50.4129;RBI=0.134653;REFB=0;REVB=-0.0372156;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145194;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr13 49794650 . C A 316.08 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0203531;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.789;QD=14.8743;RBI=0.0211248;REFB=-0.0287716;REVB=0.00565773;RO=50;SAF=12;SAR=23;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858958;STB=0.548778;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0286076;OID=.;OPOS=49794650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:50:50:35:35:0.411765:23:12:21:29:23:12:21:29 chr13 49840024 . A G 746.73 PASS AF=0.981818;AO=51;DP=53;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0354827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6698;QD=54.3075;RBI=0.0420083;REFB=0.00192596;REVB=0.0224871;RO=2;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209533;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000261246;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:55:2:1:51:54:0.981818:27:24:1:1:30:24:1:0 chr13 49866869 . G C 303.39 PASS AF=0.351852;AO=37;DP=111;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.000300776;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9934;QD=11.2367;RBI=0.00930645;REFB=-0.00269518;REVB=-0.00930159;RO=61;SAF=21;SAR=16;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652048;STB=0.523797;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00895864;OID=.;OPOS=49866869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:61:70:37:38:0.351852:16:21:31:30:16:22:38:32 chr13 49951142 . T C 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0168104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.605;QD=10.4387;RBI=0.0230164;REFB=-0.0104621;REVB=-0.0157215;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111237;STB=0.566825;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0289608;OID=.;OPOS=49951142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:13:14:8:5:13:14 chr13 49951193 . T C 101.37 PASS AF=0.264151;AO=13;DP=54;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00406992;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0147;QD=7.65044;RBI=0.0164712;REFB=-0.00216951;REVB=0.0159605;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222946;STB=0.669931;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0221235;OID=.;OPOS=49951193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:37:39:13:14:0.264151:6:7:13:24:6:8:13:26 chr13 50008301 . A G 250.67 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00774731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.027;QD=14.5317;RBI=0.00787682;REFB=0.000631249;REVB=0.00142249;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203891;STB=0.615307;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.000928067;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:13:16:14:26:13:16:14:26 chr13 50050620 . A G 231.63 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0477598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8728;QD=19.713;RBI=0.0492961;REFB=-0.017043;REVB=0.0122112;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117074;STB=0.574564;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0147926;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:12:11:8:15:12:11:8:16 chr13 50057097 . G A 291.5 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00663798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.056;QD=33.3145;RBI=0.020338;REFB=-0.00720481;REVB=-0.0192242;RO=10;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187424;STB=0.603006;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00393249;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:18:7:6:4:18:7:6:4 chr13 50057633 . A G 798.31 PASS AF=0.488095;AO=82;DP=170;FAO=82;FDP=168;FR=.;FRO=86;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.00713119;FXX=0.011764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.87;QD=19.0073;RBI=0.00719043;REFB=-0.034379;REVB=-0.000921097;RO=86;SAF=46;SAR=36;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00829324;STB=0.504573;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0327914;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:86:86:82:82:0.488095:36:46:49:37:36:46:49:37 chr13 50080847 . A G 187.6 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0829194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5715;QD=19.747;RBI=0.0904263;REFB=-0.0227101;REVB=-0.0360735;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787433;STB=0.554857;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0360934;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:11:8:6:12:11:8:6:13 chr13 50095052 . C T 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0154576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.569;QD=8.11461;RBI=0.0154879;REFB=-0.00129259;REVB=-0.000968851;RO=38;SAF=4;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318787;STB=0.703046;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00398784;OID=.;OPOS=50095052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:39:15:15:0.277778:11:4:20:18:11:4:21:18 chr13 50106550 . GA G 40.27 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.047774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.6334;QD=8.47749;RBI=0.0700102;REFB=0.0294926;REVB=0.0511769;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545324;STBP=0.752;TYPE=del;VARB=-0.0382907;OID=.;OPOS=50106551;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:6:19:7:19:12:4:3:6:6:40:12:3:3:6:6 chr13 50123622 . G C 1063.97 PASS AF=0.986667;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0489618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6855;QD=56.745;RBI=0.0621247;REFB=0.022037;REVB=0.038239;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133193;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0029571;OID=.;OPOS=50123622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:75:1:1:71:74:0.986667:35:36:0:1:35:39:0:1 chr13 50126382 . G A 191.57 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0996;QD=47.8927;RBI=0.144018;REFB=0;REVB=0.139808;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466246;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:6:8:0:0:8:8:0:0 chr13 50141345 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.345;QD=55.6558;RBI=0.0205391;REFB=0;REVB=0.0155654;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287761;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr13 50205025 . T C 214.53 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.023;QD=47.6729;RBI=0.0332606;REFB=0;REVB=0.0331876;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206419;OID=.;OPOS=50205025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:12:6:0:0 chr13 50206328 . G C,T 729.22 PASS AF=0.944444,0.037037;AO=47,2;DP=50;FAO=51,2;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30,0;FSAR=21,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296485,0.0115217;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.2368,54.7386;QD=54.0162;RBI=0.0357308,0.024003;REFB=-0.0783608,-0.196395;REVB=0.0199413,-0.0210569;RO=1;SAF=28,0;SAR=19,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.016502,-0.697199;STB=0.508194,0.993266;STBP=0.528,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.00161992,0.115509;OID=.,.;OPOS=50206328,50206328;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:50:54:1:1:47,2:51,2:0.944444,0.037037:19,2:28,0:1:0:21,2:30,0:1:0 chr13 50207133 . A G 267.29 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.918;QD=48.5986;RBI=0.0888022;REFB=-0.112582;REVB=-0.0303583;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341903;OID=.;OPOS=50207133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr13 50273831 . T C 289.14 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9305;QD=52.5702;RBI=0.0346482;REFB=0;REVB=0.0111421;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568574;OID=.;OPOS=50273831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:16:5:0:0:16:6:0:0 chr13 50273970 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1655;QD=56.1904;RBI=0.0461561;REFB=0;REVB=-0.0179306;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209342;OID=.;OPOS=50273970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr13 50283819 . T C 1198.51 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.93;QD=60.6838;RBI=0.0588108;REFB=0;REVB=0.0364737;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140438;OID=.;OPOS=50283819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:43:35:0:0:44:35:0:0 chr13 50296115 . C T 296.12 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6179;QD=51.4986;RBI=0.0252302;REFB=0;REVB=-0.0243695;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000807839;OID=.;OPOS=50296115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:23:0:0:21:23:1:4:17:0:0:7:16:0:0 chr13 50466990 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0298011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.213;QD=11.198;RBI=0.0425191;REFB=-0.00794493;REVB=0.0303277;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923577;STB=0.555459;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0441103;OID=.;OPOS=50466990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:7:15:9:3:7:15 chr13 50588494 . T C 47.54 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0216723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.176;QD=11.8849;RBI=0.0831052;REFB=-0.0276305;REVB=0.0802296;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757329;STB=0.54533;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.040589;OID=.;OPOS=50588494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:7:2:2:5:7:2 chr13 50588496 . T C 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2437;QD=47.8152;RBI=0.0581036;REFB=0;REVB=0.0321948;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209454;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr13 50591480 . T C 276.47 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451025;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.867;QD=52.66;RBI=0.185126;REFB=0;REVB=0.185071;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968116;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr13 50592459 . T C 230.74 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0256618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.562;QD=17.7494;RBI=0.0259332;REFB=-0.0211725;REVB=0.00374182;RO=26;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124224;STB=0.556918;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0265488;OID=.;OPOS=50592459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:11:14:18:8:11:14:18:9 chr13 51854893 . GGTTTTC GGTTT,GGTTTC,GTTTC 37.86 PASS AF=0,0.533333,0;AO=2,3,2;DP=15;FAO=0,8,0;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=0,4,0;FSAR=0,4,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00546455,0.0450346,-0.0415942;FXX=0;HRUN=4,4,2;LEN=2,1,2;MLLD=134.549,10.9196,19.8837;QD=10.0956;RBI=0.0151181,0.0627203,0.103958;REFB=-0.0106506,-0.17536,-0.0434375;REVB=0.0140959,-0.0436546,-0.0952737;RO=7;SAF=1,2,1;SAR=1,1,1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0720733,0.102358,-0.0720733;STB=0.5,0.53325,0.5;STBP=1,0.813,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.132541,0;OID=.,.,.;OPOS=51854898,51854895,51854894;OREF=TC,T,GT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GGTTT,GGTTTC,GTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.533333,0:2,3,2:15:0,8,0:15:7:0,4,0:0,4,0:4:3:28:7:1,2,1:1,1,1:4:3 chr13 52313195 . C T 255.66 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0104251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.743;QD=15.7328;RBI=0.0162136;REFB=-0.018843;REVB=-0.0124176;RO=36;SAF=6;SAR=23;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227795;STB=0.630038;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.028468;OID=.;OPOS=52313195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:23:6:14:22:23:6:14:22 chr13 52515354 . A G 957.08 PASS AF=1;AO=56;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672088;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.724;QD=58.8974;RBI=0.0717358;REFB=0;REVB=0.0250799;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224946;OID=.;OPOS=52515354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:56:65:1:34:22:0:0:40:25:0:0 chr13 52515982 . A AAC 772.3 PASS AF=0.833333;AO=55;DP=73;FAO=60;FDP=72;FR=.;FRO=12;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.00982614;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=2;MLLD=219.004;QD=42.9057;RBI=0.0286534;REFB=-0.0434393;REVB=0.0269159;RO=13;SAF=32;SAR=23;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988402;STB=0.558234;STBP=0.035;TYPE=ins;VARB=0.00707619;OID=.;OPOS=52515983;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:55:73:60:72:12:35:25:11:1:65:13:32:23:11:2 chr13 52523808 . C T 672.2 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.029;QD=62.5303;RBI=0.0527829;REFB=0;REVB=0.0281398;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151962;OID=.;OPOS=52523808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:19:21:0:0:21:22:0:0 chr13 52524488 . T C 648.35 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2058;QD=61.7472;RBI=0.0280004;REFB=0;REVB=-0.0197391;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.799e-06;OID=.;OPOS=52524488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:32:9:0:0:32:10:0:0 chr13 52544805 . C G 316.86 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00533129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9832;QD=15.2704;RBI=0.0257191;REFB=0.0198138;REVB=-0.0251605;RO=47;SAF=19;SAR=16;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105774;STB=0.500693;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0299533;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:48:35:35:0.421687:16:19:26:21:16:19:26:22 chr13 52548140 . A C 374.63 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00730874;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8418;QD=15.6094;RBI=0.0341383;REFB=-0.0152534;REVB=-0.0333468;RO=46;SAF=25;SAR=15;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016557;STB=0.574828;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0221219;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:46:56:40:40:0.416667:15:25:28:18:15:25:28:28 chr13 52603194 . G T 361.52 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0176515;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.735;QD=17.4226;RBI=0.018583;REFB=0.00157088;REVB=0.00580979;RO=44;SAF=15;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145873;STB=0.576067;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00157899;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:44:45:38:38:0.457831:23:15:24:20:23:15:24:21 chr13 52603775 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0136798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.754;QD=14.1694;RBI=0.062339;REFB=-0.0491949;REVB=-0.0608195;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122307;STB=0.545364;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0176648;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:5:5:7:4:5:5:7:5 chr13 52607169 . T C 95.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00775879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5265;QD=11.197;RBI=0.0231069;REFB=-0.0130525;REVB=0.0217653;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379651;STB=0.731268;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0268607;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:10:2:10:12:10:2:10:12 chr13 52718050 . C CT 61.41 PASS AF=0.45614;AO=20;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00104505;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.34567;QD=4.30982;RBI=0.122624;REFB=-0.0590745;REVB=-0.122619;RO=32;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995673;STB=0.536205;STBP=0.619;TYPE=ins;VARB=0.0352497;OID=.;OPOS=52718051;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45614:20:57:26:57:31:16:10:21:10:61:32:12:8:22:10 chr13 52971869 . G A 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-8.89723e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.35;QD=8.30583;RBI=0.0245326;REFB=-0.017303;REVB=0.0245325;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416015;STB=0.755988;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0234521;OID=.;OPOS=52971869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:17:18:8:8:0.307692:7:1:7:10:7:1:7:11 chr13 52971893 . G A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0329608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.937;QD=26.5695;RBI=0.0442369;REFB=0.0217953;REVB=0.0295041;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223563;STB=0.624791;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00197094;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:6:5:0:4:6:5:0:4 chr13 53035783 . T C 213.82 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0526684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5359;QD=45.0155;RBI=0.152143;REFB=-0.0276888;REVB=-0.142736;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0106058;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:1:0:9:9:1:0 chr13 53035925 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.446;QD=59.0162;RBI=0.136095;REFB=0;REVB=0.0150783;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480497;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr13 53050479 . G A 128.12 PASS AF=0.290323;AO=19;DP=63;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0280817;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.637;QD=8.26578;RBI=0.0326353;REFB=-0.00162712;REVB=-0.0166277;RO=43;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120107;STB=0.596671;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00481271;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:43:44:19:18:0.290323:10:9:16:27:9:9:16:28 chr13 53422553 . A G 581.81 PASS AF=0.975;AO=29;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000568333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0402;QD=58.1812;RBI=0.0679575;REFB=-0.177512;REVB=-0.0679552;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0111575;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:29:39:0.975:23:6:0:0:27:12:1:0 chr13 53608632 . C T 540.34 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.806;QD=60.0379;RBI=0.0262643;REFB=0;REVB=-0.00333525;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32258e-05;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:33:36:1:18:15:0:0:18:18:0:0 chr13 55748673 . T C 1631.0 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105996;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3011;QD=60.4076;RBI=0.0859627;REFB=0;REVB=0.0853067;RO=0;SAF=40;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552257;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:68:40:0:0:68:40:0:0 chr13 60240961 . C T 395.33 PASS AF=0.42;AO=41;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.050744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.062;QD=15.8133;RBI=0.0513576;REFB=-0.0142753;REVB=-0.00791492;RO=56;SAF=13;SAR=28;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00513818;STB=0.523512;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0198849;OID=.;OPOS=60240961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:58:41:42:0.42:28:13:18:38:29:13:20:38 chr13 60324979 . G A 317.4 PASS AF=0.421687;AO=33;DP=79;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0287612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8595;QD=15.2963;RBI=0.0298765;REFB=-0.0146974;REVB=-0.0080869;RO=46;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015575;STB=0.512795;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0157679;OID=.;OPOS=60324979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:46:48:33:35:0.421687:17:16:23:23:19:16:23:25 chr13 60385059 . T TATTAC 44.22 PASS AF=0.269231;AO=5;DP=28;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00349676;FXX=0;HRUN=7;LEN=5;MLLD=266.118;QD=6.80295;RBI=0.00376078;REFB=-0.009333;REVB=0.00138424;RO=21;SAF=1;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1954;STB=0.627577;STBP=0.53;TYPE=ins;VARB=0.0224046;OID=.;OPOS=60385060;OREF=-;OALT=ATTAC;OMAPALT=TATTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:5:28:7:26:19:3:4:5:14:44:21:1:4:7:14 chr13 61986918 . C A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0405263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5738;QD=11.953;RBI=0.042727;REFB=0.00139222;REVB=-0.0135356;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295637;STB=0.648983;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00390595;OID=.;OPOS=61986918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:5:3:7:3:5:3:7:4 chr13 64321070 . G C 167.51 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0330113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.159;QD=17.1805;RBI=0.0624837;REFB=-0.0562336;REVB=0.0530516;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204779;STB=0.565142;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0648051;OID=.;OPOS=64321070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:21:17:18:0.461538:13:4:9:13:13:5:8:13 chr13 64413292 . G C 146.99 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.005981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.096;QD=7.53815;RBI=0.0111194;REFB=-0.00301351;REVB=0.00937388;RO=56;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214126;STB=0.618706;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0284992;OID=.;OPOS=64413292;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:57:21:21:0.269231:11:10:17:39:11:10:18:39 chr13 64413296 . A G 211.01 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.00284082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.265;QD=9.92977;RBI=0.00497236;REFB=-0.00439809;REVB=-0.00408095;RO=58;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261797;STB=0.652068;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0140769;OID=.;OPOS=64413296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:58:27:27:0.317647:12:15:19:39:12:15:19:39 chr13 64413891 . T A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.328;QD=47.8222;RBI=0.00813125;REFB=0;REVB=0.00626346;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011659;OID=.;OPOS=64413891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr13 64413947 . A C 55.84 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00975054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.794;QD=10.6364;RBI=0.0215572;REFB=-0.00337753;REVB=0.019226;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413789;STB=0.76679;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00640319;OID=.;OPOS=64413947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:2:6:4:8:2:6:4:9 chr13 64415079 . TAGGGGGAG GTGAGGGGA,TACGGGGAG,TAGGGGAG,TGAGGGGAG 171.94 PASS AF=0,0.0273973,0.315068,0.164384;AO=3,4,28,5;DP=74;FAO=0,2,23,12;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=0,0,15,11;FSAR=0,2,8,1;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0446038,-0.0858233,-0.164558,-0.0271307;FXX=0.0135117;HRUN=1,5,5,1;LEN=9,1,1,2;MLLD=87.5999,23.0352,8.85562,62.5234;QD=9.42154;RBI=0.073374,0.132173,0.164631,0.0739321;REFB=-0.0130838,-0.0759969,-0.198616,-0.0226112;REVB=-0.0582602,-0.100519,0.00490194,-0.0687741;RO=25;SAF=3,1,18,4;SAR=0,3,10,1;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.611933,-0.188394,0.208655,0.454542;STB=0.5,0.994267,0.628629,0.894625;STBP=1,0.192,0.123,0.004;TYPE=mnp,snp,del,mnp;VARB=0,0.145695,0.18674,0.112538;OID=.,.,.,.;OPOS=64415079,64415081,64415081,64415080;OREF=TAGGGGGAG,G,G,AG;OALT=GTGAGGGGA,C,-,GA;OMAPALT=GTGAGGGGA,TACGGGGAG,TAGGGGAG,TGAGGGGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:70:74:73:25:36:3,4,28,5:0,2,23,12:0,0.0273973,0.315068,0.164384:0,3,10,1:3,1,18,4:10:15:0,2,8,1:0,0,15,11:16:20 chr13 64415176 . C T 64.01 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.0113656;FXX=0.0344709;HRUN=6;LEN=1;MLLD=129.63;QD=9.14439;RBI=0.0114003;REFB=-0.0106004;REVB=-0.000888798;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436167;STB=0.749641;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0334321;OID=.;OPOS=64415176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:1:18:6:3:1:18 chr13 64417500 . C G 386.72 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=0.0274319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.339;QD=20.9039;RBI=0.0310773;REFB=0.00181029;REVB=-0.0146045;RO=35;SAF=19;SAR=20;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274685;STB=0.650524;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00265868;OID=.;OPOS=64417500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:20:19:6:29:20:19:6:29 chr13 67800935 . G A 257.33 PASS AF=0.4;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00337853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.453;QD=13.7243;RBI=0.0140699;REFB=-0.00752551;REVB=-0.0136582;RO=45;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381872;STB=0.529392;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0281468;OID=.;OPOS=67800935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:29:30:0.4:19:10:17:28:20:10:17:28 chr13 67802339 . A T 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.76;QD=60.2547;RBI=0.0232799;REFB=0;REVB=0.0182613;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55896e-05;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:55:54:0:0:55:54:0:0 chr13 69267981 . T C 263.02 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0356278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.926;QD=47.8218;RBI=0.0356387;REFB=-0.0713812;REVB=0.000881463;RO=0;SAF=19;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98875e-08;STB=0.59989;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000595221;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:2:19:0:0:2:19:0:1 chr13 70275094 . C A 100.58 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.023511;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.648;QD=14.3682;RBI=0.0336238;REFB=-0.0142043;REVB=-0.0240373;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195548;STB=0.617454;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0140508;OID=.;OPOS=70275094;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:17:16:11:12:0.428571:5:6:6:11:5:7:6:10 chr13 70275129 . A C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00563945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.868;QD=21.2676;RBI=0.0088547;REFB=-0.0118;REVB=-0.00682659;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150576;STB=0.58452;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00910373;OID=.;OPOS=70275129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:4:10:9:8:4:10 chr13 70377107 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.663;QD=57.2361;RBI=0.0994726;REFB=0;REVB=0.0418087;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120691;OID=.;OPOS=70377107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr13 70377165 . C T 739.34 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.597;QD=55.7993;RBI=0.0311568;REFB=0;REVB=0.00968107;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7487e-05;OID=.;OPOS=70377165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:1:0:51:53:1:25:26:1:0:25:28:0:0 chr13 73280182 . T C 340.61 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.631;QD=54.4982;RBI=0.0541185;REFB=0;REVB=-0.0177432;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308179;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr13 73301655 . A C 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=333.847;QD=58.2429;RBI=0.0253616;REFB=-0.0175575;REVB=0.0193242;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000507169;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:20:19:0:1:20:19:0:1 chr13 73301728 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8501;QD=39.2068;RBI=0.0712471;REFB=0;REVB=0.0382029;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115604;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr13 73302261 . G A 120.93 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.100971;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.525;QD=13.8203;RBI=0.101247;REFB=-0.0135606;REVB=-0.00747324;RO=20;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112937;STB=0.57437;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0280802;OID=.;OPOS=73302261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:21:14:14:0.4:10:4:4:16:10:4:4:17 chr13 73329358 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00858499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.734;QD=20.2095;RBI=0.00883864;REFB=-0.00156121;REVB=-0.00210227;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309496;STB=0.675067;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000555912;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:8:2:8:5:8:2 chr13 73343039 . C T 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0248337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.374;QD=24.4919;RBI=0.0477368;REFB=-0.0204717;REVB=-0.0407688;RO=14;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189396;STB=0.618934;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0111009;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:14:15:21:21:0.583333:13:8:9:5:13:8:10:5 chr13 73349359 . G C 265.23 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0055237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.365;QD=15.602;RBI=0.0430943;REFB=-0.0209279;REVB=-0.0427389;RO=37;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157056;STB=0.581001;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0270378;OID=.;OPOS=73349359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:13:17:15:22:13:17:16:22 chr13 73369642 . A G 403.8 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.019235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0319;QD=22.1258;RBI=0.0287084;REFB=0.0145994;REVB=0.0213117;RO=32;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405478;STB=0.515854;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.0169207;OID=.;OPOS=73369642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:33:40:40:0.547945:22:18:16:16:22:18:16:17 chr13 73650112 . C A 374.36 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.843;QD=55.4607;RBI=0.0381435;REFB=0;REVB=0.0347351;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81558e-05;OID=.;OPOS=73650112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:7:18:0:0:7:20:0:0 chr13 73650117 . G A 410.68 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.33;QD=56.6451;RBI=0.0175742;REFB=0;REVB=0.0167803;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72391e-05;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr13 74518210 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.786;QD=47.8204;RBI=0.0337556;REFB=0;REVB=0.0329081;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610933;OID=.;OPOS=74518210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr13 74863339 . C A 770.9 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152087;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.887;QD=57.104;RBI=0.0254838;REFB=0;REVB=-0.020448;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80499e-05;OID=.;OPOS=74863339;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr13 74988714 . C T 1540.67 PASS AF=0.456583;AO=163;DP=358;FAO=163;FDP=357;FR=.;FRO=194;FSAF=115;FSAR=48;FSRF=117;FSRR=77;FWDB=-0.00406763;FXX=0.00279322;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.463;QD=17.2625;RBI=0.00456328;REFB=-0.038096;REVB=-0.00206831;RO=190;SAF=115;SAR=48;SRF=117;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100203;STB=0.563474;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0408355;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:357:190:194:163:163:0.456583:48:115:117:73:48:115:117:77 chr13 75814018 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000677707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.465;QD=52.6132;RBI=0.0317687;REFB=0;REVB=0.0317615;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43894e-05;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr13 75814349 . A T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00471453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.38;QD=20.1601;RBI=0.0112385;REFB=-0.0316837;REVB=0.0102018;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19337;STB=0.60857;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0218577;OID=.;OPOS=75814349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:3:11:9:7:3:11 chr13 75814384 . C T 132.43 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0130492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.825;QD=15.5795;RBI=0.0238455;REFB=-0.00590493;REVB=-0.0199581;RO=19;SAF=1;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578915;STB=0.756209;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0120099;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:13:1:9:10:13:2:9:10 chr13 75884216 . C T 788.49 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342327;FXX=0.0833194;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.136;QD=57.3446;RBI=0.0344592;REFB=0;REVB=-0.00394408;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00477006;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:53:55:1:30:23:0:0:31:24:0:0 chr13 75936519 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=353.6;QD=45.8068;RBI=0.0324945;REFB=0;REVB=0.0281922;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48953e-05;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr13 76055602 . G A 236.47 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0182836;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.02;QD=24.2532;RBI=0.0248719;REFB=-0.00479125;REVB=0.0168619;RO=14;SAF=8;SAR=13;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192333;STB=0.608932;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00256451;OID=.;OPOS=76055602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:14:17:21:22:0.564103:13:8:2:12:13:9:3:14 chr13 76055820 . G C 304.63 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0929192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5726;QD=17.9196;RBI=0.0946805;REFB=0.00890992;REVB=-0.0181775;RO=35;SAF=28;SAR=5;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162965;STB=0.592083;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0114828;OID=.;OPOS=76055820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:5:28:26:9:5:28:26:9 chr13 76124151 . C T 327.13 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0198646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4261;QD=17.6825;RBI=0.0759116;REFB=-0.0306442;REVB=-0.0732665;RO=39;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931785;STB=0.551971;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.026776;OID=.;OPOS=76124151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:20:15:13:26:20:15:13:26 chr13 76143572 . T C 161.32 PASS AF=0.472222;AO=18;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0213635;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9592;QD=17.924;RBI=0.0267725;REFB=0.00508831;REVB=-0.0161359;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533294;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00374442;OID=.;OPOS=76143572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:19:18:17:0.472222:8:10:10:8:7:10:10:9 chr13 76378459 . T C 2198.66 PASS AF=0.979167;AO=141;DP=145;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0137835;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.127;QD=61.0738;RBI=0.0225191;REFB=-0.224134;REVB=0.0178079;RO=3;SAF=65;SAR=76;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183963;STB=0.509676;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00147022;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:145:144:3:3:141:141:0.979167:76:65:0:3:76:65:0:3 chr13 76382100 . C T 238.73 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.851;QD=50.2587;RBI=0.0609646;REFB=0;REVB=0.0472915;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476419;OID=.;OPOS=76382100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chr13 76423248 . T C 557.76 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1962;QD=60.2981;RBI=0.0714319;REFB=0;REVB=0.0672593;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463961;OID=.;OPOS=76423248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:17:20:0:0 chr13 76457183 . T C 851.8 PASS AF=1;AO=51;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00725298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.826;QD=56.7865;RBI=0.0255063;REFB=0;REVB=0.0244533;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512919;OID=.;OPOS=76457183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:51:60:1:21:30:0:0:26:34:0:0 chr13 76709108 . G A 585.49 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.786;QD=60.05;RBI=0.0675596;REFB=0;REVB=0.05625;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534313;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:39:0:0:35:39:1:22:13:0:0:23:16:0:0 chr13 76709223 . C A 1363.54 PASS AF=0.967391;AO=54;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00284022;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.187;QD=59.2846;RBI=0.0773817;REFB=0.0297374;REVB=0.0773296;RO=0;SAF=50;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4218e-08;STB=0.519476;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00145621;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:92:92:0:3:54:89:0.967391:4:50:0:0:37:52:0:3 chr13 77458008 . C G 154.82 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0119631;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.06;QD=12.3853;RBI=0.0132437;REFB=-0.00552654;REVB=-0.00568147;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00769751;STB=0.504499;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00493081;OID=.;OPOS=77458008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:32:18:18:0.36:10:8:14:18:10:8:14:18 chr13 77522725 . GACTT G 185.32 PASS AF=0.359375;AO=22;DP=62;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00404533;FXX=0.0724533;HRUN=1;LEN=4;MLLD=247.355;QD=11.5828;RBI=0.00473176;REFB=-0.00801662;REVB=0.00245455;RO=38;SAF=5;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330603;STB=0.644782;STBP=0.104;TYPE=del;VARB=0.0171059;OID=.;OPOS=77522726;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.359375:22:62:23:64:41:6:17:19:22:99:38:5:17:19:19 chr13 77732073 . T G 463.97 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0183292;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.315;QD=16.4236;RBI=0.025164;REFB=-0.00262842;REVB=0.0172414;RO=61;SAF=26;SAR=25;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00156962;STB=0.503471;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00304278;OID=.;OPOS=77732073;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:61:62:51:51:0.451327:25:26:31:30:25:26:32:30 chr13 77751892 . C T 1018.21 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.013813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.253;QD=56.5673;RBI=0.0315318;REFB=-0.0214563;REVB=0.0283453;RO=1;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015007;STB=0.515621;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=6.42693e-05;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:31:39:0:1:31:39:0:2 chr13 78146301 . C T 1692.58 PASS AF=0.982759;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0703887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9805;QD=58.3649;RBI=0.0705408;REFB=-0.165984;REVB=-0.00462902;RO=1;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784829;STB=0.500608;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00305253;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:1:2:113:114:0.982759:60:53:0:1:61:53:1:1 chr13 78178550 . G A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4451;QD=60.6088;RBI=0.0956431;REFB=0;REVB=-0.0685063;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00220368;OID=.;OPOS=78178550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:30:8:0:0:30:8:0:0 chr13 78477674 . A G 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00520687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.981;QD=57.1732;RBI=0.0373033;REFB=0;REVB=-0.0369381;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7438e-05;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr13 78521890 . C A 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0999744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.163;QD=46.8462;RBI=0.101047;REFB=0;REVB=0.0146827;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127079;OID=.;OPOS=78521890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr13 79174091 . T A 618.99 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239935;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.047;QD=61.8986;RBI=0.0279219;REFB=0;REVB=0.0142809;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489356;OID=.;OPOS=79174091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr13 79188534 . T A 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.571;QD=56.6223;RBI=0.0168436;REFB=0.0735428;REVB=0.00906873;RO=1;SAF=37;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012593;STB=0.506665;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=3.19445e-05;OID=.;OPOS=79188534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:26:37:1:0:26:37:1:0 chr13 79194750 . TGA T 356.81 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163468;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.916;QD=54.8943;RBI=0.0311825;REFB=0;REVB=0.0265542;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.03996e-05;OID=.;OPOS=79194751;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:26:26:26:0:10:16:0:0:4:0:10:15:0:0 chr13 79940811 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.446;QD=55.6544;RBI=0.0102726;REFB=0;REVB=0.0096582;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67987e-05;OID=.;OPOS=79940811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr13 80910786 . C A 374.68 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0787449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1369;QD=49.957;RBI=0.087326;REFB=-0.123583;REVB=-0.0377503;RO=2;SAF=6;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507935;STB=0.527377;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00660266;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:22:6:1:1:22:6:1:1 chr13 80910851 . A C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00861308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.808;QD=15.2931;RBI=0.00868083;REFB=-0.00115473;REVB=0.00108247;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946172;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00147903;OID=.;OPOS=80910851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:5:4:5:4:5:4 chr13 80911525 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00720648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.058;QD=21.0649;RBI=0.0112585;REFB=-0.0272516;REVB=0.00864992;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148268;STB=0.583264;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0261661;OID=.;OPOS=80911525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:14:10:14:10:14:10 chr13 84453942 . CTTT CCTT,CTTA,CTT 48.15 PASS AF=0.0645161,0,0.354839;AO=2,2,10;DP=31;FAO=2,0,11;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=2,0,10;FSAR=0,0,1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.047715,-0.0460899,-0.0634229;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=23.147,55.6143,13.0736;QD=6.21242;RBI=0.0546684,0.0585765,0.0940496;REFB=-0.0937427,-0.0542773,-0.156437;REVB=-0.0266816,-0.0361515,-0.0694468;RO=17;SAF=2,1,9;SAR=0,1,1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.309735;SSSB=0.540081,0.0291305,0.552169;STB=0.995035,0.5,0.858608;STBP=0.172,1,0.011;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.120863,0.0541943,0.181012;OID=.,.,.;OPOS=84453943,84453945,84453943;OREF=T,T,T;OALT=C,A,-;OMAPALT=CCTT,CTTA,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0645161,0,0.354839:2,2,10:31:2,0,11:31:18:2,0,10:0,0,1:8:10:38:17:2,1,9:0,1,1:8:9 chr13 86367009 . C A 1128.58 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.311;QD=58.6277;RBI=0.127097;REFB=0;REVB=0.127083;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616853;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:77:0:0:70:77:1:34:36:0:0:40:37:0:0 chr13 86367973 . CTTTTTC CTTTTC,CTTTTCT,TCTTTTC 171.71 PASS AF=1,0,0;AO=9,2,6;DP=19;FAO=18,0,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0699423,-0.179417,-0.00567199;FXX=0.0526039;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=13.2778,5.00831,3.8054;QD=38.1581;RBI=0.0746515,0.18025,0.247841;REFB=0,0,0;REVB=0.0260947,0.0173185,-0.247776;RO=0;SAF=7,2,0;SAR=2,0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=-0.000962387,0,0;OID=.,.,.;OPOS=86367974,86367978,86367973;OREF=T,TC,CT;OALT=-,CT,TC;OMAPALT=CTTTTC,CTTTTCT,TCTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:18:0:0:9,2,6:18,0,0:1,0,0:2,0,6:7,2,0:0:0:8,0,0:10,0,0:0:0 chr13 86369120 . C T 589.19 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198656;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.011;QD=60.4293;RBI=0.0418201;REFB=0;REVB=0.0368005;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514899;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:24:15:0:0 chr13 88331241 . T TTGTA 48.6 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0612734;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=4;MLLD=277.991;QD=27.7734;RBI=0.0693452;REFB=-0.0122629;REVB=-0.0324704;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=0.00348071;OID=.;OPOS=88331242;OREF=-;OALT=TGTA;OMAPALT=TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:6:7:6:7:1:3:3:1:0:7:1:3:3:1:0 chr13 95034763 . G A 126.56 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.000526594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.944;QD=19.4714;RBI=0.0136926;REFB=-0.0300388;REVB=0.0136825;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00986172;STB=0.50561;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0328816;OID=.;OPOS=95034763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:7:5:6:8:7:5 chr13 95097956 . C T 203.19 PASS AF=0.378788;AO=26;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0279685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4651;QD=12.3143;RBI=0.0336641;REFB=-0.0180179;REVB=0.018736;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175972;STB=0.585297;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0274514;OID=.;OPOS=95097956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:26:25:0.378788:16:10:22:18:15:10:22:19 chr13 95264604 . C T 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.869;QD=55.6056;RBI=0.0318135;REFB=-0.0708243;REVB=0.025672;RO=1;SAF=14;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324978;STB=0.517235;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0042643;OID=.;OPOS=95264604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:44:14:1:0:44:14:1:0 chr13 95279505 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.434;QD=37.4885;RBI=0.0221524;REFB=0;REVB=-0.000961034;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85967e-05;OID=.;OPOS=95279505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr13 95280923 . A T 1541.23 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184465;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2923;QD=59.8534;RBI=0.0724882;REFB=0;REVB=0.0701018;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721978;OID=.;OPOS=95280923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:52:50:0:0:53:50:0:0 chr13 95672950 . A G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0316854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.428;QD=16.6271;RBI=0.0316854;REFB=-0.000234218;REVB=4.44127e-05;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162267;STB=0.592887;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.000577202;OID=.;OPOS=95672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:4:10:7:6:4:10 chr13 95673135 . C T 268.31 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00267335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7146;QD=16.5115;RBI=0.00696806;REFB=0.0106216;REVB=-0.00643483;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302168;STB=0.512999;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0124467;OID=.;OPOS=95673135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:35:30:30:0.461538:13:17:16:14:13:17:19:16 chr13 95673518 . T C 757.04 PASS AF=0.660194;AO=67;DP=103;FAO=68;FDP=103;FR=.;FRO=35;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00208523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.448;QD=29.3997;RBI=0.0211652;REFB=-0.018996;REVB=-0.0210623;RO=35;SAF=35;SAR=32;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113625;STB=0.563121;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0100278;OID=.;OPOS=95673518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:35:35:67:68:0.660194:32:35:12:23:32:36:12:23 chr13 95673938 . TA T,TG 1507.16 PASS AF=0.252525,0.747475;AO=23,73;DP=100;FAO=25,74;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=15,29;FSAR=10,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202358,-0.0159381;FXX=0.009999;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.759,138.79;QD=60.8953;RBI=0.0276316,0.0272748;REFB=0,0;REVB=0.0188154,0.0221335;RO=1;SAF=13,28;SAR=10,45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0342828,-0.0165924;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0239751,-0.0056295;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.252525,0.747475:23,73:100:25,74:99:0:15,29:10,45:0:0:99:1:13,28:10,45:1:0 chr13 95714976 . C T 195.18 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0171577;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.358;QD=14.1946;RBI=0.019639;REFB=-0.00799007;REVB=0.00955533;RO=33;SAF=16;SAR=7;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160199;STB=0.516054;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0105381;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:32:23:23:0.418182:7:16:23:10:7:16:23:9 chr13 95726541 . A G 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00201112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.905;QD=16.5334;RBI=0.0150322;REFB=-0.0144928;REVB=0.014897;RO=43;SAF=22;SAR=13;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271206;STB=0.65212;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0106559;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:13:22:15:28:13:22:15:28 chr13 95727780 . T C 458.75 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.000431553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8332;QD=23.5258;RBI=0.0293341;REFB=0.00250353;REVB=-0.0293309;RO=33;SAF=20;SAR=24;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210812;STB=0.620637;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00268589;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:34:44:44:0.564103:24:20:24:9:24:20:25:9 chr13 95858978 . T C 186.84 PASS AF=0.425532;AO=16;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0278546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.492;QD=15.9009;RBI=0.0361524;REFB=-0.0108206;REVB=-0.0230459;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332511;STB=0.650441;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.006926;OID=.;OPOS=95858978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:27:16:20:0.425532:12:4:11:8:15:5:13:14 chr13 95858996 . T C 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00227925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.919;QD=13.4591;RBI=0.0104847;REFB=-0.0135518;REVB=-0.0102339;RO=26;SAF=4;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25178;STB=0.64845;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0175825;OID=.;OPOS=95858996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:12:4:12:14:12:4:12:14 chr13 95859035 . C A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0520308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.226;QD=13.5767;RBI=0.0521627;REFB=-0.00224114;REVB=0.0037074;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228943;STB=0.635611;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00203641;OID=.;OPOS=95859035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:10:3:8:11:10:3:8:11 chr13 95861804 . A G 770.54 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0695278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.349;QD=55.0388;RBI=0.0726174;REFB=-0.0504388;REVB=0.0209565;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154549;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000901284;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:30:25:0:1:30:25:0:1 chr13 95988412 . T C 180.06 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0367926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.368;QD=23.233;RBI=0.0368716;REFB=-0.0153198;REVB=-0.00241243;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239703;STB=0.63366;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0203148;OID=.;OPOS=95988412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:3:10:8:10:3:10 chr13 96540141 . T C 3999.52 PASS AF=0.992337;AO=256;DP=258;FAO=259;FDP=261;FR=.;FRO=2;FSAF=128;FSAR=131;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0115015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7093;QD=61.2954;RBI=0.0236114;REFB=-0.0416017;REVB=0.0206207;RO=2;SAF=128;SAR=128;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00738978;STB=0.503876;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00188557;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:258:261:2:2:256:259:0.992337:128:128:2:0:131:128:2:0 chr13 96540143 . T C 4055.73 PASS AF=0.992424;AO=259;DP=262;FAO=262;FDP=264;FR=.;FRO=2;FSAF=132;FSAR=130;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00780441;FXX=0.00377344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.354;QD=61.4504;RBI=0.0593634;REFB=-0.115728;REVB=0.0588482;RO=1;SAF=129;SAR=130;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365309;STB=0.500029;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000157611;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:262:264:1:2:259:262:0.992424:130:129:0:1:130:132:1:1 chr13 96638636 . A C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.801;QD=63.0525;RBI=0.035028;REFB=0;REVB=0.0201691;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83239e-05;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr13 96821982 . G T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.738;QD=61.3364;RBI=0.0202838;REFB=0;REVB=0.0197508;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86062e-05;OID=.;OPOS=96821982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr13 97489457 . G A 952.4 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.967;QD=58.6092;RBI=0.00274206;REFB=0;REVB=-0.000551741;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30275e-06;OID=.;OPOS=97489457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr13 97639414 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.351;QD=57.1057;RBI=0.0225915;REFB=0;REVB=0.00295754;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21099e-05;OID=.;OPOS=97639414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr13 98645253 . A G 741.91 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0354108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.683;QD=60.5639;RBI=0.0573241;REFB=-0.107302;REVB=0.0450791;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200087;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00237412;OID=.;OPOS=98645253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:24:23:1:0:24:24:1:0 chr13 98829176 . T C 284.11 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.945;QD=51.6556;RBI=0.0465359;REFB=0;REVB=-0.0033104;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289445;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:17:4:0:0:17:5:0:0 chr13 98896776 . C T 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0121979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7789;QD=11.6237;RBI=0.0128249;REFB=0.0047386;REVB=0.00396101;RO=38;SAF=14;SAR=8;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158682;STB=0.590989;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0103587;OID=.;OPOS=98896776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:8:14:29:9:8:14:29:9 chr13 99088113 . C T 164.99 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0197941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3874;QD=14.0414;RBI=0.0251768;REFB=-0.0145317;REVB=-0.0155584;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185438;STB=0.60736;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0416656;OID=.;OPOS=99088113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:11:18:8:10:11:18 chr13 99100547 . T C 1339.59 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.105;QD=62.3063;RBI=0.00792755;REFB=0;REVB=0.00673472;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76518e-05;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:48:37:0:0:48:38:0:0 chr13 99324248 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.873;QD=33.4284;RBI=0.0124731;REFB=0;REVB=0.00524881;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616983;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr13 99324524 . T C 99.23 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0259616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5132;QD=14.7002;RBI=0.026762;REFB=-0.0383685;REVB=-0.00649644;RO=15;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124955;STB=0.512175;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0700461;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:15:15:11:12:0.444444:2:9:11:4:3:9:11:4 chr13 99356611 . CA TG 1937.32 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257902;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.275;QD=61.9941;RBI=0.0264108;REFB=0;REVB=-0.00569173;RO=0;SAF=46;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.18213e-05;OID=.;OPOS=99356611;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:78:46:0:0:79:46:0:0 chr13 99373505 . G C 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00134994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.915;QD=6.78757;RBI=0.0189707;REFB=-0.0163381;REVB=-0.0189226;RO=23;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079382;STB=0.550887;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0523757;OID=.;OPOS=99373505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:2:6:16:7:2:6:16:7 chr13 99447005 . T C 1501.43 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012036;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5222;QD=63.2179;RBI=0.0145394;REFB=0;REVB=0.00815652;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533827;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:93:95:1:48:45:0:0:49:46:0:0 chr13 99448441 . TG AG,GT 630.03 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=33,2;DP=41;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520162,0.00298437;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=157.222,132.298;QD=60.0028;RBI=0.0168519,0.018394;REFB=0,0;REVB=0.016029,0.0181502;RO=0;SAF=19,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.71297e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00168055,0.00635526;OID=.,.;OPOS=99448441,99448441;OREF=T,TG;OALT=A,GT;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:42:0:0:33,2:40,2:0.952381,0.047619:14,1:19,1:0:0:21,1:19,1:0:0 chr13 99853443 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4587;QD=47.8222;RBI=0.0763288;REFB=0;REVB=-0.0743445;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116541;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr13 100004108 . G A 75.09 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00955086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.731;QD=11.1249;RBI=0.0137132;REFB=-0.00238805;REVB=0.00984039;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432252;STB=0.76135;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00459993;OID=.;OPOS=100004108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:8:2:10:7:8:2:10:7 chr13 100188585 . A T 108.8 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.014951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.572;QD=24.178;RBI=0.0311597;REFB=-0.0273995;REVB=0.0273386;RO=5;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355891;STB=0.5384;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.018775;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:5:6:12:12:0.666667:3:9:4:1:3:9:5:1 chr13 100436131 . CAT AAC,C 1018.64 PASS AF=0.0422535,0.957746;AO=4,59;DP=68;FAO=3,68;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=3,34;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130529,0.0203244;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=165.207,192.455;QD=57.388;RBI=0.0161202,0.0261629;REFB=0,0;REVB=0.00945954,0.0164747;RO=0;SAF=4,28;SAR=0,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.070422,0.00256351;OID=.,.;OPOS=100436131,100436132;OREF=CAT,AT;OALT=AAC,-;OMAPALT=AAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:68:71:0:0:4,59:3,68:0.0422535,0.957746:0,31:4,28:0:0:0,34:3,34:0:0 chr13 100511247 . G A 303.27 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0465602;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.456;QD=14.6156;RBI=0.0468708;REFB=-0.0119243;REVB=0.00538702;RO=49;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181401;STB=0.602352;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0169334;OID=.;OPOS=100511247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:49:49:34:34:0.409639:17:17:16:33:17:17:16:33 chr13 100518580 . A G 984.82 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529127;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.806;QD=58.795;RBI=0.015512;REFB=0;REVB=-0.0145816;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590268;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:32:34:0:0:33:34:0:0 chr13 100537232 . T C 1265.51 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.574;QD=61.7324;RBI=0.0391264;REFB=0;REVB=0.0180453;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39099e-05;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:41:40:0:0:41:41:0:0 chr13 100741410 . C T 37.7 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0488011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.765;QD=9.42544;RBI=0.0498226;REFB=-0.0185209;REVB=0.0100372;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439445;STB=0.749521;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.065752;OID=.;OPOS=100741410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:0:10:5:1:0:10 chr13 100945533 . G A 345.12 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0156093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.251;QD=16.6322;RBI=0.0197875;REFB=-0.0282945;REVB=-0.0121612;RO=45;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00235037;STB=0.507488;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.041934;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:18:19:23:22:18:19:23:23 chr13 101278074 . T C 355.54 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2116;QD=54.6984;RBI=0.139999;REFB=0;REVB=0.0400344;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00605963;OID=.;OPOS=101278074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:21:26:1:13:8:0:0:14:12:0:0 chr13 101287365 . T C 539.33 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.901;QD=59.9255;RBI=0.00880807;REFB=0;REVB=0.00426608;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59496e-05;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:33:36:1:19:14:0:0:20:16:0:0 chr13 101320979 . T C 710.77 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.68;QD=61.806;RBI=0.0499789;REFB=0;REVB=0.00816922;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792973;OID=.;OPOS=101320979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:44:46:1:25:19:0:0:27:19:0:0 chr13 101720300 . T G 413.94 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0122446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.631;QD=19.0316;RBI=0.0223451;REFB=-0.00306714;REVB=0.0186915;RO=44;SAF=17;SAR=25;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109884;STB=0.567206;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00617844;OID=.;OPOS=101720300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:25:17:23:21:25:17:24:21 chr13 101735211 . G A 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0159347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.278;QD=24.3902;RBI=0.0164954;REFB=-0.0171017;REVB=0.00426426;RO=14;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127839;STB=0.571356;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0103993;OID=.;OPOS=101735211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:12:8:8:6:12:8:8:6 chr13 101736075 . A G 1140.95 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3963;QD=60.0499;RBI=0.0540915;REFB=0;REVB=-0.0540819;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300677;OID=.;OPOS=101736075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:31:43:0:0:32:44:0:0 chr13 101747984 . G A 149.0 PASS AF=0.34;AO=15;DP=48;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00133654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.192;QD=11.9196;RBI=0.0144701;REFB=0.00114278;REVB=0.0144082;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139867;STB=0.528812;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00197574;OID=.;OPOS=101747984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:33:33:15:17:0.34:8:7:15:18:10:7:15:18 chr13 101795317 . A C 125.84 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0469315;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8797;QD=16.2375;RBI=0.0469392;REFB=-0.00327624;REVB=-0.000851581;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281696;STB=0.678337;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.012658;OID=.;OPOS=101795317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:13:17:14:14:0.451613:6:8:3:10:6:8:4:13 chr13 101795422 . A G 226.99 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0273308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.448;QD=13.5518;RBI=0.0349475;REFB=-0.0106037;REVB=-0.0217796;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839576;STB=0.556012;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0176087;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:40:27:27:0.402985:16:11:19:20:16:11:20:20 chr13 102220193 . G T 650.15 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.79;QD=61.9191;RBI=0.0810062;REFB=0;REVB=0.0282402;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298422;OID=.;OPOS=102220193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:26:13:0:0:26:16:0:0 chr13 102366825 . A G 264.48 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0546479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5268;QD=13.0608;RBI=0.0649288;REFB=-0.00867497;REVB=-0.0350622;RO=48;SAF=25;SAR=6;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201619;STB=0.622881;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0162657;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:50:31:31:0.382716:6:25:32:16:6:25:33:17 chr13 102431351 . G C 896.34 PASS AF=0.915493;AO=64;DP=70;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00627806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.971;QD=50.4977;RBI=0.0201488;REFB=-0.0434152;REVB=0.0191458;RO=5;SAF=43;SAR=21;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110797;STB=0.516882;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00411026;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:70:71:5:6:64:65:0.915493:21:43:3:2:21:44:3:3 chr13 103275386 . T C 747.22 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.093722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8549;QD=62.2682;RBI=0.10047;REFB=0;REVB=0.0361993;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126363;OID=.;OPOS=103275386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:30:18:0:0 chr13 103339365 . A G 453.81 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.917;QD=55.0073;RBI=0.0147323;REFB=0.0501896;REVB=0.0094384;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000993893;OID=.;OPOS=103339365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:19:13:0:0:19:13:0:1 chr13 103346806 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019095;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=325.558;QD=52.6132;RBI=0.00465876;REFB=0;REVB=0.00424945;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19919e-06;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr13 103384824 . G A,T 672.29 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=41,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000775122,-0.0269085;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.447,94.3834;QD=61.1175;RBI=0.0244642,0.0271058;REFB=0,0;REVB=-0.0244519,-0.00326478;RO=0;SAF=23,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000594113,0.0309444;OID=.,.;OPOS=103384824,103384824;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:41,2:42,2:0.954545,0.0454545:18,2:23,0:0:0:19,2:23,0:0:0 chr13 103385015 . A G 1312.9 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189987;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.068;QD=61.7833;RBI=0.0655725;REFB=0;REVB=0.0627599;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160468;OID=.;OPOS=103385015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:85:0:0:77:85:1:38:39:0:0:45:40:0:0 chr13 103385299 . A C 528.62 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00114641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.904;QD=57.1477;RBI=0.00567597;REFB=-0.176035;REVB=0.00555899;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000267773;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:0:1:18:18:0:1 chr13 103385798 . T C 538.61 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.0675;QD=56.6957;RBI=0.0276381;REFB=-0.0423993;REVB=-0.0144469;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217573;STB=0.511105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0106077;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:35:37:0.973684:21:14:0:1:22:15:0:1 chr13 103386116 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.358;QD=55.6561;RBI=0.0878418;REFB=0;REVB=0.0377237;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653329;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr13 103386283 . A G 1631.98 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117624;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.252;QD=60.4438;RBI=0.0171829;REFB=0;REVB=0.0171426;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272952;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:107:108:1:49:58:0:0:50:58:0:0 chr13 103388220 . A G,T 743.06 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=51,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131285,0.0160419;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=251.291,204.895;QD=56.0799;RBI=0.0138582,0.0171185;REFB=0,0;REVB=0.00443764,0.00597479;RO=0;SAF=24,0;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00106491,0.00725343;OID=.,.;OPOS=103388220,103388220;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:51,2:51,2:0.962264,0.0377358:27,2:24,0:0:0:27,2:24,0:0:0 chr13 103391634 . C T 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.36;QD=43.478;RBI=0.0400653;REFB=0;REVB=-0.0270207;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43104e-05;OID=.;OPOS=103391634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr13 103394613 . T G 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00906992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.684;QD=33.4216;RBI=0.0588618;REFB=0;REVB=0.0581588;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00454398;OID=.;OPOS=103394613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr13 103394716 . T A,C 595.88 PASS AF=0.025,0.975;AO=2,38;DP=40;FAO=1,39;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962969,0.00771703;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.328,150.581;QD=59.5877;RBI=0.0191916,0.11145;REFB=0,0;REVB=0.0166009,0.111182;RO=0;SAF=0,35;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0610397,0.00179112;OID=.,.;OPOS=103394716,103394716;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:40:40:0:0:2,38:1,39:0.025,0.975:2,3:0,35:0:0:1,4:0,35:0:0 chr13 103395819 . C T 924.08 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.841;QD=56.8664;RBI=0.015933;REFB=-0.126266;REVB=0.00996433;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.506665;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000162181;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:37:27:0:0:37:27:0:1 chr13 103396716 . C G 902.71 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.456;QD=58.2394;RBI=0.0203078;REFB=0;REVB=0.014936;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06549e-06;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:41:20:0:0:42:20:0:0 chr13 103397583 . C G 871.21 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3951;QD=56.207;RBI=0.0107477;REFB=0.176067;REVB=0.00272074;RO=1;SAF=17;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269523;STB=0.514281;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0045503;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:44:17:1:0:44:17:1:0 chr13 103400083 . G A 632.16 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00354684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2908;QD=61.6741;RBI=0.00521742;REFB=0;REVB=0.0038264;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17067e-06;OID=.;OPOS=103400083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr13 103400729 . G A 304.92 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0953348;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.7119;QD=53.0288;RBI=0.0981736;REFB=0;REVB=0.0234377;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000892056;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:11:12:0:0 chr13 103402522 . C T 908.82 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.581;QD=56.801;RBI=0.040539;REFB=-0.0853301;REVB=0.02933;RO=1;SAF=33;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537451;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:1:0:63:64:1:30:33:1:0:30:34:0:0 chr13 103410782 . T C 264.17 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116508;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.411;QD=52.8342;RBI=0.117545;REFB=0;REVB=0.116966;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118195;OID=.;OPOS=103410782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr13 103410914 . A T 715.88 PASS AF=0.94;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0329125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.568;QD=57.2702;RBI=0.0335765;REFB=-0.0666351;REVB=0.00664412;RO=2;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034276;STB=0.508123;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00105876;OID=.;OPOS=103410914;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:50:2:3:46:47:0.94:25:21:1:1:25:22:1:2 chr13 103527848 . A AC 428.01 PASS AF=1;AO=6;DP=43;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271249;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=113.707;QD=43.898;RBI=0.0636697;REFB=0;REVB=0.0576027;RO=36;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238063;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00110993;OID=.;OPOS=103527849;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:43:39:39:0:13:26:0:0:8:36:3:3:11:25 chr13 103527849 . G C 394.54 PASS AF=0.794872;AO=31;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00359228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.282;QD=40.4654;RBI=0.0317858;REFB=-0.0192488;REVB=0.0315822;RO=7;SAF=10;SAR=21;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406334;STB=0.512187;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00761183;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:7:8:31:31:0.794872:21:10:3:4:21:10:3:5 chr13 103527930 . G C 313.28 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00809166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.283;QD=50.1253;RBI=0.0478214;REFB=-0.0775426;REVB=0.0471319;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00665117;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:9:15:1:0:9:15:1:0 chr13 103528337 . G A 825.18 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0265231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.574;QD=54.11;RBI=0.0274005;REFB=-0.0794546;REVB=0.00687826;RO=2;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277382;STB=0.514701;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0064179;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:33:26:0:2:33:26:0:2 chr13 103705044 . A C 951.69 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.021074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.715;QD=55.1706;RBI=0.0488455;REFB=-0.198832;REVB=0.0440655;RO=3;SAF=29;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884326;STB=0.501981;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00215774;OID=.;OPOS=103705044;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:3:2:66:67:0.971014:37:29:1:2:38:29:1:1 chr13 107144320 . G A 416.51 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0319783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.121;QD=19.6004;RBI=0.0323988;REFB=-0.0335744;REVB=-0.00520324;RO=42;SAF=24;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863354;STB=0.542353;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0350271;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:18:24:20:22:18:24:21:22 chr13 107145463 . G C 2107.95 PASS AF=1;AO=132;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511799;FXX=0.0289834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.3;QD=62.924;RBI=0.05216;REFB=0;REVB=0.0100639;RO=0;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77296e-05;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:132:134:1:68:64:0:0:67:67:0:0 chr13 108518444 . G A 434.47 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0134267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.856;QD=18.2936;RBI=0.0255263;REFB=-0.0172803;REVB=-0.0217098;RO=51;SAF=27;SAR=17;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158148;STB=0.588337;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0181734;OID=.;OPOS=108518444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:17:27:23:28:17:27:23:28 chr13 109472733 . G A 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.06598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7563;QD=16.0332;RBI=0.0661348;REFB=-0.00290426;REVB=0.00452244;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056272;STB=0.508395;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0019712;OID=.;OPOS=109472733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:28:20:20:0.416667:11:9:12:15:11:9:13:15 chr13 109661359 . C G 69.94 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00792316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.941;QD=6.66134;RBI=0.00967506;REFB=0.00139095;REVB=-0.00555251;RO=32;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839014;STB=0.55329;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0068105;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:6:4:15:17:6:4:15:17 chr13 109717928 . A C,G 143.06 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=2,10;DP=12;FAO=2,11;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=2,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010303,0.0186684;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.978,186.373;QD=44.0195;RBI=0.0103103,0.0211349;REFB=0,0;REVB=0.000388321,0.00990831;RO=0;SAF=0,4;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0745587,0.0103964;OID=.,.;OPOS=109717928,109717928;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:12:13:0:0:2,10:2,11:0.153846,0.846154:2,6:0,4:0:0:2,6:0,5:0:0 chr13 109779906 . C T 214.15 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0519148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9873;QD=12.0646;RBI=0.068687;REFB=-0.0133231;REVB=-0.0449752;RO=42;SAF=20;SAR=7;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230835;STB=0.636684;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0211723;OID=.;OPOS=109779906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:44:27:27:0.380282:7:20:23:19:7:20:24:20 chr13 109793177 . G A 60.2 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0127092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.277;QD=17.2001;RBI=0.0157523;REFB=-0.0387738;REVB=-0.00930645;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275654;STB=0.549882;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0276175;OID=.;OPOS=109793177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:4:6:7:8:0.571429:2:5:3:1:2:6:5:1 chr13 109793474 . T C 538.43 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4211;QD=59.825;RBI=0.0244659;REFB=0;REVB=-0.0196168;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16463e-05;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr13 109793720 . A C 2027.12 PASS AF=1;AO=128;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407528;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.555;QD=62.3729;RBI=0.0487923;REFB=0;REVB=0.026831;RO=0;SAF=46;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20604e-05;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:128:130:1:82:46:0:0:83:47:0:0 chr13 110408608 . C T 1156.6 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000238318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.916;QD=60.0833;RBI=0.0262441;REFB=0;REVB=-0.026243;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38419e-05;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:42:33:0:0:43:34:0:0 chr13 110435953 . A G 151.18 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0345909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.358;QD=20.1577;RBI=0.0350213;REFB=-0.028022;REVB=-0.00547378;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117832;STB=0.566585;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0479544;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:9:5:8:8:9:5 chr13 110436232 . G A 75.92 PASS AF=0.4;AO=8;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0215066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.484;QD=12.147;RBI=0.0220039;REFB=-0.0188701;REVB=0.00465154;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627332;STB=0.55091;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0336544;OID=.;OPOS=110436232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:13:15:8:10:0.4:7:1:2:11:9:1:2:13 chr13 110807727 . G A 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00588658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.532;QD=14.2608;RBI=0.00588743;REFB=-0.0314269;REVB=0.000100245;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453643;STB=0.748233;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0474147;OID=.;OPOS=110807727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:5:11:5:18:5:11:6:18 chr13 110819586 . G A 311.89 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0370334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.71;QD=14.1768;RBI=0.0378261;REFB=-0.0168638;REVB=0.00770325;RO=52;SAF=10;SAR=25;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385676;STB=0.723346;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0553521;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:53:35:35:0.397727:25:10:34:18:25:10:35:18 chr13 110839550 . T G 1058.44 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438011;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1434;QD=59.6304;RBI=0.0510118;REFB=0;REVB=0.026147;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371849;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:65:71:1:37:28:0:0:38:33:0:0 chr13 110843985 . T C 589.54 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.023502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.699;QD=57.5163;RBI=0.0394155;REFB=-0.142535;REVB=0.0316423;RO=1;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170496;STB=0.508768;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000688952;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:27:12:0:1:28:12:0:1 chr13 110850842 . A G 331.84 PASS AF=0.4;AO=33;DP=90;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0134749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.752;QD=13.9723;RBI=0.0191419;REFB=0.00172866;REVB=-0.0135956;RO=52;SAF=21;SAR=12;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00202289;STB=0.511237;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00193995;OID=.;OPOS=110850842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:95:52:57:33:38:0.4:12:21:33:19:14:24:35:22 chr13 110857823 . C T 220.54 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0168791;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.823;QD=16.039;RBI=0.0182369;REFB=-0.0171581;REVB=0.00690498;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283275;STB=0.659452;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0209316;OID=.;OPOS=110857823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:15:10:21:9:15:10:21:9 chr13 110857895 . A G 155.39 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00679345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.353;QD=14.4547;RBI=0.0107996;REFB=-0.0246196;REVB=-0.0083953;RO=21;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388901;STB=0.719844;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0195551;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:43:21:26:17:17:0.395349:13:4:13:8:13:4:15:11 chr13 110859069 . G C 458.94 PASS AF=0.46;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0697846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0452;QD=18.3574;RBI=0.0700428;REFB=-0.00229548;REVB=0.00600848;RO=53;SAF=23;SAR=23;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117931;STB=0.559974;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00238449;OID=.;OPOS=110859069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:53:54:46:46:0.46:23:23:20:33:23:23:21:33 chr13 110861785 . C G 784.38 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.196;QD=57.0458;RBI=0.0377399;REFB=0;REVB=0.0239542;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014375;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr13 110862303 . G A 136.16 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00979999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.966;QD=10.4735;RBI=0.0124194;REFB=-0.00312772;REVB=-0.00762897;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172053;STB=0.510192;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0137014;OID=.;OPOS=110862303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:8:9:18:17:8:9:18:17 chr13 110864225 . A T 714.84 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00109683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.706;QD=20.8713;RBI=0.00147925;REFB=-0.019063;REVB=-0.000992542;RO=67;SAF=29;SAR=41;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149296;STB=0.582144;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0182708;OID=.;OPOS=110864225;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:67:67:70:70:0.510949:41:29:39:28:41:29:39:28 chr13 111077197 . G A 2075.77 PASS AF=0.935897;AO=144;DP=154;FAO=146;FDP=156;FR=.;FRO=10;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0165051;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.138;QD=53.2248;RBI=0.0211973;REFB=-0.171229;REVB=0.0133006;RO=6;SAF=71;SAR=73;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121391;STB=0.518382;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00218654;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:154:156:6:10:144:146:0.935897:73:71:2:4:75:71:2:8 chr13 111082772 . G T 354.06 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0399238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8806;QD=13.8848;RBI=0.045531;REFB=-0.013405;REVB=-0.0218898;RO=59;SAF=19;SAR=22;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114178;STB=0.562319;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.024287;OID=.;OPOS=111082772;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:61:41:41:0.401961:22:19:21:38:22:19:22:39 chr13 111090909 . T C 97.34 PASS AF=0.375;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0452425;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0791;QD=12.1671;RBI=0.0539227;REFB=0.00411053;REVB=-0.029339;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131313;STB=0.583194;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00348663;OID=.;OPOS=111090909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:32:19:20:11:12:0.375:6:5:11:8:7:5:11:9 chr13 111090924 . G A 120.16 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00022611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.52;QD=14.1366;RBI=0.032732;REFB=0.00321848;REVB=0.0327312;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123178;STB=0.542312;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00352098;OID=.;OPOS=111090924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:20:14:14:0.411765:8:6:10:8:8:6:10:10 chr13 111109157 . G A 289.13 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=0.0268579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7283;QD=15.4205;RBI=0.0716616;REFB=-0.006367;REVB=0.0664382;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278364;STB=0.654464;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00513459;OID=.;OPOS=111109157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:19:14:7:35:19:14:7:35 chr13 111109618 . G C 110.91 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0112964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0782;QD=15.2985;RBI=0.0215324;REFB=-0.00847582;REVB=-0.0183313;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249568;STB=0.656028;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00451906;OID=.;OPOS=111109618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:16:13:13:0.448276:6:7:4:11:6:7:4:12 chr13 111109670 . A C 306.66 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00709227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.21;QD=18.0387;RBI=0.0395876;REFB=-0.0212471;REVB=-0.0389471;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108566;STB=0.558548;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0299284;OID=.;OPOS=111109670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:32:33:0.485294:18:14:11:23:18:15:12:23 chr13 111109859 . A G 352.95 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0135784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5158;QD=16.0432;RBI=0.0142735;REFB=-0.0266989;REVB=-0.00440011;RO=50;SAF=15;SAR=23;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471938;STB=0.526595;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00885768;OID=.;OPOS=111109859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:23:15:22:28:23:15:22:28 chr13 111111173 . G A 336.7 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00360885;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.973;QD=19.5189;RBI=0.0065526;REFB=-0.0130829;REVB=0.00546925;RO=34;SAF=16;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142687;STB=0.507932;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0127952;OID=.;OPOS=111111173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:19:16:15:19:19:16:15:19 chr13 111111235 . G A 235.03 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00261916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.863;QD=18.8021;RBI=0.00388693;REFB=-0.0326832;REVB=0.00287197;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024717;STB=0.50515;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0282106;OID=.;OPOS=111111235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:27:22:23:0.46:15:7:8:19:16:7:8:19 chr13 111119396 . G C 208.51 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0143728;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.446;QD=17.3755;RBI=0.0197742;REFB=-0.0221929;REVB=0.0135809;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458562;STB=0.537154;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0348774;OID=.;OPOS=111119396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:20:21:0.4375:12:8:12:15:13:8:12:15 chr13 111154058 . T A 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.89;QD=63.8675;RBI=0.0132729;REFB=0;REVB=-0.00983822;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65549e-06;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr13 111154061 . T C 765.68 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4959;QD=63.8068;RBI=0.0702873;REFB=0;REVB=0.0343748;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164779;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:24:24:0:0 chr13 111155773 . T C 453.58 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.346;QD=56.6974;RBI=0.0554093;REFB=0;REVB=0.0155353;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244793;OID=.;OPOS=111155773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:16:14:0:0:17:15:0:0 chr13 111155779 . G A 133.47 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.000602414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.975;QD=15.7018;RBI=0.0119929;REFB=-0.00405811;REVB=0.0119778;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316188;STB=0.503932;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00419197;OID=.;OPOS=111155779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:8:7:9:9:8:7:9:10 chr13 111156499 . C T 2064.17 PASS AF=0.964789;AO=129;DP=132;FAO=137;FDP=142;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.02168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3654;QD=58.1455;RBI=0.0345926;REFB=-0.0417469;REVB=0.026956;RO=3;SAF=57;SAR=72;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193868;STB=0.502122;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0201766;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:132:142:3:5:129:137:0.964789:72:57:0:3:74:63:2:3 chr13 111158874 . A G 820.14 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108193;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7312;QD=57.5535;RBI=0.00359992;REFB=0;REVB=-0.00343349;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67576e-05;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr13 111164614 . T C 182.22 PASS AF=0.342857;AO=22;DP=69;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0140505;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.977;QD=10.4124;RBI=0.0249485;REFB=-0.00630597;REVB=-0.0206158;RO=45;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240163;STB=0.637739;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0120259;OID=.;OPOS=111164614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:45:46:22:24:0.342857:9:13:17:28:10:14:17:29 chr13 111176393 . A G 175.75 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00111608;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.661;QD=18.4995;RBI=0.0561833;REFB=-0.0263901;REVB=-0.0561722;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974848;STB=0.555494;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0348936;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:9:11:8:10:9:11 chr13 111287117 . C G 173.1 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0226759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.305;QD=18.7131;RBI=0.028347;REFB=-0.0405567;REVB=-0.0170104;RO=19;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324999;STB=0.5447;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0586763;OID=.;OPOS=111287117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:13:4:4:15:13:5:4:15 chr13 111287841 . C T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0302878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.371;QD=15.1601;RBI=0.0613176;REFB=0.00578829;REVB=-0.0533151;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263259;STB=0.638544;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0105855;OID=.;OPOS=111287841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:15:16:0.421053:9:6:14:7:9:7:15:7 chr13 111287871 . A C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0333955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.797;QD=13.753;RBI=0.0336768;REFB=-0.0121394;REVB=-0.00434439;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194053;STB=0.624835;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.018948;OID=.;OPOS=111287871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:9:6:13:9:9:6:14:9 chr13 111298392 . A G 234.08 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00833905;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.914;QD=17.0238;RBI=0.0101133;REFB=-0.019567;REVB=-0.00572173;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199382;STB=0.511227;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0214688;OID=.;OPOS=111298392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:14:15:14:12:14:15 chr13 111319754 . T C 192.99 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00878036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.777;QD=10.0255;RBI=0.0376445;REFB=-0.00784631;REVB=-0.0366062;RO=52;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31004;STB=0.680711;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0230876;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:9:16:19:33:9:16:19:33 chr13 111340342 . G A 188.62 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0439191;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3761;QD=19.855;RBI=0.0440915;REFB=0.010558;REVB=0.00389544;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954929;STB=0.563688;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.015247;OID=.;OPOS=111340342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:19:19:19:0.5:14:5:7:13:14:5:7:12 chr13 111341230 . C A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00675077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.294;QD=16.1984;RBI=0.00714156;REFB=0.00104478;REVB=0.00233002;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.00103991;OID=.;OPOS=111341230;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chr13 111365104 . A G 1125.58 PASS AF=1;AO=62;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8334;QD=60.0309;RBI=0.0285547;REFB=0;REVB=0.0282028;RO=0;SAF=45;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122176;OID=.;OPOS=111365104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:62:75:1:17:45:0:0:29:46:0:0 chr13 111368164 . T G 87.69 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.961;QD=38.9734;RBI=0.0526068;REFB=0;REVB=0.00243432;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725082;OID=.;OPOS=111368164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:6:3:0:0 chr13 111371922 . C T 217.84 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0274425;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3138;QD=15.56;RBI=0.0417803;REFB=-0.0315648;REVB=0.031504;RO=30;SAF=6;SAR=19;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312891;STB=0.671878;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0631526;OID=.;OPOS=111371922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:30:31:25:25:0.446429:19:6:16:14:19:6:16:15 chr13 111531885 . C A 829.35 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.691;QD=57.1966;RBI=0.020869;REFB=0;REVB=0.0140255;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70366e-05;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:54:58:1:18:36:0:0:22:36:0:0 chr13 111532288 . G A 454.35 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00929343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.211;QD=17.4749;RBI=0.0114642;REFB=-0.0154841;REVB=0.00671264;RO=55;SAF=24;SAR=25;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873747;STB=0.54857;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0187477;OID=.;OPOS=111532288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:25:24:32:23:25:24:32:23 chr13 111563052 . C T 393.86 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.000815913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.546;QD=14.8628;RBI=0.0124898;REFB=-0.0245183;REVB=-0.0124631;RO=61;SAF=24;SAR=21;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00897711;STB=0.505048;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0327123;OID=.;OPOS=111563052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:61:45:45:0.424528:21:24:32:29:21:24:32:29 chr13 111806245 . A G 817.49 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.359;QD=56.3785;RBI=0.0268404;REFB=0;REVB=0.0221793;RO=0;SAF=42;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209115;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:14:42:0:0:14:44:0:0 chr13 111870037 . T C 507.11 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265245;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.899;QD=59.66;RBI=0.0487143;REFB=0;REVB=0.0408599;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995388;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr13 111980537 . C T 1242.55 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0386438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.447;QD=59.8818;RBI=0.0386445;REFB=-0.0900549;REVB=-0.000232646;RO=1;SAF=47;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996796;STB=0.505262;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000820432;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:83:1:1:80:82:0.987952:33:47:1:0:35:47:1:0 chr13 112725791 . G A 46.32 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.029049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.123;QD=9.75158;RBI=0.0723886;REFB=0.00831091;REVB=-0.0663043;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0171143;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:7:5:3:4:7:5 chr13 113153217 . C A 340.99 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.00229247;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.761;QD=13.7773;RBI=0.0128477;REFB=-0.00218098;REVB=-0.0126415;RO=57;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162888;STB=0.60391;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00230703;OID=.;OPOS=113153217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:57:60:39:39:0.393939:20:19:19:38:20:19:19:41 chr13 113153271 . G A 289.31 PASS AF=0.434211;AO=28;DP=71;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0191214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.542;QD=15.227;RBI=0.0307527;REFB=-0.00470547;REVB=0.0240853;RO=43;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647424;STB=0.538236;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00705422;OID=.;OPOS=113153271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:76:43:43:28:33:0.434211:18:10:13:30:21:12:13:30 chr13 113479820 . A G 872.55 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9969;QD=56.2937;RBI=0.0249425;REFB=-0.0824675;REVB=-0.00909027;RO=1;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113758;STB=0.506022;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00141326;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:41:20:0:1:41:20:0:1 chr13 113508839 . G C 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0177596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1111;QD=11.6668;RBI=0.0211454;REFB=-0.0116539;REVB=0.0114771;RO=26;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287812;STB=0.671388;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0237727;OID=.;OPOS=113508839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:10:4:14:12:10:4:14:12 chr13 113512574 . C T 113.21 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00585253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.869;QD=6.75892;RBI=0.0229144;REFB=-0.0165318;REVB=-0.0221544;RO=49;SAF=12;SAR=5;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293119;STB=0.686717;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0395657;OID=.;OPOS=113512574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:50:17:17:0.253731:5:12:23:26:5:12:23:27 chr13 113527967 . G A 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0243631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0384;QD=13.2306;RBI=0.0256436;REFB=-0.00695287;REVB=-0.0080022;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226781;STB=0.64983;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00688172;OID=.;OPOS=113527967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:29:17:17:0.369565:7:10:10:17:7:10:10:19 chr13 113530199 . G A 464.22 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00715222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.099;QD=24.7585;RBI=0.0137879;REFB=-0.0273386;REVB=0.0117877;RO=30;SAF=18;SAR=26;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686303;STB=0.544986;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0150372;OID=.;OPOS=113530199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:31:44:44:0.586667:26:18:15:15:26:18:16:15 chr13 113536132 . T C 299.14 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.923;QD=52.0249;RBI=0.0186398;REFB=0;REVB=-0.0185613;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109984;OID=.;OPOS=113536132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:18:23:1:12:6:0:0:17:6:0:0 chr13 113656216 . C T 923.15 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.826;QD=57.697;RBI=0.0398358;REFB=0;REVB=0.0365144;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021001;OID=.;OPOS=113656216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:35:29:0:0 chr13 113681243 . C A 377.35 PASS AF=0.4375;AO=40;DP=99;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00470796;FXX=0.0495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.702;QD=15.723;RBI=0.00497123;REFB=-0.00377159;REVB=-0.00159632;RO=47;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123958;STB=0.557893;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00348435;OID=.;OPOS=113681243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:47:54:40:42:0.4375:17:23:21:26:19:23:24:30 chr13 113720476 . C T 306.14 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2523;QD=53.2421;RBI=0.0235633;REFB=0;REVB=0.0208259;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051866;OID=.;OPOS=113720476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr13 113728781 . G A 2097.09 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.047;QD=62.1361;RBI=0.0452964;REFB=0;REVB=0.0452068;RO=1;SAF=70;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736947;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7021e-05;OID=.;OPOS=113728781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:1:0:134:135:1:64:70:0:1:65:70:0:0 chr13 113747124 . A G 785.72 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.474;QD=64.1406;RBI=0.00573877;REFB=0;REVB=0.000233979;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98034e-05;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr13 113747135 . T C 669.99 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8766;QD=62.325;RBI=0.0276009;REFB=0;REVB=0.0274344;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424722;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:23:18:0:0:25:18:0:0 chr13 113792753 . T TC 240.69 PASS AF=1;AO=3;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0741368;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.826;QD=40.1149;RBI=0.0755687;REFB=0;REVB=0.0146411;RO=22;SAF=1;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226546;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00209582;OID=.;OPOS=113792754;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:25:24:24:0:12:12:0:0:5:22:1:2:12:10 chr13 113792754 . T C,TC 282.92 PASS AF=0,0.884615;AO=18,3;DP=26;FAO=0,23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=0,13;FSAR=0,10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0421119,-0.0263077;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=186.375,219.002;QD=43.5255;RBI=0.051625,0.0368748;REFB=-0.055716,-0.0179778;REVB=-0.0298618,-0.0258391;RO=4;SAF=12,0;SAR=6,3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.146515,-0.642277;STB=0.5,0.527003;STBP=1,0.447;TYPE=snp,ins;VARB=0.0451059,0.00215226;OID=.,.;OPOS=113792754,113792755;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:26:26:4:3:18,3:0,23:0,0.884615:6,3:12,0:1:3:0,10:0,13:1:2 chr13 113801737 . C T 285.27 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0224805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.212;QD=15.4201;RBI=0.0259026;REFB=0.0037195;REVB=0.0128674;RO=41;SAF=10;SAR=22;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186118;STB=0.599935;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00440814;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:22:10:20:21:22:10:20:22 chr13 113812962 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00483457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.545;QD=9.47555;RBI=0.110326;REFB=0.00938744;REVB=0.11022;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790598;STB=0.547852;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0218243;OID=.;OPOS=113812962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:7:14:6:4:7:14 chr13 113818900 . A G 1821.35 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5043;QD=61.2218;RBI=0.026583;REFB=0;REVB=0.0215716;RO=0;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173665;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:64:55:0:0:64:55:0:0 chr13 113897320 . C T 693.83 PASS AF=0.578947;AO=66;DP=115;FAO=66;FDP=114;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00962131;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.114;QD=24.3447;RBI=0.0376974;REFB=-0.0339056;REVB=0.036449;RO=47;SAF=24;SAR=42;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116787;STB=0.568801;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.021112;OID=.;OPOS=113897320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:47:48:66:66:0.578947:42:24:24:23:42:24:25:23 chr13 113909339 . A G 52.11 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.000306874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.472;QD=6.31646;RBI=0.0346224;REFB=-0.00635588;REVB=-0.034621;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30493;STB=0.692976;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0309964;OID=.;OPOS=113909339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:3:5:9:16:3:5:9:16 chr13 113965176 . C A 246.01 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617437;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.422;QD=51.7923;RBI=0.0348524;REFB=0;REVB=0.0343012;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000501277;OID=.;OPOS=113965176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr13 114083316 . C T 270.0 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000691846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.388;QD=22.9788;RBI=0.0254183;REFB=-0.00624567;REVB=0.0254089;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059713;STB=0.533307;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00741389;OID=.;OPOS=114083316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:13:9:12:13:13:9 chr13 114309226 . G A 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.193;QD=62.1611;RBI=0.0196171;REFB=0;REVB=0.00976792;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31087e-05;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr13 114312354 . T G 462.77 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.786;QD=57.8462;RBI=0.0127271;REFB=0;REVB=0.00846657;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2285e-05;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:19:11:0:0:20:12:0:0 chr13 114322288 . TA GT,TG 726.92 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=5,42;DP=52;FAO=1,51;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137465,-0.00180463;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=103.719,158.631;QD=55.9166;RBI=0.023054,0.0589273;REFB=0,0;REVB=0.0185074,0.0588996;RO=0;SAF=2,24;SAR=3,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00401468,-0.000599018;OID=.,.;OPOS=114322288,114322289;OREF=TA,A;OALT=GT,G;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:52:52:0:0:5,42:1,51:0.0192308,0.980769:3,18:2,24:0:0:0,23:1,28:0:0 chr13 114524944 . A G 2473.4 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.254;QD=61.4509;RBI=0.0199924;REFB=0;REVB=0.00682231;RO=0;SAF=91;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.72236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60811e-05;OID=.;OPOS=114524944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:160:161:1:69:91:0:0:69:92:0:0 chr13 114530114 . G A 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0431882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.153;QD=9.25819;RBI=0.0432406;REFB=-0.00884241;REVB=-0.0021292;RO=28;SAF=1;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510237;STB=0.824318;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0160588;OID=.;OPOS=114530114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:11:1:11:17:11:1:11:17 chr13 114531565 . C G 143.77 PASS AF=0.31746;AO=19;DP=62;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0291372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4003;QD=9.12824;RBI=0.0345456;REFB=-0.00870221;REVB=0.0185586;RO=43;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105996;STB=0.542088;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0361839;OID=.;OPOS=114531565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:43:43:19:20:0.31746:11:8:22:21:11:9:22:21 chr13 114545925 . A G 652.41 PASS AF=0.49635;AO=64;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=54;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0183227;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.511;QD=19.0484;RBI=0.0195292;REFB=-0.0302038;REVB=0.00675767;RO=66;SAF=14;SAR=50;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26242;STB=0.645956;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0386619;OID=.;OPOS=114545925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:66:69:64:68:0.49635:50:14:30:36:54:14:30:39 chr13 114623880 . G A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.883;QD=58.5858;RBI=0.028802;REFB=0;REVB=0.00657523;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214593;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr13 114747187 . G C 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7614;QD=52.6076;RBI=0.0252309;REFB=0;REVB=0.025136;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433743;OID=.;OPOS=114747187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr13 114773047 . G A 373.82 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0260973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.7623;QD=26.2329;RBI=0.0581377;REFB=-0.0570163;REVB=0.0519511;RO=20;SAF=25;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703929;STB=0.551239;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0273409;OID=.;OPOS=114773047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:21:36:36:0.631579:11:25:12:8:11:25:12:9 chr14 19378030 . T A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0192283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.013;QD=21.8421;RBI=0.036421;REFB=-0.00227186;REVB=0.0309315;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173071;STB=0.599697;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0022037;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:2:0:2:4:2:0 chr14 19686683 . G C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0349422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.083;QD=8.81093;RBI=0.0452286;REFB=-0.00855658;REVB=-0.028717;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22268;STB=0.639526;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0197674;OID=.;OPOS=19686683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:6:5:4:2:6:5 chr14 20002286 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0157481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.838;QD=14.6498;RBI=0.0175895;REFB=-0.00729022;REVB=0.00783488;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134401;STB=0.578826;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00877638;OID=.;OPOS=20002286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:11:3:6:13:11:3:6:13 chr14 20181456 . G A 91.49 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0316417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.6118;QD=8.71364;RBI=0.0668653;REFB=-0.00437107;REVB=-0.0589048;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100069;STB=0.551636;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00847015;OID=.;OPOS=20181456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:29:30:12:12:0.285714:4:8:17:12:4:8:18:12 chr14 20181502 . C T 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00321804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.409;QD=11.5707;RBI=0.0637577;REFB=-0.0015086;REVB=-0.0636764;RO=38;SAF=17;SAR=7;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15349;STB=0.626938;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00370006;OID=.;OPOS=20181502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:42:24:24:0.363636:7:17:22:16:7:17:22:20 chr14 20216298 . T C 1484.03 PASS AF=0.685083;AO=124;DP=181;FAO=124;FDP=181;FR=.;FRO=57;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00817347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1389;QD=32.7963;RBI=0.0148709;REFB=-0.00875286;REVB=0.0124233;RO=57;SAF=53;SAR=71;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382021;STB=0.502049;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00439432;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:57:57:124:124:0.685083:71:53:24:33:71:53:24:33 chr14 20248828 . C T 235.83 PASS AF=0.236486;AO=35;DP=148;FAO=35;FDP=148;FR=.;FRO=113;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=0.0111813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.48;QD=6.37388;RBI=0.0157944;REFB=-0.0157261;REVB=-0.0111553;RO=113;SAF=22;SAR=13;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190426;STB=0.615797;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0492593;OID=.;OPOS=20248828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:113:113:35:35:0.236486:13:22:54:59:13:22:54:59 chr14 20249176 . G A 158.69 PASS AF=0.174419;AO=30;DP=172;FAO=30;FDP=172;FR=.;FRO=142;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=67;FSRR=75;FWDB=-0.0369349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.295;QD=3.69044;RBI=0.0373423;REFB=-0.00501234;REVB=-0.00550096;RO=140;SAF=16;SAR=14;SRF=66;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079234;STB=0.550624;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0261578;OID=.;OPOS=20249176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:140:142:30:30:0.174419:14:16:66:74:14:16:67:75 chr14 20295763 . C T 399.06 PASS AF=0.340426;AO=47;DP=139;FAO=48;FDP=141;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0117388;FXX=0.013985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.892;QD=11.3208;RBI=0.0119623;REFB=-0.0160362;REVB=-0.00230133;RO=91;SAF=21;SAR=26;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924412;STB=0.551978;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0345902;OID=.;OPOS=20295763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:91:93:47:48:0.340426:26:21:48:43:27:21:48:45 chr14 20295776 . GCCC GCAG 393.22 PASS AF=0.365079;AO=38;DP=129;FAO=46;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.00510609;FXX=0.0307669;HRUN=6;LEN=2;MLLD=222.868;QD=12.4832;RBI=0.0334635;REFB=-0.0169397;REVB=-0.0330716;RO=56;SAF=14;SAR=24;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273419;STB=0.535435;STBP=0.549;TYPE=mnp;VARB=0.0204367;OID=.;OPOS=20295778;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=GCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365079:38:129:46:126:78:17:29:33:45:99:56:14:24:22:34 chr14 20295834 . T C 669.73 PASS AF=0.398936;AO=75;DP=188;FAO=75;FDP=188;FR=.;FRO=113;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=0.0179947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.922;QD=14.2496;RBI=0.0227232;REFB=0.00032327;REVB=0.0138757;RO=113;SAF=29;SAR=46;SRF=46;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228496;STB=0.512855;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.000385986;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:113:113:75:75:0.398936:46:29:46:67:46:29:46:67 chr14 20296004 . C T 752.44 PASS AF=0.360324;AO=88;DP=246;FAO=89;FDP=247;FR=.;FRO=158;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=78;FSRR=80;FWDB=0.0203188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4334;QD=12.1852;RBI=0.0424922;REFB=-0.0165234;REVB=-0.0373193;RO=158;SAF=46;SAR=42;SRF=78;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328557;STB=0.522027;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0302144;OID=.;OPOS=20296004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:158:158:88:89:0.360324:42:46:78:80:42:47:78:80 chr14 20296010 . G C 776.26 PASS AF=0.365462;AO=89;DP=249;FAO=91;FDP=249;FR=.;FRO=158;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=78;FSRR=80;FWDB=-0.0140959;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.02;QD=12.4701;RBI=0.0178847;REFB=-0.0150093;REVB=-0.0110077;RO=154;SAF=47;SAR=42;SRF=78;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02419;STB=0.514474;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.022158;OID=.;OPOS=20296010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:154:158:89:91:0.365462:42:47:78:76:44:47:78:80 chr14 20389606 . G A 185.83 PASS AF=0.232;AO=29;DP=125;FAO=29;FDP=125;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=66;FWDB=-0.0445847;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.398;QD=5.94659;RBI=0.0446296;REFB=-0.00224341;REVB=-0.00200099;RO=95;SAF=8;SAR=21;SRF=29;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448027;STB=0.534112;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00900146;OID=.;OPOS=20389606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:95:96:29:29:0.232:21:8:29:66:21:8:30:66 chr14 20389721 . G A 40.71 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.025201;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.212;QD=3.32308;RBI=0.0379716;REFB=-0.00160828;REVB=-0.0284034;RO=43;SAF=2;SAR=5;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440953;STB=0.797136;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0129427;OID=.;OPOS=20389721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:49:43:42:7:7:0.142857:5:2:29:14:5:2:28:14 chr14 20403909 . T C 178.6 PASS AF=0.167488;AO=34;DP=203;FAO=34;FDP=203;FR=.;FRO=169;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=58;FSRR=111;FWDB=0.00242928;FXX=0.00490172;HRUN=6;LEN=1;MLLD=176.619;QD=3.5193;RBI=0.00434812;REFB=-0.00444714;REVB=-0.0036062;RO=162;SAF=20;SAR=14;SRF=55;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313442;STB=0.695886;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0258104;OID=.;OPOS=20403909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:162:169:34:34:0.167488:14:20:55:107:14:20:58:111 chr14 20404091 . G A 89.77 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00736807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4961;QD=7.4808;RBI=0.0543202;REFB=0.00206313;REVB=-0.0538182;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230542;STB=0.642628;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0084072;OID=.;OPOS=20404091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:5:7:14:22:5:7:14:22 chr14 20404238 . G A 153.65 PASS AF=0.255814;AO=21;DP=87;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0138629;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4421;QD=7.14639;RBI=0.0146674;REFB=-0.00585571;REVB=-0.00479112;RO=64;SAF=15;SAR=6;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239312;STB=0.657384;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0122539;OID=.;OPOS=20404238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:64:64:21:22:0.255814:6:15:34:30:6:16:34:30 chr14 20404495 . G A 300.0 PASS AF=0.273885;AO=43;DP=157;FAO=43;FDP=157;FR=.;FRO=114;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=-0.00848997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.108;QD=7.6432;RBI=0.0207888;REFB=-0.00697017;REVB=-0.0189762;RO=114;SAF=28;SAR=15;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26009;STB=0.653979;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0152131;OID=.;OPOS=20404495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:114:114:43:43:0.273885:15:28:50:64:15:28:50:64 chr14 20404735 . C T 143.5 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.048433;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.095;QD=13.349;RBI=0.0484333;REFB=0.000122361;REVB=-0.000173971;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152617;STB=0.589789;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.000197085;OID=.;OPOS=20404735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:27:16:16:0.372093:11:5:12:15:11:5:12:15 chr14 20404736 . G A 92.81 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00510497;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.061;QD=8.83915;RBI=0.00627869;REFB=-0.00943063;REVB=0.0036553;RO=30;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286015;STB=0.672807;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0155112;OID=.;OPOS=20404736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:42:42:30:30:12:12:0.285714:5:7:10:20:5:7:10:20 chr14 20404767 . A G 82.28 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.000678078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.48;QD=8.89519;RBI=0.00805309;REFB=-0.00747609;REVB=0.0080245;RO=25;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446077;STB=0.757844;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0251219;OID=.;OPOS=20404767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:3:8:8:17:3:8:9:17 chr14 20444490 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.119;QD=57.2376;RBI=0.0149021;REFB=0;REVB=0.00089098;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07415e-05;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr14 20470737 . G A 801.43 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00133755;FXX=0.0161264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.528;QD=52.553;RBI=0.0308915;REFB=-0.0423404;REVB=0.0308625;RO=3;SAF=28;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170483;STB=0.509047;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000143675;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:3:3:58:58:0.95082:30:28:2:1:30:28:2:1 chr14 20470852 . CTTTTTTTTG CTTTTTTTG,CTTTTTTTGT 310.99 PASS AF=1,0;AO=35,4;DP=60;FAO=59,0;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107139,0.0159843;FXX=0.0483793;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.55205,12.0789;QD=21.084;RBI=0.263732,0.140576;REFB=0,0;REVB=0.240989,0.139665;RO=14;SAF=8,3;SAR=27,1;SRF=2;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0666518,0.614482;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00925115,0;OID=.,.;OPOS=20470853,20470860;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=CTTTTTTTG,CTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:35,4:60:59,0:59:0:14,0:45,0:0:0:3:14:8,3:27,1:2:12 chr14 20470903 . T C 787.62 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.135;QD=55.2713;RBI=0.0162837;REFB=-0.182979;REVB=-0.00316582;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.512816;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000606574;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:0:1:56:56:0.982456:37:19:0:0:37:19:1:0 chr14 20482919 . A C 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00677804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.057;QD=11.7804;RBI=0.0105386;REFB=-0.0118213;REVB=-0.00806972;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15959;STB=0.594475;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0286106;OID=.;OPOS=20482919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:6:10:15:16:6:10:15:16 chr14 20502044 . G T 93.8 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00813213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.116;QD=10.141;RBI=0.0194933;REFB=-0.0104978;REVB=-0.017716;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993944;STB=0.548936;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0148366;OID=.;OPOS=20502044;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:24:25:12:12:0.324324:4:8:14:10:4:8:15:10 chr14 20528207 . G A 240.65 PASS AF=1;AO=12;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8914;QD=50.6628;RBI=0.198709;REFB=0;REVB=-0.0365747;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0058013;OID=.;OPOS=20528207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:12:19:1:9:3:0:0:10:9:0:0 chr14 20528250 . G T 54.11 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0438633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.637;QD=8.65789;RBI=0.0496646;REFB=-0.0201485;REVB=-0.0232936;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205275;STB=0.639677;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0420132;OID=.;OPOS=20528250;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:4:4:5:11:4:4:5:12 chr14 20528321 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.502;QD=39.2029;RBI=0.0259395;REFB=0;REVB=0.014603;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682868;OID=.;OPOS=20528321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr14 20528448 . TCATAGATTTGCTCACTGAC T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152488;FXX=0;HRUN=1;LEN=19;MLLD=546.44;QD=42.1826;RBI=0.0259757;REFB=0;REVB=0.0259309;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.23179e-05;OID=.;OPOS=20528449;OREF=CATAGATTTGCTCACTGAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:11:11:11:0:8:3:0:0:4:0:8:3:0:0 chr14 20528495 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00654869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.491;QD=8.69791;RBI=0.0066958;REFB=0.000870269;REVB=0.00139586;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769493;STB=0.547808;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0016311;OID=.;OPOS=20528495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:7:7:4:3:7:7 chr14 20528505 . T A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00552834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3836;QD=10.2404;RBI=0.0455439;REFB=-0.0151977;REVB=0.0452071;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03601;STB=0.521696;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00813435;OID=.;OPOS=20528505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:6:4:7:12:6:4:7:12 chr14 20528528 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0057628;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.905;QD=14.6976;RBI=0.0111024;REFB=-0.0171192;REVB=-0.00948963;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737477;STB=0.542332;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0257106;OID=.;OPOS=20528528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:12:9:15:15:12:9:15:15 chr14 20528682 . T C 540.2 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.05361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5758;QD=22.049;RBI=0.0570645;REFB=-0.0223308;REVB=0.0195531;RO=46;SAF=32;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113359;STB=0.558116;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.019343;OID=.;OPOS=20528682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:47:51:51:0.520408:19:32:23:23:19:32:24:23 chr14 20529019 . C T 301.46 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0166201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.318;QD=16.7478;RBI=0.0169534;REFB=-0.00961648;REVB=0.003345;RO=39;SAF=13;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116543;STB=0.565513;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0112518;OID=.;OPOS=20529019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:20:13:20:19:20:13:20:19 chr14 20529043 . C G 214.25 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0235407;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1147;QD=12.603;RBI=0.0272083;REFB=-0.020906;REVB=0.0136428;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820445;STB=0.562452;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0404561;OID=.;OPOS=20529043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:42:26:26:0.382353:15:11:20:20:15:11:22:20 chr14 20665790 . T A 79.28 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00266704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.432;QD=15.8568;RBI=0.0077326;REFB=-0.0191819;REVB=-0.00725809;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15627;STB=0.550917;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0207964;OID=.;OPOS=20665790;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:19:20:10:10:9:10:0.5:3:6:5:5:4:6:5:5 chr14 20665840 . G A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0379533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6987;QD=17.0993;RBI=0.0546799;REFB=-0.0400444;REVB=-0.0393629;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380779;STB=0.550949;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0407512;OID=.;OPOS=20665840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:15:14:14:0.482759:6:8:8:5:6:8:10:5 chr14 20665887 . G C 107.72 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0123194;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3982;QD=11.3387;RBI=0.0171609;REFB=-0.0151501;REVB=0.0119469;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151886;STB=0.590225;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0206962;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:7:6:15:10:7:6:15:10 chr14 20697600 . T G 199.68 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00648079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.912;QD=13.5373;RBI=0.0209119;REFB=-0.0128337;REVB=0.0198823;RO=36;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581722;STB=0.550618;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0329771;OID=.;OPOS=20697600;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:35:23:24:0.40678:14:9:16:20:15:9:16:19 chr14 20757383 . A G 43.69 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0437389;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.698;QD=21.8444;RBI=0.0484373;REFB=-0.165966;REVB=0.0208105;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.624528;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00666805;OID=.;OPOS=20757383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:5:1:0:1:5:1:1:1 chr14 20770036 . T C 784.92 PASS AF=0.936508;AO=58;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00606966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.41;QD=49.8359;RBI=0.00764653;REFB=-0.159339;REVB=0.00465066;RO=5;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921498;STB=0.538448;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00396266;OID=.;OPOS=20770036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:63:63:5:4:58:59:0.936508:23:35:0:5:24:35:0:4 chr14 20784431 . G A 770.26 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00182847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.816;QD=55.0185;RBI=0.0177463;REFB=-0.067324;REVB=0.0176518;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000346628;OID=.;OPOS=20784431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:23:32:0:0:23:32:1:0 chr14 20811442 . C T 1379.74 PASS AF=0.958333;AO=91;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0314076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.654;QD=57.4893;RBI=0.0415657;REFB=-0.126976;REVB=0.0272263;RO=1;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101937;STB=0.520404;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000724744;OID=.;OPOS=20811442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:96:96:1:4:91:92:0.958333:46:45:0:1:47:45:0:4 chr14 20815013 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.941;QD=54.5161;RBI=0.070275;REFB=0;REVB=0.0359013;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219992;OID=.;OPOS=20815013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr14 20837701 . G C 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.727;QD=56.1803;RBI=0.033352;REFB=0;REVB=0.0279404;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64747e-05;OID=.;OPOS=20837701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr14 20841707 . C T 709.62 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211828;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.276;QD=63.0771;RBI=0.0219017;REFB=0;REVB=-0.00556506;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86412e-05;OID=.;OPOS=20841707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr14 20847202 . A G 741.51 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0458066;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.43;QD=54.9267;RBI=0.0611219;REFB=-0.138974;REVB=0.0404678;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171308;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00189026;OID=.;OPOS=20847202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:1:0:26:27:1:0 chr14 20852817 . G A 594.23 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.499;QD=60.9464;RBI=0.00425176;REFB=0;REVB=-0.00334495;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0166e-05;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr14 20854734 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.319;QD=58.0607;RBI=0.0276859;REFB=0;REVB=0.0103722;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9211e-05;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:40:19:0:0:42:19:0:0 chr14 20872881 . G T 683.23 PASS AF=1;AO=39;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.969;QD=62.1114;RBI=0.0340896;REFB=0;REVB=0.0215565;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056699;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:39:44:1:22:17:0:0:24:20:0:0 chr14 20928359 . C A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0193511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.139;QD=19.8256;RBI=0.0220613;REFB=-0.0126895;REVB=0.0105941;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288611;STB=0.516117;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0130776;OID=.;OPOS=20928359;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:11:16:14:11:11:16:14:11 chr14 21024619 . A G 543.75 PASS AF=0.554348;AO=50;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0394802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1626;QD=23.6412;RBI=0.0528551;REFB=0.0258157;REVB=-0.0351422;RO=41;SAF=23;SAR=27;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102561;STB=0.559738;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0158646;OID=.;OPOS=21024619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:50:51:0.554348:27:23:24:17:28:23:24:17 chr14 21025220 . T C 230.5 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0214029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3667;QD=14.6348;RBI=0.0305577;REFB=-0.042009;REVB=0.0218103;RO=36;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310344;STB=0.517634;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0603779;OID=.;OPOS=21025220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:18:9:13:23:18:9:13:23 chr14 21052259 . T C 440.7 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0177899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.144;QD=19.5869;RBI=0.0207313;REFB=-0.0187715;REVB=0.0106446;RO=46;SAF=17;SAR=27;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870532;STB=0.548415;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0186276;OID=.;OPOS=21052259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:27:17:22:24:27:17:22:24 chr14 21077579 . C T 197.76 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0611002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.538;QD=13.1842;RBI=0.0611002;REFB=0.001045;REVB=5.55766e-05;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30203;STB=0.671066;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00366598;OID=.;OPOS=21077579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:11:13:9:27:11:13:9:27 chr14 21081642 . T C 316.97 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0149233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.523;QD=17.8572;RBI=0.0199462;REFB=0.00533095;REVB=0.0132342;RO=37;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218401;STB=0.621861;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00203588;OID=.;OPOS=21081642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:14:20:13:24:14:20:13:24 chr14 21081996 . C T 1362.08 PASS AF=0.947368;AO=90;DP=96;FAO=90;FDP=95;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0333685;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.075;QD=57.3507;RBI=0.0454987;REFB=-0.118232;REVB=0.0309301;RO=4;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037129;STB=0.524747;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0024259;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:96:95:4:5:90:90:0.947368:49:41:0:4:48:42:0:5 chr14 21082032 . T G 206.72 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0110155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.668;QD=11.0251;RBI=0.0181351;REFB=-0.0131834;REVB=-0.0144063;RO=48;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613244;STB=0.543491;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0184465;OID=.;OPOS=21082032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:49:26:26:0.346667:16:10:21:27:16:10:22:27 chr14 21099400 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0256271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.737;QD=16.0427;RBI=0.0272781;REFB=-0.0363466;REVB=-0.00934588;RO=26;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221206;STB=0.628594;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0484232;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:15:4:10:16:15:4:10:16 chr14 21101155 . C T 56.35 PASS AF=0.204545;AO=8;DP=43;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0114914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.85;QD=5.1227;RBI=0.0123293;REFB=-0.011862;REVB=-0.00446768;RO=35;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173131;STB=0.555432;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0491922;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:43:44:35:35:8:9:0.204545:4:4:17:18:4:5:17:18 chr14 21101228 . G C 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0104323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.218;QD=6.02744;RBI=0.0157063;REFB=-0.0113505;REVB=0.0117411;RO=30;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313492;STB=0.688114;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0590694;OID=.;OPOS=21101228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:9:9:0.225:3:6:12:18:3:6:13:18 chr14 21101233 . GCCCCT G 41.0 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0255646;FXX=0;HRUN=4;LEN=5;MLLD=162.792;QD=4.31595;RBI=0.031488;REFB=-0.000365915;REVB=0.0183834;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221667;STB=0.666297;STBP=0.28;TYPE=del;VARB=0.00142828;OID=.;OPOS=21101234;OREF=CCCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236842:9:39:9:38:29:6:3:13:16:41:25:6:3:12:13 chr14 21108909 . G A 522.13 PASS AF=0.631579;AO=47;DP=76;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0245139;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.28;QD=27.4804;RBI=0.0486402;REFB=-0.00566208;REVB=-0.0420112;RO=28;SAF=36;SAR=11;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151041;STB=0.510732;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00528115;OID=.;OPOS=21108909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:28:47:48:0.631579:11:36:21:7:11:37:21:7 chr14 21109141 . C T 217.07 PASS AF=0.791667;AO=18;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00507532;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.26;QD=36.1788;RBI=0.017425;REFB=-0.0255311;REVB=-0.0166695;RO=5;SAF=13;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146537;STB=0.583241;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0065389;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:18:19:0.791667:5:13:2:3:5:14:2:3 chr14 21109170 . T A 443.03 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3939;QD=57.1657;RBI=0.0559322;REFB=0;REVB=-0.0545667;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000676555;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:12:19:0:0 chr14 21109278 . A T 160.27 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.0191434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.999;QD=10.3402;RBI=0.0235905;REFB=-0.0205122;REVB=-0.0137856;RO=41;SAF=3;SAR=18;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22761;STB=0.636214;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0491664;OID=.;OPOS=21109278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:18:3:11:30:18:3:11:30 chr14 21109385 . C T 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0238365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.117;QD=12.0244;RBI=0.0248497;REFB=-0.0169057;REVB=0.00702341;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103661;STB=0.560879;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0201513;OID=.;OPOS=21109385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:5:15:8:4:5:15 chr14 21109671 . A G 182.88 PASS AF=0.463415;AO=17;DP=39;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.000959411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.836;QD=17.8421;RBI=0.00127902;REFB=-0.00443495;REVB=-0.000845824;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589381;STB=0.523136;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00743259;OID=.;OPOS=21109671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:22:22:17:19:0.463415:11:6:9:13:12:7:9:13 chr14 21109726 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.105201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.387;QD=10.542;RBI=0.107703;REFB=-0.0377193;REVB=-0.0230811;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177287;STB=0.582623;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0373289;OID=.;OPOS=21109726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:19:21:11:11:0.34375:8:3:8:11:8:3:8:13 chr14 21128133 . T C 671.48 PASS AF=0.5;AO=67;DP=134;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00244343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2944;QD=20.0442;RBI=0.0253009;REFB=0.0043641;REVB=-0.0251826;RO=65;SAF=42;SAR=25;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398824;STB=0.523634;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00465713;OID=.;OPOS=21128133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:65:67:67:67:0.5:25:42:38:27:25:42:39:28 chr14 21149930 . T C 455.85 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00391181;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.031;QD=22.5111;RBI=0.00948336;REFB=0.00249166;REVB=0.00863897;RO=35;SAF=15;SAR=29;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763272;STB=0.558001;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00167712;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:35:37:44:44:0.54321:29:15:15:20:29:15:17:20 chr14 21151483 . T G 1317.46 PASS AF=0.53617;AO=122;DP=233;FAO=126;FDP=235;FR=.;FRO=109;FSAF=38;FSAR=88;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=0.0592893;FXX=0.00843846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4951;QD=22.4248;RBI=0.0647874;REFB=-0.0415418;REVB=0.0261187;RO=108;SAF=37;SAR=85;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134799;STB=0.567515;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0335702;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:235:108:109:122:126:0.53617:85:37:48:60:88:38:47:62 chr14 21152167 . G C 94.71 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0197672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.742;QD=6.64662;RBI=0.0381484;REFB=-0.00469892;REVB=0.0326276;RO=43;SAF=5;SAR=9;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346205;STB=0.711947;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0122185;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:9:5:28:15:9:5:28:15 chr14 21215997 . C T 205.0 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0272146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.109;QD=16.3998;RBI=0.0414092;REFB=-0.0219389;REVB=-0.0312103;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512129;STB=0.529383;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0355414;OID=.;OPOS=21215997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:7:14:18:11:7:14:18:11 chr14 21216499 . C T 497.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6424;QD=58.5066;RBI=0.0468909;REFB=0;REVB=-8.1197e-05;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453672;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:24:9:0:0:25:9:0:0 chr14 21238318 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.603;QD=48.7352;RBI=0.0185662;REFB=0;REVB=0.00824964;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307901;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr14 21250124 . G A 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0487219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.138;QD=45.105;RBI=0.051469;REFB=0.0804183;REVB=0.0165899;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538418;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.000382638;OID=.;OPOS=21250124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:12:6:0:0:12:6:1:0 chr14 21250366 . T C 876.95 PASS AF=0.90411;AO=64;DP=72;FAO=66;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0192307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.501;QD=48.0522;RBI=0.0320539;REFB=-0.186301;REVB=0.0256443;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129402;STB=0.538642;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00551562;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:72:73:1:7:64:66:0.90411:28:36:1:0:30:36:1:6 chr14 21360216 . C G 188.7 PASS AF=0.431373;AO=19;DP=48;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00754854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.461;QD=14.8001;RBI=0.154977;REFB=-0.00655139;REVB=0.154793;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173955;STB=0.637356;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0156126;OID=.;OPOS=21360216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:28:29:19:22:0.431373:10:9:18:10:13:9:19:10 chr14 21387994 . A G 342.88 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00185851;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.255;QD=15.7647;RBI=0.00755178;REFB=-0.00303732;REVB=0.00731951;RO=50;SAF=22;SAR=15;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569038;STB=0.532128;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00115549;OID=.;OPOS=21387994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:50:50:37:37:0.425287:15:22:27:23:15:22:27:23 chr14 21388266 . G C 178.2 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00199688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.999;QD=14.8499;RBI=0.00869896;REFB=-0.0431275;REVB=-0.00846666;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211899;STB=0.621262;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0379936;OID=.;OPOS=21388266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:8:21:10:9:8:21 chr14 21431818 . G A 205.11 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0320521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.952;QD=15.7776;RBI=0.0477688;REFB=-0.0166656;REVB=-0.0354193;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849899;STB=0.557325;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0224865;OID=.;OPOS=21431818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:29:23:23:0.442308:17:6:9:18:17:6:10:19 chr14 21458320 . CCCCG C 518.81 PASS AF=0.517483;AO=67;DP=147;FAO=74;FDP=143;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0169043;FXX=0.0205465;HRUN=5;LEN=4;MLLD=236.853;QD=14.5122;RBI=0.0171539;REFB=-0.00870224;REVB=0.0029157;RO=64;SAF=28;SAR=39;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459566;STB=0.515719;STBP=0.724;TYPE=del;VARB=0.007599;OID=.;OPOS=21458321;OREF=CCCG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517483:67:147:74:143:69:33:41:33:36:99:64:28:39:30:34 chr14 21467913 . T G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.125;QD=57.1051;RBI=0.0229543;REFB=0;REVB=0.0132351;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162304;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr14 21469151 . T C 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00408434;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=268.132;QD=8.69845;RBI=0.0217813;REFB=-0.00300351;REVB=-0.021395;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194284;STB=0.639616;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00579678;OID=.;OPOS=21469151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:3:4:5:8:3:4:5:9 chr14 21486137 . G C 1506.91 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9466;QD=63.4488;RBI=0.0621532;REFB=0;REVB=-0.0620947;RO=0;SAF=24;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374779;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:93:95:1:69:24:0:0:70:25:0:0 chr14 21486387 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0234034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7449;QD=22.6321;RBI=0.0291436;REFB=0.0191332;REVB=0.0173674;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358954;STB=0.699733;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00651881;OID=.;OPOS=21486387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:6:7:0:8:6:7:0:8 chr14 21486590 . C T 255.94 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0122143;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.204;QD=19.316;RBI=0.0134809;REFB=-0.0164593;REVB=-0.00570496;RO=24;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904365;STB=0.528731;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0234478;OID=.;OPOS=21486590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:26:27:27:0.509434:14:13:9:15:14:13:11:15 chr14 21500121 . G T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.000476726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.387;QD=17.9403;RBI=0.0290586;REFB=-0.0152541;REVB=-0.0290547;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202734;STB=0.613928;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0176192;OID=.;OPOS=21500121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:18:4:7:12:18:4 chr14 21500455 . T A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0194166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.878;QD=13.576;RBI=0.0194474;REFB=-0.0168291;REVB=0.00109541;RO=19;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357233;STB=0.713903;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0170946;OID=.;OPOS=21500455;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:11:2:8:11:11:2:8:11 chr14 21511458 . G C 290.67 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0290156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4607;QD=46.5069;RBI=0.0350705;REFB=-0.174427;REVB=0.0196986;RO=1;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543643;STB=0.513296;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0139997;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:25:25:1:2:23:23:0.92:8:15:0:1:8:15:1:1 chr14 21511497 . C T 579.36 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426951;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.761;QD=60.9847;RBI=0.0440557;REFB=0;REVB=-0.0108645;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207195;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr14 21511789 . G A 104.56 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0312015;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3979;QD=18.1843;RBI=0.0331465;REFB=-4.29472e-05;REVB=-0.0111874;RO=12;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3641;STB=0.685918;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00110979;OID=.;OPOS=21511789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:12:11:12:12:0.521739:2:10:6:6:2:10:6:5 chr14 21526079 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0351744;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.404;QD=14.6539;RBI=0.0614791;REFB=-0.0352219;REVB=-0.0504227;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323874;STB=0.687096;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0214249;OID=.;OPOS=21526079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:1:7:4:4:1:7 chr14 21542753 . G A 712.13 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.39895e-05;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.045;QD=63.3001;RBI=0.0355148;REFB=0;REVB=0.0355148;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012407;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr14 21546354 . C T 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00621042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.743;QD=12.0831;RBI=0.0135592;REFB=-0.023958;REVB=0.0120533;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271878;STB=0.646103;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0326672;OID=.;OPOS=21546354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:30:16:16:0.347826:9:7:20:9:9:7:20:10 chr14 21549814 . G A 153.9 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00881197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.501;QD=21.9862;RBI=0.0225274;REFB=-0.0254367;REVB=0.0207325;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780516;STB=0.50908;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0229119;OID=.;OPOS=21549814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:27:28:11:12:15:16:0.571429:7:8:7:4:7:9:7:5 chr14 21549893 . G C 147.13 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0141292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.285;QD=17.3097;RBI=0.0141531;REFB=-0.0338107;REVB=-0.000822371;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581634;STB=0.533291;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0373042;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:9:7:9:9:9:7:9:9 chr14 21550499 . G T 634.75 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0178584;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5744;QD=17.8803;RBI=0.0239058;REFB=-0.0178784;REVB=-0.0158923;RO=74;SAF=27;SAR=38;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233177;STB=0.507153;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0250688;OID=.;OPOS=21550499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:74:77:65:65:0.457746:38:27:29:45:38:27:31:46 chr14 21551058 . G A 344.74 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00666041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.143;QD=21.8884;RBI=0.0381718;REFB=-0.0349968;REVB=0.0375862;RO=27;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716219;STB=0.547918;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0299742;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:28:35:35:0.555556:20:15:14:13:20:15:15:13 chr14 21551069 . T C 833.27 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0317264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.092;QD=52.9062;RBI=0.0429056;REFB=-0.0735038;REVB=0.0288847;RO=2;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307191;STB=0.510397;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00496365;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:63:63:2:3:60:60:0.952381:33:27:1:1:33:27:2:1 chr14 21553004 . C T 178.98 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0603989;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3513;QD=12.5598;RBI=0.0603991;REFB=-0.00663813;REVB=-0.000170829;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09384;STB=0.554091;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00519368;OID=.;OPOS=21553004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:35:35:22:22:0.385965:10:12:16:19:10:12:16:19 chr14 21553057 . T C 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0169771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.389;QD=11.1851;RBI=0.0302479;REFB=0.011618;REVB=0.0250343;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124748;STB=0.572524;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0208525;OID=.;OPOS=21553057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:11:8:11:24:11:8:11:24 chr14 21556963 . A AT,T 64.81 PASS AF=0.258065,0.0645161;AO=8,2;DP=31;FAO=8,2;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6,2;FSAR=2,0;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0794345,0.0611791;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=25.3061,35.9896;QD=8.36218;RBI=0.180301,0.0923732;REFB=0.0348383,0.0247768;REVB=0.16186,0.0692093;RO=21;SAF=6,2;SAR=2,0;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.417917,0.559416;STB=0.762067,0.995678;STBP=0.113,0.097;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00548644,-0.140496;OID=.,.;OPOS=21556964,21556963;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:31:31:21:21:8,2:8,2:0.258065,0.0645161:2,0:6,2:8:13:2,0:6,2:8:13 chr14 21557021 . G A 296.72 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0338506;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3265;QD=28.2589;RBI=0.0368054;REFB=-0.0129007;REVB=0.014449;RO=13;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486566;STB=0.545419;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0144313;OID=.;OPOS=21557021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:13:16:26:26:0.619048:16:10:6:7:16:10:8:8 chr14 21560706 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0528;QD=35.5755;RBI=0.0312781;REFB=0;REVB=-0.0306454;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00361338;OID=.;OPOS=21560706;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr14 21570273 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0289955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.54;QD=16.6267;RBI=0.0366225;REFB=-0.0568462;REVB=-0.0223711;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985294;STB=0.556731;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0480407;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:6:8:6:7:6:8 chr14 21570614 . A C 286.17 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0136096;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.21;QD=17.8853;RBI=0.0210629;REFB=-0.0198247;REVB=-0.0160756;RO=33;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174868;STB=0.597906;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0129584;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:33:31:31:0.484375:19:12:19:14:19:12:19:14 chr14 21623290 . T C 990.58 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.217;QD=59.139;RBI=0.0388037;REFB=0;REVB=0.0164047;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202035;OID=.;OPOS=21623290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:25:40:0:0:27:40:0:0 chr14 21623303 . G T 313.25 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0318141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.141;QD=19.5782;RBI=0.0353747;REFB=-0.0314072;REVB=0.0154672;RO=30;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350409;STB=0.512813;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0289709;OID=.;OPOS=21623303;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:13:20:17:13:13:20:18:13 chr14 21623489 . C T 126.86 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0153423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.298;QD=19.5162;RBI=0.0248661;REFB=-0.0121774;REVB=-0.0195688;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207763;STB=0.619531;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0208433;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:11:3:5:7:11:3:5:7 chr14 21623836 . G A 727.69 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.96594e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.015;QD=63.2775;RBI=0.025817;REFB=0;REVB=0.0258168;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191802;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030806;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:45:46:1:24:21:0:1:25:21:0:0 chr14 21624197 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00870135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.135;QD=14.6525;RBI=0.0210501;REFB=-0.00653224;REVB=-0.0191675;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229845;STB=0.635942;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00583962;OID=.;OPOS=21624197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:1:4:3:3:1:4 chr14 21770730 . A G 200.94 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00356046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.79;QD=11.8199;RBI=0.0270903;REFB=-0.0204003;REVB=-0.0268553;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124416;STB=0.583565;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0422186;OID=.;OPOS=21770730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:41:43:25:25:0.367647:13:12:15:26:13:12:15:28 chr14 21778717 . AAAT A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0039234;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=245.997;QD=12.8607;RBI=0.0295459;REFB=-0.0117548;REVB=-0.0292842;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0.328205;SSEP=0;SSSB=-0.235769;STB=0.666221;STBP=0.313;TYPE=del;VARB=0.0206923;OID=.;OPOS=21778718;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:7:15:7:15:8:3:4:6:2:47:7:3:4:5:2 chr14 21778792 . T C 73.84 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0256539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.021;QD=9.84562;RBI=0.0332313;REFB=-0.0290842;REVB=-0.0211234;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285136;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0443466;OID=.;OPOS=21778792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:5:5:10:9:5:5:10:10 chr14 21785790 . G A 96.25 PASS AF=0.363636;AO=13;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.068168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0167;QD=11.6664;RBI=0.128029;REFB=-0.00544539;REVB=-0.108372;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381561;STB=0.555466;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00436304;OID=.;OPOS=21785790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:33:33:20:21:13:12:0.363636:8:5:7:13:7:5:7:14 chr14 21796784 . G C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.010137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4862;QD=19.1332;RBI=0.0104463;REFB=-0.0345545;REVB=-0.00252334;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00750295;OID=.;OPOS=21796784;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:2:0:2:3:2:0 chr14 21829129 . C G 1189.09 PASS AF=0.952381;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00656391;FXX=0.0232531;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.8844;QD=56.6236;RBI=0.00665206;REFB=-0.0906677;REVB=0.0010793;RO=4;SAF=37;SAR=43;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259747;STB=0.513736;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00142086;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:84:4:4:80:80:0.952381:43:37:3:1:43:37:3:1 chr14 21831052 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.717;QD=63.2861;RBI=0.0552254;REFB=0;REVB=0.053272;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202276;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr14 21871653 . C T 803.61 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153721;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7713;QD=57.4004;RBI=0.029072;REFB=0;REVB=0.0246754;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291842;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr14 21899631 . C T 394.6 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0635592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.859;QD=19.9799;RBI=0.0636237;REFB=0.0186573;REVB=-0.00286557;RO=39;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079891;STB=0.544282;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0167162;OID=.;OPOS=21899631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:20:20:16:23:20:20:16:23 chr14 21960816 . T C 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.215;QD=60.8525;RBI=0.0327222;REFB=0.0226036;REVB=0.00510288;RO=1;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014927;STB=0.507933;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00145232;OID=.;OPOS=21960816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:31:15:0:1:31:15:0:1 chr14 21960969 . G A 326.6 PASS AF=0.617021;AO=25;DP=44;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0626816;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.313;QD=27.7954;RBI=0.0628221;REFB=-0.0140471;REVB=-0.00419952;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.59118;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00274073;OID=.;OPOS=21960969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:0:18:25:29:0.617021:12:13:0:0:15:14:13:5 chr14 21993498 . G A 139.95 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0143172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4661;QD=20.7336;RBI=0.0733253;REFB=-0.0550912;REVB=0.071914;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135688;STB=0.507682;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0504239;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:12:12:15:15:0.555556:6:9:7:5:6:9:7:5 chr14 21993638 . G C 283.34 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0839188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0461;QD=17.7085;RBI=0.087887;REFB=-0.00928588;REVB=0.0261105;RO=33;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612004;STB=0.534266;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0129641;OID=.;OPOS=21993638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:18:13:16:17:18:13:16:17 chr14 22038450 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0366818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.861;QD=10.6345;RBI=0.0667683;REFB=-0.00412293;REVB=-0.0557893;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386833;STB=0.729824;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00304004;OID=.;OPOS=22038450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:3:10:3:5:3:10 chr14 22038525 . G T 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0091214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.76;QD=26.6377;RBI=0.00920982;REFB=-0.023649;REVB=-0.00127316;RO=8;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185052;STB=0.602966;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00785996;OID=.;OPOS=22038525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:7:9:2:6:7:9:2:6 chr14 22038658 . CT C,CC 178.29 PASS AF=1,0;AO=4,11;DP=15;FAO=15,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.204609,-0.236566;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.168,181.407;QD=47.5451;RBI=0.231761,0.273341;REFB=0,0;REVB=-0.10885,-0.136936;RO=0;SAF=0,8;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00500049,0;OID=.,.;OPOS=22038659,22038659;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:4,11:15:15,0:15:0:8,0:7,0:0:0:4:0:0,8:4,3:0:0 chr14 22102374 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.366;QD=55.0986;RBI=0.00779087;REFB=0;REVB=-0.00173365;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53254e-05;OID=.;OPOS=22102374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr14 22102439 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.242;QD=51.9167;RBI=0.018718;REFB=0;REVB=0.00581337;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11871e-05;OID=.;OPOS=22102439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr14 22102745 . C A 85.61 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0123303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.702;QD=11.4141;RBI=0.0123751;REFB=-0.0213791;REVB=-0.00105154;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229905;STB=0.66637;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0169909;OID=.;OPOS=22102745;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:17:19:11:11:0.366667:7:4:10:7:7:4:12:7 chr14 22111660 . C T 498.0 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.000420847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.297;QD=19.7229;RBI=0.0201862;REFB=-0.00849417;REVB=0.0201818;RO=50;SAF=32;SAR=19;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120603;STB=0.506664;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00574812;OID=.;OPOS=22111660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:51:51:0.50495:19:32:32:18:19:32:32:18 chr14 22133416 . A G 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0026532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.827;QD=17.8;RBI=0.0104738;REFB=-0.0190578;REVB=-0.0101322;RO=24;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707598;STB=0.540498;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0195947;OID=.;OPOS=22133416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:16:4:6:18:16:4:6:18 chr14 22133648 . G A 222.56 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.000486809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.742;QD=20.2329;RBI=0.0465744;REFB=0.00661311;REVB=0.0465718;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226349;STB=0.63403;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00727686;OID=.;OPOS=22133648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:21:22:0.5:11:10:16:6:12:10:16:6 chr14 22133997 . A G 303.83 PASS AF=0.507463;AO=29;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0104673;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.886;QD=18.1391;RBI=0.0173736;REFB=-0.0116863;REVB=-0.0138664;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139251;STB=0.537292;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0110616;OID=.;OPOS=22133997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:33:29:34:0.507463:17:12:18:14:17:17:19:14 chr14 22236756 . G C 179.51 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0446164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9071;QD=11.0467;RBI=0.0509246;REFB=-0.00106588;REVB=-0.0245497;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103653;STB=0.535684;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.000232853;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:42:23:23:0.353846:10:13:25:13:10:13:26:16 chr14 22237070 . C T 236.43 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0134987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.091;QD=11.2584;RBI=0.0225566;REFB=-0.0178007;REVB=-0.0180717;RO=55;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210324;STB=0.621278;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0314887;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:13:16:20:35:13:16:20:35 chr14 22237127 . C T 876.95 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0102151;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.283;QD=54.8096;RBI=0.0103755;REFB=0.0122097;REVB=-0.00181771;RO=2;SAF=25;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00592119;STB=0.503137;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.000255757;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:37:25:1:1:37:25:1:1 chr14 22309847 . T C 167.97 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00768534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.345;QD=15.6252;RBI=0.0103084;REFB=-0.0147027;REVB=-0.00687011;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270856;STB=0.656075;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0253711;OID=.;OPOS=22309847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:12:6:15:10:12:6:15:10 chr14 22309948 . T C 83.99 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0298754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.018;QD=10.1801;RBI=0.0306294;REFB=-0.0108238;REVB=-0.00675439;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362148;STB=0.533274;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.015013;OID=.;OPOS=22309948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:21:22:11:11:0.333333:7:4:7:14:7:4:7:15 chr14 22314985 . T C 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0158025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.432;QD=16.9233;RBI=0.0170928;REFB=-0.00824993;REVB=0.00651502;RO=40;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120612;STB=0.567529;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00946467;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:17:17:15:25:17:17:15:25 chr14 22315212 . A G 427.45 PASS AF=0.483146;AO=41;DP=87;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0350427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.894;QD=19.2112;RBI=0.036636;REFB=-0.0326156;REVB=0.0106869;RO=46;SAF=15;SAR=26;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151623;STB=0.566387;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0300644;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:46:46:41:43:0.483146:26:15:24:22:26:17:24:22 chr14 22315394 . T C 159.43 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00206505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.088;QD=11.5951;RBI=0.0257275;REFB=-0.012336;REVB=-0.0256445;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127809;STB=0.581739;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.024463;OID=.;OPOS=22315394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:35:20:20:0.363636:10:10:13:21:10:10:13:22 chr14 22337393 . G A 1026.66 PASS AF=0.985915;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.072706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6231;QD=57.8399;RBI=0.0757869;REFB=0.0190599;REVB=-0.0213891;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129467;STB=0.506847;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00975023;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:1:1:67:70:0.985915:36:31:0:1:36:34:0:1 chr14 22356491 . G T 249.38 PASS AF=0.408451;AO=27;DP=73;FAO=29;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0290038;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8938;QD=14.0496;RBI=0.137004;REFB=0.0137763;REVB=0.133898;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113241;STB=0.502452;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.019738;OID=.;OPOS=22356491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:32:42:27:29:0.408451:15:12:18:14:16:13:19:23 chr14 22356551 . T C 264.86 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00234963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.727;QD=15.58;RBI=0.00505709;REFB=-0.00959262;REVB=-0.0044781;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396924;STB=0.514696;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0109104;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:15:15:20:17:15:15:20:18 chr14 22362971 . A G 417.29 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.00381254;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4437;QD=14.3894;RBI=0.0567013;REFB=-0.0144788;REVB=-0.0565729;RO=68;SAF=14;SAR=34;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232358;STB=0.631522;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0333972;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:68:68:48:48:0.413793:34:14:34:34:34:14:34:34 chr14 22392304 . G A 72.52 PASS AF=0.175;AO=12;DP=78;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0261555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7418;QD=3.62583;RBI=0.0265708;REFB=-0.008768;REVB=0.00467947;RO=66;SAF=5;SAR=7;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665857;STB=0.534247;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0473404;OID=.;OPOS=22392304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:78:80:66:66:12:14:0.175:7:5:31:35:8:6:31:35 chr14 22392366 . C T 147.07 PASS AF=0.22449;AO=22;DP=98;FAO=22;FDP=98;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.00756776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.759;QD=6.00269;RBI=0.00974523;REFB=-0.00970219;REVB=0.0061399;RO=75;SAF=10;SAR=12;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114759;STB=0.56556;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0286268;OID=.;OPOS=22392366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:75:76:22:22:0.22449:12:10:41:34:12:10:41:35 chr14 22392626 . A C 333.8 PASS AF=0.45;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0111726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6112;QD=16.6901;RBI=0.0438887;REFB=-0.00953121;REVB=-0.0424428;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338451;STB=0.512493;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0116167;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:44:36:36:0.45:18:18:20:23:18:18:21:23 chr14 22392703 . G C 213.61 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0142922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.99;QD=12.7528;RBI=0.0157584;REFB=-0.0133429;REVB=0.00663795;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390109;STB=0.522371;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0211811;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:13:13:22:19:13:13:22:19 chr14 22392807 . T C 233.3 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0202607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.33;QD=16.967;RBI=0.0383606;REFB=-0.0206835;REVB=-0.0325736;RO=29;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134233;STB=0.575787;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0121864;OID=.;OPOS=22392807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:9:17:15:14:9:17:15:14 chr14 22409571 . A G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00358673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.233;QD=8.6914;RBI=0.0300625;REFB=-0.0120673;REVB=0.0298478;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323425;STB=0.701598;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0221127;OID=.;OPOS=22409571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:2:6:8:9:2:6:8:9 chr14 22509188 . T C 785.74 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00633873;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3517;QD=53.2707;RBI=0.0273605;REFB=0.0173901;REVB=-0.0266161;RO=1;SAF=16;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028559;STB=0.529401;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00125035;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:59:1:2:57:57:0.966102:41:16:1:0:41:16:2:0 chr14 22521051 . G A 170.24 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.024135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.206;QD=17.0244;RBI=0.033317;REFB=-0.00808163;REVB=0.0229678;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164933;STB=0.509423;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00791792;OID=.;OPOS=22521051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:15:7:6:12:15:7 chr14 22600490 . C T 244.31 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0221123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.45;QD=18.793;RBI=0.0237827;REFB=-0.045038;REVB=-0.00875576;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153553;STB=0.599615;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0413755;OID=.;OPOS=22600490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:26:26:24:26:0.5:9:15:12:14:9:17:12:14 chr14 22600863 . G A 272.52 PASS AF=0.432432;AO=30;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00538296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.162;QD=14.7306;RBI=0.0069664;REFB=-0.00252317;REVB=-0.00442205;RO=43;SAF=14;SAR=16;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142268;STB=0.571384;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00377479;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:43:42:30:32:0.432432:16:14:26:17:17:15:25:17 chr14 22616547 . A G 105.64 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0245818;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.977;QD=10.5635;RBI=0.0326653;REFB=-0.0149401;REVB=-0.0215117;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225048;STB=0.513493;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0389516;OID=.;OPOS=22616547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:6:7:14:13:6:7:14:13 chr14 22631678 . C T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00409714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.956;QD=20.5466;RBI=0.00780475;REFB=0.0038748;REVB=0.00664286;RO=22;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429447;STB=0.524207;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.0037887;OID=.;OPOS=22631678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:8:14:13:9:8:14:13:9 chr14 22636784 . A C 202.66 PASS AF=0.413793;AO=26;DP=60;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00360646;FXX=0.0333278;HRUN=6;LEN=1;MLLD=222.815;QD=13.9766;RBI=0.014323;REFB=-0.00512035;REVB=-0.0138615;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11039;STB=0.586137;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00789584;OID=.;OPOS=22636784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:34:34:26:24:0.413793:12:14:22:12:12:12:22:12 chr14 22636874 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0163178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9421;QD=13.441;RBI=0.0169293;REFB=-0.00275366;REVB=0.00450886;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154027;STB=0.509073;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00199986;OID=.;OPOS=22636874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:8:5:4:6:8:5 chr14 22670458 . C T 679.35 PASS AF=0.614583;AO=59;DP=96;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0186683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0388;QD=28.3063;RBI=0.0215763;REFB=-0.0354608;REVB=0.0108182;RO=37;SAF=29;SAR=30;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611449;STB=0.533228;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0216281;OID=.;OPOS=22670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:37:37:59:59:0.614583:30:29:15:22:30:29:15:22 chr14 22670975 . G A 216.1 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0501647;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1904;QD=27.8843;RBI=0.0561218;REFB=-0.0685381;REVB=0.0251627;RO=11;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123757;STB=0.568201;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0433506;OID=.;OPOS=22670975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:31:11:11:20:20:0.645161:7:13:9:2:7:13:9:2 chr14 22690209 . A C 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9638;QD=61.3308;RBI=0.0348957;REFB=0;REVB=0.0148909;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000753415;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr14 22694926 . C T 83.97 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00784569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.915;QD=10.496;RBI=0.0233167;REFB=0.000360293;REVB=-0.0219571;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126972;STB=0.576134;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00188222;OID=.;OPOS=22694926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:9:12:5:6:9:12 chr14 22695084 . C T 393.22 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6365;QD=56.1739;RBI=0.0409574;REFB=0;REVB=0.0388421;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112162;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr14 22695128 . A G 56.7 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0172247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.586;QD=11.9361;RBI=0.0234164;REFB=-0.0281748;REVB=0.0158631;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0326711;OID=.;OPOS=22695128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:10:11:8:8:0.421053:4:4:5:5:4:4:6:5 chr14 22788610 . T C 356.89 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.017298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2427;QD=16.9945;RBI=0.0183101;REFB=-0.0218995;REVB=0.00600315;RO=45;SAF=21;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773991;STB=0.528952;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0244091;OID=.;OPOS=22788610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:45:46:37:38:0.452381:16:21:22:23:17:21:23:23 chr14 22887459 . CG C 105.03 PASS AF=0.466667;AO=19;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.080792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.4518;QD=9.33585;RBI=0.126049;REFB=0.0321459;REVB=0.0967516;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=-0.157432;STB=0.519981;STBP=0.828;TYPE=del;VARB=-0.0053384;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:19:45:21:45:24:8:13:10:14:99:26:6:13:12:14 chr14 22891794 . G A 121.41 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0099623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.115;QD=15.1766;RBI=0.0103324;REFB=-0.0092328;REVB=-0.00274064;RO=18;SAF=12;SAR=2;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.584828;STB=0.840613;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00659762;OID=.;OPOS=22891794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:2:12:5:13:2:12:5:13 chr14 22891883 . G C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=0.0426566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.269;QD=9.8214;RBI=0.0504587;REFB=0.000907853;REVB=0.0269536;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574764;STB=0.82897;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00233607;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:2:21:4:7:2:21 chr14 22942890 . G T 457.78 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0117652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.332;QD=17.7778;RBI=0.0171144;REFB=-0.00777472;REVB=0.0124291;RO=54;SAF=27;SAR=22;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483304;STB=0.526871;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0081245;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:22:27:27:27:22:27:27:27 chr14 22947903 . C T 238.74 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0285772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.708;QD=14.0433;RBI=0.0306538;REFB=-0.00564249;REVB=-0.0110905;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516604;STB=0.529391;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00693538;OID=.;OPOS=22947903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:14:14:18:22:14:14:18:22 chr14 22961854 . A G 281.24 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0691328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.6276;QD=21.2256;RBI=0.072195;REFB=0.0490791;REVB=-0.0208031;RO=23;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184538;STB=0.611687;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0231125;OID=.;OPOS=22961854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:18:11:14:9:18:11:15:9 chr14 22972742 . G A 1223.33 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.013521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.387;QD=59.6748;RBI=0.0309144;REFB=-0.0322595;REVB=0.0278007;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122951;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000247757;OID=.;OPOS=22972742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:82:1:1:79:81:0.987805:41:38:1:0:41:40:1:0 chr14 22972783 . AC A 684.37 PASS AF=1;AO=60;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0858482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.1211;QD=42.7732;RBI=0.153417;REFB=0;REVB=-0.127149;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00344925;OID=.;OPOS=22972784;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:64:64:64:0:27:37:0:0:13:0:26:34:0:0 chr14 22972815 . C T 785.37 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.642;QD=64.1114;RBI=0.0196025;REFB=0;REVB=0.0177376;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01409e-05;OID=.;OPOS=22972815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr14 22975700 . T G 1479.86 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00906046;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.782;QD=62.3098;RBI=0.0138434;REFB=-0.00808615;REVB=-0.0104665;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-2.4807e-05;OID=.;OPOS=22975700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:95:0:1:94:94:0.989474:41:53:0:0:41:53:1:0 chr14 22978335 . C T 2175.83 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147095;FXX=0.0283668;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9484;QD=63.5279;RBI=0.0245336;REFB=0;REVB=0.0196349;RO=0;SAF=58;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59527e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000932516;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:137:137:1:79:58:0:0:79:58:0:0 chr14 22984586 . A C 380.79 PASS AF=0.506024;AO=36;DP=76;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0048817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.595;QD=18.3514;RBI=0.00806218;REFB=-0.0105307;REVB=0.00641621;RO=40;SAF=31;SAR=5;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401898;STB=0.614615;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0095378;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:83:40:41:36:42:0.506024:5:31:22:18:11:31:22:19 chr14 22988972 . G C 252.16 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00192807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.33;QD=10.3983;RBI=0.00668743;REFB=0.00398301;REVB=-0.00640345;RO=64;SAF=18;SAR=13;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111801;STB=0.565466;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00920918;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:66:31:31:0.319588:13:18:31:33:13:18:32:34 chr14 22993278 . A AG 468.57 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.9203;QD=38.251;RBI=0.0243938;REFB=0;REVB=-0.00887706;RO=2;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00910618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00174916;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:49:49:49:0:19:30:0:0:9:2:17:26:1:1 chr14 22997524 . A G 1635.82 PASS AF=0.965517;AO=108;DP=114;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0252043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3186;QD=56.4076;RBI=0.0252552;REFB=0.0184735;REVB=-0.00160211;RO=4;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305933;STB=0.506578;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0101329;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:114:116:4:4:108:112:0.965517:60:48:0:4:63:49:1:3 chr14 22998590 . AG A 963.52 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638822;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.253;QD=49.4112;RBI=0.0387797;REFB=0;REVB=-0.0382499;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000714805;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:79:78:78:0:47:31:0:0:17:0:47:30:0:0 chr14 22998619 . ACCCA ACCA,ACCAC 854.52 PASS AF=1,0;AO=59,3;DP=65;FAO=65,0;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392272,-0.0610065;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=21.6846,5.58795;QD=52.5857;RBI=0.00726157,0.0630761;REFB=0,0;REVB=0.00611086,0.0160251;RO=0;SAF=35,1;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00156223,0.0447207;OID=.,.;OPOS=22998620,22998622;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=ACCA,ACCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:59,3:65:65,0:65:0:37,0:28,0:0:0:5:0:35,1:24,2:0:0 chr14 23000062 . T C 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5992;QD=56.9982;RBI=0.0578554;REFB=0;REVB=0.0180736;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459042;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr14 23025932 . A T 2355.87 PASS AF=0.99359;AO=153;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0435008;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.693;QD=60.4068;RBI=0.0491786;REFB=-0.115911;REVB=0.0229395;RO=0;SAF=57;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85442e-08;STB=0.504347;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000190965;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:156:0:1:153:155:0.99359:96:57:0:0:98:57:1:0 chr14 23044002 . G T 81.27 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0209211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.327;QD=8.12675;RBI=0.0210393;REFB=-0.00676107;REVB=-0.00222737;RO=29;SAF=3;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433157;STB=0.764761;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0269912;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:8:3:19:10:8:3:19:10 chr14 23081223 . T C 145.51 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0947039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9569;QD=16.1674;RBI=0.096977;REFB=-0.0136584;REVB=0.0208734;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297472;STB=0.637504;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0212842;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:20:15:16:0.444444:11:4:11:9:11:5:11:9 chr14 23102784 . A G 43.83 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00550576;FXX=0.0302939;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.524;QD=5.47926;RBI=0.023617;REFB=-0.00679654;REVB=0.0229663;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409201;STB=0.803157;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0452556;OID=.;OPOS=23102784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:32:23:25:7:7:0.21875:6:1:10:13:6:1:12:13 chr14 23102882 . C A 66.78 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00452915;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.684;QD=11.1301;RBI=0.0238091;REFB=-0.00490111;REVB=-0.0233744;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189101;STB=0.636074;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00864661;OID=.;OPOS=23102882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:16:15:9:9:0.375:5:4:10:6:5:4:10:5 chr14 23102896 . A G 98.51 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0122157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.0547;QD=14.0734;RBI=0.0715074;REFB=0.00908048;REVB=-0.0704563;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259872;STB=0.650922;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0547683;OID=.;OPOS=23102896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:11:5:7:5:11:5 chr14 23102969 . G A 102.4 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0321146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0069;QD=17.8088;RBI=0.0423558;REFB=0.00433439;REVB=-0.0276164;RO=8;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277454;STB=0.545382;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00530323;OID=.;OPOS=23102969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:8:11:12:12:0.521739:3:9:8:0:3:9:9:2 chr14 23103040 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00260685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.814;QD=20.4561;RBI=0.0392959;REFB=-0.019404;REVB=-0.0392093;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230545;STB=0.629074;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0168844;OID=.;OPOS=23103040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:8:9:12:3:8:9:12:3 chr14 23103282 . T C 74.25 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0211441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0267;QD=10.2409;RBI=0.022312;REFB=-0.00198635;REVB=0.00712418;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856821;STB=0.551622;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00219974;OID=.;OPOS=23103282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:11:8:5:5:11:8 chr14 23103347 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0194401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0468;QD=13.631;RBI=0.0224348;REFB=0.00523526;REVB=0.0111983;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295251;STB=0.676948;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.013282;OID=.;OPOS=23103347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:5:4:6:2:5:4 chr14 23103354 . AC GT 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0123483;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=171.241;QD=15.2931;RBI=0.0151335;REFB=-0.0552309;REVB=0.00874886;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101784;STB=0.559863;STBP=0.649;TYPE=mnp;VARB=0.0417252;OID=.;OPOS=23103354;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:4:5:6:3:4:5 chr14 23235808 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.048;QD=56.9379;RBI=0.00678448;REFB=0;REVB=0.00664575;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78949e-05;OID=.;OPOS=23235808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr14 23236524 . C T 544.6 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385934;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.685;QD=60.511;RBI=0.0664209;REFB=0;REVB=-0.0540581;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24288e-05;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:7:29:0:0:7:29:0:0 chr14 23242828 . T C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.3663;QD=41.8665;RBI=0.0499628;REFB=0.0274157;REVB=0.047777;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698108;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-7.23823e-05;OID=.;OPOS=23242828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:14:15:0.9375:8:6:1:0:8:7:1:0 chr14 23248112 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.043463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.069;QD=17.5419;RBI=0.045417;REFB=0.00096309;REVB=0.0131782;RO=14;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017174;STB=0.555476;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.000130738;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:16:15:15:0.483871:13:2:2:12:13:2:3:13 chr14 23282110 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.432;QD=45.8068;RBI=0.0499304;REFB=0;REVB=0.0394383;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560705;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr14 23282449 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.014;QD=53.2772;RBI=0.0522048;REFB=0;REVB=0.0121142;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241542;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr14 23299135 . G T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00817559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.033;QD=61.8525;RBI=0.0137278;REFB=0;REVB=0.0110278;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34895e-06;OID=.;OPOS=23299135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr14 23299286 . T C 625.52 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150943;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.053;QD=61.0266;RBI=0.018954;REFB=-0.0383808;REVB=0.0114637;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416144;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr14 23303641 . A C 254.22 PASS AF=0.851852;AO=21;DP=25;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0278914;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.142;QD=37.6625;RBI=0.0355163;REFB=-0.0393665;REVB=0.0219881;RO=3;SAF=14;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516115;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00450327;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:25:27:3:4:21:23:0.851852:7:14:2:1:8:15:3:1 chr14 23306047 . C CT 384.26 PASS AF=1;AO=5;DP=32;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125818;FXX=0.0666445;HRUN=0;LEN=1;MLLD=216.373;QD=54.8938;RBI=0.137529;REFB=0;REVB=-0.0555341;RO=27;SAF=0;SAR=5;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543834;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.25069e-06;OID=.;OPOS=23306048;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:32:28:28:0:2:26:0:0:4:27:0:5:2:25 chr14 23306048 . C T 341.2 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0323223;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=257.733;QD=42.6505;RBI=0.0345419;REFB=-0.0844707;REVB=0.0121824;RO=5;SAF=2;SAR=25;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084468;STB=0.545423;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.000659168;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:32:32:5:5:27:27:0.84375:25:2:0:5:25:2:0:5 chr14 23312594 . G A 261.55 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00979855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.524;QD=25.5171;RBI=0.0124168;REFB=-0.0384065;REVB=0.00762656;RO=17;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118729;STB=0.565982;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0261278;OID=.;OPOS=23312594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:15:9:9:8:15:9:9:8 chr14 23321900 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.791;QD=57.2025;RBI=0.0352039;REFB=0;REVB=0.0288671;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022175;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr14 23371055 . G C 79.31 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.021123;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.623;QD=13.218;RBI=0.0295813;REFB=-0.0137431;REVB=0.0207093;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506153;STB=0.842944;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0200454;OID=.;OPOS=23371055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:25:24:12:14:10:10:0.416667:1:9:6:6:1:9:6:8 chr14 23371255 . G GGGC 33.27 PASS AF=0.555556;AO=3;DP=12;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0250899;FXX=0.0999001;HRUN=3;LEN=3;MLLD=168.525;QD=14.7887;RBI=0.06069;REFB=-0.0432504;REVB=0.0552609;RO=8;SAF=1;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047266;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=ins;VARB=0.030277;OID=.;OPOS=23371256;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:3:12:5:9:4:2:3:1:3:23:8:1:2:3:5 chr14 23374435 . G A 840.52 PASS AF=1;AO=44;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.551;QD=57.967;RBI=0.0738758;REFB=0;REVB=0.0713028;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303355;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:44:58:1:20:24:0:0:34:24:0:0 chr14 23374862 . C T 272.44 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.767;QD=51.8926;RBI=0.0612758;REFB=0;REVB=-0.0295946;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192566;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr14 23398902 . C T 808.95 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5393;QD=55.7895;RBI=0.117522;REFB=-0.0931147;REVB=0.0970716;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161045;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:57:58:1:23:34:0:0:24:34:0:0 chr14 23398990 . T G 714.88 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00869218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.444;QD=60.8412;RBI=0.0136451;REFB=-0.0269794;REVB=0.0105183;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00225858;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:24:22:0:0:24:22:0:1 chr14 23398995 . G A 258.75 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0700128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1751;QD=22.5003;RBI=0.0739991;REFB=-0.0613551;REVB=0.0239599;RO=19;SAF=15;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204531;STB=0.645042;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0506018;OID=.;OPOS=23398995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:22:24:24:0.521739:9:15:7:12:9:15:7:15 chr14 23426182 . C A 268.42 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.131438;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.727;QD=48.8028;RBI=0.132803;REFB=-0.0561092;REVB=0.0189882;RO=1;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318424;STB=0.517225;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00123682;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:22:1:1:21:21:0.954545:14:7:0:1:14:7:0:1 chr14 23512430 . C T 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0689681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0552;QD=15.2908;RBI=0.106764;REFB=0.0162837;REVB=0.0814976;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973785;STB=0.556839;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0152891;OID=.;OPOS=23512430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:3:6:5:4:3:6 chr14 23512751 . C CT 35.75 PASS AF=0.375;AO=7;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.117529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.1549;QD=5.95912;RBI=0.146577;REFB=-0.0137413;REVB=-0.0875877;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11411;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=ins;VARB=-0.0569624;OID=.;OPOS=23512752;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:7:24:9:24:15:5:4:7:8:35:15:4:3:7:8 chr14 23530622 . T C 292.76 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0646224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.305;QD=17.2211;RBI=0.0717369;REFB=-0.0186638;REVB=-0.0311468;RO=36;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217532;STB=0.621743;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0214274;OID=.;OPOS=23530622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:13:19:13:23:13:19:13:23 chr14 23548783 . A AGAACGT,T 372.77 PASS AF=0.405941,0.019802;AO=38,4;DP=101;FAO=41,2;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=22,1;FSAR=19,1;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0126644,-0.0722997;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=186.05,74.937;QD=14.7633;RBI=0.0138818,0.0724391;REFB=-0.0351001,-0.0189118;REVB=-0.00568483,0.00449066;RO=57;SAF=22,1;SAR=16,3;SRF=34;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0190971,-0.332391;STB=0.529339,0.58253;STBP=0.657,0.858;TYPE=ins,snp;VARB=0.0515285,0.0740948;OID=.,.;OPOS=23548784,23548783;OREF=-,A;OALT=GAACGT,T;OMAPALT=AGAACGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:58:38,4:41,2:0.405941,0.019802:16,3:22,1:34:23:19,1:22,1:34:24 chr14 23549319 . A G 338.56 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.012996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.741;QD=26.5534;RBI=0.0134571;REFB=-0.0369458;REVB=0.00349245;RO=19;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188105;STB=0.60311;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0166914;OID=.;OPOS=23549319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:19:13:13:6:19:13:13:6 chr14 23549379 . C G 668.63 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.877;QD=62.1977;RBI=0.0206314;REFB=0;REVB=0.0204629;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23383e-05;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:17:26:0:0 chr14 23549785 . T C 155.21 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00813763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.519;QD=9.26603;RBI=0.00974065;REFB=-0.0193916;REVB=-0.00535343;RO=46;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738811;STB=0.543593;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.06035;OID=.;OPOS=23549785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:11:10:19:27:11:10:19:27 chr14 23567774 . T A 227.88 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00748931;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.354;QD=28.4849;RBI=0.0104286;REFB=-0.0175518;REVB=0.00725718;RO=11;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825197;STB=0.545413;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0058819;OID=.;OPOS=23567774;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:32:11:11:21:21:0.65625:6:15:9:2:6:15:9:2 chr14 23569106 . A G 592.0 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.36;QD=56.381;RBI=0.025925;REFB=-0.0036925;REVB=-0.00982249;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683707;STB=0.503648;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=6.32604e-05;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:17:23:1:1:17:23:1:1 chr14 23571671 . A T 745.03 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.47;QD=56.2284;RBI=0.0276204;REFB=0;REVB=-0.00823306;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.44677e-05;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:34:18:0:0:35:18:0:0 chr14 23573960 . C T 321.08 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0555647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.944;QD=33.7982;RBI=0.0580074;REFB=0.000214965;REVB=0.0166562;RO=11;SAF=14;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338799;STB=0.518505;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.000275569;OID=.;OPOS=23573960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:13:14:5:6:13:14:5:6 chr14 23595721 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.128;QD=63.5802;RBI=0.00789969;REFB=0;REVB=-0.00671279;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.43779e-05;OID=.;OPOS=23595721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr14 23598952 . A G 975.71 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171248;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.782;QD=58.2511;RBI=0.0223394;REFB=0;REVB=0.0143453;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216699;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:63:67:1:35:28:0:0:39:28:0:0 chr14 23746269 . C G 367.04 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00148926;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.625;QD=20.9739;RBI=0.001685;REFB=-0.041057;REVB=0.000788244;RO=36;SAF=21;SAR=15;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104994;STB=0.535695;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0372275;OID=.;OPOS=23746269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:36:33:36:37:0.528571:15:21:25:11:15:22:22:11 chr14 23777099 . G A 642.51 PASS AF=0.601942;AO=61;DP=104;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0167706;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.028;QD=24.9519;RBI=0.0622174;REFB=-0.0283298;REVB=0.0599145;RO=40;SAF=27;SAR=34;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878201;STB=0.554615;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.016704;OID=.;OPOS=23777099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:40:41:61:62:0.601942:34:27:13:27:34:28:13:28 chr14 23777374 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.06;QD=59.6794;RBI=0.0234106;REFB=0;REVB=-0.00537939;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.67006e-05;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr14 23821361 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00442817;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.652;QD=12.8607;RBI=0.00444571;REFB=-0.0182875;REVB=-0.000394554;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0214091;OID=.;OPOS=23821361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:3:5:5:2:3:5 chr14 23826792 . G A 477.9 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=-0.117308;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1887;QD=16.9168;RBI=0.139225;REFB=-0.0373808;REVB=0.0749827;RO=60;SAF=25;SAR=27;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176315;STB=0.601131;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0439371;OID=.;OPOS=23826792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:60:61:52:52:0.460177:27:25:18:42:27:25:18:43 chr14 23826822 . C T 326.51 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00370144;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.859;QD=16.9617;RBI=0.0196193;REFB=-0.0249297;REVB=-0.019267;RO=42;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342957;STB=0.519265;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0294718;OID=.;OPOS=23826822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:42:42:35:35:0.454545:22:13:17:25:22:13:17:25 chr14 23844979 . C A 395.59 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00995557;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.841;QD=14.9279;RBI=0.0118945;REFB=-0.0208202;REVB=-0.00650887;RO=59;SAF=22;SAR=23;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711001;STB=0.539346;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.028603;OID=.;OPOS=23844979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:59:61:45:45:0.424528:23:22:33:26:23:22:34:27 chr14 23845244 . G A 188.39 PASS AF=0.423077;AO=20;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0242191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0051;QD=14.4913;RBI=0.0250407;REFB=0.00884923;REVB=-0.00636208;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364741;STB=0.551555;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00681547;OID=.;OPOS=23845244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:20:22:0.423077:12:8:11:19:12:10:11:19 chr14 23848311 . C T 224.61 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0478172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.002;QD=19.5314;RBI=0.0488754;REFB=-0.00636921;REVB=0.0101153;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134881;STB=0.564797;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0105096;OID=.;OPOS=23848311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:9:12:17:7:9:13:17:7 chr14 23855569 . A G 734.29 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223233;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2593;QD=63.8511;RBI=0.0302759;REFB=0;REVB=-0.0204525;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79471e-05;OID=.;OPOS=23855569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:45:46:1:16:29:0:0:16:30:0:0 chr14 23944505 . G A 318.26 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00775036;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6343;QD=17.9299;RBI=0.0259998;REFB=-0.0220212;REVB=0.0248178;RO=37;SAF=10;SAR=24;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144168;STB=0.580956;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0221705;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:37:34:34:0.478873:24:10:16:21:24:10:16:21 chr14 23944514 . C A 255.75 PASS AF=0.446154;AO=30;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0108613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.033;QD=15.7382;RBI=0.0128559;REFB=-0.0218481;REVB=-0.00687812;RO=35;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126549;STB=0.558782;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0338675;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:30:29:0.446154:20:10:16:19:19:10:16:20 chr14 23947374 . G A 335.94 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0170663;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.867;QD=19.4747;RBI=0.0182843;REFB=0.00575678;REVB=0.0065619;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168707;STB=0.593518;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00710027;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:34:34:35:35:0.507246:17:18:11:23:17:18:11:23 chr14 23992742 . T G 803.01 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.477;QD=64.2407;RBI=0.0260699;REFB=0;REVB=0.0201787;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40209e-05;OID=.;OPOS=23992742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:31:18:0:0:31:19:0:0 chr14 23994517 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.563;QD=63.8712;RBI=0.0314118;REFB=0;REVB=0.00618172;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98611e-05;OID=.;OPOS=23994517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr14 24261219 . T C 205.05 PASS AF=0.317647;AO=28;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00815154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.6973;QD=9.64921;RBI=0.0306098;REFB=-0.035601;REVB=0.0295044;RO=54;SAF=15;SAR=13;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195558;STB=0.552173;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0718008;OID=.;OPOS=24261219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:58:28:27:0.317647:13:15:28:26:11:16:30:28 chr14 24261273 . G C 322.32 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0110546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.664;QD=16.5292;RBI=0.0215137;REFB=-0.01354;REVB=0.0184563;RO=43;SAF=15;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820035;STB=0.546099;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0323669;OID=.;OPOS=24261273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:20:15:22:21:20:15:22:21 chr14 24261275 . C T 322.15 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.02626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.959;QD=16.5203;RBI=0.0372997;REFB=-0.0130156;REVB=-0.0264891;RO=43;SAF=15;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820035;STB=0.546099;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0174275;OID=.;OPOS=24261275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:20:15:22:21:20:15:22:21 chr14 24261340 . A G 220.25 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.179244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1272;QD=24.4717;RBI=0.180524;REFB=0.00840397;REVB=0.0214595;RO=15;SAF=5;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288728;STB=0.516113;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-2.43543e-05;OID=.;OPOS=24261340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:16:5:4:11:16:5:4:11 chr14 24458162 . G C 651.01 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6694;QD=62.0013;RBI=0.0580256;REFB=0;REVB=-0.0524533;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00036924;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr14 24458211 . A T 280.37 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0405588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.329;QD=19.3355;RBI=0.0419832;REFB=-0.0265079;REVB=0.0108431;RO=28;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020834;STB=0.521725;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0143113;OID=.;OPOS=24458211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:28:29:30:0.517241:18:11:10:18:18:12:10:18 chr14 24459520 . T C 36.12 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0167449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7634;QD=6.56676;RBI=0.0297238;REFB=-0.00692162;REVB=0.0245584;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192221;STB=0.624574;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0218645;OID=.;OPOS=24459520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:8:8:4:2:8:8 chr14 24470138 . C T 204.39 PASS AF=0.320988;AO=25;DP=80;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0120698;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.448;QD=10.0934;RBI=0.013711;REFB=-0.0117174;REVB=0.00650469;RO=55;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164449;STB=0.581071;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0282103;OID=.;OPOS=24470138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:55:55:25:26:0.320988:11:14:23:32:12:14:23:32 chr14 24505722 . C G 292.83 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00630913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.721;QD=17.2254;RBI=0.0165828;REFB=-0.0091577;REVB=-0.0153357;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357294;STB=0.526299;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00888398;OID=.;OPOS=24505722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:18:14:14:21:18:14:14:22 chr14 24507010 . C A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0051044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0637;QD=24.2927;RBI=0.0502439;REFB=-0.0021234;REVB=-0.0499839;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337889;STB=0.687709;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000921858;OID=.;OPOS=24507010;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:7:12:2:11:7:12:2:11 chr14 24526206 . T C 62.07 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0078738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.564;QD=13.7922;RBI=0.00856478;REFB=-0.0264911;REVB=-0.00337028;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296554;STB=0.646722;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0207507;OID=.;OPOS=24526206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:17:18:8:9:7:8:0.444444:4:3:1:7:4:4:2:7 chr14 24527220 . C T 98.52 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0214829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.476;QD=14.0746;RBI=0.0480651;REFB=-0.0173998;REVB=0.042997;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174839;STB=0.601109;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0153123;OID=.;OPOS=24527220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:4:12:7:5:4:12 chr14 24529209 . C T 212.65 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0123637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.254;QD=20.2524;RBI=0.0123654;REFB=-0.00477273;REVB=-0.00020143;RO=21;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332938;STB=0.687325;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00920631;OID=.;OPOS=24529209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:7:14:6:15:7:14:6:15 chr14 24529260 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00972265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.688;QD=13.5766;RBI=0.0132422;REFB=-0.00632889;REVB=0.00899031;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656314;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0092692;OID=.;OPOS=24529260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:10:9:7:6:10:9 chr14 24529890 . A G 293.36 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676044;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.601;QD=53.3379;RBI=0.0732224;REFB=0;REVB=0.0281278;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418617;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:21:1:0:0:21:1:0:0 chr14 24543808 . G C 143.38 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.014581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.1;QD=15.501;RBI=0.0369993;REFB=-0.0129167;REVB=0.0340051;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136602;STB=0.594481;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0399585;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:7:8:14:7:8:8:14:7 chr14 24545375 . C T 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.799;QD=45.8024;RBI=0.0490916;REFB=0;REVB=0.0447918;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115092;OID=.;OPOS=24545375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr14 24551796 . A AC,C 89.78 PASS AF=0.125,0.0703125;AO=21,9;DP=129;FAO=16,9;FDP=128;FR=.;FRO=103;FSAF=2,6;FSAR=14,3;FSRF=39;FSRR=64;FWDB=-0.0116853,-0.0194356;FXX=0.00775134;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=81.6843,91.5732;QD=2.80563;RBI=0.0128388,0.0195534;REFB=-0.00596597,-0.00389584;REVB=0.0053186,0.00214322;RO=99;SAF=4,6;SAR=17,3;SRF=37;SRR=62;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.281929,0.320183;STB=0.78588,0.748105;STBP=0.031,0.158;TYPE=ins,snp;VARB=0.156169,0.114197;OID=.,.;OPOS=24551797,24551796;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:129:128:99:103:21,9:16,9:0.125,0.0703125:17,3:4,6:37:62:14,3:2,6:39:64 chr14 24567498 . A C 1520.98 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201982;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5968;QD=62.7208;RBI=0.0796083;REFB=0.0344032;REVB=-0.0770033;RO=1;SAF=46;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010198;STB=0.505375;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00304509;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:97:1:1:96:96:0.989691:50:46:1:0:50:46:1:0 chr14 24614361 . T G 1064.28 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000701602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.148;QD=59.1265;RBI=0.0623853;REFB=0;REVB=0.0623813;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236552;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:28:42:0:0:30:42:0:0 chr14 24615435 . T C 287.24 PASS AF=0.438356;AO=33;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0128779;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.798;QD=15.7392;RBI=0.0208865;REFB=-0.00416503;REVB=-0.0164441;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181247;STB=0.582572;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00738956;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:41:33:32:0.438356:14:19:16:25:14:18:17:24 chr14 24617238 . C T 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00658802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.944;QD=12.9133;RBI=0.0414654;REFB=-0.00781664;REVB=0.0409387;RO=37;SAF=18;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353556;STB=0.70417;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0100336;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:6:18:16:21:6:18:16:21 chr14 24641838 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0605771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.776;QD=22.9154;RBI=0.063197;REFB=-0.0230969;REVB=0.0180074;RO=4;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158958;STB=0.592358;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00384823;OID=.;OPOS=24641838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:8:1:1:3:8:1:1:3 chr14 24642348 . C T 130.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0172733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.789;QD=14.0838;RBI=0.0178856;REFB=-0.0115546;REVB=-0.00464014;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718962;STB=0.541613;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0219927;OID=.;OPOS=24642348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:6:16:10:5:6:16 chr14 24646406 . G A,GGAA 362.42 PASS AF=0.0322581,0.870968;AO=3,26;DP=32;FAO=1,27;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=1,11;FSAR=0,16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.048122,-0.00764847;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=55.6672,223.754;QD=46.7641;RBI=0.053831,0.0242654;REFB=-0.0636831,-0.0635987;REVB=0.0241257,0.0230285;RO=3;SAF=3,10;SAR=0,16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.120583;STB=0.5,0.559955;STBP=1,0.067;TYPE=snp,ins;VARB=0.0319222,0.00290716;OID=.,.;OPOS=24646406,24646407;OREF=G,-;OALT=A,GAA;OMAPALT=A,GGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:32:31:3:3:3,26:1,27:0.0322581,0.870968:0,16:3,10:3:0:0,16:1,11:3:0 chr14 24647814 . T C 648.07 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.719;QD=61.7214;RBI=0.0712415;REFB=0;REVB=0.00110088;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292168;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:25:15:0:0:25:17:0:0 chr14 24653523 . G C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.000447424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.89;QD=19.1086;RBI=0.0151768;REFB=-0.0196997;REVB=-0.0151702;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102872;STB=0.559859;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0143055;OID=.;OPOS=24653523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:2:7:4:2:2:7:4:2 chr14 24653954 . G A 131.76 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0188425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.267;QD=14.6398;RBI=0.020377;REFB=-0.011288;REVB=0.00775769;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669461;STB=0.571338;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0142743;OID=.;OPOS=24653954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:21:15:15:0.416667:9:6:6:12:9:6:6:15 chr14 24653965 . C T 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0566338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.929;QD=23.236;RBI=0.0616574;REFB=0.0199883;REVB=0.0243771;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156888;STB=0.588374;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00883346;OID=.;OPOS=24653965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:13:5:6:7:13:5:6:7 chr14 24654489 . T C 590.97 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0230922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.357;QD=56.2827;RBI=0.128831;REFB=-0.0794321;REVB=-0.126745;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208425;STB=0.502403;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00105553;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:22:18:0:1:22:18:1:1 chr14 24657407 . T G 960.37 PASS AF=1;AO=45;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.787;QD=59.0994;RBI=0.118185;REFB=0;REVB=0.111752;RO=0;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323137;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:45:65:1:11:34:0:0:29:36:0:0 chr14 24683266 . CA C 56.03 PASS AF=0.254902;AO=14;DP=50;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0423524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.6998;QD=4.39429;RBI=0.0868018;REFB=-0.00717393;REVB=-0.0757682;RO=34;SAF=6;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218257;STB=0.530441;STBP=0.836;TYPE=del;VARB=-0.000124563;OID=.;OPOS=24683267;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254902:14:50:13:51:38:7:6:22:16:56:34:6:8:21:13 chr14 24718516 . G A 51.8 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0729561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6612;QD=3.63519;RBI=0.073007;REFB=-0.0399749;REVB=0.00272562;RO=48;SAF=7;SAR=2;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193268;STB=0.636033;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0688604;OID=.;OPOS=24718516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:57:57:48:48:9:9:0.157895:2:7:31:17:2:7:31:17 chr14 24729687 . C T 362.9 PASS AF=0.407767;AO=38;DP=99;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0013621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.15;QD=14.0931;RBI=0.0229633;REFB=-0.0220416;REVB=0.0229228;RO=60;SAF=26;SAR=12;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155386;STB=0.537999;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0242029;OID=.;OPOS=24729687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:60:61:38:42:0.407767:12:26:33:27:16:26:34:27 chr14 24736027 . G A 752.6 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2246;QD=62.7168;RBI=0.0534026;REFB=0;REVB=0.0406814;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268575;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583539;OID=.;OPOS=24736027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:47:48:1:30:17:1:0:30:18:0:0 chr14 24736961 . T C 1166.83 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353992;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.1;QD=60.6143;RBI=0.0483581;REFB=0;REVB=-0.0329454;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77789e-06;OID=.;OPOS=24736961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:76:77:1:42:34:0:0:42:35:0:0 chr14 24760764 . G A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0467624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.416;QD=13.3415;RBI=0.0560187;REFB=-0.000510524;REVB=-0.0308445;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221655;STB=0.634797;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000226274;OID=.;OPOS=24760764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:12:9:20:11:12:9:21:11 chr14 24761467 . G T 189.87 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0299963;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2635;QD=20.5265;RBI=0.0312625;REFB=-0.0020876;REVB=-0.00880717;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399843;STB=0.725984;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00244286;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:18:19:19:0.513514:5:14:5:13:5:14:5:13 chr14 24768291 . G A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0153651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.696;QD=16.4078;RBI=0.0251159;REFB=-0.00537814;REVB=0.0198675;RO=28;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919428;STB=0.532344;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00857779;OID=.;OPOS=24768291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:15:6:6:22:15:6:7:22 chr14 24771256 . T C 1526.33 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.131;QD=63.597;RBI=0.0840778;REFB=0;REVB=0.0794024;RO=1;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854356;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196933;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:1:0:94:96:1:55:39:0:1:57:39:0:0 chr14 24786293 . T G 199.41 PASS AF=0.75;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00486898;FXX=0.0768935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.882;QD=33.2342;RBI=0.0126345;REFB=0.0059075;REVB=0.0116586;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.76676;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00470846;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:26:24:0:6:17:18:0.75:15:2:0:0:16:2:5:1 chr14 24786976 . T C 610.37 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0234771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.814;QD=56.7785;RBI=0.0433049;REFB=-0.030355;REVB=0.0363888;RO=2;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375076;STB=0.51999;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000716397;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:24:17:0:2:24:17:0:2 chr14 24793600 . G A 206.89 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.386;QD=48.6789;RBI=0.0112661;REFB=0;REVB=-0.00932052;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12197e-05;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:17:0:0:15:17:1:6:9:0:0:7:10:0:0 chr14 24795495 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000615367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.176;QD=52.6125;RBI=0.0127349;REFB=0;REVB=0.01272;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80058e-05;OID=.;OPOS=24795495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr14 24802018 . G A 140.71 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00773654;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.81;QD=17.5891;RBI=0.0200559;REFB=-0.00823837;REVB=0.0185036;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589223;STB=0.529373;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.013064;OID=.;OPOS=24802018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:15:17:15:15:0.46875:8:7:6:9:8:7:7:10 chr14 24805463 . G T 232.88 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.019708;FXX=0.017854;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.4465;QD=16.9369;RBI=0.0333876;REFB=-0.0254584;REVB=0.0269505;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104673;STB=0.543876;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0640933;OID=.;OPOS=24805463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:26:29:26:26:0.472727:12:14:17:9:12:14:18:11 chr14 24821299 . C T 274.92 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00681692;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3494;QD=21.5626;RBI=0.0182903;REFB=0.0274852;REVB=-0.0169725;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296995;STB=0.506325;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.0205577;OID=.;OPOS=24821299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:23:28:28:0.54902:13:15:12:12:13:15:12:11 chr14 24839165 . C T 278.71 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0291793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1435;QD=16.3949;RBI=0.121647;REFB=-0.0200542;REVB=-0.118096;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124525;STB=0.570138;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0231043;OID=.;OPOS=24839165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:19:12:19:18:19:12:19:18 chr14 24846757 . A G 75.15 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0191449;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.157;QD=9.39431;RBI=0.0191577;REFB=-0.00756498;REVB=-0.000698245;RO=22;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372818;STB=0.522683;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0244318;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:32:32:22:22:10:10:0.3125:3:7:16:6:3:7:16:6 chr14 24868622 . GGC G,GGG 69.36 PASS AF=0.346154,0;AO=9,2;DP=51;FAO=18,0;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=7,0;FSAR=11,0;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=-0.231406,0.221133;FXX=0.0370302;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=14.819,14.0724;QD=5.33571;RBI=0.247642,0.238579;REFB=-0.137396,-0.0320014;REVB=-0.0881909,0.0895572;RO=37;SAF=3,0;SAR=6,2;SRF=9;SRR=28;SSEN=0.509542,0;SSEP=0,0;SSSB=0.133218,-0.336576;STB=0.633203,0.5;STBP=0.235,1;TYPE=del,snp;VARB=0.114109,0;OID=.,.;OPOS=24868623,24868624;OREF=GC,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154,0:9,2:51:18,0:52:34:7,0:11,0:7:27:70:37:3,0:6,2:9:28 chr14 24878370 . C T 416.08 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00528533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.632;QD=22.1908;RBI=0.0177477;REFB=-0.010658;REVB=-0.0169424;RO=33;SAF=9;SAR=32;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925635;STB=0.563844;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00814914;OID=.;OPOS=24878370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:34:41:41:0.546667:32:9:10:23:32:9:11:23 chr14 24888335 . T C 449.74 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=37;FWDB=-0.0305163;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3746;QD=21.1644;RBI=0.0448504;REFB=0.00165651;REVB=-0.0328681;RO=43;SAF=5;SAR=39;SRF=4;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476841;STB=0.519827;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00393547;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:43:41:44:44:0.517647:39:5:4:39:39:5:4:37 chr14 24898558 . C T 661.94 PASS AF=0.928571;AO=50;DP=55;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0238247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.485;QD=47.2813;RBI=0.0270651;REFB=-0.148165;REVB=0.0128414;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538447;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00277407;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:55:56:0:4:50:52:0.928571:27:23:0:0:28:24:4:0 chr14 24901249 . A C 47.71 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0811859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134;QD=11.9286;RBI=0.0813689;REFB=-0.0274633;REVB=0.00545494;RO=9;SAF=0;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.778933;STB=0.82253;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0275679;OID=.;OPOS=24901249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:6:7:0.4375:6:0:6:3:6:1:6:3 chr14 24901276 . G T 92.79 PASS AF=0.909091;AO=5;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0611692;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.4737;QD=33.7427;RBI=0.0686741;REFB=-0.0652561;REVB=0.0312165;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0163105;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:5:10:0.909091:1:4:1:0:5:5:1:0 chr14 24906534 . G A 231.8 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0169442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1456;QD=14.7176;RBI=0.0171451;REFB=-0.0145665;REVB=0.00261663;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221051;STB=0.624911;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0197736;OID=.;OPOS=24906534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:15:12:24:12:15:12:24:12 chr14 24907508 . C CA 177.16 PASS AF=0.388889;AO=40;DP=117;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00236971;FXX=0.0442439;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.1271;QD=6.5616;RBI=0.0313782;REFB=-0.0503499;REVB=0.0312886;RO=72;SAF=22;SAR=18;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102543;STB=0.547596;STBP=0.441;TYPE=ins;VARB=0.0566479;OID=.;OPOS=24907509;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:40:117:42:108:66:23:19:31:35:99:72:22:18:33:39 chr14 24907552 . C T 312.88 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00282006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.161;QD=14.3853;RBI=0.0186392;REFB=-0.0190438;REVB=-0.0184246;RO=52;SAF=20;SAR=15;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115794;STB=0.565752;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0306066;OID=.;OPOS=24907552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:15:20:24:28:15:20:24:28 chr14 24907580 . G A 180.07 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0254329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2365;QD=11.0813;RBI=0.0269339;REFB=0.0113953;REVB=-0.00886574;RO=42;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00230443;STB=0.501339;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.013611;OID=.;OPOS=24907580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:11:12:22:20:11:12:22:20 chr14 24908983 . A AT 39.73 PASS AF=0.321429;AO=6;DP=30;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0594132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.6994;QD=5.67598;RBI=0.0765402;REFB=-0.0762821;REVB=0.0482543;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.623463;STBP=0.447;TYPE=ins;VARB=0.163045;OID=.;OPOS=24908984;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:6:30:9:28:19:7:2:12:7:39:24:4:2:16:8 chr14 24909362 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0111727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.138;QD=13.5766;RBI=0.0141577;REFB=-0.00946201;REVB=-0.00869551;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196894;STB=0.615207;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0101457;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:8:11:5:8:8:11 chr14 24909475 . C G 75.65 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0229011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.965;QD=11.638;RBI=0.0287973;REFB=-0.0150933;REVB=-0.0174593;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228926;STB=0.636097;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00765085;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:6:10:4:6:6:10 chr14 24909629 . C A 329.89 PASS AF=0.513514;AO=28;DP=65;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0251206;FXX=0.0512755;HRUN=6;LEN=1;MLLD=96.4905;QD=17.8316;RBI=0.0287489;REFB=-0.0623823;REVB=0.0139805;RO=7;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222614;STB=0.552604;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0330459;OID=.;OPOS=24909629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:74:7:36:28:38:0.513514:11:17:0:7:21:17:20:16 chr14 24909731 . C T 235.43 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0905472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7715;QD=17.4393;RBI=0.0905491;REFB=-0.00938571;REVB=0.000578673;RO=25;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955566;STB=0.533307;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.020155;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:28:26:26:0.481481:19:7:9:16:19:7:9:19 chr14 24910210 . C A 348.85 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.000896391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.21;QD=15.1674;RBI=0.00487914;REFB=-0.01085;REVB=-0.00479609;RO=52;SAF=17;SAR=21;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541072;STB=0.520151;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0171894;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:54:38:38:0.413043:21:17:26:26:21:17:26:28 chr14 24910973 . TT GA 187.43 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00362011;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=2;MLLD=105.537;QD=12.4953;RBI=0.0193539;REFB=-0.00787217;REVB=0.0190123;RO=37;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321361;STB=0.518503;STBP=0.821;TYPE=mnp;VARB=0.0106984;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:37:23:23:0.383333:13:10:15:22:13:10:15:22 chr14 24911452 . T C 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00116911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.794;QD=24.0665;RBI=0.0197157;REFB=-0.0150478;REVB=0.019681;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181774;STB=0.510191;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.011019;OID=.;OPOS=24911452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:10:6:4:6:10:6:4:6 chr14 24970942 . A G 182.72 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0276319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5395;QD=42.9918;RBI=0.0276321;REFB=-0.0221579;REVB=-0.00012055;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101073;STB=0.555483;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0122444;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:12:4:1:0:12:4:1:0 chr14 24975435 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.736;QD=39.2068;RBI=0.0032358;REFB=0;REVB=0.000675924;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29348e-05;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr14 25043671 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00954125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.185;QD=9.11036;RBI=0.0136835;REFB=-0.0101984;REVB=0.00980829;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485258;STB=0.806805;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0246244;OID=.;OPOS=25043671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:7:1:8:8:7:1:8:8 chr14 25102160 . C T 800.98 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00832101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3208;QD=57.2127;RBI=0.0456998;REFB=0;REVB=0.0449358;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030956;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr14 25288513 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0193846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.727;QD=12.3947;RBI=0.0398174;REFB=-0.0189448;REVB=-0.0347802;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446326;STB=0.526278;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0208717;OID=.;OPOS=25288513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:13:11:7:7:13:11 chr14 26916677 . TAAAA TAAA,TAAAT 79.05 PASS AF=0.365854,0;AO=8,3;DP=39;FAO=15,0;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6,0;FSAR=9,0;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0663639,-0.0333829;FXX=0.0238039;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.1329,113.886;QD=7.71251;RBI=0.0701359,0.0384772;REFB=-0.0597441,0.00241793;REVB=0.0226908,-0.0191331;RO=22;SAF=2,0;SAR=6,3;SRF=18;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.593217,-0.737491;STB=0.721961,0.5;STBP=0.055,1;TYPE=del,snp;VARB=0.136241,0;OID=.,.;OPOS=26916678,26916681;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAA,TAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365854,0:8,3:39:15,0:41:26:6,0:9,0:20:6:78:22:2,0:6,3:18:4 chr14 28733760 . A G 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0128456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.13;QD=6.80686;RBI=0.0378888;REFB=-0.00458717;REVB=-0.0356448;RO=27;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21081;STB=0.636033;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0250974;OID=.;OPOS=28733760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:2:7:17:10:2:7:17:10 chr14 30045978 . C T 1119.28 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169587;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.082;QD=60.5014;RBI=0.0264286;REFB=0;REVB=0.02027;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127291;OID=.;OPOS=30045978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:41:31:0:0:41:33:0:0 chr14 31059969 . G A 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5869;QD=64.412;RBI=0.0458236;REFB=0;REVB=-0.0148032;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026409;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr14 31099738 . A G 847.87 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0274814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.747;QD=52.992;RBI=0.0360701;REFB=-0.037941;REVB=0.0233629;RO=3;SAF=30;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448909;STB=0.523802;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0122913;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:31:30:3:0:31:30:3:0 chr14 31108977 . T C 731.25 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167557;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.667;QD=63.5871;RBI=0.0241158;REFB=0;REVB=0.0173441;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33575e-05;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr14 31355096 . C G 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.000585934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.497;QD=19.0778;RBI=0.040748;REFB=-0.00901169;REVB=-0.0407438;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126798;STB=0.570539;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00890721;OID=.;OPOS=31355096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:17:15:19:12:17:15:19:12 chr14 31359847 . T A 580.68 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.202;QD=59.5564;RBI=0.0621741;REFB=0;REVB=0.0546865;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202555;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:1:0:37:39:1:22:15:1:0:23:16:0:0 chr14 31381351 . T C 210.39 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00384428;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.83;QD=18.2945;RBI=0.00514107;REFB=-0.0101902;REVB=0.00341353;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039283;STB=0.522366;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0136723;OID=.;OPOS=31381351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:15:6:8:17:15:6:8:17 chr14 31582380 . A G 489.52 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0668143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.655;QD=55.9447;RBI=0.101346;REFB=-0.110042;REVB=0.076203;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0249951;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:1:0:16:18:1:0 chr14 31790886 . T G 136.74 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0144617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.546;QD=18.2323;RBI=0.0163961;REFB=0.0121102;REVB=-0.00772595;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28767;STB=0.66642;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0111018;OID=.;OPOS=31790886;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:12:3:7:8:12:3:7:8 chr14 31819047 . C T 148.89 PASS AF=0.404762;AO=14;DP=39;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0134632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.486;QD=14.1804;RBI=0.0591103;REFB=-0.0140824;REVB=-0.0575566;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592718;STB=0.530085;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0183323;OID=.;OPOS=31819047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:24:25:14:17:0.404762:6:8:15:9:6:11:15:10 chr14 31819913 . A G 53.35 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0459382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5821;QD=7.62164;RBI=0.0599278;REFB=-0.0239216;REVB=0.0384841;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113585;STB=0.545336;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0855363;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:18:20:8:8:0.285714:6:2:6:12:6:2:6:14 chr14 31864485 . G C 1372.69 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00185103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.89;QD=61.0084;RBI=0.0235388;REFB=-0.0884438;REVB=0.0234659;RO=1;SAF=33;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141424;STB=0.507245;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000420561;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:88:89:0.988889:55:33:1:0:55:34:1:0 chr14 32071665 . G A 1033.96 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0543725;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.301;QD=58.2515;RBI=0.0543795;REFB=-0.112342;REVB=0.000868912;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00197895;OID=.;OPOS=32071665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:0:1:70:70:0.985915:35:35:0:0:35:35:0:1 chr14 32414145 . C A 786.61 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218249;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.343;QD=57.208;RBI=0.0364814;REFB=0;REVB=0.029233;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27616e-05;OID=.;OPOS=32414145;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr14 32414265 . A G 674.42 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.239;QD=61.3106;RBI=0.0270181;REFB=0;REVB=-0.00625539;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411382;OID=.;OPOS=32414265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:17:25:0:0:17:27:0:0 chr14 32419331 . C T 1138.08 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.649;QD=57.6245;RBI=0.0288833;REFB=-0.0396957;REVB=0.0155805;RO=0;SAF=20;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014781;OID=.;OPOS=32419331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:79:0:0:71:79:1:51:20:0:0:54:25:0:0 chr14 32960254 . G A 1102.92 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325122;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7561;QD=60.434;RBI=0.0354893;REFB=0;REVB=-0.0142284;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.47052e-06;OID=.;OPOS=32960254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr14 33046388 . A G 769.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.176;QD=56.9808;RBI=0.0276043;REFB=0;REVB=0.0266019;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3549e-05;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr14 34047414 . T C 69.21 PASS AF=0.45;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0234343;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0247;QD=13.8428;RBI=0.0234489;REFB=0.0272814;REVB=-0.0008268;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271144;STB=0.545355;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0321254;OID=.;OPOS=34047414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:12:11:9:9:0.45:5:4:5:7:5:4:4:7 chr14 34393602 . A G 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.608;QD=35.5653;RBI=0.0904072;REFB=0;REVB=0.0573954;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00428276;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr14 34394733 . C T 292.0 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0153593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.699;QD=21.6296;RBI=0.0164921;REFB=-0.0178531;REVB=-0.00600657;RO=24;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404142;STB=0.522373;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0128683;OID=.;OPOS=34394733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:14:16:14:10:14:16:14:10 chr14 34395148 . GA G,GG 320.92 PASS AF=0.453125,0.09375;AO=27,7;DP=63;FAO=29,6;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=10,2;FSAR=19,4;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.021712,0.0192448;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.92,255.151;QD=20.0575;RBI=0.0224839,0.0202768;REFB=-0.0241703,-0.019726;REVB=0.00584074,0.00638661;RO=29;SAF=10,2;SAR=17,5;SRF=5;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.209887,0.191145;STB=0.601335,0.666222;STBP=0.207,0.517;TYPE=del,snp;VARB=0.0157264,0.0187038;OID=.,.;OPOS=34395149,34395149;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453125,0.09375:27,7:63:29,6:64:29:10,2:19,4:5:24:99:29:10,2:17,5:5:24 chr14 34985645 . G A 209.4 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0239376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.228;QD=13.7308;RBI=0.0242528;REFB=-0.0335186;REVB=-0.00389754;RO=34;SAF=6;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237094;STB=0.657007;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0557021;OID=.;OPOS=34985645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:34:36:25:25:0.409836:19:6:15:19:19:6:17:19 chr14 35062312 . C T 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.485;QD=59.0169;RBI=0.0321146;REFB=0;REVB=0.0247001;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19491e-05;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr14 35099099 . A G 250.85 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0471997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4328;QD=21.349;RBI=0.0576576;REFB=-0.0121243;REVB=-0.0331147;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30301;STB=0.655532;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0163867;OID=.;OPOS=35099099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:23:23:24:0.510638:10:13:5:18:11:13:5:18 chr14 35181786 . T C 762.31 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0521558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7354;QD=54.451;RBI=0.0527207;REFB=-0.125116;REVB=0.00769727;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.512191;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00296931;OID=.;OPOS=35181786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:35:20:0:0:35:20:1:0 chr14 35242828 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.778;QD=60.61;RBI=0.0497266;REFB=0;REVB=0.0299033;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265954;OID=.;OPOS=35242828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr14 35735967 . A G 157.4 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0300154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.751;QD=16.1437;RBI=0.0329858;REFB=-0.0402169;REVB=0.0136801;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332992;STB=0.69309;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0230137;OID=.;OPOS=35735967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:13:4:12:10:13:4:12:10 chr14 35761675 . C G 180.98 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00956585;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.026;QD=12.9275;RBI=0.0171448;REFB=-0.00823442;REVB=-0.0142281;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170162;STB=0.509795;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0156034;OID=.;OPOS=35761675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:34:22:22:0.392857:10:12:18:16:10:12:18:16 chr14 35786436 . T TTC 51.53 PASS AF=0.434783;AO=3;DP=30;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.146193;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=16.386;QD=8.9622;RBI=0.178038;REFB=-0.0723544;REVB=0.101612;RO=23;SAF=2;SAR=1;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245189;STB=0.717521;STBP=0.103;TYPE=ins;VARB=0.107184;OID=.;OPOS=35786437;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:3:30:10:23:13:7:3:4:9:51:23:2:1:10:13 chr14 36003547 . GGC G,GG 177.72 PASS AF=0,0.956522;AO=8,10;DP=23;FAO=0,22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=0,2;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0487894,-0.100395;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=6.26546,13.15;QD=30.9077;RBI=0.0703984,0.294957;REFB=-0.161626,-0.0426733;REVB=-0.0507496,0.277345;RO=3;SAF=0,2;SAR=8,8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0.5,0;SSEP=0,0.533333;SSSB=0,0.141327;STB=0.5,0.512184;STBP=1,0.644;TYPE=del,del;VARB=0.0336292,0.018037;OID=.,.;OPOS=36003548,36003549;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.956522:8,10:23:0,22:23:1:0,2:0,20:0:1:3:3:0,2:8,8:0:3 chr14 36004075 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7286;QD=33.4284;RBI=0.0277364;REFB=0;REVB=0.00385325;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990676;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr14 36153177 . T C 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.00918152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.781;QD=12.4133;RBI=0.0206992;REFB=-0.0252203;REVB=0.0185514;RO=37;SAF=3;SAR=20;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2125;STB=0.624875;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0297186;OID=.;OPOS=36153177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:20:3:9:28:20:3:9:28 chr14 36191030 . A G 154.35 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00530612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.275;QD=10.6445;RBI=0.00725333;REFB=-0.0149399;REVB=0.00494529;RO=38;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141187;STB=0.508256;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0246264;OID=.;OPOS=36191030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:14:6:11:27:14:6:11:27 chr14 36194290 . T C 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0133118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.552;QD=12.3944;RBI=0.0136401;REFB=4.48443e-05;REVB=0.0029748;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132719;STB=0.566831;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.000150606;OID=.;OPOS=36194290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:9:5:11:12:9:5:11:13 chr14 36947081 . C T 336.32 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.015946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.285;QD=17.2472;RBI=0.0163874;REFB=-0.0127649;REVB=0.00377788;RO=41;SAF=9;SAR=27;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341509;STB=0.68739;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00985925;OID=.;OPOS=36947081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:27:9:24:17:27:9:24:18 chr14 37051517 . C G 183.29 PASS AF=0.411765;AO=19;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0124405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.905;QD=14.3756;RBI=0.020352;REFB=-0.0319419;REVB=0.0161071;RO=28;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652559;STB=0.542815;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0431345;OID=.;OPOS=37051517;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:30:19:21:0.411765:12:7:12:16:14:7:12:18 chr14 37063123 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00774024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.663;QD=17.1002;RBI=0.00775375;REFB=-0.0240509;REVB=0.000457531;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299972;STB=0.517217;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0331948;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:7:8:7:7:7:8 chr14 37063294 . A G 84.75 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0128526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.228;QD=10.9359;RBI=0.0808021;REFB=-0.00131838;REVB=0.0797734;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969096;STB=0.558174;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00522475;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:9:11:7:4:9:11 chr14 37135752 . C T 699.47 PASS AF=0.628866;AO=61;DP=97;FAO=61;FDP=97;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=0.00402753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.685;QD=28.844;RBI=0.00979141;REFB=-0.011763;REVB=-0.00892473;RO=36;SAF=22;SAR=39;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128555;STB=0.569449;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0382979;OID=.;OPOS=37135752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:36:36:61:61:0.628866:39:22:7:29:39:22:7:29 chr14 37135753 . G C 316.79 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.00197544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.063;QD=12.9303;RBI=0.0230492;REFB=-0.0105254;REVB=0.0229644;RO=62;SAF=7;SAR=29;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232612;STB=0.635113;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00535162;OID=.;OPOS=37135753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:36:36:0.367347:29:7:22:40:29:7:22:40 chr14 37203697 . G A 438.05 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.014534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.079;QD=19.0457;RBI=0.0145501;REFB=-0.00962841;REVB=0.000684923;RO=48;SAF=25;SAR=19;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644391;STB=0.535876;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0115878;OID=.;OPOS=37203697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:19:25:24:24:19:25:24:24 chr14 37344229 . A AG 128.74 PASS AF=0.555556;AO=13;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00893921;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=193.733;QD=19.0722;RBI=0.0124188;REFB=-0.0100594;REVB=0.00862078;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495265;STB=0.747248;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.0133006;OID=.;OPOS=37344230;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:13:27:15:27:12:4:11:10:2:99:12:3:10:10:2 chr14 38061742 . C T 416.5 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.717;QD=55.5333;RBI=0.0681421;REFB=0;REVB=0.0543838;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185017;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:12:16:0:0:13:17:0:0 chr14 38218343 . A G 293.52 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00360565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.732;QD=19.8998;RBI=0.0124468;REFB=-0.0199972;REVB=0.0119131;RO=28;SAF=8;SAR=23;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171275;STB=0.595789;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0161835;OID=.;OPOS=38218343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:23:8:12:16:23:8:12:16 chr14 38260034 . T C 1169.61 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.037;QD=60.7591;RBI=0.0362933;REFB=0;REVB=0.0281325;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90506e-05;OID=.;OPOS=38260034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:44:31:0:0:44:33:0:0 chr14 38679301 . TG T 34.33 PASS AF=0.466667;AO=3;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0885965;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0304;QD=9.15369;RBI=0.154809;REFB=-0.125712;REVB=0.126951;RO=8;SAF=2;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.309091;SSSB=-0.294841;STB=0.673053;STBP=0.321;TYPE=del;VARB=0.167108;OID=.;OPOS=38679302;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:3:15:7:15:8:4:3:7:1:30:8:2:1:7:1 chr14 38725285 . G A 97.89 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0224882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.669;QD=13.502;RBI=0.048972;REFB=-0.0247289;REVB=0.0435033;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129894;STB=0.575637;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0417773;OID=.;OPOS=38725285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:5:12:7:5:5:12 chr14 39556185 . G C 374.78 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.070077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1019;QD=18.9761;RBI=0.0758216;REFB=0.0086786;REVB=0.0289506;RO=40;SAF=15;SAR=23;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121714;STB=0.572527;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00317876;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:40:38:39:0.493671:23:15:21:19:24:15:21:19 chr14 39644498 . G A 153.98 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.010261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.942;QD=16.6466;RBI=0.028219;REFB=-0.0141518;REVB=-0.0262873;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369908;STB=0.538417;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0251968;OID=.;OPOS=39644498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:7:9:12:8:8:9:12:8 chr14 39650234 . A T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0990741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.071;QD=43.4855;RBI=0.0994437;REFB=0;REVB=0.00856554;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376794;OID=.;OPOS=39650234;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr14 39651193 . A G 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0200388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.757;QD=8.68722;RBI=0.0216291;REFB=0.000811069;REVB=-0.00814028;RO=40;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142585;STB=0.508537;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00193106;OID=.;OPOS=39651193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:10:7:16:24:10:7:16:24 chr14 39703324 . A G 1833.5 PASS AF=0.960938;AO=123;DP=129;FAO=123;FDP=128;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0138529;FXX=0.00775134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.157;QD=57.297;RBI=0.0140937;REFB=-0.0758597;REVB=0.0025938;RO=5;SAF=71;SAR=52;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172918;STB=0.500911;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-2.73558e-05;OID=.;OPOS=39703324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:129:128:5:5:123:123:0.960938:52:71:3:2:52:71:3:2 chr14 39716201 . A G 318.79 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00955063;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.493;QD=20.567;RBI=0.01988;REFB=-0.000593586;REVB=0.0174355;RO=29;SAF=11;SAR=22;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108527;STB=0.50602;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.000438222;OID=.;OPOS=39716201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:22:11:10:19:22:11:10:19 chr14 39722023 . G C 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0237528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6166;QD=15.261;RBI=0.0893027;REFB=-0.058214;REVB=-0.0860859;RO=15;SAF=11;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317008;STB=0.676607;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0560509;OID=.;OPOS=39722023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:2:11:9:6:2:11:10:6 chr14 39736680 . T C 597.74 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0339358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.863;QD=58.316;RBI=0.040581;REFB=-0.102584;REVB=0.0222525;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000309177;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:0:1:21:19:0:1 chr14 39777676 . G C 1024.91 PASS AF=0.505102;AO=97;DP=190;FAO=99;FDP=196;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=-0.0529998;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0667;QD=20.9166;RBI=0.0584439;REFB=-0.0432363;REVB=0.0246316;RO=91;SAF=36;SAR=61;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188943;STB=0.622052;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0361793;OID=.;OPOS=39777676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:196:91:97:97:99:0.505102:61:36:53:38:63:36:59:38 chr14 39784012 . A G 38.34 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00278882;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8641;QD=9.0219;RBI=0.0166566;REFB=-0.0321666;REVB=-0.0164215;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726992;STB=0.583047;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0568227;OID=.;OPOS=39784012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:10:11:6:6:0.352941:4:2:4:6:4:2:5:6 chr14 39784014 . A G 105.36 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.080304;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2178;QD=30.1035;RBI=0.0854471;REFB=-0.0909158;REVB=0.0291971;RO=2;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399473;STB=0.567442;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0276959;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:2:3:11:11:0.785714:4:7:1:1:4:7:1:2 chr14 39818028 . A G 269.22 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0229366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.655;QD=16.5676;RBI=0.0575208;REFB=-0.0187033;REVB=0.0527499;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916232;STB=0.505151;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0240052;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:14:16:19:16:14:16:19:16 chr14 39819734 . T G 247.22 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0168846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.863;QD=13.7347;RBI=0.0173861;REFB=-0.0222493;REVB=0.0041457;RO=43;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103117;STB=0.558699;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0372107;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:14:15:18:25:14:15:18:25 chr14 39871017 . T C 269.1 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.080309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0554;QD=29.0918;RBI=0.0846164;REFB=-0.00537346;REVB=0.0266531;RO=13;SAF=17;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222932;STB=0.623364;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00859016;OID=.;OPOS=39871017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:7:17:5:8:7:17:5:8 chr14 42360633 . T C 394.58 PASS AF=0.44086;AO=39;DP=92;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0193762;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.769;QD=16.9713;RBI=0.0435306;REFB=-0.0294553;REVB=0.0389805;RO=53;SAF=24;SAR=15;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186147;STB=0.580097;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0290552;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:53:52:39:41:0.44086:15:24:23:30:17:24:23:29 chr14 42997963 . A G 193.12 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0339864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.648;QD=16.4353;RBI=0.0360364;REFB=-0.00867035;REVB=0.011981;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929154;STB=0.553139;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0171445;OID=.;OPOS=42997963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:11:16:10:10:11:16 chr14 42998026 . T C 526.73 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.784;QD=56.9436;RBI=0.0440035;REFB=-0.0454739;REVB=0.0396953;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00121309;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:1:0:19:17:1:0 chr14 44974922 . A T 346.11 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0133891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.63;QD=16.8833;RBI=0.0207764;REFB=-0.0147826;REVB=-0.0158868;RO=45;SAF=26;SAR=10;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270382;STB=0.637624;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0159501;OID=.;OPOS=44974922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:45:36:37:0.45122:10:26:21:24:11:26:21:24 chr14 44975510 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0161419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.748;QD=10.8847;RBI=0.0373992;REFB=0.00337937;REVB=-0.0337364;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222569;STB=0.636033;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00216296;OID=.;OPOS=44975510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:6:9:7:2:6:9 chr14 44975511 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0117941;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.613;QD=22.7198;RBI=0.0118724;REFB=-0.00239516;REVB=0.00136178;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105825;STB=0.559359;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.000657223;OID=.;OPOS=44975511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:2:7:9:5:2:7 chr14 44975930 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0387368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.312;QD=14.0438;RBI=0.0649578;REFB=0.0375224;REVB=0.0521438;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.651584;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00706485;OID=.;OPOS=44975930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:1:3:2:3:1:3 chr14 45432870 . G C 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00803884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1311;QD=19.848;RBI=0.033655;REFB=-0.00299139;REVB=0.0326808;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235508;STB=0.633964;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00285404;OID=.;OPOS=45432870;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:8:5:10:5:8:5 chr14 45433155 . C G 486.57 PASS AF=0.567901;AO=45;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0337197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4772;QD=24.028;RBI=0.0338729;REFB=-0.00267399;REVB=-0.00321754;RO=34;SAF=22;SAR=23;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107085;STB=0.567872;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00109214;OID=.;OPOS=45433155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:35:45:46:0.567901:23:22:12:22:23:23:12:23 chr14 45515838 . A G 76.28 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0122267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.503;QD=15.256;RBI=0.0279622;REFB=-0.0375001;REVB=0.0251474;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36564;STB=0.655927;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0370632;OID=.;OPOS=45515838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:19:20:10:10:9:10:0.5:2:7:4:6:3:7:4:6 chr14 45606287 . C T 681.94 PASS AF=0.59633;AO=62;DP=106;FAO=65;FDP=109;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0533049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.892;QD=25.0254;RBI=0.107009;REFB=-0.000934381;REVB=0.0927872;RO=44;SAF=26;SAR=36;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622917;STB=0.543931;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00107807;OID=.;OPOS=45606287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:44:44:62:65:0.59633:36:26:22:22:38:27:23:21 chr14 45650900 . A G 121.63 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.079062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.006;QD=15.2032;RBI=0.0805034;REFB=-0.00808436;REVB=0.0151657;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431641;STB=0.74002;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00585516;OID=.;OPOS=45650900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:11:3:11:6:11:3:11:7 chr14 45664721 . C G 422.04 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00590342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.2;QD=20.5871;RBI=0.0442597;REFB=-0.0230622;REVB=0.0438642;RO=38;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204778;STB=0.523798;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.027609;OID=.;OPOS=45664721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:40:42:42:0.512195:22:20:19:19:22:20:21:19 chr14 45665468 . C G 249.89 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000675511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.375;QD=16.6597;RBI=0.00795824;REFB=-0.0155921;REVB=-0.00792952;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052286;STB=0.521724;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0209381;OID=.;OPOS=45665468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:32:28:28:0.466667:16:12:15:16:16:12:15:17 chr14 45696037 . T G 98.7 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0315838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.908;QD=14.0993;RBI=0.0332336;REFB=0.0012558;REVB=-0.0103412;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427081;STB=0.749583;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00182586;OID=.;OPOS=45696037;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:9:3:11:5:9:3:11:5 chr14 45711594 . T C 316.92 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0162209;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.896;QD=23.0484;RBI=0.0515899;REFB=-0.0457615;REVB=0.0489735;RO=23;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379454;STB=0.527256;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0285216;OID=.;OPOS=45711594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:23:31:32:0.581818:15:16:13:10:16:16:13:10 chr14 47309496 . G T 201.29 PASS AF=0.418182;AO=24;DP=58;FAO=23;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00363811;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.112;QD=14.6396;RBI=0.00833109;REFB=-0.0157713;REVB=-0.00749475;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127161;STB=0.62059;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00833189;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:25:32:24:23:0.418182:12:12:9:16:11:12:10:22 chr14 47341131 . C G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6047;QD=40.7601;RBI=0.0383093;REFB=0;REVB=-0.0300548;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236111;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr14 47528470 . T C 471.47 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00173316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9535;QD=55.4669;RBI=0.0361764;REFB=-0.130892;REVB=0.0361348;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.521726;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00366816;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:22:11:1:0:22:11:1:0 chr14 47528551 . T A 696.71 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0449573;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.717;QD=60.5831;RBI=0.049351;REFB=-0.199013;REVB=0.0203558;RO=1;SAF=10;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044666;STB=0.521729;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00184214;OID=.;OPOS=47528551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:34:10:1:0:34:11:1:0 chr14 48810512 . T C 148.96 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.040499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.709;QD=9.93036;RBI=0.0416;REFB=-0.0106541;REVB=0.00950763;RO=40;SAF=7;SAR=13;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332031;STB=0.693988;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0205639;OID=.;OPOS=48810512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:13:7:26:14:13:7:26:14 chr14 50088346 . G A 244.8 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.000282229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.723;QD=17.4857;RBI=0.00324453;REFB=-0.0352554;REVB=0.00323224;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630316;STB=0.533956;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0295395;OID=.;OPOS=50088346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:29:26:27:0.482143:11:15:18:10:11:16:19:10 chr14 50195679 . A G 1833.36 PASS AF=0.98374;AO=119;DP=124;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00514715;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.858;QD=59.6214;RBI=0.0331452;REFB=-0.153393;REVB=0.0327431;RO=2;SAF=52;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179154;STB=0.509432;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000743067;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:124:123:2:2:119:121:0.98374:67:52:2:0:69:52:2:0 chr14 50251369 . A G 727.6 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152852;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.493;QD=57.0664;RBI=0.0066478;REFB=0;REVB=-0.00646969;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66133e-05;OID=.;OPOS=50251369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr14 50298962 . T A 619.61 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.414;QD=59.0102;RBI=0.0254457;REFB=-0.0460082;REVB=0.0185171;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000523225;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:20:21:0:1:20:21:0:1 chr14 50477643 . G C 519.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00678152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2984;QD=59.4126;RBI=0.00815683;REFB=0;REVB=0.00453265;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12609e-05;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr14 50535374 . C A 169.68 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0104261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.363;QD=16.5546;RBI=0.0108539;REFB=-0.0093099;REVB=0.00301749;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224918;STB=0.624479;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0078842;OID=.;OPOS=50535374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:23:18:18:0.439024:5:13:10:10:5:13:12:11 chr14 50575411 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.215;QD=47.8223;RBI=0.0472598;REFB=0;REVB=0.0086077;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297392;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr14 50616878 . G A 919.68 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189298;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.35;QD=58.3923;RBI=0.00739294;REFB=0;REVB=-0.00714648;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170268;OID=.;OPOS=50616878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:31:32:0:0 chr14 50623657 . G A 774.17 PASS AF=0.90625;AO=57;DP=63;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0517459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5852;QD=48.3854;RBI=0.0517807;REFB=-0.0687734;REVB=0.0018985;RO=6;SAF=26;SAR=31;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00790395;STB=0.504895;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00401659;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:63:64:6:6:57:58:0.90625:31:26:3:3:32:26:3:3 chr14 50623669 . G A 43.11 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.100183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.083;QD=2.92248;RBI=0.107715;REFB=-0.00490576;REVB=-0.0395704;RO=51;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131267;STB=0.592996;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.045471;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:51:51:8:8:0.135593:4:4:20:31:4:4:20:31 chr14 50623679 . G A 414.59 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0391849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3699;QD=36.051;RBI=0.0457084;REFB=-0.100061;REVB=0.0235331;RO=13;SAF=14;SAR=19;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211609;STB=0.511495;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0380913;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:13:33:33:0.717391:19:14:5:8:19:14:5:8 chr14 50623683 . A G 345.74 PASS AF=0.697674;AO=29;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00858529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4197;QD=32.162;RBI=0.0644933;REFB=-0.068716;REVB=0.0639193;RO=14;SAF=14;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750803;STB=0.524983;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0328538;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:13:29:30:0.697674:15:14:5:9:16:14:5:8 chr14 50704331 . C T 143.92 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.999;QD=44.2843;RBI=0.048302;REFB=0;REVB=-0.0211742;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87138e-06;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:10:2:0:0:11:2:0:0 chr14 50713679 . T G 205.35 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244815;FXX=0.149925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.563;QD=48.3185;RBI=0.0403332;REFB=0;REVB=0.0320535;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553204;OID=.;OPOS=50713679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:17:1:0:16:17:1:7:9:1:0:7:10:0:0 chr14 50769717 . G A 164.73 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00579369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3809;QD=21.2556;RBI=0.0245071;REFB=-0.0179573;REVB=-0.0238125;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064699;STB=0.536542;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0137992;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:6:11:8:6:6:11:8:6 chr14 50778816 . A C 83.89 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.031659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.278;QD=11.1848;RBI=0.034254;REFB=-0.00638444;REVB=0.0130785;RO=19;SAF=10;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405169;STB=0.752104;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0483365;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:30:30:19:19:11:11:0.366667:1:10:13:6:1:10:13:6 chr14 50788213 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00314211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.759;QD=24.9294;RBI=0.0301881;REFB=-0.00147906;REVB=-0.0300241;RO=19;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107938;STB=0.559952;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00144064;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:14:11:11:8:14:11:11:8 chr14 50798743 . G A 144.09 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0212893;FXX=0.0638162;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.016;QD=13.0986;RBI=0.0315935;REFB=-0.0109489;REVB=-0.0233434;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205588;STB=0.636206;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0293824;OID=.;OPOS=50798743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:28:28:15:16:0.363636:8:7:8:20:8:8:8:20 chr14 50799126 . G C 311.37 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0281289;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4789;QD=23.4993;RBI=0.0282898;REFB=0.0014641;REVB=-0.00301299;RO=22;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221057;STB=0.512187;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.000103536;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:22:22:31:31:0.584906:16:15:10:12:16:15:10:12 chr14 50802727 . A C 157.93 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0175788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.8876;QD=11.281;RBI=0.0180276;REFB=-0.0396308;REVB=-0.00399764;RO=36;SAF=13;SAR=6;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122627;STB=0.583247;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0247004;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:36:36:19:20:0.357143:6:13:21:15:6:14:21:15 chr14 50802840 . A G 159.06 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0573383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7997;QD=17.673;RBI=0.0613727;REFB=-0.00246886;REVB=0.0218843;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792681;STB=0.545399;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00261808;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:12:5:7:12:12:5:7:12 chr14 50824839 . G A 665.36 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.438;QD=61.8935;RBI=0.0141706;REFB=0;REVB=-0.00300057;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.04091e-05;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:27:16:0:0 chr14 50935150 . A G 754.64 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00775326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.93;QD=54.8831;RBI=0.0222956;REFB=-0.0355106;REVB=0.0209041;RO=1;SAF=18;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254518;STB=0.512816;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000145678;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:35:18:1:0:35:19:1:0 chr14 51057727 . G A 1022.78 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102447;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.657;QD=59.2915;RBI=0.0349944;REFB=0;REVB=0.0334613;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000923396;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:66:69:1:31:35:0:0:33:36:0:0 chr14 51202311 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.304;QD=54.5166;RBI=0.0366901;REFB=0;REVB=0.00511153;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140934;OID=.;OPOS=51202311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr14 51223789 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.144;QD=55.6561;RBI=0.033173;REFB=0;REVB=0.00641545;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122692;OID=.;OPOS=51223789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr14 51224374 . T G 490.38 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.918;QD=56.0437;RBI=0.0322955;REFB=-0.0421876;REVB=0.0276012;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000858585;OID=.;OPOS=51224374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:35:1:1:33:34:0.971429:17:16:0:1:17:17:0:1 chr14 51224658 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.319;QD=50.4128;RBI=0.0932152;REFB=0;REVB=0.0922939;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112097;OID=.;OPOS=51224658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr14 51225132 . G T 486.83 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541579;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.437;QD=59.0094;RBI=0.0565563;REFB=0;REVB=0.0162954;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205356;OID=.;OPOS=51225132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr14 51237701 . A G 1322.24 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.11;QD=62.2228;RBI=0.148966;REFB=0;REVB=0.0220181;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576639;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:46:37:0:0:46:39:0:0 chr14 51239067 . C G 701.04 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0064058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0957;QD=54.9834;RBI=0.0203211;REFB=-0.12123;REVB=0.019285;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0034416;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:51:0:1:49:50:0.980392:22:27:0:0:23:27:0:1 chr14 51370852 . C G 73.07 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0167539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.517;QD=8.59606;RBI=0.0316502;REFB=-0.0155277;REVB=-0.0268522;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406483;STB=0.542084;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0388198;OID=.;OPOS=51370852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:34:34:23:24:10:10:0.294118:4:6:13:10:4:6:13:11 chr14 51446216 . T G 1745.46 PASS AF=0.967742;AO=116;DP=124;FAO=120;FDP=124;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0122094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.127;QD=56.305;RBI=0.0173497;REFB=0.0328138;REVB=-0.0123266;RO=8;SAF=48;SAR=68;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366402;STB=0.50505;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.000158355;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:124:124:8:4:116:120:0.967742:68:48:1:7:72:48:1:3 chr14 51710861 . A G 530.82 PASS AF=0.495575;AO=54;DP=111;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0601996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.347;QD=18.7901;RBI=0.0623742;REFB=-0.0203622;REVB=0.0163263;RO=53;SAF=24;SAR=30;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964739;STB=0.548927;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0151897;OID=.;OPOS=51710861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:53:57:54:56:0.495575:30:24:18:35:30:26:21:36 chr14 51716188 . T G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.03534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.989;QD=15.6261;RBI=0.035833;REFB=-0.0074477;REVB=-0.00592329;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137177;STB=0.578856;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0204219;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:9:14:8:9:9:14 chr14 51716467 . G A 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.084458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.213;QD=10.1855;RBI=0.0845431;REFB=-0.0086518;REVB=-0.00379108;RO=34;SAF=4;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374376;STB=0.724972;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0111357;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:11:4:20:14:11:4:20:14 chr14 51722690 . T C 237.69 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0274238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.5871;QD=15.0912;RBI=0.0391635;REFB=-0.00647784;REVB=0.0279591;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160362;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0233207;OID=.;OPOS=51722690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:27:28:0.444444:15:12:15:20:16:12:15:20 chr14 52182081 . T A 255.63 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00144215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.451;QD=17.9388;RBI=0.0081967;REFB=-0.0237124;REVB=-0.00806884;RO=29;SAF=20;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132641;STB=0.574657;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0340789;OID=.;OPOS=52182081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:8:20:17:12:8:20:17:12 chr14 52186972 . A G 402.06 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0118841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.687;QD=21.7329;RBI=0.027836;REFB=-0.0129291;REVB=-0.0251717;RO=34;SAF=19;SAR=21;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529394;STB=0.529197;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0075457;OID=.;OPOS=52186972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:21:19:14:20:21:19:14:20 chr14 52195290 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00407022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.992;QD=17.8277;RBI=0.00411206;REFB=0.0122462;REVB=0.000585093;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125311;STB=0.521703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00902358;OID=.;OPOS=52195290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:9:11:12:12:0.521739:6:6:6:3:6:6:6:5 chr14 52195320 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0294521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.501;QD=16.2712;RBI=0.0308954;REFB=-0.0305536;REVB=0.00933249;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316188;STB=0.518194;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.032193;OID=.;OPOS=52195320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:9:9:7:8:9:9 chr14 52478315 . A G 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.279;QD=62.6657;RBI=0.0248714;REFB=0;REVB=0.00503019;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1944e-05;OID=.;OPOS=52478315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr14 52481917 . C T 187.32 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00610486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.985;QD=12.6998;RBI=0.010266;REFB=0.0161165;REVB=0.00825357;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197285;STB=0.599919;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0199269;OID=.;OPOS=52481917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:13:10:9:26:13:10:10:26 chr14 52496387 . C A 1148.43 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00858589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.581;QD=57.4215;RBI=0.0217673;REFB=-0.0278832;REVB=0.0200024;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116855;STB=0.506171;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000399973;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:80:80:1:1:77:79:0.9875:40:37:0:1:40:39:0:1 chr14 52496407 . C T 1047.86 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0216452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4768;QD=58.2143;RBI=0.025035;REFB=0.0186449;REVB=-0.0125791;RO=1;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116744;STB=0.506171;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0029468;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:40:30:0:1:40:31:0:1 chr14 52505517 . G A 263.19 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0215535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3949;QD=14.0368;RBI=0.021694;REFB=-0.0070824;REVB=0.00246491;RO=44;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968177;STB=0.554947;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0178158;OID=.;OPOS=52505517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:14:17:20:24:14:17:20:24 chr14 52505589 . G A 373.83 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00101857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.094;QD=21.3616;RBI=0.00711682;REFB=-0.00290008;REVB=-0.00704355;RO=32;SAF=22;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401736;STB=0.522193;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00348234;OID=.;OPOS=52505589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:16:22:17:15:16:22:17:15 chr14 52507429 . A G 3018.9 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.415;QD=63.5559;RBI=0.0224961;REFB=0;REVB=0.00912268;RO=0;SAF=91;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46234e-05;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:190:0:0:189:190:1:98:91:0:0:99:91:0:0 chr14 52509501 . T C 321.05 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0527737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0387;QD=17.1227;RBI=0.0527856;REFB=-0.0311028;REVB=-0.00112168;RO=40;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155733;STB=0.574493;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0396243;OID=.;OPOS=52509501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:40:34:35:0.466667:23:11:19:21:23:12:19:21 chr14 52520368 . C T 221.89 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00674229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.464;QD=18.4905;RBI=0.0165475;REFB=-0.0300301;REVB=0.0151116;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142154;STB=0.590826;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0398294;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:26:22:22:0.458333:9:13:11:14:9:13:11:15 chr14 52520853 . A G 951.07 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04483;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.074;QD=58.5273;RBI=0.0455216;REFB=0;REVB=0.00790506;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165397;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:43:20:0:0:43:22:0:0 chr14 52535648 . G T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.678;QD=63.582;RBI=0.0259071;REFB=0;REVB=0.0158314;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163313;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr14 52536512 . T C 651.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6972;QD=62.0146;RBI=0.0392198;REFB=0;REVB=-0.025422;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000893823;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr14 52906081 . T G 1197.73 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379631;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.197;QD=61.4221;RBI=0.0089685;REFB=0;REVB=0.00812539;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44933e-05;OID=.;OPOS=52906081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:50:28:0:0:50:28:0:0 chr14 52907353 . C T 1050.41 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.875;QD=59.1781;RBI=0.0196447;REFB=0;REVB=-0.0107576;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5824e-05;OID=.;OPOS=52907353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:32:38:0:0:32:39:0:0 chr14 53063621 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2241;QD=35.5745;RBI=0.0274924;REFB=0;REVB=-0.00953699;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00312058;OID=.;OPOS=53063621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr14 53098902 . G A 1311.92 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236588;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6802;QD=62.4724;RBI=0.010973;REFB=0;REVB=0.0107149;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51437e-05;OID=.;OPOS=53098902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr14 53130507 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.694;QD=57.1771;RBI=0.0734668;REFB=0;REVB=0.0722051;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205108;OID=.;OPOS=53130507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr14 53345378 . G A 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.007;QD=61.6787;RBI=0.0238801;REFB=0;REVB=0.0236935;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157275;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr14 53529669 . A T 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.652;QD=56.9346;RBI=0.0240711;REFB=0;REVB=0.0141647;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51132e-06;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr14 53619463 . G A 230.28 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0954029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9187;QD=46.0558;RBI=0.104381;REFB=-0.0151788;REVB=0.0423518;RO=1;SAF=14;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317459;STB=0.517223;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00339839;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:5:14:1:0:5:14:1:0 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 242.52 PASS AF=0.0740741,0.703704;AO=2,19;DP=30;FAO=2,19;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=1,13;FSAR=1,6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.019773,-0.0475519;FXX=0.0999667;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=78.2788,146.651;QD=35.929;RBI=0.0208286,0.0485887;REFB=0.00679915,-0.0645317;REVB=0.00654667,0.00998384;RO=6;SAF=1,13;SAR=1,6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.359974,-0.0779026;STB=0.748118,0.54267;STBP=0.731,0.506;TYPE=snp,ins;VARB=0.00364618,0.0223809;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:30:27:6:6:2,19:2,19:0.0740741,0.703704:1,6:1,13:5:1:1,6:1,13:5:1 chr14 53619500 . C G 261.76 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00796817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.572;QD=17.1644;RBI=0.0883583;REFB=-0.00322582;REVB=-0.0879983;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121582;STB=0.575876;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0021587;OID=.;OPOS=53619500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:32:29:29:0.47541:13:16:13:18:13:16:13:19 chr14 53619544 . G A 1057.8 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.769;QD=59.5943;RBI=0.0726535;REFB=0;REVB=0.0406492;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276805;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:36:32:0:0:38:33:0:0 chr14 54417475 . C G 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0288201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.42;QD=11.5972;RBI=0.0311848;REFB=-0.0167074;REVB=-0.0119119;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164807;STB=0.597828;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.038542;OID=.;OPOS=54417475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:9:12:5:7:9:12 chr14 54875276 . C A 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0177185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.12;QD=9.84283;RBI=0.0182175;REFB=-0.0091057;REVB=-0.00423463;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36319e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0233962;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:7:3:6:14:7:3:6:14 chr14 54875514 . A G 109.2 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0360641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.59;QD=14.0906;RBI=0.0386912;REFB=0.00458439;REVB=-0.0140138;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904412;STB=0.552988;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00422631;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:7:11:9:4:7:11 chr14 55221543 . T C 276.69 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=100;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0608364;FXX=0.009999;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5259;QD=11.1793;RBI=0.0996772;REFB=-0.0331367;REVB=0.0789588;RO=67;SAF=20;SAR=12;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189679;STB=0.622148;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0532751;OID=.;OPOS=55221543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:67:66:32:33:0.333333:12:20:31:36:12:21:30:36 chr14 55255673 . C T 333.79 PASS AF=0.380952;AO=39;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.0236535;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.437;QD=12.7158;RBI=0.0311706;REFB=-0.0357042;REVB=-0.0203006;RO=64;SAF=9;SAR=30;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155277;STB=0.590609;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0571633;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:65:39:40:0.380952:30:9:22:42:31:9:22:43 chr14 55308770 . C A 1433.84 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7429;QD=63.0257;RBI=0.041602;REFB=0;REVB=0.00563838;RO=1;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266816;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:1:0:90:91:1:40:50:0:1:41:50:0:0 chr14 55408294 . C T 158.8 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00352019;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.5;QD=11.1437;RBI=0.0232727;REFB=-0.0125841;REVB=-0.0230049;RO=34;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316262;STB=0.692386;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0149383;OID=.;OPOS=55408294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:37:20:20:0.350877:6:14:14:20:6:14:15:22 chr14 55617574 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0603515;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.732;QD=13.6309;RBI=0.0605308;REFB=0.0132766;REVB=0.00465569;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246848;STB=0.589955;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00723682;OID=.;OPOS=55617574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:3:5:7:1:3:5:7:2 chr14 55907172 . C G 1676.05 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0744;QD=59.3291;RBI=0.01852;REFB=-0.0548623;REVB=-0.00254032;RO=1;SAF=62;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759679;STB=0.503999;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00269367;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:50:62:1:0:50:62:1:0 chr14 57052511 . G T 417.93 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.0208718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.624;QD=12.9592;RBI=0.0662181;REFB=-0.0184754;REVB=-0.0628427;RO=78;SAF=34;SAR=15;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954562;STB=0.548367;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0270746;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:78:80:49:49:0.379845:15:34:48:30:15:34:50:30 chr14 57072338 . C T 326.78 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.000800902;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0182;QD=16.7578;RBI=0.0102652;REFB=-0.0131142;REVB=-0.0102339;RO=43;SAF=23;SAR=12;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300196;STB=0.668509;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.01261;OID=.;OPOS=57072338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:43:43:35:35:0.448718:12:23:15:28:12:23:15:28 chr14 57099859 . G A 795.97 PASS AF=1;AO=44;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.583;QD=63.6772;RBI=0.166836;REFB=0;REVB=0.0161918;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063214;OID=.;OPOS=57099859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:44:50:1:24:20:0:0:25:25:0:0 chr14 57101682 . A G 634.74 PASS AF=0.538462;AO=62;DP=118;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00215645;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6349;QD=21.7003;RBI=0.00511316;REFB=0.00631281;REVB=-0.00463618;RO=54;SAF=23;SAR=39;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161967;STB=0.511773;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00430419;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:54:54:62:63:0.538462:39:23:21:33:40:23:21:33 chr14 57115622 . C G 519.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0091193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7112;QD=59.4256;RBI=0.0117867;REFB=0;REVB=0.00746761;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47879e-05;OID=.;OPOS=57115622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr14 57866623 . A G 114.01 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00586701;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.965;QD=9.50087;RBI=0.00721583;REFB=-0.00649845;REVB=0.00420076;RO=32;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370126;STB=0.507236;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00486957;OID=.;OPOS=57866623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:32:34:14:14:0.291667:10:4:10:22:10:4:10:24 chr14 57876265 . G A 430.31 PASS AF=0.444444;AO=45;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0233445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0198;QD=17.3864;RBI=0.0860869;REFB=-0.0140783;REVB=-0.0828612;RO=54;SAF=26;SAR=19;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946506;STB=0.566235;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0169292;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:45:44:0.444444:19:26:26:28:18:26:26:29 chr14 57876575 . T C 195.78 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=45;FAO=20;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0770702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.4496;QD=15.06;RBI=0.120938;REFB=-0.0541673;REVB=0.0932001;RO=13;SAF=4;SAR=1;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860958;STB=0.553139;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.133762;OID=.;OPOS=57876575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:52:13:27:5:20:0.384615:1:4:11:2:10:10:16:11 chr14 57938124 . C T 633.72 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5402;QD=57.6109;RBI=0.029694;REFB=0.000832998;REVB=0.0267723;RO=2;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620919;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000897024;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:44:44:2:1:42:43:0.977273:24:18:1:1:24:19:0:1 chr14 57938260 . T C 769.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1936;QD=56.9904;RBI=0.0237399;REFB=0;REVB=0.0141785;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136975;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr14 57945689 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.343;QD=63.2858;RBI=0.0545126;REFB=0;REVB=0.0338946;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48046e-05;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr14 57948380 . T C 785.56 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.989;QD=57.1313;RBI=0.0909224;REFB=0;REVB=0.0470033;RO=0;SAF=14;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257276;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:40:14:0:0:41:14:0:0 chr14 57957664 . T A 1611.88 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0130528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.897;QD=58.0856;RBI=0.0143769;REFB=0.0211347;REVB=-0.00602653;RO=1;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840163;STB=0.50877;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.000127415;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:1:2:109:109:0.981982:56:53:0:1:56:53:0:2 chr14 58478873 . GA G 135.35 PASS AF=0.673913;AO=22;DP=47;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00288692;FXX=0.0212721;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.3442;QD=11.7696;RBI=0.0560385;REFB=0.0162906;REVB=0.0559641;RO=19;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468796;STB=0.566169;STBP=0.233;TYPE=del;VARB=0.00148561;OID=.;OPOS=58478874;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.673913:22:47:31:46:15:12:19:3:12:52:19:7:15:7:12 chr14 58831142 . A G 205.53 PASS AF=0.904762;AO=17;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.127096;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.697;QD=39.1488;RBI=0.12717;REFB=-0.217017;REVB=-0.00433243;RO=3;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128205;STB=0.535678;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00189416;OID=.;OPOS=58831142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:21:21:3:2:17:19:0.904762:12:5:1:2:13:6:0:2 chr14 58839339 . A C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.161;QD=63.583;RBI=0.0142691;REFB=0;REVB=-0.00407965;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03434e-05;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr14 58917454 . G A 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00825159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.726;QD=54.6516;RBI=0.0123694;REFB=-0.0646889;REVB=0.00921481;RO=0;SAF=11;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00103338;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:41:11:0:0:41:11:0:1 chr14 58937416 . T C 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1466;QD=56.9345;RBI=0.0253531;REFB=0;REVB=-0.00190851;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352886;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr14 58953746 . C G 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7893;QD=56.934;RBI=0.0166691;REFB=0;REVB=0.0163526;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257907;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr14 59010649 . T C 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.524;QD=57.1973;RBI=0.0349836;REFB=0;REVB=0.0312603;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171588;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr14 59112732 . C T 223.33 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.665;QD=49.6282;RBI=0.0233255;REFB=0;REVB=0.0212812;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162318;OID=.;OPOS=59112732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:4:13:0:0:5:13:0:0 chr14 59730422 . AAGG A,AAGA 449.49 PASS AF=0.387387,0.0720721;AO=42,9;DP=110;FAO=43,8;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=13,4;FSAR=30,4;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.0144054,0.0504089;FXX=0.00892777;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=225.693,47.0062;QD=16.1978;RBI=0.0217701,0.0520288;REFB=-0.0320886,-0.00719015;REVB=-0.0163224,-0.0128816;RO=58;SAF=12,5;SAR=30,4;SRF=19;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.051329,0.276998;STB=0.521043,0.646723;STBP=0.77,0.419;TYPE=del,snp;VARB=0.0393328,0.0832594;OID=.,.;OPOS=59730423,59730425;OREF=AGG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387387,0.0720721:42,9:110:43,8:111:60:13,4:30,4:20:40:99:58:12,5:30,4:19:39 chr14 59789727 . G A 222.77 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0129129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6071;QD=13.1039;RBI=0.0239093;REFB=0.0116197;REVB=0.0201224;RO=41;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112524;STB=0.572979;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0207436;OID=.;OPOS=59789727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:41:41:26:27:0.397059:16:10:20:21:17:10:20:21 chr14 59797235 . A G 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0235817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.882;QD=17.5594;RBI=0.0277521;REFB=-0.0333458;REVB=-0.0146316;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428207;STB=0.74169;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0313962;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:12:6:17:4:12:6:17:4 chr14 60004844 . C T 342.1 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0331353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7672;QD=50.6811;RBI=0.0409699;REFB=0.00613604;REVB=0.0240953;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250902;STB=0.513503;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00471623;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:18:7:0:1:18:8:0:1 chr14 60031996 . G A 1515.09 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683518;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.539;QD=63.7932;RBI=0.0177682;REFB=0;REVB=0.0164009;RO=0;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41438e-05;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:61:34:0:0:61:34:0:0 chr14 60043422 . A G 994.19 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.548;QD=57.6342;RBI=0.032658;REFB=-0.105259;REVB=-0.000865205;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000711536;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:42:26:0:0:42:26:0:1 chr14 60063472 . A G 1116.87 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4597;QD=60.3713;RBI=0.0830444;REFB=0;REVB=0.0386856;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904591;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:50:24:0:0:50:24:0:0 chr14 60574539 . A G 237.55 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0147545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.734;QD=18.6316;RBI=0.0196009;REFB=-0.00803319;REVB=-0.0129034;RO=25;SAF=7;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266854;STB=0.642737;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00436331;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:18:7:14:11:18:7:14:12 chr14 60576750 . T G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00495886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.245;QD=14.2622;RBI=0.0193679;REFB=-0.00635216;REVB=0.0187223;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041821;STB=0.537688;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0098623;OID=.;OPOS=60576750;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:9:7:11:12:9:7:12:12 chr14 60577712 . A G 387.97 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.0243253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.854;QD=21.2585;RBI=0.0243268;REFB=-0.0133417;REVB=0.000267884;RO=34;SAF=15;SAR=24;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166926;STB=0.591604;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.01446;OID=.;OPOS=60577712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:24:15:7:27:24:15:7:27 chr14 60581935 . C T 201.7 PASS AF=0.378788;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0133538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.892;QD=12.2242;RBI=0.0138753;REFB=-0.0217632;REVB=-0.0037681;RO=40;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910805;STB=0.570495;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0346408;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:41:24:25:0.378788:10:14:20:20:10:15:20:21 chr14 60585131 . A G 1258.13 PASS AF=1;AO=57;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361244;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=71.989;QD=57.1879;RBI=0.0404937;REFB=-0.0833081;REVB=0.0182967;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315261;OID=.;OPOS=60585131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:88:88:1:0:57:88:1:29:28:0:1:35:53:0:0 chr14 60591199 . A T 433.09 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00225027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9304;QD=18.0454;RBI=0.0198646;REFB=0.00387919;REVB=0.0197368;RO=53;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00216332;STB=0.512317;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00472652;OID=.;OPOS=60591199;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:52:43:44:0.458333:21:22:27:26:21:23:26:26 chr14 60591829 . T C 709.72 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00193772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.976;QD=52.5722;RBI=0.0196324;REFB=-0.0623856;REVB=-0.0195365;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159663;STB=0.502164;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00084388;OID=.;OPOS=60591829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:54:54:1:2:52:52:0.962963:23:29:1:0:23:29:1:1 chr14 60591887 . G A 588.4 PASS AF=1;AO=36;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.791;QD=60.349;RBI=0.0532471;REFB=0;REVB=0.0436386;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144264;OID=.;OPOS=60591887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:36:39:1:17:19:0:0:20:19:0:0 chr14 60601308 . G A 501.63 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.309;QD=59.0158;RBI=0.0299785;REFB=0;REVB=-0.00687772;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08249e-05;OID=.;OPOS=60601308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:16:18:0:0 chr14 60611585 . T C 846.01 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.908;QD=57.3568;RBI=0.114906;REFB=0;REVB=0.11418;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310543;OID=.;OPOS=60611585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr14 60611648 . C T 1327.96 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.524;QD=61.7657;RBI=0.0599521;REFB=0;REVB=0.050994;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37921e-05;OID=.;OPOS=60611648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:86:0:0:75:86:1:33:42:0:0:43:43:0:0 chr14 60611675 . G A 1319.52 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.029094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.778;QD=58.6454;RBI=0.0291433;REFB=-0.0406366;REVB=-0.00169484;RO=3;SAF=41;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334105;STB=0.517643;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0019948;OID=.;OPOS=60611675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:3:3:87:87:0.966667:46:41:3:0:46:41:3:0 chr14 60616042 . C T 708.08 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5165;QD=62.9405;RBI=0.0218311;REFB=0;REVB=0.0204644;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256889;OID=.;OPOS=60616042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr14 60864583 . G T 380.02 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.00264646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.921;QD=13.2182;RBI=0.0176365;REFB=-0.00905773;REVB=0.0174368;RO=70;SAF=17;SAR=28;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118926;STB=0.567537;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0130125;OID=.;OPOS=60864583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:70:70:45:45:0.391304:28:17:34:36:28:17:34:36 chr14 60900113 . C T 459.1 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0106395;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.796;QD=20.6336;RBI=0.010775;REFB=-0.0108436;REVB=-0.00170358;RO=43;SAF=20;SAR=25;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129509;STB=0.575803;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0112106;OID=.;OPOS=60900113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:43:44:45:45:0.505618:25:20:13:30:25:20:13:31 chr14 60903757 . G A 71.56 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0443098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.717;QD=8.17879;RBI=0.044708;REFB=-0.00349535;REVB=0.00595325;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103103;STB=0.529352;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0335724;OID=.;OPOS=60903757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:23:25:10:10:0.285714:6:4:9:14:6:4:11:14 chr14 60923783 . C T 530.63 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00043352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.883;QD=58.9589;RBI=0.00388196;REFB=0;REVB=-0.00385767;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662855;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr14 60932752 . G A 163.49 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.018123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4117;QD=20.4359;RBI=0.0220763;REFB=-0.0305978;REVB=0.0126064;RO=15;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15853;STB=0.590053;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0210254;OID=.;OPOS=60932752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:5:12:8:7:5:12:8:7 chr14 60976537 . C A 407.54 PASS AF=0.4375;AO=41;DP=95;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0369553;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.969;QD=16.9807;RBI=0.0395513;REFB=-0.0181594;REVB=-0.0140929;RO=54;SAF=22;SAR=19;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129982;STB=0.578365;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0271322;OID=.;OPOS=60976537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:54:54:41:42:0.4375:19:22:22:32:19:23:22:32 chr14 61013237 . G T 200.06 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00631829;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.733;QD=14.2901;RBI=0.0110586;REFB=-0.015311;REVB=0.00907591;RO=33;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160199;STB=0.513502;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.020381;OID=.;OPOS=61013237;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:32:23:24:0.428571:16:7:10:23:16:8:10:22 chr14 61124940 . A G 689.09 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.1;QD=62.6445;RBI=0.0322475;REFB=0;REVB=0.0316495;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79216e-05;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:15:29:0:0 chr14 61176485 . T C 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.282;QD=51.1761;RBI=0.044209;REFB=0;REVB=0.0436917;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576951;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr14 61180657 . T G 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.247;QD=60.2033;RBI=0.0164009;REFB=0;REVB=0.0102675;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1241e-05;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr14 61445967 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.474;QD=55.6545;RBI=0.0671313;REFB=0;REVB=0.066292;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655162;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr14 61448011 . G C 188.73 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00573821;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.932;QD=14.2434;RBI=0.0202856;REFB=-0.00846089;REVB=0.0194571;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763129;STB=0.559388;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0113181;OID=.;OPOS=61448011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:31:22:22:0.415094:10:12:18:11:10:12:20:11 chr14 61449328 . T A 1349.26 PASS AF=0.941176;AO=96;DP=102;FAO=96;FDP=102;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00408748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.937;QD=52.9122;RBI=0.00798421;REFB=-0.0642081;REVB=0.00685858;RO=4;SAF=45;SAR=51;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00237675;STB=0.511668;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000749631;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:102:102:4:6:96:96:0.941176:51:45:2:2:51:45:4:2 chr14 61509924 . T C 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497402;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.646;QD=56.7416;RBI=0.0523514;REFB=0;REVB=0.0163275;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204996;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr14 61857969 . A G 199.7 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00177163;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.888;QD=12.4811;RBI=0.00611241;REFB=-0.00680124;REVB=0.00585003;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243581;STB=0.654153;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.022305;OID=.;OPOS=61857969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:39:24:25:0.390625:15:9:23:15:16:9:24:15 chr14 61924239 . G A 178.94 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00672249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.633;QD=15.229;RBI=0.0183365;REFB=-0.00354755;REVB=0.0170598;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813272;STB=0.526168;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00519284;OID=.;OPOS=61924239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:18:19:0.404255:11:7:13:15:11:8:13:15 chr14 61924241 . A C 177.47 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0121249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.439;QD=14.4876;RBI=0.0506716;REFB=-0.00498896;REVB=0.0491995;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107572;STB=0.562433;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.019847;OID=.;OPOS=61924241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:14:16:12:7:14:16 chr14 61997226 . C T 1588.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.045;QD=64.1821;RBI=0.016763;REFB=0;REVB=-0.00944146;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79764e-06;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:52:46:0:0:52:47:0:0 chr14 62213848 . T C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00573717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.183;QD=55.0452;RBI=0.0303584;REFB=-0.0625945;REVB=0.0298114;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000409564;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:36:19:0:0:36:19:0:1 chr14 62462766 . T C 176.29 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.00921928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.161;QD=20.7396;RBI=0.0393484;REFB=-0.0379828;REVB=-0.0382531;RO=16;SAF=4;SAR=14;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127839;STB=0.571356;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0276552;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:14:4:2:14:14:4:2:14 chr14 62463129 . G T 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000281761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.929;QD=24.7082;RBI=0.00126593;REFB=-0.00691635;REVB=0.00123418;RO=17;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140112;STB=0.578242;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00791796;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:16:7:8:9:16:7:8:9 chr14 62463214 . C T 93.24 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0383622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.247;QD=20.7191;RBI=0.0458994;REFB=-0.0632965;REVB=-0.0252011;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469824;STB=0.526832;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0406553;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:3:4:7:4:3:4 chr14 63174616 . T C 1507.1 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029553;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.5004;QD=62.1485;RBI=0.0365699;REFB=0;REVB=-0.0215402;RO=2;SAF=44;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210617;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126286;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:2:0:94:97:1:50:44:2:0:50:47:0:0 chr14 63784407 . A AG,G 689.69 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=33,13;DP=57;FAO=54,3;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303625,-0.00507299;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=17.9486,7.26334;QD=48.3989;RBI=0.126423,0.216391;REFB=0,0;REVB=-0.122722,-0.216331;RO=9;SAF=18,2;SAR=15,11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00403653,-0.379544;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0025331,-0.0155044;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:57:57:9:0:33,13:54,3:0.947368,0.0526316:15,11:18,2:5:4:29,1:25,2:0:0 chr14 64006331 . CTTT CT,CTTC,CTT 868.59 PASS AF=0,0.0769231,0.923077;AO=19,6,17;DP=93;FAO=0,7,84;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,37;FSAR=0,0,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.192552,-0.143583,-0.382739;FXX=0.0319115;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=9.42959,167.539,12.5331;QD=38.1798;RBI=0.601455,0.237337,1.11219;REFB=-0.00753314,-0.0278453,-0.00484139;REVB=0.5698,0.188978,1.04425;RO=40;SAF=19,6,17;SAR=0,0,0;SRF=0;SRR=40;SSEN=0,0,0;SSEP=0.398148,0,0.398148;SSSB=0.894384,0.888511,0.893645;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.197053,-0.0346317;OID=.,.,.;OPOS=64006332,64006334,64006332;OREF=TT,T,T;OALT=-,C,-;OMAPALT=CT,CTTC,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0769231,0.923077:19,6,17:93:0,7,84:91:0:0,7,37:0,0,47:0:0:23:40:19,6,17:0,0,0:0:40 chr14 64118045 . T C 315.66 PASS AF=0.363636;AO=35;DP=97;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00157105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.141;QD=12.7537;RBI=0.0115583;REFB=-0.0171682;REVB=-0.011451;RO=62;SAF=16;SAR=19;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425612;STB=0.520537;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0243859;OID=.;OPOS=64118045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:62:63:35:36:0.363636:19:16:26:36:20:16:26:37 chr14 64423187 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5365;QD=56.7065;RBI=0.021649;REFB=0;REVB=-0.00715264;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177469;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr14 64447776 . T C 211.04 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0220369;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.572;QD=15.9276;RBI=0.0249759;REFB=-0.00308298;REVB=0.0117544;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217182;STB=0.621877;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00747451;OID=.;OPOS=64447776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:7:22:13:11:7:22 chr14 64560091 . TG CA 908.9 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00767363;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.582;QD=58.6385;RBI=0.0169483;REFB=0;REVB=0.0151116;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.27297e-05;OID=.;OPOS=64560091;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr14 64565582 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.438;QD=61.3344;RBI=0.0477704;REFB=0;REVB=0.040146;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117251;OID=.;OPOS=64565582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr14 64612845 . C T 117.32 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.013787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.634;QD=13.0353;RBI=0.0152549;REFB=-0.0178969;REVB=-0.0065294;RO=21;SAF=12;SAR=1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542697;STB=0.724896;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0253859;OID=.;OPOS=64612845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:22:13:14:0.388889:1:12:12:9:2:12:13:9 chr14 64612858 . C A 632.07 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.146;QD=61.6651;RBI=0.00898642;REFB=0;REVB=-0.00637216;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79356e-08;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr14 64637147 . C A 202.87 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0268258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9228;QD=14.2362;RBI=0.0391357;REFB=-0.0350686;REVB=0.0284953;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519687;STB=0.540026;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0588033;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:33:23:24:0.421053:13:10:16:17:14:10:16:17 chr14 64656855 . T C 157.83 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0353106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.154;QD=16.6138;RBI=0.0388337;REFB=-0.0175703;REVB=-0.0161623;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979338;STB=0.505611;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0283953;OID=.;OPOS=64656855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:5:12:15:6:5:12:15:6 chr14 64657684 . C A 1858.53 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936721;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.993;QD=61.4392;RBI=0.0144996;REFB=0;REVB=0.0110677;RO=0;SAF=70;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53326e-05;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:51:70:0:0:51:70:0:0 chr14 64724051 . C T 627.22 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.204252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.576;QD=58.3456;RBI=0.205343;REFB=-0.0535037;REVB=-0.0211354;RO=2;SAF=9;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934331;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204804;OID=.;OPOS=64724051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:2:0:41:43:1:32:9:2:0:32:11:0:0 chr14 64805001 . A G 303.18 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.806;QD=52.7261;RBI=0.0861857;REFB=0;REVB=0.0855937;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199214;OID=.;OPOS=64805001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:9:14:0:0 chr14 64882380 . A G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00742116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.931;QD=56.4877;RBI=0.0414245;REFB=-0.0712834;REVB=0.0407544;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239852;STB=0.512813;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000539679;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:16:19:1:0:16:19:1:0 chr14 64935720 . C T 105.41 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.09;QD=38.331;RBI=0.0341885;REFB=0;REVB=0.0241406;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00397821;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:7:4:0:0 chr14 65008251 . C T 603.11 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.437;QD=58.8403;RBI=0.0325649;REFB=-0.120386;REVB=0.0267611;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00115088;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:41:41:0:1:40:40:0.97561:18:22:0:0:18:22:1:0 chr14 65016702 . T G 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.403;QD=55.09;RBI=0.0384662;REFB=0;REVB=0.025858;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207826;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr14 65031534 . C T 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.483;QD=60.6007;RBI=0.0588635;REFB=0;REVB=0.00911504;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120098;OID=.;OPOS=65031534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr14 65245956 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.793;QD=35.5756;RBI=0.0501432;REFB=0;REVB=0.0392316;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118913;OID=.;OPOS=65245956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr14 65245962 . A G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000416238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.946;QD=28.5377;RBI=0.013208;REFB=-0.0213818;REVB=0.0132014;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00472963;OID=.;OPOS=65245962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr14 65246623 . T C 778.64 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0735577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5751;QD=55.6174;RBI=0.0779717;REFB=0;REVB=-0.0258623;RO=1;SAF=40;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116415;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000785316;OID=.;OPOS=65246623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:55:56:1:15:40:1:0:15:41:0:0 chr14 65249052 . C G 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.204;QD=56.0078;RBI=0.0232457;REFB=-0.0652907;REVB=0.0138236;RO=1;SAF=32;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145205;STB=0.50769;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000213385;OID=.;OPOS=65249052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:28:32:1:0:28:32:1:0 chr14 65253232 . T C 1208.26 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.589;QD=61.1775;RBI=0.00506824;REFB=0;REVB=-0.00479699;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98006e-05;OID=.;OPOS=65253232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr14 65263300 . C T 733.47 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0586602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.289;QD=61.1227;RBI=0.0641549;REFB=-0.0610826;REVB=0.0259774;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.508768;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00607304;OID=.;OPOS=65263300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:48:0:1:46:47:0.979167:28:18:0:0:28:19:0:1 chr14 65263347 . C T 1036.09 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.015146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.483;QD=56.7721;RBI=0.0337204;REFB=-0.0437144;REVB=0.0301275;RO=1;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103923;STB=0.504427;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00104963;OID=.;OPOS=65263347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:73:1:2:70:71:0.972603:45:25:0:1:46:25:1:1 chr14 65271780 . G A 811.74 PASS AF=1;AO=50;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105928;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.338;QD=56.964;RBI=0.112645;REFB=0;REVB=0.0383148;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224155;OID=.;OPOS=65271780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:50:57:1:36:14:0:0:41:16:0:0 chr14 65392722 . T C 123.93 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0033537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.71;QD=17.0932;RBI=0.0203919;REFB=-0.0201502;REVB=-0.0201143;RO=15;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390763;STB=0.729344;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0595881;OID=.;OPOS=65392722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:2:12:8:7:2:12:8:7 chr14 65412748 . G C 639.58 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0119644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.215;QD=55.6157;RBI=0.017947;REFB=-0.0555851;REVB=0.0133772;RO=2;SAF=15;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585726;STB=0.545433;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00307527;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:2:3:43:43:0.934783:28:15:2:0:28:15:3:0 chr14 65417070 . C A 309.35 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0312269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.864;QD=16.7216;RBI=0.0372293;REFB=-0.00902678;REVB=0.0202707;RO=39;SAF=11;SAR=23;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907406;STB=0.545667;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0105576;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:23:11:16:23:23:11:16:24 chr14 65419293 . A G 352.63 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8613;QD=54.2514;RBI=0.0494401;REFB=0;REVB=-0.0108412;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114678;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:18:7:0:0:19:7:0:0 chr14 65878909 . C T 146.03 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00630825;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.353;QD=10.8171;RBI=0.00780602;REFB=-0.023029;REVB=0.00459782;RO=34;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104791;STB=0.504985;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0540987;OID=.;OPOS=65878909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:8:11:20:14:8:11:20:15 chr14 66136163 . C A 244.62 PASS AF=0.6875;AO=21;DP=31;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0319845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.981;QD=30.5777;RBI=0.0336981;REFB=-0.0390683;REVB=0.010609;RO=10;SAF=5;SAR=16;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312824;STB=0.512284;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0162927;OID=.;OPOS=66136163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:32:10:10:21:22:0.6875:16:5:2:8:17:5:2:8 chr14 66188593 . C T 234.35 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0042354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.589;QD=13.0197;RBI=0.0295046;REFB=-0.0132125;REVB=-0.029199;RO=44;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00727548;STB=0.504164;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.018373;OID=.;OPOS=66188593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:17:11:17:27:17:11:17:27 chr14 66209471 . CTTA ACTA,CTT 38.26 PASS AF=0,0.190476;AO=3,9;DP=64;FAO=0,12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=0,8;FSAR=0,4;FSRF=9;FSRR=42;FWDB=-0.434178,-0.113492;FXX=0.0156226;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=39.8427,14.9802;QD=2.42897;RBI=0.434195,0.187107;REFB=-0.0093238,-0.0303671;REVB=0.00391923,-0.148756;RO=33;SAF=3,0;SAR=0,9;SRF=0;SRR=33;SSEN=0,0.41791;SSEP=0,0;SSSB=0.881349,0;STB=0.5,0.843645;STBP=1,0.027;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00907449;OID=.,.;OPOS=66209471,66209474;OREF=CT,A;OALT=AC,-;OMAPALT=ACTA,CTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:64:63:33:51:3,9:0,12:0,0.190476:0,9:3,0:0:33:0,4:0,8:9:42 chr14 66479652 . G T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.011239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.87;QD=21.0155;RBI=0.0434779;REFB=-0.0146216;REVB=0.0420002;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00444403;STB=0.502509;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114843;OID=.;OPOS=66479652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:11:5:4:9:11:5:4:9 chr14 66479768 . A C 569.04 PASS AF=0.554455;AO=57;DP=102;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0259873;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2104;QD=22.5363;RBI=0.026443;REFB=-0.0208821;REVB=0.00488805;RO=45;SAF=36;SAR=21;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00807586;STB=0.501319;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0153579;OID=.;OPOS=66479768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:45:45:57:56:0.554455:21:36:28:17:21:35:28:17 chr14 66480197 . G A 361.89 PASS AF=0.295858;AO=48;DP=166;FAO=50;FDP=169;FR=.;FRO=119;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=-0.00359807;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.12;QD=8.5654;RBI=0.0229321;REFB=-0.0205086;REVB=-0.022648;RO=115;SAF=20;SAR=28;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646479;STB=0.533574;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0333851;OID=.;OPOS=66480197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:169:115:119:48:50:0.295858:28:20:54:61:28:22:58:61 chr14 66480247 . CA TC 278.19 PASS AF=0.32;AO=47;DP=149;FAO=48;FDP=150;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=0.0379769;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.831;QD=7.4184;RBI=0.0507317;REFB=-0.0486222;REVB=0.0336372;RO=98;SAF=30;SAR=17;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222178;STB=0.627265;STBP=0.035;TYPE=mnp;VARB=0.153674;OID=.;OPOS=66480247;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:98:102:47:48:0.32:17:30:44:54:17:31:47:55 chr14 67147816 . T C 65.78 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0177396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.536;QD=13.1561;RBI=0.0248326;REFB=-0.0636996;REVB=0.0173772;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937493;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0901169;OID=.;OPOS=67147816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:6:5:5:4:6:5 chr14 67666829 . GC CG 86.53 PASS AF=0.538462;AO=3;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0309304;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=2;MLLD=38.5362;QD=13.3116;RBI=0.156416;REFB=-0.00851868;REVB=0.153327;RO=4;SAF=0;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.729277;STB=0.642621;STBP=0.229;TYPE=mnp;VARB=0.0770258;OID=.;OPOS=67666829;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:4:12:3:14:0.538462:3:0:3:1:12:2:4:8 chr14 67769177 . A C 888.8 PASS AF=0.456731;AO=94;DP=203;FAO=95;FDP=208;FR=.;FRO=113;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=0.00843852;FXX=0.00478446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.651;QD=17.0924;RBI=0.0268354;REFB=-0.0142414;REVB=-0.0254741;RO=107;SAF=48;SAR=46;SRF=64;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845226;STB=0.538033;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0206528;OID=.;OPOS=67769177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:208:107:113:94:95:0.456731:46:48:64:43:47:48:65:48 chr14 67800316 . G A 502.31 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.256;QD=59.0959;RBI=0.0487739;REFB=0;REVB=0.0391649;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144396;OID=.;OPOS=67800316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:15:17:0:0:16:18:0:0 chr14 67800815 . G A 463.79 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7114;QD=53.0043;RBI=0.0813906;REFB=-0.156394;REVB=0.0806208;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00161671;STB=0.500866;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0165567;OID=.;OPOS=67800815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:35:35:2:2:33:33:0.942857:16:17:1:1:16:17:1:1 chr14 67850106 . A G 114.65 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00450918;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6772;QD=9.96952;RBI=0.0169626;REFB=-0.00153866;REVB=0.0163523;RO=33;SAF=10;SAR=4;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104081;STB=0.547375;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00876355;OID=.;OPOS=67850106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:33:32:14:14:0.304348:4:10:21:12:4:10:21:11 chr14 67859398 . G C 164.57 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0152256;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.798;QD=11.157;RBI=0.0205068;REFB=-0.0259107;REVB=-0.0137372;RO=38;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759993;STB=0.544346;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.043188;OID=.;OPOS=67859398;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:38:21:21:0.355932:13:8:17:21:13:8:17:21 chr14 68024134 . A T 137.8 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00283653;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2384;QD=17.7803;RBI=0.00517639;REFB=-0.00319878;REVB=0.00433003;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261037;STB=0.647401;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00190986;OID=.;OPOS=68024134;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:3:13:8:7:3:13 chr14 68029118 . C A 190.96 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0394111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.95;QD=15.2772;RBI=0.0394321;REFB=-0.00719133;REVB=0.00128584;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121904;STB=0.580564;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0184331;OID=.;OPOS=68029118;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:12:8:15:14:12:8:16:14 chr14 68029313 . G A 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.025896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.222;QD=17.8391;RBI=0.0342296;REFB=-0.00880768;REVB=-0.0223844;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224043;STB=0.542107;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0073447;OID=.;OPOS=68029313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:14:14:14:0.5:4:10:9:4:4:10:9:5 chr14 68053802 . T C 148.11 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0369996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4659;QD=17.9524;RBI=0.0384012;REFB=-0.00818232;REVB=0.0102802;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154133;STB=0.588363;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0151724;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:9:8:5:11:9:8 chr14 68053977 . A C 1270.57 PASS AF=0.934783;AO=85;DP=91;FAO=86;FDP=92;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0333041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.44;QD=55.2421;RBI=0.0342334;REFB=-0.0827944;REVB=0.00792197;RO=4;SAF=38;SAR=47;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455025;STB=0.507185;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0155707;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:91:92:4:6:85:86:0.934783:47:38:2:2:48:38:2:4 chr14 68118132 . C T 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00383196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.161;QD=17.7623;RBI=0.0120925;REFB=-0.0146875;REVB=-0.0114693;RO=45;SAF=15;SAR=24;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029651;STB=0.516561;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0132343;OID=.;OPOS=68118132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:24:15:16:29:24:15:16:29 chr14 68172894 . C T 149.88 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0247408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.268;QD=19.3392;RBI=0.0250528;REFB=0.0133399;REVB=0.00394156;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151806;STB=0.585672;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0080699;OID=.;OPOS=68172894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:4:11:9:7:4:11 chr14 68213744 . G A 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4488;QD=52.1534;RBI=0.0398385;REFB=-0.0957529;REVB=0.028417;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040394;STB=0.521723;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00195955;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:11:16:0:1:11:16:0:1 chr14 68213792 . A G 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0163961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.365;QD=10.5418;RBI=0.0407796;REFB=-0.0215987;REVB=0.0373383;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126689;STB=0.576329;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0296297;OID=.;OPOS=68213792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:10:11:7:4:10:11 chr14 68214788 . T C 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0145384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.876;QD=11.1307;RBI=0.0176186;REFB=0.0104564;REVB=0.0099524;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168865;STB=0.504416;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0148631;OID=.;OPOS=68214788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:14:17:10:10:0.37037:7:3:4:10:7:3:5:12 chr14 68234539 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.807;QD=63.2846;RBI=0.0541664;REFB=0;REVB=0.0352218;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183073;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr14 68264867 . A G 116.26 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.944;QD=42.2765;RBI=0.0524812;REFB=0;REVB=-0.00360765;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392699;OID=.;OPOS=68264867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:7:2:0:0:9:2:0:0 chr14 68616597 . G A 289.22 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0292;QD=52.5855;RBI=0.0737133;REFB=0;REVB=-0.0229577;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00272926;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr14 68935789 . T C 1134.99 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.258;QD=60.5329;RBI=0.0274736;REFB=0;REVB=0.0255051;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207705;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr14 69012355 . C G 754.29 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0917516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.629;QD=56.9272;RBI=0.0949776;REFB=0;REVB=0.0245438;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017727;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr14 69262441 . A G 923.43 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00433802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.689;QD=56.8263;RBI=0.0584942;REFB=-0.0832889;REVB=0.0583331;RO=1;SAF=45;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242055;STB=0.512816;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000103756;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:19:45:0:1:19:45:0:1 chr14 69263074 . G A 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9924;QD=48.6237;RBI=0.064726;REFB=0.0294395;REVB=0.0638989;RO=1;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237245;STB=0.512809;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00578725;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:19:3:0:1:19:3:0:1 chr14 69345647 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=11;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0215059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.978;QD=19.0178;RBI=0.0232327;REFB=-0.0157749;REVB=0.0087896;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504152;STB=0.550392;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0197905;OID=.;OPOS=69345647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:14:11:15:0.517241:7:4:5:7:7:8:6:8 chr14 69352230 . G A 193.95 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=-0.0269668;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0549;QD=15.8326;RBI=0.0442532;REFB=0.0075526;REVB=0.0350876;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38275;STB=0.715793;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00908574;OID=.;OPOS=69352230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:9:11:5:24:9:11:5:24 chr14 69695792 . G A 716.72 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3987;QD=60.9976;RBI=0.031116;REFB=-0.0298289;REVB=0.0163983;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00220586;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:47:0:1:46:46:0.978723:29:17:0:0:29:17:0:1 chr14 69703158 . A G 2314.45 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0031439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.116;QD=60.1155;RBI=0.00503812;REFB=-0.0737264;REVB=0.00393683;RO=1;SAF=54;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872727;STB=0.504587;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000179936;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:154:1:1:153:153:0.993506:99:54:1:0:99:54:1:0 chr14 69704553 . G T 977.96 PASS AF=0.959459;AO=68;DP=72;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0101591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.605;QD=52.8628;RBI=0.0417715;REFB=-0.195655;REVB=0.0405173;RO=3;SAF=42;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238606;STB=0.512241;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00124995;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:74:3:3:68:71:0.959459:26:42:1:2:27:44:1:2 chr14 69795199 . G A 183.55 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0358024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.545;QD=9.92165;RBI=0.0396858;REFB=-0.0170372;REVB=-0.0171217;RO=50;SAF=10;SAR=14;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20887;STB=0.622122;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0331234;OID=.;OPOS=69795199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:14:10:30:20:14:10:30:20 chr14 69799892 . A G 136.52 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.015609;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.71;QD=26.0029;RBI=0.0156107;REFB=-0.0192212;REVB=0.000229688;RO=8;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15589;STB=0.555473;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00874856;OID=.;OPOS=69799892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:8:7:14:14:0.666667:10:4:4:4:10:4:3:4 chr14 69922552 . T C 475.64 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0197617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.619;QD=19.2176;RBI=0.0430726;REFB=-0.0256116;REVB=0.0382717;RO=51;SAF=24;SAR=23;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202712;STB=0.616128;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0281676;OID=.;OPOS=69922552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:52:47:47:0.474747:23:24:15:36:23:24:15:37 chr14 70037611 . A T 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00203343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.999;QD=55.0448;RBI=0.0160674;REFB=-0.0360743;REVB=0.0159382;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159783;STB=0.508471;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=2.25081e-05;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:26:29:1:0:26:29:1:0 chr14 70038786 . A G 340.64 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.953;QD=54.5017;RBI=0.0245494;REFB=0;REVB=-0.0145019;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108551;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr14 70180778 . C G 1020.96 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.919;QD=59.1859;RBI=0.0167159;REFB=0;REVB=0.0137545;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135195;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:45:22:0:0:46:23:0:0 chr14 70418881 . G A 280.91 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00938242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6653;QD=14.4059;RBI=0.0190718;REFB=-0.01084;REVB=-0.0166043;RO=46;SAF=12;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176975;STB=0.600586;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00979255;OID=.;OPOS=70418881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:20:12:25:21:20:12:25:21 chr14 70477508 . C T 696.48 PASS AF=0.563025;AO=66;DP=118;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0330495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.631;QD=23.4111;RBI=0.0330706;REFB=-0.0384497;REVB=0.00118191;RO=51;SAF=37;SAR=29;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103186;STB=0.556374;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0261174;OID=.;OPOS=70477508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:51:52:66:67:0.563025:29:37:22:29:30:37:22:30 chr14 70634087 . A G 1377.32 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.72;QD=62.6055;RBI=0.024858;REFB=0;REVB=-0.0174142;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04499e-06;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:45:41:0:0:46:42:0:0 chr14 70712880 . A C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0134907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.222;QD=8.69141;RBI=0.0136755;REFB=-0.0079199;REVB=-0.00224025;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171013;STB=0.605793;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0125872;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:9:8:5:3:9:8 chr14 70713156 . G A 356.34 PASS AF=0.5625;AO=34;DP=65;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00151952;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7521;QD=22.2709;RBI=0.0299453;REFB=-0.0315852;REVB=-0.0299068;RO=27;SAF=14;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569592;STB=0.524462;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0277439;OID=.;OPOS=70713156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:27:28:34:36:0.5625:20:14:13:14:20:16:14:14 chr14 70827773 . T C 972.65 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4601;QD=58.9486;RBI=0.0413653;REFB=0;REVB=0.0189075;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549376;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr14 70924462 . A G 391.53 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.067;QD=55.9329;RBI=0.0185112;REFB=0;REVB=-0.00406356;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11845e-05;OID=.;OPOS=70924462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:20:7:0:0:21:7:0:0 chr14 70924501 . C G 445.5 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0257395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.498;QD=52.4116;RBI=0.0306909;REFB=0.0362223;REVB=-0.0167155;RO=2;SAF=13;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665427;STB=0.535692;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.000674833;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:19:13:2:0:19:13:2:0 chr14 70924507 . A C 103.19 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00449035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.499;QD=11.4658;RBI=0.0148726;REFB=-0.0188724;REVB=0.0141785;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342033;STB=0.715158;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0249537;OID=.;OPOS=70924507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:23:23:12:13:0.361111:4:8:8:15:4:9:8:15 chr14 70925257 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2796;QD=39.2058;RBI=0.0580776;REFB=0;REVB=-0.0229569;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00293592;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr14 71137844 . G T 125.71 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0200457;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.093;QD=16.2207;RBI=0.0200972;REFB=-0.027323;REVB=0.00143769;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120243;STB=0.597015;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0242073;OID=.;OPOS=71137844;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:19:17:14:14:0.451613:5:9:10:9:5:9:8:9 chr14 71139279 . G T 425.18 PASS AF=0.463158;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=0.00426955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.463;QD=17.9022;RBI=0.00616551;REFB=-0.0126993;REVB=-0.00444797;RO=49;SAF=10;SAR=33;SRF=10;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390554;STB=0.506087;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.012758;OID=.;OPOS=71139279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:49:51:43:44:0.463158:33:10:10:39:34:10:12:39 chr14 71199452 . G A 316.17 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00825501;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.013;QD=31.6172;RBI=0.0093702;REFB=-0.00900977;REVB=0.00443344;RO=10;SAF=20;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390587;STB=0.512186;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00279112;OID=.;OPOS=71199452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:10:13:27:27:0.675:7:20:8:2:7:20:10:3 chr14 71204973 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0351389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.052;QD=15.9167;RBI=0.0355802;REFB=-0.0170845;REVB=0.0055869;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121144;STB=0.569728;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0163943;OID=.;OPOS=71204973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:10:5:6:7:10:5 chr14 71444788 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.128;QD=48.7373;RBI=0.0430835;REFB=0;REVB=0.0357494;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329463;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr14 71492983 . A G 206.62 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0144584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1589;QD=13.119;RBI=0.0217671;REFB=0.00329406;REVB=0.0162715;RO=38;SAF=9;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231245;STB=0.632546;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0032942;OID=.;OPOS=71492983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:16:9:22:16:16:9:22:16 chr14 71581398 . C CT 64.29 PASS AF=0.641026;AO=17;DP=43;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00509135;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.15493;QD=6.59348;RBI=0.115765;REFB=-0.072168;REVB=-0.115653;RO=21;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235218;STB=0.516116;STBP=0.802;TYPE=ins;VARB=0.0465325;OID=.;OPOS=71581399;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.641026:17:43:25:39:14:10:15:5:9:41:21:5:12:11:10 chr14 71915415 . T G,TGTG 421.97 PASS AF=0.15625,0.8125;AO=5,23;DP=32;FAO=5,26;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=1,22;FSAR=4,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0502841,-0.00606472;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=50.4102,180.455;QD=52.7468;RBI=0.105891,0.0221793;REFB=-0.150402,-0.162763;REVB=-0.0931907,-0.021334;RO=3;SAF=1,21;SAR=4,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.23409,0.387013;STB=0.555346,0.55551;STBP=0.649,0.083;TYPE=snp,ins;VARB=0.00167617,0.000699186;OID=.,.;OPOS=71915415,71915416;OREF=T,-;OALT=G,GTG;OMAPALT=G,TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:32:32:3:1:5,23:5,26:0.15625,0.8125:4,2:1,21:0:3:4,4:1,22:0:1 chr14 72055468 . A C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.292;QD=58.1396;RBI=0.0472456;REFB=0;REVB=0.0470185;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357379;OID=.;OPOS=72055468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr14 72117156 . T C 733.97 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0439806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5132;QD=61.1643;RBI=0.0621425;REFB=0.0685383;REVB=0.0439021;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019193;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00231885;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:23:24:1:0:23:24:1:0 chr14 72945012 . T C 458.92 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0110795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.617;QD=20.8602;RBI=0.0125916;REFB=-0.00610406;REVB=0.00598275;RO=42;SAF=15;SAR=30;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174536;STB=0.603127;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00735697;OID=.;OPOS=72945012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:43:45:45:0.511364:30:15:22:20:30:15:23:20 chr14 73014061 . T C 122.59 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00464796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4174;QD=15.8174;RBI=0.00506569;REFB=-0.0167105;REVB=-0.00201436;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468697;STB=0.750843;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00640307;OID=.;OPOS=73014061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:12:14:0.451613:10:2:10:7:11:3:11:6 chr14 73032711 . C G 235.25 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0171709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.495;QD=25.4326;RBI=0.0363335;REFB=-0.0191314;REVB=0.0320201;RO=14;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310262;STB=0.507036;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.010664;OID=.;OPOS=73032711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:7:15:9:5:7:15:10:5 chr14 73079291 . G GA,GAA 306.4 PASS AF=0,1;AO=3,22;DP=27;FAO=0,27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185213,0.101016;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=23.4418,38.0918;QD=45.3922;RBI=0.199875,0.108163;REFB=0,0;REVB=0.0751405,0.0386661;RO=2;SAF=2,12;SAR=1,10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.111102,0.0070384;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0259166,0.00718158;OID=.,.;OPOS=73079292,73079292;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,22:27:0,27:27:0:0,15:0,12:0:0:5:2:2,12:1,10:1:1 chr14 73358945 . A C 1432.89 PASS AF=0.918919;AO=102;DP=110;FAO=102;FDP=111;FR=.;FRO=9;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.022058;FXX=0.0347796;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.86;QD=51.6355;RBI=0.022538;REFB=-0.13765;REVB=-0.0046266;RO=3;SAF=37;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177115;STB=0.535674;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00158138;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:110:111:3:9:102:102:0.918919:65:37:2:1:65:37:7:2 chr14 73360819 . T TTGTC 412.89 PASS AF=0.9375;AO=28;DP=34;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0112506;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=4;MLLD=283.604;QD=51.6109;RBI=0.0212749;REFB=-0.023266;REVB=0.0180567;RO=5;SAF=5;SAR=23;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175242;STB=0.519987;STBP=0.613;TYPE=ins;VARB=0.00143616;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:28:34:30:32:2:6:24:0:2:9:5:5:23:3:2 chr14 73528645 . G A 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.702;QD=60.2234;RBI=0.02553;REFB=0;REVB=0.022142;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70718e-05;OID=.;OPOS=73528645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr14 73586669 . T A 160.27 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00707504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1835;QD=10.3401;RBI=0.0479727;REFB=-0.0117798;REVB=0.0474481;RO=41;SAF=5;SAR=16;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175126;STB=0.603667;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0412656;OID=.;OPOS=73586669;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:16:5:15:26:16:5:15:26 chr14 73711394 . A G 912.29 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.072;QD=57.9229;RBI=0.0476678;REFB=0;REVB=0.0167506;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34445e-05;OID=.;OPOS=73711394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:28:32:0:0:28:35:0:0 chr14 73727509 . T G 480.4 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.983;QD=58.2307;RBI=0.0444693;REFB=0;REVB=0.0130197;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137238;OID=.;OPOS=73727509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:20:13:0:0 chr14 73957772 . A G 283.12 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.073244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0989;QD=47.1858;RBI=0.0751336;REFB=-0.00170595;REVB=0.0167443;RO=2;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921477;STB=0.523789;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00427605;OID=.;OPOS=73957772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:2:1:22:23:0.958333:9:13:0:2:10:13:0:1 chr14 73958375 . T C 127.11 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000323814;FXX=0.0713776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.915;QD=39.1106;RBI=0.018234;REFB=0.0357309;REVB=-0.0182312;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000707488;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:13:1:1:12:12:0.923077:4:8:0:1:4:8:0:1 chr14 73963383 . T C 785.98 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.423;QD=64.1618;RBI=0.0588686;REFB=0;REVB=0.0463069;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122285;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:31:18:0:0 chr14 73989859 . C T 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.577;QD=57.3841;RBI=0.0398843;REFB=0;REVB=-0.01065;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44098e-05;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr14 74058832 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0225186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.77;QD=16.4541;RBI=0.022519;REFB=-0.00684749;REVB=-0.000132772;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297985;STB=0.681121;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00845926;OID=.;OPOS=74058832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:2:2:1:5:2:2 chr14 74061968 . T C 274.92 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416346;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5933;QD=52.3661;RBI=0.0540931;REFB=0;REVB=0.0345345;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81483e-05;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr14 74083846 . C T 327.86 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.000154463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.109;QD=23.0075;RBI=0.0192013;REFB=-0.0237797;REVB=0.0192006;RO=24;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751156;STB=0.541376;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0159657;OID=.;OPOS=74083846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:17:16:14:10:17:16:14:10 chr14 74083901 . G A 50.92 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00649858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.657;QD=4.84936;RBI=0.0267279;REFB=-0.0166334;REVB=-0.0259259;RO=28;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311843;STB=0.709744;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0653243;OID=.;OPOS=74083901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:42:28:34:8:8:0.190476:3:5:10:18:3:5:12:22 chr14 74168625 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.528;QD=62.671;RBI=0.0255007;REFB=0;REVB=0.000395805;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07029e-05;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr14 74196686 . T C 888.61 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9701;QD=56.4193;RBI=0.0394696;REFB=0.0147623;REVB=0.0365581;RO=1;SAF=24;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192603;STB=0.509801;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=2.17625e-05;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:37:24:1:0:37:25:1:0 chr14 74196791 . CT C,CC 705.32 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=10,35;DP=46;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816541,0.0999229;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.1549,92.3333;QD=62.6952;RBI=0.0827036,0.100848;REFB=0,0;REVB=-0.0131332,0.0136259;RO=0;SAF=7,3;SAR=3,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0568389,0.00957701;OID=.,.;OPOS=74196792,74196792;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0222222,0.977778:10,35:46:1,44:45:0:1,9:0,35:0:0:4:0:7,3:3,32:0:0 chr14 74196844 . T C 607.41 PASS AF=0.893617;AO=42;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00103091;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.235;QD=51.6948;RBI=0.0029103;REFB=-0.123322;REVB=0.00272159;RO=5;SAF=11;SAR=31;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348496;STB=0.518652;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00115078;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:47:47:5:5:42:42:0.893617:31:11:2:3:31:11:2:3 chr14 74206481 . T C 500.9 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1615;QD=58.9292;RBI=0.0246491;REFB=0;REVB=-0.0103585;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238139;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr14 74340797 . A T 759.18 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0066664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6788;QD=53.2758;RBI=0.0258399;REFB=-0.188308;REVB=0.0249652;RO=2;SAF=19;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470597;STB=0.524991;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00577174;OID=.;OPOS=74340797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:36:19:2:0:36:19:2:0 chr14 74404756 . T C 75.25 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0612023;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.686;QD=11.1475;RBI=0.0612127;REFB=0.000907951;REVB=-0.00112932;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409936;STB=0.749583;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00279545;OID=.;OPOS=74404756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:4:6:3:13:4:6:3:14 chr14 74428000 . A T 286.97 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00307449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.169;QD=24.4231;RBI=0.00797811;REFB=-0.00522342;REVB=0.00736191;RO=21;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177337;STB=0.583125;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00449831;OID=.;OPOS=74428000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:8:17:10:11:9:17:10:11 chr14 74489735 . G A 357.21 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0263785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.51;QD=16.81;RBI=0.0272388;REFB=-0.0466481;REVB=0.00679149;RO=47;SAF=11;SAR=26;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266374;STB=0.636524;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0358734;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:47:37:38:0.447059:26:11:26:21:26:12:26:21 chr14 74514674 . A T 801.23 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.25;QD=57.2306;RBI=0.0221585;REFB=0;REVB=-0.0196207;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38808e-05;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:19:36:0:0:19:37:0:0 chr14 74523869 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0134345;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.0259;QD=21.3527;RBI=0.0177379;REFB=4.24915e-06;REVB=0.0115822;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338674;STB=0.692011;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-4.07164e-05;OID=.;OPOS=74523869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:9:4:7:2:9:4:7:2 chr14 74523949 . G A 271.23 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0267598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2599;QD=23.5854;RBI=0.0516169;REFB=-0.0032347;REVB=-0.0441387;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145906;STB=0.58125;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00511095;OID=.;OPOS=74523949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:14:11:13:8:14:11:13:8 chr14 74539325 . C A 111.13 PASS AF=0.521739;AO=8;DP=35;FAO=12;FDP=23;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0090041;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.157;QD=19.3262;RBI=0.0174141;REFB=0.00602412;REVB=-0.0149056;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494619;STB=0.538397;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00256536;OID=.;OPOS=74539325;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:23:9:10:8:12:0.521739:4:4:4:5:7:5:5:5 chr14 74727407 . G A 372.01 PASS AF=0.421569;AO=35;DP=98;FAO=43;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.000166254;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.407;QD=14.5885;RBI=0.0229137;REFB=-0.0408464;REVB=0.0229131;RO=42;SAF=9;SAR=26;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118233;STB=0.566496;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0624489;OID=.;OPOS=74727407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:42:59:35:43:0.421569:26:9:15:27:26:17:30:29 chr14 74824365 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00349158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.447;QD=15.6509;RBI=0.00427428;REFB=-0.0136308;REVB=0.00246542;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893246;STB=0.505148;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0248745;OID=.;OPOS=74824365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:9:12:9:7:9:12 chr14 74876181 . T G 364.06 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.012787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2355;QD=13.6096;RBI=0.0820209;REFB=-0.0229548;REVB=-0.081018;RO=64;SAF=23;SAR=20;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385743;STB=0.502182;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0375468;OID=.;OPOS=74876181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:20:23:34:30:20:23:34:30 chr14 74991855 . A G 196.66 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0114621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.014;QD=18.2937;RBI=0.016055;REFB=-0.0170039;REVB=-0.011242;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18526;STB=0.617458;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0272141;OID=.;OPOS=74991855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:13:7:12:10:13:7:13:10 chr14 75279395 . T A 1190.02 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203234;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.366;QD=61.0265;RBI=0.0358051;REFB=0;REVB=0.0294783;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425531;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:32:45:0:0:32:46:0:0 chr14 75376461 . GCCCCCT GCCCCT,GCCCCTC 35.23 PASS AF=0.155172,0.0862069;AO=7,4;DP=58;FAO=9,5;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=5,4;FSAR=4,1;FSRF=37;FSRR=7;FWDB=-0.00707027,-0.00877556;FXX=0.0333278;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.2959,23.4953;QD=2.42971;RBI=0.226192,0.191117;REFB=-0.125882,-0.0688299;REVB=-0.226082,-0.190916;RO=36;SAF=4,3;SAR=3,1;SRF=32;SRR=4;SSEN=0.364532,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.475614,-0.274624;STB=0.752967,0.561418;STBP=0.168,0.867;TYPE=del,mnp;VARB=0.124946,0.177263;OID=.,.;OPOS=75376462,75376466;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCT,GCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.155172,0.0862069:7,4:58:9,5:58:44:5,4:4,1:37:7:21:36:4,3:3,1:32:4 chr14 75386576 . G A 516.65 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=73;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0108961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4381;QD=27.9269;RBI=0.0547179;REFB=-0.0781922;REVB=0.053622;RO=26;SAF=34;SAR=13;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00604518;STB=0.507956;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0484939;OID=.;OPOS=75386576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:26:27:47:47:0.635135:13:34:19:7:13:34:20:7 chr14 75388183 . C T 312.09 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0520367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.611;QD=29.7227;RBI=0.0524376;REFB=-0.0103514;REVB=-0.00647126;RO=15;SAF=12;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738106;STB=0.540511;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00725905;OID=.;OPOS=75388183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:15:12:5:10:15:12:5:10 chr14 75412908 . A C,G 1033.39 PASS AF=0.0694444,0.930556;AO=5,67;DP=72;FAO=5,67;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=5,41;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313889,0.00411204;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.8068,105.268;QD=57.4106;RBI=0.0432869,0.0358498;REFB=0,0;REVB=-0.043173,0.0356132;RO=0;SAF=5,41;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.154309,0.00313235;OID=.,.;OPOS=75412908,75412908;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:72:72:0:0:5,67:5,67:0.0694444,0.930556:0,26:5,41:0:0:0,26:5,41:0:0 chr14 75475894 . G C 392.94 PASS AF=0.424242;AO=41;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0107565;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9172;QD=15.8764;RBI=0.0187632;REFB=-0.0149958;REVB=-0.0153739;RO=58;SAF=18;SAR=23;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00842424;STB=0.518257;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0195178;OID=.;OPOS=75475894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:57:41:42:0.424242:23:18:25:33:23:19:24:33 chr14 75483812 . T C 343.32 PASS AF=0.34127;AO=43;DP=125;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=-0.0410848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.233;QD=10.8989;RBI=0.0421866;REFB=-0.0137698;REVB=0.00957866;RO=82;SAF=11;SAR=32;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193673;STB=0.617702;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0248237;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:82:83:43:43:0.34127:32:11:33:49:32:11:34:49 chr14 75513826 . T C 256.41 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0177373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.026;QD=22.7922;RBI=0.0284814;REFB=-0.0110819;REVB=0.022284;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596409;STB=0.533306;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.01142;OID=.;OPOS=75513826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:12:12:12:9:12:12:12:9 chr14 75513883 . T C 702.26 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.182;QD=55.0795;RBI=0.0539075;REFB=-0.117346;REVB=0.0513149;RO=1;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254237;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163207;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:51:1:0:49:51:1:18:31:0:1:20:31:0:0 chr14 75514138 . C A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0411294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4969;QD=11.2567;RBI=0.0787331;REFB=-0.0119791;REVB=-0.0671362;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57458;STB=0.850411;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0218308;OID=.;OPOS=75514138;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:1:7:4:8:1:7:4:8 chr14 75515693 . C T 99.28 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00693939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.932;QD=15.8846;RBI=0.012103;REFB=-0.0284704;REVB=0.00991597;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777652;STB=0.519967;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0313754;OID=.;OPOS=75515693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:13:13:11:12:0.48:6:5:7:6:6:6:7:6 chr14 75537381 . C T 130.65 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0089076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.416;QD=13.7529;RBI=0.0241056;REFB=-0.0112478;REVB=0.0223995;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174555;STB=0.615836;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0147881;OID=.;OPOS=75537381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:23:14:15:0.394737:4:10:13:10:4:11:13:10 chr14 75544470 . T A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0419175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.659;QD=16.8229;RBI=0.045319;REFB=-0.00261234;REVB=0.017226;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335683;STB=0.691862;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00212327;OID=.;OPOS=75544470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:0:5:4:3:0:5 chr14 75567742 . A G 128.49 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0130158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.216;QD=12.2368;RBI=0.0137695;REFB=-0.0107936;REVB=0.00449311;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243762;STB=0.514358;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0145401;OID=.;OPOS=75567742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:7:8:15:12:7:8:15:12 chr14 75574087 . C T 234.93 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0157129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.217;QD=15.4051;RBI=0.0174202;REFB=-0.0107232;REVB=0.00752123;RO=32;SAF=17;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276697;STB=0.510463;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0153462;OID=.;OPOS=75574087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:34:27:27:0.442623:10:17:21:11:10:17:22:12 chr14 75590822 . G A 521.68 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0175649;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.212;QD=25.7622;RBI=0.0186938;REFB=-0.0157797;REVB=-0.00639773;RO=32;SAF=25;SAR=23;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999145;STB=0.547316;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0121172;OID=.;OPOS=75590822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:32:33:48:48:0.592593:23:25:21:11:23:25:21:12 chr14 75600697 . C T 104.58 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0240036;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.648;QD=18.1871;RBI=0.0447732;REFB=-0.0491106;REVB=-0.037795;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222009;STB=0.605879;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0270533;OID=.;OPOS=75600697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:12:11:12:12:0.521739:8:4:7:5:8:4:6:5 chr14 75705656 . G A 178.52 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0125594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105;QD=15.1931;RBI=0.031765;REFB=-0.00182609;REVB=0.0291767;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189233;STB=0.607971;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00278589;OID=.;OPOS=75705656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:8:11:21:7:8:11:21:7 chr14 75705863 . C T 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0225508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.696;QD=21.972;RBI=0.0245554;REFB=-0.0278681;REVB=0.00971723;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092715;STB=0.505193;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0128684;OID=.;OPOS=75705863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:14:9:8:13:14:9:8:13 chr14 75746690 . C T 385.63 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2734;QD=51.4173;RBI=0.0629168;REFB=-0.0220212;REVB=0.0570799;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372036;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00155317;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:16:12:1:0:16:13:1:0 chr14 75758885 . A G 573.72 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4141;QD=58.8431;RBI=0.0662336;REFB=0;REVB=0.0623694;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136612;OID=.;OPOS=75758885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr14 75904660 . A G 611.61 PASS AF=0.364532;AO=74;DP=203;FAO=74;FDP=203;FR=.;FRO=129;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=79;FSRR=50;FWDB=-0.00873476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.017;QD=12.0515;RBI=0.0810069;REFB=-0.0193517;REVB=-0.0805346;RO=127;SAF=26;SAR=48;SRF=78;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290134;STB=0.664163;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0498174;OID=.;OPOS=75904660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:127:129:74:74:0.364532:48:26:78:49:48:26:79:50 chr14 75937022 . G A 137.04 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=0.00211525;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5866;QD=16.1227;RBI=0.016229;REFB=-0.0671176;REVB=0.0160905;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358702;STB=0.699802;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0228362;OID=.;OPOS=75937022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:5:10:18:1:5:10:18:1 chr14 76045691 . C T 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0193122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.355;QD=22.5992;RBI=0.0215147;REFB=0.000987594;REVB=-0.00948266;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107565;STB=0.56003;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00139039;OID=.;OPOS=76045691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:13:7:11:12:13:7 chr14 76156609 . C T 311.7 PASS AF=0.6;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.000804281;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.169;QD=24.9363;RBI=0.0952325;REFB=-0.00214502;REVB=0.0952291;RO=19;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439204;STB=0.526936;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0014011;OID=.;OPOS=76156609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:20:29:30:0.6:12:17:10:9:13:17:10:10 chr14 76175565 . C A 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0256207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.317;QD=10.715;RBI=0.0263966;REFB=-0.00333859;REVB=0.00635309;RO=28;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348481;STB=0.694268;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00449066;OID=.;OPOS=76175565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:29:14:14:0.325581:9:5:19:9:9:5:19:10 chr14 76175594 . G A 61.27 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0117757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.12;QD=6.80723;RBI=0.0305904;REFB=-0.00669917;REVB=0.028233;RO=26;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489614;STB=0.79577;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0150026;OID=.;OPOS=76175594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:26:27:9:9:0.25:7:2:17:9:7:2:17:10 chr14 76224153 . T A 1072.97 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0139291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.734;QD=57.225;RBI=0.0793373;REFB=-0.141988;REVB=0.078105;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122839;STB=0.512817;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00142602;OID=.;OPOS=76224153;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:75:1:2:72:73:0.973333:34:38:1:0:35:38:2:0 chr14 76368544 . T C 320.82 PASS AF=0.55;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0146902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.718;QD=21.3878;RBI=0.0399615;REFB=-0.0113206;REVB=0.0371634;RO=26;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108351;STB=0.542831;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00817394;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:26:27:32:33:0.55:19:13:14:12:19:14:14:13 chr14 76619167 . A C 141.25 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0057304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.472;QD=21.7299;RBI=0.00595497;REFB=-0.0109373;REVB=-0.00161996;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196568;STB=0.594465;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0227806;OID=.;OPOS=76619167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:10:11:15:15:0.576923:10:5:6:4:10:5:6:5 chr14 76662446 . C T 929.61 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2234;QD=57.2068;RBI=0.0351954;REFB=-0.0588867;REVB=0.0082112;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440443;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:65:0:0:62:65:1:38:24:0:0:41:24:0:0 chr14 76957887 . T C 1099.86 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.514;QD=57.8874;RBI=0.0231447;REFB=-0.103188;REVB=-0.00907003;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303416;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:76:0:0:73:76:1:32:41:0:0:35:41:0:0 chr14 76964655 . C T 315.41 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00600403;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.578;QD=17.2826;RBI=0.0184741;REFB=-0.0183598;REVB=-0.0174713;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077926;STB=0.536211;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0144977;OID=.;OPOS=76964655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:37:39:33:34:0.465753:17:16:21:16:18:16:21:18 chr14 77236380 . C T 415.87 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.0122488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.269;QD=22.1794;RBI=0.0125016;REFB=-0.0158086;REVB=-0.0025012;RO=33;SAF=13;SAR=28;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102621;STB=0.560756;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00998985;OID=.;OPOS=77236380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:34:41:41:0.546667:28:13:7:26:28:13:7:27 chr14 77239567 . A G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00356654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.565;QD=12.4552;RBI=0.0513521;REFB=-0.000165196;REVB=-0.0512281;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129771;STB=0.575149;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.000106498;OID=.;OPOS=77239567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:8:13:17:17:8:13:17:17 chr14 77294950 . C T 156.41 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0147731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.352;QD=15.2596;RBI=0.0200058;REFB=0.000400153;REVB=0.0134903;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798967;STB=0.556457;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.000311816;OID=.;OPOS=77294950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:24:17:17:0.414634:8:9:14:9:8:9:15:9 chr14 77323782 . G A 44.78 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0419237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6012;QD=7.4631;RBI=0.0441647;REFB=0.0072717;REVB=0.0138897;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478097;STB=0.809831;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0480827;OID=.;OPOS=77323782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:22:24:15:17:7:7:0.291667:6:1:8:7:6:1:9:8 chr14 77332367 . C T 353.75 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=87;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0130405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.25;QD=16.0795;RBI=0.0257136;REFB=-0.0093166;REVB=0.0221615;RO=49;SAF=12;SAR=25;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485573;STB=0.511208;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0109091;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:49:50:37:38:0.431818:25:12:18:31:25:13:18:32 chr14 77332408 . T C 285.86 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0163387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4789;QD=15.6633;RBI=0.0342673;REFB=-0.0435638;REVB=0.0301213;RO=41;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160981;STB=0.509085;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0525768;OID=.;OPOS=77332408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:20:12:16:25:20:12:16:25 chr14 77576243 . G A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00470514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.223;QD=14.7421;RBI=0.0256445;REFB=-0.00386216;REVB=0.0252091;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550525;STB=0.542324;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00621844;OID=.;OPOS=77576243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:8:9:14:10:8:9:15:10 chr14 77579754 . T C 103.09 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=37;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00989522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.961;QD=10.5731;RBI=0.021671;REFB=-0.0261452;REVB=0.01928;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366072;STB=0.576354;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0462148;OID=.;OPOS=77579754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:26:26:11:13:0.333333:5:6:15:11:7:6:15:11 chr14 77691753 . T C 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00831294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.129;QD=25.3616;RBI=0.0225457;REFB=-0.00772066;REVB=0.0209571;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574481;STB=0.532121;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00442374;OID=.;OPOS=77691753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:8:7:3:5:8:7:3:5 chr14 77697967 . A G 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6895;QD=58.9597;RBI=0.040738;REFB=0;REVB=-0.0386449;RO=0;SAF=46;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032389;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:20:46:0:0:20:46:0:0 chr14 77703057 . A G 252.08 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.377;QD=50.4153;RBI=0.0755804;REFB=0;REVB=0.0246936;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524711;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:12:5:0:0:12:8:0:0 chr14 77737202 . G A 86.71 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0731049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7302;QD=12.8462;RBI=0.0841718;REFB=-0.0178008;REVB=0.0417201;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426492;STB=0.755216;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.044622;OID=.;OPOS=77737202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:9:2:9:7:9:2:9:7 chr14 77745193 . A C 750.57 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138226;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.448;QD=56.6471;RBI=0.013708;REFB=0;REVB=0.0136381;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123035;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:27:24:0:0:29:24:0:0 chr14 77750141 . C T 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00659228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.332;QD=9.82172;RBI=0.00682223;REFB=-0.00204723;REVB=0.00175631;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736464;STB=0.5443;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00397313;OID=.;OPOS=77750141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:7:4:7:16:7:4:7:16 chr14 77751925 . C T 1280.2 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0545043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.936;QD=60.2447;RBI=0.0573598;REFB=0.0272525;REVB=0.0178725;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000104792;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:0:1:82:84:0.988235:50:32:0:0:51:33:1:0 chr14 77793207 . G A 375.31 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00262938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.966;QD=15.9706;RBI=0.0138777;REFB=-0.00870391;REVB=0.0136264;RO=54;SAF=14;SAR=25;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126761;STB=0.512755;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0117042;OID=.;OPOS=77793207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:54:39:40:0.425532:25:14:20:34:26:14:20:34 chr14 77794283 . T C 1578.78 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376908;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0692;QD=63.7891;RBI=0.0500895;REFB=0;REVB=-0.0329903;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91702e-05;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:98:99:1:48:50:0:0:48:51:0:0 chr14 77796641 . G A 245.11 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.097085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0729;QD=15.5628;RBI=0.0995674;REFB=-0.0385218;REVB=0.0220945;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107235;STB=0.504149;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0520798;OID=.;OPOS=77796641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:17:11:13:21:17:11:14:21 chr14 77843814 . T C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00694697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.798;QD=24.0275;RBI=0.00728314;REFB=-0.034445;REVB=0.00218716;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775029;STB=0.543418;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0185474;OID=.;OPOS=77843814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:5:9:6:2:5:9:6:2 chr14 77844869 . A G 118.32 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0162498;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=41.0467;QD=21.5136;RBI=0.0253671;REFB=-0.0405836;REVB=0.0194792;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146341;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00653191;OID=.;OPOS=77844869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:22:8:9:12:13:0.590909:7:5:5:3:7:6:5:4 chr14 77845121 . A G 154.95 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.000646595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.308;QD=22.9553;RBI=0.00956907;REFB=-0.00632933;REVB=0.0095472;RO=11;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256079;STB=0.645758;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00849532;OID=.;OPOS=77845121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:13:3:5:6:13:3:5:6 chr14 77926011 . C T 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0409787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5721;QD=12.2752;RBI=0.0687357;REFB=0.00915999;REVB=-0.0551847;RO=32;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265687;STB=0.656142;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0233859;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:6:11:13:19:6:11:13:19 chr14 77928525 . A G 183.12 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.034839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9444;QD=17.44;RBI=0.0399575;REFB=-0.023835;REVB=-0.0195666;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123789;STB=0.538218;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0261025;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:23:19:19:0.452381:12:7:8:13:12:7:10:13 chr14 77935520 . G A 248.51 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0194438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.471;QD=13.8061;RBI=0.0263568;REFB=-0.0257913;REVB=-0.0177938;RO=42;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115029;STB=0.558953;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.027315;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:43:29:29:0.402778:17:12:22:20:17:12:22:21 chr14 77951124 . C T 345.52 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00655955;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.552;QD=26.5786;RBI=0.0100989;REFB=-0.0100124;REVB=0.0076786;RO=18;SAF=16;SAR=17;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813283;STB=0.553456;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00477329;OID=.;OPOS=77951124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:18:19:33:33:0.634615:17:16:11:7:17:16:12:7 chr14 77976325 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.76;QD=55.0976;RBI=0.00472251;REFB=0;REVB=-0.00347075;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27369e-05;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr14 78028803 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0109841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.199;QD=15.7004;RBI=0.0329404;REFB=0.000440536;REVB=0.0310551;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317787;STB=0.68439;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=6.43683e-05;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:4:11:8:11:4:11:8:11 chr14 78174473 . A C 1259.81 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00997736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.525;QD=60.7136;RBI=0.0268193;REFB=0;REVB=-0.0248943;RO=0;SAF=29;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453557;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:52:29:0:0:53:30:0:0 chr14 78184566 . C A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.142;QD=57.5452;RBI=0.0134747;REFB=0;REVB=0.00964664;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4482e-07;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr14 78197365 . C T 356.54 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.991;QD=54.8522;RBI=0.0543552;REFB=0;REVB=0.0247398;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183113;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:11:15:0:0 chr14 78221364 . T G 309.15 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00526456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.707;QD=13.5889;RBI=0.0196059;REFB=-0.010494;REVB=-0.0188859;RO=56;SAF=21;SAR=14;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128377;STB=0.573291;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.018046;OID=.;OPOS=78221364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:14:21:27:29:14:21:27:29 chr14 78287414 . T C 766.16 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.78;QD=63.8466;RBI=0.0503322;REFB=0;REVB=0.0469855;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272393;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr14 78709814 . T C 173.72 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00213455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.845;QD=12.8679;RBI=0.0185272;REFB=-0.0144325;REVB=-0.0184038;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229928;STB=0.513262;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0251284;OID=.;OPOS=78709814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:11:10:15:18:11:10:15:18 chr14 80329871 . A C 198.48 PASS AF=0.487805;AO=8;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0733028;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=39.3052;QD=19.3634;RBI=0.0746216;REFB=0.0153288;REVB=-0.0139671;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337293;STB=0.543037;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0142761;OID=.;OPOS=80329871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:9:21:8:20:0.487805:6:2:2:7:13:7:9:12 chr14 80669580 . T C 404.88 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00116061;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.607;QD=24.9157;RBI=0.0155982;REFB=-0.0418275;REVB=0.015555;RO=25;SAF=16;SAR=23;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00757214;STB=0.505286;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.028133;OID=.;OPOS=80669580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:26:39:39:0.6:23:16:10:15:23:16:11:15 chr14 80963383 . A AGC 246.53 PASS AF=0.430769;AO=22;DP=76;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0136434;FXX=0.0844951;HRUN=0;LEN=2;MLLD=262.293;QD=15.1709;RBI=0.020785;REFB=-0.00920355;REVB=-0.0156804;RO=45;SAF=7;SAR=15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251994;STB=0.629619;STBP=0.088;TYPE=ins;VARB=0.0163203;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430769:22:76:28:65:37:9:19:20:17:99:45:7:15:24:21 chr14 81251255 . T C 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.000503427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.979;QD=19.0168;RBI=0.0199308;REFB=-0.0310777;REVB=0.0199244;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224755;STB=0.512803;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0325799;OID=.;OPOS=81251255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:5:10:9:5:5:10:9:5 chr14 81380682 . G A 479.95 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=-0.00645797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.245;QD=17.141;RBI=0.0348774;REFB=-0.0334139;REVB=-0.0342743;RO=59;SAF=22;SAR=30;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135719;STB=0.578501;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0276322;OID=.;OPOS=81380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:60:52:52:0.464286:30:22:17:42:30:22:17:43 chr14 81574959 . A G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00609836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.953;QD=12.7915;RBI=0.0130039;REFB=-0.0112536;REVB=0.0114852;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622602;STB=0.53643;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0177879;OID=.;OPOS=81574959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:16:7:5:9:16:7 chr14 81575005 . C A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0135277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.746;QD=10.8848;RBI=0.0142874;REFB=-0.0339053;REVB=-0.00459678;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469885;STB=0.52824;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0527253;OID=.;OPOS=81575005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:9:6:4:5:9:6 chr14 81610583 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5529;QD=56.7062;RBI=0.0187704;REFB=0;REVB=0.0114562;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476049;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr14 81612643 . C T 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00908138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.245;QD=12.0244;RBI=0.00908478;REFB=-0.0119084;REVB=-0.000248655;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26677;STB=0.661457;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0180597;OID=.;OPOS=81612643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:10:2:7:13:10:2:7:13 chr14 81676282 . T C 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.000755989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.546;QD=15.1958;RBI=0.0153753;REFB=-0.00979275;REVB=0.0153567;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103537;STB=0.559521;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0161018;OID=.;OPOS=81676282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:17:9:8:10:17:9 chr14 81712844 . C G 588.39 PASS AF=0.588889;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0239436;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3598;QD=26.1506;RBI=0.0271851;REFB=-0.00928979;REVB=0.0128737;RO=37;SAF=25;SAR=28;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922979;STB=0.550378;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00735797;OID=.;OPOS=81712844;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:37:53:53:0.588889:28:25:22:15:28:25:22:15 chr14 81737076 . A C 613.14 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0346443;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8202;QD=23.1373;RBI=0.0369512;REFB=-0.0349829;REVB=0.0128514;RO=46;SAF=30;SAR=30;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517617;STB=0.528292;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0249331;OID=.;OPOS=81737076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:46:46:60:60:0.566038:30:30:26:20:30:30:26:20 chr14 81744736 . A G 1226.88 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.287;QD=61.344;RBI=0.0566191;REFB=0;REVB=0.0498807;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627561;OID=.;OPOS=81744736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr14 84640016 . A C 350.08 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0208945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.22;QD=28.0066;RBI=0.0275622;REFB=-0.00257323;REVB=0.0179749;RO=20;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048884;STB=0.526936;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0013271;OID=.;OPOS=84640016;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:13:17:10:10:13:17:10:10 chr14 84642753 . G A 81.78 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00226256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.788;QD=11.2798;RBI=0.00680343;REFB=-0.000673917;REVB=-0.00641619;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801251;STB=0.549873;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0116803;OID=.;OPOS=84642753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:29:29:18:18:8:8:0.275862:5:3:8:10:5:3:8:10 chr14 86088056 . T C 787.49 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.136;QD=56.2489;RBI=0.0368643;REFB=0;REVB=-0.00516791;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195671;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:29:25:0:0:31:25:0:0 chr14 86089253 . C T 492.07 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.027963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.188;QD=22.6237;RBI=0.0288602;REFB=-0.0190253;REVB=-0.00713984;RO=39;SAF=28;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269077;STB=0.509859;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0141941;OID=.;OPOS=86089253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:39:40:47:47:0.54023:19:28:22:17:19:28:23:17 chr14 86089508 . G T 133.2 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.000705485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.472;QD=15.6707;RBI=0.0366547;REFB=-0.00272809;REVB=-0.0366479;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221869;STB=0.627739;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00152482;OID=.;OPOS=86089508;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:7:12:6:9:7:12 chr14 86091103 . C T 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0814594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.909;QD=6.57359;RBI=0.0814957;REFB=0.00444141;REVB=-0.00243058;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299254;STB=0.699237;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0173484;OID=.;OPOS=86091103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:6:10:5:1:6:10 chr14 86091242 . C T 55.38 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00863085;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.816;QD=7.38415;RBI=0.0102491;REFB=-0.0100145;REVB=-0.00552739;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326529;STB=0.69958;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0194575;OID=.;OPOS=86091242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:31:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:5:17:4:4:5:17 chr14 86091415 . G A 549.05 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8939;QD=59.3571;RBI=0.048292;REFB=0;REVB=-0.0316454;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236081;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:23:14:0:0 chr14 86091910 . G T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0142269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.558;QD=14.3342;RBI=0.0279672;REFB=0.00365867;REVB=0.0240782;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498364;STB=0.529346;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00508251;OID=.;OPOS=86091910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:5:5:4:5:5:5 chr14 86092246 . A G 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2154;QD=58.7777;RBI=0.0449819;REFB=0;REVB=0.0449073;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223546;OID=.;OPOS=86092246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr14 86093344 . C T 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000813075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.011;QD=64.1466;RBI=0.0278616;REFB=0;REVB=0.0278497;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215801;OID=.;OPOS=86093344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr14 86093378 . C T 397.84 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00443147;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.283;QD=26.0879;RBI=0.0272137;REFB=-0.00631954;REVB=0.0268505;RO=23;SAF=21;SAR=17;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169888;STB=0.592766;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00192297;OID=.;OPOS=86093378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:23:23:38:38:0.622951:17:21:7:16:17:21:7:16 chr14 86093385 . T C 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0475979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.774;QD=10.1487;RBI=0.0476469;REFB=0.0045043;REVB=0.00215981;RO=43;SAF=7;SAR=15;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298875;STB=0.681653;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00660938;OID=.;OPOS=86093385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:44:22:22:0.333333:15:7:25:18:15:7:26:18 chr14 86093422 . G T 208.2 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0140821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.017;QD=11.5667;RBI=0.0197178;REFB=-0.00415594;REVB=0.0138016;RO=46;SAF=8;SAR=18;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245911;STB=0.642744;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0124418;OID=.;OPOS=86093422;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:18:8:24:22:18:8:24:22 chr14 86094035 . G A 154.3 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.048059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7307;QD=10.6413;RBI=0.0480855;REFB=-0.00988906;REVB=-0.00159626;RO=38;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18709;STB=0.60844;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0209611;OID=.;OPOS=86094035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:11:9:11:27:11:9:11:27 chr14 86094573 . C T 402.59 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0280882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.756;QD=20.3844;RBI=0.0319967;REFB=-0.0204492;REVB=0.0153247;RO=36;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262697;STB=0.506795;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0199403;OID=.;OPOS=86094573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:38:40:41:0.518987:19:21:20:16:20:21:20:18 chr14 88400449 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0376;QD=56.7048;RBI=0.086802;REFB=0;REVB=0.0724244;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173289;OID=.;OPOS=88400449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr14 88400486 . A G 397.55 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307216;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.987;QD=53.0069;RBI=0.0360787;REFB=0;REVB=0.018917;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344248;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120056;OID=.;OPOS=88400486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:1:0:27:30:1:14:13:1:0:15:15:0:0 chr14 88401213 . T C 744.72 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7115;QD=63.3805;RBI=0.163059;REFB=0;REVB=0.158218;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154081;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr14 88407875 . T A 800.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.261;QD=57.1774;RBI=0.0578567;REFB=0;REVB=0.0419668;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125109;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:21:33:0:0:22:34:0:0 chr14 88411947 . T C 1934.34 PASS AF=0.992126;AO=124;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121585;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1875;QD=60.9242;RBI=0.019313;REFB=-0.0249333;REVB=0.0150054;RO=1;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079849;STB=0.503759;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=5.93047e-05;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:124:126:0.992126:59:65:0:1:60:66:1:0 chr14 88431898 . C T 435.73 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0260147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.743;QD=54.4661;RBI=0.0809953;REFB=-0.0167632;REVB=-0.0767039;RO=1;SAF=2;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184523;STB=0.599924;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00425072;OID=.;OPOS=88431898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:29:2:1:0:29:2:1:0 chr14 88453422 . AGGA AG,AGA,AGAA 221.11 PASS AF=0,1,0;AO=3,8,9;DP=22;FAO=0,19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,0;FSAR=0,14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.648009,0.0737022,-0.72885;FXX=0.049975;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=19.5215,22.764,18.5825;QD=46.5497;RBI=0.649736,0.159412,0.735145;REFB=0,0,0;REVB=-0.0473423,-0.141351,-0.0959965;RO=0;SAF=0,0,3;SAR=3,8,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0231627,-0.00342458,0;OID=.,.,.;OPOS=88453424,88453423,88453424;OREF=GA,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=AG,AGA,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:3,8,9:22:0,19,0:19:0:0,5,0:0,14,0:0:0:3:0:0,0,3:3,8,6:0:0 chr14 88477413 . C T 819.99 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00701676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1851;QD=55.5923;RBI=0.0421161;REFB=-0.00142783;REVB=-0.0415275;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00013825;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:0:1:58:58:0.983051:29:29:0:0:29:29:0:1 chr14 88651825 . A AAC 212.58 PASS AF=0.534884;AO=10;DP=55;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.029103;FXX=0.122424;HRUN=5;LEN=2;MLLD=96.3139;QD=19.7747;RBI=0.0496758;REFB=0.0138131;REVB=-0.0402579;RO=38;SAF=0;SAR=10;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.793281;STB=0.773496;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=-0.00113931;OID=.;OPOS=88651826;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534884:10:55:23:43:20:4:19:14:6:99:38:0:10:27:11 chr14 88792816 . T G 1527.13 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0149309;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.754;QD=61.7022;RBI=0.0385795;REFB=-0.162126;REVB=0.0355731;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.502292;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.000800801;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:100:99:0:2:97:97:0.979798:59:38:0:0:59:38:1:1 chr14 88852279 . TG T,TT 747.54 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=48,4;DP=54;FAO=52,4;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33,4;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468713,0.0335918;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=24.591,8.72642;QD=53.3957;RBI=0.0294743,0.0667033;REFB=0,0;REVB=-0.0290992,0.0576275;RO=0;SAF=33,4;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.289157,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00557065,-0.0276602;OID=.,.;OPOS=88852280,88852280;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.928571,0.0714286:48,4:54:52,4:56:0:33,4:19,0:0:0:13:0:33,4:15,0:0:0 chr14 88894004 . TAA TA,T 64.37 PASS AF=0.344828,0.137931;AO=10,3;DP=30;FAO=10,4;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7,3;FSAR=3,1;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.0630242,0.0310928;FXX=0.0644953;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.8741,20.0253;QD=8.87864;RBI=0.0761902,0.0403134;REFB=-0.0478921,-0.0246823;REVB=-0.0428123,-0.0256594;RO=13;SAF=7,2;SAR=3,1;SRF=12;SRR=1;SSEN=0.3125,0.3125;SSEP=0,0;SSSB=-0.299057,-0.432083;STB=0.692022,0.73838;STBP=0.244,0.824;TYPE=del,del;VARB=0.0552424,0.053927;OID=.,.;OPOS=88894005,88894005;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828,0.137931:10,3:30:10,4:29:15:7,3:3,1:14:1:43:13:7,2:3,1:12:1 chr14 89039124 . A G 199.66 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.00395874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2877;QD=19.966;RBI=0.0067936;REFB=-0.00555454;REVB=0.00552099;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210018;STB=0.631468;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00271209;OID=.;OPOS=89039124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:20:20:20:0.5:14:6:2:16:14:6:2:18 chr14 89094243 . G C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4215;QD=59.4344;RBI=0.0130478;REFB=0;REVB=0.0114584;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47786e-05;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr14 89306550 . T C 422.47 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0116497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.633;QD=19.8809;RBI=0.029642;REFB=-0.0231106;REVB=-0.0272568;RO=42;SAF=20;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864921;STB=0.553214;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0210494;OID=.;OPOS=89306550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:42:42:42:43:0.505882:22:20:16:26:22:21:16:26 chr14 89306556 . C T 384.81 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0409148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2291;QD=20.5231;RBI=0.0667549;REFB=0.00018764;REVB=-0.0527465;RO=36;SAF=17;SAR=22;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917211;STB=0.550679;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00207624;OID=.;OPOS=89306556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:22:17:12:24:22:17:12:24 chr14 89445481 . C T 250.19 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0412521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3045;QD=16.141;RBI=0.042103;REFB=-0.0208707;REVB=-0.00842207;RO=31;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141769;STB=0.583881;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0252819;OID=.;OPOS=89445481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:33:28:29:0.467742:20:8:13:18:20:9:15:18 chr14 89445503 . C T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0167263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.506;QD=18.7769;RBI=0.0272024;REFB=-0.013173;REVB=-0.0214523;RO=26;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144759;STB=0.580686;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0105481;OID=.;OPOS=89445503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:15:11:7:19:15:11:7:19 chr14 89627942 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.087;QD=39.2067;RBI=0.0744988;REFB=0;REVB=0.0458243;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354127;OID=.;OPOS=89627942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr14 89750819 . A G 197.8 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00226938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.384;QD=11.1437;RBI=0.00823722;REFB=-0.0219501;REVB=0.00791844;RO=45;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353647;STB=0.697957;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0354589;OID=.;OPOS=89750819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:8:17:16:29:8:17:17:29 chr14 89867978 . T C 1422.31 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2359;QD=61.8397;RBI=0.0568596;REFB=-0.0648071;REVB=-0.0108212;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138512;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:92:92:0:0:91:92:1:47:44:0:0:48:44:0:0 chr14 90095445 . T C 88.09 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00548459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.527;QD=14.0943;RBI=0.0189631;REFB=-0.0383424;REVB=-0.0181526;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164026;STB=0.594883;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0381966;OID=.;OPOS=90095445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:3:11:7:4:3:11 chr14 90178913 . T C 87.97 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0401304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.147;QD=31.9897;RBI=0.0406025;REFB=0.00915212;REVB=-0.00617398;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179867;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00067513;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:2:1:9:10:0.909091:5:4:1:1:6:4:1:0 chr14 90178934 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0115028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.675;QD=13.2052;RBI=0.0165174;REFB=-0.0149461;REVB=-0.0118537;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344857;STB=0.736113;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0385973;OID=.;OPOS=90178934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:2:4:1:4:2:4:1:5 chr14 90341494 . G A 262.86 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00574537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8675;QD=15.0205;RBI=0.0358248;REFB=-0.00579976;REVB=-0.0353611;RO=40;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336858;STB=0.519071;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00632883;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:14:16:20:20:14:16:20:20 chr14 90390968 . T A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0482461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.794;QD=10.1726;RBI=0.0483716;REFB=-0.0176945;REVB=-0.00348178;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.59968;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0295811;OID=.;OPOS=90390968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:3:6:3:3:3:6 chr14 90398907 . G A 402.1 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0180144;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.992;QD=15.6154;RBI=0.0258727;REFB=-0.00590369;REVB=0.0185709;RO=56;SAF=21;SAR=24;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201607;STB=0.510412;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00950326;OID=.;OPOS=90398907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:56:58:45:45:0.436893:24:21:25:31:24:21:26:32 chr14 90730071 . C T 1473.38 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.613;QD=63.371;RBI=0.0557667;REFB=0;REVB=0.0343939;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59415e-05;OID=.;OPOS=90730071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:52:38:0:0:55:38:0:0 chr14 90744546 . C T 307.52 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0189238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.552;QD=27.3353;RBI=0.0234713;REFB=-0.0316885;REVB=0.0138849;RO=11;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297685;STB=0.660243;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0163901;OID=.;OPOS=90744546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:11:13:23:23:0.511111:14:9:10:1:14:9:11:2 chr14 90756760 . A T 272.52 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00746584;FXX=0.0175408;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.924;QD=19.4658;RBI=0.0135485;REFB=-0.00519684;REVB=0.0113059;RO=26;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390015;STB=0.532796;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00414567;OID=.;OPOS=90756760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:11:18:15:11:11:18:15:12 chr14 90767607 . C T 262.7 PASS AF=0.326531;AO=31;DP=95;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.000114949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0742;QD=10.7225;RBI=0.000804223;REFB=0.00366509;REVB=0.000795965;RO=64;SAF=14;SAR=17;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198721;STB=0.621785;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0044052;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:64:66:31:32:0.326531:17:14:40:24:18:14:41:25 chr14 90865462 . C G 223.07 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00948668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.417;QD=16.5237;RBI=0.0293601;REFB=-0.0357439;REVB=0.0277853;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089814;STB=0.541633;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0418823;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:14:11:15:13:14:11:15:14 chr14 91084338 . C T 868.17 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5472;QD=57.8779;RBI=0.0583946;REFB=0;REVB=0.0298071;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000932935;OID=.;OPOS=91084338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr14 91123575 . T C 190.22 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0213801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3709;QD=21.7388;RBI=0.0508633;REFB=-0.00730894;REVB=-0.0461515;RO=16;SAF=3;SAR=16;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125776;STB=0.571347;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00643077;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:16:3:4:12:16:3:4:12 chr14 91161862 . C T 7064.68 PASS AF=1;AO=438;DP=442;FAO=443;FDP=443;FR=.;FRO=0;FSAF=277;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000991648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.989;QD=63.7895;RBI=0.0189934;REFB=0;REVB=0.0189675;RO=0;SAF=274;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49954e-06;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:442:443:0:0:438:443:1:164:274:0:0:166:277:0:0 chr14 91165572 . G A 918.74 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00942875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0579;QD=58.3326;RBI=0.0114267;REFB=0;REVB=-0.00645506;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.23061e-05;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr14 91666162 . G A 374.82 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.000390748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.96;QD=26.3029;RBI=0.0118203;REFB=-0.0121433;REVB=0.0118139;RO=20;SAF=26;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130801;STB=0.56518;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0060863;OID=.;OPOS=91666162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:21:36:36:0.631579:10:26:11:9:10:26:12:9 chr14 91739081 . A G 955.31 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.721;QD=58.7882;RBI=0.167466;REFB=0;REVB=0.166722;RO=0;SAF=51;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119833;OID=.;OPOS=91739081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:0:0:61:65:1:10:51:0:0:14:51:0:0 chr14 91739221 . TG GT,T 40.41 PASS AF=0.0204082,0.244898;AO=2,17;DP=51;FAO=1,12;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=0,1;FSAR=1,11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.011771,0.073791;FXX=0.039208;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=30.2735,12.8236;QD=3.29916;RBI=0.0677636,0.129191;REFB=-0.0341789,-0.0994433;REVB=-0.0667335,-0.106043;RO=29;SAF=0,1;SAR=2,16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0,0.349206;SSEP=0,0;SSSB=-0.440237,-0.614963;STB=0.987332,0.818476;STBP=0.499,0.037;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0443892,0.107319;OID=.,.;OPOS=91739221,91739222;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:51:49:29:36:2,17:1,12:0.0204082,0.244898:2,16:0,1:13:16:1,11:0,1:13:23 chr14 91751788 . TC T 321.36 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101577;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.9906;QD=38.9529;RBI=0.0122089;REFB=0;REVB=-0.00677329;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000486181;OID=.;OPOS=91751789;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:33:33:33:0:16:17:0:0:6:0:12:15:0:0 chr14 91773494 . G A 382.19 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00847671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.847;QD=19.8538;RBI=0.00852359;REFB=-0.0176169;REVB=0.000892704;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120078;STB=0.506663;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0203635;OID=.;OPOS=91773494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:19:20:20:18:19:20:20:18 chr14 91773568 . T C 191.01 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0405421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.972;QD=13.4039;RBI=0.0442284;REFB=0.00891579;REVB=0.0176775;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09314;STB=0.565293;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00817264;OID=.;OPOS=91773568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:22:23:0.403509:11:11:20:14:12:11:20:14 chr14 91792320 . G A 585.77 PASS AF=0.561224;AO=53;DP=97;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00705952;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.695;QD=23.909;RBI=0.0116006;REFB=-0.0438058;REVB=0.00920524;RO=38;SAF=27;SAR=26;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531967;STB=0.523872;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0183688;OID=.;OPOS=91792320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:38:43:53:55:0.561224:26:27:22:16:26:29:25:18 chr14 91792386 . A G 169.22 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0338611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.255;QD=16.9218;RBI=0.0354376;REFB=-0.00154049;REVB=-0.0104522;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097203;STB=0.555856;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00163862;OID=.;OPOS=91792386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:13:5:8:14:13:5:8:14 chr14 91883499 . G A 468.15 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596972;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.83;QD=58.5184;RBI=0.0821208;REFB=0;REVB=0.0563921;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421922;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr14 91942087 . AG A 84.82 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0212206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1307;QD=13.5715;RBI=0.0213515;REFB=-0.00587936;REVB=0.00236076;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398606;STB=0.556415;STBP=0.664;TYPE=del;VARB=0.0237919;OID=.;OPOS=91942088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:11:25:11:25:14:3:8:5:9:84:13:3:8:4:9 chr14 92040793 . C G 315.33 PASS AF=0.344828;AO=40;DP=116;FAO=40;FDP=116;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.00860865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4287;QD=10.8733;RBI=0.0102559;REFB=-0.0165258;REVB=-0.00557439;RO=76;SAF=22;SAR=18;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334055;STB=0.519221;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0264721;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:76:76:40:40:0.344828:18:22:44:32:18:22:44:32 chr14 92084004 . C G 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3198;QD=62.344;RBI=0.0239322;REFB=0;REVB=0.0100798;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144465;OID=.;OPOS=92084004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr14 92088016 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.622;QD=56.9375;RBI=0.0699423;REFB=0;REVB=-0.0678671;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183069;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr14 92159558 . A G 177.48 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00586745;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.644;QD=21.5123;RBI=0.0140663;REFB=-0.00651923;REVB=0.0127842;RO=13;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895612;STB=0.534846;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00509681;OID=.;OPOS=92159558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:15:18:18:0.545455:12:6:3:10:12:6:4:11 chr14 92181337 . G A 192.54 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.019855;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7218;QD=22.0049;RBI=0.0364868;REFB=-0.0254302;REVB=-0.0306115;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115419;STB=0.564886;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0346084;OID=.;OPOS=92181337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:8:11:7:9:8:11:7:9 chr14 92181405 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.842;QD=60.23;RBI=0.0295197;REFB=0;REVB=0.0181227;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281476;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr14 92249126 . G A 1399.07 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.885;QD=62.1808;RBI=0.0349179;REFB=0;REVB=0.0194396;RO=0;SAF=26;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37612e-05;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:90:0:0:85:90:1:59:26:0:0:61:29:0:0 chr14 92268615 . T G 689.37 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.921;QD=62.6699;RBI=0.0861019;REFB=0;REVB=0.0429792;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661826;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:16:28:0:0 chr14 92270253 . C G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.019422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.557;QD=14.9787;RBI=0.0378197;REFB=0.012575;REVB=-0.0324517;RO=11;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279975;STB=0.666296;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.0132506;OID=.;OPOS=92270253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:2:8:6:5:2:8:6:5 chr14 92280037 . T C 228.74 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00205051;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.556;QD=20.3324;RBI=0.0350395;REFB=0.00195065;REVB=0.0349795;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127519;STB=0.577709;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00321112;OID=.;OPOS=92280037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:23:22:22:0.488889:11:11:13:7:11:11:15:8 chr14 92336239 . A G 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0556053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.074;QD=16.2786;RBI=0.0556565;REFB=-0.00581413;REVB=0.00238729;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592334;STB=0.524573;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00826055;OID=.;OPOS=92336239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:14:14:14:18:14:14:15:18 chr14 92336242 . C T 241.64 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0133265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.166;QD=16.1091;RBI=0.0133266;REFB=-0.027284;REVB=3.1144e-05;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032854;STB=0.516655;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0219087;OID=.;OPOS=92336242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:31:32:27:28:0.466667:13:14:15:16:14:14:15:17 chr14 92347680 . A G 188.68 PASS AF=0.375;AO=22;DP=62;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0253513;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8245;QD=11.7925;RBI=0.0316143;REFB=-0.00415046;REVB=0.0188886;RO=40;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742444;STB=0.510462;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0112473;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:40:40:22:24:0.375:13:9:19:21:13:11:19:21 chr14 92537223 . G T 364.64 PASS AF=0.475;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0470371;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5741;QD=18.2321;RBI=0.0509472;REFB=-0.0148205;REVB=-0.0195735;RO=43;SAF=19;SAR=19;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143925;STB=0.587455;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0180592;OID=.;OPOS=92537223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:43:42:38:38:0.475:19:19:28:15:19:19:28:14 chr14 92537354 . C G 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0258084;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.688;QD=6.59529;RBI=0.0264774;REFB=-0.00627518;REVB=-0.00591439;RO=26;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065631;STB=0.548908;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0160059;OID=.;OPOS=92537354;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:26:28:9:9:0.243243:6:3:10:16:6:3:11:17 chr14 92537379 . T C 34.54 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0656343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4056;QD=4.45665;RBI=0.0714435;REFB=-0.00966728;REVB=-0.0282189;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275166;STB=0.612546;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.070815;OID=.;OPOS=92537379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:31:22:25:6:6:0.193548:3:3:6:16:3:3:9:16 chr14 92548785 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.101374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.822;QD=12.0205;RBI=0.110089;REFB=0.00481909;REVB=-0.0429284;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761982;STB=0.504498;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0165162;OID=.;OPOS=92548785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:7:18:10:4:7:18 chr14 92549586 . G A 254.08 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-6.98583e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.758;QD=21.6237;RBI=0.00102305;REFB=-0.0176487;REVB=-0.00102303;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671389;STB=0.537542;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0109058;OID=.;OPOS=92549586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:7:16:15:9:7:16 chr14 92559678 . G C 178.81 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.013444;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.61;QD=10.675;RBI=0.0255537;REFB=-0.00795686;REVB=-0.0217313;RO=42;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128003;STB=0.551489;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0303187;OID=.;OPOS=92559678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:42:44:23:23:0.343284:14:9:12:30:14:9:14:30 chr14 92588002 . T G 300.88 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7467;QD=52.3262;RBI=0.0573556;REFB=0;REVB=-0.046644;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00075485;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr14 92792255 . G A 837.09 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0206527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3541;QD=55.8059;RBI=0.0375598;REFB=-0.132268;REVB=-0.0313721;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171508;STB=0.508769;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00183031;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:58:59:0.983333:27:31:0:1:28:31:0:1 chr14 92909073 . T C 1159.49 PASS AF=0.987179;AO=73;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124471;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.887;QD=59.4611;RBI=0.0810748;REFB=0.0398262;REVB=0.0801136;RO=1;SAF=52;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219878;STB=0.510635;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000241193;OID=.;OPOS=92909073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:73:77:0.987179:21:52:0:1:23:54:0:1 chr14 92920371 . C T 1438.4 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.257;QD=61.8665;RBI=0.0229403;REFB=0.122503;REVB=0.00219582;RO=1;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854209;STB=0.504503;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000267203;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:55:37:0:1:55:37:0:1 chr14 92958502 . TGTG TTG,TTGT,TTTG 731.91 PASS AF=1,0,0;AO=47,2,2;DP=52;FAO=52,0,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0,0;FSAR=20,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614262,-0.00694892,-0.00936285;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=279.25,261.795,262.169;QD=56.301;RBI=0.0433027,0.0420374,0.0323423;REFB=0,0,0;REVB=0.0428649,0.0414591,0.0309574;RO=0;SAF=28,1,2;SAR=19,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=2.94527e-05,0.0239777,0;OID=.,.,.;OPOS=92958503,92958503,92958503;OREF=G,GTG,G;OALT=-,TGT,T;OMAPALT=TTG,TTGT,TTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:47,2,2:52:52,0,0:52:0:32,0,0:20,0,0:0:0:4:0:28,1,2:19,1,0:0:0 chr14 92959228 . G A 834.23 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0351;QD=57.5333;RBI=0.0495019;REFB=0;REVB=0.0407669;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783784;OID=.;OPOS=92959228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:27:31:0:0 chr14 93118198 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0390087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.38;QD=14.6543;RBI=0.0395351;REFB=-0.0190329;REVB=0.0064295;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0403434;OID=.;OPOS=93118198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:3:5:5:3:3:5 chr14 93118669 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0445623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5402;QD=11.9534;RBI=0.0450925;REFB=0.00128275;REVB=0.00689464;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245631;STB=0.507025;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.000308096;OID=.;OPOS=93118669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:3:5:6:4:3:5:7:4 chr14 93118674 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.016373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.784;QD=19.6463;RBI=0.0165105;REFB=-0.0357099;REVB=0.00212633;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898424;STB=0.505145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0228947;OID=.;OPOS=93118674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:5:3:4:7:5:3 chr14 93178191 . A G 1360.89 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0485635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.957;QD=61.1635;RBI=0.0485774;REFB=-0.0796828;REVB=-0.00116066;RO=1;SAF=49;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957343;STB=0.505049;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00137732;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:39:49:1:0:39:49:1:0 chr14 93199080 . C T 142.54 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0122671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.82;QD=14.2535;RBI=0.0189944;REFB=-0.009973;REVB=0.0145019;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662823;STB=0.538414;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0131763;OID=.;OPOS=93199080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:9:7:9:15:9:7:9:15 chr14 93276654 . T C 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.188;QD=55.5196;RBI=0.0166332;REFB=-0.0576556;REVB=-0.0106039;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227903;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00108009;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:20:13:0:1:20:13:0:1 chr14 93399101 . C T 167.22 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00798651;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.373;QD=12.8628;RBI=0.0495055;REFB=-0.0143455;REVB=-0.048857;RO=32;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538083;STB=0.531218;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0210084;OID=.;OPOS=93399101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:32:32:20:20:0.384615:6:14:21:11:6:14:21:11 chr14 93401178 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.438;QD=45.8068;RBI=0.0399995;REFB=0;REVB=0.00367008;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000838941;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr14 93407062 . A G 731.59 PASS AF=0.916667;AO=54;DP=60;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0382823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.714;QD=48.7724;RBI=0.0412123;REFB=-0.0453948;REVB=0.0152617;RO=5;SAF=24;SAR=30;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249996;STB=0.513807;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0040577;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:60:60:5:5:54:55:0.916667:30:24:3:2:31:24:3:2 chr14 93407301 . C A 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.000819172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.445;QD=22.5341;RBI=0.0151488;REFB=-0.0116237;REVB=0.0151267;RO=24;SAF=6;SAR=26;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24028;STB=0.634053;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0100677;OID=.;OPOS=93407301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:26:6:10:14:26:6:10:14 chr14 93673655 . G A 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0253187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.021;QD=18.9132;RBI=0.0662583;REFB=-0.000581297;REVB=0.0612301;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151739;STB=0.508469;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.000663751;OID=.;OPOS=93673655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:14:15:14:14:14:15:14:14 chr14 93694159 . G A 247.23 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0440401;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.091;QD=13.5466;RBI=0.0442505;REFB=-0.00566974;REVB=0.00430925;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166725;STB=0.599934;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00850537;OID=.;OPOS=93694159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:15:14:14:29:15:14:14:30 chr14 93703854 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0498132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7149;QD=16.1989;RBI=0.0913968;REFB=0.0222817;REVB=-0.0766291;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0277478;OID=.;OPOS=93703854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr14 93943998 . G A 1524.63 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1803;QD=59.7895;RBI=0.00893551;REFB=0;REVB=-0.00856578;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95458e-05;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:54:48:0:0:54:48:0:0 chr14 94187832 . C T 307.34 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0456142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9723;QD=34.1491;RBI=0.0541964;REFB=-0.0230473;REVB=0.0292675;RO=10;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220757;STB=0.620164;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0114856;OID=.;OPOS=94187832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:14:12:9:1:14:12:9:1 chr14 94391699 . G A 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0332874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.9026;QD=9.11158;RBI=0.0551841;REFB=0.00304016;REVB=-0.0440139;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185755;STB=0.599733;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0215598;OID=.;OPOS=94391699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:6:2:6:9:6:2:6:10 chr14 94410275 . CA C 296.04 PASS AF=0.5;AO=49;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00530318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.8241;QD=11.8414;RBI=0.0664475;REFB=0.0691091;REVB=0.0662355;RO=44;SAF=16;SAR=33;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158445;STB=0.586171;STBP=0.109;TYPE=del;VARB=-0.0500148;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:49:100:50:100:50:16:34:24:26:99:44:16:33:22:22 chr14 94417421 . G A 1695.71 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315156;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0768;QD=58.9811;RBI=0.0388622;REFB=-0.0795758;REVB=0.0227385;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121374;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:115:0:0:113:115:1:59:54:0:0:61:54:0:0 chr14 94417541 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.667;QD=51.9166;RBI=0.021767;REFB=0;REVB=-0.00296328;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238426;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr14 94417586 . G A 175.37 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9368;QD=46.7647;RBI=0.11226;REFB=0;REVB=0.0532828;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437399;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:1:0:14:15:1:8:6:1:0:8:7:0:0 chr14 94467549 . C T 224.86 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00267766;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.258;QD=24.9844;RBI=0.00448383;REFB=-0.0179652;REVB=-0.00359651;RO=14;SAF=20;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527137;STB=0.799599;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00936381;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:14:15:21:21:0.583333:1:20:9:5:1:20:10:5 chr14 94510964 . T C 708.66 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1663;QD=62.9919;RBI=0.119725;REFB=0;REVB=0.117113;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820835;OID=.;OPOS=94510964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:42:45:1:20:22:0:0:22:23:0:0 chr14 94524216 . T C 292.89 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000503691;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.778;QD=53.2522;RBI=0.0252298;REFB=0;REVB=0.0252248;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222771;OID=.;OPOS=94524216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr14 94564035 . A G 435.8 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0329476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1184;QD=54.4752;RBI=0.0456128;REFB=-0.0261929;REVB=0.0315433;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00618496;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:0:1:20:11:0:1 chr14 94756450 . T A 278.69 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0257025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6597;QD=21.8583;RBI=0.0264069;REFB=-0.0322011;REVB=0.00605878;RO=23;SAF=17;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209685;STB=0.616375;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0177613;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:11:17:8:15:11:17:8:15 chr14 94756750 . T C 364.8 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0190763;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.119;QD=18.0146;RBI=0.0201455;REFB=-0.0254449;REVB=-0.00647585;RO=43;SAF=10;SAR=28;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301407;STB=0.669386;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0453134;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:28:10:24:19:28:10:24:19 chr14 94756794 . T C 230.86 PASS AF=0.376623;AO=26;DP=73;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0422159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4276;QD=11.9925;RBI=0.0464397;REFB=-0.0160516;REVB=-0.0193511;RO=47;SAF=8;SAR=18;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300657;STB=0.672607;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0528747;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:47:48:26:29:0.376623:18:8:27:20:20:9:28:20 chr14 94776221 . A C 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.977;QD=61.6926;RBI=0.0388301;REFB=0;REVB=0.0318391;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134437;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:49:33:0:0:49:33:0:0 chr14 94844843 . T G 295.66 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.071506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.139;QD=14.97;RBI=0.075979;REFB=-0.00812328;REVB=-0.0256845;RO=45;SAF=12;SAR=21;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848044;STB=0.552399;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0137101;OID=.;OPOS=94844843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:46:33:33:0.417722:21:12:13:32:21:12:13:33 chr14 94849201 . C T 62.37 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.035325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.255;QD=7.79669;RBI=0.0411028;REFB=-0.00235083;REVB=-0.0210138;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283241;STB=0.671209;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00353524;OID=.;OPOS=94849201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:5:18:5:4:5:18 chr14 94912799 . G A 532.1 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.020301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.813;QD=16.8919;RBI=0.0280006;REFB=-0.010164;REVB=0.0192848;RO=69;SAF=22;SAR=35;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244976;STB=0.636316;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0117758;OID=.;OPOS=94912799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:69:57:57:0.452381:35:22:44:25:35:22:44:25 chr14 94912896 . T G 273.68 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0465078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.7393;QD=17.6569;RBI=0.0493706;REFB=-0.00399613;REVB=0.0165676;RO=31;SAF=7;SAR=23;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173429;STB=0.592075;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00266243;OID=.;OPOS=94912896;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:23:7:12:19:23:7:12:20 chr14 94929541 . G A 1143.65 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0117202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.3281;QD=57.9064;RBI=0.0300538;REFB=-0.054208;REVB=-0.0276743;RO=1;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119811;STB=0.500164;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000733137;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:1:2:77:77:0.974684:39:38:0:1:39:38:1:1 chr14 94931105 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000440043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.313;QD=63.5815;RBI=0.0120847;REFB=0;REVB=0.0120767;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83963e-05;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr14 94933473 . C A 265.3 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0151067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.412;QD=20.0224;RBI=0.0220459;REFB=-0.0282392;REVB=0.0160564;RO=25;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176122;STB=0.598266;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0222352;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:18:10:14:11:18:10:14:11 chr14 94933640 . A T 181.37 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00273264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.84;QD=13.9513;RBI=0.00471445;REFB=-0.00933097;REVB=0.00384171;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107591;STB=0.571361;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0100735;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:12:9:16:14:12:9:17:14 chr14 94933695 . G A 159.16 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0187146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8279;QD=17.684;RBI=0.0226645;REFB=-0.0466982;REVB=-0.0127844;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417334;STB=0.523782;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0530357;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:7:12:10:7:7:12 chr14 94933709 . C T 84.27 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0117236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.313;QD=12.0392;RBI=0.019984;REFB=-0.00740379;REVB=0.016184;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128126;STB=0.530977;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0103357;OID=.;OPOS=94933709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:27:28:17:17:10:11:0.392857:6:4:7:10:7:4:7:10 chr14 94935901 . G C 703.96 PASS AF=0.425414;AO=76;DP=180;FAO=77;FDP=181;FR=.;FRO=104;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=0.0136958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4888;QD=15.5572;RBI=0.0147574;REFB=-0.00593159;REVB=0.00549586;RO=104;SAF=42;SAR=34;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247724;STB=0.509603;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00663121;OID=.;OPOS=94935901;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:104:104:76:77:0.425414:34:42:55:49:35:42:55:49 chr14 95029852 . G T 264.96 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0333224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7397;QD=17.9633;RBI=0.0379988;REFB=0.0165692;REVB=0.0182627;RO=29;SAF=19;SAR=9;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086543;STB=0.565233;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0171574;OID=.;OPOS=95029852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:29:30:28:29:0.491525:9:19:22:7:10:19:23:7 chr14 95080803 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0829;QD=39.2064;RBI=0.0968232;REFB=0;REVB=0.0966712;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00671811;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr14 95235358 . G A 689.51 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=161;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0149472;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.389;QD=17.2379;RBI=0.0150867;REFB=-0.0268675;REVB=0.0020471;RO=85;SAF=45;SAR=29;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112087;STB=0.559376;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0403781;OID=.;OPOS=95235358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:85:86:74:74:0.4625:29:45:42:43:29:45:43:43 chr14 95553617 . A T 93.38 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00628053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.668;QD=9.82966;RBI=0.00832473;REFB=-0.00680037;REVB=0.00546407;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522814;STB=0.557426;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0126746;OID=.;OPOS=95553617;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:38:26:26:11:12:0.315789:6:5:13:13:7:5:13:13 chr14 95555205 . C T 1120.65 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00793748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3224;QD=58.9818;RBI=0.0169042;REFB=-0.0714281;REVB=0.0149248;RO=1;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108759;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=5.24799e-05;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:43:31:0:1:43:32:0:1 chr14 95660242 . A G 81.81 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00819963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.697;QD=8.39096;RBI=0.011443;REFB=-0.00221911;REVB=-0.00798172;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20601;STB=0.624792;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0051917;OID=.;OPOS=95660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:5:6:20:8:5:6:20:8 chr14 95688959 . C G 300.33 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0570828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.758;QD=21.4521;RBI=0.0606374;REFB=-0.0219575;REVB=-0.0204559;RO=25;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552909;STB=0.530616;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0160872;OID=.;OPOS=95688959;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:17:14:13:12:17:14:13:12 chr14 95884323 . G A 230.83 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0654006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5383;QD=23.0833;RBI=0.070161;REFB=-0.0196697;REVB=0.0254032;RO=17;SAF=6;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127321;STB=0.562103;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0206421;OID=.;OPOS=95884323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:18:22:22:0.55:16:6:7:10:16:6:7:11 chr14 95903307 . TAGA T 617.01 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191897;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=3;MLLD=189.384;QD=61.7011;RBI=0.0519398;REFB=0;REVB=-0.0482649;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.5073e-05;OID=.;OPOS=95903308;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:41:40:40:0:13:27:0:0:4:0:13:27:0:0 chr14 95906321 . G A 2350.95 PASS AF=0.993631;AO=151;DP=153;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280911;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.367;QD=59.8967;RBI=0.0376013;REFB=-0.119691;REVB=0.024995;RO=0;SAF=56;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504065;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000308961;OID=.;OPOS=95906321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:157:0:1:151:156:0.993631:95:56:0:0:95:61:1:0 chr14 95910933 . T C 141.71 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0379978;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4606;QD=12.8824;RBI=0.0384994;REFB=-0.0168213;REVB=-0.00619427;RO=30;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245004;STB=0.580641;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00555424;OID=.;OPOS=95910933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:30:28:15:16:0.363636:11:4:14:16:11:5:12:16 chr14 95918625 . T C 198.55 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0261254;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2313;QD=18.4697;RBI=0.0433576;REFB=-0.0385375;REVB=0.0346026;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311063;STB=0.67551;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0419189;OID=.;OPOS=95918625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:6:17:8:12:6:17 chr14 95921741 . C T 80.64 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0066727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.216;QD=8.96025;RBI=0.0166262;REFB=-0.027264;REVB=-0.0152284;RO=25;SAF=8;SAR=2;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128387;STB=0.5998;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0560226;OID=.;OPOS=95921741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:35:36:25:25:10:11:0.305556:2:8:18:7:2:9:18:7 chr14 95923670 . A C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0196702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.883;QD=10.8848;RBI=0.0229794;REFB=-0.00622848;REVB=-0.0118802;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227806;STB=0.636074;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00685246;OID=.;OPOS=95923670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:5:10:4:5:5:10 chr14 95983898 . A T 156.89 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0229159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.842;QD=16.0909;RBI=0.0433064;REFB=-0.0114611;REVB=-0.0367464;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608231;STB=0.534914;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0179616;OID=.;OPOS=95983898;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:13:9:8:9:13:9 chr14 95983975 . G A 236.8 PASS AF=0.611111;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00312581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1273;QD=26.3106;RBI=0.0197509;REFB=0.002222;REVB=0.019502;RO=14;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741757;STB=0.533304;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00151487;OID=.;OPOS=95983975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:21:22:0.611111:8:13:10:4:8:14:10:4 chr14 95999820 . T C 363.21 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0294458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.444;QD=18.1606;RBI=0.0303016;REFB=-0.0211415;REVB=-0.00715068;RO=42;SAF=20;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024769;STB=0.513827;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0212978;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:18:20:21:21:18:20:21:21 chr14 96129955 . A C 115.87 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4632;QD=42.1348;RBI=0.181043;REFB=0;REVB=-0.0539672;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00716018;OID=.;OPOS=96129955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:9:1:0:0:9:2:0:0 chr14 96131432 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7322;QD=60.978;RBI=0.107186;REFB=0;REVB=-0.0352209;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156849;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr14 96556914 . T C 1157.53 PASS AF=0.987179;AO=78;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000927712;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4994;QD=59.3605;RBI=0.0386269;REFB=-0.123908;REVB=0.0386158;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000923726;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:0:1:78:77:0.987179:30:48:0:0:30:47:0:1 chr14 96557121 . T C 414.95 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181527;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.792;QD=57.2347;RBI=0.0302793;REFB=0;REVB=-0.0242347;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34758e-05;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr14 96557873 . G T 155.14 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00368626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1895;QD=15.1352;RBI=0.0243702;REFB=-0.00788439;REVB=0.0240898;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131994;STB=0.589178;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0291549;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:16:17:0.414634:10:6:12:12:11:6:12:12 chr14 96558235 . T C 252.74 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0324559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4658;QD=17.7361;RBI=0.0339629;REFB=-0.0535913;REVB=0.0100046;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127993;STB=0.56136;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0505721;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:29:27:28:0.491228:14:13:18:11:14:14:18:11 chr14 96558595 . C T 174.17 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0285575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.196;QD=27.8669;RBI=0.0835887;REFB=-0.0154227;REVB=-0.0785592;RO=8;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160005;STB=0.588683;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00498562;OID=.;OPOS=96558595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:25:8:8:17:17:0.68:8:9:2:6:8:9:2:6 chr14 96558694 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0273052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.226;QD=17.542;RBI=0.0308683;REFB=-0.00626682;REVB=-0.0143972;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511692;STB=0.529372;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00751531;OID=.;OPOS=96558694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:11:4:5:11:11:4:5:11 chr14 96558881 . C G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.555;QD=57.7121;RBI=0.0287774;REFB=0;REVB=0.0274862;RO=0;SAF=15;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86369e-05;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:44:15:0:0:44:15:0:0 chr14 96559250 . C T 138.94 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.028295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8122;QD=12.0814;RBI=0.0293347;REFB=0.00641662;REVB=0.00774054;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223884;STB=0.629488;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0109853;OID=.;OPOS=96559250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:6:10:24:6:6:10:24:6 chr14 96559459 . C A 193.02 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0256297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.384;QD=14.8477;RBI=0.0283353;REFB=-0.0237074;REVB=-0.0120834;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155175;STB=0.576855;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.02512;OID=.;OPOS=96559459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:11:11:10:19:11:11:11:19 chr14 96559723 . G A 188.71 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00916782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.109;QD=14.242;RBI=0.0140064;REFB=-0.0268585;REVB=0.0105891;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301997;STB=0.501729;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.024869;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:17:14:10:12:17:14 chr14 96559732 . G C 299.85 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0126432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.717;QD=23.065;RBI=0.0273721;REFB=-0.076646;REVB=0.0242772;RO=22;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255786;STB=0.514129;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0311256;OID=.;OPOS=96559732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:16:14:11:11:16:14:11:11 chr14 96559791 . C T 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0347101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.642;QD=9.49056;RBI=0.0349328;REFB=-0.0241471;REVB=-0.00393757;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273865;STB=0.682526;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0317666;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:9:9:0.333333:3:6:7:10:3:6:7:11 chr14 96560083 . A T 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00910069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.789;QD=22.0649;RBI=0.0114788;REFB=-0.00738756;REVB=0.0069957;RO=32;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920523;STB=0.550699;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00560377;OID=.;OPOS=96560083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:19:20:20:12:19:20:20:12 chr14 96560092 . G A 196.82 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0254966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6208;QD=12.9062;RBI=0.0299792;REFB=-0.0155713;REVB=-0.0157693;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073806;STB=0.532477;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0277159;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:24:24:0.393443:11:13:22:14:11:13:22:15 chr14 96671207 . GGGTGGGGAC GG,G 366.51 PASS AF=0,0.608108;AO=11,33;DP=58;FAO=0,45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=0,30;FSAR=0,15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0345185,0.047649;FXX=0.0512755;HRUN=4,4;LEN=8,9;MLLD=225.974,230.405;QD=19.8113;RBI=0.0434691,0.0575479;REFB=-0.0148076,-0.0149642;REVB=0.0264204,0.0322696;RO=0;SAF=10,19;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.71297e-08;STB=0.5,0.616769;STBP=1,0.013;TYPE=del,del;VARB=-0.00708786,0.00870891;OID=.,.;OPOS=96671209,96671208;OREF=GTGGGGAC,GGTGGGGAC;OALT=-,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.608108:11,33:58:0,45:74:29:0,30:0,15:11:18:99:0:10,19:1,14:0:0 chr14 96707457 . A G 83.47 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0178389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.297;QD=9.81983;RBI=0.0390587;REFB=0.00393367;REVB=-0.034747;RO=22;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543477;STB=0.834466;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0280808;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:34:22:23:11:11:0.323529:2:9:7:15:2:9:7:16 chr14 96708667 . T C 189.87 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0061229;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.048;QD=20.5264;RBI=0.0101485;REFB=-0.0081454;REVB=0.0080934;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318307;STB=0.680651;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00873854;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:18:19:19:0.513514:5:14:7:11:5:14:7:11 chr14 96709359 . A AC,G 61.73 PASS AF=0.25641,0;AO=10,2;DP=41;FAO=10,0;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3,0;FSAR=7,0;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.082919,-0.0287611;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.2496,194.428;QD=6.33101;RBI=0.106238,0.069339;REFB=-0.00660624,-0.00222462;REVB=0.066415,-0.0630928;RO=29;SAF=3,1;SAR=7,1;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.263961,-0.0154067;STB=0.642946,0.5;STBP=0.313,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0356926,0;OID=.,.;OPOS=96709360,96709359;OREF=-,A;OALT=C,G;OMAPALT=AC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:41:39:29:29:10,2:10,0:0.25641,0:7,1:3,1:15:14:7,0:3,0:14:15 chr14 96730142 . A G 345.07 PASS AF=0.375;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.00266929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.383;QD=12.3239;RBI=0.0309316;REFB=-0.00762867;REVB=-0.0308162;RO=70;SAF=19;SAR=23;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583755;STB=0.533231;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0104446;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:70:70:42:42:0.375:23:19:28:42:23:19:28:42 chr14 96730905 . T C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0337299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.689;QD=12.5628;RBI=0.0337819;REFB=0.0110294;REVB=0.00187259;RO=35;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259437;STB=0.648855;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0165743;OID=.;OPOS=96730905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:9:13:12:23:9:13:12:23 chr14 96771959 . A G 426.99 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0328185;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.543;QD=16.4227;RBI=0.0332421;REFB=-0.0161643;REVB=0.00529026;RO=56;SAF=24;SAR=23;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418731;STB=0.527857;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.017799;OID=.;OPOS=96771959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:57:47:47:0.451923:23:24:31:25:23:24:32:25 chr14 96781912 . T C 342.74 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0105307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6124;QD=16.129;RBI=0.0143559;REFB=0.00379094;REVB=-0.00975693;RO=48;SAF=12;SAR=25;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10108;STB=0.557071;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00571679;OID=.;OPOS=96781912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:25:12:20:28:25:12:20:28 chr14 96797724 . G A 498.0 PASS AF=0.50495;AO=50;DP=99;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0229904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.569;QD=19.7227;RBI=0.0233428;REFB=-0.014887;REVB=0.00404063;RO=49;SAF=26;SAR=24;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138784;STB=0.575443;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0121102;OID=.;OPOS=96797724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:49:50:50:51:0.50495:24:26:33:16:24:27:34:16 chr14 96809499 . GAAAAC GAAACA 45.67 PASS AF=0.292683;AO=8;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.125227;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=36.8968;QD=4.45527;RBI=0.125288;REFB=-0.0447802;REVB=0.00393654;RO=23;SAF=0;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.769103;STB=0.895204;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.215869;OID=.;OPOS=96809503;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=GAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:8:41:12:41:29:1:11:17:12:45:23:0:8:14:9 chr14 96829290 . G A 460.19 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00570252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.73;QD=21.158;RBI=0.0110814;REFB=-0.0297324;REVB=-0.00950147;RO=42;SAF=15;SAR=30;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253932;STB=0.640561;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0216135;OID=.;OPOS=96829290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:30:15:26:16:30:15:26:16 chr14 96851111 . C T 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0321765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2148;QD=10.4379;RBI=0.0332471;REFB=0.00408013;REVB=-0.00836946;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172223;STB=0.615207;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00607611;OID=.;OPOS=96851111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:8:5:14:12:8:5:15:12 chr14 96922752 . C G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.90888e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.933;QD=56.9998;RBI=0.034392;REFB=0;REVB=0.034392;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113248;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr14 97104758 . A G 358.36 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00413835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.806;QD=19.6361;RBI=0.0208252;REFB=-0.0225588;REVB=0.0204098;RO=36;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506021;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0187647;OID=.;OPOS=97104758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:36:36:37:0.506849:20:16:16:20:21:16:16:20 chr14 97321689 . C T 411.86 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0548469;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7499;QD=18.1039;RBI=0.066784;REFB=-0.0252463;REVB=-0.0381041;RO=49;SAF=18;SAR=24;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987386;STB=0.555179;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0202277;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:24:18:26:23:24:18:26:23 chr14 98435696 . T C 2236.73 PASS AF=0.993056;AO=141;DP=147;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155005;FXX=0.0399973;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.982;QD=62.1313;RBI=0.063772;REFB=-0.115601;REVB=0.0618596;RO=0;SAF=76;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.52843e-08;STB=0.503703;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000948682;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:147:144:0:1:141:143:0.993056:65:76:0:0:67:76:0:1 chr14 98444369 . T C 859.21 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.126;QD=56.3419;RBI=0.0121289;REFB=0;REVB=0.00937478;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346838;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:32:27:0:0:34:27:0:0 chr14 98817896 . T C 1052.35 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347752;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.683;QD=60.1341;RBI=0.0348591;REFB=0;REVB=0.00241706;RO=0;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809005;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:47:23:0:0:47:23:0:0 chr14 99182535 . C T 320.44 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0146666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.272;QD=27.2714;RBI=0.0548515;REFB=-0.00875576;REVB=0.0528543;RO=19;SAF=19;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807149;STB=0.544655;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00871411;OID=.;OPOS=99182535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:9:19:11:8:9:19:11:8 chr14 99642360 . C G 83.41 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0164792;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1411;QD=9.01716;RBI=0.0192362;REFB=0.00847258;REVB=0.00992311;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144873;STB=0.577753;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0256499;OID=.;OPOS=99642360;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:37:27:26:11:11:0.297297:6:5:9:18:6:5:9:17 chr14 99876505 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00183784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.847;QD=10.8847;RBI=0.0217569;REFB=-0.00394321;REVB=0.0216792;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920876;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00885996;OID=.;OPOS=99876505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:7:8:4:5:7:8 chr14 100189287 . C T 989.8 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0123073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.226;QD=54.9889;RBI=0.0162751;REFB=-0.0156908;REVB=0.0106495;RO=3;SAF=34;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398978;STB=0.521121;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00041112;OID=.;OPOS=100189287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:35:34:3:0:35:34:3:0 chr14 100375707 . C T 454.4 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=22;FWDB=-0.0176139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0789;QD=15.1467;RBI=0.018726;REFB=0.0013223;REVB=-0.00635726;RO=69;SAF=28;SAR=23;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139321;STB=0.57786;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00222756;OID=.;OPOS=100375707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:69:51:51:0.425:23:28:47:22:23:28:47:22 chr14 100380948 . T C 328.68 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0103314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.589;QD=18.0099;RBI=0.0120257;REFB=-0.0129935;REVB=0.00615468;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214774;STB=0.508657;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0120941;OID=.;OPOS=100380948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:37:38:35:35:0.479452:19:16:17:20:19:16:18:20 chr14 100411737 . C A 53.79 PASS AF=0.25;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0432407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.1393;QD=6.72318;RBI=0.0463134;REFB=-0.0301637;REVB=0.0165883;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3147;STB=0.708474;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0716519;OID=.;OPOS=100411737;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:31:32:23:24:8:8:0.25:5:3:15:8:5:3:16:8 chr14 100411774 . G A 329.19 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778365;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.974;QD=54.8654;RBI=0.025474;REFB=0;REVB=0.0242557;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265058;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr14 100607595 . C T 171.03 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0416345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8946;QD=17.5411;RBI=0.060188;REFB=-0.00795975;REVB=0.0434645;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209806;STB=0.618178;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0144969;OID=.;OPOS=100607595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:4:17:11:7:4:17 chr14 100615665 . T C 1323.75 PASS AF=0.890909;AO=98;DP=110;FAO=98;FDP=110;FR=.;FRO=12;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0180798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.251;QD=48.1362;RBI=0.0352882;REFB=-0.150252;REVB=0.0303048;RO=12;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101221;STB=0.553561;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0037066;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:110:110:12:12:98:98:0.890909:50:48:0:12:50:48:0:12 chr14 100625902 . C T 632.51 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0897;QD=61.7084;RBI=0.0650711;REFB=0;REVB=0.0632893;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554249;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:27:13:0:0:27:14:0:0 chr14 100759046 . C A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0353369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.971;QD=11.1037;RBI=0.0368649;REFB=-0.00202588;REVB=0.0105034;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392579;STB=0.737044;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.011061;OID=.;OPOS=100759046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:3:7:2:5:3:7 chr14 100759277 . C T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0193861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.616;QD=16.4202;RBI=0.0269087;REFB=-0.0223345;REVB=-0.0186616;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125492;STB=0.570437;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0377128;OID=.;OPOS=100759277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:15:14:12:22:15:14:12:22 chr14 100785617 . C T 44.82 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00119371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.7735;QD=6.18195;RBI=0.0243662;REFB=-0.0250503;REVB=-0.0243369;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139361;STB=0.587985;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0616201;OID=.;OPOS=100785617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:29:20:22:7:7:0.241379:4:3:11:9:4:3:12:10 chr14 100792482 . C A 1231.31 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.272;QD=60.0638;RBI=0.022167;REFB=0.0541427;REVB=0.0191941;RO=1;SAF=52;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902011;STB=0.504761;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000149157;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:29:52:1:0:29:52:1:0 chr14 100808845 . G A 803.16 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.354;QD=64.2527;RBI=0.066966;REFB=0;REVB=0.0562509;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030659;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:30:19:0:0:31:19:0:0 chr14 100832391 . T C 1025.78 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445105;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.718;QD=59.4655;RBI=0.0586764;REFB=0;REVB=0.0382325;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600707;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:69:1:0:67:69:1:32:35:1:0:33:36:0:0 chr14 100847523 . T C 134.62 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409027;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.493;QD=44.8734;RBI=0.0422451;REFB=0;REVB=0.0105648;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000751202;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr14 100996312 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.778;QD=57.2024;RBI=0.00153018;REFB=0;REVB=-0.000330984;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64296e-06;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr14 101005215 . T C 447.54 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.67;QD=57.7468;RBI=0.057952;REFB=0;REVB=0.0384991;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271154;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:23:7:0:0:24:7:0:0 chr14 101005236 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.94;QD=50.4123;RBI=0.00722062;REFB=0;REVB=-0.000330306;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52014e-05;OID=.;OPOS=101005236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr14 101138230 . A C 934.94 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2446;QD=58.4337;RBI=0.0645055;REFB=0;REVB=0.0420996;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663832;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr14 101198417 . A G 799.91 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.166;QD=57.1365;RBI=0.0110758;REFB=0;REVB=0.00911121;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58067e-05;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:26:28:0:0:27:29:0:0 chr14 101200645 . T C 173.23 PASS AF=0.842105;AO=15;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00364694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.571;QD=36.4687;RBI=0.0226957;REFB=-0.145691;REVB=0.0224008;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571342;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00494105;OID=.;OPOS=101200645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:0:3:15:16:0.842105:7:8:0:0:7:9:3:0 chr14 101301038 . C G 263.73 PASS AF=0.6;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00928378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4326;QD=26.3733;RBI=0.102548;REFB=0.0105094;REVB=0.102127;RO=15;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201472;STB=0.59992;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00797151;OID=.;OPOS=101301038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:16:23:24:0.6:11:12:12:3:12:12:12:4 chr14 101302211 . G T 125.97 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00706978;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.242;QD=16.2539;RBI=0.0110723;REFB=-0.00455108;REVB=-0.00852144;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470334;STB=0.790738;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0101117;OID=.;OPOS=101302211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:16:17:14:14:0.451613:12:2:9:7:12:2:10:7 chr14 101348584 . C G 194.24 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0138976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1974;QD=24.28;RBI=0.0766142;REFB=0.0612483;REVB=0.0753431;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860085;STB=0.547896;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0104327;OID=.;OPOS=101348584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:9:4:8:11:9:4 chr14 101349017 . A G 615.92 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0213013;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.5222;QD=24.3929;RBI=0.0214252;REFB=0.00254316;REVB=0.00230078;RO=41;SAF=25;SAR=34;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672926;STB=0.532143;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00141701;OID=.;OPOS=101349017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:41:42:59:59:0.584158:34:25:21:20:34:25:21:21 chr14 101350298 . T C 165.6 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0121337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0197;QD=14.4;RBI=0.0218208;REFB=-0.00151225;REVB=-0.0181363;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145054;STB=0.597979;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00161008;OID=.;OPOS=101350298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:17:18:0.391304:8:9:11:17:8:10:11:17 chr14 101507727 . C T 707.94 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.579;QD=62.9285;RBI=0.0366732;REFB=0;REVB=0.00273793;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127397;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr14 101522589 . C T 487.42 PASS AF=0.421875;AO=53;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0485642;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.065;QD=15.2318;RBI=0.0486285;REFB=-0.0212504;REVB=-0.00249882;RO=73;SAF=23;SAR=30;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018934;STB=0.511788;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0257334;OID=.;OPOS=101522589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:74:53:54:0.421875:30:23:33:40:31:23:33:41 chr14 102197694 . G A 207.65 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0382742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.309;QD=15.102;RBI=0.0383084;REFB=-0.0177468;REVB=0.00161862;RO=31;SAF=7;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324957;STB=0.685114;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0274592;OID=.;OPOS=102197694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:17:7:19:12:17:7:19:12 chr14 102198596 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00753389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.172;QD=16.0426;RBI=0.0142929;REFB=-0.0151849;REVB=0.0121461;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264839;STB=0.515206;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0215616;OID=.;OPOS=102198596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:13:13:10:9:13:13 chr14 102198689 . C T 449.03 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.00695568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9043;QD=21.3826;RBI=0.0172714;REFB=-0.0224859;REVB=-0.0158088;RO=39;SAF=15;SAR=29;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569782;STB=0.535698;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0226255;OID=.;OPOS=102198689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:40:44:44:0.52381:29:15:11:28:29:15:11:29 chr14 102446161 . G A 256.36 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0410631;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7821;QD=17.9905;RBI=0.0647778;REFB=0.00371524;REVB=-0.0500998;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095226;STB=0.512186;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00842399;OID=.;OPOS=102446161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:29:28:28:0.491228:18:10:11:19:18:10:11:18 chr14 102463407 . A G 590.02 PASS AF=0.480315;AO=60;DP=126;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0134141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.912;QD=18.5834;RBI=0.0161213;REFB=-0.0149955;REVB=0.00894194;RO=62;SAF=22;SAR=38;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199049;STB=0.628336;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0189409;OID=.;OPOS=102463407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:62:66:60:61:0.480315:38:22:36:26:39:22:40:26 chr14 102493761 . A G 282.02 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0187823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7159;QD=17.0921;RBI=0.037906;REFB=-0.0101696;REVB=0.0329255;RO=35;SAF=9;SAR=21;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121014;STB=0.56106;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0125213;OID=.;OPOS=102493761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:21:9:7:28:22:9:7:28 chr14 102514227 . T C 346.51 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0107748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.643;QD=26.6546;RBI=0.0139774;REFB=-0.0682547;REVB=0.00890344;RO=19;SAF=19;SAR=14;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112315;STB=0.561325;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0282932;OID=.;OPOS=102514227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:14:19:14:5:14:19:14:5 chr14 102550803 . G A,T 218.98 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=15,3;DP=18;FAO=16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433859,-0.0639801;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.9504,198.941;QD=48.6627;RBI=0.0434643,0.0653273;REFB=0,0;REVB=-0.0026082,-0.0131987;RO=0;SAF=4,1;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33019e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0123741,-0.000520672;OID=.,.;OPOS=102550803,102550803;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:18:18:0:0:15,3:16,2:0.888889,0.111111:11,2:4,1:0:0:11,2:5,0:0:0 chr14 102568296 . G A 710.58 PASS AF=0.963636;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0090617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2525;QD=51.6782;RBI=0.0520367;REFB=-0.0345766;REVB=-0.0512416;RO=2;SAF=30;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645825;STB=0.503936;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00193159;OID=.;OPOS=102568296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:55:2:2:51:53:0.963636:21:30:1:1:21:32:1:1 chr14 102568367 . T A 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.03;QD=61.6796;RBI=0.0282385;REFB=0;REVB=0.0210445;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9429e-06;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr14 102808330 . C T 60.25 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0548998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0223;QD=17.2152;RBI=0.062509;REFB=-0.0396777;REVB=0.0298896;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.571253;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0318588;OID=.;OPOS=102808330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:4:2:4:4:4:2 chr14 102808655 . G C 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00552425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.332;QD=18.7112;RBI=0.0661434;REFB=-0.0321971;REVB=-0.0659124;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702603;STB=0.539834;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0357121;OID=.;OPOS=102808655;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:7:12:10:8:7:12 chr14 102814945 . G A 309.93 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00316497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.048;QD=18.7838;RBI=0.00732777;REFB=-0.007333;REVB=-0.00660902;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814091;STB=0.545344;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00734673;OID=.;OPOS=102814945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:16:17:14:19:16:17:14:19 chr14 102894593 . G A 87.44 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0653817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1276;QD=13.4519;RBI=0.0660693;REFB=0.028184;REVB=-0.00950693;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716086;STB=0.542293;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.045902;OID=.;OPOS=102894593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:5:10:8:3:5:10 chr14 102965435 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00125663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.275;QD=13.5045;RBI=0.0237734;REFB=0.00499862;REVB=0.0237402;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208227;STB=0.502954;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00846667;OID=.;OPOS=102965435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:5:7:9:7:5:7:10:7 chr14 102965437 . A T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00167599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.027;QD=15.7843;RBI=0.0882607;REFB=-0.00512318;REVB=-0.0882448;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552695;STB=0.531973;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00485921;OID=.;OPOS=102965437;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:10:7:5:9:10:7 chr14 103161736 . A AG,G 762.27 PASS AF=1,0;AO=48,7;DP=61;FAO=58,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486071,0.03635;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=20.9432,5.42411;QD=52.5705;RBI=0.0724524,0.120935;REFB=0,0;REVB=-0.053728,-0.115342;RO=5;SAF=27,0;SAR=21,7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0429358,-0.806041;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=5.98553e-05,0;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:58:5:0:48,7:58,0:1,0:21,7:27,0:4:1:29,0:29,0:0:0 chr14 103193028 . G A 801.19 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3192;QD=57.2277;RBI=0.0195959;REFB=0;REVB=0.011309;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243779;OID=.;OPOS=103193028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr14 103370114 . CG C 154.3 PASS AF=0.846154;AO=19;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.196744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.7064;QD=23.7385;RBI=0.206669;REFB=-0.0115751;REVB=0.0632749;RO=6;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115032;STB=0.583258;STBP=0.07;TYPE=del;VARB=0.0227852;OID=.;OPOS=103370115;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:19:26:22:26:4:12:10:0:4:18:6:9:10:3:3 chr14 103566904 . G A 344.41 PASS AF=0.417582;AO=37;DP=93;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0048934;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.075;QD=15.1389;RBI=0.0171317;REFB=-0.0177999;REVB=0.016418;RO=54;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00524431;STB=0.505492;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.028714;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:54:53:37:38:0.417582:18:19:28:26:19:19:27:26 chr14 103576395 . G A 429.35 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0145454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.437;QD=16.6738;RBI=0.062612;REFB=-0.0184425;REVB=0.060899;RO=56;SAF=21;SAR=26;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155168;STB=0.58651;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0277014;OID=.;OPOS=103576395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:26:21:34:22:26:21:34:22 chr14 103576415 . A G 332.5 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0180983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4885;QD=16.4198;RBI=0.026575;REFB=-0.00828256;REVB=-0.0194597;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497358;STB=0.527935;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0200359;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:19:17:19:26:19:17:19:26 chr14 103576443 . TC CG 314.17 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.000572406;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.546;QD=19.9476;RBI=0.00273874;REFB=-0.017735;REVB=-0.00267825;RO=30;SAF=8;SAR=24;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302774;STB=0.672654;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=0.0131205;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:30:32:33:0.52381:24:8:17:13:25:8:17:13 chr14 103576526 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0446488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.655;QD=11.8306;RBI=0.0450955;REFB=-0.0200317;REVB=-0.00633184;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244882;STB=0.642115;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0383118;OID=.;OPOS=103576526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:3:15:7:4:3:15 chr14 103576775 . C T 238.65 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.020849;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.042;QD=17.678;RBI=0.0342944;REFB=-0.0131344;REVB=0.0272291;RO=27;SAF=19;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109384;STB=0.575696;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0120534;OID=.;OPOS=103576775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:27:28:26:26:0.481481:7:19:17:10:7:19:17:11 chr14 103593025 . C A 116.65 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.134396;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.0767;QD=21.2082;RBI=0.135041;REFB=-0.0837101;REVB=-0.013178;RO=6;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134616;STB=0.522354;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0654783;OID=.;OPOS=103593025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:22:22:6:9:13:13:0.590909:8:5:1:5:8:5:3:6 chr14 103593950 . C G 223.49 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.102;QD=49.6641;RBI=0.0877416;REFB=0;REVB=-0.0124811;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338431;OID=.;OPOS=103593950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:12:6:0:0 chr14 103599137 . C G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00158042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.048;QD=13.5806;RBI=0.00525243;REFB=-0.00967284;REVB=-0.00500902;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313996;STB=0.518303;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0153912;OID=.;OPOS=103599137;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:8:9:14:14:8:9:14:14 chr14 103602278 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.643;QD=56.7064;RBI=0.0119815;REFB=0;REVB=0.0088755;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128724;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr14 103852725 . C T 1037.17 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247228;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.928;QD=60.1259;RBI=0.0357911;REFB=0;REVB=-0.0258802;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293179;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr14 103934488 . T C 1128.4 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0168112;FXX=0.0121936;HRUN=6;LEN=1;MLLD=222.523;QD=55.7237;RBI=0.0186418;REFB=-0.0281325;REVB=-0.00805597;RO=4;SAF=38;SAR=39;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239334;STB=0.512661;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=9.88559e-05;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:82:81:4:4:77:77:0.950617:39:38:3:1:39:38:3:1 chr14 103958187 . C T 183.9 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00773577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.532;QD=15.3251;RBI=0.0114535;REFB=0.0075016;REVB=-0.00844637;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190523;STB=0.59082;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0137642;OID=.;OPOS=103958187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:19:20:0.416667:11:8:17:11:11:9:17:11 chr14 103986255 . C T 1556.56 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.466;QD=58.738;RBI=0.0459309;REFB=-0.0550794;REVB=0.0333759;RO=0;SAF=73;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250359;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:100:106:0:0:98:106:1:25:73:0:0:25:81:0:0 chr14 103988180 . G T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0948329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5062;QD=39.2058;RBI=0.121995;REFB=0;REVB=0.0767435;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0089398;OID=.;OPOS=103988180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr14 103996396 . G A 1062.32 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.063;QD=59.8491;RBI=0.0319693;REFB=0;REVB=0.0175799;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111699;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr14 104001032 . C T 335.81 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0290203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.018;QD=22.3876;RBI=0.0302444;REFB=-0.0261938;REVB=0.0085172;RO=26;SAF=18;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173145;STB=0.595276;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0281052;OID=.;OPOS=104001032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:16:18:8:18:16:18:8:18 chr14 104001517 . G A 492.19 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.01443;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=196.836;QD=51.81;RBI=0.0202576;REFB=-0.0114799;REVB=0.0142177;RO=2;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622358;STB=0.521727;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.000133679;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:2:3:35:35:0.921053:14:21:0:2:14:21:1:2 chr14 104025893 . T C 251.1 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0340124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.033;QD=19.6942;RBI=0.0411462;REFB=0.0020148;REVB=0.0231553;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139675;STB=0.567516;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00181982;OID=.;OPOS=104025893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:12:14:9:15:12:14:10:15 chr14 104028270 . T C 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00188045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.229;QD=20.7504;RBI=0.0451722;REFB=0.00487701;REVB=0.0451331;RO=38;SAF=24;SAR=17;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178727;STB=0.509887;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00542584;OID=.;OPOS=104028270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:17:24:23:15:17:24:23:15 chr14 104167075 . C T 457.49 PASS AF=0.536585;AO=43;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0969512;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9117;QD=22.3164;RBI=0.0976213;REFB=-0.0175005;REVB=0.0114186;RO=37;SAF=18;SAR=25;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169583;STB=0.602603;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0158657;OID=.;OPOS=104167075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:38:43:44:0.536585:25:18:23:14:26:18:24:14 chr14 104167545 . G A 148.5 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.00215535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6812;QD=18.0004;RBI=0.0231048;REFB=-0.00246137;REVB=0.0230041;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482896;STB=0.771629;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00696002;OID=.;OPOS=104167545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:15:2:11:5:15:2 chr14 104178186 . A G 109.25 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0416602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5592;QD=14.0973;RBI=0.04205;REFB=-0.0126284;REVB=0.00571208;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268038;STB=0.679364;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0135741;OID=.;OPOS=104178186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:18:12:13:0.419355:6:6:4:13:6:7:4:14 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 308.16 PASS AF=1;AO=20;DP=42;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704606;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=12;MLLD=450.922;QD=53.5924;RBI=0.00832967;REFB=0;REVB=0.00444257;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443814;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.60193e-06;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:42:23:23:0:10:13:0:0:4:19:10:10:19:0 chr14 104194196 . C G 2565.98 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.105;QD=61.8309;RBI=0.021289;REFB=0;REVB=0.0212061;RO=0;SAF=74;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10158e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55634e-05;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:92:74:0:0:92:74:0:0 chr14 104199356 . C T 184.14 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00746737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2343;QD=18.4138;RBI=0.0513264;REFB=-0.030811;REVB=-0.0507803;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223922;STB=0.626813;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0311256;OID=.;OPOS=104199356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:8:11:7:14:8:11:7:14 chr14 104394850 . C T 647.08 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.0125251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.365;QD=16.8072;RBI=0.029041;REFB=-0.00608036;REVB=-0.0262012;RO=81;SAF=40;SAR=30;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00347911;STB=0.513204;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0070825;OID=.;OPOS=104394850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:81:84:70:70:0.454545:30:40:46:35:30:40:46:38 chr14 104429453 . A G 1049.53 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.952;QD=58.3073;RBI=0.107676;REFB=-0.126652;REVB=0.101541;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000780869;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:70:71:0.986111:35:35:0:0:35:36:0:1 chr14 104436931 . C T 128.99 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00396173;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.098;QD=11.9989;RBI=0.00931691;REFB=-4.79281e-05;REVB=-0.00843264;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148419;STB=0.50876;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=5.37438e-05;OID=.;OPOS=104436931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:28:28:15:15:0.348837:10:5:9:19:10:5:9:19 chr14 104452640 . G A 114.8 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0172567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.08;QD=7.06475;RBI=0.0188082;REFB=-0.0139779;REVB=-0.00748013;RO=47;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166333;STB=0.515981;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0433553;OID=.;OPOS=104452640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:47:48:17:17:0.261538:11:6:16:31:11:6:16:32 chr14 104465035 . G GC 397.65 PASS AF=1;AO=9;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.28798;QD=24.0998;RBI=0.172534;REFB=0;REVB=0.161731;RO=58;SAF=9;SAR=0;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.729754;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00594462;OID=.;OPOS=104465036;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:68:66:66:0:29:37:0:0:11:58:9:0:20:38 chr14 104465037 . T C 711.61 PASS AF=0.848485;AO=53;DP=65;FAO=56;FDP=66;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0748829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9692;QD=43.1278;RBI=0.131782;REFB=-0.00229886;REVB=0.108439;RO=11;SAF=18;SAR=35;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190263;STB=0.604128;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00502357;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:66:11:10:53:56:0.848485:35:18:10:1:37:19:10:0 chr14 104480201 . C A 1163.65 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.441;QD=60.4491;RBI=0.0393035;REFB=0;REVB=-0.00866422;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30293e-05;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:49:27:0:0:49:28:0:0 chr14 104481083 . T C 242.68 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00412265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.98;QD=16.7365;RBI=0.0349487;REFB=-0.0404361;REVB=0.0347047;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287159;STB=0.531227;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0372829;OID=.;OPOS=104481083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:31:27:27:0.465517:15:12:12:17:15:12:12:19 chr14 104491952 . G A 508.53 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.0044876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.317;QD=23.3806;RBI=0.0273195;REFB=-0.00362638;REVB=0.0269484;RO=37;SAF=27;SAR=21;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160733;STB=0.596375;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0022614;OID=.;OPOS=104491952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:39:48:48:0.551724:21:27:28:9:21:27:30:9 chr14 104497543 . C T 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0173555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4803;QD=10.1483;RBI=0.0410142;REFB=-0.00351649;REVB=-0.0371611;RO=42;SAF=6;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297074;STB=0.676218;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00656775;OID=.;OPOS=104497543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:44:22:22:0.333333:16:6:22:20:16:6:23:21 chr14 104559552 . G C 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00824728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.158;QD=8.81187;RBI=0.0194393;REFB=-0.00934151;REVB=-0.0176031;RO=23;SAF=9;SAR=1;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462616;STB=0.795729;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0217471;OID=.;OPOS=104559552;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:1:9:14:9:1:9:14:9 chr14 104559623 . T C 1521.5 PASS AF=0.989899;AO=93;DP=94;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000718054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.161;QD=61.4749;RBI=0.0864157;REFB=-0.0210176;REVB=0.0864127;RO=1;SAF=56;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839173;STB=0.504424;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000564967;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:99:1:1:93:98:0.989899:37:56:1:0:42:56:1:0 chr14 104559852 . T C 317.36 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.015313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4605;QD=19.53;RBI=0.126743;REFB=-0.0365716;REVB=-0.125814;RO=31;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552285;STB=0.530595;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0263211;OID=.;OPOS=104559852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:13:21:21:10:13:21:21:10 chr14 104559919 . T C 236.06 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.113928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.965;QD=19.2702;RBI=0.115009;REFB=-0.00386223;REVB=-0.0157294;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035428;STB=0.508889;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0160448;OID=.;OPOS=104559919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:11:12:14:11:11:12:14:12 chr14 104559922 . C G 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0285508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.355;QD=20.8113;RBI=0.0285989;REFB=-0.0140504;REVB=0.00165809;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.021671;OID=.;OPOS=104559922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:11:12:11:11:11:12:12:11 chr14 104563932 . G T 441.19 PASS AF=0.459184;AO=41;DP=95;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0112018;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.798;QD=18.0079;RBI=0.0627137;REFB=-0.00551001;REVB=0.0617052;RO=52;SAF=15;SAR=26;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118662;STB=0.527177;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00515422;OID=.;OPOS=104563932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:52:53:41:45:0.459184:26:15:25:27:26:19:25:28 chr14 104641612 . T C 447.37 PASS AF=0.581081;AO=41;DP=72;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00649631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.742;QD=24.1822;RBI=0.0208315;REFB=-0.0153765;REVB=0.0197927;RO=27;SAF=12;SAR=29;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349896;STB=0.505985;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00427073;OID=.;OPOS=104641612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:27:31:41:43:0.581081:29:12:9:18:30:13:9:22 chr14 104641792 . C T 306.62 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00190798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.687;QD=27.2551;RBI=0.00829408;REFB=-0.0108146;REVB=-0.00807164;RO=17;SAF=19;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259126;STB=0.634343;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00479463;OID=.;OPOS=104641792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:8:19:6:11:8:19:7:11 chr14 104642341 . A G 1436.29 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.628;QD=62.4474;RBI=0.0251101;REFB=0;REVB=0.0247337;RO=0;SAF=17;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02231e-05;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:73:17:0:0:74:18:0:0 chr14 104642422 . A G 81.6 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00769336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.848;QD=8.36959;RBI=0.021932;REFB=0.00210633;REVB=-0.0205384;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114211;STB=0.507029;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00768964;OID=.;OPOS=104642422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:6:5:13:15:6:5:13:15 chr14 104643225 . G A 158.65 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0235586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.203;QD=17.1518;RBI=0.0246139;REFB=-0.012595;REVB=-0.00712996;RO=19;SAF=3;SAR=13;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142555;STB=0.578231;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0223869;OID=.;OPOS=104643225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:19:20:16:17:0.459459:13:3:2:17:14:3:2:18 chr14 104643721 . C A 350.16 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0360997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.62;QD=28.013;RBI=0.0361119;REFB=-0.0291368;REVB=-0.000938985;RO=19;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106616;STB=0.55069;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0157977;OID=.;OPOS=104643721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:20:30:30:0.6:20:10:9:10:20:10:9:11 chr14 104643801 . C T 304.79 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.036958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7526;QD=26.5033;RBI=0.0384463;REFB=-0.0350589;REVB=0.0105935;RO=19;SAF=15;SAR=12;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21575;STB=0.618962;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0416526;OID=.;OPOS=104643801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:12:15:5:14:12:15:5:14 chr14 104643859 . A G 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0236513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.418;QD=5.21423;RBI=0.0239477;REFB=-0.00686166;REVB=0.00375619;RO=31;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297214;STB=0.698109;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0320259;OID=.;OPOS=104643859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:6:2:15:16:6:2:15:16 chr14 104644147 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.103432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5778;QD=15.2586;RBI=0.10988;REFB=0.0170113;REVB=0.0370873;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183303;STB=0.609426;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00294009;OID=.;OPOS=104644147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:3:3:5:2:3:3 chr14 104646326 . A C 525.08 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104255;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.608;QD=60.0096;RBI=0.0149598;REFB=0;REVB=0.0107287;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156302;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr14 104646771 . T C 446.55 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2124;QD=57.619;RBI=0.0753077;REFB=0;REVB=-0.0669678;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00207546;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr14 104646777 . G A 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0214114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.664;QD=19.7024;RBI=0.0234699;REFB=-0.00323314;REVB=-0.00961191;RO=16;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261939;STB=0.649809;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00612441;OID=.;OPOS=104646777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:4:13:8:8:4:13:8:8 chr14 104647224 . C T 976.38 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014183;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0915;QD=59.1747;RBI=0.0298996;REFB=0;REVB=-0.0263217;RO=0;SAF=20;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518626;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:46:20:0:0:46:20:0:0 chr14 104710651 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0143012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2671;QD=7.32288;RBI=0.0754921;REFB=0.0118463;REVB=0.0741251;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324321;STB=0.699439;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0173868;OID=.;OPOS=104710651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:11:3:3:3:11:3 chr14 104941016 . G A 99.81 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0165053;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.8275;QD=15.3553;RBI=0.0198159;REFB=-0.0425633;REVB=-0.0109657;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218591;STB=0.613434;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0467213;OID=.;OPOS=104941016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:9:3:6:7:9:3:6:8 chr14 105052848 . G A 885.63 PASS AF=0.401639;AO=98;DP=246;FAO=98;FDP=244;FR=.;FRO=146;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=43;FSRR=103;FWDB=0.00978866;FXX=0.00812975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8091;QD=14.5185;RBI=0.0304805;REFB=-0.00611408;REVB=0.028866;RO=144;SAF=42;SAR=56;SRF=43;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144893;STB=0.583827;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00860142;OID=.;OPOS=105052848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:244:144:146:98:98:0.401639:56:42:43:101:56:42:43:103 chr14 105054680 . G C,GC 140.07 PASS AF=0,0.344828;AO=9,44;DP=199;FAO=0,60;FDP=174;FR=.;FRO=114;FSAF=0,32;FSAR=0,28;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=-0.0136695,0.115311;FXX=0.0386719;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=167.54,7.64315;QD=3.21989;RBI=0.0236329,0.16161;REFB=0.00109337,-0.0458687;REVB=-0.0192785,0.11323;RO=131;SAF=9,18;SAR=0,26;SRF=58;SRR=73;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.567043,-0.0429933;STB=0.5,0.573147;STBP=1,0.185;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0172961;OID=.,.;OPOS=105054680,105054681;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:199:174:131:114:9,44:0,60:0,0.344828:0,26:9,18:58:73:0,28:0,32:48:66 chr14 105054934 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00087167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.198;QD=43.4854;RBI=0.0751819;REFB=0;REVB=0.0751768;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106975;OID=.;OPOS=105054934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr14 105054993 . G C 219.13 PASS AF=0.714286;AO=16;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0520955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1817;QD=31.304;RBI=0.198213;REFB=-0.0736338;REVB=0.191245;RO=8;SAF=12;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177944;STB=0.529382;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0362446;OID=.;OPOS=105054993;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:16:20:0.714286:4:12:4:4:8:12:4:4 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 358.3 PASS AF=0.697674;AO=28;DP=34;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0129039;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=9;MLLD=257.682;QD=33.3303;RBI=0.0298679;REFB=-0.0644979;REVB=0.0269366;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.555517;STBP=0.276;TYPE=del;VARB=0.0212494;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.697674:28:34:30:43:13:21:9:7:6:99:0:20:8:0:0 chr14 105059732 . GCCCCCCAG GCCCCCAG,GCCCCCAGC,GCCCCCCAGC 75.55 PASS AF=0,0.121212,0.242424;AO=4,6,6;DP=33;FAO=0,4,8;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=0,0,1;FSAR=0,4,7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0582218,-0.0586655,-0.045645;FXX=0;HRUN=6,6,1;LEN=1,3,1;MLLD=10.3912,21.9757,16.7318;QD=9.1576;RBI=0.150193,0.11323,0.0588052;REFB=0.018749,-0.0065541,-0.0302703;REVB=-0.138449,-0.0968472,-0.0370753;RO=16;SAF=1,1,0;SAR=3,5,6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0.52381,0,0;SSEP=0.785714,0,0;SSSB=-0.293573,-0.416902,-0.727768;STB=0.5,0.99701,0.809634;STBP=1,0.054,0.065;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0219458,0.072742,0.0432698;OID=.,.,.;OPOS=105059733,105059738,105059741;OREF=C,CAG,-;OALT=-,AGC,C;OMAPALT=GCCCCCAG,GCCCCCAGC,GCCCCCCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.121212,0.242424:4,6,6:33:0,4,8:33:21:0,0,1:0,4,7:10:11:35:16:1,1,0:3,5,6:8:8 chr14 105167807 . C G,T 717.8 PASS AF=0.0416667,0.9375;AO=2,45;DP=48;FAO=2,45;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=1,22;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.070395,0.00927239;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.8573,165.264;QD=59.8171;RBI=0.0720925,0.0149729;REFB=-0.166797,-0.083657;REVB=0.0155523,0.0117563;RO=1;SAF=1,22;SAR=1,23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25849,0.0199954;STB=0.665164,0.510634;STBP=0.662,0.511;TYPE=snp,snp;VARB=0.15195,-5.5625e-05;OID=.,.;OPOS=105167807,105167807;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:48:48:1:1:2,45:2,45:0.0416667,0.9375:1,23:1,22:0:1:1,23:1,22:0:1 chr14 105177351 . CAG C,CG,CGG 1618.35 PASS AF=0,1,0;AO=12,89,8;DP=114;FAO=0,110,0;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=0,53,0;FSAR=0,57,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038361,0.00705576,0.0131421;FXX=0.0265463;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=50.7354,65.2198,50.2873;QD=58.8491;RBI=0.0597993,0.0225456,0.0300079;REFB=0,0,0;REVB=-0.0596762,-0.0214131,0.026977;RO=0;SAF=4,44,3;SAR=8,45,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0575881,0.00147453,-0.00917991;OID=.,.,.;OPOS=105177352,105177352,105177352;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:12,89,8:114:0,110,0:110:0:0,53,0:0,57,0:0:0:9:0:4,44,3:8,45,5:0:0 chr14 105179194 . T C 801.18 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.659;QD=57.2268;RBI=0.0543203;REFB=0;REVB=0.0506586;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162854;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr14 105180565 . T C 849.86 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.23;QD=57.6174;RBI=0.0191608;REFB=0;REVB=-0.0183169;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.56593e-05;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:38:20:0:0:38:21:0:0 chr14 105180706 . A C 781.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.899;QD=63.7777;RBI=0.0151362;REFB=0;REVB=0.0150964;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5854e-05;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:18:30:0:0:18:31:0:0 chr14 105196229 . CA C,CC 301.96 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=6,15;DP=24;FAO=1,23;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0999781,0.0938473;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.9965,97.3845;QD=50.3259;RBI=0.100491,0.143667;REFB=0,0;REVB=0.0101444,0.10878;RO=0;SAF=3,11;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.33019e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.080844,-0.00104089;OID=.,.;OPOS=105196230,105196230;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0416667,0.958333:6,15:24:1,23:24:0:1,14:0,9:0:0:5:0:3,11:3,4:0:0 chr14 105196235 . G A 337.26 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.766;QD=53.962;RBI=0.0406156;REFB=0;REVB=0.0212686;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244048;OID=.;OPOS=105196235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:1:0:24:25:1:10:14:0:1:11:14:0:0 chr14 105196365 . T C 1555.4 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1711;QD=63.4858;RBI=0.0241489;REFB=0;REVB=0.0222672;RO=0;SAF=24;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303435;OID=.;OPOS=105196365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:73:24:0:0:73:25:0:0 chr14 105211221 . C T 134.18 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00230458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.634;QD=9.41577;RBI=0.0072598;REFB=-0.0109713;REVB=0.0068843;RO=38;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644768;STB=0.555491;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0301044;OID=.;OPOS=105211221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:14:4:10:28:14:4:11:28 chr14 105213343 . A G 934.84 PASS AF=1;AO=63;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.248211;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6294;QD=56.6569;RBI=0.249585;REFB=0;REVB=0.0261537;RO=3;SAF=21;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00449883;OID=.;OPOS=105213343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:3:0:63:66:1:42:21:3:0:42:24:0:0 chr14 105220209 . G GA 1061.78 PASS AF=1;AO=24;DP=110;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281764;FXX=0.126201;HRUN=0;LEN=1;MLLD=167.281;QD=47.1903;RBI=0.0524816;REFB=0;REVB=-0.0442765;RO=85;SAF=16;SAR=8;SRF=9;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.647706;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000471493;OID=.;OPOS=105220210;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:110:90:90:0:23:67:0:0:7:85:16:8:9:76 chr14 105220210 . G A 999.82 PASS AF=0.790476;AO=81;DP=105;FAO=83;FDP=105;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=76;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.043712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.772;QD=38.0883;RBI=0.0518965;REFB=-0.125842;REVB=0.0279735;RO=24;SAF=6;SAR=75;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510002;STB=0.752721;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0041703;OID=.;OPOS=105220210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:24:22:81:83:0.790476:75:6:17:7:76:7:16:6 chr14 105222037 . C T 2479.2 PASS AF=0.988024;AO=163;DP=168;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0602292;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.39;QD=59.3819;RBI=0.0702566;REFB=-0.0923449;REVB=0.0361723;RO=3;SAF=72;SAR=91;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783252;STB=0.506849;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000951165;OID=.;OPOS=105222037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:168:167:3:2:163:165:0.988024:91:72:2:1:93:72:2:0 chr14 105239894 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.000668621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.591;QD=9.75968;RBI=0.00676526;REFB=-0.00344452;REVB=-0.00673214;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157904;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00768408;OID=.;OPOS=105239894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:7:5:4:3:7:5 chr14 105269917 . G C 175.82 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00490785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.462;QD=11.9202;RBI=0.0147945;REFB=-0.0288846;REVB=-0.0139567;RO=36;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179256;STB=0.596126;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0453422;OID=.;OPOS=105269917;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:14:8:19:17:14:8:19:18 chr14 105309966 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0446394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.925;QD=12.7388;RBI=0.0471585;REFB=-0.0242281;REVB=0.0152068;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119124;STB=0.571247;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0162202;OID=.;OPOS=105309966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:5:5:5:3:5:5 chr14 105310498 . T C 129.79 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0698038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0063;QD=14.0317;RBI=0.100163;REFB=-0.0410876;REVB=-0.0718337;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071126;STB=0.551657;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0433141;OID=.;OPOS=105310498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:9:6:7:14:9:6:7:15 chr14 105310677 . T G 116.21 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0398178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.489;QD=20.2097;RBI=0.0407657;REFB=-0.0278428;REVB=0.00873994;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174365;STB=0.594448;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0133269;OID=.;OPOS=105310677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:23:9:10:12:13:0.565217:8:4:5:4:8:5:6:4 chr14 105312054 . A G 61.55 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00754897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.57;QD=9.84804;RBI=0.0125144;REFB=-0.0179659;REVB=0.00998112;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703661;STB=0.571265;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0267376;OID=.;OPOS=105312054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:24:25:16:16:8:9:0.36:5:3:7:9:6:3:7:9 chr14 105312067 . T C 44.06 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0113089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.679;QD=6.5279;RBI=0.0334754;REFB=0.00114862;REVB=0.0315073;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141693;STB=0.631788;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00162218;OID=.;OPOS=105312067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:27:20:20:6:7:0.259259:4:2:9:11:5:2:9:11 chr14 105344293 . C T 391.66 PASS AF=0.612903;AO=36;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0646092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.152;QD=25.2685;RBI=0.0691994;REFB=-0.00412501;REVB=0.0247832;RO=24;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160883;STB=0.594545;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00169763;OID=.;OPOS=105344293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:36:38:0.612903:20:16:16:8:22:16:16:8 chr14 105344761 . C T 226.47 PASS AF=0.52381;AO=20;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0532936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.09;QD=21.5683;RBI=0.0539562;REFB=-0.0425785;REVB=0.00843007;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518502;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.037136;OID=.;OPOS=105344761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:20:22:0.52381:8:12:12:8:8:14:12:8 chr14 105349388 . A C 54.52 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00478743;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.816;QD=7.51941;RBI=0.0119948;REFB=-0.00215379;REVB=-0.010998;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881715;STB=0.540438;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00508642;OID=.;OPOS=105349388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:29:20:21:8:8:0.275862:5:3:9:11:5:3:9:12 chr14 105350355 . A G 350.48 PASS AF=0.636364;AO=25;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00984831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7004;QD=25.4895;RBI=0.0103519;REFB=-0.02981;REVB=-0.00318931;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099446;STB=0.597883;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0126346;OID=.;OPOS=105350355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:20:25:35:0.636364:11:14:13:6:20:15:14:6 chr14 105352884 . CGCAGGA C 204.05 PASS AF=0.678571;AO=17;DP=30;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0257561;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=6;MLLD=274.491;QD=29.1503;RBI=0.025803;REFB=-0.0308156;REVB=0.00155541;RO=9;SAF=2;SAR=15;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986451;STB=0.504945;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0134705;OID=.;OPOS=105352885;OREF=GCAGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.678571:17:30:19:28:9:2:17:1:8:66:9:2:15:1:8 chr14 105354293 . A G 129.97 PASS AF=0.314815;AO=16;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0225933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.182;QD=9.62747;RBI=0.0230526;REFB=-0.00881299;REVB=-0.00457862;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199488;STB=0.563803;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0213345;OID=.;OPOS=105354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:37:16:17:0.314815:8:8:10:21:9:8:14:23 chr14 105361934 . T C 69.08 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0415782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.469;QD=9.52789;RBI=0.0437509;REFB=-0.0154815;REVB=-0.0136159;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319811;STB=0.654892;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0228009;OID=.;OPOS=105361934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:28:29:19:19:9:10:0.344828:4:5:5:14:5:5:5:14 chr14 105393556 . G C 557.72 PASS AF=0.906977;AO=38;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0653751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.669;QD=51.8812;RBI=0.0666212;REFB=-0.10413;REVB=0.012825;RO=5;SAF=16;SAR=22;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125997;STB=0.552604;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00288639;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:43:43:5:4:38:39:0.906977:22:16:5:0:22:17:4:0 chr14 105413610 . G A 126.13 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0120708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.823;QD=10.9677;RBI=0.0319834;REFB=-0.0209468;REVB=0.0296181;RO=30;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313228;STB=0.697612;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0192665;OID=.;OPOS=105413610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:4:11:14:16:4:11:14:17 chr14 105414738 . G A 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0573818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.424;QD=21.7451;RBI=0.0573839;REFB=-0.0443619;REVB=-0.000491828;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724577;STB=0.550616;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0379459;OID=.;OPOS=105414738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:20:22:22:0.52381:10:12:12:7:10:12:13:7 chr14 105414790 . A G 196.61 PASS AF=0.425926;AO=24;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00883798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.155;QD=14.5634;RBI=0.0441031;REFB=-0.00758292;REVB=-0.0432085;RO=28;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978835;STB=0.57341;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0271853;OID=.;OPOS=105414790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:31:24:23:0.425926:8:16:16:12:7:16:18:13 chr14 105414810 . C G 200.93 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0491869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5204;QD=14.1006;RBI=0.0548833;REFB=-0.0252485;REVB=0.024348;RO=33;SAF=19;SAR=5;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29859;STB=0.672408;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0503709;OID=.;OPOS=105414810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:5:19:18:15:5:19:18:15 chr14 105415250 . G C 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0155853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.681;QD=20.4361;RBI=0.015625;REFB=-0.0229075;REVB=0.00111228;RO=26;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155549;STB=0.586232;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0161754;OID=.;OPOS=105415250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:16:14:17:9:16:14:17:9 chr14 105415352 . G C 250.43 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0140326;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.02;QD=14.3103;RBI=0.0544419;REFB=-0.0248952;REVB=0.0526023;RO=41;SAF=11;SAR=18;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282666;STB=0.660124;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0404813;OID=.;OPOS=105415352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:41:29:29:0.414286:18:11:27:14:18:11:27:14 chr14 105415731 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0573124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.031;QD=14.3341;RBI=0.0843545;REFB=-0.0323407;REVB=0.0618949;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36564;STB=0.717431;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0404284;OID=.;OPOS=105415731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:6:4:7:2:6:4 chr14 105417837 . A G 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0167321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.004;QD=9.41901;RBI=0.0174096;REFB=-0.0171361;REVB=0.00480937;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112693;STB=0.575499;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0346807;OID=.;OPOS=105417837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:36:15:15:0.294118:7:8:22:13:7:8:23:13 chr14 105417894 . C G 103.96 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0270831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.313;QD=12.6007;RBI=0.0286986;REFB=-0.00705126;REVB=0.00949273;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280966;STB=0.629432;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0170699;OID=.;OPOS=105417894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:20:20:12:13:0.393939:4:8:8:12:5:8:8:12 chr14 105461067 . C T 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0023859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.57;QD=20.5427;RBI=0.00953994;REFB=-0.0113428;REVB=0.00923677;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20464;STB=0.614222;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.006751;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:13:11:6:19:13:11:6:19 chr14 105477180 . A G 279.95 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00763595;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.7902;QD=16.7136;RBI=0.0164882;REFB=-0.032936;REVB=0.0146134;RO=35;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133393;STB=0.564037;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0246795;OID=.;OPOS=105477180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:36:31:31:0.462687:18:13:10:25:18:13:11:25 chr14 105477613 . T C 54.81 PASS AF=0.4;AO=6;DP=18;FAO=8;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0151783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.856;QD=10.9624;RBI=0.0324687;REFB=-0.0340569;REVB=-0.0287026;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27543;STB=0.649658;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0660757;OID=.;OPOS=105477613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:18:20:9:12:6:8:0.4:3:3:2:7:4:4:3:9 chr14 105518336 . G T 80.54 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0389084;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.407;QD=15.3405;RBI=0.0505238;REFB=-0.023303;REVB=0.0322302;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204937;STB=0.618823;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0186534;OID=.;OPOS=105518336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:3:8:5:5:3:8 chr14 105916420 . C T 711.41 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0125314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.364;QD=52.6973;RBI=0.0510155;REFB=0.0200139;REVB=0.0494524;RO=2;SAF=34;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269038;STB=0.51428;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.000121305;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:18:34:2:0:18:34:2:0 chr14 105930406 . G A 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.000486035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.917;QD=11.5637;RBI=0.0101361;REFB=-0.0202915;REVB=0.0101245;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138278;STB=0.581434;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.029201;OID=.;OPOS=105930406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:10:19:8:7:10:19 chr14 105930792 . A AC,C 84.61 PASS AF=0.264706,0;AO=10,3;DP=68;FAO=18,0;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=4,0;FSAR=14,0;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0377931,-0.105054;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=19.4838,31.4641;QD=4.97698;RBI=0.0378081,0.121626;REFB=0.0112215,0.012732;REVB=0.00106585,-0.0612899;RO=50;SAF=1,0;SAR=9,3;SRF=28;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.57823,-0.497796;STB=0.777469,0.5;STBP=0.009,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0456339,0.0442681;OID=.,.;OPOS=105930793,105930792;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:68:68:50:50:10,3:18,0:0.264706,0:9,3:1,0:28:22:14,0:4,0:30:20 chr14 105933877 . A G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00451201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.121;QD=16.8831;RBI=0.0129669;REFB=-0.046981;REVB=-0.0121566;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381971;STB=0.559923;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0295092;OID=.;OPOS=105933877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:17:15:15:0.46875:9:6:5:9:9:6:5:12 chr14 105935824 . G A 656.59 PASS AF=0.96;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0117332;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7075;QD=52.5273;RBI=0.020349;REFB=-0.042087;REVB=0.0166257;RO=2;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313445;STB=0.51666;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00443828;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:50:2:2:48:48:0.96:29:19:0:2:29:19:0:2 chr14 105953595 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6512;QD=42.182;RBI=0.0882248;REFB=0;REVB=-0.0717242;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0062378;OID=.;OPOS=105953595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr14 105954739 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.843;QD=11.0924;RBI=0.0172475;REFB=-0.00141459;REVB=-0.0172475;RO=6;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169829;OID=.;OPOS=105954739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:5:0:0:6:5:0:0:6 chr14 105958972 . T C 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0142511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.869;QD=16.5041;RBI=0.0214503;REFB=-0.0176497;REVB=-0.0160319;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995669;STB=0.556121;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0218921;OID=.;OPOS=105958972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:12:14:13:17:12:14:13:17 chr14 105962234 . T C 804.87 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.233;QD=64.3893;RBI=0.0961063;REFB=0;REVB=-0.0958846;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020748;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr14 105962369 . A G 1008.03 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.459;QD=59.2958;RBI=0.0228336;REFB=0;REVB=-0.0213987;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55775e-05;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr14 105995534 . G A 144.69 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4262;QD=44.5207;RBI=0.0529169;REFB=0;REVB=0.0492509;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366467;OID=.;OPOS=105995534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr14 106053491 . C T 500.88 PASS AF=0.836735;AO=40;DP=51;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0179755;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.285;QD=40.8878;RBI=0.0371958;REFB=-0.0529817;REVB=0.0325639;RO=8;SAF=24;SAR=16;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110347;STB=0.560052;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0143055;OID=.;OPOS=106053491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:49:8:8:40:41:0.836735:16:24:2:6:16:25:2:6 chr14 106053559 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0697319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1348;QD=9.56964;RBI=0.079313;REFB=-0.011159;REVB=-0.037789;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10912;STB=0.56739;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0052869;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:5:10:6:2:5:10 chr14 106053975 . G A 908.12 PASS AF=0.930556;AO=65;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0428875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0515;QD=50.4513;RBI=0.051677;REFB=-0.103885;REVB=0.0288301;RO=6;SAF=39;SAR=26;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437758;STB=0.528326;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0150519;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:72:72:6:5:65:67:0.930556:26:39:2:4:27:40:1:4 chr14 106054568 . A G 2350.08 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.442;QD=61.041;RBI=0.0195378;REFB=0;REVB=0.0194308;RO=0;SAF=63;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60688e-05;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:90:63:0:0:91:63:0:0 chr14 106066454 . T C 512.63 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336987;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.49;QD=56.9592;RBI=0.0437787;REFB=-0.17798;REVB=0.0279459;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000979395;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:35:35:0.972222:18:17:1:0:18:17:1:0 chr14 106066690 . A C 145.33 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.805;QD=44.7158;RBI=0.0378582;REFB=0;REVB=0.0156555;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176713;OID=.;OPOS=106066690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr14 106067298 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.42;QD=60.6086;RBI=0.0481791;REFB=0;REVB=0.0409578;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134743;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr14 106067958 . C G,T 2456.89 PASS AF=0.0421687,0.951807;AO=7,157;DP=167;FAO=7,158;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=0,60;FSAR=7,98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00342693,0.0182129;FXX=0.00598767;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.5416,204.907;QD=59.2022;RBI=0.0255324,0.0231459;REFB=-0.047948,0.0500866;REVB=-0.0253013,0.0142837;RO=0;SAF=0,59;SAR=7,98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.64912e-08;STB=0.5,0.502538;STBP=1,0.545;TYPE=snp,snp;VARB=0.287897,-0.0006249;OID=.,.;OPOS=106067958,106067958;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:167:166:0:1:7,157:7,158:0.0421687,0.951807:7,98:0,59:0:0:7,98:0,60:0:1 chr14 106090846 . T C 1359.23 PASS AF=0.967391;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0111326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.884;QD=59.0969;RBI=0.0119498;REFB=-0.0823469;REVB=0.00434317;RO=3;SAF=39;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141085;STB=0.507145;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00256639;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:91:92:3:3:88:89:0.967391:49:39:2:1:49:40:2:1 chr14 106090927 . G T 3150.06 PASS AF=0.990385;AO=206;DP=208;FAO=206;FDP=208;FR=.;FRO=2;FSAF=119;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0179715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.762;QD=60.578;RBI=0.0181081;REFB=-0.11863;REVB=-0.00222026;RO=2;SAF=119;SAR=87;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793796;STB=0.504166;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.000335755;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:208:2:2:206:206:0.990385:87:119:2:0:87:119:2:0 chr14 106091329 . G C 1539.4 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7995;QD=58.644;RBI=0.0266393;REFB=0.0488111;REVB=-0.0211066;RO=1;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903847;STB=0.504761;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.000562952;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:52:52:0:1:52:52:0:1 chr14 106091504 . A G 519.01 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.698;QD=59.3148;RBI=0.00907434;REFB=0;REVB=-0.00208582;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27096e-05;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:22:13:0:0 chr14 106091555 . C T 330.76 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.971;QD=52.9209;RBI=0.0428781;REFB=0;REVB=0.0179062;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224974;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:11:12:0:0:13:12:0:0 chr14 106091696 . A AC 173.46 PASS AF=1;AO=3;DP=24;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125965;FXX=0.0869187;HRUN=0;LEN=1;MLLD=17.7478;QD=33.0408;RBI=0.175532;REFB=0;REVB=0.122247;RO=21;SAF=2;SAR=1;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128388;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0206648;OID=.;OPOS=106091697;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:24:21:21:0:16:5:0:0:3:21:2:1:16:5 chr14 106091697 . T C,G 297.77 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=20,3;DP=23;FAO=20,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944081,0.0143005;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.7425,176.251;QD=51.7861;RBI=0.112144,0.0278018;REFB=0,0;REVB=0.0605252,-0.0238418;RO=0;SAF=15,2;SAR=5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0042587,0.173549;OID=.,.;OPOS=106091697,106091697;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:23:23:0:0:20,3:20,3:0.869565,0.130435:5,1:15,2:0:0:5,1:15,2:0:0 chr14 106091743 . CA C 175.57 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.548;QD=46.8185;RBI=0.038718;REFB=0;REVB=-0.0276565;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.22616e-06;OID=.;OPOS=106091744;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:15:15:15:0:10:5:0:0:4:0:10:5:0:0 chr14 106092152 . G A 1893.16 PASS AF=0.992;AO=122;DP=126;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000930374;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.47;QD=60.5811;RBI=0.029003;REFB=-0.0110313;REVB=0.028988;RO=1;SAF=67;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703814;STB=0.503597;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00039366;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:125:1:1:122:124:0.992:55:67:1:0:55:69:1:0 chr14 106109752 . A C 1132.71 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045821;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9199;QD=60.4113;RBI=0.0465477;REFB=0;REVB=0.00819318;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364683;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:74:75:1:45:29:0:0:46:29:0:0 chr14 106110137 . C T 1570.48 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.141;QD=58.7095;RBI=0.034018;REFB=0.0548331;REVB=-0.0191327;RO=1;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102054;STB=0.505375;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000233517;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:46:60:0:1:46:60:0:1 chr14 106110441 . C T 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00338033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.204;QD=12.1432;RBI=0.0250454;REFB=-0.012367;REVB=0.0248162;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00533629;STB=0.512182;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0251036;OID=.;OPOS=106110441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:9:10:17:15:9:10:18:15 chr14 106110914 . G T 2133.11 PASS AF=0.978873;AO=138;DP=142;FAO=139;FDP=142;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0136724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.556;QD=60.0875;RBI=0.0619984;REFB=-0.132684;REVB=0.060472;RO=1;SAF=93;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508521;STB=0.500057;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.000909621;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:142:142:1:3:138:139:0.978873:45:93:1:0:46:93:2:1 chr14 106173790 . A G 382.46 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0208488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7945;QD=52.7532;RBI=0.023286;REFB=0.013407;REVB=0.0103713;RO=1;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206934;STB=0.511103;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.000511713;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:22:6:0:1:22:6:0:1 chr14 106174261 . C G 258.6 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0349064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.167;QD=16.9575;RBI=0.0446211;REFB=-0.0184847;REVB=-0.0277954;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634328;STB=0.525406;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0176528;OID=.;OPOS=106174261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:28:29:0.47541:13:15:15:17:14:15:15:17 chr14 106188230 . C T 115.55 PASS AF=0.296296;AO=15;DP=53;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0243025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.085;QD=8.55941;RBI=0.0273714;REFB=-0.00262437;REVB=-0.012593;RO=38;SAF=4;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233903;STB=0.601858;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0176903;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:38:38:15:16:0.296296:11:4:17:21:11:5:17:21 chr14 106204113 . C T 706.27 PASS AF=0.582609;AO=67;DP=116;FAO=67;FDP=115;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00914938;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.676;QD=24.5658;RBI=0.0129696;REFB=-0.0118624;REVB=0.00919229;RO=47;SAF=31;SAR=36;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120974;STB=0.501827;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00745672;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:47:48:67:67:0.582609:36:31:21:26:36:31:22:26 chr14 106207843 . T C 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0415932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.474;QD=42.7835;RBI=0.0497311;REFB=-0.00654302;REVB=0.0272614;RO=3;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470118;STB=0.525524;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0018194;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:10:12:1:2:10:12:1:2 chr14 106207862 . G C 86.79 PASS AF=0.26087;AO=9;DP=42;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0270589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.978;QD=7.54686;RBI=0.035043;REFB=-0.00847841;REVB=-0.0222671;RO=32;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37524;STB=0.765525;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0346595;OID=.;OPOS=106207862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:42:46:32:34:9:12:0.26087:6:3:21:11:9:3:21:13 chr14 106209119 . T C 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00479827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.068;QD=13.5535;RBI=0.00485241;REFB=-0.0104701;REVB=-0.000722812;RO=40;SAF=20;SAR=7;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171886;STB=0.59888;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0165674;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:7:20:24:16:7:20:24:16 chr14 106209340 . T C,G 743.04 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=50,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181366,0.00101582;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.017,125.4;QD=56.0784;RBI=0.0347476,0.0198224;REFB=0,0;REVB=0.0296388,0.0197964;RO=0;SAF=28,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.15703e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000167962,0.12627;OID=.,.;OPOS=106209340,106209340;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:53:53:0:0:50,2:51,2:0.962264,0.0377358:22,2:28,0:0:0:22,2:29,0:0:0 chr14 106235611 . A T 133.93 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0153545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.777;QD=7.9957;RBI=0.0709294;REFB=-0.0266872;REVB=-0.0692475;RO=43;SAF=8;SAR=11;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185346;STB=0.628925;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0722314;OID=.;OPOS=106235611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:43:48:19:19:0.283582:11:8:25:18:11:8:29:19 chr14 106235766 . GC AT 57.21 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.024501;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.541;QD=3.09248;RBI=0.0259433;REFB=-0.00594481;REVB=-0.0085297;RO=60;SAF=6;SAR=5;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158619;STB=0.62448;STBP=0.445;TYPE=mnp;VARB=0.0478049;OID=.;OPOS=106235766;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:75:74:60:63:11:11:0.148649:5:6:25:35:5:6:25:38 chr14 106236143 . G A 709.88 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=129;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.00564717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.817;QD=21.8423;RBI=0.0188508;REFB=-0.0192934;REVB=0.0179851;RO=60;SAF=37;SAR=32;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115161;STB=0.559094;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0135446;OID=.;OPOS=106236143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:60:61:69:69:0.530769:32:37:24:36:32:37:25:36 chr14 106237624 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0169627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.253;QD=12.8689;RBI=0.0180289;REFB=-0.01585;REVB=0.00610805;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140607;STB=0.583179;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.021366;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:8:8:4:7:8:8 chr14 106237642 . T G 263.01 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00841489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.981;QD=47.8205;RBI=0.00942083;REFB=-0.155938;REVB=-0.00423576;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00128621;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:0:1:8:13:0:1 chr14 106303846 . C T 697.77 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.618;QD=62.0243;RBI=0.033714;REFB=0;REVB=0.0294935;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141113;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:22:23:0:0 chr14 106307418 . G A 542.23 PASS AF=0.432836;AO=57;DP=136;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=0.000787463;FXX=0.0289834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.054;QD=16.186;RBI=0.0229165;REFB=-0.0160632;REVB=0.0229029;RO=74;SAF=28;SAR=29;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117982;STB=0.567141;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0182863;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:74:76:57:58:0.432836:29:28:45:29:29:29:47:29 chr14 106321590 . C A 1237.33 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0189431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.567;QD=58.9202;RBI=0.0655308;REFB=0.0550279;REVB=0.0627331;RO=2;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286756;STB=0.515148;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.000116467;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:32:50:0:2:32:50:0:2 chr14 106321663 . T C 285.63 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0436665;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.524;QD=15.0334;RBI=0.0447102;REFB=-0.0027555;REVB=-0.00960404;RO=40;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10191;STB=0.574277;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00280356;OID=.;OPOS=106321663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:40:44:32:32:0.421053:20:12:19:21:20:12:22:22 chr14 106321913 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.518;QD=52.611;RBI=0.102273;REFB=0;REVB=0.0930389;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010279;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr14 106324349 . C T 181.38 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0756369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.329;QD=42.6778;RBI=0.0756642;REFB=-0.150244;REVB=0.00203185;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826301;STB=0.538413;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0212948;OID=.;OPOS=106324349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:1:1:15:16:0.941176:10:5:1:0:10:6:1:0 chr14 106347371 . T A 11265.2 PASS AF=0.986702;AO=705;DP=725;FAO=742;FDP=752;FR=.;FRO=10;FSAF=327;FSAR=415;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0512117;FXX=0.0131232;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.4135;QD=59.9215;RBI=0.0567965;REFB=-0.0607644;REVB=0.0245601;RO=9;SAF=301;SAR=404;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00777901;STB=0.5046;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000608243;OID=.;OPOS=106347371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:725:752:9:10:705:742:0.986702:404:301:1:8:415:327:1:9 chr14 106347420 . T C 9883.2 PASS AF=1;AO=623;DP=629;FAO=627;FDP=627;FR=.;FRO=0;FSAF=241;FSAR=386;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297229;FXX=0.0141507;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3981;QD=63.0507;RBI=0.0553525;REFB=-0.0830732;REVB=0.0466953;RO=3;SAF=239;SAR=384;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00595666;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126355;OID=.;OPOS=106347420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:629:627:3:0:623:627:1:384:239:3:0:386:241:0:0 chr14 106354418 . G A 2400.38 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.814;QD=61.1561;RBI=0.0543861;REFB=0;REVB=0.0397053;RO=0;SAF=60;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84508e-05;OID=.;OPOS=106354418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:157:0:0:152:157:1:92:60:0:0:94:63:0:0 chr14 106354450 . A G 1076.4 PASS AF=0.85567;AO=79;DP=103;FAO=83;FDP=97;FR=.;FRO=14;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0133186;FXX=0.0761832;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.089;QD=44.3875;RBI=0.0388036;REFB=0.00596815;REVB=0.0364463;RO=14;SAF=35;SAR=44;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117069;STB=0.561179;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00155598;OID=.;OPOS=106354450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:103:97:14:14:79:83:0.85567:44:35:12:2:47:36:12:2 chr14 106354451 . C G 68.02 PASS AF=0.133333;AO=14;DP=105;FAO=14;FDP=105;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=-0.0107347;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.2646;QD=2.59108;RBI=0.0167806;REFB=-0.0163565;REVB=0.0128979;RO=91;SAF=12;SAR=2;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548986;STB=0.87642;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0114969;OID=.;OPOS=106354451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:105:105:91:91:14:14:0.133333:2:12:36:55:2:12:36:55 chr14 106357527 . G C 1017.4 PASS AF=0.453782;AO=104;DP=229;FAO=108;FDP=238;FR=.;FRO=130;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=78;FWDB=-0.0121158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9898;QD=17.0992;RBI=0.0255421;REFB=-0.0184345;REVB=-0.0224856;RO=124;SAF=48;SAR=56;SRF=49;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660159;STB=0.544707;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0252817;OID=.;OPOS=106357527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:238:124:130:104:108:0.453782:56:48:49:75:56:52:52:78 chr14 106359388 . A G 359.22 PASS AF=0.363636;AO=42;DP=119;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.00313603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6769;QD=11.8749;RBI=0.00865977;REFB=-0.0170604;REVB=-0.00807198;RO=76;SAF=23;SAR=19;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184969;STB=0.612195;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0184439;OID=.;OPOS=106359388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:76:77:42:44:0.363636:19:23:29:47:19:25:30:47 chr14 106361515 . C T 336.21 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0363844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.266;QD=28.0177;RBI=0.0389063;REFB=-0.0197126;REVB=-0.0137798;RO=19;SAF=5;SAR=24;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046199;STB=0.525529;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00139572;OID=.;OPOS=106361515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:24:5:4:15:24:5:4:15 chr14 106363843 . C G 70.03 PASS AF=0.109091;AO=18;DP=165;FAO=18;FDP=165;FR=.;FRO=147;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=62;FSRR=85;FWDB=-0.0235877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.699;QD=1.6976;RBI=0.045522;REFB=-0.00358772;REVB=-0.0389343;RO=144;SAF=11;SAR=7;SRF=59;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242516;STB=0.664302;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.018306;OID=.;OPOS=106363843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:165:165:144:147:18:18:0.109091:7:11:59:85:7:11:62:85 chr14 106366544 . G A 355.59 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0149663;FXX=0.0288434;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.338;QD=14.0826;RBI=0.0149675;REFB=-0.0352493;REVB=-0.000188823;RO=58;SAF=20;SAR=21;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770687;STB=0.532414;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0309535;OID=.;OPOS=106366544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:58:60:41:41:0.405941:21:20:24:34:21:20:26:34 chr14 106368526 . C T 761.5 PASS AF=0.213689;AO=123;DP=591;FAO=128;FDP=599;FR=.;FRO=471;FSAF=44;FSAR=84;FSRF=116;FSRR=355;FWDB=0.0548138;FXX=0.00498331;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.917;QD=5.08512;RBI=0.0553095;REFB=-0.00949135;REVB=0.00738833;RO=468;SAF=41;SAR=82;SRF=116;SRR=352;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132785;STB=0.589681;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0368992;OID=.;OPOS=106368526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:591:599:468:471:123:128:0.213689:82:41:116:352:84:44:116:355 chr14 106368542 . T C 555.43 PASS AF=0.196393;AO=90;DP=488;FAO=98;FDP=499;FR=.;FRO=401;FSAF=27;FSAR=71;FSRF=84;FSRR=317;FWDB=-0.02516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.012;QD=4.45238;RBI=0.034797;REFB=-0.013632;REVB=-0.0240376;RO=395;SAF=26;SAR=64;SRF=82;SRR=313;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140607;STB=0.570668;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0394881;OID=.;OPOS=106368542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:488:499:395:401:90:98:0.196393:64:26:82:313:71:27:84:317 chr14 106368544 . G C 576.91 PASS AF=0.204124;AO=99;DP=485;FAO=99;FDP=485;FR=.;FRO=386;FSAF=28;FSAR=71;FSRF=80;FSRR=306;FWDB=-0.0095289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.398;QD=4.75803;RBI=0.021598;REFB=-0.0075425;REVB=-0.0193824;RO=382;SAF=28;SAR=71;SRF=80;SRR=302;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126688;STB=0.579222;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0223835;OID=.;OPOS=106368544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:485:485:382:386:99:99:0.204124:71:28:80:302:71:28:80:306 chr14 106368551 . A G 602.61 PASS AF=0.217778;AO=98;DP=449;FAO=98;FDP=450;FR=.;FRO=352;FSAF=27;FSAR=71;FSRF=71;FSRR=281;FWDB=0.00739056;FXX=0.00221725;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.8;QD=5.35651;RBI=0.00795197;REFB=-0.00256322;REVB=0.00293486;RO=350;SAF=27;SAR=71;SRF=69;SRR=281;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137732;STB=0.577315;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00586397;OID=.;OPOS=106368551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:449:450:350:352:98:98:0.217778:71:27:69:281:71:27:71:281 chr14 106369433 . T C 578.55 PASS AF=0.446043;AO=57;DP=136;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.00349138;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.004;QD=16.649;RBI=0.0302121;REFB=-0.00941437;REVB=0.0300096;RO=76;SAF=38;SAR=19;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967548;STB=0.543464;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00704741;OID=.;OPOS=106369433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:76:77:57:62:0.446043:19:38:44:32:22:40:44:33 chr14 106370370 . C T 418.01 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0143814;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.518;QD=19.6709;RBI=0.0149567;REFB=-0.00110111;REVB=0.00410843;RO=42;SAF=20;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864921;STB=0.541131;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00107061;OID=.;OPOS=106370370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:22:20:16:26:22:20:17:26 chr14 106370603 . G C 470.84 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0271329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3625;QD=55.3929;RBI=0.029819;REFB=-0.0264323;REVB=-0.0123685;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00911947;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:13:20:0:1:13:20:0:1 chr14 106373085 . TT CC 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.000263658;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=146.38;QD=14.2704;RBI=0.0224561;REFB=-0.00376456;REVB=0.0224546;RO=33;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301519;STB=0.517227;STBP=0.851;TYPE=mnp;VARB=0.00570153;OID=.;OPOS=106373085;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:18:6:9:24:18:6:9:24 chr14 106382687 . C T 346.73 PASS AF=0.45679;AO=30;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0237253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8635;QD=17.1227;RBI=0.0276915;REFB=-0.00633577;REVB=-0.0142805;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1314;STB=0.548994;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00962408;OID=.;OPOS=106382687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:44:30:37:0.45679:16:14:12:24:23:14:13:31 chr14 106385332 . G C 1293.21 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0430695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3642;QD=59.4578;RBI=0.0527376;REFB=-0.159462;REVB=-0.0304348;RO=1;SAF=42;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011146;STB=0.511625;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00383938;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:1:2:85:85:0.977011:43:42:1:0:43:42:2:0 chr14 106386996 . T C 518.1 PASS AF=0.440299;AO=56;DP=126;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0132681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3752;QD=15.4657;RBI=0.0601911;REFB=-0.00580339;REVB=-0.0587105;RO=70;SAF=39;SAR=17;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122733;STB=0.560597;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0130197;OID=.;OPOS=106386996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:134:70:75:56:59:0.440299:17:39:41:29:20:39:42:33 chr14 106436495 . A G 275.03 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.021636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.447;QD=15.4944;RBI=0.034155;REFB=-0.0205666;REVB=-0.0264282;RO=40;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040992;STB=0.523146;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.026889;OID=.;OPOS=106436495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:15:16:19:21:15:16:19:21 chr14 106436780 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.701;QD=58.5876;RBI=0.0644372;REFB=0;REVB=0.0568586;RO=0;SAF=28;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298504;OID=.;OPOS=106436780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:5:28:0:0:5:28:0:0 chr14 106452766 . T A 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.028969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.976;QD=18.9135;RBI=0.0339892;REFB=-0.0373923;REVB=0.0177782;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109198;STB=0.560875;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0200493;OID=.;OPOS=106452766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:14:15:11:17:14:15:11:17 chr14 106452817 . A G 246.5 PASS AF=0.402778;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0204037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9574;QD=13.6943;RBI=0.0243243;REFB=-0.03307;REVB=-0.0132424;RO=41;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876129;STB=0.537918;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0377292;OID=.;OPOS=106452817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:43:28:29:0.402778:16:12:21:20:16:13:22:21 chr14 106471268 . A G 724.44 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2762;QD=61.6544;RBI=0.0363451;REFB=0;REVB=0.0302194;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100819;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:1:0:46:47:1:22:24:1:0:22:25:0:0 chr14 106471273 . C T 772.24 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7243;QD=61.7792;RBI=0.0424637;REFB=-0.188407;REVB=0.0247454;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200211;STB=0.510634;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0114494;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:23:26:0:1:23:26:0:1 chr14 106471353 . C T 1397.94 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0180529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1817;QD=61.4479;RBI=0.0326528;REFB=-0.0571802;REVB=-0.0272084;RO=1;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853976;STB=0.504503;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000508486;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:55:34:0:1:55:35:0:1 chr14 106471388 . C A 1325.51 PASS AF=0.978022;AO=87;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0133797;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.378;QD=58.2643;RBI=0.0338589;REFB=-0.0795122;REVB=0.0311032;RO=3;SAF=35;SAR=52;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038891;STB=0.513155;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00047426;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:91:3:2:87:89:0.978022:52:35:3:0:52:37:2:0 chr14 106471437 . G T 30.92 PASS AF=0.0985915;AO=6;DP=70;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=46;FWDB=-0.00187509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.283;QD=1.74174;RBI=0.0115579;REFB=-0.00326729;REVB=-0.0114048;RO=62;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407025;STB=0.838424;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0470878;OID=.;OPOS=106471437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:71:62:64:6:7:0.0985915:2:4:18:44:2:5:18:46 chr14 106471509 . C A 34.28 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0233742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9373;QD=4.15535;RBI=0.0714952;REFB=0.0191682;REVB=0.0675664;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301369;STB=0.705223;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0230869;OID=.;OPOS=106471509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:2:4:11:16:2:4:11:16 chr14 106471528 . C A 313.23 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0571324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9084;QD=50.117;RBI=0.0619863;REFB=-0.0645421;REVB=-0.0240456;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00440302;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:0:1:12:12:0:1 chr14 106471534 . A G 303.96 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672208;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4645;QD=50.6594;RBI=0.0735057;REFB=0;REVB=0.0297396;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017607;OID=.;OPOS=106471534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:24:0:0:19:24:1:8:11:0:0:12:12:0:0 chr14 106471547 . A G 271.81 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5208;QD=51.7723;RBI=0.0942254;REFB=0;REVB=0.0870827;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00688203;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:18:21:1:9:9:0:0:12:9:0:0 chr14 106471685 . G A 232.2 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0460913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.909;QD=23.8153;RBI=0.0467903;REFB=-0.0211839;REVB=0.00805748;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128295;STB=0.558087;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0179044;OID=.;OPOS=106471685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:17:22:22:0.564103:12:10:10:6:12:10:10:7 chr14 106471689 . A C 143.0 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0300826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.137;QD=14.667;RBI=0.0307189;REFB=-0.0150194;REVB=0.00622011;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19448;STB=0.612761;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0312995;OID=.;OPOS=106471689;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:10:13:6:10:10:13 chr14 106478401 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.122;QD=43.4862;RBI=0.0527121;REFB=0;REVB=0.0519814;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231773;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr14 106478513 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.827;QD=60.6095;RBI=0.0416822;REFB=0;REVB=0.02603;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147484;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr14 106478560 . T G 110.78 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.0259408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7004;QD=15.8253;RBI=0.0283641;REFB=-0.0259448;REVB=0.0114715;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352582;STB=0.702497;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0938671;OID=.;OPOS=106478560;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:11:2:0:14:11:2:0:15 chr14 106478563 . G C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=-0.0173211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6252;QD=15.2624;RBI=0.0752594;REFB=-0.0391319;REVB=0.0732391;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381833;STB=0.710318;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0508314;OID=.;OPOS=106478563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:11:2:0:16:11:2:0:16 chr14 106494269 . T C 1543.14 PASS AF=1;AO=82;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.250285;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1163;QD=64.2976;RBI=0.250605;REFB=0;REVB=0.0126541;RO=0;SAF=18;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179406;OID=.;OPOS=106494269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:82:96:1:64:18:0:0:64:32:0:0 chr14 106518418 . A G 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0324794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.98;QD=25.3158;RBI=0.0389414;REFB=-0.0430016;REVB=0.0214831;RO=12;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762501;STB=0.553214;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0262691;OID=.;OPOS=106518418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:13:20:20:0.606061:13:7:3:9:13:7:3:10 chr14 106518848 . T C 181.16 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.115327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.833;QD=16.4686;RBI=0.115728;REFB=0.00464335;REVB=-0.00961878;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592025;STB=0.533945;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0083586;OID=.;OPOS=106518848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:12:13:11:8:12:13 chr14 106539280 . A G 247.93 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0240931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5202;QD=13.968;RBI=0.040671;REFB=-0.00039301;REVB=-0.0327666;RO=40;SAF=10;SAR=19;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261494;STB=0.648677;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000992127;OID=.;OPOS=106539280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:42:29:29:0.408451:19:10:24:16:19:10:25:17 chr14 106552667 . A G 99.39 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0325612;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.312;QD=11.6927;RBI=0.0331199;REFB=-0.0176335;REVB=-0.00605751;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527134;STB=0.538402;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0296181;OID=.;OPOS=106552667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:21:12:13:0.382353:6:6:9:11:6:7:10:11 chr14 106573251 . G A 37.51 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0284363;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.356;QD=7.14556;RBI=0.0362453;REFB=-0.0142841;REVB=-0.0224744;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265793;STB=0.666173;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0282335;OID=.;OPOS=106573251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:11:4:3:3:11:4 chr14 106573662 . A G 157.83 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00166182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7206;QD=16.6132;RBI=0.026218;REFB=0.00585983;REVB=0.0261653;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138256;STB=0.545402;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00683579;OID=.;OPOS=106573662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:21:16:17:0.447368:7:9:14:6:7:10:14:7 chr14 106622076 . G A 150.37 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00939507;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.141;QD=18.2271;RBI=0.0135282;REFB=-0.0124848;REVB=-0.00973364;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415896;STB=0.523779;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0143542;OID=.;OPOS=106622076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:6:11:11:5:6:11 chr14 106622284 . G T 139.27 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0367892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.402;QD=12.6605;RBI=0.0368074;REFB=-0.0158091;REVB=-0.00115744;RO=28;SAF=11;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118055;STB=0.532217;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0262121;OID=.;OPOS=106622284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:28:15:16:0.363636:4:11:18:10:5:11:18:10 chr14 106667592 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.598;QD=50.4129;RBI=0.0789915;REFB=0;REVB=0.0786457;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935997;OID=.;OPOS=106667592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr14 106667786 . T C 69.6 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0295043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3645;QD=16.3759;RBI=0.0309427;REFB=-0.0438422;REVB=-0.00932447;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349937;STB=0.710535;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0273948;OID=.;OPOS=106667786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:1:8:5:3:1:8:5:3 chr14 106733184 . C A 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0144632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.352;QD=21.3874;RBI=0.0149292;REFB=-0.0229996;REVB=0.00370095;RO=26;SAF=13;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556422;STB=0.540516;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0192275;OID=.;OPOS=106733184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:20:13:12:14:20:13:13:14 chr14 106757655 . G A 312.09 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00447067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.792;QD=12.1198;RBI=0.0185126;REFB=-0.0261992;REVB=0.0179647;RO=62;SAF=16;SAR=22;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690897;STB=0.54543;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0336291;OID=.;OPOS=106757655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:62:65:38:38:0.368932:22:16:30:32:22:16:32:33 chr14 106757692 . G A 283.21 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0161429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.206;QD=12.5871;RBI=0.0188541;REFB=-0.0100203;REVB=0.00974072;RO=55;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686343;STB=0.524985;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0176329;OID=.;OPOS=106757692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:57:33:33:0.366667:19:14:20:35:19:14:22:35 chr14 106758084 . T C 436.7 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=0.0111161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5164;QD=18.7827;RBI=0.0186676;REFB=-0.0100724;REVB=0.014997;RO=49;SAF=19;SAR=25;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186468;STB=0.603131;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0153725;OID=.;OPOS=106758084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:25:19:12:37:25:19:12:37 chr14 106780634 . G A 316.63 PASS AF=0.347826;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0202392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.587;QD=11.0131;RBI=0.0217751;REFB=-0.017819;REVB=-0.0080329;RO=75;SAF=19;SAR=21;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660349;STB=0.537975;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0354463;OID=.;OPOS=106780634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:75:75:40:40:0.347826:21:19:40:35:21:19:40:35 chr14 106780801 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0140182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.041;QD=11.1041;RBI=0.0145118;REFB=-0.0192284;REVB=0.00375266;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496025;STB=0.806717;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0161132;OID=.;OPOS=106780801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:4:6:1:6:4:6 chr14 106780817 . A C 175.6 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.156;QD=46.8263;RBI=0.0676912;REFB=0;REVB=-0.00797857;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683988;OID=.;OPOS=106780817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:6:6:0:0:6:9:0:0 chr14 106780956 . AG A 439.83 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0983954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.1808;QD=42.9104;RBI=0.100702;REFB=0;REVB=-0.0214299;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0032495;OID=.;OPOS=106780957;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:41:41:41:0:14:27:0:0:8:0:13:26:0:0 chr14 106791119 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.606;QD=55.0973;RBI=0.0657753;REFB=0;REVB=0.0259861;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116164;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:17:9:0:0 chr14 106791200 . GC AG 105.34 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.013516;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.892;QD=30.0973;RBI=0.017748;REFB=-0.016654;REVB=0.0115026;RO=3;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286464;STB=0.516099;STBP=0.964;TYPE=mnp;VARB=0.00429134;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:14:3:3:11:11:0.785714:8:3:1:2:8:3:1:2 chr14 106815944 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.602;QD=35.5759;RBI=0.0307594;REFB=0;REVB=0.00784755;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181289;OID=.;OPOS=106815944;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr14 106866565 . C A 409.37 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.045526;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.41;QD=15.5952;RBI=0.0475529;REFB=-0.0206624;REVB=0.0137352;RO=57;SAF=16;SAR=30;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198703;STB=0.621248;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0371777;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:57:59:46:46:0.438095:30:16:31:26:30:16:33:26 chr14 106877551 . A C 645.57 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2203;QD=61.4832;RBI=0.0905806;REFB=0;REVB=0.0782172;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122068;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:35:42:1:21:14:0:0:24:18:0:0 chr14 106993886 . A G 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00901984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.418;QD=4.28947;RBI=0.017172;REFB=-0.00528415;REVB=0.0146124;RO=30;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588697;STB=0.884914;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0166098;OID=.;OPOS=106993886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:39:30:32:7:7:0.179487:6:1:20:10:6:1:21:11 chr14 106993945 . T C 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00162751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7165;QD=7.86309;RBI=0.0382963;REFB=-0.0216493;REVB=0.0382617;RO=33;SAF=3;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389887;STB=0.732937;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0301848;OID=.;OPOS=106993945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:33:34:12:12:0.26087:9:3:19:14:9:3:19:15 chr14 106994009 . GCT ACT,TTC 105.97 PASS AF=0,0.371429;AO=2,11;DP=34;FAO=0,13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=0,5;FSAR=0,8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.223841,0.000686779;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=52.0436,191.24;QD=12.1112;RBI=0.223841,0.0106422;REFB=-0.0241273,-0.0301989;REVB=-1.30543e-05,0.01062;RO=18;SAF=2,3;SAR=0,8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.499987,-0.307581;STB=0.5,0.65494;STBP=1,0.187;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0773182,0.0393546;OID=.,.;OPOS=106994009,106994009;OREF=G,GCT;OALT=A,TTC;OMAPALT=ACT,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:34:35:18:22:2,11:0,13:0,0.371429:0,8:2,3:10:8:0,8:0,5:14:8 chr14 106994015 . G A 108.62 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0151541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.361;QD=13.5771;RBI=0.0154557;REFB=-0.0313692;REVB=0.0030386;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247318;STB=0.644331;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0170855;OID=.;OPOS=106994015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:12:7:8:5:12:7 chr14 106994063 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0176372;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264;QD=19.646;RBI=0.0218729;REFB=-0.0233322;REVB=0.0129365;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214898;STB=0.622427;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0106852;OID=.;OPOS=106994063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:6:2:6:5:6:2 chr14 107013129 . A C 74.23 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0229657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1562;QD=10.2385;RBI=0.0407018;REFB=-2.12161e-05;REVB=-0.0336038;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167346;STB=0.621967;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00379425;OID=.;OPOS=107013129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:7:3:8:10:7:3:9:10 chr14 107013201 . G T 35.82 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0028547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.013;QD=7.5416;RBI=0.00612837;REFB=-0.0137253;REVB=-0.00542287;RO=13;SAF=2;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31445;STB=0.631171;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0267331;OID=.;OPOS=107013201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:18:19:13:13:5:6:0.315789:3:2:9:4:3:3:9:4 chr14 107034981 . G C 216.84 PASS AF=0.469388;AO=20;DP=47;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0553472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.6391;QD=17.7015;RBI=0.0553583;REFB=-0.00674274;REVB=0.0011112;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236049;STB=0.514376;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00735161;OID=.;OPOS=107034981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:26:26:20:23:0.469388:8:12:15:11:10:13:14:12 chr14 107035106 . G T 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0292535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1235;QD=16.9792;RBI=0.0455343;REFB=0.00573602;REVB=-0.0348942;RO=29;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286041;STB=0.516117;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00678264;OID=.;OPOS=107035106;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:16:10:12:17:16:10:12:17 chr14 107078567 . T C 770.15 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559931;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.956;QD=64.179;RBI=0.0589474;REFB=0;REVB=0.0184273;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.62675e-05;OID=.;OPOS=107078567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:35:13:0:0:35:13:0:0 chr14 107078790 . C T 1007.84 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0494624;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.38;QD=57.591;RBI=0.077989;REFB=-0.119554;REVB=0.0602971;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141074;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000477176;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:35:33:1:0:35:34:1:0 chr14 107095326 . C T 2235.54 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.654;QD=63.4197;RBI=0.0782323;REFB=0;REVB=0.00430304;RO=0;SAF=39;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119863;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:102:39:0:0:102:39:0:0 chr14 107170005 . T C 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.686;QD=56.936;RBI=0.049854;REFB=0;REVB=0.0109693;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222337;OID=.;OPOS=107170005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr14 107170219 . C G 94.45 PASS AF=0.55;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00367356;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.645;QD=18.8895;RBI=0.0131064;REFB=-0.00413017;REVB=0.012581;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335498;STB=0.689958;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0035331;OID=.;OPOS=107170219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:9:9:11:11:0.55:6:5:8:1:6:5:8:1 chr14 107178832 . A G 1624.28 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7665;QD=60.1587;RBI=0.0736546;REFB=0;REVB=-0.0735049;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373087;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:60:48:0:0:60:48:0:0 chr14 107259405 . C G 147.28 PASS AF=0.3125;AO=19;DP=63;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0234624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.456;QD=9.20527;RBI=0.0331167;REFB=-0.0428174;REVB=-0.0233717;RO=43;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211505;STB=0.611003;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.11595;OID=.;OPOS=107259405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:43:44:19:20:0.3125:8:11:17:26:9:11:17:27 chr14 107282852 . T C 34.92 PASS AF=0.0710383;AO=13;DP=181;FAO=13;FDP=183;FR=.;FRO=170;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=84;FSRR=86;FWDB=-0.0283936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.109;QD=0.763327;RBI=0.0381271;REFB=-0.00105001;REVB=-0.0254456;RO=167;SAF=3;SAR=10;SRF=82;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290862;STB=0.7509;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0173958;OID=.;OPOS=107282852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:181:183:167:170:13:13:0.0710383:10:3:82:85:10:3:84:86 chr14 107282859 . G A 32.05 PASS AF=0.0722222;AO=13;DP=180;FAO=13;FDP=180;FR=.;FRO=167;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=80;FSRR=87;FWDB=0.0372223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9177;QD=0.712151;RBI=0.0453431;REFB=-0.00921199;REVB=-0.025894;RO=166;SAF=4;SAR=9;SRF=79;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188258;STB=0.662902;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.129388;OID=.;OPOS=107282859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:180:180:166:167:13:13:0.0722222:9:4:79:87:9:4:80:87 chr14 107282872 . T A 46.16 PASS AF=0.0864198;AO=14;DP=162;FAO=14;FDP=162;FR=.;FRO=148;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=0.00540103;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.648;QD=1.13966;RBI=0.0144826;REFB=-0.00429021;REVB=-0.0134378;RO=147;SAF=3;SAR=11;SRF=72;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326831;STB=0.759284;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0358699;OID=.;OPOS=107282872;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:162:162:147:148:14:14:0.0864198:11:3:72:75:11:3:72:76 chr14 107282909 . T C 63.32 PASS AF=0.107383;AO=16;DP=149;FAO=16;FDP=149;FR=.;FRO=133;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=76;FWDB=-0.0206261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0615;QD=1.69988;RBI=0.0213612;REFB=0.00218787;REVB=0.00555597;RO=132;SAF=5;SAR=11;SRF=56;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14329;STB=0.610421;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0246312;OID=.;OPOS=107282909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:149:149:132:133:16:16:0.107383:11:5:56:76:11:5:57:76 chr14 107282926 . A T 66.13 PASS AF=0.115108;AO=16;DP=138;FAO=16;FDP=139;FR=.;FRO=123;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=73;FWDB=0.0141122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.083;QD=1.90315;RBI=0.0233633;REFB=-0.00385549;REVB=-0.0186196;RO=121;SAF=5;SAR=11;SRF=50;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131873;STB=0.590127;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0237871;OID=.;OPOS=107282926;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:138:139:121:123:16:16:0.115108:11:5:50:71:11:5:50:73 chr14 107282935 . A T 61.89 PASS AF=0.114504;AO=15;DP=132;FAO=15;FDP=131;FR=.;FRO=116;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=70;FWDB=-0.0241018;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9196;QD=1.88972;RBI=0.0285405;REFB=-0.00569654;REVB=-0.0152861;RO=112;SAF=5;SAR=10;SRF=45;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089536;STB=0.560357;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0429966;OID=.;OPOS=107282935;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:132:131:112:116:15:15:0.114504:10:5:45:67:10:5:46:70 chr14 107282973 . G C 54.94 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=-0.0258124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.468;QD=2.81751;RBI=0.0277791;REFB=-0.00193204;REVB=0.0102664;RO=66;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624474;STB=0.54772;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0124096;OID=.;OPOS=107282973;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:66:67:11:11:0.141026:7:4:21:45:7:4:21:46 chr14 107282988 . C G 33.94 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0183614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.039;QD=2.15505;RBI=0.0184637;REFB=0.00634777;REVB=0.00194143;RO=56;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942753;STB=0.5727;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0217879;OID=.;OPOS=107282988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:56:56:7:7:0.111111:5:2:20:36:5:2:20:36 chr15 20170150 . C T 184.29 PASS AF=0.434783;AO=18;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0102262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.312;QD=16.0254;RBI=0.0103154;REFB=-0.00376013;REVB=0.00135398;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364109;STB=0.5135;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00622615;OID=.;OPOS=20170150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:26:18:20:0.434783:7:11:15:11:8:12:15:11 chr15 20362818 . G T 180.91 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0778547;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8126;QD=22.6141;RBI=0.0780658;REFB=-0.0481364;REVB=0.00573629;RO=15;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059041;STB=0.545403;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0318942;OID=.;OPOS=20362818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:14:18:18:0.5625:12:6:6:9:12:6:6:8 chr15 20462585 . A G 388.35 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00932034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.401;QD=15.0815;RBI=0.0113159;REFB=-0.0250265;REVB=-0.0064172;RO=59;SAF=18;SAR=26;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102396;STB=0.557614;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0348664;OID=.;OPOS=20462585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:44:44:0.427184:26:18:30:29:26:18:30:29 chr15 20462603 . G T 164.42 PASS AF=0.232143;AO=26;DP=112;FAO=26;FDP=112;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.000944087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.789;QD=5.87227;RBI=0.0172375;REFB=0.00467034;REVB=0.0172116;RO=85;SAF=17;SAR=9;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271361;STB=0.661761;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00908635;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:85:86:26:26:0.232143:9:17:37:48:9:17:38:48 chr15 20476942 . C T 896.07 PASS AF=0.481481;AO=90;DP=189;FAO=91;FDP=189;FR=.;FRO=98;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.0387845;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.901;QD=18.9645;RBI=0.0454095;REFB=-0.0112406;REVB=-0.0236174;RO=98;SAF=46;SAR=44;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184339;STB=0.513026;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0123603;OID=.;OPOS=20476942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:98:98:90:91:0.481481:44:46:52:46:45:46:52:46 chr15 20645827 . A G 41.56 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=55;FWDB=0.0474451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.38;QD=2.18754;RBI=0.0584235;REFB=-0.00771961;REVB=-0.034092;RO=66;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759463;STB=0.558438;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0347505;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:66:67:9:9:0.118421:7:2:12:54:7:2:12:55 chr15 20874846 . G A 606.37 PASS AF=0.274448;AO=88;DP=318;FAO=87;FDP=317;FR=.;FRO=230;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=118;FSRR=112;FWDB=-0.0168297;FXX=0.00937471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1926;QD=7.65138;RBI=0.0187092;REFB=-0.00584647;REVB=0.00817284;RO=227;SAF=41;SAR=47;SRF=118;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662634;STB=0.538654;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0105066;OID=.;OPOS=20874846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:317:227:230:88:87:0.274448:47:41:118:109:47:40:118:112 chr15 20874863 . T C 66.58 PASS AF=0.075;AO=27;DP=360;FAO=27;FDP=360;FR=.;FRO=333;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=169;FSRR=164;FWDB=-0.00678492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.967;QD=0.739723;RBI=0.00708381;REFB=-0.00132942;REVB=-0.00203597;RO=332;SAF=18;SAR=9;SRF=168;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18319;STB=0.649044;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0185663;OID=.;OPOS=20874863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:360:360:332:333:27:27:0.075:9:18:168:164:9:18:169:164 chr15 20874897 . A G 4222.56 PASS AF=0.783133;AO=324;DP=415;FAO=325;FDP=415;FR=.;FRO=90;FSAF=164;FSAR=161;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.0506675;FXX=0.00240379;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.528;QD=40.6994;RBI=0.0575574;REFB=-0.0435326;REVB=0.0273067;RO=90;SAF=164;SAR=160;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00202473;STB=0.501409;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0117818;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:415:90:90:324:325:0.783133:160:164:46:44:161:164:46:44 chr15 20876515 . A G 2766.51 PASS AF=0.880531;AO=197;DP=226;FAO=199;FDP=226;FR=.;FRO=27;FSAF=100;FSAR=99;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0419633;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.513;QD=48.9647;RBI=0.0564818;REFB=-0.0415236;REVB=0.0378057;RO=26;SAF=99;SAR=98;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793603;STB=0.506337;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00434443;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:26:27:197:199:0.880531:98:99:14:12:99:100:15:12 chr15 22016194 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0170102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.991;QD=20.8932;RBI=0.0325926;REFB=-0.00584685;REVB=-0.0278016;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459658;STB=0.526264;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00267047;OID=.;OPOS=22016194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:4:2:4:6:4:2 chr15 22368862 . G A 412.16 PASS AF=0.365672;AO=49;DP=134;FAO=49;FDP=134;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0145598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6127;QD=12.3033;RBI=0.0187466;REFB=-0.0110447;REVB=-0.0118087;RO=84;SAF=18;SAR=31;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111392;STB=0.560394;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0204929;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:84:85:49:49:0.365672:31:18:39:45:31:18:39:46 chr15 22368905 . G A 165.52 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0011216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.242;QD=9.73664;RBI=0.0028623;REFB=-0.0171341;REVB=0.0026334;RO=46;SAF=7;SAR=15;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193411;STB=0.614299;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0208771;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:15:7:22:24:15:7:22:24 chr15 22369248 . T C 548.87 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.024;QD=59.3368;RBI=0.0722771;REFB=0;REVB=0.0690627;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253887;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr15 22369290 . A G 192.86 PASS AF=0.324675;AO=24;DP=76;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.023672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3838;QD=10.0188;RBI=0.0380245;REFB=0.00022336;REVB=0.0297573;RO=52;SAF=12;SAR=12;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223499;STB=0.526459;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00020263;OID=.;OPOS=22369290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:52:52:24:25:0.324675:12:12:25:27:12:13:25:27 chr15 22369426 . G A 316.19 PASS AF=0.285714;AO=42;DP=147;FAO=42;FDP=147;FR=.;FRO=105;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=63;FSRR=42;FWDB=-0.0224127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.606;QD=8.6038;RBI=0.0269804;REFB=-0.00576489;REVB=-0.0150204;RO=103;SAF=21;SAR=21;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111677;STB=0.571395;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0191091;OID=.;OPOS=22369426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:103:105:42:42:0.285714:21:21:61:42:21:21:63:42 chr15 22382655 . A C 112.16 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.000735575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3599;QD=8.46503;RBI=0.00970546;REFB=-0.0152119;REVB=0.00967755;RO=35;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106162;STB=0.503222;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0487434;OID=.;OPOS=22382655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:38:15:15:0.283019:11:4:7:28:11:4:10:28 chr15 22382704 . G C 140.91 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0514299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4657;QD=13.4201;RBI=0.0518447;REFB=-0.0391095;REVB=-0.00654519;RO=26;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708092;STB=0.541612;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0625451;OID=.;OPOS=22382704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:13:3:6:20:13:3:6:20 chr15 22382728 . C T 33.26 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0251368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9805;QD=3.24513;RBI=0.0488555;REFB=-0.0169193;REVB=-0.0418927;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496896;STB=0.8516;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0442101;OID=.;OPOS=22382728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:5:1:21:14:5:1:21:14 chr15 22382739 . A G 565.36 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0117968;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.667;QD=53.8441;RBI=0.0289254;REFB=-0.119086;REVB=0.0264105;RO=2;SAF=27;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020432;STB=0.529396;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000923731;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:2:3:39:39:0.928571:12:27:1:1:12:27:1:2 chr15 22382821 . G C 148.88 PASS AF=0.208333;AO=25;DP=120;FAO=25;FDP=120;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=-0.0398937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.699;QD=4.9625;RBI=0.0410603;REFB=-0.0117604;REVB=0.009718;RO=94;SAF=18;SAR=7;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18755;STB=0.62333;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0327414;OID=.;OPOS=22382821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:94:95:25:25:0.208333:7:18:55:39:7:18:55:40 chr15 22382897 . A G 620.72 PASS AF=0.356808;AO=76;DP=214;FAO=76;FDP=213;FR=.;FRO=137;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=86;FSRR=51;FWDB=-0.0403067;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0484;QD=11.6567;RBI=0.0897219;REFB=-0.0089147;REVB=-0.0801585;RO=137;SAF=32;SAR=44;SRF=86;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230472;STB=0.630676;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.014368;OID=.;OPOS=22382897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:137:137:76:76:0.356808:44:32:86:51:44:32:86:51 chr15 22383064 . C A 199.87 PASS AF=0.268519;AO=29;DP=109;FAO=29;FDP=108;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.00186374;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7317;QD=7.40259;RBI=0.00467762;REFB=-0.00143476;REVB=0.0042903;RO=79;SAF=13;SAR=16;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247141;STB=0.51479;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00550967;OID=.;OPOS=22383064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:79:79:29:29:0.268519:16:13:37:42:16:13:37:42 chr15 22383066 . A G 688.3 PASS AF=0.601852;AO=65;DP=108;FAO=65;FDP=108;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0098435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8688;QD=25.4928;RBI=0.0142068;REFB=0.00662196;REVB=-0.010244;RO=43;SAF=32;SAR=33;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540217;STB=0.529369;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0101155;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:43:43:65:65:0.601852:33:32:18:25:33:32:18:25 chr15 22383189 . G A 146.94 PASS AF=0.221154;AO=23;DP=104;FAO=23;FDP=104;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0409769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.237;QD=5.65148;RBI=0.0460264;REFB=-0.00833575;REVB=0.0209602;RO=81;SAF=13;SAR=10;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590192;STB=0.536615;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0306643;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:81:81:23:23:0.221154:10:13:42:39:10:13:42:39 chr15 22383482 . GA G 441.17 PASS AF=0.772727;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00199515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.97;QD=40.1063;RBI=0.0128053;REFB=0.000907481;REVB=-0.012649;RO=11;SAF=17;SAR=17;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615487;STB=0.522714;STBP=0.606;TYPE=del;VARB=-0.000252485;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.772727:34:45:34:44:10:17:17:6:4:69:11:17:17:7:4 chr15 22413700 . A G 851.12 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00942838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6914;QD=57.7031;RBI=0.0461306;REFB=0;REVB=-0.0451568;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000599419;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr15 22413825 . C T 598.82 PASS AF=0.359606;AO=73;DP=203;FAO=73;FDP=203;FR=.;FRO=130;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=-0.0240126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.975;QD=11.7994;RBI=0.0844182;REFB=-0.0117905;REVB=-0.080931;RO=130;SAF=39;SAR=34;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645185;STB=0.536687;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0215051;OID=.;OPOS=22413825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:130:130:73:73:0.359606:34:39:62:68:34:39:62:68 chr15 22413954 . C T 360.32 PASS AF=0.260204;AO=51;DP=197;FAO=51;FDP=196;FR=.;FRO=145;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=71;FSRR=74;FWDB=-0.00892055;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.126;QD=7.35353;RBI=0.0358276;REFB=-0.0105993;REVB=0.0346993;RO=143;SAF=21;SAR=30;SRF=71;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105925;STB=0.558229;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0316643;OID=.;OPOS=22413954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:143:145:51:51:0.260204:30:21:71:72:30:21:71:74 chr15 22414005 . C T 271.75 PASS AF=0.242775;AO=41;DP=173;FAO=42;FDP=173;FR=.;FRO=131;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=72;FSRR=59;FWDB=-0.000542383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.223;QD=6.28329;RBI=0.0039056;REFB=-0.0117731;REVB=0.00386776;RO=131;SAF=19;SAR=22;SRF=71;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986191;STB=0.573233;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0344573;OID=.;OPOS=22414005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:131:131:41:42:0.242775:22:19:71:60:23:19:72:59 chr15 22414190 . T C 182.5 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=93;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00471711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1166;QD=7.84954;RBI=0.0765176;REFB=-0.00764256;REVB=0.076372;RO=68;SAF=11;SAR=14;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375469;STB=0.522551;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0230715;OID=.;OPOS=22414190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:68:68:25:25:0.268817:14:11:32:36:14:11:32:36 chr15 22440297 . A G 378.53 PASS AF=0.680851;AO=29;DP=44;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0571388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0129;QD=32.2153;RBI=0.0640233;REFB=-0.0552587;REVB=0.0288815;RO=14;SAF=10;SAR=19;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540364;STB=0.519823;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0220059;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:14:15:29:32:0.680851:19:10:6:8:19:13:7:8 chr15 22440322 . A G 356.02 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0128254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.324;QD=30.2996;RBI=0.0200713;REFB=-0.00790461;REVB=0.0154391;RO=17;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259528;STB=0.501424;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00269194;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:16:14:8:9:16:14:8:9 chr15 22440816 . A G 771.26 PASS AF=0.666667;AO=64;DP=96;FAO=64;FDP=96;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0256992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.784;QD=32.1358;RBI=0.0403958;REFB=-0.0644253;REVB=-0.0311669;RO=31;SAF=21;SAR=43;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489492;STB=0.530134;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0232005;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:31:32:64:64:0.666667:43:21:8:23:43:21:8:24 chr15 22448405 . C T 72.97 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00536797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.294;QD=9.12182;RBI=0.00768208;REFB=-0.00581543;REVB=-0.00549538;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212501;STB=0.629375;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0179858;OID=.;OPOS=22448405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:13:9:6:4:13:9 chr15 22448436 . G A 102.68 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00654765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.606;QD=7.08107;RBI=0.0241738;REFB=-0.000500916;REVB=0.0232701;RO=43;SAF=5;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219374;STB=0.63511;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00247399;OID=.;OPOS=22448436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:10:5:22:21:10:5:22:21 chr15 22840279 . G T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0147887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.21;QD=15.5715;RBI=0.021327;REFB=-0.0451937;REVB=0.0153667;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268832;STB=0.65597;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0350319;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:8:4:7:4:8:4 chr15 22873784 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0209132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.322;QD=21.6131;RBI=0.0344263;REFB=-0.0384487;REVB=-0.0273461;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287827;STB=0.516116;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0239367;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:16:8:7:16:16:8:7:16 chr15 22926229 . G A 140.06 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0148171;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2032;QD=12.4495;RBI=0.0382079;REFB=-0.00606885;REVB=-0.0352179;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945386;STB=0.555487;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00928089;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:29:29:16:16:0.355556:8:8:12:17:8:8:12:17 chr15 23052632 . T C 219.6 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0210298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.163;QD=17.5677;RBI=0.0345229;REFB=-0.00616802;REVB=0.0273785;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103197;STB=0.558881;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00687436;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:14:8:13:15:14:8:13:15 chr15 23059394 . C T 312.92 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111457;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.2476;QD=54.4203;RBI=0.0449179;REFB=0;REVB=0.0435131;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180003;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr15 23098401 . C T 158.89 PASS AF=0.23301;AO=24;DP=103;FAO=24;FDP=103;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=25;FWDB=-0.00318607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.118;QD=6.1703;RBI=0.00399808;REFB=-0.00884451;REVB=-0.00241527;RO=79;SAF=19;SAR=5;SRF=54;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17542;STB=0.609526;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0358238;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:79:79:24:24:0.23301:5:19:54:25:5:19:54:25 chr15 23098449 . C T 410.66 PASS AF=0.33125;AO=52;DP=159;FAO=53;FDP=160;FR=.;FRO=107;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=76;FSRR=31;FWDB=0.0121105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.834;QD=10.2665;RBI=0.0149692;REFB=-0.010992;REVB=0.00879845;RO=105;SAF=38;SAR=14;SRF=75;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239505;STB=0.521537;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0217527;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:105:107:52:53:0.33125:14:38:75:30:14:39:76:31 chr15 23098502 . CG CT,TC 146.47 PASS AF=0.151832,0;AO=26,8;DP=199;FAO=29,0;FDP=191;FR=.,HEALED;FRO=162;FSAF=18,0;FSAR=11,0;FSRF=103;FSRR=59;FWDB=-0.0116795,-0.0224849;FXX=0.0255089;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=150.733,26.4404;QD=3.06741;RBI=0.0647084,0.0655517;REFB=-0.0072754,-0.0203199;REVB=0.0636457,0.0615748;RO=134;SAF=17,8;SAR=9,0;SRF=84;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0373818,0.459216;STB=0.513692,0.5;STBP=0.882,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0176761,0;OID=.,.;OPOS=23098503,23098502;OREF=G,CG;OALT=T,TC;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:191:134:162:26,8:29,0:0.151832,0:9,0:17,8:84:50:11,0:18,0:103:59 chr15 23098518 . G A 131.71 PASS AF=0.142857;AO=28;DP=196;FAO=28;FDP=196;FR=.;FRO=168;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=107;FSRR=61;FWDB=0.000871993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9687;QD=2.68798;RBI=0.0414069;REFB=-0.0101695;REVB=0.0413977;RO=166;SAF=19;SAR=9;SRF=107;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482115;STB=0.539744;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0590349;OID=.;OPOS=23098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:166:168:28:28:0.142857:9:19:107:59:9:19:107:61 chr15 23099355 . G C 444.49 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00702238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5793;QD=52.2933;RBI=0.0278989;REFB=-0.0601824;REVB=0.0270007;RO=2;SAF=19;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133849;STB=0.507808;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00492042;OID=.;OPOS=23099355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:2:2:31:32:0.941176:12:19:1:1:12:20:1:1 chr15 23158339 . G C 1462.14 PASS AF=0.905983;AO=105;DP=116;FAO=106;FDP=117;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=73;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0253549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8112;QD=49.9876;RBI=0.064435;REFB=0.00260692;REVB=-0.0592368;RO=11;SAF=33;SAR=72;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11775;STB=0.562432;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00181862;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:116:117:11:11:105:106:0.905983:72:33:10:1:73:33:10:1 chr15 23259835 . C T 74.88 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.2234;QD=37.4381;RBI=0.0989671;REFB=0;REVB=0.0989671;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00842569;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr15 23261950 . A G 289.27 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8808;QD=52.5944;RBI=0.022572;REFB=0;REVB=-0.00879401;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000854886;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr15 23326356 . G C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0135665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.598;QD=16.2717;RBI=0.0244745;REFB=0.00756398;REVB=0.0203703;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607709;STB=0.534838;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00782533;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:13:5:5:10:13:5 chr15 23686598 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9963;QD=46.846;RBI=0.0494273;REFB=0;REVB=-0.0466368;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000926171;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:2:13:0:0:2:13:0:0 chr15 23687176 . C T 90.75 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.073623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.564;QD=8.06669;RBI=0.0753144;REFB=-0.00529529;REVB=0.0158719;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816666;STB=0.550477;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0205753;OID=.;OPOS=23687176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:5:7:17:16:5:7:17:16 chr15 23687214 . C G 923.17 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416557;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7057;QD=58.6139;RBI=0.0433265;REFB=0;REVB=-0.0119157;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248903;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr15 23688944 . A G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7231;QD=57.3824;RBI=0.00963635;REFB=0;REVB=-0.00912106;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.61997e-05;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr15 23690543 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.41;QD=42.1821;RBI=0.018999;REFB=0;REVB=-0.0147247;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000440202;OID=.;OPOS=23690543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:9:1:0:0:9:2:0:0 chr15 23812542 . AGGGGC AGGGC,AGGGCG 32.87 PASS AF=0.142857,0;AO=24,5;DP=120;FAO=17,0;FDP=119;FR=.;FRO=102;FSAF=5,0;FSAR=12,0;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=-0.00731621,0.0199341;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.7782,69.9979;QD=1.10472;RBI=0.106396,0.0548907;REFB=-0.103484,-0.00993885;REVB=-0.106144,-0.0511431;RO=83;SAF=6,0;SAR=18,5;SRF=52;SRR=31;SSEN=0.492063,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.457447,-0.559582;STB=0.715991,0.5;STBP=0.067,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.164907,0;OID=.,.;OPOS=23812543,23812546;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=AGGGC,AGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857,0:24,5:120:17,0:119:102:5,0:12,0:56:46:33:83:6,0:18,5:52:31 chr15 23889033 . G T 133.91 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415896;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.75;QD=44.6371;RBI=0.041981;REFB=0;REVB=-0.00571916;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000412716;OID=.;OPOS=23889033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:9:3:0:0 chr15 23931507 . G A 206.88 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00704272;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.059;QD=17.2402;RBI=0.013066;REFB=-0.0113992;REVB=-0.0110055;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275867;STB=0.666508;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0106382;OID=.;OPOS=23931507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:27:21:21:0.4375:14:7:15:9:14:7:17:10 chr15 24921771 . G C 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00639855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6919;QD=16.6182;RBI=0.00976881;REFB=0.0302775;REVB=-0.00738161;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978278;STB=0.555507;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.0416092;OID=.;OPOS=24921771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:13:15:10:13:13:15 chr15 25307562 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.882;QD=63.2868;RBI=0.0297799;REFB=0;REVB=0.0101352;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7266e-05;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr15 25330550 . T A 194.93 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00498302;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.666;QD=15.2889;RBI=0.00541176;REFB=-0.028229;REVB=0.00211107;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319104;STB=0.673091;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.023398;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:7:15:10:18:7:15:11:18 chr15 25423956 . C T 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.891;QD=56.9507;RBI=0.0241944;REFB=0;REVB=0.0198001;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65914e-05;OID=.;OPOS=25423956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr15 25425643 . C T 732.63 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.765;QD=55.2925;RBI=0.0609729;REFB=0;REVB=0.044252;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246816;OID=.;OPOS=25425643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:49:53:1:18:31:0:0:22:31:0:0 chr15 25427566 . G A 233.4 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.000109911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3733;QD=16.9745;RBI=0.0279573;REFB=-0.00606507;REVB=0.0279571;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807452;STB=0.54542;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0065455;OID=.;OPOS=25427566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:13:13:17:12:13:13:17:12 chr15 25429458 . A G 562.88 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0492864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.641;QD=57.7308;RBI=0.0492986;REFB=-0.0298831;REVB=-0.00109542;RO=1;SAF=25;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183767;STB=0.509799;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00299835;OID=.;OPOS=25429458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:13:25:1:0:13:25:1:0 chr15 25434642 . C T 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.115;QD=56.0104;RBI=0.0355147;REFB=-0.105306;REVB=-0.0328354;RO=1;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198968;STB=0.510632;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00469697;OID=.;OPOS=25434642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:23:11:0:1:23:11:0:1 chr15 25438493 . A G 1263.5 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8129;QD=61.6341;RBI=0.0273176;REFB=0;REVB=-0.00316979;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18816e-05;OID=.;OPOS=25438493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:37:45:0:0:37:45:0:0 chr15 25961964 . A G 1078.14 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.269;QD=59.8965;RBI=0.0319485;REFB=0;REVB=0.0315797;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08611e-05;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:34:37:0:0:35:37:0:0 chr15 26327367 . G C 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00469009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.492;QD=4.70089;RBI=0.0047203;REFB=-0.00564652;REVB=-0.000533165;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394071;STB=0.751301;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0157419;OID=.;OPOS=26327367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:3:4:7:22:3:4:7:22 chr15 26327375 . C T 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00928832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.186;QD=4.70056;RBI=0.0162942;REFB=-0.000594191;REVB=-0.0133877;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338405;STB=0.726722;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00360492;OID=.;OPOS=26327375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:28:29:7:7:0.194444:3:4:8:20:3:4:8:21 chr15 26327466 . C T 92.91 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.00317055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.327;QD=7.01188;RBI=0.012039;REFB=-0.00450387;REVB=-0.011614;RO=40;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237111;STB=0.644577;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0133086;OID=.;OPOS=26327466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:7:6:11:29:7:6:11:29 chr15 26887693 . A T 273.42 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00109607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.009;QD=12.7172;RBI=0.0174837;REFB=-0.0125416;REVB=0.0174494;RO=52;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287849;STB=0.52707;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0184092;OID=.;OPOS=26887693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:54:32:32:0.372093:17:15:23:29:17:15:23:31 chr15 27017536 . G A 702.02 PASS AF=0.511111;AO=69;DP=135;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.00429226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.918;QD=20.8006;RBI=0.0119766;REFB=-0.0327782;REVB=0.011181;RO=64;SAF=41;SAR=28;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000410998;STB=0.501668;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0273687;OID=.;OPOS=27017536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:64:66:69:69:0.511111:28:41:38:26:28:41:39:27 chr15 27018797 . G A 123.8 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.00139479;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.239;QD=8.68787;RBI=0.0256952;REFB=-0.017261;REVB=-0.0256573;RO=40;SAF=12;SAR=5;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103377;STB=0.56129;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0405386;OID=.;OPOS=27018797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:5:12:31:9:5:12:31:9 chr15 27122774 . C T 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00403959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.251;QD=24.3822;RBI=0.0221582;REFB=-0.00326615;REVB=-0.0217869;RO=21;SAF=19;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189396;STB=0.605917;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00363354;OID=.;OPOS=27122774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:7:19:11:10:7:19:11:10 chr15 27182357 . T C 822.12 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.942;QD=54.8082;RBI=0.0210582;REFB=-0.0244891;REVB=0.0102418;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192485;STB=0.510201;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000189354;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:34:24:1:0:35:24:1:0 chr15 27185073 . C T 322.7 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0507769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3759;QD=14.1846;RBI=0.0534253;REFB=-0.00248496;REVB=-0.0166126;RO=55;SAF=28;SAR=8;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167598;STB=0.596157;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00582283;OID=.;OPOS=27185073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:8:28:36:19:8:28:36:19 chr15 27772676 . C T 670.69 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=135;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0255949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.47;QD=19.8724;RBI=0.0283212;REFB=0.000923197;REVB=0.012124;RO=68;SAF=33;SAR=34;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334871;STB=0.518472;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00138753;OID=.;OPOS=27772676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:68:68:67:67:0.496296:34:33:31:37:34:33:31:37 chr15 28090173 . C T 349.99 PASS AF=0.385321;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0257819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.679;QD=12.8435;RBI=0.0268164;REFB=-0.0178369;REVB=0.0073764;RO=64;SAF=19;SAR=23;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508743;STB=0.543049;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0292228;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:67:42:42:0.385321:23:19:32:32:23:19:35:32 chr15 28096538 . A G 459.64 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0274117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4282;QD=18.7608;RBI=0.0279322;REFB=-0.0274494;REVB=-0.00536703;RO=51;SAF=24;SAR=22;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298008;STB=0.52173;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0435608;OID=.;OPOS=28096538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:52:46:46:0.469388:22:24:25:26:22:24:25:27 chr15 28231793 . T C 628.87 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0034551;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.216;QD=25.668;RBI=0.0380005;REFB=-0.0166434;REVB=0.0378431;RO=38;SAF=26;SAR=30;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918078;STB=0.546444;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00979103;OID=.;OPOS=28231793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:38:42:56:56:0.571429:30:26:13:25:30:26:15:27 chr15 28356557 . G A,GA,GAA 250.44 PASS AF=0.0952381,0.190476,0.714286;AO=10,9,13;DP=46;FAO=4,8,30;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=4,3,13;FSAR=0,5,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862711,-0.0563241,-0.0211802;FXX=0;HRUN=1,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=222.225,5.38857,9.20224;QD=23.8512;RBI=0.0256543,0.216936,0.133203;REFB=-0.0175976,-0.0795968,-0.0617384;REVB=0.0241602,0.209497,0.131508;RO=8;SAF=6,3,6;SAR=4,6,7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0784731,-0.14199,-0.0259793;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.0309064,-0.0169802,0.0324255;OID=.,.,.;OPOS=28356557,28356558,28356558;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:19:46:42:8:0:10,9,13:4,8,30:0.0952381,0.190476,0.714286:4,6,7:6,3,6:4:4:0,5,17:4,3,13:0:0 chr15 28362459 . G A 598.45 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346632;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.851;QD=61.3796;RBI=0.0407081;REFB=0;REVB=0.0213449;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35642e-05;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr15 28412872 . G A 242.71 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00789266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.369;QD=17.0319;RBI=0.0129179;REFB=-0.0167774;REVB=-0.0102264;RO=28;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240616;STB=0.519466;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0160592;OID=.;OPOS=28412872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:28:30:27:27:0.473684:9:18:18:10:9:18:19:11 chr15 28414665 . T C 774.77 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.174;QD=56.3472;RBI=0.0622624;REFB=0;REVB=0.044508;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465713;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:22:33:0:0 chr15 28419587 . G A 57.1 PASS AF=0.0969697;AO=16;DP=163;FAO=16;FDP=165;FR=.;FRO=149;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=85;FWDB=-0.0107145;FXX=0.00602373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.606;QD=1.38429;RBI=0.0638794;REFB=-0.00705875;REVB=-0.0629744;RO=147;SAF=6;SAR=10;SRF=64;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741474;STB=0.551116;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0679535;OID=.;OPOS=28419587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:163:165:147:149:16:16:0.0969697:10:6:64:83:10:6:64:85 chr15 28419746 . G A 649.77 PASS AF=0.6;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0590247;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.772;QD=27.3587;RBI=0.0590381;REFB=-0.0322727;REVB=0.00125854;RO=38;SAF=28;SAR=29;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257487;STB=0.514028;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0157865;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:38:38:57:57:0.6:29:28:20:18:29:28:20:18 chr15 28502279 . A G 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0132851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.586;QD=13.3137;RBI=0.0294625;REFB=-0.00952877;REVB=-0.0262973;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287945;STB=0.673718;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0183248;OID=.;OPOS=28502279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:7:15:13:19:7:15:13:20 chr15 28517436 . T C 518.59 PASS AF=0.448819;AO=56;DP=130;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.012497;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.053;QD=16.3335;RBI=0.0142224;REFB=-0.00806428;REVB=-0.00678983;RO=68;SAF=32;SAR=24;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113876;STB=0.575077;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0085001;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:127:68:70:56:57:0.448819:24:32:31:37:24:33:31:39 chr15 29033909 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5471;QD=42.1825;RBI=0.02675;REFB=0;REVB=-0.0043223;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635445;OID=.;OPOS=29033909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr15 29034007 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.696;QD=35.5758;RBI=0.0450844;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00194848;OID=.;OPOS=29034007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr15 29034198 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00197247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.116;QD=16.8248;RBI=0.0117855;REFB=-0.0191836;REVB=0.0116192;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142358;STB=0.581318;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0227989;OID=.;OPOS=29034198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:12:16:9:12:12:16 chr15 29347019 . T C 44.49 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0608449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9175;QD=7.11772;RBI=0.0719057;REFB=-0.0226625;REVB=-0.0383188;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183138;STB=0.614158;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0417081;OID=.;OPOS=29347019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:13:5:3:4:13:5 chr15 29394009 . C T 245.72 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0129847;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.777;QD=16.6593;RBI=0.0205675;REFB=-0.017664;REVB=-0.0159504;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626766;STB=0.540975;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0175844;OID=.;OPOS=29394009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:31:27:28:0.474576:14:13:12:17:15:13:12:19 chr15 29415560 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0052431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.683;QD=7.76196;RBI=0.0407886;REFB=0.00343317;REVB=0.0404502;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414775;STB=0.526228;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00601539;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:7:6:3:3:7:6 chr15 29415697 . CA AG,CG 234.39 PASS AF=0,0.421875;AO=4,27;DP=68;FAO=0,27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=0,7;FSAR=0,20;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0206475,-0.0217699;FXX=0.0588149;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=261.83,101.148;QD=14.6493;RBI=0.0221378,0.029043;REFB=0.00480341,0.000641998;REVB=0.00798518,0.0192241;RO=36;SAF=4,7;SAR=0,20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.550894,-0.342733;STB=0.5,0.702874;STBP=1,0.007;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00148058;OID=.,.;OPOS=29415697,29415698;OREF=CA,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:68:64:36:37:4,27:0,27:0,0.421875:0,20:4,7:21:15:0,20:0,7:22:15 chr15 29418520 . C T 291.36 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0419345;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1163;QD=16.4144;RBI=0.058622;REFB=-0.0523808;REVB=-0.0409638;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067961;STB=0.538235;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0511866;OID=.;OPOS=29418520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:39:32:32:0.450704:15:17:18:21:15:17:18:21 chr15 29418573 . AT GC 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00059928;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.547;QD=14.8515;RBI=0.0318054;REFB=-0.0153212;REVB=-0.0317998;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219646;STB=0.627448;STBP=0.183;TYPE=mnp;VARB=0.0338059;OID=.;OPOS=29418573;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:13:6:15:14:13:6:15:14 chr15 29443949 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0184603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.29;QD=11.4392;RBI=0.0196213;REFB=0.000378433;REVB=-0.00664926;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128213;STB=0.576753;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00234573;OID=.;OPOS=29443949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:6:8:4:5:6:8 chr15 29544656 . T C 646.95 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.581;QD=61.6142;RBI=0.00362622;REFB=0;REVB=-0.00245605;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03488e-05;OID=.;OPOS=29544656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:27:13:0:0:28:14:0:0 chr15 30008856 . C A 798.14 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.838;QD=57.0099;RBI=0.0525003;REFB=0;REVB=0.0382796;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207708;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:31:25:0:0 chr15 30008889 . GG AA,AG 749.19 PASS AF=0.0526316,0.929825;AO=3,52;DP=58;FAO=3,53;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=3,18;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305779,0.0651756;FXX=0.0172384;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=56.6607,105.013;QD=52.5748;RBI=0.0324081,0.0662239;REFB=-0.0697904,-0.0866332;REVB=0.0107368,0.0117365;RO=1;SAF=3,18;SAR=0,34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0136543;STB=0.994936,0.50704;STBP=0.122,0.631;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0917283,-0.00094559;OID=.,.;OPOS=30008889,30008889;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:58:57:1:1:3,52:3,53:0.0526316,0.929825:0,34:3,18:0:1:0,35:3,18:0:1 chr15 30516531 . A G 61.71 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00349388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0902;QD=7.26041;RBI=0.00677184;REFB=-0.0136713;REVB=0.00580091;RO=25;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24363;STB=0.655871;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0231942;OID=.;OPOS=30516531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:2:7:15:10:2:7:15:10 chr15 30664453 . C T 526.94 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0620497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6153;QD=56.9663;RBI=0.0829231;REFB=-0.142035;REVB=0.0550098;RO=1;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176666;STB=0.509429;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00495172;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:26:10:0:1:26:10:0:1 chr15 30665280 . TCA T 34.17 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0330606;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.721;QD=4.01949;RBI=0.0336456;REFB=-0.00336933;REVB=-0.00624663;RO=27;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221173;STB=0.666112;STBP=0.428;TYPE=del;VARB=0.0140886;OID=.;OPOS=30665281;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:6:34:6:34:28:2:4:15:13:34:27:2:4:14:13 chr15 31197564 . G A 114.37 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0568115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9379;QD=10.3971;RBI=0.0576977;REFB=0.001784;REVB=-0.0100741;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256878;STB=0.663231;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0119205;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:5:9:12:17:5:9:12:18 chr15 31229420 . T C 588.12 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0203592;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5792;QD=18.3788;RBI=0.0242006;REFB=0.000510365;REVB=0.0130833;RO=67;SAF=25;SAR=36;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786655;STB=0.50436;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.000444459;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:67:67:61:61:0.476562:36:25:28:39:36:25:28:39 chr15 31231190 . T C 374.81 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0357514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.182;QD=49.9746;RBI=0.0368349;REFB=-0.0334842;REVB=0.00886829;RO=2;SAF=11;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773479;STB=0.541637;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00106613;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:17:11:2:0:17:11:2:0 chr15 31267123 . A T 361.86 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0312183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9718;QD=25.8468;RBI=0.0386055;REFB=-0.0220705;REVB=-0.0227113;RO=21;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137938;STB=0.575343;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0197423;OID=.;OPOS=31267123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:17:18:15:6:17:18:15:6 chr15 31267147 . C T 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.026017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.65;QD=11.4258;RBI=0.0264118;REFB=-0.00484235;REVB=-0.00454967;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409203;STB=0.523787;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00852669;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:11:10:19:18:11:10:19:18 chr15 31295039 . G A 289.83 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0321259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1324;QD=11.8296;RBI=0.0325133;REFB=-0.0161799;REVB=-0.00500437;RO=61;SAF=19;SAR=15;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111254;STB=0.568822;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0249499;OID=.;OPOS=31295039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:64:34:34:0.346939:15:19:28:33:15:19:29:35 chr15 31330280 . A G 2122.11 PASS AF=1;AO=133;DP=137;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149227;FXX=0.0563341;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.976;QD=63.3466;RBI=0.0185675;REFB=0;REVB=0.0185074;RO=0;SAF=69;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742334;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:134:0:0:133:134:1:64:69:0:0:65:69:0:0 chr15 31342744 . C T 964.49 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0462091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.041;QD=53.5828;RBI=0.0474082;REFB=-0.239931;REVB=-0.0105952;RO=3;SAF=24;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554863;STB=0.523802;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00466977;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:72:72:3:4:68:68:0.944444:44:24:3:0:44:24:3:1 chr15 31362352 . C T 619.55 PASS AF=1;AO=33;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.071;QD=60.4441;RBI=0.0677812;REFB=0;REVB=0.0229485;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016474;OID=.;OPOS=31362352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:33:41:1:21:12:0:0:23:18:0:0 chr15 31362654 . G A 114.24 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0144178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.721;QD=9.93365;RBI=0.0174523;REFB=-0.00667178;REVB=-0.00983408;RO=28;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201963;STB=0.642653;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0184993;OID=.;OPOS=31362654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:32:14:14:0.304348:9:5:15:13:9:5:18:14 chr15 31369123 . A G 1011.84 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596487;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6354;QD=59.5197;RBI=0.0828574;REFB=0;REVB=0.0575099;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995288;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr15 31669122 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0359321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.661;QD=19.8255;RBI=0.0359324;REFB=-0.0174461;REVB=0.00014939;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358179;STB=0.519985;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0206159;OID=.;OPOS=31669122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:13:14:14:11:13:14:14:11 chr15 32450704 . G A 142.9 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=17;FWDB=-0.0292511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4099;QD=6.80474;RBI=0.0339874;REFB=-0.00212751;REVB=-0.0173066;RO=63;SAF=16;SAR=5;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517068;STB=0.531691;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00978469;OID=.;OPOS=32450704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:63:21:21:0.25:5:16:46:17:5:16:46:17 chr15 32450712 . A G 127.43 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.0219249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.639;QD=6.98227;RBI=0.0258411;REFB=0.00268863;REVB=-0.013677;RO=51;SAF=14;SAR=5;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10175;STB=0.547018;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.0128972;OID=.;OPOS=32450712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:54:19:19:0.260274:5:14:34:17:5:14:37:17 chr15 32890282 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.163;QD=42.1826;RBI=0.0497325;REFB=0;REVB=-0.0373117;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.70662e-05;OID=.;OPOS=32890282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr15 33023670 . C T 222.76 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0350221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6124;QD=18.9581;RBI=0.0665855;REFB=-0.007184;REVB=0.0566311;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172845;STB=0.597614;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0100854;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:16:9:12:10:16:9 chr15 33023685 . A C 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00405875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1257;QD=15.6448;RBI=0.00509573;REFB=0.0103189;REVB=-0.00308107;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130599;STB=0.574401;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0086342;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:12:10:17:12:12:10:17:12 chr15 33023689 . C A 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0294664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1398;QD=15.773;RBI=0.106326;REFB=0.00673839;REVB=-0.102161;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192231;STB=0.608509;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0109638;OID=.;OPOS=33023689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:16:11:20:13:16:11:20:13 chr15 33023951 . T C 103.92 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0209211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9592;QD=10.138;RBI=0.0538597;REFB=-0.0117705;REVB=0.0496304;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268377;STB=0.50592;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0295511;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:28:13:13:0.317073:8:5:11:16:8:5:11:17 chr15 33024567 . C T 43.81 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0683487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2298;QD=6.25927;RBI=0.0820832;REFB=0.0157797;REVB=-0.0454544;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124619;STB=0.581152;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0506982;OID=.;OPOS=33024567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:2:5:13:8:2:5:13:8 chr15 33024767 . A G 351.15 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00986109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.789;QD=23.4103;RBI=0.0112831;REFB=-0.0483289;REVB=0.00548335;RO=25;SAF=16;SAR=19;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746962;STB=0.54104;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0395294;OID=.;OPOS=33024767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:19:16:9:16:19:16:9:16 chr15 33025627 . C T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00675707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.643;QD=13.0911;RBI=0.0193115;REFB=0.00242723;REVB=-0.0180908;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123637;STB=0.507031;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00374777;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:6:7:10:9:6:7:11:9 chr15 33025952 . G A 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00858539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.984;QD=7.83794;RBI=0.00893163;REFB=-0.00687358;REVB=0.00246274;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403073;STB=0.731059;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0134501;OID=.;OPOS=33025952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:2:5:5:10:2:5:6:10 chr15 33025979 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0666037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.532;QD=26.6012;RBI=0.0672548;REFB=-0.0408653;REVB=0.00933559;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14689;STB=0.583138;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00924332;OID=.;OPOS=33025979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:0:2:5:3:0:2 chr15 33026667 . A T 48.24 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0513754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6985;QD=12.8635;RBI=0.0815331;REFB=-0.0425111;REVB=0.0633105;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264432;STB=0.68509;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0602095;OID=.;OPOS=33026667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:8:8:6:7:0.466667:1:5:5:3:1:6:5:3 chr15 33191023 . A G 195.63 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0298723;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.719;QD=14.2277;RBI=0.0300606;REFB=-0.0205932;REVB=-0.00335912;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025645;STB=0.509991;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0223404;OID=.;OPOS=33191023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:31:32:22:23:0.418182:14:8:12:19:14:9:12:20 chr15 33359574 . C A 638.59 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0659619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8625;QD=59.4037;RBI=0.0664653;REFB=0.172301;REVB=-0.00816478;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184086;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00584516;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:25:17:0:1:25:17:0:1 chr15 33840414 . A G 315.41 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0171571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1626;QD=18.5535;RBI=0.0279045;REFB=-0.000137546;REVB=-0.0220066;RO=33;SAF=10;SAR=24;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101055;STB=0.550867;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000512732;OID=.;OPOS=33840414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:24:10:13:20:24:10:13:21 chr15 33872177 . C T 766.13 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3537;QD=63.8439;RBI=0.0383522;REFB=0;REVB=0.0324031;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308315;OID=.;OPOS=33872177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr15 33954652 . C T 648.05 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0367367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.78;QD=57.6045;RBI=0.0391993;REFB=-0.0672743;REVB=0.0136748;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.520824;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00618656;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:1:2:43:43:0.955556:20:23:1:0:20:23:2:0 chr15 34014753 . T C 842.66 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0951;QD=57.1297;RBI=0.0697652;REFB=0;REVB=0.0210562;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865631;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:35:23:0:0:36:23:0:0 chr15 34014913 . C T 707.65 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00918784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.784;QD=54.4348;RBI=0.0668422;REFB=0.134587;REVB=0.0662077;RO=1;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229535;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000606143;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:20:30:0:1:21:30:1:0 chr15 34015009 . AC AT,GT 132.69 PASS AF=0.56,0;AO=12,2;DP=26;FAO=14,0;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6,0;FSAR=8,0;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0379229,-0.0185369;FXX=0.0384468;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=137.804,211.509;QD=21.2297;RBI=0.0471954,0.030583;REFB=-0.0469333,-0.0242716;REVB=0.0280937,0.0243249;RO=11;SAF=6,0;SAR=6,2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.190057,-0.663928;STB=0.629034,0.5;STBP=0.174,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0115234,0;OID=.,.;OPOS=34015010,34015009;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:26:25:11:11:12,2:14,0:0.56,0:6,2:6,0:8:3:8,0:6,0:8:3 chr15 34016274 . G A 490.31 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146905;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.494;QD=56.0356;RBI=0.0227817;REFB=-0.01151;REVB=0.0174125;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=4.06005e-05;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:0:1:19:15:0:1 chr15 34113010 . C T 249.06 PASS AF=0.575;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0160766;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1526;QD=24.9059;RBI=0.0193855;REFB=-0.0113275;REVB=0.0108324;RO=18;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518098;STB=0.515405;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0249058;OID=.;OPOS=34113010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:17:23:23:0.575:13:10:9:9:13:10:8:9 chr15 34113536 . A G 330.41 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0126223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.44;QD=23.6003;RBI=0.0205364;REFB=-0.00564498;REVB=-0.0161994;RO=22;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033459;STB=0.5263;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00470113;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:23:33:33:0.589286:15:18:13:9:15:18:14:9 chr15 34158529 . G C 103.76 PASS AF=0.276596;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00372997;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2643;QD=8.83092;RBI=0.0131696;REFB=-0.00634632;REVB=0.0126303;RO=33;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221823;STB=0.664293;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0150782;OID=.;OPOS=34158529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:34:12:13:0.276596:7:5:20:13:8:5:21:13 chr15 34159986 . T C 130.61 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0247258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.916;QD=22.7152;RBI=0.024957;REFB=-0.0209401;REVB=0.00338904;RO=9;SAF=1;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483655;STB=0.782597;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00871486;OID=.;OPOS=34159986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:13:1:4:5:13:1:4:5 chr15 34354951 . C T 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0217124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.708;QD=12.6375;RBI=0.0229323;REFB=-0.00291428;REVB=-0.00737985;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213434;STB=0.624816;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00576313;OID=.;OPOS=34354951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:14:7:7:6:14:7 chr15 34356988 . G A 751.45 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266781;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.262;QD=63.9532;RBI=0.0544136;REFB=0;REVB=0.0543481;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142553;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:19:26:0:0:21:26:0:0 chr15 34357259 . T A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.112;QD=57.2026;RBI=0.0668935;REFB=0;REVB=0.00758329;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013888;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr15 34517995 . T G 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0097861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.353;QD=13.9657;RBI=0.0137434;REFB=-0.000599864;REVB=0.00964946;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129206;STB=0.573428;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00115179;OID=.;OPOS=34517995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:14:16:18:26:14:16:18:26 chr15 34522985 . C G 806.59 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.005;QD=56.6029;RBI=0.0409471;REFB=0;REVB=0.0399239;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019861;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:31:26:0:0 chr15 34524995 . G T 459.22 PASS AF=0.578947;AO=43;DP=75;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0165325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.11;QD=24.1696;RBI=0.027979;REFB=-0.018856;REVB=-0.0225721;RO=32;SAF=25;SAR=18;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136384;STB=0.578089;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0116609;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:32:32:43:44:0.578947:18:25:13:19:18:26:13:19 chr15 34525035 . T C 346.73 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0026671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5577;QD=19.8129;RBI=0.0187927;REFB=-0.016851;REVB=-0.0186025;RO=34;SAF=20;SAR=16;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225875;STB=0.624933;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0133594;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:16:20:10:24:16:20:10:24 chr15 34528948 . G A 103.88 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0339962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.168;QD=10.1346;RBI=0.057141;REFB=-0.0231964;REVB=0.0459276;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132854;STB=0.580028;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.049871;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:5:8:14:14:5:8:14:14 chr15 34551082 . G A 240.02 PASS AF=0.3625;AO=28;DP=79;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0137198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.697;QD=12.0012;RBI=0.0309779;REFB=-0.0171248;REVB=-0.027774;RO=50;SAF=17;SAR=11;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120698;STB=0.572387;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0295488;OID=.;OPOS=34551082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:50:51:28:29:0.3625:11:17:25:25:11:18:26:25 chr15 34635200 . C T 298.73 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00189954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5194;QD=18.6704;RBI=0.00815501;REFB=0.00800035;REVB=-0.0079307;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128439;STB=0.578077;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00292253;OID=.;OPOS=34635200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:16:16:11:20:16:16:11:21 chr15 34640218 . C T 783.79 PASS AF=0.871429;AO=59;DP=71;FAO=61;FDP=70;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00422317;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.971;QD=44.7878;RBI=0.0393017;REFB=-0.099798;REVB=0.0390741;RO=6;SAF=23;SAR=36;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793405;STB=0.519224;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00586759;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:71:70:6:9:59:61:0.871429:36:23:5:1:36:25:5:4 chr15 34640378 . T C 316.47 PASS AF=1;AO=17;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.886;QD=52.7452;RBI=0.036888;REFB=0;REVB=0.00134086;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.16549e-05;OID=.;OPOS=34640378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:17:24:1:15:2:0:0:22:2:0:0 chr15 34649211 . C A 699.47 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00819809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.556;QD=59.5293;RBI=0.0082135;REFB=-0.132637;REVB=0.000502838;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191734;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000731808;OID=.;OPOS=34649211;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:44:46:0.978723:20:24:1:0:21:25:1:0 chr15 34649247 . C G 375.39 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.144251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7421;QD=55.6128;RBI=0.146057;REFB=0;REVB=-0.0228996;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0040761;OID=.;OPOS=34649247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr15 34673722 . C T 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.015148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.808;QD=16.9795;RBI=0.0164917;REFB=-0.00202336;REVB=-0.00652027;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111235;STB=0.562453;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00252371;OID=.;OPOS=34673722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:12:14:19:10:12:14:19:10 chr15 35045057 . G A 544.57 PASS AF=0.636364;AO=49;DP=77;FAO=49;FDP=77;FR=.;FRO=28;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0161747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.362;QD=28.2891;RBI=0.0228737;REFB=-0.0227342;REVB=0.0161736;RO=28;SAF=32;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156627;STB=0.58533;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0108398;OID=.;OPOS=35045057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:28:28:49:49:0.636364:17:32:12:16:17:32:12:16 chr15 35045312 . T A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00211821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.061;QD=13.4557;RBI=0.00959191;REFB=-0.00612719;REVB=-0.0093551;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542807;STB=0.531857;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00753837;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:6:9:6:5:6:9 chr15 35080931 . T C 232.41 PASS AF=0.464286;AO=27;DP=58;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0187613;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.015;QD=16.6006;RBI=0.0197812;REFB=-0.0058677;REVB=-0.00626974;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223166;STB=0.62491;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00813139;OID=.;OPOS=35080931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:29:30:27:26:0.464286:14:13:21:8:13:13:22:8 chr15 35082225 . C T 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00891934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.148;QD=15.6429;RBI=0.00919582;REFB=-0.00180803;REVB=0.00223796;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276866;STB=0.659071;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0011734;OID=.;OPOS=35082225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:13:7:18:11:13:7:18:11 chr15 35082422 . AGGC AG,AGC 303.46 PASS AF=0,0.777778;AO=14,26;DP=64;FAO=0,49;FDP=63;FR=.;FRO=14;FSAF=0,3;FSAR=0,46;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0184706,0.0473531;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=95.3991,15.773;QD=19.2675;RBI=0.0189632,0.114578;REFB=-0.00844439,-0.115474;REVB=-0.00429427,0.104335;RO=23;SAF=1,0;SAR=13,26;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.641169,-0.854035;STB=0.5,0.813986;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.055794;OID=.,.;OPOS=35082424,35082423;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AG,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.777778:14,26:64:0,49:63:14:0,3:0,46:11:3:59:23:1,0:13,26:13:10 chr15 35149008 . C T 1272.97 PASS AF=0.90625;AO=87;DP=98;FAO=87;FDP=96;FR=.;FRO=9;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00446086;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.291;QD=53.0406;RBI=0.022935;REFB=0.0312584;REVB=-0.022497;RO=8;SAF=37;SAR=50;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492589;STB=0.519582;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00287172;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:98:96:8:9:87:87:0.90625:50:37:1:7:50:37:2:7 chr15 35230934 . A ATAGT,T 119.77 PASS AF=0.413793,0.0689655;AO=11,2;DP=29;FAO=12,2;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9,2;FSAR=3,0;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00284657,-0.00558484;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=169.454,127.638;QD=16.5196;RBI=0.0272732,0.015823;REFB=-0.0167192,-0.00573711;REVB=0.0271243,0.0148046;RO=14;SAF=8,2;SAR=3,0;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.169053,0.521257;STB=0.599822,0.993586;STBP=0.407,0.215;TYPE=ins,snp;VARB=0.0180662,0.0245288;OID=.,.;OPOS=35230935,35230934;OREF=-,A;OALT=TAGT,T;OMAPALT=ATAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:11,2:12,2:0.413793,0.0689655:3,0:8,2:8:6:3,0:9,2:9:6 chr15 35256624 . C G 189.26 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00751868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4576;QD=13.052;RBI=0.019255;REFB=-0.00708099;REVB=-0.0177264;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220421;STB=0.512647;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0136113;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:9:14:22:13:9:14:22:13 chr15 35270904 . AG A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0144883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.893;QD=8.69809;RBI=0.0540457;REFB=-0.0100975;REVB=-0.0520675;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152225;STB=0.594327;STBP=0.568;TYPE=del;VARB=0.0188948;OID=.;OPOS=35270905;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:21:7:21:14:3:4:8:6:45:14:3:4:8:6 chr15 35273620 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00257014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.749;QD=18.2489;RBI=0.00272456;REFB=-0.026031;REVB=0.000904231;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322932;STB=0.51849;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0224554;OID=.;OPOS=35273620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:6:6:6:7:6:6 chr15 36946303 . C G 1609.27 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469341;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.021;QD=60.1595;RBI=0.0584101;REFB=0;REVB=0.0347696;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77091e-05;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:106:107:1:59:47:0:0:60:47:0:0 chr15 36983962 . T C 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.00191979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.718;QD=15.3562;RBI=0.00286715;REFB=-0.0188799;REVB=0.00212954;RO=44;SAF=12;SAR=21;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102939;STB=0.557861;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0235828;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:21:12:12:32:21:12:12:32 chr15 37173267 . G A 1491.31 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267773;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1705;QD=58.4829;RBI=0.0365872;REFB=-0.00730025;REVB=-0.0249319;RO=1;SAF=54;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870439;STB=0.504586;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000810053;OID=.;OPOS=37173267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:102:1:1:100:101:0.990196:46:54:1:0:47:54:1:0 chr15 38233869 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.056;QD=57.8849;RBI=0.0229712;REFB=0;REVB=0.02285;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2361e-05;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:39:20:0:0:40:20:0:0 chr15 38614525 . G A 1311.34 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.481;QD=61.7102;RBI=0.0235025;REFB=0;REVB=0.0234522;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70304e-05;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:85:0:0:80:85:1:43:37:0:0:46:39:0:0 chr15 38643574 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.067;QD=60.9773;RBI=0.0236178;REFB=0;REVB=0.0127971;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42203e-05;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr15 38791283 . C T 130.29 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0110482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7372;QD=22.6594;RBI=0.0205112;REFB=-0.00207518;REVB=-0.0172814;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115717;STB=0.565126;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00016295;OID=.;OPOS=38791283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:7:7:3:6:7:7:3:6 chr15 39545032 . T G 1268.9 PASS AF=0.965909;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0363981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.086;QD=57.6774;RBI=0.045947;REFB=-0.153391;REVB=0.0280412;RO=3;SAF=34;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00484216;STB=0.502762;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000823571;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:88:88:3:3:84:85:0.965909:50:34:1:2:50:35:1:2 chr15 39545148 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00132503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.934;QD=11.1978;RBI=0.00275792;REFB=-0.0056962;REVB=-0.00241876;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887244;STB=0.553101;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00836927;OID=.;OPOS=39545148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:13:9:4:8:13:9 chr15 39545268 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2179;QD=56.1884;RBI=0.0351373;REFB=0;REVB=0.0290925;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516526;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr15 39546324 . A G 124.64 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0264793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.811;QD=9.58793;RBI=0.0308684;REFB=-0.0213473;REVB=0.0158652;RO=36;SAF=5;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225412;STB=0.635504;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0428449;OID=.;OPOS=39546324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:11:5:18:18:11:5:18:18 chr15 40099769 . T C 311.29 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0803843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4587;QD=14.8233;RBI=0.0840088;REFB=-0.0001895;REVB=-0.02441;RO=49;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146774;STB=0.583004;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00286476;OID=.;OPOS=40099769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:15:20:21:28:15:20:21:28 chr15 40226495 . T C 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00606315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.407;QD=58.9879;RBI=0.00829669;REFB=-0.0264634;REVB=0.00566332;RO=1;SAF=51;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918851;STB=0.504853;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00030869;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:24:51:1:0:24:51:1:0 chr15 40259848 . A C 999.75 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335297;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9759;QD=58.8091;RBI=0.0384172;REFB=0;REVB=0.018752;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000972251;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:41:26:0:0:41:27:0:0 chr15 40265799 . A G 619.74 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0834033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5382;QD=59.0232;RBI=0.086727;REFB=0.0316819;REVB=-0.0237792;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177076;STB=0.509429;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00625964;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:26:15:0:1:26:15:0:1 chr15 40293224 . A AC,C 32.7 PASS AF=0.175439,0;AO=9,2;DP=57;FAO=10,0;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=8,0;FSAR=2,0;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00204678,-0.0277676;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=71.5909,173.924;QD=2.2946;RBI=0.0247706,0.0280584;REFB=-0.00358815,-0.001575;REVB=-0.0246859,-0.00402947;RO=46;SAF=6,2;SAR=3,0;SRF=21;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.256093,0.412027;STB=0.793732,0.5;STBP=0.05,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.194116,0;OID=.,.;OPOS=40293225,40293224;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:57:57:46:47:9,2:10,0:0.175439,0:3,0:6,2:21:25:2,0:8,0:21:26 chr15 40309357 . A G 237.66 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0304201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.797;QD=18.6402;RBI=0.0382387;REFB=-3.88776e-05;REVB=-0.0231693;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232678;STB=0.63081;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000258805;OID=.;OPOS=40309357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:9:16:10:16:9:16:10:16 chr15 40327290 . A G 3484.21 PASS AF=0.982609;AO=225;DP=233;FAO=226;FDP=230;FR=.;FRO=4;FSAF=109;FSAR=117;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0332916;FXX=0.0212757;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.673;QD=60.595;RBI=0.0355917;REFB=-0.016638;REVB=0.0125873;RO=4;SAF=108;SAR=117;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766788;STB=0.504046;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.000201364;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:233:230:4:4:225:226:0.982609:117:108:1:3:117:109:1:3 chr15 40327301 . G A 3550.86 PASS AF=1;AO=224;DP=228;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01502;FXX=0.0130429;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6733;QD=62.5703;RBI=0.0333038;REFB=0;REVB=-0.0297244;RO=0;SAF=109;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38088e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741906;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:227:0:0:224:227:1:115:109:0:0:118:109:0:0 chr15 40328575 . G C 756.59 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512571;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.988;QD=57.101;RBI=0.0622467;REFB=0;REVB=0.035318;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435351;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr15 40330564 . C T 651.05 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9918;QD=62.0048;RBI=0.0257293;REFB=0;REVB=-0.0197085;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.906e-05;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:31:11:0:0:31:11:0:0 chr15 40383347 . T C 547.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.556;QD=59.1798;RBI=0.0430141;REFB=0;REVB=0.0281365;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257618;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:18:16:0:0:20:17:0:0 chr15 40383779 . A C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0127843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.461;QD=12.73;RBI=0.0147953;REFB=-0.00100617;REVB=0.0074473;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769224;STB=0.565077;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0015308;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:4:5:7:4:4:5:8:4 chr15 40544493 . A G 128.75 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0347915;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.283;QD=8.30619;RBI=0.0374871;REFB=-0.0144649;REVB=-0.0139584;RO=44;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217267;STB=0.628898;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0316555;OID=.;OPOS=40544493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:44:44:18:18:0.290323:9:9:14:30:9:9:14:30 chr15 40544520 . G C 60.25 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0116269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0288;QD=6.02485;RBI=0.0123121;REFB=0.00134885;REVB=-0.00404998;RO=31;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152317;STB=0.59976;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0056288;OID=.;OPOS=40544520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:7:2:10:21:7:2:10:21 chr15 40558087 . G A 298.39 PASS AF=0.551724;AO=30;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.019202;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.1059;QD=20.5789;RBI=0.0234906;REFB=-0.0479195;REVB=-0.0135311;RO=19;SAF=10;SAR=20;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275047;STB=0.51388;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0300072;OID=.;OPOS=40558087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:26:30:32:0.551724:20:10:7:12:20:12:9:17 chr15 40568685 . A T 371.24 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00643025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.695;QD=25.6028;RBI=0.0275386;REFB=-0.0205826;REVB=0.0267773;RO=21;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802193;STB=0.534464;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0124233;OID=.;OPOS=40568685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:21:22:36:36:0.62069:18:18:13:8:18:18:13:9 chr15 40573716 . A G 746.56 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5523;QD=63.5369;RBI=0.0266599;REFB=0;REVB=-0.0264037;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195622;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr15 40583560 . G T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00597146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.702;QD=23.2175;RBI=0.00629143;REFB=0.0426013;REVB=-0.00198083;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.66592;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00534325;OID=.;OPOS=40583560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:0:1:1:4:0:1 chr15 40583876 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2662;QD=50.4116;RBI=0.0582972;REFB=0;REVB=0.0546745;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231022;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr15 40590134 . G A 146.41 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0217194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.296;QD=12.7309;RBI=0.0548751;REFB=-0.0050074;REVB=-0.0503938;RO=29;SAF=4;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24463;STB=0.655588;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0129483;OID=.;OPOS=40590134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:29:16:17:0.369565:12:4:13:16:13:4:13:16 chr15 40595474 . A C 334.92 PASS AF=0.393939;AO=38;DP=101;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.017511;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.676;QD=13.5322;RBI=0.0442211;REFB=-0.0225157;REVB=-0.0406063;RO=61;SAF=19;SAR=19;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133309;STB=0.563151;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0277965;OID=.;OPOS=40595474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:61:60:38:39:0.393939:19:19:23:38:20:19:23:37 chr15 40595565 . C T 195.98 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0617301;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.415;QD=9.92276;RBI=0.0627791;REFB=-0.00915943;REVB=-0.0114288;RO=52;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225945;STB=0.626955;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.027089;OID=.;OPOS=40595565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:54:25:25:0.316456:13:12:15:37:13:12:16:38 chr15 40655845 . C G 101.53 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955188;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.8536;QD=40.6132;RBI=0.153478;REFB=0;REVB=0.120132;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00866449;OID=.;OPOS=40655845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:7:3:0:0 chr15 40655873 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.866;QD=42.1814;RBI=0.014869;REFB=0;REVB=-0.0140025;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181735;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr15 40656141 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0353491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.929;QD=14.9789;RBI=0.0670755;REFB=-0.0111964;REVB=-0.0570049;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255248;STB=0.64533;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00714514;OID=.;OPOS=40656141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:1:10:7:3:1:10 chr15 40660037 . CG C,GC 38.33 PASS AF=0.295455,0.0454545;AO=12,3;DP=44;FAO=13,2;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=9,1;FSAR=4,1;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.140685,0.0112998;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=8.36539,166.003;QD=3.48438;RBI=0.154777,0.0616379;REFB=-0.111295,-0.0103906;REVB=0.0645281,-0.0605932;RO=24;SAF=9,1;SAR=3,2;SRF=17;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0591131,-0.391192;STB=0.502143,0.675878;STBP=1,0.72;TYPE=del,mnp;VARB=0.159249,0.091004;OID=.,.;OPOS=40660038,40660037;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:44:44:24:29:12,3:13,2:0.295455,0.0454545:3,2:9,1:17:7:4,1:9,1:20:9 chr15 40662501 . G A 250.23 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0118643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.426;QD=20.0181;RBI=0.0300649;REFB=-0.0248495;REVB=-0.0276249;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132254;STB=0.507456;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0316757;OID=.;OPOS=40662501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:16:8:9:17:16:8:9:17 chr15 40710723 . G A 329.89 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0419844;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1986;QD=18.0762;RBI=0.0421662;REFB=0.00393971;REVB=0.0039109;RO=39;SAF=18;SAR=16;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107733;STB=0.561286;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00481888;OID=.;OPOS=40710723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:38:34:35:0.479452:16:18:25:14:17:18:24:14 chr15 40751555 . C A 297.74 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5224;QD=51.7806;RBI=0.102996;REFB=0;REVB=0.0815426;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00379267;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:6:15:0:0:8:15:0:0 chr15 40764549 . G A 348.96 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0345785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.809;QD=22.8824;RBI=0.0347006;REFB=-0.0245972;REVB=0.00290901;RO=25;SAF=15;SAR=20;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851927;STB=0.536211;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0142567;OID=.;OPOS=40764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:26:35:35:0.57377:20:15:8:17:20:15:9:17 chr15 40849408 . C T 785.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2378;QD=57.0973;RBI=0.0348696;REFB=0;REVB=0.0178239;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450148;OID=.;OPOS=40849408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr15 40856989 . C T 177.43 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0224791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.172;QD=39.4291;RBI=0.0417308;REFB=-0.00801768;REVB=0.0351589;RO=1;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828326;STB=0.583225;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000599299;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:1:2:16:16:0.888889:11:5:1:0:11:5:2:0 chr15 40920324 . A T 78.83 PASS AF=0.52381;AO=7;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0757788;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=55.3307;QD=15.0144;RBI=0.162777;REFB=-0.069332;REVB=0.144062;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.613825;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0580253;OID=.;OPOS=40920324;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:21:21:8:10:7:11:0.52381:3:4:4:4:7:4:6:4 chr15 41036410 . G T 132.27 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0013066;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4655;QD=8.96737;RBI=0.0259238;REFB=0.00179867;REVB=-0.0258909;RO=39;SAF=9;SAR=9;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133387;STB=0.559257;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0049918;OID=.;OPOS=41036410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:41:18:18:0.305085:9:9:24:15:9:9:24:17 chr15 41105926 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.904;QD=58.5877;RBI=0.0389687;REFB=0;REVB=0.0387065;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113907;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr15 41148199 . C T 267.82 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117593;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.853;QD=48.6941;RBI=0.0377738;REFB=-0.0823259;REVB=-0.0358968;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00306948;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:1:0:8:13:1:0 chr15 41149161 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.7;QD=47.8224;RBI=0.0106444;REFB=0;REVB=0.0014641;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00708e-05;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr15 41271718 . C T 1769.26 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00909711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.62;QD=59.9749;RBI=0.0210686;REFB=0.0903211;REVB=0.0190034;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000766517;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:0:1:117:117:0.991525:61:56:0:0:61:56:1:0 chr15 41476209 . T C 721.88 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00837187;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5528;QD=62.7726;RBI=0.00859142;REFB=0;REVB=0.00192984;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147038;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:35:10:0:0:36:10:0:0 chr15 41796800 . C T 451.44 PASS AF=0.734694;AO=35;DP=48;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0421597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7676;QD=36.8523;RBI=0.0659723;REFB=-0.0509742;REVB=0.0507435;RO=13;SAF=13;SAR=22;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163498;STB=0.590381;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.017245;OID=.;OPOS=41796800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:13:13:35:36:0.734694:22:13:9:4:23:13:9:4 chr15 41805237 . C T 221.91 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00463799;FXX=0.0951928;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.846;QD=46.7185;RBI=0.049623;REFB=0.0347479;REVB=0.0494058;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00248119;OID=.;OPOS=41805237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:1:0:6:12:1:0 chr15 41815516 . G C 856.01 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126183;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.931;QD=58.0343;RBI=0.0295819;REFB=0;REVB=0.0267557;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52498e-05;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:60:59:1:33:27:0:0:32:27:0:0 chr15 41820200 . C T 294.26 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0273607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.83;QD=34.6192;RBI=0.0292815;REFB=-0.000281366;REVB=0.0104307;RO=7;SAF=6;SAR=19;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33626;STB=0.714105;STBP=0;TYPE=snp;VARB=9.92798e-05;OID=.;OPOS=41820200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:34:34:7:9:25:25:0.735294:19:6:7:0:19:6:9:0 chr15 41862356 . T C 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00580617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.735;QD=8.37059;RBI=0.0172914;REFB=-0.00469865;REVB=-0.0162874;RO=27;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.625328;STB=0.884647;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0180457;OID=.;OPOS=41862356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:39:27:28:11:11:0.282051:1:10:11:16:1:10:12:16 chr15 41865525 . G T 76.69 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00209117;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.268;QD=4.57827;RBI=0.0353352;REFB=-0.00737731;REVB=-0.0352733;RO=55;SAF=3;SAR=10;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302839;STB=0.704953;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0257859;OID=.;OPOS=41865525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:68:67:55:54:13:13:0.19403:10:3:25:30:10:3:25:29 chr15 41991315 . A T 544.66 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000239339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9553;QD=57.3325;RBI=0.0631906;REFB=-0.161969;REVB=-0.0631902;RO=1;SAF=10;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445302;STB=0.523796;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00210203;OID=.;OPOS=41991315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:27:10:1:0:27:10:1:0 chr15 42026764 . C T 1663.53 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.376;QD=59.9469;RBI=0.0576471;REFB=0;REVB=0.0494213;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180217;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:107:111:1:49:58:0:0:50:61:0:0 chr15 42032383 . C G 500.75 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00822878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.395;QD=21.7717;RBI=0.0104881;REFB=-0.0274177;REVB=-0.00650294;RO=44;SAF=21;SAR=27;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106847;STB=0.5588;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0264978;OID=.;OPOS=42032383;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:27:21:14:30:27:21:14:30 chr15 42041712 . G A 239.57 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.424;QD=50.4361;RBI=0.0731507;REFB=0;REVB=0.028419;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462839;OID=.;OPOS=42041712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr15 42109223 . T C 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0128291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.235;QD=21.871;RBI=0.0176191;REFB=-0.00100927;REVB=-0.0120767;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194994;STB=0.60777;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00069406;OID=.;OPOS=42109223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:14:14:6:17:14:14:6:17 chr15 42111753 . G C,GC 260.03 PASS AF=0,0.581395;AO=8,14;DP=47;FAO=0,25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=0,21;FSAR=0,4;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0118361,-0.0125478;FXX=0.0652032;HRUN=10,1;LEN=1,1;MLLD=111.731,117.677;QD=24.1892;RBI=0.0532968,0.046561;REFB=-0.118157,-0.100002;REVB=0.0519659,0.0448384;RO=16;SAF=3,14;SAR=5,0;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.390509,0.790313;STB=0.5,0.545416;STBP=1,0.601;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0269576,0.0456262;OID=.,.;OPOS=42111753,42111754;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:43:16:18:8,14:0,25:0,0.581395:5,0:3,14:12:4:0,4:0,21:14:4 chr15 42115140 . A AC,C 39.84 PASS AF=0.228571,0;AO=5,2;DP=35;FAO=8,0;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=2,0;FSAR=6,0;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.048042,-0.0417146;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.9566,37.0884;QD=4.55344;RBI=0.0514081,0.0873316;REFB=-0.0444886,-0.0167495;REVB=0.0182963,-0.0767249;RO=28;SAF=1,1;SAR=4,1;SRF=11;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.259933,0.0985901;STB=0.638971,0.5;STBP=0.396,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.150506,0;OID=.,.;OPOS=42115141,42115140;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:35:35:28:27:5,2:8,0:0.228571,0:4,1:1,1:11:17:6,0:2,0:11:16 chr15 42115747 . G C 446.97 PASS AF=0.511628;AO=43;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0148491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.224;QD=20.7892;RBI=0.015662;REFB=-0.0291635;REVB=0.00498002;RO=41;SAF=13;SAR=30;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111206;STB=0.547037;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0251532;OID=.;OPOS=42115747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:42:43:44:0.511628:30:13:17:24:30:14:17:25 chr15 42119900 . T C 248.77 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00710398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8857;QD=19.9012;RBI=0.0238208;REFB=0.0133629;REVB=-0.0227368;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142352;STB=0.579868;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0154648;OID=.;OPOS=42119900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:8:18:13:11:8:18 chr15 42128568 . C G 175.17 PASS AF=0.425926;AO=19;DP=50;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0394615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.311;QD=12.9757;RBI=0.0474589;REFB=-0.0397018;REVB=0.0263654;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340185;STB=0.684883;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0345179;OID=.;OPOS=42128568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:30:31:19:23:0.425926:7:12:9:21:8:15:10:21 chr15 42134097 . C T 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00498242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.847;QD=17.3204;RBI=0.0271627;REFB=-0.0252627;REVB=0.0267018;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154634;STB=0.589167;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0437822;OID=.;OPOS=42134097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:7:11:12:4:7:11 chr15 42135988 . C T 2213.5 PASS AF=0.974026;AO=149;DP=156;FAO=150;FDP=154;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0322679;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.183;QD=57.4936;RBI=0.0476509;REFB=-0.198459;REVB=0.0350627;RO=0;SAF=68;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.65545e-08;STB=0.501222;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00107523;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:156:154:0:4:149:150:0.974026:81:68:0:0:82:68:2:2 chr15 42138321 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.215;QD=39.2068;RBI=0.0247609;REFB=0;REVB=0.0245743;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156697;OID=.;OPOS=42138321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr15 42139642 . C T 310.56 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=-0.0671832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.496;QD=23.4386;RBI=0.0702775;REFB=-0.00572974;REVB=0.0206239;RO=22;SAF=3;SAR=28;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127773;STB=0.507038;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00457025;OID=.;OPOS=42139642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:28:3:2:20:28:3:2:20 chr15 42143533 . T G 237.63 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.128843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5281;QD=18.6374;RBI=0.134425;REFB=-0.010078;REVB=-0.0383351;RO=24;SAF=5;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413563;STB=0.751921;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00534566;OID=.;OPOS=42143533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:24:26:25:25:0.490196:20:5:15:9:20:5:17:9 chr15 42149472 . T C,G 1524.88 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=100,4;DP=104;FAO=100,4;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=52,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987163,-0.041511;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=229.609,12.1203;QD=58.649;RBI=0.0212071,0.0495206;REFB=0,0;REVB=0.0187694,0.0270023;RO=0;SAF=48,0;SAR=52,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.19274e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000125848,0.187312;OID=.,.;OPOS=42149472,42149472;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:104:104:0:0:100,4:100,4:0.961538,0.0384615:52,4:48,0:0:0:52,4:48,0:0:0 chr15 42149506 . G C 931.89 PASS AF=0.957143;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00791007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.583;QD=53.2509;RBI=0.0105296;REFB=-0.101907;REVB=0.00695001;RO=3;SAF=21;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325184;STB=0.516248;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00114459;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:69:70:3:3:66:67:0.957143:45:21:2:1:45:22:2:1 chr15 42154738 . G A,C 1609.41 PASS AF=0.913043,0.0695652;AO=104,9;DP=114;FAO=105,8;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=79,8;FSAR=26,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0893997,-0.031428;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.8099,136.092;QD=55.9796;RBI=0.100724,0.0344093;REFB=-0.169615,-0.201267;REVB=0.0464008,0.0140101;RO=0;SAF=78,9;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.506249,0.5;STBP=0.5,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000918869,0.28708;OID=.,.;OPOS=42154738,42154738;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:114:115:0:2:104,9:105,8:0.913043,0.0695652:26,0:78,9:0:0:26,0:79,8:2:0 chr15 42166500 . C T 1909.85 PASS AF=1;AO=122;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958961;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4802;QD=60.6302;RBI=0.0607325;REFB=0;REVB=0.0599706;RO=1;SAF=78;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106739;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792155;OID=.;OPOS=42166500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:126:1:0:122:126:1:44:78:0:1:47:79:0:0 chr15 42171537 . A G 2315.42 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.073;QD=60.932;RBI=0.0730586;REFB=0;REVB=0.0611499;RO=0;SAF=91;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106294;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:152:0:0:150:152:1:59:91:0:0:60:92:0:0 chr15 42178155 . T C 1358.98 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0400593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8737;QD=60.3992;RBI=0.0522379;REFB=0.152162;REVB=0.0335268;RO=1;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137314;STB=0.506848;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00179144;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:90:1:1:87:89:0.988889:34:53:0:1:36:53:0:1 chr15 42287606 . T C 154.51 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0122497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.616;QD=9.08866;RBI=0.035182;REFB=-0.00744814;REVB=-0.0329805;RO=44;SAF=13;SAR=8;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872007;STB=0.576464;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0198728;OID=.;OPOS=42287606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:44:47:21:21:0.308824:8:13:24:20:8:13:24:23 chr15 42297112 . GC G,GG 393.44 PASS AF=0.544444,0.0777778;AO=35,8;DP=87;FAO=49,7;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=28,4;FSAR=21,3;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.106516,0.0434459;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.5863,16.6358;QD=17.4863;RBI=0.115836,0.0498935;REFB=0.000689918,-0.0159151;REVB=0.0455247,0.0245319;RO=32;SAF=18,4;SAR=17,4;SRF=13;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0928441,0.113744;STB=0.56549,0.629777;STBP=0.173,0.495;TYPE=del,snp;VARB=-0.000655145,-0.0310424;OID=.,.;OPOS=42297113,42297113;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.544444,0.0777778:35,8:87:49,7:90:34:28,4:21,3:14:20:99:32:18,4:17,4:13:19 chr15 42371752 . A T 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0252189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.679;QD=22.3979;RBI=0.0433756;REFB=-0.014775;REVB=0.0352909;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102686;STB=0.55747;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.013481;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:11:8:12:10:11:8 chr15 42373810 . G C 892.27 PASS AF=0.508571;AO=88;DP=173;FAO=89;FDP=175;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=-0.0119709;FXX=0.0056815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.309;QD=20.3947;RBI=0.0125832;REFB=-0.036797;REVB=0.00387745;RO=85;SAF=36;SAR=52;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303762;STB=0.516275;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0350226;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:85:86:88:89:0.508571:52:36:32:53:52:37:33:53 chr15 42377744 . C G 166.93 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0348503;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.226;QD=21.5387;RBI=0.037069;REFB=-0.0474145;REVB=0.0126318;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006993;STB=0.513292;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0377671;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:13:14:17:17:0.548387:9:8:6:7:9:8:7:7 chr15 42433802 . A G 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.08;QD=60.7138;RBI=0.0073659;REFB=0;REVB=0.00544303;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10375e-05;OID=.;OPOS=42433802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr15 42434837 . T C 373.9 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.014;QD=55.3929;RBI=0.0829495;REFB=0;REVB=0.0707554;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011374;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr15 42446362 . A G 289.72 PASS AF=0.508197;AO=32;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00739007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.88;QD=18.9978;RBI=0.0100752;REFB=-0.062199;REVB=-0.00684806;RO=29;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815867;STB=0.526818;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0341042;OID=.;OPOS=42446362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:30:32:31:0.508197:18:14:10:19:18:13:11:19 chr15 42446398 . G A 240.8 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00670443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.865;QD=16.8984;RBI=0.0181639;REFB=-0.0230133;REVB=0.0168813;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552754;STB=0.538432;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0264896;OID=.;OPOS=42446398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:30:26:27:0.473684:17:9:12:18:18:9:12:18 chr15 42448659 . C A 402.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00278432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.8192;QD=18.9426;RBI=0.0523359;REFB=-0.00869162;REVB=-0.0522618;RO=40;SAF=26;SAR=15;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210342;STB=0.617555;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00898877;OID=.;OPOS=42448659;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:85:40:44:41:41:0.482353:15:26:16:24:15:26:18:26 chr15 42458347 . T C 226.82 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0238957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.012;QD=31.285;RBI=0.0400215;REFB=-0.0581961;REVB=-0.0321047;RO=8;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415736;STB=0.522912;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0391949;OID=.;OPOS=42458347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:29:29:8:8:19:19:0.655172:6:13:6:2:6:13:6:2 chr15 42459034 . T C 257.96 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.022734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.864;QD=18.4259;RBI=0.0297606;REFB=-0.0190799;REVB=-0.0192057;RO=28;SAF=10;SAR=18;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185802;STB=0.602875;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0227018;OID=.;OPOS=42459034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:18:10:5:23:18:10:5:23 chr15 42491848 . A C 286.0 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0423469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.741;QD=21.9996;RBI=0.0537947;REFB=-0.032693;REVB=0.0331754;RO=23;SAF=10;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404037;STB=0.522416;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0246962;OID=.;OPOS=42491848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:19:10:9:14:19:10:9:14 chr15 42502896 . A T 595.0 PASS AF=0.5625;AO=53;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0223955;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.206;QD=24.7918;RBI=0.0240005;REFB=-0.0384186;REVB=0.00862918;RO=43;SAF=21;SAR=32;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385544;STB=0.528835;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.028324;OID=.;OPOS=42502896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:42:53:54:0.5625:32:21:19:24:33:21:19:23 chr15 42553218 . AT A,AA 188.87 PASS AF=0.5,0.35;AO=9,8;DP=26;FAO=10,7;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=4,3;FSAR=6,4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0382671,0.0461634;FXX=0.0908678;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=260.653,260.712;QD=37.7749;RBI=0.0421967,0.0490527;REFB=0.0133148,0.0135855;REVB=0.0177818,0.0165863;RO=7;SAF=2,4;SAR=7,4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0657708,0.170899;STB=0.516097,0.529328;STBP=0.915,0.794;TYPE=del,snp;VARB=-0.0129495,0.0112177;OID=.,.;OPOS=42553219,42553219;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.35:9,8:26:10,7:20:3:4,3:6,4:1:2:19:7:2,4:7,4:2:5 chr15 42565588 . C A 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0104662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.142;QD=21.1288;RBI=0.0106043;REFB=-0.0109166;REVB=-0.00170538;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271516;STB=0.651038;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0116575;OID=.;OPOS=42565588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:11:11:4:17:11:11:4:17 chr15 42568547 . C G 196.63 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0265099;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.049;QD=17.4781;RBI=0.0295548;REFB=-0.00891003;REVB=-0.0130658;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136729;STB=0.567499;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0130782;OID=.;OPOS=42568547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:25:20:20:0.444444:12:8:13:11:12:8:13:12 chr15 42570718 . A G 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00930757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.863;QD=14.196;RBI=0.0114225;REFB=-0.0293895;REVB=0.00662131;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240646;STB=0.617221;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0329582;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:32:23:23:0.418182:9:14:10:18:9:14:13:19 chr15 42575963 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0118228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.663;QD=11.8143;RBI=0.0135023;REFB=-0.00873124;REVB=0.00652179;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075912;STB=0.504498;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0148273;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:8:5:9:14:8:5:9:14 chr15 42579948 . T C 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00236155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.85;QD=15.6426;RBI=0.0242476;REFB=0.0119095;REVB=0.0241323;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190792;STB=0.609647;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0115476;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:8:12:12:17:8:12:12:17 chr15 42640302 . T A 362.46 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00460782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1552;QD=20.7122;RBI=0.00502343;REFB=-0.0255676;REVB=-0.0020007;RO=33;SAF=19;SAR=18;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790909;STB=0.543741;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0267209;OID=.;OPOS=42640302;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:18:19:20:13:18:19:20:13 chr15 42643529 . T C 172.0 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.000814118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.234;QD=9.29735;RBI=0.00586156;REFB=-0.000556807;REVB=0.00580474;RO=51;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055724;STB=0.532966;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00135835;OID=.;OPOS=42643529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:15:8:20:31:15:8:20:31 chr15 42696606 . G T 234.74 PASS AF=0.489362;AO=21;DP=44;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0115382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.944;QD=19.9781;RBI=0.0122729;REFB=-0.0349086;REVB=0.0041826;RO=23;SAF=16;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256133;STB=0.607902;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0574154;OID=.;OPOS=42696606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:23:24:21:23:0.489362:5:16:12:11:7:16:12:12 chr15 42706022 . A T 259.4 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00879495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3944;QD=14.2139;RBI=0.00899974;REFB=-0.00270305;REVB=0.001909;RO=43;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105346;STB=0.559887;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00264139;OID=.;OPOS=42706022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:13:17:20:23:13:17:20:23 chr15 42706287 . T C 161.65 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0179874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6871;QD=11.9737;RBI=0.0208099;REFB=-0.0114312;REVB=-0.0104644;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200759;STB=0.513047;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0271341;OID=.;OPOS=42706287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:34:20:20:0.37037:11:9:15:17:11:9:16:18 chr15 42709493 . CA AA,C 35.21 PASS AF=0.0192308,0.211538;AO=2,12;DP=47;FAO=1,11;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=1,4;FSAR=0,7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00744997,-0.100045;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=73.8544,8.78802;QD=2.70837;RBI=0.0389338,0.13241;REFB=0.00251539,-0.0578254;REVB=-0.0382144,0.0867378;RO=30;SAF=2,3;SAR=0,9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0,0.52381;SSEP=0,0;SSSB=0.472075,-0.275941;STB=0.989479,0.627008;STBP=0.479,0.35;TYPE=snp,del;VARB=0.0184781,0.144113;OID=.,.;OPOS=42709493,42709494;OREF=C,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:47:52:30:40:2,12:1,11:0.0192308,0.211538:0,9:2,3:14:16:0,7:1,4:21:19 chr15 42742464 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00133754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.103;QD=13.5055;RBI=0.0105948;REFB=-0.0146051;REVB=-0.01051;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207284;STB=0.6205;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0145238;OID=.;OPOS=42742464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:5:12:6:6:5:12 chr15 42834962 . C T 216.52 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0157663;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.616;QD=22.2071;RBI=0.0194332;REFB=-0.028183;REVB=0.0113609;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159687;STB=0.566441;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0220536;OID=.;OPOS=42834962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:18:20:21:0.538462:10:10:13:6:10:11:12:6 chr15 42987466 . G A 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0220224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.077;QD=21.2642;RBI=0.0240627;REFB=-0.0627257;REVB=0.00969681;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467648;STB=0.52629;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0690972;OID=.;OPOS=42987466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:8:10:10:10:8:10 chr15 43574784 . G A 623.59 PASS AF=0.617978;AO=55;DP=89;FAO=55;FDP=89;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0139029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.957;QD=28.0264;RBI=0.0149761;REFB=-0.0179224;REVB=0.00556711;RO=34;SAF=23;SAR=32;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180438;STB=0.598095;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00986038;OID=.;OPOS=43574784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:34:34:55:55:0.617978:32:23:23:11:32:23:23:11 chr15 43991225 . C T 447.45 PASS AF=0.368794;AO=51;DP=139;FAO=52;FDP=141;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.00421975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.418;QD=12.6936;RBI=0.0310957;REFB=-0.0137461;REVB=-0.030808;RO=86;SAF=27;SAR=24;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15999;STB=0.590875;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0189694;OID=.;OPOS=43991225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:86:89:51:52:0.368794:24:27:33:53:24:28:35:54 chr15 44038899 . C T 1198.97 PASS AF=0.931818;AO=82;DP=88;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0243816;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.38;QD=54.4987;RBI=0.0247712;REFB=-0.0257271;REVB=0.00437653;RO=6;SAF=52;SAR=30;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412406;STB=0.521836;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000451784;OID=.;OPOS=44038899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:88:88:6:6:82:82:0.931818:30:52:2:4:30:52:2:4 chr15 44061802 . C T 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.285;QD=61.6816;RBI=0.0448069;REFB=0;REVB=0.0115134;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248188;OID=.;OPOS=44061802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr15 44120559 . T G 463.5 PASS AF=1;AO=20;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.324;QD=56.1822;RBI=0.019232;REFB=0;REVB=0.0155636;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125396;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:20:33:1:9:11:0:0:21:12:0:0 chr15 44120560 . C G 107.3 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0373415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8866;QD=13.0059;RBI=0.0452203;REFB=-0.0965553;REVB=0.0255047;RO=20;SAF=1;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.615391;STB=0.872037;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0520012;OID=.;OPOS=44120560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:12:1:11:9:12:1:11:9 chr15 44829408 . G T 299.02 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0289539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5217;QD=21.3586;RBI=0.0310263;REFB=-0.0224437;REVB=0.0111491;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10962;STB=0.560763;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0263248;OID=.;OPOS=44829408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:19:12:13:12:19:12:13:12 chr15 44966389 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1525;QD=44.6893;RBI=0.0160306;REFB=0;REVB=-0.0159028;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224845;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr15 45047402 . A G 232.09 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0354604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7748;QD=23.8042;RBI=0.0520988;REFB=-0.00358865;REVB=0.0381686;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904992;STB=0.505046;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00275405;OID=.;OPOS=45047402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:14:8:6:11:14:8:6:11 chr15 45047573 . C T 228.29 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.210224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.509;QD=21.7415;RBI=0.21024;REFB=-0.0157548;REVB=-0.00263895;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188126;STB=0.621242;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00958169;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:16:6:9:10:16:6:10:10 chr15 45048651 . C T 158.66 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00640602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.352;QD=17.1525;RBI=0.0271168;REFB=-0.0181224;REVB=-0.0263492;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131045;STB=0.574991;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0187421;OID=.;OPOS=45048651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:11:9:10:7:11:9 chr15 45361180 . A T 67.33 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0443117;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.108;QD=4.6436;RBI=0.0451819;REFB=-0.00395838;REVB=0.00882484;RO=46;SAF=4;SAR=7;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195772;STB=0.620033;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.012519;OID=.;OPOS=45361180;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:59:58:46:47:11:11:0.189655:7:4:24:22:7:4:24:23 chr15 45365683 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00621783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.684;QD=9.10004;RBI=0.0188825;REFB=0.00837682;REVB=0.0178294;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310768;STB=0.693228;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00870151;OID=.;OPOS=45365683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:2:7:10:9:2:7:10:9 chr15 45365696 . C A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0141478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.823;QD=9.10001;RBI=0.0141642;REFB=0.000308006;REVB=-0.000681162;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310768;STB=0.693228;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.000968503;OID=.;OPOS=45365696;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:2:7:10:9:2:7:10:9 chr15 45365724 . C T 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0195806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.585;QD=6.59608;RBI=0.0224916;REFB=-0.000355237;REVB=0.0110667;RO=27;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404027;STB=0.747854;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00129592;OID=.;OPOS=45365724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:27:28:9:9:0.243243:2:7:12:15:2:7:13:15 chr15 45365730 . G A 52.93 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0323479;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2876;QD=5.57178;RBI=0.0418602;REFB=0.000297223;REVB=0.0265685;RO=30;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34752;STB=0.729142;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00177851;OID=.;OPOS=45365730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:39:38:30:30:8:8:0.210526:2:6:14:16:2:6:14:16 chr15 45392075 . G A 721.68 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8581;QD=62.7547;RBI=0.0602725;REFB=0;REVB=0.0486824;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565727;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:19:25:0:0:19:27:0:0 chr15 45400358 . C G 432.88 PASS AF=1;AO=19;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451355;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.378;QD=57.7178;RBI=0.0693169;REFB=0;REVB=0.0526082;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04743e-05;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:19:30:1:7:12:0:0:8:22:0:0 chr15 45404066 . G A 975.0 PASS AF=0.909091;AO=70;DP=77;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0309984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.148;QD=50.6491;RBI=0.0350434;REFB=-0.154411;REVB=0.0163443;RO=4;SAF=36;SAR=34;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496843;STB=0.544291;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00461269;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:77:77:4:7:70:70:0.909091:34:36:4:0:34:36:7:0 chr15 45408414 . C G 309.58 PASS AF=1;AO=12;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4005;QD=53.8404;RBI=0.246672;REFB=0;REVB=0.243256;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00585104;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:12:23:1:2:10:0:0:13:10:0:0 chr15 45408933 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0880806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.536;QD=60.9781;RBI=0.094114;REFB=0;REVB=0.033155;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241948;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:30:9:0:0:30:9:0:0 chr15 45444518 . A G 501.52 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6094;QD=59.0019;RBI=0.0530419;REFB=0;REVB=0.000250952;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511106;OID=.;OPOS=45444518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr15 45446156 . C T 767.09 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.484;QD=55.7886;RBI=0.0827285;REFB=0;REVB=0.0816584;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059985;OID=.;OPOS=45446156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:32:19:0:0:34:21:0:0 chr15 45457519 . T C,G 1383.17 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=6,82;DP=89;FAO=2,88;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=2,34;FSAR=0,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868814,0.0761083;FXX=0.0109878;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=39.2529,65.6332;QD=61.4742;RBI=0.0208285,0.100093;REFB=0,0;REVB=0.0189299,0.0650094;RO=0;SAF=6,28;SAR=0,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.44411e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.197531,0.00215968;OID=.,.;OPOS=45457519,45457519;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:89:90:0:0:6,82:2,88:0.0222222,0.977778:0,54:6,28:0:0:0,54:2,34:0:0 chr15 45467540 . C G 363.82 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.639;QD=51.9744;RBI=0.0406244;REFB=-0.011046;REVB=0.017234;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000119943;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chr15 45545478 . C T 283.84 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0090117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.283;QD=43.6673;RBI=0.00913198;REFB=-0.0732639;REVB=-0.00147726;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503934;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0014939;OID=.;OPOS=45545478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:0:3:23:23:0.884615:16:7:0:0:16:7:1:2 chr15 45554267 . C A 1035.55 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00901045;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.502;QD=58.341;RBI=0.0103249;REFB=-0.109818;REVB=0.00504142;RO=1;SAF=22;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210027;STB=0.511108;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000785743;OID=.;OPOS=45554267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:48:22:1:0:48:22:1:0 chr15 45654327 . A G 1826.93 PASS AF=0.960938;AO=121;DP=128;FAO=123;FDP=128;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0242307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9196;QD=57.0915;RBI=0.0420701;REFB=-0.137764;REVB=0.0343914;RO=5;SAF=63;SAR=58;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241593;STB=0.512851;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0101272;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:128:128:5:5:121:123:0.960938:58:63:1:4:58:65:1:4 chr15 45661678 . T A 1436.2 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00914277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.046;QD=61.1148;RBI=0.0341576;REFB=-0.0143341;REVB=0.0329112;RO=1;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957698;STB=0.504949;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000146848;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:92:93:0.989362:49:43:0:1:50:43:0:1 chr15 45694768 . G T 315.18 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.457;QD=52.5297;RBI=0.0703211;REFB=0;REVB=0.0550203;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272694;OID=.;OPOS=45694768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:13:11:0:0 chr15 45695612 . C T 1553.11 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.718;QD=59.7349;RBI=0.0398512;REFB=0;REVB=0.0398274;RO=0;SAF=69;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23534e-05;OID=.;OPOS=45695612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:34:69:0:0:35:69:0:0 chr15 45695695 . G A 1889.1 PASS AF=0.961538;AO=125;DP=135;FAO=125;FDP=130;FR=.;FRO=5;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0463514;FXX=0.0370343;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8718;QD=58.1263;RBI=0.0984725;REFB=-0.0570782;REVB=0.0868814;RO=3;SAF=70;SAR=55;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102231;STB=0.513999;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00162742;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:135:130:3:5:125:125:0.961538:55:70:1:2:55:70:1:4 chr15 45779810 . G A 138.63 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.023966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.419;QD=12.6026;RBI=0.0240285;REFB=-0.0090479;REVB=0.00173249;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475257;STB=0.51722;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0165486;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:7:9:14:13:7:9:15:13 chr15 45968435 . T C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0216382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.966;QD=21.9722;RBI=0.0311608;REFB=-0.00537286;REVB=-0.0224228;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271384;STB=0.652041;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00545795;OID=.;OPOS=45968435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:8:15:7:14:8:15:7:14 chr15 48053229 . C A 276.91 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00519035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4985;QD=29.1483;RBI=0.00902572;REFB=-0.0564825;REVB=0.00738403;RO=13;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363425;STB=0.519984;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0322999;OID=.;OPOS=48053229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:12:13:6:7:12:13:6:7 chr15 48058071 . G A 428.35 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.331;QD=57.1133;RBI=0.0258041;REFB=0;REVB=-0.00243327;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169749;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:9:20:0:0:10:20:0:0 chr15 48063076 . T C 1513.23 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.983;QD=59.93;RBI=0.034124;REFB=0;REVB=-0.0141635;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92607e-05;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:41:60:0:0:41:60:0:0 chr15 48426484 . A C,G 951.77 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=4,62;DP=66;FAO=4,62;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=3,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182317,0.000419418;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.0109,75.7371;QD=57.6833;RBI=0.0182752,0.00411697;REFB=0,0;REVB=0.00125991,-0.00409555;RO=0;SAF=1,13;SAR=3,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0339015,0.000640767;OID=.,.;OPOS=48426484,48426484;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:66:66:0:0:4,62:4,62:0.0606061,0.939394:3,49:1,13:0:0:3,49:1,13:0:0 chr15 48443699 . T C 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3672;QD=57.7086;RBI=0.0308807;REFB=0;REVB=-0.0302885;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025617;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr15 48460927 . C T 1556.81 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0422214;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.186;QD=62.9014;RBI=0.0541576;REFB=0.0228099;REVB=-0.0339175;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00023651;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:0:1:98:98:0.989899:58:40:0:0:58:40:0:1 chr15 48539587 . T C 1086.73 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00331771;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5946;QD=58.7421;RBI=0.0264219;REFB=0.00488558;REVB=0.0262127;RO=1;SAF=24;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192984;STB=0.510201;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-6.15902e-05;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:49:24:1:0:49:24:1:0 chr15 48580713 . T C 358.22 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.11426;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.18;QD=49.4102;RBI=0.114263;REFB=-0.0339756;REVB=0.000836064;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.524982;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00105646;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:29:0:2:27:27:0.931034:19:8:0:0:19:8:0:2 chr15 48701029 . C T 65.58 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0594825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.489;QD=11.4049;RBI=0.0596481;REFB=-0.00928716;REVB=-0.00444087;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244315;STB=0.646728;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0130383;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:8:6:6:3:8:6 chr15 48702457 . C A 340.74 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0176593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.186;QD=20.9689;RBI=0.0316787;REFB=-0.0260849;REVB=0.0263;RO=30;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822607;STB=0.545429;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0165308;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:15:20:20:10:15:20:20:10 chr15 48720652 . C T 167.53 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0200638;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.696;QD=11.7563;RBI=0.0200813;REFB=-0.018723;REVB=0.000837247;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113062;STB=0.50251;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0297446;OID=.;OPOS=48720652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:37:36:21:21:0.368421:11:10:18:19:11:10:17:19 chr15 48722884 . A G 298.07 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0174174;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.864;QD=18.0646;RBI=0.0327278;REFB=-0.0315409;REVB=-0.0277082;RO=34;SAF=22;SAR=9;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362382;STB=0.706203;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0178738;OID=.;OPOS=48722884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:31:32:0.484848:9:22:11:23:9:23:11:23 chr15 48797307 . A G 341.43 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0321896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.628;QD=19.7928;RBI=0.0349073;REFB=-0.0115413;REVB=-0.0135037;RO=32;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638486;STB=0.533962;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0160534;OID=.;OPOS=48797307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:33:35:36:0.521739:16:19:15:17:16:20:16:17 chr15 48807637 . C T 1672.07 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2095;QD=60.2547;RBI=0.0257931;REFB=0;REVB=-0.0128535;RO=0;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102377;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:55:55:0:0:55:56:0:0 chr15 49030822 . C G 96.18 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0530555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9578;QD=12.0228;RBI=0.0597154;REFB=0.011699;REVB=-0.0274052;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105621;STB=0.562397;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.0191508;OID=.;OPOS=49030822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:8:12:6:6:8:12 chr15 49054772 . C A 260.57 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00222978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.774;QD=14.4762;RBI=0.00235953;REFB=-0.0112153;REVB=0.00077168;RO=42;SAF=10;SAR=20;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27122;STB=0.654102;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0148436;OID=.;OPOS=49054772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:20:10:25:17:20:10:25:17 chr15 49090175 . G A 341.72 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0116962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7407;QD=21.6967;RBI=0.0807922;REFB=-0.0182153;REVB=0.079941;RO=28;SAF=24;SAR=10;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00829431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173051;OID=.;OPOS=49090175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:28:34:35:0.555556:10:24:20:8:10:25:20:8 chr15 49118087 . C T 205.15 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0214607;FXX=0.0869376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.286;QD=19.5384;RBI=0.0352497;REFB=-0.0275546;REVB=-0.0279639;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058524;STB=0.533299;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0335323;OID=.;OPOS=49118087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:42:21:22:19:20:0.47619:7:12:12:9:7:13:13:9 chr15 49168841 . G A 1843.74 PASS AF=0.490617;AO=183;DP=371;FAO=183;FDP=373;FR=.;FRO=190;FSAF=94;FSAR=89;FSRF=93;FSRR=97;FWDB=0.0425809;FXX=0.0336779;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1429;QD=19.772;RBI=0.0434135;REFB=-0.0148956;REVB=0.00846137;RO=185;SAF=94;SAR=89;SRF=93;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100582;STB=0.51232;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0224676;OID=.;OPOS=49168841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:373:185:190:183:183:0.490617:89:94:93:92:89:94:93:97 chr15 49170977 . G A 187.73 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0496547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2188;QD=20.2956;RBI=0.0497412;REFB=-0.00672287;REVB=-0.00293181;RO=18;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142836;STB=0.581303;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00959705;OID=.;OPOS=49170977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:15:4:6:12:15:4:6:12 chr15 49288160 . A G 526.37 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7552;QD=56.9052;RBI=0.0745953;REFB=-0.116292;REVB=0.0732961;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199188;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00708767;OID=.;OPOS=49288160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:1:1:36:36:0.972973:23:13:0:1:23:13:0:1 chr15 49325289 . A C 262.05 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.0181006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.924;QD=12.4784;RBI=0.0190483;REFB=-0.0132355;REVB=-0.00593359;RO=53;SAF=10;SAR=21;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415818;STB=0.7367;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0239568;OID=.;OPOS=49325289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:21:10:38:15:21:10:38:15 chr15 49491143 . G A 360.52 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0365525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.054;QD=22.8902;RBI=0.0633043;REFB=-0.0304363;REVB=0.051685;RO=23;SAF=21;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16699;STB=0.621344;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0166434;OID=.;OPOS=49491143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:27:36:36:0.571429:15:21:8:15:15:21:8:19 chr15 49716845 . T C 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0027197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.101;QD=14.4107;RBI=0.0308145;REFB=0.00290538;REVB=0.0306943;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150511;STB=0.586863;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00398473;OID=.;OPOS=49716845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:10:18:9:9:10:18 chr15 50151140 . A G 236.07 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0110647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.807;QD=19.271;RBI=0.0169549;REFB=-0.0200374;REVB=0.0128468;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112659;STB=0.563853;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.023154;OID=.;OPOS=50151140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:15:8:12:14:15:8:12:14 chr15 50152583 . G T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.873;QD=61.8525;RBI=0.01892;REFB=0;REVB=0.0180151;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42611e-05;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr15 50226313 . G T 617.56 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0915746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2596;QD=58.8155;RBI=0.0915832;REFB=-0.109207;REVB=-0.00125117;RO=1;SAF=10;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445736;STB=0.523798;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0020048;OID=.;OPOS=50226313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:39:41:0.97619:29:10:1:0:31:10:1:0 chr15 50279662 . T C 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.014;QD=58.2342;RBI=0.037447;REFB=0;REVB=-0.0149217;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53416e-05;OID=.;OPOS=50279662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr15 50311135 . C A 919.99 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6079;QD=58.4119;RBI=0.0455613;REFB=0;REVB=-0.00896097;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233478;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr15 50311148 . A G 905.99 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.482;QD=56.6242;RBI=0.0136171;REFB=-0.0592242;REVB=0.00859032;RO=1;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160049;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=3.60476e-05;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:29:34:0:1:29:34:0:1 chr15 50474766 . A C 347.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.512;QD=53.496;RBI=0.0448793;REFB=0;REVB=0.0446901;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137438;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:6:19:0:0:7:19:0:0 chr15 50555544 . G A 300.18 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00522752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.769;QD=16.4482;RBI=0.00748209;REFB=-0.0100655;REVB=0.00535302;RO=40;SAF=8;SAR=25;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259433;STB=0.647076;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0135445;OID=.;OPOS=50555544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:25:8:19:21:25:8:19:21 chr15 50773755 . G A 851.1 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.565;QD=57.7015;RBI=0.0358457;REFB=0;REVB=0.0274444;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6688e-05;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr15 50773787 . A G 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0146627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.771;QD=17.4268;RBI=0.015916;REFB=-0.0193458;REVB=-0.00619056;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460803;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0340442;OID=.;OPOS=50773787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:12:11:10:9:12:11 chr15 50789423 . G A 341.91 PASS AF=0.659091;AO=25;DP=40;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00723199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.538;QD=31.0824;RBI=0.0401698;REFB=-0.0267118;REVB=0.0395134;RO=15;SAF=7;SAR=18;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145385;STB=0.594525;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0207077;OID=.;OPOS=50789423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:44:15:15:25:29:0.659091:18:7:7:8:22:7:7:8 chr15 50867082 . G A 47.88 PASS AF=0.35;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0296323;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2378;QD=9.57596;RBI=0.0807026;REFB=-0.0109576;REVB=-0.0750655;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118161;STB=0.57355;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0143451;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:13:13:7:7:0.35:2:5:8:5:2:5:8:5 chr15 50878630 . G A 223.1 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0155217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.344;QD=16.5259;RBI=0.0160968;REFB=-0.0120988;REVB=-0.0042645;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177543;STB=0.59992;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0199148;OID=.;OPOS=50878630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:29:25:25:0.462963:10:15:11:16:10:15:12:17 chr15 50888568 . A G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0235776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.692;QD=13.2053;RBI=0.0331284;REFB=-0.0378092;REVB=0.023272;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344857;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0246475;OID=.;OPOS=50888568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:2:4:1:4:2:4:2:4 chr15 50981098 . T C 215.77 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0200483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0572;QD=22.7121;RBI=0.0299445;REFB=-0.0273401;REVB=-0.0222427;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331601;STB=0.663128;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0213795;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:17:21:21:0.552632:10:11:15:1:10:11:15:2 chr15 51217361 . T C 415.23 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=0.00884128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.591;QD=15.2376;RBI=0.00912527;REFB=-0.00253366;REVB=-0.00225882;RO=62;SAF=20;SAR=27;SRF=18;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144242;STB=0.580507;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0045443;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:27:20:18:44:27:20:18:44 chr15 51295934 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0565252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.354;QD=16.8989;RBI=0.0620637;REFB=-0.0323969;REVB=-0.0256282;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136379;STB=0.578793;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00948951;OID=.;OPOS=51295934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:3:6:5:5:3:6 chr15 51502844 . A C 1448.55 PASS AF=0.946429;AO=103;DP=111;FAO=106;FDP=112;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0355753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9144;QD=51.7339;RBI=0.1622;REFB=-0.180129;REVB=0.158251;RO=8;SAF=35;SAR=68;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330346;STB=0.509967;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0129452;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:111:112:8:6:103:106:0.946429:68:35:1:7:71:35:1:5 chr15 51502986 . G A 403.45 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0143833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.344;QD=14.9426;RBI=0.0177062;REFB=-0.00409812;REVB=0.0103262;RO=62;SAF=16;SAR=30;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255499;STB=0.643662;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00521386;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:30:16:37:25:30:16:37:25 chr15 51503881 . T A 150.61 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0125874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.658;QD=15.0614;RBI=0.0394921;REFB=-0.0224405;REVB=-0.0374324;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229559;STB=0.622621;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0196344;OID=.;OPOS=51503881;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:16:17:0.425:8:8:6:16:9:8:6:17 chr15 51503897 . G A 119.37 PASS AF=0.4;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00164218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.525;QD=13.6427;RBI=0.0313958;REFB=-0.0117119;REVB=-0.0313529;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249568;STB=0.65694;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0279438;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:21:13:14:0.4:6:7:4:11:7:7:5:16 chr15 51507968 . G A 552.9 PASS AF=0.5;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.000117854;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.858;QD=19.4001;RBI=0.00421157;REFB=-0.0254466;REVB=0.00420992;RO=57;SAF=27;SAR=30;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317758;STB=0.517554;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0236695;OID=.;OPOS=51507968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:57:57:57:57:0.5:30:27:29:28:30:27:29:28 chr15 51529112 . T C 460.87 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0168874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1149;QD=17.2289;RBI=0.0385967;REFB=-0.00702795;REVB=0.0347062;RO=57;SAF=21;SAR=29;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151878;STB=0.584513;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0153608;OID=.;OPOS=51529112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:57:50:50:0.46729:29:21:33:24:29:21:33:24 chr15 51669625 . A C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.012772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.228;QD=23.0939;RBI=0.0551243;REFB=-0.0211123;REVB=-0.0536243;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399905;STB=0.522423;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0124254;OID=.;OPOS=51669625;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:5:7:9:8:5:7 chr15 51675625 . C T 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0023197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.667;QD=16.0054;RBI=0.00279984;REFB=0.00194235;REVB=-0.00156782;RO=44;SAF=20;SAR=15;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137933;STB=0.583582;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00254488;OID=.;OPOS=51675625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:45:35:35:0.4375:15:20:19:25:15:20:19:26 chr15 51783820 . T C 539.83 PASS AF=0.460317;AO=53;DP=120;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0462702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3848;QD=17.1373;RBI=0.0514322;REFB=-0.0409459;REVB=0.0224575;RO=64;SAF=11;SAR=42;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307146;STB=0.625486;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0496399;OID=.;OPOS=51783820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:126:64:68:53:58:0.460317:42:11:30:34:42:16:33:35 chr15 51791559 . A G 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0409925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0391;QD=8.81172;RBI=0.0419276;REFB=-0.0016801;REVB=0.00880535;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246742;STB=0.515121;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00658683;OID=.;OPOS=51791559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:5:5:12:11:5:5:12:11 chr15 51795172 . G A 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.016643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.897;QD=17.379;RBI=0.0236672;REFB=0.00796157;REVB=0.016827;RO=36;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255677;STB=0.649395;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00596421;OID=.;OPOS=51795172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:21:12:23:13:21:12:24:13 chr15 51868373 . A G 43.32 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.115648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.052;QD=6.1881;RBI=0.116466;REFB=0.00267875;REVB=-0.0137795;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272656;STB=0.672809;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00331791;OID=.;OPOS=51868373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:3:4:7:14:3:4:7:14 chr15 51914662 . G A 890.06 PASS AF=0.448889;AO=94;DP=209;FAO=101;FDP=225;FR=.;FRO=124;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=72;FSRR=52;FWDB=0.0538578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.3048;QD=15.8233;RBI=0.0822094;REFB=-0.0228306;REVB=0.0621106;RO=112;SAF=51;SAR=43;SRF=68;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642872;STB=0.530967;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0303798;OID=.;OPOS=51914662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:225:112:124:94:101:0.448889:43:51:68:44:48:53:72:52 chr15 51914716 . T C 750.3 PASS AF=0.418269;AO=77;DP=200;FAO=87;FDP=208;FR=.;FRO=121;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=0.0208192;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.055;QD=14.4289;RBI=0.0240361;REFB=-0.0247663;REVB=-0.0120123;RO=122;SAF=27;SAR=50;SRF=64;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193594;STB=0.557924;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0331995;OID=.;OPOS=51914716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:208:122:121:77:87:0.418269:50:27:64:58:51:36:62:59 chr15 52517714 . C T 236.28 PASS AF=0.522727;AO=20;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.130822;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4332;QD=21.4803;RBI=0.130942;REFB=-0.0103617;REVB=0.00559452;RO=21;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517297;STB=0.538429;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00277108;OID=.;OPOS=52517714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:20:23:0.522727:16:4:5:16:16:7:5:16 chr15 52524869 . G A 213.59 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0152348;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.63;QD=14.4808;RBI=0.021568;REFB=-0.00684732;REVB=-0.015267;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431906;STB=0.551589;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.011661;OID=.;OPOS=52524869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:31:34:25:25:0.423729:14:11:15:16:14:11:18:16 chr15 52531941 . A G 412.54 PASS AF=0.45;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0134472;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.108;QD=16.5018;RBI=0.016225;REFB=-0.0179588;REVB=0.00907882;RO=52;SAF=25;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165906;STB=0.504502;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0218689;OID=.;OPOS=52531941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:52:55:45:45:0.45:20:25:28:24:20:25:31:24 chr15 52539673 . C T 833.53 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8058;QD=57.4849;RBI=0.0756839;REFB=0;REVB=0.0700106;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502027;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:31:27:0:0 chr15 52556429 . A G 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8264;QD=60.2215;RBI=0.022257;REFB=0;REVB=0.0171698;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222557;OID=.;OPOS=52556429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr15 52570093 . G A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.018233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.175;QD=22.8309;RBI=0.0250262;REFB=-0.0420498;REVB=0.0171427;RO=10;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111594;STB=0.562421;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0301766;OID=.;OPOS=52570093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:5:10:8:2:5:10:8:2 chr15 52604136 . A ATTTGTCAT,ATTTGTCATT 293.75 PASS AF=0,1;AO=4,14;DP=31;FAO=0,22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364199,0.0318422;FXX=0.0832986;HRUN=3,3;LEN=8,9;MLLD=258.193,273.769;QD=53.4089;RBI=0.0731946,0.0800651;REFB=0,0;REVB=0.0634905,0.0734609;RO=9;SAF=1,7;SAR=3,7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.512143,-0.193534;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.000602878;OID=.,.;OPOS=52604137,52604137;OREF=-,-;OALT=TTTGTCAT,TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCAT,ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,14:31:0,22:22:0:0,10:0,12:0:0:4:9:1,7:3,7:7:2 chr15 52611451 . A G 634.28 PASS AF=0.420118;AO=71;DP=170;FAO=71;FDP=169;FR=.;FRO=98;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.0101954;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.684;QD=15.0125;RBI=0.0248096;REFB=-0.0165422;REVB=-0.0226179;RO=97;SAF=28;SAR=43;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126738;STB=0.568263;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0235193;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:97:98:71:71:0.420118:43:28:50:47:43:28:50:48 chr15 52652174 . T C 243.32 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00137488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.294;QD=12.806;RBI=0.0112479;REFB=-0.00937956;REVB=0.0111635;RO=47;SAF=20;SAR=9;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876592;STB=0.550423;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0180846;OID=.;OPOS=52652174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:9:20:29:18:9:20:29:18 chr15 52667552 . G A 319.13 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0148139;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.038;QD=15.5672;RBI=0.0157213;REFB=-0.0159202;REVB=-0.00526375;RO=45;SAF=20;SAR=15;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098901;STB=0.578139;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0176314;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:45:47:35:35:0.426829:15:20:30:15:15:20:33:14 chr15 52676392 . A G 494.83 PASS AF=0.431818;AO=45;DP=132;FAO=57;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.00879125;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.418;QD=14.9949;RBI=0.0276037;REFB=-0.0336405;REVB=0.0261664;RO=55;SAF=24;SAR=21;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299979;STB=0.504503;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0601956;OID=.;OPOS=52676392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:55:75:45:57:0.431818:21:24:31:24:33:24:31:44 chr15 52689526 . T C 1023.24 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9974;QD=56.8468;RBI=0.0315424;REFB=-0.155882;REVB=0.00790104;RO=1;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113932;STB=0.505881;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00214675;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:41:29:0:1:42:29:0:1 chr15 52689631 . T G 391.93 PASS AF=0.493976;AO=39;DP=77;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00769733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1416;QD=18.8882;RBI=0.0480648;REFB=-0.0534538;REVB=-0.0474444;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142987;STB=0.505374;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.046177;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:83:38:42:39:41:0.493976:23:16:15:23:23:18:18:24 chr15 52901283 . TT CC 782.8 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428597;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=92.125;QD=56.9312;RBI=0.0610102;REFB=0;REVB=0.0434199;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000248367;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:30:23:0:0:32:23:0:0 chr15 53081806 . C CG 31.55 PASS AF=0.466667;AO=5;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.130954;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.4606;QD=8.41231;RBI=0.132034;REFB=-0.0483429;REVB=0.0168538;RO=10;SAF=0;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.706086;STB=0.68509;STBP=0.269;TYPE=ins;VARB=0.189958;OID=.;OPOS=53081807;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:5:15:7:15:8:1:6:3:5:31:10:0:5:4:6 chr15 53081834 . AG A 31.17 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.049068;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.307;QD=6.92689;RBI=0.0491186;REFB=-0.0285786;REVB=0.0022278;RO=11;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.333333;SSSB=0.221046;STB=0.713773;STBP=0.409;TYPE=del;VARB=0.0802549;OID=.;OPOS=53081835;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:5:17:6:18:12:2:4:1:11:31:11:1:4:1:10 chr15 53907948 . G A 165.97 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.040694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.531;QD=22.1293;RBI=0.0754071;REFB=-0.0388161;REVB=-0.0634841;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522387;STB=0.529377;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0265929;OID=.;OPOS=53907948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:6:7:8:9:6:7 chr15 53994493 . A G 316.35 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0236328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.29;QD=16.2232;RBI=0.0313691;REFB=-0.0283156;REVB=-0.0206279;RO=42;SAF=22;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21765;STB=0.616452;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0397299;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:43:34:35:0.448718:12:22:18:24:13:22:18:25 chr15 54003091 . G A 182.63 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00852405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7268;QD=12.595;RBI=0.0371058;REFB=0.00589841;REVB=0.0361134;RO=35;SAF=15;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633627;STB=0.546034;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.0105305;OID=.;OPOS=54003091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:35:22:23:0.396552:7:15:22:13:7:16:22:13 chr15 54008795 . T C 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7185;QD=57.1047;RBI=0.0356397;REFB=0;REVB=0.0277341;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393223;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:19:36:0:0:19:36:0:0 chr15 54008845 . T C 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.461;QD=57.5428;RBI=0.0511726;REFB=0;REVB=0.011956;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334858;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr15 54008889 . GA G 230.89 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0143636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.8027;QD=15.9231;RBI=0.0506989;REFB=-0.00400884;REVB=-0.0486216;RO=24;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164647;STB=0.523795;STBP=0.719;TYPE=del;VARB=0.00313948;OID=.;OPOS=54008890;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568966:32:58:33:58:25:18:15:15:10:99:24:18:14:14:10 chr15 54306925 . G A 902.61 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2731;QD=58.2331;RBI=0.0560176;REFB=0;REVB=-0.0444348;RO=0;SAF=45;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117004;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:17:45:0:0:17:45:0:0 chr15 54307378 . T A 143.1 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0243706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.243;QD=22.8967;RBI=0.0290681;REFB=-0.0309618;REVB=-0.0158437;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154046;STB=0.586099;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.030812;OID=.;OPOS=54307378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:25:25:10:10:15:15:0.6:6:9:8:2:6:9:8:2 chr15 54529770 . C T 323.91 PASS AF=0.4;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0409926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.232;QD=14.396;RBI=0.0413307;REFB=-0.0131597;REVB=0.00527616;RO=53;SAF=21;SAR=15;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982034;STB=0.561533;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.018336;OID=.;OPOS=54529770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:53:54:36:36:0.4:15:21:26:27:15:21:26:28 chr15 54919047 . A G 305.44 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0336682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3203;QD=17.7064;RBI=0.0806945;REFB=-0.00666448;REVB=0.0733352;RO=34;SAF=21;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150621;STB=0.573725;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00796565;OID=.;OPOS=54919047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:36:32:33:0.478261:11:21:17:17:12:21:18:18 chr15 55520852 . CA AC,C 100.35 PASS AF=0.0769231,0.403846;AO=4,20;DP=51;FAO=4,21;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=0,2;FSAR=4,19;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00851969,0.160036;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=130.169,9.68323;QD=7.71915;RBI=0.0658171,0.202489;REFB=-0.0103697,-0.14369;REVB=-0.0652634,-0.124057;RO=23;SAF=0,1;SAR=4,19;SRF=18;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.749845,-0.760255;STB=0.998068,0.880397;STBP=0.003,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0344281,0.169187;OID=.,.;OPOS=55520852,55520853;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:72:51:52:23:27:4,20:4,21:0.0769231,0.403846:4,19:0,1:18:5:4,19:0,2:19:8 chr15 55619796 . T C 178.35 PASS AF=0.38;AO=16;DP=48;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0177349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.132;QD=14.2679;RBI=0.0197484;REFB=0.00401781;REVB=0.00868769;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206245;STB=0.533298;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00775584;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:31:31:16:19:0.38:9:7:13:18:12:7:13:18 chr15 55632859 . G T 759.15 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0266134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3915;QD=53.2737;RBI=0.0346727;REFB=-0.0838927;REVB=-0.0222245;RO=2;SAF=23;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392347;STB=0.520826;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00404331;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:57:2:2:55:55:0.964912:32:23:2:0:32:23:2:0 chr15 55653031 . A G 51.53 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0373139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4255;QD=18.7377;RBI=0.098734;REFB=-0.0468782;REVB=-0.0914115;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197383;STB=0.615061;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0173892;OID=.;OPOS=55653031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:3:1:4:3:3:1 chr15 55664073 . T C 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00282675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.578;QD=16.9233;RBI=0.0366908;REFB=-0.0178774;REVB=0.0365817;RO=40;SAF=26;SAR=8;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139667;STB=0.578898;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0181794;OID=.;OPOS=55664073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:8:26:26:14:8:26:26:14 chr15 55664220 . G A 456.31 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0391777;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8129;QD=20.0575;RBI=0.0438782;REFB=-0.0137787;REVB=-0.0197587;RO=46;SAF=23;SAR=22;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694691;STB=0.53852;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0156599;OID=.;OPOS=55664220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:46:46:45:45:0.494505:22:23:20:26:22:23:20:26 chr15 55700981 . C A 312.13 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0154653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4581;QD=16.8718;RBI=0.0273325;REFB=-0.013302;REVB=0.0225364;RO=38;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993407;STB=0.540517;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0228884;OID=.;OPOS=55700981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:38:40:34:34:0.459459:17:17:23:15:17:17:23:17 chr15 55722882 . C A 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0357817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6417;QD=13.4404;RBI=0.0370048;REFB=-0.0148851;REVB=-0.00943527;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227183;STB=0.636061;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0173524;OID=.;OPOS=55722882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:8:2:5:8:8:2:5:8 chr15 55759193 . T C 102.52 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0515064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7118;QD=17.8299;RBI=0.0867786;REFB=-0.0532421;REVB=-0.0698399;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013628;STB=0.526272;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0485996;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:10:11:12:12:0.521739:5:7:6:4:5:7:7:4 chr15 55970041 . A G 311.55 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0324353;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3197;QD=23.5129;RBI=0.0355111;REFB=0.00407136;REVB=0.0144565;RO=22;SAF=22;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175052;STB=0.596949;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00121137;OID=.;OPOS=55970041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:22:22:31:31:0.584906:9:22:11:11:9:22:11:11 chr15 55972797 . T C 640.2 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.0276575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.594;QD=20.6517;RBI=0.0440575;REFB=-0.0196872;REVB=0.0342947;RO=60;SAF=26;SAR=38;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832147;STB=0.545682;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0158283;OID=.;OPOS=55972797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:60:64:64:0.516129:38:26:19:41:38:26:19:41 chr15 56120962 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.77;QD=53.2771;RBI=0.049422;REFB=0;REVB=0.00876409;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177287;OID=.;OPOS=56120962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr15 56139153 . T C 797.66 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.303;QD=56.9754;RBI=0.123363;REFB=0;REVB=0.119161;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188966;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:54:56:1:23:31:0:0:23:33:0:0 chr15 56207811 . T G 565.61 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0277766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.768;QD=53.8679;RBI=0.0277825;REFB=-0.126031;REVB=0.000570467;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.512814;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00168152;OID=.;OPOS=56207811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:1:3:39:39:0.928571:20:19:0:1:20:19:2:1 chr15 56208535 . G A 671.07 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.938;QD=62.4249;RBI=0.036782;REFB=0;REVB=-0.0345094;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215956;OID=.;OPOS=56208535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:25:17:0:0:25:18:0:0 chr15 56258659 . A T 738.91 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402865;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.2;QD=60.3191;RBI=0.0515838;REFB=-0.117237;REVB=0.0322162;RO=2;SAF=26;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412433;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00313247;OID=.;OPOS=56258659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:2:1:47:48:0.979592:21:26:1:1:22:26:1:0 chr15 56285695 . C T 251.28 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0197239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.109;QD=17.0357;RBI=0.0200087;REFB=-0.018159;REVB=-0.00336374;RO=31;SAF=22;SAR=6;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404975;STB=0.729268;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.033209;OID=.;OPOS=56285695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:6:22:12:19:6:22:12:19 chr15 56322148 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.495;QD=47.8219;RBI=0.0419136;REFB=0;REVB=-0.0193641;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00165664;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr15 56322156 . T C 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.014195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2885;QD=15.8373;RBI=0.0384572;REFB=-0.00856828;REVB=0.0357415;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287934;STB=0.666295;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0108266;OID=.;OPOS=56322156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:1:6:4:4:1:6 chr15 56386577 . T G 873.75 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338899;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.088;QD=56.3708;RBI=0.0339885;REFB=-0.0610243;REVB=0.00258743;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000296652;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:0:1:61:61:0.983871:37:24:0:0:37:24:1:0 chr15 56387142 . G A 332.94 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=-0.0142069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.528;QD=19.0252;RBI=0.0155094;REFB=-0.0290601;REVB=-0.00622146;RO=33;SAF=15;SAR=20;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230192;STB=0.636294;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0333532;OID=.;OPOS=56387142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:35:35:35:0.5:20:15:6:27:20:15:6:29 chr15 56387859 . T C 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0204463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.47;QD=14.6859;RBI=0.0247307;REFB=-0.0152656;REVB=-0.0139124;RO=43;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132788;STB=0.574953;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0190102;OID=.;OPOS=56387859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:17:14:14:29:17:14:14:29 chr15 56387931 . C T 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.455;QD=56.9353;RBI=0.050893;REFB=0;REVB=-0.0480177;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000738598;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr15 56388033 . T C 381.28 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00952138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4922;QD=22.4279;RBI=0.0150778;REFB=0.00317519;REVB=0.0116911;RO=28;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752845;STB=0.555526;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00395761;OID=.;OPOS=56388033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:30:38:38:0.558824:20:18:16:12:20:18:18:12 chr15 56471449 . T G 245.95 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00240905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8369;QD=15.6159;RBI=0.0482186;REFB=0.00532437;REVB=0.0481584;RO=32;SAF=22;SAR=6;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464193;STB=0.780118;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00879071;OID=.;OPOS=56471449;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:32:35:28:28:0.444444:6:22:10:22:6:22:10:25 chr15 56721264 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.598;QD=60.2284;RBI=0.0174386;REFB=0;REVB=0.0133921;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1241e-06;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr15 56923714 . G A 469.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222683;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.295;QD=58.6302;RBI=0.0262206;REFB=0;REVB=0.0138435;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98279e-05;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr15 56946980 . T G 265.54 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0277586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5881;QD=13.4448;RBI=0.0278345;REFB=-0.0143686;REVB=0.00205384;RO=47;SAF=15;SAR=16;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185467;STB=0.597827;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0270917;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:48:31:31:0.392405:16:15:31:16:16:15:31:17 chr15 56959028 . C T 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.0194918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.075;QD=15.3081;RBI=0.022224;REFB=-0.00482805;REVB=-0.010676;RO=46;SAF=7;SAR=27;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109756;STB=0.562461;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00474342;OID=.;OPOS=56959028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:27:7:13:33:27:7:13:33 chr15 56968865 . C T 117.33 PASS AF=0.357143;AO=12;DP=38;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0165159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.475;QD=11.1747;RBI=0.047119;REFB=-0.0502913;REVB=-0.0441297;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950042;STB=0.599863;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0859814;OID=.;OPOS=56968865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:26:27:12:15:0.357143:5:7:13:13:5:10:14:13 chr15 57213283 . A G 275.74 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00793024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.398;QD=25.6506;RBI=0.010558;REFB=-0.0159832;REVB=0.00697015;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179248;STB=0.604656;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00963397;OID=.;OPOS=57213283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:24:25:0.581395:16:8:10:8:17:8:10:8 chr15 57731335 . A C 440.19 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.873;QD=53.3558;RBI=0.0382929;REFB=-0.104852;REVB=0.0368119;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00903389;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:33:0:0:30:33:1:17:13:0:0:20:13:0:0 chr15 57731728 . A G 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.898;QD=58.4179;RBI=0.0224604;REFB=0;REVB=0.0162109;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154226;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr15 57835903 . T G 120.12 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0595081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0749;QD=14.1315;RBI=0.0619499;REFB=0.00135047;REVB=-0.0172214;RO=20;SAF=13;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597979;STB=0.860797;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00644707;OID=.;OPOS=57835903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:1:13:10:10:1:13:10:10 chr15 57839587 . A G 389.68 PASS AF=0.612903;AO=37;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00819898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.171;QD=25.1405;RBI=0.0107631;REFB=-0.0577712;REVB=0.00697296;RO=24;SAF=14;SAR=23;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0025785;STB=0.502731;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.035524;OID=.;OPOS=57839587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:37:38:0.612903:23:14:9:15:24:14:9:15 chr15 57842667 . A G 273.13 PASS AF=0.418919;AO=29;DP=68;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00892213;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.268;QD=14.7638;RBI=0.00929843;REFB=-0.0160101;REVB=0.0026185;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226946;STB=0.601317;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0162058;OID=.;OPOS=57842667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:39:43:29:31:0.418919:17:12:25:14:17:14:27:16 chr15 57918069 . A G 229.22 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0143114;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.033;QD=13.6848;RBI=0.0228056;REFB=-0.00513764;REVB=-0.0177561;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187038;STB=0.60648;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0088701;OID=.;OPOS=57918069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:12:15:15:25:12:15:15:25 chr15 57918090 . A G 726.92 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00310263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1197;QD=52.8665;RBI=0.0239864;REFB=-0.0142939;REVB=0.0237849;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229721;STB=0.5238;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00133628;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:1:2:53:53:0.963636:33:20:1:0:33:20:2:0 chr15 57925836 . C T 367.88 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0124034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2433;QD=29.4306;RBI=0.0207662;REFB=-0.0289613;REVB=-0.016655;RO=19;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113477;STB=0.562123;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0168047;OID=.;OPOS=57925836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:13:18:14:5:13:18:14:5 chr15 57967219 . T C 1227.09 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.893;QD=61.3547;RBI=0.00761509;REFB=0;REVB=0.00628545;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15796e-05;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:35:43:0:0:37:43:0:0 chr15 58444720 . A T 990.34 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.307;QD=59.1245;RBI=0.0245691;REFB=0;REVB=0.0218039;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13052e-06;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:26:40:0:0:26:41:0:0 chr15 58471368 . C T 1546.19 PASS AF=0.989899;AO=93;DP=94;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00760846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.492;QD=62.4724;RBI=0.0186666;REFB=-0.00515356;REVB=0.0170457;RO=1;SAF=44;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106533;STB=0.505375;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=6.62711e-05;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:99:1:1:93:98:0.989899:49:44:1:0:52:46:1:0 chr15 58476281 . A G 888.67 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00436921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.942;QD=56.4236;RBI=0.0112049;REFB=-0.0403866;REVB=0.0103179;RO=1;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125907;STB=0.506665;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=7.20237e-05;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:37:25:0:1:37:25:0:1 chr15 58476292 . T C 251.59 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0105851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9956;QD=17.0567;RBI=0.0286121;REFB=-0.00840558;REVB=0.0265821;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588617;STB=0.522372;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00430787;OID=.;OPOS=58476292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:16:12:11:19:16:12:12:19 chr15 58837957 . A G 1309.48 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4259;QD=61.6228;RBI=0.0276176;REFB=0;REVB=0.0128096;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72629e-05;OID=.;OPOS=58837957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:80:85:1:36:44:0:0:39:46:0:0 chr15 58838010 . A G 472.04 PASS AF=0.5;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0102721;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.769;QD=20.5235;RBI=0.0159633;REFB=-0.00147638;REVB=0.0122193;RO=45;SAF=16;SAR=30;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209901;STB=0.611601;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000928846;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:45:46:46:46:0.5:30:16:26:19:30:16:26:20 chr15 58853079 . C A 391.78 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.267;QD=55.9685;RBI=0.0587982;REFB=0;REVB=0.0582112;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209808;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:6:20:0:0:8:20:0:0 chr15 58853109 . A G 497.58 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.66;QD=56.8661;RBI=0.173348;REFB=-0.0583189;REVB=0.171921;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128634;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:17:18:0:0 chr15 58983318 . G C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0339;QD=59.8368;RBI=0.0259609;REFB=0;REVB=-0.015147;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58289e-05;OID=.;OPOS=58983318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr15 58983425 . G C 657.34 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137541;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.755;QD=62.6041;RBI=0.0146833;REFB=0;REVB=0.00514055;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450926;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr15 58983588 . T A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.934;QD=63.2864;RBI=0.062214;REFB=0;REVB=-0.0508348;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125064;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr15 59147037 . A T 247.91 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8896;QD=49.5822;RBI=0.0269655;REFB=0;REVB=0.0209764;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143582;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:5:13:0:0:7:13:0:0 chr15 59147413 . T A 469.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177334;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.623;QD=56.9426;RBI=0.0403935;REFB=0;REVB=0.0362927;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405624;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:12:19:0:0:14:19:0:0 chr15 59147800 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00354829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.557;QD=18.7442;RBI=0.00450771;REFB=0.0098604;REVB=0.00278012;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298189;STB=0.675156;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00677383;OID=.;OPOS=59147800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:3:1:5:2:3:1 chr15 59499179 . G A 1073.7 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.738;QD=59.65;RBI=0.095216;REFB=0;REVB=0.0706379;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320879;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:36:32:0:0:39:33:0:0 chr15 59499228 . C T 1157.83 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0554593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.854;QD=59.376;RBI=0.0563056;REFB=-0.0578934;REVB=0.00972521;RO=1;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937273;STB=0.504949;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000114615;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:50:27:0:1:50:27:0:1 chr15 59499274 . C A 909.92 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00297382;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.489;QD=52.749;RBI=0.0255147;REFB=-0.131325;REVB=0.0253408;RO=3;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341192;STB=0.523802;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00182983;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:3:4:65:65:0.942029:40:25:0:3:40:25:0:4 chr15 59500116 . T C 638.37 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00421575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.571;QD=59.3828;RBI=0.0267614;REFB=0.0239479;REVB=0.0264273;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000318992;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:22:20:0:1:22:20:0:1 chr15 59510189 . G A 309.12 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00349103;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.245;QD=15.8523;RBI=0.0111233;REFB=-0.00851441;REVB=0.0105613;RO=44;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104294;STB=0.558789;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0127261;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:15:19:20:24:15:19:20:24 chr15 59682428 . G A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0518054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.496;QD=18.4387;RBI=0.0644296;REFB=-0.020417;REVB=-0.0383064;RO=27;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223314;STB=0.627262;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0261103;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:29:29:29:0.5:20:9:15:12:20:9:16:13 chr15 59682486 . G GT 173.58 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0182438;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.7769;QD=16.531;RBI=0.0401371;REFB=0.0160461;REVB=-0.0357512;RO=24;SAF=4;SAR=19;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109328;STB=0.576853;STBP=0.401;TYPE=ins;VARB=-0.015105;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:23:47:24:42:18:4:20:5:13:99:24:4:19:6:18 chr15 59682493 . C T 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.00470449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.378;QD=15.1953;RBI=0.0550126;REFB=-0.00335138;REVB=-0.0548111;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116558;STB=0.566598;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0040949;OID=.;OPOS=59682493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:13:5:5:21:13:5:5:21 chr15 59784493 . C T 748.73 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0280764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.579;QD=51.6363;RBI=0.0286126;REFB=0.00731125;REVB=-0.00551289;RO=3;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171123;STB=0.509088;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.000247955;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:27:28:1:2:27:28:1:2 chr15 59911421 . A T 208.27 PASS AF=0.606061;AO=17;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0650099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.921;QD=25.2452;RBI=0.065358;REFB=-0.0767925;REVB=-0.00673648;RO=9;SAF=13;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302678;STB=0.686927;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.040593;OID=.;OPOS=59911421;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:9:13:17:20:0.606061:4:13:3:6:6:14:3:10 chr15 59911892 . G T 445.67 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0256754;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.93;QD=18.0067;RBI=0.0384152;REFB=-0.0149698;REVB=0.0285745;RO=53;SAF=15;SAR=30;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231124;STB=0.624943;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.022644;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:53:54:45:45:0.454545:30:15:30:23:30:15:30:24 chr15 59911970 . A C 508.13 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0328873;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8096;QD=22.8374;RBI=0.0343383;REFB=-0.0301752;REVB=0.00987634;RO=40;SAF=28;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281728;STB=0.521979;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0338589;OID=.;OPOS=59911970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:40:41:48:48:0.539326:20:28:22:18:20:28:22:19 chr15 59912253 . A C 120.13 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00790317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.738;QD=14.1328;RBI=0.0300018;REFB=-0.00146272;REVB=0.0289422;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220592;STB=0.627922;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00254115;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:13:7:8:6:13:7 chr15 59912625 . G A 393.22 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.701;QD=56.1747;RBI=0.0285079;REFB=0;REVB=0.02841;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167533;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr15 59931372 . GAAAGT G 107.9 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00570108;FXX=0.11763;HRUN=3;LEN=5;MLLD=201.483;QD=7.19336;RBI=0.00570817;REFB=-0.0185839;REVB=-0.00028431;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0.363008;SSEP=0;SSSB=-0.265505;STB=0.618927;STBP=0.218;TYPE=del;VARB=0.0288047;OID=.;OPOS=59931373;OREF=AAAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:19:51:20:60:40:7:13:21:19:99:22:6:13:13:9 chr15 59963488 . A G 189.14 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0488547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.002;QD=21.0155;RBI=0.0904731;REFB=-0.00146507;REVB=0.0761486;RO=17;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327868;STB=0.518499;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00272836;OID=.;OPOS=59963488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:14:5:5:12:14:5:5:12 chr15 60298221 . C A 143.86 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=0.0500425;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.2253;QD=15.5527;RBI=0.0503458;REFB=0.00158771;REVB=-0.00551777;RO=20;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266293;STB=0.655481;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000164165;OID=.;OPOS=60298221;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:13:3:1:19:13:3:1:20 chr15 60678298 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0096325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.691;QD=43.4862;RBI=0.00963555;REFB=0;REVB=-0.000242433;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1434e-05;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr15 60715798 . T TG 312.12 PASS AF=1;AO=5;DP=34;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129246;FXX=0.147016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.0301;QD=43.0504;RBI=0.212313;REFB=0;REVB=0.168441;RO=29;SAF=2;SAR=3;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0127411;OID=.;OPOS=60715799;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:34:29:29:0:16:13:0:0:6:29:2:3:18:11 chr15 60715800 . T G 371.42 PASS AF=0.911765;AO=21;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0348952;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=24.6073;QD=43.6968;RBI=0.0368084;REFB=-0.0314868;REVB=-0.0117125;RO=2;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10217;STB=0.538436;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00181305;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:34:34:2:2:21:31:0.911765:8:13:0:2:12:19:0:2 chr15 60724118 . C G 366.96 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0103797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.249;QD=48.9279;RBI=0.0128974;REFB=0.0459446;REVB=0.00765532;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.538434;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.000554689;OID=.;OPOS=60724118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:27:28:0.933333:12:15:0:1:12:16:0:2 chr15 60734697 . A G 504.83 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119644;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.304;QD=59.3922;RBI=0.0120323;REFB=0;REVB=-0.00127586;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000845732;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr15 60789798 . G T 448.93 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0545111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9411;QD=52.8149;RBI=0.0662552;REFB=-0.0724147;REVB=-0.0376602;RO=2;SAF=15;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582581;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00511715;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:34:34:2:1:32:33:0.970588:17:15:2:0:17:16:1:0 chr15 62202482 . C T 1974.92 PASS AF=0.542274;AO=185;DP=342;FAO=186;FDP=343;FR=.;FRO=157;FSAF=92;FSAR=94;FSRF=91;FSRR=66;FWDB=0.0206566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.454;QD=23.0311;RBI=0.0210909;REFB=0.00663821;REVB=-0.00425785;RO=145;SAF=92;SAR=93;SRF=86;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775675;STB=0.538872;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00450125;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:343:145:157:185:186:0.542274:93:92:86:59:94:92:91:66 chr15 62259637 . C T 102.49 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0188417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7167;QD=9.31707;RBI=0.0211147;REFB=-0.0409364;REVB=-0.00953006;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196766;STB=0.605379;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0347268;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:31:13:13:0.295455:6:7:11:19:6:7:12:19 chr15 62539781 . A G 301.79 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0202867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.41;QD=25.1492;RBI=0.0391992;REFB=-0.0189343;REVB=-0.0335414;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655371;STB=0.544154;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0136405;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:26:27:0.5625:12:14:13:8:13:14:13:8 chr15 62990971 . C T 681.72 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.102492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.9391;QD=56.8103;RBI=0.102628;REFB=-0.00575507;REVB=-0.00527026;RO=3;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182553;STB=0.5102;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00380803;OID=.;OPOS=62990971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:48:48:3:1:45:47:0.979167:23:22:1:2:24:23:0:1 chr15 63009804 . C T 334.09 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0928785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.277;QD=46.0808;RBI=0.0935124;REFB=-0.0615447;REVB=0.01087;RO=3;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075205;STB=0.54051;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00350483;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:17:9:0:3:17:9:0:3 chr15 63040604 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0126876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.619;QD=11.1041;RBI=0.017221;REFB=0.00554782;REVB=-0.0116442;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237604;STB=0.648156;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00975281;OID=.;OPOS=63040604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:7:3:1:6:7:3 chr15 63047778 . C T 1212.14 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769418;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3547;QD=61.3743;RBI=0.0939624;REFB=0;REVB=0.0539341;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593351;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr15 63341073 . C A 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.311;QD=63.8677;RBI=0.0415882;REFB=0;REVB=0.0375196;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27636e-05;OID=.;OPOS=63341073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr15 63351840 . C A 195.36 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527093;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.893;QD=48.8409;RBI=0.0541722;REFB=0;REVB=0.0125043;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265572;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:1:0:16:16:1:5:11:1:0:5:11:0:0 chr15 63433766 . G A 782.26 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9378;QD=56.8918;RBI=0.0322596;REFB=0;REVB=0.0202935;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048561;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:21:33:0:0:22:33:0:0 chr15 64215375 . G C 564.27 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6111;QD=56.4272;RBI=0.0377447;REFB=-0.0423461;REVB=0.0313699;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.518509;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0186761;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:0:1:38:39:0.975:26:12:0:0:26:13:1:0 chr15 64385851 . T C 508.43 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584276;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6316;QD=58.1068;RBI=0.0640218;REFB=0;REVB=0.0261727;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64594e-05;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:33:35:1:20:13:0:0:22:13:0:0 chr15 64418397 . G A 300.24 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6493;QD=52.2148;RBI=0.0848678;REFB=0;REVB=-0.0107964;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201906;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:19:23:1:11:8:0:0:14:9:0:0 chr15 64430607 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=6;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.38;QD=44.6891;RBI=0.0531803;REFB=0;REVB=0.0425256;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541601;OID=.;OPOS=64430607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:6:13:1:5:1:0:0:11:2:0:0 chr15 64634884 . C A 563.35 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0525773;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.437;QD=60.9029;RBI=0.0597479;REFB=0;REVB=-0.0283803;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031368;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr15 64737225 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.735;QD=63.8713;RBI=0.0384928;REFB=0;REVB=-0.0129621;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154296;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr15 64792896 . G A 927.62 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.19;QD=57.9764;RBI=0.0352893;REFB=0;REVB=-0.0254104;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00517e-05;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:36:27:0:0:37:27:0:0 chr15 64793617 . A G 837.88 PASS AF=1;AO=56;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9339;QD=55.8583;RBI=0.0353832;REFB=0;REVB=0.0177159;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321763;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:0:0:56:60:1:28:28:0:0:30:30:0:0 chr15 64915106 . C T 1138.9 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0269107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3183;QD=59.1636;RBI=0.0365272;REFB=-0.145131;REVB=0.0246992;RO=1;SAF=35;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133285;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00304276;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:41:35:1:0:41:35:1:0 chr15 65041622 . C A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.369;QD=49.597;RBI=0.048508;REFB=0;REVB=0.0462563;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129963;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr15 65108479 . T C 203.2 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.036982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2679;QD=21.9677;RBI=0.0422631;REFB=0.0251691;REVB=-0.0204573;RO=17;SAF=16;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226288;STB=0.628429;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0361276;OID=.;OPOS=65108479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:4:16:10:7:4:16:10:7 chr15 65108504 . A T 194.2 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0347612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.412;QD=18.9465;RBI=0.0376161;REFB=-0.0177148;REVB=-0.0143746;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267204;STB=0.637851;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00969506;OID=.;OPOS=65108504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:21:19:20:0.487805:8:11:17:3:9:11:17:4 chr15 65153690 . G A 563.66 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=87;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00759079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.681;QD=24.7762;RBI=0.0272555;REFB=-0.0186224;REVB=0.0261771;RO=39;SAF=23;SAR=25;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691908;STB=0.552244;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0127771;OID=.;OPOS=65153690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:39:39:48:52:0.571429:25:23:22:17:29:23:22:17 chr15 65157482 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0259714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.567;QD=15.3788;RBI=0.0302051;REFB=0.00440702;REVB=0.0154218;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781007;STB=0.545378;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00399546;OID=.;OPOS=65157482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:7:7:7:5:7:7 chr15 65159421 . AG A 30.56 PASS AF=0.5;AO=5;DP=17;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.158871;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.68075;QD=6.11195;RBI=0.288194;REFB=-0.119143;REVB=-0.240449;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.553088;STBP=0.695;TYPE=del;VARB=0.131472;OID=.;OPOS=65159422;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:17:10:20:10:6:4:7:3:27:10:4:1:8:2 chr15 65347405 . G A 508.45 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0579618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.874;QD=56.4949;RBI=0.0815463;REFB=-0.129115;REVB=0.0573605;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00156252;OID=.;OPOS=65347405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:18:17:0:1:18:17:0:1 chr15 65370353 . T C 1455.36 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457472;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6577;QD=63.2765;RBI=0.0839056;REFB=0;REVB=0.0703374;RO=0;SAF=61;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497561;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:31:61:0:0:31:61:0:0 chr15 65449169 . C T 843.91 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.194;QD=57.214;RBI=0.0499947;REFB=0;REVB=0.0457146;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102124;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:26:31:0:0:28:31:0:0 chr15 65489128 . C T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.879;QD=46.9604;RBI=0.0515397;REFB=-0.0759123;REVB=0.0322008;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.533299;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00157807;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:13:7:1:0:13:7:1:0 chr15 65489688 . T C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.494;QD=63.5808;RBI=0.0392776;REFB=0;REVB=-0.0317482;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37332e-05;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr15 65490864 . A T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00342652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.872;QD=7.96581;RBI=0.00953261;REFB=-0.00958126;REVB=-0.00889548;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180618;STB=0.6109;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0158523;OID=.;OPOS=65490864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:5:5:17:9:5:5:17:9 chr15 65490901 . T C 884.23 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0122466;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.007;QD=51.2595;RBI=0.0139879;REFB=0.0123402;REVB=-0.00675893;RO=5;SAF=38;SAR=26;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272583;STB=0.514468;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.000277087;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:69:69:5:5:64:64:0.927536:26:38:2:3:26:38:2:3 chr15 65619427 . T A 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125295;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.076;QD=36.2816;RBI=0.0126872;REFB=0;REVB=0.00199417;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214762;OID=.;OPOS=65619427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr15 65620156 . C T 416.71 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.100537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6028;QD=52.0889;RBI=0.109137;REFB=-0.137901;REVB=0.0424638;RO=2;SAF=1;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290493;STB=0.508469;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00554795;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:2:1:30:31:0.96875:29:1:1:1:29:2:0:1 chr15 65621441 . C A 520.18 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.614;QD=59.4487;RBI=0.165322;REFB=0;REVB=0.159354;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114159;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:13:19:0:0:15:20:0:0 chr15 65621857 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8669;QD=60.228;RBI=0.0719372;REFB=0;REVB=0.0707976;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430771;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr15 65667724 . A G 252.13 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0364283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.619;QD=20.5823;RBI=0.0364447;REFB=-0.022335;REVB=0.00109528;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227845;STB=0.635173;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0124618;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:25:23:24:0.489796:17:6:12:13:18:6:12:13 chr15 65689267 . T C 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00861287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.035;QD=14.4902;RBI=0.0107534;REFB=-0.0238268;REVB=-0.00643845;RO=30;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170097;STB=0.59897;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0398917;OID=.;OPOS=65689267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:6:13:16:14:6:13:16:14 chr15 65916527 . A T 520.39 PASS AF=0.451613;AO=55;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00743733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.165;QD=16.7867;RBI=0.0167677;REFB=-0.00391938;REVB=0.015028;RO=68;SAF=26;SAR=29;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561158;STB=0.525898;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00447648;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:55:56:0.451613:29:26:36:32:29:27:36:32 chr15 65994733 . C T 540.66 PASS AF=0.581395;AO=47;DP=83;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0057534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.855;QD=25.1469;RBI=0.00660278;REFB=-0.0298788;REVB=0.0032396;RO=36;SAF=21;SAR=26;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423044;STB=0.508377;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0141532;OID=.;OPOS=65994733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:36:36:47:50:0.581395:26:21:18:18:26:24:18:18 chr15 66011630 . A G 353.94 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0048057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.232;QD=18.6286;RBI=0.00494389;REFB=-0.025496;REVB=-0.00116072;RO=39;SAF=20;SAR=17;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166017;STB=0.592335;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0310949;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:17:20:14:25:17:20:14:25 chr15 66023799 . G T 64.45 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.000343442;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3893;QD=11.7187;RBI=0.0527165;REFB=-0.0198149;REVB=0.0527154;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392276;STB=0.510181;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0413731;OID=.;OPOS=66023799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:22:13:13:8:9:0.409091:4:4:6:7:5:4:6:7 chr15 66257407 . GT AC,GC 436.72 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=2,29;DP=31;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165018,-0.0464338;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=26.5541,81.5175;QD=56.3513;RBI=0.0258681,0.0657033;REFB=0,0;REVB=0.0199211,0.0464847;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.92057e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00749183,5.87822e-05;OID=.,.;OPOS=66257407,66257408;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:2,29:2,29:0.0645161,0.935484:0,15:2,14:0:0:0,15:2,14:0:0 chr15 66274690 . T C 206.96 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9641;QD=48.6961;RBI=0.0275117;REFB=0;REVB=0.025055;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712925;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr15 66411441 . C T 362.04 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0241975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.721;QD=15.406;RBI=0.0305669;REFB=-0.0230696;REVB=0.0186765;RO=55;SAF=20;SAR=19;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149795;STB=0.508461;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0339364;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:19:20:29:26:19:20:29:26 chr15 66612965 . T C 293.23 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00516482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.799;QD=18.6176;RBI=0.00854226;REFB=-0.00545063;REVB=0.00680403;RO=30;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725012;STB=0.539394;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00542432;OID=.;OPOS=66612965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:31:31:32:0.507937:19:12:14:16:20:12:14:17 chr15 66618342 . A G 331.67 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0368185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.436;QD=21.3982;RBI=0.0484074;REFB=-0.00771126;REVB=0.0314273;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111131;STB=0.561401;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00491319;OID=.;OPOS=66618342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:18:16:17:11:18:16:17:11 chr15 66640619 . C A 234.4 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.188;QD=49.3478;RBI=0.00906531;REFB=0;REVB=0.00178245;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67754e-05;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:15:3:0:0:16:3:0:0 chr15 66644521 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.802;QD=52.6132;RBI=0.0379647;REFB=0;REVB=-0.0360474;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011982;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr15 66821250 . A G 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0115627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.977;QD=14.8343;RBI=0.0129737;REFB=-0.00351779;REVB=-0.00588387;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432577;STB=0.744827;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00652852;OID=.;OPOS=66821250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:7:15:7:23:7:15:7:23 chr15 67009391 . T G 300.11 PASS AF=0.395349;AO=35;DP=85;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00710173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.923;QD=13.9584;RBI=0.00804014;REFB=-0.0078594;REVB=-0.00376953;RO=48;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612197;STB=0.530708;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0159945;OID=.;OPOS=67009391;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:48:52:35:34:0.395349:21:14:22:26:20:14:24:28 chr15 67009393 . C T 292.89 PASS AF=0.39759;AO=34;DP=84;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0384156;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7547;QD=14.1153;RBI=0.0795116;REFB=0.0223614;REVB=-0.0696156;RO=50;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726554;STB=0.534003;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.0272479;OID=.;OPOS=67009393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:50:50:34:33:0.39759:20:14:24:26:19:14:24:26 chr15 67234251 . A G 940.6 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275478;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.439;QD=58.7873;RBI=0.0349806;REFB=0;REVB=0.0215583;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8374e-05;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:34:30:0:0 chr15 67457335 . A G 287.92 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0155137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.111;QD=18.5756;RBI=0.0157191;REFB=-0.0133788;REVB=0.00253266;RO=31;SAF=10;SAR=20;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310977;STB=0.677305;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0195775;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:30:31:0.5:20:10:21:10:21:10:21:10 chr15 67486775 . T C 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00830632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.173;QD=11.3677;RBI=0.0609062;REFB=-0.0207173;REVB=0.0603372;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18633;STB=0.610583;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0513538;OID=.;OPOS=67486775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:7:12:5:6:7:12 chr15 67486847 . T C 77.94 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.012346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.267;QD=14.1712;RBI=0.0185541;REFB=-0.0165313;REVB=-0.0138503;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947861;STB=0.509415;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0107679;OID=.;OPOS=67486847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:11:12:9:10:0.454545:5:4:5:6:6:4:5:7 chr15 67528374 . T G 281.36 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0094777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.612;QD=19.4041;RBI=0.0216605;REFB=-0.00466406;REVB=0.019477;RO=28;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271788;STB=0.515141;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00584362;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:13:17:15:13:13:17:15:13 chr15 67574440 . C G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00932523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.947;QD=14.7015;RBI=0.0124172;REFB=-0.014656;REVB=-0.00819925;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317486;STB=0.518488;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.017564;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:8:7:6:6:8:7 chr15 67692502 . T C 2008.63 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0157315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.921;QD=59.515;RBI=0.0195038;REFB=-0.0248203;REVB=-0.0115291;RO=3;SAF=71;SAR=61;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227978;STB=0.511998;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000438827;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:135:135:3:3:132:132:0.977778:61:71:0:3:61:71:0:3 chr15 67768151 . G C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.52;QD=60.0305;RBI=0.0785809;REFB=0;REVB=0.058042;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277653;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chr15 67951150 . G T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0150202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.654;QD=7.96584;RBI=0.0197065;REFB=-0.0175269;REVB=-0.012757;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246612;STB=0.65188;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0312585;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:4:6:10:16:4:6:10:16 chr15 68114499 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00618972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.597;QD=21.1692;RBI=0.0267391;REFB=-0.00500387;REVB=-0.0260129;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175667;STB=0.599755;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00285917;OID=.;OPOS=68114499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:6:1:0:3:6:1:0:3 chr15 68117300 . T A 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0586176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.995;QD=13.5806;RBI=0.0637412;REFB=-0.00794077;REVB=-0.0250382;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613818;STB=0.54994;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0172038;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:11:6:11:16:11:6:12:16 chr15 68583175 . T C 946.63 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419061;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.282;QD=58.2543;RBI=0.0734156;REFB=0;REVB=0.0602804;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259977;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:22:42:0:0:22:43:0:0 chr15 68603625 . C T 940.8 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.512;QD=57.0181;RBI=0.0451462;REFB=-0.0196764;REVB=0.0422829;RO=1;SAF=45;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103839;STB=0.505493;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000563833;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:20:45:1:0:20:45:1:0 chr15 68605169 . G A 265.38 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.963;QD=46.1527;RBI=0.0467966;REFB=-0.124477;REVB=0.0382405;RO=1;SAF=6;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708105;STB=0.533302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00170626;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:23:23:1:1:21:22:0.956522:15:6:1:0:15:7:1:0 chr15 68609647 . G T 246.28 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.017637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.135;QD=20.1048;RBI=0.0474991;REFB=-0.0223792;REVB=0.0441033;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132543;STB=0.571853;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0194252;OID=.;OPOS=68609647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:24:25:23:24:0.489796:12:11:15:9:13:11:15:10 chr15 68624396 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.173;QD=55.0987;RBI=0.0234074;REFB=0;REVB=0.0216038;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11501e-05;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr15 68628143 . C T 1455.44 PASS AF=0.953271;AO=102;DP=107;FAO=102;FDP=107;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0426236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.791;QD=54.409;RBI=0.0487153;REFB=-0.115505;REVB=0.0235884;RO=4;SAF=39;SAR=63;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276366;STB=0.520457;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00125866;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:107:107:4:5:102:102:0.953271:63:39:3:1:63:39:4:1 chr15 68649587 . G A 731.49 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307992;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.878;QD=63.6081;RBI=0.0377212;REFB=0;REVB=0.0217784;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235567;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr15 69019582 . G C 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0291461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.407;QD=12.0518;RBI=0.0454415;REFB=-0.0298112;REVB=0.034863;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412099;STB=0.742365;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0131683;OID=.;OPOS=69019582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:3:10:3:6:3:10 chr15 69238272 . G T 248.78 PASS AF=0.589744;AO=22;DP=38;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00696275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.494;QD=25.5163;RBI=0.0239375;REFB=-0.0170955;REVB=0.0229025;RO=16;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768372;STB=0.55168;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00910091;OID=.;OPOS=69238272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:16:22:23:0.589744:9:13:11:5:10:13:11:5 chr15 69238445 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.901;QD=50.4135;RBI=0.0729613;REFB=0;REVB=0.0212181;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531601;OID=.;OPOS=69238445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr15 69325581 . C T 302.14 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00157553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3324;QD=19.4926;RBI=0.0402555;REFB=-0.0194623;REVB=0.0402246;RO=30;SAF=8;SAR=24;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218765;STB=0.622559;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0137575;OID=.;OPOS=69325581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:24:8:14:16:24:8:14:16 chr15 69327825 . C T 149.62 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0188475;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.343;QD=9.65299;RBI=0.0341831;REFB=-0.0111221;REVB=-0.0285176;RO=41;SAF=14;SAR=6;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172181;STB=0.595645;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0259248;OID=.;OPOS=69327825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:6:14:23:18:6:14:24:18 chr15 69328226 . C T 314.78 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0154589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3051;QD=19.9858;RBI=0.0226893;REFB=-0.0133973;REVB=0.0166081;RO=30;SAF=21;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00280344;STB=0.501557;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0123988;OID=.;OPOS=69328226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:12:21:19:11:12:21:19:11 chr15 69542968 . G A 423.41 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6076;QD=54.6341;RBI=0.138799;REFB=-0.059215;REVB=0.138493;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404935;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00554476;OID=.;OPOS=69542968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:1:0:30:31:1:11:19:0:1:12:19:0:0 chr15 69561518 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.556;QD=37.4877;RBI=0.0312435;REFB=0;REVB=0.0134776;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410819;OID=.;OPOS=69561518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr15 69564343 . C T 981.53 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0263631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.806;QD=56.0875;RBI=0.0576409;REFB=-0.0672309;REVB=-0.0512588;RO=2;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209994;STB=0.511108;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00183232;OID=.;OPOS=69564343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:44:24:0:2:44:24:0:2 chr15 69683945 . C G 635.89 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293805;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9286;QD=62.0376;RBI=0.0766111;REFB=0;REVB=-0.0707534;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000702038;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr15 69697756 . G A 756.45 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0882;QD=63.0372;RBI=0.057831;REFB=0;REVB=0.0568631;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837493;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:13:34:0:0:14:34:0:0 chr15 69728949 . A G 1819.17 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0053656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.523;QD=60.1378;RBI=0.0067584;REFB=0.00871193;REVB=0.0041093;RO=1;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840652;STB=0.504347;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=8.04177e-05;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:121:1:1:119:120:0.991736:56:63:0:1:57:63:0:1 chr15 69732736 . C T 638.78 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0170601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.177;QD=59.4218;RBI=0.0170658;REFB=-0.0515766;REVB=0.000443345;RO=1;SAF=32;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144473;STB=0.507689;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000544503;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:10:32:1:0:10:32:1:0 chr15 69740350 . A G 557.04 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0741;QD=60.2202;RBI=0.128176;REFB=0;REVB=0.102054;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305905;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr15 69750313 . G C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00118176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.113;QD=9.91655;RBI=0.0316976;REFB=-0.0136838;REVB=-0.0316756;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169117;STB=0.601558;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00858387;OID=.;OPOS=69750313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:5:12:5:4:5:12 chr15 70345626 . C T 1112.21 PASS AF=0.906977;AO=78;DP=86;FAO=78;FDP=86;FR=.;FRO=8;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0219113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.165;QD=51.7308;RBI=0.0226173;REFB=-0.107443;REVB=0.00560671;RO=3;SAF=32;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018489;STB=0.520484;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00210108;OID=.;OPOS=70345626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:86:86:3:8:78:78:0.906977:46:32:2:1:46:32:5:3 chr15 70346922 . G GT 123.46 PASS AF=1;AO=5;DP=23;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919397;FXX=0.304216;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.9531;QD=30.866;RBI=0.113981;REFB=0;REVB=0.0673706;RO=18;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0195578;OID=.;OPOS=70346923;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:23:16:16:0:11:5:0:0:3:18:4:1:7:11 chr15 70346923 . C G,T 270.92 PASS AF=0.173913,0.782609;AO=4,18;DP=23;FAO=4,18;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=4,7;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00310214,0.0686206;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.386,43.9403;QD=47.1168;RBI=0.0201354,0.0770864;REFB=-0.0319804,-0.0144627;REVB=-0.019895,0.0351216;RO=1;SAF=4,7;SAR=0,11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749895,0.0399301;STB=0.995941,0.521715;STBP=0.099,0.533;TYPE=snp,snp;VARB=0.202243,0.00509051;OID=.,.;OPOS=70346923,70346923;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:23:23:1:1:4,18:4,18:0.173913,0.782609:0,11:4,7:0:1:0,11:4,7:0:1 chr15 70347362 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6893;QD=40.7628;RBI=0.073748;REFB=0;REVB=-0.00701236;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00381881;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr15 70347816 . A AG 299.62 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415749;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=107.318;QD=52.1074;RBI=0.0613304;REFB=0;REVB=0.0450882;RO=1;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280287;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00113363;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:23:23:0:6:17:0:0:4:1:6:16:0:1 chr15 70347920 . T C 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000609984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.405;QD=57.1972;RBI=0.0504934;REFB=0;REVB=-0.0504897;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106465;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr15 70351788 . T C 882.5 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.768;QD=57.8689;RBI=0.0524274;REFB=0;REVB=-0.00503065;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149682;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96932e-05;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:1:0:56:61:1:31:25:0:1:32:29:0:0 chr15 70368432 . T C 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0122268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.927;QD=24.7078;RBI=0.083149;REFB=0.0281073;REVB=-0.0822451;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195246;STB=0.608601;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0190209;OID=.;OPOS=70368432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:6:11:9:14:6:11 chr15 70960068 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.016;QD=33.4284;RBI=0.0580203;REFB=0;REVB=0.00250364;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151288;OID=.;OPOS=70960068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr15 70991924 . A AC 1497.83 PASS AF=1;AO=17;DP=129;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780953;FXX=0.0156238;HRUN=0;LEN=1;MLLD=119.698;QD=47.55;RBI=0.0822827;REFB=0;REVB=0.0259144;RO=109;SAF=17;SAR=0;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.722114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000142328;OID=.;OPOS=70991925;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:129:126:126:0:65:61:0:0:10:109:17:0:46:63 chr15 70991925 . G C,T 1841.83 PASS AF=0.921875,0.078125;AO=109,17;DP=126;FAO=118,10;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=55,10;FSAR=63,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234659,0.0193224;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=145.904,106.199;QD=57.5571;RBI=0.0235728,0.0471104;REFB=0,0;REVB=-0.00224228,-0.0429655;RO=0;SAF=46,17;SAR=63,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.61771e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00182851,0.147093;OID=.,.;OPOS=70991925,70991925;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:126:128:0:0:109,17:118,10:0.921875,0.078125:63,0:46,17:0:0:63,0:55,10:0:0 chr15 71125093 . G A 754.19 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.062;QD=56.9204;RBI=0.102899;REFB=0;REVB=0.101949;RO=0;SAF=40;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274942;OID=.;OPOS=71125093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:13:40:0:0:13:40:0:0 chr15 71125204 . A G 415.48 PASS AF=1;AO=25;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066591;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.1928;QD=51.9349;RBI=0.0666621;REFB=-0.116058;REVB=0.00307656;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192759;OID=.;OPOS=71125204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:32:0:0:25:32:1:12:13:0:0:16:16:0:0 chr15 71184278 . G T 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0122335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3583;QD=13.336;RBI=0.0328597;REFB=-0.0143411;REVB=0.0304976;RO=24;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187154;STB=0.610949;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0243606;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:12:3:8:16:12:3:8:16 chr15 71184495 . A G 265.35 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0106857;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.19;QD=13.1037;RBI=0.0134486;REFB=-0.0250813;REVB=-0.00816595;RO=49;SAF=15;SAR=16;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282132;STB=0.522279;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0447308;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:50:31:31:0.382716:16:15:25:24:16:15:26:24 chr15 71276480 . GCAA G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301622;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.416;QD=58.1421;RBI=0.00431042;REFB=0;REVB=-0.0030793;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.99965e-05;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:32:32:32:0:20:12:0:0:4:0:20:12:0:0 chr15 71953045 . G A 449.07 PASS AF=0.52381;AO=43;DP=83;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0239029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.598;QD=21.3842;RBI=0.0341475;REFB=-0.0211738;REVB=0.0243866;RO=40;SAF=17;SAR=26;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186253;STB=0.516884;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0210758;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:40:40:43:44:0.52381:26:17:15:25:26:18:15:25 chr15 72070075 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.551;QD=53.2761;RBI=0.0141897;REFB=0;REVB=-0.0084049;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54625e-05;OID=.;OPOS=72070075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr15 72105928 . AC A 748.48 PASS AF=1;AO=64;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241407;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=20.2138;QD=44.0281;RBI=0.0787537;REFB=0;REVB=-0.0749624;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192711;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000640617;OID=.;OPOS=72105929;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:68:68:68:0:27:41:0:0:14:1:24:40:1:0 chr15 72190579 . TAA TAAA,TA,TAT 46.8 PASS AF=0,0.236364,0.0363636;AO=6,12,2;DP=54;FAO=0,13,2;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=0,6,0;FSAR=0,7,2;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.117519,0.0797634,0.0148028;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=9.41302,6.90477,250.105;QD=3.40388;RBI=0.175346,0.163084,0.0150156;REFB=0.0243129,-0.0584209,-0.0034988;REVB=-0.130137,0.142247,-0.00251909;RO=31;SAF=2,6,0;SAR=4,6,2;SRF=10;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0144877,0.210724,-0.385888;STB=0.5,0.624823,0.992944;STBP=1,0.36,0.314;TYPE=ins,del,snp;VARB=-0.00141142,0.136717,0.0203033;OID=.,.,.;OPOS=72190580,72190580,72190581;OREF=-,A,A;OALT=A,-,T;OMAPALT=TAAA,TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.236364,0.0363636:6,12,2:54:0,13,2:55:40:0,6,0:0,7,2:12:28:41:31:2,6,0:4,6,2:10:21 chr15 72191266 . C T 842.07 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0187307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4509;QD=54.3268;RBI=0.0190396;REFB=-0.0552113;REVB=0.00341575;RO=2;SAF=20;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01136;STB=0.506022;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.000274822;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:40:20:1:1:40:20:1:1 chr15 72432583 . A G 195.44 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016329;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.832;QD=48.8597;RBI=0.0173186;REFB=0;REVB=0.00577031;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467223;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr15 72433182 . C T 745.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.611;QD=63.4503;RBI=0.0289812;REFB=0;REVB=0.0159895;RO=0;SAF=9;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444079;OID=.;OPOS=72433182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:36:9:0:0:38:9:0:0 chr15 72637795 . T C 594.33 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4593;QD=60.9565;RBI=0.0160519;REFB=0;REVB=-0.0102072;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79814e-05;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr15 72638892 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.859;QD=59.0187;RBI=0.0243159;REFB=0;REVB=-0.0183508;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69919e-06;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr15 72879653 . A ATTG 479.59 PASS AF=0.8;AO=36;DP=47;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00504556;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=273.406;QD=42.6302;RBI=0.00673107;REFB=0.0193721;REVB=0.00445529;RO=11;SAF=19;SAR=17;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317331;STB=0.516678;STBP=0.634;TYPE=ins;VARB=-0.00287133;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:36:47:36:45:9:19:17:4:5:59:11:19:17:5:6 chr15 72987588 . G T 489.72 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.103255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1336;QD=55.9681;RBI=0.107961;REFB=0.0584915;REVB=-0.0315268;RO=1;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017006;STB=0.509086;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0316226;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:27:7:0:1:27:7:0:1 chr15 73002035 . G A 669.14 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.973;QD=62.2459;RBI=0.0396436;REFB=0;REVB=0.0389818;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002471;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr15 73023937 . T C 1430.56 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.013559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7161;QD=56.1002;RBI=0.0313614;REFB=-0.085507;REVB=0.0282788;RO=3;SAF=48;SAR=51;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845791;STB=0.504461;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00213987;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:102:3:3:99:99:0.970588:51:48:1:2:51:48:1:2 chr15 73027478 . T C 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00395022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3171;QD=19.3849;RBI=0.0462883;REFB=0.00593397;REVB=0.0461195;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215333;STB=0.512183;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00547087;OID=.;OPOS=73027478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:11:10:10:10:11:10 chr15 73044575 . G A 241.85 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=56;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0127027;FXX=0.0701631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.814;QD=18.2527;RBI=0.0172202;REFB=-0.00515227;REVB=0.0116266;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128301;STB=0.572014;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00981158;OID=.;OPOS=73044575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:53:23:26:25:27:0.509434:10:15:17:6:11:16:19:7 chr15 73067234 . T C 771.79 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291381;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.544;QD=57.1697;RBI=0.0378284;REFB=0;REVB=0.0241239;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228987;OID=.;OPOS=73067234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr15 73414888 . A G 270.45 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0106569;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.4;QD=20.804;RBI=0.0222294;REFB=-0.00654104;REVB=-0.0195084;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296995;STB=0.516517;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00785184;OID=.;OPOS=73414888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:24:24:28:28:0.538462:13:15:12:12:13:15:12:12 chr15 73541513 . A G 277.29 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0307487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3066;QD=18.4858;RBI=0.0367371;REFB=-0.0287773;REVB=0.020103;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128787;STB=0.549967;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0309602;OID=.;OPOS=73541513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:30:30:30:0.5:15:15:17:9:15:15:18:12 chr15 73545732 . T C 74.55 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0110845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.949;QD=22.937;RBI=0.0181943;REFB=-0.00556681;REVB=0.014428;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31147;STB=0.685824;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00465523;OID=.;OPOS=73545732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:13:4:4:8:9:0.692308:2:6:1:3:2:7:1:3 chr15 73564881 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0174864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.662;QD=19.9756;RBI=0.0192646;REFB=-0.025934;REVB=-0.00808404;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444401;STB=0.5251;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0240072;OID=.;OPOS=73564881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:10:10:11:9:10:10 chr15 73614114 . T C,G 785.04 PASS AF=0.94,0.06;AO=47,3;DP=50;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=31,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251353,-0.00398011;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.3655,181.126;QD=62.8031;RBI=0.0376246,0.0252811;REFB=0,0;REVB=0.0279969,0.0249659;RO=0;SAF=16,0;SAR=31,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00212791,0.158866;OID=.,.;OPOS=73614114,73614114;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:50:50:0:0:47,3:47,3:0.94,0.06:31,3:16,0:0:0:31,3:16,0:0:0 chr15 74032783 . A G 146.12 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0041931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5854;QD=16.6992;RBI=0.00565075;REFB=-0.0134577;REVB=0.00378799;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671083;STB=0.538414;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0076993;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:7:12:9:7:7:12 chr15 74176557 . G A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0196915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.218;QD=13.8992;RBI=0.0196915;REFB=-0.00488233;REVB=1.60573e-05;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364856;STB=0.520816;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00582678;OID=.;OPOS=74176557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:14:10:13:21:14:10:13:21 chr15 74244127 . C A 580.64 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.00365844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.924;QD=18.8824;RBI=0.00533637;REFB=0.000859305;REVB=0.00388493;RO=63;SAF=37;SAR=23;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189776;STB=0.605034;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00110298;OID=.;OPOS=74244127;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:63:60:60:0.487805:23:37:26:37:23:37:26:37 chr15 74244278 . C G 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0102468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.362;QD=4.70107;RBI=0.0110377;REFB=-0.00746626;REVB=-0.00410307;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184389;STB=0.599733;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0316775;OID=.;OPOS=74244278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:28:29:7:7:0.194444:4:3:8:20:4:3:9:20 chr15 74244344 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.492;QD=49.599;RBI=0.0103699;REFB=0;REVB=0.00401245;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63227e-05;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr15 74275676 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.104;QD=51.1832;RBI=0.0379605;REFB=0;REVB=0.0363084;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318671;OID=.;OPOS=74275676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr15 74277795 . T C 2331.8 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.012;QD=63.8848;RBI=0.017582;REFB=0;REVB=-0.00716689;RO=0;SAF=82;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44417e-06;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:64:82:0:0:64:82:0:0 chr15 74328116 . A G 557.01 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1116;QD=60.2174;RBI=0.0665225;REFB=0;REVB=-0.0543512;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107177;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr15 74328206 . G C 273.01 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.711;QD=52.002;RBI=0.0466208;REFB=0;REVB=0.0139598;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375073;OID=.;OPOS=74328206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:12:7:0:0:13:8:0:0 chr15 74368293 . A G,T 1428.95 PASS AF=0.911765,0.0882353;AO=93,7;DP=101;FAO=93,9;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=43,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471424,-0.0067072;FXX=0.0097078;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.036,50.9304;QD=56.0374;RBI=0.00509453,0.0912715;REFB=0,0;REVB=0.00193136,-0.0910248;RO=0;SAF=50,0;SAR=43,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000528401,0.259546;OID=.,.;OPOS=74368293,74368293;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:101:102:0:0:93,7:93,9:0.911765,0.0882353:43,7:50,0:0:0:43,9:50,0:0:0 chr15 74425410 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.095;QD=55.0973;RBI=0.0192544;REFB=0;REVB=-0.00154541;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156369;OID=.;OPOS=74425410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr15 74425505 . C T 355.76 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.183;QD=54.7327;RBI=0.030646;REFB=0;REVB=0.000952097;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3759e-05;OID=.;OPOS=74425505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:13:13:0:0 chr15 74473167 . A AG 37.22 PASS AF=0.195122;AO=10;DP=42;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00155347;FXX=0.0238039;HRUN=0;LEN=1;MLLD=91.1212;QD=3.63144;RBI=0.0335139;REFB=-0.00138554;REVB=-0.0334779;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347606;STB=0.722042;STBP=0.207;TYPE=ins;VARB=0.0436806;OID=.;OPOS=74473168;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195122:10:42:8:41:33:3:5:22:11:37:30:4:6:21:9 chr15 74473739 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.324;QD=60.9786;RBI=0.0312223;REFB=0;REVB=0.0194566;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112979;OID=.;OPOS=74473739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr15 74500080 . G C 1023.76 PASS AF=1;AO=69;DP=81;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356028;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.106;QD=59.3485;RBI=0.103894;REFB=0;REVB=0.097603;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344578;OID=.;OPOS=74500080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:36:33:0:0 chr15 74565181 . G A 487.55 PASS AF=0.490741;AO=51;DP=105;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0341689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9083;QD=18.0573;RBI=0.0343002;REFB=0.00113049;REVB=0.0029988;RO=51;SAF=13;SAR=38;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149107;STB=0.585668;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00103515;OID=.;OPOS=74565181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:51:55:51:53:0.490741:38:13:20:31:40:13:21:34 chr15 74622533 . A G 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0141184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.429;QD=15.6425;RBI=0.02073;REFB=-0.00712277;REVB=0.015179;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111039;STB=0.563612;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0105088;OID=.;OPOS=74622533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:9:11:19:10:9:11:19:10 chr15 74622678 . G A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0393009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.335;QD=7.12511;RBI=0.0393559;REFB=-0.00381801;REVB=-0.00207825;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883077;STB=0.529329;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00989688;OID=.;OPOS=74622678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:17:18:7:7:0.28:4:3:6:11:4:3:7:11 chr15 74702778 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.717;QD=11.0197;RBI=0.00112272;REFB=0.00909557;REVB=0.00112272;RO=8;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0355435;OID=.;OPOS=74702778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:6:0:0:8:6:0:0:8 chr15 74703929 . T C 867.65 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8332;QD=55.9771;RBI=0.034158;REFB=-0.0306948;REVB=-0.0293866;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000648664;OID=.;OPOS=74703929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:0:1:60:61:0.983871:32:28:0:0:33:28:1:0 chr15 74706943 . G A 510.18 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0368194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0387;QD=18.3849;RBI=0.0433393;REFB=0.00188296;REVB=-0.0228609;RO=57;SAF=15;SAR=39;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35312;STB=0.696115;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00340629;OID=.;OPOS=74706943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:57:54:54:0.486486:39:15:37:20:39:15:37:20 chr15 74709975 . G A 306.32 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.018633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.898;QD=47.1254;RBI=0.023206;REFB=-0.147751;REVB=0.0138322;RO=2;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596561;STB=0.503223;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00114018;OID=.;OPOS=74709975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:11:13:1:1:11:13:1:1 chr15 74710593 . C T 330.81 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00262301;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.411;QD=50.8939;RBI=0.0304379;REFB=-0.106778;REVB=0.0303246;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000428402;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:15:10:0:1:15:10:0:1 chr15 74749015 . A G 622.21 PASS AF=0.94;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00829958;FXX=0.0384541;HRUN=7;LEN=1;MLLD=117.65;QD=49.7769;RBI=0.0125302;REFB=-0.0828229;REVB=0.00938743;RO=3;SAF=28;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329406;STB=0.51785;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00436975;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:50:3:3:46:47:0.94:18:28:1:2:18:29:1:2 chr15 74836316 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.22;QD=33.4284;RBI=0.145292;REFB=0;REVB=-0.00930328;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00616403;OID=.;OPOS=74836316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr15 74888196 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3104;QD=42.1825;RBI=0.135985;REFB=0;REVB=0.135845;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00396361;OID=.;OPOS=74888196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr15 74889163 . C A,T 755.03 PASS AF=0.0181818,0.981818;AO=2,50;DP=55;FAO=1,54;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311167,-0.0297653;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.0395,52.008;QD=54.911;RBI=0.053241,0.0334194;REFB=0,0;REVB=-0.0432014,0.0151948;RO=0;SAF=1,21;SAR=1,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.20481e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.110715,-0.000104907;OID=.,.;OPOS=74889163,74889163;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:55:55:0:0:2,50:1,54:0.0181818,0.981818:1,29:1,21:0:0:1,30:0,24:0:0 chr15 74908132 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.642;QD=33.424;RBI=0.0378907;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018419;OID=.;OPOS=74908132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr15 75012985 . T C 160.52 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00331584;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.485;QD=8.56085;RBI=0.0254656;REFB=-0.0110588;REVB=-0.0252488;RO=53;SAF=14;SAR=8;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1321;STB=0.578874;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0166027;OID=.;OPOS=75012985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:53:22:22:0.293333:8:14:28:25:8:14:28:25 chr15 75093389 . C T 361.94 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374238;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.619;QD=55.6836;RBI=0.0476575;REFB=0;REVB=0.0295075;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289107;OID=.;OPOS=75093389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr15 75108635 . C CA 706.29 PASS AF=1;AO=11;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328184;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=188.039;QD=58.8578;RBI=0.0375301;REFB=0;REVB=0.018206;RO=38;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000139884;OID=.;OPOS=75108636;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:49:48:48:0:22:26:0:0:4:38:9:2:14:24 chr15 75108636 . G A 490.34 PASS AF=0.770833;AO=37;DP=48;FAO=37;FDP=48;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.021599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.528;QD=40.8617;RBI=0.03195;REFB=-0.159643;REVB=0.0235432;RO=11;SAF=13;SAR=24;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202779;STB=0.609639;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00298896;OID=.;OPOS=75108636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:48:48:11:11:37:37:0.770833:24:13:9:2:24:13:9:2 chr15 75113083 . A G 346.61 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0492376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.4257;QD=51.3499;RBI=0.0529659;REFB=-0.160669;REVB=-0.0195205;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00326454;OID=.;OPOS=75113083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:13:13:0:0:13:13:1:0 chr15 75130093 . T C 113.94 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00508677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.299;QD=18.2304;RBI=0.0242059;REFB=0.0107951;REVB=-0.0236654;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281085;STB=0.516104;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0123742;OID=.;OPOS=75130093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:5:7:8:5:5:7 chr15 75131661 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.607;QD=53.2724;RBI=0.0177775;REFB=0;REVB=0.00692261;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181444;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr15 75131959 . A G 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0181297;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=256.733;QD=15.782;RBI=0.0212977;REFB=-0.00845372;REVB=-0.011176;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139271;STB=0.578967;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.011526;OID=.;OPOS=75131959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:18:11:12:11:18:11 chr15 75146366 . G T 458.79 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00919744;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.798;QD=16.992;RBI=0.0130421;REFB=-0.00485859;REVB=-0.00924686;RO=58;SAF=22;SAR=28;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140371;STB=0.57814;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00589586;OID=.;OPOS=75146366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:28:22:34:24:28:22:34:24 chr15 75188584 . C T 455.12 PASS AF=0.55;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00348394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.558;QD=22.7558;RBI=0.00515121;REFB=-0.0279275;REVB=-0.00379435;RO=36;SAF=36;SAR=7;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153003;STB=0.587806;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0238565;OID=.;OPOS=75188584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:36:36:43:44:0.55:7:36:26:10:7:37:26:10 chr15 75188640 . A G 289.41 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=10;FWDB=-0.00180236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.627;QD=13.9475;RBI=0.0373448;REFB=0.00100975;REVB=0.0373013;RO=49;SAF=22;SAR=11;SRF=39;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163958;STB=0.596101;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0018364;OID=.;OPOS=75188640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:50:33:33:0.39759:11:22:39:10:11:22:40:10 chr15 75189930 . A G 162.88 PASS AF=0.36;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0200345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.924;QD=13.0303;RBI=0.0222117;REFB=0.00215342;REVB=-0.00959056;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13954;STB=0.591825;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00539048;OID=.;OPOS=75189930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:32:18:18:0.36:11:7:16:15:11:7:17:15 chr15 75305040 . A G 80.28 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00682227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.677;QD=6.55358;RBI=0.0307188;REFB=-0.00978976;REVB=-0.0299517;RO=36;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674424;STB=0.546788;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.030985;OID=.;OPOS=75305040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:48:49:36:38:11:11:0.22449:4:7:21:15:4:7:22:16 chr15 75312715 . C G 117.2 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.000342933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.8187;QD=21.3082;RBI=0.0719665;REFB=-0.0406928;REVB=-0.0719657;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938929;STB=0.553111;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0582541;OID=.;OPOS=75312715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:6:3:6:7:6:3 chr15 75336729 . A G 397.16 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0242662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.18;QD=20.1091;RBI=0.0278386;REFB=-0.0153499;REVB=-0.0136431;RO=38;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209696;STB=0.505744;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0114001;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:40:40:0.506329:22:18:18:20:22:18:18:21 chr15 75498548 . A G 765.48 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.877;QD=56.7022;RBI=0.046348;REFB=0;REVB=0.0382943;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144216;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:31:21:0:0:33:21:0:0 chr15 75499602 . C A 594.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8669;QD=60.9696;RBI=0.094099;REFB=0;REVB=0.0867947;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101886;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr15 75499619 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.62;QD=60.6097;RBI=0.023628;REFB=0;REVB=-0.00888968;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41219e-05;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr15 75499861 . G A 410.99 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8283;QD=56.688;RBI=0.124273;REFB=0;REVB=0.121887;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229197;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr15 75499995 . T G 422.25 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0184804;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.709;QD=17.9683;RBI=0.0210736;REFB=-0.0274835;REVB=0.0101278;RO=49;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107605;STB=0.56051;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0285758;OID=.;OPOS=75499995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:49:51:43:43:0.457447:18:25:23:26:18:25:24:27 chr15 75503147 . G A 629.18 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0576193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.573;QD=57.1981;RBI=0.0586791;REFB=0.0255269;REVB=0.0111019;RO=2;SAF=16;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551181;STB=0.529398;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.000785152;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:26:16:2:0:26:16:2:0 chr15 75913260 . G A 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.00559912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.36;QD=12.5665;RBI=0.0239431;REFB=-0.0215688;REVB=0.0232792;RO=40;SAF=21;SAR=4;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116242;STB=0.567509;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0285354;OID=.;OPOS=75913260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:4:21:31:9:4:21:31:9 chr15 75932129 . G T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.433;QD=54.5172;RBI=0.0329479;REFB=0;REVB=0.0266778;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363229;OID=.;OPOS=75932129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr15 75967975 . AG A 35.45 PASS AF=0.342857;AO=10;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.208221;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.65213;QD=4.0516;RBI=0.286457;REFB=-0.0595498;REVB=-0.196727;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604871;STB=0.80754;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.0928139;OID=.;OPOS=75967976;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:10:35:12:35:23:2:10:14:9:35:18:1:9:11:7 chr15 75970070 . C T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.116798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.127;QD=28.6825;RBI=0.120427;REFB=-0.0305483;REVB=0.0293435;RO=2;SAF=8;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241727;STB=0.63963;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.024878;OID=.;OPOS=75970070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:1:8:1:1:1:8:1:1 chr15 75971505 . T C 107.21 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00898604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.814;QD=22.5711;RBI=0.0729392;REFB=-0.0169293;REVB=0.0723835;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191213;STB=0.607311;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00863964;OID=.;OPOS=75971505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:6:1:5:7:6:1 chr15 75971676 . G T 344.4 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=107;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.113623;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.362;QD=13.1201;RBI=0.115587;REFB=-0.0212989;REVB=-0.0212166;RO=63;SAF=14;SAR=27;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640379;STB=0.532609;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0464373;OID=.;OPOS=75971676;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:63:64:41:41:0.390476:27:14:25:38:27:14:25:39 chr15 75977920 . A G 269.54 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0271061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.953;QD=14.1862;RBI=0.0535533;REFB=-0.0167936;REVB=-0.0461868;RO=45;SAF=19;SAR=12;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618283;STB=0.535188;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0105551;OID=.;OPOS=75977920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:12:19:25:20:12:19:25:20 chr15 75979782 . G T 320.38 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.0191878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1574;QD=12.2048;RBI=0.0325198;REFB=-0.0370655;REVB=0.0262558;RO=57;SAF=22;SAR=17;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287563;STB=0.536824;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0455572;OID=.;OPOS=75979782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:66:39:39:0.371429:17:22:32:25:17:22:41:25 chr15 75980112 . A G 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-5.81567e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.278;QD=11.4252;RBI=0.0157035;REFB=-0.0179962;REVB=-0.0157034;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204602;STB=0.618934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0337109;OID=.;OPOS=75980112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:8:13:16:21:8:13:16:21 chr15 75981507 . A G 126.86 PASS AF=0.4;AO=9;DP=27;FAO=12;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0283362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.244;QD=16.9142;RBI=0.03389;REFB=-0.034485;REVB=-0.0185901;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496607;STB=0.725286;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0561059;OID=.;OPOS=75981507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:30:14:14:9:12:0.4:3:6:2:12:5:7:2:12 chr15 75982072 . G A 147.86 PASS AF=0.163842;AO=29;DP=177;FAO=29;FDP=177;FR=.;FRO=148;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=66;FSRR=82;FWDB=-0.0164969;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.698;QD=3.34147;RBI=0.0284903;REFB=-0.00219755;REVB=0.0232283;RO=146;SAF=6;SAR=23;SRF=65;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336636;STB=0.724242;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00544084;OID=.;OPOS=75982072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:146:148:29:29:0.163842:23:6:65:81:23:6:66:82 chr15 75982085 . C T 137.11 PASS AF=0.154696;AO=27;DP=180;FAO=28;FDP=181;FR=.;FRO=153;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=75;FSRR=78;FWDB=0.0158187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.271;QD=3.03014;RBI=0.0192169;REFB=-0.0025899;REVB=-0.0109113;RO=152;SAF=5;SAR=22;SRF=74;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408797;STB=0.747925;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00982003;OID=.;OPOS=75982085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:152:153:27:28:0.154696:22:5:74:78:22:6:75:78 chr15 75982428 . C T 57.06 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023652;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=84.8978;QD=28.5304;RBI=0.0237794;REFB=-0.0775968;REVB=-0.002458;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00895376;OID=.;OPOS=75982428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chr15 76031200 . C T 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0738783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.509;QD=24.3275;RBI=0.0759771;REFB=4.30486e-05;REVB=0.0177347;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422723;STB=0.749163;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00126989;OID=.;OPOS=76031200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:1:6:0:2:1:6:0:2 chr15 76073218 . C A 545.92 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00764851;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.87;QD=18.664;RBI=0.0181904;REFB=-0.0143819;REVB=-0.0165043;RO=60;SAF=29;SAR=28;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227638;STB=0.512601;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0175948;OID=.;OPOS=76073218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:60:60:57:57:0.487179:28:29:32:28:28:29:32:28 chr15 76191802 . G A 894.43 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5493;QD=57.7053;RBI=0.0278805;REFB=0;REVB=0.00449486;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24647e-05;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:30:32:0:0 chr15 76496232 . G A 171.26 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0651037;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0496;QD=24.4662;RBI=0.0666473;REFB=-0.0212081;REVB=-0.0142609;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21825;STB=0.620565;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0144793;OID=.;OPOS=76496232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:1:10:11:6:1:10 chr15 76496977 . G C 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.431;QD=64.0214;RBI=0.00803508;REFB=0;REVB=-0.0056891;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76137e-09;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:52:46:0:0:52:46:0:0 chr15 76497328 . T TTGA,TTTGA 60.66 PASS AF=0,0.444444;AO=2,7;DP=20;FAO=0,8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=0,2;FSAR=0,6;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0306603,-0.0281434;FXX=0.09995;HRUN=3,3;LEN=3,4;MLLD=204.481,207.519;QD=13.4805;RBI=0.041407,0.0436029;REFB=-0.0127966,-0.0135254;REVB=0.0278296,0.033304;RO=11;SAF=1,2;SAR=1,5;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.515617,-0.567703;STB=0.5,0.856461;STBP=1,0.04;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.0105613;OID=.,.;OPOS=76497329,76497329;OREF=-,-;OALT=TGA,TTGA;OMAPALT=TTGA,TTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.444444:2,7:20:0,8:18:10:0,2:0,6:10:0:60:11:1,2:1,5:10:1 chr15 76578762 . G A 91.25 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00544749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.81;QD=17.3819;RBI=0.021709;REFB=-0.0231065;REVB=0.0210144;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376028;STB=0.521699;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0123922;OID=.;OPOS=76578762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:5:5:5:6:5:5 chr15 76603679 . G C 85.15 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0143159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2272;QD=5.97555;RBI=0.0749908;REFB=-0.0101825;REVB=-0.0736116;RO=43;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280622;STB=0.669156;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0361575;OID=.;OPOS=76603679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:43:44:13:13:0.22807:4:9:20:23:4:9:21:23 chr15 76630303 . T C 1700.88 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00477378;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.694;QD=60.2083;RBI=0.00831042;REFB=0;REVB=0.00680251;RO=0;SAF=17;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65076e-05;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:110:113:1:93:17:0:0:94:19:0:0 chr15 76634680 . T C 356.5 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00925115;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.271;QD=29.7083;RBI=0.0102834;REFB=-0.00280059;REVB=-0.00449053;RO=18;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152482;STB=0.508374;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00215134;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:14:16:10:8:14:16:10:8 chr15 76673716 . T C 284.34 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0143691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.025;QD=17.7713;RBI=0.0151258;REFB=-0.0240668;REVB=-0.00472436;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356932;STB=0.519987;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0240481;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:12:19:19:14:12:19:19:14 chr15 76726465 . G T 316.06 PASS AF=0.375;AO=35;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00223534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0712;QD=13.1691;RBI=0.0049025;REFB=-0.0123457;REVB=0.00436323;RO=57;SAF=22;SAR=13;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114495;STB=0.568719;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0174471;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:60:35:36:0.375:13:22:30:27:13:23:32:28 chr15 77176158 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0146995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.79;QD=10.6344;RBI=0.0157662;REFB=-0.00635843;REVB=-0.00570079;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392276;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0173588;OID=.;OPOS=77176158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:6:7:4:4:6:7 chr15 77176200 . A T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00890625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.011;QD=9.76015;RBI=0.00922694;REFB=-0.00658555;REVB=-0.00241144;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073775;STB=0.545324;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0072267;OID=.;OPOS=77176200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:6:6:3:4:6:6 chr15 77324880 . A G 336.89 PASS AF=0.45;AO=37;DP=82;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0216263;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.922;QD=16.8443;RBI=0.0218203;REFB=-0.00487498;REVB=0.00290299;RO=43;SAF=8;SAR=29;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139896;STB=0.570329;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00562346;OID=.;OPOS=77324880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:43:44:37:36:0.45:29:8:14:29:28:8:14:30 chr15 77325279 . C T 949.1 PASS AF=0.485149;AO=97;DP=202;FAO=98;FDP=202;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.0241406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.989;QD=18.794;RBI=0.0242289;REFB=-0.0162587;REVB=-0.00206745;RO=103;SAF=33;SAR=64;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161216;STB=0.587447;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0213042;OID=.;OPOS=77325279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:103:104:97:98:0.485149:64:33:52:51:64:34:53:51 chr15 77907145 . G A 251.42 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0072429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.412;QD=20.5237;RBI=0.00724308;REFB=-0.017712;REVB=5.17797e-05;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14747;STB=0.571853;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00941593;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:25:24:24:0.489796:13:11:15:9:13:11:15:10 chr15 77907535 . C G 314.96 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0173021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.045;QD=19.9973;RBI=0.0378123;REFB=-0.0117349;REVB=-0.0336216;RO=30;SAF=12;SAR=21;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125937;STB=0.569539;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0157961;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:21:12:7:23:21:12:7:23 chr15 77907775 . T C 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0238441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.138;QD=21.2926;RBI=0.0278079;REFB=-0.0124642;REVB=0.0143086;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729235;STB=0.54095;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0185167;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:15:10:12:13:15:10:12:13 chr15 77907784 . G A 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00102706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.588;QD=18.9487;RBI=0.013146;REFB=-0.017891;REVB=0.0131058;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127499;STB=0.562868;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0131576;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:17:11:14:12:17:11:14:13 chr15 77938731 . A AGTCCTGCCTCCCAG 165.92 PASS AF=0.428571;AO=16;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00106787;FXX=0;HRUN=0;LEN=14;MLLD=382.671;QD=15.8023;RBI=0.00653616;REFB=-0.00256796;REVB=0.00644834;RO=24;SAF=13;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253676;STB=0.666455;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.00283545;OID=.;OPOS=77938732;OREF=-;OALT=GTCCTGCCTCCCAG;OMAPALT=AGTCCTGCCTCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:16:42:18:42:24:15:3:15:9:99:24:13:3:15:9 chr15 78207528 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.698;QD=51.9149;RBI=0.0534363;REFB=0;REVB=0.0346586;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09988e-05;OID=.;OPOS=78207528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr15 78207601 . G A 379.81 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491215;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.407;QD=56.2684;RBI=0.0517917;REFB=0;REVB=0.0164152;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817995;OID=.;OPOS=78207601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr15 78208880 . G A 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0399166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0954;QD=50.836;RBI=0.112127;REFB=-0.114339;REVB=0.104781;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0105099;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:1:0:14:11:1:0 chr15 78209436 . C G,T 493.09 PASS AF=0.125,0.8;AO=5,32;DP=40;FAO=5,32;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=5,9;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0199835,0.0142714;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=75.4835,132.866;QD=49.3092;RBI=0.0473403,0.0191787;REFB=-0.0560116,-0.0547833;REVB=-0.0429157,0.0128121;RO=2;SAF=5,9;SAR=0,23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.78221,0.0388905;STB=0.997492,0.530594;STBP=0.007,0.324;TYPE=snp,snp;VARB=0.165869,0.000808499;OID=.,.;OPOS=78209436,78209436;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:40:40:2:3:5,32:5,32:0.125,0.8:0,23:5,9:0:2:0,23:5,9:0:3 chr15 78211164 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5089;QD=37.4881;RBI=0.149884;REFB=0;REVB=-0.149353;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0115848;OID=.;OPOS=78211164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr15 78211345 . A G 330.32 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0263448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.207;QD=50.8186;RBI=0.0263545;REFB=0.00171398;REVB=-0.000714845;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000433037;OID=.;OPOS=78211345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:15:10:0:1:15:10:0:1 chr15 78211393 . A T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.015842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.646;QD=24.5166;RBI=0.0329341;REFB=-0.0239587;REVB=-0.0288736;RO=22;SAF=5;SAR=22;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355985;STB=0.700208;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0152784;OID=.;OPOS=78211393;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:22:5:12:10:22:5:12:10 chr15 78276660 . A G 417.1 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0672798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6599;QD=53.8194;RBI=0.0673996;REFB=-0.105472;REVB=-0.00401621;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000680015;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:10:20:0:0:10:20:1:0 chr15 78403004 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.991;QD=62.6686;RBI=0.0620375;REFB=0;REVB=0.044872;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310979;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr15 78587910 . A G 1217.74 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.895;QD=60.887;RBI=0.0244781;REFB=0;REVB=0.0199211;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56537e-05;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:42:35:0:0:45:35:0:0 chr15 78632830 . C G 413.25 PASS AF=0.446602;AO=45;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=0.00324599;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3535;QD=16.0486;RBI=0.0248241;REFB=-0.00659773;REVB=0.024611;RO=56;SAF=25;SAR=20;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144406;STB=0.568153;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00831612;OID=.;OPOS=78632830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:57:45:46:0.446602:20:25:39:17:20:26:39:18 chr15 78633595 . T G 210.13 PASS AF=0.477273;AO=18;DP=42;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00991046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.817;QD=19.103;RBI=0.0177868;REFB=-0.0202094;REVB=0.01477;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333225;STB=0.552522;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0239837;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:23:23:18:21:0.477273:10:8:11:12:13:8:11:12 chr15 78758677 . G C 873.17 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274927;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.222;QD=58.2116;RBI=0.027828;REFB=0;REVB=0.00430712;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101498;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr15 78780104 . T C 676.83 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.837;QD=60.1629;RBI=0.0229316;REFB=-0.0295284;REVB=0.00739261;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000144671;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:21:23:0:1:21:23:0:1 chr15 78789488 . C T 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00197351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.787;QD=8.74474;RBI=0.0121727;REFB=-0.00346249;REVB=-0.0120116;RO=30;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438654;STB=0.767008;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00943054;OID=.;OPOS=78789488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:3:9:11:19:3:9:11:19 chr15 78841220 . T C 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0278746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.169;QD=45.1036;RBI=0.0382891;REFB=-0.061119;REVB=0.02625;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523783;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00105814;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:8:10:0:0:8:10:1:0 chr15 78873119 . C T 215.79 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0388527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6128;QD=18.7642;RBI=0.0717302;REFB=-0.014481;REVB=-0.0602967;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046491;STB=0.526292;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00746793;OID=.;OPOS=78873119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:11:13:13:9:11:13 chr15 78887709 . G C,GTCTC 307.47 PASS AF=0.0512821,0.397436;AO=4,29;DP=79;FAO=4,31;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=1,13;FSAR=3,18;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0587757,0.0183372;FXX=0.0126566;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=52.3768,218.17;QD=15.7677;RBI=0.0601559,0.0193061;REFB=-0.0128438,-0.023331;REVB=0.0128118,0.00603938;RO=46;SAF=1,11;SAR=3,18;SRF=16;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.117727,0.0362161;STB=0.583969,0.556938;STBP=0.804,0.429;TYPE=snp,ins;VARB=0.0262735,0.041561;OID=.,.;OPOS=78887709,78887710;OREF=G,-;OALT=C,TCTC;OMAPALT=C,GTCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:79:78:46:43:4,29:4,31:0.0512821,0.397436:3,18:1,11:16:30:3,18:1,13:14:29 chr15 78917399 . A G 275.21 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0189851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.32;QD=15.5046;RBI=0.0199754;REFB=-0.01723;REVB=-0.00621166;RO=40;SAF=7;SAR=23;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391551;STB=0.702154;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0251671;OID=.;OPOS=78917399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:40:30:31:0.43662:23:7:24:16:23:8:24:16 chr15 79045517 . G A 137.81 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0241781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1218;QD=10.0227;RBI=0.0241914;REFB=0.0176876;REVB=0.00080268;RO=36;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358702;STB=0.527748;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0134414;OID=.;OPOS=79045517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:37:18:18:0.327273:12:6:11:25:12:6:11:26 chr15 79045521 . T C 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.036201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.472;QD=9.60054;RBI=0.0465863;REFB=-0.0151711;REVB=-0.0293219;RO=35;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490023;STB=0.542738;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0204344;OID=.;OPOS=79045521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:37:17:17:0.314815:11:6:11:24:11:6:11:26 chr15 79051721 . G A 78.68 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00672899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.77;QD=14.9872;RBI=0.0200109;REFB=-0.00375416;REVB=0.0188456;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412652;STB=0.708714;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00128137;OID=.;OPOS=79051721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:11:10:10:0.47619:6:4:9:1:6:4:9:2 chr15 79058572 . T G 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.077932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7306;QD=42.1757;RBI=0.0790018;REFB=0;REVB=-0.0129572;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.002896;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr15 79058923 . G A 726.02 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000121031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.863;QD=54.7938;RBI=0.090184;REFB=-0.111095;REVB=0.090184;RO=1;SAF=44;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552805;STB=0.5294;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00131792;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:1:1:52:52:0.981132:8:44:0:1:8:44:0:1 chr15 79058968 . T C 266.58 PASS AF=0.355556;AO=31;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=15;FWDB=-0.0101592;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4663;QD=11.848;RBI=0.0160721;REFB=-0.00802534;REVB=0.0124541;RO=54;SAF=16;SAR=15;SRF=41;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275283;STB=0.655468;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0356873;OID=.;OPOS=79058968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:58:31:32:0.355556:15:16:41:13:16:16:43:15 chr15 79089007 . T C 746.2 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5243;QD=63.5063;RBI=0.0458972;REFB=0;REVB=0.0457362;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271346;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr15 79089111 . A G 209.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0205934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.061;QD=19.9773;RBI=0.0222947;REFB=0.0200834;REVB=-0.00854184;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0140606;OID=.;OPOS=79089111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:21:20:21:0.5:9:11:11:8:9:12:12:9 chr15 79092750 . G C 527.19 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00751992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.263;QD=19.1705;RBI=0.0192324;REFB=-0.0241085;REVB=0.0177014;RO=54;SAF=29;SAR=26;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00878782;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0250695;OID=.;OPOS=79092750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:55:55:55:0.5:26:29:29:25:26:29:29:26 chr15 79189580 . C CTT,T 308.61 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=10,8;DP=30;FAO=20,2;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126515,0.00799662;FXX=0.266578;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=34.6256,226.03;QD=56.1105;RBI=0.135053,0.00887983;REFB=0,0;REVB=0.0472566,-0.00386074;RO=11;SAF=6,5;SAR=4,3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0501495,0.0795566;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0038767,0.036946;OID=.,.;OPOS=79189581,79189580;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:30:22:11:0:10,8:20,2:0.909091,0.0909091:4,3:6,5:6:5:6,2:14,0:0:0 chr15 79189583 . C T 32.48 PASS AF=0.2;AO=10;DP=34;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0033665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.244;QD=3.71182;RBI=0.0217774;REFB=-0.0019542;REVB=0.0215156;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242502;STB=0.589502;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0182766;OID=.;OPOS=79189583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:34:35:24:28:10:7:0.2:5:5:17:7:3:4:19:9 chr15 79191209 . C T 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203774;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.172;QD=57.2416;RBI=0.0289473;REFB=0;REVB=0.0205598;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53491e-05;OID=.;OPOS=79191209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr15 79217690 . G C 760.81 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6109;QD=63.4006;RBI=0.0727742;REFB=0;REVB=0.0108767;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117185;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr15 79231518 . A G 588.73 PASS AF=0.9;AO=40;DP=49;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00795665;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.627;QD=47.098;RBI=0.023671;REFB=-0.217483;REVB=0.0222937;RO=5;SAF=6;SAR=34;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940981;STB=0.520603;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0030297;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:49:50:5:5:40:45:0.9:34:6:2:3:34:11:2:3 chr15 79231526 . A AAG,AG,G 419.63 PASS AF=0,0.820513,0;AO=11,21,2;DP=47;FAO=0,32,0;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=0,9,0;FSAR=0,23,0;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00882173,0.00914319,0.0115207;FXX=0.0714116;HRUN=10,0,10;LEN=2,1,1;MLLD=161.26,175.337,136.978;QD=43.0392;RBI=0.00930573,0.0108372,0.0151224;REFB=-0.0214853,-0.0202491,-0.13295;REVB=0.00296204,0.00581786,0.00979596;RO=13;SAF=4,4,0;SAR=7,17,2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0572116,-0.119177,-0.490041;STB=0.5,0.531549,0.5;STBP=1,0.436,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0,0.00348978,0;OID=.,.,.;OPOS=79231527,79231527,79231526;OREF=-,-,A;OALT=AG,G,G;OMAPALT=AAG,AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:47:39:13:7:11,21,2:0,32,0:0,0.820513,0:7,17,2:4,4,0:4:9:0,23,0:0,9,0:1:6 chr15 79277247 . A C 1488.93 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342575;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.234;QD=59.557;RBI=0.0359551;REFB=0;REVB=0.0109175;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93663e-05;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:98:100:1:55:43:0:0:55:45:0:0 chr15 79586361 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.988;QD=44.6898;RBI=0.0575329;REFB=0;REVB=0.0360954;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306145;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr15 79588710 . C T 191.95 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0235442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.091;QD=15.6696;RBI=0.0942651;REFB=-0.0138633;REVB=-0.0912775;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239166;STB=0.616618;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0178792;OID=.;OPOS=79588710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:29:20:20:0.408163:14:6:12:10:14:6:14:15 chr15 79589174 . C G 223.23 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.62;QD=49.6074;RBI=0.0648711;REFB=0;REVB=0.0632813;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206309;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:8:10:0:0 chr15 79590208 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.27;QD=39.2068;RBI=0.0760295;REFB=0;REVB=0.0616407;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165395;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr15 79590533 . CT C 101.27 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0550402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.2504;QD=15.5793;RBI=0.0554806;REFB=0.00543043;REVB=-0.0069761;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.304348;SSSB=0.0383862;STB=0.588095;STBP=0.472;TYPE=del;VARB=-0.00855459;OID=.;OPOS=79590534;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:14:26:14:26:12:2:12:3:9:72:11:3:11:2:9 chr15 79606137 . G A 719.04 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.63;QD=55.3109;RBI=0.0147487;REFB=0;REVB=-0.00309666;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255275;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:49:52:1:19:30:0:0:20:32:0:0 chr15 79614418 . A G 1252.17 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037616;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.943;QD=61.8354;RBI=0.0220247;REFB=0;REVB=0.0217011;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450359;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr15 79748603 . C T 164.9 PASS AF=0.34375;AO=21;DP=63;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0254502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.135;QD=10.3061;RBI=0.0255;REFB=-0.0171061;REVB=-0.00159265;RO=42;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517226;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0350161;OID=.;OPOS=79748603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:42:42:21:22:0.34375:12:9:18:24:12:10:18:24 chr15 79750307 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.345;QD=53.906;RBI=0.0404836;REFB=0;REVB=0.0250656;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.65384e-05;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr15 79755604 . A G 318.84 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0181828;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.071;QD=20.9075;RBI=0.0187885;REFB=-0.00587188;REVB=-0.00473203;RO=26;SAF=15;SAR=18;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565838;STB=0.545427;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00603323;OID=.;OPOS=79755604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:28:33:33:0.540984:18:15:10:16:18:15:10:18 chr15 79764054 . TTG T,TGT,TT,TTT 436.4 PASS AF=0,0,1,0;AO=7,2,7,20;DP=41;FAO=0,0,31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,11,0;FSAR=0,0,20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383726,0.039618,-0.00371269,-0.00357819;FXX=0.162118;HRUN=2,2,1,1;LEN=2,2,1,1;MLLD=128.36,11.464,128.927,127.089;QD=56.3098;RBI=0.0456422,0.11156,0.0304483,0.0183378;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0454806,0.104288,0.0302211,0.0179853;RO=5;SAF=2,0,4,9;SAR=5,2,3,11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0935942,-0.589598,0.121017,0.0184848;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=0.0233957,0,-0.00426358,0;OID=.,.,.,.;OPOS=79764055,79764055,79764056,79764056;OREF=TG,TG,G,G;OALT=-,GT,-,T;OMAPALT=T,TGT,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:7,2,7,20:41:0,0,31,0:31:0:0,0,11,0:0,0,20,0:0:0:3:5:2,0,4,9:5,2,3,11:2:3 chr15 80191343 . G A 265.64 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0015749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.382;QD=13.2818;RBI=0.00377824;REFB=0.00651709;REVB=-0.00343436;RO=49;SAF=12;SAR=19;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238938;STB=0.636277;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00699901;OID=.;OPOS=80191343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:19:12:30:19:19:12:30:19 chr15 80215300 . T C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0126602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.994;QD=13.0884;RBI=0.0296428;REFB=-0.0153931;REVB=-0.0268033;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198492;STB=0.511613;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0301402;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:14:13:8:8:14:13 chr15 80216532 . A T 380.81 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=33;FWDB=0.000658721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.517;QD=19.5285;RBI=0.0261053;REFB=-0.000440712;REVB=0.026097;RO=39;SAF=18;SAR=21;SRF=6;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288772;STB=0.658465;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000248422;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:21:18:6:33:21:18:6:33 chr15 80217100 . A G 424.64 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0276226;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5602;QD=18.4624;RBI=0.044459;REFB=-0.012714;REVB=0.0348367;RO=49;SAF=27;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766792;STB=0.542837;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0172627;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:49:49:43:43:0.467391:16:27:27:22:16:27:27:22 chr15 80259964 . C T 59.91 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0106962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0075;QD=5.84502;RBI=0.0814773;REFB=-0.0125726;REVB=-0.0807722;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148648;STB=0.58601;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0508052;OID=.;OPOS=80259964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:40:41:31:32:9:9:0.219512:6:3:14:17:6:3:14:18 chr15 80260014 . T C 103.08 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.118996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.547;QD=9.5893;RBI=0.119746;REFB=-0.00171325;REVB=0.0133795;RO=30;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229428;STB=0.64079;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0113773;OID=.;OPOS=80260014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:10:3:12:18:10:3:12:18 chr15 80263217 . C T 263.66 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=3;FWDB=-0.000871325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2515;QD=17.8752;RBI=0.0276095;REFB=-0.0269775;REVB=0.0275958;RO=30;SAF=21;SAR=8;SRF=27;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22588;STB=0.624318;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0216646;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:8:21:27:3:8:21:27:3 chr15 80263345 . A C 185.74 PASS AF=0.384615;AO=22;DP=67;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=7;FWDB=-0.00770292;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.067;QD=11.4304;RBI=0.00900441;REFB=0.00496054;REVB=0.0046631;RO=36;SAF=12;SAR=10;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295712;STB=0.652957;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0128346;OID=.;OPOS=80263345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:36:40:22:25:0.384615:10:12:29:7:10:15:33:7 chr15 80263406 . C T 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.08961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8753;QD=17.156;RBI=0.0896203;REFB=-0.00794874;REVB=-0.0013573;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309692;STB=0.674815;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00355994;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:16:4:9:8:16:4 chr15 80454707 . G A 370.07 PASS AF=0.448276;AO=37;DP=85;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0273718;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0305;QD=17.0147;RBI=0.0290061;REFB=-0.0214832;REVB=0.00959888;RO=47;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155808;STB=0.575755;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0132668;OID=.;OPOS=80454707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:47:48:37:39:0.448276:17:20:18:29:19:20:18:30 chr15 80672506 . T C 225.89 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0516411;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0442;QD=19.6428;RBI=0.082882;REFB=-0.0094318;REVB=0.0648276;RO=22;SAF=4;SAR=18;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451347;STB=0.742875;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0167822;OID=.;OPOS=80672506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:24:22:22:0.478261:18:4:14:8:18:4:14:10 chr15 80690335 . C T 223.89 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0129285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.203;QD=19.469;RBI=0.0134686;REFB=-0.0167269;REVB=-0.00377552;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234533;STB=0.632178;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0153663;OID=.;OPOS=80690335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:9:13:8:16:9:13:8:16 chr15 81047404 . T C 344.46 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0438429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9404;QD=21.8707;RBI=0.059246;REFB=-0.00506069;REVB=0.0398483;RO=28;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1168;STB=0.557345;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00507373;OID=.;OPOS=81047404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:34:35:0.555556:17:17:18:10:17:18:18:10 chr15 81047829 . CA AA,AG 259.75 PASS AF=0.461538,0;AO=22,3;DP=66;FAO=30,0;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=12,0;FSAR=18,0;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00465098,0.00307151;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=252.214,226.498;QD=15.9845;RBI=0.00469748,0.00338233;REFB=-0.00118353,-0.00118707;REVB=-0.000659342,-0.00141632;RO=26;SAF=11,0;SAR=11,3;SRF=6;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.259524,-0.474336;STB=0.565747,0.5;STBP=0.387,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00166615,0;OID=.,.;OPOS=81047829,81047829;OREF=C,CA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:26:35:22,3:30,0:0.461538,0:11,3:11,0:6:20:18,0:12,0:10:25 chr15 81212608 . G A 643.4 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187009;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.975;QD=59.8509;RBI=0.0216488;REFB=-0.155429;REVB=-0.0109063;RO=1;SAF=9;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493147;STB=0.526303;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.000126927;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:33:9:1:0:33:9:1:0 chr15 81271557 . C A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0265239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.65;QD=9.44486;RBI=0.0271707;REFB=-0.0192275;REVB=0.00589351;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163877;STB=0.599699;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0286831;OID=.;OPOS=81271557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:2:8:4:2:2:8 chr15 81429013 . G A 228.9 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0580141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.717;QD=16.0631;RBI=0.0581771;REFB=-0.0142913;REVB=0.00435196;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179962;STB=0.581707;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0103331;OID=.;OPOS=81429013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:31:26:26:0.45614:14:12:19:10:14:12:19:12 chr15 81475223 . C T 127.68 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0212968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.232;QD=11.8773;RBI=0.0220788;REFB=-0.0147631;REVB=-0.00582405;RO=27;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367041;STB=0.547878;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.027734;OID=.;OPOS=81475223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:12:3:6:21:12:3:7:21 chr15 81517847 . GCC GCA,GC 79.73 PASS AF=0.0375,0.2375;AO=3,31;DP=81;FAO=3,19;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=0,3;FSAR=3,16;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.017661,-0.0603535;FXX=0.0123442;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=177.418,15.7205;QD=3.98671;RBI=0.0729415,0.266956;REFB=-0.0189921,-0.140453;REVB=-0.0707712,-0.260044;RO=37;SAF=0,4;SAR=3,27;SRF=20;SRR=17;SSEN=0,0.631579;SSEP=0,0;SSSB=-0.53488,-0.49947;STB=0.996092,0.752638;STBP=0.08,0.025;TYPE=snp,del;VARB=0.114746,0.0159417;OID=.,.;OPOS=81517849,81517848;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=GCA,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0375,0.2375:3,31:81:3,19:80:58:0,3:3,16:25:33:66:37:0,4:3,27:20:17 chr15 81578139 . C T 335.6 PASS AF=0.386139;AO=38;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00762119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.834;QD=13.2911;RBI=0.0141136;REFB=-0.0169203;REVB=-0.011879;RO=61;SAF=18;SAR=20;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696016;STB=0.526141;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0238739;OID=.;OPOS=81578139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:62:38:39:0.386139:20:18:25:36:21:18:26:36 chr15 81582868 . G A 1510.85 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.576;QD=63.6146;RBI=0.0325912;REFB=0;REVB=0.0146083;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48674e-05;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:46:48:0:0:46:49:0:0 chr15 81584925 . C T 265.25 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00340378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2114;QD=27.2047;RBI=0.0144994;REFB=-0.000907269;REVB=0.0140942;RO=13;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187692;STB=0.581748;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00137294;OID=.;OPOS=81584925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:15:24:24:0.615385:16:8:8:5:16:8:8:7 chr15 81600995 . A G 811.71 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.66;QD=56.9623;RBI=0.0224818;REFB=0;REVB=-0.0118521;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251015;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:32:25:0:0 chr15 82443939 . G A 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0110557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.926;QD=20.8716;RBI=0.0110691;REFB=-0.013266;REVB=-0.000544774;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231844;STB=0.630361;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00812757;OID=.;OPOS=82443939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:8:13:7:13:8:13:7:13 chr15 82444437 . A G 166.83 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00632603;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.952;QD=9.6712;RBI=0.00637263;REFB=-0.00342221;REVB=0.000769311;RO=47;SAF=7;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229902;STB=0.635988;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00637504;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:15:7:24:23:15:7:24:23 chr15 82444663 . T C 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0130682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.611;QD=20.7551;RBI=0.0147532;REFB=-0.0186262;REVB=0.00684675;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135688;STB=0.507682;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00849431;OID=.;OPOS=82444663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:5:7:9:6:5:7 chr15 82456227 . T C 591.39 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00569636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5365;QD=21.9032;RBI=0.0341232;REFB=0.0134215;REVB=0.0336444;RO=48;SAF=28;SAR=31;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037876;STB=0.525415;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.0103014;OID=.;OPOS=82456227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:49:59:59:0.546296:31:28:25:23:31:28:26:23 chr15 82512429 . C G 785.58 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7837;QD=64.1288;RBI=0.0188696;REFB=0;REVB=0.0102214;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208078;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr15 82555242 . A G 374.5 PASS AF=0.536232;AO=28;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0047854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.878;QD=21.7104;RBI=0.0454282;REFB=-0.0380347;REVB=0.0451755;RO=30;SAF=8;SAR=20;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355723;STB=0.71054;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.040963;OID=.;OPOS=82555242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:31:28:37:0.536232:20:8:20:10:28:9:21:10 chr15 82558034 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.272;QD=57.6806;RBI=0.0329668;REFB=0;REVB=0.0304958;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2075e-05;OID=.;OPOS=82558034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr15 82563991 . C T 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0233966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.789;QD=16.2719;RBI=0.0390557;REFB=-0.00852908;REVB=-0.0312722;RO=39;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928295;STB=0.552206;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0111897;OID=.;OPOS=82563991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:17:15:22:17:17:15:22:17 chr15 82574879 . T C 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00803236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.226;QD=22.9154;RBI=0.0130188;REFB=-0.0218813;REVB=0.0102455;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252808;STB=0.642573;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00744453;OID=.;OPOS=82574879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:0:4:5:4:0:4 chr15 82637061 . C T 67.96 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.108092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.472;QD=24.7138;RBI=0.175075;REFB=-0.224459;REVB=0.137722;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212058;STB=0.583156;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0493458;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:11:11:3:2:8:9:0.818182:3:5:2:1:4:5:2:0 chr15 82637079 . C T 66.94 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0449999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.58;QD=26.7777;RBI=0.0641109;REFB=-0.0815271;REVB=0.0456642;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175673;STB=0.599759;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00822157;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:10:10:2:2:8:8:0.8:4:4:2:0:4:4:2:0 chr15 83215251 . T C 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.757;QD=46.8424;RBI=0.0554751;REFB=0;REVB=-0.0550388;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300205;OID=.;OPOS=83215251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr15 83224696 . C T 1417.67 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215707;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.319;QD=63.0075;RBI=0.0221633;REFB=0;REVB=0.00509083;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58511e-05;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:51:37:0:0:51:39:0:0 chr15 83297137 . TC T,TT 571.25 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=6,32;DP=38;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302767,0.0261531;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=224.488,247.791;QD=60.1317;RBI=0.104563,0.105745;REFB=0,0;REVB=0.100083,0.10246;RO=0;SAF=2,20;SAR=4,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00120116,0.000236245;OID=.,.;OPOS=83297138,83297138;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0263158,0.973684:6,32:38:1,37:38:0:1,21:0,16:0:0:5:0:2,20:4,12:0:0 chr15 83332381 . GA AG,G,GG 139.35 PASS AF=0,0.617021,0;AO=3,20,5;DP=49;FAO=0,29,0;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=0,12,0;FSAR=0,17,0;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00875236,0.159472,0.114717;FXX=0.040808;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=27.7326,9.32598,14.3009;QD=11.8591;RBI=0.0296001,0.162329,0.192317;REFB=-0.0345916,-0.195943,-0.109705;REVB=0.0282766,0.0303244,-0.154356;RO=20;SAF=0,10,0;SAR=3,10,5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.655715,-0.133037,-0.732003;STB=0.5,0.575794,0.5;STBP=1,0.177,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0364466,0.197201,0;OID=.,.,.;OPOS=83332381,83332382,83332382;OREF=GA,A,A;OALT=AG,-,G;OMAPALT=AG,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:49:47:20:18:3,20,5:0,29,0:0,0.617021,0:3,10,5:0,10,0:13:7:0,17,0:0,12,0:11:7 chr15 83428193 . G A 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0234862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.274;QD=20.2676;RBI=0.029476;REFB=0.000402574;REVB=-0.017811;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190715;STB=0.618934;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00029589;OID=.;OPOS=83428193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:13:8:12:8:13:8:13:8 chr15 83680287 . A G 2166.07 PASS AF=0.98;AO=145;DP=148;FAO=147;FDP=150;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0331443;FXX=0.0196066;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.517;QD=57.7617;RBI=0.0340235;REFB=-0.119725;REVB=0.00768481;RO=3;SAF=77;SAR=68;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007644;STB=0.503816;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000670179;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:148:150:3:3:145:147:0.98:68:77:1:2:70:77:1:2 chr15 84488636 . A G 1060.16 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127674;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.215;QD=59.7271;RBI=0.0132008;REFB=0;REVB=-0.00335472;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188557;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:44:26:0:0:44:27:0:0 chr15 84493651 . T C 1995.67 PASS AF=0.984848;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0544302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1088;QD=60.4748;RBI=0.0555471;REFB=-0.190556;REVB=0.0110828;RO=2;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139732;STB=0.507352;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00334802;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:132:2:2:129:130:0.984848:67:62:0:2:67:63:0:2 chr15 84539619 . C G 733.38 PASS AF=0.948276;AO=53;DP=57;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0434314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.247;QD=50.5782;RBI=0.0518317;REFB=-0.126658;REVB=0.0282885;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526306;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00387177;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:57:58:0:3:53:55:0.948276:25:28:0:0:27:28:0:3 chr15 84581904 . T C 648.06 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.965;QD=61.7197;RBI=0.0810316;REFB=0;REVB=0.0810077;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122464;OID=.;OPOS=84581904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr15 84582124 . G T 1030.1 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.365;QD=58.863;RBI=0.0380223;REFB=0;REVB=0.03774;RO=0;SAF=19;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215871;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:49:19:0:0:50:20:0:0 chr15 84639350 . C T 500.44 PASS AF=0.555556;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0337994;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.013;QD=27.8024;RBI=0.0338338;REFB=-0.00183671;REVB=0.00152451;RO=19;SAF=16;SAR=23;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933933;STB=0.535194;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00326622;OID=.;OPOS=84639350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:19:20:39:40:0.555556:23:16:5:14:24:16:6:14 chr15 84651185 . C A 268.74 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0238302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.283;QD=22.3949;RBI=0.025503;REFB=0.0155005;REVB=0.0090843;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221274;STB=0.623047;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0200983;OID=.;OPOS=84651185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:6:17:12:13:6:17 chr15 84651290 . T C 143.77 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00629319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.86;QD=33.8288;RBI=0.017063;REFB=-0.0705307;REVB=0.01586;RO=3;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764114;STB=0.542312;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00873239;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:8:6:2:1:8:6:2:1 chr15 84909385 . G A 182.75 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0695752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.502;QD=42.9995;RBI=0.0721207;REFB=0.0164219;REVB=-0.0189917;RO=1;SAF=12;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036598;STB=0.519975;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000330335;OID=.;OPOS=84909385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:4:12:1:0:4:12:1:0 chr15 84958367 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00214161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.344;QD=22.3411;RBI=0.0153244;REFB=-0.0029872;REVB=0.015174;RO=14;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395323;STB=0.721975;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0027594;OID=.;OPOS=84958367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:13:5:11:3:13:5:11:3 chr15 85149771 . G T 235.39 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0147371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7581;QD=13.2616;RBI=0.0222973;REFB=-0.0280643;REVB=0.0167328;RO=43;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991298;STB=0.55663;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0293027;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:15:13:24:19:15:13:24:19 chr15 85163998 . G C 185.83 PASS AF=0.47619;AO=18;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00319934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.408;QD=17.6981;RBI=0.101752;REFB=-0.0394063;REVB=0.101702;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273901;STB=0.605285;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0226427;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:18:20:0.47619:5:13:10:12:7:13:10:12 chr15 85186876 . ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 69.75 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0310024;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=18;MLLD=454.348;QD=4.29249;RBI=0.0322032;REFB=-0.0105663;REVB=-0.00871184;RO=52;SAF=5;SAR=7;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802659;STB=0.545378;STBP=0.698;TYPE=del;VARB=0.0499093;OID=.;OPOS=85186877;OREF=CTTGGCTCCGTGTTCCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184615:12:70:12:65:53:5:7:25:28:69:52:5:7:25:27 chr15 85188994 . T C 253.77 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0111969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.064;QD=21.5972;RBI=0.0114191;REFB=-0.0322881;REVB=0.00224144;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117074;STB=0.55491;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0224242;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:23:24:0.510638:12:11:8:15:13:11:8:15 chr15 85189369 . G T 92.89 PASS AF=0.292683;AO=11;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.103369;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.8565;QD=9.06261;RBI=0.11656;REFB=0.00627067;REVB=-0.0538619;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444202;STB=0.512175;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.000932441;OID=.;OPOS=85189369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:41:41:17:29:11:12:0.292683:5:6:10:7:6:6:15:14 chr15 85200426 . C T 457.64 PASS AF=0.614286;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0136914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.826;QD=26.1507;RBI=0.0409223;REFB=-0.0115031;REVB=-0.038564;RO=27;SAF=23;SAR=20;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943014;STB=0.551422;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00820637;OID=.;OPOS=85200426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:27:43:43:0.614286:20:23:18:9:20:23:18:9 chr15 85333953 . A G 226.32 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00719096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.417;QD=11.1764;RBI=0.0107012;REFB=-0.00238712;REVB=0.00792506;RO=53;SAF=18;SAR=10;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154977;STB=0.590098;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00445407;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:10:18:27:26:10:18:27:26 chr15 85360101 . T C 355.78 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0102184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.631;QD=16.3577;RBI=0.0115911;REFB=-0.0239245;REVB=-0.00547167;RO=47;SAF=23;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741676;STB=0.531526;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0374155;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:49:38:38:0.436782:15:23:25:22:15:23:27:22 chr15 85383839 . G A 315.42 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0202637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.244;QD=22.5302;RBI=0.0224886;REFB=-0.0385549;REVB=0.00975293;RO=23;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726312;STB=0.537359;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0299969;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:31:32:0.571429:19:12:11:12:20:12:11:13 chr15 85401259 . C T 296.63 PASS AF=0.44;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0032219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7482;QD=15.8204;RBI=0.00632236;REFB=-0.0127928;REVB=0.00543981;RO=40;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184563;STB=0.611042;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0306946;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:42:32:33:0.44:21:11:21:19:22:11:22:20 chr15 85401419 . T C 167.4 PASS AF=0.319444;AO=21;DP=70;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0264167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.459;QD=9.29983;RBI=0.0348914;REFB=-0.0323497;REVB=-0.0227942;RO=48;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603477;STB=0.500665;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0701745;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:48:49:21:23:0.319444:13:8:16:32:15:8:17:32 chr15 85402610 . G A 271.54 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0472564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1374;QD=20.8879;RBI=0.0476202;REFB=0.020092;REVB=0.00587461;RO=24;SAF=8;SAR=20;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12937;STB=0.571381;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00984013;OID=.;OPOS=85402610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:20:8:4:20:20:8:4:20 chr15 85411941 . A G 440.51 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0713919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9621;QD=22.3042;RBI=0.0753778;REFB=-0.0326653;REVB=-0.0241873;RO=36;SAF=17;SAR=26;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543763;STB=0.529911;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0245215;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:26:17:12:24:26:17:12:24 chr15 85467275 . C T 171.28 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00805478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0551;QD=12.4567;RBI=0.0237064;REFB=-0.00644839;REVB=-0.022296;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107991;STB=0.56244;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00867844;OID=.;OPOS=85467275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:16:18:9:12:16:18 chr15 85476441 . G A 595.88 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.651;QD=59.5879;RBI=0.0495307;REFB=0;REVB=0.0398741;RO=0;SAF=6;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180565;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:35:40:1:29:6:0:0:34:6:0:0 chr15 85478410 . A G 807.85 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00257249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.862;QD=53.8566;RBI=0.0595642;REFB=-0.0107966;REVB=-0.0595086;RO=2;SAF=27;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336634;STB=0.517851;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0020547;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:31:27:2:0:31:27:2:0 chr15 85658713 . CAAAAA CAAAA,CAAAAT 75.58 PASS AF=0.576923,0;AO=12,2;DP=28;FAO=15,0;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=1,0;FSAR=14,0;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.29337,0.0135123;FXX=0.0714031;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.479,131.561;QD=11.6279;RBI=0.293928,0.0347599;REFB=-0.14975,-0.0202117;REVB=0.0180943,-0.032026;RO=8;SAF=0,0;SAR=12,2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.81817,-0.590874;STB=0.837016,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=del,snp;VARB=0.162673,0.0809513;OID=.,.;OPOS=85658714,85658718;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAA,CAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923,0:12,2:28:15,0:26:11:1,0:14,0:6:5:45:8:0,0:12,2:4:4 chr15 86087309 . T C 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.014706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.29;QD=9.93989;RBI=0.0198523;REFB=-0.00697753;REVB=-0.0133358;RO=45;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13898;STB=0.5822;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0155446;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:16:6:17:28:16:6:17:28 chr15 86122779 . T C 162.77 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0403828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.213;QD=10.8514;RBI=0.0482136;REFB=-0.0113141;REVB=-0.0263398;RO=39;SAF=16;SAR=5;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331887;STB=0.695454;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0300808;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:5:16:19:20:5:16:19:20 chr15 86122916 . T C 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00551333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.72;QD=11.0822;RBI=0.0055186;REFB=-0.0243808;REVB=0.000241127;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688944;STB=0.539964;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0422042;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:9:13:26:14:9:13:26:14 chr15 86123019 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.047358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.509;QD=18.744;RBI=0.057964;REFB=0.0815018;REVB=0.0334223;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.01595;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:3:1:2:5:3:1 chr15 86123833 . T C 208.62 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00525342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.206;QD=25.2868;RBI=0.012063;REFB=-0.0392584;REVB=-0.010859;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816629;STB=0.545409;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0335067;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:10:10:8:5:10:10:8:5 chr15 86123924 . C T 234.58 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00238921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.277;QD=17.3763;RBI=0.00650263;REFB=-0.0183723;REVB=-0.0060478;RO=27;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839273;STB=0.535996;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0159326;OID=.;OPOS=86123924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:14:12:10:17:14:12:11:17 chr15 86123988 . G A 318.73 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0566916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1396;QD=20.9001;RBI=0.064589;REFB=-0.00751735;REVB=-0.0309484;RO=28;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639571;STB=0.535354;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00445904;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:20:13:9:19:20:13:9:19 chr15 86124419 . C T 219.17 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00477152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.151;QD=17.5338;RBI=0.00767329;REFB=-0.030041;REVB=-0.00600932;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258211;STB=0.514693;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0326138;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:12:16:12:10:12:16 chr15 86124483 . C G 163.29 PASS AF=0.35;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0653918;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7005;QD=10.8859;RBI=0.0749669;REFB=0.032198;REVB=0.0366599;RO=39;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10303;STB=0.559944;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0740245;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:39:39:21:21:0.35:11:10:15:24:11:10:15:24 chr15 86124555 . G A 213.68 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0308345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.467;QD=16.1266;RBI=0.0311455;REFB=-0.0148654;REVB=-0.00439068;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00989141;STB=0.50251;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0157721;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:29:23:24:0.45283:15:8:10:18:15:9:11:18 chr15 86124616 . A G 356.02 PASS AF=0.44186;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00192818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.602;QD=16.5593;RBI=0.0370989;REFB=-0.0110631;REVB=-0.0370487;RO=47;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571479;STB=0.532902;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0160112;OID=.;OPOS=86124616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:47:48:37:38:0.44186:16:21:24:23:16:22:25:23 chr15 86124946 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00561729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.352;QD=10.6346;RBI=0.0268062;REFB=-0.0103792;REVB=-0.0262111;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118061;STB=0.571254;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0126613;OID=.;OPOS=86124946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:8:5:4:4:8:5 chr15 86124968 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0177563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.205;QD=9.91704;RBI=0.0270043;REFB=-0.0261048;REVB=-0.0203457;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357641;STB=0.521691;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0428059;OID=.;OPOS=86124968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:7:10:5:4:7:10 chr15 86125031 . G A 189.14 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.000274183;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.998;QD=17.1942;RBI=0.0229689;REFB=-0.0347955;REVB=-0.0229673;RO=17;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132909;STB=0.615473;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0316967;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:21:18:19:0.431818:5:13:10:7:6:13:10:11 chr15 86287910 . C T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.000401321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.386;QD=20.5465;RBI=0.0241135;REFB=-0.0290078;REVB=-0.0241102;RO=22;SAF=16;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262202;STB=0.648506;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0275201;OID=.;OPOS=86287910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:6:16:10:12:6:16:10:12 chr15 86288518 . G C 237.69 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0125716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2814;QD=21.1279;RBI=0.060709;REFB=0.0139215;REVB=-0.0593931;RO=21;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610948;STB=0.557682;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0125941;OID=.;OPOS=86288518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:21:22:22:23:0.511111:15:7:8:13:16:7:9:13 chr15 86292324 . G C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.568;QD=57.1062;RBI=0.0200203;REFB=0;REVB=0.0177035;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67189e-05;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr15 86313048 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.000694168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.546;QD=11.3693;RBI=0.0120013;REFB=-0.00465755;REVB=-0.0119812;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330746;STB=0.695569;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00427644;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:6:13:4:7:6:13 chr15 86368898 . G A 512.03 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237705;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.785;QD=56.8925;RBI=0.0264536;REFB=-0.0134404;REVB=-0.0116084;RO=1;SAF=25;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183486;STB=0.509798;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000138596;OID=.;OPOS=86368898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:35:35:0.972222:10:25:1:0:10:25:1:0 chr15 86368959 . A T 1300.62 PASS AF=0.93617;AO=88;DP=93;FAO=88;FDP=94;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0350999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.114;QD=55.3455;RBI=0.0742733;REFB=-0.00758569;REVB=0.0654562;RO=5;SAF=50;SAR=38;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241125;STB=0.517323;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00517633;OID=.;OPOS=86368959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:93:94:5:6:88:88:0.93617:38:50:4:1:38:50:5:1 chr15 86807761 . A G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00785166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.415;QD=16.8842;RBI=0.0315942;REFB=-0.0235139;REVB=0.030603;RO=17;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17127;STB=0.59985;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0217334;OID=.;OPOS=86807761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:13:2:4:13:13:2:4:13 chr15 86814866 . A G 199.87 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0296967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0709;QD=13.5506;RBI=0.0316527;REFB=-0.0131271;REVB=0.0109542;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101927;STB=0.558356;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0158046;OID=.;OPOS=86814866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:10:14:17:18:10:14:17:18 chr15 86838497 . C T 204.36 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0146066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.476;QD=22.7063;RBI=0.0319551;REFB=-0.00948606;REVB=-0.0284214;RO=15;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299533;STB=0.538422;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00608617;OID=.;OPOS=86838497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:6:14:10:5:6:14:10:6 chr15 86940622 . T C 1396.7 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.193;QD=62.7732;RBI=0.0649133;REFB=0;REVB=0.056923;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176833;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:41:47:0:0:42:47:0:0 chr15 87217613 . A G 487.14 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174062;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2774;QD=59.0468;RBI=0.025431;REFB=0;REVB=-0.0185407;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496881;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr15 87531281 . A C 1502.51 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00964949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2585;QD=57.2384;RBI=0.0400818;REFB=0.0313412;REVB=0.0389029;RO=2;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182418;STB=0.504761;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000455049;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:105:2:1:103:104:0.990476:51:52:0:2:52:52:0:1 chr15 88476365 . G A 245.74 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0260524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.023;QD=15.8539;RBI=0.0260856;REFB=-0.0274489;REVB=0.00131539;RO=33;SAF=19;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303753;STB=0.678444;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0246586;OID=.;OPOS=88476365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:9:19:12:21:9:19:12:22 chr15 88679785 . G A 1302.64 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00596295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.859;QD=62.0305;RBI=0.0107846;REFB=0;REVB=0.00898611;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68691e-06;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:45:38:0:0:45:39:0:0 chr15 89169858 . A G 169.68 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00370868;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.297;QD=23.4042;RBI=0.00806823;REFB=0.00549718;REVB=0.00716534;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165672;STB=0.592488;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0029685;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:9:3:8:9:9:3 chr15 89172558 . G C 180.34 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0109071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.289;QD=13.8726;RBI=0.0198655;REFB=-0.0107787;REVB=-0.0166035;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592832;STB=0.534038;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0193477;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:13:18:11:10:13:18 chr15 89173657 . A T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0190564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.276;QD=11.9536;RBI=0.0300159;REFB=0.0186747;REVB=-0.0231907;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.580431;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00716826;OID=.;OPOS=89173657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:2:6:6:4:2:6:7:4 chr15 89173732 . T C 825.04 PASS AF=0.967213;AO=60;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0283012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6335;QD=54.101;RBI=0.0364151;REFB=0.0145046;REVB=-0.0229151;RO=1;SAF=32;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145205;STB=0.51562;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00251186;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:1:2:60:59:0.967213:28:32:1:0:28:31:2:0 chr15 89174748 . G C 173.04 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.054277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3073;QD=18.7071;RBI=0.0548355;REFB=0.0278903;REVB=0.0078068;RO=19;SAF=15;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474553;STB=0.772861;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.025463;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:3:15:7:12:3:15:7:12 chr15 89182596 . A G 375.46 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0215374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.777;QD=15.8088;RBI=0.0320616;REFB=-0.00901348;REVB=-0.0237505;RO=55;SAF=27;SAR=13;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064601;STB=0.53651;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0105567;OID=.;OPOS=89182596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:13:27:34:21:13:27:34:21 chr15 89193497 . A T 95.69 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0432178;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1282;QD=10.6327;RBI=0.0439973;REFB=-0.0115386;REVB=0.00824536;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228069;STB=0.636143;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0300245;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:9:15:5:7:9:15 chr15 89195178 . G C 902.7 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.812;QD=56.4189;RBI=0.0257286;REFB=-0.0572045;REVB=0.0227265;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.506847;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000272285;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:64:0:1:62:63:0.984375:35:27:0:0:36:27:0:1 chr15 89195245 . C T 286.47 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.042065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3031;QD=24.3804;RBI=0.0460935;REFB=-0.00258897;REVB=-0.0188454;RO=21;SAF=20;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1984;STB=0.616154;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00230475;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:5:20:13:8:5:21:13:8 chr15 89195526 . A G 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.4;QD=58.7797;RBI=0.0445381;REFB=0;REVB=-0.00195827;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146871;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr15 89392745 . T C 3156.9 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.303;QD=61.5981;RBI=0.0338098;REFB=0;REVB=-0.0067813;RO=0;SAF=77;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36356e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35812e-05;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:205:0:0:203:205:1:126:77:0:0:128:77:0:0 chr15 89398330 . G A 196.17 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00290987;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.163;QD=16.6951;RBI=0.0354861;REFB=-0.00233279;REVB=0.0353666;RO=27;SAF=5;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360537;STB=0.707648;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00441265;OID=.;OPOS=89398330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:27:27:20:20:0.425532:15:5:16:11:15:5:16:11 chr15 89398553 . C A 156.21 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0450936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0457;QD=16.0214;RBI=0.0519642;REFB=0.0119047;REVB=-0.0258235;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328355;STB=0.695443;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0272388;OID=.;OPOS=89398553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:22:17:17:0.435897:7:10:5:16:7:10:5:17 chr15 89401109 . A G 632.05 PASS AF=0.580952;AO=61;DP=105;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00384693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.053;QD=24.0779;RBI=0.00388438;REFB=0.00175482;REVB=-0.000538105;RO=44;SAF=24;SAR=37;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570201;STB=0.503111;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00131129;OID=.;OPOS=89401109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:44:44:61:61:0.580952:37:24:17:27:37:24:17:27 chr15 89401615 . T G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0193782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.399;QD=9.76026;RBI=0.0198793;REFB=-0.0177028;REVB=0.00443525;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500083;STB=0.812575;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.016233;OID=.;OPOS=89401615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:6:1:7:5:6:1:7:5 chr15 89402051 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0057812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.108;QD=15.2589;RBI=0.00781563;REFB=0.0230826;REVB=0.00525945;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0125387;OID=.;OPOS=89402051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:3:3:4:3:3:3 chr15 89402239 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0635335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.865;QD=16.1723;RBI=0.0638299;REFB=-0.0177466;REVB=-0.00614406;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268942;STB=0.656041;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.01814;OID=.;OPOS=89402239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:10:10:12:4:10:10 chr15 89417238 . A G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00951141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.559;QD=11.6672;RBI=0.0146076;REFB=-0.0124452;REVB=-0.0110868;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300813;STB=0.67478;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.018582;OID=.;OPOS=89417238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:6:20:7:7:6:20 chr15 89421327 . A G 187.46 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0188199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.299;QD=12.7094;RBI=0.0294039;REFB=-0.0194436;REVB=-0.0225921;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149715;STB=0.597282;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0329955;OID=.;OPOS=89421327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:36:22:23:0.389831:11:11:13:23:11:12:13:23 chr15 89421405 . G A 168.64 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0203163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1117;QD=16.0614;RBI=0.0215303;REFB=-0.0181782;REVB=-0.00712763;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966124;STB=0.555494;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.019715;OID=.;OPOS=89421405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:11:13:8:10:11:13 chr15 89422286 . C T 275.65 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0184561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.247;QD=25.6419;RBI=0.0267652;REFB=-0.0248177;REVB=-0.0193843;RO=18;SAF=20;SAR=5;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404551;STB=0.522371;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0135221;OID=.;OPOS=89422286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:5:20:15:3:5:20:15:3 chr15 89430506 . C T 404.15 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0636639;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.681;QD=20.9949;RBI=0.0640483;REFB=-0.0159303;REVB=0.00700644;RO=35;SAF=11;SAR=29;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011274;STB=0.513268;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.015481;OID=.;OPOS=89430506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:35:37:40:40:0.519481:29:11:10:25:29:11:11:26 chr15 89436244 . T C 731.14 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6408;QD=55.1801;RBI=0.0560308;REFB=-0.0387722;REVB=0.0558816;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150622;OID=.;OPOS=89436244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:53:0:0:51:53:1:28:23:0:0:30:23:0:0 chr15 89436295 . G A 1102.18 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476145;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2029;QD=60.3933;RBI=0.0312805;REFB=0;REVB=0.0309159;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13419e-05;OID=.;OPOS=89436295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr15 89450003 . G A 131.97 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0871575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1221;QD=23.9943;RBI=0.0875221;REFB=-0.0151664;REVB=0.00798068;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24425;STB=0.636183;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00638544;OID=.;OPOS=89450003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:1:7:7:7:1:7 chr15 89450546 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.83;QD=56.7051;RBI=0.082858;REFB=0;REVB=0.0608666;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558409;OID=.;OPOS=89450546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr15 89450587 . G T 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.68;QD=47.8135;RBI=0.0331198;REFB=0.0615641;REVB=0.00109565;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000602111;OID=.;OPOS=89450587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:1:0:12:9:1:0 chr15 89739259 . G C 105.79 PASS AF=0.325;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.075921;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.671;QD=10.5795;RBI=0.0809593;REFB=0.000239808;REVB=-0.0281143;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165467;STB=0.59984;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0021429;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:27:27:13:13:0.325:4:9:15:12:4:9:15:12 chr15 89740373 . G C 78.51 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=33;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0141102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.051;QD=9.23613;RBI=0.015283;REFB=-0.0108635;REVB=-0.00587122;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102445;STB=0.574334;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0228192;OID=.;OPOS=89740373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:33:34:22:23:10:11:0.323529:5:5:9:13:5:6:10:13 chr15 89740384 . T G 88.03 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.025291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7333;QD=9.02899;RBI=0.0261383;REFB=-0.00446547;REVB=-0.00660121;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108949;STB=0.506597;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0110324;OID=.;OPOS=89740384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:39:39:27:27:12:12:0.307692:7:5:11:16:7:5:11:16 chr15 89740469 . T C 231.03 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0157996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.214;QD=16.5019;RBI=0.0252355;REFB=-0.0173001;REVB=-0.0196776;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293342;STB=0.664757;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0185898;OID=.;OPOS=89740469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:10:16:9:21:10:16:9:21 chr15 89740616 . G A,C,T 901.42 PASS AF=0.954545,0,0.0454545;AO=54,3,3;DP=60;FAO=63,0,3;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0,1;FSAR=30,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268572,-0.042988,-0.0186858;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=55.3457,13.1389,25.1861;QD=54.6313;RBI=0.0268588,0.0907439,0.0228684;REFB=0,0,0;REVB=0.000293149,-0.0799155,0.0131835;RO=0;SAF=27,0,1;SAR=27,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;VARB=0.00734588,0.0660579,0.0690921;OID=.,.,.;OPOS=89740616,89740616,89740616;OREF=G,G,G;OALT=A,C,T;OMAPALT=A,C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:9:60:66:0:0:54,3,3:63,0,3:0.954545,0,0.0454545:27,3,2:27,0,1:0:0:30,0,2:33,0,1:0:0 chr15 89744476 . G T 1824.67 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.285;QD=60.8224;RBI=0.0562399;REFB=0;REVB=0.0071862;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3006e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:120:0:0:113:120:1:62:51:0:0:63:57:0:0 chr15 89804043 . C T 180.54 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0503699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1024;QD=13.8879;RBI=0.0634509;REFB=-0.0281181;REVB=-0.0385862;RO=31;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19633;STB=0.613223;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0308213;OID=.;OPOS=89804043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:7:14:15:16:7:14:15:16 chr15 89806710 . C T 164.96 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0561875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2071;QD=14.3441;RBI=0.0659178;REFB=-0.0243834;REVB=0.034469;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134803;STB=0.565146;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0131752;OID=.;OPOS=89806710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:9:9:10:17:9:9:11:17 chr15 89836228 . G C 220.38 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0424739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0112;QD=24.4867;RBI=0.054257;REFB=-0.0292779;REVB=0.0337608;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034374;STB=0.503975;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0272312;OID=.;OPOS=89836228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:21:21:0.583333:11:10:6:8:11:10:7:8 chr15 89838236 . G A 779.07 PASS AF=0.982759;AO=52;DP=53;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00292255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4846;QD=53.7286;RBI=0.0264321;REFB=-0.00447869;REVB=-0.02627;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159663;STB=0.508472;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000854276;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:58:1:1:52:57:0.982759:23:29:1:0:28:29:1:0 chr15 89858602 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.105;QD=56.1901;RBI=0.00586056;REFB=0;REVB=0.00519169;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91074e-05;OID=.;OPOS=89858602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr15 89878377 . A T 1647.0 PASS AF=0.965812;AO=110;DP=117;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0346689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.722;QD=56.3076;RBI=0.0446857;REFB=0.00425577;REVB=-0.0281936;RO=4;SAF=41;SAR=69;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00875479;STB=0.504463;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=6.76164e-06;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:117:4:4:110:113:0.965812:69:41:1:3:71:42:1:3 chr15 90126121 . C T 245.67 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00171483;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.974;QD=19.2685;RBI=0.00493377;REFB=-0.00291692;REVB=-0.00462617;RO=24;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172453;STB=0.605301;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.001982;OID=.;OPOS=90126121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:25:26:26:0.509804:11:15:9:15:11:15:9:16 chr15 90128966 . C T 341.49 PASS AF=0.365217;AO=42;DP=115;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=-0.0036187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.587;QD=11.878;RBI=0.0213753;REFB=-0.00480478;REVB=-0.0210668;RO=72;SAF=23;SAR=19;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119282;STB=0.571335;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00894485;OID=.;OPOS=90128966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:72:73:42:42:0.365217:19:23:47:25:19:23:48:25 chr15 90138670 . C T 1015.84 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00191108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.131;QD=57.2303;RBI=0.00454627;REFB=0.0136067;REVB=0.00412509;RO=1;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106223;STB=0.505493;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00025534;OID=.;OPOS=90138670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:68:70:0.985915:44:24:0:1:45:25:0:1 chr15 90168108 . C T 705.53 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.739;QD=54.2712;RBI=0.0344302;REFB=-0.130535;REVB=-0.0022138;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171217;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00190263;OID=.;OPOS=90168108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:27:24:0:1:27:24:0:1 chr15 90168693 . T A 84.2 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0315153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.322;QD=10.5251;RBI=0.0347171;REFB=-0.0178011;REVB=-0.0145622;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177334;STB=0.606739;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0225503;OID=.;OPOS=90168693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:10:11:4:7:10:11 chr15 90170237 . C T 213.05 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.022732;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.45;QD=16.0791;RBI=0.022762;REFB=-0.0113052;REVB=-0.00116838;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114669;STB=0.550978;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0126658;OID=.;OPOS=90170237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:23:24:0.45283:10:13:13:16:11:13:13:16 chr15 90174789 . C T 541.18 PASS AF=0.523364;AO=55;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0589622;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8478;QD=20.231;RBI=0.0651819;REFB=-0.0145786;REVB=0.0277874;RO=51;SAF=27;SAR=28;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520618;STB=0.524263;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0183692;OID=.;OPOS=90174789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:55:56:0.523364:28:27:22:29:29:27:22:29 chr15 90174824 . C T 513.71 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0122941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.29;QD=21.6299;RBI=0.013135;REFB=-0.0183603;REVB=0.00462422;RO=44;SAF=26;SAR=23;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846239;STB=0.556722;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0177286;OID=.;OPOS=90174824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:46:49:49:0.515789:23:26:19:25:23:26:19:27 chr15 90176073 . C A 309.76 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0762138;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.485;QD=18.4929;RBI=0.0766986;REFB=-0.0162176;REVB=0.00860955;RO=33;SAF=12;SAR=21;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908305;STB=0.555859;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.014837;OID=.;OPOS=90176073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:34:33:33:0.492537:21:12:9:24:21:12:9:25 chr15 90176432 . T G 1356.01 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.116;QD=62.3455;RBI=0.0213055;REFB=0;REVB=0.0146834;RO=0;SAF=53;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15281e-05;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:31:53:0:0:32:55:0:0 chr15 90191827 . T C 145.08 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.478;QD=44.6391;RBI=0.0455983;REFB=0;REVB=-0.0301403;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000997215;OID=.;OPOS=90191827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr15 90195967 . C G 1415.93 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0490239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3578;QD=58.9971;RBI=0.0542519;REFB=-0.027661;REVB=-0.0232364;RO=2;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157995;STB=0.501087;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.000985326;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:96:2:3:93:93:0.96875:59:34:0:2:59:34:1:2 chr15 90196008 . C T 264.79 PASS AF=0.382716;AO=30;DP=80;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.000467864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.048;QD=13.0759;RBI=0.00625664;REFB=-0.00655009;REVB=-0.00623912;RO=49;SAF=10;SAR=20;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336039;STB=0.537754;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0214435;OID=.;OPOS=90196008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:49:50:30:31:0.382716:20:10:15:34:20:11:15:35 chr15 90213229 . G C 489.81 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.462;QD=55.9785;RBI=0.0472419;REFB=0.0507047;REVB=0.0426803;RO=1;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406014;STB=0.521726;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00149771;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:11:23:0:1:11:23:0:1 chr15 90226947 . C A 187.61 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.016804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1323;QD=12.7192;RBI=0.104493;REFB=-0.00931686;REVB=-0.103133;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870674;STB=0.556213;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.014784;OID=.;OPOS=90226947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:9:14:24:11:9:14:25:11 chr15 90245174 . T A 177.5 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0104578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.963;QD=14.4898;RBI=0.0140445;REFB=-0.000715355;REVB=-0.00937451;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785663;STB=0.545407;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000756801;OID=.;OPOS=90245174;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:10:9:12:18:10:9:12:18 chr15 90246336 . A G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00779653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.196;QD=20.1601;RBI=0.0108926;REFB=-0.0266718;REVB=0.00760673;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804595;STB=0.545399;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0224562;OID=.;OPOS=90246336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:4:10:10:6:4:10 chr15 90248819 . A T 152.74 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0134783;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.78;QD=12.9988;RBI=0.026755;REFB=0.0154529;REVB=0.023112;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199898;STB=0.598822;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0343761;OID=.;OPOS=90248819;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:29:30:17:17:0.361702:10:7:7:22:10:7:8:22 chr15 90309135 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0182137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.789;QD=12.0244;RBI=0.0251693;REFB=-0.0321194;REVB=-0.0173711;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267509;STB=0.656015;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0611134;OID=.;OPOS=90309135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:15:5:6:6:15:5 chr15 90344352 . T C 483.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2709;QD=58.5609;RBI=0.0279956;REFB=0;REVB=0.0179469;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391724;OID=.;OPOS=90344352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:14:19:0:0 chr15 90346861 . C T 211.65 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0771903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.35;QD=35.2741;RBI=0.0795531;REFB=-0.0393004;REVB=-0.0192442;RO=4;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105134;STB=0.578864;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00186971;OID=.;OPOS=90346861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:4:5:19:19:0.791667:8:11:1:3:8:11:1:4 chr15 90349558 . C T 1406.5 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00195529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.641;QD=60.4947;RBI=0.0221879;REFB=-0.0581431;REVB=-0.0221016;RO=2;SAF=53;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345055;STB=0.50182;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000650746;OID=.;OPOS=90349558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:2:2:91:91:0.978495:38:53:1:1:38:53:1:1 chr15 90623052 . T C 128.01 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0438286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.475;QD=20.4823;RBI=0.0450246;REFB=-0.0225972;REVB=0.0103087;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204611;STB=0.511611;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0111892;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:5:6:8:6:5:6 chr15 90628537 . G A 82.68 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0886553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.845;QD=9.18643;RBI=0.0891164;REFB=-0.00580901;REVB=-0.00905292;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207999;STB=0.624792;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0226686;OID=.;OPOS=90628537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:7:18:6:5:7:18 chr15 90709545 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0137893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.59;QD=14.6982;RBI=0.015308;REFB=-0.00594364;REVB=0.00664755;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110759;STB=0.564024;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00830412;OID=.;OPOS=90709545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:14:9:8:8:14:9 chr15 90764219 . G A 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0107063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.856;QD=11.623;RBI=0.0158249;REFB=0.00281357;REVB=0.0116535;RO=37;SAF=17;SAR=5;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437628;STB=0.760561;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00322876;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:38:22:22:0.366667:5:17:14:23:5:17:14:24 chr15 90768320 . C T 633.18 PASS AF=0.602151;AO=56;DP=94;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00726573;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.467;QD=27.2335;RBI=0.0253376;REFB=-0.0293967;REVB=0.0242735;RO=38;SAF=21;SAR=35;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262109;STB=0.510083;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.021224;OID=.;OPOS=90768320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:38:37:56:56:0.602151:35:21:13:25:35:21:13:24 chr15 90771749 . GT G,GC,GG 709.21 PASS AF=0.425532,0.0212766,0.553191;AO=8,10,29;DP=47;FAO=20,1,26;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1,16;FSAR=10,0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309733,0.0277327,0.0267833;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=143.074,129.569,145.236;QD=60.3584;RBI=0.0317346,0.0281378,0.027583;REFB=0,0,0;REVB=0.00690944,0.00475737,0.00659368;RO=0;SAF=2,6,19;SAR=6,4,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-5.58669e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0052014,0.026063,0.00806461;OID=.,.,.;OPOS=90771750,90771750,90771750;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.425532,0.0212766,0.553191:8,10,29:47:20,1,26:47:0:10,1,16:10,0,10:0:0:66:0:2,6,19:6,4,10:0:0 chr15 90772200 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.704;QD=56.7066;RBI=0.0331657;REFB=0;REVB=0.025831;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73657e-05;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr15 90772831 . C T 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.318;QD=60.9729;RBI=0.010199;REFB=0;REVB=-0.00534678;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81903e-05;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr15 90774259 . G C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.562;QD=58.5852;RBI=0.0322368;REFB=0;REVB=0.00728677;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82707e-05;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr15 90774447 . TAGAG T 116.21 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103634;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=294.221;QD=42.2586;RBI=0.0311308;REFB=0;REVB=0.0293552;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000354592;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:10:11:11:0:2:9:0:0:4:0:1:9:0:0 chr15 90784207 . A G 1293.24 PASS AF=1;AO=73;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.559;QD=61.5828;RBI=0.0488073;REFB=0;REVB=0.0439556;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157324;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:73:84:1:34:39:0:0:44:40:0:0 chr15 90784250 . T C 1102.94 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00943501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.027;QD=58.8237;RBI=0.0271624;REFB=-0.0963728;REVB=0.0254711;RO=1;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113981;STB=0.506023;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=7.08248e-05;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:41:32:0:1:41:33:0:1 chr15 90794102 . G A 323.19 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.613;QD=53.8652;RBI=0.0522833;REFB=0;REVB=0.0501778;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176445;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:15:9:0:0 chr15 90794757 . T G 243.64 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111123;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.063;QD=51.2922;RBI=0.0456266;REFB=0;REVB=0.0442527;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225151;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr15 90794845 . G A 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.447;QD=54.5129;RBI=0.0746578;REFB=0;REVB=0.01323;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101302;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr15 90796558 . G A 676.33 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.552;QD=61.4846;RBI=0.033677;REFB=0;REVB=0.0160805;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265115;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:21:23:0:0 chr15 90800408 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2954;QD=60.6091;RBI=0.00262875;REFB=0;REVB=0.000587758;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89258e-05;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr15 90800449 . C T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5578;QD=57.1758;RBI=0.0437981;REFB=0;REVB=-0.0346735;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73699e-05;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr15 90809633 . G A 447.25 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.922;QD=57.7094;RBI=0.0449448;REFB=0;REVB=-0.00277077;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411712;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr15 90818400 . A T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.923;QD=51.9162;RBI=0.0527056;REFB=0;REVB=0.0493843;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036191;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr15 90818469 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.000686643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.934;QD=13.5759;RBI=0.0185158;REFB=-0.0265037;REVB=0.0185031;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224007;STB=0.630141;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0569876;OID=.;OPOS=90818469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:13:6:7:6:13:6 chr15 90818641 . G C 102.67 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0837907;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.733;QD=14.6667;RBI=0.086408;REFB=-0.0361997;REVB=-0.0211057;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965511;STB=0.606972;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0385244;OID=.;OPOS=90818641;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:16:16:10:12:0.428571:6:4:5:11:6:6:5:11 chr15 90818827 . G A 130.49 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00964446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.408;QD=43.4979;RBI=0.189881;REFB=0;REVB=0.189636;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245599;OID=.;OPOS=90818827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:5:7:0:0 chr15 90819132 . C T 270.65 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.915;QD=51.5527;RBI=0.0605632;REFB=0;REVB=0.0538018;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179405;OID=.;OPOS=90819132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:9:12:0:0 chr15 90819641 . A C 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3767;QD=60.2255;RBI=0.0594599;REFB=0;REVB=0.0589467;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628751;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr15 90819876 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9021;QD=49.596;RBI=0.0178196;REFB=0;REVB=0.0177731;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536947;OID=.;OPOS=90819876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr15 90820063 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00487268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.565;QD=47.8224;RBI=0.0108063;REFB=0;REVB=-0.00964531;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93936e-05;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr15 90820721 . C T 446.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.482;QD=57.6699;RBI=0.0196664;REFB=0;REVB=-0.00297427;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012145;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr15 90892293 . C T 1396.25 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3852;QD=62.7528;RBI=0.0228468;REFB=0;REVB=0.0191248;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205658;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:54:34:0:0:54:35:0:0 chr15 90903311 . A G 499.45 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0147528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.083;QD=53.994;RBI=0.0602242;REFB=-0.0267983;REVB=0.0583893;RO=1;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549101;STB=0.520331;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00131508;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:8:27:0:1:8:27:1:1 chr15 91337479 . G A 346.06 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0121042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.543;QD=14.419;RBI=0.0152344;REFB=-0.000957412;REVB=-0.00925078;RO=58;SAF=20;SAR=18;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967139;STB=0.505492;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00120919;OID=.;OPOS=91337479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:18:20:30:28:18:20:30:28 chr15 91346923 . C A 167.75 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0199202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.636;QD=15.6044;RBI=0.0201017;REFB=-0.0244425;REVB=0.0026953;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23477;STB=0.634375;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0380056;OID=.;OPOS=91346923;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:8:17:8:10:8:17 chr15 91354505 . C T 182.31 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.024581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.077;QD=11.5749;RBI=0.0394608;REFB=-0.0208911;REVB=-0.0308696;RO=40;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120951;STB=0.570163;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0213886;OID=.;OPOS=91354505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:9:14:20:20:9:14:20:20 chr15 91424574 . G C 1643.88 PASS AF=0.797546;AO=67;DP=164;FAO=130;FDP=163;FR=.;FRO=33;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=30;FSRR=3;FWDB=0.0079691;FXX=0.0121205;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.426;QD=40.3407;RBI=0.0099283;REFB=-0.0165629;REVB=0.00592155;RO=0;SAF=3;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599421;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0061564;OID=.;OPOS=91424574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:0:33:67:130:0.797546:64:3:0:0:76:54:30:3 chr15 91428290 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0139246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.172;QD=15.784;RBI=0.0248906;REFB=-0.0342827;REVB=0.0206312;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132436;STB=0.575815;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0357493;OID=.;OPOS=91428290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:13:4:5:9:13:4 chr15 91428521 . CT C 340.21 PASS AF=0.452381;AO=35;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0332027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.839;QD=16.2003;RBI=0.0540473;REFB=-0.0121457;REVB=-0.0426462;RO=46;SAF=15;SAR=20;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15872;STB=0.57602;STBP=0.213;TYPE=del;VARB=0.0182145;OID=.;OPOS=91428522;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:35:84:38:84:46:17:21:27:19:99:46:15:20:27:19 chr15 91428589 . T G 310.58 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=52;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.011137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.32;QD=23.4403;RBI=0.0137854;REFB=-0.01091;REVB=-0.00812429;RO=21;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489478;STB=0.529095;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00973659;OID=.;OPOS=91428589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:22:30:31:0.584906:19:11:9:12:19:12:10:12 chr15 91428636 . G A 265.34 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0216368;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8414;QD=27.2145;RBI=0.0229291;REFB=-0.0327476;REVB=0.00758901;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189602;STB=0.604566;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0186011;OID=.;OPOS=91428636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:15:15:24:24:0.615385:13:11:11:4:13:11:11:4 chr15 91430436 . T C 710.2 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00589829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.202;QD=54.6304;RBI=0.0278844;REFB=0.132715;REVB=0.0272535;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000906969;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:52:0:1:50:51:0.980769:24:26:0:0:25:26:1:0 chr15 91436559 . C T 111.09 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0128401;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.8029;QD=14.3345;RBI=0.0544437;REFB=-0.0301749;REVB=-0.052908;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048982;STB=0.542649;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0212577;OID=.;OPOS=91436559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:18:13:13:0.419355:6:7:10:7:6:7:11:7 chr15 91436590 . TG T 38.6 PASS AF=0.295455;AO=14;DP=46;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0925557;FXX=0.0434688;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.9548;QD=3.50915;RBI=0.103743;REFB=-0.0423796;REVB=-0.0468622;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0.393939;SSEP=0;SSSB=0.0998837;STB=0.560882;STBP=0.614;TYPE=del;VARB=0.0574427;OID=.;OPOS=91436591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295455:14:46:13:44:31:7:6:14:17:38:27:8:6:13:14 chr15 91452595 . A G 785.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.05;QD=57.101;RBI=0.0115358;REFB=0;REVB=-0.00925408;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29392e-05;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr15 91461571 . C A 284.63 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0939305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5711;QD=29.961;RBI=0.094353;REFB=0.00292825;REVB=-0.00891953;RO=13;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840221;STB=0.546182;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.000691316;OID=.;OPOS=91461571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:12:13:5:8:12:13:5:8 chr15 91474236 . T C 501.47 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.133;QD=58.9969;RBI=0.0240435;REFB=0;REVB=0.00739038;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101772;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr15 91474738 . G C 1172.61 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0340694;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.96;QD=57.2007;RBI=0.0511455;REFB=-0.0762509;REVB=0.0381464;RO=2;SAF=37;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00148455;STB=0.507276;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00110271;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:82:2:3:79:79:0.963415:42:37:1:1:42:37:2:1 chr15 91478544 . A C 175.2 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.147053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1159;QD=46.721;RBI=0.16015;REFB=0;REVB=-0.063433;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00947684;OID=.;OPOS=91478544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr15 91509592 . T C 660.82 PASS AF=0.925926;AO=49;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0379888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6196;QD=48.9495;RBI=0.0464188;REFB=-0.0522102;REVB=-0.026675;RO=3;SAF=18;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345412;STB=0.528671;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00655818;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:3:4:49:50:0.925926:31:18:2:1:31:19:3:1 chr15 91524841 . G T 714.73 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017274;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.046;QD=57.1783;RBI=0.0312294;REFB=0;REVB=0.026017;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121629;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:50:0:0:51:50:1:26:25:0:0:26:24:0:0 chr15 91525197 . C T 340.53 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0655971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.523;QD=54.4852;RBI=0.0710642;REFB=0;REVB=0.0273338;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187735;OID=.;OPOS=91525197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chr15 91543761 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.774;QD=37.4885;RBI=0.0434403;REFB=0;REVB=0.0388406;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100998;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr15 91548601 . G A 458.32 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00506725;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.114;QD=55.5545;RBI=0.0197181;REFB=0.019273;REVB=0.0190559;RO=1;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373149;STB=0.519987;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-3.6457e-05;OID=.;OPOS=91548601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:1:1:32:32:0.969697:12:20:0:1:12:20:0:1 chr15 91836683 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.015;QD=61.0491;RBI=0.0234252;REFB=0;REVB=0.0225726;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34624e-05;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr15 92638193 . G A 459.78 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=87;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.015953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.055;QD=20.8989;RBI=0.0179635;REFB=-0.0256145;REVB=-0.00825774;RO=42;SAF=17;SAR=27;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102833;STB=0.555531;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0261252;OID=.;OPOS=92638193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:42:43:44:45:0.511364:27:17:21:21:27:18:22:21 chr15 92647645 . G C 485.63 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.73;QD=55.5001;RBI=0.0205663;REFB=-0.00594708;REVB=0.00653167;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=7.77644e-05;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:33:34:0.971429:19:14:0:1:20:14:0:1 chr15 93015427 . G A 724.14 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0194459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4436;QD=59.1136;RBI=0.0271453;REFB=-0.033925;REVB=-0.0189401;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505039;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000451408;OID=.;OPOS=93015427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:0:2:47:47:0.959184:18:29:0:0:18:29:1:1 chr15 93198671 . A G 1134.81 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0860092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9385;QD=60.523;RBI=0.0891679;REFB=0;REVB=-0.023523;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000866414;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 704.61 PASS AF=0.808511,0.191489;AO=28,11;DP=46;FAO=38,9;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=25,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139417,-0.00307233;FXX=0.020829;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=203.282,107.902;QD=59.9669;RBI=0.0269117,0.00930279;REFB=0,0;REVB=0.0230189,-0.00878081;RO=0;SAF=3,4;SAR=25,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.13441e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0110349,0.00082548;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.808511,0.191489:28,11:46:38,9:47:0:13,2:25,7:0:0:60:0:3,4:25,7:0:0 chr15 93510603 . A G 668.86 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0122661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.215;QD=58.1619;RBI=0.0204912;REFB=-0.0531854;REVB=0.0164144;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.521729;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00113036;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:46:46:1:2:44:44:0.956522:22:22:1:0:22:22:2:0 chr15 93521604 . A G 1303.13 PASS AF=0.913462;AO=95;DP=104;FAO=95;FDP=104;FR=.;FRO=9;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0189475;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.72;QD=50.1204;RBI=0.0221698;REFB=-0.0561171;REVB=-0.0115105;RO=8;SAF=52;SAR=43;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621888;STB=0.537814;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00116589;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:104:104:8:9:95:95:0.913462:43:52:1:7:43:52:1:8 chr15 93570241 . T C 1940.56 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00472253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.081;QD=60.1726;RBI=0.0109051;REFB=0.0303432;REVB=0.00982955;RO=0;SAF=52;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501451;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-4.64786e-05;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:0:2:127:127:0.984496:75:52:0:0:75:52:1:1 chr15 93586633 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.331;QD=60.6098;RBI=0.0396043;REFB=0;REVB=0.036394;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64063e-05;OID=.;OPOS=93586633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr15 93588336 . A C 556.38 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.753;QD=60.1487;RBI=0.0368706;REFB=0;REVB=0.0156092;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330841;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:11:25:0:0:11:26:0:0 chr15 93609460 . A T 1296.84 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.419;QD=61.7545;RBI=0.0335262;REFB=0;REVB=-0.0319884;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.82567e-05;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:37:47:0:0:37:47:0:0 chr15 93616933 . C G 1806.59 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0325489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.767;QD=60.2195;RBI=0.0531101;REFB=-0.0151231;REVB=0.0419673;RO=0;SAF=67;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0287e-08;STB=0.503703;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-3.45007e-05;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:52:67:0:0:52:67:1:0 chr15 93616975 . A G 755.77 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00829792;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.391;QD=57.0392;RBI=0.00838725;REFB=0;REVB=0.00122086;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.63012e-05;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:34:17:0:0:35:18:0:0 chr15 93750256 . G T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.035;QD=57.6775;RBI=0.0183292;REFB=0;REVB=0.0146041;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56961e-05;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr15 94304132 . C T 171.02 PASS AF=0.439024;AO=15;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0574951;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5036;QD=16.6849;RBI=0.0575891;REFB=-0.0349015;REVB=-0.00328794;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233935;STB=0.550966;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0444275;OID=.;OPOS=94304132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:23:15:18:0.439024:5:10:14:2:7:11:16:7 chr15 94304189 . T C 444.74 PASS AF=0.55;AO=43;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00957716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.158;QD=22.2371;RBI=0.011311;REFB=-0.0440723;REVB=-0.00601798;RO=35;SAF=23;SAR=20;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168449;STB=0.508005;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0418801;OID=.;OPOS=94304189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:36:43:44:0.55:20:23:18:17:20:24:19:17 chr15 94884108 . G C 350.86 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=41;FWDB=0.00656739;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3711;QD=15.4226;RBI=0.0171667;REFB=-0.010103;REVB=0.0158608;RO=51;SAF=13;SAR=25;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151683;STB=0.578519;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0186046;OID=.;OPOS=94884108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:51:53:38:38:0.417582:25:13:11:40:25:13:12:41 chr15 97970963 . T C 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0268224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.513;QD=23.4331;RBI=0.0272645;REFB=-0.0181616;REVB=0.00488983;RO=20;SAF=7;SAR=17;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407118;STB=0.726581;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0107853;OID=.;OPOS=97970963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:17:7:16:4:17:7:16:4 chr15 98015489 . A G 804.41 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.523;QD=64.3526;RBI=0.0493025;REFB=0;REVB=0.0167617;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510923;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr15 98301843 . AGCT AGT,AGTT,ATGT,TTAG 310.25 PASS AF=0,0.84,0.08,0.08;AO=3,18,2,2;DP=26;FAO=0,21,2,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17,0,0;FSAR=0,4,2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273419,-0.0203021,-0.00795143,-0.0188157;FXX=0.0384468;HRUN=1,1,1,1;LEN=1,1,2,4;MLLD=89.7771,99.7971,85.6075,55.9994;QD=49.6399;RBI=0.0301385,0.0289182,0.0281035,0.0314734;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0126786,-0.0205934,0.0269551,0.0252298;RO=0;SAF=0,17,0,0;SAR=3,1,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,mnp,mnp;VARB=0,-0.000818816,-0.000181587,-0.0425248;OID=.,.,.,.;OPOS=98301845,98301845,98301844,98301843;OREF=C,C,GC,AGCT;OALT=-,T,TG,TTAG;OMAPALT=AGT,AGTT,ATGT,TTAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:10:26:25:0:0:3,18,2,2:0,21,2,2:0,0.84,0.08,0.08:3,1,2,2:0,17,0,0:0:0:0,4,2,2:0,17,0,0:0:0 chr15 98513845 . T C 173.56 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0160576;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.684;QD=11.3808;RBI=0.0165503;REFB=-0.0115541;REVB=-0.00400838;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269149;STB=0.648996;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0140599;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:40:39:22:22:0.360656:10:12:12:28:10:12:12:27 chr15 98995081 . A G 744.75 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.834;QD=63.3828;RBI=0.0189076;REFB=0;REVB=-0.000128383;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18822e-05;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:44:47:1:22:22:0:0:22:25:0:0 chr15 99465473 . C T 359.57 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0162648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.075;QD=17.3288;RBI=0.0182682;REFB=-0.0249854;REVB=-0.00831769;RO=45;SAF=25;SAR=13;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00946365;STB=0.505298;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0280057;OID=.;OPOS=99465473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:13:25:30:15:13:25:30:15 chr15 99478225 . G A 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00303027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.432;QD=14.3247;RBI=0.00778892;REFB=-0.0278085;REVB=0.00717528;RO=39;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367182;STB=0.520842;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0373866;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:17:11:14:25:17:11:14:25 chr15 99504437 . C T 1447.26 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116595;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8213;QD=62.2476;RBI=0.0156917;REFB=-0.0833804;REVB=-0.0105016;RO=1;SAF=45;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104175;STB=0.505493;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000380486;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:91:92:0.989247:46:45:1:0:47:45:1:0 chr15 99511873 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0721047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.256;QD=11.3691;RBI=0.0721047;REFB=-0.0236794;REVB=-2.13129e-06;RO=19;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405169;STB=0.752104;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0410471;OID=.;OPOS=99511873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:10:1:6:13:10:1:6:13 chr15 99653800 . T C 340.16 PASS AF=0.545455;AO=34;DP=67;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0355413;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1627;QD=20.6156;RBI=0.167938;REFB=-0.0371898;REVB=0.164134;RO=29;SAF=24;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201726;STB=0.59569;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0323425;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:29:30:34:36:0.545455:10:24:14:15:12:24:14:16 chr15 99670989 . T C 177.16 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0194908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.153;QD=18.1705;RBI=0.0212385;REFB=-0.0592869;REVB=-0.0084369;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820866;STB=0.527743;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0500337;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:15:16:0.410256:8:7:11:9:8:8:11:9 chr15 99671760 . T C 457.75 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0217371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.782;QD=17.7766;RBI=0.077133;REFB=-0.00422;REVB=-0.0740067;RO=54;SAF=32;SAR=17;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978319;STB=0.5545;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00379557;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:17:32:30:24:17:32:30:24 chr15 99672722 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00739809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.328;QD=19.976;RBI=0.0138976;REFB=-0.00938909;REVB=0.0117648;RO=20;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159666;STB=0.590812;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00852804;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:5:15:12:8:5:15:12:8 chr15 99715352 . A G 904.45 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135438;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9416;QD=58.3516;RBI=0.0202786;REFB=0;REVB=-0.0202334;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.21959e-05;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:42:20:0:0:42:20:0:0 chr15 100230762 . CA C 52.73 PASS AF=0.393939;AO=10;DP=29;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.206895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3183;QD=6.39204;RBI=0.207633;REFB=-0.123428;REVB=-0.0174905;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0.301887;SSEP=0;SSSB=0.35522;STB=0.678966;STBP=0.133;TYPE=del;VARB=0.0924613;OID=.;OPOS=100230763;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:10:29:13:33:20:9:4:8:12:52:19:7:3:7:12 chr15 100246942 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.383;QD=64.4154;RBI=0.00613647;REFB=0;REVB=0.00332715;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04202e-06;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr15 100252805 . G T 147.72 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0640865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.57;QD=26.8572;RBI=0.0640907;REFB=-0.0271251;REVB=0.000730982;RO=6;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178952;STB=0.580534;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0238639;OID=.;OPOS=100252805;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:22:22:6:7:15:15:0.681818:5:10:2:4:5:10:3:4 chr15 100256618 . A C 83.9 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00952239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.798;QD=10.1691;RBI=0.0233028;REFB=-0.00998176;REVB=-0.0212684;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260022;STB=0.677128;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0228507;OID=.;OPOS=100256618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:22:22:10:11:0.333333:5:5:16:6:6:5:16:6 chr15 100257173 . T C 286.39 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0295563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.989;QD=24.3733;RBI=0.0434929;REFB=-0.0111151;REVB=0.031907;RO=21;SAF=6;SAR=20;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195691;STB=0.609665;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00657889;OID=.;OPOS=100257173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:20:6:9:12:20:6:9:12 chr15 100257796 . C CCAGCTGTTG 101.04 PASS AF=0.342105;AO=11;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00156477;FXX=0;HRUN=3;LEN=9;MLLD=305.007;QD=10.6354;RBI=0.0120244;REFB=-0.0133462;REVB=-0.0119222;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0080845;STB=0.512176;STBP=0.944;TYPE=ins;VARB=0.0241073;OID=.;OPOS=100257797;OREF=-;OALT=CAGCTGTTG;OMAPALT=CCAGCTGTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:11:39:13:38:25:7:6:13:12:99:26:6:5:14:12 chr15 100269635 . G C 499.19 PASS AF=0.671642;AO=45;DP=67;FAO=45;FDP=67;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.014088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.325;QD=29.8021;RBI=0.0466909;REFB=-0.0325586;REVB=0.0445148;RO=22;SAF=23;SAR=22;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483695;STB=0.526234;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0185079;OID=.;OPOS=100269635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:22:22:45:45:0.671642:22:23:13:9:22:23:13:9 chr15 100269680 . G C 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00640046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.663;QD=10.9731;RBI=0.0200908;REFB=-0.00868952;REVB=-0.019044;RO=31;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279549;STB=0.666444;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0197241;OID=.;OPOS=100269680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:5:10:13:18:5:10:13:18 chr15 100269737 . G A 128.65 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0776202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.7856;QD=20.5847;RBI=0.0822059;REFB=-0.0278324;REVB=-0.0270725;RO=10;SAF=1;SAR=13;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.700098;STB=0.895895;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0129273;OID=.;OPOS=100269737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:25:25:10:11:14:14:0.56:13:1:9:1:13:1:9:2 chr15 100269749 . G A 101.86 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0191536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2708;QD=16.9773;RBI=0.0438161;REFB=-0.020886;REVB=0.039408;RO=9;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58064;STB=0.886368;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0119649;OID=.;OPOS=100269749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:24:24:9:12:11:12:0.5:10:1:6:3:11:1:9:3 chr15 100269796 . A G 333.84 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.679;QD=53.4142;RBI=0.0203687;REFB=0;REVB=0.00383855;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439602;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:17:6:0:0:18:7:0:0 chr15 100332631 . C T 161.2 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0407026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8136;QD=18.9641;RBI=0.0470022;REFB=-0.0337767;REVB=-0.0235053;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0325331;OID=.;OPOS=100332631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:10:7:7:10:10:7 chr15 100339897 . T C 509.28 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.06147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.844;QD=56.5869;RBI=0.0794045;REFB=-0.0827874;REVB=0.0502645;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.519988;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00135743;OID=.;OPOS=100339897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:1:1:35:35:0.972222:12:23:0:1:12:23:0:1 chr15 100339938 . C T 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0942557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3439;QD=53.2726;RBI=0.0965407;REFB=0;REVB=0.0208796;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286526;OID=.;OPOS=100339938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr15 100340071 . T TC 41.46 PASS AF=0.75;AO=3;DP=10;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.254806;FXX=0.110988;HRUN=0;LEN=1;MLLD=21.1422;QD=20.7279;RBI=0.288613;REFB=0.00918869;REVB=0.135541;RO=6;SAF=2;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=ins;VARB=0.0744676;OID=.;OPOS=100340072;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:3:10:6:8:2:4:2:0:2:11:6:2:1:4:2 chr15 100512047 . A G 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0821359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3135;QD=14.0967;RBI=0.0834058;REFB=0.00349676;REVB=0.0144989;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235954;STB=0.648567;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00260777;OID=.;OPOS=100512047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:7:6:12:5:7:6:13:5 chr15 100512079 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0203264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.207;QD=11.2569;RBI=0.0211159;REFB=-0.0196819;REVB=-0.00571999;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284261;STB=0.670319;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0252564;OID=.;OPOS=100512079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:8:4:5:3:8:4 chr15 100513117 . G A 473.41 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.973;QD=57.3833;RBI=0.0278182;REFB=0;REVB=0.0273789;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137922;OID=.;OPOS=100513117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:19:12:0:0:21:12:0:0 chr15 100514417 . CC TG 903.63 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00970997;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=2;MLLD=157.85;QD=58.2986;RBI=0.013164;REFB=0;REVB=0.00888854;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.93305e-05;OID=.;OPOS=100514417;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:42:19:0:0:42:20:0:0 chr15 100514614 . T C 517.28 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0453832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.381;QD=54.4509;RBI=0.0897877;REFB=-0.0759857;REVB=0.0774738;RO=2;SAF=19;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467499;STB=0.524986;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00169827;OID=.;OPOS=100514614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:17:19:2:0:17:19:2:0 chr15 100672237 . T G 617.86 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.78;QD=58.844;RBI=0.0413969;REFB=0;REVB=0.0357401;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150472;OID=.;OPOS=100672237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:24:14:0:0:28:14:0:0 chr15 100794363 . C T 239.35 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3539;QD=50.39;RBI=0.0700547;REFB=0;REVB=0.0673976;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164944;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr15 100942962 . T C 487.65 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197136;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.694;QD=59.1085;RBI=0.197785;REFB=0;REVB=0.0160138;RO=1;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176136;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386045;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:1:0:31:33:1:26:5:0:1:26:7:0:0 chr15 101041896 . T C 447.08 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6449;QD=57.6876;RBI=0.0965376;REFB=0;REVB=0.0961208;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131721;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr15 101324497 . A T 117.5 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0273299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.446;QD=21.3636;RBI=0.0538819;REFB=-0.0398079;REVB=0.0464363;RO=8;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385497;STB=0.53516;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0257827;OID=.;OPOS=101324497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:22:8:9:13:13:0.590909:2:11:7:1:2:11:8:1 chr15 101529594 . G A 346.15 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00168275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.064;QD=19.5015;RBI=0.00369668;REFB=-0.00870354;REVB=0.00329147;RO=34;SAF=10;SAR=26;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264726;STB=0.642166;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00855634;OID=.;OPOS=101529594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:35:36:36:0.507042:26:10:19:15:26:10:19:16 chr15 101551007 . C A 251.36 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00786608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.934;QD=20.9464;RBI=0.0143509;REFB=-0.0178539;REVB=0.0120031;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185626;OID=.;OPOS=101551007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:12:12:11:12:12:12:12:12 chr15 101562793 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00736129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.312;QD=19.1081;RBI=0.0135925;REFB=-0.0221297;REVB=0.0114266;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232701;STB=0.636032;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0118009;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:3:3:7:2:3:3 chr15 101591923 . A G 689.43 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.998;QD=62.6754;RBI=0.0439805;REFB=0;REVB=0.0436002;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120824;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:20:24:0:0 chr15 101595257 . G A 800.94 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.807;QD=57.2101;RBI=0.0675208;REFB=0;REVB=0.0202974;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133865;OID=.;OPOS=101595257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:37:18:0:0:37:19:0:0 chr15 101606261 . C T 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0138985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.276;QD=11.4388;RBI=0.0318631;REFB=-0.00781068;REVB=0.0286721;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422751;STB=0.741876;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0137326;OID=.;OPOS=101606261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:1:13:5:4:1:13 chr15 101607450 . T C 712.07 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223263;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.81;QD=63.2949;RBI=0.0310796;REFB=0;REVB=-0.0216212;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.91736e-05;OID=.;OPOS=101607450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr15 101607513 . T C 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0239063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.374;QD=16.0639;RBI=0.0254996;REFB=-0.0160439;REVB=0.00887244;RO=31;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27702;STB=0.655968;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0119982;OID=.;OPOS=101607513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:10:16:10:21:10:16:10:21 chr15 101717680 . G T 328.84 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00496132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.573;QD=15.4746;RBI=0.00768975;REFB=-0.0168158;REVB=-0.00587517;RO=49;SAF=10;SAR=26;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215744;STB=0.62257;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0199097;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:26:10:23:26:26:10:23:26 chr15 101718700 . G A 202.96 PASS AF=0.540541;AO=15;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0128611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.406;QD=21.9421;RBI=0.0166079;REFB=-0.0188358;REVB=0.0105079;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264526;STB=0.560378;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0188426;OID=.;OPOS=101718700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:15:20:0.540541:7:8:9:7:12:8:9:8 chr15 101718927 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0093933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.096;QD=17.542;RBI=0.0216733;REFB=-0.00968275;REVB=-0.0195319;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254966;STB=0.645381;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0169077;OID=.;OPOS=101718927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:11:5:9:6:11:5 chr15 102192548 . A C 179.59 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773589;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.501;QD=47.8908;RBI=0.0796648;REFB=0;REVB=0.0190284;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104601;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr15 102223771 . G A 1317.0 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421004;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5114;QD=61.9765;RBI=0.0521761;REFB=0;REVB=0.0308205;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0538e-05;OID=.;OPOS=102223771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:43:41:0:0:43:42:0:0 chr15 102224341 . G A 1039.01 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.614;QD=59.3722;RBI=0.0608054;REFB=0;REVB=0.0605686;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213217;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:1:0:69:70:1:35:34:0:1:36:34:0:0 chr15 102284762 . G A 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00765438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.341;QD=5.37736;RBI=0.0117154;REFB=-0.00698413;REVB=0.00886908;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28345;STB=0.687524;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0198276;OID=.;OPOS=102284762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:2:5:12:13:2:5:12:13 chr15 102516350 . G A 93.74 PASS AF=0.25;AO=11;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0606576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5671;QD=7.21046;RBI=0.1315;REFB=0.0108874;REVB=0.116674;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0260789;OID=.;OPOS=102516350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:52:52:33:39:11:13:0.25:6:5:15:18:8:5:15:24 chr15 102516424 . G T 47.0 PASS AF=0.0852273;AO=15;DP=177;FAO=15;FDP=176;FR=.;FRO=161;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=87;FWDB=-0.0303803;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.309;QD=1.06823;RBI=0.04425;REFB=-0.00480102;REVB=-0.032173;RO=161;SAF=7;SAR=8;SRF=74;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00815711;STB=0.506465;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0885246;OID=.;OPOS=102516424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:177:176:161:161:15:15:0.0852273:8:7:74:87:8:7:74:87 chr16 103517 . A C 888.19 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207527;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.86;QD=58.2421;RBI=0.0262664;REFB=0;REVB=-0.0161012;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31379e-05;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr16 108424 . C T 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0313498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3273;QD=26.3986;RBI=0.0323437;REFB=0.00491156;REVB=-0.00795653;RO=10;SAF=13;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227124;STB=0.627044;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00190668;OID=.;OPOS=108424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:5:13:4:6:5:13:4:6 chr16 113883 . G GCC 366.37 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121136;FXX=0.142816;HRUN=1;LEN=2;MLLD=41.02;QD=48.8497;RBI=0.0864964;REFB=0;REVB=0.085644;RO=3;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320137;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0010875;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:34:30:30:0:15:15:0:0:6:3:15:14:1:2 chr16 113886 . GC G,GG 382.87 PASS AF=0.852941,0.147059;AO=25,5;DP=35;FAO=29,5;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=11,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546717,0.0253227;FXX=0.0285633;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=16.8319,17.319;QD=45.0431;RBI=0.0974946,0.0659342;REFB=0,0;REVB=0.080723,0.0608775;RO=3;SAF=17,0;SAR=8,5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0763937,-0.73361;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00422654,0.0531358;OID=.,.;OPOS=113887,113887;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.852941,0.147059:25,5:35:29,5:34:0:18,0:11,5:0:0:20:3:17,0:8,5:1:2 chr16 129266 . G GT 141.03 PASS AF=0.564103;AO=20;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0558111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.2159;QD=14.4645;RBI=0.0972942;REFB=-0.0160955;REVB=-0.079695;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512063;STB=0.552779;STBP=0.468;TYPE=ins;VARB=0.000157221;OID=.;OPOS=129267;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564103:20:38:22:39:17:13:9:12:5:99:17:13:7:12:5 chr16 129277 . A G 205.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0247501;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.686;QD=22.1877;RBI=0.033879;REFB=-0.00993287;REVB=-0.0231348;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923907;STB=0.551674;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0064124;OID=.;OPOS=129277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:8:12:12:5:8:12:12:5 chr16 129654 . C T 96.44 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0207915;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.793;QD=11.0217;RBI=0.0207922;REFB=-0.0134554;REVB=0.000162142;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374598;STB=0.726918;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0270146;OID=.;OPOS=129654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:35:24:23:11:12:0.342857:4:7:7:17:4:8:7:16 chr16 138772 . A AG,G 979.09 PASS AF=0.974684,0.0253165;AO=56,3;DP=81;FAO=77,2;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45,1;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.225657,-0.0942869;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=19.3679,111.133;QD=49.5744;RBI=0.239647,0.108277;REFB=0,0;REVB=-0.0806814,-0.0532339;RO=17;SAF=30,1;SAR=26,2;SRF=17;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.206534,-0.772712;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.030283,0.164067;OID=.,.;OPOS=138773,138772;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:81:79:17:0:56,3:77,2:0.974684,0.0253165:26,2:30,1:17:0:32,1:45,1:0:0 chr16 278754 . G A 38.74 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=50;FAO=8;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.036156;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.4832;QD=2.98036;RBI=0.0588069;REFB=-0.0287969;REVB=0.0463788;RO=32;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361901;STB=0.771918;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.178704;OID=.;OPOS=278754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:50:52:32:44:6:8:0.153846:5:1:14:18:7:1:16:28 chr16 322934 . C T 556.5 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.073;QD=60.1626;RBI=0.147707;REFB=0;REVB=0.0289955;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661347;OID=.;OPOS=322934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr16 324052 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.606;QD=44.6898;RBI=0.011928;REFB=0;REVB=0.00704629;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139938;OID=.;OPOS=324052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr16 336660 . G A 379.69 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030233;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.209;QD=56.2505;RBI=0.0452117;REFB=0;REVB=0.0336164;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326476;OID=.;OPOS=336660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr16 455646 . A G 214.13 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0120803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.758;QD=14.7674;RBI=0.0483669;REFB=-0.0449287;REVB=-0.046834;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27754;STB=0.656093;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0368241;OID=.;OPOS=455646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:12:13:8:25:12:13:8:25 chr16 456416 . T G 152.67 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=-0.00607447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9059;QD=13.5703;RBI=0.0750325;REFB=-0.011653;REVB=0.0747862;RO=28;SAF=15;SAR=2;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277402;STB=0.51611;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0214682;OID=.;OPOS=456416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:2:15:25:3:2:15:25:3 chr16 570557 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.213;QD=51.9167;RBI=0.0203591;REFB=0;REVB=0.00517711;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73055e-05;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:12:9:0:0 chr16 601632 . T C 1594.66 PASS AF=1;AO=81;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.772;QD=63.7863;RBI=0.00550173;REFB=0;REVB=-9.90079e-05;RO=0;SAF=23;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106323;OID=.;OPOS=601632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:81:100:1:58:23:0:0:64:36:0:0 chr16 602313 . C A 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0198448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.726;QD=19.8489;RBI=0.0292546;REFB=0.00981124;REVB=0.0214945;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114631;STB=0.56513;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00948731;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:6:7:6:9:6:7 chr16 603471 . A G 136.31 PASS AF=0.372093;AO=12;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0210762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.96;QD=12.6797;RBI=0.0217968;REFB=-0.00210553;REVB=-0.00555833;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171008;STB=0.54323;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00868202;OID=.;OPOS=603471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:27:12:16:0.372093:7:5:5:14:9:7:10:17 chr16 614777 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0192963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.142;QD=10.4723;RBI=0.0234594;REFB=-0.0177891;REVB=0.0133415;RO=24;SAF=10;SAR=2;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144444;STB=0.588074;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0381711;OID=.;OPOS=614777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:2:10:18:6:2:10:18:6 chr16 679814 . T C 1462.29 PASS AF=0.990099;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7002;QD=57.9123;RBI=0.0259109;REFB=-0.141157;REVB=0.0235541;RO=2;SAF=26;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113491;STB=0.509432;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00842873;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:2:1:98:100:0.990099:72:26:1:1:74:26:1:0 chr16 697460 . GC G 45.15 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0052099;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.056;QD=4.01334;RBI=0.0875591;REFB=-0.099979;REVB=-0.0874039;RO=24;SAF=13;SAR=2;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268261;STB=0.739477;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.120313;OID=.;OPOS=697461;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355556:15:45:16:45:29:14:2:18:11:45:24:13:2:17:7 chr16 700644 . G C 871.21 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123173;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.611;QD=58.0803;RBI=0.00291434;REFB=0;REVB=0.00264126;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27667e-06;OID=.;OPOS=700644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr16 701711 . T C 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0121841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.637;QD=10.4713;RBI=0.0126211;REFB=-0.00117834;REVB=-0.00329246;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932106;STB=0.555981;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0023082;OID=.;OPOS=701711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:12:12:5:7:12:12 chr16 705360 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000462901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.855;QD=48.7372;RBI=0.0119054;REFB=0;REVB=-0.0118964;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.56548e-05;OID=.;OPOS=705360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr16 705795 . C T 510.53 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0814685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.122;QD=56.726;RBI=0.0846919;REFB=-0.198709;REVB=0.023143;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022817;STB=0.512188;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00218744;OID=.;OPOS=705795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:36:1:1:35:35:0.972222:15:20:1:0:15:20:1:0 chr16 705844 . T C 445.04 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0791948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6778;QD=52.3572;RBI=0.0844563;REFB=-0.0226553;REVB=-0.0293438;RO=2;SAF=14;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621254;STB=0.533312;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00788895;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:18:14:2:0:18:14:2:0 chr16 709001 . C A 207.9 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.753;QD=48.9172;RBI=0.11858;REFB=0;REVB=-0.000555583;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715372;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:1:0:14:17:1:10:4:1:0:10:7:0:0 chr16 709152 . G A 149.97 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513886;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.234;QD=46.144;RBI=0.0248301;REFB=0;REVB=0.0242925;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152294;OID=.;OPOS=709152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:11:1:0:0:12:1:0:0 chr16 711712 . C T 1472.42 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.319;QD=63.3298;RBI=0.155023;REFB=0;REVB=0.100986;RO=0;SAF=66;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483297;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:27:66:0:0:27:66:0:0 chr16 711905 . A G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00678306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.329;QD=58.1384;RBI=0.0350277;REFB=0;REVB=0.0343646;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102279;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:6:26:0:0:6:26:0:0 chr16 712867 . A G 296.52 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00308123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.726;QD=49.4192;RBI=0.0344449;REFB=-0.142361;REVB=0.0343068;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440445;STB=0.523789;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0014985;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:13:10:1:0:13:10:1:0 chr16 715990 . G A,C 919.19 PASS AF=0.850746,0.134328;AO=57,7;DP=66;FAO=57,9;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=12,8;FSAR=45,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234118,0.0320884;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.378,202.211;QD=54.8772;RBI=0.126112,0.0339268;REFB=-0.0434903,-0.0326581;REVB=0.123919,-0.0110163;RO=1;SAF=12,6;SAR=45,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0103678,0.2842;STB=0.505493,0.666218;STBP=0.65,0.102;TYPE=snp,snp;VARB=0.0105705,0.0455804;OID=.,.;OPOS=715990,715990;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:66:67:1:1:57,7:57,9:0.850746,0.134328:45,1:12,6:0:1:45,1:12,8:0:1 chr16 716273 . T C 671.13 PASS AF=1;AO=34;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.486;QD=62.4309;RBI=0.0384144;REFB=0;REVB=0.0247193;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206255;OID=.;OPOS=716273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:34:43:1:18:16:0:0:17:26:0:0 chr16 716287 . C A 640.52 PASS AF=0.977273;AO=40;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0272899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.446;QD=58.2286;RBI=0.0276442;REFB=-0.04381;REVB=0.0044117;RO=1;SAF=27;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170572;STB=0.508471;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00118091;OID=.;OPOS=716287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:40:43:0.977273:13:27:1:0:14:29:1:0 chr16 717523 . G T 885.15 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.82;QD=58.0427;RBI=0.0272247;REFB=0;REVB=0.0270387;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55567e-05;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:32:29:0:0 chr16 717544 . G C 774.89 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0230613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7282;QD=53.4404;RBI=0.0241963;REFB=0.0310701;REVB=0.00732383;RO=2;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351986;STB=0.501867;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0123879;OID=.;OPOS=717544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:31:25:1:1:31:25:1:1 chr16 718514 . C G 392.19 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00897552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4074;QD=50.6051;RBI=0.0287441;REFB=-0.170936;REVB=0.0273069;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.538435;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00336332;OID=.;OPOS=718514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:0:2:29:29:0.935484:17:12:0:0:17:12:2:0 chr16 719592 . G A 976.57 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190392;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2229;QD=59.1858;RBI=0.0442917;REFB=0;REVB=0.0399908;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016581;OID=.;OPOS=719592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr16 720152 . T C 240.52 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388123;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.797;QD=50.6349;RBI=0.0157972;REFB=0;REVB=0.015313;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90984e-05;OID=.;OPOS=720152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr16 720960 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.893;QD=51.9167;RBI=0.0352543;REFB=0;REVB=0.00429948;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212937;OID=.;OPOS=720960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr16 721780 . A G 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=27;FWDB=0.0247579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.509;QD=20.4043;RBI=0.0321592;REFB=-0.0214743;REVB=-0.0205247;RO=28;SAF=4;SAR=28;SRF=1;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203898;STB=0.611054;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0203375;OID=.;OPOS=721780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:28:4:1:27:28:4:1:27 chr16 722331 . C T 344.66 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654647;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.86;QD=55.1449;RBI=0.0654932;REFB=0;REVB=0.00192974;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246165;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr16 722548 . A G 205.41 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.547;QD=48.3328;RBI=0.0192519;REFB=0;REVB=-0.00941053;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045889;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:8:7:0:0:8:9:0:0 chr16 735921 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00103337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2004;QD=9.7599;RBI=0.00517776;REFB=-0.0087765;REVB=0.00507359;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090156;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0202518;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:5:2:4:7:5:2:5:7 chr16 740404 . C G 117.8 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0497941;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1248;QD=11.7803;RBI=0.0503216;REFB=-0.0164861;REVB=0.0072668;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323337;STB=0.521708;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0412851;OID=.;OPOS=740404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:24:26:14:14:0.35:6:8:13:11:6:8:14:12 chr16 746884 . A C 2985.56 PASS AF=1;AO=186;DP=188;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293434;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0966;QD=62.5248;RBI=0.0623903;REFB=-0.0721308;REVB=0.0550591;RO=1;SAF=85;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911418;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:188:191:1:0:186:191:1:101:85:0:1:105:86:0:0 chr16 746914 . G A 2552.64 PASS AF=0.988166;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00560815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.972;QD=60.4176;RBI=0.00800878;REFB=0.0262959;REVB=0.00571744;RO=2;SAF=68;SAR=99;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216411;STB=0.501137;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-8.58635e-05;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:169:2:2:167:167:0.988166:99:68:1:1:99:68:1:1 chr16 772061 . C T 851.2 PASS AF=0.890411;AO=63;DP=74;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0104302;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.88;QD=46.6413;RBI=0.0152563;REFB=-0.0273264;REVB=0.011134;RO=9;SAF=35;SAR=28;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524916;STB=0.504236;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0014977;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:73:9:8:63:65:0.890411:28:35:3:6:30:35:4:4 chr16 772141 . G C 1300.05 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.05;QD=59.7723;RBI=0.0258015;REFB=-0.167162;REVB=0.0237799;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000931289;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:0:1:84:86:0.988506:40:44:0:0:40:46:1:0 chr16 773291 . GCC GC,G 82.16 PASS AF=1,0;AO=10,3;DP=16;FAO=15,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100451,-0.0673643;FXX=0.062461;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.27006,9.04324;QD=21.9099;RBI=0.10127,0.0675493;REFB=-0.0158337,-0.0257302;REVB=0.0128509,0.00499575;RO=2;SAF=4,2;SAR=6,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0305955,0.111102;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00134047,0.0652491;OID=.,.;OPOS=773292,773292;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:10,3:16:15,0:15:0:7,0:8,0:0:0:3:2:4,2:6,1:1:1 chr16 773341 . G A 182.91 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0380691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.002;QD=43.0371;RBI=0.0382844;REFB=-0.0841985;REVB=-0.0040545;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00196207;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:0:1:9:7:0:1 chr16 774692 . A G 1281.56 PASS AF=0.965909;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.035278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0284;QD=58.2529;RBI=0.0386515;REFB=-0.010334;REVB=-0.0157924;RO=3;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411282;STB=0.521734;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.000336713;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:88:3:3:84:85:0.965909:33:51:0:3:33:52:0:3 chr16 778024 . T C 729.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0935023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.742;QD=57.1794;RBI=0.0941192;REFB=0;REVB=0.0107584;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399672;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:33:17:0:0:34:17:0:0 chr16 778820 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5638;QD=57.1051;RBI=0.0405549;REFB=0;REVB=0.030744;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62118e-05;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr16 781633 . G A 749.92 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280627;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.306;QD=63.823;RBI=0.0280643;REFB=0;REVB=-0.000304019;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140145;OID=.;OPOS=781633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr16 823248 . C T 649.83 PASS AF=0.457516;AO=70;DP=153;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.00580399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5416;QD=16.9889;RBI=0.00960188;REFB=-0.00244779;REVB=-0.00764917;RO=81;SAF=41;SAR=29;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089893;STB=0.543857;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00398501;OID=.;OPOS=823248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:81:83:70:70:0.457516:29:41:40:41:29:41:42:41 chr16 824284 . C T 241.86 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.105299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7838;QD=21.9876;RBI=0.10874;REFB=0.0254377;REVB=0.0271364;RO=21;SAF=5;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12053;STB=0.574399;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00820338;OID=.;OPOS=824284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:22:23:0.522727:17:5:7:14:18:5:7:14 chr16 824480 . C T 247.63 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0653823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.4733;QD=13.9508;RBI=0.0671843;REFB=-0.00765264;REVB=-0.0154559;RO=42;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426204;STB=0.524255;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0124015;OID=.;OPOS=824480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:15:14:22:20:15:14:22:20 chr16 825255 . G A 440.32 PASS AF=0.6;AO=41;DP=69;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0634493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2762;QD=25.1612;RBI=0.0698335;REFB=-0.03003;REVB=0.0291703;RO=28;SAF=21;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618665;STB=0.528558;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0130548;OID=.;OPOS=825255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:28:28:41:42:0.6:20:21:12:16:21:21:12:16 chr16 835298 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00103663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.797;QD=12.3285;RBI=0.022885;REFB=-0.023023;REVB=-0.0228615;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246768;STB=0.666349;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0333126;OID=.;OPOS=835298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:3:8:8:8:3:8:8:9 chr16 839262 . A G 1847.68 PASS AF=0.983871;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0987288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.212;QD=59.6027;RBI=0.101537;REFB=-0.00605974;REVB=-0.0237144;RO=0;SAF=45;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11218e-08;STB=0.510415;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000391946;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:124:0:2:120:122:0.983871:75:45:0:0:75:47:2:0 chr16 839269 . G A 538.07 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0214364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4711;QD=19.2168;RBI=0.0577228;REFB=0.00559367;REVB=0.0535948;RO=55;SAF=18;SAR=38;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16254;STB=0.586388;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00501979;OID=.;OPOS=839269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:56:56:56:0.5:38:18:27:28:38:18:27:29 chr16 840378 . A G 271.27 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0327867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2681;QD=23.5884;RBI=0.0383315;REFB=0.00351581;REVB=-0.0198579;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358603;STB=0.519984;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.004735;OID=.;OPOS=840378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:11:10:13:12:11:10 chr16 840599 . C T 165.64 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00075919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.216;QD=11.4233;RBI=0.0291001;REFB=-0.017231;REVB=-0.0290902;RO=37;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116487;STB=0.568114;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0313442;OID=.;OPOS=840599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:15:6:14:23:15:6:14:23 chr16 841175 . C T 351.15 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0483725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.442;QD=23.4102;RBI=0.0486087;REFB=-0.033156;REVB=-0.00478576;RO=25;SAF=24;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255417;STB=0.640867;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0211448;OID=.;OPOS=841175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:11:24:9:16:11:24:9:16 chr16 843691 . T C 260.13 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0114393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.346;QD=16.7827;RBI=0.0194003;REFB=-0.0271985;REVB=0.0156689;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654384;STB=0.547454;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0241601;OID=.;OPOS=843691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:33:29:29:0.467742:14:15:16:11:14:15:20:13 chr16 845819 . A G 84.3 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0210422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2854;QD=10.538;RBI=0.0514333;REFB=-0.0355229;REVB=-0.0469319;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120689;STB=0.576329;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0648211;OID=.;OPOS=845819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:19:21:11:11:0.34375:4:7:10:9:4:7:11:10 chr16 847936 . C T 171.53 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00376787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.922;QD=12.4749;RBI=0.0128856;REFB=-0.0155901;REVB=-0.0123224;RO=33;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111835;STB=0.567506;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0270801;OID=.;OPOS=847936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:34:20:21:0.381818:12:8:10:23:12:9:11:23 chr16 855717 . C G 213.95 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0043152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.461;QD=20.8728;RBI=0.0219459;REFB=-0.000323626;REVB=0.0215175;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806612;STB=0.561343;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.000369044;OID=.;OPOS=855717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:14:7:8:11:14:7:9:11 chr16 929711 . C T 169.18 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0114429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.647;QD=12.0841;RBI=0.0232902;REFB=-0.00547735;REVB=-0.0202853;RO=35;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202122;STB=0.617859;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0121931;OID=.;OPOS=929711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:15:6:16:19:15:6:16:19 chr16 943317 . C CT,T 339.72 PASS AF=0.588235,0;AO=30,7;DP=70;FAO=40,0;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=21,0;FSAR=19,0;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00748917,0.0298847;FXX=0.0285673;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=18.4872,17.9377;QD=19.9835;RBI=0.0165538,0.031116;REFB=-0.00677088,-0.00323608;REVB=0.0147628,0.00866692;RO=32;SAF=16,3;SAR=14,4;SRF=19;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0561805,-0.196656;STB=0.548865,0.5;STBP=0.388,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0026919,0;OID=.,.;OPOS=943318,943317;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:32:28:30,7:40,0:0.588235,0:14,4:16,3:19:13:19,0:21,0:18:10 chr16 943361 . T C 774.91 PASS AF=0.561538;AO=73;DP=130;FAO=73;FDP=130;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0160428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5507;QD=23.8434;RBI=0.0161236;REFB=-0.0152052;REVB=0.00161173;RO=57;SAF=24;SAR=49;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153888;STB=0.584228;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0133947;OID=.;OPOS=943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:57:57:73:73:0.561538:49:24:29:28:49:24:29:28 chr16 1034834 . T C 902.97 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1298;QD=58.2564;RBI=0.0182101;REFB=0;REVB=0.00458616;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220858;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:32:30:0:0 chr16 1035456 . A G 126.31 PASS AF=0.253333;AO=18;DP=74;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=2;FWDB=-0.0184412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.861;QD=6.73651;RBI=0.0587302;REFB=-0.0134211;REVB=0.0557599;RO=56;SAF=16;SAR=2;SRF=54;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322636;STB=0.723993;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.028701;OID=.;OPOS=1035456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:56:56:18:19:0.253333:2:16:54:2:3:16:54:2 chr16 1116445 . A G 296.7 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.121;QD=51.6002;RBI=0.0963607;REFB=0;REVB=0.0958543;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722833;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:5:16:0:0:6:17:0:0 chr16 1129872 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0254386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.126;QD=15.2931;RBI=0.036831;REFB=-0.0339578;REVB=0.0266346;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198782;STB=0.615147;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.028845;OID=.;OPOS=1129872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:2:7:5:4:2:7 chr16 1129912 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.156;QD=44.6898;RBI=0.0434099;REFB=0;REVB=-0.0332402;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92758e-05;OID=.;OPOS=1129912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr16 1131181 . C T 387.25 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0585255;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.391;QD=18.0116;RBI=0.0586179;REFB=-0.0067552;REVB=0.00328984;RO=45;SAF=23;SAR=16;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101736;STB=0.507243;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.006198;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:46:39:40:0.465116:16:23:27:18:16:24:27:19 chr16 1131393 . A G 99.21 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0100711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0566;QD=14.6978;RBI=0.0100721;REFB=-0.0369099;REVB=-0.000144502;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202806;STB=0.588097;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0325551;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:15:12:12:0.444444:7:5:3:11:7:5:4:11 chr16 1252369 . C T 269.98 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0277938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.012;QD=22.9767;RBI=0.0513179;REFB=-0.0136668;REVB=0.0431396;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137054;STB=0.57627;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.011404;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:15:7:12:13:15:7 chr16 1259148 . T C 134.39 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0666033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9429;QD=16.7981;RBI=0.071805;REFB=-0.00987418;REVB=0.026832;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233128;STB=0.622468;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.011238;OID=.;OPOS=1259148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:11:4:8:8:11:4:8:9 chr16 1260481 . T C 463.72 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.864;QD=57.9645;RBI=0.0167135;REFB=0;REVB=-0.0166357;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70744e-05;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:19:11:0:0:19:13:0:0 chr16 1261219 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.681;QD=57.1767;RBI=0.0732939;REFB=0;REVB=-0.0553607;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21505e-05;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr16 1261222 . A G 711.77 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00616018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3089;QD=54.7515;RBI=0.0207928;REFB=-0.163507;REVB=0.0198593;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00376091;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:1:1:51:51:0.980769:28:23:1:0:28:23:1:0 chr16 1261282 . T C 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0129764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.8;QD=54.9958;RBI=0.013112;REFB=0.0659664;REVB=0.00188053;RO=2;SAF=19;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467732;STB=0.524987;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.000273602;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:18:19:2:0:18:19:2:0 chr16 1267000 . C T 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0334428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2045;QD=9.49008;RBI=0.0338572;REFB=-0.00802084;REVB=0.00528103;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278625;STB=0.672658;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0157696;OID=.;OPOS=1267000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:7:2:8:10:7:2:8:10 chr16 1268494 . C T 186.44 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.779;QD=43.8685;RBI=0.0110407;REFB=-0.0596355;REVB=0.00165914;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104031;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:17:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:9:8:0:0 chr16 1269029 . T C 388.86 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9211;QD=55.5509;RBI=0.0159836;REFB=0;REVB=0.00460145;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141698;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:15:13:0:0 chr16 1270162 . G A 899.46 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0565136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4327;QD=56.2161;RBI=0.075542;REFB=-0.097549;REVB=0.0501279;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00286869;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:62:63:0.984375:42:20:0:0:43:20:0:1 chr16 1270349 . T C 142.84 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.804;QD=43.9498;RBI=0.0308092;REFB=0;REVB=0.0303766;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485298;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:5:8:0:0 chr16 1271890 . G T 195.15 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0291818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.315;QD=41.0849;RBI=0.195504;REFB=-0.209076;REVB=0.193314;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398535;STB=0.516759;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0105155;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:19:19:1:2:17:17:0.894737:6:11:1:0:6:11:1:1 chr16 1272038 . G A 195.42 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12117;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.852;QD=48.8556;RBI=0.121171;REFB=0;REVB=0.000528011;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141731;OID=.;OPOS=1272038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr16 1272865 . G A 2544.27 PASS AF=0.994048;AO=164;DP=166;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000777814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.204;QD=60.5778;RBI=0.0126281;REFB=-0.0298976;REVB=0.0126041;RO=1;SAF=87;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543858;STB=0.502793;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=3.4316e-05;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:168:1:1:164:167:0.994048:77:87:1:0:78:89:1:0 chr16 1278744 . C T 64.56 PASS AF=0.5;AO=7;DP=16;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0169566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.279;QD=14.3477;RBI=0.0787881;REFB=-0.024867;REVB=0.0769418;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308536;STB=0.674995;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0428111;OID=.;OPOS=1278744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:16:18:6:9:7:9:0.5:4:3:5:1:4:5:8:1 chr16 1278767 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0365791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.292;QD=21.8421;RBI=0.0630701;REFB=-0.0462578;REVB=0.051379;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215133;STB=0.624607;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0312373;OID=.;OPOS=1278767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:2:0:3:3:2:0 chr16 1279584 . T C 52.84 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0274176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.983;QD=7.04553;RBI=0.0716534;REFB=-0.000868472;REVB=-0.0662004;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209177;STB=0.634255;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.001227;OID=.;OPOS=1279584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:6:2:9:13:6:2:9:13 chr16 1279623 . G A 133.87 PASS AF=0.347826;AO=13;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0079199;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4919;QD=11.6411;RBI=0.0267503;REFB=-0.0158478;REVB=-0.025551;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547742;STB=0.529376;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0176918;OID=.;OPOS=1279623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:18:30:13:16:0.347826:8:5:6:12:10:6:10:20 chr16 1291188 . C T 106.3 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.0154615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1462;QD=13.288;RBI=0.0411677;REFB=0.0423834;REVB=0.0381539;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200974;STB=0.658032;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0119082;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:19:12:13:0.40625:3:9:15:2:4:9:17:2 chr16 1291597 . C G 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.0444547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.829;QD=13.3353;RBI=0.0447701;REFB=-0.0168819;REVB=-0.0053044;RO=24;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137043;STB=0.578853;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0409131;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:12:3:3:21:12:3:3:21 chr16 1291621 . CA TG 74.11 PASS AF=0.244444;AO=9;DP=43;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00872227;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.019;QD=6.58788;RBI=0.00880444;REFB=-0.0138943;REVB=0.00120001;RO=33;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349985;STB=0.76328;STBP=0.102;TYPE=mnp;VARB=0.0442696;OID=.;OPOS=1291621;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:43:45:33:34:9:11:0.244444:8:1:10:23:10:1:10:24 chr16 1306346 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0209049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.38;QD=11.0924;RBI=0.0209159;REFB=-0.0434935;REVB=-0.000677001;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0385159;OID=.;OPOS=1306346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr16 1306355 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2859;QD=39.2067;RBI=0.0653419;REFB=0;REVB=0.0550509;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816815;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr16 1306559 . AG A,GA 57.36 PASS AF=0.26087,0.130435;AO=5,3;DP=25;FAO=6,3;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4,0;FSAR=2,3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0289935,-0.0241761;FXX=0.079968;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=23.0378,107.922;QD=9.97623;RBI=0.0636415,0.0267088;REFB=0.0174231,-0.00777312;REVB=-0.0566535,0.0113523;RO=14;SAF=4,0;SAR=1,3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.362145,-0.626624;STB=0.620278,0.996095;STBP=0.483,0.071;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00454553,0.032821;OID=.,.;OPOS=1306560,1306559;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:23:14:14:5,3:6,3:0.26087,0.130435:1,3:4,0:7:7:2,3:4,0:7:7 chr16 1306671 . G A 153.95 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.111398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3478;QD=14.3213;RBI=0.1165;REFB=0.000763673;REVB=0.0340974;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158046;STB=0.591957;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00133773;OID=.;OPOS=1306671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:13:13:11:6:13:13 chr16 1306680 . C T 200.95 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.151936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9284;QD=20.6097;RBI=0.152623;REFB=0.0306369;REVB=0.0144694;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119074;STB=0.566864;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.0256966;OID=.;OPOS=1306680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:6:13:11:9:6:13 chr16 1306681 . G A 170.5 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0664472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.585;QD=17.4871;RBI=0.0705485;REFB=-0.00954034;REVB=0.0237035;RO=21;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161477;STB=0.592725;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0109907;OID=.;OPOS=1306681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:13:5:9:12:13:5:9:12 chr16 1306918 . C T 75.8 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.00816945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.883;QD=5.83093;RBI=0.0451619;REFB=-0.000506791;REVB=-0.0444168;RO=38;SAF=6;SAR=5;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211543;STB=0.631551;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00351126;OID=.;OPOS=1306918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:38:41:11:11:0.211538:5:6:27:11:5:6:29:12 chr16 1306921 . G A 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0112388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.73;QD=4.90485;RBI=0.0234153;REFB=-0.00374796;REVB=-0.0205418;RO=43;SAF=5;SAR=5;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24907;STB=0.66009;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0225717;OID=.;OPOS=1306921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:5:5:30:13:5:5:30:13 chr16 1306927 . C T 68.69 PASS AF=0.2;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0273425;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9022;QD=5.49555;RBI=0.0510449;REFB=-0.00887861;REVB=0.0431042;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099044;STB=0.56398;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0110609;OID=.;OPOS=1306927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:51:50:40:40:10:10:0.2:4:6:27:13:4:6:27:13 chr16 1306971 . A G 67.47 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.000229068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.533;QD=4.6532;RBI=0.0120444;REFB=-0.00399283;REVB=-0.0120422;RO=47;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106226;STB=0.569903;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0369917;OID=.;OPOS=1306971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:4:7:26:21:4:7:26:21 chr16 1306973 . A G 59.34 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0189297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6296;QD=4.09212;RBI=0.0753121;REFB=0.00110036;REVB=-0.0728943;RO=45;SAF=6;SAR=4;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833332;STB=0.531851;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0132873;OID=.;OPOS=1306973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:57:58:45:48:10:10:0.172414:4:6:24:21:4:6:27:21 chr16 1306981 . G A 154.32 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0131815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.39;QD=10.643;RBI=0.0433884;REFB=-0.00307166;REVB=0.0413376;RO=38;SAF=13;SAR=7;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172563;STB=0.60132;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0123654;OID=.;OPOS=1306981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:7:13:19:19:7:13:19:19 chr16 1306986 . C T 65.5 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0081921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4406;QD=4.36696;RBI=0.00846471;REFB=-0.000361361;REVB=0.00213091;RO=49;SAF=7;SAR=4;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109005;STB=0.572193;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00229344;OID=.;OPOS=1306986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:49:49:11:11:0.183333:4:7:27:22:4:7:27:22 chr16 1311333 . A G 200.43 PASS AF=0.433962;AO=21;DP=51;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0179546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.512;QD=15.1267;RBI=0.0295868;REFB=-0.036339;REVB=0.0235162;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159149;STB=0.562759;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0308679;OID=.;OPOS=1311333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:29:30:21:23:0.433962:14:7:14:15:14:9:15:15 chr16 1311361 . C T 267.3 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0287916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.856;QD=18.4347;RBI=0.0382661;REFB=-0.0167329;REVB=0.0252059;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031042;STB=0.517353;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0191349;OID=.;OPOS=1311361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:13:16:15:14:13:16:15:14 chr16 1312546 . T A 386.16 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0315169;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.053;QD=26.1804;RBI=0.031789;REFB=-0.0236195;REVB=-0.00414979;RO=22;SAF=19;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710999;STB=0.538863;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0140738;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:22:22:37:37:0.627119:18:19:9:13:18:19:9:13 chr16 1312826 . A G 396.84 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0278686;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.043;QD=17.6375;RBI=0.0278698;REFB=-0.0244007;REVB=0.000253917;RO=49;SAF=20;SAR=21;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081255;STB=0.545433;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.016791;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:21:20:28:21:21:20:28:21 chr16 1370597 . G C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.785;QD=59.8367;RBI=0.0605802;REFB=0;REVB=0.0424502;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251861;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr16 1370614 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.926;QD=51.184;RBI=0.0224182;REFB=0;REVB=0.0223874;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172439;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:11:9:0:0 chr16 1370630 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.6;QD=40.7617;RBI=0.07058;REFB=0;REVB=-0.0435078;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344905;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr16 1374818 . A G 413.42 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=33;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00657013;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.4;QD=51.6774;RBI=0.00773101;REFB=0.0734614;REVB=0.00407456;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282257;STB=0.527759;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00119472;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:32:1:2:29:30:0.9375:16:13:0:1:17:13:0:2 chr16 1374951 . C G 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0244698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.759;QD=9.85822;RBI=0.0294285;REFB=-0.0156458;REVB=-0.0163482;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00642032;STB=0.50387;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0221946;OID=.;OPOS=1374951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:5:8:18:11:5:8:18:11 chr16 1389153 . C A 821.4 PASS AF=0.873239;AO=62;DP=71;FAO=62;FDP=71;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0453672;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.941;QD=46.2763;RBI=0.0495355;REFB=-0.0892405;REVB=0.0198894;RO=9;SAF=40;SAR=22;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789909;STB=0.542096;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0117562;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:71:71:9:9:62:62:0.873239:22:40:3:6:22:40:3:6 chr16 1393020 . G A 340.57 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.397;QD=54.4913;RBI=0.0924412;REFB=0;REVB=0.0745044;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130755;OID=.;OPOS=1393020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr16 1394507 . A C 851.19 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.116;QD=57.7078;RBI=0.0345049;REFB=0;REVB=0.0307147;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66854e-05;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:28:29:0:0:30:29:0:0 chr16 1397815 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.925;QD=37.4859;RBI=0.083412;REFB=0;REVB=-0.00791528;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833762;OID=.;OPOS=1397815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr16 1415805 . G A,GA 31.28 PASS AF=0.05,0.3;AO=3,4;DP=20;FAO=1,6;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=0,2;FSAR=1,4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0317045,0.032076;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=142.384,14.3103;QD=6.25596;RBI=0.0317203,0.103421;REFB=0.0111193,-0.076123;REVB=0.00100013,-0.0983211;RO=11;SAF=0,2;SAR=3,2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.686823,-0.14919;STB=0.990155,0.642374;STBP=0.486,0.438;TYPE=snp,ins;VARB=0.057534,-0.0675187;OID=.,.;OPOS=1415805,1415806;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:20:20:11:13:3,4:1,6:0.05,0.3:3,2:0,2:7:4:1,4:0,2:7:6 chr16 1419947 . A G 223.4 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191571;FXX=0.0951928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.676;QD=47.0312;RBI=0.0211719;REFB=-0.0797488;REVB=-0.00901414;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00135628;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:19:0:1:18:18:0.947368:10:8:0:0:10:8:1:0 chr16 1433766 . T C 1177.84 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.872;QD=60.4021;RBI=0.0396571;REFB=0;REVB=0.0354094;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76284e-05;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:36:41:0:0:37:41:0:0 chr16 1447278 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.566;QD=59.0168;RBI=0.0310892;REFB=0;REVB=0.026751;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209623;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr16 1479250 . C T 617.27 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.00592762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.036;QD=20.7487;RBI=0.00661635;REFB=-0.0204607;REVB=-0.0029393;RO=56;SAF=30;SAR=32;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172917;STB=0.598004;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0214803;OID=.;OPOS=1479250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:56:57:62:62:0.521008:32:30:16:40:32:30:16:41 chr16 1484392 . G C 990.33 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1322;QD=58.2549;RBI=0.172156;REFB=0;REVB=0.170952;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695475;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:67:68:1:33:34:0:1:34:34:0:0 chr16 1484473 . A G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.282;QD=59.5018;RBI=0.0162361;REFB=0;REVB=-0.0121359;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.59022e-07;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr16 1503879 . T A 1732.63 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415897;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7718;QD=60.7941;RBI=0.0159344;REFB=0;REVB=-0.015382;RO=0;SAF=43;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43978e-05;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:113:114:1:70:43:0:0:70:44:0:0 chr16 1536372 . G A 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00224268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.662;QD=51.1733;RBI=0.0051421;REFB=0;REVB=-0.00462727;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2439e-05;OID=.;OPOS=1536372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr16 1536535 . C T 255.69 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00748526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6735;QD=51.1384;RBI=0.0359043;REFB=0;REVB=-0.0351154;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144995;OID=.;OPOS=1536535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr16 1537454 . CT C,CC,CG 172.2 PASS AF=1,0,0;AO=3,10,2;DP=15;FAO=15,0,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109607,-0.00982824,-0.0246126;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=50.034,31.3964,33.8634;QD=45.9205;RBI=0.0240585,0.0222377,0.0372127;REFB=0,0,0;REVB=0.0214167,0.0199479,0.0279107;RO=0;SAF=1,7,2;SAR=2,3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=5.99916e-05,0,0;OID=.,.,.;OPOS=1537455,1537455,1537455;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:3,10,2:15:15,0,0:15:0:10,0,0:5,0,0:0:0:4:0:1,7,2:2,3,0:0:0 chr16 1537839 . G A 1246.89 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240851;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.823;QD=61.5746;RBI=0.0358238;REFB=0;REVB=0.0265189;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183934;OID=.;OPOS=1537839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:35:45:0:0:36:45:0:0 chr16 1538363 . C A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.14;QD=59.1432;RBI=0.0660698;REFB=0;REVB=0.0464146;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107311;OID=.;OPOS=1538363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr16 1538433 . A G 738.11 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0332417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2097;QD=52.7224;RBI=0.0392526;REFB=-0.146852;REVB=-0.0208747;RO=2;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470366;STB=0.524991;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0124987;OID=.;OPOS=1538433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:19:34:0:2:19:35:0:2 chr16 1538464 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.822;QD=60.6101;RBI=0.0326819;REFB=0;REVB=0.0181443;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74209e-05;OID=.;OPOS=1538464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr16 1544301 . GA CG,GG 666.32 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=41,2;DP=43;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103263,0.012064;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=162.326,150.5;QD=60.5741;RBI=0.0322513,0.0145482;REFB=0,0;REVB=0.0305534,-0.00813067;RO=0;SAF=19,2;SAR=22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0035361,0.0476641;OID=.,.;OPOS=1544301,1544302;OREF=GA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:44:0:0:41,2:42,2:0.954545,0.0454545:22,0:19,2:0:0:22,0:20,2:0:0 chr16 1545448 . A G 633.84 PASS AF=0.460993;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.0353576;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0403;QD=17.9813;RBI=0.0354849;REFB=-0.0168894;REVB=0.00300248;RO=76;SAF=36;SAR=29;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771288;STB=0.542768;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0203233;OID=.;OPOS=1545448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:76:76:65:65:0.460993:29:36:48:28:29:36:48:28 chr16 1547477 . T C 118.29 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00135197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.928;QD=12.7877;RBI=0.0103648;REFB=-0.0114839;REVB=-0.0102762;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864895;STB=0.550946;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0320455;OID=.;OPOS=1547477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:10:13:9:5:10:13 chr16 1552761 . C T 327.8 PASS AF=0.578947;AO=15;DP=54;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0197245;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.207;QD=23.0038;RBI=0.0197813;REFB=-0.00480936;REVB=0.00149808;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370719;STB=0.558541;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00497488;OID=.;OPOS=1552761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:19:24:15:33:0.578947:8:7:2:17:26:7:3:21 chr16 1555589 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.038468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.94;QD=16.4166;RBI=0.0399183;REFB=-0.0125745;REVB=0.0106621;RO=15;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665616;STB=0.527357;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0148748;OID=.;OPOS=1555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:11:3:4:11:11:3:4:12 chr16 1573890 . G A 345.38 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00173073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.901;QD=17.269;RBI=0.0773534;REFB=-0.00225412;REVB=0.077334;RO=43;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945403;STB=0.552905;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00390243;OID=.;OPOS=1573890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:20:17:24:19:20:17:24:19 chr16 1614097 . A G 621.34 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00820049;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.481;QD=21.0625;RBI=0.00844572;REFB=-0.0186467;REVB=-0.00202044;RO=56;SAF=26;SAR=36;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191532;STB=0.605173;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0144262;OID=.;OPOS=1614097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:56:62:62:0.525424:36:26:36:20:36:26:36:20 chr16 1616201 . C T 344.63 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.016327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.69;QD=21.881;RBI=0.0213132;REFB=-0.039802;REVB=0.0136998;RO=28;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19014;STB=0.605202;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0273803;OID=.;OPOS=1616201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:23:12:16:12:23:12:16:12 chr16 1682281 . A G 255.79 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4987;QD=51.1572;RBI=0.0461654;REFB=0;REVB=0.03698;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178999;OID=.;OPOS=1682281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr16 1697025 . C T 321.96 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0114027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.22;QD=16.5108;RBI=0.015158;REFB=0.00171756;REVB=-0.00998716;RO=43;SAF=12;SAR=23;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126695;STB=0.571387;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00189649;OID=.;OPOS=1697025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:23:12:20:23:23:12:20:23 chr16 1727603 . G A 138.55 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0206072;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.662;QD=27.7089;RBI=0.0717933;REFB=-0.0126692;REVB=0.0687723;RO=5;SAF=11;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119351;STB=0.610938;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00889465;OID=.;OPOS=1727603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:20:20:5:6:14:14:0.7:3:11:3:2:3:11:3:3 chr16 1730470 . A G 313.78 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00133099;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4856;QD=16.091;RBI=0.0267372;REFB=-0.00394944;REVB=-0.0267041;RO=43;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0054454;STB=0.511365;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00618962;OID=.;OPOS=1730470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:43:43:34:35:0.448718:16:18:23:20:17:18:23:20 chr16 1812972 . G C 194.93 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.119509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5844;QD=18.5649;RBI=0.122355;REFB=-0.0180217;REVB=0.0262369;RO=21;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275908;STB=0.67087;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0167077;OID=.;OPOS=1812972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:22:20:20:0.47619:15:5:11:10:15:5:12:10 chr16 1814391 . T C 114.42 PASS AF=0.541667;AO=11;DP=22;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0280391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.486;QD=19.0695;RBI=0.0280396;REFB=-0.0219883;REVB=-0.000168741;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967735;STB=0.510188;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0337496;OID=.;OPOS=1814391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:22:24:9:11:11:13:0.541667:6:5:3:6:8:5:4:7 chr16 1818503 . G C 38.96 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0232927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.233;QD=11.9884;RBI=0.026705;REFB=-0.0263224;REVB=-0.0130617;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43181;STB=0.69176;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0384798;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:3:3:6:0:3:3:6:1 chr16 1826148 . G A 434.29 PASS AF=0.73913;AO=33;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00842489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6247;QD=37.7646;RBI=0.0715923;REFB=0.0238276;REVB=0.0710948;RO=12;SAF=19;SAR=14;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890232;STB=0.551152;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00267155;OID=.;OPOS=1826148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:12:12:33:34:0.73913:14:19:9:3:15:19:9:3 chr16 1827836 . T C 576.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.855;QD=60.6804;RBI=0.0544193;REFB=0;REVB=0.0459611;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312234;OID=.;OPOS=1827836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:26:10:0:0:28:10:0:0 chr16 1836796 . C A 212.19 PASS AF=0.5;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0362895;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=120.841;QD=20.2089;RBI=0.0392236;REFB=-0.0243397;REVB=0.0148851;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132995;STB=0.524452;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0194486;OID=.;OPOS=1836796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:18:21:21:21:0.5:9:12:10:8:9:12:13:8 chr16 1838640 . T C 1629.38 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145019;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.52;QD=59.7937;RBI=0.0236302;REFB=0;REVB=0.018657;RO=0;SAF=67;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19647e-05;OID=.;OPOS=1838640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:105:109:1:38:67:0:0:41:68:0:0 chr16 1840853 . C T 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0119312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.448;QD=16.4257;RBI=0.0207821;REFB=-0.00782268;REVB=0.0170159;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391744;STB=0.726859;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0105188;OID=.;OPOS=1840853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:8:3:8:3:8:3 chr16 1841033 . G A 159.6 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0257129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.232;QD=17.7338;RBI=0.0410138;REFB=-0.0169832;REVB=0.0319528;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417334;STB=0.523782;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0184984;OID=.;OPOS=1841033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:12:7:7:10:12:7 chr16 1842209 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00250245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.45;QD=15.1665;RBI=0.0336371;REFB=-0.0194879;REVB=-0.0335439;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917711;STB=0.571331;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.024235;OID=.;OPOS=1842209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:5:10:11:8:5:10:11:9 chr16 1843672 . T C 2354.71 PASS AF=0.99359;AO=152;DP=157;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0557003;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7982;QD=60.3772;RBI=0.0735279;REFB=0.00162556;REVB=0.0479981;RO=1;SAF=65;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543657;STB=0.502824;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-6.93645e-05;OID=.;OPOS=1843672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:157:156:1:1:152:155:0.99359:87:65:0:1:88:67:0:1 chr16 1859432 . G C 93.61 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0429674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7497;QD=19.7082;RBI=0.0601935;REFB=-0.000590081;REVB=-0.0421551;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932099;STB=0.553098;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00141154;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:2:6:7:4:2:6 chr16 1859440 . C A 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0406718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.539;QD=10.1697;RBI=0.0408263;REFB=-0.0266967;REVB=-0.00354888;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27543;STB=0.666172;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0681664;OID=.;OPOS=1859440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:2:7:3:3:2:7 chr16 1869078 . C T 35.21 PASS AF=0.222222;AO=5;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0194352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.451;QD=5.21556;RBI=0.0194528;REFB=-0.00308663;REVB=0.000826017;RO=20;SAF=5;SAR=0;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.645504;STB=0.677287;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0201076;OID=.;OPOS=1869078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:20:21:5:6:0.222222:0:5:13:7:1:5:14:7 chr16 1872312 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00876518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.943;QD=17.247;RBI=0.0196474;REFB=-0.0280144;REVB=-0.0175838;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15399;STB=0.588149;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0404547;OID=.;OPOS=1872312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:14:7:13:14:14:7:13:14 chr16 1872922 . C G 446.55 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0234005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.354;QD=29.282;RBI=0.0237892;REFB=-0.0211685;REVB=0.00428261;RO=20;SAF=21;SAR=20;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735828;STB=0.503998;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0128036;OID=.;OPOS=1872922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:20:41:41:0.672131:20:21:10:10:20:21:10:10 chr16 1877558 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0170162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4357;QD=10.1732;RBI=0.0418633;REFB=0.0336608;REVB=0.038249;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318047;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0426186;OID=.;OPOS=1877558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:6:3:4:2:6:3 chr16 1878031 . GC AT 262.13 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0354534;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.959;QD=25.5735;RBI=0.0355198;REFB=-0.00280287;REVB=-0.0021709;RO=16;SAF=5;SAR=19;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261815;STB=0.663191;STBP=0.021;TYPE=mnp;VARB=0.00299025;OID=.;OPOS=1878031;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:17:24:24:0.585366:19:5:8:8:19:5:9:8 chr16 1878067 . C G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0560412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.776;QD=19.0183;RBI=0.0562677;REFB=-0.0182319;REVB=0.00504338;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159277;STB=0.591269;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00991239;OID=.;OPOS=1878067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:11:4:6:8:11:4:6:8 chr16 1878492 . G A 167.21 PASS AF=0.34375;AO=21;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0141308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.987;QD=10.4507;RBI=0.020032;REFB=-0.00164633;REVB=-0.0141986;RO=42;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165146;STB=0.581324;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00255273;OID=.;OPOS=1878492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:21:22:0.34375:11:10:14:28:12:10:14:28 chr16 1878521 . C G 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0238106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.179;QD=8.11469;RBI=0.0274429;REFB=-0.00834415;REVB=0.0136442;RO=37;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256185;STB=0.668851;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0352315;OID=.;OPOS=1878521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:39:15:15:0.277778:6:9:14:23:6:9:14:25 chr16 1878597 . T C 151.9 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0722381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8227;QD=14.4665;RBI=0.0744585;REFB=-0.0365103;REVB=0.0180476;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997197;STB=0.557457;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0741094;OID=.;OPOS=1878597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:8:17:10:7:8:17 chr16 1878641 . A C 126.88 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0117005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7489;QD=19.5204;RBI=0.050564;REFB=0.000998105;REVB=0.0491917;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12655;STB=0.571334;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.000714513;OID=.;OPOS=1878641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:2:10:10:4:2:10 chr16 1878740 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.797;QD=33.4285;RBI=0.00492633;REFB=0;REVB=0.00492633;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128567;OID=.;OPOS=1878740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr16 1888037 . G A 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00346254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6117;QD=14.9763;RBI=0.0147906;REFB=-0.0394467;REVB=-0.0143796;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150146;STB=0.615131;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0443482;OID=.;OPOS=1888037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:11:10:10:0.47619:2:8:6:3:2:8:7:4 chr16 1894909 . A AT 324.88 PASS AF=1;AO=4;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.5809;QD=37.1286;RBI=0.103796;REFB=0;REVB=-0.103742;RO=31;SAF=2;SAR=2;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204685;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00339248;OID=.;OPOS=1894910;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:35:35:35:0:23:12:0:0:7:31:2:2:21:10 chr16 1894912 . C T 510.49 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6089;QD=58.3417;RBI=0.0786893;REFB=0;REVB=-0.0561073;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202185;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:12:23:0:0 chr16 1894961 . A G 133.42 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0162823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.463;QD=15.6967;RBI=0.0211228;REFB=-0.0109885;REVB=0.0134559;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411518;STB=0.733065;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0137944;OID=.;OPOS=1894961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:16:3:9:6:16:3 chr16 1912021 . T G 309.44 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0748212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4288;QD=16.075;RBI=0.079041;REFB=0.0159257;REVB=0.0254809;RO=43;SAF=18;SAR=16;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519278;STB=0.529214;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.022018;OID=.;OPOS=1912021;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:16:18:25:18:16:18:25:18 chr16 1918125 . T G 369.75 PASS AF=0.413462;AO=42;DP=103;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0303006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.431;QD=14.2212;RBI=0.0307455;REFB=-0.00496121;REVB=0.00521147;RO=58;SAF=20;SAR=22;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288363;STB=0.507606;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00860771;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:58:61:42:43:0.413462:22:20:26:32:22:21:29:32 chr16 1961674 . G C 446.07 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.291;QD=57.5573;RBI=0.0236896;REFB=0;REVB=-0.00396309;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136863;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr16 1962046 . CG TA 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541212;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=118.35;QD=46.848;RBI=0.0782479;REFB=0;REVB=0.0565122;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00237086;OID=.;OPOS=1962046;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr16 1962131 . GG AC,GA 56.23 PASS AF=0.25,0.625;AO=2,3;DP=8;FAO=2,5;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=0,1;FSAR=2,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00456909,0.0748933;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=110.876,104.027;QD=28.1139;RBI=0.0115923,0.075644;REFB=-0.0372055,-0.11186;REVB=0.0106539,0.0106305;RO=0;SAF=0,1;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.555346;STBP=1,0.649;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0279451,-0.00353731;OID=.,.;OPOS=1962131,1962132;OREF=GG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:8:8:0:1:2,3:2,5:0.25,0.625:2,2:0,1:0:0:2,4:0,1:0:1 chr16 1990994 . T C 137.8 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00358668;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.787;QD=17.7801;RBI=0.00600377;REFB=-0.0104715;REVB=-0.00481466;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197718;STB=0.612621;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0136554;OID=.;OPOS=1990994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:5:11:7:8:5:11 chr16 2014283 . A G 188.6 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00502691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.727;QD=20.9554;RBI=0.0142153;REFB=-0.0140897;REVB=0.0132968;RO=17;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255477;STB=0.651997;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0156067;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:4:14:9:8:4:15:9:8 chr16 2017804 . T G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0194696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1994;QD=10.0753;RBI=0.0645741;REFB=-0.012954;REVB=0.0615691;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477517;STB=0.799127;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.024647;OID=.;OPOS=2017804;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:7:1:7:7:7:1:7:7 chr16 2024131 . T C 95.86 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0314907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4504;QD=22.5549;RBI=0.0315232;REFB=-0.0471414;REVB=-0.00143153;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297839;STB=0.666404;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0079463;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:6:0:5:6:6:0 chr16 2024389 . G T 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0356315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.114;QD=28.0217;RBI=0.0372314;REFB=-0.0252593;REVB=0.0107968;RO=19;SAF=19;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137082;STB=0.575704;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0139227;OID=.;OPOS=2024389;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:10:19:9:10:10:19:9:10 chr16 2035868 . C T 457.16 PASS AF=0.505618;AO=42;DP=86;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0650552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.25;QD=20.5466;RBI=0.0679512;REFB=-0.0191776;REVB=-0.0196262;RO=44;SAF=31;SAR=11;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284493;STB=0.666961;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0263052;OID=.;OPOS=2035868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:44:44:42:45:0.505618:11:31:20:24:11:34:20:24 chr16 2048826 . C G 248.96 PASS AF=0.913043;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0607162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.906;QD=43.2974;RBI=0.073778;REFB=-0.129871;REVB=0.0419134;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583249;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00307844;OID=.;OPOS=2048826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:23:0:2:19:21:0.913043:14:5:0:0:16:5:2:0 chr16 2049640 . A G 805.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.358;QD=64.4006;RBI=0.0613088;REFB=0;REVB=-0.0605268;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026187;OID=.;OPOS=2049640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr16 2096132 . TG T 43.76 PASS AF=0.38;AO=20;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0496168;FXX=0.019604;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.57553;QD=3.50077;RBI=0.157976;REFB=-0.0791268;REVB=-0.149982;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318301;STB=0.594787;STBP=0.327;TYPE=del;VARB=0.0641502;OID=.;OPOS=2096133;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38:20:49:19:50:31:10:9:21:10:43:26:8:12:19:7 chr16 2152427 . G A 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00279636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.123;QD=15.292;RBI=0.0369342;REFB=-0.0261052;REVB=0.0368282;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187606;STB=0.609518;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0593439;OID=.;OPOS=2152427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:6:3:5:4:6:3 chr16 2230316 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0104981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.957;QD=12.0516;RBI=0.0219775;REFB=-0.0135741;REVB=-0.019308;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372698;STB=0.744113;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0237674;OID=.;OPOS=2230316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:2:7:5:7:2:7:5:8 chr16 2257105 . C G 430.33 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00932574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.8282;QD=20.0154;RBI=0.0234054;REFB=-0.00828501;REVB=-0.0214673;RO=43;SAF=12;SAR=31;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506723;STB=0.528165;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0131006;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:31:12:14:29:31:12:14:29 chr16 2260567 . C T 285.72 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0143598;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=117.83;QD=15.6558;RBI=0.017982;REFB=-0.00976943;REVB=-0.0108235;RO=38;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302719;STB=0.513632;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0110572;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:38:41:32:32:0.438356:21:11:12:26:21:11:15:26 chr16 2260612 . T C 136.81 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0219041;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.408;QD=16.0953;RBI=0.0363081;REFB=-0.0131246;REVB=-0.0289567;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409917;STB=0.502509;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0162043;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:20:19:15:15:0.441176:11:4:6:14:11:4:5:14 chr16 2263146 . A G 123.19 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0246172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2142;QD=10.0561;RBI=0.0389595;REFB=-0.0448994;REVB=-0.0301966;RO=33;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309384;STB=0.693082;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0716026;OID=.;OPOS=2263146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:33:34:15:15:0.306122:5:10:13:20:5:10:13:21 chr16 2263516 . A G 30.74 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0519686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1969;QD=12.2975;RBI=0.0523808;REFB=-0.0141018;REVB=0.00655835;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331615;STB=0.691764;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0205322;OID=.;OPOS=2263516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:0:5:4:1:0:5 chr16 2282255 . CG AC,CA 111.74 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,4;DP=11;FAO=1,10;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737107,0.0627848;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=54.3223,92.5795;QD=40.631;RBI=0.0825757,0.213571;REFB=0,0;REVB=0.037222,0.204133;RO=1;SAF=1,1;SAR=1,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25849,0.119989;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00463672,0.00486276;OID=.,.;OPOS=2282255,2282256;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:11:11:1:0:2,4:1,10:0.0909091,0.909091:1,3:1,1:0:1:0,5:1,5:0:0 chr16 2285357 . C T 172.91 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0119809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.245;QD=18.6929;RBI=0.0243549;REFB=-0.0290502;REVB=-0.0212042;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155642;STB=0.519978;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0602778;OID=.;OPOS=2285357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:6:11:12:7:6:12:12:7 chr16 2331430 . A G 805.64 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.259;QD=64.4511;RBI=0.0242924;REFB=0;REVB=0.0224017;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80605e-05;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:26:24:0:0 chr16 2367336 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0216158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.685;QD=12.7811;RBI=0.0274525;REFB=-0.0373879;REVB=-0.0169232;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209438;STB=0.624739;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0334132;OID=.;OPOS=2367336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:7:7:3:7:7:7 chr16 2578131 . C T 117.15 PASS AF=0.590909;AO=11;DP=20;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.038714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.76;QD=21.3006;RBI=0.0489509;REFB=-0.0138274;REVB=0.0299569;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362939;STB=0.692011;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00940468;OID=.;OPOS=2578131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:22:8:9:11:13:0.590909:4:7:1:7:4:9:2:7 chr16 2749899 . C T 236.99 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.04231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.817;QD=21.066;RBI=0.0454006;REFB=-0.0286236;REVB=0.0164643;RO=21;SAF=4;SAR=18;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595625;STB=0.533306;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0139945;OID=.;OPOS=2749899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:22:22:23:0.511111:18:4:3:18:19:4:3:19 chr16 2790192 . A AC,C 40.38 PASS AF=0.346154,0;AO=5,5;DP=27;FAO=9,0;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0215566,-0.0229326;FXX=0.0370233;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=48.4724,192.089;QD=6.21169;RBI=0.18121,0.0408125;REFB=-0.0196551,-0.00672954;REVB=-0.179923,-0.0337603;RO=17;SAF=4,1;SAR=1,4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0439147,-0.63221;STB=0.575601,0.5;STBP=0.639,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.182781,0.121065;OID=.,.;OPOS=2790193,2790192;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:27:26:17:17:5,5:9,0:0.346154,0:1,4:4,1:14:3:3,0:6,0:13:4 chr16 2812647 . C T 158.16 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.018027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.949;QD=18.0756;RBI=0.0388839;REFB=-0.00976343;REVB=-0.0344526;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208276;STB=0.581292;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0346055;OID=.;OPOS=2812647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:14:17:15:16:0.457143:10:5:8:6:10:6:9:8 chr16 2812890 . A G 217.65 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00557589;FXX=0.0465008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.863;QD=21.2345;RBI=0.0145362;REFB=-0.00920682;REVB=-0.0134242;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148028;STB=0.583254;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0105749;OID=.;OPOS=2812890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:8:12:9:12:8:12 chr16 2812939 . C A 199.21 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0349062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4049;QD=27.4774;RBI=0.0440083;REFB=-0.0143095;REVB=0.0268008;RO=10;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111712;STB=0.561978;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.010292;OID=.;OPOS=2812939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:8:11:4:6:8:11:4:6 chr16 2814162 . G A 168.73 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0190955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.641;QD=16.0698;RBI=0.0285648;REFB=-0.0224829;REVB=-0.021244;RO=23;SAF=14;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290801;STB=0.660183;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0195833;OID=.;OPOS=2814162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:4:14:12:11:4:14:13:11 chr16 2815237 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.012;QD=51.916;RBI=0.0468532;REFB=0;REVB=0.046712;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223262;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr16 2818161 . T C 517.46 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0398325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6323;QD=22.9981;RBI=0.0623081;REFB=-0.0243755;REVB=-0.0479132;RO=39;SAF=28;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479067;STB=0.516122;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.019366;OID=.;OPOS=2818161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:39:41:49:49:0.544444:21:28:20:19:21:28:22:19 chr16 2818704 . T G 153.41 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00779977;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.632;QD=10.4009;RBI=0.0156;REFB=-0.0329104;REVB=-0.0135101;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243631;STB=0.524451;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0585714;OID=.;OPOS=2818704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:39:20:20:0.338983:12:8:16:22:12:8:17:22 chr16 2820882 . G T 426.6 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0134568;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.416;QD=19.1729;RBI=0.0134695;REFB=-0.00250379;REVB=-0.000584895;RO=45;SAF=25;SAR=18;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024299;STB=0.519991;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00228833;OID=.;OPOS=2820882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:46:43:43:0.483146:18:25:25:20:18:25:25:21 chr16 2821525 . G A 239.18 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00833592;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.699;QD=19.9314;RBI=0.0110744;REFB=-0.00191322;REVB=0.0072907;RO=25;SAF=17;SAR=6;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452431;STB=0.754668;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00185368;OID=.;OPOS=2821525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:25:23:23:0.479167:6:17:6:19:6:17:6:19 chr16 2821988 . TC T 95.68 PASS AF=0.441176;AO=11;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.000803975;FXX=0.0555401;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8411;QD=11.2562;RBI=0.0970513;REFB=-0.0101487;REVB=-0.097048;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0.228917;SSEP=0;SSSB=0.118643;STB=0.52171;STBP=0.866;TYPE=del;VARB=0.00452675;OID=.;OPOS=2821989;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:11:34:15:34:19:10:5:12:7:95:19:8:3:12:7 chr16 2871555 . G A 196.84 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0315447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.477;QD=20.72;RBI=0.0409616;REFB=-0.021968;REVB=-0.0261302;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255043;STB=0.64934;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.022253;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:19:20:0.526316:8:11:5:13:8:12:5:13 chr16 3065596 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0583383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.378;QD=11.9197;RBI=0.0601787;REFB=-0.042253;REVB=-0.014769;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318742;STB=0.689164;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00945385;OID=.;OPOS=3065596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:2:7:3:4:2:7 chr16 3075999 . C G 207.52 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00192001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.195;QD=11.2174;RBI=0.00361177;REFB=-0.00390226;REVB=-0.00305916;RO=48;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507484;STB=0.529389;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00842023;OID=.;OPOS=3075999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:14:12:20:28:14:12:20:28 chr16 3079685 . T C 76.09 PASS AF=0.4;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.108579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.65;QD=12.1746;RBI=0.115257;REFB=-0.019986;REVB=-0.0386618;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400953;STB=0.726777;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0204428;OID=.;OPOS=3079685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:14:15:10:10:0.4:2:8:6:8:2:8:7:8 chr16 3085335 . G C 333.91 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.0127449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.918;QD=12.0329;RBI=0.0344197;REFB=-0.0227883;REVB=0.0319731;RO=70;SAF=22;SAR=19;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119505;STB=0.568018;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0507807;OID=.;OPOS=3085335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:70:41:41:0.369369:19:22:45:25:19:22:45:25 chr16 3085375 . G A 339.01 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.000993379;FXX=0.0270246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.395;QD=12.5561;RBI=0.00602103;REFB=-0.0264169;REVB=0.00593852;RO=63;SAF=16;SAR=25;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127605;STB=0.59194;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.02546;OID=.;OPOS=3085375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:63:67:41:41:0.37963:25:16:32:31:25:16:36:31 chr16 3086447 . C G 176.71 PASS AF=0.359375;AO=17;DP=57;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=36;FWDB=0.0917582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.858;QD=11.0442;RBI=0.0917941;REFB=-0.0194213;REVB=-0.00256546;RO=38;SAF=1;SAR=16;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260704;STB=0.56261;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0243772;OID=.;OPOS=3086447;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:64:38:41:17:23:0.359375:16:1:5:33:19:4:5:36 chr16 3100095 . C T 447.3 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0468579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.81;QD=18.4454;RBI=0.0470599;REFB=-0.085528;REVB=0.00435579;RO=52;SAF=11;SAR=34;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122286;STB=0.568595;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0496061;OID=.;OPOS=3100095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:34:11:18:34:34:11:18:34 chr16 3117982 . C A 290.75 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0221903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.252;QD=21.9435;RBI=0.024158;REFB=-0.0174186;REVB=0.00954997;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309802;STB=0.513915;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.013543;OID=.;OPOS=3117982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:22:23:29:30:0.566038:13:16:13:9:14:16:13:10 chr16 3119020 . A G 49.34 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00794418;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=373.738;QD=28.1971;RBI=0.0263754;REFB=-0.0323397;REVB=0.0251506;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284202;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00332428;OID=.;OPOS=3119020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:8:7:2:1:6:6:0.857143:4:2:2:0:4:2:1:0 chr16 3132197 . A G 420.77 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0686868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4719;QD=29.0187;RBI=0.0813006;REFB=-0.0274952;REVB=-0.0434961;RO=18;SAF=24;SAR=15;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227603;STB=0.615325;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.015359;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:19:39:39:0.672414:15:24:4:14:15:24:5:14 chr16 3170188 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4359;QD=37.486;RBI=0.0856466;REFB=0;REVB=0.0704742;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166532;OID=.;OPOS=3170188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr16 3207446 . G A 999.88 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.675;QD=57.9643;RBI=0.02347;REFB=-0.0862726;REVB=0.0119127;RO=0;SAF=48;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.6764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022177;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:69:0:0:67:69:1:19:48:0:0:19:50:0:0 chr16 3208914 . T C 74.94 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.343;QD=37.4698;RBI=0.0235767;REFB=0;REVB=0.000898964;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000422493;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr16 3230588 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.091;QD=46.848;RBI=0.0107065;REFB=0;REVB=0.00169805;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44725e-05;OID=.;OPOS=3230588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr16 3254470 . T C 410.92 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7336;QD=56.6788;RBI=0.0728311;REFB=0;REVB=-0.0704551;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114824;OID=.;OPOS=3254470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr16 3254972 . T C 587.54 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.802;QD=57.321;RBI=0.0438953;REFB=-0.000901278;REVB=-0.0358316;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191347;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=8.22245e-05;OID=.;OPOS=3254972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:24:15:0:1:25:15:0:1 chr16 3266071 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7366;QD=60.9779;RBI=0.0431985;REFB=0;REVB=0.0126102;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656731;OID=.;OPOS=3266071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr16 3297073 . A G 405.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.969;QD=55.9008;RBI=0.0241904;REFB=0;REVB=0.0193892;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46312e-05;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chr16 3297175 . T C 993.41 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0283225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8731;QD=57.5888;RBI=0.0412964;REFB=0.0475951;REVB=-0.0300537;RO=1;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141074;STB=0.50746;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00774801;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:33:35:0:1:33:35:0:1 chr16 3297181 . C T 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1652;QD=59.1405;RBI=0.0260626;REFB=0;REVB=0.0255849;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173426;OID=.;OPOS=3297181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr16 3299749 . G A 900.55 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.206;QD=58.1;RBI=0.054789;REFB=0;REVB=0.0396579;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022199;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:33:29:0:0 chr16 3304626 . C G 709.56 PASS AF=1;AO=40;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.929;QD=54.5813;RBI=0.163427;REFB=0;REVB=0.152443;RO=1;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347063;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0210861;OID=.;OPOS=3304626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:40:52:1:13:27:0:1:17:35:0:0 chr16 3405994 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.561;QD=57.2377;RBI=0.0441333;REFB=0;REVB=0.04206;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1672e-05;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:26:30:0:0 chr16 3406387 . C G 397.58 PASS AF=0.9375;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.033517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3923;QD=49.697;RBI=0.0890816;REFB=-0.0919644;REVB=0.0825357;RO=1;SAF=21;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216544;STB=0.514696;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.01337;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:30:32:1:2:28:30:0.9375:7:21:1:0:9:21:1:1 chr16 3419934 . G T 499.17 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.356;QD=58.7259;RBI=0.0317598;REFB=0;REVB=0.0144074;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117489;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:11:22:0:0:11:23:0:0 chr16 3452193 . T C,G 574.99 PASS AF=0.102564,0.897436;AO=4,35;DP=39;FAO=4,35;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456915,-0.0426009;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.782,52.4301;QD=58.9733;RBI=0.0149663,0.0428239;REFB=0,0;REVB=-0.0142517,-0.00436498;RO=0;SAF=2,18;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.11116e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.249913,-0.0111464;OID=.,.;OPOS=3452193,3452193;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:39:39:0:0:4,35:4,35:0.102564,0.897436:2,17:2,18:0:0:2,17:2,18:0:0 chr16 3486285 . C A 1015.73 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.959;QD=58.8829;RBI=0.0451816;REFB=0;REVB=0.0346353;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72678e-05;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:39:28:0:0:41:28:0:0 chr16 3490922 . G C 631.8 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8845;QD=61.6385;RBI=0.0471561;REFB=0;REVB=-0.0158871;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000723414;OID=.;OPOS=3490922;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr16 3493786 . C G 274.95 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0112942;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.264;QD=19.9967;RBI=0.0328496;REFB=0.00515049;REVB=-0.030847;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053274;STB=0.516767;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00948819;OID=.;OPOS=3493786;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:18:11:8:17:18:11:9:17 chr16 3533577 . C G 773.45 PASS AF=0.982759;AO=41;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.172948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.8656;QD=53.3415;RBI=0.259583;REFB=-0.0641278;REVB=0.193577;RO=2;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0010638;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00686909;OID=.;OPOS=3533577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:2:1:41:57:0.982759:20:21:1:1:27:30:1:0 chr16 3534892 . G A 409.92 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.013624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.976;QD=51.2394;RBI=0.0195769;REFB=-0.0492274;REVB=0.0140585;RO=2;SAF=2;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321574;STB=0.51723;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0021925;OID=.;OPOS=3534892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:28:2:0:2:28:2:0:2 chr16 3535116 . T C 1485.02 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253751;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1574;QD=60.001;RBI=0.0253816;REFB=0;REVB=0.00057384;RO=0;SAF=65;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87522e-05;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:34:65:0:0:34:65:0:0 chr16 3535540 . G A 542.36 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000219143;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.84;QD=60.2623;RBI=0.0605812;REFB=0;REVB=0.0605808;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278456;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:23:13:0:0 chr16 3536872 . G A 362.86 PASS AF=1;AO=20;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102306;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.375;QD=55.8242;RBI=0.047718;REFB=0;REVB=0.0466083;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218402;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:20:26:1:18:2:0:0:24:2:0:0 chr16 3586230 . C T 177.5 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00882502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.681;QD=14.4899;RBI=0.0104225;REFB=-0.0210642;REVB=-0.00554513;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629558;STB=0.536442;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0337233;OID=.;OPOS=3586230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:10:9:16:14:10:9:16:14 chr16 3602227 . AG A 459.85 PASS AF=1;AO=38;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.134049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.6503;QD=41.8045;RBI=0.222003;REFB=0;REVB=-0.176964;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00895324;OID=.;OPOS=3602228;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:42:44:44:0:23:21:0:0:9:0:22:16:0:0 chr16 3613150 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.902;QD=33.4285;RBI=0.0256853;REFB=0;REVB=0.024649;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305364;OID=.;OPOS=3613150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr16 3613207 . G A 47.69 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0212201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.97;QD=11.9216;RBI=0.0694582;REFB=-0.0291219;REVB=0.0661373;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263271;STB=0.6599;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0347018;OID=.;OPOS=3613207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:5:4:5:2:5:4 chr16 3613637 . G A 202.97 PASS AF=0.435484;AO=22;DP=56;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.037593;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.921;QD=13.095;RBI=0.0389491;REFB=-0.0529282;REVB=-0.010188;RO=33;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184081;STB=0.643318;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0285821;OID=.;OPOS=3613637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:62:33:35:22:27:0.435484:15:7:16:17:20:7:17:18 chr16 3639139 . A G 1442.61 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540665;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178;QD=62.7223;RBI=0.00567627;REFB=0;REVB=-0.00172864;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502612;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:89:92:1:52:37:0:0:53:39:0:0 chr16 3640274 . G A 297.19 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0138782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.644;QD=18.2889;RBI=0.0166244;REFB=-0.000751526;REVB=0.00915241;RO=32;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889375;STB=0.538904;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000840402;OID=.;OPOS=3640274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:19:13:10:22:19:13:11:22 chr16 3640477 . C T 255.52 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00986522;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.866;QD=17.622;RBI=0.0128316;REFB=-0.0325739;REVB=0.00820533;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912398;STB=0.551086;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0283897;OID=.;OPOS=3640477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:30:28:28:0.482759:15:13:11:19:15:13:11:19 chr16 3656557 . G A 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00526656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.04;QD=19.3401;RBI=0.0179339;REFB=-0.0100952;REVB=0.0171432;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100257;STB=0.556898;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00841034;OID=.;OPOS=3656557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:9:9:11:7:9:9 chr16 3707747 . G A 322.17 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0223076;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0267;QD=16.3125;RBI=0.0225276;REFB=0.00353669;REVB=-0.00314106;RO=44;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481651;STB=0.527071;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00489139;OID=.;OPOS=3707747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:19:16:18:26:19:16:18:26 chr16 3708193 . G A 162.17 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00729617;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.183;QD=18.0193;RBI=0.0181406;REFB=-0.0264867;REVB=-0.0166087;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051485;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0388485;OID=.;OPOS=3708193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:10:9:9:8:10:9 chr16 3724465 . G C 741.53 PASS AF=0.49359;AO=77;DP=156;FAO=77;FDP=156;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.00713602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6341;QD=19.0136;RBI=0.0111719;REFB=0.0037583;REVB=-0.0085959;RO=79;SAF=41;SAR=36;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356905;STB=0.519675;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00373619;OID=.;OPOS=3724465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:79:79:77:77:0.49359:36:41:39:40:36:41:39:40 chr16 3900336 . C T 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.109135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.305;QD=16.6249;RBI=0.111495;REFB=-0.0150135;REVB=-0.0228191;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106228;STB=0.561308;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0232387;OID=.;OPOS=3900336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:7:7:5:8:7:7 chr16 4013467 . C T 108.34 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0272351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.222;QD=13.1326;RBI=0.0314121;REFB=-0.00877119;REVB=0.0156516;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196894;STB=0.600783;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00820074;OID=.;OPOS=4013467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:8:5:11:8:8:5:11:9 chr16 4015313 . A G 193.16 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0051439;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.431;QD=15.7684;RBI=0.0146862;REFB=-0.0112901;REVB=-0.0137559;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117207;STB=0.530582;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0125224;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:19:20:0.408163:10:9:17:12:10:10:16:13 chr16 4015316 . A G 177.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0408247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6721;QD=14.7671;RBI=0.0501679;REFB=-0.0147399;REVB=-0.0291574;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266677;STB=0.515402;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0173961;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:16:13:9:10:16:13 chr16 4016676 . A G 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.011095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.156;QD=14.42;RBI=0.0221914;REFB=-0.0071582;REVB=-0.0192188;RO=37;SAF=18;SAR=9;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107905;STB=0.560933;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0128923;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:9:18:28:9:9:18:28:9 chr16 4164364 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00746995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3394;QD=24.0655;RBI=0.0237277;REFB=0.0106866;REVB=-0.0225212;RO=10;SAF=12;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269162;STB=0.65197;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00858747;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:4:12:4:6:4:12:4:6 chr16 4165432 . T C 272.82 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.212595;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5413;QD=51.966;RBI=0.21832;REFB=0;REVB=0.0496698;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00960639;OID=.;OPOS=4165432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:17:3:0:0:17:4:0:0 chr16 4242028 . A T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00284556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.66;QD=13.6608;RBI=0.0230178;REFB=-0.00517867;REVB=0.0228413;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258549;STB=0.651947;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0188957;OID=.;OPOS=4242028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:10:4:11:10:10:4:11:10 chr16 4242093 . C T 175.05 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0378611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3308;QD=13.7295;RBI=0.0709621;REFB=-0.0252975;REVB=-0.0600179;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696766;STB=0.540235;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.070179;OID=.;OPOS=4242093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:16:15:11:9:16:15 chr16 4245693 . A G 1825.79 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212139;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.778;QD=61.3712;RBI=0.0789285;REFB=0;REVB=0.0760242;RO=0;SAF=66;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79589e-05;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:53:66:0:0:53:66:0:0 chr16 4257131 . C G 48.1 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.028193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.578;QD=12.8272;RBI=0.0285196;REFB=-0.0166343;REVB=-0.00430387;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308464;STB=0.685728;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0207168;OID=.;OPOS=4257131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:5:3:5:2:5:3 chr16 4257686 . A G 61.89 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.01111;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.687;QD=16.5027;RBI=0.0294982;REFB=-0.0322824;REVB=-0.0273261;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.545344;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0315144;OID=.;OPOS=4257686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:16:15:6:7:8:8:0.533333:5:3:2:4:5:3:2:5 chr16 4257729 . C T 128.02 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0535368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.822;QD=20.4824;RBI=0.0537642;REFB=-0.0312587;REVB=-0.00493961;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383862;STB=0.521709;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0447011;OID=.;OPOS=4257729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:11:3:2:9:11:3:2:9 chr16 4258005 . C G 95.08 PASS AF=0.611111;AO=9;DP=16;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.083477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.295;QD=21.1298;RBI=0.0835982;REFB=-0.0361812;REVB=0.0044996;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381184;STB=0.726859;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0158835;OID=.;OPOS=4258005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:16:18:7:7:9:11:0.611111:3:6:1:6:3:8:1:6 chr16 4307646 . A G 706.76 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0330924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5714;QD=47.9161;RBI=0.0455723;REFB=-0.0515425;REVB=0.0313326;RO=5;SAF=22;SAR=32;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00122162;STB=0.50065;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0619738;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:59:59:5:5:54:54:0.915254:32:22:2:3:32:22:2:3 chr16 4310468 . C G 1678.4 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00993024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.332;QD=59.4125;RBI=0.0335227;REFB=0.0603852;REVB=0.0320181;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.504761;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00110205;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:111:112:0.99115:52:59:0:0:52:60:0:1 chr16 4386814 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00334639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.582;QD=58.9627;RBI=0.0242146;REFB=0;REVB=0.0239823;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20162e-05;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr16 4387261 . A C 352.25 PASS AF=0.426966;AO=36;DP=87;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0280274;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2246;QD=15.8315;RBI=0.031442;REFB=-0.054749;REVB=-0.0142501;RO=48;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210991;STB=0.501778;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0929354;OID=.;OPOS=4387261;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:48:51:36:38:0.426966:18:18:25:23:18:20:27:24 chr16 4387579 . C T 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0548599;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.037;QD=25.2554;RBI=0.0557009;REFB=-0.0159514;REVB=0.00964304;RO=10;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057364;STB=0.532125;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0102819;OID=.;OPOS=4387579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:13:4:3:7:13:4:3:7 chr16 4390358 . G T 280.84 PASS AF=0.450704;AO=30;DP=67;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0152211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5516;QD=15.8218;RBI=0.0623139;REFB=-0.0324624;REVB=-0.0604263;RO=37;SAF=10;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131564;STB=0.582741;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0282034;OID=.;OPOS=4390358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:37:39:30:32:0.450704:20:10:17:20:21:11:19:20 chr16 4431202 . A G 603.88 PASS AF=0.55;AO=54;DP=99;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0447627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.721;QD=24.1552;RBI=0.0447955;REFB=-0.0200762;REVB=-0.0017138;RO=45;SAF=27;SAR=27;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919652;STB=0.500909;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0186433;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:45:45:54:55:0.55:27:27:23:22:27:28:23:22 chr16 4432029 . A C 296.18 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.00230567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.428;QD=22.3531;RBI=0.00864026;REFB=-0.0152813;REVB=-0.00832694;RO=23;SAF=7;SAR=23;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176689;STB=0.509763;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0113415;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:23:7:5:18:23:7:5:18 chr16 4445327 . C T 371.97 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0106762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.183;QD=25.653;RBI=0.0136642;REFB=-0.029674;REVB=-0.00852813;RO=21;SAF=27;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247713;STB=0.646971;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0126627;OID=.;OPOS=4445327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:22:36:36:0.62069:9:27:9:12:9:27:9:13 chr16 4476089 . T C 429.02 PASS AF=0.634921;AO=39;DP=65;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00601716;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.655;QD=27.2393;RBI=0.00643578;REFB=-0.0236227;REVB=0.00228321;RO=23;SAF=15;SAR=24;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659685;STB=0.529397;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0149951;OID=.;OPOS=4476089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:23:23:39:40:0.634921:24:15:11:12:24:16:11:12 chr16 4484396 . A T 85.68 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0473079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3166;QD=11.8178;RBI=0.0503464;REFB=0.00335575;REVB=-0.0172258;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105067;STB=0.562387;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0173757;OID=.;OPOS=4484396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:8:10:5:6:8:10 chr16 4496973 . T A 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0257053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.794;QD=12.1432;RBI=0.0257081;REFB=-0.0142451;REVB=0.000378797;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431709;STB=0.517223;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0198617;OID=.;OPOS=4496973;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:12:7:13:19:12:7:13:20 chr16 4625274 . A G 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0165757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.147;QD=20.7545;RBI=0.0377484;REFB=-0.0369546;REVB=-0.0339144;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552471;STB=0.531209;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0197233;OID=.;OPOS=4625274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:4:8:9:6:4:8 chr16 4709131 . C A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.031318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9656;QD=10.1732;RBI=0.0358904;REFB=0.0109798;REVB=-0.0175301;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27543;STB=0.666172;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0147082;OID=.;OPOS=4709131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:2:7:3:3:2:7 chr16 4721468 . T C 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0292014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5834;QD=14.6972;RBI=0.0385899;REFB=-0.0211245;REVB=0.0252281;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12221;STB=0.571334;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0445879;OID=.;OPOS=4721468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:12:4:8:15:12:4:8:15 chr16 4736316 . C T 1072.18 PASS AF=0.986486;AO=70;DP=71;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0703443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9047;QD=57.9557;RBI=0.076621;REFB=-0.115909;REVB=0.030372;RO=1;SAF=40;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116744;STB=0.505881;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00287139;OID=.;OPOS=4736316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:74:1:1:70:73:0.986486:30:40:1:0:31:42:1:0 chr16 4748825 . C T 483.42 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0178303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0148;QD=49.5817;RBI=0.0443538;REFB=-0.0792627;REVB=-0.040612;RO=3;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799658;STB=0.555524;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0386062;OID=.;OPOS=4748825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:3:4:35:35:0.897436:16:19:0:3:16:19:0:4 chr16 4751045 . C T 37.77 PASS AF=0.5;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.17401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.417;QD=12.5885;RBI=0.174508;REFB=-0.00535031;REVB=0.0131674;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180028;OID=.;OPOS=4751045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:12:12:7:6:5:6:0.5:4:1:3:4:4:2:2:4 chr16 4752134 . A G 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.161;QD=58.2343;RBI=0.0576993;REFB=0;REVB=-0.044393;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22813e-05;OID=.;OPOS=4752134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr16 4787935 . G C 393.2 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9383;QD=56.1709;RBI=0.04221;REFB=0;REVB=0.014728;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112109;OID=.;OPOS=4787935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr16 4790273 . G A 490.08 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8767;QD=56.0092;RBI=0.0834866;REFB=-0.0674372;REVB=0.0823161;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0114128;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:17:17:0:0:17:17:1:0 chr16 4794873 . C T 1120.08 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00921585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.101;QD=58.9515;RBI=0.0245791;REFB=-0.0651697;REVB=0.022786;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.506171;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00037409;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:35:40:0:0:35:40:1:0 chr16 4796393 . A G 470.64 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000865319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8322;QD=57.0472;RBI=0.127331;REFB=0;REVB=0.127328;RO=1;SAF=26;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910869;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:1:0:31:33:1:5:26:0:1:6:27:0:0 chr16 4797457 . C T 1494.57 PASS AF=0.955357;AO=104;DP=112;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0168155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.1703;QD=53.3775;RBI=0.0171763;REFB=-0.104012;REVB=0.0035018;RO=6;SAF=58;SAR=46;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234229;STB=0.50682;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00495599;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:112:112:6:5:104:107:0.955357:46:58:2:4:48:59:2:3 chr16 4802386 . G T 1435.21 PASS AF=0.979167;AO=91;DP=94;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0703088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0817;QD=59.8005;RBI=0.0897157;REFB=-0.0603334;REVB=0.0557277;RO=3;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312228;STB=0.510867;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00237291;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:96:3:2:91:94:0.979167:44:47:0:3:45:49:0:2 chr16 4815608 . A G 471.86 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0336802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7053;QD=55.5124;RBI=0.0344641;REFB=-0.0485275;REVB=-0.00730878;RO=1;SAF=23;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198849;STB=0.510632;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000982347;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:10:23:1:0:10:23:1:0 chr16 4861709 . G C 765.63 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.359;QD=56.7136;RBI=0.043455;REFB=0;REVB=0.0419678;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30823e-05;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:28:26:0:0 chr16 4910770 . GA G 45.11 PASS AF=0.484848;AO=12;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.119708;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.6725;QD=5.46843;RBI=0.133703;REFB=-0.0736432;REVB=-0.0595539;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246987;STB=0.545399;STBP=0.68;TYPE=del;VARB=0.101236;OID=.;OPOS=4910771;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:12:33:16:33:17:10:6:12:5:45:16:6:6:12:4 chr16 4933939 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.607;QD=55.0978;RBI=0.0805253;REFB=0;REVB=0.026082;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203426;OID=.;OPOS=4933939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:16:6:0:0:18:8:0:0 chr16 4938160 . T G 645.02 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.545;QD=61.4305;RBI=0.0237364;REFB=0;REVB=0.0224406;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493794;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr16 4940809 . A G 1849.1 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=122;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0203538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5374;QD=59.6483;RBI=0.0283975;REFB=-0.0571242;REVB=-0.0198026;RO=1;SAF=46;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629233;STB=0.503225;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000207244;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:124:1:1:121:123:0.991935:75:46:0:1:77:46:0:1 chr16 4942099 . C T 1030.06 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.101;QD=58.0313;RBI=0.0211384;REFB=-0.0372448;REVB=-0.000245783;RO=1;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113932;STB=0.506022;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000117679;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:41:29:0:1:41:29:0:1 chr16 4944518 . C G 446.76 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.575;QD=57.6462;RBI=0.00959112;REFB=0;REVB=0.00831488;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85005e-05;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr16 5068971 . G A 445.0 PASS AF=0.459184;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0313428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1399;QD=18.1633;RBI=0.0327437;REFB=-0.00159785;REVB=-0.00947522;RO=54;SAF=19;SAR=25;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310749;STB=0.504585;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00190631;OID=.;OPOS=5068971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:53:44:45:0.459184:25:19:25:29:25:20:24:29 chr16 5074952 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.386;QD=58.5878;RBI=0.0219068;REFB=0;REVB=0.0147082;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89081e-05;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr16 5075542 . G A 404.63 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0177393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.773;QD=19.5002;RBI=0.0178333;REFB=0.00386975;REVB=-0.00182877;RO=41;SAF=17;SAR=23;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578817;STB=0.531721;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00327576;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:41:42:40:41:0.493976:23:17:20:21:24:17:20:22 chr16 5075633 . G A 318.67 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0349537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1553;QD=20.8965;RBI=0.0350902;REFB=-0.0178635;REVB=-0.00309225;RO=28;SAF=11;SAR=22;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542633;STB=0.530102;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.010939;OID=.;OPOS=5075633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:22:11:11:17:22:11:11:17 chr16 5097947 . A G 182.96 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0193898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3582;QD=17.4247;RBI=0.0705293;REFB=-0.0212726;REVB=0.0678116;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134659;STB=0.507684;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0294451;OID=.;OPOS=5097947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:10:13:11:8:10:13 chr16 5106184 . C T 424.15 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0122269;FXX=0.0348797;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.3991;QD=20.4408;RBI=0.0582571;REFB=-0.00603192;REVB=-0.0569595;RO=34;SAF=14;SAR=28;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697068;STB=0.517849;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00642409;OID=.;OPOS=5106184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:83:34:41:42:42:0.506024:28:14:14:20:28:14:15:26 chr16 5132636 . C T 237.59 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00631519;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.631;QD=19.3953;RBI=0.0179997;REFB=-0.0154156;REVB=-0.0168555;RO=24;SAF=18;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430463;STB=0.760795;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0427213;OID=.;OPOS=5132636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:26:23:23:0.469388:5:18:8:16:5:18:8:18 chr16 5140541 . G C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0162135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.001;QD=20.1595;RBI=0.0429171;REFB=-0.0224073;REVB=0.0397367;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463574;STB=0.526283;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0195733;OID=.;OPOS=5140541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:6:8:10:6:6:8 chr16 5649140 . T TTAGGAAA 305.0 PASS AF=1;AO=21;DP=31;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462152;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=305.264;QD=53.0438;RBI=0.0501967;REFB=0;REVB=0.0195925;RO=8;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331013;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000156899;OID=.;OPOS=5649141;OREF=-;OALT=TAGGAAA;OMAPALT=TTAGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:31:23:23:0:7:16:0:0:4:8:7:14:8:0 chr16 6533549 . C A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00908255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.138;QD=17.8396;RBI=0.0274437;REFB=-0.0237374;REVB=-0.0258972;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147112;OID=.;OPOS=6533549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:6:8:8:6:6:8 chr16 6923966 . A G 1193.92 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.603;QD=58.2401;RBI=0.071025;REFB=-0.0545247;REVB=0.0584726;RO=3;SAF=38;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359128;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123769;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:82:3:0:79:82:1:41:38:3:0:41:41:0:0 chr16 7102036 . CT CC,C 366.14 PASS AF=0.0543478,0.434783;AO=10,31;DP=92;FAO=5,40;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=3,31;FSAR=2,9;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0690244,-0.0356728;FXX=0.0212743;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.0312,21.2447;QD=15.9193;RBI=0.13836,0.131385;REFB=0.0010412,0.00355693;REVB=0.119913,0.12645;RO=41;SAF=7,25;SAR=3,6;SRF=24;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.152218,0.281933;STB=0.523714,0.632581;STBP=0.944,0.045;TYPE=snp,del;VARB=0.0308606,-0.00805297;OID=.,.;OPOS=7102037,7102037;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0543478,0.434783:10,31:92:5,40:92:47:3,31:2,9:27:20:99:41:7,25:3,6:24:17 chr16 7760884 . T G 217.79 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0359967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7041;QD=22.9254;RBI=0.0360081;REFB=-0.0119042;REVB=-0.000905054;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425242;STB=0.523787;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0100204;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:9:8:11:10:9:8 chr16 7761529 . C T 443.2 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.079;QD=53.7215;RBI=0.0182359;REFB=-0.0422329;REVB=0.00945982;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0014446;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:0:1:32:32:0.969697:20:12:0:0:20:12:0:1 chr16 8722629 . G C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.006299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.618;QD=21.1729;RBI=0.0147997;REFB=0.0264188;REVB=-0.0133923;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124999;STB=0.571306;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0131102;OID=.;OPOS=8722629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:4:4:4:8:4:4 chr16 8728953 . C T 1717.04 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019225;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.11;QD=59.723;RBI=0.0211575;REFB=-0.124312;REVB=0.00883408;RO=1;SAF=41;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01144;STB=0.506023;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000217965;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:115:1:1:114:114:0.991304:73:41:1:0:73:41:1:0 chr16 8729124 . G A 219.8 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0313964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3947;QD=17.584;RBI=0.0340486;REFB=-0.00571053;REVB=-0.0131747;RO=28;SAF=6;SAR=16;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286257;STB=0.516264;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00777487;OID=.;OPOS=8729124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:16:6:7:21:16:6:7:21 chr16 8736028 . T C 1249.5 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00989055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6393;QD=60.2168;RBI=0.0194729;REFB=0.0203093;REVB=-0.0167741;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106419;STB=0.505617;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0016287;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:44:38:0:1:44:38:0:1 chr16 8738427 . T C 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00478534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.108;QD=61.8139;RBI=0.0463537;REFB=-0.0367718;REVB=0.0461061;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021881;STB=0.511623;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00133975;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:21:28:0:1:21:28:0:1 chr16 8738499 . G A 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0872137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.113;QD=57.1758;RBI=0.0961633;REFB=0;REVB=0.0405112;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727125;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr16 8738579 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.003;QD=57.2025;RBI=0.0544796;REFB=0;REVB=0.0272505;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352156;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr16 8739954 . G A,T 729.65 PASS AF=0.944444,0.037037;AO=46,7;DP=54;FAO=51,2;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287192,-0.0043325;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.5013,187.122;QD=54.0481;RBI=0.0828154,0.00433275;REFB=-0.135876,-0.0690768;REVB=0.0776762,-4.61047e-05;RO=0;SAF=26,0;SAR=20,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5098,0.5;STBP=0.541,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00235097,0.168017;OID=.,.;OPOS=8739954,8739954;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:54:0:1:46,7:51,2:0.944444,0.037037:20,7:26,0:0:0:25,2:26,0:0:1 chr16 8740015 . A C 712.88 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1017;QD=53.8023;RBI=0.0226452;REFB=-0.0941511;REVB=0.0180508;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5102;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00350686;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:53:0:1:51:52:0.981132:26:25:0:0:28:24:1:0 chr16 8740418 . T C 784.68 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1162;QD=64.0552;RBI=0.0258101;REFB=0;REVB=-0.0245888;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015827;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr16 8740503 . G A 569.51 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.451;QD=59.9485;RBI=0.0764009;REFB=0;REVB=0.0431405;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186028;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:19:16:0:0:22:16:0:0 chr16 8777235 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0335075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8348;QD=16.7276;RBI=0.0729124;REFB=-0.000779825;REVB=-0.0647569;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390572;STB=0.722915;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00292908;OID=.;OPOS=8777235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:5:11:5:14:5:11:5:14 chr16 8844389 . C T 301.92 PASS AF=0.406593;AO=32;DP=82;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0246474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.7198;QD=13.2713;RBI=0.0465058;REFB=-0.0201915;REVB=-0.0394373;RO=50;SAF=16;SAR=16;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107009;STB=0.526494;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0314414;OID=.;OPOS=8844389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:91:50:54:32:37:0.406593:16:16:30:20:16:21:33:21 chr16 8868776 . C A 183.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0474802;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.73;QD=11.6398;RBI=0.0502359;REFB=-0.0188504;REVB=0.0164095;RO=39;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133777;STB=0.570163;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0256608;OID=.;OPOS=8868776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:14:9:20:19:14:9:20:20 chr16 8877854 . C G 434.11 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.93;QD=56.0147;RBI=0.0615002;REFB=0;REVB=-0.0222114;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081214;OID=.;OPOS=8877854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr16 8890149 . T C 168.87 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0289553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.278;QD=24.1248;RBI=0.029467;REFB=-0.00881964;REVB=-0.00546757;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00818522;STB=0.504582;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00364948;OID=.;OPOS=8890149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:4:7:11:6:4:7 chr16 8952248 . A G 592.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.349;QD=60.7694;RBI=0.0533534;REFB=0;REVB=0.0510868;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188141;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:19:17:0:0:22:17:0:0 chr16 8953081 . C G 513.61 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0142155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.07;QD=15.8033;RBI=0.0157023;REFB=-0.0218345;REVB=-0.00666935;RO=73;SAF=26;SAR=30;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569202;STB=0.535702;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0279928;OID=.;OPOS=8953081;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:73:74:56:56:0.430769:30:26:38:35:30:26:39:35 chr16 8979046 . A G 650.97 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8889;QD=61.9974;RBI=0.0807132;REFB=0;REVB=-0.0771415;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371667;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr16 9030444 . C G 684.29 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0592096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8658;QD=52.638;RBI=0.0792772;REFB=-0.193946;REVB=0.0527172;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209158;STB=0.52173;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00760433;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:52:52:1:2:50:50:0.961538:22:28:0:1:22:28:0:2 chr16 9187256 . C T 286.06 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0480345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1696;QD=20.4331;RBI=0.0540641;REFB=-0.00884403;REVB=-0.0248116;RO=26;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366928;STB=0.52037;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00598868;OID=.;OPOS=9187256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:16:14:11:15:16:14:11:15 chr16 9693953 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.021;QD=50.4135;RBI=0.037684;REFB=0;REVB=0.029455;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177018;OID=.;OPOS=9693953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr16 9693997 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.67;QD=44.6897;RBI=0.0652581;REFB=0;REVB=0.0651177;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671817;OID=.;OPOS=9693997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr16 10524656 . GGAC G 54.02 PASS AF=0.36;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0396823;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=3;MLLD=198.991;QD=8.64368;RBI=0.0413921;REFB=-0.00782641;REVB=0.0117739;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208265;STB=0.610858;STBP=0.44;TYPE=del;VARB=0.0110685;OID=.;OPOS=10524657;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:9:26:9:25:16:3:6:8:8:54:13:3:6:7:6 chr16 10524957 . G T 245.23 PASS AF=0.367089;AO=27;DP=80;FAO=29;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0267427;FXX=0.0124984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.96;QD=12.4166;RBI=0.0274074;REFB=-0.0190137;REVB=0.00599931;RO=37;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124785;STB=0.573863;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0160384;OID=.;OPOS=10524957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:50:27:29:0.367089:12:15:16:21:14:15:20:30 chr16 10525230 . T C 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00398973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.76;QD=14.2704;RBI=0.0113074;REFB=-0.00562231;REVB=0.0105801;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073137;STB=0.532915;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00773645;OID=.;OPOS=10525230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:13:11:17:15:13:11:17:16 chr16 10575824 . C A 218.92 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0163218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3588;QD=23.6666;RBI=0.0475468;REFB=0.00701311;REVB=0.0446575;RO=16;SAF=15;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403507;STB=0.724979;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00279063;OID=.;OPOS=10575824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:6:15:3:13:6:15:3:13 chr16 10631912 . C T 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00901183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.917;QD=8.37024;RBI=0.0256138;REFB=-0.00900976;REVB=-0.0239761;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03129;STB=0.532651;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0275676;OID=.;OPOS=10631912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:27:28:11:11:0.282051:6:5:13:14:6:5:14:14 chr16 10769958 . T C 1120.29 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301862;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.523;QD=60.556;RBI=0.0315257;REFB=0;REVB=0.00909187;RO=0;SAF=53;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97103e-05;OID=.;OPOS=10769958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:21:53:0:0:21:53:0:0 chr16 10775855 . G A 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0175358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.629;QD=27.5906;RBI=0.0567732;REFB=0.0153937;REVB=-0.0539971;RO=5;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523783;STB=0.529366;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0120913;OID=.;OPOS=10775855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:4:9:3:2:4:9:3:2 chr16 10783113 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00539356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.272;QD=20.8978;RBI=0.0124181;REFB=0.0149576;REVB=-0.0111856;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00767905;OID=.;OPOS=10783113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:2:6:3:1:2:6:3:1 chr16 10788406 . G T 102.69 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0296102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.724;QD=17.8588;RBI=0.049819;REFB=-0.0168621;REVB=-0.0400645;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190057;STB=0.608523;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0149395;OID=.;OPOS=10788406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:8:3:6:6:8:3 chr16 10813648 . C T 155.22 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.000543193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.488;QD=12.6708;RBI=0.0221171;REFB=-0.00704779;REVB=-0.0221104;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539783;STB=0.531875;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0148388;OID=.;OPOS=10813648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:16:16:0.326531:8:8:17:14:8:8:17:14 chr16 10862964 . A G 179.38 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0057813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8625;QD=23.1462;RBI=0.0198;REFB=-0.0355523;REVB=0.0189372;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652509;STB=0.523783;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0463647;OID=.;OPOS=10862964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:12:6:5:7:12:6:5:8 chr16 10995390 . G A 177.47 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0299099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.856;QD=21.5112;RBI=0.0520473;REFB=0.00513586;REVB=0.0425948;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28237;STB=0.657731;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00380058;OID=.;OPOS=10995390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:3:12:8:10:3:12 chr16 10995933 . A G 446.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.054;QD=57.6764;RBI=0.0325094;REFB=0;REVB=0.0286739;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141853;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr16 11001743 . G A 219.25 PASS AF=0.477273;AO=19;DP=47;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00874956;FXX=0.0638162;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.8486;QD=19.9316;RBI=0.0309799;REFB=-0.0224351;REVB=0.0297187;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238695;STB=0.61363;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.020872;OID=.;OPOS=11001743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:16:23:19:21:0.477273:9:10:13:3:11:10:16:7 chr16 11002133 . C G 657.57 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00742403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8658;QD=59.779;RBI=0.0117586;REFB=-0.130284;REVB=-0.00911854;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00218622;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:19:24:0:0:19:24:1:0 chr16 11002904 . G A 937.22 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.886;QD=56.8011;RBI=0.0626897;REFB=-0.0812967;REVB=0.0602845;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.509801;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000644246;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:64:65:0.984848:24:40:0:0:25:40:0:1 chr16 11002927 . A G 1218.56 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.516;QD=60.928;RBI=0.0378866;REFB=0;REVB=0.0350714;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05213e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:41:38:0:0:41:39:0:0 chr16 11016045 . C T 253.39 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0113363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.298;QD=12.83;RBI=0.0469449;REFB=-0.0244246;REVB=-0.0455556;RO=49;SAF=18;SAR=12;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00917788;STB=0.50526;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0386214;OID=.;OPOS=11016045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:12:18:29:20:12:18:29:20 chr16 11023208 . T C 377.92 PASS AF=0.558824;AO=36;DP=66;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0300067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.587;QD=22.2305;RBI=0.0365241;REFB=-0.0221106;REVB=-0.0208232;RO=30;SAF=12;SAR=24;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601904;STB=0.527857;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0212989;OID=.;OPOS=11023208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:30:30:36:38:0.558824:24:12:12:18:25:13:12:18 chr16 11097016 . G A 109.15 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00189841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.225;QD=14.0835;RBI=0.0355694;REFB=-0.0107679;REVB=-0.0355187;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660375;STB=0.554372;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0103249;OID=.;OPOS=11097016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:18:13:13:0.419355:6:7:8:9:6:7:8:10 chr16 11367143 . G A 400.9 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.048619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.461;QD=53.4531;RBI=0.0604067;REFB=-0.160545;REVB=0.0358492;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000835514;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:1:0:14:15:1:0 chr16 11367154 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0111832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.682;QD=17.8403;RBI=0.0646733;REFB=-0.00201767;REVB=0.0636991;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12462;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00409576;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:6:8:6:8:6:8 chr16 11387117 . A G 1590.62 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.16;QD=58.912;RBI=0.0246007;REFB=-0.1103;REVB=0.0103308;RO=1;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759448;STB=0.503999;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00026807;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:62:45:0:1:62:45:0:1 chr16 11387164 . T C 768.02 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.771;QD=56.8905;RBI=0.0318025;REFB=0;REVB=0.0252893;RO=0;SAF=9;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101554;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:44:9:0:0:44:10:0:0 chr16 11540712 . T C 669.98 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0993943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.892;QD=62.3241;RBI=0.10017;REFB=0;REVB=0.0124456;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336869;OID=.;OPOS=11540712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:24:17:0:0:24:19:0:0 chr16 11541896 . G A 644.02 PASS AF=1;AO=36;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2422;QD=59.9088;RBI=0.123578;REFB=0;REVB=0.0335844;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129023;OID=.;OPOS=11541896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:36:43:1:24:12:0:0:27:16:0:0 chr16 11542894 . C T 276.85 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00527021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.999;QD=13.5048;RBI=0.0143683;REFB=-0.0221528;REVB=0.0133668;RO=50;SAF=13;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101422;STB=0.557923;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0301361;OID=.;OPOS=11542894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:19:13:25:25:19:13:25:25 chr16 11544509 . C G 227.46 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0039118;FXX=0.0483793;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.153;QD=15.4209;RBI=0.0109496;REFB=0.00245455;REVB=0.010227;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694423;STB=0.503934;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00272114;OID=.;OPOS=11544509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:33:26:26:0.440678:12:14:18:15:12:14:18:15 chr16 11658459 . A AT 318.59 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115402;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=153.786;QD=53.0984;RBI=0.0248109;REFB=0;REVB=0.0219637;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00023194;OID=.;OPOS=11658460;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:24:24:0:11:13:0:0:4:1:10:12:0:1 chr16 11852354 . A C 410.17 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0473017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8398;QD=51.2707;RBI=0.0996252;REFB=0.101507;REVB=-0.0876797;RO=2;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120839;STB=0.506489;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0200169;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:18:12:1:1:18:12:1:1 chr16 11940390 . T C 149.98 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00487154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.682;QD=16.6641;RBI=0.00811039;REFB=-0.0218648;REVB=-0.00648433;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17293;STB=0.583241;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.023664;OID=.;OPOS=11940390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:16:17:0.472222:9:7:5:14:10:7:5:14 chr16 11969724 . G C 885.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5108;QD=58.056;RBI=0.0384895;REFB=0;REVB=0.00627635;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147455;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr16 12021332 . G A 35.0 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00691566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.704;QD=23.3338;RBI=0.00754989;REFB=-0.0912401;REVB=0.00302895;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00264183;OID=.;OPOS=12021332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:3:2:0:0:3:2:1:0 chr16 12027474 . CAT C 286.28 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032124;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.56;QD=52.0504;RBI=0.0419646;REFB=0;REVB=0.0270014;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000710004;OID=.;OPOS=12027475;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:23:22:22:0:7:15:0:0:4:0:6:15:0:0 chr16 12031448 . T C 45.56 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.944;QD=26.0326;RBI=0.0220257;REFB=0.0279748;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115615;OID=.;OPOS=12031448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chr16 12060163 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.001;QD=56.9377;RBI=0.0645209;REFB=0;REVB=0.0424608;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198434;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:32:20:0:0:33:20:0:0 chr16 12162969 . A G 1318.8 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.391;QD=62.0612;RBI=0.0190086;REFB=0;REVB=-0.00166862;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92537e-05;OID=.;OPOS=12162969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:51:33:0:0:52:33:0:0 chr16 12183686 . C T 936.83 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4801;QD=58.5519;RBI=0.0773852;REFB=0;REVB=0.0499819;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644614;OID=.;OPOS=12183686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr16 12666984 . T A 44.01 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0472034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.335;QD=6.52034;RBI=0.0607626;REFB=-0.0048438;REVB=-0.0382613;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025065;STB=0.516083;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0274576;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:9:11:4:3:9:11 chr16 12758966 . T C 197.65 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0436388;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.66;QD=17.9683;RBI=0.0436407;REFB=-0.0075698;REVB=0.000405938;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166352;STB=0.594502;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0085025;OID=.;OPOS=12758966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:15:9:11:9:15:9 chr16 12897578 . G T 3773.94 PASS AF=1;AO=238;DP=243;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120302;FXX=0.00823011;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3468;QD=62.6381;RBI=0.0805797;REFB=-0.0351303;REVB=0.0805707;RO=2;SAF=118;SAR=120;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00787631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318742;OID=.;OPOS=12897578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:243:241:2:0:238:241:1:120:118:0:2:122:119:0:0 chr16 13002359 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.816;QD=63.8716;RBI=0.0129675;REFB=0;REVB=0.011677;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41611e-05;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr16 14041958 . T C 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0576358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.047;QD=18.8285;RBI=0.0608964;REFB=-0.00237236;REVB=-0.0196593;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129545;STB=0.573387;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00228828;OID=.;OPOS=14041958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:9:13:9:11:9:13 chr16 14046149 . AT A,ATT 49.78 PASS AF=0.476923,0.0923077;AO=25,8;DP=68;FAO=31,6;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=19,3;FSAR=12,3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.125015,0.122633;FXX=0.0441112;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.51293,5.4832;QD=3.06362;RBI=0.287612,0.297535;REFB=0.0403471,-0.0553868;REVB=-0.259021,0.271087;RO=22;SAF=18,5;SAR=7,3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.125246,0.0414198;STB=0.537914,0.529314;STBP=0.577,0.893;TYPE=del,ins;VARB=0.0485564,0.228538;OID=.,.;OPOS=14046150,14046150;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.476923,0.0923077:25,8:68:31,6:65:28:19,3:12,3:15:13:50:22:18,5:7,3:13:9 chr16 14988868 . A G 38.55 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0108412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.633;QD=11.015;RBI=0.0132224;REFB=0.0278257;REVB=-0.00756972;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542893;STB=0.832221;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.041542;OID=.;OPOS=14988868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:2:6:1:5:2:6 chr16 14989420 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0611342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.982;QD=13.631;RBI=0.0620391;REFB=0.00608582;REVB=0.0105572;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108737;STB=0.538364;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00413334;OID=.;OPOS=14989420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:5:3:4:4:5:3:4:5 chr16 15083131 . A T 145.11 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.000906476;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.307;QD=10.0077;RBI=0.00911293;REFB=-0.00947327;REVB=0.00906774;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160846;STB=0.594498;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0142379;OID=.;OPOS=15083131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:39:39:19:19:0.327586:10:9:24:15:10:9:24:15 chr16 15083383 . G A 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0140825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.84;QD=25.8146;RBI=0.0379644;REFB=0.00915556;REVB=0.0352559;RO=19;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177188;STB=0.502391;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00582978;OID=.;OPOS=15083383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:15:12:8:11:15:12:9:11 chr16 15116625 . G T 113.75 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0113808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.26;QD=7.98265;RBI=0.0286371;REFB=-0.00973758;REVB=-0.0262785;RO=39;SAF=2;SAR=14;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38739;STB=0.763243;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0334037;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:41:16:16:0.280702:14:2:14:25:14:2:16:25 chr16 15122812 . C G 125.4 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0478687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.678;QD=6.34928;RBI=0.0496046;REFB=-0.00680425;REVB=-0.0130077;RO=59;SAF=9;SAR=10;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620168;STB=0.543579;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0198195;OID=.;OPOS=15122812;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:60:19:19:0.240506:10:9:25:34:10:9:25:35 chr16 15155407 . G A 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0661154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.708;QD=7.3276;RBI=0.0695156;REFB=-0.00123295;REVB=-0.021475;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821548;STB=0.551596;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00389655;OID=.;OPOS=15155407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:12:9:4:4:12:9 chr16 15178499 . G A 386.05 PASS AF=0.414141;AO=40;DP=98;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00724796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.933;QD=15.598;RBI=0.0108898;REFB=-0.0267347;REVB=0.00812746;RO=58;SAF=25;SAR=15;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613402;STB=0.524821;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0325421;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:58:58:40:41:0.414141:15:25:33:25:16:25:33:25 chr16 15221957 . T C 50.69 PASS AF=0.205128;AO=7;DP=38;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00544987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.551;QD=5.19879;RBI=0.0707144;REFB=-0.000529483;REVB=-0.0705041;RO=31;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051521;STB=0.510179;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.000246852;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:39:31:31:7:8:0.205128:4:3:12:19:5:3:12:19 chr16 15675087 . C CA 34.5 PASS AF=0.363636;AO=9;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0693316;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.089;QD=4.1822;RBI=0.185605;REFB=-0.109878;REVB=0.172169;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298292;STB=0.59558;STBP=0.395;TYPE=ins;VARB=0.149008;OID=.;OPOS=15675088;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:9:34:12:33:21:8:4:11:10:34:22:7:2:12:10 chr16 15680642 . C T 199.13 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00639858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4529;QD=12.643;RBI=0.0587953;REFB=0.00828362;REVB=0.058446;RO=37;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924018;STB=0.545418;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00890061;OID=.;OPOS=15680642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:38:24:25:0.396825:15:9:17:20:15:10:18:20 chr16 15689721 . A G 93.23 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0450927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.627;QD=19.6267;RBI=0.0457364;REFB=-0.02362;REVB=-0.0076465;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188135;STB=0.608486;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0215715;OID=.;OPOS=15689721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:4:4:8:3:4:4 chr16 15711335 . G A 209.88 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0170002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2105;QD=11.824;RBI=0.0374563;REFB=0.00470042;REVB=0.0333761;RO=45;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890192;STB=0.551524;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00784584;OID=.;OPOS=15711335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:17:9:19:26:17:9:19:26 chr16 15781054 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.253;QD=57.1772;RBI=0.0458732;REFB=0;REVB=0.0458052;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114707;OID=.;OPOS=15781054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr16 15788086 . T C 300.57 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0189078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.177;QD=21.4695;RBI=0.0448431;REFB=0.00515585;REVB=-0.040662;RO=25;SAF=10;SAR=21;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787713;STB=0.543451;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00689405;OID=.;OPOS=15788086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:21:10:6:19:21:10:6:19 chr16 15793639 . C T 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0481551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6235;QD=18.9387;RBI=0.0490937;REFB=-0.0305475;REVB=0.00955405;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106386;STB=0.559441;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0305834;OID=.;OPOS=15793639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:19:11:14:15:19:11:14:15 chr16 15809117 . C T 161.91 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0262254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9199;QD=28.1591;RBI=0.0619334;REFB=-0.0547447;REVB=-0.0561068;RO=7;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168452;STB=0.59311;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0186096;OID=.;OPOS=15809117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:7:7:16:16:0.695652:9:7:1:6:9:7:1:6 chr16 15811023 . C T 238.14 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0355251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.861;QD=16.1453;RBI=0.035533;REFB=-0.0285832;REVB=-0.000749547;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028402;STB=0.523912;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0392323;OID=.;OPOS=15811023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:14:13:14:17:14:13:14:18 chr16 15811062 . C T 240.13 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.023521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.877;QD=21.3447;RBI=0.0247275;REFB=-0.0222015;REVB=-0.00762973;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121253;STB=0.576857;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.014347;OID=.;OPOS=15811062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:22:22:23:0.511111:11:11:8:14:11:12:8:14 chr16 15818141 . A C 382.21 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00438093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.197;QD=19.855;RBI=0.0320222;REFB=-0.0188742;REVB=-0.0317211;RO=37;SAF=22;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00309378;STB=0.505744;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0172243;OID=.;OPOS=15818141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:38:39:39:0.506494:17:22:21:16:17:22:21:17 chr16 15818653 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0165171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.389;QD=17.9407;RBI=0.02864;REFB=-0.0123698;REVB=-0.0233973;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248086;STB=0.514124;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0148741;OID=.;OPOS=15818653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:11:11:9:10:11:11 chr16 15843899 . G A 228.47 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185317;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.823;QD=48.0989;RBI=0.0160235;REFB=0;REVB=-0.015916;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188734;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:5:13:0:0:5:14:0:0 chr16 15865545 . T C 476.58 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0189885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.474;QD=19.4522;RBI=0.0220539;REFB=-0.00839418;REVB=-0.0112166;RO=50;SAF=31;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118044;STB=0.571924;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0112328;OID=.;OPOS=15865545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:50:51:47:47:0.479592:16:31:27:23:16:31:27:24 chr16 15971028 . C G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00969583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5038;QD=60.6083;RBI=0.0523379;REFB=0;REVB=0.0514319;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499917;OID=.;OPOS=15971028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr16 15973654 . G T 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.000477776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.925;QD=21.971;RBI=0.0550015;REFB=-0.025964;REVB=0.0549994;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246804;STB=0.638163;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0196347;OID=.;OPOS=15973654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:8:12:5:12:8:12:5:12 chr16 16138322 . T C 789.57 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0381096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.088;QD=50.9399;RBI=0.0717338;REFB=-0.000481049;REVB=0.0607733;RO=2;SAF=34;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269414;STB=0.505719;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-5.76897e-05;OID=.;OPOS=16138322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:2:4:58:58:0.935484:24:34:2:0:24:34:2:2 chr16 16139714 . T C 785.53 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1368;QD=64.1246;RBI=0.0717685;REFB=0;REVB=0.0715333;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555794;OID=.;OPOS=16139714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr16 16162019 . T C 1186.7 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1047;QD=60.0862;RBI=0.198629;REFB=0;REVB=0.181152;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246007;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:79:0:0:74:79:1:27:47:0:0:31:48:0:0 chr16 16271357 . T C 1116.0 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.587;QD=60.3242;RBI=0.00997411;REFB=0;REVB=-0.00860579;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.54606e-06;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:40:33:0:0:41:33:0:0 chr16 16272670 . T C 852.58 PASS AF=1;AO=44;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6313;QD=57.802;RBI=0.173044;REFB=0;REVB=0.16232;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134817;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:44:59:1:11:33:0:0:22:37:0:0 chr16 16291983 . A G 634.67 PASS AF=0.4375;AO=70;DP=160;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.000548263;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.626;QD=15.8667;RBI=0.0162144;REFB=-0.0133993;REVB=-0.0162051;RO=86;SAF=23;SAR=47;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109053;STB=0.557332;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0161485;OID=.;OPOS=16291983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:86:90:70:70:0.4375:47:23:37:49:47:23:38:52 chr16 16468294 . C T 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0292455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.278;QD=8.06779;RBI=0.0358697;REFB=-0.00678533;REVB=-0.0207686;RO=33;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285829;STB=0.676179;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0126913;OID=.;OPOS=16468294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:4:8:14:19:4:8:14:19 chr16 17196433 . G C 387.06 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0492897;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7945;QD=53.387;RBI=0.0512066;REFB=0.120244;REVB=-0.0138795;RO=1;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054642;STB=0.52939;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0033705;OID=.;OPOS=17196433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:8:20:0:1:8:20:0:1 chr16 17196622 . T TTC 164.56 PASS AF=0.9375;AO=10;DP=18;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171686;FXX=0.0587889;HRUN=8;LEN=2;MLLD=274.745;QD=41.139;RBI=0.0176212;REFB=-0.0309427;REVB=0.00396828;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784731;STB=0.526281;STBP=0.539;TYPE=ins;VARB=0.00412927;OID=.;OPOS=17196623;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:10:18:15:16:1:9:6:1:0:6:8:6:4:4:4 chr16 17196623 . T TC 42.43 PASS AF=0.411765;AO=4;DP=20;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00799438;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=285.667;QD=9.9836;RBI=0.0421862;REFB=0.000936584;REVB=-0.0414218;RO=16;SAF=2;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707954;STB=0.576693;STBP=0.698;TYPE=ins;VARB=-0.00201912;OID=.;OPOS=17196624;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:4:20:7:17:10:5:2:6:4:42:16:2:2:9:7 chr16 17197796 . T A,TA 41.66 PASS AF=0.09375,0.1875;AO=3,6;DP=33;FAO=3,6;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=0,1;FSAR=3,5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0620556,-0.0188171;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=55.8702,42.802;QD=5.20691;RBI=0.0754207,0.0297788;REFB=0.00342461,-0.00225058;REVB=-0.0428647,-0.0230801;RO=24;SAF=0,1;SAR=3,5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.669239,-0.587093;STB=0.997697,0.890032;STBP=0.015,0.096;TYPE=snp,ins;VARB=-0.189878,0.0377682;OID=.,.;OPOS=17197796,17197797;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:33:32:24:23:3,6:3,6:0.09375,0.1875:3,5:0,1:17:7:3,5:0,1:17:6 chr16 18823379 . T C 991.03 PASS AF=0.878049;AO=72;DP=82;FAO=72;FDP=82;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0222092;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=161.532;QD=48.343;RBI=0.0238278;REFB=-0.0538167;REVB=0.00863217;RO=5;SAF=27;SAR=45;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230221;STB=0.503246;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.000939408;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:82:82:5:10:72:72:0.878049:45:27:1:4:45:27:4:6 chr16 18844389 . C T 250.64 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00893716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.471;QD=14.5301;RBI=0.0196559;REFB=-0.00645262;REVB=-0.0175066;RO=40;SAF=11;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175886;STB=0.59993;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0103807;OID=.;OPOS=18844389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:18:11:22:18:18:11:22:18 chr16 19041595 . G A 620.98 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0119225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.425;QD=55.1982;RBI=0.0242594;REFB=-0.0507984;REVB=0.0211276;RO=3;SAF=16;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080218;STB=0.542836;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.000429171;OID=.;OPOS=19041595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:26:16:3:0:26:16:3:0 chr16 19067933 . G A 902.77 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=67;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00565814;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2752;QD=54.7134;RBI=0.0240631;REFB=0.0150538;REVB=0.0233884;RO=2;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025512;STB=0.513509;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00132776;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:66:2:2:63:64:0.969697:36:27:0:2:36:28:0:2 chr16 19080184 . C T 867.87 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3686;QD=57.8579;RBI=0.0215816;REFB=0;REVB=-0.0141404;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002192;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr16 19080227 . C CTG,G 591.54 PASS AF=0.853659,0.121951;AO=29,5;DP=50;FAO=35,5;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21,1;FSAR=14,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.026827,0.000425762;FXX=0.127632;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=237.596,60.2312;QD=57.7114;RBI=0.0273971,0.01503;REFB=0.030062,0.0184122;REVB=-0.00555997,-0.015024;RO=6;SAF=18,1;SAR=11,4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0942078,-0.158244;STB=0.511621,0.66592;STBP=0.508,0.243;TYPE=ins,snp;VARB=0.00502286,-0.00436402;OID=.,.;OPOS=19080228,19080227;OREF=-,C;OALT=TG,G;OMAPALT=CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:50:41:6:1:29,5:35,5:0.853659,0.121951:11,4:18,1:2:4:14,4:21,1:1:0 chr16 19085298 . C T 1920.61 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00396011;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.135;QD=61.9553;RBI=0.0141143;REFB=0;REVB=-0.0135474;RO=0;SAF=70;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242473;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:54:70:0:0:54:70:0:0 chr16 19089441 . C T 361.17 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00730807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.867;QD=15.2071;RBI=0.00800704;REFB=-0.01544;REVB=-0.00327183;RO=55;SAF=20;SAR=19;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00386319;STB=0.507556;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0231847;OID=.;OPOS=19089441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:56:39:39:0.410526:19:20:28:27:19:20:28:28 chr16 19297219 . T G 280.98 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0350801;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5396;QD=16.528;RBI=0.0413047;REFB=-0.00843008;REVB=-0.0218052;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129467;STB=0.507284;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0135224;OID=.;OPOS=19297219;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:18:13:16:21:18:13:16:21 chr16 19514468 . A G 851.43 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.422;QD=57.7239;RBI=0.0137548;REFB=0;REVB=0.00868208;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63373e-06;OID=.;OPOS=19514468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:37:21:0:0:37:22:0:0 chr16 19547747 . C G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9246;QD=56.1903;RBI=0.0509353;REFB=0;REVB=0.0191083;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012211;OID=.;OPOS=19547747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr16 19548116 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.013;QD=53.2759;RBI=0.0257657;REFB=0;REVB=0.0141887;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142224;OID=.;OPOS=19548116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr16 19548290 . G A 1558.64 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.015522;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.606;QD=58.8164;RBI=0.0252912;REFB=-0.0731428;REVB=0.0199678;RO=1;SAF=58;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811238;STB=0.504273;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=4.29482e-06;OID=.;OPOS=19548290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:1:1:105:105:0.990566:47:58:1:0:47:58:1:0 chr16 19868687 . G C 976.41 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.86;QD=57.4356;RBI=0.0312844;REFB=-0.0276993;REVB=0.0036087;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149975;STB=0.507934;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000389397;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:66:67:0.985294:35:31:1:0:36:31:1:0 chr16 20043330 . T C 640.09 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2674;QD=60.961;RBI=0.0651131;REFB=0;REVB=0.0648193;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147643;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:25:17:0:0 chr16 20334679 . C T 1412.37 PASS AF=0.978947;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00553919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.007;QD=59.4684;RBI=0.0317903;REFB=-0.0488287;REVB=0.031304;RO=1;SAF=41;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011421;STB=0.511361;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00204407;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:95:1:2:91:93:0.978947:50:41:1:0:50:43:2:0 chr16 20370810 . C T 231.84 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=-0.00103107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.416;QD=10.304;RBI=0.00287072;REFB=-0.0113312;REVB=0.00267917;RO=61;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168587;STB=0.597488;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0256684;OID=.;OPOS=20370810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:61:29:29:0.322222:17:12:17:44:17:12:17:44 chr16 20370816 . C T 231.3 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=0.0314746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2578;QD=10.2799;RBI=0.0467529;REFB=-0.0116434;REVB=0.0345714;RO=61;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10753;STB=0.562406;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0256121;OID=.;OPOS=20370816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:61:29:29:0.322222:18:11:18:43:18:11:18:43 chr16 20376755 . T C 419.88 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.0124655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.424;QD=14.6045;RBI=0.0417918;REFB=-0.014166;REVB=0.0398894;RO=64;SAF=21;SAR=27;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653089;STB=0.547467;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00913978;OID=.;OPOS=20376755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:67:48:48:0.417391:27:21:24:40:27:21:24:43 chr16 20441053 . C G 1240.35 PASS AF=0.976744;AO=80;DP=84;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0340733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.403;QD=57.6908;RBI=0.0341216;REFB=-0.171947;REVB=-0.00181481;RO=2;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236586;STB=0.500555;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000935323;OID=.;OPOS=20441053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:86:2:2:80:84:0.976744:39:41:0:2:40:44:1:1 chr16 20441084 . T C 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00623026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.811;QD=59.1728;RBI=0.040576;REFB=-0.0664989;REVB=0.0400948;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011684;STB=0.506171;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000408736;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:36:40:1:0:36:40:1:0 chr16 20471450 . G A 426.81 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.432;QD=56.9082;RBI=0.0174098;REFB=0;REVB=0.0132222;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00113e-05;OID=.;OPOS=20471450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:25:30:1:8:17:0:0:8:22:0:0 chr16 20476852 . T C 889.0 PASS AF=0.915493;AO=56;DP=71;FAO=65;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0185756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.635;QD=50.0846;RBI=0.0210194;REFB=-0.0286847;REVB=0.00983692;RO=6;SAF=29;SAR=27;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881208;STB=0.539462;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00769164;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:71:71:6:6:56:65:0.915493:27:29:6:0:30:35:6:0 chr16 20488696 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.24;QD=42.1824;RBI=0.0200639;REFB=0;REVB=0.0113028;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72183e-05;OID=.;OPOS=20488696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr16 20570661 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.987;QD=35.5759;RBI=0.0232009;REFB=0;REVB=0.0202669;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014739;OID=.;OPOS=20570661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr16 20576048 . C A 481.44 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1839;QD=58.3558;RBI=0.027879;REFB=0;REVB=0.0260783;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11803e-05;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr16 20635418 . C T 169.07 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.057385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9368;QD=10.567;RBI=0.0764527;REFB=-0.0113297;REVB=0.0505172;RO=40;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504962;STB=0.514273;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0283151;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:42:22:22:0.34375:12:10:20:20:12:10:20:22 chr16 20636814 . G A 396.23 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00638213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.379;QD=25.982;RBI=0.0102693;REFB=-0.038921;REVB=0.00804531;RO=23;SAF=22;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187973;STB=0.602686;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.014449;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:16:22:7:16:16:22:7:16 chr16 20638576 . A T 1029.89 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0254;QD=58.8511;RBI=0.0743823;REFB=0;REVB=0.034761;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669248;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:37:31:0:0:37:33:0:0 chr16 20648702 . G A 315.3 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00511776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.123;QD=20.019;RBI=0.0149129;REFB=-0.018274;REVB=0.0140073;RO=30;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242688;STB=0.504422;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0161763;OID=.;OPOS=20648702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:30:32:33:0.52381:19:13:13:17:19:14:13:17 chr16 20748331 . C A 1329.25 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206997;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2624;QD=61.115;RBI=0.0418148;REFB=-0.0808151;REVB=0.0363318;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.507461;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000765884;OID=.;OPOS=20748331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:87:0:1:86:86:0.988506:53:33:0:0:53:33:1:0 chr16 20753123 . T C 1596.53 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.116;QD=63.8612;RBI=0.0283149;REFB=0;REVB=0.0274678;RO=0;SAF=62;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25056e-05;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:38:62:0:0:38:62:0:0 chr16 20793084 . A G 192.39 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.064076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.572;QD=16.0325;RBI=0.065165;REFB=-0.0103024;REVB=0.0118636;RO=28;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468976;STB=0.526999;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00963084;OID=.;OPOS=20793084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:15:5:8:20:15:5:8:20 chr16 20796387 . G A,C 973.81 PASS AF=0.0735294,0.926471;AO=4,64;DP=68;FAO=5,63;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=5,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643923,0.0393851;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.032,59.9965;QD=57.2831;RBI=0.00794725,0.039388;REFB=0,0;REVB=0.0046578,0.000472893;RO=0;SAF=0,36;SAR=4,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.176544,-0.00417796;OID=.,.;OPOS=20796387,20796387;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:68:68:0:0:4,64:5,63:0.0735294,0.926471:4,28:0,36:0:0:5,27:0,36:0:0 chr16 20809283 . C A 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.888;QD=57.1726;RBI=0.0263971;REFB=0;REVB=0.0154449;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136778;OID=.;OPOS=20809283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chr16 20811681 . C T 599.19 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0263546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.686;QD=58.458;RBI=0.104007;REFB=0.0144966;REVB=0.100613;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50847;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.000394848;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:41:0:1:38:40:0.97561:28:10:0:0:29:11:0:1 chr16 20855309 . A G 1263.05 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00843874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1521;QD=58.0712;RBI=0.0233313;REFB=-0.0283018;REVB=0.0217517;RO=2;SAF=36;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320943;STB=0.503355;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00397083;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:2:3:84:84:0.965517:48:36:1:1:48:36:1:2 chr16 20873767 . T G 153.68 PASS AF=0.404762;AO=14;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0073481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.083;QD=14.6358;RBI=0.0360295;REFB=-0.0322579;REVB=0.0352722;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282608;STB=0.624851;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0265608;OID=.;OPOS=20873767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:25:14:17:0.404762:4:10:10:12:6:11:11:14 chr16 20959918 . G A 740.93 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270298;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.476;QD=54.8833;RBI=0.0300962;REFB=0.0440129;REVB=0.0132354;RO=1;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122398;STB=0.506491;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00095138;OID=.;OPOS=20959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:38:15:0:1:38:15:0:1 chr16 20966273 . G A 245.06 PASS AF=0.52;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=-0.0145125;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.94;QD=19.6052;RBI=0.0964362;REFB=-0.0391234;REVB=0.095338;RO=25;SAF=22;SAR=3;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781333;STB=0.527587;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0332563;OID=.;OPOS=20966273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:24:25:26:0.52:3:22:21:4:4:22:21:3 chr16 20966362 . T C 225.17 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0189676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7676;QD=21.445;RBI=0.0595898;REFB=-0.0397227;REVB=0.0564905;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421918;STB=0.545413;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0249336;OID=.;OPOS=20966362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:20:21:22:0.52381:11:10:11:10:12:10:11:9 chr16 20975069 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0101918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.924;QD=15.2625;RBI=0.0101998;REFB=-0.00331391;REVB=0.000403414;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528233;STB=0.803581;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00277247;OID=.;OPOS=20975069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:3:10:3:13:3:10:3:13 chr16 20975303 . A G 196.2 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0095477;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.751;QD=16.6974;RBI=0.0171372;REFB=-0.0159554;REVB=-0.0142312;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103135;STB=0.568896;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0152698;OID=.;OPOS=20975303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:28:27:20:20:0.425532:12:8:14:14:12:8:14:13 chr16 20976360 . T G 168.64 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0156675;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3916;QD=15.3312;RBI=0.0323631;REFB=-0.0022807;REVB=0.0283179;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101062;STB=0.568107;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00443989;OID=.;OPOS=20976360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:9:9:15:10:9:9:16:10 chr16 20981162 . T C 267.32 PASS AF=0.344086;AO=30;DP=92;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0184155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.381;QD=11.4974;RBI=0.019723;REFB=-0.00113021;REVB=-0.00706155;RO=57;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182963;STB=0.619795;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00177165;OID=.;OPOS=20981162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:57:61:30:32:0.344086:13:17:23:34:14:18:23:38 chr16 21008690 . T C 383.0 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00306223;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.418;QD=17.4088;RBI=0.00684186;REFB=-0.00155395;REVB=-0.00611832;RO=47;SAF=22;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791688;STB=0.549975;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00213073;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:40:40:0.454545:18:22:22:25:18:22:22:26 chr16 21190853 . A C 727.6 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.545;QD=63.2696;RBI=0.0563928;REFB=0;REVB=0.0391619;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242211;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:33:12:0:0:34:12:0:0 chr16 21215672 . A G 381.29 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0131531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4089;QD=22.4286;RBI=0.0258495;REFB=-0.00567144;REVB=0.0222529;RO=29;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267796;STB=0.506266;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00326425;OID=.;OPOS=21215672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:30:38:38:0.558824:17:21:17:12:17:21:17:13 chr16 21217061 . G A 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00758002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9137;QD=17.2889;RBI=0.0120534;REFB=-0.00828262;REVB=0.0093716;RO=32;SAF=5;SAR=25;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270504;STB=0.648742;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0057829;OID=.;OPOS=21217061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:25:5:12:20:25:5:12:21 chr16 21222672 . C A 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0135068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.471;QD=8.55718;RBI=0.0151578;REFB=-0.0155828;REVB=-0.00687923;RO=50;SAF=11;SAR=10;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18874;STB=0.611313;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0395541;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:10:11:34:16:10:11:34:16 chr16 21222941 . C A 124.97 PASS AF=0.303571;AO=16;DP=55;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00743325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.928;QD=8.92624;RBI=0.00857899;REFB=-0.00701237;REVB=0.00428321;RO=39;SAF=7;SAR=9;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206981;STB=0.639016;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0153354;OID=.;OPOS=21222941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:39:39:16:17:0.303571:9:7:24:15:10:7:24:15 chr16 21531133 . C G 170.39 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0122037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.8466;QD=20.0457;RBI=0.0282759;REFB=-0.0639208;REVB=0.0255068;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719337;STB=0.555494;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0620314;OID=.;OPOS=21531133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:8:10:7:8:8:10:7:9 chr16 21531154 . G C 234.02 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.012751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.02;QD=24.6336;RBI=0.0266467;REFB=-0.0322826;REVB=0.0233978;RO=15;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243011;STB=0.526292;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0174109;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:22:22:0.578947:11:11:7:8:11:11:7:9 chr16 21531457 . T C 190.51 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0570446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5836;QD=30.4812;RBI=0.0658264;REFB=-0.0153805;REVB=-0.0328486;RO=7;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823445;STB=0.545405;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0193723;OID=.;OPOS=21531457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:10:8:2:5:10:8:2:5 chr16 21531473 . G A 336.7 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0122254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.1667;QD=40.812;RBI=0.0139179;REFB=0.00133211;REVB=0.00665182;RO=6;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106292;STB=0.55752;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.000187447;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:6:6:27:27:0.818182:14:13:1:5:14:13:1:5 chr16 21531494 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.415;QD=59.4356;RBI=0.0395455;REFB=0;REVB=-0.00124035;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105787;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr16 21531609 . C T 279.61 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.436;QD=48.6274;RBI=0.0349276;REFB=-0.0940661;REVB=0.0288577;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00246839;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:0:1:12:10:0:1 chr16 21666714 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.45;QD=64.1535;RBI=0.0243713;REFB=0;REVB=0.0097655;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242551;OID=.;OPOS=21666714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr16 21690225 . C A,T 349.38 PASS AF=0.884615,0.115385;AO=23,3;DP=26;FAO=23,3;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105024,0.00544542;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.357,166.084;QD=53.7509;RBI=0.017515,0.0299239;REFB=0,0;REVB=0.0140169,0.0294242;RO=0;SAF=13,1;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00355138,0.0902575;OID=.,.;OPOS=21690225,21690225;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:26:26:0:0:23,3:23,3:0.884615,0.115385:10,2:13,1:0:0:10,2:13,1:0:0 chr16 21730449 . C T 256.43 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00165644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.501;QD=22.7938;RBI=0.00259084;REFB=-0.0287655;REVB=-0.00199214;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273627;STB=0.656915;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0175786;OID=.;OPOS=21730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:21:23:24:0.533333:13:10:16:5:14:10:16:5 chr16 21742188 . G A 228.3 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00348437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.446;QD=21.7428;RBI=0.0164966;REFB=-0.00129702;REVB=-0.0161244;RO=20;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255943;STB=0.644411;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00136628;OID=.;OPOS=21742188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:16:6:11:9:16:6:11:9 chr16 21747633 . A C 126.52 PASS AF=0.290323;AO=16;DP=60;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00366822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.783;QD=8.16284;RBI=0.00926055;REFB=-0.00543322;REVB=0.00850305;RO=44;SAF=7;SAR=9;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182795;STB=0.641189;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0196412;OID=.;OPOS=21747633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:44:44:16:18:0.290323:9:7:26:18:11:7:26:18 chr16 21747639 . G T 127.79 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0180796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4884;QD=8.24434;RBI=0.0776706;REFB=-0.0199647;REVB=-0.0755371;RO=44;SAF=7;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236062;STB=0.641189;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0242648;OID=.;OPOS=21747639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:11:7:26:18:11:7:26:18 chr16 21747662 . G A 122.14 PASS AF=0.264706;AO=16;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0282166;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.821;QD=7.18444;RBI=0.0292152;REFB=-0.0315584;REVB=-0.00757299;RO=49;SAF=6;SAR=10;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214245;STB=0.610988;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0406928;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:50:16:18:0.264706:10:6:27:22:11:7:27:23 chr16 22092054 . A G 224.52 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00447752;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.361;QD=19.1081;RBI=0.00944726;REFB=-0.0276346;REVB=0.0083188;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13892;STB=0.57911;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0354679;OID=.;OPOS=22092054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:25:22:22:0.468085:16:6:10:15:16:6:10:15 chr16 22144318 . C T 482.19 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.198509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1744;QD=55.1073;RBI=0.207566;REFB=0;REVB=0.060645;RO=3;SAF=12;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0151913;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:3:0:32:35:1:20:12:3:0:20:15:0:0 chr16 22178256 . G A 764.86 PASS AF=0.935484;AO=54;DP=60;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00758645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3986;QD=49.346;RBI=0.0373865;REFB=-0.154703;REVB=0.0366087;RO=4;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987913;STB=0.547602;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00451743;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:60:62:4:4:54:58:0.935484:17:37:0:4:19:39:0:4 chr16 22192896 . G A 210.13 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00630212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.23;QD=15.5652;RBI=0.00682734;REFB=-0.0121937;REVB=-0.00262598;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220895;STB=0.624896;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0127588;OID=.;OPOS=22192896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:30:24:24:0.444444:15:9:17:11:15:9:18:12 chr16 22207121 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00573512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.318;QD=13.4556;RBI=0.0247447;REFB=0.00227295;REVB=0.0240709;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105065;STB=0.561929;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.000430327;OID=.;OPOS=22207121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:7:8:7:4:7:8 chr16 22237118 . A G 336.59 PASS AF=0.618182;AO=33;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0103516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5923;QD=24.4793;RBI=0.0443897;REFB=-0.0211066;REVB=0.0431659;RO=20;SAF=16;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447923;STB=0.520331;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0167295;OID=.;OPOS=22237118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:21:33:34:0.618182:17:16:11:9:18:16:11:10 chr16 22237273 . C G 275.75 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0117911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.088;QD=25.6507;RBI=0.0134179;REFB=-0.0215415;REVB=0.00640407;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154372;STB=0.5853;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.01502;OID=.;OPOS=22237273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:12:13:13:5:12:13:13:5 chr16 22262514 . C A 537.72 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.444;QD=59.7468;RBI=0.0725103;REFB=0;REVB=-0.0169585;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324817;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr16 22269867 . A G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0414551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.75;QD=60.1581;RBI=0.042278;REFB=-0.0477122;REVB=0.00830092;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000499765;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:23:20:0:1:23:21:0:1 chr16 22357850 . C CAG 688.32 PASS AF=1;AO=46;DP=59;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108186;FXX=0.157867;HRUN=0;LEN=2;MLLD=205.601;QD=57.3598;RBI=0.0179965;REFB=0;REVB=0.0143816;RO=7;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741703;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.25066e-06;OID=.;OPOS=22357851;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:59:48:48:0:22:26:0:0:4:7:20:26:1:6 chr16 22563785 . G A 124.4 PASS AF=0.307692;AO=14;DP=50;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00869153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2267;QD=9.56911;RBI=0.052061;REFB=-0.0263595;REVB=0.0513303;RO=36;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264933;STB=0.687252;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0484688;OID=.;OPOS=22563785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:36:36:14:16:0.307692:4:10:18:18:4:12:18:18 chr16 22563820 . C A 41.35 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0368767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0407;QD=3.93842;RBI=0.0399314;REFB=-0.00605957;REVB=-0.0153176;RO=34;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232045;STB=0.673247;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0617528;OID=.;OPOS=22563820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:34:35:7:7:0.166667:2:5:18:16:2:5:18:17 chr16 23078857 . C T 285.11 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00246618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9359;QD=15.4112;RBI=0.0103643;REFB=-0.0218528;REVB=-0.0100666;RO=42;SAF=22;SAR=10;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310665;STB=0.675657;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0189125;OID=.;OPOS=23078857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:10:22:16:26:10:22:16:26 chr16 23360199 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0886742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.738;QD=49.5963;RBI=0.089266;REFB=0;REVB=-0.0102617;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201036;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:13:4:0:0:14:4:0:0 chr16 23489711 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.12;QD=51.1839;RBI=0.0404866;REFB=0;REVB=-0.0311308;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.76729e-05;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr16 23490353 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.228;QD=42.1826;RBI=0.0203243;REFB=0;REVB=-0.0111315;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41516e-05;OID=.;OPOS=23490353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr16 23536684 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.727;QD=61.3364;RBI=0.0504985;REFB=0;REVB=0.0470872;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197838;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr16 23546561 . G C 409.51 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3433;QD=56.4842;RBI=0.0413162;REFB=0;REVB=0.0191336;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000961234;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr16 23563501 . C T 2621.45 PASS AF=0.977273;AO=171;DP=177;FAO=172;FDP=176;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=135;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0362419;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.454;QD=59.5785;RBI=0.0425132;REFB=-0.0883566;REVB=0.0222238;RO=2;SAF=37;SAR=134;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250268;STB=0.517636;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00103354;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:177:176:2:4:171:172:0.977273:134:37:2:0:135:37:3:1 chr16 23582236 . T C 275.57 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00636275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.65;QD=25.634;RBI=0.00656722;REFB=0.012027;REVB=-0.001626;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121739;STB=0.577717;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00944305;OID=.;OPOS=23582236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:13:12:11:6:13:12:12:6 chr16 23585061 . T C 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0811417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7248;QD=60.223;RBI=0.0909872;REFB=0;REVB=0.0411665;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385435;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:31:6:0:0:31:6:0:0 chr16 23677006 . A G 243.22 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0036845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.044;QD=14.9676;RBI=0.00919599;REFB=-0.00922622;REVB=-0.0084256;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960648;STB=0.554516;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0107702;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:17:11:18:19:17:11:18:19 chr16 23701458 . G A 38.55 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0472498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3895;QD=11.0142;RBI=0.064418;REFB=-0.00923102;REVB=0.0437851;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12327;STB=0.576643;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0161264;OID=.;OPOS=23701458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:2:6:5:1:2:6 chr16 23701538 . A G 67.4 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0148015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4808;QD=13.4794;RBI=0.0173714;REFB=-0.0145548;REVB=0.00909288;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22915;STB=0.59976;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0183845;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:11:9:9:0.45:7:2:4:5:7:2:4:7 chr16 23711925 . C G 226.92 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0164536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.722;QD=15.6494;RBI=0.0278328;REFB=-0.00585412;REVB=-0.0224486;RO=32;SAF=6;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326615;STB=0.686413;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0119025;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:20:6:17:15:20:6:17:15 chr16 24104188 . C T 1076.01 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.015;QD=57.3869;RBI=0.0304241;REFB=-0.0763609;REVB=0.0205379;RO=1;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116794;STB=0.507461;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00195544;OID=.;OPOS=24104188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:40:33:0:1:41:33:1:0 chr16 24166130 . T C,G 758.19 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=52,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00286191,-0.0116009;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.577,128.396;QD=56.1619;RBI=0.0270226,0.035226;REFB=0,0;REVB=0.0268706,0.0332609;RO=0;SAF=23,1;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.84538e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000554402,0.0557676;OID=.,.;OPOS=24166130,24166130;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:54:0:0:52,2:52,2:0.962963,0.037037:29,1:23,1:0:0:29,1:23,1:0:0 chr16 24202458 . C T 199.84 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0391185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3483;QD=13.5482;RBI=0.0397151;REFB=-0.00852088;REVB=-0.00685761;RO=35;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874669;STB=0.550029;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0103735;OID=.;OPOS=24202458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:13:11:19:16:13:11:19:16 chr16 24581031 . G A 122.35 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.000630474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.176;QD=15.7864;RBI=0.00146873;REFB=-0.0346452;REVB=-0.00132653;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837908;STB=0.548319;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0336727;OID=.;OPOS=24581031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:10:7:7:7:10:7 chr16 24834233 . C T 147.7 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0370932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.054;QD=18.4627;RBI=0.0377205;REFB=0.00798153;REVB=0.00685084;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113657;STB=0.564438;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0130346;OID=.;OPOS=24834233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:5:11:9:7:5:11 chr16 24902194 . T C 1725.5 PASS AF=0.97479;AO=114;DP=121;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0225017;FXX=0.0165276;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.754;QD=57.9998;RBI=0.0305186;REFB=-0.141779;REVB=0.0206169;RO=0;SAF=71;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43709e-08;STB=0.507373;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000834393;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:119:0:3:114:116:0.97479:43:71:0:0:45:71:1:2 chr16 24942275 . C T 36.02 PASS AF=0.363636;AO=3;DP=11;FAO=4;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0231755;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.54;QD=13.0967;RBI=0.0640321;REFB=-0.0359722;REVB=0.0596909;RO=4;SAF=0;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.729277;STB=0.704804;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0522161;OID=.;OPOS=24942275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:11:11:4:5:3:4:0.363636:3:0:3:1:3:1:3:2 chr16 24946807 . C T 46.6 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.130083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1338;QD=10.3549;RBI=0.13058;REFB=-0.0173319;REVB=-0.0113729;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341391;STB=0.749166;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0405824;OID=.;OPOS=24946807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:1:6:6:4:1:6:6:5 chr16 25043277 . G A 88.12 PASS AF=0.55;AO=9;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00184302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7902;QD=17.6233;RBI=0.0327226;REFB=0.0139094;REVB=0.0326706;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371297;STB=0.514825;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00394531;OID=.;OPOS=25043277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:8:9:9:11:0.55:6:3:3:5:7:4:3:6 chr16 25137289 . G C 239.7 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.139;QD=50.4626;RBI=0.0424778;REFB=0;REVB=0.0166399;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347705;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr16 25137385 . G A 234.21 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0102658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.662;QD=13.0117;RBI=0.0132871;REFB=-0.00445237;REVB=0.00843567;RO=44;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971358;STB=0.555516;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00849698;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:14:14:18:26:14:14:18:26 chr16 25137449 . A T 385.01 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.000895621;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.742;QD=20.0005;RBI=0.023988;REFB=-0.0240812;REVB=-0.0239713;RO=36;SAF=17;SAR=22;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00751963;STB=0.505744;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0240468;OID=.;OPOS=25137449;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:36:38:39:39:0.506494:22:17:16:20:22:17:17:21 chr16 25239805 . G C 291.02 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0210859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6304;QD=26.4561;RBI=0.0855911;REFB=0.00600819;REVB=0.0829531;RO=18;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410526;STB=0.52271;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00271172;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:13:13:8:10:13:13:8:10 chr16 25255242 . T A 266.31 PASS AF=0.3875;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00574387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.652;QD=13.3156;RBI=0.023559;REFB=-0.00637808;REVB=0.022848;RO=48;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943354;STB=0.535951;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0131533;OID=.;OPOS=25255242;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:48:49:30:31:0.3875:17:13:25:23:17:14:25:24 chr16 25268368 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0183716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.929;QD=15.2589;RBI=0.0219648;REFB=-0.00894844;REVB=-0.0120389;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329175;STB=0.6871;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00681727;OID=.;OPOS=25268368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:0:6:5:2:0:6 chr16 27226106 . G A 163.71 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0280729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.912;QD=20.4632;RBI=0.0283176;REFB=-0.0153186;REVB=0.00371457;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522387;STB=0.560369;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0119325;OID=.;OPOS=27226106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:15:17:17:0.53125:8:9:6:7:8:9:6:9 chr16 27246617 . T C 407.72 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00871005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.624;QD=50.9648;RBI=0.0112654;REFB=-0.0877636;REVB=0.00714456;RO=2;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423593;STB=0.522712;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00727459;OID=.;OPOS=27246617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:21:9:0:2:21:9:0:2 chr16 27373872 . A C 43.06 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.063;QD=28.7058;RBI=0.0585945;REFB=0;REVB=0.0585413;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120489;OID=.;OPOS=27373872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:5:6:1:3:2:0:0:4:2:0:0 chr16 27373915 . G T 101.87 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.065;QD=40.7478;RBI=0.0707096;REFB=0;REVB=0.0700217;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167075;OID=.;OPOS=27373915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr16 27373964 . T C 289.14 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.453;QD=52.5708;RBI=0.00788934;REFB=0;REVB=0.00621982;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127883;OID=.;OPOS=27373964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr16 27373972 . T C 306.15 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000221854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6172;QD=53.244;RBI=0.020661;REFB=0;REVB=-0.0206598;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00059795;OID=.;OPOS=27373972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr16 27374400 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.49;QD=64.4154;RBI=0.0332445;REFB=0;REVB=0.0268475;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37629e-06;OID=.;OPOS=27374400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr16 27772901 . G A 348.32 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0299859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.917;QD=44.9449;RBI=0.0349882;REFB=-0.10044;REVB=0.0180283;RO=3;SAF=16;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795453;STB=0.555516;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00170429;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:31:31:3:4:27:27:0.870968:11:16:3:0:11:16:4:0 chr16 27974487 . T C 168.59 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00283378;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6775;QD=15.3261;RBI=0.010684;REFB=-0.0211725;REVB=-0.0103013;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571009;STB=0.532958;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0138922;OID=.;OPOS=27974487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:13:13:10:8:13:13 chr16 28112911 . G T 325.46 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00740511;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3438;QD=24.5634;RBI=0.0291198;REFB=-0.0524042;REVB=0.0281625;RO=20;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131908;STB=0.502957;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0265869;OID=.;OPOS=28112911;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:20:21:32:32:0.603774:17:15:9:11:17:15:10:11 chr16 28119001 . G A 377.63 PASS AF=0.596774;AO=35;DP=61;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00330514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.686;QD=24.3634;RBI=0.0112739;REFB=-0.040021;REVB=0.0107785;RO=23;SAF=15;SAR=20;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276057;STB=0.503104;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0182355;OID=.;OPOS=28119001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:23:25:35:37:0.596774:20:15:9:14:21:16:11:14 chr16 28123226 . G A 434.14 PASS AF=0.420168;AO=49;DP=118;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.00653753;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7765;QD=14.5929;RBI=0.0227245;REFB=-0.0147778;REVB=-0.0217638;RO=69;SAF=28;SAR=21;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156314;STB=0.58057;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0233359;OID=.;OPOS=28123226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:69:69:49:50:0.420168:21:28:29:40:22:28:29:40 chr16 28354077 . G A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0505098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3155;QD=21.7447;RBI=0.0863705;REFB=-0.0200196;REVB=0.0700616;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341015;STB=0.699233;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.011679;OID=.;OPOS=28354077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:19:19:0.542857:11:8:13:2:11:8:14:2 chr16 28508447 . A G 491.58 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.68;QD=57.8323;RBI=0.0520345;REFB=0;REVB=0.0494681;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598638;OID=.;OPOS=28508447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:13:19:0:0:15:19:0:0 chr16 28508716 . T C 191.11 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.844;QD=47.7768;RBI=0.0322208;REFB=0;REVB=0.0279201;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152265;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr16 28602991 . A G 185.74 PASS AF=0.487179;AO=20;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0360407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.722;QD=19.0506;RBI=0.0452831;REFB=-0.021373;REVB=-0.0274158;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173701;STB=0.510193;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0307774;OID=.;OPOS=28602991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:20:19:0.487179:13:7:7:12:12:7:7:13 chr16 28603393 . T C 262.96 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000216958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7486;QD=47.8115;RBI=0.0301576;REFB=0.0406453;REVB=-0.0301568;RO=1;SAF=6;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708105;STB=0.538424;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0076646;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:15:6:1:0:15:6:1:0 chr16 28617485 . C T 815.07 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00147532;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.457;QD=54.3379;RBI=0.0289726;REFB=-0.041689;REVB=-0.028935;RO=2;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000560599;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000504282;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:2:1:57:59:0.983333:28:29:1:1:29:30:0:1 chr16 28617507 . C T 79.92 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0158283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.51;QD=4.2061;RBI=0.0666392;REFB=-0.011977;REVB=-0.0647321;RO=62;SAF=8;SAR=6;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149105;STB=0.596878;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0497202;OID=.;OPOS=28617507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:76:62:62:14:14:0.184211:6:8:28:34:6:8:28:34 chr16 28617552 . C G 139.83 PASS AF=0.230769;AO=21;DP=90;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0160635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.671;QD=6.14648;RBI=0.018754;REFB=-0.00317129;REVB=-0.0096787;RO=66;SAF=10;SAR=11;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647526;STB=0.5479;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00996457;OID=.;OPOS=28617552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:66:70:21:21:0.230769:11:10:28:38:11:10:29:41 chr16 28619911 . T C 126.92 PASS AF=0.204082;AO=20;DP=99;FAO=20;FDP=98;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.00816248;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.628;QD=5.18026;RBI=0.0199894;REFB=-0.00518502;REVB=-0.0182469;RO=78;SAF=9;SAR=11;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631107;STB=0.539837;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0177517;OID=.;OPOS=28619911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:78:78:20:20:0.204082:11:9:39:39:11:9:39:39 chr16 28619920 . A G 150.02 PASS AF=0.234043;AO=22;DP=96;FAO=22;FDP=94;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0326465;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.798;QD=6.38377;RBI=0.0354959;REFB=-0.00647384;REVB=0.0139344;RO=74;SAF=9;SAR=13;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470033;STB=0.538426;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0225635;OID=.;OPOS=28619920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:74:72:22:22:0.234043:13:9:33:41:13:9:33:39 chr16 28620120 . C T 135.39 PASS AF=0.184615;AO=24;DP=130;FAO=24;FDP=130;FR=.;FRO=106;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=0.00112088;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0543;QD=4.16579;RBI=0.0411874;REFB=-0.00649806;REVB=-0.0411722;RO=105;SAF=12;SAR=12;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303317;STB=0.515372;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0159096;OID=.;OPOS=28620120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:105:106:24:24:0.184615:12:12:50:55:12:12:51:55 chr16 28621311 . T C 1099.34 PASS AF=0.681481;AO=90;DP=134;FAO=92;FDP=135;FR=.;FRO=43;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0233779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.832;QD=32.573;RBI=0.0360386;REFB=-0.0368665;REVB=0.0274273;RO=42;SAF=35;SAR=55;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679669;STB=0.528227;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00934673;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:42:43:90:92:0.681481:55:35:21:21:55:37:21:22 chr16 28649787 . G A 54.87 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00775045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.533;QD=24.3863;RBI=0.0276083;REFB=-0.043925;REVB=-0.0264981;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28674;STB=0.666171;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0107558;OID=.;OPOS=28649787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:5:2:2:0:5:2:2:0 chr16 28842311 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.008;QD=54.5177;RBI=0.0395594;REFB=0;REVB=0.0378889;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94256e-05;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr16 28909622 . G A 316.45 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00920643;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.24;QD=31.6448;RBI=0.00928729;REFB=-0.0272538;REVB=-0.00122283;RO=13;SAF=11;SAR=16;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111215;STB=0.560741;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00862478;OID=.;OPOS=28909622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:16:11:3:10:16:11:3:10 chr16 28915527 . G A 804.34 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346446;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.824;QD=57.4529;RBI=0.0413476;REFB=0;REVB=0.0225694;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257679;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:27:29:0:0 chr16 28944396 . C G 123.99 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00485514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2868;QD=17.1015;RBI=0.024021;REFB=-0.062807;REVB=0.0235253;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623504;STB=0.551651;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0385291;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:7:7:8:6:7:7:9:6 chr16 28970096 . G C,GC 44.9 PASS AF=0,0.307692;AO=2,7;DP=26;FAO=0,8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0319589,-0.101172;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.96,17.3129;QD=6.90711;RBI=0.0332203,0.101891;REFB=-0.000475696,-0.0763043;REVB=-0.00906744,-0.0120833;RO=17;SAF=1,1;SAR=1,6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0882671,-0.381716;STB=0.5,0.786654;STBP=1,0.092;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.100804;OID=.,.;OPOS=28970096,28970097;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:26:26:17:18:2,7:0,8:0,0.307692:1,6:1,1:7:10:0,7:0,1:8:10 chr16 28995757 . C A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0685958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1714;QD=11.44;RBI=0.0974787;REFB=-0.0373222;REVB=-0.0692583;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244457;STB=0.64259;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0481961;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:2:12:6:3:2:12 chr16 29057392 . A G 530.27 PASS AF=0.543478;AO=49;DP=91;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.024299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.157;QD=23.0553;RBI=0.0256477;REFB=-0.00388028;REVB=0.00820742;RO=42;SAF=30;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116527;STB=0.567383;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00359225;OID=.;OPOS=29057392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:42:42:49:50:0.543478:19:30:20:22:19:31:20:22 chr16 29124409 . C A 282.24 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0304226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7609;QD=22.5791;RBI=0.0407565;REFB=-0.0214693;REVB=-0.0271211;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14349;STB=0.57994;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0188137;OID=.;OPOS=29124409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:13:13:8:16:13:13:8:16 chr16 29124420 . AT AC,GC 691.62 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=46,2;DP=51;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173137,0.0251811;FXX=0.039208;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=94.5617,35.3745;QD=56.4589;RBI=0.0256899,0.0354955;REFB=0,0;REVB=0.018979,0.0250169;RO=0;SAF=17,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00603975,-0.0435312;OID=.,.;OPOS=29124421,29124420;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:51:49:0:0:46,2:47,2:0.959184,0.0408163:29,2:17,0:0:0:29,2:18,0:0:0 chr16 29580611 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0068;QD=51.916;RBI=0.0692128;REFB=0;REVB=0.0289943;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000852328;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr16 29679989 . A G 247.17 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.58;QD=49.4329;RBI=0.0528939;REFB=0;REVB=0.0420006;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117989;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:5:14:0:0:6:14:0:0 chr16 29680256 . T G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.043655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.49;QD=34.6648;RBI=0.0437837;REFB=0.103539;REVB=-0.00335458;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596689;STB=0.533268;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00406859;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:7:3:0:1:7:3:0:1 chr16 29680389 . A C 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00292654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.412;QD=22.7947;RBI=0.00323156;REFB=-0.0268117;REVB=0.00137053;RO=21;SAF=20;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340034;STB=0.692885;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.020252;OID=.;OPOS=29680389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:4:20:11:10:4:20:11:10 chr16 29708350 . A G 612.72 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2446;QD=61.2721;RBI=0.104274;REFB=0;REVB=-0.0967667;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000995983;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr16 29790864 . G A 254.76 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0135605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3875;QD=17.8781;RBI=0.0844914;REFB=-0.00135647;REVB=0.0833961;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168275;STB=0.509427;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00336229;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:15:14:13:15:15:14 chr16 29791561 . T G 1227.32 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2026;QD=61.3662;RBI=0.018211;REFB=0;REVB=0.0142456;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45583e-05;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:48:32:0:0:48:32:0:0 chr16 29814234 . G A 258.76 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.00609931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.312;QD=16.4294;RBI=0.0201567;REFB=-0.0353758;REVB=-0.0192117;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102002;STB=0.568138;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0432056;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:32:34:29:29:0.460317:19:10:8:24:19:10:8:26 chr16 29821744 . G A 757.57 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.255;QD=63.131;RBI=0.0207228;REFB=0;REVB=0.0172313;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184413;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88314e-05;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:47:48:1:25:22:0:1:26:22:0:0 chr16 29825126 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7112;QD=63.286;RBI=0.0221825;REFB=0;REVB=0.0172816;RO=0;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219763;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:37:9:0:0:37:9:0:0 chr16 29825908 . TCCCCCT TCCCC,TCCCCT 58.18 PASS AF=0.0294118,0.558824;AO=7,11;DP=36;FAO=1,19;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=1,14;FSAR=0,5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0414241,0.0313342;FXX=0.0285633;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=146.016,8.50969;QD=6.84466;RBI=0.0414295,0.0485339;REFB=0.0200654,-0.183151;REVB=0.00066967,-0.0370635;RO=13;SAF=6,7;SAR=1,4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.407407,0.407407;SSSB=0.622945,0.363201;STB=0.994692,0.724679;STBP=0.127,0.01;TYPE=del,del;VARB=0.113387,0.190817;OID=.,.;OPOS=29825913,29825909;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCCCC,TCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0294118,0.558824:7,11:36:1,19:34:14:1,14:0,5:3:11:48:13:6,7:1,4:3:10 chr16 29826538 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00827542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.596;QD=26.0263;RBI=0.0156539;REFB=-0.136203;REVB=-0.0132876;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00676737;OID=.;OPOS=29826538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chr16 29851738 . C T 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0262958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.923;QD=22.5844;RBI=0.0282404;REFB=-0.024513;REVB=-0.0102982;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461225;STB=0.526267;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0267299;OID=.;OPOS=29851738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:2:4:8:3:2:4 chr16 29882490 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9434;QD=57.1994;RBI=0.0413621;REFB=0;REVB=0.0116982;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369933;OID=.;OPOS=29882490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr16 29899123 . G T 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7557;QD=63.5705;RBI=0.0947855;REFB=0;REVB=0.0548992;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190592;OID=.;OPOS=29899123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:36:11:0:0:36:11:0:0 chr16 29908433 . C G 563.44 PASS AF=0.974359;AO=39;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.100183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7873;QD=57.7886;RBI=0.10057;REFB=-0.00354083;REVB=0.00881286;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0007031;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:39:38:0.974359:27:12:0:0:26:12:0:1 chr16 29918034 . T C 276.6 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887152;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.465;QD=52.6861;RBI=0.136069;REFB=0;REVB=0.135779;RO=0;SAF=20;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139617;OID=.;OPOS=29918034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:1:20:0:0:1:20:0:0 chr16 29994922 . C T 314.14 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.556;QD=50.262;RBI=0.0257128;REFB=-0.14816;REVB=0.0165049;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513502;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00169587;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:25:25:0:1:24:24:0.96:18:6:0:0:18:6:0:1 chr16 29998200 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.382;QD=57.2365;RBI=0.0139685;REFB=0;REVB=0.000856606;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54661e-05;OID=.;OPOS=29998200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:37:19:0:0:37:19:0:0 chr16 30012275 . GCCCCCT GCCCCT,GCCCCTC,GCCCCTG,GCGCCCT 107.75 PASS AF=0.485714,0,0.0285714,0;AO=11,3,2,2;DP=36;FAO=17,0,1,0;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8,0,0,0;FSAR=9,0,1,0;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.18425,-0.169088,-0.0569508,-0.0756698;FXX=0.0277701;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,2,2,1;MLLD=13.4715,17.0155,77.8818,128.098;QD=12.3141;RBI=0.188443,0.170171,0.0692611,0.0792295;REFB=-0.0883847,-0.054336,0.017853,0.000563972;REVB=-0.039535,-0.0191724,-0.0394171,-0.0234818;RO=14;SAF=4,3,0,2;SAR=7,0,2,0;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.326299,0.563498,-0.644719,0.475704;STB=0.616307,0.5,0.993395,0.5;STBP=0.191,1,0.215,1;TYPE=del,mnp,mnp,snp;VARB=0.0440882,0.0614651,0.0894642,0;OID=.,.,.,.;OPOS=30012276,30012280,30012280,30012277;OREF=C,CT,CT,C;OALT=-,TC,TG,G;OMAPALT=GCCCCT,GCCCCTC,GCCCCTG,GCGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714,0,0.0285714,0:11,3,2,2:36:17,0,1,0:35:17:8,0,0,0:9,0,1,0:12:5:97:14:4,3,0,2:7,0,2,0:10:4 chr16 30018500 . C T 313.23 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0377988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4309;QD=50.1169;RBI=0.0392654;REFB=-0.100551;REVB=0.0106314;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487199;STB=0.526294;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00753222;OID=.;OPOS=30018500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:9:15:0:1:9:15:0:1 chr16 30021397 . GC CG,G 33.92 PASS AF=0,0.214286;AO=3,9;DP=42;FAO=0,9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0168536,-0.0356928;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=37.4898,15.0271;QD=3.2305;RBI=0.0334737,0.0417597;REFB=-0.0341305,-0.0960639;REVB=-0.0289213,-0.021677;RO=30;SAF=3,8;SAR=0,1;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.532926,0.501814;STB=0.5,0.815497;STBP=1,0.064;TYPE=mnp,del;VARB=0.210259,0.1359;OID=.,.;OPOS=30021397,30021398;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:42:42:30:33:3,9:0,9:0,0.214286:0,1:3,8:16:14:0,1:0,8:19:14 chr16 30021402 . C T 602.62 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000122077;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.577;QD=54.7832;RBI=0.0341523;REFB=-0.0361788;REVB=0.0341521;RO=3;SAF=27;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454086;STB=0.52426;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000767565;OID=.;OPOS=30021402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:14:27:1:2:14:27:1:2 chr16 30035207 . G A 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0379539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.01;QD=14.7014;RBI=0.0433849;REFB=0.00265435;REVB=0.0210178;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45316;STB=0.763205;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0037338;OID=.;OPOS=30035207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:9:3:11:4:9:3:11:4 chr16 30037128 . A C 285.19 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.444;QD=51.8528;RBI=0.0850983;REFB=0;REVB=-0.00697204;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00463018;OID=.;OPOS=30037128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:17:22:1:9:8:0:0:10:12:0:0 chr16 30097849 . TG GT,T 159.45 PASS AF=0,0.603774;AO=2,27;DP=54;FAO=0,32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=0,4;FSAR=0,28;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0120213,0.109066;FXX=0.0185151;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=124.856,10.6925;QD=12.0337;RBI=0.0674055,0.176012;REFB=0.000478496,-0.0910121;REVB=-0.0663249,-0.138148;RO=18;SAF=0,3;SAR=2,24;SRF=15;SRR=3;SSEN=0,0.416667;SSEP=0,0;SSSB=-0.705868,-0.611135;STB=0.5,0.809026;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0719022;OID=.,.;OPOS=30097849,30097850;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:53:18:21:2,27:0,32:0,0.603774:2,24:0,3:15:3:0,28:0,4:16:5 chr16 30119525 . C A 752.46 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000405047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.012;QD=56.7891;RBI=0.00583856;REFB=0;REVB=0.00582449;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63637e-06;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:25:28:0:0 chr16 30198151 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.292;QD=33.4285;RBI=0.0242814;REFB=0;REVB=-0.0055021;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197189;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr16 30393660 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.447;QD=60.9786;RBI=0.0279659;REFB=0;REVB=-0.00431278;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04988e-05;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr16 30408765 . C T 563.66 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2873;QD=57.811;RBI=0.0374187;REFB=-0.0999328;REVB=-0.01816;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00295179;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:1:0:16:22:1:0 chr16 30518041 . G C 201.81 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0454348;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.725;QD=16.1452;RBI=0.0456164;REFB=0.0020125;REVB=-0.00406665;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673758;STB=0.538426;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00317251;OID=.;OPOS=30518041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:28:22:22:0.44:8:14:16:12:8:14:16:12 chr16 30536672 . A G 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0107338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.235;QD=16.8973;RBI=0.0172202;REFB=-0.0292596;REVB=-0.0134655;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575228;STB=0.533268;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0393497;OID=.;OPOS=30536672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:3:6:6:4:3:6 chr16 30666367 . C T 123.95 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0154604;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.449;QD=15.9934;RBI=0.0299098;REFB=-0.0244592;REVB=0.0256041;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278988;STB=0.516106;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0334494;OID=.;OPOS=30666367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:9:8:7:7:9:8 chr16 30724070 . G T 885.04 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2923;QD=58.0356;RBI=0.0192356;REFB=0;REVB=-0.0151109;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016431;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr16 30734962 . C CA 298.15 PASS AF=1;AO=4;DP=34;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403848;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=214.614;QD=47.7039;RBI=0.0726859;REFB=0;REVB=-0.0604343;RO=30;SAF=3;SAR=1;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347118;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000135866;OID=.;OPOS=30734963;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:34:25:25:0:12:13:0:0:4:30:3:1:13:17 chr16 30734963 . C A 403.26 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0476222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.825;QD=48.88;RBI=0.0509965;REFB=-0.121825;REVB=0.0182417;RO=3;SAF=12;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103179;STB=0.555518;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0013254;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:33:3:3:30:30:0.909091:18:12:3:0:18:12:3:0 chr16 30762640 . C T 483.22 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0404597;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.573;QD=53.6913;RBI=0.0420851;REFB=-0.139856;REVB=0.0115831;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301451;STB=0.531232;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00108686;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:36:36:1:2:34:34:0.944444:19:15:1:0:19:15:2:0 chr16 30772004 . GAAAA GAA,GAAAG 92.25 PASS AF=0.47619,0.0952381;AO=8,2;DP=21;FAO=10,2;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4,0;FSAR=6,2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.022421,-0.0308707;FXX=0.0454339;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=26.5057,226.027;QD=17.5723;RBI=0.0803251,0.0347136;REFB=-0.0633944,-0.0202239;REVB=-0.0771325,-0.0158757;RO=7;SAF=3,0;SAR=5,2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0446316,-0.577625;STB=0.521695,0.993678;STBP=0.923,0.232;TYPE=del,snp;VARB=0.0321075,0.00874632;OID=.,.;OPOS=30772005,30772008;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619,0.0952381:8,2:21:10,2:21:9:4,0:6,2:4:5:69:7:3,0:5,2:3:4 chr16 30779716 . A G 2121.45 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.046;QD=62.8576;RBI=0.0594459;REFB=0;REVB=0.0404058;RO=0;SAF=41;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80556e-05;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:135:0:0:129:135:1:88:41:0:0:92:43:0:0 chr16 30780828 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.649;QD=57.6807;RBI=0.0218007;REFB=0;REVB=0.0016649;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100497;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr16 30886643 . T C 290.66 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0570538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1375;QD=26.4237;RBI=0.0579183;REFB=0.0208199;REVB=-0.00996955;RO=17;SAF=2;SAR=24;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499754;STB=0.77894;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0184466;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:18:26:26:0.590909:24:2:8:9:24:2:8:10 chr16 30936081 . G A 363.78 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=0.0546246;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.1482;QD=11.5487;RBI=0.0637721;REFB=0.0155111;REVB=0.0329095;RO=80;SAF=20;SAR=25;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186347;STB=0.609708;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0175245;OID=.;OPOS=30936081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:80:81:45:45:0.357143:25:20:49:31:25:20:50:31 chr16 30959652 . TAGC T 64.08 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0368362;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=305.41;QD=9.49334;RBI=0.0369715;REFB=-0.0134572;REVB=-0.00316028;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509815;STB=0.705928;STBP=0.17;TYPE=del;VARB=0.0220781;OID=.;OPOS=30959653;OREF=AGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:25:9:27:18:2:7:9:9:64:17:1:7:9:8 chr16 30964940 . A G 823.99 PASS AF=0.910448;AO=62;DP=67;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0557375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8907;QD=49.1933;RBI=0.0558154;REFB=-0.0834631;REVB=0.00294823;RO=4;SAF=22;SAR=40;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485109;STB=0.513424;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0229021;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:67:67:4:6:62:61:0.910448:40:22:3:1:39:22:3:3 chr16 30999462 . T C 214.4 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0795673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0069;QD=12.8;RBI=0.0809925;REFB=-0.00105874;REVB=0.015127;RO=41;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213371;STB=0.622332;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0001845;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:10:16:17:24:10:16:17:24 chr16 31075175 . G A 249.49 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0067428;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.486;QD=21.6952;RBI=0.0362775;REFB=-0.00259964;REVB=0.0356453;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965742;STB=0.561992;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00653222;OID=.;OPOS=31075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:22:22:23:24:0.521739:13:10:12:10:14:10:12:10 chr16 31075708 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.757;QD=49.599;RBI=0.0238563;REFB=0;REVB=0.00381304;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217798;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr16 31088347 . G A 278.7 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0192743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4159;QD=16.6387;RBI=0.0449781;REFB=-0.0317632;REVB=0.040639;RO=36;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198402;STB=0.511147;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0363984;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:14:17:19:17:14:17:19:17 chr16 31088625 . A G 97.97 PASS AF=0.733333;AO=10;DP=14;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0327491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.795;QD=26.1266;RBI=0.0384703;REFB=-0.0419322;REVB=0.0201856;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329371;STB=0.639731;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00983932;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:15:4:4:10:11:0.733333:2:8:1:3:3:8:1:3 chr16 31090407 . G C 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0213812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.099;QD=11.6673;RBI=0.0222379;REFB=-0.0192002;REVB=0.00611301;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268001;STB=0.643161;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0395958;OID=.;OPOS=31090407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:6:8:8:17:6:8:9:17 chr16 31093892 . A G 748.24 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7988;QD=62.3536;RBI=0.099916;REFB=0;REVB=0.0996702;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142436;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:30:17:0:0:31:17:0:0 chr16 31093954 . C T 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0158313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.601;QD=19.9055;RBI=0.0158389;REFB=-0.0182334;REVB=0.000490323;RO=27;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102083;STB=0.556923;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0159533;OID=.;OPOS=31093954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:20:10:12:15:20:10:12:15 chr16 31096164 . G C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.052249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.221;QD=19.1085;RBI=0.0527327;REFB=-0.0238039;REVB=0.00712569;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265094;STB=0.651856;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0298829;OID=.;OPOS=31096164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:1:5:4:5:1:5 chr16 31098166 . C T 129.37 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0118575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.644;QD=12.9371;RBI=0.0181959;REFB=-0.0180009;REVB=0.0138018;RO=24;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13383;STB=0.596762;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0232806;OID=.;OPOS=31098166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:4:11:15:9:4:11:15:10 chr16 31099011 . T C 323.53 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0270999;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.916;QD=27.5341;RBI=0.0542395;REFB=-0.0284934;REVB=0.0469842;RO=19;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197986;STB=0.588173;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0132067;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:15:13:14:5:15:13:13:6 chr16 31102321 . C T 126.26 PASS AF=0.28125;AO=19;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0152816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.288;QD=7.89102;RBI=0.0562122;REFB=-0.0184993;REVB=-0.0540951;RO=45;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610305;STB=0.562432;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0406608;OID=.;OPOS=31102321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:46:19:18:0.28125:10:9:19:26:9:9:19:27 chr16 31121793 . G A 59.33 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0326762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.626;QD=15.8206;RBI=0.0709718;REFB=-0.0316727;REVB=-0.0630021;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0302876;OID=.;OPOS=31121793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:4:3:3:5:4:3 chr16 31141825 . CA CG,TG 203.12 PASS AF=0.882353,0.117647;AO=15,2;DP=17;FAO=15,2;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137473,-0.0268873;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=75.7793,94.4832;QD=47.7919;RBI=0.0643631,0.0420239;REFB=0,0;REVB=0.0628778,0.0322968;RO=0;SAF=7,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00737357,0.00579516;OID=.,.;OPOS=31141826,31141825;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:17:17:0:0:15,2:15,2:0.882353,0.117647:8,2:7,0:0:0:8,2:7,0:0:0 chr16 31141880 . A G 340.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.969;QD=54.5056;RBI=0.00977548;REFB=0;REVB=0.00132876;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.48336e-05;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr16 31153105 . A G 657.88 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0176957;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8909;QD=50.6059;RBI=0.0276627;REFB=-0.171602;REVB=-0.0212624;RO=2;SAF=26;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348301;STB=0.507883;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00441756;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:52:52:2:3:49:49:0.942308:23:26:2:0:23:26:2:1 chr16 31193942 . C A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0206142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.051;QD=22.9085;RBI=0.0329885;REFB=-0.0199374;REVB=0.0257546;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174984;STB=0.509795;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0152449;OID=.;OPOS=31193942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:14:7:6:11:14:7:6:11 chr16 31195279 . C T 266.24 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0132749;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.808;QD=20.0937;RBI=0.0243071;REFB=-0.0452661;REVB=0.020362;RO=23;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670451;STB=0.541517;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0386285;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:25:28:28:0.528302:18:10:10:13:18:10:11:14 chr16 31230463 . C T 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00679854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.662;QD=26.3057;RBI=0.0366973;REFB=-0.035502;REVB=-0.0360621;RO=13;SAF=13;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163485;STB=0.590822;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0163472;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:8:13:5:8:8:13:5:8 chr16 31336719 . G A 616.62 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187623;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0212;QD=61.662;RBI=0.0231282;REFB=0;REVB=-0.0135237;RO=0;SAF=6;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21163e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00702e-05;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:34:6:0:0:34:6:0:0 chr16 31422429 . T C 575.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.395;QD=60.5367;RBI=0.0225268;REFB=0;REVB=0.0222436;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115233;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:22:16:0:0 chr16 31422470 . T C 175.19 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00320931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.707;QD=20.0214;RBI=0.016216;REFB=-0.0202225;REVB=0.0158953;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586403;STB=0.516111;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0110997;OID=.;OPOS=31422470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:10:8:7:9:10:8:7:10 chr16 31476458 . C T 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0222545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.136;QD=15.1036;RBI=0.0232229;REFB=-0.00722468;REVB=-0.00663627;RO=45;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988097;STB=0.555962;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0100873;OID=.;OPOS=31476458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:20:13:22:23:20:13:22:23 chr16 31477460 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0275452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.853;QD=15.293;RBI=0.0338699;REFB=-0.0481034;REVB=0.0197087;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22915;STB=0.636033;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0304657;OID=.;OPOS=31477460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:7:2:4:5:7:2:4:5 chr16 31539934 . G T 103.44 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.08229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5765;QD=18.8066;RBI=0.085884;REFB=0.00640623;REVB=-0.024585;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346192;STB=0.692065;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00279043;OID=.;OPOS=31539934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:0:10:8:4:0:10 chr16 31724836 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8435;QD=52.6128;RBI=0.0552775;REFB=0;REVB=-0.0548336;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137681;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr16 31765220 . G A 186.42 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=-0.0496893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3369;QD=14.6213;RBI=0.103109;REFB=-0.00226592;REVB=-0.0903465;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367783;STB=0.705947;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00373047;OID=.;OPOS=31765220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:4:26:11:10:4:26 chr16 31926619 . G A 141.87 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106756;FXX=0.199867;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.008;QD=47.2885;RBI=0.0166301;REFB=0;REVB=0.0127511;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123027;OID=.;OPOS=31926619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr16 32077537 . G T 291.38 PASS AF=0.327586;AO=38;DP=116;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00821358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.294;QD=10.0474;RBI=0.00909887;REFB=-0.0122815;REVB=0.00391491;RO=78;SAF=24;SAR=14;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111727;STB=0.564937;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0178088;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:78:78:38:38:0.327586:14:24:42:36:14:24:42:36 chr16 32077580 . A G 237.2 PASS AF=0.276423;AO=34;DP=123;FAO=34;FDP=123;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.00327897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5013;QD=7.71373;RBI=0.00598714;REFB=-0.00859571;REVB=-0.0050094;RO=87;SAF=20;SAR=14;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142037;STB=0.592114;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.034462;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:87:89:34:34:0.276423:14:20:41:46:14:20:41:48 chr16 32191941 . C T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.000951744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.41;QD=9.49532;RBI=0.0576827;REFB=-0.0036733;REVB=-0.0576748;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190887;STB=0.615182;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00538372;OID=.;OPOS=32191941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:9:15:5:6:9:15 chr16 33629700 . G A 282.27 PASS AF=0.270833;AO=39;DP=144;FAO=39;FDP=144;FR=.;FRO=105;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.0169384;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.928;QD=7.8407;RBI=0.0189099;REFB=-0.010179;REVB=-0.00840701;RO=105;SAF=21;SAR=18;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297466;STB=0.517676;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0262892;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:105:105:39:39:0.270833:18:21:54:51:18:21:54:51 chr16 33629846 . T A 234.3 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00159222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.336;QD=13.0165;RBI=0.0391565;REFB=-0.0194201;REVB=0.0391241;RO=43;SAF=20;SAR=8;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299877;STB=0.678881;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0141953;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:44:28:28:0.388889:8:20:19:24:8:20:19:25 chr16 33629950 . G T 185.19 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=8;FWDB=0.00047318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.816;QD=10.2883;RBI=0.00944758;REFB=-0.00406858;REVB=-0.00943572;RO=48;SAF=8;SAR=16;SRF=40;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528187;STB=0.7998;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0171151;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:16:8:40:8:16:8:40:8 chr16 33629973 . G A 232.84 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=14;FWDB=-0.0412299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.612;QD=10.5838;RBI=0.0458563;REFB=-0.0260885;REVB=-0.0200723;RO=59;SAF=11;SAR=18;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421624;STB=0.741032;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0500474;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:59:29:29:0.329545:18:11:45:14:18:11:45:14 chr16 33630022 . A T 235.78 PASS AF=0.265625;AO=33;DP=127;FAO=34;FDP=128;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=-0.000972627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.172;QD=7.36795;RBI=0.0158713;REFB=0.00018843;REVB=-0.0158415;RO=94;SAF=10;SAR=23;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176866;STB=0.588529;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.000588659;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:94:94:33:34:0.265625:23:10:41:53:23:11:41:53 chr16 33961123 . T C 49.73 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0733677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2938;QD=2.72475;RBI=0.0854003;REFB=-0.00924014;REVB=-0.0437081;RO=62;SAF=6;SAR=4;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122839;STB=0.579949;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0536954;OID=.;OPOS=33961123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:72:73:62:63:10:10:0.136986:4:6:31:31:4:6:32:31 chr16 33961159 . A G 61.7 PASS AF=0.15;AO=12;DP=80;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.000403149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4345;QD=3.08515;RBI=0.03188;REFB=-0.00923156;REVB=-0.0318775;RO=68;SAF=8;SAR=4;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243243;STB=0.666389;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0493568;OID=.;OPOS=33961159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:80:80:68:68:12:12:0.15:4:8:32:36:4:8:32:36 chr16 33961249 . CC TG 30.66 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0159651;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=186.908;QD=1.72753;RBI=0.0159652;REFB=-0.00184206;REVB=-4.77985e-05;RO=64;SAF=2;SAR=5;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148849;STB=0.619111;STBP=0.531;TYPE=mnp;VARB=0.0217169;OID=.;OPOS=33961249;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:64:64:7:7:0.0985915:5:2:26:38:5:2:26:38 chr16 33961370 . A C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0172752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.431;QD=11.0924;RBI=0.0279798;REFB=-0.000499385;REVB=-0.02201;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389209;STB=0.749312;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.000377994;OID=.;OPOS=33961370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:3:2:0:5:3:2:0:6 chr16 33962416 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0247946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.992;QD=23.2182;RBI=0.0653889;REFB=-0.0725062;REVB=0.0605057;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0318323;OID=.;OPOS=33962416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr16 33962422 . C A 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0218392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.695;QD=26.6002;RBI=0.0221497;REFB=-0.0306263;REVB=0.00369526;RO=2;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108557;STB=0.562335;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0188132;OID=.;OPOS=33962422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:2:6:1:1:2:6:1:1 chr16 33962434 . CG C,CA 146.38 PASS AF=0.230769,0.769231;AO=4,13;DP=18;FAO=3,10;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198262,-0.00920586;FXX=0.0713776;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.248,104.821;QD=45.0387;RBI=0.0430635,0.0566941;REFB=0,0;REVB=0.0430178,0.0559416;RO=1;SAF=2,12;SAR=2,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.166656,-0.0363094;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00408407,0.0037674;OID=.,.;OPOS=33962435,33962435;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.230769,0.769231:4,13:18:3,10:13:0:1,9:2,1:0:0:16:1:2,12:2,1:1:0 chr16 33962542 . T A 36.99 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0144029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2464;QD=2.08398;RBI=0.0288405;REFB=-0.00204319;REVB=-0.0249867;RO=63;SAF=5;SAR=3;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121006;STB=0.591167;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0177056;OID=.;OPOS=33962542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:63:63:8:8:0.112676:3:5:33:30:3:5:33:30 chr16 33962560 . AGG ACA,ACG 536.28 PASS AF=0.608696,0.0434783;AO=42,3;DP=69;FAO=42,3;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=20,2;FSAR=22,1;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.000239386,-0.0135435;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=173.811,101.767;QD=31.0889;RBI=0.00238562,0.0135747;REFB=-0.0476013,-0.0565256;REVB=-0.00237358,0.000919571;RO=15;SAF=20,2;SAR=22,1;SRF=2;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.169327,0.574681;STB=0.57,0.821932;STBP=0.108,0.452;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0128947,0.00824252;OID=.,.;OPOS=33962561,33962561;OREF=GG,G;OALT=CA,C;OMAPALT=ACA,ACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.608696,0.0434783:42,3:69:42,3:69:17:20,2:22,1:4:13:99:15:20,2:22,1:2:13 chr16 33962570 . G A 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0128592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.102;QD=17.2246;RBI=0.0141038;REFB=0.00958801;REVB=0.00579298;RO=39;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158468;STB=0.50888;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00890841;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:18:16:19:20:18:16:19:20 chr16 33962617 . TGG CAT,TGA 203.38 PASS AF=0.0980392,0.372549;AO=4,18;DP=52;FAO=5,19;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=3,7;FSAR=2,12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0147268,-0.0179348;FXX=0.0192271;HRUN=4,2;LEN=3,1;MLLD=192.027,196.778;QD=15.9517;RBI=0.0155499,0.0179712;REFB=-0.010108,-0.00958396;REVB=-0.00499197,-0.00114398;RO=27;SAF=2,7;SAR=2,11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0627456,-0.0595565;STB=0.629121,0.546713;STBP=0.648,0.611;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0282887,0.0128427;OID=.,.;OPOS=33962617,33962619;OREF=TGG,G;OALT=CAT,A;OMAPALT=CAT,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:52:51:27:27:4,18:5,19:0.0980392,0.372549:2,11:2,7:12:15:2,12:3,7:12:15 chr16 33962641 . G T 124.17 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00872461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9024;QD=10.3474;RBI=0.0211732;REFB=0.00313802;REVB=0.0192921;RO=33;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045683;STB=0.545393;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0156887;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:33:33:14:15:0.3125:9:5:13:20:10:5:13:20 chr16 33962669 . G A 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0096816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.134;QD=3.4594;RBI=0.0100463;REFB=-0.00992755;REVB=-0.00268225;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353392;STB=0.524929;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0289753;OID=.;OPOS=33962669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:4:3:16:24:4:3:16:24 chr16 33962682 . T C 95.72 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.10561;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.927;QD=10.9391;RBI=0.105652;REFB=-0.0036593;REVB=-0.00294743;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212814;STB=0.571312;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0126028;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:37:35:20:23:12:12:0.342857:6:6:6:14:6:6:9:14 chr16 33962697 . C T 42.33 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0157391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5061;QD=4.70289;RBI=0.0459603;REFB=-0.00639291;REVB=-0.0431814;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107181;STB=0.598147;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0223793;OID=.;OPOS=33962697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:27:29:7:7:0.194444:3:4:13:14:3:4:13:16 chr16 33962709 . C G 62.37 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0206914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.712;QD=7.79666;RBI=0.0208382;REFB=-0.00945927;REVB=-0.00246878;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123874;STB=0.5776;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.018601;OID=.;OPOS=33962709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:6:3:10:13:6:3:10:13 chr16 33962891 . A T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.016603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.886;QD=11.8138;RBI=0.0226835;REFB=-0.010309;REVB=-0.0154558;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861387;STB=0.529366;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0153957;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:23:13:13:0.361111:4:9:13:8:4:9:15:8 chr16 33962907 . A T 67.04 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0126448;FXX=0.113611;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.289;QD=6.87585;RBI=0.032036;REFB=-0.0114932;REVB=-0.0294349;RO=30;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353531;STB=0.72952;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00772468;OID=.;OPOS=33962907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:44:39:30:30:9:9:0.230769:2:7:15:15:2:7:15:15 chr16 33962910 . A G 132.85 PASS AF=0.355556;AO=13;DP=43;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0074931;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.284;QD=11.8092;RBI=0.00786997;REFB=-0.010411;REVB=-0.00240624;RO=30;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230576;STB=0.616368;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0227225;OID=.;OPOS=33962910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:30:29:13:16:0.355556:4:9:15:15:5:11:15:14 chr16 33962918 . G A 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0148318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.681;QD=3.22805;RBI=0.0299798;REFB=-0.0104967;REVB=-0.026054;RO=48;SAF=4;SAR=4;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0335633;OID=.;OPOS=33962918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:4:4:24:24:4:4:24:24 chr16 33962923 . G A 65.39 PASS AF=0.183333;AO=10;DP=59;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.000729172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1161;QD=4.35928;RBI=0.0291069;REFB=0.0109979;REVB=0.0290978;RO=49;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208941;STB=0.666371;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0148423;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:59:60:49:49:10:11:0.183333:4:6:21:28:4:7:21:28 chr16 33962930 . G T 65.45 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00518126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.297;QD=4.3635;RBI=0.00881384;REFB=-0.00874533;REVB=-0.0071301;RO=49;SAF=7;SAR=4;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277137;STB=0.681098;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0443141;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:49:49:11:11:0.183333:4:7:20:29:4:7:20:29 chr16 33962996 . TG CG,CT 331.82 PASS AF=0.559322,0;AO=33,6;DP=66;FAO=33,0;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=7,0;FSAR=26,0;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00753709,-0.00404524;FXX=0.106045;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=247.735,124.035;QD=22.4965;RBI=0.00780433,0.0069571;REFB=-0.0131022,-0.0139442;REVB=0.00202481,0.00566015;RO=26;SAF=7,2;SAR=26,4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.214926,-0.112425;STB=0.619788,0.5;STBP=0.069,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0106263,0.00571753;OID=.,.;OPOS=33962996,33962996;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:59:26:26:33,6:33,0:0.559322,0:26,4:7,2:11:15:26,0:7,0:11:15 chr16 33963000 . T C 327.53 PASS AF=0.53125;AO=32;DP=62;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0156583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.046;QD=20.4705;RBI=0.0275187;REFB=-0.0191074;REVB=0.0226295;RO=30;SAF=8;SAR=24;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188725;STB=0.613411;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0156835;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:30:30:32:34:0.53125:24:8:13:17:26:8:13:17 chr16 33963002 . G A 91.23 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00347916;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8143;QD=5.9825;RBI=0.0474167;REFB=-0.00403431;REVB=-0.0472889;RO=41;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171423;STB=0.567467;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0530552;OID=.;OPOS=33963002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:62:61:41:47:14:14:0.229508:10:4:17:24:10:4:17:30 chr16 33963003 . A G 94.18 PASS AF=0.246154;AO=10;DP=59;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0126033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.853;QD=5.79539;RBI=0.0587446;REFB=-0.0326104;REVB=0.0573767;RO=48;SAF=3;SAR=7;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179969;STB=0.716939;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0396678;OID=.;OPOS=33963003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:59:65:48:49:10:16:0.246154:7:3:21:27:13:3:21:28 chr16 33963004 . G A 41.93 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=48;FWDB=-0.0325084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0833;QD=2.2364;RBI=0.0554725;REFB=-0.00122633;REVB=-0.0449488;RO=66;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453831;STB=0.80899;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0290091;OID=.;OPOS=33963004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:66:66:9:9:0.12:3:6:18:48:3:6:18:48 chr16 33963015 . T C 573.12 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00754604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.921;QD=23.3926;RBI=0.0137694;REFB=-0.03059;REVB=0.0115175;RO=45;SAF=23;SAR=30;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481438;STB=0.526431;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0122998;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:45:53:53:0.540816:30:23:17:28:30:23:17:28 chr16 33963020 . C A 1129.95 PASS AF=0.703704;AO=87;DP=128;FAO=95;FDP=135;FR=.;FRO=40;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0111799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.849;QD=33.4801;RBI=0.0208783;REFB=-0.0104239;REVB=0.0176327;RO=40;SAF=43;SAR=44;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552542;STB=0.52501;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00506142;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:135:40:40:87:95:0.703704:44:43:16:24:49:46:16:24 chr16 33963024 . A C 46.55 PASS AF=0.0837989;AO=15;DP=179;FAO=15;FDP=179;FR=.;FRO=164;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=75;FSRR=89;FWDB=0.015122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6942;QD=1.04019;RBI=0.0231704;REFB=-0.00267413;REVB=0.0175554;RO=164;SAF=4;SAR=11;SRF=75;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227737;STB=0.684535;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0298967;OID=.;OPOS=33963024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:179:179:164:164:15:15:0.0837989:11:4:75:89:11:4:75:89 chr16 33963046 . T C 5339.51 PASS AF=0.893617;AO=356;DP=403;FAO=378;FDP=423;FR=.;FRO=45;FSAF=177;FSAR=201;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0112869;FXX=0.00235843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.43;QD=50.4918;RBI=0.0727748;REFB=-0.0284621;REVB=0.0718942;RO=45;SAF=177;SAR=179;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159736;STB=0.50492;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00598722;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:403:423:45:45:356:378:0.893617:179:177:19:26:201:177:19:26 chr16 33963086 . A G 7720.0 PASS AF=0.932384;AO=528;DP=562;FAO=524;FDP=562;FR=.;FRO=38;FSAF=223;FSAR=301;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0432944;FXX=0.00177617;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1111;QD=54.9466;RBI=0.0474187;REFB=-0.0329176;REVB=0.0193424;RO=33;SAF=227;SAR=301;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180187;STB=0.505781;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0095167;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:562:562:33:38:528:524:0.932384:301:227:9:24:301:223:13:25 chr16 33963106 . T C 8233.35 PASS AF=0.974312;AO=528;DP=545;FAO=531;FDP=545;FR=.;FRO=14;FSAF=220;FSAR=311;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0221354;FXX=0.00365624;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.957;QD=60.4282;RBI=0.0324133;REFB=-0.073913;REVB=0.0236779;RO=13;SAF=219;SAR=309;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00220755;STB=0.502266;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00127595;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:545:545:13:14:528:531:0.974312:309:219:6:7:311:220:7:7 chr16 33963108 . A G 7632.54 PASS AF=0.94085;AO=503;DP=535;FAO=509;FDP=541;FR=.;FRO=32;FSAF=215;FSAR=294;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00195067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.163;QD=56.4328;RBI=0.00259406;REFB=-0.0338901;REVB=0.00170997;RO=31;SAF=211;SAR=292;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00734877;STB=0.502875;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00298063;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:535:541:31:32:503:509:0.94085:292:211:11:20:294:215:12:20 chr16 33963175 . C G 6157.42 PASS AF=0.975728;AO=399;DP=411;FAO=402;FDP=412;FR=.;FRO=10;FSAF=159;FSAR=243;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0192885;FXX=0.0048308;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7483;QD=59.7808;RBI=0.0522333;REFB=-0.0417633;REVB=-0.0485415;RO=10;SAF=156;SAR=243;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053308;STB=0.502649;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000836565;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:411:412:10:10:399:402:0.975728:243:156:5:5:243:159:5:5 chr16 33963202 . A G 3643.59 PASS AF=1;AO=230;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143899;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.681;QD=63.0924;RBI=0.014944;REFB=0;REVB=0.00403174;RO=0;SAF=77;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110412;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:231:0:0:230:231:1:153:77:0:0:153:78:0:0 chr16 33963210 . AT GC 2657.04 PASS AF=0.994186;AO=170;DP=180;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00879481;FXX=0.044442;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.008;QD=61.7915;RBI=0.0125296;REFB=-0.116781;REVB=0.00892428;RO=1;SAF=53;SAR=117;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405095;STB=0.502127;STBP=0.578;TYPE=mnp;VARB=0.000216169;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:172:1:1:170:171:0.994186:117:53:0:1:117:54:0:1 chr16 33963224 . T C 1829.36 PASS AF=0.98374;AO=119;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0134902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.717;QD=59.4913;RBI=0.0137747;REFB=-0.0127976;REVB=0.00278506;RO=2;SAF=39;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612204;STB=0.503105;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00033971;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:119:121:0.98374:80:39:1:1:81:40:1:1 chr16 33963248 . T C 1604.22 PASS AF=0.918699;AO=113;DP=123;FAO=113;FDP=123;FR=.;FRO=10;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00170631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.918;QD=52.1699;RBI=0.0314334;REFB=-0.0202373;REVB=0.031387;RO=9;SAF=47;SAR=66;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118992;STB=0.509729;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00213671;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:123:123:9:10:113:113:0.918699:66:47:3:6:66:47:3:7 chr16 33963279 . T C 1601.96 PASS AF=0.904762;AO=117;DP=126;FAO=114;FDP=126;FR=.;FRO=12;FSAF=38;FSAR=76;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0148786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8507;QD=50.8559;RBI=0.0425867;REFB=-0.0180232;REVB=0.0399031;RO=9;SAF=40;SAR=77;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031764;STB=0.526311;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00714636;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:126:126:9:12:117:114:0.904762:77:40:5:4:76:38:7:5 chr16 33963283 . C CGG,G 1706.4 PASS AF=0.928,0.024;AO=93,7;DP=131;FAO=116,3;FDP=125;FR=.;FRO=6;FSAF=43,3;FSAR=73,0;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0946093,-0.0245224;FXX=0.0310053;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=38.6323,158.527;QD=54.6049;RBI=0.0966868,0.024764;REFB=-0.00506762,0.0171162;REVB=0.0199354,-0.00345074;RO=19;SAF=30,5;SAR=63,2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0539703,0.282546;STB=0.510811,0.997035;STBP=0.332,0.023;TYPE=ins,snp;VARB=0.000681368,-0.00768996;OID=.,.;OPOS=33963284,33963283;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:131:125:19:6:93,7:116,3:0.928,0.024:63,2:30,5:9:10:73,0:43,3:1:5 chr16 33963288 . CA CG,GG 1805.74 PASS AF=0.932331,0;AO=117,5;DP=133;FAO=124,0;FDP=133;FR=.;FRO=9;FSAF=47,0;FSAR=77,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0155486,0.00972053;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=119.924,82.5133;QD=54.308;RBI=0.0238285,0.0102883;REFB=-0.0267571,-0.000867962;REVB=0.0180566,0.0033704;RO=9;SAF=42,5;SAR=75,0;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0202285,0.785184;STB=0.511331,0.5;STBP=0.351,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000995781,0;OID=.,.;OPOS=33963289,33963288;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:133:133:9:9:117,5:124,0:0.932331,0:75,0:42,5:2:7:77,0:47,0:2:7 chr16 33963329 . T C 1533.29 PASS AF=0.849624;AO=110;DP=130;FAO=113;FDP=133;FR=.;FRO=20;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0141741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9979;QD=46.1139;RBI=0.0402076;REFB=-0.00235909;REVB=0.0376264;RO=19;SAF=53;SAR=57;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169096;STB=0.511744;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000925658;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:130:133:19:20:110:113:0.849624:57:53:8:11:59:54:8:12 chr16 33963332 . A G 1781.44 PASS AF=0.91791;AO=122;DP=133;FAO=123;FDP=134;FR=.;FRO=11;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0183576;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0576;QD=53.1773;RBI=0.0183695;REFB=-0.0382699;REVB=-0.000661572;RO=10;SAF=58;SAR=64;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353657;STB=0.506082;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00126639;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:133:134:10:11:122:123:0.91791:64:58:5:5:65:58:6:5 chr16 33963395 . ATG TCA,TCG 898.31 PASS AF=0.025641,0.858974;AO=3,52;DP=80;FAO=2,67;FDP=78;FR=.;FRO=9;FSAF=1,30;FSAR=1,37;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0487989,0.0338877;FXX=0.0249969;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=182.002,217.099;QD=46.0673;RBI=0.0488144,0.0524142;REFB=-0.033327,-0.0393906;REVB=0.00123052,0.0399859;RO=9;SAF=1,24;SAR=2,28;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.123106,0.00474976;STB=0.545006,0.500397;STBP=0.903,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0558306,0.0094563;OID=.,.;OPOS=33963395,33963395;OREF=ATG,AT;OALT=TCA,TC;OMAPALT=TCA,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:80:78:9:9:3,52:2,67:0.025641,0.858974:2,28:1,24:4:5:1,37:1,30:4:5 chr16 33963424 . A G 556.79 PASS AF=0.680556;AO=47;DP=70;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00794529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.211;QD=30.9326;RBI=0.0164598;REFB=-0.013796;REVB=-0.0144152;RO=23;SAF=13;SAR=34;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141579;STB=0.5616;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00447713;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:23:23:47:49:0.680556:34:13:11:12:34:15:11:12 chr16 33963426 . CT CC,GC 487.83 PASS AF=0.741935,0;AO=39,3;DP=70;FAO=46,0;FDP=62;FR=.;FRO=16;FSAF=15,0;FSAR=31,0;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.010129,0.0103633;FXX=0.114269;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=105.004,86.4318;QD=31.4729;RBI=0.016727,0.0160017;REFB=-0.0123775,-0.00207176;REVB=0.0133115,-0.0121924;RO=16;SAF=14,0;SAR=25,3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00931094,-0.575361;STB=0.514212,0.5;STBP=0.761,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00668169,0.0909258;OID=.,.;OPOS=33963427,33963426;OREF=T,CT;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:62:16:16:39,3:46,0:0.741935,0:25,3:14,0:6:10:31,0:15,0:6:10 chr16 33963437 . T C 1135.54 PASS AF=0.824074;AO=89;DP=109;FAO=89;FDP=108;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=63;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00773249;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.4487;QD=42.057;RBI=0.0137863;REFB=-0.0117688;REVB=0.0114136;RO=17;SAF=26;SAR=63;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631716;STB=0.526802;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00728215;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:17:19:89:89:0.824074:63:26:8:9:63:26:8:11 chr16 33963445 . A G 1448.56 PASS AF=0.837209;AO=106;DP=127;FAO=108;FDP=129;FR=.;FRO=21;FSAF=39;FSAR=69;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00740694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5621;QD=44.9164;RBI=0.0261424;REFB=0.021651;REVB=-0.0250711;RO=21;SAF=39;SAR=67;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667837;STB=0.536344;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00583484;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:21:21:106:108:0.837209:67:39:12:9:69:39:12:9 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 1589.04 PASS AF=0.670807,0.136646;AO=103,21;DP=164;FAO=108,22;FDP=161;FR=.;FRO=31;FSAF=33,6;FSAR=75,16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.000743861,0.00900997;FXX=0.024241;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=185.162,91.9981;QD=39.4793;RBI=0.0242752,0.0316068;REFB=-0.0124679,-0.0188532;REVB=0.0242638,0.0302953;RO=29;SAF=30,6;SAR=73,15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.122587,-0.282402;STB=0.560778,0.67137;STBP=0.014,0.036;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00594085,0.000463049;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:161:29:31:103,21:108,22:0.670807,0.136646:73,15:30,6:16:13:75,16:33,6:17:14 chr16 33963490 . T C 1129.08 PASS AF=0.64557;AO=100;DP=158;FAO=102;FDP=158;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=68;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00525227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.807;QD=28.5842;RBI=0.0848646;REFB=0.00571819;REVB=0.0847019;RO=55;SAF=32;SAR=68;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720194;STB=0.53703;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00274674;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:55:56:100:102:0.64557:68:32:23:32:68:34:24:32 chr16 33963528 . T C 1081.55 PASS AF=0.652482;AO=91;DP=141;FAO=92;FDP=141;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0124597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.497;QD=30.6824;RBI=0.0148214;REFB=-0.0256294;REVB=0.00802688;RO=48;SAF=31;SAR=60;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814081;STB=0.549814;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.016503;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:48:49:91:92:0.652482:60:31:22:26:61:31:23:26 chr16 33963563 . G C 783.94 PASS AF=0.605042;AO=72;DP=119;FAO=72;FDP=119;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00898725;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.324;QD=26.351;RBI=0.011842;REFB=-0.0153713;REVB=-0.00771118;RO=47;SAF=32;SAR=40;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00173993;STB=0.500945;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00696229;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:47:47:72:72:0.605042:40:32:21:26:40:32:21:26 chr16 33963571 . T C 607.79 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00181216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.865;QD=22.5107;RBI=0.00858518;REFB=-0.00501111;REVB=0.00839174;RO=47;SAF=34;SAR=26;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795874;STB=0.539166;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00554319;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:48:60:60:0.555556:26:34:22:25:26:34:23:25 chr16 33963588 . G A 41.43 PASS AF=0.121951;AO=8;DP=81;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.00273315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.45;QD=2.02082;RBI=0.0195;REFB=-0.0083556;REVB=-0.0193075;RO=72;SAF=4;SAR=4;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147306;STB=0.609547;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0599457;OID=.;OPOS=33963588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:81:82:72:72:8:10:0.121951:4:4:45:27:5:5:45:27 chr16 33963591 . T C 109.34 PASS AF=0.232877;AO=16;DP=72;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00203341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.684;QD=5.99128;RBI=0.00716874;REFB=-0.00356671;REVB=0.0068743;RO=55;SAF=13;SAR=3;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391347;STB=0.705522;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0156057;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:55:56:16:17:0.232877:3:13:29:26:4:13:29:27 chr16 33963595 . A G 137.91 PASS AF=0.306452;AO=18;DP=61;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.000398637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.989;QD=8.89754;RBI=0.0389859;REFB=-0.022272;REVB=-0.0389838;RO=43;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519256;STB=0.510193;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0357985;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:43:43:18:19:0.306452:8:10:22:21:9:10:22:21 chr16 33963597 . C T 127.84 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0448198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.91;QD=8.24756;RBI=0.0458361;REFB=-0.0140923;REVB=-0.00959859;RO=43;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136775;STB=0.516111;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0280207;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:44:18:18:0.290323:9:9:22:21:9:9:23:21 chr16 33963605 . T C 212.1 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0100694;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.191;QD=12.6625;RBI=0.0132065;REFB=-0.0176475;REVB=-0.00854515;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108227;STB=0.569567;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0240119;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:41:26:26:0.38806:11:15:19:21:11:15:19:22 chr16 33963624 . T C 120.35 PASS AF=0.253521;AO=17;DP=70;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00993346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.501;QD=6.78028;RBI=0.0101304;REFB=-0.00612021;REVB=0.0019876;RO=46;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139339;STB=0.591451;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00927351;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:46:53:17:18:0.253521:8:9:19:27:9:9:20:33 chr16 33963636 . AA GG 143.41 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00294283;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=251.191;QD=8.4361;RBI=0.0032102;REFB=-0.00699578;REVB=0.00128263;RO=48;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180791;STB=0.607453;STBP=0.282;TYPE=mnp;VARB=0.0135466;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:9:11:19:29:9:11:19:29 chr16 33963653 . GGGTTTTTA G 54.33 PASS AF=0.232143;AO=12;DP=61;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0102841;FXX=0.13844;HRUN=3;LEN=8;MLLD=304.853;QD=3.88059;RBI=0.0215366;REFB=-0.00838503;REVB=-0.0189226;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187159;STB=0.643036;STBP=0.269;TYPE=del;VARB=0.0185675;OID=.;OPOS=33963654;OREF=GGTTTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232143:12:61:13:56:43:7:6:15:28:54:33:7:5:14:19 chr16 33963678 . C T 476.25 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0136525;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.595;QD=29.3077;RBI=0.0136845;REFB=-0.0214469;REVB=0.000935722;RO=21;SAF=20;SAR=23;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110007;STB=0.566008;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00845085;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:21:22:43:43:0.661538:23:20:6:15:23:20:6:16 chr16 33963708 . GT AC,GC 74.93 PASS AF=0.16129,0.0483871;AO=10,3;DP=62;FAO=10,3;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=9,2;FSAR=1,1;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0325645,0.0262736;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=179.398,53.3527;QD=4.83405;RBI=0.0327941,0.0526405;REFB=-0.00324312,-0.00049581;REVB=0.003874,0.0456149;RO=48;SAF=9,2;SAR=1,1;SRF=18;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.621885,0.266216;STB=0.913516,0.760377;STBP=0.01,0.503;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0530534,0.0152037;OID=.,.;OPOS=33963708,33963709;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:62:62:48:49:10,3:10,3:0.16129,0.0483871:1,1:9,2:18:30:1,1:9,2:18:31 chr16 33963722 . C G 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0159761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.374;QD=14.5587;RBI=0.0218505;REFB=-0.00571321;REVB=-0.0149067;RO=35;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203106;STB=0.615692;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0117327;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:17:9:19:16:17:9:19:16 chr16 33963732 . AG CA,CG 176.48 PASS AF=0.1,0.283333;AO=6,17;DP=61;FAO=6,17;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=2,8;FSAR=4,9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0393876,-0.00920393;FXX=0.0163908;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=135.952,117.804;QD=11.7654;RBI=0.0394229,0.0093661;REFB=-0.0127661,-0.0164079;REVB=0.00166701,-0.00173537;RO=36;SAF=2,8;SAR=4,9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.260024,-0.0968805;STB=0.696332,0.566083;STBP=0.339,0.506;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0406632,0.0076743;OID=.,.;OPOS=33963732,33963732;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:61:60:36:37:6,17:6,17:0.1,0.283333:4,9:2,8:20:16:4,9:2,8:21:16 chr16 33963737 . GC AT 174.04 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00769178;FXX=0.0847314;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.871;QD=12.8917;RBI=0.00776061;REFB=-0.0121481;REVB=-0.00103128;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920612;STB=0.553141;STBP=0.524;TYPE=mnp;VARB=0.0108438;OID=.;OPOS=33963737;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:54:33:33:21:21:0.388889:12:9:17:16:12:9:17:16 chr16 33963758 . T C 113.75 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0110475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.901;QD=7.98207;RBI=0.0116455;REFB=-0.00455349;REVB=-0.00368372;RO=39;SAF=12;SAR=4;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244891;STB=0.669677;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.011071;OID=.;OPOS=33963758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:39:41:16:16:0.280702:4:12:22:17:4:12:22:19 chr16 33963769 . C A 328.0 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00288157;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=311.814;QD=30.5113;RBI=0.0107969;REFB=-0.00765648;REVB=0.0104053;RO=15;SAF=16;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191966;STB=0.605189;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00389378;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:12:16:4:11:12:16:4:11 chr16 33963775 . G C 281.54 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0061032;FXX=0.186003;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.6581;QD=32.1761;RBI=0.0299862;REFB=0.00498113;REVB=0.0293585;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303348;STB=0.666502;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0243411;OID=.;OPOS=33963775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:43:35:10:10:17:17:0.485714:10:7:0:10:10:7:0:10 chr16 33963783 . G C,T 459.88 PASS AF=0.339623,0.433962;AO=18,23;DP=53;FAO=18,23;FDP=53;FR=.;FRO=12;FSAF=1,16;FSAR=17,7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0127011,-0.00272675;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=135.029,152.604;QD=34.7079;RBI=0.0132107,0.0211515;REFB=-0.0127118,-0.00593357;REVB=-0.00363401,-0.020975;RO=12;SAF=1,16;SAR=17,7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.26794,0.332153;STB=0.653632,0.683256;STBP=0.241,0.004;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00108426,0.00463279;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:53:53:12:12:18,23:18,23:0.339623,0.433962:17,7:1,16:2:10:17,7:1,16:2:10 chr16 33963809 . G C 1101.98 PASS AF=0.842105;AO=78;DP=97;FAO=80;FDP=95;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=67;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.026575;FXX=0.0404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.89;QD=46.3993;RBI=0.0919798;REFB=-0.0638741;REVB=0.0880571;RO=15;SAF=13;SAR=65;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116203;STB=0.563008;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0100822;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:97:95:15:15:78:80:0.842105:65:13:6:9:67:13:6:9 chr16 33963816 . TG GA 789.95 PASS AF=0.669811;AO=70;DP=106;FAO=71;FDP=106;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=69;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00852415;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=102.428;QD=29.8095;RBI=0.00855633;REFB=-0.0279805;REVB=0.00074138;RO=33;SAF=2;SAR=68;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.676848;STB=0.882667;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0225035;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:33:35:70:71:0.669811:68:2:16:17:69:2:17:18 chr16 33963822 . A G 1151.28 PASS AF=0.717557;AO=94;DP=132;FAO=94;FDP=131;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=89;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00248809;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.746;QD=35.1535;RBI=0.0444089;REFB=0.0038281;REVB=-0.0443392;RO=37;SAF=5;SAR=89;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559611;STB=0.807532;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00162178;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:37:37:94:94:0.717557:89:5:20:17:89:5:20:17 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 2057.62 PASS AF=0.762626,0.0555556;AO=144,11;DP=201;FAO=151,11;FDP=198;FR=.;FRO=36;FSAF=25,11;FSAR=126,0;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0111229,-0.00914664;FXX=0.0149246;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=188.265,97.0731;QD=41.5681;RBI=0.013962,0.0262571;REFB=-0.0239589,-0.019588;REVB=0.00843916,-0.0246125;RO=37;SAF=23,11;SAR=121,0;SRF=18;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.198864,0.753498;STB=0.600784,0.998879;STBP=0,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00807311,-0.0270233;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:198:37:36:144,11:151,11:0.762626,0.0555556:121,0:23,11:18:19:126,0:25,11:18:18 chr16 33963855 . T C 5150.6 PASS AF=0.903553;AO=354;DP=394;FAO=356;FDP=394;FR=.;FRO=38;FSAF=105;FSAR=251;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00665512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8638;QD=52.2904;RBI=0.0919893;REFB=-0.0458372;REVB=0.0917483;RO=37;SAF=105;SAR=249;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345456;STB=0.51742;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00393454;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:394:37:38:354:356:0.903553:249:105:17:20:251:105:17:21 chr16 33963875 . A G 7901.53 PASS AF=0.982659;AO=501;DP=510;FAO=510;FDP=519;FR=.;FRO=9;FSAF=190;FSAR=320;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00393809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5873;QD=60.8981;RBI=0.11713;REFB=0.00198943;REVB=-0.117063;RO=9;SAF=186;SAR=315;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538407;STB=0.502792;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.000105591;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:510:519:9:9:501:510:0.982659:315:186:2:7:320:190:2:7 chr16 33963881 . C G 7419.76 PASS AF=0.917563;AO=509;DP=564;FAO=512;FDP=558;FR=.;FRO=46;FSAF=185;FSAR=327;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00156568;FXX=0.0106381;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0118;QD=53.1883;RBI=0.0459499;REFB=0.0117921;REVB=-0.0459232;RO=45;SAF=184;SAR=325;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211891;STB=0.510382;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00100403;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:558:45:46:509:512:0.917563:325:184:22:23:327:185:22:24 chr16 33963912 . T C 10019.1 PASS AF=0.970326;AO=651;DP=671;FAO=654;FDP=674;FR=.;FRO=20;FSAF=255;FSAR=399;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00245752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7378;QD=59.4604;RBI=0.0202877;REFB=-0.0706978;REVB=0.0201383;RO=20;SAF=255;SAR=396;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942517;STB=0.504981;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00221133;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:671:674:20:20:651:654:0.970326:396:255:11:9:399:255:11:9 chr16 33963961 . C G 9929.25 PASS AF=0.946686;AO=656;DP=700;FAO=657;FDP=694;FR=.;FRO=37;FSAF=242;FSAR=415;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0603319;FXX=0.00857131;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.39;QD=57.2291;RBI=0.060887;REFB=-0.0591827;REVB=-0.00820262;RO=34;SAF=242;SAR=414;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030753;STB=0.518962;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0022077;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:700:694:34:37:656:657:0.946686:414:242:23:11:415:242:26:11 chr16 33963975 . A G 9004.92 PASS AF=0.918033;AO=616;DP=671;FAO=616;FDP=671;FR=.;FRO=55;FSAF=247;FSAR=369;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0113921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.611;QD=53.6806;RBI=0.0151672;REFB=-0.0194886;REVB=0.0100132;RO=55;SAF=247;SAR=369;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145566;STB=0.507649;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00118598;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:671:671:55:55:616:616:0.918033:369:247:27:28:369:247:27:28 chr16 33963991 . A G 8581.13 PASS AF=0.938312;AO=573;DP=616;FAO=578;FDP=616;FR=.;FRO=38;FSAF=228;FSAR=350;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.041476;FXX=0.00645151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.211;QD=55.7216;RBI=0.0416895;REFB=-0.0447115;REVB=0.00421356;RO=37;SAF=224;SAR=349;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374897;STB=0.520232;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00278711;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:616:616:37:38:573:578:0.938312:349:224:26:11:350:228:27:11 chr16 33964017 . A G 6456.83 PASS AF=0.917695;AO=425;DP=470;FAO=446;FDP=486;FR=.;FRO=40;FSAF=183;FSAR=263;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00488487;FXX=0.00409828;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8793;QD=53.1426;RBI=0.00832418;REFB=-0.0103265;REVB=0.00674018;RO=42;SAF=173;SAR=252;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414133;STB=0.518137;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00066782;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:470:486:42:40:425:446:0.917695:252:173:27:15:263:183:25:15 chr16 33964025 . C T 46.5 PASS AF=0.0584416;AO=20;DP=455;FAO=27;FDP=462;FR=.;FRO=435;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=191;FSRR=244;FWDB=0.0456425;FXX=0.00215978;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.697;QD=0.402607;RBI=0.0567136;REFB=-0.00103147;REVB=-0.033663;RO=433;SAF=7;SAR=13;SRF=190;SRR=243;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843109;STB=0.60415;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0310921;OID=.;OPOS=33964025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:455:462:433:435:20:27:0.0584416:13:7:190:243:18:9:191:244 chr16 33964048 . G A 79.45 PASS AF=0.0823864;AO=29;DP=352;FAO=29;FDP=352;FR=.;FRO=323;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=130;FSRR=193;FWDB=-0.0107272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6427;QD=0.902842;RBI=0.0140543;REFB=-0.00186168;REVB=0.00908024;RO=323;SAF=19;SAR=10;SRF=130;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287326;STB=0.721197;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0174221;OID=.;OPOS=33964048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:352:352:323:323:29:29:0.0823864:10:19:130:193:10:19:130:193 chr16 33964050 . G A 75.39 PASS AF=0.0811594;AO=29;DP=345;FAO=28;FDP=345;FR=.;FRO=317;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=125;FSRR=192;FWDB=-0.00706659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.83;QD=0.874078;RBI=0.00809889;REFB=-0.000706871;REVB=-0.00395668;RO=315;SAF=19;SAR=10;SRF=123;SRR=192;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302147;STB=0.717582;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0140087;OID=.;OPOS=33964050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:345:345:315:317:29:28:0.0811594:10:19:123:192:10:18:125:192 chr16 33964062 . C T 117.14 PASS AF=0.116279;AO=30;DP=258;FAO=30;FDP=258;FR=.;FRO=228;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=60;FSRR=168;FWDB=-0.0618437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.495;QD=1.81607;RBI=0.0637947;REFB=-0.0149858;REVB=0.0156565;RO=226;SAF=10;SAR=20;SRF=60;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10161;STB=0.573125;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0461769;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:226:228:30:30:0.116279:20:10:60:166:20:10:60:168 chr16 33964064 . T C 1949.77 PASS AF=0.666667;AO=157;DP=246;FAO=162;FDP=243;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=133;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.0124538;FXX=0.0161937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6377;QD=32.095;RBI=0.0135787;REFB=-0.0237069;REVB=0.00541159;RO=79;SAF=29;SAR=128;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243023;STB=0.630993;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0101059;OID=.;OPOS=33964064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:243:79:81:157:162:0.666667:128:29:37:42:133:29:37:44 chr16 33964070 . AG GC 1788.54 PASS AF=0.662281;AO=150;DP=232;FAO=151;FDP=228;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=121;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.000372262;FXX=0.0214583;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.019;QD=31.3779;RBI=0.00108392;REFB=-0.0466597;REVB=-0.00101799;RO=76;SAF=30;SAR=120;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17876;STB=0.59566;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0222587;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:228:76:77:150:151:0.662281:120:30:31:45:121:30:31:46 chr16 33964082 . T C 1626.03 PASS AF=0.666667;AO=140;DP=214;FAO=140;FDP=210;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=111;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.00910387;FXX=0.0186907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.568;QD=30.9719;RBI=0.0127295;REFB=-0.0160296;REVB=-0.00889719;RO=70;SAF=29;SAR=111;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118145;STB=0.563712;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00866542;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:210:70:70:140:140:0.666667:111:29:24:46:111:29:24:46 chr16 33964091 . T C 2635.97 PASS AF=0.92268;AO=153;DP=195;FAO=179;FDP=194;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=53;FSAR=126;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0831212;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.374;QD=54.35;RBI=0.0831579;REFB=-0.0199448;REVB=0.00247003;RO=15;SAF=30;SAR=123;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00105172;STB=0.508976;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00255049;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:195:194:15:15:153:179:0.92268:123:30:3:12:126:53:3:12 chr16 33964108 . G C 871.53 PASS AF=0.559211;AO=84;DP=150;FAO=85;FDP=152;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=20;FSRR=47;FWDB=0.0200975;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=124.778;QD=22.9349;RBI=0.0276853;REFB=-0.029728;REVB=0.0190412;RO=66;SAF=34;SAR=50;SRF=19;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100134;STB=0.55247;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0167082;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:66:67:84:85:0.559211:50:34:19:47:50:35:20:47 chr16 33964119 . A G 115.41 PASS AF=0.166667;AO=22;DP=132;FAO=22;FDP=132;FR=.;FRO=110;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=67;FWDB=-0.000474345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.531;QD=3.49718;RBI=0.00360475;REFB=-0.00215916;REVB=0.00357341;RO=106;SAF=11;SAR=11;SRF=41;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145247;STB=0.590829;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0130801;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:106:110:22:22:0.166667:11:11:41:65:11:11:43:67 chr16 33964134 . G C 499.66 PASS AF=0.486239;AO=52;DP=108;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0190128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.428;QD=18.3361;RBI=0.0203227;REFB=-0.00591762;REVB=-0.00717807;RO=56;SAF=27;SAR=25;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101175;STB=0.560171;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0107444;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:56:56:52:53:0.486239:25:27:23:33:25:28:23:33 chr16 33964143 . T C 439.66 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.064933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0812;QD=17.4122;RBI=0.0769647;REFB=-0.0210505;REVB=-0.0413193;RO=52;SAF=26;SAR=21;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06856;STB=0.548271;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0187574;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:54:47:47:0.465347:21:26:25:27:21:26:25:29 chr16 33964153 . G T 116.14 PASS AF=0.191919;AO=19;DP=99;FAO=19;FDP=99;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.00142151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.5;QD=4.69245;RBI=0.00705332;REFB=-0.00132268;REVB=-0.00690859;RO=79;SAF=10;SAR=9;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228173;STB=0.509062;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00503145;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:79:80:19:19:0.191919:9:10:43:36:9:10:43:37 chr16 33964154 . C T 126.78 PASS AF=0.206186;AO=20;DP=97;FAO=20;FDP=97;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0150292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.62;QD=5.22799;RBI=0.0199286;REFB=-0.0089445;REVB=-0.0130871;RO=77;SAF=10;SAR=10;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737097;STB=0.546346;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0375272;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:77:77:20:20:0.206186:10:10:43:34:10:10:43:34 chr16 33964168 . G A 130.74 PASS AF=0.222222;AO=19;DP=90;FAO=20;FDP=90;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.0414813;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.592;QD=5.81071;RBI=0.0422113;REFB=-0.0105956;REVB=0.00781611;RO=68;SAF=9;SAR=10;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179697;STB=0.61502;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0325267;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:68:70:19:20:0.222222:10:9:42:26:11:9:42:28 chr16 33964170 . C A 61.12 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=67;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0100851;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.181;QD=3.70398;RBI=0.0327816;REFB=-0.00568526;REVB=-0.0311917;RO=55;SAF=3;SAR=7;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260835;STB=0.702173;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0337408;OID=.;OPOS=33964170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:67:66:55:55:10:11:0.166667:7:3:28:27:8:3:28:27 chr16 33964186 . A T 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00490551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.778;QD=2.51705;RBI=0.0214493;REFB=-0.00234038;REVB=-0.0208808;RO=56;SAF=3;SAR=5;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170754;STB=0.624688;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0154135;OID=.;OPOS=33964186;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:56:56:8:8:0.125:5:3:29:27:5:3:29:27 chr16 33964196 . T C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0240909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.573;QD=12.0148;RBI=0.0241727;REFB=-0.00997799;REVB=0.00198725;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318603;STB=0.5185;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0215721;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:10:10:18:16:10:10:18:16 chr16 33964202 . C T 324.5 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00847534;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.971;QD=28.2171;RBI=0.0144065;REFB=-0.023089;REVB=0.0116497;RO=18;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114737;STB=0.506325;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0235679;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:18:18:28:28:0.608696:12:16:10:8:12:16:10:8 chr16 33964204 . T G 101.87 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0227804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.596;QD=8.85833;RBI=0.0229716;REFB=-0.0049678;REVB=-0.00295765;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442909;STB=0.526986;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0297893;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:6:7:19:14:6:7:19:14 chr16 33964233 . C T 41.42 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0146932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.103;QD=3.94445;RBI=0.0177123;REFB=-0.00753768;REVB=-0.00989105;RO=34;SAF=5;SAR=2;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925089;STB=0.581152;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0396028;OID=.;OPOS=33964233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:42:34:35:7:7:0.166667:2:5:22:12:2:5:22:13 chr16 33964237 . CT CG,TG 85.62 PASS AF=0.2,0.1;AO=8,4;DP=40;FAO=8,4;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6,2;FSAR=2,2;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00835322,-0.0108682;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=175.359,212.807;QD=8.56201;RBI=0.0508561,0.0352799;REFB=-0.00889177,-0.0081855;REVB=-0.0501654,-0.0335642;RO=28;SAF=6,2;SAR=2,2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.194824,-0.121793;STB=0.628687,0.593299;STBP=0.492,0.683;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0334351,0.0260201;OID=.,.;OPOS=33964238,33964237;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:40:40:28:28:8,4:8,4:0.2,0.1:2,2:6,2:17:11:2,2:6,2:17:11 chr16 33964242 . CA CG,GG 67.23 PASS AF=0.179487,0.0769231;AO=6,4;DP=40;FAO=7,3;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4,2;FSAR=3,1;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00429939,-0.012015;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=136.149,229.665;QD=6.89542;RBI=0.0087854,0.0432214;REFB=-0.0112344,-0.0056264;REVB=0.00766149,-0.0415178;RO=29;SAF=4,2;SAR=2,2;SRF=18;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0593294,-0.137282;STB=0.540869,0.545146;STBP=0.884,0.912;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0288405,0.0144787;OID=.,.;OPOS=33964243,33964242;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:40:39:29:29:6,4:7,3:0.179487,0.0769231:2,2:4,2:18:11:3,1:4,2:18:11 chr16 33965449 . G C 184.79 PASS AF=0.232;AO=30;DP=125;FAO=29;FDP=125;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.0102089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6964;QD=5.91327;RBI=0.0271543;REFB=-0.00715231;REVB=0.0251622;RO=95;SAF=8;SAR=22;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21399;STB=0.620602;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0225871;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:95:96:30:29:0.232:22:8:40:55:21:8:40:56 chr16 33965456 . T C 359.89 PASS AF=0.363636;AO=44;DP=121;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0269847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0219;QD=11.8972;RBI=0.0270258;REFB=-0.0109543;REVB=-0.00148955;RO=77;SAF=16;SAR=28;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461057;STB=0.526388;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0332502;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:77:77:44:44:0.363636:28:16:31:46:28:16:31:46 chr16 33965459 . C T 174.96 PASS AF=0.233333;AO=26;DP=118;FAO=28;FDP=120;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.00905657;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.971;QD=5.83199;RBI=0.04627;REFB=-0.00369536;REVB=-0.045375;RO=92;SAF=7;SAR=19;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227665;STB=0.650828;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0127211;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:92:92:26:28:0.233333:19:7:40:52:21:7:39:53 chr16 33965460 . G A 59.7 PASS AF=0.117647;AO=15;DP=118;FAO=14;FDP=119;FR=.;FRO=105;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=67;FWDB=0.00757616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4454;QD=2.00669;RBI=0.0259399;REFB=-0.00798166;REVB=-0.0248089;RO=101;SAF=8;SAR=7;SRF=37;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20767;STB=0.678835;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0374587;OID=.;OPOS=33965460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:118:119:101:105:15:14:0.117647:7:8:37:64:6:8:38:67 chr16 33965482 . GA G 66.62 PASS AF=0.132075;AO=14;DP=111;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=-0.0159688;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.825;QD=2.51402;RBI=0.0273536;REFB=-0.00379702;REVB=-0.0222084;RO=96;SAF=5;SAR=9;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506578;STB=0.531654;STBP=0.787;TYPE=del;VARB=0.025623;OID=.;OPOS=33965483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.132075:14:111:14:106:92:5:9:36:56:66:96:5:9:38:58 chr16 33965489 . A T 54.87 PASS AF=0.113043;AO=13;DP=116;FAO=13;FDP=115;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=65;FWDB=0.0153006;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9153;QD=1.90867;RBI=0.0519423;REFB=0.00416395;REVB=0.0496376;RO=103;SAF=5;SAR=8;SRF=38;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202234;STB=0.520653;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.0310258;OID=.;OPOS=33965489;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:116:115:103:102:13:13:0.113043:8:5:38:65:8:5:37:65 chr16 33965493 . T C 73.4 PASS AF=0.133333;AO=16;DP=120;FAO=16;FDP=120;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=66;FWDB=-0.0180541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5341;QD=2.44654;RBI=0.0180558;REFB=-0.016574;REVB=-0.00024372;RO=104;SAF=8;SAR=8;SRF=38;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170259;STB=0.616529;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0388892;OID=.;OPOS=33965493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:120:120:104:104:16:16:0.133333:8:8:38:66:8:8:38:66 chr16 33965496 . A T 82.68 PASS AF=0.146552;AO=17;DP=116;FAO=17;FDP=116;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=-0.0239106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7063;QD=2.85091;RBI=0.026591;REFB=-0.00824774;REVB=-0.0116348;RO=99;SAF=8;SAR=9;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111289;STB=0.574863;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0635361;OID=.;OPOS=33965496;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:116:116:99:99:17:17:0.146552:9:8:38:61:9:8:38:61 chr16 33965505 . C T 120.48 PASS AF=0.190909;AO=21;DP=110;FAO=21;FDP=110;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=58;FWDB=-0.00640329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.933;QD=4.38097;RBI=0.017518;REFB=-0.00289281;REVB=-0.0163058;RO=86;SAF=12;SAR=9;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263306;STB=0.674909;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0112564;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:86:89:21:21:0.190909:9:12:31:55:9:12:31:58 chr16 33965507 . G C 270.98 PASS AF=0.318584;AO=36;DP=113;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.002115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.455;QD=9.59219;RBI=0.0199586;REFB=-0.0153362;REVB=-0.0198462;RO=76;SAF=14;SAR=22;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252939;STB=0.508822;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0331981;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:76:77:36:36:0.318584:22:14:28:48:22:14:29:48 chr16 33965533 . A C 447.17 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0305527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7489;QD=18.4401;RBI=0.0308178;REFB=0.00674806;REVB=-0.00403414;RO=51;SAF=21;SAR=24;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16802;STB=0.597162;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00572012;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:24:21:15:36:24:21:15:37 chr16 33965536 . GCA GCG,GTG 396.8 PASS AF=0.4,0.0777778;AO=35,7;DP=91;FAO=36,7;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=18,3;FSAR=18,4;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0123227,0.0169908;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=103.612,94.7349;QD=17.6354;RBI=0.0485595,0.045563;REFB=-0.0159125,-0.0243759;REVB=-0.0469699,-0.0422765;RO=31;SAF=17,3;SAR=18,4;SRF=12;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0839415,0.051521;STB=0.614398,0.619799;STBP=0.081,0.569;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00276896,0.0597183;OID=.,.;OPOS=33965538,33965537;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=GCG,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.0777778:35,7:91:36,7:90:47:18,3:18,4:14:33:99:31:17,3:18,4:12:19 chr16 33965539 . G GC 57.14 PASS AF=0.231884;AO=17;DP=91;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0294518;FXX=0.17855;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.3397;QD=3.31219;RBI=0.0463358;REFB=-0.0354657;REVB=-0.0357715;RO=72;SAF=8;SAR=9;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141047;STB=0.608566;STBP=0.326;TYPE=ins;VARB=0.0449944;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.231884:17:91:16:69:53:8:8:19:34:57:72:8:9:26:46 chr16 33965542 . C T 50.81 PASS AF=0.123596;AO=11;DP=89;FAO=11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.00337087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.84;QD=2.28348;RBI=0.0381871;REFB=0.000448727;REVB=-0.038038;RO=76;SAF=5;SAR=6;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091543;STB=0.573983;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00849564;OID=.;OPOS=33965542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:89:89:76:78:11:11:0.123596:6:5:29:47:6:5:29:49 chr16 33965554 . A G 277.46 PASS AF=0.308642;AO=10;DP=76;FAO=25;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=0.0151013;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.169;QD=13.7015;RBI=0.0175607;REFB=-0.00791143;REVB=-0.00896267;RO=36;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491333;STB=0.662143;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0319732;OID=.;OPOS=33965554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:36:42:10:25:0.308642:8:2:1:35:15:10:7:35 chr16 33965560 . TT AC,AT 409.29 PASS AF=0.329268,0.195122;AO=27,16;DP=82;FAO=27,16;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=11,6;FSAR=16,10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0243134,-0.0093082;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=201.512,220.154;QD=19.9655;RBI=0.0246207,0.00934765;REFB=-0.0167355,-0.0196755;REVB=-0.00387781,0.000857835;RO=39;SAF=11,6;SAR=16,10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0526227,0.0202428;STB=0.529943,0.51218;STBP=0.739,0.906;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0139405,0.0182848;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:27,16:27,16:0.329268,0.195122:16,10:11,6:14:25:16,10:11,6:14:25 chr16 46565019 . T G 724.33 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0155332;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.652;QD=59.1289;RBI=0.0180338;REFB=-0.0322409;REVB=0.00916185;RO=2;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361449;STB=0.519223;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000107859;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:2:2:47:47:0.959184:25:22:0:2:25:22:0:2 chr16 46590024 . T C 769.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2884;QD=56.9942;RBI=0.0664549;REFB=0;REVB=-0.0553909;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223497;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:30:24:0:0 chr16 46642286 . G A 59.83 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.116284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9264;QD=13.2954;RBI=0.117995;REFB=-0.013248;REVB=-0.0200208;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219787;STB=0.655832;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00611292;OID=.;OPOS=46642286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:18:18:4:10:7:8:0.444444:1:6:4:0:2:6:5:5 chr16 46655210 . A G 639.25 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120619;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0611;QD=62.3658;RBI=0.0120968;REFB=0;REVB=0.000918035;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65999e-05;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr16 46696284 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.366;QD=61.3342;RBI=0.0328492;REFB=0;REVB=0.0129418;RO=0;SAF=6;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21163e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168857;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:34:6:0:0:34:6:0:0 chr16 46727054 . AG A 46.99 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0421501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.6216;QD=7.5187;RBI=0.0547668;REFB=-0.0500129;REVB=-0.0349681;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.454641;SSSB=0.658095;STB=0.895698;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0744606;OID=.;OPOS=46727055;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:9:25:9:25:16:8:1:4:12:46:16:8:1:4:12 chr16 46773999 . C A 255.87 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0210797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9923;QD=15.992;RBI=0.0224546;REFB=0.00545363;REVB=0.00773679;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132582;STB=0.579345;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00731701;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:32:35:29:29:0.453125:15:14:20:12:15:14:22:13 chr16 47486705 . CAAAAAAG ACAAAAAG,CAAAAAG,CAAAAAGA 229.45 PASS AF=0.0121951,0.621951,0;AO=7,35,4;DP=83;FAO=1,51,0;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=1,25,0;FSAR=0,26,0;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0869584,-0.0194865,-0.0197456;FXX=0.0120467;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=34.087,9.60179,16.781;QD=11.1927;RBI=0.0936526,0.0420872,0.0525378;REFB=-0.0370722,-0.104489,-0.0353968;REVB=-0.0347714,0.0373042,-0.0486861;RO=34;SAF=7,18,0;SAR=0,17,4;SRF=8;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.469697,0;SSSB=0.782761,0.247073,-0.501712;STB=0.994877,0.595492,0.5;STBP=0.133,0.037,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0352927,0.130825,0.0243506;OID=.,.,.;OPOS=47486705,47486706,47486711;OREF=CA,A,AG;OALT=AC,-,GA;OMAPALT=ACAAAAAG,CAAAAAG,CAAAAAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:83:82:34:30:7,35,4:1,51,0:0.0121951,0.621951,0:0,17,4:7,18,0:8:26:0,26,0:1,25,0:7:23 chr16 48122582 . G A 1319.29 PASS AF=0.988506;AO=83;DP=84;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.100606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9995;QD=60.6572;RBI=0.100611;REFB=-0.119808;REVB=-0.00103269;RO=1;SAF=30;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155243;STB=0.507691;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00697705;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:87:1:1:83:86:0.988506:53:30:1:0:54:32:1:0 chr16 48164737 . CT C 99.17 PASS AF=0.833333;AO=11;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0728187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.1268;QD=22.0373;RBI=0.218171;REFB=-0.108345;REVB=0.20566;RO=5;SAF=0;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.799654;STB=0.736424;STBP=0.024;TYPE=del;VARB=0.0695199;OID=.;OPOS=48164738;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:11:18:15:18:3:1:14:2:1:13:5:0:11:1:4 chr16 48234327 . C T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.019091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.759;QD=20.8718;RBI=0.0323434;REFB=-0.0270327;REVB=0.0261081;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624822;STB=0.535178;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.023495;OID=.;OPOS=48234327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:10:10:9:12:10:10 chr16 48258198 . C T 73.85 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0154243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.658;QD=9.84619;RBI=0.0189457;REFB=-0.0158271;REVB=-0.0110014;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200623;STB=0.608469;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.029519;OID=.;OPOS=48258198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:7:3:9:10:7:3:9:11 chr16 48575878 . G A 180.89 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0444285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.167;QD=12.9206;RBI=0.0483171;REFB=-0.00165687;REVB=0.0189907;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250699;STB=0.642738;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00378149;OID=.;OPOS=48575878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:11:11:9:25:11:11:9:25 chr16 49670390 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00570584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.656;QD=18.3451;RBI=0.016787;REFB=-0.00699697;REVB=0.0157876;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195133;STB=0.511098;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00638169;OID=.;OPOS=49670390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:12:6:6:11:12:6 chr16 49672520 . A G 138.49 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0406269;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3346;QD=18.4652;RBI=0.0965723;REFB=-0.035904;REVB=-0.0876108;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148555;STB=0.59899;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0238681;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:15:15:15:0.5:7:8:5:9:7:8:5:10 chr16 50059278 . C CA 228.37 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205153;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=172.006;QD=48.0785;RBI=0.154461;REFB=0;REVB=-0.153092;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000606405;OID=.;OPOS=50059279;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:19:19:0:8:11:0:0:4:17:1:1:7:10 chr16 50059279 . C A,G 200.18 PASS AF=0.842105,0.105263;AO=16,2;DP=19;FAO=16,2;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6,1;FSAR=10,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0278289,0.0242145;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=201.559,144.598;QD=42.1434;RBI=0.0309385,0.0258337;REFB=-0.0966021,-0.163137;REVB=0.0135184,0.00900234;RO=0;SAF=6,1;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.538413,0.665164;STBP=0.294,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.000836788,0.198544;OID=.,.;OPOS=50059279,50059279;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:19:19:0:1:16,2:16,2:0.842105,0.105263:10,1:6,1:0:0:10,1:6,1:1:0 chr16 50069772 . A G 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.357;QD=57.2314;RBI=0.0209926;REFB=0;REVB=-0.0208054;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3002e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr16 50071011 . C CTTTAG 145.82 PASS AF=0.6;AO=13;DP=26;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00589165;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=5;MLLD=257.726;QD=23.3315;RBI=0.00633993;REFB=-0.0141015;REVB=-0.00234162;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474842;STB=0.553121;STBP=0.525;TYPE=ins;VARB=0.00601307;OID=.;OPOS=50071012;OREF=-;OALT=TTTAG;OMAPALT=CTTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:13:26:15:25:10:7:8:6:4:77:10:7:6:6:4 chr16 50263762 . G A 483.77 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.648;QD=58.6383;RBI=0.0489402;REFB=0;REVB=0.0489093;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158002;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr16 50265818 . C T 389.3 PASS AF=0.909091;AO=29;DP=32;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.023813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2603;QD=47.1883;RBI=0.032671;REFB=0.0231626;REVB=-0.0223682;RO=3;SAF=6;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327905;STB=0.512526;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.0320223;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:33:3:3:29:30:0.909091:23:6:1:2:23:7:1:2 chr16 50326661 . A G 1211.6 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467459;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.794;QD=61.3467;RBI=0.0500199;REFB=0;REVB=0.0177994;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05468e-05;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr16 50642201 . G C 784.61 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3311;QD=57.0628;RBI=0.022404;REFB=0;REVB=0.0201498;RO=0;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279906;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:42:13:0:0:42:13:0:0 chr16 50667141 . C G 256.9 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0488573;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=33.7163;QD=20.9715;RBI=0.0701982;REFB=-0.00643923;REVB=0.0504058;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220262;STB=0.601695;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00993108;OID=.;OPOS=50667141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:24:25:25:0.510204:15:10:3:17:15:10:5:19 chr16 50701903 . C T 199.34 PASS AF=0.431373;AO=20;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0565524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.694;QD=15.6345;RBI=0.0577919;REFB=-0.0106887;REVB=-0.0119047;RO=29;SAF=17;SAR=3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455247;STB=0.743557;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0246868;OID=.;OPOS=50701903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:20:22:0.431373:3:17:14:15:4:18:13:16 chr16 51171175 . C T 1274.82 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140494;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3956;QD=61.4373;RBI=0.0499984;REFB=0;REVB=-0.0479839;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75661e-05;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:45:36:0:0:47:36:0:0 chr16 51173559 . G A 141.34 PASS AF=0.404762;AO=14;DP=38;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0394654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.029;QD=13.4608;RBI=0.108518;REFB=-0.0119955;REVB=0.101087;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077004;STB=0.578852;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.04509;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:24:25:14:17:0.404762:8:6:12:12:11:6:12:13 chr16 51175324 . G A 104.07 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.026665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0176;QD=10.9542;RBI=0.0266989;REFB=-0.0137471;REVB=0.00134386;RO=25;SAF=10;SAR=2;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24205;STB=0.575792;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0255734;OID=.;OPOS=51175324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:25:25:12:13:0.342105:2:10:17:8:3:10:17:8 chr16 51705448 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.833;QD=56.9999;RBI=0.00861093;REFB=0;REVB=-0.00130396;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43368e-05;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr16 52472421 . A ATTTCT 170.42 PASS AF=0.34375;AO=20;DP=69;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00361985;FXX=0.0447694;HRUN=3;LEN=5;MLLD=276.855;QD=10.651;RBI=0.0216378;REFB=-0.00687592;REVB=-0.0213328;RO=43;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444596;STB=0.529887;STBP=0.748;TYPE=ins;VARB=0.013772;OID=.;OPOS=52472422;OREF=-;OALT=TTTCT;OMAPALT=ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:20:69:22:64:42:12:10:21:21:99:43:11:9:22:21 chr16 52478206 . C T 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0100824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.834;QD=15.617;RBI=0.0235969;REFB=-0.0113149;REVB=-0.0213344;RO=43;SAF=23;SAR=10;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052932;STB=0.529935;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0156378;OID=.;OPOS=52478206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:10:23:28:15:10:23:28:15 chr16 52478215 . C T 294.51 PASS AF=0.423077;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0136523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.525;QD=15.103;RBI=0.0141123;REFB=-0.0140856;REVB=-0.00357359;RO=44;SAF=23;SAR=9;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985564;STB=0.557067;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0298527;OID=.;OPOS=52478215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:32:33:0.423077:9:23:28:16:9:24:29:16 chr16 53283966 . G A 233.23 PASS AF=0.5;AO=21;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00255815;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.577;QD=20.2811;RBI=0.0209564;REFB=-0.0191484;REVB=0.0207997;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061468;STB=0.521803;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0223958;OID=.;OPOS=53283966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:23:21:23:0.5:10:11:11:13:12:11:10:13 chr16 53325691 . G A 159.5 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.02016;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.116;QD=16.7892;RBI=0.02044;REFB=-0.00925961;REVB=0.00337125;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00541022;STB=0.503102;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0153806;OID=.;OPOS=53325691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:10:11:9:8:10:11 chr16 53326860 . G A 273.11 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00807285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.361;QD=18.5157;RBI=0.0199415;REFB=-0.0317012;REVB=-0.0182344;RO=28;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147643;STB=0.57826;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.024961;OID=.;OPOS=53326860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:29:29:30:0.508475:9:20:15:13:10:20:15:14 chr16 53341748 . T G 287.02 PASS AF=0.447368;AO=30;DP=72;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00858206;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9863;QD=15.1065;RBI=0.0107283;REFB=-0.0239353;REVB=0.00643781;RO=34;SAF=6;SAR=24;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2254;STB=0.569378;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0491741;OID=.;OPOS=53341748;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:34:42:30:34:0.447368:24:6:13:21:24:10:17:25 chr16 53358439 . A G 267.94 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0170718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3891;QD=35.7258;RBI=0.0384918;REFB=-0.0336524;REVB=0.0344989;RO=7;SAF=12;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161132;STB=0.587822;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00661912;OID=.;OPOS=53358439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:7:7:23:23:0.766667:11:12:1:6:11:12:1:6 chr16 53371463 . A G 98.18 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0456015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.247;QD=14.0263;RBI=0.074083;REFB=-0.00402652;REVB=-0.0583848;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443493;STB=0.763399;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00348386;OID=.;OPOS=53371463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:10:2:9:7:10:2:9:7 chr16 53396356 . T C 768.99 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7037;QD=56.9625;RBI=0.094472;REFB=0;REVB=0.0938817;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101232;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:20:32:0:0:22:32:0:0 chr16 53404203 . C A 453.79 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0670304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5088;QD=55.0043;RBI=0.124072;REFB=0.00541176;REVB=-0.104406;RO=1;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183157;STB=0.509798;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0037069;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:25:7:0:1:25:7:0:1 chr16 53503934 . G A 154.17 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00805232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0906;QD=10.6323;RBI=0.0570641;REFB=-0.0202777;REVB=-0.0564931;RO=38;SAF=12;SAR=8;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614039;STB=0.503594;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0511514;OID=.;OPOS=53503934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:8:12:23:15:8:12:23:15 chr16 53504721 . T C 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.016685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.354;QD=13.8993;RBI=0.0195236;REFB=0.00452939;REVB=0.0101381;RO=34;SAF=7;SAR=17;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364462;STB=0.70816;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00791319;OID=.;OPOS=53504721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:17:7:22:12:17:7:22:12 chr16 53513055 . T C 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0290376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9258;QD=17.3201;RBI=0.0459526;REFB=0.00448163;REVB=0.0356154;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184693;STB=0.606161;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00216905;OID=.;OPOS=53513055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:9:9:5:11:9:9 chr16 53524861 . A G 820.95 PASS AF=0.535484;AO=81;DP=154;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0148302;FXX=0.00640985;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.472;QD=21.1859;RBI=0.0153023;REFB=-0.0095995;REVB=-0.00377189;RO=70;SAF=32;SAR=49;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787778;STB=0.542711;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00964465;OID=.;OPOS=53524861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:70:72:81:83:0.535484:49:32:34:36:49:34:36:36 chr16 53639438 . C T 508.13 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0629523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.85;QD=20.7401;RBI=0.0797071;REFB=-0.00261192;REVB=-0.0488899;RO=48;SAF=31;SAR=18;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159595;STB=0.593831;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00236927;OID=.;OPOS=53639438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:49:49:49:0.5:18:31:22:26:18:31:22:27 chr16 53671754 . C T 66.74 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0369505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0802;QD=11.1239;RBI=0.0440087;REFB=-0.0153359;REVB=-0.0239045;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555787;STB=0.545351;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0254517;OID=.;OPOS=53671754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:24:24:13:15:9:9:0.375:6:3:5:8:6:3:6:9 chr16 53945351 . G A 244.39 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.00837179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.632;QD=13.2103;RBI=0.0104481;REFB=-0.0105868;REVB=0.006251;RO=45;SAF=8;SAR=21;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744988;STB=0.542345;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0153382;OID=.;OPOS=53945351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:21:8:10:35:21:8:10:35 chr16 54967096 . C A 235.33 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=-0.0140486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.668;QD=15.4314;RBI=0.0183642;REFB=0.00882446;REVB=0.0118272;RO=34;SAF=3;SAR=24;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140561;STB=0.580579;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00743044;OID=.;OPOS=54967096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:24:3:6:28:24:3:6:28 chr16 55325435 . C CG 500.91 PASS AF=1;AO=6;DP=40;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052654;FXX=0.0270197;HRUN=0;LEN=1;MLLD=133.039;QD=55.6566;RBI=0.0793334;REFB=0;REVB=-0.0593409;RO=32;SAF=6;SAR=0;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.777052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000590461;OID=.;OPOS=55325436;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:40:36:36:0:12:24:0:0:4:32:6:0:7:25 chr16 55325436 . C G 372.98 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0157173;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=145.269;QD=36.3879;RBI=0.0229779;REFB=-0.0393476;REVB=0.0167616;RO=10;SAF=5;SAR=25;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375655;STB=0.721481;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000529066;OID=.;OPOS=55325436;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:41:10:11:30:30:0.731707:25:5:8:2:25:5:9:2 chr16 55325445 . T TC 32.35 PASS AF=0.257143;AO=11;DP=36;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0783715;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=33.3106;QD=3.69697;RBI=0.160372;REFB=-0.0352201;REVB=-0.139919;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374598;STB=0.7495;STBP=0.116;TYPE=ins;VARB=0.154393;OID=.;OPOS=55325446;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143:11:36:9:35:26:6:3:8:18:32:24:7:4:7:17 chr16 55325460 . T C 533.09 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268487;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4962;QD=57.6311;RBI=0.0479245;REFB=0.033766;REVB=-0.0396977;RO=1;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191068;STB=0.510198;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00549827;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:24:12:0:1:24:12:0:1 chr16 55523705 . T C 600.51 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023322;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.633;QD=61.5908;RBI=0.0449255;REFB=0;REVB=0.0383978;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593424;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr16 55539614 . A C 35.07 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00503174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.093;QD=10.7893;RBI=0.0153963;REFB=-0.000132111;REVB=0.0145508;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430337;STB=0.809724;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00021807;OID=.;OPOS=55539614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:13:13:8:7:5:6:0.461538:4:1:5:3:5:1:5:2 chr16 55562466 . G A 890.2 PASS AF=0.52071;AO=88;DP=169;FAO=88;FDP=169;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=-0.0253465;FXX=0.0116952;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.722;QD=21.0699;RBI=0.0260699;REFB=-0.0229484;REVB=-0.00609866;RO=79;SAF=37;SAR=51;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477215;STB=0.530995;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.026175;OID=.;OPOS=55562466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:79:81:88:88:0.52071:51:37:29:50:51:37:29:52 chr16 55601388 . A G 282.26 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0183695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.51;QD=22.5805;RBI=0.0190351;REFB=-0.0413013;REVB=-0.00498972;RO=24;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270783;STB=0.51514;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0230329;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:17:9:9:15:17:9:9:15 chr16 55731835 . G A 120.98 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00374989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.8249;QD=9.13072;RBI=0.0193485;REFB=0.000279559;REVB=-0.0189817;RO=35;SAF=2;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476203;STB=0.782192;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00061669;OID=.;OPOS=55731835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:35:37:16:16:0.301887:14:2:16:19:14:2:16:21 chr16 55844927 . A C 117.02 PASS AF=0.631579;AO=16;DP=23;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00218411;FXX=0.173837;HRUN=14;LEN=1;MLLD=150.829;QD=24.6352;RBI=0.0211898;REFB=-0.0290984;REVB=-0.021077;RO=7;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496334;STB=0.557426;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0062069;OID=.;OPOS=55844927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:23:19:7:7:16:12:0.631579:7:9:4:3:7:5:4:3 chr16 55880480 . A C 398.52 PASS AF=0.525641;AO=39;DP=79;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0193601;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.9059;QD=20.437;RBI=0.0436831;REFB=-0.0270118;REVB=0.0391587;RO=35;SAF=12;SAR=27;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620954;STB=0.53268;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0419017;OID=.;OPOS=55880480;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:35:37:39:41:0.525641:27:12:13:22:29:12:13:24 chr16 55880534 . G C 421.35 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0114828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.19;QD=23.4083;RBI=0.0216026;REFB=-0.0201189;REVB=0.018298;RO=30;SAF=10;SAR=31;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176726;STB=0.592637;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0159438;OID=.;OPOS=55880534;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:31:41:41:0.569444:31:10:13:17:31:10:13:18 chr16 55883618 . T C 1408.83 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0035839;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.834;QD=61.9267;RBI=0.00503454;REFB=0.0178666;REVB=-0.00353585;RO=1;SAF=33;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141437;STB=0.507245;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000987942;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:1:1:89:90:0.989011:56:33:1:0:56:34:1:0 chr16 55897289 . C T 497.88 PASS AF=0.434109;AO=48;DP=121;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0980162;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8824;QD=15.4381;RBI=0.111123;REFB=-0.0425169;REVB=0.0523569;RO=72;SAF=13;SAR=35;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176723;STB=0.529521;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0560089;OID=.;OPOS=55897289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:129:72:73:48:56:0.434109:35:13:30:42:35:21:31:42 chr16 55905636 . A G 909.68 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00961744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4699;QD=57.7574;RBI=0.0114562;REFB=0;REVB=0.00622495;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226063;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:26:36:0:0:27:36:0:0 chr16 55907811 . C T 229.59 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0891651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.154;QD=16.399;RBI=0.0894446;REFB=-0.018384;REVB=-0.00706473;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155735;STB=0.56978;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0204645;OID=.;OPOS=55907811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:30:25:26:0.464286:13:12:10:21:14:12:10:20 chr16 56228066 . A G,T 1150.88 PASS AF=0.961039,0.038961;AO=74,3;DP=77;FAO=74,3;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34,2;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567761,-0.00607944;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.027,109.403;QD=59.7859;RBI=0.0569265,0.0126327;REFB=0,0;REVB=-0.00413596,-0.0110737;RO=0;SAF=34,2;SAR=40,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00237622,0.0352651;OID=.,.;OPOS=56228066,56228066;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:77:77:0:0:74,3:74,3:0.961039,0.038961:40,1:34,2:0:0:40,1:34,2:0:0 chr16 56228098 . GC CG 55.56 PASS AF=0.2;AO=15;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.119545;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=51.0755;QD=3.41923;RBI=0.140123;REFB=-0.0177819;REVB=-0.0730987;RO=39;SAF=13;SAR=2;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602604;STB=0.932711;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.149613;OID=.;OPOS=56228098;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:65:65:39:52:15:13:0.2:2:13:14:25:1:12:18:34 chr16 56368689 . C T 715.22 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.23;QD=60.8699;RBI=0.0347248;REFB=-0.0177799;REVB=0.0322243;RO=1;SAF=11;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132465;STB=0.507039;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000114756;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:35:11:0:1:35:11:0:1 chr16 56395610 . G A 138.27 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0065852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.525;QD=8.9209;RBI=0.00713659;REFB=-0.00909946;REVB=-0.00275065;RO=42;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080684;STB=0.554738;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.025911;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:42:43:19:19:0.306452:10:9:17:25:10:9:17:26 chr16 56396486 . C T 324.46 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00190375;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.526;QD=27.6136;RBI=0.0297145;REFB=-0.0342869;REVB=-0.0296535;RO=19;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721598;STB=0.539849;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0277014;OID=.;OPOS=56396486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:16:12:10:9:16:12:10:9 chr16 56510299 . A C 244.71 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0849293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5948;QD=31.575;RBI=0.0850003;REFB=0.00418901;REVB=-0.00347233;RO=9;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534893;STB=0.529385;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.000413361;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:31:31:9:9:22:22:0.709677:12:10:5:4:12:10:5:4 chr16 56545175 . T C 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00921992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.292;QD=21.5447;RBI=0.0194249;REFB=-0.00380362;REVB=0.0170974;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531474;STB=0.530077;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00318333;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:5:5:6:8:5:5 chr16 56548501 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.245;QD=57.2016;RBI=0.0374254;REFB=0;REVB=0.0261047;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254358;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr16 56601720 . A G 254.3 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0363397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7056;QD=15.6494;RBI=0.0364395;REFB=-0.00383486;REVB=0.00269554;RO=37;SAF=17;SAR=11;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103513;STB=0.579723;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00311488;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:36:28:29:0.446154:11:17:26:11:12:17:26:10 chr16 56601722 . T C 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.01058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4943;QD=15.7378;RBI=0.0149792;REFB=0.00173999;REVB=0.0106038;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131952;STB=0.579723;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00254943;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:12:17:25:10:12:17:26:10 chr16 56651456 . C A 336.94 PASS AF=0.634615;AO=32;DP=51;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0102875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.322;QD=25.9183;RBI=0.0134477;REFB=-0.0334782;REVB=0.0086607;RO=18;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129507;STB=0.553456;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0160524;OID=.;OPOS=56651456;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:18:19:32:33:0.634615:17:15:12:6:17:16:12:7 chr16 56652072 . GTTTTTC GTTTTC,GTTTTCG 30.42 PASS AF=0.363636,0;AO=5,2;DP=22;FAO=8,0;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00189831,-0.108384;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=14.6704,78.0993;QD=5.53161;RBI=0.0924683,0.110401;REFB=-0.0878258,-0.0450408;REVB=-0.0924488,-0.0210049;RO=13;SAF=1,2;SAR=4,0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.324286,0.569211;STB=0.581189,0.5;STBP=0.592,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.126748,0.0378069;OID=.,.;OPOS=56652073,56652077;OREF=T,TC;OALT=-,CG;OMAPALT=GTTTTC,GTTTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0:5,2:22:8,0:22:14:3,0:5,0:7:7:30:13:1,2:4,0:6:7 chr16 56660841 . C T 152.34 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0145519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.046;QD=21.0125;RBI=0.0604754;REFB=-0.0365311;REVB=0.0586985;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803505;STB=0.545398;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0567692;OID=.;OPOS=56660841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:7:6:9:7:7:6 chr16 56667242 . T A 81.92 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00201747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.079;QD=18.2043;RBI=0.0213738;REFB=-0.037806;REVB=-0.0212784;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167675;STB=0.597357;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0461255;OID=.;OPOS=56667242;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:4:4:7:3:4:4 chr16 56667282 . C A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00770185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.202;QD=55.6561;RBI=0.0309308;REFB=0;REVB=0.0299565;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44631e-05;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr16 56686470 . C T 170.05 PASS AF=0.353846;AO=21;DP=63;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0247867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.801;QD=10.4647;RBI=0.0275306;REFB=-0.00265771;REVB=0.0119812;RO=42;SAF=13;SAR=8;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563013;STB=0.504084;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0372046;OID=.;OPOS=56686470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:42:42:21:23:0.353846:8:13:24:18:10:13:24:18 chr16 56686471 . G T 452.07 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0275444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.621;QD=27.8196;RBI=0.0275742;REFB=-0.00639888;REVB=-0.00128271;RO=23;SAF=24;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00411578;STB=0.502241;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0661586;OID=.;OPOS=56686471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:23:42:42:0.646154:18:24:13:10:18:24:13:10 chr16 56855496 . C G 721.16 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.257;QD=62.7092;RBI=0.0696243;REFB=0;REVB=0.0486236;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499215;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:29:16:0:0:29:17:0:0 chr16 56901065 . A G 860.86 PASS AF=0.968254;AO=50;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.026828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.102;QD=54.658;RBI=0.103527;REFB=-0.0643996;REVB=0.0999907;RO=2;SAF=24;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376207;STB=0.519993;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000809872;OID=.;OPOS=56901065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:50:61:0.968254:26:24:2:0:37:24:2:0 chr16 56904587 . C G 428.84 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6066;QD=57.1783;RBI=0.0341819;REFB=0;REVB=0.029806;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275907;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr16 56906626 . C T 739.72 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.123982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1206;QD=54.794;RBI=0.131743;REFB=-0.0966844;REVB=0.0445497;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018468;STB=0.5098;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00490235;OID=.;OPOS=56906626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:25:27:0:1:25:28:0:1 chr16 56919235 . G A 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00162681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.16;QD=13.5804;RBI=0.00503924;REFB=-0.0164207;REVB=-0.00476943;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489516;STB=0.502854;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0291556;OID=.;OPOS=56919235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:10:18:11:6:10:18 chr16 56920969 . C T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0218346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.182;QD=21.9446;RBI=0.0388611;REFB=-0.0302762;REVB=0.032147;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098321;STB=0.555485;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0267723;OID=.;OPOS=56920969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:6:6:10:6:6:6 chr16 56928519 . C T 352.88 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0014427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.39;QD=18.8204;RBI=0.00204862;REFB=-0.0143686;REVB=-0.00145446;RO=38;SAF=11;SAR=26;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245941;STB=0.637471;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0161877;OID=.;OPOS=56928519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:26:11:21:17:26:11:21:17 chr16 56933519 . G A 263.82 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0150551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.906;QD=16.4889;RBI=0.0220934;REFB=-0.0220083;REVB=-0.0161698;RO=28;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459379;STB=0.573226;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0221037;OID=.;OPOS=56933519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:28:34:29:30:0.46875:10:19:17:11:11:19:17:17 chr16 56938387 . C T 158.85 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0212378;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4849;QD=9.92836;RBI=0.0352487;REFB=-0.00386776;REVB=-0.0281323;RO=43;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390305;STB=0.522914;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00600886;OID=.;OPOS=56938387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:43:43:21:21:0.328125:12:9:17:26:12:9:17:26 chr16 56966011 . G A 761.54 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0193797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.26;QD=52.5203;RBI=0.0428242;REFB=-0.178782;REVB=0.0381882;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171391;STB=0.517235;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00147094;OID=.;OPOS=56966011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:58:1:2:55:56:0.965517:27:28:0:1:28:28:0:2 chr16 56966071 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.379;QD=56.7063;RBI=0.0267412;REFB=0;REVB=0.0206971;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31797e-05;OID=.;OPOS=56966071;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr16 56969148 . G A 169.3 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0174941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8788;QD=16.5173;RBI=0.0193619;REFB=-0.0247553;REVB=-0.00829715;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266556;STB=0.634008;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0479283;OID=.;OPOS=56969148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:8:9:6:17:9:9:6:17 chr16 57005937 . ACAT A 52.81 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00820018;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=159.771;QD=7.54406;RBI=0.0265836;REFB=-0.00435729;REVB=0.0252873;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131357;STB=0.51882;STBP=0.9;TYPE=del;VARB=0.0166891;OID=.;OPOS=57005938;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:7:27:8:28:20:5:3:12:8:52:18:5:2:11:7 chr16 57016092 . G A 201.07 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0218412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2998;QD=14.11;RBI=0.0548305;REFB=-0.0171625;REVB=0.0502926;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128134;STB=0.586132;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0367196;OID=.;OPOS=57016092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:33:23:24:0.421053:7:16:18:13:7:17:19:14 chr16 57059427 . C T 134.03 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00732238;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.735;QD=14.1086;RBI=0.0416512;REFB=-0.00368321;REVB=-0.0410025;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665023;STB=0.546039;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00646055;OID=.;OPOS=57059427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:20:23:15:15:0.394737:8:7:8:12:8:7:9:14 chr16 57060340 . T C 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.027509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1239;QD=40.6383;RBI=0.0303908;REFB=0.0327762;REVB=0.0129172;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100543;STB=0.555473;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.020628;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:4:10:0:1:4:10:0:1 chr16 57060353 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.219;QD=42.1826;RBI=0.0340783;REFB=0;REVB=-0.0340213;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000888505;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr16 57067595 . A T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.000614282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.628;QD=14.1389;RBI=0.0426322;REFB=-0.0243167;REVB=0.0426278;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489896;STB=0.785306;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0561674;OID=.;OPOS=57067595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:11:3:14:6:11:3:14:6 chr16 57068106 . AC GT 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00552393;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.797;QD=20.2683;RBI=0.0127651;REFB=0.0119447;REVB=0.011508;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849174;STB=0.547899;STBP=0.555;TYPE=mnp;VARB=-0.00980299;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:12:9:11:10:12:9:11:10 chr16 57071113 . TA CG,TG 527.22 PASS AF=0.594595,0.405405;AO=22,13;DP=37;FAO=22,15;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11,5;FSAR=11,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164685,0.0192684;FXX=0.0263089;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=99.0058,79.7908;QD=56.9964;RBI=0.0475647,0.0751988;REFB=0,0;REVB=-0.0475362,-0.0726883;RO=0;SAF=11,4;SAR=11,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000199903,0.0200131;OID=.,.;OPOS=57071113,57071114;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:37:37:0:0:22,13:22,15:0.594595,0.405405:11,9:11,4:0:0:11,10:11,5:0:0 chr16 57073683 . G C 779.58 PASS AF=1;AO=40;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.566;QD=63.6393;RBI=0.0328976;REFB=0;REVB=0.00622973;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475419;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:40:49:1:18:22:0:0:19:30:0:0 chr16 57095775 . C T 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0197993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.94;QD=18.2484;RBI=0.0275768;REFB=-0.0363617;REVB=0.0191954;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459857;STB=0.526276;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0218903;OID=.;OPOS=57095775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:4:8:8:5:4:8 chr16 57188286 . G A 586.76 PASS AF=0.536364;AO=58;DP=109;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.060795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.671;QD=21.3366;RBI=0.0626239;REFB=-0.0419121;REVB=0.0150242;RO=51;SAF=25;SAR=33;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860429;STB=0.543464;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0284299;OID=.;OPOS=57188286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:51:51:58:59:0.536364:33:25:17:34:34:25:17:34 chr16 57392733 . A C 90.71 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0304968;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3647;QD=13.4389;RBI=0.0764051;REFB=-0.0492184;REVB=-0.0700548;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191357;STB=0.586057;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0600573;OID=.;OPOS=57392733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:28:27:15:16:11:11:0.407407:5:6:11:4:5:6:11:5 chr16 57689385 . C G 225.53 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.00580066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.689;QD=11.0014;RBI=0.00824875;REFB=-0.000647909;REVB=-0.00586466;RO=49;SAF=16;SAR=12;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166617;STB=0.565172;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00132872;OID=.;OPOS=57689385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:54:28:28:0.341463:12:16:35:14:12:16:36:18 chr16 57689883 . T C 194.29 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0402603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4273;QD=24.286;RBI=0.0472194;REFB=-0.0151046;REVB=-0.0246734;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125965;STB=0.507035;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00846893;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:12:7:5:8:12:7:5:8 chr16 57698931 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6529;QD=49.598;RBI=0.0313922;REFB=0;REVB=-0.00328071;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054534;OID=.;OPOS=57698931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr16 57735900 . G C 690.78 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.002926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.656;QD=54.1792;RBI=0.0297008;REFB=0.116533;REVB=-0.0295563;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218744;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000225797;OID=.;OPOS=57735900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:1:1:48:50:0.980392:21:27:0:1:22:28:0:1 chr16 57760824 . C G,T 324.08 PASS AF=0.0384615,0.923077;AO=2,23;DP=26;FAO=1,24;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=0,12;FSAR=1,12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0526746,0.0478196;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=46.3029,107.629;QD=49.8578;RBI=0.0532738,0.0735233;REFB=-0.129329,-0.0966508;REVB=0.00796787,0.0558477;RO=0;SAF=1,11;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.989913,0.519983;STBP=0.496,0.509;TYPE=snp,snp;VARB=0.123979,0.0040215;OID=.,.;OPOS=57760824,57760824;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:26:26:0:1:2,23:1,24:0.0384615,0.923077:1,12:1,11:0:0:1,12:0,12:1:0 chr16 57762401 . T C 1103.37 PASS AF=0.986842;AO=72;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110823;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.025;QD=58.0722;RBI=0.0316334;REFB=-0.00705899;REVB=0.0296286;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126112;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00154356;OID=.;OPOS=57762401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:1:1:72:75:0.986842:37:35:0:1:40:35:0:1 chr16 57786517 . C T 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0114203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.705;QD=13.4057;RBI=0.0161887;REFB=-0.0151972;REVB=0.011474;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131886;STB=0.575321;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0169851;OID=.;OPOS=57786517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:11:12:22:12:11:12:22:12 chr16 57786711 . C T 173.52 PASS AF=0.529412;AO=16;DP=32;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00671491;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.491;QD=20.4137;RBI=0.0214894;REFB=-0.0406459;REVB=0.0204134;RO=16;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767521;STB=0.524246;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0364053;OID=.;OPOS=57786711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:16:16:16:18:0.529412:4:12:13:3:4:14:13:3 chr16 57795394 . G A 208.0 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00827095;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.25;QD=23.7714;RBI=0.0123709;REFB=-0.0253527;REVB=-0.00919945;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159973;STB=0.521718;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0138347;OID=.;OPOS=57795394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:11:9:6:8:11:9:6:9 chr16 57805176 . A G 307.01 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0237442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.447;QD=18.0591;RBI=0.0250522;REFB=-0.0183872;REVB=0.00798932;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12257;STB=0.561288;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0407349;OID=.;OPOS=57805176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:35:33:33:0.485294:14:19:15:19:14:19:16:19 chr16 57937788 . T C 720.44 PASS AF=0.534351;AO=67;DP=128;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0166955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8464;QD=21.9983;RBI=0.0251123;REFB=-0.0196777;REVB=0.0187587;RO=61;SAF=22;SAR=45;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220612;STB=0.62691;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0437574;OID=.;OPOS=57937788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:61:61:67:70:0.534351:45:22:35:26:48:22:35:26 chr16 57937856 . G C,T 1119.02 PASS AF=0.358696,0.543478;AO=32,51;DP=91;FAO=33,50;FDP=92;FR=.;FRO=9;FSAF=18,16;FSAR=15,34;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0834812,0.0208126;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.3948,156.006;QD=48.653;RBI=0.0935083,0.026175;REFB=-0.193071,-0.0964242;REVB=0.0421271,0.0158735;RO=5;SAF=17,16;SAR=15,35;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119227,-0.126552;STB=0.575177,0.592985;STBP=0.08,0.003;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00303081,0.0226167;OID=.,.;OPOS=57937856,57937856;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:91:92:5:9:32,51:33,50:0.358696,0.543478:15,35:17,16:5:0:15,34:18,16:8:1 chr16 57950057 . G A 988.16 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4557;QD=58.9946;RBI=0.0107425;REFB=0;REVB=-0.0027227;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02923e-05;OID=.;OPOS=57950057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:22:43:0:0:22:45:0:0 chr16 57996960 . C T 357.98 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0343;QD=55.0743;RBI=0.139626;REFB=0;REVB=-0.00799749;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128311;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:25:26:1:16:9:1:0:16:10:0:0 chr16 58030634 . C T 207.25 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00440162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.428;QD=24.3829;RBI=0.00448886;REFB=-0.00891433;REVB=0.000880642;RO=14;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292812;STB=0.670854;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00507906;OID=.;OPOS=58030634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:14:19:20:0.588235:16:3:6:8:17:3:6:8 chr16 58030741 . G A 93.0 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0685089;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.302;QD=19.5795;RBI=0.0929725;REFB=-0.0396446;REVB=0.0628524;RO=8;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368125;STB=0.726749;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0239298;OID=.;OPOS=58030741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:18:19:8:8:10:11:0.578947:9:1:3:5:10:1:3:5 chr16 58073845 . C T 557.93 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00195493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3228;QD=25.6519;RBI=0.0130429;REFB=0.00885081;REVB=-0.0128955;RO=36;SAF=39;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193849;STB=0.606622;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00761494;OID=.;OPOS=58073845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:36:51:51:0.586207:12:39:20:16:12:39:20:16 chr16 58079165 . G A 78.53 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0298812;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.131;QD=13.0885;RBI=0.0302247;REFB=-0.00729725;REVB=-0.00454377;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468762;STB=0.562383;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0109531;OID=.;OPOS=58079165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:24:8:14:10:10:0.416667:3:7:6:2:3:7:11:3 chr16 58080009 . C T 78.59 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0681779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4409;QD=14.9703;RBI=0.121294;REFB=-0.0188095;REVB=0.100319;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20973;STB=0.622399;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0295365;OID=.;OPOS=58080009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:4:7:4:6:4:7 chr16 58191966 . C T 610.54 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00905536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9599;QD=61.0539;RBI=0.0925501;REFB=0;REVB=0.092106;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895797;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:37:40:1:18:19:0:0:21:19:0:0 chr16 58314433 . T C 337.74 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.000721018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2532;QD=17.7756;RBI=0.0755736;REFB=-0.0355406;REVB=0.0755702;RO=39;SAF=10;SAR=26;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238823;STB=0.628957;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0412289;OID=.;OPOS=58314433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:26:10:20:19:26:10:20:20 chr16 58314598 . C T 338.08 PASS AF=0.586207;AO=32;DP=57;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0252999;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.622;QD=23.3157;RBI=0.0279769;REFB=-0.0578101;REVB=0.0119425;RO=23;SAF=16;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164826;STB=0.512188;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0369656;OID=.;OPOS=58314598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:23:24:32:34:0.586207:16:16:12:11:18:16:12:12 chr16 58318604 . T C 148.59 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00483516;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.275;QD=11.6541;RBI=0.017417;REFB=-0.018443;REVB=-0.0167324;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983387;STB=0.568553;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0318776;OID=.;OPOS=58318604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:34:33:18:18:0.352941:9:9:14:20:9:9:13:20 chr16 58327646 . A G 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1313;QD=57.2314;RBI=0.0259156;REFB=0;REVB=-0.00611746;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184342;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr16 58545426 . A G 1545.62 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.635;QD=63.7367;RBI=0.0360556;REFB=0;REVB=0.0305352;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30402e-05;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:47:49:0:0:47:50:0:0 chr16 58550484 . G A,C 707.13 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=42,4;DP=46;FAO=42,4;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=9,4;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346974,0.0257581;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.558,46.7792;QD=61.4898;RBI=0.0550094,0.027291;REFB=0,0;REVB=0.0426863,0.00901762;RO=0;SAF=9,4;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.27702e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00612563,0.0407116;OID=.,.;OPOS=58550484,58550484;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:46:46:0:0:42,4:42,4:0.913043,0.0869565:33,0:9,4:0:0:33,0:9,4:0:0 chr16 58552921 . G A 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.956;QD=59.0421;RBI=0.0370878;REFB=-0.0673425;REVB=0.0158403;RO=1;SAF=13;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347212;STB=0.518509;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00152501;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:28:13:1:0:28:13:1:0 chr16 58577421 . C T 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.668;QD=50.4086;RBI=0.0525469;REFB=0;REVB=0.052294;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215092;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr16 58579274 . C T 1780.61 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.985;QD=60.8755;RBI=0.079358;REFB=0;REVB=0.0603005;RO=0;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207794;OID=.;OPOS=58579274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:117:0:0:111:117:1:44:67:0:0:46:71:0:0 chr16 58743454 . A C 307.54 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0116236;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.504;QD=26.7426;RBI=0.0145547;REFB=0.00385326;REVB=0.00875954;RO=19;SAF=19;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187528;STB=0.60416;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0037537;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:8:19:9:10:8:19:9:10 chr16 58750604 . G A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.026136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1533;QD=17.0998;RBI=0.0548188;REFB=-0.0473624;REVB=-0.0481872;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186103;STB=0.605131;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0288712;OID=.;OPOS=58750604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:13:2:4:10:13:2 chr16 58757668 . A C 137.82 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.000231314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.329;QD=10.0236;RBI=0.00422633;REFB=-0.0183518;REVB=0.00421999;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480702;STB=0.528424;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0211633;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:10:8:18:19:10:8:18:19 chr16 58757683 . A G 231.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00410312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.719;QD=12.3464;RBI=0.00749343;REFB=0.000431318;REVB=0.00627024;RO=46;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469466;STB=0.534881;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.000779694;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:47:28:28:0.373333:17:11:20:26:17:11:21:26 chr16 58804449 . T C 133.18 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0564471;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0947;QD=22.1959;RBI=0.0604636;REFB=-0.0484787;REVB=-0.0216698;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199914;STB=0.624843;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0283397;OID=.;OPOS=58804449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:24:9:10:14:14:0.583333:9:5:1:8:9:5:1:9 chr16 61777269 . C A 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0114506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.111;QD=17.1669;RBI=0.0115119;REFB=-0.0319967;REVB=-0.00118642;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106531;STB=0.559778;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0379686;OID=.;OPOS=61777269;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:13:16:14:18:13:16:14:18 chr16 64980818 . C T 548.43 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.117;QD=57.7295;RBI=0.0530269;REFB=-0.139166;REVB=0.0446076;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124728;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:1:0:37:38:1:20:17:0:1:21:17:0:0 chr16 65016087 . A C 1434.32 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1825;QD=63.0471;RBI=0.0265149;REFB=0;REVB=-0.00159188;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172743;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:47:43:0:0:48:43:0:0 chr16 65022234 . C T 215.29 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.012338;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.27;QD=12.8531;RBI=0.0341717;REFB=-0.0204408;REVB=-0.0318665;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280922;STB=0.516117;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0216146;OID=.;OPOS=65022234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:41:26:26:0.38806:14:12:20:21:14:12:20:21 chr16 66420885 . C T 754.22 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.744;QD=56.9224;RBI=0.0114925;REFB=0;REVB=0.011431;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38075e-05;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr16 66432423 . TC CT 547.16 PASS AF=1;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787899;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.293;QD=59.1528;RBI=0.0445367;REFB=0;REVB=0.0438342;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000268942;OID=.;OPOS=66432423;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:18:19:0:0 chr16 66575868 . C T 174.05 PASS AF=0.5;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00642371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.497;QD=19.3391;RBI=0.00669644;REFB=-0.00331099;REVB=0.00189165;RO=17;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132909;STB=0.565142;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00324704;OID=.;OPOS=66575868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:18:18:18:0.5:13:5:7:10:13:5:7:11 chr16 66765067 . G A 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.000872296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.624;QD=22.884;RBI=0.017096;REFB=-0.02379;REVB=0.0170738;RO=29;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108978;STB=0.559968;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0200315;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:21:17:17:12:21:17:17:12 chr16 66792714 . T C 77.26 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0492963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0716;QD=13.4364;RBI=0.0625985;REFB=-0.0151964;REVB=0.0385803;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872281;STB=0.505144;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0270367;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:4:9:7:3:4:9 chr16 66812797 . C T 279.78 PASS AF=0.469697;AO=29;DP=64;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.111681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.243;QD=16.9566;RBI=0.111913;REFB=-0.0147613;REVB=0.00719702;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141093;STB=0.576388;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0133159;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:35:35:29:31:0.469697:15:14:22:13:16:15:22:13 chr16 66949984 . G GC 35.76 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.216816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.4934;QD=6.50114;RBI=0.273586;REFB=-0.00753665;REVB=0.166855;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623591;STB=0.642522;STBP=0.456;TYPE=ins;VARB=0.104053;OID=.;OPOS=66949985;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:6:22:7:22:15:5:2:13:2:35:15:5:1:12:3 chr16 66968236 . AG A 111.41 PASS AF=0.933333;AO=8;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.184433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.1344;QD=29.7088;RBI=0.197044;REFB=-0.0381216;REVB=-0.0693594;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.426471;SSSB=0.0589957;STB=0.519972;STBP=0.655;TYPE=del;VARB=0.0396889;OID=.;OPOS=66968237;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:8:15:14:15:1:2:12:0:1:5:1:1:7:0:1 chr16 67070577 . GTTTT GTTTC,GTTT 241.7 PASS AF=0.5,0.5;AO=4,6;DP=31;FAO=14,14;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812765,0.123041;FXX=0.096743;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=163.569,8.44641;QD=34.5281;RBI=0.115925,0.461631;REFB=0,0;REVB=0.0826602,0.444931;RO=7;SAF=4,0;SAR=0,6;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0.448276;SSEP=0,0;SSSB=0.819748,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.032423,0.00356931;OID=.,.;OPOS=67070581,67070578;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=GTTTC,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.5:4,6:31:14,14:28:0:14,1:0,13:0:0:99:7:4,0:0,6:0:7 chr16 67132862 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00444184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.744;QD=17.9407;RBI=0.0121053;REFB=-0.0141695;REVB=-0.0112609;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203619;STB=0.586645;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0139332;OID=.;OPOS=67132862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:22:19:19:0.463415:10:9:14:6:10:9:14:8 chr16 67181999 . A G 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00468958;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.392;QD=18.6373;RBI=0.00927901;REFB=-0.00960866;REVB=0.00800674;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562335;STB=0.53196;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00894208;OID=.;OPOS=67181999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:6:10:9:7:6:10 chr16 67233266 . A C 508.39 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0392362;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2379;QD=22.5951;RBI=0.159313;REFB=-0.0429007;REVB=-0.154406;RO=23;SAF=18;SAR=30;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168459;STB=0.504503;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0301874;OID=.;OPOS=67233266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:23:41:48:48:0.533333:30:18:15:8:30:18:15:26 chr16 67409229 . T C,TC 35.57 PASS AF=0,0.147541;AO=8,12;DP=63;FAO=0,9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.102318,-0.0803156;FXX=0.031741;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=108.986,90.8248;QD=2.33264;RBI=0.102338,0.0803265;REFB=-0.000472233,-0.00238132;REVB=0.0020347,0.00132032;RO=42;SAF=6,5;SAR=2,7;SRF=17;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.408071,0.0150433;STB=0.5,0.595459;STBP=1,0.565;TYPE=snp,ins;VARB=0.0495898,0.139151;OID=.,.;OPOS=67409229,67409230;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:63:61:42:52:8,12:0,9:0,0.147541:2,7:6,5:17:25:0,4:0,5:23:29 chr16 67429024 . GC G 97.68 PASS AF=0.44186;AO=20;DP=45;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0316326;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.4766;QD=9.08673;RBI=0.0450012;REFB=-0.0927125;REVB=-0.0320076;RO=22;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0.542553;SSEP=0;SSSB=-0.246983;STB=0.644005;STBP=0.13;TYPE=del;VARB=0.127525;OID=.;OPOS=67429025;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44186:20:45:19:43:24:4:15:10:14:97:22:4:16:9:13 chr16 67685613 . C T 164.14 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00459584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2726;QD=11.1282;RBI=0.0135344;REFB=-0.00779486;REVB=0.0127302;RO=38;SAF=13;SAR=8;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147466;STB=0.508583;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0189237;OID=.;OPOS=67685613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:8:13:24:14:8:13:24:14 chr16 67964203 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.023779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.563;QD=12.7823;RBI=0.0239802;REFB=-0.00637589;REVB=0.00309931;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139625;STB=0.58316;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0106171;OID=.;OPOS=67964203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:6:8:7:3:6:8 chr16 67969930 . A G 187.56 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00313087;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.948;QD=10.5668;RBI=0.00315669;REFB=-0.013119;REVB=-0.000402963;RO=47;SAF=19;SAR=5;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269792;STB=0.659766;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0404747;OID=.;OPOS=67969930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:47:47:24:24:0.338028:5:19:28:19:5:19:28:19 chr16 67997920 . T C 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.114484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8242;QD=12.7835;RBI=0.120675;REFB=-0.0549708;REVB=-0.0381576;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168645;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0367867;OID=.;OPOS=67997920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:6:8:4:6:6:8 chr16 68009850 . GC G,GT 47.12 PASS AF=0.26,0;AO=15,2;DP=51;FAO=13,0;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=1,0;FSAR=12,0;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.216521,-0.0449837;FXX=0.019604;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.9453,99.2462;QD=3.76993;RBI=0.24433,0.0866983;REFB=-0.131315,-0.00970435;REVB=-0.113208,-0.0741152;RO=24;SAF=2,0;SAR=13,2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0.426667,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.53579,-0.525765;STB=0.896109,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,snp;VARB=0.119507,0;OID=.,.;OPOS=68009851,68009851;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26,0:15,2:51:13,0:50:37:1,0:12,0:20:17:47:24:2,0:13,2:14:10 chr16 68025801 . G C 374.7 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0953718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7787;QD=49.96;RBI=0.100736;REFB=-0.0321552;REVB=0.0324345;RO=2;SAF=14;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619468;STB=0.53331;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00492873;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:14:14:2:0:14:14:2:0 chr16 68055495 . G C 215.11 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00399697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.669;QD=21.511;RBI=0.0268701;REFB=-0.0260019;REVB=-0.0265711;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110683;STB=0.570663;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.01919;OID=.;OPOS=68055495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:8:12:9:10:8:13:9:10 chr16 68057096 . T C 728.89 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0127;QD=57.1681;RBI=0.0690633;REFB=0;REVB=0.0447022;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52458e-05;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr16 68088485 . A G 303.39 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.000959963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.105;QD=18.6702;RBI=0.0231196;REFB=-0.0276164;REVB=-0.0230996;RO=30;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667443;STB=0.542718;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0211925;OID=.;OPOS=68088485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:32:32:33:0.507692:19:13:10:20:20:13:10:22 chr16 68100461 . C T 181.79 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0335998;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4308;QD=16.1595;RBI=0.0346718;REFB=-0.016797;REVB=0.00855486;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228457;STB=0.641712;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0294549;OID=.;OPOS=68100461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:27:26:19:19:0.422222:12:7:16:11:12:7:16:10 chr16 68112787 . TGGGGGC CTGGGGC,TGGGG,TGGGGC 142.23 PASS AF=0,0.111111,0.466667;AO=2,7,17;DP=45;FAO=0,5,21;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=0,4,9;FSAR=0,1,12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00777579,-0.00519766,0.0161965;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=17.1012,20.7537,12.3258;QD=12.6423;RBI=0.0435681,0.0624816,0.172889;REFB=-0.0664953,-0.0303536,-0.0920553;REVB=-0.0428686,-0.062265,-0.172129;RO=18;SAF=0,5,8;SAR=2,2,9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.323529,0.323529;SSSB=-0.571416,0.131357,-0.126365;STB=0.5,0.704976,0.571361;STBP=1,0.367,0.354;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.0498997,0.0772035;OID=.,.,.;OPOS=68112787,68112792,68112788;OREF=TG,GC,G;OALT=CT,-,-;OMAPALT=CTGGGGC,TGGGG,TGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:45:45:18:19:2,7,17:0,5,21:0,0.111111,0.466667:2,2,9:0,5,8:11:7:0,1,12:0,4,9:11:8 chr16 68265239 . G A 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0364427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8069;QD=21.0641;RBI=0.0374586;REFB=0.00629243;REVB=0.0086644;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370741;STB=0.520816;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00405614;OID=.;OPOS=68265239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:12:12:11:13:12:12:11:13 chr16 68293320 . T C 391.66 PASS AF=0.431579;AO=39;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0556214;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0891;QD=16.4908;RBI=0.0583985;REFB=-0.0288931;REVB=0.0177944;RO=51;SAF=13;SAR=26;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185359;STB=0.630497;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0309598;OID=.;OPOS=68293320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:54:39:41:0.431579:26:13:26:25:28:13:29:25 chr16 68344696 . C T 273.43 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0107526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.1263;QD=17.6408;RBI=0.0183428;REFB=-0.0358121;REVB=-0.0148607;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168549;STB=0.518506;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.029002;OID=.;OPOS=68344696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:32:30:30:0.483871:17:13:14:17:17:13:15:17 chr16 68389772 . C T 191.35 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0530055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.586;QD=22.5118;RBI=0.0553351;REFB=-0.0316374;REVB=0.0158869;RO=15;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128426;STB=0.57241;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0288132;OID=.;OPOS=68389772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:14:5:6:9:14:5:6:9 chr16 68398924 . C T 116.77 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0160322;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.757;QD=18.6832;RBI=0.0262673;REFB=-0.0379974;REVB=-0.0208072;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294478;STB=0.51849;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0139782;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:10:12:13:13:0.52:6:7:5:5:6:7:6:6 chr16 68569440 . T G 270.9 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.577;QD=51.6005;RBI=0.0569373;REFB=0;REVB=0.0408087;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520303;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr16 68569459 . T C 212.6 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639492;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.852;QD=50.0237;RBI=0.0680764;REFB=0;REVB=0.0233429;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116463;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr16 68598007 . A G 393.24 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3811;QD=56.1773;RBI=0.0480253;REFB=0;REVB=0.0457766;RO=1;SAF=8;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545937;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755402;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:1:0:27:28:1:19:8:1:0:19:9:0:0 chr16 68713730 . G A 471.79 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0406102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.395;QD=55.5049;RBI=0.0572913;REFB=-0.0122466;REVB=0.0404117;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00139896;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:1:0:12:21:1:0 chr16 68713821 . ACC AC,ACA 718.01 PASS AF=0.113208,0.886792;AO=6,44;DP=54;FAO=6,47;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=5,29;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583847,0.0695444;FXX=0.0185151;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.1411,42.2994;QD=54.1893;RBI=0.0873733,0.0890793;REFB=0,0;REVB=-0.0650024,-0.0556661;RO=1;SAF=5,27;SAR=1,17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.226038,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0789211,-0.0170841;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0169638,-0.00301869;OID=.,.;OPOS=68713822,68713823;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=AC,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.113208,0.886792:6,44:54:6,47:53:0:5,29:1,18:0:0:29:1:5,27:1,17:1:0 chr16 68721470 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00569516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.22;QD=13.4857;RBI=0.0592331;REFB=-0.0205354;REVB=0.0589586;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33333;STB=0.69952;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0258587;OID=.;OPOS=68721470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:6:5:7:2:6:5 chr16 68721533 . G C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0507465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.08;QD=11.9199;RBI=0.0610166;REFB=-0.0330807;REVB=0.0338795;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218747;STB=0.631215;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.028915;OID=.;OPOS=68721533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:6:3:4:3:6:3 chr16 68732049 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.2;QD=55.0985;RBI=0.025629;REFB=0;REVB=0.00607607;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129998;OID=.;OPOS=68732049;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr16 68771372 . C T 45.6 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0254997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.132;QD=26.0569;RBI=0.0586561;REFB=-0.108327;REVB=0.0528234;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00256727;OID=.;OPOS=68771372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:1:0:4:2:1:0 chr16 68772198 . A AC 61.07 PASS AF=0.372093;AO=12;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.066888;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=90.5387;QD=5.68085;RBI=0.0708777;REFB=-0.00632217;REVB=-0.0234447;RO=32;SAF=2;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516805;STB=0.550956;STBP=0.592;TYPE=ins;VARB=0.118865;OID=.;OPOS=68772199;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372093:12:44:16:43:27:7:9:14:13:61:32:2:10:19:13 chr16 68857441 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.645;QD=57.1773;RBI=0.0391379;REFB=0;REVB=0.0251388;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46127e-05;OID=.;OPOS=68857441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr16 68868522 . T C 305.89 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.0935702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.3784;QD=15.2947;RBI=0.0939694;REFB=-0.00850784;REVB=-0.00865286;RO=45;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316299;STB=0.681719;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00922296;OID=.;OPOS=68868522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:46:34:34:0.425:14:20:12:33:14:20:12:34 chr16 68869448 . C CG 195.36 PASS AF=1;AO=4;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.093154;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=170.113;QD=45.9658;RBI=0.093186;REFB=0;REVB=-0.00244225;RO=13;SAF=0;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.691137;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000677518;OID=.;OPOS=68869449;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:17:17:17:0:7:10:0:0:4:13:0:4:7:6 chr16 68869449 . A G 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0182169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.952;QD=29.7801;RBI=0.0330215;REFB=0.0198945;REVB=0.027542;RO=4;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224876;STB=0.624816;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.000560324;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:6:7:0:4:6:7:0:4 chr16 68893953 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00500919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.437;QD=13.5766;RBI=0.0105295;REFB=0.00126668;REVB=-0.00926168;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374026;STB=0.717983;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00362079;OID=.;OPOS=68893953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:6:13:4:9:6:13 chr16 69008037 . C T 257.23 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00286807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0065;QD=13.7189;RBI=0.0199624;REFB=-0.00120463;REVB=-0.0197553;RO=43;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574973;STB=0.53361;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00831559;OID=.;OPOS=69008037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:45:30:30:0.4:17:13:21:22:17:13:22:23 chr16 69143577 . A G 192.38 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00939487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4637;QD=16.0316;RBI=0.0287888;REFB=-0.00858068;REVB=-0.0272127;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556976;STB=0.520813;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00748712;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:28:20:20:0.416667:10:10:15:12:10:10:15:13 chr16 69499731 . T C 223.59 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0250365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.48;QD=26.3046;RBI=0.025195;REFB=-0.0116874;REVB=-0.00282115;RO=13;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955196;STB=0.55314;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0059825;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:7:14:7:6:7:14:7:6 chr16 69704122 . C CTG,CTGT 269.47 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=14,4;DP=21;FAO=20,1;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274118,0.0264968;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,3;MLLD=239.994,232.628;QD=51.3283;RBI=0.0476545,0.0373571;REFB=0,0;REVB=0.0389814,0.0263339;RO=3;SAF=6,2;SAR=8,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0764114,-0.115334;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000617383,-0.0298686;OID=.,.;OPOS=69704123,69704123;OREF=-,-;OALT=TG,TGT;OMAPALT=CTG,CTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.952381,0.047619:14,4:21:20,1:21:0:9,1:11,0:0:0:7:3:6,2:8,2:2:1 chr16 69725836 . A G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.016188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.368;QD=14.6983;RBI=0.0209009;REFB=-0.0165807;REVB=-0.0132211;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30138;STB=0.672698;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0212518;OID=.;OPOS=69725836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:9:7:17:6:9:7:17:6 chr16 69733460 . G A 785.57 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4217;QD=64.128;RBI=0.0138455;REFB=0;REVB=-0.00473488;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25734e-05;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:21:28:0:0 chr16 69733665 . T G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0295603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.652;QD=19.058;RBI=0.0305325;REFB=-0.00548343;REVB=-0.00764323;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252995;STB=0.643282;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00431977;OID=.;OPOS=69733665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:7:12:7:13:7:12:7:13 chr16 69733755 . ATG A,ATGTG 39.88 PASS AF=0.153846,0.307692;AO=2,2;DP=14;FAO=2,4;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=0,0;FSAR=2,4;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0,0;FXX=0.0713776;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=72.0471,61.9975;QD=12.2694;RBI=0.135169,0.038739;REFB=-0.0775353,-0.107592;REVB=-0.135169,0.038739;RO=6;SAF=0,0;SAR=2,2;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.195886,0.218132;OID=.,.;OPOS=69733756,69733756;OREF=TG,-;OALT=-,TG;OMAPALT=A,ATGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.153846,0.307692:2,2:14:2,4:13:7:0,0:2,4:0:7:26:6:0,0:2,2:0:6 chr16 69735271 . T A 1097.98 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.491;QD=60.1633;RBI=0.0721459;REFB=0;REVB=0.0626261;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214456;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:27:44:0:0:28:45:0:0 chr16 69736851 . G A 75.12 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0230469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9748;QD=11.1287;RBI=0.0815209;REFB=0.0229663;REVB=-0.0781953;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282984;STB=0.66637;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0448563;OID=.;OPOS=69736851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:13:4:5:5:13:4 chr16 69744935 . C T 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0421376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.546;QD=13.4394;RBI=0.0630527;REFB=-0.0325742;REVB=-0.0469048;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419633;STB=0.738761;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0338206;OID=.;OPOS=69744935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:1:12:5:5:1:12 chr16 69745145 . G A 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00416143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.317;QD=18.6365;RBI=0.0177448;REFB=-0.0236298;REVB=-0.0172499;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840057;STB=0.548129;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0289922;OID=.;OPOS=69745145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:13:3:4:12:13:3:4:12 chr16 69963355 . G A 222.66 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.81;QD=49.48;RBI=0.0605943;REFB=0;REVB=-0.00903432;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806133;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:7:9:0:0:8:10:0:0 chr16 69967897 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.384;QD=56.9559;RBI=0.022969;REFB=0;REVB=-0.00233404;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110528;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr16 69970329 . A G 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.313;QD=57.1975;RBI=0.00544641;REFB=0;REVB=0.00505766;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68784e-05;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr16 69988373 . T C 927.77 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4754;QD=57.9854;RBI=0.0597502;REFB=0;REVB=0.0505686;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171133;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:30:34:0:0 chr16 69988472 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0171174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.909;QD=17.9569;RBI=0.0180914;REFB=-0.041273;REVB=-0.00585613;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021362;STB=0.51218;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0354291;OID=.;OPOS=69988472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:6:11:10:6:6:11 chr16 70010516 . ATGT A 30.77 PASS AF=0.5;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.01532;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.208;QD=12.3086;RBI=0.0244167;REFB=-0.00657025;REVB=0.0190125;RO=5;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268008;STB=0.608297;STBP=0.611;TYPE=del;VARB=0.00893796;OID=.;OPOS=70010517;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:4:10:5:10:5:3:2:4:1:27:5:2:2:4:1 chr16 70010589 . T C 178.77 PASS AF=0.25;AO=25;DP=100;FAO=25;FDP=100;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00180222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.493;QD=7.1509;RBI=0.070694;REFB=-0.00479879;REVB=0.070671;RO=72;SAF=11;SAR=14;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553277;STB=0.510163;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0182928;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:72:75:25:25:0.25:14:11:32:40:14:11:32:43 chr16 70010610 . C T 223.89 PASS AF=0.278261;AO=32;DP=115;FAO=32;FDP=115;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0383356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.384;QD=7.78741;RBI=0.0483727;REFB=-0.00719664;REVB=-0.0295008;RO=83;SAF=15;SAR=17;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576983;STB=0.534225;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0209626;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:83:83:32:32:0.278261:17:15:35:48:17:15:35:48 chr16 70016573 . G A 1044.35 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.923;QD=59.677;RBI=0.0504757;REFB=0;REVB=0.0490707;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133677;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:38:31:0:0:39:31:0:0 chr16 70064261 . C T 39.06 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0540139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8143;QD=12.0179;RBI=0.0551659;REFB=-0.00930562;REVB=-0.0112149;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439131;STB=0.761136;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0138624;OID=.;OPOS=70064261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:6:1:4:2:6:1 chr16 70191029 . T G 777.37 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00344849;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.372;QD=53.612;RBI=0.018672;REFB=-0.138886;REVB=0.0183508;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324906;STB=0.517235;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00180489;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:28:28:0:2:28:28:0:2 chr16 70191118 . A G 455.3 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0869293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.903;QD=55.1875;RBI=0.0871003;REFB=-0.15741;REVB=0.00545505;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00266868;OID=.;OPOS=70191118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:33:1:1:31:32:0.969697:19:12:0:1:20:12:0:1 chr16 70191333 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.89;QD=63.2847;RBI=0.0633392;REFB=0;REVB=0.0539009;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453652;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr16 70287177 . A G 480.02 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0969454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3036;QD=58.184;RBI=0.157768;REFB=0;REVB=-0.124468;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00471732;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr16 70303580 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.899;QD=57.6804;RBI=0.0338304;REFB=0;REVB=0.0314553;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013663;OID=.;OPOS=70303580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr16 70506907 . T C 821.21 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.968;QD=56.6354;RBI=0.0412229;REFB=0;REVB=0.0336652;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129563;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:53:58:1:21:32:0:0:25:33:0:0 chr16 70515355 . C T 225.99 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.005415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6787;QD=20.5445;RBI=0.0389081;REFB=-0.0258606;REVB=-0.0385295;RO=22;SAF=15;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357831;STB=0.70104;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.017378;OID=.;OPOS=70515355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:7:15:6:16:7:15:6:16 chr16 70548297 . G A,T 1049.53 PASS AF=0.945205,0.0547945;AO=62,4;DP=66;FAO=69,4;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37,2;FSAR=32,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447002,-0.0176937;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.0134,22.7389;QD=57.5087;RBI=0.0741473,0.037214;REFB=0,0;REVB=0.0591584,-0.0327386;RO=0;SAF=37,2;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000770893,0.0894669;OID=.,.;OPOS=70548297,70548297;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:66:73:0:0:62,4:69,4:0.945205,0.0547945:25,2:37,2:0:0:32,2:37,2:0:0 chr16 70690989 . G C 192.15 PASS AF=0.320513;AO=23;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00786843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.852;QD=9.85402;RBI=0.0079488;REFB=-0.00978475;REVB=-0.00112744;RO=53;SAF=11;SAR=12;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144951;STB=0.534544;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.021367;OID=.;OPOS=70690989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:53:23:25:0.320513:12:11:26:27:14:11:26:27 chr16 70694000 . C A 191.52 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.093691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8388;QD=22.5316;RBI=0.0937188;REFB=-0.0207072;REVB=0.00228387;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254567;STB=0.640193;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0196256;OID=.;OPOS=70694000;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:13:6:1:14:13:6:1:14 chr16 70726795 . C A 885.31 PASS AF=0.601504;AO=78;DP=132;FAO=80;FDP=133;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00681261;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.566;QD=26.6259;RBI=0.0322104;REFB=-0.0234214;REVB=0.0314817;RO=50;SAF=27;SAR=51;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266616;STB=0.506381;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0186809;OID=.;OPOS=70726795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:50:53:78:80:0.601504:51:27:19:31:51:29:20:33 chr16 70796515 . G A 453.53 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00131625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.071;QD=19.7185;RBI=0.016022;REFB=-0.0249217;REVB=-0.0159678;RO=46;SAF=23;SAR=22;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148606;STB=0.576075;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.026874;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:22:23:16:30:22:23:17:30 chr16 70818759 . A G 652.23 PASS AF=0.551724;AO=63;DP=114;FAO=64;FDP=116;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00635458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.63;QD=22.4907;RBI=0.0144487;REFB=-0.0283487;REVB=-0.0129763;RO=46;SAF=25;SAR=38;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647574;STB=0.525434;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0193854;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:46:52:63:64:0.551724:38:25:22:24:38:26:24:28 chr16 70884524 . C G 196.48 PASS AF=0.292135;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.000492991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.955;QD=8.83076;RBI=0.00142772;REFB=-0.0069623;REVB=0.0013399;RO=62;SAF=12;SAR=14;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458065;STB=0.532847;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0162928;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:62:63:26:26:0.292135:14:12:31:31:14:12:32:31 chr16 70884534 . T A 141.05 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0323551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.629;QD=7.94672;RBI=0.0324534;REFB=0.00120425;REVB=-0.00252419;RO=51;SAF=8;SAR=12;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155085;STB=0.593127;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00107395;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:12:8:27:24:12:8:27:24 chr16 70886630 . C T 292.74 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0379187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6275;QD=17.22;RBI=0.0660541;REFB=-0.0268145;REVB=0.0540862;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174433;STB=0.603762;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0259667;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:31:32:0.470588:16:15:24:12:17:15:24:12 chr16 70889147 . A G 556.5 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0104745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.596;QD=15.5663;RBI=0.0112777;REFB=-0.00696371;REVB=-0.00417967;RO=83;SAF=29;SAR=31;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389664;STB=0.521844;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00926565;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:83:83:60:60:0.41958:31:29:37:46:31:29:37:46 chr16 70894087 . T C 1011.52 PASS AF=0.470852;AO=105;DP=224;FAO=105;FDP=223;FR=.;FRO=118;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=0.00486371;FXX=0.00446409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.689;QD=18.1439;RBI=0.0197947;REFB=-0.00351166;REVB=0.0191879;RO=118;SAF=41;SAR=64;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107259;STB=0.559282;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00568127;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:118:118:105:105:0.470852:64:41:59:59:64:41:59:59 chr16 70896015 . GA G 299.69 PASS AF=0.420635;AO=52;DP=129;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.170875;FXX=0.023254;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.1967;QD=9.51386;RBI=0.172706;REFB=0.00765016;REVB=-0.0250833;RO=67;SAF=31;SAR=21;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149897;STB=0.553719;STBP=0.317;TYPE=del;VARB=-0.0213404;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.420635:52:129:53:126:73:31:22:36:37:99:67:31:21:30:37 chr16 70896118 . A G 516.36 PASS AF=0.373494;AO=61;DP=165;FAO=62;FDP=166;FR=.;FRO=104;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.0139436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7407;QD=12.4425;RBI=0.0148172;REFB=-0.0132488;REVB=-0.0050126;RO=103;SAF=32;SAR=29;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754168;STB=0.550197;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0179142;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:103:104:61:62:0.373494:29:32:47:56:29:33:47:57 chr16 70896122 . A C 483.99 PASS AF=0.36646;AO=58;DP=161;FAO=59;FDP=161;FR=.;FRO=102;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.0173821;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3171;QD=12.0245;RBI=0.0173968;REFB=-0.0163976;REVB=0.000714565;RO=102;SAF=30;SAR=28;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740521;STB=0.536378;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0267249;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:102:102:58:59:0.36646:28:30:46:56:29:30:46:56 chr16 70897039 . C G 609.94 PASS AF=0.496;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00412756;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.769;QD=19.5179;RBI=0.0198279;REFB=-0.0199111;REVB=0.0193935;RO=63;SAF=27;SAR=35;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375542;STB=0.520745;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0209096;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:63:63:62:62:0.496:35:27:30:33:35:27:30:33 chr16 70902559 . C T 957.75 PASS AF=0.422131;AO=103;DP=245;FAO=103;FDP=244;FR=.;FRO=141;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=55;FSRR=86;FWDB=-0.00667392;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.164;QD=15.7008;RBI=0.00672845;REFB=-0.015417;REVB=-0.000854876;RO=141;SAF=52;SAR=51;SRF=55;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118968;STB=0.566238;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0264675;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:141:141:103:103:0.422131:51:52:55:86:51:52:55:86 chr16 70902568 . C T 914.42 PASS AF=0.449541;AO=98;DP=218;FAO=98;FDP=218;FR=.;FRO=120;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=76;FWDB=-0.00660294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.686;QD=16.7783;RBI=0.01373;REFB=-0.00781034;REVB=-0.012038;RO=119;SAF=48;SAR=50;SRF=43;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12774;STB=0.56798;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0106607;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:119:120:98:98:0.449541:50:48:43:76:50:48:44:76 chr16 70902683 . G A 74.22 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0546208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.292;QD=10.2373;RBI=0.0591157;REFB=-0.00123775;REVB=0.0226107;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192793;STB=0.616207;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00355864;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:8:11:4:6:8:11 chr16 70908736 . A G 247.3 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.00649923;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.019;QD=11.241;RBI=0.0186821;REFB=0.00263566;REVB=-0.0175152;RO=54;SAF=24;SAR=6;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220331;STB=0.626413;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.010753;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:58:30:30:0.340909:6:24:35:19:6:24:38:20 chr16 70913386 . G A 745.73 PASS AF=0.588235;AO=70;DP=119;FAO=70;FDP=119;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=0.009975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.74;QD=25.0666;RBI=0.0145342;REFB=-0.0309245;REVB=0.0105708;RO=49;SAF=22;SAR=48;SRF=11;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816364;STB=0.544292;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0216612;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:49:49:70:70:0.588235:48:22:11:38:48:22:11:38 chr16 70917855 . A G 507.51 PASS AF=0.440945;AO=55;DP=127;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.028544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4099;QD=15.9847;RBI=0.0325954;REFB=-0.0180319;REVB=-0.0157385;RO=70;SAF=27;SAR=28;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109215;STB=0.551163;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0264573;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:71:55:56:0.440945:28:27:42:28:28:28:42:29 chr16 70917931 . C G 590.17 PASS AF=0.480916;AO=55;DP=125;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0364611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.027;QD=18.0206;RBI=0.0384085;REFB=-0.00196594;REVB=0.0120747;RO=68;SAF=24;SAR=31;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135474;STB=0.558571;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00221941;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:131:68:68:55:63:0.480916:31:24:39:29:34:29:39:29 chr16 70942688 . A C 535.06 PASS AF=0.369942;AO=64;DP=173;FAO=64;FDP=173;FR=.;FRO=109;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=67;FWDB=-0.0286656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.408;QD=12.3713;RBI=0.0301156;REFB=-0.0197988;REVB=-0.00923199;RO=108;SAF=34;SAR=30;SRF=42;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156771;STB=0.591223;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0286431;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:108:109:64:64:0.369942:30:34:42:66:30:34:42:67 chr16 70954513 . T C 244.89 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0474074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9285;QD=15.5489;RBI=0.0963295;REFB=-0.0447047;REVB=-0.0838565;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255639;STB=0.511937;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.034896;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:32:35:28:28:0.444444:13:15:18:14:13:15:18:17 chr16 70954571 . CT TA 203.97 PASS AF=0.378788;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00183844;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.744;QD=12.3618;RBI=0.00890215;REFB=-0.017396;REVB=0.00871025;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413201;STB=0.50485;STBP=0.961;TYPE=mnp;VARB=0.0220178;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:41:24:25:0.378788:12:12:18:21:13:12:20:21 chr16 70954606 . C T 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0342088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.074;QD=7.0322;RBI=0.0353753;REFB=-0.0196669;REVB=0.00900931;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364535;STB=0.726801;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0633475;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:9:17:3:6:9:17 chr16 70954774 . A G 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0155362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.823;QD=12.0237;RBI=0.0783471;REFB=-0.0109023;REVB=-0.0767913;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035838;STB=0.521241;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0174105;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:11:9:5:7:11:9 chr16 70954809 . C A 282.22 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.000634263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.721;QD=22.5779;RBI=0.00151821;REFB=-0.0230283;REVB=0.00137938;RO=24;SAF=17;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173876;STB=0.597367;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0257208;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:9:17:11:13:9:17:11:13 chr16 70954915 . G T 1549.37 PASS AF=0.990654;AO=103;DP=105;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241384;FXX=0.0183469;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.146;QD=57.9205;RBI=0.024654;REFB=-0.134766;REVB=0.00501573;RO=1;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102034;STB=0.505154;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000244163;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:107:1:1:103:106:0.990654:46:57:0:1:48:58:0:1 chr16 70954945 . T A 307.27 PASS AF=0.366337;AO=36;DP=100;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0163134;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.018;QD=12.169;RBI=0.0191023;REFB=-0.0142289;REVB=-0.00993822;RO=64;SAF=15;SAR=21;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145078;STB=0.572382;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0271287;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:64:64:36:37:0.366337:21:15:35:29:21:16:35:29 chr16 70972595 . T C 114.8 PASS AF=0.225;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0078909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2966;QD=5.74007;RBI=0.0142699;REFB=-0.00259401;REVB=-0.0118896;RO=62;SAF=7;SAR=11;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597853;STB=0.537314;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00990034;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:62:62:18:18:0.225:11:7:27:35:11:7:27:35 chr16 70972620 . G C 306.36 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0124107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.068;QD=18.021;RBI=0.0129235;REFB=-0.0232499;REVB=-0.00360434;RO=34;SAF=9;SAR=23;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166315;STB=0.572094;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.024975;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:35:32:33:0.485294:23:9:15:19:23:10:15:20 chr16 70975667 . T C 570.93 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0286951;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.567;QD=20.2099;RBI=0.0332151;REFB=-0.0248889;REVB=0.0167283;RO=56;SAF=23;SAR=35;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125624;STB=0.564669;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0158862;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:56:55:58:58:0.513274:35:23:30:26:35:23:29:26 chr16 70986480 . G A 927.91 PASS AF=0.472362;AO=93;DP=198;FAO=94;FDP=199;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=68;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=0.0433512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4383;QD=18.6514;RBI=0.0450281;REFB=0.00837807;REVB=-0.0121736;RO=105;SAF=25;SAR=68;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213667;STB=0.612661;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0147402;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:105:105:93:94:0.472362:68:25:49:56:68:26:49:56 chr16 70989299 . C T 578.4 PASS AF=0.388571;AO=67;DP=173;FAO=68;FDP=175;FR=.;FRO=107;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=-0.00258851;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.23;QD=13.2206;RBI=0.0310953;REFB=-0.00616374;REVB=0.0309874;RO=103;SAF=35;SAR=32;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00842249;STB=0.509431;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0107614;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:103:107:67:68:0.388571:32:35:53:50:32:36:55:52 chr16 70989335 . G A 689.49 PASS AF=0.410811;AO=76;DP=180;FAO=76;FDP=185;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.00297024;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.124;QD=14.9079;RBI=0.0356387;REFB=-0.0181581;REVB=-0.0355148;RO=103;SAF=35;SAR=41;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457313;STB=0.531398;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0216322;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:185:103:109:76:76:0.410811:41:35:52:51:41:35:56:53 chr16 70993553 . A T 237.92 PASS AF=0.214286;AO=39;DP=182;FAO=39;FDP=182;FR=.;FRO=143;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=81;FSRR=62;FWDB=-0.0214604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.956;QD=5.22893;RBI=0.0521233;REFB=-0.0137434;REVB=-0.0475004;RO=143;SAF=23;SAR=16;SRF=81;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304564;STB=0.518787;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0396571;OID=.;OPOS=70993553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:143:143:39:39:0.214286:16:23:81:62:16:23:81:62 chr16 70993566 . A G 1777.51 PASS AF=0.711538;AO=148;DP=209;FAO=148;FDP=208;FR=.;FRO=60;FSAF=89;FSAR=59;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.000554116;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0027;QD=34.1828;RBI=0.0114076;REFB=-0.0022999;REVB=0.0113941;RO=60;SAF=89;SAR=59;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287;STB=0.515349;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00102307;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:60:60:148:148:0.711538:59:89:33:27:59:89:33:27 chr16 71008169 . T C 532.31 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=0.00589368;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.718;QD=16.6346;RBI=0.0263461;REFB=-0.0113558;REVB=0.0256784;RO=71;SAF=26;SAR=31;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105514;STB=0.55873;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0117299;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:71:71:57:57:0.445312:31:26:25:46:31:26:25:46 chr16 71012855 . T C 535.75 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00632648;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.752;QD=17.144;RBI=0.0229233;REFB=-0.0114572;REVB=0.022033;RO=68;SAF=20;SAR=37;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13719;STB=0.576568;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0146985;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:68:57:57:0.456:37:20:33:35:37:20:33:35 chr16 71015329 . G T 417.0 PASS AF=0.253112;AO=61;DP=241;FAO=61;FDP=241;FR=.;FRO=180;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=79;FSRR=101;FWDB=0.00428584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.203;QD=6.92123;RBI=0.00748636;REFB=-0.000605462;REVB=-0.00613816;RO=179;SAF=31;SAR=30;SRF=79;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836413;STB=0.551675;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00170479;OID=.;OPOS=71015329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:179:180:61:61:0.253112:30:31:79:100:30:31:79:101 chr16 71025245 . C T 206.97 PASS AF=0.317647;AO=26;DP=84;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0185922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.793;QD=9.73981;RBI=0.0186494;REFB=0.00191382;REVB=0.00146009;RO=54;SAF=16;SAR=10;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19708;STB=0.601694;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00381439;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:54:58:26:27:0.317647:10:16:24:30:10:17:28:30 chr16 71026076 . C G 241.1 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0473952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0058;QD=14.6123;RBI=0.0474521;REFB=0.00912696;REVB=0.00232254;RO=38;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266257;STB=0.651438;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0113973;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:19:9:22:16:19:9:22:16 chr16 71026098 . C T 228.82 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00622434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.679;QD=16.0572;RBI=0.01032;REFB=-0.0159435;REVB=-0.00823164;RO=30;SAF=5;SAR=21;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289348;STB=0.677267;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0145302;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:21:5:13:17:21:5:14:17 chr16 71054178 . T C 407.0 PASS AF=0.301676;AO=53;DP=180;FAO=54;FDP=179;FR=.;FRO=125;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=80;FWDB=-0.00241385;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.608;QD=9.09494;RBI=0.00249001;REFB=-0.00432137;REVB=-0.000611147;RO=124;SAF=27;SAR=26;SRF=44;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186021;STB=0.597731;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0137474;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:124:125:53:54:0.301676:26:27:44:80:27:27:45:80 chr16 71061495 . A G 577.16 PASS AF=0.365591;AO=67;DP=186;FAO=68;FDP=186;FR=.;FRO=118;FSAF=53;FSAR=15;FSRF=73;FSRR=45;FWDB=-0.0134363;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.148;QD=12.412;RBI=0.0620989;REFB=-0.0154218;REVB=-0.0606278;RO=113;SAF=52;SAR=15;SRF=69;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223874;STB=0.627178;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0278136;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:113:118:67:68:0.365591:15:52:69:44:15:53:73:45 chr16 71094434 . G A 278.29 PASS AF=0.150754;AO=59;DP=397;FAO=60;FDP=398;FR=.;FRO=338;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=157;FSRR=181;FWDB=0.00932727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8301;QD=2.79684;RBI=0.043388;REFB=-0.00117018;REVB=0.0423736;RO=325;SAF=24;SAR=35;SRF=154;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876945;STB=0.555764;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00888738;OID=.;OPOS=71094434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:398:325:338:59:60:0.150754:35:24:154:171:36:24:157:181 chr16 71098649 . T C 836.31 PASS AF=0.469945;AO=86;DP=184;FAO=86;FDP=183;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=0.0252266;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8193;QD=18.28;RBI=0.0279967;REFB=-0.00400744;REVB=0.0121422;RO=95;SAF=36;SAR=50;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00789416;STB=0.503397;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00490474;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:95:97:86:86:0.469945:50:36:39:56:50:36:40:57 chr16 71100830 . T C 58.62 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.057528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.461;QD=3.34977;RBI=0.057575;REFB=-0.00675409;REVB=0.0023271;RO=56;SAF=8;SAR=3;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346035;STB=0.738034;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.041164;OID=.;OPOS=71100830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:56:59:11:11:0.157143:3:8:25:31:3:8:26:33 chr16 71101200 . T C 327.74 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.000744241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.532;QD=15.2437;RBI=0.00655378;REFB=-0.00247415;REVB=-0.00651138;RO=50;SAF=19;SAR=17;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749304;STB=0.542295;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00344969;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:17:19:30:20:17:19:30:20 chr16 71101270 . C T 236.44 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0300568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.088;QD=11.2589;RBI=0.0300717;REFB=0.00481782;REVB=0.000945784;RO=55;SAF=18;SAR=11;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670132;STB=0.538895;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00882508;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:11:18:31:24:11:18:31:24 chr16 71103269 . T C 1043.94 PASS AF=0.419708;AO=115;DP=275;FAO=115;FDP=274;FR=.;FRO=159;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=64;FSRR=95;FWDB=0.011655;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.077;QD=15.24;RBI=0.011665;REFB=-0.00890857;REVB=0.000482807;RO=146;SAF=52;SAR=63;SRF=56;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703894;STB=0.52924;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0114085;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:274:146:159:115:115:0.419708:63:52:56:90:63:52:64:95 chr16 71109904 . C A 282.39 PASS AF=0.362637;AO=32;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=-0.00720343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.017;QD=12.4125;RBI=0.00726303;REFB=-0.00823414;REVB=0.00092853;RO=58;SAF=6;SAR=26;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167832;STB=0.57086;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0144416;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:32:33:0.362637:26:6:17:41:26:7:17:41 chr16 71113780 . C T 158.19 PASS AF=0.5;AO=14;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0320361;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.31;QD=18.61;RBI=0.0344313;REFB=-0.00411376;REVB=0.0126174;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364002;STB=0.589373;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00148411;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:13:17:14:17:0.5:7:7:12:1:8:9:12:5 chr16 71122408 . C T 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0478672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9381;QD=7.40621;RBI=0.0583181;REFB=-0.00461633;REVB=-0.0333127;RO=39;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706802;STB=0.553115;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00644307;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:39:40:14:14:0.259259:8:6:19:20:8:6:20:20 chr16 71163579 . C T 288.05 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.008726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.133;QD=13.7166;RBI=0.0338137;REFB=-0.00702388;REVB=0.0326684;RO=51;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182722;STB=0.603793;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00682059;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:15:18:19:32:15:18:19:32 chr16 71163606 . C T 284.93 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=0.0278548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.909;QD=12.9512;RBI=0.0362517;REFB=-0.0151286;REVB=-0.0232012;RO=55;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215174;STB=0.622153;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0281763;OID=.;OPOS=71163606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:17:16:16:39:17:16:16:39 chr16 71163693 . A G 201.25 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0236142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.896;QD=12.0151;RBI=0.028037;REFB=-0.0163894;REVB=-0.0151143;RO=42;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453854;STB=0.526224;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0315254;OID=.;OPOS=71163693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:17:8:15:27:17:8:15:27 chr16 71237702 . C T 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.4;QD=52.605;RBI=0.0107811;REFB=0;REVB=0.00194117;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130608;OID=.;OPOS=71237702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr16 71264523 . T A 494.83 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240713;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6201;QD=58.2153;RBI=0.0294236;REFB=0;REVB=0.0293249;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00402048;OID=.;OPOS=71264523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:31:34:1:23:8:0:0:25:9:0:0 chr16 71264561 . A G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0223814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.215;QD=17.1564;RBI=0.0405229;REFB=-0.00544087;REVB=-0.0337813;RO=20;SAF=2;SAR=15;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23312;STB=0.636176;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00817129;OID=.;OPOS=71264561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:15:2:5:15:15:2:5:15 chr16 71316812 . A G 272.69 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0420409;FXX=0.0256377;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.284;QD=14.3523;RBI=0.0433219;REFB=-0.0333819;REVB=-0.0104574;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130338;STB=0.501741;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0480273;OID=.;OPOS=71316812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:32:45:31:31:0.407895:13:18:14:18:13:18:26:19 chr16 71318577 . T C 322.92 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.00995445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.594;QD=19.2787;RBI=0.0144487;REFB=-0.00704416;REVB=0.0104725;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248949;STB=0.641714;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0113904;OID=.;OPOS=71318577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:33:33:34:0.507463:16:17:26:7:17:17:26:7 chr16 71319539 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0170216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.84;QD=11.0198;RBI=0.0183207;REFB=-4.32713e-06;REVB=0.0067761;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374671;STB=0.726563;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.000249976;OID=.;OPOS=71319539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:2:6:2:4:2:6 chr16 71319646 . G A 743.96 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0483082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2038;QD=60.7316;RBI=0.0660615;REFB=-0.135905;REVB=0.0450604;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00234176;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:47:48:0.979592:22:25:0:1:22:26:0:1 chr16 71509685 . C G 193.22 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00609359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.556;QD=16.4438;RBI=0.00622926;REFB=-0.0184268;REVB=-0.00129302;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0021328;STB=0.512748;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0369176;OID=.;OPOS=71509685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:12:7:10:17:13:7:10:17 chr16 71509796 . C G 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00741245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5153;QD=28.225;RBI=0.0241157;REFB=-0.00102334;REVB=0.0229483;RO=4;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193102;STB=0.608509;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00122862;OID=.;OPOS=71509796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:4:8:1:3:4:8:1:3 chr16 71660310 . G A 492.74 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.144294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2065;QD=51.8669;RBI=0.144357;REFB=-0.194271;REVB=0.00427568;RO=2;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10344;STB=0.546531;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0147831;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:38:38:2:3:35:35:0.921053:8:27:0:2:8:27:1:2 chr16 71668634 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.6;QD=49.5992;RBI=0.00946007;REFB=0;REVB=0.00747351;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67927e-05;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr16 71674882 . C G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2832;QD=46.842;RBI=0.0566794;REFB=0;REVB=-0.0564184;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016455;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr16 71678932 . T C 530.33 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109537;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.801;QD=57.3328;RBI=0.0207026;REFB=0.0335815;REVB=-0.0175674;RO=1;SAF=26;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176666;STB=0.509429;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.000979689;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:10:26:1:0:10:26:1:0 chr16 71679057 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.908;QD=46.8466;RBI=0.0345173;REFB=0;REVB=-0.025512;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415286;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr16 71724461 . T G 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0249047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.092;QD=10.9441;RBI=0.0261232;REFB=-0.0162958;REVB=-0.00788533;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10523;STB=0.561343;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0319101;OID=.;OPOS=71724461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:10:10:22:15:10:10:22:15 chr16 71800384 . T A 490.03 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0521555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.355;QD=56.0039;RBI=0.0521709;REFB=-0.0489738;REVB=-0.00126718;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000351168;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:1:0:20:14:1:0 chr16 71884127 . CCTT C 41.43 PASS AF=0.4;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0455927;FXX=0.117578;HRUN=2;LEN=3;MLLD=177.019;QD=11.0482;RBI=0.0507688;REFB=-0.0422805;REVB=0.0223334;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.578703;STBP=0.743;TYPE=del;VARB=0.0533719;OID=.;OPOS=71884128;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:6:16:6:15:9:4:2:7:2:41:6:4:2:4:2 chr16 71885423 . A G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0321288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.075;QD=18.7669;RBI=0.0329435;REFB=-0.0228864;REVB=-0.00728124;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120901;OID=.;OPOS=71885423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:2:1:2:4:2:1 chr16 71886530 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.163;QD=49.5992;RBI=0.0433917;REFB=0;REVB=-0.0212697;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48911e-05;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr16 71887103 . GT G 97.58 PASS AF=0.5;AO=13;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0682402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2692;QD=13.0109;RBI=0.071144;REFB=0.0160442;REVB=-0.0201181;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332251;STB=0.666444;STBP=0.083;TYPE=del;VARB=-0.0190953;OID=.;OPOS=71887104;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:13:30:15:30:15:5:10:10:5:91:15:4:9:10:5 chr16 71889173 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.89;QD=60.5473;RBI=0.0143451;REFB=0;REVB=0.0108785;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35098e-05;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr16 71890489 . C G 1257.87 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181059;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.752;QD=61.3595;RBI=0.0250995;REFB=0;REVB=0.0173828;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68913e-05;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:34:46:0:0:35:47:0:0 chr16 71981414 . C CTTTG 1013.12 PASS AF=0.860465;AO=67;DP=87;FAO=74;FDP=86;FR=.;FRO=12;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0116996;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=4;MLLD=245.679;QD=47.122;RBI=0.0172981;REFB=-0.0387973;REVB=-0.0127415;RO=12;SAF=29;SAR=38;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114358;STB=0.560493;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.00401;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.860465:67:87:74:86:12:30:44:10:2:59:12:29:38:10:2 chr16 71983772 . G C 784.6 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.603;QD=57.0617;RBI=0.0175384;REFB=0;REVB=0.0117897;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84834e-05;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr16 71986946 . A G 651.08 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4448;QD=62.008;RBI=0.0127888;REFB=0;REVB=-0.00927006;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35597e-06;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr16 71986995 . G A 483.32 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.481;QD=58.5837;RBI=0.0339614;REFB=0;REVB=0.033418;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05919e-05;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:22:9:0:0:24:9:0:0 chr16 71988106 . C T 837.01 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00749428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.566;QD=55.8008;RBI=0.0261198;REFB=-0.133457;REVB=0.0250216;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.507934;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000836021;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:30:28:0:1:31:28:0:1 chr16 72001136 . G A 94.72 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00350168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.261;QD=6.64708;RBI=0.00710414;REFB=-0.00899482;REVB=-0.00618118;RO=42;SAF=9;SAR=5;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203502;STB=0.634567;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0177311;OID=.;OPOS=72001136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:42:43:14:14:0.245614:5:9:20:22:5:9:20:23 chr16 72007232 . G A 267.91 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00536003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.721;QD=16.2371;RBI=0.0105241;REFB=-0.0153875;REVB=-0.00905682;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16582;STB=0.593126;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0175341;OID=.;OPOS=72007232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:14:16:13:23:14:16:13:23 chr16 72007399 . C T 248.58 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.101149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.877;QD=25.4954;RBI=0.101213;REFB=-0.0251103;REVB=-0.00361305;RO=16;SAF=6;SAR=17;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154242;STB=0.586128;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.013488;OID=.;OPOS=72007399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:17:6:7:9:17:6:7:9 chr16 72011181 . G T 174.33 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00647279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.85;QD=11.6222;RBI=0.0193067;REFB=-0.000108685;REVB=-0.0181893;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156682;STB=0.590826;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-2.94627e-05;OID=.;OPOS=72011181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:13:9:21:17:13:9:21:17 chr16 72011193 . A C 157.07 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00227004;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6038;QD=10.4714;RBI=0.018572;REFB=-0.0161103;REVB=0.0184328;RO=37;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185452;STB=0.583808;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0384052;OID=.;OPOS=72011193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:40:20:20:0.333333:12:8:21:16:12:8:21:19 chr16 72011261 . A G 214.84 PASS AF=0.341772;AO=26;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00185625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5033;QD=10.8779;RBI=0.00263497;REFB=0.000867808;REVB=-0.00187013;RO=51;SAF=13;SAR=13;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111415;STB=0.512186;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00280695;OID=.;OPOS=72011261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:52:26:27:0.341772:13:13:25:26:14:13:26:26 chr16 72013797 . G C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0161511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.488;QD=11.2569;RBI=0.0161609;REFB=-0.0022428;REVB=-0.000563717;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126983;STB=0.576728;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0039934;OID=.;OPOS=72013797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:6:6:3:5:6:6 chr16 72020134 . T C 116.08 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0146994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5941;QD=11.3245;RBI=0.0276641;REFB=-0.00114682;REVB=-0.0234356;RO=27;SAF=4;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342794;STB=0.703931;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000473116;OID=.;OPOS=72020134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:10:4:16:11:10:4:16:11 chr16 72020294 . G A 157.65 PASS AF=0.485714;AO=14;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0552694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.848;QD=18.0176;RBI=0.0897675;REFB=-0.0368793;REVB=-0.0707354;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597973;STB=0.584325;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0557018;OID=.;OPOS=72020294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:12:18:14:17:0.485714:11:3:2:10:12:5:3:15 chr16 72020323 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0141757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.609;QD=13.5055;RBI=0.0362931;REFB=-0.0186371;REVB=-0.0334101;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173361;STB=0.610947;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0349064;OID=.;OPOS=72020323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:16:17:12:12:0.413793:8:4:3:13:8:4:3:14 chr16 72032231 . T A 252.02 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.018289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.153;QD=21.0017;RBI=0.0184785;REFB=-0.0114231;REVB=0.00263935;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11363;STB=0.545416;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.013002;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:7:16:14:10:8:16:14:10 chr16 72042682 . A C 660.92 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.927;QD=50.8401;RBI=0.0689398;REFB=-0.0981809;REVB=0.0584902;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206776;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:52:0:0:47:52:1:29:18:0:0:31:21:0:0 chr16 72184629 . C T 661.98 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.01471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.197;QD=27.5824;RBI=0.0275689;REFB=-0.0232238;REVB=0.0233165;RO=38;SAF=28;SAR=30;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698297;STB=0.538007;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0148313;OID=.;OPOS=72184629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:38:58:58:0.604167:30:28:22:16:30:28:22:16 chr16 72817194 . C G 206.01 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0179272;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=209.684;QD=23.5438;RBI=0.0179692;REFB=-0.0235379;REVB=0.0012278;RO=15;SAF=1;SAR=19;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625283;STB=0.535173;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0144256;OID=.;OPOS=72817194;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:19:1:1:14:19:1:1:14 chr16 72818965 . T TA 177.71 PASS AF=0.466667;AO=29;DP=78;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.015609;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.2342;QD=9.47759;RBI=0.0463293;REFB=0.00272568;REVB=-0.0436207;RO=44;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068058;STB=0.513804;STBP=0.841;TYPE=ins;VARB=-0.0120035;OID=.;OPOS=72818966;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:29:78:35:75:40:21:14:23:17:99:44:17:12:23:21 chr16 72822296 . G A 235.07 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00226949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.165;QD=25.4129;RBI=0.0127909;REFB=-0.0308689;REVB=0.0125879;RO=15;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222393;STB=0.623649;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.023951;OID=.;OPOS=72822296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:14:8:10:5:14:8:10:5 chr16 72827758 . T C 375.25 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.741;QD=55.5931;RBI=0.00852072;REFB=0;REVB=0.00449527;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.98954e-06;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:5:21:0:0:5:22:0:0 chr16 72828403 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0603274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3768;QD=14.3338;RBI=0.0603539;REFB=-0.00768637;REVB=-0.00178935;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241623;STB=0.642535;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00985721;OID=.;OPOS=72828403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:4:6:3:6:4:6 chr16 72829630 . A G 176.53 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0318098;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.295;QD=15.0237;RBI=0.0352802;REFB=-0.0258066;REVB=-0.0152586;RO=26;SAF=14;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162385;STB=0.637235;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0217507;OID=.;OPOS=72829630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:28:18:19:0.404255:4:14:17:9:4:15:17:11 chr16 72831652 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0209237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.557;QD=13.4859;RBI=0.0247418;REFB=-0.0301659;REVB=0.0132045;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645154;STB=0.538373;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.021507;OID=.;OPOS=72831652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:3:8:7:2:3:8 chr16 72832135 . T A 655.84 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100379;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.536;QD=62.4611;RBI=0.0326492;REFB=0;REVB=0.0310678;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134995;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr16 72991660 . C G 113.64 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0568069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8473;QD=18.183;RBI=0.0774962;REFB=-0.0330412;REVB=0.0527127;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190057;STB=0.636165;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0162537;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:11:12:12:13:0.52:6:6:8:3:7:6:9:3 chr16 73143402 . C CAGA 245.14 PASS AF=0.84;AO=16;DP=26;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.014147;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=3;MLLD=171.56;QD=39.2226;RBI=0.0426066;REFB=0.0354277;REVB=0.0401894;RO=5;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430179;STB=0.543685;STBP=0.384;TYPE=ins;VARB=-0.00344865;OID=.;OPOS=73143403;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84:16:26:21:25:4:10:11:3:1:21:5:8:8:3:2 chr16 73512206 . C A 221.93 PASS AF=0.6;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0445033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1746;QD=25.3635;RBI=0.050406;REFB=0.00352516;REVB=-0.023669;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448418;STB=0.528898;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00408777;OID=.;OPOS=73512206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:13:14:20:21:0.6:12:8:6:7:12:9:7:7 chr16 74425299 . C T 109.66 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0424382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.171;QD=25.8027;RBI=0.0576162;REFB=-0.0211545;REVB=-0.0389695;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304345;STB=0.529363;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00844604;OID=.;OPOS=74425299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:17:5:5:11:12:0.705882:6:5:2:3:6:6:2:3 chr16 74425314 . G A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00305478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.598;QD=5.78797;RBI=0.0859463;REFB=-0.0213072;REVB=0.085892;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189188;STB=0.624625;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0709964;OID=.;OPOS=74425314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:2:5:13:10:2:5:13:10 chr16 74425358 . G A 143.86 PASS AF=0.257143;AO=17;DP=71;FAO=18;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.00155696;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.363;QD=8.22072;RBI=0.033341;REFB=-0.00401894;REVB=-0.0333046;RO=49;SAF=9;SAR=8;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259901;STB=0.636542;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0115006;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:49:49:17:18:0.257143:8:9:36:13:8:10:36:13 chr16 74425447 . C T 552.83 PASS AF=0.313043;AO=72;DP=230;FAO=72;FDP=230;FR=.;FRO=158;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=82;FSRR=76;FWDB=-0.000537366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.53;QD=9.6145;RBI=0.0156851;REFB=-0.0163345;REVB=-0.0156759;RO=154;SAF=40;SAR=32;SRF=81;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351963;STB=0.525285;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0375687;OID=.;OPOS=74425447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:154:158:72:72:0.313043:32:40:81:73:32:40:82:76 chr16 74425548 . A G 1235.82 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6102;QD=59.5576;RBI=0.0358445;REFB=-0.0495446;REVB=0.032553;RO=1;SAF=27;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868924;STB=0.504503;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00093979;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:54:27:0:1:55:27:0:1 chr16 74425569 . C T 100.77 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.000857967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.01;QD=5.67719;RBI=0.0183061;REFB=-0.0074603;REVB=-0.018286;RO=55;SAF=7;SAR=9;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710366;STB=0.544249;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0272126;OID=.;OPOS=74425569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:55:55:16:16:0.225352:9:7:21:34:9:7:21:34 chr16 74425702 . GG AA 172.01 PASS AF=0.232;AO=18;DP=113;FAO=29;FDP=125;FR=.;FRO=96;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.00315263;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=140.456;QD=5.5044;RBI=0.0323434;REFB=-0.0133952;REVB=0.0321894;RO=92;SAF=14;SAR=4;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440836;STB=0.594796;STBP=0.264;TYPE=mnp;VARB=0.033373;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:125:92:96:18:29:0.232:4:14:39:53:13:16:41:55 chr16 74425732 . G T 289.3 PASS AF=0.286765;AO=38;DP=137;FAO=39;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.00183822;FXX=0.0144917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.689;QD=8.50871;RBI=0.0731857;REFB=-0.0226439;REVB=-0.0731626;RO=71;SAF=21;SAR=17;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285182;STB=0.574765;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0544839;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:71:97:38:39:0.286765:17:21:41:30:18:21:42:55 chr16 74425769 . C T 217.17 PASS AF=0.25;AO=33;DP=133;FAO=33;FDP=132;FR=.;FRO=99;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.00668838;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0732;QD=6.58104;RBI=0.049401;REFB=-0.0262863;REVB=-0.0489462;RO=97;SAF=14;SAR=19;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753785;STB=0.545848;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0668153;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:97:99:33:33:0.25:19:14:47:50:19:14:48:51 chr16 74425787 . G T 192.04 PASS AF=0.264151;AO=28;DP=106;FAO=28;FDP=106;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0174904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.236;QD=7.24682;RBI=0.0174967;REFB=-0.0105872;REVB=0.000468073;RO=77;SAF=12;SAR=16;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956186;STB=0.552808;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0204931;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:77:78:28:28:0.264151:16:12:39:38:16:12:39:39 chr16 74425793 . T C 159.57 PASS AF=0.244681;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00577761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.738;QD=6.79001;RBI=0.0119813;REFB=-0.0146452;REVB=-0.0104963;RO=70;SAF=8;SAR=15;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174794;STB=0.612436;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.032077;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:70:71:23:23:0.244681:15:8:34:36:15:8:35:36 chr16 74425795 . G A 152.43 PASS AF=0.247191;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=89;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0235957;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1985;QD=6.85055;RBI=0.0296705;REFB=-0.0492219;REVB=-0.0179884;RO=65;SAF=8;SAR=14;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179356;STB=0.620508;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0205547;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:65:67:22:22:0.247191:14:8:33:32:14:8:35:32 chr16 74425826 . G A 81.58 PASS AF=0.222222;AO=11;DP=53;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0139428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.325;QD=6.04287;RBI=0.0266889;REFB=-0.00515113;REVB=-0.0227573;RO=42;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169472;STB=0.565108;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0226943;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:53:54:42:42:11:12:0.222222:7:4:21:21:7:5:21:21 chr16 74499589 . G A 906.11 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437848;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.176;QD=58.4588;RBI=0.0497849;REFB=0;REVB=0.0236945;RO=0;SAF=17;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150668;OID=.;OPOS=74499589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:45:17:0:0:45:17:0:0 chr16 74750405 . G A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00345468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.82;QD=20.6009;RBI=0.012503;REFB=-0.0152956;REVB=-0.0120162;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328768;STB=0.5185;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0167785;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:13:7:6:13:13:7:6:13 chr16 75146513 . C T 276.84 PASS AF=0.54717;AO=26;DP=50;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0363325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.825;QD=20.8938;RBI=0.056719;REFB=-0.0392053;REVB=0.0435545;RO=24;SAF=2;SAR=24;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609089;STB=0.7625;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0287277;OID=.;OPOS=75146513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:24:24:26:29:0.54717:24:2:14:10:25:4:14:10 chr16 75204902 . A G 346.21 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00991542;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4309;QD=21.6382;RBI=0.0118995;REFB=-0.0561701;REVB=-0.00657901;RO=28;SAF=13;SAR=22;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183573;STB=0.503815;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0523748;OID=.;OPOS=75204902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:35:35:0.546875:22:13:11:17:22:13:11:18 chr16 75238103 . C T 983.16 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0822476;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5438;QD=59.5857;RBI=0.0890305;REFB=0;REVB=0.0340845;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139714;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr16 75258617 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0149184;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.6;QD=14.6573;RBI=0.0235473;REFB=-0.0104465;REVB=-0.0182185;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122807;STB=0.57132;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0107526;OID=.;OPOS=75258617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:10:7:7:6:10:7 chr16 75269267 . A G 410.62 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.612;QD=56.637;RBI=0.03219;REFB=0;REVB=0.00509654;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234547;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr16 75269534 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00984237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.3;QD=11.2569;RBI=0.0290339;REFB=-0.0454558;REVB=0.0273148;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32983;STB=0.713795;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0496701;OID=.;OPOS=75269534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:5:3:8:3:5:3:9:3 chr16 75271146 . CCG CCC,CC,C 145.28 PASS AF=0,0.174419,0.197674;AO=7,14,12;DP=91;FAO=0,15,17;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=0,1,14;FSAR=0,14,3;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.119987,0.0951609,-0.0214029;FXX=0.0114929;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=17.4169,11.3734,19.9113;QD=6.75703;RBI=0.12528,0.249822,0.195368;REFB=-0.0520764,-0.127794,-0.0764262;REVB=-0.0360314,-0.230988,-0.194192;RO=48;SAF=5,0,10;SAR=2,14,2;SRF=31;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0923395,-0.794501,0.296991;STB=0.5,0.91442,0.752071;STBP=1,0,0.034;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.169295,0.154698;OID=.,.,.;OPOS=75271148,75271148,75271147;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.174419,0.197674:7,14,12:91:0,15,17:86:54:0,1,14:0,14,3:29:25:65:48:5,0,10:2,14,2:31:17 chr16 75467268 . C T 40.35 PASS AF=0.0980392;AO=10;DP=102;FAO=10;FDP=102;FR=.;FRO=92;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0386115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.614;QD=1.58218;RBI=0.0465784;REFB=-0.000956653;REVB=-0.0260518;RO=92;SAF=1;SAR=9;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480411;STB=0.880034;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0209635;OID=.;OPOS=75467268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:102:102:92:92:10:10:0.0980392:9:1:45:47:9:1:45:47 chr16 75563330 . G A 87.37 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0795411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3536;QD=13.4416;RBI=0.0945253;REFB=-0.0138762;REVB=0.051071;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169434;STB=0.599815;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.027275;OID=.;OPOS=75563330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:8:7:7:4:8:7 chr16 75563746 . T G 180.96 PASS AF=0.642857;AO=16;DP=26;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.04406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.248;QD=25.8508;RBI=0.0503409;REFB=-0.0683316;REVB=0.0243501;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0370258;OID=.;OPOS=75563746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:28:10:10:16:18:0.642857:8:8:5:5:9:9:5:5 chr16 75564287 . T C 173.19 PASS AF=0.395349;AO=15;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0425055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1288;QD=16.1105;RBI=0.0505597;REFB=-0.0126298;REVB=0.0273781;RO=19;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216495;STB=0.732999;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0288495;OID=.;OPOS=75564287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:24:15:17:0.395349:13:2:5:14:15:2:9:15 chr16 75590092 . G C 531.15 PASS AF=0.535354;AO=40;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0171285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.1433;QD=21.4606;RBI=0.0793966;REFB=-0.0834742;REVB=0.0775269;RO=46;SAF=17;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724826;STB=0.578832;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.114534;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:40:53:0.535354:23:17:23:23:35:18:23:23 chr16 76311602 . G GT 474.4 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030011;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.1678;QD=45.181;RBI=0.119784;REFB=0;REVB=0.115963;RO=6;SAF=17;SAR=24;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020867;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00196077;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:47:42:42:0:17:25:0:0:9:6:17:24:3:3 chr16 76321560 . G A 703.78 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=145;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.00545517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0623;QD=19.4147;RBI=0.0473698;REFB=-0.0224637;REVB=-0.0470546;RO=75;SAF=47;SAR=23;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138292;STB=0.576665;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0224663;OID=.;OPOS=76321560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:75:75:70:70:0.482759:23:47:40:35:23:47:40:35 chr16 76486581 . A G 392.66 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=64;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00178442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.713;QD=22.4377;RBI=0.00188;REFB=-0.0114622;REVB=0.000591798;RO=26;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311413;STB=0.546806;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0086241;OID=.;OPOS=76486581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:70:26:30:32:40:0.571429:16:16:14:12:23:17:16:14 chr16 76532583 . A G 949.43 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7894;QD=58.4262;RBI=0.00895789;REFB=0;REVB=-0.000514079;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67932e-05;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:36:27:0:0:36:29:0:0 chr16 76587202 . T G 322.78 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0399155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1425;QD=14.1881;RBI=0.0908671;REFB=-0.00122526;REVB=-0.0816307;RO=53;SAF=24;SAR=12;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113327;STB=0.57808;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00133389;OID=.;OPOS=76587202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:55:36:36:0.395604:12:24:30:23:12:24:30:25 chr16 76587331 . T C 390.02 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0157145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.534;QD=13.334;RBI=0.0189887;REFB=-0.00551462;REVB=-0.0106595;RO=70;SAF=17;SAR=29;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142748;STB=0.502195;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00814515;OID=.;OPOS=76587331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:70:71:46:46:0.393162:29:17:25:45:29:17:26:45 chr16 76902847 . T C 689.0 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.27;QD=62.6363;RBI=0.0665649;REFB=0;REVB=0.0238291;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460908;OID=.;OPOS=76902847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr16 76902850 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.928;QD=62.6698;RBI=0.0306399;REFB=0;REVB=0.00544598;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210585;OID=.;OPOS=76902850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr16 77228629 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6744;QD=37.488;RBI=0.0331571;REFB=0;REVB=-0.00830419;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175847;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr16 77228866 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.293;QD=58.5864;RBI=0.133002;REFB=0;REVB=0.00241666;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0009668;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr16 77233338 . C T 4380.43 PASS AF=0.982578;AO=280;DP=287;FAO=282;FDP=287;FR=.;FRO=5;FSAF=94;FSAR=188;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0232038;FXX=0.0204771;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.655;QD=61.0512;RBI=0.0265708;REFB=-0.0907214;REVB=0.0129457;RO=3;SAF=93;SAR=187;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.7095e-05;STB=0.501305;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.000180521;OID=.;OPOS=77233338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:287:287:3:5:280:282:0.982578:187:93:1:2:188:94:2:3 chr16 77233394 . A G 3388.48 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406287;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.426;QD=62.4604;RBI=0.0621122;REFB=0;REVB=0.0469811;RO=0;SAF=62;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15642e-05;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:217:0:0:217:217:1:155:62:0:0:155:62:0:0 chr16 77316023 . T C 176.53 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0280721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.241;QD=14.1225;RBI=0.049944;REFB=-0.0101094;REVB=0.0413082;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174312;STB=0.599904;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0233329;OID=.;OPOS=77316023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:7:12:24:7:7:12:24:7 chr16 77317591 . T C 289.87 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.015382;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4993;QD=13.9697;RBI=0.0376826;REFB=-0.0337558;REVB=0.0344002;RO=49;SAF=24;SAR=9;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288584;STB=0.67122;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0690531;OID=.;OPOS=77317591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:49:50:33:33:0.39759:9:24:23:26:9:24:23:27 chr16 77323165 . CTTTTC CTTTCT 32.48 PASS AF=0.148148;AO=7;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.104727;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=2;MLLD=91.3715;QD=2.40619;RBI=0.106211;REFB=-0.0125452;REVB=-0.0176902;RO=36;SAF=7;SAR=0;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.732538;STB=0.893362;STBP=0.032;TYPE=mnp;VARB=0.156845;OID=.;OPOS=77323169;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148148:7:54:8:54:45:7:1:17:28:26:36:7:0:13:23 chr16 77323235 . C G 937.36 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.983;QD=58.5848;RBI=0.0219422;REFB=0;REVB=-0.0115998;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16529e-05;OID=.;OPOS=77323235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr16 77353973 . G T 300.31 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00618064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.306;QD=24.5151;RBI=0.00650732;REFB=-0.0251609;REVB=0.00203591;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218039;STB=0.512112;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0196535;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:14:13:10:12:14:13:10:12 chr16 77359919 . A T 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0101333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.949;QD=14.1957;RBI=0.026672;REFB=-0.00240214;REVB=0.0246721;RO=32;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166702;STB=0.596183;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00315317;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:18:5:11:21:18:5:11:21 chr16 77389956 . A G 295.68 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0372798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.179;QD=20.3919;RBI=0.0373388;REFB=0.00239498;REVB=-0.00209929;RO=26;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132702;STB=0.501113;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00214373;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:15:16:13:13:15:16:14:13 chr16 77401545 . A G 682.28 PASS AF=0.492754;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0388069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.614;QD=19.7762;RBI=0.0402162;REFB=-0.0148412;REVB=-0.0105531;RO=68;SAF=37;SAR=31;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119604;STB=0.57271;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0131184;OID=.;OPOS=77401545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:68:70:68:68:0.492754:31:37:28:40:31:37:28:42 chr16 77769288 . C T 1782.18 PASS AF=0.465174;AO=186;DP=402;FAO=187;FDP=402;FR=.;FRO=215;FSAF=104;FSAR=83;FSRF=128;FSRR=87;FWDB=0.0354509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.045;QD=17.7331;RBI=0.0363858;REFB=-0.0193384;REVB=-0.0081949;RO=214;SAF=103;SAR=83;SRF=128;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438327;STB=0.521332;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0210469;OID=.;OPOS=77769288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:402:214:215:186:187:0.465174:83:103:128:86:83:104:128:87 chr16 77769369 . C T 3479.19 PASS AF=0.995652;AO=223;DP=230;FAO=229;FDP=230;FR=.;FRO=1;FSAF=110;FSAR=119;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0571314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.559;QD=60.5077;RBI=0.0599558;REFB=-0.0913296;REVB=0.0181852;RO=4;SAF=106;SAR=117;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000829813;STB=0.502262;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000443164;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:230:230:4:1:223:229:0.995652:117:106:2:2:119:110:1:0 chr16 77769834 . G A 459.1 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0261593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.722;QD=18.3639;RBI=0.0264133;REFB=-0.0128214;REVB=0.00365478;RO=53;SAF=19;SAR=27;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546486;STB=0.52395;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0166358;OID=.;OPOS=77769834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:54:46:46:0.46:27:19:19:34:27:19:20:34 chr16 77775672 . A G 215.88 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=96;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.0152318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.096;QD=8.9951;RBI=0.0155813;REFB=-0.0164392;REVB=-0.00328158;RO=68;SAF=17;SAR=11;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318966;STB=0.518855;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0357265;OID=.;OPOS=77775672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:68:68:28:28:0.291667:11:17:43:25:11:17:43:25 chr16 78013112 . T A 246.27 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00142073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.444;QD=13.3118;RBI=0.0131959;REFB=-0.0262708;REVB=0.0131192;RO=45;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00173133;STB=0.500989;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0418511;OID=.;OPOS=78013112;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:18:11:17:28:18:11:17:28 chr16 78013123 . C T 1004.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.091;QD=59.1088;RBI=0.0280825;REFB=0;REVB=-0.0112092;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13226e-05;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:43:23:0:0:44:24:0:0 chr16 78013882 . A T 1038.91 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.828;QD=59.3664;RBI=0.023586;REFB=0;REVB=-0.0122829;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33575e-05;OID=.;OPOS=78013882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:30:39:0:0:30:40:0:0 chr16 78063000 . T C 277.68 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0499232;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.16;QD=20.5689;RBI=0.0499454;REFB=-0.0575255;REVB=-0.00148839;RO=25;SAF=20;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186997;STB=0.604321;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0501292;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:25:29:29:0.537037:9:20:12:13:9:20:12:13 chr16 78063064 . G T 167.42 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0678113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.743;QD=23.092;RBI=0.0756865;REFB=-0.0582996;REVB=-0.0336166;RO=12;SAF=15;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356183;STB=0.704406;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.037205;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:2:15:7:5:2:15:7:5 chr16 78065139 . A G 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0074217;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.812;QD=59.425;RBI=0.0152841;REFB=0.0119724;REVB=0.0133612;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-6.09853e-06;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:1:0:16:26:1:0 chr16 78142308 . G T 242.2 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0310799;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.022;QD=28.4939;RBI=0.032639;REFB=0.00706881;REVB=0.00996713;RO=9;SAF=11;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880883;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0043024;OID=.;OPOS=78142308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:33:34:9:12:22:22:0.647059:11:11:3:6:11:11:6:6 chr16 78312497 . C A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.941;QD=55.6561;RBI=0.0739664;REFB=0;REVB=0.0739126;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110127;OID=.;OPOS=78312497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr16 78586531 . T C 1288.67 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0098295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6023;QD=57.2741;RBI=0.0106318;REFB=-0.0620623;REVB=0.00405155;RO=2;SAF=24;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378486;STB=0.516064;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00179804;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:2:3:86:87:0.966667:62:24:2:0:63:24:2:1 chr16 79245786 . A G 197.77 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.00638153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.45;QD=14.6493;RBI=0.0132009;REFB=-0.0116442;REVB=-0.011556;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223276;STB=0.625571;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0289019;OID=.;OPOS=79245786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:14:9:6:25:14:9:6:25 chr16 79245930 . G C 92.96 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0177057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.975;QD=9.53471;RBI=0.0284909;REFB=-0.0108204;REVB=-0.0223212;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116635;STB=0.570697;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.023633;OID=.;OPOS=79245930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:5:7:13:14:5:7:13:14 chr16 79245956 . C G 101.5 PASS AF=0.295455;AO=11;DP=42;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0081618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.217;QD=9.22687;RBI=0.0187647;REFB=-0.00515112;REVB=-0.0168968;RO=31;SAF=9;SAR=2;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368721;STB=0.608848;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0129828;OID=.;OPOS=79245956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:31:31:11:13:0.295455:2:9:17:14:4:9:17:14 chr16 79245961 . T C 102.67 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00277143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0732;QD=9.33346;RBI=0.00496696;REFB=-0.00330017;REVB=0.00412188;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214295;STB=0.630788;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00971332;OID=.;OPOS=79245961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:4:9:16:15:4:9:16:15 chr16 79633805 . TGCC T 73.17 PASS AF=1;AO=5;DP=9;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068804;FXX=0.2997;HRUN=1;LEN=3;MLLD=186.597;QD=41.8139;RBI=0.0689705;REFB=0;REVB=0.00479002;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00139689;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:9:7:7:0:1:6:0:0:3:0:0:5:0:0 chr16 80718879 . A G 260.37 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00444695;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.422;QD=14.2671;RBI=0.00449076;REFB=-0.00892332;REVB=0.000625743;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586875;STB=0.540119;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0111281;OID=.;OPOS=80718879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:43:30:30:0.410959:16:14:22:20:16:14:23:20 chr16 81050965 . A T 516.74 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00137541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.629;QD=54.3933;RBI=0.00836425;REFB=-0.00557374;REVB=0.00825039;RO=2;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841969;STB=0.504502;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=4.53219e-05;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:15:21:1:1:15:21:1:1 chr16 81061827 . G A 911.33 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00872955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2578;QD=55.2322;RBI=0.0166681;REFB=-0.117738;REVB=0.0141994;RO=2;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224828;STB=0.511901;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00277188;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:2:2:64:64:0.969697:41:23:0:2:41:23:0:2 chr16 81062171 . C T 487.67 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.17;QD=57.3731;RBI=0.0532291;REFB=0;REVB=0.0522479;RO=0;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385333;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:8:26:0:0:8:26:0:0 chr16 81077915 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.066;QD=39.2068;RBI=0.0255798;REFB=0;REVB=0.00091406;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333735;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr16 81095363 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.695;QD=46.848;RBI=0.0253163;REFB=0;REVB=0.0181341;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258221;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr16 81142257 . T C 498.14 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2869;QD=58.6041;RBI=0.143199;REFB=0;REVB=0.0400304;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025568;OID=.;OPOS=81142257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:29:34:1:19:10:0:0:21:13:0:0 chr16 81145807 . C G 1037.51 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0430492;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6367;QD=58.4512;RBI=0.0437515;REFB=-0.156944;REVB=-0.00780741;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133173;STB=0.50704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00256447;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:71:1:1:70:70:0.985915:35:35:0:1:35:35:0:1 chr16 81151122 . A C 1080.3 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7373;QD=60.0166;RBI=0.0541971;REFB=0;REVB=-0.0141478;RO=0;SAF=52;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152506;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:19:52:0:0:19:53:0:0 chr16 81157324 . G A 507.26 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0283231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2275;QD=56.3621;RBI=0.0524023;REFB=-0.144896;REVB=-0.0440886;RO=2;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00618158;STB=0.51612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00691465;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:2:1:34:35:0.972222:15:19:1:1:15:20:0:1 chr16 81157385 . G T 347.8 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0172096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1778;QD=51.5258;RBI=0.0541896;REFB=-0.147579;REVB=0.0513842;RO=1;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617811;STB=0.533307;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00758969;OID=.;OPOS=81157385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:7:19:0:1:7:19:0:1 chr16 81161473 . G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 136.9 PASS AF=0.46875;AO=11;DP=34;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00701122;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=22;MLLD=350.172;QD=17.1127;RBI=0.0115069;REFB=-0.0309104;REVB=0.00912426;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498174;STB=0.560899;STBP=0.596;TYPE=ins;VARB=0.0314416;OID=.;OPOS=81161474;OREF=-;OALT=TACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC;OMAPALT=GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:11:34:15:32:17:10:5:13:4:99:17:8:3:13:4 chr16 81161552 . C T 483.13 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.283;QD=58.5607;RBI=0.0192736;REFB=0;REVB=0.0119265;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013505;OID=.;OPOS=81161552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr16 81161569 . T G 385.86 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.299;QD=55.1233;RBI=0.0708659;REFB=0;REVB=-0.0468486;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00252715;OID=.;OPOS=81161569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:12:16:0:0 chr16 81161571 . T C 388.48 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3307;QD=55.4966;RBI=0.042973;REFB=0;REVB=0.0170959;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854057;OID=.;OPOS=81161571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:28:0:0:25:28:1:11:14:0:0:12:16:0:0 chr16 81161578 . G A 382.64 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.092;QD=52.7779;RBI=0.0306292;REFB=-0.173698;REVB=0.0210247;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00236186;OID=.;OPOS=81161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:0:1:12:16:0:1 chr16 81161608 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.306;QD=50.4129;RBI=0.0419498;REFB=0;REVB=0.0232299;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259484;OID=.;OPOS=81161608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr16 81173136 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1285;QD=57.1767;RBI=0.0211548;REFB=0;REVB=-0.00725688;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232442;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr16 81175103 . G A 604.12 PASS AF=0.512605;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0102465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2028;QD=20.3067;RBI=0.0452872;REFB=-0.0377132;REVB=0.0441128;RO=57;SAF=22;SAR=39;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736765;STB=0.509801;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0354233;OID=.;OPOS=81175103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:58:61:61:0.512605:39:22:21:36:39:22:22:36 chr16 81180995 . T C 317.93 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00198751;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.126;QD=20.186;RBI=0.0360663;REFB=-0.00357942;REVB=0.0360115;RO=25;SAF=23;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119563;STB=0.60203;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00254436;OID=.;OPOS=81180995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:25:30:33:33:0.52381:10:23:14:11:10:23:15:15 chr16 81181065 . CG CA,GC 200.86 PASS AF=0.442308,0;AO=22,2;DP=56;FAO=23,0;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=17,0;FSAR=6,0;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00103394,-0.0283148;FXX=0.0714158;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=147.449,23.4781;QD=15.4507;RBI=0.0223362,0.115173;REFB=-0.0109602,-0.00800859;REVB=-0.0223123,-0.111638;RO=25;SAF=16,1;SAR=6,1;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.178422,-0.0558778;STB=0.638969,0.5;STBP=0.102,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0134936,0;OID=.,.;OPOS=81181066,81181065;OREF=G,CG;OALT=A,GC;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:52:25:29:22,2:23,0:0.442308,0:6,1:16,1:14:11:6,0:17,0:15:14 chr16 81181097 . G T 285.95 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0568411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.551;QD=21.9964;RBI=0.0568411;REFB=-0.0349196;REVB=6.87253e-05;RO=23;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282442;STB=0.656145;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0211174;OID=.;OPOS=81181097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:18:11:17:6:18:11:17:6 chr16 81181783 . T C 169.46 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00722633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.423;QD=16.5327;RBI=0.0289405;REFB=-0.0158647;REVB=-0.0280238;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333225;STB=0.519104;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0178571;OID=.;OPOS=81181783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:11:12:10:8:11:12 chr16 81181869 . T C 402.38 PASS AF=0.442105;AO=41;DP=94;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00350966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.876;QD=16.9424;RBI=0.0341258;REFB=-0.00418427;REVB=-0.0339448;RO=52;SAF=20;SAR=21;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142155;STB=0.589432;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00612749;OID=.;OPOS=81181869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:52:53:41:42:0.442105:21:20:18:34:21:21:18:35 chr16 81183325 . T A 358.36 PASS AF=0.447059;AO=36;DP=86;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00584365;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.267;QD=16.8641;RBI=0.00725971;REFB=-0.00384331;REVB=0.00430757;RO=46;SAF=16;SAR=20;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204859;STB=0.590359;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00602683;OID=.;OPOS=81183325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:46:47:36:38:0.447059:20:16:30:16:20:18:30:17 chr16 81185412 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0110994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.591;QD=21.0156;RBI=0.0111189;REFB=0.00180633;REVB=0.000659056;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19995;STB=0.612628;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.000679614;OID=.;OPOS=81185412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:4:9:7:9:4:9 chr16 81185416 . A G 393.09 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3278;QD=56.1555;RBI=0.0541156;REFB=0;REVB=0.0332676;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783435;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr16 81185419 . G C 164.81 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0208435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.117;QD=21.2651;RBI=0.0217714;REFB=-0.0102215;REVB=-0.00628822;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184004;STB=0.603652;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00553627;OID=.;OPOS=81185419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:7:10:5:9:7:10:5:9 chr16 81190598 . T C 366.04 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00737461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.374;QD=21.5318;RBI=0.0105713;REFB=-0.00905128;REVB=-0.00757418;RO=31;SAF=21;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160745;STB=0.50888;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00984496;OID=.;OPOS=81190598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:16:21:17:14:16:21:17:14 chr16 81190601 . T C 960.99 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167934;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.552;QD=59.1376;RBI=0.0486739;REFB=0;REVB=0.0456852;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115652;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr16 81190613 . A G 214.8 PASS AF=0.4;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0151498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.167;QD=13.2182;RBI=0.0240635;REFB=-0.0210437;REVB=0.0186958;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744837;STB=0.553805;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0300677;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:39:39:25:26:0.4:12:13:23:16:13:13:23:16 chr16 81194382 . T C 415.35 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00187922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.233;QD=15.242;RBI=0.00426228;REFB=-0.0173209;REVB=0.00382565;RO=61;SAF=26;SAR=21;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.575726;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0190394;OID=.;OPOS=81194382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:62:47:47:0.431193:21:26:26:35:21:26:26:36 chr16 81197207 . C T 152.89 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00422342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9873;QD=11.9914;RBI=0.0175883;REFB=-0.0171486;REVB=0.0170737;RO=33;SAF=13;SAR=5;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110477;STB=0.565142;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0300895;OID=.;OPOS=81197207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:5:13:21:12:5:13:21:12 chr16 81198306 . C A 179.92 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.017003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.605;QD=15.9929;RBI=0.0268239;REFB=-0.0156416;REVB=-0.0207465;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512182;STB=0.529381;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0280702;OID=.;OPOS=81198306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:11:15:10:9:11:15 chr16 81199520 . T C 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00899925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8344;QD=57.677;RBI=0.0265222;REFB=0;REVB=0.0249488;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325616;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr16 81199538 . T C 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6946;QD=56.6975;RBI=0.0195076;REFB=0;REVB=0.0183838;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472924;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr16 81199544 . G A 393.73 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.773;QD=56.2476;RBI=0.0625591;REFB=0;REVB=-0.0164767;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300558;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:16:12:0:0 chr16 81199554 . CA TG 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332665;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.987;QD=53.2772;RBI=0.039628;REFB=0;REVB=-0.0215341;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.32064e-05;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr16 81199570 . T TG 178.76 PASS AF=1;AO=2;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.236895;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.9778;QD=44.6894;RBI=0.23819;REFB=0;REVB=0.0248064;RO=15;SAF=2;SAR=0;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.650927;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0176732;OID=.;OPOS=81199571;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:17:16:16:0:6:10:0:0:4:15:2:0:4:11 chr16 81208175 . C T 190.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0125156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.709;QD=15.2549;RBI=0.0128218;REFB=-0.000180856;REVB=-0.00278516;RO=29;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392487;STB=0.732334;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00023488;OID=.;OPOS=81208175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:6:14:9:20:6:14:9:21 chr16 81208203 . G T 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00712977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.641;QD=17.0703;RBI=0.0161075;REFB=-0.0168864;REVB=-0.0144436;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163384;STB=0.591382;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0186313;OID=.;OPOS=81208203;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:15:16:12:23:15:16:12:23 chr16 81208515 . G A 96.22 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0753604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.835;QD=12.0277;RBI=0.0760932;REFB=-0.00294593;REVB=0.0105349;RO=18;SAF=2;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565654;STB=0.849442;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00170411;OID=.;OPOS=81208515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:18:20:12:12:0.375:10:2:13:5:10:2:15:5 chr16 81209207 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.64;QD=51.1834;RBI=0.0348976;REFB=0;REVB=0.0156154;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237818;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr16 81209234 . C T 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.02896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.957;QD=16.1163;RBI=0.0292312;REFB=0.0011604;REVB=0.00397316;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218591;STB=0.627678;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.000742942;OID=.;OPOS=81209234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:7:6:3:9:7:6 chr16 81211496 . C A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0458894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.69;QD=19.6682;RBI=0.0471622;REFB=-0.0193799;REVB=0.0108828;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139431;STB=0.578864;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0220414;OID=.;OPOS=81211496;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:11:8:11:8:11:8 chr16 81211548 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0468867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1992;QD=23.094;RBI=0.0487346;REFB=-0.00540975;REVB=-0.0132928;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174678;STB=0.598208;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00311831;OID=.;OPOS=81211548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:7:5:11:6:7:5 chr16 81213378 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00820434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.631;QD=21.267;RBI=0.0123297;REFB=-0.0401255;REVB=0.00920377;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392056;STB=0.540492;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0447151;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:10:7:6:7:10:7:7:7 chr16 81219187 . C T 339.17 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.023123;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.781;QD=19.9512;RBI=0.023446;REFB=-0.0171876;REVB=0.00387847;RO=32;SAF=6;SAR=29;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074551;STB=0.517388;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0146816;OID=.;OPOS=81219187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:32:33:35:35:0.514706:29:6:4:28:29:6:5:28 chr16 81232275 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00143966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.074;QD=12.8607;RBI=0.0114883;REFB=-0.00567957;REVB=0.0113977;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490059;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00779214;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:5:3:3:4:5:3 chr16 81232564 . T G 563.3 PASS AF=0.434783;AO=59;DP=139;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.0291924;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.0817;QD=16.3274;RBI=0.0334538;REFB=-0.00902423;REVB=-0.0163389;RO=78;SAF=29;SAR=30;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829148;STB=0.541451;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0113779;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:78:78:59:60:0.434783:30:29:32:46:31:29:32:46 chr16 81241098 . C T 109.52 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0262466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.273;QD=8.11267;RBI=0.0308984;REFB=-0.00578045;REVB=-0.0163042;RO=38;SAF=11;SAR=4;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291326;STB=0.68724;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0239681;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:39:15:15:0.277778:4:11:19:19:4:11:19:20 chr16 81241100 . G C 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00851653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.636;QD=7.1242;RBI=0.0281122;REFB=-0.0125244;REVB=-0.0267911;RO=41;SAF=10;SAR=4;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255912;STB=0.659104;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0260084;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:4:10:21:20:4:10:21:20 chr16 81242102 . G A 188.68 PASS AF=0.375;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.00536344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.401;QD=11.7922;RBI=0.0147657;REFB=-0.000526387;REVB=-0.0137572;RO=38;SAF=17;SAR=6;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00319284;STB=0.532336;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00170714;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:38:40:23:24:0.375:6:17:28:10:7:17:30:10 chr16 81242194 . T C 273.07 PASS AF=0.43662;AO=26;DP=67;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0134167;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.472;QD=15.3841;RBI=0.0179398;REFB=-0.0375715;REVB=-0.0119091;RO=41;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13144;STB=0.619488;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0448255;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:41:40:26:31:0.43662:12:14:17:24:12:19:16:24 chr16 81248716 . C T 2922.46 PASS AF=0.970874;AO=196;DP=204;FAO=200;FDP=206;FR=.;FRO=6;FSAF=98;FSAR=102;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0209616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4304;QD=56.7468;RBI=0.0357035;REFB=-0.134543;REVB=-0.0289025;RO=7;SAF=94;SAR=102;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154118;STB=0.505146;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00295786;OID=.;OPOS=81248716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:204:206:7:6:196:200:0.970874:102:94:5:2:102:98:4:2 chr16 81279120 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00380146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.561;QD=14.2616;RBI=0.0389173;REFB=-0.000363775;REVB=-0.0387312;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375174;OID=.;OPOS=81279120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:4:12:17:6:4:12:18:6 chr16 81295902 . T C 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.016608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.106;QD=19.3436;RBI=0.0175058;REFB=-0.0168836;REVB=0.00553436;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105429;STB=0.559932;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.011877;OID=.;OPOS=81295902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:12:6:8:10:12:6:8:10 chr16 81413523 . T G 382.95 PASS AF=0.263736;AO=17;DP=96;FAO=24;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.000474551;FXX=0.0618493;HRUN=12;LEN=1;MLLD=236.722;QD=16.8332;RBI=0.00134347;REFB=-0.00998288;REVB=-0.00125687;RO=30;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40913;STB=0.745625;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00756499;OID=.;OPOS=81413523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:96:91:30:49:17:24:0.263736:4:13:12:18:4:20:26:23 chr16 81497952 . A G 644.68 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.451;QD=61.3977;RBI=0.018509;REFB=0;REVB=0.0173623;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75356e-05;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:31:10:0:0:32:10:0:0 chr16 81641226 . C T 351.25 PASS AF=0.474359;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0284314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.996;QD=18.0127;RBI=0.0297597;REFB=-0.0097231;REVB=-0.00879197;RO=41;SAF=21;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160148;STB=0.594543;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0126435;OID=.;OPOS=81641226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:41:36:37:0.474359:15:21:17:24:15:22:17:24 chr16 81679151 . A G 214.62 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00782003;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.446;QD=17.1694;RBI=0.0156284;REFB=-0.0142416;REVB=-0.0135312;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128261;STB=0.581246;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0106405;OID=.;OPOS=81679151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:12:11:16:10:12:11:17:10 chr16 81726863 . C G 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.771;QD=60.0767;RBI=0.00850858;REFB=0;REVB=0.000746185;RO=0;SAF=61;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30412e-05;OID=.;OPOS=81726863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:46:61:0:0:46:61:0:0 chr16 81743328 . A G 188.87 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00532166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5162;QD=11.1098;RBI=0.0298501;REFB=-0.00904739;REVB=-0.0293719;RO=44;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506328;STB=0.529387;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0152327;OID=.;OPOS=81743328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:12:12:20:24:12:12:20:24 chr16 81819768 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.206;QD=59.8381;RBI=0.0257169;REFB=0;REVB=0.020962;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97528e-05;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:16:20:0:0 chr16 81892708 . T A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00223386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.491;QD=15.9167;RBI=0.0151589;REFB=-0.0244737;REVB=-0.0149934;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313219;STB=0.682926;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0237637;OID=.;OPOS=81892708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:3:10:7:8:3:10:7:8 chr16 81902079 . T C,G 550.85 PASS AF=0.923077,0.0512821;AO=36,2;DP=39;FAO=36,2;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15,0;FSAR=21,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0501345,0.060984;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.5822,32.4887;QD=56.4979;RBI=0.0721015,0.08647;REFB=-0.045023,-0.137313;REVB=0.0518185,0.0613027;RO=1;SAF=15,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.021769,0;STB=0.511621,0.5;STBP=0.518,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000164867,0.0745506;OID=.,.;OPOS=81902079,81902079;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:1:1:36,2:36,2:0.923077,0.0512821:21,2:15,0:0:1:21,2:15,0:0:1 chr16 81902139 . G C 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4749;QD=57.1721;RBI=0.0166233;REFB=0;REVB=-0.00994982;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13368e-05;OID=.;OPOS=81902139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr16 81929488 . C T 1572.93 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.357;QD=59.9212;RBI=0.0539551;REFB=0;REVB=0.00917633;RO=0;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13499e-05;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:61:44:0:0:61:44:0:0 chr16 81941319 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.711;QD=61.684;RBI=0.0382712;REFB=0;REVB=0.0354045;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123064;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr16 82033249 . T C 134.05 PASS AF=0.483871;AO=12;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0171559;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.824;QD=17.2965;RBI=0.0187952;REFB=-0.0190881;REVB=0.00767688;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375601;STB=0.647401;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0134848;OID=.;OPOS=82033249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:16:12:15:0.483871:5:7:3:13:8:7:3:13 chr16 82101827 . C T 429.09 PASS AF=0.530864;AO=41;DP=77;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.012045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.294;QD=21.1897;RBI=0.014471;REFB=-0.04346;REVB=0.00802049;RO=34;SAF=16;SAR=25;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434956;STB=0.513793;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0349414;OID=.;OPOS=82101827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:34:38:41:43:0.530864:25:16:15:19:25:18:17:21 chr16 82182354 . G A 149.3 PASS AF=0.322581;AO=18;DP=60;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0046154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.365;QD=9.63206;RBI=0.00480133;REFB=-0.00529351;REVB=0.00132317;RO=42;SAF=16;SAR=2;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542317;STB=0.781292;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0125842;OID=.;OPOS=82182354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:42:42:18:20:0.322581:2:16:21:21:3:17:21:21 chr16 82203705 . A C 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.056698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.987;QD=4.15607;RBI=0.0583833;REFB=-0.0106488;REVB=-0.0139266;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284333;STB=0.679407;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0466528;OID=.;OPOS=82203705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:26:27:6:6:0.181818:4:2:15:11:4:2:15:12 chr16 82203711 . G T 42.52 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0217505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2139;QD=5.00197;RBI=0.0271496;REFB=-0.0110391;REVB=-0.0162486;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321543;STB=0.713674;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0753514;OID=.;OPOS=82203711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:5:2:15:12:5:2:15:12 chr16 82203742 . T C 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0748506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.858;QD=4.81058;RBI=0.0765255;REFB=-0.00719896;REVB=0.015923;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321363;STB=0.723786;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0389796;OID=.;OPOS=82203742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:5:1:9:14:5:1:9:14 chr16 82487931 . T C 327.9 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.0107933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.598;QD=23.0106;RBI=0.0185607;REFB=-0.0181923;REVB=-0.0150998;RO=24;SAF=26;SAR=7;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538745;STB=0.529588;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0119761;OID=.;OPOS=82487931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:7:26:20:4:7:26:20:4 chr16 82673047 . C T 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.259;QD=58.032;RBI=0.0267597;REFB=-0.0210658;REVB=0.0232052;RO=1;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111254;STB=0.505881;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000103897;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:42:28:0:1:42:28:0:1 chr16 83065664 . G A 669.49 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.010723;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.442;QD=19.5473;RBI=0.0240054;REFB=-0.0207068;REVB=0.0214773;RO=69;SAF=30;SAR=37;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148412;STB=0.50484;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0235441;OID=.;OPOS=83065664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:69:70:67:67:0.489051:37:30:32:37:37:30:32:38 chr16 83205106 . T A 54.72 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00665944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.361;QD=9.11921;RBI=0.00676923;REFB=-0.0104112;REVB=0.00121424;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106688;STB=0.583131;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.026993;OID=.;OPOS=83205106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:4:4:9:6:4:4:10:6 chr16 83205185 . G T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0081815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.197;QD=18.2489;RBI=0.0152059;REFB=0.00535736;REVB=-0.0128172;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105391;STB=0.558193;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00468964;OID=.;OPOS=83205185;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:10:12:13:13:0.52:6:7:4:6:6:7:5:7 chr16 83214480 . C A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0142737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.557;QD=9.10069;RBI=0.0147519;REFB=-0.00441015;REVB=0.00372549;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452536;STB=0.777161;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.014226;OID=.;OPOS=83214480;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:12:7:7:2:12:7 chr16 83817019 . A G 127.7 PASS AF=0.454545;AO=13;DP=31;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0276739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.77;QD=15.4782;RBI=0.0280187;REFB=-0.00780756;REVB=0.00438185;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344161;STB=0.746313;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0342356;OID=.;OPOS=83817019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:16:18:13:15:0.454545:10:3:9:7:12:3:11:7 chr16 83941865 . G C 342.49 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0502313;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.454;QD=29.7821;RBI=0.0504417;REFB=-0.0117701;REVB=-0.00460177;RO=17;SAF=9;SAR=20;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128161;STB=0.507037;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00913288;OID=.;OPOS=83941865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:17:17:29:29:0.630435:20:9:5:12:20:9:5:12 chr16 83949765 . C T 306.12 PASS AF=0.425;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0293684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1195;QD=15.3058;RBI=0.0818315;REFB=-0.00787391;REVB=-0.0763799;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111911;STB=0.56376;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0113899;OID=.;OPOS=83949765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:46:34:34:0.425:20:14:23:21:20:14:24:22 chr16 83983071 . C T 741.65 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455649;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.923;QD=57.0497;RBI=0.0881328;REFB=0;REVB=0.0754402;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354816;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr16 83984776 . A C 723.65 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000146212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1126;QD=54.6154;RBI=0.0143452;REFB=-0.0212964;REVB=-0.0143444;RO=1;SAF=7;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626057;STB=0.53332;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00255934;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:44:7:1:0:45:7:1:0 chr16 83984844 . A C 1327.17 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198177;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.765;QD=62.4553;RBI=0.0279571;REFB=0;REVB=0.0197194;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23837e-05;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:50:35:0:0:50:35:0:0 chr16 83984850 . C G 1283.3 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447042;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.015;QD=61.8458;RBI=0.0202355;REFB=0;REVB=0.0197356;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121875;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr16 83999033 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0152687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.591;QD=7.95477;RBI=0.0202363;REFB=-0.0141142;REVB=-0.0132806;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39228;STB=0.738607;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0240423;OID=.;OPOS=83999033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:14:5:5:3:14:5 chr16 84005801 . G A 385.22 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00821745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5837;QD=23.3467;RBI=0.0185472;REFB=-0.00234353;REVB=0.0166275;RO=27;SAF=12;SAR=26;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505633;STB=0.533064;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00241909;OID=.;OPOS=84005801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:28:38:38:0.575758:26:12:7:20:26:12:7:21 chr16 84012104 . T C 174.52 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00419161;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.827;QD=11.2591;RBI=0.00464527;REFB=-0.0105594;REVB=-0.00200222;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664062;STB=0.535682;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0114436;OID=.;OPOS=84012104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:38:40:22:22:0.354839:12:10:15:23:12:10:16:24 chr16 84014482 . C G 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0306648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.584;QD=11.2613;RBI=0.0307056;REFB=-0.0209535;REVB=-0.00158256;RO=30;SAF=12;SAR=3;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197041;STB=0.618873;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0327646;OID=.;OPOS=84014482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:3:12:20:10:3:12:20:10 chr16 84028014 . C G 237.14 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0139559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.154;QD=19.7618;RBI=0.0183691;REFB=-0.0147227;REVB=-0.0119439;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19247;STB=0.608601;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0149322;OID=.;OPOS=84028014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:9:14:10:15:9:14:10:15 chr16 84035446 . C G 541.77 PASS AF=0.528846;AO=54;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00449521;FXX=0.0095229;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.151;QD=20.8374;RBI=0.0138591;REFB=-0.0162094;REVB=0.0131098;RO=47;SAF=28;SAR=26;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114412;STB=0.565436;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0133201;OID=.;OPOS=84035446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:49:54:55:0.528846:26:28:18:29:26:29:19:30 chr16 84070500 . C G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.588;QD=60.9753;RBI=0.0567056;REFB=0;REVB=-0.0119502;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231383;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr16 84073559 . T C 169.74 PASS AF=0.486486;AO=14;DP=35;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0468145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.509;QD=18.3507;RBI=0.0553966;REFB=-0.0651564;REVB=-0.0296173;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17127;STB=0.515135;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0425332;OID=.;OPOS=84073559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:18:19:14:18:0.486486:10:4:8:10:10:8:9:10 chr16 84100173 . C T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0228485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.214;QD=21.7446;RBI=0.031845;REFB=-0.0119434;REVB=-0.0221823;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223448;STB=0.624875;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00845562;OID=.;OPOS=84100173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:4:12:9:10:4:12 chr16 84115483 . G A 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.143;QD=64.1532;RBI=0.0188016;REFB=0;REVB=0.0139261;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44296e-06;OID=.;OPOS=84115483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:59:40:0:0:59:40:0:0 chr16 84217062 . C T 340.58 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.492;QD=54.4933;RBI=0.0316464;REFB=0;REVB=-0.0199489;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275375;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr16 84218565 . T C 98.53 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0375007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.74;QD=14.076;RBI=0.0375448;REFB=-0.0134796;REVB=-0.00181984;RO=16;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337445;STB=0.704695;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0145225;OID=.;OPOS=84218565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:11:1:4:12:11:1:4:12 chr16 84228237 . A T 128.18 PASS AF=0.56;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0741353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.147;QD=20.5092;RBI=0.0742638;REFB=-0.0498898;REVB=-0.00436802;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017866;STB=0.52937;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0186331;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:25:25:11:11:13:14:0.56:8:5:4:7:8:6:4:7 chr16 84229559 . T C 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.022988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1941;QD=8.73674;RBI=0.0401882;REFB=-0.0119654;REVB=-0.0329643;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207664;STB=0.512792;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0428054;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:3:6:13:7:3:6:13:7 chr16 84230376 . T C 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=-0.140295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.02;QD=17.3195;RBI=0.140341;REFB=0.012206;REVB=0.0036077;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239827;STB=0.633669;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00805952;OID=.;OPOS=84230376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:13:3:1:17:13:3:1:17 chr16 84256410 . C T 493.08 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0227056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.001;QD=17.61;RBI=0.0439968;REFB=-0.0170651;REVB=0.0376852;RO=58;SAF=27;SAR=26;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10615;STB=0.553966;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0178766;OID=.;OPOS=84256410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:59:53:53:0.473214:26:27:23:35:26:27:24:35 chr16 84270381 . G A 548.65 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00803524;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5904;QD=17.4173;RBI=0.0247773;REFB=-0.00757087;REVB=0.0234383;RO=67;SAF=29;SAR=29;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359768;STB=0.515868;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0073711;OID=.;OPOS=84270381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:67:68:58:58:0.460317:29:29:36:31:29:29:36:32 chr16 84360533 . A G 164.36 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0906065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9127;QD=13.6966;RBI=0.0908624;REFB=0.00233557;REVB=0.00681446;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107493;STB=0.562432;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00104522;OID=.;OPOS=84360533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:9:9:12:18:9:9:12:18 chr16 84438505 . C T 746.23 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7231;QD=63.5086;RBI=0.0921812;REFB=0;REVB=-0.0921618;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000819319;OID=.;OPOS=84438505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:22:25:0:0 chr16 84438512 . G A 769.87 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133164;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9512;QD=64.1558;RBI=0.0675598;REFB=0;REVB=-0.0662344;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000820288;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr16 84444349 . A C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000215672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.861;QD=58.2394;RBI=0.00383186;REFB=0;REVB=0.00382579;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05855e-06;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr16 84476200 . A T 116.15 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0165665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.929;QD=11.3314;RBI=0.0243439;REFB=-0.00763775;REVB=-0.0178375;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365265;STB=0.719729;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0160907;OID=.;OPOS=84476200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:6:8:6:20:6:8:6:21 chr16 84485573 . C A 954.49 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00197546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4229;QD=58.7377;RBI=0.0879396;REFB=0;REVB=0.0879174;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506792;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr16 84493144 . C G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.23;QD=57.1062;RBI=0.070513;REFB=0;REVB=0.0679431;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200844;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr16 84494020 . G T 568.93 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00532574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.94;QD=54.1835;RBI=0.0117817;REFB=-0.128204;REVB=-0.0105093;RO=2;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594803;STB=0.502403;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00164635;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:41:42:2:2:39:40:0.952381:17:22:1:1:18:22:1:1 chr16 84494275 . C T 155.07 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0232893;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.435;QD=14.4254;RBI=0.0528768;REFB=-0.00220654;REVB=0.0474717;RO=26;SAF=14;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285858;STB=0.668892;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00230312;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:26:26:17:17:0.395349:3:14:16:10:3:14:16:10 chr16 84516309 . G A 785.27 PASS AF=1;AO=44;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.568;QD=56.0908;RBI=0.0393327;REFB=0;REVB=-0.00875974;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000578897;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:44:56:1:32:12:0:0:32:24:0:0 chr16 84520325 . T C 128.85 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2569;QD=42.9497;RBI=0.121731;REFB=0;REVB=0.121013;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025165;OID=.;OPOS=84520325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:3:8:0:0:4:8:0:0 chr16 84520396 . A G 748.55 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02926;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.652;QD=62.3788;RBI=0.0322205;REFB=0;REVB=0.0134913;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171015;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154367;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:1:0:47:48:1:27:20:0:1:28:20:0:0 chr16 84520537 . T C 1171.9 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0684258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.471;QD=60.878;RBI=0.0690196;REFB=0;REVB=-0.00903383;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236782;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr16 84520641 . TGGGGC TGGG,TGGGC 43.81 PASS AF=0.310345,0;AO=5,4;DP=32;FAO=9,0;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7,0;FSAR=2,0;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00816645,0.189187;FXX=0.0644953;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=17.8342,8.66497;QD=6.04292;RBI=0.0137819,0.211952;REFB=-0.0649819,-0.0912119;REVB=0.0111018,-0.0955607;RO=17;SAF=4,1;SAR=1,3;SRF=3;SRR=14;SSEN=0.49697,0.49697;SSEP=0,0;SSSB=0.63221,0.124662;STB=0.850703,0.5;STBP=0.022,1;TYPE=del,del;VARB=0.156395,0.024138;OID=.,.;OPOS=84520645,84520642;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345,0:5,4:32:9,0:29:20:7,0:2,0:4:16:42:17:4,1:1,3:3:14 chr16 84522897 . G C 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2706;QD=63.278;RBI=0.0714442;REFB=0;REVB=0.0443697;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135483;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:13:33:0:0:13:33:0:0 chr16 84600347 . T C 526.8 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.786;QD=56.9512;RBI=0.0215558;REFB=-0.115626;REVB=0.00125085;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00046953;OID=.;OPOS=84600347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:12:24:0:0:12:24:1:0 chr16 84778685 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0263833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.916;QD=16.9316;RBI=0.026493;REFB=-0.0402322;REVB=-0.00240901;RO=12;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3641;STB=0.713877;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0135935;OID=.;OPOS=84778685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:2:10:6:6:2:10:6:6 chr16 84796603 . A G 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0516573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2155;QD=17.5873;RBI=0.0528453;REFB=-0.00950692;REVB=0.0111422;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814537;STB=0.546515;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0106518;OID=.;OPOS=84796603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:7:15:17:11:7:15:17:11 chr16 84883102 . C T 335.93 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0422552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.398;QD=27.9941;RBI=0.0430121;REFB=0.00260574;REVB=0.00803364;RO=18;SAF=17;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137724;STB=0.565801;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00138551;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:19:29:29:0.604167:12:17:7:11:12:17:8:11 chr16 84922859 . C T 471.75 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0598041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.592;QD=55.5003;RBI=0.07616;REFB=-0.100325;REVB=0.0471573;RO=1;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405767;STB=0.521726;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00474209;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:11:22:0:1:11:22:0:1 chr16 84942638 . T G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00486973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.645;QD=22.9818;RBI=0.0253478;REFB=-0.013541;REVB=0.0248756;RO=22;SAF=7;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204347;STB=0.614704;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0133027;OID=.;OPOS=84942638;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:18:7:11:11:18:7:11:11 chr16 85008645 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0137432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.772;QD=16.417;RBI=0.0388816;REFB=-0.0206117;REVB=0.0363717;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174377;STB=0.599863;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0142795;OID=.;OPOS=85008645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:11:5:7:7:11:5 chr16 85009463 . T C 156.99 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.00557653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.563;QD=16.1017;RBI=0.0193996;REFB=-0.0308582;REVB=-0.0185808;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433584;STB=0.745506;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0418664;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:6:11:4:18:6:11:4:18 chr16 85009970 . A G 940.37 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663881;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.333;QD=58.7731;RBI=0.0214042;REFB=0;REVB=0.0203486;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81581e-06;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr16 85112002 . T G 775.21 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0268491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7946;QD=53.4627;RBI=0.0407709;REFB=-0.040452;REVB=-0.0306822;RO=1;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116443;STB=0.512191;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00452215;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:40:16:0:1:40:16:0:2 chr16 85705880 . C T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0200687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6582;QD=14.3999;RBI=0.0312423;REFB=0.0211915;REVB=0.0239443;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198292;STB=0.612296;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00895167;OID=.;OPOS=85705880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:23:11:13:12:23:11 chr16 85705901 . G A 243.53 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0124054;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.011;QD=14.9866;RBI=0.0126531;REFB=-0.0041524;REVB=0.00249115;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215923;STB=0.618811;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00648489;OID=.;OPOS=85705901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:37:28:28:0.430769:15:13:24:11:15:13:25:12 chr16 85706047 . A C 703.24 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143399;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.3838;QD=55.1563;RBI=0.0181359;REFB=-0.0989225;REVB=-0.011103;RO=1;SAF=9;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113466;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00406668;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:51:1:0:50:51:1:41:9:0:1:42:9:0:0 chr16 85707289 . C G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00243818;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.227;QD=14.6659;RBI=0.0124964;REFB=-0.0080474;REVB=-0.0122562;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297472;STB=0.662422;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00887158;OID=.;OPOS=85707289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:11:4:11:9:11:4:11:10 chr16 85711860 . C T 503.4 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=45;FSRF=13;FSRR=42;FWDB=0.0076818;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.664;QD=18.6444;RBI=0.00949887;REFB=-0.0294979;REVB=0.00558735;RO=55;SAF=8;SAR=45;SRF=13;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135725;STB=0.575837;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.026253;OID=.;OPOS=85711860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:55:55:53:53:0.490741:45:8:13:42:45:8:13:42 chr16 85813231 . A C 168.56 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0102962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0134;QD=16.0529;RBI=0.050945;REFB=0.00989225;REVB=0.0498937;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278341;STB=0.66083;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0105051;OID=.;OPOS=85813231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:5:13:11:13:5:13:11:13 chr16 85814899 . T TAGTC 525.14 PASS AF=0.925;AO=36;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0104975;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=262.681;QD=52.5135;RBI=0.0105235;REFB=-0.0587564;REVB=0.000739056;RO=3;SAF=19;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200355;STB=0.509532;STBP=0.737;TYPE=ins;VARB=0.00356239;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.925:36:40:37:40:3:20:17:2:1:13:3:19:17:2:1 chr16 85834818 . G A 335.48 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0455633;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.965;QD=19.1703;RBI=0.0456772;REFB=-0.0114671;REVB=0.00322381;RO=35;SAF=18;SAR=17;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129203;STB=0.57174;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00876419;OID=.;OPOS=85834818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:35:35:35:35:0.5:17:18:23:12:17:18:23:12 chr16 85838653 . T C 897.86 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280681;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.779;QD=56.116;RBI=0.0530071;REFB=-0.0165984;REVB=0.0449659;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016002;STB=0.508472;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000965839;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:62:63:0.984375:33:29:1:0:34:29:1:0 chr16 85839211 . G C 218.59 PASS AF=0.369863;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.00446596;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.6159;QD=11.9775;RBI=0.00457251;REFB=-0.0530188;REVB=0.000981329;RO=46;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230211;STB=0.620171;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0448271;OID=.;OPOS=85839211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:46:46:26:27:0.369863:14:12:12:34:15:12:12:34 chr16 86069722 . A G 512.88 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0741907;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6805;QD=56.9871;RBI=0.0788835;REFB=-0.10909;REVB=-0.0268019;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00767457;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:0:1:35:35:0.972222:26:9:0:0:26:9:0:1 chr16 86547496 . C T 192.83 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0651188;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0141;QD=15.7409;RBI=0.0664043;REFB=-0.0124773;REVB=0.0130024;RO=28;SAF=15;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172587;STB=0.592494;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0149147;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:29:20:20:0.408163:5:15:17:11:5:15:18:11 chr16 86564671 . G T 270.03 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00996467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6821;QD=22.9814;RBI=0.0227986;REFB=-0.00265499;REVB=-0.0205057;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689383;STB=0.528279;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00150853;OID=.;OPOS=86564671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:14:11:11:10:14:11:11:11 chr16 86565826 . C G 637.52 PASS AF=0.927273;AO=48;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0767417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4802;QD=46.365;RBI=0.0775046;REFB=-0.0246667;REVB=-0.0108475;RO=4;SAF=27;SAR=21;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276016;STB=0.513489;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00368883;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:55:55:4:4:48:51:0.927273:21:27:3:1:22:29:3:1 chr16 86566039 . C T 176.16 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0109085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.583;QD=13.551;RBI=0.0230224;REFB=-0.00460139;REVB=-0.020274;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300566;STB=0.671857;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0203891;OID=.;OPOS=86566039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:8:13:10:21:8:13:10:21 chr16 86566042 . G A 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00513476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.909;QD=13.7734;RBI=0.00792654;REFB=-0.00922996;REVB=0.00603856;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33626;STB=0.693147;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0219124;OID=.;OPOS=86566042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:7:13:10:21:7:13:10:21 chr16 86574818 . C G 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00713146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.276;QD=22.1441;RBI=0.0109997;REFB=-0.00643363;REVB=0.00837465;RO=13;SAF=13;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424459;STB=0.739546;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00689501;OID=.;OPOS=86574818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:4:13:3:10:4:13:3:10 chr16 86575737 . C T 74.81 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0252979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5051;QD=10.6867;RBI=0.0254276;REFB=-0.0164513;REVB=0.00256513;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286912;STB=0.517207;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0165618;OID=.;OPOS=86575737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:13:5:3:7:13:5 chr16 86614217 . G C 230.72 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0208069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.42;QD=23.0724;RBI=0.022365;REFB=-0.0195046;REVB=-0.00820162;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447114;STB=0.524977;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0250696;OID=.;OPOS=86614217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:11:11:10:8:11:11:10:8 chr16 86614222 . A C 245.56 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00722232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6007;QD=23.9571;RBI=0.0156405;REFB=0.0172901;REVB=0.0138731;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607908;STB=0.533869;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.0145219;OID=.;OPOS=86614222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:12:11:10:8:12:11:10:8 chr16 87350773 . C A 335.68 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00636527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.205;QD=17.6672;RBI=0.0213938;REFB=-0.0675686;REVB=0.0204249;RO=37;SAF=11;SAR=25;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101909;STB=0.583688;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0512695;OID=.;OPOS=87350773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:40:36:36:0.473684:25:11:15:22:25:11:18:22 chr16 87417621 . G A 588.26 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.005967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.033;QD=19.9409;RBI=0.0187688;REFB=0.00310997;REVB=0.017795;RO=54;SAF=38;SAR=22;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540147;STB=0.542197;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00325413;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:58:60:60:0.508475:22:38:31:23:22:38:32:26 chr16 87436720 . G T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.058;QD=57.6798;RBI=0.0457697;REFB=0;REVB=0.0113282;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262692;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr16 87436764 . A G 507.93 PASS AF=0.921053;AO=32;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0570973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.086;QD=53.4659;RBI=0.0575704;REFB=-0.00208594;REVB=-0.0073647;RO=2;SAF=17;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051808;STB=0.523796;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000590525;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:32:35:0.921053:15:17:2:0:15:20:2:0 chr16 87445839 . C T 250.17 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.000224469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.632;QD=20.0139;RBI=0.00880578;REFB=0.000945819;REVB=-0.00880292;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307803;STB=0.673989;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00217371;OID=.;OPOS=87445839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:17:7:16:10:17:7:16:10 chr16 87446053 . G A 137.76 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0505671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.268;QD=19.0012;RBI=0.0679655;REFB=-0.00780393;REVB=0.0454124;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250535;STB=0.514267;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0165386;OID=.;OPOS=87446053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:8:6:6:9:8:6 chr16 87446368 . C T 360.26 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00934556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.338;QD=32.0228;RBI=0.00937366;REFB=-0.0103247;REVB=0.000725286;RO=15;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170855;STB=0.593686;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00363622;OID=.;OPOS=87446368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:20:10:9:6:20:10:9:6 chr16 87678144 . T C 132.28 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00342173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9676;QD=24.0502;RBI=0.0189023;REFB=-0.0337765;REVB=0.01859;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282875;STB=0.658014;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0472903;OID=.;OPOS=87678144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:22:8:8:14:14:0.636364:8:6:7:1:8:6:7:1 chr16 87678165 . G A 142.74 PASS AF=0.6;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00818189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.192;QD=22.8385;RBI=0.0117177;REFB=-0.0893749;REVB=-0.00838823;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177944;STB=0.580537;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0239824;OID=.;OPOS=87678165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:25:9:10:15:15:0.6:9:6:6:3:9:6:6:4 chr16 87678441 . C T 327.85 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0274353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5089;QD=23.0072;RBI=0.0700559;REFB=-0.00499526;REVB=0.0644604;RO=24;SAF=22;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103056;STB=0.556927;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0046346;OID=.;OPOS=87678441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:11:22:13:11:11:22:13:11 chr16 87723611 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0228797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.244;QD=12.7388;RBI=0.0577244;REFB=-0.0256828;REVB=0.0529964;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258322;STB=0.655832;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0273403;OID=.;OPOS=87723611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:5:5:2:6:5:5 chr16 87723838 . T C 430.21 PASS AF=0.389313;AO=41;DP=120;FAO=51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.000457679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.485;QD=13.1363;RBI=0.0406167;REFB=-0.023909;REVB=-0.0406141;RO=72;SAF=23;SAR=18;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217394;STB=0.570189;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0249508;OID=.;OPOS=87723838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:131:72:80:41:51:0.389313:18:23:39:33:18:33:43:37 chr16 87729334 . C CA 127.1 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00622341;FXX=0.0526039;HRUN=0;LEN=1;MLLD=246.502;QD=28.245;RBI=0.0569325;REFB=-0.0205423;REVB=0.0565914;RO=6;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282611;STB=0.624791;STBP=0.139;TYPE=ins;VARB=0.010165;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:13:19:13:18:5:3:10:3:2:29:6:3:10:4:2 chr16 87736160 . G A 293.86 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.000870255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.708;QD=18.0835;RBI=0.0187593;REFB=-0.0166397;REVB=0.0187391;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702548;STB=0.523566;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.018184;OID=.;OPOS=87736160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:33:32:32:0.492308:17:15:17:14:17:15:17:16 chr16 87736778 . T C 194.1 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.125514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2816;QD=16.519;RBI=0.125879;REFB=0.00462732;REVB=-0.00957284;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128614;STB=0.613161;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0117112;OID=.;OPOS=87736778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:27:19:20:0.425532:6:13:16:4:6:14:23:4 chr16 87737619 . G A 150.04 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0107383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2696;QD=19.3595;RBI=0.0541202;REFB=-0.0255375;REVB=-0.0530442;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251235;STB=0.514268;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0207983;OID=.;OPOS=87737619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:7:8:9:7:7:8 chr16 87737756 . C T 250.19 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0862396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.117;QD=26.3356;RBI=0.0864861;REFB=-0.04252;REVB=-0.00652572;RO=15;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864781;STB=0.547904;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0251496;OID=.;OPOS=87737756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:12:11:9:6:12:11:9:6 chr16 87738694 . G A 298.03 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0124017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6586;QD=20.9142;RBI=0.0418441;REFB=-0.0131296;REVB=0.039964;RO=26;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314054;STB=0.501741;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00799283;OID=.;OPOS=87738694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:18:13:11:15:18:13:11:15 chr16 87738813 . G C 290.68 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00492932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2506;QD=17.0991;RBI=0.0358249;REFB=-0.00983959;REVB=-0.0354841;RO=36;SAF=10;SAR=22;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388349;STB=0.521726;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0173502;OID=.;OPOS=87738813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:22:10:10:26:22:10:10:26 chr16 87738853 . T C 304.85 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.102817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.733;QD=26.5084;RBI=0.103064;REFB=0.0110165;REVB=0.00712998;RO=19;SAF=13;SAR=14;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20536;STB=0.612929;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0102152;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:14:13:4:15:14:13:4:15 chr16 87738858 . A G 298.71 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0224259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.322;QD=23.8968;RBI=0.0312041;REFB=-0.00974816;REVB=-0.0216974;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222;STB=0.62267;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0119514;OID=.;OPOS=87738858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:14:13:5:18:14:13:5:18 chr16 87738888 . G T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00719127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.082;QD=18.2511;RBI=0.0134398;REFB=-0.018109;REVB=-0.0113541;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374094;STB=0.692071;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0192016;OID=.;OPOS=87738888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:6:9:2:12:6:9:3:12 chr16 87739087 . A C 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00646385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.284;QD=9.41574;RBI=0.0077712;REFB=-0.00472709;REVB=-0.00431395;RO=39;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311872;STB=0.683424;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00977309;OID=.;OPOS=87739087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:7:11:13:26:7:11:13:26 chr16 87739125 . G A 186.08 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00596198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0366;QD=12.6152;RBI=0.0127048;REFB=0.0102307;REVB=-0.0112191;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423745;STB=0.501547;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0206896;OID=.;OPOS=87739125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:36:23:23:0.389831:14:9:12:22:14:9:14:22 chr16 87788864 . G A 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0240738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.008;QD=22.3968;RBI=0.0240766;REFB=-0.0247116;REVB=-0.000366266;RO=22;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082682;STB=0.538144;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0178311;OID=.;OPOS=87788864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:17:8:9:13:17:8:9:14 chr16 87866138 . G C 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0511487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4351;QD=25.3673;RBI=0.0526118;REFB=0.00879151;REVB=0.0123213;RO=14;SAF=6;SAR=15;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00479462;OID=.;OPOS=87866138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:15:6:4:10:15:6:4:10 chr16 87935561 . G A 232.27 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00579534;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.918;QD=14.5166;RBI=0.00592027;REFB=-0.0363368;REVB=0.00120979;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093337;STB=0.512752;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0438115;OID=.;OPOS=87935561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:37:27:27:0.421875:14:13:17:19:14:13:17:20 chr16 88052161 . C A 372.94 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00728573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.474;QD=20.4348;RBI=0.00731866;REFB=-0.00937255;REVB=-0.000693455;RO=35;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334023;STB=0.518509;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00928554;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:17:21:18:17:17:21:18:17 chr16 88061150 . C T 135.04 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0657843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.084;QD=16.8794;RBI=0.0713632;REFB=-0.0161893;REVB=0.0276609;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058016;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0208716;OID=.;OPOS=88061150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:8:9:7:8:8:9 chr16 88066717 . C T 92.19 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0552896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1199;QD=18.4385;RBI=0.0553155;REFB=-0.000248008;REVB=0.00169247;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15431;STB=0.589302;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00204822;OID=.;OPOS=88066717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:4:5:8:3:4:5 chr16 88105725 . G A 294.18 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00569694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.326;QD=15.2822;RBI=0.00617114;REFB=-0.0084101;REVB=-0.0023723;RO=41;SAF=25;SAR=8;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176172;STB=0.600319;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0324863;OID=.;OPOS=88105725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:44:33:33:0.428571:8:25:25:16:8:25:27:17 chr16 88123598 . C G 765.7 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1769;QD=63.8086;RBI=0.0814153;REFB=0;REVB=-0.0115219;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077738;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr16 88123697 . C A 453.24 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0306486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8822;QD=54.9382;RBI=0.0912417;REFB=-0.0971889;REVB=0.0859402;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321576;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00466582;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:33:1:1:31:32:0.969697:14:17:0:1:15:17:0:1 chr16 88134285 . AA GA,GG 617.96 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=37,2;DP=39;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0978915,-0.0510942;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=46.0135,12.9014;QD=60.2885;RBI=0.115425,0.0600807;REFB=0,0;REVB=-0.0611576,-0.0316082;RO=0;SAF=17,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.71161e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0121172,0.0826299;OID=.,.;OPOS=88134285,88134285;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:39:41:0:0:37,2:39,2:0.95122,0.0487805:20,0:17,2:0:0:21,0:18,2:0:0 chr16 88494947 . T C 634.91 PASS AF=0.88;AO=45;DP=49;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0166296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7082;QD=50.7924;RBI=0.0588897;REFB=0.00456636;REVB=-0.0564929;RO=4;SAF=26;SAR=19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271313;STB=0.532696;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00566396;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:50:4:6:45:44:0.88:19:26:3:1:19:25:5:1 chr16 88494976 . A C 1194.83 PASS AF=0.9875;AO=75;DP=75;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.679;QD=59.7413;RBI=0.0561448;REFB=-0.00868341;REVB=0.0508553;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00012436;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:80:0:1:75:79:0.9875:45:30:0:0:46:33:1:0 chr16 88495654 . A G 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4821;QD=55.6478;RBI=0.0156339;REFB=0;REVB=-0.0104987;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000508711;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr16 88496008 . T C 300.71 PASS AF=0.416667;AO=31;DP=81;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0205959;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.701;QD=14.3193;RBI=0.0206331;REFB=-0.0261186;REVB=-0.00123855;RO=47;SAF=1;SAR=30;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.707663;STB=0.800652;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.041917;OID=.;OPOS=88496008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:47:49:31:35:0.416667:30:1:21:26:32:3:20:29 chr16 88497446 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.143;QD=37.4885;RBI=0.157083;REFB=0;REVB=-0.156061;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00350988;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr16 88498221 . C T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0193861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.578;QD=43.016;RBI=0.0193871;REFB=-0.0449871;REVB=-0.000198889;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00120466;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:8:8:0:0:8:8:0:1 chr16 88498297 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.24;QD=39.2068;RBI=0.0523672;REFB=0;REVB=-0.0239052;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466154;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr16 88499539 . C G 2179.73 PASS AF=0.97351;AO=147;DP=151;FAO=147;FDP=151;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0038324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.829;QD=57.7411;RBI=0.00808949;REFB=-0.0672809;REVB=0.00712408;RO=0;SAF=73;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90204e-08;STB=0.513156;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=8.0933e-05;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:151:151:0:4:147:147:0.97351:74:73:0:0:74:73:0:4 chr16 88501971 . T A 88.03 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0407641;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6598;QD=13.041;RBI=0.0427213;REFB=-0.0164237;REVB=-0.0127825;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350968;STB=0.68595;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0543136;OID=.;OPOS=88501971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:27:15:16:11:11:0.407407:7:4:11:4:7:4:11:5 chr16 88502482 . C T 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0455807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.562;QD=22.5856;RBI=0.0457282;REFB=0.00807097;REVB=-0.00366926;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287382;STB=0.662866;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00410157;OID=.;OPOS=88502482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:7:4:5:1:7:4:5:1 chr16 88502505 . A G 130.34 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6848;QD=43.4472;RBI=0.0285176;REFB=0;REVB=-0.0145521;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045034;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr16 88504206 . G T 419.45 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00165654;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=193.389;QD=20.2144;RBI=0.00249952;REFB=-0.0117583;REVB=-0.00187176;RO=41;SAF=25;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535584;STB=0.529709;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0117649;OID=.;OPOS=88504206;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:17:25:22:19:17:25:22:19 chr16 88504850 . G C 210.78 PASS AF=0.350649;AO=26;DP=74;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0239955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3382;QD=10.9496;RBI=0.0475628;REFB=-0.0209152;REVB=0.0410663;RO=48;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177368;STB=0.598752;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.021917;OID=.;OPOS=88504850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:48:50:26:27:0.350649:9:17:24:24:10:17:24:26 chr16 88504868 . A G 824.46 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407051;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.97;QD=56.8593;RBI=0.0476805;REFB=0;REVB=-0.0248299;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412184;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:35:22:0:0:35:23:0:0 chr16 88505635 . A C,G 512.62 PASS AF=0.0810811,0.891892;AO=3,33;DP=37;FAO=3,33;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=0,21;FSAR=3,12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00667309,0.0635524;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.72,55.2187;QD=55.4179;RBI=0.0238141,0.109646;REFB=-0.0369442,0.0211884;REVB=-0.02286,0.0893491;RO=1;SAF=0,21;SAR=3,12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0373388;STB=0.5,0.519988;STBP=1,0.276;TYPE=snp,snp;VARB=0.120603,-0.000184432;OID=.,.;OPOS=88505635,88505635;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:37:37:1:1:3,33:3,33:0.0810811,0.891892:3,12:0,21:0:1:3,12:0,21:0:1 chr16 88505734 . C T 145.16 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.723;QD=44.6638;RBI=0.0540706;REFB=0;REVB=0.0447378;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325826;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr16 88535341 . G A 1163.15 PASS AF=0.952381;AO=79;DP=84;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00490146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.707;QD=55.3882;RBI=0.0189544;REFB=-0.0123958;REVB=0.0183097;RO=3;SAF=42;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137647;STB=0.513108;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000466447;OID=.;OPOS=88535341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:84:3:4:79:80:0.952381:37:42:1:2:38:42:1:3 chr16 88535407 . C G 912.4 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.096784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0898;QD=55.297;RBI=0.0975456;REFB=-0.0630068;REVB=-0.0121655;RO=2;SAF=29;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314596;STB=0.516661;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00292245;OID=.;OPOS=88535407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:2:2:64:64:0.969697:35:29:2:0:35:29:2:0 chr16 88552370 . A G 2044.37 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.572;QD=62.4234;RBI=0.0308417;REFB=0;REVB=0.0188235;RO=0;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4836e-05;OID=.;OPOS=88552370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:131:0:0:128:131:1:59:69:0:0:60:71:0:0 chr16 88594567 . C T 161.41 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0346296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.4261;QD=18.9898;RBI=0.0417473;REFB=0.000642545;REVB=0.0233159;RO=17;SAF=3;SAR=13;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112844;STB=0.58938;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.000855873;OID=.;OPOS=88594567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:13:3:2:15:13:4:2:15 chr16 88599023 . A G 537.9 PASS AF=0.402516;AO=58;DP=155;FAO=64;FDP=159;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=-0.00507671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.127;QD=13.5321;RBI=0.00846619;REFB=-0.0153434;REVB=-0.0067752;RO=90;SAF=21;SAR=37;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181841;STB=0.513449;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0237824;OID=.;OPOS=88599023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:159:90:95:58:64:0.402516:37:21:34:56:37:27:38:57 chr16 88644005 . A G 669.27 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9508;QD=60.8424;RBI=0.0734933;REFB=0;REVB=-0.00176685;RO=1;SAF=11;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407606;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708783;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:42:44:1:31:11:1:0:31:13:0:0 chr16 88697813 . TAAAAAAG ATAAAAAG,TAAAAAGA 53.99 PASS AF=0.0689655,0.206897;AO=2,2;DP=31;FAO=2,6;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=1,1;FSAR=1,5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0333195,0.00657272;FXX=0.0644953;HRUN=1,6;LEN=2,2;MLLD=160.759,16.7969;QD=7.44648;RBI=0.0624967,0.040477;REFB=-0.00245811,-0.0331692;REVB=-0.0528739,-0.0399398;RO=9;SAF=1,0;SAR=1,2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.467969,-0.751971;STB=0.787551,0.902599;STBP=0.718,0.087;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0814352,0.0591977;OID=.,.;OPOS=88697813,88697819;OREF=TA,AG;OALT=AT,GA;OMAPALT=ATAAAAAG,TAAAAAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:31:29:9:17:2,2:2,6:0.0689655,0.206897:1,2:1,0:8:1:1,5:1,1:14:3 chr16 88709828 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0781379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6341;QD=33.426;RBI=0.0912891;REFB=0;REVB=-0.0472035;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00931678;OID=.;OPOS=88709828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr16 88713236 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.231;QD=58.1411;RBI=0.0162692;REFB=0;REVB=0.0107589;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.0123e-06;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr16 88717074 . G A 74.37 PASS AF=0.6;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0264482;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5087;QD=19.8326;RBI=0.0737541;REFB=-0.0428769;REVB=0.0688488;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0319244;OID=.;OPOS=88717074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:6:6:9:9:0.6:3:6:4:2:3:6:4:2 chr16 88717104 . G T 72.61 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0266939;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.844;QD=20.7458;RBI=0.0274173;REFB=-0.00906555;REVB=-0.00625618;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.583134;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0231444;OID=.;OPOS=88717104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:4:5:8:9:0.642857:2:6:2:2:2:7:3:2 chr16 88717386 . T C 817.58 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.946;QD=57.3738;RBI=0.0342116;REFB=0;REVB=0.0237839;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130144;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr16 88724347 . G T 492.63 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.18;QD=57.9563;RBI=0.0464826;REFB=0;REVB=0.0371382;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217265;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:8:24:0:0:9:25:0:0 chr16 88763383 . G GA 40.89 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0595271;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=18.8887;QD=5.64019;RBI=0.0854123;REFB=-0.110408;REVB=0.0612518;RO=23;SAF=0;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.73679;STB=0.77351;STBP=0.084;TYPE=ins;VARB=0.173025;OID=.;OPOS=88763384;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:9:32:10:29:19:1:9:7:12:40:23:0:9:9:14 chr16 88767769 . G C 333.56 PASS AF=0.6;AO=32;DP=54;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0237447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.139;QD=24.2586;RBI=0.0340805;REFB=-0.0155;REVB=-0.0244472;RO=22;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122379;STB=0.571384;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0100733;OID=.;OPOS=88767769;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:22:32:33:0.6:21:11:11:11:22:11:11:11 chr16 88778510 . G A 168.65 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0125511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3589;QD=16.0619;RBI=0.037436;REFB=-0.0290039;REVB=-0.0352693;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966124;STB=0.555494;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0320712;OID=.;OPOS=88778510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:13:11:10:8:13:11 chr16 88778615 . G A 364.08 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00484577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.749;QD=15.8296;RBI=0.00913704;REFB=-0.0178197;REVB=-0.00774623;RO=53;SAF=14;SAR=25;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250044;STB=0.640953;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0418655;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:25:14:32:21:25:14:32:21 chr16 88779032 . G C 628.51 PASS AF=0.512195;AO=64;DP=125;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0174853;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.09;QD=20.4393;RBI=0.0372896;REFB=-0.02015;REVB=0.032936;RO=55;SAF=40;SAR=24;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161787;STB=0.599655;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0274683;OID=.;OPOS=88779032;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:55:60:64:63:0.512195:24:40:24:31:24:39:25:35 chr16 88779739 . A G 207.65 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0019668;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.161;QD=15.1021;RBI=0.0316472;REFB=-0.0201631;REVB=-0.0315861;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353606;STB=0.520107;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0255143;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:10:14:17:14:10:14:17:14 chr16 88780634 . AGGTGTGGGTGT AGGTGT,AGGTGTGTGTGG 202.88 PASS AF=0.611111,0.388889;AO=11,4;DP=19;FAO=11,7;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=9,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0847834,0.13544;FXX=0.09995;HRUN=3,3;LEN=6,5;MLLD=178.769,41.0963;QD=45.0839;RBI=0.0921681,0.135861;REFB=0,0;REVB=0.0361488,-0.0106842;RO=0;SAF=1,2;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0303798,0.22035;OID=.,.;OPOS=88780635,88780641;OREF=GGTGTG,GGTGT;OALT=-,TGTGG;OMAPALT=AGGTGT,AGGTGTGTGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.611111,0.388889:11,4:19:11,7:18:0:2,4:9,3:0:0:43:0:1,2:10,2:0:0 chr16 88781040 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0150924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.104;QD=11.1978;RBI=0.01972;REFB=-0.036833;REVB=-0.0126925;RO=22;SAF=1;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578388;STB=0.856422;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0371271;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:11:1:11:11:11:1:11:11 chr16 88781125 . T C 227.22 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.135131;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9984;QD=50.4927;RBI=0.135161;REFB=0;REVB=0.00285021;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00182928;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr16 88781521 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00860624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.357;QD=15.2624;RBI=0.0123134;REFB=-0.014312;REVB=0.00880646;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665616;STB=0.538404;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0192327;OID=.;OPOS=88781521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:12:4:4:9:12:4 chr16 88782079 . G A 197.48 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00374871;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.036;QD=12.9496;RBI=0.00918345;REFB=-0.00114646;REVB=-0.00838349;RO=37;SAF=18;SAR=6;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221743;STB=0.628457;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00278802;OID=.;OPOS=88782079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:37:24:24:0.393443:6:18:21:16:6:18:21:16 chr16 88782676 . A G 950.31 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.269;QD=58.4807;RBI=0.00888089;REFB=0;REVB=-0.00647709;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15256e-05;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:28:36:0:0:29:36:0:0 chr16 88783449 . C G 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000214773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7126;QD=58.5829;RBI=0.039087;REFB=0;REVB=0.0390864;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764468;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr16 88783521 . T C 652.7 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1266;QD=59.3361;RBI=0.0277953;REFB=-0.0556035;REVB=0.00966313;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133224;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:44:0:0:42:44:1:22:20:0:0:23:21:0:0 chr16 88787704 . G C 1529.86 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.808;QD=63.744;RBI=0.0491511;REFB=0;REVB=0.0392771;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213572;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:39:57:0:0:39:57:0:0 chr16 88792047 . A G 1032.93 PASS AF=0.972973;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.075219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8738;QD=55.8339;RBI=0.0757937;REFB=-0.139791;REVB=-0.00931591;RO=2;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03149;STB=0.515621;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00693815;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:72:74:2:2:70:72:0.972973:29:41:0:2:31:41:0:2 chr16 88792097 . A G 676.69 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00549632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.925;QD=60.1507;RBI=0.00964621;REFB=-0.0485928;REVB=0.00792716;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0014425;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:0:1:44:44:0.977778:15:29:0:0:15:29:1:0 chr16 88803124 . T C 444.34 PASS AF=0.440678;AO=48;DP=117;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00140805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.786;QD=15.0625;RBI=0.0217619;REFB=-0.0135844;REVB=-0.0217163;RO=66;SAF=13;SAR=35;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300518;STB=0.639289;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0312519;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:66:66:48:52:0.440678:35:13:36:30:36:16:36:30 chr16 88803982 . C G 393.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4476;QD=56.2374;RBI=0.0893997;REFB=0;REVB=0.0685353;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295885;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:7:20:0:0:8:20:0:0 chr16 88804734 . A G 407.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2025;QD=56.1519;RBI=0.0817686;REFB=0;REVB=0.036825;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145252;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr16 88804924 . TC T 251.33 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.0125;QD=41.889;RBI=0.0765965;REFB=0;REVB=-0.054764;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000377052;OID=.;OPOS=88804925;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:24:24:24:0:14:10:0:0:5:0:14:10:0:0 chr16 88808743 . A G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.852;QD=57.6777;RBI=0.0454891;REFB=0;REVB=0.0406661;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159889;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr16 88809368 . G T 257.17 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0458119;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.06;QD=18.3692;RBI=0.0484302;REFB=-0.00863818;REVB=-0.0157084;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644264;STB=0.536057;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00884857;OID=.;OPOS=88809368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:28:28:28:0.5:12:16:14:14:12:16:14:14 chr16 88809434 . A G 271.97 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0383971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8248;QD=14.7009;RBI=0.111706;REFB=-0.0161939;REVB=-0.1049;RO=39;SAF=5;SAR=26;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278103;STB=0.673114;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0529407;OID=.;OPOS=88809434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:43:31:31:0.418919:26:5:14:25:26:5:16:27 chr16 88809480 . A G 216.66 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.0653858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2909;QD=13.3328;RBI=0.0674882;REFB=-0.0150699;REVB=-0.0167141;RO=39;SAF=3;SAR=23;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268203;STB=0.656999;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.028088;OID=.;OPOS=88809480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:23:3:10:29:23:3:10:29 chr16 88809686 . T C 406.9 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0316341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5579;QD=20.0939;RBI=0.0798966;REFB=-0.00122051;REVB=-0.0733673;RO=40;SAF=32;SAR=9;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125462;STB=0.570004;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000418749;OID=.;OPOS=88809686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:9:32:27:13:9:32:27:13 chr16 88809773 . G C 1440.5 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0509001;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.718;QD=61.9571;RBI=0.0663873;REFB=0.00383218;REVB=0.0426198;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.505493;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000174981;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:0:1:91:92:0.989247:47:44:0:0:47:45:1:0 chr16 88809893 . GG AC 69.18 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00137029;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=2;MLLD=254.807;QD=13.1779;RBI=0.0226021;REFB=-0.00899052;REVB=-0.0225605;RO=12;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590305;STB=0.856268;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=0.0110657;OID=.;OPOS=88809893;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:22:21:12:12:9:9:0.428571:1:8:4:8:1:8:4:8 chr16 88870967 . T C 116.81 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.106905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.464;QD=14.1592;RBI=0.107661;REFB=-0.0406694;REVB=-0.0127419;RO=18;SAF=1;SAR=12;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817064;STB=0.547107;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0614217;OID=.;OPOS=88870967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:13:14:0.424242:12:1:1:17:12:2:2:17 chr16 88872145 . T C 972.03 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0143378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7023;QD=56.3498;RBI=0.0463749;REFB=-0.12594;REVB=0.0441029;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016016;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00342937;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:29:38:0:1:30:38:0:1 chr16 88872229 . A G 269.53 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0261724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.061;QD=14.1857;RBI=0.0341093;REFB=-0.00480347;REVB=-0.0218735;RO=44;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254225;STB=0.649614;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0162336;OID=.;OPOS=88872229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:45:31:31:0.407895:12:19:16:28:12:19:16:29 chr16 88872511 . T C 486.94 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0296181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.709;QD=27.0523;RBI=0.0513996;REFB=-0.0544747;REVB=0.0420082;RO=27;SAF=10;SAR=35;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703054;STB=0.538444;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0229333;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:27:45:45:0.625:35:10:8:19:35:10:8:19 chr16 88874632 . C G 854.35 PASS AF=0.488764;AO=86;DP=177;FAO=87;FDP=178;FR=.;FRO=91;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.0361508;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2247;QD=19.199;RBI=0.037045;REFB=0.00261934;REVB=0.00808988;RO=90;SAF=48;SAR=38;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00802736;STB=0.504269;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00196317;OID=.;OPOS=88874632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:90:91:86:87:0.488764:38:48:51:39:38:49:52:39 chr16 89167094 . T C 233.84 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.893;QD=49.2295;RBI=0.057993;REFB=0;REVB=0.0579582;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828103;OID=.;OPOS=89167094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr16 89167138 . G C 163.84 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0262025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7492;QD=22.5984;RBI=0.143555;REFB=0.0109656;REVB=0.141144;RO=13;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443998;STB=0.76678;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00224542;OID=.;OPOS=89167138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:29:13:12:16:17:0.586207:13:3:9:4:14:3:9:3 chr16 89167140 . G C 429.37 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.617;QD=57.2493;RBI=0.219775;REFB=0;REVB=0.205065;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241109;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:17:13:0:0 chr16 89167395 . C T 554.83 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5451;QD=59.9819;RBI=0.0797532;REFB=0;REVB=0.0251865;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000931431;OID=.;OPOS=89167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr16 89167404 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.121;QD=60.9786;RBI=0.0129099;REFB=0;REVB=0.00269733;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80652e-05;OID=.;OPOS=89167404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr16 89167431 . G C 800.96 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.052;QD=57.2111;RBI=0.0722841;REFB=0;REVB=0.0656712;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94375e-05;OID=.;OPOS=89167431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:51:56:1:23:28:0:0:28:28:0:0 chr16 89167443 . T C 771.86 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361959;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.811;QD=57.1749;RBI=0.0650063;REFB=0;REVB=0.053997;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341196;OID=.;OPOS=89167443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr16 89167458 . C A 711.41 PASS AF=0.916667;AO=53;DP=57;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0207493;FXX=0.0322529;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.157;QD=47.4276;RBI=0.0254105;REFB=-0.173;REVB=0.0146684;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.51879;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00240768;OID=.;OPOS=89167458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:60:1:5:53:55:0.916667:21:32:1:0:23:32:4:1 chr16 89180883 . G A 227.4 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0140548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.104;QD=21.6569;RBI=0.0214191;REFB=-0.0322605;REVB=0.016163;RO=17;SAF=15;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305306;STB=0.638884;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0284895;OID=.;OPOS=89180883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:20:22:22:0.52381:7:15:5:12:7:15:8:12 chr16 89199651 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.052335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.557;QD=18.6371;RBI=0.0529129;REFB=-0.0234342;REVB=0.00779893;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596367;STB=0.533857;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0170083;OID=.;OPOS=89199651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:10:6:5:11:10:6:5:11 chr16 89234723 . A G 523.03 PASS AF=0.408451;AO=56;DP=147;FAO=58;FDP=142;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0070189;FXX=0.0469767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.575;QD=14.7332;RBI=0.0473021;REFB=-0.0072712;REVB=-0.0467785;RO=78;SAF=29;SAR=27;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347441;STB=0.521119;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00920531;OID=.;OPOS=89234723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:142:78:84:56:58:0.408451:27:29:43:35:29:29:45:39 chr16 89235258 . C A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0109162;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.24;QD=22.6001;RBI=0.0200175;REFB=-0.0193916;REVB=0.0167791;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505139;STB=0.528277;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0190798;OID=.;OPOS=89235258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:14:9:9:11:14:9:9:11 chr16 89245955 . C T 146.36 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0188325;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.738;QD=11.2582;RBI=0.0202135;REFB=0.0101784;REVB=0.00734328;RO=33;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10762;STB=0.555492;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0112917;OID=.;OPOS=89245955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:34:18:18:0.346154:12:6:14:19:12:6:14:20 chr16 89246670 . T C 179.32 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00442641;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.722;QD=21.7352;RBI=0.0684361;REFB=-0.0276644;REVB=-0.0682928;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118771;STB=0.566935;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0270903;OID=.;OPOS=89246670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:15:15:18:18:0.545455:7:11:7:8:7:11:7:8 chr16 89249974 . G A 322.84 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.167892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6126;QD=19.274;RBI=0.174224;REFB=-0.0158435;REVB=0.0465418;RO=34;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984634;STB=0.567017;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0188705;OID=.;OPOS=89249974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:33:33:34:0.507463:13:20:17:17:13:21:16:17 chr16 89251798 . C T 45.98 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.11584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6129;QD=9.19665;RBI=0.119221;REFB=-0.00372411;REVB=-0.0281898;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528175;STB=0.829762;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0243497;OID=.;OPOS=89251798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:11:13:7:7:0.35:6:1:7:4:6:1:8:5 chr16 89251832 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00654081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.544;QD=19.6457;RBI=0.00711542;REFB=-0.000908818;REVB=0.00280126;RO=8;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200183;STB=0.616203;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000412581;OID=.;OPOS=89251832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:9:2:3:5:9:2:3:5 chr16 89251851 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.030876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2075;QD=19.6461;RBI=0.030882;REFB=-0.0325746;REVB=0.000608147;RO=8;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383323;STB=0.726749;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0168685;OID=.;OPOS=89251851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:10:1:3:5:10:1:3:5 chr16 89259993 . A G 525.16 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0287492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5544;QD=21.656;RBI=0.0409615;REFB=-0.0262976;REVB=-0.0291776;RO=46;SAF=14;SAR=36;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450762;STB=0.51502;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0178663;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:47:50:50:0.515464:36:14:11:35:36:14:12:35 chr16 89261482 . C A 112.86 PASS AF=0.5;AO=10;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00904441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.843;QD=17.363;RBI=0.0375458;REFB=-0.0182037;REVB=0.0364402;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20469;STB=0.658287;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0347173;OID=.;OPOS=89261482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:10:13:0.5:6:4:8:5:9:4:8:5 chr16 89265095 . C T 282.41 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0067746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.554;QD=12.4138;RBI=0.00679042;REFB=-0.000961396;REVB=0.000463259;RO=57;SAF=20;SAR=13;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310488;STB=0.524485;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00143098;OID=.;OPOS=89265095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:58:33:33:0.362637:13:20:33:24:13:20:33:25 chr16 89265101 . C A 267.52 PASS AF=0.380952;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0251963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.713;QD=12.7389;RBI=0.0269427;REFB=-0.00627549;REVB=-0.00954235;RO=48;SAF=19;SAR=12;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328484;STB=0.53123;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0127063;OID=.;OPOS=89265101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:84:48:52:31:32:0.380952:12:19:28:20:12:20:30:22 chr16 89265466 . AC CG,GC 455.23 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,30;DP=32;FAO=2,30;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.093312,0.0750032;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=62.8842,89.4376;QD=56.904;RBI=0.0952274,0.100066;REFB=0,0;REVB=-0.0190033,-0.0662397;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0761407,0.0314992;OID=.,.;OPOS=89265466,89265466;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:2,30:2,30:0.0625,0.9375:0,19:2,11:0:0:0,19:2,11:0:0 chr16 89291210 . G GGTGA 310.66 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.02244;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=4;MLLD=262.641;QD=15.7298;RBI=0.0228329;REFB=-0.0182748;REVB=-0.00421707;RO=46;SAF=12;SAR=22;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653332;STB=0.542105;STBP=0.535;TYPE=ins;VARB=0.0217058;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43038:34:81:34:79:45:12:22:19:26:99:46:12:22:19:27 chr16 89291951 . C T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00765544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.731;QD=21.7465;RBI=0.0134214;REFB=0.00410245;REVB=-0.011024;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168745;STB=0.529385;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00184679;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:20:22:22:0.52381:9:13:11:7:9:13:13:7 chr16 89293271 . A C 244.38 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00622597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.013;QD=17.4556;RBI=0.0130966;REFB=-0.0210371;REVB=0.0115221;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991601;STB=0.555514;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0190005;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:29:27:27:0.482143:15:12:15:12:15:12:16:13 chr16 89293281 . G A 193.01 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00196342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.188;QD=12.0628;RBI=0.0420964;REFB=-0.0249101;REVB=-0.0420506;RO=39;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859619;STB=0.557095;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0439853;OID=.;OPOS=89293281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:11:13:18:21:11:13:18:22 chr16 89293525 . G A 268.42 PASS AF=0.705882;AO=23;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0074062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.094;QD=31.579;RBI=0.0171946;REFB=-0.0447418;REVB=-0.0155178;RO=10;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313419;STB=0.521721;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.013654;OID=.;OPOS=89293525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:23:24:0.705882:8:15:6:4:8:16:6:4 chr16 89293614 . A G 235.49 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00746102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.389;QD=18.8388;RBI=0.0126364;REFB=-0.0113844;REVB=-0.0101986;RO=26;SAF=17;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283473;STB=0.672158;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0138693;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:27:23:23:0.46:6:17:12:14:6:17:12:15 chr16 89293890 . C T 117.1 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0396122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2732;QD=12.0099;RBI=0.0499232;REFB=-0.00865152;REVB=-0.0303841;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518275;STB=0.799631;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0119462;OID=.;OPOS=89293890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:4:10:5:20:4:10:5:20 chr16 89294044 . A G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0225191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.84;QD=8.73855;RBI=0.0274302;REFB=-0.00717855;REVB=-0.0156622;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207664;STB=0.512792;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0114711;OID=.;OPOS=89294044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:7:13:6:3:7:13 chr16 89294184 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0242213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.946;QD=8.73763;RBI=0.0609356;REFB=-0.0172089;REVB=-0.055915;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623617;STB=0.538376;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0332977;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:10:10:5:4:10:10 chr16 89294305 . G C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0325868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.764;QD=18.8206;RBI=0.0333908;REFB=-0.00715822;REVB=0.00728347;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371902;STB=0.709834;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00945314;OID=.;OPOS=89294305;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:1:9:5:7:1:9 chr16 89294511 . C T 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00612769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.588;QD=27.6511;RBI=0.0132842;REFB=-0.00618414;REVB=0.0117865;RO=9;SAF=13;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116873;STB=0.565142;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00384652;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:5:13:5:4:5:13:5:4 chr16 89294827 . A G 153.69 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00519925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7079;QD=16.6152;RBI=0.0241888;REFB=-0.0140503;REVB=0.0236234;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482681;STB=0.511169;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0174836;OID=.;OPOS=89294827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:8:8:11:9:8:9:11:9 chr16 89299200 . C A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0264491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.846;QD=17.2298;RBI=0.060697;REFB=-0.0405564;REVB=0.0546312;RO=6;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651668;STB=0.538359;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0347864;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:1:7:5:1:1:7:5:1 chr16 89299969 . C T 67.41 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0526283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8731;QD=14.1911;RBI=0.073779;REFB=-0.0321271;REVB=0.0517069;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1654;STB=0.617362;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.109929;OID=.;OPOS=89299969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:10:10:8:9:0.473684:6:2:4:6:7:2:4:6 chr16 89300015 . A G 154.93 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.169524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.636;QD=44.2667;RBI=0.190294;REFB=0;REVB=0.0864496;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00549448;OID=.;OPOS=89300015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:1:0:12:14:1:7:5:1:0:7:7:0:0 chr16 89300147 . A G 41.56 PASS AF=0.444444;AO=3;DP=8;FAO=4;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0768605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7914;QD=18.4728;RBI=0.0848032;REFB=0.00283454;REVB=0.0358335;RO=3;SAF=1;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483116;STB=0.798623;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.013064;OID=.;OPOS=89300147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:8:9:3:3:3:4:0.444444:2:1:3:0:3:1:3:0 chr16 89334050 . T A 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0115452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0775;QD=18.7666;RBI=0.0122434;REFB=-0.0604397;REVB=-0.00407545;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0324255;OID=.;OPOS=89334050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr16 89350038 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0211874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0726;QD=13.4859;RBI=0.0976741;REFB=-0.0317442;REVB=0.0953485;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176743;STB=0.604168;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0324216;OID=.;OPOS=89350038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:4:7:4:5:4:7 chr16 89350178 . G A 134.02 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00845978;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.728;QD=10.3092;RBI=0.0097984;REFB=-0.00566927;REVB=-0.00494376;RO=35;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271459;STB=0.51611;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0122291;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:12:5:11:24:12:5:11:24 chr16 89590168 . T C,TATCTC 624.28 PASS AF=0.0444444,0.933333;AO=3,35;DP=46;FAO=2,42;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=0,19;FSAR=2,23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00354344,-0.00260664;FXX=0.0217344;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=68.0314,208.091;QD=55.4919;RBI=0.00443715,0.0237399;REFB=-0.0361425,-0.0541914;REVB=-0.00267065,0.0235964;RO=3;SAF=0,15;SAR=3,20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.767807,-0.084785;STB=0.993266,0.512814;STBP=0.232,0.316;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0379958,0.0024331;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:46:45:3:1:3,35:2,42:0.0444444,0.933333:3,20:0,15:3:0:2,23:0,19:1:0 chr16 89590243 . G A 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.692;QD=56.9357;RBI=0.0199534;REFB=0;REVB=0.00592994;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133419;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr16 89644001 . T C 447.62 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0125137;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9944;QD=20.5802;RBI=0.0157703;REFB=-0.0069204;REVB=-0.00959726;RO=44;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524995;STB=0.528447;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00653137;OID=.;OPOS=89644001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:44:43:43:44:0.505747:20:23:21:23:21:23:20:23 chr16 89653999 . TTGAG T 98.96 PASS AF=0.3;AO=15;DP=68;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0437455;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=227.834;QD=5.65484;RBI=0.0523553;REFB=-0.0244716;REVB=-0.0287648;RO=46;SAF=9;SAR=6;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164685;STB=0.534718;STBP=0.743;TYPE=del;VARB=0.0561386;OID=.;OPOS=89654000;OREF=TGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:15:68:21:70:49:13:8:28:21:98:46:9:6:27:19 chr16 89662990 . T C 188.61 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0611012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2492;QD=14.2343;RBI=0.0930291;REFB=-0.00887435;REVB=-0.0701502;RO=28;SAF=3;SAR=19;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509182;STB=0.805747;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0127732;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:31:22:22:0.415094:19:3:16:12:19:3:18:13 chr16 89704365 . G C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.000173877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.113;QD=12.782;RBI=0.030785;REFB=-0.0578279;REVB=0.0307845;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703453;STB=0.541584;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0243621;OID=.;OPOS=89704365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:6:8:5:5:6:8 chr16 89724268 . C T 217.6 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00529894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.048;QD=22.905;RBI=0.0603863;REFB=-0.0553505;REVB=-0.0601534;RO=17;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174984;STB=0.509795;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0617628;OID=.;OPOS=89724268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:7:14:11:6:7:14:11:6 chr16 89760652 . C T 460.16 PASS AF=0.711864;AO=40;DP=59;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0196629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.232;QD=31.1972;RBI=0.0256506;REFB=-0.0390817;REVB=-0.016472;RO=17;SAF=22;SAR=18;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542648;STB=0.529061;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0155173;OID=.;OPOS=89760652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:17:40:42:0.711864:18:22:11:6:19:23:11:6 chr16 89760712 . G A 217.56 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0497922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.049;QD=22.9013;RBI=0.0528359;REFB=-0.00957536;REVB=0.017674;RO=17;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00574418;STB=0.519981;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0107853;OID=.;OPOS=89760712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:17:20:21:0.552632:6:14:12:5:7:14:12:5 chr16 89763214 . T C 188.91 PASS AF=0.363636;AO=22;DP=64;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0123275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8608;QD=11.4491;RBI=0.0491925;REFB=-0.0109073;REVB=0.0476228;RO=42;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104281;STB=0.583264;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0279445;OID=.;OPOS=89763214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:42:42:22:24:0.363636:12:10:23:19:14:10:23:19 chr16 89764549 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0100517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.529;QD=13.4863;RBI=0.0506625;REFB=-0.0765266;REVB=-0.0496553;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947861;STB=0.505605;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0585153;OID=.;OPOS=89764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:5:6:5:4:5:6 chr16 89777761 . C T 491.57 PASS AF=0.777778;AO=42;DP=54;FAO=42;FDP=54;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0127783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.574;QD=36.4123;RBI=0.017337;REFB=-0.0456042;REVB=0.0117169;RO=12;SAF=16;SAR=26;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513326;STB=0.527662;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0112118;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:12:12:42:42:0.777778:26:16:6:6:26:16:6:6 chr16 89782989 . A G 146.79 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0896985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.954;QD=17.2696;RBI=0.0907447;REFB=-0.00229305;REVB=0.0137391;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416401;STB=0.52378;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00165506;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:6:12:10:6:6:12 chr16 89783187 . C T 1049.06 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3128;QD=58.2809;RBI=0.0413653;REFB=0;REVB=0.0310477;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299007;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:72:0:0:67:72:1:38:29:0:0:40:32:0:0 chr16 89785603 . A C 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0580625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7171;QD=11.4375;RBI=0.0584949;REFB=-0.0257113;REVB=-0.00709873;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163296;STB=0.509782;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0331762;OID=.;OPOS=89785603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:8:6:4:5:8:6 chr16 89789898 . T C 381.42 PASS AF=0.466667;AO=38;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0129568;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7258;QD=16.9522;RBI=0.022566;REFB=-0.024131;REVB=-0.0184755;RO=46;SAF=22;SAR=16;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137114;STB=0.542836;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.024538;OID=.;OPOS=89789898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:48:38:42:0.466667:16:22:26:20:16:26:26:22 chr16 89804624 . G C 361.11 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0181782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.685;QD=23.2971;RBI=0.0186678;REFB=-0.00360435;REVB=-0.00424724;RO=25;SAF=15;SAR=21;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438486;STB=0.513881;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00245756;OID=.;OPOS=89804624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:25:26:36:36:0.580645:21:15:9:16:21:15:10:16 chr16 89805914 . T C 169.04 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0643619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3583;QD=10.5652;RBI=0.0893272;REFB=-0.00785087;REVB=-0.0619426;RO=42;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425627;STB=0.745761;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0120895;OID=.;OPOS=89805914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:7:15:12:30:7:15:12:30 chr16 89806343 . C A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0122284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.948;QD=10.9409;RBI=0.0261039;REFB=-0.00850632;REVB=0.0230625;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172518;STB=0.602234;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0161377;OID=.;OPOS=89806343;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:14:6:5:6:14:6 chr16 89806347 . A T 464.95 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.331;QD=58.1183;RBI=0.0281338;REFB=0;REVB=0.0214576;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168276;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr16 89807233 . C G 249.65 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0643669;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2308;QD=18.4927;RBI=0.0644338;REFB=-0.0516145;REVB=0.00293713;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105311;STB=0.558739;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0385485;OID=.;OPOS=89807233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:27:27:27:27:0.5:11:16:19:8:11:16:19:8 chr16 89809319 . T C 100.97 PASS AF=0.5;AO=11;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00479125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7019;QD=15.5331;RBI=0.0185549;REFB=-0.00758131;REVB=0.0179256;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360272;STB=0.582167;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00782197;OID=.;OPOS=89809319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:11:13:0.5:2:9:12:0:2:11:12:1 chr16 89825065 . G A 160.42 PASS AF=0.408163;AO=18;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0066346;FXX=0.0576812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4537;QD=13.0957;RBI=0.0298571;REFB=-0.0411607;REVB=0.0291106;RO=30;SAF=14;SAR=4;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527746;STB=0.756519;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0408197;OID=.;OPOS=89825065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:29:18:20:0.408163:4:14:8:22:6:14:7:22 chr16 89828437 . A G 196.73 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0067979;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.116;QD=24.5914;RBI=0.033102;REFB=-0.0710038;REVB=0.0323965;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102746;STB=0.557317;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0455355;OID=.;OPOS=89828437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:10:9:8:5:10:9:8:5 chr16 89836323 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.359;QD=58.1415;RBI=0.064143;REFB=0;REVB=0.0604036;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358319;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr16 89845194 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.907;QD=57.201;RBI=0.0538074;REFB=0;REVB=-0.00756858;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217301;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr16 89849480 . C T 410.48 PASS AF=0.9375;AO=28;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0180511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7393;QD=51.31;RBI=0.0181078;REFB=-0.053595;REVB=0.0014317;RO=1;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618951;STB=0.562456;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00175303;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:31:32:1:2:28:30:0.9375:7:21:0:1:7:23:0:2 chr16 89857935 . G A 192.88 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0594445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0157;QD=23.3796;RBI=0.060308;REFB=0.0119046;REVB=-0.0101691;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199634;STB=0.51117;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0197718;OID=.;OPOS=89857935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:10:9:7:7:10:9:7:7 chr16 89866043 . T C 388.18 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1786;QD=55.4549;RBI=0.0389793;REFB=0;REVB=0.0166345;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003418;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:13:15:0:0 chr16 89986154 . G A 239.4 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.364;QD=50.4;RBI=0.0719793;REFB=0;REVB=0.0474776;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061077;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr16 89986163 . C G 45.77 PASS AF=0.35;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00311282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.68;QD=9.15397;RBI=0.00890681;REFB=-0.0319453;REVB=0.00834515;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302036;STB=0.57355;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0580345;OID=.;OPOS=89986163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:13:13:6:7:0.35:1:5:8:5:2:5:8:5 chr16 89987270 . C T 234.92 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0475927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.316;QD=18.7937;RBI=0.0517398;REFB=0.0116193;REVB=-0.0202962;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103749;STB=0.558619;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0160301;OID=.;OPOS=89987270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:10:17:12:11:10:17 chr16 90037828 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.374;QD=55.6557;RBI=0.0146617;REFB=0;REVB=0.0137874;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79849e-05;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr16 90038786 . C A 1011.54 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375685;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.335;QD=59.5021;RBI=0.0146088;REFB=0;REVB=0.0141174;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97554e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr16 90095484 . C T 533.16 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00190355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.992;QD=18.5447;RBI=0.0114035;REFB=-0.0387948;REVB=0.0112435;RO=58;SAF=22;SAR=34;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13203;STB=0.569147;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0383034;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:59:56:56:0.486957:34:22:31:27:34:22:31:28 chr16 90095561 . C T 122.98 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0237539;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.835;QD=13.6648;RBI=0.0248159;REFB=5.26806e-05;REVB=0.00718199;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123511;STB=0.59079;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.000229615;OID=.;OPOS=90095561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:36:20:22:14:14:0.388889:9:5:5:15:9:5:5:17 chr16 90096003 . C G 287.91 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0189281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.205;QD=25.0356;RBI=0.0220708;REFB=-0.024611;REVB=-0.0113511;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886349;STB=0.549115;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0209187;OID=.;OPOS=90096003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:7:13:14:12:7:13 chr16 90096052 . CCTT C 165.3 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00425702;FXX=0.065563;HRUN=2;LEN=3;MLLD=217.922;QD=11.6;RBI=0.00426261;REFB=-0.0220359;REVB=-0.000218099;RO=28;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854308;STB=0.562448;STBP=0.471;TYPE=del;VARB=0.0217107;OID=.;OPOS=90096053;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438596:25:61:25:57:32:7:18:12:20:99:28:7:18:10:18 chr16 90096067 . G A 302.37 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0240324;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.878;QD=19.1983;RBI=0.0280916;REFB=-0.0316164;REVB=0.0145459;RO=31;SAF=12;SAR=20;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114161;STB=0.563281;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0237269;OID=.;OPOS=90096067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:31:32:32:0.507937:20:12:8:23:20:12:8:23 chr16 90097748 . C T 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00885063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.662;QD=22.5829;RBI=0.113398;REFB=-0.041608;REVB=0.113052;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131;STB=0.574334;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0158802;OID=.;OPOS=90097748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:4:2:6:5:4:2 chr16 90109711 . A G 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0917306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3104;QD=8.25422;RBI=0.163798;REFB=0.00951752;REVB=-0.135703;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883056;STB=0.555373;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0409412;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:5:7:3:3:5:7 chr16 90110027 . G A 89.48 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0112669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.169;QD=15.5621;RBI=0.0225001;REFB=-0.0164938;REVB=0.019476;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111229;STB=0.564402;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0150835;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:8:4:5:6:8:4 chr16 90110284 . G A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.012649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.92;QD=22.581;RBI=0.0186261;REFB=-0.0249309;REVB=0.0136724;RO=7;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14113;STB=0.580502;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0086599;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:3:9:4:3:3:9:4:3 chr16 90110289 . C A 104.01 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00322577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.024;QD=23.113;RBI=0.0169003;REFB=-0.030006;REVB=0.0165896;RO=6;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249643;STB=0.599822;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0405643;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:6:6:10:12:0.666667:2:8:3:3:3:9:3:3 chr16 90130136 . C T 216.47 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00876583;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.501;QD=15.1911;RBI=0.0256581;REFB=-0.0256574;REVB=-0.0241143;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577191;STB=0.511227;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0332358;OID=.;OPOS=90130136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:32:24:25:0.438596:13:11:17:16:13:12:16:16 chr16 90141355 . A C 241.1 PASS AF=0.5;AO=21;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=-0.0432061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.552;QD=20.0912;RBI=0.0566424;REFB=-0.0210433;REVB=-0.0366277;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259959;STB=0.672539;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.045942;OID=.;OPOS=90141355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:24:21:24:0.5:9:12:17:3:11:13:21:3 chr16 90160793 . G C 54.57 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0819302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4501;QD=9.48964;RBI=0.094236;REFB=-0.0209334;REVB=0.0465605;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212868;STB=0.658113;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0464631;OID=.;OPOS=90160793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:14:15:8:8:0.347826:6:2:6:8:6:2:7:8 chr16 90161034 . C A 128.94 PASS AF=0.26;AO=11;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00986328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.584;QD=10.3153;RBI=0.0201556;REFB=-0.00355191;REVB=-0.0175774;RO=34;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897825;STB=0.506569;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0182239;OID=.;OPOS=90161034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:50:50:34:34:11:13:0.26:5:6:16:18:7:6:16:18 chr16 90161065 . A T 164.33 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0540427;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6598;QD=13.4148;RBI=0.0747654;REFB=-0.0362209;REVB=-0.0516648;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571009;STB=0.565538;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0493421;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:31:18:18:0.367347:8:10:13:13:8:10:14:17 chr16 90161231 . T C 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00344491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0406;QD=12.4808;RBI=0.0165516;REFB=-0.014487;REVB=-0.0161891;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258606;STB=0.65427;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0236895;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:9:3:9:10:9:3:9:10 chr16 90232832 . A C 44.42 PASS AF=0.0884354;AO=13;DP=147;FAO=13;FDP=147;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=76;FSRR=58;FWDB=-0.0732923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.513;QD=1.2086;RBI=0.0835415;REFB=-0.00877676;REVB=-0.0400925;RO=133;SAF=8;SAR=5;SRF=75;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612596;STB=0.545384;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0718203;OID=.;OPOS=90232832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:147:147:133:134:13:13:0.0884354:5:8:75:58:5:8:76:58 chr16 90232872 . C T 47.55 PASS AF=0.0962963;AO=12;DP=135;FAO=13;FDP=135;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=57;FWDB=-0.0249485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.8;QD=1.40903;RBI=0.0261906;REFB=-0.00516424;REVB=0.00796976;RO=118;SAF=6;SAR=6;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296018;STB=0.505147;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.047036;OID=.;OPOS=90232872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:135:135:118:122:12:13:0.0962963:6:6:62:56:6:7:65:57 chr16 90232890 . C G 52.33 PASS AF=0.109244;AO=13;DP=119;FAO=13;FDP=119;FR=.;FRO=106;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=0.0130741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.82;QD=1.75883;RBI=0.0139408;REFB=-0.00503705;REVB=0.00483858;RO=103;SAF=7;SAR=6;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757717;STB=0.55089;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0507416;OID=.;OPOS=90232890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:119:119:103:106:13:13:0.109244:6:7:49:54:6:7:51:55 chr16 90232893 . C A 408.79 PASS AF=0.40678;AO=45;DP=115;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.183265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.6414;QD=13.8572;RBI=0.223294;REFB=-0.0312636;REVB=0.127571;RO=67;SAF=21;SAR=24;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116169;STB=0.524777;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0429341;OID=.;OPOS=90232893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:67:70:45:48:0.40678:24:21:32:35:26:22:35:35 chr17 6115 . G C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.593;QD=57.7117;RBI=0.0568749;REFB=0;REVB=0.0521005;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013165;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr17 6157 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.38;QD=55.0968;RBI=0.0121464;REFB=0;REVB=0.00440343;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10043e-05;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr17 181474 . T C 1435.34 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0279864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.733;QD=61.735;RBI=0.0385996;REFB=0.016094;REVB=0.0265836;RO=1;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903006;STB=0.504761;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000426114;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:52:40:0:1:52:40:0:1 chr17 260299 . G A 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0210903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1203;QD=28.5371;RBI=0.118003;REFB=-0.0112586;REVB=0.116103;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.011059;OID=.;OPOS=260299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:1:0:1:6:1:0 chr17 463705 . G A 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0178282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3438;QD=13.0534;RBI=0.0323963;REFB=0.0179126;REVB=0.0270495;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740356;STB=0.542337;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0223317;OID=.;OPOS=463705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:8:15:25:10:8:15:25:10 chr17 636320 . T TCTC 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0288139;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=233.393;QD=7.12516;RBI=0.0309544;REFB=-0.022865;REVB=0.011311;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309661;STB=0.697101;STBP=0.225;TYPE=ins;VARB=0.0691252;OID=.;OPOS=636321;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:7:25:7:25:18:5:2:8:10:44:18:5:2:8:10 chr17 644986 . A C 709.24 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00739714;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.099;QD=59.103;RBI=0.0158564;REFB=-0.117768;REVB=0.0140253;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.502761;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000754289;OID=.;OPOS=644986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:46:46:0.958333:26:20:1:0:26:20:1:1 chr17 648157 . G A 340.67 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.598;QD=54.5078;RBI=0.0744243;REFB=0;REVB=0.0718879;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216425;OID=.;OPOS=648157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr17 648498 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.24;QD=53.2742;RBI=0.0408901;REFB=0;REVB=0.023413;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406236;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr17 649505 . T A 393.28 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.829;QD=56.1833;RBI=0.0337083;REFB=0;REVB=-0.0336203;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178188;OID=.;OPOS=649505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:18:9:0:0:18:10:0:0 chr17 649935 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.144;QD=46.8479;RBI=0.068037;REFB=0;REVB=0.0659859;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104708;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:9:6:0:0 chr17 663472 . C A 332.56 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.011539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.789;QD=26.6048;RBI=0.0355223;REFB=-0.0457684;REVB=0.0335959;RO=21;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893216;STB=0.549262;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.032567;OID=.;OPOS=663472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:13:16:14:7:13:16:14:7 chr17 663489 . G T 132.09 PASS AF=0.375;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0140135;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.171;QD=13.2088;RBI=0.0169207;REFB=-0.0136227;REVB=-0.00948318;RO=25;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12118;STB=0.571331;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0217551;OID=.;OPOS=663489;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:25:25:15:15:0.375:5:10:14:11:5:10:14:11 chr17 685752 . G A 491.68 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.213;QD=57.8449;RBI=0.1497;REFB=0;REVB=0.148909;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316412;OID=.;OPOS=685752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:18:15:0:1:19:15:0:0 chr17 704017 . A G 499.53 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1399;QD=58.7677;RBI=0.00765773;REFB=0;REVB=-0.0051745;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193915;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr17 704042 . T G 105.08 PASS AF=0.357143;AO=13;DP=40;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0163439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.641;QD=10.0072;RBI=0.025165;REFB=-0.0477624;REVB=-0.0191351;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459377;STB=0.586985;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0829956;OID=.;OPOS=704042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:26:27:13:15:0.357143:5:8:17:9:7:8:18:9 chr17 908529 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.342;QD=53.2769;RBI=0.0379657;REFB=0;REVB=0.0108396;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330236;OID=.;OPOS=908529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr17 925764 . A G 347.27 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0176195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.577;QD=14.4694;RBI=0.021736;REFB=0.00164782;REVB=-0.0127283;RO=57;SAF=13;SAR=25;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701346;STB=0.546665;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00214351;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:57:58:38:38:0.395833:25:13:23:34:25:13:24:34 chr17 970413 . C T 164.27 PASS AF=0.9375;AO=16;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00726123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.435;QD=41.0679;RBI=0.0201351;REFB=-0.111638;REVB=-0.0187802;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000932514;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:16:15:0.9375:7:9:0:0:7:8:1:0 chr17 1174733 . GC G 39.05 PASS AF=0.324324;AO=13;DP=40;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.156191;FXX=0.0749813;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.84748;QD=4.22153;RBI=0.176012;REFB=-0.125108;REVB=-0.0811461;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228757;STB=0.70242;STBP=0.125;TYPE=del;VARB=0.161632;OID=.;OPOS=1174734;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324324:13:40:12:37:25:6:6:5:20:39:17:6:7:4:13 chr17 1183354 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3508;QD=56.1863;RBI=0.0177493;REFB=0;REVB=-0.0169583;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013638;OID=.;OPOS=1183354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr17 1183464 . A G 858.93 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.219;QD=57.2621;RBI=0.0109428;REFB=0;REVB=-0.0107111;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43582e-05;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr17 1209747 . A AG,G 141.5 PASS AF=0.230769,0.769231;AO=2,10;DP=13;FAO=3,10;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504665,0.0102662;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=113.439,143.786;QD=43.5376;RBI=0.0633305,0.0763448;REFB=0,0;REVB=0.0631291,-0.0756514;RO=0;SAF=0,7;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0147243,0.000271388;OID=.,.;OPOS=1209748,1209747;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:13:13:0:0:2,10:3,10:0.230769,0.769231:2,3:0,7:0:0:2,3:1,7:0:0 chr17 1209772 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.964;QD=46.8477;RBI=0.0106317;REFB=0;REVB=-0.00876862;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48411e-05;OID=.;OPOS=1209772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr17 1265304 . TAAAAAAAAAAAAAT TAAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAAAAT,TAAAAAAAAAAAAAAT 96.17 PASS AF=0.823529,0.176471,0;AO=2,4,3;DP=20;FAO=14,3,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=14,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000236917,0.00357393,0.00120278;FXX=0.149925;HRUN=8,13,13;LEN=1,3,1;MLLD=7.90625,7.55528,2.56286;QD=22.6289;RBI=0.146926,0.143943,0.406135;REFB=0,0,0;REVB=0.146926,0.143899,0.406133;RO=7;SAF=0,0,0;SAR=2,4,3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.50628,-0.645224,-0.590815;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0421206,-0.103134,0;OID=.,.,.;OPOS=1265318,1265305,1265305;OREF=T,-,-;OALT=A,AAA,A;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAAAAT,TAAAAAAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.823529,0.176471,0:2,4,3:20:14,3,0:17:0:0,0,0:14,3,0:0:0:13:7:0,0,0:2,4,3:1:6 chr17 1359362 . C CG 681.22 PASS AF=1;AO=8;DP=72;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174652;FXX=0.028165;HRUN=0;LEN=1;MLLD=101.718;QD=39.491;RBI=0.0182552;REFB=0.00117628;REVB=-0.00531227;RO=63;SAF=1;SAR=7;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352615;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00157923;OID=.;OPOS=1359363;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:72:69:69:0:22:47:0:0:4:63:1:7:23:40 chr17 1359363 . T C,G 1019.13 PASS AF=0.0985915,0.901408;AO=8,62;DP=70;FAO=7,64;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=6,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529142,0.0406831;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.1437,135.473;QD=57.4157;RBI=0.0129109,0.0413695;REFB=0,0;REVB=-0.0117768,-0.00750421;RO=0;SAF=1,22;SAR=7,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.118511,0.000444569;OID=.,.;OPOS=1359363,1359363;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:70:71:0:0:8,62:7,64:0.0985915,0.901408:7,40:1,22:0:0:6,41:1,23:0:0 chr17 1371123 . T C 428.93 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5403;QD=57.1911;RBI=0.117244;REFB=0;REVB=0.117062;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131241;OID=.;OPOS=1371123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr17 1373517 . CT C,CC 784.41 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=13,42;DP=57;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161428,-0.000882496;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.17,121.812;QD=56.029;RBI=0.0303003,0.0304403;REFB=0,0;REVB=0.0302572,0.0304275;RO=0;SAF=5,24;SAR=8,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.60098e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00546651,0.000632508;OID=.,.;OPOS=1373518,1373518;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0178571,0.982143:13,42:57:1,55:56:0:0,28:1,27:0:0:5:0:5,24:8,18:0:0 chr17 1373612 . C T 142.25 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133183;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.071;QD=43.7687;RBI=0.133211;REFB=0;REVB=-0.00273109;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128498;OID=.;OPOS=1373612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:6:7:0:0 chr17 1377943 . A G 38.36 PASS AF=0.4;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0791331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2505;QD=10.2281;RBI=0.082574;REFB=-0.0907528;REVB=-0.0235884;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116777;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0521621;OID=.;OPOS=1377943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:8:9:6:6:0.4:3:3:5:3:3:3:5:4 chr17 1381176 . A C 283.76 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0403659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4672;QD=23.1643;RBI=0.0543476;REFB=-0.00361928;REVB=-0.0363904;RO=22;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13312;STB=0.566381;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00104476;OID=.;OPOS=1381176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:8:18:12:10:8:18:13:10 chr17 1383893 . G A 323.68 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.000569185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.641;QD=28.7711;RBI=0.00983929;REFB=-0.031313;REVB=0.00982282;RO=16;SAF=20;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28111;STB=0.646149;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0304079;OID=.;OPOS=1383893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:16:17:28:28:0.622222:8:20:5:11:8:20:6:11 chr17 1384066 . A C,G 590.27 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=2,33;DP=36;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00957825,0.0166195;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.4013,125.72;QD=60.5403;RBI=0.0389961,0.0427575;REFB=0,0;REVB=-0.0378015,-0.0393954;RO=0;SAF=1,22;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0566315,-0.000371205;OID=.,.;OPOS=1384066,1384066;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:36:39:0:0:2,33:1,38:0.025641,0.974359:1,11:1,22:0:0:1,11:0,27:0:0 chr17 1423566 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0092426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.979;QD=9.56959;RBI=0.0092796;REFB=-0.0064176;REVB=0.000827777;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020009;STB=0.517198;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0224042;OID=.;OPOS=1423566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:3:5:9:5:3:5:9:6 chr17 1424948 . A G 694.72 PASS AF=0.898305;AO=54;DP=60;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0132936;FXX=0.0166639;HRUN=7;LEN=1;MLLD=217.899;QD=47.0995;RBI=0.0279867;REFB=-0.0302067;REVB=0.0246279;RO=6;SAF=23;SAR=31;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178259;STB=0.508583;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.000489856;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:60:59:6:6:54:53:0.898305:31:23:2:4:31:22:2:4 chr17 1489088 . C G 716.97 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215379;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.102;QD=57.3574;RBI=0.0548885;REFB=0;REVB=-0.0504863;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138442;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr17 1494567 . G A 742.57 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.853;QD=56.0427;RBI=0.0565323;REFB=0;REVB=0.0309896;RO=1;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229599;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411202;OID=.;OPOS=1494567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:1:0:51:53:1:20:31:0:1:22:31:0:0 chr17 1516480 . T A,C 727.13 PASS AF=0.0638298,0.93617;AO=2,43;DP=46;FAO=3,44;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=3,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265959,0.0489113;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.8576,150.016;QD=61.8835;RBI=0.0331345,0.0489259;REFB=0,0;REVB=0.0197624,-0.00119247;RO=0;SAF=0,25;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.65211e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0295475,-0.00373404;OID=.,.;OPOS=1516480,1516480;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:46:47:0:0:2,43:3,44:0.0638298,0.93617:2,18:0,25:0:0:3,18:0,26:0:0 chr17 1538295 . G A 872.94 PASS AF=0.483696;AO=89;DP=184;FAO=89;FDP=184;FR=.;FRO=95;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.0228032;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.53;QD=18.9769;RBI=0.0229214;REFB=-0.0218389;REVB=-0.00232446;RO=95;SAF=37;SAR=52;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252809;STB=0.519476;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0170856;OID=.;OPOS=1538295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:95:95:89:89:0.483696:52:37:42:53:52:37:43:52 chr17 1538546 . C T 1909.56 PASS AF=0.940741;AO=122;DP=135;FAO=127;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=49;FSAR=78;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0171826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.782;QD=56.5794;RBI=0.0362897;REFB=-0.0716185;REVB=0.031964;RO=5;SAF=44;SAR=78;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192713;STB=0.513283;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00813342;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:135:135:5:6:122:127:0.940741:78:44:3:2:78:49:4:2 chr17 1538628 . C G 1438.34 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.417;QD=61.8643;RBI=0.0314729;REFB=-0.0762431;REVB=-0.0165699;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.504586;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00253844;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:38:54:0:0:38:54:1:0 chr17 1542153 . G A 466.84 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0477836;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9076;QD=53.3533;RBI=0.0514592;REFB=-0.0590238;REVB=-0.019099;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548779;STB=0.529394;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0105824;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:2:2:33:33:0.942857:16:17:0:2:16:17:0:2 chr17 1542190 . G A 386.02 PASS AF=0.965517;AO=23;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022728;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.682;QD=53.2439;RBI=0.0548731;REFB=-0.0520879;REVB=0.0499449;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00181315;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:0:1:23:28:0.965517:15:8:0:0:17:11:1:0 chr17 1631340 . TGAG T 49.34 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302931;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.981;QD=28.1971;RBI=0.0304573;REFB=-0.0107401;REVB=-0.00315907;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.666027;STBP=0.166;TYPE=del;VARB=0.00052174;OID=.;OPOS=1631341;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:6:8:6:7:1:5:1:0:1:7:0:5:1:0:0 chr17 1634104 . C T 240.0 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00471117;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.028;QD=19.9998;RBI=0.0210086;REFB=-0.0308935;REVB=0.0204735;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752782;STB=0.542459;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0305369;OID=.;OPOS=1634104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:25:23:23:0.479167:12:11:14:11:12:11:14:11 chr17 1637302 . A G 1438.27 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0391166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7861;QD=61.8609;RBI=0.0397193;REFB=-0.0128758;REVB=0.00689345;RO=1;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123103;STB=0.506492;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000656809;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:1:1:91:92:0.989247:38:53:0:1:38:54:0:1 chr17 1637458 . G A 774.2 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000840966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.079;QD=61.936;RBI=0.100343;REFB=-0.0480024;REVB=0.100339;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431825;OID=.;OPOS=1637458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:27:23:0:0 chr17 1639458 . A G 779.89 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2218;QD=63.6646;RBI=0.0133243;REFB=0;REVB=-0.0130597;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.71051e-05;OID=.;OPOS=1639458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:23:25:0:0:23:26:0:0 chr17 1640793 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0757509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4106;QD=56.0113;RBI=0.0770295;REFB=-0.0979002;REVB=0.0139767;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00548118;OID=.;OPOS=1640793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:0:1:16:18:0:1 chr17 1641806 . G A 626.85 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0383187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.6584;QD=56.9861;RBI=0.038333;REFB=-0.168305;REVB=0.00104947;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184086;STB=0.504482;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00915857;OID=.;OPOS=1641806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:44:1:2:42:42:0.954545:17:25:1:0:17:25:1:1 chr17 1648502 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.948;QD=53.2772;RBI=0.0350668;REFB=0;REVB=0.0274777;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132358;OID=.;OPOS=1648502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr17 1649056 . C T 135.89 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00535704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.464;QD=9.70671;RBI=0.00656221;REFB=-0.0345976;REVB=0.00379009;RO=36;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310484;STB=0.682153;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0392899;OID=.;OPOS=1649056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:38:18:18:0.321429:6:12:14:22:6:12:15:23 chr17 1657653 . G A 175.66 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0289678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0436;QD=12.1142;RBI=0.0393036;REFB=0.00118616;REVB=-0.026564;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128624;STB=0.552583;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00143659;OID=.;OPOS=1657653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:36:21:22:0.37931:14:7:16:20:14:8:16:20 chr17 1658395 . C T 184.34 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0038921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.802;QD=12.0878;RBI=0.0420294;REFB=-0.0111778;REVB=0.0418488;RO=38;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842002;STB=0.548737;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0284995;OID=.;OPOS=1658395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:15:8:16:22:15:8:16:22 chr17 1674429 . T C 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00832043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9477;QD=61.6768;RBI=0.0223261;REFB=0;REVB=0.0207178;RO=0;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12343e-05;OID=.;OPOS=1674429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:34:7:0:0:34:7:0:0 chr17 1680002 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.439;QD=51.9146;RBI=0.0228322;REFB=0;REVB=0.0223153;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328639;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr17 1686410 . T C 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.323;QD=62.6656;RBI=0.0326396;REFB=0;REVB=0.00945868;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176895;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr17 1690752 . G A 1171.94 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1483;QD=60.8802;RBI=0.0709936;REFB=0;REVB=0.0325207;RO=0;SAF=50;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230365;OID=.;OPOS=1690752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:27:50:0:0:27:50:0:0 chr17 1782957 . C T 165.73 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.000355183;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.124;QD=13.8111;RBI=0.0134694;REFB=-0.000664235;REVB=-0.0134647;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777524;STB=0.545403;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00103943;OID=.;OPOS=1782957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:30:30:18:18:0.375:6:12:18:12:6:12:18:12 chr17 1801065 . G C 202.54 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00443031;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.111;QD=15.5798;RBI=0.0143605;REFB=-0.0186799;REVB=-0.01366;RO=28;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585566;STB=0.547486;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0255851;OID=.;OPOS=1801065;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:28:29:23:23:0.442308:7:16:18:10:7:16:18:11 chr17 1801144 . C T 390.27 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0067258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.435;QD=14.4546;RBI=0.0208537;REFB=-0.00467843;REVB=-0.0197393;RO=63;SAF=24;SAR=21;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231504;STB=0.513038;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00543987;OID=.;OPOS=1801144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:45:45:0.416667:21:24:35:28:21:24:35:28 chr17 1839674 . G C 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6811;QD=62.159;RBI=0.0264591;REFB=0;REVB=-0.0262162;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156096;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:52:33:0:0:52:33:0:0 chr17 1840468 . C T 1989.69 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.317;QD=62.1778;RBI=0.0407876;REFB=0;REVB=0.0371192;RO=0;SAF=59;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.686e-05;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:69:59:0:0:69:59:0:0 chr17 1943888 . T C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0132434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.854;QD=9.84433;RBI=0.0134431;REFB=0.00366592;REVB=-0.00230837;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111111;STB=0.567431;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00503639;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:10:10:6:4:10:10 chr17 2202943 . T C 647.55 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.43;QD=60.2375;RBI=0.0421905;REFB=0;REVB=-0.0136505;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012862;OID=.;OPOS=2202943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:21:20:0:0:21:22:0:0 chr17 2203167 . T G 834.13 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.639;QD=57.526;RBI=0.0406034;REFB=0;REVB=0.0204997;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132974;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr17 2203348 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.802;QD=35.5749;RBI=0.106165;REFB=0;REVB=0.103837;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112374;OID=.;OPOS=2203348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr17 2203453 . A G 284.81 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.134;QD=51.7836;RBI=0.107767;REFB=0;REVB=0.0126669;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119598;OID=.;OPOS=2203453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:19:22:1:11:8:0:0:11:11:0:0 chr17 2266799 . G A 1263.86 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5663;QD=61.6517;RBI=0.149591;REFB=0;REVB=0.128746;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181831;OID=.;OPOS=2266799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr17 2266812 . T C 1409.73 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.086437;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.367;QD=60.6337;RBI=0.0904293;REFB=-0.0673581;REVB=0.0265728;RO=2;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225584;STB=0.511902;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00023307;OID=.;OPOS=2266812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:93:2:2:91:91:0.978495:41:50:0:2:41:50:0:2 chr17 2268311 . G A 1451.16 PASS AF=0.95;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.010961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.493;QD=58.0464;RBI=0.0301695;REFB=-0.146587;REVB=0.0281079;RO=0;SAF=31;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518793;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00147509;OID=.;OPOS=2268311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:100:100:0:5:95:95:0.95:64:31:0:0:64:31:0:5 chr17 2275734 . C G 314.57 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.073884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7;QD=19.6605;RBI=0.0781355;REFB=-0.0225073;REVB=0.0254226;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114316;STB=0.546286;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0086515;OID=.;OPOS=2275734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:31:33:33:0.515625:16:17:11:18:16:17:13:18 chr17 2289611 . GA G,GG 106.29 PASS AF=0.37931,0.0689655;AO=9,3;DP=28;FAO=11,2;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4,2;FSAR=7,0;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00631379,-0.00726387;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.768,187.84;QD=14.6611;RBI=0.0105598,0.0135787;REFB=-0.0370057,-0.0357571;REVB=0.00846432,0.0114725;RO=16;SAF=3,3;SAR=6,0;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.190233,0.745916;STB=0.619962,0.997225;STBP=0.375,0.028;TYPE=del,snp;VARB=0.0473596,0.0202624;OID=.,.;OPOS=2289612,2289612;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931,0.0689655:9,3:28:11,2:29:16:4,2:7,0:3:13:82:16:3,3:6,0:3:13 chr17 2297571 . G A 42.75 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0583223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6895;QD=5.70065;RBI=0.0609433;REFB=-0.0445164;REVB=-0.0176803;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483571;STB=0.788743;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.122487;OID=.;OPOS=2297571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:30:30:22:23:7:7:0.233333:5:2:16:6:5:2:16:7 chr17 2318550 . G C 90.75 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00655736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3173;QD=8.06627;RBI=0.0297631;REFB=0.00180592;REVB=-0.0290318;RO=33;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816666;STB=0.550477;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0111355;OID=.;OPOS=2318550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:7:5:16:17:7:5:16:17 chr17 2585113 . C T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00745596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.591;QD=21.1303;RBI=0.011602;REFB=-0.01724;REVB=0.00888907;RO=21;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198645;STB=0.612332;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0167501;OID=.;OPOS=2585113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:16:6:10:11:16:6:10:11 chr17 2588722 . TAA T 327.68 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00799641;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=2;MLLD=154.051;QD=45.1972;RBI=0.0153972;REFB=0;REVB=0.0131579;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00033039;OID=.;OPOS=2588723;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:30:29:29:0:13:16:0:0:6:0:11:15:0:0 chr17 2595964 . G A 411.29 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0484814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.033;QD=51.4118;RBI=0.0854391;REFB=-0.238991;REVB=0.0703519;RO=2;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388108;STB=0.519987;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00565846;OID=.;OPOS=2595964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:31:32:2:2:29:30:0.9375:23:6:0:2:24:6:0:2 chr17 2600186 . G A 2076.04 PASS AF=0.978261;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0975319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1521;QD=60.175;RBI=0.105513;REFB=-0.0637477;REVB=0.0402548;RO=1;SAF=43;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00513949;STB=0.50802;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000625149;OID=.;OPOS=2600186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:138:1:3:135:135:0.978261:92:43:0:1:92:43:0:3 chr17 2868935 . T C 789.29 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400192;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.586;QD=64.4322;RBI=0.0456557;REFB=0;REVB=0.0219751;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81312e-05;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr17 2884545 . A G 767.55 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.423;QD=56.8558;RBI=0.0140262;REFB=0;REVB=0.00562746;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10036e-05;OID=.;OPOS=2884545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:33:20:0:0:34:20:0:0 chr17 2937663 . T TA 260.97 PASS AF=0.506173;AO=39;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0969462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.9211;QD=12.8876;RBI=0.097931;REFB=-0.0382296;REVB=-0.0138535;RO=41;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067842;STB=0.554928;STBP=0.321;TYPE=ins;VARB=0.0419186;OID=.;OPOS=2937664;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506173:39:81:41:81:40:22:19:17:23:99:41:20:19:18:23 chr17 2940759 . A G 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00775283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.729;QD=14.9474;RBI=0.0132675;REFB=-0.0153823;REVB=-0.0107666;RO=42;SAF=9;SAR=22;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181368;STB=0.60326;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0153219;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:22:9:19:23:22:9:19:23 chr17 2966032 . C G 41.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00761984;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3785;QD=13.874;RBI=0.0158842;REFB=0.00632459;REVB=0.0139373;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45721;STB=0.780223;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00354287;OID=.;OPOS=2966032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:12:6:6:6:6:0.5:1:5:2:4:1:5:2:4 chr17 3057511 . G T 300.08 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00599627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.2246;QD=23.0833;RBI=0.0237491;REFB=-0.00301627;REVB=0.0229797;RO=22;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170675;STB=0.59453;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00124298;OID=.;OPOS=3057511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:20:10:12:10:20:10:12:10 chr17 3100827 . T C 83.93 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00840978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.221;QD=10.4908;RBI=0.00842516;REFB=-0.00207488;REVB=0.000508787;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111111;STB=0.51426;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00562318;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:32:20:21:10:11:0.34375:4:6:10:10:5:6:11:10 chr17 3101076 . G C 771.22 PASS AF=1;AO=47;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147506;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.819;QD=57.1273;RBI=0.0193839;REFB=0;REVB=0.0193277;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04898e-05;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:47:54:1:34:13:0:0:41:13:0:0 chr17 3101578 . G T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0448898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.618;QD=18.0872;RBI=0.0492568;REFB=-0.0168394;REVB=-0.0202765;RO=27;SAF=7;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181629;STB=0.602588;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0151167;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:19:7:12:15:19:7:12:15 chr17 3101691 . G T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0101219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.268;QD=8.69141;RBI=0.0194218;REFB=-0.00891754;REVB=-0.0165757;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162757;STB=0.59976;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0200261;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:11:6:4:4:11:6 chr17 3119008 . T C 659.33 PASS AF=0.925926;AO=51;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0125149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0847;QD=48.8393;RBI=0.0332249;REFB=-0.0268175;REVB=-0.0307778;RO=3;SAF=33;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040906;STB=0.50746;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0108228;OID=.;OPOS=3119008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:54:54:3:4:51:50:0.925926:18:33:3:0:17:33:3:1 chr17 3143968 . G T 66.49 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0231824;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=81.2841;QD=8.05886;RBI=0.0484556;REFB=0.0109473;REVB=0.0425502;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337792;STB=0.712155;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0114508;OID=.;OPOS=3143968;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:33:33:22:23:9:10:0.30303:6:3:14:8:7:3:14:9 chr17 3195503 . C T 854.21 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00997521;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.964;QD=57.9127;RBI=0.0120989;REFB=0;REVB=0.00684686;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123665;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr17 3300934 . A T 138.4 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00667498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1111;QD=11.7784;RBI=0.00680205;REFB=-0.0164525;REVB=-0.00130863;RO=31;SAF=13;SAR=3;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205428;STB=0.623445;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0214471;OID=.;OPOS=3300934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:3:13:21:10:3:13:21:10 chr17 3337057 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0111853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.726;QD=10.1696;RBI=0.0461019;REFB=-9.67937e-06;REVB=-0.0447244;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608311;STB=0.536844;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00267859;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:3:8:15:7:3:8:15:7 chr17 3343519 . T C 902.61 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5227;QD=58.2328;RBI=0.0120431;REFB=0;REVB=-0.0106537;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.75948e-05;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:28:34:0:0 chr17 3352294 . A G 740.02 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203067;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.079;QD=56.9247;RBI=0.0232367;REFB=0;REVB=0.0112953;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6468e-05;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr17 3352331 . C T 890.93 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0618992;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8239;QD=58.4218;RBI=0.0637743;REFB=0;REVB=0.0153509;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72705e-05;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr17 3416555 . C A 607.24 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5147;QD=60.7237;RBI=0.0138416;REFB=0;REVB=-0.000252516;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50252e-05;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:18:22:0:0 chr17 3422032 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.339;QD=56.9569;RBI=0.0320549;REFB=0;REVB=0.0247006;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9517e-05;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr17 3422077 . G A 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5779;QD=57.1015;RBI=0.0726726;REFB=0;REVB=0.0680481;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369617;OID=.;OPOS=3422077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr17 3436080 . C T 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0684162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0351;QD=11.9713;RBI=0.0697776;REFB=0.00635928;REVB=0.0137163;RO=33;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051305;STB=0.53035;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00930518;OID=.;OPOS=3436080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:12:5:11:22:12:5:11:22 chr17 3436209 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0388622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.363;QD=8.30704;RBI=0.0479632;REFB=-0.008869;REVB=0.0281106;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298001;STB=0.687004;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0268439;OID=.;OPOS=3436209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:6:2:9:9:6:2:9:9 chr17 3445901 . T G 925.95 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.756;QD=56.1181;RBI=0.0593076;REFB=-0.108174;REVB=0.0219073;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131942;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:0:0:64:66:1:39:25:0:0:39:27:0:0 chr17 3447914 . C T 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5213;QD=49.5933;RBI=0.104522;REFB=0;REVB=0.0976563;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281271;OID=.;OPOS=3447914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr17 3458071 . AT AC,GC 669.01 PASS AF=0.977273,0.0227273;AO=40,2;DP=45;FAO=43,1;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00247405,-0.0154184;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=180.934,116.55;QD=60.8188;RBI=0.0161984,0.0193995;REFB=0,0;REVB=0.0160083,-0.0117734;RO=0;SAF=24,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00395019,0.0810788;OID=.,.;OPOS=3458072,3458071;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:45:44:0:0:40,2:43,1:0.977273,0.0227273:16,2:24,0:0:0:19,1:24,0:0:0 chr17 3486702 . G A 372.47 PASS AF=1;AO=20;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.352;QD=55.181;RBI=0.020891;REFB=0;REVB=0.0116032;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06816e-05;OID=.;OPOS=3486702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:20:27:1:14:6:0:0:20:7:0:0 chr17 3486703 . T A 43.53 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.111058;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.7324;QD=6.44937;RBI=0.112228;REFB=-0.0850888;REVB=-0.0161644;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265835;STB=0.676826;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.203929;OID=.;OPOS=3486703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:20:20:7:7:0.259259:6:1:6:14:6:1:6:14 chr17 3493200 . C G 375.7 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0245427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.447;QD=23.8541;RBI=0.0246874;REFB=-0.00574493;REVB=-0.00266919;RO=26;SAF=10;SAR=27;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134903;STB=0.574426;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00477598;OID=.;OPOS=3493200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:27:10:11:15:27:10:11:15 chr17 3494361 . G A 246.62 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0166307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.726;QD=15.9109;RBI=0.0166766;REFB=-0.0376637;REVB=-0.00123551;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162195;STB=0.591581;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0437117;OID=.;OPOS=3494361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:17:11:19:15:17:11:19:15 chr17 3514028 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7016;QD=51.1835;RBI=0.0403675;REFB=0;REVB=-0.0264529;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000817651;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr17 3526637 . C T 279.97 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0156822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.253;QD=21.1296;RBI=0.0157067;REFB=-0.0180712;REVB=0.000876298;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901339;STB=0.542989;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0156448;OID=.;OPOS=3526637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:24:28:29:0.54717:11:17:17:7:11:18:17:7 chr17 3553526 . A G 292.82 PASS AF=0.92;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0269433;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7867;QD=46.8504;RBI=0.0278616;REFB=0.0157411;REVB=0.00709444;RO=2;SAF=14;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615783;STB=0.533305;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0109584;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:24:25:2:2:22:23:0.92:8:14:2:0:9:14:2:0 chr17 3559823 . G A 285.74 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.000572703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.9551;QD=15.8742;RBI=0.0671647;REFB=-0.0112123;REVB=-0.0671623;RO=33;SAF=20;SAR=12;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233578;STB=0.545427;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0130159;OID=.;OPOS=3559823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:72:33:40:32:32:0.444444:12:20:28:5:12:20:28:12 chr17 3561396 . C T 1320.86 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.504;QD=62.1582;RBI=0.0375455;REFB=0;REVB=0.019868;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04944e-05;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:50:35:0:0:50:35:0:0 chr17 3563963 . C G 203.17 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00857962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.663;QD=21.9639;RBI=0.0172982;REFB=-0.0373624;REVB=-0.0150206;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112803;STB=0.563279;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.030053;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:7:10:9:11:7:10 chr17 3564068 . G A 56.26 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.000721287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5523;QD=11.2525;RBI=0.0450484;REFB=-0.0212044;REVB=0.0450426;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166665;STB=0.59976;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0269095;OID=.;OPOS=3564068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:4:8:4:4:4:8 chr17 3564073 . A G 46.35 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0355188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.908;QD=9.75775;RBI=0.0440548;REFB=-0.00548217;REVB=-0.0260621;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205271;STB=0.646658;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0493321;OID=.;OPOS=3564073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:11:12:7:7:0.368421:3:4:4:7:3:4:4:8 chr17 3564084 . T C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0263892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.852;QD=8.2462;RBI=0.0365564;REFB=-0.0309021;REVB=-0.0252979;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255737;STB=0.657802;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0342999;OID=.;OPOS=3564084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:5:10:3:4:5:10 chr17 3564378 . C T 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0269678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.136;QD=28.1411;RBI=0.0289822;REFB=-0.062591;REVB=-0.0106163;RO=7;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150637;STB=0.58368;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0251692;OID=.;OPOS=3564378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:7:9:2:5:7:9:2:5 chr17 3564400 . TT AG,TG 233.22 PASS AF=0.315789,0.684211;AO=6,13;DP=19;FAO=6,13;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=6,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319176,0.0583118;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=65.2845,75.8641;QD=49.0982;RBI=0.0535561,0.0648406;REFB=0,0;REVB=0.0534609,0.0283557;RO=0;SAF=0,6;SAR=6,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0508131,0.0301135;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:19:19:0:0:6,13:6,13:0.315789,0.684211:6,7:0,6:0:0:6,7:0,6:0:0 chr17 3568012 . A G 171.1 PASS AF=0.354839;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0110039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.094;QD=11.0385;RBI=0.0115408;REFB=-0.00727429;REVB=-0.0034792;RO=40;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214426;STB=0.610318;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0211096;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:40:40:21:22:0.354839:12:9:10:30:13:9:10:30 chr17 3577146 . C T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.000241821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.225;QD=16.8738;RBI=0.00339205;REFB=-0.0190112;REVB=-0.00338342;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17478;STB=0.5999;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0211281;OID=.;OPOS=3577146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:15:11:12:8:15:11 chr17 3627473 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0732703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.686;QD=13.9592;RBI=0.0753139;REFB=-0.02734;REVB=0.0174254;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548641;STB=0.817436;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00949556;OID=.;OPOS=3627473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:7:0:5:2:7:0 chr17 3627840 . G A 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-2.3871e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.687;QD=19.0577;RBI=0.0597996;REFB=-0.0201619;REVB=0.0597996;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113156;STB=0.563967;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0251306;OID=.;OPOS=3627840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:13:7:9:10:13:7 chr17 3628212 . T C 101.4 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0435343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.906;QD=16.8992;RBI=0.0485475;REFB=-0.0273301;REVB=-0.0214854;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0312263;OID=.;OPOS=3628212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:7:5:5:7:7:5 chr17 3628362 . T C 41.37 PASS AF=0.7;AO=5;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.263298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.51;QD=16.5467;RBI=0.263313;REFB=0.0045681;REVB=0.00277463;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23409;STB=0.636015;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0121877;OID=.;OPOS=3628362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:10:10:3:3:5:7:0.7:4:1:0:3:4:3:0:3 chr17 3629698 . A G 326.32 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00214299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.598;QD=18.3841;RBI=0.00798141;REFB=0.00173039;REVB=0.00768834;RO=36;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15556;STB=0.591948;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000647601;OID=.;OPOS=3629698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:34:35:0.492958:15:19:14:22:15:20:14:22 chr17 3629848 . A G 110.62 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0100285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.977;QD=15.2578;RBI=0.102058;REFB=-0.0112963;REVB=-0.101564;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135257;STB=0.578821;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0123124;OID=.;OPOS=3629848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:7:9:9:4:7:9 chr17 3629867 . G A 110.59 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0149144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.2;QD=15.2532;RBI=0.0157081;REFB=-0.0180445;REVB=-0.00493004;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135257;STB=0.578821;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0468073;OID=.;OPOS=3629867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:7:9:9:4:7:9 chr17 3632836 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00225423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.784;QD=17.3206;RBI=0.0219191;REFB=-0.0257773;REVB=0.0218029;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154133;STB=0.606161;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0274248;OID=.;OPOS=3632836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:5:11:9:8:5:11:9:9 chr17 3649214 . G A 269.72 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00801856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.515;QD=22.9549;RBI=0.0314378;REFB=-0.0182226;REVB=-0.0303979;RO=22;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855201;STB=0.547787;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0117985;OID=.;OPOS=3649214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:15:10:11:11:15:10:11:11 chr17 3657159 . C T 273.9 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0029156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.292;QD=17.6711;RBI=0.015436;REFB=-0.0065822;REVB=0.0151582;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270479;STB=0.515141;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00446226;OID=.;OPOS=3657159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:16:14:14:18:16:14:14:18 chr17 3657175 . T C 924.47 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458332;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.413;QD=58.6964;RBI=0.00608743;REFB=0;REVB=0.00400624;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51945e-05;OID=.;OPOS=3657175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr17 3775848 . T C 331.96 PASS AF=0.417582;AO=30;DP=84;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00745598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.067;QD=14.5917;RBI=0.007457;REFB=-0.0356249;REVB=-0.000123249;RO=53;SAF=21;SAR=9;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742212;STB=0.567002;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0484914;OID=.;OPOS=3775848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:91:53:53:30:38:0.417582:9:21:34:19:10:28:34:19 chr17 3775916 . T C 249.31 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0558831;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5289;QD=12.623;RBI=0.0578429;REFB=-0.011126;REVB=0.0149292;RO=37;SAF=21;SAR=8;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772736;STB=0.518784;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0182835;OID=.;OPOS=3775916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:37:50:29:29:0.367089:8:21:29:8:8:21:35:15 chr17 3818788 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.037;QD=51.9167;RBI=0.0305306;REFB=0;REVB=0.0293693;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183834;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr17 3818830 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.975;QD=55.656;RBI=0.0359424;REFB=0;REVB=0.0124757;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355492;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr17 3819002 . T C 173.44 PASS AF=0.607143;AO=13;DP=29;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00252744;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.701;QD=24.7767;RBI=0.0200824;REFB=-0.0808888;REVB=0.0199227;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109699;STB=0.553128;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0231663;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:28:8:11:13:17:0.607143:7:6:5:3:10:7:6:5 chr17 3828086 . C G 336.34 PASS AF=0.445783;AO=39;DP=82;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.062038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2269;QD=16.2089;RBI=0.0639082;REFB=-0.035472;REVB=0.0153474;RO=42;SAF=19;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102296;STB=0.531538;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0244594;OID=.;OPOS=3828086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:46:39:37:0.445783:20:19:20:22:18:19:21:25 chr17 3909344 . A C 198.95 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0239953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9837;QD=11.3683;RBI=0.028932;REFB=0.00102846;REVB=0.0161644;RO=45;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171279;STB=0.599451;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00159331;OID=.;OPOS=3909344;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:9:16:22:23:9:16:22:23 chr17 3947644 . T C 320.09 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.077963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8951;QD=16.0046;RBI=0.0782925;REFB=-0.0121423;REVB=0.00717493;RO=44;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977302;STB=0.555688;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.026774;OID=.;OPOS=3947644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:44:45:34:35:0.4375:13:21:23:21:13:22:24:21 chr17 3968064 . A C 156.47 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0250693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.552;QD=24.0722;RBI=0.0437303;REFB=-0.0690538;REVB=-0.0358312;RO=5;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184814;STB=0.510191;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0335833;OID=.;OPOS=3968064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:26:26:5:10:16:16:0.615385:10:6:4:1:10:6:4:6 chr17 4084608 . C T 427.56 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.027632;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.324;QD=21.9262;RBI=0.0276937;REFB=-0.0361636;REVB=0.00184805;RO=36;SAF=17;SAR=25;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150028;STB=0.582782;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0614448;OID=.;OPOS=4084608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:25:17:21:15:25:17:21:15 chr17 4088291 . C T 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.378;QD=56.1876;RBI=0.0501489;REFB=0;REVB=0.0275195;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530044;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr17 4337412 . C G 273.12 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00364036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.076;QD=14.9654;RBI=0.0229256;REFB=-0.0118313;REVB=0.0226348;RO=41;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045124;STB=0.519374;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0144652;OID=.;OPOS=4337412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:42:31:31:0.424658:18:13:19:22:18:13:19:23 chr17 4350182 . T C 150.09 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.014577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.061;QD=19.366;RBI=0.035138;REFB=-0.0115091;REVB=-0.0319717;RO=15;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241737;STB=0.639149;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0146567;OID=.;OPOS=4350182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:3:13:9:6:3:13:9:6 chr17 4351560 . G A 175.71 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0764323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0368;QD=13.7811;RBI=0.0811993;REFB=-0.00598552;REVB=0.0274123;RO=30;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144554;STB=0.577694;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0118095;OID=.;OPOS=4351560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:16:4:9:21:16:4:9:22 chr17 4352539 . C T 581.64 PASS AF=0.5;AO=57;DP=117;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0249926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3933;QD=19.388;RBI=0.0257836;REFB=-0.0128579;REVB=0.0063375;RO=60;SAF=26;SAR=31;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561663;STB=0.516661;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00767491;OID=.;OPOS=4352539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:60:60:57:60:0.5:31:26:31:29:31:29:31:29 chr17 4356375 . G T 248.92 PASS AF=0.384615;AO=27;DP=76;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0140962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.207;QD=12.7653;RBI=0.0213248;REFB=-0.0221581;REVB=-0.0160013;RO=48;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169212;STB=0.596793;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.031123;OID=.;OPOS=4356375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:48:48:27:30:0.384615:10:17:23:25:11:19:23:25 chr17 4391132 . C T 74.07 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0154061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.657;QD=10.2172;RBI=0.0333756;REFB=-0.00634114;REVB=0.0296071;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084162;STB=0.551075;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0238008;OID=.;OPOS=4391132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:7:12:7:3:7:12 chr17 4391153 . A G 45.35 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00434805;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.456;QD=6.97637;RBI=0.0406024;REFB=-0.00422026;REVB=-0.040369;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107842;STB=0.569413;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0212631;OID=.;OPOS=4391153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:7:12:5:2:7:12 chr17 4440907 . A G 273.81 PASS AF=0.483871;AO=31;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0344192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9175;QD=17.6653;RBI=0.0468401;REFB=0.00703551;REVB=-0.0317697;RO=31;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172031;STB=0.581143;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00851811;OID=.;OPOS=4440907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:31:30:0.483871:14:17:11:20:14:16:12:20 chr17 4446457 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00450102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.592;QD=11.8306;RBI=0.00997708;REFB=-0.00480112;REVB=0.00890409;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276589;STB=0.662304;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00982244;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:13:5:6:5:13:5 chr17 4451453 . C T 459.18 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0640895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.315;QD=23.8537;RBI=0.0651686;REFB=-0.0382256;REVB=0.0118102;RO=32;SAF=26;SAR=18;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142401;STB=0.584577;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0401108;OID=.;OPOS=4451453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:33:44:44:0.571429:18:26:13:19:18:26:13:20 chr17 4455500 . T C 835.92 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.649;QD=55.728;RBI=0.0200064;REFB=-0.0445355;REVB=0.00730872;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171544;STB=0.509088;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000296157;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:32:27:1:0:32:27:1:0 chr17 4461748 . G A 43.58 PASS AF=0.875;AO=4;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.755;QD=21.7882;RBI=0.0619991;REFB=-0.184076;REVB=0.0588114;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0642876;OID=.;OPOS=4461748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:8:0:1:4:7:0.875:2:2:0:0:3:4:1:0 chr17 4463023 . G A 1501.18 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=109;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.02249;FXX=0.0183469;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.843;QD=56.1188;RBI=0.0593851;REFB=-0.0553983;REVB=0.0549618;RO=3;SAF=48;SAR=55;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287306;STB=0.514849;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000341064;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:107:3:3:103:104:0.971963:55:48:3:0:55:49:3:0 chr17 4463796 . G A 332.69 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0139457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.001;QD=26.6156;RBI=0.0164527;REFB=-0.015128;REVB=0.00872977;RO=21;SAF=1;SAR=28;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365454;STB=0.708665;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0114609;OID=.;OPOS=4463796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:28:1:3:18:28:1:3:18 chr17 4495682 . G A 76.49 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.020826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.632;QD=7.64885;RBI=0.0296142;REFB=-0.00332535;REVB=-0.0210542;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181336;STB=0.612696;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00861295;OID=.;OPOS=4495682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:40:40:27:29:11:11:0.275:7:4:14:13:7:4:15:14 chr17 4495740 . G A 228.85 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0132006;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.391;QD=26.9231;RBI=0.0900236;REFB=-0.0736459;REVB=0.0890505;RO=12;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208567;STB=0.603083;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0235358;OID=.;OPOS=4495740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:12:12:21:22:0.647059:9:12:3:9:10:12:3:9 chr17 4497160 . T C 159.46 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0355155;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.511;QD=15.5566;RBI=0.039052;REFB=-0.0149225;REVB=0.0162392;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414022;STB=0.754473;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00795477;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:24:17:17:0.414634:7:10:3:18:7:10:3:21 chr17 4498611 . G A 194.31 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0283674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.108;QD=24.2881;RBI=0.0329658;REFB=-0.0227222;REVB=0.0167939;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564238;STB=0.531565;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0161998;OID=.;OPOS=4498611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:13:6:5:8:13:6:5:8 chr17 4545581 . C T 484.33 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.656;QD=56.9801;RBI=0.22299;REFB=0;REVB=0.000833677;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941553;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:1:0:32:34:1:20:12:1:0:20:14:0:0 chr17 4575283 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.513;QD=59.8385;RBI=0.0300115;REFB=0;REVB=0.00648558;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81839e-05;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr17 4620497 . C T 553.04 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0435117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7749;QD=55.304;RBI=0.0543792;REFB=-0.0380343;REVB=0.0326165;RO=2;SAF=24;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374593;STB=0.51999;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0144086;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:14:24:2:0:14:24:2:0 chr17 4622638 . C T 123.61 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.020656;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7531;QD=14.5424;RBI=0.0368374;REFB=-0.026299;REVB=0.0305012;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260571;STB=0.52937;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0319412;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:7:7:9:10:7:7:9:11 chr17 4637886 . G A 825.11 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199067;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.102;QD=57.9027;RBI=0.0293257;REFB=0;REVB=0.0215342;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001253;OID=.;OPOS=4637886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr17 4638484 . T C 524.53 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138158;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.048;QD=59.9459;RBI=0.0245497;REFB=0;REVB=-0.0202931;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57708e-06;OID=.;OPOS=4638484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:34:35:1:10:24:0:0:10:25:0:0 chr17 4638563 . G A 706.2 PASS AF=1;AO=43;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00826352;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6909;QD=62.7736;RBI=0.00988452;REFB=0;REVB=-0.00542384;RO=1;SAF=30;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153996;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19517e-05;OID=.;OPOS=4638563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:1:0:43:45:1:13:30:1:0:13:32:0:0 chr17 4638737 . A G 327.56 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103587;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.925;QD=54.5929;RBI=0.0119406;REFB=0;REVB=0.00593923;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000653354;OID=.;OPOS=4638737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr17 4641755 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284584;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.175;QD=62.022;RBI=0.0323664;REFB=0;REVB=0.0154178;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81329e-05;OID=.;OPOS=4641755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr17 4645324 . T C 344.61 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.000184128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8185;QD=19.1452;RBI=0.00617832;REFB=-0.0146188;REVB=-0.00617557;RO=36;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025352;STB=0.514099;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0144179;OID=.;OPOS=4645324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:20:16:15:21:20:16:15:21 chr17 4686414 . A C 267.04 PASS AF=0.407895;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00697834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.49;QD=14.055;RBI=0.0132594;REFB=-0.0120461;REVB=-0.0112745;RO=45;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275267;STB=0.661591;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0180403;OID=.;OPOS=4686414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:45:45:30:31:0.407895:12:18:15:30:12:19:15:30 chr17 4689572 . T C 235.06 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0570409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6475;QD=25.4121;RBI=0.0636286;REFB=-0.0685783;REVB=-0.0281946;RO=15;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167288;STB=0.592069;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0509268;OID=.;OPOS=4689572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:7:15:13:2:7:15:13:2 chr17 4692559 . G T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00515231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.577;QD=14.1698;RBI=0.0109649;REFB=-0.0386425;REVB=-0.00967902;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26049;STB=0.590733;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0330713;OID=.;OPOS=4692559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:12:10:10:0.454545:5:5:2:8:5:5:4:8 chr17 4693054 . G A 189.13 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0215021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.654;QD=13.5094;RBI=0.0491083;REFB=-0.0126861;REVB=-0.0441507;RO=17;SAF=16;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127321;STB=0.646923;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0272477;OID=.;OPOS=4693054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:17:33:22:23:0.410714:6:16:10:7:6:17:17:16 chr17 4693170 . T C 288.98 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2677;QD=52.5426;RBI=0.0210874;REFB=0;REVB=0.00625917;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541995;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr17 4701019 . C T 727.22 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101149;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.828;QD=57.0365;RBI=0.0590819;REFB=0;REVB=-0.0582096;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025316;OID=.;OPOS=4701019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr17 4712395 . A T 68.14 PASS AF=0.473684;AO=7;DP=17;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0492564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.193;QD=14.3457;RBI=0.0564391;REFB=-0.0211213;REVB=-0.0275532;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.523757;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0212971;OID=.;OPOS=4712395;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:17:19:9:10:7:9:0.473684:5:2:3:6:5:4:4:6 chr17 4712617 . C T 272.79 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0341428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.059;QD=24.2482;RBI=0.0343992;REFB=-0.00844656;REVB=-0.00419207;RO=20;SAF=16;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269899;STB=0.650057;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0092142;OID=.;OPOS=4712617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:9:16:6:14:9:16:6:14 chr17 4794848 . T TC 36.15 PASS AF=0.22619;AO=29;DP=87;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=57;FWDB=-0.115903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.8855;QD=1.72139;RBI=0.193947;REFB=-0.083862;REVB=-0.155506;RO=57;SAF=2;SAR=27;SRF=8;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23348;STB=0.683295;STBP=0.286;TYPE=ins;VARB=0.174466;OID=.;OPOS=4794849;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22619:29:87:19:84:65:1:18:8:57:36:57:2:27:8:49 chr17 4796271 . C T 157.66 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0208026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.838;QD=16.5961;RBI=0.0219893;REFB=-0.032159;REVB=-0.0071261;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265834;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0425746;OID=.;OPOS=4796271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:21:17:17:0.447368:8:9:9:9:8:9:10:11 chr17 4796274 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.185;QD=60.609;RBI=0.00562472;REFB=0;REVB=0.0042689;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04819e-06;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr17 4796286 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.875;QD=61.6805;RBI=0.0316137;REFB=0;REVB=0.0195775;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85732e-05;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr17 4797305 . G A 197.55 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0181343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4315;QD=26.34;RBI=0.0259078;REFB=-0.0102795;REVB=0.018503;RO=11;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270029;STB=0.650994;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00464899;OID=.;OPOS=4797305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:14:5:7:4:14:5:7:4 chr17 4801125 . C G 57.83 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.149846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.129;QD=13.6071;RBI=0.150109;REFB=-0.0149974;REVB=-0.00888621;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645053;STB=0.538364;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0206484;OID=.;OPOS=4801125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:4:5:5:3:4:5 chr17 4801286 . C T 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=20;FWDB=0;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=252.294;QD=12.0244;RBI=0.00775578;REFB=-0.00420095;REVB=-0.00775578;RO=20;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00585424;OID=.;OPOS=4801286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:12:0:0:20:12:0:0:20 chr17 4836973 . A G 97.87 PASS AF=0.6875;AO=8;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0281845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.432;QD=24.4671;RBI=0.0282069;REFB=-0.0249322;REVB=-0.00112374;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.51721;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.012916;OID=.;OPOS=4836973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:8:11:0.6875:6:2:2:3:6:5:2:3 chr17 4849284 . G A 94.41 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0598029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0683;QD=11.4438;RBI=0.0736929;REFB=-0.0140138;REVB=0.043061;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127763;STB=0.575634;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0326614;OID=.;OPOS=4849284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:8:13:6:6:8:13 chr17 4856376 . A G 211.61 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0339846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9103;QD=16.5967;RBI=0.0351002;REFB=-0.0185036;REVB=0.00877889;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135504;STB=0.507686;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0237261;OID=.;OPOS=4856376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:11:12:15:13:11:12:15:13 chr17 4863410 . A G 120.04 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0240286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.223;QD=24.0074;RBI=0.0500894;REFB=-0.00203361;REVB=-0.0439497;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206184;STB=0.51161;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00227058;OID=.;OPOS=4863410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:6:7:4:3:6:7:4:3 chr17 4875566 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0438296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.944;QD=13.4418;RBI=0.0446227;REFB=-0.00864814;REVB=-0.00837585;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872281;STB=0.505144;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0107439;OID=.;OPOS=4875566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:9:4:3:7:9:4 chr17 4883045 . C T 35.62 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00611378;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7868;QD=5.08804;RBI=0.0368272;REFB=-0.00840283;REVB=-0.0363162;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074592;STB=0.526227;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0358381;OID=.;OPOS=4883045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:18:22:6:6:0.214286:2:4:13:5:2:4:14:8 chr17 4890932 . C A 123.14 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.123064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.3087;QD=16.4186;RBI=0.145913;REFB=-0.0238354;REVB=0.0783954;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885977;STB=0.582654;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0302108;OID=.;OPOS=4890932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:7:14:0.466667:2:5:9:5:3:11:10:5 chr17 4926882 . A G 349.93 PASS AF=0.385321;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0270687;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.632;QD=12.8416;RBI=0.0297253;REFB=-0.0197377;REVB=-0.0122832;RO=67;SAF=22;SAR=20;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176917;STB=0.510056;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0478964;OID=.;OPOS=4926882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:67:42:42:0.385321:20:22:34:33:20:22:34:33 chr17 4937575 . T C 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0404272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0603;QD=14.6527;RBI=0.0439598;REFB=0.0348305;REVB=-0.0172659;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404954;STB=0.734774;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0861558;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:1:7:3:5:1:7 chr17 4996915 . AC A,AT 134.26 PASS AF=1,0;AO=10,2;DP=12;FAO=12,0;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582895,0.0462928;FXX=0.076864;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.164,143.801;QD=44.7531;RBI=0.0656195,0.0577452;REFB=0,0;REVB=-0.0301373,-0.0345179;RO=0;SAF=3,1;SAR=7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000351113,0;OID=.,.;OPOS=4996916,4996916;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:10,2:12:12,0:12:0:5,0:7,0:0:0:4:0:3,1:7,1:0:0 chr17 4997787 . A G 575.69 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.924;QD=60.5992;RBI=0.0118178;REFB=0;REVB=0.0117314;RO=0;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91274e-05;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:8:29:0:0:9:29:0:0 chr17 4998030 . G C 50.1 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1757;QD=33.4016;RBI=0.0571097;REFB=0;REVB=-0.0570262;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0045048;OID=.;OPOS=4998030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 4998586 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.685;QD=44.688;RBI=0.0799877;REFB=0;REVB=0.0216637;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167685;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr17 4998852 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.763;QD=53.9091;RBI=0.00761807;REFB=0;REVB=0.00570635;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68189e-06;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr17 5036274 . C A 57.49 PASS AF=0.176471;AO=10;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0108921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.595;QD=4.5092;RBI=0.045347;REFB=0.00208289;REVB=-0.0440195;RO=40;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390054;STB=0.741373;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0170658;OID=.;OPOS=5036274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:40:42:10:9:0.176471:2:8:20:20:2:7:21:21 chr17 5036281 . G C 58.69 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0120401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.198;QD=4.99455;RBI=0.0239305;REFB=0.00290627;REVB=-0.0206811;RO=38;SAF=7;SAR=2;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381479;STB=0.754318;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00990541;OID=.;OPOS=5036281;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:2:7:18:20:2:7:18:20 chr17 5037281 . T C 173.03 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0330964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.819;QD=18.7064;RBI=0.033156;REFB=0.00206398;REVB=-0.00198726;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741419;STB=0.542122;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00228795;OID=.;OPOS=5037281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:9:10:8:10:9:10 chr17 5042422 . G A 96.75 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0196696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.778;QD=12.4843;RBI=0.052646;REFB=-0.00744605;REVB=-0.0488335;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566036;STB=0.516102;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.014562;OID=.;OPOS=5042422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:6:6:10:8:6:6:10:9 chr17 5042894 . T C 1399.16 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.129;QD=62.1847;RBI=0.0253845;REFB=0;REVB=0.0131937;RO=1;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98346e-05;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:89:90:1:54:35:0:1:55:35:0:0 chr17 5044794 . G A 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0126212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.974;QD=26.3383;RBI=0.0131592;REFB=-0.0264859;REVB=-0.00372399;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901722;STB=0.550078;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0168037;OID=.;OPOS=5044794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:15:8:7:8:15:8:7:8 chr17 5074195 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00927294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.526;QD=9.76019;RBI=0.0197283;REFB=-0.00596187;REVB=-0.0174132;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0141119;OID=.;OPOS=5074195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:7:5:2:5:7:5 chr17 5084763 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8036;QD=50.4134;RBI=0.0577209;REFB=0;REVB=-0.00997609;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117695;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr17 5126674 . A G 208.53 PASS AF=0.625;AO=18;DP=31;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00566088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.833;QD=26.0657;RBI=0.00807889;REFB=-0.0133566;REVB=0.00576394;RO=10;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16281;STB=0.531219;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0120425;OID=.;OPOS=5126674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:10:12:18:20:0.625:8:10:3:7:10:10:5:7 chr17 5280440 . T C 300.36 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0487779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.422;QD=30.806;RBI=0.0626136;REFB=0.014232;REVB=0.0392579;RO=13;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116876;STB=0.564054;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.006983;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:13:13:9:4:13:13:9:4 chr17 5284698 . A G 138.33 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.461;QD=39.5238;RBI=0.025599;REFB=-0.171643;REVB=0.0171369;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00298823;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:0:1:13:13:0.928571:8:5:0:0:8:5:0:1 chr17 5284719 . T C 274.95 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264995;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.084;QD=52.3722;RBI=0.0905915;REFB=0;REVB=0.086629;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100319;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr17 5284770 . G A 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0051562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.842;QD=40.5915;RBI=0.0220545;REFB=-0.0269722;REVB=0.0214433;RO=2;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151605;STB=0.583231;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000535399;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:12:5:2:0:12:5:2:0 chr17 5287297 . AG AC,A 652.22 PASS AF=0,1;AO=2,47;DP=51;FAO=0,51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326417,-0.0831125;FXX=0.0377287;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=11.5609,20.9405;QD=51.1548;RBI=0.0445206,0.0937321;REFB=0,0;REVB=-0.0302755,-0.0433363;RO=1;SAF=0,23;SAR=2,24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0.537815;SSEP=0,0;SSSB=0,0.019193;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.00263727;OID=.,.;OPOS=5287298,5287298;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,47:51:0,51:51:0:0,23:0,28:0:0:4:1:0,23:2,24:0:1 chr17 5288760 . A G 61.75 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0257015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.966;QD=7.2644;RBI=0.0304038;REFB=-0.0160743;REVB=0.0162426;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176808;STB=0.511087;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0370048;OID=.;OPOS=5288760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:3:6:17:8:3:6:17:8 chr17 5288769 . CA C 60.0 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0468354;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.482;QD=7.05854;RBI=0.0471965;REFB=-0.00651888;REVB=0.00582732;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815562;STB=0.549903;STBP=0.762;TYPE=del;VARB=0.0557817;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:10:35:10:34:24:6:4:16:8:59:24:6:4:16:8 chr17 5288794 . G C 141.94 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0462894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9789;QD=13.8482;RBI=0.0703637;REFB=-0.0392492;REVB=-0.0529938;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12938;STB=0.585262;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0556921;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:8:8:15:9:8:8:16:9 chr17 5289580 . A G 560.91 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639959;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.209;QD=60.639;RBI=0.0658382;REFB=0;REVB=0.0154659;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309462;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr17 5290033 . T C 688.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0901124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2761;QD=62.5784;RBI=0.10225;REFB=0;REVB=0.0483189;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000601565;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr17 5290703 . G A 972.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.896;QD=58.9584;RBI=0.0193197;REFB=0;REVB=-0.000373829;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86478e-05;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr17 5294976 . T A 433.35 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579456;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.859;QD=57.7796;RBI=0.0291516;REFB=0;REVB=0.0285699;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192686;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr17 5308377 . C T 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00827839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.133;QD=28.0295;RBI=0.0161245;REFB=-0.0104874;REVB=-0.0138372;RO=17;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583101;STB=0.532087;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00896857;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:10:17:12:5:10:17:12:5 chr17 5326089 . C T 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.386;QD=62.3478;RBI=0.0323259;REFB=0;REVB=0.0317905;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.631e-05;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:11:32:0:0:11:32:0:0 chr17 5326145 . C G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.065085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.894;QD=60.2286;RBI=0.0790932;REFB=0;REVB=0.0449408;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145453;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr17 5326162 . G A 363.33 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110557;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.78;QD=55.8964;RBI=0.0284139;REFB=0;REVB=0.0261748;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284266;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr17 5328633 . G A 313.54 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.208;QD=50.1662;RBI=0.0315249;REFB=-0.152065;REVB=-0.00638301;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00178041;OID=.;OPOS=5328633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:0:1:11:13:0:1 chr17 5328661 . T C 31.26 PASS AF=0.25;AO=2;DP=17;FAO=5;FDP=20;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00503614;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=146.776;QD=6.25112;RBI=0.00806377;REFB=-0.000479971;REVB=-0.00629775;RO=0;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.828956;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00196368;OID=.;OPOS=5328661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:17:20:0:15:2:5:0.25:2:0:0:0:4:1:10:5 chr17 5334850 . G A 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.789;QD=57.6727;RBI=0.0142332;REFB=0;REVB=0.0107182;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260064;OID=.;OPOS=5334850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr17 5334873 . GAAA GAA,GAAG 553.37 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=34,3;DP=39;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0818646,-0.013285;FXX=0.0499875;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=26.7565,7.93868;QD=58.2492;RBI=0.0839564,0.026176;REFB=0,0;REVB=0.0186244,0.0225542;RO=0;SAF=16,0;SAR=18,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00555011,0.0490139;OID=.,.;OPOS=5334874,5334876;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.947368,0.0526316:34,3:39:36,2:38:0:16,0:20,2:0:0:9:0:16,0:18,3:0:0 chr17 5347576 . G A 911.09 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0862;QD=56.943;RBI=0.0604332;REFB=-0.0540456;REVB=0.0585753;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127331;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:64:0:0:63:64:1:21:42:0:0:21:43:0:0 chr17 5487164 . C G 1898.93 PASS AF=0.984252;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.108364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1596;QD=59.8087;RBI=0.1234;REFB=-0.119618;REVB=0.0590309;RO=0;SAF=50;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501499;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00157057;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:127:0:2:124:125:0.984252:74:50:0:0:74:51:1:1 chr17 6014176 . A G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.365;QD=60.9769;RBI=0.0611246;REFB=0;REVB=0.0383157;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045901;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr17 6329917 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0117104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.663;QD=13.2052;RBI=0.022289;REFB=-0.0169606;REVB=-0.0189649;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45721;STB=0.780223;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0102431;OID=.;OPOS=6329917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:2:4:1:5:2:4 chr17 6330068 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0806948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.76;QD=49.5991;RBI=0.0813724;REFB=0;REVB=0.0104792;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066161;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr17 6331803 . T C 919.71 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3339;QD=58.3945;RBI=0.0923219;REFB=0;REVB=0.0610973;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132264;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr17 6353679 . A C 595.28 PASS AF=0.911111;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0220608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.099;QD=52.9137;RBI=0.0441494;REFB=-0.0357531;REVB=0.0382425;RO=3;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122699;STB=0.505492;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00389758;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:44:45:3:4:40:41:0.911111:23:17:1:2:23:18:2:2 chr17 6364753 . A G 1549.51 PASS AF=1;AO=82;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498275;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.47;QD=59.5964;RBI=0.0529649;REFB=0;REVB=-0.0179583;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577239;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:82:104:1:45:37:0:0:48:56:0:0 chr17 6381939 . G A 212.04 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0263542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.532;QD=16.6305;RBI=0.0265464;REFB=-0.023428;REVB=0.00318907;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123194;STB=0.560922;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0281874;OID=.;OPOS=6381939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:28:23:23:0.45098:14:9:14:13:14:9:14:14 chr17 6406883 . C T 1175.39 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713633;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.193;QD=61.0593;RBI=0.00924041;REFB=0;REVB=0.00587009;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05271e-05;OID=.;OPOS=6406883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:49:28:0:0:49:28:0:0 chr17 6441363 . C T 136.04 PASS AF=0.421053;AO=14;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0238948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3588;QD=14.3204;RBI=0.0322758;REFB=0.0062781;REVB=0.0216971;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153269;STB=0.57423;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00113445;OID=.;OPOS=6441363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:22:14:16:0.421053:9:5:11:11:10:6:11:11 chr17 6483046 . T C 1264.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.476;QD=61.6936;RBI=0.0203542;REFB=0;REVB=-0.0152913;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09914e-06;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr17 6493198 . T C 2283.99 PASS AF=1;AO=148;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168545;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5662;QD=60.9065;RBI=0.0237523;REFB=0;REVB=0.0167361;RO=0;SAF=79;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27289e-05;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:148:150:1:69:79:0:0:69:81:0:0 chr17 6511781 . A G 902.61 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.399;QD=58.2327;RBI=0.0400606;REFB=0;REVB=0.0210503;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127438;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr17 6513329 . G A 1291.44 PASS AF=0.935484;AO=87;DP=93;FAO=87;FDP=93;FR=.;FRO=6;FSAF=58;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0212491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.504;QD=55.5456;RBI=0.0243667;REFB=0.0165021;REVB=0.0119252;RO=3;SAF=58;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118689;OID=.;OPOS=6513329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:93:93:3:6:87:87:0.935484:29:58:2:1:29:58:4:2 chr17 6515387 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.852;QD=57.8849;RBI=0.0369045;REFB=0;REVB=0.011915;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26934e-05;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:38:21:0:0:38:22:0:0 chr17 6515454 . C T 598.76 PASS AF=1;AO=30;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143233;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.394;QD=59.8755;RBI=0.0158307;REFB=0;REVB=0.0067421;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.95837e-06;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:30:40:1:17:13:0:0:26:14:0:0 chr17 6524298 . T A 309.04 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.266;QD=51.507;RBI=0.0321195;REFB=0;REVB=0.0039356;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147941;OID=.;OPOS=6524298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:14:10:0:0 chr17 6531648 . A G 2195.83 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0227673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.136;QD=62.2931;RBI=0.0297635;REFB=-0.067993;REVB=0.0191707;RO=0;SAF=81;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000244013;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:141:0:1:140:140:0.992908:59:81:0:0:58:82:0:1 chr17 6556538 . G C 963.21 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316794;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9432;QD=59.2745;RBI=0.0677697;REFB=0;REVB=0.0599095;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100437;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr17 6556541 . A T 993.91 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227765;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.653;QD=59.3378;RBI=0.0379735;REFB=0;REVB=0.0303845;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0991e-05;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr17 6558768 . C T 221.32 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4368;QD=49.1826;RBI=0.072244;REFB=0;REVB=0.0432044;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000513962;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:1:0:17:18:1:8:9:0:1:9:9:0:0 chr17 6663895 . C G 523.82 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083731;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.374;QD=59.865;RBI=0.0160533;REFB=0;REVB=0.0136966;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103001;OID=.;OPOS=6663895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr17 6683215 . C T 180.05 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0002432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.404;QD=23.232;RBI=0.00196509;REFB=-0.00241427;REVB=-0.00194998;RO=13;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274539;STB=0.515401;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00714373;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:5:13:9:4:5:13:9:4 chr17 6690161 . C T 370.05 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0167291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2321;QD=19.7362;RBI=0.0180731;REFB=0.00694018;REVB=-0.0068391;RO=37;SAF=15;SAR=23;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200999;STB=0.611558;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0103767;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:23:15:23:14:23:15:23:14 chr17 6704121 . C T 305.68 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00730141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2273;QD=13.0078;RBI=0.0494628;REFB=-0.0265368;REVB=0.0489209;RO=59;SAF=17;SAR=18;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435056;STB=0.524895;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.044038;OID=.;OPOS=6704121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:35:35:0.37234:18:17:31:28:18:17:31:28 chr17 6733672 . T C 457.99 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0368061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0625;QD=16.9627;RBI=0.0718505;REFB=0.00791667;REVB=0.0617074;RO=58;SAF=28;SAR=22;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00877849;STB=0.504889;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00772688;OID=.;OPOS=6733672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:22:28:33:25:22:28:33:25 chr17 6899559 . C G 109.27 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0773058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.285;QD=36.4223;RBI=0.0801432;REFB=-0.240877;REVB=-0.0211361;RO=1;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473806;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.025985;OID=.;OPOS=6899559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:9:2:0:1:9:2:0:1 chr17 6904934 . A G 614.07 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0264463;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.838;QD=57.1226;RBI=0.0295276;REFB=-0.0255026;REVB=0.013133;RO=2;SAF=27;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334975;STB=0.517849;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.000988327;OID=.;OPOS=6904934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:43:2:2:41:41:0.953488:14:27:2:0:14:27:2:0 chr17 6919093 . T C 295.64 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2504;QD=51.4159;RBI=0.0516988;REFB=0;REVB=0.0509218;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00289645;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:5:17:0:0:6:17:0:0 chr17 6929924 . T C 798.37 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.009;QD=63.8699;RBI=0.0376253;REFB=0;REVB=-0.00329811;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122274;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:22:28:0:0 chr17 6942108 . C T 696.28 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396577;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.248;QD=61.8919;RBI=0.0638201;REFB=0;REVB=0.0500027;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453767;OID=.;OPOS=6942108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:19:26:0:0 chr17 6943266 . G A 537.35 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0875116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.67;QD=59.7055;RBI=0.0875608;REFB=0;REVB=-0.00293661;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132975;OID=.;OPOS=6943266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr17 7011129 . C T 73.63 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0136329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0246;QD=9.81739;RBI=0.0141711;REFB=-0.0342782;REVB=-0.0038686;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122057;STB=0.574472;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0741697;OID=.;OPOS=7011129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:3:7:12:8:3:7:12:8 chr17 7011144 . G A 186.35 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0346468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8596;QD=18.1805;RBI=0.046413;REFB=-0.0377671;REVB=0.030883;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293844;STB=0.634022;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0998956;OID=.;OPOS=7011144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:21:19:20:0.487805:10:9:16:4:10:10:16:5 chr17 7012073 . G T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00634685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7761;QD=16.8227;RBI=0.0127247;REFB=0.0213513;REVB=0.0110288;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.015046;OID=.;OPOS=7012073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:3:2:3:4:3:2 chr17 7012077 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00277688;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.952;QD=12.0157;RBI=0.0132116;REFB=-0.0234468;REVB=-0.0129165;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0462312;OID=.;OPOS=7012077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:4:3:3:3:4:3 chr17 7012079 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0075443;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=117.759;QD=12.0142;RBI=0.0365827;REFB=-0.015747;REVB=0.0357964;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0583362;OID=.;OPOS=7012079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:4:3:3:3:4:3 chr17 7120419 . C T 83.2 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00889708;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=49.3878;QD=11.8851;RBI=0.0305714;REFB=-0.025256;REVB=-0.0292481;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512175;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0447639;OID=.;OPOS=7120419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:28:28:9:16:9:12:0.428571:4:5:5:4:5:7:9:7 chr17 7123240 . T C 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0220506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.247;QD=3.79016;RBI=0.0391492;REFB=-0.00988045;REVB=-0.0323486;RO=38;SAF=2;SAR=6;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367445;STB=0.741963;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0368335;OID=.;OPOS=7123240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:38:43:8:8:0.156863:6:2:21:17:6:2:23:20 chr17 7127718 . T C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0177547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.286;QD=12.5695;RBI=0.018661;REFB=-0.00566254;REVB=0.00574484;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352433;STB=0.502072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00661818;OID=.;OPOS=7127718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:11:4:7:19:11:4:7:19 chr17 7128727 . C T 182.1 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0475952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.737;QD=16.9399;RBI=0.0481441;REFB=-0.0218769;REVB=-0.00724919;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236151;STB=0.634478;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0182323;OID=.;OPOS=7128727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:16:8:11:8:16:8 chr17 7129840 . T C 52.72 PASS AF=0.235294;AO=7;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00502964;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.31;QD=6.20278;RBI=0.00638985;REFB=-0.00942083;REVB=-0.00394119;RO=26;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830257;STB=0.589049;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0360728;OID=.;OPOS=7129840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:26:26:7:8:0.235294:5:2:9:17:6:2:9:17 chr17 7132556 . C T 732.14 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.625;QD=62.3097;RBI=0.062336;REFB=0;REVB=0.0244212;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462734;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:25:19:0:0:26:21:0:0 chr17 7133162 . G A 1071.79 PASS AF=0.488789;AO=109;DP=225;FAO=109;FDP=223;FR=.;FRO=114;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=62;FSRR=52;FWDB=-0.0224292;FXX=0.00888849;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.914;QD=19.225;RBI=0.0231945;REFB=-0.00973933;REVB=0.00590892;RO=110;SAF=62;SAR=47;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216846;STB=0.512951;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0119457;OID=.;OPOS=7133162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:223:110:114:109:109:0.488789:47:62:60:50:47:62:62:52 chr17 7134129 . A G 527.85 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0576562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8522;QD=52.7847;RBI=0.0585648;REFB=-0.0206862;REVB=0.0102759;RO=3;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623306;STB=0.533316;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0051057;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:21:16:0:3:21:16:0:3 chr17 7139339 . C A 91.03 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0157507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.47;QD=17.3389;RBI=0.0274045;REFB=-0.00211769;REVB=-0.022426;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230767;STB=0.646239;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0019032;OID=.;OPOS=7139339;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:10:10:11:0.52381:7:3:1:9:7:4:1:9 chr17 7154534 . G A 1005.11 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.518;QD=59.124;RBI=0.0357137;REFB=0;REVB=0.0308706;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11193e-05;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:29:39:0:0 chr17 7154582 . T C 389.38 PASS AF=0.59375;AO=37;DP=63;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.195;QD=24.3365;RBI=0.0223594;REFB=-0.0285462;REVB=0.0214652;RO=26;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116709;STB=0.557347;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0224056;OID=.;OPOS=7154582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:26:37:38:0.59375:20:17:16:10:20:18:16:10 chr17 7163723 . A C 135.8 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00496767;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.546;QD=15.0886;RBI=0.0316668;REFB=0.00584345;REVB=-0.0312747;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100239;STB=0.545393;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.0126223;OID=.;OPOS=7163723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:21:15:15:0.416667:6:9:10:10:6:9:11:10 chr17 7163739 . A G 575.61 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.186;QD=60.59;RBI=0.0212754;REFB=0;REVB=0.00725695;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9459e-05;OID=.;OPOS=7163739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr17 7185788 . T C 555.51 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.422;QD=60.0555;RBI=0.0659158;REFB=0;REVB=0.0111603;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08928e-05;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:23:12:0:0:24:13:0:0 chr17 7187123 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.605;QD=53.277;RBI=0.0281931;REFB=0;REVB=0.0151504;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412972;OID=.;OPOS=7187123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr17 7192091 . C T 422.32 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.00852317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.036;QD=20.8552;RBI=0.0332219;REFB=-0.019461;REVB=0.03211;RO=38;SAF=22;SAR=20;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162772;STB=0.58191;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0185142;OID=.;OPOS=7192091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:38:39:42:42:0.518519:20:22:27:11:20:22:27:12 chr17 7213773 . GGTG GG,GGT 280.43 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=18,3;DP=22;FAO=18,4;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=15,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229756,0.0193687;FXX=0.0434594;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=260.369,251.226;QD=50.9879;RBI=0.0231106,0.0197215;REFB=0,0;REVB=-0.00249378,-0.00371347;RO=0;SAF=3,0;SAR=15,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.32e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000505645,-0.0354037;OID=.,.;OPOS=7213774,7213776;OREF=GT,G;OALT=-,-;OMAPALT=GG,GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.818182,0.181818:18,3:22:18,4:22:0:3,0:15,4:0:0:17:0:3,0:15,3:0:0 chr17 7216540 . G A 357.14 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.438;QD=54.9452;RBI=0.0574725;REFB=0;REVB=0.056453;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125215;OID=.;OPOS=7216540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:10:12:0:0:13:13:0:0 chr17 7219230 . A G 333.09 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.3092;QD=53.2948;RBI=0.0556802;REFB=0;REVB=-0.0406912;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280949;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chr17 7221158 . TC CT,T 31.81 PASS AF=0.142857,0.178571;AO=4,6;DP=28;FAO=4,5;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=0,1;FSAR=4,4;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0719941,0.0975657;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=26.9909,10.841;QD=4.54383;RBI=0.0971328,0.140528;REFB=-0.0937846,-0.090232;REVB=-0.0652045,-0.101139;RO=14;SAF=0,2;SAR=4,4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.766245,-0.468168;STB=0.998262,0.887737;STBP=0.001,0.167;TYPE=mnp,del;VARB=0.0425215,0.0613571;OID=.,.;OPOS=7221158,7221159;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:15:28:28:14:19:4,6:4,5:0.142857,0.178571:4,4:0,2:11:3:4,4:0,1:15:4 chr17 7221385 . G A 545.51 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.59;QD=58.9742;RBI=0.0378217;REFB=0;REVB=0.0376543;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131377;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:13:24:0:0 chr17 7246851 . C T 261.07 PASS AF=0.571429;AO=22;DP=40;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0141634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.698;QD=24.8634;RBI=0.0146842;REFB=-0.0362481;REVB=-0.00387592;RO=18;SAF=6;SAR=16;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00510715;STB=0.50724;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0239817;OID=.;OPOS=7246851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:18:18:22:24:0.571429:16:6:5:13:17:7:5:13 chr17 7257185 . C T 95.32 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00680288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.634;QD=11.9152;RBI=0.0219544;REFB=-0.0121116;REVB=-0.0208738;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380751;STB=0.744727;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0264205;OID=.;OPOS=7257185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:31:32:19:20:11:12:0.375:4:7:5:14:4:8:5:15 chr17 7257669 . C A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0350866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.726;QD=21.3769;RBI=0.0353317;REFB=-0.00754866;REVB=0.00415449;RO=21;SAF=5;SAR=18;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998413;STB=0.56226;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00785981;OID=.;OPOS=7257669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:18:5:3:18:18:5:3:19 chr17 7257846 . GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTG,GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 107.61 PASS AF=0.727273,0.272727,0,0;AO=2,2,3,2;DP=11;FAO=8,3,0,0;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4,3,0,0;FSAR=4,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682731,0.228756,0.0285085,0.0710041;FXX=0;HRUN=1,1,1,3;LEN=2,2,1,3;MLLD=80.5702,23.8568,76.3832,74.9263;QD=39.1297;RBI=0.129377,0.228841,0.0923212,0.108766;REFB=0,0,0,0;REVB=0.109897,-0.00622403,0.0878092,0.0823919;RO=0;SAF=1,2,3,0;SAR=1,0,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0.409557;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,del;VARB=0.023431,0.139656,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=7257848,7257874,7257872,7257847;OREF=GT,GT,G,GGT;OALT=-,TG,-,-;OMAPALT=GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTG,GGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.727273,0.272727,0,0:2,2,3,2:11:8,3,0,0:11:0:4,3,0,0:4,0,0,0:0:0:15:0:1,2,3,0:1,0,0,2:0:0 chr17 7286266 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0405109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.667;QD=10.1733;RBI=0.0448475;REFB=-0.0211832;REVB=0.0192396;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27543;STB=0.666172;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0407256;OID=.;OPOS=7286266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:2:7:3:3:2:7 chr17 7286326 . T A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00464716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.122;QD=15.2932;RBI=0.033739;REFB=-0.0169422;REVB=0.0334175;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195767;STB=0.615121;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00923343;OID=.;OPOS=7286326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:4:5:3:6:4:5 chr17 7292107 . G A 134.97 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0285704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.908;QD=16.8714;RBI=0.0555484;REFB=0.000301257;REVB=0.0476378;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415363;STB=0.523778;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.000544882;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:5:10:12:5:5:10:12:5 chr17 7293178 . GCCCT GCCT,GCCTG 39.26 PASS AF=0.387097,0;AO=9,2;DP=31;FAO=12,0;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9,0;FSAR=3,0;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0201901,-0.0289379;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=12.7256,102.043;QD=5.06522;RBI=0.147427,0.0332405;REFB=-0.150749,-0.0159923;REVB=-0.146038,-0.0163563;RO=16;SAF=5,2;SAR=4,0;SRF=4;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.403509,0;SSSB=0.318917,0.656611;STB=0.80551,0.5;STBP=0.01,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.132668,0.0776179;OID=.,.;OPOS=7293179,7293181;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCCT,GCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097,0:9,2:31:12,0:31:19:9,0:3,0:4:15:36:16:5,2:4,0:4:12 chr17 7293715 . C T 273.89 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00329654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.477;QD=15.2161;RBI=0.0252581;REFB=-0.0127548;REVB=-0.0250421;RO=41;SAF=10;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126757;STB=0.571936;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0166415;OID=.;OPOS=7293715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:21:10:18:23:21:10:18:23 chr17 7297452 . A G 179.62 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0283857;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.117;QD=14.9681;RBI=0.029232;REFB=-0.0229548;REVB=0.00698313;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206111;STB=0.610868;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0210189;OID=.;OPOS=7297452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:30:29:19:19:0.395833:7:12:24:6:7:12:23:6 chr17 7318396 . C T 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.556;QD=60.9758;RBI=0.0214845;REFB=0;REVB=0.0148083;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.09471e-06;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr17 7318935 . C T 405.45 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.000530678;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.263;QD=22.2163;RBI=0.0400612;REFB=-0.0122863;REVB=0.0400576;RO=32;SAF=29;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177713;STB=0.593185;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0114925;OID=.;OPOS=7318935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:32:33:40:40:0.547945:11:29:17:15:11:29:18:15 chr17 7322245 . A G 231.47 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00479784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.275;QD=30.862;RBI=0.0223728;REFB=-0.023402;REVB=0.0218523;RO=9;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432098;STB=0.523787;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00929241;OID=.;OPOS=7322245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:9:9:21:21:0.7:11:10:5:4:11:10:5:4 chr17 7363088 . T C 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.000387129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.36;QD=16.9291;RBI=0.00436027;REFB=-0.00571428;REVB=-0.00434305;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113581;STB=0.583198;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00767339;OID=.;OPOS=7363088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:11:12:12:12:0.5:6:6:7:4:6:6:8:4 chr17 7385454 . G A 118.48 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0137225;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.428;QD=11.5594;RBI=0.014478;REFB=-0.0140641;REVB=-0.00461584;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323715;STB=0.535265;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0257709;OID=.;OPOS=7385454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:26:27:14:14:0.341463:9:5:10:16:9:5:11:16 chr17 7386055 . C T 1703.14 PASS AF=0.944;AO=117;DP=126;FAO=118;FDP=125;FR=.;FRO=7;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.016985;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.347;QD=54.5005;RBI=0.039974;REFB=-0.179349;REVB=0.0361861;RO=1;SAF=48;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979137;STB=0.533328;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00160309;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:126:125:1:7:117:118:0.944:69:48:1:0:69:49:7:0 chr17 7386279 . TG CA 565.6 PASS AF=0.906977;AO=38;DP=44;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0236397;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.281;QD=52.6143;RBI=0.0343619;REFB=-0.0270095;REVB=0.024938;RO=4;SAF=23;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271099;STB=0.513301;STBP=0.671;TYPE=mnp;VARB=0.00273366;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:43:4:4:38:39:0.906977:15:23:3:1:15:24:3:1 chr17 7400137 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9584;QD=54.5174;RBI=0.0365718;REFB=0;REVB=0.0254214;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798723;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr17 7400222 . A G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00399044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.949;QD=19.1804;RBI=0.0232906;REFB=-0.0042183;REVB=-0.0229462;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201895;STB=0.615207;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00484568;OID=.;OPOS=7400222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:4:7:5:8:4:7 chr17 7402600 . T C 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.23;QD=49.5942;RBI=0.0299733;REFB=0;REVB=0.0126192;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532541;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 7404107 . T C 674.01 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00987029;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1126;QD=55.0215;RBI=0.0532738;REFB=-0.0745604;REVB=0.0523515;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.000562473;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:49:0:1:48:48:0.979592:27:21:0:0:27:21:1:0 chr17 7404991 . T C 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8972;QD=57.5409;RBI=0.0207513;REFB=0;REVB=-0.0207214;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130559;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr17 7405937 . C T 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0530158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.53;QD=23.6748;RBI=0.0541282;REFB=-0.0273609;REVB=0.0109175;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228424;STB=0.62652;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0231521;OID=.;OPOS=7405937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:13:3:10:11:13:3 chr17 7416683 . A G 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.078;QD=42.1772;RBI=0.080497;REFB=0;REVB=-0.0356743;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082808;OID=.;OPOS=7416683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr17 7460517 . G C 94.68 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0186698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7646;QD=10.8208;RBI=0.0221908;REFB=-3.88075e-05;REVB=0.0119945;RO=23;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917322;STB=0.555457;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.000221992;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:10:2:5:18:10:2:5:18 chr17 7460559 . T G 130.09 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.349;QD=43.3644;RBI=0.020775;REFB=0;REVB=0.00415465;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264786;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr17 7464413 . C T 161.43 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0241913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8157;QD=18.9919;RBI=0.0282836;REFB=-0.0144917;REVB=0.0146541;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540683;STB=0.53065;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0156726;OID=.;OPOS=7464413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:6:11:10:7:6:11 chr17 7470285 . CAAA CAA,CAAG 1134.59 PASS AF=0.975309,0.0246914;AO=71,3;DP=79;FAO=79,2;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37,1;FSAR=42,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154796,0.037806;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=22.7278,5.34649;QD=56.0289;RBI=0.0724397,0.046062;REFB=0,0;REVB=-0.0707665,0.0263139;RO=0;SAF=34,1;SAR=37,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.12261e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00223417,0.0271566;OID=.,.;OPOS=7470286,7470288;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAA,CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.975309,0.0246914:71,3:79:79,2:81:0:37,1:42,1:0:0:4:0:34,1:37,2:0:0 chr17 7477938 . G C 244.1 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=47;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0104897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.424;QD=19.9264;RBI=0.0347783;REFB=-0.0143751;REVB=0.0331587;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129568;STB=0.571866;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00954013;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:25:25:22:24:0.489796:12:10:8:17:13:11:8:17 chr17 7484101 . C A 563.03 PASS AF=0.468254;AO=60;DP=127;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.00670169;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.005;QD=17.8739;RBI=0.0110994;REFB=-0.0206565;REVB=-0.00884785;RO=67;SAF=33;SAR=27;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165172;STB=0.513303;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0278014;OID=.;OPOS=7484101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:67:67:60:59:0.468254:27:33:38:29:27:32:38:29 chr17 7484812 . G A 94.6 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0475133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.219;QD=10.8112;RBI=0.0487839;REFB=-0.0134987;REVB=-0.0110615;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266686;STB=0.656907;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0352004;OID=.;OPOS=7484812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:17:6:6:6:17:6 chr17 7490810 . G A 218.25 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0127397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.941;QD=31.1784;RBI=0.0292119;REFB=-0.0227512;REVB=0.0262875;RO=7;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790119;STB=0.521717;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00760997;OID=.;OPOS=7490810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:7:8:20:20:0.714286:11:9:2:5:11:9:3:5 chr17 7529902 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0161948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.684;QD=9.19959;RBI=0.0245135;REFB=-0.00017329;REVB=0.0184023;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133873;STB=0.581866;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.000385035;OID=.;OPOS=7529902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:4:9:4:3:4:9 chr17 7557419 . A G 569.71 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.787;QD=59.969;RBI=0.0635875;REFB=0;REVB=0.0258591;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201037;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:21:15:0:0:22:16:0:0 chr17 7578115 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.039;QD=51.9156;RBI=0.0243335;REFB=0;REVB=-0.0207565;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309008;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr17 7579472 . G C 275.83 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00759521;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.904;QD=39.4044;RBI=0.024666;REFB=-0.000368926;REVB=-0.0234675;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599914;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.000130641;OID=.;OPOS=7579472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:28:28:0:5:23:23:0.821429:10:13:0:0:10:13:0:5 chr17 7613765 . G A 419.43 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0144338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.178;QD=20.2137;RBI=0.0274733;REFB=-0.000109661;REVB=0.0233762;RO=41;SAF=18;SAR=24;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012702;STB=0.507039;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=9.24919e-05;OID=.;OPOS=7613765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:24:18:17:24:24:18:17:24 chr17 7614601 . G A 104.88 PASS AF=0.288889;AO=12;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0161353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.574;QD=9.3229;RBI=0.0163682;REFB=-0.0221791;REVB=-0.00275083;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13969;STB=0.549927;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0547611;OID=.;OPOS=7614601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:32:12:13:0.288889:4:8:20:6:4:9:24:8 chr17 7673928 . C G 195.02 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.016044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3205;QD=15.6012;RBI=0.0160764;REFB=-0.0315772;REVB=-0.00102088;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184928;STB=0.607359;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0272332;OID=.;OPOS=7673928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:19:19:0.38:13:6:14:15:13:6:14:15 chr17 7681412 . C G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0228394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3371;QD=14.6975;RBI=0.0245783;REFB=-0.00838167;REVB=-0.0090805;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19322;STB=0.602639;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0115605;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:7:14:14:15:7:14:15:15 chr17 7722365 . C T 1190.29 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.953;QD=61.0404;RBI=0.0160266;REFB=0;REVB=0.0111873;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62378e-05;OID=.;OPOS=7722365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr17 7735063 . T G 237.9 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0200809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3249;QD=20.2469;RBI=0.0204156;REFB=0.00172154;REVB=0.00368131;RO=24;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330648;STB=0.686404;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00225747;OID=.;OPOS=7735063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:16:7:16:8:16:7:16:8 chr17 7735934 . G A 464.76 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0153585;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.542;QD=17.5379;RBI=0.0163886;REFB=0.00149228;REVB=0.00571864;RO=56;SAF=23;SAR=27;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719028;STB=0.539984;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00151179;OID=.;OPOS=7735934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:27:23:30:26:27:23:30:26 chr17 7750232 . T C 202.31 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.419;QD=47.6015;RBI=0.0529436;REFB=0;REVB=0.0493328;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680662;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:9:8:0:0 chr17 7751388 . C A 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.0180433;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.762;QD=20.7695;RBI=0.0224753;REFB=-0.00143053;REVB=0.0134006;RO=23;SAF=8;SAR=19;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232507;STB=0.633122;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00110061;OID=.;OPOS=7751388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:19:8:2:21:19:8:2:22 chr17 7751751 . C T 147.62 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0167892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.888;QD=26.8392;RBI=0.0583798;REFB=-0.0158221;REVB=0.0559135;RO=6;SAF=13;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18536;STB=0.656321;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0068413;OID=.;OPOS=7751751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:22:6:7:15:15:0.681818:2:13:4:2:2:13:4:3 chr17 7751778 . G A 39.58 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0199559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.731;QD=13.194;RBI=0.0393933;REFB=-0.00986678;REVB=0.0339646;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0136688;OID=.;OPOS=7751778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:4:2:4:2:4:2 chr17 7760397 . G A 274.36 PASS AF=0.380952;AO=33;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0221973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.399;QD=13.0649;RBI=0.0558692;REFB=-0.00906339;REVB=-0.0512703;RO=50;SAF=18;SAR=15;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586141;STB=0.552599;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0190077;OID=.;OPOS=7760397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:52:33:32:0.380952:15:18:30:20:15:17:32:20 chr17 7760704 . A G 1472.18 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.531;QD=62.6458;RBI=0.0695347;REFB=0;REVB=0.0140697;RO=0;SAF=25;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16437e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598972;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:91:94:1:66:25:0:0:66:28:0:0 chr17 7761512 . C A 187.76 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0148878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.78;QD=15.9799;RBI=0.0750964;REFB=-0.00751924;REVB=0.0736058;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141862;STB=0.557503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.010083;OID=.;OPOS=7761512;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:6:13:15:12:7:13:15:12 chr17 7843053 . C T 175.73 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.469;QD=46.8624;RBI=0.0791633;REFB=0;REVB=0.0462691;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146936;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr17 7847955 . C A 255.51 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8657;QD=51.1011;RBI=0.0268942;REFB=0;REVB=0.0268942;RO=0;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00085598;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:20:0:0:0:20:0:0:0 chr17 7849087 . C G 1632.63 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4183;QD=59.3685;RBI=0.0127184;REFB=0;REVB=0.00307566;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848742;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:110:110:0:0:109:110:1:59:50:0:0:59:51:0:0 chr17 7906519 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0720461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6465;QD=33.4285;RBI=0.0879214;REFB=0;REVB=0.0503937;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00189814;OID=.;OPOS=7906519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr17 7942814 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.050418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7105;QD=17.3767;RBI=0.0704581;REFB=0.00171368;REVB=0.0492176;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197016;STB=0.613825;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00440129;OID=.;OPOS=7942814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:6:4:7:4:6:4 chr17 7948175 . C T 489.31 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0661536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2361;QD=54.3679;RBI=0.07372;REFB=-0.142081;REVB=0.0325321;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346006;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00467767;OID=.;OPOS=7948175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:1:1:34:35:0.972222:21:13:1:0:21:14:1:0 chr17 7950952 . C A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.068;QD=57.2019;RBI=0.0528423;REFB=0;REVB=0.0388943;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512699;OID=.;OPOS=7950952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr17 7951149 . C T 299.0 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00512722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.825;QD=52;RBI=0.0436078;REFB=0;REVB=0.0433054;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177724;OID=.;OPOS=7951149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:13:8:0:0:15:8:0:0 chr17 7951819 . A G 1198.86 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.213;QD=60.702;RBI=0.018017;REFB=0;REVB=-0.0158345;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34076e-06;OID=.;OPOS=7951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:34:42:0:0:36:43:0:0 chr17 7951878 . A G 1024.73 PASS AF=0.96;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0602581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.973;QD=54.6523;RBI=0.0602796;REFB=-0.100441;REVB=0.00160991;RO=4;SAF=24;SAR=47;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455838;STB=0.513969;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00106362;OID=.;OPOS=7951878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:75:75:4:3:71:72:0.96:47:24:3:1:47:25:2:1 chr17 7983681 . G A 164.04 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0199155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3311;QD=11.1216;RBI=0.0306703;REFB=-0.0103809;REVB=-0.0233247;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553452;STB=0.532227;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0308025;OID=.;OPOS=7983681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:10:11:18:20:10:11:18:20 chr17 7983799 . A G 220.9 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0100233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.148;QD=18.0326;RBI=0.0179515;REFB=-0.00801667;REVB=-0.0148926;RO=27;SAF=4;SAR=18;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624771;STB=0.53568;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0122609;OID=.;OPOS=7983799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:18:4:6:21:18:4:6:21 chr17 7983969 . G C 490.89 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.00289409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.074;QD=19.2504;RBI=0.00966489;REFB=-0.0336574;REVB=-0.00922141;RO=50;SAF=25;SAR=26;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208221;STB=0.618194;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.029364;OID=.;OPOS=7983969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:51:51:51:0.5:26:25:13:37:26:25:13:38 chr17 7989464 . G A 646.73 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0236245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.77;QD=21.5576;RBI=0.031893;REFB=-0.00600854;REVB=0.0214254;RO=55;SAF=27;SAR=37;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00319108;STB=0.505346;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00399607;OID=.;OPOS=7989464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:56:64:64:0.533333:37:27:23:32:37:27:23:33 chr17 7999957 . G A 230.84 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0532763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2247;QD=23.0843;RBI=0.0650741;REFB=-0.0129972;REVB=0.0373668;RO=18;SAF=20;SAR=2;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2423;STB=0.638147;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0134479;OID=.;OPOS=7999957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:2:20:14:4:2:20:14:4 chr17 8022065 . G A 144.86 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0331999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.552;QD=24.1426;RBI=0.0393018;REFB=-0.0425076;REVB=0.0210333;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901393;STB=0.550495;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0161722;OID=.;OPOS=8022065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:3:6:8:7:3:6 chr17 8023057 . A C 55.08 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0266359;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.462;QD=8.1607;RBI=0.0284062;REFB=-0.0366058;REVB=-0.00987129;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165991;STB=0.617414;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0848495;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:28:27:18:17:10:10:0.37037:6:4:10:8:6:4:10:7 chr17 8023059 . A C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0111491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.276;QD=10.6681;RBI=0.0111662;REFB=-0.00225685;REVB=-0.000617223;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165991;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00411551;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:10:8:6:4:10:8 chr17 8023061 . C T 74.82 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.000523476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.594;QD=10.6886;RBI=0.00511314;REFB=-0.0135028;REVB=0.00508627;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104401;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00557749;OID=.;OPOS=8023061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:16:18:10:10:0.357143:6:4:8:8:6:4:10:8 chr17 8023143 . G A 98.67 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0659574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.826;QD=14.0961;RBI=0.0666833;REFB=0.00271019;REVB=-0.00981294;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109071;STB=0.563993;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00331221;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:7:9:8:4:7:9 chr17 8024237 . T C 592.19 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.435;QD=60.7378;RBI=0.0526589;REFB=0;REVB=-0.0494681;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033706;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:39:0:0:19:39:1:13:6:0:0:22:17:0:0 chr17 8026364 . C T 1198.52 PASS AF=0.526786;AO=117;DP=223;FAO=118;FDP=224;FR=.;FRO=106;FSAF=85;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=0.00532903;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.308;QD=21.4022;RBI=0.0120608;REFB=-0.0438583;REVB=-0.0108196;RO=104;SAF=85;SAR=32;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149382;STB=0.579126;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.048679;OID=.;OPOS=8026364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:104:106:117:118:0.526786:32:85:60:44:33:85:61:45 chr17 8045707 . GC G 100.64 PASS AF=0.842105;AO=10;DP=20;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.154167;FXX=0.049975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.0969;QD=21.1874;RBI=0.166092;REFB=-0.0287849;REVB=0.0617986;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153826;STB=0.507033;STBP=0.959;TYPE=del;VARB=0.0466663;OID=.;OPOS=8045708;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.842105:10:20:16:19:3:10:6:2:1:15:7:5:5:5:2 chr17 8052080 . C A 154.67 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00390822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.398;QD=14.7306;RBI=0.0316743;REFB=-0.0108978;REVB=-0.0314322;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997197;STB=0.557457;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00856593;OID=.;OPOS=8052080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:17:8:7:10:17:8 chr17 8062583 . A G 40.58 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=5;FWDB=0.0253148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.069;QD=3.52906;RBI=0.02673;REFB=-0.000275878;REVB=0.00858226;RO=39;SAF=1;SAR=6;SRF=34;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.738929;STB=0.949544;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00387705;OID=.;OPOS=8062583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:6:1:34:5:6:1:34:5 chr17 8064082 . GT G,GG 995.14 PASS AF=0.0149254,0.985075;AO=24,42;DP=69;FAO=1,66;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=1,64;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034098,0.0325983;FXX=0.042851;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=261.351,269.571;QD=59.4114;RBI=0.105639,0.13848;REFB=0,0;REVB=0.0999842,0.134589;RO=0;SAF=22,42;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.48349e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00881238,0.00307371;OID=.,.;OPOS=8064083,8064083;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0149254,0.985075:24,42:69:1,66:67:0:1,64:0,2:0:0:5:0:22,42:2,0:0:0 chr17 8064779 . C G 86.83 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0217748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4838;QD=12.8638;RBI=0.0570688;REFB=-0.0146457;REVB=0.0527514;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0371069;OID=.;OPOS=8064779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr17 8076778 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00436415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.687;QD=16.2713;RBI=0.00989043;REFB=-0.0190725;REVB=-0.00887552;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188278;STB=0.607861;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0278627;OID=.;OPOS=8076778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:12:6:8:7:12:6 chr17 8076802 . T A 172.99 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0181378;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5686;QD=18.7011;RBI=0.0456982;REFB=-0.0202832;REVB=-0.0419446;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214181;STB=0.621171;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0127122;OID=.;OPOS=8076802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:13:6:10:8:13:6 chr17 8079029 . G C 45.73 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0594115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.403;QD=8.3143;RBI=0.0598079;REFB=-0.0124149;REVB=-0.00687457;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292794;STB=0.615062;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.034336;OID=.;OPOS=8079029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:22:15:15:6:7:0.318182:4:2:9:6:4:3:9:6 chr17 8090908 . A G 225.86 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.000903996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.763;QD=13.286;RBI=0.0434942;REFB=-0.00149377;REVB=-0.0434848;RO=40;SAF=16;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00803116;STB=0.504501;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00161051;OID=.;OPOS=8090908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:11:16:24:16:11:16:24:17 chr17 8092694 . T G 538.73 PASS AF=1;AO=29;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.542;QD=58.2405;RBI=0.0424292;REFB=0;REVB=-0.0270727;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869489;OID=.;OPOS=8092694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:29:37:1:13:16:0:0:16:21:0:0 chr17 8108330 . C CG 159.54 PASS AF=1;AO=6;DP=25;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708217;FXX=0.239904;HRUN=0;LEN=1;MLLD=104.989;QD=33.5874;RBI=0.0713424;REFB=0;REVB=0.0086034;RO=18;SAF=0;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.682681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000376786;OID=.;OPOS=8108331;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:25:19:19:0:6:13:0:0:3:18:0:6:6:12 chr17 8108331 . A G 325.62 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282271;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.159;QD=54.2704;RBI=0.0324623;REFB=0;REVB=0.0160323;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253662;OID=.;OPOS=8108331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr17 8108339 . G A 61.84 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0244052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6059;QD=7.72951;RBI=0.0249377;REFB=-0.0172552;REVB=0.00512595;RO=23;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229628;STB=0.648256;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0286643;OID=.;OPOS=8108339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:32:32:23:23:9:9:0.28125:8:1:5:18:8:1:5:18 chr17 8110940 . G A 154.77 PASS AF=0.345455;AO=16;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00299682;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.111;QD=11.2557;RBI=0.0174913;REFB=-0.0144682;REVB=-0.0172327;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256496;STB=0.533299;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0200638;OID=.;OPOS=8110940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:35:16:19:0.345455:5:11:18:9:8:11:22:13 chr17 8126233 . C T 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.023699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.771;QD=20.8117;RBI=0.028852;REFB=-0.0177494;REVB=0.0164559;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0196933;OID=.;OPOS=8126233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:15:8:8:15:15:8:8:15 chr17 8132763 . T A,C 228.56 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,18;DP=20;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118489,0.00457243;FXX=0.142789;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.781,96.0303;QD=50.7908;RBI=0.0120063,0.0697653;REFB=0,0;REVB=-0.0119477,0.0696153;RO=0;SAF=0,6;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.208465,-6.5007e-05;OID=.,.;OPOS=8132763,8132763;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:20:18:0:0:2,18:1,17:0.0555556,0.944444:2,12:0,6:0:0:1,11:0,6:0:0 chr17 8135061 . TG CA,CG 346.39 PASS AF=0.538462,0.461538;AO=14,12;DP=26;FAO=14,12;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5,8;FSAR=9,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184302,0.0309574;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=163.278,95.4782;QD=53.2907;RBI=0.0254387,0.0313748;REFB=0,0;REVB=0.0175344,0.0051011;RO=0;SAF=5,8;SAR=9,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.015442,-0.00144359;OID=.,.;OPOS=8135061,8135061;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:26:26:0:0:14,12:14,12:0.538462,0.461538:9,4:5,8:0:0:9,4:5,8:0:0 chr17 8140790 . C T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0489401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4957;QD=15.1599;RBI=0.0489535;REFB=-0.0138426;REVB=-0.00114151;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121768;STB=0.507033;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0184387;OID=.;OPOS=8140790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:8:14:10:6:8:14 chr17 8141519 . C A 37.97 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000663372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.525;QD=9.49219;RBI=0.00140032;REFB=-0.0155729;REVB=-0.00123322;RO=10;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0229936;OID=.;OPOS=8141519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:10:10:5:6:0.375:2:3:5:5:3:3:5:5 chr17 8141707 . T C 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6629;QD=61.6741;RBI=0.0495541;REFB=0;REVB=-0.0471006;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000756092;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr17 8157310 . C T 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.916;QD=55.0448;RBI=0.0365495;REFB=-0.0557614;REVB=0.0257311;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000740921;OID=.;OPOS=8157310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:24:31:0:1:24:31:0:1 chr17 8161131 . A G 275.58 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00822639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6528;QD=18.0706;RBI=0.0165298;REFB=-0.0201675;REVB=-0.0143374;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756547;STB=0.542326;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0218581;OID=.;OPOS=8161131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:13:17:15:16:13:17:15:16 chr17 8161149 . C T 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.000385793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.239;QD=16.7311;RBI=0.00581579;REFB=-0.0110873;REVB=-0.00580298;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287321;STB=0.523565;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0136156;OID=.;OPOS=8161149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:16:15:18:17:16:15:19:17 chr17 8167600 . T C 254.54 PASS AF=0.510204;AO=22;DP=47;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0199321;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.217;QD=20.7791;RBI=0.025471;REFB=-0.0118476;REVB=0.0158583;RO=23;SAF=3;SAR=19;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115148;STB=0.533308;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0123335;OID=.;OPOS=8167600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:23:24:22:25:0.510204:19:3:3:20:21:4:3:21 chr17 8168224 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0519802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.312;QD=10.3903;RBI=0.0549142;REFB=-0.0185114;REVB=0.0177096;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090156;STB=0.555391;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.024357;OID=.;OPOS=8168224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:7:4:2:5:7:4 chr17 8171969 . C T 110.66 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0381358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.505;QD=15.2634;RBI=0.0389908;REFB=-0.0404314;REVB=-0.00812055;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197351;STB=0.611622;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0409324;OID=.;OPOS=8171969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:11:2:1:15:11:2:1:15 chr17 8172732 . A G 601.08 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00685712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3629;QD=58.6423;RBI=0.00757903;REFB=-0.0491569;REVB=-0.00322825;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00141437;OID=.;OPOS=8172732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:0:1:19:21:0:1 chr17 8272767 . G A 104.73 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00737141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4657;QD=19.9482;RBI=0.0669662;REFB=-0.0154813;REVB=0.0665593;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123242;OID=.;OPOS=8272767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:6:3:4:8:6:3 chr17 8339307 . G A 235.14 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0653294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3156;QD=40.8939;RBI=0.0865722;REFB=-0.0953957;REVB=0.0568051;RO=3;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10217;STB=0.555502;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00532516;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:12:8:0:3:12:8:0:3 chr17 8383894 . A G 520.1 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.38;QD=59.4403;RBI=0.023376;REFB=0;REVB=0.0216132;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244584;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr17 8424270 . G A 483.13 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.187;QD=58.561;RBI=0.0437524;REFB=0;REVB=0.0434989;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286224;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr17 8644854 . C T 184.84 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0455112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9784;QD=18.4838;RBI=0.0467158;REFB=-0.0380907;REVB=-0.0105406;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123789;STB=0.507035;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0214993;OID=.;OPOS=8644854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:13:8:7:12:13:8 chr17 8647931 . G C 306.13 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.737;QD=53.2406;RBI=0.0186652;REFB=0;REVB=0.0185692;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199535;OID=.;OPOS=8647931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:20:3:0:0:20:3:0:0 chr17 8659680 . TGGA T 116.13 PASS AF=0.5;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00306281;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=3;MLLD=215.913;QD=14.5156;RBI=0.0138723;REFB=-0.0182737;REVB=-0.01353;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861724;STB=0.531211;STBP=0.737;TYPE=del;VARB=0.0197575;OID=.;OPOS=8659681;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:15:33:16:32:16:8:8:9:7:99:16:7:8:9:7 chr17 8700982 . C T 43.07 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.125782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0516;QD=10.7675;RBI=0.138607;REFB=0.00837375;REVB=0.0582292;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0122409;OID=.;OPOS=8700982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:15:16:9:9:6:7:0.4375:4:2:3:6:5:2:3:6 chr17 8701423 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0386916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.624;QD=14.6496;RBI=0.0434442;REFB=0.000663666;REVB=0.0197575;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539195;STB=0.54539;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00109322;OID=.;OPOS=8701423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:7:7:10:8:7:7:11:8 chr17 8725214 . A AG 339.36 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.7103;QD=38.7835;RBI=0.100917;REFB=0;REVB=-0.0647412;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000635205;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:34:35:35:0:10:25:0:0:7:0:10:22:0:0 chr17 8791757 . C CA 170.85 PASS AF=0.423729;AO=7;DP=64;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0699488;FXX=0.0781128;HRUN=0;LEN=1;MLLD=25.9236;QD=11.5833;RBI=0.0816382;REFB=-0.00567422;REVB=-0.0420946;RO=55;SAF=0;SAR=7;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.705627;STB=0.551492;STBP=0.537;TYPE=ins;VARB=0.0286422;OID=.;OPOS=8791758;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423729:7:64:25:59:34:14:11:22:12:99:55:0:7:37:18 chr17 8791758 . G A 176.33 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0301193;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6813;QD=10.5273;RBI=0.0327571;REFB=-0.0373516;REVB=-0.0128786;RO=43;SAF=16;SAR=7;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166688;STB=0.606645;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0477945;OID=.;OPOS=8791758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:43:44:23:23:0.343284:7:16:24:19:7:16:24:20 chr17 9086712 . C T 39.77 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.143983;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.492;QD=10.6046;RBI=0.144487;REFB=-0.0629819;REVB=0.0120564;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.571184;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0259864;OID=.;OPOS=9086712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:4:5:4:2:4:5 chr17 9395231 . G A 446.84 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.019;QD=57.6566;RBI=0.0282544;REFB=0;REVB=0.000198013;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06563e-05;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr17 9471711 . T G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.945;QD=56.1902;RBI=0.0235012;REFB=0;REVB=-0.0115066;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74093e-05;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr17 9479098 . C A 445.49 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00454113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.247;QD=52.4104;RBI=0.0587481;REFB=-0.0644119;REVB=0.0585724;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545425;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000633252;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:0:2:32:32:0.941176:22:10:0:0:22:10:2:0 chr17 9515777 . G A 594.3 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000492174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8408;QD=60.9543;RBI=0.0203699;REFB=0;REVB=-0.0203639;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218379;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr17 9586165 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00710315;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.052;QD=9.49166;RBI=0.00831119;REFB=-0.0188002;REVB=-0.00431522;RO=18;SAF=8;SAR=1;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229856;STB=0.644779;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0332864;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:1:8:14:4:1:8:14:4 chr17 9676134 . G A 611.31 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0333837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.414;QD=56.8655;RBI=0.0674131;REFB=-0.194562;REVB=0.0585666;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.504082;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.004874;OID=.;OPOS=9676134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:43:43:0:2:41:41:0.953488:24:17:0:0:24:17:1:1 chr17 9676148 . C T 738.23 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415933;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.813;QD=64.1941;RBI=0.0417569;REFB=0;REVB=0.0036927;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171403;OID=.;OPOS=9676148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr17 9712255 . G A 207.44 PASS AF=0.428571;AO=22;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0053092;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.364;QD=16.934;RBI=0.00588707;REFB=-0.00889247;REVB=-0.00254362;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620852;STB=0.541137;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0113121;OID=.;OPOS=9712255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:28:22:21:0.428571:10:12:13:14:9:12:14:14 chr17 9725101 . G A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0350666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.07;QD=20.2743;RBI=0.0350666;REFB=-0.0346613;REVB=4.00925e-05;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560942;STB=0.531571;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0389758;OID=.;OPOS=9725101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:10:14:12:11:10:14 chr17 9725338 . G A 329.32 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0130515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.235;QD=18.2955;RBI=0.0390685;REFB=-0.00432569;REVB=0.036824;RO=37;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993563;STB=0.555347;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00251862;OID=.;OPOS=9725338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:18:17:14:23:18:17:14:23 chr17 9725347 . A G 316.74 PASS AF=0.507463;AO=32;DP=65;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0318074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.246;QD=18.9097;RBI=0.0332647;REFB=-0.0183644;REVB=-0.00973778;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128439;STB=0.553161;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0283583;OID=.;OPOS=9725347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:31:33:32:34:0.507463:16:16:11:20:18:16:12:21 chr17 10206595 . T C 373.12 PASS AF=0.558824;AO=37;DP=67;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00972252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.733;QD=21.948;RBI=0.0350317;REFB=0.00034863;REVB=-0.0336555;RO=28;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812476;STB=0.536259;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00108471;OID=.;OPOS=10206595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:28:30:37:38:0.558824:17:20:18:10:17:21:19:11 chr17 10216516 . C T 557.91 PASS AF=0.491525;AO=56;DP=116;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00789935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.377;QD=18.9122;RBI=0.0111784;REFB=-0.027126;REVB=0.00790936;RO=59;SAF=26;SAR=30;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220204;STB=0.525196;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0250946;OID=.;OPOS=10216516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:59:60:56:58:0.491525:30:26:26:33:30:28:26:34 chr17 10216564 . C T 624.24 PASS AF=0.525;AO=60;DP=119;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.0100963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.348;QD=20.8078;RBI=0.0165079;REFB=-0.0148772;REVB=0.0130605;RO=57;SAF=27;SAR=33;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121795;STB=0.562718;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0074738;OID=.;OPOS=10216564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:57:57:60:63:0.525:33:27:18:39:35:28:18:39 chr17 10216630 . G A 319.07 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.0180117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.884;QD=15.7564;RBI=0.0199517;REFB=-0.0170646;REVB=-0.00858186;RO=45;SAF=11;SAR=24;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841121;STB=0.551374;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0239439;OID=.;OPOS=10216630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:46:35:35:0.432099:24:11:11:34:24:11:11:35 chr17 10222149 . A G 991.06 PASS AF=0.958333;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0432436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.743;QD=55.0588;RBI=0.0432899;REFB=-0.113877;REVB=-0.00200222;RO=3;SAF=32;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422677;STB=0.521733;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00118441;OID=.;OPOS=10222149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:71:72:3:3:68:69:0.958333:36:32:3:0:36:33:3:0 chr17 10222230 . G A 359.35 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00910259;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.801;QD=16.7138;RBI=0.0125101;REFB=-0.0431698;REVB=-0.00858164;RO=47;SAF=20;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553126;STB=0.503066;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.037946;OID=.;OPOS=10222230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:47:48:38:38:0.44186:18:20:25:22:18:20:25:23 chr17 10223697 . G T 104.72 PASS AF=0.382353;AO=10;DP=31;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.011619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.266;QD=12.3199;RBI=0.0138463;REFB=-0.0182571;REVB=-0.00753127;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264681;STB=0.558049;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.028856;OID=.;OPOS=10223697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:21:21:10:13:0.382353:5:5:11:10:5:8:11:10 chr17 10223714 . T C 208.2 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0204818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5185;QD=25.2361;RBI=0.0916017;REFB=-0.033263;REVB=0.0892825;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823354;STB=0.504583;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00671202;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:9:11:7:6:9:11:7:6 chr17 10231417 . C T 994.89 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2644;QD=57.675;RBI=0.0272902;REFB=0.0215892;REVB=-0.0217941;RO=1;SAF=21;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219643;STB=0.510635;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-3.03693e-05;OID=.;OPOS=10231417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:69:1:1:66:68:0.985507:45:21:1:0:45:23:1:0 chr17 10243717 . G A 606.36 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7494;QD=60.636;RBI=0.0469539;REFB=0;REVB=-0.0154958;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100051;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:22:18:0:0 chr17 10318636 . A G 1159.38 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.895;QD=59.4556;RBI=0.0493081;REFB=0;REVB=0.0285138;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470447;OID=.;OPOS=10318636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:78:0:0:73:78:1:38:35:0:0:38:40:0:0 chr17 10346781 . T C 1179.59 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0430182;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.3;QD=59.7261;RBI=0.0520742;REFB=-0.00880028;REVB=0.0293454;RO=1;SAF=11;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410908;STB=0.521733;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000215381;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:78:78:0.987342:67:11:1:0:67:11:1:0 chr17 10348354 . T C 804.13 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.819;QD=64.3302;RBI=0.058991;REFB=0;REVB=0.0583998;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203512;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:30:19:0:0:30:20:0:0 chr17 10355371 . C T 594.91 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0107;QD=58.0399;RBI=0.170143;REFB=0.00201626;REVB=0.164701;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00342309;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:38:40:0.97561:16:22:1:0:17:23:1:0 chr17 10355763 . T C 1695.22 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.124;QD=60.5436;RBI=0.0454113;REFB=0;REVB=0.0453719;RO=0;SAF=44;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103133;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:68:44:0:0:68:44:0:0 chr17 10363410 . A G 3158.85 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453309;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.217;QD=61.6361;RBI=0.046656;REFB=0;REVB=0.0110406;RO=0;SAF=97;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07916e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44399e-05;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:205:0:0:204:205:1:107:97:0:0:107:98:0:0 chr17 10398382 . C T 275.06 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.00414203;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7558;QD=15.2813;RBI=0.013347;REFB=0.0175113;REVB=-0.012688;RO=41;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189193;STB=0.606026;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0243068;OID=.;OPOS=10398382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:41:31:31:0.430556:18:13:10:31:18:13:10:31 chr17 10402142 . G A 346.08 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.124936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.85;QD=19.4976;RBI=0.125136;REFB=-0.00206413;REVB=-0.00707236;RO=35;SAF=9;SAR=27;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160384;STB=0.589691;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00227961;OID=.;OPOS=10402142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:27:9:14:21:27:9:14:21 chr17 10415777 . C A 268.71 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0272095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0927;QD=22.3925;RBI=0.0280502;REFB=0.0308074;REVB=-0.00681592;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221274;STB=0.623047;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0297465;OID=.;OPOS=10415777;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:6:17:12:13:6:17 chr17 10415840 . A G 613.29 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.045;QD=61.3286;RBI=0.0350687;REFB=0;REVB=0.00551125;RO=0;SAF=6;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111618;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:33:6:0:0:33:7:0:0 chr17 10427924 . G A 165.24 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00711381;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.275;QD=11.2028;RBI=0.0265082;REFB=-0.0180599;REVB=0.0255359;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236851;STB=0.615894;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.027033;OID=.;OPOS=10427924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:38:21:21:0.355932:10:11:11:25:10:11:13:25 chr17 10448769 . A T 1362.24 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503834;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.138;QD=62.6316;RBI=0.0236358;REFB=0;REVB=-0.0230925;RO=0;SAF=25;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000404578;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:62:25:0:0:62:25:0:0 chr17 10450816 . T C 2045.33 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.119;QD=62.4528;RBI=0.0390976;REFB=0;REVB=0.031192;RO=0;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27825e-05;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:129:131:1:65:64:0:0:65:66:0:0 chr17 10541515 . C T 435.38 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0868431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3649;QD=21.7689;RBI=0.098526;REFB=-0.031149;REVB=-0.0465365;RO=36;SAF=21;SAR=22;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152274;STB=0.576148;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0344716;OID=.;OPOS=10541515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:37:43:43:0.5375:22:21:11:25:22:21:12:25 chr17 10541741 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0493892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.616;QD=19.1341;RBI=0.0510247;REFB=-0.0579192;REVB=0.012815;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0130912;OID=.;OPOS=10541741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr17 10543385 . T C 631.13 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0129557;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.197;QD=17.7784;RBI=0.0176855;REFB=-0.012388;REVB=-0.0120385;RO=77;SAF=23;SAR=42;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104028;STB=0.505783;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0138268;OID=.;OPOS=10543385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:77:65:65:0.457746:42:23:28:49:42:23:28:49 chr17 10544461 . G A 308.3 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00691338;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.143;QD=17.8725;RBI=0.0108726;REFB=-0.00275112;REVB=0.00839163;RO=34;SAF=13;SAR=20;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168902;STB=0.502761;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00293749;OID=.;OPOS=10544461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:34:36:33:33:0.478261:20:13:14:20:20:13:14:22 chr17 10614442 . A G 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0147144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1868;QD=16.8731;RBI=0.0148901;REFB=0.000910863;REVB=-0.00228102;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199898;STB=0.615261;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00178749;OID=.;OPOS=10614442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:15:5:11:15:15:5:11:15 chr17 10617803 . G T 141.1 PASS AF=0.404762;AO=15;DP=39;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0476216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7884;QD=13.4384;RBI=0.0511474;REFB=-0.0405129;REVB=-0.018661;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787323;STB=0.518288;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0516898;OID=.;OPOS=10617803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:24:25:15:17:0.404762:8:7:13:11:8:9:14:11 chr17 11166782 . G A 298.77 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0191003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8837;QD=23.9013;RBI=0.0721742;REFB=-0.000546287;REVB=-0.0696009;RO=23;SAF=19;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1286;STB=0.571851;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00123298;OID=.;OPOS=11166782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:8:19:13:10:8:19:13:10 chr17 11523082 . A G 804.85 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.995;QD=64.3878;RBI=0.0254076;REFB=0;REVB=0.00848992;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.75102e-05;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr17 11583089 . T C 1194.35 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366753;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.276;QD=61.2489;RBI=0.0628003;REFB=0;REVB=0.0509784;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113103;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:41:36:0:0:42:36:0:0 chr17 11648332 . C T 948.39 PASS AF=0.985075;AO=62;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.124886;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3957;QD=56.6206;RBI=0.127331;REFB=-0.101415;REVB=0.024832;RO=1;SAF=20;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230178;STB=0.511624;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00273428;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:1:1:62:66:0.985075:42:20:1:0:45:21:1:0 chr17 11650958 . G A 586.65 PASS AF=0.588889;AO=52;DP=88;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0094861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.106;QD=26.0733;RBI=0.082781;REFB=-0.0369757;REVB=0.0822357;RO=36;SAF=18;SAR=34;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349057;STB=0.529562;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0358496;OID=.;OPOS=11650958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:36:37:52:53:0.588889:34:18:14:22:35:18:15:22 chr17 11651057 . A G 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0359651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9616;QD=6.01513;RBI=0.0439678;REFB=0.000894083;REVB=-0.0252919;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150025;STB=0.556809;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0140585;OID=.;OPOS=11651057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:5:2:4:17:5:2:5:17 chr17 11757556 . C G 401.13 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0262828;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2858;QD=21.1119;RBI=0.0353215;REFB=-0.000162816;REVB=0.023597;RO=35;SAF=25;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223645;STB=0.520823;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.000431723;OID=.;OPOS=11757556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:15:25:21:14:15:25:21:15 chr17 11786951 . T C 188.26 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.029976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.042;QD=20.3527;RBI=0.0395348;REFB=-0.0624642;REVB=-0.0257768;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123057;STB=0.565645;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0261049;OID=.;OPOS=11786951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:17:18:18:19:0.513514:8:10:7:10:8:11:8:10 chr17 11787936 . A G 158.83 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0123016;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.442;QD=16.2899;RBI=0.0143114;REFB=-0.0186499;REVB=-0.00731339;RO=21;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35868;STB=0.69489;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0163603;OID=.;OPOS=11787936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:12:5:14:7:12:5:14:8 chr17 12043162 . G A 223.51 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00196361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.327;QD=14.9006;RBI=0.00436606;REFB=-0.00101247;REVB=0.00389958;RO=34;SAF=19;SAR=7;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309859;STB=0.517614;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00105869;OID=.;OPOS=12043162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:7:19:24:10:7:19:24:10 chr17 12046891 . A G 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00101061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.228;QD=19.8671;RBI=0.0011498;REFB=-0.0229686;REVB=-0.000548374;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772238;STB=0.542834;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.018671;OID=.;OPOS=12046891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:18:18:14:20:18:18:14:20 chr17 12820632 . A C 296.23 PASS AF=0.428571;AO=31;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.0407293;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.516;QD=15.3886;RBI=0.0407331;REFB=-0.00713324;REVB=-0.000554015;RO=45;SAF=20;SAR=11;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104263;STB=0.539977;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00718018;OID=.;OPOS=12820632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:44:31:33:0.428571:11:20:33:12:11:22:32:12 chr17 12820646 . G C 419.21 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=72;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0329796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7728;QD=22.9706;RBI=0.0619454;REFB=-0.0559636;REVB=-0.0524364;RO=32;SAF=28;SAR=12;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411859;STB=0.526427;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0420451;OID=.;OPOS=12820646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:32:32:40:41:0.561644:12:28:21:11:12:29:21:11 chr17 12852459 . A G 65.09 PASS AF=0.243902;AO=6;DP=37;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0340288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.763;QD=6.35069;RBI=0.0350409;REFB=-0.0171508;REVB=0.00836058;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219846;STB=0.774937;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0922671;OID=.;OPOS=12852459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:37:41:29:31:6:10:0.243902:4:2:15:14:8:2:17:14 chr17 13399616 . A T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.856;QD=55.0961;RBI=0.0425371;REFB=0;REVB=-0.0325559;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67678e-05;OID=.;OPOS=13399616;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr17 14095309 . A G,T 1250.86 PASS AF=0.951807,0.0481928;AO=74,7;DP=82;FAO=79,4;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=57,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787365,-0.00775695;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.049,139.374;QD=60.2823;RBI=0.0800291,0.0149401;REFB=0,0;REVB=-0.0143256,-0.0127686;RO=0;SAF=17,3;SAR=57,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00060005,-0.0150649;OID=.,.;OPOS=14095309,14095309;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:82:83:0:0:74,7:79,4:0.951807,0.0481928:57,4:17,3:0:0:57,4:22,0:0:0 chr17 14139891 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.956;QD=42.1826;RBI=0.0227385;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313553;OID=.;OPOS=14139891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr17 14140081 . G A 32.21 PASS AF=0.115385;AO=5;DP=51;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.000493702;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.025;QD=2.47742;RBI=0.0575101;REFB=-4.67368e-05;REVB=-0.057508;RO=46;SAF=2;SAR=3;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150009;STB=0.575085;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00150175;OID=.;OPOS=14140081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:51:52:46:46:5:6:0.115385:3:2:19:27:4:2:19:27 chr17 14140103 . A G 871.14 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393822;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.941;QD=58.076;RBI=0.0409984;REFB=0;REVB=0.0113979;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139109;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr17 14248423 . T C 100.56 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.986;QD=40.2227;RBI=0.0159163;REFB=0;REVB=0.0150258;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624664;OID=.;OPOS=14248423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:6:4:0:0 chr17 14249167 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=40;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0160753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.973;QD=58.2429;RBI=0.045075;REFB=-0.00415339;REVB=0.042111;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000338702;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:40:39:0.975:20:20:0:0:19:20:0:1 chr17 14673567 . C CA 48.27 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.163137;FXX=0.0285633;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.2204;QD=5.67838;RBI=0.166751;REFB=0.00518537;REVB=-0.0345286;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181383;STB=0.502389;STBP=0.999;TYPE=ins;VARB=-0.0203484;OID=.;OPOS=14673568;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:12:36:13:34:21:5:8:8:13:48:20:5:7:8:12 chr17 15154966 . T A 127.78 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00855363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.605;QD=8.24373;RBI=0.0118557;REFB=0.00194049;REVB=0.00820935;RO=44;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25296;STB=0.652003;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00436964;OID=.;OPOS=15154966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:6:12:20:24:6:12:20:24 chr17 15207364 . T G 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.015836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.272;QD=11.2612;RBI=0.0158511;REFB=-0.00746472;REVB=-0.000693569;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36225;STB=0.711611;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0164378;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:22:8:9:6:22:8 chr17 15215660 . T C 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0155828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7695;QD=18.8073;RBI=0.0325552;REFB=-0.0100054;REVB=0.0285835;RO=37;SAF=11;SAR=25;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752754;STB=0.54204;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0113344;OID=.;OPOS=15215660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:25:11:14:23:25:11:14:23 chr17 15234895 . C T 91.21 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.115777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8172;QD=17.3736;RBI=0.126094;REFB=0.00972916;REVB=-0.0499541;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512816;STB=0.516099;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0237833;OID=.;OPOS=15234895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:9:10:11:11:0.52381:8:3:2:7:8:3:3:7 chr17 15311975 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6255;QD=54.5145;RBI=0.0167772;REFB=0;REVB=0.000759491;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388236;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr17 15341183 . A C 378.19 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0189303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.695;QD=16.4431;RBI=0.0242839;REFB=-0.0166647;REVB=0.0152102;RO=51;SAF=14;SAR=26;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040372;STB=0.526686;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.016293;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:52:40:40:0.434783:26:14:16:35:26:14:16:36 chr17 15343524 . C CCTT 254.61 PASS AF=0.875;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.018389;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=3;MLLD=199.111;QD=42.4356;RBI=0.019916;REFB=-0.018511;REVB=0.00764814;RO=3;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644272;STB=0.534852;STBP=0.601;TYPE=ins;VARB=0.00421113;OID=.;OPOS=15343525;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:21:25:21:24:3:1:20:0:3:15:3:1:20:0:3 chr17 15441485 . AG A,AA 418.04 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=4,23;DP=27;FAO=4,26;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=3,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268158,0.0134245;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=284.938,287.193;QD=55.7388;RBI=0.0279884,0.0156528;REFB=0,0;REVB=0.00801651,0.00804938;RO=0;SAF=0,5;SAR=4,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00485357,0.00154182;OID=.,.;OPOS=15441486,15441486;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.133333,0.866667:4,23:27:4,26:30:0:1,5:3,21:0:0:13:0:0,5:4,18:0:0 chr17 15443733 . CA C,CG 266.28 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=3,18;DP=21;FAO=3,18;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159973,0.00583886;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.401,232.508;QD=50.7197;RBI=0.0108895,0.00694199;REFB=0,0;REVB=-0.0107714,-0.00375486;RO=0;SAF=2,11;SAR=1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0118046,0.00297425;OID=.,.;OPOS=15443734,15443734;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:3,18:21:3,18:21:0:2,11:1,7:0:0:13:0:2,11:1,7:0:0 chr17 15443742 . C G 317.09 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403234;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.544;QD=50.735;RBI=0.0476423;REFB=0.0109194;REVB=0.0253733;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487199;STB=0.526294;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000795232;OID=.;OPOS=15443742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:1:1:24:24:0.96:9:15:0:1:9:15:0:1 chr17 15477417 . A G 84.3 PASS AF=0.44;AO=9;DP=22;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0158208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.889;QD=13.4878;RBI=0.0350968;REFB=-0.0329905;REVB=0.0313287;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929071;STB=0.617431;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0325036;OID=.;OPOS=15477417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:22:25:13:14:9:11:0.44:4:5:6:7:4:7:6:8 chr17 15492426 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0446236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9006;QD=21.8421;RBI=0.0461015;REFB=0.00675546;REVB=-0.0115797;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215133;STB=0.624607;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0084506;OID=.;OPOS=15492426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:0:2:3:3:0:2 chr17 15496730 . A G 510.29 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0360694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7244;QD=21.2621;RBI=0.0360802;REFB=-0.0134819;REVB=0.000884989;RO=46;SAF=24;SAR=25;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183229;STB=0.604829;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0206539;OID=.;OPOS=15496730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:47:49:49:0.510417:25:24:13:33:25:24:13:34 chr17 15498181 . A G 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0148777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.983;QD=4.00458;RBI=0.0285476;REFB=-0.00182218;REVB=-0.0243643;RO=41;SAF=6;SAR=2;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132057;STB=0.592347;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00970805;OID=.;OPOS=15498181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:2:6:27:14:2:6:27:14 chr17 15510888 . G A 654.43 PASS AF=0.460526;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.00374547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.888;QD=17.2219;RBI=0.0165217;REFB=-0.0141579;REVB=-0.0160916;RO=82;SAF=32;SAR=38;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299242;STB=0.516612;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.021772;OID=.;OPOS=15510888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:82:82:70:70:0.460526:38:32:40:42:38:32:40:42 chr17 15510988 . T C 288.74 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.0175858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.534;QD=13.7497;RBI=0.0229408;REFB=0.00151389;REVB=0.0147317;RO=50;SAF=3;SAR=30;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37506;STB=0.73153;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00166281;OID=.;OPOS=15510988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:51:33:33:0.392857:30:3:14:36:30:3:15:36 chr17 15532139 . G A 315.46 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00155804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.89;QD=22.5326;RBI=0.022509;REFB=-0.0127173;REVB=0.022455;RO=24;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152824;STB=0.584206;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0246401;OID=.;OPOS=15532139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:17:15:16:8:17:15:16:8 chr17 15554561 . C A 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0132282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.847;QD=22.7936;RBI=0.0156044;REFB=-0.019958;REVB=-0.00827716;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250791;STB=0.514007;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0190164;OID=.;OPOS=15554561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:13:11:9:12:13:11:9:12 chr17 15611495 . T C 733.54 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186753;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.156;QD=54.3361;RBI=0.0544783;REFB=-0.00598545;REVB=0.0511773;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000202875;OID=.;OPOS=15611495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:0:1:53:53:0.981481:29:24:0:0:29:24:0:1 chr17 15620647 . G A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9538;QD=46.0581;RBI=0.0434038;REFB=-0.067102;REVB=-0.0243696;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368096;STB=0.519979;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00520833;OID=.;OPOS=15620647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:0:1:12:7:0:1 chr17 15690793 . T C 684.5 PASS AF=0.5;AO=67;DP=135;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0378752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.016;QD=20.1324;RBI=0.0389604;REFB=-0.00912312;REVB=0.00913143;RO=67;SAF=33;SAR=34;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541;STB=0.529403;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00777748;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:67:68:67:68:0.5:34:33:37:30:34:34:38:30 chr17 15690863 . T A 266.45 PASS AF=0.397436;AO=29;DP=77;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=10;FWDB=-0.000729784;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.774;QD=13.6641;RBI=0.0278321;REFB=-0.0180678;REVB=0.0278226;RO=48;SAF=19;SAR=10;SRF=38;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176327;STB=0.616446;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.017758;OID=.;OPOS=15690863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:48:47:29:31:0.397436:10:19:38:10:12:19:37:10 chr17 16068340 . C T 251.07 PASS AF=0.294118;AO=34;DP=118;FAO=35;FDP=119;FR=.;FRO=84;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.002223;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.06;QD=8.43942;RBI=0.00719625;REFB=-0.0124751;REVB=-0.00684429;RO=84;SAF=21;SAR=13;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185407;STB=0.595905;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0283034;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:84:84:34:35:0.294118:13:21:39:45:14:21:39:45 chr17 16068343 . G A 273.01 PASS AF=0.300813;AO=37;DP=122;FAO=37;FDP=123;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0039905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6982;QD=8.8784;RBI=0.0344876;REFB=-0.0165164;REVB=-0.0342559;RO=83;SAF=23;SAR=14;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194433;STB=0.617726;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0230522;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:83:86:37:37:0.300813:14:23:38:45:14:23:39:47 chr17 16068362 . C T 467.92 PASS AF=0.370861;AO=56;DP=152;FAO=56;FDP=151;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=0.00332902;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.496;QD=12.3952;RBI=0.0176939;REFB=-0.0122482;REVB=-0.0173779;RO=95;SAF=35;SAR=21;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2472;STB=0.64643;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0173867;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:95:95:56:56:0.370861:21:35:38:57:21:35:37:58 chr17 16068377 . C G 486.23 PASS AF=0.379085;AO=58;DP=154;FAO=58;FDP=153;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=0.00597654;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.127;QD=12.7119;RBI=0.00956806;REFB=-0.00330599;REVB=-0.00747187;RO=93;SAF=36;SAR=22;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240726;STB=0.641949;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00457238;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:93:95:58:58:0.379085:22:36:37:56:22:36:37:58 chr17 16068383 . G A 544.07 PASS AF=0.40411;AO=59;DP=149;FAO=59;FDP=146;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=-0.00764472;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.771;QD=14.9059;RBI=0.0131864;REFB=-0.0159221;REVB=-0.0107443;RO=90;SAF=38;SAR=21;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271752;STB=0.650273;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0176871;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:146:90:87:59:59:0.40411:21:38:35:55:21:38:34:53 chr17 16068396 . G A 566.54 PASS AF=0.418301;AO=64;DP=153;FAO=64;FDP=153;FR=.;FRO=89;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.00232947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.355;QD=14.8114;RBI=0.0193769;REFB=-0.00393964;REVB=0.0192364;RO=82;SAF=40;SAR=24;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188887;STB=0.621893;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00898714;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:82:89:64:64:0.418301:24:40:36:46:24:40:37:52 chr17 16068463 . C T 66.77 PASS AF=0.116788;AO=16;DP=137;FAO=16;FDP=137;FR=.;FRO=121;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=76;FWDB=-0.0143149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.74;QD=1.94936;RBI=0.0216739;REFB=-0.00229796;REVB=-0.0162739;RO=120;SAF=10;SAR=6;SRF=44;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310067;STB=0.7128;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0207832;OID=.;OPOS=16068463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:137:137:120:121:16:16:0.116788:6:10:44:76:6:10:45:76 chr17 16095176 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0492813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.014;QD=13.2053;RBI=0.0540788;REFB=0.000751208;REVB=-0.0222683;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288706;OID=.;OPOS=16095176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:2:4:4:2:2:4 chr17 16097825 . T G 61.28 PASS AF=0.103226;AO=16;DP=155;FAO=16;FDP=155;FR=.;FRO=139;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=-0.00337643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2187;QD=1.5813;RBI=0.0492235;REFB=-0.00348702;REVB=-0.0491075;RO=137;SAF=2;SAR=14;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463202;STB=0.851704;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0285919;OID=.;OPOS=16097825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:155:155:137:139:16:16:0.103226:14:2:67:70:14:2:68:71 chr17 16097870 . C A 94.84 PASS AF=0.154472;AO=19;DP=123;FAO=19;FDP=123;FR=.;FRO=104;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=0.00387151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7296;QD=3.08413;RBI=0.00499303;REFB=0.000313162;REVB=0.00315307;RO=104;SAF=3;SAR=16;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378021;STB=0.760806;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00140675;OID=.;OPOS=16097870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:123:123:104:104:19:19:0.154472:16:3:43:61:16:3:43:61 chr17 16322676 . T C 309.25 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0184847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6422;QD=18.4628;RBI=0.0211974;REFB=-0.00822799;REVB=0.0103752;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544812;STB=0.53802;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00719022;OID=.;OPOS=16322676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:18:15:17:16:18:15:18:16 chr17 16325968 . A G 150.55 PASS AF=0.459459;AO=14;DP=34;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00792802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.004;QD=16.2761;RBI=0.0270494;REFB=-0.0127112;REVB=0.0258614;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021973;STB=0.555489;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.022615;OID=.;OPOS=16325968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:20:20:14:17:0.459459:8:6:9:11:11:6:9:11 chr17 16326005 . A C 256.3 PASS AF=0.531915;AO=23;DP=44;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0227071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7997;QD=21.8128;RBI=0.0235608;REFB=-0.0378084;REVB=-0.00628459;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960076;STB=0.549448;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0344048;OID=.;OPOS=16326005;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:20:22:23:25:0.531915:13:10:11:9:14:11:12:10 chr17 16336992 . C G 74.65 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0282292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5042;QD=10.664;RBI=0.111079;REFB=-0.0283311;REVB=-0.107432;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222825;STB=0.63354;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0466173;OID=.;OPOS=16336992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:7:11:4:6:7:11 chr17 16346932 . G T 183.85 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00853668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.147;QD=17.9367;RBI=0.0143068;REFB=-0.028739;REVB=-0.0114808;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159169;STB=0.580917;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0332913;OID=.;OPOS=16346932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:13:6:10:11:13:6:10:12 chr17 16350239 . A G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0192561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.229;QD=11.2571;RBI=0.0251465;REFB=-0.0154469;REVB=-0.0161725;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132829;STB=0.617332;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0161994;OID=.;OPOS=16350239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:2:6:7:4:2:6:7:5 chr17 16524929 . C A 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00144398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.737;QD=17.7534;RBI=0.0144475;REFB=-0.0156136;REVB=-0.0143752;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10358;STB=0.558236;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0167633;OID=.;OPOS=16524929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:12:13:11:16:12:13:11:16 chr17 16735618 . G A 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00679731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.428;QD=53.3606;RBI=0.0562075;REFB=-0.00700559;REVB=0.055795;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443037;STB=0.523793;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000538491;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:19:10:1:0:19:10:1:0 chr17 16746358 . G A 712.02 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0538035;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9273;QD=63.2902;RBI=0.0560723;REFB=0;REVB=0.0157888;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031683;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:13:31:0:0:13:32:0:0 chr17 16855878 . C T 401.0 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.025048;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.2011;QD=48.6054;RBI=0.0259292;REFB=-0.10209;REVB=0.00670221;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372625;STB=0.555518;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00453056;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:33:1:3:30:30:0.909091:12:18:0:1:12:18:0:3 chr17 16893462 . T C 322.87 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0232385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.904;QD=19.2756;RBI=0.0254001;REFB=-0.0107921;REVB=-0.0102536;RO=31;SAF=26;SAR=8;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423216;STB=0.736602;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0196686;OID=.;OPOS=16893462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:33:34:34:0.507463:8:26:9:22:8:26:10:23 chr17 17046024 . C A 628.17 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0636698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0471;QD=57.106;RBI=0.081392;REFB=-0.00844882;REVB=-0.0507032;RO=2;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107263;STB=0.505718;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00292138;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:26:16:1:1:26:16:1:1 chr17 17062241 . C G 2613.0 PASS AF=0.91133;AO=186;DP=204;FAO=185;FDP=203;FR=.;FRO=18;FSAF=79;FSAR=106;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00155764;FXX=0.00490172;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.474;QD=51.4877;RBI=0.0160317;REFB=-0.0795603;REVB=0.0159559;RO=17;SAF=80;SAR=106;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443929;STB=0.521572;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00152984;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:204:203:17:18:186:185:0.91133:106:80:12:5:106:79:12:6 chr17 17062244 . C T 887.04 PASS AF=0.436364;AO=96;DP=221;FAO=96;FDP=220;FR=.;FRO=124;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=53;FSRR=71;FWDB=0.00220634;FXX=0.0134523;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.64;QD=16.1279;RBI=0.00345963;REFB=-0.0293387;REVB=0.00266479;RO=124;SAF=48;SAR=48;SRF=53;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735808;STB=0.540901;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0336411;OID=.;OPOS=17062244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:124:124:96:96:0.436364:48:48:53:71:48:48:53:71 chr17 17069105 . G A 664.06 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0206558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.566;QD=57.7443;RBI=0.0267575;REFB=0.0223565;REVB=0.0170089;RO=2;SAF=18;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00696279;STB=0.50408;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.0018722;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:46:2:2:43:44:0.956522:25:18:1:1:26:18:1:1 chr17 17168164 . G A 481.53 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.319;QD=58.3667;RBI=0.0816615;REFB=0;REVB=0.0222146;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192772;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:18:13:0:0:20:13:0:0 chr17 17179481 . G A 646.12 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0581272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.5;QD=58.7383;RBI=0.0596533;REFB=-0.0360242;REVB=0.0134072;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00429273;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:21:21:0:1:21:22:0:1 chr17 17326363 . G A 114.81 PASS AF=0.5;AO=8;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0551681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.552;QD=17.6624;RBI=0.0552065;REFB=-0.0246808;REVB=0.00205838;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233315;STB=0.576354;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0220828;OID=.;OPOS=17326363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:5:13:8:13:0.5:7:1:0:5:7:6:8:5 chr17 17326604 . CA TG 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.00892203;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.46;QD=13.9118;RBI=0.018491;REFB=-0.0162501;REVB=-0.0161961;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274927;STB=0.656283;STBP=0.093;TYPE=mnp;VARB=0.0285045;OID=.;OPOS=17326604;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:23:8:11:10:23:8 chr17 17397982 . T C 860.01 PASS AF=0.876712;AO=64;DP=74;FAO=64;FDP=73;FR=.;FRO=9;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0372391;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.663;QD=47.124;RBI=0.0373175;REFB=-0.162014;REVB=-0.00241727;RO=4;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538796;STB=0.504928;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00537843;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:74:73:4:9:64:64:0.876712:33:31:0:4:33:31:4:5 chr17 17425631 . C T 157.03 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0198794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.094;QD=9.66348;RBI=0.0507946;REFB=-0.0195546;REVB=-0.0467429;RO=43;SAF=7;SAR=14;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330704;STB=0.699815;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0391836;OID=.;OPOS=17425631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:44:21:21:0.323077:14:7:27:16:14:7:28:16 chr17 17682484 . G A 154.02 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0180563;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.991;QD=22.0023;RBI=0.0400427;REFB=-0.00255207;REVB=0.0357405;RO=12;SAF=2;SAR=14;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410454;STB=0.736485;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000578156;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:12:12:16:16:0.571429:14:2:6:6:14:2:6:6 chr17 17696531 . G C 241.32 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0458779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7536;QD=29.2504;RBI=0.0874445;REFB=-0.0178646;REVB=-0.074443;RO=11;SAF=15;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148256;STB=0.582012;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00405704;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:33:33:11:11:22:22:0.666667:7:15:5:6:7:15:5:6 chr17 17696755 . C A 344.76 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0138849;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.7657;QD=18.6357;RBI=0.0222094;REFB=-0.0218719;REVB=-0.017334;RO=36;SAF=13;SAR=23;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178493;STB=0.600558;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0284296;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:36:38:36:36:0.486486:23:13:20:16:23:13:21:17 chr17 17698254 . G A 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00370627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.241;QD=17.5686;RBI=0.0116764;REFB=-0.0293877;REVB=0.0110726;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627078;STB=0.535154;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0287104;OID=.;OPOS=17698254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:16:13:16:15:16:13:16:15 chr17 17700573 . T C 317.85 PASS AF=0.507246;AO=30;DP=66;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0272415;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.528;QD=18.4261;RBI=0.0281167;REFB=-0.033836;REVB=-0.00696051;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441809;STB=0.507458;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0437294;OID=.;OPOS=17700573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:27:34:30:35:0.507246:14:16:13:14:17:18:18:16 chr17 17700792 . C T 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00417447;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.48;QD=28.4028;RBI=0.0324667;REFB=-0.0403132;REVB=0.0321972;RO=11;SAF=14;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140189;STB=0.577701;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0196912;OID=.;OPOS=17700792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:7:14:5:6:7:14:5:6 chr17 17715101 . G A 240.99 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0227252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.14;QD=22.4179;RBI=0.0281314;REFB=0.00547008;REVB=0.0165814;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165061;STB=0.574402;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000996309;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:22:23:0.534884:15:7:10:10:15:8:10:10 chr17 17715317 . C G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0112695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.983;QD=10.3792;RBI=0.0136336;REFB=-0.00385381;REVB=-0.00767299;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265032;STB=0.662762;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00796998;OID=.;OPOS=17715317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:9:7:2:7:9:7 chr17 17896089 . TC T,TT 336.45 PASS AF=1,0;AO=24,3;DP=30;FAO=30,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661477,0.10548;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.7702,4.71691;QD=44.86;RBI=0.0872213,0.415189;REFB=0,0;REVB=-0.056851,-0.401567;RO=0;SAF=24,0;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00475351,0;OID=.,.;OPOS=17896090,17896090;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:24,3:30:30,0:30:0:27,0:3,0:0:0:4:0:24,0:0,3:0:0 chr17 17896205 . C T 1162.78 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383169;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.597;QD=59.6295;RBI=0.050928;REFB=-0.00125986;REVB=0.0335482;RO=1;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996436;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00030988;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:47:30:0:1:47:30:0:1 chr17 18003671 . T G 366.92 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00620402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.836;QD=48.9221;RBI=0.0528216;REFB=-0.0234953;REVB=0.052456;RO=2;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176938;STB=0.510302;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000867808;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:27:28:0.933333:17:10:1:1:18:10:1:1 chr17 18023258 . GA G 65.37 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0447806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.9165;QD=10.0574;RBI=0.130353;REFB=-0.0823347;REVB=-0.12242;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0.522388;SSEP=0;SSSB=-0.480991;STB=0.774171;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.103355;OID=.;OPOS=18023259;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:12:26:13:26:13:2:11:8:5:62:12:2:10:8:4 chr17 18023897 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2961;QD=42.1796;RBI=0.076714;REFB=0;REVB=0.071442;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00597336;OID=.;OPOS=18023897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr17 18024266 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.693;QD=33.4281;RBI=0.0674839;REFB=0;REVB=-0.0596942;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000520328;OID=.;OPOS=18024266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 18041507 . C T 954.44 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.88147e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2673;QD=58.7345;RBI=0.0287364;REFB=0;REVB=0.0287364;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197348;OID=.;OPOS=18041507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr17 18046898 . T C 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8652;QD=47.8167;RBI=0.0265951;REFB=0;REVB=-0.0238691;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000848396;OID=.;OPOS=18046898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr17 18047189 . G A 583.03 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.78;QD=58.3031;RBI=0.0263608;REFB=-0.108955;REVB=0.023414;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00108635;OID=.;OPOS=18047189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:0:1:39:39:0.975:14:25:0:0:14:25:1:0 chr17 18052867 . T C 772.53 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0695689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3705;QD=50.6574;RBI=0.0709535;REFB=-0.0987745;REVB=0.0139485;RO=3;SAF=45;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172007;STB=0.527628;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00463834;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:61:61:3:4:57:57:0.934426:12:45:2:1:12:45:2:2 chr17 18077175 . T C 1459.91 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010186;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.191;QD=63.4744;RBI=0.00193495;REFB=0;REVB=0.00164514;RO=0;SAF=26;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10369e-06;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:65:26:0:0:65:27:0:0 chr17 18087299 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.959;QD=44.6898;RBI=0.0453555;REFB=0;REVB=-0.0213234;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130807;OID=.;OPOS=18087299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr17 18138496 . CA AC 33.39 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=58;FAO=6;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0132791;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=2;MLLD=64.4841;QD=2.3432;RBI=0.0425525;REFB=-0.00532255;REVB=-0.0404274;RO=38;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244214;STB=0.891806;STBP=0.119;TYPE=mnp;VARB=0.115884;OID=.;OPOS=18138496;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:58:57:38:50:8:6:0.105263:3:5:16:22:1:5:16:34 chr17 18149714 . G A 669.96 PASS AF=0.956522;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.030672;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5198;QD=58.2572;RBI=0.0432398;REFB=-0.0138473;REVB=0.0304781;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.517849;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00110104;OID=.;OPOS=18149714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:46:0:2:42:44:0.956522:17:25:0:0:17:27:2:0 chr17 18167505 . T C 481.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7339;QD=58.3172;RBI=0.12226;REFB=0;REVB=0.122214;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254417;OID=.;OPOS=18167505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:10:22:0:0:11:22:0:0 chr17 18181550 . GGC G,GGG 30.15 PASS AF=0.21875,0;AO=6,5;DP=43;FAO=7,0;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=25;FSRR=0;FWDB=-0.00203902,-0.0689496;FXX=0.0302939;HRUN=7,5;LEN=2,1;MLLD=20.3534,15.0366;QD=3.76917;RBI=0.178364,0.0689629;REFB=-0.0204369,-0.0200733;REVB=-0.178353,0.00135338;RO=26;SAF=4,1;SAR=2,4;SRF=23;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.366096,-0.702253;STB=0.856756,0.5;STBP=0.659,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0617219,0;OID=.,.;OPOS=18181551,18181552;OREF=GC,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875,0:6,5:43:7,0:32:25:5,0:2,0:25:0:30:26:4,1:2,4:23:3 chr17 18219835 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00972004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.916;QD=49.5946;RBI=0.0291133;REFB=0;REVB=-0.0274427;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000959189;OID=.;OPOS=18219835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 18220770 . G A 253.53 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0279733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.843;QD=46.0958;RBI=0.0775919;REFB=-0.0346749;REVB=-0.072374;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400637;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000160745;OID=.;OPOS=18220770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:1:1:20:21:0.954545:11:9:0:1:12:9:0:1 chr17 18221010 . A G 92.47 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206872;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.74;QD=41.0976;RBI=0.0223308;REFB=0;REVB=-0.00840851;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227575;OID=.;OPOS=18221010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr17 18230380 . T G 822.67 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822617;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.526;QD=57.7313;RBI=0.0342964;REFB=0;REVB=0.0332952;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127198;OID=.;OPOS=18230380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr17 18236339 . G A 506.96 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.846;QD=57.9386;RBI=0.0312254;REFB=0;REVB=0.0309915;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193624;OID=.;OPOS=18236339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:33:35:1:19:14:0:0:20:15:0:0 chr17 18528623 . A G 814.83 PASS AF=0.951613;AO=56;DP=61;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0168606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0539;QD=52.5694;RBI=0.0263977;REFB=-0.0282055;REVB=-0.0203115;RO=5;SAF=27;SAR=29;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489544;STB=0.508472;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00836025;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:62:5:3:56:59:0.951613:29:27:4:1:30:29:2:1 chr17 18542519 . T G 247.03 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.028858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5959;QD=24.7034;RBI=0.0848061;REFB=-0.0182347;REVB=-0.0797451;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195246;STB=0.608601;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0158764;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:6:11:9:14:6:11 chr17 18565350 . G C 508.96 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00341297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.949;QD=19.3891;RBI=0.00980478;REFB=-0.0226438;REVB=0.00919159;RO=52;SAF=27;SAR=26;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00878343;STB=0.504853;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.021114;OID=.;OPOS=18565350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:26:27:27:25:26:27:27:25 chr17 18610134 . T G 298.28 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0534763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6867;QD=13.5582;RBI=0.0695402;REFB=-0.00427365;REVB=-0.0444535;RO=52;SAF=16;SAR=18;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108404;STB=0.518062;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00693528;OID=.;OPOS=18610134;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:54:34:34:0.386364:18:16:25:27:18:16:27:27 chr17 18630995 . G A 265.55 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=98;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0102872;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6964;QD=10.7292;RBI=0.0110741;REFB=-0.00813522;REVB=-0.00410009;RO=66;SAF=16;SAR=15;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540404;STB=0.51011;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0179315;OID=.;OPOS=18630995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:66:66:31:33:0.333333:15:16:31:35:17:16:31:35 chr17 18653070 . G A 142.49 PASS AF=0.31746;AO=19;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0365745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7509;QD=9.04705;RBI=0.0795059;REFB=-0.00876801;REVB=0.0705939;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855343;STB=0.557787;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0239352;OID=.;OPOS=18653070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:43:19:20:0.31746:9:10:19:23:9:11:20:23 chr17 18653145 . C G 89.77 PASS AF=0.25;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0293625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.548;QD=7.48079;RBI=0.0294126;REFB=-0.0103046;REVB=-0.00171648;RO=35;SAF=4;SAR=8;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314057;STB=0.702376;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0245489;OID=.;OPOS=18653145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:47:48:35:36:12:12:0.25:8:4:21:14:8:4:22:14 chr17 18694277 . G A 571.91 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0486621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.867;QD=55.7958;RBI=0.0516081;REFB=-0.151762;REVB=0.0171868;RO=2;SAF=14;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623306;STB=0.533316;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00587865;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:38:39:0.95122:24:14:2:0:25:14:2:0 chr17 18702220 . T C 1631.85 PASS AF=0.966102;AO=108;DP=114;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0279189;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5414;QD=55.3169;RBI=0.0312739;REFB=-0.162758;REVB=0.0140921;RO=5;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391744;STB=0.51587;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00581993;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:114:118:5:4:108:114:0.966102:58:50:0:5:61:53:0:4 chr17 18855611 . T C 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0152741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.392;QD=19.3675;RBI=0.0154538;REFB=-0.0105982;REVB=-0.00234945;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153826;STB=0.588064;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0132351;OID=.;OPOS=18855611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:5:2:5:5:5:2 chr17 18874685 . C CGGT,T 405.65 PASS AF=0.673913,0.0869565;AO=23,4;DP=47;FAO=31,4;FDP=46;FR=.;FRO=11;FSAF=25,3;FSAR=6,1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0122836,-0.0313183;FXX=0.0212721;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=213.588,67.8577;QD=35.2741;RBI=0.0190742,0.0444579;REFB=-0.016188,0.0379188;REVB=-0.0145923,0.0315542;RO=12;SAF=19,3;SAR=4,1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.277819,0.288654;STB=0.624911,0.722985;STBP=0.032,0.336;TYPE=ins,snp;VARB=0.00486781,-0.0379341;OID=.,.;OPOS=18874686,18874685;OREF=-,C;OALT=GGT,T;OMAPALT=CGGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:47:46:12:11:23,4:31,4:0.673913,0.0869565:4,1:19,3:6:6:6,1:25,3:5:6 chr17 18874720 . C G 402.11 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0413414;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5757;QD=21.4457;RBI=0.0491398;REFB=-0.0336321;REVB=0.0265633;RO=35;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216806;STB=0.511972;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0222929;OID=.;OPOS=18874720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:35:35:40:40:0.533333:17:23:21:14:17:23:21:14 chr17 18907029 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0380245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4604;QD=19.7621;RBI=0.049043;REFB=0.00718185;REVB=-0.0309733;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130292;STB=0.572806;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0113111;OID=.;OPOS=18907029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:17:6:4:21:17:6:4:21 chr17 18918382 . G A 54.59 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0386722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.78;QD=9.0986;RBI=0.0862496;REFB=0.00571779;REVB=0.0770938;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178816;STB=0.583131;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00162684;OID=.;OPOS=18918382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:4:4:10:5:4:4:10:6 chr17 18918396 . G C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=9.37734e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5197;QD=12.182;RBI=0.0426846;REFB=0.0206749;REVB=0.0426845;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26404;STB=0.655949;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0268511;OID=.;OPOS=18918396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:10:5:6:4:10:5 chr17 18923180 . C T 617.33 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0162426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.082;QD=20.7506;RBI=0.0280904;REFB=-0.0339716;REVB=-0.0229184;RO=56;SAF=40;SAR=22;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051734;STB=0.525079;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0258042;OID=.;OPOS=18923180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:56:57:62:62:0.521008:22:40:33:23:22:40:34:23 chr17 19216917 . T C 128.0 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.7605;QD=42.6673;RBI=0.12147;REFB=0;REVB=-0.00393671;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00630016;OID=.;OPOS=19216917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:12:0:0:9:12:1:4:5:0:0:4:8:0:0 chr17 19232078 . T C 1101.97 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229912;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4709;QD=60.3821;RBI=0.0561086;REFB=0;REVB=-0.0511818;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032572;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr17 19251131 . A AC,C 33.17 PASS AF=0.184211,0;AO=8,2;DP=40;FAO=7,0;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0598742,-0.0676402;FXX=0.0256345;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=63.4594,77.055;QD=3.4913;RBI=0.0598834,0.0676534;REFB=-0.00482498,-0.00468943;REVB=0.00105154,0.00133489;RO=30;SAF=5,2;SAR=3,0;SRF=13;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.228093,0.488183;STB=0.713674,0.5;STBP=0.264,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0731987,0;OID=.,.;OPOS=19251132,19251131;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:38:30:31:8,2:7,0:0.184211,0:3,0:5,2:13:17:2,0:5,0:14:17 chr17 19285381 . C T 298.08 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.045;QD=29.8084;RBI=0.00262483;REFB=-0.00906639;REVB=0.00262483;RO=14;SAF=0;SAR=26;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00492177;OID=.;OPOS=19285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:26:0:0:14:26:0:0:14 chr17 19319015 . C T 30.49 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0255973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.978;QD=11.0869;RBI=0.0328743;REFB=-0.0330154;REVB=-0.0206276;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369772;STB=0.723349;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0455071;OID=.;OPOS=19319015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:1:5:2:3:1:5 chr17 19411482 . C T 68.77 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0209069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.499;QD=11.4621;RBI=0.0258332;REFB=-0.0147646;REVB=-0.0151742;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268092;STB=0.526264;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0307187;OID=.;OPOS=19411482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:23:24:14:14:9:10:0.416667:6:3:5:9:6:4:5:9 chr17 19460972 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0198108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.109;QD=8.69805;RBI=0.0207163;REFB=-0.00218814;REVB=-0.00605792;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242376;STB=0.65172;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0043358;OID=.;OPOS=19460972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:7:7:2:5:7:7 chr17 19578873 . A T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.863;QD=57.8848;RBI=0.0063903;REFB=0;REVB=0.00610273;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82126e-05;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr17 19595585 . C T 37.13 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00516608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3538;QD=8.25156;RBI=0.00524281;REFB=-0.0269026;REVB=0.00089369;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528478;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0583799;OID=.;OPOS=19595585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:8:4:5:1:8:4 chr17 19608773 . G A 374.82 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0229265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.735;QD=18.0638;RBI=0.0232159;REFB=-0.0220748;REVB=-0.0036541;RO=40;SAF=26;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182386;STB=0.604987;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0394359;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:44:39:39:0.46988:13:26:19:21:13:26:21:23 chr17 19617236 . G T 66.12 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0100639;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.235;QD=8.53146;RBI=0.0222473;REFB=-0.0134881;REVB=0.0198409;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523756;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.031329;OID=.;OPOS=19617236;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:32:31:21:22:9:9:0.290323:6:3:7:14:6:3:8:14 chr17 19642952 . G C 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00384685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.575;QD=25.4988;RBI=0.0207833;REFB=-0.00872168;REVB=-0.0204242;RO=15;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554829;STB=0.545831;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00641182;OID=.;OPOS=19642952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:16:23:23:0.589744:9:14:8:7:9:14:8:8 chr17 19644472 . A T 310.63 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.00226612;FXX=0.0568117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.19;QD=14.9703;RBI=0.0103956;REFB=-0.0169774;REVB=-0.0101456;RO=43;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166442;STB=0.63018;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00941801;OID=.;OPOS=19644472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:43:49:33:34:0.409639:16:17:15:28:16:18:15:34 chr17 19645938 . A C 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.082;QD=59.8329;RBI=0.0473192;REFB=0;REVB=-0.0329596;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22003e-06;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr17 19678475 . G A 323.56 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.766;QD=53.9265;RBI=0.0351734;REFB=0;REVB=-0.00801159;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116993;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:15:9:0:0 chr17 19713740 . C T 1594.46 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4704;QD=63.7783;RBI=0.0459971;REFB=0;REVB=-0.0361089;RO=0;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674037;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:41:58:0:0:42:58:0:0 chr17 19729495 . TG CG,GA 718.7 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=46,2;DP=52;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233317,0.00395419;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=111.859,99.7354;QD=56.3689;RBI=0.0299762,0.0132382;REFB=0,0;REVB=0.0188203,0.0126339;RO=0;SAF=29,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00286514,-0.00710283;OID=.,.;OPOS=19729495,19729495;OREF=T,TG;OALT=C,GA;OMAPALT=CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:52:51:0:0:46,2:50,1:0.980392,0.0196078:17,2:29,0:0:0:21,1:29,0:0:0 chr17 19812541 . T C 254.45 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0108167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.519;QD=22.126;RBI=0.0121008;REFB=-0.0129648;REVB=0.0054249;RO=22;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183898;STB=0.609466;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00894243;OID=.;OPOS=19812541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:23:24:0.521739:7:16:11:11:7:17:11:11 chr17 19861458 . C T 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00351422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.942;QD=15.2376;RBI=0.00826293;REFB=-0.00982992;REVB=-0.00747838;RO=36;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246247;STB=0.513943;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0131711;OID=.;OPOS=19861458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:17:11:15:21:17:11:15:21 chr17 20013802 . G A 269.31 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00962807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.845;QD=16.5728;RBI=0.0152482;REFB=-0.0186014;REVB=0.011824;RO=35;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578148;STB=0.532446;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0292792;OID=.;OPOS=20013802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:18:12:12:23:18:12:12:23 chr17 20107773 . T C 181.09 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0596209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8437;QD=12.9353;RBI=0.086124;REFB=-0.0366977;REVB=-0.0621505;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601501;STB=0.509795;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0541978;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:21:22:0.392857:12:9:16:17:12:10:16:18 chr17 20108184 . C G 278.19 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0182113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.518;QD=33.7197;RBI=0.0184988;REFB=-0.0436591;REVB=-0.00324822;RO=9;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430642;STB=0.523541;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0136319;OID=.;OPOS=20108184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:9:9:24:24:0.727273:14:10:3:6:14:10:3:6 chr17 20108239 . A T 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.762;QD=48.7284;RBI=0.044887;REFB=0;REVB=0.0346956;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346438;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr17 20109189 . C T 276.25 PASS AF=0.5;AO=28;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0330581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6537;QD=18.4168;RBI=0.0601016;REFB=-0.00843456;REVB=0.0501932;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00746711;STB=0.534224;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00575114;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:30:28:30:0.5:11:17:16:10:12:18:16:14 chr17 20163529 . A G 619.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.73;QD=60.453;RBI=0.173053;REFB=0;REVB=0.0265273;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794287;OID=.;OPOS=20163529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:26:12:0:0:26:15:0:0 chr17 20244264 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.642;QD=44.6897;RBI=0.0128354;REFB=0;REVB=0.0119141;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235397;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr17 20370735 . T C 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0284407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.457;QD=6.01624;RBI=0.03809;REFB=-0.010703;REVB=-0.0253372;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113243;STB=0.515108;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0484034;OID=.;OPOS=20370735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:29:18:22:7:7:0.241379:4:3:6:12:4:3:9:13 chr17 20370767 . G C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0092526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.015;QD=13.0911;RBI=0.0202046;REFB=-0.0106581;REVB=-0.0179615;RO=20;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229362;STB=0.637439;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0176394;OID=.;OPOS=20370767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:11:2:6:14:11:2:6:14 chr17 20370796 . T C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0234198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.419;QD=9.84392;RBI=0.0244064;REFB=-0.00638629;REVB=-0.00686909;RO=20;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366969;STB=0.731977;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0127789;OID=.;OPOS=20370796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:9:1:6:14:9:1:6:14 chr17 20370806 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0373142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2831;QD=11.6334;RBI=0.0373564;REFB=-0.0120267;REVB=-0.00177526;RO=16;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293452;STB=0.681372;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0153211;OID=.;OPOS=20370806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:9:1:4:12:9:1:4:12 chr17 20483255 . G A 491.65 PASS AF=0.642857;AO=44;DP=70;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0180197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.078;QD=28.0943;RBI=0.0293756;REFB=-0.0400444;REVB=0.0231995;RO=25;SAF=23;SAR=21;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248745;STB=0.509574;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.020371;OID=.;OPOS=20483255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:25:44:45:0.642857:21:23:14:11:21:24:14:11 chr17 20769862 . T A 52.63 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0310807;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.03;QD=5.68939;RBI=0.0348996;REFB=-0.00442269;REVB=-0.0158735;RO=27;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404796;STB=0.55929;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0283035;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:38:37:27:29:8:8:0.216216:5:3:11:16:5:3:13:16 chr17 20769866 . G A 70.75 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00337676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8585;QD=7.25663;RBI=0.00389284;REFB=-0.0161749;REVB=0.00193693;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585417;STB=0.536768;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0446712;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:6:4:13:16:6:4:13:16 chr17 20769896 . G T 144.88 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=56;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0102674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6868;QD=10.1672;RBI=0.0459613;REFB=-0.0170379;REVB=-0.0447998;RO=38;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158365;STB=0.570296;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0224873;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:38:38:18:19:0.333333:11:7:20:18:11:8:20:18 chr17 20769899 . G T 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0286358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.411;QD=10.1675;RBI=0.0740596;REFB=-0.00298414;REVB=-0.0682995;RO=37;SAF=8;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163865;STB=0.604287;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00532597;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:37:38:19:19:0.333333:11:8:21:16:11:8:22:16 chr17 20769904 . G A 144.8 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0121848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8102;QD=10.1613;RBI=0.0134123;REFB=-0.0148152;REVB=-0.00560539;RO=38;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17746;STB=0.604287;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0346199;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:11:8:22:16:11:8:22:16 chr17 20769954 . T G 234.98 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0112535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.375;QD=15.4084;RBI=0.0166727;REFB=-0.025114;REVB=0.012302;RO=34;SAF=6;SAR=21;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286225;STB=0.663661;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0218033;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:21:6:16:18:21:6:16:18 chr17 20769964 . C A 240.11 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0989191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9512;QD=16.5595;RBI=0.101547;REFB=-0.00349275;REVB=-0.0229534;RO=30;SAF=6;SAR=21;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301216;STB=0.665025;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00634652;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:21:6:15:15:21:6:15:16 chr17 20769968 . G A 231.16 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.02007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.456;QD=16.5116;RBI=0.0235944;REFB=-0.0115365;REVB=-0.0124053;RO=30;SAF=5;SAR=21;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349835;STB=0.699829;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0130085;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:21:5:15:15:21:5:15:15 chr17 20769995 . C T 178.69 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0986836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.777;QD=16.6222;RBI=0.104856;REFB=-0.00566686;REVB=0.0354453;RO=24;SAF=2;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508437;STB=0.74045;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0127325;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:24:18:19:0.44186:16:2:12:12:16:3:12:12 chr17 20770002 . CC AG 170.0 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0184496;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.451;QD=15.8138;RBI=0.0211487;REFB=-0.0128803;REVB=0.0103383;RO=24;SAF=3;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365828;STB=0.727867;STBP=0.028;TYPE=mnp;VARB=0.0194708;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:15:3:11:13:15:3:12:13 chr17 20799119 . A G 181.1 PASS AF=0.297619;AO=19;DP=78;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00347571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.235;QD=8.62362;RBI=0.00365574;REFB=-0.027033;REVB=0.00113306;RO=59;SAF=6;SAR=13;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281079;STB=0.658786;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0592048;OID=.;OPOS=20799119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:84:59:59:19:25:0.297619:13:6:32:27:17:8:32:27 chr17 20903068 . C A 197.28 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00166521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1619;QD=16.4398;RBI=0.0282135;REFB=-0.00760031;REVB=-0.0281643;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331904;STB=0.670369;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00394388;OID=.;OPOS=20903068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:27:20:21:0.4375:8:12:7:20:9:12:7:20 chr17 20903080 . C A 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0240949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.206;QD=16.8729;RBI=0.0244032;REFB=0.000545897;REVB=-0.00386662;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259445;STB=0.655174;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00111977;OID=.;OPOS=20903080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:9:11:7:18:9:11:7:19 chr17 20924523 . G A 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0190187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.94;QD=7.48172;RBI=0.0225559;REFB=-0.0181783;REVB=0.0121267;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277258;STB=0.548289;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0428995;OID=.;OPOS=20924523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:26:28:10:10:0.263158:6:4:11:15:6:4:13:15 chr17 21132915 . C T 64.46 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0337867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6662;QD=23.4413;RBI=0.0952887;REFB=-0.035829;REVB=0.0890976;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122639;STB=0.581188;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0206339;OID=.;OPOS=21132915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:11:3:3:7:8:0.727273:4:3:2:1:5:3:2:1 chr17 21144074 . G A 194.34 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00035162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.391;QD=12.3389;RBI=0.0117073;REFB=0.00431454;REVB=0.011702;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851564;STB=0.53716;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00644776;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:39:23:24:0.380952:13:10:14:25:14:10:14:25 chr17 21144352 . G A 233.94 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0158056;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.363;QD=31.1918;RBI=0.0206752;REFB=-0.00755043;REVB=-0.0133284;RO=9;SAF=13;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216049;STB=0.618934;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00611592;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:30:9:9:21:21:0.7:8:13:2:7:8:13:2:7 chr17 21194769 . C T 129.72 PASS AF=0.263889;AO=20;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0298169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.717;QD=7.20642;RBI=0.0584872;REFB=-0.00398663;REVB=-0.0503161;RO=52;SAF=8;SAR=12;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521323;STB=0.509706;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00831962;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:53:20:19:0.263889:12:8:23:29:11:8:23:30 chr17 21194771 . A T 130.92 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00366526;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1085;QD=7.17344;RBI=0.00808615;REFB=-0.0145847;REVB=-0.00720775;RO=53;SAF=8;SAR=11;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621331;STB=0.531445;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0347003;OID=.;OPOS=21194771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:54:19:19:0.260274:11:8:25:28:11:8:25:29 chr17 21194785 . T C 128.97 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0126347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.583;QD=7.06698;RBI=0.0199315;REFB=-0.00349551;REVB=-0.0154152;RO=52;SAF=7;SAR=12;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116033;STB=0.572203;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0177243;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:54:19:19:0.260274:12:7:24:28:12:7:25:29 chr17 21194820 . G A 127.58 PASS AF=0.25;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0069557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.242;QD=6.71469;RBI=0.0122886;REFB=-0.00745299;REVB=-0.0101306;RO=53;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716885;STB=0.553018;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0328123;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:53:57:19:19:0.25:10:9:22:31:10:9:23:34 chr17 21194843 . T C 120.27 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0324544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.35;QD=6.776;RBI=0.0387416;REFB=-0.00405404;REVB=-0.0211571;RO=53;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170097;STB=0.603602;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0263786;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:8:10:22:31:8:10:22:31 chr17 21194852 . G A 130.52 PASS AF=0.267606;AO=18;DP=70;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00740995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.691;QD=7.35302;RBI=0.0136234;REFB=-0.00243286;REVB=-0.011432;RO=52;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204281;STB=0.599307;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00528887;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:52:52:18:19:0.267606:7:11:23:29:8:11:23:29 chr17 21194859 . G A 193.67 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0128713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9643;QD=10.1929;RBI=0.0148743;REFB=-0.000135596;REVB=-0.00745473;RO=51;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566123;STB=0.533097;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.000569656;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:12:13:24:27:12:13:24:27 chr17 21199037 . G A 63.5 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0332656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9133;QD=8.4668;RBI=0.054512;REFB=-0.00150115;REVB=-0.0431851;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600022;STB=0.799466;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00465711;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:17:21:9:9:0.3:3:6:1:16:3:6:4:17 chr17 21199390 . C T 281.62 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0537702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8062;QD=17.0678;RBI=0.0583075;REFB=0.00784249;REVB=-0.0225504;RO=35;SAF=19;SAR=12;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277277;STB=0.655075;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0101427;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:12:19:11:24:12:19:11:24 chr17 21199403 . C T 265.17 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.00153194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.637;QD=15.5983;RBI=0.0674968;REFB=-0.020825;REVB=-0.0674794;RO=38;SAF=19;SAR=11;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331466;STB=0.686193;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0140753;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:11:19:11:27:11:19:11:27 chr17 21201719 . T C 289.88 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0224225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9737;QD=16.5645;RBI=0.0299482;REFB=-0.0342209;REVB=-0.0198526;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121412;STB=0.573667;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0340809;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:38:31:32:0.457143:15:16:14:22:15:17:15:23 chr17 21202191 . C A 287.97 PASS AF=0.478261;AO=26;DP=65;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0110612;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=41.6945;QD=16.6942;RBI=0.0190674;REFB=-0.0837358;REVB=0.0155311;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656053;STB=0.517231;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0414796;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:25:36:26:33:0.478261:17:9:7:18:21:12:12:24 chr17 21202237 . G C 358.73 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0401034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5707;QD=25.1738;RBI=0.0455042;REFB=-0.060622;REVB=0.0215022;RO=22;SAF=14;SAR=21;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608712;STB=0.533315;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.025711;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:21:14:7:15:21:14:7:15 chr17 21203893 . T C 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0100279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.865;QD=10.0238;RBI=0.0102198;REFB=-0.00980194;REVB=0.00197159;RO=37;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634569;STB=0.53767;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0181131;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:13:5:12:25:13:5:12:25 chr17 21203907 . T C 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0130923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6611;QD=10.4731;RBI=0.0301249;REFB=-0.000508678;REVB=-0.0271312;RO=34;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390415;STB=0.51611;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000384016;OID=.;OPOS=21203907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:35:17:17:0.326923:12:5:11:23:12:5:11:24 chr17 21203934 . G A 103.5 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0501032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.539;QD=9.857;RBI=0.0513579;REFB=-0.00724975;REVB=0.011283;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184737;STB=0.609603;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0173003;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:8:5:7:22:8:5:7:22 chr17 21203941 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0803044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6126;QD=10.7542;RBI=0.0805956;REFB=0.0055017;REVB=0.00684551;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179164;STB=0.613877;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00648506;OID=.;OPOS=21203941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:8:5:6:19:8:5:6:20 chr17 21203949 . C T 92.63 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00899471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9832;QD=9.7508;RBI=0.011801;REFB=-0.0204632;REVB=-0.00763923;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240226;STB=0.636591;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0362853;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:37:38:23:26:12:12:0.315789:7:5:5:18:7:5:6:20 chr17 21203964 . C G 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.024177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4091;QD=8.7372;RBI=0.0588514;REFB=-0.00909893;REVB=-0.053656;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3367;STB=0.705547;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0140531;OID=.;OPOS=21203964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:6:3:2:17:6:3:2:18 chr17 21204187 . G T 353.78 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00446342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.814;QD=18.62;RBI=0.00550996;REFB=-0.0225197;REVB=0.00323071;RO=39;SAF=24;SAR=13;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076742;STB=0.504278;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0260298;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:13:24:25:14:13:24:25:14 chr17 21204192 . C T 323.77 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0155248;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.036;QD=16.6037;RBI=0.0247727;REFB=-0.00189138;REVB=-0.0193046;RO=43;SAF=23;SAR=12;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314226;STB=0.517675;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00241464;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:43:43:35:35:0.448718:12:23:27:16:12:23:27:16 chr17 21204210 . C T 353.78 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0274536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5063;QD=16.8467;RBI=0.0467812;REFB=0.000631414;REVB=0.0378786;RO=46;SAF=24;SAR=14;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00119975;STB=0.500673;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.000793169;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:14:24:29:17:14:24:29:17 chr17 21204257 . G A 292.99 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.035011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.153;QD=11.4898;RBI=0.0403086;REFB=-0.0131093;REVB=0.0199755;RO=65;SAF=19;SAR=17;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641484;STB=0.541141;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0216438;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:65:66:36:36:0.352941:17:19:38:27:17:19:39:27 chr17 21204266 . T C 616.07 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=99;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.013507;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.502;QD=24.3987;RBI=0.0176853;REFB=-0.0144329;REVB=-0.0114163;RO=40;SAF=37;SAR=22;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182348;STB=0.50358;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0105764;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:40:42:59:59:0.584158:22:37:26:14:22:37:26:16 chr17 21204290 . G C 159.12 PASS AF=0.239583;AO=24;DP=96;FAO=23;FDP=96;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.042813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.278;QD=6.62996;RBI=0.0445521;REFB=-0.00376619;REVB=-0.0123264;RO=72;SAF=10;SAR=14;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187046;STB=0.595605;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0131243;OID=.;OPOS=21204290;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:72:73:24:23:0.239583:14:10:41:31:13:10:41:32 chr17 21204308 . G T 115.42 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.00448468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.702;QD=5.84404;RBI=0.00650523;REFB=0.00384013;REVB=0.00471229;RO=61;SAF=7;SAR=11;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265409;STB=0.663748;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0133337;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:61:61:18:18:0.227848:11:7:37:24:11:7:37:24 chr17 21205460 . C T 360.09 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0445548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.987;QD=22.8631;RBI=0.0472881;REFB=-0.0294187;REVB=0.0158441;RO=27;SAF=18;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720703;STB=0.539661;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0250384;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:18:18:11:16:18:18:11:16 chr17 21206556 . C T 425.26 PASS AF=0.696429;AO=38;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0177594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4869;QD=30.376;RBI=0.0254735;REFB=0.0283292;REVB=0.0182621;RO=17;SAF=7;SAR=31;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736377;STB=0.501557;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00801624;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:17:38:39:0.696429:31:7:3:14:32:7:3:14 chr17 21207834 . C T 288.15 PASS AF=0.288889;AO=39;DP=135;FAO=39;FDP=135;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=0.00209893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.459;QD=8.53788;RBI=0.00954994;REFB=-0.0109344;REVB=0.00931643;RO=94;SAF=11;SAR=28;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203124;STB=0.614543;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0286242;OID=.;OPOS=21207834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:94:96:39:39:0.288889:28:11:41:53:28:11:41:55 chr17 21207835 . G A 178.85 PASS AF=0.216418;AO=29;DP=133;FAO=29;FDP=134;FR=.;FRO=105;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=0.0492747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9591;QD=5.33867;RBI=0.0593663;REFB=-0.00307819;REVB=-0.0331114;RO=103;SAF=3;SAR=26;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542702;STB=0.845782;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0195512;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:103:105:29:29:0.216418:26:3:48:55:26:3:49:56 chr17 21208413 . C T 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00555275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.977;QD=3.22789;RBI=0.0202864;REFB=-0.00788259;REVB=-0.0195117;RO=48;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265441;STB=0.51882;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0321747;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:5:3:19:29:5:3:19:29 chr17 21208449 . G T 34.86 PASS AF=0.1875;AO=5;DP=33;FAO=6;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00818875;FXX=0.0302939;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.177;QD=4.3581;RBI=0.0674034;REFB=0.00642998;REVB=-0.0669041;RO=17;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277204;STB=0.65578;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0284006;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:33:32:17:26:5:6:0.1875:2:3:6:11:3:3:8:18 chr17 21215483 . C T 373.76 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.00529389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.838;QD=13.5914;RBI=0.0158575;REFB=-0.0114417;REVB=0.0149477;RO=65;SAF=20;SAR=24;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0074289;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150644;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:66:44:44:0.4:24:20:30:35:24:20:30:36 chr17 21215537 . C A 404.0 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0102572;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.688;QD=13.812;RBI=0.012786;REFB=-0.00765953;REVB=0.00763363;RO=70;SAF=22;SAR=25;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00355245;STB=0.502007;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0101095;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:70:70:47:47:0.401709:25:22:33:37:25:22:33:37 chr17 21215552 . C T 428.86 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.00940589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.529;QD=15.7381;RBI=0.0190454;REFB=-0.00554147;REVB=0.0165608;RO=61;SAF=25;SAR=23;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11065;STB=0.561879;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0131269;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:48:48:0.440367:23:25:25:36:23:25:25:36 chr17 21215557 . G A 414.78 PASS AF=0.431193;AO=46;DP=110;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00408824;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.379;QD=15.2214;RBI=0.00630847;REFB=-0.00266177;REVB=0.00480449;RO=58;SAF=25;SAR=21;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434192;STB=0.536465;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00469021;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:58:62:46:47:0.431193:21:25:29:29:22:25:29:33 chr17 21216788 . C T 173.75 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00501274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.222;QD=12.8705;RBI=0.0321373;REFB=-0.0269341;REVB=0.0317439;RO=32;SAF=15;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142805;STB=0.595143;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0346526;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:6:15:19:13:6:15:19:14 chr17 21216846 . G C 141.19 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.079675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0873;QD=13.4469;RBI=0.0963781;REFB=-0.0354273;REVB=0.0542275;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231845;STB=0.59923;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0679622;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:26:15:16:0.380952:4:11:14:12:5:11:14:12 chr17 21217513 . G A 182.06 PASS AF=0.359375;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00659656;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.712;QD=11.3786;RBI=0.00660424;REFB=0.00673706;REVB=0.000318371;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730491;STB=0.556723;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0167086;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:41:41:22:23:0.359375:12:10:16:25:12:11:16:25 chr17 21217547 . T C 153.05 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0119719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.108;QD=10.3764;RBI=0.0142401;REFB=-0.00217571;REVB=-0.00771071;RO=35;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237237;STB=0.524677;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00826768;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:39:20:20:0.338983:11:9:15:20:11:9:19:20 chr17 21217586 . G T 232.21 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0158263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.112;QD=14.7433;RBI=0.0165842;REFB=-0.00849392;REVB=-0.00495615;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230813;STB=0.531891;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0130444;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:36:26:27:0.428571:12:14:17:16:12:15:18:18 chr17 21217596 . C G 213.23 PASS AF=0.258065;AO=19;DP=64;FAO=16;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0140847;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.412;QD=13.757;RBI=0.0495438;REFB=-0.0178011;REVB=-0.0474995;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192674;STB=0.624844;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0328413;OID=.;OPOS=21217596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:64:62:27:36:19:16:0.258065:7:12:12:15:6:10:16:20 chr17 21217660 . C T 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00276786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.711;QD=13.2644;RBI=0.0105436;REFB=-0.00319495;REVB=0.0101738;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239196;STB=0.513668;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0059279;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:13:15:24:19:13:15:24:19 chr17 21217690 . C T 218.72 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0466357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1746;QD=13.8871;RBI=0.0520476;REFB=-0.0362863;REVB=0.0231097;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115646;STB=0.565708;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0593205;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:12:14:24:13:12:14:24:13 chr17 21217727 . T C 74.32 PASS AF=0.236842;AO=10;DP=47;FAO=9;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.141773;FXX=0.0952154;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.895;QD=7.82363;RBI=0.143095;REFB=-0.0252881;REVB=0.0194101;RO=23;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355595;STB=0.841242;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0555843;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:38:23:26:10:9:0.236842:8:2:11:12:8:1:13:13 chr17 21217749 . G C 131.59 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0146246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2604;QD=14.6215;RBI=0.0312235;REFB=-0.0580938;REVB=0.0275867;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263316;STB=0.511612;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0351921;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:21:14:15:0.416667:9:5:8:13:9:6:8:13 chr17 21318663 . G A 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0364325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.369;QD=14.6491;RBI=0.0365195;REFB=-0.0205241;REVB=0.00251937;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615432;STB=0.535664;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0237743;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:7:12:8:6:7:12 chr17 21318698 . C T 158.04 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0165501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6605;QD=16.6353;RBI=0.0842603;REFB=0.010675;REVB=0.082619;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158357;STB=0.509543;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00703919;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:19:21:16:17:0.447368:9:7:8:11:10:7:9:12 chr17 21318770 . G A 178.93 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0280943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.796;QD=15.2278;RBI=0.0317754;REFB=-0.0141838;REVB=-0.0148454;RO=28;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235354;STB=0.636216;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0215167;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:6:13:13:15:6:13:13:15 chr17 21318773 . G A 176.53 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00170951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.008;QD=14.1224;RBI=0.0211272;REFB=-0.025805;REVB=-0.0210579;RO=31;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254996;STB=0.64843;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0140458;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:6:13:14:17:6:13:14:17 chr17 21318782 . G A 95.49 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00994433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6755;QD=7.34516;RBI=0.0250252;REFB=-0.0159554;REVB=-0.0229645;RO=38;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.056992;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:38:39:13:13:0.25:6:7:21:17:6:7:21:18 chr17 21318867 . G A 91.84 PASS AF=0.175258;AO=16;DP=97;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0449474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6868;QD=3.7871;RBI=0.0456981;REFB=0.00236799;REVB=0.00824928;RO=80;SAF=6;SAR=10;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112711;STB=0.593363;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00945528;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:97:97:80:80:16:17:0.175258:10:6:37:43:11:6:37:43 chr17 21318897 . G C 432.5 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0139538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1272;QD=16.1682;RBI=0.0321052;REFB=-0.0259463;REVB=-0.0289142;RO=58;SAF=20;SAR=28;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825997;STB=0.541847;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0403032;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:59:48:48:0.448598:28:20:29:29:28:20:29:30 chr17 21318912 . C A 96.18 PASS AF=0.165138;AO=18;DP=109;FAO=18;FDP=109;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0109414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.471;QD=3.5297;RBI=0.0201246;REFB=-0.00520474;REVB=0.0168903;RO=91;SAF=6;SAR=12;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194285;STB=0.628785;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.025813;OID=.;OPOS=21318912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:109:109:91:91:18:18:0.165138:12:6:44:47:12:6:44:47 chr17 21318918 . G A 103.12 PASS AF=0.174757;AO=18;DP=103;FAO=18;FDP=103;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.00698827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5593;QD=4.00472;RBI=0.035918;REFB=0.00122324;REVB=0.0352317;RO=84;SAF=6;SAR=12;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185695;STB=0.626523;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00605949;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:84:85:18:18:0.174757:12:6:40:44:12:6:41:44 chr17 21318948 . C T 103.02 PASS AF=0.176471;AO=18;DP=104;FAO=18;FDP=102;FR=.;FRO=84;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.00623476;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3306;QD=4.03986;RBI=0.0234264;REFB=-0.00653265;REVB=-0.0225815;RO=85;SAF=4;SAR=14;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311225;STB=0.692837;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0295474;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:85:84:18:18:0.176471:14:4:38:47:14:4:36:48 chr17 21318951 . CA CG,TG 553.52 PASS AF=0.381443,0.175258;AO=37,17;DP=97;FAO=37,17;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=10,4;FSAR=27,13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00991888,-0.0373174;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=88.1278,196.151;QD=22.8254;RBI=0.0199181,0.0386157;REFB=-0.0137601,-0.00479375;REVB=-0.0172727,-0.00992904;RO=41;SAF=10,4;SAR=27,13;SRF=24;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.313447,-0.418112;STB=0.666089,0.739546;STBP=0.011,0.03;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00510135,0.00657747;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:43:37,17:37,17:0.381443,0.175258:27,13:10,4:24:17:27,13:10,4:24:19 chr17 21318969 . C T 111.45 PASS AF=0.204545;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.00600447;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.538;QD=5.066;RBI=0.0175882;REFB=-0.00625222;REVB=-0.0165316;RO=68;SAF=5;SAR=13;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147961;STB=0.597587;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0326335;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:68:70:18:18:0.204545:13:5:26:42:13:5:27:43 chr17 21318981 . C T 77.75 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00536458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3391;QD=3.88757;RBI=0.00815169;REFB=-0.00526202;REVB=0.00613771;RO=65;SAF=5;SAR=9;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767573;STB=0.558186;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0217554;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:80:80:65:66:14:14:0.175:9:5:27:38:9:5:28:38 chr17 21319007 . GG AC,GC 360.75 PASS AF=0.287671,0.246575;AO=21,17;DP=73;FAO=21,18;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=10,4;FSAR=11,14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00902574,-0.00922414;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=233.225,218.88;QD=19.7668;RBI=0.010391,0.00957358;REFB=-0.00873705,-0.0142258;REVB=0.00514869,-0.00256296;RO=33;SAF=10,4;SAR=11,13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.137033,-0.422221;STB=0.568901,0.749712;STBP=0.452,0.014;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0177845,-0.00731267;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:21,17:21,18:0.287671,0.246575:11,13:10,4:20:13:11,14:10,4:20:14 chr17 21319069 . G A 193.89 PASS AF=0.229008;AO=30;DP=135;FAO=30;FDP=131;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=0.0208888;FXX=0.036762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0032;QD=5.92038;RBI=0.0345573;REFB=-0.0082289;REVB=0.0275294;RO=104;SAF=14;SAR=16;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00650365;STB=0.514276;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.022988;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:131:104:101:30:30:0.229008:16:14:48:56:16:14:49:52 chr17 21319079 . C A 169.61 PASS AF=0.212121;AO=27;DP=130;FAO=28;FDP=132;FR=.;FRO=104;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=-0.0145996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0885;QD=5.13956;RBI=0.0190507;REFB=-0.00971478;REVB=-0.0122384;RO=103;SAF=13;SAR=14;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444476;STB=0.545422;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0368104;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:103:104:27:28:0.212121:14:13:46:57:14:14:46:58 chr17 21319087 . G A 162.28 PASS AF=0.207692;AO=27;DP=130;FAO=27;FDP=130;FR=.;FRO=103;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.00320204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.961;QD=4.99311;RBI=0.00791676;REFB=-0.0011532;REVB=0.00724031;RO=103;SAF=14;SAR=13;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542473;STB=0.53384;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00544294;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:103:103:27:27:0.207692:13:14:49:54:13:14:49:54 chr17 21319110 . G A 159.04 PASS AF=0.218487;AO=26;DP=119;FAO=26;FDP=119;FR=.;FRO=93;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0300733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6153;QD=5.34581;RBI=0.0334686;REFB=-0.0135395;REVB=0.0146882;RO=93;SAF=13;SAR=13;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474949;STB=0.529389;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0367296;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:93:93:26:26:0.218487:13:13:43:50:13:13:43:50 chr17 21319121 . C T 379.86 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.014857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.2306;QD=13.5665;RBI=0.019777;REFB=0.0018723;REVB=-0.0130537;RO=66;SAF=21;SAR=24;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288981;STB=0.511372;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00435844;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:67:45:45:0.401786:24:21:29:37:24:21:30:37 chr17 21319171 . G A 139.29 PASS AF=0.230769;AO=21;DP=90;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.016101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5001;QD=6.12248;RBI=0.0161644;REFB=-0.0142376;REVB=0.00142949;RO=68;SAF=11;SAR=10;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175358;STB=0.594507;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0399184;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:68:70:21:21:0.230769:10:11:26:42:10:11:28:42 chr17 21319208 . C T 74.7 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0224539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.013;QD=5.06445;RBI=0.0228104;REFB=-0.00583281;REVB=0.00401711;RO=47;SAF=4;SAR=8;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172211;STB=0.611574;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.015442;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:47:47:12:12:0.20339:8:4:22:25:8:4:22:25 chr17 21319230 . G C 104.1 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00436212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.384;QD=7.3051;RBI=0.00862281;REFB=-0.0173975;REVB=-0.00743807;RO=42;SAF=3;SAR=12;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47918;STB=0.79393;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0367945;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:12:3:25:17:12:3:25:17 chr17 21319251 . C T 69.57 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.018897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.516;QD=4.28094;RBI=0.0202869;REFB=-0.00249202;REVB=0.00737965;RO=53;SAF=5;SAR=7;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229371;STB=0.648885;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0107127;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:53:53:12:12:0.184615:7:5:32:21:7:5:32:21 chr17 21319272 . C T 95.12 PASS AF=0.197531;AO=16;DP=80;FAO=16;FDP=81;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0169572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.398;QD=4.69722;RBI=0.0175187;REFB=-0.00434899;REVB=0.00439983;RO=64;SAF=8;SAR=8;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178046;STB=0.604813;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0407243;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:80:81:64:65:16:16:0.197531:8:8:41:23:8:8:41:24 chr17 21319285 . C T 152.08 PASS AF=0.252874;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0234332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4547;QD=6.99238;RBI=0.0603839;REFB=-0.0148345;REVB=0.0556516;RO=65;SAF=15;SAR=7;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185083;STB=0.613153;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0266717;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:65:65:22:22:0.252874:7:15:35:30:7:15:35:30 chr17 21319302 . T C 631.04 PASS AF=0.662651;AO=44;DP=85;FAO=55;FDP=83;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0244756;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8428;QD=30.4115;RBI=0.0336768;REFB=-0.0382011;REVB=0.0231317;RO=27;SAF=29;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226441;STB=0.539262;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0176647;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:27:28:44:55:0.662651:15:29:17:10:26:29:18:10 chr17 21319311 . C T 171.23 PASS AF=0.258065;AO=24;DP=93;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0278291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.904;QD=7.36472;RBI=0.0318375;REFB=-0.00305521;REVB=-0.0154652;RO=68;SAF=17;SAR=7;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24887;STB=0.656792;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0128494;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:68:69:24:24:0.258065:7:17:35:33:7:17:35:34 chr17 21319369 . G A 175.12 PASS AF=0.213235;AO=28;DP=135;FAO=29;FDP=136;FR=.;FRO=107;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.0135265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.551;QD=5.15059;RBI=0.0140556;REFB=-0.00756157;REVB=0.00381991;RO=106;SAF=19;SAR=9;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264848;STB=0.648394;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0325157;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:106:107:28:29:0.213235:9:19:50:56:10:19:50:57 chr17 21319392 . G A 155.37 PASS AF=0.184932;AO=27;DP=146;FAO=27;FDP=146;FR=.;FRO=119;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=-0.0190471;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.595;QD=4.25659;RBI=0.0202066;REFB=-0.00533705;REVB=0.00674657;RO=118;SAF=17;SAR=10;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188019;STB=0.623126;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0428679;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:118:119:27:27:0.184932:10:17:57:61:10:17:57:62 chr17 21319399 . A G 495.33 PASS AF=0.380952;AO=54;DP=145;FAO=56;FDP=147;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.000153451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.914;QD=13.4783;RBI=0.0117374;REFB=-0.0138551;REVB=-0.0117364;RO=91;SAF=28;SAR=26;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00224908;STB=0.5102;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0140852;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:91:91:54:56:0.380952:26:28:47:44:28:28:47:44 chr17 21319407 . C T 174.94 PASS AF=0.2;AO=29;DP=145;FAO=29;FDP=145;FR=.;FRO=116;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=0.042159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2037;QD=4.826;RBI=0.043003;REFB=-0.00196117;REVB=-0.008478;RO=115;SAF=17;SAR=12;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148307;STB=0.596143;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0028492;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:115:116:29:29:0.2:12:17:54:61:12:17:54:62 chr17 21319436 . G A 93.98 PASS AF=0.165049;AO=17;DP=103;FAO=17;FDP=103;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.00906357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.177;QD=3.64956;RBI=0.0187451;REFB=-0.0107914;REVB=-0.0164083;RO=84;SAF=9;SAR=8;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127029;STB=0.591731;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0381397;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:103:103:84:86:17:17:0.165049:8:9:36:48:8:9:36:50 chr17 21319439 . T G 87.82 PASS AF=0.16;AO=16;DP=100;FAO=16;FDP=100;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.0176175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.263;QD=3.5126;RBI=0.0186396;REFB=-0.00856419;REVB=0.00608771;RO=84;SAF=9;SAR=7;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167414;STB=0.610975;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0376965;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:100:100:84:84:16:16:0.16:7:9:36:48:7:9:36:48 chr17 21319452 . G A 44.07 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.058749;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8896;QD=1.98067;RBI=0.0590252;REFB=-0.00745256;REVB=0.00570329;RO=74;SAF=7;SAR=3;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316624;STB=0.713548;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0663758;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:90:89:74:79:10:10:0.11236:3:7:32:42:3:7:36:43 chr17 21319465 . T C 37.55 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0486191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5947;QD=1.70696;RBI=0.0651259;REFB=0.00480451;REVB=-0.0433309;RO=77;SAF=6;SAR=3;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2328;STB=0.68616;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0556219;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:86:88:77:79:9:9:0.102273:3:6:36:41:3:6:36:43 chr17 21319470 . T C 38.46 PASS AF=0.105882;AO=9;DP=85;FAO=9;FDP=85;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00597222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.876;QD=1.80976;RBI=0.00600758;REFB=-0.00933961;REVB=0.000650876;RO=75;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104548;STB=0.572756;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0346475;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:85:85:75:76:9:9:0.105882:4:5:35:40:4:5:36:40 chr17 21319473 . G A 288.53 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0261974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.297;QD=13.7393;RBI=0.0272859;REFB=-0.0153142;REVB=-0.00763021;RO=50;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263421;STB=0.508665;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0223284;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:51:33:33:0.392857:17:16:23:27:17:16:24:27 chr17 21319488 . C T 54.3 PASS AF=0.1375;AO=11;DP=79;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0120915;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.247;QD=2.71488;RBI=0.0137114;REFB=-0.00429982;REVB=0.00646509;RO=68;SAF=6;SAR=5;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145783;STB=0.594426;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.039107;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:80:68:69:11:11:0.1375:5:6:29:39:5:6:30:39 chr17 21319519 . G C 63.41 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0202467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.782;QD=3.33737;RBI=0.0258431;REFB=-0.00659097;REVB=0.0160603;RO=63;SAF=3;SAR=9;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312435;STB=0.707971;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0301846;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:76:76:63:64:12:12:0.157895:9:3:31:32:9:3:31:33 chr17 21319523 . C T 71.63 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00761284;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.257;QD=3.77013;RBI=0.0410711;REFB=-0.00236821;REVB=-0.0403594;RO=62;SAF=3;SAR=10;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33343;STB=0.718598;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0329185;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:62:63:13:13:0.171053:10:3:30:32:10:3:30:33 chr17 21319527 . C T 65.34 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.027889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.081;QD=3.63015;RBI=0.0373237;REFB=0.00191399;REVB=-0.0248045;RO=60;SAF=3;SAR=9;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285711;STB=0.693689;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0127061;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:60:60:12:12:0.166667:9:3:28:32:9:3:28:32 chr17 21319543 . G A 126.42 PASS AF=0.238095;AO=19;DP=83;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0194514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.375;QD=6.01995;RBI=0.0372316;REFB=-0.0150572;REVB=-0.0317464;RO=64;SAF=7;SAR=12;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165727;STB=0.61667;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0556911;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:64:64:19:20:0.238095:12:7:32:32:13:7:32:32 chr17 21319560 . G T 148.83 PASS AF=0.236559;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.00674037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8021;QD=6.40124;RBI=0.0408013;REFB=-0.0103613;REVB=-0.0402407;RO=71;SAF=8;SAR=14;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163571;STB=0.600705;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0384037;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:71:71:22:22:0.236559:14:8:35:36:14:8:35:36 chr17 21319650 . CGAG C 363.85 PASS AF=0.292398;AO=45;DP=163;FAO=50;FDP=171;FR=.;FRO=121;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=76;FWDB=-0.0171671;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=195.515;QD=8.51119;RBI=0.0235876;REFB=-0.0129467;REVB=-0.0161762;RO=114;SAF=17;SAR=28;SRF=43;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000756836;STB=0.53531;STBP=0.579;TYPE=del;VARB=0.0298968;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292398:45:163:50:171:121:21:29:45:76:99:114:17:28:43:71 chr17 21319682 . C T 376.17 PASS AF=0.298246;AO=51;DP=172;FAO=51;FDP=171;FR=.;FRO=120;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=70;FWDB=-0.0146125;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5022;QD=8.79939;RBI=0.0166191;REFB=-0.0129157;REVB=-0.00791656;RO=120;SAF=23;SAR=28;SRF=50;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418595;STB=0.52442;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0227647;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:120:120:51:51:0.298246:28:23:50:70:28:23:50:70 chr17 21319716 . G A 248.19 PASS AF=0.271318;AO=35;DP=130;FAO=35;FDP=129;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.00937663;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3681;QD=7.69581;RBI=0.0290299;REFB=-0.0043572;REVB=0.0274739;RO=87;SAF=17;SAR=18;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115484;STB=0.559575;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00334513;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:87:94:35:35:0.271318:18:17:34:53:18:17:38:56 chr17 21319728 . T C 209.11 PASS AF=0.258333;AO=31;DP=120;FAO=31;FDP=120;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=-0.0703136;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.319;QD=6.97016;RBI=0.0717683;REFB=-0.0190061;REVB=0.0143763;RO=87;SAF=14;SAR=17;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105767;STB=0.552598;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0413293;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:87:89:31:31:0.258333:17:14:32:55:17:14:34:55 chr17 21319743 . A G 269.19 PASS AF=0.315789;AO=35;DP=112;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.00449563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.441;QD=9.44536;RBI=0.0246303;REFB=-0.0110354;REVB=-0.0242166;RO=77;SAF=16;SAR=19;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04956;STB=0.542707;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0121241;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:77:78:35:36:0.315789:19:16:32:45:19:17:32:46 chr17 21319767 . C G 327.26 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=102;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.028239;FXX=0.291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.724;QD=17.9321;RBI=0.0285217;REFB=-0.0144096;REVB=-0.00400581;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473393;STB=0.534227;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0150161;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:73:39:39:33:34:0.465753:17:16:17:22:17:17:17:22 chr17 21319785 . C T 207.25 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0215894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.88;QD=9.1098;RBI=0.0256457;REFB=0.00184047;REVB=-0.013842;RO=63;SAF=14;SAR=13;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125485;STB=0.502036;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00346612;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:64:27:27:0.296703:13:14:32:31:13:14:33:31 chr17 21319786 . G A 269.3 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.000191708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.448;QD=11.8374;RBI=0.00921893;REFB=0.00185679;REVB=0.00921694;RO=59;SAF=16;SAR=16;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285574;STB=0.516473;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0051733;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:16:16:31:28:16:16:31:28 chr17 21319845 . C T 165.03 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00942563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.336;QD=12.4552;RBI=0.0105913;REFB=-0.0131826;REVB=0.00483044;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488009;STB=0.528274;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0193106;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:10:10:18:15:10:10:18:15 chr17 21319860 . C A 194.7 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0095761;FXX=0.181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.171;QD=17.3068;RBI=0.0116636;REFB=-0.0297533;REVB=0.00665871;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984327;STB=0.55432;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0277409;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:45:23:24:20:21:0.466667:9:11:15:8:10:11:15:9 chr17 21319868 . G T 137.43 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00456706;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.546;QD=9.9952;RBI=0.0128849;REFB=-0.0111144;REVB=-0.0120483;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501683;STB=0.527243;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0214224;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:37:18:18:0.327273:9:9:18:15:9:9:20:17 chr17 21319908 . C T 150.96 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0297178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.507;QD=10.7825;RBI=0.0306742;REFB=-0.00588095;REVB=-0.0076002;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314549;STB=0.64985;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00823614;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:36:19:20:0.357143:13:6:21:14:13:7:21:15 chr17 21319943 . A G 60.11 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0673849;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.573;QD=5.46429;RBI=0.0700037;REFB=-0.0103718;REVB=-0.018968;RO=35;SAF=3;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189758;STB=0.624716;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.027719;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:45:44:35:35:9:9:0.204545:6:3:17:18:6:3:17:18 chr17 21319955 . G A 70.39 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0300216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8477;QD=7.03889;RBI=0.0300585;REFB=-0.00967906;REVB=0.00148936;RO=29;SAF=2;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432806;STB=0.782922;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0330406;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:8:2:16:13:8:2:17:13 chr17 21319993 . T C 68.67 PASS AF=0.30303;AO=8;DP=30;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00021869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.294;QD=8.32315;RBI=0.0138151;REFB=-0.00931328;REVB=0.0138134;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542234;STB=0.602435;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0282435;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:30:33:19:23:8:10:0.30303:5:3:8:11:7:3:10:13 chr17 21320025 . C T 51.81 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.0166134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.996;QD=5.9212;RBI=0.0212372;REFB=-0.00136965;REVB=-0.0132291;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525747;STB=0.805886;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00618475;OID=.;OPOS=21320025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:25:27:8:8:0.228571:3:5:4:21:3:5:5:22 chr17 21320102 . C A 62.05 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00640416;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.462;QD=5.39529;RBI=0.019082;REFB=-0.0109344;REVB=-0.0179752;RO=36;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234776;STB=0.660046;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0366001;OID=.;OPOS=21320102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:46:46:36:37:9:9:0.195652:4:5:13:23:4:5:13:24 chr17 21320114 . T G 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0228953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.287;QD=6.57164;RBI=0.121036;REFB=0.0160825;REVB=-0.118851;RO=37;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234162;STB=0.64659;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0630813;OID=.;OPOS=21320114;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:5:6:13:24:5:6:13:24 chr17 21320197 . G C 139.0 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0118956;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.164;QD=12.0872;RBI=0.0124084;REFB=-0.00217206;REVB=0.00353009;RO=30;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144552;STB=0.585688;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00397755;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:11:5:13:17:11:5:13:17 chr17 21320210 . C T 156.35 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0171333;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.892;QD=12.0266;RBI=0.0184219;REFB=-0.00459025;REVB=0.00676874;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204447;STB=0.631992;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00234782;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:33:19:19:0.365385:13:6:15:15:13:6:17:16 chr17 21320212 . A G 383.87 PASS AF=0.686275;AO=34;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0111757;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.604;QD=30.1073;RBI=0.0115063;REFB=-0.000992766;REVB=-0.0027383;RO=15;SAF=18;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109912;STB=0.582543;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000299092;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:16:34:35:0.686275:16:18:5:10:17:18:4:12 chr17 21320252 . G T 154.44 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.00399539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.964;QD=7.443;RBI=0.00414452;REFB=-0.00492988;REVB=-0.00110177;RO=60;SAF=15;SAR=7;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149476;STB=0.597798;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.013286;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:60:61:22:22:0.26506:7:15:34:26:7:15:34:27 chr17 21320263 . T C 159.48 PASS AF=0.277108;AO=22;DP=82;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00612971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.482;QD=7.68586;RBI=0.0639713;REFB=-0.0178756;REVB=-0.063677;RO=60;SAF=15;SAR=7;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1695;STB=0.613201;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.050377;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:60:60:22:23:0.277108:7:15:33:27:7:16:33:27 chr17 21320279 . C T 173.39 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0369442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9924;QD=7.97177;RBI=0.0816504;REFB=-0.00237861;REVB=-0.0728143;RO=63;SAF=17;SAR=7;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161352;STB=0.597359;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00769155;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:63:63:24:24:0.275862:7:17:37:26:7:17:37:26 chr17 21320350 . G A 179.12 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00959088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.973;QD=8.95587;RBI=0.0152099;REFB=-0.00139561;REVB=-0.0118049;RO=56;SAF=13;SAR=11;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786884;STB=0.546474;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0030713;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:56:24:24:0.3:11:13:34:22:11:13:34:22 chr17 21320365 . T C 72.43 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0451033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4612;QD=3.91537;RBI=0.0572036;REFB=-0.00731732;REVB=-0.0351843;RO=61;SAF=10;SAR=3;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324695;STB=0.717135;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0262602;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:61:61:13:13:0.175676:3:10:32:29:3:10:32:29 chr17 21320711 . C G 33.38 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=5;FWDB=0.0194948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6452;QD=3.33829;RBI=0.0954844;REFB=-0.00345821;REVB=-0.0934731;RO=33;SAF=5;SAR=1;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337008;STB=0.53115;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0210257;OID=.;OPOS=21320711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:33:34:6:6:0.15:1:5:28:5:1:5:29:5 chr17 21320787 . G A 384.87 PASS AF=0.298851;AO=52;DP=174;FAO=52;FDP=174;FR=.;FRO=122;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=94;FWDB=-0.0228286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.283;QD=8.8475;RBI=0.025556;REFB=-0.00660629;REVB=-0.0114877;RO=122;SAF=15;SAR=37;SRF=28;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907536;STB=0.552568;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.016237;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:122:122:52:52:0.298851:37:15:28:94:37:15:28:94 chr17 21320796 . C T 617.77 PASS AF=0.428571;AO=69;DP=161;FAO=69;FDP=161;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=56;FSRF=23;FSRR=69;FWDB=-0.0034558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.653;QD=15.3483;RBI=0.00393511;REFB=-0.0112935;REVB=-0.00188216;RO=91;SAF=13;SAR=56;SRF=22;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831799;STB=0.553678;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.014471;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:91:92:69:69:0.428571:56:13:22:69:56:13:23:69 chr17 21320798 . G C 474.55 PASS AF=0.45625;AO=70;DP=158;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=59;FSRF=21;FSRR=66;FWDB=0.0224422;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.843;QD=11.8637;RBI=0.0310945;REFB=-0.042084;REVB=0.0215225;RO=87;SAF=13;SAR=57;SRF=21;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855908;STB=0.541273;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.129804;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:87:87:70:73:0.45625:57:13:21:66:59:14:21:66 chr17 21320980 . C G 642.45 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00870982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.309;QD=26.2226;RBI=0.0153989;REFB=-0.0211727;REVB=-0.0126991;RO=40;SAF=15;SAR=42;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351842;STB=0.528292;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0157453;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:40:41:57:57:0.581633:42:15:12:28:42:15:13:28 chr17 21320991 . C T 206.43 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=-0.0160297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.659;QD=8.97503;RBI=0.0180523;REFB=-0.0113156;REVB=-0.00830264;RO=63;SAF=4;SAR=23;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270513;STB=0.669757;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0259424;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:63:65:27:27:0.293478:23:4:19:44:23:4:20:45 chr17 21320993 . G T 594.26 PASS AF=0.616279;AO=53;DP=86;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0144336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.556;QD=27.64;RBI=0.0162759;REFB=-0.0383234;REVB=-0.00752164;RO=31;SAF=12;SAR=41;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595658;STB=0.524671;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0263482;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:31:33:53:53:0.616279:41:12:9:22:41:12:9:24 chr17 21321005 . C A 181.24 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=0.0825069;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7219;QD=9.29443;RBI=0.0907973;REFB=-0.00900073;REVB=0.0379047;RO=50;SAF=4;SAR=20;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194951;STB=0.616774;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.024966;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:50:54:24:24:0.307692:20:4:14:36:20:4:15:39 chr17 21321016 . T C 326.68 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0414834;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.743;QD=22.5299;RBI=0.0416994;REFB=-0.0243518;REVB=0.00423855;RO=25;SAF=2;SAR=31;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318277;STB=0.680111;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0162145;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:25:25:33:33:0.568966:31:2:5:20:31:2:5:20 chr17 21322972 . GT CC 111.92 PASS AF=0.419355;AO=14;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0114987;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.638;QD=14.4409;RBI=0.014374;REFB=0.00264428;REVB=-0.00862509;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132436;STB=0.604249;STBP=0.373;TYPE=mnp;VARB=-0.00342224;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:18:14:13:0.419355:5:9:13:4:5:8:14:4 chr17 21322975 . G A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0017492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.612;QD=7.03239;RBI=0.00573036;REFB=0.0118389;REVB=-0.00545686;RO=25;SAF=8;SAR=1;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479947;STB=0.80591;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0074503;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:9:9:0.257143:1:8:14:11:1:8:15:11 chr17 21323001 . C T 184.96 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0273345;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1266;QD=16.4411;RBI=0.0274814;REFB=-0.0146901;REVB=0.00283756;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170466;STB=0.603143;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0154875;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:26:19:19:0.422222:10:9:15:8:10:9:17:9 chr17 21323049 . C T 181.99 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0700891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.371;QD=9.57823;RBI=0.0701856;REFB=-0.0108768;REVB=0.00367863;RO=51;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113414;STB=0.513147;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0351053;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:52:24:24:0.315789:12:12:26:25:12:12:27:25 chr17 21323056 . G T 40.42 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.025467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.92;QD=2.04648;RBI=0.0439106;REFB=-0.00423967;REVB=-0.0357711;RO=69;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577302;STB=0.549186;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0284297;OID=.;OPOS=21323056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:69:70:9:9:0.113924:4:5:35:34:4:5:35:35 chr17 21323074 . T C 49.76 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=92;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.00686235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.065;QD=2.14026;RBI=0.00989539;REFB=-0.00563406;REVB=0.0071293;RO=81;SAF=5;SAR=6;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773894;STB=0.561292;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0227431;OID=.;OPOS=21323074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:92:93:81:82:11:11:0.11828:6:5:42:39:6:5:43:39 chr17 21323096 . G A 432.85 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.014968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.435;QD=19.2376;RBI=0.0170401;REFB=-0.00947157;REVB=0.00814397;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868219;STB=0.533318;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00768939;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:46:43:44:0.488889:21:22:25:16:22:22:26:20 chr17 21323107 . A G 259.13 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0189982;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.031;QD=11.5169;RBI=0.0216047;REFB=-0.0127065;REVB=-0.0102875;RO=56;SAF=17;SAR=14;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342476;STB=0.515142;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0164471;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:56:59:31:31:0.344444:14:17:29:27:14:17:31:28 chr17 21323119 . T C 43.91 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.00381053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.386;QD=1.97329;RBI=0.00665177;REFB=-0.00527201;REVB=-0.00545214;RO=79;SAF=5;SAR=5;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756385;STB=0.505607;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0287343;OID=.;OPOS=21323119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:79:79:10:10:0.11236:5:5:39:40:5:5:39:40 chr17 21323136 . G A 37.89 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0181612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.389;QD=1.89441;RBI=0.0223184;REFB=-0.0015223;REVB=-0.0129724;RO=69;SAF=5;SAR=4;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177904;STB=0.616187;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0433743;OID=.;OPOS=21323136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:80:80:69:71:9:9:0.1125:4:5:28:41:4:5:30:41 chr17 21730703 . G A 199.86 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00643863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.363;QD=15.0835;RBI=0.0174094;REFB=-0.00991372;REVB=-0.016175;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334398;STB=0.519067;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0182408;OID=.;OPOS=21730703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:7:16:20:10:7:16:20:10 chr17 21731041 . G A 211.32 PASS AF=0.488372;AO=11;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0317308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0023;QD=19.6577;RBI=0.0498517;REFB=0.00584631;REVB=-0.0384494;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292487;STB=0.583258;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00693998;OID=.;OPOS=21731041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:22:11:21:0.488372:8:3:4:12:12:9:6:16 chr17 21825565 . G T 636.39 PASS AF=0.417647;AO=70;DP=169;FAO=71;FDP=170;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=41;FWDB=-0.0140748;FXX=0.0116272;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.294;QD=14.9738;RBI=0.0140849;REFB=-0.0129984;REVB=-0.000531813;RO=97;SAF=30;SAR=40;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164112;STB=0.58637;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.017538;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:97:99:70:71:0.417647:40:30:57:40:40:31:58:41 chr17 21826256 . A G 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0139668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.095;QD=20.1561;RBI=0.0142735;REFB=-0.0132773;REVB=-0.00294346;RO=25;SAF=8;SAR=20;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249168;STB=0.63943;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0127596;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:20:8:14:11:20:8:14:11 chr17 25972311 . C T 142.6 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00570283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.229;QD=8.26639;RBI=0.0315635;REFB=-0.0126991;REVB=0.031044;RO=49;SAF=14;SAR=6;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116267;STB=0.56996;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0283519;OID=.;OPOS=25972311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:6:14:30:19:6:14:30:19 chr17 26089867 . T C 1513.96 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.398;QD=59.3709;RBI=0.0304544;REFB=0;REVB=-0.0276286;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64566e-05;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:53:48:0:0:53:49:0:0 chr17 26092631 . A G 1250.36 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270386;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.173;QD=61.746;RBI=0.0289727;REFB=0;REVB=-0.0104083;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93792e-05;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr17 26654991 . A C 206.19 PASS AF=0.471698;AO=21;DP=51;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00784415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.201;QD=15.5614;RBI=0.00923716;REFB=-0.0121507;REVB=0.00487796;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142358;STB=0.569222;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00899138;OID=.;OPOS=26654991;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:28:28:21:25:0.471698:9:12:12:16:11:14:12:16 chr17 26671945 . A AG,G 1013.07 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=65,4;DP=81;FAO=78,3;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=52,3;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167182,0.0913112;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.3375,8.88849;QD=50.0281;RBI=0.259327,0.102424;REFB=0,0;REVB=0.198244,0.0463998;RO=10;SAF=46,4;SAR=19,0;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.116728,0.745165;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0171509,-0.0860197;OID=.,.;OPOS=26671946,26671945;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:81:81:10:0:65,4:78,3:0.962963,0.037037:19,0:46,4:3:7:26,0:52,3:0:0 chr17 26674131 . TAGCCAGGTCGTA T 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0299798;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=303.462;QD=8.51178;RBI=0.0358923;REFB=-0.00251064;REVB=-0.019735;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477389;STB=0.529353;STBP=0.835;TYPE=del;VARB=0.0056839;OID=.;OPOS=26674132;OREF=AGCCAGGTCGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:10:34:10:34:24:5:5:11:13:72:24:5:5:11:13 chr17 26674151 . CTG C 71.7 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0122879;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.986;QD=7.96701;RBI=0.0297318;REFB=-0.0081932;REVB=-0.0270737;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230887;STB=0.527722;STBP=0.88;TYPE=del;VARB=0.0200417;OID=.;OPOS=26674152;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:10:36:10:36:26:5:5:12:14:71:25:5:5:12:13 chr17 26676135 . C T 170.5 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0080204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3151;QD=10.8251;RBI=0.0386178;REFB=-0.0168568;REVB=-0.0377758;RO=39;SAF=17;SAR=5;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294095;STB=0.676443;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0327096;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:41:22:22:0.349206:5:17:21:18:5:17:22:19 chr17 26684394 . T G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.873;QD=23.2183;RBI=0.00633208;REFB=0.0231185;REVB=0.00633208;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00621342;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr17 26684849 . A G 187.67 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00113988;FXX=0.0576812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.387;QD=15.3204;RBI=0.0111329;REFB=-0.00590713;REVB=0.0110744;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183126;STB=0.581318;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00874815;OID=.;OPOS=26684849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:24:28:21:21:0.428571:9:12:9:15:9:12:12:16 chr17 26686416 . G A 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00405975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.836;QD=17.5012;RBI=0.00754963;REFB=-0.00649368;REVB=0.00636517;RO=28;SAF=18;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147534;STB=0.508299;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00881623;OID=.;OPOS=26686416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:8:18:19:9:8:18:19:9 chr17 26691916 . T C 306.67 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0711905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.283;QD=22.7163;RBI=0.0713302;REFB=-0.0301701;REVB=-0.00446248;RO=23;SAF=10;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129897;STB=0.571936;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0297201;OID=.;OPOS=26691916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:21:10:11:12:21:10:11:12 chr17 26694483 . A G 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00558119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.909;QD=18.9018;RBI=0.00962085;REFB=-0.00390425;REVB=-0.00783652;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263904;STB=0.514697;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00481047;OID=.;OPOS=26694483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:17:17:18:16:17:17:18:16 chr17 26694861 . G A 239.31 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00131029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6626;QD=20.8098;RBI=0.0430958;REFB=-0.0049531;REVB=0.0430759;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038794;STB=0.521803;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00554091;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:13:10:11:12:13:10 chr17 26708300 . T C 1495.64 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0023033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.007;QD=62.3183;RBI=0.0179673;REFB=0.0282881;REVB=0.0178191;RO=1;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886354;STB=0.504672;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=5.38152e-05;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:53:42:0:1:53:42:0:1 chr17 26708302 . G T 1350.37 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0402525;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.545;QD=58.0804;RBI=0.0426777;REFB=-0.0865649;REVB=0.0141816;RO=4;SAF=39;SAR=50;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025688;STB=0.51357;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000540625;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:93:4:4:89:89:0.956989:50:39:3:1:50:39:3:1 chr17 26708547 . CTTTC CTTCG 1169.59 PASS AF=1;AO=53;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.242066;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=2;MLLD=41.7815;QD=60.7579;RBI=0.252788;REFB=0;REVB=-0.0728415;RO=0;SAF=10;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0029018;OID=.;OPOS=26708550;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:78:77:77:0:31:46:0:0:6:0:10:43:0:0 chr17 26727721 . GA G 760.68 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.8703;QD=46.8108;RBI=0.0693992;REFB=0;REVB=-0.0431698;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00186391;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:64:65:65:0:22:43:0:0:14:0:21:41:0:0 chr17 27004821 . C T 107.99 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0336763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2835;QD=13.0895;RBI=0.0338245;REFB=0.000564592;REVB=0.00316303;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016668;STB=0.509789;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-7.48308e-05;OID=.;OPOS=27004821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:8:5:8:12:8:5:8:12 chr17 27009749 . C T 793.97 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00572533;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.772;QD=53.8285;RBI=0.0264112;REFB=-0.0420843;REVB=0.0257831;RO=2;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314096;STB=0.516661;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000813973;OID=.;OPOS=27009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:56:57:0.966102:29:27:0:2:29:28:0:2 chr17 27031068 . G A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00960601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.6;QD=10.1699;RBI=0.0181528;REFB=-0.0129175;REVB=0.0154028;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368974;STB=0.72879;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0194009;OID=.;OPOS=27031068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:7:4:15:6:7:4:16:6 chr17 27185827 . C T 785.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.871;QD=64.1444;RBI=0.0309024;REFB=0;REVB=-0.029985;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201732;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr17 27207453 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.803;QD=57.1998;RBI=0.0699279;REFB=0;REVB=0.0673937;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000796493;OID=.;OPOS=27207453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr17 27380103 . C T 301.52 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00177872;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.007;QD=15.6632;RBI=0.00374115;REFB=-0.00277495;REVB=-0.00329126;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465953;STB=0.5263;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00546532;OID=.;OPOS=27380103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:44:44:33:33:0.428571:15:18:26:18:15:18:26:18 chr17 27422053 . C T 177.74 PASS AF=0.513514;AO=16;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.201142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.894;QD=19.2152;RBI=0.203938;REFB=-0.0433716;REVB=0.0336563;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155931;STB=0.514271;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0318863;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:18:16:19:0.513514:9:7:12:8:9:10:10:8 chr17 27438469 . G A 117.18 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0294803;FXX=0.039984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=78.226;QD=19.53;RBI=0.0319315;REFB=-0.0388766;REVB=0.0122692;RO=9;SAF=11;SAR=2;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263108;STB=0.559915;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00925336;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:24:9:11:13:13:0.541667:2:11:9:0:2:11:10:1 chr17 27441076 . TC GT,TG 195.57 PASS AF=0,0.421053;AO=3,17;DP=57;FAO=0,24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=0,12;FSAR=0,12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0184627,0.029672;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=136.746,147.364;QD=13.7238;RBI=0.0189832,0.0297472;REFB=-0.0168681,-0.0267218;REVB=-0.00441486,-0.00211404;RO=31;SAF=3,8;SAR=0,9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.577707,0.0567992;STB=0.5,0.543823;STBP=1,0.59;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0473328;OID=.,.;OPOS=27441076,27441077;OREF=TC,C;OALT=GT,G;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:57:57:31:33:3,17:0,24:0,0.421053:0,9:3,8:13:18:0,12:0,12:14:19 chr17 27588806 . C A 121.7 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0296651;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.2245;QD=15.703;RBI=0.0375979;REFB=0.00115359;REVB=0.0230995;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057851;STB=0.548319;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00480943;OID=.;OPOS=27588806;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:17:14:14:0.451613:7:7:9:7:7:7:10:7 chr17 27588980 . CAG C 50.8 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00636825;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.156;QD=15.632;RBI=0.0148581;REFB=-0.023657;REVB=-0.0134242;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763028;STB=0.642384;STBP=0.37;TYPE=del;VARB=0.0414757;OID=.;OPOS=27588981;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:7:14:7:13:6:1:6:2:4:41:5:1:6:1:4 chr17 27835138 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.361;QD=37.4882;RBI=0.0767959;REFB=0;REVB=-0.0597903;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253018;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr17 27889578 . T C 602.39 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00973447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.622;QD=18.6786;RBI=0.0110262;REFB=-0.0292076;REVB=0.00517856;RO=67;SAF=23;SAR=39;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117818;STB=0.565342;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0351471;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:67:62:62:0.48062:39:23:33:34:39:23:33:34 chr17 27889963 . C G 93.96 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00951639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.787;QD=8.94886;RBI=0.0111784;REFB=-0.0116431;REVB=0.00586474;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.551636;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0303548;OID=.;OPOS=27889963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:41:42:27:30:12:12:0.285714:4:8:18:9:4:8:18:12 chr17 27889986 . T C 90.08 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0197175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.652;QD=7.66625;RBI=0.0298837;REFB=-0.0122945;REVB=0.0224556;RO=35;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146039;STB=0.509076;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0243506;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:5:7:20:15:5:7:20:15 chr17 27901975 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0262442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5712;QD=16.4167;RBI=0.0838254;REFB=0.00748196;REVB=-0.0796112;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786514;STB=0.545388;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00792291;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:9:7:5:9:9:7 chr17 27904711 . G A 348.42 PASS AF=0.6;AO=28;DP=48;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0128199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7761;QD=27.8735;RBI=0.0273341;REFB=-0.00473501;REVB=0.0241413;RO=20;SAF=20;SAR=8;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38737;STB=0.684089;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00585701;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:20:20:28:30:0.6:8:20:4:16:10:20:4:16 chr17 27959903 . G A 118.28 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0412467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.695;QD=12.7865;RBI=0.0413811;REFB=-0.0264994;REVB=-0.00333207;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387345;STB=0.522789;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0203833;OID=.;OPOS=27959903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:14:9:5:9:14:9 chr17 28268800 . A C 176.49 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.017279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2664;QD=14.1195;RBI=0.0232992;REFB=-0.0281499;REVB=0.0156298;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128751;STB=0.574392;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0453464;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:11:20:10:9:11:20 chr17 28296327 . T G 123.07 PASS AF=0.466667;AO=12;DP=28;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.101235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9387;QD=16.4093;RBI=0.102367;REFB=-0.00217823;REVB=0.0151793;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107329;STB=0.526279;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0119362;OID=.;OPOS=28296327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:16:16:12:14:0.466667:5:7:11:5:5:9:11:5 chr17 28320248 . T A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.482;QD=57.1775;RBI=0.013562;REFB=0;REVB=0.00741758;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0555e-05;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr17 28381141 . C G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00488233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.225;QD=17.3212;RBI=0.00536473;REFB=-0.00755371;REVB=-0.00222333;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136325;STB=0.507803;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0119417;OID=.;OPOS=28381141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:7:11:10:6:7:11 chr17 28407876 . T G 390.27 PASS AF=0.42;AO=40;DP=96;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00206336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2488;QD=15.6107;RBI=0.0699042;REFB=-0.0195841;REVB=0.0698737;RO=56;SAF=23;SAR=17;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341936;STB=0.546479;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0296363;OID=.;OPOS=28407876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:56:58:40:42:0.42:17:23:34:22:20:22:35:23 chr17 28444183 . A C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=14;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0141784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9365;QD=12.6373;RBI=0.070002;REFB=-0.000482591;REVB=-0.0685511;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453628;STB=0.55094;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00236946;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:21:14:13:0.382353:9:5:6:13:9:4:8:13 chr17 28511978 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0175341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.82;QD=13.2053;RBI=0.0204692;REFB=-0.0283373;REVB=0.0105614;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0302079;OID=.;OPOS=28511978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:5:1:1:5:5:1 chr17 28794020 . A G 766.17 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3463;QD=63.8472;RBI=0.0346128;REFB=0;REVB=0.0224712;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332648;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:14:34:0:0:14:34:0:0 chr17 28853530 . A C 539.36 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.181;QD=59.929;RBI=0.0594983;REFB=0;REVB=0.0279946;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174353;OID=.;OPOS=28853530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:11:23:0:0:11:25:0:0 chr17 28900708 . G T 348.21 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320423;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.755;QD=51.5865;RBI=0.0379793;REFB=-0.187968;REVB=0.0203892;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281527;STB=0.51514;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00114654;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:16:10:0:1:16:10:0:1 chr17 29029728 . A C 371.92 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.000522936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.05;QD=25.6498;RBI=0.00688099;REFB=-0.0221486;REVB=-0.00686109;RO=21;SAF=19;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986316;STB=0.544908;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0147389;OID=.;OPOS=29029728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:22:36:36:0.62069:17:19:8:13:17:19:9:13 chr17 29159404 . G C 303.4 PASS AF=0.628571;AO=16;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.02867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.68;QD=34.674;RBI=0.0868038;REFB=-0.0457659;REVB=0.0819325;RO=9;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684849;STB=0.509546;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.028601;OID=.;OPOS=29159404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:35:35:9:9:16:22:0.628571:4:12:6:3:8:14:6:3 chr17 29161202 . A T 346.36 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0253418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.035;QD=14.7389;RBI=0.0337507;REFB=-0.0250547;REVB=0.0222914;RO=56;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139749;STB=0.579024;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.032999;OID=.;OPOS=29161202;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:18:20:22:34:18:20:22:34 chr17 29205072 . T C 298.34 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00106236;FXX=0.0315756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.454;QD=12.9712;RBI=0.0112859;REFB=-0.0224676;REVB=0.0112357;RO=58;SAF=16;SAR=18;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512922;STB=0.529394;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0318558;OID=.;OPOS=29205072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:92:58:58:34:34:0.369565:18:16:30:28:18:16:30:28 chr17 29286847 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0422557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6637;QD=15.2928;RBI=0.0441675;REFB=0.0139777;REVB=0.0128541;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496201;STB=0.799199;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00502815;OID=.;OPOS=29286847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:8:1:5:4:8:1:5:4 chr17 29486152 . G A 706.59 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.436;QD=62.808;RBI=0.0783198;REFB=0;REVB=0.00935616;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020987;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:27:18:0:0 chr17 29496819 . C T 182.77 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00703522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.393;QD=43.0042;RBI=0.0473987;REFB=0.0942315;REVB=0.0468736;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.555483;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00463132;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:4:12:0:0:4:12:0:1 chr17 29508775 . G A 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216914;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.087;QD=57.2416;RBI=0.0250318;REFB=0;REVB=0.012493;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93593e-05;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr17 29646032 . G A 1183.61 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135457;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.082;QD=59.9295;RBI=0.0222691;REFB=-0.00404624;REVB=0.0176756;RO=0;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000550359;OID=.;OPOS=29646032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:79:0:1:78:78:0.987342:52:26:0:0:52:26:0:1 chr17 29705947 . T C 650.74 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.765;QD=61.975;RBI=0.0597125;REFB=0;REVB=-0.00453979;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160255;OID=.;OPOS=29705947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr17 29849423 . G A 242.03 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0439183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3321;QD=16.9846;RBI=0.0658607;REFB=-0.0239489;REVB=0.0490797;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192395;STB=0.598384;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.032704;OID=.;OPOS=29849423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:15:12:19:10:15:12:19:11 chr17 29859146 . C T 99.37 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00458691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.744;QD=14.7215;RBI=0.013425;REFB=-0.0232677;REVB=-0.0126171;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173529;STB=0.592443;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0264151;OID=.;OPOS=29859146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:15:12:12:0.444444:6:6:9:4:6:6:10:5 chr17 29859464 . G A 82.35 PASS AF=0.22449;AO=10;DP=50;FAO=11;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0323191;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.203;QD=6.72219;RBI=0.0332929;REFB=-0.00479973;REVB=-0.00799309;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119979;STB=0.615182;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0188849;OID=.;OPOS=29859464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:50:49:30:38:10:11:0.22449:6:4:15:15:6:5:23:15 chr17 29890808 . C T 129.0 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0146072;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.921;QD=19.8465;RBI=0.0223122;REFB=-0.00465776;REVB=-0.016866;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515323;STB=0.529369;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00741497;OID=.;OPOS=29890808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:14:14:0.538462:5:9:7:5:5:9:7:5 chr17 30040819 . T G 103.57 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.000237023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.669;QD=9.86353;RBI=0.0251183;REFB=-0.00893098;REVB=-0.0251172;RO=29;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247484;STB=0.649952;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0205533;OID=.;OPOS=30040819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:4:9:14:15:4:9:14:15 chr17 30183857 . T C 321.7 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.985;QD=53.6171;RBI=0.0670188;REFB=0;REVB=0.0400688;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132401;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chr17 30222002 . T C 191.68 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00662062;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.809;QD=21.2981;RBI=0.0132367;REFB=-0.0130758;REVB=0.011462;RO=17;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146011;STB=0.590448;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.014645;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:14:4:6:11:15:4:6:11 chr17 30625205 . G A 526.9 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0127627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.756;QD=20.2653;RBI=0.0181123;REFB=-0.0227117;REVB=0.0128517;RO=50;SAF=22;SAR=32;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248893;STB=0.513709;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0189114;OID=.;OPOS=30625205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:50:54:54:0.519231:32:22:19:31:32:22:19:31 chr17 31318930 . GCCA GCA,GCCACTG 164.5 PASS AF=0,0.515152;AO=4,13;DP=36;FAO=0,17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=0,11;FSAR=0,6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.281848,0.0229257;FXX=0.0571265;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=20.1969,201.764;QD=19.9393;RBI=0.295661,0.0411848;REFB=-0.0881726,-0.0445765;REVB=0.0893165,0.034214;RO=11;SAF=4,8;SAR=0,5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.232506,0;SSSB=0.657755,-0.017866;STB=0.5,0.592493;STBP=1,0.379;TYPE=del,ins;VARB=0.0770882,0.0393396;OID=.,.;OPOS=31318931,31318934;OREF=C,-;OALT=-,CTG;OMAPALT=GCA,GCCACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.515152:4,13:36:0,17:33:16:0,11:0,6:13:3:99:11:4,8:0,5:7:4 chr17 31618732 . A G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0771908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.967;QD=21.1692;RBI=0.0833745;REFB=-0.0049729;REVB=-0.0315101;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168825;STB=0.599677;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00385037;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:6:1:1:2:6:1:1:2 chr17 32583269 . T C 162.19 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0065695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.879;QD=12.0144;RBI=0.0111825;REFB=-0.0228393;REVB=0.00904927;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202615;STB=0.61753;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0371827;OID=.;OPOS=32583269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:12:8:20:14:12:8:20:14 chr17 32583911 . C T 375.38 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00925057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0721;QD=23.8339;RBI=0.0303651;REFB=-0.00179501;REVB=0.0289217;RO=25;SAF=15;SAR=22;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129928;STB=0.559569;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00152569;OID=.;OPOS=32583911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:26:37:37:0.587302:22:15:6:19:22:15:7:19 chr17 32904586 . C T 178.99 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0282263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7204;QD=12.5608;RBI=0.0571741;REFB=-0.0079778;REVB=-0.0497207;RO=35;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142731;STB=0.582325;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00643766;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:9:13:16:19:9:13:16:19 chr17 32906008 . C G 389.52 PASS AF=0.549296;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0508209;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.4237;QD=21.9449;RBI=0.0513315;REFB=-0.0123894;REVB=-0.0072226;RO=31;SAF=17;SAR=21;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769688;STB=0.528092;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00983739;OID=.;OPOS=32906008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:32:38:39:0.549296:21:17:11:20:22:17:12:20 chr17 33269648 . C G 99.95 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00637674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.15;QD=13.3261;RBI=0.0122674;REFB=-0.0272772;REVB=-0.0104798;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882068;STB=0.566558;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0545722;OID=.;OPOS=33269648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:18:12:12:0.4:6:6:7:10:6:6:7:11 chr17 33286664 . A G 153.51 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00390371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.069;QD=13.9553;RBI=0.0189923;REFB=-0.0235409;REVB=-0.0185867;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746002;STB=0.543427;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0406091;OID=.;OPOS=33286664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:7:10:14:13:7:10:14:13 chr17 33288363 . C T 2748.54 PASS AF=0.935961;AO=189;DP=207;FAO=190;FDP=203;FR=.;FRO=13;FSAF=52;FSAR=138;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0279643;FXX=0.0193227;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.877;QD=54.1585;RBI=0.027966;REFB=-0.045381;REVB=-0.000308111;RO=12;SAF=52;SAR=137;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653402;STB=0.538515;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-1.68042e-05;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:207:203:12:13:189:190:0.935961:137:52:9:3:138:52:10:3 chr17 33288882 . T G 1101.79 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.282;QD=58.762;RBI=0.0191179;REFB=0;REVB=0.0158856;RO=0;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245941;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:75:0:0:70:75:1:49:21:0:0:49:26:0:0 chr17 33289046 . G C 69.59 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00883423;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2973;QD=12.6524;RBI=0.0108573;REFB=-0.0353389;REVB=-0.00631164;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211189;STB=0.599782;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0370634;OID=.;OPOS=33289046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:22:22:12:13:9:9:0.409091:4:5:4:8:4:5:5:8 chr17 33289937 . A T 1114.05 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012067;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.199;QD=60.2188;RBI=0.0201889;REFB=0;REVB=0.0161859;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91359e-05;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:71:74:1:33:38:0:0:35:39:0:0 chr17 33307586 . G A 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0022256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.867;QD=7.30292;RBI=0.020378;REFB=0.000115611;REVB=0.0202561;RO=37;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180294;STB=0.614254;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-6.19637e-05;OID=.;OPOS=33307586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:9:3:14:23:9:3:14:23 chr17 33332629 . G A 269.84 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0205115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7692;QD=22.9648;RBI=0.0613147;REFB=-0.0336364;REVB=-0.057782;RO=21;SAF=18;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219464;STB=0.635573;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0276872;OID=.;OPOS=33332629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:7:18:10:11:7:18:10:12 chr17 33448818 . T C 695.83 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0449291;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.1884;QD=52.5152;RBI=0.0673609;REFB=-0.0570584;REVB=-0.0501883;RO=2;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361869;STB=0.519223;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00277128;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:25:26:0:2:25:26:0:2 chr17 33454415 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.54;QD=56.1916;RBI=0.0674603;REFB=0;REVB=0.00261388;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019602;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr17 33464864 . C T 630.78 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00502179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2132;QD=56.0694;RBI=0.101848;REFB=0.0369361;REVB=0.101724;RO=2;SAF=28;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323575;STB=0.517233;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00047438;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:42:43:0.955556:14:28:2:0:15:28:2:0 chr17 33469279 . G C 272.47 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1964;QD=51.8982;RBI=0.147072;REFB=0;REVB=-0.0938951;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00629405;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr17 33586187 . G C 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0104566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.269;QD=29.0929;RBI=0.0316481;REFB=-0.0219208;REVB=-0.0298707;RO=13;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210947;STB=0.511618;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0134422;OID=.;OPOS=33586187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:10:14:8:5:10:14:8:5 chr17 33680807 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.98;QD=35.5759;RBI=0.040066;REFB=0;REVB=0.0374056;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130869;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr17 33680811 . C A 69.99 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00431244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5548;QD=25.452;RBI=0.205003;REFB=-0.0282437;REVB=0.204957;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14689;STB=0.583156;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0249569;OID=.;OPOS=33680811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:11:11:2:2:8:9:0.818182:3:5:2:0:4:5:2:0 chr17 33680840 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0415;QD=47.8189;RBI=0.0244606;REFB=0;REVB=-0.00843268;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134012;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr17 33689926 . T C 1803.71 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3452;QD=61.1428;RBI=0.0372129;REFB=0;REVB=-0.0105527;RO=0;SAF=71;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203308;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:47:71:0:0:47:71:0:0 chr17 33690466 . C A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0186679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.391;QD=16.4544;RBI=0.0195965;REFB=-0.0359911;REVB=0.0059609;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921951;STB=0.555356;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0141456;OID=.;OPOS=33690466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:1:3:5:1:1:3 chr17 33749546 . A G 122.23 PASS AF=0.4375;AO=11;DP=29;FAO=14;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0980808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.516;QD=15.2789;RBI=0.0985446;REFB=-0.0177129;REVB=0.00954996;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379619;STB=0.509078;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0222207;OID=.;OPOS=33749546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:32:15:18:11:14:0.4375:4:7:9:6:6:8:10:8 chr17 33749919 . A C 137.46 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.011439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.002;QD=18.9599;RBI=0.0235011;REFB=-0.0377183;REVB=-0.0205293;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254209;STB=0.626763;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0255087;OID=.;OPOS=33749919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:14:14:15:0.517241:11:3:6:7:11:4:7:7 chr17 33768199 . G A 238.9 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00365488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.194;QD=11.7977;RBI=0.0117722;REFB=-0.0269306;REVB=-0.0111905;RO=49;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149911;STB=0.568076;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0305917;OID=.;OPOS=33768199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:49:52:29:29:0.358025:12:17:22:27:12:17:25:27 chr17 33768334 . T G 233.81 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00838791;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.688;QD=19.0868;RBI=0.0177466;REFB=-0.00971621;REVB=0.0156392;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185585;STB=0.558932;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00953703;OID=.;OPOS=33768334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:23:26:22:23:0.469388:14:8:13:10:14:9:13:13 chr17 33768354 . C T 562.58 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0937622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.7612;QD=54.8862;RBI=0.173324;REFB=-0.0553166;REVB=0.145773;RO=3;SAF=14;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00516454;STB=0.517233;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00495511;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:3:1:38:40:0.97561:24:14:1:2:26:14:1:0 chr17 33768937 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00231836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6359;QD=11.0916;RBI=0.0294825;REFB=-0.0519906;REVB=-0.0293912;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158244;STB=0.599562;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0490284;OID=.;OPOS=33768937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:2:4:4:1:2:4 chr17 33769034 . G A 735.63 PASS AF=0.693182;AO=61;DP=88;FAO=61;FDP=88;FR=.;FRO=27;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00717228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.244;QD=33.4376;RBI=0.0134979;REFB=-0.00646137;REVB=-0.0114347;RO=27;SAF=42;SAR=19;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014402;STB=0.507769;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00455983;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:27:27:61:61:0.693182:19:42:18:9:19:42:18:9 chr17 33769038 . C A 425.57 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.0015097;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.831;QD=18.7062;RBI=0.0347646;REFB=-0.0149593;REVB=0.0347318;RO=47;SAF=29;SAR=14;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299614;STB=0.520652;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.015286;OID=.;OPOS=33769038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:47:48:43:43:0.472527:14:29:33:14:14:29:34:14 chr17 33771996 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00502763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.105;QD=21.2676;RBI=0.00774087;REFB=-0.029379;REVB=0.00588592;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392056;STB=0.507803;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0288479;OID=.;OPOS=33771996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:7:10:7:6:7:10:8:6 chr17 33805150 . T C 856.45 PASS AF=1;AO=58;DP=62;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106532;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8671;QD=58.0645;RBI=0.0768442;REFB=0;REVB=0.0761021;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032054;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:33:26:0:0 chr17 33806546 . G A 285.78 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00268747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6882;QD=13.1395;RBI=0.0342862;REFB=-0.00752297;REVB=-0.0341807;RO=54;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919738;STB=0.50526;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00469441;OID=.;OPOS=33806546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:18:15:25:29:18:15:25:29 chr17 33806863 . G A 358.03 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0119602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.56;QD=19.6181;RBI=0.0278814;REFB=-0.0255128;REVB=0.0251858;RO=35;SAF=14;SAR=23;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200059;STB=0.519864;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0129496;OID=.;OPOS=33806863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:36:37:37:0.506849:23:14:14:21:23:14:15:21 chr17 33814758 . T C 268.7 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00336631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.834;QD=22.3914;RBI=0.0091448;REFB=-0.00439674;REVB=-0.00850266;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109959;STB=0.561413;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0042893;OID=.;OPOS=33814758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:13:12:14:9:13:12:14:9 chr17 33880003 . C G 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00532957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.56;QD=27.1541;RBI=0.0180784;REFB=0.00663329;REVB=-0.017275;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127659;STB=0.571326;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00353208;OID=.;OPOS=33880003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:8:6:4:2:8:6:4:2 chr17 33881631 . T C 1175.28 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.015291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.271;QD=59.5078;RBI=0.0152928;REFB=0.0580118;REVB=0.000235496;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.506848;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00013074;OID=.;OPOS=33881631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:42:36:0:0:42:36:1:0 chr17 33881718 . G A 909.49 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4755;QD=56.8433;RBI=0.0853367;REFB=-0.113167;REVB=0.0158315;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165659;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00450374;OID=.;OPOS=33881718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:1:0:63:64:1:35:28:1:0:35:29:0:0 chr17 33884804 . T C 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00309759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.264;QD=11.742;RBI=0.0123897;REFB=-0.0145385;REVB=-0.0119962;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346859;STB=0.520115;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0300697;OID=.;OPOS=33884804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:10:11:20:16:10:11:20:16 chr17 33901917 . TTAAG T 46.27 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00228228;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=282.016;QD=5.97089;RBI=0.00505666;REFB=-0.0168574;REVB=-0.00451232;RO=22;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343623;STB=0.716021;STBP=0.163;TYPE=del;VARB=0.0427659;OID=.;OPOS=33901918;OREF=TAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290323:9:31:9:31:22:2:7:11:11:46:22:2:7:11:11 chr17 33901965 . C G 138.37 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0308291;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.115;QD=19.7672;RBI=0.0603966;REFB=-0.0177909;REVB=0.0519357;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176453;STB=0.611511;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0123918;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:14:15:0.535714:8:6:3:10:8:7:3:10 chr17 33954527 . C G 80.24 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0354978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0436;QD=7.46432;RBI=0.0417045;REFB=-0.00281717;REVB=-0.02189;RO=31;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113625;STB=0.588066;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00260628;OID=.;OPOS=33954527;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:31:32:11:11:0.255814:8:3:11:20:8:3:12:20 chr17 33998802 . G C 206.17 PASS AF=0.625;AO=18;DP=30;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00492729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.343;QD=25.7709;RBI=0.0214704;REFB=-0.0470187;REVB=0.0208973;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107692;STB=0.559942;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0329363;OID=.;OPOS=33998802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:32:12:12:18:20:0.625:7:11:9:3:8:12:9:3 chr17 34072898 . C T 1175.65 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.8106;QD=59.5266;RBI=0.0492744;REFB=0.148641;REVB=0.0460491;RO=1;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133317;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000790026;OID=.;OPOS=34072898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:35:43:0:1:35:43:0:1 chr17 34100350 . G GC 708.39 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113131;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=260.875;QD=62.9684;RBI=0.0355586;REFB=0;REVB=0.0337109;RO=2;SAF=19;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469262;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00010294;OID=.;OPOS=34100351;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:47:45:45:0:19:26:0:0:4:2:19:26:2:0 chr17 34303771 . T C 226.63 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.155706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.164;QD=13.735;RBI=0.15574;REFB=-0.0230259;REVB=-0.00327336;RO=39;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905172;STB=0.559493;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0435043;OID=.;OPOS=34303771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:39:26:27:0.409091:18:8:15:24:19:8:15:24 chr17 34313612 . G A 136.3 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.035812;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4132;QD=10.0962;RBI=0.035814;REFB=-0.0198075;REVB=0.000385478;RO=36;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333361;STB=0.539605;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0584344;OID=.;OPOS=34313612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:36:36:18:18:0.333333:7:11:23:13:7:11:24:12 chr17 34313674 . G A 192.96 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.02548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.852;QD=10.0239;RBI=0.0360543;REFB=-0.0279432;REVB=-0.0255085;RO=52;SAF=11;SAR=14;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694208;STB=0.540677;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0649794;OID=.;OPOS=34313674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:14:11:26:26:14:11:26:26 chr17 34328461 . A G 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0316511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.478;QD=14.3997;RBI=0.0397814;REFB=-0.0169906;REVB=-0.0240991;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149201;STB=0.584838;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.025567;OID=.;OPOS=34328461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:11:14:14:20:11:14:14:20 chr17 34340284 . C T 1321.39 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.367;QD=62.1832;RBI=0.00759823;REFB=0;REVB=-0.000864453;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08854e-06;OID=.;OPOS=34340284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:47:37:0:0:47:38:0:0 chr17 34391783 . C T 118.84 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0413576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5429;QD=13.2042;RBI=0.0420582;REFB=0.00839977;REVB=0.00764495;RO=22;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293359;STB=0.674255;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0106232;OID=.;OPOS=34391783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:11:3:10:12:11:3:10:12 chr17 34431287 . G T 1205.1 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.282;QD=60.2551;RBI=0.0239687;REFB=0;REVB=0.021271;RO=0;SAF=22;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154625;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:80:0:0:74:80:1:52:22:0:0:54:26:0:0 chr17 34431961 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.108;QD=35.5759;RBI=0.0417629;REFB=0;REVB=0.0329739;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65042e-05;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr17 34854280 . G A 368.54 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0220796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4845;QD=19.3966;RBI=0.0348175;REFB=0.0235214;REVB=0.0269211;RO=38;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243832;STB=0.513545;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00968673;OID=.;OPOS=34854280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:22:16:15:23:22:16:15:23 chr17 34956585 . CCA C 226.96 PASS AF=0.465753;AO=32;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0114635;FXX=0.0519413;HRUN=2;LEN=2;MLLD=199.003;QD=12.4362;RBI=0.0228088;REFB=-0.0158385;REVB=-0.0197188;RO=35;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0.303681;SSSB=-0.0246802;STB=0.515655;STBP=0.822;TYPE=del;VARB=0.0193156;OID=.;OPOS=34956586;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465753:32:74:34:73:39:13:21:16:23:99:35:12:20:14:21 chr17 35478362 . T C 718.59 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.3;QD=61.1562;RBI=0.0378002;REFB=-0.056243;REVB=0.0347472;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016492;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:24:23:0:0 chr17 35609866 . C T 566.57 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.136;QD=59.6394;RBI=0.056408;REFB=0;REVB=0.0498819;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327831;OID=.;OPOS=35609866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:14:24:0:0 chr17 35696804 . G A 254.99 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.417;QD=50.9978;RBI=0.0170757;REFB=0;REVB=0.0163908;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48127e-05;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:11:9:0:0 chr17 35743010 . C G 210.35 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0126457;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2007;QD=18.2913;RBI=0.0359183;REFB=-0.0181031;REVB=0.0336186;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112262;STB=0.563615;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0136563;OID=.;OPOS=35743010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:9:16:11:10:9:16 chr17 35771468 . C T 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4131;QD=54.51;RBI=0.038122;REFB=0;REVB=0.0302592;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179333;OID=.;OPOS=35771468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr17 35873399 . TA T 138.32 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0720335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.713;QD=9.22102;RBI=0.0864956;REFB=-0.0313356;REVB=0.0478817;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186851;STB=0.523791;STBP=0.752;TYPE=del;VARB=0.0394323;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:25:60:26:60:34:11:15:13:21:99:34:10:15:13:21 chr17 35984410 . T C 632.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.209;QD=61.6688;RBI=0.0195782;REFB=0;REVB=0.0150698;RO=0;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43945e-05;OID=.;OPOS=35984410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:34:7:0:0:34:7:0:0 chr17 35988672 . C T 727.37 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2275;QD=57.0484;RBI=0.0117394;REFB=0;REVB=-0.0110145;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020408;OID=.;OPOS=35988672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr17 35995638 . T A 1066.27 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0346584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.188;QD=58.4257;RBI=0.0443151;REFB=-0.0424918;REVB=0.0276156;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122839;STB=0.506492;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000229305;OID=.;OPOS=35995638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:34:38:1:0:34:38:1:0 chr17 36003359 . A G 716.43 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0244912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.871;QD=60.9725;RBI=0.0417823;REFB=-0.126969;REVB=0.0338517;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00104467;OID=.;OPOS=36003359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:47:0:1:46:46:0.978723:16:30:0:0:16:30:1:0 chr17 36358847 . T A 919.25 PASS AF=0.607407;AO=82;DP=136;FAO=82;FDP=135;FR=.;FRO=53;FSAF=56;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00427979;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7794;QD=27.237;RBI=0.024321;REFB=-0.00815174;REVB=-0.0239415;RO=53;SAF=56;SAR=26;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341096;STB=0.518514;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00873565;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:53:53:82:82:0.607407:26:56:34:19:26:56:34:19 chr17 36387082 . C T 210.08 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0488277;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0055;QD=18.2677;RBI=0.0507683;REFB=-0.0165939;REVB=0.0139027;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125597;STB=0.571361;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00526847;OID=.;OPOS=36387082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:11:14:9:12:11:14 chr17 36484036 . C G 181.67 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0260282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.847;QD=24.2225;RBI=0.0277583;REFB=-0.040014;REVB=0.00964637;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217112;STB=0.522363;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.029702;OID=.;OPOS=36484036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:12:12:17:18:0.6:8:9:6:6:8:10:6:6 chr17 36617210 . A G 508.59 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=-0.0311766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.121;QD=16.675;RBI=0.0510282;REFB=-0.0173649;REVB=-0.0403968;RO=65;SAF=29;SAR=26;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16327;STB=0.596945;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0217583;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:67:55:55:0.45082:26:29:45:20:26:29:47:20 chr17 36622584 . GA AC 36.38 PASS AF=0.0943396;AO=11;DP=110;FAO=10;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=65;FWDB=-0.0175268;FXX=0.0363603;HRUN=2;LEN=2;MLLD=75.1297;QD=1.373;RBI=0.145341;REFB=-0.00288053;REVB=-0.14428;RO=81;SAF=9;SAR=2;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480373;STB=0.936223;STBP=0.017;TYPE=mnp;VARB=0.0735897;OID=.;OPOS=36622584;OREF=GA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:110:106:81:96:11:10:0.0943396:2:9:33:48:1:9:31:65 chr17 36635721 . C T 388.04 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00645274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.931;QD=55.4337;RBI=0.0105781;REFB=0;REVB=-0.00838198;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262816;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:12:16:0:0 chr17 36646386 . A G 2565.61 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.973;QD=61.822;RBI=0.0857172;REFB=0;REVB=0.0836699;RO=0;SAF=95;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95519e-05;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:165:166:1:70:95:0:0:71:95:0:0 chr17 36861983 . T C 1162.97 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4965;QD=60.414;RBI=0.0267175;REFB=0;REVB=0.00724844;RO=0;SAF=18;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456497;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:58:18:0:0:58:19:0:0 chr17 36890949 . T C 140.95 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=9.82213e-05;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.499;QD=17.6189;RBI=0.00212557;REFB=-0.0137846;REVB=0.0021233;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863963;STB=0.569527;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0242164;OID=.;OPOS=36890949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:32:14:17:15:15:0.46875:6:9:7:7:6:9:8:9 chr17 36906480 . G A 351.41 PASS AF=0.625;AO=31;DP=53;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.157423;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.0936;QD=25.1005;RBI=0.170761;REFB=-0.0326378;REVB=0.0661612;RO=21;SAF=10;SAR=21;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122273;STB=0.529395;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0239674;OID=.;OPOS=36906480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:21:21:31:35:0.625:21:10:10:11:21:14:10:11 chr17 36909061 . A G 536.86 PASS AF=0.95;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.107421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0405;QD=53.6862;RBI=0.110049;REFB=0.0936027;REVB=0.0239104;RO=2;SAF=25;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359871;STB=0.517848;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0010072;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:40:2:2:36:38:0.95:11:25:2:0:11:27:2:0 chr17 36922196 . A G 239.5 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.029091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.516;QD=18.0751;RBI=0.0311427;REFB=-0.0119933;REVB=-0.0111168;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851628;STB=0.547789;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0117788;OID=.;OPOS=36922196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:12:15:12:14:12:15 chr17 36922839 . C G 260.36 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00573655;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.169;QD=23.6694;RBI=0.0318806;REFB=-0.0240154;REVB=-0.0313603;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815005;STB=0.545417;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0125373;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:12:12:8:12:12:12:8:12 chr17 36926731 . T G 337.63 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0025627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3138;QD=17.5393;RBI=0.0194423;REFB=-0.0129034;REVB=0.0192726;RO=40;SAF=15;SAR=21;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320611;STB=0.512188;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0148536;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:21:15:18:22:21:15:18:23 chr17 36926767 . G A 275.06 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0183817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.761;QD=15.4962;RBI=0.0200952;REFB=0.0042836;REVB=0.00811982;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109335;STB=0.561605;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00584673;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:16:15:15:25:16:15:15:25 chr17 36990036 . GC G 111.99 PASS AF=0.375;AO=19;DP=59;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.22222;FXX=0.0666556;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.7585;QD=7.99913;RBI=0.222491;REFB=0.0585403;REVB=-0.0109635;RO=33;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0.411168;SSSB=0.0557274;STB=0.564997;STBP=0.481;TYPE=del;VARB=-0.111657;OID=.;OPOS=36990037;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:19:59:21:56:35:8:13:10:25:99:33:6:13:9:24 chr17 37017938 . G A 131.88 PASS AF=0.395349;AO=15;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00133295;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.9062;QD=12.2679;RBI=0.0222107;REFB=-0.044303;REVB=-0.0221706;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109898;STB=0.520685;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0770477;OID=.;OPOS=37017938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:26:15:17:0.395349:6:9:11:7:6:11:16:10 chr17 37017969 . T G 220.35 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0415703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8106;QD=16.0254;RBI=0.0478159;REFB=-0.00215121;REVB=-0.0236278;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901225;STB=0.550979;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00315271;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:16:14:14:11:16:14 chr17 37054772 . C T 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0180994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.889;QD=13.314;RBI=0.0182521;REFB=0.00592302;REVB=0.00235599;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311942;STB=0.667593;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00824642;OID=.;OPOS=37054772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:13:9:23:9:13:9:23:10 chr17 37054884 . A G 86.53 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00813556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.292;QD=13.3129;RBI=0.0330616;REFB=-0.0174116;REVB=-0.032045;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200253;STB=0.599815;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.050743;OID=.;OPOS=37054884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:14:15:11:11:0.423077:4:7:6:8:4:7:7:8 chr17 37070646 . G A 348.61 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0270222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.375;QD=33.2005;RBI=0.034351;REFB=-0.033015;REVB=0.0212082;RO=13;SAF=11;SAR=18;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09323;STB=0.550985;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0151228;OID=.;OPOS=37070646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:13:29:29:0.690476:18:11:7:6:18:11:7:6 chr17 37070658 . A G 90.78 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0463803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6387;QD=8.06902;RBI=0.0871289;REFB=-0.0277438;REVB=-0.0737585;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360108;STB=0.716998;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0382331;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:5:7:9:24:5:7:9:24 chr17 37076331 . G A 274.2 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.056616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.99;QD=24.9275;RBI=0.0572648;REFB=-0.0463622;REVB=0.00859564;RO=19;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198882;STB=0.610024;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0151643;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:12:13:5:14:12:13:5:14 chr17 37101380 . T C 667.23 PASS AF=0.92;AO=45;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0418763;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.607;QD=53.3784;RBI=0.0492695;REFB=-0.162281;REVB=0.0259588;RO=4;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646971;STB=0.533319;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00175065;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:50:50:4:4:45:46:0.92:27:18:0:4:28:18:0:4 chr17 37213317 . C A,G 333.43 PASS AF=0.92,0.08;AO=23,2;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687702,-0.0127611;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.1903,48.2076;QD=53.3494;RBI=0.0494718,0.0248295;REFB=0,0;REVB=0.0489914,0.0212992;RO=0;SAF=12,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00847545,0.0158205;OID=.,.;OPOS=37213317,37213317;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:25:25:0:0:23,2:23,2:0.92,0.08:11,0:12,2:0:0:11,0:12,2:0:0 chr17 37224102 . C T 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00607289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.022;QD=21.377;RBI=0.0398322;REFB=-0.0162055;REVB=-0.0393665;RO=22;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138651;STB=0.578024;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0142809;OID=.;OPOS=37224102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:15:8:11:11:15:8:11:11 chr17 37228765 . A G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.424;QD=49.5942;RBI=0.0373267;REFB=0;REVB=-0.0218065;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130955;OID=.;OPOS=37228765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr17 37235720 . C T 205.14 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0301288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.855;QD=15.7801;RBI=0.0686506;REFB=-0.0283328;REVB=-0.0616859;RO=29;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328658;STB=0.686117;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0325158;OID=.;OPOS=37235720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:8:15:9:20:8:15:9:20 chr17 37235754 . C T 268.98 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0140942;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5082;QD=16.3021;RBI=0.0187429;REFB=-0.00188095;REVB=0.0123552;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235237;STB=0.622676;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00258297;OID=.;OPOS=37235754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:14:16:10:25:14:16:11:25 chr17 37243927 . A G 132.98 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0428264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.112;QD=15.1972;RBI=0.0443561;REFB=-0.0104261;REVB=-0.0115486;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.618879;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0177116;OID=.;OPOS=37243927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:20:14:15:0.428571:11:3:9:11:11:4:9:11 chr17 37349710 . C G 2823.06 PASS AF=0.984127;AO=179;DP=184;FAO=186;FDP=189;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=162;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.109107;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.127;QD=59.7473;RBI=0.116255;REFB=-0.169232;REVB=0.0401371;RO=2;SAF=21;SAR=158;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431976;STB=0.507137;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00100045;OID=.;OPOS=37349710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:184:189:2:3:179:186:0.984127:158:21:2:0:162:24:1:2 chr17 37410892 . C G 943.2 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257198;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.535;QD=58.9499;RBI=0.025765;REFB=0;REVB=0.00152594;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117154;OID=.;OPOS=37410892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr17 37814080 . G A 229.43 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00481736;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.028;QD=17.6486;RBI=0.0185674;REFB=-0.0412765;REVB=0.0179316;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137579;STB=0.577275;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0480365;OID=.;OPOS=37814080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:17:10:13:12:17:10 chr17 37822311 . A C 76.8 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.013491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.98;QD=12.8002;RBI=0.0306371;REFB=-0.0335493;REVB=-0.0275068;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557404;STB=0.50998;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0306625;OID=.;OPOS=37822311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:14:14:9:10:0.416667:3:6:10:4:3:7:10:4 chr17 37828496 . T C 162.79 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.028825;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.256;QD=18.6042;RBI=0.0315826;REFB=-0.0209685;REVB=0.0129066;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138146;STB=0.578852;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0169321;OID=.;OPOS=37828496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:9:9:11:6:9:9 chr17 37828787 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.000586909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.635;QD=12.0157;RBI=0.00797022;REFB=-0.0186278;REVB=-0.00794858;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413635;STB=0.756614;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0219904;OID=.;OPOS=37828787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:3:4:1:5:3:4 chr17 37829129 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0955208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0956;QD=10.6347;RBI=0.101717;REFB=0.0227635;REVB=-0.0349592;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279975;STB=0.666296;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0628382;OID=.;OPOS=37829129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:10:3:4:4:10:3 chr17 37830900 . A G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00776715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.318;QD=16.0341;RBI=0.0150474;REFB=-0.0134999;REVB=0.0128878;RO=28;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144286;STB=0.583246;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0186305;OID=.;OPOS=37830900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:6:14:16:12:6:14:16:12 chr17 37879588 . A G 293.25 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00354469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.571;QD=23.0003;RBI=0.0200507;REFB=-0.0457504;REVB=0.0197348;RO=20;SAF=14;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136318;STB=0.57138;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0319714;OID=.;OPOS=37879588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:22:29:29:0.568627:15:14:6:14:15:14:7:15 chr17 37884037 . C G 151.16 PASS AF=0.485714;AO=14;DP=31;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0126936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.8394;QD=17.2755;RBI=0.0330505;REFB=-0.0387725;REVB=0.0305157;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837908;STB=0.512181;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0483535;OID=.;OPOS=37884037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:35:17:18:14:17:0.485714:7:7:7:10:10:7:7:11 chr17 37898543 . T C 361.76 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102637;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8929;QD=55.6546;RBI=0.104339;REFB=0;REVB=0.0187697;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000643164;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr17 38121993 . G A 1560.94 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5155;QD=63.0684;RBI=0.023462;REFB=0;REVB=0.0106176;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013724;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:44:53:0:0:46:53:0:0 chr17 38131187 . C A 894.39 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0494684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1543;QD=55.0392;RBI=0.0509252;REFB=-0.161456;REVB=-0.0120936;RO=2;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236012;STB=0.512496;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00593253;OID=.;OPOS=38131187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:65:65:2:2:63:63:0.969231:39:24:0:2:39:24:0:2 chr17 38246286 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0142748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.007;QD=21.9436;RBI=0.0226134;REFB=-0.0412957;REVB=-0.0175385;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047897;STB=0.526993;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0130161;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:6:6:9:7:6:6 chr17 38350583 . G A 112.17 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0132072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.472;QD=16.6174;RBI=0.0676145;REFB=-0.00516415;REVB=0.0663121;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162267;STB=0.592887;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00452295;OID=.;OPOS=38350583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:10:4:6:7:10:4 chr17 38457151 . G A 272.23 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.000783956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.565;QD=17.2841;RBI=0.0157809;REFB=-0.0214783;REVB=0.0157615;RO=33;SAF=8;SAR=22;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307491;STB=0.673348;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0252247;OID=.;OPOS=38457151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:22:8:19:14:22:8:19:14 chr17 38640744 . C T 82.08 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00339879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8868;QD=9.11999;RBI=0.0350695;REFB=-0.0122227;REVB=-0.0349044;RO=25;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387776;STB=0.740691;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0448772;OID=.;OPOS=38640744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:9:2:12:13:9:2:12:13 chr17 38645125 . A G 175.16 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0157017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4877;QD=10.0088;RBI=0.0890285;REFB=-0.0218619;REVB=-0.0876329;RO=46;SAF=3;SAR=20;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552533;STB=0.824721;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0382202;OID=.;OPOS=38645125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:47:23:23:0.328571:20:3:26:20:20:3:26:21 chr17 38801818 . TAAAAC TAAA,TAAAC,TAAACT,TTAAAC 133.98 PASS AF=0,0.777778,0.111111,0;AO=2,7,2,2;DP=18;FAO=0,14,2,0;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=0,13,2,0;FSAR=0,1,0,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0772942,-0.0258866,0.030259,0.089327;FXX=0.0526039;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,1,2,1;MLLD=37.7559,15.2148,12.9861,10.722;QD=29.7732;RBI=0.0997017,0.192336,0.248912,0.263667;REFB=-0.0226641,0.084322,0.00357197,0.0728701;REVB=0.0629766,0.190586,0.247066,0.248075;RO=3;SAF=2,7,2,2;SAR=0,0,0,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.666583,0.791268,0.666583,0.666583;STB=0.5,0.649735,0.992443,0.5;STBP=1,0.121,0.312,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0,0.0154102,0.0274353,0;OID=.,.,.,.;OPOS=38801822,38801819,38801822,38801819;OREF=AC,A,AC,A;OALT=-,-,CT,T;OMAPALT=TAAA,TAAAC,TAAACT,TTAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.777778,0.111111,0:2,7,2,2:18:0,14,2,0:18:2:0,13,2,0:0,1,0,0:1:1:8:3:2,7,2,2:0,0,0,0:1:2 chr17 38855772 . T C 146.87 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0305708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2126;QD=11.2974;RBI=0.0443635;REFB=-0.0251178;REVB=-0.0321487;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286821;STB=0.666496;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.066752;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:8:10:10:24:8:10:10:24 chr17 38857446 . C A 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0260844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.836;QD=19.2745;RBI=0.0366829;REFB=-0.0265753;REVB=0.0257921;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128261;STB=0.572376;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.039834;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:16:10:12:11:16:10 chr17 38911212 . G A 900.13 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147666;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.892;QD=58.0728;RBI=0.0360376;REFB=0;REVB=-0.0328733;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236176;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:40:21:0:0:41:21:0:0 chr17 38911327 . C G 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0423783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7505;QD=11.2144;RBI=0.0778207;REFB=0.00863135;REVB=0.0652698;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222656;STB=0.631421;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0128899;OID=.;OPOS=38911327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:7:9:12:21:7:9:12:21 chr17 38911363 . G A 282.94 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00615064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6913;QD=23.0968;RBI=0.0203682;REFB=-0.0197018;REVB=0.0194173;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506428;STB=0.546715;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0120331;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:22:23:25:26:0.530612:14:11:11:11:15:11:12:11 chr17 38928014 . A G 384.5 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0137605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.772;QD=23.303;RBI=0.0229359;REFB=-0.0241087;REVB=-0.0183495;RO=28;SAF=18;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203277;STB=0.511176;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0229224;OID=.;OPOS=38928014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:20:18:14:14:20:18:14:14 chr17 38935812 . A G 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9974;QD=56.9507;RBI=0.007754;REFB=0;REVB=0.00731565;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25586e-05;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr17 38936659 . C T 221.98 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00843506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.64;QD=14.5562;RBI=0.0100246;REFB=0.00926718;REVB=0.00541682;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178251;STB=0.600461;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.014328;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:9:26:15:11:9:26 chr17 38938316 . C T 69.93 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0126744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.323;QD=16.4546;RBI=0.0252385;REFB=-0.0242523;REVB=0.0218252;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117469;STB=0.545357;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0267776;OID=.;OPOS=38938316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:8:8:9:0.529412:5:3:2:6:6:3:2:6 chr17 38950239 . C T 309.47 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0493949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.352;QD=16.0762;RBI=0.0494078;REFB=-0.0143994;REVB=0.00112799;RO=43;SAF=8;SAR=26;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328449;STB=0.686424;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0142969;OID=.;OPOS=38950239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:26:8:23:20:26:8:23:20 chr17 38950251 . A G 292.72 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0151173;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.139;QD=16.7266;RBI=0.0304953;REFB=-0.0180588;REVB=-0.0264846;RO=36;SAF=8;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205006;STB=0.624916;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0107243;OID=.;OPOS=38950251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:38:31:32:0.457143:23:8:16:20:24:8:17:21 chr17 38950272 . T C 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0636819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.901;QD=17.9428;RBI=0.0646227;REFB=-0.0265491;REVB=-0.0109869;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150266;STB=0.583617;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0295327;OID=.;OPOS=38950272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:7:22:17:11:7:22 chr17 38955961 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0279267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.811;QD=12.0157;RBI=0.0312198;REFB=-0.00913657;REVB=0.0139562;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413635;STB=0.756614;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00573894;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:4:3:5:1:4:3 chr17 38978536 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.139;QD=53.2772;RBI=0.0115265;REFB=0;REVB=-0.0111127;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07284e-05;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr17 38990834 . G C 264.1 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0194963;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.937;QD=14.0851;RBI=0.02529;REFB=-0.0249807;REVB=0.0161084;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297882;STB=0.642099;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.025255;OID=.;OPOS=38990834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:40:26:26:0.346667:12:14:7:24:12:14:12:28 chr17 38991003 . T C 530.16 PASS AF=0.409722;AO=59;DP=144;FAO=59;FDP=144;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0136845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.852;QD=14.7267;RBI=0.0203066;REFB=-0.017151;REVB=0.015003;RO=82;SAF=24;SAR=35;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343457;STB=0.531443;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0253365;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:82:85:59:59:0.409722:35:24:36:46:35:24:39:46 chr17 38991032 . T A 689.42 PASS AF=0.472603;AO=65;DP=142;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0315015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3188;QD=18.8883;RBI=0.0592161;REFB=-0.0268157;REVB=0.0501418;RO=76;SAF=23;SAR=42;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959166;STB=0.561558;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0342882;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:146:76:77:65:69:0.472603:42:23:34:42:46:23:34:43 chr17 39081713 . A G 1820.22 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004137;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.13;QD=60.6738;RBI=0.0167012;REFB=-0.0608571;REVB=0.0161808;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000818511;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:122:120:0:0:119:120:1:61:58:0:0:62:58:0:0 chr17 39084504 . T C 1287.6 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.202;QD=60.593;RBI=0.0534289;REFB=-0.0411657;REVB=0.0523642;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000846892;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:0:1:84:84:0.988235:46:38:0:0:46:38:0:1 chr17 39134455 . G A 78.62 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0188163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.536;QD=14.975;RBI=0.0190498;REFB=-0.0139067;REVB=0.00297372;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305863;STB=0.679246;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0250291;OID=.;OPOS=39134455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:4:7:3:7:4:7 chr17 39135205 . A G 728.6 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.378;QD=57.1452;RBI=0.0265155;REFB=0;REVB=0.0185404;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103263;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr17 39135207 . A G 176.61 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00121765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.973;QD=14.1287;RBI=0.038586;REFB=-0.0213393;REVB=0.0385668;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11387;STB=0.565969;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0321304;OID=.;OPOS=39135207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:9:10:13:18:9:10:13:18 chr17 39137297 . C T 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2683;QD=52.6096;RBI=0.00525689;REFB=0;REVB=0.00496847;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157645;OID=.;OPOS=39137297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr17 39150167 . G A 661.41 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0871965;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4727;QD=60.1282;RBI=0.0915803;REFB=-0.0129247;REVB=0.027995;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228919;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00129947;OID=.;OPOS=39150167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:42:43:0.977273:22:20:1:0:23:20:1:0 chr17 39150232 . C T 225.95 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.014885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6551;QD=20.5407;RBI=0.0151681;REFB=-0.0193492;REVB=0.00291674;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238718;STB=0.634027;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0111077;OID=.;OPOS=39150232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:9:13:7:15:9:13:7:15 chr17 39150284 . A G 526.48 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0103755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.036;QD=56.9164;RBI=0.020691;REFB=0.00997918;REVB=0.0179015;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228293;STB=0.512188;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00109771;OID=.;OPOS=39150284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:20:16:0:1:20:16:0:1 chr17 39150357 . A G 805.06 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.378;QD=64.405;RBI=0.0329123;REFB=0;REVB=-0.00275795;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154889;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr17 39156027 . G A 281.93 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0274961;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.593;QD=14.4578;RBI=0.0308986;REFB=-0.0232436;REVB=0.0140957;RO=45;SAF=8;SAR=23;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690792;STB=0.556415;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0394536;OID=.;OPOS=39156027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:31:32:0.410256:23:8:14:31:24:8:15:31 chr17 39186031 . C T 737.27 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941734;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4397;QD=55.6433;RBI=0.0250927;REFB=0;REVB=-0.0232585;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403315;OID=.;OPOS=39186031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:36:16:0:0:37:16:0:0 chr17 39186168 . A C 538.01 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.412;QD=59.7784;RBI=0.0271178;REFB=0;REVB=-0.0147971;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87235e-05;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr17 39186220 . G A 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.906;QD=61.6797;RBI=0.0171103;REFB=0;REVB=-0.0106889;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87551e-06;OID=.;OPOS=39186220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr17 39190758 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0250678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.552;QD=16.9315;RBI=0.0444485;REFB=-0.00130208;REVB=-0.0367053;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107737;STB=0.542183;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000751882;OID=.;OPOS=39190758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:7:5:6:5:7:5:6:6 chr17 39197176 . G A 45.15 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0511517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9601;QD=8.59991;RBI=0.0512165;REFB=-0.0231134;REVB=0.00257543;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152225;STB=0.594327;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.065285;OID=.;OPOS=39197176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:8:6:4:3:8:6 chr17 39197378 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0458476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.466;QD=11.8305;RBI=0.0460768;REFB=-0.0182079;REVB=-0.00459022;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697097;STB=0.541327;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0215405;OID=.;OPOS=39197378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:7:11:6:5:7:11 chr17 39203490 . G C 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.031873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6828;QD=14.6533;RBI=0.0498662;REFB=-0.0367296;REVB=-0.0383504;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391876;STB=0.726669;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.01868;OID=.;OPOS=39203490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:0:5:3:3:0:5 chr17 39203521 . GTGGTGTCTGAGGC G 37.28 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00640459;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=13;MLLD=303.395;QD=6.77871;RBI=0.0931889;REFB=-0.0154238;REVB=-0.0929686;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374671;STB=0.841318;STBP=0.169;TYPE=del;VARB=0.0405752;OID=.;OPOS=39203522;OREF=TGGTGTCTGAGGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:6:23:6:22:16:4:2:2:14:37:8:4:2:2:6 chr17 39203553 . G T 201.83 PASS AF=0.703704;AO=18;DP=26;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0573905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9845;QD=29.9003;RBI=0.0584856;REFB=-0.0539494;REVB=0.0112646;RO=8;SAF=1;SAR=17;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.525515;STB=0.708063;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0269899;OID=.;OPOS=39203553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:8:8:18:19:0.703704:17:1:4:4:17:2:4:4 chr17 39211010 . A G 205.45 PASS AF=0.488372;AO=19;DP=41;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00674559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.474;QD=19.1115;RBI=0.0103963;REFB=-0.0187737;REVB=0.0079108;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955612;STB=0.585503;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0191813;OID=.;OPOS=39211010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:21:22:19:21:0.488372:8:11:10:11:8:13:10:12 chr17 39211037 . G C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0141175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.759;QD=10.0753;RBI=0.0141193;REFB=-0.0282373;REVB=-0.00022773;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746008;STB=0.545342;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.051616;OID=.;OPOS=39211037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:6:8:4:4:6:8 chr17 39216302 . T TG 81.35 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0980963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.7184;QD=7.56744;RBI=0.142464;REFB=-0.0605835;REVB=-0.10331;RO=25;SAF=14;SAR=2;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36613;STB=0.743453;STBP=0.036;TYPE=ins;VARB=0.0497415;OID=.;OPOS=39216303;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395349:16:42:17:43:26:15:2:16:10:81:25:14:2:16:9 chr17 39253815 . G A 55.88 PASS AF=0.7;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0123681;FXX=0.0908265;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.648;QD=22.3528;RBI=0.0173624;REFB=-0.00840406;REVB=0.0121853;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00586181;OID=.;OPOS=39253815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:11:10:3:3:7:7:0.7:5:2:1:2:5:2:1:2 chr17 39253835 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0444156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6749;QD=21.169;RBI=0.0449969;REFB=0.0182854;REVB=-0.00720943;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00594847;OID=.;OPOS=39253835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:1:2:5:2:1:2 chr17 39254335 . A AT 446.81 PASS AF=0.450617;AO=73;DP=165;FAO=73;FDP=162;FR=.;FRO=89;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=0.0505406;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.6676;QD=11.0324;RBI=0.0890555;REFB=-0.0108954;REVB=0.0733248;RO=91;SAF=40;SAR=33;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107818;STB=0.56621;STBP=0.145;TYPE=ins;VARB=0.0151385;OID=.;OPOS=39254336;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.450617:73:165:73:162:89:40:33:38:51:99:91:40:33:40:51 chr17 39258027 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0222612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.011;QD=20.2097;RBI=0.0570423;REFB=-0.00676783;REVB=-0.0525192;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181636;STB=0.61523;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00435444;OID=.;OPOS=39258027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:9:10:13:13:0.565217:4:9:8:1:4:9:9:1 chr17 39274069 . G C 162.11 PASS AF=0.695652;AO=15;DP=22;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.207109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5476;QD=28.1925;RBI=0.215174;REFB=-0.0314948;REVB=0.0583619;RO=7;SAF=11;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197586;STB=0.61523;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0255229;OID=.;OPOS=39274069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:22:23:7:7:15:16:0.695652:4:11:3:4:4:12:3:4 chr17 39274518 . C T 408.55 PASS AF=0.506173;AO=38;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00233642;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.179;QD=20.1754;RBI=0.00427158;REFB=0.0049132;REVB=-0.00357597;RO=40;SAF=25;SAR=13;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240886;STB=0.616731;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00281767;OID=.;OPOS=39274518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:38:41:0.506173:13:25:16:24:15:26:16:24 chr17 39305956 . G A 218.48 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00189053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0626;QD=31.2116;RBI=0.0863908;REFB=-0.0477393;REVB=0.0863701;RO=8;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026098;STB=0.514374;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00893134;OID=.;OPOS=39305956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:28:28:8:8:20:20:0.714286:11:9:4:4:11:9:4:4 chr17 39334456 . G A 741.01 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0974564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.03;QD=60.4908;RBI=0.114864;REFB=-0.151884;REVB=0.0607952;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00302586;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:25:22:1:0:26:22:1:0 chr17 39340707 . C T 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.575;QD=56.7037;RBI=0.0777954;REFB=0;REVB=-0.0451807;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172968;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr17 39340812 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.464;QD=35.5758;RBI=0.0265486;REFB=0;REVB=-0.0265486;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000765597;OID=.;OPOS=39340812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:6:0:0:0:7:0:0:0 chr17 39341158 . G A 623.41 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3308;QD=60.8205;RBI=0.0203979;REFB=0;REVB=-0.0142946;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114046;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:17:24:0:0 chr17 39341266 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0671889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.226;QD=48.737;RBI=0.0739754;REFB=0;REVB=-0.0309518;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109303;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr17 39341294 . T A 166.76 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440573;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.138;QD=47.6452;RBI=0.047337;REFB=0;REVB=0.0173132;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138066;OID=.;OPOS=39341294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:14:0:0:15:14:1:12:3:0:0:10:4:0:0 chr17 39341473 . G C 177.52 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.011387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0257;QD=21.5178;RBI=0.01143;REFB=-0.00377138;REVB=0.000990402;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277238;STB=0.656857;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00240114;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:13:5:9:6:13:5:9:6 chr17 39346518 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.538;QD=44.6898;RBI=0.112443;REFB=0;REVB=0.0913938;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162906;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr17 39346570 . CA TG 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00546878;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.783;QD=12.3961;RBI=0.00546878;REFB=-0.0175177;REVB=0;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00958439;OID=.;OPOS=39346570;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:0:5:5:0:0:5:5:0 chr17 39346574 . AA TC 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0577623;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=156.263;QD=16.8235;RBI=0.0577623;REFB=-0.0674564;REVB=0;RO=4;SAF=7;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0282864;OID=.;OPOS=39346574;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:12:4:5:7:7:0.583333:0:7:4:0:0:7:5:0 chr17 39346578 . C G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.009108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5565;QD=16.8227;RBI=0.009108;REFB=0.0195492;REVB=0;RO=5;SAF=7;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.02314;OID=.;OPOS=39346578;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:0:7:5:0:0:7:5:0 chr17 39383335 . C G 393.19 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.5331;QD=56.1694;RBI=0.0886627;REFB=0;REVB=-0.0148725;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711731;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr17 39394674 . A G 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00262134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.822;QD=10.1407;RBI=0.019717;REFB=-0.00467226;REVB=0.019542;RO=28;SAF=11;SAR=2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422413;STB=0.759912;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0141423;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:2:11:15:13:2:11:15:13 chr17 39394729 . C A 30.11 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.093558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3869;QD=10.0357;RBI=0.0955456;REFB=-0.00920492;REVB=0.0193871;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090044;STB=0.555348;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0279512;OID=.;OPOS=39394729;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:6:1:1:4:6:1 chr17 39406409 . C A 401.23 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0255509;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7137;QD=18.6619;RBI=0.0565613;REFB=-0.02298;REVB=0.0504612;RO=45;SAF=15;SAR=26;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160926;STB=0.589833;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0231853;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:26:15:24:21:26:15:24:21 chr17 39406447 . A G 483.55 PASS AF=0.49505;AO=49;DP=99;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00569287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.173;QD=19.1505;RBI=0.0262959;REFB=-0.0240606;REVB=-0.0256723;RO=50;SAF=24;SAR=25;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118558;STB=0.5643;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0283878;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:50:51:49:50:0.49505:25:24:31:19:26:24:31:20 chr17 39406567 . C A 259.45 PASS AF=0.356322;AO=30;DP=86;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0126248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.462;QD=11.9289;RBI=0.0128605;REFB=-0.0133288;REVB=0.00245094;RO=56;SAF=15;SAR=15;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603256;STB=0.524148;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0166318;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:56:56:30:31:0.356322:15:15:25:31:16:15:25:31 chr17 39406589 . A G 1535.39 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320704;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.242;QD=63.9747;RBI=0.0431724;REFB=0;REVB=0.0289023;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44181e-05;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:51:45:0:0:51:45:0:0 chr17 39406673 . T G 498.68 PASS AF=0.436508;AO=54;DP=124;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.00253405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.969;QD=15.831;RBI=0.0107804;REFB=-0.00756893;REVB=-0.0104784;RO=69;SAF=20;SAR=34;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211171;STB=0.628938;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0238132;OID=.;OPOS=39406673;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:69:71:54:55:0.436508:34:20:40:29:35:20:42:29 chr17 39412372 . G C 219.2 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00942037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2684;QD=13.9177;RBI=0.00943406;REFB=0.000624985;REVB=0.000508202;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584953;STB=0.533308;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00140386;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:14:12:15:22:14:12:15:22 chr17 39422677 . C T 802.14 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0913084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.721;QD=64.1713;RBI=0.0913228;REFB=0;REVB=0.00161987;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466903;OID=.;OPOS=39422677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:31:18:0:0:31:19:0:0 chr17 39432562 . A T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0375036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.559;QD=14.9786;RBI=0.0382791;REFB=-0.0116921;REVB=-0.0076663;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216798;STB=0.624776;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0148018;OID=.;OPOS=39432562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:9:2:4:6:9:2 chr17 39458476 . A T 341.19 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0148928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.414;QD=15.687;RBI=0.0544235;REFB=-0.00721476;REVB=-0.0523462;RO=50;SAF=21;SAR=15;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245479;STB=0.520449;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0125534;OID=.;OPOS=39458476;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:50:50:36:37:0.425287:15:21:28:22:15:22:28:22 chr17 39458573 . TGTACAGATGGTTG T 193.5 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-7.76903e-05;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=13;MLLD=306.789;QD=14.0729;RBI=0.029328;REFB=-0.00740781;REVB=-0.0293279;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172564;STB=0.626898;STBP=0.128;TYPE=del;VARB=0.00966639;OID=.;OPOS=39458574;OREF=GTACAGATGGTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418182:22:60:23:55:32:15:8:14:18:99:28:14:8:13:15 chr17 39458765 . A G 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0183431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.848;QD=20.4853;RBI=0.0238513;REFB=-0.0152255;REVB=-0.0152452;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798372;STB=0.545388;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0276477;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:6:5:5:9:6:5 chr17 39458893 . G A 251.76 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.017199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.3439;QD=20.5518;RBI=0.0441055;REFB=-0.0130216;REVB=-0.0406139;RO=24;SAF=6;SAR=18;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35389;STB=0.692139;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0140341;OID=.;OPOS=39458893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:25:24:24:0.489796:18:6:15:9:18:6:15:10 chr17 39464487 . G C 132.66 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0113821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.681;QD=15.1612;RBI=0.0323006;REFB=-0.0109307;REVB=0.0302288;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15887;STB=0.590798;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0281953;OID=.;OPOS=39464487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:4:16:10:5:4:16 chr17 39464736 . C G 30.38 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0533016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.1759;QD=8.1024;RBI=0.062542;REFB=-0.0151107;REVB=0.0327177;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236266;STB=0.64655;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0121452;OID=.;OPOS=39464736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:15:10:10:5:5:0.333333:3:2:2:8:3:2:2:8 chr17 39471929 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0128153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.52;QD=16.4544;RBI=0.0150037;REFB=-0.0125314;REVB=0.00780257;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443891;STB=0.768234;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00762045;OID=.;OPOS=39471929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:3:1:5:1:3:1 chr17 39503163 . G A 168.65 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0481636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0636;QD=16.062;RBI=0.0678653;REFB=-0.0209036;REVB=-0.0478119;RO=23;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814279;STB=0.538173;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0279333;OID=.;OPOS=39503163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:5:13:15:8:5:13:16:8 chr17 39535859 . A G 670.14 PASS AF=0.425287;AO=73;DP=173;FAO=74;FDP=174;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=-0.00779873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.887;QD=15.4054;RBI=0.00885671;REFB=-0.0231395;REVB=-0.00419776;RO=94;SAF=42;SAR=31;SRF=54;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000903027;STB=0.50729;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0295823;OID=.;OPOS=39535859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:94:100:73:74:0.425287:31:42:54:40:32:42:58:42 chr17 39578424 . G T 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0624295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.391;QD=8.36994;RBI=0.0646157;REFB=-0.0184564;REVB=0.016666;RO=28;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152963;STB=0.592207;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0423539;OID=.;OPOS=39578424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:8:3:5:23:8:3:5:23 chr17 39579059 . G A 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0421408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0601;QD=7.6289;RBI=0.0794136;REFB=0.00367936;REVB=0.0673103;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486163;STB=0.799314;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0109689;OID=.;OPOS=39579059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:14:6:6:2:14:6 chr17 39579112 . G A 130.08 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00761225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1533;QD=12.3887;RBI=0.0334673;REFB=-0.021394;REVB=0.0325901;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287878;STB=0.651354;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0150135;OID=.;OPOS=39579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:27:15:15:0.357143:11:4:13:12:11:4:13:14 chr17 39580559 . T A 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0054126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.535;QD=57.5424;RBI=0.050003;REFB=0;REVB=0.0497092;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104235;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr17 39580562 . T C 699.18 PASS AF=0.913793;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.01836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6742;QD=48.2192;RBI=0.0655665;REFB=-0.0409758;REVB=0.0629435;RO=5;SAF=19;SAR=34;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281484;STB=0.514973;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00948389;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:58:58:5:5:53:53:0.913793:34:19:1:4:34:19:1:4 chr17 39580660 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00737552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.893;QD=55.6537;RBI=0.0283435;REFB=0;REVB=0.027367;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132695;OID=.;OPOS=39580660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr17 39580739 . C A 174.11 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00665766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.784;QD=19.3452;RBI=0.0114382;REFB=-0.021924;REVB=0.00930098;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154992;STB=0.588134;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0195286;OID=.;OPOS=39580739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:9:9:6:12:9:9 chr17 39593768 . A G 911.8 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7664;QD=57.8923;RBI=0.075538;REFB=0;REVB=-0.0535568;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98737e-06;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr17 39595484 . G A 67.01 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0288029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1802;QD=3.88435;RBI=0.0603218;REFB=-0.00238409;REVB=0.053001;RO=57;SAF=6;SAR=6;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985991;STB=0.565111;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0184888;OID=.;OPOS=39595484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:69:69:57:57:12:12:0.173913:6:6:33:24:6:6:33:24 chr17 39616430 . G T 601.04 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.1979;QD=58.6384;RBI=0.103037;REFB=-0.0837295;REVB=0.0979858;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00443899;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:16:24:0:0:16:24:1:0 chr17 39616433 . C T 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.019599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1746;QD=15.171;RBI=0.0415982;REFB=-0.0133592;REVB=0.0366918;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129296;STB=0.548137;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0174576;OID=.;OPOS=39616433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:24:17:17:0.414634:7:10:15:6:7:10:16:8 chr17 39619093 . GT AC 671.33 PASS AF=1;AO=43;DP=48;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329131;FXX=0.124974;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.316;QD=63.936;RBI=0.0399439;REFB=0;REVB=0.0226327;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000142644;OID=.;OPOS=39619093;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:42:0:0:43:42:1:20:23:0:0:19:23:0:0 chr17 39619219 . G A 1026.62 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.864;QD=59.514;RBI=0.0414209;REFB=0;REVB=0.0409512;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134253;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:31:36:0:0:31:38:0:0 chr17 39622068 . G T 1810.14 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00373781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.5567;QD=59.349;RBI=0.0184182;REFB=0.0487649;REVB=-0.018035;RO=2;SAF=64;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00104249;STB=0.500549;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00100561;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:2:2:120:120:0.983607:56:64:1:1:56:64:1:1 chr17 39633317 . A C,G 373.27 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=4,23;DP=27;FAO=4,24;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3,18;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181568,-0.00503016;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.9003,51.1677;QD=53.324;RBI=0.0847876,0.0363387;REFB=0,0;REVB=0.0828207,-0.0359888;RO=0;SAF=4,17;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-2.9951e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.151417,0.00278936;OID=.,.;OPOS=39633317,39633317;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:27:28:0:0:4,23:4,24:0.142857,0.857143:0,6:4,17:0:0:1,6:3,18:0:0 chr17 39633354 . C T 358.24 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.676;QD=55.1136;RBI=0.0481273;REFB=0;REVB=-0.0481127;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147712;OID=.;OPOS=39633354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:8:17:0:0:8:18:0:0 chr17 39646021 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.562;QD=54.5177;RBI=0.0873189;REFB=0;REVB=0.0222458;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837472;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr17 39659194 . T C,G 793.55 PASS AF=0.982143,0.0178571;AO=54,2;DP=56;FAO=55,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37,1;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122635,-0.0298315;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.088,149.693;QD=56.6824;RBI=0.0133105,0.0325374;REFB=0,0;REVB=0.00517454,0.0129907;RO=0;SAF=36,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000421341,0.141165;OID=.,.;OPOS=39659194,39659194;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:56:0:0:54,2:55,1:0.982143,0.0178571:18,0:36,2:0:0:18,0:37,1:0:0 chr17 39659913 . G A 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130692;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5334;QD=63.8843;RBI=0.0182662;REFB=0;REVB=0.0127613;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032959;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr17 39661689 . G A 186.56 PASS AF=1;AO=8;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.506;QD=46.6387;RBI=0.0622196;REFB=0;REVB=0.0555775;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70543e-05;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:8:16:1:2:6:0:0:4:12:0:0 chr17 39670912 . G C,T 757.27 PASS AF=0.94,0.04;AO=47,2;DP=50;FAO=47,2;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=10,0;FSAR=37,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115251,-0.0217109;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=55.417,17.758;QD=60.5812;RBI=0.018285,0.0495731;REFB=-0.0235453,-0.0310389;REVB=0.0141955,-0.044566;RO=1;SAF=10,0;SAR=37,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0447127,-0.697199;STB=0.523799,0.993266;STBP=0.119,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.00412627,0.0168414;OID=.,.;OPOS=39670912,39670912;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:50:50:1:1:47,2:47,2:0.94,0.04:37,2:10,0:1:0:37,2:10,0:1:0 chr17 39674641 . T C 919.07 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00689029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.222;QD=54.0627;RBI=0.0337695;REFB=-0.037695;REVB=0.0330591;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014995;STB=0.50635;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00161669;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:1:3:65:65:0.955882:34:31:1:0:34:31:1:2 chr17 39681475 . A G 724.26 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449251;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3742;QD=55.7126;RBI=0.0483949;REFB=0;REVB=0.0179946;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079045;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:34:16:0:0:36:16:0:0 chr17 39684410 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0845283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9296;QD=33.4281;RBI=0.152267;REFB=0;REVB=-0.12665;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00417362;OID=.;OPOS=39684410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr17 39723803 . C T 68.58 PASS AF=0.473684;AO=7;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.151088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1823;QD=14.4383;RBI=0.182816;REFB=-0.0380902;REVB=0.102928;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328854;STB=0.691009;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0610719;OID=.;OPOS=39723803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:19:19:9:10:7:9:0.473684:3:4:8:1:4:5:9:1 chr17 39723990 . T A 62.23 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.166058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.636;QD=35.5624;RBI=0.169988;REFB=0;REVB=-0.0363422;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0147167;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr17 39727816 . T G 305.05 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2097;QD=53.0527;RBI=0.0416434;REFB=0;REVB=0.0324084;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936778;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr17 39728050 . G A 101.23 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4911;QD=40.4936;RBI=0.120378;REFB=0;REVB=0.0609901;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00565195;OID=.;OPOS=39728050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr17 39742718 . A G 764.88 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.155;QD=54.634;RBI=0.0147052;REFB=-0.0871623;REVB=-0.00854667;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200481;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00125391;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:31:23:1:0:31:24:1:0 chr17 39742894 . G A,C 128.04 PASS AF=0.75,0.25;AO=8,3;DP=11;FAO=9,3;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=5,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145224,-0.0122769;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=243.273,219.817;QD=42.6786;RBI=0.0160358,0.0161119;REFB=0,0;REVB=0.00680039,0.0104341;RO=0;SAF=4,0;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000991078,0.00100345;OID=.,.;OPOS=39742894,39742894;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:11:12:0:0:8,3:9,3:0.75,0.25:4,3:4,0:0:0:5,3:4,0:0:0 chr17 39742898 . GC AT 120.19 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168644;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.55;QD=43.7065;RBI=0.041185;REFB=0;REVB=0.0375739;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000989122;OID=.;OPOS=39742898;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr17 39743081 . G A 676.92 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0660709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.176;QD=60.1704;RBI=0.081437;REFB=-0.148801;REVB=0.0476091;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00163407;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:0:1:24:20:0:1 chr17 39766504 . A G 115.81 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0832071;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.9522;QD=42.1139;RBI=0.0957582;REFB=0;REVB=-0.0473942;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00679207;OID=.;OPOS=39766504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:3:5:0:0:3:8:0:0 chr17 39767744 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3744;QD=42.1804;RBI=0.0295528;REFB=0;REVB=-0.0264405;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428712;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 39780682 . G A 191.55 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00765961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.792;QD=22.5353;RBI=0.0139741;REFB=-0.0238881;REVB=0.0116879;RO=14;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150779;STB=0.572802;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0212523;OID=.;OPOS=39780682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:6:13:7:7:6:13:8:7 chr17 39786864 . CG C,CA 486.32 PASS AF=0.371429,0.628571;AO=12,22;DP=35;FAO=13,22;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212568,-0.00116256;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.1898,80.3951;QD=55.5792;RBI=0.0342558,0.0306129;REFB=0,0;REVB=-0.0341898,-0.0305908;RO=0;SAF=12,1;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.62339e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000140042,0.0059208;OID=.,.;OPOS=39786865,39786865;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.371429,0.628571:12,22:35:13,22:35:0:13,1:0,21:0:0:99:0:12,1:0,21:0:0 chr17 39846091 . C T 372.12 PASS AF=0.541667;AO=34;DP=67;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0161389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9597;QD=20.6733;RBI=0.0823297;REFB=-0.0114695;REVB=0.0807324;RO=33;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657832;STB=0.548782;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0146932;OID=.;OPOS=39846091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:33:33:34:39:0.541667:15:19:16:17:16:23:16:17 chr17 39871700 . G A 558.81 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0400374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.166;QD=55.8814;RBI=0.0806255;REFB=-0.22248;REVB=0.069982;RO=1;SAF=28;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164445;STB=0.517232;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00735719;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:2:38:38:0.95:10:28:1:0:10:28:2:0 chr17 39874267 . T A 557.12 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.239;QD=60.2295;RBI=0.0119504;REFB=0;REVB=0.00579418;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57378e-05;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:25:12:0:0 chr17 39874283 . T A 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8601;QD=58.1359;RBI=0.0208191;REFB=0;REVB=0.00350966;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474551;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr17 39879729 . CAGA C,CAGC 324.25 PASS AF=0.875,0.125;AO=19,3;DP=26;FAO=21,3;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=3,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000352824,-0.0762959;FXX=0.11107;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=170.235,38.5571;QD=54.041;RBI=0.0341339,0.0955428;REFB=0,0;REVB=-0.0341321,-0.0575096;RO=0;SAF=17,0;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.41729e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00195271,0.0108541;OID=.,.;OPOS=39879730,39879732;OREF=AGA,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.875,0.125:19,3:26:21,3:24:0:18,0:3,3:0:0:15:0:17,0:2,3:0:0 chr17 39880340 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.925;QD=60.9786;RBI=0.0254772;REFB=0;REVB=0.0134802;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51707e-05;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr17 39880545 . C T 360.52 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0122453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.319;QD=24.0346;RBI=0.0126247;REFB=-0.0172881;REVB=-0.00307189;RO=24;SAF=6;SAR=30;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100592;STB=0.555523;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0182497;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:30:6:6:18:30:6:6:18 chr17 39880571 . C A 169.53 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0392209;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.647;QD=16.5391;RBI=0.0410374;REFB=-0.00808946;REVB=0.0120743;RO=22;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799701;STB=0.584313;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0111654;OID=.;OPOS=39880571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:17:18:0.439024:14:3:5:17:15:3:6:17 chr17 39880573 . G A 205.82 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0286042;FXX=0.0499875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.178;QD=21.6657;RBI=0.0341601;REFB=-0.0288479;REVB=-0.0186738;RO=17;SAF=3;SAR=17;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122345;STB=0.561255;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0103288;OID=.;OPOS=39880573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:17:3:4:13:17:3:4:14 chr17 39880966 . G T 283.66 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0119371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.947;QD=19.9056;RBI=0.0120168;REFB=-0.0130632;REVB=-0.00138177;RO=27;SAF=22;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696839;STB=0.538878;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0110776;OID=.;OPOS=39880966;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:8:22:18:9:8:22:18:9 chr17 39881003 . C T 420.72 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0112662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.638;QD=17.9032;RBI=0.049106;REFB=-0.0018084;REVB=-0.0477962;RO=50;SAF=32;SAR=11;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122199;STB=0.576885;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00133876;OID=.;OPOS=39881003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:11:32:32:18:11:32:32:19 chr17 39881289 . G C 290.83 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0431851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4104;QD=43.0854;RBI=0.0602163;REFB=-0.208421;REVB=-0.0419649;RO=3;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894972;STB=0.548348;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00842287;OID=.;OPOS=39881289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:27:27:3:3:24:24:0.888889:14:10:0:3:14:10:0:3 chr17 39883595 . T C 112.2 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00648527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.852;QD=16.6224;RBI=0.0153295;REFB=0.000328204;REVB=-0.0138901;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199178;STB=0.629024;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.000475819;OID=.;OPOS=39883595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:6:7:4:9:6:7:4:10 chr17 39883672 . G A 138.02 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0319175;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.256;QD=17.8096;RBI=0.0382084;REFB=-0.0174118;REVB=0.0210036;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393257;STB=0.716101;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0173727;OID=.;OPOS=39883672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:16:15:15:0.483871:12:3:9:6:12:3:9:7 chr17 39884091 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.239;QD=55.6561;RBI=0.0322537;REFB=0;REVB=0.0149642;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54915e-05;OID=.;OPOS=39884091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr17 39884583 . G A 259.34 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0104512;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5821;QD=17.8857;RBI=0.0887307;REFB=-0.0292058;REVB=0.0881131;RO=28;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290468;STB=0.639326;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0160117;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:28:29:0.5:19:9:18:10:19:10:18:11 chr17 39887981 . G A 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0854902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.673;QD=33.9783;RBI=0.0856764;REFB=0.0148165;REVB=0.005645;RO=2;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902947;STB=0.549921;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0044766;OID=.;OPOS=39887981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:9:3:0:2:9:3:0:2 chr17 39887983 . C T 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.119289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1118;QD=33.9775;RBI=0.122041;REFB=-0.0895376;REVB=-0.0257696;RO=2;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902947;STB=0.549921;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0229119;OID=.;OPOS=39887983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:9:3:0:2:9:3:0:2 chr17 39890715 . A T 265.56 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0144927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.963;QD=18.3144;RBI=0.015918;REFB=-0.0287136;REVB=-0.00658355;RO=24;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125356;STB=0.517649;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0403306;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:29:28:29:0.5:17:11:13:11:17:12:13:16 chr17 39959189 . C G 305.08 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.96;QD=53.0568;RBI=0.00671774;REFB=0;REVB=-0.00566747;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49455e-06;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr17 39967442 . T C 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0255794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.9;QD=10.1699;RBI=0.0256161;REFB=0.000738317;REVB=0.00137188;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220022;STB=0.633889;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00123506;OID=.;OPOS=39967442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:8:3:10:12:8:3:10:12 chr17 39974642 . A G 221.38 PASS AF=0.454545;AO=26;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00362416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.749;QD=16.1007;RBI=0.00405182;REFB=-0.0135871;REVB=-0.00181181;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105531;STB=0.555511;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0133823;OID=.;OPOS=39974642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:30:26:25:0.454545:16:10:13:13:15:10:15:15 chr17 39983808 . G C 305.49 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0251923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3543;QD=17.7097;RBI=0.0261466;REFB=-0.021449;REVB=-0.00699949;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119176;STB=0.564478;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0259241;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:36:32:33:0.478261:17:15:12:23:18:15:12:24 chr17 39983820 . G A 306.92 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.009389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.051;QD=18.0542;RBI=0.0169009;REFB=-0.0187819;REVB=-0.014053;RO=35;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105062;STB=0.558548;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0215345;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:18:15:12:23:18:15:12:23 chr17 39983849 . G C 207.62 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0469858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1532;QD=15.0993;RBI=0.0724369;REFB=-0.00698993;REVB=0.055131;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104602;STB=0.559274;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0116635;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:13:11:11:20:13:11:11:20 chr17 39987130 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9761;QD=57.6799;RBI=0.035547;REFB=0;REVB=0.0323656;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025503;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr17 39991867 . A ATATC 75.76 PASS AF=0.238095;AO=8;DP=46;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0162148;FXX=0.10636;HRUN=0;LEN=4;MLLD=289.131;QD=7.21557;RBI=0.0178983;REFB=-0.00557308;REVB=-0.00757822;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161584;STB=0.624777;STBP=0.431;TYPE=ins;VARB=0.0204488;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:8:46:10:42:32:4:6:8:24:75:31:3:5:8:23 chr17 39998141 . C T 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00243775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.957;QD=21.2932;RBI=0.00932342;REFB=-0.0199122;REVB=0.00899909;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357519;STB=0.520048;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0173222;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:12:13:14:11:12:13:14:11 chr17 40010979 . G A 140.84 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0189704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.125;QD=13.1014;RBI=0.0203576;REFB=-0.0331291;REVB=0.00738618;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189571;STB=0.581296;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0295161;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:27:16:16:0.372093:8:8:17:8:8:8:17:10 chr17 40048613 . A G 899.6 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.204;QD=57.1171;RBI=0.0317187;REFB=0;REVB=0.0296119;RO=1;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116542;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120948;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:1:0:60:63:1:40:20:0:1:42:21:0:0 chr17 40052842 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00432976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.11;QD=21.8421;RBI=0.00432976;REFB=0.00230505;REVB=0;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000450196;OID=.;OPOS=40052842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:0:6:2:0:0:6:2:0 chr17 40094835 . C T 184.0 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0353347;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.563;QD=24.5337;RBI=0.0375054;REFB=-0.0137221;REVB=0.0125741;RO=12;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241378;STB=0.636198;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0116367;OID=.;OPOS=40094835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:12:12:18:18:0.6:14:4:6:6:14:4:6:6 chr17 40120771 . T G 31.58 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0649934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6846;QD=14.0376;RBI=0.0670729;REFB=0.0323239;REVB=0.0165721;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341697;STB=0.699373;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0330588;OID=.;OPOS=40120771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:0:4:3:2:0:4 chr17 40125864 . G A 82.29 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0684527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.267;QD=19.3627;RBI=0.0723687;REFB=0.00520554;REVB=0.0234832;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202873;STB=0.615175;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00480282;OID=.;OPOS=40125864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:1:6:6:4:1:6 chr17 40126133 . G A 605.19 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0256548;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.162;QD=18.3392;RBI=0.067926;REFB=-0.0320475;REVB=-0.062895;RO=69;SAF=41;SAR=21;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112203;STB=0.567045;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.028505;OID=.;OPOS=40126133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:69:70:62:62:0.469697:21:41:38:31:21:41:38:32 chr17 40146970 . G A 272.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.269;QD=51.904;RBI=0.0298907;REFB=0;REVB=-0.0275245;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000372482;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr17 40173851 . A C 481.04 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.671;QD=54.9764;RBI=0.0462981;REFB=-0.0471011;REVB=0.0442106;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00220463;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:35:0:1:33:34:0.971429:12:21:0:0:13:21:1:0 chr17 40257163 . T C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0119684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.102;QD=14.7015;RBI=0.0139319;REFB=-0.0113558;REVB=0.00713119;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153102;STB=0.5881;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0137412;OID=.;OPOS=40257163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:3:12:8:4:3:12 chr17 40274891 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00890494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8328;QD=17.4013;RBI=0.0532957;REFB=-0.0145308;REVB=-0.0525465;RO=13;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302232;STB=0.675383;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0106953;OID=.;OPOS=40274891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:3:10:6:7:3:10:6:7 chr17 40282473 . C T 424.32 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0414447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9801;QD=19.0706;RBI=0.0678082;REFB=-0.0281687;REVB=0.0536684;RO=45;SAF=23;SAR=19;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957661;STB=0.551592;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.029133;OID=.;OPOS=40282473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:45:46:42:43:0.483146:19:23:20:25:20:23:20:26 chr17 40344455 . C T 193.52 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.112738;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3173;QD=23.4566;RBI=0.117251;REFB=-0.0259403;REVB=0.0322153;RO=10;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289752;STB=0.511266;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0396848;OID=.;OPOS=40344455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:10:12:18:18:0.545455:8:10:6:4:8:10:7:5 chr17 40345470 . G C 40.53 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0752597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9343;QD=3.37781;RBI=0.078764;REFB=-0.0128015;REVB=-0.0232324;RO=40;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631189;STB=0.543368;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0527421;OID=.;OPOS=40345470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:40:40:8:8:0.166667:5:3:17:23:5:3:17:23 chr17 40689455 . T C 565.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7424;QD=59.4885;RBI=0.0574035;REFB=0;REVB=0.0301822;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221282;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:9:28:0:0:9:29:0:0 chr17 40696233 . C G 539.05 PASS AF=0.886364;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0903347;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.247;QD=49.0047;RBI=0.0930844;REFB=-0.144707;REVB=0.0224578;RO=3;SAF=20;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205809;STB=0.509913;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0163262;OID=.;OPOS=40696233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:44:3:5:39:39:0.886364:19:20:2:1:19:20:3:2 chr17 40699291 . G A 357.47 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.496;QD=54.9953;RBI=0.0688371;REFB=0;REVB=0.0675279;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348347;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:8:17:0:0:9:17:0:0 chr17 40699332 . T C,G 490.47 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=31,2;DP=33;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739558,-0.00110744;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.781,159.141;QD=57.7028;RBI=0.0163238,0.0196287;REFB=0,0;REVB=0.0145524,-0.0195974;RO=0;SAF=24,0;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.71661e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0010126,0.148339;OID=.,.;OPOS=40699332,40699332;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:34:0:0:31,2:32,2:0.941176,0.0588235:7,2:24,0:0:0:8,2:24,0:0:0 chr17 40705100 . C T 120.1 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0211002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.37;QD=14.1288;RBI=0.0214874;REFB=-0.0227541;REVB=0.00406081;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910385;STB=0.571326;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0372962;OID=.;OPOS=40705100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:6:7:9:11:6:8:9:11 chr17 40706906 . G A 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0260847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.347;QD=26.8493;RBI=0.036635;REFB=-0.0531348;REVB=0.0257238;RO=7;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104535;STB=0.558206;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0191511;OID=.;OPOS=40706906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:7:8:5:2:7:8:5:2 chr17 40714796 . G C 98.53 PASS AF=0.521739;AO=10;DP=21;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00441073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.513;QD=17.1365;RBI=0.0550074;REFB=-0.0209233;REVB=-0.0548302;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131181;STB=0.56194;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0286437;OID=.;OPOS=40714796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:21:23:11:11:10:12:0.521739:6:4:6:5:7:5:6:5 chr17 40714804 . C A 77.86 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0651814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4047;QD=14.1568;RBI=0.0704737;REFB=0.0263521;REVB=0.0267942;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773769;STB=0.545364;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00982718;OID=.;OPOS=40714804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:5:7:5:5:5:7 chr17 40716520 . A G 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0181631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.994;QD=13.7478;RBI=0.0304693;REFB=-0.00816827;REVB=-0.0244638;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214992;STB=0.621718;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00833622;OID=.;OPOS=40716520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:13:9:7:25:13:9:7:25 chr17 40722029 . A G 238.29 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=74;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00540926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.29;QD=12.7089;RBI=0.00657231;REFB=-0.00245788;REVB=-0.00373298;RO=46;SAF=16;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778441;STB=0.531834;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00392638;OID=.;OPOS=40722029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:46:28:29:0.386667:12:16:23:23:13:16:23:23 chr17 40731597 . T A 381.28 PASS AF=0.666667;AO=35;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0130235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4672;QD=28.2432;RBI=0.0251222;REFB=-0.0423879;REVB=-0.0214829;RO=17;SAF=7;SAR=28;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130249;STB=0.567731;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0166294;OID=.;OPOS=40731597;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:18:35:36:0.666667:28:7:6:11:29:7:6:12 chr17 40818699 . A G 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00635563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.824;QD=17.7904;RBI=0.00636341;REFB=-0.00295026;REVB=-0.000314614;RO=33;SAF=10;SAR=21;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187101;STB=0.605053;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00441245;OID=.;OPOS=40818699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:21:10:17:16:21:10:17:16 chr17 40822678 . C T 255.52 PASS AF=0.38961;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00154161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.661;QD=13.2735;RBI=0.022222;REFB=-0.00437111;REVB=0.0221685;RO=46;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193345;STB=0.623109;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00660307;OID=.;OPOS=40822678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:46:47:29:30:0.38961:13:16:17:29:13:17:17:30 chr17 40835922 . A C 825.01 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=154;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=-0.0380195;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0116;QD=21.4287;RBI=0.0635155;REFB=-0.0261891;REVB=-0.0508796;RO=69;SAF=45;SAR=37;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757038;STB=0.549552;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0309092;OID=.;OPOS=40835922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:69:72:82:82:0.532468:37:45:44:25:37:45:47:25 chr17 40849573 . G A 206.5 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00883285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.072;QD=17.9566;RBI=0.0133677;REFB=-0.0372436;REVB=0.0100337;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00984044;STB=0.506323;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0424245;OID=.;OPOS=40849573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:25:20:21:0.456522:9:11:14:11:9:12:14:11 chr17 40911775 . CA C 122.45 PASS AF=0.65;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00863018;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.032;QD=24.4894;RBI=0.0346784;REFB=0.004741;REVB=-0.0335873;RO=7;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249663;STB=0.641964;STBP=0.142;TYPE=del;VARB=-0.00396082;OID=.;OPOS=40911776;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65:13:21:13:20:7:10:3:3:4:47:7:10:3:3:4 chr17 40931054 . T C 344.05 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00788391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.946;QD=31.2773;RBI=0.0114442;REFB=-0.0198746;REVB=-0.00829541;RO=15;SAF=8;SAR=21;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609873;STB=0.533311;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00821452;OID=.;OPOS=40931054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:21:8:3:12:21:8:3:12 chr17 40939459 . C CT 201.09 PASS AF=0.5;AO=5;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00483337;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=205.103;QD=18.2807;RBI=0.0413054;REFB=-0.0101271;REVB=-0.0410216;RO=39;SAF=4;SAR=1;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407264;STB=0.634027;STBP=0.099;TYPE=ins;VARB=0.00608433;OID=.;OPOS=40939460;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:44:22:44:22:13:9:7:15:99:39:4:1:17:22 chr17 40939460 . C T 152.18 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0132919;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.534;QD=13.233;RBI=0.0162573;REFB=-0.01824;REVB=-0.00936082;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124217;STB=0.572435;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0184201;OID=.;OPOS=40939460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:12:17:8:9:12:17 chr17 40939475 . T TC 31.1 PASS AF=0.2;AO=11;DP=42;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0217036;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.8992;QD=3.11008;RBI=0.0220361;REFB=-0.00395881;REVB=-0.00381338;RO=31;SAF=2;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399738;STB=0.806806;STBP=0.089;TYPE=ins;VARB=0.0736218;OID=.;OPOS=40939476;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:11:42:8:40:32:1:7:14:18:31:31:2:9:15:16 chr17 40939855 . G T 45.9 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1117;QD=13.1145;RBI=0.00275822;REFB=-0.0537363;REVB=-0.00275822;RO=6;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0604809;OID=.;OPOS=40939855;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:13:14:6:7:6:7:0.5:6:0:0:6:7:0:0:7 chr17 40957849 . G A 391.62 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00908569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3294;QD=16.844;RBI=0.0105373;REFB=-0.00450476;REVB=0.00533709;RO=50;SAF=15;SAR=26;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148741;STB=0.51123;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00679021;OID=.;OPOS=40957849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:50:52:41:41:0.44086:26:15:19:31:26:15:20:32 chr17 40962700 . C T 125.86 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00733022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.961;QD=18.6453;RBI=0.0169722;REFB=-0.0335899;REVB=-0.0153077;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256667;STB=0.66642;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0195448;OID=.;OPOS=40962700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:4:10:5:7:4:10:5:8 chr17 41004278 . G C 346.17 PASS AF=0.507042;AO=32;DP=67;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.00104845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.583;QD=19.5026;RBI=0.00897575;REFB=-0.0167475;REVB=0.00891431;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172262;STB=0.607569;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0158668;OID=.;OPOS=41004278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:31:35:32:36:0.507042:19:13:7:24:19:17:9:26 chr17 41008357 . A G 741.97 PASS AF=0.5;AO=76;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.0142796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.537;QD=19.5255;RBI=0.0220962;REFB=-0.0098454;REVB=0.0168622;RO=75;SAF=39;SAR=37;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907836;STB=0.552801;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0107683;OID=.;OPOS=41008357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:75:76:76:76:0.5:37:39:46:29:37:39:47:29 chr17 41116234 . G A 446.61 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1384;QD=57.6269;RBI=0.00882872;REFB=0;REVB=0.00142489;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022221;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr17 41121207 . GGGGC G,GG,GGG,GGGG,GGGGG 552.18 PASS AF=0,0.131579,0.736842,0.0263158,0.105263;AO=4,8,12,7,9;DP=40;FAO=0,5,28,1,4;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7,0,1;FSAR=0,5,21,1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246324,-0.00281785,-0.00726574,-0.0107518,-0.0135228;FXX=0;HRUN=5,5,5,1,1;LEN=4,3,2,1,1;MLLD=181.322,185.766,186.81,183.725,179.542;QD=58.1236;RBI=0.0381615,0.0367691,0.0346154,0.0325694,0.0306905;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.0380819,0.036661,0.0338442,0.0307435,0.0275507;RO=0;SAF=0,0,3,3,2;SAR=4,8,9,4,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del,snp;VARB=-0.00435507,-0.0252857,-0.011774,-0.020613,-0.00784633;OID=.,.,.,.,.;OPOS=41121208,41121209,41121210,41121211,41121211;OREF=GGGC,GGC,GC,C,C;OALT=-,-,-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG,GGGG,GGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.131579,0.736842,0.0263158,0.105263:4,8,12,7,9:40:0,5,28,1,4:38:0:0,0,7,0,1:0,5,21,1,3:0:0:18:0:0,0,3,3,2:4,8,9,4,7:0:0 chr17 41121217 . G A 287.38 PASS AF=0.657895;AO=26;DP=39;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0391985;FXX=0.0256345;HRUN=7;LEN=1;MLLD=246.836;QD=30.2505;RBI=0.0394348;REFB=0.00338308;REVB=0.00431037;RO=13;SAF=5;SAR=21;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365591;STB=0.516116;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00126529;OID=.;OPOS=41121217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:13:13:26:25:0.657895:21:5:3:10:20:5:3:10 chr17 41133071 . T C 512.74 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153334;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.367;QD=56.9711;RBI=0.0154297;REFB=-0.0246793;REVB=-0.00172117;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000170507;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:1:0:20:15:1:0 chr17 41165493 . A G 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.783;QD=59.8309;RBI=0.030968;REFB=0;REVB=-0.0289382;RO=0;SAF=31;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.89554e-05;OID=.;OPOS=41165493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:5:31:0:0:5:31:0:0 chr17 41165878 . C T 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044928;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.64;QD=53.3342;RBI=0.0578067;REFB=0;REVB=0.0363744;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933462;OID=.;OPOS=41165878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr17 41174025 . A C 47.17 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.046072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.213;QD=11.0991;RBI=0.0465628;REFB=-0.041709;REVB=-0.00674285;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352313;STB=0.709151;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0209454;OID=.;OPOS=41174025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:8:2:4:3:8:2 chr17 41196408 . G A 214.36 PASS AF=0.487805;AO=16;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0388817;FXX=0.0465008;HRUN=7;LEN=1;MLLD=109.556;QD=20.9136;RBI=0.038901;REFB=-0.0026504;REVB=0.0012248;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15703;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00584903;OID=.;OPOS=41196408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:10:20:16:20:0.487805:6:10:4:6:9:11:11:9 chr17 41223094 . T C 255.97 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0117563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.213;QD=15.9984;RBI=0.0132436;REFB=-0.0261566;REVB=0.00609772;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285108;STB=0.504893;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0315776;OID=.;OPOS=41223094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:35:28:29:0.453125:16:12:16:19:16:13:16:19 chr17 41234470 . A G 364.28 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0061485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8879;QD=18.4448;RBI=0.0112183;REFB=0.00352907;REVB=0.00938328;RO=41;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553052;STB=0.530815;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00521084;OID=.;OPOS=41234470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:20:18:17:24:20:18:17:24 chr17 41244000 . T C 252.79 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00258657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.941;QD=21.0655;RBI=0.0226926;REFB=-0.0175795;REVB=0.0225447;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148268;STB=0.583264;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0191412;OID=.;OPOS=41244000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:14:10:14:10:14:10 chr17 41244936 . G A 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00419523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.371;QD=24.7067;RBI=0.00431179;REFB=-0.0139206;REVB=0.000995789;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309972;STB=0.517227;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.01114;OID=.;OPOS=41244936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:11:6:9:14:11:6 chr17 41245237 . A G 168.67 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00305975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7014;QD=16.0642;RBI=0.0716579;REFB=0.0145386;REVB=0.0715926;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232559;STB=0.633361;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0128612;OID=.;OPOS=41245237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:15:9:11:7:15:9 chr17 41245466 . G A 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00381025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7651;QD=18.0867;RBI=0.00509872;REFB=0.0187878;REVB=-0.00338806;RO=26;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736712;STB=0.533726;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0183436;OID=.;OPOS=41245466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:9:17:15:11:9:17:16:11 chr17 41291953 . C G 197.53 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0268491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.664;QD=14.6317;RBI=0.0416707;REFB=-0.0270634;REVB=-0.0318681;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293751;STB=0.516764;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0436871;OID=.;OPOS=41291953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:9:14:18:13:9:14:18:13 chr17 41330024 . T C 356.09 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0170957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0227;QD=21.9131;RBI=0.0181388;REFB=-0.0316142;REVB=0.00606236;RO=29;SAF=13;SAR=23;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454302;STB=0.5251;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0217663;OID=.;OPOS=41330024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:23:13:12:17:23:13:12:17 chr17 41331460 . G A 112.32 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00379877;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.244;QD=15.492;RBI=0.00863575;REFB=-0.0020358;REVB=0.00775535;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226907;STB=0.631378;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00324776;OID=.;OPOS=41331460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:6:10:5:8:6:10 chr17 41332804 . T C 198.27 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0745231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7016;QD=44.0603;RBI=0.0759406;REFB=0.00665976;REVB=0.0146039;RO=1;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830155;STB=0.545399;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0152886;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:5:12:0:1:5:12:0:1 chr17 41361960 . A G 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0202409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.213;QD=13.4157;RBI=0.0219245;REFB=-0.00995872;REVB=-0.00842565;RO=37;SAF=19;SAR=6;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14417;STB=0.583128;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.012315;OID=.;OPOS=41361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:6:19:24:13:6:19:24:13 chr17 41362272 . C G 222.82 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0281972;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4427;QD=14.6113;RBI=0.0312244;REFB=0.00637003;REVB=0.013412;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843489;STB=0.547802;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0070728;OID=.;OPOS=41362272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:12:23:15:11:12:23 chr17 41445410 . A T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0243247;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=259.066;QD=14.6549;RBI=0.0316042;REFB=-0.0392467;REVB=-0.0201776;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15636;STB=0.590707;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0232836;OID=.;OPOS=41445410;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:1:7:6:2:1:7 chr17 41454935 . T C 93.33 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0179862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.73;QD=19.6476;RBI=0.0180095;REFB=0.000252109;REVB=-0.000915149;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283365;STB=0.571299;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000400894;OID=.;OPOS=41454935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:6:8:11:11:0.578947:6:5:3:3:6:5:5:3 chr17 41478317 . C A 355.4 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00786209;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.758;QD=18.7052;RBI=0.0348117;REFB=-0.0146216;REVB=-0.0339123;RO=38;SAF=29;SAR=8;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231957;STB=0.625825;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0352886;OID=.;OPOS=41478317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:38:39:37:37:0.486842:8:29:22:16:8:29:23:16 chr17 41843979 . C G 713.74 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564236;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4963;QD=57.0991;RBI=0.0207824;REFB=0;REVB=-0.0200018;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451844;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:35:14:0:0:35:15:0:0 chr17 41846508 . A G 1169.23 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.229;QD=60.7391;RBI=0.101035;REFB=0;REVB=0.0986812;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187587;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:35:38:0:0:38:39:0:0 chr17 41907079 . C T 173.36 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0339427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7883;QD=19.262;RBI=0.0398006;REFB=-0.0318877;REVB=-0.0207842;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507894;STB=0.528814;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0755437;OID=.;OPOS=41907079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:10:8:7:11:10:8 chr17 41959808 . T C 3527.63 PASS AF=0.974576;AO=228;DP=235;FAO=230;FDP=236;FR=.;FRO=6;FSAF=75;FSAR=155;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00601767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.038;QD=59.7903;RBI=0.0104755;REFB=-0.113857;REVB=-0.0085746;RO=6;SAF=73;SAR=155;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192842;STB=0.509783;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00432143;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:235:236:6:6:228:230:0.974576:155:73:4:2:155:75:4:2 chr17 41960343 . T C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8763;QD=57.6761;RBI=0.026106;REFB=0;REVB=0.0218106;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317855;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr17 41960633 . CG GC 1507.89 PASS AF=1;AO=101;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135492;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.345;QD=58.5587;RBI=0.013797;REFB=0;REVB=0.00260311;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0012713;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:105:103:0:0:101:103:1:45:56:0:0:45:58:0:0 chr17 41961451 . T C 303.45 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.773;QD=52.7738;RBI=0.0429101;REFB=0;REVB=0.0332499;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158919;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:21:23:1:9:12:0:0:9:14:0:0 chr17 41994794 . C T 636.41 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296417;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.167;QD=62.0886;RBI=0.0427567;REFB=0;REVB=0.0308141;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290558;OID=.;OPOS=41994794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr17 42030531 . G C 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=-0.0261266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.75;QD=8.3069;RBI=0.0261867;REFB=0.00578341;REVB=-0.00177313;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53429;STB=0.807213;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00956128;OID=.;OPOS=42030531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:1:17:4:4:1:17 chr17 42030743 . G C 748.41 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.032853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.1088;QD=54.4298;RBI=0.104699;REFB=0.0637359;REVB=0.0994108;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140652;STB=0.50746;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-7.77195e-05;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:20:33:1:0:21:33:1:0 chr17 42085972 . C T 36.27 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0467923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1489;QD=6.90874;RBI=0.0968672;REFB=-0.0109317;REVB=0.0848159;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.031706;OID=.;OPOS=42085972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:10:5:2:4:10:5 chr17 42152103 . G A 185.03 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0235584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.537;QD=18.503;RBI=0.0241062;REFB=-0.00387851;REVB=-0.00510968;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086445;STB=0.548847;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00389896;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:5:16:13:6:5:16 chr17 42164885 . G C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4722;QD=52.6114;RBI=0.0444478;REFB=0;REVB=-0.0181921;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000937334;OID=.;OPOS=42164885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr17 42213347 . G A 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.349;QD=57.5423;RBI=0.0173195;REFB=0;REVB=0.0143772;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13876e-05;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr17 42225547 . A C 255.82 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.029;QD=51.163;RBI=0.0606073;REFB=0;REVB=0.0603702;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061458;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr17 42228409 . A G 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00660665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.068;QD=22.7937;RBI=0.0245033;REFB=-0.0230124;REVB=-0.0235958;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12689;STB=0.570496;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0186584;OID=.;OPOS=42228409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:15:9:5:16:15:9:5:16 chr17 42248346 . A T 715.29 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.909;QD=62.1988;RBI=0.0413892;REFB=0;REVB=0.0104459;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106276;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr17 42254527 . T G 334.18 PASS AF=1;AO=17;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000954034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.287;QD=53.4692;RBI=0.0296711;REFB=0;REVB=0.0296557;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284197;OID=.;OPOS=42254527;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:17:25:1:3:14:0:0:6:19:0:0 chr17 42255097 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.454;QD=52.6132;RBI=0.0245342;REFB=0;REVB=0.012569;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37189e-05;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr17 42270291 . A G 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.412;QD=63.8664;RBI=0.0471808;REFB=0;REVB=0.0425179;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348781;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr17 42287519 . C T 638.49 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9245;QD=59.3944;RBI=0.0367796;REFB=-0.0806839;REVB=0.0326262;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00967155;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:0:1:21:21:0:1 chr17 42338998 . T G 631.83 PASS AF=0.558559;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0496298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3692;QD=22.7685;RBI=0.0502681;REFB=-0.0167703;REVB=-0.00798492;RO=48;SAF=30;SAR=32;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145511;STB=0.574383;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0111985;OID=.;OPOS=42338998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:48:49:62:62:0.558559:32:30:32:16:32:30:32:17 chr17 42392622 . T C 2542.42 PASS AF=1;AO=164;DP=166;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00291126;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.565;QD=62.0102;RBI=0.0262243;REFB=0;REVB=0.0260622;RO=0;SAF=90;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74343e-05;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:164:0:0:164:164:1:74:90:0:0:74:90:0:0 chr17 42398052 . A G 173.14 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0289648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.456;QD=36.4504;RBI=0.029038;REFB=-0.0326978;REVB=0.00205978;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.503812;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00739981;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:0:3:16:16:0.842105:11:5:0:0:11:5:1:2 chr17 42398757 . C A 129.96 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.023388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.082;QD=37.1311;RBI=0.0375489;REFB=0.0195791;REVB=0.0293755;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555467;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=6.61819e-06;OID=.;OPOS=42398757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:12:13:0.928571:4:8:0:0:4:9:0:1 chr17 42475983 . G C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0129241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.11;QD=23.0884;RBI=0.0129338;REFB=-0.0167085;REVB=0.000500715;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217906;STB=0.512184;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0150274;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:8:14:11:7:8:14:11:7 chr17 42837209 . G C 376.15 PASS AF=0.427184;AO=43;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.0294069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.627;QD=14.6077;RBI=0.0308914;REFB=-0.00303662;REVB=-0.00946119;RO=59;SAF=17;SAR=26;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615337;STB=0.54215;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0060139;OID=.;OPOS=42837209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:43:44:0.427184:26:17:20:39:26:18:20:39 chr17 42851729 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00140635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.593;QD=17.6432;RBI=0.0143543;REFB=-0.0302945;REVB=-0.0142852;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0231484;OID=.;OPOS=42851729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:3:4:6:3:3:4 chr17 42852604 . G T 364.31 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0166019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4979;QD=21.1192;RBI=0.0200683;REFB=-0.0290219;REVB=0.0112745;RO=32;SAF=13;SAR=24;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256582;STB=0.641937;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0223638;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:24:13:21:11:24:13:21:11 chr17 42852610 . T C 322.83 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0209157;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.647;QD=18.9901;RBI=0.0408978;REFB=-0.0125974;REVB=-0.035145;RO=34;SAF=11;SAR=23;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293024;STB=0.663364;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0171548;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:34:34:34:0.5:23:11:22:12:23:11:22:12 chr17 42854610 . T C 201.65 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00287049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9771;QD=13.0096;RBI=0.00384227;REFB=0.0114267;REVB=0.00255408;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128775;STB=0.584016;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.018556;OID=.;OPOS=42854610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:24:25:0.403226:12:12:23:14:13:12:23:14 chr17 42855554 . T C 260.48 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0130191;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.89;QD=21.7067;RBI=0.0286071;REFB=-0.0191013;REVB=-0.025473;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35087;STB=0.695503;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0489874;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:23:24:25:0.520833:8:16:5:16:9:16:5:18 chr17 42857430 . G A 192.21 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0020163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5918;QD=12.4005;RBI=0.0232584;REFB=0.00427292;REVB=0.0231708;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186555;STB=0.589215;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00571867;OID=.;OPOS=42857430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:38:23:24:0.387097:13:10:9:25:13:11:12:26 chr17 42857517 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0106785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2181;QD=10.9409;RBI=0.0334358;REFB=-0.0168406;REVB=0.0316847;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256069;STB=0.621079;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0187004;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:18:20:11:11:0.354839:4:7:7:11:4:7:9:11 chr17 42880753 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0129229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4545;QD=18.6447;RBI=0.0136673;REFB=0.00312087;REVB=-0.00444924;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281696;STB=0.659579;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00616049;OID=.;OPOS=42880753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:10:3:8:6:10:3 chr17 42925559 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00768459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.985;QD=14.2415;RBI=0.00768549;REFB=-0.0173444;REVB=-0.000117798;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159446;STB=0.591465;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0279301;OID=.;OPOS=42925559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:14:8:16:15:14:8:16:15 chr17 42953409 . A G 237.69 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00295046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.265;QD=18.6419;RBI=0.0467311;REFB=-0.0165879;REVB=-0.0466378;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686647;STB=0.512185;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0159405;OID=.;OPOS=42953409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:26:25:25:0.490196:15:10:11:12:15:10:11:15 chr17 42961009 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00485468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.241;QD=7.32293;RBI=0.00536204;REFB=0.00454358;REVB=-0.00227675;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11111;STB=0.571184;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00620985;OID=.;OPOS=42961009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:8:6:2:4:8:6 chr17 42989063 . C T 135.75 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0210382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0104;QD=17.5156;RBI=0.0234193;REFB=-0.0291833;REVB=0.0102886;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351052;STB=0.695447;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0242948;OID=.;OPOS=42989063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:15:1:6:9:15:1 chr17 42989088 . C T 157.0 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0473189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8061;QD=16.1023;RBI=0.0630572;REFB=-0.0205323;REVB=0.041679;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248216;STB=0.640378;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0280069;OID=.;OPOS=42989088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:18:4:7:10:18:4 chr17 43175906 . C T 264.44 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0205812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4491;QD=20.7405;RBI=0.0210541;REFB=-0.0211484;REVB=0.00443732;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151517;STB=0.584354;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0146813;OID=.;OPOS=43175906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:12:15:9:15:12:15:9:15 chr17 43181287 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.643;QD=64.1539;RBI=0.0201458;REFB=0;REVB=0.0158552;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84814e-06;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr17 43183028 . G A 498.0 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.011126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.707;QD=19.1539;RBI=0.0283181;REFB=-0.00996832;REVB=-0.0260409;RO=52;SAF=25;SAR=27;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698873;STB=0.538618;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00910372;OID=.;OPOS=43183028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:52:52:0.5:27:25:21:31:27:25:21:31 chr17 43189567 . C T 74.75 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.010824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3588;QD=10.6787;RBI=0.0539687;REFB=-0.00769409;REVB=-0.0528721;RO=15;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311507;STB=0.710003;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0387085;OID=.;OPOS=43189567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:15:18:10:10:0.357143:1:9:11:4:1:9:13:5 chr17 43192548 . GT GTC,TC 333.08 PASS AF=1,0;AO=19,5;DP=27;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016393,0.167563;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=22.8449,5.49813;QD=51.2438;RBI=0.0214212,0.205852;REFB=0,0;REVB=0.013789,-0.119574;RO=1;SAF=3,0;SAR=16,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0279067,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00270385,0.0739248;OID=.,.;OPOS=43192550,43192548;OREF=-,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:1:0:19,5:26,0:1,0:16,5:3,0:0:1:21,0:5,0:0:0 chr17 43195663 . A G 280.23 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0109598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.848;QD=16.7304;RBI=0.0199498;REFB=-0.00356701;REVB=-0.0166696;RO=35;SAF=22;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201541;STB=0.622559;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00455553;OID=.;OPOS=43195663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:9:22:18:17:9:22:18:18 chr17 43195699 . G A 445.38 PASS AF=0.469388;AO=36;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.104687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0337;QD=18.1788;RBI=0.104857;REFB=-0.0183242;REVB=0.00596436;RO=51;SAF=16;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476581;STB=0.534868;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0268434;OID=.;OPOS=43195699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:52:36:46:0.469388:20:16:25:26:20:26:26:26 chr17 43227766 . T TTTGG,TTTGGC 398.31 PASS AF=0.966667,0;AO=23,3;DP=30;FAO=29,0;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15,0;FSAR=14,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00104681,0.00249168;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=4,5;MLLD=208.076,126.118;QD=53.1084;RBI=0.00197159,0.027102;REFB=-0.0186882,-0.0164862;REVB=0.00167074,-0.0269872;RO=2;SAF=12,0;SAR=11,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0710841,-0.74993;STB=0.516118,0.5;STBP=0.525,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000267691,0;OID=.,.;OPOS=43227767,43227767;OREF=-,-;OALT=TTGG,TTGGC;OMAPALT=TTTGG,TTTGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.966667,0:23,3:30:29,0:30:1:15,0:14,0:1:0:5:2:12,0:11,3:2:0 chr17 43318778 . GC CG 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260596;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=225.934;QD=47.8224;RBI=0.0162125;REFB=0;REVB=-0.0160017;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000101278;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr17 43333138 . C T 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0260268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.678;QD=23.9644;RBI=0.0266812;REFB=-0.0134983;REVB=0.00587333;RO=18;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434061;STB=0.524208;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0105072;OID=.;OPOS=43333138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:9:14:10:8:9:14:10:8 chr17 43340936 . G A 636.25 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0974028;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.254;QD=60.5952;RBI=0.161844;REFB=0;REVB=0.129253;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187496;OID=.;OPOS=43340936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:38:42:1:27:11:0:0:28:14:0:0 chr17 43342141 . G C 937.25 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.5;QD=58.5783;RBI=0.0155249;REFB=0;REVB=0.00936846;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72034e-05;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr17 43364293 . C CG 420.11 PASS AF=1;AO=34;DP=44;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.5604;QD=43.0881;RBI=0.0320182;REFB=0;REVB=-0.0176227;RO=8;SAF=21;SAR=13;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274914;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00207927;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:44:39:39:0:22:17:0:0:8:8:21:13:5:3 chr17 43922640 . G A 41.61 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0610251;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.975;QD=11.0951;RBI=0.0624451;REFB=-0.02715;REVB=-0.0132411;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219799;STB=0.635901;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0588169;OID=.;OPOS=43922640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:4:5:2:4:4:5 chr17 43923180 . G A 99.47 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0239816;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.103;QD=13.7204;RBI=0.0254363;REFB=-0.0238188;REVB=0.00847891;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547084;STB=0.53211;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0349838;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:9:8:5:7:9:8 chr17 43923898 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.365;QD=40.7628;RBI=0.0649546;REFB=0;REVB=0.0428566;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177512;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr17 43924412 . T C 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.662;QD=60.7154;RBI=0.0259391;REFB=0;REVB=0.00247047;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69757e-05;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:49:27:0:0:49:27:0:0 chr17 44061025 . C T 1944.73 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284876;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.452;QD=61.7374;RBI=0.0331727;REFB=0;REVB=-0.0169966;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6596e-05;OID=.;OPOS=44061025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:124:126:1:65:59:0:0:66:60:0:0 chr17 44067382 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.080596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1151;QD=55.0973;RBI=0.082612;REFB=0;REVB=0.018139;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130764;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr17 44077044 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.64;QD=37.4883;RBI=0.052417;REFB=0;REVB=0.0454295;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029121;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr17 44109474 . G A 744.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.464;QD=63.3853;RBI=0.0639768;REFB=0;REVB=0.0598545;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214632;OID=.;OPOS=44109474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:13:33:0:0:14:33:0:0 chr17 44144993 . C G 396.96 PASS AF=0.966667;AO=26;DP=27;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.611;QD=52.9281;RBI=0.0555879;REFB=-0.0246618;REVB=0.0533073;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000445658;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:30:0:1:26:29:0.966667:12:14:0:0:14:15:1:0 chr17 44998563 . G A 1339.45 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7335;QD=62.3001;RBI=0.0318253;REFB=0;REVB=0.0047748;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204882;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:33:53:0:0:33:53:0:0 chr17 45000547 . G C 1315.46 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0471828;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9585;QD=58.4647;RBI=0.0516494;REFB=-0.200552;REVB=-0.0210106;RO=3;SAF=33;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189945;STB=0.509613;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00755931;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:90:3:3:86:87:0.966667:53:33:2:1:53:34:2:1 chr17 45126874 . C G 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00487162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.886;QD=12.4663;RBI=0.0209006;REFB=-0.00517926;REVB=-0.0203249;RO=33;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150203;STB=0.587337;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00784853;OID=.;OPOS=45126874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:7:13:17:16:7:13:17:16 chr17 45214527 . T C 38.13 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0149904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6009;QD=10.1689;RBI=0.0844347;REFB=-0.0373882;REVB=0.0830934;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41225;STB=0.749249;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0280709;OID=.;OPOS=45214527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:2:7:2:4:2:7 chr17 45214544 . T C 65.52 PASS AF=0.380952;AO=6;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0293896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.866;QD=12.4798;RBI=0.0543308;REFB=-0.0301485;REVB=-0.0456956;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270468;STB=0.713795;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0662431;OID=.;OPOS=45214544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:21:21:12:12:6:8:0.380952:3:3:3:9:3:5:3:9 chr17 45214564 . A T 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0130385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.937;QD=5.44273;RBI=0.107093;REFB=0.00957774;REVB=-0.106296;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251436;STB=0.666112;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0211349;OID=.;OPOS=45214564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:11:9:4:2:11:9 chr17 45214582 . A G 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.000643262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.302;QD=11.1304;RBI=0.0108263;REFB=-0.000870465;REVB=0.0108072;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359789;STB=0.714905;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0125975;OID=.;OPOS=45214582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:6:11:3:7:6:11 chr17 45214592 . T G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0239034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.711;QD=10.3792;RBI=0.0240644;REFB=-0.00981098;REVB=-0.00277938;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304795;STB=0.683807;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0264559;OID=.;OPOS=45214592;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:6:10:3:6:6:10 chr17 45214600 . A G 64.8 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0356139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.74;QD=10.3677;RBI=0.0376395;REFB=-0.0069643;REVB=-0.0121812;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304795;STB=0.683807;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0556049;OID=.;OPOS=45214600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:6:10:3:6:6:10 chr17 45214605 . T C 54.27 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0315397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.636;QD=8.68389;RBI=0.0358817;REFB=-0.00837111;REVB=-0.0171096;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292508;STB=0.679182;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0561709;OID=.;OPOS=45214605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:6:11:3:5:6:11 chr17 45216162 . A C 42.83 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.010281;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.67;QD=4.63053;RBI=0.0137607;REFB=-0.00557715;REVB=0.00914646;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44954;STB=0.819519;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0294211;OID=.;OPOS=45216162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:38:37:31:30:7:7:0.189189:1:6:16:15:1:6:15:15 chr17 45216168 . TT CG 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00753056;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=154.322;QD=4.7006;RBI=0.0088114;REFB=0.00283702;REVB=-0.00457509;RO=29;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477754;STB=0.826583;STBP=0.085;TYPE=mnp;VARB=-0.0163713;OID=.;OPOS=45216168;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:1:6:14:15:1:6:14:15 chr17 45216172 . A G 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.000294933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9189;QD=6.59518;RBI=0.00129387;REFB=0.011194;REVB=0.0012598;RO=27;SAF=8;SAR=1;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565215;STB=0.858186;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0312514;OID=.;OPOS=45216172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:27:28:9:9:0.243243:1:8:12:15:1:8:13:15 chr17 45234298 . G C 72.3 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00198255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4187;QD=10.7112;RBI=0.0231992;REFB=-0.0399746;REVB=0.0231144;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588284;STB=0.88812;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0596502;OID=.;OPOS=45234298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:27:27:18:16:9:11:0.407407:8:1:11:7:10:1:11:5 chr17 45234343 . T G 155.57 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0111138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.436;QD=15.1779;RBI=0.0169677;REFB=-0.0123931;REVB=-0.0128214;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280681;STB=0.652382;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0120002;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:12:5:13:10:12:5:13:11 chr17 45234360 . A C 196.14 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0211608;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.644;QD=17.8311;RBI=0.025415;REFB=-0.0376726;REVB=-0.0140763;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304726;STB=0.674814;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.029204;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:15:5:13:11:15:5:13:11 chr17 45234403 . TT GG 83.5 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0138326;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=127.194;QD=9.82405;RBI=0.0419444;REFB=-0.0108739;REVB=-0.0395978;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220022;STB=0.650873;STBP=0.278;TYPE=mnp;VARB=0.0192775;OID=.;OPOS=45234403;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:34:22:23:11:11:0.323529:8:3:10:12:8:3:11:12 chr17 45234406 . CA C 61.95 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0212489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.534;QD=7.5091;RBI=0.0228249;REFB=-0.0179077;REVB=-0.00833444;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328209;STB=0.520503;STBP=0.936;TYPE=del;VARB=0.0574707;OID=.;OPOS=45234407;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:9:33:9:33:24:4:5:10:14:61:24:4:5:10:14 chr17 45234416 . A G 43.4 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0183979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3421;QD=5.78639;RBI=0.0271639;REFB=0.00820316;REVB=0.0199849;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237416;STB=0.6561;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0526259;OID=.;OPOS=45234416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:5:2:11:12:5:2:11:12 chr17 45234417 . A G 62.2 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0196333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0383;QD=8.29273;RBI=0.0247508;REFB=2.00055e-05;REVB=0.015071;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168149;STB=0.604412;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00273656;OID=.;OPOS=45234417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:10:11:6:3:10:11 chr17 45234420 . T G 166.03 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0474115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2257;QD=22.137;RBI=0.0474317;REFB=-0.0228891;REVB=0.00138224;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113857;STB=0.583573;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0178946;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:11:6:6:6:11:6:7:6 chr17 45234449 . G A 37.91 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0146442;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0585;QD=7.58185;RBI=0.0161986;REFB=-0.0355678;REVB=0.00692396;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239465;STB=0.649545;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0504178;OID=.;OPOS=45234449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:14:14:6:6:0.3:3:3:4:10:3:3:4:10 chr17 45249306 . T C 33.31 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0728001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.25;QD=3.24962;RBI=0.0730106;REFB=-0.0131909;REVB=0.00553939;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32341;STB=0.741662;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0283943;OID=.;OPOS=45249306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:5:1:14:21:5:1:14:21 chr17 45249316 . T C 32.97 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00080197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4453;QD=3.06711;RBI=0.0259654;REFB=-0.0030518;REVB=0.025953;RO=37;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352273;STB=0.764784;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0496285;OID=.;OPOS=45249316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:43:43:37:37:6:6:0.139535:5:1:16:21:5:1:16:21 chr17 45249330 . T G 38.99 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0040714;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.011;QD=2.94258;RBI=0.00412589;REFB=0.00708441;REVB=-0.000668299;RO=47;SAF=2;SAR=5;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201573;STB=0.656676;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0491088;OID=.;OPOS=45249330;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:53:47:46:7:7:0.132075:5:2:21:26:5:2:21:25 chr17 45266522 . T C 63.72 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0295712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3083;QD=10.1959;RBI=0.105596;REFB=0.0137868;REVB=-0.101371;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271745;STB=0.629368;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0313372;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:25:25:15:16:9:9:0.36:5:4:3:12:5:4:4:12 chr17 45266535 . T C 166.05 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.00606645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0086;QD=22.1405;RBI=0.0352722;REFB=-0.00567628;REVB=-0.0347466;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341061;STB=0.674522;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00291482;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:13:16:17:0.566667:8:8:1:12:9:8:1:12 chr17 45266571 . T A 153.37 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=-0.00873989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5373;QD=21.9098;RBI=0.0234403;REFB=-0.0544438;REVB=0.0217499;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388011;STB=0.714067;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00840257;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:0:12:8:8:0:12 chr17 45368337 . A C 1226.95 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1627;QD=61.3475;RBI=0.0267023;REFB=0;REVB=0.00389647;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60582e-05;OID=.;OPOS=45368337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:48:32:0:0:48:32:0:0 chr17 45369777 . A G 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9118;QD=63.2794;RBI=0.03288;REFB=0;REVB=0.0284217;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026547;OID=.;OPOS=45369777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr17 45369789 . G A 463.42 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0283041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.675;QD=52.9622;RBI=0.0309554;REFB=-0.0202415;REVB=0.0125345;RO=2;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333676;STB=0.517847;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.000556986;OID=.;OPOS=45369789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:27:6:0:2:27:6:0:2 chr17 45388586 . T A 1304.46 PASS AF=0.977528;AO=85;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0343677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.863;QD=58.6274;RBI=0.0451515;REFB=-0.0498421;REVB=0.0292834;RO=3;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350504;STB=0.511902;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00519685;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:89:89:3:2:85:87:0.977528:39:46:0:3:41:46:0:2 chr17 45425287 . C T 1264.53 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2052;QD=61.6845;RBI=0.0428638;REFB=0;REVB=-0.0299517;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000481997;OID=.;OPOS=45425287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:50:32:0:0:50:32:0:0 chr17 45700384 . C CCTA 320.02 PASS AF=0.8125;AO=25;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0241825;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=236.613;QD=40.0028;RBI=0.024947;REFB=-0.0613358;REVB=0.00612867;RO=6;SAF=13;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00712748;STB=0.507241;STBP=0.934;TYPE=ins;VARB=0.0231269;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125:25:32:26:32:6:14:12:3:3:34:6:13:12:3:3 chr17 45760349 . T C 646.49 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.034278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.209;QD=50.7053;RBI=0.03446;REFB=-0.115723;REVB=-0.00353706;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5098;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00234175;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:1:3:48:48:0.941176:24:24:1:0:24:24:2:1 chr17 45760429 . T C 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0213697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.821;QD=42.7089;RBI=0.0213805;REFB=-0.0460939;REVB=0.000677134;RO=2;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834716;STB=0.545407;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00398383;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:10:9:0:2:10:9:0:2 chr17 45760433 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.949;QD=51.1846;RBI=0.0441333;REFB=0;REVB=0.0239676;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256097;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr17 45885687 . A G 939.19 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794439;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.715;QD=57.7966;RBI=0.0121471;REFB=0;REVB=0.0091891;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46943e-05;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:32:31:0:0:32:33:0:0 chr17 45885756 . C T 1232.0 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0530349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.124;QD=60.0974;RBI=0.0534313;REFB=-0.0730115;REVB=0.00649598;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.505153;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000449696;OID=.;OPOS=45885756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:48:33:0:0:48:33:0:1 chr17 45887951 . G T 426.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.054;QD=54.9818;RBI=0.0545603;REFB=0;REVB=0.0445092;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137562;OID=.;OPOS=45887951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:16:13:0:0:16:15:0:0 chr17 45915788 . T C 711.45 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.3;QD=61.8654;RBI=0.0225165;REFB=0;REVB=0.00807386;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288531;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:24:19:0:0:26:20:0:0 chr17 45923019 . G A 149.87 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257198;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.301;QD=46.1128;RBI=0.0547619;REFB=0;REVB=-0.0483462;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001621;OID=.;OPOS=45923019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr17 45994044 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4604;QD=62.6687;RBI=0.0770838;REFB=0;REVB=0.0756289;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673256;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr17 45994094 . T C 657.31 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0399772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3912;QD=50.5625;RBI=0.0411044;REFB=0.0120166;REVB=-0.00955993;RO=3;SAF=29;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840864;STB=0.504473;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00265945;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:20:29:2:1:20:29:2:1 chr17 45994116 . G T 159.69 PASS AF=0.339286;AO=16;DP=52;FAO=19;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0231087;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.1886;QD=11.4063;RBI=0.0249323;REFB=-0.0320031;REVB=0.00935976;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430056;STB=0.589192;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0725702;OID=.;OPOS=45994116;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:24:28:16:19:0.339286:8:8:11:13:8:11:12:16 chr17 45994154 . G A 727.35 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0529;QD=63.2482;RBI=0.038555;REFB=0;REVB=0.00443633;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238371;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:34:12:0:0:34:12:0:0 chr17 46002744 . G T 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.944;QD=57.0008;RBI=0.0222142;REFB=0;REVB=0.0178332;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72494e-05;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:34:19:0:0:35:19:0:0 chr17 46005792 . A ACT 841.85 PASS AF=0.911765;AO=59;DP=68;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0149146;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.859;QD=49.5208;RBI=0.0274516;REFB=-0.0233891;REVB=0.0230466;RO=6;SAF=25;SAR=34;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719092;STB=0.537043;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=0.00232657;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911765:59:68:62:68:6:26:36:5:1:25:6:25:34:5:1 chr17 46026156 . A G 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0183058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.655;QD=40.591;RBI=0.0378398;REFB=-0.0419074;REVB=-0.0331172;RO=2;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101507;STB=0.55549;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0007273;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:9:8:2:0:9:8:2:0 chr17 46029962 . ACTCT A 85.63 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0255365;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=234.58;QD=10.38;RBI=0.0255881;REFB=-0.0309323;REVB=-0.00162385;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493524;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0527155;OID=.;OPOS=46029963;OREF=CTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:11:33:11:33:22:6:5:12:10:85:20:6:5:11:9 chr17 46052883 . G A 201.32 PASS AF=0.393939;AO=18;DP=61;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=0.0128291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.113;QD=12.2014;RBI=0.0242701;REFB=-0.0116513;REVB=-0.0206023;RO=33;SAF=12;SAR=6;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162027;STB=0.527007;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0196988;OID=.;OPOS=46052883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:33:40:18:26:0.393939:6:12:26:7:6:20:32:8 chr17 46136133 . G C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.03211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.373;QD=19.8494;RBI=0.0356698;REFB=-0.00563157;REVB=-0.0155333;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114631;STB=0.56513;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00407847;OID=.;OPOS=46136133;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:6:7:6:9:6:7 chr17 46137055 . GCTGGAC G 105.11 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0106215;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=269.136;QD=11.0645;RBI=0.0116742;REFB=-0.0224882;REVB=-0.0048445;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189795;STB=0.605233;STBP=0.415;TYPE=del;VARB=0.0390888;OID=.;OPOS=46137056;OREF=CTGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:12:37:13:38:25:5:8:6:19:99:20:5:7:5:15 chr17 46166073 . G A 388.0 PASS AF=0.342857;AO=47;DP=138;FAO=48;FDP=140;FR=.;FRO=92;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=-0.00773702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.231;QD=11.0856;RBI=0.008192;REFB=-0.0205674;REVB=-0.00269208;RO=87;SAF=19;SAR=28;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029535;STB=0.503114;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0337924;OID=.;OPOS=46166073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:87:92:47:48:0.342857:28:19:33:54:29:19:36:56 chr17 46507417 . G A 689.6 PASS AF=0.459627;AO=74;DP=162;FAO=74;FDP=161;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=-0.00817889;FXX=0.00617246;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.537;QD=17.1329;RBI=0.00859452;REFB=-0.00450541;REVB=0.00264038;RO=87;SAF=28;SAR=46;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245773;STB=0.513644;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00516579;OID=.;OPOS=46507417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:87:87:74:74:0.459627:46:28:35:52:46:28:35:52 chr17 46607021 . T C 2290.73 PASS AF=0.986486;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0350351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5869;QD=61.9115;RBI=0.0478567;REFB=0.0616415;REVB=0.0326007;RO=1;SAF=66;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715131;STB=0.507462;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00812978;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:148:1:2:146:146:0.986486:80:66:1:0:80:66:2:0 chr17 46629593 . G T 646.33 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0511362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.6;QD=50.6928;RBI=0.0616255;REFB=-0.0202402;REVB=0.0343918;RO=1;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125485;STB=0.535024;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000284634;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:1:3:48:48:0.941176:37:11:0:1:37:11:2:1 chr17 46653036 . AAT A,AA,AAA 1551.28 PASS AF=0.0186916,0.971963,0.00934579;AO=16,64,38;DP=119;FAO=2,104,1;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=1,37,0;FSAR=1,67,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684435,0.0841514,0.0806837;FXX=0.0272702;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=215.933,221.865,217.069;QD=57.9919;RBI=0.0689375,0.084597,0.0811679;REFB=0,0,0;REVB=-0.00823793,-0.00867182,-0.00885185;RO=0;SAF=10,22,13;SAR=6,42,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0160858,-0.00144665,-0.00241059;OID=.,.,.;OPOS=46653037,46653038,46653038;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0186916,0.971963,0.00934579:16,64,38:119:2,104,1:107:0:1,37,0:1,67,1:0:0:6:0:10,22,13:6,42,25:0:0 chr17 46670520 . T C 660.25 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00323024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.217;QD=48.9077;RBI=0.0272602;REFB=-0.0267898;REVB=-0.0270681;RO=4;SAF=39;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605607;STB=0.503224;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00239498;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:4:4:50:50:0.925926:11:39:3:1:11:39:3:1 chr17 46684929 . A G 616.83 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288215;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.848;QD=61.6829;RBI=0.0348223;REFB=0;REVB=-0.0195426;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.53413e-08;OID=.;OPOS=46684929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr17 46688135 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9502;QD=39.2028;RBI=0.0452113;REFB=0;REVB=0.0202784;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168252;OID=.;OPOS=46688135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr17 46688256 . T C 538.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.911;QD=59.8293;RBI=0.100098;REFB=0;REVB=0.0967111;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169028;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr17 46689680 . C A 323.48 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.969;QD=53.9135;RBI=0.058283;REFB=0;REVB=0.0278943;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222577;OID=.;OPOS=46689680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:13:9:0:0:15:9:0:0 chr17 46805443 . A G 1109.43 PASS AF=0.974026;AO=76;DP=78;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.018921;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3629;QD=57.6328;RBI=0.0305346;REFB=0.0116137;REVB=-0.0239658;RO=2;SAF=47;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607549;STB=0.503508;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00137161;OID=.;OPOS=46805443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:77:2:2:76:75:0.974026:29:47:1:1:28:47:1:1 chr17 46842983 . T C 289.47 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00855615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.354;QD=46.3151;RBI=0.0293197;REFB=0.0199698;REVB=0.0280435;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710841;STB=0.538428;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00727459;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:12:11:0:2:12:11:0:2 chr17 46847364 . C A 249.9 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0395633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7222;QD=26.3048;RBI=0.040252;REFB=-0.0245163;REVB=0.00741429;RO=15;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128295;STB=0.571364;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0227146;OID=.;OPOS=46847364;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:7:16:8:7:7:16:8:7 chr17 46878625 . A G 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00299242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3227;QD=23.4008;RBI=0.0351901;REFB=0.0289493;REVB=0.0350627;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203264;STB=0.615125;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00822649;OID=.;OPOS=46878625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:0:3:5:3:0:3 chr17 46881748 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.333;QD=58.1421;RBI=0.0229428;REFB=0;REVB=0.0226112;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0686e-05;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr17 46894377 . A C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0197935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.693;QD=18.4827;RBI=0.0724395;REFB=-0.0496422;REVB=-0.0696828;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252995;STB=0.63144;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0283267;OID=.;OPOS=46894377;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:21:19:19:0.475:7:12:7:13:7:12:8:13 chr17 46923384 . G A 366.95 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00101658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.309;QD=14.3902;RBI=0.013346;REFB=0.00178901;REVB=-0.0133072;RO=60;SAF=19;SAR=23;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497628;STB=0.528103;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00206442;OID=.;OPOS=46923384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:60:42:42:0.411765:23:19:30:30:23:19:30:30 chr17 46926615 . G A 154.76 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00914828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5728;QD=14.7386;RBI=0.0186451;REFB=0.00764195;REVB=0.0162465;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556242;STB=0.532126;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0114411;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:16:9:7:10:16:9 chr17 46934007 . A C 175.81 PASS AF=0.428571;AO=7;DP=16;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0498115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.736;QD=25.1154;RBI=0.0552454;REFB=0.0102879;REVB=-0.0238927;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.529361;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0328708;OID=.;OPOS=46934007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:16:28:0:10:7:12:0.428571:5:2:0:0:9:3:3:7 chr17 46970836 . A G 802.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00884075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.077;QD=64.1655;RBI=0.0430033;REFB=0;REVB=0.0420847;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214845;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:30:17:0:0:33:17:0:0 chr17 46971140 . G A 83.25 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0883883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3836;QD=13.8757;RBI=0.0940829;REFB=-0.0253201;REVB=0.032235;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252049;STB=0.691913;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0454939;OID=.;OPOS=46971140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:22:24:9:13:10:11:0.458333:8:2:4:5:9:2:6:7 chr17 46972479 . ATCTC A 214.92 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0311556;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=4;MLLD=236.121;QD=27.731;RBI=0.0396625;REFB=-0.0234446;REVB=0.0245447;RO=9;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393933;STB=0.5135;STBP=0.856;TYPE=del;VARB=0.0118272;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.645161:20:32:20:31:11:8:12:4:7:84:9:8:12:3:6 chr17 47000251 . C T 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0288091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.678;QD=18.1629;RBI=0.0301529;REFB=-0.00781377;REVB=-0.00890108;RO=41;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113451;STB=0.512493;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0128244;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:42:38:38:0.475:19:19:21:20:19:19:22:20 chr17 47014675 . C T 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3213;QD=56.1882;RBI=0.0388844;REFB=0;REVB=0.0387411;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041691;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr17 47026836 . G C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0222006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.091;QD=15.5714;RBI=0.0539783;REFB=0.00633574;REVB=0.0492015;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224136;STB=0.631326;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0259299;OID=.;OPOS=47026836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:6:6:8:3:6:6 chr17 47036043 . C G 233.57 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0555026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7532;QD=24.5866;RBI=0.0648534;REFB=0.0219147;REVB=-0.0335473;RO=15;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201378;STB=0.622534;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0156503;OID=.;OPOS=47036043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:22:22:0.578947:12:10:11:4:12:10:12:4 chr17 47039132 . T C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0138168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.104;QD=19.6682;RBI=0.0423315;REFB=-0.0080077;REVB=-0.0400131;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967875;STB=0.554854;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00707871;OID=.;OPOS=47039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:7:12:10:9:7:12:10:9 chr17 47128722 . GCCCCC GCCCC,GCCCCT 185.3 PASS AF=0.916667,0.0416667;AO=17,2;DP=23;FAO=22,1;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=6,1;FSAR=16,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.19248,0.0913657;FXX=0.039984;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.2269,9.61738;QD=30.8837;RBI=0.276185,0.109634;REFB=0.0366453,0.046155;REVB=0.198064,0.0605959;RO=2;SAF=5,1;SAR=12,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.423729,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0465783,0;STB=0.538425,0.5;STBP=0.17,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0170659,-0.0656195;OID=.,.;OPOS=47128723,47128727;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GCCCC,GCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667,0.0416667:17,2:23:22,1:24:1:6,1:16,0:1:0:7:2:5,1:12,1:1:1 chr17 47210429 . A G 409.56 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0932658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2869;QD=26.856;RBI=0.114463;REFB=-0.030526;REVB=-0.0663576;RO=22;SAF=9;SAR=30;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114725;STB=0.56288;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0274167;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:30:9:8:14:30:9:8:14 chr17 47241604 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.097;QD=57.3854;RBI=0.0222726;REFB=0;REVB=-0.0123662;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23858e-05;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr17 47293906 . G A 294.86 PASS AF=0.369565;AO=33;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00690018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.864;QD=12.8198;RBI=0.00697711;REFB=-0.0108432;REVB=0.00103323;RO=58;SAF=11;SAR=22;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096305;STB=0.562113;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0166109;OID=.;OPOS=47293906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:33:34:0.369565:22:11:24:34:23:11:24:34 chr17 47297297 . T C 1707.16 PASS AF=0.958678;AO=116;DP=122;FAO=116;FDP=121;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0236862;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.017;QD=56.4349;RBI=0.0244604;REFB=-0.100847;REVB=-0.00610551;RO=5;SAF=44;SAR=72;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509611;STB=0.526877;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000454962;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:122:121:5:5:116:116:0.958678:72:44:5:0:72:44:5:0 chr17 47375808 . C A 267.94 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0219366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3591;QD=22.3281;RBI=0.0370921;REFB=-0.000140098;REVB=-0.0299101;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357422;STB=0.519984;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-6.13107e-05;OID=.;OPOS=47375808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:11:12:12:13:11:12 chr17 47588000 . C T 128.87 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0321456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.907;QD=12.5727;RBI=0.0323845;REFB=-0.0112471;REVB=0.00392626;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896757;STB=0.552563;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0100378;OID=.;OPOS=47588000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:16:10:7:8:16:10 chr17 47888852 . A G 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.852;QD=45.7982;RBI=0.0562457;REFB=0;REVB=0.0549593;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108655;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr17 47903381 . C T 263.78 PASS AF=0.520833;AO=23;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0135616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.788;QD=21.9814;RBI=0.0160971;REFB=-0.00811233;REVB=-0.00867166;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286626;STB=0.658853;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0137112;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:23:23:25:0.520833:9:14:6:16:9:16:7:16 chr17 48067439 . G A 119.2 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0265625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.5491;QD=13.6228;RBI=0.031287;REFB=-0.0232894;REVB=0.016532;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26417;STB=0.65647;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0567364;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:11:3:9:12:11:3:9:12 chr17 48067953 . T C 237.89 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.00810891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.846;QD=11.6046;RBI=0.0258794;REFB=-0.00917043;REVB=0.0245762;RO=53;SAF=15;SAR=14;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118895;STB=0.568482;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0221723;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:14:15:33:20:14:15:33:20 chr17 48070820 . G A 427.21 PASS AF=0.56;AO=41;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0353835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.13;QD=22.7843;RBI=0.0391166;REFB=-0.00897088;REVB=0.0166768;RO=33;SAF=27;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123192;STB=0.559089;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00935974;OID=.;OPOS=48070820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:41:42:0.56:14:27:17:16:15:27:17:16 chr17 48072225 . G A 313.2 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0176797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.842;QD=16.9297;RBI=0.0178222;REFB=-0.0316941;REVB=-0.00224945;RO=40;SAF=12;SAR=22;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569957;STB=0.531897;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0319525;OID=.;OPOS=48072225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:22:12:12:28:22:12:12:28 chr17 48258140 . T C 647.8 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0419215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.342;QD=57.5824;RBI=0.0707829;REFB=0.0299174;REVB=0.0570333;RO=2;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052086;STB=0.527765;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000922521;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:17:26:0:2:17:26:0:2 chr17 48258321 . C T 379.85 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874135;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.961;QD=56.2743;RBI=0.0405077;REFB=0;REVB=0.0395533;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67305e-05;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr17 48265495 . T C 73.54 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.52;QD=36.7697;RBI=0.0514568;REFB=0;REVB=0.0487461;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626395;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:5:3:0:0 chr17 48267291 . G C 79.39 PASS AF=0.5;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0298948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.312;QD=15.8776;RBI=0.0549887;REFB=-0.0278773;REVB=0.0461526;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300918;STB=0.691952;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0236785;OID=.;OPOS=48267291;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:19:20:9:10:10:10:0.5:6:4:7:2:6:4:8:2 chr17 48268223 . A G 323.52 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.461;QD=53.9194;RBI=0.0375662;REFB=0;REVB=0.00710324;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111383;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:18:5:0:0:19:5:0:0 chr17 48269903 . A G 520.96 PASS AF=0.5;AO=49;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0433954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.636;QD=20.8385;RBI=0.0445902;REFB=-0.00230923;REVB=0.0102532;RO=49;SAF=19;SAR=30;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14933;STB=0.581533;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00224511;OID=.;OPOS=48269903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:50:49:50:0.5:30:19:27:22:31:19:27:23 chr17 48276971 . G C 958.4 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280551;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.39;QD=58.9785;RBI=0.0284653;REFB=0;REVB=0.00481514;RO=0;SAF=18;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56222e-05;OID=.;OPOS=48276971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:66:65:1:48:18:0:0:47:18:0:0 chr17 48356260 . G C 248.97 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0205238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.746;QD=18.4422;RBI=0.0335305;REFB=-0.0182453;REVB=-0.0265154;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215942;STB=0.610273;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00909751;OID=.;OPOS=48356260;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:25:27:25:27:0.5:16:9:15:10:16:11:17:10 chr17 48598785 . G A 1029.97 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00723887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.727;QD=58.0265;RBI=0.0103284;REFB=-0.0378993;REVB=-0.00736712;RO=1;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145457;STB=0.50769;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-4.5101e-07;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:32:38:0:1:32:38:0:1 chr17 48599450 . A T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.867;QD=53.9112;RBI=0.0190534;REFB=0;REVB=0.0144535;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102643;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr17 48603503 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.513;QD=53.275;RBI=0.052029;REFB=0;REVB=0.0148408;RO=0;SAF=1;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223737;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:22:1:0:0:22:1:0:0 chr17 48606537 . C G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2329;QD=53.9059;RBI=0.0264217;REFB=0;REVB=-0.0172811;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102001;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr17 48607614 . G A 238.87 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.487;QD=50.2889;RBI=0.0439521;REFB=0;REVB=0.0378047;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184112;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr17 48608717 . T C 1334.4 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.157;QD=62.0649;RBI=0.0200997;REFB=0;REVB=0.0132226;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76803e-05;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:83:86:1:38:45:0:0:40:46:0:0 chr17 48610272 . G C 773.56 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.293;QD=61.885;RBI=0.0488286;REFB=0;REVB=0.0488063;RO=0;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549414;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:50:0:0:52:50:1:14:38:0:0:14:36:0:0 chr17 48613837 . A G 1500.12 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.729;QD=61.8604;RBI=0.0334459;REFB=-0.125302;REVB=0.00582391;RO=1;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104212;STB=0.505493;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000563972;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:95:96:0.989691:45:50:0:1:45:51:0:1 chr17 48628160 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0210452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.219;QD=10.3903;RBI=0.0244789;REFB=-0.00827467;REVB=-0.0125026;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383694;STB=0.723655;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0115793;OID=.;OPOS=48628160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:1:10:4:3:1:10 chr17 48628470 . T A 541.68 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.000820997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9521;QD=20.8339;RBI=0.0182175;REFB=-0.0227422;REVB=-0.018199;RO=49;SAF=35;SAR=20;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130027;STB=0.571661;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0140423;OID=.;OPOS=48628470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:20:35:24:25:20:35:24:25 chr17 48629458 . A G 1174.95 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0506188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3418;QD=59.4912;RBI=0.0575626;REFB=-0.0639653;REVB=-0.0274079;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000274901;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:37:41:0:0:37:41:1:0 chr17 48653354 . C A 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0364253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.19;QD=21.2638;RBI=0.03993;REFB=-0.00314899;REVB=-0.0163587;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244757;STB=0.64985;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00435031;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:7:13:6:11:7:13:6:12 chr17 48701800 . C T 689.26 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.878;QD=62.6601;RBI=0.117476;REFB=0;REVB=0.110018;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227136;OID=.;OPOS=48701800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr17 48703752 . T C 972.8 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.776;QD=58.9576;RBI=0.0152245;REFB=0;REVB=0.0133241;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32101e-05;OID=.;OPOS=48703752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr17 48712711 . C G 1213.08 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0313865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.249;QD=59.9051;RBI=0.0398048;REFB=-0.108971;REVB=0.0244808;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.507041;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000346088;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:35:45:0:0:35:45:0:1 chr17 48735451 . C A 252.02 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0900153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2297;QD=19.02;RBI=0.106871;REFB=-0.0396759;REVB=0.0576072;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854773;STB=0.547718;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.026412;OID=.;OPOS=48735451;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:10:16:14:13:10:16 chr17 48753423 . C T 636.36 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365025;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0255;QD=62.0839;RBI=0.0443669;REFB=0;REVB=-0.025219;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000736357;OID=.;OPOS=48753423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr17 48755384 . C CT 423.87 PASS AF=1;AO=9;DP=83;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0990973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=6.7383;QD=21.1936;RBI=0.235417;REFB=0;REVB=0.213543;RO=74;SAF=7;SAR=2;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309893;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00767952;OID=.;OPOS=48755385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:83:80:80:0:45:35:0:0:11:74:7:2:39:35 chr17 48755388 . C T 847.12 PASS AF=0.835443;AO=63;DP=79;FAO=66;FDP=79;FR=.;FRO=13;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0605878;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.7991;QD=42.8921;RBI=0.12203;REFB=-0.136953;REVB=0.105927;RO=16;SAF=32;SAR=31;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918849;STB=0.526836;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0220106;OID=.;OPOS=48755388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:79:79:16:13:63:66:0.835443:31:32:12:4:31:35:9:4 chr17 48761105 . C T 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.924;QD=51.913;RBI=0.0491386;REFB=0;REVB=0.0162795;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393978;OID=.;OPOS=48761105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr17 48776894 . T C 247.11 PASS AF=0.402778;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00300169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.775;QD=13.7281;RBI=0.0159081;REFB=-0.0267032;REVB=0.0156224;RO=42;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125549;STB=0.524068;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0286936;OID=.;OPOS=48776894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:43:28:29:0.402778:13:15:22:20:13:16:22:21 chr17 48801314 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0702248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0841;QD=33.4284;RBI=0.0760435;REFB=0;REVB=0.0291736;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00373537;OID=.;OPOS=48801314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 48834023 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0250489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.244;QD=8.81106;RBI=0.0433141;REFB=-0.00664228;REVB=-0.0353365;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359862;STB=0.730829;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00581605;OID=.;OPOS=48834023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:1:5:6:5:1:5:6:5 chr17 48834032 . G A 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0255974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.312;QD=8.25297;RBI=0.0435704;REFB=-0.0212981;REVB=-0.0352584;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329965;STB=0.713469;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0356639;OID=.;OPOS=48834032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:7:5:1:5:7:5 chr17 48916935 . G A 240.98 PASS AF=0.469388;AO=16;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0117802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.217;QD=19.6714;RBI=0.137342;REFB=-0.00582646;REVB=0.136836;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19185;STB=0.508889;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00927038;OID=.;OPOS=48916935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:26:16:23:0.469388:5:11:14:13:11:12:14:12 chr17 48917609 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00387669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.401;QD=12.7813;RBI=0.031155;REFB=-0.0127416;REVB=-0.0309129;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454269;STB=0.76514;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0481798;OID=.;OPOS=48917609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:11:3:7:3:11:3 chr17 48917645 . A C 144.42 PASS AF=0.516129;AO=13;DP=28;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0337814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.804;QD=18.635;RBI=0.0344301;REFB=-0.00858417;REVB=0.00665199;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257566;STB=0.67325;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00532188;OID=.;OPOS=48917645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:15:15:13:16:0.516129:8:5:10:5:11:5:10:5 chr17 48940422 . T C 172.87 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0294093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.832;QD=19.2076;RBI=0.0336479;REFB=0.00108425;REVB=-0.0163485;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273796;STB=0.623143;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00143709;OID=.;OPOS=48940422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:18:17:18:0.5:4:13:9:9:5:13:9:9 chr17 49338257 . C T 443.34 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00656063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.768;QD=20.1519;RBI=0.00699057;REFB=-0.0193576;REVB=0.00241375;RO=44;SAF=16;SAR=28;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222993;STB=0.512354;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0188642;OID=.;OPOS=49338257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:28:16:15:29:28:16:15:29 chr17 49350802 . A C 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0204228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.41;QD=11.845;RBI=0.0243527;REFB=-0.0108212;REVB=0.0132652;RO=45;SAF=7;SAR=19;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283926;STB=0.664977;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.015446;OID=.;OPOS=49350802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:19:7:23:22:19:7:23:22 chr17 49365558 . C T 179.52 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0116364;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.608;QD=21.7605;RBI=0.013131;REFB=-0.0286627;REVB=0.00608414;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939211;STB=0.533296;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0221985;OID=.;OPOS=49365558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:15:18:18:0.545455:12:6:7:9:12:6:6:9 chr17 49713300 . G A 326.97 PASS AF=0.359649;AO=41;DP=114;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0449965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.709;QD=11.4728;RBI=0.0452548;REFB=-0.0106;REVB=0.00482836;RO=68;SAF=16;SAR=25;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122098;STB=0.592882;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0242495;OID=.;OPOS=49713300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:73:41:41:0.359649:25:16:34:34:25:16:39:34 chr17 51901084 . A G 335.11 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0125319;FXX=0.0714031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.748;QD=51.5557;RBI=0.0130529;REFB=-0.130657;REVB=-0.00365096;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250902;STB=0.513503;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00103634;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:1:1:25:25:0.961538:18:7:0:1:18:7:0:1 chr17 51901205 . G T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0297278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4927;QD=12.8604;RBI=0.0297587;REFB=0.0234442;REVB=-0.00135665;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308464;STB=0.685728;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0319853;OID=.;OPOS=51901205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:5:3:5:2:5:3 chr17 51901385 . C T 1113.89 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.462;QD=58.6258;RBI=0.0215592;REFB=-0.0480837;REVB=0.0132745;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.505493;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00101181;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:74:75:0.986842:45:29:0:0:45:30:0:1 chr17 51901643 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.05;QD=61.3337;RBI=0.0203437;REFB=0;REVB=-0.00602314;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9246e-05;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr17 51901703 . C G 306.27 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.726;QD=53.2643;RBI=0.0109267;REFB=0;REVB=-0.0075261;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99472e-05;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr17 51902252 . C T 1171.97 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.338;QD=60.8814;RBI=0.0382295;REFB=0;REVB=0.0371631;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08282e-05;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:38:38:0:0:38:39:0:0 chr17 53038654 . A C 110.63 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00131715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2032;QD=15.2595;RBI=0.0658012;REFB=-0.00607922;REVB=0.065788;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967959;STB=0.505609;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0110793;OID=.;OPOS=53038654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:6:10:8:5:6:10 chr17 53076799 . G A 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0103557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.944;QD=21.265;RBI=0.0119233;REFB=-0.0181452;REVB=-0.00590969;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135243;STB=0.576391;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0150844;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:14:6:8:10:14:6:8:10 chr17 53076986 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-5.26828e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0316;QD=11.9196;RBI=0.0959015;REFB=-0.00689965;REVB=0.0959015;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318742;STB=0.689164;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00882062;OID=.;OPOS=53076986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:7:2:4:3:7:2 chr17 53237959 . T C 428.27 PASS AF=0.473684;AO=43;DP=91;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0047226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.128;QD=18.0323;RBI=0.0184649;REFB=-0.0166283;REVB=-0.0178508;RO=47;SAF=25;SAR=18;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126604;STB=0.564074;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0115346;OID=.;OPOS=53237959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:47:50:43:45:0.473684:18:25:21:26:18:27:24:26 chr17 53238728 . G A 456.84 PASS AF=0.370629;AO=53;DP=143;FAO=53;FDP=143;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.0639022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6861;QD=12.7787;RBI=0.0705553;REFB=-0.0109723;REVB=0.0299092;RO=89;SAF=31;SAR=22;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161377;STB=0.595021;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.016889;OID=.;OPOS=53238728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:89:90:53:53:0.370629:22:31:39:50:22:31:39:51 chr17 53471105 . T G 409.11 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.00165251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.651;QD=14.2297;RBI=0.00943468;REFB=-0.00355611;REVB=0.00928883;RO=66;SAF=11;SAR=36;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14942;STB=0.588745;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00431544;OID=.;OPOS=53471105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:68:47:47:0.408696:36:11:23:43:36:11:24:44 chr17 53485186 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.573;QD=47.8219;RBI=0.0102788;REFB=0;REVB=0.00210308;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175316;OID=.;OPOS=53485186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr17 53851228 . C T 1928.48 PASS AF=0.992126;AO=123;DP=126;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0644547;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1094;QD=60.7395;RBI=0.0658079;REFB=-0.0671386;REVB=0.013277;RO=1;SAF=59;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798452;STB=0.504132;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000728965;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:127:1:1:123:126:0.992126:64:59:1:0:66:60:1:0 chr17 54450038 . C A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00178615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.157;QD=6.8132;RBI=0.022609;REFB=0.00193645;REVB=-0.0225384;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812293;STB=0.533238;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00484645;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:18:19:7:7:0.269231:3:4:9:9:3:4:10:9 chr17 54450134 . G A 92.18 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0563556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.633;QD=8.99332;RBI=0.0569664;REFB=-0.00506352;REVB=-0.00832001;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100375;STB=0.527381;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0148522;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:27:29:12:12:0.292683:7:5:9:18:7:5:11:18 chr17 54534634 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00786937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.729;QD=9.49512;RBI=0.0670701;REFB=-0.00270381;REVB=-0.0666069;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295482;STB=0.699657;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00339671;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:22:24:11:11:0.314286:4:7:8:14:4:7:8:16 chr17 54921494 . A C 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.987;QD=58.5753;RBI=0.0407524;REFB=0;REVB=0.0220567;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200788;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr17 54978794 . G A 375.06 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.933;QD=55.5644;RBI=0.0518471;REFB=0;REVB=0.0356795;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176113;OID=.;OPOS=54978794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:6:20:0:0:7:20:0:0 chr17 55027850 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.411;QD=48.7372;RBI=0.0122064;REFB=0;REVB=0.0061445;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027626;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:5:12:0:0 chr17 55182811 . CT C 555.65 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446706;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.0354;QD=47.2891;RBI=0.045546;REFB=0;REVB=-0.00888666;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000952857;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:47:47:47:0:25:22:0:0:10:0:25:21:0:0 chr17 55183203 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.646;QD=55.0986;RBI=0.0319213;REFB=0;REVB=0.0238503;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283995;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr17 55183716 . T C 820.47 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780886;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.412;QD=57.5772;RBI=0.0314964;REFB=0;REVB=0.0305131;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81621e-05;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr17 55822171 . T C 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0174052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.038;QD=19.9407;RBI=0.0212202;REFB=-0.0349737;REVB=-0.012139;RO=28;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100764;STB=0.56233;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0306965;OID=.;OPOS=55822171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:28:29:32:32:0.52459:14:18:19:9:14:18:20:9 chr17 55822214 . T A 283.97 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0013112;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9307;QD=17.2106;RBI=0.027174;REFB=-0.00980696;REVB=0.0271424;RO=32;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21212;STB=0.622275;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00362329;OID=.;OPOS=55822214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:35:31:31:0.469697:17:14:22:10:17:14:24:11 chr17 55822467 . G A 249.87 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.027508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7831;QD=16.6582;RBI=0.0290088;REFB=-0.00645208;REVB=-0.00920987;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619424;STB=0.545421;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00570931;OID=.;OPOS=55822467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:18:10:13:18:18:10:14:18 chr17 55950064 . C T 416.64 PASS AF=0.438776;AO=42;DP=97;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0154654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2499;QD=17.0059;RBI=0.0302962;REFB=-0.0103839;REVB=0.0260515;RO=55;SAF=20;SAR=22;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014867;STB=0.501424;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00984954;OID=.;OPOS=55950064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:55:55:42:43:0.438776:22:20:27:28:22:21:27:28 chr17 55951037 . C T 416.99 PASS AF=0.376923;AO=49;DP=130;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0603457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.455;QD=12.8305;RBI=0.0604166;REFB=-0.0140541;REVB=0.00292466;RO=81;SAF=16;SAR=33;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151917;STB=0.586679;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0231752;OID=.;OPOS=55951037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:81:81:49:49:0.376923:33:16:37:44:33:16:37:44 chr17 56050764 . G C 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0205926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.92;QD=22.8307;RBI=0.020812;REFB=-0.0127879;REVB=0.0030143;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515131;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0117932;OID=.;OPOS=56050764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:9:10:15:15:0.6:10:5:3:6:10:5:3:7 chr17 56233034 . C A 446.15 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00266763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.652;QD=20.751;RBI=0.0133097;REFB=-0.00175121;REVB=0.0130396;RO=38;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509688;STB=0.548365;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0012579;OID=.;OPOS=56233034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:42:44:44:0.511628:20:24:23:15:20:24:27:15 chr17 56274480 . C T 552.06 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0122474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.895;QD=24.0025;RBI=0.0125215;REFB=-0.01317;REVB=0.00260556;RO=41;SAF=30;SAR=21;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227334;STB=0.512479;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0075982;OID=.;OPOS=56274480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:51:51:0.554348:21:30:23:18:21:30:23:18 chr17 56327999 . A G 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0532965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.74;QD=22.7197;RBI=0.05619;REFB=-0.0521798;REVB=0.0177991;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018083;STB=0.51019;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0377658;OID=.;OPOS=56327999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:3:6:9:5:3:6 chr17 56344867 . G A 125.8 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0094272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.329;QD=18.6371;RBI=0.0666385;REFB=-0.0134623;REVB=0.0659683;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973626;STB=0.555477;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00963872;OID=.;OPOS=56344867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:5:8:7:7:5:8 chr17 56357818 . C A 367.97 PASS AF=0.481481;AO=36;DP=78;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0175352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.356;QD=18.1712;RBI=0.0213361;REFB=-0.00419854;REVB=0.0121552;RO=42;SAF=23;SAR=13;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226392;STB=0.595655;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00676439;OID=.;OPOS=56357818;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:42:42:36:39:0.481481:13:23:17:25:16:23:17:25 chr17 56387461 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0345753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.923;QD=14.6547;RBI=0.0404268;REFB=-0.00212246;REVB=-0.0209494;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574942;STB=0.84389;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=1.3276e-05;OID=.;OPOS=56387461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:6:2:7:1:6:2 chr17 56424614 . G A 158.52 PASS AF=0.485714;AO=14;DP=32;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00167311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.27;QD=18.117;RBI=0.0290311;REFB=-0.0225541;REVB=0.0289829;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245508;STB=0.542324;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0251482;OID=.;OPOS=56424614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:14:18:14:17:0.485714:6:8:4:10:9:8:7:11 chr17 56435885 . G T 318.83 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00927071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2609;QD=26.5695;RBI=0.107588;REFB=-0.0241194;REVB=0.107188;RO=20;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058703;STB=0.503244;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0161938;OID=.;OPOS=56435885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:18:10:7:13:18:10:7:13 chr17 56448297 . C T 279.26 PASS AF=0.54717;AO=20;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.081633;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5636;QD=21.0764;RBI=0.083017;REFB=-0.00856787;REVB=-0.0150954;RO=20;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29262;STB=0.586147;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0181719;OID=.;OPOS=56448297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:20:23:20:29:0.54717:5:15:9:11:12:17:9:14 chr17 56492800 . T C 360.75 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0106793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8715;QD=17.5978;RBI=0.0107143;REFB=-0.0251436;REVB=0.000865328;RO=43;SAF=26;SAR=12;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130558;STB=0.568369;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0221028;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:12:26:24:19:12:26:25:19 chr17 56544280 . T G 409.85 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0362549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.733;QD=51.2307;RBI=0.0363183;REFB=-0.035728;REVB=0.00214434;RO=2;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016613;STB=0.508923;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0136854;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:11:19:1:1:11:19:1:1 chr17 56584205 . A C 181.47 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0095184;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.22;QD=16.8812;RBI=0.00952365;REFB=-0.0153948;REVB=-0.000316173;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115251;STB=0.528467;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.019669;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:24:18:19:0.44186:12:6:11:14:12:7:10:14 chr17 56584508 . T C 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0278704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.1;QD=17.6719;RBI=0.0278896;REFB=-0.00395155;REVB=0.00103721;RO=32;SAF=23;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194808;STB=0.61;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00398697;OID=.;OPOS=56584508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:7:23:19:13:7:23:19:13 chr17 56585872 . G C 491.07 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00596618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.346;QD=17.2305;RBI=0.00899708;REFB=-0.00649846;REVB=-0.0067344;RO=61;SAF=26;SAR=27;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303681;STB=0.516892;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00707752;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:53:53:0.464912:27:26:28:33:27:26:28:33 chr17 56598439 . T C 328.2 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0616447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7063;QD=17.9834;RBI=0.0617387;REFB=-0.00852844;REVB=0.00340588;RO=38;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378014;STB=0.521115;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00819592;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:17:18:18:20:17:18:18:20 chr17 56618030 . C T 205.0 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0447325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7741;QD=15.7694;RBI=0.0717757;REFB=-0.0149224;REVB=0.0561316;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229999;STB=0.513078;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0428519;OID=.;OPOS=56618030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:17:12:9:14:17:12 chr17 56621283 . CGGG CGG,CGGT 720.43 PASS AF=0.125,0.875;AO=6,38;DP=48;FAO=6,42;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=5,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883933,0.0346097;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=22.799,43.3785;QD=60.0354;RBI=0.154934,0.04609;REFB=0,0;REVB=-0.127245,-0.0304378;RO=0;SAF=1,20;SAR=5,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.300628,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,-3.51048e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0188107,-0.00302528;OID=.,.;OPOS=56621284,56621286;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=CGG,CGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:6,38:48:6,42:48:0:1,23:5,19:0:0:29:0:1,20:5,18:0:0 chr17 56621288 . C T 39.54 PASS AF=0.137255;AO=6;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0108547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.3623;QD=3.10138;RBI=0.0376835;REFB=-0.0304088;REVB=-0.0360864;RO=45;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447889;STB=0.860861;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.16205;OID=.;OPOS=56621288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:45:44:6:7:0.137255:5:1:25:20:6:1:25:19 chr17 56621359 . T C,G 1020.01 PASS AF=0.944444,0.0416667;AO=62,3;DP=66;FAO=68,3;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34,3;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00700389,-0.015658;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.426,109.116;QD=56.6671;RBI=0.106569,0.0986971;REFB=-0.0932129,-0.146851;REVB=0.106338,0.0974471;RO=1;SAF=34,3;SAR=28,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0165629,0.727144;STB=0.507244,0.994936;STBP=0.51,0.122;TYPE=snp,snp;VARB=0.000296652,0.0212807;OID=.,.;OPOS=56621359,56621359;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:66:72:1:1:62,3:68,3:0.944444,0.0416667:28,0:34,3:0:1:34,0:34,3:0:1 chr17 56636854 . T C 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.033;QD=58.1299;RBI=0.0176972;REFB=0;REVB=0.00578636;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27953e-05;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr17 56659018 . C T 273.96 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00143859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9083;QD=24.9056;RBI=0.0341359;REFB=-0.00235782;REVB=-0.0341056;RO=19;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377535;STB=0.520941;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00154725;OID=.;OPOS=56659018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:16:9:6:13:16:9:6:13 chr17 56690848 . T C 335.96 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0221029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.816;QD=19.7622;RBI=0.0304272;REFB=-0.00425674;REVB=-0.0209111;RO=33;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155589;STB=0.586273;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00395423;OID=.;OPOS=56690848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:16:19:12:21:16:19:12:21 chr17 56709055 . T G 53.64 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00378557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.5989;QD=9.75314;RBI=0.0151359;REFB=-0.0356224;REVB=0.0146549;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345387;STB=0.726821;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0686704;OID=.;OPOS=56709055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:21:22:14:14:7:8:0.363636:3:4:12:2:4:4:12:2 chr17 56709077 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0114046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.509;QD=12.0514;RBI=0.112148;REFB=0.00512671;REVB=0.111566;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223548;STB=0.631314;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00236919;OID=.;OPOS=56709077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:10:3:4:5:10:3 chr17 56709107 . T C 49.58 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0467095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9157;QD=8.26346;RBI=0.0486487;REFB=-0.0148257;REVB=0.0135984;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793713;STB=0.584891;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0499908;OID=.;OPOS=56709107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:23:24:16:16:7:8:0.333333:4:3:8:8:5:3:8:8 chr17 56709117 . T C 86.31 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00178606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.868;QD=12.3294;RBI=0.031022;REFB=-0.0294988;REVB=-0.0309705;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165255;STB=0.509786;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.033273;OID=.;OPOS=56709117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:8:9:6:5:8:9 chr17 56709169 . A G 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0251357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.757;QD=6.25141;RBI=0.0252916;REFB=0.00628562;REVB=-0.00280404;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513116;STB=0.562286;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0239107;OID=.;OPOS=56709169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:4:2:6:10:4:2:7:10 chr17 56709172 . G A 46.61 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00274663;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.315;QD=8.47471;RBI=0.0169789;REFB=-0.0120926;REVB=-0.0167553;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65795e-08;STB=0.567382;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0212301;OID=.;OPOS=56709172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:22:14:15:7:7:0.318182:4:3:6:8:4:3:5:10 chr17 56738919 . G A 48.19 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.036202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.728;QD=12.8497;RBI=0.0840704;REFB=-0.0394171;REVB=0.0758765;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206125;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0526068;OID=.;OPOS=56738919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:4:4:5:2:4:4 chr17 56743948 . G A 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0174351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3337;QD=20.599;RBI=0.0564813;REFB=-0.0216813;REVB=-0.053723;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110683;STB=0.562437;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0324201;OID=.;OPOS=56743948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:10:9:12:8:10:9 chr17 56755092 . TA T 72.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.192089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.9284;QD=7.613;RBI=0.200822;REFB=-0.0208589;REVB=-0.0585775;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360394;STB=0.713963;STBP=0.061;TYPE=del;VARB=0.0141394;OID=.;OPOS=56755093;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:13:38:13:38:25:4:9:16:9:72:25:4:9:16:9 chr17 56756977 . A G 191.41 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0807076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0616;QD=22.5191;RBI=0.0897877;REFB=-0.00449963;REVB=0.0393462;RO=15;SAF=14;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334242;STB=0.688317;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00822818;OID=.;OPOS=56756977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:5:14:5:10:5:14:5:10 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 787.12 PASS AF=1,0;AO=44,9;DP=57;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0934457,-0.0428613;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=28.2387,15.6218;QD=55.2367;RBI=0.120119,0.240594;REFB=0,0;REVB=-0.075475,-0.236746;RO=0;SAF=35,1;SAR=9,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00429146,0;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:44,9:57:57,0:57:0:37,0:20,0:0:0:4:0:35,1:9,8:0:0 chr17 57287454 . A G 891.96 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.24;QD=57.5456;RBI=0.0368447;REFB=0;REVB=-0.000251765;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170893;OID=.;OPOS=57287454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:23:38:0:0:24:38:0:0 chr17 57290383 . G A 671.26 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.455;QD=59.668;RBI=0.0442967;REFB=-0.00161116;REVB=0.0428809;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000160091;OID=.;OPOS=57290383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:20:23:1:0:20:24:1:0 chr17 57477235 . T G 151.02 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0350096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.511;QD=15.8973;RBI=0.0367976;REFB=-0.00236777;REVB=0.0113311;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062308;STB=0.516759;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00336347;OID=.;OPOS=57477235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:6:10:13:8:6:11:13:8 chr17 57477616 . G A 847.79 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.695;QD=57.4771;RBI=0.0429369;REFB=0;REVB=0.0241053;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55132e-05;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:35:22:0:0:35:24:0:0 chr17 57478276 . T A 472.97 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=-0.00176633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.461;QD=16.8919;RBI=0.0113558;REFB=-0.00335479;REVB=0.0112176;RO=60;SAF=24;SAR=28;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159193;STB=0.588203;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00708718;OID=.;OPOS=57478276;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:28:24:18:42:28:24:18:42 chr17 57951973 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.068988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.268;QD=18.3449;RBI=0.0694246;REFB=-0.024086;REVB=-0.00777353;RO=18;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13943;STB=0.580208;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0123727;OID=.;OPOS=57951973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:14:3:5:13:14:3:5:13 chr17 57963537 . A G 235.16 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00209043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.885;QD=25.4221;RBI=0.00521339;REFB=-0.00152009;REVB=0.00477593;RO=14;SAF=10;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173607;STB=0.60597;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00112002;OID=.;OPOS=57963537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:12:10:3:11:12:10:3:12 chr17 58024275 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00204874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.896;QD=13.4857;RBI=0.00715576;REFB=0.00130615;REVB=-0.0068562;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403938;STB=0.740614;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.000855611;OID=.;OPOS=58024275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:4:7:2:7:4:7 chr17 58024324 . A G 85.65 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=31;FAO=10;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00784384;FXX=0.096743;HRUN=9;LEN=1;MLLD=255.484;QD=12.2357;RBI=0.0139033;REFB=-0.000391716;REVB=-0.0114793;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355772;STB=0.666296;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00291777;OID=.;OPOS=58024324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:31:28:8:17:9:10:0.357143:2:7:3:5:2:8:10:7 chr17 58031412 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0141215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.278;QD=14.0792;RBI=0.0143772;REFB=-0.010653;REVB=-0.00269983;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375601;STB=0.715593;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0166753;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:3:13:5:7:3:13 chr17 58121453 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0149265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.712;QD=11.9536;RBI=0.0230239;REFB=-0.0170043;REVB=-0.0175299;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109376;STB=0.565062;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0153112;OID=.;OPOS=58121453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:8:3:3:5:8:3 chr17 58156064 . G A 191.51 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.011237;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.09;QD=15.6333;RBI=0.0446461;REFB=-0.0227812;REVB=0.0432088;RO=26;SAF=16;SAR=4;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119838;STB=0.52629;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0315164;OID=.;OPOS=58156064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:29:20:20:0.408163:4:16:21:5:4:16:24:5 chr17 58786625 . A G 1339.13 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6767;QD=62.2851;RBI=0.0466678;REFB=0;REVB=0.0277075;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466896;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr17 58824567 . T C 619.89 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4956;QD=59.0374;RBI=0.071334;REFB=-0.0548844;REVB=0.0562918;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00344833;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:21:20:0:0:21:20:0:1 chr17 59482166 . C G 41.97 PASS AF=0.304348;AO=3;DP=19;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0146234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.197;QD=7.2991;RBI=0.0988454;REFB=-0.0268577;REVB=0.0977577;RO=16;SAF=2;SAR=1;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485233;STB=0.636059;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0609979;OID=.;OPOS=59482166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:19:23:16:16:3:7:0.304348:1:2:15:1:1:6:15:1 chr17 59485555 . C T 76.17 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0015564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.267;QD=12.1869;RBI=0.00572177;REFB=-0.0110908;REVB=-0.00550602;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238149;STB=0.639742;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0133254;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:11:4:5:5:11:4 chr17 59533868 . G C 885.29 PASS AF=0.473958;AO=93;DP=191;FAO=91;FDP=192;FR=.;FRO=101;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=33;FSRR=68;FWDB=-0.017911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.216;QD=18.4435;RBI=0.046647;REFB=-0.01032;REVB=0.0430713;RO=97;SAF=38;SAR=55;SRF=29;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107744;STB=0.538481;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.010721;OID=.;OPOS=59533868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:97:101:93:91:0.473958:55:38:29:68:55:36:33:68 chr17 59534987 . T G 178.27 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00110137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.185;QD=22.2838;RBI=0.0303312;REFB=-0.0157038;REVB=0.0303112;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392056;STB=0.549944;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0160009;OID=.;OPOS=59534987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:14:17:18:0.5625:10:7:6:7:11:7:7:7 chr17 59557600 . C T 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0198202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9932;QD=14.6491;RBI=0.0437383;REFB=-0.0101307;REVB=0.0389897;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078252;STB=0.54539;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0168834;OID=.;OPOS=59557600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:11:8:7:7:11:8 chr17 59560463 . C T 106.02 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00774726;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7468;QD=10.8741;RBI=0.00781482;REFB=-0.00256927;REVB=-0.00102538;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293411;STB=0.674073;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00298184;OID=.;OPOS=59560463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:26:26:13:13:0.333333:8:5:17:9:8:5:17:9 chr17 59667953 . G A 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00611343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.525;QD=14.119;RBI=0.00930742;REFB=-0.0142794;REVB=0.00701812;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351254;STB=0.519985;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.021694;OID=.;OPOS=59667953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:14:13:17:21:14:13:17:21 chr17 59668021 . G C 208.93 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0117038;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6701;QD=15.195;RBI=0.0320665;REFB=-0.019664;REVB=-0.0298544;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311821;STB=0.501556;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0345639;OID=.;OPOS=59668021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:31:24:24:0.436364:14:10:13:16:14:10:13:18 chr17 59668352 . C T 410.09 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00461797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1206;QD=13.7845;RBI=0.0083192;REFB=-0.00914339;REVB=0.00691978;RO=67;SAF=21;SAR=27;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103404;STB=0.566604;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0125618;OID=.;OPOS=59668352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:67:71:48:48:0.403361:27:21:36:31:27:21:39:32 chr17 59763465 . T C 772.89 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00845606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.744;QD=61.8312;RBI=0.0516899;REFB=-0.174136;REVB=0.0509935;RO=1;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254237;STB=0.513508;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00113817;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:18:31:0:1:18:31:0:1 chr17 59955426 . T G 667.0 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0268836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.007;QD=57.9999;RBI=0.0328023;REFB=-0.0751921;REVB=-0.0187954;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240823;STB=0.503017;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000438944;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:44:44:0.956522:25:19:1:0:25:19:1:1 chr17 59969000 . T C 193.7 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0436709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9183;QD=16.8438;RBI=0.0436897;REFB=-0.0244592;REVB=0.00128331;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10041;STB=0.557464;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0426413;OID=.;OPOS=59969000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:13:13:8:12:13:13 chr17 60020136 . AAAAG A,AA 105.02 PASS AF=0,0.6;AO=3,9;DP=20;FAO=0,12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=0,5;FSAR=0,7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0198428,-0.0191656;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=4,3;MLLD=289.891,299.608;QD=21.0032;RBI=0.0202339,0.0197402;REFB=-0.00567999,-0.00771844;REVB=0.00395912,0.00472811;RO=8;SAF=0,5;SAR=3,4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.602514,0.243059;STB=0.5,0.570063;STBP=1,0.505;TYPE=del,del;VARB=0.0154436,0.00947751;OID=.,.;OPOS=60020137,60020138;OREF=AAAG,AAG;OALT=-,-;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6:3,9:20:0,12:20:8:0,5:0,7:2:6:56:8:0,5:3,4:2:6 chr17 60043884 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.348;QD=57.1769;RBI=0.0284448;REFB=0;REVB=0.0235135;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03423e-05;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr17 60345507 . T TG 168.11 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212254;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=132.567;QD=42.0273;RBI=0.0308294;REFB=0;REVB=0.0223592;RO=14;SAF=1;SAR=1;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322357;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.93678e-05;OID=.;OPOS=60345508;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:16:16:16:0:4:12:0:0:4:14:1:1:3:11 chr17 60345508 . A G 155.04 PASS AF=0.882353;AO=14;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0586974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.962;QD=36.4791;RBI=0.0623674;REFB=-0.0196413;REVB=0.0210786;RO=3;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541738;STB=0.551651;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.000676942;OID=.;OPOS=60345508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:3:2:14:15:0.882353:11:3:1:2:12:3:1:1 chr17 60348325 . G A 1480.69 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00650091;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5196;QD=58.6412;RBI=0.00982128;REFB=-0.0923422;REVB=0.00736177;RO=1;SAF=55;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854702;STB=0.504504;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00190142;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:101:1:1:99:100:0.990099:44:55:1:0:45:55:1:0 chr17 60351457 . G A 2267.38 PASS AF=1;AO=147;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358673;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9316;QD=60.063;RBI=0.07169;REFB=0;REVB=-0.0620725;RO=0;SAF=50;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271294;OID=.;OPOS=60351457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:147:151:1:97:50:0:0:100:51:0:0 chr17 60503892 . A G 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.2216;QD=36.3483;RBI=0.0417141;REFB=-0.107594;REVB=0.0371701;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994753;STB=0.555452;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00641833;OID=.;OPOS=60503892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:0:1:4:7:0:1 chr17 60525047 . C T 196.15 PASS AF=0.347222;AO=26;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00495617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.17;QD=10.8971;RBI=0.0850391;REFB=0.0034968;REVB=-0.0848945;RO=46;SAF=10;SAR=16;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077852;STB=0.511619;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00849466;OID=.;OPOS=60525047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:26:25:0.347222:16:10:18:28:15:10:18:29 chr17 60683503 . A G 1014.66 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.465;QD=58.8207;RBI=0.0291824;REFB=0;REVB=0.0209334;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9839e-05;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:29:39:0:0:30:39:0:0 chr17 60753904 . A C 258.03 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0172467;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0554;QD=20.2379;RBI=0.0218115;REFB=0.00317591;REVB=0.0133527;RO=24;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471463;STB=0.536559;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00527391;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:26:27:0.529412:16:10:8:16:16:11:8:16 chr17 60758273 . G C 740.0 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9292;QD=56.9232;RBI=0.0738704;REFB=0;REVB=-0.0695731;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000563162;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr17 60766224 . A G 1150.47 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00242688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.69;QD=60.5508;RBI=0.0109325;REFB=0;REVB=0.0106598;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70411e-05;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr17 60767015 . G A 1051.85 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.59;QD=58.4364;RBI=0.0863364;REFB=-0.0401643;REVB=0.0807065;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391342;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:72:0:0:71:72:1:37:34:0:0:38:34:0:0 chr17 61315272 . G A 241.65 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0164281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3148;QD=19.3322;RBI=0.0282682;REFB=-0.0286921;REVB=-0.0230045;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945389;STB=0.543882;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0181618;OID=.;OPOS=61315272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:14:10:13:12:14:10:13:13 chr17 61499679 . TTA T,TTT 59.63 PASS AF=0.37931,0;AO=7,3;DP=37;FAO=11,0;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5,0;FSAR=6,0;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.101152,0.0675354;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=19.3668,15.74;QD=8.22493;RBI=0.116801,0.0737942;REFB=-0.109351,-0.031952;REVB=-0.0584017,-0.0297416;RO=24;SAF=3,0;SAR=4,3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0.456311,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0143824,-0.54342;STB=0.541327,0.5;STBP=0.755,1;TYPE=del,snp;VARB=0.148495,0;OID=.,.;OPOS=61499680,61499681;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931,0:7,3:37:11,0:29:18:5,0:6,0:7:11:60:24:3,0:4,3:10:14 chr17 61514747 . G A 99.26 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.012024;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.797;QD=14.7054;RBI=0.0247804;REFB=-0.0143073;REVB=-0.0216677;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234756;STB=0.636143;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0093653;OID=.;OPOS=61514747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:5:10:5:7:5:10 chr17 61559923 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00828387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.159;QD=14.3347;RBI=0.010798;REFB=-0.016768;REVB=0.00692629;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306575;STB=0.517787;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0249273;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:13:13:8:9:13:13 chr17 61773699 . G T 33.66 PASS AF=0.5;AO=4;DP=9;FAO=4;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0433899;FXX=0.110988;HRUN=6;LEN=1;MLLD=22.4586;QD=16.8308;RBI=0.043396;REFB=-0.0806777;REVB=0.000729352;RO=2;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210252;STB=0.624469;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0291804;OID=.;OPOS=61773699;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:9:8:2:2:4:4:0.5:3:1:0:2:3:1:0:2 chr17 61776479 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.157;QD=35.571;RBI=0.0645062;REFB=0;REVB=0.0427631;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115611;OID=.;OPOS=61776479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr17 61805747 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.874;QD=53.9112;RBI=0.0314728;REFB=0;REVB=0.0253683;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022885;OID=.;OPOS=61805747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr17 61838259 . G A 414.88 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556122;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.1657;QD=57.2253;RBI=0.0792002;REFB=0;REVB=-0.0790048;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000876429;OID=.;OPOS=61838259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr17 61889275 . C G 185.8 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00856048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.253;QD=19.056;RBI=0.056111;REFB=-0.0199456;REVB=0.0554542;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772379;STB=0.543862;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0162448;OID=.;OPOS=61889275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:9:11:12:7:9:11 chr17 61901197 . T A 563.76 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.733;QD=59.3428;RBI=0.0858947;REFB=0;REVB=0.0819205;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722657;OID=.;OPOS=61901197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:14:23:0:0:15:23:0:0 chr17 61903445 . G C 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0047634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.906;QD=59.7164;RBI=0.0067914;REFB=0.00496211;REVB=0.00484079;RO=1;SAF=51;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919304;STB=0.504853;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-2.27195e-05;OID=.;OPOS=61903445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:28:51:1:0:28:51:1:0 chr17 61906846 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.725;QD=56.1912;RBI=0.0401934;REFB=0;REVB=0.0312012;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54965e-05;OID=.;OPOS=61906846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr17 61908271 . C T 785.84 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.629;QD=64.1505;RBI=0.0198549;REFB=0;REVB=0.013882;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2606e-05;OID=.;OPOS=61908271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:20:29:0:0 chr17 61908556 . C T 284.06 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.025949;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.398;QD=23.1889;RBI=0.0308192;REFB=-0.0143163;REVB=-0.0166274;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126164;STB=0.566877;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0136327;OID=.;OPOS=61908556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:25:26:0.530612:11:14:9:13:11:15:10:13 chr17 61910167 . G A 803.46 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.353;QD=55.411;RBI=0.04256;REFB=-0.131956;REVB=0.0199691;RO=1;SAF=35;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132859;STB=0.50704;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000836895;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:22:35:1:0:22:35:1:0 chr17 61986988 . A G 139.43 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0750889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8579;QD=12.3938;RBI=0.0826444;REFB=0.000518722;REVB=-0.0345218;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144883;STB=0.584096;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00542854;OID=.;OPOS=61986988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:11:5:6:23:11:5:6:23 chr17 61987570 . G T 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0233241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.633;QD=17.4897;RBI=0.0242823;REFB=-0.000159401;REVB=-0.00675386;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187115;STB=0.604804;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.000131136;OID=.;OPOS=61987570;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:19:11:16:12:19:11 chr17 61987576 . G A 209.92 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0304072;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4002;QD=15.5498;RBI=0.035501;REFB=0.0155183;REVB=0.0183229;RO=30;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178441;STB=0.601143;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0230175;OID=.;OPOS=61987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:30:24:24:0.444444:14:10:18:12:14:10:18:12 chr17 61988014 . G A 124.69 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0108441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9045;QD=17.8127;RBI=0.0321735;REFB=-0.0136562;REVB=-0.030291;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245508;STB=0.639808;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0103515;OID=.;OPOS=61988014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:4:10:6:8:4:10 chr17 62007498 . A G 281.58 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0210268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.918;QD=21.66;RBI=0.0210269;REFB=-0.02193;REVB=7.24847e-05;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466917;STB=0.517229;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0168932;OID=.;OPOS=62007498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:28:29:0.557692:13:15:11:12:14:15:11:12 chr17 62018773 . T C 334.87 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=91;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0158035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.037;QD=14.4032;RBI=0.0158047;REFB=-0.00800551;REVB=-0.000193653;RO=54;SAF=16;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589484;STB=0.551636;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0123255;OID=.;OPOS=62018773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:54:56:36:37:0.397849:20:16:27:27:21:16:29:27 chr17 62020348 . T C 443.4 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0243691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.489;QD=25.7045;RBI=0.025957;REFB=-0.0335229;REVB=0.00893945;RO=26;SAF=16;SAR=26;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243259;STB=0.6258;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0237123;OID=.;OPOS=62020348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:27:42:42:0.608696:26:16:19:7:26:16:19:8 chr17 62041068 . T C 1524.8 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.82;QD=59.7961;RBI=0.035836;REFB=0;REVB=0.024348;RO=0;SAF=65;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149845;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:36:65:0:0:37:65:0:0 chr17 62079334 . A G 184.87 PASS AF=0.475;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0701112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3325;QD=18.4871;RBI=0.0729517;REFB=-0.0122309;REVB=-0.0201586;RO=20;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263626;STB=0.662025;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00512235;OID=.;OPOS=62079334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:21:19:19:0.475:13:6:12:8:13:6:13:8 chr17 62121278 . C A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.034357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.786;QD=16.1723;RBI=0.0349882;REFB=-0.0108976;REVB=0.00661617;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192059;STB=0.610967;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.013003;OID=.;OPOS=62121278;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:11:5:10:10:11:5:10:10 chr17 62121480 . T C 569.12 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156032;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.212;QD=61.5268;RBI=0.107317;REFB=0;REVB=0.106177;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119252;OID=.;OPOS=62121480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr17 62125272 . A G 1491.62 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.264;QD=63.4731;RBI=0.0157113;REFB=0;REVB=0.0155006;RO=0;SAF=58;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96218e-05;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:36:58:0:0:36:58:0:0 chr17 62141455 . A G 1142.32 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0889838;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5858;QD=59.3412;RBI=0.0913581;REFB=-0.103742;REVB=-0.0206927;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012618;STB=0.506665;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000945604;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:37:39:0:1:37:39:0:1 chr17 62782689 . T C 1264.58 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00796467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5253;QD=58.1414;RBI=0.0463369;REFB=-0.0956388;REVB=0.0456473;RO=3;SAF=42;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108774;STB=0.505746;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00255303;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:87:87:3:3:84:84:0.965517:42:42:1:2:42:42:1:2 chr17 62788587 . G T 221.86 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.0119476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1022;QD=14.5484;RBI=0.0331675;REFB=-0.0205274;REVB=0.0309409;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243484;STB=0.636515;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0317383;OID=.;OPOS=62788587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:7:28:15:11:7:28 chr17 62820746 . G T 151.98 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0200784;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.596;QD=8.56222;RBI=0.0202699;REFB=-0.00602344;REVB=0.00277996;RO=50;SAF=16;SAR=5;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333439;STB=0.700527;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0132896;OID=.;OPOS=62820746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:5:16:25:25:5:16:25:25 chr17 62857056 . A G 151.16 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.011452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4836;QD=20.1547;RBI=0.0115609;REFB=0.0169372;REVB=-0.00158316;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360974;STB=0.685263;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00860261;OID=.;OPOS=62857056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:6:10:2:11:6:10:3:11 chr17 62950240 . C A 134.27 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0154091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.066;QD=16.2756;RBI=0.0368802;REFB=-0.00161074;REVB=-0.0335069;RO=18;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133398;STB=0.507682;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00184855;OID=.;OPOS=62950240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:4:11:13:5:4:11:13:5 chr17 63533768 . G A 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.051807;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.222;QD=42.7835;RBI=0.052042;REFB=0.044167;REVB=0.00494083;RO=2;SAF=12;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709998;STB=0.555506;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00155058;OID=.;OPOS=63533768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:2:3:22:22:0.88:10:12:2:0:10:12:3:0 chr17 63533789 . T C,G 472.85 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=30,3;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195271,-0.0127858;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.413,99.2242;QD=57.3145;RBI=0.0558725,0.0275462;REFB=0,0;REVB=0.0523491,0.0243991;RO=0;SAF=15,0;SAR=15,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00192525,0.0728934;OID=.,.;OPOS=63533789,63533789;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:33:33:0:0:30,3:31,2:0.939394,0.0606061:15,3:15,0:0:0:16,2:15,0:0:0 chr17 63534250 . T C 607.88 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750405;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.95;QD=60.7876;RBI=0.0703893;REFB=0;REVB=0.0699881;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080462;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:38:40:1:12:26:0:0:14:26:0:0 chr17 63554307 . A G 549.16 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0128237;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0351;QD=15.5791;RBI=0.0184873;REFB=-0.00610382;REVB=0.0133166;RO=81;SAF=28;SAR=31;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184182;STB=0.50651;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00998215;OID=.;OPOS=63554307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:81:82:59:59:0.41844:31:28:37:44:31:28:38:44 chr17 63554591 . G A 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00686304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4239;QD=15.2918;RBI=0.0403047;REFB=-0.00847851;REVB=0.0397161;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195767;STB=0.615121;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0284852;OID=.;OPOS=63554591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:5:4:6:3:5:4 chr17 64023642 . A G,T 1344.94 PASS AF=0.947368,0.0315789;AO=85,8;DP=95;FAO=90,3;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=30,2;FSAR=60,1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0249587,0.0173972;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=190.816,145.249;QD=56.6291;RBI=0.0263148,0.0177729;REFB=-0.010479,0.0239415;REVB=0.00833868,0.00363514;RO=2;SAF=30,2;SAR=55,6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0169144,0.12621;STB=0.508195,0.74849;STBP=0.421,0.313;TYPE=snp,snp;VARB=0.000496044,0.0999265;OID=.,.;OPOS=64023642,64023642;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:95:95:2:2:85,8:90,3:0.947368,0.0315789:55,6:30,2:0:2:60,1:30,2:0:2 chr17 64208230 . G A 301.48 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0285108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.849;QD=16.7487;RBI=0.0285308;REFB=0.0011633;REVB=-0.00106697;RO=39;SAF=11;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204806;STB=0.615313;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00100788;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:22:11:21:18:22:11:21:18 chr17 64210757 . C A 179.46 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00489394;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0672;QD=21.7523;RBI=0.0202611;REFB=-0.0223852;REVB=-0.0196612;RO=15;SAF=13;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425252;STB=0.744397;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0259452;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:17:18:0.545455:4:13:4:11:4:14:4:11 chr17 64783081 . G A 1166.02 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2746;QD=60.5727;RBI=0.0190341;REFB=0;REVB=-0.0176386;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.62177e-05;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:51:25:0:0:51:26:0:0 chr17 64801021 . A G 306.27 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6686;QD=53.2645;RBI=0.0547205;REFB=0;REVB=-0.032287;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035171;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr17 64873552 . G A 617.45 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.0141905;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7591;QD=18.9986;RBI=0.0328619;REFB=-0.0248659;REVB=0.02964;RO=67;SAF=23;SAR=40;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00691703;STB=0.503826;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0316346;OID=.;OPOS=64873552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:67:67:63:63:0.484615:40:23:24:43:40:23:24:43 chr17 64881075 . A G 416.07 PASS AF=0.539474;AO=40;DP=75;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00853444;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.223;QD=21.8982;RBI=0.015514;REFB=-0.0330696;REVB=-0.0129556;RO=34;SAF=15;SAR=25;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827897;STB=0.531899;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.015287;OID=.;OPOS=64881075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:34:35:40:41:0.539474:25:15:16:18:25:16:16:19 chr17 65027740 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0104514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.718;QD=12.3961;RBI=0.0106424;REFB=-0.00399365;REVB=0.00200742;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317065;STB=0.691596;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00409407;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:4:1:3:2:4:1 chr17 65028095 . TA T 79.62 PASS AF=0.590909;AO=11;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.145147;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.7658;QD=14.4758;RBI=0.203365;REFB=-0.082177;REVB=-0.142441;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.67054;STB=0.734916;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0747143;OID=.;OPOS=65028096;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909:11:22:13:22:9:3:10:7:2:41:11:1:10:9:2 chr17 65066879 . A G 107.8 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0176784;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.848;QD=11.6536;RBI=0.0241543;REFB=-0.0109541;REVB=-0.0164592;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111318;STB=0.578393;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00839547;OID=.;OPOS=65066879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:24:13:13:0.351351:7:6:13:10:7:6:14:10 chr17 65104666 . T G 320.51 PASS AF=0.492958;AO=31;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00266888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.528;QD=18.0568;RBI=0.0255009;REFB=-0.0374409;REVB=-0.0253609;RO=23;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046216;STB=0.563899;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0350344;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:23:36:31:35:0.492958:18:13:11:12:19:16:12:24 chr17 65104743 . G A 1224.17 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.328;QD=61.2084;RBI=0.0450691;REFB=0;REVB=0.0406285;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012017;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:73:80:0:0:73:80:1:39:34:0:0:45:35:0:0 chr17 65362552 . T A 418.05 PASS AF=0.466667;AO=40;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00583861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.103;QD=18.5802;RBI=0.023306;REFB=-0.0489588;REVB=-0.0225628;RO=28;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137931;STB=0.543668;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0594097;OID=.;OPOS=65362552;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:28:47:40:42:0.466667:17:23:21:7:18:24:23:24 chr17 65574283 . A G 319.89 PASS AF=0.5;AO=33;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0403416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.9932;QD=18.2796;RBI=0.0415716;REFB=-0.0121367;REVB=0.0100377;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137491;STB=0.543185;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00809118;OID=.;OPOS=65574283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:35:33:35:0.5:20:13:18:15:20:15:18:17 chr17 65739627 . A G 496.25 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0265715;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.131;QD=52.2365;RBI=0.0268768;REFB=0.0387895;REVB=0.00403938;RO=3;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355985;STB=0.519073;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00108693;OID=.;OPOS=65739627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:38:38:3:3:35:35:0.921053:15:20:1:2:15:20:1:2 chr17 65978851 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.214;QD=56.1911;RBI=0.0536128;REFB=0;REVB=0.00658908;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390298;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr17 65989048 . T C 330.02 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0348781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2612;QD=50.7721;RBI=0.0384782;REFB=-0.0466107;REVB=-0.0162507;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044143;STB=0.52379;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00141211;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:10:15:0:1:10:15:0:1 chr17 65989086 . CCG C 69.14 PASS AF=0.5;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0720047;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=25.1284;QD=13.8272;RBI=0.108587;REFB=-0.131235;REVB=-0.0812805;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103585;STB=0.556701;STBP=0.652;TYPE=del;VARB=0.13384;OID=.;OPOS=65989087;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:24:10:20:10:3:7:4:6:68:14:3:6:6:8 chr17 66016006 . T C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0497735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.062;QD=14.6976;RBI=0.05202;REFB=-0.0119569;REVB=-0.015122;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12648;STB=0.572423;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0157408;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:12:18:10:11:12:18 chr17 66016096 . C T 250.32 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0735902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1803;QD=20.0254;RBI=0.0755026;REFB=0.00261009;REVB=0.0168857;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676442;STB=0.538013;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00142552;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:15:9:8:18:15:9:8:18 chr17 66195838 . A T 121.46 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0160807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.948;QD=15.1827;RBI=0.023727;REFB=-0.0186853;REVB=-0.0174466;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246747;STB=0.660139;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0240649;OID=.;OPOS=66195838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:18:14:14:0.4375:10:4:9:8:10:4:10:8 chr17 66246416 . A G 740.81 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00964044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.432;QD=50.2243;RBI=0.0132548;REFB=-0.160896;REVB=0.00909673;RO=4;SAF=27;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115958;STB=0.500616;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00135347;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:59:59:4:4:55:55:0.932203:28:27:2:2:28:27:2:2 chr17 66253095 . T A 125.56 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00805727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.552;QD=11.9583;RBI=0.0341894;REFB=-0.046411;REVB=-0.0332264;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234359;STB=0.636198;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0415993;OID=.;OPOS=66253095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:7:20:8:7:7:20 chr17 66264567 . TTA T 133.06 PASS AF=0.329268;AO=18;DP=25;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0163515;FXX=0.127646;HRUN=2;LEN=2;MLLD=147.29;QD=6.49094;RBI=0.0248524;REFB=-0.0262536;REVB=0.0187155;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524398;STBP=0.784;TYPE=del;VARB=0.0977238;OID=.;OPOS=66264568;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.329268:18:25:27:82:55:8:19:18:37:99:0:5:13:0:0 chr17 66267691 . A T 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0442576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.084;QD=22.8808;RBI=0.0482377;REFB=-0.0125852;REVB=-0.019187;RO=26;SAF=10;SAR=25;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325042;STB=0.679506;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00609849;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:25:10:18:8:25:10:18:8 chr17 66391232 . A G 308.24 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0656801;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0961;QD=15.607;RBI=0.0687231;REFB=-0.0153409;REVB=-0.0202232;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017969;STB=0.52772;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0248307;OID=.;OPOS=66391232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:42:45:34:34:0.43038:18:16:19:23:18:16:19:26 chr17 66528585 . TA T 41.26 PASS AF=0.3;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.106521;FXX=0.0384541;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.017;QD=3.30049;RBI=0.258525;REFB=-0.0506924;REVB=-0.23556;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217585;STB=0.586086;STBP=0.443;TYPE=del;VARB=-0.00841287;OID=.;OPOS=66528586;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:15:49:15:50:35:4:11:13:22:41:22:3:12:8:14 chr17 66533655 . A G 756.55 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297818;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.223;QD=57.0978;RBI=0.031409;REFB=0;REVB=-0.00997837;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88815e-05;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr17 66536749 . C T 269.44 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00145459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.9371;QD=18.9079;RBI=0.00822497;REFB=-0.00861263;REVB=-0.00809532;RO=28;SAF=8;SAR=21;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120417;STB=0.567519;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0109718;OID=.;OPOS=66536749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:21:8:11:17:21:8:11:17 chr17 66538239 . G T 78.17 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0616091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8764;QD=5.58369;RBI=0.0642884;REFB=-0.0160575;REVB=0.0183663;RO=42;SAF=4;SAR=8;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15231;STB=0.599829;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0612946;OID=.;OPOS=66538239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:42:44:12:12:0.214286:8:4:19:23:8:4:20:24 chr17 66539847 . C T 247.99 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0454663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.924;QD=16.2619;RBI=0.0498693;REFB=-0.0104705;REVB=-0.0204882;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168037;STB=0.59227;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.013271;OID=.;OPOS=66539847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:33:28:28:0.459016:13:15:11:20:13:15:12:21 chr17 66596463 . C T 697.53 PASS AF=0.480263;AO=73;DP=152;FAO=73;FDP=152;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.0142938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.253;QD=18.356;RBI=0.0371841;REFB=-0.0217343;REVB=0.034327;RO=79;SAF=38;SAR=35;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133796;STB=0.507396;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0299982;OID=.;OPOS=66596463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:79:79:73:73:0.480263:35:38:40:39:35:38:40:39 chr17 66872802 . G C 1357.55 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127885;FXX=0.0333296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7961;QD=62.416;RBI=0.0585387;REFB=0;REVB=-0.0571247;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234946;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:86:87:1:46:40:0:0:46:41:0:0 chr17 66985992 . T G 503.19 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0122906;FXX=0.0263089;HRUN=7;LEN=1;MLLD=261.831;QD=54.3992;RBI=0.0124867;REFB=-0.17977;REVB=0.0022042;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283378;STB=0.524986;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000718403;OID=.;OPOS=66985992;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:37:1:2:35:35:0.945946:16:19:0:1:16:19:2:0 chr17 67028260 . T C 939.0 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7466;QD=57.7843;RBI=0.0306455;REFB=0;REVB=0.0238613;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648722;OID=.;OPOS=67028260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:40:24:0:0:41:24:0:0 chr17 67031457 . C T 753.56 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00031347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2892;QD=62.7963;RBI=0.0249215;REFB=0;REVB=0.0249196;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171947;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:30:17:0:0:31:17:0:0 chr17 67081830 . T C 799.42 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.188;QD=56.0998;RBI=0.0115188;REFB=0;REVB=-0.00397853;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2144e-05;OID=.;OPOS=67081830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:30:27:0:0 chr17 67101718 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.868;QD=56.956;RBI=0.0224266;REFB=0;REVB=-0.00572354;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010612;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr17 67125840 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.965;QD=49.5992;RBI=0.0192999;REFB=0;REVB=0.0171874;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223292;OID=.;OPOS=67125840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 67178316 . A G 213.19 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00744711;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.321;QD=14.4536;RBI=0.0307425;REFB=-0.0154501;REVB=0.0298269;RO=34;SAF=8;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19188;STB=0.609665;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0276923;OID=.;OPOS=67178316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:34:25:25:0.423729:17:8:17:17:17:8:17:17 chr17 67210992 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.026113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.424;QD=9.44523;RBI=0.031101;REFB=-0.0107279;REVB=0.0168933;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726992;STB=0.545299;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0389846;OID=.;OPOS=67210992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:4:6:4:2:4:6 chr17 67212031 . A G 98.49 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0842234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9158;QD=14.0695;RBI=0.0913803;REFB=0.0142699;REVB=0.0354512;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208227;STB=0.512175;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.01286;OID=.;OPOS=67212031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:9:7:5:7:9:7 chr17 67212423 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00726143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.24;QD=22.3981;RBI=0.0122994;REFB=-0.00912843;REVB=-0.00992712;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224919;STB=0.626332;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00809531;OID=.;OPOS=67212423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:7:15:8:11:7:15:8:11 chr17 67215712 . C T 145.16 PASS AF=0.30303;AO=19;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0375565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.113;QD=8.79735;RBI=0.0379914;REFB=-0.0116916;REVB=0.00573218;RO=46;SAF=9;SAR=10;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823332;STB=0.530273;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0354835;OID=.;OPOS=67215712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:19:20:0.30303:10:9:25:21:10:10:25:21 chr17 67267317 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.335;QD=56.1908;RBI=0.0483945;REFB=0;REVB=0.0473441;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269385;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr17 67273882 . C A 1213.92 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.24;QD=59.9465;RBI=0.03707;REFB=0;REVB=0.0146277;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146924;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:81:0:0:80:81:1:35:45:0:0:35:46:0:0 chr17 67513003 . C A 137.25 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0129373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.636;QD=11.2042;RBI=0.0572707;REFB=-0.00681064;REVB=-0.0557903;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190328;STB=0.612112;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0131079;OID=.;OPOS=67513003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:8:8:11:22:8:8:11:22 chr17 67513055 . A G 103.49 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0200357;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=196.545;QD=9.8565;RBI=0.0252102;REFB=-0.00253529;REVB=0.0153012;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270775;STB=0.654456;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00771827;OID=.;OPOS=67513055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:29:13:13:0.309524:6:7:8:19:6:7:9:20 chr17 67982157 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.257;QD=57;RBI=0.0261872;REFB=0;REVB=0.016246;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02788e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr17 68131048 . T G 75.63 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.017055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3439;QD=11.6348;RBI=0.0334401;REFB=0.00358427;REVB=0.028764;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129195;STB=0.576773;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00108289;OID=.;OPOS=68131048;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:6:10:5:5:6:10 chr17 68131526 . C T 174.59 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0205607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1376;QD=19.9536;RBI=0.0878891;REFB=-0.0798538;REVB=-0.0854503;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176087;STB=0.599886;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0557138;OID=.;OPOS=68131526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:9:8:12:6:9:8 chr17 68172326 . C T 66.17 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0302371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.207;QD=12.0311;RBI=0.0302526;REFB=0.00368627;REVB=0.000969719;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958989;STB=0.557999;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00230688;OID=.;OPOS=68172326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:8:1:2:11:8:1:2:11 chr17 70325210 . G A 304.14 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0282888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.615;QD=19.9436;RBI=0.0287759;REFB=-0.0190849;REVB=0.0052718;RO=28;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197804;STB=0.601571;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0191956;OID=.;OPOS=70325210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:28:29:32:32:0.52459:19:13:18:10:19:13:18:11 chr17 70943990 . T C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00320723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7557;QD=15.6192;RBI=0.0163883;REFB=-0.0131227;REVB=0.0160714;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155842;STB=0.590061;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0118603;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:6:12:13:12:6:12:13:12 chr17 71192663 . G A 140.61 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6697;QD=43.2653;RBI=0.0825456;REFB=0;REVB=0.0682527;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00476044;OID=.;OPOS=71192663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:3:9:0:0:4:9:0:0 chr17 71192873 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2678;QD=51.1835;RBI=0.0316186;REFB=0;REVB=0.0018528;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601702;OID=.;OPOS=71192873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr17 71196809 . A G 1316.4 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000473778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4905;QD=61.9481;RBI=0.0208333;REFB=0;REVB=-0.0208279;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125769;OID=.;OPOS=71196809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:44:40:0:0:44:41:0:0 chr17 71197439 . C T 292.35 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0347347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.787;QD=11.4646;RBI=0.0478953;REFB=-0.0135731;REVB=-0.0329766;RO=66;SAF=13;SAR=23;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209225;STB=0.620527;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0229705;OID=.;OPOS=71197439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:66:36:36:0.352941:23:13:36:30:23:13:36:30 chr17 71197748 . G A 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0668618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5821;QD=45.8003;RBI=0.09073;REFB=0;REVB=0.0613306;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238266;OID=.;OPOS=71197748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr17 71205854 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.256;QD=50.4114;RBI=0.0869569;REFB=0;REVB=-0.0386873;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300038;OID=.;OPOS=71205854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr17 71232687 . T C 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0202775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.903;QD=46.0583;RBI=0.0385634;REFB=-0.0581555;REVB=0.0328019;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.518499;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000793334;OID=.;OPOS=71232687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:13:6:0:0:13:6:0:1 chr17 71232804 . C A 746.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1753;QD=63.4937;RBI=0.0404658;REFB=0;REVB=-0.0306281;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04807e-05;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr17 71232807 . T C 704.87 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000190407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1529;QD=58.7387;RBI=0.0220225;REFB=-0.0109178;REVB=-0.0220216;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71926e-05;OID=.;OPOS=71232807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:46:46:0.958333:23:23:0:1:23:23:1:1 chr17 71232881 . G C 726.2 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367413;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3357;QD=63.1478;RBI=0.0458626;REFB=0;REVB=0.0274492;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00560647;OID=.;OPOS=71232881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:21:23:0:0:22:24:0:0 chr17 71233130 . A G 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8288;QD=51.178;RBI=0.0870724;REFB=0;REVB=0.013022;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143474;OID=.;OPOS=71233130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:19:1:0:0:19:1:0:0 chr17 71238433 . G A 1325.18 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202693;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.155;QD=62.3616;RBI=0.0308154;REFB=0;REVB=0.0232109;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74625e-05;OID=.;OPOS=71238433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr17 71239214 . GAA GTT 299.24 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763074;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.239;QD=52.0413;RBI=0.238618;REFB=0;REVB=0.226088;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00423566;OID=.;OPOS=71239215;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:23:23:23:0:16:7:0:0:4:0:15:6:0:0 chr17 71244630 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.712;QD=57.0002;RBI=0.0282123;REFB=0;REVB=0.0245322;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13374e-05;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr17 71365314 . A G 1441.04 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221186;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.884;QD=61.98;RBI=0.0282994;REFB=-0.147692;REVB=0.017653;RO=0;SAF=26;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04346e-08;STB=0.503759;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-1.37561e-05;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:0:1:92:92:0.989247:66:26:0:0:66:26:0:1 chr17 71386577 . G T 1309.34 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.723;QD=61.6158;RBI=0.0532822;REFB=0;REVB=0.0382886;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013131;OID=.;OPOS=71386577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:44:40:0:0:45:40:0:0 chr17 71468267 . G A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0140979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.287;QD=14.1388;RBI=0.0252774;REFB=-0.00549537;REVB=0.0209808;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504553;STB=0.52937;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.011256;OID=.;OPOS=71468267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:11:9:7:7:11:9 chr17 71503636 . T C 364.51 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00404374;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.77;QD=19.4403;RBI=0.0323017;REFB=-0.0126551;REVB=0.0320476;RO=36;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134304;STB=0.507039;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0118736;OID=.;OPOS=71503636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:37:37:38:0.506667:20:17:16:20:20:18:17:20 chr17 71747278 . G C 444.43 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=0.0016836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.653;QD=23.0872;RBI=0.00963949;REFB=-0.00834218;REVB=0.00949133;RO=34;SAF=25;SAR=18;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208688;STB=0.613851;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00597669;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:18:25:28:6:18:25:28:6 chr17 71747323 . T C 106.01 PASS AF=0.388889;AO=12;DP=32;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0235352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.648;QD=11.7783;RBI=0.0235527;REFB=-0.0178666;REVB=-0.000908391;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264459;STB=0.526279;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0233401;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:36:17:22:12:14:0.388889:5:7:14:3:5:9:15:7 chr17 71747336 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0154252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2193;QD=12.791;RBI=0.0390336;REFB=0.000118838;REVB=-0.0358564;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181298;STB=0.607872;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.000778787;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:3:11:15:8:3:11:15:8 chr17 71747394 . C T 253.58 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0288433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.0835;QD=21.5809;RBI=0.0294477;REFB=0.00400361;REVB=0.0059357;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168371;STB=0.594515;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00127164;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:9:15:10:13:9:15:10:13 chr17 71747397 . G A 222.64 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0318658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2923;QD=17.4622;RBI=0.0318658;REFB=-0.0177676;REVB=-4.90289e-05;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204813;STB=0.615667;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0122783;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:9:15:11:16:9:15:11:16 chr17 71747473 . A G 322.96 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.069515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.612;QD=21.8958;RBI=0.0695678;REFB=0.00037877;REVB=-0.00270923;RO=26;SAF=22;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23091;STB=0.627828;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000107537;OID=.;OPOS=71747473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:11:22:10:16:11:22:10:16 chr17 71752500 . C CT 964.08 PASS AF=0.985075;AO=62;DP=71;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232965;FXX=0.0563301;HRUN=0;LEN=1;MLLD=212.023;QD=57.5567;RBI=0.0582562;REFB=0.00545332;REVB=-0.0533953;RO=3;SAF=47;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107754;STB=0.505153;STBP=0.599;TYPE=ins;VARB=-0.000250536;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.985075:62:71:66:67:1:48:18:1:0:3:3:47:15:2:1 chr17 72233549 . G A 478.07 PASS AF=0.484536;AO=46;DP=96;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00655665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.791;QD=19.7144;RBI=0.0461236;REFB=-0.0285049;REVB=0.0456552;RO=50;SAF=20;SAR=26;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239304;STB=0.518065;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0301885;OID=.;OPOS=72233549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:50:50:46:47:0.484536:26:20:23:27:27:20:23:27 chr17 72301432 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018669;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.429;QD=56.9569;RBI=0.0201709;REFB=0;REVB=0.00763758;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84843e-05;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr17 72303449 . G A 1700.0 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00284961;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.602;QD=59.6491;RBI=0.0514601;REFB=-0.0562533;REVB=0.0513811;RO=1;SAF=43;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683193;STB=0.503545;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000200587;OID=.;OPOS=72303449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:114:1:1:112:113:0.991228:69:43:0:1:70:43:0:1 chr17 72305534 . C T 1448.6 PASS AF=0.969388;AO=94;DP=99;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0547944;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8495;QD=59.1267;RBI=0.0614746;REFB=-0.215725;REVB=0.0278693;RO=3;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326642;STB=0.51685;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00338857;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:99:98:3:3:94:95:0.969388:42:52:0:3:43:52:0:3 chr17 72305688 . T C 224.07 PASS AF=0.904762;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0675243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.0177;QD=42.6796;RBI=0.0688096;REFB=-0.108683;REVB=0.013237;RO=2;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655734;STB=0.533299;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00402733;OID=.;OPOS=72305688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:18:19:0.904762:13:5:0:2:14:5:0:2 chr17 72308319 . G A 1079.47 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0792;QD=59.9707;RBI=0.0423783;REFB=0;REVB=0.0355283;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394362;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr17 72324649 . G GC 230.29 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.8134;QD=41.8715;RBI=0.0746818;REFB=0;REVB=0.0608111;RO=3;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210377;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0020008;OID=.;OPOS=72324650;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:23:22:22:0:7:15:0:0:4:3:5:15:3:0 chr17 72346855 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00988915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.753;QD=11.0194;RBI=0.0193095;REFB=-0.012686;REVB=-0.016585;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373885;STB=0.734403;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0202088;OID=.;OPOS=72346855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:4:4:5:1:4:4 chr17 72349040 . C T 318.11 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0194108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.425;QD=18.1779;RBI=0.0318109;REFB=-0.0264608;REVB=0.0252023;RO=36;SAF=5;SAR=28;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416132;STB=0.708722;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0440924;OID=.;OPOS=72349040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:36:33:34:0.485714:28:5:18:18:28:6:18:18 chr17 72349067 . C T 251.42 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=24;FWDB=0.0330429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4963;QD=20.5243;RBI=0.0443829;REFB=-0.0214462;REVB=0.0296311;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=1;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366027;STB=0.700471;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00932161;OID=.;OPOS=72349067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:1:24:15:9:1:24 chr17 72350402 . G A 171.77 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=30;FWDB=0.0174961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7744;QD=12.4925;RBI=0.0200174;REFB=-0.0014429;REVB=0.00972554;RO=34;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296108;STB=0.666539;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00226275;OID=.;OPOS=72350402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:14:7:4:30:14:7:4:30 chr17 72350412 . G A 346.45 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00807284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0923;QD=26.6502;RBI=0.0521423;REFB=-0.0535532;REVB=0.0515136;RO=19;SAF=3;SAR=30;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316095;STB=0.67656;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0361882;OID=.;OPOS=72350412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:30:3:6:13:30:3:6:13 chr17 72351406 . C T 706.85 PASS AF=0.616822;AO=64;DP=106;FAO=66;FDP=107;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0135733;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.639;QD=26.4243;RBI=0.0142351;REFB=-0.0337021;REVB=0.00428998;RO=38;SAF=16;SAR=48;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123114;STB=0.553954;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0167333;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:38:41:64:66:0.616822:48:16:15:23:48:18:16:25 chr17 72351761 . A G 958.91 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.688;QD=58.1157;RBI=0.046416;REFB=0;REVB=0.0142306;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10261e-05;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:66:0:0:61:66:1:37:24:0:0:39:27:0:0 chr17 72366695 . C A 676.38 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000863079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.4164;QD=56.3652;RBI=0.0535077;REFB=-0.172823;REVB=0.0535008;RO=2;SAF=23;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391242;STB=0.509727;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0118909;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:48:48:2:3:45:45:0.9375:22:23:2:0:22:23:2:1 chr17 72368550 . T C 315.5 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.101333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6492;QD=25.2403;RBI=0.10874;REFB=-0.0057706;REVB=0.0394463;RO=22;SAF=9;SAR=19;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13457;STB=0.574089;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00485686;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:19:9:4:18:19:9:4:18 chr17 72439700 . T G 145.34 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.134;QD=44.7201;RBI=0.0424493;REFB=0;REVB=0.042228;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132912;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr17 72439808 . TGG TG,TGT 354.07 PASS AF=0.46988,0.0240964;AO=36,3;DP=83;FAO=39,2;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=18,2;FSAR=21,0;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.128035,-0.0477318;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.0719,35.9545;QD=17.0635;RBI=0.128491,0.0480751;REFB=0.0197479,-0.00282363;REVB=-0.0108175,0.00573513;RO=40;SAF=15,3;SAR=21,0;SRF=20;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.079421,0.505119;STB=0.51999,0.99482;STBP=0.723,0.174;TYPE=del,snp;VARB=-0.0401708,0.106887;OID=.,.;OPOS=72439809,72439810;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46988,0.0240964:36,3:83:39,2:83:42:18,2:21,0:21:21:99:40:15,3:21,0:20:20 chr17 72469958 . A G 1933.59 PASS AF=1;AO=124;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440922;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3795;QD=61.3839;RBI=0.0440939;REFB=0;REVB=-0.000378702;RO=1;SAF=43;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120284;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:126:1:0:124:126:1:81:43:0:1:83:43:0:0 chr17 72469966 . G A 462.34 PASS AF=0.419355;AO=50;DP=122;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=54;FWDB=0.00412703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.211;QD=14.9143;RBI=0.0792784;REFB=-0.0164987;REVB=0.0791709;RO=71;SAF=24;SAR=26;SRF=18;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241131;STB=0.635545;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0138102;OID=.;OPOS=72469966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:71:72:50:52:0.419355:26:24:18:53:27:25:18:54 chr17 72691928 . T C 420.36 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0177687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.1645;QD=20.5055;RBI=0.0181572;REFB=-0.00951033;REVB=0.00373589;RO=39;SAF=21;SAR=21;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145355;STB=0.573137;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0113814;OID=.;OPOS=72691928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:40:42:42:0.512195:21:21:26:13:21:21:26:14 chr17 72700943 . A G 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0186512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.122;QD=22.6321;RBI=0.0250047;REFB=0.0062668;REVB=0.0166543;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15565;STB=0.587034;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.000695687;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:9:4:1:7:9:4:1:7 chr17 72773794 . C A 104.84 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00628546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.834;QD=10.7524;RBI=0.0191944;REFB=-0.0145211;REVB=-0.0181361;RO=26;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298888;STB=0.683288;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0306715;OID=.;OPOS=72773794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:11:2:9:17:11:2:9:17 chr17 72784932 . G A 127.69 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0122125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.084;QD=11.8778;RBI=0.0355639;REFB=-0.014455;REVB=0.0334013;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114947;STB=0.567812;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0174596;OID=.;OPOS=72784932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:7:8:12:16:7:8:12:16 chr17 72851133 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.59;QD=42.1822;RBI=0.0358739;REFB=0;REVB=-0.0193759;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156617;OID=.;OPOS=72851133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr17 72889685 . G A 227.76 PASS AF=0.288288;AO=31;DP=107;FAO=32;FDP=111;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=58;FWDB=0.0491857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.507;QD=8.20751;RBI=0.057757;REFB=-0.0639104;REVB=-0.030276;RO=72;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237428;STB=0.628027;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.039267;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:72:79:31:32:0.288288:18:13:17:55:18:14:21:58 chr17 72889696 . A G 170.1 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=55;FWDB=0.0280691;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0549;QD=8.72297;RBI=0.0636047;REFB=-0.0040019;REVB=-0.0570762;RO=54;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.742647;STB=0.910256;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00837966;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:54:55:23:23:0.294872:6:17:0:54:6:17:0:55 chr17 72927123 . G T 587.14 PASS AF=0.930233;AO=39;DP=44;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.100372;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.461;QD=54.6172;RBI=0.103109;REFB=-0.1139;REVB=0.0235976;RO=3;SAF=3;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108088;STB=0.542146;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00131427;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:43:3:3:39:40:0.930233:36:3:1:2:36:4:1:2 chr17 72937851 . G A 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6377;QD=61.3251;RBI=0.0358018;REFB=0;REVB=0.0130641;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077475;OID=.;OPOS=72937851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr17 72938100 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.691;QD=63.5817;RBI=0.0332943;REFB=0;REVB=0.0305454;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125527;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr17 72939446 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.048;QD=44.6898;RBI=0.0580763;REFB=0;REVB=0.0370163;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785604;OID=.;OPOS=72939446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr17 72939759 . A C 837.59 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026072;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5348;QD=57.7648;RBI=0.031757;REFB=0;REVB=-0.0181317;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615326;OID=.;OPOS=72939759;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:32:24:0:0:32:26:0:0 chr17 72948369 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8544;QD=62.3492;RBI=0.0497822;REFB=0;REVB=0.0443579;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276984;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr17 72949146 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.653;QD=55.6558;RBI=0.0499818;REFB=0;REVB=0.0490943;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246634;OID=.;OPOS=72949146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr17 72952017 . A G 790.65 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5671;QD=56.4753;RBI=0.0369072;REFB=0;REVB=0.00559936;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606118;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:29:25:0:0:30:26:0:0 chr17 73037868 . C G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00897545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.259;QD=17.3212;RBI=0.044192;REFB=-0.006055;REVB=0.043271;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995299;STB=0.556749;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00641026;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:12:6:7:9:12:6 chr17 73085975 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00273257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.274;QD=18.3009;RBI=0.00660685;REFB=-0.0335241;REVB=-0.00601528;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14163;STB=0.579924;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0375208;OID=.;OPOS=73085975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:12:8:6:17:12:8:6:17 chr17 73089524 . G A 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00992946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1943;QD=9.62295;RBI=0.0353744;REFB=0.0135129;REVB=0.0339522;RO=41;SAF=17;SAR=3;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336675;STB=0.714351;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0140381;OID=.;OPOS=73089524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:3:17:26:15:3:17:26:16 chr17 73089706 . G A 118.73 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00229565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0206;QD=22.6157;RBI=0.19163;REFB=-0.0267171;REVB=0.191616;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275661;STB=0.654455;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0272323;OID=.;OPOS=73089706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:7:1:7:6:7:1 chr17 73089852 . T C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0414882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7795;QD=41.8674;RBI=0.0420601;REFB=-0.0186457;REVB=0.00691255;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00421758;OID=.;OPOS=73089852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:0:1:8:7:0:1 chr17 73110279 . C T 1082.58 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419138;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.232;QD=59.3196;RBI=0.0487393;REFB=0;REVB=0.0248748;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207632;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:49:22:0:0:50:23:0:0 chr17 73221439 . C T 977.97 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=73;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0266184;FXX=0.0273935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.921;QD=55.0969;RBI=0.0284346;REFB=-0.121076;REVB=0.00999929;RO=3;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496621;STB=0.526308;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000833444;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:71:3:3:68:68:0.957746:27:41:0:3:27:41:0:3 chr17 73222847 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.083;QD=60.6103;RBI=0.0326819;REFB=0;REVB=0.0304624;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10033e-05;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr17 73222865 . G A 471.94 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.038043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.009;QD=55.5228;RBI=0.0404296;REFB=-0.0781502;REVB=0.0136854;RO=1;SAF=9;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490904;STB=0.526299;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000717304;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:24:9:1:0:24:9:1:0 chr17 73230856 . C T 1445.4 PASS AF=0.978947;AO=91;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00609667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.956;QD=60.8591;RBI=0.0425526;REFB=-0.155088;REVB=0.0421136;RO=1;SAF=43;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108962;STB=0.50034;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00186923;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:91:93:0.978947:48:43:1:0:48:45:1:1 chr17 73257986 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.154;QD=33.4279;RBI=0.0354437;REFB=0;REVB=-0.0300704;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000991341;OID=.;OPOS=73257986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr17 73258479 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945864;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.624;QD=56.9383;RBI=0.0508563;REFB=0;REVB=0.049969;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3898e-05;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr17 73269530 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8636;QD=56.1906;RBI=0.0270306;REFB=0;REVB=-0.0268817;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00052373;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr17 73269676 . C T 754.29 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5438;QD=56.9278;RBI=0.0885784;REFB=0;REVB=-0.0879182;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000677184;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr17 73279624 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.847;QD=62.0212;RBI=0.0519069;REFB=0;REVB=0.0112583;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024387;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr17 73315368 . C T 544.99 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0423432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.693;QD=57.3675;RBI=0.0507846;REFB=0.0279636;REVB=0.0280379;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322723;STB=0.517232;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00220974;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:14:23:0:1:14:23:0:1 chr17 73402246 . C A 88.13 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0909174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3833;QD=39.1673;RBI=0.108469;REFB=0;REVB=0.0591576;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00211313;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr17 73488794 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0950819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.652;QD=58.5872;RBI=0.0969258;REFB=0;REVB=-0.0188161;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386073;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr17 73495691 . GC G,GG 182.85 PASS AF=0.220588,0.205882;AO=10,13;DP=65;FAO=15,14;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12,3;FSAR=3,11;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.232809,-0.0792626;FXX=0.0144907;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=18.1524,23.5534;QD=10.7561;RBI=0.234836,0.0827542;REFB=0.00728594,-0.0126802;REVB=0.0307894,-0.0237843;RO=35;SAF=10,2;SAR=0,11;SRF=23;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.705959,-0.583661;STB=0.627263,0.815433;STBP=0.291,0.013;TYPE=del,snp;VARB=-0.0537484,0.00798489;OID=.,.;OPOS=73495692,73495692;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220588,0.205882:10,13:65:15,14:68:39:12,3:3,11:26:13:69:35:10,2:0,11:23:12 chr17 73498483 . T C 196.04 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783053;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.819;QD=49.0087;RBI=0.0803162;REFB=0;REVB=0.0178597;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560963;OID=.;OPOS=73498483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:15:16:1:12:3:0:0:12:4:0:0 chr17 73513156 . G A 231.28 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.138339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.671;QD=19.683;RBI=0.138406;REFB=-0.0119155;REVB=-0.00429268;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273432;STB=0.63566;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0255955;OID=.;OPOS=73513156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:24:22:23:0.489362:15:7:2:21:15:8:3:21 chr17 73513289 . C G 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0387568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.655;QD=23.5278;RBI=0.0401244;REFB=-0.019891;REVB=-0.0103866;RO=15;SAF=3;SAR=17;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152427;STB=0.586112;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0128693;OID=.;OPOS=73513289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:17:3:4:11:17:3:4:11 chr17 73518203 . G C 317.56 PASS AF=0.581818;AO=30;DP=53;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0052079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.975;QD=23.0954;RBI=0.00789986;REFB=-0.036406;REVB=0.00594017;RO=23;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629713;STB=0.544995;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0229209;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:23:23:30:32:0.581818:18:12:11:12:20:12:11:12 chr17 73518284 . G C 555.79 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0112796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0061;QD=55.579;RBI=0.073602;REFB=-0.211938;REVB=0.0727326;RO=2;SAF=11;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778341;STB=0.541644;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00724363;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:40:40:2:2:38:38:0.95:27:11:2:0:27:11:2:0 chr17 73519413 . C T 153.09 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00436156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4393;QD=12.4967;RBI=0.0390004;REFB=-0.0271473;REVB=0.0387558;RO=32;SAF=4;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290379;STB=0.688891;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0760325;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:31:17:18:0.367347:13:4:15:17:14:4:15:16 chr17 73519798 . C T 550.72 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00690905;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.672;QD=23.6868;RBI=0.00812261;REFB=-0.024099;REVB=-0.00427106;RO=42;SAF=14;SAR=37;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114902;STB=0.506313;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0237178;OID=.;OPOS=73519798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:42:42:51:51:0.548387:37:14:12:30:37:14:12:30 chr17 73520352 . G A 118.83 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0149404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.648;QD=22.6351;RBI=0.0205994;REFB=-0.0339587;REVB=0.0141817;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118466;STB=0.592449;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00928915;OID=.;OPOS=73520352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:7:8:13:13:0.619048:8:5:4:3:8:5:5:3 chr17 73552185 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.031438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3537;QD=18.8863;RBI=0.107846;REFB=-0.0465718;REVB=0.103162;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428999;STB=0.755986;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0483721;OID=.;OPOS=73552185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:7:1:3:2:7:1:3:2 chr17 73565171 . T C 77.63 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0176915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0235;QD=14.1144;RBI=0.0178817;REFB=0.0129745;REVB=-0.0026008;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271484;STB=0.660047;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0210369;OID=.;OPOS=73565171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:7:5:7:3:7:5 chr17 73567846 . C T 604.63 PASS AF=0.516949;AO=60;DP=117;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00866125;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.403;QD=20.4958;RBI=0.00939542;REFB=-0.0365592;REVB=-0.00364098;RO=56;SAF=26;SAR=34;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525143;STB=0.527903;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0272364;OID=.;OPOS=73567846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:56:57:60:61:0.516949:34:26:21:35:34:27:22:35 chr17 73568055 . C T 294.91 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00218406;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.222;QD=27.433;RBI=0.0179467;REFB=-0.018191;REVB=-0.0178133;RO=16;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18044;STB=0.577584;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0145802;OID=.;OPOS=73568055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:16:17:26:26:0.604651:9:17:14:2:9:17:14:3 chr17 73570718 . C G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0153932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0345;QD=12.7388;RBI=0.0351882;REFB=0.0294392;REVB=-0.0316426;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3708;STB=0.728476;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0454708;OID=.;OPOS=73570718;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:1:7:6:4:1:7:6:4 chr17 73570756 . G T 131.61 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00490275;FXX=0.039984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=92.5587;QD=21.9356;RBI=0.0357937;REFB=0.00330464;REVB=-0.0354564;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125864;STB=0.59985;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00388645;OID=.;OPOS=73570756;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:24:24:9:10:14:14:0.583333:10:4:4:5:10:4:5:5 chr17 73571030 . A G 33.25 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0115705;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.765;QD=12.092;RBI=0.0265703;REFB=-0.0426364;REVB=-0.0239187;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0395254;OID=.;OPOS=73571030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:11:11:5:6:5:5:0.454545:3:2:2:3:3:2:2:4 chr17 73590830 . T G 729.52 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491494;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.052;QD=56.117;RBI=0.0492773;REFB=0;REVB=-0.00354814;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172981;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:26:26:0:0 chr17 73609139 . C T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.189;QD=51.5085;RBI=0.0644672;REFB=0.0192155;REVB=0.0557818;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.523791;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000127532;OID=.;OPOS=73609139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:10:16:0:0:10:16:0:1 chr17 73611598 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0361464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.568;QD=17.2291;RBI=0.0425349;REFB=-0.0405517;REVB=0.02242;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325838;STB=0.6918;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0247614;OID=.;OPOS=73611598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:2:4:2:6:2:4 chr17 73612641 . CA AT,CAT 306.83 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,21;DP=24;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858809,-0.00313536;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=12.3092,30.9977;QD=51.1391;RBI=0.177005,0.190694;REFB=0,0;REVB=0.176796,0.190669;RO=1;SAF=2,20;SAR=0,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.301145;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.020823,0.0170598;OID=.,.;OPOS=73612641,73612643;OREF=CA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:1:0:2,21:2,22:0.0833333,0.916667:0,1:2,20:0:1:0,2:2,20:0:0 chr17 73625430 . G A 559.03 PASS AF=0.87037;AO=44;DP=54;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0601089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6738;QD=41.4094;RBI=0.1125;REFB=-0.263338;REVB=0.0950961;RO=10;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137551;STB=0.549276;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0149805;OID=.;OPOS=73625430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:54:54:10:7:44:47:0.87037:29:15:0:10:32:15:0:7 chr17 73625478 . T C 1530.03 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.807;QD=63.7513;RBI=0.0151194;REFB=0;REVB=0.0131545;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34504e-05;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:58:38:0:0:58:38:0:0 chr17 73627539 . T C 538.58 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000264296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.728;QD=59.842;RBI=0.00437765;REFB=0;REVB=-0.00436967;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06062e-06;OID=.;OPOS=73627539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:13:23:0:0 chr17 73627565 . A G 695.82 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00310768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9567;QD=60.5057;RBI=0.0602006;REFB=-0.0288285;REVB=-0.0601203;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000135197;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:0:1:23:22:0:1 chr17 73698557 . C T 707.7 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0473126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6037;QD=54.4387;RBI=0.0473361;REFB=-0.125956;REVB=0.00149193;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00262251;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:50:51:0.980769:25:25:0:0:26:25:0:1 chr17 73713461 . CA AC,C 36.88 PASS AF=0,0.555556;AO=2,4;DP=18;FAO=0,10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=0,5;FSAR=0,5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0997852,0.173683;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=17.1612,8.21682;QD=8.1955;RBI=0.195139,0.174871;REFB=-0.0380832,-0.0951346;REVB=-0.167697,0.02035;RO=9;SAF=0,2;SAR=2,2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.64528,-0.175958;STB=0.5,0.555446;STBP=1,0.648;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.130846;OID=.,.;OPOS=73713461,73713462;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:18:18:9:8:2,4:0,10:0,0.555556:2,2:0,2:6:3:0,5:0,5:5:3 chr17 73745031 . G A 394.7 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0240902;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3282;QD=15.0363;RBI=0.0266986;REFB=-0.00952746;REVB=-0.0115099;RO=58;SAF=18;SAR=27;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153091;STB=0.586168;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00931477;OID=.;OPOS=73745031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:58:60:45:45:0.428571:27:18:32:26:27:18:33:27 chr17 73753503 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.778;QD=57.201;RBI=0.0180005;REFB=0;REVB=-0.0156368;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30107e-05;OID=.;OPOS=73753503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr17 73760820 . G A 211.72 PASS AF=0.645161;AO=19;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0173469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.752;QD=27.3191;RBI=0.0211896;REFB=-0.0511083;REVB=0.0121691;RO=11;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101095;STB=0.561979;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0446981;OID=.;OPOS=73760820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:19:20:0.645161:13:6:5:6:14:6:5:6 chr17 73812909 . A G 2793.72 PASS AF=1;AO=167;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=82;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8636;QD=58.8152;RBI=0.057245;REFB=0;REVB=0.048417;RO=0;SAF=78;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00311483;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:167:190:1:89:78:0:0:108:82:0:0 chr17 73816026 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8956;QD=43.486;RBI=0.0787728;REFB=0;REVB=-0.0496847;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305149;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr17 73819525 . C T 562.24 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0566527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.502;QD=26.4585;RBI=0.058844;REFB=-0.0161979;REVB=0.0159087;RO=33;SAF=34;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204128;STB=0.617839;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0107079;OID=.;OPOS=73819525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:33:34:51:51:0.6:17:34:13:20:17:34:13:21 chr17 73824121 . T C 392.13 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=-0.0902612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.828;QD=14.6592;RBI=0.0958038;REFB=-0.0108069;REVB=-0.0321136;RO=62;SAF=17;SAR=28;SRF=18;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987307;STB=0.55533;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.016874;OID=.;OPOS=73824121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:62:45:45:0.420561:28:17:18:44:28:17:18:44 chr17 73827205 . T C 613.51 PASS AF=0.463768;AO=63;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0329613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.985;QD=17.783;RBI=0.0337642;REFB=-0.00516998;REVB=0.00731904;RO=70;SAF=19;SAR=44;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202681;STB=0.610773;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00506203;OID=.;OPOS=73827205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:70:74:63:64:0.463768:44:19:35:35:45:19:36:38 chr17 73836162 . C G 45.73 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.055593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.516;QD=16.6285;RBI=0.0586152;REFB=-0.0418252;REVB=-0.0185785;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297985;STB=0.691659;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0496576;OID=.;OPOS=73836162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:10:11:4:4:6:7:0.636364:5:1:2:2:6:1:2:2 chr17 73886888 . A G 91.47 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=23;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00327436;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.064;QD=15.907;RBI=0.0135416;REFB=-0.0232039;REVB=0.0131398;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293682;STB=0.535622;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0718218;OID=.;OPOS=73886888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:23:6:10:7:8:0.347826:1:6:6:0:2:6:7:3 chr17 73888423 . A G 36.6 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0832841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.02;QD=7.31964;RBI=0.0865147;REFB=-0.000689842;REVB=-0.0234212;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857127;STB=0.555358;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=5.55331e-05;OID=.;OPOS=73888423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:5:1:3:11:5:1:3:11 chr17 73888427 . A C 36.32 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.087383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8716;QD=6.91788;RBI=0.0939169;REFB=-0.00543143;REVB=-0.034418;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190473;STB=0.609348;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0356245;OID=.;OPOS=73888427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:5:1:4:10:5:1:4:11 chr17 73897046 . A G 362.66 PASS AF=0.392857;AO=43;DP=111;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=0.0111989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.842;QD=12.952;RBI=0.0116166;REFB=-0.0131396;REVB=0.00308681;RO=67;SAF=21;SAR=22;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173471;STB=0.598171;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0201009;OID=.;OPOS=73897046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:67:68:43:44:0.392857:22:21:22:45:22:22:23:45 chr17 73900688 . T C 580.9 PASS AF=0.351351;AO=65;DP=210;FAO=78;FDP=222;FR=.;FRO=144;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=68;FSRR=76;FWDB=0.0201338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.545;QD=10.4667;RBI=0.025684;REFB=-0.0317591;REVB=0.0159467;RO=140;SAF=22;SAR=43;SRF=65;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155733;STB=0.549597;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0523007;OID=.;OPOS=73900688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:222:140:144:65:78:0.351351:43:22:65:75:47:31:68:76 chr17 73922941 . T C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0124749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.564;QD=19.6682;RBI=0.0181172;REFB=-0.0131566;REVB=-0.0131381;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127057;STB=0.572437;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.014202;OID=.;OPOS=73922941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:15:4:6:13:15:4:6:13 chr17 73926121 . C A 110.64 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.014821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0647;QD=26.0328;RBI=0.0156049;REFB=0.0652122;REVB=-0.00488371;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896755;STB=0.505042;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.026918;OID=.;OPOS=73926121;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:7:5:2:3:7:5:2:3 chr17 73949540 . G C 44.5 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0110435;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1988;QD=5.39445;RBI=0.0117227;REFB=-0.00991155;REVB=-0.00393239;RO=26;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312919;STB=0.520773;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0383586;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:34:33:26:26:7:7:0.212121:2:5:18:8:2:5:18:8 chr17 73969835 . C T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0101229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.533;QD=15.2681;RBI=0.0120014;REFB=-0.0106242;REVB=0.00644672;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273747;STB=0.654616;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0146044;OID=.;OPOS=73969835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:16:10:22:11:16:10:22:11 chr17 73997474 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0110465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.448;QD=21.2676;RBI=0.0134423;REFB=0.00211414;REVB=0.00765967;RO=14;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134204;STB=0.576373;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00247249;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:3:14:10:4:3:14:10:4 chr17 74014628 . G A 220.31 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0107866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4925;QD=16.0226;RBI=0.0155367;REFB=-0.0223694;REVB=-0.011182;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174712;STB=0.598113;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0343306;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:8:22:14:11:8:22 chr17 74014668 . T C 129.54 PASS AF=0.375;AO=16;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0298618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7513;QD=12.9541;RBI=0.0313217;REFB=-0.0111948;REVB=0.00945087;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189275;STB=0.553123;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0240676;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:25:16:15:0.375:9:7:6:17:9:6:8:17 chr17 74017554 . G T 136.66 PASS AF=0.192;AO=24;DP=125;FAO=24;FDP=125;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=0.0118077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.531;QD=4.37312;RBI=0.0264459;REFB=0.000725136;REVB=0.0236636;RO=100;SAF=14;SAR=10;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118905;STB=0.57156;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00303498;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:100:101:24:24:0.192:10:14:49:51:10:14:50:51 chr17 74017573 . C G 123.47 PASS AF=0.171642;AO=23;DP=134;FAO=23;FDP=134;FR=.;FRO=111;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=-0.0362284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.832;QD=3.68564;RBI=0.0368529;REFB=-0.010525;REVB=-0.00675579;RO=109;SAF=13;SAR=10;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10062;STB=0.572476;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0502146;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:109:111:23:23:0.171642:10:13:53:56:10:13:53:58 chr17 74017594 . A G 112.44 PASS AF=0.157143;AO=22;DP=140;FAO=22;FDP=140;FR=.;FRO=118;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=68;FWDB=-0.0441336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6981;QD=3.21246;RBI=0.0614849;REFB=-0.0149691;REVB=-0.0428091;RO=117;SAF=12;SAR=10;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149457;STB=0.601452;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0576989;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:117:118:22:22:0.157143:10:12:50:67:10:12:50:68 chr17 74056413 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0967569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5951;QD=16.899;RBI=0.100204;REFB=-0.0214118;REVB=0.0260566;RO=9;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571067;STB=0.839197;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0256345;OID=.;OPOS=74056413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:1:9:3:6:1:9:3:6 chr17 74066447 . T A 279.7 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0163324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.541;QD=18.9626;RBI=0.01683;REFB=-0.0182203;REVB=0.00406229;RO=29;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135216;STB=0.560934;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0161332;OID=.;OPOS=74066447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:29:29:30:0.508475:9:20:16:13:10:20:16:13 chr17 74076415 . G A 168.69 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0110074;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9774;QD=22.4913;RBI=0.0157536;REFB=-0.0218397;REVB=-0.0112701;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216718;STB=0.512181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0162166;OID=.;OPOS=74076415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:8:5:7:10:8:5 chr17 74077797 . C T 143.27 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0343673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.312;QD=14.6938;RBI=0.0354214;REFB=-0.0119922;REVB=-0.00857696;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229559;STB=0.615248;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.012892;OID=.;OPOS=74077797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:8:8:6:16:8:8:7:16 chr17 74080443 . C T 282.95 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0153964;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.81;QD=19.5138;RBI=0.0153981;REFB=-0.0127201;REVB=-0.000225751;RO=28;SAF=9;SAR=21;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01484;STB=0.508259;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00733966;OID=.;OPOS=74080443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:21:9:8:20:21:9:8:20 chr17 74382988 . CG C 173.14 PASS AF=0.95;AO=17;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0347501;FXX=0.0475964;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.1009;QD=34.628;RBI=0.0509819;REFB=-0.0471016;REVB=0.0373039;RO=2;SAF=15;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.428571;SSSB=0.152626;STB=0.599879;STBP=0.061;TYPE=del;VARB=0.00817946;OID=.;OPOS=74382989;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:17:21:19:20:1:17:2:0:1:6:2:15:2:1:1 chr17 74383475 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.00340683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.561;QD=8.69804;RBI=0.00417579;REFB=-0.0117278;REVB=-0.0024147;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532212;STB=0.809527;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0198766;OID=.;OPOS=74383475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:1:13:3:4:1:13 chr17 74387284 . C T 321.87 PASS AF=0.5;AO=32;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00225931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.264;QD=18.9334;RBI=0.0133673;REFB=-0.0260578;REVB=0.013175;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605695;STB=0.545672;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0291211;OID=.;OPOS=74387284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:32:34:0.5:13:19:18:16:13:21:18:16 chr17 74394934 . G A 386.05 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0274228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.411;QD=18.1671;RBI=0.0401774;REFB=-0.0341591;REVB=0.0293634;RO=44;SAF=24;SAR=16;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220118;STB=0.616764;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0162977;OID=.;OPOS=74394934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:16:24:16:28:16:24:17:28 chr17 74472998 . G A 863.25 PASS AF=0.473404;AO=88;DP=188;FAO=89;FDP=188;FR=.;FRO=99;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=0.00652732;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6193;QD=18.367;RBI=0.042855;REFB=-0.0479914;REVB=0.0423549;RO=96;SAF=53;SAR=35;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127759;STB=0.570614;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0360933;OID=.;OPOS=74472998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:96:99:88:89:0.473404:35:53:45:51:35:54:47:52 chr17 74475024 . G A 136.3 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00931391;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.782;QD=25.962;RBI=0.0192932;REFB=-0.0157765;REVB=-0.0168961;RO=7;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603092;STB=0.53393;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00399866;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:7:7:14:14:0.666667:3:11:5:2:3:11:5:2 chr17 74475975 . C A 334.31 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0240571;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.071;QD=21.922;RBI=0.0590981;REFB=-0.0488018;REVB=0.05398;RO=27;SAF=16;SAR=18;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111357;STB=0.561368;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0308758;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:18:16:9:18:18:16:9:18 chr17 74541129 . A G 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7869;QD=60.5976;RBI=0.0273593;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=38;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365038;OID=.;OPOS=74541129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:0:38:0:0:0:38:0:0 chr17 74652491 . T A,C 575.61 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=3,36;DP=39;FAO=3,36;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=3,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446326,-0.00546411;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=6.22654,170.68;QD=59.0364;RBI=0.0475518,0.0210952;REFB=0,0;REVB=-0.0164045,0.0203753;RO=0;SAF=0,16;SAR=3,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.9376e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.18116,-0.00116999;OID=.,.;OPOS=74652491,74652491;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:39:39:0:0:3,36:3,36:0.0769231,0.923077:3,20:0,16:0:0:3,20:0,16:0:0 chr17 74652499 . A AT 370.7 PASS AF=1;AO=6;DP=38;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624054;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.2715;QD=44.9333;RBI=0.0893327;REFB=0;REVB=0.063921;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357909;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00483886;OID=.;OPOS=74652500;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:38:33:33:0:15:18:0:0:7:31:4:2:11:20 chr17 74652501 . AT AA,TA 451.16 PASS AF=0.15625,0.84375;AO=6,25;DP=32;FAO=5,27;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5,10;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916762,0.099142;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=194.572,208.32;QD=56.395;RBI=0.219056,0.172108;REFB=0,0;REVB=0.19895,0.140684;RO=0;SAF=5,10;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0246571,0.013334;OID=.,.;OPOS=74652502,74652501;OREF=T,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:32:32:0:0:6,25:5,27:0.15625,0.84375:1,15:5,10:0:0:0,17:5,10:0:0 chr17 74732507 . A G 609.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8157;QD=60.9324;RBI=0.0394372;REFB=0;REVB=-0.039197;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000479648;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr17 74733099 . G A 3016.99 PASS AF=0.99005;AO=197;DP=202;FAO=199;FDP=201;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=112;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0570616;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.955;QD=60.0396;RBI=0.0644717;REFB=-0.104432;REVB=0.0300095;RO=2;SAF=85;SAR=112;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110726;STB=0.505681;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000533606;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:202:201:2:2:197:199:0.99005:112:85:2:0:112:87:2:0 chr17 74846672 . C G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00146615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4474;QD=11.8302;RBI=0.00346686;REFB=-0.0395239;REVB=0.00314158;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345893;STB=0.520511;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0226562;OID=.;OPOS=74846672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:12:6:4:7:12:6 chr17 74857676 . A G 1302.71 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039408;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.926;QD=62.0339;RBI=0.0397597;REFB=0;REVB=-0.00527627;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783675;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:51:32:0:0:51:33:0:0 chr17 74922706 . C T 607.3 PASS AF=0.529412;AO=55;DP=121;FAO=63;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.121723;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.3324;QD=20.4135;RBI=0.12755;REFB=0.0475951;REVB=0.038111;RO=40;SAF=30;SAR=25;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225104;STB=0.559683;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0465713;OID=.;OPOS=74922706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:40:56:55:63:0.529412:25:30:10:30:28:35:24:32 chr17 74928758 . C T 120.82 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.042746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.287;QD=16.1096;RBI=0.048428;REFB=-0.022999;REVB=-0.0227607;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417614;STB=0.736753;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0291229;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:13:14:0.466667:3:10:5:10:3:11:6:10 chr17 74936576 . G A 138.88 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0460161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2398;QD=13.2269;RBI=0.0633485;REFB=-0.0446593;REVB=0.0435379;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14311;STB=0.540024;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.077193;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:25:17:17:0.404762:12:5:4:18:12:5:6:19 chr17 74942478 . C T 637.79 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0814805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.085;QD=47.2436;RBI=0.0852545;REFB=-0.140198;REVB=0.025085;RO=5;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079546;STB=0.542356;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00176535;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:54:54:5:5:49:49:0.907407:27:22:0:5:27:22:0:5 chr17 75085434 . G A 548.47 PASS AF=0.464;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0138954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.39;QD=17.551;RBI=0.01416;REFB=-0.0286201;REVB=-0.00272467;RO=65;SAF=28;SAR=30;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556217;STB=0.510776;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0242577;OID=.;OPOS=75085434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:65:67:58:58:0.464:30:28:31:34:30:28:31:36 chr17 75148741 . G A 181.07 PASS AF=0.359375;AO=21;DP=63;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0514775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.0679;QD=11.3167;RBI=0.0515354;REFB=-0.00558835;REVB=0.00244208;RO=24;SAF=4;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383883;STB=0.748697;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00943118;OID=.;OPOS=75148741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:24:41:21:23:0.359375:17:4:13:11:18:5:24:17 chr17 75158213 . T G 257.97 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00434958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.376;QD=11.5941;RBI=0.010235;REFB=-0.00414827;REVB=-0.00926477;RO=58;SAF=10;SAR=21;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226705;STB=0.631492;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00724221;OID=.;OPOS=75158213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:21:10:30:28:21:10:30:28 chr17 75158261 . C G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.245;QD=62.0212;RBI=0.00442537;REFB=0;REVB=0.00350491;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08733e-06;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr17 75190846 . A C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.732;QD=61.6814;RBI=0.0610216;REFB=0;REVB=0.0533094;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292103;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr17 75202387 . C A 159.53 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00426373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.227;QD=17.7255;RBI=0.00944653;REFB=-0.00736491;REVB=0.00842956;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417334;STB=0.523782;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0118718;OID=.;OPOS=75202387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:12:7:7:10:12:7 chr17 75303298 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.839;QD=61.3364;RBI=0.0388436;REFB=0;REVB=0.0181381;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06924e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr17 75401191 . C T 446.21 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00709212;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.023;QD=18.0287;RBI=0.0553148;REFB=-0.0268464;REVB=-0.0548583;RO=52;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079763;STB=0.55311;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0181211;OID=.;OPOS=75401191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:52:54:45:45:0.454545:24:21:20:32:24:21:20:34 chr17 75425078 . G C 292.61 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0138836;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.84;QD=16.9629;RBI=0.0165357;REFB=-0.0222776;REVB=0.00898192;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991512;STB=0.547457;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0243901;OID=.;OPOS=75425078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:37:31:32:0.463768:17:14:13:24:18:14:13:24 chr17 75425206 . A G 199.38 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0760999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6765;QD=15.6374;RBI=0.0799305;REFB=0.00234446;REVB=-0.0244476;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197112;STB=0.50276;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00756778;OID=.;OPOS=75425206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:13:9:12:16:13:9:12:17 chr17 75425455 . C CG 46.27 PASS AF=0.357143;AO=3;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0255083;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=128.638;QD=6.61055;RBI=0.03011;REFB=-0.0186645;REVB=0.0159981;RO=24;SAF=3;SAR=0;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.591043;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=ins;VARB=0.042286;OID=.;OPOS=75425456;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:3:28:10:28:18:6:4:8:10:46:24:3:0:11:13 chr17 75425456 . A G 43.04 PASS AF=0.25;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.020176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.973;QD=6.14843;RBI=0.0327033;REFB=-0.0151858;REVB=-0.0257377;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139361;STB=0.571225;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0519623;OID=.;OPOS=75425456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:28:20:21:7:7:0.25:4:3:11:9:4:3:11:10 chr17 75426849 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.113238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6986;QD=14.0445;RBI=0.113343;REFB=-0.0513937;REVB=0.00486883;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118169;STB=0.571155;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0262662;OID=.;OPOS=75426849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:3:1:2:3:3:1 chr17 75478481 . C T 639.66 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0357087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.239;QD=55.6223;RBI=0.0359953;REFB=0.00143619;REVB=0.00453257;RO=3;SAF=26;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344024;STB=0.518354;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=4.10129e-05;OID=.;OPOS=75478481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:17:26:1:2:17:26:1:2 chr17 75494705 . A G 1477.14 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380505;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.084;QD=59.0856;RBI=0.0670215;REFB=0;REVB=0.0551729;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240501;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:98:100:1:56:42:0:0:57:43:0:0 chr17 75495065 . T C 452.08 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000120847;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.597;QD=58.3332;RBI=0.0179246;REFB=0;REVB=0.0179242;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114407;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr17 75495397 . T C 203.56 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0542039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4118;QD=38.7733;RBI=0.0575507;REFB=-0.131998;REVB=-0.0193395;RO=2;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655734;STB=0.55167;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0250884;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:2:3:18:18:0.857143:13:5:0:2:13:5:0:3 chr17 75496342 . T C 61.44 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.343;QD=35.1067;RBI=0.100696;REFB=0;REVB=0.0933124;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00523441;OID=.;OPOS=75496342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr17 75496361 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6961;QD=33.4285;RBI=0.0178148;REFB=0;REVB=-0.0172492;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00223071;OID=.;OPOS=75496361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr17 75558676 . A T 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0858173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.324;QD=32.3518;RBI=0.127616;REFB=-0.0720939;REVB=0.0944527;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012578;STB=0.507029;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0172308;OID=.;OPOS=75558676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:5:6:1:1:5:6:1:1 chr17 75559019 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.672;QD=54.5177;RBI=0.0144436;REFB=0;REVB=0.0120756;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3253e-05;OID=.;OPOS=75559019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr17 76113954 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00939775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.793;QD=15.8821;RBI=0.0338911;REFB=-0.014497;REVB=0.0325621;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342855;STB=0.6996;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0211239;OID=.;OPOS=76113954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:7:3:7:3:7:3 chr17 76121004 . G A 664.06 PASS AF=0.610526;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=6;FWDB=0.0359967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1118;QD=27.9602;RBI=0.0386925;REFB=-0.000134001;REVB=0.0141898;RO=37;SAF=40;SAR=18;SRF=31;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131296;STB=0.571023;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000539506;OID=.;OPOS=76121004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:37:37:58:58:0.610526:18:40:31:6:18:40:31:6 chr17 76135148 . G T 188.63 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0156087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.822;QD=14.2365;RBI=0.0159133;REFB=-0.0245651;REVB=0.00309823;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155898;STB=0.533184;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0360272;OID=.;OPOS=76135148;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:31:21:22:0.415094:13:8:11:19:13:9:11:20 chr17 76157266 . T C 121.13 PASS AF=0.441176;AO=11;DP=30;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0145047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.686;QD=14.251;RBI=0.0361568;REFB=-0.0348056;REVB=0.0331199;RO=19;SAF=1;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499997;STB=0.729971;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0677537;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:34:19:19:11:15:0.441176:10:1:8:11:13:2:8:11 chr17 76157271 . G A 132.88 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00681743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.462;QD=15.1858;RBI=0.0320905;REFB=-0.0149644;REVB=0.031358;RO=19;SAF=2;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433663;STB=0.748298;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0154307;OID=.;OPOS=76157271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:20:15:15:0.428571:13:2:9:10:13:2:9:11 chr17 76166939 . C G 260.46 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.024307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.342;QD=24.8052;RBI=0.0243133;REFB=-0.0354456;REVB=-0.000556355;RO=17;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1986;STB=0.595162;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0152494;OID=.;OPOS=76166939;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:12:12:13:4:12:12:13:5 chr17 76178748 . T C 182.6 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.02192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.222;QD=25.186;RBI=0.0284654;REFB=-0.0205755;REVB=-0.0181602;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927626;STB=0.551667;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0126689;OID=.;OPOS=76178748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:9:9:4:7:9:9:4:7 chr17 76178751 . C T 138.71 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0972421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.984;QD=19.8151;RBI=0.103036;REFB=-0.042965;REVB=0.0340645;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156055;STB=0.56863;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.052681;OID=.;OPOS=76178751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:12:13:15:15:0.535714:7:8:4:8:7:8:5:8 chr17 76183043 . A G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=10;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.02927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.304;QD=17.6438;RBI=0.0389546;REFB=0.00510069;REVB=0.0257047;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256073;STB=0.523757;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00563927;OID=.;OPOS=76183043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:10:9:0.5625:3:7:4:2:3:6:5:2 chr17 76187108 . G C 170.05 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.065609;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.387;QD=23.4554;RBI=0.0801308;REFB=-0.0332722;REVB=0.0460044;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230086;STB=0.62796;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0150497;OID=.;OPOS=76187108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:2:10:9:8:2:10 chr17 76188753 . C A 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00197434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.844;QD=12.0844;RBI=0.0242863;REFB=-0.0105242;REVB=0.0242059;RO=30;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216738;STB=0.628405;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0156362;OID=.;OPOS=76188753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:5:11:15:15:5:11:15:15 chr17 76210367 . G C 1525.08 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5362;QD=63.5451;RBI=0.052163;REFB=0;REVB=-0.0512013;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282866;OID=.;OPOS=76210367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr17 76219591 . G A 501.29 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9648;QD=58.9751;RBI=0.0579942;REFB=0;REVB=0.0579017;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115076;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr17 76267843 . G A 56.24 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0140656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8549;QD=11.2484;RBI=0.0918727;REFB=0.00971855;REVB=0.0907896;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242422;STB=0.64255;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.026552;OID=.;OPOS=76267843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:10:2:3:5:10:2 chr17 76367052 . A G 291.19 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0299874;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3317;QD=13.8663;RBI=0.0301057;REFB=-0.0180278;REVB=0.00266646;RO=45;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177996;STB=0.62155;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0258263;OID=.;OPOS=76367052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:51:33:33:0.392857:14:19:18:27:14:19:19:32 chr17 76395430 . C T 696.28 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0108189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7542;QD=52.5491;RBI=0.018439;REFB=0.0629572;REVB=0.0149314;RO=2;SAF=21;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00645825;STB=0.503431;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00584684;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:30:21:1:1:30:21:1:1 chr17 76396061 . G A 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.013462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.696;QD=12.8976;RBI=0.0159855;REFB=-0.0207907;REVB=-0.00862031;RO=30;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237355;STB=0.639828;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0379854;OID=.;OPOS=76396061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:5:12:15:15:5:12:15:15 chr17 76415702 . C T 260.6 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00530369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.583;QD=24.8187;RBI=0.00660199;REFB=-0.0277507;REVB=0.00393156;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191345;STB=0.595162;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0236236;OID=.;OPOS=76415702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:18:23:24:0.571429:11:12:5:13:12:12:5:13 chr17 76423097 . G A 1323.3 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227292;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.654;QD=62.2729;RBI=0.014672;REFB=0;REVB=0.0144949;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11275e-06;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:38:46:0:0:38:47:0:0 chr17 76433898 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.682;QD=61.6838;RBI=0.0723272;REFB=0;REVB=0.0495765;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563367;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr17 76449505 . G C 885.15 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.584;QD=58.0427;RBI=0.0202815;REFB=0;REVB=0.00991516;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10081e-05;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr17 76451921 . A G 860.59 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0642213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.007;QD=53.787;RBI=0.067842;REFB=-0.133178;REVB=0.0218669;RO=3;SAF=19;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688824;STB=0.523802;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00139857;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:3:2:61:62:0.96875:42:19:3:0:42:20:2:0 chr17 76462770 . G A 1099.17 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0262192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.584;QD=56.3676;RBI=0.0320929;REFB=-0.177834;REVB=0.018507;RO=3;SAF=41;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164128;STB=0.508824;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00178716;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:77:78:3:3:74:75:0.961538:33:41:1:2:33:42:1:2 chr17 76468835 . TCCCCCTCC TCCCTCTCT 90.63 PASS AF=0.529412;AO=7;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.126379;FXX=0;HRUN=5;LEN=5;MLLD=253.221;QD=21.3239;RBI=0.127107;REFB=-0.0191514;REVB=-0.0135813;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250326;STB=0.666369;STBP=0.198;TYPE=mnp;VARB=0.0261805;OID=.;OPOS=76468839;OREF=CCTCC;OALT=TCTCT;OMAPALT=TCCCTCTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:7:17:9:17:6:3:6:0:6:32:4:2:5:0:4 chr17 76471366 . G A 149.86 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00098158;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.873;QD=18.1648;RBI=0.00816596;REFB=-0.00188407;REVB=0.00810675;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513497;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00387137;OID=.;OPOS=76471366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:17:16:16:0.484848:9:7:7:9:9:7:7:10 chr17 76472768 . G A 250.76 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0365136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.633;QD=14.5366;RBI=0.0462046;REFB=-0.0136744;REVB=0.028313;RO=40;SAF=13;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128865;STB=0.573084;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0150732;OID=.;OPOS=76472768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:16:13:23:17:16:13:23:17 chr17 76481693 . C G 245.9 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0380779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.797;QD=11.1774;RBI=0.0899795;REFB=-0.00323135;REVB=0.0815254;RO=57;SAF=14;SAR=16;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476439;STB=0.533311;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00772957;OID=.;OPOS=76481693;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:58:30:30:0.340909:16:14:29:28:16:14:30:28 chr17 76482432 . A G 236.78 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0132836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7287;QD=26.3085;RBI=0.0355609;REFB=0.0369024;REVB=0.0329867;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693794;STB=0.538427;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0239707;OID=.;OPOS=76482432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:9:5:10:12:9:5 chr17 76491127 . TG CC 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156853;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.774;QD=57.7124;RBI=0.0157513;REFB=0;REVB=-0.00143985;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.98056e-05;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr17 76496492 . A G 2128.39 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.242;QD=61.6924;RBI=0.0529253;REFB=0;REVB=0.0447161;RO=0;SAF=37;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3476e-05;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:125:138:0:0:125:138:1:88:37:0:0:98:40:0:0 chr17 76497920 . C A 706.02 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0370218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7545;QD=58.8354;RBI=0.0373196;REFB=-0.105152;REVB=0.00470553;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208829;STB=0.520824;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00725022;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:48:48:1:2:45:46:0.958333:23:22:1:0:23:23:0:2 chr17 76498692 . C T 602.35 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0509355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.932;QD=56.0328;RBI=0.0510617;REFB=-0.187443;REVB=0.0035874;RO=2;SAF=16;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055073;STB=0.527764;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00431815;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:2:2:40:41:0.953488:24:16:2:0:24:17:2:0 chr17 76503560 . C A 659.85 PASS AF=0.561404;AO=64;DP=114;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.000941499;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7352;QD=23.1527;RBI=0.0105238;REFB=-0.0119657;REVB=-0.0104816;RO=50;SAF=43;SAR=21;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130977;STB=0.571785;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00921215;OID=.;OPOS=76503560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:50:64:64:0.561404:21:43:26:24:21:43:26:24 chr17 76503593 . T C 360.34 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0139624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9304;QD=15.0142;RBI=0.031586;REFB=-0.0100707;REVB=-0.0283324;RO=53;SAF=19;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997084;STB=0.575042;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0100633;OID=.;OPOS=76503593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:57:39:39:0.40625:20:19:31:22:20:19:35:22 chr17 76525565 . A G 262.94 PASS AF=0.954545;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0440692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4175;QD=47.8071;RBI=0.077901;REFB=-0.0509708;REVB=-0.0642377;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00451725;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:22:1:1:19:21:0.954545:9:10:0:1:9:12:0:1 chr17 76528591 . C T 90.95 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-7.4161e-05;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.232;QD=15.1582;RBI=0.0149613;REFB=-0.018329;REVB=0.0149611;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264456;STB=0.65544;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0340775;OID=.;OPOS=76528591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:6:7:3:8:6:7 chr17 76528790 . A G 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00246761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.963;QD=9.9396;RBI=0.0155747;REFB=-0.0112906;REVB=-0.015378;RO=44;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128643;STB=0.567506;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0206196;OID=.;OPOS=76528790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:45:22:22:0.328358:10:12:19:25:10:12:20:25 chr17 76535948 . T C 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0111051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.994;QD=22.5991;RBI=0.0117395;REFB=0.00246035;REVB=-0.00380697;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253217;STB=0.641314;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00226912;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:14:9:14:6:14:9:14:6 chr17 76557862 . T C 1143.75 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190983;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.018;QD=59.4157;RBI=0.0191124;REFB=-0.0192189;REVB=0.000735561;RO=1;SAF=33;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141235;STB=0.507461;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000190859;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:43:33:1:0:43:33:1:0 chr17 76567707 . T C 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6663;QD=55.6514;RBI=0.0739712;REFB=0;REVB=-0.0664341;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164779;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr17 76795805 . G C 163.61 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.108895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0288;QD=20.4511;RBI=0.109631;REFB=-0.0535838;REVB=0.0126788;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179024;STB=0.51011;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0524554;OID=.;OPOS=76795805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:5:10:11:6:5:10 chr17 76799835 . C A 302.07 PASS AF=0.373626;AO=31;DP=90;FAO=34;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0628581;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4464;QD=13.2776;RBI=0.0845472;REFB=-0.0179988;REVB=0.0565428;RO=42;SAF=7;SAR=24;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316102;STB=0.665763;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0374857;OID=.;OPOS=76799835;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:42:57:31:34:0.373626:24:7:21:21:27:7:24:33 chr17 76799860 . T C 217.51 PASS AF=0.27957;AO=15;DP=96;FAO=26;FDP=93;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=65;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.00151356;FXX=0.069993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.114;QD=9.35546;RBI=0.0140636;REFB=-0.00556313;REVB=-0.0139819;RO=39;SAF=3;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268591;STB=0.675519;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0159992;OID=.;OPOS=76799860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:39:65:15:26:0.27957:12:3:15:24:22:4:21:44 chr17 76799898 . A G 228.28 PASS AF=0.298077;AO=31;DP=104;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=51;FWDB=-0.0110757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.259;QD=8.77986;RBI=0.0148004;REFB=-0.00587234;REVB=-0.00981742;RO=73;SAF=3;SAR=28;SRF=22;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403522;STB=0.746865;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0142762;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:73:73:31:31:0.298077:28:3:22:51:28:3:22:51 chr17 76823227 . T G 67.48 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0389132;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.176;QD=11.735;RBI=0.0421789;REFB=-0.0307911;REVB=0.0162734;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268092;STB=0.516093;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0203346;OID=.;OPOS=76823227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:5:9:6:3:5:9 chr17 76823260 . A C 58.14 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.110277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.384;QD=13.6798;RBI=0.118288;REFB=-0.0031267;REVB=0.0427889;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757329;STB=0.589955;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0106725;OID=.;OPOS=76823260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:7:8:0.470588:5:2:2:7:5:3:2:7 chr17 76970879 . A G 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0273;QD=57.8834;RBI=0.0436919;REFB=0;REVB=-0.028892;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44832e-05;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr17 76988785 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.821;QD=48.737;RBI=0.0449754;REFB=0;REVB=0.0173419;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298189;OID=.;OPOS=76988785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr17 76989782 . G A 527.37 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.802;QD=58.5967;RBI=0.0582536;REFB=0;REVB=-0.00014499;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194121;OID=.;OPOS=76989782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr17 76993546 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.056;QD=62.9806;RBI=0.0601907;REFB=0;REVB=0.0316132;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649808;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr17 77039835 . G A 732.82 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00639471;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.311;QD=59.8221;RBI=0.109924;REFB=-0.0897865;REVB=0.109738;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00450609;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:49:0:1:47:48:0.979592:22:25:0:0:23:25:0:1 chr17 77039852 . G A 938.17 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.839;QD=58.6359;RBI=0.0984102;REFB=0;REVB=0.0845879;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317604;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:35:29:0:0 chr17 77040128 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0585505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.034;QD=50.4134;RBI=0.0659249;REFB=0;REVB=0.0302974;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352923;OID=.;OPOS=77040128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr17 77042718 . C T 710.69 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151599;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.8901;QD=63.1727;RBI=0.0285849;REFB=0;REVB=0.0242337;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05771e-05;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr17 77073566 . G A 1390.63 PASS AF=0.969697;AO=97;DP=101;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0253733;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.061;QD=56.187;RBI=0.0259494;REFB=-0.0222973;REVB=0.00543767;RO=2;SAF=48;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193489;STB=0.505366;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.000457939;OID=.;OPOS=77073566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:99:2:3:97:96:0.969697:49:48:2:0:49:47:2:1 chr17 77075670 . C T 515.09 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0191036;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.83;QD=54.2195;RBI=0.0233152;REFB=-0.147838;REVB=0.013366;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207916;STB=0.507882;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.000747304;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:1:2:35:36:0.947368:22:13:0:1:23:13:1:1 chr17 77075673 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.44;QD=59.4336;RBI=0.0194121;REFB=0;REVB=-0.000120049;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85423e-05;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr17 77076440 . G T 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.028;QD=61.3281;RBI=0.0319897;REFB=0;REVB=0.0310768;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162215;OID=.;OPOS=77076440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr17 77078109 . A G 575.99 PASS AF=0.472868;AO=50;DP=119;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0103558;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.69;QD=17.8601;RBI=0.0200999;REFB=-0.0294579;REVB=0.0172269;RO=65;SAF=17;SAR=33;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29254;STB=0.645113;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0367884;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:129:65:68:50:61:0.472868:33:17:41:24:40:21:42:26 chr17 77087005 . C CA 419.11 PASS AF=0.538462;AO=37;DP=79;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0111926;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=206.117;QD=21.4926;RBI=0.0124449;REFB=-0.0099895;REVB=-0.00544085;RO=36;SAF=15;SAR=22;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411614;STB=0.512042;STBP=0.845;TYPE=ins;VARB=0.00822142;OID=.;OPOS=77087006;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:37:79:42:78:36:15:27:12:24:99:36:15:22:13:23 chr17 77093768 . T C 228.97 PASS AF=0.442623;AO=25;DP=59;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0240279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8308;QD=15.0141;RBI=0.106344;REFB=-0.00778329;REVB=-0.103594;RO=33;SAF=6;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118166;STB=0.536695;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00794415;OID=.;OPOS=77093768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:33:34:25:27:0.442623:19:6:11:22:19:8:12:22 chr17 77984141 . C T 507.89 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00012136;FXX=0.0380916;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.32;QD=20.1146;RBI=0.0229171;REFB=-0.031285;REVB=-0.0229168;RO=44;SAF=25;SAR=27;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983448;STB=0.565326;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0338292;OID=.;OPOS=77984141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:44:49:52:52:0.514851:27:25:16:28:27:25:17:32 chr17 78013724 . G C 696.39 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0301428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5527;QD=56.8484;RBI=0.0558867;REFB=-0.0982896;REVB=0.047061;RO=3;SAF=23;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191497;STB=0.5102;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00208142;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:3:3:46:46:0.938776:23:23:2:1:23:23:2:1 chr17 78022377 . C CG 120.35 PASS AF=0.64;AO=3;DP=27;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0423027;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=192.029;QD=19.2558;RBI=0.0765972;REFB=0.0192713;REVB=-0.0638562;RO=24;SAF=3;SAR=0;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608827;STB=0.559926;STBP=0.446;TYPE=ins;VARB=-0.0138283;OID=.;OPOS=78022378;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.64:3:27:16:25:9:8:8:3:6:65:24:3:0:10:14 chr17 78022378 . C G 99.79 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0187219;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=196.195;QD=14.7838;RBI=0.0195822;REFB=-0.0213401;REVB=-0.00574071;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225663;STB=0.649747;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0161666;OID=.;OPOS=78022378;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:8:4:8:6:8:4:9:6 chr17 78023722 . C T 193.64 PASS AF=0.418182;AO=21;DP=53;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00934924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7023;QD=14.0827;RBI=0.0609675;REFB=-0.0120335;REVB=0.0602464;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313292;STB=0.667553;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0186401;OID=.;OPOS=78023722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:32:32:21:23:0.418182:8:13:10:22:9:14:10:22 chr17 78055758 . T G 133.91 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0104076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.024;QD=20.6018;RBI=0.0104325;REFB=0.00625313;REVB=-0.000721106;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910022;STB=0.562416;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.000709535;OID=.;OPOS=78055758;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:26:11:11:14:15:0.576923:8:6:6:5:9:6:6:5 chr17 78172292 . G A 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0304558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8666;QD=12.4015;RBI=0.0340046;REFB=-0.00149125;REVB=-0.0151247;RO=29;SAF=4;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207331;STB=0.623211;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00239468;OID=.;OPOS=78172292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:12:4:12:17:12:4:12:17 chr17 78184393 . C G,T 2536.72 PASS AF=0.0457143,0.937143;AO=8,163;DP=175;FAO=8,164;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=8,71;FSAR=0,93;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0303094,0.0588805;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.338,70.7668;QD=57.9821;RBI=0.0303094,0.0610169;REFB=-0.260868,-0.140456;REVB=2.16199e-05,-0.0160047;RO=4;SAF=8,70;SAR=0,93;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.026411;STB=0.5,0.510344;STBP=1,0.074;TYPE=snp,snp;VARB=0.242637,9.07942e-05;OID=.,.;OPOS=78184393,78184393;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:175:175:4:3:8,163:8,164:0.0457143,0.937143:0,93:8,70:4:0:0,93:8,71:3:0 chr17 78187954 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.642;QD=46.8479;RBI=0.0469304;REFB=0;REVB=0.0296328;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12394e-05;OID=.;OPOS=78187954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr17 78215566 . T G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00394926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.249;QD=16.884;RBI=0.00571121;REFB=-0.01977;REVB=-0.00412569;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112057;STB=0.56423;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0193477;OID=.;OPOS=78215566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:10:7:8:7:10:7 chr17 78219065 . C A 357.31 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0041992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7261;QD=51.0449;RBI=0.0534495;REFB=-0.0967877;REVB=0.0532843;RO=1;SAF=7;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617811;STB=0.533308;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00328564;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:26:27:0.964286:19:7:1:0:20:7:1:0 chr17 78293189 . A T 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-4.89312e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.706;QD=13.7477;RBI=0.014782;REFB=-0.0159498;REVB=-0.0147819;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326285;STB=0.686112;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0270697;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:8:14:10:22:8:14:10:22 chr17 78298938 . A G 958.65 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00302638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6678;QD=57.233;RBI=0.0307787;REFB=0.0809077;REVB=-0.0306296;RO=1;SAF=19;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994854;STB=0.505262;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00339568;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:47:19:0:1:47:19:0:1 chr17 78302157 . C A 200.85 PASS AF=0.384615;AO=23;DP=63;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0271905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.764;QD=12.3602;RBI=0.0275695;REFB=-0.0112265;REVB=0.00455576;RO=40;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152799;STB=0.607276;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0203911;OID=.;OPOS=78302157;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:40:40:23:25:0.384615:10:13:17:23:10:15:17:23 chr17 78305871 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.739;QD=35.5756;RBI=0.0408841;REFB=0;REVB=0.0205589;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000579245;OID=.;OPOS=78305871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr17 78306102 . G C 848.68 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7269;QD=55.6508;RBI=0.0611896;REFB=0;REVB=0.0604471;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235326;OID=.;OPOS=78306102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:56:61:1:37:19:0:0:42:19:0:0 chr17 78306280 . A G 137.81 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.254504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6136;QD=39.3743;RBI=0.255256;REFB=-0.0859861;REVB=0.0195725;RO=1;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51997;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0122133;OID=.;OPOS=78306280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:1:1:12:13:0.928571:12:0:0:1:12:1:0:1 chr17 78306308 . C G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.843;QD=37.487;RBI=0.121311;REFB=0;REVB=0.0404954;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111461;OID=.;OPOS=78306308;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr17 78311508 . G A 514.78 PASS AF=0.947368;AO=34;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0351084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.383;QD=54.1868;RBI=0.0461573;REFB=-0.161882;REVB=0.0299649;RO=2;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406249;STB=0.520822;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00349711;OID=.;OPOS=78311508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:38:2:2:34:36:0.947368:22:12:0:2:23:13:0:2 chr17 78319136 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.024;QD=59.435;RBI=0.021237;REFB=0;REVB=0.0185117;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148026;OID=.;OPOS=78319136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr17 78319380 . G C 770.98 PASS AF=0.95;AO=55;DP=59;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0235617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1074;QD=51.3984;RBI=0.0255363;REFB=-0.0175308;REVB=-0.00984636;RO=2;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033641;STB=0.525415;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.010952;OID=.;OPOS=78319380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:60:2:3:55:57:0.95:27:28:0:2:28:29:0:3 chr17 78327358 . G A 818.09 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.726;QD=57.4095;RBI=0.0497252;REFB=0;REVB=0.036912;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103518;OID=.;OPOS=78327358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:17:39:0:0:17:40:0:0 chr17 78354661 . C T 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000865752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.543;QD=59.0161;RBI=0.032763;REFB=0;REVB=0.0327515;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150157;OID=.;OPOS=78354661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:9:25:0:0:9:25:0:0 chr17 78401588 . G T 340.62 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.223;QD=54.4996;RBI=0.0644014;REFB=0;REVB=0.0390248;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908611;OID=.;OPOS=78401588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr17 78444658 . T C,G 435.84 PASS AF=0.0967742,0.903226;AO=3,28;DP=31;FAO=3,28;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=3,16;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156692,-0.00766693;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.679,76.3878;QD=56.2379;RBI=0.0146431,0.0716426;REFB=0,0;REVB=0.014559,0.0712312;RO=0;SAF=3,16;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0727019,-0.0152467;OID=.,.;OPOS=78444658,78444658;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:31:31:0:0:3,28:3,28:0.0967742,0.903226:0,12:3,16:0:0:0,12:3,16:0:0 chr17 78444679 . T C 144.78 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00616653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.265;QD=15.6513;RBI=0.012889;REFB=-0.040248;REVB=0.0113181;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234155;STB=0.513497;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0420582;OID=.;OPOS=78444679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:10:11:8:8:10:11 chr17 78445702 . A G 817.64 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.987;QD=57.3785;RBI=0.0244066;REFB=0;REVB=-0.0107011;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05199e-05;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:39:18:0:0:39:18:0:0 chr17 78820329 . C T 325.85 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.000669779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.338;QD=17.3787;RBI=0.00463748;REFB=-0.0130857;REVB=-0.00458885;RO=40;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00752315;STB=0.504213;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0151345;OID=.;OPOS=78820329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:23:12:14:26:23:12:14:26 chr17 78854223 . A G 417.96 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0247868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0284;QD=53.9305;RBI=0.0466803;REFB=0.0454467;REVB=-0.0395559;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0113074;OID=.;OPOS=78854223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:12:18:1:0:12:18:1:0 chr17 78896529 . C T 255.93 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.061516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.776;QD=22.7497;RBI=0.0619875;REFB=-0.00529447;REVB=0.00763097;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12689;STB=0.570496;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00819453;OID=.;OPOS=78896529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:15:9:5:16:15:9:5:16 chr17 78919558 . C T 327.87 PASS AF=0.353448;AO=41;DP=116;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00535215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4789;QD=11.3059;RBI=0.0139488;REFB=-0.00302471;REVB=0.0128811;RO=74;SAF=16;SAR=25;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110098;STB=0.559351;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00441012;OID=.;OPOS=78919558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:74:75:41:41:0.353448:25:16:36:38:25:16:36:39 chr17 78921117 . C T 184.11 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0271552;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.216;QD=11.5066;RBI=0.0271877;REFB=-0.0343952;REVB=0.00132971;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153184;STB=0.588403;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0381216;OID=.;OPOS=78921117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:64:41:41:23:23:0.359375:12:11:14:27:12:11:14:27 chr17 78935197 . C T 376.36 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0286511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.975;QD=16.0153;RBI=0.0412457;REFB=-0.0279591;REVB=-0.0296702;RO=51;SAF=25;SAR=14;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147713;STB=0.512755;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0288094;OID=.;OPOS=78935197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:54:39:40:0.425532:14:25:32:19:14:26:34:20 chr17 79059230 . C T 548.74 PASS AF=0.351064;AO=66;DP=189;FAO=66;FDP=188;FR=.;FRO=122;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=75;FWDB=-0.0133022;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.007;QD=11.6752;RBI=0.0379407;REFB=-0.014596;REVB=-0.0355323;RO=122;SAF=25;SAR=41;SRF=47;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00777975;STB=0.504442;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0330977;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:122:122:66:66:0.351064:41:25:47:75:41:25:47:75 chr17 79082862 . G A 114.16 PASS AF=0.424242;AO=11;DP=31;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0318489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3044;QD=13.8374;RBI=0.0321463;REFB=-0.0143646;REVB=-0.00436298;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128913;STB=0.560893;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0155894;OID=.;OPOS=79082862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:19:19:11:14:0.424242:8:3:5:14:9:5:5:14 chr17 79089590 . A G 220.68 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00893412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.396;QD=18.0146;RBI=0.010033;REFB=-0.0206226;REVB=-0.00456529;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262375;STB=0.514912;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0276739;OID=.;OPOS=79089590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:13:14:12:10:13:14 chr17 79091103 . G T 164.25 PASS AF=0.727273;AO=14;DP=20;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00398196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.871;QD=29.8637;RBI=0.0169291;REFB=-0.0349155;REVB=0.0164541;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255318;STB=0.624844;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00685473;OID=.;OPOS=79091103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:22:6:6:14:16:0.727273:9:5:5:1:10:6:5:1 chr17 79093822 . A G 64.38 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0329218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0874;QD=9.90413;RBI=0.0936397;REFB=-0.0143397;REVB=-0.0876615;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546755;STB=0.826118;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0226401;OID=.;OPOS=79093822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:13:4:7:2:13:4 chr17 79095144 . G A 236.36 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.024636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.247;QD=19.2946;RBI=0.0253717;REFB=-0.0168113;REVB=0.00606549;RO=26;SAF=19;SAR=3;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264504;STB=0.65852;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.01871;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:26:22:23:0.469388:3:19:18:8:3:20:18:8 chr17 79095629 . C A 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0187694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.869;QD=19.0002;RBI=0.020936;REFB=-0.0232225;REVB=-0.00927498;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0280931;OID=.;OPOS=79095629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:7:10:10:7:7:10 chr17 79139473 . C G 279.62 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0126296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.049;QD=48.6297;RBI=0.0180023;REFB=-0.117807;REVB=0.0128287;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342405;STB=0.518502;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00125999;OID=.;OPOS=79139473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:13:9:0:1:13:9:0:1 chr17 79140505 . C G 503.87 PASS AF=1;AO=19;DP=37;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275852;FXX=0.0810592;HRUN=7;LEN=1;MLLD=109.901;QD=59.2787;RBI=0.0910534;REFB=-0.0786856;REVB=-0.0867743;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799533;OID=.;OPOS=79140505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:34:0:0:19:34:1:7:12:0:0:10:24:0:0 chr17 79171966 . C CG 129.96 PASS AF=1;AO=3;DP=26;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903216;FXX=0.11534;HRUN=0;LEN=1;MLLD=51.2699;QD=22.6014;RBI=0.199023;REFB=0.0256164;REVB=-0.177347;RO=22;SAF=0;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.584149;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00659469;OID=.;OPOS=79171967;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:26:23:23:0:9:14:0:0:3:22:0:3:11:11 chr17 79171967 . A G 348.45 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.04;QD=53.6071;RBI=0.0716325;REFB=0;REVB=-0.0707996;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294312;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:15:11:0:0 chr17 79173184 . T C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4616;QD=57.1982;RBI=0.0425503;REFB=0;REVB=0.0239778;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769157;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr17 79173224 . T C,G 545.53 PASS AF=0.871795,0.102564;AO=34,3;DP=38;FAO=34,4;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22,0;FSAR=12,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00908306,-0.0167243;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.013,148.841;QD=55.9514;RBI=0.0172878,0.0178552;REFB=0.0981189,0.0464106;REVB=-0.0147094,-0.00625341;RO=1;SAF=22,0;SAR=12,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0207798,-0.727144;STB=0.511105,0.995941;STBP=0.531,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00369066,0.0902721;OID=.,.;OPOS=79173224,79173224;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:38:39:1:1:34,3:34,4:0.871795,0.102564:12,3:22,0:1:0:12,4:22,0:1:0 chr17 79174221 . T C 1743.99 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.364;QD=60.6606;RBI=0.0366611;REFB=0;REVB=0.035049;RO=0;SAF=32;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73173e-05;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:82:32:0:0:83:32:0:0 chr17 79182778 . T C 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0570074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5096;QD=56.9521;RBI=0.0598201;REFB=0;REVB=-0.0181274;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000988513;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr17 79202956 . T C 333.71 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.295;QD=51.3395;RBI=0.0053044;REFB=0;REVB=-0.00322077;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43169e-05;OID=.;OPOS=79202956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:26:0:0:23:26:1:18:5:0:0:19:7:0:0 chr17 79205783 . C T 295.59 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0698049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0854;QD=20.3855;RBI=0.0937157;REFB=-0.00830381;REVB=0.0625293;RO=26;SAF=8;SAR=23;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257509;STB=0.653788;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00960719;OID=.;OPOS=79205783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:26:27:31:31:0.534483:23:8:14:12:23:8:15:12 chr17 79219500 . AATG A 968.14 PASS AF=0.867925;AO=90;DP=102;FAO=92;FDP=106;FR=.;FRO=14;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00975951;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=3;MLLD=281.438;QD=36.5334;RBI=0.0101015;REFB=-0.0062761;REVB=0.00260603;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.535618;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.000914558;OID=.;OPOS=79219501;OREF=ATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.867925:90:102:92:106:14:41:51:10:4:30:0:39:51:0:0 chr17 79220224 . G C 505.03 PASS AF=1;AO=27;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.9897;QD=57.7173;RBI=0.202091;REFB=0;REVB=0.173202;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00618046;OID=.;OPOS=79220224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:27:35:1:14:13:0:0:15:20:0:0 chr17 79225238 . AG A 39.15 PASS AF=0.473684;AO=7;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0204323;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2932;QD=8.24194;RBI=0.0207378;REFB=-0.137054;REVB=-0.00354674;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.315927;SSSB=-0.206013;STB=0.633877;STBP=0.335;TYPE=del;VARB=0.188208;OID=.;OPOS=79225239;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:7:19:9:19:10:5:4:8:2:38:9:4:3:7:2 chr17 79279017 . C G 167.84 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0108938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0837;QD=15.6134;RBI=0.0345523;REFB=-0.00546263;REVB=-0.0327901;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976554;STB=0.55651;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0125126;OID=.;OPOS=79279017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:13:5:9:16:13:5:9:16 chr17 79409309 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.242;QD=43.4862;RBI=0.0181262;REFB=0;REVB=0.0112747;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025732;OID=.;OPOS=79409309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr17 79409434 . A G 38.22 PASS AF=0.5;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0119844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1181;QD=12.7384;RBI=0.0657933;REFB=-0.030214;REVB=-0.0646926;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0442873;OID=.;OPOS=79409434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:12:12:6:6:5:6:0.5:4:1:2:4:4:2:2:4 chr17 79410256 . G A 238.14 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0249163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0512;QD=20.7077;RBI=0.0414837;REFB=-0.00649538;REVB=-0.0331674;RO=23;SAF=17;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304655;STB=0.678322;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0129887;OID=.;OPOS=79410256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:5:17:11:12:5:18:11:12 chr17 79414307 . A G 111.82 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0330368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.729;QD=16.5664;RBI=0.0368533;REFB=-0.00184523;REVB=0.016332;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262873;STB=0.515128;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00632841;OID=.;OPOS=79414307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:5:9:8:5:5:9 chr17 79424516 . A G 92.23 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00444161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.937;QD=18.4461;RBI=0.0301245;REFB=0.00923189;REVB=-0.0297953;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212942;STB=0.533271;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0159562;OID=.;OPOS=79424516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:8:9:11:11:0.55:8:3:2:6:8:3:3:6 chr17 79424537 . C T 104.59 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00500162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.795;QD=19.9221;RBI=0.0442751;REFB=-0.0140581;REVB=0.0439917;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791542;STB=0.545376;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00376664;OID=.;OPOS=79424537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:9:3:3:6:9:3:3:6 chr17 79427932 . G A 184.62 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.010583;FXX=0.0789266;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.572;QD=21.0998;RBI=0.0247694;REFB=-0.0130512;REVB=0.0223948;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.540498;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0192037;OID=.;OPOS=79427932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:10:16:18:19:0.542857:9:9:5:5:10:9:9:7 chr17 79478019 . G A 318.32 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0286214;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.118;QD=23.1502;RBI=0.0333347;REFB=-0.0115945;REVB=0.0170885;RO=22;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466409;STB=0.517231;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00958297;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:23:32:32:0.581818:18:14:11:11:18:14:11:12 chr17 79507170 . T C,G 362.56 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=22,3;DP=25;FAO=24,3;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17,3;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434672,-0.00208511;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.755,115.55;QD=53.7132;RBI=0.0764264,0.0710797;REFB=0,0;REVB=0.0763026,0.0710491;RO=0;SAF=17,3;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.58081e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0010521,0.202155;OID=.,.;OPOS=79507170,79507170;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:25:27:0:0:22,3:24,3:0.888889,0.111111:5,0:17,3:0:0:7,0:17,3:0:0 chr17 79508400 . T C 744.18 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.755;QD=56.1643;RBI=0.045851;REFB=0;REVB=0.036449;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00584e-05;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:21:32:0:0 chr17 79511135 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.678;QD=60.23;RBI=0.0114818;REFB=0;REVB=-0.0111406;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43225e-05;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr17 79514129 . G A 138.23 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157066;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.601;QD=42.532;RBI=0.0265253;REFB=0;REVB=0.0213751;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112654;OID=.;OPOS=79514129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:10:13:1:2:8:0:0:4:9:0:0 chr17 79514832 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.238;QD=56.7053;RBI=0.0240724;REFB=0;REVB=0.0240353;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166395;OID=.;OPOS=79514832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr17 79525118 . T G 603.14 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.875;QD=60.3139;RBI=0.0518879;REFB=0;REVB=-0.0179388;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320331;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:24:16:0:0 chr17 79589242 . G A 1497.78 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229982;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.468;QD=63.7354;RBI=0.0364732;REFB=0;REVB=0.0283086;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09184e-05;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr17 79596811 . C T 479.96 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0169033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.703;QD=50.522;RBI=0.0302297;REFB=0.0202497;REVB=0.0250622;RO=3;SAF=14;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394625;STB=0.519073;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.000983003;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:38:38:3:3:34:35:0.921053:20:14:2:1:20:15:2:1 chr17 79609410 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.807;QD=51.9166;RBI=0.024168;REFB=0;REVB=0.0178184;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65574e-05;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr17 79612161 . C T 911.19 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00858298;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.415;QD=52.8227;RBI=0.0133794;REFB=-0.197251;REVB=0.0102636;RO=3;SAF=35;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107461;STB=0.512356;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.000852902;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:69:69:3:4:65:65:0.942029:30:35:2:1:30:35:3:1 chr17 79612333 . G A 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.612;QD=46.8459;RBI=0.037119;REFB=0;REVB=0.0356719;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440787;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr17 79612382 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2186;QD=35.5742;RBI=0.0443875;REFB=0;REVB=0.0346257;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00399501;OID=.;OPOS=79612382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr17 79612397 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.129;QD=35.5759;RBI=0.0463177;REFB=0;REVB=-0.0444074;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000538829;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr17 79612413 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.161;QD=42.1826;RBI=0.0272616;REFB=0;REVB=0.0265614;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515366;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 79612443 . T C,G 471.51 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=30,2;DP=32;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534938,0.00680978;FXX=0.0294031;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.665,125.264;QD=57.1527;RBI=0.0429145,0.041453;REFB=0,0;REVB=0.0425798,0.0408898;RO=0;SAF=21,2;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00268388,0.0250536;OID=.,.;OPOS=79612443,79612443;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:33:0:0:30,2:31,2:0.939394,0.0606061:9,0:21,2:0:0:9,0:22,2:0:0 chr17 79612621 . G A 151.85 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0214531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.926;QD=10.1232;RBI=0.0221807;REFB=-0.0108195;REVB=-0.00563453;RO=38;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18709;STB=0.602996;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.029105;OID=.;OPOS=79612621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:40:20:20:0.333333:11:9:11:27:11:9:12:28 chr17 79614480 . CA C,CG 189.08 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,14;DP=16;FAO=1,15;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180774,0.0113263;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.666,234.813;QD=47.2705;RBI=0.0421376,0.0495807;REFB=0,0;REVB=0.0380629,0.0482697;RO=0;SAF=1,5;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00613935,0.00110294;OID=.,.;OPOS=79614481,79614481;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.9375:2,14:16:1,15:16:0:1,5:0,10:0:0:4:0:1,5:1,9:0:0 chr17 79614932 . TTAAC T 227.62 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00452684;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=4;MLLD=242.999;QD=37.9374;RBI=0.0246801;REFB=-0.0441648;REVB=-0.0242614;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531222;STBP=0.397;TYPE=del;VARB=0.00837432;OID=.;OPOS=79614933;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:21:23:22:24:2:15:7:2:0:8:0:14:7:0:0 chr17 79637349 . T C,G 1805.97 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=115,5;DP=120;FAO=115,5;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=46,3;FSAR=69,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206219,-0.027424;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.314,176.167;QD=60.1989;RBI=0.0223951,0.0281466;REFB=0,0;REVB=0.00873359,0.00633668;RO=0;SAF=46,3;SAR=69,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000565773,0.0621095;OID=.,.;OPOS=79637349,79637349;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:120:120:0:0:115,5:115,5:0.958333,0.0416667:69,2:46,3:0:0:69,2:46,3:0:0 chr17 79817064 . T C 237.44 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00576097;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.422;QD=19.3831;RBI=0.0244334;REFB=-0.00254947;REVB=-0.0237445;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111201;STB=0.57;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0127461;OID=.;OPOS=79817064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:9:14:18:7:9:14:19:7 chr17 79818260 . G T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0215004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.939;QD=11.6335;RBI=0.0915926;REFB=-0.0353228;REVB=0.0890334;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327049;STB=0.705509;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.037906;OID=.;OPOS=79818260;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:4:6:4:11:4:6:4:12 chr17 79825897 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.935;QD=51.1846;RBI=0.0346185;REFB=0;REVB=0.0339601;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178131;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr17 79848588 . CA C 80.42 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00359025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2695;QD=17.8717;RBI=0.254035;REFB=-0.0433955;REVB=0.25401;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0.457143;SSEP=0;SSSB=0.117469;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0585224;OID=.;OPOS=79848589;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:8:17:12:18:6:4:8:2:4:24:8:3:5:2:6 chr17 79872241 . A G 563.84 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.63;QD=57.8302;RBI=0.0293229;REFB=-0.131897;REVB=0.0136395;RO=1;SAF=12;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374416;STB=0.519989;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000482987;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:26:12:1:0:26:12:1:0 chr17 79880994 . CA AC,CAC 97.5 PASS AF=0,0.5;AO=4,11;DP=37;FAO=0,18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=0,10;FSAR=0,8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.117531,-0.0223105;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=25.5902,20.7218;QD=10.833;RBI=0.123579,0.0307705;REFB=-0.0232098,-0.0518576;REVB=0.0381894,0.0211911;RO=21;SAF=4,4;SAR=0,7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.592954,-0.322244;STB=0.5,0.528271;STBP=1,0.744;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.168128;OID=.,.;OPOS=79880994,79880996;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:94:37:36:21:18:4,11:0,18:0,0.5:0,7:4,4:14:7:0,8:0,10:11:7 chr17 79891147 . T C 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3876;QD=57.6773;RBI=0.0388677;REFB=0;REVB=0.0190119;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635787;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr17 80006957 . A C 118.3 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0328605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1344;QD=12.7895;RBI=0.0375492;REFB=-0.00650548;REVB=0.0181694;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116027;STB=0.567594;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0073638;OID=.;OPOS=80006957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:17:6:5:9:17:6 chr17 80007887 . A G 242.11 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0389046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1869;QD=10.7605;RBI=0.0567081;REFB=-0.0141343;REVB=-0.0412581;RO=60;SAF=16;SAR=14;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578918;STB=0.53361;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0388668;OID=.;OPOS=80007887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:14:16:35:25:14:16:35:25 chr17 80008392 . G T 317.7 PASS AF=0.350877;AO=40;DP=114;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.0378054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5239;QD=11.1472;RBI=0.0510464;REFB=0.0129752;REVB=0.0343;RO=74;SAF=20;SAR=20;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153185;STB=0.587677;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0230006;OID=.;OPOS=80008392;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:74:74:40:40:0.350877:20:20:27:47:20:20:27:47 chr17 80009156 . T G 43.9 PASS AF=0.28;AO=5;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00810453;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.977;QD=7.02361;RBI=0.0199299;REFB=-0.0112797;REVB=0.0182077;RO=17;SAF=4;SAR=1;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592571;STB=0.558666;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0433848;OID=.;OPOS=80009156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:24:25:17:18:5:7:0.28:1:4:13:4:2:5:14:4 chr17 80013235 . A G 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.842;QD=60.715;RBI=0.0067376;REFB=0;REVB=-0.00608081;RO=0;SAF=22;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.18263e-06;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:54:22:0:0:54:22:0:0 chr17 80059596 . T C 113.43 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00440187;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.247;QD=13.7493;RBI=0.00588757;REFB=-0.0205233;REVB=0.00390986;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209371;STB=0.618869;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0339527;OID=.;OPOS=80059596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:19:13:14:0.424242:4:9:10:10:4:10:10:9 chr17 80071244 . T C 180.05 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0366209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7633;QD=23.2316;RBI=0.0368062;REFB=-0.00670403;REVB=0.003689;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144048;STB=0.588374;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00728227;OID=.;OPOS=80071244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:17:18:0.580645:5:12:7:6:5:13:7:6 chr17 80085633 . A G 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0150115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.509;QD=3.88751;RBI=0.0482107;REFB=0.00434981;REVB=-0.0458141;RO=29;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22946;STB=0.666033;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0198435;OID=.;OPOS=80085633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:1:5:20:9:1:5:20:9 chr17 80086386 . C T 583.54 PASS AF=0.626506;AO=52;DP=83;FAO=52;FDP=83;FR=.;FRO=31;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00895045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.782;QD=28.1223;RBI=0.015731;REFB=-0.0298408;REVB=0.0129365;RO=31;SAF=35;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215826;STB=0.511745;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0147415;OID=.;OPOS=80086386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:31:31:52:52:0.626506:17:35:20:11:17:35:20:11 chr17 80086389 . C T 563.06 PASS AF=0.619048;AO=49;DP=81;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0201699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.667;QD=26.8122;RBI=0.0620648;REFB=-0.01046;REVB=0.058696;RO=31;SAF=35;SAR=14;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584054;STB=0.520505;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00642254;OID=.;OPOS=80086389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:31:32:49:52:0.619048:14:35:20:11:17:35:20:12 chr17 80086395 . T C 588.6 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0163845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.102;QD=26.454;RBI=0.017546;REFB=-0.0328078;REVB=-0.00627768;RO=36;SAF=36;SAR=17;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338294;STB=0.518476;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0405929;OID=.;OPOS=80086395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:36:53:53:0.595506:17:36:23:13:17:36:23:13 chr17 80099639 . C A 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0437675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0002;QD=11.4396;RBI=0.0449215;REFB=0.0147382;REVB=0.0101167;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602297;STB=0.535661;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0293179;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:5:8:16:8:5:8:16:8 chr17 80103737 . T C 233.36 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0251917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.233;QD=16.9714;RBI=0.0298853;REFB=0.00119962;REVB=0.0160783;RO=29;SAF=7;SAR=19;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337685;STB=0.518973;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.00138656;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:19:7:7:22:19:7:7:22 chr17 80136418 . C T 284.86 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0607077;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7212;QD=17.5299;RBI=0.0635188;REFB=-0.0140151;REVB=-0.0186871;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871288;STB=0.522374;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.021941;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:31:34:31:31:0.476923:16:15:12:19:16:15:15:19 chr17 80151881 . G A 611.69 PASS AF=0.5;AO=62;DP=128;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=18;FWDB=0.00864721;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.338;QD=19.4187;RBI=0.0204311;REFB=-0.0113531;REVB=0.018511;RO=63;SAF=42;SAR=20;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391343;STB=0.518556;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0125096;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:63:63:62:63:0.5:20:42:45:18:20:43:45:18 chr17 80159566 . T C 189.55 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00216481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2007;QD=21.6624;RBI=0.00399187;REFB=0.0216941;REVB=-0.0033539;RO=16;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260069;STB=0.648469;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0365154;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:16:3:6:10:16:3:6:10 chr17 80195581 . G GC 324.7 PASS AF=1;AO=4;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702009;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.6126;QD=43.2928;RBI=0.0784612;REFB=0;REVB=0.0350429;RO=26;SAF=1;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00134874;OID=.;OPOS=80195582;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:31:30:30:0:14:16:0:0:4:26:1:3:14:12 chr17 80195582 . T C 307.55 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00723935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.609;QD=41.0063;RBI=0.031062;REFB=-0.02056;REVB=0.0302067;RO=5;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098039;STB=0.553149;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0027372;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:12:13:1:4:12:13:1:4 chr17 80280865 . G A 594.41 PASS AF=0.954545;AO=40;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00331641;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.483;QD=54.0372;RBI=0.0675026;REFB=-0.0147153;REVB=0.0674211;RO=2;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00450343;STB=0.50331;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000607214;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:2:2:40:42:0.954545:22:18:1:1:24:18:1:1 chr17 80373452 . C T 695.97 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0421222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1887;QD=56.8138;RBI=0.0424776;REFB=-0.184232;REVB=0.00548349;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240991;STB=0.505039;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.011263;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:1:3:46:46:0.938776:19:27:0:1:19:27:2:1 chr17 80377690 . T G 293.97 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4409;QD=47.0355;RBI=0.06701;REFB=-0.173991;REVB=0.0651668;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298695;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00909662;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:25:1:1:23:24:0.96:15:8:0:1:15:9:0:1 chr17 80391684 . A G 1008.44 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5966;QD=59.3203;RBI=0.0225079;REFB=0;REVB=-0.0135998;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167128;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:45:22:0:0:45:23:0:0 chr17 80394530 . G T 618.91 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1471;QD=58.9436;RBI=0.132039;REFB=-0.0806229;REVB=0.126864;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00462428;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:0:1:23:18:0:1 chr17 80452592 . G C 136.72 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333565;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.981;QD=45.5731;RBI=0.0415746;REFB=0;REVB=0.0248152;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678454;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr17 80481088 . T C 135.64 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0178362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.224;QD=8.34731;RBI=0.0215712;REFB=-0.00800541;REVB=-0.012132;RO=46;SAF=3;SAR=16;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530839;STB=0.820159;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0252131;OID=.;OPOS=80481088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:16:3:27:19:16:3:27:19 chr17 80614933 . T C 73.74 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0795128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7017;QD=18.4362;RBI=0.0966084;REFB=0.0119243;REVB=-0.0548717;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246937;STB=0.642528;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00516178;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:16:16:6:6:8:8:0.5:4:4:5:1:4:4:5:1 chr17 80615040 . A C 754.26 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00899032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.698;QD=56.9252;RBI=0.0126747;REFB=0;REVB=-0.00893433;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2129e-05;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr17 80674643 . C G 147.35 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00381561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.959;QD=36.838;RBI=0.093165;REFB=-0.0960244;REVB=-0.0930869;RO=2;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164511;STB=0.509078;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0163745;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:6:8:1:1:6:8:1:1 chr17 80696410 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.332;QD=50.4134;RBI=0.0668393;REFB=0;REVB=0.0651793;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036718;OID=.;OPOS=80696410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr17 80700592 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.236;QD=58.9627;RBI=0.0430409;REFB=0;REVB=0.00403671;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67986e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr17 80706928 . G A 85.78 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0226623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.01;QD=11.8311;RBI=0.0272207;REFB=0.00476748;REVB=-0.0150794;RO=16;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426492;STB=0.760047;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0194683;OID=.;OPOS=80706928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:16:18:11:11:0.37931:2:9:7:9:2:9:8:10 chr17 80708601 . C G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0203011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.8;QD=13.486;RBI=0.0279859;REFB=0.00246749;REVB=0.0192633;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565212;STB=0.84124;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00243234;OID=.;OPOS=80708601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:8:1:7:4:8:1:7:4 chr17 80788465 . T C 315.46 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0209305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.728;QD=22.5331;RBI=0.0368716;REFB=-0.0289882;REVB=-0.0303551;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243021;STB=0.513414;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0172439;OID=.;OPOS=80788465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:15:17:12:12:15:17:12:12 chr17 80788492 . A G 311.37 PASS AF=0.559322;AO=30;DP=56;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0114272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.114;QD=21.11;RBI=0.0134877;REFB=-0.0177258;REVB=0.00716505;RO=26;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115585;STB=0.562662;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0135107;OID=.;OPOS=80788492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:26:26:30:33:0.559322:11:19:13:13:12:21:13:13 chr17 80863857 . T C 379.51 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0310229;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.38;QD=21.686;RBI=0.0310261;REFB=-0.0201611;REVB=0.000445905;RO=32;SAF=15;SAR=23;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171641;STB=0.509474;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0225077;OID=.;OPOS=80863857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:32:38:38:0.542857:23:15:12:20:23:15:12:20 chr17 80887244 . T C 186.81 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00798455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.223;QD=19.664;RBI=0.00877929;REFB=-0.0168188;REVB=-0.00365007;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104369;OID=.;OPOS=80887244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:8:11:11:8:8:11 chr17 80887451 . A G 149.21 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00216325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3358;QD=11.9371;RBI=0.0582948;REFB=-0.00944303;REVB=-0.0582546;RO=33;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118802;STB=0.570286;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.029874;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:6:11:18:15:6:11:18:15 chr17 80895745 . T C 190.95 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0120658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.572;QD=11.573;RBI=0.0253204;REFB=-0.00739253;REVB=0.0222607;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169303;STB=0.597909;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0138758;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:10:14:18:24:10:14:18:24 chr17 80895769 . A G 184.26 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0236924;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8783;QD=11.8877;RBI=0.0242103;REFB=-0.000206699;REVB=0.00498067;RO=38;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108333;STB=0.5538;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00150367;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:23:23:0.370968:11:12:16:22:11:12:17:22 chr17 80895933 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00992805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.185;QD=44.6898;RBI=0.025944;REFB=0;REVB=0.0239692;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108623;OID=.;OPOS=80895933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr17 80899281 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.040156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.794;QD=9.20005;RBI=0.0432106;REFB=-0.0193249;REVB=0.0159577;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350874;STB=0.521677;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0369876;OID=.;OPOS=80899281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:6:7:4:3:6:7 chr17 80904844 . C T 402.87 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00440778;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.523;QD=18.9587;RBI=0.00711192;REFB=0.00520443;REVB=0.00558129;RO=43;SAF=13;SAR=28;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802103;STB=0.55284;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00353928;OID=.;OPOS=80904844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:43:44:41:41:0.482353:28:13:17:26:28:13:18:26 chr17 80923536 . C T 113.62 PASS AF=0.4;AO=15;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0397095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2482;QD=12.9846;RBI=0.0601553;REFB=-0.0271727;REVB=0.0451865;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14909;STB=0.6284;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0706076;OID=.;OPOS=80923536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:21:15:14:0.4:7:8:13:6:7:7:15:6 chr17 80992932 . A C 215.51 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0299063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2865;QD=13.0614;RBI=0.0360374;REFB=-0.00433615;REVB=-0.0201073;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122887;STB=0.507037;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00614623;OID=.;OPOS=80992932;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:12:14:22:18:12:14:22:18 chr17 81006629 . C T 397.05 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.053248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.089;QD=20.6258;RBI=0.0564643;REFB=-0.00550275;REVB=-0.0187849;RO=37;SAF=13;SAR=27;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101745;STB=0.556474;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00411089;OID=.;OPOS=81006629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:27:13:16:21:27:13:16:21 chr17 81009595 . C T 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1737;QD=30.7875;RBI=0.0497067;REFB=-0.066455;REVB=0.0361449;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080241;STB=0.545344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0179063;OID=.;OPOS=81009595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:0:1:5:3:0:1 chr17 81043039 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.89;QD=45.8068;RBI=0.0479216;REFB=0;REVB=-0.0230583;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316326;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr17 81050982 . G C 501.24 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.029;QD=58.9688;RBI=0.031363;REFB=0;REVB=0.0243797;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284448;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:21:12:0:0:22:12:0:0 chr18 48104 . T C 58.28 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0366436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0568;QD=4.85641;RBI=0.0637335;REFB=-0.0124306;REVB=0.052146;RO=37;SAF=7;SAR=2;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255379;STB=0.695864;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0510326;OID=.;OPOS=48104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:37:39:9:9:0.1875:2:7:22:15:2:7:22:17 chr18 49546 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9664;QD=37.4885;RBI=0.0601896;REFB=0;REVB=-0.0601896;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00450535;OID=.;OPOS=49546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr18 49548 . TT GC 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=261.685;QD=37.4885;RBI=0.0466393;REFB=0;REVB=-0.0466393;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000538738;OID=.;OPOS=49548;OREF=TT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr18 252559 . G A 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.018;QD=64.413;RBI=0.0118454;REFB=0;REVB=-0.000931989;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76466e-05;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr18 319446 . C A 736.35 PASS AF=0.489933;AO=71;DP=145;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0429844;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6253;QD=19.7678;RBI=0.0460139;REFB=-0.0237239;REVB=0.01642;RO=73;SAF=31;SAR=40;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114852;STB=0.557885;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0268659;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:149:73:76:71:73:0.489933:40:31:41:32:40:33:43:33 chr18 319512 . CAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA 214.01 PASS AF=0.937008,0.0629921,0;AO=27,6,20;DP=127;FAO=119,8,0;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0,0;FSAR=71,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556509,0.111175,0.0288533;FXX=0.0451094;HRUN=13,13,13;LEN=1,1,2;MLLD=3.47591,11.4477,6.19991;QD=6.74057;RBI=0.0568577,0.111291,0.0288534;REFB=0,0,0;REVB=-0.0116519,-0.0050786,-7.14156e-05;RO=30;SAF=11,3,4;SAR=16,3,16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0729951,0.20236,-0.186092;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00930083,-0.188856,0;OID=.,.,.;OPOS=319513,319525,319513;OREF=A,A,AA;OALT=-,G,-;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.937008,0.0629921,0:27,6,20:127:119,8,0:127:0:48,0,0:71,8,0:0:0:13:30:11,3,4:16,3,16:10:20 chr18 334758 . T C 2047.43 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446727;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.635;QD=61.5768;RBI=0.0719253;REFB=0;REVB=0.0717865;RO=0;SAF=43;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228555;OID=.;OPOS=334758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:133:0:0:129:133:1:86:43:0:0:89:44:0:0 chr18 334994 . A G 776.12 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.472;QD=56.445;RBI=0.0191588;REFB=0;REVB=0.0166512;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32679e-05;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:25:28:0:0:26:29:0:0 chr18 580623 . T C 331.57 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00703544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.457;QD=21.7422;RBI=0.0190196;REFB=-0.0365118;REVB=-0.0176705;RO=25;SAF=22;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390578;STB=0.543184;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0175827;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:27:34:34:0.557377:12:22:15:10:12:22:15:12 chr18 658035 . A G 264.85 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0035014;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.395;QD=16.0514;RBI=0.0356412;REFB=-0.00215412;REVB=-0.0354688;RO=33;SAF=20;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573308;STB=0.543063;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00309698;OID=.;OPOS=658035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:37:29:29:0.439394:9:20:21:12:9:20:23:14 chr18 658064 . G C 502.09 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.00712853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.836;QD=20.0836;RBI=0.0280155;REFB=-0.0267992;REVB=-0.0270934;RO=51;SAF=30;SAR=19;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930629;STB=0.551431;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0248071;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:19:30:36:15:19:30:36:15 chr18 674320 . A G 404.78 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0113599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.054;QD=32.3823;RBI=0.0116224;REFB=0.0137627;REVB=-0.00245592;RO=17;SAF=11;SAR=22;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202847;STB=0.611042;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0069983;OID=.;OPOS=674320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:22:11:11:6:22:11:11:6 chr18 691266 . A G 114.01 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00403671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.039;QD=18.2415;RBI=0.0728996;REFB=-0.0145134;REVB=-0.0727877;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327611;STB=0.689341;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0224499;OID=.;OPOS=691266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:5:7:3:10:5:7 chr18 722009 . TAA T 460.31 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035026;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=2;MLLD=115.462;QD=49.7629;RBI=0.0374172;REFB=0;REVB=0.0131614;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0001317;OID=.;OPOS=722010;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:38:37:37:0:13:24:0:0:8:0:12:24:0:0 chr18 722402 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.427;QD=55.0985;RBI=0.0824293;REFB=0;REVB=0.0308882;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633994;OID=.;OPOS=722402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr18 724268 . A G 112.56 PASS AF=0.555556;AO=11;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.119492;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=22.943;QD=16.6756;RBI=0.178283;REFB=-0.00409804;REVB=0.132313;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124659;STB=0.559922;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00188406;OID=.;OPOS=724268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:27:27:8:12:11:15:0.555556:5:6:3:5:7:8:8:4 chr18 724612 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5862;QD=51.1832;RBI=0.0362435;REFB=0;REVB=-0.0109163;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005759;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr18 907675 . G A 1072.73 PASS AF=0.948718;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0468336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4298;QD=55.0116;RBI=0.053256;REFB=-0.195638;REVB=0.0253539;RO=2;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197053;STB=0.506375;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00623881;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:78:78:2:4:74:74:0.948718:47:27:0:2:47:27:1:3 chr18 2538644 . G A 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.42;QD=51.9092;RBI=0.086573;REFB=0;REVB=-0.070487;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00349578;OID=.;OPOS=2538644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr18 2539016 . C G 575.45 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2498;QD=60.5734;RBI=0.107383;REFB=0;REVB=0.0996516;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244066;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr18 2705700 . A G 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.91;QD=57.6739;RBI=0.0874829;REFB=0;REVB=0.0828912;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680805;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr18 2707619 . G A 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.378;QD=57.2331;RBI=0.0357353;REFB=0;REVB=0.001305;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.72777e-05;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr18 2740714 . A G 614.69 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0018;QD=61.4692;RBI=0.0683647;REFB=0;REVB=0.0623017;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000989411;OID=.;OPOS=2740714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:37:40:1:18:19:0:0:21:19:0:0 chr18 2750477 . A G 510.14 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.107113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8062;QD=56.6825;RBI=0.109947;REFB=-0.12902;REVB=0.024803;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032238;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00478562;OID=.;OPOS=2750477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:36:1:1:35:35:0.972222:21:14:1:0:21:14:1:0 chr18 2774946 . C T 223.17 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0495525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.971;QD=16.5313;RBI=0.0495626;REFB=-0.00195398;REVB=0.00100123;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150334;STB=0.573077;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.000309742;OID=.;OPOS=2774946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:13:12:9:19:13:12:10:19 chr18 2778979 . G T 1134.54 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6066;QD=60.5089;RBI=0.0688603;REFB=0;REVB=-0.0104982;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000696299;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr18 2920357 . C T 224.69 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0341172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.414;QD=19.9728;RBI=0.0415266;REFB=-0.00526683;REVB=0.0236744;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213279;STB=0.642735;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.017684;OID=.;OPOS=2920357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:23:22:22:0.488889:12:10:13:5:12:10:17:6 chr18 2946291 . C T 2141.74 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000644759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6694;QD=62.0795;RBI=0.0469899;REFB=-0.0750387;REVB=-0.0469855;RO=1;SAF=61;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772947;STB=0.503999;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00270406;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:138:1:1:136:137:0.992754:75:61:1:0:75:62:1:0 chr18 3067278 . A G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00297898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.047;QD=21.5102;RBI=0.0238863;REFB=-0.0136263;REVB=-0.0236998;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189201;STB=0.605948;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0175739;OID=.;OPOS=3067278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:11:4:9:9:11:4 chr18 3075503 . C CAAA 948.93 PASS AF=1;AO=59;DP=76;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145009;FXX=0.159979;HRUN=0;LEN=3;MLLD=197.019;QD=60.2496;RBI=0.0207793;REFB=0;REVB=0.014883;RO=13;SAF=26;SAR=33;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593871;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.27514e-05;OID=.;OPOS=3075504;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:76:63:63:0:28:35:0:0:5:13:26:33:8:5 chr18 3075504 . G A 34.37 PASS AF=0.102564;AO=14;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0140948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.111;QD=1.76255;RBI=0.0167887;REFB=0.000210719;REVB=-0.00912125;RO=64;SAF=7;SAR=7;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784331;STB=0.671461;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0093079;OID=.;OPOS=3075504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:64:70:14:8:0.102564:7:7:28:36:3:5:30:40 chr18 3075712 . C A 242.37 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00162309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5922;QD=14.9151;RBI=0.0172262;REFB=-0.014555;REVB=-0.0171495;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828595;STB=0.538434;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0250099;OID=.;OPOS=3075712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:14:14:15:21:14:14:16:21 chr18 3089522 . G T 612.21 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.97;QD=61.2206;RBI=0.0277758;REFB=0;REVB=0.024763;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46005e-05;OID=.;OPOS=3089522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:17:23:0:0 chr18 3176040 . C G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.046;QD=63.5828;RBI=0.0221032;REFB=0;REVB=0.0207996;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16219e-05;OID=.;OPOS=3176040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr18 3188976 . A G 728.3 PASS AF=0.484076;AO=75;DP=158;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=-0.00218054;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.496;QD=18.5554;RBI=0.00455623;REFB=-0.0276039;REVB=-0.00400055;RO=80;SAF=25;SAR=50;SRF=27;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0043719;STB=0.502045;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0240771;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:80:81:75:76:0.484076:50:25:27:53:50:26:28:53 chr18 3215156 . C G 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0471536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.866;QD=12.9422;RBI=0.0471793;REFB=-0.0389854;REVB=0.00155628;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449217;STB=0.526281;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0451985;OID=.;OPOS=3215156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:9:16:9:6:9:16 chr18 3215158 . C G 116.1 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0246323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.651;QD=11.3264;RBI=0.0279393;REFB=-0.0107623;REVB=0.0131854;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110257;STB=0.565127;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0144476;OID=.;OPOS=3215158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:9:18:8:6:9:18 chr18 3256112 . A G 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0430069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.689;QD=12.737;RBI=0.0432421;REFB=-0.0125894;REVB=-0.00450345;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284778;STB=0.667417;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0183972;OID=.;OPOS=3256112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:5:11:12:16:5:11:12:16 chr18 3571217 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2965;QD=53.9077;RBI=0.139142;REFB=0;REVB=0.138591;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307778;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr18 5292030 . A G 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6556;QD=60.0276;RBI=0.0727706;REFB=0;REVB=0.0679158;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368172;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr18 5410574 . A G 1153.59 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.321;QD=60.7151;RBI=0.00724472;REFB=0;REVB=-0.00627979;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52539e-06;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:26:49:0:0:26:50:0:0 chr18 5630531 . G A 1406.94 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0231285;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.656;QD=55.7205;RBI=0.026948;REFB=-0.104881;REVB=0.01383;RO=3;SAF=59;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157302;STB=0.508298;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00122686;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:101:3:3:98:98:0.970297:39:59:1:2:39:59:1:2 chr18 5891415 . T C 756.83 PASS AF=0.571429;AO=71;DP=124;FAO=72;FDP=126;FR=.;FRO=54;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0086583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1347;QD=24.0262;RBI=0.0103382;REFB=-0.0176423;REVB=-0.0056491;RO=53;SAF=48;SAR=23;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946217;STB=0.551709;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00952881;OID=.;OPOS=5891415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:53:54:71:72:0.571429:23:48:30:23:24:48:30:24 chr18 5891637 . C A 207.15 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00841554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.008;QD=17.2621;RBI=0.0319399;REFB=-0.0113469;REVB=0.0308113;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171522;STB=0.555504;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.014485;OID=.;OPOS=5891637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:27:20:21:0.4375:11:9:7:18:12:9:9:18 chr18 5960165 . G A 676.4 PASS AF=0.43787;AO=73;DP=168;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.0137278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.377;QD=16.0096;RBI=0.0238676;REFB=-0.025358;REVB=-0.0195247;RO=93;SAF=31;SAR=42;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00560044;STB=0.505529;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0355551;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:93:95:73:74:0.43787:42:31:40:53:42:32:42:53 chr18 6046717 . T C 508.31 PASS AF=0.38;AO=57;DP=150;FAO=57;FDP=150;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.000947893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.041;QD=13.5548;RBI=0.0465435;REFB=0.000643591;REVB=0.0465338;RO=88;SAF=28;SAR=29;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338273;STB=0.535393;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000871736;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:88:93:57:57:0.38:29:28:46:42:29:28:51:42 chr18 6455000 . C T 327.32 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0166171;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.253;QD=23.3799;RBI=0.0171253;REFB=-0.0358284;REVB=-0.00414124;RO=23;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114642;STB=0.563069;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0350961;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:18:15:14:9:18:15:14:9 chr18 6455037 . T C 267.78 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00957085;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.24;QD=20.2099;RBI=0.0151003;REFB=-0.0306113;REVB=-0.0116798;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114493;STB=0.563713;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0275049;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:25:28:28:0.528302:15:13:15:10:15:13:15:10 chr18 6851058 . C G 321.09 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00195205;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7219;QD=13.6635;RBI=0.010267;REFB=-0.00582281;REVB=-0.0100797;RO=58;SAF=9;SAR=27;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346338;STB=0.698748;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0062936;OID=.;OPOS=6851058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:27:9:32:26:27:9:32:26 chr18 6889973 . A G 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00100017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.039;QD=16.8244;RBI=0.00402118;REFB=-0.000725794;REVB=-0.00389481;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00522327;STB=0.506816;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0012154;OID=.;OPOS=6889973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:28:21:21:0.428571:10:11:14:13:10:11:15:13 chr18 6890434 . A G 169.18 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0281064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.874;QD=13.0141;RBI=0.0291411;REFB=-0.0171413;REVB=-0.00769647;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200723;STB=0.615275;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0249149;OID=.;OPOS=6890434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:10:10:22:10:10:10:22:10 chr18 6912143 . A C 196.45 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0472373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2062;QD=18.2744;RBI=0.050242;REFB=0.00804155;REVB=0.0171142;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184842;STB=0.604219;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0105152;OID=.;OPOS=6912143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:6:17:11:9:6:17 chr18 6928180 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.217;QD=44.6898;RBI=0.0978517;REFB=0;REVB=0.0249817;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248882;OID=.;OPOS=6928180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr18 6943264 . G A 608.41 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0245383;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.142;QD=22.5337;RBI=0.0258077;REFB=-0.0322901;REVB=0.00799421;RO=46;SAF=24;SAR=36;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637314;STB=0.545439;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0237384;OID=.;OPOS=6943264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:46:48:60:60:0.555556:36:24:22:24:36:24:24:24 chr18 6956504 . ACAGCTCCAGCTC A,ACTAGCTCCAGCTC 50.8 PASS AF=0.186047,0;AO=8,4;DP=32;FAO=8,0;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00269147,-0.0473543;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=12,1;MLLD=312.655,47.4185;QD=4.72551;RBI=0.0101075,0.131854;REFB=-0.00474868,-0.0186571;REVB=0.00974261,-0.123057;RO=12;SAF=3,0;SAR=5,4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0448594,-0.644715;STB=0.591484,0.5;STBP=0.59,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0186566,0;OID=.,.;OPOS=6956505,6956506;OREF=CAGCTCCAGCTC,-;OALT=-,T;OMAPALT=A,ACTAGCTCCAGCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186047,0:8,4:32:8,0:43:35:3,0:5,0:17:18:51:12:3,0:5,4:4:8 chr18 6978319 . C T 358.09 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0120425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.02;QD=22.3808;RBI=0.0125765;REFB=-0.0315209;REVB=0.00362567;RO=27;SAF=15;SAR=21;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129441;STB=0.576882;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0221037;OID=.;OPOS=6978319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:36:36:0.5625:21:15:7:20:21:15:7:21 chr18 6980523 . T C 699.89 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00672387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.615;QD=58.324;RBI=0.0128685;REFB=-0.177962;REVB=0.0109721;RO=2;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361215;STB=0.51219;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00100683;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:2:1:45:47:0.979167:25:20:0:2:27:20:1:0 chr18 6985631 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.457;QD=60.2306;RBI=0.0170535;REFB=0;REVB=0.00537409;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010518;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr18 6999628 . T C 190.57 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0205801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9498;QD=15.2455;RBI=0.0513834;REFB=-0.0403865;REVB=-0.0470819;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161392;STB=0.593266;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0486494;OID=.;OPOS=6999628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:13:7:15:15:13:7:15:15 chr18 7008583 . A C 88.48 PASS AF=0.3;AO=9;DP=37;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0777876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.3852;QD=8.84818;RBI=0.082743;REFB=-0.0304803;REVB=0.0282045;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393572;STB=0.624805;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0831788;OID=.;OPOS=7008583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:37:40:28:28:9:12:0.3:6:3:19:9:6:6:19:9 chr18 7011413 . G A 222.84 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00591108;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.794;QD=14.6126;RBI=0.0086974;REFB=-0.0134804;REVB=-0.00637996;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239589;STB=0.513608;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0300749;OID=.;OPOS=7011413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:21:14:11:15:21:14 chr18 7012123 . A G 99.91 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0293765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.759;QD=15.3704;RBI=0.0300086;REFB=-0.000858637;REVB=0.0061269;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193547;STB=0.613434;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00251751;OID=.;OPOS=7012123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:6:8:9:3:6:8 chr18 7017322 . A G 222.7 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0018978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.495;QD=16.496;RBI=0.00919857;REFB=-0.0191488;REVB=0.00900067;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145168;STB=0.582023;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0328802;OID=.;OPOS=7017322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:16:13:15:10:16:13 chr18 7567803 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.94;QD=53.2772;RBI=0.0903104;REFB=0;REVB=0.089129;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358712;OID=.;OPOS=7567803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr18 8069868 . C T 54.88 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.020007;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3723;QD=7.56971;RBI=0.0392959;REFB=-0.00232148;REVB=0.0338214;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23131;STB=0.620405;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0187201;OID=.;OPOS=8069868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:29:20:21:8:8:0.275862:4:4:14:6:4:4:14:7 chr18 8387195 . G A 1559.78 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.221;QD=62.3911;RBI=0.0563311;REFB=-0.0425669;REVB=0.0440387;RO=1;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007972;STB=0.504131;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000330829;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:98:99:0.99:59:39:0:1:60:39:0:1 chr18 8387219 . G C 917.19 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9094;QD=58.2345;RBI=0.0283632;REFB=0;REVB=-0.0197993;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0004179;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr18 8471976 . A G 222.42 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0013168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9879;QD=18.535;RBI=0.0187149;REFB=-0.022676;REVB=0.0186685;RO=26;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691984;STB=0.5479;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0275898;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:15:6:9:17:16:6:9:17 chr18 8545736 . A G 354.76 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0060244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.779;QD=21.5006;RBI=0.0112465;REFB=-0.054116;REVB=0.0094969;RO=29;SAF=22;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18787;STB=0.596556;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0276572;OID=.;OPOS=8545736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:30:36:36:0.545455:14:22:11:18:14:22:12:18 chr18 8545785 . A G 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0553968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0225;QD=25.039;RBI=0.0559956;REFB=0.00414069;REVB=-0.00816742;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692378;STB=0.538432;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00372963;OID=.;OPOS=8545785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:12:14:9:11:12:14:9:11 chr18 8545823 . T C 205.99 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0401481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.758;QD=23.5422;RBI=0.0436794;REFB=0.00333466;REVB=-0.0172052;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948697;STB=0.553137;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00595572;OID=.;OPOS=8545823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:13:7:7:8:13:7:7:8 chr18 8545859 . A G 303.29 PASS AF=0.574468;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00736586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5987;QD=25.8117;RBI=0.0264095;REFB=-0.0245872;REVB=0.0253615;RO=20;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170148;STB=0.599284;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0111218;OID=.;OPOS=8545859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:26:27:0.574468:16:10:12:8:17:10:12:8 chr18 8720368 . C T 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0582131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.595;QD=16.0421;RBI=0.0583767;REFB=-0.00640327;REVB=-0.00436854;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853572;STB=0.537344;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00747226;OID=.;OPOS=8720368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:26:19:19:0.422222:9:10:11:14:9:10:12:14 chr18 8783835 . T C 560.93 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134307;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.854;QD=60.6409;RBI=0.0182477;REFB=0;REVB=-0.0123529;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181125;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr18 8784370 . A G 1282.2 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000655792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.272;QD=58.2818;RBI=0.00955935;REFB=0.0404127;REVB=-0.00953683;RO=3;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033404;STB=0.517643;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0010386;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:3:3:85:85:0.965909:41:44:0:3:41:44:0:3 chr18 8786117 . C A 112.96 PASS AF=0.916667;AO=12;DP=13;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0213941;FXX=0.076864;HRUN=11;LEN=1;MLLD=204.977;QD=37.6523;RBI=0.0216376;REFB=-0.00656211;REVB=-0.0032366;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475628;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-1.20196e-05;OID=.;OPOS=8786117;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:12:1:1:12:11:0.916667:3:9:1:0:2:9:1:0 chr18 8786354 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0339114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.444;QD=13.2051;RBI=0.0363736;REFB=-0.0191107;REVB=-0.013155;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280783;STB=0.666171;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0257167;OID=.;OPOS=8786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:1:5:3:3:1:5 chr18 8809445 . G C 330.98 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.00116814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1769;QD=13.6485;RBI=0.00873681;REFB=-0.0203755;REVB=-0.00865836;RO=59;SAF=20;SAR=17;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950391;STB=0.547742;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0296939;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:60:37:37:0.381443:17:20:37:22:17:20:37:23 chr18 8826083 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.709;QD=55.6561;RBI=0.0314357;REFB=0;REVB=0.0281594;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153082;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr18 9117867 . T C 337.18 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0274557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.521;QD=14.8213;RBI=0.0320043;REFB=-0.0255504;REVB=-0.0164458;RO=52;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140512;STB=0.589228;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0437379;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:52:54:37:37:0.406593:17:20:21:31:17:20:21:33 chr18 9122591 . T C 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0370549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.341;QD=2.58559;RBI=0.0398164;REFB=-0.00069077;REVB=-0.0145699;RO=60;SAF=1;SAR=8;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461936;STB=0.844417;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0038744;OID=.;OPOS=9122591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:8:1:27:33:8:1:27:33 chr18 9255982 . A G 191.37 PASS AF=0.423077;AO=17;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0450483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3389;QD=14.7208;RBI=0.0613074;REFB=-0.0290235;REVB=0.0415843;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213687;STB=0.615285;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0381555;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:30:17:22:0.423077:7:10:9:15:11:11:9:21 chr18 9402174 . A G 144.77 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00704805;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.999;QD=12.3207;RBI=0.00711046;REFB=-0.0290873;REVB=-0.000940002;RO=29;SAF=3;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3072;STB=0.669864;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0374556;OID=.;OPOS=9402174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:31:16:16:0.340426:13:3:12:17:13:3:12:19 chr18 9562042 . C T 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0181754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.743;QD=21.7456;RBI=0.0196226;REFB=-0.0161579;REVB=-0.00739612;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230991;STB=0.638179;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0108248;OID=.;OPOS=9562042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:10:12:5:14:10:12:5:15 chr18 9618005 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5221;QD=48.7347;RBI=0.0321306;REFB=0;REVB=0.0255379;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93112e-05;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr18 9618049 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.013;QD=54.5176;RBI=0.00279965;REFB=0;REVB=0.00240648;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42292e-06;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr18 9888069 . A G 1430.37 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=99;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0224242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1362;QD=57.7927;RBI=0.0224449;REFB=-0.00112547;REVB=-0.000964462;RO=4;SAF=28;SAR=66;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018522;STB=0.506134;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00125551;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:99:99:4:5:94:94:0.949495:66:28:2:2:66:28:2:3 chr18 10454960 . C G 367.15 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1069;QD=54.3926;RBI=0.165337;REFB=0;REVB=0.158182;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00741706;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:5:21:0:0:6:21:0:0 chr18 10691357 . G A 247.53 PASS AF=0.490909;AO=25;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0323131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.117;QD=18.002;RBI=0.0617694;REFB=-0.0524457;REVB=-0.0526433;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50618e-08;STB=0.507241;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0503253;OID=.;OPOS=10691357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:28:25:27:0.490909:15:10:8:12:17:10:10:18 chr18 10696227 . C T 500.96 PASS AF=0.504854;AO=51;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00639736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.44;QD=19.4546;RBI=0.0103082;REFB=0.00103269;REVB=-0.00808292;RO=50;SAF=28;SAR=23;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132859;STB=0.572038;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.000920281;OID=.;OPOS=10696227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:51:51:52:0.504854:23:28:20:30:24:28:20:31 chr18 10731428 . C T 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00344746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3273;QD=11.1304;RBI=0.036135;REFB=-0.00133809;REVB=-0.0359701;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289664;STB=0.685368;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00410358;OID=.;OPOS=10731428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:4:6:5:11:4:6:5:12 chr18 10741011 . G A 1179.57 PASS AF=0.952381;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00576927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.668;QD=56.17;RBI=0.014126;REFB=-0.0750706;REVB=0.0128942;RO=3;SAF=43;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140223;STB=0.501795;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.000373805;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:84:3:4:80:80:0.952381:37:43:1:2:37:43:2:2 chr18 10748603 . A T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.912;QD=60.2287;RBI=0.0252002;REFB=0;REVB=0.00587421;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21309e-05;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr18 10752666 . C T 231.94 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0232807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3114;QD=17.181;RBI=0.0271969;REFB=-0.0169166;REVB=-0.0140599;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213828;STB=0.622661;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0192808;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:28:24:25:0.462963:11:13:8:18:12:13:8:20 chr18 10758023 . G A 999.71 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00178951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.388;QD=54.0381;RBI=0.00657141;REFB=0.0204846;REVB=0.00632306;RO=3;SAF=41;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201052;STB=0.504764;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00155462;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:74:74:3:4:70:70:0.945946:29:41:1:2:29:41:2:2 chr18 10762962 . G A 1092.41 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=6.839e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2757;QD=56.0211;RBI=0.021679;REFB=-0.057042;REVB=0.0216789;RO=2;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255586;STB=0.519995;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0249353;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:2:3:75:75:0.961538:36:39:0:2:36:39:0:3 chr18 10763007 . T C 972.7 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.456;QD=58.9514;RBI=0.0111284;REFB=0;REVB=-0.00478094;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.83263e-05;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:35:30:0:0:35:31:0:0 chr18 10787047 . G A 574.56 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.584;QD=60.48;RBI=0.0331171;REFB=0;REVB=0.0295257;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85694e-05;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr18 11609754 . G A 129.82 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00674363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.922;QD=14.0345;RBI=0.0145798;REFB=-0.0143498;REVB=-0.0129264;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100239;STB=0.533288;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0272971;OID=.;OPOS=11609754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:22:15:15:0.405405:6:9:10:10:6:9:12:10 chr18 11609863 . G A 336.15 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0016877;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.58;QD=20.3726;RBI=0.00359134;REFB=-0.0420533;REVB=-0.00317008;RO=28;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104495;STB=0.526301;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0208537;OID=.;OPOS=11609863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:28:31:34:35:0.530303:15:19:16:12:15:20:16:15 chr18 11609903 . CA GG 770.02 PASS AF=0.982143;AO=56;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038565;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=301.175;QD=55.0017;RBI=0.0388876;REFB=-0.046861;REVB=0.0049985;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=mnp;VARB=0.000267219;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:56:55:0.982143:28:28:0:0:26:29:0:1 chr18 11610052 . T C 291.41 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0259215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.687;QD=14.3904;RBI=0.0393277;REFB=-0.0141746;REVB=-0.029576;RO=48;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361541;STB=0.520535;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0232217;OID=.;OPOS=11610052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:14:19:26:22:14:19:26:22 chr18 11610073 . G A 328.72 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0430631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.818;QD=13.1489;RBI=0.0432299;REFB=0.0143712;REVB=0.00379346;RO=62;SAF=19;SAR=18;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382847;STB=0.516504;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.0209705;OID=.;OPOS=11610073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:63:37:37:0.37:18:19:34:28:18:19:34:29 chr18 11610163 . G C 851.15 PASS AF=0.9;AO=63;DP=70;FAO=63;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0113445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3377;QD=48.6371;RBI=0.0121995;REFB=-0.0188696;REVB=0.00448662;RO=7;SAF=23;SAR=40;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124074;STB=0.566016;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0212019;OID=.;OPOS=11610163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:7:7:63:63:0.9:40:23:7:0:40:23:7:0 chr18 11610332 . G T 270.9 PASS AF=0.329897;AO=30;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0171932;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.285;QD=11.1711;RBI=0.0172615;REFB=-0.0130612;REVB=0.00153493;RO=61;SAF=16;SAR=14;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885101;STB=0.504851;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0338599;OID=.;OPOS=11610332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:65:30:32:0.329897:14:16:33:28:15:17:35:30 chr18 11610349 . G A 548.0 PASS AF=0.593023;AO=46;DP=80;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0559828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5161;QD=25.4885;RBI=0.101252;REFB=-0.0469787;REVB=0.0843674;RO=33;SAF=21;SAR=25;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0015187;STB=0.514228;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0236344;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:33:35:46:51:0.593023:25:21:15:18:28:23:17:18 chr18 11610362 . G C 57.15 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0033892;FXX=0.0259707;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.193;QD=3.04773;RBI=0.0260058;REFB=-0.00174114;REVB=-0.025784;RO=61;SAF=5;SAR=6;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461489;STB=0.512173;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0108044;OID=.;OPOS=11610362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:75:61:64:11:11:0.146667:6:5:30:31:6:5:30:34 chr18 11610382 . C A 216.4 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00994744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4513;QD=15.4574;RBI=0.0719137;REFB=0.0108098;REVB=0.0712224;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431906;STB=0.524476;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0101652;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:14:11:15:16:14:11:15:16 chr18 11619541 . G C 43.49 PASS AF=0.416667;AO=6;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0182223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.397;QD=14.498;RBI=0.0192934;REFB=-0.00448645;REVB=0.00633888;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443891;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0282352;OID=.;OPOS=11619541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:4:5:6:5:0.416667:5:1:3:1:4:1:4:1 chr18 11619551 . TC T,TT 91.59 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,7;DP=10;FAO=1,8;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789708,-0.0022671;FXX=0.0999001;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.165,217.673;QD=40.7086;RBI=0.055794,0.0519207;REFB=0,0;REVB=0.0552323,0.0518712;RO=0;SAF=0,5;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00817068,0.00072381;OID=.,.;OPOS=11619552,11619552;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:2,7:10:1,8:9:0:0,5:1,3:0:0:5:0:0,5:2,2:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 882.87 PASS AF=1;AO=58;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235846;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=3;MLLD=195.331;QD=56.9594;RBI=0.0541111;REFB=-0.140252;REVB=0.048701;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00122998;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:63:62:62:0:33:29:0:0:3:1:30:28:0:1 chr18 11625886 . T C 1009.37 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0037449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2164;QD=57.6784;RBI=0.0203997;REFB=-0.0185627;REVB=-0.020053;RO=1;SAF=41;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113897;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000222949;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:27:41:1:0:27:42:1:0 chr18 11639356 . G C 2404.66 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.685;QD=61.2652;RBI=0.0623556;REFB=0;REVB=0.0613197;RO=0;SAF=79;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51355e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4293e-05;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:157:0:0:155:157:1:76:79:0:0:78:79:0:0 chr18 11853053 . A G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.521;QD=64.4138;RBI=0.0439184;REFB=0;REVB=0.00781081;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6456e-05;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr18 11853731 . A G 793.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143551;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.206;QD=57.6874;RBI=0.0144681;REFB=0;REVB=0.00180428;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218159;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr18 11886563 . C G 278.9 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0105192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.388;QD=16.4056;RBI=0.0106001;REFB=-0.0374966;REVB=-0.00130746;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396924;STB=0.530786;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0426464;OID=.;OPOS=11886563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:30:31:0.455882:15:15:17:20:15:16:17:20 chr18 11999115 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0211381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.871;QD=8.62763;RBI=0.0257983;REFB=-0.00322996;REVB=-0.0147896;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997265;STB=0.560868;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00745835;OID=.;OPOS=11999115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:6:5:10:17:6:5:10:17 chr18 12057389 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.176;QD=51.9167;RBI=0.0520807;REFB=0;REVB=0.0481181;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440419;OID=.;OPOS=12057389;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr18 12057403 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.891;QD=53.2772;RBI=0.00855778;REFB=0;REVB=0.000625705;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7933e-05;OID=.;OPOS=12057403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr18 12094031 . G T 305.1 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00191735;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.0878;QD=46.9377;RBI=0.0229432;REFB=-0.178341;REVB=0.022863;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545416;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0226228;OID=.;OPOS=12094031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:0:2:24:24:0.923077:14:10:0:0:14:10:2:0 chr18 12254956 . G A 330.94 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.039361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6824;QD=18.6444;RBI=0.0410702;REFB=-0.0215809;REVB=0.011725;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372297;STB=0.520737;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0283469;OID=.;OPOS=12254956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:19:16:15:21:19:16:15:21 chr18 12274104 . G T 281.96 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.103409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9271;QD=22.5564;RBI=0.111334;REFB=-0.0195546;REVB=0.0412557;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119877;STB=0.557231;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0321976;OID=.;OPOS=12274104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:15:11:13:10:15:11:13:11 chr18 12348285 . T C 612.9 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5937;QD=61.2903;RBI=0.0134614;REFB=0;REVB=-4.5674e-05;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101285;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr18 12351342 . C T 1191.22 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.088;QD=61.0884;RBI=0.0302784;REFB=0;REVB=-0.00309762;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02931e-05;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:38:38:0:0:38:40:0:0 chr18 12658600 . A G 571.58 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.0146665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.555;QD=23.0941;RBI=0.017966;REFB=-0.00466677;REVB=-0.0103765;RO=46;SAF=21;SAR=32;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102969;STB=0.556441;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00371842;OID=.;OPOS=12658600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:53:53:0.535354:32:21:13:33:32:21:13:33 chr18 12662148 . G A 385.88 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0456266;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.466;QD=23.3869;RBI=0.0456836;REFB=-0.0224376;REVB=-0.00228123;RO=28;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173862;STB=0.503998;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0211717;OID=.;OPOS=12662148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:37:38:0.575758:19:18:13:15:20:18:13:15 chr18 12662186 . A G 255.5 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0513198;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4537;QD=28.3886;RBI=0.053501;REFB=-0.0229642;REVB=-0.0151209;RO=14;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957741;STB=0.533304;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0101749;OID=.;OPOS=12662186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:14:13:23:23:0.638889:16:7:6:8:16:7:5:8 chr18 12718593 . A G 174.08 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0386363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1234;QD=12.895;RBI=0.0407365;REFB=-0.0157016;REVB=-0.0129111;RO=33;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411029;STB=0.540945;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0233964;OID=.;OPOS=12718593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:33:20:21:0.388889:12:8:12:21:12:9:12:21 chr18 12760740 . T A 801.18 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8555;QD=57.2272;RBI=0.0376544;REFB=0;REVB=0.0202447;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652009;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr18 12984144 . C A 529.79 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6756;QD=58.8653;RBI=0.103798;REFB=0;REVB=0.032495;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181613;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:19:15:0:0:20:16:0:0 chr18 13001512 . G C 177.04 PASS AF=0.348485;AO=22;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00626051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.977;QD=10.7296;RBI=0.0109966;REFB=-0.0160968;REVB=0.00904053;RO=42;SAF=11;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803152;STB=0.539039;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0318419;OID=.;OPOS=13001512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:43:22:23:0.348485:11:11:24:18:11:12:25:18 chr18 13038431 . A G 404.52 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.011734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2008;QD=17.0326;RBI=0.063245;REFB=-0.00404617;REVB=0.062147;RO=53;SAF=18;SAR=24;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118089;STB=0.566233;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00706238;OID=.;OPOS=13038431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:24:18:29:24:24:18:29:24 chr18 13056682 . G A 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0374121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.124;QD=10.4724;RBI=0.0376952;REFB=-0.0252444;REVB=0.00461144;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388438;STB=0.738186;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0356208;OID=.;OPOS=13056682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:10:2:11:13:10:2:11:13 chr18 13068109 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00135102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.659;QD=14.5589;RBI=0.0174472;REFB=-0.0166547;REVB=-0.0173948;RO=35;SAF=16;SAR=10;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766957;STB=0.543446;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0229856;OID=.;OPOS=13068109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:10:16:24:11:10:16:24:11 chr18 13068132 . T C 749.95 PASS AF=1;AO=43;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.258;QD=56.6002;RBI=0.103313;REFB=0;REVB=0.0176185;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792936;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:43:53:1:20:23:0:0:20:33:0:0 chr18 13069782 . C T 348.17 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0072;QD=53.5639;RBI=0.0711547;REFB=0;REVB=0.0652457;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248569;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:21:4:0:0:21:5:0:0 chr18 13092424 . G A 248.29 PASS AF=0.408451;AO=27;DP=69;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0395995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.615;QD=13.9883;RBI=0.043819;REFB=-0.0119129;REVB=-0.0187613;RO=42;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995948;STB=0.551587;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0147787;OID=.;OPOS=13092424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:42:42:27:29:0.408451:16:11:21:21:17:12:21:21 chr18 13095591 . G A 544.76 PASS AF=0.478992;AO=56;DP=114;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00988085;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.5695;QD=18.3112;RBI=0.0137699;REFB=-0.0294393;REVB=-0.0095905;RO=58;SAF=25;SAR=31;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177087;STB=0.515354;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.03029;OID=.;OPOS=13095591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:58:62:56:57:0.478992:31:25:27:31:32:25:29:33 chr18 13095609 . T C 1561.96 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293282;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.661;QD=63.7536;RBI=0.0363871;REFB=0;REVB=0.0215377;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27513e-05;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:55:42:0:0:55:43:0:0 chr18 13100451 . A G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00909614;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.368;QD=12.7917;RBI=0.00913061;REFB=0.00951291;REVB=0.000792568;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192977;STB=0.603293;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0131687;OID=.;OPOS=13100451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:4:10:12:10:4:10:13:10 chr18 13116432 . G T 2778.79 PASS AF=0.98895;AO=177;DP=179;FAO=179;FDP=181;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00974097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.055;QD=61.4096;RBI=0.0162674;REFB=-0.0594462;REVB=-0.0130285;RO=0;SAF=76;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=8.32623e-05;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:179:181:0:2:177:179:0.98895:101:76:0:0:101:78:2:0 chr18 13763136 . T C 598.1 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=0.0679332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.878;QD=16.4993;RBI=0.0751291;REFB=-0.00104314;REVB=0.0320851;RO=82;SAF=26;SAR=37;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00201978;STB=0.501128;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00149916;OID=.;OPOS=13763136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:82:82:63:63:0.434483:37:26:34:48:37:26:34:48 chr18 14105923 . T C 660.08 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=48;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0318605;FXX=0.020829;HRUN=7;LEN=1;MLLD=220.633;QD=56.1767;RBI=0.0322873;REFB=-0.0244499;REVB=-0.0052324;RO=2;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000970065;STB=0.512095;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000129501;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:47:2:3:43:44:0.93617:21:22:1:1:21:23:1:2 chr18 14106039 . T C 393.78 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.384;QD=56.2537;RBI=0.0891349;REFB=0;REVB=0.0300943;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892828;OID=.;OPOS=14106039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:17:11:0:0 chr18 14183720 . C T 1393.03 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2967;QD=62.608;RBI=0.00563086;REFB=0;REVB=-0.0045721;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25775e-06;OID=.;OPOS=14183720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:54:34:0:0:55:34:0:0 chr18 14186425 . G A 67.48 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00412728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.325;QD=4.65377;RBI=0.00676144;REFB=-0.000528343;REVB=0.00535562;RO=47;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964723;STB=0.506318;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00198423;OID=.;OPOS=14186425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:5:6:26:21:5:6:26:21 chr18 14186497 . G C 132.0 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0271137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.328;QD=14.6662;RBI=0.0273359;REFB=-0.00341551;REVB=0.00347838;RO=21;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121779;STB=0.571326;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00411685;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:12:3:6:15:12:3:6:15 chr18 14187255 . A G 59.58 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.000254132;FXX=0.142806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1556;QD=9.92983;RBI=0.0481177;REFB=-0.0096256;REVB=-0.048117;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129171;STB=0.545344;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0147434;OID=.;OPOS=14187255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:28:24:15:16:8:8:0.333333:3:5:11:4:3:5:11:5 chr18 14187262 . G C 45.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0366001;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.3;QD=6.67458;RBI=0.0467927;REFB=-0.0080072;REVB=-0.0291546;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338709;STB=0.521678;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0258767;OID=.;OPOS=14187262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:12:8:3:4:12:8 chr18 14187273 . C G 85.28 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00914719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.214;QD=11.3709;RBI=0.0386494;REFB=-0.0119927;REVB=-0.0375513;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129996;STB=0.555457;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0258148;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:18:19:11:11:0.366667:5:6:12:6:5:6:12:7 chr18 14187304 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0448869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.483;QD=12.4824;RBI=0.0481887;REFB=0.000398582;REVB=-0.0175305;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136949;STB=0.580514;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00218641;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:12:7:6:6:12:7 chr18 14187309 . C T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00467558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.326;QD=6.7877;RBI=0.00526351;REFB=-0.000268698;REVB=-0.00241734;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127341;STB=0.580449;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.000842839;OID=.;OPOS=14187309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:14:9:4:4:14:9 chr18 14187312 . G T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.021128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3603;QD=6.78702;RBI=0.0282;REFB=-0.00237143;REVB=-0.0186775;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10556;STB=0.580449;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0029949;OID=.;OPOS=14187312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:22:23:8:8:0.258065:4:4:13:9:4:4:14:9 chr18 14187346 . A G 152.66 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0638287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3082;QD=21.8082;RBI=0.0689774;REFB=-0.0464169;REVB=0.0261492;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047897;STB=0.526993;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0541139;OID=.;OPOS=14187346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:28:12:12:16:16:0.571429:7:9:6:6:7:9:6:6 chr18 14513678 . T G 65.36 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00864405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.015;QD=3.631;RBI=0.00984066;REFB=-0.00689957;REVB=-0.00470308;RO=59;SAF=3;SAR=9;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348264;STB=0.728181;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0294956;OID=.;OPOS=14513678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:59:60:12:12:0.166667:9:3:31:28:9:3:31:29 chr18 14524966 . T C 753.47 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0184127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.561;QD=61.5074;RBI=0.0910678;REFB=0.029878;REVB=0.089187;RO=1;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016502;STB=0.508471;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-5.84851e-05;OID=.;OPOS=14524966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:28:19:0:1:29:19:0:1 chr18 14537949 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.951;QD=63.8707;RBI=0.00930978;REFB=0;REVB=0.00918936;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85861e-05;OID=.;OPOS=14537949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr18 14542648 . C A 648.84 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.621;QD=61.7943;RBI=0.0488845;REFB=0;REVB=0.0487628;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217554;OID=.;OPOS=14542648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:31:11:0:0:31:11:0:0 chr18 14542979 . A G 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00259691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.464;QD=8.25436;RBI=0.0386206;REFB=0.00249548;REVB=0.0385331;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444295;STB=0.799199;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00380432;OID=.;OPOS=14542979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:10:12:6:6:0.333333:4:2:8:2:4:2:10:2 chr18 14543057 . T G 817.53 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.094;QD=57.3702;RBI=0.0467675;REFB=0;REVB=0.0416836;RO=0;SAF=43;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87651e-05;OID=.;OPOS=14543057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:12:43:0:0:12:45:0:0 chr18 14543098 . C T 851.42 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.334;QD=57.7236;RBI=0.0293102;REFB=0;REVB=0.0109441;RO=0;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25388e-05;OID=.;OPOS=14543098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:16:42:0:0:16:43:0:0 chr18 14543139 . T C 741.24 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2126;QD=63.084;RBI=0.0766543;REFB=0;REVB=-0.0481897;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284084;OID=.;OPOS=14543139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:42:47:1:12:30:0:0:11:36:0:0 chr18 14779969 . C G 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00707432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.717;QD=12.0971;RBI=0.00911876;REFB=-0.0160148;REVB=0.00575376;RO=45;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065632;STB=0.531648;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0276096;OID=.;OPOS=14779969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:45:46:27:27:0.369863:16:11:21:24:16:11:21:25 chr18 14796214 . G T 270.99 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00179472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.114;QD=20.8457;RBI=0.00562333;REFB=-0.0167746;REVB=0.00532925;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104877;STB=0.573718;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0135512;OID=.;OPOS=14796214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:24:27:28:0.538462:13:14:9:14:13:15:9:15 chr18 14848820 . CG CA,TG 490.35 PASS AF=0.428571,0.571429;AO=7,17;DP=35;FAO=15,20;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7,13;FSAR=8,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140751,-0.0157111;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.7518,101.78;QD=56.0394;RBI=0.0422287,0.0176509;REFB=0,0;REVB=-0.0398139,-0.0080446;RO=0;SAF=1,13;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0162489,0.00389655;OID=.,.;OPOS=14848821,14848820;OREF=G,C;OALT=A,T;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:35:35:0:0:7,17:15,20:0.428571,0.571429:6,4:1,13:0:0:8,7:7,13:0:0 chr18 14850375 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0123608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.771;QD=11.4398;RBI=0.0125803;REFB=-0.00127591;REVB=-0.00233976;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403072;STB=0.73781;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00186369;OID=.;OPOS=14850375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:8:1:5:8:8:1:5:9 chr18 18529872 . A G 148.62 PASS AF=0.352941;AO=14;DP=47;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00161095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.539;QD=11.6568;RBI=0.0135685;REFB=-0.0215252;REVB=0.0134725;RO=33;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252581;STB=0.548966;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0411538;OID=.;OPOS=18529872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:33:33:14:18:0.352941:5:9:14:19:9:9:14:19 chr18 18529880 . G A 168.67 PASS AF=0.375;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0160613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.686;QD=12.0476;RBI=0.0356236;REFB=-0.0124798;REVB=-0.0317974;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0096653;STB=0.518117;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0286148;OID=.;OPOS=18529880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:35:20:21:0.375:11:9:15:19:12:9:16:19 chr18 19079853 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.08;QD=57.3856;RBI=0.0303747;REFB=0;REVB=0.0297222;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73046e-05;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr18 19100758 . A ATCT 245.2 PASS AF=0.560976;AO=21;DP=44;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.00514389;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=3;MLLD=160.612;QD=23.9215;RBI=0.0387222;REFB=-0.0534747;REVB=-0.038379;RO=20;SAF=6;SAR=15;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467807;STB=0.748214;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0369754;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.560976:21:44:23:41:18:6:17:15:3:99:20:6:15:17:3 chr18 19119974 . GATATATATATATATATAT GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC 477.72 PASS AF=0.621622,0.351351;AO=9,16;DP=35;FAO=23,13;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13,6;FSAR=10,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.279205,0.0967119;FXX=0.0512689;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=59.4062,42.8118;QD=51.6452;RBI=0.279218,0.0970108;REFB=-0.0953338,0.0415003;REVB=-0.00274523,-0.00760887;RO=2;SAF=4,9;SAR=5,7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0179867,0.012825;STB=0.523789,0.533282;STBP=0.298,0.534;TYPE=del,snp;VARB=0.0647869,0.0632542;OID=.,.;OPOS=19119975,19119992;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.621622,0.351351:9,16:35:23,13:37:1:13,6:10,7:0:1:99:2:4,9:5,7:1:1 chr18 19153494 . C T 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4395;QD=60.0298;RBI=0.0423155;REFB=0;REVB=-0.0202773;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336716;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr18 19450303 . A G 243.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.11;QD=48.7711;RBI=0.0508921;REFB=0;REVB=0.0444382;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535954;OID=.;OPOS=19450303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr18 19508949 . G A 346.1 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131312;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.31;QD=55.3763;RBI=0.0131327;REFB=0;REVB=-0.000197954;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644182;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr18 19751148 . G C 301.23 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0212728;FXX=0.028165;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.3189;QD=17.4628;RBI=0.0890574;REFB=-0.060002;REVB=-0.0864794;RO=26;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183974;STB=0.575174;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0523105;OID=.;OPOS=19751148;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:35:31:31:0.449275:16:15:12:14:16:15:12:23 chr18 19840623 . A G 745.12 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1431;QD=56.2357;RBI=0.101099;REFB=0;REVB=0.00781512;RO=1;SAF=13;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075422;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:51:53:1:38:13:1:0:39:14:0:0 chr18 19995753 . T C 717.15 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121942;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.114;QD=63.7465;RBI=0.0143388;REFB=0;REVB=0.00754332;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178816;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr18 19996011 . G A 340.12 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0245875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.7043;QD=48.5881;RBI=0.0246785;REFB=-0.0443223;REVB=-0.00211714;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.50276;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00121153;OID=.;OPOS=19996011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:14:12:0:1:14:12:1:1 chr18 19996534 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0125426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.232;QD=15.8391;RBI=0.0126031;REFB=-0.0226241;REVB=0.00123401;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168179;STB=0.599733;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00732761;OID=.;OPOS=19996534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:2:6:4:3:2:6:4:3 chr18 20965034 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.222;QD=51.1843;RBI=0.0432959;REFB=0;REVB=0.00245156;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165282;OID=.;OPOS=20965034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr18 21017836 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.711;QD=53.2771;RBI=0.0118662;REFB=0;REVB=0.0092219;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80637e-05;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr18 21100240 . C T 295.45 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00203053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.925;QD=11.2553;RBI=0.0241868;REFB=-0.0177155;REVB=0.0241014;RO=67;SAF=19;SAR=18;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736192;STB=0.537255;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0437798;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:68:37:37:0.352381:18:19:30:37:18:19:31:37 chr18 21109250 . T C 217.76 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0370968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.418;QD=16.7509;RBI=0.0371101;REFB=-0.00787312;REVB=-0.000993885;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220895;STB=0.624896;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00621344;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:17:11:15:9:17:11 chr18 21119777 . G A 226.82 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0231798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.341;QD=15.6425;RBI=0.0243202;REFB=0.00604402;REVB=0.00736008;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168526;STB=0.509529;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00668124;OID=.;OPOS=21119777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:11:15:19:13:11:15:19:13 chr18 21120444 . T C 171.15 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0402352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7211;QD=19.0164;RBI=0.0509356;REFB=-0.00418153;REVB=0.031234;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205263;STB=0.615266;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0076243;OID=.;OPOS=21120444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:4:14:10:8:4:14 chr18 21124945 . C G 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0573488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7094;QD=8.06737;RBI=0.0621236;REFB=0.00388413;REVB=-0.0238842;RO=33;SAF=2;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337335;STB=0.713878;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0109929;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:10:2:13:20:10:2:13:20 chr18 21402285 . G A 331.72 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0046703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.675;QD=12.6368;RBI=0.0054683;REFB=-0.00857735;REVB=-0.0028444;RO=60;SAF=15;SAR=25;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100337;STB=0.565077;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.014535;OID=.;OPOS=21402285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:65:40:40:0.380952:25:15:28:32:25:15:31:34 chr18 21413869 . T C 633.53 PASS AF=0.548673;AO=57;DP=112;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00918166;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.161;QD=22.4257;RBI=0.0166355;REFB=-0.0348759;REVB=0.0138722;RO=52;SAF=31;SAR=26;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214578;STB=0.522117;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0290086;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:52:51:57:62:0.548673:26:31:27:25:31:31:28:23 chr18 21424991 . C A 141.87 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0377771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.362;QD=9.61818;RBI=0.0513159;REFB=-0.0180292;REVB=-0.0347305;RO=39;SAF=7;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195175;STB=0.60748;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0306781;OID=.;OPOS=21424991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:39:40:19:19:0.322034:12:7:21:18:12:7:21:19 chr18 21481233 . C G 291.05 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0134561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.983;QD=26.4588;RBI=0.0134678;REFB=-0.0192975;REVB=-0.000561358;RO=18;SAF=4;SAR=22;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492331;STB=0.775695;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.033326;OID=.;OPOS=21481233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:22:4:13:5:22:4:13:5 chr18 21511034 . C A 329.34 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00477766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6806;QD=17.3336;RBI=0.0619088;REFB=0.00891995;REVB=-0.0617241;RO=40;SAF=25;SAR=11;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26356;STB=0.647781;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0110323;OID=.;OPOS=21511034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:11:25:17:23:11:25:17:23 chr18 21511089 . A G 1075.44 PASS AF=0.974026;AO=71;DP=74;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0473249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.429;QD=55.8673;RBI=0.0474804;REFB=-0.0797301;REVB=0.00384076;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.512497;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00108545;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:77:0:2:71:75:0.974026:35:36:0:0:36:39:2:0 chr18 21513768 . C T 225.45 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0418786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7808;QD=10.9978;RBI=0.0466749;REFB=0.00940947;REVB=-0.0206089;RO=54;SAF=13;SAR=15;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144755;STB=0.583851;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0251967;OID=.;OPOS=21513768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:54:28:28:0.341463:15:13:32:22:15:13:32:22 chr18 21710321 . C T 2291.13 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.765;QD=63.6426;RBI=0.0330825;REFB=0;REVB=-0.0131962;RO=0;SAF=49;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10767e-05;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:94:49:0:0:95:49:0:0 chr18 21736933 . T G 636.6 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206764;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.881;QD=62.107;RBI=0.0211922;REFB=0;REVB=0.00464712;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160629;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr18 21739725 . T C 192.55 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0143995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.06;QD=17.5042;RBI=0.0156317;REFB=-0.00931709;REVB=-0.00608303;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157769;STB=0.5999;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00897967;OID=.;OPOS=21739725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:24:19:20:0.454545:11:8:14:10:12:8:14:10 chr18 21752366 . A G 453.73 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00689315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.911;QD=22.4063;RBI=0.00690959;REFB=-0.0131683;REVB=-0.00047643;RO=37;SAF=17;SAR=27;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796036;STB=0.543734;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00961108;OID=.;OPOS=21752366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:27:17:11:26:27:17:11:26 chr18 21759055 . G C 1191.18 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.043;QD=60.3128;RBI=0.0109867;REFB=0;REVB=0.00751058;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6606e-05;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:72:79:1:35:37:0:0:41:38:0:0 chr18 21759190 . G C 39.58 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.027344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.9341;QD=14.3925;RBI=0.06791;REFB=-0.0899969;REVB=0.0621617;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248791;STB=0.666254;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0784862;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:4:5:6:6:0.545455:5:1:0:4:5:1:0:5 chr18 21914213 . G A 44.07 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.019843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.252;QD=6.78018;RBI=0.0208189;REFB=-0.00646236;REVB=-0.00629937;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961294;STB=0.627577;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0226592;OID=.;OPOS=21914213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:19:19:6:7:0.269231:4:2:5:14:4:3:5:14 chr18 22020543 . C G 652.71 PASS AF=0.651163;AO=56;DP=88;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0317265;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.826;QD=30.3587;RBI=0.0317968;REFB=-0.012132;REVB=0.00211218;RO=31;SAF=25;SAR=31;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613407;STB=0.54024;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00638072;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:31:30:56:56:0.651163:31:25:11:20:31:25:10:20 chr18 22642495 . G T 251.03 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0315564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.0096;QD=19.6883;RBI=0.0316111;REFB=0.000988067;REVB=0.0018583;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855759;STB=0.547908;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00190875;OID=.;OPOS=22642495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:11:15:12:13:11:15:12:13 chr18 22775185 . C T 90.98 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0293316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.589;QD=8.27064;RBI=0.051332;REFB=0.00232194;REVB=-0.0421264;RO=32;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166497;STB=0.602998;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00717493;OID=.;OPOS=22775185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:44:32:32:12:12:0.272727:4:8:17:15:4:8:17:15 chr18 22932061 . AG AC,A 31.06 PASS AF=0.0261438,0.117647;AO=11,36;DP=153;FAO=4,18;FDP=153;FR=.;FRO=131;FSAF=0,7;FSAR=4,11;FSRF=49;FSRR=82;FWDB=-0.0112327,-0.113676;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=117.252,7.75338;QD=0.812029;RBI=0.0163585,0.113765;REFB=-0.0118861,-0.137465;REVB=-0.0118923,-0.00451914;RO=76;SAF=5,21;SAR=6,15;SRF=21;SRR=55;SSEN=0,0.366667;SSEP=0,0;SSSB=0.234757,0.348552;STB=0.996836,0.513797;STBP=0.074,0.903;TYPE=snp,del;VARB=0.0553265,0.171421;OID=.,.;OPOS=22932062,22932062;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0261438,0.117647:11,36:153:4,18:153:131:0,7:4,11:49:82:20:76:5,21:6,15:21:55 chr18 23597811 . T C 747.25 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188183;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.105;QD=63.596;RBI=0.0686163;REFB=0;REVB=0.0659854;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201312;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:14:33:0:0:14:33:0:0 chr18 23873463 . T C 2548.32 PASS AF=1;AO=163;DP=167;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304336;FXX=0.0236672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.502;QD=61.7774;RBI=0.0466966;REFB=0;REVB=0.0354172;RO=0;SAF=62;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176853;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:165:0:0:163:165:1:101:62:0:0:101:64:0:0 chr18 23879134 . T C 157.5 PASS AF=1;AO=11;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147311;FXX=0.062461;HRUN=10;LEN=1;MLLD=269.903;QD=41.9998;RBI=0.0153873;REFB=0;REVB=-0.00444554;RO=3;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242563;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147222;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:15:3:0:11:15:1:4:7:0:3:6:9:0:0 chr18 24035399 . A G 330.34 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0330496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3839;QD=50.8215;RBI=0.0511926;REFB=-0.0921649;REVB=-0.0390949;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00368849;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr18 24269386 . G A 315.6 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0255372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.166;QD=17.5332;RBI=0.0631631;REFB=-0.0219083;REVB=-0.0577705;RO=38;SAF=10;SAR=24;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13448;STB=0.575599;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0258821;OID=.;OPOS=24269386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:24:10:16:22:24:10:16:22 chr18 24445692 . C T 632.83 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0444103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.247;QD=19.6226;RBI=0.0451273;REFB=-0.0172988;REVB=0.00801211;RO=62;SAF=25;SAR=39;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156775;STB=0.590736;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0170148;OID=.;OPOS=24445692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:62:65:64:64:0.496124:39:25:35:27:39:25:37:28 chr18 25565082 . A G 1484.63 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0475271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1061;QD=55.5003;RBI=0.0733573;REFB=-0.0965294;REVB=0.0558791;RO=2;SAF=55;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01694;STB=0.505779;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00184648;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:107:107:2:3:103:104:0.971963:48:55:2:0:48:56:1:2 chr18 25570228 . G C 1669.63 PASS AF=0.974138;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0140111;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.207;QD=57.5735;RBI=0.0212153;REFB=-0.0768955;REVB=0.0159303;RO=3;SAF=61;SAR=51;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105337;STB=0.505369;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000208265;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:3:3:112:113:0.974138:51:61:1:2:52:61:1:2 chr18 25593694 . C T 339.26 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0198822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8203;QD=17.8559;RBI=0.0198929;REFB=-0.00302666;REVB=-0.000651376;RO=40;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261809;STB=0.514633;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.012362;OID=.;OPOS=25593694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:19:17:20:20:19:17:20:20 chr18 25593713 . G C 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00484997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.872;QD=18.4583;RBI=0.0117718;REFB=-0.0128313;REVB=-0.0107263;RO=41;SAF=16;SAR=22;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613102;STB=0.503418;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0157382;OID=.;OPOS=25593713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:22:16:17:24:22:16:17:24 chr18 28570025 . G T 1067.9 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296067;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4495;QD=60.1632;RBI=0.0301161;REFB=0;REVB=0.00551532;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038693;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr18 28574472 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00272945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.125;QD=12.73;RBI=0.00831041;REFB=0.00310804;REVB=-0.0078494;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315875;STB=0.687091;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00319082;OID=.;OPOS=28574472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:4:8:3:6:4:8 chr18 28586964 . A G 1490.96 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.632;QD=63.4452;RBI=0.0642975;REFB=0;REVB=0.0547318;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171206;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:94:0:0:86:94:1:34:52:0:0:40:54:0:0 chr18 28610988 . C T 674.2 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0425486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8453;QD=56.1834;RBI=0.0425873;REFB=0.0163954;REVB=-0.00181317;RO=3;SAF=36;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375754;STB=0.519991;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0148052;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:9:36:3:0:9:36:3:0 chr18 28611061 . A T 1014.6 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00909984;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9235;QD=57.1608;RBI=0.0132271;REFB=-0.0728365;REVB=0.00959944;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00747378;OID=.;OPOS=28611061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:0:1:68:70:0.985915:25:43:0:0:26:44:0:1 chr18 28611139 . A C 711.0 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.012775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3265;QD=52.6665;RBI=0.0610778;REFB=0.020477;REVB=0.0597268;RO=1;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01327;STB=0.513884;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.000112252;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:52:52:0.962963:35:17:0:1:35:17:0:2 chr18 28720147 . C T 1540.5 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.093;QD=59.8254;RBI=0.023828;REFB=0;REVB=0.00434525;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24296e-05;OID=.;OPOS=28720147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:49:53:0:0:49:54:0:0 chr18 28722039 . G A 251.42 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0771245;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2908;QD=14.5751;RBI=0.0776985;REFB=-0.0151911;REVB=-0.00942719;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092504;STB=0.543294;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0192799;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:40:29:29:0.42029:16:13:14:25:16:13:15:25 chr18 28722103 . T C 315.31 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00322039;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.682;QD=19.4036;RBI=0.0372264;REFB=-0.020865;REVB=0.0370868;RO=31;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855468;STB=0.538798;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0136225;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:17:16:12:19:17:16:13:19 chr18 28734749 . A G 785.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4882;QD=64.1156;RBI=0.0165204;REFB=0;REVB=-0.00718897;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11632e-05;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:21:28:0:0 chr18 28934280 . T A 251.36 PASS AF=0.375;AO=28;DP=79;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0101477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.637;QD=12.5677;RBI=0.0262046;REFB=-0.0193769;REVB=0.02416;RO=50;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828755;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0336912;OID=.;OPOS=28934280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:50:50:28:30:0.375:17:11:20:30:18:12:20:30 chr18 28968369 . CGG CG,CGA 1853.29 PASS AF=0.0629921,0.929134;AO=13,110;DP=127;FAO=8,118;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=5,55;FSAR=3,63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0593818,-0.0345388;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.7,43.5136;QD=58.3714;RBI=0.0719148,0.134961;REFB=-0.0713866,-0.064784;REVB=0.0405653,0.130467;RO=0;SAF=5,54;SAR=8,56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.60098e-08,3.46761e-08;STB=0.545344,0.504504;STBP=0.618,0.306;TYPE=del,snp;VARB=-0.0164487,-0.00324308;OID=.,.;OPOS=28968370,28968371;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0629921,0.929134:13,110:127:8,118:127:1:5,55:3,63:1:0:18:0:5,54:8,56:0:0 chr18 28968959 . C T 745.87 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.959;QD=63.4783;RBI=0.0228569;REFB=0;REVB=-0.0167892;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5326e-06;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:23:24:0:0 chr18 28986333 . A C 679.85 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516121;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.341;QD=63.2418;RBI=0.0539399;REFB=0;REVB=0.0156749;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023667;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr18 28993183 . A G 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.000523892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.688;QD=20.7368;RBI=0.0184499;REFB=0.0176586;REVB=0.0184424;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046583;STB=0.526286;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0162096;OID=.;OPOS=28993183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:8:8:8:10:8:8 chr18 28993501 . C A 88.14 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123004;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.6405;QD=39.1738;RBI=0.140332;REFB=0;REVB=0.0675497;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130283;OID=.;OPOS=28993501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr18 29055957 . A G 1570.32 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000696666;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3683;QD=59.8216;RBI=0.0270556;REFB=0;REVB=0.0270466;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304377;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:51:54:0:0:51:54:0:0 chr18 29122798 . AG A,AA 222.47 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=8,10;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488768,0.0439995;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=269.129,279.897;QD=49.4379;RBI=0.0798934,0.0807839;REFB=0,0;REVB=0.0631983,0.0677501;RO=0;SAF=3,5;SAR=5,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0166473,0.00442729;OID=.,.;OPOS=29122799,29122799;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:8,10:18:1,17:18:0:0,8:1,9:0:0:4:0:3,5:5,5:0:0 chr18 29126670 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.16;QD=60.9764;RBI=0.0676417;REFB=0;REVB=0.0566127;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325482;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr18 29178554 . C T 269.35 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00319186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.361;QD=11.8394;RBI=0.0151902;REFB=-0.0102147;REVB=0.0148511;RO=58;SAF=14;SAR=18;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702132;STB=0.546178;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0197655;OID=.;OPOS=29178554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:59:32:32:0.351648:18:14:29:29:18:14:30:29 chr18 29339910 . G T 222.62 PASS AF=0.947368;AO=19;DP=21;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287541;FXX=0.0951928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.458;QD=46.8663;RBI=0.0341511;REFB=-0.162119;REVB=-0.0184254;RO=1;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279067;STB=0.515135;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0014922;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:19:1:1:19:18:0.947368:16:3:0:1:16:2:0:1 chr18 29497573 . A G 1227.82 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.481;QD=61.3911;RBI=0.0344416;REFB=0;REVB=0.0189071;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115868;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:44:35:0:0:44:36:0:0 chr18 29598847 . C T 586.59 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00636914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.745;QD=23.4634;RBI=0.0113814;REFB=-0.0280253;REVB=0.00943244;RO=46;SAF=32;SAR=22;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970561;STB=0.553364;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0173762;OID=.;OPOS=29598847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:22:32:22:24:22:32:22:24 chr18 29710880 . A AAG 215.78 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0024155;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=2;MLLD=289.244;QD=10.656;RBI=0.00259834;REFB=-0.00259276;REVB=0.000957477;RO=54;SAF=9;SAR=18;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295353;STB=0.672004;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=0.00385948;OID=.;OPOS=29710881;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:27:84:27:81:54:9:18:32:22:99:54:9:18:32:22 chr18 29795076 . T A,C 1481.77 PASS AF=0.0315789,0.968421;AO=4,90;DP=94;FAO=3,92;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=2,40;FSAR=1,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00891932,-0.00428003;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.843,193.715;QD=62.3905;RBI=0.00993979,0.0228943;REFB=0,0;REVB=0.00438692,0.0224906;RO=0;SAF=3,38;SAR=1,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-5.28321e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0538574,-0.00182769;OID=.,.;OPOS=29795076,29795076;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:94:95:0:0:4,90:3,92:0.0315789,0.968421:1,52:3,38:0:0:1,52:2,40:0:0 chr18 29795101 . T C 1513.51 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.4;QD=63.7265;RBI=0.0737043;REFB=0;REVB=0.0729835;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35299e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:95:0:0:87:95:1:45:42:0:0:53:42:0:0 chr18 30050356 . C T 435.45 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.111429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.441;QD=18.1437;RBI=0.129865;REFB=-0.00574126;REVB=0.0666967;RO=50;SAF=24;SAR=20;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111697;STB=0.570569;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00883803;OID=.;OPOS=30050356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:52:44:44:0.458333:20:24:33:17:20:24:35:17 chr18 30804756 . C T 736.96 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1372;QD=56.6892;RBI=0.0510265;REFB=0;REVB=-0.0496264;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00054852;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr18 30846895 . A T 932.86 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.664;QD=58.304;RBI=0.0461974;REFB=0;REVB=0.038426;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130191;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:64:0:0:60:64:1:29:31:0:0:30:34:0:0 chr18 30908046 . GATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT G 50.31 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167389;FXX=0;HRUN=1;LEN=22;MLLD=162.644;QD=33.537;RBI=0.142016;REFB=0;REVB=-0.141026;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.24503e-05;OID=.;OPOS=30908047;OREF=ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:6:6:6:0:4:2:0:0:4:0:2:2:0:0 chr18 31318769 . T G 132.14 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00817761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.005;QD=18.8776;RBI=0.00998277;REFB=-0.0421211;REVB=-0.00572559;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980136;STB=0.545395;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0207618;OID=.;OPOS=31318769;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:12:13:14:15:0.535714:9:5:3:9:9:6:4:9 chr18 31320228 . AA AG,GG 685.48 PASS AF=0.92,0.04;AO=43,2;DP=50;FAO=46,2;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=31,2;FSAR=15,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0368173,0.0235765;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=61.7338,38.4746;QD=54.8383;RBI=0.107665,0.0458534;REFB=-0.164452,-0.114638;REVB=0.101175,0.0393278;RO=2;SAF=31,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0720279,0.727176;STB=0.508193,0.992443;STBP=0.613,0.312;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00841118,0.00418593;OID=.,.;OPOS=31320229,31320228;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:2:2:43,2:46,2:0.92,0.04:12,0:31,2:0:2:15,0:31,2:1:1 chr18 31324934 . A G 638.69 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.551;QD=59.4128;RBI=0.0232029;REFB=-0.131518;REVB=0.00674486;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00211672;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:27:15:0:0:27:15:1:0 chr18 31325874 . C T 54.74 PASS AF=0.315789;AO=7;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0464368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.834;QD=11.5247;RBI=0.0548474;REFB=0.00871606;REVB=-0.0291866;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462391;STB=0.788931;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00476631;OID=.;OPOS=31325874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:20:19:11:11:7:6:0.315789:5:2:0:11:4:2:0:11 chr18 32558525 . C A 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00307718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.122;QD=21.0076;RBI=0.0117286;REFB=0.0065126;REVB=-0.0113177;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0026009;STB=0.501465;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00649584;OID=.;OPOS=32558525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:8:9:10:9:8:9 chr18 32721078 . C T 254.99 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0181744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0935;QD=15.9371;RBI=0.0192928;REFB=-0.0412735;REVB=-0.00647336;RO=35;SAF=7;SAR=22;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568169;STB=0.531894;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0531437;OID=.;OPOS=32721078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:22:7:7:28:22:7:7:28 chr18 32834095 . T C 117.9 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00372542;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2053;QD=11.7901;RBI=0.0624006;REFB=0.0116767;REVB=0.0622893;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077004;STB=0.571327;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00923731;OID=.;OPOS=32834095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:24:26:14:14:0.35:8:6:12:12:8:6:14:12 chr18 32834186 . T G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0185199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8548;QD=11.1316;RBI=0.0233605;REFB=-0.0050677;REVB=0.0142382;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270173;STB=0.531188;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00990611;OID=.;OPOS=32834186;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:6:4:6:10:6:4:6:11 chr18 32889193 . C T 244.44 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0110248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.355;QD=17.4599;RBI=0.011115;REFB=-0.0338987;REVB=0.00141374;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853658;STB=0.539781;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0217209;OID=.;OPOS=32889193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:29:27:27:0.482143:16:11:14:14:16:11:14:15 chr18 32947616 . A ATTTTAT 57.3 PASS AF=0.310345;AO=6;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00451119;FXX=0;HRUN=4;LEN=6;MLLD=219.936;QD=7.90294;RBI=0.0362036;REFB=0.00760544;REVB=-0.0359214;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176379;STB=0.566785;STBP=0.644;TYPE=ins;VARB=-0.0145733;OID=.;OPOS=32947617;OREF=-;OALT=TTTTAT;OMAPALT=ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:6:29:9:29:20:4:5:7:13:57:20:3:3:7:13 chr18 33058319 . A G 120.07 PASS AF=0.327273;AO=11;DP=40;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00738728;FXX=0.017854;HRUN=16;LEN=1;MLLD=48.5109;QD=8.73261;RBI=0.0180587;REFB=-0.0906284;REVB=0.0164787;RO=28;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240466;STB=0.564246;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00510965;OID=.;OPOS=33058319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:55:28:37:11:18:0.327273:8:3:13:15:10:8:13:24 chr18 33647254 . A C 743.89 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.617;QD=63.3096;RBI=0.0449281;REFB=0;REVB=-0.0241426;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67226e-05;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:16:28:0:0:16:31:0:0 chr18 33702162 . G A 150.95 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00617633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.64;QD=20.1268;RBI=0.0207617;REFB=0.0335529;REVB=0.0198218;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463574;STB=0.526283;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.0125098;OID=.;OPOS=33702162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:6:10:8:6:6:10:8:6 chr18 33706614 . C G 1099.05 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.582;QD=60.2221;RBI=0.0729614;REFB=0;REVB=0.0708832;RO=0;SAF=46;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124243;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:68:73:1:22:46:0:0:27:46:0:0 chr18 33721325 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0176255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.114;QD=14.6525;RBI=0.0197749;REFB=-0.0433132;REVB=0.00896591;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247547;STB=0.651594;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0161006;OID=.;OPOS=33721325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:3:2:1:5:3:2 chr18 33754507 . A G 131.25 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0060498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8344;QD=14.1893;RBI=0.00936955;REFB=0.00876589;REVB=-0.0071546;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149229;STB=0.58684;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.0132244;OID=.;OPOS=33754507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:12:10:9:6:12:10 chr18 33779705 . G A 554.84 PASS AF=0.554455;AO=55;DP=102;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.000381172;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.553;QD=21.9738;RBI=0.0135867;REFB=-0.0229007;REVB=0.0135813;RO=46;SAF=24;SAR=31;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532314;STB=0.527211;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0192569;OID=.;OPOS=33779705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:46:45:55:56:0.554455:31:24:23:23:32:24:22:23 chr18 33779821 . C A 1246.05 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.384;QD=61.5332;RBI=0.025657;REFB=0;REVB=-0.0193716;RO=0;SAF=29;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92565e-06;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:52:29:0:0:52:29:0:0 chr18 33779855 . C T 302.72 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00746304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.4352;QD=17.0546;RBI=0.0316229;REFB=-0.00950819;REVB=0.0307296;RO=38;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370792;STB=0.520821;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0195588;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:22:11:14:24:22:11:14:24 chr18 33779896 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.831;QD=57.1059;RBI=0.033458;REFB=0;REVB=-0.024098;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30048e-06;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr18 33780020 . A G 422.58 PASS AF=1;AO=22;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2042;QD=56.3436;RBI=0.0268277;REFB=0;REVB=0.0138147;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580971;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:22:30:1:11:11:0:0:14:16:0:0 chr18 33780021 . C G 52.9 PASS AF=0.266667;AO=7;DP=29;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0363419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.2554;QD=7.05334;RBI=0.0370576;REFB=-0.0479629;REVB=0.00724769;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837426;STB=0.592984;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0189322;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:30:22:22:7:8:0.266667:3:4:11:11:3:5:11:11 chr18 33785093 . G A 446.87 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.000874259;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.27;QD=20.7848;RBI=0.0126626;REFB=-0.022649;REVB=0.0126323;RO=41;SAF=25;SAR=19;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153091;STB=0.501616;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0230148;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:41:42:44:44:0.511628:19:25:24:17:19:25:24:18 chr18 33785185 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.887;QD=64.1537;RBI=0.0325272;REFB=0;REVB=-0.0324836;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.97965e-05;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr18 33831189 . C A 413.19 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0141755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4265;QD=16.3641;RBI=0.0317536;REFB=-0.0143157;REVB=-0.0284138;RO=53;SAF=23;SAR=22;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381505;STB=0.535808;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0245039;OID=.;OPOS=33831189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:53:56:45:45:0.445545:22:23:25:28:22:23:25:31 chr18 34205551 . C T 305.35 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0345949;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6768;QD=14.7154;RBI=0.0346093;REFB=-0.0195674;REVB=-0.000997703;RO=48;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167745;STB=0.578268;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0260307;OID=.;OPOS=34205551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:49:33:34:0.409639:16:17:17:31:17:17:18:31 chr18 34310668 . C T 350.85 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=4.40541e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.056;QD=15.4221;RBI=0.0155464;REFB=-0.00137251;REVB=-0.0155464;RO=53;SAF=14;SAR=24;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148935;STB=0.584278;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00197287;OID=.;OPOS=34310668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:24:14:27:26:24:14:27:26 chr18 34324091 . G A 288.46 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0088531;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.194;QD=24.5499;RBI=0.0127509;REFB=-0.0314548;REVB=0.00917648;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118234;STB=0.506574;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0263207;OID=.;OPOS=34324091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:21:21:26:26:0.553191:14:12:10:11:14:12:10:11 chr18 34398883 . G A 201.95 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0111137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.272;QD=21.2579;RBI=0.018244;REFB=-0.0059298;REVB=0.0144682;RO=18;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327776;STB=0.685518;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00703392;OID=.;OPOS=34398883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:15:5:11:7:15:5:11:7 chr18 35237143 . T G 556.6 PASS AF=0.5;AO=57;DP=115;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.00870044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.353;QD=19.1931;RBI=0.0100115;REFB=-0.0161804;REVB=-0.0049531;RO=58;SAF=17;SAR=40;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101875;STB=0.559324;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0170058;OID=.;OPOS=35237143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:58:58:57:58:0.5:40:17:23:35:41:17:23:35 chr18 39761310 . A G 542.71 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504309;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2428;QD=60.3009;RBI=0.0516598;REFB=0;REVB=0.0112012;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551766;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr18 39761342 . C T 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0084513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.28;QD=17.9544;RBI=0.0112708;REFB=-0.00474054;REVB=0.00745691;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079858;STB=0.545399;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0047844;OID=.;OPOS=39761342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:5:12:10:6:5:12 chr18 40323497 . G T 86.89 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00902396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.321;QD=24.8245;RBI=0.00902396;REFB=-0.0630811;REVB=0;RO=4;SAF=9;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192881;OID=.;OPOS=40323497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:9:10:0.714286:0:9:4:0:0:10:4:0 chr18 40554120 . A G 283.71 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0133321;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.544;QD=15.1309;RBI=0.0140928;REFB=-0.0196361;REVB=0.00456742;RO=43;SAF=16;SAR=16;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153693;STB=0.586614;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.018505;OID=.;OPOS=40554120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:16:16:28:15:16:16:28:15 chr18 42456653 . G A 787.02 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689626;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.588;QD=57.2379;RBI=0.0690695;REFB=0;REVB=0.00384107;RO=0;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128197;OID=.;OPOS=42456653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:43:11:0:0:44:11:0:0 chr18 42456670 . C CTCTT,T 650.68 PASS AF=0.673469,0.306122;AO=27,15;DP=55;FAO=33,15;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=10,2;FSAR=23,13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259676,0.0262636;FXX=0.155146;HRUN=0,1;LEN=4,1;MLLD=180.001,60.2097;QD=53.1168;RBI=0.0260481,0.0339646;REFB=-0.00778678,0.0458443;REVB=0.0020469,0.0215363;RO=7;SAF=8,2;SAR=19,13;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.144141,0.193335;STB=0.510632,0.518494;STBP=0.612,0.66;TYPE=ins,snp;VARB=0.0122058,0.015009;OID=.,.;OPOS=42456671,42456670;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:55:49:7:1:27,15:33,15:0.673469,0.306122:19,13:8,2:0:7:23,13:10,2:0:1 chr18 42532606 . G A 385.33 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00636644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.394;QD=17.9223;RBI=0.012391;REFB=-0.0153414;REVB=0.0106304;RO=43;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516635;STB=0.508231;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0117188;OID=.;OPOS=42532606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:46:40:40:0.465116:22:18:17:26:22:18:20:26 chr18 42532693 . C A 290.05 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00651256;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.997;QD=16.341;RBI=0.0172225;REFB=-0.00146136;REVB=-0.0159436;RO=38;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671236;STB=0.552206;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00230639;OID=.;OPOS=42532693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:39:31:32:0.450704:16:15:21:17:17:15:22:17 chr18 42533130 . A G 728.88 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.495;QD=57.1669;RBI=0.0272607;REFB=0;REVB=0.0183274;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112745;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr18 43206985 . A G 1699.7 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214134;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.907;QD=60.7036;RBI=0.0216167;REFB=0;REVB=-0.00295799;RO=0;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405131;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:54:58:0:0:54:58:0:0 chr18 43246156 . G A 253.68 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.000969695;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.732;QD=10.5698;RBI=0.0123447;REFB=-0.00957778;REVB=-0.0123066;RO=64;SAF=17;SAR=14;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199494;STB=0.51723;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.016925;OID=.;OPOS=43246156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:64:65:31:31:0.322917:14:17:34:30:14:17:34:31 chr18 43247001 . C G 212.48 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00507869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3805;QD=20.2358;RBI=0.0111127;REFB=-0.0312787;REVB=0.00988428;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175572;STB=0.594507;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0304461;OID=.;OPOS=43247001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:21:20:21:0.5:9:11:7:13:10:11:7:14 chr18 43262359 . G A 235.59 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0225929;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1754;QD=19.2316;RBI=0.0240991;REFB=-0.0418476;REVB=-0.00838629;RO=26;SAF=2;SAR=21;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235698;STB=0.565309;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.051068;OID=.;OPOS=43262359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:21:2:5:21:20:3:5:21 chr18 43508856 . C G 361.79 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1061;QD=53.5981;RBI=0.0545318;REFB=0;REVB=0.0399937;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130296;OID=.;OPOS=43508856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:1:0:26:27:1:13:13:1:0:13:14:0:0 chr18 43547127 . TG T 273.52 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510515;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.6522;QD=37.7271;RBI=0.228849;REFB=-0.0301223;REVB=-0.223082;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.47619;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00935826;OID=.;OPOS=43547128;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:28:29:29:0:13:16:0:0:5:0:11:15:0:0 chr18 43573649 . A G 226.12 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00657567;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.128;QD=15.0748;RBI=0.054221;REFB=-0.0278222;REVB=-0.0538208;RO=32;SAF=19;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18664;STB=0.627769;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0389445;OID=.;OPOS=43573649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:34:26:26:0.433333:7:19:18:14:7:19:18:16 chr18 43833701 . T TCTG 705.43 PASS AF=0.811594;AO=53;DP=72;FAO=56;FDP=69;FR=.;FRO=13;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0151067;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=3;MLLD=227.491;QD=40.8946;RBI=0.0151508;REFB=-0.046018;REVB=0.00115443;RO=14;SAF=27;SAR=26;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241759;STB=0.515115;STBP=0.641;TYPE=ins;VARB=0.00961068;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.811594:53:72:56:69:13:30:26:8:5:76:14:27:26:8:6 chr18 43843736 . T G 427.68 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8011;QD=55.185;RBI=0.177503;REFB=0;REVB=0.177073;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00506925;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:1:0:29:31:1:14:15:0:1:16:15:0:0 chr18 44040660 . T C 245.73 PASS AF=0.482759;AO=26;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0122749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8454;QD=16.9468;RBI=0.041411;REFB=-0.0186548;REVB=0.03955;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737818;STB=0.518505;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0246054;OID=.;OPOS=44040660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:30:26:28:0.482759:11:15:15:15:13:15:15:15 chr18 44063598 . G A 579.97 PASS AF=0.4;AO=67;DP=170;FAO=68;FDP=170;FR=.;FRO=102;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=0.02046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9771;QD=13.6462;RBI=0.0422353;REFB=-0.0130386;REVB=0.0369487;RO=101;SAF=29;SAR=38;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00305124;STB=0.503003;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.028173;OID=.;OPOS=44063598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:101:102:67:68:0.4:38:29:44:57:39:29:44:58 chr18 44126909 . T C 349.49 PASS AF=0.57377;AO=33;DP=59;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.00381812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.646;QD=22.9177;RBI=0.0287327;REFB=-0.0246183;REVB=0.0284779;RO=25;SAF=22;SAR=11;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123089;STB=0.566354;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0202674;OID=.;OPOS=44126909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:25:26:33:35:0.57377:11:22:20:5:13:22:20:6 chr18 44135143 . T C 350.9 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00730138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.358;QD=15.4241;RBI=0.0073051;REFB=-0.00488887;REVB=0.000233132;RO=51;SAF=9;SAR=29;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169967;STB=0.613044;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00830533;OID=.;OPOS=44135143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:53:38:38:0.417582:29:9:19:32:29:9:21:32 chr18 44259073 . AT A 140.9 PASS AF=0.703704;AO=17;DP=25;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0647325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.7592;QD=20.8735;RBI=0.0742182;REFB=-0.0840731;REVB=-0.0363048;RO=8;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160005;STB=0.596798;STBP=0.153;TYPE=del;VARB=0.0383213;OID=.;OPOS=44259074;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.703704:17:25:19:27:8:8:11:6:2:43:8:8:9:6:2 chr18 44560429 . C A 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.010137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.902;QD=6.02695;RBI=0.0115809;REFB=-0.00610422;REVB=-0.0055998;RO=30;SAF=6;SAR=3;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259233;STB=0.632401;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0346563;OID=.;OPOS=44560429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:9:9:0.225:3:6:25:5:3:6:25:6 chr18 44560875 . C A 390.77 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00143501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.361;QD=16.6286;RBI=0.00287302;REFB=-0.0133696;REVB=0.00248897;RO=53;SAF=17;SAR=24;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582646;STB=0.532753;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.014333;OID=.;OPOS=44560875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:24:17:25:28:24:17:25:28 chr18 44561100 . C G 81.14 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.20562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.209;QD=18.031;RBI=0.214023;REFB=-0.0511537;REVB=0.0593838;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459658;STB=0.545363;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0303872;OID=.;OPOS=44561100;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:18:18:6:8:10:10:0.555556:6:4:2:4:6:4:4:4 chr18 44561795 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00329433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.552;QD=16.3858;RBI=0.00818654;REFB=-0.00355814;REVB=0.00749445;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571344;STB=0.53326;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00437631;OID=.;OPOS=44561795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:5:3:4:5:5:3 chr18 44585955 . G A 253.62 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.000908732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.134;QD=28.1799;RBI=0.00347687;REFB=-0.0147221;REVB=-0.00335601;RO=12;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173921;STB=0.615492;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00496744;OID=.;OPOS=44585955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:12:13:23:23:0.638889:17:6:6:6:17:6:7:6 chr18 44610718 . T C 403.21 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0103924;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.121;QD=24.8132;RBI=0.0106025;REFB=-0.0136722;REVB=-0.00210001;RO=23;SAF=23;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133328;STB=0.521025;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00837021;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:26:39:39:0.6:16:23:14:9:16:23:14:12 chr18 44624572 . G T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.116712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.428;QD=20.8928;RBI=0.126095;REFB=-0.0321565;REVB=0.0477314;RO=5;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139199;STB=0.562362;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0155127;OID=.;OPOS=44624572;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:5:6:10:10:0.625:9:1:1:4:9:1:1:5 chr18 44760901 . G A 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0681796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8047;QD=16.8973;RBI=0.0685355;REFB=-0.0456697;REVB=0.00697534;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22118;STB=0.628944;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0318;OID=.;OPOS=44760901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:5:4:7:3:5:4 chr18 45696158 . G A 41.89 PASS AF=0.241379;AO=6;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.015507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.145;QD=5.7781;RBI=0.0165529;REFB=-0.0115945;REVB=0.00579063;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197729;STB=0.587392;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0179612;OID=.;OPOS=45696158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:28:29:21:22:6:7:0.241379:3:3:14:7:3:4:15:7 chr18 45696204 . T C 105.79 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0360407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.204;QD=11.4372;RBI=0.102639;REFB=-0.0147096;REVB=0.0961028;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351636;STB=0.502089;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.036231;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:13:11:6:7:13:11 chr18 45696256 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00864028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.327;QD=12.0244;RBI=0.0151651;REFB=-0.0059648;REVB=0.012463;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819582;STB=0.531198;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00653346;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:19:20:12:12:0.375:6:6:8:11:6:6:9:11 chr18 46001932 . A G 973.29 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.869;QD=58.9873;RBI=0.021083;REFB=0;REVB=0.0191273;RO=0;SAF=52;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74032e-05;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:13:52:0:0:13:53:0:0 chr18 46284587 . T C 444.53 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0221826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.469;QD=20.4382;RBI=0.0426752;REFB=-0.00920928;REVB=-0.0364569;RO=42;SAF=27;SAR=16;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846227;STB=0.544668;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00509849;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:43:43:44:0.505747:16:27:30:12:17:27:30:13 chr18 46343666 . C T 197.48 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0946234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5667;QD=26.3301;RBI=0.107534;REFB=-0.0722644;REVB=-0.0510871;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134246;STB=0.574392;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0330755;OID=.;OPOS=46343666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:9:10:8:3:9:10:8:3 chr18 46474746 . C T 56.39 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.0104022;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.776;QD=9.80783;RBI=0.0172431;REFB=-0.0287921;REVB=-0.013752;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19057e-08;STB=0.599789;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0478407;OID=.;OPOS=46474746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:23:16:15:8:8:0.347826:1:7:14:2:1:7:14:1 chr18 46545924 . A G 1081.03 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.151;QD=59.2345;RBI=0.0452905;REFB=0;REVB=-0.00483124;RO=0;SAF=9;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42243e-05;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:70:73:1:61:9:0:0:63:10:0:0 chr18 46545979 . A C 1633.25 PASS AF=0.965517;AO=110;DP=117;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0258023;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.116;QD=56.3191;RBI=0.0807187;REFB=-0.0163923;REVB=0.0764836;RO=4;SAF=7;SAR=103;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180787;STB=0.509344;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000453292;OID=.;OPOS=46545979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:116:4:4:110:112:0.965517:103:7:0:4:105:7:0:4 chr18 47318626 . T C 1781.89 PASS AF=0.968;AO=120;DP=125;FAO=121;FDP=125;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0469289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.931;QD=57.0204;RBI=0.058542;REFB=-0.0489483;REVB=0.0349977;RO=4;SAF=56;SAR=64;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133379;STB=0.501196;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.000967429;OID=.;OPOS=47318626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:125:125:4:4:120:121:0.968:64:56:1:3:65:56:2:2 chr18 47352677 . A C 38.56 PASS AF=0.108108;AO=7;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.00113461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.849;QD=2.08411;RBI=0.0043766;REFB=0.00158962;REVB=0.00422698;RO=61;SAF=4;SAR=3;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242505;STB=0.64831;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0104523;OID=.;OPOS=47352677;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:74:74:61:66:7:8:0.108108:3:4:22:39:4:4:22:44 chr18 47405425 . T TGAG 653.03 PASS AF=0.597938;AO=52;DP=101;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0194805;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.912;QD=26.9289;RBI=0.0230016;REFB=-0.0181725;REVB=0.0122305;RO=42;SAF=21;SAR=31;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603277;STB=0.519644;STBP=0.655;TYPE=ins;VARB=0.0147791;OID=.;OPOS=47405426;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.597938:52:101:58:97:39:24:34:18:21:99:42:21:31:20:22 chr18 47500827 . C T 704.36 PASS AF=0.511111;AO=68;DP=135;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0171734;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.059;QD=20.8699;RBI=0.0179611;REFB=-0.0086676;REVB=0.00526092;RO=66;SAF=45;SAR=23;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689067;STB=0.540529;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.011503;OID=.;OPOS=47500827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:66:66:68:69:0.511111:23:45:39:27:23:46:39:27 chr18 47500836 . G A 596.72 PASS AF=0.5;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=17;FWDB=-0.00724684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.708;QD=19.5646;RBI=0.00807054;REFB=-0.0231239;REVB=-0.00355203;RO=60;SAF=37;SAR=24;SRF=44;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123334;STB=0.561668;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0234134;OID=.;OPOS=47500836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:61:61:61:0.5:24:37:44:16:24:37:44:17 chr18 47563299 . T C 651.81 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8536;QD=62.0768;RBI=0.0335623;REFB=0;REVB=0.0299379;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559651;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:20:22:0:0 chr18 47795629 . C A 1247.6 PASS AF=0.987952;AO=77;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9634;QD=60.1253;RBI=0.0569798;REFB=-0.0432602;REVB=0.0500992;RO=4;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590236;STB=0.507041;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0028309;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:4:1:77:82:0.987952:30:47:0:4:35:47:0:1 chr18 47800179 . G C 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0128536;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.696;QD=8.37087;RBI=0.0128586;REFB=-0.00682577;REVB=-0.000357925;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054299;STB=0.533274;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0182802;OID=.;OPOS=47800179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:7:4:9:19:7:4:9:19 chr18 47809946 . A G 139.74 PASS AF=0.46875;AO=8;DP=34;FAO=15;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0150075;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.192;QD=17.4672;RBI=0.036869;REFB=-0.0527889;REVB=0.0336763;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618928;STB=0.555478;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0514303;OID=.;OPOS=47809946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:18:17:8:15:0.46875:4:4:8:10:11:4:6:11 chr18 47810351 . A G 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0106297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.893;QD=18.7957;RBI=0.0201234;REFB=-0.0214241;REVB=0.0170869;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115074;STB=0.565161;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0198771;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:10:13:12:15:10:13:12:15 chr18 47811669 . A G 105.84 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0962418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6231;QD=21.1681;RBI=0.10138;REFB=-0.0157234;REVB=-0.0318647;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177776;STB=0.59985;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0445986;OID=.;OPOS=47811669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:1:7:8:4:1:7 chr18 47812306 . AG A 38.95 PASS AF=0.424242;AO=11;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0312744;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.89124;QD=4.72179;RBI=0.0870511;REFB=-0.0350984;REVB=-0.0812392;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405321;STB=0.618869;STBP=0.248;TYPE=del;VARB=-0.00674877;OID=.;OPOS=47812307;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:11:33:14:33:19:4:10:9:10:38:17:2:9:9:8 chr18 47813916 . C A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0181333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.624;QD=19.5231;RBI=0.0331798;REFB=0.0090719;REVB=0.0277864;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186957;STB=0.606586;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00456558;OID=.;OPOS=47813916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:7:5:9:5:7:5 chr18 47813990 . C A 80.34 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00846273;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.752;QD=16.9138;RBI=0.01014;REFB=-0.0430792;REVB=0.00558576;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662608;STB=0.576311;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0399899;OID=.;OPOS=47813990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:7:3:3:5:7:3:4:5 chr18 47908556 . G A 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.155;QD=64.1496;RBI=0.00933221;REFB=0;REVB=-0.00858256;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55528e-06;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:38:11:0:0:38:11:0:0 chr18 47911594 . G T 256.21 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0279981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.02;QD=22.7741;RBI=0.0297763;REFB=-0.0261221;REVB=0.0101357;RO=21;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285414;STB=0.660056;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0114084;OID=.;OPOS=47911594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:17:7:13:8:17:7:13:8 chr18 47911631 . A G 182.86 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0136328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2211;QD=13.2986;RBI=0.0545736;REFB=-0.00274454;REVB=0.0528434;RO=29;SAF=7;SAR=15;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392603;STB=0.719808;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00662835;OID=.;OPOS=47911631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:33:22:22:0.4:15:7:21:8:15:7:23:10 chr18 47918536 . C T 416.65 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0146453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.319;QD=19.6072;RBI=0.0220893;REFB=-0.00257032;REVB=-0.0165363;RO=43;SAF=20;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527285;STB=0.529265;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00306587;OID=.;OPOS=47918536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:22:20:18:25:22:20:18:25 chr18 48190440 . G A 560.18 PASS AF=0.409396;AO=60;DP=150;FAO=61;FDP=149;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.00861117;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3086;QD=15.0383;RBI=0.0317037;REFB=-0.0286934;REVB=0.0305118;RO=88;SAF=28;SAR=32;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352718;STB=0.514533;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0438021;OID=.;OPOS=48190440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:88:88:60:61:0.409396:32:28:44:44:32:29:44:44 chr18 48248453 . T C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0283908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.762;QD=8.73786;RBI=0.0285273;REFB=-0.0108207;REVB=0.00278688;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04338;STB=0.52682;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0238191;OID=.;OPOS=48248453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:7:2:5:15:7:2:5:15 chr18 48256614 . A G 237.8 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00832039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.895;QD=18.6508;RBI=0.0225954;REFB=-0.0247439;REVB=-0.0210077;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1317;STB=0.574165;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0268692;OID=.;OPOS=48256614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:16:9:13:13:16:9:13:13 chr18 48325430 . T G 599.09 PASS AF=0.630952;AO=53;DP=84;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0121899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3312;QD=28.5281;RBI=0.0679016;REFB=-0.0310679;REVB=0.0667985;RO=30;SAF=35;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440462;STB=0.51928;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0218807;OID=.;OPOS=48325430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:30:31:53:53:0.630952:18:35:18:12:18:35:19:12 chr18 48331524 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7218;QD=58.5871;RBI=0.0255378;REFB=0;REVB=-0.0246868;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274404;OID=.;OPOS=48331524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr18 48331553 . T C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0512706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7602;QD=14.1954;RBI=0.0560253;REFB=-0.00506792;REVB=-0.0225868;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214544;STB=0.625838;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0110202;OID=.;OPOS=48331553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:4:11:12:10:4:11:12:10 chr18 48346026 . A G 520.78 PASS AF=0.431818;AO=56;DP=129;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.0180032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.503;QD=15.7813;RBI=0.0193712;REFB=-0.0238936;REVB=-0.00715047;RO=73;SAF=26;SAR=30;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09691;STB=0.555567;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0285245;OID=.;OPOS=48346026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:73:75:56:57:0.431818:30:26:27:46:31:26:27:48 chr18 48577782 . G C 133.9 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0394788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.382;QD=12.4556;RBI=0.0414715;REFB=-0.0261554;REVB=0.0127008;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207063;STB=0.639812;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0474307;OID=.;OPOS=48577782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:25:27:15:16:0.372093:11:4:11:14:12:4:12:15 chr18 48633216 . G T 168.7 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0193964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.416;QD=16.0665;RBI=0.02319;REFB=-0.00476261;REVB=-0.0127104;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536527;STB=0.555494;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00595713;OID=.;OPOS=48633216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:24:18:18:0.428571:10:8:11:11:10:8:13:11 chr18 48723217 . C T 75.49 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024772;FXX=0.0999001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.21;QD=33.5494;RBI=0.0248833;REFB=-0.119096;REVB=0.00235031;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00532883;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:9:0:1:8:8:0.888889:1:7:0:0:1:7:1:0 chr18 49072801 . C T 289.47 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0330224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.137;QD=13.9502;RBI=0.0430871;REFB=0.00632911;REVB=-0.027677;RO=50;SAF=9;SAR=24;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853447;STB=0.548782;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00827415;OID=.;OPOS=49072801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:24:9:17:33:24:9:17:33 chr18 49867224 . T C 2734.04 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473507;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.45;QD=62.4922;RBI=0.0489188;REFB=0;REVB=0.0122865;RO=0;SAF=69;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.77801e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16346e-05;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:175:0:0:175:175:1:106:69:0:0:106:69:0:0 chr18 50432602 . C G 395.91 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-7.86015e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1502;QD=20.3032;RBI=0.0150524;REFB=-0.014693;REVB=0.0150522;RO=37;SAF=12;SAR=28;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267227;STB=0.655;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.01357;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:38:40:40:0.512821:28:12:22:15:28:12:23:15 chr18 50942668 . A C 393.67 PASS AF=0.403509;AO=45;DP=113;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=17;FWDB=0.00362457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.24;QD=13.8129;RBI=0.00423996;REFB=-0.0141828;REVB=0.00219994;RO=67;SAF=22;SAR=23;SRF=50;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273274;STB=0.660072;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0182517;OID=.;OPOS=50942668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:67:68:45:46:0.403509:23:22:50:17:24:22:51:17 chr18 51795957 . GCGACGACGAC GCGACGAC,GCGACGACGA,GCGAGAC,GCGGCGACGAC 353.97 PASS AF=0.492308,0.0461538,0,0.0461538;AO=19,11,8,4;DP=73;FAO=32,3,0,3;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=8,0,0,1;FSAR=24,3,0,2;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0150421,-0.024528,-0.0470782,-0.0150512;FXX=0.0714184;HRUN=1,1,1,1;LEN=3,1,4,1;MLLD=137.016,38.6276,165.575,69.8692;QD=21.783;RBI=0.0292103,0.0516994,0.0470785,0.0290559;REFB=-0.0644298,-0.110128,-0.0425956,-0.0592957;REVB=0.0250395,-0.0455106,-0.000159869,0.0248537;RO=16;SAF=8,0,0,1;SAR=11,11,8,3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0649904,-0.796112,-0.763433,-0.293573;STB=0.548356,0.995364,0.5,0.5;STBP=0.48,0.158,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0461576,0.245777,0,0.0454124;OID=.,.,.,.;OPOS=51795958,51795967,51795961,51795960;OREF=CGA,C,CGAC,A;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=GCGACGAC,GCGACGACGA,GCGAGAC,GCGGCGACGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492308,0.0461538,0,0.0461538:19,11,8,4:73:32,3,0,3:65:27:8,0,0,1:24,3,0,2:9:18:99:16:8,0,0,1:11,11,8,3:8:8 chr18 51820805 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00522545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.85;QD=16.932;RBI=0.0131162;REFB=-0.0608852;REVB=-0.0120303;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0441367;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:11:12:12:12:0.5:6:6:6:5:6:6:6:6 chr18 52265308 . A C 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0134926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4822;QD=19.5186;RBI=0.0378564;REFB=-0.00457032;REVB=0.0353703;RO=26;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241903;STB=0.513504;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00484005;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:19:9:9:17:19:9:9:17 chr18 52570281 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.054;QD=50.4128;RBI=0.0789355;REFB=0;REVB=0.0761649;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209918;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr18 52570345 . C A 338.47 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.779;QD=54.1552;RBI=0.0371244;REFB=0;REVB=0.0201785;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129005;OID=.;OPOS=52570345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:15:8:0:0:16:9:0:0 chr18 52605188 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0361342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0774;QD=21.0138;RBI=0.0688404;REFB=0.0196096;REVB=-0.0585945;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110704;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0177974;OID=.;OPOS=52605188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:3:8:5:2:3:8:5:2 chr18 52889967 . T C 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0112182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.034;QD=18.6425;RBI=0.0148101;REFB=0.00714692;REVB=0.00966899;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145018;STB=0.5822;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0070134;OID=.;OPOS=52889967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:10:14:9:12:10:14 chr18 52890986 . A G 47.18 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0231483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.384;QD=11.1006;RBI=0.0906691;REFB=-0.0176888;REVB=0.0876643;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258458;STB=0.655317;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0458661;OID=.;OPOS=52890986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:7:3:4:3:7:3 chr18 52895531 . T C 1099.01 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.171;QD=60.2199;RBI=0.0138877;REFB=0;REVB=0.00627749;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86443e-06;OID=.;OPOS=52895531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:47:24:0:0:48:25:0:0 chr18 53070914 . G A 853.96 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.018741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.473;QD=55.9972;RBI=0.0187602;REFB=-0.0743745;REVB=0.000847118;RO=1;SAF=24;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192565;STB=0.510201;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0025414;OID=.;OPOS=53070914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:36:24:1:0:36:24:1:0 chr18 53177774 . G C 45.34 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0125685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4514;QD=8.24453;RBI=0.0131204;REFB=-0.0353426;REVB=-0.00376535;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885977;STB=0.587971;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0734158;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:22:14:15:7:7:0.318182:5:2:5:9:5:2:6:9 chr18 53303101 . C G 1019.73 PASS AF=1;AO=32;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365646;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.984;QD=60.8795;RBI=0.132513;REFB=0;REVB=0.132463;RO=0;SAF=29;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260517;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:32:67:1:3:29:0:0:38:29:0:0 chr18 54339818 . C G 1420.88 PASS AF=0.958763;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0376099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1578;QD=58.5929;RBI=0.0483542;REFB=-0.0223099;REVB=-0.0303912;RO=2;SAF=29;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315719;STB=0.520718;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00332402;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:97:97:2:4:93:93:0.958763:64:29:2:0:64:29:3:1 chr18 54448778 . G A 1056.0 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043662;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.18;QD=58.6667;RBI=0.0920161;REFB=-0.0259877;REVB=0.0809975;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570383;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:72:0:0:71:72:1:31:40:0:0:32:40:0:0 chr18 54815025 . G T 109.35 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0151413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7482;QD=14.1098;RBI=0.0250778;REFB=0.00151955;REVB=0.0199909;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116459;STB=0.567469;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000870267;OID=.;OPOS=54815025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:5:13:8:5:5:13 chr18 54951861 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.017442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.387;QD=16.8229;RBI=0.030102;REFB=-0.0497018;REVB=-0.0245339;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237226;STB=0.640603;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0229908;OID=.;OPOS=54951861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:2:3:2:5:2:3 chr18 55027334 . G T 141.92 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.118352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8195;QD=13.8459;RBI=0.121123;REFB=-0.00482064;REVB=0.0257624;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.505294;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00128575;OID=.;OPOS=55027334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:11:5:7:17:11:5:8:17 chr18 55034359 . T C 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0252154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.404;QD=15.9157;RBI=0.0255288;REFB=-0.00326445;REVB=0.00398798;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211001;STB=0.619477;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0040979;OID=.;OPOS=55034359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:19:9:18:16:19:9:18:16 chr18 55124087 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0153453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.791;QD=14.0437;RBI=0.103034;REFB=-0.0132368;REVB=0.101885;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0125387;OID=.;OPOS=55124087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:3:1:1:4:3:1 chr18 55143766 . C T 230.77 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0198432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.453;QD=17.7516;RBI=0.037288;REFB=-0.0156938;REVB=0.0315696;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217963;STB=0.50077;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0177728;OID=.;OPOS=55143766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:27:24:25:0.480769:13:11:13:14:13:12:13:14 chr18 55144035 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-1.21892e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.761;QD=19.3436;RBI=0.0334468;REFB=0.0162527;REVB=-0.0334468;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242273;STB=0.637045;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0212851;OID=.;OPOS=55144035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:6:12:7:11:6:12 chr18 55144045 . G A 210.65 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0047529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0244;QD=19.1504;RBI=0.0719864;REFB=0.00911349;REVB=-0.0718293;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146473;STB=0.59346;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.037501;OID=.;OPOS=55144045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:9:12:9:13:9:12:9:14 chr18 55144748 . G A 304.26 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.000910738;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.079;QD=14.6631;RBI=0.0141197;REFB=-0.00591469;REVB=0.0140903;RO=50;SAF=14;SAR=20;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195851;STB=0.617043;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0110157;OID=.;OPOS=55144748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:50:49:34:34:0.409639:20:14:30:20:20:14:30:19 chr18 55145377 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0572489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.926;QD=8.81109;RBI=0.0583167;REFB=-0.0280099;REVB=0.0111085;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165502;STB=0.605667;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0312088;OID=.;OPOS=55145377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:3:8:5:1:3:8 chr18 55145575 . C G 937.46 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4785;QD=58.5912;RBI=0.0451776;REFB=0;REVB=0.0416009;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232713;OID=.;OPOS=55145575;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr18 55145765 . G C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.99;QD=48.626;RBI=0.0303871;REFB=0.117153;REVB=0.0266002;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031885;STB=0.517226;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0011432;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:8:14:1:0:8:14:1:0 chr18 55145906 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2763;QD=58.1397;RBI=0.0351353;REFB=0;REVB=0.00913577;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343172;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr18 55146261 . G A 266.73 PASS AF=0.327103;AO=34;DP=107;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0128786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.362;QD=9.97135;RBI=0.0148962;REFB=-0.0124677;REVB=0.0074859;RO=70;SAF=14;SAR=20;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119395;STB=0.557608;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0246939;OID=.;OPOS=55146261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:70:72:34:35:0.327103:20:14:36:34:20:15:37:35 chr18 55146453 . T C 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.012198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.416;QD=17.5875;RBI=0.0218692;REFB=-0.00151899;REVB=0.0181513;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351417;STB=0.53157;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0019688;OID=.;OPOS=55146453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:9:13:15:12:9:13:15:13 chr18 55150271 . A C 63.31 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0222448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7565;QD=8.73219;RBI=0.0224503;REFB=-0.0243569;REVB=0.00303081;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244737;STB=0.650823;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0585877;OID=.;OPOS=55150271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:11:9:6:3:11:9 chr18 55150557 . G T 378.58 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.031114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1671;QD=19.4145;RBI=0.0492089;REFB=0.0393812;REVB=0.0381239;RO=37;SAF=13;SAR=26;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036112;STB=0.529397;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0233093;OID=.;OPOS=55150557;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:39:39:39:0.5:26:13:11:26:26:13:11:28 chr18 55151334 . G A 96.84 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.019955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.072;QD=12.495;RBI=0.0215153;REFB=-0.0043579;REVB=-0.00804412;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401956;STB=0.650971;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0113404;OID=.;OPOS=55151334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:16:19:12:12:0.387097:10:2:0:16:10:2:1:18 chr18 55153371 . T C 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0219846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.838;QD=30.5649;RBI=0.0236422;REFB=-0.0305156;REVB=-0.00869657;RO=10;SAF=6;SAR=16;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867535;STB=0.5479;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0157385;OID=.;OPOS=55153371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:16:6:4:6:16:6:4:6 chr18 55154066 . A G 264.44 PASS AF=0.413333;AO=29;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0112263;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.198;QD=14.1032;RBI=0.0126798;REFB=-0.00747535;REVB=0.0058947;RO=39;SAF=10;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200839;STB=0.61396;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0112692;OID=.;OPOS=55154066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:44:29:31:0.413333:19:10:21:18:20:11:24:20 chr18 55155489 . A G 807.1 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.163;QD=54.7187;RBI=0.00970235;REFB=0;REVB=0.00855061;RO=2;SAF=19;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3062e-05;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:2:0:56:59:1:37:19:1:1:39:20:0:0 chr18 55155711 . C G 210.84 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00577925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.656;QD=14.056;RBI=0.0164255;REFB=0.00202292;REVB=0.0153752;RO=35;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059952;STB=0.534219;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00431436;OID=.;OPOS=55155711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:15:10:16:19:15:10:16:19 chr18 55155870 . G A 306.8 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00306197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5522;QD=15.534;RBI=0.0133166;REFB=-0.0195337;REVB=0.0129598;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111911;STB=0.557195;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0254763;OID=.;OPOS=55155870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:45:34:34:0.43038:20:14:23:21:20:14:23:22 chr18 55158489 . A AATTCTGC 258.06 PASS AF=0.69697;AO=17;DP=34;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0335408;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=270.14;QD=31.2796;RBI=0.0335425;REFB=-0.0251721;REVB=0.000344917;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00818522;STB=0.517226;STBP=0.815;TYPE=ins;VARB=0.0116426;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.69697:17:34:23:33:10:8:15:4:6:72:11:6:11:4:7 chr18 55221648 . T C 453.53 PASS AF=0.38806;AO=51;DP=134;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.00248424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.603;QD=13.5382;RBI=0.00470306;REFB=-0.012968;REVB=0.0039934;RO=81;SAF=18;SAR=33;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490228;STB=0.52412;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0217523;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:81:82:51:52:0.38806:33:18:32:49:33:19:33:49 chr18 55226383 . G C 263.46 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0155735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7135;QD=19.5153;RBI=0.0317881;REFB=-0.0286259;REVB=-0.0277119;RO=26;SAF=19;SAR=8;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288751;STB=0.529391;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0230932;OID=.;OPOS=55226383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:26:27:28:0.518519:8:19:19:7:9:19:19:7 chr18 55314820 . C A 271.58 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00887904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.384;QD=23.1134;RBI=0.00970711;REFB=-0.016023;REVB=0.00392308;RO=21;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089853;STB=0.558623;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0212679;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:11:14:14:7:11:14:15:7 chr18 55317676 . C T 537.37 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4869;QD=59.7082;RBI=0.0205693;REFB=0;REVB=-0.0135466;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000543353;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr18 55335366 . G T 126.98 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0482586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1287;QD=19.5349;RBI=0.0501529;REFB=-0.0183276;REVB=0.0136536;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910022;STB=0.571326;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0142355;OID=.;OPOS=55335366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:25:26:11:12:14:14:0.538462:6:8:5:6:6:8:5:7 chr18 55345922 . T C 32.59 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0381516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.407;QD=2.77336;RBI=0.03839;REFB=-0.00188389;REVB=0.00427199;RO=41;SAF=4;SAR=2;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129112;STB=0.596683;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0239772;OID=.;OPOS=55345922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:2:4:23:18:2:4:23:18 chr18 55346232 . A G 670.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0445;QD=62.3417;RBI=0.0514764;REFB=0;REVB=0.046481;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996376;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr18 55362532 . T G 1008.67 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.056761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.758;QD=57.6381;RBI=0.0718473;REFB=-0.00167711;REVB=0.0440481;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171824;STB=0.508769;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000210548;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:41:27:1:0:41:28:1:0 chr18 55364852 . A G 1348.55 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0382985;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.904;QD=61.2978;RBI=0.0385352;REFB=0.0243652;REVB=0.00426442;RO=1;SAF=37;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126337;STB=0.506665;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-2.91759e-05;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:50:37:1:0:50:37:1:0 chr18 55816791 . G A 515.22 PASS AF=0.466667;AO=54;DP=121;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0144238;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6662;QD=17.174;RBI=0.017806;REFB=0.00929029;REVB=-0.0104406;RO=63;SAF=30;SAR=24;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921844;STB=0.555004;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0118035;OID=.;OPOS=55816791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:63:64:54:56:0.466667:24:30:29:34:24:32:30:34 chr18 56148796 . A G 306.46 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0399138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.534;QD=47.1472;RBI=0.0400766;REFB=-0.139119;REVB=0.00360819;RO=2;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121653;STB=0.506573;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0018204;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:14:10:1:1:14:10:1:1 chr18 56149099 . T C 1143.24 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0484751;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.327;QD=55.7676;RBI=0.0593814;REFB=-0.111446;REVB=0.0342974;RO=3;SAF=30;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450054;STB=0.531242;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00141252;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:82:82:3:4:78:78:0.95122:48:30:3:0:48:30:4:0 chr18 56202418 . T C 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8074;QD=52.6074;RBI=0.0592852;REFB=0;REVB=0.0266424;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000527782;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr18 56202982 . A T 1008.44 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.161;QD=59.3202;RBI=0.0192888;REFB=0;REVB=-0.00382459;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18198e-05;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr18 56203411 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.278;QD=43.485;RBI=0.0520774;REFB=0;REVB=0.0519095;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971831;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr18 56203447 . A G 323.34 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7673;QD=53.8905;RBI=0.111516;REFB=0;REVB=0.107544;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027365;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:8:16:0:0 chr18 56203891 . G T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.366;QD=59.8371;RBI=0.0315729;REFB=0;REVB=0.0276704;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48545e-05;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr18 56203898 . T G 418.01 PASS AF=1;AO=24;DP=32;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387001;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.756;QD=57.6559;RBI=0.0456532;REFB=0;REVB=-0.024218;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620128;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:29:0:0:24:29:1:14:10:0:0:13:16:0:0 chr18 56204250 . A C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2356;QD=56.7045;RBI=0.0571607;REFB=0;REVB=0.0553656;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000949993;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr18 56204644 . T G 612.75 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.862;QD=61.2749;RBI=0.0427467;REFB=0;REVB=0.0384397;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151627;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr18 56204747 . G A 1471.34 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.925;QD=62.6103;RBI=0.018677;REFB=0;REVB=0.0168926;RO=1;SAF=43;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15255e-05;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:1:0:93:94:1:50:43:1:0:50:44:0:0 chr18 56246442 . T C 181.62 PASS AF=0.421053;AO=9;DP=40;FAO=16;FDP=38;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.163877;FXX=0.0499875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.0746;QD=19.1177;RBI=0.174668;REFB=-0.0443152;REVB=-0.0604421;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.551116;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0830689;OID=.;OPOS=56246442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:9:17:9:16:0.421053:7:2:2:7:10:6:8:9 chr18 56247180 . T C 197.19 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0134137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.448;QD=19.7191;RBI=0.0179697;REFB=-0.0345839;REVB=-0.0119577;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111128;STB=0.54995;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0645686;OID=.;OPOS=56247180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:9:11:8:11:9:11:9:11 chr18 56247567 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00885113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.431;QD=13.6309;RBI=0.00887749;REFB=0.0104228;REVB=-0.000683571;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645053;STB=0.538364;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.0119156;OID=.;OPOS=56247567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:4:5:5:3:4:5 chr18 56247600 . C A 37.71 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0192061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.95;QD=7.5421;RBI=0.0227955;REFB=-0.00282527;REVB=0.0122783;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298785;STB=0.699439;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00354538;OID=.;OPOS=56247600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:20:20:13:14:6:6:0.3:3:3:10:3:3:3:11:3 chr18 56279025 . T G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.132;QD=58.1421;RBI=0.0185797;REFB=0;REVB=0.00526462;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3705e-05;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr18 56593521 . T G 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0814376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1266;QD=18.1534;RBI=0.115551;REFB=0.0191105;REVB=0.081975;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14936;STB=0.584339;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0231156;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:7:18:12:9:7:18 chr18 56887507 . C A 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0381865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.971;QD=44.6076;RBI=0.0564953;REFB=-0.0774973;REVB=0.0416355;RO=2;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038199;STB=0.502073;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00533167;OID=.;OPOS=56887507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:11:10:1:1:11:10:1:1 chr18 57000469 . T A 273.32 PASS AF=0.685714;AO=23;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0156017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.423;QD=31.2365;RBI=0.0206372;REFB=-0.0155911;REVB=-0.0135085;RO=10;SAF=11;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433355;STB=0.514274;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00816077;OID=.;OPOS=57000469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:10:11:23:24:0.685714:12:11:4:6:12:12:5:6 chr18 57571367 . G A 236.31 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0500993;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2882;QD=17.5043;RBI=0.0513424;REFB=0.0131366;REVB=-0.0112295;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137517;STB=0.592524;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0219775;OID=.;OPOS=57571367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:28:26:26:0.481481:13:13:17:9:13:13:19:9 chr18 57640352 . C CAA 426.38 PASS AF=1;AO=33;DP=40;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0744535;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=33.5095;QD=48.7287;RBI=0.0815558;REFB=0;REVB=-0.0332869;RO=5;SAF=13;SAR=20;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520983;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000888697;OID=.;OPOS=57640353;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:40:35:35:0:13:22:0:0:7:5:13:20:3:2 chr18 59166541 . C T 249.58 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0262488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4557;QD=18.4874;RBI=0.0352251;REFB=-0.0201713;REVB=-0.0234905;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486224;STB=0.519027;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0429283;OID=.;OPOS=59166541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:27:27:0.5:16:11:12:14:16:11:12:15 chr18 59170304 . C G 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.441;QD=59.3214;RBI=0.0267607;REFB=0;REVB=0.0102603;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45897e-05;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr18 59482283 . A G 123.41 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0260241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.639;QD=10.2842;RBI=0.111853;REFB=-0.0404299;REVB=0.108783;RO=29;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015897;STB=0.559242;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0500675;OID=.;OPOS=59482283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:33:15:15:0.3125:6:9:17:12:6:9:17:16 chr18 59483514 . A G 213.69 PASS AF=0.512821;AO=16;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00343537;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.668;QD=21.9166;RBI=0.0157318;REFB=-0.0277671;REVB=0.0153521;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113076;STB=0.576391;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0312628;OID=.;OPOS=59483514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:18:16:20:0.512821:11:5:8:11:14:6:8:10 chr18 59805532 . T C 661.5 PASS AF=0.943396;AO=49;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0316472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8963;QD=49.9242;RBI=0.04012;REFB=-0.044652;REVB=0.024659;RO=3;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044767;STB=0.523068;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0191742;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:49:50:0.943396:30:19:0:3:31:19:0:3 chr18 59807635 . T A,C 382.66 PASS AF=0.16129,0.806452;AO=4,25;DP=31;FAO=5,25;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=4,15;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210139,0.00546716;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.739,152.761;QD=49.3756;RBI=0.0274304,0.0359669;REFB=-0.251593,-0.111297;REVB=0.0176307,-0.0355489;RO=0;SAF=3,15;SAR=1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.66592,0.52379;STBP=0.23,0.301;TYPE=snp,snp;VARB=0.0269671,-0.0092437;OID=.,.;OPOS=59807635,59807635;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:31:31:0:1:4,25:5,25:0.16129,0.806452:1,10:3,15:0:0:1,10:4,15:0:1 chr18 59814268 . G A 844.08 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.485;QD=57.2256;RBI=0.053967;REFB=0;REVB=0.0347896;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161178;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:27:32:0:0 chr18 59814324 . G C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.438;QD=63.8709;RBI=0.0127219;REFB=0;REVB=-0.00368608;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77137e-05;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr18 60027241 . C T 978.26 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215023;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.008;QD=59.2886;RBI=0.021605;REFB=0;REVB=-0.00210425;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017507;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:35:30:0:0:35:31:0:0 chr18 60036083 . A G 557.01 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0773;QD=60.2177;RBI=0.0364633;REFB=0;REVB=0.0180231;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119406;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr18 60111488 . G A 248.38 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0310058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4066;QD=25.4752;RBI=0.0341323;REFB=0.040604;REVB=-0.0142706;RO=16;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480437;STB=0.526737;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.029331;OID=.;OPOS=60111488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:17:6:5:11:17:6:5:11 chr18 60191428 . G A 66.54 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315688;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0241;QD=38.0248;RBI=0.0952713;REFB=0;REVB=0.0898889;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0045108;OID=.;OPOS=60191428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr18 60237388 . A G 768.78 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1161;QD=56.9467;RBI=0.0429388;REFB=0;REVB=0.037837;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443959;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr18 60241732 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.952;QD=52.6123;RBI=0.0567904;REFB=0;REVB=0.0439915;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031275;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr18 60244856 . A G 2567.84 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175009;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.036;QD=61.8757;RBI=0.0460476;REFB=0;REVB=0.0425923;RO=0;SAF=88;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79111e-05;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:165:166:1:77:88:0:0:77:89:0:0 chr18 60245006 . T TTA 32.78 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=87;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0379696;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=15.6603;QD=1.59919;RBI=0.0591635;REFB=-0.051471;REVB=0.0453722;RO=73;SAF=6;SAR=4;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241252;STB=0.74837;STBP=0.124;TYPE=ins;VARB=0.127515;OID=.;OPOS=60245007;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.121951:10:87:10:82:72:7:3:29:43:32:73:6:4:29:44 chr18 60995261 . G C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0159191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.815;QD=12.5695;RBI=0.0274489;REFB=-0.00283431;REVB=-0.0223613;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515131;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0061094;OID=.;OPOS=60995261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:9:6:10:15:9:6:11:15 chr18 61022791 . C T 120.84 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.000428671;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.535;QD=13.4271;RBI=0.0115571;REFB=-0.00579428;REVB=-0.0115491;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329948;STB=0.692045;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00787822;OID=.;OPOS=61022791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:15:7:9:5:15:7 chr18 61156606 . G C 395.73 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00373791;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3227;QD=22.6133;RBI=0.0325585;REFB=-0.0338871;REVB=0.0323432;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656862;STB=0.530087;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0289095;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:31:31:38:39:0.557143:19:19:13:18:20:19:13:18 chr18 61160287 . T C 249.11 PASS AF=0.357143;AO=31;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00153657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.0134;QD=11.8626;RBI=0.0404;REFB=0.0327313;REVB=-0.0403708;RO=53;SAF=12;SAR=19;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156556;STB=0.610858;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0556622;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:54:31:30:0.357143:19:12:28:25:19:11:29:25 chr18 61160320 . G C 195.4 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0274118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0533;QD=10.5621;RBI=0.0364683;REFB=-0.00434289;REVB=0.0240527;RO=47;SAF=15;SAR=10;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200083;STB=0.522709;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00823253;OID=.;OPOS=61160320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:49:25:25:0.337838:10:15:29:18:10:15:31:18 chr18 61170721 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.658;QD=58.5864;RBI=0.036303;REFB=0;REVB=0.0248347;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63622e-05;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr18 61170782 . A G 200.04 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00175451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.608;QD=18.1853;RBI=0.0109828;REFB=-0.0116783;REVB=0.0108417;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279872;STB=0.518498;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00387726;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:17:18:0.409091:5:12:15:7:6:12:16:7 chr18 61170925 . T C 888.21 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.958;QD=56.3943;RBI=0.0232269;REFB=-0.051071;REVB=0.0145856;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.509431;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000235956;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:36:26:0:0:36:26:1:0 chr18 61233907 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0286264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1541;QD=15.2591;RBI=0.0370275;REFB=0.0179976;REVB=-0.0234854;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00998792;OID=.;OPOS=61233907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:3:3:3:4:3:3 chr18 61234004 . G C 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00545537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8884;QD=14.4104;RBI=0.0270518;REFB=-0.00468751;REVB=0.026496;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20608;STB=0.618919;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00752434;OID=.;OPOS=61234004;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:10:18:8:10:10:18 chr18 61264298 . G A 1522.28 PASS AF=0.954955;AO=106;DP=111;FAO=106;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000396146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.902;QD=54.857;RBI=0.0438701;REFB=-0.0380335;REVB=0.0438683;RO=5;SAF=59;SAR=47;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00375469;STB=0.501981;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00163179;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:111:111:5:5:106:106:0.954955:47:59:3:2:47:59:3:2 chr18 61264468 . C T 751.68 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0119182;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.663;QD=52.7494;RBI=0.0188685;REFB=-0.046906;REVB=0.014628;RO=2;SAF=24;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376599;STB=0.519224;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00175699;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:57:2:2:54:55:0.964912:30:24:2:0:30:25:2:0 chr18 61322995 . T C 1761.8 PASS AF=0.983333;AO=114;DP=117;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0777617;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.831;QD=58.7265;RBI=0.0777926;REFB=-0.146643;REVB=-0.00219211;RO=1;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887525;STB=0.500711;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00147406;OID=.;OPOS=61322995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:117:120:1:2:114:118:0.983333:53:61:0:1:54:64:1:1 chr18 61326597 . A C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.349;QD=59.8392;RBI=0.036345;REFB=0;REVB=-0.0171432;RO=0;SAF=35;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.00013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34948e-05;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:1:35:0:0:1:35:0:0 chr18 61326602 . A G 582.45 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00825898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.977;QD=58.2448;RBI=0.0306042;REFB=-0.0820748;REVB=0.0294688;RO=1;SAF=38;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121821;STB=0.50649;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.000418851;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:1:38:1:0:1:38:1:0 chr18 61326609 . T G 708.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00820406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.615;QD=62.9616;RBI=0.0181167;REFB=0;REVB=0.0161526;RO=0;SAF=44;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62388e-05;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:1:44:0:0:1:44:0:0 chr18 61377579 . A C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.734;QD=57.3858;RBI=0.0642929;REFB=0;REVB=0.0122604;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156376;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr18 61379838 . T G 771.72 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0142334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3632;QD=61.7375;RBI=0.0239254;REFB=-0.0148187;REVB=0.0192311;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192048;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000188619;OID=.;OPOS=61379838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:24:25:0:1:24:25:0:1 chr18 61387312 . G A 1166.0 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.375;QD=60.5715;RBI=0.0156991;REFB=0;REVB=-0.0086687;RO=1;SAF=42;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111346;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85064e-05;OID=.;OPOS=61387312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:76:77:1:34:42:1:0:34:43:0:0 chr18 61387333 . T A 990.95 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.94;QD=58.2911;RBI=0.00341182;REFB=0;REVB=0.00104697;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16286e-05;OID=.;OPOS=61387333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr18 61387389 . G A 563.56 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8025;QD=57.8012;RBI=0.023094;REFB=-0.117939;REVB=0.0140575;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00932486;OID=.;OPOS=61387389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:1:0:19:19:1:0 chr18 61390316 . C A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251476;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.083;QD=59.0187;RBI=0.0254403;REFB=0;REVB=0.00384793;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78799e-05;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr18 61390332 . C T 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.902;QD=59.4322;RBI=0.0195003;REFB=0;REVB=-0.00364621;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70324e-05;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr18 61390361 . T C 513.37 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.264;QD=58.6714;RBI=0.0154561;REFB=0;REVB=0.0121786;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42698e-05;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:14:19:0:0:16:19:0:0 chr18 61390570 . T G 339.18 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.351;QD=54.2695;RBI=0.023685;REFB=0;REVB=0.0172575;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36284e-05;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:18:7:0:0 chr18 61564394 . A G 334.09 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=58;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0100443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4476;QD=21.2122;RBI=0.0618978;REFB=-0.0459677;REVB=0.0610775;RO=27;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961318;STB=0.52544;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0714274;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:27:28:30:35:0.555556:13:17:15:12:17:18:16:12 chr18 61570503 . C G 236.74 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0260561;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9728;QD=13.1519;RBI=0.0263146;REFB=-0.00796386;REVB=-0.00367929;RO=44;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086451;STB=0.54947;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0119861;OID=.;OPOS=61570503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:44:44:28:28:0.388889:15:13:24:20:15:13:24:20 chr18 61570529 . C G 185.99 PASS AF=0.4;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00940884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.957;QD=14.8793;RBI=0.01256;REFB=-0.0161019;REVB=-0.00832024;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841413;STB=0.53009;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0315516;OID=.;OPOS=61570529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:19:20:0.4:11:8:15:15:11:9:15:15 chr18 61575232 . A G 697.69 PASS AF=0.492857;AO=69;DP=141;FAO=69;FDP=140;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0181868;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.389;QD=19.9341;RBI=0.0212213;REFB=-0.0285146;REVB=-0.0109354;RO=71;SAF=34;SAR=35;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646268;STB=0.535645;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0282182;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:71:71:69:69:0.492857:35:34:30:41:35:34:30:41 chr18 61650865 . G A 1276.57 PASS AF=0.965909;AO=83;DP=87;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0411985;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.026;QD=58.026;RBI=0.0495126;REFB=-0.0749389;REVB=0.0274623;RO=3;SAF=41;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114001;STB=0.506287;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00115318;OID=.;OPOS=61650865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:88:3:3:83:85:0.965909:42:41:2:1:44:41:2:1 chr18 62036875 . G A 397.87 PASS AF=0.350365;AO=48;DP=137;FAO=48;FDP=137;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.00490307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.004;QD=11.6167;RBI=0.00572581;REFB=-0.00485704;REVB=-0.00295716;RO=89;SAF=19;SAR=29;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624632;STB=0.535845;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00676987;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:89:89:48:48:0.350365:29:19:40:49:29:19:40:49 chr18 63489378 . C T 412.49 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00813881;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4682;QD=17.3678;RBI=0.0273254;REFB=-0.0142067;REVB=-0.0260852;RO=53;SAF=14;SAR=28;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107706;STB=0.558261;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0163449;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:53:52:42:43:0.452632:28:14:23:30:29:14:22:30 chr18 63530016 . A G 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00212756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.494;QD=12.9138;RBI=0.00243691;REFB=-0.00609811;REVB=0.00118829;RO=37;SAF=7;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221086;STB=0.627658;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0146687;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:17:7:18:19:17:7:18:19 chr18 65178103 . G GCA,GCACA 153.9 PASS AF=0.25,0.3125;AO=5,9;DP=41;FAO=8,10;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=1,3;FSAR=7,7;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0766262,-0.050481;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=2,4;MLLD=120.658,142.473;QD=19.2371;RBI=0.122172,0.0938269;REFB=-0.0165454,-0.0323704;REVB=0.0951545,0.0790895;RO=25;SAF=0,2;SAR=5,7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.760864,-0.575048;STB=0.909127,0.79495;STBP=0.022,0.043;TYPE=ins,ins;VARB=0.0640416,0.0510051;OID=.,.;OPOS=65178104,65178104;OREF=-,-;OALT=CA,CACA;OMAPALT=GCA,GCACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.25,0.3125:5,9:41:8,10:32:14:1,3:7,7:12:2:86:25:0,2:5,7:19:6 chr18 65179829 . G A 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.794;QD=58.4177;RBI=0.0191862;REFB=0;REVB=0.0106302;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51412e-05;OID=.;OPOS=65179829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr18 66382162 . GCCCCCA GCCCCAC 44.82 PASS AF=0.127907;AO=13;DP=89;FAO=11;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.0378724;FXX=0.0227247;HRUN=5;LEN=2;MLLD=65.3058;QD=2.08466;RBI=0.0383292;REFB=-0.0182673;REVB=0.00589982;RO=51;SAF=12;SAR=1;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522802;STB=0.834992;STBP=0.047;TYPE=mnp;VARB=0.219155;OID=.;OPOS=66382167;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.127907:13:89:11:86:75:10:1:47:28:44:51:12:1:31:20 chr18 66504093 . A C 1126.34 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.13;QD=60.0713;RBI=0.0386487;REFB=0;REVB=0.0268159;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174022;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:27:45:0:0:28:47:0:0 chr18 66504459 . A T 697.87 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.805;QD=62.0327;RBI=0.103604;REFB=0;REVB=0.103331;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276063;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:17:27:0:0:17:28:0:0 chr18 66513615 . A G 205.05 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.012672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6113;QD=16.4043;RBI=0.0309007;REFB=-0.00934722;REVB=-0.0281828;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201839;STB=0.614358;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0122939;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:12:9:7:22:12:9:7:22 chr18 66513642 . CA C,CC 131.32 PASS AF=0.3,0.22;AO=11,7;DP=47;FAO=15,11;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=5,0;FSAR=10,11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.119745,0.122807;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.72697,24.7221;QD=10.5053;RBI=0.275891,0.124252;REFB=0.0052341,-0.00964526;REVB=-0.24855,-0.0188986;RO=20;SAF=4,0;SAR=7,7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0416209,-0.713038;STB=0.581706,0.998754;STBP=0.463,0.001;TYPE=del,snp;VARB=0.0043946,0.0445566;OID=.,.;OPOS=66513643,66513643;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3,0.22:11,7:47:15,11:50:24:5,0:10,11:11:13:57:20:4,0:7,7:8:12 chr18 66513662 . T C 221.56 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00113016;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.696;QD=16.4115;RBI=0.0339124;REFB=0.000368448;REVB=0.0338935;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268995;STB=0.505978;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.000920781;OID=.;OPOS=66513662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:29:24:25:0.462963:16:8:8:18:17:8:9:20 chr18 66526176 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.454;QD=44.6894;RBI=0.0732953;REFB=0;REVB=0.0655328;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019546;OID=.;OPOS=66526176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr18 66564514 . G C 462.7 PASS AF=0.455357;AO=50;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0483144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6205;QD=16.525;RBI=0.0490969;REFB=-0.0318856;REVB=0.00873055;RO=60;SAF=17;SAR=33;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108414;STB=0.51655;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0457032;OID=.;OPOS=66564514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:61:50:51:0.455357:33:17:21:39:34:17:22:39 chr18 67345034 . T C 1548.45 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8177;QD=63.8534;RBI=0.0478476;REFB=0;REVB=0.0461093;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116234;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:53:43:0:0:53:44:0:0 chr18 67365668 . A G 246.3 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00387656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.947;QD=15.6379;RBI=0.00851194;REFB=-0.0119883;REVB=-0.00757795;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01824;STB=0.511937;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0195578;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:34:35:27:28:0.444444:13:14:17:17:13:15:18:17 chr18 67531642 . T C 249.87 PASS AF=0.391892;AO=26;DP=71;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0155428;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.819;QD=13.5066;RBI=0.0542968;REFB=-0.0128544;REVB=0.0520246;RO=45;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169733;STB=0.605194;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0113407;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:45:45:26:29:0.391892:14:12:14:31:15:14:14:31 chr18 67718688 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.858;QD=59.6794;RBI=0.00981695;REFB=0;REVB=0.00703641;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47552e-07;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr18 67863850 . T TCTC 157.7 PASS AF=0.566667;AO=15;DP=31;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00225093;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=3;MLLD=162.986;QD=21.0268;RBI=0.00270176;REFB=-0.0683788;REVB=0.00149426;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413581;STB=0.65117;STBP=0.073;TYPE=ins;VARB=0.0353646;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667:15:31:17:30:13:7:10:10:3:99:16:5:10:13:3 chr18 67871343 . A C 820.32 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326528;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9593;QD=57.5664;RBI=0.0453166;REFB=0;REVB=0.0451988;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041882;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr18 67992432 . C T 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0255977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0354;QD=16.3841;RBI=0.0261972;REFB=-0.013059;REVB=0.00557221;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274707;STB=0.657229;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0112062;OID=.;OPOS=67992432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:7:1:4:5:7:1 chr18 67996040 . TACTA T 89.85 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00312405;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=4;MLLD=235.061;QD=14.3763;RBI=0.0275619;REFB=-0.0236288;REVB=-0.0273843;RO=12;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521025;STB=0.824013;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.0336423;OID=.;OPOS=67996041;OREF=ACTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:11:26:11:25:14:1:10:7:7:89:12:1:10:6:6 chr18 67997284 . A G 186.99 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0163497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.528;QD=10.6849;RBI=0.0192015;REFB=-0.00131642;REVB=-0.0100691;RO=46;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457663;STB=0.526738;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00213263;OID=.;OPOS=67997284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:17:7:15:31:17:7:15:31 chr18 70209177 . C T 229.44 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0336834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147;QD=14.1192;RBI=0.0355191;REFB=-0.0391992;REVB=-0.011271;RO=38;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688678;STB=0.539296;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.046266;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:18:9:15:23:18:9:15:23 chr18 70417396 . C T 805.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.446;QD=64.4075;RBI=0.0319753;REFB=0;REVB=-0.000566693;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146328;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr18 70532840 . T G 307.92 PASS AF=0.376344;AO=34;DP=91;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0132091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.481;QD=13.2438;RBI=0.029459;REFB=-0.00574179;REVB=-0.0263316;RO=57;SAF=13;SAR=21;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00417635;STB=0.513506;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00833908;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:57:58:34:35:0.376344:21:13:22:35:21:14:22:36 chr18 71894984 . A G 94.41 PASS AF=0.55;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0122024;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.31;QD=18.8816;RBI=0.015305;REFB=-0.0501247;REVB=0.00923822;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0432758;OID=.;OPOS=71894984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:9:9:11:11:0.55:6:5:5:4:6:5:5:4 chr18 71996294 . A G 136.78 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0114097;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.481;QD=16.5788;RBI=0.0181814;REFB=-0.0300733;REVB=-0.0141557;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316188;STB=0.518194;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0504347;OID=.;OPOS=71996294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:9:9:7:8:9:9 chr18 72009544 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0040567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.466;QD=10.3792;RBI=0.0127685;REFB=-0.0183958;REVB=-0.0121069;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232278;STB=0.504494;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0139107;OID=.;OPOS=72009544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:4:5:8:7:4:5:9:7 chr18 72021717 . T C 296.29 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9231;QD=49.3813;RBI=0.0340384;REFB=-0.0252025;REVB=-0.0114072;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440445;STB=0.523789;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00900276;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:10:13:0:1:10:13:0:1 chr18 72103782 . T C 1865.04 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0417799;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9688;QD=60.6517;RBI=0.0450693;REFB=-0.111821;REVB=0.0169022;RO=1;SAF=47;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100001;STB=0.505262;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000513432;OID=.;OPOS=72103782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:123:1:1:122:122:0.99187:75:47:1:0:75:47:1:0 chr18 72114455 . C T 825.42 PASS AF=1;AO=36;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.983;QD=57.9245;RBI=0.138163;REFB=0;REVB=0.136326;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395217;OID=.;OPOS=72114455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:36:57:1:11:25:0:0:31:26:0:0 chr18 72168608 . G A 538.48 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.00334961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8129;QD=17.801;RBI=0.00636011;REFB=-0.0246865;REVB=0.00540658;RO=64;SAF=29;SAR=28;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811603;STB=0.545016;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0330306;OID=.;OPOS=72168608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:28:29:38:26:28:29:38:26 chr18 72176083 . T C 453.98 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0335059;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1047;QD=19.7382;RBI=0.0843269;REFB=-0.00948246;REVB=0.0773846;RO=46;SAF=16;SAR=28;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060119;STB=0.532345;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00732015;OID=.;OPOS=72176083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:46:47:44:45:0.48913:28:16:14:32:28:17:15:32 chr18 72178161 . T C 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00996624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.617;QD=14.8326;RBI=0.0156587;REFB=-0.016767;REVB=0.0120776;RO=48;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030421;STB=0.517231;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0238909;OID=.;OPOS=72178161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:18:16:24:24:18:16:24:24 chr18 72223591 . G GTGC 638.81 PASS AF=0.75;AO=44;DP=77;FAO=54;FDP=72;FR=.;FRO=18;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.0432457;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=3;MLLD=167.262;QD=35.4897;RBI=0.0799785;REFB=-0.136225;REVB=0.0672783;RO=28;SAF=29;SAR=15;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167113;STB=0.602238;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=0.0428773;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:44:77:54:72:18:35:19:18:0:99:28:29:15:24:4 chr18 72226578 . C A 404.04 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00919612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0871;QD=19.4716;RBI=0.0281772;REFB=0.0160821;REVB=0.0266343;RO=39;SAF=31;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247246;STB=0.648808;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0164476;OID=.;OPOS=72226578;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:42:41:41:0.493976:10:31:20:19:10:31:21:21 chr18 72228124 . A G 1422.31 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.468;QD=62.5192;RBI=0.033754;REFB=0;REVB=-0.00678525;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7058e-05;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:47:43:0:0:48:43:0:0 chr18 72234635 . C T 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0254825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.401;QD=16.1059;RBI=0.0293133;REFB=-0.000201327;REVB=0.0144884;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104916;STB=0.560709;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000380177;OID=.;OPOS=72234635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:13:4:7:15:13:4:7:15 chr18 72343008 . T C 573.99 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.938;QD=60.4203;RBI=0.025297;REFB=0;REVB=0.0124465;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136277;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:24:13:0:0:25:13:0:0 chr18 72776121 . G A 976.4 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.11;QD=57.4353;RBI=0.050072;REFB=-0.152092;REVB=0.04657;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0020471;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:32:35:1:0:32:35:1:0 chr18 72914035 . C A 434.0 PASS AF=0.466019;AO=46;DP=102;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0266307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.848;QD=16.8543;RBI=0.02918;REFB=-0.0232773;REVB=-0.0119282;RO=55;SAF=14;SAR=32;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123428;STB=0.53899;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0225053;OID=.;OPOS=72914035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:55:55:46:48:0.466019:32:14:23:32:32:16:22:33 chr18 72914280 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.778;QD=39.2063;RBI=0.0364991;REFB=0;REVB=-0.0354431;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000715773;OID=.;OPOS=72914280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr18 74208573 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6856;QD=37.4843;RBI=0.0835571;REFB=0;REVB=-0.0480948;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145589;OID=.;OPOS=74208573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr18 74611127 . A G 763.59 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0752744;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.793;QD=53.5852;RBI=0.079451;REFB=-0.198967;REVB=0.0254208;RO=2;SAF=23;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392347;STB=0.520826;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00378946;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:58:57:2:2:55:55:0.964912:32:23:2:0:32:23:2:0 chr18 74671768 . T C 126.67 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00457078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.538;QD=11.26;RBI=0.0101854;REFB=-3.47478e-06;REVB=0.00910227;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240785;OID=.;OPOS=74671768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:7:8:16:14:7:8:16:14 chr18 74680208 . C T 176.85 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00983319;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.453;QD=19.1193;RBI=0.0142802;REFB=-0.00839732;REVB=-0.0103554;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133395;STB=0.539834;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0176328;OID=.;OPOS=74680208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:17:19:18:18:0.486486:10:8:5:12:10:8:7:12 chr18 74680259 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.873;QD=59.0186;RBI=0.03624;REFB=0;REVB=0.004908;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264416;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr18 74682214 . C T 318.88 PASS AF=0.353982;AO=39;DP=112;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0539215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.098;QD=11.2879;RBI=0.0618565;REFB=-0.00140859;REVB=-0.03031;RO=72;SAF=22;SAR=17;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134566;STB=0.57177;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00177237;OID=.;OPOS=74682214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:72:73:39:40:0.353982:17:22:32:40:18:22:32:41 chr18 74692336 . A G 298.95 PASS AF=0.43038;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0158117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.341;QD=15.1368;RBI=0.0214039;REFB=-0.0100032;REVB=-0.0144263;RO=45;SAF=24;SAR=9;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196819;STB=0.594983;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0226363;OID=.;OPOS=74692336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:45:33:34:0.43038:9:24:25:20:10:24:25:20 chr18 74702864 . G A 507.86 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00127888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0856;QD=56.4285;RBI=0.0115323;REFB=0.0371295;REVB=0.0114612;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.518508;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000730399;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:22:13:1:0:22:13:1:0 chr18 74962645 . T C 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.391;QD=61.211;RBI=0.0262161;REFB=0;REVB=0.0251597;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20013e-05;OID=.;OPOS=74962645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chr18 74980809 . GT AT,TA 347.37 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=22,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225104,-0.0410671;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=60.9372,38.8419;QD=53.441;RBI=0.0237133,0.0532999;REFB=0,0;REVB=0.00745679,-0.0339762;RO=0;SAF=9,1;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00214974,0.0816086;OID=.,.;OPOS=74980809,74980809;OREF=G,GT;OALT=A,TA;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:26:26:0:0:22,2:24,2:0.923077,0.0769231:13,1:9,1:0:0:13,1:11,1:0:0 chr18 76752263 . C A 283.78 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0607006;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=209.037;QD=23.1654;RBI=0.060722;REFB=-0.0168823;REVB=0.00161286;RO=22;SAF=2;SAR=24;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522235;STB=0.795284;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0103338;OID=.;OPOS=76752263;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:24:2:10:12:24:2:10:13 chr18 76754367 . C T 489.98 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00880529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.314;QD=30.6236;RBI=0.0285316;REFB=-0.041622;REVB=0.0271389;RO=20;SAF=29;SAR=15;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240265;STB=0.630374;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0149436;OID=.;OPOS=76754367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:20:44:44:0.6875:15:29:5:15:15:29:5:15 chr18 76754466 . C T 217.67 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0335199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2594;QD=22.9122;RBI=0.0488632;REFB=0.0182392;REVB=0.0355532;RO=17;SAF=1;SAR=20;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348458;STB=0.7015;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0218089;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:20:1:3:14:20:1:3:14 chr18 76754871 . G T 340.27 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0135315;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.666;QD=13.4758;RBI=0.0619954;REFB=-0.0092534;REVB=-0.0605006;RO=59;SAF=17;SAR=23;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00136873;STB=0.510848;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0135023;OID=.;OPOS=76754871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:101:59:61:40:40:0.39604:23:17:25:34:23:17:27:34 chr18 76829437 . G T 96.17 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0216968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.205;QD=12.0206;RBI=0.0248955;REFB=-0.0202087;REVB=0.0122079;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105621;STB=0.562397;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.048892;OID=.;OPOS=76829437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:8:12:6:6:8:12 chr18 76856504 . T C 249.73 PASS AF=0.5;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00782491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.139;QD=18.4985;RBI=0.00999968;REFB=-0.0166514;REVB=-0.00622612;RO=26;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210319;STB=0.615297;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0236113;OID=.;OPOS=76856504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:26:27:0.5:17:9:15:11:18:9:15:12 chr18 77067000 . T G 542.21 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295366;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0677;QD=60.2452;RBI=0.0451097;REFB=0;REVB=-0.0340951;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37956e-05;OID=.;OPOS=77067000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr18 77170112 . CCG C 36.25 PASS AF=0.35;AO=5;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0168913;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=22.0493;QD=7.24941;RBI=0.0325978;REFB=-0.0937672;REVB=0.0278801;RO=14;SAF=0;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.415385;SSSB=-0.647235;STB=0.514244;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.189924;OID=.;OPOS=77170113;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:5:20:7:20:13:1:6:2:11:36:14:0:5:3:11 chr18 77171061 . T G 103.32 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693506;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.074;QD=41.3299;RBI=0.017171;REFB=0;REVB=0.0157082;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572124;OID=.;OPOS=77171061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:11:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr18 77211764 . T C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0093441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.86;QD=19.9929;RBI=0.0770982;REFB=-0.012226;REVB=-0.0765299;RO=23;SAF=18;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297137;STB=0.670038;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00895861;OID=.;OPOS=77211764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:4:18:13:10:4:18:13:10 chr18 77227476 . A G 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0118254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.854;QD=15.643;RBI=0.0118288;REFB=-0.0147485;REVB=0.000282366;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371842;STB=0.712129;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0206894;OID=.;OPOS=77227476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:7:13:8:21:7:13:8:21 chr18 77420703 . C G 182.95 PASS AF=0.365079;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0156307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4581;QD=11.6159;RBI=0.0418965;REFB=-0.00449911;REVB=-0.0388716;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955169;STB=0.589007;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00164663;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:40:22:23:0.365079:13:9:11:23:13:10:12:28 chr18 77439532 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.473;QD=53.2772;RBI=0.0557623;REFB=0;REVB=0.0256849;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241593;OID=.;OPOS=77439532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr18 77473086 . G A 336.59 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.000536259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.747;QD=17.2612;RBI=0.0300811;REFB=-0.0164863;REVB=0.0300763;RO=41;SAF=10;SAR=26;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220209;STB=0.631584;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0226264;OID=.;OPOS=77473086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:42:36:36:0.461538:26:10:20:21:26:10:21:21 chr18 77474921 . G A 261.48 PASS AF=0.529412;AO=28;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0197909;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3176;QD=20.5079;RBI=0.0214252;REFB=0.0115674;REVB=-0.00820727;RO=19;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018837;STB=0.544346;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00919346;OID=.;OPOS=77474921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:19:24:28:27:0.529412:11:17:12:7:11:16:12:12 chr18 77513721 . T C 1840.38 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.818;QD=60.8391;RBI=0.0370097;REFB=0;REVB=0.0283965;RO=1;SAF=51;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683504;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50362e-05;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:1:0:120:121:1:69:51:0:1:70:51:0:0 chr18 77728135 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.498;QD=56.1916;RBI=0.018443;REFB=0;REVB=-0.0182875;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00723e-05;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr18 77736735 . T C 489.56 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0464892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.72;QD=52.9255;RBI=0.047294;REFB=-0.111253;REVB=0.00868776;RO=2;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549101;STB=0.527762;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00696121;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:37:2:2:34:35:0.945946:16:18:0:2:17:18:0:2 chr18 77772974 . C A 58.73 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.00434336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6771;QD=2.6694;RBI=0.0227757;REFB=-0.00388002;REVB=0.0223578;RO=75;SAF=11;SAR=1;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633403;STB=0.931876;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0243395;OID=.;OPOS=77772974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:88:75:76:12:12:0.136364:1:11:28:47:1:11:28:48 chr18 77773006 . A G 110.57 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=-0.00262121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.564;QD=4.96932;RBI=0.0321938;REFB=-0.0124451;REVB=-0.0320869;RO=70;SAF=14;SAR=4;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504332;STB=0.817432;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0387081;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:70:71:18:18:0.202247:4:14:25:45:4:14:25:46 chr18 77773035 . G A 106.12 PASS AF=0.21519;AO=17;DP=80;FAO=17;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00565273;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.088;QD=5.37337;RBI=0.0283291;REFB=-0.011313;REVB=-0.0277594;RO=61;SAF=13;SAR=4;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468113;STB=0.786418;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0234089;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:61:62:17:17:0.21519:4:13:23:38:4:13:24:38 chr18 77805856 . A C 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0593906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8402;QD=9.47501;RBI=0.0614533;REFB=-0.0105159;REVB=-0.0157879;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191115;STB=0.511605;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.034753;OID=.;OPOS=77805856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:15:6:3:7:15:6 chr18 77896242 . C T 120.93 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.007781;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.458;QD=12.7294;RBI=0.0117694;REFB=-0.00633915;REVB=-0.00883034;RO=24;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303149;STB=0.681132;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0372448;OID=.;OPOS=77896242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:24:14:14:0.368421:11:3:11:13:11:3:11:13 chr18 77918221 . C T 170.35 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00355462;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.52;QD=22.7127;RBI=0.00737156;REFB=-0.00353426;REVB=0.0064579;RO=15;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363889;STB=0.677206;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00359282;OID=.;OPOS=77918221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:30:15:13:17:17:0.566667:5:12:4:11:5:12:4:9 chr19 362283 . C T 363.92 PASS AF=0.392857;AO=43;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00490877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0153;QD=12.9971;RBI=0.0126158;REFB=0.000778625;REVB=-0.0116217;RO=67;SAF=24;SAR=19;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706729;STB=0.536569;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.000718149;OID=.;OPOS=362283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:68:43:44:0.392857:19:24:33:34:20:24:33:35 chr19 367178 . C T 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0243084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.744;QD=14.196;RBI=0.0329852;REFB=-0.0169292;REVB=0.0222963;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737873;STB=0.542094;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0268621;OID=.;OPOS=367178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:11:12:19:13:11:12:19:13 chr19 407900 . A G 304.48 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0163334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.965;QD=16.4586;RBI=0.0222686;REFB=-0.0193809;REVB=0.0151363;RO=39;SAF=26;SAR=7;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125626;STB=0.54619;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0240206;OID=.;OPOS=407900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:40:33:34:0.459459:7:26:27:12:8:26:28:12 chr19 422238 . G T 613.32 PASS AF=0.488372;AO=62;DP=131;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0536562;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.559;QD=19.0176;RBI=0.0548309;REFB=-0.0326792;REVB=-0.0112889;RO=62;SAF=27;SAR=35;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029854;STB=0.510486;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0321565;OID=.;OPOS=422238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:62:66:62:63:0.488372:35:27:25:37:35:28:28:38 chr19 453160 . A G 1062.38 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.811;QD=59.8521;RBI=0.00761191;REFB=0;REVB=0.00452147;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68871e-06;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr19 463528 . G A 1000.39 PASS AF=0.548023;AO=95;DP=176;FAO=97;FDP=177;FR=.;FRO=80;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=0.0620761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5521;QD=22.6077;RBI=0.0682318;REFB=-0.0205384;REVB=0.0283222;RO=81;SAF=48;SAR=47;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736715;STB=0.537243;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0184677;OID=.;OPOS=463528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:81:80:95:97:0.548023:47:48:48:33:48:49:47:33 chr19 496532 . G A 112.71 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00988474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2267;QD=17.3397;RBI=0.0134518;REFB=-0.0228111;REVB=0.00912376;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.538863;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0427895;OID=.;OPOS=496532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:5:8:7:6:5:8 chr19 498524 . A G 189.31 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0377072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.232;QD=13.056;RBI=0.0405534;REFB=-0.00780553;REVB=-0.0149246;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138632;STB=0.547471;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0147634;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:32:35:23:23:0.396552:12:11:11:21:12:11:14:21 chr19 501701 . G A 48.52 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0244738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5229;QD=13.8633;RBI=0.0270596;REFB=-0.0148587;REVB=0.0115436;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.574264;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00637686;OID=.;OPOS=501701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:6:7:6:7:0.5:4:2:2:4:4:3:2:5 chr19 504830 . C G 332.9 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0057211;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.039;QD=18.4947;RBI=0.0305685;REFB=-0.0218107;REVB=0.0300284;RO=36;SAF=5;SAR=30;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355347;STB=0.711722;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0301825;OID=.;OPOS=504830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:36:37:35:35:0.486111:30:5:15:21:30:5:16:21 chr19 518957 . C A 70.64 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.109308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1008;QD=17.6603;RBI=0.122528;REFB=-0.0712312;REVB=-0.0553632;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955156;STB=0.555432;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0398707;OID=.;OPOS=518957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:3:4:4:5:3:4 chr19 518991 . C G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.000490755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4672;QD=15.2924;RBI=0.0219048;REFB=-0.0392528;REVB=-0.0218993;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280017;STB=0.662315;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0278548;OID=.;OPOS=518991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:2:7:4:5:2:7 chr19 544083 . C T 647.81 PASS AF=0.651163;AO=56;DP=86;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=45;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0191116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5164;QD=30.1306;RBI=0.0194057;REFB=-0.0369489;REVB=-0.00336554;RO=30;SAF=45;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231239;STB=0.626342;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0317671;OID=.;OPOS=544083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:30:30:56:56:0.651163:11:45:16:14:11:45:16:14 chr19 549678 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.898;QD=57.2024;RBI=0.0128025;REFB=0;REVB=0.00136882;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49886e-05;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr19 549725 . T C 43.59 PASS AF=0.275862;AO=7;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00978198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.308;QD=6.01273;RBI=0.0576683;REFB=-0.0243549;REVB=0.0568326;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483664;STB=0.702009;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0985403;OID=.;OPOS=549725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:29:19:21:7:8:0.275862:5:2:14:5:5:3:14:7 chr19 572631 . A G 179.94 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.11298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.2011;QD=14.3953;RBI=0.12098;REFB=-0.0386942;REVB=-0.0432635;RO=30;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134712;STB=0.553137;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0602;OID=.;OPOS=572631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:6:13:17:13:7:13:17:13 chr19 582310 . C G 440.43 PASS AF=0.461538;AO=47;DP=103;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00228235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7655;QD=16.9397;RBI=0.050573;REFB=-0.0190682;REVB=0.0505215;RO=55;SAF=22;SAR=25;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221103;STB=0.522499;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0186736;OID=.;OPOS=582310;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:55:56:47:48:0.461538:25:22:27:28:26:22:28:28 chr19 582586 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0147379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.313;QD=18.6451;RBI=0.0148828;REFB=-0.00850953;REVB=0.00207172;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224043;STB=0.512802;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00843892;OID=.;OPOS=582586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:4:9:10:4:4:9 chr19 582775 . A G 150.95 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0125927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0708;QD=20.1265;RBI=0.0987887;REFB=-0.0269325;REVB=-0.0979828;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985912;STB=0.55549;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0228512;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:5:11:11:3:5:11:11:3 chr19 603625 . T C 36.24 PASS AF=0.125;AO=7;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0428398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.184;QD=2.26478;RBI=0.0433921;REFB=0.00325403;REVB=-0.00690097;RO=56;SAF=3;SAR=4;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228087;STB=0.609115;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0181126;OID=.;OPOS=603625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:64:64:56:56:7:8:0.125:4:3:35:21:4:4:35:21 chr19 603634 . T C 33.94 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0255693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.637;QD=2.15513;RBI=0.03623;REFB=-0.000908158;REVB=-0.0256676;RO=53;SAF=4;SAR=3;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626817;STB=0.549158;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0110795;OID=.;OPOS=603634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:53:56:7:7:0.111111:3:4:33:20:3:4:35:21 chr19 603769 . T C 492.57 PASS AF=0.40146;AO=53;DP=135;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.0263612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.769;QD=14.3815;RBI=0.0284943;REFB=-0.0269578;REVB=0.0108171;RO=81;SAF=33;SAR=20;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241873;STB=0.624233;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0384072;OID=.;OPOS=603769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:81:82:53:55:0.40146:20:33:32:49:22:33:32:50 chr19 603826 . C T 541.75 PASS AF=0.487395;AO=57;DP=118;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0302459;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5911;QD=18.2101;RBI=0.0341236;REFB=0.00201459;REVB=0.015799;RO=61;SAF=31;SAR=26;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079142;STB=0.556538;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.000920159;OID=.;OPOS=603826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:61:61:57:58:0.487395:26:31:28:33:25:33:28:33 chr19 605171 . T C 1792.69 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.578;QD=60.7691;RBI=0.185382;REFB=0;REVB=-0.0017223;RO=0;SAF=51;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236682;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:118:0:0:115:118:1:64:51:0:0:64:54:0:0 chr19 613898 . T C 1016.62 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049647;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5144;QD=58.0925;RBI=0.0559775;REFB=-0.0112906;REVB=0.0258584;RO=1;SAF=52;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02699;STB=0.514282;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000442269;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:17:52:0:1:17:52:0:1 chr19 619021 . G C 48.09 PASS AF=0.466667;AO=5;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0447194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.024;QD=12.823;RBI=0.092686;REFB=-0.0368896;REVB=0.0811842;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.72179;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0476358;OID=.;OPOS=619021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:3:8:5:7:0.466667:2:3:3:0:2:5:8:0 chr19 621063 . A G 369.42 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0291912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1443;QD=19.4429;RBI=0.0572176;REFB=-0.0419987;REVB=0.049211;RO=36;SAF=28;SAR=10;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104182;STB=0.563723;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0201872;OID=.;OPOS=621063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:38:38:38:0.5:10:28:23:13:10:28:24:14 chr19 621070 . G A 356.76 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0361025;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.042;QD=17.6177;RBI=0.0459761;REFB=-0.0280171;REVB=-0.0284677;RO=40;SAF=29;SAR=10;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155831;STB=0.60501;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.032288;OID=.;OPOS=621070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:40:42:39:39:0.481481:10:29:24:16:10:29:24:18 chr19 621712 . A G 101.45 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.10152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8787;QD=8.63364;RBI=0.131331;REFB=0.00699109;REVB=-0.0833152;RO=34;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800272;STB=0.548944;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.025817;OID=.;OPOS=621712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:7:6:18:16:7:6:18:16 chr19 625198 . A G 198.31 PASS AF=0.421053;AO=22;DP=55;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00417814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.7;QD=13.9162;RBI=0.00877194;REFB=-0.0208001;REVB=-0.00771298;RO=33;SAF=19;SAR=3;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459098;STB=0.729709;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0261697;OID=.;OPOS=625198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:33:33:22:24:0.421053:3:19:17:16:4:20:17:16 chr19 630075 . C T 417.95 PASS AF=0.554054;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00759109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.868;QD=22.5916;RBI=0.0164087;REFB=-0.0139487;REVB=0.0145472;RO=33;SAF=14;SAR=26;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11651;STB=0.555451;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00956644;OID=.;OPOS=630075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:33:33:40:41:0.554054:26:14:16:17:26:15:16:17 chr19 641215 . T C 116.34 PASS AF=0.35;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00877255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.255;QD=11.6342;RBI=0.0660667;REFB=-0.0211154;REVB=-0.0654817;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174558;STB=0.581978;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.025078;OID=.;OPOS=641215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:23:26:13:14:0.35:6:7:16:7:6:8:18:8 chr19 685833 . G T 103.01 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00187877;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.068;QD=9.58223;RBI=0.0412151;REFB=-0.00791061;REVB=-0.0411722;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317237;STB=0.689381;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0150536;OID=.;OPOS=685833;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:25:30:13:13:0.302326:8:5:17:8:8:5:20:10 chr19 687142 . G A 101.61 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3577;QD=40.6423;RBI=0.047264;REFB=0;REVB=-0.0330072;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95071e-05;OID=.;OPOS=687142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr19 691909 . T C 297.67 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0493789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.632;QD=15.8758;RBI=0.051297;REFB=-0.0328938;REVB=0.0138963;RO=42;SAF=13;SAR=20;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288457;STB=0.661844;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0419631;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:20:13:29:13:20:13:29:13 chr19 731144 . A G 236.97 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0596869;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7076;QD=11.0218;RBI=0.060569;REFB=-0.0125979;REVB=-0.0102994;RO=57;SAF=12;SAR=17;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148287;STB=0.586147;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0404741;OID=.;OPOS=731144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:17:12:31:26:17:12:31:26 chr19 746409 . G A 213.4 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0079701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.655;QD=16.1055;RBI=0.0150452;REFB=-0.00295252;REVB=0.0127607;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499484;STB=0.528278;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00139898;OID=.;OPOS=746409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:13:16:12:12:13:16 chr19 747601 . G C 50.01 PASS AF=0.171875;AO=10;DP=61;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0459537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.2978;QD=3.12567;RBI=0.0478866;REFB=-0.0119751;REVB=-0.0134677;RO=51;SAF=10;SAR=0;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.7463;STB=0.913394;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0534986;OID=.;OPOS=747601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:61:64:51:53:10:11:0.171875:0:10:19:32:1:10:21:32 chr19 756985 . T G 304.38 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0843861;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0629;QD=23.8729;RBI=0.0954791;REFB=-0.0440686;REVB=-0.0446681;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211527;STB=0.615928;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0258098;OID=.;OPOS=756985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:21:21:30:30:0.588235:16:14:4:17:16:14:4:17 chr19 757399 . A C 206.12 PASS AF=0.526316;AO=21;DP=40;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00796096;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.642;QD=21.6971;RBI=0.0153817;REFB=-0.0144287;REVB=-0.0131613;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5185;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.018909;OID=.;OPOS=757399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:18:18:21:20:0.526316:7:14:12:6:6:14:12:6 chr19 757412 . A G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00634085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.926;QD=20.6009;RBI=0.0107754;REFB=-0.0360242;REVB=-0.00871222;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159687;STB=0.589657;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0268127;OID=.;OPOS=757412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:13:6:10:10:13:6 chr19 757606 . T C 75.13 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00478346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.715;QD=11.1299;RBI=0.00497051;REFB=-0.00650277;REVB=0.00135072;RO=15;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284865;STB=0.671223;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0157454;OID=.;OPOS=757606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:15:17:9:10:0.37037:1:8:11:4:1:9:13:4 chr19 757799 . CCG C,CCC 114.15 PASS AF=0.358209,0;AO=9,3;DP=71;FAO=24,0;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=6,0;FSAR=18,0;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.046551,0.0958571;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=17.2398,15.8508;QD=6.81479;RBI=0.126826,0.138124;REFB=-0.108086,0.0531885;REVB=0.117974,-0.0994472;RO=50;SAF=3,1;SAR=6,2;SRF=12;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.140029,0.108567;STB=0.515139,0.5;STBP=0.895,1;TYPE=del,snp;VARB=0.178267,0;OID=.,.;OPOS=757800,757801;OREF=CG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358209,0:9,3:71:24,0:67:43:6,0:18,0:10:33:99:50:3,1:6,2:12:38 chr19 797517 . G C 64.89 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.0026999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.625;QD=10.3821;RBI=0.00615609;REFB=-0.0256002;REVB=-0.00553245;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152115;STB=0.589572;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0330323;OID=.;OPOS=797517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:8:1:1:15:8:1:1:15 chr19 804327 . C T 462.63 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00579119;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.179;QD=21.2702;RBI=0.0229337;REFB=0.00692779;REVB=0.0221904;RO=42;SAF=28;SAR=17;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171304;STB=0.594776;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0048494;OID=.;OPOS=804327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:17:28:18:24:17:28:18:24 chr19 804612 . C T 517.28 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00444883;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.659;QD=24.9291;RBI=0.00479417;REFB=-0.0577898;REVB=-0.00178659;RO=35;SAF=16;SAR=32;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00822195;STB=0.504503;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0334384;OID=.;OPOS=804612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:35:35:48:48:0.578313:32:16:12:23:32:16:12:23 chr19 810573 . C A 51.2 PASS AF=0.2;AO=7;DP=39;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0225455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.303;QD=5.12049;RBI=0.0226787;REFB=-0.0130156;REVB=0.00245451;RO=32;SAF=6;SAR=1;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243888;STB=0.6994;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0156932;OID=.;OPOS=810573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:39:40:32:32:7:8:0.2:1:6:23:9:1:7:23:9 chr19 815086 . A G 149.31 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00065324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.073;QD=14.9309;RBI=0.0178047;REFB=-0.0207057;REVB=-0.0177927;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179752;STB=0.575294;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0313238;OID=.;OPOS=815086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:23:16:17:0.425:11:5:11:12:11:6:11:12 chr19 815319 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0272117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.116;QD=16.8224;RBI=0.0284586;REFB=-0.0502477;REVB=0.0083317;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.066723;OID=.;OPOS=815319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:1:4:4:3:1:4 chr19 829568 . C T 94.47 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0174011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.511;QD=10.7967;RBI=0.0255443;REFB=-0.00982061;REVB=-0.0187007;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493524;STB=0.571312;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0205448;OID=.;OPOS=829568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:35:20:23:11:12:0.342857:6:5:9:11:6:6:9:14 chr19 830854 . T C 398.13 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.000667092;FXX=0.0212743;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.28;QD=17.3099;RBI=0.0126139;REFB=-0.00827528;REVB=-0.0125962;RO=48;SAF=17;SAR=24;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187515;STB=0.524217;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0112904;OID=.;OPOS=830854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:48:51:41:41:0.445652:24:17:19:29:24:17:19:32 chr19 844020 . G A 588.93 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000256441;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.59;QD=57.4561;RBI=0.0103242;REFB=-0.115905;REVB=0.010321;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00103069;OID=.;OPOS=844020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:19:20:0:1:20:20:0:1 chr19 880066 . G A 772.83 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0172076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.321;QD=50.6771;RBI=0.0202089;REFB=-0.232654;REVB=0.010597;RO=4;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098859;STB=0.552613;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00270299;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:61:61:4:4:57:57:0.934426:17:40:0:4:17:40:0:4 chr19 885818 . A G 736.99 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0815552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0748;QD=60.1623;RBI=0.0881713;REFB=-0.130918;REVB=-0.0335102;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00520474;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:49:1:0:46:49:1:22:24:0:1:24:25:0:0 chr19 965043 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.273;QD=55.0983;RBI=0.0273823;REFB=0;REVB=0.0103494;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215601;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr19 966693 . C T 613.14 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.67;QD=61.3135;RBI=0.0366604;REFB=0;REVB=-0.03663;RO=0;SAF=32;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215884;OID=.;OPOS=966693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:8:32:0:0:8:32:0:0 chr19 971949 . G A 92.34 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303364;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.535;QD=41.0394;RBI=0.0491811;REFB=0;REVB=0.0387102;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012297;OID=.;OPOS=971949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr19 972279 . CAG CA,C 60.34 PASS AF=0.1875,0.4375;AO=5,6;DP=15;FAO=3,7;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2,6;FSAR=1,1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0019863,0.021264;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=10.3121,194.721;QD=15.0847;RBI=0.239953,0.0419559;REFB=-0.154508,-0.0125014;REVB=-0.239945,-0.0361682;RO=4;SAF=2,5;SAR=3,1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.251123,0.0921951;STB=0.614596,0.726508;STBP=0.674,0.16;TYPE=del,del;VARB=0.224929,0.00790942;OID=.,.;OPOS=972281,972280;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.1875,0.4375:5,6:15:3,7:16:6:2,6:1,1:3:3:40:4:2,5:3,1:3:1 chr19 984533 . T C 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0377525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.322;QD=19.3398;RBI=0.0414969;REFB=-0.0307682;REVB=0.0172262;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0291257;OID=.;OPOS=984533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:14:4:4:14:14:4:4:14 chr19 990281 . G A 269.2 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0278236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.597;QD=29.1022;RBI=0.0635891;REFB=-0.075427;REVB=-0.0571788;RO=13;SAF=21;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215067;STB=0.620138;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0178949;OID=.;OPOS=990281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:3:21:9:4:3:21:9:4 chr19 990317 . GGC G,GG,GGG 41.6 PASS AF=0.346154,0,0;AO=5,4,2;DP=27;FAO=9,0,0;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5,0,0;FSAR=4,0,0;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0812571,-0.31688,-0.240531;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=17.7621,9.40054,15.9048;QD=6.40004;RBI=0.161688,0.324496,0.322187;REFB=-0.0893187,-0.10276,-0.0163716;REVB=-0.139786,0.0698904,0.214359;RO=14;SAF=2,3,1;SAR=3,1,1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0.305556,0,0;SSEP=0,0.555556,0;SSSB=-0.112308,0.291996,0;STB=0.561271,0.5,0.5;STBP=0.654,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.147935,0.037898,0;OID=.,.,.;OPOS=990318,990319,990319;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154,0,0:5,4,2:27:9,0,0:26:17:5,0,0:4,0,0:11:6:37:14:2,3,1:3,1,1:7:7 chr19 1003172 . C T 623.84 PASS AF=0.419162;AO=69;DP=166;FAO=70;FDP=167;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=61;FWDB=-0.0231165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.576;QD=14.9422;RBI=0.0309174;REFB=-0.0213629;REVB=-0.0205308;RO=95;SAF=31;SAR=38;SRF=36;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742518;STB=0.550751;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0409186;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:95:97:69:70:0.419162:38:31:36:59:38:32:36:61 chr19 1003221 . C A 371.85 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=-0.0141121;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4864;QD=22.8829;RBI=0.0360659;REFB=-0.0174828;REVB=0.0331904;RO=29;SAF=5;SAR=32;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601904;STB=0.507038;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0112308;OID=.;OPOS=1003221;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:29:28:37:37:0.569231:32:5:5:24:32:5:4:24 chr19 1003374 . G A 227.21 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00878173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.997;QD=21.1359;RBI=0.0118486;REFB=-0.0410484;REVB=0.00795432;RO=17;SAF=17;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276289;STB=0.709773;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0134794;OID=.;OPOS=1003374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:21:22:22:0.511628:5:17:8:9:5:17:8:13 chr19 1004687 . T C 162.19 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0153297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4454;QD=13.5162;RBI=0.0760105;REFB=0.00310291;REVB=-0.0744486;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856491;STB=0.549709;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00696127;OID=.;OPOS=1004687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:10:8:11:19:10:8:11:19 chr19 1004740 . T C 332.62 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00133973;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.323;QD=13.8593;RBI=0.00576292;REFB=-0.00924077;REVB=-0.00560503;RO=58;SAF=18;SAR=19;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144956;STB=0.513506;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0154638;OID=.;OPOS=1004740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:58:59:37:37:0.385417:19:18:29:29:19:18:30:29 chr19 1004844 . T C 285.05 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00809821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.939;QD=16.7677;RBI=0.0116433;REFB=-0.00926553;REVB=-0.00836574;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032397;STB=0.516564;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0103828;OID=.;OPOS=1004844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:31:32:0.470588:17:14:17:18:17:15:18:18 chr19 1005230 . C T 476.56 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0233222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.685;QD=15.25;RBI=0.0240861;REFB=-0.0258331;REVB=-0.00601791;RO=70;SAF=27;SAR=26;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385805;STB=0.521416;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0389181;OID=.;OPOS=1005230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:72:53:53:0.424:26:27:33:37:26:27:34:38 chr19 1005531 . G C 79.66 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0188873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9515;QD=15.9326;RBI=0.0209119;REFB=-0.0300767;REVB=0.00897649;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498364;STB=0.550917;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0254517;OID=.;OPOS=1005531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:20:20:10:10:9:10:0.5:4:5:5:5:4:6:5:5 chr19 1009883 . A G 93.95 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00942544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5723;QD=10.4392;RBI=0.100931;REFB=-0.0264641;REVB=-0.10049;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974616;STB=0.558158;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0512258;OID=.;OPOS=1009883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:16:8:5:7:16:8 chr19 1010807 . G T 206.01 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0524538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1067;QD=16.817;RBI=0.128291;REFB=-0.0101324;REVB=0.117077;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163262;STB=0.563578;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0205997;OID=.;OPOS=1010807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:28:21:21:0.428571:9:12:19:7:9:12:19:9 chr19 1012120 . G A 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.000699427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.415;QD=12.7982;RBI=0.0125472;REFB=-0.00760569;REVB=-0.0125277;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799242;STB=0.545836;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0187487;OID=.;OPOS=1012120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:14:12:22:19:14:12:22:19 chr19 1014377 . A G 278.05 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.000832764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3438;QD=16.1191;RBI=0.0189643;REFB=-0.00918116;REVB=-0.0189461;RO=37;SAF=9;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256572;STB=0.639185;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00705821;OID=.;OPOS=1014377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:22:9:20:17:22:9:20:18 chr19 1014398 . A G 223.42 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00652612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5763;QD=16.55;RBI=0.0292152;REFB=-0.038389;REVB=-0.028477;RO=27;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116764;STB=0.587085;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0382317;OID=.;OPOS=1014398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:29:25:25:0.462963:16:9:13:14:16:9:15:14 chr19 1036456 . C G 159.49 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0155287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2061;QD=13.2909;RBI=0.0495298;REFB=-0.0143051;REVB=-0.0470325;RO=30;SAF=14;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231028;STB=0.636198;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0136965;OID=.;OPOS=1036456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:4:14:18:12:4:14:18:12 chr19 1036468 . A G 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.03147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.926;QD=12.4664;RBI=0.0793081;REFB=-0.00636901;REVB=-0.0727971;RO=33;SAF=16;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293494;STB=0.672705;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00727979;OID=.;OPOS=1036468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:4:16:19:14:4:16:19:14 chr19 1036552 . T C 1514.36 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0315863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3519;QD=62.4477;RBI=0.0330216;REFB=-0.0325894;REVB=-0.0096297;RO=0;SAF=76;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43931e-08;STB=0.503267;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=6.44545e-05;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:20:76:0:0:20:76:1:0 chr19 1036575 . G A 92.57 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.00330773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.39;QD=5.52644;RBI=0.0139138;REFB=-0.00755342;REVB=-0.0135149;RO=50;SAF=11;SAR=4;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105626;STB=0.521168;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.037014;OID=.;OPOS=1036575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:65:67:50:52:15:15:0.223881:4:11:37:13:4:11:37:15 chr19 1036631 . T C 35.31 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00229409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.305;QD=5.43305;RBI=0.00632217;REFB=-0.00089935;REVB=-0.00589126;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257618;STB=0.666112;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00545278;OID=.;OPOS=1036631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:16:20:6:6:0.230769:2:4:7:9:2:4:9:11 chr19 1038995 . A C 2359.33 PASS AF=0.993631;AO=153;DP=155;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216767;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.769;QD=60.1103;RBI=0.0218799;REFB=-0.149847;REVB=-0.00297461;RO=1;SAF=70;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674732;STB=0.503496;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=5.87787e-05;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:157:1:1:153:156:0.993631:83:70:1:0:85:71:1:0 chr19 1041852 . G T 477.48 PASS AF=0.484536;AO=46;DP=96;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0108095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.224;QD=19.69;RBI=0.0457183;REFB=-0.0334521;REVB=-0.044422;RO=48;SAF=34;SAR=12;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147435;STB=0.600578;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0320189;OID=.;OPOS=1041852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:48:50:46:47:0.484536:12:34:29:19:12:35:29:21 chr19 1042809 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00432397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.91;QD=16.4266;RBI=0.00879696;REFB=0.000865556;REVB=-0.00766093;RO=11;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373023;STB=0.719552;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.000673679;OID=.;OPOS=1042809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:2:9:5:6:2:9:5:6 chr19 1043748 . A G 61.28 PASS AF=0.45;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00063006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.456;QD=12.2561;RBI=0.0261806;REFB=-0.0225747;REVB=-0.0261731;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51755;STB=0.740614;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0152728;OID=.;OPOS=1043748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:19:20:10:11:8:9:0.45:1:7:4:6:2:7:4:7 chr19 1044712 . A G 281.02 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.03748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1183;QD=20.4379;RBI=0.0648164;REFB=-0.0199097;REVB=-0.0528812;RO=25;SAF=20;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186997;STB=0.589682;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0336716;OID=.;OPOS=1044712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:29:30:0.545455:9:20:12:13:10:20:12:13 chr19 1045173 . G A 132.68 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.104566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3036;QD=15.1636;RBI=0.10497;REFB=-0.0617363;REVB=-0.00920131;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376148;STB=0.521711;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0689554;OID=.;OPOS=1045173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:6:14:10:5:6:14 chr19 1047002 . A G 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0530209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8512;QD=15.3775;RBI=0.0959385;REFB=0.0231951;REVB=-0.0799562;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.03538;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:7:7:6:6:7:7 chr19 1047161 . A G 339.44 PASS AF=0.521739;AO=32;DP=65;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0134235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.642;QD=19.6778;RBI=0.0256615;REFB=-0.0145887;REVB=-0.0218706;RO=32;SAF=11;SAR=21;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146802;STB=0.561744;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0120072;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:32:33:32:36:0.521739:21:11:16:16:22:14:17:16 chr19 1047537 . A C 177.2 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0537346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4483;QD=14.4654;RBI=0.0542276;REFB=-0.0122112;REVB=0.00729576;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289935;STB=0.507684;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0269706;OID=.;OPOS=1047537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:8:11:16:13:8:11:17:13 chr19 1049305 . C A 1373.28 PASS AF=0.524194;AO=129;DP=249;FAO=130;FDP=248;FR=.;FRO=118;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=58;FSRR=60;FWDB=0.0268615;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7197;QD=22.1497;RBI=0.0732159;REFB=-0.00924461;REVB=0.0681104;RO=116;SAF=62;SAR=67;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168076;STB=0.50329;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00997963;OID=.;OPOS=1049305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:248:116:118:129:130:0.524194:67:62:58:58:67:63:58:60 chr19 1052005 . C T 421.88 PASS AF=0.594203;AO=40;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00586078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.135;QD=24.4569;RBI=0.00764504;REFB=-0.0294045;REVB=-0.00490897;RO=28;SAF=18;SAR=22;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377358;STB=0.514886;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0263739;OID=.;OPOS=1052005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:40:41:0.594203:22:18:14:14:22:19:14:14 chr19 1053524 . C G 263.71 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0121419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.63;QD=26.3711;RBI=0.0133579;REFB=-0.00676928;REVB=0.00556839;RO=15;SAF=7;SAR=17;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212528;STB=0.520496;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00613898;OID=.;OPOS=1053524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:16:24:24:0.6:17:7:4:11:17:7:4:12 chr19 1054060 . A G 178.89 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00611368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.66;QD=15.2246;RBI=0.00811494;REFB=-0.0379608;REVB=0.00533622;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299476;STB=0.505612;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0430111;OID=.;OPOS=1054060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:19:19:0.404255:9:10:15:12:9:10:15:13 chr19 1055191 . G A 118.79 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00764832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.056;QD=22.6257;RBI=0.0094681;REFB=-0.00317609;REVB=0.00558104;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206184;STB=0.533282;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00404243;OID=.;OPOS=1055191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:7:8:13:13:0.619048:7:6:3:4:7:6:3:5 chr19 1056065 . A G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0280803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153;QD=19.3688;RBI=0.0354595;REFB=-0.00895274;REVB=0.0216535;RO=7;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251249;STB=0.639784;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00557367;OID=.;OPOS=1056065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:9:1:0:7:9:1:0:7 chr19 1056492 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.8102;QD=39.2057;RBI=0.10753;REFB=0;REVB=0.0968547;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269394;OID=.;OPOS=1056492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 1058176 . A G 206.3 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0766787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4742;QD=13.3099;RBI=0.0902746;REFB=0.00706657;REVB=0.0476434;RO=36;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124087;STB=0.545665;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0107635;OID=.;OPOS=1058176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:36:37:24:25:0.403226:8:16:20:16:9:16:21:16 chr19 1059004 . A G 35.02 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0744697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1347;QD=5.38772;RBI=0.089721;REFB=-0.0201072;REVB=0.0500411;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42192;STB=0.784679;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0589317;OID=.;OPOS=1059004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:1:5:10:10:1:5:10:10 chr19 1062192 . T C 257.26 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0286944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.08;QD=13.7203;RBI=0.0289518;REFB=-0.0216182;REVB=0.00385181;RO=44;SAF=9;SAR=21;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266777;STB=0.646957;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0439593;OID=.;OPOS=1062192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:21:9:24:20:21:9:24:21 chr19 1064193 . G A 655.86 PASS AF=0.561404;AO=63;DP=113;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00509499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.8;QD=23.0126;RBI=0.0218122;REFB=-0.0228435;REVB=0.0212088;RO=50;SAF=18;SAR=45;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159045;STB=0.589346;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0147956;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:50:50:63:64:0.561404:45:18:23:27:46:18:23:27 chr19 1068734 . T C 534.8 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0103664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.211;QD=18.7648;RBI=0.0308289;REFB=-0.0436639;REVB=-0.0290337;RO=57;SAF=22;SAR=34;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267654;STB=0.520175;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0402332;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:57:58:56:56:0.491228:34:22:24:33:34:22:25:33 chr19 1068738 . G A 538.71 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.069006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.732;QD=19.2394;RBI=0.0701813;REFB=-0.0127469;REVB=0.0127905;RO=55;SAF=21;SAR=35;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744539;STB=0.546495;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00611685;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:56:56:56:0.5:35:21:25:30:35:21:26:30 chr19 1074000 . A T 1411.47 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=95;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0116502;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.392;QD=60.0624;RBI=0.0152601;REFB=-0.0819314;REVB=0.00985622;RO=3;SAF=42;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124612;STB=0.511625;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000980389;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:95:94:3:2:91:92:0.978723:49:42:2:1:50:42:2:0 chr19 1077985 . A G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0158422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.219;QD=15.2931;RBI=0.0215062;REFB=0.0135501;REVB=-0.0145445;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280017;STB=0.662315;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00575198;OID=.;OPOS=1077985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:7:2:5:4:7:2 chr19 1080311 . G C 163.26 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8043;QD=43.5362;RBI=0.195833;REFB=0;REVB=0.0445553;RO=1;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119901;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:1:0:14:15:1:9:5:1:0:9:6:0:0 chr19 1081617 . A G 62.23 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0333;QD=35.5608;RBI=0.103243;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00828446;OID=.;OPOS=1081617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr19 1085966 . A G 122.08 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=1.33171e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2198;QD=9.21352;RBI=0.0120039;REFB=-0.00167558;REVB=-0.0120039;RO=37;SAF=11;SAR=5;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211702;STB=0.627626;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00272978;OID=.;OPOS=1085966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:5:11:19:18:5:11:19:18 chr19 1094004 . G A 1306.04 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.433;QD=60.7461;RBI=0.0167951;REFB=0.00704262;REVB=0.00149808;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=6.97716e-06;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:0:1:83:85:0.988372:47:36:0:0:48:37:0:1 chr19 1223125 . C G 343.28 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00116719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.386;QD=18.8097;RBI=0.0124606;REFB=-0.0184133;REVB=-0.0124058;RO=36;SAF=20;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140475;STB=0.589927;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0195178;OID=.;OPOS=1223125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:36:37:35:36:0.493151:15:20:15:21:15:21:15:22 chr19 1231142 . T C 549.46 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104979;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.905;QD=61.0513;RBI=0.0511548;REFB=0;REVB=0.050066;RO=0;SAF=32;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199436;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:4:32:0:0:4:32:0:0 chr19 1235995 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.766;QD=33.4285;RBI=0.00414308;REFB=0;REVB=-0.000714159;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.81346e-05;OID=.;OPOS=1235995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr19 1256998 . C T 298.48 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.00208524;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.073;QD=13.415;RBI=0.00771858;REFB=-0.00103184;REVB=-0.00743157;RO=55;SAF=17;SAR=17;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167908;STB=0.595451;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00149329;OID=.;OPOS=1256998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:55:55:34:34:0.382022:17:17:36:19:17:17:36:19 chr19 1271566 . C CG 56.49 PASS AF=0.529412;AO=6;DP=19;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.115321;FXX=0.0555247;HRUN=0;LEN=1;MLLD=16.741;QD=13.2929;RBI=0.155057;REFB=-0.120739;REVB=0.103651;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132203;STB=0.526257;STBP=0.939;TYPE=ins;VARB=0.181526;OID=.;OPOS=1271567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:6:19:9:17:8:5:4:4:4:43:11:4:2:6:5 chr19 1272040 . T C 1843.43 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216102;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.83;QD=60.4404;RBI=0.0244007;REFB=-0.0752612;REVB=0.0113311;RO=0;SAF=46;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04499e-08;STB=0.503311;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000321319;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:122:122:0:1:121:121:0.991803:75:46:0:0:75:46:0:1 chr19 1277275 . G C 600.23 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0584398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.48;QD=58.5593;RBI=0.0601883;REFB=-0.141671;REVB=0.014402;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00550119;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:1:0:17:23:1:0 chr19 1357082 . T C 1190.41 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.381;QD=61.0467;RBI=0.0316112;REFB=0;REVB=0.020696;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07854e-05;OID=.;OPOS=1357082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:41:36:0:0:42:36:0:0 chr19 1358726 . C T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0292433;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.908;QD=20.5466;RBI=0.0346135;REFB=0.00944464;REVB=0.0185183;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421225;STB=0.523686;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00862421;OID=.;OPOS=1358726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:13:9:8:14:13:9:8:14 chr19 1360575 . G A 842.6 PASS AF=0.9;AO=62;DP=69;FAO=63;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0165711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7092;QD=48.1488;RBI=0.0177414;REFB=-0.0113913;REVB=0.00633684;RO=7;SAF=38;SAR=24;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079418;STB=0.541164;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0297948;OID=.;OPOS=1360575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:70:7:7:62:63:0.9:24:38:7:0:24:39:7:0 chr19 1367226 . G A 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0139605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.781;QD=18.9487;RBI=0.018107;REFB=-0.0184432;REVB=0.0115312;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114311;STB=0.563986;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0129907;OID=.;OPOS=1367226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:18:10:13:14:18:10:13:14 chr19 1371354 . T C 669.28 PASS AF=0.473684;AO=67;DP=148;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.0376881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.359;QD=17.6127;RBI=0.038779;REFB=-0.0106399;REVB=-0.00913329;RO=79;SAF=17;SAR=50;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174729;STB=0.572298;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0101518;OID=.;OPOS=1371354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:152:79:80:67:72:0.473684:50:17:32:47:51:21:33:47 chr19 1388538 . C T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0240169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.163;QD=21.7462;RBI=0.0240375;REFB=-0.0199732;REVB=-0.00099511;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120103;STB=0.567505;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.014365;OID=.;OPOS=1388538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:14:8:10:10:14:8:10:10 chr19 1389043 . CAT C 98.63 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0309845;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.753;QD=23.2072;RBI=0.0393341;REFB=-0.0864323;REVB=-0.0242307;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161641;STB=0.592415;STBP=0.388;TYPE=del;VARB=0.0436467;OID=.;OPOS=1389044;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:11:18:11:17:6:8:3:3:3:38:6:8:3:3:3 chr19 1389517 . C A 348.94 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0151137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.62;QD=22.8811;RBI=0.0152323;REFB=-0.0146164;REVB=-0.00189716;RO=26;SAF=20;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855592;STB=0.547143;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0112226;OID=.;OPOS=1389517;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:15:20:12:14:15:20:12:14 chr19 1438865 . C T 220.13 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0100116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.05;QD=24.4593;RBI=0.0326762;REFB=-0.00179743;REVB=0.0311047;RO=15;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150879;STB=0.584632;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00344729;OID=.;OPOS=1438865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:16:5:6:9:16:5:6:9 chr19 1495634 . G A 192.29 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0170581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9279;QD=13.7348;RBI=0.0274744;REFB=-0.0331621;REVB=0.0215375;RO=33;SAF=18;SAR=5;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287522;STB=0.666508;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0372573;OID=.;OPOS=1495634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:5:18:18:15:5:18:18:15 chr19 1497543 . A G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0108071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.054;QD=21.0138;RBI=0.0135753;REFB=-0.0292766;REVB=-0.0082156;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221094;STB=0.624791;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0124282;OID=.;OPOS=1497543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:1:6:6:5:1:6 chr19 1497713 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.027142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.775;QD=21.5467;RBI=0.0281054;REFB=-0.0306169;REVB=0.00729539;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252219;STB=0.642653;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0237711;OID=.;OPOS=1497713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:3:7:5:9:3:7 chr19 1510661 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.821;QD=39.2068;RBI=0.118438;REFB=0;REVB=0.117981;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00489119;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr19 1533972 . C G 1412.97 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0108454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5624;QD=59.4935;RBI=0.033584;REFB=-0.0742963;REVB=0.0317846;RO=2;SAF=32;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067474;STB=0.500504;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0152661;OID=.;OPOS=1533972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:2:3:92:92:0.968421:60:32:1:1:60:32:1:2 chr19 1534042 . T C 982.6 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0455821;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2463;QD=57.8002;RBI=0.0623591;REFB=-0.102271;REVB=-0.0425551;RO=1;SAF=18;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954843;STB=0.505049;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00085972;OID=.;OPOS=1534042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:68:1:1:67:67:0.985294:49:18:0:1:49:18:0:1 chr19 1535084 . G A 1343.07 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.941;QD=61.0486;RBI=0.0316658;REFB=-0.0701659;REVB=0.0192254;RO=1;SAF=47;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997334;STB=0.505049;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000134609;OID=.;OPOS=1535084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:85:87:0.988636:38:47:1:0:38:49:1:0 chr19 1535193 . GCCC G,GCCA 719.13 PASS AF=0.829787,0.170213;AO=37,9;DP=48;FAO=39,8;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=20,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010675,-0.00937498;FXX=0.040808;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=41.5022,167.554;QD=61.2028;RBI=0.0217868,0.0103097;REFB=0,0;REVB=0.0189923,0.00428939;RO=0;SAF=18,3;SAR=19,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.68991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000850913,0.0179648;OID=.,.;OPOS=1535194,1535196;OREF=CCC,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.829787,0.170213:37,9:48:39,8:47:0:19,2:20,6:0:0:51:0:18,3:19,6:0:0 chr19 1535205 . G C 675.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7286;QD=61.3843;RBI=0.058054;REFB=0;REVB=-0.0540209;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369408;OID=.;OPOS=1535205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr19 1609267 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064086;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.837;QD=55.0977;RBI=0.0138993;REFB=0;REVB=-0.0123337;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86321e-05;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr19 1624007 . A G 528.03 PASS AF=0.355556;AO=64;DP=179;FAO=64;FDP=180;FR=.;FRO=116;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=60;FSRR=56;FWDB=-0.0175352;FXX=0.0109884;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9789;QD=11.7339;RBI=0.048055;REFB=-0.00716533;REVB=-0.0447415;RO=115;SAF=20;SAR=44;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25387;STB=0.637637;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0152622;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:115:116:64:64:0.355556:44:20:61:54:44:20:60:56 chr19 1782798 . A G 162.51 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0533631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.853;QD=19.6981;RBI=0.0612096;REFB=-0.0266612;REVB=0.0299832;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225945;STB=0.512805;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0274548;OID=.;OPOS=1782798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:7:9:10:7:7:9 chr19 1789556 . C T 120.83 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0406389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6586;QD=14.6458;RBI=0.0745287;REFB=0.00939058;REVB=0.062474;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105562;STB=0.560893;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0149991;OID=.;OPOS=1789556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:14:5:5:9:14:5 chr19 1796166 . C T 310.4 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.000806379;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.759;QD=23.4262;RBI=0.00083427;REFB=-0.0185787;REVB=0.000213914;RO=21;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989064;STB=0.563067;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0181589;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:21:22:31:31:0.584906:16:15:13:8:16:15:14:8 chr19 1810605 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.968;QD=50.4132;RBI=0.0446891;REFB=0;REVB=-0.0159844;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5553e-05;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:6:13:0:0 chr19 1811547 . A G 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.108;QD=64.1481;RBI=0.0471559;REFB=0;REVB=0.0467165;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47698e-05;OID=.;OPOS=1811547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:17:32:0:0:17:32:0:0 chr19 1811603 . C T 272.89 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0323198;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.429;QD=23.2249;RBI=0.0332555;REFB=-0.0450075;REVB=0.00783353;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163482;STB=0.591144;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0270759;OID=.;OPOS=1811603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:14:8:14:11:14:8 chr19 1818528 . C T 336.7 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00532532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.87;QD=17.2668;RBI=0.0115421;REFB=-0.00662553;REVB=0.0102401;RO=42;SAF=22;SAR=14;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820963;STB=0.545847;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00801736;OID=.;OPOS=1818528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:14:22:29:13:14:22:29:13 chr19 1819125 . T C 302.79 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0121445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.881;QD=17.0585;RBI=0.0129503;REFB=-0.00376423;REVB=0.00449681;RO=38;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664649;STB=0.526847;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00439834;OID=.;OPOS=1819125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:38:32:33:0.464789:19:13:18:20:19:14:18:20 chr19 1821637 . A G 357.62 PASS AF=0.964286;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.118237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.645;QD=51.0892;RBI=0.119024;REFB=0.0265646;REVB=-0.0136659;RO=1;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238057;STB=0.512811;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00345605;OID=.;OPOS=1821637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:28:1:1:25:27:0.964286:19:6:0:1:19:8:0:1 chr19 1825927 . TCTC T 250.06 PASS AF=0.482759;AO=26;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00780393;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.499;QD=17.2452;RBI=0.00815886;REFB=-0.00066909;REVB=0.00238028;RO=31;SAF=7;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166422;STB=0.568131;STBP=0.352;TYPE=del;VARB=0.00134149;OID=.;OPOS=1825928;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:26:59:28:58:30:8:20:12:18:99:31:7:19:13:18 chr19 1880950 . T C 257.29 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0289064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4394;QD=16.0804;RBI=0.0334371;REFB=-0.0378932;REVB=-0.0168066;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216172;STB=0.608226;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0535303;OID=.;OPOS=1880950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:35:29:29:0.453125:17:12:7:27:17:12:8:27 chr19 1925942 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0211808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.905;QD=20.8931;RBI=0.0224069;REFB=-0.042271;REVB=0.00731044;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332953;STB=0.687177;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0257593;OID=.;OPOS=1925942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:0:6:5:5:0:6 chr19 1925970 . T C 55.04 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00222624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.77;QD=9.57302;RBI=0.057605;REFB=0.000606283;REVB=-0.057562;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583904;STB=0.517198;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00186834;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:5:3:6:8:5:3:6:9 chr19 1997363 . A G 344.19 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00722656;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7903;QD=30.5943;RBI=0.0734572;REFB=-0.0123228;REVB=0.0731008;RO=17;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151333;STB=0.503873;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00864622;OID=.;OPOS=1997363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:17:16:29:29:0.644444:13:16:9:8:13:16:9:7 chr19 2041032 . T C 295.5 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.742;QD=51.3913;RBI=0.056665;REFB=0;REVB=-0.0531863;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83581e-05;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:11:12:0:0 chr19 2046695 . AG GA 54.31 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.102466;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=42.065;QD=3.87963;RBI=0.10322;REFB=-0.0233824;REVB=-0.0124531;RO=40;SAF=1;SAR=10;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.687239;STB=0.919528;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.199663;OID=.;OPOS=2046695;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:56:56:40:45:11:11:0.196429:10:1:28:12:10:1:29:16 chr19 2078488 . T C 145.52 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.018546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.752;QD=16.1688;RBI=0.027065;REFB=-0.00823163;REVB=0.0197119;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557722;STB=0.541616;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00925925;OID=.;OPOS=2078488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:5:11:14:5:5:11:15:5 chr19 2230142 . C T 308.62 PASS AF=0.52381;AO=30;DP=61;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0741268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.427;QD=19.5951;RBI=0.0757928;REFB=-0.00718237;REVB=0.015804;RO=30;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524575;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00706673;OID=.;OPOS=2230142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:30:30:30:33:0.52381:17:13:13:17:17:16:13:17 chr19 2249477 . G T 446.91 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0074236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.11;QD=18.4292;RBI=0.0318155;REFB=-0.0162173;REVB=0.0309373;RO=51;SAF=28;SAR=17;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201478;STB=0.607523;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.01732;OID=.;OPOS=2249477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:17:28:21:30:17:28:22:30 chr19 2250469 . G A 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0141574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.711;QD=19.0573;RBI=0.0177599;REFB=-0.0423762;REVB=-0.0107229;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303562;STB=0.517223;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0299336;OID=.;OPOS=2250469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:8:12:12:7:8:12 chr19 2251817 . T C 272.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5196;QD=51.8942;RBI=0.0273488;REFB=0;REVB=-0.00610223;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190428;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr19 2252990 . C G 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.010704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.309;QD=21.9192;RBI=0.0197891;REFB=-0.0272713;REVB=0.0166443;RO=29;SAF=7;SAR=29;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347716;STB=0.693949;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0201296;OID=.;OPOS=2252990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:29:7:16:13:29:7:16:13 chr19 2255311 . C G 178.36 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0682264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5304;QD=22.2946;RBI=0.0702113;REFB=0.0190872;REVB=-0.0165765;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197662;STB=0.610988;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0119806;OID=.;OPOS=2255311;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:11:7:9:5:11:7:9:5 chr19 2278755 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0185629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.683;QD=21.0127;RBI=0.0185722;REFB=-0.0118333;REVB=0.000586758;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765456;STB=0.510186;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00854539;OID=.;OPOS=2278755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:6:7:11:11:0.611111:6:5:2:4:6:5:3:4 chr19 2339949 . T C 227.69 PASS AF=0.521739;AO=20;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0305044;FXX=0.041658;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.766;QD=19.7992;RBI=0.072668;REFB=-0.0419689;REVB=-0.0659555;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684209;STB=0.587322;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0493804;OID=.;OPOS=2339949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:22:20:24:0.521739:14:6:6:10:17:7:10:12 chr19 2339958 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.096;QD=61.3337;RBI=0.0264842;REFB=0;REVB=0.0190057;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121296;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr19 2341059 . GT AC,GC 186.68 PASS AF=0.5625,0.4375;AO=9,7;DP=16;FAO=9,7;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=3,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544417,0.0555726;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=142.482,121.516;QD=46.6703;RBI=0.0552808,0.055574;REFB=0,0;REVB=0.00959505,0.00038757;RO=0;SAF=6,2;SAR=3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00183464,0.015092;OID=.,.;OPOS=2341059,2341060;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:16:16:0:0:9,7:9,7:0.5625,0.4375:3,5:6,2:0:0:3,5:6,2:0:0 chr19 2341301 . G A 624.64 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0179129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.246;QD=20.1498;RBI=0.0273882;REFB=-0.0283606;REVB=0.0207181;RO=61;SAF=28;SAR=35;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115237;STB=0.563486;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0223326;OID=.;OPOS=2341301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:61:61:63:63:0.508065:35:28:35:26:35:28:35:26 chr19 2353150 . C A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0444543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.183;QD=39.3176;RBI=0.0468507;REFB=-0.0317575;REVB=0.0147922;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.555467;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00253694;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:4:9:0:1:4:9:0:1 chr19 2353368 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0198423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.573;QD=20.8934;RBI=0.0318442;REFB=-0.026612;REVB=0.0249066;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066985;STB=0.538384;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0144398;OID=.;OPOS=2353368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:3:3:6:4:3:3 chr19 2353372 . T C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0199097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.399;QD=18.8847;RBI=0.0313732;REFB=-0.0429244;REVB=-0.0242462;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151251;STB=0.588011;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0459554;OID=.;OPOS=2353372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:3:2:5:3:3:2 chr19 2389872 . G C 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0226297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.542;QD=24.1571;RBI=0.0226472;REFB=-0.00555323;REVB=0.000889735;RO=21;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583965;STB=0.532236;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00372256;OID=.;OPOS=2389872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:12:18:11:10:12:18:11:10 chr19 2396556 . C T 61.22 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00435901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.548;QD=20.4083;RBI=0.0480813;REFB=-0.0421612;REVB=0.0478833;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197383;STB=0.58313;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0349242;OID=.;OPOS=2396556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:12:4:4:7:8:0.666667:4:3:3:1:4:4:3:1 chr19 2396611 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0661751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.069;QD=15.2589;RBI=0.0664568;REFB=-0.000553656;REVB=0.00611182;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00281669;OID=.;OPOS=2396611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:4:2:3:4:4:2 chr19 2398849 . A G 351.23 PASS AF=0.402062;AO=37;DP=95;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0137059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.912;QD=14.4838;RBI=0.0142099;REFB=-0.0172701;REVB=0.00375115;RO=58;SAF=19;SAR=18;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106816;STB=0.543986;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0214279;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:58:58:37:39:0.402062:18:19:24:34:20:19:24:34 chr19 2433890 . A G 205.21 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0128951;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.848;QD=18.2407;RBI=0.0430382;REFB=-0.0333817;REVB=-0.041061;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355965;STB=0.690992;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0321704;OID=.;OPOS=2433890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:45:22:24:20:21:0.466667:11:9:2:20:11:10:3:21 chr19 2538760 . A T 79.34 PASS AF=0.434783;AO=13;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0237844;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.671;QD=13.798;RBI=0.0427858;REFB=-0.0153704;REVB=0.0355658;RO=8;SAF=11;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404929;STB=0.636061;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.01553;OID=.;OPOS=2538760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:8:13:13:10:0.434783:2:11:3:5:2:8:8:5 chr19 2732986 . T C 60.31 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00714124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.07;QD=17.2301;RBI=0.0297234;REFB=-0.0144967;REVB=-0.0288528;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.519183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0110331;OID=.;OPOS=2732986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:2:4:5:3:2:4 chr19 2733250 . C T 195.46 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=-0.0167616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.267;QD=12.6104;RBI=0.0171039;REFB=-0.00903498;REVB=0.00340495;RO=38;SAF=19;SAR=5;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401396;STB=0.522994;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0188102;OID=.;OPOS=2733250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:5:19:31:7:5:19:31:7 chr19 2733394 . GA AG,G,GG 1247.87 PASS AF=0.0576923,0.942308,0;AO=6,46,4;DP=96;FAO=6,98,0;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=0,49,0;FSAR=6,49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540179,0.48943,0.203382;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=115.773,18.422,6.2171;QD=47.9951;RBI=0.05589,0.605657,0.34539;REFB=0,0,0;REVB=-0.0556283,0.356762,0.279159;RO=39;SAF=0,25,2;SAR=6,21,2;SRF=22;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.673934,-0.0173435,-0.0693132;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.121723,0.0314832,-0.00474528;OID=.,.,.;OPOS=2733394,2733395,2733395;OREF=GA,A,A;OALT=AG,-,G;OMAPALT=AG,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:96:104:39:0:6,46,4:6,98,0:0.0576923,0.942308,0:6,21,2:0,25,2:22:17:6,49,0:0,49,0:0:0 chr19 2762585 . A C 220.42 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0198017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.183;QD=24.4906;RBI=0.0381466;REFB=-0.031992;REVB=-0.0326045;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119429;STB=0.578873;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0274442;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:21:21:0.583333:11:10:9:5:11:10:10:5 chr19 2767192 . G T 293.53 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=39;FWDB=0.00545977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.0157;QD=13.6527;RBI=0.0447583;REFB=-0.0274087;REVB=-0.044424;RO=48;SAF=12;SAR=22;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121916;STB=0.570944;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0696935;OID=.;OPOS=2767192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:48:52:34:34:0.395349:22:12:12:36:22:12:13:39 chr19 2833802 . A G 431.79 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.81;QD=53.9732;RBI=0.051191;REFB=-0.104227;REVB=0.0453578;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037234;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00174166;OID=.;OPOS=2833802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:32:1:1:29:31:0.96875:12:17:0:1:14:17:0:1 chr19 2833864 . G A 650.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063018;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6425;QD=61.9241;RBI=0.0695921;REFB=0;REVB=-0.029526;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257212;OID=.;OPOS=2833864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr19 2853566 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.011;QD=45.803;RBI=0.0175955;REFB=0;REVB=0.0170581;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042801;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr19 2896818 . C T 804.53 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5582;QD=64.3621;RBI=0.0292879;REFB=0;REVB=0.00560142;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149716;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:19:29:0:0:20:30:0:0 chr19 2896948 . T C 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.118147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.731;QD=58.2275;RBI=0.119598;REFB=-0.0981441;REVB=0.0185741;RO=1;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126095;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00100642;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:37:34:0:1:37:34:0:1 chr19 2896953 . A G 1061.22 PASS AF=0.986301;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.671;QD=58.1488;RBI=0.0188123;REFB=-0.0684425;REVB=0.0133348;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00164753;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:73:0:1:69:72:0.986301:37:32:0:0:38:34:1:0 chr19 2915738 . T A 265.32 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0199766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.042;QD=17.988;RBI=0.0245785;REFB=-0.032666;REVB=0.0143191;RO=29;SAF=11;SAR=18;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506845;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0199545;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:18:11:11:18:18:11:11:19 chr19 2917186 . T C 178.46 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0178622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.331;QD=14.8715;RBI=0.0189885;REFB=-0.0162898;REVB=-0.00644246;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266677;STB=0.515402;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0209771;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:16:13:9:10:16:13 chr19 2917287 . C A 96.88 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=38;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0141752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3782;QD=9.22667;RBI=0.0141952;REFB=-0.00961217;REVB=0.000753762;RO=29;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102596;STB=0.571329;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.122554;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:38:42:29:28:9:14:0.333333:6:3:12:17:7:7:11:17 chr19 2917612 . T C 188.36 PASS AF=0.475;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00341437;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.527;QD=18.8355;RBI=0.0135126;REFB=-0.00954091;REVB=-0.0130741;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516853;STB=0.529381;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00908907;OID=.;OPOS=2917612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:21:21:19:19:0.475:8:11:11:10:8:11:11:10 chr19 2934282 . T C 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0219729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.975;QD=16.8737;RBI=0.0311473;REFB=-0.00597002;REVB=0.0220759;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226708;STB=0.608592;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00652074;OID=.;OPOS=2934282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:26:20:20:0.434783:10:10:6:17:10:10:8:18 chr19 2936623 . C T 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0324519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.691;QD=19.0007;RBI=0.0408831;REFB=-0.0222973;REVB=0.0248657;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258665;STB=0.646886;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0163014;OID=.;OPOS=2936623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:11:6:11:6:11:6 chr19 2939289 . A C 40.2 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0589225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7296;QD=14.6192;RBI=0.0613487;REFB=0.00222387;REVB=0.0170822;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290708;STB=0.666254;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.0062199;OID=.;OPOS=2939289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:5:0:1:5:5:0 chr19 2993427 . T C 623.68 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00038221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.543;QD=25.4562;RBI=0.0140359;REFB=-0.0111528;REVB=0.0140307;RO=39;SAF=34;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730219;STB=0.557356;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00872305;OID=.;OPOS=2993427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:39:42:56:56:0.571429:22:34:20:19:22:34:20:22 chr19 2994903 . T C 573.35 PASS AF=0.472441;AO=56;DP=123;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0196274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.672;QD=18.0583;RBI=0.0204789;REFB=-0.0341652;REVB=0.00584361;RO=66;SAF=17;SAR=39;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130209;STB=0.548555;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0271007;OID=.;OPOS=2994903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:127:66:67:56:60:0.472441:39:17:28:38:40:20:28:39 chr19 2994921 . G A 667.93 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0304607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.11;QD=19.5016;RBI=0.0328312;REFB=-0.0139244;REVB=0.012249;RO=70;SAF=22;SAR=45;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100762;STB=0.555802;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0178389;OID=.;OPOS=2994921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:70:67:67:0.489051:45:22:30:40:45:22:30:40 chr19 2997897 . G A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0146781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.625;QD=17.1001;RBI=0.0222455;REFB=0.0102866;REVB=0.0167157;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413564;STB=0.523775;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00633704;OID=.;OPOS=2997897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:9:5:6:9:9:5:6:9 chr19 3062857 . T C 585.83 PASS AF=0.35468;AO=72;DP=207;FAO=72;FDP=203;FR=.;FRO=131;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=0.0205523;FXX=0.0193227;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1886;QD=11.5434;RBI=0.0306186;REFB=-0.0255481;REVB=0.0226958;RO=128;SAF=30;SAR=42;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507021;STB=0.532155;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0376619;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:203:128:131:72:72:0.35468:42:30:59:69:42:30:61:70 chr19 3150238 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.153;QD=53.9111;RBI=0.0131252;REFB=0;REVB=0.000318133;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95578e-05;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr19 3155902 . G A 198.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0679642;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.333;QD=11.0073;RBI=0.0679921;REFB=-0.0197719;REVB=0.00194849;RO=46;SAF=11;SAR=14;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162897;STB=0.600581;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0286189;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:46:47:25:25:0.347222:14:11:27:19:14:11:28:19 chr19 3193327 . G A 571.38 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.018013;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.317;QD=20.4065;RBI=0.019552;REFB=-0.0017105;REVB=0.00760353;RO=52;SAF=30;SAR=28;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478413;STB=0.526145;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.000741288;OID=.;OPOS=3193327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:52:54:58:58:0.517857:28:30:24:28:28:30:25:29 chr19 3207422 . T C 84.22 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0146728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9718;QD=10.5272;RBI=0.0252832;REFB=-0.0435052;REVB=0.0205901;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176537;STB=0.510619;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.072331;OID=.;OPOS=3207422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:6:15:8:3:6:15 chr19 3208890 . T C 462.16 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=-0.0140386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8228;QD=18.124;RBI=0.0190415;REFB=-0.0113289;REVB=-0.0128645;RO=53;SAF=23;SAR=26;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196394;STB=0.608424;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00862469;OID=.;OPOS=3208890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:53:49:49:0.480392:26:23:14:39:26:23:14:39 chr19 3224896 . G C 325.1 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.00792467;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.96;QD=16.2551;RBI=0.00796612;REFB=-0.0127864;REVB=-0.000811563;RO=44;SAF=14;SAR=21;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161387;STB=0.580602;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0163206;OID=.;OPOS=3224896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:44:45:35:35:0.4375:21:14:11:33:21:14:12:33 chr19 3534842 . G A 279.68 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.967;QD=48.64;RBI=0.0146195;REFB=-0.026283;REVB=-0.00747951;RO=1;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237245;STB=0.512809;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000140121;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:19:3:0:1:19:3:0:1 chr19 3543397 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183383;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.132;QD=57.6807;RBI=0.0185907;REFB=0;REVB=0.00305298;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1884e-05;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr19 3576314 . CCTT C 401.62 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177052;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=262.835;QD=45.8988;RBI=0.0208263;REFB=0.0163058;REVB=-0.0109664;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.618;TYPE=del;VARB=-0.000341692;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.971429:33:35:34:35:1:11:23:0:1:3:0:11:22:0:0 chr19 3595923 . G A 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00778031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7532;QD=12.8667;RBI=0.0249816;REFB=-0.0239336;REVB=-0.0237391;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231514;STB=0.635527;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.069372;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:5:11:5:6:5:11 chr19 3611765 . A G 224.11 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.908;QD=49.8012;RBI=0.0328836;REFB=0;REVB=0.0197181;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305265;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:13:18:1:6:7:0:0:9:9:0:0 chr19 3611972 . G A 252.57 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0041363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.438;QD=12.6283;RBI=0.0238909;REFB=0.0116359;REVB=0.0235301;RO=50;SAF=15;SAR=15;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131025;STB=0.574951;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0180411;OID=.;OPOS=3611972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:15:15:31:19:15:15:31:19 chr19 3614403 . T C 471.17 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215489;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9153;QD=58.8957;RBI=0.0356686;REFB=0;REVB=0.0284234;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083457;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr19 3614538 . C T 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0285484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.457;QD=20.7389;RBI=0.0287626;REFB=-0.0467356;REVB=0.00350393;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125134;STB=0.555494;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0355269;OID=.;OPOS=3614538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:10:8:9:6:10:8:9:7 chr19 3618928 . G A 265.42 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0210392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.884;QD=27.2221;RBI=0.0220611;REFB=-0.011826;REVB=0.00663658;RO=15;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184311;STB=0.510196;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00766476;OID=.;OPOS=3618928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:15:9:6:9:15:9:6:9 chr19 3637460 . C A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0156722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.548;QD=9.49526;RBI=0.0224777;REFB=-0.0156453;REVB=0.016113;RO=24;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440341;STB=0.770897;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0298271;OID=.;OPOS=3637460;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:2:9:11:13:2:9:11:13 chr19 3653525 . C T 139.98 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00985492;FXX=0.0681663;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.606;QD=13.6562;RBI=0.014238;REFB=-0.019953;REVB=-0.0102763;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143297;STB=0.586089;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0312773;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:41:18:26:14:15:0.365854:5:9:9:9:5:10:14:12 chr19 3728609 . G A 182.14 PASS AF=0.431818;AO=15;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.023755;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.034;QD=16.5585;RBI=0.0421069;REFB=-0.0221709;REVB=0.0347662;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210988;STB=0.51469;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0518531;OID=.;OPOS=3728609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:24:15:19:0.431818:9:6:8:11:10:9:12:12 chr19 3730041 . C T 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00944823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2004;QD=26.3374;RBI=0.0185538;REFB=-0.0172923;REVB=0.015968;RO=15;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184998;STB=0.602745;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00947974;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:8:15:6:9:8:15:6:9 chr19 3731985 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0158347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.679;QD=22.9574;RBI=0.0222611;REFB=-0.0394061;REVB=-0.0156466;RO=11;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180541;STB=0.601858;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0242299;OID=.;OPOS=3731985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:5:11:5:6:5:11:5:6 chr19 3738649 . A C 346.79 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0256813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5218;QD=22.3734;RBI=0.0534789;REFB=-0.0107686;REVB=-0.0469091;RO=27;SAF=14;SAR=21;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119221;STB=0.565481;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00711263;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:21:14:7:20:21:14:7:20 chr19 3738971 . A G 109.15 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0375963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5667;QD=11.1946;RBI=0.0625314;REFB=-0.023876;REVB=-0.0499668;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152478;STB=0.589619;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.034226;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:9:16:7:7:9:16 chr19 3740658 . T G 417.63 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0122331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.494;QD=22.5747;RBI=0.0332473;REFB=-0.0152179;REVB=0.030915;RO=32;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345975;STB=0.525679;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0149338;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:33:41:41:0.554054:20:21:15:17:20:21:15:18 chr19 3750205 . T TGG 123.11 PASS AF=0.389831;AO=14;DP=61;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=0.0571258;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=2;MLLD=22.5386;QD=8.34655;RBI=0.0831383;REFB=0.00948463;REVB=-0.0604038;RO=35;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177581;STB=0.633286;STBP=0.149;TYPE=ins;VARB=-0.033656;OID=.;OPOS=3750206;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.389831:14:61:23:59:36:9:14:7:29:99:35:5:9:8:27 chr19 3750615 . T C 135.49 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0157669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.2;QD=12.0434;RBI=0.0159299;REFB=-0.00248146;REVB=0.002273;RO=28;SAF=2;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353998;STB=0.717621;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00337666;OID=.;OPOS=3750615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:29:15:16:0.355556:13:2:10:18:14:2:10:19 chr19 3750622 . A C 126.67 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0380274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3917;QD=11.2594;RBI=0.059821;REFB=-0.0165371;REVB=-0.0461786;RO=28;SAF=2;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390907;STB=0.724964;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0298142;OID=.;OPOS=3750622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:30:15:15:0.333333:13:2:11:17:13:2:11:19 chr19 3752515 . G A 276.22 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.000853434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1697;QD=15.7842;RBI=0.00868954;REFB=-0.0285185;REVB=0.00864753;RO=39;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142909;STB=0.580593;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0286639;OID=.;OPOS=3752515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:13:18:17:22:13:18:17:22 chr19 3752874 . A G 175.07 PASS AF=0.392157;AO=17;DP=48;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00707173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.227;QD=13.7307;RBI=0.00778041;REFB=-0.0280002;REVB=0.00324429;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115461;STB=0.603934;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0286342;OID=.;OPOS=3752874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:31:31:17:20:0.392157:10:7:16:15:13:7:16:15 chr19 3762698 . C T 214.45 PASS AF=0.38806;AO=24;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0269014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.047;QD=12.8031;RBI=0.027521;REFB=-0.0136629;REVB=0.00580685;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400134;STB=0.52898;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0196824;OID=.;OPOS=3762698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:41:24:26:0.38806:10:14:23:19:12:14:24:17 chr19 3767265 . C T 245.88 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0566675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.587;QD=23.9884;RBI=0.0613137;REFB=-0.0187049;REVB=0.0234129;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27246;STB=0.624112;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00766366;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:17:18:22:23:0.560976:13:9:13:4:13:10:13:5 chr19 3784890 . G A 411.84 PASS AF=0.577465;AO=39;DP=68;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.0326886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.9705;QD=23.2023;RBI=0.0520234;REFB=-0.0347924;REVB=0.0404708;RO=29;SAF=8;SAR=31;SRF=3;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13236;STB=0.556478;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0372068;OID=.;OPOS=3784890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:29:30:39:41:0.577465:31:8:3:26:32:9:4:26 chr19 3831709 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.349;QD=52.6128;RBI=0.028317;REFB=0;REVB=-0.0182338;RO=0;SAF=19;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98399e-05;OID=.;OPOS=3831709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:3:19:0:0:3:19:0:0 chr19 3977486 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.578;QD=48.7368;RBI=0.0611176;REFB=0;REVB=0.0607348;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514689;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr19 3979408 . A G 338.84 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3943;QD=54.2148;RBI=0.0916872;REFB=0;REVB=0.0732108;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342503;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr19 4028783 . C T 685.93 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.068068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.248;QD=58.377;RBI=0.0689557;REFB=-0.00397321;REVB=0.011029;RO=2;SAF=6;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13335;STB=0.571394;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000414178;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:39:6:2:0:39:6:2:0 chr19 4033462 . T C 2512.06 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=166;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0778868;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.284;QD=60.8983;RBI=0.0779017;REFB=-0.0274493;REVB=-0.00152137;RO=0;SAF=96;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50259;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-5.43631e-05;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:165:0:1:164:164:0.993939:68:96:0:0:68:96:1:0 chr19 4042858 . G A 453.79 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00686075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.379;QD=55.005;RBI=0.0167829;REFB=-0.0493535;REVB=0.0153165;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00074033;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:0:1:17:15:0:1 chr19 4042922 . TA CG,TG 789.4 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,48;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381544,-0.0533325;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=50.2676,66.4032;QD=63.1519;RBI=0.0487521,0.0581702;REFB=0,0;REVB=-0.0303481,-0.0232252;RO=0;SAF=0,35;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.61818e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.152826,-0.00501596;OID=.,.;OPOS=4042922,4042923;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:2,48:2,48:0.04,0.96:2,13:0,35:0:0:2,13:0,35:0:0 chr19 4043024 . T C 725.22 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.968;QD=63.0623;RBI=0.0490405;REFB=0;REVB=-0.0182612;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103233;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:19:27:0:0 chr19 4101062 . G T 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.003;QD=64.1477;RBI=0.0752918;REFB=0;REVB=0.0289115;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029378;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr19 4154910 . C T 255.95 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.013471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8453;QD=22.7509;RBI=0.0839362;REFB=-0.0171294;REVB=0.0828482;RO=20;SAF=18;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233968;STB=0.623266;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0185595;OID=.;OPOS=4154910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:6:18:10:10:6:18:11:10 chr19 4157148 . G A 101.08 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.038547;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.454;QD=14.4403;RBI=0.039481;REFB=-0.0401033;REVB=0.00853678;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448575;STB=0.526271;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0319073;OID=.;OPOS=4157148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:6:10:8:4:6:10 chr19 4168437 . C A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00648292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.434;QD=10.6343;RBI=0.0522599;REFB=-0.0293138;REVB=-0.0518563;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0275076;OID=.;OPOS=4168437;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:5:8:5:3:5:8 chr19 4180836 . C T 260.57 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0375304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.772;QD=24.8165;RBI=0.0434997;REFB=-0.0120231;REVB=0.0219931;RO=18;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346089;STB=0.519215;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00571834;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:9:15:12:6:9:15:12:6 chr19 4186395 . T G 151.01 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00295578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.574;QD=11.8437;RBI=0.0034234;REFB=-0.00859623;REVB=0.00172715;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222376;STB=0.620257;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0176821;OID=.;OPOS=4186395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:11:7:19:13:11:7:19:14 chr19 4200156 . G A 162.66 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0164167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5198;QD=13.2786;RBI=0.0517574;REFB=-0.0197131;REVB=0.0490849;RO=31;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732682;STB=0.542477;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0345751;OID=.;OPOS=4200156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:13:5:7:24:13:5:7:24 chr19 4210356 . G A 300.72 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0244135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.687;QD=44.5515;RBI=0.0465354;REFB=-0.0359481;REVB=0.0396172;RO=2;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188647;STB=0.533952;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00490639;OID=.;OPOS=4210356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:27:27:2:3:24:24:0.888889:9:15:1:1:9:15:1:2 chr19 4217207 . T G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.541;QD=62.0211;RBI=0.0464064;REFB=0;REVB=0.0444874;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80844e-05;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr19 4236996 . G A 357.53 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0223683;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.924;QD=19.326;RBI=0.0228925;REFB=-0.0133354;REVB=-0.00487127;RO=37;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499063;STB=0.527721;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0147645;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:37:37:37:0.5:21:16:14:23:21:16:14:23 chr19 4237067 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00956841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.918;QD=18.2512;RBI=0.0222049;REFB=-0.0609568;REVB=-0.0200375;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124555;STB=0.571331;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0556447;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:5:10:8:7:5:10:8:7 chr19 4251069 . T C 495.84 PASS AF=0.597403;AO=44;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00687283;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9253;QD=25.7581;RBI=0.0219198;REFB=-0.0060248;REVB=0.0208144;RO=30;SAF=17;SAR=27;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1359;STB=0.564488;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00503924;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:31:44:46:0.597403:27:17:17:13:28:18:17:14 chr19 4254375 . C T 84.84 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0358261;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.277;QD=19.9635;RBI=0.0508224;REFB=-0.0330352;REVB=0.0360473;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153826;STB=0.588064;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0313307;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:5:2:5:5:5:2 chr19 4288332 . A G 208.07 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00561319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.149;QD=41.6149;RBI=0.0263507;REFB=-0.06425;REVB=-0.0257459;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399301;STB=0.511615;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00954099;OID=.;OPOS=4288332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:1:2:18:18:0.9:11:7:0:1:11:7:1:1 chr19 4292597 . C T 164.05 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=5.45583e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3023;QD=14.2647;RBI=0.0681791;REFB=-0.00947539;REVB=0.0681791;RO=28;SAF=16;SAR=2;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360166;STB=0.715154;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0129566;OID=.;OPOS=4292597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:2:16:19:9:2:16:19:9 chr19 4318365 . G A 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0179712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.224;QD=18.9387;RBI=0.0248385;REFB=-0.045671;REVB=-0.017146;RO=28;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884831;STB=0.542183;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0429949;OID=.;OPOS=4318365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:11:19:15:13:11:19:16:13 chr19 4324564 . C T 571.63 PASS AF=0.504274;AO=58;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.00874917;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.429;QD=19.5429;RBI=0.00906583;REFB=-0.0283822;REVB=-0.00237514;RO=58;SAF=24;SAR=34;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818422;STB=0.550442;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0268997;OID=.;OPOS=4324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:58:59:0.504274:34:24:19:39:35:24:18:40 chr19 4325433 . G A 31.96 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00577632;FXX=0.157812;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.579;QD=7.98983;RBI=0.0185559;REFB=-0.00397057;REVB=0.0176339;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105052;STB=0.5996;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0081107;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:17:16:10:11:5:5:0.3125:3:2:5:5:3:2:6:5 chr19 4333711 . C T 1468.84 PASS AF=0.980583;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00843206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3593;QD=57.0424;RBI=0.0947221;REFB=0.0316606;REVB=0.0943461;RO=2;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172427;STB=0.50877;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000430862;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:101:103:2:2:99:101:0.980583:54:45:0:2:56:45:0:2 chr19 4352959 . A G 67.78 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00484049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.114;QD=14.2699;RBI=0.0539182;REFB=-0.0254291;REVB=0.0537004;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108737;STB=0.592381;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.017676;OID=.;OPOS=4352959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:8:10:8:9:0.473684:5:3:4:4:6:3:5:5 chr19 4357555 . A G 1365.14 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110056;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8876;QD=62.7649;RBI=0.110205;REFB=0;REVB=-0.00573751;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112495;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr19 4362691 . G C 372.7 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0416366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.779;QD=14.3348;RBI=0.0432515;REFB=-0.0100635;REVB=-0.0117084;RO=61;SAF=15;SAR=28;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318804;STB=0.518005;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.01687;OID=.;OPOS=4362691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:28:15:23:38:28:15:23:38 chr19 4442336 . C T 226.84 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0393382;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.071;QD=13.3435;RBI=0.0393739;REFB=-0.0249326;REVB=0.001677;RO=40;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630932;STB=0.54178;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0474775;OID=.;OPOS=4442336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:41:27:27:0.397059:16:11:14:26:16:11:14:27 chr19 4442999 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.56;QD=62.3505;RBI=0.0358757;REFB=0;REVB=0.0224576;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71217e-05;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr19 4443046 . T C 256.32 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00736958;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.547;QD=15.0776;RBI=0.00771315;REFB=-0.000523543;REVB=-0.0022764;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999465;STB=0.556537;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00168959;OID=.;OPOS=4443046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:39:39:29:29:0.426471:14:15:24:15:14:15:24:15 chr19 4457650 . C T 103.01 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0129359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.1;QD=12.1188;RBI=0.0234458;REFB=-0.0187938;REVB=-0.0195542;RO=21;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068953;STB=0.540917;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.033207;OID=.;OPOS=4457650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:11:2:4:17:11:2:4:17 chr19 4493708 . A G 537.85 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0352469;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.553;QD=21.3009;RBI=0.0352939;REFB=-0.0342732;REVB=0.00182141;RO=44;SAF=20;SAR=34;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165126;STB=0.587054;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0316878;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:47:54:54:0.534653:34:20:25:19:34:20:26:21 chr19 4504602 . G A 138.99 PASS AF=0.7;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0161149;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6384;QD=27.7989;RBI=0.0182972;REFB=-0.0335169;REVB=-0.00866592;RO=6;SAF=12;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385962;STB=0.71963;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0204598;OID=.;OPOS=4504602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:6:6:14:14:0.7:2:12:2:4:2:12:2:4 chr19 4508945 . A G 803.97 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.304;QD=64.3177;RBI=0.0470964;REFB=0;REVB=0.0459543;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57842e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:19:28:0:0:22:28:0:0 chr19 4510560 . C T 376.33 PASS AF=0.46988;AO=37;DP=81;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00406493;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.441;QD=18.1363;RBI=0.0126892;REFB=-0.000567383;REVB=0.0120205;RO=44;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613525;STB=0.532451;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000529292;OID=.;OPOS=4510560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:44:44:37:39:0.46988:17:20:21:23:18:21:21:23 chr19 4510615 . G A 181.23 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0127391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.482;QD=16.4756;RBI=0.0376322;REFB=-0.0269713;REVB=0.0354104;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736349;STB=0.542125;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0387979;OID=.;OPOS=4510615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:15:10:9:10:15:10 chr19 4511140 . C G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00445202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.409;QD=12.7388;RBI=0.0239644;REFB=-0.00238792;REVB=0.0235472;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763832;STB=0.545344;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0034809;OID=.;OPOS=4511140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:7:3:3:5:7:3 chr19 4511278 . C T 92.05 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00703632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0735;QD=9.2054;RBI=0.0369928;REFB=-0.0100842;REVB=-0.0363174;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911487;STB=0.571306;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0518991;OID=.;OPOS=4511278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:4:8:16:11:4:8:16:12 chr19 4511281 . G A 104.4 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00450027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6408;QD=10.4402;RBI=0.0321065;REFB=-0.0440574;REVB=0.0317895;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104545;STB=0.562406;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0444794;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:6:7:17:10:6:7:17:10 chr19 4511283 . CA TG 63.51 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00283175;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.054;QD=6.86589;RBI=0.0105055;REFB=-0.00574345;REVB=-0.0101167;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191522;STB=0.512168;STBP=0.958;TYPE=mnp;VARB=0.0419663;OID=.;OPOS=4511283;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:38:37:28:28:9:9:0.243243:4:5:16:12:4:5:16:12 chr19 4511350 . T A 295.82 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.059083;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.291;QD=40.8021;RBI=0.0633878;REFB=-0.00172491;REVB=-0.0229612;RO=5;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108078;STB=0.55869;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00157186;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:29:29:5:5:24:24:0.827586:11:13:1:4:11:13:1:4 chr19 4511453 . G A 379.85 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4969;QD=54.2639;RBI=0.118135;REFB=0;REVB=0.111669;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00447772;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr19 4511525 . A G 306.24 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.603;QD=53.2593;RBI=0.0352437;REFB=0;REVB=-0.00877534;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000490434;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr19 4511647 . C G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8548;QD=53.9083;RBI=0.090487;REFB=0;REVB=0.0802879;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032852;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr19 4511725 . T C 216.53 PASS AF=0.904762;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0283218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8998;QD=41.2433;RBI=0.0283491;REFB=-0.00914151;REVB=0.00124416;RO=1;SAF=3;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129916;STB=0.539525;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0167421;OID=.;OPOS=4511725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:21:1:2:17:19:0.904762:14:3:1:0:15:4:1:1 chr19 4511730 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.204;QD=50.4133;RBI=0.0506506;REFB=0;REVB=-0.0287614;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229036;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr19 4511737 . T C 157.75 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0232917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5653;QD=25.2402;RBI=0.0400099;REFB=0.0100232;REVB=0.0325314;RO=9;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137804;STB=0.577672;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00580591;OID=.;OPOS=4511737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:13:3:3:6:13:3:3:6 chr19 4511791 . A C 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0203574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.645;QD=2.70749;RBI=0.0294309;REFB=-0.00595086;REVB=-0.0212545;RO=41;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2218;STB=0.666174;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0528721;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:41:42:6:6:0.125:3:3:13:28:3:3:13:29 chr19 4511830 . A G 169.25 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00394844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.951;QD=13.0194;RBI=0.0102067;REFB=-0.0160726;REVB=-0.00941207;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023668;STB=0.538423;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0201447;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:32:19:20:0.384615:10:9:14:17:10:10:14:18 chr19 4511908 . C T 126.18 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0363619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.036;QD=10.972;RBI=0.0422639;REFB=-0.00434492;REVB=-0.0215416;RO=31;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361161;STB=0.715683;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0242018;OID=.;OPOS=4511908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:4:11:13:18:4:11:13:18 chr19 4511920 . T C 49.73 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0148282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.344;QD=4.4204;RBI=0.0174262;REFB=-0.00538665;REVB=-0.00915403;RO=37;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20011;STB=0.635023;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0311619;OID=.;OPOS=4511920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:3:5:17:20:3:5:17:20 chr19 4511927 . G A 181.91 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.000780778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8031;QD=16.922;RBI=0.0605892;REFB=-0.0339758;REVB=-0.0605842;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303854;STB=0.673889;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0407573;OID=.;OPOS=4511927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:9:15:6:13:9:15 chr19 4511929 . A G 163.67 PASS AF=0.475;AO=17;DP=38;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0263494;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5214;QD=16.3667;RBI=0.0297635;REFB=-0.0295085;REVB=-0.013841;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241845;STB=0.684017;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0398736;OID=.;OPOS=4511929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:21:21:17:19:0.475:7:10:7:14:6:13:7:14 chr19 4511955 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.06;QD=63.5817;RBI=0.0355503;REFB=0;REVB=-0.0281478;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31694e-05;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr19 4512669 . T C 1472.45 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4089;QD=63.3311;RBI=0.023465;REFB=0;REVB=0.0231297;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4412e-05;OID=.;OPOS=4512669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr19 4513143 . CA TG 95.35 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00363695;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=158.954;QD=34.6734;RBI=0.0388993;REFB=-0.273927;REVB=-0.0387289;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=mnp;VARB=0.0116497;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:0:1:5:5:0:1 chr19 4513559 . A G 785.1 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.013;QD=57.0978;RBI=0.0313252;REFB=0;REVB=0.0273093;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173249;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr19 4538599 . G A 667.1 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00983442;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.45;QD=21.0111;RBI=0.0133023;REFB=-0.0119033;REVB=0.00895736;RO=61;SAF=26;SAR=40;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158298;STB=0.587076;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0133668;OID=.;OPOS=4538599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:61:66:66:0.519685:40:26:35:26:40:26:35:26 chr19 4542916 . TG T 34.99 PASS AF=0.454545;AO=11;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0859129;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.35683;QD=4.24125;RBI=0.150587;REFB=-0.0531942;REVB=0.123674;RO=15;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277675;STB=0.544493;STBP=0.654;TYPE=del;VARB=0.0522306;OID=.;OPOS=4542917;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:11:33:15:33:18:11:4:12:6:34:15:9:2:9:6 chr19 4558431 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.622;QD=45.8068;RBI=0.108299;REFB=0;REVB=0.0114244;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108762;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 4655166 . A G 71.58 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0121712;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1357;QD=16.8431;RBI=0.0186007;REFB=-0.0763098;REVB=-0.0140659;RO=7;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569092;STB=0.516092;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0379949;OID=.;OPOS=4655166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:7:8:9:9:0.529412:1:8:6:1:1:8:7:1 chr19 4702064 . C T 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00123757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.361;QD=18.0355;RBI=0.0129199;REFB=-0.0335435;REVB=-0.0128605;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351417;STB=0.519982;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0353583;OID=.;OPOS=4702064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:9:13:15:12:9:13:15:12 chr19 4724069 . G A 205.38 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0327725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.274;QD=14.67;RBI=0.0329313;REFB=-0.0230454;REVB=-0.00323041;RO=32;SAF=17;SAR=7;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127291;STB=0.50724;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0388735;OID=.;OPOS=4724069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:7:17:23:9:7:17:23:9 chr19 4724157 . G A 242.82 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00286688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.482;QD=15.666;RBI=0.00928557;REFB=-0.00939947;REVB=-0.00883192;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15445;STB=0.587094;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0135208;OID=.;OPOS=4724157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:12:16:14:20:12:16:14:20 chr19 4769740 . C A 311.52 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0274686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.931;QD=19.1706;RBI=0.0274709;REFB=-0.0258268;REVB=-0.000352735;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952066;STB=0.553019;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0170113;OID=.;OPOS=4769740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:19:14:17:15:19:14:17:15 chr19 4772202 . A C 105.22 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0237291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0898;QD=11.0755;RBI=0.0938144;REFB=-0.0131288;REVB=-0.0907638;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157906;STB=0.509419;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0195081;OID=.;OPOS=4772202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:9:4:8:17:9:4:8:17 chr19 4794257 . T G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00561636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.066;QD=11.8305;RBI=0.0105456;REFB=-0.0126493;REVB=-0.00892557;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106346;STB=0.506318;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0182044;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:10:8:5:6:10:8 chr19 4816719 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0384764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.266;QD=13.0907;RBI=0.0618718;REFB=-0.0174693;REVB=0.048453;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910385;STB=0.553406;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0174249;OID=.;OPOS=4816719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:9:11:6:7:9:11 chr19 4818378 . T C 272.4 PASS AF=0.527273;AO=27;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0150649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.958;QD=19.811;RBI=0.0259404;REFB=-0.018212;REVB=-0.0211176;RO=26;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182098;STB=0.612346;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0196367;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:26:27:29:0.527273:12:15:9:17:12:17:9:17 chr19 4847713 . A G 481.35 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.399;QD=58.3449;RBI=0.0276206;REFB=0;REVB=-0.0188881;RO=0;SAF=28;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68159e-06;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:3:28:0:0:3:30:0:0 chr19 4847874 . A G 618.45 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443111;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.0927;QD=61.8452;RBI=0.0459098;REFB=0;REVB=-0.0120101;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645518;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr19 4852106 . A G 754.53 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.46;QD=54.8748;RBI=0.0151982;REFB=0.0408354;REVB=0.00989618;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200481;STB=0.510634;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000158324;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:31:23:1:0:31:23:1:0 chr19 4852137 . C T 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.020386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.236;QD=28.8522;RBI=0.0205457;REFB=-0.0295;REVB=-0.00255705;RO=15;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194616;STB=0.596419;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0229755;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:16:27:27:0.627907:17:10:10:5:17:10:10:6 chr19 4859937 . T C 35.76 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0307964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.328;QD=5.95938;RBI=0.0308317;REFB=-0.0178953;REVB=0.00147637;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225245;STB=0.628134;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0438549;OID=.;OPOS=4859937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:4:2:9:8:4:2:9:9 chr19 4945914 . A C 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0149834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.521;QD=15.7835;RBI=0.0448106;REFB=-0.0068129;REVB=-0.0422314;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403838;STB=0.523331;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00900823;OID=.;OPOS=4945914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:8:9:8:6:8:9 chr19 4945917 . C T 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0252377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.726;QD=15.7824;RBI=0.0310352;REFB=-0.000345769;REVB=-0.0180621;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841846;STB=0.523331;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=4.17515e-05;OID=.;OPOS=4945917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:8:6:7:9:8:6:8:9 chr19 4945974 . T C 167.26 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2303;QD=41.8158;RBI=0.0550595;REFB=-0.117317;REVB=-0.0450641;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826301;STB=0.545392;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0308191;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:5:10:0:1:5:10:0:1 chr19 4950770 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00548346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.655;QD=18.6448;RBI=0.0477438;REFB=-0.0178832;REVB=0.0474279;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162718;STB=0.592465;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0257478;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:9:4:7:7:9:4 chr19 4954454 . C T 269.86 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00781877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.029;QD=23.9879;RBI=0.0142976;REFB=-0.033812;REVB=0.0119703;RO=20;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105204;STB=0.545418;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0154601;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:20:24:25:0.555556:15:9:10:10:15:10:10:10 chr19 4954679 . G C,GC 206.44 PASS AF=0,1;AO=3,9;DP=20;FAO=0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954805,0.0997012;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=5.62225,22.6161;QD=41.2871;RBI=0.0410965,0.104974;REFB=0,0;REVB=-0.0399719,-0.0328527;RO=8;SAF=1,8;SAR=2,1;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.294841,0.6405;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00443284;OID=.,.;OPOS=4954679,4954680;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:20:20:8:0:3,9:0,20:0,1:2,1:1,8:1:7:0,10:0,10:0:0 chr19 5135392 . A G 1357.42 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0213446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.229;QD=59.0184;RBI=0.023725;REFB=-0.03396;REVB=0.0103578;RO=3;SAF=54;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038809;STB=0.502049;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000464854;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:3:3:89:89:0.967391:35:54:2:1:35:54:2:1 chr19 5151356 . C T 188.9 PASS AF=0.425532;AO=14;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0298121;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4388;QD=16.0762;RBI=0.0451133;REFB=-0.00512946;REVB=0.0338593;RO=23;SAF=1;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498208;STB=0.584326;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0419803;OID=.;OPOS=5151356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:27:14:20:0.425532:13:1:8:15:15:5:10:17 chr19 5206775 . A G 375.13 PASS AF=1;AO=20;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4628;QD=55.574;RBI=0.223065;REFB=0;REVB=0.221403;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100748;OID=.;OPOS=5206775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:20:27:1:6:14:0:0:13:14:0:0 chr19 5214697 . A G 746.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.199;QD=63.562;RBI=0.0366641;REFB=0;REVB=-0.0363734;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137085;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr19 5240315 . G A 436.49 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0344991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.529;QD=21.2919;RBI=0.0418563;REFB=-0.0331367;REVB=0.0237014;RO=39;SAF=13;SAR=30;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00545899;STB=0.503017;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0251033;OID=.;OPOS=5240315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:30:13:12:27:30:13:12:27 chr19 5455611 . C T 497.76 PASS AF=0.9;AO=33;DP=37;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00719758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5341;QD=49.776;RBI=0.0295873;REFB=-0.100021;REVB=0.0286985;RO=4;SAF=21;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248901;STB=0.512115;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0393103;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:40:4:4:33:36:0.9:12:21:3:1:13:23:3:1 chr19 5455735 . G A 851.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9469;QD=57.7143;RBI=0.0994508;REFB=0;REVB=0.0923413;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617943;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:29:30:0:0 chr19 5455796 . A G 817.63 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.609;QD=57.3776;RBI=0.0553991;REFB=0;REVB=-0.0111285;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28039e-05;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:31:26:0:0 chr19 5455800 . G A 217.85 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0156895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.813;QD=15.5606;RBI=0.0279276;REFB=-0.0246329;REVB=0.0231039;RO=30;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171052;STB=0.606328;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0208875;OID=.;OPOS=5455800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:16:9:16:14:16:9:17:14 chr19 5455971 . G T 958.43 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551992;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7896;QD=58.9804;RBI=0.0772605;REFB=0;REVB=0.0540577;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376344;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr19 5455978 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.186;QD=60.3766;RBI=0.0420673;REFB=0;REVB=0.0377806;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4318e-05;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr19 5455990 . G A 309.41 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.000203898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.43;QD=16.0735;RBI=0.0646604;REFB=-0.0318784;REVB=0.0646601;RO=43;SAF=22;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139786;STB=0.5789;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0353211;OID=.;OPOS=5455990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:12:22:22:21:12:22:22:21 chr19 5456037 . G A 620.01 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=101;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.00987807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.185;QD=24.5549;RBI=0.0190519;REFB=-0.0390357;REVB=0.0162911;RO=42;SAF=34;SAR=25;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10992;STB=0.559812;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0321951;OID=.;OPOS=5456037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:42:59:59:0.584158:25:34:30:12:25:34:30:12 chr19 5456450 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.892;QD=60.6102;RBI=0.0273027;REFB=0;REVB=0.0270516;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25802e-05;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:25:12:0:0:26:12:0:0 chr19 5591735 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00920503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8464;QD=13.7529;RBI=0.0229732;REFB=-0.00279763;REVB=0.0210484;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241174;STB=0.641823;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00657673;OID=.;OPOS=5591735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:4:11:12:11:4:11:12:11 chr19 5610654 . T C 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00050207;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.303;QD=13.5054;RBI=0.0297895;REFB=-0.0176108;REVB=-0.0297853;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170437;STB=0.599834;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.028183;OID=.;OPOS=5610654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:7:10:5:7:7:10 chr19 5699115 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0217409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.749;QD=9.495;RBI=0.0218859;REFB=-0.0274374;REVB=0.00251585;RO=24;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393141;STB=0.738034;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0282446;OID=.;OPOS=5699115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:3:8:9:15:3:8:9:15 chr19 5766090 . T C 312.69 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594074;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6824;QD=54.3812;RBI=0.0594174;REFB=0;REVB=0.00109265;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003007;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr19 5772950 . G A 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0124116;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=103.463;QD=13.8484;RBI=0.0347916;REFB=-0.000752021;REVB=0.0325024;RO=25;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140605;STB=0.582847;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00154525;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:13:3:7:18:13:3:7:18 chr19 5778517 . A T 38.82 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0177862;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4652;QD=4.31351;RBI=0.0246341;REFB=-0.00222793;REVB=-0.0170438;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583064;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00697183;OID=.;OPOS=5778517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:38:36:20:30:6:6:0.166667:3:3:10:10:3:3:12:18 chr19 5778597 . C G 70.77 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00901801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.121;QD=7.25872;RBI=0.0244395;REFB=-0.00513108;REVB=-0.0227149;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228223;STB=0.640766;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0125391;OID=.;OPOS=5778597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:9:20:5:5:9:20 chr19 5783634 . T C 53.93 PASS AF=0.875;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.009184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.111;QD=26.9641;RBI=0.0116734;REFB=-0.028877;REVB=-0.00720568;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666107;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0239826;OID=.;OPOS=5783634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:8:0:1:5:7:0.875:4:1:0:0:6:1:1:0 chr19 5783905 . G A 109.71 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.115511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7483;QD=14.1557;RBI=0.15685;REFB=-0.0272168;REVB=0.106109;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122806;STB=0.603632;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.053956;OID=.;OPOS=5783905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:18:18:12:13:0.419355:3:9:15:3:4:9:15:3 chr19 5784370 . C T 107.27 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00484135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.732;QD=22.5828;RBI=0.0469186;REFB=-0.000817691;REVB=0.0466681;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162618;STB=0.592433;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00201551;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:4:8:3:4:4:8:3:4 chr19 5786815 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0348425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.063;QD=17.9565;RBI=0.0400656;REFB=-0.0449695;REVB=0.01978;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270594;STB=0.638925;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0467145;OID=.;OPOS=5786815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:10:6:11:5:10:6:11:6 chr19 5789565 . T C 105.13 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=28;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00193783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.68;QD=14.0168;RBI=0.0291457;REFB=-0.0262339;REVB=-0.0290812;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2224;STB=0.59984;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0369436;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:17:17:11:13:0.433333:3:8:9:8:4:9:9:8 chr19 5831840 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00132036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.976;QD=13.4853;RBI=0.00568561;REFB=-0.0242829;REVB=0.00553017;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769224;STB=0.545355;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.035192;OID=.;OPOS=5831840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:4:7:5:4:4:7 chr19 5832209 . G A 153.94 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00630954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.76;QD=11.618;RBI=0.030128;REFB=-0.0244384;REVB=-0.0294599;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541842;STB=0.520936;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0417666;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:10:9:14:19:10:9:15:19 chr19 5843784 . A T 66.32 PASS AF=0.391304;AO=7;DP=21;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.032183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.942;QD=11.5344;RBI=0.0321849;REFB=-0.0146671;REVB=0.000343807;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795555;STB=0.516093;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0232223;OID=.;OPOS=5843784;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:23:14:14:7:9:0.391304:4:3:5:9:6:3:5:9 chr19 5844537 . A G 744.75 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.526;QD=63.3831;RBI=0.0268022;REFB=0;REVB=0.0178499;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241724;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr19 5844649 . G A 130.35 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9628;QD=43.4511;RBI=0.0521455;REFB=0;REVB=0.0439631;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130605;OID=.;OPOS=5844649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr19 5866654 . A G 162.78 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.021879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.506;QD=19.7309;RBI=0.0457589;REFB=-0.0120307;REVB=-0.0401893;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129484;STB=0.57339;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0126778;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:7:9:7:10:7:9 chr19 5892954 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0461937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.012;QD=14.9782;RBI=0.0487291;REFB=-0.00340269;REVB=-0.0155134;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20973;STB=0.622399;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00619655;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:7:4:6:4:7:4 chr19 6156483 . T C 935.22 PASS AF=0.957746;AO=63;DP=67;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0176791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.947;QD=52.6885;RBI=0.0725985;REFB=-0.146413;REVB=0.070413;RO=3;SAF=34;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177751;STB=0.507665;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00165904;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:71:3:3:63:68:0.957746:29:34:1:2:33:35:1:2 chr19 6312290 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0349945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.318;QD=8.25503;RBI=0.0351386;REFB=-0.00414827;REVB=0.00317888;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181968;STB=0.61499;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00659008;OID=.;OPOS=6312290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:6:6:2:4:6:6 chr19 6375831 . G A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0178537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.328;QD=23.5284;RBI=0.0333214;REFB=-0.0493187;REVB=0.0281347;RO=15;SAF=3;SAR=17;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152427;STB=0.586112;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0292587;OID=.;OPOS=6375831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:17:3:4:11:17:3:4:11 chr19 6376722 . A G 391.35 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0175641;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3715;QD=19.0901;RBI=0.023998;REFB=-0.00166461;REVB=-0.0163525;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219087;STB=0.609379;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00195767;OID=.;OPOS=6376722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:42:42:40:40:0.487805:19:21:12:30:19:21:13:29 chr19 6415443 . T C 485.52 PASS AF=1;AO=23;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8035;QD=57.1199;RBI=0.0607767;REFB=0;REVB=0.0575288;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061717;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:23:34:1:9:14:0:0:17:17:0:0 chr19 6417855 . G A 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.027003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.672;QD=14.6549;RBI=0.0270832;REFB=-0.0463712;REVB=0.00208267;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0124763;OID=.;OPOS=6417855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:2:3:3:3:2:3 chr19 6419275 . A G 264.9 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0514849;FXX=0.0454477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8813;QD=16.8191;RBI=0.0561153;REFB=-0.0133502;REVB=-0.0223212;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968546;STB=0.554418;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00893512;OID=.;OPOS=6419275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:14:15:21:13:14:15:21:13 chr19 6430106 . C T 132.14 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00271726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.245;QD=24.0261;RBI=0.00272945;REFB=-0.032698;REVB=-0.000257633;RO=8;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236382;STB=0.633602;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0525392;OID=.;OPOS=6430106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:10:4:5:3:10:4:5:3 chr19 6456019 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.476;QD=37.4884;RBI=0.00982377;REFB=0;REVB=-0.00954345;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125571;OID=.;OPOS=6456019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr19 6456021 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.063;QD=39.2068;RBI=0.0289969;REFB=0;REVB=0.0282817;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591893;OID=.;OPOS=6456021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr19 6456062 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000552616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.987;QD=49.5986;RBI=0.0152403;REFB=0;REVB=0.0152302;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88721e-05;OID=.;OPOS=6456062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr19 6466481 . CA C,CG 1514.03 PASS AF=0.132653,0.867347;AO=13,85;DP=98;FAO=13,85;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=9,46;FSAR=4,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262607,0.0178766;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.083,213.477;QD=61.797;RBI=0.0401273,0.0351597;REFB=0,0;REVB=0.030341,0.030276;RO=0;SAF=9,46;SAR=4,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00578848,0.00185331;OID=.,.;OPOS=6466482,6466482;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.132653,0.867347:13,85:98:13,85:98:0:9,46:4,39:0:0:45:0:9,46:4,39:0:0 chr19 6477255 . G GT 388.8 PASS AF=1;AO=4;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0951092;FXX=0.0333222;HRUN=0;LEN=1;MLLD=170.893;QD=53.6275;RBI=0.121622;REFB=0;REVB=-0.0758026;RO=23;SAF=2;SAR=2;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.85865e-05;OID=.;OPOS=6477256;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:31:29:29:0:20:9:0:0:4:23:2:2:18:5 chr19 6477256 . G T 260.05 PASS AF=0.774194;AO=22;DP=30;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0137304;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=181.428;QD=33.5549;RBI=0.0137797;REFB=-0.0177133;REVB=0.0011638;RO=6;SAF=17;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212435;STB=0.571803;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00266534;OID=.;OPOS=6477256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:30:31:6:7:22:24:0.774194:5:17:2:4:7:17:3:4 chr19 6495736 . A G 108.78 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.10107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6056;QD=24.1726;RBI=0.121231;REFB=0.00273522;REVB=-0.066946;RO=5;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147448;STB=0.559897;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0113793;OID=.;OPOS=6495736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:5:6:12:12:0.666667:4:8:2:3:4:8:3:3 chr19 6495748 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0353599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.85;QD=21.1719;RBI=0.0394742;REFB=-0.0310748;REVB=0.0175467;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124999;STB=0.571306;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0230191;OID=.;OPOS=6495748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:4:4:4:8:4:4 chr19 6535080 . T C 2629.44 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.042;QD=61.8691;RBI=0.0165601;REFB=0;REVB=0.0153815;RO=0;SAF=111;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15244e-05;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:170:0:0:167:170:1:56:111:0:0:58:112:0:0 chr19 6586268 . G A 248.5 PASS AF=0.589744;AO=21;DP=37;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0169372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.682;QD=25.4874;RBI=0.0261679;REFB=-0.0556784;REVB=0.0199472;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111098;STB=0.545416;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0362743;OID=.;OPOS=6586268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:16:16:21:23:0.589744:13:8:4:12:15:8:4:12 chr19 6665020 . T C 715.8 PASS AF=0.946429;AO=54;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0605513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7788;QD=51.1287;RBI=0.0618565;REFB=0.0988216;REVB=-0.0126401;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.51504;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0517392;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:0:3:54:53:0.946429:22:32:0:0:21:32:1:2 chr19 6669934 . G A 252.49 PASS AF=0.375;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0376801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.706;QD=12.6243;RBI=0.0376984;REFB=-0.0114158;REVB=-0.00117318;RO=47;SAF=7;SAR=23;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169903;STB=0.612624;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0204766;OID=.;OPOS=6669934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:47:50:30:30:0.375:23:7:17:30:23:7:19:31 chr19 6696597 . G A 312.85 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00976048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3651;QD=50.0561;RBI=0.0204529;REFB=-0.0887611;REVB=-0.0179737;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51281;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00236653;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:19:5:0:0:19:5:0:1 chr19 6697406 . A G 1548.28 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.328;QD=63.8466;RBI=0.0103432;REFB=0;REVB=0.00898369;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48799e-05;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:48:48:0:0:48:49:0:0 chr19 6702157 . C G 895.84 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0191967;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.941;QD=54.2936;RBI=0.131375;REFB=-0.180406;REVB=0.129965;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.529402;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00438144;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:67:66:0:3:63:63:0.954545:24:39:0:0:24:39:0:3 chr19 6709704 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00839323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.616;QD=13.4555;RBI=0.0235827;REFB=-0.0379158;REVB=0.0220386;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143835;STB=0.585202;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0626808;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:9:6:3:8:9:6 chr19 6709848 . C T 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00722351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7981;QD=18.3006;RBI=0.00991041;REFB=0.011278;REVB=0.00678507;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156045;STB=0.588696;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0113622;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:10:13:8:12:10:13 chr19 6713291 . C T 97.2 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0200367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6809;QD=12.9598;RBI=0.0337605;REFB=-0.024825;REVB=0.0271717;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198333;STB=0.52269;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0767234;OID=.;OPOS=6713291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:9:3:4:13:9:3:4:14 chr19 6731057 . T C 501.22 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000236026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.548;QD=58.9675;RBI=0.0235354;REFB=0;REVB=-0.0235342;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000485015;OID=.;OPOS=6731057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr19 6737481 . T C 189.16 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.973;QD=47.2908;RBI=0.0794963;REFB=0;REVB=0.0724329;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0036811;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr19 6737509 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.348;QD=51.9167;RBI=0.0510984;REFB=0;REVB=0.0139279;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035492;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr19 6751279 . A G 197.42 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0092876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.461;QD=13.6153;RBI=0.0119889;REFB=-0.00652308;REVB=-0.0075811;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219509;STB=0.624896;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0108851;OID=.;OPOS=6751279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:34:23:24:0.413793:9:14:13:20:9:15:14:20 chr19 6751281 . C T 181.3 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00555149;FXX=0.0344768;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.5087;QD=12.9498;RBI=0.0222127;REFB=-0.0138576;REVB=0.0215077;RO=34;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236724;STB=0.63624;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0109347;OID=.;OPOS=6751281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:34:22:22:0.392857:8:14:14:20:8:14:14:20 chr19 6751293 . T G 212.42 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.019246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.046;QD=14.6498;RBI=0.0277447;REFB=-0.0100272;REVB=0.0199839;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191691;STB=0.61674;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.012963;OID=.;OPOS=6751293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:33:24:25:0.431034:8:16:16:17:8:17:16:17 chr19 6754188 . T C 145.53 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0525045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.202;QD=16.1698;RBI=0.0535401;REFB=0.00183204;REVB=0.0104797;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172185;STB=0.599867;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00444389;OID=.;OPOS=6754188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:8:12:12:4:8:12 chr19 6833777 . A G 1045.62 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112468;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.814;QD=59.75;RBI=0.0227152;REFB=0;REVB=0.0197355;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143538;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:30:39:0:0:30:40:0:0 chr19 6833989 . G T 148.2 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355406;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.8263;QD=42.3421;RBI=0.104025;REFB=0;REVB=0.0977649;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00678186;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:1:0:12:14:1:3:9:1:0:4:10:0:0 chr19 6913811 . A G 189.26 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0664713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0404;QD=13.0521;RBI=0.0664997;REFB=-0.0040686;REVB=0.00194482;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151227;STB=0.564899;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00350125;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:35:23:23:0.396552:12:11:11:22:12:11:13:22 chr19 6919624 . A C 168.62 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0169181;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5392;QD=12.971;RBI=0.0185834;REFB=-0.0169077;REVB=0.00768908;RO=31;SAF=16;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34762;STB=0.697029;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0248121;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:32:20:20:0.384615:4:16:16:15:4:16:17:15 chr19 6919753 . A G 103.46 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0635881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.678;QD=18.8105;RBI=0.0636367;REFB=-0.0245797;REVB=-0.0024856;RO=9;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439064;STB=0.775356;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0134223;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:22:9:10:12:12:0.545455:10:2:6:3:10:2:7:3 chr19 6921868 . G A 150.54 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0102524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.608;QD=12.5451;RBI=0.0102567;REFB=-0.0213736;REVB=0.000299382;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00961007;STB=0.523781;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0373902;OID=.;OPOS=6921868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:31:17:17:0.354167:6:11:19:10:6:11:19:12 chr19 6972357 . C T 218.48 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0371143;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.509;QD=14.3266;RBI=0.0373554;REFB=-0.00231054;REVB=-0.00423787;RO=35;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935916;STB=0.565169;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00463347;OID=.;OPOS=6972357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:35:25:26:0.42623:15:10:11:24:15:11:11:24 chr19 6974556 . C A 102.44 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0103279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.611;QD=12.8053;RBI=0.0265779;REFB=-0.00243631;REVB=0.0244892;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832381;STB=0.535459;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00547574;OID=.;OPOS=6974556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:32:15:19:12:12:0.375:7:5:5:10:7:5:9:10 chr19 6974564 . C T 167.4 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0106533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.493;QD=23.0898;RBI=0.0142683;REFB=-0.0181379;REVB=-0.00949173;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127109;STB=0.571344;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0181873;OID=.;OPOS=6974564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:5:7:7:10:5:7 chr19 7005905 . T A 179.43 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569276;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9455;QD=47.8469;RBI=0.0757817;REFB=0;REVB=-0.0500211;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00628104;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr19 7006048 . G A 131.21 PASS AF=0.405405;AO=13;DP=35;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0180047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.014;QD=14.1851;RBI=0.0288046;REFB=-0.0174886;REVB=0.0224841;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764642;STB=0.589629;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0278145;OID=.;OPOS=7006048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:22:22:13:15:0.405405:8:5:7:15:8:7:7:15 chr19 7076418 . C A 416.09 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.00840071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6347;QD=19.5807;RBI=0.0925562;REFB=-0.00962376;REVB=-0.0921742;RO=43;SAF=27;SAR=15;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305528;STB=0.669342;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00732887;OID=.;OPOS=7076418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:15:27:13:30:15:27:13:30 chr19 7184518 . G A 286.47 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=-0.0182423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.805;QD=24.3803;RBI=0.0435541;REFB=0.00836078;REVB=0.0395497;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329414;STB=0.68073;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00531727;OID=.;OPOS=7184518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:13:13:19:2:13:13:19:2 chr19 7504982 . C T 285.97 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0116561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9963;QD=21.9979;RBI=0.0160936;REFB=-0.0458478;REVB=0.0110968;RO=22;SAF=26;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316321;STB=0.67343;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0373967;OID=.;OPOS=7504982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:29:29:0.557692:3:26:15:7:3:26:16:7 chr19 7524846 . C T 330.64 PASS AF=0.386139;AO=38;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0130533;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.77;QD=13.0946;RBI=0.0161022;REFB=-0.0154928;REVB=0.00942837;RO=60;SAF=25;SAR=13;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483074;STB=0.529014;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0330975;OID=.;OPOS=7524846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:62:38:39:0.386139:13:25:37:23:14:25:37:25 chr19 7524855 . C T 321.65 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.0269715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3004;QD=12.371;RBI=0.0828322;REFB=-0.00970869;REVB=0.0783181;RO=65;SAF=24;SAR=15;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352081;STB=0.520113;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0201213;OID=.;OPOS=7524855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:15:24:38:27:15:24:38:27 chr19 7528734 . A G 393.27 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.016;QD=56.1817;RBI=0.0354231;REFB=0;REVB=-0.0245498;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3803e-05;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:15:13:0:0 chr19 7532252 . G C 238.55 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.052324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3881;QD=27.2634;RBI=0.0774925;REFB=-0.0194646;REVB=0.0571602;RO=13;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105714;STB=0.558684;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00822889;OID=.;OPOS=7532252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:15:7:6:7:15:7:6:7 chr19 7533767 . T G 538.57 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.091;QD=59.8409;RBI=0.057952;REFB=0;REVB=0.0502141;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1602e-05;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:19:17:0:0 chr19 7533850 . A G 801.47 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00185071;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.011;QD=52.5554;RBI=0.00234859;REFB=-0.0686642;REVB=-0.00144595;RO=3;SAF=30;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170483;STB=0.509047;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0118407;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:61:3:3:58:58:0.95082:28:30:1:2:28:30:1:2 chr19 7537864 . G A 241.3 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00454102;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.5266;QD=20.9827;RBI=0.0322084;REFB=0.0127963;REVB=0.0318867;RO=23;SAF=18;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196491;STB=0.611545;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0225015;OID=.;OPOS=7537864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:5:18:14:9:5:18:14:9 chr19 7538039 . A G 1989.66 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.647;QD=62.177;RBI=0.0466759;REFB=0;REVB=0.0139622;RO=0;SAF=51;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63376e-05;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:77:51:0:0:77:51:0:0 chr19 7538117 . A G 946.47 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.467;QD=58.2443;RBI=0.0202032;REFB=0;REVB=0.00560074;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251817;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:45:19:0:0:45:20:0:0 chr19 7547074 . A C 36.54 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0150583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.209;QD=6.95969;RBI=0.0187623;REFB=-0.00439863;REVB=-0.0111925;RO=15;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366744;STB=0.763935;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0120773;OID=.;OPOS=7547074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:21:15:15:5:6:0.285714:2:3:4:11:2:4:4:11 chr19 7592630 . C T 127.71 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.000641301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.124;QD=11.8802;RBI=0.0468769;REFB=-0.0134269;REVB=-0.0468726;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243762;STB=0.501556;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0222032;OID=.;OPOS=7592630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:28:15:15:0.348837:8:7:12:15:8:7:13:15 chr19 7598657 . G A 447.5 PASS AF=0.458716;AO=48;DP=107;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0882285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3134;QD=16.4219;RBI=0.117935;REFB=-0.0257091;REVB=0.0782589;RO=59;SAF=16;SAR=32;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248178;STB=0.509545;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0429391;OID=.;OPOS=7598657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:59:59:48:50:0.458716:32:16:21:38:33:17:21:38 chr19 7685843 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0231728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.8;QD=13.7531;RBI=0.0251962;REFB=-0.0180415;REVB=-0.00989277;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236042;STB=0.636506;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0316116;OID=.;OPOS=7685843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:7:16:7:8:7:16 chr19 7703605 . C T 257.74 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00812697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.346;QD=19.8264;RBI=0.0207905;REFB=-0.0235954;REVB=-0.0191363;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11026;STB=0.561359;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0273164;OID=.;OPOS=7703605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:15:12:8:17:15:12:8:17 chr19 7705440 . C CTG 67.07 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00277709;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.465;QD=12.7754;RBI=0.0626395;REFB=-0.0272608;REVB=0.0625779;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385795;STB=0.7268;STBP=0.095;TYPE=ins;VARB=0.0564214;OID=.;OPOS=7705441;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:9:21:9:21:12:3:6:9:3:67:12:3:6:9:3 chr19 7706656 . C T 156.68 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.110204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6664;QD=11.8248;RBI=0.117893;REFB=-0.0268749;REVB=0.04188;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167503;STB=0.608914;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0471923;OID=.;OPOS=7706656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:33:19:20:0.377358:11:8:19:14:12:8:19:14 chr19 7711221 . T C 533.17 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0103873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.562;QD=23.1814;RBI=0.0131646;REFB=-0.0136154;REVB=0.00808767;RO=41;SAF=22;SAR=28;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00081175;STB=0.505725;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0118743;OID=.;OPOS=7711221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:42:50:50:0.543478:28:22:18:23:28:22:19:23 chr19 7712277 . A G 2092.93 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.003;QD=62.4756;RBI=0.0503343;REFB=0;REVB=-0.00104177;RO=0;SAF=57;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74869e-05;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:76:57:0:0:76:58:0:0 chr19 7743821 . A G 78.02 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00393244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.601;QD=14.1859;RBI=0.0283062;REFB=0.00513938;REVB=-0.0280317;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406606;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00176218;OID=.;OPOS=7743821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:22:22:11:12:10:10:0.454545:5:5:6:5:5:5:6:6 chr19 7743879 . C T 146.33 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0106069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.673;QD=16.7236;RBI=0.0267645;REFB=-0.0151535;REVB=0.024573;RO=19;SAF=13;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107309;STB=0.562079;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.017211;OID=.;OPOS=7743879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:3:13:14:5:3:13:14:5 chr19 7755056 . G A 135.24 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0045399;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8079;QD=19.3201;RBI=0.0378715;REFB=-0.0227538;REVB=0.0375984;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235508;STB=0.633964;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0224517;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:8:5:10:5:8:5 chr19 7916620 . A G 281.4 PASS AF=0.641026;AO=23;DP=37;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0110054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.97;QD=28.8617;RBI=0.0294298;REFB=-0.0406105;REVB=-0.0272946;RO=14;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206348;STB=0.621405;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0171539;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:14:14:23:25:0.641026:15:8:9:5:17:8:9:5 chr19 7928462 . T C 782.13 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.747;QD=56.882;RBI=0.0322972;REFB=0;REVB=0.030457;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147839;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:39:15:0:0:40:15:0:0 chr19 7928788 . A C 376.13 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0826143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9162;QD=55.7229;RBI=0.0826894;REFB=0;REVB=-0.00352414;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104109;OID=.;OPOS=7928788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:7:19:0:0:8:19:0:0 chr19 7938305 . CA AG,CAG 386.04 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=2,25;DP=31;FAO=1,30;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281289,-0.00404425;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=8.79902,22.7876;QD=49.8116;RBI=0.0983652,0.137453;REFB=0,0;REVB=-0.0942575,-0.137394;RO=0;SAF=1,21;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.661e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0121161,-0.0083153;OID=.,.;OPOS=7938305,7938307;OREF=CA,-;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:31:31:0:0:2,25:1,30:0.0322581,0.967742:1,4:1,21:0:0:0,8:1,22:0:0 chr19 7963914 . A C 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.654;QD=56.6997;RBI=0.0429415;REFB=0;REVB=0.0169599;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202194;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr19 7975586 . C T 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0210548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.043;QD=14.6527;RBI=0.0314871;REFB=0.0118711;REVB=0.0234123;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327753;STB=0.699398;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00747244;OID=.;OPOS=7975586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:3:5:7:1:3:5 chr19 7986638 . C G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0204142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.865;QD=18.2512;RBI=0.0215736;REFB=-0.0208215;REVB=0.00697708;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116279;STB=0.566284;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0182584;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:9:6:8:7:9:6 chr19 8122737 . G A 244.4 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0635766;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.3781;QD=21.7247;RBI=0.115789;REFB=-0.0900485;REVB=-0.0967735;RO=20;SAF=19;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104738;STB=0.551406;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0674248;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:21:24:24:0.533333:5:19:14:6:5:19:15:6 chr19 8122767 . T C 226.49 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0113442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.996;QD=17.0934;RBI=0.0448178;REFB=-0.0225141;REVB=-0.0433583;RO=28;SAF=20;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157087;STB=0.589396;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0185314;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:5:20:19:9:5:20:19:9 chr19 8152725 . A G 785.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.35;QD=57.1009;RBI=0.0108678;REFB=0;REVB=0.0105525;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30929e-05;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr19 8159362 . G T 91.53 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00612722;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.986;QD=14.6443;RBI=0.00877304;REFB=0.00155076;REVB=-0.0062788;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264132;STB=0.654398;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.000881279;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:5:9:4:7:5:9 chr19 8159409 . G T 418.09 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.474;QD=53.9466;RBI=0.0491653;REFB=-0.125345;REVB=0.0370106;RO=1;SAF=10;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443379;STB=0.523793;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00118698;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:20:10:1:0:20:10:1:0 chr19 8160897 . G C 195.16 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0115749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5014;QD=14.1935;RBI=0.0298391;REFB=-0.00862975;REVB=0.0275026;RO=32;SAF=15;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00457961;STB=0.502616;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0173396;OID=.;OPOS=8160897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:8:15:21:11:8:15:21:11 chr19 8161450 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00378773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.936;QD=13.6609;RBI=0.0263871;REFB=0.00349157;REVB=-0.0261138;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171974;STB=0.599863;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00430132;OID=.;OPOS=8161450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:14:7:7:7:14:7 chr19 8165868 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0277437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.464;QD=14.3999;RBI=0.0406901;REFB=-0.0296529;REVB=-0.0297653;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502435;STB=0.528549;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0383925;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:10:15:22:12:10:15:22:12 chr19 8176569 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00848256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.84;QD=21.5107;RBI=0.0748296;REFB=-0.00514318;REVB=0.0743473;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221291;STB=0.624858;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00355169;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:6:12:6:9:6:12:6:9 chr19 8176640 . C T 194.01 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0249283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9385;QD=16.87;RBI=0.0273367;REFB=-0.00235525;REVB=-0.0112192;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380046;STB=0.521717;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.000737756;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:10:10:14:12:10:10:14:12 chr19 8176919 . C T 538.59 PASS AF=0.928571;AO=37;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00446749;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.7;QD=51.2942;RBI=0.0185127;REFB=-0.190019;REVB=0.0179655;RO=3;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550238;STB=0.527259;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00176908;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:42:42:3:3:37:39:0.928571:24:13:0:3:26:13:0:3 chr19 8176945 . T C 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00206509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.711;QD=15.6184;RBI=0.0142248;REFB=-0.00895793;REVB=0.0140742;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048853;STB=0.528022;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0094562;OID=.;OPOS=8176945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:13:5:6:19:13:5:6:19 chr19 8183871 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0660092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.464;QD=15.1717;RBI=0.0677027;REFB=-0.00694732;REVB=-0.015048;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242255;STB=0.514002;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0319981;OID=.;OPOS=8183871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:9:15:11:6:9:15 chr19 8188812 . C T 190.24 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.037029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.995;QD=21.7415;RBI=0.049339;REFB=-0.0194906;REVB=0.0326067;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110883;STB=0.562433;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0197166;OID=.;OPOS=8188812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:7:12:8:8:7:12:8:8 chr19 8191238 . C T 314.5 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8623;QD=52.4159;RBI=0.0347774;REFB=0;REVB=0.0344637;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00411614;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:14:10:0:0 chr19 8191248 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.604;QD=53.277;RBI=0.0506144;REFB=0;REVB=0.0425327;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231493;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr19 8196444 . C T 576.49 PASS AF=1;AO=31;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201432;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.671;QD=60.683;RBI=0.0725685;REFB=0;REVB=0.0725406;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377707;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:31:38:1:6:25:0:0:10:28:0:0 chr19 8321562 . C T 524.7 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026469;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.494;QD=59.9653;RBI=0.0342055;REFB=0;REVB=0.0216658;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287127;OID=.;OPOS=8321562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr19 8326904 . G A 732.5 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0314385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.453;QD=51.4036;RBI=0.0314941;REFB=-0.210502;REVB=0.00187024;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149611;STB=0.512901;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00362084;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:1:3:54:54:0.947368:31:23:0:1:31:23:2:1 chr19 8367033 . T C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0227466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.192;QD=10.669;RBI=0.0274722;REFB=-0.0207236;REVB=0.015405;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240468;STB=0.642595;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0425862;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:5:13:5:5:5:13 chr19 8468337 . C T 651.08 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5251;QD=62.0075;RBI=0.0874705;REFB=0;REVB=0.042679;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011747;OID=.;OPOS=8468337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr19 8553630 . C T 1381.01 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148016;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.409;QD=62.7732;RBI=0.0154002;REFB=0;REVB=0.00425179;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87106e-05;OID=.;OPOS=8553630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr19 8578035 . T C 728.87 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.6;QD=57.1664;RBI=0.0427035;REFB=0;REVB=-0.00331662;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118256;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:23:26:0:0:24:27:0:0 chr19 8645786 . A C 1055.79 PASS AF=0.972222;AO=52;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.352;QD=58.6551;RBI=0.04012;REFB=0;REVB=0.0281176;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257044;OID=.;OPOS=8645786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:0:52:70:0.972222:26:26:0:0:28:42:0:0 chr19 8669931 . G C 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.143;QD=60.5454;RBI=0.0613744;REFB=0;REVB=0.02369;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103945;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr19 8808373 . G T 1057.22 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0376344;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3591;QD=57.1471;RBI=0.0802534;REFB=-0.0413313;REVB=0.0708821;RO=3;SAF=25;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157686;STB=0.50454;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00886272;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:3:2:71:72:0.972973:46:25:1:2:47:25:1:1 chr19 8808900 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.878;QD=35.5757;RBI=0.0177556;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257657;OID=.;OPOS=8808900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr19 8808942 . A G 123.19 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.181091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6927;QD=37.905;RBI=0.21814;REFB=-0.00469146;REVB=0.121619;RO=1;SAF=11;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521703;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00186319;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:1:1:11:12:0.923077:0:11:1:0:1:11:1:0 chr19 8953801 . T C 636.01 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015317;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4348;QD=62.0493;RBI=0.0181058;REFB=0;REVB=-0.00965452;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00160935;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr19 8953922 . C T 499.59 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0276435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.523;QD=54.0101;RBI=0.0278089;REFB=-0.0173568;REVB=0.00302842;RO=1;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017657;STB=0.518508;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00077501;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:26:9:0:1:26:9:0:2 chr19 8961981 . C G 1511.14 PASS AF=0.981651;AO=103;DP=108;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0120319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3122;QD=55.4548;RBI=0.110124;REFB=-0.0973826;REVB=0.109465;RO=2;SAF=51;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000175443;STB=0.509614;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00796815;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:108:109:2:2:103:107:0.981651:52:51:1:1:56:51:2:0 chr19 8999421 . G C 60.49 PASS AF=0.111111;AO=15;DP=135;FAO=15;FDP=135;FR=.;FRO=120;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=-0.0113422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.769;QD=1.79235;RBI=0.0145012;REFB=-0.00369587;REVB=-0.00903537;RO=120;SAF=3;SAR=12;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383026;STB=0.782487;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0273567;OID=.;OPOS=8999421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:135:135:120:120:15:15:0.111111:12:3:61:59:12:3:61:59 chr19 8999429 . G T 64.62 PASS AF=0.110345;AO=16;DP=144;FAO=16;FDP=145;FR=.;FRO=129;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=-0.0118147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.9486;QD=1.78256;RBI=0.0119022;REFB=-0.00116549;REVB=-0.00144029;RO=124;SAF=9;SAR=7;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115505;STB=0.579301;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00654122;OID=.;OPOS=8999429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:144:145:124:129:16:16:0.110345:7:9:58:66:7:9:61:68 chr19 8999438 . A T 109.7 PASS AF=0.148649;AO=22;DP=148;FAO=22;FDP=148;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=-0.0260082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4741;QD=2.96487;RBI=0.0266966;REFB=-0.00279247;REVB=-0.00602353;RO=122;SAF=10;SAR=12;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577671;STB=0.525254;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0117531;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:122:126:22:22:0.148649:12:10:61:61:12:10:61:65 chr19 8999445 . C T 55.44 PASS AF=0.0980392;AO=15;DP=153;FAO=15;FDP=153;FR=.;FRO=138;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=69;FWDB=-0.020757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.409;QD=1.44947;RBI=0.0207876;REFB=-0.00320911;REVB=-0.0011269;RO=130;SAF=3;SAR=12;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348102;STB=0.780102;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0344573;OID=.;OPOS=8999445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:153:153:130:138:15:15:0.0980392:12:3:62:68:12:3:69:69 chr19 8999446 . T C 62.53 PASS AF=0.105263;AO=15;DP=151;FAO=16;FDP=152;FR=.;FRO=136;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=73;FWDB=-0.0163645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.767;QD=1.64558;RBI=0.0172951;REFB=-0.00637513;REVB=-0.00559682;RO=135;SAF=8;SAR=7;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794128;STB=0.532854;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0526992;OID=.;OPOS=8999446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:151:152:135:136:15:16:0.105263:7:8:63:72:8:8:63:73 chr19 8999449 . G T 105.57 PASS AF=0.142857;AO=22;DP=148;FAO=22;FDP=154;FR=.;FRO=132;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=62;FSRR=70;FWDB=-0.0611444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6646;QD=2.74205;RBI=0.0770604;REFB=-0.00919228;REVB=-0.0469006;RO=126;SAF=10;SAR=12;SRF=57;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00276852;STB=0.513052;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0557379;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:154:126:132:22:22:0.142857:12:10:57:69:12:10:62:70 chr19 8999453 . C T 248.62 PASS AF=0.246753;AO=38;DP=153;FAO=38;FDP=154;FR=.;FRO=116;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=-0.00172503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.243;QD=6.45774;RBI=0.00260301;REFB=-0.00925295;REVB=-0.00194934;RO=115;SAF=23;SAR=15;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221471;STB=0.610227;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0358711;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:115:116:38:38:0.246753:15:23:49:66:16:22:50:66 chr19 8999462 . C T 56.69 PASS AF=0.100671;AO=15;DP=150;FAO=15;FDP=149;FR=.;FRO=134;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=68;FSRR=66;FWDB=-0.000996029;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0203;QD=1.52187;RBI=0.00925453;REFB=0.00471454;REVB=0.00920077;RO=132;SAF=3;SAR=12;SRF=69;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389661;STB=0.784141;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.02261;OID=.;OPOS=8999462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:150:149:132:134:15:15:0.100671:12:3:69:63:12:3:68:66 chr19 8999468 . C G 49.06 PASS AF=0.0915033;AO=14;DP=153;FAO=14;FDP=153;FR=.;FRO=139;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=71;FSRR=68;FWDB=-0.0230757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.311;QD=1.28273;RBI=0.0303312;REFB=-0.00227336;REVB=-0.0196849;RO=139;SAF=2;SAR=12;SRF=71;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439463;STB=0.845051;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0226732;OID=.;OPOS=8999468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:153:153:139:139:14:14:0.0915033:12:2:71:68:12:2:71:68 chr19 8999474 . T C 163.83 PASS AF=0.187919;AO=28;DP=149;FAO=28;FDP=149;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=-0.0425206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.054;QD=4.39811;RBI=0.0432694;REFB=-0.0107083;REVB=-0.00801481;RO=119;SAF=11;SAR=17;SRF=58;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122091;STB=0.584443;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0472069;OID=.;OPOS=8999474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:119:121:28:28:0.187919:17:11:58:61:17:11:60:61 chr19 8999478 . T C 73.47 PASS AF=0.119718;AO=17;DP=142;FAO=17;FDP=142;FR=.;FRO=125;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=-0.0256407;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.622;QD=2.06949;RBI=0.0302575;REFB=-0.0073499;REVB=-0.0160645;RO=123;SAF=8;SAR=9;SRF=57;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0089021;STB=0.505817;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0684187;OID=.;OPOS=8999478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:142:142:123:125:17:17:0.119718:9:8:57:66:9:8:58:67 chr19 8999488 . C T 63.55 PASS AF=0.119048;AO=15;DP=126;FAO=15;FDP=126;FR=.;FRO=111;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=0.0792247;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2476;QD=2.01749;RBI=0.0802715;REFB=0.000789414;REVB=-0.0129216;RO=111;SAF=8;SAR=7;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794579;STB=0.564719;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00691222;OID=.;OPOS=8999488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:126:126:111:111:15:15:0.119048:7:8:52:59:7:8:51:60 chr19 8999503 . TG GA 49.83 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.00550396;FXX=0.039996;HRUN=4;LEN=2;MLLD=230.09;QD=2.07644;RBI=0.00564952;REFB=-0.00521368;REVB=-0.00127421;RO=78;SAF=7;SAR=4;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284543;STB=0.673767;STBP=0.249;TYPE=mnp;VARB=0.0318803;OID=.;OPOS=8999503;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:100:96:78:85:11:11:0.114583:4:7:31:47:4:7:37:48 chr19 8999507 . A G 57.5 PASS AF=0.123711;AO=12;DP=97;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0192555;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.986;QD=2.37123;RBI=0.0228465;REFB=-0.00363582;REVB=-0.0122959;RO=77;SAF=7;SAR=5;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204549;STB=0.627542;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0354063;OID=.;OPOS=8999507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:97:97:77:85:12:12:0.123711:5:7:32:45:5:7:37:48 chr19 8999514 . C T 99.8 PASS AF=0.182796;AO=17;DP=93;FAO=17;FDP=93;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0575326;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.224;QD=4.29255;RBI=0.0653925;REFB=-0.0158016;REVB=0.0310833;RO=75;SAF=9;SAR=8;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112436;STB=0.566673;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0260702;OID=.;OPOS=8999514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:75:76:17:17:0.182796:8:9:33:42:8:9:34:42 chr19 8999518 . A G 70.01 PASS AF=0.150538;AO=10;DP=89;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0102609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.557;QD=3.01112;RBI=0.0102821;REFB=-0.00746192;REVB=0.000659816;RO=77;SAF=7;SAR=3;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250003;STB=0.505369;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0304621;OID=.;OPOS=8999518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:89:93:77:79:10:14:0.150538:3:7:38:39:7:7:39:40 chr19 8999522 . G A 67.46 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=86;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0192021;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.465;QD=3.17441;RBI=0.0201553;REFB=-0.0109244;REVB=0.00612505;RO=70;SAF=7;SAR=6;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118888;STB=0.567464;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0561215;OID=.;OPOS=8999522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:86:85:70:72:13:13:0.152941:6:7:31:39:6:7:33:39 chr19 8999538 . T C 32.63 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00596455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.142;QD=1.97729;RBI=0.0203688;REFB=-0.00117691;REVB=-0.019476;RO=59;SAF=3;SAR=4;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731514;STB=0.55636;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00941872;OID=.;OPOS=8999538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:4:3:29:30:4:3:29:30 chr19 9001822 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0231598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.386;QD=17.4015;RBI=0.0276976;REFB=-0.0280481;REVB=-0.0151914;RO=13;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167044;STB=0.596854;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0355197;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:3:10:8:5:3:10:8:5 chr19 9001833 . A G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.011768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.502;QD=16.6273;RBI=0.0136744;REFB=0.00258432;REVB=0.00696442;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144167;STB=0.583803;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00158308;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:3:10:9:5:3:10:9:5 chr19 9001835 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00617028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.895;QD=16.6265;RBI=0.0267554;REFB=-0.00061476;REVB=-0.0260342;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144167;STB=0.583803;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00166042;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:3:10:9:5:3:10:9:5 chr19 9002504 . T C 160.02 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=93;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0172416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6906;QD=6.88277;RBI=0.0268974;REFB=0.00822616;REVB=-0.0206446;RO=70;SAF=13;SAR=10;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456679;STB=0.527832;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.023917;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:70:70:23:23:0.247312:10:13:37:33:10:13:37:33 chr19 9002519 . G C 146.32 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=95;FAO=22;FDP=99;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00644303;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.122;QD=5.9118;RBI=0.065951;REFB=-0.0145078;REVB=0.0656356;RO=74;SAF=9;SAR=9;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520277;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0627964;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:74:77:18:22:0.222222:9:9:37:37:10:12:40:37 chr19 9002576 . T C 52.1 PASS AF=0.108333;AO=14;DP=121;FAO=13;FDP=120;FR=.;FRO=107;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=51;FWDB=-0.046889;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4774;QD=1.73682;RBI=0.0764291;REFB=-0.0116622;REVB=-0.0603559;RO=104;SAF=6;SAR=8;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09912;STB=0.623055;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0956658;OID=.;OPOS=9002576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:121:120:104:107:14:13:0.108333:8:6:53:51:8:5:56:51 chr19 9002587 . C T 37.3 PASS AF=0.0900901;AO=10;DP=111;FAO=10;FDP=111;FR=.;FRO=101;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=-0.0413976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3544;QD=1.3443;RBI=0.0556538;REFB=-0.00657027;REVB=-0.0371965;RO=99;SAF=4;SAR=6;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12117;STB=0.604109;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.044136;OID=.;OPOS=9002587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:111:111:99:101:10:10:0.0900901:6:4:50:49:6:4:52:49 chr19 9003618 . C T 404.58 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00283271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.808;QD=17.0349;RBI=0.0306377;REFB=-0.0155221;REVB=-0.0305065;RO=53;SAF=16;SAR=26;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741579;STB=0.541647;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0151841;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:26:16:24:29:26:16:24:29 chr19 9003645 . G A 305.39 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0306939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.288;QD=12.8584;RBI=0.0310336;REFB=-0.0149626;REVB=0.0045791;RO=59;SAF=11;SAR=24;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919462;STB=0.559965;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0349998;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:60:35:35:0.368421:24:11:23:36:24:11:24:36 chr19 9005719 . A G 53.65 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0402909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.792;QD=7.94799;RBI=0.0407951;REFB=-0.000110627;REVB=-0.00639349;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599921;STB=0.856462;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00101613;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:3:16:2:6:3:16 chr19 9006370 . A G 75.54 PASS AF=0.162791;AO=14;DP=86;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0393464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.793;QD=3.51366;RBI=0.0530694;REFB=-0.00693413;REVB=-0.0356121;RO=69;SAF=5;SAR=9;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101287;STB=0.564366;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0363091;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:86:69:72:14:14:0.162791:9:5:30:39:9:5:31:41 chr19 9006415 . TT CA,TA 78.77 PASS AF=0.149254,0.0597015;AO=10,4;DP=67;FAO=10,4;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=4,1;FSAR=6,3;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.000455055,-0.0309502;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=153.327,71.9152;QD=4.70241;RBI=0.00295468,0.0326685;REFB=-0.00539426,-0.0101599;REVB=-0.00291943,-0.0104552;RO=52;SAF=4,1;SAR=6,3;SRF=18;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0709233,-0.112355;STB=0.55395,0.599469;STBP=0.768,0.773;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0356604,0.021951;OID=.,.;OPOS=9006415,9006416;OREF=TT,T;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:67:67:52:53:10,4:10,4:0.149254,0.0597015:6,3:4,1:18:34:6,3:4,1:18:35 chr19 9006418 . G A 78.66 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.00566241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.558;QD=4.91602;RBI=0.00662409;REFB=-0.0100176;REVB=-0.00343738;RO=51;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689369;STB=0.543976;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0398974;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:8:5:17:34:8:5:17:34 chr19 9006749 . C T 692.48 PASS AF=0.446429;AO=75;DP=167;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=0.00100966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.889;QD=16.4877;RBI=0.0195765;REFB=-0.0157379;REVB=-0.0195504;RO=92;SAF=36;SAR=39;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994014;STB=0.551711;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0181789;OID=.;OPOS=9006749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:92:93:75:75:0.446429:39:36:35:57:39:36:36:57 chr19 9012840 . G A 57.88 PASS AF=0.0917874;AO=19;DP=207;FAO=19;FDP=207;FR=.;FRO=188;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=81;FSRR=107;FWDB=-0.0160437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.016;QD=1.11847;RBI=0.0194522;REFB=-0.00149228;REVB=0.0109994;RO=187;SAF=5;SAR=14;SRF=81;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213861;STB=0.665377;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0161538;OID=.;OPOS=9012840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:207:207:187:188:19:19:0.0917874:14:5:81:106:14:5:81:107 chr19 9014551 . T C 219.55 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0646826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3659;QD=13.1074;RBI=0.0668069;REFB=0.0179587;REVB=0.0167129;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17576;STB=0.599928;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0295946;OID=.;OPOS=9014551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:13:14:14:26:13:14:14:26 chr19 9014569 . A G 214.42 PASS AF=0.419355;AO=24;DP=60;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0058526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.982;QD=13.8338;RBI=0.0102507;REFB=-0.0185953;REVB=-0.00841568;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138772;STB=0.601889;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0241315;OID=.;OPOS=9014569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:33:36:24:26:0.419355:12:12:12:21:12:14:13:23 chr19 9019605 . C G 1938.02 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305157;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5574;QD=62.0166;RBI=0.0387647;REFB=0;REVB=0.0239059;RO=0;SAF=76;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215676;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:49:76:0:0:49:76:0:0 chr19 9020153 . CA CG,TG 652.46 PASS AF=0.659091,0.340909;AO=26,15;DP=42;FAO=29,15;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=4,6;FSAR=25,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304087,0.0304272;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=206.573,188.307;QD=59.3142;RBI=0.031272,0.0329963;REFB=0,0;REVB=-0.00729719,-0.0127649;RO=0;SAF=4,6;SAR=22,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.50493e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00264632,0.00462435;OID=.,.;OPOS=9020154,9020153;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:42:44:0:0:26,15:29,15:0.659091,0.340909:22,9:4,6:0:0:25,9:4,6:0:0 chr19 9024994 . C T 163.12 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0337808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.688;QD=16.7301;RBI=0.0356911;REFB=-0.0210969;REVB=0.01152;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872856;STB=0.534845;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0230164;OID=.;OPOS=9024994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:8:9:13:8:8:10:13:8 chr19 9025584 . T G 71.0 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0161312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5876;QD=3.68812;RBI=0.0402152;REFB=0.00181858;REVB=-0.0368381;RO=64;SAF=9;SAR=4;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262685;STB=0.675183;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00872314;OID=.;OPOS=9025584;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:77:77:64:64:13:13:0.168831:4:9:31:33:4:9:31:33 chr19 9025604 . A G 96.8 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0137356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.082;QD=4.96431;RBI=0.0195276;REFB=-0.0078411;REVB=-0.0138802;RO=62;SAF=12;SAR=4;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343407;STB=0.719716;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0275624;OID=.;OPOS=9025604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:62:62:16:16:0.205128:4:12:30:32:4:12:30:32 chr19 9028373 . G A 394.97 PASS AF=0.526316;AO=38;DP=73;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00583638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9585;QD=20.7881;RBI=0.0101094;REFB=-0.0223505;REVB=-0.00825448;RO=35;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814803;STB=0.536921;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.015545;OID=.;OPOS=9028373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:35:36:38:40:0.526316:22:16:18:17:22:18:19:17 chr19 9048342 . C T 144.63 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00713815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6808;QD=15.636;RBI=0.0261882;REFB=0.000503788;REVB=0.0251966;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096654;STB=0.567485;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-3.63908e-06;OID=.;OPOS=9048342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:8:8:12:8:8:8:13:8 chr19 9048895 . A C 295.75 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0206939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9744;QD=22.321;RBI=0.021745;REFB=-0.016529;REVB=0.00667873;RO=22;SAF=15;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696274;STB=0.528283;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.015958;OID=.;OPOS=9048895;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:22:23:30:30:0.566038:15:15:9:13:15:15:10:13 chr19 9057408 . A G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.717;QD=61.6953;RBI=0.0351352;REFB=0;REVB=0.016306;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44008e-05;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr19 9057687 . A G,T 590.98 PASS AF=0.95,0.05;AO=37,2;DP=39;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153875,-0.0017446;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.8493,86.0029;QD=59.0983;RBI=0.15866,0.00739966;REFB=0,0;REVB=0.0386719,0.00719105;RO=0;SAF=13,1;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00240189,0.206779;OID=.,.;OPOS=9057687,9057687;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:40:0:0:37,2:38,2:0.95,0.05:24,1:13,1:0:0:24,1:14,1:0:0 chr19 9058907 . G C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.651;QD=57.68;RBI=0.093463;REFB=0;REVB=0.0931849;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921873;OID=.;OPOS=9058907;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr19 9059159 . T G 638.73 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00937339;FXX=0.0181785;HRUN=7;LEN=1;MLLD=266.076;QD=47.313;RBI=0.00939893;REFB=-0.0434924;REVB=-0.000692511;RO=5;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407911;STB=0.52173;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000622478;OID=.;OPOS=9059159;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:54:5:5:49:49:0.907407:28:21:1:4:28:21:1:4 chr19 9059307 . C T 756.09 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277478;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.8;QD=61.7219;RBI=0.0400248;REFB=0;REVB=0.0288452;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585219;OID=.;OPOS=9059307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:32:15:0:0:32:17:0:0 chr19 9059808 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.055;QD=60.8831;RBI=0.0258104;REFB=0;REVB=0.0111034;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95155e-05;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr19 9060541 . C T 800.89 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.873;QD=57.2065;RBI=0.0322146;REFB=0;REVB=0.0245895;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4827e-06;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr19 9060605 . G A 1035.41 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0133091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.827;QD=56.7346;RBI=0.0530418;REFB=-0.0686473;REVB=0.0513449;RO=1;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171903;STB=0.503473;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0036721;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:27:44:0:1:27:44:1:1 chr19 9060812 . T C 727.61 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.728;QD=63.2706;RBI=0.0554282;REFB=0;REVB=0.02242;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149402;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr19 9061080 . G C 281.67 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.000386716;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.011;QD=17.0708;RBI=0.0135593;REFB=-0.0142816;REVB=0.0135537;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245782;STB=0.636642;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0120574;OID=.;OPOS=9061080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:15:16:27:8:15:16:27:8 chr19 9061559 . C G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.65;QD=64.1535;RBI=0.0367735;REFB=0;REVB=-0.0335063;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78224e-05;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr19 9062415 . T G 738.15 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4757;QD=56.7806;RBI=0.0302288;REFB=0;REVB=0.0297081;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295948;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:29:23:0:0 chr19 9062540 . A AG 240.3 PASS AF=1;AO=4;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.31664;QD=26.6997;RBI=0.183827;REFB=-0.0417696;REVB=-0.122114;RO=34;SAF=2;SAR=2;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323436;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00825471;OID=.;OPOS=9062541;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:38:36:36:0:16:20:0:0:4:34:2:2:16:18 chr19 9062544 . T G 479.38 PASS AF=0.944444;AO=32;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0523122;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9153;QD=53.2647;RBI=0.0608781;REFB=-0.059379;REVB=-0.031138;RO=3;SAF=12;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103316;STB=0.535693;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00450653;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:36:3:2:32:34:0.944444:20:12:3:0:21:13:2:0 chr19 9062847 . A G 243.46 PASS AF=0.605263;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0342041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.569;QD=25.6274;RBI=0.0395468;REFB=-0.052344;REVB=-0.0198502;RO=15;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890102;STB=0.504583;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0322607;OID=.;OPOS=9062847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:15:22:23:0.605263:12:10:7:8:12:11:7:8 chr19 9065203 . T C 159.09 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.3;QD=45.453;RBI=0.0758323;REFB=0;REVB=0.0300538;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112678;OID=.;OPOS=9065203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:9:5:0:0 chr19 9065510 . G A 758.65 PASS AF=1;AO=53;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1385;QD=53.2383;RBI=0.124122;REFB=-0.106167;REVB=0.118157;RO=4;SAF=26;SAR=27;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00799196;OID=.;OPOS=9065510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:4:0:53:57:1:27:26:1:3:30:27:0:0 chr19 9066259 . T C 1671.47 PASS AF=0.991304;AO=101;DP=117;FAO=114;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=82;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219622;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.187;QD=58.1379;RBI=0.225705;REFB=-0.0226065;REVB=0.224634;RO=1;SAF=76;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151423;OID=.;OPOS=9066259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:115:1:0:101:114:0.991304:25:76:0:1:32:82:0:0 chr19 9068530 . C T 1227.42 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.702;QD=61.3712;RBI=0.0416077;REFB=0;REVB=-0.0329518;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46455e-05;OID=.;OPOS=9068530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr19 9070079 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9595;QD=47.8221;RBI=0.10008;REFB=0;REVB=-0.0625084;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319302;OID=.;OPOS=9070079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr19 9070194 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.254;QD=58.5876;RBI=0.0143006;REFB=0;REVB=0.00954439;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0406e-05;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr19 9070225 . G C 755.3 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.048699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3743;QD=60.4244;RBI=0.0648982;REFB=-0.0297943;REVB=0.0428974;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177516;STB=0.509087;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00465137;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:1:1:48:49:0.98:22:26:1:0:22:27:1:0 chr19 9070837 . G A 854.92 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00766724;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.2938;QD=53.4322;RBI=0.0106564;REFB=-0.038585;REVB=0.00740088;RO=3;SAF=32;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169271;STB=0.508976;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000750115;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:64:3:3:61:61:0.953125:29:32:1:2:29:32:1:2 chr19 9071763 . T A 1381.64 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317536;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.817;QD=62.8019;RBI=0.0468266;REFB=0;REVB=0.0344157;RO=0;SAF=24;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39644e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113018;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:64:24:0:0:64:24:0:0 chr19 9071924 . G A 193.94 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0564848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.931;QD=16.864;RBI=0.058412;REFB=-0.0151969;REVB=0.0148806;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108183;STB=0.554399;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00715314;OID=.;OPOS=9071924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:24:26:19:20:0.434783:13:6:10:14:14:6:10:16 chr19 9075021 . G A 452.2 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0235954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8521;QD=19.6607;RBI=0.0236031;REFB=-0.00353772;REVB=-0.000599819;RO=47;SAF=19;SAR=25;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247183;STB=0.640091;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00418285;OID=.;OPOS=9075021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:47:47:44:45:0.48913:25:19:33:14:26:19:33:14 chr19 9075565 . C T 1513.37 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0782;QD=59.3477;RBI=0.0183199;REFB=0;REVB=0.0162294;RO=0;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236534;OID=.;OPOS=9075565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:100:102:1:62:38:0:0:62:40:0:0 chr19 9075737 . T C 670.26 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00271919;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5023;QD=58.2834;RBI=0.0296466;REFB=0.0565517;REVB=0.0295216;RO=2;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029351;STB=0.515618;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00176888;OID=.;OPOS=9075737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:46:2:2:44:44:0.956522:31:13:0:2:31:13:0:2 chr19 9077196 . C T 865.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.069;QD=57.6787;RBI=0.0787588;REFB=0;REVB=-0.0137282;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303313;OID=.;OPOS=9077196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:34:26:0:0 chr19 9080462 . C G 1933.52 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.747;QD=61.8726;RBI=0.0423133;REFB=0;REVB=0.0421563;RO=0;SAF=50;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7894e-05;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:75:50:0:0:75:50:0:0 chr19 9082514 . C A 1274.93 PASS AF=0.988095;AO=77;DP=79;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0354063;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.071;QD=60.7109;RBI=0.0518052;REFB=-0.0522885;REVB=0.0378176;RO=1;SAF=22;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210229;STB=0.509802;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000696239;OID=.;OPOS=9082514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:84:1:1:77:83:0.988095:55:22:1:0:58:25:1:0 chr19 9087615 . T A 734.83 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0467403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5091;QD=61.2355;RBI=0.0527569;REFB=-0.149827;REVB=0.0244671;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.50943;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00682477;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:48:1:1:46:47:0.979167:25:21:0:1:26:21:0:1 chr19 9088017 . T G 538.39 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.20309e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2626;QD=59.8211;RBI=0.0465616;REFB=0;REVB=0.0465615;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783867;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr19 9088722 . G A 1474.4 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292572;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.535;QD=63.4153;RBI=0.0506774;REFB=0;REVB=0.0413789;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77515e-05;OID=.;OPOS=9088722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:51:41:0:0:51:42:0:0 chr19 9204307 . A G 181.13 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0246632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.125;QD=12.938;RBI=0.0265797;REFB=-0.01337;REVB=0.00991;RO=33;SAF=5;SAR=17;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485948;STB=0.772479;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0161278;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:17:5:23:10:17:5:23:11 chr19 9213132 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0161537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1099;QD=12.0517;RBI=0.0291005;REFB=-0.00993927;REVB=0.0242053;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464536;STB=0.77716;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0230033;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:9:4:7:2:9:4 chr19 9213651 . C T 334.49 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0232747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.181;QD=19.391;RBI=0.0302483;REFB=-0.0214058;REVB=-0.0193197;RO=34;SAF=24;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176214;STB=0.598339;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0199054;OID=.;OPOS=9213651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:11:24:17:17:11:24:17:17 chr19 9225685 . T C 66.27 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0106055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.793;QD=12.0496;RBI=0.0660102;REFB=-0.0209865;REVB=-0.0651526;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198262;STB=0.619962;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0406616;OID=.;OPOS=9225685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:2:7:8:5:2:7:8:5 chr19 9225940 . G A 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0396241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6385;QD=10.1856;RBI=0.0396876;REFB=0.0250906;REVB=0.00224402;RO=34;SAF=3;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355342;STB=0.716664;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0550209;OID=.;OPOS=9225940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:12:3:16:18:12:3:16:18 chr19 9226017 . C G 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.664;QD=52.1523;RBI=0.0332797;REFB=-0.0432553;REVB=0.0296998;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00162411;OID=.;OPOS=9226017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:17:10:1:0:17:10:1:0 chr19 9226192 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0643647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0855;QD=18.8856;RBI=0.0647407;REFB=-0.00214573;REVB=0.00696779;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2967;STB=0.676889;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00309102;OID=.;OPOS=9226192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:7:1:2:3:7:1:2:3 chr19 9236697 . AG AGATGGT,GT 343.73 PASS AF=0.71875,0.15625;AO=22,3;DP=31;FAO=23,5;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=13,3;FSAR=10,2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00261232,0.025416;FXX=0.0588062;HRUN=1,3;LEN=5,2;MLLD=174.676,120.236;QD=42.9658;RBI=0.0160184,0.0254676;REFB=-0.0371279,-0.0715772;REVB=0.0158039,-0.00162089;RO=4;SAF=12,1;SAR=10,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0586692,-0.348651;STB=0.528029,0.571155;STBP=0.511,0.719;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00526456,0.015286;OID=.,.;OPOS=9236699,9236697;OREF=-,AG;OALT=ATGGT,GT;OMAPALT=AGATGGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:31:32:4:4:22,3:23,5:0.71875,0.15625:10,2:12,1:3:1:10,2:13,3:3:1 chr19 9236886 . A G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.601;QD=49.5956;RBI=0.0458185;REFB=0;REVB=0.0405194;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378558;OID=.;OPOS=9236886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr19 9236911 . GAAAAAG GAAAAA,GAAAAG 58.87 PASS AF=0.5,0;AO=6,2;DP=16;FAO=8,0;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2,0;FSAR=6,0;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0498453,-0.247352;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=147.45,13.4871;QD=14.7167;RBI=0.0502919,0.247484;REFB=-0.00279601,0.0218544;REVB=-0.00668776,-0.00807657;RO=6;SAF=1,2;SAR=5,0;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.315789;SSSB=-0.202122,0.658493;STB=0.642474,0.5;STBP=0.297,1;TYPE=del,del;VARB=0.00254418,0;OID=.,.;OPOS=9236917,9236912;OREF=G,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:6,2:16:8,0:16:8:2,0:6,0:4:4:53:6:1,2:5,0:2:4 chr19 9237435 . A G 438.35 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.552;QD=56.5617;RBI=0.0536324;REFB=0;REVB=0.0133674;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291463;OID=.;OPOS=9237435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr19 9297067 . G T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0243816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.096;QD=24.8032;RBI=0.0643052;REFB=-0.0129811;REVB=-0.0595038;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381322;STB=0.521694;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00758465;OID=.;OPOS=9297067;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:2:8:3:1:2:8:3:1 chr19 9297261 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00294165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.089;QD=13.5055;RBI=0.00296103;REFB=-0.009182;REVB=-0.000338238;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374704;STB=0.724211;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0156974;OID=.;OPOS=9297261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:10:2:8:9:10:2:8:9 chr19 9297488 . A T 43.62 PASS AF=0.241379;AO=6;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0421939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1554;QD=6.0163;RBI=0.0426281;REFB=-0.0086099;REVB=0.00606881;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195321;STB=0.727514;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00381286;OID=.;OPOS=9297488;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:29:18:22:6:7:0.241379:4:2:9:9:5:2:13:9 chr19 9325078 . G A 200.65 PASS AF=0.396825;AO=20;DP=58;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00601315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.712;QD=12.7393;RBI=0.00601458;REFB=-0.0217491;REVB=-0.000131371;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299007;STB=0.583802;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0337546;OID=.;OPOS=9325078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:37:38:20:25:0.396825:8:12:12:25:13:12:13:25 chr19 9346427 . T C 358.16 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0986941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.237;QD=55.1017;RBI=0.127298;REFB=0;REVB=0.0804007;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103203;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:9:14:0:0:11:15:0:0 chr19 9346599 . C G 501.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00623948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.23;QD=59.006;RBI=0.00647134;REFB=0;REVB=0.00171673;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.87233e-05;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr19 9452026 . ACT ACA,A 387.49 PASS AF=0.0689655,0.896552;AO=2,26;DP=32;FAO=2,26;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=2,6;FSAR=0,20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235515,0.0111711;FXX=0.0937207;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=55.9235,228.478;QD=53.4475;RBI=0.0272946,0.0111713;REFB=-0.00377703,-0.0333525;REVB=-0.0137958,6.53231e-05;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.14057e-08;STB=0.5,0.538431;STBP=1,0.155;TYPE=snp,del;VARB=0.0126555,0.00671582;OID=.,.;OPOS=9452028,9452027;OREF=T,CT;OALT=A,-;OMAPALT=ACA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0689655,0.896552:2,26:32:2,26:29:1:2,6:0,20:1:0:10:0:2,6:0,20:0:0 chr19 9490814 . C T 314.7 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.578;QD=52.4505;RBI=0.0302651;REFB=0;REVB=0.00460886;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404499;OID=.;OPOS=9490814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:15:9:0:0 chr19 9492141 . C T 637.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139126;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6461;QD=62.1596;RBI=0.0524433;REFB=0;REVB=0.0505642;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506133;OID=.;OPOS=9492141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr19 9492370 . A T 334.31 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.596;QD=53.4899;RBI=0.0440765;REFB=0;REVB=0.0145401;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444652;OID=.;OPOS=9492370;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:18:7:0:0 chr19 9524185 . A G 1633.58 PASS AF=0.863309;AO=118;DP=139;FAO=120;FDP=139;FR=.;FRO=19;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0901283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.1794;QD=47.0096;RBI=0.0917263;REFB=-0.219437;REVB=0.0170469;RO=10;SAF=70;SAR=48;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631746;STB=0.527268;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0269392;OID=.;OPOS=9524185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:139:139:10:19:118:120:0.863309:48:70:10:0:48:72:15:4 chr19 9578288 . T C 274.95 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00319388;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.16;QD=21.5643;RBI=0.0134246;REFB=-0.0205077;REVB=0.0130392;RO=22;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643703;STB=0.545422;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0153183;OID=.;OPOS=9578288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:15:13:12:10:15:13:13:10 chr19 9968434 . C T 157.35 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.02168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9484;QD=16.138;RBI=0.0266378;REFB=-0.0393936;REVB=0.0154774;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149397;STB=0.586103;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0440869;OID=.;OPOS=9968434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:11:11:11:6:11:11 chr19 10071063 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00889297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.54;QD=14.6505;RBI=0.0107111;REFB=-0.0192774;REVB=0.00597007;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389209;STB=0.691819;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0524526;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:5:5:5:6:0.545455:3:2:0:5:4:2:0:5 chr19 10090649 . A G 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0357701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9814;QD=13.4392;RBI=0.0465987;REFB=-0.0284307;REVB=-0.0298653;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253839;STB=0.654173;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0105719;OID=.;OPOS=10090649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:9:1:3:10:9:1:3:10 chr19 10100061 . C A 321.82 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0138736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.389;QD=23.8384;RBI=0.0262942;REFB=-0.0068583;REVB=0.0223362;RO=22;SAF=9;SAR=23;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782772;STB=0.504308;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00401712;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:23:9:6:16:23:9:6:16 chr19 10107157 . T TC 118.57 PASS AF=0.482759;AO=4;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0475247;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=104.481;QD=16.3538;RBI=0.051655;REFB=-0.0448878;REVB=-0.0202397;RO=23;SAF=1;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130397;STB=0.658433;STBP=0.12;TYPE=ins;VARB=0.0143211;OID=.;OPOS=10107158;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:4:28:14:29:15:3:11:7:8:99:23:1:3:8:15 chr19 10107158 . G C 75.83 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0473106;FXX=0.0344709;HRUN=6;LEN=1;MLLD=94.834;QD=10.8329;RBI=0.0601481;REFB=-0.0587806;REVB=-0.0371417;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309114;STB=0.689235;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0348659;OID=.;OPOS=10107158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:28:28:18:18:10:10:0.357143:8:2:8:10:8:2:8:10 chr19 10112346 . T C 750.62 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.37;QD=56.6507;RBI=0.0149965;REFB=0;REVB=0.0136636;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55779e-05;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:53:0:0:48:53:1:23:25:0:0:24:29:0:0 chr19 10116375 . G T 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0556495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.27;QD=12.9731;RBI=0.0586328;REFB=0.00198511;REVB=0.0184644;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125735;STB=0.599822;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00621848;OID=.;OPOS=10116375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:17:18:12:12:0.4:9:3:6:11:9:3:7:11 chr19 10116508 . C T 73.18 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=1.32592e-05;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.008;QD=18.2953;RBI=0.0226179;REFB=-0.0468344;REVB=0.0226179;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123424;STB=0.571275;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0186085;OID=.;OPOS=10116508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:2:5:5:4:2:5 chr19 10131999 . T C 231.6 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0221217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.516;QD=16.5425;RBI=0.0241921;REFB=-0.025631;REVB=-0.00979238;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353657;STB=0.523725;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0289347;OID=.;OPOS=10131999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:30:26:26:0.464286:11:15:16:10:11:15:16:14 chr19 10132290 . C T 250.65 PASS AF=0.488889;AO=14;DP=47;FAO=22;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0319565;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.461;QD=22.2798;RBI=0.0537567;REFB=-0.0330953;REVB=0.0432268;RO=20;SAF=1;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597979;STB=0.645426;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0362831;OID=.;OPOS=10132290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:20:21:14:22:0.488889:13:1:10:10:17:5:10:11 chr19 10132859 . T A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0319637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.876;QD=12.3959;RBI=0.0324447;REFB=0.0114787;REVB=0.00556596;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00943325;OID=.;OPOS=10132859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:1:4:4:1:1:4 chr19 10218332 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.105598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9448;QD=13.4854;RBI=0.106334;REFB=-0.000663703;REVB=0.0124908;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499989;STB=0.529349;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0086638;OID=.;OPOS=10218332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:8:1:1:10:8:1:1:10 chr19 10218524 . C G 63.68 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00678465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7214;QD=9.09662;RBI=0.00748375;REFB=-0.000767686;REVB=-0.00315833;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310768;STB=0.693228;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0019291;OID=.;OPOS=10218524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:2:7:10:9:2:7:10:9 chr19 10220616 . G A 130.51 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0171868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.523;QD=22.6978;RBI=0.0173956;REFB=-0.0461057;REVB=0.00268728;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164121;STB=0.592461;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0310331;OID=.;OPOS=10220616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:8:6:6:3:8:6:6:3 chr19 10224548 . G A 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0121239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8589;QD=13.2024;RBI=0.084526;REFB=0.00284147;REVB=0.083652;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168138;STB=0.599699;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.000992928;OID=.;OPOS=10224548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:1:5:4:2:1:5 chr19 10225777 . A G 104.6 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0590259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.462;QD=19.9248;RBI=0.0590443;REFB=0.00309609;REVB=-0.00147309;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125311;STB=0.571312;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00330194;OID=.;OPOS=10225777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:6:3:6:6:6:3 chr19 10229297 . C A 85.2 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00486816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.749;QD=11.3599;RBI=0.0284951;REFB=-0.0122803;REVB=-0.0280762;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129996;STB=0.589906;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0232624;OID=.;OPOS=10229297;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:6:5:6:12:6:5:6:13 chr19 10265312 . T C 272.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.08;QD=51.896;RBI=0.0224515;REFB=0;REVB=0.00474847;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.72506e-05;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr19 10267077 . T C 170.07 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00736037;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.862;QD=14.1725;RBI=0.0149433;REFB=0.00403512;REVB=0.0130049;RO=28;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530915;STB=0.538422;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00426149;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:48:28:29:19:19:0.395833:12:7:9:19:12:7:9:20 chr19 10271034 . C G 253.58 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0221263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5719;QD=17.4879;RBI=0.0227309;REFB=-0.0280394;REVB=-0.00520764;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319793;STB=0.535689;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0315423;OID=.;OPOS=10271034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:30:28:28:0.482759:15:13:14:14:15:13:16:14 chr19 10273372 . T C 111.7 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0480785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8935;QD=16.5485;RBI=0.0527012;REFB=-0.00807046;REVB=0.0215842;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234553;STB=0.513493;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.019431;OID=.;OPOS=10273372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:4:10:9:4:4:10 chr19 10291181 . T C 142.97 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0364062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.447;QD=10.7903;RBI=0.0414126;REFB=-0.00848991;REVB=-0.0197381;RO=35;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238809;STB=0.640866;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0302211;OID=.;OPOS=10291181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:6:12:16:19:6:12:16:19 chr19 10370444 . A C 130.71 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=25;FWDB=0;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8308;QD=13.071;RBI=0.0128091;REFB=-0.00974338;REVB=-0.0128091;RO=23;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0184883;OID=.;OPOS=10370444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:25:15:15:0.375:15:0:0:23:15:0:0:25 chr19 10406140 . GCCCCCG GCCC,GCCCG 77.72 PASS AF=0.466667,0;AO=4,5;DP=35;FAO=14,0;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=11,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=-0.0155852,0.0393165;FXX=0.0322477;HRUN=5,5;LEN=3,2;MLLD=24.6717,15.8376;QD=10.3627;RBI=0.216242,0.1922;REFB=-0.0458556,-0.0557446;REVB=0.21568,0.188136;RO=16;SAF=4,5;SAR=0,0;SRF=0;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.857133,0.859581;STB=0.863217,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=del,del;VARB=0.0887622,0;OID=.,.;OPOS=10406144,10406141;OREF=CCG,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667,0:4,5:35:14,0:30:16:11,0:3,0:0:16:74:16:4,5:0,0:0:16 chr19 10419130 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00583607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.353;QD=11.0924;RBI=0.00667794;REFB=-0.0334753;REVB=-0.00324578;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389209;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0234224;OID=.;OPOS=10419130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:3:2:0:5:3:2:1:5 chr19 10426422 . A C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0512455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.792;QD=13.9587;RBI=0.0516037;REFB=-0.0216237;REVB=0.00606938;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334793;STB=0.705189;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0393856;OID=.;OPOS=10426422;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:3:4:6:1:3:4 chr19 10449392 . A G 375.01 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.497;QD=55.5572;RBI=0.0448049;REFB=0;REVB=0.0306314;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189586;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:13:14:0:0 chr19 10475652 . C A 769.15 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0992207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.325;QD=56.9741;RBI=0.103669;REFB=0;REVB=0.0300429;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620481;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr19 10475654 . G A 171.18 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00530797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.379;QD=12.4494;RBI=0.0147932;REFB=-0.00372284;REVB=0.0138081;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229928;STB=0.521719;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00491466;OID=.;OPOS=10475654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:11:10:15:18:11:10:15:19 chr19 10488969 . G T 523.09 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0122724;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.432;QD=19.7392;RBI=0.0187551;REFB=-0.0239297;REVB=0.0141824;RO=48;SAF=9;SAR=45;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25637;STB=0.663648;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0184039;OID=.;OPOS=10488969;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:48:52:54:54:0.509434:45:9:18:30:45:9:21:31 chr19 10577843 . C A 35.68 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0486265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.492;QD=5.94734;RBI=0.0863932;REFB=-0.0200716;REVB=-0.071409;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0470789;OID=.;OPOS=10577843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:5:1:3:15:5:1:3:15 chr19 10579474 . T G 550.09 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9595;QD=57.9041;RBI=0.147572;REFB=-0.059182;REVB=0.147201;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00563778;OID=.;OPOS=10579474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:1:0:37:38:1:15:22:0:1:16:22:0:0 chr19 10599965 . G A 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00926129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0827;QD=6.01603;RBI=0.0112058;REFB=0.000398204;REVB=0.00630856;RO=22;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289438;STB=0.694995;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00119013;OID=.;OPOS=10599965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:1:6:15:7:1:6:15:7 chr19 10600442 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.482;QD=53.277;RBI=0.0311642;REFB=0;REVB=0.0296951;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221406;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr19 10659659 . C T 531.24 PASS AF=0.518868;AO=54;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0322971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.4458;QD=20.0467;RBI=0.0324097;REFB=-0.0220836;REVB=0.00269838;RO=52;SAF=30;SAR=24;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00192271;STB=0.511261;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0346293;OID=.;OPOS=10659659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:51:54:55:0.518868:24:30:29:23:25:30:29:22 chr19 10668383 . T C 137.13 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0166465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.636;QD=19.5898;RBI=0.0373209;REFB=-0.0294205;REVB=-0.0334028;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121546;STB=0.564015;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.022626;OID=.;OPOS=10668383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:14:15:0.535714:10:4:5:7:10:5:6:7 chr19 10668452 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0742;QD=42.1816;RBI=0.0628286;REFB=0;REVB=-0.0129687;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00206734;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr19 10668673 . A G 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0195415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.437;QD=10.4741;RBI=0.0228514;REFB=-0.0190593;REVB=-0.0118455;RO=37;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339885;STB=0.699236;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0392725;OID=.;OPOS=10668673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:6:13:14:23:6:13:14:23 chr19 10670184 . C G 237.67 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0262796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.065;QD=18.641;RBI=0.026722;REFB=-0.0279813;REVB=-0.00484227;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228882;STB=0.528903;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0267901;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:26:25:25:0.490196:15:10:9:15:15:10:9:17 chr19 10676423 . G A 178.51 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00221294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.513;QD=22.3143;RBI=0.0566941;REFB=-0.0152652;REVB=-0.0566509;RO=14;SAF=14;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207734;STB=0.624843;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0125891;OID=.;OPOS=10676423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:17:18:0.5625:3:14:9:5:3:15:9:5 chr19 10676691 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0162442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.352;QD=12.8607;RBI=0.0193473;REFB=-0.0181729;REVB=0.0105092;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0186355;OID=.;OPOS=10676691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:4:4:3:4:4:4 chr19 10683477 . A G 685.08 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.728;QD=62.2797;RBI=0.0172091;REFB=0;REVB=0.0136136;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69712e-05;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:27:15:0:0:28:16:0:0 chr19 10692000 . T C 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00492484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.635;QD=11.882;RBI=0.0212269;REFB=-0.00379809;REVB=-0.0206477;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263309;STB=0.501556;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00762095;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:8:7:13:15:8:7:13:15 chr19 10738639 . C T 167.05 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0631895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5887;QD=15.5397;RBI=0.0632906;REFB=0.00461225;REVB=-0.00357482;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170324;STB=0.622523;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00762547;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:17:18:0.418605:12:5:4:20:12:6:4:21 chr19 10742170 . A G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00329329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4744;QD=18.0501;RBI=0.0640853;REFB=-0.0154239;REVB=-0.0640006;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371898;STB=0.71747;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00903479;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:8:2:5:3:8:2:5:3 chr19 10794630 . G T 262.76 PASS AF=0.32;AO=31;DP=99;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0131965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.888;QD=10.5102;RBI=0.0186425;REFB=-0.00995646;REVB=0.013168;RO=68;SAF=17;SAR=14;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298863;STB=0.528949;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0206844;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:68:68:31:32:0.32:14:17:39:29:15:17:39:29 chr19 10935885 . C T 188.06 PASS AF=0.692308;AO=17;DP=25;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0319044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.386;QD=28.9325;RBI=0.0333666;REFB=-0.0218178;REVB=0.00976925;RO=8;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664305;STB=0.545822;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00889647;OID=.;OPOS=10935885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:26:8:8:17:18:0.692308:11:6:2:6:11:7:2:6 chr19 10939792 . T C 325.54 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0101299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.34;QD=14.7972;RBI=0.0102034;REFB=0.00141548;REVB=-0.0012226;RO=52;SAF=4;SAR=32;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497103;STB=0.788538;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00120669;OID=.;OPOS=10939792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:32:4:24:28:32:4:24:28 chr19 10942310 . C T 547.5 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0253388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.8836;QD=19.0436;RBI=0.0258226;REFB=-0.0153377;REVB=-0.0049754;RO=57;SAF=31;SAR=26;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142143;STB=0.582396;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0182889;OID=.;OPOS=10942310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:58:57:57:0.495652:26:31:22:35:26:31:22:36 chr19 11036403 . T C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0112235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.758;QD=11.1312;RBI=0.0225658;REFB=-0.0192026;REVB=0.0195767;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136659;STB=0.581924;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0242426;OID=.;OPOS=11036403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:9:8:6:4:9:8 chr19 11105608 . T C 224.88 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0579731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3079;QD=19.9896;RBI=0.060474;REFB=-0.0281025;REVB=0.017211;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196827;STB=0.511101;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0279991;OID=.;OPOS=11105608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:12:11:11:11:12:11 chr19 11106600 . C T 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0134758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0877;QD=8.2479;RBI=0.0142749;REFB=-0.000971677;REVB=-0.0047093;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461886;STB=0.782407;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00648908;OID=.;OPOS=11106600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:2:5:4:11:2:5:4:11 chr19 11170839 . T C 119.79 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1182;QD=39.9296;RBI=0.0764613;REFB=0;REVB=0.0701907;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317928;OID=.;OPOS=11170839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr19 11224265 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0029298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.08;QD=13.5766;RBI=0.0188466;REFB=-0.002841;REVB=-0.0186175;RO=19;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172805;STB=0.60224;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00281472;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:3:10:12:7:3:10:12:7 chr19 11230881 . T C 267.5 PASS AF=0.397436;AO=32;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0267388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6198;QD=13.7178;RBI=0.0520569;REFB=0.0165789;REVB=-0.044665;RO=46;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259039;STB=0.528949;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0289206;OID=.;OPOS=11230881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:47:32:31:0.397436:18:14:19:27:17:14:19:28 chr19 11233941 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.155;QD=50.4134;RBI=0.0386064;REFB=0;REVB=0.0190202;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327814;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr19 11242044 . G A 298.07 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0350892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.23;QD=20.9172;RBI=0.0351567;REFB=-0.0306029;REVB=-0.00217714;RO=26;SAF=10;SAR=21;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513171;STB=0.528384;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0369579;OID=.;OPOS=11242044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:21:10:7:19:21:10:7:19 chr19 11242765 . A G 126.06 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0205086;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4396;QD=17.3875;RBI=0.0383674;REFB=-0.0192839;REVB=-0.0324261;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207446;STB=0.654972;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00898159;OID=.;OPOS=11242765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:13:15:13:14:0.482759:7:6:3:10:7:7:3:12 chr19 11244187 . TTA T 42.11 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.116635;FXX=0.181736;HRUN=2;LEN=2;MLLD=168.714;QD=9.35795;RBI=0.121474;REFB=-0.0034399;REVB=0.0339435;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.721627;STBP=0.242;TYPE=del;VARB=0.0205443;OID=.;OPOS=11244188;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:5:8:6:18:12:3:3:2:10:42:0:2:3:0:0 chr19 11259788 . C T 144.8 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0239625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.458;QD=15.6541;RBI=0.0268758;REFB=0.00115748;REVB=0.0121701;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234155;STB=0.513497;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0016609;OID=.;OPOS=11259788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:10:11:8:8:10:11 chr19 11277232 . G A 216.88 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0168853;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6571;QD=10.9811;RBI=0.0434408;REFB=-0.0116756;REVB=0.0400249;RO=52;SAF=15;SAR=12;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413942;STB=0.524061;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0326784;OID=.;OPOS=11277232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:12:15:27:25:12:15:27:25 chr19 11303469 . C G 152.3 PASS AF=0.75;AO=2;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.000964171;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=183.579;QD=30.4604;RBI=0.00527672;REFB=0.00250557;REVB=0.00518788;RO=0;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.631385;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-4.4599e-05;OID=.;OPOS=11303469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:20:20:0:5:2:15:0.75:2:0:0:0:12:3:3:2 chr19 11303943 . A G 305.86 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0372566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0024;QD=47.0549;RBI=0.0751812;REFB=-0.0394699;REVB=-0.0653005;RO=2;SAF=17;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514717;STB=0.527755;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00187517;OID=.;OPOS=11303943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:7:17:2:0:7:17:2:0 chr19 11319636 . G A 211.73 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00433172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4838;QD=19.6955;RBI=0.0207248;REFB=-0.0226395;REVB=0.020267;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326098;STB=0.684751;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0286845;OID=.;OPOS=11319636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:6:15:8:14:6:15:8:14 chr19 11363146 . A T 311.84 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0528615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5906;QD=49.8942;RBI=0.0558141;REFB=0.17977;REVB=-0.0179131;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.555506;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00973775;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:20:4:0:0:20:4:1:0 chr19 11411868 . C A 321.05 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.0253605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2213;QD=13.8087;RBI=0.0448367;REFB=-0.0153579;REVB=-0.0369754;RO=57;SAF=16;SAR=20;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143374;STB=0.581238;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0278102;OID=.;OPOS=11411868;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:20:16:18:39:20:16:18:39 chr19 11465316 . G C 785.67 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.366;QD=64.1366;RBI=0.051724;REFB=0;REVB=-0.0496674;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172117;OID=.;OPOS=11465316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr19 11508177 . G A 378.81 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00833676;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.317;QD=16.2927;RBI=0.00882523;REFB=-0.0135296;REVB=0.00289535;RO=53;SAF=16;SAR=24;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112352;STB=0.563287;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0161106;OID=.;OPOS=11508177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:24:16:27:26:24:16:27:26 chr19 11526759 . G A 1125.76 PASS AF=0.879121;AO=80;DP=91;FAO=80;FDP=91;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00737102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.007;QD=49.4838;RBI=0.0530295;REFB=-0.193903;REVB=0.0525147;RO=11;SAF=33;SAR=47;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767001;STB=0.540663;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0139685;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:91:91:11:11:80:80:0.879121:47:33:1:10:47:33:1:10 chr19 11526765 . G T 1216.72 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0177821;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=185.384;QD=56.5915;RBI=0.0186752;REFB=-0.161874;REVB=0.0057061;RO=1;SAF=32;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145681;STB=0.505349;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000537763;OID=.;OPOS=11526765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:86:86:1:4:82:82:0.953488:50:32:1:0:50:32:2:2 chr19 11529958 . C T 315.77 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0386253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.363;QD=17.5429;RBI=0.0387422;REFB=-0.0171144;REVB=-0.0030079;RO=37;SAF=10;SAR=24;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144168;STB=0.575599;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0193745;OID=.;OPOS=11529958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:24:10:16:21:24:10:16:22 chr19 11664068 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.285;QD=51.9164;RBI=0.136808;REFB=0;REVB=0.133043;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100915;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:3:18:0:0:3:18:0:0 chr19 11891003 . G A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.382;QD=62.0204;RBI=0.0321979;REFB=0;REVB=0.0282837;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210083;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr19 11943697 . G A 255.65 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.002;QD=51.1298;RBI=0.0398557;REFB=0;REVB=0.0328183;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64227e-05;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:11:9:0:0 chr19 11979254 . G A 187.62 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0224658;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.583;QD=25.8785;RBI=0.0235024;REFB=-0.0360887;REVB=0.00690313;RO=11;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2705;STB=0.650993;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0241432;OID=.;OPOS=11979254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:30:29:11:11:18:18:0.62069:6:12:3:8:6:12:3:8 chr19 12128726 . T C 115.14 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.002703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.152;QD=10.7111;RBI=0.0305244;REFB=-0.0180423;REVB=-0.0304045;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194423;STB=0.511611;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0240206;OID=.;OPOS=12128726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:7:7:15:14:7:7:15:14 chr19 12222381 . C G 441.76 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.326;QD=57.0016;RBI=0.0466097;REFB=0;REVB=0.043142;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265496;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr19 12222861 . T C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0199461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.59;QD=12.8689;RBI=0.0210287;REFB=-0.00184446;REVB=0.00666052;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412301;STB=0.523787;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00219613;OID=.;OPOS=12222861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:11:10:17:16:11:10:17:16 chr19 12253327 . C T 494.82 PASS AF=0.457627;AO=55;DP=114;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.114994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8507;QD=16.7735;RBI=0.129237;REFB=-0.0566611;REVB=-0.0589792;RO=59;SAF=27;SAR=28;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480118;STB=0.543844;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.064214;OID=.;OPOS=12253327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:118:59:64:55:54:0.457627:28:27:32:27:28:26:36:28 chr19 12256358 . T G 254.28 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00609901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.677;QD=21.6408;RBI=0.0141449;REFB=-0.0339989;REVB=-0.0127624;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356997;STB=0.531058;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0322675;OID=.;OPOS=12256358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:13:11:11:11:13:11:12:11 chr19 12256912 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0500925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.723;QD=13.6609;RBI=0.050188;REFB=-0.000158722;REVB=-0.00309493;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174822;STB=0.602361;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.000286958;OID=.;OPOS=12256912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:11:10:9:5:11:10 chr19 12383540 . G C 203.66 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00488577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.553;QD=16.9717;RBI=0.0141564;REFB=-0.0145046;REVB=-0.0132866;RO=27;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498699;STB=0.548343;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0144592;OID=.;OPOS=12383540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:27:20:21:0.4375:14:6:7:20:14:7:7:20 chr19 12384580 . T C 96.93 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0011709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2579;QD=12.5076;RBI=0.0400539;REFB=-0.0181198;REVB=-0.0400368;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225979;STB=0.65427;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00713349;OID=.;OPOS=12384580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:18:19:12:12:0.387097:3:9:10:8:3:9:10:9 chr19 12405552 . T C 881.99 PASS AF=0.434978;AO=92;DP=216;FAO=97;FDP=223;FR=.;FRO=126;FSAF=28;FSAR=69;FSRF=45;FSRR=81;FWDB=-0.0735996;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9969;QD=15.8204;RBI=0.0743311;REFB=-0.0313561;REVB=-0.0104022;RO=123;SAF=27;SAR=65;SRF=44;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764426;STB=0.545297;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0383523;OID=.;OPOS=12405552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:223:123:126:92:97:0.434978:65:27:44:79:69:28:45:81 chr19 12430300 . GAA GA,GAT 110.15 PASS AF=0.558824,0;AO=15,4;DP=34;FAO=19,0;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11,0;FSAR=8,0;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00685643,-0.0282098;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.7164,57.7913;QD=12.9593;RBI=0.0278295,0.0478964;REFB=-0.19835,-0.0262728;REVB=0.0269716,-0.0387075;RO=14;SAF=8,3;SAR=7,1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.156623,0.0508503;STB=0.571356,0.5;STBP=0.38,1;TYPE=del,snp;VARB=0.18846,0;OID=.,.;OPOS=12430301,12430302;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GA,GAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.558824,0:15,4:34:19,0:34:15:11,0:8,0:11:4:83:14:8,3:7,1:10:4 chr19 12502457 . A G 109.42 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0183351;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.146;QD=8.10552;RBI=0.0185138;REFB=-0.000486003;REVB=0.00256545;RO=39;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515071;STB=0.531209;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00221979;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:9:6:14:25:9:6:14:25 chr19 12541532 . C A 286.34 PASS AF=0.534483;AO=29;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0245742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.71;QD=19.7479;RBI=0.0247123;REFB=-0.0205096;REVB=0.0026092;RO=27;SAF=8;SAR=21;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199053;STB=0.581077;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0151155;OID=.;OPOS=12541532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:27:29:31:0.534483:21:8:13:14:22:9:12:15 chr19 12541547 . T G 281.16 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0198913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.226;QD=21.2193;RBI=0.0200484;REFB=-0.0169565;REVB=0.00250425;RO=24;SAF=8;SAR=21;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237681;STB=0.632615;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0114364;OID=.;OPOS=12541547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:21:8:13:11:21:8:13:11 chr19 12551715 . A C 217.73 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00976564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.262;QD=16.7485;RBI=0.0113537;REFB=-0.0220347;REVB=-0.00579123;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173553;STB=0.519215;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0251529;OID=.;OPOS=12551715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:12:12:13:14:12:12:13:15 chr19 12576049 . G A 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0193411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1023;QD=16.1712;RBI=0.0337803;REFB=-0.0401402;REVB=-0.0276953;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753757;STB=0.543423;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0489807;OID=.;OPOS=12576049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:9:11:10:6:9:11 chr19 12759982 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00685446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.996;QD=14.0976;RBI=0.0271974;REFB=0.00190282;REVB=-0.0263195;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170229;STB=0.599845;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00473978;OID=.;OPOS=12759982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:18:13:13:0.419355:5:8:7:9:5:8:8:10 chr19 12958697 . T C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0100699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.5849;QD=8.24549;RBI=0.0577532;REFB=0.00382317;REVB=-0.0568686;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403073;STB=0.749318;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0811405;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:2:5:5:10:2:5:5:10 chr19 12963143 . T C 288.35 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0021405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1732;QD=22.6153;RBI=0.042793;REFB=-0.0177209;REVB=0.0427395;RO=21;SAF=19;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238315;STB=0.645964;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0151162;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:21:22:28:29:0.568627:9:19:8:13:9:20:8:14 chr19 12985576 . A G 323.02 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00592261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.778;QD=25.3347;RBI=0.0117171;REFB=-0.046434;REVB=0.01011;RO=20;SAF=14;SAR=17;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110619;STB=0.560685;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0259197;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:17:14:6:14:17:14:6:14 chr19 12989560 . G A 206.64 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0121072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.381;QD=13.1203;RBI=0.0185717;REFB=-0.00914108;REVB=0.0140828;RO=38;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791781;STB=0.545418;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0101481;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:15:10:18:20:15:10:18:20 chr19 12996740 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0235657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.353;QD=14.6524;RBI=0.0287517;REFB=-0.0374536;REVB=0.0164717;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505365;STB=0.805371;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0218727;OID=.;OPOS=12996740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:4:1:5:1:4:1 chr19 13010520 . A G 276.36 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00562596;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.976;QD=21.6749;RBI=0.0137001;REFB=-0.017008;REVB=-0.0124917;RO=22;SAF=6;SAR=22;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237633;STB=0.626236;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.012623;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:22:6:10:12:22:6:10:13 chr19 13010581 . A G 211.69 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.00599788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.957;QD=19.6919;RBI=0.0109596;REFB=0.00731825;REVB=0.00917267;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239577;STB=0.633689;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00701244;OID=.;OPOS=13010581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:4:18:12:9:4:18 chr19 13445208 . C T 325.76 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0251661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.936;QD=24.5855;RBI=0.0281829;REFB=-0.0154841;REVB=0.0126863;RO=21;SAF=19;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186969;STB=0.602756;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00507686;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:13:19:7:14:13:19:7:14 chr19 13868669 . G A 123.16 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0457305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8782;QD=16.4213;RBI=0.0621336;REFB=-0.00282647;REVB=0.0420631;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00580417;OID=.;OPOS=13868669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:8:8:7:7:8:8 chr19 13885309 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.486;QD=56.7059;RBI=0.0307353;REFB=0;REVB=0.0303341;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120322;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr19 13885484 . A G 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2438;QD=57.1932;RBI=0.0451723;REFB=0;REVB=-0.0340251;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142422;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr19 13900981 . G A 275.55 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0175546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7353;QD=15.5241;RBI=0.0391432;REFB=0.0245737;REVB=0.034986;RO=40;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162368;STB=0.500917;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.0253044;OID=.;OPOS=13900981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:17:14:18:22:17:14:18:22 chr19 13947292 . T C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0212804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.622;QD=7.32292;RBI=0.0212961;REFB=0.00155195;REVB=0.000817073;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331207;STB=0.709008;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00398555;OID=.;OPOS=13947292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:5:9:2:4:5:9 chr19 14030689 . T C 201.95 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00351975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4712;QD=21.2581;RBI=0.011828;REFB=-0.0329274;REVB=-0.0112922;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123879;STB=0.569212;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0296579;OID=.;OPOS=14030689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:7:13:14:4:7:13:14:4 chr19 14049006 . A AC,C 33.94 PASS AF=0.161765,0;AO=9,4;DP=68;FAO=11,0;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=7,0;FSAR=4,0;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0647914,-0.0978539;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=14.8734,80.9782;QD=1.99632;RBI=0.0995436,0.128949;REFB=-0.0568244,-0.00986662;REVB=-0.0755711,-0.0839787;RO=55;SAF=6,4;SAR=3,0;SRF=23;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.296555,0.556454;STB=0.649597,0.5;STBP=0.356,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.153806,0;OID=.,.;OPOS=14049007,14049006;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:68:68:55:57:9,4:11,0:0.161765,0:3,0:6,4:23:32:4,0:7,0:26:31 chr19 14073663 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0127883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.134;QD=10.0737;RBI=0.0526721;REFB=-0.0292147;REVB=-0.051096;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467468;STB=0.781938;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0477712;OID=.;OPOS=14073663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:10:4:6:2:10:4 chr19 14083761 . T C 34.86 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0530642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1959;QD=4.80839;RBI=0.064102;REFB=-0.0161567;REVB=0.035962;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838438;STB=0.52623;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0590822;OID=.;OPOS=14083761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:22:23:6:6:0.206897:2:4:16:6:2:4:16:7 chr19 14165278 . G A 30.06 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.05964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0312;QD=10.0204;RBI=0.107747;REFB=-0.0206869;REVB=0.0897354;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.093247;OID=.;OPOS=14165278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:5:2:2:3:5:2 chr19 14185226 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0458787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.417;QD=7.83732;RBI=0.0459434;REFB=0.00439382;REVB=-0.00243639;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275096;STB=0.678645;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0131514;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:5:11:6:1:5:11 chr19 14200109 . T C 97.9 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0249727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6584;QD=13.5036;RBI=0.0511993;REFB=-0.0503423;REVB=-0.044696;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192469;STB=0.610947;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0616999;OID=.;OPOS=14200109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:3:14:8:4:3:14 chr19 14231325 . C G 197.74 PASS AF=0.410714;AO=21;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0126841;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.6083;QD=14.1244;RBI=0.0738709;REFB=-0.0561957;REVB=-0.0727738;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180014;STB=0.608601;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0604215;OID=.;OPOS=14231325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:26:31:21:23:0.410714:9:12:10:16:9:14:13:18 chr19 14231330 . A G 252.94 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0327884;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0706;QD=16.0594;RBI=0.0396046;REFB=-0.0153582;REVB=-0.0222136;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226305;STB=0.63324;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0176092;OID=.;OPOS=14231330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:34:28:29:0.460317:10:18:14:20:10:19:14:20 chr19 14268799 . G A 267.56 PASS AF=0.355556;AO=31;DP=89;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00767632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.815;QD=11.8916;RBI=0.0134297;REFB=-0.0127646;REVB=0.0110196;RO=57;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598183;STB=0.537767;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0179044;OID=.;OPOS=14268799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:57:58:31:32:0.355556:19:12:25:32:20:12:25:33 chr19 14273641 . A G 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.000817061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.252;QD=15.1005;RBI=0.00356684;REFB=-0.0246851;REVB=-0.00347199;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127356;STB=0.50724;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0284002;OID=.;OPOS=14273641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:15:9:12:19:15:9:12:19 chr19 14512489 . G A 187.76 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00473203;FXX=0.0555247;HRUN=6;LEN=1;MLLD=94.5281;QD=44.1778;RBI=0.024132;REFB=0.117502;REVB=0.0236635;RO=1;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129617;STB=0.571332;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00317915;OID=.;OPOS=14512489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:3:13:0:1:3:13:0:1 chr19 14561722 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.939;QD=35.5753;RBI=0.0599656;REFB=0;REVB=-0.0231831;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00097304;OID=.;OPOS=14561722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 14582468 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.623;QD=44.6896;RBI=0.0341574;REFB=0;REVB=0.0304511;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630955;OID=.;OPOS=14582468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr19 14589378 . C T 186.34 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0216336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.757;QD=13.8031;RBI=0.0234342;REFB=-0.0254444;REVB=0.00900825;RO=31;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00516272;STB=0.517226;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0276723;OID=.;OPOS=14589378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:15:7:10:21:15:7:11:21 chr19 14590236 . C T 536.56 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00306104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5364;QD=26.4966;RBI=0.0391999;REFB=-0.0224585;REVB=0.0390802;RO=32;SAF=26;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222058;STB=0.512116;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00992196;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:32:49:49:0.604938:23:26:16:16:23:26:16:16 chr19 14629150 . G A 158.36 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0475688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6618;QD=13.4778;RBI=0.047667;REFB=-0.0362339;REVB=-0.0030584;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451358;STB=0.53188;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0356574;OID=.;OPOS=14629150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:28:29:17:18:0.382979:9:8:12:16:9:9:13:16 chr19 14699265 . T G 417.01 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0117078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.065;QD=25.2732;RBI=0.0117166;REFB=-0.0142088;REVB=-0.000454172;RO=26;SAF=26;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855524;STB=0.546902;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00658332;OID=.;OPOS=14699265;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:14:26:14:12:14:26:14:12 chr19 14699276 . A G 432.12 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0183591;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.828;QD=22.743;RBI=0.0231674;REFB=-0.0304518;REVB=-0.0141305;RO=33;SAF=28;SAR=14;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026971;STB=0.52426;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0181891;OID=.;OPOS=14699276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:33:34:42:42:0.552632:14:28:21:12:14:28:21:13 chr19 14703150 . A G 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0285811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6816;QD=14.5582;RBI=0.0330118;REFB=-0.00676778;REVB=0.0165197;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00567106;STB=0.503223;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00570528;OID=.;OPOS=14703150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:15:20:15:11:15:20 chr19 14705499 . G A 210.23 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0229467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.176;QD=15.5727;RBI=0.0418071;REFB=-0.018952;REVB=0.0349469;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087676;STB=0.55995;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.025754;OID=.;OPOS=14705499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:30:23:24:0.444444:12:11:17:13:13:11:17:13 chr19 14705509 . T C 223.32 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00354482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.376;QD=14.8881;RBI=0.00875416;REFB=-0.0115055;REVB=0.00800435;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968724;STB=0.554945;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0165711;OID=.;OPOS=14705509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:14:12:19:15:14:12:19:15 chr19 14749131 . C T 289.26 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.874;QD=52.5929;RBI=0.0229881;REFB=0;REVB=0.0114191;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284261;OID=.;OPOS=14749131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr19 14758168 . G A 46.34 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.02058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2766;QD=9.7556;RBI=0.0359118;REFB=-0.0174295;REVB=0.0294299;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0640262;OID=.;OPOS=14758168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:5:7:4:3:5:7 chr19 14769339 . C G 3878.4 PASS AF=1;AO=248;DP=253;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622129;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5393;QD=60.8376;RBI=0.0790746;REFB=-0.0930648;REVB=0.0488092;RO=0;SAF=149;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843757;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:253:255:0:0:248:255:1:99:149:0:0:105:150:0:0 chr19 14817548 . T A 654.87 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208545;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1299;QD=62.3686;RBI=0.0214174;REFB=0;REVB=-0.00487798;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000614943;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr19 14829749 . C T 670.62 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0011505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.301;QD=50.6128;RBI=0.00454721;REFB=-0.033951;REVB=0.00439926;RO=3;SAF=29;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947822;STB=0.505041;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.000614685;OID=.;OPOS=14829749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:53:53:3:3:50:50:0.943396:21:29:2:1:21:29:2:1 chr19 14862332 . A T 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0333379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.915;QD=17.289;RBI=0.0357414;REFB=-0.0116161;REVB=-0.0128854;RO=32;SAF=9;SAR=21;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110295;STB=0.555918;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0105116;OID=.;OPOS=14862332;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:21:9:13:19:21:9:13:20 chr19 14862430 . C G 635.82 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269585;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5648;QD=62.0316;RBI=0.0270539;REFB=0;REVB=-0.00226916;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.95034e-05;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr19 14910438 . C T 272.18 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.115;QD=51.8439;RBI=0.0383133;REFB=0;REVB=0.00833877;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92497e-05;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:19:1:0:0:20:1:0:0 chr19 14910573 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.006;QD=47.8222;RBI=0.0314175;REFB=0;REVB=0.0148513;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238473;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:11:5:0:0 chr19 14938616 . T C 375.61 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.108;QD=55.6453;RBI=0.0211084;REFB=0;REVB=-0.0161275;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175783;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr19 14951898 . G T 111.72 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=34;FWDB=-0.0610633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9878;QD=8.93794;RBI=0.0610648;REFB=-0.0166504;REVB=-0.000428284;RO=36;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482592;STB=0.773144;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0388337;OID=.;OPOS=14951898;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:9:5:2:34:9:5:2:34 chr19 14974930 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00767578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.62;QD=56.9383;RBI=0.0299703;REFB=0;REVB=0.0289707;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50018e-05;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr19 14975040 . G A 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0524147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.551;QD=16.8829;RBI=0.0525827;REFB=-0.0113782;REVB=-0.00420032;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226093;STB=0.62946;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0238513;OID=.;OPOS=14975040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:6:11:6:9:6:11 chr19 14975368 . A G 74.91 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2005;QD=37.4561;RBI=0.0222493;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101436;OID=.;OPOS=14975368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr19 14991643 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00306754;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.5;QD=11.1978;RBI=0.00414442;REFB=-0.00613829;REVB=-0.00278683;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923577;STB=0.555459;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0104771;OID=.;OPOS=14991643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:7:15:9:3:7:15 chr19 14991963 . C A 56.79 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0148422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.078;QD=12.6197;RBI=0.0235656;REFB=-0.0416373;REVB=0.0183042;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22218;STB=0.655832;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0372525;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:18:10:10:7:8:0.444444:2:5:5:5:2:6:5:5 chr19 14992031 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.000608819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.6;QD=12.0156;RBI=0.0140349;REFB=-0.0150757;REVB=-0.0140216;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160904;STB=0.599629;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0173304;OID=.;OPOS=14992031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:5:2:1:5:5:2 chr19 14992042 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0170896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.566;QD=12.0152;RBI=0.092666;REFB=0.00275256;REVB=-0.0910765;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160904;STB=0.599629;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00916741;OID=.;OPOS=14992042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:5:2:1:5:5:2 chr19 14992045 . C T 39.04 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0189589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4428;QD=12.0125;RBI=0.0839651;REFB=0.0088585;REVB=0.0817967;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160904;STB=0.599629;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00422427;OID=.;OPOS=14992045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:5:2:1:5:5:2 chr19 15052982 . GT GTATC,TC 642.27 PASS AF=0.90566,0.0377358;AO=46,2;DP=53;FAO=48,2;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=28,2;FSAR=20,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0122784,-0.0361836;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=156.585,144.35;QD=48.4731;RBI=0.0126441,0.0361838;REFB=-0.00447606,0.0269445;REVB=0.00301886,0.000125685;RO=4;SAF=26,2;SAR=20,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0283147,0.569412;STB=0.505048,0.991947;STBP=0.822,0.367;TYPE=ins,mnp;VARB=-6.03119e-05,0.0104761;OID=.,.;OPOS=15052984,15052982;OREF=-,GT;OALT=ATC,TC;OMAPALT=GTATC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:53:53:4:3:46,2:48,2:0.90566,0.0377358:20,0:26,2:3:1:20,0:28,2:2:1 chr19 15063757 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0983;QD=53.2762;RBI=0.0513202;REFB=0;REVB=0.0250862;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000582979;OID=.;OPOS=15063757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr19 15083692 . GC G,GA 627.91 PASS AF=1,0;AO=11,28;DP=40;FAO=40,0;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514994,-0.0948542;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.259,176.907;QD=62.7913;RBI=0.0556751,0.0956243;REFB=0,0;REVB=0.0211549,-0.0121115;RO=0;SAF=1,21;SAR=10,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000112173,0.0725211;OID=.,.;OPOS=15083693,15083693;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:11,28:40:40,0:40:0:22,0:18,0:0:0:4:0:1,21:10,7:0:0 chr19 15133762 . G C 951.14 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3202;QD=57.6449;RBI=0.0200592;REFB=0;REVB=-0.0155948;RO=0;SAF=18;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015625;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:48:18:0:0:48:18:0:0 chr19 15133787 . C A 195.74 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0151496;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.766;QD=14.2358;RBI=0.015921;REFB=-0.00298684;REVB=-0.00489568;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223276;STB=0.631478;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00345826;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:14:9:6:25:14:9:6:26 chr19 15198024 . A T 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0360332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.309;QD=7.03215;RBI=0.0361991;REFB=-0.0122926;REVB=0.00346156;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168881;STB=0.605045;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0401891;OID=.;OPOS=15198024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:5:4:8:18:5:4:8:18 chr19 15198263 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5382;QD=44.6891;RBI=0.0637473;REFB=0;REVB=0.0306723;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241841;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr19 15198292 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.788;QD=47.8213;RBI=0.0542429;REFB=0;REVB=-0.0266899;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197548;OID=.;OPOS=15198292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:9:4:0:0:11:5:0:0 chr19 15198441 . G T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00925859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.807;QD=13.486;RBI=0.0326283;REFB=-0.0189479;REVB=0.0312871;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652168;STB=0.538379;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00606527;OID=.;OPOS=15198441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:3:8:6:3:3:8 chr19 15198507 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.302;QD=44.6898;RBI=0.0723901;REFB=0;REVB=-0.0558864;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184027;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 15198606 . C T 323.92 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.025127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9257;QD=28.7932;RBI=0.0253053;REFB=-0.0637411;REVB=-0.00299829;RO=17;SAF=20;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225939;STB=0.624906;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0302079;OID=.;OPOS=15198606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:8:20:7:10:8:20:7:10 chr19 15198631 . A C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00821679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.717;QD=13.7841;RBI=0.0246864;REFB=-0.0021989;REVB=-0.0232788;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235365;STB=0.634034;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00343979;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:13:10:22:11:13:10:22:11 chr19 15198751 . T C 297.23 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0305794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1896;QD=18.2908;RBI=0.0386316;REFB=-0.023145;REVB=0.0236072;RO=32;SAF=9;SAR=23;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320069;STB=0.686447;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0238677;OID=.;OPOS=15198751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:23:9:20:12:23:9:21:12 chr19 15198764 . T C 888.58 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00327258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6868;QD=56.4177;RBI=0.0559378;REFB=-0.0810537;REVB=-0.055842;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000834092;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:33:29:0:0:33:29:1:0 chr19 15198851 . A T 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00289642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.289;QD=15.7381;RBI=0.028099;REFB=-0.0100383;REVB=0.0279493;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252057;STB=0.631494;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.012323;OID=.;OPOS=15198851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:15:14:26:9:15:14:26:10 chr19 15225358 . T A 134.62 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031813;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.033;QD=44.8725;RBI=0.0631824;REFB=0;REVB=0.054589;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84354e-05;OID=.;OPOS=15225358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 15226970 . G A 90.22 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0307061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7189;QD=16.4044;RBI=0.0313793;REFB=-0.0153314;REVB=0.00646523;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13078;STB=0.546136;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0173696;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:6:5:3:7:6:5:4:7 chr19 15229993 . A G 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.000845998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.102;QD=11.3328;RBI=0.0362834;REFB=-0.00843659;REVB=-0.0362736;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317972;STB=0.675523;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0129382;OID=.;OPOS=15229993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:5:9:9:17:5:9:10:17 chr19 15233581 . C A 46.61 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0109222;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.861;QD=8.4747;RBI=0.0338133;REFB=-0.0283937;REVB=-0.0320007;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214682;STB=0.657802;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0492303;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:22:16:15:7:7:0.318182:4:3:10:6:4:3:10:5 chr19 15278057 . A G 721.91 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6651;QD=56.6206;RBI=0.0132894;REFB=0;REVB=0.00762255;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10559e-06;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:32:19:0:0 chr19 15285052 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.901;QD=53.9104;RBI=0.0388919;REFB=0;REVB=0.0208104;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375072;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr19 15292437 . T C 305.0 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0345753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.361;QD=17.9414;RBI=0.0362756;REFB=-0.0307028;REVB=-0.0109757;RO=34;SAF=21;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254391;STB=0.653371;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.034963;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:35:32:33:0.485294:11:21:13:21:11:22:13:22 chr19 15295134 . G A 928.0 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0275667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7844;QD=55.4032;RBI=0.0303859;REFB=-0.0646334;REVB=0.0127821;RO=2;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349541;STB=0.518513;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00173058;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:26:39:0:2:26:39:0:2 chr19 15302844 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4373;QD=47.8214;RBI=0.0531333;REFB=0;REVB=0.0515859;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156425;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr19 15303225 . G A 308.03 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00453398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.28;QD=24.1594;RBI=0.00696513;REFB=-0.0320552;REVB=0.00528736;RO=21;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323857;STB=0.517869;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0203568;OID=.;OPOS=15303225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:13:17:11:10:13:17:11:10 chr19 15490485 . C T 444.58 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0277336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.844;QD=23.399;RBI=0.0334099;REFB=-0.0486541;REVB=0.0186298;RO=32;SAF=25;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884503;STB=0.542448;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0467055;OID=.;OPOS=15490485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:33:43:43:0.565789:18:25:15:17:18:25:16:17 chr19 15508362 . G C 1663.38 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423902;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.605;QD=60.4866;RBI=0.010651;REFB=0;REVB=0.00977113;RO=0;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303246;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:55:55:0:0:55:55:0:0 chr19 15533821 . A G 800.64 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.181;QD=64.0508;RBI=0.0298342;REFB=0;REVB=-0.00297837;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116205;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:25:23:0:0:27:23:0:0 chr19 15540461 . GC CG,GCG 51.77 PASS AF=0.0537634,0.11828;AO=5,20;DP=96;FAO=5,11;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=0,1;FSAR=5,10;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=-0.0243102,-0.0759333;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=86.6817,83.3456;QD=2.2267;RBI=0.0362208,0.0795131;REFB=-0.00233681,-0.00178597;REVB=-0.0268507,-0.0235897;RO=69;SAF=0,5;SAR=5,15;SRF=23;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.465192,-0.126185;STB=0.99728,0.814997;STBP=0.059,0.061;TYPE=mnp,ins;VARB=0.102592,0.0357114;OID=.,.;OPOS=15540461,15540463;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:96:93:69:77:5,20:5,11:0.0537634,0.11828:5,15:0,5:23:46:5,10:0,1:26:51 chr19 15549939 . C T 392.06 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.108825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9881;QD=50.5884;RBI=0.131212;REFB=-0.106858;REVB=0.0733059;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581366;STB=0.531229;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0232119;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:14:15:2:0:14:15:2:0 chr19 15580290 . G A 230.27 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.065912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8875;QD=46.053;RBI=0.109161;REFB=-0.023573;REVB=0.0870155;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540538;STB=0.529381;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00668684;OID=.;OPOS=15580290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:8:11:0:1:8:11:0:1 chr19 15582863 . C T 598.78 PASS AF=0.97619;AO=21;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0562734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.629;QD=57.0269;RBI=0.0565023;REFB=-0.0995852;REVB=0.0050811;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00033477;OID=.;OPOS=15582863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:0:1:21:41:0.97619:9:12:0:0:25:16:1:0 chr19 15586672 . A T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.613;QD=51.9143;RBI=0.0284471;REFB=0;REVB=0.0171002;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210703;OID=.;OPOS=15586672;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr19 15587185 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.299;QD=60.61;RBI=0.0237748;REFB=0;REVB=0.00513439;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101692;OID=.;OPOS=15587185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr19 15587345 . T C 429.07 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.806;QD=57.2091;RBI=0.030594;REFB=0;REVB=0.0198339;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020717;OID=.;OPOS=15587345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:30:0:0:27:30:1:18:9:0:0:21:9:0:0 chr19 15726487 . G T 103.61 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0244039;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.699;QD=15.3497;RBI=0.0287448;REFB=-0.0538689;REVB=0.0151893;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771943;STB=0.518488;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0618656;OID=.;OPOS=15726487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:11:12:0.444444:6:5:8:7:6:6:8:7 chr19 15729056 . C G 140.14 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00579669;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.212;QD=10.3805;RBI=0.0104445;REFB=-0.0231252;REVB=0.00868821;RO=26;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570515;STB=0.613067;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0267246;OID=.;OPOS=15729056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:36:17:18:0.333333:15:2:3:23:15:3:10:26 chr19 15730498 . G GC 1008.84 PASS AF=1;AO=67;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736742;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=51.8135;QD=57.6482;RBI=0.0961134;REFB=0;REVB=-0.0617243;RO=3;SAF=29;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192093;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000334977;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:72:70:70:0:29:41:0:0:6:3:29:38:2:1 chr19 15739597 . A C 424.16 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.614;QD=56.5553;RBI=0.0465696;REFB=0;REVB=-0.0022274;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73859e-05;OID=.;OPOS=15739597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:27:30:1:18:9:0:0:18:12:0:0 chr19 15757927 . T C 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00277292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.897;QD=12.8365;RBI=0.00318796;REFB=-0.0108598;REVB=-0.00157288;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145495;STB=0.575282;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0161588;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:39:25:25:0.390625:11:14:16:22:11:14:17:22 chr19 15763721 . G A 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00887781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.707;QD=12.6193;RBI=0.0108244;REFB=-0.0228652;REVB=-0.00619291;RO=38;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713577;STB=0.541141;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0239739;OID=.;OPOS=15763721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:16:8:15:23:16:8:15:23 chr19 15769379 . G C 101.32 PASS AF=0.413793;AO=13;DP=27;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00411204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.459;QD=13.9758;RBI=0.00959758;REFB=-0.0174562;REVB=0.00867206;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185092;STB=0.618844;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0257289;OID=.;OPOS=15769379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:14:17:13:12:0.413793:9:4:7:7:8:4:9:8 chr19 15769529 . GC TT 182.55 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00482891;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.838;QD=16.5956;RBI=0.00941839;REFB=-0.0112038;REVB=-0.00808627;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214855;STB=0.512302;STBP=0.903;TYPE=mnp;VARB=0.0128816;OID=.;OPOS=15769529;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:10:15:11:8:10:15 chr19 15769625 . A G 195.59 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0196534;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.768;QD=17.0077;RBI=0.019929;REFB=-0.00196554;REVB=-0.0033029;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433655;STB=0.537574;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00262314;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:26:20:20:0.434783:11:9:11:16:11:9:10:16 chr19 15784061 . C A 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7812;QD=63.5699;RBI=0.0899549;REFB=0;REVB=-0.00406539;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113626;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr19 15784386 . C T 475.31 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1018;QD=57.613;RBI=0.0149241;REFB=0;REVB=-0.00739463;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159147;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:17:16:0:0 chr19 15789098 . A G 619.25 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3747;QD=60.4145;RBI=0.150522;REFB=0;REVB=0.0242668;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307244;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:23:16:0:0:23:18:0:0 chr19 15789140 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.787;QD=62.6689;RBI=0.017536;REFB=0;REVB=0.0157336;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47672e-05;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr19 15791180 . C T 829.37 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4228;QD=57.1977;RBI=0.0299974;REFB=0;REVB=0.029805;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113851;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:23:34:0:0:24:34:0:0 chr19 15793235 . T C 1178.71 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0260834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.252;QD=58.9356;RBI=0.0496314;REFB=-0.0922698;REVB=0.0422248;RO=2;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00245095;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00041896;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:2:1:78:79:0.9875:43:35:1:1:44:35:1:0 chr19 15807884 . A G 569.51 PASS AF=0.882353;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0146002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5046;QD=44.6675;RBI=0.0238476;REFB=-0.0453098;REVB=-0.0188558;RO=6;SAF=9;SAR=36;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23226;STB=0.624939;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0201212;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:6:6:45:45:0.882353:36:9:6:0:36:9:6:0 chr19 15839365 . C T 109.06 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0261317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2827;QD=36.353;RBI=0.0920723;REFB=-0.0519107;REVB=0.0882862;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994753;STB=0.555452;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0105544;OID=.;OPOS=15839365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:0:1:4:7:0:1 chr19 15852242 . C A 451.45 PASS AF=0.971429;AO=32;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0636807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2187;QD=51.594;RBI=0.105492;REFB=-0.169012;REVB=0.0841032;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301077;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00770268;OID=.;OPOS=15852242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:35:35:1:1:32:34:0.971429:17:15:1:0:17:17:0:1 chr19 15905002 . T C 959.67 PASS AF=0.985294;AO=64;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.631;QD=56.4513;RBI=0.0278052;REFB=0.0217519;REVB=-0.00304437;RO=1;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108591;STB=0.505745;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000288493;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:64:67:0.985294:43:21:0:1:43:24:0:1 chr19 15905431 . T C 1503.38 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610161;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.89;QD=62.641;RBI=0.0626769;REFB=-0.0464446;REVB=0.0143327;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302558;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:96:0:0:95:96:1:57:38:0:0:58:38:0:0 chr19 15905529 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8939;QD=47.8213;RBI=0.0524833;REFB=0;REVB=0.0440419;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233803;OID=.;OPOS=15905529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr19 15989696 . G C 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00942513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.502;QD=3.64933;RBI=0.0317378;REFB=-0.00580176;REVB=-0.030306;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279893;STB=0.705098;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0209295;OID=.;OPOS=15989696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:1:5:20:11:1:5:20:11 chr19 15989730 . T C 101.97 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0461452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3836;QD=8.86684;RBI=0.060523;REFB=-0.00779014;REVB=0.0391619;RO=32;SAF=11;SAR=2;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266149;STB=0.659716;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0203517;OID=.;OPOS=15989730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:32:33:13:13:0.282609:2:11:22:10:2:11:23:10 chr19 15990431 . C T 224.81 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00922158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2924;QD=19.9832;RBI=0.0190296;REFB=0.00670434;REVB=-0.016646;RO=23;SAF=18;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255726;STB=0.646259;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00625485;OID=.;OPOS=15990431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:4:18:14:9:4:18:14:9 chr19 16034714 . A G 885.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3905;QD=58.0472;RBI=0.0420182;REFB=0;REVB=0.00956908;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198184;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:25:34:0:0:25:36:0:0 chr19 16045141 . T C 810.17 PASS AF=1;AO=42;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0930382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.464;QD=56.8539;RBI=0.0976486;REFB=0;REVB=0.0296504;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401068;OID=.;OPOS=16045141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:42:57:1:21:21:0:0:27:30:0:0 chr19 16136923 . T C 303.29 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.838;QD=52.7465;RBI=0.06144;REFB=0;REVB=0.0599334;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022749;OID=.;OPOS=16136923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:9:12:0:0:11:12:0:0 chr19 16145533 . A G,T 732.22 PASS AF=0.897959,0.0816327;AO=42,6;DP=49;FAO=44,4;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27,1;FSAR=17,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00623902,-0.0578644;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=83.2896,36.3511;QD=59.7727;RBI=0.0313188,0.0616357;REFB=0.0189648,0.0214132;REVB=0.030691,0.0212291;RO=1;SAF=25,3;SAR=17,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0268094,0.123249;STB=0.514279,0.571096;STBP=0.295,0.672;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000801357,0.045529;OID=.,.;OPOS=16145533,16145533;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:49:49:1:1:42,6:44,4:0.897959,0.0816327:17,3:25,3:0:1:17,3:27,1:0:1 chr19 16145539 . G A,T 722.54 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=49,2;DP=52;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170121,-0.010081;FXX=0.0377287;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.947,145.88;QD=56.6698;RBI=0.021959,0.0129348;REFB=0,0;REVB=0.0138848,0.00810454;RO=0;SAF=30,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.48867e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000204054,0.126532;OID=.,.;OPOS=16145539,16145539;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:52:51:0:0:49,2:50,1:0.980392,0.0196078:19,0:30,2:0:0:19,0:31,1:0:0 chr19 16145653 . G A 850.69 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.969;QD=57.6736;RBI=0.0275896;REFB=0;REVB=-0.0259789;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22583e-05;OID=.;OPOS=16145653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr19 16145731 . C A 519.56 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00779208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.604;QD=59.3785;RBI=0.0522545;REFB=0;REVB=-0.0516703;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000571745;OID=.;OPOS=16145731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr19 16146400 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.758;QD=58.6006;RBI=0.0105605;REFB=0;REVB=-0.00855247;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80117e-06;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:22:42:0:0:22:42:0:0 chr19 16238279 . C T 152.87 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0139708;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.88;QD=13.8968;RBI=0.0257551;REFB=-0.00509065;REVB=-0.0216366;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406475;STB=0.513259;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00389108;OID=.;OPOS=16238279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:16:17:0.386364:11:5:9:17:11:6:9:18 chr19 16268206 . CTA ACT,CT 302.47 PASS AF=0,1;AO=2,22;DP=26;FAO=0,26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257051,-0.0789596;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=3,1;MLLD=59.9211,17.5047;QD=46.5334;RBI=0.0261906,0.101268;REFB=0,0;REVB=-0.00501989,-0.0634085;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.17051e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0218792,-0.00433236;OID=.,.;OPOS=16268206,16268208;OREF=CTA,A;OALT=ACT,-;OMAPALT=ACT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:26:26:0:0:2,22:0,26:0,1:0,6:2,16:0:0:0,8:0,18:0:0 chr19 16275654 . C CT 1043.17 PASS AF=0.986301;AO=9;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.095111;FXX=0.0135117;HRUN=0;LEN=1;MLLD=110.159;QD=57.1602;RBI=0.147366;REFB=0.138091;REVB=-0.112563;RO=65;SAF=1;SAR=8;SRF=18;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298661;STB=0.504672;STBP=0.597;TYPE=ins;VARB=-0.00432643;OID=.;OPOS=16275655;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.986301:9:74:72:73:1:19:53:0:1:3:65:1:8:18:47 chr19 16275655 . C T 741.19 PASS AF=0.75;AO=60;DP=80;FAO=60;FDP=80;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0147877;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=137.346;QD=37.0596;RBI=0.0275518;REFB=-0.0217432;REVB=0.023247;RO=20;SAF=15;SAR=45;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599467;STB=0.532247;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00394108;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:20:20:60:60:0.75:45:15:7:13:45:15:7:13 chr19 16275656 . C T 40.82 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=53;FWDB=-0.0301;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=84.9865;QD=2.09327;RBI=0.0367004;REFB=-0.000489392;REVB=0.0209979;RO=69;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500451;STB=0.835293;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000548734;OID=.;OPOS=16275656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:69:69:9:9:0.115385:3:6:16:53:3:6:16:53 chr19 16301312 . A G 79.42 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.020665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.567;QD=15.8834;RBI=0.0416138;REFB=-0.0393008;REVB=0.0361202;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308745;STB=0.68252;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0187976;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:2:8:5:5:2:8:5:5 chr19 16339715 . C T 236.5 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0563605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4504;QD=13.7102;RBI=0.056362;REFB=-0.0129686;REVB=-0.000406572;RO=41;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177606;STB=0.586145;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0283526;OID=.;OPOS=16339715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:41:41:27:28:0.405797:17:10:22:19:17:11:22:19 chr19 16438062 . A AC 118.13 PASS AF=0.6;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0942176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.6049;QD=15.7506;RBI=0.107501;REFB=-0.0445596;REVB=-0.0517646;RO=13;SAF=3;SAR=14;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349999;STB=0.59988;STBP=0.243;TYPE=ins;VARB=0.027782;OID=.;OPOS=16438063;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:17:30:18:30:12:4:14:5:7:69:13:3:14:7:6 chr19 16591464 . G A 174.32 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0283632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.398;QD=16.6019;RBI=0.0283804;REFB=-0.0112714;REVB=-0.000988445;RO=23;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173098;STB=0.571351;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0118619;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:18:19:0.452381:13:5:10:13:13:6:10:13 chr19 16593573 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0152456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.074;QD=17.9406;RBI=0.025198;REFB=-0.00379971;REVB=0.0200627;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00484832;STB=0.50276;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00497725;OID=.;OPOS=16593573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:8:14:12:7:8:14 chr19 16601194 . C T 188.67 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0163501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.5;QD=14.2393;RBI=0.0214505;REFB=-0.0148383;REVB=-0.0138851;RO=31;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601881;STB=0.534514;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0170889;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:8:14:18:13:8:14:18:13 chr19 16611978 . T C 125.14 PASS AF=0.466667;AO=15;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00207294;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.618;QD=16.6851;RBI=0.0205058;REFB=-0.010287;REVB=-0.0204008;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11811;STB=0.504847;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0197756;OID=.;OPOS=16611978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:16:15:14:0.466667:9:6:8:7:8:6:7:9 chr19 16612011 . T C 93.12 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00527747;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.785;QD=12.8445;RBI=0.0053255;REFB=-0.00430962;REVB=0.000713636;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195548;STB=0.596102;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00748532;OID=.;OPOS=16612011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:30:29:17:18:11:11:0.37931:5:6:6:11:5:6:7:11 chr19 16628850 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.003739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.576;QD=20.1598;RBI=0.00383902;REFB=-0.00530037;REVB=-0.000870608;RO=14;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374144;STB=0.7147;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0109408;OID=.;OPOS=16628850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:13:3:8:6:13:3:8:6 chr19 16633950 . T C 108.25 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.152;QD=39.3642;RBI=0.0379234;REFB=0;REVB=0.00502072;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136114;OID=.;OPOS=16633950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:2:8:0:0:2:9:0:0 chr19 16666101 . G C 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0376454;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.729;QD=18.8287;RBI=0.0382987;REFB=-0.00570848;REVB=0.00704363;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197777;STB=0.511225;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0045504;OID=.;OPOS=16666101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:14:6:7:15:14:6:7:15 chr19 16686934 . T C 78.65 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0341568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.496;QD=4.91589;RBI=0.0350703;REFB=0.000594857;REVB=-0.00795211;RO=51;SAF=6;SAR=7;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840036;STB=0.553874;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00260688;OID=.;OPOS=16686934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:7:6:27:24:7:6:27:24 chr19 16855265 . A G 152.2 PASS AF=0.425;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0069853;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.65;QD=15.2195;RBI=0.00705631;REFB=-0.0313646;REVB=0.000998502;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00969069;STB=0.531112;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0288613;OID=.;OPOS=16855265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:16:17:0.425:5:11:16:7:6:11:16:7 chr19 16860105 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.952;QD=51.1844;RBI=0.0532241;REFB=0;REVB=0.0233484;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436063;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr19 16899838 . A T 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.444;QD=62.7621;RBI=0.0447153;REFB=0;REVB=-0.0217339;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61447e-05;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr19 16926067 . A T 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0329082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.513;QD=24.1898;RBI=0.0360867;REFB=0.0182901;REVB=-0.0148087;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203483;STB=0.615187;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00792541;OID=.;OPOS=16926067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:8:4:4:2:8:4:4:2 chr19 16976286 . A G 746.91 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.264;QD=63.5668;RBI=0.023168;REFB=0;REVB=0.0081229;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206407;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr19 16976289 . T C 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00468199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.54;QD=19.4669;RBI=0.024192;REFB=-0.0100336;REVB=-0.0237346;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194024;STB=0.609278;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0105003;OID=.;OPOS=16976289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:8:16:10:12:8:16 chr19 17006736 . ACA GCG 236.55 PASS AF=1;AO=8;DP=27;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132344;FXX=0.484702;HRUN=1;LEN=3;MLLD=69.0563;QD=55.6577;RBI=0.132348;REFB=0;REVB=-0.0010685;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0368719;OID=.;OPOS=17006736;OREF=ACA;OALT=GCG;OMAPALT=GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:27:17:0:0:8:17:1:5:3:0:0:12:5:0:0 chr19 17008578 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.974;QD=51.1846;RBI=0.0219767;REFB=0;REVB=0.0041481;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133494;OID=.;OPOS=17008578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 17017878 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.731;QD=46.8474;RBI=0.136266;REFB=0;REVB=0.120214;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441865;OID=.;OPOS=17017878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr19 17025292 . G A 393.17 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.988;QD=56.1676;RBI=0.00752743;REFB=0;REVB=0.00681015;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61164e-05;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr19 17088299 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00285237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1758;QD=11.3692;RBI=0.0246781;REFB=-0.0309942;REVB=0.0245128;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18633;STB=0.610583;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0373544;OID=.;OPOS=17088299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:7:12:5:6:7:12 chr19 17088319 . G T 84.16 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00413995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.536;QD=10.5204;RBI=0.0135669;REFB=-0.0202834;REVB=0.0129198;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762243;STB=0.5217;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0363609;OID=.;OPOS=17088319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:7:4:6:14:7:4:7:14 chr19 17091368 . T G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.00221509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.602;QD=15.166;RBI=0.0186962;REFB=-0.0330372;REVB=-0.0185645;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173382;STB=0.597767;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0466362;OID=.;OPOS=17091368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:14:9:7:23:14:9:7:23 chr19 17100552 . A G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0142108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.478;QD=12.0204;RBI=0.0151107;REFB=-0.0112719;REVB=0.00513675;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177621;STB=0.630808;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0202218;OID=.;OPOS=17100552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:25:14:14:0.358974:5:9:11:12:5:9:11:14 chr19 17108135 . C T 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000176806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.41;QD=11.2574;RBI=0.0061664;REFB=-0.0253585;REVB=-0.00616386;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20901;STB=0.576728;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0365079;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:10:12:8:8:0.4:5:3:6:4:5:3:6:6 chr19 17111297 . A G 334.99 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0462632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.986;QD=19.705;RBI=0.0462686;REFB=-0.013777;REVB=-0.000707154;RO=32;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142222;STB=0.572911;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0123469;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:23:12:16:16:23:12:16:17 chr19 17273893 . G T 82.51 PASS AF=0.354839;AO=9;DP=29;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0472284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.818;QD=10.646;RBI=0.0525563;REFB=-0.0274777;REVB=0.0230573;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204999;STB=0.568741;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0510843;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:29:31:19:20:9:11:0.354839:4:5:7:12:6:5:7:13 chr19 17303774 . T G 356.6 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00704247;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.902;QD=19.0187;RBI=0.0126335;REFB=-0.0104257;REVB=-0.0104885;RO=38;SAF=13;SAR=24;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255832;STB=0.64247;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00997594;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:38:37:37:0.493333:24:13:24:14:24:13:24:14 chr19 17305440 . T C 155.47 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0534132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2819;QD=15.168;RBI=0.0556288;REFB=-0.0157491;REVB=0.0155434;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298214;STB=0.517221;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0169923;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:12:12:9:8:12:12 chr19 17306031 . T C 73.41 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0140806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.907;QD=22.5888;RBI=0.0174762;REFB=-0.00602213;REVB=0.0103517;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144485;STB=0.593016;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00303916;OID=.;OPOS=17306031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:13:4:4:8:9:0.692308:4:4:3:1:5:4:3:1 chr19 17312992 . C T 55.81 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0294616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6722;QD=10.6306;RBI=0.0397968;REFB=0.0126653;REVB=0.0267544;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57539;STB=0.810699;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0220833;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:10:13:8:8:0.380952:1:7:3:7:1:7:6:7 chr19 17316782 . T C 107.77 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00217986;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.482;QD=11.9747;RBI=0.0193499;REFB=-0.0224812;REVB=0.0192267;RO=22;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600665;STB=0.561697;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0343502;OID=.;OPOS=17316782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:3:10:16:6:3:10:16:7 chr19 17317955 . A G 768.98 PASS AF=0.585366;AO=72;DP=124;FAO=72;FDP=123;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0614444;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3225;QD=25.0076;RBI=0.0616275;REFB=-0.0488492;REVB=-0.00474666;RO=50;SAF=34;SAR=38;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660557;STB=0.539908;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0467388;OID=.;OPOS=17317955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:50:51:72:72:0.585366:38:34:28:22:38:34:29:22 chr19 17330060 . T C 902.59 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7851;QD=58.2318;RBI=0.0301454;REFB=0;REVB=-0.0213859;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000392047;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr19 17339112 . G A 203.77 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0106592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.251;QD=18.1127;RBI=0.0135053;REFB=-0.00852135;REVB=-0.00829304;RO=24;SAF=16;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12426;STB=0.537778;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0105826;OID=.;OPOS=17339112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:24:20:21:0.466667:4:16:17:7:5:16:17:7 chr19 17351535 . G A 149.35 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0207004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7348;QD=18.6683;RBI=0.0233051;REFB=-0.00144158;REVB=-0.0107062;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634063;OID=.;OPOS=17351535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:11:5:5:11:11:5 chr19 17366278 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0130314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.22;QD=13.5805;RBI=0.0131224;REFB=-0.0186739;REVB=0.0015426;RO=28;SAF=3;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403058;STB=0.738816;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0177816;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:14:3:14:14:14:3:14:14 chr19 17366313 . C T 76.64 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0488666;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.691;QD=11.3539;RBI=0.0531176;REFB=0.00158881;REVB=0.0208215;RO=17;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414426;STB=0.758388;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00066809;OID=.;OPOS=17366313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:27:17:17:10:10:0.37037:9:1:6:11:9:1:6:11 chr19 17367435 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0609367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0382;QD=19.3686;RBI=0.0610235;REFB=0.00541389;REVB=0.00325315;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318367;STB=0.681477;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00289388;OID=.;OPOS=17367435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:6:1:6:4:6:1 chr19 17370190 . T G 135.98 PASS AF=0.292308;AO=18;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0290338;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4533;QD=8.36786;RBI=0.0351342;REFB=-0.00395225;REVB=-0.0197851;RO=44;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120626;STB=0.527658;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.010186;OID=.;OPOS=17370190;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:46:18:19:0.292308:10:8:20:24:10:9:20:26 chr19 17379638 . GC G 34.77 PASS AF=0.466667;AO=5;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0219379;FXX=0.062461;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.7907;QD=9.27146;RBI=0.0261265;REFB=-0.0975947;REVB=0.0141889;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0.42;SSEP=0;SSSB=-0.157037;STB=0.603481;STBP=0.498;TYPE=del;VARB=0.151746;OID=.;OPOS=17379639;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:5:16:7:15:8:3:4:5:3:34:9:2:3:5:4 chr19 17392894 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.013159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.802;QD=12.3291;RBI=0.0406145;REFB=-0.0434715;REVB=0.0384236;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129419;STB=0.588087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0341641;OID=.;OPOS=17392894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:4:7:12:4:4:7:13:4 chr19 17393530 . T A 32.39 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0423351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6952;QD=16.1941;RBI=0.0686442;REFB=-0.0236334;REVB=-0.0540348;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.635921;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0105968;OID=.;OPOS=17393530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:3:0:1:4:3:0 chr19 17394124 . T G 369.96 PASS AF=0.362903;AO=45;DP=124;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.0369454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6235;QD=11.9342;RBI=0.0426253;REFB=-0.00376782;REVB=-0.0212593;RO=78;SAF=19;SAR=26;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225759;STB=0.631856;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00478692;OID=.;OPOS=17394124;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:78:79:45:45:0.362903:26:19:49:29:26:19:50:29 chr19 17394504 . A C 107.21 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.000877555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3011;QD=22.5714;RBI=0.139535;REFB=-0.000512019;REVB=-0.139532;RO=5;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355891;STB=0.555469;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00151962;OID=.;OPOS=17394504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:5:7:12:12:0.631579:3:9:4:1:3:9:6:1 chr19 17395003 . A G 231.68 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0424177;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.747;QD=15.707;RBI=0.0448599;REFB=-0.0316929;REVB=0.0145998;RO=33;SAF=8;SAR=18;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272503;STB=0.666973;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0180785;OID=.;OPOS=17395003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:32:26:27:0.457627:18:8:19:14:19:8:19:13 chr19 17395055 . C G 272.31 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0062749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.229;QD=17.2898;RBI=0.0087037;REFB=-0.0542723;REVB=0.00603159;RO=32;SAF=10;SAR=20;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244669;STB=0.645063;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0482728;OID=.;OPOS=17395055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:20:10:19:13:20:10:20:13 chr19 17396549 . T C 257.9 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0814875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.661;QD=18.4212;RBI=0.0837328;REFB=-0.00381683;REVB=0.0192608;RO=28;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132737;STB=0.574414;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00590302;OID=.;OPOS=17396549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:18:10:14:14:18:10:14:14 chr19 17396600 . A G 211.65 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00421725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.512;QD=19.6879;RBI=0.0362785;REFB=-0.0157121;REVB=-0.0360325;RO=22;SAF=5;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271175;STB=0.654572;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0173821;OID=.;OPOS=17396600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:16:5:11:11:16:5:11:11 chr19 17412119 . G A 559.79 PASS AF=0.55;AO=51;DP=96;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.062025;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0418;QD=22.3917;RBI=0.107366;REFB=-0.0314172;REVB=0.0876372;RO=44;SAF=34;SAR=17;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283696;STB=0.506847;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0283067;OID=.;OPOS=17412119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:44:45:51:55:0.55:17:34:28:16:20:35:28:17 chr19 17438642 . A G 300.59 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00124447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.202;QD=23.1222;RBI=0.0126057;REFB=-0.0353111;REVB=-0.0125441;RO=22;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131171;STB=0.507242;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.028133;OID=.;OPOS=17438642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:10:20:15:7:10:20:15:7 chr19 17448961 . A C 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0264597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.236;QD=16.1061;RBI=0.0277454;REFB=-0.0252986;REVB=-0.00834807;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206074;STB=0.617778;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0206435;OID=.;OPOS=17448961;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:15:7:9:8:15:7 chr19 17450016 . T C 310.29 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0580475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9603;QD=35.4619;RBI=0.0660227;REFB=-0.00606554;REVB=-0.0314562;RO=9;SAF=15;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632285;STB=0.534494;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00385563;OID=.;OPOS=17450016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:11:15:4:5:11:15:4:5 chr19 17463214 . C T 60.02 PASS AF=0.533333;AO=5;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.075843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3541;QD=16.0048;RBI=0.211898;REFB=-0.0211435;REVB=0.19786;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112423;STB=0.59976;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0332808;OID=.;OPOS=17463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:5:8:0.533333:1:4:5:2:4:4:5:2 chr19 17531205 . T A 679.67 PASS AF=0.462025;AO=71;DP=156;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.0292122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7636;QD=17.2068;RBI=0.0303335;REFB=0.00524502;REVB=0.00817127;RO=82;SAF=35;SAR=36;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11142;STB=0.563695;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00628547;OID=.;OPOS=17531205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:82:85:71:73:0.462025:36:35:31:51:36:37:33:52 chr19 17544244 . C T 175.32 PASS AF=0.27907;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=86;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0158964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.085;QD=8.15425;RBI=0.0172233;REFB=-0.00424218;REVB=-0.0066291;RO=60;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180993;STB=0.592948;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0133447;OID=.;OPOS=17544244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:60:62:24:24:0.27907:12:12:21:39:12:12:23:39 chr19 17547292 . A G 187.74 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0142405;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.631;QD=14.1689;RBI=0.0143456;REFB=-0.0159408;REVB=0.00173329;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460323;STB=0.526292;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0398091;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:14:8:10:21:14:8:10:21 chr19 17556054 . A G 191.54 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0407332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5038;QD=21.8897;RBI=0.0705924;REFB=-0.0340656;REVB=0.057655;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214157;STB=0.512035;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0184539;OID=.;OPOS=17556054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:8:8:10:9:8:8 chr19 17611490 . T G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0302733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.822;QD=22.9823;RBI=0.0310655;REFB=-0.00368964;REVB=0.00697089;RO=22;SAF=18;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31204;STB=0.674855;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00508903;OID=.;OPOS=17611490;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:7:18:8:14:7:18:8:14 chr19 17612107 . G A 574.56 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00466169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.924;QD=21.0848;RBI=0.0328874;REFB=-0.0272846;REVB=0.0325554;RO=49;SAF=23;SAR=35;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113713;STB=0.563222;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0235448;OID=.;OPOS=17612107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:49:51:58:58:0.53211:35:23:26:23:35:23:27:24 chr19 17615609 . T C 404.54 PASS AF=0.481481;AO=44;DP=101;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.120436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.401;QD=14.9829;RBI=0.120453;REFB=-0.0176842;REVB=-0.00202397;RO=56;SAF=21;SAR=23;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668842;STB=0.545795;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0267317;OID=.;OPOS=17615609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:108:56:56:44:52:0.481481:23:21:23:33:27:25:22:34 chr19 17616171 . G A 279.92 PASS AF=0.392857;AO=27;DP=88;FAO=33;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0334083;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0195;QD=13.3295;RBI=0.0421935;REFB=-0.0243838;REVB=0.0257716;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193842;STB=0.520595;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0443115;OID=.;OPOS=17616171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:84:36:51:27:33:0.392857:16:11:14:22:16:17:28:23 chr19 17628587 . A G 837.25 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154326;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.377;QD=57.7412;RBI=0.0205343;REFB=0;REVB=0.0135459;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032137;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr19 17648350 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.67;QD=43.4851;RBI=0.0914806;REFB=0;REVB=0.0833691;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769307;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr19 17651370 . A G 306.56 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.843;QD=53.3151;RBI=0.130028;REFB=0;REVB=0.0277704;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634621;OID=.;OPOS=17651370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:17:5:0:0:17:6:0:0 chr19 17670201 . C T 400.24 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0270855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.953;QD=15.851;RBI=0.0271307;REFB=-0.00139561;REVB=0.00156555;RO=56;SAF=23;SAR=21;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103067;STB=0.561877;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00145068;OID=.;OPOS=17670201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:57:44:44:0.435644:21:23:35:21:21:23:36:21 chr19 17692323 . GT G,GG 234.16 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=4,15;DP=19;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318281,0.0404753;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.93,178.392;QD=49.2963;RBI=0.0344096,0.0426614;REFB=0,0;REVB=0.0130763,0.013481;RO=0;SAF=1,7;SAR=3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0337021,-0.00152229;OID=.,.;OPOS=17692324,17692324;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737:4,15:19:2,17:19:0:0,8:2,9:0:0:8:0:1,7:3,8:0:0 chr19 17729787 . T G 205.86 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0816587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8178;QD=23.5273;RBI=0.0817503;REFB=-0.0284377;REVB=-0.0038684;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179521;STB=0.599904;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0160138;OID=.;OPOS=17729787;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:10:10:4:11:10:10:4:11 chr19 17741047 . A G 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00547106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.963;QD=25.8143;RBI=0.0133358;REFB=0.00192617;REVB=-0.0121618;RO=20;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062846;STB=0.534784;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00147555;OID=.;OPOS=17741047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:14:13:8:12:14:13:8:12 chr19 17746946 . GA G,GG 1518.72 PASS AF=0.00990099,0.990099;AO=32,66;DP=99;FAO=1,100;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=0,52;FSAR=1,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532778,0.065412;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=258.62,271.982;QD=60.1472;RBI=0.0567219,0.0675599;REFB=0,0;REVB=0.0194642,0.0169001;RO=0;SAF=29,18;SAR=3,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,2.99443e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0247236,0.00132456;OID=.,.;OPOS=17746947,17746947;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.00990099,0.990099:32,66:99:1,100:101:0:0,52:1,48:0:0:3:0:29,18:3,48:0:0 chr19 17837968 . GCCCCCCCAG GCCCCCCACG,GCCCCCCAG,GCCCCCCAGC 62.32 PASS AF=0.0344828,0.551724,0;AO=2,12,2;DP=30;FAO=1,16,0;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=0,11,0;FSAR=1,5,0;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.064544,0.0500714,-0.0908644;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,3;MLLD=122.243,8.48488,77.2724;QD=8.59587;RBI=0.0730672,0.189838,0.102092;REFB=-0.00262417,-0.084486,-0.00658493;REVB=-0.0342474,-0.183116,-0.0465456;RO=11;SAF=0,8,2;SAR=2,4,0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.663928,-0.0581219,0.496917;STB=0.992387,0.510296,0.5;STBP=0.255,0.967,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0312079,0.0762194,0;OID=.,.,.;OPOS=17837975,17837969,17837975;OREF=CA,C,CAG;OALT=AC,-,AGC;OMAPALT=GCCCCCCACG,GCCCCCCAG,GCCCCCCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0344828,0.551724,0:2,12,2:30:1,16,0:29:12:0,11,0:1,5,0:8:4:42:11:0,8,2:2,4,0:8:3 chr19 17885270 . A G 145.75 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0219667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.145;QD=16.1949;RBI=0.0364624;REFB=-0.050382;REVB=0.0291028;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123809;STB=0.571338;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0464177;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:10:10:10:6:10:10 chr19 17886940 . G A 48.23 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0261679;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.716;QD=10.7178;RBI=0.0261679;REFB=-0.0250419;REVB=4.38236e-05;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293282;STB=0.676457;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0237569;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:8:3:4:3:8:3 chr19 17887024 . T C 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.009519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.16;QD=21.064;RBI=0.0327427;REFB=-0.0509328;REVB=0.0313285;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037479;STB=0.521035;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0396189;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:13:11:10:14:13:11:10:14 chr19 17922795 . G A 73.77 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0265129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.408;QD=9.83573;RBI=0.0547703;REFB=0.00639315;REVB=0.0479255;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549448;STB=0.533267;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00550857;OID=.;OPOS=17922795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:11:9:5:5:11:9 chr19 17932138 . T C 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0085646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1691;QD=22.8306;RBI=0.0135124;REFB=-0.0153023;REVB=-0.0104514;RO=10;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196568;STB=0.610959;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0110116;OID=.;OPOS=17932138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:5:10:4:6:5:10:4:6 chr19 18180413 . C G 460.61 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00303659;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.8286;QD=18.8004;RBI=0.0472891;REFB=-0.00841631;REVB=0.0471915;RO=47;SAF=25;SAR=21;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164499;STB=0.573666;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00689625;OID=.;OPOS=18180413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:52:46:46:0.469388:21:25:17:30:21:25:21:31 chr19 18180451 . A G 605.79 PASS AF=0.56701;AO=54;DP=96;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0327867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.612;QD=24.981;RBI=0.0348612;REFB=-0.012825;REVB=0.0118464;RO=41;SAF=29;SAR=25;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115332;STB=0.560726;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0110724;OID=.;OPOS=18180451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:41:42:54:55:0.56701:25:29:16:25:25:30:17:25 chr19 18186575 . G A 201.45 PASS AF=0.521739;AO=13;DP=44;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0129288;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.773;QD=17.5174;RBI=0.0325318;REFB=-0.0114816;REVB=0.0298524;RO=20;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340736;STB=0.526294;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0136097;OID=.;OPOS=18186575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:20:22:13:24:0.521739:11:2:8:12:14:10:8:14 chr19 18186618 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00921926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.113;QD=21.0076;RBI=0.0247529;REFB=-0.0196223;REVB=-0.022972;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124993;STB=0.569963;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0114761;OID=.;OPOS=18186618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:12:7:4:13:12:7:4:13 chr19 18191664 . C G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0154893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.783;QD=16.9315;RBI=0.034585;REFB=-0.024211;REVB=-0.0309225;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218292;STB=0.624804;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0258617;OID=.;OPOS=18191664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:9:3:6:6:9:3 chr19 18248146 . T C 176.21 PASS AF=0.529412;AO=16;DP=32;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0105828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8274;QD=20.7302;RBI=0.041466;REFB=-0.0593755;REVB=-0.0400928;RO=14;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291666;STB=0.65606;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.068094;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:14:16:16:18:0.529412:4:12:6:8:4:14:8:8 chr19 18266699 . C T 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.01853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.371;QD=23.9649;RBI=0.01853;REFB=-0.0352068;REVB=6.09853e-06;RO=18;SAF=7;SAR=16;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793022;STB=0.544005;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0289994;OID=.;OPOS=18266699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:16:7:4:14:16:7:4:14 chr19 18273047 . T C 72.1 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0109337;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.482;QD=7.39479;RBI=0.019587;REFB=-0.0154493;REVB=0.0162513;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399939;STB=0.640766;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.036591;OID=.;OPOS=18273047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:39:39:28:29:10:10:0.25641:4:6:7:21:5:5:9:20 chr19 18279638 . T C 1343.66 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3469;QD=61.0755;RBI=0.0177554;REFB=-0.0687982;REVB=-0.0101697;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.505493;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000610549;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:87:87:0.988636:45:42:0:0:45:42:0:1 chr19 18284651 . G T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00977517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.677;QD=16.9315;RBI=0.0766836;REFB=-0.0153601;REVB=0.076058;RO=12;SAF=1;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622608;STB=0.867693;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0392468;OID=.;OPOS=18284651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:11:1:8:4:11:1:8:4 chr19 18288069 . A G 197.04 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00717207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.534;QD=10.9467;RBI=0.0520097;REFB=-0.0123313;REVB=-0.0515129;RO=47;SAF=15;SAR=10;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539742;STB=0.531403;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0188796;OID=.;OPOS=18288069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:10:15:26:21:10:15:26:21 chr19 18288898 . T C 166.78 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0146299;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.098;QD=11.7037;RBI=0.0157436;REFB=-0.00806414;REVB=-0.005816;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112716;STB=0.593818;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0351934;OID=.;OPOS=18288898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:36:21:21:0.368421:13:8:16:17:13:8:19:17 chr19 18288947 . A C 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.021058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.418;QD=10.9728;RBI=0.0437045;REFB=-0.00796511;REVB=0.0382968;RO=31;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237481;STB=0.640842;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0185541;OID=.;OPOS=18288947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:9:6:19:12:9:6:19:12 chr19 18305578 . G C 295.91 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0276242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8301;QD=17.934;RBI=0.0288853;REFB=-0.00667974;REVB=0.00844174;RO=32;SAF=25;SAR=7;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512287;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00519331;OID=.;OPOS=18305578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:34:32:32:0.484848:7:25:25:7:7:25:26:8 chr19 18306990 . G C 252.71 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0265437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8419;QD=21.0588;RBI=0.134712;REFB=-0.00925918;REVB=0.132071;RO=24;SAF=18;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135997;STB=0.576855;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0120929;OID=.;OPOS=18306990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:6:18:15:9:6:18:15:9 chr19 18311199 . A G 208.62 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0108258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3279;QD=13.68;RBI=0.0349646;REFB=-0.00195093;REVB=0.0332464;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192069;STB=0.609291;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00276233;OID=.;OPOS=18311199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:34:36:24:25:0.409836:11:13:12:22:12:13:12:24 chr19 18329240 . T C 270.17 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00486093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8939;QD=19.6483;RBI=0.0428451;REFB=-0.0519863;REVB=-0.0425685;RO=25;SAF=18;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176122;STB=0.576869;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0576394;OID=.;OPOS=18329240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:25:26:28:29:0.527273:10:18:11:14:11:18:12:14 chr19 18329784 . C T 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00343782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.246;QD=18.9484;RBI=0.0034694;REFB=-0.000574909;REVB=-0.000467046;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190404;STB=0.510631;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.000508556;OID=.;OPOS=18329784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:16:12:11:16:16:12:11:16 chr19 18359037 . G A 378.99 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00653187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.177;QD=33.6883;RBI=0.0212638;REFB=-0.0558429;REVB=0.0202358;RO=14;SAF=19;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187368;STB=0.602239;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0194316;OID=.;OPOS=18359037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:12:19:4:10:12:19:4:10 chr19 18368810 . G T 386.82 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.012964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.963;QD=15.7884;RBI=0.0163119;REFB=-0.0160642;REVB=0.00990009;RO=56;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128395;STB=0.566866;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0276594;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:57:41:41:0.418367:19:22:23:33:19:22:24:33 chr19 18368969 . G A 585.7 PASS AF=0.433566;AO=62;DP=143;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.0130098;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.869;QD=16.3832;RBI=0.0142866;REFB=-0.0051812;REVB=-0.00590357;RO=80;SAF=35;SAR=27;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366097;STB=0.523417;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0072117;OID=.;OPOS=18368969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:80:81:62:62:0.433566:27:35:48:32:27:35:49:32 chr19 18368988 . G A 545.92 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0392119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.686;QD=17.3308;RBI=0.0394211;REFB=-0.00891539;REVB=0.00405617;RO=67;SAF=35;SAR=23;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509258;STB=0.532983;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0098161;OID=.;OPOS=18368988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:68:58:58:0.460317:23:35:37:30:23:35:37:31 chr19 18369120 . G A 186.17 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.026838;FXX=0.0576812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1781;QD=15.1979;RBI=0.0288082;REFB=-0.00908504;REVB=-0.0104707;RO=27;SAF=16;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401462;STB=0.738722;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0145542;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:28:21:21:0.428571:5:16:10:17:5:16:10:18 chr19 18369211 . T G 175.97 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0336016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6258;QD=12.1358;RBI=0.0342072;REFB=0.0110142;REVB=-0.00640804;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18609;STB=0.60738;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0247398;OID=.;OPOS=18369211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:9:13:15:21:9:13:15:21 chr19 18369270 . C T 150.87 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00947945;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.684;QD=14.7186;RBI=0.0166062;REFB=-0.0143931;REVB=0.0136347;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151826;STB=0.576279;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0153129;OID=.;OPOS=18369270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:24:16:17:0.414634:6:10:11:12:7:10:11:13 chr19 18370063 . A AG 132.68 PASS AF=1;AO=13;DP=25;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501445;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.9513;QD=35.382;RBI=0.163182;REFB=0;REVB=-0.155287;RO=11;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332207;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0133174;OID=.;OPOS=18370064;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:25:15:15:0:2:13:0:0:3:11:2:11:5:6 chr19 18375563 . G A 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0188242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.532;QD=19.7025;RBI=0.0208697;REFB=-0.0306545;REVB=0.00901093;RO=16;SAF=15;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126351;STB=0.572425;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0234365;OID=.;OPOS=18375563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:2:15:13:3:2:15:13:3 chr19 18375659 . C T 490.55 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=11;FWDB=0.013287;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4141;QD=18.5112;RBI=0.0331098;REFB=-0.00331124;REVB=-0.0303268;RO=52;SAF=35;SAR=17;SRF=43;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169655;STB=0.574995;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00204324;OID=.;OPOS=18375659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:52:54:52:52:0.490566:17:35:43:9:17:35:43:11 chr19 18376407 . T A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0118127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.221;QD=18.4438;RBI=0.0159876;REFB=-0.0193235;REVB=0.0107732;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236841;STB=0.636115;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0145966;OID=.;OPOS=18376407;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:3:6:4:7:3:6 chr19 18377274 . A G 119.51 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00921913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.676;QD=13.6588;RBI=0.0542428;REFB=-0.00907369;REVB=-0.0534536;RO=20;SAF=12;SAR=2;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24928;STB=0.674707;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00826795;OID=.;OPOS=18377274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:2:12:14:6:2:12:14:7 chr19 18377496 . C G 388.1 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.024034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3756;QD=26.7652;RBI=0.0265841;REFB=-0.0231234;REVB=0.0113616;RO=20;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122036;STB=0.574566;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0179254;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:21:37:37:0.637931:20:17:13:7:20:17:14:7 chr19 18378219 . A G 223.07 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0193955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.72;QD=15.6537;RBI=0.0211251;REFB=-0.00702428;REVB=-0.0083717;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059523;STB=0.523143;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00702922;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:31:25:26:0.45614:13:12:13:18:14:12:13:18 chr19 18390864 . A G 36.89 PASS AF=0.5;AO=2;DP=8;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00601582;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=59.0891;QD=10.5399;RBI=0.0976432;REFB=0.0115126;REVB=0.0974577;RO=3;SAF=2;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0207198;OID=.;OPOS=18390864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:8:14:3:7:2:7:0.5:0:2:3:0:3:4:4:3 chr19 18392894 . C T 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0514863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3352;QD=9.842;RBI=0.0735946;REFB=-0.00145108;REVB=0.0525864;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563151;STB=0.534177;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00970856;OID=.;OPOS=18392894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:9:11:6:4:9:11 chr19 18392913 . A G 72.27 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0264836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8354;QD=8.50188;RBI=0.0350824;REFB=-0.00897868;REVB=-0.0230086;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300877;STB=0.518482;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.017655;OID=.;OPOS=18392913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:6:4:9:15:6:4:9:15 chr19 18444360 . T G 145.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.165;QD=44.7528;RBI=0.16819;REFB=0;REVB=-0.0308131;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132767;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:12:0:0:0:12:1:0:0 chr19 18497024 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.026;QD=46.8472;RBI=0.0461291;REFB=0;REVB=0.000398557;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716194;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr19 18497141 . T A 97.15 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0129485;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6777;QD=11.1025;RBI=0.013456;REFB=-0.0168348;REVB=0.00366086;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130528;STB=0.578808;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0280527;OID=.;OPOS=18497141;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:35:23:23:12:12:0.342857:9:3:8:15:9:3:8:15 chr19 18499238 . G T 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.10017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3987;QD=26.3988;RBI=0.106843;REFB=-0.0297255;REVB=0.0371689;RO=10;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179039;STB=0.599886;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0209485;OID=.;OPOS=18499238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:12:6:6:4:12:6:6:4 chr19 18502835 . G A 912.95 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00893278;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.576;QD=52.9246;RBI=0.0144284;REFB=-0.0291103;REVB=-0.0113307;RO=4;SAF=21;SAR=44;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219165;STB=0.511624;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00129976;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:69:4:4:65:65:0.942029:44:21:2:2:44:21:2:2 chr19 18507493 . C T 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0270554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9574;QD=12.6364;RBI=0.0280854;REFB=-0.0138012;REVB=0.00753623;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310179;STB=0.518296;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00949123;OID=.;OPOS=18507493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:14:7:4:9:14:7 chr19 18679379 . C G 375.49 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.351;QD=55.6276;RBI=0.0942283;REFB=0;REVB=0.0814031;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302833;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr19 18684563 . C T 170.54 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.349;QD=45.4761;RBI=0.0425272;REFB=0;REVB=0.027715;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454927;OID=.;OPOS=18684563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:10:5:0:0 chr19 18700047 . A G 385.68 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0111922;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.13;QD=48.2101;RBI=0.0218649;REFB=-0.0300301;REVB=-0.0187832;RO=3;SAF=14;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320137;STB=0.517229;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0023716;OID=.;OPOS=18700047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:15:14:2:1:15:14:2:1 chr19 18710535 . GT AC,AT 691.15 PASS AF=0.06,0.9;AO=3,43;DP=50;FAO=3,45;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=3,19;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.014931,0.0318559;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=57.9746,62.3768;QD=55.2921;RBI=0.02072,0.0508817;REFB=-0.163597,-0.182937;REVB=-0.014366,0.0396755;RO=3;SAF=3,19;SAR=0,24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767807,0.0551594;STB=0.995982,0.51851;STBP=0.058,0.295;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0758737,0.00870447;OID=.,.;OPOS=18710535,18710535;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:50:50:3:2:3,43:3,45:0.06,0.9:0,24:3,19:0:3:0,26:3,19:0:2 chr19 18726856 . T C 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00467292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.97;QD=55.4102;RBI=0.0167022;REFB=0.0114792;REVB=-0.0160352;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184904;STB=0.5098;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000548847;OID=.;OPOS=18726856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:1:0:32:25:1:0 chr19 18775077 . C T 2266.54 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0525544;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2878;QD=62.0969;RBI=0.0554327;REFB=-0.0446688;REVB=0.0176301;RO=1;SAF=67;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704489;STB=0.507352;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0014781;OID=.;OPOS=18775077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:146:1:2:144:144:0.986301:77:67:1:0:77:67:2:0 chr19 18977937 . G C 770.56 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7483;QD=55.0402;RBI=0.0570493;REFB=-0.103444;REVB=0.0558383;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000608712;OID=.;OPOS=18977937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:27:27:0:1:27:28:0:1 chr19 19040312 . G C 69.27 PASS AF=0.888889;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000264942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5224;QD=30.7855;RBI=0.0377636;REFB=0.113169;REVB=0.0377627;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0194461;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:7:8:0.888889:4:3:0:0:5:3:1:0 chr19 19136541 . C T 582.55 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1107;QD=58.2545;RBI=0.0238378;REFB=-0.16112;REVB=0.0168238;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00249979;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:22:17:0:0:22:17:0:1 chr19 19230868 . A G 1898.29 PASS AF=0.992;AO=122;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100644;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.37;QD=60.7454;RBI=0.016489;REFB=-0.0332927;REVB=0.0130612;RO=3;SAF=55;SAR=67;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00540976;STB=0.503649;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000524477;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:3:1:122:124:0.992:67:55:1:2:68:56:0:1 chr19 19446936 . G A 807.06 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0192581;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6535;QD=55.659;RBI=0.0228261;REFB=-0.0243777;REVB=-0.0122537;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00129462;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:0:1:57:57:0.982759:32:25:0:0:32:25:0:1 chr19 19449686 . G T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.782;QD=62.1623;RBI=0.0285329;REFB=0;REVB=0.0185824;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48435e-05;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr19 19467085 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.343;QD=47.8224;RBI=0.0157957;REFB=0;REVB=-0.0156487;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.6738e-05;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr19 19467936 . TT CC,TC 472.65 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=2,31;DP=33;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434373,0.00377576;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=144.928,76.4277;QD=57.2907;RBI=0.0314554,0.0166126;REFB=0,0;REVB=0.0311541,0.0161778;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.33668e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0204225,0.000265008;OID=.,.;OPOS=19467936,19467937;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:2,31:2,31:0.0606061,0.939394:2,13:0,18:0:0:2,13:0,18:0:0 chr19 19468709 . GC G,GG 773.51 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=5,44;DP=49;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=2,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860443,0.0867153;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.82,212.308;QD=63.1435;RBI=0.0860766,0.0867579;REFB=0,0;REVB=0.00235665,0.00271709;RO=0;SAF=3,15;SAR=2,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.030579,0.00024845;OID=.,.;OPOS=19468710,19468710;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0408163,0.959184:5,44:49:2,47:49:0:0,18:2,29:0:0:8:0:3,15:2,29:0:0 chr19 19468734 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.326;QD=62.022;RBI=0.0491729;REFB=0;REVB=0.00214005;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122972;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr19 19735257 . G T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.785;QD=60.6103;RBI=0.0458493;REFB=0;REVB=0.00123885;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36226e-05;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr19 19737686 . C T 114.41 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0323254;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.425;QD=10.8964;RBI=0.0505646;REFB=-0.0090997;REVB=-0.0388826;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775238;STB=0.581274;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0152276;OID=.;OPOS=19737686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:28:14:14:0.333333:4:10:17:9:4:10:17:11 chr19 19766946 . GC AA 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00265914;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.386;QD=25.1494;RBI=0.030598;REFB=-0.0153347;REVB=0.0304822;RO=21;SAF=16;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166788;STB=0.592524;STBP=0.164;TYPE=mnp;VARB=0.0147932;OID=.;OPOS=19766946;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:11:16:8:13:11:16:8:13 chr19 19779759 . C G 929.05 PASS AF=0.411765;AO=103;DP=252;FAO=105;FDP=255;FR=.;FRO=150;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=82;FSRR=68;FWDB=0.0235194;FXX=0.0039061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8047;QD=14.5734;RBI=0.025518;REFB=-0.0226782;REVB=0.00989975;RO=149;SAF=51;SAR=52;SRF=81;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512144;STB=0.535803;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0365183;OID=.;OPOS=19779759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:255:149:150:103:105:0.411765:52:51:81:68:54:51:82:68 chr19 19789528 . A G 145.5 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00364597;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.079;QD=10.7776;RBI=0.0126967;REFB=-0.00310381;REVB=-0.012162;RO=34;SAF=16;SAR=2;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435123;STB=0.691658;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00518376;OID=.;OPOS=19789528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:18:19:0.351852:2:16:21:13:3:16:22:13 chr19 19823270 . T A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0153466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.453;QD=22.6785;RBI=0.0171575;REFB=0.0180462;REVB=-0.00767216;RO=5;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327428;STB=0.691832;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00590497;OID=.;OPOS=19823270;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:9:1:2:3:9:1:2:3 chr19 19855654 . C T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00653203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.064;QD=11.5971;RBI=0.00889432;REFB=-0.0130751;REVB=-0.00603668;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130543;STB=0.507759;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0259094;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:9:12:7:5:9:12 chr19 20150125 . T C 67.82 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0434778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.627;QD=14.2782;RBI=0.0450287;REFB=-0.0187071;REVB=0.0117163;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20901;STB=0.581216;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0182094;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:10:10:8:9:0.473684:5:3:6:4:5:4:6:4 chr19 20150175 . G C 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0660902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.794;QD=10.3894;RBI=0.0686741;REFB=-0.0267231;REVB=-0.0186606;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341391;STB=0.69701;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0307917;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:6:1:4:6:6:1:4:7 chr19 20229486 . G A 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00713739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.548;QD=18.0483;RBI=0.0850862;REFB=-0.0190727;REVB=-0.0847863;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871479;STB=0.511605;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0190901;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:7:8:10:10:0.555556:4:6:5:2:4:6:5:3 chr19 20369503 . C G 365.77 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0310813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.235;QD=13.6735;RBI=0.0349821;REFB=-0.00584085;REVB=-0.0160532;RO=59;SAF=21;SAR=22;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901682;STB=0.572139;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0067366;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:59:64:43:43:0.401869:22:21:34:25:22:21:39:25 chr19 20727463 . T C 162.55 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0124723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.651;QD=38.2463;RBI=0.0136099;REFB=-0.140442;REVB=-0.00544713;RO=1;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100822;STB=0.533934;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00579845;OID=.;OPOS=20727463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:17:17:1:2:15:15:0.882353:4:11:0:1:4:11:1:1 chr19 20727932 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.275;QD=47.8205;RBI=0.0301411;REFB=0;REVB=0.0157887;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053014;OID=.;OPOS=20727932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr19 20808149 . A G,T 804.35 PASS AF=0.982456,0.0175439;AO=53,2;DP=55;FAO=56,1;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350255,-0.00837532;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.584,60.0699;QD=56.4454;RBI=0.0929797,0.0135334;REFB=0,0;REVB=0.0861304,-0.0106305;RO=0;SAF=34,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.97342e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000719667,0.215619;OID=.,.;OPOS=20808149,20808149;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:55:57:0:0:53,2:56,1:0.982456,0.0175439:19,1:34,1:0:0:22,0:34,1:0:0 chr19 21299774 . T TATA 121.4 PASS AF=0.857143;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0130164;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.53;QD=34.6863;RBI=0.0130832;REFB=0.0125357;REVB=0.00132011;RO=3;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808542;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00245551;OID=.;OPOS=21299775;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:11:15:12:14:2:6:6:1:1:10:3:5:6:2:1 chr19 21300462 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.425;QD=50.4119;RBI=0.0196204;REFB=0;REVB=0.0192146;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75119e-05;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr19 21477431 . T C 1263.86 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0173982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.24;QD=58.1084;RBI=0.0288331;REFB=-0.00210805;REVB=0.0229924;RO=0;SAF=20;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.14185e-08;STB=0.534875;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-7.28535e-06;OID=.;OPOS=21477431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:0:3:84:84:0.965517:64:20:0:0:64:20:3:0 chr19 21492062 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.329;QD=52.6124;RBI=0.052899;REFB=0;REVB=0.0514299;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419157;OID=.;OPOS=21492062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr19 21544571 . G A 695.85 PASS AF=0.962264;AO=47;DP=49;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.024688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.555;QD=52.5166;RBI=0.0286156;REFB=0.0285421;REVB=0.0144691;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229327;STB=0.502637;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.000804345;OID=.;OPOS=21544571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:53:1:2:47:51:0.962264:20:27:0:1:22:29:1:1 chr19 21606429 . G T 316.65 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.167;QD=52.7743;RBI=0.0546474;REFB=0;REVB=0.0251216;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216503;OID=.;OPOS=21606429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:16:8:0:0 chr19 21606725 . A G 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0540441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.753;QD=26.3418;RBI=0.0745853;REFB=-0.0455229;REVB=0.0514023;RO=11;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813951;STB=0.545405;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0226813;OID=.;OPOS=21606725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:14:5:4:7:14:5:4:7 chr19 21609743 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.567;QD=39.2052;RBI=0.0391549;REFB=0;REVB=-0.00783001;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000909701;OID=.;OPOS=21609743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr19 21688602 . C G 641.11 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0372414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.998;QD=59.6379;RBI=0.0396141;REFB=-0.0956956;REVB=0.0135038;RO=0;SAF=8;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67012e-08;STB=0.529397;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000421542;OID=.;OPOS=21688602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:43:0:1:42:42:0.976744:34:8:0:0:34:8:1:0 chr19 21719401 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.958;QD=39.2068;RBI=0.0791919;REFB=0;REVB=-0.00360023;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500259;OID=.;OPOS=21719401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 21909948 . G A 391.69 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0772138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8701;QD=50.5409;RBI=0.0797234;REFB=-0.029727;REVB=0.0198455;RO=2;SAF=14;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619954;STB=0.53331;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00268678;OID=.;OPOS=21909948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:15:14:2:0:15:14:2:0 chr19 22115982 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0813;QD=43.4861;RBI=0.105198;REFB=0;REVB=0.0910825;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001891;OID=.;OPOS=22115982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr19 22156585 . G T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9013;QD=50.4102;RBI=0.0713905;REFB=0;REVB=-0.038413;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505139;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr19 22363448 . A T 34.87 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0680219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6435;QD=4.8097;RBI=0.0682882;REFB=-0.00889898;REVB=-0.00602458;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201969;STB=0.52623;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0265413;OID=.;OPOS=22363448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:29:22:23:6:6:0.206897:4:2:7:15:4:2:7:16 chr19 22363493 . G A 46.41 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0511688;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6765;QD=8.07132;RBI=0.0657061;REFB=-0.0272548;REVB=-0.0412195;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211684;STB=0.616089;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0764406;OID=.;OPOS=22363493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:15:16:7:7:0.304348:5:2:7:8:5:2:7:9 chr19 22363508 . G A 46.3 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00819962;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.876;QD=8.05211;RBI=0.00838279;REFB=-0.0165342;REVB=-0.00174281;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183097;STB=0.616089;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0388826;OID=.;OPOS=22363508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:7:9:5:2:7:9 chr19 22363826 . G C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00231578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.955;QD=24.3281;RBI=0.0206196;REFB=0.00418954;REVB=-0.0204891;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.624651;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0023161;OID=.;OPOS=22363826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:2:0:4:3:2:0 chr19 22375863 . C CT 610.92 PASS AF=1;AO=11;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168099;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.6519;QD=28.749;RBI=0.204779;REFB=0;REVB=-0.116949;RO=73;SAF=2;SAR=9;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.3931e-05;OID=.;OPOS=22375864;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:87:85:85:0:48:37:0:0:12:73:2:9:46:27 chr19 22375867 . TCC TC,TCT,TTC 1230.24 PASS AF=0,0.0235294,0.976471;AO=9,7,66;DP=85;FAO=0,2,83;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,46;FSAR=0,1,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0754978,-0.00800368,0.058186;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=22.6555,6.93937,32.9736;QD=57.8934;RBI=0.0818558,0.082432,0.0606092;REFB=-0.0305439,-0.0315923,-0.0538341;REVB=-0.0316298,-0.0820425,0.0169667;RO=1;SAF=7,1,36;SAR=2,6,30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0593592,-0.2842,-0.0129446;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00149495,0.170481,0.00813459;OID=.,.,.;OPOS=22375868,22375869,22375868;OREF=C,C,C;OALT=-,T,T;OMAPALT=TC,TCT,TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0235294,0.976471:9,7,66:85:0,2,83:85:0:0,1,46:0,1,37:0:0:4:1:7,1,36:2,6,30:1:0 chr19 22498943 . T C 58.86 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.192575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0798;QD=33.6325;RBI=0.206145;REFB=0;REVB=0.0735584;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130219;OID=.;OPOS=22498943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:5:7:1:3:2:0:0:4:3:0:0 chr19 22846788 . C A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00239878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.982;QD=13.7842;RBI=0.00622057;REFB=-0.0154918;REVB=0.00573946;RO=33;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207409;STB=0.618942;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0303925;OID=.;OPOS=22846788;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:8:15:15:18:8:15:15:18 chr19 22868896 . A T 68.36 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0733533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9978;QD=14.3913;RBI=0.0737619;REFB=0.00515258;REVB=0.00775291;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119124;STB=0.592381;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.000493087;OID=.;OPOS=22868896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:10:10:8:9:0.473684:3:5:5:5:3:6:5:5 chr19 22937148 . G A 280.49 PASS AF=0.75;AO=23;DP=30;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00195622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.547;QD=35.0616;RBI=0.0424134;REFB=-0.069065;REVB=0.0423682;RO=5;SAF=19;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147181;STB=0.535683;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0163986;OID=.;OPOS=22937148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:30:32:5:8:23:24:0.75:4:19:4:1:4:20:6:2 chr19 22941191 . T A 62.7 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0278962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.081;QD=20.9008;RBI=0.0466993;REFB=-0.00725347;REVB=0.0374517;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141139;STB=0.543368;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00298187;OID=.;OPOS=22941191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:3:4:8:8:0.666667:3:5:1:2:3:5:2:2 chr19 22942235 . T C 160.55 PASS AF=0.472222;AO=15;DP=34;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0433929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.8153;QD=17.839;RBI=0.0448664;REFB=-0.0396432;REVB=-0.0114039;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375681;STB=0.523782;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0436043;OID=.;OPOS=22942235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:19:19:15:17:0.472222:10:5:7:12:10:7:7:12 chr19 22942325 . G C 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0182918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.492;QD=27.3839;RBI=0.0325366;REFB=0.0468886;REVB=-0.0269079;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285311;STB=0.516097;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00307272;OID=.;OPOS=22942325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:2:1:4:6:2:1 chr19 23159486 . T C 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00250496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.542;QD=14.2608;RBI=0.0438544;REFB=-0.00692317;REVB=0.0437828;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106728;STB=0.562418;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00989453;OID=.;OPOS=23159486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:12:4:8:16:12:4:8:16 chr19 23316947 . C T 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.024782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.221;QD=19.3853;RBI=0.0267052;REFB=-0.0189786;REVB=-0.00995114;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15124;STB=0.585283;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0270126;OID=.;OPOS=23316947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:14:7:10:10:14:7 chr19 23328940 . G A 118.33 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.002798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.911;QD=12.7922;RBI=0.0169435;REFB=-0.0176118;REVB=-0.0167108;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692392;STB=0.540923;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0292608;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:11:3:6:17:11:3:6:17 chr19 23406165 . T C 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000260681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.699;QD=24.8026;RBI=0.00972987;REFB=-0.0527713;REVB=0.00972638;RO=4;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303873;STB=0.517207;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0191493;OID=.;OPOS=23406165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:3:7:3:1:3:7:3:1 chr19 23542290 . AG GC 797.3 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117472;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=2;MLLD=114.363;QD=55.951;RBI=0.0351901;REFB=0;REVB=0.0331715;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00271066;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:54:57:1:26:28:0:0:29:28:0:0 chr19 23543095 . T C 699.93 PASS AF=0.980392;AO=44;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.902;QD=54.8968;RBI=0.0342591;REFB=-0.203538;REVB=0.0286257;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00171146;OID=.;OPOS=23543095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:44:50:0.980392:25:19:0:0:30:20:1:0 chr19 23545447 . A G 305.13 PASS AF=0.961538;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.238763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.98;QD=46.9432;RBI=0.238844;REFB=0.000712265;REVB=-0.00620231;RO=1;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280287;STB=0.515139;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00128096;OID=.;OPOS=23545447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:26:1:1:22:25:0.961538:16:6:0:1:16:9:0:1 chr19 23557502 . G A 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0217537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0431;QD=14.6528;RBI=0.0468201;REFB=0.00585715;REVB=0.0414596;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391876;STB=0.726669;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0011246;OID=.;OPOS=23557502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:5:0:3:3:5:0 chr19 23837195 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.31;QD=59.8363;RBI=0.0314214;REFB=0;REVB=0.0283158;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124782;OID=.;OPOS=23837195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr19 23837365 . A C 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0855834;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9348;QD=39.6131;RBI=0.0936437;REFB=0;REVB=-0.0380081;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00961115;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:1:0:8:8:1:5:3:0:1:5:3:0:0 chr19 23869823 . T G 427.61 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0538154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3064;QD=53.4517;RBI=0.0645524;REFB=-0.0440756;REVB=0.0356498;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.518507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0023072;OID=.;OPOS=23869823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:30:31:0.96875:17:13:0:0:18:13:1:0 chr19 23926916 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.956;QD=33.4285;RBI=0.0512643;REFB=0;REVB=-0.0205486;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275577;OID=.;OPOS=23926916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr19 23927345 . T C 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00640208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.758;QD=35.4875;RBI=0.0410894;REFB=-0.0741453;REVB=0.0405876;RO=2;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860742;STB=0.547868;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0149713;OID=.;OPOS=23927345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:10:3:1:1:10:3:1:1 chr19 23927468 . A G 650.97 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000175987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.319;QD=61.9968;RBI=0.0316552;REFB=0;REVB=0.0316547;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111079;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr19 24183515 . G T 499.65 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00453318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.6042;QD=54.0161;RBI=0.0122489;REFB=-0.144176;REVB=0.0113792;RO=2;SAF=22;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406472;STB=0.521727;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00211452;OID=.;OPOS=24183515;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:13:22:2:0:13:22:2:0 chr19 24184152 . G C 47.94 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00284331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.195;QD=3.04359;RBI=0.0306255;REFB=-0.00828437;REVB=-0.0304932;RO=54;SAF=8;SAR=1;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450053;STB=0.830318;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0296609;OID=.;OPOS=24184152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:54:54:9:9:0.142857:1:8:31:23:1:8:31:23 chr19 24184156 . A G 46.15 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0101826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.909;QD=2.79704;RBI=0.020023;REFB=-0.00603797;REVB=0.0172405;RO=56;SAF=8;SAR=1;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404991;STB=0.799201;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0714782;OID=.;OPOS=24184156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:56:57:9:9:0.136364:1:8:35:21:1:8:36:21 chr19 24184295 . C G,T 1583.72 PASS AF=0.0508475,0.898305;AO=6,107;DP=118;FAO=6,106;FDP=118;FR=.;FRO=6;FSAF=2,46;FSAR=4,60;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0344552,0.0256848;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=36.2199,149.021;QD=53.6856;RBI=0.0348731,0.0269107;REFB=-0.0415981,-0.0286681;REVB=0.00538259,-0.00802983;RO=5;SAF=2,47;SAR=4,60;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.474419,-0.0478549;STB=0.799197,0.530606;STBP=0.075,0.009;TYPE=snp,snp;VARB=0.0341994,-0.00195297;OID=.,.;OPOS=24184295,24184295;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:118:118:5:6:6,107:6,106:0.0508475,0.898305:4,60:2,47:5:0:4,60:2,46:6:0 chr19 24184551 . G A 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00515239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.78;QD=16.7547;RBI=0.034308;REFB=-0.0360436;REVB=-0.0339189;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339897;STB=0.519215;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0345907;OID=.;OPOS=24184551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:15:13:12:12:15:13 chr19 24186114 . C G 446.32 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0873;QD=57.59;RBI=0.0499811;REFB=0;REVB=-0.0426676;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244957;OID=.;OPOS=24186114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr19 24186163 . C A 148.63 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367578;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3434;QD=45.7321;RBI=0.0450622;REFB=0;REVB=-0.0260667;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186064;OID=.;OPOS=24186163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr19 24310032 . A T 358.01 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3541;QD=55.078;RBI=0.0380057;REFB=0;REVB=0.0137791;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000567829;OID=.;OPOS=24310032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr19 29724086 . A C 149.81 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0525735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5283;QD=20.6638;RBI=0.0527208;REFB=-0.0122505;REVB=-0.00393792;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237195;STB=0.538411;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00373059;OID=.;OPOS=29724086;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:10:13:15:15:0.517241:8:7:5:5:8:7:5:8 chr19 29724111 . T G 148.12 PASS AF=0.484848;AO=17;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.122098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7143;QD=17.9535;RBI=0.12238;REFB=0.0139424;REVB=-0.00829386;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894416;STB=0.51218;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0103863;OID=.;OPOS=29724111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:17:16:0.484848:10:7:5:11:10:6:6:11 chr19 29724209 . A G 120.17 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00635301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1011;QD=14.1379;RBI=0.0147705;REFB=-0.00276338;REVB=0.0133344;RO=20;SAF=1;SAR=13;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387518;STB=0.735408;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00205523;OID=.;OPOS=29724209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:13:1:5:15:13:1:5:15 chr19 30097268 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.394;QD=37.488;RBI=0.0756916;REFB=0;REVB=-0.0756844;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170661;OID=.;OPOS=30097268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr19 30099545 . CT C 31.84 PASS AF=0.5;AO=7;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.224919;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.84183;QD=7.07558;RBI=0.239832;REFB=-0.133326;REVB=-0.0832502;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.559863;STBP=0.649;TYPE=del;VARB=0.155943;OID=.;OPOS=30099546;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:17:9:18:9:3:6:4:5:23:7:2:5:3:4 chr19 30102856 . A G 348.4 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00209506;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.917;QD=32.409;RBI=0.00217771;REFB=-0.0182223;REVB=-0.00059426;RO=14;SAF=11;SAR=18;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107564;STB=0.55863;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0111111;OID=.;OPOS=30102856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:18:11:3:11:18:11:3:11 chr19 30193721 . G A 762.56 PASS AF=0.5;AO=74;DP=148;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0292441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.619;QD=20.6096;RBI=0.0293265;REFB=-0.0313393;REVB=-0.00219701;RO=74;SAF=46;SAR=28;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125771;STB=0.569373;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0332138;OID=.;OPOS=30193721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:74:74:74:74:0.5:28:46:36:38:28:46:36:38 chr19 30414572 . C G 287.93 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0164118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.929;QD=18.5764;RBI=0.0180966;REFB=-0.0160262;REVB=0.00762495;RO=30;SAF=21;SAR=9;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736355;STB=0.537874;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0121995;OID=.;OPOS=30414572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:30:31:0.5:9:21:23:7:10:21:23:8 chr19 30414587 . G T 313.16 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0344526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6453;QD=19.5724;RBI=0.0349854;REFB=-0.0244628;REVB=-0.00608215;RO=30;SAF=22;SAR=11;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.542144;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0231153;OID=.;OPOS=30414587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:11:22:23:7:11:22:23:8 chr19 30500118 . GTGATGATGATGATGATGATGATGAT GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC 373.23 PASS AF=0.340206,0.103093;AO=29,7;DP=103;FAO=33,10;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=20,5;FSAR=13,5;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0306864,-0.0172766;FXX=0.0582468;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=123.02,101.457;QD=15.3908;RBI=0.0421346,0.0174103;REFB=-0.033754,-0.016153;REVB=-0.0288733,-0.00215344;RO=48;SAF=17,4;SAR=12,3;SRF=18;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.226421,0.231481;STB=0.64375,0.609167;STBP=0.045,0.489;TYPE=del,snp;VARB=0.078604,-0.00309973;OID=.,.;OPOS=30500119,30500143;OREF=TGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340206,0.103093:29,7:103:33,10:97:54:20,5:13,5:20:34:99:48:17,4:12,3:18:30 chr19 31768416 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.508;QD=56.7065;RBI=0.0410679;REFB=0;REVB=0.0393983;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272453;OID=.;OPOS=31768416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr19 31769763 . G A 191.43 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00930283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.686;QD=15.627;RBI=0.0585711;REFB=-0.00291015;REVB=0.0578276;RO=27;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080528;STB=0.530774;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00423352;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:29:20:20:0.408163:6:14:17:10:6:14:19:10 chr19 32083696 . T C 1568.58 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.238;QD=64.0236;RBI=0.0192925;REFB=0;REVB=0.00581982;RO=0;SAF=39;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66629e-05;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:58:39:0:0:59:39:0:0 chr19 32873698 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0176711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.407;QD=12.7389;RBI=0.0200334;REFB=-0.033324;REVB=0.00943774;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45078;STB=0.776954;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0295015;OID=.;OPOS=32873698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:7:1:5:5:7:1:5:5 chr19 32930069 . G A 148.51 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0425034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0143;QD=19.8013;RBI=0.0431761;REFB=-0.00691839;REVB=-0.00759186;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874813;STB=0.560107;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00719199;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:15:16:0.533333:10:5:6:8:11:5:6:8 chr19 33076729 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0114548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6556;QD=13.631;RBI=0.0292967;REFB=-0.0341999;REVB=-0.0269645;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250633;STB=0.646722;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0113549;OID=.;OPOS=33076729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:7:2:4:4:7:2 chr19 33088126 . TAG T 101.94 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271681;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=124.474;QD=40.7746;RBI=0.0514693;REFB=0;REVB=0.0437148;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000453448;OID=.;OPOS=33088127;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:9:10:10:0:2:8:0:0:4:0:2:7:0:0 chr19 33096786 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0260775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.368;QD=18.345;RBI=0.0312664;REFB=-0.0163435;REVB=0.0172496;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130349;STB=0.574236;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0189285;OID=.;OPOS=33096786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:8:10:7:10:8:10 chr19 33096816 . C T 157.82 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0211731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6933;QD=16.6123;RBI=0.0627182;REFB=0.0118173;REVB=-0.0590362;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213306;STB=0.622495;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.014557;OID=.;OPOS=33096816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:6:11:9:12:6:11:9:12 chr19 33099305 . T C 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0114251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.069;QD=7.47186;RBI=0.0190135;REFB=-0.00670847;REVB=-0.0151981;RO=31;SAF=9;SAR=2;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263988;STB=0.660687;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.02381;OID=.;OPOS=33099305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:31:32:11:11:0.255814:2:9:20:11:2:9:21:11 chr19 33099336 . A G 92.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00924735;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.772;QD=8.60096;RBI=0.0267543;REFB=-0.0059774;REVB=-0.0251054;RO=30;SAF=10;SAR=2;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340876;STB=0.706676;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00970405;OID=.;OPOS=33099336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:43:43:30:31:12:12:0.27907:2:10:18:12:2:10:19:12 chr19 33106621 . C T 180.07 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0294378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.257;QD=23.2353;RBI=0.029936;REFB=-0.0134542;REVB=0.00543867;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270493;STB=0.652332;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0104659;OID=.;OPOS=33106621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:13:5:8:5:13:5:8:5 chr19 33146154 . G C 110.45 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0174819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.693;QD=15.2339;RBI=0.0192444;REFB=-0.0221555;REVB=0.00804549;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194659;STB=0.613455;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0406072;OID=.;OPOS=33146154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:8:8:9:4:8:8 chr19 33167879 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0323224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.163;QD=16.4267;RBI=0.0863511;REFB=-0.0238649;REVB=0.0800736;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105136;STB=0.560337;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0126969;OID=.;OPOS=33167879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:9:2:3:8:9:2 chr19 33168036 . G GT,T 164.72 PASS AF=0.418182,0;AO=18,2;DP=56;FAO=23,0;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11,0;FSAR=12,0;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.040999,0.00598472;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=19.8984,25.1234;QD=11.9795;RBI=0.213641,0.142906;REFB=0.00222028,-0.0104032;REVB=0.20967,0.14278;RO=35;SAF=8,1;SAR=10,1;SRF=21;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.173066,-0.0863639;STB=0.584833,0.5;STBP=0.296,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00482771,0;OID=.,.;OPOS=33168037,33168036;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:35:32:18,2:23,0:0.418182,0:10,1:8,1:21:14:12,0:11,0:20:12 chr19 33168059 . G A 163.93 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.023199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6228;QD=11.1138;RBI=0.0372422;REFB=-0.0118852;REVB=0.029134;RO=38;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108223;STB=0.563047;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0283069;OID=.;OPOS=33168059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:12:9:20:18:12:9:20:18 chr19 33168412 . C T 160.4 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0218812;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.097;QD=17.3403;RBI=0.0225507;REFB=-0.0315556;REVB=0.00545406;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209548;STB=0.620541;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0325077;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:20:17:17:0.459459:12:5:10:10:12:5:10:10 chr19 33169003 . A C 241.3 PASS AF=0.605263;AO=22;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0116722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.169;QD=25.3998;RBI=0.0593161;REFB=-0.0263043;REVB=0.0581564;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345072;STB=0.539136;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0192466;OID=.;OPOS=33169003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:15:22:23:0.605263:12:10:8:8:13:10:8:7 chr19 33390796 . G A 1236.39 PASS AF=0.97619;AO=80;DP=86;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0168609;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8016;QD=58.8759;RBI=0.0511322;REFB=-0.0856705;REVB=-0.0482723;RO=2;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193178;STB=0.509998;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00167377;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:84:2:2:80:82:0.97619:48:32:0:2:49:33:0:2 chr19 33414420 . A G 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0672422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.556;QD=14.41;RBI=0.0673743;REFB=-0.00808747;REVB=-0.00421663;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374803;STB=0.521715;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0152501;OID=.;OPOS=33414420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:13:15:9:9:13:15 chr19 33430816 . T G 438.67 PASS AF=0.45283;AO=47;DP=108;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0116579;FXX=0.045041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2434;QD=16.5535;RBI=0.0121284;REFB=-0.0261441;REVB=0.00334538;RO=56;SAF=20;SAR=27;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507987;STB=0.531033;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0358534;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:56:58:47:48:0.45283:27:20:21:35:28:20:21:37 chr19 33444556 . T C 502.91 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=42;FWDB=-0.0179788;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6196;QD=18.6265;RBI=0.0418125;REFB=-0.00779828;REVB=-0.0377498;RO=54;SAF=34;SAR=19;SRF=13;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354867;STB=0.698951;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0116867;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:54:55:53:53:0.490741:19:34:13:41:19:34:13:42 chr19 33444576 . C T 392.36 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.0134686;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.07;QD=14.6677;RBI=0.0138658;REFB=-0.0153857;REVB=-0.00329532;RO=60;SAF=27;SAR=18;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266469;STB=0.648288;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0229623;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:60:62:45:45:0.420561:18:27:20:40:18:27:21:41 chr19 33444588 . T G 372.6 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=46;FWDB=0.0117765;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.177;QD=14.3309;RBI=0.0123167;REFB=-9.30523e-05;REVB=0.0036076;RO=56;SAF=28;SAR=15;SRF=13;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404543;STB=0.725785;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=8.80181e-05;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:61:43:43:0.413462:15:28:13:43:15:28:15:46 chr19 33444707 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0624776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.923;QD=14.1694;RBI=0.0635664;REFB=0.00227384;REVB=-0.0117147;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502873;STB=0.529355;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00309268;OID=.;OPOS=33444707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:2:10:8:2:2:10 chr19 33467357 . G A 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0171121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.361;QD=7.67869;RBI=0.0190366;REFB=-0.0148482;REVB=-0.00834077;RO=30;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24536;STB=0.644273;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0445961;OID=.;OPOS=33467357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:30:31:11:11:0.261905:3:8:16:14:3:8:17:14 chr19 33467576 . G A 175.53 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00459771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.676;QD=20.6509;RBI=0.00464356;REFB=-0.043622;REVB=-0.000650893;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146424;STB=0.582689;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0473487;OID=.;OPOS=33467576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:9:7:11:7:9:7 chr19 33470874 . A G 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.000918781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.876;QD=15.7819;RBI=0.0234037;REFB=-0.0108958;REVB=-0.0233856;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421663;STB=0.523344;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00940634;OID=.;OPOS=33470874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:29:23:23:0.442308:8:15:18:8:8:15:20:9 chr19 33487071 . G T 76.08 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0406615;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.987;QD=12.6805;RBI=0.0510714;REFB=-0.027948;REVB=-0.030902;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106446;STB=0.562383;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0356449;OID=.;OPOS=33487071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:3:11:7:3:3:11 chr19 33490500 . C T 37.26 PASS AF=0.0884956;AO=10;DP=114;FAO=10;FDP=113;FR=.;FRO=103;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=69;FWDB=0.0651932;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3744;QD=1.31905;RBI=0.0693401;REFB=0.00866515;REVB=-0.0236198;RO=102;SAF=2;SAR=8;SRF=34;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186695;STB=0.651248;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0867126;OID=.;OPOS=33490500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:114:113:102:103:10:10:0.0884956:8:2:34:68:8:2:34:69 chr19 33490566 . T C 502.34 PASS AF=0.394366;AO=56;DP=143;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.010815;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.925;QD=14.1505;RBI=0.0394237;REFB=-0.0166235;REVB=-0.0379112;RO=83;SAF=13;SAR=43;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276221;STB=0.656428;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0254337;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:83:86:56:56:0.394366:43:13:38:45:43:13:39:47 chr19 33498978 . A G 322.05 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.000744809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5962;QD=28.0043;RBI=0.0452998;REFB=-0.0107998;REVB=-0.0452937;RO=17;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849086;STB=0.557235;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00857421;OID=.;OPOS=33498978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:28:28:0.608696:15:13:10:7:15:13:11:7 chr19 33572089 . G C 199.16 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=51;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0807057;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.143;QD=14.4845;RBI=0.20658;REFB=-0.0382003;REVB=0.190162;RO=29;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130209;STB=0.560926;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0729769;OID=.;OPOS=33572089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:29:30:20:25:0.454545:6:14:17:12:9:16:16:14 chr19 33579128 . T C 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0489719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6639;QD=13.3358;RBI=0.0490463;REFB=0.0168688;REVB=-0.00270122;RO=24;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343714;STB=0.70185;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0237931;OID=.;OPOS=33579128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:4:11:10:14:4:11:10:14 chr19 33586739 . G C 191.59 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0510491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2002;QD=15.6401;RBI=0.0533483;REFB=-0.0220283;REVB=-0.015493;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13815;STB=0.578873;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0293901;OID=.;OPOS=33586739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:12:8:8:21:12:8:8:21 chr19 33600764 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00866388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.147;QD=15.3789;RBI=0.0101944;REFB=-0.0168273;REVB=-0.00537239;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243637;STB=0.620056;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.025656;OID=.;OPOS=33600764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:7:5:9:4:7:5:9:5 chr19 33605300 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.575;QD=45.8064;RBI=0.14829;REFB=0;REVB=0.0482041;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00522199;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr19 33605312 . T C 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000562224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.162;QD=30.7899;RBI=0.106286;REFB=0.0166206;REVB=-0.106285;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0097051;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:1:0:4:4:1:0 chr19 33635761 . C T 127.71 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0245285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.735;QD=11.8797;RBI=0.0245739;REFB=-0.00482726;REVB=-0.00149275;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28395;STB=0.676689;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0102911;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:28:15:15:0.348837:10:5:15:10:10:5:17:11 chr19 33647379 . T C 130.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0238418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.049;QD=14.554;RBI=0.0240424;REFB=-0.00996866;REVB=-0.00309894;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243126;STB=0.641318;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0156619;OID=.;OPOS=33647379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:9:12:5:10:9:12 chr19 33668046 . G A 145.52 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0111199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.8;QD=16.1694;RBI=0.0112508;REFB=-0.0268786;REVB=0.00171107;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171002;STB=0.598467;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0296309;OID=.;OPOS=33668046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:11:9:10:6:11:9 chr19 33693785 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0143462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.949;QD=15.1962;RBI=0.0393226;REFB=-0.00665422;REVB=-0.0366122;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156724;STB=0.509078;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0116355;OID=.;OPOS=33693785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:8:10:8:6:8:10 chr19 33696354 . C T 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0141076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.128;QD=11.9163;RBI=0.01431;REFB=-0.010276;REVB=-0.00239839;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172968;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0123663;OID=.;OPOS=33696354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:4:3:5:3:4:3:5:4 chr19 33696621 . C T 472.28 PASS AF=0.5;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0031704;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2565;QD=20.534;RBI=0.00329295;REFB=-0.0183484;REVB=0.000889975;RO=45;SAF=20;SAR=26;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288352;STB=0.511021;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0323104;OID=.;OPOS=33696621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:45:46:46:46:0.5:26:20:21:24:26:20:21:25 chr19 33697546 . C T 112.79 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00359451;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.749;QD=15.5568;RBI=0.0121288;REFB=-0.00841101;REVB=0.011584;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233108;STB=0.636714;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00753212;OID=.;OPOS=33697546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:7:9:10:3:7:9 chr19 33698291 . T C 193.15 PASS AF=0.5;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.040129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.693;QD=19.315;RBI=0.0445356;REFB=-0.0310306;REVB=-0.0193153;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163049;STB=0.574553;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0285514;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:20:19:20:0.5:11:8:11:7:11:9:12:8 chr19 33698448 . G A 372.26 PASS AF=0.555556;AO=32;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00572686;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5837;QD=23.6354;RBI=0.0731989;REFB=-0.0708283;REVB=0.0729746;RO=20;SAF=18;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113759;STB=0.546315;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.033999;OID=.;OPOS=33698448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:20:24:32:35:0.555556:14:18:8:12:15:20:11:13 chr19 33700281 . C A 187.63 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0152898;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.658;QD=12.7206;RBI=0.0153782;REFB=-0.0156679;REVB=-0.00164635;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133657;STB=0.579527;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0174575;OID=.;OPOS=33700281;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:36:23:23:0.389831:15:8:16:18:15:8:17:19 chr19 33702112 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00156919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.565;QD=11.9196;RBI=0.0198045;REFB=-0.0276956;REVB=0.0197423;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118071;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0107201;OID=.;OPOS=33702112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:5:4:4:3:5:4 chr19 33870598 . GACCTC G 411.92 PASS AF=0.446809;AO=39;DP=96;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0031977;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=5;MLLD=278.427;QD=17.5285;RBI=0.00879127;REFB=-0.00922914;REVB=-0.00818909;RO=49;SAF=16;SAR=23;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658539;STB=0.536033;STBP=0.565;TYPE=del;VARB=0.0113295;OID=.;OPOS=33870599;OREF=ACCTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446809:39:96:42:94:52:18:24:19:33:99:49:16:23:17:32 chr19 33878977 . C T 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0394919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.068;QD=32.2576;RBI=0.0452102;REFB=-0.0527138;REVB=0.0220081;RO=8;SAF=5;SAR=16;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162952;STB=0.590072;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0090637;OID=.;OPOS=33878977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:16:5:4:4:16:5:4:4 chr19 34584137 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0102884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.556;QD=19.9759;RBI=0.0110271;REFB=-0.0345735;REVB=-0.00396806;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133915;STB=0.575681;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0322536;OID=.;OPOS=34584137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:11:9:12:8:11:9 chr19 34706531 . A G 65.36 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00700729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.6246;QD=11.8845;RBI=0.0167467;REFB=-0.0330356;REVB=0.0152102;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510886;STB=0.84619;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0158445;OID=.;OPOS=34706531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:22:11:13:9:9:0.409091:8:1:6:5:8:1:8:5 chr19 34718419 . G GT,T 31.5 PASS AF=0.285714,0;AO=5,5;DP=43;FAO=12,0;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.137039,-0.00542195;FXX=0.0454442;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=9.1894,254.771;QD=2.99977;RBI=0.137666,0.00686262;REFB=-0.0792392,-0.00585064;REVB=-0.0131274,-0.0042069;RO=25;SAF=0,1;SAR=5,4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.648141,-0.309732;STB=0.830704,0.5;STBP=0.029,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0698907,0;OID=.,.;OPOS=34718420,34718419;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:43:42:25:30:5,5:12,0:0.285714,0:5,4:0,1:11:14:11,0:1,0:12:18 chr19 34842488 . T C 678.78 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.639;QD=61.7068;RBI=0.0174918;REFB=0;REVB=0.0147575;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022257;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:29:14:0:0:29:15:0:0 chr19 34868642 . A G 264.88 PASS AF=0.530612;AO=20;DP=44;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0356797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.126;QD=21.6232;RBI=0.0386472;REFB=-0.00536537;REVB=-0.0148516;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311063;STB=0.700781;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00936064;OID=.;OPOS=34868642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:49:23:23:20:26:0.530612:8:12:6:17:8:18:6:17 chr19 34959979 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00425022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.922;QD=14.6502;RBI=0.0115254;REFB=-0.0340125;REVB=0.0107131;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198995;STB=0.615223;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0416646;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:7:12:6:8:7:12 chr19 34972146 . G C 120.55 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0822105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6877;QD=14.612;RBI=0.0868979;REFB=-0.0018475;REVB=0.0281545;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171518;STB=0.599854;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00753373;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:10:9:9:5:10:9 chr19 35175208 . A G 82.04 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0628285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8665;QD=32.8171;RBI=0.077112;REFB=-0.105264;REVB=0.0447084;RO=1;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126211;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0278803;OID=.;OPOS=35175208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:3:6:0:1:3:6:0:1 chr19 35175775 . C T 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.827;QD=63.5794;RBI=0.037187;REFB=0;REVB=0.0358425;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215061;OID=.;OPOS=35175775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr19 35270362 . G C 1801.44 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036973;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3253;QD=60.5526;RBI=0.037917;REFB=0;REVB=0.00840797;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475006;OID=.;OPOS=35270362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:115:119:1:59:56:0:0:63:56:0:0 chr19 35420841 . A G 254.34 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0171077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0268;QD=13.0431;RBI=0.0173253;REFB=-0.0016531;REVB=0.00273741;RO=46;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14983;STB=0.571381;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00224518;OID=.;OPOS=35420841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:48:30:30:0.384615:14:16:18:28:14:16:20:28 chr19 35422808 . C T 226.39 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0466011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5124;QD=17.0862;RBI=0.0496779;REFB=0.00664982;REVB=0.0172114;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188264;STB=0.605887;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00593632;OID=.;OPOS=35422808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:11:14:10:18:11:14:10:18 chr19 35434237 . CA TG 220.39 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.00709645;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.766;QD=17.2853;RBI=0.0177248;REFB=-0.00744334;REVB=-0.0162421;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117871;STB=0.572271;STBP=0.417;TYPE=mnp;VARB=0.00627541;OID=.;OPOS=35434237;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:27:24:24:0.470588:17:7:5:21:17:7:5:22 chr19 35434448 . A G 118.7 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0284597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8647;QD=33.9142;RBI=0.0786369;REFB=-0.0419241;REVB=0.0733062;RO=2;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011337;OID=.;OPOS=35434448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:6:6:1:1:6:6:1:1 chr19 35434512 . T C 203.32 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0400647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.621;QD=23.237;RBI=0.0403607;REFB=-0.0263253;REVB=0.00487919;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255391;STB=0.514271;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0259225;OID=.;OPOS=35434512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:10:10:7:8:10:10:7:8 chr19 35435006 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00585066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.932;QD=13.5055;RBI=0.0117371;REFB=-0.00614026;REVB=-0.0101749;RO=17;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423776;STB=0.75295;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00807165;OID=.;OPOS=35435006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:2:10:8:9:2:10:8:9 chr19 35449409 . G A 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0684806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0412;QD=12.7841;RBI=0.0710992;REFB=-0.00406572;REVB=0.0191181;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141152;STB=0.583171;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00499439;OID=.;OPOS=35449409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:5:9:5:5:5:9 chr19 35449760 . G C 184.36 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00956968;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1535;QD=12.4992;RBI=0.0315573;REFB=0.00520068;REVB=0.0300713;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102623;STB=0.554849;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00642224;OID=.;OPOS=35449760;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:36:22:23:0.389831:11:11:15:22:12:11:14:22 chr19 35450229 . C T 170.25 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0187429;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.974;QD=16.214;RBI=0.0255978;REFB=-0.00853237;REVB=-0.0174342;RO=23;SAF=3;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511947;STB=0.789125;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0184378;OID=.;OPOS=35450229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:24:18:18:0.428571:15:3:15:8:15:3:15:9 chr19 35590180 . T A 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0150745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.042;QD=23.4425;RBI=0.0186636;REFB=-0.0353339;REVB=0.0110042;RO=22;SAF=17;SAR=14;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238675;STB=0.631057;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0275782;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:14:17:5:17:14:17:5:17 chr19 35597352 . T C 284.63 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.048;QD=51.7507;RBI=0.0358788;REFB=0;REVB=0.0354397;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200969;OID=.;OPOS=35597352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:9:13:0:0 chr19 35597462 . A G 191.61 PASS AF=0.512821;AO=18;DP=37;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0128024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.751;QD=19.6523;RBI=0.0184688;REFB=-0.0278775;REVB=-0.0133115;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028511;STB=0.564039;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0309767;OID=.;OPOS=35597462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:17:19:18:20:0.512821:8:10:10:7:10:10:12:7 chr19 35597620 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0108732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.587;QD=19.0178;RBI=0.0238;REFB=-0.0163443;REVB=-0.0211711;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264922;STB=0.650959;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0145893;OID=.;OPOS=35597620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:9:5:10:5:9:5 chr19 35597729 . C T 74.39 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00853058;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.3579;QD=9.59921;RBI=0.0236607;REFB=-0.0172809;REVB=0.0220694;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563151;STB=0.552525;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0182636;OID=.;OPOS=35597729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:31:31:20:21:10:10:0.322581:4:6:11:9:4:6:11:10 chr19 35610245 . A G 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2859;QD=57.1927;RBI=0.02295;REFB=0;REVB=-0.000454188;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241592;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:6:24:0:0:6:24:0:0 chr19 35612159 . C G 39.4 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.147611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3106;QD=12.1244;RBI=0.151534;REFB=-0.0194731;REVB=-0.034261;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633322;STB=0.887823;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.000237472;OID=.;OPOS=35612159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:1:5:0:6:1:5:0:7 chr19 35614336 . T C 156.23 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0568378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.412;QD=15.6231;RBI=0.0573925;REFB=0.000811951;REVB=-0.00796001;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174965;STB=0.588131;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00610672;OID=.;OPOS=35614336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:17:17:0.425:7:10:9:13:7:10:10:13 chr19 35617824 . G A 288.95 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.010501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.614;QD=21.0148;RBI=0.0326622;REFB=-0.0227094;REVB=-0.0309281;RO=23;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111018;STB=0.560346;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0116253;OID=.;OPOS=35617824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:25:30:30:0.545455:14:16:9:14:14:16:10:15 chr19 35622695 . A G 393.2 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2322;QD=56.1715;RBI=0.0225974;REFB=0;REVB=0.0207183;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335153;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr19 35648365 . T G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.217;QD=57.1754;RBI=0.113115;REFB=0;REVB=0.101578;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498228;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chr19 35649324 . C G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.957;QD=62.022;RBI=0.0322218;REFB=0;REVB=-0.00486131;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10692e-05;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr19 35655151 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0612846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.693;QD=40.7623;RBI=0.0767213;REFB=0;REVB=0.0461559;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253195;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr19 35660508 . G A 745.46 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4311;QD=63.4435;RBI=0.0533052;REFB=0;REVB=-0.0515321;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231484;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr19 35786868 . C T 457.58 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0365939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7359;QD=20.5656;RBI=0.0400303;REFB=-0.014745;REVB=-0.016227;RO=43;SAF=15;SAR=30;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772385;STB=0.5042;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0120769;OID=.;OPOS=35786868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:44:45:45:0.505618:30:15:14:29:30:15:15:29 chr19 35790644 . GC AA 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00722607;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.933;QD=21.5459;RBI=0.0173843;REFB=-0.0180942;REVB=0.0158114;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0119585;OID=.;OPOS=35790644;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:5:5:7:7:5:5 chr19 35793589 . C T 84.16 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00145176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.667;QD=10.5197;RBI=0.032572;REFB=-0.0047295;REVB=-0.0325396;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280966;STB=0.666389;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0433156;OID=.;OPOS=35793589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:6:15:5:6:6:15 chr19 35823496 . G A 223.2 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0271398;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.243;QD=14.6364;RBI=0.0274742;REFB=-0.0176698;REVB=0.00427332;RO=34;SAF=4;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420526;STB=0.74255;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0112365;OID=.;OPOS=35823496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:35:25:26:0.42623:21:4:17:17:22:4:17:18 chr19 35823682 . GA G 42.03 PASS AF=0.4;AO=7;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0790412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.6196;QD=6.7245;RBI=0.129525;REFB=-0.0308007;REVB=0.102612;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342331;STB=0.682555;STBP=0.178;TYPE=del;VARB=0.0449172;OID=.;OPOS=35823683;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:7:25:10:25:15:7:3:6:9:42:15:5:2:6:9 chr19 35843086 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0334052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.278;QD=12.8605;RBI=0.0707895;REFB=-0.0211474;REVB=0.0624119;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172968;STB=0.603481;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0138666;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:5:3:4:3:5:3 chr19 35849926 . G A 253.59 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.00503284;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.779;QD=10.4575;RBI=0.0244528;REFB=-0.0281566;REVB=0.0239293;RO=65;SAF=13;SAR=18;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473518;STB=0.507182;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0597095;OID=.;OPOS=35849926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:65:66:31:31:0.319588:18:13:27:38:18:13:27:39 chr19 35851090 . T C 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00736278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.292;QD=8.24707;RBI=0.0206091;REFB=-0.0128773;REVB=-0.019249;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65795e-08;STB=0.519943;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0251008;OID=.;OPOS=35851090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:4:3:6:8:4:3:6:9 chr19 35863707 . G A 100.02 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0103963;FXX=0.0526039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.972;QD=22.2265;RBI=0.0111405;REFB=-0.0590453;REVB=0.00400337;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178335;STB=0.597538;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0138109;OID=.;OPOS=35863707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:19:18:3:7:10:11:0.611111:6:4:0:3:7:4:1:6 chr19 35863809 . T A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0694255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.106;QD=12.3283;RBI=0.0722725;REFB=-0.00610329;REVB=-0.0200852;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973866;STB=0.558029;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0258469;OID=.;OPOS=35863809;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:6:11:8:3:6:11 chr19 35991373 . C T 85.0 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0256168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.399;QD=11.3335;RBI=0.0523407;REFB=-0.0166201;REVB=-0.0456434;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229905;STB=0.636116;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0432498;OID=.;OPOS=35991373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:30:17:19:11:11:0.366667:7:4:10:7:7:4:11:8 chr19 35991442 . T G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.697;QD=62.0212;RBI=0.0232009;REFB=0;REVB=-0.0166872;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49518e-06;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr19 36002381 . C T 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.837;QD=45.1041;RBI=0.0372652;REFB=-0.000381428;REVB=-0.0271652;RO=1;SAF=16;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278586;STB=0.515135;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=1.08551e-05;OID=.;OPOS=36002381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:2:16:1:0:2:16:1:0 chr19 36002710 . C A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.506;QD=56.7046;RBI=0.0673369;REFB=0;REVB=0.0349146;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185409;OID=.;OPOS=36002710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr19 36004106 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.917;QD=57.6806;RBI=0.0135964;REFB=0;REVB=-0.0135019;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193374;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr19 36004171 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.813;QD=50.4126;RBI=0.0494804;REFB=0;REVB=0.0411817;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276524;OID=.;OPOS=36004171;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr19 36017928 . G C 238.64 PASS AF=1;AO=13;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.215434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.8;QD=50.2401;RBI=0.215607;REFB=0;REVB=0.00864002;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218787;OID=.;OPOS=36017928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:13:19:1:12:1:0:0:13:6:0:0 chr19 36033460 . C T 1008.16 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000820829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.224;QD=59.3033;RBI=0.00523777;REFB=0;REVB=-0.00517305;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10552e-05;OID=.;OPOS=36033460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:35:33:0:0 chr19 36066570 . A G 3331.89 PASS AF=0.918699;AO=223;DP=243;FAO=226;FDP=246;FR=.;FRO=20;FSAF=85;FSAR=141;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0126856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.599;QD=54.177;RBI=0.0174439;REFB=-0.0270077;REVB=0.0119735;RO=20;SAF=85;SAR=138;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00516963;STB=0.502264;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0025533;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:243:246:20:20:223:226:0.918699:138:85:7:13:141:85:7:13 chr19 36066577 . A G 3140.51 PASS AF=0.911392;AO=213;DP=235;FAO=216;FDP=237;FR=.;FRO=21;FSAF=85;FSAR=131;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00859172;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.831;QD=53.0044;RBI=0.0336243;REFB=-0.0342455;REVB=0.032508;RO=21;SAF=85;SAR=128;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321771;STB=0.501167;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.002093;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:235:237:21:21:213:216:0.911392:128:85:8:13:131:85:8:13 chr19 36066634 . A G 2315.23 PASS AF=0.940828;AO=159;DP=169;FAO=159;FDP=169;FR=.;FRO=10;FSAF=76;FSAR=83;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0160737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0909;QD=54.7984;RBI=0.0188187;REFB=-0.00157828;REVB=0.00978677;RO=10;SAF=76;SAR=83;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00878177;STB=0.504625;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-1.28758e-05;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:169:169:10:10:159:159:0.940828:83:76:4:6:83:76:4:6 chr19 36066642 . A G 1944.06 PASS AF=0.923077;AO=132;DP=143;FAO=132;FDP=143;FR=.;FRO=11;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0181909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.041;QD=54.3794;RBI=0.0190476;REFB=0.0136856;REVB=0.00564834;RO=11;SAF=70;SAR=62;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00221705;STB=0.50117;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.000783985;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:143:143:11:11:132:132:0.923077:62:70:6:5:62:70:6:5 chr19 36066645 . A G 1855.84 PASS AF=0.927007;AO=126;DP=136;FAO=127;FDP=137;FR=.;FRO=10;FSAF=70;FSAR=57;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0258058;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.826;QD=54.185;RBI=0.0281127;REFB=-0.0334504;REVB=-0.0111528;RO=9;SAF=69;SAR=57;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131385;STB=0.503772;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00229616;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:136:137:9:10:126:127:0.927007:57:69:4:5:57:70:5:5 chr19 36066661 . A G 1073.49 PASS AF=0.814433;AO=79;DP=97;FAO=79;FDP=97;FR=.;FRO=18;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0191405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.749;QD=44.2676;RBI=0.0206769;REFB=0.00257685;REVB=-0.0078215;RO=18;SAF=47;SAR=32;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464347;STB=0.524727;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.000682432;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:18:18:79:79:0.814433:32:47:13:5:32:47:13:5 chr19 36066667 . A G 745.91 PASS AF=0.75;AO=60;DP=82;FAO=60;FDP=80;FR=.;FRO=20;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00679295;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.486;QD=37.2954;RBI=0.0166938;REFB=-0.00672304;REVB=-0.0152492;RO=20;SAF=40;SAR=20;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443896;STB=0.523802;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00207057;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:20:20:60:60:0.75:20:40:15:5:20:40:15:5 chr19 36066744 . C T 75.24 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=0.0203083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.088;QD=4.77734;RBI=0.0216695;REFB=0.00272833;REVB=-0.007559;RO=46;SAF=2;SAR=10;SRF=39;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.713982;STB=0.902575;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00306144;OID=.;OPOS=36066744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:61:63:46:51:12:12:0.190476:10:2:39:7:10:2:39:12 chr19 36066754 . A G 34.82 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.00109529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.912;QD=2.28348;RBI=0.0465969;REFB=0.00195032;REVB=-0.046584;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.607976;STB=0.825704;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00950445;OID=.;OPOS=36066754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:59:61:36:54:7:7:0.114754:5:2:30:6:5:2:38:16 chr19 36168914 . T C 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00114292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1974;QD=5.21601;RBI=0.0081955;REFB=0.0128717;REVB=-0.00811542;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135199;STB=0.587966;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.058745;OID=.;OPOS=36168914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:16:5:2:4:16:5 chr19 36205561 . CTA CTAC,TAC 36.1 PASS AF=0.25,0.0714286;AO=5,2;DP=28;FAO=7,2;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6,1;FSAR=1,1;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.022099,0.00627327;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,3;MLLD=42.8043,50.4368;QD=5.15777;RBI=0.0315399,0.0412518;REFB=-0.0140245,-0.00393942;REVB=-0.0225033,-0.040772;RO=19;SAF=3,1;SAR=2,1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.105497,-0.189144;STB=0.7597,0.570734;STBP=0.153,0.859;TYPE=ins,mnp;VARB=0.171437,0.0762077;OID=.,.;OPOS=36205564,36205561;OREF=-,CTA;OALT=C,TAC;OMAPALT=CTAC,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:19:19:5,2:7,2:0.25,0.0714286:2,1:3,1:13:6:1,1:6,1:11:8 chr19 36214632 . A AG 987.4 PASS AF=1;AO=75;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.176331;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.4922;QD=43.4022;RBI=0.179391;REFB=0;REVB=-0.0329936;RO=7;SAF=31;SAR=44;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494801;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00228053;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:93:91:91:0:37:54:0:0:19:7:31:44:5:2 chr19 36224705 . A G 176.42 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00258441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.586;QD=20.7554;RBI=0.00477231;REFB=-0.0254316;REVB=0.00401196;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00813096;STB=0.521715;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0160193;OID=.;OPOS=36224705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:16:17:18:0.529412:12:5:4:10:12:6:6:10 chr19 36224738 . A AC 40.26 PASS AF=0.315789;AO=10;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.00412785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.0981;QD=4.23819;RBI=0.064504;REFB=-0.0575894;REVB=0.0643718;RO=27;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392232;STB=0.517828;STBP=0.931;TYPE=ins;VARB=0.0888911;OID=.;OPOS=36224739;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:10:38:12:38:26:3:9:6:20:40:27:2:8:6:21 chr19 36235431 . A G 85.97 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0667802;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.442;QD=11.0924;RBI=0.0903331;REFB=-0.00792047;REVB=0.0608316;RO=20;SAF=10;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558724;STB=0.845398;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0126991;OID=.;OPOS=36235431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:31:20:20:11:11:0.354839:1:10:10:10:1:10:10:10 chr19 36236909 . G C 264.03 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00696332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.574;QD=15.3059;RBI=0.00759425;REFB=-0.0170742;REVB=-0.00303065;RO=38;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520833;STB=0.536208;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0178403;OID=.;OPOS=36236909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:39:30:30:0.434783:15:15:17:21:15:15:17:22 chr19 36243089 . T C 589.56 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.2125;QD=60.4678;RBI=0.0365763;REFB=0;REVB=-0.0263895;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00086781;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:18:19:0:0:19:20:0:0 chr19 36243813 . G A 1435.59 PASS AF=0.978947;AO=92;DP=96;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00870281;FXX=0.0206164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.728;QD=60.4459;RBI=0.00870281;REFB=-0.0737109;REVB=6.77076e-06;RO=2;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206008;STB=0.510636;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00129025;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:95:2:2:92:93:0.978947:45:47:0:2:46:47:0:2 chr19 36255965 . C G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0719825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0324;QD=14.6543;RBI=0.145782;REFB=-0.073753;REVB=0.126771;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422409;STB=0.749374;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0368583;OID=.;OPOS=36255965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:6:2:6:2:6:2 chr19 36258937 . AG A 267.34 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.172411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.7826;QD=42.7741;RBI=0.17272;REFB=0;REVB=0.0103281;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00753664;OID=.;OPOS=36258938;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:25:25:25:0:20:5:0:0:5:0:19:4:0:0 chr19 36259415 . G A 303.01 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.01808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0558;QD=14.7809;RBI=0.0498622;REFB=-0.0183693;REVB=0.0464689;RO=48;SAF=7;SAR=27;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200332;STB=0.614727;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0247226;OID=.;OPOS=36259415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:27:7:17:31:27:7:17:31 chr19 36268771 . C T 149.65 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0219212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.67;QD=11.9716;RBI=0.0256494;REFB=-0.0138338;REVB=-0.0133175;RO=33;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182311;STB=0.607351;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0289488;OID=.;OPOS=36268771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:10:7:19:14:10:7:19:14 chr19 36270052 . A G 124.42 PASS AF=0.538462;AO=12;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0578604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.213;QD=19.1417;RBI=0.0630877;REFB=-0.00124054;REVB=-0.0251443;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211399;STB=0.555479;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00111133;OID=.;OPOS=36270052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:12:14:0.538462:7:5:2:9:9:5:3:9 chr19 36271139 . C T 240.21 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00773701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9535;QD=21.8373;RBI=0.0256083;REFB=-0.0147876;REVB=0.0244116;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1327;STB=0.564796;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0132741;OID=.;OPOS=36271139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:21:23:23:0.522727:8:15:10:10:8:15:11:10 chr19 36278470 . C G 106.7 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00876787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.012;QD=11.5347;RBI=0.0200725;REFB=-0.0240715;REVB=0.0180563;RO=23;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493174;STB=0.806827;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0342371;OID=.;OPOS=36278470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:2:11:10:13:2:11:10:14 chr19 36302921 . T C 634.99 PASS AF=0.594059;AO=60;DP=101;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0164611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.892;QD=25.148;RBI=0.0165754;REFB=-0.0164344;REVB=-0.00194272;RO=41;SAF=21;SAR=39;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272112;STB=0.514814;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00734204;OID=.;OPOS=36302921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:41:60:60:0.594059:39:21:13:28:39:21:13:28 chr19 36322270 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0071122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.663;QD=14.6499;RBI=0.0220987;REFB=-0.0242051;REVB=-0.0209229;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171518;STB=0.599854;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0323378;OID=.;OPOS=36322270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:10:9:9:5:10:9 chr19 36342212 . C T 595.45 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0710551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.79;QD=58.0928;RBI=0.0712171;REFB=-0.074553;REVB=0.00480011;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00121353;OID=.;OPOS=36342212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:24:15:1:0:25:15:1:0 chr19 36355595 . A G 759.59 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00209177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4237;QD=60.7668;RBI=0.0447482;REFB=-0.0265054;REVB=-0.0446993;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209034;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00160377;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:22:26:0:1:22:27:0:1 chr19 36430465 . A C 80.6 PASS AF=0.478261;AO=7;DP=19;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0109253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.872;QD=14.0174;RBI=0.0426317;REFB=-0.0270256;REVB=0.041208;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324104;STB=0.69432;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.024946;OID=.;OPOS=36430465;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:19:23:12:12:7:11:0.478261:4:3:9:3:7:4:9:3 chr19 36430798 . A G 264.61 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00652103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.888;QD=20.3544;RBI=0.0934068;REFB=-0.0131616;REVB=-0.0931789;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159185;STB=0.588579;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00609349;OID=.;OPOS=36430798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:11:17:10:14:11:17:10:14 chr19 36435564 . G A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00218991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.653;QD=7.32284;RBI=0.0338811;REFB=-0.00228816;REVB=0.0338103;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.665385;STB=0.901759;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0126475;OID=.;OPOS=36435564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:5:1:12:2:5:1:12:2 chr19 36486445 . G C 503.9 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.509;QD=59.2817;RBI=0.0643589;REFB=0;REVB=0.0205603;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314415;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:30:34:1:15:15:0:0:15:19:0:0 chr19 36497358 . C G 836.99 PASS AF=0.983871;AO=57;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0712611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.393;QD=53.9992;RBI=0.0713744;REFB=-0.127544;REVB=-0.00402038;RO=1;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129222;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00370276;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:57:61:0.983871:36:21:0:1:39:22:0:1 chr19 36549684 . G A 167.29 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0496399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1705;QD=11.7396;RBI=0.0777563;REFB=-0.00582538;REVB=0.0598492;RO=34;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151987;STB=0.596175;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0110201;OID=.;OPOS=36549684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:36:21:21:0.368421:16:5:12:22:16:5:13:23 chr19 36590329 . T C 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0196129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.148;QD=21.014;RBI=0.0208375;REFB=-0.00121664;REVB=0.00703804;RO=6;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522513;STB=0.792976;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000874183;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:6:7:11:11:0.611111:10:1:4:2:10:1:4:3 chr19 36593915 . T G 53.29 PASS AF=0.32;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.0124489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0939;QD=8.52696;RBI=0.0124992;REFB=-0.0281192;REVB=0.00112126;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482514;STB=0.758615;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0262531;OID=.;OPOS=36593915;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:23:25:16:17:7:8:0.32:4:3:1:15:5:3:1:16 chr19 36594369 . C T 194.22 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00461762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.177;QD=11.0983;RBI=0.00802841;REFB=-0.00593639;REVB=-0.00656756;RO=44;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157141;STB=0.514958;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.023169;OID=.;OPOS=36594369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:45:25:25:0.357143:15:10:17:27:15:10:17:28 chr19 36594659 . A T 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2544;QD=49.5904;RBI=0.0433206;REFB=0;REVB=0.0411296;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792964;OID=.;OPOS=36594659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr19 36595436 . A C 250.35 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00830578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.555;QD=20.0282;RBI=0.0359008;REFB=-0.0209748;REVB=-0.0349268;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179676;STB=0.600603;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.021623;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:19:7:11:13:19:7 chr19 36602450 . G A 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.000470767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.712;QD=8.08966;RBI=0.00352662;REFB=-0.00711541;REVB=-0.00349506;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115004;STB=0.571271;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00909467;OID=.;OPOS=36602450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:4:5:10:12:4:5:10:12 chr19 36602729 . G C 192.3 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0154248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.594;QD=16.0252;RBI=0.0159335;REFB=0.0121168;REVB=0.0039942;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134577;STB=0.576849;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0195224;OID=.;OPOS=36602729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:9:19:11:9:9:19 chr19 36603703 . T A 240.45 PASS AF=0.45;AO=24;DP=58;FAO=27;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0218423;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.277;QD=16.03;RBI=0.0218763;REFB=-0.0193833;REVB=0.00121946;RO=20;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638945;STB=0.578892;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0224561;OID=.;OPOS=36603703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:20:33:24:27:0.45:15:9:9:11:16:11:9:24 chr19 36603843 . A T 147.94 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0360403;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.349;QD=17.4047;RBI=0.0369078;REFB=-0.017142;REVB=0.00795531;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670294;STB=0.538413;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0174896;OID=.;OPOS=36603843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:8:10:10:6:8:10 chr19 36642884 . T C 138.85 PASS AF=0.5;AO=13;DP=30;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0446746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.554;QD=17.3562;RBI=0.0464418;REFB=-0.00994437;REVB=0.0126893;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144291;STB=0.605143;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00858704;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:16:16:13:16:0.5:9:4:3:13:10:6:3:13 chr19 36674305 . A G 193.62 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.016937;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.588;QD=22.7787;RBI=0.0375833;REFB=-0.0100826;REVB=0.0335507;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990445;STB=0.555497;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00540654;OID=.;OPOS=36674305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:15:15:19:19:0.558824:9:10:6:9:9:10:6:9 chr19 36727365 . G A 241.38 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0113034;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.34;QD=16.365;RBI=0.0227582;REFB=-0.015139;REVB=0.0197527;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136109;STB=0.50065;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0158483;OID=.;OPOS=36727365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:32:27:27:0.457627:11:16:20:13:11:16:19:13 chr19 36885067 . A T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0325554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.887;QD=11.2555;RBI=0.037348;REFB=-0.00493898;REVB=0.0183036;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355928;STB=0.705493;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0120796;OID=.;OPOS=36885067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:1:11:5:3:1:11 chr19 36940086 . A G 126.87 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0128902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.905;QD=19.5191;RBI=0.0158527;REFB=-0.011782;REVB=-0.00922776;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00546547;STB=0.529369;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0131405;OID=.;OPOS=36940086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:5:9:7:4:5:9:7:5 chr19 36940698 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0116462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.408;QD=17.4275;RBI=0.0148932;REFB=0.000273076;REVB=0.00928298;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439952;STB=0.50251;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00018554;OID=.;OPOS=36940698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:12:11:9:10:12:11 chr19 36940760 . G T 112.11 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0508639;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4342;QD=15.4634;RBI=0.0544386;REFB=-0.0106806;REVB=-0.0194019;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723649;STB=0.542102;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0158606;OID=.;OPOS=36940760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:10:6:4:9:10:6 chr19 37004938 . T C 56.79 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0185046;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1791;QD=10.326;RBI=0.0723513;REFB=-0.0554368;REVB=0.069945;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274278;STB=0.672562;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.013178;OID=.;OPOS=37004938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:14:14:8:8:0.363636:1:7:10:4:1:7:10:4 chr19 37038416 . T C 184.79 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0498791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.236;QD=18.4792;RBI=0.0500023;REFB=0.00599634;REVB=-0.00350863;RO=21;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159169;STB=0.59081;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00542499;OID=.;OPOS=37038416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:6:13:11:10:6:13:11:10 chr19 37039069 . A C 128.37 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0196698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1533;QD=12.2259;RBI=0.0286683;REFB=-0.00984031;REVB=-0.0208559;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270961;STB=0.651354;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0251703;OID=.;OPOS=37039069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:4:11:13:13:4:11:14:13 chr19 37065732 . A C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0109022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.715;QD=16.536;RBI=0.0109351;REFB=0.00802582;REVB=-0.000847997;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117815;STB=0.567493;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00851145;OID=.;OPOS=37065732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:13:10:10:8:13:10 chr19 37068081 . G C 122.37 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0149709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.871;QD=34.962;RBI=0.0209526;REFB=-0.0575211;REVB=0.0146589;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475628;STB=0.523774;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00390457;OID=.;OPOS=37068081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:14:14:1:1:12:13:0.928571:9:3:0:1:10:3:0:1 chr19 37117302 . A G 253.96 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.087;QD=50.7924;RBI=0.0269448;REFB=0;REVB=0.0184814;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482085;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102657;OID=.;OPOS=37117302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:1:0:17:20:1:8:9:1:0:9:11:0:0 chr19 37134737 . T C 609.67 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0115335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2991;QD=18.0644;RBI=0.0222478;REFB=-0.00534247;REVB=-0.0190248;RO=72;SAF=29;SAR=34;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288557;STB=0.516009;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0077151;OID=.;OPOS=37134737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:72:63:63:0.466667:34:29:31:41:34:29:31:41 chr19 37210529 . A G 113.89 PASS AF=0.52;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.04176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8759;QD=18.2224;RBI=0.0611954;REFB=-0.00747488;REVB=0.0447323;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139543;STB=0.597414;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0125711;OID=.;OPOS=37210529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:11:12:13:13:0.52:7:6:7:4:7:6:8:4 chr19 37210805 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.909;QD=59.0181;RBI=0.0319135;REFB=0;REVB=-0.0309504;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429549;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr19 37241141 . A G 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0162606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.672;QD=17.3995;RBI=0.0162853;REFB=-0.000542029;REVB=0.000896485;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136804;STB=0.578197;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00084167;OID=.;OPOS=37241141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:4:9:7:6:4:9 chr19 37367833 . A G 180.27 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0277771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.395;QD=23.2601;RBI=0.0278372;REFB=0.0141274;REVB=0.0018292;RO=12;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220407;STB=0.631454;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00586877;OID=.;OPOS=37367833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:6:12:11:1:6:12:12:1 chr19 37441111 . C T 259.71 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00768935;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.321;QD=23.6099;RBI=0.0565199;REFB=-0.0206499;REVB=-0.0559944;RO=20;SAF=21;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431473;STB=0.745655;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0102667;OID=.;OPOS=37441111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:20:24:24:0.545455:3:21:10:10:3:21:10:10 chr19 37441980 . A G 255.91 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0282703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1653;QD=17.9588;RBI=0.0285397;REFB=-0.0121489;REVB=0.00391208;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520077;STB=0.529162;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0140007;OID=.;OPOS=37441980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:13:16:17:11:13:16 chr19 37482151 . A G 347.72 PASS AF=0.486842;AO=35;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0240905;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.757;QD=18.3009;RBI=0.026945;REFB=-0.00508531;REVB=0.0120698;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470495;STB=0.539751;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00629214;OID=.;OPOS=37482151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:35:37:0.486842:18:17:17:22:18:19:17:22 chr19 37487632 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0664187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6991;QD=13.9594;RBI=0.0712545;REFB=-0.00521015;REVB=-0.0258023;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.581152;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00568127;OID=.;OPOS=37487632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:3:4:5:2:3:4 chr19 37487723 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.333;QD=16.0423;RBI=0.0179543;REFB=-0.00926077;REVB=0.00514941;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973853;STB=0.556037;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00919485;OID=.;OPOS=37487723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:12:14:12:7:12:14 chr19 37487866 . A T 98.59 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00436149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.756;QD=14.0844;RBI=0.0227586;REFB=-0.0347623;REVB=-0.0223368;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513491;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0534731;OID=.;OPOS=37487866;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:4:8:10:5:4:8:11:5 chr19 37487873 . C A 140.73 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0157685;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.704;QD=18.7643;RBI=0.0216561;REFB=-0.0066764;REVB=0.0148438;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00918528;OID=.;OPOS=37487873;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:5:10:10:5:5:10:10:5 chr19 37487975 . G A 215.08 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0284113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.082;QD=21.5082;RBI=0.0293599;REFB=-0.0113926;REVB=-0.00740267;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811402;STB=0.545635;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.012275;OID=.;OPOS=37487975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:10:9:8:13:10:9 chr19 37488197 . G A 402.72 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.04081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6926;QD=19.6449;RBI=0.041033;REFB=-0.0195285;REVB=-0.00427263;RO=40;SAF=18;SAR=23;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126967;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0219894;OID=.;OPOS=37488197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:41:41:41:0.5:23:18:17:23:23:18:18:23 chr19 37488297 . T TG 231.42 PASS AF=0.557143;AO=7;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.130969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.9413;QD=13.2241;RBI=0.160186;REFB=-0.0995125;REVB=0.092231;RO=62;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44653;STB=0.501991;STBP=0.973;TYPE=ins;VARB=0.0745544;OID=.;OPOS=37488298;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.557143:7:70:39:70:31:14:25:11:20:99:62:5:2:19:43 chr19 37488299 . A G 327.94 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0229987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.428;QD=18.7395;RBI=0.0946128;REFB=-0.0912341;REVB=0.091775;RO=35;SAF=12;SAR=22;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182773;STB=0.515686;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0899739;OID=.;OPOS=37488299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:35:34:35:0.5:22:12:13:22:23:12:13:22 chr19 37642830 . G A 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00740887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.574;QD=28.2832;RBI=0.00877276;REFB=-0.0220359;REVB=-0.00469785;RO=12;SAF=16;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474926;STB=0.526291;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0118215;OID=.;OPOS=37642830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:6:16:8:4:6:16:8:4 chr19 37642917 . G A 270.89 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.017588;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4779;QD=18.6819;RBI=0.0228822;REFB=-0.0359845;REVB=0.0146375;RO=29;SAF=20;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035416;STB=0.519822;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0448937;OID=.;OPOS=37642917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:9:20:19:10:9:20:19:10 chr19 37642922 . C T 292.81 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0180466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.927;QD=19.5206;RBI=0.0231656;REFB=-0.0452135;REVB=-0.0145247;RO=29;SAF=22;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557675;STB=0.53111;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0367041;OID=.;OPOS=37642922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:9:22:19:10:9:22:19:10 chr19 37643522 . C T 107.73 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0104388;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8133;QD=11.3405;RBI=0.0532611;REFB=-0.0384804;REVB=-0.0522282;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872131;STB=0.564417;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0586279;OID=.;OPOS=37643522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:7:6:13:11:7:6:14:11 chr19 37643777 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0267768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.904;QD=14.2416;RBI=0.0276711;REFB=-0.00749381;REVB=0.00697828;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580938;STB=0.533184;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00861866;OID=.;OPOS=37643777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:13:9:11:20:13:9:11:20 chr19 37644051 . T C 256.66 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00497946;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.309;QD=15.7947;RBI=0.014676;REFB=-0.00880179;REVB=0.0138055;RO=36;SAF=23;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383454;STB=0.718586;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0138492;OID=.;OPOS=37644051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:6:23:16:20:6:23:16:20 chr19 37676528 . G A 178.05 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00822415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.451;QD=10.6296;RBI=0.0207293;REFB=-0.0195677;REVB=-0.0190281;RO=43;SAF=15;SAR=8;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843482;STB=0.558569;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0446401;OID=.;OPOS=37676528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:43:44:23:23:0.343284:8:15:25:18:8:15:25:19 chr19 37677748 . T A 60.01 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0552184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.332;QD=8.27765;RBI=0.0552775;REFB=-0.0107518;REVB=0.00255666;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605605;STB=0.578157;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0258125;OID=.;OPOS=37677748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:29:29:20:20:8:9:0.310345:7:1:3:17:7:2:3:17 chr19 37690420 . C T 72.8 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00117406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.961;QD=8.82473;RBI=0.0649463;REFB=0.0067763;REVB=0.0649357;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627527;STB=0.52495;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0184916;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:4:6:12:10:4:6:13:10 chr19 37825633 . A T 297.17 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0199689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6739;QD=18.2874;RBI=0.0202154;REFB=-0.0369196;REVB=0.00314711;RO=33;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122612;STB=0.506845;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0416482;OID=.;OPOS=37825633;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:14:18:19:14:14:18:19:14 chr19 37854580 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0602327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3979;QD=19.1338;RBI=0.0625879;REFB=-0.0204805;REVB=-0.0170081;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413629;STB=0.748924;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0123038;OID=.;OPOS=37854580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:2:0:4:1:2:0 chr19 37879255 . A G 143.94 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0307698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.656;QD=15.1516;RBI=0.0746383;REFB=-0.0114759;REVB=0.0680007;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760933;STB=0.543865;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0167366;OID=.;OPOS=37879255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:14:8:7:9:14:8 chr19 37879589 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00198131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.378;QD=11.1041;RBI=0.0113311;REFB=-0.0234661;REVB=0.0111565;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239788;STB=0.642496;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0264947;OID=.;OPOS=37879589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:8:2:3:4:8:2 chr19 38030265 . G A 754.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.089;QD=56.9316;RBI=0.00849324;REFB=0;REVB=0.00823254;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26532e-05;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr19 38033251 . C T 47.07 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.018674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8305;QD=11.0742;RBI=0.0495746;REFB=-0.0379614;REVB=-0.045923;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258458;STB=0.655317;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.041912;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:7:3:4:3:7:3 chr19 38046946 . C A 163.53 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.019871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1647;QD=12.826;RBI=0.0203326;REFB=0.003945;REVB=-0.00430798;RO=32;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350923;STB=0.675489;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0149599;OID=.;OPOS=38046946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:18:19:0.372549:5:13:13:19:6:13:13:19 chr19 38046967 . G A 311.52 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00655481;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.389;QD=20.4277;RBI=0.021916;REFB=-0.0121929;REVB=0.0209128;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634568;STB=0.537149;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0138674;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:29:32:32:0.52459:19:13:13:14:19:13:14:15 chr19 38055612 . A T 246.78 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.016342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.196;QD=17.9478;RBI=0.0184206;REFB=-0.00922919;REVB=0.00850044;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556173;STB=0.531227;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0105305;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:17:10:12:16:17:10:12:16 chr19 38056574 . T A 356.1 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0181247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7812;QD=24.5587;RBI=0.0537345;REFB=-0.0182875;REVB=-0.0505855;RO=23;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182676;STB=0.599945;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0117118;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:18:17:17:6:18:17:17:6 chr19 38091932 . A T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00254363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.886;QD=19.7625;RBI=0.0048114;REFB=0.000270613;REVB=0.00408406;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038794;STB=0.540948;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.000189271;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:25:23:23:0.479167:11:12:13:10:11:12:15:10 chr19 38161070 . A T 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0019424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.845;QD=20.7547;RBI=0.0196973;REFB=-0.0375447;REVB=0.0196013;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27002;STB=0.653837;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0349289;OID=.;OPOS=38161070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:4:11:5:7:4:11:5:7 chr19 38189440 . T C 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0112931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.748;QD=5.78797;RBI=0.0115282;REFB=-0.00120867;REVB=-0.00231628;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159419;STB=0.603481;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00329241;OID=.;OPOS=38189440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:13:10:4:3:13:10 chr19 38189616 . T C 159.47 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0187834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.766;QD=17.7187;RBI=0.0346831;REFB=-0.0176245;REVB=-0.0291565;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417334;STB=0.523782;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0170705;OID=.;OPOS=38189616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:7:12:10:7:7:12 chr19 38202515 . GA AC,GC 313.12 PASS AF=0.458333,0.541667;AO=11,12;DP=24;FAO=11,13;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6,5;FSAR=5,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571823,-0.00574609;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=32.0004,122.604;QD=52.1868;RBI=0.0572209,0.121457;REFB=0,0;REVB=0.00210109,0.121321;RO=0;SAF=6,5;SAR=5,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0347358,0.0237186;OID=.,.;OPOS=38202515,38202516;OREF=GA,A;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:88:24:24:0:0:11,12:11,13:0.458333,0.541667:5,7:6,5:0:0:5,8:6,5:0:0 chr19 38229824 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0257715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5867;QD=12.7388;RBI=0.0603432;REFB=-0.00225953;REVB=0.0545631;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763832;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0062368;OID=.;OPOS=38229824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:3:7:5:3:3:7 chr19 38314767 . A G 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00986234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.895;QD=11.2962;RBI=0.0104974;REFB=-0.0099838;REVB=-0.00359575;RO=34;SAF=12;SAR=6;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597303;STB=0.535171;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.015878;OID=.;OPOS=38314767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:6:12:21:13:6:12:21:13 chr19 38375830 . G A 312.49 PASS AF=0.361111;AO=38;DP=106;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0112384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.594;QD=11.5738;RBI=0.011282;REFB=-0.0129454;REVB=0.00099094;RO=66;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291875;STB=0.674331;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0211441;OID=.;OPOS=38375830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:66:69:38:39:0.361111:14:24:24:42:14:25:25:44 chr19 38376485 . T A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.037;QD=56.703;RBI=0.0326352;REFB=0;REVB=0.0318411;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128076;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr19 38376848 . T C 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0152268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.219;QD=15.1712;RBI=0.0285964;REFB=-0.00635858;REVB=0.0242053;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324293;STB=0.684315;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0135914;OID=.;OPOS=38376848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:5:19:8:9:5:19 chr19 38377564 . T C 227.94 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132068;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3699;QD=45.5877;RBI=0.10331;REFB=-0.0682445;REVB=0.102462;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101694;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0193248;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:20:2:0:18:20:1:8:10:0:2:10:10:0:0 chr19 38378539 . G C 731.38 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02115;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.399;QD=63.5984;RBI=0.0366607;REFB=0;REVB=-0.0299447;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56728e-05;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr19 38379446 . C T 335.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.26;QD=53.6687;RBI=0.0510288;REFB=0;REVB=0.0034853;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10925e-05;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:17:8:0:0 chr19 38380891 . C T 133.02 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=33;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0244651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.487;QD=15.2023;RBI=0.0268637;REFB=-0.00709472;REVB=0.0110957;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935326;STB=0.521711;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0091383;OID=.;OPOS=38380891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:20:20:13:15:0.428571:9:4:6:14:10:5:6:14 chr19 38382328 . C T 1208.67 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.1922e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0368;QD=61.1985;RBI=0.0299186;REFB=0;REVB=-0.0299186;RO=0;SAF=21;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178247;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:58:21:0:0:58:21:0:0 chr19 38384421 . C G 189.73 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3681;QD=47.4314;RBI=0.0482731;REFB=0;REVB=-0.0213798;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00277362;OID=.;OPOS=38384421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr19 38385695 . C T 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00892414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.996;QD=27.3901;RBI=0.0628662;REFB=-0.0388902;REVB=0.0622296;RO=10;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334927;STB=0.530656;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0253959;OID=.;OPOS=38385695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:10:11:20:20:0.645161:7:13:7:3:7:13:8:3 chr19 38702776 . GC G,GT 723.32 PASS AF=0.0208333,0.958333;AO=11,35;DP=48;FAO=1,46;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=1,22;FSAR=0,24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0462965,0.0950489;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.337,128.034;QD=60.2763;RBI=0.0463414,0.0964623;REFB=0.00638773,-0.0721851;REVB=-0.00203832,0.0164524;RO=1;SAF=6,16;SAR=5,19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0690901,-0.0283378;STB=0.5,0.511106;STBP=1,0.329;TYPE=del,snp;VARB=0.0751666,0.00165072;OID=.,.;OPOS=38702777,38702777;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0208333,0.958333:11,35:48:1,46:48:1:1,22:0,24:1:0:5:1:6,16:5,19:1:0 chr19 38702778 . G T 89.81 PASS AF=0.25;AO=11;DP=47;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0196152;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.6168;QD=7.48451;RBI=0.0538263;REFB=-0.0285902;REVB=0.050125;RO=36;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088449;STB=0.583194;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00877821;OID=.;OPOS=38702778;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:47:48:36:36:11:12:0.25:5:6:17:19:5:7:17:19 chr19 38706989 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.014;QD=48.7373;RBI=0.0184431;REFB=0;REVB=0.0182869;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95259e-05;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 38709568 . C T 122.18 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0200009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.0361;QD=30.5445;RBI=0.0325778;REFB=-0.163507;REVB=0.0257153;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531285;STB=0.505609;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0188017;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:16:16:1:3:12:13:0.8125:4:8:1:0:4:9:2:1 chr19 38794895 . T C 358.25 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0276891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.187;QD=14.6222;RBI=0.0278554;REFB=-0.0157842;REVB=-0.00303988;RO=59;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461267;STB=0.502616;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0179564;OID=.;OPOS=38794895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:59:39:39:0.397959:20:19:29:30:20:19:29:30 chr19 38795550 . G GAAGAAGGAGAAGGGC 68.17 PASS AF=0.25;AO=9;DP=42;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0061757;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=15;MLLD=247.064;QD=6.81661;RBI=0.0299838;REFB=-0.0153843;REVB=-0.0293409;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086142;STB=0.623518;STBP=0.417;TYPE=ins;VARB=0.0414838;OID=.;OPOS=38795551;OREF=-;OALT=AAGAAGGAGAAGGGC;OMAPALT=GAAGAAGGAGAAGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:9:42:10:40:30:6:4:13:17:68:31:5:4:15:16 chr19 38798086 . T C 317.02 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.935;QD=52.836;RBI=0.0124199;REFB=0;REVB=-0.00690685;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305355;OID=.;OPOS=38798086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr19 38798263 . C T 166.26 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00296088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6988;QD=14.7787;RBI=0.0175901;REFB=-0.0109956;REVB=0.0173391;RO=25;SAF=13;SAR=5;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103805;STB=0.514003;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0187116;OID=.;OPOS=38798263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:27:18:18:0.4:5:13:20:5:5:13:20:7 chr19 38800165 . C T 333.1 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0442706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.876;QD=39.1882;RBI=0.0451315;REFB=-0.068818;REVB=0.00877322;RO=7;SAF=19;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174618;STB=0.595107;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0168746;OID=.;OPOS=38800165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:8:19:2:5:8:19:2:5 chr19 38800176 . G A 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00820232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.498;QD=6.80632;RBI=0.0386446;REFB=-0.00883418;REVB=0.0377641;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260288;STB=0.662315;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0176278;OID=.;OPOS=38800176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:5:4:18:9:5:4:18:9 chr19 38847431 . T C 209.35 PASS AF=0.416667;AO=23;DP=58;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00112079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.536;QD=13.9569;RBI=0.0176245;REFB=-0.00980622;REVB=0.0175888;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870674;STB=0.55315;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.013812;OID=.;OPOS=38847431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:35:35:23:25:0.416667:9:14:24:11:10:15:24:11 chr19 38852453 . C T 86.25 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.00906615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5367;QD=12.3213;RBI=0.035995;REFB=-0.00846162;REVB=0.0348346;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373858;STB=0.713979;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0215273;OID=.;OPOS=38852453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:2:15:6:5:2:15 chr19 38855602 . G T 237.49 PASS AF=0.402778;AO=27;DP=73;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0209502;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5397;QD=13.1936;RBI=0.0372045;REFB=0.00161407;REVB=0.0307452;RO=44;SAF=16;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520023;STB=0.531228;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0016102;OID=.;OPOS=38855602;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:44:43:27:29:0.402778:11:16:24:20:12:17:23:20 chr19 38861362 . T C 280.14 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0217046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.876;QD=16.7247;RBI=0.0218468;REFB=-0.00724968;REVB=0.00248891;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111519;STB=0.506264;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0131528;OID=.;OPOS=38861362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:15:16:19:17:15:16:19:17 chr19 38876352 . G A 240.24 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0326343;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.669;QD=27.4564;RBI=0.074355;REFB=-0.0366656;REVB=0.0668107;RO=13;SAF=5;SAR=17;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136798;STB=0.576197;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0247008;OID=.;OPOS=38876352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:13:13:22:22:0.628571:17:5:5:8:17:5:5:8 chr19 38877306 . G T 142.88 PASS AF=0.4;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00587017;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.945;QD=14.2875;RBI=0.0183416;REFB=-0.00646154;REVB=0.0173768;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341963;STB=0.714041;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0199786;OID=.;OPOS=38877306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:22:24:16:16:0.4:10:6:16:6:10:6:18:6 chr19 38893856 . G C 180.64 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0143801;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.446;QD=11.1161;RBI=0.0427883;REFB=-0.00636635;REVB=-0.0402995;RO=42;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104281;STB=0.572701;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0254466;OID=.;OPOS=38893856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:42:22:23:0.353846:10:12:19:23:10:13:19:23 chr19 38896244 . C A 212.48 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00130714;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.041;QD=16.0359;RBI=0.0101092;REFB=-0.0141621;REVB=-0.0100244;RO=31;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728772;STB=0.512231;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0152772;OID=.;OPOS=38896244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:31:29:24:24:0.45283:17:7:11:20:17:7:9:20 chr19 38899501 . C CAAG 46.69 PASS AF=0.28;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0331448;FXX=0.0740466;HRUN=2;LEN=3;MLLD=170.432;QD=7.47093;RBI=0.0421179;REFB=-0.0222083;REVB=-0.0259873;RO=33;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194037;STB=0.507022;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0360176;OID=.;OPOS=38899502;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:7:41:7:25:18:2:5:5:13:46:33:2:5:9:24 chr19 38912764 . A G 374.11 PASS AF=0.561644;AO=36;DP=68;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0181879;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7972;QD=20.4991;RBI=0.0222701;REFB=-0.0552045;REVB=-0.0128514;RO=26;SAF=14;SAR=22;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087074;STB=0.573618;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0431025;OID=.;OPOS=38912764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:73:26:32:36:41:0.561644:22:14:13:13:27:14:16:16 chr19 38935280 . A G 1226.97 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4657;QD=61.3484;RBI=0.0368774;REFB=0;REVB=-0.0167722;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22813e-05;OID=.;OPOS=38935280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr19 38939408 . T C 747.06 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0934;QD=63.5797;RBI=0.0188609;REFB=0;REVB=-0.0120846;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180142;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:27:20:0:0 chr19 38946182 . G A 206.05 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0369218;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.644;QD=12.8784;RBI=0.0531741;REFB=-0.00608535;REVB=0.0382657;RO=38;SAF=18;SAR=7;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138324;STB=0.573851;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00964514;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:39:25:25:0.390625:7:18:23:15:7:18:24:15 chr19 38949904 . C T 71.35 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0145968;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.6343;QD=7.71303;RBI=0.0146189;REFB=-0.0130992;REVB=0.000803672;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116071;STB=0.581242;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.038986;OID=.;OPOS=38949904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:26:27:10:10:0.27027:6:4:8:18:6:4:8:19 chr19 38956803 . G A 873.9 PASS AF=0.54;AO=76;DP=145;FAO=81;FDP=150;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0101972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.22;QD=23.304;RBI=0.0372579;REFB=-0.037477;REVB=0.0358353;RO=67;SAF=36;SAR=40;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479621;STB=0.533852;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0231387;OID=.;OPOS=38956803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:150:67:69:76:81:0.54:40:36:28:39:41:40:29:40 chr19 38959680 . C T 144.08 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0188198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.46;QD=15.166;RBI=0.0303358;REFB=-0.0138547;REVB=-0.0237924;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277003;STB=0.661549;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0250841;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:12:4:11:11:12:4:11:11 chr19 39063879 . G A 442.64 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00117457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5237;QD=19.8937;RBI=0.0255762;REFB=-0.022617;REVB=0.0255492;RO=45;SAF=21;SAR=23;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510336;STB=0.528318;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0226659;OID=.;OPOS=39063879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:23:21:24:21:23:21:24:21 chr19 39100594 . G A 175.35 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0129117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.527;QD=20.0397;RBI=0.0196236;REFB=-0.0145756;REVB=-0.0147775;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14541;STB=0.590817;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0127424;OID=.;OPOS=39100594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:17:18:18:0.514286:12:6:3:13:12:6:3:14 chr19 39101870 . T C 122.12 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0197603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3675;QD=25.7087;RBI=0.0386653;REFB=-0.0430152;REVB=0.0332345;RO=6;SAF=1;SAR=12;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149601;STB=0.585215;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0232938;OID=.;OPOS=39101870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:12:1:1:5:12:1:1:5 chr19 39101879 . G A 122.13 PASS AF=0.684211;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.095517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.787;QD=25.7107;RBI=0.0962658;REFB=-0.0201182;REVB=0.0119836;RO=6;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137682;STB=0.585215;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0147604;OID=.;OPOS=39101879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:12:13:0.684211:11:1:1:5:12:1:1:5 chr19 39212400 . C T 104.0 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0822406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.806;QD=10.1458;RBI=0.0822448;REFB=-0.0209143;REVB=-0.000824967;RO=28;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218554;STB=0.633261;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0455792;OID=.;OPOS=39212400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:10:3:11:17:10:3:11:17 chr19 39224413 . A G 138.8 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00871246;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.947;QD=18.5067;RBI=0.0151993;REFB=-0.0145761;REVB=-0.0124544;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160305;STB=0.592458;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0136166;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:15:15:15:0.5:12:3:5:10:12:3:5:10 chr19 39233146 . A G 455.99 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=48;FWDB=-0.0267556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5606;QD=15.4573;RBI=0.0324235;REFB=-0.0254121;REVB=0.0183144;RO=67;SAF=21;SAR=30;SRF=19;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138403;STB=0.577138;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0409327;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:30:21:19:48:30:21:19:48 chr19 39307103 . C T 114.44 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00716742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.249;QD=18.3107;RBI=0.0121575;REFB=-0.015779;REVB=-0.00982003;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123714;STB=0.570367;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0118985;OID=.;OPOS=39307103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:3:9:8:5:3:9 chr19 39367035 . A AC 38.51 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=59;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0711301;FXX=0.0175408;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.65299;QD=2.75076;RBI=0.0725554;REFB=-0.123363;REVB=0.014311;RO=40;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207073;STB=0.648296;STBP=0.165;TYPE=ins;VARB=0.157321;OID=.;OPOS=39367036;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:18:59:16:56:40:9:7:14:26:38:40:10:8:15:25 chr19 39367111 . T C 358.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8848;QD=55.0862;RBI=0.0361246;REFB=0;REVB=-0.0279592;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127813;OID=.;OPOS=39367111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr19 39369910 . A G 113.67 PASS AF=0.304348;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00625331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1845;QD=9.88444;RBI=0.0239715;REFB=-0.0129404;REVB=0.0231415;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181065;STB=0.536371;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0230376;OID=.;OPOS=39369910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:32:13:14:0.304348:9:4:9:19:9:5:13:19 chr19 39385531 . CT C,CC 253.42 PASS AF=0.136364,0.818182;AO=4,18;DP=22;FAO=3,18;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=3,3;FSAR=0,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0488465,0.0332532;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.659,166.476;QD=46.0756;RBI=0.051529,0.0349611;REFB=-0.230508,-0.20692;REVB=0.0164091,0.0107935;RO=0;SAF=3,4;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.571342;STBP=1,0.108;TYPE=del,snp;VARB=0.0279412,0.00675923;OID=.,.;OPOS=39385532,39385532;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.136364,0.818182:4,18:22:3,18:22:1:3,3:0,15:1:0:11:0:3,4:1,14:0:0 chr19 39402455 . C G 231.83 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0265289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.4;QD=23.7778;RBI=0.0265298;REFB=-0.0255458;REVB=-0.000226559;RO=17;SAF=16;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756476;STB=0.542333;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0262577;OID=.;OPOS=39402455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:6:16:11:6:6:16:11:6 chr19 39416887 . C T 540.83 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.0149971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1585;QD=15.3426;RBI=0.0424442;REFB=-0.0107363;REVB=0.0397064;RO=82;SAF=26;SAR=33;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665103;STB=0.537257;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0194441;OID=.;OPOS=39416887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:82:82:59:59:0.41844:33:26:31:51:33:26:31:51 chr19 39432783 . T C 1190.23 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000341841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.799;QD=61.0372;RBI=0.0208428;REFB=0;REVB=0.02084;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43399e-05;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr19 39433299 . A G 519.88 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00475021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.497;QD=59.415;RBI=0.016688;REFB=0;REVB=-0.0159977;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.29905e-05;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr19 39589189 . C T 947.83 PASS AF=0.561728;AO=91;DP=162;FAO=91;FDP=162;FR=.;FRO=71;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.0132666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.607;QD=23.4032;RBI=0.0145627;REFB=-0.0223546;REVB=-0.00600569;RO=70;SAF=54;SAR=37;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533476;STB=0.524966;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0138779;OID=.;OPOS=39589189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:70:71:91:91:0.561728:37:54:46:24:37:54:46:25 chr19 39590955 . G A 121.3 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0138544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.663;QD=14.7026;RBI=0.0263927;REFB=-0.0214897;REVB=-0.0224639;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231534;STB=0.647927;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0390383;OID=.;OPOS=39590955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:4:9:9:10:4:10:9:10 chr19 39888390 . G C 131.51 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.116529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7125;QD=14.6125;RBI=0.118633;REFB=-0.0466759;REVB=-0.0222442;RO=20;SAF=12;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299422;STB=0.693048;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0684653;OID=.;OPOS=39888390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:3:12:11:9:3:12:11:10 chr19 40149297 . T A 936.69 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3927;QD=58.5429;RBI=0.0717068;REFB=0;REVB=0.0701206;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541701;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr19 40174236 . G A 780.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2979;QD=63.7061;RBI=0.0334847;REFB=0;REVB=0.000344127;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430851;OID=.;OPOS=40174236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:29:20:0:0 chr19 40196611 . C T 235.36 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0193766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7811;QD=18.829;RBI=0.0206039;REFB=-0.0110255;REVB=-0.00700479;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115074;STB=0.565161;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0134173;OID=.;OPOS=40196611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:10:13:12:15:10:13:12:15 chr19 40197267 . G A 298.55 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00397022;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.713;QD=11.5942;RBI=0.0103781;REFB=-0.0190862;REVB=0.00958867;RO=66;SAF=20;SAR=17;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453359;STB=0.526025;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0206572;OID=.;OPOS=40197267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:66:66:37:37:0.359223:17:20:33:33:17:20:33:33 chr19 40197924 . T C 1421.63 PASS AF=0.970874;AO=98;DP=102;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0626296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4882;QD=55.2089;RBI=0.0836128;REFB=-0.122147;REVB=0.0553953;RO=4;SAF=53;SAR=45;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156692;STB=0.503434;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00376999;OID=.;OPOS=40197924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:103:4:3:98:100:0.970874:45:53:3:1:45:55:2:1 chr19 40199914 . C G 938.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6715;QD=58.6281;RBI=0.0816538;REFB=0;REVB=0.0123603;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452348;OID=.;OPOS=40199914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:31:33:0:0 chr19 40224986 . A G 227.94 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00693313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3863;QD=11.5411;RBI=0.0153229;REFB=-0.00329495;REVB=0.0136647;RO=50;SAF=23;SAR=5;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268727;STB=0.667337;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00889015;OID=.;OPOS=40224986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:51:28:28:0.35443:5:23:32:18:5:23:32:19 chr19 40225646 . G A 364.25 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0144028;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.09;QD=23.5003;RBI=0.0145006;REFB=0.0125759;REVB=-0.00168099;RO=25;SAF=23;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093165;STB=0.560941;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0093287;OID=.;OPOS=40225646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:25:26:36:36:0.580645:13:23:13:12:13:23:13:13 chr19 40357683 . T G 350.31 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00607347;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8934;QD=17.737;RBI=0.0567541;REFB=-0.0196742;REVB=-0.0564282;RO=41;SAF=25;SAR=11;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316873;STB=0.686486;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0128677;OID=.;OPOS=40357683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:36:37:0.468354:11:25:15:26:11:26:15:27 chr19 40360928 . G A 163.59 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00551676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.545;QD=11.4803;RBI=0.00876019;REFB=-0.011968;REVB=0.00680488;RO=36;SAF=14;SAR=6;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725655;STB=0.515137;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.019349;OID=.;OPOS=40360928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:36:20:21:0.368421:6:14:25:11:6:15:25:11 chr19 40363916 . C T 167.41 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00282821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.003;QD=17.1704;RBI=0.0140715;REFB=-0.0378945;REVB=0.0137843;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301757;STB=0.517222;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0391783;OID=.;OPOS=40363916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:11:10:8:10:11:10 chr19 40366115 . C T 96.05 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.132798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8911;QD=12.0059;RBI=0.13831;REFB=-0.0249406;REVB=0.0386563;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735466;STB=0.543407;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0505298;OID=.;OPOS=40366115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:13:7:5:7:13:7 chr19 40366362 . G C 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.655;QD=58.2353;RBI=0.0661413;REFB=0;REVB=0.0189983;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153872;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr19 40366374 . G C 198.83 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0393506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.7202;QD=12.6243;RBI=0.041207;REFB=0.00218579;REVB=0.012229;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202444;STB=0.503814;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00504312;OID=.;OPOS=40366374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:34:38:25:25:0.396825:12:13:17:17:12:13:20:18 chr19 40368391 . G A 42.88 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=94;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.0361555;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4426;QD=1.84446;RBI=0.0361884;REFB=-0.00354281;REVB=0.00154281;RO=81;SAF=3;SAR=7;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32621;STB=0.746968;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0272404;OID=.;OPOS=40368391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:94:93:81:83:10:10:0.107527:7:3:47:34:7:3:49:34 chr19 40368395 . C T 864.19 PASS AF=0.73913;AO=67;DP=92;FAO=68;FDP=92;FR=.;FRO=24;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000633317;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.349;QD=37.5734;RBI=0.00895574;REFB=-0.0253387;REVB=0.00893332;RO=22;SAF=39;SAR=28;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172996;STB=0.508472;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00771381;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:22:24:67:68:0.73913:28:39:12:10:29:39:13:11 chr19 40368498 . AA CC 276.55 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211326;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=2;MLLD=198.904;QD=52.6753;RBI=0.0225622;REFB=0;REVB=-0.00790351;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.58184e-05;OID=.;OPOS=40368498;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr19 40368520 . G C 118.86 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.017414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.249;QD=33.9608;RBI=0.04773;REFB=-0.124201;REVB=0.0444399;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475628;STB=0.549921;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0254521;OID=.;OPOS=40368520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:1:2:12:12:0.857143:9:3:0:1:9:3:0:2 chr19 40374034 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7048;QD=42.1826;RBI=0.0674218;REFB=0;REVB=0.00393922;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354173;OID=.;OPOS=40374034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr19 40392482 . A G 766.32 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1393;QD=63.8602;RBI=0.108916;REFB=0;REVB=-0.00128668;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113625;OID=.;OPOS=40392482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr19 40392588 . C T 106.68 PASS AF=0.18;AO=18;DP=100;FAO=18;FDP=100;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0134599;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.758;QD=4.26703;RBI=0.0146674;REFB=-0.00328473;REVB=0.00582783;RO=82;SAF=6;SAR=12;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170213;STB=0.610984;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0143779;OID=.;OPOS=40392588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:82:82:18:18:0.18:12:6:38:44:12:6:38:44 chr19 40406029 . C T 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.672;QD=56.7006;RBI=0.0654185;REFB=0;REVB=0.0421064;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483898;OID=.;OPOS=40406029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr19 40408532 . G A 202.48 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0343881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.616;QD=14.4629;RBI=0.0370912;REFB=-0.00914063;REVB=-0.0139003;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166102;STB=0.594318;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.010455;OID=.;OPOS=40408532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:13:11:20:12:13:11:20:12 chr19 40420087 . G A 154.72 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00274151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.916;QD=9.3772;RBI=0.0302696;REFB=-0.0205034;REVB=-0.0301452;RO=45;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110283;STB=0.506506;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0497845;OID=.;OPOS=40420087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:10:11:24:21:10:11:24:21 chr19 40719076 . T C 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.626;QD=50.4085;RBI=0.0236111;REFB=0;REVB=-0.0233992;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273796;OID=.;OPOS=40719076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr19 40732345 . C A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0107479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.687;QD=21.1676;RBI=0.0731945;REFB=-0.0673467;REVB=0.0724011;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0190753;OID=.;OPOS=40732345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:2:1:3:4:2:1 chr19 40739513 . A G 491.82 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00541106;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.433;QD=56.2083;RBI=0.0276305;REFB=-0.0138904;REVB=0.0270954;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.512188;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000913037;OID=.;OPOS=40739513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:0:1:34:34:0.971429:14:20:0:0:14:20:1:0 chr19 40900865 . C T 1296.23 PASS AF=0.955556;AO=86;DP=91;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0220216;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.143;QD=57.61;RBI=0.0331663;REFB=-0.0654006;REVB=0.0248002;RO=4;SAF=45;SAR=41;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402671;STB=0.521272;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000983054;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:90:4:4:86:86:0.955556:41:45:4:0:41:45:4:0 chr19 40901383 . A AC 35.21 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.10568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.6384;QD=5.21649;RBI=0.11014;REFB=-0.101643;REVB=0.031027;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128484;STB=0.578767;STBP=0.612;TYPE=ins;VARB=0.105686;OID=.;OPOS=40901384;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:9:28:9:27:18:3:6:8:10:35:18:3:6:8:10 chr19 41123093 . A AG 236.4 PASS AF=1;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.125893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.5716;QD=41.1121;RBI=0.128545;REFB=0;REVB=-0.0259751;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00766007;OID=.;OPOS=41123094;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:39:23:23:0:13:10:0:0:5:17:13:9:15:2 chr19 41123109 . C CG 44.24 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.106894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.1574;QD=7.37325;RBI=0.107456;REFB=-0.0384515;REVB=-0.0109702;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286369;STB=0.749375;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.0443437;OID=.;OPOS=41123110;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:24:8:24:16:2:6:10:6:44:17:2:4:10:7 chr19 41211056 . T C 272.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0587;QD=51.9054;RBI=0.0566495;REFB=0;REVB=-0.0352672;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118245;OID=.;OPOS=41211056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr19 41316355 . T C 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0749752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7257;QD=10.8228;RBI=0.0809866;REFB=0.00906084;REVB=0.0306195;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275197;STB=0.66637;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0154532;OID=.;OPOS=41316355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:9:3:11:12:9:3:11:12 chr19 41316370 . T C 63.57 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0223308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.397;QD=9.41718;RBI=0.022649;REFB=-0.0357262;REVB=0.00378304;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801251;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0615607;OID=.;OPOS=41316370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:27:18:18:8:9:0.333333:5:3:8:10:5:4:8:10 chr19 41350664 . A T 787.37 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.133438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.702;QD=55.254;RBI=0.133533;REFB=0.00362903;REVB=-0.0050385;RO=1;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011936;STB=0.506327;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00011237;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:39:16:0:1:39:17:0:1 chr19 41354606 . G T 99.23 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0165385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.591;QD=6.50662;RBI=0.0168494;REFB=-0.0253905;REVB=0.00322208;RO=46;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397968;STB=0.741973;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0308556;OID=.;OPOS=41354606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:5:10:15:31:5:10:15:31 chr19 41355849 . A G 68.8 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.024939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2975;QD=4.1697;RBI=0.0712287;REFB=-0.00428011;REVB=-0.0667201;RO=54;SAF=6;SAR=6;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230138;STB=0.515126;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0181362;OID=.;OPOS=41355849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:66:66:54:54:12:12:0.181818:6:6:28:26:6:6:28:26 chr19 41356281 . T C 1499.83 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4;QD=59.3993;RBI=0.0235077;REFB=0;REVB=0.00400519;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.89749e-05;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:60:41:0:0:60:41:0:0 chr19 41381647 . A C 130.18 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2851;QD=43.3927;RBI=0.249988;REFB=0;REVB=0.248936;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163282;OID=.;OPOS=41381647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:0:10:0:0:1:11:0:0 chr19 41383215 . G C 1239.79 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00160459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.32;QD=59.7489;RBI=0.00404392;REFB=-0.103828;REVB=0.00371195;RO=1;SAF=33;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014132;STB=0.507461;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00144955;OID=.;OPOS=41383215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:48:33:1:0:49:33:1:0 chr19 41383799 . G A 1080.38 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7274;QD=60.0211;RBI=0.0765786;REFB=0;REVB=0.0740209;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445256;OID=.;OPOS=41383799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr19 41384675 . T C 2233.65 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.44;QD=63.3659;RBI=0.0592576;REFB=0;REVB=0.0346048;RO=0;SAF=70;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036792;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:71:70:0:0:71:70:0:0 chr19 41386136 . A C 400.79 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.772;QD=55.2819;RBI=0.0964162;REFB=0;REVB=0.0562576;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108696;OID=.;OPOS=41386136;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:11:18:0:0 chr19 41386420 . A C 754.72 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8058;QD=56.9603;RBI=0.016128;REFB=0;REVB=-0.0114772;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238382;OID=.;OPOS=41386420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:29:24:0:0 chr19 41386486 . CA AG,GA 711.29 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=41,3;DP=44;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280746,-0.0342602;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=139.197,60.815;QD=60.535;RBI=0.028096,0.0343661;REFB=0,0;REVB=-0.00109865,0.00269628;RO=0;SAF=19,1;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00027847,0.00638787;OID=.,.;OPOS=41386486,41386486;OREF=CA,C;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:47:0:0:41,3:45,2:0.957447,0.0425532:22,2:19,1:0:0:24,2:21,0:0:0 chr19 41386488 . A G 32.53 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.107063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8941;QD=2.71047;RBI=0.107109;REFB=-0.0604051;REVB=-0.00311463;RO=42;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385455;STB=0.794399;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.103438;OID=.;OPOS=41386488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:5:1:20:22:5:1:20:22 chr19 41386494 . A C 744.81 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.042;QD=63.3881;RBI=0.0452173;REFB=0;REVB=0.0365748;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91529e-05;OID=.;OPOS=41386494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:44:47:1:22:22:0:0:25:22:0:0 chr19 41386527 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.657;QD=57.6785;RBI=0.0317777;REFB=0;REVB=0.0317193;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69936e-05;OID=.;OPOS=41386527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr19 41387620 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00868045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1457;QD=51.184;RBI=0.0447031;REFB=0;REVB=-0.0438522;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101806;OID=.;OPOS=41387620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:16:3:0:0:17:3:0:0 chr19 41387647 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.922;QD=50.4132;RBI=0.0678714;REFB=0;REVB=-0.0664789;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00220939;OID=.;OPOS=41387647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr19 41387656 . A T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4853;QD=50.4122;RBI=0.054984;REFB=0;REVB=0.0549428;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114368;OID=.;OPOS=41387656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr19 41404196 . A G 779.59 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.095;QD=56.6977;RBI=0.0482778;REFB=0;REVB=0.00670964;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227824;OID=.;OPOS=41404196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:28:25:0:0:30:25:0:0 chr19 41405962 . T G 692.14 PASS AF=1;AO=36;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.729;QD=62.9214;RBI=0.131905;REFB=0;REVB=0.0124477;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102471;OID=.;OPOS=41405962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:36:44:1:22:14:0:0:22:22:0:0 chr19 41512841 . G T 338.63 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0319758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2752;QD=15.2191;RBI=0.0421566;REFB=-0.019632;REVB=-0.0274723;RO=52;SAF=15;SAR=22;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593157;STB=0.533564;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0241256;OID=.;OPOS=41512841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:22:15:24:28:22:15:24:28 chr19 41531522 . G T 461.92 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0450882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1406;QD=19.2466;RBI=0.0781841;REFB=-0.0310261;REVB=0.0638733;RO=49;SAF=21;SAR=25;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084212;STB=0.551083;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0317621;OID=.;OPOS=41531522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:50:46:46:0.479167:25:21:18:31:25:21:18:32 chr19 41531656 . A C 444.77 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0141651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.63;QD=20.4491;RBI=0.0157508;REFB=-0.0239807;REVB=0.00688748;RO=42;SAF=20;SAR=23;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220328;STB=0.618505;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.027777;OID=.;OPOS=41531656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:43:43:44:0.505747:23:20:30:12:24:20:30:13 chr19 41531705 . G A 219.23 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=4;FWDB=0.0276297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.778;QD=13.9191;RBI=0.0344286;REFB=-0.00687858;REVB=0.0205408;RO=37;SAF=17;SAR=9;SRF=33;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306696;STB=0.670536;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00365552;OID=.;OPOS=41531705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:9:17:33:4:9:17:33:4 chr19 41532005 . G A 851.1 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.132;QD=57.7014;RBI=0.0520383;REFB=0;REVB=0.0155716;RO=0;SAF=14;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155667;OID=.;OPOS=41532005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:45:14:0:0:45:14:0:0 chr19 41594450 . G A 318.11 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.0329154;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.644;QD=15.3307;RBI=0.0382791;REFB=-0.0329648;REVB=-0.0195415;RO=47;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246049;STB=0.642684;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0307189;OID=.;OPOS=41594450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:48:35:35:0.421687:16:19:14:33:16:19:14:34 chr19 41595958 . C T 69.42 PASS AF=0.131579;AO=15;DP=114;FAO=15;FDP=114;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.0156948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.839;QD=2.43587;RBI=0.0261825;REFB=-0.00854664;REVB=-0.020957;RO=98;SAF=8;SAR=7;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540479;STB=0.542;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0357173;OID=.;OPOS=41595958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:114:114:98:99:15:15:0.131579:7:8:48:50:7:8:48:51 chr19 41597751 . C T 845.82 PASS AF=0.444444;AO=92;DP=208;FAO=92;FDP=207;FR=.;FRO=115;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=0.0695855;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.303;QD=16.3444;RBI=0.0752736;REFB=-0.0106646;REVB=0.0287048;RO=114;SAF=49;SAR=43;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032553;STB=0.520559;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0139371;OID=.;OPOS=41597751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:114:115:92:92:0.444444:43:49:57:57:43:49:57:58 chr19 41622107 . G GC 107.37 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0324789;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.7012;QD=9.76126;RBI=0.0418273;REFB=-0.0355505;REVB=-0.0263562;RO=23;SAF=13;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233898;STB=0.64269;STBP=0.148;TYPE=ins;VARB=0.0416616;OID=.;OPOS=41622108;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:17:44:18:44:26:13:5:13:13:99:23:13:4:13:10 chr19 41622189 . G A 128.79 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0097071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.862;QD=12.5644;RBI=0.0462832;REFB=-0.0182983;REVB=0.0452538;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189876;STB=0.611502;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0235997;OID=.;OPOS=41622189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:6:9:11:15:6:9:11:15 chr19 41627868 . G A 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0302889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.651;QD=14.9776;RBI=0.0799521;REFB=0.0179495;REVB=0.0739927;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501495;STB=0.529352;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.0226288;OID=.;OPOS=41627868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:6:5:4:6:6:5 chr19 41627900 . T C 134.61 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00714516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.851;QD=16.3164;RBI=0.0116249;REFB=-0.0241118;REVB=-0.0091698;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125358;STB=0.555481;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0329316;OID=.;OPOS=41627900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:12:18:14:15:0.454545:6:8:5:7:6:9:9:9 chr19 41629015 . G A 217.56 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00294159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0655;QD=17.4044;RBI=0.024743;REFB=-0.0154084;REVB=0.0245675;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287731;STB=0.664055;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0301962;OID=.;OPOS=41629015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:15:7:17:11:15:7:17:11 chr19 41630709 . C T 521.24 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0174113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.53;QD=20.8494;RBI=0.0174219;REFB=-0.0162419;REVB=-0.000606308;RO=50;SAF=27;SAR=23;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147906;STB=0.581535;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0190068;OID=.;OPOS=41630709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:23:27:35:15:23:27:35:15 chr19 41633841 . A C 159.77 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0363175;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.015;QD=10.1444;RBI=0.0383108;REFB=-0.0205765;REVB=-0.0121967;RO=42;SAF=8;SAR=13;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291269;STB=0.684044;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0361451;OID=.;OPOS=41633841;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:13:8:27:15:13:8:28:14 chr19 41700493 . G C 143.32 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00412726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.908;QD=9.88433;RBI=0.0102477;REFB=-0.00934683;REVB=0.00937981;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445678;STB=0.526288;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0199779;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:10:9:20:19:10:9:20:19 chr19 41743861 . A G 208.05 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0190693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.026;QD=41.6103;RBI=0.0198536;REFB=0.0355992;REVB=-0.00552518;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102827;STB=0.505612;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0014336;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:8:10:1:1:8:10:1:1 chr19 41748153 . A G 47.69 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00497507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.57;QD=11.9225;RBI=0.0179624;REFB=-0.0163434;REVB=-0.0172597;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318742;STB=0.689164;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.012763;OID=.;OPOS=41748153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:2:7:3:4:2:7 chr19 41808432 . A T 156.48 PASS AF=0.64;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0192887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.952;QD=25.0363;RBI=0.0211109;REFB=-0.0198007;REVB=0.00857997;RO=9;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139671;STB=0.585252;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0103887;OID=.;OPOS=41808432;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:9:9:15:16:0.64:4:11:5:4:4:12:5:4 chr19 41829606 . G A 45.91 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00707498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.843;QD=7.34524;RBI=0.0246569;REFB=-0.0265126;REVB=-0.0236201;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177312;STB=0.590651;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0570712;OID=.;OPOS=41829606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:25:17:18:7:7:0.28:4:3:10:7:4:3:10:8 chr19 41858921 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0147507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.308;QD=23.3999;RBI=0.0238947;REFB=-0.0233527;REVB=-0.0187982;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226465;STB=0.631225;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0168615;OID=.;OPOS=41858921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:6:2:2:1:6:2:2:1 chr19 41869392 . T C 108.82 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0011504;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.244;QD=12.4369;RBI=0.00153505;REFB=-0.015134;REVB=0.00101634;RO=21;SAF=12;SAR=0;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.742955;STB=0.666348;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0280169;OID=.;OPOS=41869392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:12:13:0.371429:0:12:18:3:1:12:18:4 chr19 41889748 . T C 457.85 PASS AF=0.48;AO=47;DP=101;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00644362;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.429;QD=18.3141;RBI=0.014118;REFB=-0.0105188;REVB=-0.0125617;RO=51;SAF=22;SAR=25;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207469;STB=0.509186;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0102521;OID=.;OPOS=41889748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:51:52:47:48:0.48:25:22:25:26:25:23:24:28 chr19 41903220 . G A 78.07 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00364691;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.606;QD=13.0113;RBI=0.0144577;REFB=-0.0199923;REVB=-0.0139901;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139625;STB=0.58316;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0193916;OID=.;OPOS=41903220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:8:6:3:7:8:6 chr19 41930396 . A G 98.96 PASS AF=0.393939;AO=11;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0417076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6716;QD=11.9949;RBI=0.0442285;REFB=-0.0331723;REVB=-0.0147186;RO=20;SAF=0;SAR=11;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.735492;STB=0.504498;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0350716;OID=.;OPOS=41930396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:33:20:20:11:13:0.393939:11:0:3:17:11:2:3:17 chr19 41932275 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.034763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.16;QD=10.3903;RBI=0.035346;REFB=-0.0156859;REVB=0.00639317;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671836;STB=0.540869;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0349625;OID=.;OPOS=41932275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:7:4:3:4:7:4 chr19 41937095 . G A 180.64 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0019063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.706;QD=13.3807;RBI=0.0083271;REFB=-0.0291269;REVB=0.00810596;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278526;STB=0.526857;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0365926;OID=.;OPOS=41937095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:21:22:0.407407:13:8:13:19:14:8:13:19 chr19 41939297 . C G 316.99 PASS AF=0.571429;AO=25;DP=46;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0113605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.281;QD=25.8764;RBI=0.0309065;REFB=-0.055518;REVB=0.0287428;RO=21;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256983;STB=0.61282;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0316433;OID=.;OPOS=41939297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:21:21:25:28:0.571429:18:7:12:9:19:9:12:9 chr19 41944237 . T C 156.35 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.000276621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.699;QD=15.2537;RBI=0.0368063;REFB=-0.00367626;REVB=-0.0368053;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211591;STB=0.522362;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00307279;OID=.;OPOS=41944237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:24:17:17:0.414634:10:7:9:14:10:7:9:15 chr19 41945837 . T A 311.84 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0284568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.111;QD=16.6316;RBI=0.0295459;REFB=-0.00361622;REVB=-0.00794794;RO=41;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929373;STB=0.552208;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00228277;OID=.;OPOS=41945837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:15:19:19:22:15:19:19:22 chr19 41949870 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0122274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.678;QD=16.8248;RBI=0.0181504;REFB=-0.00438921;REVB=-0.0134138;RO=27;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195852;STB=0.652023;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00354382;OID=.;OPOS=41949870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:20:21:0.428571:6:14:14:13:6:15:13:15 chr19 42071167 . T G 358.12 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.801;QD=55.0952;RBI=0.060736;REFB=0;REVB=0.0347642;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353737;OID=.;OPOS=42071167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:20:5:0:0:21:5:0:0 chr19 42071289 . T C,G 1738.55 PASS AF=0.974138,0.0258621;AO=111,5;DP=116;FAO=113,3;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=77,2;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121522,-0.0367238;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=64.038,10.9994;QD=59.9499;RBI=0.0319836,0.0707081;REFB=0,0;REVB=0.029585,-0.0604235;RO=0;SAF=76,3;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.94283e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00487208,0.119086;OID=.,.;OPOS=42071289,42071289;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:116:116:0:0:111,5:113,3:0.974138,0.0258621:35,2:76,3:0:0:36,1:77,2:0:0 chr19 42083673 . T C 1193.99 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247854;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.038;QD=61.2304;RBI=0.0393381;REFB=0;REVB=0.0305478;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33599e-05;OID=.;OPOS=42083673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr19 42083739 . A AGAC 1068.06 PASS AF=0.894118;AO=76;DP=85;FAO=76;FDP=85;FR=.;FRO=9;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00316431;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.834;QD=50.2618;RBI=0.0243014;REFB=-0.0200126;REVB=0.0240945;RO=9;SAF=48;SAR=28;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627567;STB=0.533324;STBP=0.087;TYPE=ins;VARB=0.00180774;OID=.;OPOS=42083740;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=AGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894118:76:85:76:85:9:48:28:3:6:38:9:48:28:3:6 chr19 42083820 . C G 942.92 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436012;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.919;QD=58.9323;RBI=0.047674;REFB=0;REVB=0.0192805;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135158;OID=.;OPOS=42083820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:24:39:0:0:24:40:0:0 chr19 42132273 . C T 38.48 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0564952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.774;QD=10.2617;RBI=0.0632334;REFB=0.00874756;REVB=0.0284034;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138347;STB=0.59968;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00672547;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:9:6:6:0.4:3:3:2:4:3:3:3:6 chr19 42132314 . G C 153.69 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00433354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.502;QD=40.9845;RBI=0.00965374;REFB=-0.298566;REVB=0.00862642;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.523776;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00779812;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:14:15:0:1:14:14:0.933333:10:4:0:0:10:4:0:1 chr19 42190859 . A T 155.03 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00965234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7534;QD=10.8795;RBI=0.0535079;REFB=-0.01166;REVB=-0.0526301;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675666;STB=0.539528;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0402761;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:8:12:20:17:8:12:20:17 chr19 42221607 . A G 715.65 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.682;QD=56.1296;RBI=0.0700692;REFB=0;REVB=-0.0262467;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220395;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:33:17:0:0:34:17:0:0 chr19 42260569 . G A 341.99 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0184539;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5211;QD=15.7239;RBI=0.0449603;REFB=0.00738012;REVB=0.0409986;RO=48;SAF=20;SAR=17;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00113686;STB=0.500313;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0172323;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:48:50:37:37:0.425287:17:20:26:22:17:20:27:23 chr19 42315281 . G T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0110076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.14;QD=13.456;RBI=0.0110076;REFB=-0.00906738;REVB=-1.99906e-05;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17847;STB=0.620478;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00586131;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:6:5:9:5:6:5:10:5 chr19 42354629 . T C 250.97 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0906549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.2;QD=19.6837;RBI=0.0917176;REFB=-0.0155821;REVB=-0.0139216;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206397;STB=0.624529;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0205933;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:10:16:9:15:10:16:9:16 chr19 42463447 . C T 770.35 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.023;QD=57.0631;RBI=0.0790228;REFB=0;REVB=0.0382365;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207441;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:37:15:0:0:38:16:0:0 chr19 42471050 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232942;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.794;QD=39.2068;RBI=0.00232942;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.30571e-06;OID=.;OPOS=42471050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr19 42489516 . AG CA,CG 718.09 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,49;DP=51;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294246,0.0132637;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=130.478,186.73;QD=56.3208;RBI=0.0461262,0.0436778;REFB=0,0;REVB=0.035522,0.0416152;RO=0;SAF=0,31;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.58521e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0128145,4.48603e-05;OID=.,.;OPOS=42489516,42489516;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:2,49:2,49:0.0392157,0.960784:2,18:0,31:0:0:2,18:0,31:0:0 chr19 42572987 . C T 271.86 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00826846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.232;QD=19.4185;RBI=0.0339664;REFB=-0.0138121;REVB=-0.0329447;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996706;STB=0.53644;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0222341;OID=.;OPOS=42572987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:26:27:28:29:0.517857:14:14:16:10:14:15:16:11 chr19 42595472 . G A 484.68 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0266638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5566;QD=26.5578;RBI=0.0314122;REFB=-0.0421727;REVB=0.0166063;RO=27;SAF=13;SAR=32;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945799;STB=0.561769;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0231255;OID=.;OPOS=42595472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:28:45:45:0.616438:32:13:11:16:32:13:12:16 chr19 42620945 . ACCCCCCCCA ACCCCCCCA,ACCCCCCCAG,GACCCCCCCA 39.58 PASS AF=0.571429,0,0;AO=6,2,2;DP=21;FAO=12,0,0;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0134474,-0.11456,0.00267513;FXX=0;HRUN=8,8,1;LEN=1,2,2;MLLD=8.09945,19.6825,33.7818;QD=7.53867;RBI=0.0307471,0.136626,0.0209281;REFB=-0.121707,-0.0447448,-0.00724088;REVB=0.0276505,-0.0744495,0.0207564;RO=10;SAF=3,1,1;SAR=3,1,1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.203317,0.213474,0.213474;STB=0.537129,0.5,0.5;STBP=0.745,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.137528,0.0239828,0;OID=.,.,.;OPOS=42620946,42620953,42620945;OREF=C,CA,AC;OALT=-,AG,GA;OMAPALT=ACCCCCCCA,ACCCCCCCAG,GACCCCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:21:21:10:9:6,2,2:12,0,0:0.571429,0,0:3,1,1:3,1,1:3:7:7,0,0:5,0,0:3:6 chr19 42736267 . A G 724.16 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0941551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.532;QD=54.6532;RBI=0.0976874;REFB=-0.154854;REVB=0.0260316;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149535;STB=0.507933;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000648693;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:31:21:0:1:31:21:0:1 chr19 42748858 . T A 519.05 PASS AF=0.451613;AO=57;DP=123;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0358903;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.428;QD=16.7437;RBI=0.0362933;REFB=-0.00831968;REVB=0.00539366;RO=61;SAF=17;SAR=40;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195845;STB=0.643511;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00881105;OID=.;OPOS=42748858;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:61:68:57:56:0.451613:40:17:30:31:40:16:36:32 chr19 43013363 . A G 474.92 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.000840026;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3102;QD=26.7563;RBI=0.0136533;REFB=-0.0559477;REVB=0.0136275;RO=26;SAF=17;SAR=27;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291079;STB=0.521463;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0313342;OID=.;OPOS=43013363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:26:27:44:44:0.619718:27:17:9:17:27:17:9:18 chr19 43243217 . AA GG 747.28 PASS AF=0.484472;AO=77;DP=160;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.00793624;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=126.24;QD=18.566;RBI=0.0207368;REFB=-0.00947269;REVB=0.019158;RO=83;SAF=29;SAR=48;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032688;STB=0.520656;STBP=0.632;TYPE=mnp;VARB=0.00953225;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:83:83:77:78:0.484472:48:29:34:49:49:29:34:49 chr19 43243238 . A G 614.12 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0302207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.529;QD=18.7518;RBI=0.0364808;REFB=-0.00173778;REVB=-0.0204342;RO=68;SAF=21;SAR=42;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506507;STB=0.528081;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00216921;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:68:63:63:0.480916:42:21:26:42:42:21:26:42 chr19 43411230 . C G 719.52 PASS AF=0.400966;AO=83;DP=208;FAO=83;FDP=207;FR=.;FRO=124;FSAF=24;FSAR=59;FSRF=47;FSRR=77;FWDB=0.0129674;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.722;QD=13.9038;RBI=0.0441048;REFB=-0.0132619;REVB=-0.0421554;RO=124;SAF=24;SAR=59;SRF=47;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110024;STB=0.56204;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.022078;OID=.;OPOS=43411230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:124:124:83:83:0.400966:59:24:47:77:59:24:47:77 chr19 43439793 . G A 1628.66 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386317;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1079;QD=60.3209;RBI=0.00741267;REFB=0;REVB=0.00632642;RO=0;SAF=74;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.33239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100482;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:34:74:0:0:34:74:0:0 chr19 43519362 . C T 1553.09 PASS AF=1;AO=96;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00677443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.648;QD=59.7344;RBI=0.0129278;REFB=0;REVB=0.0110107;RO=0;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40119e-05;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:96:104:1:40:56:0:0:47:57:0:0 chr19 43519442 . T C 1330.16 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.22;QD=61.8678;RBI=0.0693312;REFB=0;REVB=0.0514238;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137918;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:45:40:0:0:45:41:0:0 chr19 43529026 . CA TG 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109614;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.59;QD=57.2377;RBI=0.0128996;REFB=0;REVB=-0.00680059;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-6.87269e-05;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr19 43530473 . G C 386.42 PASS AF=0.445652;AO=39;DP=90;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00629684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.385;QD=16.8011;RBI=0.0135629;REFB=-0.012559;REVB=-0.0120126;RO=49;SAF=10;SAR=29;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277496;STB=0.636722;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0202931;OID=.;OPOS=43530473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:49:51:39:41:0.445652:29:10:25:24:30:11:25:26 chr19 43679410 . A G 1338.04 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000382238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.185;QD=62.2346;RBI=0.0670332;REFB=0;REVB=0.0670321;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111081;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:40:42:0:0:43:43:0:0 chr19 43680051 . C T 1790.01 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274123;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.451;QD=60.1683;RBI=0.0408448;REFB=0.00191388;REVB=0.0302798;RO=1;SAF=70;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673742;STB=0.503546;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=3.64761e-05;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:119:1:1:118:118:0.991597:48:70:1:0:48:70:1:0 chr19 43680147 . C T 1443.76 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285655;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.349;QD=63.462;RBI=0.0527146;REFB=0;REVB=0.044304;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.89818e-05;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:89:91:1:40:49:0:0:41:50:0:0 chr19 43689004 . G A 1302.06 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4218;QD=62.0029;RBI=0.0298465;REFB=0;REVB=0.0215812;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179151;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:53:31:0:0:53:31:0:0 chr19 43690506 . G C 666.01 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.624;QD=61.9542;RBI=0.0264914;REFB=0;REVB=0.0259908;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75775e-05;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:19:21:0:0:21:22:0:0 chr19 43699278 . A G 568.85 PASS AF=0.495798;AO=57;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.00294271;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.512;QD=19.121;RBI=0.0124326;REFB=-0.0131692;REVB=-0.0120793;RO=59;SAF=33;SAR=24;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134888;STB=0.503545;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0145953;OID=.;OPOS=43699278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:60:57:59:0.495798:24:33:35:24:24:35:36:24 chr19 43699336 . T C 1545.92 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0324059;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.883;QD=62.4616;RBI=0.0563466;REFB=-0.108735;REVB=0.0460955;RO=1;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958098;STB=0.504949;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00170386;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:97:98:0.989899:49:48:0:1:50:48:0:1 chr19 43699417 . A G 2045.22 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8866;QD=61.9765;RBI=0.0986077;REFB=0;REVB=0.0865477;RO=0;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125364;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:132:0:0:121:132:1:63:58:0:0:73:59:0:0 chr19 43702342 . C T 2352.56 PASS AF=0.99359;AO=153;DP=155;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0255378;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.842;QD=60.322;RBI=0.0380475;REFB=-0.023468;REVB=0.0282034;RO=0;SAF=65;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000188666;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:156:0:1:153:155:0.99359:88:65:0:0:89:66:0:1 chr19 43708926 . G T 167.46 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0336422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2932;QD=41.8643;RBI=0.0450915;REFB=0.0817403;REVB=0.030024;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434393;STB=0.523778;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00324548;OID=.;OPOS=43708926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:5:10:1:0:5:10:1:0 chr19 43708968 . T C 256.29 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.643;QD=51.2586;RBI=0.052877;REFB=0;REVB=0.0497171;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122082;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:7:13:0:0 chr19 43708977 . TTC T,TT,TTT 268.99 PASS AF=0,1,0;AO=2,12,6;DP=20;FAO=0,21,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,0;FSAR=0,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200847,0.0175648,0.0149642;FXX=0;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=259.75,268.932,265.204;QD=51.2363;RBI=0.0497922,0.0482401,0.0453717;REFB=0,0,0;REVB=0.0455617,0.0449286,0.042833;RO=0;SAF=1,6,6;SAR=1,6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00165932,-0.001121,0;OID=.,.,.;OPOS=43708978,43708979,43708979;OREF=TC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:2,12,6:20:0,21,0:21:0:0,14,0:0,7,0:0:0:4:0:1,6,6:1,6,0:0:0 chr19 43709619 . C T 751.96 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0233126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1118;QD=61.3843;RBI=0.07439;REFB=-0.0545963;REVB=0.0706427;RO=1;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347981;STB=0.517234;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00334603;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:13:34:0:1:14:34:0:1 chr19 43709647 . G A 930.1 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4176;QD=56.3694;RBI=0.168888;REFB=0;REVB=0.163939;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239863;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:62:66:1:20:42:0:0:24:42:0:0 chr19 43709654 . C A 993.92 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-9.80712e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.674;QD=57.6187;RBI=0.0385115;REFB=-0.145151;REVB=0.0385115;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000722201;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:24:44:0:0:24:44:0:1 chr19 43709656 . C G 1024.83 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.988;QD=59.4107;RBI=0.0420156;REFB=0;REVB=0.0369789;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36655e-05;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:25:43:0:0:25:44:0:0 chr19 43766113 . T C 451.47 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0172054;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.228;QD=21.4985;RBI=0.1487;REFB=-0.0292379;REVB=0.147701;RO=40;SAF=30;SAR=14;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784965;STB=0.543458;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0254849;OID=.;OPOS=43766113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:14:30:24:16:14:30:24:16 chr19 43773599 . T C 1084.71 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0023264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8364;QD=58.6332;RBI=0.0241078;REFB=-0.0525642;REVB=0.0239953;RO=0;SAF=48;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000155504;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:25:48:0:0:25:48:0:1 chr19 43857873 . G C 1543.28 PASS AF=1;AO=83;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.786;QD=58.7918;RBI=0.0863574;REFB=0;REVB=-0.00271747;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229621;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:83:105:1:42:41:0:0:42:63:0:0 chr19 43864548 . C A 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0363614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.699;QD=15.6934;RBI=0.0363671;REFB=-0.0193822;REVB=0.000646368;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543121;STB=0.530611;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0221282;OID=.;OPOS=43864548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:15:17:24:17:15:17:24:17 chr19 43910649 . G T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00989977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.405;QD=9.91644;RBI=0.0211603;REFB=-0.00933916;REVB=0.0187017;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330452;STB=0.699569;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00773355;OID=.;OPOS=43910649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:6:11:3:6:6:11 chr19 43910764 . A G 140.07 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0437925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.501;QD=20.7517;RBI=0.0442752;REFB=-0.0339483;REVB=-0.00652054;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135688;STB=0.507682;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0136134;OID=.;OPOS=43910764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:5:7:9:6:5:7 chr19 43922061 . A G 259.19 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00501972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6076;QD=16.1993;RBI=0.0339717;REFB=0.00412036;REVB=0.0335988;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727981;STB=0.548354;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00205753;OID=.;OPOS=43922061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:35:29:29:0.453125:14:15:15:19:14:15:15:20 chr19 43979589 . G T 203.42 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00151262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.548;QD=21.9916;RBI=0.00588741;REFB=-0.030627;REVB=0.00568978;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240585;STB=0.5135;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0262904;OID=.;OPOS=43979589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:8:9:10:10:8:9 chr19 43999432 . A T 228.91 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0113167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.041;QD=22.3327;RBI=0.022811;REFB=-0.0243266;REVB=0.0198059;RO=18;SAF=17;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343823;STB=0.684956;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0329853;OID=.;OPOS=43999432;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:5:17:7:11:5:17:8:11 chr19 44001345 . C T 154.51 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0754156;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.131;QD=10.6556;RBI=0.103627;REFB=-0.0192244;REVB=0.07107;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227002;STB=0.632523;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0416505;OID=.;OPOS=44001345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:38:38:20:20:0.344828:12:8:23:15:12:8:23:15 chr19 44047550 . T C 272.66 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7991;QD=51.9354;RBI=0.0567598;REFB=0;REVB=0.0332611;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000411073;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr19 44047826 . T A 591.33 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.057;QD=59.1331;RBI=0.0732593;REFB=0;REVB=0.00140919;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453799;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:1:0:39:40:1:25:14:1:0:25:15:0:0 chr19 44055726 . T C 374.6 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0129763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.137;QD=22.3642;RBI=0.0206795;REFB=-0.0459935;REVB=0.0161014;RO=28;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170345;STB=0.600572;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0366246;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:29:38:38:0.567164:22:16:18:10:22:16:19:10 chr19 44081288 . A C,G 716.01 PASS AF=0.0652174,0.934783;AO=3,43;DP=46;FAO=3,43;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=3,28;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907121,-0.0326433;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.573,53.9805;QD=62.2617;RBI=0.020674,0.0455085;REFB=0,0;REVB=-0.0185776,-0.0317086;RO=0;SAF=3,28;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.02792e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0347852,-0.000352478;OID=.,.;OPOS=44081288,44081288;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:46:46:0:0:3,43:3,43:0.0652174,0.934783:0,15:3,28:0:0:0,15:3,28:0:0 chr19 44082791 . T C 191.52 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00169729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.41;QD=22.5322;RBI=0.0255022;REFB=-0.000861483;REVB=0.0254457;RO=15;SAF=15;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395887;STB=0.723883;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000911985;OID=.;OPOS=44082791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:4:15:5:10:4:15:5:10 chr19 44082945 . T C 346.01 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160774;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3207;QD=55.3621;RBI=0.0161575;REFB=0;REVB=-0.0016065;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519419;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr19 44098963 . C G 359.76 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0160316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.866;QD=13.8367;RBI=0.0162256;REFB=-0.0250105;REVB=-0.00250163;RO=62;SAF=17;SAR=25;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847949;STB=0.548018;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0446464;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:42:42:0.403846:25:17:30:32:25:17:30:32 chr19 44111757 . TG T 32.53 PASS AF=0.466667;AO=8;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0329152;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.82;QD=8.67518;RBI=0.0649309;REFB=-0.0991392;REVB=-0.0559697;RO=6;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.478673;SSSB=0.572582;STB=0.838983;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.108735;OID=.;OPOS=44111758;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:8:15:7:15:8:6:1:2:6:32:6:7:1:1:5 chr19 44126738 . G A 76.02 PASS AF=0.22449;AO=10;DP=48;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=0.00402015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.125;QD=6.20565;RBI=0.0062033;REFB=-0.00520741;REVB=-0.00472432;RO=37;SAF=4;SAR=6;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488513;STB=0.79824;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0219791;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:48:49:37:38:10:11:0.22449:6:4:30:7:7:4:30:8 chr19 44127431 . TG T 39.5 PASS AF=0.295455;AO=14;DP=59;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0622953;FXX=0.254194;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.51077;QD=3.59075;RBI=0.2398;REFB=-0.0865603;REVB=-0.231567;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182963;STB=0.525508;STBP=0.851;TYPE=del;VARB=0.0237528;OID=.;OPOS=44127432;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295455:14:59:13:44:31:8:5:18:13:39:20:10:4:11:9 chr19 44303066 . C G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0171581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.756;QD=15.9167;RBI=0.0332821;REFB=-0.0143065;REVB=0.0285183;RO=15;SAF=1;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497972;STB=0.799399;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.015074;OID=.;OPOS=44303066;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:12:1:6:9:12:1:6:9 chr19 44351694 . C T 59.12 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0171777;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.643;QD=13.1385;RBI=0.0196286;REFB=-0.0211947;REVB=-0.00949771;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283851;STB=0.666296;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.016317;OID=.;OPOS=44351694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:8:2:4:4:8:2 chr19 44351836 . G A 262.1 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0213217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.551;QD=25.5711;RBI=0.0214791;REFB=-0.0309576;REVB=0.00259564;RO=17;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851636;STB=0.547285;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0336433;OID=.;OPOS=44351836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:14:10:9:8:14:10:9:8 chr19 44352665 . T C 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0104881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.447;QD=24.3901;RBI=0.0137873;REFB=-0.00458215;REVB=0.00894921;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191267;STB=0.617536;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00266962;OID=.;OPOS=44352665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:10:10:3:10:10:10:3:11 chr19 44377357 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.884;QD=54.517;RBI=0.0154077;REFB=0;REVB=-0.00385519;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135574;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr19 44377669 . G A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0176021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.742;QD=10.9406;RBI=0.0334832;REFB=-0.0150963;REVB=0.0284831;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150282;STB=0.590194;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0156737;OID=.;OPOS=44377669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:10:10:7:4:10:10 chr19 44417575 . A G 195.43 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0165512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4525;QD=17.7665;RBI=0.0401288;REFB=0.000754122;REVB=-0.0365565;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398935;STB=0.522705;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00149285;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:10:10:13:11:10:10:13:11 chr19 44418077 . C T 321.27 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0545373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5804;QD=18.8981;RBI=0.0545521;REFB=-0.00197727;REVB=-0.00127212;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132235;STB=0.573487;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00299976;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:17:17:22:12:17:17:22:12 chr19 44418343 . C T 108.25 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0129145;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.653;QD=12.3719;RBI=0.0153918;REFB=-0.0167825;REVB=0.008374;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237304;STB=0.513997;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0267779;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:14:8:5:8:14:8 chr19 44418544 . A G 178.73 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0806849;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3186;QD=14.5903;RBI=0.0832758;REFB=-0.0170189;REVB=-0.0206108;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035408;STB=0.520526;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0244234;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:12:18:12:7:12:18 chr19 44418680 . G C 74.96 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0784463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.845;QD=11.1059;RBI=0.0784817;REFB=0.00172453;REVB=0.00235672;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030867;STB=0.518482;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.011019;OID=.;OPOS=44418680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:8:9:5:5:8:9 chr19 44418693 . T C 71.76 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0405634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.267;QD=7.97366;RBI=0.0422477;REFB=-0.0136595;REVB=-0.0118101;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18386;STB=0.626125;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0334707;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:4:6:11:14:4:6:11:15 chr19 44418824 . C T 233.43 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0296491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1789;QD=16.9763;RBI=0.0741952;REFB=-0.0122779;REVB=-0.0680137;RO=29;SAF=8;SAR=18;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117125;STB=0.56547;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0127371;OID=.;OPOS=44418824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:18:8:6:23:18:8:6:23 chr19 44419030 . A G 519.92 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302194;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.597;QD=59.4194;RBI=0.0317455;REFB=0;REVB=-0.00972423;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162308;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr19 44470189 . T A 519.8 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.433;QD=59.406;RBI=0.017991;REFB=0;REVB=0.0171947;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85011e-05;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr19 44470420 . T C 250.22 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00824603;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.036;QD=47.6605;RBI=0.026659;REFB=-0.0321251;REVB=-0.0253516;RO=1;SAF=5;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834715;STB=0.545407;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000723449;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:21:1:1:20:20:0.952381:15:5:1:0:15:5:1:0 chr19 44470548 . A G 289.15 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0261773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5355;QD=46.2633;RBI=0.0261815;REFB=-0.0553774;REVB=-0.000468804;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298695;STB=0.531223;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.014892;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:15:8:0:1:15:8:0:2 chr19 44470663 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.637;QD=58.1417;RBI=0.00757976;REFB=0;REVB=0.00232881;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17376e-05;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr19 44471209 . T A 178.7 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0239206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2767;QD=22.3378;RBI=0.0279385;REFB=-0.0252686;REVB=-0.0144348;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206689;STB=0.511615;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0192144;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:12:6:5:9:12:6:5:9 chr19 44471252 . T C 283.73 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00835485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.869;QD=23.1618;RBI=0.0196656;REFB=-0.0556838;REVB=-0.0178025;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548666;STB=0.530589;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0285169;OID=.;OPOS=44471252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:13:13:10:13:13:13:10:13 chr19 44471323 . G A 201.65 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00295208;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.595;QD=13.6711;RBI=0.0219614;REFB=-0.012995;REVB=0.0217621;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100107;STB=0.559273;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0238173;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:33:35:23:24:0.40678:11:12:14:19:12:12:14:21 chr19 44494215 . T C 85.14 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0817178;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4437;QD=10.3196;RBI=0.0820978;REFB=-0.0224958;REVB=0.00788955;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314571;STB=0.677107;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0511195;OID=.;OPOS=44494215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:33:23:22:11:11:0.333333:4:7:8:15:4:7:8:14 chr19 44496070 . A G 281.68 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.013098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.301;QD=17.0715;RBI=0.0152451;REFB=-0.0251254;REVB=0.00780095;RO=35;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772378;STB=0.543256;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0237631;OID=.;OPOS=44496070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:14:17:22:13:14:17:22:13 chr19 44500478 . A T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.739;QD=61.6832;RBI=0.072531;REFB=0;REVB=0.0668962;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250043;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr19 44500761 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.672;QD=62.3494;RBI=0.0214597;REFB=0;REVB=0.00166131;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30928e-05;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr19 44501116 . A G 265.78 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00506239;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.889;QD=44.297;RBI=0.00765661;REFB=-0.117586;REVB=-0.0057442;RO=2;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116515;STB=0.503813;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00144997;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:21:22:0.916667:12:9:1:1:12:10:1:1 chr19 44501227 . A G 428.93 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8721;QD=57.1907;RBI=0.0395722;REFB=0;REVB=-0.0173335;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126914;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr19 44501518 . G A 242.23 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0475193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.344;QD=12.5831;RBI=0.0483325;REFB=-0.0131144;REVB=-0.00882832;RO=47;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755394;STB=0.537789;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.02071;OID=.;OPOS=44501518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:18:11:21:26:18:11:21:27 chr19 44501627 . T C 267.08 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00382378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.95;QD=20.1567;RBI=0.0129756;REFB=-0.00501352;REVB=0.0123994;RO=24;SAF=6;SAR=22;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249861;STB=0.653345;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00304739;OID=.;OPOS=44501627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:22:6:11:13:22:6:12:13 chr19 44511223 . T G 1029.95 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0467967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2227;QD=58.0256;RBI=0.0563584;REFB=-0.00446922;REVB=0.0314059;RO=1;SAF=25;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185343;STB=0.509801;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000333667;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:45:25:1:0:45:25:1:0 chr19 44515352 . T G 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00464752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.473;QD=24.0851;RBI=0.00525308;REFB=-0.0139432;REVB=-0.00244855;RO=23;SAF=15;SAR=19;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13703;STB=0.575037;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00680381;OID=.;OPOS=44515352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:19:15:6:17:19:15:6:17 chr19 44515514 . C A 333.01 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.000119638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0893;QD=16.4449;RBI=0.0284615;REFB=-0.00108696;REVB=-0.0284613;RO=45;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343159;STB=0.519302;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000850295;OID=.;OPOS=44515514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:22:14:19:26:22:14:19:26 chr19 44564981 . G A 316.9 PASS AF=0.477612;AO=29;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0016076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.03;QD=18.9192;RBI=0.0208678;REFB=-0.0269877;REVB=-0.0208058;RO=25;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0229479;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:32:29:32:0.477612:17:12:12:13:19:13:13:19 chr19 44570551 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0705093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2742;QD=19.0175;RBI=0.0722921;REFB=-0.014643;REVB=-0.0159561;RO=14;SAF=1;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413127;STB=0.744249;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0105981;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:14:1:4:10:14:1:4:10 chr19 44591360 . G A 144.65 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00735129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.808;QD=15.6376;RBI=0.0282672;REFB=-0.00408161;REVB=-0.0272945;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178309;STB=0.618239;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00330702;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:9:6:5:16:9:7:5:16 chr19 44610665 . A G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0216679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.584;QD=22.5346;RBI=0.0289996;REFB=-0.00755105;REVB=-0.0192738;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140647;STB=0.578864;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00601627;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:8:11:6:9:8:11:6:9 chr19 44610798 . A T 711.72 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449157;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.681;QD=63.2638;RBI=0.0495471;REFB=0;REVB=0.0209164;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210101;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr19 44611066 . T C 346.89 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7347;QD=53.368;RBI=0.0776573;REFB=0;REVB=0.0591002;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0052305;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:12:12:0:0:14:12:0:0 chr19 44611420 . A G 330.42 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.51;QD=50.8345;RBI=0.0234747;REFB=0.0432418;REVB=0.0125152;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=7.49063e-05;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr19 44612005 . A G 600.3 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.909;QD=60.0299;RBI=0.0258282;REFB=0;REVB=-0.0203052;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297107;OID=.;OPOS=44612005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:21:17:0:0:21:19:0:0 chr19 44612014 . A T 616.4 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021913;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.414;QD=61.6397;RBI=0.00941138;REFB=0;REVB=-0.00915272;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16549e-05;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr19 44612231 . A G 464.94 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.478;QD=58.1173;RBI=0.0425657;REFB=0;REVB=0.0414925;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223918;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr19 44652954 . G A 1241.47 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0285855;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.021;QD=59.1174;RBI=0.0820299;REFB=-0.114073;REVB=0.0768881;RO=2;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286756;STB=0.515148;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00334546;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:84:2:2:82:82:0.97619:32:50:0:2:32:50:0:2 chr19 44660967 . A G 109.04 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.562;QD=36.3456;RBI=0.0683684;REFB=0.00746933;REVB=0.0509134;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00388049;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:10:11:0.916667:6:4:0:1:7:4:0:1 chr19 44764064 . A G 1606.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6604;QD=64.2445;RBI=0.0332498;REFB=0;REVB=-0.0101828;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240326;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr19 44777089 . A C 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0256594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.878;QD=18.0732;RBI=0.0326356;REFB=-0.0171459;REVB=0.0201662;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168549;STB=0.509428;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0192756;OID=.;OPOS=44777089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:13:17:17:14:13:17:17:14 chr19 44778405 . A C 182.88 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0420829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.987;QD=43.0307;RBI=0.0738583;REFB=-0.136757;REVB=0.0606966;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538413;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00234147;OID=.;OPOS=44778405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:10:6:0:0:10:6:1:0 chr19 44778797 . T A 137.31 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00496332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6468;QD=39.231;RBI=0.0430083;REFB=-0.0209732;REVB=0.042721;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523774;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0137138;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:3:10:0:0:3:10:1:0 chr19 44778799 . G A 155.68 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9456;QD=44.4804;RBI=0.0353302;REFB=0;REVB=0.00971133;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00625759;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:3:10:0:0:3:11:0:0 chr19 44792969 . G A 213.97 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1655;QD=45.0468;RBI=0.0562402;REFB=0.0026088;REVB=0.0530235;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.533296;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000491518;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:19:1:1:17:18:0.947368:7:10:0:1:7:11:0:1 chr19 44832684 . T G 885.32 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.242;QD=58.0538;RBI=0.0473445;REFB=0;REVB=0.00475073;RO=0;SAF=13;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71858e-05;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:48:13:0:0:48:13:0:0 chr19 44832875 . A G 437.48 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2109;QD=54.6849;RBI=0.0224405;REFB=-0.199184;REVB=0.00538794;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0046351;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:0:1:31:31:0.96875:10:21:0:0:10:21:1:0 chr19 44832992 . C G 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9626;QD=62.0151;RBI=0.0547656;REFB=0;REVB=0.0405137;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116525;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr19 44833506 . C T 715.35 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7673;QD=52.9887;RBI=0.0229339;REFB=-0.0254272;REVB=-0.000596878;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177719;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00656666;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:54:1:1:52:53:0.981481:26:26:1:0:26:27:1:0 chr19 44833851 . G C 834.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101562;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.46;QD=57.5691;RBI=0.0428102;REFB=0;REVB=0.0415881;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021165;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:20:37:0:0:21:37:0:0 chr19 44840789 . T C 1264.12 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.551;QD=61.6644;RBI=0.0211749;REFB=0;REVB=0.0148;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80578e-05;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:37:44:0:0:37:45:0:0 chr19 44871287 . T C 364.36 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0558488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.967;QD=23.8923;RBI=0.0562523;REFB=-0.00602092;REVB=-0.0067253;RO=25;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134476;STB=0.57373;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00343753;OID=.;OPOS=44871287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:18:18:17:8:18:18:17:8 chr19 44871293 . T C 769.35 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9001;QD=56.9885;RBI=0.0683949;REFB=0;REVB=-0.0481937;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.634e-06;OID=.;OPOS=44871293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr19 44890685 . T G 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0233918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.908;QD=24.3897;RBI=0.0234917;REFB=-0.00876595;REVB=0.00216388;RO=14;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107084;STB=0.559938;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00672248;OID=.;OPOS=44890685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:6:14:8:6:6:14:8:6 chr19 44891784 . T C 156.9 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.023755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.033;QD=16.0926;RBI=0.041026;REFB=-0.00312913;REVB=0.0334489;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671083;STB=0.50908;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00315699;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:22:16:17:0.435897:7:9:12:7:8:9:12:10 chr19 44930880 . G A 3023.33 PASS AF=1;AO=189;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175106;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3257;QD=63.3158;RBI=0.0201019;REFB=0;REVB=-0.00987247;RO=0;SAF=97;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13266e-05;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:189:191:1:92:97:0:0:92:99:0:0 chr19 44932972 . C T 164.13 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00398474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.303;QD=11.1272;RBI=0.012377;REFB=-0.0121657;REVB=-0.011718;RO=38;SAF=5;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235395;STB=0.638641;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0214203;OID=.;OPOS=44932972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:16:5:16:22:16:5:16:22 chr19 44933947 . G A 613.82 PASS AF=0.578947;AO=54;DP=95;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0154236;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2153;QD=25.8452;RBI=0.0162576;REFB=-0.00817525;REVB=-0.00514018;RO=39;SAF=26;SAR=28;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350757;STB=0.509605;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0060415;OID=.;OPOS=44933947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:40:54:55:0.578947:28:26:17:22:29:26:18:22 chr19 44934489 . G A 879.74 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0259827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7135;QD=53.3174;RBI=0.123746;REFB=-0.148152;REVB=0.120987;RO=3;SAF=36;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00834624;STB=0.513509;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00408491;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:3:2:63:64:0.969697:27:36:2:1:28:36:2:0 chr19 45001360 . TGGGGGC TCGGGGC,TGGGGC,TGGGGCT 30.3 PASS AF=0,0.12,0.06;AO=2,10,3;DP=52;FAO=0,6,3;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=0,5,1;FSAR=0,1,2;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0599453,-0.129393,-0.0393505;FXX=0.019604;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=71.2817,10.8683,23.4652;QD=2.42363;RBI=0.0618408,0.132153,0.0455199;REFB=-0.0219294,-0.102295,-0.0650986;REVB=-0.0151938,0.0268639,0.0228824;RO=33;SAF=2,6,1;SAR=0,4,2;SRF=17;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.435897,0;SSSB=0.436652,0.103404,-0.184396;STB=0.5,0.80046,0.665561;STBP=1,0.148,0.678;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0874633,0.134496;OID=.,.,.;OPOS=45001361,45001361,45001365;OREF=G,G,GC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=TCGGGGC,TGGGGC,TGGGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.12,0.06:2,10,3:52:0,6,3:50:41:0,5,1:0,1,2:21:20:19:33:2,6,1:0,4,2:17:16 chr19 45004305 . G C 270.02 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.00530803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.638;QD=19.2874;RBI=0.00530874;REFB=-0.00546734;REVB=-8.66801e-05;RO=27;SAF=1;SAR=27;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458826;STB=0.658401;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00499096;OID=.;OPOS=45004305;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:27:1:5:22:27:2:5:22 chr19 45016116 . A G 77.61 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0321659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.367;QD=10.3485;RBI=0.03409;REFB=-0.00609097;REVB=0.0112907;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856821;STB=0.521434;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00896983;OID=.;OPOS=45016116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:30:30:19:19:10:11:0.366667:5:5:11:8:5:6:11:8 chr19 45016990 . CT C 1291.82 PASS AF=1;AO=112;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0075341;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5616;QD=45.3271;RBI=0.110095;REFB=0;REVB=0.109837;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00116448;OID=.;OPOS=45016991;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:112:116:114:114:0:48:66:0:0:24:0:48:64:0:0 chr19 45017249 . T C 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0749347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3269;QD=30.8202;RBI=0.12588;REFB=-0.0644603;REVB=0.101146;RO=3;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128918;STB=0.571319;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0164201;OID=.;OPOS=45017249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:9:3:0:3:9:3:0:3 chr19 45021252 . G A 88.04 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0159547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.864;QD=14.0865;RBI=0.0294077;REFB=-0.00357666;REVB=0.0247034;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299811;STB=0.678877;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0114673;OID=.;OPOS=45021252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:9:2:6:8:9:2:6:8 chr19 45024581 . C G 381.73 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0215079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5224;QD=22.7899;RBI=0.0216821;REFB=-0.00169443;REVB=0.00274306;RO=28;SAF=31;SAR=7;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793718;STB=0.539109;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000776996;OID=.;OPOS=45024581;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:29:38:38:0.567164:7:31:21:7:7:31:22:7 chr19 45028169 . C T 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0011536;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8343;QD=18.0144;RBI=0.022248;REFB=0.0128377;REVB=-0.0222181;RO=53;SAF=22;SAR=29;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375552;STB=0.512209;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0204286;OID=.;OPOS=45028169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:53:55:51:51:0.481132:29:22:25:28:29:22:25:30 chr19 45033485 . A G 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.00152832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.777;QD=12.4668;RBI=0.00193982;REFB=-0.0132309;REVB=0.00119463;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325735;STB=0.686072;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0274122;OID=.;OPOS=45033485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:11:9:25:8:11:9:25:8 chr19 45162038 . A G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2253;QD=56.9985;RBI=0.0433851;REFB=0;REVB=0.041848;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296503;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr19 45162189 . C A 834.74 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000576395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.865;QD=57.5684;RBI=0.00583385;REFB=0;REVB=-0.0058053;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17964e-05;OID=.;OPOS=45162189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:34:23:0:0:35:23:0:0 chr19 45315539 . G A 137.26 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0195812;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.4661;QD=17.1577;RBI=0.0749394;REFB=-0.00649696;REVB=0.0723359;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200709;STB=0.593102;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00672323;OID=.;OPOS=45315539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:16:17:15:15:0.46875:8:7:4:12:8:7:5:12 chr19 45317432 . T C 54.18 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0398566;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.362;QD=7.47275;RBI=0.0401664;REFB=-0.00147314;REVB=-0.00497918;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517198;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00292172;OID=.;OPOS=45317432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:29:22:21:8:8:0.275862:4:4:11:11:4:4:10:11 chr19 45322938 . G A 126.52 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.071375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7242;QD=11.5016;RBI=0.075413;REFB=-0.0344471;REVB=0.0243459;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205409;STB=0.621461;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0761285;OID=.;OPOS=45322938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:9:6:17:12:9:6:17:12 chr19 45389224 . A G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.366;QD=52.7695;RBI=0.0449389;REFB=-0.0595358;REVB=-0.0323615;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000267387;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:0:1:15:13:0:1 chr19 45409167 . C G 335.92 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=43;FWDB=0.0241326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.381;QD=14.1438;RBI=0.0274747;REFB=-0.0221873;REVB=-0.0131331;RO=51;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217317;STB=0.625887;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0257326;OID=.;OPOS=45409167;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:95:51:58:37:37:0.389474:20:17:13:38:20:17:15:43 chr19 45476422 . T C 1337.74 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.983;QD=62.2203;RBI=0.0439353;REFB=0;REVB=0.0120035;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179796;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:86:0:0:80:86:1:47:33:0:0:48:38:0:0 chr19 45488567 . T C 234.99 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.052;QD=46.9982;RBI=0.0356175;REFB=0;REVB=0.0349886;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00537319;OID=.;OPOS=45488567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:17:20:1:12:5:0:0:15:5:0:0 chr19 45490570 . A G 175.12 PASS AF=0.514286;AO=13;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0556356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6459;QD=20.0131;RBI=0.0635012;REFB=-0.0231455;REVB=-0.0306118;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249568;STB=0.599893;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0523284;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:17:13:18:0.514286:7:6:11:4:9:9:12:5 chr19 45490636 . T C 109.9 PASS AF=0.433333;AO=9;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0270564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1899;QD=14.653;RBI=0.0403097;REFB=-0.0810891;REVB=-0.0298802;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121026;STB=0.555473;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0779957;OID=.;OPOS=45490636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:17:9:13:0.433333:7:2:3:10:8:5:5:12 chr19 45561063 . A G 492.12 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0123198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3381;QD=51.8016;RBI=0.0217328;REFB=0.0350197;REVB=-0.0179035;RO=2;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735457;STB=0.519073;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0152977;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:2:3:35:35:0.921053:20:15:1:1:20:15:2:1 chr19 45655754 . GCCCCC GCCCC,GCCCCA,GGCCCC 99.81 PASS AF=1,0,0;AO=8,3,4;DP=22;FAO=20,0,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,0;FSAR=2,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0829241,-0.148558,-0.0810993;FXX=0.166597;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=8.38164,6.05416,6.04916;QD=19.9627;RBI=0.203915,0.148559,0.20767;REFB=-0.0723117,-0.0524005,-0.0645252;REVB=0.186292,-0.00048441,0.19118;RO=2;SAF=6,3,4;SAR=2,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0.305556,0,0;SSSB=-0.12621,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.021112,0,0;OID=.,.,.;OPOS=45655755,45655759,45655755;OREF=C,C,C;OALT=-,A,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCA,GGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:8,3,4:22:20,0,0:20:0:18,0,0:2,0,0:0:0:6:2:6,3,4:2,0,0:2:0 chr19 45728059 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0919035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1414;QD=9.11027;RBI=0.0946521;REFB=-0.0263573;REVB=-0.0226447;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390509;STB=0.734775;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0203881;OID=.;OPOS=45728059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:12:4:5:3:12:4 chr19 45728123 . C T 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0400104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0104;QD=6.25005;RBI=0.0400108;REFB=-0.0152436;REVB=-0.000177657;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38793;STB=0.738515;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0185542;OID=.;OPOS=45728123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:14:3:3:3:14:3 chr19 45735076 . AGGGGC AGGG,AGGGC 60.38 PASS AF=0.0769231,0.333333;AO=5,14;DP=40;FAO=3,13;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=1,1;FSAR=2,12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.11385,-0.0668893;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=17.0817,10.2879;QD=6.19252;RBI=0.116892,0.0682927;REFB=-0.0357749,-0.127364;REVB=-0.0264929,-0.0137737;RO=19;SAF=1,2;SAR=4,12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0.466357,0.466357;SSEP=0,0;SSSB=-0.173399,-0.264859;STB=0.555177,0.821281;STBP=0.913,0.024;TYPE=del,del;VARB=0.134995,0.121974;OID=.,.;OPOS=45735080,45735077;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0769231,0.333333:5,14:40:3,13:39:23:1,1:2,12:9:14:38:19:1,2:4,12:6:13 chr19 45801018 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0707258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6922;QD=42.1826;RBI=0.0718203;REFB=0;REVB=-0.0124906;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0042028;OID=.;OPOS=45801018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr19 45818835 . A G 82.34 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00771588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.194;QD=8.90143;RBI=0.0080051;REFB=0.00955756;REVB=-0.00213232;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243363;STB=0.648512;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0199859;OID=.;OPOS=45818835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:7:4:15:11:7:4:15:11 chr19 45868309 . T G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0292737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.312;QD=10.3785;RBI=0.0316218;REFB=-0.01147;REVB=0.0119578;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484;STB=0.529345;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0318474;OID=.;OPOS=45868309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:6:10:6:3:6:10 chr19 45882962 . T A 61.82 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0580633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1657;QD=7.97714;RBI=0.061528;REFB=-0.00860309;REVB=-0.0203554;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24873;STB=0.633518;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0140412;OID=.;OPOS=45882962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:31:31:21:22:9:9:0.290323:5:4:14:7:5:4:14:8 chr19 45909934 . G A 111.47 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0169983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.092;QD=15.9235;RBI=0.0250925;REFB=-0.0183821;REVB=0.0184579;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159492;STB=0.592666;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0203758;OID=.;OPOS=45909934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:7:8:9:4:7:8 chr19 45910003 . G T 135.0 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0538755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7639;QD=16.875;RBI=0.0577116;REFB=-0.0298407;REVB=0.0206897;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961734;STB=0.555478;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0161048;OID=.;OPOS=45910003;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:6:11:11:4:6:11 chr19 45912002 . A C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00201514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=369.25;QD=11.9197;RBI=0.0235837;REFB=-0.026386;REVB=0.0234974;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318742;STB=0.689164;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0258103;OID=.;OPOS=45912002;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:7:2:4:3:7:2 chr19 45912343 . A G 238.99 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0304867;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0177;QD=18.0372;RBI=0.0332411;REFB=0.00493148;REVB=-0.0132489;RO=28;SAF=5;SAR=21;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311273;STB=0.664663;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00469315;OID=.;OPOS=45912343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:27:26:26:0.490566:21:5:13:15:21:5:12:15 chr19 45912406 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.000768431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.259;QD=19.8495;RBI=0.00216523;REFB=-0.0108292;REVB=0.00202429;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112427;STB=0.564015;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0132077;OID=.;OPOS=45912406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:7:6:5:10:7:6 chr19 45926598 . TG TC,T 47.97 PASS AF=0.0121951,0.170732;AO=3,11;DP=82;FAO=1,14;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=0,2;FSAR=1,12;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0312191,-0.00707961;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=145.528,16.4594;QD=2.33984;RBI=0.0402436,0.10016;REFB=0.000773771,0.0268945;REVB=-0.0253951,0.0999099;RO=64;SAF=0,2;SAR=3,9;SRF=41;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.500991,-0.533268;STB=0.992459,0.876573;STBP=0.267,0.004;TYPE=snp,del;VARB=0.0213874,-0.136191;OID=.,.;OPOS=45926599,45926599;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0121951,0.170732:3,11:82:1,14:82:67:0,2:1,12:42:25:45:64:0,2:3,9:41:23 chr19 46026970 . T A 211.87 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0416331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1659;QD=16.6172;RBI=0.0416384;REFB=0.0240821;REVB=-0.000667558;RO=28;SAF=4;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353074;STB=0.703502;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0188999;OID=.;OPOS=46026970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:19:4:13:15:19:4:13:15 chr19 46029187 . T C 159.03 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00683398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.203;QD=12.9819;RBI=0.0535398;REFB=-0.000502489;REVB=-0.0531019;RO=31;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241296;STB=0.641809;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00140005;OID=.;OPOS=46029187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:13:5:15:16:13:5:15:16 chr19 46029981 . T C 348.25 PASS AF=0.352459;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=122;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=0.017038;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4042;QD=11.4179;RBI=0.0504612;REFB=0.00218627;REVB=0.0474977;RO=79;SAF=24;SAR=19;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213187;STB=0.6218;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00265637;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:79:79:43:43:0.352459:19:24:29:50:19:24:29:50 chr19 46056780 . T C 112.98 PASS AF=0.5;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0195977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6722;QD=17.3817;RBI=0.0217377;REFB=-0.000742683;REVB=-0.00940515;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170674;STB=0.576354;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00113476;OID=.;OPOS=46056780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:13:13:13:0.5:7:6:8:4:7:6:8:5 chr19 46057081 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.57;QD=59.4341;RBI=0.0410658;REFB=0;REVB=-0.0265639;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3686e-05;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr19 46181392 . G C 83.58 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00858559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4877;QD=20.896;RBI=0.0751184;REFB=-0.0423096;REVB=0.0746262;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109203;STB=0.562377;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0264702;OID=.;OPOS=46181392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:2:4:5:5:2:4 chr19 46206262 . G A 239.31 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00613316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7846;QD=20.8098;RBI=0.00678762;REFB=0.00740245;REVB=0.00290794;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401138;STB=0.522574;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00631374;OID=.;OPOS=46206262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:14:9:10:13:14:9:10:13 chr19 46214244 . A G 140.09 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0165462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.036;QD=12.7354;RBI=0.0359995;REFB=-0.0212935;REVB=-0.0319717;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293432;STB=0.51722;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0300709;OID=.;OPOS=46214244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:7:9:15:13:7:9:15:13 chr19 46262286 . C A 102.6 PASS AF=0.481481;AO=9;DP=24;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.162224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3547;QD=15.1994;RBI=0.16286;REFB=0.00689259;REVB=-0.0143727;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353734;STB=0.761572;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0062578;OID=.;OPOS=46262286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:27:15:14:9:13:0.481481:5:4:2:13:5:8:1:13 chr19 46268902 . C T 177.89 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0328799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.459;QD=14.8239;RBI=0.0407995;REFB=-0.0142495;REVB=-0.0241559;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266677;STB=0.515402;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0489781;OID=.;OPOS=46268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:13:16:10:9:13:16 chr19 46289392 . G C 239.5 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.00330183;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=248.633;QD=20.8261;RBI=0.043385;REFB=-0.0214692;REVB=0.0432592;RO=21;SAF=22;SAR=1;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323628;STB=0.676723;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0154538;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:23:23:23:0.5:1:22:18:3:1:22:20:3 chr19 46289503 . C T 246.68 PASS AF=0.5;AO=17;DP=43;FAO=23;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0138442;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9418;QD=21.4503;RBI=0.0273499;REFB=-0.0255521;REVB=0.0235872;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189116;STB=0.508467;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0268368;OID=.;OPOS=46289503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:17:22:17:23:0.5:13:4:7:10:15:8:8:14 chr19 46319415 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.816;QD=43.4862;RBI=0.0206676;REFB=0;REVB=0.017553;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128991;OID=.;OPOS=46319415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr19 46376217 . C A 53.22 PASS AF=0.275862;AO=10;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0500182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.739;QD=7.34108;RBI=0.0519519;REFB=-0.0245969;REVB=0.0140419;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334607;STB=0.640677;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0481345;OID=.;OPOS=46376217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:16:21:10:8:0.275862:3:7:6:10:3:5:9:12 chr19 46404579 . A G 785.51 PASS AF=1;AO=42;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.755;QD=64.1228;RBI=0.0723035;REFB=0;REVB=0.0120046;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162981;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:42:49:1:31:11:0:0:34:15:0:0 chr19 46443886 . C A 84.2 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0970012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.05;QD=37.4235;RBI=0.194954;REFB=0;REVB=0.16911;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139645;OID=.;OPOS=46443886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:0:7:0:0:1:8:0:0 chr19 46511548 . T C 222.94 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.114;QD=49.5415;RBI=0.0386035;REFB=0;REVB=-0.000526534;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045417;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr19 46520026 . A G 953.08 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.917;QD=56.0635;RBI=0.0201812;REFB=0;REVB=-0.00109274;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531472;OID=.;OPOS=46520026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:68:0:0:61:68:1:37:24:0:0:41:27:0:0 chr19 46627592 . G A 222.39 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0214881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4815;QD=16.4733;RBI=0.0244038;REFB=-9.30077e-05;REVB=-0.0115675;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136863;STB=0.511173;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.000708042;OID=.;OPOS=46627592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:29:25:25:0.462963:16:9:9:17:16:9:11:18 chr19 46811984 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8014;QD=50.41;RBI=0.00409774;REFB=0;REVB=-0.00173469;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75502e-05;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr19 46815499 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9805;QD=45.8061;RBI=0.0485082;REFB=0;REVB=-0.047747;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135676;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr19 46815711 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00882744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.67;QD=12.3976;RBI=0.00927701;REFB=-0.000875782;REVB=-0.00285293;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422723;STB=0.691596;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00129432;OID=.;OPOS=46815711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:4:5:5:5:0.5:3:2:4:0:3:2:4:1 chr19 46815740 . T C 105.37 PASS AF=0.611111;AO=8;DP=17;FAO=11;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0171278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.864;QD=23.4154;RBI=0.051755;REFB=-0.0189766;REVB=0.0488387;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33733;STB=0.687196;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0289869;OID=.;OPOS=46815740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:17:18:5:6:8:11:0.611111:4:4:5:0:6:5:6:0 chr19 46823803 . C T 146.38 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0345567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.98;QD=16.7287;RBI=0.0357925;REFB=-0.00439852;REVB=0.00932415;RO=19;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331451;STB=0.693062;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00441026;OID=.;OPOS=46823803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:13:3:9:10:13:3:9:10 chr19 46825157 . TG GT,T 39.03 PASS AF=0.0172414,0.189655;AO=5,15;DP=61;FAO=1,11;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=0,2;FSAR=1,9;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0254653,0.00494821;FXX=0.0491723;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=96.812,13.1894;QD=2.6918;RBI=0.0889731,0.0532918;REFB=-0.00937388,-0.110958;REVB=-0.085251,-0.0530615;RO=36;SAF=0,2;SAR=5,13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.61665,-0.474954;STB=0.987535,0.691913;STBP=0.485,0.194;TYPE=mnp,del;VARB=0.191247,0.132886;OID=.,.;OPOS=46825157,46825158;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:61:58:36:46:5,15:1,11:0.0172414,0.189655:5,13:0,2:17:19:1,9:0,2:17:29 chr19 46857015 . C T 261.73 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0244034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.409;QD=14.9557;RBI=0.0244703;REFB=-0.01439;REVB=0.00180808;RO=39;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23792;STB=0.627035;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0158481;OID=.;OPOS=46857015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:40:30:30:0.428571:12:18:14:25:12:18:15:25 chr19 46893810 . G A 78.54 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0578326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.928;QD=15.7076;RBI=0.0955969;REFB=-0.038183;REVB=0.0761193;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266665;STB=0.655927;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0491371;OID=.;OPOS=46893810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:6:4:7:3:6:4 chr19 46915774 . G T 137.67 PASS AF=0.5;AO=13;DP=28;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0299453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.717;QD=18.3557;RBI=0.0300291;REFB=-0.0475293;REVB=-0.00224281;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210764;STB=0.592483;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0338646;OID=.;OPOS=46915774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:15:15:13:15:0.5:4:9:13:2:4:11:13:2 chr19 46971773 . T G 68.78 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0036425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5901;QD=15.285;RBI=0.0497991;REFB=-0.0234762;REVB=0.0496658;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187606;STB=0.609518;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0376646;OID=.;OPOS=46971773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:6:3:5:4:6:3 chr19 46973981 . G A 106.31 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00316365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.89;QD=11.8124;RBI=0.0104874;REFB=0.00263736;REVB=-0.00999885;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125248;STB=0.573803;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0197261;OID=.;OPOS=46973981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:8:15:7:6:8:15 chr19 46974230 . GATG ATCA,GATA 205.26 PASS AF=0,0.526316;AO=2,14;DP=38;FAO=0,20;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=0,12;FSAR=0,8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.135388,-0.0431401;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=70.1152,79.2896;QD=21.6061;RBI=0.136589,0.0432223;REFB=0.000784068,-0.0104119;REVB=-0.0180728,-0.00266351;RO=13;SAF=2,6;SAR=0,8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.569211,-0.0282102;STB=0.5,0.505489;STBP=1,0.97;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00953684;OID=.,.;OPOS=46974230,46974233;OREF=GATG,G;OALT=ATCA,A;OMAPALT=ATCA,GATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:38:38:13:18:2,14:0,20:0,0.526316:0,8:2,6:6:7:0,8:0,12:11:7 chr19 46997522 . C T 269.85 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0410143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.967;QD=18.9365;RBI=0.0441997;REFB=-0.0566216;REVB=0.0164755;RO=28;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343208;STB=0.525674;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0502087;OID=.;OPOS=46997522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:28:28:29:0.508772:10:18:17:11:10:19:17:11 chr19 46999691 . C G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.145343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.187;QD=10.0342;RBI=0.146509;REFB=-0.00718029;REVB=-0.0184425;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275355;STB=0.666109;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0146027;OID=.;OPOS=46999691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:1:6:3:2:1:6 chr19 47124714 . T G 105.53 PASS AF=0.246154;AO=15;DP=64;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0257798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.684;QD=6.49393;RBI=0.0271108;REFB=-0.00135328;REVB=-0.00839045;RO=48;SAF=11;SAR=4;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228799;STB=0.609714;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00382822;OID=.;OPOS=47124714;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:48:49:15:16:0.246154:4:11:27:21:5:11:27:22 chr19 47137459 . C T 260.56 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.018192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6974;QD=18.9495;RBI=0.0336149;REFB=0.00973502;REVB=0.0282669;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11537;STB=0.55073;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00525932;OID=.;OPOS=47137459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:17:11:7:19:17:11:8:19 chr19 47177913 . A G 631.81 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.965;QD=61.6398;RBI=0.0716078;REFB=0;REVB=-0.0277364;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381815;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr19 47212593 . A G 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0828962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6288;QD=12.7276;RBI=0.083191;REFB=0.0660349;REVB=-0.00699742;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424699;STB=0.761191;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0881075;OID=.;OPOS=47212593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:5:7:8:1:5:7 chr19 47223543 . T C 368.95 PASS AF=0.438202;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0219139;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.082;QD=16.5821;RBI=0.0684456;REFB=-0.00734761;REVB=-0.0648428;RO=48;SAF=25;SAR=13;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579328;STB=0.558109;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0180807;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:50:38:39:0.438202:13:25:29:19:12:27:30:20 chr19 47282162 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0193408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.977;QD=9.09998;RBI=0.0313627;REFB=-0.00409383;REVB=0.0246891;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187906;STB=0.599771;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00529535;OID=.;OPOS=47282162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:6:3:9:9:6:3:9:10 chr19 47291174 . G C 77.43 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0165738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.9637;QD=14.7481;RBI=0.0309038;REFB=-0.0438502;REVB=-0.0260836;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172412;STB=0.571288;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0406518;OID=.;OPOS=47291174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:10:11:10:10:0.47619:5:5:7:3:5:5:7:4 chr19 47353979 . GC G 53.41 PASS AF=0.62963;AO=14;DP=26;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.193373;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.27265;QD=7.91271;RBI=0.255898;REFB=-0.0192749;REVB=0.167603;RO=8;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230493;STB=0.618896;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=0.013508;OID=.;OPOS=47353980;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62963:14:26:17:27:10:13:4:5:5:40:8:11:3:4:4 chr19 47544238 . C T 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00457829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.734;QD=4.81089;RBI=0.028172;REFB=-0.0216226;REVB=-0.0277975;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392085;STB=0.52623;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0585734;OID=.;OPOS=47544238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:4:2:7:16:4:2:7:16 chr19 47585517 . G C 223.13 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0238134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.301;QD=16.528;RBI=0.0238211;REFB=-0.00444969;REVB=0.000605418;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231517;STB=0.629858;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00314038;OID=.;OPOS=47585517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:21:8:13:12:21:8 chr19 47588325 . G A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0019709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3321;QD=12.5699;RBI=0.0178396;REFB=-0.00499775;REVB=-0.0177304;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605125;STB=0.535666;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00873447;OID=.;OPOS=47588325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:10:5:10:16:10:5:10:16 chr19 47761646 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.839;QD=53.2772;RBI=0.076937;REFB=0;REVB=0.0750138;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341772;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr19 47768128 . G C 272.23 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4592;QD=51.8535;RBI=0.0495231;REFB=0;REVB=-0.0128451;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634002;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr19 47770015 . A C 623.06 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3835;QD=60.7864;RBI=0.0366439;REFB=0;REVB=0.036381;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717845;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:16:25:0:0 chr19 47773647 . C T 643.69 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0406231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.397;QD=54.782;RBI=0.0483174;REFB=-0.219158;REVB=0.0261597;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.515204;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00176124;OID=.;OPOS=47773647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:47:47:1:3:43:44:0.93617:19:24:1:0:19:25:1:2 chr19 47774447 . G A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.96;QD=40.7604;RBI=0.0682513;REFB=0;REVB=-0.0149565;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620985;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr19 47774572 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.716;QD=37.4884;RBI=0.047711;REFB=0;REVB=0.0466611;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847504;OID=.;OPOS=47774572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr19 47774665 . TGAG T 509.11 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246649;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=169.23;QD=56.5682;RBI=0.0615046;REFB=0;REVB=0.0563423;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000288848;OID=.;OPOS=47774666;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:35:36:36:0:11:25:0:0:4:0:10:21:0:0 chr19 47774772 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.822;QD=53.908;RBI=0.023361;REFB=0;REVB=-0.0190483;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26322e-05;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr19 47813165 . G A 433.2 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1105;QD=55.8969;RBI=0.134715;REFB=0;REVB=0.0456606;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345081;OID=.;OPOS=47813165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:28:31:1:13:15:0:0:13:18:0:0 chr19 47823038 . G A 88.19 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6194;QD=39.194;RBI=0.0279183;REFB=0;REVB=0.00389093;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229815;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr19 47823484 . T C 618.86 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539086;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.039;QD=61.8863;RBI=0.0539101;REFB=0;REVB=0.00039569;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044169;OID=.;OPOS=47823484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr19 47823871 . G T 598.17 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305318;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1349;QD=61.3502;RBI=0.00969942;REFB=0;REVB=-0.00920635;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08497e-05;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr19 47858424 . G A 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0172258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.744;QD=16.8917;RBI=0.031549;REFB=-0.0156826;REVB=0.0264313;RO=45;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674674;STB=0.537833;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0160582;OID=.;OPOS=47858424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:19:18:25:20:19:18:25:20 chr19 47865911 . A G 194.28 PASS AF=0.42;AO=19;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00480297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.983;QD=15.5422;RBI=0.00585224;REFB=-0.0148087;REVB=0.00334367;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796412;STB=0.503813;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0214105;OID=.;OPOS=47865911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:29:19:21:0.42:9:10:14:13:10:11:15:14 chr19 47879279 . G A 556.19 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0223018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.977;QD=18.6955;RBI=0.0264009;REFB=-0.0244522;REVB=0.0141294;RO=61;SAF=33;SAR=25;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146881;STB=0.58126;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0267191;OID=.;OPOS=47879279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:25:33:25:36:25:33:25:36 chr19 47933257 . G A 149.14 PASS AF=0.447368;AO=15;DP=34;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0118554;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=176.034;QD=15.6988;RBI=0.0879811;REFB=-0.00872372;REVB=-0.0871787;RO=19;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888851;STB=0.569634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00739244;OID=.;OPOS=47933257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:38:19:21:15:17:0.447368:3:12:14:5:4:13:14:7 chr19 47935352 . T C 57.41 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.748;QD=28.7037;RBI=0.0389491;REFB=-0.157931;REVB=-0.0368383;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00509885;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:1:0:1:6:1:0 chr19 47980153 . G A 748.97 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00247384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.073;QD=51.6528;RBI=0.034145;REFB=-0.146974;REVB=0.0340553;RO=3;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532678;STB=0.528292;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00158479;OID=.;OPOS=47980153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:25:30:0:3:25:30:0:3 chr19 48182787 . C T 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2712;QD=62.0136;RBI=0.0531578;REFB=0;REVB=0.0365055;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21801e-05;OID=.;OPOS=48182787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr19 48182946 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.117;QD=35.5714;RBI=0.0694815;REFB=0;REVB=0.06365;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010607;OID=.;OPOS=48182946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 48183771 . C T 613.09 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0285071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.844;QD=53.3125;RBI=0.0346885;REFB=-0.121811;REVB=0.0197645;RO=3;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573815;STB=0.517811;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00476723;OID=.;OPOS=48183771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:3:4:42:42:0.913043:23:19:0:3:23:19:1:3 chr19 48183900 . C T 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.000346612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.16;QD=14.7656;RBI=0.0101239;REFB=-0.0174478;REVB=0.010118;RO=32;SAF=5;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375015;STB=0.724213;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0421093;OID=.;OPOS=48183900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:20:5:17:15:20:5:18:15 chr19 48198675 . A C,G 715.95 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=3,48;DP=51;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=2,35;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798574,0.0160104;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.0351,101.215;QD=56.1526;RBI=0.0183042,0.148837;REFB=0,0;REVB=-0.0164704,-0.147973;RO=0;SAF=3,34;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0212233,0.00202816;OID=.,.;OPOS=48198675,48198675;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:3,48:2,49:0.0392157,0.960784:0,14:3,34:0:0:0,14:2,35:0:0 chr19 48244194 . A G 221.84 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00533903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.896;QD=18.4868;RBI=0.0732175;REFB=-0.00827581;REVB=-0.0730226;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171306;STB=0.580576;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0118883;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:26:22:22:0.458333:9:13:19:6:9:13:19:7 chr19 48244569 . G A 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.132167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5817;QD=11.0932;RBI=0.139933;REFB=0.00128903;REVB=0.0459692;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.019006;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:4:2:3:2:4:2 chr19 48255804 . A G 126.38 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0208369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0217;QD=15.3182;RBI=0.0507927;REFB=-0.0654631;REVB=-0.0463219;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963035;STB=0.555481;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0602288;OID=.;OPOS=48255804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:9:9:9:6:9:9 chr19 48389425 . A G 1045.04 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.916;QD=59.7168;RBI=0.0334221;REFB=0;REVB=-0.0229802;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09955e-06;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:30:39:0:0:30:40:0:0 chr19 48484150 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0445488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5898;QD=14.6981;RBI=0.0472553;REFB=-0.00548397;REVB=-0.0157627;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216566;STB=0.626696;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00713321;OID=.;OPOS=48484150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:4:12:13:10:4:12:13:10 chr19 48495304 . G A 307.44 PASS AF=0.36;AO=35;DP=99;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0249462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4452;QD=12.2977;RBI=0.0386908;REFB=0.0297812;REVB=-0.0295748;RO=63;SAF=17;SAR=18;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602653;STB=0.519989;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.054709;OID=.;OPOS=48495304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:63:64:35:36:0.36:18:17:34:29:18:18:34:30 chr19 48495306 . C T 273.66 PASS AF=0.34;AO=33;DP=99;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00691606;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.501;QD=10.9465;RBI=0.029083;REFB=-0.010676;REVB=-0.0282487;RO=66;SAF=17;SAR=16;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174303;STB=0.519988;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0202299;OID=.;OPOS=48495306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:66:66:33:34:0.34:16:17:35:31:17:17:35:31 chr19 48519241 . C G 277.36 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00624943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.777;QD=20.5449;RBI=0.0321065;REFB=-0.0290026;REVB=-0.0314924;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143399;STB=0.588026;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0378975;OID=.;OPOS=48519241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:25:29:29:0.537037:16:13:15:9:16:13:16:9 chr19 48525507 . G A 247.7 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00363258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0333;QD=15.9806;RBI=0.0166101;REFB=-0.0069867;REVB=0.016208;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744622;STB=0.542827;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00430592;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:30:34:27:28:0.451613:15:12:11:19:16:12:12:22 chr19 48543862 . G A 757.94 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223444;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.121;QD=54.1388;RBI=0.0511953;REFB=-0.17432;REVB=0.0460618;RO=1;SAF=33;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140687;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00112639;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:56:1:1:54:55:0.982143:21:33:1:0:22:33:1:0 chr19 48598823 . A G 375.88 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.126;QD=55.6854;RBI=0.02399;REFB=0;REVB=0.0120255;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112334;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:18:9:0:0 chr19 48601454 . T C,G 1054.93 PASS AF=0.985915,0.0140845;AO=67,4;DP=71;FAO=70,1;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365197,-0.0834052;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=144.161,17.2199;QD=59.4326;RBI=0.0415644,0.0849559;REFB=0,0;REVB=0.0198474,0.0161578;RO=0;SAF=27,3;SAR=40,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000409798,0.0305153;OID=.,.;OPOS=48601454,48601454;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:71:71:0:0:67,4:70,1:0.985915,0.0140845:40,1:27,3:0:0:40,1:30,0:0:0 chr19 48602948 . T C 226.44 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990214;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.231;QD=50.3197;RBI=0.00990671;REFB=0;REVB=-0.00030086;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91645e-05;OID=.;OPOS=48602948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr19 48608598 . C G 197.45 PASS AF=0.4375;AO=19;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0289072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3722;QD=16.4542;RBI=0.0348059;REFB=-0.0732316;REVB=0.0193862;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166796;STB=0.578153;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0848811;OID=.;OPOS=48608598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:27:19:21:0.4375:6:13:12:11:6:15:16:11 chr19 48613788 . T G 113.41 PASS AF=0.128713;AO=26;DP=205;FAO=26;FDP=202;FR=.;FRO=176;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=112;FSRR=64;FWDB=-0.0282628;FXX=0.0146334;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.689;QD=2.24564;RBI=0.0293902;REFB=-0.00570877;REVB=0.00806191;RO=171;SAF=3;SAR=23;SRF=114;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.635019;STB=0.909906;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0403382;OID=.;OPOS=48613788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:202:171:176:26:26:0.128713:23:3:114:57:23:3:112:64 chr19 48621036 . C G 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0260137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.666;QD=20.7385;RBI=0.026074;REFB=-0.0202666;REVB=-0.00177196;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352089;STB=0.696009;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0212539;OID=.;OPOS=48621036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:2:14:8:10:2:14 chr19 48622375 . C T 557.39 PASS AF=0.402516;AO=64;DP=163;FAO=64;FDP=159;FR=.;FRO=95;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=35;FWDB=-0.00474118;FXX=0.0245384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.258;QD=14.0223;RBI=0.01288;REFB=-0.0219769;REVB=-0.0119756;RO=95;SAF=34;SAR=30;SRF=60;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107998;STB=0.560618;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0292388;OID=.;OPOS=48622375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:159:95:95:64:64:0.402516:30:34:60:35:30:34:60:35 chr19 48622427 . A G 2765.74 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.086704;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8552;QD=62.1515;RBI=0.0902936;REFB=0;REVB=0.0252062;RO=0;SAF=81;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727391;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:178:0:0:175:178:1:94:81:0:0:95:83:0:0 chr19 48654553 . G T 687.5 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0751;QD=62.5003;RBI=0.0334797;REFB=0;REVB=-0.0111396;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000646169;OID=.;OPOS=48654553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr19 48668795 . G A 312.07 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0277885;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9583;QD=29.0299;RBI=0.0604516;REFB=-0.0195435;REVB=-0.0536861;RO=16;SAF=20;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143957;STB=0.579648;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00902653;OID=.;OPOS=48668795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:16:16:27:27:0.627907:7:20:9:7:7:20:9:7 chr19 48668830 . G A 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00675529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.484;QD=17.9912;RBI=0.0239852;REFB=-0.00182823;REVB=0.0230143;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203458;STB=0.612987;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00144126;OID=.;OPOS=48668830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:13:16:23:7:13:16:23:7 chr19 48685877 . G A 306.97 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00662929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.015;QD=22.7384;RBI=0.0270341;REFB=-0.0215346;REVB=-0.0262087;RO=22;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138348;STB=0.566624;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0133548;OID=.;OPOS=48685877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:23:31:31:0.574074:14:17:8:14:14:17:9:14 chr19 48715153 . T C 240.46 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0113536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1691;QD=21.374;RBI=0.0174151;REFB=0.00461407;REVB=-0.0132054;RO=22;SAF=4;SAR=19;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118568;STB=0.506661;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00499856;OID=.;OPOS=48715153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:19:4:4:18:19:4:4:18 chr19 48734214 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.035925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.475;QD=18.4438;RBI=0.0369919;REFB=0.00376924;REVB=0.0088203;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283331;STB=0.660123;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00285552;OID=.;OPOS=48734214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:8:1:5:6:8:1 chr19 48737706 . A T 162.26 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0298091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.919;QD=12.0194;RBI=0.0298817;REFB=-0.0138667;REVB=0.0020824;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132265;STB=0.507685;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0205608;OID=.;OPOS=48737706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:12:8:14:20:12:8:14:20 chr19 48800338 . A G 2315.45 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253544;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.136;QD=63.4371;RBI=0.0030542;REFB=0;REVB=-0.00170285;RO=0;SAF=58;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306079;OID=.;OPOS=48800338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:146:0:0:143:146:1:85:58:0:0:86:60:0:0 chr19 48800914 . GG AG,CA 288.26 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=19,2;DP=22;FAO=21,1;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213572,-0.00186292;FXX=0.0434594;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=252.222,220.846;QD=52.4105;RBI=0.00247915,0.00269122;REFB=0,0;REVB=-0.00125891,-0.00194222;RO=0;SAF=2,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.41729e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000110325,0.0136634;OID=.,.;OPOS=48800914,48800914;OREF=G,GG;OALT=A,CA;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:22:22:0:0:19,2:21,1:0.954545,0.0454545:17,2:2,0:0:0:19,1:2,0:0:0 chr19 48823545 . G A 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.516;QD=57.8825;RBI=0.015007;REFB=0;REVB=-0.00477802;RO=0;SAF=44;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12187e-05;OID=.;OPOS=48823545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:16:44:0:0:16:44:0:0 chr19 48836673 . G T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.351;QD=37.4859;RBI=0.0902067;REFB=0;REVB=0.0136544;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199734;OID=.;OPOS=48836673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr19 48863386 . C T 756.87 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0516954;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.442;QD=61.7851;RBI=0.0519991;REFB=-0.0812205;REVB=0.00561215;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171068;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000830818;OID=.;OPOS=48863386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:27:21:0:1:27:21:0:1 chr19 48866687 . CGGGGGGGC CCGGGGGGC,CGGGGG,CGGGGGGC 111.51 PASS AF=0,0.15,0.8;AO=7,3,5;DP=20;FAO=0,3,16;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=0,2,5;FSAR=0,1,11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00981453,0.0900416,0.182784;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,3,1;MLLD=10.8543,20.8687,9.13962;QD=22.3021;RBI=0.128748,0.0958161,0.250594;REFB=0.0773597,0.0835091,0.0988541;REVB=0.128373,0.0327604,0.171428;RO=2;SAF=1,2,3;SAR=6,1,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.223089,0.111102,0.0491618;STB=0.5,0.665547,0.521712;STBP=1,0.558,0.61;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0925305,0.0266897;OID=.,.,.;OPOS=48866688,48866693,48866688;OREF=G,GGC,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCGGGGGGC,CGGGGG,CGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.15,0.8:7,3,5:20:0,3,16:20:1:0,2,5:0,1,11:0:1:15:2:1,2,3:6,1,2:1:1 chr19 48908395 . GCC GC,GCT 66.82 PASS AF=0.363636,0;AO=8,2;DP=36;FAO=12,0;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=2,0;FSAR=10,0;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.216843,0.0367478;FXX=0.0833102;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.2796,142.66;QD=8.09973;RBI=0.269214,0.113194;REFB=-0.0513242,-0.00696836;REVB=-0.159546,-0.107063;RO=18;SAF=2,0;SAR=6,2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.497058,-0.631566;STB=0.856586,0.5;STBP=0.006,1;TYPE=del,snp;VARB=0.103241,0.151807;OID=.,.;OPOS=48908396,48908397;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0:8,2:36:12,0:33:21:2,0:10,0:16:5:62:18:2,0:6,2:13:5 chr19 48949286 . G T 414.95 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170148;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.023;QD=57.2338;RBI=0.0479945;REFB=0;REVB=0.0448773;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823184;OID=.;OPOS=48949286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr19 48954395 . C T 455.13 PASS AF=0.409449;AO=51;DP=126;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00800255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.347;QD=14.3348;RBI=0.0141033;REFB=-0.0142456;REVB=0.011613;RO=75;SAF=25;SAR=26;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314393;STB=0.523152;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0241895;OID=.;OPOS=48954395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:75:75:51:52:0.409449:26:25:39:36:27:25:39:36 chr19 48985178 . TA T 1780.15 PASS AF=1;AO=144;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124077;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.2622;QD=48.4395;RBI=0.0922205;REFB=0;REVB=-0.091382;RO=0;SAF=61;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0006841;OID=.;OPOS=48985179;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:144:148:147:147:0:62:85:0:0:32:0:61:83:0:0 chr19 48994750 . TC T 30.71 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0589292;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.83595;QD=4.09434;RBI=0.117761;REFB=-0.0749232;REVB=-0.101956;RO=13;SAF=9;SAR=1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.315789;SSSB=0.349847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0871453;OID=.;OPOS=48994751;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:10:29:10:30:20:8:2:16:4:30:13:9:1:9:4 chr19 48994765 . G C 34.61 PASS AF=0.142857;AO=4;DP=28;FAO=4;FDP=28;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.108709;FXX=0.0344709;HRUN=8;LEN=1;MLLD=20.0111;QD=4.94422;RBI=0.108749;REFB=-0.0348865;REVB=0.00293606;RO=9;SAF=2;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175958;STB=0.759051;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.09464;OID=.;OPOS=48994765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:28:28:9:21:4:4:0.142857:2:2:6:3:2:2:17:4 chr19 49106995 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0141351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.3475;QD=10.6338;RBI=0.0296757;REFB=-0.0116072;REVB=-0.026093;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399995;STB=0.776954;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.025209;OID=.;OPOS=49106995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:12:13:8:8:0.380952:1:7:7:5:1:7:7:6 chr19 49116359 . T C 93.76 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0176644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2393;QD=10.1362;RBI=0.0702654;REFB=-0.0128925;REVB=-0.0680088;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267325;STB=0.516102;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0268447;OID=.;OPOS=49116359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:7:5:11:14:7:5:11:14 chr19 49116438 . A G 90.73 PASS AF=0.216667;AO=12;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.129326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0236;QD=6.04851;RBI=0.130946;REFB=-0.00603297;REVB=0.0205363;RO=39;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419383;STB=0.699715;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0188109;OID=.;OPOS=49116438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:60:60:39:46:12:13:0.216667:5:7:9:30:5:8:16:30 chr19 49116555 . A G 464.68 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.12401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8775;QD=54.6687;RBI=0.129039;REFB=-0.0470353;REVB=-0.0356729;RO=1;SAF=7;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620845;STB=0.533312;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00126927;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:25:7:1:0:26:7:1:0 chr19 49129255 . G A 183.09 PASS AF=0.62069;AO=14;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0208727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7284;QD=25.2534;RBI=0.0273514;REFB=-0.0177876;REVB=0.0176757;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798372;STB=0.503872;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0124724;OID=.;OPOS=49129255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:14:18:0.62069:9:5:5:6:10:8:5:6 chr19 49173879 . G T 342.84 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0103755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.659;QD=21.4274;RBI=0.0988026;REFB=-0.00931645;REVB=0.0982563;RO=28;SAF=24;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710331;STB=0.533314;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0132261;OID=.;OPOS=49173879;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:35:35:0.546875:11:24:17:11:11:24:18:11 chr19 49183705 . G A 122.24 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00901807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4142;QD=15.7729;RBI=0.0198575;REFB=-0.0209725;REVB=-0.0176916;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352603;STB=0.713372;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0223621;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:5:9:4:12:5:9:4:13 chr19 49206603 . C T 456.73 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7901;QD=55.3615;RBI=0.087166;REFB=-0.116256;REVB=0.0599586;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00729049;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:33:0:0:27:33:1:17:10:0:0:22:11:0:0 chr19 49206631 . A T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00552402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.673;QD=21.5111;RBI=0.024222;REFB=-0.011739;REVB=0.0235837;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126672;STB=0.571359;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.01083;OID=.;OPOS=49206631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:14:7:9:10:14:7:9:10 chr19 49217261 . A G 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.421;QD=60.6025;RBI=0.047701;REFB=0;REVB=-0.0439686;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171208;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr19 49217305 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.555;QD=63.583;RBI=0.0432339;REFB=0;REVB=0.0413146;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77864e-05;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr19 49244219 . CG AA 924.54 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946216;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=2;MLLD=235.754;QD=58.7007;RBI=0.0405217;REFB=0;REVB=0.0394015;RO=0;SAF=55;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00054432;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:8:55:0:0:8:55:0:0 chr19 49247786 . G A 650.97 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.806;QD=61.9974;RBI=0.0589351;REFB=0;REVB=0.0513447;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021743;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr19 49259529 . A G 1439.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.369;QD=62.5835;RBI=0.0469222;REFB=0;REVB=0.0197415;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27654e-05;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:37:52:0:0:37:55:0:0 chr19 49261368 . T C 87.18 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.224;QD=38.7465;RBI=0.0377186;REFB=0;REVB=0.0370813;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295476;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:5:4:0:0 chr19 49299533 . A G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00493969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.226;QD=15.1663;RBI=0.00867562;REFB=-0.0283579;REVB=0.00713203;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195363;STB=0.610927;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0404864;OID=.;OPOS=49299533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:10:13:11:19:10:13:11:19 chr19 49416456 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00523799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.171;QD=42.1826;RBI=0.0227155;REFB=0;REVB=0.0221033;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66768e-05;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr19 49421966 . T C 357.98 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00993348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.56;QD=49.3761;RBI=0.0100863;REFB=-0.0374798;REVB=0.00174908;RO=2;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842653;STB=0.54542;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000112516;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:10:17:0:2:10:17:0:2 chr19 49438363 . G A 862.91 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.18;QD=57.5276;RBI=0.0439526;REFB=0;REVB=0.0292079;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9972e-05;OID=.;OPOS=49438363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:36:21:0:0:39:21:0:0 chr19 49442933 . T C 164.99 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.000533217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.614;QD=14.0419;RBI=0.0140567;REFB=0.00146852;REVB=-0.0140466;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708143;STB=0.54094;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00160441;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:12:6:8:21:12:6:8:21 chr19 49445774 . C T 315.04 PASS AF=0.492754;AO=31;DP=67;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.131722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3601;QD=18.2629;RBI=0.133491;REFB=-0.0306381;REVB=-0.0216598;RO=35;SAF=7;SAR=24;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041151;STB=0.522999;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0313561;OID=.;OPOS=49445774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:35:35:31:34:0.492754:24:7:9:26:24:10:9:26 chr19 49445817 . T C 146.67 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0576841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.614;QD=16.2964;RBI=0.0637751;REFB=-0.0301238;REVB=0.0271995;RO=19;SAF=1;SAR=15;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358934;STB=0.707209;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0231221;OID=.;OPOS=49445817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:15:1:4:15:15:1:4:16 chr19 49447713 . G A 125.72 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00945566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.219;QD=10.6999;RBI=0.0095136;REFB=-0.00042241;REVB=-0.00104841;RO=30;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313228;STB=0.689289;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0030141;OID=.;OPOS=49447713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:30:32:15:15:0.319149:4:11:14:16:4:11:15:17 chr19 49547432 . A G 39.21 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=24;FWDB=-0.0233616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.268;QD=1.88978;RBI=0.097285;REFB=-0.0156489;REVB=-0.0944383;RO=69;SAF=5;SAR=4;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159539;STB=0.610882;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.081109;OID=.;OPOS=49547432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:78:83:69:74:9:9:0.108434:4:5:47:22:4:5:50:24 chr19 49547446 . G C 36.45 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=91;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=29;FWDB=-0.0109004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.156;QD=1.5848;RBI=0.0602562;REFB=-0.00140284;REVB=-0.059262;RO=82;SAF=5;SAR=4;SRF=54;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126402;STB=0.588342;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0065156;OID=.;OPOS=49547446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:92:82:83:9:9:0.0978261:4:5:54:28:4:5:54:29 chr19 49559518 . C G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0387482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0968;QD=15.2576;RBI=0.0391589;REFB=-0.0169175;REVB=-0.00565644;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183473;STB=0.60839;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0109681;OID=.;OPOS=49559518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:2:4:3:4:2:4 chr19 49559693 . T C 76.92 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00181861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.4171;QD=17.0927;RBI=0.0195875;REFB=-0.00971913;REVB=-0.0195029;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186168;STB=0.5998;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00688498;OID=.;OPOS=49559693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:7:8:9:10:0.555556:3:6:3:4:4:6:3:5 chr19 49560461 . G A 132.43 PASS AF=0.652174;AO=13;DP=21;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0867189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5789;QD=23.0313;RBI=0.0895306;REFB=-0.0876036;REVB=0.022261;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19275;STB=0.576372;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0243041;OID=.;OPOS=49560461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:21:23:8:8:13:15:0.652174:6:7:2:6:8:7:2:6 chr19 49573438 . A G 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.00570588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8134;QD=17.9545;RBI=0.0236369;REFB=-0.00339541;REVB=0.0229379;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177849;STB=0.599891;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00295455;OID=.;OPOS=49573438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:2:15:12:4:2:15 chr19 49574125 . G C 202.13 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0838329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7074;QD=21.8518;RBI=0.0867008;REFB=-0.0301941;REVB=0.0221148;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100231;STB=0.51779;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0293078;OID=.;OPOS=49574125;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:17:20:20:0.540541:9:11:9:7:9:11:10:7 chr19 49621964 . T C 119.89 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0147499;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.251;QD=11.6969;RBI=0.048033;REFB=-0.0241187;REVB=0.0457123;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114311;STB=0.585247;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0396363;OID=.;OPOS=49621964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:27:13:14:0.341463:6:7:16:9:7:7:17:10 chr19 49839015 . T C 227.22 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689858;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.698;QD=50.4941;RBI=0.0206892;REFB=0;REVB=0.0195052;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197245;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr19 49869051 . T G 410.58 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.236;QD=56.6319;RBI=0.0498095;REFB=0;REVB=-0.0101941;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403185;OID=.;OPOS=49869051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:16:13:0:0 chr19 49878115 . G A 945.37 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00620118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.958;QD=56.4398;RBI=0.0403037;REFB=-0.110465;REVB=0.0398237;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149923;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000327181;OID=.;OPOS=49878115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:1:1:64:66:0.985075:31:33:0:1:31:35:0:1 chr19 49878196 . G A 137.46 PASS AF=0.309091;AO=9;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0031345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.704;QD=9.99714;RBI=0.0566322;REFB=-0.02489;REVB=0.0565454;RO=36;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268792;STB=0.557534;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0475826;OID=.;OPOS=49878196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:37:9:17:0.309091:3:6:16:20:11:6:16:21 chr19 49894152 . C T 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.385;QD=61.3746;RBI=0.0502079;REFB=0;REVB=0.0208718;RO=0;SAF=26;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70432e-05;OID=.;OPOS=49894152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:54:26:0:0:54:26:0:0 chr19 49899076 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.862;QD=59.8388;RBI=0.0181119;REFB=0;REVB=0.0141685;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44916e-05;OID=.;OPOS=49899076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr19 49901318 . T C 582.33 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.905;QD=58.2334;RBI=0.0533948;REFB=-0.0486047;REVB=-0.043756;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00278323;OID=.;OPOS=49901318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:16:23:1:0:16:23:1:0 chr19 49930721 . T C 1020.23 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.352;QD=59.1439;RBI=0.033148;REFB=0;REVB=0.0145547;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140883;OID=.;OPOS=49930721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:44:24:0:0:45:24:0:0 chr19 49932762 . G T 536.12 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5501;QD=59.5688;RBI=0.0155989;REFB=0;REVB=0.0077608;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107664;OID=.;OPOS=49932762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:11:24:0:0:11:25:0:0 chr19 49933862 . C G 50.98 PASS AF=0.3;AO=3;DP=12;FAO=3;FDP=10;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=3;FSAF=3;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0265332;FXX=0.0908265;HRUN=5;LEN=1;MLLD=21.691;QD=20.3928;RBI=0.0265332;REFB=-0.00366395;REVB=0;RO=4;SAF=3;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.170768;OID=.;OPOS=49933862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:12:10:4:3:3:3:0.3:0:3:4:0:0:3:3:0 chr19 49950298 . C T 187.98 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00316885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3181;QD=8.95164;RBI=0.0159077;REFB=-0.00203486;REVB=-0.0155889;RO=58;SAF=18;SAR=7;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292543;STB=0.679772;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0114196;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:59:25:25:0.297619:7:18:28:30:7:18:28:31 chr19 49950356 . C G 104.23 PASS AF=0.253968;AO=14;DP=59;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0367215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9138;QD=6.61759;RBI=0.119413;REFB=-0.0134431;REVB=-0.113626;RO=44;SAF=10;SAR=4;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271255;STB=0.666455;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0741635;OID=.;OPOS=49950356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:44:47:14:16:0.253968:4:10:22:22:5:11:22:25 chr19 49954803 . C T 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0176235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.141;QD=20.0721;RBI=0.0176327;REFB=-0.023375;REVB=0.000568698;RO=31;SAF=15;SAR=19;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19362;STB=0.606715;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0212186;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:19:15:7:24:19:15:7:24 chr19 49954807 . T G 297.26 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.00668929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.411;QD=18.2929;RBI=0.0110803;REFB=-0.00180808;REVB=0.00883328;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186021;STB=0.603146;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00529084;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:18:14:8:25:18:14:8:25 chr19 49964977 . C G 237.16 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0331481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.426;QD=19.7636;RBI=0.0333102;REFB=-0.0170252;REVB=-0.00328186;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560942;STB=0.519983;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.015825;OID=.;OPOS=49964977;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:11:12:14:10:11:12:14:11 chr19 49967680 . G A 192.89 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0661321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1104;QD=13.778;RBI=0.067307;REFB=0.0120573;REVB=0.0125213;RO=33;SAF=17;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283949;STB=0.663686;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0187462;OID=.;OPOS=49967680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:6:17:16:17:6:17:16:17 chr19 50038017 . C T 74.71 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=28;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00565392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.173;QD=10.6729;RBI=0.0112918;REFB=-0.0191355;REVB=0.00977434;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124658;STB=0.63608;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0347822;OID=.;OPOS=50038017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:30:28:9:18:10:10:0.357143:8:2:1:8:7:3:9:9 chr19 50045864 . A G 146.37 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0262395;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.39;QD=15.8241;RBI=0.0320108;REFB=-0.0172882;REVB=-0.0183351;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31842;STB=0.695395;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0258123;OID=.;OPOS=50045864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:21:16:16:0.432432:4:12:10:12:4:12:9:12 chr19 50098071 . G GT 185.61 PASS AF=0.625;AO=4;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0543247;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.613;QD=23.2016;RBI=0.0547994;REFB=-0.0421806;REVB=0.00719739;RO=26;SAF=0;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.608689;STB=0.67223;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0149566;OID=.;OPOS=50098072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:4:32:20:32:12:5:15:8:4:92:26:0:4:12:14 chr19 50098072 . C T 148.8 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0496145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.403;QD=18.5993;RBI=0.0516146;REFB=-0.0577199;REVB=0.0142292;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176129;STB=0.600709;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.030166;OID=.;OPOS=50098072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:8:8:11:5:8:8 chr19 50155907 . CG GC 31.2 PASS AF=0.139535;AO=3;DP=41;FAO=6;FDP=43;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=37;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.034655;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.746;QD=2.90274;RBI=0.136258;REFB=-0.00288051;REVB=-0.131778;RO=17;SAF=2;SAR=1;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13333;STB=0.781582;STBP=0.193;TYPE=mnp;VARB=0.122637;OID=.;OPOS=50155907;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:41:43:17:37:3:6:0.139535:1:2:13:4:5:1:17:20 chr19 50156896 . T C 385.68 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0347023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.995;QD=48.2096;RBI=0.0586591;REFB=0.0169967;REVB=-0.0472932;RO=3;SAF=18;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851881;STB=0.504584;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00329024;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:11:18:2:1:11:18:2:1 chr19 50162909 . C G 533.07 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00741173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.215;QD=23.1769;RBI=0.0161383;REFB=-0.0160016;REVB=-0.0143357;RO=42;SAF=21;SAR=29;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274444;STB=0.515092;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0134006;OID=.;OPOS=50162909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:29:21:19:23:29:21:19:23 chr19 50185351 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0254791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.452;QD=13.4416;RBI=0.0254897;REFB=-0.000564382;REVB=-0.000734131;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167732;STB=0.636061;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00114749;OID=.;OPOS=50185351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:2:8:8:4:2:8:8:5 chr19 50248501 . T C 240.44 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00115353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.777;QD=21.3727;RBI=0.0180078;REFB=-0.0175903;REVB=-0.0179708;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596026;STB=0.54145;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0194884;OID=.;OPOS=50248501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:8:15:15:6:8:15:16:6 chr19 50249905 . T C 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00469814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8323;QD=20.0173;RBI=0.0275119;REFB=0.00328016;REVB=0.0271078;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301636;STB=0.678832;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00375488;OID=.;OPOS=50249905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:10:8:13:3:10:8:14:3 chr19 50250401 . C T 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0271759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.27;QD=14.8505;RBI=0.0271823;REFB=-0.0185973;REVB=-0.000590311;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266677;STB=0.515402;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0300725;OID=.;OPOS=50250401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:16:13:9:10:16:13 chr19 50306198 . G T 129.85 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=53;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0102133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.809;QD=9.61857;RBI=0.0327631;REFB=-0.0151048;REVB=0.0311305;RO=35;SAF=7;SAR=8;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320871;STB=0.697018;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0494246;OID=.;OPOS=50306198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:35:36:15:18:0.333333:8:7:26:9:10:8:27:9 chr19 50333767 . GGT G 65.93 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.123411;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=26.199;QD=11.4666;RBI=0.212854;REFB=-0.090989;REVB=-0.173426;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=9;SSEN=0.241135;SSEP=0;SSSB=0.643365;STB=0.891081;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.100564;OID=.;OPOS=50333768;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:10:23:10:23:13:9:1:3:10:65:12:9:1:3:9 chr19 50383591 . A G 826.65 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.401;QD=55.1098;RBI=0.017509;REFB=-0.104036;REVB=0.0136131;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.511107;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00271797;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:60:0:1:58:59:0.983333:37:21:0:0:37:22:1:0 chr19 50383636 . T C 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0462717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.147;QD=17.4545;RBI=0.0462774;REFB=-0.0291684;REVB=0.000723195;RO=29;SAF=5;SAR=22;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368252;STB=0.709503;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0374312;OID=.;OPOS=50383636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:22:5:15:14:22:5:15:14 chr19 50387759 . C T 214.15 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0171207;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.787;QD=12.5972;RBI=0.0318239;REFB=-0.0176802;REVB=-0.0268261;RO=42;SAF=11;SAR=15;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330411;STB=0.687641;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0488721;OID=.;OPOS=50387759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:42:42:26:26:0.382353:15:11:31:11:15:11:31:11 chr19 50399384 . GCCCCTC CGCCCTC,GCCCCCT,GCCCCCTC 160.66 PASS AF=0.0265487,0,0.309735;AO=7,5,25;DP=114;FAO=3,0,35;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=3,0,23;FSAR=0,0,12;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.0206177,-0.0710947,0.0406419;FXX=0;HRUN=1,1,4;LEN=2,2,1;MLLD=87.361,18.2123,12.1125;QD=5.68727;RBI=0.0277733,0.0714125,0.047578;REFB=0.00275615,0.00987566,0.00699886;REVB=-0.0186083,0.00673035,0.0247367;RO=60;SAF=7,5,14;SAR=0,0,11;SRF=36;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.586171,0.513266,-0.0486852;STB=0.995589,0.5,0.502875;STBP=0.154,1,0.973;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0.142012,0,0.0459065;OID=.,.,.;OPOS=50399384,50399389,50399385;OREF=GC,TC,-;OALT=CG,CT,C;OMAPALT=CGCCCTC,GCCCCCT,GCCCCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:114:113:60:75:7,5,25:3,0,35:0.0265487,0,0.309735:0,0,11:7,5,14:36:24:0,0,12:3,0,23:49:26 chr19 50411742 . A G 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.389;QD=57.1956;RBI=0.0106642;REFB=0;REVB=0.00881207;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36191e-05;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr19 50412417 . G A 267.21 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0432917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0234;QD=42.7532;RBI=0.0460455;REFB=-0.0477572;REVB=0.015685;RO=3;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368142;STB=0.519982;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00271362;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:11:11:1:2:11:11:1:2 chr19 50455180 . C T 191.18 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7515;QD=47.7957;RBI=0.026743;REFB=0;REVB=0.010969;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000549166;OID=.;OPOS=50455180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr19 50464023 . C G 397.48 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0332188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0775;QD=23.7301;RBI=0.0335999;REFB=-0.0123761;REVB=-0.0050461;RO=25;SAF=24;SAR=15;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493572;STB=0.544532;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0104741;OID=.;OPOS=50464023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:28:39:39:0.58209:15:24:17:8:15:24:20:8 chr19 50474571 . A G 96.81 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0170596;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7945;QD=11.0644;RBI=0.108891;REFB=-0.0405057;REVB=-0.107546;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441039;STB=0.640819;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0215325;OID=.;OPOS=50474571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:36:35:19:23:12:12:0.342857:7:5:1:18:7:5:5:18 chr19 50475114 . G C 556.83 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7041;QD=60.1982;RBI=0.0641346;REFB=0;REVB=0.0172579;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000734734;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr19 50484234 . G A 815.2 PASS AF=0.442786;AO=89;DP=202;FAO=89;FDP=201;FR=.;FRO=112;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=0.0637602;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7724;QD=16.2229;RBI=0.0779338;REFB=-0.0346374;REVB=0.0448141;RO=106;SAF=38;SAR=51;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351485;STB=0.521112;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0481022;OID=.;OPOS=50484234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:106:112:89:89:0.442786:51:38:49:57:51:38:52:60 chr19 50485454 . A G 187.25 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0560348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.41;QD=14.6865;RBI=0.0643759;REFB=-0.00663132;REVB=-0.0316917;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925042;STB=0.553022;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0199211;OID=.;OPOS=50485454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:13:17:10:11:13:17 chr19 50510989 . ACAG ACCC 116.63 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0170563;FXX=0.112486;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.628;QD=6.57061;RBI=0.0196808;REFB=-0.000939492;REVB=0.00981922;RO=39;SAF=11;SAR=3;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10976;STB=0.641687;STBP=0.268;TYPE=mnp;VARB=0.00455076;OID=.;OPOS=50510991;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=ACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197183:14:66:14:71:53:11:3:34:19:89:39:11:3:28:11 chr19 50510999 . TT AC 46.4 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.00873856;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=2;MLLD=243.924;QD=2.2634;RBI=0.0366221;REFB=-0.00511878;REVB=-0.0355642;RO=61;SAF=8;SAR=2;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291594;STB=0.685978;STBP=0.268;TYPE=mnp;VARB=0.0560904;OID=.;OPOS=50510999;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:73:82:61:72:10:10:0.121951:2:8:36:25:2:8:45:27 chr19 50562372 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.949;QD=57.6789;RBI=0.0549503;REFB=0;REVB=0.0350533;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168366;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr19 50562459 . T G 1032.49 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162151;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3567;QD=58.1685;RBI=0.0243928;REFB=-0.143315;REVB=0.018223;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00180631;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:37:33:0:0:37:33:0:1 chr19 50726570 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0279323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.714;QD=10.379;RBI=0.0280811;REFB=0.00119301;REVB=-0.00288685;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189101;STB=0.613789;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0048015;OID=.;OPOS=50726570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:6:10:4:5:6:10 chr19 50760716 . C G 429.2 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.032;QD=57.2267;RBI=0.0512178;REFB=0;REVB=-0.016059;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208146;OID=.;OPOS=50760716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:12:17:0:0:12:18:0:0 chr19 50762418 . A G 114.04 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0131439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.385;QD=18.2459;RBI=0.112721;REFB=0.0227347;REVB=-0.111952;RO=9;SAF=10;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412271;STB=0.689341;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0177602;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:25:9:12:13:13:0.52:3:10:2:7:3:10:5:7 chr19 50771609 . G A 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0570104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7344;QD=13.4541;RBI=0.0610736;REFB=-0.0176388;REVB=0.0219042;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119577;STB=0.507029;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0238683;OID=.;OPOS=50771609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:7:8:6:5:7:8 chr19 50796905 . G A 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00894951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.083;QD=10.3803;RBI=0.0113183;REFB=-0.0114805;REVB=0.006929;RO=36;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313731;STB=0.518498;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0272528;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:9:9:17:19:9:9:17:19 chr19 50863023 . A G 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0172134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.968;QD=14.8515;RBI=0.0199377;REFB=-0.0118488;REVB=-0.0100603;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45401;STB=0.752428;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0235009;OID=.;OPOS=50863023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:14:5:20:8:14:5:20:9 chr19 50865535 . A G 74.21 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0436647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.135;QD=10.2363;RBI=0.0447899;REFB=-0.0134973;REVB=0.00997621;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144092;STB=0.587603;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0255065;OID=.;OPOS=50865535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:8:11:7:3:8:11 chr19 50881066 . G T 83.78 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.01427;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.064;QD=9.05748;RBI=0.0146916;REFB=-0.0101379;REVB=0.0034942;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331235;STB=0.713955;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0157099;OID=.;OPOS=50881066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:37:24:26:11:11:0.297297:5:6:6:18:5:6:6:20 chr19 50926264 . T C 256.93 PASS AF=0.47619;AO=28;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0168875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.044;QD=16.3127;RBI=0.021474;REFB=-0.029737;REVB=-0.0132645;RO=31;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13505;STB=0.587245;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0281365;OID=.;OPOS=50926264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:33:28:30:0.47619:15:13:10:21:15:15:11:22 chr19 50954584 . C T 237.13 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.021745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.91;QD=19.761;RBI=0.0232161;REFB=-0.0325335;REVB=0.00813291;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19247;STB=0.608601;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0406172;OID=.;OPOS=50954584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:9:14:10:15:9:14:10:15 chr19 50957397 . G A 359.57 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00121747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.04;QD=17.3285;RBI=0.0262117;REFB=0.00665269;REVB=0.0261834;RO=44;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623844;STB=0.540209;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00595874;OID=.;OPOS=50957397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:20:18:18:26:20:18:18:27 chr19 50965272 . T C 286.67 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.11015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.317;QD=30.9913;RBI=0.111192;REFB=-0.00246551;REVB=0.0151927;RO=12;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060624;STB=0.533306;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.000254492;OID=.;OPOS=50965272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:15:10:6:6:15:10:6:6 chr19 50967640 . G A 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00383182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.815;QD=15.7817;RBI=0.0263506;REFB=0.0508604;REVB=0.0260705;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510947;STB=0.542797;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0334476;OID=.;OPOS=50967640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:6:8:10:6:6:8:11:6 chr19 50983930 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0054917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.243;QD=19.9275;RBI=0.00558845;REFB=-0.0121236;REVB=0.00103535;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324761;STB=0.551636;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0192071;OID=.;OPOS=50983930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:4:8:5:3:4:8:5:4 chr19 51128661 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.577;QD=53.2754;RBI=0.0342398;REFB=0;REVB=0.0335916;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241611;OID=.;OPOS=51128661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr19 51133356 . C G 40.32 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0505862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7195;QD=14.6618;RBI=0.0532939;REFB=0.00364069;REVB=0.0167713;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0122384;OID=.;OPOS=51133356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:2:3:4:2:2:3 chr19 51159571 . T G 262.64 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0141163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.705;QD=40.406;RBI=0.0205352;REFB=-0.0685364;REVB=-0.0149138;RO=3;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470118;STB=0.507036;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00675158;OID=.;OPOS=51159571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:26:3:4:22:22:0.846154:12:10:2:1:12:10:2:2 chr19 51170706 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6798;QD=42.1801;RBI=0.00731797;REFB=0;REVB=0.00116733;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192012;OID=.;OPOS=51170706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr19 51228634 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.02303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.531;QD=10.0339;RBI=0.0317746;REFB=-0.0118321;REVB=0.0218917;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090044;STB=0.555348;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.013792;OID=.;OPOS=51228634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:1:6:4:1:1:6 chr19 51274851 . A C 49.24 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0173489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2724;QD=3.22894;RBI=0.0266912;REFB=-0.00372409;REVB=0.0202839;RO=52;SAF=4;SAR=5;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231113;STB=0.658035;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0236065;OID=.;OPOS=51274851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:52:52:9:9:0.147541:5:4:33:19:5:4:33:19 chr19 51298088 . GC G 31.11 PASS AF=0.321429;AO=10;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.114634;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.5688;QD=4.4448;RBI=0.143279;REFB=-0.101988;REVB=-0.085953;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.352651;SSSB=0.00737803;STB=0.555438;STBP=0.724;TYPE=del;VARB=0.147622;OID=.;OPOS=51298089;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:10:28:9:28:19:3:6:5:14:31:17:3:7:5:12 chr19 51326962 . TCCCCCCCA TCCCCCCA,TCCCCCCAC 47.23 PASS AF=0.171779,0;AO=42,7;DP=167;FAO=28,0;FDP=163;FR=.;FRO=135;FSAF=12,0;FSAR=16,0;FSRF=74;FSRR=61;FWDB=-0.00317066,-0.0593589;FXX=0.0355009;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.38314,44.585;QD=1.15912;RBI=0.0314481,0.0737708;REFB=-0.151217,-0.0251272;REVB=-0.0312879,-0.0438023;RO=97;SAF=15,6;SAR=27,1;SRF=52;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.215415,0.352625;STB=0.598191,0.5;STBP=0.277,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.156942,0.0364803;OID=.,.;OPOS=51326963,51326969;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=TCCCCCCA,TCCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171779,0:42,7:167:28,0:163:135:12,0:16,0:74:61:48:97:15,6:27,1:52:45 chr19 51330932 . G T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00772182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.957;QD=15.9168;RBI=0.00798315;REFB=-0.0334381;REVB=0.00202591;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783935;STB=0.545384;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0332259;OID=.;OPOS=51330932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:8:7:5:8:8:7 chr19 51359497 . T C 204.49 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0487118;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1938;QD=15.7298;RBI=0.0501553;REFB=-0.00960241;REVB=-0.011946;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223328;STB=0.657294;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0135156;OID=.;OPOS=51359497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:29:23:23:0.442308:13:10:17:8:13:10:21:8 chr19 51359503 . A G 233.45 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0171703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.389;QD=16.9783;RBI=0.0201485;REFB=-0.0480638;REVB=-0.0105424;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219583;STB=0.618096;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.043592;OID=.;OPOS=51359503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:25:26:0.472727:12:13:21:7:13:13:21:8 chr19 51379893 . C T 422.25 PASS AF=0.577465;AO=40;DP=70;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0383154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2917;QD=23.7885;RBI=0.104655;REFB=-0.0156388;REVB=0.0973894;RO=30;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174564;STB=0.599;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0137673;OID=.;OPOS=51379893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:30:30:40:41:0.577465:21:19:21:9:22:19:21:9 chr19 51411636 . G T 501.52 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.391;QD=59.0028;RBI=0.0117277;REFB=0;REVB=-0.00810728;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.46605e-05;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr19 51452250 . T C 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.422;QD=64.151;RBI=0.0219332;REFB=0;REVB=-0.0056986;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.91855e-05;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:17:32:0:0:17:32:0:0 chr19 51485622 . A G 3927.86 PASS AF=1;AO=254;DP=255;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726269;FXX=0.00392141;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9711;QD=61.8561;RBI=0.0396674;REFB=0.00895003;REVB=-0.0389969;RO=1;SAF=123;SAR=131;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00362514;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020764;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:255:254:1:0:254:254:1:131:123:0:1:131:123:0:0 chr19 51487175 . T G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.28;QD=48.7334;RBI=0.010914;REFB=0;REVB=-0.010914;RO=0;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93757e-05;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:17:0:0:0:17:0:0:0 chr19 51507020 . T G 280.19 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00796097;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8547;QD=18.9956;RBI=0.019569;REFB=-0.00473883;REVB=-0.0178765;RO=27;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257429;STB=0.623946;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00414847;OID=.;OPOS=51507020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:29:30:30:0.508475:17:13:20:7:17:13:20:9 chr19 51517731 . A G 881.38 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.154;QD=57.7953;RBI=0.0698914;REFB=0;REVB=0.0692601;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136994;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:31:26:0:0:35:26:0:0 chr19 51518084 . C T 306.91 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0223359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.017;QD=18.0537;RBI=0.0225665;REFB=-0.00312855;REVB=0.0032178;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271033;STB=0.515142;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00290118;OID=.;OPOS=51518084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:16:17:17:18:16:17:17:18 chr19 51519236 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.754;QD=50.4132;RBI=0.0101434;REFB=0;REVB=-0.00622544;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22321e-06;OID=.;OPOS=51519236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr19 51519258 . TC CT,TT 331.19 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,22;DP=25;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512223,0.0394302;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=87.1074,132.067;QD=52.991;RBI=0.0737319,0.0597254;REFB=0,0;REVB=0.0735538,0.0448596;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000764429,0.00479469;OID=.,.;OPOS=51519258,51519259;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:2,22:2,23:0.08,0.92:2,10:0,12:0:0:2,11:0,12:0:0 chr19 51519346 . G C 147.15 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0275912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.617;QD=17.312;RBI=0.0342658;REFB=-0.00654992;REVB=0.0203193;RO=18;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395422;STB=0.726981;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0186605;OID=.;OPOS=51519346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:4:12:6:12:4:12:6:12 chr19 51519364 . T G 415.67 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157545;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8408;QD=55.4222;RBI=0.0215482;REFB=0;REVB=0.014701;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303047;OID=.;OPOS=51519364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:27:30:1:13:14:0:0:16:14:0:0 chr19 51520487 . A C 784.67 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00740567;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3977;QD=56.048;RBI=0.0265937;REFB=0;REVB=0.0255417;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070987;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:36:18:0:0:37:19:0:0 chr19 51530693 . G A 1510.49 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.887;QD=63.5997;RBI=0.0556768;REFB=0;REVB=0.00893725;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55702e-05;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:49:45:0:0:50:45:0:0 chr19 51535130 . A G 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0741184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2947;QD=14.6489;RBI=0.0970872;REFB=-0.013361;REVB=-0.0627088;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135697;STB=0.588103;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.022458;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:19:14:14:0.424242:4:10:10:7:4:10:11:8 chr19 51537682 . C A 310.42 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446459;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.7713;QD=53.9854;RBI=0.0616611;REFB=0;REVB=-0.0425304;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4804e-05;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:4:19:0:0:4:19:0:0 chr19 51566943 . G A 433.67 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.02045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.796;QD=23.4417;RBI=0.0292914;REFB=-0.00409825;REVB=-0.020971;RO=32;SAF=14;SAR=28;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185768;STB=0.510199;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00259801;OID=.;OPOS=51566943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:28:14:10:22:28:14:10:22 chr19 51582802 . C T 1258.96 PASS AF=0.472527;AO=121;DP=266;FAO=129;FDP=273;FR=.,HEALED;FRO=142;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=76;FSRR=66;FWDB=0.0131568;FXX=0.0036495;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.071;QD=18.4464;RBI=0.028761;REFB=-0.0572356;REVB=-0.0255752;RO=105;SAF=66;SAR=55;SRF=66;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719247;STB=0.512142;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0578565;OID=.;OPOS=51582802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:273:105:142:121:129:0.472527:55:66:66:39:57:72:76:66 chr19 51584916 . G A 84.81 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0064754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.386;QD=10.9428;RBI=0.054406;REFB=-0.00253274;REVB=0.0540192;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18633;STB=0.592857;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00418638;OID=.;OPOS=51584916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:19:20:11:11:0.354839:5:6:7:12:5:6:8:12 chr19 51584951 . T C 118.69 PASS AF=0.4;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0930996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5399;QD=13.5644;RBI=0.0985791;REFB=-0.00389245;REVB=0.0324082;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348754;STB=0.542796;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0068127;OID=.;OPOS=51584951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:21:13:14:0.4:7:6:9:12:7:7:9:12 chr19 51628529 . A G 292.04 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00542394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4561;QD=21.6325;RBI=0.0109672;REFB=-0.0469729;REVB=0.00953204;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481689;STB=0.5267;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0388465;OID=.;OPOS=51628529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:18:12:11:13:18:12:11:13 chr19 51630482 . C A 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0306252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.807;QD=18.7957;RBI=0.0311649;REFB=-0.0265576;REVB=0.00577471;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149702;STB=0.584702;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.036173;OID=.;OPOS=51630482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:10:13:11:16:10:13:11:16 chr19 51633188 . A AC 32.14 PASS AF=0.206897;AO=17;DP=61;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=-0.0625975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.3889;QD=2.21626;RBI=0.151509;REFB=-0.0656487;REVB=-0.137973;RO=44;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186709;STB=0.803723;STBP=0.052;TYPE=ins;VARB=0.150406;OID=.;OPOS=51633189;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897:17:61:12:58:46:8:4:11:35:32:44:8:9:14:30 chr19 51656454 . A T 599.0 PASS AF=1;AO=29;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780728;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.395;QD=61.4354;RBI=0.0811102;REFB=0;REVB=0.0219889;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287265;OID=.;OPOS=51656454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:29:39:1:23:6:0:0:24:15:0:0 chr19 51728477 . C T 163.47 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0229272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.174;QD=15.5687;RBI=0.0229483;REFB=-0.0159116;REVB=0.000984169;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492737;STB=0.540496;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0205899;OID=.;OPOS=51728477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:22:24:17:18:0.428571:10:7:8:14:10:8:9:15 chr19 51835892 . T TG 289.27 PASS AF=1;AO=16;DP=33;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.1864;QD=38.5699;RBI=0.0637607;REFB=0;REVB=0.0467747;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00495112;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:33:30:30:0:7:23:0:0:6:14:5:11:3:11 chr19 51835894 . C G 82.64 PASS AF=0.4;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0299655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.0521;QD=11.019;RBI=0.043543;REFB=-0.0625499;REVB=0.0315921;RO=19;SAF=0;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.769993;STB=0.76942;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.207614;OID=.;OPOS=51835894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:30:30:19:18:11:12:0.4:11:0:7:12:11:1:6:12 chr19 51841417 . C T 273.12 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0350897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.241;QD=45.5205;RBI=0.0367426;REFB=-0.132463;REVB=0.0108965;RO=2;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921477;STB=0.549954;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00322246;OID=.;OPOS=51841417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:9:13:0:2:9:13:0:2 chr19 51843808 . C T 592.19 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8187;QD=60.7372;RBI=0.155161;REFB=0;REVB=0.0463084;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184414;OID=.;OPOS=51843808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr19 51844978 . G T 481.91 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.01013;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.519;QD=53.5451;RBI=0.0120057;REFB=-0.211242;REVB=0.00644356;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527761;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00142086;OID=.;OPOS=51844978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:0:2:34:34:0.944444:17:17:0:0:17:17:0:2 chr19 51845371 . T G 409.82 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0108756;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4548;QD=52.8797;RBI=0.0609352;REFB=-0.0556533;REVB=0.0599569;RO=2;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773479;STB=0.519987;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0441744;OID=.;OPOS=51845371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:2:1:28:30:0.967742:11:17:0:2:12:18:0:1 chr19 51871195 . G A 130.57 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0439259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.502;QD=13.7443;RBI=0.0476271;REFB=-0.0429849;REVB=-0.0184078;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371963;STB=0.52171;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0530381;OID=.;OPOS=51871195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:10:13:9:6:10:13 chr19 51892683 . T C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0360347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.795;QD=24.3281;RBI=0.0414391;REFB=-0.0131114;REVB=-0.0204621;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28674;STB=0.666171;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00685689;OID=.;OPOS=51892683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:0:2:2:5:0:2 chr19 51917735 . G A 69.74 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0118186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.116;QD=16.4085;RBI=0.0126838;REFB=0.0119887;REVB=-0.00460447;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219741;STB=0.631235;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0192092;OID=.;OPOS=51917735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:17:8:8:9:9:0.529412:1:8:6:2:1:8:6:2 chr19 51918112 . A G 98.97 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.120219;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.19;QD=18.8514;RBI=0.120234;REFB=-0.00191107;REVB=0.00188531;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249998;STB=0.61886;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0366104;OID=.;OPOS=51918112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:22:21:9:9:11:12:0.571429:5:6:2:7:6:6:2:7 chr19 51918135 . G T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00702506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.159;QD=21.3527;RBI=0.00852713;REFB=0.00971552;REVB=-0.00483327;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128523;STB=0.572413;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00460163;OID=.;OPOS=51918135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:2:7:8:5:2:7 chr19 51919321 . T C 135.44 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0374208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.187;QD=16.93;RBI=0.0508205;REFB=-0.0321331;REVB=-0.0343861;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328175;STB=0.685495;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.018397;OID=.;OPOS=51919321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:14:3:8:7:14:3 chr19 51920196 . G T 69.17 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0324659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2148;QD=6.14827;RBI=0.0444422;REFB=0.00589837;REVB=0.0303492;RO=35;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172494;STB=0.610399;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0094563;OID=.;OPOS=51920196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:4:6:16:19:4:6:16:19 chr19 51920613 . C T 152.35 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.104808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4353;QD=40.6277;RBI=0.104882;REFB=-0.0553276;REVB=0.00394093;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545388;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0102295;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:5:9:0:0:5:9:0:1 chr19 51920619 . G C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00792695;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.54;QD=16.4544;RBI=0.0206746;REFB=0.00743737;REVB=0.0190946;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28888;STB=0.666218;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00557897;OID=.;OPOS=51920619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:4:0:2:4:4:0 chr19 51920850 . C T 186.62 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0731469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7206;QD=27.6472;RBI=0.0731733;REFB=-0.0202906;REVB=-0.00196558;RO=9;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108425;STB=0.559936;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00976329;OID=.;OPOS=51920850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:7:11:7:2:7:11:7:2 chr19 51955632 . A T 556.66 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2569;QD=60.1791;RBI=0.00581663;REFB=0;REVB=0.00145888;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70726e-05;OID=.;OPOS=51955632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:16:21:0:0 chr19 51957556 . T C 755.94 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00775788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.183;QD=54.9775;RBI=0.0111509;REFB=-0.0189908;REVB=0.00800987;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145012;STB=0.507689;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000144924;OID=.;OPOS=51957556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:1:1:54:54:0.981818:32:22:0:1:32:22:0:1 chr19 51960940 . A G 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0265047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.347;QD=8.5118;RBI=0.0270956;REFB=-0.00882995;REVB=0.00562772;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628691;STB=0.549903;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0227098;OID=.;OPOS=51960940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:4:6:15:8:4:6:16:8 chr19 51983788 . G C 459.68 PASS AF=0.719298;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00924142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.146;QD=32.2582;RBI=0.0109916;REFB=-0.0359671;REVB=-0.00595075;RO=16;SAF=20;SAR=21;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586406;STB=0.531717;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0135759;OID=.;OPOS=51983788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:16:16:41:41:0.719298:21:20:6:10:21:20:6:10 chr19 51984725 . T A 2274.22 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.496;QD=63.6146;RBI=0.0503506;REFB=0;REVB=0.0459754;RO=0;SAF=76;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62284e-05;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:67:76:0:0:67:76:0:0 chr19 51984727 . A G 2203.37 PASS AF=0.993007;AO=140;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.169;QD=61.6328;RBI=0.0327402;REFB=-0.0438416;REVB=-0.0155005;RO=0;SAF=73;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00012293;OID=.;OPOS=51984727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:0:1:140:142:0.993007:67:73:0:0:67:75:1:0 chr19 52000624 . T G 213.93 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0312032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.352;QD=14.7535;RBI=0.0355002;REFB=-0.0164188;REVB=-0.0169299;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00632571;STB=0.503594;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.027929;OID=.;OPOS=52000624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:10:15:20:13:10:15:20:13 chr19 52000672 . G A 153.38 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0258049;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.03;QD=10.3986;RBI=0.0266335;REFB=-0.0029963;REVB=-0.00659163;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282503;STB=0.655479;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00356165;OID=.;OPOS=52000672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:39:20:20:0.338983:12:8:25:13:12:8:25:14 chr19 52001485 . G A 301.76 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0199693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.227;QD=25.1464;RBI=0.0226315;REFB=-0.0162918;REVB=-0.0106495;RO=21;SAF=6;SAR=20;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059713;STB=0.51484;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0123708;OID=.;OPOS=52001485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:21:26:27:0.5625:20:6:6:15:20:7:6:15 chr19 52002488 . C A 251.83 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00930989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.526;QD=14.8135;RBI=0.0380788;REFB=-0.0128287;REVB=-0.0369232;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381012;STB=0.507671;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0161594;OID=.;OPOS=52002488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:39:29:29:0.426471:13:16:19:18:13:16:21:18 chr19 52002729 . G A 288.97 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0188981;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.142;QD=15.8337;RBI=0.0206503;REFB=-0.00702368;REVB=0.00832448;RO=38;SAF=25;SAR=7;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155614;STB=0.606323;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0066943;OID=.;OPOS=52002729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:38:41:32:32:0.438356:7:25:25:13:7:25:26:15 chr19 52003331 . G C 417.65 PASS AF=0.369565;AO=45;DP=135;FAO=51;FDP=138;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.0292923;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.012;QD=12.1057;RBI=0.0307365;REFB=-0.01142;REVB=0.00931082;RO=86;SAF=22;SAR=23;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126829;STB=0.534612;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.030836;OID=.;OPOS=52003331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:86:87:45:51:0.369565:23:22:43:43:23:28:43:44 chr19 52004743 . G A 338.18 PASS AF=0.514286;AO=34;DP=68;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00926108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1549;QD=19.3247;RBI=0.0368067;REFB=-0.0549388;REVB=0.0356225;RO=34;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136746;STB=0.562467;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0378957;OID=.;OPOS=52004743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:34:34:34:36:0.514286:15:19:24:10:15:21:24:10 chr19 52004795 . GGA CTG,TGA 296.66 PASS AF=0,0.604651;AO=2,26;DP=44;FAO=0,26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=0,13;FSAR=0,13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0415912,-0.0246441;FXX=0.0227221;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=138.593,143.847;QD=27.5961;RBI=0.0443591,0.028224;REFB=-0.0395886,-0.0411578;REVB=-0.0154241,-0.0137572;RO=15;SAF=2,13;SAR=0,13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.504245,-0.066424;STB=0.5,0.558095;STBP=1,0.354;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0142139;OID=.,.;OPOS=52004795,52004795;OREF=GGA,G;OALT=CTG,T;OMAPALT=CTG,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:44:43:15:17:2,26:0,26:0,0.604651:0,13:2,13:9:6:0,13:0,13:11:6 chr19 52032963 . TC T,TG 374.52 PASS AF=0.282609,0.565217;AO=12,18;DP=46;FAO=13,26;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=10,17;FSAR=3,9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0941501,0.017154;FXX=0.041658;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.86558,210.223;QD=32.5669;RBI=0.151555,0.0282581;REFB=-0.125101,-0.0332638;REVB=-0.118764,-0.0224557;RO=7;SAF=9,10;SAR=3,8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0.5,0;SSEP=0.833333,0;SSSB=0.14113,-0.00814684;STB=0.58809,0.519069;STBP=0.361,0.725;TYPE=del,snp;VARB=0.106931,0.0182089;OID=.,.;OPOS=52032964,52032964;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.282609,0.565217:12,18:46:13,26:46:7:10,17:3,9:4:3:75:7:9,10:3,8:4:3 chr19 52033742 . G A 244.3 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00462797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.384;QD=13.0293;RBI=0.0141078;REFB=0.000621867;REVB=0.0133271;RO=46;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157891;STB=0.590058;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.000934452;OID=.;OPOS=52033742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:14:15:17:29:14:15:17:29 chr19 52076974 . C T 296.24 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.72;QD=49.3734;RBI=0.0365147;REFB=-0.0482115;REVB=-0.0198842;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000372588;OID=.;OPOS=52076974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:12:11:0:0:12:11:0:1 chr19 52077030 . TGGGGTTTG T 73.4 PASS AF=0.325;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00489151;FXX=0;HRUN=4;LEN=8;MLLD=235.657;QD=7.34004;RBI=0.00788011;REFB=0.00101238;REVB=0.00617813;RO=26;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497336;STB=0.802482;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=-0.000437464;OID=.;OPOS=52077031;OREF=GGGGTTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325:13:42:13:40:27:10:3:8:19:73:26:10:3:8:18 chr19 52077069 . G A 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.000138787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.673;QD=12.8975;RBI=0.0142447;REFB=-0.0075401;REVB=-0.014244;RO=29;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383413;STB=0.731443;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00834711;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:30:17:17:0.361702:5:12:10:19:5:12:10:20 chr19 52096033 . GATAAA G 189.74 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181814;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=5;MLLD=264.367;QD=47.4355;RBI=0.0295939;REFB=0;REVB=0.0233502;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000193455;OID=.;OPOS=52096034;OREF=ATAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:17:16:16:0:13:3:0:0:4:0:12:2:0:0 chr19 52096270 . C G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8133;QD=35.5734;RBI=0.0304428;REFB=0;REVB=0.00179285;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866634;OID=.;OPOS=52096270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr19 52097461 . A C 905.72 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285991;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.977;QD=58.4335;RBI=0.0295012;REFB=0;REVB=0.00723987;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33464e-05;OID=.;OPOS=52097461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:21:41:0:0:21:41:0:0 chr19 52115645 . G C 792.03 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0360278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.24;QD=53.6969;RBI=0.0396881;REFB=-0.172792;REVB=0.0166475;RO=2;SAF=11;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200666;STB=0.510635;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000874319;OID=.;OPOS=52115645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:46:11:0:2:46:11:0:2 chr19 52130488 . G A 292.29 PASS AF=0.96;AO=22;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0364465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.9243;QD=46.7663;RBI=0.0367096;REFB=-0.121637;REVB=-0.00438699;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0123558;OID=.;OPOS=52130488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:22:24:0.96:10:12:0:1:12:12:0:1 chr19 52132325 . A T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.717;QD=64.1538;RBI=0.0794439;REFB=0;REVB=-0.00357751;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483939;OID=.;OPOS=52132325;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr19 52220351 . G A 125.55 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.010163;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.605;QD=11.4137;RBI=0.0397232;REFB=-0.0098158;REVB=0.0384011;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829602;STB=0.581434;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0250861;OID=.;OPOS=52220351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:14:15:0.340909:8:6:10:18:8:7:10:19 chr19 52222552 . G A 557.19 PASS AF=0.649351;AO=49;DP=78;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0721697;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.858;QD=28.9451;RBI=0.0722105;REFB=-0.0042068;REVB=-0.00242685;RO=27;SAF=17;SAR=32;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686221;STB=0.539747;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00198462;OID=.;OPOS=52222552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:27:27:49:50:0.649351:32:17:12:15:33:17:12:15 chr19 52223121 . A G 786.42 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00912088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.781;QD=55.1871;RBI=0.0431914;REFB=0.160061;REVB=0.0422173;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0012864;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:0:1:55:56:0.982456:21:34:0:0:22:34:0:1 chr19 52223180 . A G 295.58 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0121558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.615;QD=17.9141;RBI=0.0264535;REFB=-0.0475292;REVB=0.0234951;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22401;STB=0.610617;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00939795;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:34:32:32:0.484848:20:12:20:12:20:12:20:14 chr19 52249211 . T G 361.87 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0105864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.028;QD=25.8477;RBI=0.0105908;REFB=-0.0220008;REVB=-0.000305162;RO=21;SAF=25;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391399;STB=0.52146;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0140292;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:10:25:14:7:10:25:14:7 chr19 52249947 . C G 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0345089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8153;QD=15.1961;RBI=0.0445808;REFB=0.0228174;REVB=0.0282238;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765217;STB=0.544221;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00922651;OID=.;OPOS=52249947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:11:7:12:14:11:7:12:14 chr19 52250216 . A G 870.12 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4215;QD=56.1366;RBI=0.0311601;REFB=-0.069415;REVB=-0.0150257;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132943;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146548;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:1:0:60:62:1:35:25:0:1:36:26:0:0 chr19 52327784 . C T 386.82 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0211333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.896;QD=15.7884;RBI=0.0445553;REFB=0.00271404;REVB=-0.0392244;RO=57;SAF=16;SAR=25;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431546;STB=0.524301;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00379903;OID=.;OPOS=52327784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:25:16:20:37:25:16:20:37 chr19 52328616 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0313458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.696;QD=18.2504;RBI=0.0313459;REFB=-0.0226972;REVB=-9.57535e-05;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589223;STB=0.533588;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0245231;OID=.;OPOS=52328616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:6:9:8:7:6:9 chr19 52383556 . C A 151.52 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0103436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.09;QD=12.8949;RBI=0.0104408;REFB=-0.0219579;REVB=0.00142163;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28533;STB=0.664848;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0298104;OID=.;OPOS=52383556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:9:8:22:8:9:8:22:8 chr19 52383569 . A C 157.59 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.000625447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.543;QD=12.122;RBI=0.00108554;REFB=-0.011102;REVB=-0.000887252;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189966;STB=0.609747;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0220384;OID=.;OPOS=52383569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:9:10:23:10:9:10:23:10 chr19 52468203 . T A 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0261966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.262;QD=7.79774;RBI=0.0262762;REFB=-0.00152905;REVB=0.00204448;RO=23;SAF=8;SAR=1;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348312;STB=0.726653;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00820877;OID=.;OPOS=52468203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:1:8:16:7:1:8:16:7 chr19 52468587 . G T 203.23 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0015044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.945;QD=15.6332;RBI=0.0165783;REFB=0.00366841;REVB=-0.0165099;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090345;STB=0.523344;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00454283;OID=.;OPOS=52468587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:29:22:23:0.442308:7:15:20:9:8:15:20:9 chr19 52468998 . A G 199.0 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0329428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.314;QD=27.4484;RBI=0.0331087;REFB=-0.0322249;REVB=0.00331041;RO=9;SAF=13;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33256;STB=0.698718;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.009468;OID=.;OPOS=52468998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:9:10:19:19:0.655172:6:13:1:8:6:13:1:9 chr19 52471872 . A G 173.58 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0238594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.064;QD=9.64336;RBI=0.0244816;REFB=0.000454826;REVB=0.0054842;RO=46;SAF=18;SAR=5;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397158;STB=0.742046;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000973737;OID=.;OPOS=52471872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:49:23:23:0.319444:5:18:21:25:5:18:22:27 chr19 52472295 . A G 716.21 PASS AF=0.609091;AO=67;DP=110;FAO=67;FDP=110;FR=.;FRO=43;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00511485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5639;QD=26.0442;RBI=0.0245354;REFB=-0.0129055;REVB=-0.0239964;RO=43;SAF=40;SAR=27;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113135;STB=0.561501;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0114756;OID=.;OPOS=52472295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:43:43:67:67:0.609091:27:40:19:24:27:40:19:24 chr19 52496149 . C T 165.01 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00986908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1889;QD=12.4535;RBI=0.031964;REFB=-0.00556563;REVB=-0.0304023;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998132;STB=0.547123;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0118518;OID=.;OPOS=52496149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:10:10:19:13:10:10:19:14 chr19 52497250 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.016595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1382;QD=11.9536;RBI=0.0577951;REFB=0.015058;REVB=-0.0553613;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043798;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0328415;OID=.;OPOS=52497250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:5:6:4:4:5:6 chr19 52497943 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.043611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.752;QD=10.3792;RBI=0.0437076;REFB=-0.0065286;REVB=-0.00290473;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293136;STB=0.672571;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00760763;OID=.;OPOS=52497943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:13:3:4:5:13:3 chr19 52506985 . T C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0412142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.518;QD=16.6158;RBI=0.0418703;REFB=0.00209245;REVB=-0.0073831;RO=21;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266672;STB=0.654479;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0111927;OID=.;OPOS=52506985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:4:13:11:10:4:13:11:10 chr19 52519608 . C T 198.57 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0301398;FXX=0.0605969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.697;QD=12.811;RBI=0.0397423;REFB=-0.0402495;REVB=0.0259045;RO=37;SAF=6;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162365;STB=0.588157;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0544447;OID=.;OPOS=52519608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:62:37:38:24:24:0.387097:18:6:14:23:18:6:14:24 chr19 52521296 . G A 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.011287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.126;QD=11.5638;RBI=0.0222928;REFB=-0.0170085;REVB=0.0192243;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114947;STB=0.555817;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0265223;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:7:8:12:16:7:8:13:16 chr19 52537576 . T G 287.07 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00265539;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.725;QD=30.2183;RBI=0.00593327;REFB=-0.0279985;REVB=-0.0053059;RO=14;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17537;STB=0.585921;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0191787;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:14:13:25:25:0.657895:13:12:3:11:13:12:3:10 chr19 52619065 . T C 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00249183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.62;QD=20.9019;RBI=0.0507481;REFB=-0.00488981;REVB=0.0506869;RO=28;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716344;STB=0.539659;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0037868;OID=.;OPOS=52619065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:17:16:16:12:17:16:16:12 chr19 52658510 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7454;QD=51.9162;RBI=0.0529773;REFB=0;REVB=-0.0350234;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110488;OID=.;OPOS=52658510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr19 52659991 . A G 486.51 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275191;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2216;QD=58.9712;RBI=0.0281776;REFB=0;REVB=0.00605635;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363022;OID=.;OPOS=52659991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr19 52660279 . C T 575.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7402;QD=60.5955;RBI=0.0217268;REFB=0;REVB=0.00419875;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101432;OID=.;OPOS=52660279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr19 52803669 . CTG C 137.28 PASS AF=0.390244;AO=13;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0194762;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.561;QD=13.3933;RBI=0.0302762;REFB=-0.0222624;REVB=-0.0231803;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653752;STB=0.509792;STBP=0.939;TYPE=del;VARB=0.0453249;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:13:42:16:41:25:10:6:16:9:99:25:9:4:16:9 chr19 52825391 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0410045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.584;QD=13.6307;RBI=0.0412344;REFB=-0.0406745;REVB=-0.00434865;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0384182;OID=.;OPOS=52825391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:4:5:4:4:4:5 chr19 52869022 . G T 192.96 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0415593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1695;QD=13.7827;RBI=0.0419183;REFB=-0.0230241;REVB=0.00547444;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110308;STB=0.566443;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0124857;OID=.;OPOS=52869022;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:33:23:23:0.410714:15:8:14:17:15:8:15:18 chr19 52869278 . G C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0289651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.857;QD=11.2554;RBI=0.0289803;REFB=-0.013067;REVB=-0.000940801;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477608;STB=0.78504;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0301636;OID=.;OPOS=52869278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:3:9:2:6:3:9 chr19 52869534 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0194332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.659;QD=14.6525;RBI=0.0219611;REFB=-0.0418815;REVB=-0.0102293;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344857;STB=0.70522;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0281363;OID=.;OPOS=52869534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:4:1:4:2:4:1 chr19 52869648 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00297128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.435;QD=15.8821;RBI=0.0367972;REFB=-0.00159843;REVB=-0.036677;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253163;STB=0.646773;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0010778;OID=.;OPOS=52869648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:7:3:6:4:7:3 chr19 52869997 . C T 275.4 PASS AF=0.705882;AO=23;DP=33;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0183699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.764;QD=32.4;RBI=0.0195143;REFB=0.00119563;REVB=0.00658451;RO=9;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153001;STB=0.599433;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.000153596;OID=.;OPOS=52869997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:34:9:10:23:24:0.705882:12:11:7:2:13:11:8:2 chr19 52887246 . T TCAA 60.68 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00377379;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.075;QD=9.33473;RBI=0.0154405;REFB=-0.0057694;REVB=-0.0149722;RO=17;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571184;STB=0.853496;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.0182478;OID=.;OPOS=52887247;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=TCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:9:26:9:26:17:8:1:7:10:60:17:8:1:7:10 chr19 52887282 . A G 77.26 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0219933;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.354;QD=11.8858;RBI=0.0256078;REFB=-0.00284385;REVB=-0.0131169;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480118;STB=0.7994;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00131146;OID=.;OPOS=52887282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:26:15:16:10:10:0.384615:8:2:10:5:8:2:11:5 chr19 52887427 . A C 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0158424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.213;QD=26.3055;RBI=0.0229331;REFB=-0.0216886;REVB=0.0165815;RO=13;SAF=15;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293603;STB=0.663555;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0120616;OID=.;OPOS=52887427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:6:15:4:9:6:15:4:9 chr19 52887437 . A C 212.13 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0138589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9305;QD=27.3714;RBI=0.0685074;REFB=0.04355;REVB=0.067091;RO=11;SAF=14;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283453;STB=0.657555;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0218349;OID=.;OPOS=52887437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:6:14:3:8:6:14:3:8 chr19 52887600 . CACG C 46.9 PASS AF=0.75;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0327055;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.301;QD=23.4512;RBI=0.0444676;REFB=0.00223906;REVB=-0.0301285;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00190386;OID=.;OPOS=52887601;OREF=ACG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:6:9:6:8:2:3:3:1:1:11:2:3:3:1:1 chr19 52887904 . T C 116.14 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0428384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0167;QD=20.1983;RBI=0.0497416;REFB=-0.0299945;REVB=-0.0252805;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180782;STB=0.602495;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0163556;OID=.;OPOS=52887904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:7:3:7:6:7:3 chr19 52888048 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0373183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.878;QD=13.6302;RBI=0.0539236;REFB=-0.0043775;REVB=0.0389243;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380371;STB=0.726689;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00634908;OID=.;OPOS=52888048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:6:3:6:2:6:3 chr19 52888210 . T C 37.32 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0409491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.824;QD=8.78227;RBI=0.0436737;REFB=-0.0493809;REVB=0.0151842;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447794;STB=0.764069;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0347048;OID=.;OPOS=52888210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:1:10:3:3:1:10 chr19 52905311 . G A 249.22 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.018022;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.394;QD=16.3424;RBI=0.0283649;REFB=-0.0242216;REVB=-0.0219038;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115646;STB=0.555122;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0399306;OID=.;OPOS=52905311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:33:33:27:28:0.459016:14:13:12:21:15:13:12:21 chr19 52917590 . G A 249.27 PASS AF=0.491228;AO=26;DP=55;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0132274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5052;QD=17.4926;RBI=0.0184544;REFB=-0.00220683;REVB=0.0128686;RO=29;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280488;STB=0.648113;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0031875;OID=.;OPOS=52917590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:29:29:26:28:0.491228:10:16:9:20:11:17:9:20 chr19 52919119 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0328568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9028;QD=11.9532;RBI=0.0598491;REFB=-0.0272055;REVB=0.0500234;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224141;STB=0.635998;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0486134;OID=.;OPOS=52919119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:6:5:2:6:6:5 chr19 52934741 . A C 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00575747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.275;QD=7.08566;RBI=0.00871443;REFB=-0.00650144;REVB=0.00654163;RO=34;SAF=5;SAR=6;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15969;STB=0.599822;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0235096;OID=.;OPOS=52934741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:6:5:20:14:6:5:20:14 chr19 52934751 . A G 90.42 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0328493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.343;QD=7.86284;RBI=0.0330729;REFB=0.000787768;REVB=-0.00383944;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105495;STB=0.565111;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00594508;OID=.;OPOS=52934751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:6:6:20:14:6:6:20:14 chr19 52934778 . G C 71.17 PASS AF=0.232558;AO=9;DP=42;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00436325;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.247;QD=6.62064;RBI=0.0121694;REFB=-0.0153347;REVB=0.0113603;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102596;STB=0.519192;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0406198;OID=.;OPOS=52934778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:42:43:29:33:9:10:0.232558:3:6:17:12:4:6:19:14 chr19 52937339 . G A 36.59 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.10115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9044;QD=7.31887;RBI=0.10259;REFB=-0.00180964;REVB=0.017131;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468168;STB=0.787084;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.017081;OID=.;OPOS=52937339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:3:11:2:4:3:11 chr19 52938361 . C A 1247.47 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8242;QD=60.8522;RBI=0.0509286;REFB=0;REVB=-0.0501191;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116391;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:36:45:0:0:37:45:0:0 chr19 52938364 . C T 400.14 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0185427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7052;QD=18.6111;RBI=0.0275084;REFB=-0.00406284;REVB=0.0203195;RO=45;SAF=23;SAR=18;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471818;STB=0.526303;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00494271;OID=.;OPOS=52938364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:18:23:23:22:18:23:23:22 chr19 52938417 . A G 1013.57 PASS AF=0.935065;AO=71;DP=77;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0699426;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5122;QD=52.6531;RBI=0.0724251;REFB=-0.132783;REVB=0.0187995;RO=2;SAF=30;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304803;STB=0.537303;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00631047;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:77:77:2:5:71:72:0.935065:41:30:2:0:41:31:5:0 chr19 52938459 . A G 840.21 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0387077;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9258;QD=56.0138;RBI=0.0401338;REFB=-0.0643945;REVB=0.0106034;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000377214;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:1:0:31:28:1:0 chr19 52941171 . T C 527.99 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0490786;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.9782;QD=52.7991;RBI=0.0492636;REFB=-0.128632;REVB=0.00426555;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217802;STB=0.533316;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00827447;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:40:40:1:3:37:37:0.925:16:21:1:0:16:21:3:0 chr19 52941540 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.757;QD=43.4862;RBI=0.0199869;REFB=0;REVB=-0.00975796;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278597;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr19 52941618 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.126;QD=37.4885;RBI=0.0373281;REFB=0;REVB=0.0192537;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121602;OID=.;OPOS=52941618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr19 52941847 . A G,T 340.06 PASS AF=0.0740741,0.888889;AO=2,24;DP=27;FAO=2,24;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=2,6;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165705,0.00606304;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.246,84.4861;QD=50.3797;RBI=0.0166506,0.0190563;REFB=-0.156187,-0.123329;REVB=0.00163091,0.0180661;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.993266,0.513502;STBP=0.227,0.632;TYPE=snp,snp;VARB=0.144665,0.00320479;OID=.,.;OPOS=52941847,52941847;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:1:2,24:2,24:0.0740741,0.888889:0,18:2,6:0:0:0,18:2,6:0:1 chr19 52942159 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.83;QD=33.4285;RBI=0.054127;REFB=0;REVB=0.026724;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157521;OID=.;OPOS=52942159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr19 52942411 . G A 45.05 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.10931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6042;QD=7.83532;RBI=0.111984;REFB=-0.0522262;REVB=0.0243253;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502797;STB=0.820921;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0747716;OID=.;OPOS=52942411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:9:7:6:1:9:7 chr19 52942445 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.319;QD=40.7629;RBI=0.0110794;REFB=0;REVB=0.00195791;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39161e-05;OID=.;OPOS=52942445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr19 52942495 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1824;QD=42.1824;RBI=0.0638214;REFB=0;REVB=0.0195614;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247876;OID=.;OPOS=52942495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr19 52954474 . C T 1182.33 PASS AF=0.57672;AO=107;DP=188;FAO=109;FDP=189;FR=.;FRO=80;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.00925661;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2801;QD=25.0228;RBI=0.0229911;REFB=-0.00377546;REVB=0.0210454;RO=79;SAF=62;SAR=45;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117084;STB=0.559798;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00359152;OID=.;OPOS=52954474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:79:80:107:109:0.57672:45:62:34:45:46:63:35:45 chr19 52954507 . T C 869.68 PASS AF=0.419214;AO=95;DP=231;FAO=96;FDP=229;FR=.;FRO=133;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=74;FSRR=59;FWDB=-0.00639411;FXX=0.0129305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.153;QD=15.191;RBI=0.0207922;REFB=-0.0216423;REVB=-0.0197846;RO=130;SAF=36;SAR=59;SRF=73;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190318;STB=0.599979;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0290188;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:229:130:133:95:96:0.419214:59:36:73:57:59:37:74:59 chr19 53014346 . G A 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4337;QD=52.6045;RBI=0.0483909;REFB=0;REVB=0.0437409;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956031;OID=.;OPOS=53014346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr19 53015487 . AG A 126.62 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.033586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.1173;QD=18.0878;RBI=0.0713897;REFB=-0.0438807;REVB=-0.0629958;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810739;STB=0.557457;STBP=0.471;TYPE=del;VARB=0.0180641;OID=.;OPOS=53015488;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.607143:16:28:17:28:11:7:10:3:8:62:11:6:10:3:8 chr19 53015864 . T G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0647752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1762;QD=26.6015;RBI=0.0783837;REFB=-0.00933524;REVB=0.0441382;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14689;STB=0.583138;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0124375;OID=.;OPOS=53015864;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:0:2:5:3:0:2 chr19 53016129 . G A 289.1 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6391;QD=52.5637;RBI=0.0247619;REFB=0;REVB=-0.0191;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010193;OID=.;OPOS=53016129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr19 53056953 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00265076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.928;QD=16.9316;RBI=0.00694571;REFB=0.001266;REVB=-0.00641999;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159413;OID=.;OPOS=53056953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:4:8:8:4:4:8 chr19 53075519 . G T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00760377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.204;QD=14.7986;RBI=0.101203;REFB=0.0169044;REVB=0.100917;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170043;STB=0.526269;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0091113;OID=.;OPOS=53075519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:2:9:11:1:2:9:11:2 chr19 53077411 . T C 723.66 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2593;QD=56.7573;RBI=0.0407544;REFB=0;REVB=0.00956401;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651426;OID=.;OPOS=53077411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:35:15:0:0:36:15:0:0 chr19 53085659 . C T 91.65 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.032059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.012;QD=30.5484;RBI=0.0387938;REFB=0.00625954;REVB=-0.0218444;RO=2;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125826;STB=0.571275;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.019034;OID=.;OPOS=53085659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:2:8:1:1:2:8:1:1 chr19 53085813 . T C 84.88 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.423;QD=37.7261;RBI=0.0749049;REFB=0;REVB=0.0643275;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425267;OID=.;OPOS=53085813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:4:5:0:0 chr19 53086124 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.039;QD=53.2768;RBI=0.0700792;REFB=0;REVB=0.0563235;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248135;OID=.;OPOS=53086124;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr19 53209553 . GG AT 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0551214;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=164.546;QD=14.9786;RBI=0.0562811;REFB=-0.0125941;REVB=-0.0113664;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172412;STB=0.618823;STBP=0.338;TYPE=mnp;VARB=0.00558621;OID=.;OPOS=53209553;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:5:5:7:3:5:5:8:3 chr19 53270384 . A G 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0484381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.383;QD=53.3616;RBI=0.068115;REFB=-0.0380115;REVB=-0.0478895;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000561548;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:0:1:14:15:0:1 chr19 53270814 . C CT,T 64.97 PASS AF=0.425,0.05;AO=6,3;DP=46;FAO=17,2;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12,2;FSAR=5,0;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.169274,0.0287565;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=7.69266,127.413;QD=6.49708;RBI=0.17025,0.0322274;REFB=-0.192479,-0.024712;REVB=-0.0182048,0.014549;RO=37;SAF=4,3;SAR=2,0;SRF=13;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.359928,0.589739;STB=0.747498,0.996965;STBP=0.011,0.025;TYPE=ins,snp;VARB=0.155425,-0.00343373;OID=.,.;OPOS=53270815,53270814;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:46:40:37:21:6,3:17,2:0.425,0.05:2,0:4,3:13:24:5,0:12,2:5:16 chr19 53303527 . A G 254.88 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.795;QD=50.9759;RBI=0.0277548;REFB=0;REVB=0.00941228;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389259;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:7:13:0:0 chr19 53303890 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.383;QD=46.8475;RBI=0.0402542;REFB=0;REVB=0.0233011;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151176;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr19 53304563 . T C 544.12 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00842911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0692;QD=57.276;RBI=0.0752057;REFB=-0.0160546;REVB=0.0747318;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00205638;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:22:15:0:1:22:15:0:1 chr19 53321171 . G A 177.01 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0182396;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.106;QD=19.6677;RBI=0.0232942;REFB=-0.0195689;REVB=-0.0144892;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0143822;OID=.;OPOS=53321171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:18:18:18:0.5:8:10:10:8:8:10:10:8 chr19 53384185 . C T 746.26 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698817;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.604;QD=63.5115;RBI=0.0103629;REFB=0;REVB=0.00765216;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32536e-05;OID=.;OPOS=53384185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr19 53384691 . CT C,CTT 44.37 PASS AF=0.5,0;AO=8,2;DP=20;FAO=10,0;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5,0;FSAR=5,0;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0585906,-0.0586984;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.8836,11.8974;QD=8.87369;RBI=0.0627252,0.0628385;REFB=-0.124929,0.122202;REVB=0.0223962,-0.0224316;RO=8;SAF=4,1;SAR=4,1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.105859,0.128706;STB=0.549901,0.5;STBP=0.708,1;TYPE=del,ins;VARB=0.173478,0;OID=.,.;OPOS=53384692,53384692;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=C,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:8,2:20:10,0:20:10:5,0:5,0:4:6:41:8:4,1:4,1:3:5 chr19 53391453 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7558;QD=51.9123;RBI=0.00968886;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=21;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003454;OID=.;OPOS=53391453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:0:21:0:0:0:21:0:0 chr19 53453777 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00182852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.892;QD=21.3533;RBI=0.0149764;REFB=-0.0130028;REVB=0.0148643;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177266;STB=0.599854;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00882068;OID=.;OPOS=53453777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:2:7:7:6:2:7 chr19 53454387 . G C 133.43 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00127283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.513;QD=15.6975;RBI=0.0174775;REFB=-0.0281964;REVB=0.0174311;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202667;STB=0.615856;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0193626;OID=.;OPOS=53454387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:14:5:7:8:14:5 chr19 53454475 . C CACT,T 596.62 PASS AF=0.925,0.075;AO=37,2;DP=43;FAO=37,3;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=15,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164083,-0.00925456;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=3,1;MLLD=205.333,93.9592;QD=59.6622;RBI=0.0165296,0.037982;REFB=0,0;REVB=-0.00199842,-0.0368373;RO=4;SAF=22,0;SAR=15,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0295324,-0.687939;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00214274,-0.0256486;OID=.,.;OPOS=53454476,53454475;OREF=-,C;OALT=ACT,T;OMAPALT=CACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:43:40:4:0:37,2:37,3:0.925,0.075:15,2:22,0:3:1:15,3:22,0:0:0 chr19 53454789 . A T 203.91 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0281318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5831;QD=14.5651;RBI=0.0445642;REFB=-0.00647544;REVB=-0.0345626;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159846;STB=0.517842;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00594685;OID=.;OPOS=53454789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:12:12:15:16:12:12:15:17 chr19 53518178 . C G 62.22 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=32;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0407822;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=256.374;QD=6.0707;RBI=0.0417644;REFB=0.0016943;REVB=0.00900426;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114488;STB=0.690897;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00311375;OID=.;OPOS=53518178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:20:32:9:9:0.219512:7:2:6:14:7:2:14:18 chr19 53553125 . C T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0219356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.937;QD=22.7239;RBI=0.0238563;REFB=-0.00186806;REVB=0.00937813;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199272;STB=0.611005;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00206101;OID=.;OPOS=53553125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:4:12:10:10:4:12 chr19 53553686 . G A 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.000947942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.639;QD=14.196;RBI=0.0146235;REFB=-0.00610212;REVB=-0.0145927;RO=32;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251486;STB=0.643753;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00673376;OID=.;OPOS=53553686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:8:15:13:19:8:15:13:19 chr19 53576589 . C G 837.98 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277663;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.147;QD=57.7918;RBI=0.0278881;REFB=0;REVB=0.00260435;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000989658;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr19 53577419 . G C 767.81 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0088178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3349;QD=54.8434;RBI=0.00909672;REFB=0.0164029;REVB=0.00223535;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219106;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00683384;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:33:21:1:0:34:21:1:0 chr19 53612311 . T C 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.557;QD=53.9322;RBI=0.0693856;REFB=-0.0698247;REVB=0.0659241;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000914979;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:14:16:0:0:14:16:0:1 chr19 53612720 . T C 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0381411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.013;QD=19.8486;RBI=0.0838738;REFB=-0.0101593;REVB=0.0746998;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114631;STB=0.56513;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00867948;OID=.;OPOS=53612720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:6:7:6:9:6:7 chr19 53612745 . T C 392.94 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.452;QD=56.1337;RBI=0.021157;REFB=0;REVB=-0.012613;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040394;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39625e-05;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:1:0:27:28:1:11:16:0:1:12:16:0:0 chr19 53612757 . T G 289.31 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.048;QD=52.6011;RBI=0.0789893;REFB=0;REVB=0.0648143;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023184;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr19 53612989 . A G 256.39 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00271451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6761;QD=22.7903;RBI=0.00695826;REFB=-0.00996735;REVB=-0.00640694;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596409;STB=0.533306;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0121069;OID=.;OPOS=53612989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:12:12:9:12:12:12:9:12 chr19 53667804 . C T 784.81 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6412;QD=57.0773;RBI=0.071583;REFB=0;REVB=0.0685864;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028211;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr19 53667913 . A G 451.54 PASS AF=0.809524;AO=34;DP=43;FAO=34;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0228472;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1215;QD=43.0039;RBI=0.0231039;REFB=-0.0286131;REVB=-0.00343421;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.605202;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.013837;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:42:0:8:34:34:0.809524:15:19:0:0:15:19:0:8 chr19 53667940 . A G,T 638.93 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=39,3;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013353,-0.0219145;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.018,67.4473;QD=60.8507;RBI=0.0152507,0.0251801;REFB=0,0;REVB=0.0073676,-0.0124014;RO=0;SAF=21,1;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.34792e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00262419,0.132536;OID=.,.;OPOS=53667940,53667940;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:42:0:0:39,3:40,2:0.952381,0.047619:18,2:21,1:0:0:18,2:22,0:0:0 chr19 53669273 . T C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.365;QD=54.5135;RBI=0.0214252;REFB=0;REVB=0.0175115;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31204e-05;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr19 53669492 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.186;QD=54.5176;RBI=0.0435002;REFB=0;REVB=0.0401245;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249336;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr19 53727097 . G A 163.26 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.102;QD=43.5352;RBI=0.0493467;REFB=0;REVB=0.0421855;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020497;OID=.;OPOS=53727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:6:9:0:0 chr19 53740822 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.739;QD=39.2068;RBI=0.0430487;REFB=0;REVB=0.0388388;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465913;OID=.;OPOS=53740822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr19 53741068 . C T 501.18 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.827;QD=58.9626;RBI=0.0790185;REFB=0;REVB=0.0788655;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111596;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr19 53741188 . C T 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.956;QD=63.5793;RBI=0.0279417;REFB=0;REVB=0.00167522;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136738;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr19 53762537 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.559;QD=61.684;RBI=0.0410737;REFB=0;REVB=0.0406897;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12514e-05;OID=.;OPOS=53762537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr19 53770569 . G C 45.65 PASS AF=0.116279;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=86;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.00399421;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.786;QD=2.12345;RBI=0.00465634;REFB=0.00037807;REVB=-0.00239328;RO=76;SAF=4;SAR=6;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421433;STB=0.531038;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00292243;OID=.;OPOS=53770569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:88:86:76:76:10:10:0.116279:6:4:33:43:6:4:33:43 chr19 53793042 . G A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0149373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.538;QD=7.03218;RBI=0.0162012;REFB=-0.00390393;REVB=0.00627327;RO=25;SAF=1;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51103;STB=0.841242;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00775182;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:9:9:0.257143:8:1:12:13:8:1:13:13 chr19 53793574 . A G 205.73 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00920256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.212;QD=16.4582;RBI=0.0159012;REFB=-0.0180584;REVB=-0.0129677;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28019;STB=0.64791;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0282585;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:9:12:8:20:9:12:9:20 chr19 53793911 . T A 40.26 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0622454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1929;QD=14.639;RBI=0.0726511;REFB=-0.0614406;REVB=0.0374659;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.624573;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0470802;OID=.;OPOS=53793911;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:2:3:2:4:2:3 chr19 53879561 . GACAACA GACA,GACAAGT 1257.65 PASS AF=0.987805,0.0121951;AO=78,5;DP=87;FAO=81,1;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36,1;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00677087,-0.00468082;FXX=0.0120467;HRUN=2,1;LEN=3,2;MLLD=216.713,148.555;QD=61.3487;RBI=0.0115271,0.0477351;REFB=0,0;REVB=-0.00932897,-0.0475051;RO=0;SAF=36,1;SAR=42,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.43944e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000285883,0.0167184;OID=.,.;OPOS=53879562,53879566;OREF=ACA,CA;OALT=-,GT;OMAPALT=GACA,GACAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.987805,0.0121951:78,5:87:81,1:82:0:36,1:45,0:0:0:3:0:36,1:42,4:0:0 chr19 53883987 . A C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.038001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.108;QD=14.7986;RBI=0.045204;REFB=-0.0144294;REVB=0.0244811;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426146;STB=0.74429;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0102923;OID=.;OPOS=53883987;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:11:2:7:4:11:2 chr19 53884412 . G A 237.88 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0384677;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0325;QD=45.3102;RBI=0.0565069;REFB=-0.111595;REVB=-0.0413916;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00865031;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:11:9:0:0:11:9:0:1 chr19 53911510 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.864;QD=51.1846;RBI=0.0353434;REFB=0;REVB=0.0188746;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.005e-05;OID=.;OPOS=53911510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 53911973 . A G 222.7 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0621077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.788;QD=49.4877;RBI=0.0621539;REFB=0;REVB=0.00239599;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000482637;OID=.;OPOS=53911973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr19 53912242 . G A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.015903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7122;QD=37.8928;RBI=0.0739483;REFB=0.0260957;REVB=-0.072218;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00752875;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:0:1:5:7:0:1 chr19 53926318 . T A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0127898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.642;QD=18.4435;RBI=0.0322734;REFB=0.0151152;REVB=-0.0296309;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394734;STB=0.726859;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0216224;OID=.;OPOS=53926318;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:7:2:8:3:7:2 chr19 53926320 . T G 92.23 PASS AF=0.55;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0355661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.24;QD=18.4456;RBI=0.0470173;REFB=-0.038754;REVB=0.0307519;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35797;STB=0.726859;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00656134;OID=.;OPOS=53926320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:8:9:11:11:0.55:8:3:6:2:8:3:7:2 chr19 53952885 . TC T 127.78 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838479;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.4981;QD=34.0751;RBI=0.0839441;REFB=-0.0269157;REVB=0.00401961;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.423503;SSSB=-0.069361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0123488;OID=.;OPOS=53952886;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:15:15:15:0:7:8:0:0:3:1:6:6:1:0 chr19 53958126 . T G 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0224918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5736;QD=16.8957;RBI=0.0282006;REFB=0.00551374;REVB=0.0170115;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157971;STB=0.590739;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00433547;OID=.;OPOS=53958126;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:2:7:6:4:2:7 chr19 53958263 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0385782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.42;QD=16.4265;RBI=0.0386149;REFB=-0.018757;REVB=0.00168312;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142328;OID=.;OPOS=53958263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:3:8:8:3:3:8 chr19 53959804 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0130282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0994;QD=13.4863;RBI=0.0617142;REFB=-0.0403086;REVB=0.0603233;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286347;STB=0.652961;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0477177;OID=.;OPOS=53959804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:2:7:5:5:2:7:6:5 chr19 53989975 . C T 209.49 PASS AF=0.277778;AO=29;DP=108;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0455837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6625;QD=7.7588;RBI=0.0590804;REFB=-0.0157417;REVB=-0.0375848;RO=77;SAF=17;SAR=12;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505106;STB=0.520611;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0320418;OID=.;OPOS=53989975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:77:78:29:30:0.277778:12:17:42:35:13:17:42:36 chr19 53993670 . G A 80.25 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0103795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3712;QD=9.72734;RBI=0.053675;REFB=-0.0307468;REVB=-0.0526618;RO=22;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176947;STB=0.536844;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0400428;OID=.;OPOS=53993670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:32:33:22:22:10:11:0.333333:8:2:7:15:8:3:7:15 chr19 53994061 . A G 177.73 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0588702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.394;QD=30.9094;RBI=0.0598604;REFB=-0.00718136;REVB=-0.0108429;RO=6;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122608;STB=0.567491;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00199687;OID=.;OPOS=53994061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:10:7:1:5:10:7:1:5 chr19 53994802 . A T 77.18 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0131553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3874;QD=13.4232;RBI=0.0432096;REFB=-0.0127798;REVB=-0.0411583;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288925;STB=0.505144;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0170533;OID=.;OPOS=53994802;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:13:13:9:10:0.434783:3:6:9:4:3:7:9:4 chr19 53995004 . G A 140.9 PASS AF=1;AO=11;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2957;QD=40.2584;RBI=0.0491501;REFB=-0.16333;REVB=0.0255987;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122259;OID=.;OPOS=53995004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:14:14:0:0:11:14:1:6:5:0:0:6:8:0:0 chr19 54182249 . T C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0179031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4388;QD=15.6454;RBI=0.0204005;REFB=-0.0158728;REVB=0.00978045;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966586;STB=0.55511;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0466187;OID=.;OPOS=54182249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:10:12:13:16:10:12:13:16 chr19 54191743 . A G 154.37 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.06712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1922;QD=24.6997;RBI=0.0700997;REFB=-0.0784404;REVB=-0.0202205;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763025;STB=0.54266;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0575162;OID=.;OPOS=54191743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:9:7:5:4:9:7:5:4 chr19 54307322 . G A 242.24 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0278509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.977;QD=22.0217;RBI=0.0300292;REFB=-0.0312134;REVB=-0.0112286;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177488;STB=0.587351;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0298822;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:21:23:23:0.522727:13:10:13:7:13:10:13:8 chr19 54308554 . C T 126.47 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.298;QD=42.1568;RBI=0.0845036;REFB=0;REVB=-0.0585999;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327222;OID=.;OPOS=54308554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:12:0:0:10:12:1:2:8:0:0:2:10:0:0 chr19 54310803 . A AC 30.95 PASS AF=0.324324;AO=10;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0666835;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.65923;QD=3.34546;RBI=0.205452;REFB=-0.0487745;REVB=0.194329;RO=27;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433629;STB=0.739321;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=0.0624716;OID=.;OPOS=54310804;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324324:10:38:12:37:25:9:3:10:15:30:27:8:2:12:15 chr19 54378627 . T A 1679.8 PASS AF=0.952;AO=114;DP=127;FAO=119;FDP=125;FR=.;FRO=6;FSAF=99;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00655645;FXX=0.0157468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.967;QD=53.7536;RBI=0.0339037;REFB=-0.112773;REVB=0.0332637;RO=5;SAF=99;SAR=15;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233779;STB=0.50012;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0024146;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:127:125:5:6:114:119:0.952:15:99:5:0:20:99:5:1 chr19 54378789 . C G 1702.21 PASS AF=1;AO=107;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165818;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9329;QD=60.2552;RBI=0.0203317;REFB=0;REVB=0.0117653;RO=0;SAF=36;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267201;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:107:113:1:71:36:0:0:74:39:0:0 chr19 54378795 . G A 34.89 PASS AF=0.123457;AO=7;DP=85;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=0.023567;FXX=0.109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.698;QD=1.72289;RBI=0.0289475;REFB=-0.00234274;REVB=0.0168094;RO=56;SAF=1;SAR=6;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375096;STB=0.510184;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0260542;OID=.;OPOS=54378795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:85:81:56:71:7:10:0.123457:6:1:24:32:7:3:22:49 chr19 54379573 . C T 462.36 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0484861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9726;QD=52.8415;RBI=0.0503013;REFB=0.00492996;REVB=0.013391;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5263;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00193425;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:0:2:33:33:0.942857:15:18:0:0:15:18:2:0 chr19 54385820 . C T 2187.34 PASS AF=0.95;AO=147;DP=159;FAO=152;FDP=160;FR=.;FRO=8;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0160145;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.465;QD=54.6836;RBI=0.0324275;REFB=-0.00538824;REVB=0.0281971;RO=5;SAF=72;SAR=75;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00689005;STB=0.513156;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000101371;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:159:160:5:8:147:152:0.95:75:72:3:2:78:74:6:2 chr19 54394965 . T C 425.35 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0140007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.551;QD=21.5366;RBI=0.0146858;REFB=-0.00183418;REVB=0.00443323;RO=37;SAF=21;SAR=21;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103251;STB=0.556935;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00169965;OID=.;OPOS=54394965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:21:21:14:23:21:21:14:23 chr19 54403925 . T C 277.2 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0122525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.1705;QD=18.4801;RBI=0.0310078;REFB=0.00373606;REVB=-0.0284843;RO=30;SAF=22;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289407;STB=0.662536;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00861425;OID=.;OPOS=54403925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:8:22:13:17:8:22:13:17 chr19 54545186 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00723572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.953;QD=21.5461;RBI=0.0324635;REFB=-0.028141;REVB=-0.0316469;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12611;STB=0.571326;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00674063;OID=.;OPOS=54545186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:4:6:6:8:4:6 chr19 54545390 . A AC 50.08 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00936944;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=153.007;QD=16.6933;RBI=0.00936944;REFB=0.0056709;REVB=0;RO=5;SAF=7;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00403259;OID=.;OPOS=54545391;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:7:12:7:12:5:7:0:5:0:30:5:7:0:5:0 chr19 54545531 . T C 269.37 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0252967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3872;QD=18.9031;RBI=0.0258372;REFB=-0.0101555;REVB=-0.00525721;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465551;STB=0.52598;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00914663;OID=.;OPOS=54545531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:14:15:13:15:14:15:13:15 chr19 54578328 . A G 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0111587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.208;QD=19.8495;RBI=0.0147882;REFB=-0.0039958;REVB=0.00970442;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292939;STB=0.686065;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00409841;OID=.;OPOS=54578328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:11:13:15:15:0.535714:8:7:1:10:8:7:1:12 chr19 54600232 . A C 250.39 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0292928;FXX=0.0439512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2758;QD=11.512;RBI=0.0516825;REFB=-0.0119179;REVB=-0.0425795;RO=54;SAF=12;SAR=18;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133158;STB=0.560707;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0185567;OID=.;OPOS=54600232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:87:54:57:30:30:0.344828:18:12:28:26:18:12:28:29 chr19 54606209 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.428;QD=46.848;RBI=0.0275658;REFB=0;REVB=0.00556363;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261557;OID=.;OPOS=54606209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr19 54613420 . G A 79.38 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0116516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.502;QD=15.8764;RBI=0.0118331;REFB=-0.0310594;REVB=0.00206464;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0278051;OID=.;OPOS=54613420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:5:5:5:5:5:5 chr19 54627915 . C T 277.3 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.041702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.0388;QD=20.5409;RBI=0.0504269;REFB=-0.0472021;REVB=-0.0283516;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528308;STB=0.529391;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0515916;OID=.;OPOS=54627915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:18:11:11:14:18:11:11:14 chr19 54634830 . C T 246.59 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0103457;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5718;QD=23.4846;RBI=0.0342107;REFB=-0.0130744;REVB=-0.0326089;RO=18;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12604;STB=0.560386;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00670339;OID=.;OPOS=54634830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:8:15:9:9:8:15:10:9 chr19 54649671 . T C 129.47 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.571;QD=43.1579;RBI=0.156175;REFB=0;REVB=0.00194555;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441015;OID=.;OPOS=54649671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:9:2:0:0:9:3:0:0 chr19 54652203 . T C 77.91 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.559;QD=34.6275;RBI=0.0336508;REFB=0;REVB=-0.018569;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00896676;OID=.;OPOS=54652203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:9:0:0:8:9:1:2:6:0:0:3:6:0:0 chr19 54656196 . G A 239.24 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00727811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.617;QD=20.8035;RBI=0.01594;REFB=-0.0203701;REVB=0.0141814;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778015;STB=0.543689;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.020604;OID=.;OPOS=54656196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:12:11:9:14:12:11:9:14 chr19 54662044 . G A 291.59 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0127847;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.235;QD=25.3554;RBI=0.0147201;REFB=-0.0103036;REVB=0.00729611;RO=20;SAF=6;SAR=20;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726986;STB=0.540508;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00359768;OID=.;OPOS=54662044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:20:20:26:26:0.565217:20:6:6:14:20:6:6:14 chr19 54664209 . G C 291.6 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.027488;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6307;QD=19.7693;RBI=0.0575331;REFB=-0.0423401;REVB=0.0505417;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321348;STB=0.526299;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0353738;OID=.;OPOS=54664209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:28:30:31:0.525424:15:15:14:12:15:16:16:12 chr19 54677759 . T C 574.38 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.675;QD=60.461;RBI=0.0365539;REFB=0;REVB=-0.025205;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92004e-05;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:35:38:1:14:21:0:0:14:24:0:0 chr19 54697079 . C T 257.71 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0121268;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.415;QD=15.8588;RBI=0.0136438;REFB=-0.00573937;REVB=0.00625256;RO=34;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173828;STB=0.598644;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00935021;OID=.;OPOS=54697079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:36:29:29:0.446154:11:18:15:19:11:18:16:20 chr19 54723355 . A G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.101;QD=60.6071;RBI=0.0396567;REFB=0;REVB=-0.0221663;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408336;OID=.;OPOS=54723355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr19 54723738 . G C 552.13 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.405;QD=59.6896;RBI=0.0196682;REFB=0;REVB=0.0170513;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281134;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:17:20:0:0 chr19 54725930 . C T 95.32 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1635;QD=34.6606;RBI=0.0885482;REFB=-0.0573066;REVB=-0.0855383;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176689;STB=0.599781;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00490627;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:2:8:0:1:2:8:0:1 chr19 54725995 . G A 175.63 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5836;QD=46.8339;RBI=0.0548862;REFB=0;REVB=0.0150529;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000455086;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr19 54726226 . T C 368.47 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.951;QD=54.5875;RBI=0.0609415;REFB=0;REVB=0.0247601;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072456;OID=.;OPOS=54726226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:10:15:0:0:10:17:0:0 chr19 54726241 . C T 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0210624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8021;QD=12.974;RBI=0.0254871;REFB=0.022793;REVB=0.0143515;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24777;STB=0.66637;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0373777;OID=.;OPOS=54726241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:3:9:9:8:3:9:9:9 chr19 54726299 . A C 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0225662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9347;QD=9.10886;RBI=0.0352216;REFB=0.00279408;REVB=-0.0270431;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237275;STB=0.624687;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0105477;OID=.;OPOS=54726299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:3:5:6:9:3:5:7:9 chr19 54726324 . G C 123.17 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0196434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.369;QD=37.8983;RBI=0.0212966;REFB=-0.0930367;REVB=0.00822681;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994753;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00287299;OID=.;OPOS=54726324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:1:1:11:12:0.923077:7:4:1:0:8:4:1:0 chr19 54726816 . A T 191.21 PASS AF=0.72;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0294339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.737;QD=30.5938;RBI=0.0312062;REFB=-0.00087276;REVB=-0.010367;RO=5;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189265;STB=0.57638;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000533054;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:23:25:5:7:18:18:0.72:14:4:3:2:14:4:3:4 chr19 54726833 . T C 182.98 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0676894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8862;QD=25.239;RBI=0.0708276;REFB=-0.0145926;REVB=0.0208494;RO=11;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2661;STB=0.65554;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00536955;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:17:18:0.62069:14:3:5:6:15:3:5:6 chr19 54726839 . C T 109.68 PASS AF=0.56;AO=11;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0502687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.243;QD=17.5495;RBI=0.052547;REFB=-0.0763503;REVB=0.015305;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177484;STB=0.632885;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0238316;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:25:11:11:11:14:0.56:8:3:5:6:11:3:5:6 chr19 54726843 . C G 128.19 PASS AF=0.56;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0157714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.093;QD=20.5102;RBI=0.0166761;REFB=-0.0403965;REVB=0.00541802;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243221;STB=0.632885;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0177948;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:10:11:13:14:0.56:10:3:5:5:11:3:5:6 chr19 54726861 . C T 126.74 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00373673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.9;QD=19.4981;RBI=0.0166604;REFB=-0.00626685;REVB=0.016236;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277455;STB=0.659749;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0122715;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:11:3:6:6:11:3:6:6 chr19 54726872 . C G 128.17 PASS AF=0.56;AO=11;DP=23;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0338504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.852;QD=20.5078;RBI=0.0450604;REFB=-0.0544438;REVB=0.0297421;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254322;STB=0.673197;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0322782;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:25:11:11:11:14:0.56:8:3:6:5:11:3:6:5 chr19 54743758 . C A 236.69 PASS AF=0.611111;AO=20;DP=34;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.151467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.33;QD=26.2983;RBI=0.152757;REFB=-0.00387828;REVB=-0.0198053;RO=14;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112822;STB=0.567511;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00392701;OID=.;OPOS=54743758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:14:14:20:22:0.611111:15:5:2:12:16:6:2:12 chr19 54744799 . G C 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0142142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.097;QD=9.88532;RBI=0.0217892;REFB=-0.0115404;REVB=-0.0165144;RO=39;SAF=12;SAR=7;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116066;STB=0.506842;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0286484;OID=.;OPOS=54744799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:7:12:25:14:7:12:25:14 chr19 54745907 . A G 442.74 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=40;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0280004;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5216;QD=45.409;RBI=0.081996;REFB=-0.0528483;REVB=-0.077067;RO=6;SAF=17;SAR=16;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139462;STB=0.574956;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00695417;OID=.;OPOS=54745907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:39:6:6:33:33:0.846154:16:17:6:0:16:17:6:0 chr19 54746051 . A C 50.3 PASS AF=0.125;AO=10;DP=87;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0346109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1922;QD=2.28648;RBI=0.0596027;REFB=-0.00553501;REVB=-0.0485238;RO=77;SAF=5;SAR=5;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233648;STB=0.52278;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0334657;OID=.;OPOS=54746051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:87:88:77:77:10:11:0.125:5:5:37:40:6:5:37:40 chr19 54746081 . T C,G 1286.56 PASS AF=0.911111,0.0555556;AO=82,5;DP=90;FAO=82,5;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=37,2;FSAR=45,3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0347354,0.0395575;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=173.16,13.2603;QD=57.1806;RBI=0.0416847,0.040079;REFB=-0.0142115,-0.0731368;REVB=0.0230449,0.00644471;RO=2;SAF=37,2;SAR=45,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0249076,-0.281149;STB=0.507664,0.599599;STBP=0.469,0.601;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000591983,0.108309;OID=.,.;OPOS=54746081,54746081;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:90:90:2:3:82,5:82,5:0.911111,0.0555556:45,3:37,2:2:0:45,3:37,2:2:1 chr19 54754752 . T C 993.81 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856926;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.312;QD=59.3317;RBI=0.0325432;REFB=0;REVB=0.0313947;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54713e-05;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr19 54754946 . G A 43.32 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0166303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0385;QD=6.93084;RBI=0.0959907;REFB=-0.0115253;REVB=0.0945392;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.579978;STB=0.86565;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0396305;OID=.;OPOS=54754946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:25:25:18:18:7:7:0.28:6:1:12:6:6:1:12:6 chr19 54755911 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0333496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.16;QD=14.6494;RBI=0.0402504;REFB=-0.03513;REVB=0.0225367;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39929;STB=0.726997;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0192857;OID=.;OPOS=54755911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:16:3:8:6:16:3 chr19 54755922 . CA TG 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0073942;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.327;QD=16.2717;RBI=0.0424883;REFB=-0.0135508;REVB=-0.04184;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345563;STB=0.695425;STBP=0.078;TYPE=mnp;VARB=0.0219048;OID=.;OPOS=54755922;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:15:3:8:7:15:3 chr19 54756288 . T TG 35.11 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0816285;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.0332;QD=5.20145;RBI=0.0906755;REFB=-0.0353791;REVB=0.039482;RO=22;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426211;STB=0.803909;STBP=0.103;TYPE=ins;VARB=0.0818766;OID=.;OPOS=54756289;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:7:29:7:27:20:6:1:10:10:35:22:6:1:12:10 chr19 54757907 . GT GTG,TG 68.52 PASS AF=0.361111,0;AO=9,2;DP=36;FAO=13,0;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9,0;FSAR=4,0;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0627551,0.00820637;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=13.9131,19.1433;QD=7.61309;RBI=0.0628616,0.0230127;REFB=-0.0977309,-0.0727095;REVB=-0.00365715,0.0214998;RO=24;SAF=9,0;SAR=0,2;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.773907,-0.453997;STB=0.667859,0.5;STBP=0.139,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.130625,0.0372569;OID=.,.;OPOS=54757909,54757907;OREF=-,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:36:36:24:23:9,2:13,0:0.361111,0:0,2:9,0:10:14:4,0:9,0:10:13 chr19 54759361 . T C 122.12 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0475927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.285;QD=25.7099;RBI=0.0648607;REFB=-0.0129464;REVB=-0.0440664;RO=6;SAF=10;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367223;STB=0.707623;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0045798;OID=.;OPOS=54759361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:3:10:1:5:3:10:1:5 chr19 54767879 . T C 1340.09 PASS AF=0.978022;AO=86;DP=89;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0121985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.297;QD=58.9052;RBI=0.0507618;REFB=-0.0980896;REVB=0.0492743;RO=3;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319084;STB=0.510636;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00025245;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:91:3:2:86:89:0.978022:43:43:0:3:46:43:0:2 chr19 54782919 . C T 268.86 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0276071;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.639;QD=21.9477;RBI=0.0278581;REFB=-0.0277114;REVB=-0.0037306;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330838;STB=0.529581;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0299299;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:24:25:25:0.510204:11:14:12:11:11:14:12:12 chr19 54783375 . T A 618.58 PASS AF=0.554545;AO=61;DP=110;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=11;FWDB=0.0254269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.241;QD=22.494;RBI=0.033151;REFB=-0.0299606;REVB=-0.0212711;RO=49;SAF=41;SAR=20;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993621;STB=0.554175;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.021141;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:49:49:61:61:0.554545:20:41:38:11:20:41:38:11 chr19 54783923 . A G 373.51 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7423;QD=55.335;RBI=0.0439778;REFB=0;REVB=0.0194894;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00035996;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:11:16:0:0 chr19 54784130 . T C 254.59 PASS AF=0.509804;AO=17;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.111401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6595;QD=19.9677;RBI=0.113169;REFB=-0.0456424;REVB=-0.0199246;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32558;STB=0.630469;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0302556;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:13:25:17:26:0.509804:10:7:11:2:18:8:14:11 chr19 54802540 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.455;QD=44.6896;RBI=0.0280377;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302462;OID=.;OPOS=54802540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:0:13:0:0:0:13:0:0 chr19 54848684 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00280245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.114;QD=11.6335;RBI=0.0586056;REFB=-0.00620593;REVB=0.0585386;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634949;STB=0.537663;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0133556;OID=.;OPOS=54848684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:12:4:3:7:12:4 chr19 54849463 . C T 155.93 PASS AF=0.365385;AO=17;DP=50;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0209006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.241;QD=11.9944;RBI=0.0793615;REFB=-0.00401778;REVB=0.0765598;RO=33;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827841;STB=0.54094;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00868171;OID=.;OPOS=54849463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:33:33:17:19:0.365385:10:7:16:17:11:8:16:17 chr19 54849481 . T G 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.010082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.723;QD=7.67879;RBI=0.0122459;REFB=-0.00497342;REVB=-0.00695104;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108081;STB=0.567442;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0151199;OID=.;OPOS=54849481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:7:4:14:17:7:4:14:17 chr19 54962579 . C T 237.33 PASS AF=0.575;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0212643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.537;QD=23.7331;RBI=0.0219692;REFB=-0.047823;REVB=0.00552074;RO=16;SAF=6;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144625;STB=0.578242;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0105482;OID=.;OPOS=54962579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:22:23:0.575:16:6:7:9:16:7:8:9 chr19 54965860 . G A 159.0 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.022247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.466;QD=18.1716;RBI=0.0226658;REFB=-0.0163606;REVB=0.00433711;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208812;STB=0.58636;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.017719;OID=.;OPOS=54965860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:12:4:8:10:12:5:8:10 chr19 54966579 . C G 308.36 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0349985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0794;QD=18.4096;RBI=0.0595266;REFB=-0.0175831;REVB=-0.0481511;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16474;STB=0.597393;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0186888;OID=.;OPOS=54966579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:16:17:23:10:16:17:24:10 chr19 54972719 . A T 398.92 PASS AF=0.573529;AO=37;DP=67;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=-0.0340907;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.036;QD=23.466;RBI=0.0385435;REFB=-0.0181333;REVB=0.0179841;RO=28;SAF=16;SAR=21;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210088;STB=0.626391;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0162155;OID=.;OPOS=54972719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:28:29:37:39:0.573529:21:16:5:23:21:18:5:24 chr19 54973280 . C G 304.14 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0210706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.571;QD=17.3796;RBI=0.0211814;REFB=0.00440562;REVB=-0.00216439;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153373;STB=0.585405;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00437372;OID=.;OPOS=54973280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:19:14:10:27:19:14:10:27 chr19 54973988 . GCCT G 85.43 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0100938;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=3;MLLD=190.846;QD=7.94734;RBI=0.0281514;REFB=-0.0348812;REVB=-0.0262796;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=0.0570906;STB=0.544832;STBP=0.664;TYPE=del;VARB=0.0679916;OID=.;OPOS=54973989;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348837:15:44:15:43:28:8:7:13:15:85:23:8:7:11:12 chr19 55009497 . A C 306.12 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.055;QD=53.2377;RBI=0.0406673;REFB=0;REVB=-0.000635335;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120034;OID=.;OPOS=55009497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:10:13:0:0 chr19 55019402 . A G 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.102047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.98;QD=58.242;RBI=0.102089;REFB=-0.0483314;REVB=0.00290468;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=6.07342e-05;OID=.;OPOS=55019402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:0:1:18:21:0:1 chr19 55045042 . G A 1336.05 PASS AF=0.946809;AO=86;DP=94;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0319706;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.485;QD=56.8534;RBI=0.0321233;REFB=-0.0232561;REVB=-0.00312836;RO=5;SAF=31;SAR=55;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267693;STB=0.512205;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000938132;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:94:94:5:5:86:89:0.946809:55:31:3:2:55:34:3:2 chr19 55086775 . C T 1062.26 PASS AF=0.949367;AO=73;DP=78;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00761154;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.068;QD=53.7853;RBI=0.0111532;REFB=-0.0549988;REVB=0.00815225;RO=5;SAF=25;SAR=48;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770729;STB=0.506062;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.000856092;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:79:5:4:73:75:0.949367:48:25:2:3:48:27:1:3 chr19 55142101 . G A 92.98 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0506939;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.401;QD=8.85479;RBI=0.0521421;REFB=-0.00592886;REVB=-0.0122035;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373364;STB=0.512175;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0206422;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:42:42:29:30:12:12:0.285714:5:7:16:13:5:7:17:13 chr19 55142739 . A C 174.35 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00871166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.504;QD=22.4963;RBI=0.0106702;REFB=-0.00540301;REVB=0.00616123;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215908;STB=0.626737;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00449327;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:13:17:18:0.580645:10:7:2:11:10:8:2:11 chr19 55143083 . T C 647.24 PASS AF=0.503876;AO=64;DP=128;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.000481793;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.094;QD=20.0695;RBI=0.00548502;REFB=-0.00904965;REVB=-0.00546382;RO=64;SAF=37;SAR=27;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574405;STB=0.526905;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0107609;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:64:64:64:65:0.503876:27:37:33:31:28:37:33:31 chr19 55143156 . TG CA 515.44 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0247047;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.283;QD=17.622;RBI=0.0254528;REFB=-0.0202208;REVB=-0.00612565;RO=60;SAF=32;SAR=23;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139787;STB=0.569263;STBP=0.185;TYPE=mnp;VARB=0.0247463;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:62:55:55:0.470085:23:32:26:34:23:32:28:34 chr19 55143452 . T C 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0192949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.588;QD=13.3343;RBI=0.022721;REFB=-0.00620658;REVB=-0.0119979;RO=39;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057796;STB=0.53297;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0108007;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:16:10:13:26:16:10:13:26 chr19 55143491 . G T 283.2 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0151422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.651;QD=12.5866;RBI=0.0158556;REFB=-0.000279445;REVB=0.00470244;RO=57;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219986;STB=0.625346;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.000408935;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:16:17:18:39:16:17:18:39 chr19 55144185 . G GT 32.52 PASS AF=0.266667;AO=4;DP=36;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0160752;FXX=0.16662;HRUN=0;LEN=1;MLLD=69.2857;QD=4.33585;RBI=0.0165351;REFB=-0.00251416;REVB=0.00387252;RO=29;SAF=3;SAR=1;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497787;STB=0.773533;STBP=0.092;TYPE=ins;VARB=0.099784;OID=.;OPOS=55144186;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:4:36:8:30:22:6:2:8:14:32:29:3:1:8:21 chr19 55144186 . C T 60.89 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00917042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.1506;QD=6.58268;RBI=0.0309654;REFB=-0.00967403;REVB=0.0295763;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278098;STB=0.680119;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0192324;OID=.;OPOS=55144186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:7:2:12:16:7:2:12:16 chr19 55174498 . T C 136.15 PASS AF=0.340426;AO=17;DP=48;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0629067;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6368;QD=11.5868;RBI=0.065916;REFB=-0.007981;REVB=-0.0196892;RO=31;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303681;STB=0.745887;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0486945;OID=.;OPOS=55174498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:31:31:17:16:0.340426:4:13:16:15:3:13:15:16 chr19 55175740 . C T 691.73 PASS AF=0.981132;AO=48;DP=51;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0609832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.8809;QD=52.2057;RBI=0.0949031;REFB=0.00143718;REVB=0.0727161;RO=3;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462174;STB=0.50746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000258063;OID=.;OPOS=55175740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:53:3:1:48:52:0.981132:29:19:0:3:33:19:0:1 chr19 55176262 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000462427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.333;QD=60.9773;RBI=0.0347259;REFB=0;REVB=0.0347228;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80847e-05;OID=.;OPOS=55176262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr19 55176535 . C T 238.77 PASS AF=0.491228;AO=24;DP=54;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00185579;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.918;QD=16.7561;RBI=0.0337689;REFB=-0.0105775;REVB=-0.0337179;RO=19;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114863;STB=0.562457;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0110493;OID=.;OPOS=55176535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:19:29:24:28:0.491228:8:16:15:4:12:16:20:9 chr19 55178162 . A G 161.34 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0150934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6916;QD=18.9807;RBI=0.126806;REFB=-0.0284833;REVB=-0.125905;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540683;STB=0.53065;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0242927;OID=.;OPOS=55178162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:11:6:7:10:11:6 chr19 55179143 . A C 254.65 PASS AF=0.375;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00785354;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.307;QD=12.7326;RBI=0.00862173;REFB=-0.0201583;REVB=-0.00355753;RO=51;SAF=23;SAR=7;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351663;STB=0.718596;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0298874;OID=.;OPOS=55179143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:51:50:30:30:0.375:7:23:24:27:7:23:22:28 chr19 55237616 . C T 837.74 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221081;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.592;QD=57.7749;RBI=0.00649244;REFB=0;REVB=-0.00610444;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20962e-06;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr19 55237677 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.613;QD=61.6839;RBI=0.0270382;REFB=0;REVB=0.0264658;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20479e-05;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr19 55239223 . G A 1283.32 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.073;QD=61.8466;RBI=0.0741608;REFB=0;REVB=0.073951;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127884;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:35:48:0:0:35:48:0:0 chr19 55246739 . C T 1396.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1325;QD=62.7605;RBI=0.0168385;REFB=0;REVB=0.00428087;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.9144e-05;OID=.;OPOS=55246739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:35:54:0:0:35:54:0:0 chr19 55286650 . T C 204.8 PASS AF=0.5;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0126255;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.435;QD=25.6005;RBI=0.0145119;REFB=0.00479726;REVB=0.00715487;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296574;STB=0.637504;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00664599;OID=.;OPOS=55286650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:33:32:9:11:15:16:0.5:10:5:7:2:11:5:7:4 chr19 55294927 . A G 400.93 PASS AF=0.573529;AO=38;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0153255;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.664;QD=23.584;RBI=0.026161;REFB=-0.0295545;REVB=-0.021202;RO=29;SAF=16;SAR=22;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00585866;STB=0.501557;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0193298;OID=.;OPOS=55294927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:38:39:0.573529:22:16:12:17:23:16:12:17 chr19 55299773 . A C 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00857591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0305;QD=12.0465;RBI=0.0121918;REFB=-0.0161306;REVB=-0.0086657;RO=52;SAF=19;SAR=11;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087114;STB=0.557379;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0156338;OID=.;OPOS=55299773;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:53:30:30:0.361446:11:19:29:23:11:19:29:24 chr19 55316329 . A G,T 1052.53 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=68,3;DP=71;FAO=69,3;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0;FSAR=18,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011854,-0.00602703;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.499,135.468;QD=58.4739;RBI=0.0188291,0.0285462;REFB=0,0;REVB=-0.0146293,-0.0279027;RO=0;SAF=50,0;SAR=18,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000824406,0.00138293;OID=.,.;OPOS=55316329,55316329;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:71:72:0:0:68,3:69,3:0.958333,0.0416667:18,3:50,0:0:0:18,3:51,0:0:0 chr19 55320279 . G A 1698.94 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00638654;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9416;QD=59.6119;RBI=0.0121145;REFB=-0.0193546;REVB=-0.0102943;RO=1;SAF=68;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693169;STB=0.503596;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00010576;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:114:1:1:112:113:0.991228:44:68:1:0:44:69:1:0 chr19 55328959 . G T 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.857;QD=59.3212;RBI=0.0158136;REFB=0;REVB=0.004855;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76222e-05;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr19 55331419 . C T 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186139;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.434;QD=56.8272;RBI=0.026058;REFB=-0.00275574;REVB=0.0182358;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140981;STB=0.50746;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000586026;OID=.;OPOS=55331419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:33:31:0:1:33:31:0:1 chr19 55333243 . C CT 120.7 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139167;FXX=0.422914;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.5587;QD=32.1865;RBI=0.156714;REFB=0;REVB=-0.0720525;RO=24;SAF=0;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558418;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00862346;OID=.;OPOS=55333244;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:27:15:15:0:9:6:0:0:3:24:0:3:11:13 chr19 55333246 . C T 356.98 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.831;QD=54.92;RBI=0.0804827;REFB=0;REVB=0.0663887;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854747;OID=.;OPOS=55333246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr19 55333275 . G T 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5171;QD=51.1786;RBI=0.0474878;REFB=0;REVB=0.0467863;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118697;OID=.;OPOS=55333275;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 55349031 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6894;QD=62.9811;RBI=0.0476025;REFB=0;REVB=-0.0103652;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00082091;OID=.;OPOS=55349031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr19 55349273 . C A 807.34 PASS AF=0.9375;AO=59;DP=63;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000576352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.076;QD=50.4585;RBI=0.0148569;REFB=-0.157756;REVB=0.0148457;RO=1;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119466;STB=0.527018;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00266737;OID=.;OPOS=55349273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:63:64:1:4:59:60:0.9375:39:20:0:1:39:21:3:1 chr19 55359272 . C G 1008.56 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.103661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3821;QD=55.2638;RBI=0.103949;REFB=-0.113295;REVB=0.00773827;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129528;STB=0.506268;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0174588;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:73:73:1:3:70:70:0.958904:34:36:1:0:34:36:2:1 chr19 55361942 . G T 773.39 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.598;QD=61.8712;RBI=0.0471609;REFB=-0.137266;REVB=0.0406387;RO=1;SAF=39;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119172;STB=0.506327;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00150358;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:10:39:1:0:10:39:1:0 chr19 55362719 . G T 1519.4 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0475705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.774;QD=62.0165;RBI=0.0568518;REFB=-0.0573328;REVB=0.0311315;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000295105;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:98:0:1:95:97:0.989796:53:42:0:0:54:43:0:1 chr19 55378008 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.543;QD=51.1845;RBI=0.0603059;REFB=0;REVB=0.0306586;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731787;OID=.;OPOS=55378008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr19 55441902 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0128364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.19;QD=13.5767;RBI=0.0323795;REFB=-0.0178644;REVB=0.0297264;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126383;STB=0.574349;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0241563;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:11:8:4:9:11:8 chr19 55441995 . A G 141.94 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0174977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.121;QD=13.8473;RBI=0.0196477;REFB=-0.0198388;REVB=-0.00893659;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168771;STB=0.598066;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0404763;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:10:15:7:9:10:15 chr19 55485899 . G A 72.98 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=27;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0267827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.975;QD=9.73021;RBI=0.0267836;REFB=-0.0199114;REVB=-0.000222239;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200918;STB=0.63132;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0338578;OID=.;OPOS=55485899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:27:30:18:20:8:10:0.333333:5:3:10:8:6:4:12:8 chr19 55536595 . G A 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00678909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.269;QD=21.8393;RBI=0.0127992;REFB=-0.00872181;REVB=-0.0108502;RO=23;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139203;STB=0.560393;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00791792;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:16:9:5:18:16:9:6:18 chr19 55538980 . T C 264.24 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00240591;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.134;QD=16.2608;RBI=0.0497994;REFB=-0.0229235;REVB=0.0497412;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886597;STB=0.523062;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0350525;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:31:35:29:30:0.461538:14:15:19:12:15:15:19:16 chr19 55539072 . T G 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00433658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.554;QD=17.2644;RBI=0.00447007;REFB=-0.0119041;REVB=0.00108423;RO=42;SAF=15;SAR=21;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19302;STB=0.607991;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00725113;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:21:15:26:16:21:15:26:16 chr19 55568084 . CG TT 176.32 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00996943;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.443;QD=12.3735;RBI=0.0151322;REFB=-0.00668767;REVB=-0.0113839;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062203;STB=0.519213;STBP=0.859;TYPE=mnp;VARB=0.0103743;OID=.;OPOS=55568084;OREF=CG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:21:22:0.385965:12:9:17:18:12:10:17:18 chr19 55570574 . A G 362.22 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00551537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.837;QD=23.3689;RBI=0.0263292;REFB=-0.030619;REVB=-0.025745;RO=26;SAF=19;SAR=17;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195898;STB=0.607402;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0170953;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:17:19:7:19:17:19:7:19 chr19 55598724 . A G 75.61 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0197124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8529;QD=11.6325;RBI=0.129643;REFB=0.0254062;REVB=-0.128136;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687321;STB=0.562374;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0471569;OID=.;OPOS=55598724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:6:4:7:8:6:4:8:8 chr19 55614923 . T C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.064369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0684;QD=18.8861;RBI=0.105074;REFB=0.00703566;REVB=-0.0830496;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128939;STB=0.574292;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00630179;OID=.;OPOS=55614923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:1:4:5:3:1:4 chr19 55644325 . A C 215.3 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7967;QD=47.845;RBI=0.0259206;REFB=0;REVB=-0.00117662;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199778;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:18:0:0:16:18:1:7:9:0:0:8:10:0:0 chr19 55668029 . G T 148.57 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0570518;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.784;QD=25.8387;RBI=0.057856;REFB=-0.00911149;REVB=0.00961317;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174828;STB=0.597574;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00318154;OID=.;OPOS=55668029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:23:8:8:15:15:0.652174:8:7:6:2:8:7:6:2 chr19 55668509 . A T 249.55 PASS AF=0.47541;AO=25;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.024977;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5091;QD=16.364;RBI=0.0267804;REFB=-0.00708486;REVB=0.00966106;RO=30;SAF=4;SAR=21;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675674;STB=0.533089;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0107682;OID=.;OPOS=55668509;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:32:25:29:0.47541:21:4:6:24:23:6:8:24 chr19 55671337 . C T 255.78 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5622;QD=51.1566;RBI=0.0758086;REFB=0;REVB=0.0124932;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282226;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr19 55693244 . T C 388.32 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0362102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.226;QD=21.2778;RBI=0.0367505;REFB=0.00164487;REVB=-0.00627874;RO=34;SAF=14;SAR=25;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553219;STB=0.503057;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00195897;OID=.;OPOS=55693244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:25:14:12:22:25:14:12:22 chr19 55699454 . T C 670.13 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0201693;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9169;QD=52.5589;RBI=0.0344803;REFB=-0.0523859;REVB=-0.0279658;RO=2;SAF=33;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144603;STB=0.507689;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00483804;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:2:2:49:49:0.960784:16:33:1:1:16:33:1:1 chr19 55699525 . TCCCCT TCCCGT,TCCCT,TCCCTG 313.39 PASS AF=0.0465116,0.860465,0;AO=5,20,2;DP=43;FAO=2,37,0;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=1,22,0;FSAR=1,15,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.107481,0.0309843,-0.0599062;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=26.0044,11.6245,8.06238;QD=29.1522;RBI=0.109967,0.247939,0.177445;REFB=-0.046078,-0.155474,-0.128243;REVB=0.0232528,0.245996,0.167027;RO=12;SAF=4,14,2;SAR=1,6,0;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.614907,0.359767,0.718987;STB=0.665181,0.534394,0.5;STBP=0.732,0.181,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.137961,0.134752,0.0900663;OID=.,.,.;OPOS=55699529,55699526,55699529;OREF=C,C,CT;OALT=G,-,TG;OMAPALT=TCCCGT,TCCCT,TCCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0465116,0.860465,0:5,20,2:43:2,37,0:43:4:1,22,0:1,15,0:1:3:9:12:4,14,2:1,6,0:2:10 chr19 55708557 . A G 403.78 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00745547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.976;QD=19.4592;RBI=0.00787203;REFB=0.00325325;REVB=-0.0025268;RO=41;SAF=18;SAR=23;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662527;STB=0.543072;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00349694;OID=.;OPOS=55708557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:41:41:0.493976:23:18:21:20:23:18:22:20 chr19 55708573 . G A 322.35 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00140161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.666;QD=16.3216;RBI=0.0134756;REFB=-0.00837342;REVB=0.0134026;RO=43;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883729;STB=0.556668;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00951633;OID=.;OPOS=55708573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:35:35:0.443038:21:14:21:22:21:14:22:22 chr19 55713535 . G A 344.35 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00530046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.938;QD=13.1181;RBI=0.00972314;REFB=-0.00502656;REVB=-0.00815135;RO=63;SAF=11;SAR=30;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244295;STB=0.635917;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00554241;OID=.;OPOS=55713535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:64:41:41:0.390476:30:11:30:33:30:11:30:34 chr19 55715309 . C T 465.12 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0364218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.263;QD=19.5841;RBI=0.0774665;REFB=-0.00233888;REVB=-0.0683704;RO=49;SAF=21;SAR=25;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262132;STB=0.514557;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00249395;OID=.;OPOS=55715309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:25:21:21:28:25:21:21:28 chr19 55715319 . C G 464.57 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0115739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.662;QD=19.5606;RBI=0.0131167;REFB=0.000146969;REVB=0.00617186;RO=47;SAF=20;SAR=26;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111254;STB=0.50326;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00037302;OID=.;OPOS=55715319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:47:49:46:46:0.484211:26:20:21:26:26:20:21:28 chr19 55738634 . T C,G 768.68 PASS AF=0.9,0.1;AO=45,4;DP=49;FAO=45,5;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=24,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274746,-0.00352543;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.5576,111.026;QD=61.4945;RBI=0.0911197,0.0120942;REFB=0,0;REVB=0.086879,0.011569;RO=0;SAF=21,2;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00134713,0.18616;OID=.,.;OPOS=55738634,55738634;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:49:50:0:0:45,4:45,5:0.9,0.1:24,2:21,2:0:0:24,3:21,2:0:0 chr19 55791091 . C T 419.69 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.873;QD=55.9587;RBI=0.091763;REFB=0;REVB=0.0916094;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025081;OID=.;OPOS=55791091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:30:0:0:25:30:1:20:5:0:0:23:7:0:0 chr19 55816678 . C T 142.85 PASS AF=0.53125;AO=14;DP=29;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.135425;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.0576;QD=17.8565;RBI=0.193687;REFB=-0.0995734;REVB=0.138473;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299972;STB=0.533294;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0868521;OID=.;OPOS=55816678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:32:15:15:14:17:0.53125:7:7:7:8:9:8:6:9 chr19 55824332 . T G 199.29 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0329213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.569;QD=19.4425;RBI=0.0367365;REFB=-0.0291336;REVB=-0.0163021;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177419;STB=0.585283;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0366443;OID=.;OPOS=55824332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:21:19:20:0.487805:9:10:7:14:10:10:7:14 chr19 55870104 . G C 792.63 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0140582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.162;QD=53.7375;RBI=0.0145094;REFB=-0.170747;REVB=-0.00359012;RO=1;SAF=36;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129222;STB=0.504778;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.000845557;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:1:2:57:57:0.966102:21:36:1:0:21:36:1:1 chr19 55870289 . C T 513.21 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7279;QD=58.6524;RBI=0.0258374;REFB=0;REVB=0.0217762;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259035;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr19 55870351 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0763133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.713;QD=51.182;RBI=0.0812063;REFB=0;REVB=0.0277624;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296704;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr19 55870600 . C G 531.27 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.667;QD=59.0302;RBI=0.047098;REFB=0;REVB=0.0395306;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86773e-05;OID=.;OPOS=55870600;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:36:0:0:32:36:1:12:20:0:0:16:20:0:0 chr19 55871019 . A G 129.27 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3515;QD=43.091;RBI=0.0516411;REFB=0;REVB=-0.043328;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000737666;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr19 55872397 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.027;QD=39.2068;RBI=0.0355852;REFB=0;REVB=0.0184134;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101198;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr19 55872566 . A G 464.18 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.108;QD=58.0226;RBI=0.089291;REFB=0;REVB=0.0101596;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123531;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:19:13:0:0 chr19 55873642 . C T 1033.53 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.428;QD=59.0591;RBI=0.0170776;REFB=0;REVB=0.00678481;RO=1;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192778;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325425;OID=.;OPOS=55873642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:1:0:66:70:1:24:42:0:1:26:44:0:0 chr19 55874338 . C A 423.5 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0249871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.12;QD=21.1751;RBI=0.0325417;REFB=-0.0210679;REVB=0.0208472;RO=38;SAF=30;SAR=12;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288952;STB=0.660298;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0165707;OID=.;OPOS=55874338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:12:30:15:23:12:30:15:23 chr19 55877231 . C T 336.11 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0496786;FXX=0.0370233;HRUN=6;LEN=1;MLLD=92.3077;QD=51.7096;RBI=0.0526965;REFB=-0.144428;REVB=0.017577;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00298265;OID=.;OPOS=55877231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:1:0:14:11:1:0 chr19 55913038 . C T 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00407875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.586;QD=11.5949;RBI=0.0140404;REFB=-0.02234;REVB=0.0134349;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195799;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0435776;OID=.;OPOS=55913038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:4:8:13:7:4:8:14:7 chr19 56002382 . GC G 57.95 PASS AF=0.454545;AO=7;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0882496;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.6623;QD=10.5373;RBI=0.102571;REFB=-0.0353725;REVB=-0.0522773;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583505;STB=0.768666;STBP=0.046;TYPE=del;VARB=0.0208785;OID=.;OPOS=56002383;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:7:22:10:22:12:8:2:4:8:57:11:6:1:3:8 chr19 56009305 . G A 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0262063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.598;QD=23.3801;RBI=0.0471779;REFB=-0.00363481;REVB=0.0392298;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247559;STB=0.608592;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00255163;OID=.;OPOS=56009305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:12:7:1:12:12:7:2:12 chr19 56011915 . G A 223.57 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0872528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.52;QD=14.9045;RBI=0.087256;REFB=-0.0124238;REVB=0.000750232;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117671;STB=0.566877;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0219144;OID=.;OPOS=56011915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:10:16:17:17:10:16:17:17 chr19 56024519 . T C 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0330621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.724;QD=32.6182;RBI=0.0334607;REFB=-0.0254815;REVB=0.00514941;RO=4;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357391;STB=0.699705;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00730133;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:12:3:4:0:12:3:4:0 chr19 56041126 . C T 60.34 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.000518927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.76;QD=9.28287;RBI=0.105786;REFB=-0.0301386;REVB=0.105785;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203766;STB=0.649122;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0536865;OID=.;OPOS=56041126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:25:26:17:17:8:9:0.346154:2:6:10:7:2:7:10:7 chr19 56041168 . GCCCCA GCCC,GCCCA 44.08 PASS AF=0,0.5;AO=3,4;DP=18;FAO=0,9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=0,2;FSAR=0,7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.108313,0.0405675;FXX=0.0526039;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=111.909,11.3631;QD=9.79444;RBI=0.10836,0.0528207;REFB=0.0156413,-0.0143811;REVB=-0.00319764,-0.0338276;RO=9;SAF=2,0;SAR=1,4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.145032,-0.767041;STB=0.5,0.77716;STBP=1,0.042;TYPE=del,del;VARB=0,0.0482772;OID=.,.;OPOS=56041172,56041169;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:3,4:18:0,9:18:9:0,2:0,7:7:2:41:9:2,0:1,4:7:2 chr19 56041255 . C G 69.03 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0130543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.153;QD=17.2567;RBI=0.024;REFB=-0.0180895;REVB=0.0201391;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52454;STB=0.713673;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0235974;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:17:16:7:7:7:7:0.4375:1:6:2:5:2:5:2:5 chr19 56047448 . A G 1153.48 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.286;QD=60.7096;RBI=0.0403694;REFB=0;REVB=0.0162948;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66897e-05;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr19 56047540 . G A 637.16 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0299562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.061;QD=20.2272;RBI=0.0543328;REFB=-0.0217837;REVB=0.0453286;RO=62;SAF=36;SAR=28;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418034;STB=0.523039;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0163096;OID=.;OPOS=56047540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:62:64:64:0.507937:28:36:32:30:28:36:32:30 chr19 56052770 . C T 275.66 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0124799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.46;QD=32.431;RBI=0.0247825;REFB=-0.00976648;REVB=0.0214109;RO=10;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455517;STB=0.524979;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00331792;OID=.;OPOS=56052770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:10:14:5:5:10:14:5:5 chr19 56056184 . A G 301.45 PASS AF=0.4;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.037007;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2112;QD=14.1857;RBI=0.0514181;REFB=-0.0138599;REVB=-0.0356974;RO=51;SAF=19;SAR=15;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528801;STB=0.530018;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0179907;OID=.;OPOS=56056184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:51:51:34:34:0.4:15:19:31:20:15:19:31:20 chr19 56089353 . C T 229.2 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0671832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7417;QD=14.325;RBI=0.11104;REFB=-0.0353893;REVB=0.0884095;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19812;STB=0.591533;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.050395;OID=.;OPOS=56089353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:37:27:27:0.421875:13:14:25:10:13:14:25:12 chr19 56114045 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00785915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.78;QD=12.8607;RBI=0.0554413;REFB=-0.00965294;REVB=0.0548814;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334227;STB=0.519944;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0108777;OID=.;OPOS=56114045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:7:1:1:6:7:1 chr19 56114237 . G A 697.71 PASS AF=0.981132;AO=46;DP=48;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0706171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0713;QD=52.6574;RBI=0.188538;REFB=-0.139648;REVB=0.174814;RO=2;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00518874;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0126671;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:48:53:2:1:46:52:0.981132:26:20:1:1:31:21:1:0 chr19 56154518 . GTTT G 91.82 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.037243;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=78.8043;QD=11.8482;RBI=0.0430669;REFB=-0.0229734;REVB=-0.0216267;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606075;STB=0.534835;STBP=0.803;TYPE=del;VARB=0.0215789;OID=.;OPOS=56154519;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:14:31:14:31:17:4:10:4:13:91:17:4:10:4:13 chr19 56160399 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1239;QD=57.6799;RBI=0.0182537;REFB=0;REVB=0.0176102;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307518;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr19 56162776 . C T 252.76 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0969306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.73;QD=21.0633;RBI=0.0972566;REFB=-0.00864056;REVB=0.00795743;RO=24;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459365;STB=0.52573;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0131937;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:17:7:6:18:17:7:6:18 chr19 56180968 . C T 405.5 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00912358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.927;QD=22.5279;RBI=0.0260592;REFB=-0.0312963;REVB=0.0244099;RO=31;SAF=16;SAR=24;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422237;STB=0.517233;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.032228;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:32:40:40:0.555556:24:16:14:17:24:16:14:18 chr19 56241265 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.177;QD=63.5823;RBI=0.0122185;REFB=0;REVB=0.0110503;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3453e-05;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:20:27:0:0 chr19 56249615 . G C 151.66 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0289006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.9544;QD=20.9189;RBI=0.0295902;REFB=0.0577082;REVB=0.00635118;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356117;STB=0.709315;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00557712;OID=.;OPOS=56249615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:9:7:11:1:9:7:12:1 chr19 56249672 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.013185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.86;QD=12.3961;RBI=0.0164663;REFB=-0.0184834;REVB=0.00986387;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331615;STB=0.691764;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0144355;OID=.;OPOS=56249672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:0:5:4:1:0:5 chr19 56274424 . C A 199.22 PASS AF=0.1625;AO=39;DP=240;FAO=39;FDP=240;FR=.;FRO=201;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=77;FSRR=124;FWDB=-0.00481796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.416;QD=3.32038;RBI=0.0088946;REFB=-0.00223694;REVB=-0.00747671;RO=192;SAF=7;SAR=32;SRF=75;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32501;STB=0.710989;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0118966;OID=.;OPOS=56274424;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:192:201:39:39:0.1625:32:7:75:117:32:7:77:124 chr19 56274453 . G A 283.82 PASS AF=0.247126;AO=43;DP=174;FAO=43;FDP=174;FR=.;FRO=131;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=-0.0195921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3189;QD=6.52463;RBI=0.0469084;REFB=0.00184913;REVB=0.042621;RO=130;SAF=9;SAR=34;SRF=61;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36049;STB=0.717622;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00523295;OID=.;OPOS=56274453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:130:131:43:43:0.247126:34:9:61:69:34:9:61:70 chr19 56283254 . T G 47.2 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0303415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.247;QD=3.56199;RBI=0.0303455;REFB=-0.0102966;REVB=-0.0004907;RO=45;SAF=3;SAR=5;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344374;STB=0.732817;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0348907;OID=.;OPOS=56283254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:5:3:30:15:5:3:30:15 chr19 56284090 . G A 264.2 PASS AF=0.355556;AO=31;DP=89;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00758175;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.858;QD=11.7424;RBI=0.0478048;REFB=-0.017275;REVB=0.0471998;RO=54;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119866;STB=0.57523;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0268429;OID=.;OPOS=56284090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:54:58:31:32:0.355556:15:16:22:32:15:17:24:34 chr19 56284428 . C A 38.94 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00879146;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.184;QD=8.65323;RBI=0.0378553;REFB=-0.00810157;REVB=-0.0368203;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469147;STB=0.798934;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0171686;OID=.;OPOS=56284428;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:7:5:5:1:7:5 chr19 56284457 . G A 196.02 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00428793;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6147;QD=16.6825;RBI=0.00688232;REFB=0.00271745;REVB=0.00538331;RO=27;SAF=2;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464793;STB=0.774492;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00512522;OID=.;OPOS=56284457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:27:27:20:20:0.425532:18:2:11:16:18:2:11:16 chr19 56284507 . T G 198.0 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=46;FWDB=-0.0137358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.933;QD=9.20948;RBI=0.0143182;REFB=-0.00709942;REVB=-0.00404185;RO=60;SAF=2;SAR=24;SRF=14;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377184;STB=0.732593;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0374872;OID=.;OPOS=56284507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:60:26:26:0.302326:24:2:14:46:24:2:14:46 chr19 56284511 . C G 198.4 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=46;FWDB=-0.033398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.983;QD=9.22784;RBI=0.0411348;REFB=-0.0103604;REVB=-0.0240134;RO=58;SAF=2;SAR=24;SRF=14;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387582;STB=0.732593;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0410415;OID=.;OPOS=56284511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:60:26:26:0.302326:24:2:14:44:24:2:14:46 chr19 56284529 . C A 110.33 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=0.0014307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4945;QD=6.21588;RBI=0.00937427;REFB=-0.00475618;REVB=-0.00926445;RO=54;SAF=2;SAR=15;SRF=12;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231515;STB=0.647942;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0272155;OID=.;OPOS=56284529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:54:17:17:0.239437:15:2:12:42:15:2:12:42 chr19 56284535 . A G 113.01 PASS AF=0.253731;AO=15;DP=65;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=-0.0086255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.206;QD=6.74692;RBI=0.0113052;REFB=-0.0123733;REVB=0.00730817;RO=49;SAF=1;SAR=14;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422685;STB=0.664326;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0359375;OID=.;OPOS=56284535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:49:50:15:17:0.253731:14:1:12:37:15:2:12:38 chr19 56307583 . A G 269.53 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00791102;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2589;QD=21.1397;RBI=0.00845855;REFB=8.34479e-05;REVB=0.00299382;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180183;STB=0.599929;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000389636;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:23:23:28:28:0.54902:12:16:8:15:12:16:8:15 chr19 56320200 . C T 653.46 PASS AF=0.547009;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0209438;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6946;QD=22.3405;RBI=0.0678075;REFB=-0.012978;REVB=-0.064492;RO=53;SAF=28;SAR=36;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348496;STB=0.519078;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0111802;OID=.;OPOS=56320200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:53:53:64:64:0.547009:36:28:21:32:36:28:21:32 chr19 56320663 . G A 71.51 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0197213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.337;QD=19.0697;RBI=0.0229239;REFB=0.000487079;REVB=-0.0116865;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038662;STB=0.522338;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00138142;OID=.;OPOS=56320663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:3:3:4:5:3:3 chr19 56321414 . C A 512.82 PASS AF=1;AO=29;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6604;QD=58.6077;RBI=0.107725;REFB=0;REVB=0.10648;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150132;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:29:35:1:12:17:0:0:18:17:0:0 chr19 56410222 . C T 251.2 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=-0.00419639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.522;QD=20.5057;RBI=0.0088831;REFB=-0.00740656;REVB=0.00782942;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=22;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428869;STB=0.724757;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0135573;OID=.;OPOS=56410222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:14:10:22:2:14:10:22:3 chr19 56419263 . T C 382.16 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00982496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.74;QD=19.8523;RBI=0.0403016;REFB=-0.02383;REVB=-0.0390856;RO=38;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19543;STB=0.60824;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0167577;OID=.;OPOS=56419263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:17:22:13:25:17:22:13:25 chr19 56423074 . C G 37.69 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0291101;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1169;QD=6.5553;RBI=0.038513;REFB=-0.0156991;REVB=-0.025216;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207018;STB=0.585943;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0263218;OID=.;OPOS=56423074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:24:23:16:17:6:6:0.26087:2:4:13:3:2:4:13:4 chr19 56423254 . G A 53.96 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.029584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2873;QD=8.30149;RBI=0.0370216;REFB=0.00470479;REVB=-0.0222572;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401836;STB=0.749375;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.020527;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:2:6:7:11:2:6:7:11 chr19 56423668 . G A 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.151;QD=44.6858;RBI=0.0416463;REFB=0;REVB=-0.0402516;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000704597;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr19 56423692 . C T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.894;QD=43.4845;RBI=0.0294769;REFB=0;REVB=0.0172375;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379676;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr19 56423728 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.358;QD=47.8223;RBI=0.0132891;REFB=0;REVB=-0.0110784;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124488;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr19 56423893 . G A 873.92 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413228;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.031;QD=56.3817;RBI=0.0516586;REFB=-0.0601579;REVB=-0.0310005;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000542983;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:1:0:30:31:1:0 chr19 56424443 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.213;QD=40.7629;RBI=0.0758807;REFB=0;REVB=0.0218224;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000802487;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr19 56424532 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0263383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7822;QD=14.6653;RBI=0.0269132;REFB=0.00122971;REVB=-0.00553297;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113207;STB=0.565135;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00111413;OID=.;OPOS=56424532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:5:16:10:5:5:16 chr19 56443601 . T C 80.3 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0196637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.457;QD=16.906;RBI=0.0333216;REFB=-0.00282375;REVB=-0.0269012;RO=9;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571067;STB=0.839197;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00126005;OID=.;OPOS=56443601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:1:9:3:6:1:9:3:6 chr19 56459342 . C T 583.67 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133274;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.636;QD=56.9433;RBI=0.101278;REFB=-0.145661;REVB=0.100398;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232228;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:41:1:0:39:41:1:18:21:1:0:19:22:0:0 chr19 56459614 . G C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2428;QD=59.4326;RBI=0.124679;REFB=0;REVB=0.0996124;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348892;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr19 56473460 . T C 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00367541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.305;QD=16.4182;RBI=0.00551811;REFB=-0.00236035;REVB=0.00411593;RO=58;SAF=32;SAR=16;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154657;STB=0.586629;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0025444;OID=.;OPOS=56473460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:16:32:30:28:16:32:30:28 chr19 56477687 . A G 669.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0774;QD=62.252;RBI=0.0476995;REFB=0;REVB=-0.0039959;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654294;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr19 56477710 . T C 244.76 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0226479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.306;QD=23.8789;RBI=0.0297948;REFB=-0.0547252;REVB=0.0193598;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309972;STB=0.527004;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0385085;OID=.;OPOS=56477710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:18:23:23:0.560976:9:14:11:6:9:14:12:6 chr19 56487603 . A G 259.25 PASS AF=0.326923;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0174336;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6905;QD=9.97129;RBI=0.0214562;REFB=-0.00414357;REVB=-0.0125076;RO=68;SAF=20;SAR=14;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184834;STB=0.615834;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0132136;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:68:70:34:34:0.326923:14:20:29:39:14:20:29:41 chr19 56490778 . C T 650.92 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6528;QD=61.992;RBI=0.0217511;REFB=0;REVB=-0.00920701;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90061e-05;OID=.;OPOS=56490778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr19 56499279 . G C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.544;QD=61.6816;RBI=0.0266757;REFB=0;REVB=0.0265418;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9339e-05;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr19 56511082 . C G 614.11 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.317;QD=61.4106;RBI=0.0103763;REFB=0;REVB=0.00590848;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95616e-05;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:15:23:0:0:17:23:0:0 chr19 56520150 . C G 82.33 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00503637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.649;QD=8.90006;RBI=0.00603129;REFB=-0.0118577;REVB=0.00331834;RO=24;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227985;STB=0.618556;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0261458;OID=.;OPOS=56520150;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:37:24:26:11:11:0.297297:3:8:13:11:3:8:15:11 chr19 56539240 . C T 720.48 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.079;QD=55.4216;RBI=0.038642;REFB=0;REVB=0.029047;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015962;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264373;OID=.;OPOS=56539240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:29:22:0:1:30:22:0:0 chr19 56565164 . G A 85.81 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0753702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3487;QD=11.8354;RBI=0.0760947;REFB=-0.0297956;REVB=0.010475;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475298;STB=0.52825;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.031384;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:9:9:6:5:9:9 chr19 56693620 . C G 102.71 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00190195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1311;QD=10.0202;RBI=0.00540374;REFB=-0.00892268;REVB=-0.00505796;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840086;STB=0.550484;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0268074;OID=.;OPOS=56693620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:7:6:15:13:7:6:15:13 chr19 56694505 . C T 125.6 PASS AF=0.24359;AO=11;DP=74;FAO=19;FDP=78;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=59;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00931122;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.384;QD=6.44109;RBI=0.0249778;REFB=-0.0125261;REVB=-0.0231774;RO=36;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22163;STB=0.636211;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.064631;OID=.;OPOS=56694505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:36:59:11:19:0.24359:6:5:23:13:14:5:25:34 chr19 56701774 . A T 278.82 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0406911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.513;QD=21.8681;RBI=0.0581408;REFB=-0.0105031;REVB=-0.0415281;RO=21;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199181;STB=0.516604;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0121981;OID=.;OPOS=56701774;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:23:28:28:0.54902:18:10:8:13:18:10:9:14 chr19 56701778 . A G 269.2 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0275459;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.931;QD=21.9752;RBI=0.0297707;REFB=0.00462566;REVB=0.0112923;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228882;STB=0.51281;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0044285;OID=.;OPOS=56701778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:15:10:9:15:15:10:9:15 chr19 56718585 . A G 254.38 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0433883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0628;QD=15.4168;RBI=0.0522497;REFB=-0.0165153;REVB=-0.0291115;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158667;STB=0.596208;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0195436;OID=.;OPOS=56718585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:37:29:29:0.439394:13:16:14:22:13:16:14:23 chr19 56719822 . G T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.00236748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.481;QD=6.92899;RBI=0.0249431;REFB=-0.00370803;REVB=0.0248304;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526256;STB=0.808885;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00992283;OID=.;OPOS=56719822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:14:1:3:3:14:1 chr19 56719853 . C A 36.44 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=0.0378425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.2337;QD=5.39831;RBI=0.0492838;REFB=0.00422733;REVB=0.0315727;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541636;STB=0.81418;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00208825;OID=.;OPOS=56719853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:27:27:16:21:6:6:0.222222:3:3:15:1:3:3:19:2 chr19 56733425 . C A 621.81 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0291702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.769;QD=21.2585;RBI=0.034028;REFB=-0.0112694;REVB=-0.0175216;RO=55;SAF=30;SAR=32;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564011;STB=0.530963;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00955129;OID=.;OPOS=56733425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:55:62:62:0.529915:32:30:23:32:32:30:23:32 chr19 56827938 . C A 750.46 PASS AF=0.890625;AO=57;DP=64;FAO=57;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0824019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8021;QD=46.904;RBI=0.0824149;REFB=-0.0859659;REVB=0.001463;RO=7;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592277;STB=0.531505;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00945726;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:7:7:57:57:0.890625:33:24:1:6:33:24:1:6 chr19 56888450 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.733;QD=58.5857;RBI=0.0404523;REFB=0;REVB=-0.00270615;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308849;OID=.;OPOS=56888450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr19 56935527 . A G 124.56 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.255;QD=41.521;RBI=0.0436153;REFB=0;REVB=0.0125419;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151557;OID=.;OPOS=56935527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:5:7:0:0 chr19 56953272 . G A 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0254555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.938;QD=12.6192;RBI=0.0290212;REFB=0.000440229;REVB=0.0139371;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142685;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000763603;OID=.;OPOS=56953272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:38:24:24:0.387097:12:12:18:19:12:12:19:19 chr19 56953585 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152835;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.52;QD=48.7373;RBI=0.0206901;REFB=0;REVB=0.0139461;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105788;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr19 56953863 . T C 1453.44 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4846;QD=63.1928;RBI=0.0113338;REFB=0;REVB=0.00987539;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48601e-05;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:46:44:0:0:47:45:0:0 chr19 56981382 . T C 347.23 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0123509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.031;QD=17.1474;RBI=0.0149448;REFB=-0.00619494;REVB=-0.0084145;RO=44;SAF=5;SAR=32;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284188;STB=0.662206;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0084238;OID=.;OPOS=56981382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:32:5:14:30:32:5:14:30 chr19 57036653 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.5;QD=52.6117;RBI=0.0248251;REFB=0;REVB=0.0237098;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200682;OID=.;OPOS=57036653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr19 57036678 . G A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.319;QD=53.9089;RBI=0.0766597;REFB=0;REVB=-0.0766487;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251714;OID=.;OPOS=57036678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr19 57050515 . C G 87.45 PASS AF=0.3;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0113611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.6523;QD=8.74475;RBI=0.0483052;REFB=-0.037129;REVB=-0.0469502;RO=26;SAF=10;SAR=2;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358684;STB=0.728732;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0908982;OID=.;OPOS=57050515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:39:40:26:28:12:12:0.3:2:10:15:11:2:10:16:12 chr19 57058998 . C G 252.91 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0855066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.287;QD=19.0876;RBI=0.0925434;REFB=0.00178268;REVB=-0.0353962;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649661;STB=0.536206;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00507122;OID=.;OPOS=57058998;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:18:9:7:19:18:9:7:19 chr19 57062058 . T G 388.25 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0258861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8203;QD=21.2737;RBI=0.029113;REFB=-0.0210502;REVB=0.0133222;RO=34;SAF=13;SAR=26;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123793;STB=0.568591;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0232645;OID=.;OPOS=57062058;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:26:13:16:18:26:13:16:18 chr19 57062073 . T C 278.77 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0136849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.56;QD=16.3983;RBI=0.0159289;REFB=-0.0117981;REVB=-0.00815197;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233193;STB=0.636786;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.016488;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:13:18:12:24:13:18:12:25 chr19 57088850 . T C 538.84 PASS AF=0.928571;AO=37;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0347151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.677;QD=51.3183;RBI=0.0348704;REFB=-0.177431;REVB=0.00328721;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.530597;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00235398;OID=.;OPOS=57088850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:42:42:0:3:37:39:0.928571:21:16:0:0:23:16:0:3 chr19 57089050 . C T 673.4 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.637;QD=59.8581;RBI=0.0481315;REFB=0.0147639;REVB=0.0175585;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177216;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000366656;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:26:17:0:1:27:17:0:1 chr19 57135195 . G A 766.6 PASS AF=0.571429;AO=72;DP=127;FAO=72;FDP=126;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0208259;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.051;QD=24.3365;RBI=0.0274375;REFB=-0.00652646;REVB=0.0178633;RO=54;SAF=36;SAR=36;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043661;STB=0.523803;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00496513;OID=.;OPOS=57135195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:54:54:72:72:0.571429:36:36:30:24:36:36:30:24 chr19 57175484 . A G 137.58 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0404227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6973;QD=39.3098;RBI=0.0471947;REFB=-0.00232562;REVB=-0.0243587;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821523;STB=0.545384;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000692008;OID=.;OPOS=57175484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:1:0:8:5:1:0 chr19 57176198 . T G 882.75 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.103;QD=57.8852;RBI=0.0582608;REFB=0;REVB=0.0464894;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026509;OID=.;OPOS=57176198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:25:35:0:0:26:35:0:0 chr19 57176304 . T G 654.9 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415289;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.002;QD=62.3717;RBI=0.0431242;REFB=0;REVB=0.0116211;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128524;OID=.;OPOS=57176304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr19 57176482 . C T 1225.06 PASS AF=0.987805;AO=75;DP=76;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0713548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8497;QD=59.759;RBI=0.0816472;REFB=-0.217441;REVB=0.0396832;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012289;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0069231;OID=.;OPOS=57176482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:82:1:1:75:81:0.987805:37:38:1:0:41:40:1:0 chr19 57176820 . C A 896.22 PASS AF=0.929577;AO=64;DP=72;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0813218;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.256;QD=50.4912;RBI=0.0813508;REFB=-0.170554;REVB=0.00216976;RO=6;SAF=16;SAR=48;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148125;STB=0.560956;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00245187;OID=.;OPOS=57176820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:72:71:6:5:64:66:0.929577:48:16:6:0:48:18:5:0 chr19 57176838 . CT GC,GT 718.54 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,44;DP=51;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616929,0.151982;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=183.951,202.056;QD=56.3563;RBI=0.00638046,0.152217;REFB=0,0;REVB=-0.00162791,-0.00846326;RO=0;SAF=0,7;SAR=2,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.9155e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0524196,-0.00224788;OID=.,.;OPOS=57176838,57176838;OREF=CT,C;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:2,44:2,49:0.0392157,0.960784:2,37:0,7:0:0:2,37:0,12:0:0 chr19 57293394 . A G 954.87 PASS AF=0.957746;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00926281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5397;QD=53.7955;RBI=0.00943479;REFB=-0.209994;REVB=0.00179321;RO=2;SAF=38;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242219;STB=0.510339;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0040832;OID=.;OPOS=57293394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:71:71:2:3:67:68:0.957746:29:38:2:0:29:39:1:2 chr19 57293831 . G A 236.69 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0247663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1618;QD=19.7243;RBI=0.0827012;REFB=-0.00290032;REVB=-0.0789057;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111201;STB=0.562448;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00120484;OID=.;OPOS=57293831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:14:9:7:18:14:9:7:18 chr19 57327503 . A G 349.75 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0176806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.513;QD=20.2755;RBI=0.0293283;REFB=-0.00666628;REVB=-0.0233996;RO=33;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114337;STB=0.556931;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00501233;OID=.;OPOS=57327503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:33:35:36:0.521739:15:20:23:10:15:21:23:10 chr19 57433619 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.798;QD=62.0218;RBI=0.00889259;REFB=0;REVB=0.0072846;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54966e-05;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:20:22:0:0 chr19 57641146 . A G 137.63 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00518865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.046;QD=39.3232;RBI=0.00612052;REFB=-0.0721608;REVB=-0.00324635;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047723;STB=0.526276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00199589;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:9:4:0:1:9:4:0:1 chr19 57641799 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.946;QD=45.8068;RBI=0.0262371;REFB=0;REVB=0.00612588;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014062;OID=.;OPOS=57641799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr19 57642782 . C A 600.74 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9194;QD=60.0735;RBI=0.0172047;REFB=0;REVB=-0.00816101;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694802;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:10:28:0:0:12:28:0:0 chr19 57643051 . G A 1113.05 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0184364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.47;QD=57.8209;RBI=0.0236134;REFB=-0.0166571;REVB=0.0147544;RO=2;SAF=31;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438581;STB=0.507934;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=7.57224e-05;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:77:2:1:75:76:0.987013:44:31:1:1:45:31:1:0 chr19 57643099 . G A 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8389;QD=56.9336;RBI=0.0333658;REFB=0;REVB=-0.0167209;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000550783;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr19 57647015 . A G,T 721.53 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=49,2;DP=51;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310401,-0.0139245;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.4836,120.65;QD=56.5909;RBI=0.0446905,0.0228217;REFB=0,0;REVB=0.0321521,0.0180814;RO=0;SAF=25,1;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000670896,0.124689;OID=.,.;OPOS=57647015,57647015;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:51:0:0:49,2:50,1:0.980392,0.0196078:24,1:25,1:0:0:24,1:26,0:0:0 chr19 57647236 . T C 507.33 PASS AF=0.9;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00974646;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.148;QD=50.7333;RBI=0.0151012;REFB=-0.104258;REVB=0.0115348;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524986;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0034963;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:41:40:0:4:36:36:0.9:18:18:0:0:18:18:1:3 chr19 57649901 . G A 740.89 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00507274;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.142;QD=54.8808;RBI=0.0270316;REFB=-0.0264112;REVB=0.0265513;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140652;STB=0.50746;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-9.49649e-05;OID=.;OPOS=57649901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:20:33:1:0:20:33:1:0 chr19 57649940 . A T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0036682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.949;QD=62.3499;RBI=0.035133;REFB=0;REVB=0.034941;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137069;OID=.;OPOS=57649940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr19 57723007 . G C 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0371017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.447;QD=16.3499;RBI=0.0371279;REFB=-0.0158713;REVB=-0.00139581;RO=42;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1842;STB=0.602837;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0194664;OID=.;OPOS=57723007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:19:15:11:31:19:15:11:31 chr19 57723013 . G A 284.9 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.013729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.913;QD=15.1946;RBI=0.0224621;REFB=-0.00966775;REVB=-0.017778;RO=39;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157617;STB=0.577732;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0104949;OID=.;OPOS=57723013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:43:32:32:0.426667:19:13:10:29:19:13:12:31 chr19 57742472 . G C 234.87 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0870361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8436;QD=18.7898;RBI=0.0992552;REFB=-0.013082;REVB=0.0477109;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238866;STB=0.62059;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0168167;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:27:22:23:0.46:10:12:8:19:11:12:8:19 chr19 57742489 . C T 128.1 PASS AF=0.375;AO=13;DP=38;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0461243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.828;QD=12.8095;RBI=0.0503229;REFB=-0.00963484;REVB=-0.0201231;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405341;STB=0.756728;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0107812;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:24:25:13:15:0.375:6:7:4:20:6:9:4:21 chr19 57764928 . G C 101.66 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00309173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.096;QD=16.9434;RBI=0.0129747;REFB=-0.019453;REVB=-0.012601;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722214;STB=0.541598;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0181222;OID=.;OPOS=57764928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:7:5:6:6:7:5 chr19 57773447 . T G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0606231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.948;QD=10.034;RBI=0.0645001;REFB=-0.0220284;REVB=-0.0220249;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370384;STB=0.732751;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.03166;OID=.;OPOS=57773447;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:4:1:0:6:4:1:0:7 chr19 57868336 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.985;QD=48.733;RBI=0.0393506;REFB=0;REVB=-0.0386725;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133714;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr19 57909872 . G A 1153.46 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.645;QD=60.7084;RBI=0.0198813;REFB=0;REVB=-0.00095012;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22118e-05;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr19 57955244 . A G 77.91 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.015275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.178;QD=14.1656;RBI=0.0321713;REFB=-0.0251903;REVB=-0.0283138;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0405423;OID=.;OPOS=57955244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:6:6:5:5:6:6 chr19 57956828 . T G 191.1 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0202921;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9207;QD=21.2327;RBI=0.0313688;REFB=-0.0183938;REVB=0.0239214;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922199;STB=0.562627;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0152838;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:17:19:19:0.527778:11:8:5:11:11:8:5:12 chr19 57967049 . G T 247.99 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.000635312;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9028;QD=24.194;RBI=0.0168758;REFB=0.00582644;REVB=0.0168639;RO=18;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292891;STB=0.66361;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0111703;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:18:23:23:0.560976:16:7:12:6:16:7:12:6 chr19 57967133 . G A 341.95 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0251434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.901;QD=30.3958;RBI=0.039728;REFB=-0.0445879;REVB=-0.0307591;RO=16;SAF=8;SAR=21;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12259;STB=0.567519;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0250445;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:21:8:7:9:21:8:7:9 chr19 57984426 . C A 236.0 PASS AF=0.490566;AO=24;DP=51;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0036239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.345;QD=17.8114;RBI=0.00451557;REFB=-0.0129218;REVB=-0.00269401;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081781;STB=0.566322;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0164967;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:27:27:24:26:0.490566:14:10:9:18:14:12:9:18 chr19 57984918 . A G 280.93 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0134899;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.123;QD=21.2019;RBI=0.0316647;REFB=-0.0190878;REVB=0.0286474;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424156;STB=0.523544;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0116009;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:24:24:29:29:0.54717:13:16:12:12:13:16:12:12 chr19 57985460 . T A 740.04 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1901;QD=56.9258;RBI=0.0752189;REFB=0;REVB=-0.0687281;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000965691;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr19 57985566 . G C 1120.79 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.123;QD=58.9888;RBI=0.0385774;REFB=-0.0512566;REVB=0.0365565;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126148;STB=0.506665;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000432347;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:37:37:1:0:38:37:1:0 chr19 57987895 . C T 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00416038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.97;QD=14.8962;RBI=0.00497649;REFB=-0.0221938;REVB=0.00273071;RO=44;SAF=18;SAR=14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642572;STB=0.536401;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.023158;OID=.;OPOS=57987895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:14:18:22:22:14:18:22:22 chr19 57987905 . G A 480.76 PASS AF=0.554217;AO=45;DP=82;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.000322107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.873;QD=23.1693;RBI=0.00504298;REFB=-0.0278623;REVB=0.00503268;RO=37;SAF=24;SAR=21;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957822;STB=0.556938;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.028256;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:37:37:45:46:0.554217:21:24:24:13:22:24:24:13 chr19 58002964 . G C 1086.8 PASS AF=0.973684;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00333344;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.0156;QD=57.2;RBI=0.00381797;REFB=-0.10875;REVB=0.00186148;RO=2;SAF=31;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295336;STB=0.515147;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00314237;OID=.;OPOS=58002964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:76:2:2:72:74:0.973684:41:31:2:0:42:32:2:0 chr19 58003141 . A G 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0137736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8841;QD=37.8888;RBI=0.0404;REFB=-0.036889;REVB=-0.0379796;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531285;STB=0.529364;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00971526;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:8:4:0:1:8:4:0:1 chr19 58003580 . A G 1641.8 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.239;QD=60.2494;RBI=0.0232914;REFB=0;REVB=0.0208436;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55707e-05;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:65:44:0:0:65:44:0:0 chr19 58003613 . C T 1243.63 PASS AF=0.988235;AO=81;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0428485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4981;QD=58.5239;RBI=0.050179;REFB=-0.108559;REVB=0.0261139;RO=0;SAF=21;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0021175;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:83:85:0:1:81:84:0.988235:60:21:0:0:62:22:1:0 chr19 58004346 . G C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00443436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.8;QD=59.0113;RBI=0.00586289;REFB=0;REVB=-0.00383535;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28755e-05;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr19 58004931 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.212;QD=33.4285;RBI=0.0975857;REFB=0;REVB=0.0741893;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00422111;OID=.;OPOS=58004931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr19 58038964 . T A 1566.01 PASS AF=0.990826;AO=100;DP=102;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.4547;QD=57.4681;RBI=0.0854849;REFB=-0.0248203;REVB=0.0763866;RO=2;SAF=68;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766733;STB=0.506848;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00272503;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:109:2:1:100:108:0.990826:32:68:1:1:36:72:0:1 chr19 58049243 . G A 192.24 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0120478;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.934;QD=14.7874;RBI=0.0333733;REFB=-0.000803371;REVB=-0.0311228;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216342;STB=0.512356;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00142764;OID=.;OPOS=58049243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:13:17:12:10:13:17 chr19 58058536 . A G 229.42 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0474186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4405;QD=14.1184;RBI=0.049866;REFB=-0.0115656;REVB=-0.0154303;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520592;STB=0.529595;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0134713;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:12:15:23:15:12:15:23:15 chr19 58084930 . G A 138.92 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0426365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.884;QD=19.8462;RBI=0.0434793;REFB=-0.0294704;REVB=0.00851903;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513496;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0329297;OID=.;OPOS=58084930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:12:13:15:15:0.535714:5:10:8:4:5:10:9:4 chr19 58101879 . A G 157.3 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0511431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.193;QD=12.8408;RBI=0.051179;REFB=-0.0190609;REVB=0.00191497;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567992;STB=0.571351;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0258478;OID=.;OPOS=58101879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:17:18:0.367347:9:8:13:18:9:9:12:19 chr19 58117083 . A G 359.69 PASS AF=0.642857;AO=30;DP=53;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.040179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7941;QD=25.6919;RBI=0.0867254;REFB=-0.0539523;REVB=0.0768566;RO=21;SAF=15;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533057;STB=0.517847;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0193221;OID=.;OPOS=58117083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:21:20:30:36:0.642857:15:15:9:12:18:18:9:11 chr19 58117223 . T A 375.36 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.63;QD=55.6083;RBI=0.0249814;REFB=0;REVB=-0.00110895;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173353;OID=.;OPOS=58117223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:13:14:0:0 chr19 58144715 . A G 126.11 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0134764;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.559;QD=8.54974;RBI=0.0135284;REFB=-0.0183042;REVB=0.00118458;RO=40;SAF=11;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728722;STB=0.553132;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0298574;OID=.;OPOS=58144715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:40:41:18:18:0.305085:7:11:22:18:7:11:22:19 chr19 58145230 . C T 65.61 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0326282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.998;QD=7.95327;RBI=0.0401772;REFB=-0.0116948;REVB=-0.0234438;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266984;STB=0.614231;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0384693;OID=.;OPOS=58145230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:32:33:23:23:9:10:0.30303:3:6:10:13:4:6:10:13 chr19 58151286 . T C 223.55 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.000273562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.307;QD=14.903;RBI=0.0117758;REFB=-0.0110648;REVB=-0.0117726;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105935;STB=0.544007;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0135458;OID=.;OPOS=58151286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:34:26:26:0.433333:11:15:15:17:11:15:17:17 chr19 58152361 . T A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0930411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.378;QD=17.1;RBI=0.0956028;REFB=0.00599926;REVB=0.0219828;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150546;STB=0.586087;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00316541;OID=.;OPOS=58152361;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:5:10:7:7:5:10 chr19 58152795 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0308301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.734;QD=10.542;RBI=0.055744;REFB=-0.0132875;REVB=-0.0464424;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953624;STB=0.556863;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0266821;OID=.;OPOS=58152795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:6:15:7:4:6:15 chr19 58152817 . G C 83.47 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0295703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8703;QD=9.8198;RBI=0.0304308;REFB=-0.0160536;REVB=-0.00718554;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368974;STB=0.738308;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0306573;OID=.;OPOS=58152817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:21:23:11:11:0.323529:4:7:6:15:4:7:6:17 chr19 58153000 . T C 110.73 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.018877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.02;QD=26.0537;RBI=0.0201297;REFB=-0.0364282;REVB=0.00699005;RO=4;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776539;STB=0.566903;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00292647;OID=.;OPOS=58153000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:4:5:12:12:0.705882:5:7:3:1:5:7:4:1 chr19 58153009 . C T 113.1 PASS AF=0.75;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00308927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.779;QD=28.275;RBI=0.0430292;REFB=-0.0462482;REVB=0.0429181;RO=4;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518926;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0261079;OID=.;OPOS=58153009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:16:4:4:11:12:0.75:2:9:3:1:3:9:3:1 chr19 58200099 . T C 156.15 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.011315;FXX=0.0243843;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.1935;QD=15.6145;RBI=0.0290791;REFB=7.04303e-05;REVB=-0.0267874;RO=22;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250006;STB=0.63619;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000629366;OID=.;OPOS=58200099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:17:17:0.425:4:13:12:10:4:13:13:10 chr19 58200628 . G T 196.63 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0161478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9533;QD=18.2909;RBI=0.0226083;REFB=-0.0138912;REVB=-0.0158234;RO=23;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159751;STB=0.591452;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0236489;OID=.;OPOS=58200628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:15:5:9:14:15:5:9:14 chr19 58201360 . C T 94.72 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00749879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1958;QD=14.5716;RBI=0.0863466;REFB=-0.0245976;REVB=0.0860204;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11125;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0350171;OID=.;OPOS=58201360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:25:26:14:14:11:12:0.461538:6:5:8:6:7:5:8:6 chr19 58213952 . C A 202.77 PASS AF=0.378788;AO=24;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0872541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0811;QD=12.2893;RBI=0.0935521;REFB=-0.0128281;REVB=-0.0337447;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219708;STB=0.642746;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0327805;OID=.;OPOS=58213952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:41:24:25:0.378788:10:14:16:26:10:15:15:26 chr19 58258466 . G T 127.62 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0235167;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.512;QD=10.0092;RBI=0.0389103;REFB=-0.00394582;REVB=-0.0309996;RO=34;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343947;STB=0.711972;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0109356;OID=.;OPOS=58258466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:35:16:16:0.313725:5:11:13:21:5:11:13:22 chr19 58301766 . TG T 260.15 PASS AF=0.452174;AO=50;DP=113;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.166261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.1059;QD=9.04873;RBI=0.174075;REFB=-0.0147187;REVB=-0.0515675;RO=58;SAF=24;SAR=26;SRF=29;SRR=29;SSEN=0.754237;SSEP=0;SSSB=-0.0192891;STB=0.514882;STBP=0.783;TYPE=del;VARB=0.0141688;OID=.;OPOS=58301767;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452174:50:113:52:115:63:27:25:31:32:99:58:24:26:29:29 chr19 58352522 . G A 986.53 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.636;QD=57.1901;RBI=0.0601925;REFB=-0.125277;REVB=0.0293679;RO=1;SAF=21;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001258;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:1:0:67:69:1:46:21:1:0:47:22:0:0 chr19 58370727 . T G 51.63 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0314461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.041;QD=6.07469;RBI=0.0440346;REFB=-0.0133252;REVB=-0.0308251;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155554;STB=0.55541;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.044238;OID=.;OPOS=58370727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:22:26:8:8:0.235294:6:2:8:14:6:2:8:18 chr19 58374130 . C T 97.11 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0273616;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.434;QD=11.7714;RBI=0.0273761;REFB=-0.0055189;REVB=0.000889002;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792063;STB=0.565922;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00895608;OID=.;OPOS=58374130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:33:21:21:11:12:0.363636:3:8:14:7:3:9:14:7 chr19 58420152 . C A 165.26 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00103892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.565;QD=13.7716;RBI=0.00892579;REFB=-0.00935033;REVB=-0.00886512;RO=29;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208556;STB=0.610988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0203456;OID=.;OPOS=58420152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:11:7:17:12:11:7:17:13 chr19 58420162 . T C 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0301164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.466;QD=10.1408;RBI=0.0355884;REFB=-0.00562616;REVB=0.0189615;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377811;STB=0.522693;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0155058;OID=.;OPOS=58420162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:6:7:16:12:6:7:16:12 chr19 58420167 . T C 116.28 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00850863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.983;QD=11.0747;RBI=0.018449;REFB=0.00519255;REVB=0.0163698;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205041;STB=0.523776;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0078731;OID=.;OPOS=58420167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:28:14:14:0.333333:7:7:14:13:7:7:15:13 chr19 58420699 . C A 233.64 PASS AF=0.30303;AO=21;DP=90;FAO=30;FDP=99;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.0208921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.012;QD=9.44016;RBI=0.0265241;REFB=-0.0133366;REVB=-0.0163416;RO=68;SAF=12;SAR=9;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343656;STB=0.612613;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0287182;OID=.;OPOS=58420699;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:99:68:69:21:30:0.30303:9:12:37:31:9:21:38:31 chr19 58421128 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00339826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3835;QD=14.3354;RBI=0.0339502;REFB=-0.0023498;REVB=-0.0337797;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196839;STB=0.617362;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00193019;OID=.;OPOS=58421128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:6:4:2:7:6:4 chr19 58453342 . T C 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00222343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.229;QD=20.7691;RBI=0.0132216;REFB=-0.0207519;REVB=-0.0130333;RO=24;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016926;OID=.;OPOS=58453342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:9:18:16:8:9:18:16:8 chr19 58455381 . C T 176.88 PASS AF=0.4;AO=14;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0427543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.693;QD=15.7223;RBI=0.044873;REFB=-0.0133116;REVB=-0.0136253;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364743;STB=0.589186;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0244595;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:14:18:0.4:11:3:13:12:11:7:14:12 chr19 58600044 . TGGGC TGGC,TGGGT 141.56 PASS AF=0.210526,0.684211;AO=4,9;DP=19;FAO=4,13;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=0,6;FSAR=4,7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.187541,-0.000773011;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=9.68462,254.969;QD=29.801;RBI=0.202315,0.0466407;REFB=-0.191176,-0.0716343;REVB=-0.0758939,0.0466343;RO=2;SAF=0,6;SAR=4,3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.725637,0.0586432;STB=0.995773,0.505147;STBP=0.167,0.881;TYPE=del,snp;VARB=0.152917,0.0293275;OID=.,.;OPOS=58600045,58600048;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=TGGC,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.210526,0.684211:4,9:19:4,13:19:2:0,6:4,7:1:1:18:2:0,6:4,3:1:1 chr19 58640198 . G A 69.33 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0105672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3735;QD=16.3134;RBI=0.0498335;REFB=-0.00786592;REVB=0.0487002;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238988;STB=0.639683;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0125684;OID=.;OPOS=58640198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:5:3:6:3:5:3 chr19 58718332 . C T 84.34 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00369909;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.307;QD=19.844;RBI=0.0505286;REFB=-0.0149248;REVB=0.050393;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207621;STB=0.620002;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0144426;OID=.;OPOS=58718332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:18:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:3:4:3:7:3:4 chr19 58774071 . A G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.729;QD=51.9114;RBI=0.0185121;REFB=0;REVB=0.00807784;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215802;OID=.;OPOS=58774071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr19 58790675 . T C 528.77 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116323;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.446;QD=60.4313;RBI=0.0126953;REFB=0;REVB=-0.00508517;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340481;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:35:0:0:36:35:1:27:9:0:0:27:8:0:0 chr19 58790713 . G C 347.66 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7174;QD=51.5056;RBI=0.0279319;REFB=-0.032705;REVB=-0.0113609;RO=1;SAF=5;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841069;STB=0.545418;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0198169;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:21:5:1:0:21:5:1:0 chr19 58806083 . T C 432.86 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252913;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.929;QD=57.714;RBI=0.0284095;REFB=0;REVB=-0.0129403;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400865;OID=.;OPOS=58806083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr19 58850341 . G C 88.91 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0790091;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.4864;QD=14.8177;RBI=0.0825948;REFB=0.0203673;REVB=-0.0240719;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343697;STB=0.538392;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0271017;OID=.;OPOS=58850341;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:12:13:11:11:0.458333:5:6:7:5:5:6:8:5 chr19 58851130 . C CT,T 339.9 PASS AF=0.44186,0.0232558;AO=32,6;DP=89;FAO=38,2;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=15,2;FSAR=23,0;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0169375,-0.0213289;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.329,26.663;QD=15.8094;RBI=0.0171278,0.061571;REFB=0.0116719,0.00631186;REVB=-0.00254578,0.0577587;RO=49;SAF=12,5;SAR=20,1;SRF=30;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.249731,0.296802;STB=0.627725,0.993615;STBP=0.031,0.206;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00941388,0.00227344;OID=.,.;OPOS=58851131,58851130;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:49:46:32,6:38,2:0.44186,0.0232558:20,1:12,5:30:19:23,0:15,2:29:17 chr19 58864479 . T C 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.121683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.908;QD=21.0153;RBI=0.122289;REFB=0.0142536;REVB=-0.0121601;RO=12;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216578;STB=0.641074;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.011214;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:11:5:7:5:11:5:8:5 chr19 58870087 . TG TC,T 284.56 PASS AF=0,0.72093;AO=4,23;DP=44;FAO=0,31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=0,20;FSAR=0,11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0629456,0.0500544;FXX=0.0227221;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.0437,17.6356;QD=26.471;RBI=0.0654819,0.0503641;REFB=0.056997,0.0751947;REVB=-0.0180481,-0.00557646;RO=13;SAF=3,14;SAR=1,9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0.445813;SSSB=-0.0291583,-0.113537;STB=0.5,0.532534;STBP=1,0.516;TYPE=snp,del;VARB=0.0404392,-0.0330778;OID=.,.;OPOS=58870088,58870088;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.72093:4,23:44:0,31:43:12:0,20:0,11:9:3:80:13:3,14:1,9:10:3 chr19 58880016 . G C 43.44 PASS AF=0.4;AO=4;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0546787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.232;QD=11.5848;RBI=0.0640704;REFB=-0.034677;REVB=-0.0333955;RO=7;SAF=0;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.722124;STB=0.734403;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0874894;OID=.;OPOS=58880016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:15:15:7:8:4:6:0.4:4:0:4:3:5:1:4:4 chr19 58880184 . T C 490.6 PASS AF=0.426357;AO=50;DP=125;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.349;QD=15.2125;RBI=0.0182887;REFB=-0.0189153;REVB=-0.0141391;RO=72;SAF=28;SAR=22;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135091;STB=0.603678;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0198688;OID=.;OPOS=58880184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:129:72:74:50:55:0.426357:22:28:31:41:22:33:31:43 chr19 58880242 . T C 317.46 PASS AF=0.347826;AO=41;DP=116;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.00315294;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.173;QD=11.0422;RBI=0.00315609;REFB=-0.0011159;REVB=-0.000140838;RO=74;SAF=22;SAR=19;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206324;STB=0.615197;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00213121;OID=.;OPOS=58880242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:74:75:41:40:0.347826:19:22:26:48:19:21:26:49 chr19 58904396 . G A 269.2 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00939939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.8994;QD=16.566;RBI=0.0173366;REFB=0.00953523;REVB=0.0145675;RO=34;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158827;STB=0.502755;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0198031;OID=.;OPOS=58904396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:35:30:30:0.461538:19:11:13:21:19:11:13:22 chr19 58945962 . C T 404.52 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776438;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.014;QD=55.7956;RBI=0.0552774;REFB=0;REVB=0.0547294;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401465;OID=.;OPOS=58945962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:24:29:1:11:13:0:0:15:14:0:0 chr19 58982044 . C T 266.1 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0623136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9018;QD=21.2883;RBI=0.081737;REFB=-0.00973834;REVB=-0.0528956;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071161;STB=0.539904;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00685455;OID=.;OPOS=58982044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:12:13:11:14:12:13:11:14 chr19 58982384 . A G 850.02 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.134;QD=56.6682;RBI=0.0661864;REFB=0;REVB=0.0351402;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153779;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:60:0:0:55:60:1:33:22:0:0:34:26:0:0 chr19 59059729 . G A 524.4 PASS AF=0.474576;AO=50;DP=113;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0226478;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.904;QD=17.7763;RBI=0.046742;REFB=-0.0152719;REVB=0.0408888;RO=62;SAF=24;SAR=26;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517154;STB=0.526306;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0223668;OID=.;OPOS=59059729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:118:62:62:50:56:0.474576:26:24:33:29:29:27:33:29 chr19 59061357 . C T 150.86 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0560633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6686;QD=12.5719;RBI=0.063138;REFB=-0.035925;REVB=0.0290398;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00859308;STB=0.505045;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0635326;OID=.;OPOS=59061357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:10:7:13:18:10:7:13:18 chr19 59074429 . C T 274.16 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.056794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8993;QD=24.9238;RBI=0.0694196;REFB=0.000150255;REVB=0.0399189;RO=19;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359794;STB=0.519984;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00231688;OID=.;OPOS=59074429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:12:13:9:10:12:13:9:10 chr19 59074653 . T C 36.1 PASS AF=0.25;AO=7;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0106895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.415;QD=6.01717;RBI=0.025861;REFB=-0.011008;REVB=-0.0235483;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0292118;OID=.;OPOS=59074653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:24:17:18:7:6:0.25:3:4:12:5:2:4:12:6 chr19 59082368 . C T 767.85 PASS AF=0.457627;AO=81;DP=177;FAO=81;FDP=177;FR=.;FRO=96;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.00685223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.6;QD=17.3525;RBI=0.0098675;REFB=-0.0148131;REVB=0.00710031;RO=95;SAF=48;SAR=33;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658577;STB=0.5397;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0164753;OID=.;OPOS=59082368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:95:96:81:81:0.457627:33:48:50:45:33:48:50:46 chr20 76962 . T C 745.17 PASS AF=1;AO=43;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130578;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.209;QD=57.3206;RBI=0.132466;REFB=0;REVB=0.0222861;RO=0;SAF=33;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435306;OID=.;OPOS=76962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:43:52:1:10:33:0:0:10:42:0:0 chr20 126155 . GCAAA G 152.54 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0161106;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=298.333;QD=13.2645;RBI=0.0163658;REFB=0.00185393;REVB=-0.00287877;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277166;STB=0.514122;STBP=0.892;TYPE=del;VARB=-0.00322196;OID=.;OPOS=126156;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565:17:46:17:46:29:8:9:13:16:99:27:8:9:12:15 chr20 126310 . ACC A 205.95 PASS AF=0.423077;AO=29;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0513093;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=2;MLLD=31.9402;QD=10.5613;RBI=0.0990393;REFB=0.00406372;REVB=0.0847121;RO=37;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998059;STB=0.537713;STBP=0.616;TYPE=del;VARB=-0.00261824;OID=.;OPOS=126311;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:29:78:33:78:45:14:19:22:23:99:37:12:17:19:18 chr20 138178 . GC G 780.06 PASS AF=1;AO=59;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0870299;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.8208;QD=46.5707;RBI=0.0872444;REFB=0;REVB=0.00611517;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00204589;OID=.;OPOS=138179;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:62:67:67:0:31:36:0:0:14:0:25:34:0:0 chr20 168728 . T A 719.66 PASS AF=0.931034;AO=53;DP=57;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00768607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.196;QD=49.6315;RBI=0.0229656;REFB=-0.128975;REVB=-0.0216413;RO=4;SAF=23;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885397;STB=0.503875;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00138092;OID=.;OPOS=168728;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:57:58:4:4:53:54:0.931034:30:23:2:2:30:24:2:2 chr20 238435 . CTGGTCT C,CTGCTCC 444.09 PASS AF=0.903226,0.0967742;AO=27,2;DP=31;FAO=28,3;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552985,0.00365416;FXX=0.0312402;HRUN=1,2;LEN=6,4;MLLD=250.102,230.314;QD=57.3022;RBI=0.0668952,0.0358911;REFB=0,0;REVB=0.0376435,0.0357046;RO=0;SAF=2,1;SAR=25,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.18567e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000480416,0.000814201;OID=.,.;OPOS=238436,238438;OREF=TGGTCT,GTCT;OALT=-,CTCC;OMAPALT=C,CTGCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.903226,0.0967742:27,2:31:28,3:31:0:2,1:26,2:0:0:24:0:2,1:25,1:0:0 chr20 256727 . T A 118.32 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00848879;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9907;QD=12.1359;RBI=0.0168574;REFB=-0.018443;REVB=0.0145641;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996092;STB=0.501989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169831;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:25:14:14:0.358974:5:9:16:6:5:9:16:9 chr20 257733 . A G 223.36 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0237779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.465;QD=26.2778;RBI=0.0373715;REFB=-0.0566394;REVB=0.0288313;RO=12;SAF=13;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135507;STB=0.5619;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0180054;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:12:13:21:21:0.617647:8:13:5:7:8:13:6:7 chr20 259969 . G C 2538.98 PASS AF=0.994048;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5506;QD=60.4518;RBI=0.0363843;REFB=0.00377877;REVB=0.000690201;RO=1;SAF=30;SAR=136;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155953;STB=0.501831;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.000109085;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:168:168:1:1:166:167:0.994048:136:30:1:0:136:31:0:1 chr20 391170 . C T 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0006153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4839;QD=43.481;RBI=0.0361522;REFB=0;REVB=-0.0361469;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103305;OID=.;OPOS=391170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr20 397928 . C T 972.64 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.604;QD=58.9481;RBI=0.0188637;REFB=0;REVB=0.0124549;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6373e-05;OID=.;OPOS=397928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr20 401613 . C T 668.22 PASS AF=0.592593;AO=62;DP=106;FAO=64;FDP=108;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0266067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.841;QD=24.7488;RBI=0.0267603;REFB=-0.0309611;REVB=0.00286347;RO=44;SAF=30;SAR=32;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00502794;STB=0.502896;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0215282;OID=.;OPOS=401613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:44:44:62:64:0.592593:32:30:21:23:33:31:21:23 chr20 418199 . T A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.194;QD=58.7807;RBI=0.0649931;REFB=0;REVB=0.0623466;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284169;OID=.;OPOS=418199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr20 628890 . T C 86.15 PASS AF=0.392857;AO=12;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0682793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8865;QD=12.3066;RBI=0.1011;REFB=0.025632;REVB=-0.0745592;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122388;STB=0.615182;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0484692;OID=.;OPOS=628890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:12:11:0.392857:6:6:6:10:5:6:6:11 chr20 741847 . A G 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.395;QD=62.3476;RBI=0.0796934;REFB=0;REVB=-0.0756972;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338852;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr20 744570 . G A 2454.8 PASS AF=0.896907;AO=170;DP=193;FAO=174;FDP=194;FR=.;FRO=20;FSAF=104;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0165747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.234;QD=50.6144;RBI=0.0541464;REFB=-0.233883;REVB=0.0515471;RO=9;SAF=102;SAR=68;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263815;STB=0.547098;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00275527;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:193:194:9:20:170:174:0.896907:68:102:3:6:70:104:3:17 chr20 825678 . T C 263.5 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0307263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.712;QD=17.5668;RBI=0.0384382;REFB=-0.000426353;REVB=-0.0230952;RO=31;SAF=22;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28551;STB=0.661318;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=3.84631e-05;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:7:22:15:16:7:22:15:16 chr20 826513 . C G 462.35 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0160711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9125;QD=24.3343;RBI=0.0210586;REFB=0.00716543;REVB=-0.0136082;RO=32;SAF=14;SAR=30;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754086;STB=0.541425;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00811609;OID=.;OPOS=826513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:30:14:13:19:30:14:13:19 chr20 826666 . G T 222.49 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0256795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.14;QD=19.3469;RBI=0.0275957;REFB=-0.0168356;REVB=0.0101039;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223548;STB=0.632544;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0300271;OID=.;OPOS=826666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:10:12:18:5:10:12:19:5 chr20 853433 . GTTG GGTG,GT,GTG,GTGG 354.82 PASS AF=0.037037,0,0.962963,0;AO=2,8,14,4;DP=28;FAO=1,0,26,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,13,0;FSAR=1,0,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.1291,0.0505347,-0.0632908,-0.121709;FXX=0;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,2,1,1;MLLD=8.41219,13.2612,23.1853,16.3699;QD=52.5663;RBI=0.129126,0.34918,0.0799391,0.329876;REFB=0,0,0,0;REVB=0.00256376,-0.345504,-0.0488316,0.306603;RO=0;SAF=0,0,10,4;SAR=2,8,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,3.63386e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.0182419,0.00140996,-0.00254677,0.00862389;OID=.,.,.,.;OPOS=853434,853435,853434,853435;OREF=T,TG,T,T;OALT=G,-,-,G;OMAPALT=GGTG,GT,GTG,GTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.037037,0,0.962963,0:2,8,14,4:28:1,0,26,0:27:0:0,0,13,0:1,0,13,0:0:0:7:0:0,0,10,4:2,8,4,0:0:0 chr20 853502 . G A 296.3 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0576021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9418;QD=17.9576;RBI=0.0720457;REFB=0.00520919;REVB=0.0432734;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1519;STB=0.590854;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00512182;OID=.;OPOS=853502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:34:32:32:0.484848:16:16:11:22:16:16:11:23 chr20 854940 . T C 329.35 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.125305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7332;QD=52.696;RBI=0.127019;REFB=0;REVB=0.0207918;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010335;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:12:11:0:0:14:11:0:0 chr20 860426 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0187071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.91;QD=13.9483;RBI=0.0226262;REFB=-0.00873476;REVB=-0.0127276;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229728;STB=0.63201;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0130065;OID=.;OPOS=860426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:7:20:9:8:7:20 chr20 896790 . T A 161.46 PASS AF=0.35;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00392063;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.476;QD=10.7643;RBI=0.0168922;REFB=-0.0172881;REVB=0.0164309;RO=39;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261493;STB=0.51524;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0375235;OID=.;OPOS=896790;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:39:39:21:21:0.35:13:8:14:25:13:8:14:25 chr20 939130 . T A 230.62 PASS AF=0.424242;AO=26;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.000818414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.7181;QD=13.9771;RBI=0.0385152;REFB=-0.00189162;REVB=-0.0385065;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776654;STB=0.595427;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.000187172;OID=.;OPOS=939130;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:38:26:28:0.424242:13:13:13:18:13:15:14:24 chr20 939161 . A G 238.0 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0129275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7162;QD=20.2553;RBI=0.0133535;REFB=-0.00534484;REVB=0.00334591;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094985;STB=0.553459;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0058839;OID=.;OPOS=939161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:10:14:11:12:10:14 chr20 1115919 . A G 106.19 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159878;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7652;QD=42.4751;RBI=0.0160574;REFB=0;REVB=0.00149315;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00671e-05;OID=.;OPOS=1115919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr20 1285933 . G A 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=6;FWDB=0.0266701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.557;QD=12.9139;RBI=0.031147;REFB=-0.0129441;REVB=0.0160886;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=31;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324582;STB=0.667538;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0167035;OID=.;OPOS=1285933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:24:24:0.393443:10:14:31:5:10:14:31:6 chr20 1291074 . CTG CTC,TCC 713.8 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=45,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719259,0.0473842;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,3;MLLD=124.692,95.2931;QD=55.9846;RBI=0.0777932,0.0521142;REFB=0,0;REVB=0.0296387,0.0216939;RO=0;SAF=19,2;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.15971e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000100863,-0.0153105;OID=.,.;OPOS=1291076,1291074;OREF=G,CTG;OALT=C,TCC;OMAPALT=CTC,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:51:51:0:0:45,2:49,2:0.960784,0.0392157:26,0:19,2:0:0:27,0:22,2:0:0 chr20 1293008 . C T 979.46 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0566009;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.718;QD=55.1811;RBI=0.0607333;REFB=-0.0828031;REVB=0.0220198;RO=1;SAF=28;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165801;STB=0.512192;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00130063;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:72:71:1:2:68:69:0.971831:40:28:1:0:40:29:0:2 chr20 1294002 . C T 230.52 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.641;QD=46.1036;RBI=0.16911;REFB=-0.0781916;REVB=0.16911;RO=1;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185362;OID=.;OPOS=1294002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:19:0:0:1:19:0:0:1 chr20 1298794 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00913429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8473;QD=58.5875;RBI=0.0117261;REFB=0;REVB=0.00735293;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38217e-05;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr20 1350672 . T C 226.35 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0219315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.886;QD=17.0833;RBI=0.0235325;REFB=0.00178734;REVB=0.00853165;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12011;STB=0.567222;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00181653;OID=.;OPOS=1350672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:17:8:6:22:17:8:6:22 chr20 1424303 . G A 713.0 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327626;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3048;QD=63.3779;RBI=0.033726;REFB=0;REVB=-0.00800348;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.88663e-05;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:12:33:0:0:12:33:0:0 chr20 1426393 . C T 1946.42 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.053;QD=61.7912;RBI=0.035081;REFB=0;REVB=-0.0121946;RO=0;SAF=51;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.25254e-05;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:74:51:0:0:75:51:0:0 chr20 1457910 . C A 1259.3 PASS AF=0.965909;AO=82;DP=86;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0562694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.974;QD=57.2408;RBI=0.0566205;REFB=-0.149512;REVB=0.0062963;RO=4;SAF=33;SAR=49;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139821;STB=0.501971;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00157216;OID=.;OPOS=1457910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:86:88:4:3:82:85:0.965909:49:33:1:3:52:33:1:2 chr20 1459060 . T G 683.45 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0106552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9329;QD=52.5732;RBI=0.0128192;REFB=-0.170624;REVB=0.00712725;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192104;STB=0.50077;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00345535;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:52:1:2:50:50:0.961538:26:24:1:0:26:24:1:1 chr20 1532595 . T C 1149.54 PASS AF=0.974359;AO=74;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0348889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.081;QD=58.9507;RBI=0.0358618;REFB=-0.0363213;REVB=0.00829677;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000967215;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:74:76:0.974359:43:31:0:0:42:34:0:1 chr20 1546911 . C G 526.45 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.643;QD=58.4943;RBI=0.0420768;REFB=0;REVB=-0.030118;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50298e-05;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:16:20:0:0 chr20 1551485 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9533;QD=50.4133;RBI=0.0317565;REFB=0;REVB=0.0119291;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477568;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr20 1552430 . T C 3100.83 PASS AF=1;AO=196;DP=200;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442814;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.243;QD=61.4025;RBI=0.0300617;REFB=0;REVB=0.0297338;RO=0;SAF=84;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92692e-05;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:202:0:0:196:202:1:112:84:0:0:115:87:0:0 chr20 1559101 . T G 4222.76 PASS AF=1;AO=270;DP=270;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383939;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.591;QD=62.5594;RBI=0.0462461;REFB=-0.0578434;REVB=0.0257801;RO=0;SAF=117;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446572;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:270:270:0:0:270:270:1:153:117:0:0:153:117:0:0 chr20 1610894 . G A 224.39 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0303693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.928;QD=42.7417;RBI=0.030433;REFB=-0.186759;REVB=-0.00196746;RO=2;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917561;STB=0.549948;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00236495;OID=.;OPOS=1610894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:10:9:2:0:10:9:2:0 chr20 1610939 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.381;QD=49.5992;RBI=0.0399825;REFB=0;REVB=0.00770444;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003874;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr20 1615959 . T C 1207.02 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0514;QD=61.1148;RBI=0.0408312;REFB=0;REVB=-0.0089416;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41981e-05;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:35:43:0:0:35:44:0:0 chr20 1616137 . G A 2164.37 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774086;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.8104;QD=63.1933;RBI=0.0843446;REFB=0;REVB=-0.033495;RO=0;SAF=76;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720541;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:137:0:0:134:137:1:58:76:0:0:58:79:0:0 chr20 1616206 . A G 1186.14 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142065;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.246;QD=60.0578;RBI=0.0173416;REFB=0;REVB=-0.00994519;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345333;OID=.;OPOS=1616206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:75:79:1:41:34:0:0:42:37:0:0 chr20 1616892 . A G 2094.85 PASS AF=1;AO=132;DP=136;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248041;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.695;QD=62.5328;RBI=0.0300746;REFB=0;REVB=0.0170069;RO=0;SAF=62;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396542;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:134:0:0:132:134:1:70:62:0:0:72:62:0:0 chr20 1895990 . G A 1344.85 PASS AF=0.528926;AO=128;DP=241;FAO=128;FDP=242;FR=.;FRO=114;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=73;FSRR=41;FWDB=-0.010405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.062;QD=22.229;RBI=0.011699;REFB=-0.0177322;REVB=0.00534825;RO=113;SAF=61;SAR=67;SRF=72;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137434;STB=0.576758;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0170865;OID=.;OPOS=1895990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:113:114:128:128:0.528926:67:61:72:41:67:61:73:41 chr20 1959939 . G A 1491.56 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.811;QD=63.4705;RBI=0.0228617;REFB=0;REVB=-0.00122757;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77944e-05;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:41:53:0:0:41:53:0:0 chr20 2082732 . C G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5965;QD=49.5979;RBI=0.00346135;REFB=0;REVB=-0.00322521;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148536;OID=.;OPOS=2082732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr20 2127684 . C T 2341.42 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419462;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.768;QD=63.2815;RBI=0.0468327;REFB=-0.0243343;REVB=0.0208283;RO=0;SAF=67;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98198e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421333;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:147:148:0:0:146:148:1:79:67:0:0:81:67:0:0 chr20 2127930 . C T 600.98 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5355;QD=60.0982;RBI=0.116764;REFB=0;REVB=0.0862145;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281602;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:22:16:0:0:22:18:0:0 chr20 2290333 . C A 340.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9358;QD=52.3747;RBI=0.0482325;REFB=0;REVB=0.0195181;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.005347;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:5:19:0:0:5:21:0:0 chr20 2321105 . G C 1303.23 PASS AF=0.921569;AO=94;DP=102;FAO=94;FDP=102;FR=.;FRO=8;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0131385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.008;QD=51.107;RBI=0.0221822;REFB=-0.06736;REVB=-0.0178725;RO=2;SAF=55;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345913;STB=0.536691;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00068484;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:102:102:2:8:94:94:0.921569:39:55:1:1:39:55:1:7 chr20 2375262 . A G 1336.94 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.645;QD=62.1831;RBI=0.036933;REFB=0;REVB=-0.0299397;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47161e-05;OID=.;OPOS=2375262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:44:40:0:0:44:42:0:0 chr20 2380323 . G A 227.69 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00536357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0487;QD=17.1843;RBI=0.005401;REFB=-0.0662266;REVB=-0.000634719;RO=25;SAF=8;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222668;STB=0.614815;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0643256;OID=.;OPOS=2380323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:25:27:25:26:0.490566:17:8:14:11:18:8:14:13 chr20 2398017 . G A 540.01 PASS AF=0.459016;AO=49;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0107187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.864;QD=17.7051;RBI=0.0134239;REFB=-0.0415395;REVB=0.00808157;RO=56;SAF=28;SAR=21;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119838;STB=0.501191;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0432048;OID=.;OPOS=2398017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:56:64:49:56:0.459016:21:28:25:31:27:29:33:31 chr20 2539387 . G A 161.82 PASS AF=0.607143;AO=13;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0459103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0423;QD=23.117;RBI=0.18457;REFB=-0.0863036;REVB=0.178769;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672983;STB=0.517221;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0668958;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:13:17:0.607143:6:7:5:6:10:7:5:6 chr20 2559795 . T C 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.046225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0355;QD=19.8491;RBI=0.0805681;REFB=-0.0185745;REVB=0.0659885;RO=12;SAF=13;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336061;STB=0.721869;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.02019;OID=.;OPOS=2559795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:2:13:7:5:2:13:7:6 chr20 2618140 . T C 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.913;QD=61.6778;RBI=0.031807;REFB=0;REVB=0.0201389;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11875e-05;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr20 2621998 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.746;QD=53.9109;RBI=0.0236378;REFB=0;REVB=-0.00282204;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52071e-05;OID=.;OPOS=2621998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr20 2633936 . T C 902.01 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0274163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.111;QD=56.3756;RBI=0.0286038;REFB=-0.152442;REVB=0.00815598;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149869;STB=0.50769;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0012433;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:31:31:0:1:32:31:0:1 chr20 2637071 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0019209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.199;QD=18.0506;RBI=0.00200695;REFB=-0.00436705;REVB=-0.000581363;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207278;OID=.;OPOS=2637071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:4:4:5:5:4:4 chr20 2644407 . C G 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00355681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1846;QD=17.2464;RBI=0.0425644;REFB=-0.00564651;REVB=-0.0424155;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00545082;STB=0.509082;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00683633;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:12:9:11:15:12:9:12:15 chr20 2739583 . T C 179.14 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0552623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4628;QD=15.5774;RBI=0.0663726;REFB=-0.0269357;REVB=-0.0367615;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299476;STB=0.517223;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0388439;OID=.;OPOS=2739583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:15:12:9:10:15:12 chr20 2797015 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=1.7873e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.273;QD=9.10025;RBI=0.0218511;REFB=-0.0237052;REVB=0.0218511;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187906;STB=0.633843;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0418621;OID=.;OPOS=2797015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:6:3:9:9:6:3:10:9 chr20 2797364 . G A 238.21 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0142179;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.291;QD=13.8094;RBI=0.0150397;REFB=-0.00610288;REVB=-0.00490346;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217604;STB=0.623106;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00848999;OID=.;OPOS=2797364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:41:41:28:28:0.405797:14:14:29:12:14:14:29:12 chr20 2840773 . C T 130.65 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0223273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.615;QD=22.7221;RBI=0.023607;REFB=0.00988377;REVB=0.00766713;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253752;STB=0.622464;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00577136;OID=.;OPOS=2840773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:8:9:14:14:0.608696:5:9:2:6:5:9:3:6 chr20 2845830 . C T 291.54 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0564436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8142;QD=19.4362;RBI=0.0569577;REFB=-0.0179756;REVB=-0.00763568;RO=27;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390347;STB=0.530706;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0182506;OID=.;OPOS=2845830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:29:30:31:0.516667:18:12:12:15:19:12:13:16 chr20 2996497 . C T 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00499439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.042;QD=15.2293;RBI=0.0311619;REFB=-0.00406701;REVB=-0.0307591;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453538;STB=0.526168;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00764405;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:8:11:15:13:8:11:15:13 chr20 3025107 . C T 213.26 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0108272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7996;QD=23.696;RBI=0.0211007;REFB=-0.0444518;REVB=-0.018111;RO=14;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359056;STB=0.545413;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0607497;OID=.;OPOS=3025107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:14:15:20:21:0.583333:15:5:3:11:15:6:3:12 chr20 3090848 . T G 381.14 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0287273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6279;QD=27.7193;RBI=0.0299185;REFB=-0.0204215;REVB=-0.00835818;RO=19;SAF=10;SAR=26;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116009;STB=0.506326;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.010405;OID=.;OPOS=3090848;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:36:36:0.654545:26:10:5:14:26:10:5:14 chr20 3172246 . A C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0028932;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.522;QD=13.7531;RBI=0.00624517;REFB=0.00104201;REVB=0.00553458;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791205;STB=0.546039;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00157733;OID=.;OPOS=3172246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:9:14:8:7:9:14 chr20 3193842 . C A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0317054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.428;QD=10.7535;RBI=0.0416505;REFB=0.000166565;REVB=-0.0270099;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213161;STB=0.627256;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000574183;OID=.;OPOS=3193842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:5:8:11:15:5:8:11:15 chr20 3193978 . G A 753.89 PASS AF=0.949153;AO=54;DP=57;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0149304;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.8393;QD=51.1114;RBI=0.0885229;REFB=-0.198357;REVB=0.0872548;RO=3;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939113;STB=0.504069;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0178339;OID=.;OPOS=3193978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:57:59:3:3:54:56:0.949153:31:23:1:2:33:23:1:2 chr20 3204084 . G A 1976.57 PASS AF=0.977444;AO=125;DP=128;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0485396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.366;QD=59.4456;RBI=0.0718028;REFB=-0.166861;REVB=0.0529108;RO=2;SAF=72;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175893;STB=0.513511;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00370727;OID=.;OPOS=3204084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:133:2:3:125:130:0.977444:53:72:0:2:54:76:0:3 chr20 3210004 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00115638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.775;QD=9.49528;RBI=0.0108148;REFB=-0.00509486;REVB=0.0107528;RO=24;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278913;STB=0.673113;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0101435;OID=.;OPOS=3210004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:9:2:9:15:9:2:9:15 chr20 3214819 . T G 286.54 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00647982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.335;QD=24.3859;RBI=0.0205724;REFB=-0.0122365;REVB=-0.0195252;RO=20;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126735;STB=0.501729;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00796106;OID=.;OPOS=3214819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:16:10:8:12:16:10:8:13 chr20 3218634 . G C 214.93 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0317111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1919;QD=21.4928;RBI=0.0576701;REFB=-0.0204911;REVB=-0.048169;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126672;STB=0.571359;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0125562;OID=.;OPOS=3218634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:14:7:9:10:14:7:9:10 chr20 3235916 . T C 373.53 PASS AF=0.578125;AO=36;DP=63;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0256677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2497;QD=23.3454;RBI=0.026385;REFB=-0.011832;REVB=-0.00611061;RO=27;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211465;STB=0.60675;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00819013;OID=.;OPOS=3235916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:27:27:36:37:0.578125:23:13:17:10:23:14:17:10 chr20 3275239 . G A 453.35 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.005268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0655;QD=19.7107;RBI=0.00858958;REFB=-0.00752765;REVB=-0.00678447;RO=47;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169893;STB=0.50943;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00503017;OID=.;OPOS=3275239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:26:19:19:28:26:19:19:28 chr20 3285140 . T C 483.21 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7064;QD=58.5708;RBI=0.0660615;REFB=0;REVB=0.0634192;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484746;OID=.;OPOS=3285140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr20 3324308 . A G 46.42 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0131017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0775;QD=10.3158;RBI=0.0134364;REFB=-0.0230043;REVB=0.00298013;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496025;STB=0.826582;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0176634;OID=.;OPOS=3324308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:10:11:7:7:0.388889:6:1:6:4:6:1:7:4 chr20 3564672 . C T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.09;QD=56.9372;RBI=0.0121168;REFB=0;REVB=0.00512045;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50264e-05;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr20 3624830 . G A 512.65 PASS AF=0.509615;AO=52;DP=103;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.00908581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0845;QD=19.7173;RBI=0.0320095;REFB=-0.0136359;REVB=-0.030693;RO=50;SAF=27;SAR=25;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900148;STB=0.558;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0128663;OID=.;OPOS=3624830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:50:51:52:53:0.509615:25:27:31:19:26:27:32:19 chr20 3627840 . C CA 52.38 PASS AF=0.477273;AO=17;DP=47;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.102231;FXX=0.0222173;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.67959;QD=4.7618;RBI=0.189297;REFB=-0.0536452;REVB=0.159317;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309204;STB=0.519981;STBP=0.811;TYPE=ins;VARB=0.0252666;OID=.;OPOS=3627841;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:17:47:21:44:23:9:12:9:14:52:25:10:7:7:18 chr20 3628918 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.717;QD=61.3363;RBI=0.011907;REFB=0;REVB=0.00923859;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44487e-05;OID=.;OPOS=3628918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr20 3630107 . G A 192.78 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0091217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.609;QD=18.36;RBI=0.0184135;REFB=-0.00341918;REVB=-0.0159954;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14704;STB=0.576846;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00414586;OID=.;OPOS=3630107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:22:19:20:0.47619:7:12:10:11:8:12:10:12 chr20 3640823 . C T 107.18 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=-0.001862;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.005;QD=11.587;RBI=0.00402247;REFB=-0.00483405;REVB=0.00356556;RO=23;SAF=10;SAR=3;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172185;STB=0.607701;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00758975;OID=.;OPOS=3640823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:24:13:13:0.351351:3:10:20:3:3:10:21:3 chr20 3675333 . G A 224.48 PASS AF=0.388889;AO=27;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0339407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9696;QD=12.471;RBI=0.0339467;REFB=-0.0115893;REVB=0.00063949;RO=45;SAF=18;SAR=9;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103887;STB=0.533874;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.02232;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:44:27:28:0.388889:9:18:26:19:10:18:26:18 chr20 3675498 . T G 67.32 PASS AF=0.391304;AO=10;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0179591;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.254;QD=11.7074;RBI=0.0179817;REFB=-0.0283949;REVB=-0.000901292;RO=11;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19417;STB=0.689142;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0384044;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:11:14:10:9:0.391304:2:8:7:4:1:8:10:4 chr20 3677357 . T C 746.75 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102665;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9922;QD=60.9591;RBI=0.103252;REFB=-0.10098;REVB=-0.0109931;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240991;STB=0.51219;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00660185;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:49:1:1:46:48:0.979592:27:19:1:0:28:20:1:0 chr20 3677736 . T G 137.55 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00753217;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.152;QD=16.1819;RBI=0.0534506;REFB=-0.0158305;REVB=-0.0529172;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271683;STB=0.657897;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0224502;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:4:11:9:10:4:11:9:10 chr20 3679967 . G A 458.38 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00130611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.741;QD=20.6012;RBI=0.00565006;REFB=0.000127899;REVB=-0.00549702;RO=43;SAF=27;SAR=18;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160823;STB=0.583673;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000291486;OID=.;OPOS=3679967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:44:45:45:0.505618:18:27:18:25:18:27:19:25 chr20 3682011 . G A 335.73 PASS AF=0.372727;AO=40;DP=111;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.00207796;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.906;QD=12.2083;RBI=0.0052221;REFB=-0.00983783;REVB=-0.00479086;RO=69;SAF=25;SAR=15;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525727;STB=0.536065;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0153364;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:69:69:40:41:0.372727:15:25:40:29:15:26:40:29 chr20 3682275 . A G 70.0 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0205381;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.711;QD=14.7358;RBI=0.0247655;REFB=-0.0216212;REVB=-0.013839;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311955;STB=0.538374;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0242083;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:19:11:10:9:9:0.473684:6:3:4:7:6:3:4:6 chr20 3684022 . A G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0021687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.056;QD=6.78768;RBI=0.0223323;REFB=0.00116668;REVB=-0.0222268;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19361;STB=0.644829;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00268046;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:21:23:8:8:0.258065:4:4:7:14:4:4:7:16 chr20 3684729 . T C 140.14 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0284694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3851;QD=12.7401;RBI=0.0299431;REFB=0.0077643;REVB=0.00927821;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484298;STB=0.51218;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0582408;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:10:6:9:18:10:6:10:18 chr20 3686436 . C T 656.56 PASS AF=0.475177;AO=66;DP=141;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0096506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.037;QD=18.6257;RBI=0.0100279;REFB=-0.0108157;REVB=-0.00272478;RO=74;SAF=40;SAR=26;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247804;STB=0.516916;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0131123;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:74:66:67:0.475177:26:40:43:31:26:41:43:31 chr20 3777336 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.000124051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.684;QD=21.5107;RBI=0.0293818;REFB=-0.0301087;REVB=0.0293816;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355486;STB=0.519981;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0230952;OID=.;OPOS=3777336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:13:8:8:11:13:8:8:11 chr20 3838441 . C G 217.13 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.026748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8944;QD=16.0836;RBI=0.0318929;REFB=-0.0107477;REVB=0.0173695;RO=29;SAF=5;SAR=19;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921654;STB=0.525671;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0119355;OID=.;OPOS=3838441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:29:24:25:0.462963:19:5:8:21:19:6:8:21 chr20 3870079 . T A 71.4 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0616289;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.641;QD=31.7345;RBI=0.0647096;REFB=-0.0449258;REVB=0.0197286;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0061512;OID=.;OPOS=3870079;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:1:0:7:1:1:0 chr20 4053254 . A G 518.71 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0163069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.854;QD=19.3911;RBI=0.0260461;REFB=-0.0330961;REVB=-0.0203097;RO=53;SAF=15;SAR=39;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14199;STB=0.57879;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0309142;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:39:15:22:31:39:15:22:31 chr20 4124037 . TAC T 184.09 PASS AF=0.9375;AO=8;DP=20;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0121755;FXX=0.237982;HRUN=1;LEN=2;MLLD=121.616;QD=46.0231;RBI=0.0351977;REFB=-0.111278;REVB=0.0330248;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679981;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=del;VARB=0.00574801;OID=.;OPOS=4124038;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:8:20:15:16:1:7:8:0:1:7:1:2:6:0:1 chr20 4163242 . C T 203.13 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0221192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.668;QD=21.9602;RBI=0.0221216;REFB=-0.0097555;REVB=0.00033045;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317187;STB=0.51779;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00515439;OID=.;OPOS=4163242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:10:7:9:11:10:7 chr20 4163302 . A G 202.23 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0159864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.885;QD=21.2868;RBI=0.0511431;REFB=-0.0624707;REVB=-0.0485804;RO=18;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142322;STB=0.58056;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0477832;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:5:15:11:7:5:15:11:7 chr20 4164283 . A G 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0064674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.021;QD=28.0219;RBI=0.00736677;REFB=-0.0246824;REVB=-0.00352733;RO=19;SAF=8;SAR=21;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606462;STB=0.533311;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0155581;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:21:8:4:15:21:8:4:15 chr20 4705718 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0117892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.716;QD=16.8228;RBI=0.0261601;REFB=-0.00315808;REVB=0.023353;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413035;STB=0.749164;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0146315;OID=.;OPOS=4705718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:3:2:6:1:3:2 chr20 4705736 . A G 78.98 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0095631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.191;QD=28.7217;RBI=0.0297243;REFB=0.0172788;REVB=0.028144;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288883;STB=0.666261;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00648515;OID=.;OPOS=4705736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:11:2:2:8:9:0.818182:6:2:2:0:7:2:2:0 chr20 4705756 . T C 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0444762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1883;QD=26.0471;RBI=0.0548312;REFB=-0.0184953;REVB=0.0320675;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342259;STB=0.691994;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00952645;OID=.;OPOS=4705756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:8:4:5:0:8:4:5:0 chr20 4705865 . T C 316.21 PASS AF=0.581818;AO=30;DP=53;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0280378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.334;QD=22.9971;RBI=0.0309413;REFB=-0.0445843;REVB=-0.0130861;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00711446;STB=0.506489;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0283043;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:23:23:30:32:0.581818:12:18:14:9:13:19:14:9 chr20 4706310 . T C 217.71 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0126327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3559;QD=16.7472;RBI=0.053478;REFB=-0.0330386;REVB=0.0519645;RO=28;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062087;STB=0.535181;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0368301;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:16:8:11:17:16:8:11:17 chr20 4707066 . G C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00191853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.097;QD=22.9078;RBI=0.0171855;REFB=-0.0112724;REVB=-0.0170781;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544063;STB=0.538424;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00877014;OID=.;OPOS=4707066;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:20:21:0.552632:7:13:10:7:7:14:10:7 chr20 4707388 . G T 217.92 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0219856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.808;QD=23.5588;RBI=0.0276693;REFB=-0.0404848;REVB=0.0167994;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26868;STB=0.655583;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.023157;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:20:21:0.567568:14:6:10:6:15:6:10:6 chr20 4708130 . T C 65.35 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0126513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1194;QD=10.8915;RBI=0.0303902;REFB=-0.0126634;REVB=0.0276317;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119127;STB=0.571275;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0235963;OID=.;OPOS=4708130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:5:10:5:4:5:10 chr20 4708318 . C T 281.52 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0108348;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.633;QD=16.8072;RBI=0.0144106;REFB=-0.0161074;REVB=-0.00950115;RO=35;SAF=11;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198176;STB=0.610164;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0226047;OID=.;OPOS=4708318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:36:30:31:0.462687:19:11:20:15:20:11:20:16 chr20 4713176 . A G 190.88 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0312294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.888;QD=13.3953;RBI=0.0326263;REFB=-0.0200534;REVB=0.00944443;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158109;STB=0.512966;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0329628;OID=.;OPOS=4713176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:34:22:23:0.403509:11:11:16:17:11:12:17:17 chr20 4762577 . C G 387.65 PASS AF=0.41;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00173276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.051;QD=15.5059;RBI=0.0111135;REFB=-0.0091994;REVB=0.0109775;RO=57;SAF=20;SAR=21;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032699;STB=0.507809;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00765599;OID=.;OPOS=4762577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:57:59:41:41:0.41:21:20:26:31:21:20:28:31 chr20 4762869 . G A 589.76 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0152027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.263;QD=20.1626;RBI=0.0257073;REFB=-0.0126977;REVB=0.0207303;RO=57;SAF=33;SAR=27;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575973;STB=0.531701;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0105247;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:27:33:35:22:27:33:35:22 chr20 4764629 . G A 234.37 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0494616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3852;QD=13.0203;RBI=0.0638912;REFB=-0.0125462;REVB=-0.0404431;RO=43;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127512;STB=0.580263;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0193508;OID=.;OPOS=4764629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:44:28:28:0.388889:17:11:22:21:17:11:23:21 chr20 4880308 . G A 261.96 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0101819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.894;QD=17.1778;RBI=0.0414792;REFB=-0.0185025;REVB=0.0402101;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214106;STB=0.624775;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0187277;OID=.;OPOS=4880308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:32:29:29:0.47541:16:13:7:24:16:13:7:25 chr20 5283256 . C G 148.98 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0171949;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3923;QD=17.5269;RBI=0.0178104;REFB=0.00954477;REVB=-0.00464177;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0102396;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:9:9:8:8:9:9 chr20 5283376 . G A 106.03 PASS AF=0.393939;AO=11;DP=31;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0278114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.916;QD=12.8518;RBI=0.0278967;REFB=-0.0221284;REVB=0.00217965;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156354;STB=0.655478;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0203437;OID=.;OPOS=5283376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:20:20:11:13:0.393939:8:3:8:12:10:3:9:11 chr20 5527291 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.66;QD=43.4862;RBI=0.027545;REFB=0;REVB=0.0196971;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91589e-06;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr20 5843812 . T C 200.69 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00287326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8083;QD=15.1464;RBI=0.0311839;REFB=-0.0171986;REVB=0.0310512;RO=29;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138265;STB=0.592938;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0446494;OID=.;OPOS=5843812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:17:6:11:18:17:6:12:18 chr20 5903067 . T A 67.37 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0775545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9014;QD=13.474;RBI=0.0812724;REFB=-0.0293972;REVB=-0.0243;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566031;STB=0.533262;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0313423;OID=.;OPOS=5903067;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:2:9:7:2:2:9 chr20 5903323 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.465;QD=43.4857;RBI=0.0283314;REFB=0;REVB=0.0139393;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626219;OID=.;OPOS=5903323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr20 5903388 . A C 91.11 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0514518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.549;QD=17.3537;RBI=0.0551156;REFB=0.0294227;REVB=0.0197594;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300591;STB=0.66645;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.02388;OID=.;OPOS=5903388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:1:10:10:0:1:10:10:0 chr20 5903517 . A G 689.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.642;QD=62.6638;RBI=0.0764002;REFB=0;REVB=0.0754067;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259038;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr20 5903563 . G A 95.73 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0179231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9443;QD=11.9668;RBI=0.0939009;REFB=0.0158597;REVB=0.0921745;RO=20;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158038;STB=0.610894;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00992812;OID=.;OPOS=5903563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:31:32:20:20:11:12:0.375:10:1:3:17:11:1:3:17 chr20 5903848 . C G 210.34 PASS AF=0.947368;AO=14;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.3626;QD=44.2811;RBI=0.111087;REFB=-0.0496181;REVB=0.110157;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518498;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0095521;OID=.;OPOS=5903848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:19:0:1:14:18:0.947368:9:5:0:0:13:5:0:1 chr20 5903894 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5253;QD=44.6887;RBI=0.103677;REFB=0;REVB=-0.0972448;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00676583;OID=.;OPOS=5903894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr20 5904028 . C T 130.48 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.020866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.987;QD=22.6917;RBI=0.0240258;REFB=-0.0685142;REVB=0.01191;RO=9;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217832;STB=0.624796;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0441088;OID=.;OPOS=5904028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:12:2:3:6:12:2:3:6 chr20 5904040 . G A 49.39 PASS AF=0.4;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0190544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.4054;QD=9.87876;RBI=0.0257326;REFB=-0.0612166;REVB=0.0172944;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29761;STB=0.64255;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0925923;OID=.;OPOS=5904040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:20:20:12:12:7:8:0.4:4:3:2:10:5:3:2:10 chr20 5923203 . TT CC 1377.68 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241957;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=2;MLLD=143.738;QD=62.6219;RBI=0.0338986;REFB=0;REVB=0.023742;RO=0;SAF=27;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.79998e-05;OID=.;OPOS=5923203;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:60:27:0:0:60:28:0:0 chr20 5933108 . C A 362.01 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00586257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.571;QD=17.8769;RBI=0.0164881;REFB=-0.0100731;REVB=-0.0154106;RO=41;SAF=20;SAR=18;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238759;STB=0.629755;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.01304;OID=.;OPOS=5933108;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:43:38:38:0.469136:18:20:11:30:18:20:12:31 chr20 5935302 . AAT AAA,AA,A 39.95 PASS AF=0,0.0434783,0.26087;AO=3,4,6;DP=30;FAO=0,1,6;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=0,0,5;FSAR=0,1,1;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.153308,0.0918708,-0.0588394;FXX=0.148093;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=12.9044,9.15554,18.5989;QD=6.94714;RBI=0.198113,0.156253,0.0618074;REFB=-0.0561948,-0.136195,-0.0829481;REVB=-0.12548,-0.126392,-0.0189232;RO=11;SAF=0,0,6;SAR=3,4,0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.71899,-0.751254,0.705658;STB=0.5,0.993011,0.651596;STBP=1,0.239,0.458;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.180378,0.0917948;OID=.,.,.;OPOS=5935304,5935304,5935303;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0434783,0.26087:3,4,6:30:0,1,6:23:16:0,0,5:0,1,1:11:5:29:11:0,0,6:3,4,0:8:3 chr20 5935832 . A G 180.32 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0571153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0305;QD=16.0288;RBI=0.0753283;REFB=-0.00330224;REVB=-0.049114;RO=26;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178426;STB=0.603596;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0104945;OID=.;OPOS=5935832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:4:15:17:9:4:15:17:9 chr20 5935875 . G A 212.65 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0340923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6327;QD=20.2526;RBI=0.0340962;REFB=0.011033;REVB=0.000511189;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624822;STB=0.524115;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.0162759;OID=.;OPOS=5935875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:9:12:10:10:9:12:11:10 chr20 5937833 . A G 337.59 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0185763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4772;QD=20.1548;RBI=0.0204297;REFB=-0.0259626;REVB=0.00850245;RO=32;SAF=11;SAR=24;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298817;STB=0.665992;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0181495;OID=.;OPOS=5937833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:24:11:21:11:24:11:21:11 chr20 5939214 . A C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0127959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.669;QD=15.1007;RBI=0.0210567;REFB=-0.00902517;REVB=-0.0167228;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159846;STB=0.509083;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0110941;OID=.;OPOS=5939214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:16:15:12:12:16:15 chr20 5953833 . A G 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0158977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.795;QD=25.1494;RBI=0.0168637;REFB=-0.00885787;REVB=0.00562579;RO=21;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930916;STB=0.551685;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00739346;OID=.;OPOS=5953833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:16:11:11:10:16:11:11:10 chr20 5965583 . T A 244.35 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.044407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.669;QD=17.4532;RBI=0.0471891;REFB=-0.00564709;REVB=0.0159634;RO=27;SAF=18;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14047;STB=0.564054;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00531938;OID=.;OPOS=5965583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:29:27:27:0.482143:9:18:14:13:9:18:16:13 chr20 5982604 . T C 739.94 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220771;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.593;QD=62.9734;RBI=0.0167886;REFB=0;REVB=-0.0166428;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33336e-05;OID=.;OPOS=5982604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:44:47:1:30:14:0:0:30:17:0:0 chr20 5988095 . A G 1038.25 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=77;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0596485;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.146;QD=54.6447;RBI=0.0616998;REFB=-0.157996;REVB=-0.0157776;RO=3;SAF=42;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325877;STB=0.522721;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0010919;OID=.;OPOS=5988095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:77:76:3:4:72:72:0.947368:30:42:3:0:30:42:4:0 chr20 6057090 . G A 465.0 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0201635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9388;QD=22.1429;RBI=0.0216317;REFB=0.0325761;REVB=0.00783346;RO=38;SAF=26;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434805;STB=0.51859;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0280662;OID=.;OPOS=6057090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:38:39:45:45:0.535714:19:26:20:18:19:26:21:18 chr20 6064710 . A G 390.34 PASS AF=0.435644;AO=42;DP=99;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0119391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4674;QD=15.4589;RBI=0.0185149;REFB=-0.00740093;REVB=0.0141513;RO=57;SAF=27;SAR=15;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194466;STB=0.589854;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0175295;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:57:57:42:44:0.435644:15:27:26:31:17:27:26:31 chr20 6064731 . C T 704.74 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0278952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.104;QD=21.1952;RBI=0.0400751;REFB=-0.0134479;REVB=-0.0287728;RO=63;SAF=34;SAR=35;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835379;STB=0.549211;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0110432;OID=.;OPOS=6064731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:63:64:69:69:0.518797:35:34:25:38:35:34:25:39 chr20 6065729 . C T 154.51 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0244269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.902;QD=15.8466;RBI=0.0659774;REFB=-0.0280909;REVB=0.061289;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203524;STB=0.620574;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0881039;OID=.;OPOS=6065729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:20:19:19:0.487179:8:11:13:3:8:11:16:4 chr20 6065731 . T C 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00126437;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.776;QD=12.9422;RBI=0.0328671;REFB=-0.0127169;REVB=-0.0328428;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117931;STB=0.569624;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0152311;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:4:11:16:9:4:11:16:9 chr20 6088265 . G A 247.37 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8112;QD=24.7365;RBI=0.00220721;REFB=-0.00300908;REVB=-0.00220721;RO=16;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739188;OID=.;OPOS=6088265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:23:0:0:16:23:0:0:17 chr20 6093177 . A G 444.44 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0140322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.852;QD=23.088;RBI=0.0226464;REFB=-0.00968156;REVB=0.0177752;RO=34;SAF=19;SAR=24;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233015;STB=0.512815;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00608106;OID=.;OPOS=6093177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:24:19:16:18:24:19:16:18 chr20 6096632 . G A 86.42 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0185367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.086;QD=12.3459;RBI=0.0232913;REFB=-0.00727298;REVB=0.0141023;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218469;STB=0.649427;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0101883;OID=.;OPOS=6096632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:17:17:10:11:0.392857:5:5:12:5:6:5:12:5 chr20 6100088 . A G 756.12 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162637;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.161;QD=57.0658;RBI=0.0338921;REFB=0;REVB=0.029735;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7674e-05;OID=.;OPOS=6100088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr20 6751034 . A G 1050.68 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.736;QD=59.1934;RBI=0.0209568;REFB=0;REVB=0.0192215;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110523;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:35:32:0:0:39:32:0:0 chr20 6759115 . A T 955.1 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1388;QD=58.7756;RBI=0.0368802;REFB=0;REVB=0.0320247;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526899;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr20 7915263 . T A 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00289742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.491;QD=19.9918;RBI=0.00664038;REFB=0.00274533;REVB=0.00597491;RO=23;SAF=4;SAR=18;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109837;STB=0.562439;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00529134;OID=.;OPOS=7915263;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:18:4:6:17:18:4:6:17 chr20 7915265 . C A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00852589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.227;QD=21.1302;RBI=0.0123253;REFB=-0.0172199;REVB=0.00890072;RO=21;SAF=4;SAR=18;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125085;STB=0.507036;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00960323;OID=.;OPOS=7915265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:18:4:4:17:18:4:4:17 chr20 7962707 . C A 242.44 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00883584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.34;QD=14.9197;RBI=0.0179124;REFB=-0.0104898;REVB=0.0155814;RO=37;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134835;STB=0.576603;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0136025;OID=.;OPOS=7962707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:18:10:18:19:18:10:18:19 chr20 7963039 . TCC TC,TCT 164.88 PASS AF=0.233333,0.166667;AO=13,10;DP=60;FAO=14,10;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=2,4;FSAR=12,6;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0112209,0.0107259;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.2249,31.41;QD=10.9919;RBI=0.0262812,0.0209922;REFB=0.0662526,0.0281334;REVB=0.0237654,0.0180451;RO=31;SAF=2,4;SAR=11,6;SRF=8;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.189894,0.188784;STB=0.654289,0.603583;STBP=0.268,0.528;TYPE=del,snp;VARB=-0.106292,0.0374346;OID=.,.;OPOS=7963040,7963041;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333,0.166667:13,10:60:14,10:60:36:2,4:12,6:10:26:72:31:2,4:11,6:8:23 chr20 7999642 . G A 309.44 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00426468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9239;QD=11.9014;RBI=0.0153805;REFB=-0.00247344;REVB=-0.0147775;RO=66;SAF=20;SAR=18;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459353;STB=0.526302;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00500131;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:66:38:38:0.365385:18:20:32:34:18:20:32:34 chr20 8737734 . G A 212.17 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0190527;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.828;QD=19.2882;RBI=0.0203287;REFB=-0.0126291;REVB=-0.00708882;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176444;STB=0.613933;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0192082;OID=.;OPOS=8737734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:23:21:21:0.477273:10:11:17:7:10:11:17:6 chr20 8755243 . T C 464.15 PASS AF=0.688525;AO=33;DP=62;FAO=42;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00251659;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.567;QD=30.436;RBI=0.0710564;REFB=-0.0124431;REVB=0.0710118;RO=19;SAF=16;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779812;STB=0.504144;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.011987;OID=.;OPOS=8755243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:19:19:33:42:0.688525:17:16:7:12:26:16:7:12 chr20 8769180 . C T 383.68 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0480004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9919;QD=52.9214;RBI=0.048001;REFB=-0.166283;REVB=-0.000249478;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00624892;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:1:0:17:11:1:0 chr20 8770822 . C T 238.71 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0177424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.508;QD=14.0416;RBI=0.0273838;REFB=-0.000244755;REVB=-0.0208585;RO=40;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111111;STB=0.506325;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=8.64755e-05;OID=.;OPOS=8770822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:13:15:21:19:13:15:21:19 chr20 9288522 . G A 154.29 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.000633031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.438;QD=14.3523;RBI=0.0205227;REFB=-0.00490084;REVB=0.0205129;RO=25;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357912;STB=0.719844;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0108603;OID=.;OPOS=9288522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:13:4:14:11:13:4:15:11 chr20 9543622 . C T 115.18 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.012254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6893;QD=10.7145;RBI=0.0282444;REFB=0.00619824;REVB=-0.0254477;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061662;STB=0.53686;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0171921;OID=.;OPOS=9543622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:14:15:8:6:14:15 chr20 9547018 . C G 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.103055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.152;QD=19.9666;RBI=0.103881;REFB=-0.0296907;REVB=-0.0130747;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100359;STB=0.540513;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0241663;OID=.;OPOS=9547018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:19:10:6:19:19:10:7:19 chr20 10006682 . T A 1008.24 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.957;QD=59.3082;RBI=0.050351;REFB=0;REVB=-0.0372532;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34241e-05;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr20 10019093 . A G 208.31 PASS AF=0.412698;AO=21;DP=58;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00425478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2135;QD=13.2261;RBI=0.0107543;REFB=-0.0329827;REVB=0.00987679;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343531;STB=0.523791;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0527186;OID=.;OPOS=10019093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:37:37:21:26:0.412698:9:12:20:17:13:13:20:17 chr20 10277621 . C T 172.47 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00304974;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.724;QD=11.1272;RBI=0.00405071;REFB=-0.00517992;REVB=0.00266596;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105509;STB=0.561348;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0121027;OID=.;OPOS=10277621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:10:12:18:22:10:12:18:22 chr20 10603793 . C T 339.3 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0221518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.315;QD=20.5635;RBI=0.0286644;REFB=-0.011635;REVB=0.0181918;RO=29;SAF=21;SAR=14;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261368;STB=0.642778;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0182848;OID=.;OPOS=10603793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:31:35:35:0.530303:14:21:8:21:14:21:9:22 chr20 10653469 . C T 237.65 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0119996;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.084;QD=13.7766;RBI=0.0120469;REFB=-0.0071651;REVB=-0.00106709;RO=41;SAF=19;SAR=9;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157921;STB=0.590388;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0123898;OID=.;OPOS=10653469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:9:19:22:19:9:19:22:19 chr20 11790885 . C CTT 54.02 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0293392;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=37.4251;QD=8.64301;RBI=0.0527509;REFB=0.0120207;REVB=0.0438391;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433491;STB=0.763038;STBP=0.074;TYPE=ins;VARB=-0.0198424;OID=.;OPOS=11790886;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:9:25:9:25:16:2:7:10:6:54:16:2:7:10:6 chr20 11791008 . C T 629.44 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5763;QD=61.4091;RBI=0.0236947;REFB=0;REVB=-0.00226965;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193403;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:18:21:0:0:20:21:0:0 chr20 11799583 . G C 306.57 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00633607;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.64;QD=27.251;RBI=0.0169807;REFB=-0.0259269;REVB=0.0157543;RO=18;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976214;STB=0.55399;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0155564;OID=.;OPOS=11799583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:17:10:9:9:17:10:9:9 chr20 11907058 . C T 202.46 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0151052;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9573;QD=16.1966;RBI=0.0157343;REFB=-0.00863939;REVB=-0.00440456;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905762;STB=0.551613;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0174068;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:14:14:9:13:14:14 chr20 11907260 . G A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00796219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.341;QD=7.46497;RBI=0.0123518;REFB=-0.0138676;REVB=-0.00944306;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248764;STB=0.640604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0303157;OID=.;OPOS=11907260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:2:5:8:8:2:5:9:8 chr20 13029764 . A C 852.11 PASS AF=0.926471;AO=62;DP=68;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0120368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.209;QD=50.1243;RBI=0.0151524;REFB=-0.0918833;REVB=-0.00920377;RO=4;SAF=11;SAR=51;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103655;STB=0.524221;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00230442;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:68:68:4:5:62:63:0.926471:51:11:3:1:51:12:2:3 chr20 13029790 . C T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0503647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.612;QD=17.4272;RBI=0.0531684;REFB=-0.0116698;REVB=-0.0170374;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115324;STB=0.565285;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0159769;OID=.;OPOS=13029790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:13:6:5:18:13:6:5:18 chr20 13029862 . C T 431.03 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0955489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2379;QD=53.8786;RBI=0.101195;REFB=0.0110057;REVB=0.0333296;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321576;STB=0.51723;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00531305;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:1:0:17:14:1:0 chr20 13029919 . T TG 482.76 PASS AF=0.933333;AO=6;DP=46;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0292926;FXX=0.0217344;HRUN=0;LEN=1;MLLD=171.307;QD=42.9119;RBI=0.0626529;REFB=-0.12156;REVB=0.0553834;RO=39;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441927;STB=0.511106;STBP=0.727;TYPE=ins;VARB=0.00234599;OID=.;OPOS=13029920;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:6:46:42:45:3:21:21:1:2:14:39:1:5:21:18 chr20 13029920 . C G 608.61 PASS AF=0.956522;AO=36;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00866093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.398;QD=52.9222;RBI=0.0812551;REFB=-0.00854901;REVB=0.0807922;RO=2;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583921;STB=0.50099;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000254754;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:36:44:0.956522:15:21:0:2:23:21:1:1 chr20 13053018 . T G 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0107268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.87;QD=6.73532;RBI=0.0300075;REFB=-0.0235632;REVB=-0.0280248;RO=36;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199465;STB=0.626228;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0605609;OID=.;OPOS=13053018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:7:4:19:17:7:4:19:17 chr20 13053035 . A G 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0252925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.13;QD=6.66184;RBI=0.025699;REFB=-0.00986545;REVB=-0.00455301;RO=32;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120938;STB=0.576768;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0281795;OID=.;OPOS=13053035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:6:4:16:16:6:4:16:16 chr20 13597717 . G A 63.0 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0505484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0076;QD=8.39981;RBI=0.0511905;REFB=0.0175288;REVB=0.0080822;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216493;STB=0.636033;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0394668;OID=.;OPOS=13597717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:7:2:8:13:7:2:8:13 chr20 13605903 . A T 83.93 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.023129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.607;QD=10.1739;RBI=0.0240105;REFB=-0.0184239;REVB=-0.00644632;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385422;STB=0.705559;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0372542;OID=.;OPOS=13605903;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:5:6:4:17:5:6:5:17 chr20 13695680 . C T 464.88 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0533744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5572;QD=24.7935;RBI=0.0536004;REFB=0.0350097;REVB=-0.0049167;RO=31;SAF=21;SAR=23;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778641;STB=0.54263;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0241479;OID=.;OPOS=13695680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:23:21:18:13:23:21:18:13 chr20 13747441 . A G 771.53 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632233;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.806;QD=57.1504;RBI=0.0977511;REFB=0;REVB=0.0745526;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430331;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr20 13847420 . A G 445.08 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00108664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.898;QD=52.3618;RBI=0.0453808;REFB=-0.0733123;REVB=0.0453678;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301077;STB=0.53123;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00396902;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:32:32:0.941176:15:17:0:1:15:17:0:2 chr20 13954028 . A G 854.03 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.014623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2592;QD=56.0016;RBI=0.102726;REFB=0.0276029;REVB=0.10168;RO=1;SAF=37;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125858;STB=0.506664;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000240646;OID=.;OPOS=13954028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:23:37:1:0:23:37:1:0 chr20 14203735 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.638;QD=62.9796;RBI=0.130152;REFB=0;REVB=0.128656;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141412;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr20 14203776 . G A 136.97 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0326391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9588;QD=7.11522;RBI=0.0339181;REFB=0.000690626;REVB=0.00922626;RO=57;SAF=14;SAR=6;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202478;STB=0.623826;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00283233;OID=.;OPOS=14203776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:57:57:20:20:0.25974:6:14:31:26:6:14:31:26 chr20 14306896 . G A 673.72 PASS AF=0.59596;AO=59;DP=97;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0458311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2867;QD=27.2209;RBI=0.0529577;REFB=-0.00591527;REVB=-0.0265336;RO=38;SAF=38;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147018;STB=0.581466;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00306627;OID=.;OPOS=14306896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:38:40:59:59:0.59596:21:38:17:21:21:38:18:22 chr20 15874325 . A G 726.14 PASS AF=0.959184;AO=45;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0104998;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.329;QD=59.2768;RBI=0.03071;REFB=-0.0821998;REVB=0.0288593;RO=2;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408209;STB=0.520824;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000676885;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:49:2:2:45:47:0.959184:22:23:0:2:23:24:0:2 chr20 15874488 . G A 208.69 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.000758468;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0457;QD=17.0356;RBI=0.0149482;REFB=-0.0312709;REVB=-0.0149289;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667315;STB=0.515137;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0469713;OID=.;OPOS=15874488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:28:20:21:0.428571:14:6:10:18:14:7:10:18 chr20 15967719 . T C 195.66 PASS AF=0.446809;AO=19;DP=45;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00336379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.918;QD=16.6523;RBI=0.0237916;REFB=-0.025751;REVB=0.0235526;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210692;STB=0.58174;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0373133;OID=.;OPOS=15967719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:26:26:19:21:0.446809:12:7:15:11:12:9:15:11 chr20 16033620 . T C 386.79 PASS AF=0.434343;AO=41;DP=100;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.005135;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.412;QD=15.6278;RBI=0.018375;REFB=0.00509539;REVB=0.0176429;RO=58;SAF=18;SAR=23;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169366;STB=0.56986;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00738079;OID=.;OPOS=16033620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:58:56:41:43:0.434343:23:18:35:23:23:20:33:23 chr20 16033818 . ATTTG A,AT 462.96 PASS AF=1,0;AO=31,4;DP=38;FAO=37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.88829e-05,-0.0046065;FXX=0.0512689;HRUN=3,3;LEN=4,3;MLLD=199.937,185.034;QD=50.0497;RBI=0.00765863,0.00512093;REFB=0,0;REVB=-0.00765858,0.00223698;RO=0;SAF=22,3;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.15349e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000121861,0;OID=.,.;OPOS=16033819,16033820;OREF=TTTG,TTG;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:31,4:38:37,0:37:0:26,0:11,0:0:0:8:0:22,3:9,1:0:0 chr20 16254004 . AG A 52.19 PASS AF=0.382353;AO=14;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.034264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.3095;QD=6.13956;RBI=0.227115;REFB=-0.0375796;REVB=-0.224515;RO=18;SAF=2;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0.515464;SSEP=0;SSSB=-0.390237;STB=0.72415;STBP=0.067;TYPE=del;VARB=0.0285716;OID=.;OPOS=16254005;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:14:34:13:34:21:2:11:9:12:52:18:2:12:8:10 chr20 16359567 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0236251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2685;QD=10.8847;RBI=0.0639699;REFB=-0.00110127;REVB=0.0594475;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426521;STB=0.766397;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00584044;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:8:1:6:9:8:1:6:9 chr20 16486698 . G A 343.99 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00155028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.858;QD=16.3804;RBI=0.00293442;REFB=-0.0129451;REVB=0.00249147;RO=46;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186323;STB=0.516787;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0123465;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:47:37:37:0.440476:17:20:24:22:17:20:24:23 chr20 16493533 . T C 210.81 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0138899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.275;QD=14.0542;RBI=0.0144077;REFB=-0.0219521;REVB=0.00382795;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264102;STB=0.639888;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.033342;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:35:24:25:0.416667:16:8:20:14:16:9:21:14 chr20 16729138 . T C 357.95 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0230087;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.846;QD=16.4573;RBI=0.0234703;REFB=-0.0259269;REVB=0.00463164;RO=49;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894444;STB=0.557865;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0356482;OID=.;OPOS=16729138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:49:37:38:0.436782:21:16:17:32:21:17:17:32 chr20 16963522 . G A,C 954.68 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=3,63;DP=66;FAO=3,63;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=2,34;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231011,-0.0182285;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=43.7861,87.6867;QD=57.8593;RBI=0.0256191,0.0449558;REFB=0,0;REVB=-0.011076,-0.0410944;RO=0;SAF=2,34;SAR=1,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0156178,0.00121723;OID=.,.;OPOS=16963522,16963522;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:66:66:0:0:3,63:3,63:0.0454545,0.954545:1,29:2,34:0:0:1,29:2,34:0:0 chr20 16963541 . CA C,CG 999.55 PASS AF=0.0724638,0.927536;AO=9,60;DP=70;FAO=5,64;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=3,32;FSAR=2,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323463,0.0310448;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.87,195.285;QD=57.9449;RBI=0.0635811,0.0724329;REFB=0,0;REVB=0.0547382,0.0654428;RO=0;SAF=3,32;SAR=6,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0145557,0.00101237;OID=.,.;OPOS=16963542,16963542;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0724638,0.927536:9,60:70:5,64:69:0:3,32:2,32:0:0:14:0:3,32:6,28:0:0 chr20 17189761 . C G 274.36 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0467534;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4086;QD=12.7611;RBI=0.0563479;REFB=0.00199971;REVB=0.0314517;RO=53;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647616;STB=0.53123;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00467366;OID=.;OPOS=17189761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:53:54:32:32:0.372093:17:15:28:25:17:15:28:26 chr20 17240936 . G T 270.7 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00964499;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.329;QD=14.2473;RBI=0.0108245;REFB=-0.022497;REVB=0.00491359;RO=45;SAF=12;SAR=19;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618283;STB=0.535188;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.025146;OID=.;OPOS=17240936;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:45:45:31:31:0.407895:19:12:20:25:19:12:20:25 chr20 17470035 . C G 244.09 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554957;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.101;QD=51.3864;RBI=0.08247;REFB=0;REVB=0.0610043;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51634e-05;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:17:19:1:15:2:0:0:17:2:0:0 chr20 17474791 . G A 209.26 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0152989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.85;QD=13.7218;RBI=0.0154009;REFB=-0.00949696;REVB=0.00176982;RO=36;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036853;STB=0.521036;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0233999;OID=.;OPOS=17474791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:13:12:16:20:13:12:16:20 chr20 17474968 . T C 1115.38 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.591;QD=60.2906;RBI=0.0196326;REFB=0;REVB=-0.00577931;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04168e-05;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:43:30:0:0:44:30:0:0 chr20 17475217 . C T 166.86 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0033467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4091;QD=14.8323;RBI=0.0207245;REFB=0.00335934;REVB=0.0204524;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982302;STB=0.556898;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00537067;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:14:13:7:11:14:13 chr20 17477592 . C T 119.52 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0254995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.799;QD=13.6591;RBI=0.0303516;REFB=0.00121019;REVB=-0.016462;RO=21;SAF=11;SAR=3;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352939;STB=0.52068;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.00224584;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:3:11:16:5:3:11:16:5 chr20 17594714 . GC G 563.41 PASS AF=0.536364;AO=57;DP=112;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=-0.0116461;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.511;QD=20.4875;RBI=0.0400741;REFB=-0.0209208;REVB=-0.0383445;RO=52;SAF=23;SAR=34;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124534;STB=0.565054;STBP=0.177;TYPE=del;VARB=0.034082;OID=.;OPOS=17594715;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536364:57:112:59:110:51:24:35:14:37:99:52:23:34:14:38 chr20 17594729 . G A 395.8 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.000304179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.511;QD=14.0106;RBI=0.00857312;REFB=-0.00202462;REVB=-0.00856772;RO=67;SAF=7;SAR=39;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357564;STB=0.70559;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00308485;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:39:7:27:40:39:7:27:40 chr20 17597482 . G A 95.73 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0132057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3585;QD=11.6031;RBI=0.0199762;REFB=-0.0345625;REVB=0.0149886;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160135;STB=0.59558;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0481098;OID=.;OPOS=17597482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:10:11:8:4:10:11 chr20 17600357 . G A 372.24 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=123;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.0161353;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.802;QD=12.2045;RBI=0.0174441;REFB=-0.00151156;REVB=-0.00662923;RO=77;SAF=17;SAR=28;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138583;STB=0.507908;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00272838;OID=.;OPOS=17600357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:77:77:45:45:0.368852:28:17:30:47:28:17:30:47 chr20 17602196 . A G 233.35 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0111015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.882;QD=20.2915;RBI=0.0190181;REFB=-0.0363628;REVB=0.0154417;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268159;STB=0.523593;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0311862;OID=.;OPOS=17602196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:22:23:0.5:14:8:9:14:15:8:9:14 chr20 17605240 . A T 837.1 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000686778;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9091;QD=57.7308;RBI=0.00408748;REFB=0;REVB=0.00402937;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46703e-05;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr20 17705677 . A G 954.65 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.879;QD=58.7479;RBI=0.00591251;REFB=0;REVB=0.00369109;RO=0;SAF=56;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.13074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48661e-06;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:9:56:0:0:9:56:0:0 chr20 17716416 . C G 444.97 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0110447;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0845;QD=20.226;RBI=0.014498;REFB=0.0101687;REVB=-0.00939192;RO=44;SAF=9;SAR=35;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375127;STB=0.709919;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0090115;OID=.;OPOS=17716416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:44:44:44:44:0.5:35:9:25:19:35:9:25:19 chr20 17932210 . C T 220.78 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00825343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.198;QD=12.0973;RBI=0.00829249;REFB=-0.0133965;REVB=-0.000803868;RO=46;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548927;STB=0.531648;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0193119;OID=.;OPOS=17932210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:16:11:21:25:16:11:21:25 chr20 17950545 . A T 386.27 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0067955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.643;QD=30.9019;RBI=0.00681433;REFB=-0.0238286;REVB=0.0005062;RO=18;SAF=19;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629628;STB=0.534505;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0107265;OID=.;OPOS=17950545;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:13:19:9:9:13:19:9:9 chr20 17968923 . T C 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0055339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2538;QD=15.6448;RBI=0.00919246;REFB=0.00159869;REVB=0.00734011;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317703;STB=0.680397;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00259438;OID=.;OPOS=17968923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:8:14:9:20:8:14:9:20 chr20 18022362 . G T 250.1 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.112706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0352;QD=26.3263;RBI=0.113403;REFB=0.0508294;REVB=-0.0125579;RO=15;SAF=12;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228073;STB=0.625747;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0317152;OID=.;OPOS=18022362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:11:12:3:12:11:12:3:12 chr20 18143112 . T TG 182.79 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.165086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.4907;QD=36.5588;RBI=0.165566;REFB=0;REVB=0.0125976;RO=18;SAF=1;SAR=1;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0130902;OID=.;OPOS=18143113;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:20:20:0:8:12:0:0:4:18:1:1:7:11 chr20 18143117 . T G 271.75 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0624638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.8486;QD=51.7616;RBI=0.0631972;REFB=0;REVB=-0.00960004;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00203508;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr20 18143355 . C T 1631.24 PASS AF=1;AO=108;DP=112;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355072;FXX=0.0267833;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.826;QD=59.8618;RBI=0.0369326;REFB=0;REVB=0.0367615;RO=1;SAF=67;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114358;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08793e-05;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:109:1:0:108:109:1:41:67:0:1:42:67:0:0 chr20 18167977 . T C 1018.51 PASS AF=1;AO=66;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.169907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.571;QD=57.381;RBI=0.169911;REFB=0;REVB=-0.00121543;RO=1;SAF=23;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440845;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:1:0:66:71:1:43:23:1:0:43:28:0:0 chr20 18296072 . T A 358.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.924;QD=55.088;RBI=0.0668029;REFB=0;REVB=0.0659712;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533834;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr20 18309650 . GTTT GTTA,GTT,GTTG 605.6 PASS AF=0,0.952381,0.047619;AO=2,38,2;DP=42;FAO=0,40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23,1;FSAR=0,17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00032132,0.0675858,0.0327143;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=155.678,24.9788,7.26978;QD=57.6762;RBI=0.0199335,0.0708955,0.0917233;REFB=0,0,0;REVB=-0.0199309,0.0214085,0.0856909;RO=0;SAF=0,23,1;SAR=2,15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,0.0150667,-0.112886;OID=.,.,.;OPOS=18309653,18309651,18309653;OREF=T,T,T;OALT=A,-,G;OMAPALT=GTTA,GTT,GTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.952381,0.047619:2,38,2:42:0,40,2:42:0:0,23,1:0,17,1:0:0:8:0:0,23,1:2,15,1:0:0 chr20 18414356 . A G 803.43 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9416;QD=64.2741;RBI=0.062588;REFB=0;REVB=-0.0229559;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202665;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr20 18433335 . T C 878.29 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0912187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3204;QD=54.8929;RBI=0.104964;REFB=-0.133094;REVB=0.0519297;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517236;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00411986;OID=.;OPOS=18433335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:0:2:62:62:0.96875:28:34:0:0:28:34:0:2 chr20 18445963 . A G 436.62 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3687;QD=56.3376;RBI=0.0170441;REFB=0;REVB=-0.0093399;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423853;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:8:22:0:0:8:23:0:0 chr20 18462421 . A G 749.13 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.452;QD=55.4911;RBI=0.048538;REFB=0;REVB=0.0234954;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280906;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:22:29:0:0:22:32:0:0 chr20 18541699 . T TA 494.1 PASS AF=1;AO=47;DP=60;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502747;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.5522;QD=35.9343;RBI=0.0882303;REFB=0;REVB=0.0725055;RO=11;SAF=20;SAR=27;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224604;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00380237;OID=.;OPOS=18541700;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:60:55:55:0:21:34:0:0:10:11:20:27:4:7 chr20 18810705 . C T 267.54 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0113008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.642;QD=16.2142;RBI=0.0113596;REFB=-0.023206;REVB=0.00115387;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464336;STB=0.509272;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.029556;OID=.;OPOS=18810705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:36:30:30:0.454545:17:13:15:20:17:13:15:21 chr20 19261606 . T C 391.3 PASS AF=0.420561;AO=44;DP=105;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0746217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6971;QD=14.628;RBI=0.075568;REFB=-0.0043057;REVB=-0.0119213;RO=61;SAF=23;SAR=21;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699997;STB=0.527626;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00683861;OID=.;OPOS=19261606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:61:62:44:45:0.420561:21:23:36:25:21:24:36:26 chr20 19261623 . G A 616.11 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.011208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.158;QD=22.2023;RBI=0.0417771;REFB=-0.0244182;REVB=0.0402456;RO=50;SAF=34;SAR=27;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310034;STB=0.516989;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0242464;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:50:61:61:0.54955:27:34:26:24:27:34:26:24 chr20 19560664 . G A 1877.84 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.893;QD=61.5684;RBI=0.0231504;REFB=0;REVB=0.0227806;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50684e-05;OID=.;OPOS=19560664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:61:61:0:0:61:61:0:0 chr20 19702049 . G A 359.12 PASS AF=0.402062;AO=30;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00309742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.753;QD=14.809;RBI=0.00711334;REFB=-0.0069492;REVB=0.00640356;RO=45;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481271;STB=0.587065;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0106655;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:58:30:39:0.402062:12:18:25:20:14:25:29:29 chr20 20050397 . G A 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00107113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.864;QD=12.1432;RBI=0.0139471;REFB=-0.0163672;REVB=0.0139059;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325513;STB=0.68732;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.015363;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:11:8:24:9:11:8:24:9 chr20 20144772 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.569;QD=57.8846;RBI=0.0575899;REFB=0;REVB=0.0512173;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366696;OID=.;OPOS=20144772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr20 20152462 . A C 801.06 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5248;QD=57.2185;RBI=0.0260397;REFB=0;REVB=-0.0141706;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70657e-05;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr20 20341333 . G C 1513.32 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.997;QD=59.9335;RBI=0.0126074;REFB=0;REVB=-0.00146517;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94898e-06;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:49:52:0:0:49:52:0:0 chr20 20350516 . T G 309.93 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.479;QD=51.6546;RBI=0.0641016;REFB=0;REVB=0.0605494;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131932;OID=.;OPOS=20350516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr20 20377421 . A AC 139.79 PASS AF=1;AO=15;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0945726;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.35679;QD=26.6257;RBI=0.133277;REFB=-0.0183555;REVB=0.0939088;RO=4;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602786;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00465041;OID=.;OPOS=20377422;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:15:22:21:21:0:7:14:0:0:3:4:6:9:1:3 chr20 20493222 . G A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0101784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.632;QD=10.8237;RBI=0.0114413;REFB=-0.0017078;REVB=-0.00522537;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131088;STB=0.577766;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00362823;OID=.;OPOS=20493222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:16:7:5:7:16:7 chr20 21142523 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.792;QD=57.6799;RBI=0.0498608;REFB=0;REVB=0.0449098;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38882e-05;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr20 21142813 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8365;QD=57.2011;RBI=0.0872062;REFB=0;REVB=0.0668479;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154936;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr20 21362703 . TA T 1332.75 PASS AF=0.992;AO=109;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0504195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.9478;QD=42.6479;RBI=0.13195;REFB=0.0146673;REVB=-0.121937;RO=5;SAF=32;SAR=77;SRF=4;SRR=1;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.0496104;STB=0.502924;STBP=0.597;TYPE=del;VARB=-0.000110624;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992:109:125:124:125:1:39:85:0:1:19:5:32:77:4:1 chr20 21492264 . C G 32.51 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.029809;FXX=0.0422476;HRUN=6;LEN=1;MLLD=19.8895;QD=1.91225;RBI=0.0307099;REFB=0.00324203;REVB=-0.00738384;RO=35;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136094;STB=0.610832;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.04562;OID=.;OPOS=21492264;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:68:35:60:8:8:0.117647:5:3:17:18:5:3:30:30 chr20 22562674 . T C 800.9 PASS AF=1;AO=52;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.429;QD=57.2073;RBI=0.0284453;REFB=0;REVB=0.017582;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299463;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:52:56:1:28:24:0:0:32:24:0:0 chr20 22758594 . T C 272.27 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00501073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.051;QD=17.2869;RBI=0.0572585;REFB=-0.0110032;REVB=0.0570389;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234378;STB=0.513149;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0132169;OID=.;OPOS=22758594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:12:18:19:14:12:18:19:14 chr20 23016970 . T G 275.02 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0282521;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.14;QD=12.7918;RBI=0.0325095;REFB=-0.018305;REVB=-0.0160838;RO=54;SAF=13;SAR=19;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163406;STB=0.593691;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.010171;OID=.;OPOS=23016970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:54:54:32:32:0.372093:19:13:30:24:19:13:30:24 chr20 23017017 . T C 459.85 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0733246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.879;QD=15.8569;RBI=0.0735422;REFB=-0.0183367;REVB=-0.00565298;RO=65;SAF=22;SAR=29;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769214;STB=0.543054;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0227599;OID=.;OPOS=23017017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:65:51:51:0.439655:29:22:33:32:29:22:33:32 chr20 23017044 . C T 383.27 PASS AF=0.370968;AO=46;DP=124;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00383289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.623;QD=12.3636;RBI=0.0162737;REFB=-0.00454038;REVB=-0.0158159;RO=76;SAF=15;SAR=31;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212556;STB=0.614486;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0061466;OID=.;OPOS=23017044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:76:78:46:46:0.370968:31:15:39:37:31:15:39:39 chr20 23017082 . T C 294.51 PASS AF=0.309524;AO=40;DP=126;FAO=39;FDP=126;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.0597077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0944;QD=9.34937;RBI=0.0618135;REFB=-0.00960668;REVB=-0.0159971;RO=86;SAF=15;SAR=25;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175789;STB=0.61875;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0274349;OID=.;OPOS=23017082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:86:87:40:39:0.309524:25:15:45:41:25:14:46:41 chr20 23028724 . G A 324.96 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0338606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.069;QD=48.1418;RBI=0.061929;REFB=-0.154334;REVB=0.0518523;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00186044;OID=.;OPOS=23028724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:15:10:0:1:15:11:0:1 chr20 23065209 . G A 689.56 PASS AF=0.385714;AO=81;DP=211;FAO=81;FDP=210;FR=.;FRO=129;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=83;FWDB=0.00642321;FXX=0.00473911;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.852;QD=13.1345;RBI=0.0199408;REFB=-0.0144072;REVB=0.018878;RO=126;SAF=33;SAR=48;SRF=46;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479185;STB=0.532709;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0220227;OID=.;OPOS=23065209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:126:129:81:81:0.385714:48:33:46:80:48:33:46:83 chr20 23065342 . A G 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.899;QD=61.0478;RBI=0.0697834;REFB=0;REVB=-0.0563708;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65222e-05;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr20 23345844 . A C 233.84 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0235711;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.638;QD=15.0867;RBI=0.0236795;REFB=-0.0128357;REVB=-0.00226294;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676441;STB=0.538241;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.014661;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:35:35:27:27:0.435484:16:11:12:23:16:11:12:23 chr20 23350790 . C T 298.73 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0411131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7753;QD=23.8984;RBI=0.0481661;REFB=-0.0178965;REVB=-0.0250935;RO=23;SAF=6;SAR=21;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118672;STB=0.565473;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0139115;OID=.;OPOS=23350790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:21:6:3:20:21:6:3:20 chr20 23352480 . A G 152.73 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0138292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0851;QD=13.5757;RBI=0.0200726;REFB=-0.00248967;REVB=0.0145486;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693722;STB=0.540422;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00401036;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:15:13:9:8:15:13 chr20 23424613 . T C 179.48 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.018791;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.049;QD=12.5951;RBI=0.0201663;REFB=-0.0127831;REVB=0.0073197;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337589;STB=0.542049;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0140395;OID=.;OPOS=23424613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:35:22:22:0.385965:14:8:13:20:14:8:15:20 chr20 23424660 . G C 206.89 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.024908;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.009;QD=15.9145;RBI=0.0259591;REFB=-0.0184004;REVB=0.0073119;RO=29;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832732;STB=0.547486;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0190895;OID=.;OPOS=23424660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:16:7:11:18:16:7:11:18 chr20 23432528 . A G 244.28 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0363797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.779;QD=13.028;RBI=0.0365467;REFB=-0.000224088;REVB=0.00348953;RO=45;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270499;STB=0.506362;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.000182581;OID=.;OPOS=23432528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:18:11:16:29:18:11:17:29 chr20 23472391 . A G 2236.95 PASS AF=0.969136;AO=142;DP=151;FAO=157;FDP=162;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00928101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.965;QD=55.2333;RBI=0.0138518;REFB=-0.150749;REVB=0.0102827;RO=4;SAF=55;SAR=87;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00754603;STB=0.500244;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00122232;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:151:162:4:5:142:157:0.969136:87:55:1:3:93:64:2:3 chr20 23531276 . G A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.518;QD=41.8677;RBI=0.0375933;REFB=-0.0662924;REVB=0.0164638;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479918;STB=0.526281;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0042668;OID=.;OPOS=23531276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:9:6:0:1:9:6:0:1 chr20 23546639 . T G 1374.93 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.34;QD=62.4967;RBI=0.0328718;REFB=0;REVB=0.0153993;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29701e-05;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:88:0:0:83:88:1:42:41:0:0:44:44:0:0 chr20 23586360 . G A 326.95 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.100848;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3549;QD=15.032;RBI=0.103977;REFB=-0.0309986;REVB=-0.0253143;RO=52;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190897;STB=0.615325;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.040929;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:52:51:36:36:0.413793:20:16:14:38:20:16:13:38 chr20 23618395 . T C 2787.06 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.313;QD=62.6306;RBI=0.00671334;REFB=0;REVB=-0.00656402;RO=0;SAF=53;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4313e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5357e-06;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:177:178:1:124:53:0:0:125:53:0:0 chr20 23729722 . G T 3106.55 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326724;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3264;QD=61.2128;RBI=0.0388729;REFB=0.0150273;REVB=-0.0210621;RO=1;SAF=97;SAR=104;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488514;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.16915e-06;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:203:1:0:201:203:1:104:97:1:0:105:98:0:0 chr20 23731412 . G A 474.9 PASS AF=0.452174;AO=51;DP=114;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0333834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.248;QD=16.5184;RBI=0.0338979;REFB=1.75587e-05;REVB=-0.00588328;RO=63;SAF=23;SAR=28;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224398;STB=0.507637;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=7.20802e-05;OID=.;OPOS=23731412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:63:63:51:52:0.452174:28:23:27:36:29:23:27:36 chr20 23731426 . C T 420.89 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.091811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8556;QD=15.8828;RBI=0.1005;REFB=-0.0220238;REVB=0.0408766;RO=56;SAF=19;SAR=28;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667318;STB=0.518247;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0302645;OID=.;OPOS=23731426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:59:47:47:0.443396:28:19:19:37:28:19:22:37 chr20 23731494 . A G 575.45 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.99;QD=60.5738;RBI=0.042673;REFB=0;REVB=-0.00356015;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395632;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr20 23860178 . A G 518.11 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0141264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6928;QD=54.5377;RBI=0.0172756;REFB=-0.153535;REVB=-0.00994442;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.501465;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00392851;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:38:1:2:36:36:0.947368:19:17:1:0:19:17:1:1 chr20 24939590 . G C 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.298;QD=60.975;RBI=0.0170909;REFB=0;REVB=0.00570648;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.41617e-05;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr20 24954887 . A T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.865;QD=51.1817;RBI=0.0595002;REFB=0;REVB=0.0579071;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314462;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr20 25027526 . G A 249.52 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.0115694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.976;QD=14.2582;RBI=0.0349073;REFB=-0.0223643;REVB=-0.0329343;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243662;STB=0.644439;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0262857;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:41:28:29:0.414286:14:14:11:30:14:15:11:30 chr20 25059442 . C T 1005.94 PASS AF=0.488263;AO=103;DP=212;FAO=104;FDP=213;FR=.;FRO=109;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=-0.00396454;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.496;QD=18.8909;RBI=0.0123858;REFB=-0.0144902;REVB=-0.0117341;RO=108;SAF=41;SAR=62;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268572;STB=0.51479;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0172455;OID=.;OPOS=25059442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:108:109:103:104:0.488263:62:41:46:62:63:41:46:63 chr20 25195387 . A AT 89.29 PASS AF=0.457143;AO=13;DP=80;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00260956;FXX=0.11391;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.79295;QD=5.10255;RBI=0.147052;REFB=-0.0113718;REVB=-0.147029;RO=64;SAF=4;SAR=9;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244972;STB=0.569809;STBP=0.346;TYPE=ins;VARB=-0.0341672;OID=.;OPOS=25195388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143:13:80:32:70:38:20:12:19:19:89:64:4:9:32:32 chr20 25195394 . C T 369.62 PASS AF=0.458824;AO=37;DP=83;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0379937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9909;QD=17.3938;RBI=0.0475983;REFB=-0.00774666;REVB=0.0286719;RO=45;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089151;STB=0.542147;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.030147;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:45:46:37:39:0.458824:18:19:19:26:19:20:20:26 chr20 25195509 . A G 1026.36 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0183301;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=256.503;QD=55.479;RBI=0.0190477;REFB=-0.0987234;REVB=0.00517928;RO=2;SAF=36;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255447;STB=0.506472;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000252923;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:74:2:3:71:71:0.959459:35:36:2:0:35:36:2:1 chr20 25207074 . T C 358.11 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0117374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.818;QD=22.3816;RBI=0.0129534;REFB=-0.0256311;REVB=0.00547949;RO=27;SAF=7;SAR=29;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188735;STB=0.618411;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0204339;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:36:36:0.5625:29:7:10:17:29:7:11:17 chr20 25255338 . C T 207.69 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00122323;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.325;QD=15.1048;RBI=0.00146605;REFB=0.0017171;REVB=-0.000808084;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479693;STB=0.52725;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00249377;OID=.;OPOS=25255338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:14:17:12:12:14:17 chr20 25259006 . G T 456.89 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00267278;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.879;QD=17.7432;RBI=0.0178723;REFB=-0.0102872;REVB=-0.0176713;RO=54;SAF=30;SAR=19;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908281;STB=0.55055;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0108045;OID=.;OPOS=25259006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:54:54:49:49:0.475728:19:30:28:26:19:30:28:26 chr20 25260931 . A G 269.23 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0360807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7154;QD=16.5682;RBI=0.0363375;REFB=-0.00661593;REVB=-0.00431245;RO=35;SAF=21;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136806;STB=0.577266;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00768088;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:9:21:20:15:9:21:20:15 chr20 25262769 . G A 321.31 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00274673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.09;QD=18.9005;RBI=0.0495979;REFB=0.00946537;REVB=0.0495218;RO=33;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146722;STB=0.58942;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00966779;OID=.;OPOS=25262769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:21:13:18:15:21:13:19:15 chr20 25264814 . T C 151.33 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.00216753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1938;QD=14.4119;RBI=0.0301766;REFB=-0.022622;REVB=0.0300987;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210375;STB=0.636222;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0589718;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:25:16:17:0.404762:10:6:5:20:10:7:5:20 chr20 25268920 . T C 240.66 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0147963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.3925;QD=20.4816;RBI=0.0536017;REFB=-0.068843;REVB=-0.0515191;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056906;STB=0.531888;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0717434;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:13:10:12:12:13:10 chr20 25275621 . T C 631.8 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0129085;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1397;QD=19.2915;RBI=0.0394392;REFB=-0.0337062;REVB=0.0372669;RO=65;SAF=28;SAR=36;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363504;STB=0.528384;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0394646;OID=.;OPOS=25275621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:65:67:64:64:0.48855:36:28:31:34:36:28:33:34 chr20 25276297 . G A 362.08 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0205651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.902;QD=23.36;RBI=0.0218118;REFB=0.0167668;REVB=-0.00726853;RO=26;SAF=12;SAR=24;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105399;STB=0.558106;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0130433;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:24:12:12:14:24:12:12:14 chr20 25282944 . A G 268.79 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0205651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.102;QD=22.3989;RBI=0.0205793;REFB=-0.0173532;REVB=-0.000764421;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927583;STB=0.540733;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0133236;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:13:12:13:9:13:12:13:10 chr20 25456698 . C T 144.39 PASS AF=0.625;AO=13;DP=22;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.011502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.216;QD=24.0656;RBI=0.0861732;REFB=-0.0139051;REVB=0.0854021;RO=9;SAF=13;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.621493;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0108055;OID=.;OPOS=25456698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:24:9:9:13:15:0.625:0:13:9:0:1:14:9:0 chr20 25456888 . A G 379.21 PASS AF=0.359375;AO=46;DP=129;FAO=46;FDP=128;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=57;FWDB=0.0492799;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1556;QD=11.8502;RBI=0.0532326;REFB=-0.00911002;REVB=-0.0201295;RO=81;SAF=18;SAR=28;SRF=25;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996535;STB=0.559595;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0192679;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:81:82:46:46:0.359375:28:18:25:56:28:18:25:57 chr20 25457049 . GCTCCCA G 161.33 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0152066;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=6;MLLD=215.748;QD=17.9251;RBI=0.020707;REFB=-0.0134052;REVB=-0.0140549;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154651;STB=0.611524;STBP=0.219;TYPE=del;VARB=0.0192094;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222:16:37:17:36:19:9:8:6:13:99:18:8:8:6:12 chr20 25591862 . A T 87.83 PASS AF=0.833333;AO=8;DP=11;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0223255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.079;QD=29.2764;RBI=0.113028;REFB=-0.0266575;REVB=0.110801;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509198;STB=0.571275;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0190394;OID=.;OPOS=25591862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:12:3:2:8:10:0.833333:6:2:1:2:8:2:1:1 chr20 25666737 . C T 77.97 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0283342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3586;QD=14.1756;RBI=0.030701;REFB=-0.00598853;REVB=-0.0118207;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252837;STB=0.650827;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00784741;OID=.;OPOS=25666737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:5:7:8:2:5:7 chr20 25755672 . G T 227.97 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0111429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.468;QD=11.5426;RBI=0.0144174;REFB=-0.0122339;REVB=-0.00914859;RO=51;SAF=17;SAR=11;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710688;STB=0.540955;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.022705;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:11:17:34:17:11:17:34:17 chr20 26063560 . G A 486.51 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.01;QD=55.6015;RBI=0.039893;REFB=0;REVB=0.0258904;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315317;OID=.;OPOS=26063560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:31:35:1:17:14:0:0:19:16:0:0 chr20 26094564 . T G 1683.0 PASS AF=0.465241;AO=174;DP=375;FAO=174;FDP=374;FR=.;FRO=200;FSAF=85;FSAR=89;FSRF=108;FSRR=92;FWDB=-0.00614172;FXX=0.00531901;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8807;QD=18;RBI=0.0287257;REFB=-0.0110089;REVB=-0.0280614;RO=200;SAF=85;SAR=89;SRF=108;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499285;STB=0.527514;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0186689;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:374:200:200:174:174:0.465241:89:85:108:92:89:85:108:92 chr20 26094567 . T C 2123.85 PASS AF=0.541333;AO=198;DP=371;FAO=203;FDP=375;FR=.;FRO=172;FSAF=100;FSAR=103;FSRF=91;FSRR=81;FWDB=0.0113864;FXX=0.0053049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.47;QD=22.6544;RBI=0.0121361;REFB=-0.0123417;REVB=0.00419922;RO=170;SAF=98;SAR=100;SRF=89;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242523;STB=0.516716;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0125515;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:375:170:172:198:203:0.541333:100:98:89:81:103:100:91:81 chr20 26094605 . G A 1004.36 PASS AF=0.383838;AO=113;DP=295;FAO=114;FDP=297;FR=.;FRO=183;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=89;FSRR=94;FWDB=-0.0216762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.927;QD=13.5267;RBI=0.0256362;REFB=-0.0289553;REVB=-0.0136878;RO=178;SAF=43;SAR=70;SRF=85;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108488;STB=0.563343;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0344867;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:297:178:183:113:114:0.383838:70:43:85:93:70:44:89:94 chr20 26094609 . C A 983.53 PASS AF=0.393728;AO=110;DP=282;FAO=113;FDP=287;FR=.;FRO=174;FSAF=44;FSAR=69;FSRF=83;FSRR=91;FWDB=0.00296032;FXX=0.0034721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2208;QD=13.7078;RBI=0.0318076;REFB=-0.00313262;REVB=-0.0316695;RO=172;SAF=41;SAR=69;SRF=81;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110161;STB=0.554505;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00511625;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:287:172:174:110:113:0.393728:69:41:81:91:69:44:83:91 chr20 26188912 . A C 57.26 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00233689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.781;QD=28.632;RBI=0.0355184;REFB=-0.200722;REVB=-0.0354415;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00849283;OID=.;OPOS=26188912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:0:1:5:2:0:1 chr20 29623210 . C T 60.28 PASS AF=0.0913706;AO=17;DP=196;FAO=18;FDP=197;FR=.;FRO=179;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=82;FSRR=97;FWDB=-0.00347759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.146;QD=1.22398;RBI=0.0161429;REFB=-0.000514815;REVB=-0.0157638;RO=179;SAF=10;SAR=7;SRF=82;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150355;STB=0.637176;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00543639;OID=.;OPOS=29623210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:196:197:179:179:17:18:0.0913706:7:10:82:97:7:11:82:97 chr20 29623217 . C T 32.15 PASS AF=0.0653266;AO=13;DP=199;FAO=13;FDP=199;FR=.;FRO=186;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=88;FSRR=98;FWDB=-0.0154255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6994;QD=0.64627;RBI=0.0295984;REFB=-0.00291586;REVB=-0.025261;RO=185;SAF=5;SAR=8;SRF=87;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922436;STB=0.658985;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0514594;OID=.;OPOS=29623217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:199:199:185:186:13:13:0.0653266:8:5:87:98:9:4:88:98 chr20 29623223 . T C 1013.93 PASS AF=0.513089;AO=97;DP=190;FAO=98;FDP=191;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.00698928;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.77;QD=21.2342;RBI=0.0106378;REFB=-0.0180657;REVB=-0.00801958;RO=90;SAF=42;SAR=55;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496053;STB=0.53252;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0119867;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:90:93:97:98:0.513089:55:42:44:46:56:42:46:47 chr20 29623224 . C A 44.06 PASS AF=0.0789474;AO=15;DP=189;FAO=15;FDP=190;FR=.;FRO=175;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=78;FSRR=97;FWDB=-0.0657213;FXX=0.0155432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.38;QD=0.927491;RBI=0.0704538;REFB=-0.0037326;REVB=-0.0253858;RO=165;SAF=10;SAR=5;SRF=75;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24055;STB=0.698373;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0525969;OID=.;OPOS=29623224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:189:190:165:175:15:15:0.0789474:5:10:75:90:5:10:78:97 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG 1074.44 PASS AF=0.107784,0.502994;AO=17,83;DP=184;FAO=18,84;FDP=167;FR=.;FRO=65;FSAF=11,34;FSAR=7,50;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.0129285,-0.00175686;FXX=0.0923863;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=28.6909,206.111;QD=25.7351;RBI=0.0636417,0.0280206;REFB=0.06015,0.00217029;REVB=0.0623147,0.0279655;RO=59;SAF=11,34;SAR=6,49;SRF=24;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.29321,0.00225919;STB=0.682861,0.516179;STBP=0.104,0.682;TYPE=snp,del;VARB=-0.048,0.00210092;OID=.,.;OPOS=29623254,29623249;OREF=G,AAG;OALT=A,-;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.107784,0.502994:17,83:184:18,84:167:65:11,34:7,50:24:41:99:59:11,34:6,49:24:35 chr20 29623263 . C T 62.7 PASS AF=0.0972973;AO=18;DP=185;FAO=18;FDP=185;FR=.;FRO=167;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=66;FSRR=101;FWDB=-0.0142548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.256;QD=1.3557;RBI=0.0168026;REFB=-0.00136478;REVB=-0.00889536;RO=167;SAF=11;SAR=7;SRF=66;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253855;STB=0.687703;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0196433;OID=.;OPOS=29623263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:185:185:167:167:18:18:0.0972973:7:11:66:101:7:11:66:101 chr20 29624068 . T C 41.18 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00682945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.039;QD=2.1393;RBI=0.00855328;REFB=-0.00416458;REVB=0.00514949;RO=66;SAF=5;SAR=4;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048598;STB=0.523204;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0202396;OID=.;OPOS=29624068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:77:77:66:68:9:9:0.116883:4:5:34:32:4:5:36:32 chr20 29624070 . G A 180.92 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00372663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.446;QD=9.39852;RBI=0.00411621;REFB=-0.0125907;REVB=-0.00174798;RO=53;SAF=14;SAR=10;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871067;STB=0.551379;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0262032;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:10:14:27:26:10:14:27:26 chr20 29625876 . C T 168.76 PASS AF=0.247423;AO=24;DP=97;FAO=24;FDP=97;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0312212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.079;QD=6.95921;RBI=0.0554158;REFB=-0.00833206;REVB=-0.0457838;RO=72;SAF=17;SAR=7;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297937;STB=0.686409;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0403573;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:72:73:24:24:0.247423:7:17:34:38:7:17:34:39 chr20 29625877 . G A 117.39 PASS AF=0.195876;AO=19;DP=98;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.00310675;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.481;QD=4.84068;RBI=0.0410987;REFB=-0.00314337;REVB=-0.0409811;RO=75;SAF=10;SAR=9;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247609;STB=0.510858;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0141191;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:75:78:19:19:0.195876:9:10:38:37:9:10:40:38 chr20 29625925 . C CTTG 62.55 PASS AF=0.144444;AO=12;DP=93;FAO=13;FDP=90;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.00296575;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=212.6;QD=2.78011;RBI=0.0351287;REFB=-0.00568625;REVB=-0.0350032;RO=80;SAF=5;SAR=7;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102625;STB=0.583204;STBP=0.545;TYPE=ins;VARB=0.0288973;OID=.;OPOS=29625926;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.144444:12:93:13:90:77:5:8:37:40:62:80:5:7:40:40 chr20 29625935 . A G 64.74 PASS AF=0.138298;AO=11;DP=92;FAO=13;FDP=94;FR=.;FRO=81;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=54;FWDB=0.00199274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.485;QD=2.75498;RBI=0.0102984;REFB=-0.00573696;REVB=-0.0101037;RO=78;SAF=1;SAR=10;SRF=27;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415277;STB=0.835164;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0361796;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:92:94:78:81:11:13:0.138298:10:1:27:51:12:1:27:54 chr20 29625979 . C A 115.8 PASS AF=0.165414;AO=24;DP=133;FAO=22;FDP=133;FR=.;FRO=111;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=87;FWDB=-0.0124629;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.98;QD=3.48262;RBI=0.0450403;REFB=-0.00456828;REVB=-0.0432817;RO=105;SAF=6;SAR=18;SRF=21;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910957;STB=0.513315;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0186331;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:105:111:24:22:0.165414:18:6:21:84:17:5:24:87 chr20 29625985 . G A 31.77 PASS AF=0.0740741;AO=11;DP=135;FAO=10;FDP=135;FR=.;FRO=125;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=96;FWDB=-0.045869;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8814;QD=0.941433;RBI=0.0604412;REFB=-0.00379492;REVB=-0.0393594;RO=122;SAF=2;SAR=9;SRF=28;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080524;STB=0.719454;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0342729;OID=.;OPOS=29625985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:135:135:122:125:11:10:0.0740741:9:2:28:94:9:1:29:96 chr20 29628237 . C A 56.26 PASS AF=0.0790514;AO=20;DP=256;FAO=20;FDP=253;FR=.;FRO=233;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=109;FSRR=124;FWDB=-0.0366544;FXX=0.0155636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.906;QD=0.889549;RBI=0.0366585;REFB=-0.000759959;REVB=-0.000543225;RO=212;SAF=11;SAR=9;SRF=108;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473632;STB=0.57523;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00818048;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:256:253:212:233:20:20:0.0790514:9:11:108:104:9:11:109:124 chr20 29628271 . C T 1505.58 PASS AF=0.588745;AO=137;DP=234;FAO=136;FDP=231;FR=.;FRO=95;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=35;FSRR=60;FWDB=-0.0189065;FXX=0.01282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8875;QD=26.0707;RBI=0.05612;REFB=-0.0472652;REVB=-0.0528394;RO=92;SAF=57;SAR=80;SRF=34;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357806;STB=0.521556;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0339334;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:231:92:95:137:136:0.588745:80:57:34:58:79:57:35:60 chr20 29628273 . A G 30.06 PASS AF=0.0603448;AO=14;DP=232;FAO=14;FDP=232;FR=.;FRO=218;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=85;FSRR=133;FWDB=-0.0304219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2782;QD=0.51829;RBI=0.0312271;REFB=0.00303142;REVB=0.00704565;RO=216;SAF=6;SAR=8;SRF=83;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048058;STB=0.537432;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0294537;OID=.;OPOS=29628273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:232:232:216:218:14:14:0.0603448:8:6:83:133:8:6:85:133 chr20 29628328 . C G 57.95 PASS AF=0.119266;AO=13;DP=110;FAO=13;FDP=109;FR=.;FRO=96;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=71;FWDB=-0.082788;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9353;QD=2.12671;RBI=0.0919756;REFB=-0.00669108;REVB=-0.0400706;RO=93;SAF=2;SAR=11;SRF=24;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188912;STB=0.643998;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0350456;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:110:109:93:96:13:13:0.119266:11:2:24:69:11:2:25:71 chr20 29628361 . A C 231.6 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0177467;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.044;QD=16.5431;RBI=0.0184503;REFB=-0.0257106;REVB=-0.00504694;RO=29;SAF=5;SAR=21;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195911;STB=0.60568;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0289162;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:30:26:26:0.464286:21:5:10:19:21:5:10:20 chr20 29628431 . C T 311.32 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0231345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.726;QD=29.6498;RBI=0.0232564;REFB=-0.0494567;REVB=0.00237816;RO=15;SAF=9;SAR=18;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477795;STB=0.526296;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0138452;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:18:9:6:9:18:9:6:9 chr20 29628439 . A G 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0116006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.64;QD=5.85756;RBI=0.0335591;REFB=-0.00150791;REVB=-0.0314903;RO=32;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255409;STB=0.668381;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00448567;OID=.;OPOS=29628439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:7:2:13:19:7:2:13:19 chr20 29630674 . A T 50.89 PASS AF=0.104839;AO=12;DP=124;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=0.00468996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.582;QD=1.64161;RBI=0.00786194;REFB=-0.00135704;REVB=-0.00630986;RO=110;SAF=4;SAR=8;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187894;STB=0.663864;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0157552;OID=.;OPOS=29630674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:124:124:110:111:12:13:0.104839:8:4:54:56:9:4:54:57 chr20 29630695 . C A 237.68 PASS AF=0.239726;AO=35;DP=147;FAO=35;FDP=146;FR=.;FRO=111;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.016049;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.909;QD=6.51176;RBI=0.0251703;REFB=-0.0159275;REVB=-0.0193901;RO=111;SAF=19;SAR=16;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115456;STB=0.569886;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0518395;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:111:111:35:35:0.239726:16:19:50:61:16:19:50:61 chr20 29630697 . A G 44.0 PASS AF=0.0884354;AO=13;DP=147;FAO=13;FDP=147;FR=.;FRO=134;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=70;FWDB=-0.0182755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3197;QD=1.19719;RBI=0.04344;REFB=-0.00708791;REVB=0.0394086;RO=133;SAF=5;SAR=8;SRF=64;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112883;STB=0.585854;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0779675;OID=.;OPOS=29630697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:147:147:133:134:13:13:0.0884354:8:5:64:69:8:5:64:70 chr20 29630725 . T C 56.53 PASS AF=0.0955056;AO=16;DP=178;FAO=17;FDP=178;FR=.;FRO=161;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=73;FSRR=88;FWDB=-0.0322757;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.813;QD=1.2704;RBI=0.0498859;REFB=-0.0071567;REVB=-0.0380379;RO=161;SAF=9;SAR=7;SRF=73;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127196;STB=0.62037;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0513075;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:178:178:161:161:16:17:0.0955056:7:9:73:88:7:10:73:88 chr20 29632638 . C A 124.22 PASS AF=0.2;AO=19;DP=108;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=0.00647467;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.719;QD=4.51699;RBI=0.00775506;REFB=-0.00532337;REVB=-0.00426845;RO=84;SAF=8;SAR=11;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250519;STB=0.509174;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0235885;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:84:88:19:22:0.2:11:8:37:47:12:10:39:49 chr20 29632643 . T C 60.2 PASS AF=0.118644;AO=14;DP=118;FAO=14;FDP=118;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.0142134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6009;QD=2.04053;RBI=0.0269903;REFB=0.000943487;REVB=0.0229446;RO=103;SAF=6;SAR=8;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343775;STB=0.520855;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0111982;OID=.;OPOS=29632643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:118:118:103:104:14:14:0.118644:8:6:47:56:8:6:47:57 chr20 29632662 . G C 242.65 PASS AF=0.286957;AO=33;DP=133;FAO=33;FDP=115;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0134367;FXX=0.135328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7362;QD=8.43989;RBI=0.0140864;REFB=-0.0101339;REVB=-0.00422858;RO=80;SAF=17;SAR=16;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481397;STB=0.53682;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0328988;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:115:80:82:33:33:0.286957:16:17:38:42:16:17:38:44 chr20 29632674 . T TA 33.98 PASS AF=0.15942;AO=24;DP=142;FAO=22;FDP=138;FR=.;FRO=116;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=-0.185859;FXX=0.0142847;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.7789;QD=0.984978;RBI=0.188749;REFB=-0.0509325;REVB=0.0329048;RO=106;SAF=17;SAR=7;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346117;STB=0.528959;STBP=0.778;TYPE=ins;VARB=-0.041436;OID=.;OPOS=29632675;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15942:24:142:22:138:116:11:11:54:62:33:106:17:7:46:60 chr20 29632680 . G A 30.61 PASS AF=0.0753425;AO=12;DP=142;FAO=11;FDP=146;FR=.;FRO=135;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=-0.0159511;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.3557;QD=0.838768;RBI=0.0514567;REFB=-0.0155166;REVB=-0.0489219;RO=130;SAF=8;SAR=4;SRF=59;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240132;STB=0.673263;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.042953;OID=.;OPOS=29632680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:142:146:130:135:12:11:0.0753425:4:8:59:71:4:7:60:75 chr20 29632707 . G A 174.53 PASS AF=0.19863;AO=29;DP=146;FAO=29;FDP=146;FR=.;FRO=117;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=66;FWDB=0.00627696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.248;QD=4.7817;RBI=0.0118421;REFB=-0.00330467;REVB=-0.0100416;RO=116;SAF=16;SAR=13;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142107;STB=0.591975;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0208961;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:116:117:29:29:0.19863:13:16:51:65:13:16:51:66 chr20 29632709 . C T 101.41 PASS AF=0.141892;AO=21;DP=148;FAO=21;FDP=148;FR=.;FRO=127;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=-0.0269959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.975;QD=2.74083;RBI=0.0275019;REFB=-0.00913469;REVB=-0.00525118;RO=126;SAF=5;SAR=16;SRF=61;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324465;STB=0.725572;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.024296;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:126:127:21:21:0.141892:16:5:61:65:16:5:62:65 chr20 29632714 . CT AG 95.24 PASS AF=0.136986;AO=20;DP=146;FAO=20;FDP=146;FR=.;FRO=126;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=-0.00865187;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.312;QD=2.60934;RBI=0.0165348;REFB=-0.00226738;REVB=-0.0140906;RO=126;SAF=5;SAR=15;SRF=61;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305851;STB=0.71201;STBP=0.055;TYPE=mnp;VARB=0.0280604;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:146:146:126:126:20:20:0.136986:15:5:61:65:15:5:61:65 chr20 29633894 . C A 52.31 PASS AF=0.107438;AO=13;DP=122;FAO=13;FDP=121;FR=.;FRO=108;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.00407214;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.546;QD=1.72921;RBI=0.00467278;REFB=-0.00307977;REVB=-0.00229184;RO=107;SAF=6;SAR=7;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182263;STB=0.51783;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0225638;OID=.;OPOS=29633894;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:122:121:107:108:13:13:0.107438:7:6:51:56:7:6:52:56 chr20 29633900 . A G 39.26 PASS AF=0.0894309;AO=10;DP=122;FAO=11;FDP=123;FR=.;FRO=112;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=0.0451584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3299;QD=1.2766;RBI=0.0615318;REFB=0.00293023;REVB=0.0417958;RO=111;SAF=2;SAR=8;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331977;STB=0.703718;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0121921;OID=.;OPOS=29633900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:122:123:111:112:10:11:0.0894309:8:2:54:57:8:3:55:57 chr20 29633916 . G T 540.19 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=122;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0402335;FXX=0.221293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.351;QD=22.7446;RBI=0.0418179;REFB=-0.024642;REVB=-0.0114019;RO=40;SAF=26;SAR=25;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107933;STB=0.545437;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0212716;OID=.;OPOS=29633916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:95:40:43:51:52:0.547368:25:26:15:25:25:27:18:25 chr20 29633927 . C A 76.95 PASS AF=0.0963855;AO=46;DP=118;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0178798;FXX=0.308308;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.293;QD=3.7086;RBI=0.0404985;REFB=-0.00340926;REVB=-0.0363379;RO=67;SAF=24;SAR=22;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108769;STB=0.684692;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.280456;OID=.;OPOS=29633927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:118:83:67:75:46:8:0.0963855:22:24:28:39:3:5:31:44 chr20 29633929 . A G 387.38 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.0138243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.704;QD=12.9127;RBI=0.0138509;REFB=-0.00128153;REVB=-0.00085745;RO=73;SAF=25;SAR=21;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157064;STB=0.592633;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00144475;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:73:74:46:46:0.383333:21:25:29:44:21:25:29:45 chr20 29633938 . A G 126.36 PASS AF=0.19469;AO=21;DP=112;FAO=22;FDP=113;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.0214109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9239;QD=4.47274;RBI=0.0269232;REFB=0.00627005;REVB=-0.0163227;RO=91;SAF=10;SAR=11;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018655;STB=0.505667;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0547925;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:91:91:21:22:0.19469:11:10:42:49:12:10:42:49 chr20 29633945 . G A 33.8 PASS AF=0.0873786;AO=9;DP=106;FAO=9;FDP=103;FR=.;FRO=94;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.00841028;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1695;QD=1.31254;RBI=0.0125823;REFB=-0.000128522;REVB=-0.00935845;RO=83;SAF=5;SAR=4;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575843;STB=0.58867;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00423042;OID=.;OPOS=29633945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:106:103:83:94:9:9:0.0873786:4:5:42:41:4:5:43:51 chr20 29633952 . C T 281.07 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00651426;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.549;QD=11.9602;RBI=0.00890079;REFB=-0.0168961;REVB=-0.00606535;RO=60;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198466;STB=0.607967;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0271632;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:60:61:33:33:0.351064:15:18:22:38:15:18:23:38 chr20 29652138 . C T 32.04 PASS AF=0.0612245;AO=15;DP=256;FAO=15;FDP=245;FR=.;FRO=230;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=100;FSRR=130;FWDB=-0.0214869;FXX=0.054052;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.185;QD=0.523138;RBI=0.0248314;REFB=-0.00381238;REVB=0.0124463;RO=227;SAF=7;SAR=8;SRF=98;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371382;STB=0.530147;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0580904;OID=.;OPOS=29652138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:256:245:227:230:15:15:0.0612245:8:7:98:129:8:7:100:130 chr20 29652165 . C T 76.77 PASS AF=0.100917;AO=20;DP=218;FAO=22;FDP=218;FR=.;FRO=196;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=73;FSRR=123;FWDB=-0.0195276;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8221;QD=1.4086;RBI=0.0910815;REFB=-0.00483721;REVB=-0.0889636;RO=193;SAF=7;SAR=13;SRF=71;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230207;STB=0.508512;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0644874;OID=.;OPOS=29652165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:218:218:193:196:20:22:0.100917:13:7:71:122:14:8:73:123 chr20 29652166 . G A 148.94 PASS AF=0.147465;AO=30;DP=213;FAO=32;FDP=217;FR=.;FRO=185;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=71;FSRR=114;FWDB=-0.0313013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4347;QD=2.74551;RBI=0.0313623;REFB=0.000293863;REVB=-0.00195642;RO=180;SAF=8;SAR=22;SRF=66;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145574;STB=0.598699;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00257494;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:217:180:185:30:32:0.147465:22:8:66:114:23:9:71:114 chr20 29652172 . TG CA,CG 2342.28 PASS AF=0.308458,0.577114;AO=62,116;DP=200;FAO=62,116;FDP=201;FR=.;FRO=23;FSAF=20,37;FSAR=42,79;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0102774,-0.00264763;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=137.688,111.907;QD=46.6126;RBI=0.0232038,0.0193119;REFB=-0.00125224,0.0286439;REVB=0.0208036,-0.0191295;RO=22;SAF=20,37;SAR=42,79;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00245548,0.000271086;STB=0.505665,0.502789;STBP=0.914,0.901;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00435588,-0.00319913;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:200:201:22:23:62,116:62,116:0.308458,0.577114:42,79:20,37:7:15:42,79:20,37:7:16 chr20 29652182 . C T 73.94 PASS AF=0.101523;AO=20;DP=198;FAO=20;FDP=197;FR=.;FRO=177;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=125;FWDB=-0.0149162;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4986;QD=1.50125;RBI=0.0217149;REFB=-0.00208804;REVB=0.0157811;RO=176;SAF=2;SAR=18;SRF=52;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341073;STB=0.772316;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0138096;OID=.;OPOS=29652182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:198:197:176:177:20:20:0.101523:18:2:52:124:18:2:52:125 chr20 29652183 . G A 212.58 PASS AF=0.188776;AO=37;DP=196;FAO=37;FDP=196;FR=.;FRO=159;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=114;FWDB=-0.0330918;FXX=0.0101005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.75;QD=4.33835;RBI=0.0356473;REFB=-0.0102059;REVB=0.0132536;RO=158;SAF=9;SAR=28;SRF=44;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586997;STB=0.541912;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.040245;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:158:159:37:37:0.188776:28:9:44:114:28:9:45:114 chr20 29652191 . C T 2095.9 PASS AF=0.80829;AO=155;DP=192;FAO=156;FDP=193;FR=.;FRO=37;FSAF=39;FSAR=117;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0176753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4599;QD=43.4384;RBI=0.0186253;REFB=-0.0182957;REVB=0.00587236;RO=36;SAF=38;SAR=117;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285081;STB=0.518642;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00478101;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:36:37:155:156:0.80829:117:38:11:25:117:39:12:25 chr20 29652194 . C T 161.06 PASS AF=0.162437;AO=31;DP=196;FAO=32;FDP=197;FR=.;FRO=165;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=123;FWDB=0.0194925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.494;QD=3.27025;RBI=0.0202162;REFB=-0.00316348;REVB=0.00536073;RO=164;SAF=9;SAR=22;SRF=42;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552853;STB=0.558948;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0290804;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:164:165:31:32:0.162437:22:9:42:122:22:10:42:123 chr20 29652196 . T C 240.76 PASS AF=0.20202;AO=40;DP=197;FAO=40;FDP=198;FR=.;FRO=158;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=114;FWDB=-0.0433304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.538;QD=4.86386;RBI=0.0433305;REFB=-0.00831106;REVB=-9.50015e-05;RO=156;SAF=8;SAR=32;SRF=42;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123689;STB=0.587523;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0423457;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:156:158:40:40:0.20202:32:8:42:114:32:8:44:114 chr20 29652236 . G C 1211.28 PASS AF=0.758333;AO=84;DP=126;FAO=91;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=25;FSAR=66;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0278779;FXX=0.0839631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.419;QD=40.376;RBI=0.0285628;REFB=-0.012363;REVB=0.00621748;RO=21;SAF=18;SAR=66;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013147;STB=0.511711;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00403721;OID=.;OPOS=29652236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:120:21:22:84:91:0.758333:66:18:5:16:66:25:5:17 chr20 29652254 . G A 209.96 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=103;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=54;FWDB=-0.0514863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.495;QD=8.15379;RBI=0.0548111;REFB=-0.00794034;REVB=0.0187995;RO=74;SAF=7;SAR=22;SRF=20;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460999;STB=0.527512;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0136789;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:74:74:29:29:0.281553:22:7:20:54:22:7:20:54 chr20 29965014 . T C 273.55 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0476028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2476;QD=17.6483;RBI=0.0506394;REFB=-0.0466682;REVB=0.0172721;RO=31;SAF=10;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202509;STB=0.622139;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0388905;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:20:10:17:14:20:10:18:14 chr20 29978216 . T C 337.93 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0163398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.921;QD=17.5548;RBI=0.0173714;REFB=-0.00956345;REVB=-0.00589718;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811962;STB=0.541738;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0187917;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:39:41:36:36:0.467532:21:15:13:26:21:15:14:27 chr20 30070239 . C A 418.88 PASS AF=0.625;AO=39;DP=61;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0668783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.913;QD=26.1798;RBI=0.0825252;REFB=-0.0488629;REVB=0.0483498;RO=22;SAF=22;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728241;STB=0.518858;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0233378;OID=.;OPOS=30070239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:22:24:39:40:0.625:17:22:10:12:18:22:12:12 chr20 30433296 . G A 173.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0220046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.068;QD=18.7107;RBI=0.0257846;REFB=0.00874291;REVB=0.0134402;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227404;STB=0.629483;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00703979;OID=.;OPOS=30433296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:11:8:12:6:11:8 chr20 30513735 . C T 315.59 PASS AF=0.571429;AO=30;DP=54;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00294187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.852;QD=22.5422;RBI=0.0555372;REFB=-0.0138978;REVB=0.0554592;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164199;STB=0.57995;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0089124;OID=.;OPOS=30513735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:23:24:30:32:0.571429:12:18:9:14:14:18:9:15 chr20 30659537 . C T 256.43 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0125219;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.442;QD=19.7251;RBI=0.0190748;REFB=-0.0622937;REVB=0.0143892;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185879;STB=0.593152;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0481021;OID=.;OPOS=30659537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:25:27:27:0.519231:12:15:8:16:12:15:9:16 chr20 30676401 . AGGGC AGGC,AGGCA 330.82 PASS AF=1,0;AO=24,2;DP=38;FAO=36,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213255,-0.0160019;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=13.6346,7.30299;QD=36.7583;RBI=0.252986,0.13927;REFB=-0.0472077,-0.0381845;REVB=0.252086,0.138347;RO=10;SAF=12,2;SAR=12,0;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.618056,0;SSSB=0.0536345,0.612877;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0181416,0;OID=.,.;OPOS=30676402,30676404;OREF=G,GC;OALT=-,CA;OMAPALT=AGGC,AGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:24,2:38:36,0:36:0:19,0:17,0:0:0:4:10:12,2:12,0:4:6 chr20 30746248 . T C 336.26 PASS AF=0.35;AO=42;DP=121;FAO=42;FDP=120;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0236499;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1212;QD=11.2088;RBI=0.0241553;REFB=-0.0220372;REVB=0.00491539;RO=77;SAF=25;SAR=17;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101372;STB=0.554409;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0437119;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:77:78:42:42:0.35:17:25:39:38:17:25:40:38 chr20 30777800 . T C 815.66 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.2;QD=57.2393;RBI=0.0478839;REFB=0;REVB=0.0458025;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112549;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:24:31:0:0:24:33:0:0 chr20 30777860 . A G 593.6 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.119;QD=57.9118;RBI=0.0290901;REFB=0;REVB=-0.018953;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011799;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:36:41:1:18:18:0:0:21:20:0:0 chr20 30789799 . C T 232.67 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0505304;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.978;QD=16.3278;RBI=0.054742;REFB=-0.0111847;REVB=-0.0210562;RO=30;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225706;STB=0.637285;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0114518;OID=.;OPOS=30789799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:31:26:26:0.45614:18:8:16:14:18:8:17:14 chr20 30795819 . T C 912.57 PASS AF=1;AO=48;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494932;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.998;QD=57.9412;RBI=0.0985276;REFB=0;REVB=0.0851945;RO=0;SAF=37;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122253;OID=.;OPOS=30795819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:48:63:1:11:37:0:0:13:50:0:0 chr20 30822981 . C G 433.45 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0336972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.331;QD=20.6403;RBI=0.0344507;REFB=-0.021696;REVB=-0.00716564;RO=41;SAF=15;SAR=28;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164071;STB=0.509087;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0180628;OID=.;OPOS=30822981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:28:15:15:26:28:15:15:26 chr20 30898190 . G A 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0115243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.274;QD=23.7581;RBI=0.0118997;REFB=-0.0240191;REVB=-0.00296543;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138035;STB=0.576864;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0228068;OID=.;OPOS=30898190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:11:15:9:13:11:15:9:13 chr20 30922398 . C T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0208586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.497;QD=21.5101;RBI=0.0261091;REFB=-0.00696598;REVB=-0.0157037;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125134;STB=0.570392;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00491084;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:6:9:8:10:6:9 chr20 31022959 . T C 727.33 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.776;QD=57.0452;RBI=0.0376327;REFB=0;REVB=0.0363414;RO=0;SAF=39;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48598e-05;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:11:39:0:0:12:39:0:0 chr20 31024274 . T C 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0198328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.399;QD=26.5135;RBI=0.0219887;REFB=-0.00541177;REVB=0.00949552;RO=19;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152456;STB=0.584551;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00411137;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:18:9:10:9:18:9:10:9 chr20 31025163 . A G 74.38 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=37;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0228233;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.639;QD=8.50058;RBI=0.0322855;REFB=0.0192328;REVB=0.0228353;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348376;STB=0.734356;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0226301;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:37:35:25:25:9:10:0.285714:6:3:16:9:7:3:16:9 chr20 31025535 . A G 297.48 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0130798;FXX=0.106652;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.397;QD=17.7597;RBI=0.0345103;REFB=-0.0129991;REVB=-0.0319356;RO=28;SAF=21;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991247;STB=0.578121;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00856229;OID=.;OPOS=31025535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:28:35:31:32:0.477612:10:21:16:12:11:21:18:17 chr20 31035129 . A G 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0220884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.914;QD=26.399;RBI=0.0222552;REFB=0.0133156;REVB=-0.00271963;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00726889;OID=.;OPOS=31035129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:9:9:5:5:9:9:5:5 chr20 31041555 . AG GA 34.23 PASS AF=0.272727;AO=4;DP=23;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0656423;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=2;MLLD=109.348;QD=6.22379;RBI=0.0705284;REFB=0.00716346;REVB=-0.0257941;RO=9;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106048;STB=0.699237;STBP=0.313;TYPE=mnp;VARB=-0.0605924;OID=.;OPOS=31041555;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:23:22:9:16:4:6:0.272727:3:1:3:6:5:1:6:10 chr20 31196471 . A G 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0704981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.092;QD=18.3443;RBI=0.0844307;REFB=-0.0131898;REVB=0.0464603;RO=18;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224182;STB=0.628868;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0114492;OID=.;OPOS=31196471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:13:4:8:10:13:4:8:10 chr20 31292298 . CAAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA 49.27 PASS AF=0.5,0.3;AO=2,2;DP=11;FAO=5,3;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3,2;FSAR=2,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0310265,-0.083086;FXX=0.166528;HRUN=15,15;LEN=1,3;MLLD=126.678,9.5297;QD=19.7074;RBI=0.031366,0.136036;REFB=-0.0431516,-0.09298;REVB=-0.00460252,-0.107716;RO=1;SAF=1,2;SAR=1,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,0;STB=0.529293,0.570936;STBP=0.911,0.906;TYPE=snp,del;VARB=0.03413,-0.121789;OID=.,.;OPOS=31292312,31292299;OREF=A,AAA;OALT=G,-;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.3:2,2:11:5,3:10:2:3,2:2,1:1:1:19:1:1,2:1,0:1:0 chr20 31384801 . C T 44.43 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0630212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2936;QD=7.10803;RBI=0.0714949;REFB=-0.0168007;REVB=-0.0337616;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518902;STB=0.533234;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0487837;OID=.;OPOS=31384801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:6:1:3:15:6:1:3:15 chr20 31386347 . T C 482.96 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.48;QD=58.5404;RBI=0.0348434;REFB=0;REVB=0.00362618;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192743;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr20 31388636 . T C 528.22 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0478182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.345;QD=52.8218;RBI=0.0517873;REFB=-0.174381;REVB=0.0198831;RO=3;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623306;STB=0.533316;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00326069;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:21:16:0:3:21:16:0:3 chr20 31436747 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.238;QD=48.7373;RBI=0.0189415;REFB=0;REVB=0.0187517;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012125;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr20 31494382 . G A 755.83 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282821;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.108;QD=57.0434;RBI=0.0290393;REFB=0;REVB=-0.00658832;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66284e-05;OID=.;OPOS=31494382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:38:15:0:0:38:15:0:0 chr20 31497682 . G T 306.72 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0191885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3623;QD=26.6716;RBI=0.0211687;REFB=-0.0157893;REVB=-0.00893937;RO=18;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806132;STB=0.533955;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00537415;OID=.;OPOS=31497682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:27:27:0.586957:12:15:8:10:12:15:9:10 chr20 31505292 . C T 53.51 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0125633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5025;QD=7.64362;RBI=0.0127291;REFB=-0.00617133;REVB=0.00204776;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890944;STB=0.571254;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0239939;OID=.;OPOS=31505292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:4:4:8:11:4:4:8:12 chr20 31584178 . G A 242.17 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.000631784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.279;QD=16.994;RBI=0.000737272;REFB=-0.0219823;REVB=0.000380026;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522405;STB=0.52939;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0211947;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:15:12:15:15:15:12:15:15 chr20 31587752 . G C 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0131021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.329;QD=6.81341;RBI=0.0240403;REFB=-0.0105213;REVB=-0.0201562;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241432;STB=0.60839;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.024326;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:17:19:7:7:0.269231:4:3:11:6:4:3:11:8 chr20 31587793 . A G 117.12 PASS AF=0.358974;AO=12;DP=37;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0185197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8214;QD=12.0126;RBI=0.0574617;REFB=-0.0193201;REVB=0.0543955;RO=25;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359925;STB=0.681551;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0566727;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:25:25:12:14:0.358974:9:3:14:11:10:4:14:11 chr20 31609581 . C T 394.25 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00113067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.997;QD=14.8773;RBI=0.00882;REFB=-0.00187522;REVB=-0.00874723;RO=61;SAF=20;SAR=25;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654695;STB=0.536826;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00191598;OID=.;OPOS=31609581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:61:45:45:0.424528:25:20:31:30:25:20:31:30 chr20 31621113 . C T 249.94 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00180427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.487;QD=16.6627;RBI=0.0426188;REFB=-0.0135869;REVB=-0.0425806;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105681;STB=0.549965;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00584556;OID=.;OPOS=31621113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:14:14:12:19:14:14:13:19 chr20 31622083 . G A 829.01 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3688;QD=57.1734;RBI=0.03666;REFB=0;REVB=0.0312867;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670778;OID=.;OPOS=31622083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:31:27:0:0 chr20 31627291 . A G 917.7 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.988;QD=58.2664;RBI=0.0261008;REFB=0;REVB=0.0201324;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69825e-05;OID=.;OPOS=31627291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:39:22:0:0:39:24:0:0 chr20 31647747 . G A 276.98 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00451565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.626;QD=15.6042;RBI=0.0246758;REFB=-0.0161105;REVB=0.0242591;RO=39;SAF=23;SAR=8;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120756;STB=0.563431;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0177404;OID=.;OPOS=31647747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:40:31:31:0.43662:8:23:25:14:8:23:26:14 chr20 31652292 . G A 1116.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0103;QD=60.3637;RBI=0.0596247;REFB=0;REVB=0.056297;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189634;OID=.;OPOS=31652292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:46:27:0:0:47:27:0:0 chr20 31656632 . C G 1697.16 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0378064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.128;QD=59.5493;RBI=0.0626665;REFB=-0.101427;REVB=0.0499777;RO=1;SAF=63;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747763;STB=0.503936;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000256135;OID=.;OPOS=31656632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:50:63:1:0:50:63:1:0 chr20 31660604 . G T 208.72 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0333924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.434;QD=18.1495;RBI=0.0334476;REFB=-0.0108255;REVB=-0.00192028;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153231;STB=0.577093;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0123779;OID=.;OPOS=31660604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:13:8:13:11:13:8:13:12 chr20 31673846 . A G 755.04 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0300818;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5446;QD=54.9118;RBI=0.0363041;REFB=-0.0757039;REVB=-0.0203243;RO=1;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01327;STB=0.50704;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0017324;OID=.;OPOS=31673846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:52:54:0.981818:35:17:0:1:35:19:0:1 chr20 31676804 . A C 612.95 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00767155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1094;QD=61.2947;RBI=0.0408576;REFB=0;REVB=-0.0401309;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000782529;OID=.;OPOS=31676804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr20 31682948 . C G 311.11 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.00253353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.379;QD=12.321;RBI=0.00255952;REFB=-0.00913343;REVB=0.0003638;RO=64;SAF=8;SAR=29;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181286;STB=0.604945;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0155038;OID=.;OPOS=31682948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:64:37:37:0.366337:29:8:22:42:29:8:22:42 chr20 31812923 . G A 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.283;QD=59.1408;RBI=0.0238513;REFB=0;REVB=-0.000339746;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85124e-05;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr20 31830955 . T C 193.62 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0749626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4511;QD=16.8366;RBI=0.0796856;REFB=-0.0253631;REVB=0.0270261;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658443;STB=0.537574;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0260818;OID=.;OPOS=31830955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:10:16:11:9:10:16 chr20 31897554 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.175;QD=54.5175;RBI=0.0282091;REFB=0;REVB=-0.0176962;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29214e-05;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr20 31981849 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.042;QD=48.7372;RBI=0.0433571;REFB=0;REVB=-0.0327533;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60857e-05;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr20 32212690 . C T 349.79 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0018947;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.28;QD=17.063;RBI=0.0117581;REFB=-0.00707271;REVB=-0.0116044;RO=36;SAF=22;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109924;STB=0.57082;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00564251;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:36:45:37:37:0.45122:15:22:17:19:15:22:21:24 chr20 32248163 . C T 303.45 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0467949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.82;QD=17.3402;RBI=0.0496642;REFB=-0.0237396;REVB=-0.0166365;RO=37;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020723;STB=0.522714;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0283276;OID=.;OPOS=32248163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:32:33:0.471429:21:11:12:25:21:12:12:25 chr20 32251429 . G C 125.75 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00418026;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.176;QD=17.3452;RBI=0.015346;REFB=-0.0303804;REVB=-0.0147657;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890391;STB=0.58751;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0303997;OID=.;OPOS=32251429;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:5:10:8:6:4:11 chr20 32295541 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.578;QD=49.5984;RBI=0.0375717;REFB=0;REVB=0.0368291;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449336;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr20 32319801 . T TGTG 37.57 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0515042;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=197.727;QD=8.84103;RBI=0.0515516;REFB=-0.0116605;REVB=0.00221169;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422407;STB=0.764069;STBP=0.211;TYPE=ins;VARB=0.0221746;OID=.;OPOS=32319802;OREF=-;OALT=GTG;OMAPALT=TGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:6:17:6:17:11:3:3:1:10:37:10:3:3:1:9 chr20 32379263 . T C 386.51 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764382;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.69;QD=57.2613;RBI=0.0996073;REFB=0;REVB=0.0993136;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379025;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr20 32664866 . G A 146.53 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0592389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.245;QD=16.7462;RBI=0.0635075;REFB=0.00245612;REVB=0.0228899;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206431;STB=0.649255;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.000790819;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:19:16:16:0.457143:11:5:9:8:11:5:11:8 chr20 32664880 . T C 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.017821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8958;QD=6.25079;RBI=0.0363878;REFB=-0.0081813;REVB=-0.0317251;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257618;STB=0.685106;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0369997;OID=.;OPOS=32664880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:4:2:9:7:4:2:10:7 chr20 33104592 . G C 1138.7 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6986;QD=59.1534;RBI=0.0823866;REFB=-0.0330053;REVB=0.0817738;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119796;STB=0.506327;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00269333;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:37:39:1:0:37:39:1:0 chr20 33328338 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0192964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.08;QD=7.6287;RBI=0.0359559;REFB=-0.0113203;REVB=-0.0303393;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227966;STB=0.657509;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0343467;OID=.;OPOS=33328338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:3:5:8:11:3:5:8:12 chr20 33337751 . T C 539.45 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.1021;QD=55.3277;RBI=0.0177076;REFB=0.0150503;REVB=-0.00618797;RO=2;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848289;STB=0.521727;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000896947;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:39:39:2:1:37:38:0.974359:10:27:0:2:11:27:0:1 chr20 33470694 . C T 1157.14 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252686;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.555;QD=60.9023;RBI=0.0306168;REFB=0;REVB=0.0172883;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222062;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:36:39:0:0:37:39:0:0 chr20 33572941 . A G 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.174;QD=32.822;RBI=0.0131987;REFB=-0.0498786;REVB=-0.00482607;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0106521;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:1:0:5:4:1:0 chr20 33574765 . T C 568.14 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.13;QD=59.8044;RBI=0.0373948;REFB=0;REVB=0.0362441;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201389;OID=.;OPOS=33574765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr20 33578188 . CCT C,CCC 288.98 PASS AF=0.58,0;AO=23,2;DP=52;FAO=29,0;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14,0;FSAR=15,0;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0193024,-0.0237675;FXX=0.019604;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=242.964,230.981;QD=23.1184;RBI=0.024669,0.0301432;REFB=-0.00576629,-0.00538214;REVB=-0.0153614,-0.0185397;RO=21;SAF=10,2;SAR=13,0;SRF=4;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.220423,0.679093;STB=0.644261,0.5;STBP=0.027,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00767278,0;OID=.,.;OPOS=33578189,33578190;OREF=CT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.58,0:23,2:52:29,0:50:21:14,0:15,0:3:18:99:21:10,2:13,0:4:17 chr20 33578251 . A G 1158.68 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606667;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.541;QD=60.9832;RBI=0.00700635;REFB=0;REVB=0.00350492;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51324e-06;OID=.;OPOS=33578251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:44:32:0:0 chr20 33578899 . T C 1245.49 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.599;QD=61.5059;RBI=0.0159846;REFB=0;REVB=-0.0148038;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58543e-05;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:50:31:0:0:50:31:0:0 chr20 33583331 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0141;QD=44.6851;RBI=0.101453;REFB=0;REVB=-0.0827581;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00648701;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr20 33586193 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.832;QD=54.5176;RBI=0.0420625;REFB=0;REVB=-0.00307552;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220744;OID=.;OPOS=33586193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr20 33588698 . TGAGGCTGGGCAAGGGCTGTGGG T 70.3 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310403;FXX=0.221976;HRUN=1;LEN=22;MLLD=344.872;QD=40.1731;RBI=0.00310403;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.79301e-05;OID=.;OPOS=33588699;OREF=GAGGCTGGGCAAGGGCTGTGGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:7:7:7:0:7:0:0:0:3:0:7:0:0:0 chr20 33589107 . G A 115.96 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0955071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0791;QD=42.1667;RBI=0.119417;REFB=0;REVB=0.0716849;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118878;OID=.;OPOS=33589107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr20 33657126 . G A 785.53 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7938;QD=64.1249;RBI=0.0408763;REFB=0;REVB=-0.0370171;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235266;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:16:33:0:0:16:33:0:0 chr20 33703607 . C T 500.83 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1169;QD=58.9216;RBI=0.040862;REFB=0;REVB=0.0362653;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527345;OID=.;OPOS=33703607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:9:25:0:0:9:25:0:0 chr20 33834708 . G A 1524.48 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000431973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.038;QD=62.8652;RBI=0.0144657;REFB=0;REVB=-0.0144593;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436558;OID=.;OPOS=33834708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:44:50:0:0:44:53:0:0 chr20 33864676 . GC G,GG 62.23 PASS AF=0.407407,0.0740741;AO=10,2;DP=26;FAO=11,2;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6,1;FSAR=5,1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.165774,-0.0355388;FXX=0.0357015;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.7207,13.868;QD=9.21931;RBI=0.166441,0.0513024;REFB=-0.0573756,-0.0693669;REVB=0.0148911,0.036999;RO=12;SAF=7,1;SAR=3,1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.383333,0;SSSB=0.271484,0.0855427;STB=0.525501,0.5;STBP=0.814,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00730693,0.084432;OID=.,.;OPOS=33864677,33864677;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407,0.0740741:10,2:26:11,2:27:14:6,1:5,1:7:7:50:12:7,1:3,1:5:7 chr20 33872166 . CCG CC,C 104.88 PASS AF=0.655172,0.0344828;AO=11,5;DP=30;FAO=19,1;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=13,1;FSAR=6,0;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0495502,-0.00774664;FXX=0.0333222;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.095,13.4466;QD=14.4667;RBI=0.1263,0.196019;REFB=-0.147575,-0.0551745;REVB=-0.116174,-0.195865;RO=10;SAF=10,2;SAR=1,3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.211187,-0.404365;STB=0.535678,0.984323;STBP=0.65,0.563;TYPE=del,del;VARB=0.104266,0.0633495;OID=.,.;OPOS=33872168,33872167;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.655172,0.0344828:11,5:30:19,1:29:9:13,1:6,0:7:2:32:10:10,2:1,3:8:2 chr20 34022196 . C T 282.06 PASS AF=0.476923;AO=32;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0504562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5836;QD=17.3578;RBI=0.0534582;REFB=-0.0358338;REVB=-0.0176621;RO=30;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175089;STB=0.598667;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0454939;OID=.;OPOS=34022196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:34:32:31:0.476923:22:10:15:15:21:10:17:17 chr20 34022672 . C A 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00385137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.824;QD=10.5411;RBI=0.00436786;REFB=-0.00488404;REVB=-0.00206038;RO=19;SAF=10;SAR=1;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632797;STB=0.897444;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0175857;OID=.;OPOS=34022672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:19:21:11:11:0.34375:1:10:7:12:1:10:7:14 chr20 34062642 . C T 282.84 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00847837;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.276;QD=17.4055;RBI=0.0292867;REFB=0.00328147;REVB=-0.0280326;RO=32;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160925;STB=0.575708;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0027529;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:34:31:31:0.476923:19:12:18:14:19:12:18:16 chr20 34089718 . G T 218.09 PASS AF=0.458333;AO=20;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0173462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.38;QD=18.1738;RBI=0.0235668;REFB=-0.0180507;REVB=0.0159532;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152564;STB=0.58326;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0217933;OID=.;OPOS=34089718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:20:22:0.458333:10:10:17:9:11:11:17:9 chr20 34090763 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.075252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2926;QD=10.3905;RBI=0.0984048;REFB=-0.0190524;REVB=-0.0634084;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090156;STB=0.555391;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0181917;OID=.;OPOS=34090763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:4:7:5:2:4:7 chr20 34116307 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0227549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1077;QD=17.84;RBI=0.04012;REFB=-0.00925382;REVB=0.0330428;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732887;STB=0.542107;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0160044;OID=.;OPOS=34116307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:4:10:9:5:4:10:9:5 chr20 34144107 . T C 712.27 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0289904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.484;QD=56.9813;RBI=0.0290891;REFB=-0.21298;REVB=0.00239462;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5238;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00175545;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:0:3:47:47:0.94:30:17:0:0:30:17:0:3 chr20 34144746 . A G 505.79 PASS AF=0.49;AO=48;DP=99;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0269042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7941;QD=20.2317;RBI=0.026963;REFB=-0.0108023;REVB=0.0017798;RO=51;SAF=20;SAR=28;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100344;STB=0.550754;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.010632;OID=.;OPOS=34144746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:51:51:48:49:0.49:28:20:16:35:29:20:16:35 chr20 34146779 . T C 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0219722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.333;QD=18.1542;RBI=0.0232128;REFB=-0.00769195;REVB=0.00748709;RO=25;SAF=4;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299533;STB=0.672639;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00701523;OID=.;OPOS=34146779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:17:4:11:14:17:4:11:14 chr20 34147998 . A G 586.8 PASS AF=0.588889;AO=52;DP=89;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00543945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.54;QD=26.0799;RBI=0.0180925;REFB=-0.0298938;REVB=-0.0172555;RO=36;SAF=25;SAR=27;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132438;STB=0.579693;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0213165;OID=.;OPOS=34147998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:36:37:52:53:0.588889:27:25:11:25:27:26:11:26 chr20 34148001 . C T 535.24 PASS AF=0.568182;AO=49;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0394618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.485;QD=24.329;RBI=0.0396546;REFB=-0.0280054;REVB=-0.00390536;RO=36;SAF=26;SAR=23;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194255;STB=0.598878;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0250448;OID=.;OPOS=34148001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:38:49:50:0.568182:23:26:10:26:24:26:11:27 chr20 34148322 . T G 235.85 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.011663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3904;QD=26.9542;RBI=0.0416187;REFB=-0.0202759;REVB=0.0399511;RO=13;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332171;STB=0.66991;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0161916;OID=.;OPOS=34148322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:13:21:22:0.628571:12:9:12:1:12:10:12:1 chr20 34150714 . C G 69.91 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0528211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.462;QD=6.65784;RBI=0.0554391;REFB=-0.0127245;REVB=-0.0168351;RO=32;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839014;STB=0.55329;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0335763;OID=.;OPOS=34150714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:6:4:15:17:6:4:15:17 chr20 34152684 . C T 114.57 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00612053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.579;QD=14.3217;RBI=0.0175403;REFB=-0.0105037;REVB=-0.0164378;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147914;STB=0.601626;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0159763;OID=.;OPOS=34152684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:18:13:14:0.4375:7:6:11:7:8:6:11:7 chr20 34164422 . T C 780.21 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2284;QD=62.4165;RBI=0.0577977;REFB=0;REVB=0.0522454;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290699;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:0:0:49:50:1:30:19:0:0:30:20:0:0 chr20 34169971 . T C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0239311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.29;QD=13.0908;RBI=0.0329372;REFB=-0.0181092;REVB=0.022631;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142088;STB=0.583207;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.043697;OID=.;OPOS=34169971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:12:8:7:6:12:8 chr20 34170034 . C CG 332.96 PASS AF=1;AO=6;DP=38;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.263649;FXX=0.23678;HRUN=0;LEN=1;MLLD=88.7463;QD=45.9259;RBI=0.279697;REFB=-0.199279;REVB=-0.0933811;RO=32;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469703;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0173285;OID=.;OPOS=34170035;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:38:29:29:0:10:19:0:0:3:32:1:5:18:14 chr20 34170035 . C G 407.54 PASS AF=0.842105;AO=30;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.079952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.341;QD=42.8992;RBI=0.0825841;REFB=-0.207434;REVB=0.0206833;RO=6;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123369;STB=0.562461;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.011626;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:38:38:6:6:30:32:0.842105:13:17:1:5:14:18:1:5 chr20 34170316 . C A 327.48 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213001;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.359;QD=54.5798;RBI=0.0214901;REFB=0;REVB=0.00285182;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68461e-05;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr20 34173046 . C T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00918829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.583;QD=7.52627;RBI=0.0223275;REFB=-0.0246282;REVB=-0.0203493;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18698;STB=0.615148;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0691047;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:17:7:4:5:17:7 chr20 34173178 . A G 186.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.281;QD=46.6604;RBI=0.0113323;REFB=0;REVB=-0.00684754;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086338;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:8:8:0:0 chr20 34179907 . C T 1194.2 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0125339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.005;QD=59.7099;RBI=0.0164415;REFB=0.02194;REVB=-0.0106407;RO=1;SAF=41;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114068;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000198153;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:38:41:1:0:38:41:1:0 chr20 34183479 . C T 400.52 PASS AF=0.547945;AO=33;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0142513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.641;QD=21.9462;RBI=0.029291;REFB=-0.0810251;REVB=-0.0255902;RO=24;SAF=19;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903439;STB=0.564585;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0561319;OID=.;OPOS=34183479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:24:33:33:40:0.547945:14:19:11:13:21:19:11:22 chr20 34186953 . T C 290.42 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0545082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5418;QD=26.402;RBI=0.0722862;REFB=-0.00317605;REVB=-0.0474779;RO=18;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542855;STB=0.530012;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00174774;OID=.;OPOS=34186953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:12:14:11:7:12:14:11:7 chr20 34194054 . T C 212.8 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00580541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6097;QD=20.2663;RBI=0.00957924;REFB=-0.0212266;REVB=-0.00761965;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427514;STB=0.524115;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0109635;OID=.;OPOS=34194054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:12:9:10:11:12:9:10:11 chr20 34194243 . A G 83.63 PASS AF=0.407407;AO=4;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0265116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.3329;QD=12.3894;RBI=0.0985023;REFB=-0.0572651;REVB=0.0948675;RO=11;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14919;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.10091;OID=.;OPOS=34194243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:26:27:11:16:4:11:0.407407:2:2:4:7:5:6:8:8 chr20 34324456 . A T 287.44 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0393062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7369;QD=18.5445;RBI=0.0492961;REFB=-0.0496887;REVB=-0.029751;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871288;STB=0.548558;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0742567;OID=.;OPOS=34324456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:16:15:12:19:16:15:12:19 chr20 34324484 . A C 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0174404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.882;QD=18.6755;RBI=0.0276039;REFB=-0.015006;REVB=0.0213964;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728319;STB=0.531476;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00838626;OID=.;OPOS=34324484;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:17:15:12:19:17:15:13:19 chr20 34535899 . T G 84.81 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0176575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.431;QD=10.9434;RBI=0.0205124;REFB=-0.0169654;REVB=0.0104389;RO=20;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441876;STB=0.776061;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0237799;OID=.;OPOS=34535899;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:10:1:7:13:10:1:7:13 chr20 34542360 . C T 308.28 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0275582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1439;QD=13.4036;RBI=0.0321127;REFB=-0.0124066;REVB=-0.0164856;RO=56;SAF=10;SAR=25;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210177;STB=0.627042;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0143501;OID=.;OPOS=34542360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:57:35:35:0.380435:25:10:26:30:25:10:27:30 chr20 34596371 . C T 223.29 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0287733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.211;QD=16.5398;RBI=0.0583881;REFB=-0.0258094;REVB=0.0508061;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953341;STB=0.563858;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0205255;OID=.;OPOS=34596371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:29:25:25:0.462963:15:10:14:14:15:10:15:14 chr20 34820647 . C T 174.08 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0205932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.367;QD=19.3427;RBI=0.0351957;REFB=-0.0568311;REVB=-0.0285422;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979282;STB=0.555494;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0457044;OID=.;OPOS=34820647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:8:10:8:10:8:10 chr20 35467713 . G A 327.94 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.000328958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.257;QD=20.496;RBI=0.00299783;REFB=-0.0156679;REVB=-0.00297973;RO=30;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474194;STB=0.5263;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0128893;OID=.;OPOS=35467713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:14:20:16:14:14:20:16:14 chr20 35498645 . C T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0190835;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.196;QD=23.0884;RBI=0.0274396;REFB=-0.0063665;REVB=-0.0197168;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089494;STB=0.549955;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00463422;OID=.;OPOS=35498645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:11:11:7:11:11:11:7:11 chr20 35710453 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0333398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0605;QD=12.3282;RBI=0.0360441;REFB=0.0126896;REVB=-0.013698;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195548;STB=0.615182;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0326045;OID=.;OPOS=35710453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:11:6:6:5:11:6 chr20 35740794 . T C 374.51 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00537937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2981;QD=20.8058;RBI=0.0149141;REFB=-0.0022325;REVB=0.0139102;RO=31;SAF=14;SAR=24;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698623;STB=0.554092;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00156672;OID=.;OPOS=35740794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:34:38:38:0.527778:24:14:9:22:24:14:9:25 chr20 35769592 . T C 247.67 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0356611;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.0526;QD=19.8136;RBI=0.0409874;REFB=-0.0216042;REVB=-0.0202052;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254828;STB=0.516116;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0216726;OID=.;OPOS=35769592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:26:24:24:0.48:15:9:8:15:15:9:9:17 chr20 35769647 . G T 204.16 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0424719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.104;QD=14.5829;RBI=0.0507779;REFB=-0.0161795;REVB=0.0278304;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803453;STB=0.538803;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0122048;OID=.;OPOS=35769647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:32:24:24:0.428571:15:9:9:21:15:9:10:22 chr20 35783494 . T C 289.32 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.000186633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0335;QD=18.972;RBI=0.062522;REFB=-0.00456146;REVB=0.0625218;RO=30;SAF=22;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258637;STB=0.644773;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00350316;OID=.;OPOS=35783494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:9:22:13:17:9:22:13:17 chr20 35865054 . C T 282.98 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0186877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.425;QD=15.0924;RBI=0.0411471;REFB=-0.00837142;REVB=-0.0366586;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231996;STB=0.511029;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0195788;OID=.;OPOS=35865054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:43:32:32:0.426667:14:18:24:17:14:18:25:18 chr20 36030939 . G C 976.25 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00872472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2257;QD=57.4264;RBI=0.0437307;REFB=-0.0137227;REVB=0.0428515;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016016;STB=0.508472;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000527898;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:38:29:1:0:38:29:1:0 chr20 36031692 . G A 255.3 PASS AF=0.38961;AO=31;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0389649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3168;QD=13.2623;RBI=0.0487322;REFB=-0.0116849;REVB=0.0292672;RO=46;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736482;STB=0.526845;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0220799;OID=.;OPOS=36031692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:47:31:30:0.38961:14:17:22:24:14:16:23:24 chr20 36146148 . T C 1496.05 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00661902;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.742;QD=62.3355;RBI=0.0151413;REFB=-0.0874736;REVB=-0.0136179;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000276619;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:45:50:0:0:45:50:0:1 chr20 36603611 . A C 259.32 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0212697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.756;QD=14.2093;RBI=0.0223339;REFB=-0.0259881;REVB=-0.00681222;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675091;STB=0.528526;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0392175;OID=.;OPOS=36603611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:43:29:30:0.410959:15:14:18:25:16:14:18:25 chr20 36603780 . T C 545.88 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444011;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.837;QD=60.6537;RBI=0.0497377;REFB=0;REVB=0.0224137;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94562e-05;OID=.;OPOS=36603780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr20 36603807 . C T 545.75 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454424;FXX=0.0526177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.663;QD=60.6388;RBI=0.0477633;REFB=0;REVB=0.0147077;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002154;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:36:0:0:36:36:1:28:8:0:0:28:8:0:0 chr20 36845738 . C T 440.52 PASS AF=0.544304;AO=41;DP=75;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0245308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.467;QD=22.3046;RBI=0.0261885;REFB=-0.0281041;REVB=-0.00916935;RO=33;SAF=30;SAR=11;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359515;STB=0.719215;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0160634;OID=.;OPOS=36845738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:33:36:41:43:0.544304:11:30:10:23:11:32:10:26 chr20 36919758 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.776;QD=50.413;RBI=0.0448663;REFB=0;REVB=0.0446219;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318975;OID=.;OPOS=36919758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr20 36932660 . C T 1560.8 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1796;QD=63.7061;RBI=0.0921671;REFB=0;REVB=0.014807;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590354;OID=.;OPOS=36932660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:52:45:0:0:53:45:0:0 chr20 36932676 . G C 1540.47 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0156825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.317;QD=61.6186;RBI=0.0237961;REFB=-0.0889495;REVB=0.0178973;RO=1;SAF=44;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106577;STB=0.501031;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000200383;OID=.;OPOS=36932676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:98:98:0.98:54:44:1:0:54:44:1:1 chr20 36940314 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.878;QD=47.8223;RBI=0.0829569;REFB=0;REVB=0.00914098;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334961;OID=.;OPOS=36940314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr20 36977970 . G A 668.52 PASS AF=0.881356;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0677751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.752;QD=45.3233;RBI=0.0689354;REFB=-0.173693;REVB=0.0125946;RO=6;SAF=23;SAR=29;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10823;STB=0.566012;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00389116;OID=.;OPOS=36977970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:59:59:6:7:52:52:0.881356:29:23:6:0:29:23:7:0 chr20 36999897 . C T 375.27 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6601;QD=55.5948;RBI=0.0251192;REFB=0;REVB=0.0167053;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052282;OID=.;OPOS=36999897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr20 37001761 . T C 800.27 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6095;QD=64.0217;RBI=0.0816645;REFB=0;REVB=-0.00356573;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112289;OID=.;OPOS=37001761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:30:20:0:0 chr20 37005536 . T C 1437.1 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.709;QD=62.4827;RBI=0.0654907;REFB=0;REVB=-0.0048116;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86458e-05;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:84:92:0:0:84:92:1:52:32:0:0:52:40:0:0 chr20 37062583 . T C 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00965674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.194;QD=16.6178;RBI=0.0233453;REFB=-0.0208097;REVB=-0.0212545;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107247;STB=0.560922;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0283193;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:14:9:14:14:14:9:14:14 chr20 37076778 . G C 592.77 PASS AF=0.708333;AO=50;DP=71;FAO=51;FDP=72;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0216672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.993;QD=32.9316;RBI=0.0279797;REFB=-0.0286262;REVB=0.0177031;RO=21;SAF=21;SAR=29;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577091;STB=0.527262;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00879435;OID=.;OPOS=37076778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:21:21:50:51:0.708333:29:21:11:10:29:22:11:10 chr20 37194121 . A G 517.46 PASS AF=0.394737;AO=60;DP=152;FAO=60;FDP=152;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.0286389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0585;QD=13.6173;RBI=0.0291205;REFB=0.00145825;REVB=-0.00527429;RO=92;SAF=29;SAR=31;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640043;STB=0.53608;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00245097;OID=.;OPOS=37194121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:92:92:60:60:0.394737:31:29:39:53:31:29:39:53 chr20 37203813 . C T 740.3 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1813;QD=54.8372;RBI=0.0604152;REFB=0;REVB=0.0572207;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269581;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:31:20:0:0:34:20:0:0 chr20 37257590 . C G 295.07 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00113348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.74;QD=17.8833;RBI=0.00858624;REFB=0.00882915;REVB=0.00851109;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255253;STB=0.514277;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00812988;OID=.;OPOS=37257590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:34:31:32:0.484848:14:17:19:14:15:17:19:15 chr20 37277271 . C T 184.84 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00148748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.26;QD=18.484;RBI=0.0050848;REFB=0.00295895;REVB=-0.00486236;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462776;STB=0.526288;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00215379;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:10:11:9:10:10:11 chr20 37279376 . TGACGA T 335.48 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00678175;FXX=0.0645092;HRUN=1;LEN=5;MLLD=244.817;QD=15.4243;RBI=0.0234293;REFB=-0.0152308;REVB=-0.0224263;RO=48;SAF=22;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114793;STB=0.583394;STBP=0.217;TYPE=del;VARB=0.0226346;OID=.;OPOS=37279377;OREF=GACGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:36:90:36:87:51:22:14:24:27:99:48:22:14:24:24 chr20 37501507 . T C 686.41 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287748;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.855;QD=53.836;RBI=0.0288651;REFB=0.0130035;REVB=-0.00228199;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241219;STB=0.51219;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000688148;OID=.;OPOS=37501507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:30:19:1:0:30:20:1:0 chr20 37534665 . C T 284.02 PASS AF=0.426667;AO=31;DP=74;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00467985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.318;QD=15.1476;RBI=0.0838255;REFB=-0.0176179;REVB=-0.0836948;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759873;STB=0.533313;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0225774;OID=.;OPOS=37534665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:43:43:31:32:0.426667:15:16:19:24:16:16:19:24 chr20 37547374 . G A 97.29 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.017659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.899;QD=12.9725;RBI=0.0386545;REFB=-0.00995054;REVB=0.0343851;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135483;STB=0.578825;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00897799;OID=.;OPOS=37547374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:4:14:8:4:4:14 chr20 37555116 . G C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.05154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.012;QD=17.2297;RBI=0.0534323;REFB=-0.0217739;REVB=0.0140938;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0316656;OID=.;OPOS=37555116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:3:3:4:4:3:3 chr20 37570725 . C T 305.11 PASS AF=0.563636;AO=29;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00478132;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.666;QD=22.19;RBI=0.0063717;REFB=0.00219242;REVB=0.0042116;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837786;STB=0.543298;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0017841;OID=.;OPOS=37570725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:26:24:29:31:0.563636:15:14:10:16:15:16:10:14 chr20 37581437 . A G 358.86 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00522683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.87;QD=25.1833;RBI=0.0359936;REFB=-0.0162926;REVB=0.0356121;RO=22;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24225;STB=0.63295;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00770499;OID=.;OPOS=37581437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:23:12:15:7:23:12:15:7 chr20 37601243 . A G 238.05 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0162653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.289;QD=23.224;RBI=0.0195479;REFB=-0.0221821;REVB=0.0108425;RO=18;SAF=7;SAR=16;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024996;STB=0.513912;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0156443;OID=.;OPOS=37601243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:16:7:5:13:16:7:5:13 chr20 37667182 . C T 130.52 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00362483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.3545;QD=13.7393;RBI=0.0242678;REFB=-0.0168239;REVB=-0.0239955;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171272;STB=0.599867;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0242448;OID=.;OPOS=37667182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:13:10:9:6:13:10 chr20 37977945 . T C 433.58 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414306;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.947;QD=57.8102;RBI=0.0611392;REFB=0;REVB=0.0609987;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613659;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr20 37981504 . C T 417.74 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00181378;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.043;QD=15.472;RBI=0.0080111;REFB=-0.00994555;REVB=-0.00780307;RO=61;SAF=28;SAR=19;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896643;STB=0.550319;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0155425;OID=.;OPOS=37981504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:61:61:47:47:0.435185:19:28:31:30:19:28:31:30 chr20 37981578 . A T 716.63 PASS AF=0.534884;AO=68;DP=130;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00308646;FXX=0.0444412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8096;QD=22.2211;RBI=0.0418094;REFB=-0.012681;REVB=0.0416953;RO=55;SAF=32;SAR=36;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611634;STB=0.548742;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0115376;OID=.;OPOS=37981578;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:55:60:68:69:0.534884:36:32:30:25:36:33:35:25 chr20 39609426 . C T 452.37 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00262387;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0652;QD=19.0471;RBI=0.0171008;REFB=-0.0163635;REVB=0.0168983;RO=51;SAF=30;SAR=15;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614987;STB=0.52712;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0177306;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:50:45:45:0.473684:15:30:31:20:15:30:31:19 chr20 39634616 . C T 236.24 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0058236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1593;QD=13.4996;RBI=0.0222259;REFB=-0.0118747;REVB=-0.0214494;RO=42;SAF=18;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154734;STB=0.588543;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0399837;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:10:18:21:21:10:18:21:21 chr20 39797465 . T C 220.46 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0144733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.001;QD=24.4952;RBI=0.0145189;REFB=-0.0051059;REVB=0.00114932;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175953;STB=0.509795;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00345443;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:15:6:4:11:15:6:4:11 chr20 40043913 . C T 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0460846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2894;QD=16.4432;RBI=0.0523207;REFB=-0.0109834;REVB=0.0247724;RO=27;SAF=17;SAR=3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352217;STB=0.705991;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0124551;OID=.;OPOS=40043913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:3:17:16:11:3:17:16:11 chr20 40143536 . C CT,T 36.34 PASS AF=0.176471,0;AO=9,3;DP=50;FAO=9,0;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=5,0;FSAR=4,0;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00709128,-0.024471;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=90.8386,171.629;QD=2.85011;RBI=0.0262764,0.0252127;REFB=-0.00147034,-0.000335727;REVB=-0.0253015,-0.00607058;RO=38;SAF=3,3;SAR=6,0;SRF=14;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0469424,0.576731;STB=0.659245,0.5;STBP=0.312,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0572648,0;OID=.,.;OPOS=40143537,40143536;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:50:51:38:42:9,3:9,0:0.176471,0:6,0:3,3:14:24:4,0:5,0:15:27 chr20 40179920 . C T 47.18 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00662138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.426;QD=11.1006;RBI=0.0668956;REFB=-0.00660343;REVB=-0.0665671;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695696;STB=0.542251;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0118623;OID=.;OPOS=40179920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:5:5:4:3:5:5 chr20 40701456 . G A 596.0 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156498;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.146;QD=59.5997;RBI=0.0184581;REFB=0;REVB=0.00978692;RO=1;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332411;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:40:1:0:39:40:1:27:12:0:1:28:12:0:0 chr20 40701651 . T TTA 30.67 PASS AF=0.127273;AO=6;DP=57;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0805587;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=21.6234;QD=2.23081;RBI=0.0818153;REFB=-0.00337774;REVB=0.0142843;RO=47;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189708;STB=0.567382;STBP=0.781;TYPE=ins;VARB=-0.00614507;OID=.;OPOS=40701652;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.127273:6:57:7:55:48:3:4:17:31:30:47:3:3:16:31 chr20 40702071 . G A 673.64 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148604;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.928;QD=62.6637;RBI=0.03906;REFB=0;REVB=0.0390318;RO=0;SAF=6;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104724;OID=.;OPOS=40702071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:36:6:0:0:37:6:0:0 chr20 40714479 . G A 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0450089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.392;QD=16.0418;RBI=0.0451814;REFB=-0.0151035;REVB=-0.00394512;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736349;STB=0.529381;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.025246;OID=.;OPOS=40714479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:10:9:10:15:10:9:11:15 chr20 42089511 . T C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.000501547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.459;QD=7.52643;RBI=0.00254316;REFB=-0.00689058;REVB=-0.00249321;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185999;STB=0.533258;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0169358;OID=.;OPOS=42089511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:6:3:8:15:6:3:9:15 chr20 42225114 . G A 169.75 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0153576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.615;QD=20.5761;RBI=0.0212817;REFB=-0.0117902;REVB=-0.0147329;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865826;STB=0.559936;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0111014;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:15:18:18:0.545455:11:7:4:10:11:7:4:11 chr20 42310509 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00707962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.451;QD=11.0196;RBI=0.00755601;REFB=0.0238307;REVB=-0.00264052;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264432;STB=0.66603;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.0105588;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:3:5:5:1:3:5 chr20 42328639 . T C 1072.79 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.55;QD=59.5992;RBI=0.0272276;REFB=0;REVB=0.0267872;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44666e-05;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr20 42331457 . A G 87.47 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0194503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.668;QD=13.4568;RBI=0.0350695;REFB=-0.0170901;REVB=-0.0291815;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169434;STB=0.599815;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0164249;OID=.;OPOS=42331457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:8:7:7:4:8:7 chr20 42425127 . G A 152.8 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0143235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.409;QD=11.9844;RBI=0.0361646;REFB=-0.00660788;REVB=-0.0332071;RO=33;SAF=4;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382496;STB=0.726148;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0146447;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:14:4:18:15:14:4:18:15 chr20 42425178 . A G 106.84 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.027656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.465;QD=12.2102;RBI=0.0585836;REFB=-0.0216004;REVB=0.0516448;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398785;STB=0.736947;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0544184;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:10:3:13:9:10:3:13:9 chr20 42815190 . G A 380.59 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400375;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.213;QD=56.3838;RBI=0.0594868;REFB=0;REVB=0.0439963;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014713;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr20 42825929 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.612;QD=53.9109;RBI=0.0185608;REFB=0;REVB=-0.00705725;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169106;OID=.;OPOS=42825929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr20 42826350 . A C 707.82 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.988;QD=62.9177;RBI=0.02808;REFB=0;REVB=0.018191;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109517;OID=.;OPOS=42826350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:25:18:0:0:26:19:0:0 chr20 42826379 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.606;QD=56.7065;RBI=0.0386128;REFB=0;REVB=0.0145376;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14574e-05;OID=.;OPOS=42826379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr20 42908965 . G C 424.82 PASS AF=0.546667;AO=30;DP=76;FAO=41;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0121492;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.754;QD=22.6572;RBI=0.018334;REFB=-0.0456951;REVB=0.0137307;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575933;STB=0.514844;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0618428;OID=.;OPOS=42908965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:32:33:30:41:0.546667:15:15:14:18:21:20:15:18 chr20 42939750 . T C 112.77 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00694389;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5447;QD=37.5908;RBI=0.020094;REFB=-0.119913;REVB=-0.018856;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012578;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0166519;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:12:2:1:11:11:0.916667:6:5:1:1:6:5:0:1 chr20 43059211 . A C 235.14 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00679333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2193;QD=25.4203;RBI=0.027539;REFB=-0.0267428;REVB=0.026688;RO=15;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240587;STB=0.513357;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0577262;OID=.;OPOS=43059211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:8:14:10:5:8:14:10:5 chr20 43089819 . G A 246.28 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0118066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7662;QD=46.9111;RBI=0.031606;REFB=-0.0421083;REVB=-0.029318;RO=1;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707039;STB=0.538422;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0254612;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:6:14:0:1:6:14:0:1 chr20 43264927 . C T 411.1 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.63;QD=56.7038;RBI=0.0400174;REFB=0;REVB=-0.00948461;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136284;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:20:8:0:0:21:8:0:0 chr20 43378770 . A G 1062.82 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.58487e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.945;QD=59.8772;RBI=0.0217871;REFB=0;REVB=0.021787;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94855e-05;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:28:42:0:0:28:43:0:0 chr20 43379264 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.857;QD=37.4885;RBI=0.0068653;REFB=0;REVB=0.0068653;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5163e-05;OID=.;OPOS=43379264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr20 43379454 . T C 247.79 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.3008;QD=47.1976;RBI=0.0940636;REFB=-0.0999895;REVB=0.0926;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0452627;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:21:0:0:18:21:1:11:7:0:0:14:7:0:0 chr20 43547677 . T G 332.05 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0356602;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1087;QD=16.1976;RBI=0.0440933;REFB=-0.00432751;REVB=-0.025934;RO=46;SAF=18;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650221;STB=0.536565;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00330648;OID=.;OPOS=43547677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:46:36:36:0.439024:18:18:26:20:18:18:26:20 chr20 43565622 . G A 274.21 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.036809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.886;QD=24.9284;RBI=0.0376271;REFB=-0.031787;REVB=0.00780329;RO=19;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587921;STB=0.532684;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0237131;OID=.;OPOS=43565622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:15:10:9:10:15:10:9:10 chr20 43566787 . A G 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0392199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.545;QD=13.7739;RBI=0.0392277;REFB=-0.00971363;REVB=-0.000784733;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10265;STB=0.559061;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0186534;OID=.;OPOS=43566787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:11:20:11:9:11:20 chr20 43933021 . G T 449.77 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664595;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.201;QD=58.0352;RBI=0.0779935;REFB=0;REVB=0.0408182;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694186;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr20 43933163 . T C 1054.21 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0208955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6665;QD=56.9843;RBI=0.0332682;REFB=-0.0794227;REVB=0.0258873;RO=2;SAF=51;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128044;STB=0.506773;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00379585;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:21:51:1:1:21:51:1:1 chr20 43942676 . T C 130.03 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.010605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.87;QD=8.6687;RBI=0.0125971;REFB=-0.0168488;REVB=-0.00679852;RO=37;SAF=9;SAR=9;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13886;STB=0.533296;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0644129;OID=.;OPOS=43942676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:42:18:18:0.3:9:9:23:14:9:9:23:19 chr20 43951032 . C T 296.37 PASS AF=0.317073;AO=39;DP=123;FAO=39;FDP=123;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0294904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1459;QD=9.63794;RBI=0.0313577;REFB=-0.0125535;REVB=0.0106595;RO=83;SAF=20;SAR=19;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022046;STB=0.508753;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0275557;OID=.;OPOS=43951032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:83:84:39:39:0.317073:19:20:41:42:19:20:42:42 chr20 43976991 . A G 352.57 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=28;FWDB=0.102781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.397;QD=21.0488;RBI=0.10287;REFB=-0.0345082;REVB=-0.00427806;RO=31;SAF=4;SAR=32;SRF=3;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312335;STB=0.517232;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0237556;OID=.;OPOS=43976991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:32:4:3:28:32:4:3:28 chr20 43995880 . T G 1003.17 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.75;QD=56.5168;RBI=0.0161248;REFB=-0.0606852;REVB=0.00778362;RO=2;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201069;STB=0.505262;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000353141;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:71:71:2:1:68:70:0.985915:46:22:0:2:47:23:0:1 chr20 43996012 . G T 480.53 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7999;QD=58.246;RBI=0.0566883;REFB=0;REVB=0.0438106;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157344;OID=.;OPOS=43996012;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr20 43996132 . C T 410.01 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0127506;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.418;QD=51.2508;RBI=0.0214251;REFB=-0.167582;REVB=0.0172179;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345091;STB=0.504234;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000927732;OID=.;OPOS=43996132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:13:17:0:1:13:17:1:1 chr20 43996466 . C T 708.36 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.58;QD=62.9653;RBI=0.0661428;REFB=0;REVB=-0.0165867;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108187;OID=.;OPOS=43996466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr20 44037156 . CG C 135.46 PASS AF=0.527778;AO=17;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.174794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.975;QD=15.0505;RBI=0.185414;REFB=0.014933;REVB=0.0618504;RO=16;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126351;STB=0.524861;STBP=0.813;TYPE=del;VARB=-0.0198988;OID=.;OPOS=44037157;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527778:17:35:19:36:17:4:15:3:14:99:16:2:15:3:13 chr20 44038574 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.911;QD=35.5758;RBI=0.0046901;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130908;OID=.;OPOS=44038574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr20 44054349 . T C 607.59 PASS AF=0.44;AO=66;DP=151;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.00368976;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.055;QD=16.2024;RBI=0.00563898;REFB=-0.00526536;REVB=0.00426424;RO=81;SAF=20;SAR=46;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166217;STB=0.591808;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00876727;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:81:84:66:66:0.44:46:20:37:44:46:20:38:46 chr20 44141331 . A G 146.18 PASS AF=0.425;AO=14;DP=43;FAO=17;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00544554;FXX=0.0697512;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.88;QD=14.618;RBI=0.032392;REFB=-0.0171384;REVB=-0.031931;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347727;STB=0.513579;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0308388;OID=.;OPOS=44141331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:40:15:23:14:17:0.425:6:8:8:7:7:10:13:10 chr20 44163916 . G T 267.34 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0285321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.604;QD=18.4371;RBI=0.0303869;REFB=0.0303697;REVB=0.0104538;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122937;STB=0.568673;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0170337;OID=.;OPOS=44163916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:13:16:12:17:13:16:12:17 chr20 44174423 . G A 1139.06 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.928;QD=59.1717;RBI=0.0308953;REFB=0.213654;REVB=-0.0104986;RO=1;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106344;STB=0.505616;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000384458;OID=.;OPOS=44174423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:44:32:0:1:44:32:0:1 chr20 44188489 . A C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0114838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.496;QD=13.7839;RBI=0.0134496;REFB=-0.00242246;REVB=0.00700087;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115764;STB=0.566443;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00388491;OID=.;OPOS=44188489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:15:8:15:18:15:8:15:18 chr20 44259549 . G A 140.63 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00785632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3878;QD=13.0818;RBI=0.0112527;REFB=0.00217458;REVB=-0.00805611;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994351;STB=0.558068;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.005802;OID=.;OPOS=44259549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:11:16:8:8:11:16 chr20 44313483 . T C 405.43 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0266976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4061;QD=22.524;RBI=0.0268552;REFB=-0.00590048;REVB=0.00290545;RO=32;SAF=17;SAR=23;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160731;STB=0.588476;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0060144;OID=.;OPOS=44313483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:23:17:20:12:23:17:20:12 chr20 44313544 . T C 238.72 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0383061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.127;QD=14.0424;RBI=0.0386831;REFB=-0.0123929;REVB=-0.00538711;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558896;STB=0.53819;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0266024;OID=.;OPOS=44313544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:15:13:16:23:15:13:16:24 chr20 44314609 . A G 753.92 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3638;QD=56.8993;RBI=0.0389337;REFB=0;REVB=-0.0370736;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030971;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr20 44378577 . T C 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.337;QD=63.8697;RBI=0.0287403;REFB=0;REVB=0.0208453;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9712e-05;OID=.;OPOS=44378577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr20 44417643 . A G 374.75 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0698142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3502;QD=49.9669;RBI=0.0902701;REFB=0.0635549;REVB=0.0572248;RO=2;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102941;STB=0.555514;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00267086;OID=.;OPOS=44417643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:8:20:0:2:8:20:0:2 chr20 44417675 . G C 553.79 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444604;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.4732;QD=58.2931;RBI=0.0490695;REFB=-0.115373;REVB=0.0207626;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333785;OID=.;OPOS=44417675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:38:1:0:37:38:1:14:23:1:0:14:24:0:0 chr20 44418564 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.451;QD=58.1421;RBI=0.0499724;REFB=0;REVB=0.0286698;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144642;OID=.;OPOS=44418564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr20 44441401 . AGC AGG,GAG 412.36 PASS AF=0.339806,0;AO=27,4;DP=104;FAO=35,0;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=16,0;FSAR=19,0;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00528553,-0.00775314;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=183.758,177.481;QD=16.0141;RBI=0.0102744,0.0078922;REFB=-0.0148109,-0.0193746;REVB=0.00881059,-0.001475;RO=52;SAF=9,0;SAR=18,4;SRF=24;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152925,-0.511252;STB=0.506646,0.5;STBP=0.932,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0236331,0;OID=.,.;OPOS=44441403,44441401;OREF=C,AGC;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:52:56:27,4:35,0:0.339806,0:18,4:9,0:24:28:19,0:16,0:25:31 chr20 44452697 . C A 309.93 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0158356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.129;QD=18.7836;RBI=0.0281485;REFB=-0.0205191;REVB=0.0232717;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142511;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.020299;OID=.;OPOS=44452697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:17:16:15:17:17:16:16:17 chr20 44469290 . G A 113.91 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.052;QD=41.4223;RBI=0.0341701;REFB=0;REVB=-0.015821;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000824552;OID=.;OPOS=44469290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:5:6:0:0 chr20 44470676 . T C 520.17 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.172;QD=59.4482;RBI=0.0399535;REFB=0;REVB=0.0274212;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142201;OID=.;OPOS=44470676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr20 44501458 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.275;QD=54.5176;RBI=0.00674033;REFB=0;REVB=-0.00341428;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01543e-05;OID=.;OPOS=44501458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr20 44505973 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.303;QD=43.4861;RBI=0.019315;REFB=0;REVB=-0.0108277;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000756405;OID=.;OPOS=44505973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr20 44506418 . G A,T 750.65 PASS AF=0.94,0.04;AO=47,2;DP=50;FAO=47,2;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22,1;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286407,0.028062;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=168.165,102.498;QD=60.0517;RBI=0.0330667,0.028085;REFB=-0.139625,0.0348284;REVB=0.0165264,0.0011374;RO=1;SAF=22,1;SAR=25,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0184413,0.25849;STB=0.5098,0.665164;STBP=0.518,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000669252,0.208119;OID=.,.;OPOS=44506418,44506418;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:1:1:47,2:47,2:0.94,0.04:25,1:22,1:0:1:25,1:22,1:0:1 chr20 44512792 . CTG C,CAC 128.25 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=10,2;DP=12;FAO=10,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100359,-0.00625173;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=251.731,161.46;QD=42.749;RBI=0.0106082,0.0386443;REFB=0,0;REVB=0.00343744,-0.0381352;RO=0;SAF=6,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00384494,-0.00821727;OID=.,.;OPOS=44512793,44512793;OREF=TG,TG;OALT=-,AC;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.833333,0.166667:10,2:12:10,2:12:0:6,2:4,0:0:0:10:0:6,2:4,0:0:0 chr20 44513289 . T C 640.87 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0276138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2788;QD=59.6155;RBI=0.105547;REFB=-0.0867258;REVB=0.101871;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00318603;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:43:0:1:42:42:0.976744:18:24:0:0:18:24:0:1 chr20 44513356 . AG A,AA 677.65 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=6,38;DP=45;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389284,0.0507733;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=287.298,297.028;QD=61.604;RBI=0.0402494,0.0516459;REFB=0,0;REVB=0.0102273,0.00945367;RO=0;SAF=3,12;SAR=3,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.05056e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00559521,0.00084049;OID=.,.;OPOS=44513357,44513357;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0227273,0.977273:6,38:45:1,43:44:0:1,14:0,29:0:0:7:0:3,12:3,26:0:0 chr20 44513889 . GA G 138.09 PASS AF=0.769231;AO=16;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0923195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.65;QD=21.2449;RBI=0.192256;REFB=-0.0899425;REVB=0.16864;RO=9;SAF=0;SAR=16;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.826608;STB=0.539957;STBP=0.754;TYPE=del;VARB=0.0795347;OID=.;OPOS=44513890;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.769231:16:26:20:26:6:2:18:1:5:22:9:0:16:3:6 chr20 44523547 . G A 455.28 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.789;QD=56.9098;RBI=0.0834635;REFB=0;REVB=0.021016;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557749;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:1:0:30:32:1:16:14:1:0:16:16:0:0 chr20 44578674 . T A 241.84 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0060012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.111;QD=23.5941;RBI=0.0108761;REFB=-0.0365364;REVB=-0.00907057;RO=18;SAF=5;SAR=17;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303091;STB=0.644416;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0181522;OID=.;OPOS=44578674;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:18:22:23:0.560976:17:5:10:8:17:6:10:8 chr20 44578961 . A G 299.01 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.00293063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.013;QD=18.9849;RBI=0.0194767;REFB=-0.00389746;REVB=-0.0192549;RO=30;SAF=19;SAR=12;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183403;STB=0.595259;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00628168;OID=.;OPOS=44578961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:31:31:32:0.507937:12:19:24:6:13:19:24:7 chr20 44596207 . C G 730.44 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811461;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.104;QD=63.5165;RBI=0.089003;REFB=0;REVB=0.0365628;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217394;OID=.;OPOS=44596207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:43:46:1:19:24:0:0:22:24:0:0 chr20 44639692 . G T 205.67 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0596234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4541;QD=16.4539;RBI=0.0845043;REFB=-0.0210369;REVB=0.0598835;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179105;STB=0.516237;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0241557;OID=.;OPOS=44639692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:29:20:21:0.42:9:11:16:13:10:11:16:13 chr20 44640225 . A G 839.65 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.361;QD=56.9251;RBI=0.0312853;REFB=0;REVB=0.0308828;RO=0;SAF=42;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11698e-05;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:15:42:0:0:16:43:0:0 chr20 44642406 . G C 524.4 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108321;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3528;QD=59.9315;RBI=0.0142707;REFB=0;REVB=-0.00929079;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245569;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:20:15:0:0 chr20 44643111 . G A 1810.62 PASS AF=0.469543;AO=184;DP=395;FAO=185;FDP=394;FR=.;FRO=209;FSAF=66;FSAR=119;FSRF=89;FSRR=120;FWDB=0.0100506;FXX=0.00505038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3413;QD=18.3819;RBI=0.0100506;REFB=-0.00588877;REVB=-1.18785e-05;RO=211;SAF=65;SAR=119;SRF=89;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709229;STB=0.539024;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00687649;OID=.;OPOS=44643111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:394:211:209:184:185:0.469543:119:65:89:122:119:66:89:120 chr20 44644965 . G A 374.13 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0179006;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.006;QD=17.6062;RBI=0.02819;REFB=-0.017314;REVB=-0.0217772;RO=44;SAF=17;SAR=22;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00393746;STB=0.500613;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0198733;OID=.;OPOS=44644965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:44:46:39:39:0.458824:22:17:19:25:22:17:20:26 chr20 44678347 . C CA 775.58 PASS AF=1;AO=6;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296455;FXX=0.0166639;HRUN=0;LEN=1;MLLD=175.234;QD=52.5816;RBI=0.0321024;REFB=0;REVB=0.0123171;RO=52;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000103429;OID=.;OPOS=44678348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:59:59:59:0:28:31:0:0:5:52:1:5:25:27 chr20 44678348 . G A 662.93 PASS AF=0.866667;AO=52;DP=60;FAO=52;FDP=60;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0140219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.519;QD=44.1951;RBI=0.0246484;REFB=-0.172147;REVB=0.0202714;RO=8;SAF=25;SAR=27;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264835;STB=0.514133;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00445565;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:8:8:52:52:0.866667:27:25:3:5:27:25:3:5 chr20 44688730 . G A 1571.38 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024976;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8789;QD=64.138;RBI=0.0309598;REFB=0;REVB=0.018295;RO=0;SAF=32;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51864e-05;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:66:32:0:0:66:32:0:0 chr20 44691350 . T G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.618;QD=60.2295;RBI=0.0353819;REFB=0;REVB=-0.0352592;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126094;OID=.;OPOS=44691350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr20 44746982 . T C 592.83 PASS AF=1;AO=34;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188499;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.477;QD=60.8034;RBI=0.0936118;REFB=0;REVB=0.0916943;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00873439;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:34:39:1:14:20:0:0:19:20:0:0 chr20 44757407 . G A 79.42 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00578915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.292;QD=15.8833;RBI=0.0360962;REFB=-0.00992158;REVB=0.0356289;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100393;OID=.;OPOS=44757407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:5:5:5:5:5:5 chr20 44806628 . G A 70.02 PASS AF=0.25;AO=9;DP=39;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0136266;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.2512;QD=7.00234;RBI=0.0868353;REFB=0.000121937;REVB=-0.0857595;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458595;STB=0.571275;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00321921;OID=.;OPOS=44806628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:40:28:30:9:10:0.25:7:2:7:21:8:2:8:22 chr20 44996182 . A G 365.12 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.101252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.48;QD=52.1594;RBI=0.102149;REFB=-0.0952477;REVB=-0.013509;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00182477;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:1:0:12:15:1:0 chr20 45022253 . A G 284.13 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.000883384;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.884;QD=15.1533;RBI=0.0214507;REFB=-0.0150612;REVB=-0.0214325;RO=43;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177066;STB=0.600104;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0165196;OID=.;OPOS=45022253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:13:19:18:25:13:19:18:25 chr20 45242269 . G C 338.63 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0054165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.798;QD=15.2191;RBI=0.0069707;REFB=-0.0182395;REVB=0.00438773;RO=51;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700391;STB=0.532865;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0240557;OID=.;OPOS=45242269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:52:37:37:0.41573:20:17:20:31:20:17:21:31 chr20 45717954 . C T 297.95 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0164983;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.453;QD=20.5484;RBI=0.0178789;REFB=-0.0221738;REVB=-0.00688913;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560016;STB=0.538437;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0217087;OID=.;OPOS=45717954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:26:27:31:31:0.534483:14:17:16:10:14:17:17:10 chr20 45817255 . A C 153.19 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0189934;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2023;QD=10.3855;RBI=0.0279985;REFB=-0.00965991;REVB=0.020571;RO=39;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130999;STB=0.507685;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0285505;OID=.;OPOS=45817255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:39:39:20:20:0.338983:11:9:18:21:11:9:18:21 chr20 45839078 . CG TG,TT 48.77 PASS AF=0.35,0;AO=7,2;DP=21;FAO=7,0;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0230026,0.00491383;FXX=0.0908678;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=80.2551,197.227;QD=9.7538;RBI=0.023197,0.0126425;REFB=0.00323519,0.00622434;REVB=0.00299671,0.0116485;RO=10;SAF=5,2;SAR=2,0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.125396,0.542827;STB=0.671134,0.5;STBP=0.262,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00331212,0;OID=.,.;OPOS=45839078,45839078;OREF=C,CG;OALT=T,TT;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:21:20:10:13:7,2:7,0:0.35,0:2,0:5,2:6:4:2,0:5,0:6:7 chr20 45853037 . A G 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.695;QD=56.1848;RBI=0.0801496;REFB=0;REVB=0.01659;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805924;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr20 46268748 . C T 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0483122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.543;QD=10.4359;RBI=0.0494333;REFB=-0.00941116;REVB=-0.0104678;RO=33;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111559;STB=0.567072;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0185966;OID=.;OPOS=46268748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:10:5:14:19:10:5:14:19 chr20 46279827 . G A 76.87 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0163439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.477;QD=12.811;RBI=0.0530218;REFB=-0.0566595;REVB=0.05044;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168865;STB=0.50998;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.103938;OID=.;OPOS=46279827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:10:4:3:7:10:4 chr20 46279836 . A G 126.81 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0792601;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.609;QD=18.1152;RBI=0.0915304;REFB=-0.0555924;REVB=-0.0457783;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069643;STB=0.539717;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0735233;OID=.;OPOS=46279836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:10:4:5:9:10:4 chr20 46365571 . A G 1513.81 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.613;QD=59.9528;RBI=0.0315938;REFB=0;REVB=0.0313301;RO=0;SAF=35;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75751e-05;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:65:35:0:0:66:35:0:0 chr20 47241618 . A G 199.34 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00549424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.671;QD=27.4946;RBI=0.0132033;REFB=0.0144522;REVB=0.0120058;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148089;STB=0.595492;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00778587;OID=.;OPOS=47241618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:9:10:19:19:0.655172:9:10:7:2:9:10:8:2 chr20 47244417 . C T 892.64 PASS AF=0.459596;AO=91;DP=198;FAO=91;FDP=198;FR=.;FRO=107;FSAF=64;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=0.0204868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.167;QD=18.0331;RBI=0.0222964;REFB=-0.0169641;REVB=-0.00879885;RO=106;SAF=64;SAR=27;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239472;STB=0.631074;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0173537;OID=.;OPOS=47244417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:106:107:91:91:0.459596:27:64:50:56:27:64:51:56 chr20 47244450 . G A 897.64 PASS AF=0.471503;AO=91;DP=193;FAO=91;FDP=193;FR=.;FRO=102;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=0.0543415;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2208;QD=18.6039;RBI=0.0546918;REFB=-0.019563;REVB=0.00617988;RO=102;SAF=56;SAR=35;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150005;STB=0.582978;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0228613;OID=.;OPOS=47244450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:102:102:91:91:0.471503:35:56:47:55:35:56:47:55 chr20 47246077 . C G 444.19 PASS AF=0.47;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.0643939;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2318;QD=17.7676;RBI=0.0788061;REFB=-0.0321672;REVB=-0.0454294;RO=50;SAF=9;SAR=38;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953453;STB=0.571396;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.037003;OID=.;OPOS=47246077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:50:53:47:47:0.47:38:9:13:37:38:9:15:38 chr20 47246127 . G A 497.74 PASS AF=0.505155;AO=45;DP=93;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.004755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.044;QD=20.5252;RBI=0.00613402;REFB=-0.0410909;REVB=-0.00387507;RO=48;SAF=10;SAR=35;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877494;STB=0.545331;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0360698;OID=.;OPOS=47246127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:48:48:45:49:0.505155:35:10:14:34:38:11:14:34 chr20 47249116 . G A 514.02 PASS AF=0.444444;AO=55;DP=125;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0301572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.895;QD=16.318;RBI=0.0301781;REFB=-0.0299001;REVB=0.00112179;RO=70;SAF=18;SAR=37;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18201;STB=0.605129;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0304832;OID=.;OPOS=47249116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:70:70:55:56:0.444444:37:18:35:35:38:18:35:35 chr20 47249170 . G A 459.02 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=132;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.00181282;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.698;QD=14.016;RBI=0.011933;REFB=-0.00716993;REVB=0.0117945;RO=79;SAF=18;SAR=34;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109543;STB=0.562047;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.012628;OID=.;OPOS=47249170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:79:79:52:52:0.396947:34:18:35:44:34:18:35:44 chr20 47253150 . T C 1175.92 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303971;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4621;QD=61.087;RBI=0.0426489;REFB=0;REVB=0.0299156;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30648e-05;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:49:28:0:0:49:28:0:0 chr20 47256335 . G A 513.65 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0132824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.353;QD=24.4594;RBI=0.0168247;REFB=-0.00445773;REVB=0.0103272;RO=36;SAF=20;SAR=28;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222389;STB=0.51219;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00320796;OID=.;OPOS=47256335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:28:20:16:20:28:20:16:20 chr20 47258761 . G A 513.05 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0184676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2491;QD=15.7861;RBI=0.0339604;REFB=0.00170121;REVB=0.0285001;RO=73;SAF=24;SAR=32;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134429;STB=0.571403;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00135505;OID=.;OPOS=47258761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:73:74:56:56:0.430769:32:24:41:32:32:24:41:33 chr20 47261017 . T C 174.89 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.000122529;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.288;QD=18.9069;RBI=0.00422041;REFB=-0.00545141;REVB=0.00421863;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138116;STB=0.567828;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0054918;OID=.;OPOS=47261017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:19:18:18:0.486486:8:10:14:6:8:10:13:6 chr20 47268030 . G A 299.5 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00160563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5277;QD=16.4111;RBI=0.0112294;REFB=-0.0145154;REVB=-0.011114;RO=39;SAF=9;SAR=23;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313318;STB=0.654778;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0128333;OID=.;OPOS=47268030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:40:32:33:0.452055:23:9:23:16:23:10:23:17 chr20 47273726 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0243898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.568;QD=13.661;RBI=0.0394003;REFB=-0.000740247;REVB=0.0309439;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024428;STB=0.514265;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.000898987;OID=.;OPOS=47273726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:11:10:7:7:11:10 chr20 47351095 . G A 128.31 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0185761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.053;QD=12.2202;RBI=0.0232815;REFB=-0.00117395;REVB=-0.0140341;RO=27;SAF=13;SAR=2;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325479;STB=0.697248;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000854454;OID=.;OPOS=47351095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:2:13:18:9:2:13:18:9 chr20 47626847 . T C 624.78 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019006;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.006;QD=59.5032;RBI=0.0314253;REFB=-0.0421319;REVB=0.0250263;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000724811;OID=.;OPOS=47626847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:0:1:18:23:0:1 chr20 47633802 . G A 230.42 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0143669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4059;QD=14.401;RBI=0.113673;REFB=-0.0186303;REVB=-0.112762;RO=37;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01542;STB=0.508765;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0234813;OID=.;OPOS=47633802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:12:15:20:17:12:15:20:17 chr20 47850182 . C T 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0335557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6515;QD=16.077;RBI=0.0347927;REFB=0.0151635;REVB=0.00919497;RO=42;SAF=21;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949586;STB=0.547798;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0183645;OID=.;OPOS=47850182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:43:34:34:0.441558:13:21:22:20:13:21:23:20 chr20 47855496 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00328595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.267;QD=14.0954;RBI=0.0246417;REFB=-1.1454e-05;REVB=-0.0244216;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654098;STB=0.538391;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.000107947;OID=.;OPOS=47855496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:8:6:4:7:8:6 chr20 47862450 . T C 582.18 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0471482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6407;QD=49.5476;RBI=0.0471929;REFB=-0.0132117;REVB=0.00205466;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539219;STB=0.529274;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00419924;OID=.;OPOS=47862450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:47:47:2:6:41:41:0.87234:23:18:1:1:23:18:4:2 chr20 47864833 . G A 259.77 PASS AF=0.6;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0372845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2907;QD=25.9765;RBI=0.0440778;REFB=-0.00855048;REVB=-0.02351;RO=16;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480437;STB=0.509992;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00934561;OID=.;OPOS=47864833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:16:16:23:24:0.6:17:6:5:11:17:7:5:11 chr20 47865372 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.527;QD=57.1775;RBI=0.0460352;REFB=0;REVB=0.0274334;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015001;OID=.;OPOS=47865372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr20 47865509 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0108559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.976;QD=11.0198;RBI=0.0187426;REFB=-0.0231953;REVB=0.0152786;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12327;STB=0.576643;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0200011;OID=.;OPOS=47865509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:2:6:5:1:2:6 chr20 47886684 . G A 837.63 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0358151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.916;QD=55.8423;RBI=0.0370566;REFB=-0.036109;REVB=0.00951152;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=8.4783e-05;OID=.;OPOS=47886684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:0:1:58:59:0.983333:30:28:0:0:30:29:1:0 chr20 48140727 . T C 82.64 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0406347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4158;QD=10.6628;RBI=0.0438539;REFB=-0.00569494;REVB=-0.016492;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352803;STB=0.7495;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0162346;OID=.;OPOS=48140727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:31:31:16:19:10:11:0.354839:8:2:8:8:9:2:10:9 chr20 48156189 . G A 154.13 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0122719;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.545;QD=13.7004;RBI=0.0338446;REFB=-0.00208517;REVB=0.0315414;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209137;STB=0.512181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00482182;OID=.;OPOS=48156189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:28:17:17:0.377778:7:10:17:11:7:10:17:11 chr20 48250747 . C A 40.69 PASS AF=0.6;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0656077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.287;QD=16.2748;RBI=0.06561;REFB=-0.0190733;REVB=-0.000556202;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0130493;OID=.;OPOS=48250747;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:10:4:4:5:6:0.6:3:2:1:3:4:2:1:3 chr20 48257149 . C T 465.1 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4675;QD=58.1368;RBI=0.0527643;REFB=0;REVB=0.00213269;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000877242;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:15:17:0:0 chr20 48259034 . A G 145.82 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0176697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6408;QD=25.3606;RBI=0.0253282;REFB=-0.0414788;REVB=-0.0181467;RO=8;SAF=14;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508922;STB=0.794928;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0219629;OID=.;OPOS=48259034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:1:14:4:4:1:14:4:4 chr20 48429508 . GG CC 279.6 PASS AF=0.956522;AO=23;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.165748;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=232.679;QD=48.6261;RBI=0.168994;REFB=-0.188758;REVB=0.0329617;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.512184;STBP=0.644;TYPE=mnp;VARB=0.00196767;OID=.;OPOS=48429508;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:23:22:0.956522:21:2:0:0:20:2:0:1 chr20 48491258 . T G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.523;QD=59.8394;RBI=0.0356994;REFB=0;REVB=0.0047478;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07168e-05;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr20 48522392 . G A 564.64 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00662463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6563;QD=53.775;RBI=0.170322;REFB=-0.111943;REVB=0.170194;RO=2;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360381;STB=0.501991;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0102176;OID=.;OPOS=48522392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:42:2:3:39:39:0.928571:25:14:0:2:25:14:1:2 chr20 48522584 . C CA 518.87 PASS AF=1;AO=4;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752162;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=138.498;QD=53.2171;RBI=0.0843418;REFB=0;REVB=0.0381585;RO=34;SAF=0;SAR=4;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000266669;OID=.;OPOS=48522585;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:39:39:39:0:15:24:0:0:4:34:0:4:15:19 chr20 48522585 . G A 482.11 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0340179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.089;QD=48.2112;RBI=0.0522175;REFB=-0.220116;REVB=0.0396163;RO=5;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108388;STB=0.558107;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00480924;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:40:40:5:5:35:35:0.875:19:16:0:5:19:16:0:5 chr20 48524827 . A G 622.43 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.813;QD=59.2789;RBI=0.0296665;REFB=-0.067312;REVB=0.0188304;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208513;STB=0.511106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00156116;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:42:1:1:41:41:0.97619:19:22:1:0:19:22:1:0 chr20 48569240 . TGG TG,TGA 1518.64 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=98,6;DP=111;FAO=105,5;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49,2;FSAR=56,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350696,0.0534729;FXX=0.0090082;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.2138,7.02526;QD=55.2232;RBI=0.00386115,0.0609732;REFB=0,0;REVB=-0.00161546,0.0292981;RO=0;SAF=44,2;SAR=54,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.40252e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00199428,-0.0371078;OID=.,.;OPOS=48569241,48569242;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TG,TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.954545,0.0454545:98,6:111:105,5:110:0:49,2:56,3:0:0:9:0:44,2:54,4:0:0 chr20 48569278 . T C 1548.08 PASS AF=0.963964;AO=106;DP=111;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00159798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.031;QD=55.7868;RBI=0.0026856;REFB=-0.150778;REVB=-0.00215845;RO=4;SAF=47;SAR=59;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135301;STB=0.506932;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0010947;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:111:111:4:4:106:107:0.963964:59:47:1:3:60:47:1:3 chr20 48699356 . T C 65.27 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0219636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9722;QD=10.8787;RBI=0.125189;REFB=0.0130122;REVB=0.123247;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353734;STB=0.705518;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0255583;OID=.;OPOS=48699356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:13:2:4:5:13:2 chr20 48713049 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236504;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.121;QD=48.7372;RBI=0.0238004;REFB=0;REVB=0.00266777;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80099e-05;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr20 48729677 . C G 167.64 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.558;QD=44.7046;RBI=0.0420205;REFB=0;REVB=0.0374042;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123803;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:8:7:0:0 chr20 48894756 . C T 170.03 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0521684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0625;QD=19.4321;RBI=0.0582176;REFB=-0.0346614;REVB=-0.0258408;RO=13;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227534;STB=0.645805;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0359171;OID=.;OPOS=48894756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:16:19:19:0.542857:6:13:5:8:6:13:6:10 chr20 49203770 . T TA,TTA 49.47 PASS AF=0.03125,0.28125;AO=4,5;DP=33;FAO=1,9;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=1,5;FSAR=0,4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0087727,0.0183427;FXX=0;HRUN=4,6;LEN=1,2;MLLD=13.8776,22.6756;QD=6.18339;RBI=0.0793982,0.100428;REFB=-0.0757927,-0.0624222;REVB=0.078912,0.0987389;RO=24;SAF=3,3;SAR=1,2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.206807,0.020103;STB=0.988082,0.525491;STBP=0.49,0.88;TYPE=ins,ins;VARB=0.0806372,0.223322;OID=.,.;OPOS=49203771,49203771;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.03125,0.28125:4,5:33:1,9:32:22:1,5:0,4:13:9:38:24:3,3:1,2:14:10 chr20 49214156 . A G 896.71 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.776;QD=57.8521;RBI=0.0435953;REFB=0;REVB=-0.0341757;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68791e-05;OID=.;OPOS=49214156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:32:28:0:0:32:30:0:0 chr20 49227764 . G A 114.08 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0307575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.28;QD=18.2524;RBI=0.0346407;REFB=-0.0226025;REVB=0.0159361;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275703;STB=0.634379;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0140196;OID=.;OPOS=49227764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:10:12:13:13:0.52:11:2:4:6:11:2:4:8 chr20 49369006 . A G 247.14 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.031705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6197;QD=13.7301;RBI=0.0323471;REFB=-0.00654733;REVB=0.00641302;RO=43;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460421;STB=0.526297;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0070459;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:20:9:15:28:20:9:15:28 chr20 49369074 . AGT A 152.83 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0071207;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.219;QD=13.0067;RBI=0.00821678;REFB=-0.0112073;REVB=0.00410014;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608532;STB=0.535672;STBP=0.713;TYPE=del;VARB=0.0175194;OID=.;OPOS=49369075;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361702:17:48:17:47:30:7:10:14:16:99:30:7:10:14:16 chr20 49369584 . TA AT,T,TT 41.15 PASS AF=0,0.275862,0.0689655;AO=2,4,3;DP=36;FAO=0,8,2;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=0,5,0;FSAR=0,3,2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0247712,-0.16533,-0.0496569;FXX=0.0333222;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=151.768,11.7926,23.3859;QD=5.67517;RBI=0.0257297,0.22675,0.083415;REFB=0.00567644,0.0367637,0.0193434;REVB=0.00695737,0.155182,0.0670243;RO=24;SAF=0,4,0;SAR=2,0,3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.547397,0.58992,-0.627715;STB=0.5,0.571247,0.994802;STBP=1,0.593,0.177;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.0471753,0.042353;OID=.,.,.;OPOS=49369584,49369585,49369585;OREF=TA,A,A;OALT=AT,-,T;OMAPALT=AT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:36:29:24:19:2,4,3:0,8,2:0,0.275862,0.0689655:2,0,3:0,4,0:15:9:0,3,2:0,5,0:10:9 chr20 49369605 . CCTCTCTCT CCTCTC,CCTCTCT,CCTCTCTTT 135.89 PASS AF=0.241379,0.275862,0.0344828;AO=4,4,7;DP=38;FAO=7,8,1;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=4,4,0;FSAR=3,4,1;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0107194,0.0106559,0.010355;FXX=0.0644953;HRUN=1,1,1;LEN=3,2,1;MLLD=143.162,143.052,141.961;QD=18.7427;RBI=0.0358353,0.0107065,0.0547966;REFB=-0.0512886,-0.0443973,-0.029368;REVB=0.0341945,-0.00103996,-0.0538093;RO=8;SAF=4,2,4;SAR=0,2,3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.75998,0.260267,0.280299;STB=0.711799,0.666296,0.984651;STBP=0.209,0.278,0.545;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00354098,0.022311,0.0498575;OID=.,.,.;OPOS=49369611,49369606,49369612;OREF=TCT,CT,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=CCTCTC,CCTCTCT,CCTCTCTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.241379,0.275862,0.0344828:4,4,7:38:7,8,1:29:13:4,4,0:3,4,1:3:10:29:8:4,2,4:0,2,3:2:6 chr20 49577721 . A G 384.03 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.000127138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.324;QD=17.6565;RBI=0.00411706;REFB=-0.0065527;REVB=0.0041151;RO=47;SAF=25;SAR=15;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298531;STB=0.516709;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00703292;OID=.;OPOS=49577721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:15:25:28:19:15:25:28:19 chr20 49620783 . G T 604.75 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0558816;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.863;QD=59.0002;RBI=0.0562714;REFB=-0.144693;REVB=0.00661155;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0017793;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:0:1:40:40:0.97561:24:16:0:0:24:16:0:1 chr20 50140627 . G C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.033099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.004;QD=14.2414;RBI=0.0370432;REFB=-0.0303957;REVB=0.0166328;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067306;STB=0.547127;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0353592;OID=.;OPOS=50140627;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:11:11:17:13:11:11:18:13 chr20 50217620 . A G 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000691255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4474;QD=62.347;RBI=0.0452155;REFB=0;REVB=0.0452102;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375429;OID=.;OPOS=50217620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr20 50287736 . C T 721.48 PASS AF=0.935484;AO=48;DP=57;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0158374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.973;QD=46.5468;RBI=0.168322;REFB=-0.139505;REVB=0.167575;RO=7;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159526;STB=0.535702;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0042274;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:57:62:7:4:48:58:0.935484:17:31:0:7:26:32:0:4 chr20 50287790 . A G 1116.87 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000596217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2738;QD=60.3712;RBI=0.0488712;REFB=0;REVB=0.0488676;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342003;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr20 50400982 . ACCCCCCCA AACCCCCCA,ACCCCCCA,ACCCCCCAC 52.54 PASS AF=0,0.473684,0.105263;AO=2,5,2;DP=19;FAO=0,9,2;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=0,5,0;FSAR=0,4,2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.141178,0.14093,0.0845413;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=22.7742,10.0989,26.9236;QD=11.0615;RBI=0.217723,0.216615,0.089974;REFB=-0.0166315,-0.0432675,0.0119172;REVB=0.165747,0.164502,-0.0307911;RO=8;SAF=1,3,0;SAR=1,2,2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.269415,-0.160905,-0.684179;STB=0.5,0.594396,0.996007;STBP=1,0.468,0.096;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0654798,0.117567;OID=.,.,.;OPOS=50400983,50400983,50400989;OREF=C,C,CA;OALT=A,-,AC;OMAPALT=AACCCCCCA,ACCCCCCA,ACCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.473684,0.105263:2,5,2:19:0,9,2:19:8:0,5,0:0,4,2:6:2:34:8:1,3,0:1,2,2:6:2 chr20 50408482 . A G,T 437.63 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=29,2;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928714,-0.0275573;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.133,55.6747;QD=56.4687;RBI=0.00931879,0.0278741;REFB=0,0;REVB=-0.000767399,0.0041903;RO=0;SAF=22,1;SAR=7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00199259,0.0705093;OID=.,.;OPOS=50408482,50408482;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:29,2:29,2:0.935484,0.0645161:7,1:22,1:0:0:7,1:22,1:0:0 chr20 51218359 . C T 270.91 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0135457;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.756;QD=12.1756;RBI=0.0231877;REFB=-0.00890581;REVB=0.0188198;RO=57;SAF=17;SAR=15;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639839;STB=0.536819;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0160355;OID=.;OPOS=51218359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:15:17:27:30:15:17:27:30 chr20 51870849 . T C 251.97 PASS AF=0.316832;AO=32;DP=101;FAO=32;FDP=101;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0285764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.8617;QD=9.97883;RBI=0.0311893;REFB=-0.00916305;REVB=0.0124965;RO=69;SAF=16;SAR=16;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144596;STB=0.584107;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.026543;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:69:69:32:32:0.316832:16:16:26:43:16:16:26:43 chr20 52105972 . C T 622.3 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0145;QD=60.712;RBI=0.0347117;REFB=0;REVB=0.0286632;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129823;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr20 52184383 . ATT AAA,AAT,AT 222.78 PASS AF=0,0.6,0.4;AO=3,12,3;DP=30;FAO=0,18,12;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,6;FSAR=0,7,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124423,-0.242556,-0.39947;FXX=0.0908816;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=12.0257,9.16845,9.07109;QD=29.7038;RBI=0.141018,0.276021,0.421674;REFB=0.0117022,0.0113962,-0.017183;REVB=-0.0663697,-0.131737,-0.13503;RO=1;SAF=1,5,1;SAR=2,7,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.163246,0.0601692,0.163246;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.111839,0.0576742,-0.0396647;OID=.,.,.;OPOS=52184384,52184384,52184384;OREF=TT,T,T;OALT=AA,A,-;OMAPALT=AAA,AAT,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.6,0.4:3,12,3:30:0,18,12:30:0:0,11,6:0,7,6:0:0:21:1:1,5,1:2,7,2:0:1 chr20 52573971 . T G 301.5 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0406508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.945;QD=16.7499;RBI=0.0409062;REFB=-0.00867687;REVB=-0.00456325;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00224934;STB=0.501263;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00907283;OID=.;OPOS=52573971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:17:16:19:20:17:16:19:20 chr20 52611540 . C A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0487512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2663;QD=7.76184;RBI=0.0569551;REFB=-0.00451959;REVB=-0.0294482;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224315;STB=0.642374;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.000153138;OID=.;OPOS=52611540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:6:7:2:4:6:7 chr20 52645166 . A G 626.36 PASS AF=0.477941;AO=62;DP=132;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00992903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5248;QD=18.4224;RBI=0.035966;REFB=-0.0235092;REVB=-0.0345684;RO=68;SAF=31;SAR=31;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277613;STB=0.507015;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0313757;OID=.;OPOS=52645166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:136:68:71:62:65:0.477941:31:31:36:32:32:33:37:34 chr20 52645290 . C G 400.88 PASS AF=0.511628;AO=37;DP=80;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0111628;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3779;QD=18.6457;RBI=0.0138953;REFB=-0.0256158;REVB=-0.00827472;RO=41;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953171;STB=0.523875;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0479245;OID=.;OPOS=52645290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:41:42:37:44:0.511628:20:17:23:18:21:23:24:18 chr20 52674615 . A G 239.31 PASS AF=0.473684;AO=25;DP=55;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0182018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.014;QD=16.7937;RBI=0.0263212;REFB=-0.0180038;REVB=-0.0190132;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245033;STB=0.604665;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0261501;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:30:30:25:27:0.473684:8:17:13:17:10:17:13:17 chr20 52675188 . G T 140.04 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0146402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6884;QD=20.7465;RBI=0.0384748;REFB=-0.00941235;REVB=-0.0355806;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138827;STB=0.578839;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00449291;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:12:12:15:15:0.555556:5:10:6:6:5:10:6:6 chr20 52771261 . G A 453.73 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.12366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9991;QD=54.9973;RBI=0.145196;REFB=-0.0908612;REVB=-0.0760932;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345573;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000130782;OID=.;OPOS=52771261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:0:1:13:19:0:1 chr20 52781091 . C T 531.17 PASS AF=0.509259;AO=54;DP=107;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0822067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.34;QD=19.6728;RBI=0.0844161;REFB=0.00719346;REVB=0.019187;RO=53;SAF=23;SAR=31;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994541;STB=0.501557;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.00657364;OID=.;OPOS=52781091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:53:53:54:55:0.509259:31:23:22:31:32:23:22:31 chr20 54961463 . T C 746.25 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631864;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4519;QD=56.3206;RBI=0.00939125;REFB=0;REVB=0.00694769;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214197;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:50:53:1:15:35:0:0:17:36:0:0 chr20 54961541 . A T 456.4 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0868;QD=55.3214;RBI=0.0146184;REFB=-0.117795;REVB=-0.011235;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301077;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042894;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:33:1:0:32:33:1:15:17:0:1:16:17:0:0 chr20 55028167 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=338.302;QD=40.7629;RBI=0.0100822;REFB=0;REVB=0.00888452;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15444e-05;OID=.;OPOS=55028167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr20 55033476 . C G 631.79 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9465;QD=61.638;RBI=0.022449;REFB=0;REVB=0.0221947;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231758;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr20 55033635 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00048023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.691;QD=46.848;RBI=0.0321711;REFB=0;REVB=0.0321675;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054804;OID=.;OPOS=55033635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr20 55033647 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.201;QD=46.848;RBI=0.0375828;REFB=0;REVB=0.03674;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460301;OID=.;OPOS=55033647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr20 55033713 . G A 72.68 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.215;QD=36.3394;RBI=0.0706519;REFB=0;REVB=0.0565689;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147349;OID=.;OPOS=55033713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:4:4:0:0 chr20 55066633 . T G 312.52 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00423136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.536;QD=21.931;RBI=0.0640858;REFB=0.00996338;REVB=0.0639459;RO=25;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127392;STB=0.507038;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00962179;OID=.;OPOS=55066633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:12:20:16:9:12:20:16:9 chr20 55072472 . A G 358.34 PASS AF=1;AO=17;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.24;QD=53.0878;RBI=0.102046;REFB=0;REVB=0.0679902;RO=0;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100651;OID=.;OPOS=55072472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:17:27:1:17:0:0:0:26:1:0:0 chr20 55088404 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.462;QD=59.8384;RBI=0.020826;REFB=0;REVB=-0.000141548;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20624e-05;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:7:29:0:0:7:29:0:0 chr20 55108617 . C A 312.01 PASS AF=0.388889;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=0.0347849;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.768;QD=13.8671;RBI=0.0533804;REFB=-0.0296287;REVB=-0.0404905;RO=52;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226445;STB=0.631173;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0367692;OID=.;OPOS=55108617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:55:34:35:0.388889:17:17:15:37:18:17:15:40 chr20 55111364 . A C 109.31 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00506101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.278;QD=14.1042;RBI=0.0121776;REFB=-0.00486009;REVB=-0.0110761;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660375;STB=0.522354;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00525316;OID=.;OPOS=55111364;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:18:13:13:0.419355:7:6:9:8:7:6:9:9 chr20 55182815 . T TA 33.77 PASS AF=0.230769;AO=10;DP=55;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.105417;FXX=0.0545355;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.6567;QD=2.59754;RBI=0.122088;REFB=-0.0844762;REVB=-0.0615862;RO=44;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279532;STB=0.519199;STBP=0.915;TYPE=ins;VARB=0.171573;OID=.;OPOS=55182816;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:10:55:12:52:40:6:6:19:21:33:44:5:5:21:23 chr20 55263544 . AGT A 38.78 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00176374;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.875;QD=11.0808;RBI=0.0184828;REFB=-0.0189728;REVB=0.0183985;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.599657;STBP=0.548;TYPE=del;VARB=0.0226291;OID=.;OPOS=55263545;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:6:14:6:14:8:2:4:4:4:38:7:2:4:4:3 chr20 55263662 . T G 346.95 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.087096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1668;QD=51.4006;RBI=0.089547;REFB=-0.0430917;REVB=-0.0208075;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-9.12776e-05;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:16:10:1:0:16:10:1:0 chr20 55748206 . G A 163.96 PASS AF=0.372549;AO=11;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.0132608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.305;QD=12.8592;RBI=0.0260418;REFB=-0.0140914;REVB=0.0224126;RO=25;SAF=9;SAR=2;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132951;STB=0.565297;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0379316;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:32:11:19:0.372549:2:9:22:3:3:16:25:7 chr20 56090807 . A G 176.7 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0304731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.452;QD=13.336;RBI=0.0372187;REFB=-0.0083;REVB=-0.0213686;RO=32;SAF=6;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385457;STB=0.721716;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0126926;OID=.;OPOS=56090807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:15:6:21:11:15:6:21:11 chr20 56098733 . T C 205.9 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0257985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.282;QD=31.6777;RBI=0.0313667;REFB=-0.0355095;REVB=0.0178411;RO=7;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186264;STB=0.602305;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00937721;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:9:10:1:6:9:10:1:6 chr20 56131216 . A G 178.5 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0609918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3785;QD=22.3124;RBI=0.103188;REFB=-0.0491136;REVB=-0.0832327;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301908;STB=0.668739;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0279099;OID=.;OPOS=56131216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:7:11:3:11:7:11:3:11 chr20 56137895 . G C 96.72 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0404284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7646;QD=12.4798;RBI=0.0529202;REFB=0.00600803;REVB=0.0341481;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317828;STB=0.688831;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00549938;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:16:19:12:12:0.387097:7:5:12:4:7:5:14:5 chr20 56139403 . T C 187.91 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0296555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4144;QD=10.893;RBI=0.0297083;REFB=0.0178692;REVB=-0.00177131;RO=45;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0033159;STB=0.501929;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0239648;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:15:9:17:28:15:9:17:28 chr20 56179422 . C A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.133335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.059;QD=11.0912;RBI=0.137904;REFB=-0.0406379;REVB=-0.0352037;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308675;STB=0.694785;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0402425;OID=.;OPOS=56179422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:3:3:4:1:3:3 chr20 56182296 . A C 263.91 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0750914;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.744;QD=19.5487;RBI=0.0752569;REFB=-0.018978;REVB=-0.00498841;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18887;STB=0.611036;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0121808;OID=.;OPOS=56182296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:26:27:28:0.518519:13:14:19:7:14:14:19:7 chr20 56186884 . T C 970.21 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598667;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7311;QD=58.8006;RBI=0.119443;REFB=0;REVB=0.103356;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105031;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:62:66:1:39:23:0:0:41:25:0:0 chr20 56189985 . C G 716.5 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158316;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.975;QD=57.3202;RBI=0.0336094;REFB=0;REVB=0.0296472;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151932;OID=.;OPOS=56189985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr20 56190634 . C T 330.38 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.903;QD=52.8614;RBI=0.0111092;REFB=0;REVB=0.0019973;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002334;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:9:16:0:0 chr20 56224602 . G A 281.28 PASS AF=0.476923;AO=32;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=4;FWDB=0.0238322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9538;QD=17.3095;RBI=0.0239374;REFB=-0.0782932;REVB=-0.00224184;RO=32;SAF=31;SAR=1;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386742;STB=0.714097;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0344771;OID=.;OPOS=56224602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:34:32:31:0.476923:1:31:28:4:1:30:30:4 chr20 56227532 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.642;QD=50.4132;RBI=0.0434454;REFB=0;REVB=-0.0433321;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380811;OID=.;OPOS=56227532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr20 56285540 . T C 325.23 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0357597;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.897;QD=18.8542;RBI=0.0364211;REFB=-0.00833886;REVB=0.00690941;RO=35;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118234;STB=0.565919;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00867584;OID=.;OPOS=56285540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:35:35:34:34:0.492754:19:15:20:15:19:15:20:15 chr20 56793706 . G A 140.54 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.043617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8442;QD=13.0732;RBI=0.0440121;REFB=0.00357641;REVB=-0.00588402;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194495;STB=0.613892;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.0109011;OID=.;OPOS=56793706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:6:10:12:15:6:10:12:15 chr20 56793764 . G A 257.03 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0142836;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.352;QD=22.3505;RBI=0.0324038;REFB=-0.0278115;REVB=-0.0290858;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626323;STB=0.565164;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0167647;OID=.;OPOS=56793764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:22:24:24:0.521739:12:12:8:11:12:12:8:14 chr20 56807969 . A G 216.61 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00380825;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.678;QD=14.4407;RBI=0.00540903;REFB=0.00328578;REVB=0.0038412;RO=31;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728252;STB=0.547788;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00404133;OID=.;OPOS=56807969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:34:25:26:0.433333:8:17:19:12:8:18:21:13 chr20 56814892 . G T 301.86 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0176333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.461;QD=19.4745;RBI=0.018121;REFB=0.00423032;REVB=-0.0041759;RO=30;SAF=6;SAR=26;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247419;STB=0.639247;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00431505;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:26:6:12:18:26:6:12:18 chr20 56820880 . C T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0431139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.837;QD=7.95459;RBI=0.0452205;REFB=-0.0126478;REVB=-0.0136414;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890944;STB=0.555418;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0321085;OID=.;OPOS=56820880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:8:11:4:4:8:11 chr20 56821127 . A G 328.94 PASS AF=0.433735;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.00816175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3031;QD=15.8524;RBI=0.00820441;REFB=-0.0171936;REVB=-0.000835577;RO=47;SAF=18;SAR=17;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170929;STB=0.58775;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0254619;OID=.;OPOS=56821127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:47:35:36:0.433735:17:18:32:15:17:19:32:15 chr20 57020556 . G C 593.15 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0281568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.176;QD=24.7145;RBI=0.028825;REFB=-0.0163643;REVB=-0.00617058;RO=41;SAF=23;SAR=31;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488452;STB=0.53104;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0109564;OID=.;OPOS=57020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:42:54:54:0.5625:31:23:15:26:31:23:15:27 chr20 57042665 . A G 650.96 PASS AF=0.424419;AO=71;DP=170;FAO=73;FDP=172;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.0157723;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8773;QD=15.1387;RBI=0.0278518;REFB=-0.0237713;REVB=-0.0229556;RO=98;SAF=35;SAR=36;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138505;STB=0.502712;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0314538;OID=.;OPOS=57042665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:98:99:71:73:0.424419:36:35:47:51:38:35:47:52 chr20 57244493 . G A 293.52 PASS AF=0.428571;AO=32;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0123221;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.868;QD=15.2476;RBI=0.0246607;REFB=-0.0362984;REVB=-0.0213616;RO=45;SAF=8;SAR=24;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158423;STB=0.561759;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0463445;OID=.;OPOS=57244493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:44:32:33:0.428571:24:8:17:28:24:9:16:28 chr20 57266134 . G A 243.95 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0247111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.128;QD=17.4248;RBI=0.025683;REFB=-0.0132526;REVB=0.00699845;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00608498;STB=0.503417;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0121167;OID=.;OPOS=57266134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:11:16:17:12:11:16:17:12 chr20 57280575 . T C 1078.06 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209906;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6256;QD=59.0718;RBI=0.0495034;REFB=0;REVB=0.0448329;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128733;OID=.;OPOS=57280575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:32:39:0:0:33:40:0:0 chr20 57290347 . C G 574.79 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=97;FAO=52;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0518822;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.008;QD=24.2016;RBI=0.0519818;REFB=-0.0193342;REVB=0.00321581;RO=33;SAF=19;SAR=32;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393591;STB=0.540712;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0123838;OID=.;OPOS=57290347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:33:40:51:52:0.547368:32:19:14:19:32:20:19:21 chr20 57415721 . GC CG 64.26 PASS AF=0.203704;AO=10;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.030544;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=25.4625;QD=4.75984;RBI=0.0566189;REFB=-0.04099;REVB=-0.0476735;RO=37;SAF=8;SAR=2;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321941;STB=0.709116;STBP=0.176;TYPE=mnp;VARB=0.126315;OID=.;OPOS=57415721;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:54:54:37:43:10:11:0.203704:2:8:21:16:2:9:26:17 chr20 57429233 . T C 341.92 PASS AF=0.48;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00580743;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.51;QD=18.2358;RBI=0.016404;REFB=-0.0146716;REVB=0.0153416;RO=38;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075564;STB=0.535694;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0155272;OID=.;OPOS=57429233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:39:36:36:0.48:20:16:20:18:20:16:20:19 chr20 57478807 . C T 819.48 PASS AF=0.542254;AO=76;DP=141;FAO=77;FDP=142;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0544663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0352;QD=23.084;RBI=0.0548299;REFB=0.0113074;REVB=-0.00630362;RO=65;SAF=27;SAR=49;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945658;STB=0.547157;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0100259;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:65:65:76:77:0.542254:49:27:30:35:49:28:30:35 chr20 57571762 . CA C,CG 1284.6 PASS AF=0.091954,0.908046;AO=16,71;DP=87;FAO=8,79;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=8,27;FSAR=0,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541731,0.0685398;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.728,177.617;QD=59.062;RBI=0.0564593,0.0688745;REFB=0,0;REVB=0.015904,0.00678167;RO=0;SAF=16,19;SAR=0,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0297909,0.00850588;OID=.,.;OPOS=57571763,57571763;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.091954,0.908046:16,71:87:8,79:87:0:8,27:0,52:0:0:14:0:16,19:0,52:0:0 chr20 57572675 . A G 1082.65 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123327;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.422;QD=59.3231;RBI=0.0128756;REFB=0;REVB=0.00369938;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015931;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:25:46:0:0:26:47:0:0 chr20 57599016 . T G 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7994;QD=51.91;RBI=0.0626635;REFB=0;REVB=-0.00362095;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011306;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr20 57610059 . C A 235.94 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0112594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.32;QD=20.08;RBI=0.0136165;REFB=-0.0272393;REVB=-0.00765736;RO=23;SAF=16;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246411;STB=0.637373;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0201555;OID=.;OPOS=57610059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:24:22:23:0.489362:6:16:11:12:6:17:12:12 chr20 57612390 . C G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0742;QD=59.017;RBI=0.0547064;REFB=0;REVB=0.0507619;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918328;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr20 57829301 . T C 670.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.532;QD=62.3415;RBI=0.0144197;REFB=0;REVB=-0.0133239;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90938e-05;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr20 57833518 . G A 331.09 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.5;QD=52.974;RBI=0.0285681;REFB=0;REVB=0.0178199;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140502;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chr20 57833740 . T C 869.26 PASS AF=1;AO=59;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5898;QD=55.1908;RBI=0.0544692;REFB=-0.123185;REVB=0.0232236;RO=3;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00890352;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:63:3:0:59:63:1:38:21:0:3:42:21:0:0 chr20 57834150 . A T 551.93 PASS AF=0.862745;AO=44;DP=51;FAO=44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0285837;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.8783;QD=43.2883;RBI=0.0346443;REFB=-0.0245026;REVB=0.0195755;RO=4;SAF=18;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544288;STB=0.522841;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0121263;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:51:51:4:7:44:44:0.862745:26:18:3:1:26:18:4:3 chr20 60293919 . C A 1871.66 PASS AF=0.992;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0418811;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.962;QD=59.893;RBI=0.0419552;REFB=-0.152793;REVB=-0.00249125;RO=2;SAF=66;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111789;STB=0.503759;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00212487;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:125:2:1:123:124:0.992:57:66:1:1:58:66:1:0 chr20 60485627 . C T 1050.01 PASS AF=0.885057;AO=75;DP=87;FAO=77;FDP=87;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0447285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.427;QD=48.2765;RBI=0.0683912;REFB=-0.128029;REVB=0.0517369;RO=11;SAF=24;SAR=51;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845182;STB=0.535183;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00372929;OID=.;OPOS=60485627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:87:87:11:10:75:77:0.885057:51:24:7:4:52:25:6:4 chr20 60503350 . A G 2639.81 PASS AF=0.972067;AO=174;DP=179;FAO=174;FDP=179;FR=.;FRO=5;FSAF=89;FSAR=85;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0337888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4833;QD=58.9902;RBI=0.0338308;REFB=-0.0546289;REVB=0.00168667;RO=5;SAF=89;SAR=85;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153431;STB=0.508065;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00762096;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:179:179:5:5:174:174:0.972067:85:89:4:1:85:89:4:1 chr20 60509142 . C T 423.35 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.029595;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.296;QD=18.2087;RBI=0.030035;REFB=-0.0180895;REVB=-0.00512237;RO=49;SAF=15;SAR=28;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159945;STB=0.59539;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0261606;OID=.;OPOS=60509142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:49:50:43:43:0.462366:28:15:25:24:28:15:26:24 chr20 60701416 . T C 224.37 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0640349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.883;QD=21.3688;RBI=0.0659485;REFB=-0.0109755;REVB=-0.0157713;RO=19;SAF=6;SAR=15;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812719;STB=0.568005;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0116738;OID=.;OPOS=60701416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:19:20:21:22:0.52381:15:6:4:15:15:7:4:16 chr20 60712511 . A G 172.91 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0165236;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.348;QD=17.7343;RBI=0.0178117;REFB=-0.0106509;REVB=0.00665034;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845838;STB=0.548333;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0135145;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:10:11:11:7:10:11 chr20 60713311 . G A 72.68 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00763366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5224;QD=8.80958;RBI=0.0167074;REFB=-0.000639729;REVB=-0.0148615;RO=23;SAF=9;SAR=1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530899;STB=0.836411;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=1.52277e-05;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:1:9:12:11:1:9:12:11 chr20 60713332 . A G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00122569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4535;QD=8.30814;RBI=0.0216664;REFB=-0.00819507;REVB=0.0216317;RO=17;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623041;STB=0.874063;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0201481;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:17:18:8:8:0.307692:1:7:5:12:1:7:6:12 chr20 60718297 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0424739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.993;QD=21.8421;RBI=0.0445098;REFB=0.0167236;REVB=0.0133073;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00937925;OID=.;OPOS=60718297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:1:1:2:4:1:1 chr20 60791404 . C T 342.86 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0233328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6931;QD=16.1345;RBI=0.0277942;REFB=-0.0274366;REVB=0.0151029;RO=47;SAF=16;SAR=21;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140883;STB=0.584765;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0293226;OID=.;OPOS=60791404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:37:37:0.435294:21:16:27:20:21:16:28:20 chr20 60808026 . C T 429.41 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=44;FWDB=-0.0120223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.194;QD=16.6759;RBI=0.012065;REFB=-0.025478;REVB=0.00101393;RO=56;SAF=16;SAR=31;SRF=12;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14485;STB=0.580239;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0302037;OID=.;OPOS=60808026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:31:16:12:44:31:16:12:44 chr20 60831300 . G A 780.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309163;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.033;QD=56.7643;RBI=0.021617;REFB=0;REVB=0.0213948;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102255;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:31:22:0:0:32:23:0:0 chr20 60881330 . G A 1496.22 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00987009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.808;QD=56.4612;RBI=0.0350625;REFB=-0.123532;REVB=0.0336447;RO=1;SAF=66;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126505;STB=0.509399;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000289872;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:106:106:1:3:103:103:0.971698:37:66:0:1:37:66:1:2 chr20 60881780 . T C 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6677;QD=56.9328;RBI=0.0228793;REFB=0;REVB=-0.00763256;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40843e-05;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr20 60887581 . G A 119.92 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00228981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6217;QD=14.1079;RBI=0.0123998;REFB=-0.0138832;REVB=0.0121865;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154289;STB=0.547759;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0161544;OID=.;OPOS=60887581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:20:14:14:0.411765:8:6:5:13:8:6:7:13 chr20 60892526 . A G 1346.92 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227402;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.166;QD=62.6476;RBI=0.0227938;REFB=0;REVB=0.00156244;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93479e-05;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:84:86:1:54:30:0:0:55:31:0:0 chr20 60895697 . C T 154.42 PASS AF=0.375;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00434863;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.023;QD=12.868;RBI=0.00846339;REFB=-0.0151993;REVB=0.00726074;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466278;STB=0.545403;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0246066;OID=.;OPOS=60895697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:24:30:17:18:0.375:12:5:8:16:12:6:12:18 chr20 60897487 . C T 308.57 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0522734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.102;QD=21.2809;RBI=0.0536563;REFB=-0.00823642;REVB=-0.0121031;RO=23;SAF=9;SAR=23;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266204;STB=0.6593;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.036364;OID=.;OPOS=60897487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:26:32:32:0.551724:23:9:14:9:23:9:16:10 chr20 60897488 . G A 209.13 PASS AF=0.438596;AO=22;DP=54;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0259912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.836;QD=14.6757;RBI=0.0286277;REFB=-0.00844199;REVB=0.012;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338511;STB=0.673338;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0926541;OID=.;OPOS=60897488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:29:32:22:25:0.438596:9:13:7:22:10:15:9:23 chr20 60897772 . T C 512.53 PASS AF=0.526786;AO=48;DP=108;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0586793;FXX=0.0427314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3277;QD=18.3046;RBI=0.0814857;REFB=-0.104942;REVB=0.0565391;RO=43;SAF=34;SAR=14;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131464;STB=0.500337;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0403338;OID=.;OPOS=60897772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:43:53:48:59:0.526786:14:34:31:12:20:39:35:18 chr20 60897773 . G C 47.07 PASS AF=0.10084;AO=9;DP=108;FAO=12;FDP=119;FR=.;FRO=107;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=33;FWDB=-0.0110623;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.7215;QD=1.58203;RBI=0.0395239;REFB=-0.0323299;REVB=0.0379442;RO=98;SAF=2;SAR=7;SRF=71;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.525918;STB=0.79148;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0445574;OID=.;OPOS=60897773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:108:119:98:107:9:12:0.10084:7:2:71:27:8:4:74:33 chr20 60899182 . C T 170.64 PASS AF=0.45;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0158426;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7909;QD=17.0636;RBI=0.0572283;REFB=-0.0110211;REVB=-0.0549918;RO=21;SAF=15;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279819;STB=0.654566;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0395601;OID=.;OPOS=60899182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:22:18:18:0.45:3:15:13:8:3:15:14:8 chr20 60899206 . C T 202.11 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.0119891;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8251;QD=19.7176;RBI=0.0664195;REFB=-0.0455248;REVB=-0.0653285;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246542;STB=0.645036;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0398935;OID=.;OPOS=60899206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:20:21:20:20:0.487805:8:12:17:3:8:12:18:3 chr20 60900381 . GTC CGT 42.32 PASS AF=0.0787037;AO=29;DP=216;FAO=17;FDP=216;FR=.;FRO=199;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=88;FSRR=111;FWDB=0.0237125;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=26.4986;QD=0.78368;RBI=0.0237134;REFB=-0.00569149;REVB=-0.000209846;RO=160;SAF=23;SAR=6;SRF=65;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480462;STB=0.735462;STBP=0.053;TYPE=mnp;VARB=0.163105;OID=.;OPOS=60900381;OREF=GTC;OALT=CGT;OMAPALT=CGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:216:216:160:199:29:17:0.0787037:6:23:65:95:5:12:88:111 chr20 60900481 . A G 1434.48 PASS AF=1;AO=77;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311856;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0567;QD=62.3689;RBI=0.066307;REFB=0;REVB=0.0585155;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00444294;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:77:92:1:49:28:0:0:61:31:0:0 chr20 60900579 . C A 771.64 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0666537;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0317;QD=55.1171;RBI=0.0667902;REFB=-0.138707;REVB=-0.00426883;RO=1;SAF=17;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269107;STB=0.51428;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00222209;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:54:55:0.982143:37:17:1:0:38:17:1:0 chr20 60903419 . C T 217.79 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0214577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.017;QD=16.7531;RBI=0.0216489;REFB=-0.0235801;REVB=0.00287148;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534778;STB=0.530277;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0338442;OID=.;OPOS=60903419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:12:16:15:9:12:16 chr20 60904853 . T C 506.32 PASS AF=0.703125;AO=44;DP=64;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0102108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.474;QD=31.6448;RBI=0.0112934;REFB=-0.0122927;REVB=0.00482484;RO=19;SAF=22;SAR=22;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16155;STB=0.588889;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.012326;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:19:19:44:45:0.703125:22:22:15:4:23:22:15:4 chr20 60904854 . G C 134.07 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0371697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.1546;QD=8.25039;RBI=0.0745385;REFB=-0.0633784;REVB=-0.0646096;RO=46;SAF=15;SAR=4;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395458;STB=0.739168;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.188879;OID=.;OPOS=60904854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:4:15:22:24:4:15:22:24 chr20 60905878 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.57;QD=35.5755;RBI=0.0396087;REFB=0;REVB=0.0135077;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016182;OID=.;OPOS=60905878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr20 60907446 . T C 1172.0 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.21;QD=60.8833;RBI=0.0643137;REFB=0;REVB=0.0605965;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112627;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:32:44:0:0:33:44:0:0 chr20 60907675 . G A 788.22 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.017039;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.28;QD=55.3133;RBI=0.0299713;REFB=-0.080915;REVB=0.0246566;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149682;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00345683;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:1:1:56:56:0.982456:25:31:1:0:25:31:1:0 chr20 60908969 . T C 235.88 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6011;QD=49.6581;RBI=0.0292323;REFB=0;REVB=-0.0175247;RO=1;SAF=17;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262699;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302163;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:1:0:18:19:1:1:17:1:0:1:18:0:0 chr20 60909060 . A G 616.54 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.798;QD=60.1497;RBI=0.0420606;REFB=0;REVB=-0.0387769;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6356e-05;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:19:19:0:0:21:20:0:0 chr20 60911958 . G A 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00796502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.668;QD=29.8275;RBI=0.0993157;REFB=-0.0286273;REVB=-0.0989958;RO=6;SAF=14;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306053;STB=0.672819;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00827682;OID=.;OPOS=60911958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:2:14:3:3:2:14:3:3 chr20 60912683 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.241;QD=60.9767;RBI=0.0576624;REFB=0;REVB=-0.0510629;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000513673;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr20 60913127 . A G 77.24 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0209958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9023;QD=13.4338;RBI=0.0218486;REFB=-0.0139287;REVB=0.00604446;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490172;STB=0.783502;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0431939;OID=.;OPOS=60913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:11:2:7:3:11:2 chr20 60920624 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.016706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.258;QD=16.8229;RBI=0.0203683;REFB=0.00700669;REVB=-0.0116524;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.599732;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00691039;OID=.;OPOS=60920624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:4:1:3:4:4:1 chr20 60920887 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0345702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8016;QD=14.6495;RBI=0.0470896;REFB=-0.0138614;REVB=-0.0319739;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148346;STB=0.586084;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0182556;OID=.;OPOS=60920887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:11:8:8:6:11:8 chr20 60921643 . T C 236.83 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246118;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.302;QD=49.8582;RBI=0.0850324;REFB=0;REVB=0.0849968;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188313;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr20 60927349 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.603;QD=58.7813;RBI=0.0505512;REFB=0;REVB=0.0360356;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204054;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:42:22:0:0:43:22:0:0 chr20 60927412 . G A 151.49 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.00240123;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0296;QD=11.4332;RBI=0.0239484;REFB=-0.00863388;REVB=0.0238277;RO=34;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139692;STB=0.582686;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0206671;OID=.;OPOS=60927412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:16:3:8:26:16:3:8:26 chr20 60937597 . A G 178.58 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0055788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2063;QD=22.3221;RBI=0.0178691;REFB=-0.003303;REVB=-0.0169759;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21458;STB=0.619112;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00230748;OID=.;OPOS=60937597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:11:7:2:12:11:7:2:12 chr20 60963494 . C T 356.11 PASS AF=0.44186;AO=40;DP=85;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0179301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0647;QD=16.5631;RBI=0.067913;REFB=0.0189213;REVB=-0.0655033;RO=45;SAF=12;SAR=28;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129408;STB=0.612067;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0528572;OID=.;OPOS=60963494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:48:40:38:0.44186:28:12:19:26:28:10:21:27 chr20 60966318 . G T 334.91 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.592;QD=53.5854;RBI=0.0906307;REFB=0;REVB=0.08109;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165668;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:6:17:0:0:6:19:0:0 chr20 60968596 . A G 267.54 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0125999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.726;QD=13.72;RBI=0.0296971;REFB=-0.00261965;REVB=-0.0268916;RO=47;SAF=22;SAR=9;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28906;STB=0.665404;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0045348;OID=.;OPOS=60968596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:9:22:21:26:9:22:21:26 chr20 60986019 . A C 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0258848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.688;QD=11.5764;RBI=0.0327396;REFB=-0.0143846;REVB=-0.0200464;RO=39;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029048;STB=0.503265;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0274189;OID=.;OPOS=60986019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:16:7:11:28:16:7:12:28 chr20 60989365 . C T 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0266499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6628;QD=4.01741;RBI=0.119825;REFB=-0.00281959;REVB=0.116824;RO=28;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450998;STB=0.815235;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0291122;OID=.;OPOS=60989365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:5:1:15:13:5:1:15:13 chr20 61039932 . GC CG 235.87 PASS AF=0.29703;AO=29;DP=100;FAO=30;FDP=101;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=62;FSAF=29;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0654104;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=69.0083;QD=9.34139;RBI=0.069208;REFB=-0.0311994;REVB=-0.0226102;RO=44;SAF=29;SAR=0;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.826161;STB=0.944079;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.081299;OID=.;OPOS=61039932;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:44:62:29:30:0.29703:0:29:25:19:1:29:29:33 chr20 61039958 . T C 475.51 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0189531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.138;QD=19.2124;RBI=0.0190137;REFB=-0.000184898;REVB=0.0015176;RO=50;SAF=26;SAR=21;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159679;STB=0.59766;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000317966;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:52:47:47:0.474747:21:26:19:31:21:26:19:33 chr20 61040453 . C G 429.14 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0121227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.613;QD=25.2436;RBI=0.0363959;REFB=0.00128569;REVB=0.0343177;RO=25;SAF=34;SAR=7;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348552;STB=0.534444;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.000871889;OID=.;OPOS=61040453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:27:41:41:0.602941:7:34:20:5:7:34:21:6 chr20 61040951 . C T 346.91 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0808308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.429;QD=17.1312;RBI=0.0826126;REFB=-0.00444951;REVB=0.017065;RO=44;SAF=14;SAR=23;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766774;STB=0.543032;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00386243;OID=.;OPOS=61040951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:23:14:20:24:23:14:20:24 chr20 61048549 . G A 122.44 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0341346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.231;QD=7.20242;RBI=0.0352381;REFB=-0.0205469;REVB=-0.0087493;RO=50;SAF=3;SAR=15;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532536;STB=0.824632;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0441248;OID=.;OPOS=61048549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:15:3:30:20:15:3:30:20 chr20 61143487 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.756;QD=60.3766;RBI=0.0162795;REFB=0;REVB=0.0157942;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30954e-05;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr20 61273578 . C T 176.4 PASS AF=0.708333;AO=16;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0555756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2314;QD=29.3996;RBI=0.0636818;REFB=-0.0654913;REVB=0.0310923;RO=7;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117373;STB=0.554392;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0284201;OID=.;OPOS=61273578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:24:24:7:7:16:17:0.708333:8:8:2:5:9:8:2:5 chr20 61326380 . C T 729.48 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.136;QD=57.2143;RBI=0.0200793;REFB=0;REVB=0.0187834;RO=0;SAF=44;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84987e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19339e-05;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:6:44:0:0:6:45:0:0 chr20 61448933 . C A 238.31 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00744893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.576;QD=16.1568;RBI=0.0193314;REFB=-0.00893692;REVB=0.0178386;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215618;STB=0.637399;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00634706;OID=.;OPOS=61448933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:32:27:27:0.457627:10:17:12:18:10:17:12:20 chr20 61448969 . C T 229.31 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.000478106;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.894;QD=21.331;RBI=0.0028615;REFB=-0.0135128;REVB=-0.00282128;RO=21;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150575;STB=0.508467;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0105322;OID=.;OPOS=61448969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:22:22:0.511628:15:7:7:14:15:7:7:14 chr20 61467800 . A G 251.85 PASS AF=0.52;AO=19;DP=53;FAO=26;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0137343;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7585;QD=20.1476;RBI=0.0194259;REFB=-0.00283946;REVB=0.013738;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717531;STB=0.559954;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00487897;OID=.;OPOS=61467800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:15:24:19:26:0.52:8:11:10:5:13:13:15:9 chr20 61468571 . T C 2724.35 PASS AF=1;AO=159;DP=164;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.987;QD=61.9171;RBI=0.0160584;REFB=0;REVB=0.00855541;RO=0;SAF=96;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4232e-06;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:164:176:0:0:159:176:1:63:96:0:0:68:108:0:0 chr20 61512606 . T C 464.97 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.171;QD=58.121;RBI=0.0349452;REFB=0;REVB=0.0295851;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00561e-05;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr20 61528074 . T C 1245.91 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.265;QD=61.5265;RBI=0.0797737;REFB=0;REVB=0.0692628;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214766;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:37:43:0:0:38:43:0:0 chr20 61536938 . G A 542.89 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318207;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4034;QD=60.3216;RBI=0.0641895;REFB=0;REVB=0.0557471;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682824;OID=.;OPOS=61536938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:20:14:0:0:22:14:0:0 chr20 61542195 . G A 246.97 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00250488;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.795;QD=15.6804;RBI=0.00296132;REFB=-0.015267;REVB=0.00157956;RO=35;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171461;STB=0.597268;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0170593;OID=.;OPOS=61542195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:35:28:28:0.444444:19:9:17:18:19:9:17:18 chr20 61576806 . TTC T 47.54 PASS AF=0.347826;AO=5;DP=25;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00897055;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=32.1427;QD=8.26811;RBI=0.0533046;REFB=-0.0441409;REVB=0.0525444;RO=17;SAF=1;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0.338794;SSEP=0;SSSB=-0.393051;STB=0.864227;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0853203;OID=.;OPOS=61576807;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:5:25:8:23:15:1:7:10:5:47:17:1:4:9:8 chr20 61576834 . TG T,TT 73.72 PASS AF=0.434783,0.173913;AO=6,5;DP=22;FAO=10,4;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=1,0;FSAR=9,4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00832823,0.0953171;FXX=0.0416493;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.3815,18.197;QD=12.8215;RBI=0.0737924,0.121181;REFB=-0.0163319,-0.0151414;REVB=-0.073321,0.0748301;RO=6;SAF=0,0;SAR=6,5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.802799,-0.791225;STB=0.805219,0.996927;STBP=0.028,0.033;TYPE=del,snp;VARB=0.0245101,-0.184604;OID=.,.;OPOS=61576835,61576835;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783,0.173913:6,5:22:10,4:23:9:1,0:9,4:5:4:41:6:0,0:6,5:5:1 chr20 61594679 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.917;QD=56.9381;RBI=0.0431294;REFB=0;REVB=0.0414264;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69436e-05;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr20 61595636 . C T 324.45 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0142798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4599;QD=19.6639;RBI=0.0145279;REFB=-0.017338;REVB=-0.00267307;RO=31;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102847;STB=0.55642;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0168366;OID=.;OPOS=61595636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:32:33:34:0.515152:21:12:8:23:22:12:8:24 chr20 61597946 . CTTA CTA,CTAC 863.96 PASS AF=0.984848,0.0151515;AO=59,3;DP=65;FAO=65,1;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319132,-0.0231529;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=25.087,13.0148;QD=52.3612;RBI=0.0375448,0.0549803;REFB=0,0;REVB=-0.0197778,-0.0498676;RO=0;SAF=19,2;SAR=40,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.7823e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-3.33533e-05,-0.00843796;OID=.,.;OPOS=61597947,61597948;OREF=T,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.984848,0.0151515:59,3:65:65,1:66:0:25,0:40,1:0:0:3:0:19,2:40,1:0:0 chr20 61637686 . G A 310.6 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0639719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.589;QD=23.4411;RBI=0.0652364;REFB=-0.0467788;REVB=0.0127817;RO=22;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615722;STB=0.53397;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0309248;OID=.;OPOS=61637686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:18:13:11:11:18:13:11:11 chr20 61834695 . G A 269.8 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00740609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1759;QD=18.933;RBI=0.00744603;REFB=-0.0358937;REVB=0.000770169;RO=28;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170978;STB=0.595522;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0242678;OID=.;OPOS=61834695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:11:18:12:16:11:18:12:16 chr20 61869826 . C T 304.73 PASS AF=0.364583;AO=34;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.00361495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3114;QD=12.6969;RBI=0.0237926;REFB=-0.0101007;REVB=0.0235163;RO=62;SAF=18;SAR=16;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140913;STB=0.594048;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0156869;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:61:34:35:0.364583:16:18:25:37:16:19:24:37 chr20 61870727 . G C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00227434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.422;QD=20.8379;RBI=0.0391266;REFB=-0.050234;REVB=0.0390605;RO=5;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143326;STB=0.583134;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0230872;OID=.;OPOS=61870727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:2:7:3:2:2:7:3:2 chr20 61873080 . T A 99.73 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00858263;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.772;QD=13.297;RBI=0.0122811;REFB=-0.0325636;REVB=-0.00878425;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170436;STB=0.578825;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0724433;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:18:18:11:12:0.4:7:4:4:14:8:4:4:14 chr20 61878950 . A C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3275;QD=10.0336;RBI=0.103944;REFB=-0.0194038;REVB=0.103944;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0406005;OID=.;OPOS=61878950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:5:0:0:7:5:0:0:7 chr20 61880169 . T G 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00195306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.102;QD=19.9285;RBI=0.00660037;REFB=0.00218242;REVB=0.0063048;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250566;STB=0.640819;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00123976;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:1:8:7:5:1:8 chr20 61881296 . A G 940.92 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311399;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.071;QD=58.8074;RBI=0.0325384;REFB=0;REVB=0.00943663;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337354;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr20 61918164 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.597;QD=40.763;RBI=0.0305433;REFB=0;REVB=0.0290885;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446374;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr20 61941747 . A G 384.01 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.335;QD=54.8591;RBI=0.0216921;REFB=0;REVB=-0.0109228;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54426e-05;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:15:11:0:0:16:12:0:0 chr20 61951489 . G C 143.83 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.4028;QD=44.2539;RBI=0.0827609;REFB=0;REVB=-0.000545311;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00461118;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:1:0:12:13:1:7:5:0:1:8:5:0:0 chr20 61981536 . A G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.514;QD=49.594;RBI=0.0305237;REFB=0;REVB=0.0280966;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298303;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr20 61981554 . C A 289.14 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9666;QD=52.5716;RBI=0.060183;REFB=0;REVB=0.0594908;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690421;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:18:22:1:2:16:0:0:5:17:0:0 chr20 61982085 . A G 837.15 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.336;QD=55.81;RBI=0.0381879;REFB=-0.117623;REVB=-0.0266959;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.509088;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00112417;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:32:27:0:0:32:27:1:0 chr20 61982124 . A G 1069.85 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617868;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.564;QD=60.2734;RBI=0.0145161;REFB=0;REVB=0.0131355;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106359;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:31:39:0:0:32:39:0:0 chr20 62038276 . GTT GGT,GT,GTC 2074.66 PASS AF=0.978417,0,0.0215827;AO=94,28,10;DP=140;FAO=136,0,3;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=56,0,2;FSAR=80,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280797,-0.0978593,-0.00755441;FXX=0.0211253;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=34.2632,18.8061,6.78672;QD=59.7024;RBI=0.191879,0.125802,0.0424637;REFB=0,0,0;REVB=0.189813,-0.0790551,-0.0417863;RO=0;SAF=52,0,2;SAR=42,28,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.00348061,0.0109877,0.0030391;OID=.,.,.;OPOS=62038277,62038277,62038278;OREF=T,T,T;OALT=G,-,C;OMAPALT=GGT,GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.978417,0,0.0215827:94,28,10:140:136,0,3:139:0:56,0,2:80,0,1:0:0:3:0:52,0,2:42,28,8:0:0 chr20 62070966 . G A 1208.7 PASS AF=1;AO=66;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.507;QD=61.2001;RBI=0.0787902;REFB=0;REVB=0.0787684;RO=0;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250349;OID=.;OPOS=62070966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:66:79:1:22:44:0:0:33:46:0:0 chr20 62126185 . A G 854.65 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919786;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0396;QD=57.9421;RBI=0.0584776;REFB=0;REVB=-0.0577497;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140108;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:20:39:0:0:20:39:0:0 chr20 62126299 . C T 1594.32 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00490312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6919;QD=57.9752;RBI=0.0210867;REFB=-0.099066;REVB=-0.0205087;RO=1;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771838;STB=0.501198;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.000257988;OID=.;OPOS=62126299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:1:2:108:108:0.981818:61:47:0:1:61:47:1:1 chr20 62152917 . CGGGG CGGG,CGGGA 43.16 PASS AF=0.321429,0.0714286;AO=7,2;DP=26;FAO=9,2;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8,1;FSAR=1,1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0183474,0.119144;FXX=0.0344709;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.9505,21.0728;QD=6.16566;RBI=0.148361,0.227472;REFB=-0.0505872,-0.0211062;REVB=0.147222,0.193774;RO=13;SAF=7,1;SAR=0,1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749989,-0.0390695;STB=0.832479,0.526055;STBP=0.029,0.874;TYPE=del,snp;VARB=0.0514029,0.059917;OID=.,.;OPOS=62152918,62152921;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CGGG,CGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429,0.0714286:7,2:26:9,2:28:17:8,1:1,1:8:9:34:13:7,1:0,1:7:6 chr20 62172219 . G A 1328.82 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.887;QD=61.8054;RBI=0.105236;REFB=0;REVB=0.104238;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153015;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:86:0:0:81:86:1:44:37:0:0:47:39:0:0 chr20 62173562 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.003;QD=58.4195;RBI=0.0138553;REFB=0;REVB=0.010859;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1184e-05;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr20 62174724 . G A 483.85 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5188;QD=58.649;RBI=0.182645;REFB=0;REVB=0.18084;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314148;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:9:23:0:0:10:23:0:0 chr20 62187187 . T C 410.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.503;QD=56.6843;RBI=0.0317974;REFB=0;REVB=0.0259276;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233286;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr20 62187344 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00811627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8714;QD=8.69782;RBI=0.0254625;REFB=-0.0029915;REVB=-0.0241343;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319625;STB=0.70519;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00270424;OID=.;OPOS=62187344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:5:9:6:1:5:9 chr20 62187439 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0725;QD=42.1819;RBI=0.0560369;REFB=0;REVB=0.0231034;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000966044;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr20 62191321 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.129;QD=48.7341;RBI=0.0284628;REFB=0;REVB=-0.0220421;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22046e-05;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr20 62191558 . G A 45.6 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00388064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4617;QD=8.68613;RBI=0.0783371;REFB=0.0019082;REVB=0.078241;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166189;OID=.;OPOS=62191558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:12:2:1:6:12:2 chr20 62193019 . C T 63.18 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0115535;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.631;QD=12.035;RBI=0.0511161;REFB=-0.00159692;REVB=0.0497933;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346033;STB=0.578773;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00394074;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:22:21:11:12:6:9:0.428571:2:4:7:4:5:4:7:5 chr20 62193445 . G A 128.49 PASS AF=0.56;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00513959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.715;QD=20.5578;RBI=0.0260037;REFB=-0.0127317;REVB=0.0254908;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564475;STB=0.519971;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00776562;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:11:11:13:14:0.56:7:6:5:6:7:7:5:6 chr20 62194030 . G C 1373.26 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.333;QD=62.4207;RBI=0.0153083;REFB=0;REVB=0.0143097;RO=0;SAF=25;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81565e-05;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:84:88:1:59:25:0:0:62:26:0:0 chr20 62194103 . A G 525.65 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.248;QD=58.4052;RBI=0.0133581;REFB=0;REVB=0.0110524;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101279;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:33:36:1:22:11:0:0:25:11:0:0 chr20 62194128 . G A 177.91 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00184259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.27;QD=22.2389;RBI=0.00522045;REFB=-0.00506017;REVB=0.00488446;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157894;STB=0.586112;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00857131;OID=.;OPOS=62194128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:14:18:18:0.5625:8:10:4:8:8:10:5:9 chr20 62195220 . C T 55.08 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0568684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.9145;QD=10.4911;RBI=0.0694783;REFB=-0.0276865;REVB=0.0399152;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392276;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0240034;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:7:6:4:4:7:6 chr20 62195672 . C T 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0436005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.836;QD=19.8501;RBI=0.0619147;REFB=-0.00154705;REVB=0.0439594;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175965;STB=0.599867;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00296629;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:9:6:8:5:9:6:8:5 chr20 62196807 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.836;QD=59.8372;RBI=0.0464182;REFB=0;REVB=0.0403156;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83915e-05;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr20 62196884 . A G 1415.17 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5801;QD=62.8964;RBI=0.0179359;REFB=0;REVB=-0.0158213;RO=0;SAF=56;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18886e-05;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:34:56:0:0:34:56:0:0 chr20 62198236 . G A 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.977;QD=49.5946;RBI=0.0723051;REFB=0;REVB=0.0481868;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506719;OID=.;OPOS=62198236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr20 62198348 . C T 857.04 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.89;QD=57.1358;RBI=0.0594308;REFB=0;REVB=0.0187285;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288831;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:31:29:0:0 chr20 62198662 . A G 342.27 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171873;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.977;QD=54.7638;RBI=0.0220218;REFB=0;REVB=-0.0137679;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215181;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:10:15:0:0 chr20 62200575 . T C 500.82 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0613466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3345;QD=58.9198;RBI=0.126237;REFB=0;REVB=0.110329;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743728;OID=.;OPOS=62200575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr20 62200860 . A G 723.26 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.642;QD=55.6356;RBI=0.0414941;REFB=0;REVB=0.0313917;RO=0;SAF=39;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118583;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:11:39:0:0:13:39:0:0 chr20 62221610 . T C 787.56 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021723;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.809;QD=57.2768;RBI=0.0235926;REFB=0;REVB=-0.00920467;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.86341e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr20 62227081 . A G 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.41529e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2912;QD=54.512;RBI=0.000850932;REFB=0;REVB=0.00084851;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28341e-05;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr20 62324289 . C T 1190.36 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8436;QD=61.044;RBI=0.027273;REFB=0;REVB=0.0167511;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31205e-05;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr20 62328267 . C T 682.95 PASS AF=0.868852;AO=52;DP=61;FAO=53;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.10375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7039;QD=44.7835;RBI=0.104017;REFB=-0.17164;REVB=0.0074489;RO=8;SAF=20;SAR=32;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125244;STB=0.563852;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.013754;OID=.;OPOS=62328267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:61:61:8:8:52:53:0.868852:32:20:7:1:32:21:7:1 chr20 62328375 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.132;QD=57.2024;RBI=0.00994421;REFB=0;REVB=0.0098897;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45166e-05;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr20 62328453 . T C 585.67 PASS AF=0.854545;AO=46;DP=54;FAO=47;FDP=55;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.00183101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.883;QD=42.5943;RBI=0.0165117;REFB=-0.0542764;REVB=0.0164098;RO=8;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113541;STB=0.560581;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0105616;OID=.;OPOS=62328453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:54:55:8:8:46:47:0.854545:29:17:0:8:29:18:0:8 chr20 62328742 . C T 401.46 PASS AF=0.966667;AO=25;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.242;QD=53.5273;RBI=0.0559581;REFB=-0.148845;REVB=0.0520416;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00241309;OID=.;OPOS=62328742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:25:29:0.966667:14:11:1:0:17:12:1:0 chr20 62328829 . C G 633.35 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0422256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.535;QD=48.719;RBI=0.0425396;REFB=-0.111318;REVB=0.00515971;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.51324;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00307075;OID=.;OPOS=62328829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:52:1:4:48:48:0.923077:28:20:0:1:28:20:1:3 chr20 62331989 . T G 871.17 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0714722;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8834;QD=58.078;RBI=0.0717161;REFB=0;REVB=-0.00590845;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000775126;OID=.;OPOS=62331989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr20 62332641 . T C 1514.98 PASS AF=0.979798;AO=96;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0259153;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.125;QD=61.2113;RBI=0.0277205;REFB=-0.0693437;REVB=0.00984003;RO=2;SAF=45;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206077;STB=0.510636;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00187679;OID=.;OPOS=62332641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:99:2:2:96:97:0.979798:51:45:2:0:51:46:2:0 chr20 62340115 . C G 588.37 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175575;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.023;QD=60.3454;RBI=0.039181;REFB=0;REVB=0.0350269;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788681;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:22:15:0:0:23:16:0:0 chr20 62372813 . G A 578.46 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00651055;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.346;QD=55.0912;RBI=0.00732844;REFB=-0.0193193;REVB=0.00336432;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.000302244;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:42:0:2:39:40:0.952381:26:13:0:0:27:13:1:1 chr20 62373545 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0133189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.52;QD=12.0148;RBI=0.0264982;REFB=-0.0202021;REVB=-0.0229076;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210115;STB=0.624638;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.02858;OID=.;OPOS=62373545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:1:6:4:2:1:6 chr20 62421622 . A G 2082.69 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953494;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.444;QD=62.6372;RBI=0.0121026;REFB=0;REVB=-0.00745366;RO=0;SAF=77;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10297e-05;OID=.;OPOS=62421622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:55:77:0:0:56:77:0:0 chr20 62422080 . T C 255.04 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.133;QD=51.0084;RBI=0.0761813;REFB=0;REVB=0.0755051;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798316;OID=.;OPOS=62422080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr20 62522466 . A G 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.407;QD=57.1974;RBI=0.0138567;REFB=0;REVB=0.0138141;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010757;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr20 62540460 . A G 535.16 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5951;QD=59.4617;RBI=0.0460655;REFB=0;REVB=0.0279138;RO=0;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839513;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:30:6:0:0:30:6:0:0 chr20 62576991 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0167138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.602;QD=21.613;RBI=0.0253605;REFB=-0.0207389;REVB=0.0190737;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168371;STB=0.594515;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0139425;OID=.;OPOS=62576991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:13:10:15:9:13:10 chr20 62703490 . C T 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0134226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.723;QD=10.7542;RBI=0.016332;REFB=-0.00873634;REVB=0.00930432;RO=26;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412508;STB=0.744008;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0126501;OID=.;OPOS=62703490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:4:9:8:18:4:9:8:18 chr20 62714783 . C G 762.33 PASS AF=0.470588;AO=80;DP=170;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=19;FSAR=61;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.00541715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.234;QD=17.9372;RBI=0.0149008;REFB=-0.0406047;REVB=0.0138812;RO=90;SAF=19;SAR=61;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335355;STB=0.686797;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0313505;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:90:90:80:80:0.470588:61:19:50:40:61:19:50:40 chr20 62737318 . G A 150.25 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0192089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.462;QD=19.3868;RBI=0.0347755;REFB=-0.0306792;REVB=-0.0289889;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251235;STB=0.514268;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0270254;OID=.;OPOS=62737318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:8:7:7:9:8:7 chr20 62859361 . G A 515.67 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.013422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.679;QD=20.026;RBI=0.0140347;REFB=-0.00289541;REVB=0.00410159;RO=50;SAF=17;SAR=36;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150651;STB=0.583367;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00237986;OID=.;OPOS=62859361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:36:17:24:26:36:17:24:26 chr21 9907271 . A G 699.81 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=148;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0657024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6766;QD=18.538;RBI=0.140915;REFB=-0.0203798;REVB=-0.12466;RO=75;SAF=38;SAR=35;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616847;STB=0.537044;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0192234;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:75:78:73:73:0.483444:35:38:34:41:35:38:35:43 chr21 9907276 . T G 52.11 PASS AF=0.113208;AO=18;DP=160;FAO=18;FDP=159;FR=.;FRO=141;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=71;FSRR=70;FWDB=0.00555388;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.759;QD=1.31092;RBI=0.0118594;REFB=-0.0125852;REVB=-0.0104785;RO=140;SAF=7;SAR=11;SRF=70;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136885;STB=0.601992;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.151942;OID=.;OPOS=9907276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:160:159:140:141:18:18:0.113208:11:7:70:70:11:7:71:70 chr21 9907279 . G T 57.13 PASS AF=0.0969697;AO=16;DP=165;FAO=16;FDP=165;FR=.;FRO=149;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=75;FSRR=74;FWDB=-0.00536642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.116;QD=1.38507;RBI=0.00592358;REFB=-0.00140927;REVB=-0.00250805;RO=147;SAF=5;SAR=11;SRF=73;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221799;STB=0.67411;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00464418;OID=.;OPOS=9907279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:165:165:147:149:16:16:0.0969697:11:5:73:74:11:5:75:74 chr21 9907324 . G C 349.48 PASS AF=0.259067;AO=50;DP=193;FAO=50;FDP=193;FR=.;FRO=143;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=72;FSRR=71;FWDB=-0.0344561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.579;QD=7.24311;RBI=0.0400658;REFB=-0.00966059;REVB=-0.0204463;RO=140;SAF=27;SAR=23;SRF=70;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496469;STB=0.527092;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0323347;OID=.;OPOS=9907324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:140:143:50:50:0.259067:23:27:70:70:23:27:72:71 chr21 9907328 . G C 33.24 PASS AF=0.0680628;AO=13;DP=191;FAO=13;FDP=191;FR=.;FRO=178;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=90;FSRR=88;FWDB=0.0182834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2265;QD=0.696091;RBI=0.031071;REFB=0.000603781;REVB=0.0251223;RO=174;SAF=7;SAR=6;SRF=88;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354907;STB=0.530598;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0120568;OID=.;OPOS=9907328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:191:191:174:178:13:13:0.0680628:6:7:88:86:6:7:90:88 chr21 9907340 . A G 1293.27 PASS AF=0.642045;AO=113;DP=176;FAO=113;FDP=176;FR=.;FRO=63;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0077386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.462;QD=29.3925;RBI=0.0102896;REFB=-0.0212278;REVB=0.00678157;RO=60;SAF=52;SAR=61;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686252;STB=0.534166;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00730283;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:60:63:113:113:0.642045:61:52:34:26:61:52:35:28 chr21 9907345 . C T 81.25 PASS AF=0.117647;AO=20;DP=169;FAO=20;FDP=170;FR=.;FRO=150;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=69;FSRR=81;FWDB=0.00555277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.739;QD=1.9118;RBI=0.0176063;REFB=-0.00557539;REVB=-0.0167077;RO=148;SAF=15;SAR=5;SRF=68;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358328;STB=0.754133;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.025702;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:169:170:148:150:20:20:0.117647:5:15:68:80:5:15:69:81 chr21 9907375 . T C 476.25 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00249053;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0516;QD=15.1191;RBI=0.0403194;REFB=0.00460196;REVB=-0.0402424;RO=73;SAF=26;SAR=27;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397813;STB=0.52233;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00615904;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:73:73:53:53:0.420635:27:26:33:40:27:26:33:40 chr21 9907384 . G A 466.42 PASS AF=0.436975;AO=48;DP=120;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.0128496;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.759;QD=15.678;RBI=0.0251854;REFB=-0.0367975;REVB=0.0216608;RO=67;SAF=21;SAR=27;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365028;STB=0.522547;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0158458;OID=.;OPOS=9907384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:67:67:48:52:0.436975:27:21:27:40:29:23:27:40 chr21 9907397 . C T 400.15 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0467386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.869;QD=15.8477;RBI=0.0481909;REFB=-0.0100019;REVB=-0.0117416;RO=56;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770231;STB=0.536806;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0194834;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:57:44:44:0.435644:25:19:20:36:25:19:21:36 chr21 9907416 . C T 35.09 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=55;FWDB=-0.0261398;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.246;QD=1.8471;RBI=0.0315328;REFB=-0.0141152;REVB=-0.0176359;RO=68;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403374;STB=0.775836;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0796599;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:77:76:68:68:8:8:0.105263:4:4:13:55:4:4:13:55 chr21 9907419 . A G 82.33 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=-0.0335256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.441;QD=4.57406;RBI=0.041077;REFB=-0.0152353;REVB=-0.0237352;RO=53;SAF=1;SAR=13;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402776;STB=0.800159;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0573506;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:71:72:53:58:14:14:0.194444:13:1:13:40:13:1:16:42 chr21 9907422 . G A 82.6 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=-0.0350966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7476;QD=4.65367;RBI=0.0634437;REFB=-0.00493443;REVB=0.052852;RO=57;SAF=1;SAR=13;SRF=15;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421516;STB=0.790326;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0214429;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:71:71:57:57:14:14:0.197183:13:1:15:42:13:1:15:42 chr21 9908330 . AC GC,GG 1699.29 PASS AF=0.37069,0.62931;AO=43,73;DP=117;FAO=43,73;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=21,39;FSAR=22,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.75812e-05,-0.00402983;FXX=0.00854628;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=122.724,101.37;QD=58.5961;RBI=0.0239691,0.0386028;REFB=0,0;REVB=-0.023969,-0.0383919;RO=0;SAF=21,39;SAR=22,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0370428,0.010384;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:117:116:0:0:43,73:43,73:0.37069,0.62931:22,34:21,39:0:0:22,34:21,39:0:0 chr21 9908366 . C T 167.09 PASS AF=0.165803;AO=32;DP=193;FAO=32;FDP=193;FR=.;FRO=161;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=84;FSRR=77;FWDB=-0.0307967;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6139;QD=3.46302;RBI=0.0356345;REFB=0.00468192;REVB=-0.0179271;RO=161;SAF=16;SAR=16;SRF=85;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358962;STB=0.518123;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0255443;OID=.;OPOS=9908366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:161:161:32:32:0.165803:16:16:85:76:16:16:84:77 chr21 9909078 . G A 1217.82 PASS AF=0.566327;AO=111;DP=196;FAO=111;FDP=196;FR=.;FRO=85;FSAF=68;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.00327394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.667;QD=24.8534;RBI=0.0621551;REFB=-0.0392034;REVB=0.0620688;RO=83;SAF=68;SAR=43;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672303;STB=0.537363;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0288242;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:83:85:111:111:0.566327:43:68:44:39:43:68:45:40 chr21 9909080 . G A 128.61 PASS AF=0.137931;AO=28;DP=204;FAO=28;FDP=203;FR=.;FRO=175;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=100;FSRR=75;FWDB=-0.0160533;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.298;QD=2.53421;RBI=0.0216088;REFB=-0.0106492;REVB=0.014465;RO=175;SAF=14;SAR=14;SRF=100;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909979;STB=0.561533;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0530159;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:175:175:28:28:0.137931:14:14:100:75:14:14:100:75 chr21 9909089 . T C 39.41 PASS AF=0.0692641;AO=16;DP=227;FAO=16;FDP=231;FR=.;FRO=215;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=118;FSRR=97;FWDB=-0.0175506;FXX=0.00431016;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.651;QD=0.682468;RBI=0.0418289;REFB=-0.00477604;REVB=-0.0379688;RO=211;SAF=3;SAR=13;SRF=118;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398457;STB=0.826195;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0694643;OID=.;OPOS=9909089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:227:231:211:215:16:16:0.0692641:13:3:118:93:13:3:118:97 chr21 9909099 . C T 195.5 PASS AF=0.159836;AO=38;DP=243;FAO=39;FDP=244;FR=.;FRO=205;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=106;FSRR=99;FWDB=0.00572966;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.9;QD=3.20485;RBI=0.0429371;REFB=-0.0130012;REVB=-0.0425531;RO=198;SAF=18;SAR=20;SRF=106;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792475;STB=0.546576;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.089496;OID=.;OPOS=9909099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:244:198:205:38:39:0.159836:20:18:106:92:21:18:106:99 chr21 9909103 . G A 98.82 PASS AF=0.107143;AO=27;DP=253;FAO=27;FDP=252;FR=.;FRO=225;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=111;FSRR=114;FWDB=-0.00142686;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.594;QD=1.56853;RBI=0.00436329;REFB=-0.00473449;REVB=0.0041234;RO=215;SAF=12;SAR=15;SRF=101;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314977;STB=0.543734;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0255868;OID=.;OPOS=9909103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:253:252:215:225:27:27:0.107143:15:12:101:114:15:12:111:114 chr21 9909176 . C A 2068.66 PASS AF=0.607143;AO=187;DP=308;FAO=187;FDP=308;FR=.;FRO=121;FSAF=93;FSAR=94;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=0.0454729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4352;QD=26.8657;RBI=0.0476878;REFB=-0.013626;REVB=0.0143644;RO=118;SAF=93;SAR=94;SRF=56;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016324;STB=0.507066;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0117275;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:118:121:187:187:0.607143:94:93:56:62:94:93:58:63 chr21 9909179 . C A 49.24 PASS AF=0.0690789;AO=21;DP=304;FAO=21;FDP=304;FR=.;FRO=283;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=137;FSRR=146;FWDB=0.00143227;FXX=0.00653573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.824;QD=0.647872;RBI=0.0103251;REFB=-0.00134632;REVB=-0.0102252;RO=281;SAF=10;SAR=11;SRF=137;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124946;STB=0.507367;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.023417;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:304:304:281:283:21:21:0.0690789:11:10:137:144:11:10:137:146 chr21 9909208 . C T 30.29 PASS AF=0.0590551;AO=16;DP=253;FAO=15;FDP=254;FR=.;FRO=239;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=107;FSRR=132;FWDB=0.0176421;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.695;QD=0.476997;RBI=0.0354921;REFB=-0.00267259;REVB=-0.0307969;RO=237;SAF=9;SAR=7;SRF=105;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126102;STB=0.579968;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0710485;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:253:254:237:239:16:15:0.0590551:7:9:105:132:7:8:107:132 chr21 9909218 . GT AC,GC 77.15 PASS AF=0.0751174,0.0375587;AO=16,8;DP=213;FAO=16,8;FDP=213;FR=.;FRO=189;FSAF=9,2;FSAR=7,6;FSRF=84;FSRR=105;FWDB=-0.0348767,-0.116024;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=182.386,98.8729;QD=1.44881;RBI=0.0348816,0.116128;REFB=-0.00192203,-0.00364357;REVB=-0.000587359,-0.0049002;RO=184;SAF=9,2;SAR=7,6;SRF=79;SRR=105;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.150727,-0.16479;STB=0.607463,0.698665;STBP=0.387,0.281;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0297233,0.0316722;OID=.,.;OPOS=9909218,9909219;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:213:213:184:189:16,8:16,8:0.0751174,0.0375587:7,6:9,2:79:105:7,6:9,2:84:105 chr21 10181174 . G A 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00534142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.658;QD=4.4185;RBI=0.02032;REFB=-0.00129918;REVB=-0.0196054;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17398;STB=0.619475;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00505834;OID=.;OPOS=10181174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:2:5:18:13:2:5:18:13 chr21 10181184 . T C 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00642023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.276;QD=7.89737;RBI=0.00879903;REFB=-0.0193163;REVB=-0.00601694;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196918;STB=0.52825;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0327653;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:29:30:11:11:0.268293:4:7:18:11:4:7:18:12 chr21 10862599 . C T 1629.21 PASS AF=0.735955;AO=131;DP=178;FAO=131;FDP=178;FR=.;FRO=47;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00260068;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.719;QD=36.6115;RBI=0.00438584;REFB=-0.0168154;REVB=-0.00353157;RO=46;SAF=68;SAR=63;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198865;STB=0.51347;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00566636;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:46:47:131:131:0.735955:63:68:22:24:63:68:22:25 chr21 10862618 . T C 1920.11 PASS AF=0.745;AO=147;DP=200;FAO=149;FDP=200;FR=.;FRO=51;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00136923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.325;QD=38.4021;RBI=0.0176558;REFB=-0.0253891;REVB=0.0176026;RO=49;SAF=78;SAR=69;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047882;STB=0.523487;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0103264;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:49:51:147:149:0.745:69:78:21:28:71:78:22:29 chr21 10862846 . A T 1532.23 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499484;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.478;QD=59.5041;RBI=0.0522723;REFB=0;REVB=-0.0154128;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52067e-05;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:95:103:0:0:94:103:1:49:45:0:0:49:54:0:0 chr21 10862853 . G A 237.19 PASS AF=0.294643;AO=33;DP=112;FAO=33;FDP=112;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0135707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9938;QD=8.471;RBI=0.0434167;REFB=0.0124189;REVB=-0.0412413;RO=79;SAF=17;SAR=16;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502073;STB=0.529554;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0232964;OID=.;OPOS=10862853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:79:79:33:33:0.294643:16:17:44:35:16:17:44:35 chr21 10862874 . A G 1087.41 PASS AF=0.708661;AO=89;DP=129;FAO=90;FDP=127;FR=.;FRO=37;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.034458;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9685;QD=34.2493;RBI=0.0527443;REFB=-0.0349721;REVB=-0.0399325;RO=36;SAF=54;SAR=35;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439422;STB=0.525968;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0108018;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:36:37:89:90:0.708661:35:54:19:17:36:54:19:18 chr21 10862947 . G A 1308.41 PASS AF=0.723684;AO=108;DP=150;FAO=110;FDP=152;FR=.;FRO=42;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0114947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.921;QD=34.4319;RBI=0.0133759;REFB=-0.0123428;REVB=-0.00684013;RO=41;SAF=59;SAR=49;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553242;STB=0.525806;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00391099;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:41:42:108:110:0.723684:49:59:18:23:50:60:19:23 chr21 10909652 . G A 254.95 PASS AF=0.323529;AO=33;DP=102;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=0.0182887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.753;QD=9.99797;RBI=0.0302413;REFB=-0.022963;REVB=-0.0240845;RO=69;SAF=10;SAR=23;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214887;STB=0.512527;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0385699;OID=.;OPOS=10909652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:69:69:33:33:0.323529:23:10:22:47:23:10:22:47 chr21 10910311 . T G 413.71 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00873334;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.705;QD=20.6854;RBI=0.0377104;REFB=0.00792273;REVB=0.0366852;RO=39;SAF=28;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160883;STB=0.589428;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00581;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:39:39:41:41:0.5125:13:28:20:19:13:28:20:19 chr21 10910347 . A G 1302.09 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.816;QD=62.0044;RBI=0.0204423;REFB=0;REVB=-0.00122473;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61973e-05;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:35:49:0:0:35:49:0:0 chr21 10920098 . T C 811.47 PASS AF=0.966667;AO=59;DP=61;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0181824;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.663;QD=54.098;RBI=0.0281722;REFB=0.0512994;REVB=0.0215191;RO=2;SAF=35;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596367;STB=0.503596;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00014783;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:60:2:2:59:58:0.966667:24:35:1:1:23:35:1:1 chr21 10935004 . A T 125.85 PASS AF=0.157233;AO=25;DP=159;FAO=25;FDP=159;FR=.;FRO=134;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=-0.00113582;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=262.295;QD=3.1661;RBI=0.011183;REFB=0.000256933;REVB=0.0111251;RO=133;SAF=13;SAR=12;SRF=62;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068601;STB=0.541905;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00160762;OID=.;OPOS=10935004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:133:134:25:25:0.157233:12:13:62:71:12:13:63:71 chr21 10942756 . G A 125.15 PASS AF=0.114583;AO=33;DP=288;FAO=33;FDP=288;FR=.;FRO=255;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=116;FSRR=139;FWDB=-0.00914404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2919;QD=1.73814;RBI=0.0629305;REFB=-0.00398427;REVB=-0.0622627;RO=254;SAF=20;SAR=13;SRF=115;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189587;STB=0.632201;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0245391;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:254:255:33:33:0.114583:13:20:115:139:13:20:116:139 chr21 10942924 . CCTT C 34.19 PASS AF=0.122581;AO=16;DP=155;FAO=19;FDP=155;FR=.;FRO=136;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=85;FWDB=-0.00901352;FXX=0.012738;HRUN=2;LEN=3;MLLD=186.325;QD=0.882338;RBI=0.00930726;REFB=-0.00112403;REVB=0.00231981;RO=130;SAF=7;SAR=9;SRF=49;SRR=81;SSEN=0.256819;SSEP=0;SSSB=0.0764313;STB=0.541947;STBP=0.712;TYPE=del;VARB=0.00846943;OID=.;OPOS=10942925;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.122581:16:155:19:155:136:8:11:51:85:34:130:7:9:49:81 chr21 10943003 . C T 38.24 PASS AF=0.0873016;AO=11;DP=126;FAO=11;FDP=126;FR=.;FRO=115;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=76;FWDB=-0.0614542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0857;QD=1.21411;RBI=0.0677212;REFB=-0.00663917;REVB=-0.0284524;RO=115;SAF=3;SAR=8;SRF=39;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880179;STB=0.571293;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0511978;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:126:126:115:115:11:11:0.0873016:8:3:39:76:8:3:39:76 chr21 10951387 . T G 137.77 PASS AF=0.118243;AO=35;DP=300;FAO=35;FDP=296;FR=.;FRO=261;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=131;FSRR=130;FWDB=-0.00620866;FXX=0.0133329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.105;QD=1.86169;RBI=0.0111364;REFB=-0.0084615;REVB=-0.00924507;RO=257;SAF=3;SAR=32;SRF=128;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552674;STB=0.897954;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.042674;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:296:257:261:35:35:0.118243:32:3:128:129:32:3:131:130 chr21 10951426 . G T 135.42 PASS AF=0.126394;AO=34;DP=267;FAO=34;FDP=269;FR=.;FRO=235;FSAF=2;FSAR=32;FSRF=106;FSRR=129;FWDB=-0.00922934;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6376;QD=2.01367;RBI=0.026457;REFB=-0.00495778;REVB=-0.024795;RO=228;SAF=3;SAR=31;SRF=101;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51938;STB=0.914486;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0651787;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:269:228:235:34:34:0.126394:31:3:101:127:32:2:106:129 chr21 11029596 . AC A 78.77 PASS AF=0.218978;AO=41;DP=136;FAO=30;FDP=137;FR=.;FRO=107;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=-0.155196;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.8513;QD=2.29994;RBI=0.168299;REFB=-0.0627322;REVB=-0.0651055;RO=90;SAF=24;SAR=17;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0.227959;SSSB=0.114441;STB=0.53694;STBP=0.683;TYPE=del;VARB=0.0782998;OID=.;OPOS=11029597;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.218978:41:136:30:137:107:14:16:55:52:78:90:24:17:44:46 chr21 11029616 . G T 201.01 PASS AF=0.2125;AO=33;DP=154;FAO=34;FDP=160;FR=.;FRO=126;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=-0.0543454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3006;QD=5.02536;RBI=0.0543455;REFB=-0.00363083;REVB=-0.000115728;RO=121;SAF=19;SAR=14;SRF=55;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153311;STB=0.571073;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0131794;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:160:121:126:33:34:0.2125:14:19:55:66:15:19:59:67 chr21 11029624 . C T 185.51 PASS AF=0.201258;AO=32;DP=158;FAO=32;FDP=159;FR=.;FRO=127;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=68;FWDB=0.00649318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.533;QD=4.66695;RBI=0.0817126;REFB=-0.00904125;REVB=-0.0814542;RO=124;SAF=17;SAR=15;SRF=59;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705941;STB=0.553083;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.026447;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:124:127:32:32:0.201258:15:17:59:65:15:17:59:68 chr21 11029630 . GC G 166.61 PASS AF=0.190789;AO=28;DP=152;FAO=29;FDP=152;FR=.;FRO=123;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.0192182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.448;QD=4.38459;RBI=0.0201967;REFB=-0.00353244;REVB=0.0062104;RO=121;SAF=14;SAR=14;SRF=52;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900139;STB=0.535495;STBP=0.678;TYPE=del;VARB=0.0221259;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190789:28:152:29:152:123:14:15:54:69:99:121:14:14:52:69 chr21 11029679 . C G 123.52 PASS AF=0.157576;AO=25;DP=164;FAO=26;FDP=165;FR=.;FRO=139;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=84;FWDB=-0.0145422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.876;QD=2.99453;RBI=0.0651244;REFB=-0.00446771;REVB=-0.0634801;RO=136;SAF=11;SAR=14;SRF=53;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660133;STB=0.523791;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0222123;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:136:139:25:26:0.157576:14:11:53:83:15:11:55:84 chr21 11038756 . AAT A 161.41 PASS AF=0.278788;AO=31;DP=179;FAO=46;FDP=165;FR=.;FRO=119;FSAF=44;FSAR=2;FSRF=118;FSRR=1;FWDB=-0.0273077;FXX=0.02941;HRUN=4;LEN=2;MLLD=26.9448;QD=3.91297;RBI=0.179439;REFB=-0.0233983;REVB=-0.177349;RO=125;SAF=29;SAR=2;SRF=121;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.368573;SSSB=-0.222912;STB=0.710472;STBP=0.453;TYPE=del;VARB=0.0587679;OID=.;OPOS=11038757;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.278788:31:179:46:165:119:44:2:118:1:99:125:29:2:121:4 chr21 11038796 . T C 129.2 PASS AF=0.0930736;AO=43;DP=462;FAO=43;FDP=462;FR=.;FRO=419;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=199;FSRR=220;FWDB=-0.0225788;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.68;QD=1.11857;RBI=0.0339168;REFB=-0.00146953;REVB=-0.025309;RO=417;SAF=25;SAR=18;SRF=199;SRR=218;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125142;STB=0.596029;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0168206;OID=.;OPOS=11038796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:462:462:417:419:43:43:0.0930736:18:25:199:218:18:25:199:220 chr21 11038802 . G A 927.24 PASS AF=0.288991;AO=126;DP=437;FAO=126;FDP=436;FR=.;FRO=310;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=152;FSRR=158;FWDB=0.0351691;FXX=0.00683356;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.377;QD=8.50683;RBI=0.0357415;REFB=-0.0085107;REVB=-0.00637097;RO=309;SAF=56;SAR=70;SRF=152;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582175;STB=0.532782;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0192242;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:436:309:310:126:126:0.288991:70:56:152:157:70:56:152:158 chr21 11038843 . G C 2625.03 PASS AF=0.669697;AO=219;DP=328;FAO=221;FDP=330;FR=.;FRO=109;FSAF=124;FSAR=97;FSRF=42;FSRR=67;FWDB=0.0387003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7409;QD=31.8186;RBI=0.0468477;REFB=-0.0438569;REVB=0.0264007;RO=108;SAF=124;SAR=95;SRF=42;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10951;STB=0.558093;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0342576;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:330:108:109:219:221:0.669697:95:124:42:66:97:124:42:67 chr21 11057855 . A T 660.74 PASS AF=0.691358;AO=56;DP=81;FAO=56;FDP=81;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0144573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.41;QD=32.6293;RBI=0.0150463;REFB=-0.0203134;REVB=0.00416891;RO=25;SAF=28;SAR=28;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800493;STB=0.543195;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00966737;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:25:25:56:56:0.691358:28:28:16:9:28:28:16:9 chr21 11057866 . C T 52.61 PASS AF=0.130952;AO=11;DP=84;FAO=11;FDP=84;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.040956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.593;QD=2.50542;RBI=0.0489415;REFB=-0.00516321;REVB=-0.0267932;RO=73;SAF=7;SAR=4;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176048;STB=0.625043;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0385651;OID=.;OPOS=11057866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:84:84:73:73:11:11:0.130952:4:7:36:37:4:7:36:37 chr21 11057888 . T A 322.81 PASS AF=0.395604;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0387364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.116;QD=14.1896;RBI=0.0394927;REFB=-0.0217654;REVB=-0.00769217;RO=54;SAF=17;SAR=18;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152281;STB=0.511309;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0306875;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:54:55:35:36:0.395604:18:17:27:27:19:17:27:28 chr21 11057929 . T C 82.09 PASS AF=0.163043;AO=14;DP=91;FAO=15;FDP=92;FR=.;FRO=77;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.00202529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2689;QD=3.56922;RBI=0.0249435;REFB=-0.000647642;REVB=-0.0248612;RO=74;SAF=3;SAR=11;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272576;STB=0.700735;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00145067;OID=.;OPOS=11057929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:91:92:74:77:14:15:0.163043:11:3:30:44:12:3:31:46 chr21 11057931 . C A 148.14 PASS AF=0.23913;AO=21;DP=91;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.010871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.995;QD=6.44103;RBI=0.0154516;REFB=-0.0074244;REVB=-0.0109806;RO=69;SAF=9;SAR=12;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10504;STB=0.586969;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0191585;OID=.;OPOS=11057931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:69:70:21:22:0.23913:12:9:24:45:12:10:24:46 chr21 11058226 . G C 462.65 PASS AF=0.303922;AO=62;DP=202;FAO=62;FDP=204;FR=.;FRO=142;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=81;FWDB=-0.0106285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.338;QD=9.07155;RBI=0.0107344;REFB=-0.00231633;REVB=-0.00150399;RO=140;SAF=29;SAR=33;SRF=61;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385249;STB=0.52676;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00693539;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:204:140:142:62:62:0.303922:33:29:61:79:33:29:61:81 chr21 11097557 . A G 123.72 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0131503;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2642;QD=8.68188;RBI=0.0140252;REFB=-0.00338233;REVB=-0.00487615;RO=40;SAF=6;SAR=11;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312013;STB=0.685905;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0128425;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:40:40:17:17:0.298246:11:6:25:15:11:6:25:15 chr21 11097574 . T A 64.55 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.032739;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.028;QD=3.48912;RBI=0.0347314;REFB=-0.00655312;REVB=0.0115945;RO=61;SAF=6;SAR=6;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510343;STB=0.540473;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0207374;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:75:74:61:62:12:12:0.162162:6:6:33:28:6:6:34:28 chr21 11097608 . C T 84.5 PASS AF=0.15534;AO=16;DP=102;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.00883157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3324;QD=3.28161;RBI=0.0202141;REFB=-0.0148591;REVB=-0.0181828;RO=85;SAF=11;SAR=5;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273703;STB=0.674626;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0927507;OID=.;OPOS=11097608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:102:103:85:87:16:16:0.15534:5:11:40:45:5:11:42:45 chr21 11098674 . T C 708.45 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.012;QD=62.9736;RBI=0.0741557;REFB=0;REVB=0.0409767;RO=0;SAF=35;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262352;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:9:35:0:0:9:36:0:0 chr21 11098684 . A G 89.72 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00121698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1002;QD=7.47692;RBI=0.0172384;REFB=-0.023801;REVB=-0.0171954;RO=36;SAF=11;SAR=1;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4332;STB=0.785102;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0192768;OID=.;OPOS=11098684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:1:11:25:11:1:11:25:11 chr21 11098704 . A G 82.55 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0405349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1411;QD=7.17866;RBI=0.0458252;REFB=-0.00937339;REVB=0.0213747;RO=34;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475036;STB=0.811757;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000954061;OID=.;OPOS=11098704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:46:46:34:34:7:7:0.152174:5:2:24:10:5:2:24:10 chr21 11098723 . T C 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0360765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.642;QD=16.7843;RBI=0.038572;REFB=-0.0161993;REVB=-0.0136488;RO=31;SAF=6;SAR=23;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457879;STB=0.759246;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0262479;OID=.;OPOS=11098723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:33:29:29:0.467742:23:6:21:10:23:6:22:11 chr21 11098728 . C T 80.3 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00502105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.775;QD=5.18079;RBI=0.0307257;REFB=-0.0221634;REVB=0.0303126;RO=49;SAF=2;SAR=11;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475507;STB=0.808751;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0436939;OID=.;OPOS=11098728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:11:2:25:24:11:2:25:24 chr21 11098732 . C T 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0161825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.876;QD=8.71577;RBI=0.0162778;REFB=-0.0290024;REVB=0.00175822;RO=43;SAF=5;SAR=14;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25659;STB=0.662842;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.040467;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:44:19:19:0.301587:14:5:20:23:14:5:21:23 chr21 11098756 . C A 230.88 PASS AF=0.378378;AO=26;DP=71;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0148688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0813;QD=12.4797;RBI=0.0149852;REFB=-0.00886615;REVB=0.00186357;RO=43;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574874;STB=0.522805;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0203602;OID=.;OPOS=11098756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:43:46:26:28:0.378378:17:9:17:26:18:10:18:28 chr21 11098763 . C T 285.11 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0137508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.21;QD=15.4111;RBI=0.0585097;REFB=-0.0226173;REVB=0.0568709;RO=42;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148189;STB=0.508375;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0287677;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:21:11:15:27:21:11:15:27 chr21 14419931 . A G 590.7 PASS AF=0.270701;AO=85;DP=314;FAO=85;FDP=314;FR=.;FRO=229;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=125;FSRR=104;FWDB=-0.00786033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.475;QD=7.52485;RBI=0.00908479;REFB=-0.00610745;REVB=0.00455506;RO=229;SAF=39;SAR=46;SRF=125;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107493;STB=0.563222;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0184016;OID=.;OPOS=14419931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:314:229:229:85:85:0.270701:46:39:125:104:46:39:125:104 chr21 14420005 . A G 1290.88 PASS AF=0.463668;AO=132;DP=288;FAO=134;FDP=289;FR=.;FRO=155;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=67;FSRR=88;FWDB=0.00748253;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.87;QD=17.8668;RBI=0.0168828;REFB=-0.0146145;REVB=-0.0151341;RO=148;SAF=75;SAR=57;SRF=65;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12367;STB=0.568201;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0148898;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:289:148:155:132:134:0.463668:57:75:65:83:59:75:67:88 chr21 14743754 . C T 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0308494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8151;QD=3.88751;RBI=0.150961;REFB=0.015228;REVB=0.147775;RO=29;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491396;STB=0.840008;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.049808;OID=.;OPOS=14743754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:1:5:12:17:1:5:12:17 chr21 14743785 . A G 41.79 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0431845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1032;QD=4.28604;RBI=0.0431951;REFB=-0.0143578;REVB=0.000958052;RO=32;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361879;STB=0.744009;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0900249;OID=.;OPOS=14743785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:2:5:13:19:2:5:13:19 chr21 14743800 . AT TC 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0270921;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=109.84;QD=3.53996;RBI=0.0440516;REFB=0.00254677;REVB=-0.0347356;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511124;STB=0.846344;STBP=0.092;TYPE=mnp;VARB=-0.0290854;OID=.;OPOS=14743800;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:31:32:6:6:0.157895:1:5:12:19:1:5:13:19 chr21 14743804 . G A 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0587695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.665;QD=4.28822;RBI=0.0589921;REFB=0.00278953;REVB=-0.00511996;RO=32;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.534578;STB=0.862292;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00702;OID=.;OPOS=14743804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:1:6:13:19:1:6:13:19 chr21 14743827 . A G 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0749988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.467;QD=4.41824;RBI=0.0750098;REFB=0.00788327;REVB=0.0012896;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549356;STB=0.868551;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0725073;OID=.;OPOS=14743827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:1:6:12:19:1:6:12:19 chr21 14778721 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.579;QD=33.4279;RBI=0.0241771;REFB=0;REVB=-0.0122613;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180309;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr21 14982886 . G A 116.17 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3279;QD=42.2431;RBI=0.127713;REFB=0;REVB=0.127673;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00689612;OID=.;OPOS=14982886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:5:6:0:0 chr21 14982952 . A G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0178876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.392;QD=24.3301;RBI=0.0418095;REFB=-0.048441;REVB=-0.0377898;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00502335;OID=.;OPOS=14982952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:1:2:7:7:0.777778:4:3:0:1:4:3:1:1 chr21 15013735 . A G 1539.87 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0283378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.072;QD=61.5949;RBI=0.0933802;REFB=0.0459608;REVB=0.0889766;RO=1;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087031;STB=0.509089;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000154176;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:98:98:0.98:54:44:0:1:54:44:0:2 chr21 15457293 . T G 42.47 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.011316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.584;QD=4.85383;RBI=0.0532512;REFB=0.00841779;REVB=-0.0520349;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382159;STB=0.743615;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0170741;OID=.;OPOS=15457293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:4:3:21:7:4:3:21:7 chr21 15457297 . C G 71.06 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=37;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0531572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8615;QD=7.48013;RBI=0.0545239;REFB=0.000298024;REVB=0.0121312;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248505;STB=0.683892;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00124484;OID=.;OPOS=15457297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:38:28:28:9:10:0.263158:4:5:21:7:5:5:21:7 chr21 15457318 . T G 128.82 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00695243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2838;QD=12.568;RBI=0.00997803;REFB=-0.0306162;REVB=0.00715715;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220028;STB=0.62775;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0192477;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:19:7:7:8:19:7 chr21 15457339 . T G 195.96 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0344039;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8377;QD=17.0401;RBI=0.0392974;REFB=-0.0195676;REVB=0.018991;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157223;STB=0.577428;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0379184;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:19:20:0.434783:7:12:20:6:7:13:20:6 chr21 15457350 . TA CG 254.55 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0188442;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=2;MLLD=302.553;QD=21.2123;RBI=0.0261918;REFB=0.0064783;REVB=-0.0181909;RO=24;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081145;STB=0.545418;STBP=0.547;TYPE=mnp;VARB=-0.00556488;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:24:24:24:0.5:9:15:17:7:9:15:17:7 chr21 15457374 . G C 237.84 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0339894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.904;QD=20.2421;RBI=0.0429959;REFB=-0.0222158;REVB=0.0263319;RO=23;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50819;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0267366;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:8:15:15:8:8:15:16:8 chr21 15457399 . G C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0107334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.191;QD=23.2632;RBI=0.0149622;REFB=-0.0195755;REVB=-0.0104241;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018252;STB=0.510195;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0129096;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:8:15:12:7:8:15:12:7 chr21 15457410 . C G 217.59 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00202257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2381;QD=22.9042;RBI=0.034088;REFB=-6.79828e-05;REVB=0.0340279;RO=17;SAF=15;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636072;STB=0.535679;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.000540759;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:6:15:11:6:6:15:11:6 chr21 15457434 . G A 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0502551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.409;QD=10.3783;RBI=0.0518717;REFB=-0.00259574;REVB=-0.0128487;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304795;STB=0.683807;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00422941;OID=.;OPOS=15457434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:10:6:6:3:10:6 chr21 15457439 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00481813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.774;QD=7.83726;RBI=0.0170657;REFB=-0.0121791;REVB=-0.0163714;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214682;STB=0.633776;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0158731;OID=.;OPOS=15457439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:10:6:4:3:10:6 chr21 15457463 . CACACACAGT C 99.85 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118716;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=245.944;QD=39.9382;RBI=0.0507922;REFB=0;REVB=0.0493853;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.92842e-05;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:9:10:10:0:4:6:0:0:4:0:3:5:0:0 chr21 15481365 . G T 1269.25 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356362;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.491;QD=61.9148;RBI=0.0384551;REFB=0;REVB=0.0144518;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20824e-05;OID=.;OPOS=15481365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:40:40:0:0:40:42:0:0 chr21 15516976 . T A 1012.54 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414828;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5532;QD=59.5611;RBI=0.0548779;REFB=0;REVB=0.0359271;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000940133;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr21 15524921 . C T 287.62 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=1.94172e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1188;QD=25.0103;RBI=0.0424457;REFB=-0.0224849;REVB=-0.0424457;RO=20;SAF=19;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15786;STB=0.593143;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0162571;OID=.;OPOS=15524921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:20:25:26:0.565217:6:19:12:8:6:20:12:8 chr21 15558346 . G A 453.48 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00839103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.096;QD=16.3416;RBI=0.00870574;REFB=-0.0135026;REVB=-0.00231958;RO=59;SAF=17;SAR=33;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875021;STB=0.551047;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0126588;OID=.;OPOS=15558346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:61:50:50:0.45045:33:17:25:34:33:17:26:35 chr21 15596772 . T G 300.02 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0728604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0086;QD=19.049;RBI=0.0729812;REFB=0.0313062;REVB=-0.00419758;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152087;STB=0.508469;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0278725;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:15:17:17:14:15:17:17:14 chr21 15646397 . A G 1681.07 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000509214;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.935;QD=60.5791;RBI=0.0284355;REFB=0;REVB=0.0284309;RO=0;SAF=79;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162347;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:32:79:0:0:32:79:0:0 chr21 15926544 . G A 1536.13 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.157;QD=62.6994;RBI=0.0132393;REFB=-0.0589573;REVB=0.0106265;RO=0;SAF=61;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246011;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:0:0:96:98:1:35:61:0:0:36:62:0:0 chr21 15974409 . T C 676.93 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0521922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.149;QD=60.1712;RBI=0.052603;REFB=-0.111989;REVB=0.00656102;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.51219;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000406235;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:20:24:0:0:20:24:0:1 chr21 15984978 . T TA 333.67 PASS AF=1;AO=5;DP=43;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.168195;FXX=0.124969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.8431;QD=38.1336;RBI=0.184984;REFB=0;REVB=0.0770047;RO=37;SAF=4;SAR=1;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.068308;OID=.;OPOS=15984979;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:43:35:35:0:12:23:0:0:7:37:4:1:14:23 chr21 15984982 . C A 625.53 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0283;QD=61.0275;RBI=0.0558661;REFB=0;REVB=0.0554858;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187332;OID=.;OPOS=15984982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:21:18:0:0:23:18:0:0 chr21 16335260 . C T 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.237;QD=61.6754;RBI=0.0181566;REFB=0;REVB=-0.0177988;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13999e-05;OID=.;OPOS=16335260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr21 16339570 . T A 1393.5 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7114;QD=62.6291;RBI=0.081569;REFB=0;REVB=0.0113128;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396792;OID=.;OPOS=16339570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:89:0:0:82:89:1:43:39:0:0:44:45:0:0 chr21 16340289 . C T 877.95 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00854616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.636;QD=53.2092;RBI=0.0159504;REFB=-0.0459589;REVB=0.0134677;RO=3;SAF=26;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514105;STB=0.526307;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00260669;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:65:66:3:3:62:63:0.954545:36:26:3:0:36:27:3:0 chr21 16424607 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000965822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.306;QD=48.7373;RBI=0.0268757;REFB=0;REVB=0.0268583;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16907e-05;OID=.;OPOS=16424607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr21 16986637 . G A 56.22 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0449963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.921;QD=11.2439;RBI=0.0464978;REFB=-0.0351117;REVB=-0.0117209;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192383;STB=0.617332;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.050451;OID=.;OPOS=16986637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:5:7:6:2:5:7 chr21 18827106 . C T 284.91 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00120429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.581;QD=23.7427;RBI=0.0248165;REFB=-0.0215062;REVB=0.0247873;RO=22;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559869;STB=0.531226;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0229995;OID=.;OPOS=18827106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:17:9:9:13:17:9:9:13 chr21 19163707 . C T 1046.0 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.769;QD=57.3148;RBI=0.0205068;REFB=0;REVB=-0.000572657;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483675;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:73:0:0:67:73:1:31:36:0:0:33:40:0:0 chr21 19169218 . G C 628.23 PASS AF=0.90566;AO=39;DP=56;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00303574;FXX=0.0535619;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.254;QD=47.4135;RBI=0.0137761;REFB=0.0689604;REVB=0.0134374;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.540967;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.000456002;OID=.;OPOS=19169218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:56:53:0:5:39:48:0.90566:11:28:0:0:20:28:5:0 chr21 19642285 . G T 275.53 PASS AF=0.33;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00943807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.044;QD=11.0212;RBI=0.0431795;REFB=-0.0114016;REVB=-0.0421354;RO=67;SAF=19;SAR=14;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964649;STB=0.556063;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0226946;OID=.;OPOS=19642285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:67:67:33:33:0.33:14:19:33:34:14:19:33:34 chr21 19651357 . A G 287.6 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0207259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.109;QD=15.9779;RBI=0.0247287;REFB=-0.0216593;REVB=-0.0134888;RO=39;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105266;STB=0.552877;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0312868;OID=.;OPOS=19651357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:13:19:19:20:13:19:20:20 chr21 19666910 . A G 190.38 PASS AF=0.526316;AO=15;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0349906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2921;QD=20.0403;RBI=0.0575446;REFB=0.000464046;REVB=0.0456842;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29008;STB=0.552579;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000105899;OID=.;OPOS=19666910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:15:20:0.526316:5:10:6:11:10:10:7:11 chr21 19670118 . G A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00808845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.602;QD=14.2416;RBI=0.011554;REFB=-0.00992199;REVB=0.00825054;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129544;STB=0.573707;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0143186;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:13:9:9:22:13:9:9:22 chr21 21728991 . C A 698.46 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00126504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6568;QD=52.7141;RBI=0.0194413;REFB=-0.135892;REVB=0.0194001;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.506051;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00304914;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:53:53:0:2:51:51:0.962264:18:33:0:0:18:33:1:1 chr21 22746187 . T C 785.04 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.759;QD=64.0852;RBI=0.0174123;REFB=0;REVB=0.00129026;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43511e-05;OID=.;OPOS=22746187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:23:25:0:0:23:26:0:0 chr21 22881251 . A G 580.31 PASS AF=0.476562;AO=60;DP=127;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.00930435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.795;QD=18.1346;RBI=0.0100687;REFB=-0.0104829;REVB=-0.00384817;RO=67;SAF=38;SAR=22;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206798;STB=0.617402;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.011594;OID=.;OPOS=22881251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:67:67:60:61:0.476562:22:38:28:39:22:39:28:39 chr21 24804558 . T C 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.268;QD=58.1367;RBI=0.0252617;REFB=0;REVB=0.00872194;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129832;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr21 24804562 . G A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00289952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.616;QD=13.5765;RBI=0.0157782;REFB=-0.00601932;REVB=0.0155095;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147914;STB=0.569272;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0139187;OID=.;OPOS=24804562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:6:7:7:11:6:7:8:11 chr21 26965148 . G A 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.477;QD=64.4127;RBI=0.098137;REFB=0;REVB=-0.096093;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159272;OID=.;OPOS=26965148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr21 26965205 . T C 939.94 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320664;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.659;QD=58.7461;RBI=0.0464729;REFB=0;REVB=0.0336374;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102473;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr21 26969703 . T C 547.17 PASS AF=0.95;AO=36;DP=39;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0275133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.498;QD=54.7169;RBI=0.0322942;REFB=-0.0455143;REVB=0.0169095;RO=3;SAF=14;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902693;STB=0.529396;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00268499;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:40:3:2:36:38:0.95:22:14:3:0:22:16:2:0 chr21 26976222 . C T 74.17 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0207463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.846;QD=10.595;RBI=0.034916;REFB=-0.00606096;REVB=-0.0280842;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273865;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0122277;OID=.;OPOS=26976222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:28:17:18:9:10:0.357143:3:6:7:10:4:6:8:10 chr21 26976237 . C T 45.0 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.000411683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4526;QD=7.82687;RBI=0.00410451;REFB=-0.00640731;REVB=-0.00408381;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147359;STB=0.59233;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0376745;OID=.;OPOS=26976237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:7:9:3:4:7:9 chr21 26978950 . A G 162.3 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0453498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0728;QD=38.1885;RBI=0.0464714;REFB=-0.138697;REVB=0.010148;RO=2;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150929;STB=0.583219;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00682369;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:17:17:2:2:15:15:0.882353:10:5:2:0:10:5:2:0 chr21 27056250 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.74;QD=57.2018;RBI=0.0881455;REFB=0;REVB=0.0334663;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126385;OID=.;OPOS=27056250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr21 27136934 . GT G 42.89 PASS AF=0.415094;AO=23;DP=57;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0770531;FXX=0.0701631;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.17148;QD=3.23715;RBI=0.156613;REFB=-0.112352;REVB=0.136347;RO=23;SAF=20;SAR=3;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592731;STB=0.817684;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0681654;OID=.;OPOS=27136935;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094:23:57:22:53:31:19:3:12:19:42:23:20:3:6:17 chr21 27563105 . G A 276.94 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.01515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6671;QD=17.3086;RBI=0.0241466;REFB=-0.0119333;REVB=-0.0188025;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20608;STB=0.610708;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0155689;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:33:30:31:0.484375:12:18:12:20:13:18:12:21 chr21 27852724 . A G 167.98 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00182415;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.871;QD=15.6256;RBI=0.0105478;REFB=-0.0147096;REVB=-0.0103889;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23433;STB=0.598827;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0210784;OID=.;OPOS=27852724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:18:18:0.418605:10:8:5:18:10:8:7:18 chr21 28212760 . G A 1195.3 PASS AF=0.977778;AO=64;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0420039;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.302;QD=53.1246;RBI=0.0548146;REFB=0.0443366;REVB=0.0352182;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503267;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00401417;OID=.;OPOS=28212760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:90:0:2:64:88:0.977778:28:36:0:0:32:56:1:1 chr21 28215826 . C CACA 731.15 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=52;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0525548;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.902;QD=60.9295;RBI=0.0678529;REFB=-0.146634;REVB=0.0429186;RO=4;SAF=27;SAR=19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253446;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=ins;VARB=0.00128958;OID=.;OPOS=28215827;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.979167:46:52:47:48:1:28:19:0:1:5:4:27:19:3:1 chr21 28215836 . GC GA,G,GG 769.41 PASS AF=0,1,0;AO=2,52,2;DP=56;FAO=0,56,0;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,0;FSAR=0,28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0720258,-0.0948956,0.0477134;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=13.009,26.8049,4.18203;QD=54.9577;RBI=0.127536,0.15701,0.113412;REFB=0,0,0;REVB=-0.10525,-0.125088,-0.102886;RO=0;SAF=0,28,0;SAR=2,24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0287914,-0.00512938,0;OID=.,.,.;OPOS=28215837,28215837,28215837;OREF=C,C,C;OALT=A,-,G;OMAPALT=GA,G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:2,52,2:56:0,56,0:56:0:0,28,0:0,28,0:0:0:4:0:0,28,0:2,24,2:0:0 chr21 28216038 . C A 686.55 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.499;QD=61.0265;RBI=0.0288281;REFB=0;REVB=-0.0135557;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181755;OID=.;OPOS=28216038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:45:0:0:43:45:1:24:19:0:0:25:20:0:0 chr21 28216059 . A G 673.18 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203634;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8805;QD=62.6212;RBI=0.0232993;REFB=0;REVB=0.0113222;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205109;OID=.;OPOS=28216059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr21 28216066 . C T 708.33 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.195;QD=62.9628;RBI=0.0277403;REFB=0;REVB=0.0276564;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133871;OID=.;OPOS=28216066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr21 28216595 . C G 1813.93 PASS AF=1;AO=113;DP=119;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.208667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.336;QD=58.0458;RBI=0.212756;REFB=0;REVB=-0.0415157;RO=6;SAF=51;SAR=62;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526494;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341517;OID=.;OPOS=28216595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:119:125:6:0:113:125:1:62:51:6:0:62:63:0:0 chr21 28216674 . G C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.561;QD=57.679;RBI=0.0381409;REFB=0;REVB=-0.0143806;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01972e-05;OID=.;OPOS=28216674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr21 28216692 . G T 292.4 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.104;QD=50.8525;RBI=0.0524901;REFB=0;REVB=0.0256307;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100913;OID=.;OPOS=28216692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:21:23:1:14:7:0:0:16:7:0:0 chr21 28291455 . A G 169.21 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0122475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.868;QD=16.5086;RBI=0.0173088;REFB=-0.00801275;REVB=-0.0122309;RO=23;SAF=3;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201307;STB=0.617138;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00807974;OID=.;OPOS=28291455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:15:3:7:16:15:3:7:16 chr21 28293095 . A T 363.1 PASS AF=0.536232;AO=24;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0122938;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.9088;QD=21.0491;RBI=0.0166624;REFB=-0.0221998;REVB=0.0112472;RO=28;SAF=2;SAR=22;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338299;STB=0.532977;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0152635;OID=.;OPOS=28293095;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:32:24:37:0.536232:22:2:7:21:23:14:10:22 chr21 28293117 . A G 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0380308;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.8;QD=20.4368;RBI=0.0390112;REFB=-0.0145888;REVB=-0.0086913;RO=26;SAF=10;SAR=20;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243387;STB=0.513505;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0135321;OID=.;OPOS=28293117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:20:10:8:18:20:10:8:18 chr21 28294090 . T G 636.12 PASS AF=0.594059;AO=59;DP=101;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00470843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.836;QD=25.1928;RBI=0.0896996;REFB=-0.0337057;REVB=0.0895759;RO=41;SAF=15;SAR=44;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104046;STB=0.549097;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.030932;OID=.;OPOS=28294090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:41:59:60:0.594059:44:15:15:26:44:16:15:26 chr21 28295339 . T C 2365.68 PASS AF=1;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715576;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0664;QD=63.9373;RBI=0.0590423;REFB=0;REVB=0.0586071;RO=0;SAF=64;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137138;OID=.;OPOS=28295339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:147:148:1:83:64:0:0:84:64:0:0 chr21 28296324 . A G 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.439;QD=58.5977;RBI=0.018531;REFB=0;REVB=0.0140124;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35838e-05;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr21 28302355 . A G 979.28 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.893;QD=57.6049;RBI=0.0676851;REFB=0;REVB=0.0291066;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797737;OID=.;OPOS=28302355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:68:0:0:63:68:1:41:22:0:0:44:24:0:0 chr21 28326276 . G A 1104.58 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.021029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.244;QD=57.3808;RBI=0.0313523;REFB=-0.0106797;REVB=0.023254;RO=2;SAF=57;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187874;STB=0.509165;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0002467;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:74:75:0.974026:17:57:1:1:18:57:1:1 chr21 30250555 . T C 777.81 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00587031;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.31;QD=53.6422;RBI=0.0159286;REFB=-0.102355;REVB=0.0148074;RO=2;SAF=36;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100749;STB=0.505346;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-1.33229e-05;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:58:2:2:56:56:0.965517:20:36:1:1:20:36:1:1 chr21 30250615 . T C 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179078;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.934;QD=55.2227;RBI=0.0179692;REFB=-0.0694055;REVB=-0.00148434;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000204334;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:24:32:0:0:24:32:0:1 chr21 30255347 . C A 97.64 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0435943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.727;QD=24.41;RBI=0.0847437;REFB=-0.0604691;REVB=0.0726707;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134614;STB=0.576329;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0234742;OID=.;OPOS=30255347;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:4:7:2:3:4:7:2:3 chr21 30257560 . C G 703.43 PASS AF=0.399015;AO=81;DP=203;FAO=81;FDP=203;FR=.;FRO=122;FSAF=24;FSAR=57;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=-0.0179938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4641;QD=13.8606;RBI=0.0743577;REFB=-0.0182509;REVB=0.0721477;RO=122;SAF=24;SAR=57;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232186;STB=0.631072;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0347223;OID=.;OPOS=30257560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:122:122:81:81:0.399015:57:24:61:61:57:24:61:61 chr21 30257568 . T C 2364.71 PASS AF=0.870466;AO=150;DP=192;FAO=168;FDP=193;FR=.;FRO=25;FSAF=74;FSAR=94;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.020544;FXX=0.0153053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7418;QD=49.0095;RBI=0.0905104;REFB=0.00780665;REVB=-0.0881481;RO=0;SAF=63;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84697e-08;STB=0.537175;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00129901;OID=.;OPOS=30257568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:0:25:150:168:0.870466:87:63:0:0:94:74:4:21 chr21 30257570 . A C 87.16 PASS AF=0.128205;AO=26;DP=194;FAO=25;FDP=195;FR=.;FRO=170;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=77;FSRR=93;FWDB=-0.0128278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.3176;QD=1.78797;RBI=0.0868018;REFB=-0.0220967;REVB=-0.0858487;RO=168;SAF=7;SAR=19;SRF=76;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2447;STB=0.70103;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.197782;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:194:195:168:170:26:25:0.128205:19:7:76:92:19:6:77:93 chr21 30331935 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.017571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.619;QD=9.91694;RBI=0.0272797;REFB=0.0106671;REVB=-0.0208672;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276263;STB=0.666296;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0119491;OID=.;OPOS=30331935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:15:17:9:9:0.346154:6:3:9:6:6:3:10:7 chr21 30339120 . C A 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.06021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.873;QD=32.8216;RBI=0.0605857;REFB=0.0545922;REVB=0.00673646;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00215984;OID=.;OPOS=30339120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:4:5:0:1:4:5:0:1 chr21 30341891 . A G 739.06 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.157;QD=54.7454;RBI=0.0299742;REFB=0.0141973;REVB=0.0276448;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144976;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=1.67706e-05;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:32:21:0:1:32:21:0:1 chr21 30408670 . A T 266.55 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0172756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.895;QD=13.4964;RBI=0.0214963;REFB=-0.0229208;REVB=0.0127923;RO=48;SAF=7;SAR=24;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265146;STB=0.652954;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.027465;OID=.;OPOS=30408670;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:24:7:21:27:24:7:21:27 chr21 30412942 . G A 893.48 PASS AF=0.402439;AO=98;DP=245;FAO=99;FDP=246;FR=.;FRO=147;FSAF=70;FSAR=29;FSRF=95;FSRR=52;FWDB=0.00514035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8026;QD=14.5282;RBI=0.0408146;REFB=0.00206067;REVB=-0.0404896;RO=147;SAF=70;SAR=28;SRF=95;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851552;STB=0.542315;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00432342;OID=.;OPOS=30412942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:246:147:147:98:99:0.402439:28:70:95:52:29:70:95:52 chr21 30511691 . G A 267.49 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0186429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.292;QD=21.836;RBI=0.0187158;REFB=-0.0241729;REVB=-0.00165118;RO=22;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165622;STB=0.619464;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0246586;OID=.;OPOS=30511691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:24:25:25:0.510204:18:7:10:12:18:7:12:12 chr21 30552839 . A G 419.29 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=72;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0235753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.053;QD=22.9746;RBI=0.0302083;REFB=-0.0136713;REVB=0.0188877;RO=32;SAF=19;SAR=21;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704968;STB=0.54337;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0142412;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:32:32:40:41:0.561644:21:19:18:14:22:19:18:14 chr21 30552877 . T C 492.27 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-8.50175e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.244;QD=22.6331;RBI=0.000326951;REFB=-0.0152495;REVB=-0.000326841;RO=37;SAF=19;SAR=28;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174327;STB=0.590158;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0127621;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:37:40:47:47:0.54023:28:19:23:14:28:19:24:16 chr21 30717151 . C T 807.72 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00416236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.009;QD=53.8482;RBI=0.0707052;REFB=0.0142259;REVB=-0.0705826;RO=2;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269356;STB=0.513884;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000229528;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:57:58:0.966667:34:23:0:2:35:23:0:2 chr21 30718201 . G A 447.28 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.218;QD=57.7131;RBI=0.0416699;REFB=0;REVB=0.036903;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017084;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr21 30830393 . T G 1824.41 PASS AF=0.953846;AO=123;DP=129;FAO=124;FDP=130;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.023901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6817;QD=56.1357;RBI=0.0369036;REFB=-0.0475047;REVB=0.028118;RO=6;SAF=55;SAR=68;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251023;STB=0.513308;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0126945;OID=.;OPOS=30830393;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:129:130:6:6:123:124:0.953846:68:55:1:5:68:56:1:5 chr21 30925928 . A G 435.02 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0106098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.146;QD=16.4158;RBI=0.0220204;REFB=-0.0254623;REVB=-0.0192959;RO=58;SAF=20;SAR=28;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144319;STB=0.508061;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0228113;OID=.;OPOS=30925928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:28:20:25:33:28:20:25:33 chr21 30969901 . T C 575.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3052;QD=60.5873;RBI=0.0147131;REFB=0;REVB=-0.00501419;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020418;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr21 30971183 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.111;QD=60.2289;RBI=0.0271563;REFB=0;REVB=-0.0134562;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59901e-05;OID=.;OPOS=30971183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr21 30973567 . A T 119.76 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0142356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.545;QD=7.98424;RBI=0.0974121;REFB=0.00468886;REVB=-0.0963663;RO=42;SAF=13;SAR=4;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204681;STB=0.63619;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0112955;OID=.;OPOS=30973567;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:43:17:17:0.283333:4:13:26:16:4:13:26:17 chr21 31062070 . T G 1105.71 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00965342;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1343;QD=58.9713;RBI=0.0166538;REFB=0.0250495;REVB=0.0135706;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.506665;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000142949;OID=.;OPOS=31062070;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:36:37:1:0:37:37:1:0 chr21 31538692 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00576634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.691;QD=16.1199;RBI=0.00723898;REFB=-0.0153688;REVB=0.00437632;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243637;STB=0.640296;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00988246;OID=.;OPOS=31538692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:4:9:5:7:4:9 chr21 31538840 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0507671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7948;QD=9.4448;RBI=0.0783014;REFB=-0.000323082;REVB=-0.0596139;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00625062;OID=.;OPOS=31538840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:3:7:4:2:3:7 chr21 31587793 . A G 141.3 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.023332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.836;QD=17.6631;RBI=0.0345794;REFB=-0.0230357;REVB=0.0255216;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460648;STB=0.762477;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0232211;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:16:15:16:0.5:10:5:14:2:11:5:14:2 chr21 31655212 . A C 1569.7 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.97;QD=63.422;RBI=0.0287244;REFB=0;REVB=0.0284497;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99625e-05;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:99:0:0:94:99:1:55:39:0:0:58:41:0:0 chr21 31661691 . A G 361.48 PASS AF=0.590164;AO=34;DP=59;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00449514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.266;QD=23.7037;RBI=0.0766251;REFB=0.00680431;REVB=0.0764931;RO=25;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844015;STB=0.531118;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00172894;OID=.;OPOS=31661691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:25:25:34:36:0.590164:14:20:12:13:16:20:12:13 chr21 31802768 . G A 231.79 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0199388;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3409;QD=21.5619;RBI=0.0207102;REFB=0.0201765;REVB=-0.00559964;RO=21;SAF=6;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278503;STB=0.657384;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0152207;OID=.;OPOS=31802768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:21:21:22:22:0.511628:16:6:12:9:16:6:12:9 chr21 31812772 . C A 294.62 PASS AF=0.477612;AO=27;DP=62;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0111048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.848;QD=17.5895;RBI=0.0339286;REFB=-0.0464384;REVB=0.0320598;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450966;STB=0.568203;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0391074;OID=.;OPOS=31812772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:35:35:27:32:0.477612:12:15:21:14:17:15:21:14 chr21 31859677 . G A 401.2 PASS AF=0.56338;AO=39;DP=70;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.000124387;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.316;QD=22.6027;RBI=0.00761148;REFB=-0.0248371;REVB=0.00761047;RO=30;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257052;STB=0.648931;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0161546;OID=.;OPOS=31859677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:30:31:39:40:0.56338:22:17:23:7:23:17:24:7 chr21 31869286 . T C 502.69 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0290194;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.362;QD=18.6181;RBI=0.0292586;REFB=-0.0254299;REVB=-0.00373404;RO=54;SAF=24;SAR=29;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768334;STB=0.537963;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.031007;OID=.;OPOS=31869286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:54:55:53:53:0.490741:29:24:29:25:29:24:29:26 chr21 31913981 . AG A,TA 232.73 PASS AF=0.428571,0;AO=21,3;DP=63;FAO=27,0;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=19,0;FSAR=8,0;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00610836,0.00603535;FXX=0.0156226;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=284.048,286.593;QD=14.7765;RBI=0.00613389,0.00610739;REFB=-0.00395049,-0.0040318;REVB=0.000559047,0.000935284;RO=35;SAF=17,0;SAR=4,3;SRF=20;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.315311,-0.557248;STB=0.593677,0.5;STBP=0.227,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00783395,0;OID=.,.;OPOS=31913982,31913981;OREF=G,AG;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:21,3:27,0:0.428571,0:4,3:17,0:20:15:8,0:19,0:20:16 chr21 31914000 . T A 276.32 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00979727;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.233;QD=16.2541;RBI=0.0116089;REFB=-0.00486515;REVB=-0.00622741;RO=37;SAF=20;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104512;STB=0.565174;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00860526;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:30:31:0.455882:10:20:21:16:10:21:21:16 chr21 31964916 . A C 252.36 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0695224;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2695;QD=26.5645;RBI=0.0716357;REFB=-0.0355659;REVB=-0.0172716;RO=15;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229993;STB=0.51275;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0301394;OID=.;OPOS=31964916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:15:23:23:0.605263:13:10:7:8:13:10:7:8 chr21 31973516 . T A 1411.12 PASS AF=0.970588;AO=97;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0241334;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.568;QD=55.3381;RBI=0.0460532;REFB=-0.0553912;REVB=0.0392234;RO=4;SAF=52;SAR=45;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00272081;STB=0.503883;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0011102;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:102:4:3:97:99:0.970588:45:52:2:2:46:53:2:1 chr21 32201969 . GA G 1400.45 PASS AF=1;AO=112;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420963;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.9693;QD=48.7113;RBI=0.0503211;REFB=0;REVB=-0.0275701;RO=0;SAF=35;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.78464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000759987;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:112:116:115:115:0:36:79:0:0:25:0:35:77:0:0 chr21 32253513 . A T 329.99 PASS AF=0.377551;AO=36;DP=97;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.00260814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.765;QD=13.4691;RBI=0.00742404;REFB=-0.0123435;REVB=-0.00695082;RO=59;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580519;STB=0.533951;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0237956;OID=.;OPOS=32253513;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:59:61:36:37:0.377551:22:14:20:39:23:14:20:41 chr21 32493031 . A G 2423.13 PASS AF=0.99375;AO=157;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0346936;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4841;QD=60.5783;RBI=0.0407613;REFB=0.0335438;REVB=-0.0213972;RO=1;SAF=87;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674819;STB=0.503546;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000244869;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:1:1:157:159:0.99375:70:87:0:1:70:89:0:1 chr21 32499473 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.474;QD=58.5848;RBI=0.0301331;REFB=0;REVB=0.000670629;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267552;OID=.;OPOS=32499473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr21 32638549 . CC AT 48.34 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0155376;FXX=0.0526039;HRUN=6;LEN=2;MLLD=283.461;QD=10.7419;RBI=0.0396078;REFB=-0.0107583;REVB=0.036433;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228386;STB=0.583117;STBP=0.739;TYPE=mnp;VARB=0.0207288;OID=.;OPOS=32638549;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:9:11:7:7:0.388889:2:5:8:1:2:5:9:2 chr21 32638963 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0209429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9974;QD=21.5098;RBI=0.0219955;REFB=-0.0381806;REVB=-0.00672288;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541852;STB=0.530577;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0251918;OID=.;OPOS=32638963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:5:13:10:5:5:13:10:5 chr21 33368188 . T C 854.08 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0316578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.155;QD=56.0052;RBI=0.0365419;REFB=-0.0166117;REVB=0.0182508;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014981;STB=0.507934;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000203314;OID=.;OPOS=33368188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:0:1:31:29:0:1 chr21 33370900 . T C 291.01 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0289879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7185;QD=16.8701;RBI=0.0467245;REFB=-0.00345283;REVB=0.0366453;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230751;STB=0.519587;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00351409;OID=.;OPOS=33370900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:32:32:0.463768:15:17:20:16:15:17:21:16 chr21 33372749 . TGT CGT,GTC 574.44 PASS AF=0.416107,0;AO=48,6;DP=142;FAO=62,0;FDP=149;FR=.;FRO=87;FSAF=30,0;FSAR=32,0;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0218267,0.00660887;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=160.204,135.486;QD=15.4213;RBI=0.0230478,0.00987664;REFB=-0.011859,-0.0134669;REVB=0.00740242,0.00733968;RO=82;SAF=27,0;SAR=21,6;SRF=37;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.122931,-0.518362;STB=0.520827,0.5;STBP=0.689,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0160971,0;OID=.,.;OPOS=33372749,33372749;OREF=T,TGT;OALT=C,GTC;OMAPALT=CGT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:149:82:87:48,6:62,0:0.416107,0:21,6:27,0:37:45:32,0:30,0:39:48 chr21 33373966 . TTG T 69.93 PASS AF=0.526316;AO=5;DP=17;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.132962;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=2;MLLD=97.9211;QD=14.7211;RBI=0.161556;REFB=-0.068849;REVB=0.091769;RO=5;SAF=0;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.706441;STB=0.721216;STBP=0.061;TYPE=del;VARB=0.0602134;OID=.;OPOS=33373967;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:5:17:10:19:9:3:7:7:2:64:5:0:5:1:4 chr21 33374318 . C T 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.819;QD=59.8528;RBI=0.00348162;REFB=0;REVB=-0.00298446;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98809e-06;OID=.;OPOS=33374318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr21 33694224 . C G 692.25 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.231289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0443;QD=60.1957;RBI=0.252145;REFB=0;REVB=0.100412;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00465887;OID=.;OPOS=33694224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:41:46:1:22:19:0:0:22:24:0:0 chr21 33719695 . C T 381.82 PASS AF=0.965517;AO=26;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0404009;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.96;QD=52.6641;RBI=0.0436686;REFB=-0.0174113;REVB=0.0165745;RO=2;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010414;STB=0.519986;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00335052;OID=.;OPOS=33719695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:29:2:1:26:28:0.965517:11:15:1:1:12:16:0:1 chr21 33726326 . G A 458.26 PASS AF=0.56962;AO=44;DP=78;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0108285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8161;QD=23.2031;RBI=0.0277132;REFB=-0.0242354;REVB=0.0255101;RO=34;SAF=22;SAR=22;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093419;STB=0.555282;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0229376;OID=.;OPOS=33726326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:34:34:44:45:0.56962:22:22:13:21:22:23:13:21 chr21 33749533 . A C 1138.81 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353428;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.013;QD=60.7366;RBI=0.0501694;REFB=0;REVB=0.035607;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62592e-05;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr21 33755763 . G A 127.62 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0165917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5099;QD=11.8716;RBI=0.0338988;REFB=0.0181464;REVB=-0.0295609;RO=28;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225515;STB=0.632853;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0344965;OID=.;OPOS=33755763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:9:6:17:11:9:6:17:11 chr21 33765560 . C T 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.003268;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.336;QD=12.8974;RBI=0.0188049;REFB=-0.0130996;REVB=-0.0185188;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776268;STB=0.535672;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0194146;OID=.;OPOS=33765560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:7:10:15:14:7:10:16:14 chr21 33766233 . T A 118.63 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00580512;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.57;QD=15.8171;RBI=0.021551;REFB=-0.0221649;REVB=-0.0207544;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861396;STB=0.545388;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0300241;OID=.;OPOS=33766233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:17:16:13:14:0.466667:8:5:8:9:9:5:7:9 chr21 33840208 . A G 834.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.587;QD=57.538;RBI=0.040358;REFB=0;REVB=5.45703e-05;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51446e-05;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr21 33887131 . G A 90.31 PASS AF=0.24;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0078749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.887;QD=7.2244;RBI=0.0255722;REFB=-0.0184124;REVB=-0.0243295;RO=34;SAF=9;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252231;STB=0.684457;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.052676;OID=.;OPOS=33887131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:48:50:34:38:12:12:0.24:3:9:19:15:3:9:20:18 chr21 33951068 . T C 645.87 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0142174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.677;QD=18.1935;RBI=0.0175944;REFB=-0.00317344;REVB=0.0103647;RO=76;SAF=30;SAR=36;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715478;STB=0.53965;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00397455;OID=.;OPOS=33951068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:76:76:66:66:0.464789:36:30:29:47:36:30:29:47 chr21 33956579 . T C 172.85 PASS AF=0.425926;AO=19;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0208696;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.139;QD=12.8036;RBI=0.0492158;REFB=-0.0359725;REVB=0.044572;RO=30;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903031;STB=0.522165;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0671133;OID=.;OPOS=33956579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:31:19:23:0.425926:14:5:10:20:14:9:11:20 chr21 34163742 . A G 1074.93 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0997899;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.243;QD=57.3294;RBI=0.108021;REFB=0.0200832;REVB=0.0413582;RO=2;SAF=20;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142211;STB=0.507522;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000100118;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:75:2:2:73:73:0.973333:53:20:1:1:53:20:1:1 chr21 34166190 . A T 912.97 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4914;QD=57.9665;RBI=0.0182447;REFB=0;REVB=0.000523249;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205908;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:19:41:0:0:19:44:0:0 chr21 34166343 . C T 1073.91 PASS AF=0.986301;AO=61;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0940787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9829;QD=58.8445;RBI=0.169521;REFB=0;REVB=0.141019;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157555;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:0:61:72:0.986301:33:28:0:0:39:33:0:0 chr21 34169317 . C CT 405.4 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116583;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=115.832;QD=47.6936;RBI=0.0224312;REFB=0;REVB=-0.0191636;RO=5;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749276;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.44186e-05;OID=.;OPOS=34169318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:34:34:34:0:14:20:0:0:7:5:13:15:1:4 chr21 34400779 . T C 138.96 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.000801591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.197;QD=19.8513;RBI=0.00709154;REFB=0.011704;REVB=-0.00704609;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144746;STB=0.56513;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0112688;OID=.;OPOS=34400779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:6:9:5:7:6:9:6:7 chr21 34444106 . C T 304.31 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0246743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6083;QD=15.0278;RBI=0.0300175;REFB=-0.0197233;REVB=-0.0170948;RO=47;SAF=13;SAR=21;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236033;STB=0.513361;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0321783;OID=.;OPOS=34444106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:21:13:19:28:21:13:19:28 chr21 34614255 . T G 83.16 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0350514;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.802;QD=8.99032;RBI=0.0362687;REFB=-0.0183266;REVB=0.00931769;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961329;STB=0.558717;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0349768;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:37:26:26:11:11:0.297297:6:5:14:12:6:5:14:12 chr21 34640788 . A G 393.88 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0142433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.753;QD=25.4117;RBI=0.0503828;REFB=-0.0208013;REVB=-0.0483276;RO=24;SAF=19;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589244;STB=0.532241;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00911046;OID=.;OPOS=34640788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:19:19:10:14:19:19:10:14 chr21 34666376 . A G 399.65 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0004264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9079;QD=53.2871;RBI=0.0289041;REFB=-0.0876473;REVB=-0.028901;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00190643;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:18:11:0:0:18:11:0:1 chr21 34668747 . A G 178.51 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7848;QD=42.0031;RBI=0.0767397;REFB=0.0253646;REVB=0.0739646;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00117246;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:0:1:8:8:0:1 chr21 34715699 . G C 417.86 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0278084;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7346;QD=17.0554;RBI=0.0307609;REFB=-0.0201663;REVB=-0.0131501;RO=54;SAF=19;SAR=24;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348564;STB=0.513507;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.025624;OID=.;OPOS=34715699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:54:55:43:43:0.438776:24:19:22:32:24:19:23:32 chr21 34787312 . A G 833.22 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4989;QD=57.4631;RBI=0.0415149;REFB=0;REVB=0.0381608;RO=0;SAF=13;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133753;OID=.;OPOS=34787312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:45:13:0:0:45:13:0:0 chr21 34821570 . G A 384.29 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.778;QD=54.8989;RBI=0.0329332;REFB=0;REVB=0.022595;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112136;OID=.;OPOS=34821570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:8:19:0:0:8:20:0:0 chr21 34822150 . T A 438.99 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0716502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6122;QD=53.2112;RBI=0.0734598;REFB=-0.133413;REVB=-0.0162046;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00778526;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:0:1:16:16:0:1 chr21 34822452 . T C 149.84 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.624;QD=42.8119;RBI=0.0604444;REFB=0;REVB=0.0331005;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201138;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:1:0:13:14:1:5:8:0:1:6:8:0:0 chr21 34897113 . C T 990.88 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00371845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.252;QD=55.0487;RBI=0.0170599;REFB=-0.160983;REVB=0.0166497;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.502537;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.000828342;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:72:0:3:69:69:0.958333:27:42:0:0:27:42:2:1 chr21 34925142 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.215;QD=60.9771;RBI=0.0651545;REFB=0;REVB=-0.0245607;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256365;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr21 34926260 . C T 1752.89 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251798;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.359;QD=60.97;RBI=0.029077;REFB=0;REVB=-0.0145414;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72374e-05;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:60:55:0:0:60:55:0:0 chr21 34948684 . G GA 735.3 PASS AF=1;AO=62;DP=69;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172763;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.3885;QD=44.5637;RBI=0.174187;REFB=0;REVB=-0.0222288;RO=6;SAF=41;SAR=21;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000996695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00296694;OID=.;OPOS=34948685;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:69:66:66:0:44:22:0:0:14:6:41:21:4:2 chr21 34948696 . GAC G,GC,GCC 1003.2 PASS AF=0,1,0;AO=14,52,3;DP=69;FAO=0,69,0;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43,0;FSAR=0,26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483429,0.0555207,0.0559675;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=102.14,122.032,102.422;QD=58.1566;RBI=0.0569311,0.0573464,0.056365;REFB=0,0,0;REVB=-0.0300685,-0.0143547,0.0066822;RO=0;SAF=14,26,3;SAR=0,26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-3.44219e-06,0;OID=.,.,.;OPOS=34948697,34948697,34948697;OREF=AC,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=G,GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:14,52,3:69:0,69,0:69:0:0,43,0:0,26,0:0:0:5:0:14,26,3:0,26,0:0:0 chr21 35201947 . C T 464.76 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0714658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2195;QD=22.1315;RBI=0.0786438;REFB=-0.0320641;REVB=0.032825;RO=39;SAF=23;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417221;STB=0.522993;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0326608;OID=.;OPOS=35201947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:22:23:18:21:22:23:18:21 chr21 35237608 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.939;QD=49.5992;RBI=0.0452007;REFB=0;REVB=0.0167438;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170095;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:12:6:0:0 chr21 35260481 . T C 207.54 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0131631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8228;QD=15.0938;RBI=0.0135171;REFB=-0.0129252;REVB=-0.00307348;RO=30;SAF=18;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332394;STB=0.698855;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0274609;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:6:18:13:17:6:18:13:18 chr21 35275955 . G A 289.14 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8631;QD=52.5704;RBI=0.0742226;REFB=0;REVB=0.0178079;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864135;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr21 35281393 . A G 746.29 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.098;QD=56.3235;RBI=0.0663096;REFB=0;REVB=0.0586344;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613554;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:53:0:0:48:53:1:18:30:0:0:21:32:0:0 chr21 35467645 . A G 1720.23 PASS AF=0.97479;AO=115;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0194149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.78;QD=57.8228;RBI=0.0198961;REFB=-0.0414109;REVB=0.00434934;RO=4;SAF=58;SAR=57;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000277312;STB=0.504419;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000335142;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:119:4:3:115:116:0.97479:57:58:2:2:57:59:1:2 chr21 35469193 . C A 123.02 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.142062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0444;QD=37.8515;RBI=0.152173;REFB=0.0169482;REVB=-0.0545449;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0191383;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:0:1:6:6:0:1 chr21 35469708 . G A,GA 359.43 PASS AF=0,1;AO=4,31;DP=52;FAO=0,51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.08177,0.204525;FXX=0;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=7.74322,9.25748;QD=28.1905;RBI=0.0819645,0.20523;REFB=-0.00229488,-0.014192;REVB=-0.00564325,-0.0169964;RO=14;SAF=2,19;SAR=2,12;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.437041,-0.153007;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00847968;OID=.,.;OPOS=35469708,35469709;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:52:51:14:0:4,31:0,51:0,1:2,12:2,19:12:2:0,18:0,33:0:0 chr21 35469726 . G GT 639.77 PASS AF=1;AO=49;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10022;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.2142;QD=48.2845;RBI=0.119385;REFB=0;REVB=-0.064875;RO=2;SAF=32;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124008;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0039113;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:55:53:53:0:34:19:0:0:11:2:32:17:1:1 chr21 35469852 . C A 545.02 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0168683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7874;QD=57.3702;RBI=0.0736088;REFB=-0.129823;REVB=0.07165;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00581203;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:0:1:20:17:0:1 chr21 35470041 . AG A,AT 370.41 PASS AF=0.259259,0.740741;AO=8,10;DP=27;FAO=7,20;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=6,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637404,-0.0642159;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.348,155.166;QD=54.876;RBI=0.0637644,0.0670709;REFB=0,0;REVB=0.00174929,-0.0193602;RO=0;SAF=2,6;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00320468,0.00315023;OID=.,.;OPOS=35470042,35470042;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.259259,0.740741:8,10:27:7,20:27:0:1,8:6,12:0:0:15:0:2,6:6,4:0:0 chr21 35470210 . T G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.576;QD=57.6807;RBI=0.0262384;REFB=0;REVB=-0.00844207;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2415e-05;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr21 35470213 . C A 460.85 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0324;QD=55.8606;RBI=0.0478042;REFB=-0.0157267;REVB=-0.04757;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301077;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254982;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:1:0:32:33:1:17:15:1:0:17:16:0:0 chr21 35471716 . T G 308.33 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00228887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.932;QD=15.8116;RBI=0.0231051;REFB=-0.0194312;REVB=-0.0229915;RO=44;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364184;STB=0.520536;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0230204;OID=.;OPOS=35471716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:19:15:21:23:19:15:21:23 chr21 35471815 . T C 697.08 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0283969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.374;QD=56.9043;RBI=0.0472021;REFB=-0.120001;REVB=0.0377049;RO=3;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242715;STB=0.512929;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00150592;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:3:3:46:46:0.938776:21:25:1:2:21:25:1:2 chr21 35472989 . T C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0168568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.833;QD=17.1565;RBI=0.0182551;REFB=0.00434056;REVB=0.00700694;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215438;STB=0.622504;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00493223;OID=.;OPOS=35472989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:6:14:8:9:6:14 chr21 35474410 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.103;QD=49.5992;RBI=0.025122;REFB=0;REVB=0.0209946;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51957e-05;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr21 35474604 . T C 206.91 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00901611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3049;QD=17.2427;RBI=0.0137354;REFB=-0.00705127;REVB=0.010362;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159191;STB=0.509082;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0105411;OID=.;OPOS=35474604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:15:12:9:12:15:12 chr21 35475823 . G A 285.47 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0349279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9854;QD=20.391;RBI=0.0363385;REFB=-0.02099;REVB=-0.0100265;RO=25;SAF=10;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161231;STB=0.582222;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0156437;OID=.;OPOS=35475823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:20:10:13:12:20:10:13:13 chr21 35477474 . GT G 42.58 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0375999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.175;QD=4.60341;RBI=0.0698992;REFB=-0.0308685;REVB=-0.0589249;RO=25;SAF=9;SAR=1;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561717;STB=0.871321;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.0580046;OID=.;OPOS=35477475;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297:10:37:11:37:26:10:1:12:14:42:25:9:1:12:13 chr21 35893737 . T C 706.9 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3075;QD=62.8354;RBI=0.0350199;REFB=0;REVB=-0.0225497;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307826;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:29:16:0:0 chr21 36042203 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3296;QD=46.8478;RBI=0.105654;REFB=0;REVB=-0.0217826;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034755;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr21 36411119 . G T 313.33 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.528;QD=52.2221;RBI=0.0061559;REFB=0;REVB=-0.0055881;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144192;OID=.;OPOS=36411119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:15:9:0:0 chr21 37429679 . G C 243.85 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353295;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6873;QD=51.3358;RBI=0.0507282;REFB=0;REVB=0.0364031;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250971;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr21 37443480 . T G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0188122;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.487;QD=20.601;RBI=0.019672;REFB=-0.0292219;REVB=0.00575212;RO=19;SAF=4;SAR=16;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194841;STB=0.610989;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0222199;OID=.;OPOS=37443480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:16:4:7:12:16:4:7:12 chr21 37507745 . C T 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.483;QD=59.6782;RBI=0.0496299;REFB=0;REVB=0.0400393;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202093;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr21 37507769 . C T 275.59 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00729467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.77;QD=18.0716;RBI=0.0315552;REFB=-0.0228877;REVB=-0.0307005;RO=30;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119522;STB=0.557339;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0150145;OID=.;OPOS=37507769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:30:31:30:30:0.491803:15:15:19:11:15:15:19:12 chr21 37518706 . G A 73.82 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00280301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.401;QD=9.84248;RBI=0.00921302;REFB=-0.0118448;REVB=0.00877627;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278625;STB=0.640553;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0250543;OID=.;OPOS=37518706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:18:20:9:10:0.333333:7:2:8:10:7:3:10:10 chr21 37617630 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00986535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.531;QD=44.6891;RBI=0.0333815;REFB=0;REVB=-0.0318904;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000469736;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr21 37741744 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00323065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.229;QD=10.3903;RBI=0.022083;REFB=-0.00645877;REVB=-0.0218454;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425288;STB=0.756881;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0159268;OID=.;OPOS=37741744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:8:3:5:2:8:3 chr21 37781046 . C T 805.11 PASS AF=0.936508;AO=57;DP=61;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.102891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8678;QD=51.1183;RBI=0.122673;REFB=-0.0930684;REVB=0.066799;RO=4;SAF=19;SAR=38;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566293;STB=0.526854;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00919669;OID=.;OPOS=37781046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:63:4:4:57:59:0.936508:38:19:3:1:38:21:3:1 chr21 38081562 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.765;QD=39.2068;RBI=0.030926;REFB=0;REVB=0.00374886;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253034;OID=.;OPOS=38081562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr21 38081577 . C G 130.61 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.371;QD=43.5351;RBI=0.158906;REFB=0;REVB=0.122414;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014846;OID=.;OPOS=38081577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:6:4:0:0:7:5:0:0 chr21 38444863 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.684;QD=58.2394;RBI=0.0500957;REFB=0;REVB=0.00908043;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238547;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr21 38495270 . A AT,T 746.49 PASS AF=1,0;AO=48,4;DP=61;FAO=59,0;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.142863,-0.0679792;FXX=0.0327815;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=21.4535,122.088;QD=50.6092;RBI=0.179831,0.069709;REFB=-0.00101038,0.0364325;REVB=0.109222,-0.0154329;RO=7;SAF=14,3;SAR=34,1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.151515,-0.158242;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00200034,0;OID=.,.;OPOS=38495271,38495270;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:59:7:0:48,4:59,0:1,0:34,1:14,3:6:1:36,0:23,0:0:0 chr21 38512956 . A G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0136903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.479;QD=54.4818;RBI=0.0142417;REFB=-0.114803;REVB=0.00392456;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000700293;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:0:1:17:14:0:1 chr21 38525356 . T C 1482.37 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781279;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1693;QD=59.8936;RBI=0.0182884;REFB=0;REVB=0.0165356;RO=0;SAF=37;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507957;OID=.;OPOS=38525356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:98:99:1:61:37:0:0:62:37:0:0 chr21 38532058 . TG T 796.07 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.3924;QD=46.149;RBI=0.0531594;REFB=0;REVB=-0.0459789;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00110847;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:69:69:69:0:38:31:0:0:15:0:37:31:0:0 chr21 38532068 . G GA 666.55 PASS AF=1;AO=54;DP=67;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.4063;QD=44.437;RBI=0.272972;REFB=0;REVB=0.178154;RO=13;SAF=31;SAR=23;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131603;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00902655;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:67:60:60:0:36:24:0:0:12:13:31:23:7:6 chr21 38539844 . G A,T 488.5 PASS AF=0.911765,0.0882353;AO=30,3;DP=33;FAO=31,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00771058,0.0165283;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.1558,124.13;QD=57.4703;RBI=0.00987352,0.0211095;REFB=0,0;REVB=0.00616713,0.0131311;RO=0;SAF=13,1;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00810788,-0.0593875;OID=.,.;OPOS=38539844,38539844;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:33:34:0:0:30,3:31,3:0.911765,0.0882353:17,2:13,1:0:0:17,2:14,1:0:0 chr21 38563686 . G C 293.99 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00956042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.729;QD=12.6448;RBI=0.0103184;REFB=-0.0109307;REVB=0.00388174;RO=59;SAF=17;SAR=17;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936521;STB=0.505373;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0284759;OID=.;OPOS=38563686;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:17:17:30:29:17:17:30:29 chr21 38563725 . G A 928.77 PASS AF=0.970588;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0442815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.292;QD=54.6334;RBI=0.0603924;REFB=-0.0435299;REVB=-0.0410657;RO=2;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269723;STB=0.513885;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0019168;OID=.;OPOS=38563725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:68:2:2:64:66:0.970588:34:30:0:2:35:31:0:2 chr21 38568009 . G C 740.26 PASS AF=0.964286;AO=52;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0192989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0974;QD=52.8756;RBI=0.0327078;REFB=-0.0976016;REVB=0.0264075;RO=2;SAF=33;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100868;STB=0.505778;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.000290051;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:52:54:0.964286:19:33:1:1:19:35:1:1 chr21 38568307 . A AT 168.86 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0934948;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=30.8811;QD=42.214;RBI=0.0966841;REFB=0;REVB=0.0246282;RO=14;SAF=2;SAR=0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00300299;OID=.;OPOS=38568308;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:16:16:16:0:8:8:0:0:4:14:2:0:6:8 chr21 38568308 . C T 167.4 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00197772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0075;QD=41.8495;RBI=0.0186822;REFB=-0.0246266;REVB=-0.0185773;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607183;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00704018;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:1:0:8:7:1:0 chr21 38587916 . A G 789.38 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00366442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0962;QD=53.5171;RBI=0.0868412;REFB=-0.096437;REVB=0.0867638;RO=2;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351986;STB=0.502111;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00299987;OID=.;OPOS=38587916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:59:59:2:2:56:57:0.966102:31:25:1:1:32:25:1:1 chr21 38885442 . A G 436.23 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0129527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.096;QD=21.2793;RBI=0.0313553;REFB=-0.0357217;REVB=-0.0285549;RO=37;SAF=30;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121956;STB=0.583764;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0253421;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:39:43:43:0.52439:13:30:21:16:13:30:21:18 chr21 38997701 . G A 564.58 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.0299509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.105;QD=24.2829;RBI=0.0301129;REFB=-0.0139343;REVB=-0.00312011;RO=41;SAF=22;SAR=30;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15198;STB=0.582941;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0101856;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:30:22:10:31:30:22:10:31 chr21 39086965 . T C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0127886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.831;QD=17.1565;RBI=0.0136992;REFB=-0.00766343;REVB=-0.00491134;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189116;STB=0.664025;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00676803;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:20:17:17:0.459459:13:4:7:10:13:4:10:10 chr21 39213020 . G A 251.62 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00809233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.892;QD=20.5402;RBI=0.023986;REFB=-0.0200768;REVB=-0.0225797;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985021;STB=0.555508;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0253485;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:12:13:15:9:12:13 chr21 39671476 . G A 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00399974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.091;QD=18.4131;RBI=0.0113086;REFB=-0.0128763;REVB=0.0105777;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946641;STB=0.552814;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0123657;OID=.;OPOS=39671476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:15:18:15:19:15:18:15:19 chr21 39672624 . C A,G 725.64 PASS AF=0.0576923,0.942308;AO=3,49;DP=52;FAO=3,49;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=3,20;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00657697,0.0244629;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=72.8545,133.528;QD=55.8182;RBI=0.0317396,0.0302335;REFB=0,0;REVB=-0.0310507,-0.0177659;RO=0;SAF=3,20;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0681314,0.000169408;OID=.,.;OPOS=39672624,39672624;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:52:52:0:0:3,49:3,49:0.0576923,0.942308:0,29:3,20:0:0:0,29:3,20:0:0 chr21 39673299 . C T 338.8 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00893015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.242;QD=20.8495;RBI=0.0260548;REFB=-0.0209199;REVB=-0.0244766;RO=30;SAF=19;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173401;STB=0.595765;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0278113;OID=.;OPOS=39673299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:16:19:10:20:16:19:10:20 chr21 39870310 . G A 52.35 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00299925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.23;QD=6.54425;RBI=0.0361423;REFB=-0.00866052;REVB=-0.0360177;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246752;STB=0.653469;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0178302;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:22:24:8:8:0.25:3:5:9:13:3:5:10:14 chr21 40191431 . T G 300.28 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0260663;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0857;QD=14.2991;RBI=0.0281798;REFB=-0.0164416;REVB=-0.0107076;RO=49;SAF=18;SAR=16;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00125355;STB=0.506325;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.017885;OID=.;OPOS=40191431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:50:34:34:0.404762:16:18:26:23:16:18:27:23 chr21 40191638 . A G 171.63 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0031282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.267;QD=12.4822;RBI=0.00390146;REFB=-0.00877468;REVB=0.00233147;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838926;STB=0.548342;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0132847;OID=.;OPOS=40191638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:12:9:12:22:12:9:12:22 chr21 40195277 . T A 575.79 PASS AF=0.409938;AO=66;DP=161;FAO=66;FDP=161;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=53;FSRF=33;FSRR=62;FWDB=0.0121578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0259;QD=14.3054;RBI=0.0189124;REFB=-0.00156152;REVB=0.0144867;RO=94;SAF=13;SAR=53;SRF=32;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20212;STB=0.619843;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00251723;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:94:95:66:66:0.409938:53:13:32:62:53:13:33:62 chr21 40552307 . A G 256.31 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0404225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.436;QD=13.4899;RBI=0.0407284;REFB=-0.00744085;REVB=-0.00498209;RO=45;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584842;STB=0.539448;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0125209;OID=.;OPOS=40552307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:45:46:30:30:0.394737:15:15:20:25:15:15:20:26 chr21 40559007 . T C 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.015501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.532;QD=25.2438;RBI=0.0270326;REFB=-0.00686727;REVB=-0.0221468;RO=22;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154327;STB=0.585736;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00669121;OID=.;OPOS=40559007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:18:10:12:10:18:10:12:10 chr21 40571057 . CTTTTA CTTTAT 73.69 PASS AF=0.277778;AO=5;DP=19;FAO=5;FDP=18;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0555552;FXX=0.0526039;HRUN=4;LEN=2;MLLD=98.9704;QD=16.3758;RBI=0.0583341;REFB=-0.011078;REVB=-0.0177901;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363118;STB=0.665925;STBP=0.449;TYPE=mnp;VARB=0.0516653;OID=.;OPOS=40571061;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=CTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:5:19:5:18:7:4:1:4:3:30:5:4:1:2:3 chr21 40571246 . A G 662.18 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=112;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00705973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.768;QD=23.6493;RBI=0.0168505;REFB=-0.0112877;REVB=0.0153003;RO=48;SAF=22;SAR=42;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445569;STB=0.524353;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00905913;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:48:64:64:0.571429:42:22:19:29:42:22:19:29 chr21 40574305 . A G 293.18 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00228458;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.826;QD=20.2195;RBI=0.0255789;REFB=-0.00853521;REVB=0.0254767;RO=27;SAF=20;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226801;STB=0.612866;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0120361;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:30:31:0.534483:10:20:11:16:11:20:11:16 chr21 40584598 . C T 248.21 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0186828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.898;QD=16.2762;RBI=0.0234381;REFB=-0.0266758;REVB=-0.0141526;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836136;STB=0.547136;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0314547;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:12:16:16:17:12:16:16:17 chr21 40670460 . G C 250.64 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.011409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.432;QD=12.2262;RBI=0.0137471;REFB=-0.0135783;REVB=-0.00766918;RO=51;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271832;STB=0.646252;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.022512;OID=.;OPOS=40670460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:51:52:30:30:0.365854:15:15:13:38:15:15:14:38 chr21 40686020 . C T 601.1 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0183046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.449;QD=21.6613;RBI=0.0260672;REFB=-0.0256415;REVB=0.0185591;RO=50;SAF=23;SAR=37;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148792;STB=0.586377;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0158706;OID=.;OPOS=40686020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:51:60:60:0.540541:37:23:28:22:37:23:29:22 chr21 40686078 . G C 577.13 PASS AF=0.540816;AO=52;DP=97;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0487286;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.439;QD=23.5562;RBI=0.0492325;REFB=-0.0253011;REVB=0.0070258;RO=45;SAF=17;SAR=35;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237369;STB=0.622729;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0151338;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:45:45:52:53:0.540816:35:17:27:18:35:18:27:18 chr21 40686327 . T C 170.77 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00916043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.237;QD=17.515;RBI=0.0139254;REFB=-0.0158099;REVB=-0.0104882;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886335;STB=0.53188;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0196655;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:11:7:6:14:11:7:7:14 chr21 40769290 . A G 191.19 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8815;QD=47.7975;RBI=0.0691186;REFB=0;REVB=-0.00645853;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105566;OID=.;OPOS=40769290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr21 40823981 . G A 1153.83 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.486;QD=60.728;RBI=0.0434994;REFB=0;REVB=0.0423337;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96974e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:43:32:0:0:44:32:0:0 chr21 40871810 . T C 832.05 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217376;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5856;QD=55.4702;RBI=0.102868;REFB=0;REVB=0.100545;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365191;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:57:60:1:24:33:0:0:27:33:0:0 chr21 40883671 . G GAGA 556.17 PASS AF=0.821429;AO=45;DP=58;FAO=46;FDP=56;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0379842;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.6;QD=39.7265;RBI=0.0380576;REFB=-0.0577874;REVB=-0.00236279;RO=10;SAF=25;SAR=20;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152756;STB=0.510184;STBP=0.753;TYPE=ins;VARB=0.0098128;OID=.;OPOS=40883672;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.821429:45:58:46:56:10:25:21:6:4:59:10:25:20:6:4 chr21 40969826 . G C 785.04 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285915;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.088;QD=57.0935;RBI=0.0379733;REFB=0;REVB=0.0249899;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38553e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:24:31:0:0 chr21 41032740 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.053;QD=51.1823;RBI=0.0087221;REFB=0;REVB=0.00859719;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0755e-05;OID=.;OPOS=41032740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr21 41032804 . G A 843.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.384;QD=57.1718;RBI=0.0324803;REFB=0;REVB=0.0301872;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178287;OID=.;OPOS=41032804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:23:33:0:0:23:36:0:0 chr21 41034215 . G A 264.7 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0283597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.726;QD=20.7611;RBI=0.0320013;REFB=-0.00659924;REVB=-0.0148259;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118468;STB=0.506603;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00524721;OID=.;OPOS=41034215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:12:15:13:11:12:15:13:11 chr21 41137499 . A G 198.39 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00541916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.259;QD=14.6953;RBI=0.00569152;REFB=-0.00347348;REVB=0.00173957;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447399;STB=0.502536;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00487296;OID=.;OPOS=41137499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:31:22:23:0.425926:13:9:11:19:14:9:12:19 chr21 41137507 . G C 224.66 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.030673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0119;QD=17.6202;RBI=0.0349376;REFB=-0.036682;REVB=0.0167275;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081781;STB=0.546038;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.045262;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:9:18:14:10:9:18 chr21 41142932 . C T 420.52 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00107905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.014;QD=17.8943;RBI=0.00505034;REFB=-0.00810854;REVB=-0.00493372;RO=51;SAF=8;SAR=35;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408239;STB=0.730739;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00977672;OID=.;OPOS=41142932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:35:8:28:23:35:8:28:23 chr21 41151202 . C T 443.32 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0217322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.578;QD=20.1507;RBI=0.0280905;REFB=-0.0147753;REVB=-0.0177984;RO=44;SAF=15;SAR=29;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881456;STB=0.548975;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0190499;OID=.;OPOS=41151202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:29:15:19:25:29:15:19:25 chr21 41165462 . C A 160.21 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00793922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.734;QD=22.0976;RBI=0.0118118;REFB=0.00217506;REVB=-0.00874564;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161227;STB=0.522423;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.000374946;OID=.;OPOS=41165462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:29:12:12:16:17:0.586207:7:9:7:5:8:9:7:5 chr21 41173549 . T G 130.55 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0234074;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=66.6623;QD=22.7047;RBI=0.0355418;REFB=0.000735499;REVB=-0.0267453;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105825;STB=0.559359;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.000651642;OID=.;OPOS=41173549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:2:7:9:5:2:7 chr21 41297992 . C T 392.84 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0077161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2859;QD=17.2676;RBI=0.0575431;REFB=-0.02237;REVB=0.0570234;RO=49;SAF=16;SAR=25;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079198;STB=0.550636;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0507595;OID=.;OPOS=41297992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:50:41:41:0.450549:25:16:23:26:25:16:24:26 chr21 41465748 . G A 1250.18 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.341;QD=60.2496;RBI=0.0373818;REFB=-0.148716;REVB=0.00965324;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00030273;OID=.;OPOS=41465748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:40:42:0:0:40:42:0:1 chr21 42539569 . AC A 323.41 PASS AF=0.534247;AO=69;DP=146;FAO=78;FDP=146;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0714838;FXX=0.00680226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.8048;QD=8.86043;RBI=0.155809;REFB=0.0416268;REVB=0.138443;RO=59;SAF=22;SAR=47;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156292;STB=0.591027;STBP=0.023;TYPE=del;VARB=0.0175982;OID=.;OPOS=42539570;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534247:69:146:78:146:68:23:55:32:36:99:59:22:47:29:30 chr21 42622786 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.949;QD=64.153;RBI=0.0215496;REFB=0;REVB=0.0102031;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29658e-05;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr21 42717662 . T C 735.99 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018145;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.871;QD=61.3329;RBI=0.0361193;REFB=-0.0823319;REVB=0.0312309;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159381;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000867913;OID=.;OPOS=42717662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:17:29:1:0:18:29:1:0 chr21 42720579 . G A 194.0 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0133511;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.733;QD=17.6362;RBI=0.0695569;REFB=-0.0113927;REVB=0.0682636;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203561;STB=0.613529;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0113623;OID=.;OPOS=42720579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:24:19:20:0.454545:10:9:17:8:10:10:17:7 chr21 42775555 . A G 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00683886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5164;QD=37.8885;RBI=0.114655;REFB=-0.0434187;REVB=-0.114451;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000856113;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:0:1:7:5:0:1 chr21 42812891 . C T 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00588105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.915;QD=24.39;RBI=0.00678848;REFB=-0.0188169;REVB=0.00339069;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105524;STB=0.558765;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0105886;OID=.;OPOS=42812891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:10:10:9:5:10:10:9:5 chr21 42817930 . G A 104.43 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.015517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.542;QD=10.4432;RBI=0.0157826;REFB=0.00121751;REVB=0.00288323;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105416;STB=0.563122;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00349849;OID=.;OPOS=42817930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:6:7:12:15:6:7:12:15 chr21 42821113 . T C 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0383402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.436;QD=21.8391;RBI=0.038515;REFB=-0.00727144;REVB=0.00366566;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149175;STB=0.51063;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00859957;OID=.;OPOS=42821113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:12:13:12:11:12:13:13:11 chr21 42824661 . A G 222.78 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00124903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5157;QD=16.5022;RBI=0.0934632;REFB=-0.0171232;REVB=0.0934548;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217963;STB=0.52315;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0351984;OID=.;OPOS=42824661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:29:24:25:0.462963:13:11:13:14:14:11:14:15 chr21 42838104 . G C 74.24 PASS AF=0.6;AO=4;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0948901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8577;QD=19.7967;RBI=0.0998932;REFB=-0.0208339;REVB=0.0312173;RO=4;SAF=2;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201109;STB=0.571265;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.024108;OID=.;OPOS=42838104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:15:4:6:4:9:0.6:2:2:3:1:3:6:3:3 chr21 42845374 . G A 729.65 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0224013;FXX=0.0258048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.774;QD=19.3286;RBI=0.0228958;REFB=-0.0561575;REVB=0.0047325;RO=72;SAF=38;SAR=37;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553919;STB=0.523207;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0413391;OID=.;OPOS=42845374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:151:72:76:75:75:0.496689:37:38:32:40:37:38:35:41 chr21 42848560 . CAG C,CG,CGG 213.43 PASS AF=1,0,0;AO=15,2,2;DP=19;FAO=18,0,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653118,-0.00762995,-0.00796878;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=249.668,233.017,220.855;QD=47.4297;RBI=0.0120268,0.0145617,0.015638;REFB=0,0,0;REVB=-0.0100989,-0.0124027,-0.0134553;RO=0;SAF=8,2,1;SAR=7,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.000365107,0.0329638,0;OID=.,.,.;OPOS=42848561,42848561,42848561;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:15,2,2:19:18,0,0:18:0:11,0,0:7,0,0:0:0:4:0:8,2,1:7,0,1:0:0 chr21 43161022 . C T 205.78 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0139166;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9148;QD=21.6615;RBI=0.0645471;REFB=-0.0334342;REVB=0.063029;RO=18;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884096;STB=0.549948;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0174126;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:18:20:20:0.526316:5:15:12:6:5:15:12:6 chr21 43161357 . T C 249.63 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0312084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1924;QD=18.491;RBI=0.057048;REFB=-0.00645565;REVB=-0.0477546;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145973;STB=0.518815;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0144959;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:15:11:11:16:15:12:11:16 chr21 43161805 . G A 160.14 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0109491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.939;QD=11.6466;RBI=0.0110339;REFB=-0.0145774;REVB=-0.00136489;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141084;STB=0.573455;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0130219;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:35:20:20:0.363636:12:8:18:16:12:8:18:17 chr21 43161877 . C T 207.75 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.061192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.484;QD=17.6808;RBI=0.0617201;REFB=-0.0353329;REVB=0.00805676;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106976;STB=0.560917;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0348294;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:9:12:12:14:9:12:12:14 chr21 43162150 . G A 385.98 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=103;FAO=44;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.00452053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.913;QD=14.8453;RBI=0.0177252;REFB=-0.00828109;REVB=0.0171391;RO=44;SAF=17;SAR=26;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972963;STB=0.501844;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.011529;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:44:60:43:44:0.423077:26:17:22:22:27:17:23:37 chr21 43164232 . C A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0178264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.29;QD=14.9784;RBI=0.0323738;REFB=-0.0151658;REVB=-0.0270237;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43747;STB=0.749583;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0241256;OID=.;OPOS=43164232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:1:10:4:6:1:10 chr21 43218520 . G A 1219.49 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00210445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.421;QD=58.7706;RBI=0.0152425;REFB=-0.0734113;REVB=0.0150965;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500447;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.000240443;OID=.;OPOS=43218520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:0:2:80:81:0.975904:41:39:0:0:42:39:1:1 chr21 43218807 . C T 743.59 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300068;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7537;QD=54.0794;RBI=0.0322028;REFB=-0.1159;REVB=0.011688;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00159138;OID=.;OPOS=43218807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:52:54:0.981818:16:36:0:0:18:36:1:0 chr21 43219728 . A T 1005.47 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.701;QD=59.1453;RBI=0.0155219;REFB=0;REVB=0.010552;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05256e-06;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:32:33:0:0:33:35:0:0 chr21 43220380 . C A 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00627761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.897;QD=61.3313;RBI=0.0180533;REFB=0;REVB=0.0169267;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43038e-05;OID=.;OPOS=43220380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr21 43221483 . A G 239.26 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.311;QD=50.3713;RBI=0.0184763;REFB=0;REVB=-0.0168618;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0457e-05;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:7:12:0:0 chr21 43221826 . T C 382.63 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0869884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.752;QD=52.7765;RBI=0.0940661;REFB=-0.129957;REVB=-0.0357972;RO=1;SAF=7;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618951;STB=0.533309;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00227627;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:21:7:1:0:21:7:1:0 chr21 43236176 . G A 213.15 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0736692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.175;QD=16.0866;RBI=0.0736913;REFB=-0.00832592;REVB=-0.00180449;RO=29;SAF=5;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313523;STB=0.679684;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00906534;OID=.;OPOS=43236176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:19:5:14:15:19:5:14:15 chr21 43239972 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.551;QD=63.8703;RBI=0.0430681;REFB=0;REVB=0.0114308;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016097;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:16:31:0:0:16:32:0:0 chr21 43243585 . A G 558.87 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0177252;FXX=0.046508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8204;QD=18.1746;RBI=0.0292948;REFB=-0.0248703;REVB=-0.0233239;RO=62;SAF=16;SAR=42;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30098;STB=0.679747;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0138175;OID=.;OPOS=43243585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:123:62:65:58:58:0.471545:42:16:36:26:42:16:39:26 chr21 43256252 . C T 363.25 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.013303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.834;QD=18.1627;RBI=0.0133182;REFB=-0.0234418;REVB=0.000635753;RO=42;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497237;STB=0.527763;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0304044;OID=.;OPOS=43256252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:21:17:21:21:21:17:21:21 chr21 43267260 . C T 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0177417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.094;QD=17.379;RBI=0.020948;REFB=-0.0280594;REVB=0.0111378;RO=37;SAF=15;SAR=18;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181646;STB=0.601482;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0238938;OID=.;OPOS=43267260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:18:15:24:13:18:15:24:13 chr21 43327793 . C T 964.58 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=73;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0397978;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.153;QD=53.5878;RBI=0.0634825;REFB=-0.0987935;REVB=0.0494587;RO=2;SAF=37;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00239951;STB=0.511548;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00109941;OID=.;OPOS=43327793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:72:2:4:68:68:0.944444:31:37:1:1:31:37:3:1 chr21 43408317 . T TAAAGA 143.91 PASS AF=0.483871;AO=13;DP=36;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0359492;FXX=0.114253;HRUN=3;LEN=5;MLLD=197.211;QD=18.5695;RBI=0.0385157;REFB=0.0116457;REVB=-0.0138246;RO=18;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262508;STB=0.5817;STBP=0.481;TYPE=ins;VARB=-0.0103725;OID=.;OPOS=43408318;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:13:36:15:31:16:3:12:5:11:99:18:2:11:6:12 chr21 43413731 . C T 422.25 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0271126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.324;QD=20.8517;RBI=0.0271696;REFB=0.00217506;REVB=0.00175776;RO=39;SAF=24;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515992;STB=0.528558;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00187245;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:18:24:20:19:18:24:20:19 chr21 43442385 . C T 252.54 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.129561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.937;QD=21.0449;RBI=0.129562;REFB=0.0212065;REVB=0.000421793;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262766;STB=0.647763;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0153007;OID=.;OPOS=43442385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:16:8:15:9:16:8:15:9 chr21 43504228 . T C 356.11 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0154317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.506;QD=30.3071;RBI=0.0201702;REFB=-0.0146176;REVB=-0.0129884;RO=16;SAF=16;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139497;STB=0.585859;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00306676;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:17:30:30:0.638298:14:16:5:11:14:16:5:12 chr21 43506649 . G A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00365537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.742;QD=7.03221;RBI=0.0101725;REFB=-0.0126797;REVB=-0.00949302;RO=26;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887829;STB=0.555438;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0348877;OID=.;OPOS=43506649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:6:3:7:19:6:3:7:19 chr21 43510514 . C G 265.27 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0291384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2259;QD=27.2076;RBI=0.0355172;REFB=0.00351082;REVB=0.0203083;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136281;STB=0.575103;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00246293;OID=.;OPOS=43510514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:13:11:4:11:13:11:4:11 chr21 43522349 . T C 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0265459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.13;QD=6.73532;RBI=0.0269908;REFB=-3.01981e-05;REVB=0.00488019;RO=36;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306101;STB=0.698622;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00025023;OID=.;OPOS=43522349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:9:2:14:22:9:2:14:22 chr21 43523941 . C A 549.39 PASS AF=0.433824;AO=58;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.00301814;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.799;QD=16.1586;RBI=0.0257717;REFB=-0.0250673;REVB=-0.0255944;RO=75;SAF=38;SAR=20;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169525;STB=0.588205;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0269426;OID=.;OPOS=43523941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:77:58:59:0.433824:20:38:37:38:21:38:38:39 chr21 43524018 . G A 364.51 PASS AF=0.378151;AO=40;DP=118;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.015047;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.685;QD=12.2525;RBI=0.0577561;REFB=0.0014998;REVB=0.0557616;RO=77;SAF=24;SAR=16;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194799;STB=0.554166;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00459204;OID=.;OPOS=43524018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:77:74:40:45:0.378151:16:24:33:44:21:24:33:41 chr21 43531008 . T C,G 1431.8 PASS AF=0.978495,0.0215054;AO=84,5;DP=90;FAO=91,2;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48,2;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321368,-0.00612548;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.2613,142.49;QD=61.5827;RBI=0.0623671,0.0229557;REFB=0,0;REVB=0.0534498,0.0221234;RO=0;SAF=46,1;SAR=38,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=2.981e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00325061,0.191278;OID=.,.;OPOS=43531008,43531008;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:90:93:0:0:84,5:91,2:0.978495,0.0215054:38,4:46,1:0:0:43,0:48,2:0:0 chr21 43531553 . A C 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.917;QD=56.9355;RBI=0.0354324;REFB=0;REVB=-0.0187461;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65581e-05;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr21 43531632 . T C 1172.19 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.102;QD=60.8929;RBI=0.0439945;REFB=0;REVB=-0.0438141;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.76937e-05;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:36:40:0:0:37:40:0:0 chr21 43547788 . T C 237.89 PASS AF=0.473684;AO=25;DP=55;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0120956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.763;QD=16.694;RBI=0.0321272;REFB=-0.0231279;REVB=0.0297634;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393535;STB=0.50404;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0183984;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:30:30:25:27:0.473684:11:14:18:12:11:16:18:12 chr21 43691232 . G A 261.2 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.000776185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.093;QD=12.2917;RBI=0.0101231;REFB=-0.0128388;REVB=-0.0100933;RO=54;SAF=13;SAR=18;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150142;STB=0.586308;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0235731;OID=.;OPOS=43691232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:18:13:30:24:18:13:30:24 chr21 43786512 . C T 154.95 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0140455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.27;QD=22.9554;RBI=0.0500062;REFB=-0.0261556;REVB=-0.0479932;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126749;STB=0.571338;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0323781;OID=.;OPOS=43786512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:6:10:5:6:6:10:5:6 chr21 43786606 . G A 164.59 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.000557159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7758;QD=13.4363;RBI=0.0415945;REFB=-0.00852256;REVB=-0.0415908;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249203;STB=0.619582;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0154672;OID=.;OPOS=43786606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:31:17:18:0.367347:12:5:14:13:12:6:16:15 chr21 43792869 . C T 1090.78 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.783;QD=58.961;RBI=0.0325873;REFB=0;REVB=0.0313526;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51928e-05;OID=.;OPOS=43792869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:34:35:0:0:38:36:0:0 chr21 43803167 . T C 135.92 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0147246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.996;QD=17.5382;RBI=0.040029;REFB=-0.0152688;REVB=-0.0372225;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236024;STB=0.513496;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.01418;OID=.;OPOS=43803167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:10:6:6:9:10:6 chr21 43803308 . C CTA 94.19 PASS AF=0.27907;AO=11;DP=44;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00347808;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.955;QD=8.7623;RBI=0.0123648;REFB=-0.00882055;REVB=-0.0118656;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14868;STB=0.558044;STBP=0.667;TYPE=ins;VARB=0.022476;OID=.;OPOS=43803309;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27907:11:44:12:43:31:6:6:18:13:94:31:5:6:18:13 chr21 43805637 . C T 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0458297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8955;QD=14.6962;RBI=0.046143;REFB=0.0143268;REVB=0.00536782;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704766;STB=0.533301;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0118417;OID=.;OPOS=43805637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:15:6:10:19:15:6:10:20 chr21 43824106 . A G 814.6 PASS AF=0.442708;AO=79;DP=190;FAO=85;FDP=192;FR=.;FRO=107;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=65;FWDB=0.0316101;FXX=0.0153838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.049;QD=16.9708;RBI=0.0318091;REFB=-0.0259665;REVB=0.00355218;RO=109;SAF=32;SAR=47;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00835159;STB=0.517785;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0336804;OID=.;OPOS=43824106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:109:107:79:85:0.442708:47:32:45:64:49:36:42:65 chr21 43824123 . G C 551.61 PASS AF=0.4;AO=64;DP=161;FAO=64;FDP=160;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=59;FWDB=0.00248471;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.41;QD=13.7904;RBI=0.0120373;REFB=-0.02164;REVB=-0.011778;RO=94;SAF=30;SAR=34;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803508;STB=0.550497;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0358397;OID=.;OPOS=43824123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:94:96:64:64:0.4:34:30:37:57:34:30:37:59 chr21 43824136 . C T 488.97 PASS AF=0.375796;AO=59;DP=157;FAO=59;FDP=157;FR=.;FRO=98;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.0454982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0874;QD=12.4579;RBI=0.0701558;REFB=-0.00494354;REVB=0.0534018;RO=97;SAF=26;SAR=33;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00856245;STB=0.507676;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00749919;OID=.;OPOS=43824136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:97:98:59:59:0.375796:33:26:42:55:33:26:42:56 chr21 43855067 . A C 817.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.232;QD=57.3709;RBI=0.043287;REFB=0;REVB=0.0114095;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269576;OID=.;OPOS=43855067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr21 43863521 . A G 955.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.533;QD=58.7727;RBI=0.0700083;REFB=0;REVB=0.0177506;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660809;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr21 43985955 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.606;QD=61.3345;RBI=0.0201447;REFB=0;REVB=0.0142642;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120861;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr21 44189166 . T C 313.09 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.0207017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.943;QD=16.9239;RBI=0.021976;REFB=-0.0235872;REVB=-0.00737458;RO=40;SAF=20;SAR=14;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194456;STB=0.608119;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0113276;OID=.;OPOS=44189166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:14:20:31:9:14:20:31:9 chr21 44189172 . A C 308.78 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=-0.00879944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.313;QD=16.2513;RBI=0.0485036;REFB=-0.0151027;REVB=0.0476988;RO=41;SAF=18;SAR=15;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241411;STB=0.630998;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0182033;OID=.;OPOS=44189172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:42:33:34:0.447368:15:18:32:9:15:19:33:9 chr21 44270229 . C T 728.32 PASS AF=0.403846;AO=83;DP=211;FAO=84;FDP=208;FR=.;FRO=124;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=0.023454;FXX=0.0142173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.124;QD=14.0062;RBI=0.0235548;REFB=-0.012267;REVB=0.00217632;RO=117;SAF=50;SAR=33;SRF=52;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16572;STB=0.595215;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0200894;OID=.;OPOS=44270229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:208:117:124:83:84:0.403846:33:50:52:65:34:50:54:70 chr21 44273858 . G A 291.39 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0133739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.554;QD=16.892;RBI=0.0180466;REFB=0.0196314;REVB=0.0121169;RO=36;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121352;STB=0.57616;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0260284;OID=.;OPOS=44273858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:12:20:18:18:12:20:18:19 chr21 44293744 . C G 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0028609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3864;QD=20.2738;RBI=0.0770539;REFB=0.0081229;REVB=-0.0770008;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181034;STB=0.510195;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0105216;OID=.;OPOS=44293744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:13:11:11:12:13:11 chr21 44323590 . T G 139.18 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0402231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5955;QD=14.6502;RBI=0.0442457;REFB=-0.0279329;REVB=-0.0184334;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571694;STB=0.509987;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0385701;OID=.;OPOS=44323590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:15:16:0.421053:9:6:10:12:9:7:10:12 chr21 44324365 . G A 387.07 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0483639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2125;QD=18.6538;RBI=0.0492833;REFB=0.0041438;REVB=0.00947512;RO=43;SAF=23;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159886;STB=0.508908;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00434813;OID=.;OPOS=44324365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:17:23:24:19:17:23:24:19 chr21 44327015 . G A 214.25 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0138409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.528;QD=20.9025;RBI=0.0139425;REFB=-0.0113248;REVB=-0.00167974;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510628;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0134129;OID=.;OPOS=44327015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:20:20:21:0.512195:9:11:11:9:9:12:11:9 chr21 44371114 . T C 123.16 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00360493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.036;QD=37.8946;RBI=0.0253252;REFB=-0.0415001;REVB=0.0250673;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531285;STB=0.529364;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00104068;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:4:8:1:0:4:8:1:0 chr21 44437074 . G A 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00250803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.978;QD=6.48197;RBI=0.0298453;REFB=-0.0167961;REVB=-0.0297398;RO=33;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205763;STB=0.63385;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.047009;OID=.;OPOS=44437074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:8:2:11:22:8:2:11:22 chr21 44450392 . T C 89.95 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.118614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3216;QD=17.1336;RBI=0.12019;REFB=-0.0379812;REVB=0.019397;RO=10;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523202;STB=0.803003;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0404583;OID=.;OPOS=44450392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:10:10:11:11:0.52381:2:9:2:8:2:9:2:8 chr21 44450394 . T C 102.65 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.167851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1278;QD=19.5513;RBI=0.172555;REFB=-0.0330741;REVB=-0.0400147;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236841;STB=0.644916;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0666764;OID=.;OPOS=44450394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:20:21:9:9:11:12:0.571429:4:7:3:6:4:8:3:6 chr21 44450404 . C T 37.6 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0263591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.659;QD=8.8476;RBI=0.0420843;REFB=-0.0338766;REVB=-0.0328068;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308307;STB=0.691681;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0118647;OID=.;OPOS=44450404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:4:7:2:4:4:7 chr21 44480616 . G A 206.47 PASS AF=0.606061;AO=18;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.1251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4508;QD=25.027;RBI=0.127161;REFB=-0.0766113;REVB=0.0228034;RO=9;SAF=3;SAR=15;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242251;STB=0.71105;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0477599;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:9:13:18:20:0.606061:15:3:4:5:17:3:7:6 chr21 44579642 . CGGGG CGGG,CGGGC 151.06 PASS AF=0.392157,0.0392157;AO=19,4;DP=51;FAO=20,2;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=3,1;FSAR=17,1;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0900302,-0.000903837;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.8605,24.2141;QD=11.8478;RBI=0.103385,0.00352616;REFB=-0.12433,-0.0787321;REVB=-0.0508241,-0.00340835;RO=28;SAF=1,3;SAR=18,1;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.690635,0.216151;STB=0.781764,0.547912;STBP=0.005,0.862;TYPE=del,snp;VARB=0.117564,0.176767;OID=.,.;OPOS=44579643,44579646;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392157,0.0392157:19,4:51:20,2:51:29:3,1:17,1:16:13:99:28:1,3:18,1:16:12 chr21 44589215 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.7;QD=58.9625;RBI=0.0610305;REFB=0;REVB=0.0565538;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145596;OID=.;OPOS=44589215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr21 44592483 . T G 159.73 PASS AF=0.592593;AO=14;DP=29;FAO=16;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0102628;FXX=0.0689417;HRUN=6;LEN=1;MLLD=281.5;QD=23.6633;RBI=0.0180412;REFB=-0.0248264;REVB=-0.0148377;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355542;STB=0.504944;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00986181;OID=.;OPOS=44592483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:29:27:8:11:14:16:0.592593:6:8:5:3:6:10:7:4 chr21 44835508 . A G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0198386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7838;QD=13.2051;RBI=0.0289068;REFB=0.013859;REVB=0.0210245;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.024951;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:5:1:1:5:5:1 chr21 44837550 . CGGGGG CAGGGA 172.17 PASS AF=0.38;AO=16;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0154471;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=5;MLLD=263.919;QD=13.7738;RBI=0.0210864;REFB=-0.0234313;REVB=-0.0143535;RO=23;SAF=14;SAR=2;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39126;STB=0.75108;STBP=0.01;TYPE=mnp;VARB=0.0298596;OID=.;OPOS=44837551;OREF=GGGGG;OALT=AGGGA;OMAPALT=CAGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38:16:51:19:50:28:16:3:14:14:99:23:14:2:14:9 chr21 45092257 . T A 716.57 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0271861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.584;QD=48.5813;RBI=0.0284503;REFB=-0.121236;REVB=0.0083868;RO=5;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318925;STB=0.51696;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00948365;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:59:59:5:5:54:54:0.915254:33:21:1:4:33:21:1:4 chr21 45096206 . G A 610.4 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.334;QD=61.0401;RBI=0.107092;REFB=0;REVB=0.107043;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425995;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:25:15:0:0 chr21 45105635 . A T 36.2 PASS AF=0.170732;AO=10;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=3;FWDB=0.0160129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.436;QD=3.53124;RBI=0.0465167;REFB=-0.0101322;REVB=0.0436737;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=25;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576755;STB=0.741828;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0566217;OID=.;OPOS=45105635;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:41:41:25:34:10:7:0.170732:3:7:25:0:2:5:31:3 chr21 45105642 . TA AT,TT 43.85 PASS AF=0.163636,0;AO=8,2;DP=56;FAO=9,0;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=41;FSRR=5;FWDB=-0.0242575,0.00395815;FXX=0.017854;HRUN=7,1;LEN=2,1;MLLD=21.9668,247.686;QD=3.18879;RBI=0.0405591,0.00482088;REFB=-0.0275749,0.00130454;REVB=0.0325056,0.00275208;RO=38;SAF=6,0;SAR=2,2;SRF=34;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.301133,-0.718743;STB=0.745675,0.5;STBP=0.295,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00759855,0;OID=.,.;OPOS=45105642,45105643;OREF=TA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:56:55:38:46:8,2:9,0:0.163636,0:2,2:6,0:34:4:3,0:6,0:41:5 chr21 45107518 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.28;QD=63.5829;RBI=0.0365539;REFB=0;REVB=0.00952611;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72919e-05;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:26:21:0:0 chr21 45107562 . T C 556.62 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.74;QD=60.1756;RBI=0.0414697;REFB=0;REVB=0.0367876;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109514;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr21 45168884 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.986;QD=59.4356;RBI=0.0320134;REFB=0;REVB=0.0208493;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113291;OID=.;OPOS=45168884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr21 45181189 . C G 1340.61 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147732;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.997;QD=60.9368;RBI=0.0160519;REFB=-0.0556999;REVB=0.00627807;RO=2;SAF=38;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233037;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400775;OID=.;OPOS=45181189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:88:88:2:0:85:88:1:47:38:1:1:49:39:0:0 chr21 45215055 . C G 1141.87 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437564;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.238;QD=60.8998;RBI=0.0122273;REFB=0;REVB=0.0114175;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75033e-06;OID=.;OPOS=45215055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:29:46:0:0:29:46:0:0 chr21 45217559 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.43;QD=56.9996;RBI=0.0173544;REFB=0;REVB=0.0098757;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52216e-05;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr21 45217929 . T C 798.88 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0725512;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.276;QD=54.1614;RBI=0.0761927;REFB=-0.163684;REVB=0.0232737;RO=1;SAF=21;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021926;STB=0.504778;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00162051;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:59:1:2:57:57:0.966102:36:21:1:0:36:21:1:1 chr21 45219524 . T C 453.45 PASS AF=0.969697;AO=33;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0346568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5332;QD=54.9639;RBI=0.0577791;REFB=-0.0147633;REVB=0.0462312;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000770639;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:33:32:0.969697:18:15:0:0:17:15:0:1 chr21 45220483 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.189;QD=57.7124;RBI=0.0404553;REFB=0;REVB=0.0327192;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22544e-05;OID=.;OPOS=45220483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr21 45220787 . A G 1052.45 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043706;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.985;QD=60.14;RBI=0.00612554;REFB=0;REVB=-0.00429187;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471766;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:44:26:0:0 chr21 45404974 . C A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0523396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.967;QD=14.9786;RBI=0.0640163;REFB=-0.00927724;REVB=0.0368599;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.666349;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0114647;OID=.;OPOS=45404974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:8:3:6:4:8:3 chr21 45503121 . G A 61.36 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.144267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2062;QD=22.313;RBI=0.147286;REFB=-0.0261632;REVB=0.0296687;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448465;STB=0.545342;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0260579;OID=.;OPOS=45503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:4:3:7:8:0.727273:4:3:2:2:4:4:1:2 chr21 45506819 . T C 616.23 PASS AF=0.56701;AO=56;DP=99;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0129982;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.659;QD=25.4114;RBI=0.016087;REFB=-0.03571;REVB=-0.00947831;RO=42;SAF=33;SAR=23;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524136;STB=0.533886;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0211789;OID=.;OPOS=45506819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:42:42:56:55:0.56701:23:33:22:20:22:33:22:20 chr21 45528919 . G A 361.32 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00670965;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.022;QD=13.2593;RBI=0.0272627;REFB=-0.0168292;REVB=0.0264241;RO=64;SAF=18;SAR=25;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151861;STB=0.576887;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0335724;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:64:66:43:43:0.394495:25:18:36:28:25:18:36:30 chr21 45538647 . T C 402.18 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0208183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.362;QD=31.5435;RBI=0.0286121;REFB=-0.0152371;REVB=0.0196278;RO=15;SAF=28;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170545;STB=0.593165;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0051455;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:15:36:36:0.705882:8:28:8:7:8:28:8:7 chr21 45538725 . C A 349.05 PASS AF=0.59322;AO=26;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0202075;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.5094;QD=23.6644;RBI=0.0204191;REFB=-0.0211837;REVB=-0.00293175;RO=20;SAF=18;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240032;STB=0.614904;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0260873;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:20:24:26:35:0.59322:8:18:8:12:10:25:11:13 chr21 45540919 . A G 292.38 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.000374353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.452;QD=12.3109;RBI=0.0149964;REFB=-0.0144775;REVB=-0.0149917;RO=61;SAF=16;SAR=18;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114788;STB=0.565929;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0300897;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:61:34:34:0.357895:18:16:35:26:18:16:35:26 chr21 45544594 . T C 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0184089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.519;QD=14.7408;RBI=0.0184417;REFB=-0.0109886;REVB=0.00109954;RO=41;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205265;STB=0.61694;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0137128;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:21:9:20:21:21:9:20:21 chr21 45553596 . T C 84.1 PASS AF=0.224138;AO=14;DP=57;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0514076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7767;QD=5.79992;RBI=0.0550745;REFB=-0.00832802;REVB=-0.0197601;RO=40;SAF=8;SAR=6;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035332;STB=0.58366;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0490687;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:57:58:40:45:14:13:0.224138:6:8:24:16:6:7:29:16 chr21 45557227 . G A 224.82 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.000491777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.682;QD=13.0328;RBI=0.00637804;REFB=-0.0131432;REVB=0.00635905;RO=42;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690211;STB=0.539445;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0157906;OID=.;OPOS=45557227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:15:12:16:26:15:12:16:26 chr21 45565473 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.000268721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.306;QD=13.5055;RBI=0.0229957;REFB=-0.00539892;REVB=-0.0229941;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310868;STB=0.675456;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00713487;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:9:3:1:16:9:3:1:16 chr21 45649494 . A G 255.85 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9037;QD=51.1702;RBI=0.0093218;REFB=0;REVB=-0.00830369;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013196;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr21 45649499 . G A 92.18 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0127878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.669;QD=18.4355;RBI=0.0131702;REFB=-0.0159267;REVB=0.00315092;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164705;STB=0.594426;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0171287;OID=.;OPOS=45649499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:6:3:6:5:6:3 chr21 45649778 . A G 206.34 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0311613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.545;QD=8.97146;RBI=0.0348079;REFB=-0.0163863;REVB=-0.0155101;RO=62;SAF=13;SAR=14;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789075;STB=0.561752;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.033098;OID=.;OPOS=45649778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:65:27:27:0.293478:14:13:34:28:14:13:37:28 chr21 45649848 . T C 232.08 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.00516382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.125;QD=14.7351;RBI=0.00941627;REFB=-0.00290742;REVB=-0.00787408;RO=35;SAF=20;SAR=7;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274735;STB=0.513585;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00356527;OID=.;OPOS=45649848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:7:20:26:9:7:20:26:10 chr21 45708277 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0157808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.509;QD=18.4833;RBI=0.016727;REFB=-0.0102003;REVB=-0.00554594;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122806;STB=0.583694;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0133733;OID=.;OPOS=45708277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:12:7:10:10:12:7:11:10 chr21 45732116 . C T 1362.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9651;QD=61.9374;RBI=0.0176285;REFB=0;REVB=0.011291;RO=0;SAF=28;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229647;OID=.;OPOS=45732116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:59:28:0:0:59:29:0:0 chr21 45751822 . G A 314.99 PASS AF=0.421687;AO=32;DP=86;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0114422;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.444;QD=15.1801;RBI=0.0178391;REFB=-0.027657;REVB=0.0136861;RO=46;SAF=10;SAR=22;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115031;STB=0.55254;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0389809;OID=.;OPOS=45751822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:83:46:48:32:35:0.421687:22:10:19:27:24:11:19:29 chr21 45819189 . C T 458.46 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.00889326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.183;QD=14.2158;RBI=0.00919031;REFB=-0.0187852;REVB=0.00231771;RO=75;SAF=33;SAR=19;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165652;STB=0.601601;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0478602;OID=.;OPOS=45819189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:75:77:52:52:0.403101:19:33:36:39:19:33:36:41 chr21 45844751 . A G 3265.99 PASS AF=0.986111;AO=212;DP=217;FAO=213;FDP=216;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=125;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0374649;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.696;QD=60.4812;RBI=0.038925;REFB=-0.0522926;REVB=0.0105609;RO=3;SAF=87;SAR=125;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00211665;STB=0.501143;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00145224;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:217:216:3:3:212:213:0.986111:125:87:1:2:125:88:1:2 chr21 45876821 . C T 357.76 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00231952;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6708;QD=22.0158;RBI=0.0145989;REFB=-0.0245847;REVB=0.0144135;RO=28;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634442;STB=0.541751;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.018662;OID=.;OPOS=45876821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:28:29:36:36:0.553846:19:17:11:17:19:17:11:18 chr21 45878637 . A G 105.96 PASS AF=0.6;AO=7;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.339;QD=21.1917;RBI=0.00889298;REFB=-0.0273163;REVB=0.00889298;RO=8;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0359466;OID=.;OPOS=45878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:20:20:8:8:7:12:0.6:7:0:0:8:12:0:0:8 chr21 45928781 . C T 688.33 PASS AF=0.601852;AO=65;DP=108;FAO=65;FDP=108;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00755519;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.049;QD=25.4938;RBI=0.012893;REFB=-0.0192121;REVB=0.0104474;RO=43;SAF=31;SAR=34;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600448;STB=0.532636;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0122212;OID=.;OPOS=45928781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:43:43:65:65:0.601852:34:31:17:26:34:31:17:26 chr21 46011468 . G A 49.39 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.006563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.9854;QD=15.1961;RBI=0.0113251;REFB=-0.0422681;REVB=-0.00922955;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413035;STB=0.726508;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0378308;OID=.;OPOS=46011468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:13:13:5:6:7:7:0.538462:6:1:3:2:6:1:3:3 chr21 46012240 . A G 81.84 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0322189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.9203;QD=32.7356;RBI=0.0949404;REFB=-0.0925104;REVB=-0.0893063;RO=1;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593592;STB=0.533262;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00689973;OID=.;OPOS=46012240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:2:7:1:0:2:7:1:0 chr21 46020527 . C T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0731213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.531;QD=55.0097;RBI=0.0779862;REFB=-0.0911388;REVB=0.0271132;RO=1;SAF=25;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183157;STB=0.509798;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00646517;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:7:25:1:0:7:25:1:0 chr21 46021607 . A G 425.53 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5;QD=56.7377;RBI=0.0408022;REFB=0;REVB=0.0406994;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311007;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:8:21:0:0:8:22:0:0 chr21 46021759 . A G 993.85 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265791;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.122;QD=59.3342;RBI=0.0277915;REFB=0;REVB=0.00811883;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.1146e-05;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr21 46021934 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.611;QD=62.982;RBI=0.0396716;REFB=0;REVB=0.0301285;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125255;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr21 46021946 . C G 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.915;QD=63.8694;RBI=0.0465669;REFB=0;REVB=-0.0416921;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126009;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr21 46021954 . CTG C 633.14 PASS AF=1;AO=37;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172417;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.253;QD=61.7694;RBI=0.0022985;REFB=0;REVB=-0.00151998;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.65356e-05;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:41:41:41:0:23:18:0:0:4:0:21:16:0:0 chr21 46032094 . A G 487.1 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520602;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.323;QD=59.0418;RBI=0.0593842;REFB=0;REVB=0.0285696;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451315;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr21 46047418 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.974;QD=39.2067;RBI=0.0999502;REFB=0;REVB=0.0798742;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425469;OID=.;OPOS=46047418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr21 46047633 . A G 297.27 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429199;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.818;QD=54.0489;RBI=0.0559118;REFB=0;REVB=-0.0358331;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80674e-05;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr21 46047710 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.366;QD=53.2772;RBI=0.045967;REFB=0;REVB=0.0145472;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183832;OID=.;OPOS=46047710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr21 46047856 . C CT 82.87 PASS AF=1;AO=3;DP=12;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312303;FXX=0.333056;HRUN=0;LEN=1;MLLD=170.154;QD=41.4359;RBI=0.0342696;REFB=0;REVB=-0.0141093;RO=9;SAF=3;SAR=0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000970598;OID=.;OPOS=46047857;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:12:8:8:0:8:0:0:0:3:9:3:0:5:4 chr21 46047857 . C T 62.74 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0352633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.449;QD=20.9118;RBI=0.036069;REFB=-0.154868;REVB=0.0075812;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239249;STB=0.666295;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0135159;OID=.;OPOS=46047857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:3:4:8:8:0.666667:4:4:3:0:4:4:4:0 chr21 46047971 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.15097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7369;QD=35.5753;RBI=0.162081;REFB=0;REVB=0.0589763;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00700062;OID=.;OPOS=46047971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr21 46048053 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0755368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.548;QD=37.4884;RBI=0.0777024;REFB=0;REVB=0.0182169;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141279;OID=.;OPOS=46048053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr21 46048060 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.123;QD=33.4285;RBI=0.0408814;REFB=0;REVB=0.00859247;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287936;OID=.;OPOS=46048060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr21 46057393 . T A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2697;QD=44.6889;RBI=0.0522996;REFB=0;REVB=0.0442818;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823176;OID=.;OPOS=46057393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr21 46057422 . T A 37.1 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0259107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.38;QD=8.24429;RBI=0.0486683;REFB=-0.0104563;REVB=-0.0411976;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177981;STB=0.610759;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.035191;OID=.;OPOS=46057422;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:4:8:3:3:4:8 chr21 46057548 . A C 375.49 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000457312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.873;QD=55.6278;RBI=0.0330656;REFB=0;REVB=0.0330625;RO=0;SAF=23;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141795;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:4:23:0:0:4:23:0:0 chr21 46057590 . A T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0160966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.245;QD=16.9316;RBI=0.0586379;REFB=-0.0151887;REVB=-0.0563853;RO=12;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118671;OID=.;OPOS=46057590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:2:10:10:2:2:10:10:2 chr21 46057625 . T C 49.82 PASS AF=0.32;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.062426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.837;QD=7.97153;RBI=0.0683616;REFB=-0.0174631;REVB=-0.0278623;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523944;STB=0.734096;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0430221;OID=.;OPOS=46057625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:24:25:17:17:7:8:0.32:1:6:7:10:2:6:7:10 chr21 46057634 . T C 35.03 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0268028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4469;QD=5.00415;RBI=0.0414981;REFB=-0.00359002;REVB=-0.0316812;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532018;STB=0.851159;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0131056;OID=.;OPOS=46057634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:1:5:8:14:1:5:8:14 chr21 46057806 . G A 100.22 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.444;QD=40.0877;RBI=0.154288;REFB=0;REVB=0.0113709;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00474467;OID=.;OPOS=46057806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:9:0:0:0:9:1:0:0 chr21 46057958 . C T 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.098491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2771;QD=36.3449;RBI=0.0995748;REFB=-0.0991992;REVB=0.0146515;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00806166;OID=.;OPOS=46057958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:8:3:0:1:8:3:0:1 chr21 46058060 . C T 60.28 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.08369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.497;QD=17.2226;RBI=0.0967557;REFB=-0.025731;REVB=0.0485557;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101851;STB=0.655787;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0251653;OID=.;OPOS=46058060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:5:6:8:8:0.571429:7:1:1:4:7:1:2:4 chr21 46067180 . C T 114.77 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7821;QD=41.735;RBI=0.118935;REFB=0;REVB=0.0409902;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00639578;OID=.;OPOS=46067180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:1:0:10:11:1:6:4:1:0:6:5:0:0 chr21 46074202 . A G 122.51 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00924981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.487;QD=37.6954;RBI=0.0212788;REFB=0.0633351;REVB=0.0191632;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531285;STB=0.529364;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.000547129;OID=.;OPOS=46074202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:4:8:1:0:4:8:1:0 chr21 46074565 . C G 272.7 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0413939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3783;QD=14.9423;RBI=0.0523819;REFB=0.00837355;REVB=-0.0320999;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272202;STB=0.608665;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0114622;OID=.;OPOS=46074565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:42:30:31:0.424658:14:16:9:27:14:17:15:27 chr21 46077946 . A G 457.42 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00854517;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9693;QD=55.4445;RBI=0.00951026;REFB=-0.102854;REVB=-0.00417435;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345573;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00414924;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:0:1:13:19:0:1 chr21 46086377 . A G 69.01 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.016807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.515;QD=16.2371;RBI=0.0216421;REFB=-0.0349457;REVB=0.0136347;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117469;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0340403;OID=.;OPOS=46086377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:8:8:9:0.529412:3:5:6:2:4:5:6:2 chr21 46086407 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00326291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.361;QD=11.0195;RBI=0.0283146;REFB=-0.0224388;REVB=-0.028126;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427406;STB=0.526227;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0292097;OID=.;OPOS=46086407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:5:3:2:4:5:3 chr21 46086718 . GA CG 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0361319;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.625;QD=16.3859;RBI=0.041621;REFB=-0.0283041;REVB=-0.020659;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157762;STB=0.592997;STBP=0.476;TYPE=mnp;VARB=0.0249603;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:3:5:7:2:3:5 chr21 46086757 . GC AT 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705567;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.928;QD=44.6898;RBI=0.0727376;REFB=0;REVB=0.0176781;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000623024;OID=.;OPOS=46086757;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr21 46101939 . C T 79.43 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00851505;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2905;QD=11.7668;RBI=0.0394182;REFB=-0.0152533;REVB=0.0384876;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.644613;STB=0.832716;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0514093;OID=.;OPOS=46101939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:28:27:15:17:9:10:0.37037:8:1:11:4:8:2:13:4 chr21 46102015 . C T 111.76 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00205547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.0641;QD=16.5574;RBI=0.0115714;REFB=-0.0301053;REVB=0.0113873;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169167;STB=0.59755;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0297971;OID=.;OPOS=46102015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:8:6:8:5:8:6 chr21 46117792 . G A 39.75 PASS AF=0.5;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0143934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.562;QD=13.2495;RBI=0.0212253;REFB=-0.0446973;REVB=0.0155994;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0435458;OID=.;OPOS=46117792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:11:12:5:6:6:6:0.5:3:3:2:3:3:3:3:3 chr21 46233863 . G C 237.6 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.000175166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.447;QD=20.2213;RBI=0.0170013;REFB=-0.0336734;REVB=0.0170004;RO=24;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973648;STB=0.554626;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0121695;OID=.;OPOS=46233863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:9:14:17:7:9:14:17:7 chr21 46271452 . C T 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.012526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.628;QD=17.7158;RBI=0.0208753;REFB=-0.0122158;REVB=-0.0166997;RO=42;SAF=4;SAR=33;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278585;STB=0.659018;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00988453;OID=.;OPOS=46271452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:33:4:11:31:33:4:11:31 chr21 46311813 . A G 770.38 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0754178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8432;QD=55.0269;RBI=0.0792341;REFB=-0.0314435;REVB=-0.0242941;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192307;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00143321;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:30:24:1:0:30:25:1:0 chr21 46314907 . T A 704.74 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0185203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.61;QD=58.7286;RBI=0.0339352;REFB=-0.0815323;REVB=0.0284358;RO=2;SAF=26;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347981;STB=0.518511;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00141625;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:20:26:2:0:20:26:2:0 chr21 46328099 . T C 342.54 PASS AF=0.419355;AO=36;DP=90;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=-0.0570991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.619;QD=14.7327;RBI=0.0573253;REFB=-0.00964238;REVB=-0.00508768;RO=53;SAF=10;SAR=26;SRF=12;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698589;STB=0.547261;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00923288;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:53:54:36:39:0.419355:26:10:12:41:27:12:13:41 chr21 46330628 . C T 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00331757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.605;QD=17.0591;RBI=0.0132109;REFB=-0.0222996;REVB=-0.0127875;RO=38;SAF=12;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159153;STB=0.589418;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0271398;OID=.;OPOS=46330628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:21:12:20:18:21:12:20:18 chr21 46353637 . T C 655.32 PASS AF=0.414773;AO=73;DP=177;FAO=73;FDP=176;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=60;FWDB=0.00736307;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.643;QD=14.8935;RBI=0.0106536;REFB=-0.00703135;REVB=0.00769966;RO=98;SAF=38;SAR=35;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941419;STB=0.560108;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00760462;OID=.;OPOS=46353637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:98:103:73:73:0.414773:35:38:42:56:35:38:43:60 chr21 46353985 . A G 287.04 PASS AF=0.492063;AO=32;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00560439;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3995;QD=18.225;RBI=0.0609282;REFB=0.00146513;REVB=-0.0606699;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849804;STB=0.524038;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00206141;OID=.;OPOS=46353985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:32:32:31:0.492063:15:17:13:17:15:16:15:17 chr21 46354055 . A C,G 873.69 PASS AF=0.0952381,0.904762;AO=3,55;DP=59;FAO=6,57;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=6,38;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178214,-0.00712264;FXX=0.0307645;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.918,71.9358;QD=55.4725;RBI=0.0189263,0.0213025;REFB=0,0;REVB=-0.00637206,-0.0200764;RO=0;SAF=3,37;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.85968e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0670343,-0.00456419;OID=.,.;OPOS=46354055,46354055;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:59:63:0:0:3,55:6,57:0.0952381,0.904762:0,18:3,37:0:0:0,19:6,38:0:0 chr21 46354837 . C T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00438463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.905;QD=15.7818;RBI=0.0351421;REFB=-4.43308e-05;REVB=-0.0348675;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157537;STB=0.513078;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.000334127;OID=.;OPOS=46354837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:9:14:17:11:9:14:17:12 chr21 46355710 . A G 598.37 PASS AF=0.5;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0249843;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.054;QD=19.6187;RBI=0.0324535;REFB=-0.0153664;REVB=-0.0207127;RO=61;SAF=30;SAR=31;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744049;STB=0.541036;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0219808;OID=.;OPOS=46355710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:61:61:61:61:0.5:31:30:25:36:31:30:25:36 chr21 46387078 . G T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0421008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.987;QD=16.4266;RBI=0.0526602;REFB=0.00792565;REVB=0.0316327;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933525;STB=0.554352;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00477494;OID=.;OPOS=46387078;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:4:7:8:3:4:7 chr21 46396659 . G C 1305.86 PASS AF=0.44586;AO=139;DP=313;FAO=140;FDP=314;FR=.;FRO=174;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=63;FSRR=111;FWDB=-0.0135394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.698;QD=16.6352;RBI=0.0214366;REFB=-0.0376094;REVB=0.0166197;RO=166;SAF=59;SAR=80;SRF=62;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051852;STB=0.534083;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0341917;OID=.;OPOS=46396659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:314:166:174:139:140:0.44586:80:59:62:104:81:59:63:111 chr21 46572572 . A G 1029.38 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253593;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.274;QD=59.6743;RBI=0.0273556;REFB=0;REVB=-0.0102586;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55062e-05;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr21 46705345 . G A 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00353962;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.616;QD=7.27154;RBI=0.0437177;REFB=-0.00390633;REVB=-0.0435742;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287784;STB=0.666296;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0112763;OID=.;OPOS=46705345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:24:25:9:9:0.264706:3:6:10:14:3:6:11:14 chr21 46705621 . G A 356.66 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00374319;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.07;QD=26.9181;RBI=0.0120054;REFB=0.000815923;REVB=0.0114069;RO=16;SAF=17;SAR=17;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110193;STB=0.566;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00217539;OID=.;OPOS=46705621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:16:19:34:34:0.641509:17:17:11:5:17:17:13:6 chr21 46875564 . T C 867.19 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.072;QD=57.8127;RBI=0.0647857;REFB=0;REVB=0.00449948;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110854;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:44:16:0:0:44:16:0:0 chr21 46951556 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.176;QD=62.3493;RBI=0.0243319;REFB=0;REVB=0.0147596;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13143e-05;OID=.;OPOS=46951556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:14:28:0:0:15:28:0:0 chr21 46957794 . T C 1989.67 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000390265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.478;QD=62.1771;RBI=0.0472793;REFB=0;REVB=0.0472777;RO=0;SAF=56;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21615e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68079e-05;OID=.;OPOS=46957794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:72:56:0:0:72:56:0:0 chr21 47329352 . T C 1402.04 PASS AF=0.978947;AO=87;DP=89;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0214111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.426;QD=59.0334;RBI=0.0382829;REFB=0.0103677;REVB=0.0317356;RO=2;SAF=39;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222504;STB=0.501742;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00096413;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:95:2:2:87:93:0.978947:48:39:1:1:54:39:1:1 chr21 47404302 . G A 932.39 PASS AF=0.444444;AO=98;DP=226;FAO=100;FDP=225;FR=.;FRO=125;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=0.006791;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.159;QD=16.5758;RBI=0.00681698;REFB=-0.0121898;REVB=0.00059449;RO=121;SAF=49;SAR=49;SRF=68;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617375;STB=0.521098;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0154026;OID=.;OPOS=47404302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:121:125:98:100:0.444444:49:49:68:53:51:49:66:59 chr21 47409503 . A G 506.75 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033257;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.597;QD=59.6178;RBI=0.0384769;REFB=0;REVB=0.0193505;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91044e-05;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr21 47417415 . C A 158.67 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=0.0917569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7413;QD=17.1539;RBI=0.0921838;REFB=0.0136495;REVB=0.00886089;RO=20;SAF=1;SAR=16;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392953;STB=0.522362;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00591209;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:16:1:1:19:16:1:1:19 chr21 47420725 . TC T,TG 1132.22 PASS AF=0.151899,0.848101;AO=12,46;DP=78;FAO=12,67;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=3,33;FSAR=9,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441903,-0.111691;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.3657,50.8598;QD=57.3275;RBI=0.0511739,0.119757;REFB=0,0;REVB=0.0258066,0.0432061;RO=0;SAF=2,28;SAR=10,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.06241e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0297493,0.0112341;OID=.,.;OPOS=47420726,47420726;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.151899,0.848101:12,46:78:12,67:79:0:3,33:9,34:0:0:27:0:2,28:10,18:0:0 chr21 47536546 . C T 1009.34 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472455;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.904;QD=58.5125;RBI=0.0473156;REFB=0;REVB=-0.00257529;RO=1;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131466;OID=.;OPOS=47536546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:69:1:0:68:69:1:26:42:0:1:27:42:0:0 chr21 47538960 . G A 428.5 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.809;QD=57.1337;RBI=0.0407258;REFB=0;REVB=0.0385774;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148419;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr21 47542861 . A G 428.9 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7688;QD=57.1871;RBI=0.0180599;REFB=0;REVB=0.0176902;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452924;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:19:10:0:0:19:11:0:0 chr21 47545155 . A G 901.06 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00287855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9255;QD=56.3164;RBI=0.0514601;REFB=0.00919498;REVB=-0.0513796;RO=1;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178082;STB=0.509431;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00324257;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:64:1:1:61:63:0.984375:26:35:0:1:26:37:0:1 chr21 47545768 . G A 334.15 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0185916;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4989;QD=51.408;RBI=0.0578262;REFB=0.0827918;REVB=-0.054756;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513503;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00366126;OID=.;OPOS=47545768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:0:1:25:25:0.961538:7:18:0:0:7:18:1:0 chr21 47545823 . G A 608.91 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0248625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.502;QD=56.6424;RBI=0.0552386;REFB=-0.199124;REVB=0.0493271;RO=2;SAF=26;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125541;STB=0.506696;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00218039;OID=.;OPOS=47545823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:43:2:2:41:41:0.953488:15:26:1:1:15:26:1:1 chr21 47545826 . C T 628.17 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0533436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8393;QD=58.4344;RBI=0.0537644;REFB=-0.0520916;REVB=-0.00671338;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184012;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00238731;OID=.;OPOS=47545826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:16:25:1:0:16:26:1:0 chr21 47545913 . G A 1084.32 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.315;QD=58.6118;RBI=0.0125897;REFB=-0.0272347;REVB=0.00422783;RO=1;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141179;STB=0.507461;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=3.28347e-05;OID=.;OPOS=47545913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:33:40:0:1:33:40:0:1 chr21 47556793 . C T 410.15 PASS AF=0.939394;AO=20;DP=29;FAO=31;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0368511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.906;QD=49.7157;RBI=0.0410557;REFB=-0.117442;REVB=-0.0180988;RO=5;SAF=17;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118046;STB=0.518507;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.014455;OID=.;OPOS=47556793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:29:33:5:2:20:31:0.939394:3:17:5:0:5:26:2:0 chr21 47558473 . G C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0317278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.307;QD=14.6525;RBI=0.0396464;REFB=-0.0262532;REVB=-0.0237736;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0310515;OID=.;OPOS=47558473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:2:3:4:2:2:3 chr21 47608580 . G A 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.000169052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.014;QD=17.7108;RBI=0.0135121;REFB=-0.0137183;REVB=-0.0135111;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077901;STB=0.549568;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0137702;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:15:18:22:13:15:18:23:13 chr21 47609677 . A G 195.3 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00533472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3929;QD=12.5998;RBI=0.0830533;REFB=-0.0193176;REVB=-0.0828818;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226207;STB=0.628932;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.035132;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:12:12:27:11:12:12:27:11 chr21 47610066 . T C 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0331211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.453;QD=24.2929;RBI=0.0332836;REFB=-0.0287668;REVB=-0.00328472;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632488;STB=0.547896;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.023406;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:11:8:4:8:11:8:4:9 chr21 47612466 . A G 389.42 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.02272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.422;QD=19.4711;RBI=0.0247233;REFB=-0.0304676;REVB=0.00974897;RO=39;SAF=24;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792773;STB=0.538442;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0423677;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:40:40:40:0.5:16:24:20:19:16:24:21:19 chr21 47612471 . T C 344.77 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0227363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8342;QD=17.4567;RBI=0.0244385;REFB=-0.0318328;REVB=0.00896133;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426337;STB=0.529396;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0581299;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:17:20:24:17:17:20:25:17 chr21 47612512 . C CTG 138.77 PASS AF=0.296875;AO=17;DP=77;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0355879;FXX=0.0724533;HRUN=1;LEN=2;MLLD=131.711;QD=8.67305;RBI=0.0369705;REFB=-0.0113918;REVB=-0.0100159;RO=57;SAF=7;SAR=10;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308716;STB=0.618773;STBP=0.256;TYPE=ins;VARB=0.0256767;OID=.;OPOS=47612513;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296875:17:77:19:64:45:9:10:29:16:99:57:7:10:38:19 chr21 47612826 . G A 40.3 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0171034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.356;QD=7.32727;RBI=0.0401256;REFB=-0.0188852;REVB=-0.036298;RO=15;SAF=0;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.786004;STB=0.877043;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0686843;OID=.;OPOS=47612826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:21:22:15:15:6:7:0.318182:6:0:11:4:6:1:11:4 chr21 47612943 . G A 34.18 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00562842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.629;QD=4.02062;RBI=0.00616676;REFB=-0.0171556;REVB=-0.00251988;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179959;STB=0.639526;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.059481;OID=.;OPOS=47612943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:34:27:28:6:6:0.176471:2:4:14:13:2:4:14:14 chr21 47613623 . C T 38.84 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00289923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.7724;QD=2.35377;RBI=0.0193684;REFB=-0.0459123;REVB=-0.0191502;RO=54;SAF=4;SAR=5;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453119;STB=0.525367;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.219408;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:66:66:54:57:9:9:0.136364:5:4:26:28:5:4:27:30 chr21 47614469 . A C 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.000787641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.012;QD=16.5619;RBI=0.0176711;REFB=-0.0259499;REVB=0.0176535;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229978;STB=0.629534;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0254523;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:10:17:12:19:10:17:12:19 chr21 47635176 . T C 250.01 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0605016;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2609;QD=15.8738;RBI=0.0610624;REFB=-0.016497;REVB=-0.00825663;RO=35;SAF=21;SAR=7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337928;STB=0.692163;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0223724;OID=.;OPOS=47635176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:35:28:28:0.444444:7:21:15:20:7:21:15:20 chr21 47635627 . C G 373.76 PASS AF=0.645833;AO=29;DP=47;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.011678;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.437;QD=31.1465;RBI=0.0170949;REFB=-0.0539972;REVB=-0.0124844;RO=17;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547756;STB=0.516119;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0281469;OID=.;OPOS=47635627;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:17:17:29:31:0.645833:16:13:9:8:16:15:9:8 chr21 47641794 . C T 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0140276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7457;QD=20.4364;RBI=0.0255102;REFB=0.00261023;REVB=-0.0213072;RO=26;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115585;STB=0.564313;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00369631;OID=.;OPOS=47641794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:19:11:13:13:19:11:13:13 chr21 47642609 . G A 177.33 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0315996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.486;QD=12.2293;RBI=0.0408996;REFB=-0.00440299;REVB=-0.0259661;RO=36;SAF=16;SAR=6;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417349;STB=0.740525;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00480232;OID=.;OPOS=47642609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:6:16:12:24:6:16:12:24 chr21 47650362 . C T 215.55 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0110072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.408;QD=19.5953;RBI=0.0370654;REFB=-0.00423664;REVB=0.0353933;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103559;STB=0.545414;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00402022;OID=.;OPOS=47650362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:21:22:0.5:10:11:9:13:11:11:9:13 chr21 47662804 . TAAAAAAAT TAAAAAAT,TAAAAAATA 46.03 PASS AF=0.5,0;AO=8,4;DP=39;FAO=19,0;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=2,0;FSAR=17,0;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0864498,-0.162645;FXX=0.0499875;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.70623,14.4325;QD=4.84515;RBI=0.130834,0.163289;REFB=-0.114783,-0.0606666;REVB=0.0982041,0.014496;RO=20;SAF=1,2;SAR=7,2;SRF=1;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.252045,0.623253;STB=0.562841,0.5;STBP=0.666,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.154956,0;OID=.,.;OPOS=47662805,47662811;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=TAAAAAAT,TAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:8,4:39:19,0:38:19:2,0:17,0:3:16:47:20:1,2:7,2:1:19 chr21 47676711 . G A 222.8 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0769434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5928;QD=18.9613;RBI=0.138634;REFB=0.00425781;REVB=0.115322;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162594;STB=0.592428;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000857736;OID=.;OPOS=47676711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:15:7:12:13:15:7:12:13 chr21 47685939 . A G 425.57 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=93;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0150058;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.226;QD=18.5029;RBI=0.0180971;REFB=-0.0308921;REVB=0.0101159;RO=48;SAF=23;SAR=19;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00573397;STB=0.508643;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0330953;OID=.;OPOS=47685939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:48:49:42:43:0.467391:19:23:26:22:20:23:27:22 chr21 47703649 . G A 325.78 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00228621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.849;QD=24.587;RBI=0.0699623;REFB=-0.016447;REVB=0.0699249;RO=20;SAF=24;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27325;STB=0.666085;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00962173;OID=.;OPOS=47703649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:20:21:31:32:0.603774:7:24:9:11:7:25:9:12 chr21 47704896 . G A 165.02 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0363832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0693;QD=14.0443;RBI=0.0364778;REFB=-0.016186;REVB=-0.00262594;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124217;STB=0.586759;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0358845;OID=.;OPOS=47704896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:29:17:18:0.382979:8:9:12:17:8:10:12:17 chr21 47734659 . G A 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.00315787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.631;QD=9.67079;RBI=0.00897034;REFB=-0.00558407;REVB=-0.00839612;RO=34;SAF=5;SAR=11;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456635;STB=0.778457;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0199568;OID=.;OPOS=47734659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:36:16:16:0.307692:11:5:25:9:11:5:27:9 chr21 47773103 . C A 156.27 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0276725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.231;QD=15.627;RBI=0.0276732;REFB=-0.016251;REVB=-0.000194484;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235602;STB=0.513579;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0198629;OID=.;OPOS=47773103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:13:10:7:10:13:10 chr21 47777063 . G A 435.93 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.833;QD=54.4912;RBI=0.0499377;REFB=-0.111703;REVB=0.0485396;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000619895;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:17:14:0:0:17:14:0:1 chr21 47783796 . T C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6768;QD=59.8344;RBI=0.0168711;REFB=0;REVB=-0.0152483;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000228739;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr21 47786817 . C G 820.44 PASS AF=0.983607;AO=56;DP=58;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0894888;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7538;QD=53.7996;RBI=0.0907116;REFB=-0.0246433;REVB=0.0148443;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00237887;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:61:0:1:56:60:0.983607:33:23:0:0:33:27:0:1 chr21 47787002 . TG CA,CG 770.76 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,47;DP=49;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353869,-0.0104355;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=31.6055,99.0865;QD=62.9191;RBI=0.0357424,0.0154945;REFB=0,0;REVB=-0.00502863,-0.0114533;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0606818,-0.000725629;OID=.,.;OPOS=47787002,47787002;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:0:0:2,47:2,47:0.0408163,0.959184:2,30:0,17:0:0:2,30:0,17:0:0 chr21 47836653 . C T 152.17 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0235927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8462;QD=10.3165;RBI=0.046551;REFB=-0.0226798;REVB=-0.0401295;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297343;STB=0.507685;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0516088;OID=.;OPOS=47836653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:39:20:20:0.338983:9:11:21:17:9:11:21:18 chr21 47850484 . G C 242.85 PASS AF=0.482759;AO=26;DP=56;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0101004;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.817;QD=16.7479;RBI=0.0261772;REFB=-0.0233998;REVB=-0.0241502;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243373;STB=0.64762;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0312079;OID=.;OPOS=47850484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:30:30:26:28:0.482759:17:9:18:12:19:9:18:12 chr21 47851753 . A G 217.84 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0250636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.079;QD=16.7572;RBI=0.0302574;REFB=-0.0159883;REVB=-0.0169507;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894198;STB=0.506573;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0224986;OID=.;OPOS=47851753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:28:24:24:0.461538:14:10:11:16:14:10:12:16 chr21 47863757 . A C 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0115389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.066;QD=9.67081;RBI=0.0123342;REFB=-0.015158;REVB=0.00435737;RO=36;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505075;STB=0.530265;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0243909;OID=.;OPOS=47863757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:10:6:15:21:10:6:15:21 chr21 47910523 . A G 214.06 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00483514;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.317;QD=19.0278;RBI=0.00891454;REFB=-0.0169842;REVB=0.00748936;RO=23;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256448;STB=0.647921;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0212738;OID=.;OPOS=47910523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:18:18:0.4:5:13:11:12:5:13:11:12 chr21 47945533 . GCTC G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00148285;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.111;QD=17.1565;RBI=0.00219887;REFB=-0.0050391;REVB=-0.00162364;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131045;STB=0.574991;STBP=0.415;TYPE=del;VARB=0.00672469;OID=.;OPOS=47945534;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459459:17:37:17:37:20:7:10:11:9:99:20:7:10:11:9 chr21 47959692 . G A 204.52 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0190007;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6315;QD=16.6952;RBI=0.022725;REFB=0.0284879;REVB=-0.0124659;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990281;STB=0.526292;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0159178;OID=.;OPOS=47959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:27:21:22:0.44898:11:10:11:18:12:10:11:16 chr21 47959698 . C T 183.87 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0231705;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.134;QD=14.4213;RBI=0.0244225;REFB=-0.0243649;REVB=0.00771908;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101643;STB=0.558086;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0339851;OID=.;OPOS=47959698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:12:9:10:20:12:9:10:20 chr21 47961711 . G A 397.04 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0229856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2881;QD=14.1798;RBI=0.0253764;REFB=-0.0143395;REVB=0.010753;RO=65;SAF=17;SAR=29;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667758;STB=0.543141;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0191043;OID=.;OPOS=47961711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:66:46:46:0.410714:29:17:28:37:29:17:29:37 chr21 47970581 . G A 162.91 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0217581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2364;QD=13.0328;RBI=0.0281928;REFB=-0.00138042;REVB=0.0179282;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228043;OID=.;OPOS=47970581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:9:9:16:16:9:9:16:16 chr21 47974582 . A G 158.65 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.113085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4545;QD=10.073;RBI=0.113099;REFB=-0.00777713;REVB=-0.00178422;RO=42;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29768;STB=0.671984;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0126476;OID=.;OPOS=47974582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:10:11:11:31:10:11:11:31 chr21 47978321 . G GC 1180.37 PASS AF=1;AO=92;DP=107;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.3104;QD=45.8396;RBI=0.155743;REFB=0;REVB=0.155559;RO=8;SAF=28;SAR=64;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00205158;OID=.;OPOS=47978322;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:107:103:103:0:30:73:0:0:22:8:28:64:6:2 chr21 47985655 . C T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0120947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.297;QD=24.5164;RBI=0.0230977;REFB=-0.00957286;REVB=0.019678;RO=21;SAF=18;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22382;STB=0.619627;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00479644;OID=.;OPOS=47985655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:26:27:0.55102:8:18:9:12:9:18:9:13 chr21 48022230 . C G 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0319007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.914;QD=8.11429;RBI=0.0344189;REFB=-0.000594096;REVB=-0.0129232;RO=38;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094356;STB=0.557611;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00108355;OID=.;OPOS=48022230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:7:7:16:22:7:7:16:22 chr21 48063476 . C G 1326.69 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000881564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5133;QD=59.6263;RBI=0.00206956;REFB=-0.099216;REVB=0.00187241;RO=2;SAF=38;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273376;STB=0.501443;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00825567;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:49:38:1:1:49:38:1:1 chr21 48071716 . AG AC,A 147.7 PASS AF=0,0.625;AO=2,17;DP=32;FAO=0,20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=0,19;FSAR=0,1;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.123538,-0.0593287;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=34.6262,15.321;QD=18.4625;RBI=0.123634,0.0814528;REFB=0.0051914,-0.0790512;REVB=-0.00485533,0.0558091;RO=11;SAF=2,16;SAR=0,1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0.3;SSSB=0.663928,0.664804;STB=0.5,0.895712;STBP=1,0;TYPE=snp,del;VARB=0,0.045995;OID=.,.;OPOS=48071717,48071717;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.625:2,17:32:0,20:32:12:0,19:0,1:3:9:70:11:2,16:0,1:3:8 chr21 48084820 . C G 622.29 PASS AF=0.576923;AO=59;DP=103;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00533583;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.352;QD=23.9342;RBI=0.00711377;REFB=-0.0197971;REVB=0.00470474;RO=42;SAF=23;SAR=36;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679619;STB=0.523802;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0121423;OID=.;OPOS=48084820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:42:44:59:60:0.576923:36:23:20:22:36:24:20:24 chr22 16287372 . C T 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00590398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.626;QD=5.25873;RBI=0.0196342;REFB=-0.00196486;REVB=0.0187255;RO=36;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344365;STB=0.522563;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00661533;OID=.;OPOS=16287372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:4:5:21:15:4:5:21:15 chr22 17072483 . A G 563.31 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.058;QD=57.7753;RBI=0.023674;REFB=-0.105315;REVB=0.0199267;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322882;STB=0.517232;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0015689;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:14:24:0:1:14:24:0:1 chr22 17073066 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.208;QD=42.1825;RBI=0.134217;REFB=0;REVB=-0.133916;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00364134;OID=.;OPOS=17073066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr22 17264565 . G T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.649;QD=57.7118;RBI=0.0246256;REFB=0;REVB=0.0117777;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96286e-05;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr22 17265124 . A C 138.04 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197389;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.729;QD=39.4394;RBI=0.0232412;REFB=0.0114422;REVB=0.0122691;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000529185;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:0:1:13:13:0.928571:6:7:0:0:6:7:1:0 chr22 17446991 . C T 685.3 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000670649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3518;QD=58.3239;RBI=0.045295;REFB=-0.193593;REVB=-0.0452901;RO=2;SAF=31;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029351;STB=0.515618;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00591402;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:47:2:2:44:45:0.957447:13:31:2:0:14:31:2:0 chr22 17469026 . G A 600.82 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0563116;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.895;QD=57.2212;RBI=0.0579819;REFB=-0.0572902;REVB=0.0138171;RO=2;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374761;STB=0.519221;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00259655;OID=.;OPOS=17469026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:39:40:0.952381:24:15:0:2:25:15:0:2 chr22 17469049 . C A 504.59 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926373;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.476;QD=59.363;RBI=0.0238754;REFB=0;REVB=0.022005;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230454;OID=.;OPOS=17469049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr22 17600293 . G A 37.74 PASS AF=0.4;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0330369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.16;QD=10.0639;RBI=0.080265;REFB=-0.0484077;REVB=0.0731507;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389464;STB=0.736367;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0752042;OID=.;OPOS=17600293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:15:8:9:6:6:0.4:1:5:8:0:1:5:9:0 chr22 17600977 . G A 204.18 PASS AF=0.423729;AO=22;DP=56;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00809989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.084;QD=13.8429;RBI=0.110301;REFB=0.00644858;REVB=0.110003;RO=33;SAF=17;SAR=5;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275459;STB=0.592946;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00391232;OID=.;OPOS=17600977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:33:34:22:25:0.423729:5:17:18:15:8:17:18:16 chr22 17602839 . G A 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0235833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.183;QD=13.3355;RBI=0.0730886;REFB=-0.0108074;REVB=-0.0691793;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356631;STB=0.705634;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0216366;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:18:6:9:6:18:6 chr22 17603503 . G A 258.52 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0279701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.263;QD=16.4142;RBI=0.0357185;REFB=-0.00904393;REVB=0.0222146;RO=34;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227607;STB=0.628047;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0105583;OID=.;OPOS=17603503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:11:18:13:21:11:18:13:21 chr22 17630486 . C A 251.9 PASS AF=0.621622;AO=20;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00284989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.738;QD=27.2324;RBI=0.0292373;REFB=-0.0142343;REVB=-0.0290981;RO=12;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01703e-08;STB=0.526293;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00808569;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:14:20:23:0.621622:5:15:9:3:8:15:10:4 chr22 17669306 . T C 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0532572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9494;QD=30.5648;RBI=0.0763914;REFB=0.0127494;REVB=0.0547661;RO=10;SAF=12;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825198;STB=0.545413;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.0059848;OID=.;OPOS=17669306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:10:12:4:6:10:12:4:6 chr22 17990852 . G A 323.74 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00766812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.218;QD=34.9989;RBI=0.00887806;REFB=0.000673592;REVB=-0.00447436;RO=10;SAF=18;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366115;STB=0.519985;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.000379407;OID=.;OPOS=17990852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:9:18:6:4:9:18:6:4 chr22 18209613 . A G 329.3 PASS AF=0.961538;AO=21;DP=24;FAO=25;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.129887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2189;QD=50.6622;RBI=0.137756;REFB=-0.119906;REVB=-0.0458944;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.515139;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00713924;OID=.;OPOS=18209613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:26:0:1:21:25:0.961538:16:5:0:0:16:9:0:1 chr22 18324563 . G GT 421.36 PASS AF=1;AO=9;DP=60;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108895;FXX=0.362007;HRUN=0;LEN=1;MLLD=20.7374;QD=45.5521;RBI=0.108896;REFB=0;REVB=0.000403292;RO=50;SAF=8;SAR=1;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00308009;OID=.;OPOS=18324564;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:60:37:37:0:37:0:0:0:3:50:8:1:30:20 chr22 18324564 . C T 678.48 PASS AF=1;AO=48;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.212022;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.579;QD=47.6124;RBI=0.225216;REFB=-0.113823;REVB=0.0759532;RO=9;SAF=28;SAR=20;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129677;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00695288;OID=.;OPOS=18324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:57:9:0:48:57:1:20:28:9:0:20:37:0:0 chr22 18364030 . CT C,GC 353.68 PASS AF=0.715447,0;AO=42,7;DP=122;FAO=88,0;FDP=123;FR=.;FRO=35;FSAF=58,0;FSAR=30,0;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.125732,0.00188871;FXX=0.00806387;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=7.89199,56.2415;QD=11.5019;RBI=0.156361,0.10179;REFB=-0.212883,-0.0257565;REVB=0.0929522,-0.101772;RO=55;SAF=31,0;SAR=11,7;SRF=34;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.143458,-0.681552;STB=0.561424,0.5;STBP=0.038,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.193176,0;OID=.,.;OPOS=18364031,18364030;OREF=T,CT;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:122:123:55:35:42,7:88,0:0.715447,0:11,7:31,0:34:21:30,0:58,0:16:19 chr22 18443516 . CA C,CG 100.03 PASS AF=0.478261,0.0434783;AO=10,2;DP=23;FAO=11,1;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=10,1;FSAR=1,0;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0122184,-0.0113887;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.99,149.602;QD=17.3957;RBI=0.0195524,0.0171992;REFB=0.00108637,0.00158709;REVB=-0.0152645,-0.0128885;RO=11;SAF=9,2;SAR=1,0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.296373,0.496917;STB=0.689226,0.985328;STBP=0.214,0.563;TYPE=del,snp;VARB=-0.00452286,-0.000863327;OID=.,.;OPOS=18443517,18443517;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261,0.0434783:10,2:23:11,1:23:11:10,1:1,0:8:3:79:11:9,2:1,0:8:3 chr22 18571008 . G A 244.47 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0305609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.948;QD=17.4621;RBI=0.0319525;REFB=-0.0341207;REVB=-0.00932716;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127124;STB=0.571187;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0349049;OID=.;OPOS=18571008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:10:19:14:13:10:19 chr22 18571828 . T C 546.31 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248889;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.397;QD=57.5059;RBI=0.0282779;REFB=-0.111697;REVB=-0.0134232;RO=0;SAF=5;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507688;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0016703;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:32:5:0:0:32:5:0:1 chr22 18609642 . C T 351.14 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0142701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4897;QD=23.409;RBI=0.0241539;REFB=-0.00551444;REVB=-0.0194878;RO=25;SAF=15;SAR=20;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149816;STB=0.582045;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00398094;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:20:15:6:19:20:15:6:19 chr22 18628436 . T C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0245328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.443;QD=12.5694;RBI=0.0257263;REFB=0.0162852;REVB=0.00774502;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772636;STB=0.545394;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0168128;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:12:14:7:8:12:14 chr22 18628499 . G T 308.17 PASS AF=0.425;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00931518;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.832;QD=15.4082;RBI=0.0154402;REFB=-0.0120719;REVB=-0.0123137;RO=45;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120245;STB=0.575339;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0152603;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:45:46:34:34:0.425:22:12:21:24:22:12:22:24 chr22 18628632 . C T 381.97 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.021585;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4312;QD=16.9762;RBI=0.069595;REFB=0.0110731;REVB=0.066163;RO=50;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396018;STB=0.522211;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0124217;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:50:50:40:40:0.444444:20:20:23:27:20:20:23:27 chr22 18628715 . C T 148.15 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0458654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.972;QD=17.9573;RBI=0.0458661;REFB=0.00201435;REVB=-0.000263716;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894054;STB=0.551116;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00326268;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:8:9:10:6:8:9 chr22 18899104 . AG A 35.45 PASS AF=0.228916;AO=22;DP=83;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.177362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.4575;QD=1.7085;RBI=0.188387;REFB=-0.0883204;REVB=-0.0635018;RO=53;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0.415663;SSSB=0.227975;STB=0.680458;STBP=0.085;TYPE=del;VARB=0.160176;OID=.;OPOS=18899105;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.228916:22:83:19:83:64:12:7:25:39:35:53:13:9:21:32 chr22 18900750 . G A 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.671;QD=53.27;RBI=0.0821913;REFB=0;REVB=0.0450743;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943437;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr22 18901004 . C T 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0320815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.633;QD=35.4877;RBI=0.0334351;REFB=-0.0673429;REVB=0.00941708;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533084;STB=0.555473;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00885936;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:1:2:13:13:0.866667:5:8:1:0:5:8:2:0 chr22 18904414 . A G 287.33 PASS AF=0.884615;AO=24;DP=27;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00821773;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7668;QD=44.204;RBI=0.00896684;REFB=-0.184365;REVB=-0.0035879;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.555508;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.019348;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:27:26:1:3:24:23:0.884615:11:13:1:0:11:12:3:0 chr22 18907124 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841598;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.365;QD=59.4356;RBI=0.0157646;REFB=0;REVB=0.0133302;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39582e-05;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr22 18908875 . A G 731.14 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1189;QD=62.2243;RBI=0.0956642;REFB=0;REVB=-0.0543904;RO=2;SAF=14;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512972;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:2:0:45:47:1:31:14:2:0:31:16:0:0 chr22 18910355 . G T 303.02 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0214058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3155;QD=19.87;RBI=0.062064;REFB=-0.033694;REVB=0.0582557;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213191;STB=0.61811;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0369328;OID=.;OPOS=18910355;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:14:18:9:20:14:18:9:20 chr22 18912678 . A G 1358.57 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00162855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.062;QD=62.4632;RBI=0.00168716;REFB=0;REVB=-0.000440859;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0883e-06;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:49:37:0:0:49:38:0:0 chr22 19026613 . A G 203.11 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.079258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8268;QD=13.104;RBI=0.0908473;REFB=-0.0124097;REVB=-0.0444005;RO=36;SAF=3;SAR=21;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51605;STB=0.768052;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0181784;OID=.;OPOS=19026613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:24:25:0.403226:21:3:19:17:21:4:20:17 chr22 19028643 . C T 943.02 PASS AF=0.57047;AO=85;DP=149;FAO=85;FDP=149;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0139164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.895;QD=25.316;RBI=0.0139346;REFB=-0.0141888;REVB=0.000712943;RO=64;SAF=36;SAR=49;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036283;STB=0.519764;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0118627;OID=.;OPOS=19028643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:64:64:85:85:0.57047:49:36:30:34:49:36:30:34 chr22 19034240 . A G 1504.23 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02257;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.016;QD=59.5736;RBI=0.0411339;REFB=0;REVB=0.0343889;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46398e-05;OID=.;OPOS=19034240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:97:101:1:51:46:0:0:54:47:0:0 chr22 19034274 . G A 467.2 PASS AF=0.451327;AO=50;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0349437;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3547;QD=16.538;RBI=0.038072;REFB=-0.0320785;REVB=-0.0151136;RO=62;SAF=13;SAR=37;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263134;STB=0.650774;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0554888;OID=.;OPOS=19034274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:50:51:0.451327:37:13:31:31:38:13:31:31 chr22 19048413 . A G 1510.81 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.352;QD=63.6129;RBI=0.0763896;REFB=0;REVB=0.0113555;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108106;OID=.;OPOS=19048413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:55:39:0:0:56:39:0:0 chr22 19048449 . G A 380.63 PASS AF=0.5;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0696971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.384;QD=19.5196;RBI=0.0697296;REFB=-0.0106595;REVB=-0.00212906;RO=36;SAF=17;SAR=22;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799828;STB=0.538696;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0118781;OID=.;OPOS=19048449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:36:39:39:39:0.5:22:17:19:17:22:17:20:19 chr22 19119751 . C T 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0073955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.145;QD=13.4841;RBI=0.00746312;REFB=0.000440085;REVB=-0.00100237;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133598;STB=0.545355;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.000693296;OID=.;OPOS=19119751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:5:4:3:7:5:4:4:7 chr22 19121721 . C T 53.73 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0354191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1082;QD=21.4927;RBI=0.0391449;REFB=-0.20143;REVB=-0.0166678;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0410445;OID=.;OPOS=19121721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:10:10:1:3:7:7:0.7:3:4:0:1:3:4:1:2 chr22 19122665 . C T 529.03 PASS AF=0.423358;AO=57;DP=137;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.000807283;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.955;QD=15.4461;RBI=0.00621592;REFB=-0.022255;REVB=-0.00616328;RO=77;SAF=31;SAR=26;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130928;STB=0.567003;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0275881;OID=.;OPOS=19122665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:77:79:57:58:0.423358:26:31:32:45:27:31:33:46 chr22 19124866 . G A 148.08 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0223823;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.279;QD=16.9233;RBI=0.0402415;REFB=-0.0318369;REVB=0.0334426;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345603;STB=0.519831;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.061552;OID=.;OPOS=19124866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:10:9:7:9:10:9 chr22 19126008 . A C 35.1 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0321931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.9349;QD=5.40043;RBI=0.0451467;REFB=-0.0149092;REVB=-0.0316516;RO=19;SAF=0;SAR=6;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.813787;STB=0.91803;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0268255;OID=.;OPOS=19126008;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:26:19:19:6:7:0.269231:6:0:16:3:6:1:16:3 chr22 19163577 . C CAT 621.17 PASS AF=1;AO=39;DP=44;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328153;FXX=0.0476077;HRUN=0;LEN=2;MLLD=254.505;QD=62.1171;RBI=0.0609705;REFB=0;REVB=0.0513863;RO=3;SAF=25;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372627;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0002309;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:44:40:40:0:25:15:0:0:4:3:25:14:2:1 chr22 19167385 . C A 395.33 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00212832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9204;QD=19.5223;RBI=0.0915413;REFB=-0.0295286;REVB=-0.0915166;RO=37;SAF=13;SAR=27;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516327;STB=0.518509;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0235112;OID=.;OPOS=19167385;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:37:40:40:41:0.506173:27:13:14:23:28:13:14:26 chr22 19167409 . T C 1143.63 PASS AF=0.975;AO=76;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0164613;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6702;QD=57.1817;RBI=0.0203212;REFB=-0.0606218;REVB=-0.0119154;RO=2;SAF=26;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350108;STB=0.517853;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00878867;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:76:78:0.975:50:26:2:0:51:27:2:0 chr22 19172006 . T C,G 1525.6 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=91,6;DP=97;FAO=94,4;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=63,4;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128205,-0.000164305;FXX=0.0101;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.906,126.166;QD=62.2692;RBI=0.00533595,0.0256311;REFB=0,0;REVB=0.00517965,0.0256306;RO=0;SAF=62,4;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000765043,0.0431476;OID=.,.;OPOS=19172006,19172006;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:97:98:0:0:91,6:94,4:0.959184,0.0408163:29,2:62,4:0:0:31,0:63,4:0:0 chr22 19184095 . T C 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00562002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.963;QD=12.941;RBI=0.0161475;REFB=-0.0325243;REVB=-0.0151379;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179463;STB=0.510534;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0442822;OID=.;OPOS=19184095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:11:4:7:18:11:4:7:18 chr22 19189003 . A AC,C 354.99 PASS AF=0.965517,0;AO=22,5;DP=32;FAO=28,0;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=8,0;FSAR=20,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0420671,-0.193483;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.8533,5.33888;QD=48.9643;RBI=0.0651536,0.197829;REFB=-0.01716,0.118413;REVB=0.0497529,-0.0412364;RO=4;SAF=3,5;SAR=19,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.361914,0;STB=0.52939,0.5;STBP=0.166,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00757842,0;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:29:4:1:22,5:28,0:0.965517,0:19,0:3,5:4:0:20,0:8,0:1:0 chr22 19197896 . T C 755.76 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0564129;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.612;QD=57.0381;RBI=0.0658988;REFB=0;REVB=0.0340622;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.37004e-05;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr22 19435266 . T C 431.47 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.00412231;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.411;QD=19.8378;RBI=0.0139675;REFB=-0.0122458;REVB=-0.0133454;RO=44;SAF=24;SAR=19;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236036;STB=0.630525;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00849856;OID=.;OPOS=19435266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:19:24:13:31:19:24:13:31 chr22 19486600 . C T 364.42 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0212866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.27;QD=23.8965;RBI=0.0213864;REFB=-0.0277509;REVB=-0.00206355;RO=25;SAF=20;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267488;STB=0.514698;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0196725;OID=.;OPOS=19486600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:16:20:13:12:16:20:13:12 chr22 19511925 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0721719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.678;QD=12.3957;RBI=0.072199;REFB=-0.020735;REVB=-0.00197613;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0340033;OID=.;OPOS=19511925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:3:2:2:3:3:2 chr22 19868218 . A G 410.3 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2445;QD=56.5926;RBI=0.0166031;REFB=0;REVB=-0.00266168;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000328562;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr22 19898886 . C T 244.24 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0122799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3715;QD=13.0259;RBI=0.0288861;REFB=-0.0114571;REVB=0.0261459;RO=44;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421655;STB=0.537165;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0209889;OID=.;OPOS=19898886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:46:29:29:0.386667:15:14:23:21:15:14:25:21 chr22 19907099 . C A 372.59 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0166909;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2659;QD=15.054;RBI=0.0444743;REFB=-0.0152517;REVB=0.0412235;RO=58;SAF=22;SAR=18;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124011;STB=0.574837;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0225514;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:58:59:40:40:0.40404:18:22:25:33:18:22:25:34 chr22 19907118 . G A 306.32 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00811038;FXX=0.0454494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.258;QD=14.5866;RBI=0.00885872;REFB=-0.0241876;REVB=-0.00356353;RO=50;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419262;STB=0.523796;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0296684;OID=.;OPOS=19907118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:84:50:50:34:34:0.404762:17:17:23:27:17:17:23:27 chr22 19920949 . G A 159.5 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0383509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7509;QD=22.7863;RBI=0.0391608;REFB=-0.0116521;REVB=0.00792327;RO=10;SAF=2;SAR=14;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309772;STB=0.608554;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00593743;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:11:16:17:0.607143:14:2:4:6:14:3:4:7 chr22 19921003 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.321;QD=54.5169;RBI=0.0144054;REFB=0;REVB=-0.00786194;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79219e-05;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr22 19951207 . C G 236.39 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0244856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0975;QD=15.759;RBI=0.0261416;REFB=-0.0305468;REVB=0.00915636;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327958;STB=0.501853;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0340519;OID=.;OPOS=19951207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:13:14:17:16:13:14:17:16 chr22 19959473 . C T 130.93 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0410902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.726;QD=10.2687;RBI=0.0411049;REFB=-0.00909358;REVB=-0.00109849;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222656;STB=0.647307;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0149831;OID=.;OPOS=19959473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:35:16:16:0.313725:7:9:12:21:7:9:12:23 chr22 19959955 . A G 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0500842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4924;QD=12.0714;RBI=0.0544818;REFB=-0.00673619;REVB=-0.0214439;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805147;STB=0.536909;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.015446;OID=.;OPOS=19959955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:13:11:15:24:13:11:16:24 chr22 19969075 . A G 240.31 PASS AF=0.469388;AO=20;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0163488;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.452;QD=19.6173;RBI=0.0447302;REFB=-0.0459129;REVB=0.0416354;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936166;STB=0.519983;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0586852;OID=.;OPOS=19969075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:18:25:20:23:0.469388:10:10:11:7:11:12:14:11 chr22 20041098 . C T 121.75 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0214704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5287;QD=15.2182;RBI=0.0440366;REFB=-0.00416777;REVB=-0.0384479;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297983;STB=0.660139;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00732292;OID=.;OPOS=20041098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:18:14:14:0.4375:4:10:7:10:4:10:8:10 chr22 20103158 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0770884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.56;QD=20.8979;RBI=0.0772022;REFB=0.0167647;REVB=-0.00419107;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168827;STB=0.545344;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0112489;OID=.;OPOS=20103158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:6:8:0.666667:3:3:1:3:5:3:1:3 chr22 20138208 . A C 83.99 PASS AF=0.114504;AO=15;DP=135;FAO=15;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=111;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=-0.0538366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3154;QD=2.56459;RBI=0.0706525;REFB=-0.00349048;REVB=-0.0457536;RO=100;SAF=14;SAR=1;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603386;STB=0.91981;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0841916;OID=.;OPOS=20138208;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:135:131:100:111:15:15:0.114504:1:14:46:54:1:14:55:56 chr22 20458029 . A C 168.89 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00254522;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.613;QD=8.34012;RBI=0.02201;REFB=-0.0104302;REVB=-0.0218624;RO=57;SAF=14;SAR=9;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794391;STB=0.554408;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0216826;OID=.;OPOS=20458029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:57:58:23:23:0.283951:9:14:31:26:9:14:31:27 chr22 20458122 . C T 71.14 PASS AF=0.128;AO=16;DP=125;FAO=16;FDP=125;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=0.0122523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.289;QD=2.27653;RBI=0.0131779;REFB=-0.00262859;REVB=0.00485164;RO=109;SAF=7;SAR=9;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493649;STB=0.5347;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0224914;OID=.;OPOS=20458122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:125:125:109:109:16:16:0.128:9:7:52:57:9:7:52:57 chr22 20739059 . G C 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00206605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8608;QD=19.3849;RBI=0.0115131;REFB=0.0146952;REVB=-0.0113262;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155711;STB=0.588147;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0157243;OID=.;OPOS=20739059;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:9:12:8:12:9:12 chr22 20771144 . A T 1004.26 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0243604;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.201;QD=56.5778;RBI=0.0330691;REFB=-0.0943615;REVB=0.0223637;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.501867;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00145729;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:71:1:2:69:69:0.971831:39:30:1:0:39:30:1:1 chr22 20862646 . T G 721.71 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346786;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.611;QD=56.6044;RBI=0.044302;REFB=0;REVB=0.0275692;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043609;OID=.;OPOS=20862646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr22 21044848 . A T 300.45 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00982194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.815;QD=30.8155;RBI=0.019119;REFB=-0.028635;REVB=-0.0164032;RO=13;SAF=17;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123256;STB=0.567796;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0169589;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:9:17:6:7:9:17:6:7 chr22 21044917 . G A 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.00165786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5119;QD=8.12759;RBI=0.0434292;REFB=0.0027651;REVB=0.0433975;RO=29;SAF=9;SAR=2;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472277;STB=0.529356;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.013126;OID=.;OPOS=21044917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:2:9:23:6:2:9:23:6 chr22 21066789 . A G 167.13 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0128875;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.432;QD=14.5332;RBI=0.0254561;REFB=-0.0219517;REVB=-0.0219528;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128473;STB=0.565146;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0357192;OID=.;OPOS=21066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:29:28:18:18:0.391304:9:9:11:18:9:9:11:17 chr22 21079909 . A G 109.17 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0489818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.974;QD=14.0862;RBI=0.0550502;REFB=-0.0372743;REVB=-0.0251258;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489627;STB=0.780444;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0376833;OID=.;OPOS=21079909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:3:15:4:9:3:15 chr22 21141300 . T C 233.45 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00306559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7913;QD=16.9784;RBI=0.028444;REFB=-0.000682679;REVB=0.0282784;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116267;STB=0.56541;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.000885035;OID=.;OPOS=21141300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:12:14:12:17:12:14:12:17 chr22 21167787 . G A 229.52 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0242317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.154;QD=14.1244;RBI=0.0242317;REFB=-0.0230165;REVB=5.34343e-06;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242926;STB=0.637487;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.035054;OID=.;OPOS=21167787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:12:15:12:26:12:15:12:26 chr22 21213416 . A G 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00809865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.543;QD=13.7746;RBI=0.0157936;REFB=-0.019387;REVB=-0.0135591;RO=41;SAF=16;SAR=12;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675702;STB=0.538435;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0239557;OID=.;OPOS=21213416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:12:16:26:15:12:16:26:15 chr22 21301005 . T C 61.33 PASS AF=0.346154;AO=6;DP=23;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0290075;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.432;QD=9.43464;RBI=0.0371308;REFB=-0.0214574;REVB=0.023179;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227996;STB=0.72689;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0356794;OID=.;OPOS=21301005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:23:26:17:17:6:9:0.346154:4:2:3:14:5:4:2:15 chr22 21304408 . A G 218.98 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00981101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.686;QD=23.6737;RBI=0.0159875;REFB=0.000845792;REVB=-0.0126232;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130169;STB=0.579975;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000305815;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:16:20:21:0.567568:8:12:7:9:8:13:7:9 chr22 21306743 . A G 148.57 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00773583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0396;QD=10.8053;RBI=0.0343532;REFB=-0.020506;REVB=0.0334709;RO=36;SAF=8;SAR=10;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247914;STB=0.65656;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0383744;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:18:19:0.345455:10:8:24:12:11:8:24:12 chr22 21327589 . C T 626.28 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0512028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.276;QD=56.9341;RBI=0.0615193;REFB=-0.00238208;REVB=0.0341012;RO=2;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585501;STB=0.531235;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000243887;OID=.;OPOS=21327589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:15:27:0:2:15:27:0:2 chr22 21331043 . A T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5377;QD=46.8461;RBI=0.0549875;REFB=0;REVB=0.0466205;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152591;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr22 21335259 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203789;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.28;QD=58.1421;RBI=0.0329745;REFB=0;REVB=0.0259233;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107961;OID=.;OPOS=21335259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr22 21335606 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8665;QD=56.1908;RBI=0.0829092;REFB=0;REVB=0.00319727;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144951;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr22 21335611 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.548;QD=56.1914;RBI=0.0360842;REFB=0;REVB=0.0349524;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190061;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr22 21354970 . C G 843.93 PASS AF=1;AO=51;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.592;QD=57.2155;RBI=0.0579921;REFB=0;REVB=0.0559804;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153718;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:51:59:1:20:31:0:0:24:35:0:0 chr22 21377301 . C A 1131.26 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00277616;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.692;QD=58.0131;RBI=0.0269099;REFB=-0.0433102;REVB=-0.0267663;RO=1;SAF=36;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129635;STB=0.51351;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000346012;OID=.;OPOS=21377301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:78:1:2:76:76:0.974359:40:36:1:0:40:36:2:0 chr22 21385277 . C T 344.02 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00354237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.917;QD=31.2746;RBI=0.0236071;REFB=-0.0207941;REVB=0.0233398;RO=14;SAF=9;SAR=20;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172461;STB=0.517613;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00747515;OID=.;OPOS=21385277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:15:29:29:0.659091:20:9:4:10:20:9:4:11 chr22 21385843 . G A 155.89 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0797778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8494;QD=23.9827;RBI=0.117656;REFB=-0.0484095;REVB=-0.0864776;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15703;STB=0.588123;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0240814;OID=.;OPOS=21385843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:6:10:4:6:6:10:4:6 chr22 21797094 . C G 92.0 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.279985;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=20.1138;QD=33.4561;RBI=0.29773;REFB=0;REVB=0.10125;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790568;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0259096;OID=.;OPOS=21797094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:11:11:3:0:8:11:1:4:4:2:1:5:6:0:0 chr22 21800444 . T C 1125.97 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356256;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.024;QD=60.8633;RBI=0.0584629;REFB=0;REVB=0.0463543;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211642;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr22 21801588 . T A,C 729.68 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137373,0.0118045;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.136,159.664;QD=56.1292;RBI=0.038193,0.0337427;REFB=0,0;REVB=0.035637,0.0316105;RO=0;SAF=23,2;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00100181,0.00701305;OID=.,.;OPOS=21801588,21801588;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:52:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:27,0:23,2:0:0:27,0:23,2:0:0 chr22 21822725 . T C 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6846;QD=57.6733;RBI=0.0794011;REFB=0;REVB=-0.0197504;RO=0;SAF=3;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011349;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:28:3:0:0:28:3:0:0 chr22 21841121 . TTCTTA T 50.0 PASS AO=29;DP=60;LEN=5;RO=31;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=13;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=21841122;OREF=TCTTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:60:31:29:20:17:10:13 chr22 21982892 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0007468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.295;QD=37.4885;RBI=0.0534913;REFB=0;REVB=0.0534861;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773421;OID=.;OPOS=21982892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr22 21984205 . A G 1653.15 PASS AF=0.991071;AO=108;DP=109;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226862;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5648;QD=59.041;RBI=0.0227234;REFB=-0.0878667;REVB=-0.0012992;RO=0;SAF=67;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81585e-08;STB=0.505881;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00140269;OID=.;OPOS=21984205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:112:0:1:108:111:0.991071:41:67:0:0:42:69:0:1 chr22 22114660 . G T 30.58 PASS AF=0.166667;AO=2;DP=18;FAO=3;FDP=18;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0250469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6272;QD=6.79471;RBI=0.0800679;REFB=-0.0126323;REVB=-0.0760495;RO=3;SAF=1;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125517;OID=.;OPOS=22114660;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:18:18:3:6:2:3:0.166667:1:1:2:1:2:1:2:4 chr22 22312315 . C T 123.9 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0199664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.89;QD=17.089;RBI=0.0228119;REFB=-0.0147452;REVB=0.0110329;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324097;STB=0.517217;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0240686;OID=.;OPOS=22312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:15:14:14:0.482759:7:7:7:6:7:7:8:7 chr22 22330082 . T C 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00444219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.251;QD=22.398;RBI=0.0702625;REFB=-0.0024051;REVB=-0.0701219;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724577;STB=0.540504;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00186436;OID=.;OPOS=22330082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:7:12:12:10:7:12 chr22 22453513 . C T 309.79 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0358781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9102;QD=18.7751;RBI=0.0362825;REFB=-0.00898196;REVB=-0.00540212;RO=33;SAF=10;SAR=23;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922635;STB=0.551584;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.011516;OID=.;OPOS=22453513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:23:10:13:20:23:10:13:20 chr22 22516998 . C T 359.77 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0145193;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.589;QD=22.8423;RBI=0.0288447;REFB=-0.0454544;REVB=-0.024924;RO=27;SAF=19;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122031;STB=0.567127;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0201945;OID=.;OPOS=22516998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:17:19:10:17:17:19:10:17 chr22 22517026 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.439;QD=60.6103;RBI=0.0397037;REFB=0;REVB=0.00400971;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012135;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr22 22550401 . C G 156.73 PASS AF=0.404762;AO=12;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0939505;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.001;QD=14.9266;RBI=0.0940742;REFB=-0.0268453;REVB=0.00482393;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256991;STB=0.655563;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0315819;OID=.;OPOS=22550401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:25:12:17:0.404762:8:4:11:8:10:7:17:8 chr22 22550510 . T G 788.19 PASS AF=0.882353;AO=57;DP=70;FAO=60;FDP=68;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0165942;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.789;QD=46.3642;RBI=0.0167012;REFB=0.0046412;REVB=0.00188745;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.503936;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.000405134;OID=.;OPOS=22550510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:70:68:0:8:57:60:0.882353:31:26:0:0:32:28:4:4 chr22 22556270 . T C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00647489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.865;QD=16.4544;RBI=0.0270496;REFB=0.00389952;REVB=-0.0262632;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921951;STB=0.555356;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00497123;OID=.;OPOS=22556270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:3:1:1:5:3:1 chr22 22556368 . C T 156.24 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.045378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6781;QD=15.6236;RBI=0.061412;REFB=-0.0173041;REVB=0.0413795;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237098;STB=0.620565;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.024188;OID=.;OPOS=22556368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:23:16:17:0.425:10:6:4:19:11:6:4:19 chr22 22569448 . T A 748.57 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.926;QD=56.4959;RBI=0.0339579;REFB=0;REVB=-0.00631761;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377178;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:1:0:51:53:1:27:24:0:1:28:25:0:0 chr22 22569554 . C A 792.41 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3756;QD=63.3928;RBI=0.0330986;REFB=0;REVB=-0.00725379;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409156;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:28:22:0:0 chr22 22569640 . T G 193.86 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0732287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5921;QD=40.8132;RBI=0.0872039;REFB=-0.0698366;REVB=-0.0473506;RO=2;SAF=13;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677088;STB=0.55549;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0253146;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:19:19:2:1:17:18:0.947368:4:13:1:1:4:14:0:1 chr22 22599215 . AT GC 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0011994;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.614;QD=14.0792;RBI=0.00124229;REFB=-0.0233643;REVB=0.000323613;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197057;STB=0.599828;STBP=0.411;TYPE=mnp;VARB=0.0243228;OID=.;OPOS=22599215;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:4:8:7:8:4:8:8:8 chr22 22677176 . T C 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0192894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.422;QD=14.6983;RBI=0.0192908;REFB=-0.0186844;REVB=-0.000234329;RO=23;SAF=3;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493263;STB=0.787503;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.011506;OID=.;OPOS=22677176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:13:3:15:8:13:3:15:8 chr22 22677182 . C A 152.25 PASS AF=0.404762;AO=15;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0215727;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.881;QD=14.4998;RBI=0.0220827;REFB=-0.0175183;REVB=-0.00471826;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362272;STB=0.728333;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0482752;OID=.;OPOS=22677182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:25:15:17:0.404762:11:4:15:10:13:4:15:10 chr22 22682039 . A G 324.33 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00856972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3753;QD=19.6566;RBI=0.0157751;REFB=-0.00589342;REVB=-0.0132444;RO=32;SAF=28;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328872;STB=0.685191;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00668812;OID=.;OPOS=22682039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:6:28:17:15:6:28:17:15 chr22 22698027 . A G 740.41 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3608;QD=56.9545;RBI=0.0437456;REFB=0;REVB=0.00826882;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460573;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:33:18:0:0:33:19:0:0 chr22 22707275 . C A 67.62 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0102898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.844;QD=3.97785;RBI=0.0381327;REFB=-0.000937627;REVB=-0.0367182;RO=55;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19515;STB=0.617462;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00214734;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:67:68:55:56:12:12:0.176471:6:6:19:36:6:6:20:36 chr22 22707299 . A C 63.4 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=-0.09358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5275;QD=3.29375;RBI=0.0935952;REFB=-0.0156686;REVB=-0.0016864;RO=50;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149985;STB=0.662096;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0597099;OID=.;OPOS=22707299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:77:77:50:65:12:12:0.155844:6:6:19:31:6:6:20:45 chr22 22707316 . T C 31.52 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=57;FWDB=-0.0192223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.673;QD=1.44903;RBI=0.0362715;REFB=-0.00917377;REVB=-0.0307591;RO=78;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388524;STB=0.78684;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0972079;OID=.;OPOS=22707316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:78:79:8:8:0.091954:3:5:22:56:3:5:22:57 chr22 22712467 . T A,G 781.51 PASS AF=0.0175439,0.982456;AO=3,51;DP=54;FAO=1,56;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=1,37;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374878,0.0295544;FXX=0.0172384;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.2668,89.1748;QD=54.8429;RBI=0.0590686,0.0629442;REFB=0,0;REVB=0.0456482,0.0555743;RO=0;SAF=3,36;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.746e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0593507,0.00959446;OID=.,.;OPOS=22712467,22712467;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:54:57:0:0:3,51:1,56:0.0175439,0.982456:0,15:3,36:0:0:0,19:1,37:0:0 chr22 22724341 . A C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.66;QD=60.3767;RBI=0.00964434;REFB=0;REVB=-0.00876383;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12897e-05;OID=.;OPOS=22724341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr22 22724394 . T C 1533.89 PASS AF=1;AO=103;DP=107;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215532;FXX=0.0280348;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.221;QD=58.9958;RBI=0.023743;REFB=-0.112902;REVB=0.00995945;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185604;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:107:104:0:0:103:104:1:54:49:0:0:55:49:0:0 chr22 22730359 . C G,T 838.95 PASS AF=0.0847458,0.915254;AO=5,54;DP=59;FAO=5,54;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=4,31;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245244,0.0451307;FXX=0.0327815;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.176,90.9536;QD=56.878;RBI=0.0245843,0.0516535;REFB=0,0;REVB=0.0244617,0.0251257;RO=0;SAF=4,31;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.6027e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.159544,-0.00125347;OID=.,.;OPOS=22730359,22730359;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:59:59:0:0:5,54:5,54:0.0847458,0.915254:1,23:4,31:0:0:1,23:4,31:0:0 chr22 22730634 . G A 642.01 PASS AF=0.8125;AO=52;DP=64;FAO=52;FDP=64;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0584457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9895;QD=40.1255;RBI=0.0584863;REFB=0.000192538;REVB=-0.00217837;RO=12;SAF=18;SAR=34;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105453;STB=0.556298;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000457296;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:12:12:52:52:0.8125:34:18:1:11:34:18:1:11 chr22 22730696 . C T 163.9 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.110553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4611;QD=7.80472;RBI=0.112208;REFB=-0.0177872;REVB=-0.0192038;RO=58;SAF=2;SAR=21;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535271;STB=0.824421;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.089505;OID=.;OPOS=22730696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:58:61:23:23:0.27381:21:2:24:34:21:2:24:37 chr22 22730702 . A G 200.44 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.01781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.869;QD=9.6599;RBI=0.0179142;REFB=-0.00277406;REVB=0.00192887;RO=56;SAF=3;SAR=23;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447077;STB=0.777375;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00309484;OID=.;OPOS=22730702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:57:26:26:0.313253:23:3:22:34:23:3:23:34 chr22 22730787 . GG AA 110.36 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.00657002;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=99.4288;QD=6.21761;RBI=0.0192596;REFB=-0.00287874;REVB=-0.0181043;RO=54;SAF=3;SAR=14;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545274;STB=0.8351;STBP=0.008;TYPE=mnp;VARB=0.00899863;OID=.;OPOS=22730787;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:54:17:17:0.239437:14:3:34:20:14:3:34:20 chr22 22730799 . GA CC 89.84 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0102649;FXX=0.0461467;HRUN=3;LEN=2;MLLD=154.195;QD=5.79642;RBI=0.0156921;REFB=-0.00225844;REVB=0.011869;RO=37;SAF=3;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380867;STB=0.806246;STBP=0.012;TYPE=mnp;VARB=0.00623356;OID=.;OPOS=22730799;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:65:62:37:48:14:14:0.225806:11:3:19:18:11:3:30:18 chr22 22730829 . G A 64.39 PASS AF=0.185185;AO=9;DP=53;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0146757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6802;QD=4.76971;RBI=0.0248307;REFB=0.00594662;REVB=0.0200296;RO=44;SAF=2;SAR=7;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441429;STB=0.810986;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.023049;OID=.;OPOS=22730829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:54:44:44:9:10:0.185185:7:2:26:18:8:2:26:18 chr22 22764491 . G C 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00888328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.178;QD=14.4906;RBI=0.0343816;REFB=-0.0126726;REVB=-0.0332142;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798895;STB=0.546052;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0164663;OID=.;OPOS=22764491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:7:12:21:9:7:12:21:9 chr22 22842206 . T C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0178869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.115;QD=22.6003;RBI=0.0217933;REFB=-0.0391297;REVB=0.0124502;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116278;STB=0.564799;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0283024;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:13:10:6:14:13:10:6:14 chr22 22842957 . T G 184.39 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=40;FWDB=0.002307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.917;QD=10.1035;RBI=0.0333042;REFB=-0.00836067;REVB=-0.0332242;RO=48;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238356;STB=0.622134;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0256398;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:49:24:24:0.328767:16:8:8:40:16:8:9:40 chr22 22843118 . C T 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0148417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.276;QD=16.6182;RBI=0.0193608;REFB=-0.0109378;REVB=-0.0124323;RO=28;SAF=5;SAR=18;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442702;STB=0.50251;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0140454;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:18:5:6:22:18:5:6:22 chr22 22899234 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.841;QD=62.9826;RBI=0.0279334;REFB=0;REVB=-0.00844874;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26157e-05;OID=.;OPOS=22899234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr22 22986734 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.175;QD=33.4284;RBI=0.0012108;REFB=0;REVB=0.0012108;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14238e-05;OID=.;OPOS=22986734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr22 22989256 . A G 116.11 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.843;QD=42.2232;RBI=0.0264474;REFB=0;REVB=-0.00177443;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165501;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:5:6:0:0 chr22 23029263 . T C 965.6 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.103783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8505;QD=55.1772;RBI=0.103784;REFB=0.0551983;REVB=0.000500699;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129488;STB=0.513885;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0109253;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:1:2:68:68:0.971429:32:36:1:0:33:35:2:0 chr22 23029526 . G C 195.15 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.013826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.082;QD=14.1926;RBI=0.0152786;REFB=-0.0157204;REVB=-0.00650218;RO=32;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814944;STB=0.546721;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0281932;OID=.;OPOS=23029526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:16:7:12:20:16:7:12:20 chr22 23029698 . T C 728.05 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.069;QD=63.3086;RBI=0.0700495;REFB=0;REVB=0.0607987;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128804;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:31:14:0:0:31:15:0:0 chr22 23040462 . T C 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0477858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.535;QD=15.1663;RBI=0.0519776;REFB=-0.0217796;REVB=0.0204496;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4376;STB=0.7497;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0223662;OID=.;OPOS=23040462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:16:4:10:5:16:4 chr22 23040767 . G T 589.71 PASS AF=0.535714;AO=59;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0172603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.914;QD=21.0611;RBI=0.0299769;REFB=-0.011261;REVB=0.0245091;RO=52;SAF=19;SAR=40;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272068;STB=0.642376;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0085985;OID=.;OPOS=23040767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:59:60:0.535714:40:19:33:19:40:20:33:19 chr22 23047053 . G T 111.79 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0515829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9411;QD=16.5615;RBI=0.0586942;REFB=0.00602628;REVB=0.028004;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290292;STB=0.66642;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00705984;OID=.;OPOS=23047053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:4:10:5:8:4:10 chr22 23047069 . C A 113.28 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00458252;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.167;QD=15.1035;RBI=0.0300429;REFB=-0.00128765;REVB=0.0296913;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444132;STB=0.719671;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00261282;OID=.;OPOS=23047069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:19:17:12:13:0.433333:3:9:6:13:4:9:5:12 chr22 23047104 . G A 146.86 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0141045;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.8832;QD=14.6858;RBI=0.0303194;REFB=-0.0483908;REVB=-0.0268389;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156131;STB=0.622621;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0259317;OID=.;OPOS=23047104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:23:16:17:0.425:9:7:6:15:9:8:6:17 chr22 23047290 . G A 212.47 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00768791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5996;QD=12.4981;RBI=0.0160093;REFB=-0.00692243;REVB=0.0140426;RO=42;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012973;STB=0.507457;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0118662;OID=.;OPOS=23047290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:17:9:15:27:17:9:15:27 chr22 23047298 . C T 203.14 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0233756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.22;QD=12.3113;RBI=0.0246132;REFB=-0.0168453;REVB=0.00770672;RO=40;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655765;STB=0.531947;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0218475;OID=.;OPOS=23047298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:17:8:15:25:17:8:15:26 chr22 23055421 . G A 240.31 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0179591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.146;QD=16.5728;RBI=0.0186578;REFB=-0.0170507;REVB=-0.0050578;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253402;STB=0.65105;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0204524;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:31:27:27:0.465517:18:9:18:12:18:9:19:12 chr22 23055440 . C A 814.03 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.863;QD=57.1248;RBI=0.0357551;REFB=0;REVB=0.00656091;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104863;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:29:25:0:0:30:27:0:0 chr22 23055533 . G A 475.0 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00376145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.48;QD=21.5907;RBI=0.0169247;REFB=-0.0225769;REVB=0.0165014;RO=41;SAF=22;SAR=24;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127125;STB=0.512383;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0170827;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:42:46:46:0.522727:24:22:19:22:24:22:19:23 chr22 23055539 . G T 479.91 PASS AF=0.541176;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0252088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3978;QD=22.584;RBI=0.0256049;REFB=0.00930511;REVB=-0.00448612;RO=39;SAF=22;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201502;STB=0.50588;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0113619;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:39:45:46:0.541176:23:22:20:19:23:23:20:19 chr22 23063171 . C T 166.06 PASS AF=0.566667;AO=15;DP=28;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.010455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.094;QD=22.1418;RBI=0.0523571;REFB=-0.0395303;REVB=0.0513026;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114631;STB=0.529377;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0127284;OID=.;OPOS=23063171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:13:13:15:17:0.566667:6:9:6:7:8:9:6:7 chr22 23063353 . T G 64.49 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0196194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0195;QD=9.92081;RBI=0.0344015;REFB=-0.0109245;REVB=-0.0282585;RO=17;SAF=8;SAR=0;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.70446;STB=0.59236;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0208031;OID=.;OPOS=23063353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:17:17:8:9:0.346154:0:8:14:3:1:8:14:3 chr22 23063484 . T G 300.56 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.108294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.186;QD=21.4687;RBI=0.108295;REFB=-0.00796487;REVB=-0.00037768;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109243;STB=0.506049;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0141126;OID=.;OPOS=23063484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:19:12:10:15:19:12:10:15 chr22 23063618 . C T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0185928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.97;QD=21.9446;RBI=0.0375671;REFB=-0.023154;REVB=0.0326435;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.021794;OID=.;OPOS=23063618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:6:6:8:8:6:6 chr22 23077555 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.93;QD=60.6092;RBI=0.0411705;REFB=0;REVB=0.0398744;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204208;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr22 23089941 . ACT A 234.29 PASS AF=0.469388;AO=21;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0361984;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.172;QD=19.1258;RBI=0.036222;REFB=-0.039639;REVB=0.00130822;RO=24;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201434;STB=0.642016;STBP=0.077;TYPE=del;VARB=0.0340216;OID=.;OPOS=23089942;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469388:21:50:23:49:26:6:17:13:13:99:24:5:16:10:14 chr22 23101216 . A G 43.55 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0360189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.142;QD=6.45128;RBI=0.0479298;REFB=-0.01682;REVB=-0.0316212;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176379;STB=0.659364;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0580752;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:26:27:20:20:6:7:0.259259:3:3:13:7:4:3:13:7 chr22 23101221 . A G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0104105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.267;QD=5.78786;RBI=0.0122978;REFB=-0.0311275;REVB=-0.00654659;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259258;STB=0.666222;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0484638;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:15:8:4:3:15:8 chr22 23101247 . GC AT 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0359849;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.28;QD=5.71702;RBI=0.0534128;REFB=-0.0148714;REVB=0.0394717;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150958;STB=0.598343;STBP=0.549;TYPE=mnp;VARB=0.0519484;OID=.;OPOS=23101247;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:5:3:14:14:5:3:14:14 chr22 23101255 . C A 302.93 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.058397;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7988;QD=32.7493;RBI=0.0671548;REFB=-0.0650077;REVB=0.0331596;RO=11;SAF=13;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246842;STB=0.513503;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0679006;OID=.;OPOS=23101255;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:38:37:11:11:26:26:0.702703:13:13:5:6:13:13:5:6 chr22 23101280 . C T 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00251887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5865;QD=4.2887;RBI=0.0305215;REFB=-0.00298691;REVB=0.0304174;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297403;STB=0.703116;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0152765;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:5:2:17:15:5:2:17:15 chr22 23101301 . A G 60.52 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00388117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.744;QD=6.20683;RBI=0.0340747;REFB=-0.00182816;REVB=-0.0338529;RO=27;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404027;STB=0.72952;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0108313;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:27:30:9:9:0.230769:7:2:15:12:7:2:15:15 chr22 23101523 . G A 262.83 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0140734;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.781;QD=14.8074;RBI=0.0148075;REFB=-0.0225085;REVB=0.00460454;RO=40;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102517;STB=0.551689;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0302701;OID=.;OPOS=23101523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:18:12:20:20:18:12:20:21 chr22 23101559 . G T 286.32 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0417241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8646;QD=15.6886;RBI=0.0459355;REFB=-0.0217078;REVB=0.019214;RO=41;SAF=10;SAR=22;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209746;STB=0.618798;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0355496;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:22:10:21:20:22:10:21:20 chr22 23114327 . T C 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.786;QD=59.0142;RBI=0.0446518;REFB=0;REVB=-0.0185527;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164608;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:28:6:0:0:28:6:0:0 chr22 23114350 . A G 501.82 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.349;QD=59.0371;RBI=0.107114;REFB=0;REVB=-0.0272112;RO=0;SAF=5;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689126;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:28:5:0:0:29:5:0:0 chr22 23114993 . G A 456.65 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.014886;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.927;QD=22.5507;RBI=0.0165505;REFB=-0.00381346;REVB=0.00723371;RO=36;SAF=22;SAR=22;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113695;STB=0.555531;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00338221;OID=.;OPOS=23114993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:36:37:44:44:0.54321:22:22:13:23:22:22:14:23 chr22 23241705 . GC AC,GA 342.32 PASS AF=0.5,0.5;AO=13,3;DP=26;FAO=13,13;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9,13;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058439,0.0557686;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=52.802,38.1884;QD=52.6644;RBI=0.0591834,0.0678613;REFB=0,0;REVB=0.0093571,0.0386654;RO=0;SAF=9,3;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00746527,0.0427926;OID=.,.;OPOS=23241705,23241706;OREF=G,C;OALT=A,A;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:26:26:0:0:13,3:13,13:0.5,0.5:4,0:9,3:0:0:4,0:9,13:0:0 chr22 23241752 . CT AG,CTA,TA 695.63 PASS AF=0.0377358,0.962264,0;AO=2,35,3;DP=51;FAO=2,51,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32,0;FSAR=2,19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000834537,0.00517541,0.00321446;FXX=0;HRUN=1,0,1;LEN=2,1,2;MLLD=101.634,71.2414,97.8896;QD=52.5006;RBI=0.00195004,0.159889,0.0155351;REFB=0,0,0;REVB=-0.00176244,0.159805,-0.0151989;RO=4;SAF=0,27,0;SAR=2,8,3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.569412,0.130015,-0.642277;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=0.0670885,0.000319573,0.00378273;OID=.,.,.;OPOS=23241752,23241754,23241752;OREF=CT,-,CT;OALT=AG,A,TA;OMAPALT=AG,CTA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:53:4:0:2,35,3:2,51,0:0.0377358,0.962264,0:2,8,3:0,27,0:1:3:2,19,0:0,32,0:0:0 chr22 23247082 . C G 889.94 PASS AF=0.623077;AO=79;DP=128;FAO=81;FDP=130;FR=.;FRO=49;FSAF=55;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00682952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6197;QD=27.3827;RBI=0.0114841;REFB=-0.0188529;REVB=0.00923273;RO=49;SAF=54;SAR=25;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881229;STB=0.545002;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0128405;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:49:49:79:81:0.623077:25:54:28:21:26:55:28:21 chr22 23248758 . G A 363.84 PASS AF=0.569231;AO=35;DP=63;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0103679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.378;QD=22.39;RBI=0.0104551;REFB=-0.026138;REVB=-0.0013471;RO=26;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110543;STB=0.521186;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0195488;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:26:28:35:37:0.569231:18:17:13:13:19:18:15:13 chr22 23256464 . G C 1544.18 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0988;QD=63.0277;RBI=0.00824066;REFB=0;REVB=0.00131253;RO=0;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25688e-06;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:60:37:0:0:61:37:0:0 chr22 23263602 . C T 1246.26 PASS AF=0.990291;AO=45;DP=99;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152405;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.165;QD=48.3984;RBI=0.108721;REFB=-0.109012;REVB=0.107648;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507691;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00561862;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:103:0:1:45:102:0.990291:14:31:0:0:70:32:1:0 chr22 23264785 . C A 99.25 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0275762;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.651;QD=14.7037;RBI=0.0353618;REFB=-0.0413055;REVB=0.0221362;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382976;STB=0.670902;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0211859;OID=.;OPOS=23264785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:9:15:11:12:0.444444:5:6:9:0:5:7:13:2 chr22 23466372 . C CT,T 39.34 PASS AF=0.285714,0;AO=6,2;DP=43;FAO=10,0;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=8,0;FSAR=2,0;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0584409,0.0175362;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=13.7785,217.272;QD=4.49602;RBI=0.0673205,0.0178947;REFB=-0.0550476,-0.0106518;REVB=0.0334172,0.00356403;RO=35;SAF=6,0;SAR=0,2;SRF=23;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.615012,-0.516944;STB=0.675665,0.5;STBP=0.246,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0982109,0.0513548;OID=.,.;OPOS=23466373,23466372;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:43:35:35:25:6,2:10,0:0.285714,0:0,2:6,0:23:12:2,0:8,0:15:10 chr22 23503170 . A G 139.57 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0372701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3306;QD=19.2504;RBI=0.0547125;REFB=-0.00940373;REVB=-0.040055;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282995;STB=0.516107;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0091012;OID=.;OPOS=23503170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:7:7:7:8:7:7 chr22 23503205 . G C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0141583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.272;QD=11.1312;RBI=0.0143005;REFB=-0.0193018;REVB=0.00201101;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155187;STB=0.592414;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0295698;OID=.;OPOS=23503205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:6:11:5:5:6:11 chr22 23504862 . C T 117.46 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0157059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.003;QD=21.3567;RBI=0.0228918;REFB=-0.0400679;REVB=0.0166541;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147025;STB=0.583207;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.023233;OID=.;OPOS=23504862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:3:6:6:7:3:6 chr22 23504916 . G A 262.38 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0132538;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.523;QD=23.8527;RBI=0.0142046;REFB=0.0066804;REVB=-0.00510949;RO=19;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218775;STB=0.608526;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00845888;OID=.;OPOS=23504916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:19:20:24:24:0.545455:11:13:5:14:11:13:6:14 chr22 23504959 . C T 280.2 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00704954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.375;QD=16.7283;RBI=0.00705816;REFB=-0.0188561;REVB=0.000348671;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288097;STB=0.661235;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0151818;OID=.;OPOS=23504959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:12:19:11:25:12:19:11:25 chr22 23513128 . C G 549.08 PASS AF=0.644737;AO=49;DP=77;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0155695;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8427;QD=28.8991;RBI=0.0199184;REFB=-0.0244543;REVB=0.012423;RO=26;SAF=23;SAR=26;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165934;STB=0.595593;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00364119;OID=.;OPOS=23513128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:26:27:49:49:0.644737:26:23:19:7:26:23:20:7 chr22 23513523 . A C 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6846;QD=51.1772;RBI=0.00681809;REFB=0;REVB=0.0041384;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37696e-05;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr22 23585132 . A G 136.12 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0665542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.92;QD=10.4708;RBI=0.0703127;REFB=-0.0156878;REVB=0.0226807;RO=35;SAF=7;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180233;STB=0.606617;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0241945;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:10:7:20:15:10:7:20:15 chr22 23627369 . A G 383.52 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00113214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.159;QD=20.1855;RBI=0.0239868;REFB=-0.0409213;REVB=0.02396;RO=36;SAF=17;SAR=22;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559911;STB=0.538024;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0415328;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:22:17:18:18:22:17:19:18 chr22 23656799 . C T 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0209843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.141;QD=16.4802;RBI=0.0212799;REFB=-0.0199241;REVB=-0.00353485;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147036;STB=0.593728;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0270568;OID=.;OPOS=23656799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:19:19:0.431818:10:9:15:9:10:9:16:9 chr22 23915610 . A T 141.3 PASS AF=0.347826;AO=14;DP=44;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0349607;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.593;QD=12.2873;RBI=0.0349641;REFB=-0.0156978;REVB=0.000487704;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160666;STB=0.539722;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0287255;OID=.;OPOS=23915610;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:26:30:14:16:0.347826:9:5:13:13:10:6:13:17 chr22 23915652 . G A 194.03 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0291767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.303;QD=16.8722;RBI=0.0380368;REFB=-0.00684026;REVB=0.0244033;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015897;STB=0.509082;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0161288;OID=.;OPOS=23915652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:10:16:12:8:10:16 chr22 24034288 . A G 214.78 PASS AF=0.381818;AO=17;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00253266;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0194;QD=15.6206;RBI=0.00328642;REFB=0.0187432;REVB=-0.00209433;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150071;STB=0.612669;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0123714;OID=.;OPOS=24034288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:29:17:21:0.381818:5:12:22:5:8:13:23:6 chr22 24035970 . C T 601.05 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.564;QD=58.6394;RBI=0.0225349;REFB=-0.0304315;REVB=0.00258186;RO=1;SAF=30;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153811;STB=0.508193;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00137599;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:10:30:1:0:10:30:1:0 chr22 24038846 . GT G,GC 370.55 PASS AF=1,0;AO=10,17;DP=28;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257949,-0.350741;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=32.1771,24.1002;QD=52.9361;RBI=0.029209,0.353723;REFB=0,0;REVB=0.0137036,-0.0458343;RO=0;SAF=2,12;SAR=8,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00203226,0;OID=.,.;OPOS=24038847,24038847;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:10,17:28:28,0:28:0:14,0:14,0:0:0:4:0:2,12:8,5:0:0 chr22 24086107 . A G 753.6 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.101;QD=56.8752;RBI=0.0397453;REFB=0;REVB=-0.039541;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137818;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:22:30:0:0:23:30:0:0 chr22 24087319 . A C 183.07 PASS AF=0.4;AO=17;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0286621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.994;QD=13.3141;RBI=0.0340737;REFB=-0.01456;REVB=0.0184256;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089381;STB=0.545414;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0167024;OID=.;OPOS=24087319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:33:17:22:0.4:9:8:15:12:11:11:19:14 chr22 24108412 . G A 167.59 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0460916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.214;QD=41.8966;RBI=0.0464062;REFB=-0.0738067;REVB=0.00539481;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607183;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00321879;OID=.;OPOS=24108412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:1:0:8:7:1:0 chr22 24125942 . CA AG 30.06 PASS AF=0.0857143;AO=8;DP=107;FAO=9;FDP=105;FR=.;FRO=96;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.0394432;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.843;QD=1.14518;RBI=0.0525965;REFB=-0.00594716;REVB=-0.034794;RO=90;SAF=0;SAR=8;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.593432;STB=0.869873;STBP=0.031;TYPE=mnp;VARB=0.152092;OID=.;OPOS=24125942;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:107:105:90:96:8:9:0.0857143:8:0:47:43:8:1:47:49 chr22 24143502 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.589;QD=53.9112;RBI=0.0675598;REFB=0;REVB=0.0189421;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287223;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr22 24158899 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.171;QD=53.9112;RBI=0.0400827;REFB=0;REVB=-0.0300577;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491554;OID=.;OPOS=24158899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr22 24237463 . T C 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00349553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.446;QD=17.7318;RBI=0.0657482;REFB=-9.31044e-05;REVB=-0.0656553;RO=19;SAF=16;SAR=1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371589;STB=0.720377;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.000394267;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:1:16:15:4:1:16:15:4 chr22 24238079 . T A 191.57 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00324294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.822;QD=15.6383;RBI=0.0335507;REFB=-0.00823941;REVB=0.0333936;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299912;STB=0.529382;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00985711;OID=.;OPOS=24238079;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:12:8:12:16:12:8:13:16 chr22 24459438 . T C 1599.01 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9106;QD=59.7761;RBI=0.0517957;REFB=0;REVB=0.0391849;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545639;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:107:0:0:102:107:1:51:51:0:0:53:54:0:0 chr22 24560387 . T C,TC 34.49 PASS AF=0.0196078,0.137255;AO=4,8;DP=52;FAO=1,7;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=0,3;FSAR=1,4;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0379009,-0.0300893;FXX=0.0192271;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=59.6695,40.4868;QD=2.70503;RBI=0.040742,0.0338003;REFB=-0.00276735,-0.00739253;REVB=-0.0149476,-0.0153979;RO=39;SAF=1,4;SAR=3,4;SRF=20;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.284644,-0.0155719;STB=0.990183,0.571225;STBP=0.479,0.753;TYPE=snp,ins;VARB=0.0110073,0.0635605;OID=.,.;OPOS=24560387,24560388;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:52:51:39:43:4,8:1,7:0.0196078,0.137255:3,4:1,4:20:19:1,4:0,3:22:21 chr22 24579049 . G A 218.06 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0193089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.193;QD=11.477;RBI=0.0200126;REFB=-0.00536683;REVB=-0.0052604;RO=49;SAF=13;SAR=14;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546755;STB=0.531622;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00799111;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:14:13:26:23:14:13:26:23 chr22 24579157 . GA TC 302.56 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00155778;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=238.459;QD=12.2246;RBI=0.00707203;REFB=-0.0157919;REVB=-0.00689833;RO=64;SAF=16;SAR=19;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657006;STB=0.537818;STBP=0.589;TYPE=mnp;VARB=0.0345006;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:19:16:33:31:19:16:33:31 chr22 24717850 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.219;QD=48.7373;RBI=0.0480488;REFB=0;REVB=0.0080134;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000422574;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr22 24761467 . G A 493.99 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.539;QD=58.1162;RBI=0.0757503;REFB=0;REVB=0.0751942;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328907;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:8:25:0:0:8:26:0:0 chr22 24964128 . T C 509.67 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01414;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.953;QD=59.9617;RBI=0.0196902;REFB=0;REVB=-0.0137028;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45231e-05;OID=.;OPOS=24964128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr22 25003922 . G A 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.033523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.984;QD=13.7;RBI=0.0409539;REFB=-0.023773;REVB=0.023525;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123201;STB=0.571352;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0184271;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:8:10:20:10:8:10:20:10 chr22 25003934 . G A 101.95 PASS AF=0.27451;AO=12;DP=49;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00131797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.15;QD=7.99618;RBI=0.00497496;REFB=-0.0223813;REVB=-0.0047972;RO=36;SAF=9;SAR=3;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192681;STB=0.537259;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0464509;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:36:37:12:14:0.27451:3:9:22:14:5:9:22:15 chr22 25045855 . G A 629.86 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0171856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.68;QD=57.26;RBI=0.0302035;REFB=0.00778134;REVB=0.0248376;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253627;STB=0.526303;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.000125184;OID=.;OPOS=25045855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:1:2:42:42:0.954545:18:24:0:1:18:24:0:2 chr22 25145453 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.133;QD=56.7061;RBI=0.0251743;REFB=0;REVB=0.0164167;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228437;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr22 25145471 . A G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0308214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.792;QD=9.49198;RBI=0.0317522;REFB=-0.0125697;REVB=-0.00763201;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705676;STB=0.542765;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0266547;OID=.;OPOS=25145471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:5:13:6:3:5:13 chr22 25294369 . G A 129.95 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.034657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3168;QD=13.3278;RBI=0.109704;REFB=-0.0322527;REVB=0.104086;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278046;STB=0.658911;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0512188;OID=.;OPOS=25294369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:20:4:6:9:20:4 chr22 25294376 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0276373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0571;QD=15.6994;RBI=0.0331904;REFB=-0.0252253;REVB=-0.0183788;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202327;STB=0.615245;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0250463;OID=.;OPOS=25294376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:15:4:6:9:15:4 chr22 25334184 . G T 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00686552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.306;QD=18.4778;RBI=0.0287004;REFB=-0.0127997;REVB=0.0278671;RO=37;SAF=26;SAR=10;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051291;STB=0.539688;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0129508;OID=.;OPOS=25334184;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:10:26:25:12:10:26:25:13 chr22 25425340 . T C 182.33 PASS AF=0.62069;AO=16;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00969091;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.105;QD=25.1495;RBI=0.0132876;REFB=-0.0313685;REVB=0.00909107;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132778;STB=0.525867;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0188295;OID=.;OPOS=25425340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:29:29:13:11:16:18:0.62069:6:10:6:7:7:11:6:5 chr22 25425439 . A C 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.296;QD=12.869;RBI=0.0279616;REFB=-0.0222151;REVB=-0.0279616;RO=16;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0312204;OID=.;OPOS=25425439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:11:0:0:16:11:0:0:16 chr22 25436904 . T C 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0101825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.636;QD=16.8972;RBI=0.0480181;REFB=-0.0308478;REVB=0.0469261;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172877;STB=0.574318;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0107572;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:6:4:5:3:6:4:5:4 chr22 25466323 . G C 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00409654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.293;QD=11.1851;RBI=0.00785119;REFB=-0.0111925;REVB=0.00669773;RO=35;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197922;STB=0.616368;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0223123;OID=.;OPOS=25466323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:6:13:18:17:6:13:18:17 chr22 25466395 . G T 178.22 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0219891;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.384;QD=14.8515;RBI=0.0352644;REFB=-0.00617623;REVB=-0.0275691;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713554;STB=0.526288;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0080415;OID=.;OPOS=25466395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:19:29:18:19:0.395833:9:9:11:8:10:9:15:14 chr22 25573431 . G A 211.76 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0168356;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.499;QD=10.4573;RBI=0.0291078;REFB=-0.0178831;REVB=-0.023745;RO=55;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258801;STB=0.656728;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0322481;OID=.;OPOS=25573431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:55:54:27:27:0.333333:12:15:18:37:12:15:17:37 chr22 25577688 . G A 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0198264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2619;QD=10.3771;RBI=0.0212522;REFB=-0.00340216;REVB=0.00765309;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589112;STB=0.535635;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0145139;OID=.;OPOS=25577688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:8:8:5:4:8:8 chr22 25577733 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0331437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.919;QD=12.0507;RBI=0.0471823;REFB=0.00140545;REVB=0.0335807;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604717;STB=0.536003;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00282155;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:8:5:4:5:8:5 chr22 25601196 . C G 519.87 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.953;QD=59.4134;RBI=0.100438;REFB=0;REVB=0.0469826;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236671;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr22 25617463 . C G 156.16 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0891298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0661;QD=15.6156;RBI=0.104732;REFB=-0.00204848;REVB=-0.0549961;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236387;STB=0.635683;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00498275;OID=.;OPOS=25617463;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:8:15:7:10:8:15 chr22 25714218 . A C,T 748.67 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,45;DP=48;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877741,0.0208266;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.4872,118.105;QD=62.3893;RBI=0.0147839,0.0214281;REFB=0,0;REVB=-0.0118963,0.00504139;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.49331e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0375129,-0.00391526;OID=.,.;OPOS=25714218,25714218;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:48:0:0:2,45:2,46:0.0416667,0.958333:0,29:2,16:0:0:0,29:2,17:0:0 chr22 25753231 . G A 1034.63 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.196;QD=59.1219;RBI=0.0243677;REFB=0;REVB=0.020596;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44474e-05;OID=.;OPOS=25753231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:30:39:0:0:30:40:0:0 chr22 26159289 . G A 696.33 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0410266;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.801;QD=56.8433;RBI=0.0415436;REFB=-0.0250574;REVB=0.00653372;RO=3;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118787;STB=0.506326;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.000575951;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:26:20:1:2:26:20:1:2 chr22 26164079 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.938;QD=51.1829;RBI=0.0521929;REFB=0;REVB=-0.0425406;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101141;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr22 26164413 . C T 94.37 PASS AF=0.375;AO=13;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0203575;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=45.09;QD=11.7965;RBI=0.0355881;REFB=-0.0205406;REVB=0.0291906;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723649;STB=0.610913;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.010723;OID=.;OPOS=26164413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:32:32:16:20:13:12:0.375:9:4:6:10:9:3:8:12 chr22 26166900 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.49;QD=59.4356;RBI=0.0437942;REFB=0;REVB=0.024781;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133854;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr22 26173661 . T C 318.67 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.368;QD=53.1111;RBI=0.0489208;REFB=0;REVB=0.0180226;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332595;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:22:24:1:4:18:0:0:5:19:0:0 chr22 26193982 . C G 935.76 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.959;QD=57.585;RBI=0.0866293;REFB=0;REVB=0.0859829;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658225;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:65:0:0:59:65:1:34:25:0:0:39:26:0:0 chr22 26194045 . T C 211.53 PASS AF=0.446809;AO=17;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.000776917;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.966;QD=18.0026;RBI=0.0132241;REFB=-0.00173781;REVB=-0.0132012;RO=20;SAF=2;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296693;STB=0.660684;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00100843;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:26:17:21:0.446809:15:2:6:14:19:2:6:20 chr22 26239850 . C A 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9414;QD=53.9065;RBI=0.0188531;REFB=0;REVB=-0.0147932;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76875e-05;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr22 26838430 . A C 118.32 PASS AF=0.268657;AO=17;DP=62;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0179688;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.425;QD=7.06399;RBI=0.0817132;REFB=-0.00460691;REVB=-0.0797131;RO=45;SAF=9;SAR=8;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031486;STB=0.522363;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00595944;OID=.;OPOS=26838430;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:45:49:17:18:0.268657:8:9:25:20:9:9:26:23 chr22 26853905 . C A 459.55 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296565;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.104;QD=55.7034;RBI=0.0302494;REFB=-0.150193;REVB=0.00595994;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000832806;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:1:0:16:16:1:0 chr22 26854441 . G A 740.71 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037014;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.467;QD=56.9778;RBI=0.0471941;REFB=0;REVB=0.0292788;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344346;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr22 26859942 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.112;QD=57.2026;RBI=0.0186393;REFB=0;REVB=0.0145064;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18646e-05;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr22 26862212 . T C 562.76 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464142;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.61;QD=60.8383;RBI=0.0648425;REFB=0;REVB=0.0646762;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361957;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:37:0:0:35:37:1:18:17:0:0:21:16:0:0 chr22 26879967 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00103731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.775;QD=16.199;RBI=0.00103731;REFB=-0.0286882;REVB=0;RO=3;SAF=5;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123116;OID=.;OPOS=26879967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:0:5:3:0:0:5:3:0 chr22 26884039 . G A 693.81 PASS AF=0.898305;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.013962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.026;QD=47.0377;RBI=0.0140502;REFB=-0.0721719;REVB=0.00157189;RO=2;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324675;STB=0.519839;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00586144;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:59:59:2:6:53:53:0.898305:28:25:0:2:28:25:4:2 chr22 26895337 . G A 876.03 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292941;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.717;QD=56.5183;RBI=0.034694;REFB=-0.0170868;REVB=0.0185884;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154749;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00043604;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:0:1:30:31:0:1 chr22 26932150 . G A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0182118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6212;QD=13.0367;RBI=0.0622451;REFB=-0.000678576;REVB=-0.0595212;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949207;STB=0.555494;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.000821697;OID=.;OPOS=26932150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:10:8:17:15:10:8:17:15 chr22 26937327 . C G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.595;QD=57.5453;RBI=0.0549433;REFB=0;REVB=0.0388099;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90387e-05;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr22 26951185 . C G 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0929265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.88;QD=24.1898;RBI=0.0940807;REFB=-0.00926234;REVB=0.0146915;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294792;STB=0.666388;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0138992;OID=.;OPOS=26951185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:4:8:1:5:4:8:1:5 chr22 27021457 . T C,G 712.91 PASS AF=0.921569,0.0784314;AO=47,4;DP=51;FAO=47,4;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502828,-0.0530075;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=171.429,10.7312;QD=55.9143;RBI=0.0447081,0.0555584;REFB=0,0;REVB=0.0444244,-0.0166417;RO=0;SAF=31,1;SAR=16,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00115259,0.217437;OID=.,.;OPOS=27021457,27021457;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:51:51:0:0:47,4:47,4:0.921569,0.0784314:16,3:31,1:0:0:16,3:31,1:0:0 chr22 28248840 . C T 368.94 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0267963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.849;QD=27.3286;RBI=0.0276759;REFB=-0.00821417;REVB=0.006922;RO=19;SAF=21;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488567;STB=0.526702;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00265139;OID=.;OPOS=28248840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:14:21:10:9:14:21:10:9 chr22 28316591 . T TG,TGG 250.23 PASS AF=0.965517,0;AO=22,4;DP=32;FAO=28,0;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=7,0;FSAR=21,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275542,0.0149477;FXX=0.0333222;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=16.2983,7.46833;QD=34.5143;RBI=0.245399,0.130458;REFB=0.00205459,0.00184596;REVB=-0.243848,-0.129599;RO=4;SAF=7,0;SAR=15,4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0224175,-0.687804;STB=0.533309,0.5;STBP=0.166,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00716239,0;OID=.,.;OPOS=28316592,28316592;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.965517,0:22,4:32:28,0:29:1:7,0:21,0:1:0:3:4:7,0:15,4:1:3 chr22 28378472 . A G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0412426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.704;QD=17.7317;RBI=0.0517233;REFB=0.00123116;REVB=0.0312146;RO=19;SAF=2;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310447;STB=0.681561;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.000393677;OID=.;OPOS=28378472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:15:2:6:13:15:2:6:13 chr22 28392124 . A AC,C 69.3 PASS AF=0.26087,0;AO=10,5;DP=69;FAO=18,0;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=17,0;FSAR=1,0;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0162346,-0.0741404;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=48.4964,150.609;QD=4.0176;RBI=0.0267004,0.0741834;REFB=-0.0118844,0.00584155;REVB=-0.021198,-0.00252482;RO=53;SAF=9,5;SAR=1,0;SRF=33;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.44055,0.526061;STB=0.880931,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.164651,0;OID=.,.;OPOS=28392125,28392124;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:69:69:53:51:10,5:18,0:0.26087,0:1,0:9,5:33:20:1,0:17,0:31:20 chr22 28559120 . G C 278.77 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0633975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.088;QD=18.8995;RBI=0.0642519;REFB=-0.0106186;REVB=0.0104437;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180103;STB=0.607751;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0106852;OID=.;OPOS=28559120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:17:13:18:10:17:13:19:10 chr22 29182500 . C A 871.03 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515858;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5876;QD=58.0687;RBI=0.0230604;REFB=0;REVB=-0.0224761;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04106e-05;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr22 29446611 . A C 340.29 PASS AF=0.425287;AO=32;DP=82;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=11;FWDB=0.0399638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.302;QD=15.6455;RBI=0.0564131;REFB=-0.0261214;REVB=0.0398163;RO=50;SAF=23;SAR=9;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848352;STB=0.555527;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0381326;OID=.;OPOS=29446611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:50:50:32:37:0.425287:9:23:39:11:11:26:39:11 chr22 29450923 . A G 676.26 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496634;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.406;QD=61.4777;RBI=0.0692252;REFB=0;REVB=0.0482253;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521363;OID=.;OPOS=29450923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:25:19:0:0 chr22 29453027 . A G 463.29 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.508;QD=54.5042;RBI=0.0220316;REFB=0;REVB=0.0149867;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080623;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:0:0:32:34:1:15:17:0:0:15:19:0:0 chr22 29453193 . G C 505.97 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249609;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.273;QD=59.5261;RBI=0.0607681;REFB=0;REVB=0.055405;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859147;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr22 29456733 . T C 2049.24 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202013;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2188;QD=62.5722;RBI=0.0421425;REFB=0;REVB=0.0369851;RO=0;SAF=57;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215634;OID=.;OPOS=29456733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:74:57:0:0:74:57:0:0 chr22 29542748 . C A 1043.07 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3501;QD=58.7643;RBI=0.0378488;REFB=0;REVB=0.0113935;RO=0;SAF=19;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211405;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:51:19:0:0:52:19:0:0 chr22 29656158 . C A 83.46 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0102251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.709;QD=9.81856;RBI=0.0326091;REFB=-0.00911712;REVB=-0.0309645;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819168;STB=0.573641;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0191815;OID=.;OPOS=29656158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:34:21:23:11:11:0.323529:6:5:8:13:6:5:8:15 chr22 29727866 . C G,T 458.58 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=2,30;DP=32;FAO=1,31;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373206,0.143872;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.454,117.026;QD=57.322;RBI=0.0373206,0.144547;REFB=0,0;REVB=-8.24302e-05,0.0139522;RO=0;SAF=1,2;SAR=1,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.56306e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.141475,0.000848013;OID=.,.;OPOS=29727866,29727866;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:32:32:0:0:2,30:1,31:0.03125,0.96875:1,28:1,2:0:0:1,28:0,3:0:0 chr22 29727886 . T C 166.98 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053294;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.098;QD=47.7075;RBI=0.00541478;REFB=0;REVB=0.000957775;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024507;OID=.;OPOS=29727886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr22 29755888 . T C 756.66 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108019;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.733;QD=57.1065;RBI=0.0174381;REFB=0;REVB=0.0136897;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596907;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr22 29885861 . T C 61.76 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.202567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.168;QD=35.2928;RBI=0.223468;REFB=0;REVB=0.094366;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00630662;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:4:3:0:0 chr22 29886413 . A G 529.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.317;QD=58.7827;RBI=0.0930264;REFB=0;REVB=0.024403;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166758;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:20:16:0:0 chr22 29886893 . G T 362.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408727;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.149;QD=55.6965;RBI=0.0415891;REFB=0;REVB=-0.00768584;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50664e-05;OID=.;OPOS=29886893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr22 29913272 . C T 937.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.648;QD=58.5962;RBI=0.0147045;REFB=0;REVB=0.00789375;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89311e-05;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr22 29957570 . G A 157.71 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0438271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.368;QD=11.2651;RBI=0.0441558;REFB=-0.0120617;REVB=0.00537792;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184;STB=0.61667;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0202862;OID=.;OPOS=29957570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:7:13:17:18:7:13:17:19 chr22 30367014 . A T 92.24 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0107926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5202;QD=18.4473;RBI=0.0299519;REFB=-0.0555062;REVB=0.0279399;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154763;STB=0.607293;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0212575;OID=.;OPOS=30367014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:8:9:11:11:0.55:6:5:2:6:6:5:2:7 chr22 30403996 . C T 284.55 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0169984;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.747;QD=17.5106;RBI=0.0177681;REFB=-0.0128216;REVB=-0.00517295;RO=31;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294849;STB=0.527255;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0175081;OID=.;OPOS=30403996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:31:34:31:31:0.476923:18:13:14:17:18:13:16:18 chr22 30423744 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00458696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.877;QD=22.7198;RBI=0.0179773;REFB=-0.0128999;REVB=-0.0173823;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125864;STB=0.571322;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00203656;OID=.;OPOS=30423744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:10:4:4:5:10:4:4:5 chr22 30681257 . C G 289.28 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.546;QD=52.597;RBI=0.0466205;REFB=0;REVB=0.026567;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033861;OID=.;OPOS=30681257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:18:22:1:6:12:0:0:8:14:0:0 chr22 30685363 . C CA 1248.57 PASS AF=0.96875;AO=14;DP=100;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.146034;FXX=0.0103082;HRUN=0;LEN=1;MLLD=135.493;QD=52.0237;RBI=0.158063;REFB=-0.254746;REVB=0.0604813;RO=84;SAF=1;SAR=13;SRF=56;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.677537;STB=0.50341;STBP=0.748;TYPE=ins;VARB=0.0053698;OID=.;OPOS=30685364;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96875:14:100:93:96:3:52:41:2:1:7:84:1:13:56:28 chr22 30685364 . G A,C 1358.1 PASS AF=0.8125,0.15625;AO=78,14;DP=95;FAO=78,15;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=51,1;FSAR=27,14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0405118,0.0595056;FXX=0.0103082;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=156.25,15.3438;QD=56.5874;RBI=0.06083,0.094357;REFB=-0.116198,-0.0454064;REVB=0.0453772,0.0732279;RO=3;SAF=51,1;SAR=27,13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00099223,-0.413168;STB=0.500525,0.736424;STBP=0.952,0.024;TYPE=snp,snp;VARB=0.000152222,0.15622;OID=.,.;OPOS=30685364,30685364;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:74:95:96:3:3:78,14:78,15:0.8125,0.15625:27,13:51,1:2:1:27,14:51,1:2:1 chr22 30700607 . T G 447.18 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.597;QD=57.7006;RBI=0.0526395;REFB=0;REVB=-0.0112533;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30304e-05;OID=.;OPOS=30700607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr22 30714683 . CA C,CC,CT 631.03 PASS AF=0.95122,0,0.0487805;AO=19,20,2;DP=42;FAO=39,0,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0,0;FSAR=24,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112305,-0.168247,-0.0450305;FXX=0.0238039;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=167.037,156.483,12.7507;QD=61.5643;RBI=0.112441,0.168913,0.0513991;REFB=0,0,0;REVB=0.005543,-0.0149842,-0.0247815;RO=0;SAF=0,15,0;SAR=19,5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00194358,0,0.17168;OID=.,.,.;OPOS=30714684,30714684,30714684;OREF=A,A,A;OALT=-,C,T;OMAPALT=C,CC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.95122,0,0.0487805:19,20,2:42:39,0,2:41:0:15,0,0:24,0,2:0:0:9:0:0,15,0:19,5,2:0:0 chr22 30733111 . C A 289.27 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.843;QD=52.5953;RBI=0.00672736;REFB=0;REVB=-0.00279196;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03551e-06;OID=.;OPOS=30733111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:4:17:0:0:5:17:0:0 chr22 30762140 . G A 730.29 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000510319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.478;QD=60.8571;RBI=0.0280565;REFB=0;REVB=0.0280519;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218597;OID=.;OPOS=30762140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:48:1:0:45:48:1:26:19:1:0:26:22:0:0 chr22 30765502 . G A 596.33 PASS AF=0.933333;AO=39;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0581138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.4488;QD=53.0072;RBI=0.0601982;REFB=-0.0102457;REVB=0.0157039;RO=3;SAF=12;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549433;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000799746;OID=.;OPOS=30765502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:39:42:0.933333:27:12:2:1:28:14:1:2 chr22 30770603 . T A 558.07 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0107652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.59;QD=55.8071;RBI=0.0198058;REFB=-0.129797;REVB=0.0166247;RO=2;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163159;STB=0.518509;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000576011;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:40:40:2:1:38:39:0.975:25:13:1:1:26:13:1:0 chr22 30770626 . G C 785.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0816;QD=64.1448;RBI=0.023665;REFB=0;REVB=0.0205434;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21874e-05;OID=.;OPOS=30770626;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr22 30771554 . T G 997.15 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.323;QD=58.656;RBI=0.101405;REFB=0;REVB=-0.0952094;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.3494e-05;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:36:30:0:0:36:32:0:0 chr22 30775675 . G A 680.13 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.829;QD=59.1413;RBI=0.0337228;REFB=0;REVB=0.0324244;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626735;OID=.;OPOS=30775675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:46:0:0:41:46:1:28:13:0:0:33:13:0:0 chr22 30776095 . C T 996.05 PASS AF=0.910256;AO=71;DP=78;FAO=71;FDP=78;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.012986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.13;QD=51.0793;RBI=0.0137519;REFB=-0.205578;REVB=0.00452533;RO=1;SAF=24;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192929;STB=0.563618;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00394889;OID=.;OPOS=30776095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:78:78:1:7:71:71:0.910256:47:24:1:0:47:24:7:0 chr22 30820707 . A G 306.25 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.972;QD=53.2607;RBI=0.0349382;REFB=0;REVB=-0.0121292;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95502e-05;OID=.;OPOS=30820707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr22 30823113 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.809;QD=55.6561;RBI=0.0209445;REFB=0;REVB=-0.0136249;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77866e-06;OID=.;OPOS=30823113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr22 30823196 . T C 579.47 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116565;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.579;QD=60.9969;RBI=0.0143356;REFB=0;REVB=-0.00834484;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59922e-05;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr22 30857373 . A C 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.982;QD=62.0181;RBI=0.0290164;REFB=0;REVB=-0.00663031;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219165;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr22 30857448 . A G 441.19 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.758;QD=56.9282;RBI=0.0101342;REFB=0;REVB=-0.00797314;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79967e-06;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:14:15:0:0:16:15:0:0 chr22 30862400 . T A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.847;QD=62.671;RBI=0.022347;REFB=0;REVB=-0.00171635;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82965e-05;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr22 30864610 . A G 698.97 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.315;QD=54.8213;RBI=0.0233152;REFB=0.0410719;REVB=-0.00670847;RO=1;SAF=17;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268819;STB=0.51428;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=3.90606e-05;OID=.;OPOS=30864610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:33:17:1:0:33:17:1:0 chr22 30927975 . C T 129.13 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.965;QD=39.7318;RBI=0.0668087;REFB=-0.088517;REVB=0.0634742;RO=1;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150436;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:13:13:1:0:12:13:1:10:2:0:1:11:2:0:0 chr22 30934816 . T C 990.53 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7806;QD=59.1363;RBI=0.0522985;REFB=0;REVB=-0.0367292;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000600959;OID=.;OPOS=30934816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chr22 30934887 . G A 654.46 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0267897;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6738;QD=50.343;RBI=0.0723388;REFB=-0.0704737;REVB=0.0671954;RO=3;SAF=15;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346596;STB=0.501844;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00540103;OID=.;OPOS=30934887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:52:3:3:49:49:0.942308:34:15:1:2:34:15:1:2 chr22 30953295 . C T 766.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6532;QD=63.9121;RBI=0.107164;REFB=0;REVB=0.082256;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111636;OID=.;OPOS=30953295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:30:17:0:0:30:18:0:0 chr22 31011610 . G C 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000743505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.994;QD=51.9096;RBI=0.0112141;REFB=0;REVB=0.0111894;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26579e-05;OID=.;OPOS=31011610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr22 31032909 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.685;QD=57.6796;RBI=0.0253373;REFB=0;REVB=-0.000432429;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142555;OID=.;OPOS=31032909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr22 31032920 . A G 460.08 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9943;QD=57.5105;RBI=0.0339344;REFB=0;REVB=-0.00104056;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014363;OID=.;OPOS=31032920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:13:17:0:0:13:19:0:0 chr22 31043766 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.037;QD=35.5759;RBI=0.00736549;REFB=0;REVB=0.00736549;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014281;OID=.;OPOS=31043766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr22 31060029 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.914;QD=40.7625;RBI=0.10802;REFB=0;REVB=0.032096;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00443788;OID=.;OPOS=31060029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr22 31266546 . T C 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.377;QD=63.5798;RBI=0.0210793;REFB=0;REVB=0.00760624;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012347;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr22 31302125 . C G 428.96 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7156;QD=57.1952;RBI=0.108269;REFB=0;REVB=0.106783;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138531;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:12:16:0:0:13:17:0:0 chr22 31302233 . T C 1418.06 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.1;QD=61.6549;RBI=0.0345767;REFB=0;REVB=0.0270142;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159161;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:92:0:0:87:92:1:53:34:0:0:56:36:0:0 chr22 31333631 . T C,G 1240.02 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=76,4;DP=81;FAO=78,4;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44,3;FSAR=34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407558,-0.0042683;FXX=0.0574647;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.254,160.87;QD=60.4886;RBI=0.0044583,0.0319508;REFB=0,0;REVB=-0.00180723,-0.0316644;RO=0;SAF=43,3;SAR=33,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.66218e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00522219,0.0395979;OID=.,.;OPOS=31333631,31333631;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:81:82:0:0:76,4:78,4:0.95122,0.0487805:33,1:43,3:0:0:34,1:44,3:0:0 chr22 31342376 . G C 1073.57 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0085322;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.522;QD=58.8257;RBI=0.0519623;REFB=-0.13901;REVB=0.0512571;RO=1;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995774;STB=0.505262;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000719769;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:73:1:1:72:72:0.986301:47:25:0:1:47:25:0:1 chr22 31354653 . G A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.172;QD=53.3624;RBI=0.0160153;REFB=-0.054803;REVB=0.00772208;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000654166;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:1:0:16:13:1:0 chr22 31533796 . G C 326.75 PASS AF=0.413793;AO=35;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0186851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.505;QD=15.023;RBI=0.0186891;REFB=-0.00290547;REVB=0.000383462;RO=51;SAF=25;SAR=10;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148801;STB=0.589991;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00377693;OID=.;OPOS=31533796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:35:36:0.413793:10:25:30:21:10:26:30:21 chr22 31535872 . G C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0578215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5672;QD=19.6457;RBI=0.0819068;REFB=-4.52862e-05;REVB=-0.0580121;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898424;STB=0.505145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0070048;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:3:5:7:4:3:5 chr22 31535995 . C G 127.15 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00569968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.236;QD=19.5619;RBI=0.0200682;REFB=-0.0242234;REVB=-0.0192418;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362916;STB=0.710245;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0407609;OID=.;OPOS=31535995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:12:13:14:0.538462:5:8:2:10:5:9:2:10 chr22 31536133 . A C 574.0 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0630258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0467;QD=60.4207;RBI=0.0689988;REFB=0;REVB=0.0280818;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515828;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr22 31556103 . A G 584.3 PASS AF=0.330396;AO=74;DP=227;FAO=75;FDP=227;FR=.;FRO=152;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=68;FSRR=84;FWDB=-0.00726891;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.49;QD=10.2961;RBI=0.00805367;REFB=-0.00693494;REVB=0.00346766;RO=152;SAF=31;SAR=43;SRF=68;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339406;STB=0.5233;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0145437;OID=.;OPOS=31556103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:152:152:74:75:0.330396:43:31:68:84:44:31:68:84 chr22 31663842 . C G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.575;QD=59.0165;RBI=0.0490979;REFB=0;REVB=0.0485868;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297814;OID=.;OPOS=31663842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr22 31673111 . A G 190.59 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00393162;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.304;QD=17.7288;RBI=0.0147054;REFB=-0.00999627;REVB=0.0141701;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688944;STB=0.534849;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0115622;OID=.;OPOS=31673111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:23:19:20:0.465116:10:9:11:9:10:10:13:10 chr22 31673116 . A G 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00284536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.04;QD=18.301;RBI=0.0120522;REFB=-0.0138134;REVB=0.0117115;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267609;STB=0.515207;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0133346;OID=.;OPOS=31673116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:9:11:12:11:9:11:12:11 chr22 31674637 . C T 254.1 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00759802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.908;QD=22.0953;RBI=0.0143246;REFB=-0.00979801;REVB=0.0121435;RO=22;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234007;STB=0.609466;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0124225;OID=.;OPOS=31674637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:22:23:24:0.521739:17:6:11:11:17:7:11:11 chr22 31679110 . G C 619.47 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00939917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.663;QD=50.5691;RBI=0.0334656;REFB=-0.0652054;REVB=0.0321186;RO=3;SAF=34;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800207;STB=0.550582;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00434838;OID=.;OPOS=31679110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:49:49:3:6:43:43:0.877551:9:34:1:2:9:34:3:3 chr22 31685256 . C G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00377233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.433;QD=13.8496;RBI=0.0353625;REFB=-0.00498732;REVB=0.0351607;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209208;STB=0.51218;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00622587;OID=.;OPOS=31685256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:12:13:8:8:12:13 chr22 31722886 . T G 45.05 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0536299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.375;QD=7.83561;RBI=0.0557731;REFB=-0.00241127;REVB=-0.0153123;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100525;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0045383;OID=.;OPOS=31722886;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:7:9:4:3:7:9 chr22 31743180 . G A 272.01 PASS AF=0.47619;AO=26;DP=59;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0185312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.351;QD=17.2707;RBI=0.0994723;REFB=-0.0307093;REVB=0.0977309;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273747;STB=0.62036;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0348958;OID=.;OPOS=31743180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:33:33:26:30:0.47619:10:16:11:22:13:17:11:22 chr22 31859859 . A G 133.81 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0478251;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.638;QD=13.3806;RBI=0.0612346;REFB=-0.0108232;REVB=-0.0382417;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718389;STB=0.542032;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0171232;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:7:8:15:10:7:8:15:10 chr22 31971258 . T C 651.02 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6424;QD=62.0023;RBI=0.114126;REFB=0;REVB=0.114108;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139843;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr22 32011225 . T C 44.44 PASS AF=0.363636;AO=5;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0391534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.2931;QD=8.07999;RBI=0.0688045;REFB=-0.1205;REVB=-0.0565781;RO=12;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109349;STB=0.631226;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.103579;OID=.;OPOS=32011225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:22:22:12:14:5:8:0.363636:2:3:6:6:2:6:8:6 chr22 32015450 . T G 100.07 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0283372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.809;QD=10.2635;RBI=0.0307042;REFB=-0.011593;REVB=-0.0118218;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180068;STB=0.627256;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0196874;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:26:26:12:13:0.333333:7:5:15:11:8:5:15:11 chr22 32134506 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0046184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.556;QD=15.3789;RBI=0.00477222;REFB=-5.81498e-05;REVB=-0.00120186;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218591;STB=0.613434;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000123577;OID=.;OPOS=32134506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:9:3:6:7:9:3:6:8 chr22 32334021 . T A 299.02 PASS AF=0.44;AO=30;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0146215;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.267;QD=15.9476;RBI=0.021817;REFB=-0.0117719;REVB=-0.0161924;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342934;STB=0.508483;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0150243;OID=.;OPOS=32334021;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:30:33:0.44:16:14:21:21:17:16:21:21 chr22 32334203 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.00659181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.77;QD=10.6681;RBI=0.0073408;REFB=-0.00349498;REVB=0.00323038;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281387;STB=0.663203;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00785218;OID=.;OPOS=32334203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:7:3:2:16:7:3:2:16 chr22 32377135 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0099579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.433;QD=53.2752;RBI=0.038952;REFB=0;REVB=0.0376577;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239847;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr22 32546946 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.000887306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.675;QD=21.1726;RBI=0.0253399;REFB=-0.0411113;REVB=-0.0253243;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124999;STB=0.571306;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0281647;OID=.;OPOS=32546946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:4:4:8:4:4:4 chr22 32547012 . G A 76.65 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0314332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8292;QD=16.1362;RBI=0.0372828;REFB=-0.0315552;REVB=0.0200491;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101784;STB=0.576311;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0557958;OID=.;OPOS=32547012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:9:10:0.526316:6:3:4:5:7:3:4:5 chr22 32554985 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.219;QD=63.872;RBI=0.0113276;REFB=0;REVB=-0.00597653;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22106e-05;OID=.;OPOS=32554985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr22 32587023 . C G 400.18 PASS AF=0.352518;AO=48;DP=139;FAO=49;FDP=139;FR=.;FRO=90;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.0363763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4245;QD=11.516;RBI=0.0485457;REFB=-0.00974159;REVB=-0.0321473;RO=90;SAF=18;SAR=30;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169534;STB=0.588024;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0180328;OID=.;OPOS=32587023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:90:90:48:49:0.352518:30:18:47:43:30:19:47:43 chr22 32587027 . G C 409.0 PASS AF=0.352518;AO=49;DP=139;FAO=49;FDP=139;FR=.;FRO=90;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.00447288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.538;QD=11.7697;RBI=0.0140433;REFB=-0.00720501;REVB=-0.0133119;RO=90;SAF=19;SAR=30;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153565;STB=0.588024;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0173995;OID=.;OPOS=32587027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:90:90:49:49:0.352518:30:19:47:43:30:19:47:43 chr22 32589023 . C T 472.65 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.0300918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2467;QD=14.7702;RBI=0.0362774;REFB=0.000565368;REVB=0.0202616;RO=75;SAF=25;SAR=28;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612803;STB=0.534429;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.000196599;OID=.;OPOS=32589023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:75:53:53:0.414062:28:25:31:44:28:25:31:44 chr22 32589034 . T C 420.86 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.00906389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.45;QD=13.3605;RBI=0.0184782;REFB=-0.0124399;REVB=-0.0161025;RO=75;SAF=24;SAR=25;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676738;STB=0.545436;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.028572;OID=.;OPOS=32589034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:77:49:49:0.388889:25:24:32:43:25:24:32:45 chr22 32589090 . C T 146.32 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.0237633;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.324;QD=7.31616;RBI=0.0237647;REFB=-0.000109167;REVB=0.00026039;RO=59;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245901;STB=0.646929;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000599734;OID=.;OPOS=32589090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:59:59:21:21:0.2625:10:11:19:40:10:11:19:40 chr22 32590449 . G A 427.36 PASS AF=0.463158;AO=43;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0280142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6039;QD=17.994;RBI=0.0286294;REFB=-0.0175056;REVB=-0.00590311;RO=49;SAF=16;SAR=27;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048543;STB=0.516386;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0198138;OID=.;OPOS=32590449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:51:43:44:0.463158:27:16:18:31:28:16:20:31 chr22 32651262 . A G 515.48 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0369446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.116;QD=24.8425;RBI=0.095486;REFB=-0.00296518;REVB=-0.0880492;RO=33;SAF=28;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028867;STB=0.52964;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.000830572;OID=.;OPOS=32651262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:35:48:48:0.578313:20:28:18:15:20:28:18:17 chr22 32754103 . A C 212.2 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0133635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.804;QD=12.3013;RBI=0.0373381;REFB=-0.00400734;REVB=0.0348648;RO=42;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00990658;STB=0.50224;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00663132;OID=.;OPOS=32754103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:12:14:23:19:12:14:23:20 chr22 32754230 . A G 125.74 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00416528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0157;QD=7.85868;RBI=0.019014;REFB=-0.0248082;REVB=0.0185522;RO=45;SAF=9;SAR=9;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395752;STB=0.515608;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.023142;OID=.;OPOS=32754230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:46:18:18:0.28125:9:9:24:21:9:9:24:22 chr22 32754232 . C T 124.92 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0270351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.953;QD=7.68711;RBI=0.0328227;REFB=-0.0197407;REVB=0.0186127;RO=47;SAF=9;SAR=9;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127276;STB=0.507684;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0462282;OID=.;OPOS=32754232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:9:9:24:23:9:9:24:23 chr22 32754306 . T C 356.98 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0255743;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.566;QD=16.2264;RBI=0.025724;REFB=-0.0378845;REVB=-0.00277051;RO=48;SAF=18;SAR=20;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149662;STB=0.571391;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0357564;OID=.;OPOS=32754306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:48:50:38:38:0.431818:20:18:30:18:20:18:30:20 chr22 32756407 . A G 374.26 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0065791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.704;QD=15.5942;RBI=0.10664;REFB=-0.0216909;REVB=-0.106437;RO=56;SAF=30;SAR=10;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155795;STB=0.58856;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0311243;OID=.;OPOS=32756407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:10:30:35:21:10:30:35:21 chr22 32756555 . G C 838.62 PASS AF=0.535484;AO=82;DP=156;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.00132618;FXX=0.012738;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3413;QD=21.6419;RBI=0.0142076;REFB=0.0260359;REVB=0.0141456;RO=73;SAF=37;SAR=45;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047092;STB=0.532423;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0207149;OID=.;OPOS=32756555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:73:72:82:83:0.535484:45:37:29:44:45:38:28:44 chr22 32756583 . C T 837.57 PASS AF=0.535484;AO=82;DP=154;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.0139931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.271;QD=21.6146;RBI=0.0149974;REFB=-0.0215015;REVB=0.00539575;RO=72;SAF=34;SAR=48;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475291;STB=0.523495;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0155758;OID=.;OPOS=32756583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:72:72:82:83:0.535484:48:34:26:46:49:34:26:46 chr22 32756703 . C T 37.23 PASS AF=0.101124;AO=9;DP=89;FAO=9;FDP=89;FR=.;FRO=80;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.0441054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7208;QD=1.67329;RBI=0.0531742;REFB=-0.00236965;REVB=0.0297019;RO=80;SAF=1;SAR=8;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38866;STB=0.81706;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0195494;OID=.;OPOS=32756703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:89:89:80:80:9:9:0.101124:8:1:31:49:8:1:31:49 chr22 32756744 . A G 253.44 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0428127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6375;QD=17.4788;RBI=0.0429129;REFB=-0.034661;REVB=0.00293106;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154916;STB=0.586736;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0268717;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:13:15:11:19:13:15:11:19 chr22 32759025 . G C 236.29 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0162126;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.347;QD=13.3121;RBI=0.0199023;REFB=-0.0366029;REVB=-0.0115436;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153836;STB=0.570521;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0529271;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:39:43:28:28:0.394366:15:13:24:15:15:13:25:18 chr22 32766927 . A G 1410.66 PASS AF=0.469649;AO=147;DP=313;FAO=147;FDP=313;FR=.;FRO=166;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=76;FSRR=90;FWDB=0.0199087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7074;QD=18.0276;RBI=0.0254943;REFB=-0.0268158;REVB=0.0159248;RO=161;SAF=66;SAR=81;SRF=71;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00767114;STB=0.504739;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0275154;OID=.;OPOS=32766927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:161:166:147:147:0.469649:81:66:71:90:81:66:76:90 chr22 32784051 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0140436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.612;QD=13.4558;RBI=0.0185639;REFB=0.00772264;REVB=-0.0121407;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00751908;STB=0.504417;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0132246;OID=.;OPOS=32784051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:4:11:8:3:4:11 chr22 32795641 . C T 515.32 PASS AF=0.643836;AO=47;DP=73;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00201466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9779;QD=28.2369;RBI=0.0100235;REFB=-0.039954;REVB=-0.00981892;RO=26;SAF=30;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145685;STB=0.579326;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0271873;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:26:26:47:47:0.643836:17:30:11:15:17:30:11:15 chr22 32811952 . A G 194.81 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0271985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.5;QD=14.1683;RBI=0.0286737;REFB=-0.0295102;REVB=0.00907868;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00281182;STB=0.501606;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0319568;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:13:10:14:18:13:10:14:18 chr22 32831809 . A G 297.48 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0160341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.3;QD=20.8755;RBI=0.0166124;REFB=-0.00986692;REVB=0.00434523;RO=26;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560016;STB=0.531015;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00830006;OID=.;OPOS=32831809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:17:14:10:16:17:14:10:16 chr22 32871365 . G A 741.76 PASS AF=0.510638;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.011398;FXX=0.00704176;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.976;QD=21.0428;RBI=0.0139709;REFB=-0.00905778;REVB=0.00807911;RO=68;SAF=52;SAR=20;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315151;STB=0.671058;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00663838;OID=.;OPOS=32871365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:68:69:72:72:0.510638:20:52:26:42:20:52:27:42 chr22 32871366 . G A 40.19 PASS AF=0.084507;AO=11;DP=142;FAO=12;FDP=142;FR=.;FRO=130;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=79;FSRR=51;FWDB=-0.00167337;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.624;QD=1.13204;RBI=0.00712512;REFB=-0.00507395;REVB=0.00692584;RO=130;SAF=1;SAR=10;SRF=79;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542937;STB=0.93354;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0441771;OID=.;OPOS=32871366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:142:142:130:130:11:12:0.084507:10:1:79:51:11:1:79:51 chr22 32875190 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.76;QD=57.8848;RBI=0.0164245;REFB=0;REVB=0.0127498;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39824e-05;OID=.;OPOS=32875190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr22 32887150 . C T 758.89 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.279;QD=63.2407;RBI=0.0393732;REFB=0;REVB=0.0248689;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39774e-05;OID=.;OPOS=32887150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:30:14:0:0:32:16:0:0 chr22 33253280 . T C 734.03 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0390129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2065;QD=61.1689;RBI=0.0425343;REFB=-0.123258;REVB=-0.0169457;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00322116;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:46:47:0.979167:29:17:0:0:29:18:0:1 chr22 33253290 . TCC TC,TCT 419.01 PASS AF=0.5,0.363636;AO=18,16;DP=43;FAO=22,16;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=1,6;FSAR=21,10;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00418916,-0.0120868;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.2105,198.929;QD=38.0921;RBI=0.0418873,0.0123085;REFB=-0.0345109,-0.0434029;REVB=0.0416773,0.00232564;RO=8;SAF=0,7;SAR=18,9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.85687,-0.185052;STB=0.87453,0.666464;STBP=0.001,0.016;TYPE=del,snp;VARB=-0.0073583,0.0417796;OID=.,.;OPOS=33253291,33253292;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.363636:18,16:43:22,16:44:6:1,6:21,10:6:0:99:8:0,7:18,9:6:2 chr22 34022284 . G A 814.98 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000777143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.331;QD=57.1915;RBI=0.00229288;REFB=0;REVB=-0.00215717;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31639e-05;OID=.;OPOS=34022284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:30:27:0:0 chr22 35463162 . A G 1148.31 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00145519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.134;QD=60.4372;RBI=0.0201721;REFB=0;REVB=0.0201195;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19511e-05;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:46:26:0:0:49:27:0:0 chr22 35463179 . T C 1171.93 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.637;QD=60.8794;RBI=0.0133273;REFB=0;REVB=0.00231685;RO=0;SAF=25;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21481e-05;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:52:25:0:0:52:25:0:0 chr22 35463249 . C T 960.83 PASS AF=0.944444;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00207949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.443;QD=53.3794;RBI=0.0310156;REFB=0.0224436;REVB=0.0309458;RO=3;SAF=27;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496543;STB=0.519257;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.000383079;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:72:3:4:67:68:0.944444:40:27:3:0:40:28:3:1 chr22 35660875 . G T 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0708549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7703;QD=7.79832;RBI=0.085805;REFB=-0.00227401;REVB=-0.048395;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448716;STB=0.798019;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00218288;OID=.;OPOS=35660875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:21:23:9:9:0.28125:7:2:13:8:7:2:15:8 chr22 35679951 . T C 387.56 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0219044;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2132;QD=23.4884;RBI=0.0220084;REFB=-0.0137945;REVB=-0.00213724;RO=27;SAF=15;SAR=23;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491881;STB=0.532978;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0183231;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:27:28:38:38:0.575758:23:15:9:18:23:15:9:19 chr22 35742925 . T G 221.78 PASS AF=0.472727;AO=22;DP=51;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=0.0476935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.987;QD=16.1293;RBI=0.0510006;REFB=-0.0215848;REVB=0.0180663;RO=28;SAF=3;SAR=19;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133795;STB=0.527846;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0246561;OID=.;OPOS=35742925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:28:29:22:26:0.472727:19:3:4:24:23:3:4:25 chr22 35743124 . G C 80.92 PASS AF=0.314286;AO=8;DP=33;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.022325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5263;QD=9.24825;RBI=0.0387844;REFB=6.33482e-05;REVB=-0.0317147;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380618;STB=0.61155;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.000359217;OID=.;OPOS=35743124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:33:35:11:24:8:11:0.314286:6:2:7:4:8:3:10:14 chr22 36007045 . G A 909.7 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.626;QD=55.9813;RBI=0.0474776;REFB=0.000170439;REVB=0.0458223;RO=1;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119558;STB=0.506327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000327188;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:39:24:0:1:39:25:0:1 chr22 36007075 . C T 682.73 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0185153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8963;QD=52.5177;RBI=0.025007;REFB=0.130913;REVB=-0.0168087;RO=2;SAF=19;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046999;STB=0.52499;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0107844;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:31:19:2:0:31:19:2:0 chr22 36122930 . C T 1039.4 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0274364;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.268;QD=58.5579;RBI=0.0523356;REFB=0.0817266;REVB=-0.0445675;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000223013;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:71:0:1:70:70:0.985915:36:34:0:0:36:34:0:1 chr22 36124860 . C G 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1757;QD=57.382;RBI=0.0227716;REFB=0;REVB=-0.0206254;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117439;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr22 36537500 . A T 122.2 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00178248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.792;QD=15.7682;RBI=0.00242237;REFB=-0.00788252;REVB=-0.00164032;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667651;STB=0.538408;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0126493;OID=.;OPOS=36537500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:12:5:5:9:12:5 chr22 36545137 . A T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.687;QD=56.9558;RBI=0.00801889;REFB=0;REVB=-0.00118247;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26494e-05;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr22 36556823 . G T 593.56 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7676;QD=60.8776;RBI=0.0264789;REFB=0;REVB=-0.0143603;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467077;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chr22 36573945 . A G 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.9895;QD=56.1864;RBI=0.0480134;REFB=0;REVB=0.0446677;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119647;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr22 36575664 . G A 896.0 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00244022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.75;QD=56.0003;RBI=0.0146297;REFB=-0.0249087;REVB=0.0144248;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140928;STB=0.50746;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000233235;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:33:29:0:1:33:30:0:1 chr22 36587202 . G A 206.3 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.726;QD=48.5406;RBI=0.0651782;REFB=0;REVB=0.0630117;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875665;OID=.;OPOS=36587202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:4:12:0:0:4:13:0:0 chr22 36587223 . G C,T 311.4 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,19;DP=21;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143744,-0.00953554;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.945,200.578;QD=51.9;RBI=0.025182,0.0238592;REFB=0,0;REVB=0.0206762,0.0218708;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0199629,-0.000324673;OID=.,.;OPOS=36587223,36587223;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:21:24:0:0:2,19:2,22:0.0833333,0.916667:0,9:2,10:0:0:0,12:2,10:0:0 chr22 36587279 . A G 688.25 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.017262;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8851;QD=58.5742;RBI=0.0358779;REFB=-0.0656513;REVB=0.0314523;RO=2;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426715;STB=0.522717;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00174964;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:47:2:2:45:45:0.957447:21:24:0:2:21:24:0:2 chr22 36587486 . A G 756.9 PASS AF=0.892308;AO=58;DP=65;FAO=58;FDP=65;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0112372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.5338;QD=46.5784;RBI=0.0116738;REFB=0.0276283;REVB=0.00316276;RO=7;SAF=21;SAR=37;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168048;STB=0.508941;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00123444;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:65:65:7:7:58:58:0.892308:37:21:2:5:37:21:2:5 chr22 36587511 . C T 707.95 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0666541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6113;QD=62.929;RBI=0.0829734;REFB=0;REVB=-0.0494149;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152616;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr22 36587845 . A ACT 143.69 PASS AF=0.823529;AO=13;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0177992;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.412;QD=33.8103;RBI=0.0179604;REFB=-0.0172412;REVB=-0.00240051;RO=3;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097715;STB=0.542312;STBP=0.436;TYPE=ins;VARB=0.00211334;OID=.;OPOS=36587846;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529:13:17:14:17:3:8:6:1:2:14:3:8:5:1:2 chr22 36587952 . C T 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.043;QD=37.4801;RBI=0.0298972;REFB=0;REVB=0.00176434;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00216254;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr22 36591379 . CA CG,TG 455.36 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=30,2;DP=32;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018012,0.019654;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=195.519,195.561;QD=56.9199;RBI=0.0212206,0.0329549;REFB=0,0;REVB=0.0112196,0.0264527;RO=0;SAF=20,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000405788,-0.00864439;OID=.,.;OPOS=36591380,36591379;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:30,2:30,2:0.9375,0.0625:10,2:20,0:0:0:10,2:20,0:0:0 chr22 36598049 . C G 374.98 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9172;QD=55.5532;RBI=0.0921678;REFB=0;REVB=0.046008;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00309692;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:13:14:0:0 chr22 36598058 . T C 355.63 PASS AF=0.964286;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00421145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.518;QD=50.804;RBI=0.0107697;REFB=-0.0657391;REVB=-0.00991208;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00118022;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:25:27:0.964286:12:13:1:0:13:14:1:0 chr22 36623731 . T C 873.11 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148486;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.848;QD=58.2076;RBI=0.0187052;REFB=0;REVB=0.0113756;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78938e-05;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:57:60:1:26:31:0:0:28:32:0:0 chr22 36661330 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.814;QD=62.3503;RBI=0.0352996;REFB=0;REVB=-0.0147691;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05194e-05;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr22 36661536 . C A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8452;QD=51.1784;RBI=0.0101074;REFB=0;REVB=0.00617537;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15744e-05;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr22 36661566 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.103;QD=55.656;RBI=0.0365952;REFB=0;REVB=0.0140206;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207806;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr22 36661646 . G A 519.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.807;QD=59.3773;RBI=0.087889;REFB=0;REVB=-0.00152316;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016624;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:19:16:0:0 chr22 36661842 . G A 117.56 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.224;QD=39.1853;RBI=0.0951578;REFB=0;REVB=0.0494537;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127515;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151485;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:12:1:0:11:12:1:8:3:1:0:8:4:0:0 chr22 36677400 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00204356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.996;QD=16.8243;RBI=0.0101913;REFB=-0.0294622;REVB=-0.00998431;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023807;STB=0.513606;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0428711;OID=.;OPOS=36677400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:14:14:10:11:14:14 chr22 36678389 . G A 345.45 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0225249;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.3499;QD=24.675;RBI=0.022912;REFB=0.00190357;REVB=0.00419415;RO=22;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192094;STB=0.605366;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00205078;OID=.;OPOS=36678389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:20:14:15:7:20:14:15:7 chr22 36678453 . C G 167.13 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0330478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.216;QD=15.1939;RBI=0.0334165;REFB=-0.0138535;REVB=-0.00495037;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571009;STB=0.532958;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0184467;OID=.;OPOS=36678453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:13:13:8:10:13:13 chr22 36678476 . C A 147.19 PASS AF=0.435897;AO=15;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00644662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.358;QD=15.0962;RBI=0.00750874;REFB=-0.0280488;REVB=0.00384996;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108301;STB=0.516597;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0332062;OID=.;OPOS=36678476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:22:15:17:0.435897:7:8:8:11:9:8:11:11 chr22 36684354 . T C 190.28 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0757817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.073;QD=21.7461;RBI=0.0785927;REFB=-0.00960059;REVB=-0.0208311;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922199;STB=0.551671;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0065569;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:11:8:5:11:11:8:5:11 chr22 36684358 . C A 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00147952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.695;QD=20.7364;RBI=0.00987795;REFB=-0.0291032;REVB=0.00976652;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113292;STB=0.56369;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0311489;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:10:8:5:11:10:8:5:11 chr22 36691607 . A C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.39;QD=58.5876;RBI=0.0453761;REFB=0;REVB=0.0256592;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200659;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr22 36836922 . TT AA,AT 61.98 PASS AF=0,0.740741;AO=2,2;DP=11;FAO=0,20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=0,17;FSAR=0,3;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0965653,0.131193;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=30.2643,24.0757;QD=9.18249;RBI=0.0965683,0.131348;REFB=-0.155795,-0.291808;REVB=-0.000762876,-0.00637365;RO=7;SAF=2,2;SAR=0,0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.585291;STBP=1,0.342;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0405856;OID=.,.;OPOS=36836922,36836922;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:11:27:7:7:2,2:0,20:0,0.740741:0,0:2,2:7:0:0,3:0,17:7:0 chr22 37163329 . C T 660.23 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0200756;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.1361;QD=57.4115;RBI=0.052643;REFB=-0.164054;REVB=0.0486647;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.519991;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00793611;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:47:46:1:2:44:44:0.956522:24:20:0:1:24:20:0:2 chr22 37196971 . C A 690.55 PASS AF=1;AO=26;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.632;QD=62.7775;RBI=0.134383;REFB=0;REVB=0.132518;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00493918;OID=.;OPOS=37196971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:26:44:1:12:14:0:0:27:17:0:0 chr22 37260081 . G A 389.54 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0280817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.456;QD=21.6412;RBI=0.0338116;REFB=-0.0220569;REVB=-0.0188319;RO=33;SAF=18;SAR=21;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00584106;STB=0.503224;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0190141;OID=.;OPOS=37260081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:21:18:15:18:21:18:15:18 chr22 37319293 . C T 469.7 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0192942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6083;QD=23.195;RBI=0.0564663;REFB=0.0158966;REVB=0.0530677;RO=36;SAF=32;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18855;STB=0.604093;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0119798;OID=.;OPOS=37319293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:13:32:18:18:13:32:18:18 chr22 37329999 . C T 264.79 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.040291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8763;QD=20.7675;RBI=0.0446603;REFB=-0.0201556;REVB=-0.0192659;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198991;STB=0.621529;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0185044;OID=.;OPOS=37329999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:18:9:13:10:18:9:14:10 chr22 37333794 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.939;QD=51.9163;RBI=0.0495415;REFB=0;REVB=0.0117833;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241194;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr22 37398195 . C T 350.66 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0525405;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5839;QD=20.3282;RBI=0.0634615;REFB=-0.0256271;REVB=-0.0355929;RO=33;SAF=9;SAR=27;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283852;STB=0.658442;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0227176;OID=.;OPOS=37398195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:27:9:18:15:27:9:18:15 chr22 37398201 . C A 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00349425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.488;QD=20.4413;RBI=0.0161828;REFB=-0.0261474;REVB=0.0158011;RO=34;SAF=9;SAR=29;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285141;STB=0.66712;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.02146;OID=.;OPOS=37398201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:29:9:18:16:29:9:19:16 chr22 37409319 . T C 343.78 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0101019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3637;QD=16.3707;RBI=0.0264176;REFB=0.00271506;REVB=0.0244098;RO=47;SAF=13;SAR=24;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565345;STB=0.531838;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00272524;OID=.;OPOS=37409319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:24:13:19:28:24:13:19:28 chr22 37420890 . C T 154.93 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0361266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.683;QD=22.9527;RBI=0.0366876;REFB=0.00307961;REVB=-0.00639102;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306175;STB=0.673238;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00484396;OID=.;OPOS=37420890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:4:12:4:7:4:12:4:7 chr22 37453452 . C T 820.64 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808358;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.167;QD=57.5885;RBI=0.0812617;REFB=0;REVB=0.0083094;RO=0;SAF=16;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335873;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:41:16:0:0:41:16:0:0 chr22 37462926 . G A 340.32 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0285926;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.042;QD=17.9115;RBI=0.0287417;REFB=-0.01525;REVB=0.0029239;RO=40;SAF=14;SAR=22;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644089;STB=0.535918;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0212393;OID=.;OPOS=37462926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:40:36:36:0.473684:22:14:13:27:22:14:13:27 chr22 37462936 . A G 1095.54 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739755;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.213;QD=60.0295;RBI=0.0771182;REFB=0;REVB=0.0217908;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803062;OID=.;OPOS=37462936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:47:24:0:0:48:25:0:0 chr22 37469591 . G A 641.58 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011582;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.463;QD=59.6817;RBI=0.0765439;REFB=-0.0916121;REVB=0.0756626;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019159;STB=0.510199;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00232152;OID=.;OPOS=37469591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:18:24:1:0:18:24:1:0 chr22 37480181 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0230514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.506;QD=16.2709;RBI=0.0374681;REFB=-0.0366175;REVB=-0.0295379;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36107;STB=0.695931;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0405097;OID=.;OPOS=37480181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:4:11:6:11:4:11:7:11 chr22 37480269 . A G 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00248555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.53;QD=16.4792;RBI=0.00263267;REFB=-0.03036;REVB=-0.000867759;RO=25;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415433;STB=0.73999;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0288442;OID=.;OPOS=37480269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:4:15:10:15:4:15:10:15 chr22 37480797 . C T 151.54 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00178352;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8878;QD=14.0969;RBI=0.0241691;REFB=-0.0324687;REVB=-0.0241032;RO=25;SAF=11;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00908697;STB=0.509792;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0589672;OID=.;OPOS=37480797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:16:17:0.395349:5:11:17:8:5:12:18:8 chr22 37485724 . T C 856.4 PASS AF=0.458333;AO=87;DP=194;FAO=88;FDP=192;FR=.;FRO=104;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=-0.00247136;FXX=0.0103087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.245;QD=17.8416;RBI=0.00507926;REFB=-0.012411;REVB=-0.00443749;RO=103;SAF=49;SAR=38;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097451;STB=0.505779;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0166331;OID=.;OPOS=37485724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:192:103:104:87:88:0.458333:38:49:57:46:38:50:58:46 chr22 37524619 . G T 336.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0428516;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9862;QD=19.5028;RBI=0.0649517;REFB=-0.0289634;REVB=-0.0488105;RO=33;SAF=19;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129518;STB=0.56432;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0263407;OID=.;OPOS=37524619;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:33:34:35:35:0.507246:16:19:13:20:16:19:14:20 chr22 37531436 . G A 272.34 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0365242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.313;QD=19.8062;RBI=0.0397681;REFB=-0.0290243;REVB=0.0157317;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204474;STB=0.612346;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0171885;OID=.;OPOS=37531436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:26:29:29:0.527273:12:17:8:16:12:17:9:17 chr22 37578388 . C T 86.25 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.105219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.818;QD=12.3215;RBI=0.111094;REFB=-0.0166999;REVB=-0.0356469;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436168;STB=0.749642;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0494222;OID=.;OPOS=37578388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:2:15:5:6:2:15 chr22 37578579 . C T 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.077675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5457;QD=10.4736;RBI=0.0784077;REFB=0.00201835;REVB=0.010694;RO=37;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136152;STB=0.580185;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00103922;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:7:12:19:18:7:12:19:18 chr22 37578652 . G A 155.73 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=56;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0216967;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.541;QD=11.3259;RBI=0.0462499;REFB=-0.017461;REVB=-0.0408449;RO=26;SAF=16;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352361;STB=0.695436;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0165419;OID=.;OPOS=37578652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:26:35:19:20:0.363636:3:16:15:11:4:16:19:16 chr22 37602583 . G C,GC 376.12 PASS AF=0,0.970588;AO=2,28;DP=34;FAO=0,33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=0,26;FSAR=0,7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0799485,-0.0998723;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=12.6181,18.4504;QD=44.2494;RBI=0.0814509,0.106534;REFB=0.103495,-0.046777;REVB=-0.0155724,-0.0370811;RO=3;SAF=1,22;SAR=1,6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.473628,-0.0593683;STB=0.5,0.509428;STBP=1,0.63;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00483721;OID=.,.;OPOS=37602583,37602584;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:5:34:34:3:1:2,28:0,33:0,0.970588:1,6:1,22:3:0:0,7:0,26:1:0 chr22 37637653 . G C 1215.16 PASS AF=0.953488;AO=80;DP=84;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0243157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.044;QD=56.5188;RBI=0.0270747;REFB=-0.111254;REVB=-0.0119075;RO=4;SAF=29;SAR=51;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609425;STB=0.531242;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00134733;OID=.;OPOS=37637653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:86:4:4:80:82:0.953488:51:29:4:0:52:30:4:0 chr22 37678551 . A G 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0304683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.77;QD=16.8249;RBI=0.0355342;REFB=-0.0289093;REVB=0.0182857;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780774;STB=0.554212;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0295741;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:11:10:15:12:11:10:16:12 chr22 37678565 . G A 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00419321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.551;QD=16.1156;RBI=0.00537573;REFB=-0.0288045;REVB=0.00336384;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236853;STB=0.513417;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0328217;OID=.;OPOS=37678565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:14:15:13:11:14:15 chr22 37699377 . T C 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05514;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.5987;QD=57.1002;RBI=0.0596193;REFB=0;REVB=-0.0226723;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00057536;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr22 37770066 . G T 1358.17 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.337;QD=62.4447;RBI=0.0358363;REFB=0;REVB=0.0230716;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202486;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:37:50:0:0:37:50:0:0 chr22 37770357 . A G 720.42 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0444;QD=61.3124;RBI=0.034769;REFB=-0.0832464;REVB=-0.0332589;RO=1;SAF=15;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00549931;OID=.;OPOS=37770357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:1:0:46:47:1:31:15:1:0:31:16:0:0 chr22 37771158 . G A 673.22 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0551461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6338;QD=59.8414;RBI=0.0585688;REFB=-0.127286;REVB=-0.0197285;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00331075;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:0:1:43:44:0.977778:19:24:0:0:19:25:1:0 chr22 37771985 . A G 738.41 PASS AF=1;AO=38;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5436;QD=62.8436;RBI=0.0415849;REFB=0;REVB=0.0222632;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248944;OID=.;OPOS=37771985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:38:47:1:23:15:0:0:30:17:0:0 chr22 37906308 . GCTCCTT G 1235.46 PASS AF=0.668712;AO=99;DP=136;FAO=109;FDP=163;FR=.;FRO=54;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0269615;FXX=0.0578001;HRUN=1;LEN=6;MLLD=162.089;QD=30.3181;RBI=0.0324576;REFB=-0.0201847;REVB=0.0180714;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.566167;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.0153157;OID=.;OPOS=37906309;OREF=CTCCTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.668712:99:136:109:163:54:45:64:33:21:99:0:42:57:0:0 chr22 37962638 . GCCCCCCC GCCCCCC,GCCCCCCG 66.8 PASS AF=0.5,0.166667;AO=10,3;DP=19;FAO=9,3;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=1,1;FSAR=8,2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.197628,-0.0835822;FXX=0.0526039;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=10.3764,26.0658;QD=14.8455;RBI=0.221323,0.0842274;REFB=-0.076675,-0.0508704;REVB=-0.0996345,0.0104054;RO=5;SAF=1,1;SAR=9,2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.139199,0.152533;STB=0.551599,0.635588;STBP=0.831,0.798;TYPE=del,snp;VARB=0.0212843,-0.0175912;OID=.,.;OPOS=37962639,37962645;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCCCC,GCCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.166667:10,3:19:9,3:18:6:1,1:8,2:1:5:29:5:1,1:9,2:1:4 chr22 38005178 . AC AA,A 44.97 PASS AF=0.0638298,0.191489;AO=3,9;DP=45;FAO=3,9;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=3,7;FSAR=0,2;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0781731,-0.0494538;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=26.7148,10.8529;QD=3.82743;RBI=0.0834092,0.101347;REFB=-0.0537918,-0.0985833;REVB=0.029087,-0.0884621;RO=31;SAF=3,6;SAR=0,3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.562852,0.258426;STB=0.99703,0.79247;STBP=0.04,0.08;TYPE=snp,del;VARB=0.105635,0.119568;OID=.,.;OPOS=38005179,38005179;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0638298,0.191489:3,9:45:3,9:47:35:3,7:0,2:14:21:29:31:3,6:0,3:14:17 chr22 38043444 . C A 214.43 PASS AF=0.947368;AO=12;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0097765;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=288.995;QD=45.1438;RBI=0.0152805;REFB=-0.073021;REVB=0.0117436;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.599873;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000237321;OID=.;OPOS=38043444;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:0:1:12:18:0.947368:11:1:0:0:16:2:1:0 chr22 38046695 . C A 230.25 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0843242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7636;QD=46.0491;RBI=0.0874135;REFB=-0.0505405;REVB=-0.0230335;RO=1;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317459;STB=0.517223;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0274477;OID=.;OPOS=38046695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:14:5:0:1:14:5:0:1 chr22 38051529 . T TC 39.03 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0400283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.2621;QD=8.6744;RBI=0.0411068;REFB=-0.134241;REVB=-0.00935438;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185846;STB=0.609128;STBP=0.498;TYPE=ins;VARB=0.155251;OID=.;OPOS=38051530;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:8:18:8:18:10:5:3:8:2:38:10:5:3:8:2 chr22 38065590 . GTCC G 414.14 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00538208;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.43;QD=51.7671;RBI=0.0143253;REFB=0.0586491;REVB=0.0132759;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514696;STBP=0.58;TYPE=del;VARB=-0.00233902;OID=.;OPOS=38065591;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:30:33:30:32:2:9:21:1:1:10:0:9:21:0:0 chr22 38119213 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.916;QD=57.0001;RBI=0.0590375;REFB=0;REVB=0.0349843;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146827;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:19:34:0:0:19:35:0:0 chr22 38130472 . T C 483.82 PASS AF=0.942857;AO=31;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.829;QD=55.294;RBI=0.0596638;REFB=-0.0551728;REVB=-0.0570507;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266551;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00181191;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:31:33:0.942857:14:17:1:0:15:18:1:0 chr22 38202552 . T C 702.94 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.822;QD=62.4836;RBI=0.0214868;REFB=0;REVB=-0.0198226;RO=0;SAF=8;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149021;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:37:8:0:0:37:8:0:0 chr22 38202642 . G T 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00663414;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.014;QD=37.893;RBI=0.0378837;REFB=0.0200614;REVB=-0.0372983;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000242884;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:0:1:6:6:0:1 chr22 38202734 . G C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00384433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.911;QD=41.8678;RBI=0.00399573;REFB=0.107672;REVB=-0.00108947;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00652568;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:16:0:1:15:15:0.9375:8:7:0:0:8:7:1:0 chr22 38204089 . C T 972.77 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.722;QD=58.956;RBI=0.0651922;REFB=0;REVB=0.050194;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204192;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr22 38341134 . T C 879.08 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.242;QD=57.6444;RBI=0.0609384;REFB=0;REVB=0.0322636;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293467;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:57:61:1:34:23:0:0:36:25:0:0 chr22 38474696 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.39;QD=56.7045;RBI=0.00751138;REFB=0;REVB=0.00740679;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46022e-05;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr22 38477930 . G A 281.58 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00691628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9396;QD=48.971;RBI=0.047861;REFB=-0.152595;REVB=0.0473586;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0103645;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:23:0:1:22:22:0.956522:15:7:0:0:15:7:0:1 chr22 38503847 . C T 267.58 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00620714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.853;QD=42.8124;RBI=0.0205294;REFB=-0.107052;REVB=0.0195686;RO=3;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954175;STB=0.551678;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00160083;OID=.;OPOS=38503847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:13:9:0:3:13:9:0:3 chr22 38506509 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.693;QD=47.8224;RBI=0.049201;REFB=0;REVB=0.0487192;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239977;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr22 38512402 . G A 108.65 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0439862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6539;QD=14.0189;RBI=0.0444501;REFB=-0.0140141;REVB=-0.00640569;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547742;STB=0.531867;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0236413;OID=.;OPOS=38512402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:6:12:8:5:6:12 chr22 38611080 . C G 518.25 PASS AF=0.391892;AO=58;DP=150;FAO=58;FDP=148;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0254834;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3691;QD=14.0067;RBI=0.045058;REFB=-0.0260645;REVB=-0.0371594;RO=83;SAF=25;SAR=33;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790089;STB=0.55564;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0502381;OID=.;OPOS=38611080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:83:90:58:58:0.391892:33:25:42:41:33:25:47:43 chr22 38612372 . A C 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00429679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.666;QD=22.5786;RBI=0.0158559;REFB=-0.0296368;REVB=0.0152626;RO=7;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34245;STB=0.697296;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0112754;OID=.;OPOS=38612372;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:10:2:4:3:10:2:4:3 chr22 38622871 . G A 299.07 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0188218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7195;QD=16.1659;RBI=0.0391259;REFB=-0.023097;REVB=-0.0343013;RO=40;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164936;STB=0.598482;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0306939;OID=.;OPOS=38622871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:41:33:33:0.445946:15:18:15:25:15:18:15:26 chr22 38823136 . T C 289.29 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0624008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.942;QD=52.5977;RBI=0.0707981;REFB=0;REVB=0.0334441;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000537527;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr22 38879609 . G GA 61.61 PASS AF=0.390244;AO=17;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.106923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.8132;QD=6.01032;RBI=0.115915;REFB=-0.0485568;REVB=-0.0447632;RO=24;SAF=3;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4575;STB=0.753921;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0540004;OID=.;OPOS=38879610;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:17:42:16:41:25:3:13:14:11:61:24:3:14:14:10 chr22 39144768 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.000265847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.273;QD=11.953;RBI=0.0449676;REFB=-0.0279761;REVB=0.0449668;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187303;STB=0.631272;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0322354;OID=.;OPOS=39144768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:4:4:7:3:4:4:8:3 chr22 39176894 . CA C 80.29 PASS AF=0.391304;AO=20;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0549346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.9753;QD=6.98198;RBI=0.0901714;REFB=-0.116367;REVB=-0.0715057;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260532;STB=0.793299;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.122538;OID=.;OPOS=39176895;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:20:46:18:46:28:15:3:11:17:80:23:14:6:10:13 chr22 39178701 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5831;QD=58.5852;RBI=0.0204363;REFB=0;REVB=0.0161773;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255784;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr22 39222652 . G A 1062.32 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.652;QD=59.849;RBI=0.0189411;REFB=0;REVB=0.0117631;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10104e-05;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr22 39357581 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.537;QD=56.7058;RBI=0.0325737;REFB=0;REVB=-0.0324176;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257018;OID=.;OPOS=39357581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr22 39381826 . A G 394.78 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0287825;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.749;QD=17.1641;RBI=0.0308189;REFB=-0.0331298;REVB=0.0110169;RO=49;SAF=12;SAR=29;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227299;STB=0.629648;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.034254;OID=.;OPOS=39381826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:49:51:41:41:0.445652:29:12:25:24:29:12:26:25 chr22 39381999 . T C 102.35 PASS AF=0.197674;AO=16;DP=86;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.085503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.084;QD=4.7603;RBI=0.0890622;REFB=-0.0100624;REVB=-0.024926;RO=69;SAF=11;SAR=5;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330382;STB=0.67808;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0637367;OID=.;OPOS=39381999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:69:69:16:17:0.197674:5:11:29:40:6:11:29:40 chr22 39382079 . C A 651.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.781;QD=62.0105;RBI=0.0517946;REFB=0;REVB=0.0146489;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194021;OID=.;OPOS=39382079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:32:9:0:0:33:9:0:0 chr22 39387558 . C T 219.4 PASS AF=0.301075;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0202367;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6963;QD=9.4364;RBI=0.0212251;REFB=-0.0029218;REVB=0.00640168;RO=65;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155715;STB=0.591335;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0049844;OID=.;OPOS=39387558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:65:65:28:28:0.301075:14:14:24:41:14:14:24:41 chr22 39477566 . A G 688.55 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.224;QD=62.5956;RBI=0.0811634;REFB=0;REVB=0.0636577;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831979;OID=.;OPOS=39477566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr22 39496322 . TAAC T 842.18 PASS AF=0.869565;AO=76;DP=80;FAO=80;FDP=92;FR=.;FRO=12;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0256522;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=3;MLLD=253.408;QD=36.6167;RBI=0.025663;REFB=-0.0288071;REVB=-0.000745568;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523351;STBP=0.266;TYPE=del;VARB=0.00223303;OID=.;OPOS=39496323;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.869565:76:80:80:92:12:39:41:8:4:27:0:38:38:0:0 chr22 39496336 . G T 1286.78 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058307;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.331;QD=62.0135;RBI=0.0626577;REFB=0;REVB=0.0229407;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228145;OID=.;OPOS=39496336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr22 39496412 . G C 575.63 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3077;QD=60.5925;RBI=0.019112;REFB=0;REVB=0.0145016;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190582;OID=.;OPOS=39496412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr22 39497404 . G C 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.871;QD=62.6145;RBI=0.0142908;REFB=0;REVB=0.00612972;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21522e-05;OID=.;OPOS=39497404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chr22 39497452 . A G 678.89 PASS AF=0.978723;AO=42;DP=44;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0677039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9002;QD=57.7777;RBI=0.0677478;REFB=-0.0215957;REVB=0.00244017;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347354;STB=0.508193;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00820568;OID=.;OPOS=39497452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:47:1:1:42:46:0.978723:29:13:1:0:30:16:0:1 chr22 39497454 . G C 690.73 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=47;FAO=44;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0402014;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.28;QD=60.0638;RBI=0.0403586;REFB=-0.0940376;REVB=-0.00355807;RO=1;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159212;STB=0.508471;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00516734;OID=.;OPOS=39497454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:1:1:43:44:0.956522:29:14:0:1:29:15:0:1 chr22 39497509 . A G 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.26;QD=56.1858;RBI=0.0867825;REFB=0;REVB=-0.0695519;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00272735;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr22 39498038 . G C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.462;QD=51.9131;RBI=0.0339289;REFB=0;REVB=0.027575;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56231e-05;OID=.;OPOS=39498038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr22 39499653 . C T 167.48 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.238;QD=41.8689;RBI=0.0496267;REFB=-0.0382948;REVB=0.0461615;RO=1;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396758;STB=0.521711;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000997104;OID=.;OPOS=39499653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:11:4:0:1:11:4:0:1 chr22 39712981 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.881;QD=61.3358;RBI=0.00976913;REFB=0;REVB=0.00730888;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8532e-05;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr22 39770597 . A G 130.41 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.351;QD=43.4709;RBI=0.0172135;REFB=0;REVB=0.00234415;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409706;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 593.85 PASS AF=0.952381;AO=35;DP=47;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0387697;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=3;MLLD=243.588;QD=56.5574;RBI=0.039934;REFB=-0.0142855;REVB=0.00957259;RO=8;SAF=17;SAR=18;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493196;STB=0.523798;STBP=0.226;TYPE=ins;VARB=0.000435801;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:35:47:40:42:2:20:20:0:2:9:8:17:18:4:4 chr22 39781585 . C T 923.43 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00134185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.894;QD=56.8265;RBI=0.0104477;REFB=0.127877;REVB=0.0103612;RO=1;SAF=18;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025512;STB=0.513509;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00252838;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:46:18:1:0:46:18:1:0 chr22 39884629 . AG A 59.68 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0865318;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.4236;QD=10.8504;RBI=0.229516;REFB=-0.0884082;REVB=-0.212579;RO=10;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.266952;SSSB=-0.645156;STB=0.873014;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0508386;OID=.;OPOS=39884630;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:22:11:22:11:1:10:8:3:59:10:1:9:8:2 chr22 39886217 . C G 500.84 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.328;QD=58.9217;RBI=0.0304887;REFB=0;REVB=-0.00833533;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03681e-05;OID=.;OPOS=39886217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr22 39887686 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.894;QD=53.911;RBI=0.0247046;REFB=0;REVB=0.0201803;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86551e-05;OID=.;OPOS=39887686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr22 39913557 . G A 236.63 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0510736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7496;QD=13.3314;RBI=0.0611244;REFB=0.0181029;REVB=-0.0335809;RO=42;SAF=22;SAR=6;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318732;STB=0.692158;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0125216;OID=.;OPOS=39913557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:42:43:28:28:0.394366:6:22:22:20:6:22:22:21 chr22 39966856 . C T 255.72 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.113157;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9316;QD=28.4138;RBI=0.118922;REFB=-0.0117353;REVB=0.0365784;RO=12;SAF=7;SAR=16;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106211;STB=0.567513;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0272481;OID=.;OPOS=39966856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:12:13:23:23:0.638889:16:7:2:10:16:7:2:11 chr22 40054948 . T C 357.55 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.016136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.477;QD=49.3175;RBI=0.0558883;REFB=-0.0566108;REVB=0.0535083;RO=2;SAF=7;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380451;STB=0.521157;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00307946;OID=.;OPOS=40054948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:29:2:2:26:27:0.931034:19:7:1:1:20:7:1:1 chr22 40057273 . T C 1433.79 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.647;QD=63.0236;RBI=0.0891189;REFB=0;REVB=0.0497395;RO=0;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262508;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:34:57:0:0:34:57:0:0 chr22 40365525 . C G 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.025055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.508;QD=12.5664;RBI=0.0339756;REFB=-0.0226385;REVB=-0.0229474;RO=40;SAF=8;SAR=17;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362581;STB=0.520874;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0382895;OID=.;OPOS=40365525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:17:8:14:26:17:8:14:26 chr22 40417780 . C T 472.72 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.00652365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.135;QD=17.508;RBI=0.0131412;REFB=-0.0104846;REVB=-0.0114076;RO=57;SAF=16;SAR=35;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586855;STB=0.53269;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0135028;OID=.;OPOS=40417780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:35:16:21:36:35:16:21:36 chr22 40417820 . A G 113.32 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0378172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.131;QD=9.64466;RBI=0.0396991;REFB=-0.0111564;REVB=0.012078;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231769;STB=0.638115;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0204022;OID=.;OPOS=40417820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:10:23:7:7:10:23 chr22 40574163 . TTTTTTTT ATTTTTTA,TTTTTTAA,TTTTTTTA 255.46 PASS AF=0,0.136364,0.863636;AO=2,3,11;DP=22;FAO=0,3,19;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,8;FSAR=0,1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0904488,-0.0453112,-0.0910808;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=8,2,1;MLLD=10.299,13.5416,25.7196;QD=46.4468;RBI=0.0912524,0.0479794,0.096453;REFB=0,0,0;REVB=-0.0120842,0.0157772,0.0317407;RO=0;SAF=2,2,2;SAR=0,1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0,0.0858818,-0.0227218;OID=.,.,.;OPOS=40574163,40574169,40574170;OREF=TTTTTTTT,TT,T;OALT=ATTTTTTA,AA,A;OMAPALT=ATTTTTTA,TTTTTTAA,TTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:12:22:22:0:0:2,3,11:0,3,19:0,0.136364,0.863636:0,1,9:2,2,2:0:0:0,1,11:0,2,8:0:0 chr22 40673999 . C T 100.55 PASS AF=0.263158;AO=14;DP=55;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0390086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8581;QD=7.05635;RBI=0.0939764;REFB=-0.0151547;REVB=0.0854979;RO=41;SAF=12;SAR=2;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408291;STB=0.699705;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0473074;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:41:42:14:15:0.263158:2:12:24:17:3:12:24:18 chr22 40720704 . A G 2252.72 PASS AF=0.956522;AO=153;DP=159;FAO=154;FDP=161;FR=.;FRO=7;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0321323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2787;QD=55.9681;RBI=0.047393;REFB=-0.0107766;REVB=-0.034837;RO=6;SAF=74;SAR=79;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370153;STB=0.515804;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00223765;OID=.;OPOS=40720704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:159:161:6:7:153:154:0.956522:79:74:6:0:78:76:6:1 chr22 40722744 . A AG 528.68 PASS AF=1;AO=6;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103973;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=126.638;QD=40.6679;RBI=0.105925;REFB=0;REVB=-0.0202409;RO=47;SAF=1;SAR=5;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443115;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00231508;OID=.;OPOS=40722745;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:53:52:52:0:26:26:0:0:4:47:1:5:26:21 chr22 40722745 . A G 587.34 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0330058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.294;QD=45.1797;RBI=0.0435913;REFB=-0.0636754;REVB=0.0284749;RO=6;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813633;STB=0.543459;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00504703;OID=.;OPOS=40722745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:6:6:46:46:0.884615:21:25:1:5:21:25:1:5 chr22 40726749 . C T 471.89 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0435596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.379;QD=55.5166;RBI=0.0435811;REFB=-0.0265645;REVB=-0.00136955;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00136839;OID=.;OPOS=40726749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr22 40726762 . A G 464.44 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8635;QD=58.0545;RBI=0.0847921;REFB=0;REVB=0.0355711;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190675;OID=.;OPOS=40726762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr22 40728545 . ATTCTTC ATTC,ATTCTTG 236.2 PASS AF=0.5,0.047619;AO=21,2;DP=42;FAO=21,2;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12,1;FSAR=9,1;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00869864,-0.0317676;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=159.086,116.547;QD=22.4952;RBI=0.0240587,0.0340006;REFB=-0.00386072,-0.013166;REVB=-0.0224312,0.0121186;RO=17;SAF=12,1;SAR=9,1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.127573,0.0882671;STB=0.595654,0.617932;STBP=0.205,0.751;TYPE=del,snp;VARB=0.00346043,0.0280512;OID=.,.;OPOS=40728546,40728551;OREF=TTC,C;OALT=-,G;OMAPALT=ATTC,ATTCTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.047619:21,2:42:21,2:42:19:12,1:9,1:7:12:99:17:12,1:9,1:7:10 chr22 40803186 . G T 597.16 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8304;QD=58.2597;RBI=0.0489064;REFB=-0.0918124;REVB=0.0405487;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208334;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0036665;OID=.;OPOS=40803186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:17:22:1:0:18:22:1:0 chr22 40814500 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.972;QD=52.61;RBI=0.00878629;REFB=0;REVB=0.00121205;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177869;OID=.;OPOS=40814500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr22 40820274 . G A 139.97 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0134765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.434;QD=20.7358;RBI=0.0180323;REFB=-0.0215555;REVB=-0.011981;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243222;STB=0.636198;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0202724;OID=.;OPOS=40820274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:10:2:7:8:10:2 chr22 41075543 . A G 246.53 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9053;QD=46.9573;RBI=0.0565929;REFB=-0.0871497;REVB=-0.0524229;RO=1;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297497;STB=0.516113;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0037214;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:15:5:0:1:15:5:0:1 chr22 41075695 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.451;QD=39.2066;RBI=0.045589;REFB=0;REVB=0.00114971;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769515;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr22 41521906 . A G 144.73 PASS AF=0.416667;AO=13;DP=40;FAO=15;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0849915;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.579;QD=16.0806;RBI=0.0859262;REFB=-0.0195738;REVB=-0.0126394;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136893;STB=0.666455;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0258084;OID=.;OPOS=41521906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:36:22:20:13:15:0.416667:7:6:13:9:9:6:14:6 chr22 41551039 . T A 1051.73 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0104907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.15;QD=56.092;RBI=0.0105553;REFB=0.0726714;REVB=0.00116619;RO=2;SAF=29;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031499;STB=0.516662;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000158123;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:72:73:0.973333:43:29:2:0:44:29:2:0 chr22 41604399 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4642;QD=45.8068;RBI=0.065503;REFB=0;REVB=-0.0490115;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00330397;OID=.;OPOS=41604399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr22 41617318 . G C 154.33 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0276706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.75;QD=10.6435;RBI=0.0286715;REFB=-0.0176077;REVB=0.00750957;RO=37;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214481;STB=0.617838;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0407046;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:37:38:20:20:0.344828:13:7:20:17:13:7:20:18 chr22 41829794 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.246;QD=46.848;RBI=0.016055;REFB=0;REVB=1.30808e-05;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.668e-05;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr22 41833116 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.013;QD=49.5992;RBI=0.0516788;REFB=0;REVB=0.00934992;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430925;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr22 41911525 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.238;QD=51.1844;RBI=0.0385506;REFB=0;REVB=0.0352186;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113324;OID=.;OPOS=41911525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr22 42089623 . T C 598.21 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310435;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.539;QD=61.3546;RBI=0.0312706;REFB=0;REVB=0.00376152;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124021;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr22 42159229 . G T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.275;QD=60.2282;RBI=0.00925999;REFB=0;REVB=-0.00725375;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26954e-05;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr22 42276742 . G C 1607.46 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0637352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0885;QD=58.9893;RBI=0.0638789;REFB=0.0215761;REVB=-0.00428244;RO=1;SAF=60;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784589;STB=0.504131;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00133681;OID=.;OPOS=42276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:48:60:1:0:48:60:1:0 chr22 42276804 . G T 254.26 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.00904083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0418;QD=13.039;RBI=0.0115184;REFB=-0.00698726;REVB=0.00713702;RO=47;SAF=10;SAR=20;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702398;STB=0.544526;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0142142;OID=.;OPOS=42276804;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:48:30:30:0.384615:20:10:13:34:20:10:13:35 chr22 42336172 . G A 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0158266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.821;QD=17.791;RBI=0.0159385;REFB=-0.00899593;REVB=-0.00188494;RO=33;SAF=20;SAR=11;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2849;STB=0.659239;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.010349;OID=.;OPOS=42336172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:11:20:11:22:11:20:11:22 chr22 42416056 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.813;QD=63.2866;RBI=0.0442176;REFB=0;REVB=0.0202342;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010359;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr22 42423110 . G C 474.07 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0153799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.262;QD=51.2507;RBI=0.0602782;REFB=-0.0153645;REVB=-0.0582831;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373615;STB=0.501741;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0036387;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:1:3:34:34:0.918919:22:12:1:0:22:12:1:2 chr22 42428727 . A T 1409.9 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0364138;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9226;QD=60.6409;RBI=0.0531182;REFB=-0.0986812;REVB=0.0386726;RO=2;SAF=42;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220344;STB=0.511625;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00276496;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:2:2:91:91:0.978495:49:42:2:0:49:42:2:0 chr22 42463814 . C T 699.75 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140407;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.027;QD=60.8482;RBI=0.0393966;REFB=-0.116785;REVB=0.0368096;RO=1;SAF=16;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284632;STB=0.515145;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00125848;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:1:1:45:45:0.978261:29:16:1:0:29:16:1:0 chr22 42473603 . C T 277.42 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0198486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.127;QD=20.5493;RBI=0.037355;REFB=-0.0246002;REVB=-0.0316454;RO=25;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281714;STB=0.656919;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0439283;OID=.;OPOS=42473603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:20:9:16:9:20:9:16:9 chr22 42522613 . G C 185.88 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.000130671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.41;QD=21.2433;RBI=0.000580334;REFB=-0.00398459;REVB=-0.000565432;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172991;STB=0.596916;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0106828;OID=.;OPOS=42522613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:5:11:9:10:5:11 chr22 42523943 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.18;QD=57.2371;RBI=0.034061;REFB=0;REVB=-0.00461944;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117492;OID=.;OPOS=42523943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:37:19:0:0:37:19:0:0 chr22 42525756 . G A 469.77 PASS AF=0.546512;AO=41;DP=80;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.011728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.161;QD=21.8497;RBI=0.0783173;REFB=-0.0229032;REVB=0.0774341;RO=38;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562831;STB=0.524271;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0178295;OID=.;OPOS=42525756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:38:39:41:47:0.546512:21:20:21:17:23:24:22:17 chr22 42526694 . G A 907.2 PASS AF=0.702703;AO=78;DP=111;FAO=78;FDP=111;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0548168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.882;QD=32.6917;RBI=0.0566822;REFB=-0.0369603;REVB=0.0144219;RO=31;SAF=30;SAR=48;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00138768;STB=0.502923;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0129465;OID=.;OPOS=42526694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:31:33:78:78:0.702703:48:30:12:19:48:30:13:20 chr22 42536313 . G A 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0123668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.508;QD=19.1095;RBI=0.0207759;REFB=-0.00493266;REVB=0.0166943;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278005;STB=0.654733;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00354793;OID=.;OPOS=42536313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:11:16:7:19:11:16:7:19 chr22 42537196 . T C 340.47 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.539;QD=54.4749;RBI=0.0354437;REFB=0;REVB=-0.0327191;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145828;OID=.;OPOS=42537196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:8:17:0:0 chr22 42537271 . T C 568.79 PASS AF=0.810345;AO=47;DP=58;FAO=47;FDP=58;FR=.;FRO=11;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0739168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.456;QD=39.2268;RBI=0.0782201;REFB=0.00762206;REVB=0.025587;RO=11;SAF=26;SAR=21;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991321;STB=0.553169;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0030612;OID=.;OPOS=42537271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:11:11:47:47:0.810345:21:26:3:8:21:26:3:8 chr22 42537404 . G C 651.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.218;QD=62.0085;RBI=0.045046;REFB=0;REVB=-0.00368369;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023892;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr22 42537597 . A G 258.57 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.03023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4082;QD=21.5475;RBI=0.031658;REFB=-0.0174537;REVB=-0.00940082;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231063;STB=0.629107;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0157578;OID=.;OPOS=42537597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:23:23:0.479167:11:12:6:17:11:12:6:17 chr22 42538029 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.597;QD=62.3508;RBI=0.0235206;REFB=0;REVB=0.0234726;RO=0;SAF=9;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26736e-05;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:34:9:0:0:34:9:0:0 chr22 42538508 . AG GA 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0497598;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.941;QD=32.352;RBI=0.0510939;REFB=-0.0464043;REVB=0.0115996;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012578;STB=0.507029;STBP=0.901;TYPE=mnp;VARB=0.00620192;OID=.;OPOS=42538508;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:6:5:1:1:6:5:1:1 chr22 42538670 . G T 98.79 PASS AF=0.733333;AO=9;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0996269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8496;QD=26.3434;RBI=0.101011;REFB=-0.00508817;REVB=0.0166666;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221916;STB=0.624791;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00870623;OID=.;OPOS=42538670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:9:11:0.733333:6:3:0:4:6:5:0:4 chr22 42538876 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.919;QD=33.4285;RBI=0.119931;REFB=0;REVB=0.119608;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853494;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr22 42606257 . C T 157.04 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00840655;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.398;QD=15.3211;RBI=0.0177668;REFB=0.00535992;REVB=0.0156521;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293802;STB=0.668337;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0110508;OID=.;OPOS=42606257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:24:24:17:17:0.414634:10:7:17:7:10:7:17:7 chr22 42912106 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0106311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.467;QD=8.6975;RBI=0.0124959;REFB=-0.015292;REVB=-0.0065671;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885977;STB=0.555391;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0219776;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:5:9:5:2:5:9 chr22 42961277 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0652098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.844;QD=14.0437;RBI=0.0653117;REFB=0.0167462;REVB=0.00364592;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.02249;OID=.;OPOS=42961277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr22 42965167 . C CA 167.12 PASS AF=1;AO=12;DP=33;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711466;FXX=0.433189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.4964;QD=39.3218;RBI=0.0712966;REFB=0;REVB=0.0046226;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396511;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0410719;OID=.;OPOS=42965168;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:12:33:17:17:0:12:5:0:0:3:21:7:5:13:8 chr22 42965169 . A AG 121.64 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0231819;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=200.406;QD=15.6949;RBI=0.03072;REFB=0.011328;REVB=-0.0201573;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12462;STB=0.618017;STBP=0.283;TYPE=ins;VARB=-0.019069;OID=.;OPOS=42965170;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:14:31:14:31:17:6:8:11:6:99:14:6:8:8:6 chr22 42970032 . T C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0181741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.838;QD=16.1192;RBI=0.0252669;REFB=-0.0199337;REVB=0.0175533;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103051;STB=0.559345;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0241164;OID=.;OPOS=42970032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:4:9:7:5:4:9 chr22 43036245 . G A 739.1 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.63;QD=53.7524;RBI=0.0419244;REFB=-0.0401712;REVB=0.0209574;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171308;STB=0.509088;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00103686;OID=.;OPOS=43036245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:53:54:0.981818:27:26:0:1:27:27:0:1 chr22 43089055 . G C 214.68 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.669;QD=47.7068;RBI=0.0511852;REFB=0;REVB=0.0490548;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00934664;OID=.;OPOS=43089055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:13:5:0:0 chr22 43195147 . A G 152.38 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00181803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9999;QD=21.0182;RBI=0.0427643;REFB=-0.0170516;REVB=-0.0427256;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129371;STB=0.573365;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00988617;OID=.;OPOS=43195147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:11:5:6:7:11:5:6:7 chr22 43203137 . C T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0234112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.431;QD=19.7024;RBI=0.0240253;REFB=-0.0303717;REVB=-0.00539728;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825894;STB=0.546708;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0338153;OID=.;OPOS=43203137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:6:10:9:8:6:10 chr22 43206950 . A C 151.97 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0236307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6682;QD=13.215;RBI=0.0785384;REFB=-0.00881117;REVB=0.074899;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502867;STB=0.529377;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0197393;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:9:8:15:14:9:8:15:14 chr22 43278220 . C T 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0296118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.418;QD=19.8497;RBI=0.0304732;REFB=-0.0133338;REVB=0.00719439;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27002;STB=0.673226;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0193614;OID=.;OPOS=43278220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:11:4:7:5:11:4:8:5 chr22 43289473 . G A 184.79 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00416543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4008;QD=18.4788;RBI=0.0232546;REFB=0.0128729;REVB=-0.0228785;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418943;STB=0.523785;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0130525;OID=.;OPOS=43289473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:9:12:10:9:9:12 chr22 43435811 . C CT 134.29 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173252;FXX=0.124922;HRUN=0;LEN=1;MLLD=115.9;QD=38.3684;RBI=0.190174;REFB=0;REVB=-0.0784211;RO=14;SAF=1;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000533295;OID=.;OPOS=43435812;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:16:14:14:0:10:4:0:0:3:14:1:1:9:5 chr22 43435812 . C T 157.51 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0747594;FXX=0.062461;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.38;QD=42.0018;RBI=0.0868123;REFB=-0.152614;REVB=0.0441294;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824047;STB=0.545388;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0050452;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:15:1:1:14:14:0.933333:5:9:0:1:5:9:0:1 chr22 43455432 . G A 391.12 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00888496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.367;QD=19.3144;RBI=0.0264753;REFB=-0.0238898;REVB=-0.0249399;RO=40;SAF=16;SAR=24;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114105;STB=0.55776;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0321093;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:40:40:0.493827:24:16:21:19:24:16:21:20 chr22 43459864 . G A 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00673936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1987;QD=12.7979;RBI=0.00676562;REFB=0.00617831;REVB=-0.000595534;RO=41;SAF=16;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063257;STB=0.503629;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.011409;OID=.;OPOS=43459864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:10:16:25:16:10:16:25:16 chr22 43465814 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0312779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4264;QD=16.4264;RBI=0.0331779;REFB=-0.0317879;REVB=0.0110666;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254322;STB=0.648363;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0424944;OID=.;OPOS=43465814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:5:6:3:8:5:6 chr22 43466217 . A G 158.78 PASS AF=0.833333;AO=13;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0157818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.009;QD=35.2854;RBI=0.0355455;REFB=0.00141219;REVB=0.03185;RO=3;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260358;STB=0.649766;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.000261932;OID=.;OPOS=43466217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:13:15:0.833333:11:2:2:1:13:2:2:1 chr22 43466247 . G C 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.589;QD=45.7992;RBI=0.0517614;REFB=0;REVB=0.0517614;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479613;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr22 43529314 . G C 964.21 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.719;QD=57.5648;RBI=0.0679264;REFB=-0.083855;REVB=0.0363972;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050222;OID=.;OPOS=43529314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:67:0:0:63:67:1:35:28:0:0:37:30:0:0 chr22 43558926 . A G 1008.38 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8873;QD=59.3164;RBI=0.0244329;REFB=0;REVB=-0.01717;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22004e-06;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:36:32:0:0 chr22 43558972 . G A 344.3 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00816338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.154;QD=21.8603;RBI=0.0645766;REFB=-0.0151734;REVB=0.0640585;RO=26;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195281;STB=0.624931;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0121893;OID=.;OPOS=43558972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:28:34:35:0.555556:19:15:18:8:20:15:20:8 chr22 43563672 . A G 116.18 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0545302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.4253;QD=20.2047;RBI=0.0547519;REFB=-0.0387725;REVB=-0.00492193;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589614;STB=0.571322;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0183867;OID=.;OPOS=43563672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:21:23:8:10:13:13:0.565217:6:7:5:3:6:7:7:3 chr22 43565703 . C T 139.08 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0162501;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.183;QD=11.5898;RBI=0.0162663;REFB=0.00376071;REVB=-0.000726945;RO=30;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363745;STB=0.71711;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00529188;OID=.;OPOS=43565703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:30:32:16:16:0.333333:12:4:17:13:12:4:18:14 chr22 43568512 . C T 329.99 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0149794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0466;QD=18.3329;RBI=0.0159019;REFB=-0.0123104;REVB=0.00533753;RO=37;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288804;STB=0.51612;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0110072;OID=.;OPOS=43568512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:20:15:17:20:20:15:17:20 chr22 43576904 . G A 60.32 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00395665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.463;QD=17.2336;RBI=0.0419112;REFB=-0.0410033;REVB=0.041724;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122361;STB=0.571253;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0554118;OID=.;OPOS=43576904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:2:4:4:4:2:4 chr22 43594636 . G C 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00108848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.809;QD=26.372;RBI=0.0225819;REFB=-0.0430795;REVB=0.0225556;RO=16;SAF=6;SAR=18;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580257;STB=0.53223;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0269562;OID=.;OPOS=43594636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:18:6:5:11:18:6:5:11 chr22 43606143 . C T 1065.76 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010724;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5333;QD=60.0431;RBI=0.031148;REFB=0;REVB=0.0292437;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369699;OID=.;OPOS=43606143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr22 43614316 . C G 216.0 PASS AF=0.44;AO=20;DP=48;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00173687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.602;QD=17.2799;RBI=0.0135464;REFB=-0.0231358;REVB=-0.0134346;RO=28;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316554;STB=0.694157;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.028328;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:28:28:20:22:0.44:6:14:11:17:6:16:11:17 chr22 43623395 . C G 38.11 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0939713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9361;QD=10.1615;RBI=0.104075;REFB=0.0106221;REVB=0.044733;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107451;STB=0.565019;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00110125;OID=.;OPOS=43623395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:8:1:1:5:8:1 chr22 43831023 . C T 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0115563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.735;QD=16.5331;RBI=0.0275272;REFB=-0.0228279;REVB=0.024984;RO=43;SAF=22;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722907;STB=0.540683;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0291678;OID=.;OPOS=43831023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:13:22:24:19:13:22:24:19 chr22 43976396 . G A 333.35 PASS AF=0.45;AO=35;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00611783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.234;QD=16.6674;RBI=0.00757064;REFB=-0.016474;REVB=-0.00445946;RO=43;SAF=19;SAR=16;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614773;STB=0.519763;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0237622;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:44:35:36:0.45:16:19:26:17:16:20:26:18 chr22 44083442 . T C 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00349557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0718;QD=20.5419;RBI=0.0557359;REFB=-0.020713;REVB=0.0556262;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540851;STB=0.530362;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0234315;OID=.;OPOS=44083442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:9:15:17:8:9:15:17:8 chr22 44112845 . C T 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.348;QD=62.3119;RBI=0.0574671;REFB=0;REVB=0.000576891;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146563;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr22 44178103 . T C 893.88 PASS AF=0.586957;AO=81;DP=138;FAO=81;FDP=138;FR=.;FRO=57;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0209158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.51;QD=25.9096;RBI=0.0394522;REFB=-0.0337871;REVB=0.0334515;RO=57;SAF=47;SAR=34;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542663;STB=0.52947;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0329637;OID=.;OPOS=44178103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:57:57:81:81:0.586957:34:47:37:20:34:47:37:20 chr22 44221565 . C CAATA 501.95 PASS AF=0.745763;AO=39;DP=60;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0285131;FXX=0.0483793;HRUN=2;LEN=4;MLLD=215.417;QD=34.0308;RBI=0.0327751;REFB=-0.0142963;REVB=-0.016162;RO=17;SAF=23;SAR=16;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139262;STB=0.556073;STBP=0.183;TYPE=ins;VARB=0.00303448;OID=.;OPOS=44221566;OREF=-;OALT=AATA;OMAPALT=CAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.745763:39:60:44:59:15:26:18:12:3:99:17:23:16:14:3 chr22 44282276 . A G 538.39 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.372;QD=59.8212;RBI=0.0072653;REFB=0;REVB=-0.00113861;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21092e-05;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr22 44282307 . G A 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2909;QD=60.9749;RBI=0.0338109;REFB=0;REVB=0.0303591;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130434;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr22 44285765 . A G 453.32 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0208706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.916;QD=54.9477;RBI=0.0279521;REFB=-0.01512;REVB=0.018594;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282674;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000922285;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:16:15:0:1:17:15:0:1 chr22 44286950 . G A 167.46 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0228311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.233;QD=23.9234;RBI=0.0297147;REFB=-0.0586391;REVB=-0.0190186;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111394;STB=0.588131;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0415525;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:28:28:10:11:16:17:0.607143:7:9:4:6:7:10:4:7 chr22 44287062 . A G 383.68 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0367908;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6617;QD=17.8454;RBI=0.0641173;REFB=-0.0419584;REVB=-0.0525116;RO=43;SAF=17;SAR=23;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228813;STB=0.618777;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0277126;OID=.;OPOS=44287062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:45:40:41:0.476744:23:17:29:14:24:17:29:16 chr22 44287629 . G A 179.45 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00862175;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.801;QD=13.8041;RBI=0.0301031;REFB=-0.0147237;REVB=0.028842;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305611;STB=0.683372;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0155906;OID=.;OPOS=44287629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:7:14:11:19:7:14:11:20 chr22 44324727 . C G 177.81 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0133124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.705;QD=8.67361;RBI=0.0157116;REFB=-0.013657;REVB=0.00834467;RO=57;SAF=11;SAR=13;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03911;STB=0.529507;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0360339;OID=.;OPOS=44324727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:57:58:24:24:0.292683:13:11:28:29:13:11:29:29 chr22 44324730 . C T 188.55 PASS AF=0.301205;AO=23;DP=81;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0236048;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.0173;QD=9.08682;RBI=0.0287086;REFB=-0.00356338;REVB=0.0163401;RO=58;SAF=11;SAR=12;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466861;STB=0.525991;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00604996;OID=.;OPOS=44324730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:58:58:23:25:0.301205:12:11:30:28:13:12:30:28 chr22 44328930 . A G 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0205179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.324;QD=19.3697;RBI=0.0392249;REFB=-0.000506223;REVB=0.0334307;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194804;STB=0.609017;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000840182;OID=.;OPOS=44328930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:11:5:2:13:11:5:2:13 chr22 44342115 . CA CG,TG 699.67 PASS AF=0.94,0.06;AO=47,3;DP=51;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19,3;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00629345,-0.0187653;FXX=0.019604;HRUN=2,5;LEN=1,2;MLLD=156.722,170.894;QD=55.9736;RBI=0.0181128,0.0243821;REFB=0,0;REVB=0.0169843,0.0155676;RO=0;SAF=19,3;SAR=28,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000697049,0.0156534;OID=.,.;OPOS=44342116,44342115;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:51:50:0:0:47,3:47,3:0.94,0.06:28,0:19,3:0:0:28,0:19,3:0:0 chr22 44368122 . A G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00567993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.44;QD=11.4402;RBI=0.0189121;REFB=-0.0186323;REVB=0.018039;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156584;STB=0.584621;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0273109;OID=.;OPOS=44368122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:24:13:13:0.351351:7:6:7:15:7:6:8:16 chr22 44368204 . A G 709.1 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0520661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4355;QD=61.661;RBI=0.0596374;REFB=0;REVB=0.0290817;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101487;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:21:23:0:0:22:24:0:0 chr22 44372632 . C T 124.89 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0142743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.123;QD=17.841;RBI=0.0190806;REFB=-0.0317302;REVB=-0.0126615;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306296;STB=0.674756;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0190721;OID=.;OPOS=44372632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:4:10:5:9:4:10 chr22 44379822 . T C 421.5 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0023969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.724;QD=49.5877;RBI=0.0424413;REFB=-0.0013231;REVB=0.0423736;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.54283;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00039862;OID=.;OPOS=44379822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:1:3:30:31:0.911765:14:16:1:0:15:16:3:0 chr22 44379838 . A G 467.88 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318431;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.755;QD=58.4853;RBI=0.0318515;REFB=0;REVB=-0.000729535;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109306;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr22 44379852 . C G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00338045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.831;QD=9.49164;RBI=0.00580729;REFB=-0.00408107;REVB=-0.00472199;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153571;STB=0.609518;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00353036;OID=.;OPOS=44379852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:9:9:0.333333:5:4:10:7:5:4:11:7 chr22 44386281 . C T 302.85 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0336948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0519;QD=12.3612;RBI=0.0337317;REFB=-0.0135472;REVB=-0.00157608;RO=62;SAF=11;SAR=24;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250264;STB=0.649341;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0247626;OID=.;OPOS=44386281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:63:35:35:0.357143:24:11:33:29:24:11:34:29 chr22 44395451 . T C 175.33 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00914811;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.693;QD=15.5852;RBI=0.0381773;REFB=-0.0309452;REVB=0.037065;RO=23;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173098;STB=0.606926;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0522787;OID=.;OPOS=44395451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:26:18:19:0.422222:5:13:13:10:5:14:15:11 chr22 44489868 . T C,G 656.68 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015168,3.60887e-05;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.3712,229.567;QD=61.0864;RBI=0.0595613,0.00892835;REFB=0,0;REVB=-0.0575975,0.00892828;RO=0;SAF=15,1;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0136982,0.0400557;OID=.,.;OPOS=44489868,44489868;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:26,1:15,1:0:0:26,1:15,1:0:0 chr22 44489896 . T C 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0718314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.164;QD=49.3986;RBI=0.0734341;REFB=-0.138851;REVB=0.0152586;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00190005;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:11:12:0:0:11:12:0:1 chr22 44495983 . A G 103.48 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0821135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2133;QD=18.814;RBI=0.0853803;REFB=-0.00477132;REVB=-0.0233919;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221878;STB=0.626659;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00203645;OID=.;OPOS=44495983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:3:7:5:7:3:7 chr22 44546582 . A G 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.0176328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.624;QD=12.619;RBI=0.0207911;REFB=-0.00238239;REVB=-0.0110161;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412757;STB=0.738462;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00284403;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:24:24:0.387097:9:15:8:29:9:15:8:30 chr22 44579244 . TC GT 46.28 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0069746;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=2;MLLD=74.4931;QD=2.08001;RBI=0.0287649;REFB=0.000395165;REVB=-0.0279065;RO=70;SAF=4;SAR=4;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499203;STB=0.547501;STBP=0.809;TYPE=mnp;VARB=-0.0113613;OID=.;OPOS=44579244;OREF=TC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:90:89:70:76:8:8:0.0898876:4:4:32:38:4:4:34:42 chr22 44582499 . T C,G 672.92 PASS AF=0.931818,0.0681818;AO=40,3;DP=43;FAO=41,3;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23,3;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458933,0.0207868;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.857,155.944;QD=61.1744;RBI=0.0494395,0.026707;REFB=0,0;REVB=-0.0183867,-0.0167681;RO=0;SAF=22,3;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.19993e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000254567,0.0243743;OID=.,.;OPOS=44582499,44582499;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:43:44:0:0:40,3:41,3:0.931818,0.0681818:18,0:22,3:0:0:18,0:23,3:0:0 chr22 44594584 . C G 301.71 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00137824;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.06;QD=19.1565;RBI=0.00421278;REFB=-0.017632;REVB=0.00398095;RO=28;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168874;STB=0.601322;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0180886;OID=.;OPOS=44594584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:31:32:32:0.507937:13:19:11:17:13:19:12:19 chr22 44602229 . A C 809.04 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191602;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.675;QD=55.796;RBI=0.0192946;REFB=-0.153675;REVB=0.00227358;RO=1;SAF=37;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125779;STB=0.506664;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000635088;OID=.;OPOS=44602229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:58:1:1:57:57:0.982759:20:37:1:0:20:37:1:0 chr22 44640466 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0239652;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=150.421;QD=16.9415;RBI=0.0337082;REFB=-0.00957083;REVB=-0.0237046;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268539;STB=0.652026;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0149825;OID=.;OPOS=44640466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:18:6:10:9:18:6 chr22 44640472 . A G 197.68 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00121163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.873;QD=18.8268;RBI=0.0114003;REFB=-0.0242481;REVB=0.0113358;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293685;STB=0.664964;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0375583;OID=.;OPOS=44640472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:17:5:11:9:17:5 chr22 44681612 . A G 591.45 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00362826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5421;QD=56.3289;RBI=0.0146353;REFB=0.00614772;REVB=0.0141784;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240441;STB=0.501193;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00137325;OID=.;OPOS=44681612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:21:19:1:0:21:19:1:1 chr22 44891370 . T C 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00576368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.444;QD=19.5232;RBI=0.00628545;REFB=-0.0187622;REVB=-0.00250736;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191435;STB=0.609591;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0170473;OID=.;OPOS=44891370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:4:10:6:6:4:10:6:6 chr22 44893563 . A G 146.25 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00276886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6516;QD=16.7145;RBI=0.0787135;REFB=-0.0127425;REVB=-0.0786647;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416401;STB=0.503812;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0125385;OID=.;OPOS=44893563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:6:10:12:6:6:10:12:7 chr22 44965320 . G A 488.18 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0123212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6885;QD=55.7922;RBI=0.0600944;REFB=-0.0470623;REVB=0.0588178;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0031695;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:20:14:0:0:20:14:0:1 chr22 45075738 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.55;QD=56.1916;RBI=0.0238747;REFB=0;REVB=0.0229619;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63434e-05;OID=.;OPOS=45075738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr22 45126775 . T C 1415.31 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.426;QD=62.9028;RBI=0.0475747;REFB=0;REVB=0.0459924;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140095;OID=.;OPOS=45126775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:88:90:1:52:36:0:0:52:38:0:0 chr22 45244930 . C T 189.62 PASS AF=0.413793;AO=19;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0666252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1448;QD=13.0771;RBI=0.0668346;REFB=-0.0155316;REVB=0.00528611;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855978;STB=0.575697;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0244397;OID=.;OPOS=45244930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:34:19:24:0.413793:13:6:8:24:14:10:10:24 chr22 45255580 . G C 103.3 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0168473;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.307;QD=9.18211;RBI=0.0177528;REFB=-0.0243969;REVB=-0.00559725;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062043;STB=0.529366;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0630734;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:31:32:13:13:0.288889:4:9:20:11:4:9:21:11 chr22 45255637 . G C 379.58 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00611347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.527;QD=17.0599;RBI=0.0388383;REFB=-0.0127862;REVB=-0.0383541;RO=48;SAF=19;SAR=21;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648588;STB=0.541763;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0154491;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:49:40:40:0.449438:21:19:26:22:21:19:27:22 chr22 45277909 . A G 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.708;QD=58.5802;RBI=0.0395869;REFB=0;REVB=0.0386505;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015177;OID=.;OPOS=45277909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr22 45278065 . A T 241.97 PASS AF=0.3625;AO=28;DP=82;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0204863;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6992;QD=12.0984;RBI=0.0230872;REFB=-0.0147033;REVB=0.0106456;RO=49;SAF=7;SAR=21;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290497;STB=0.659773;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0420929;OID=.;OPOS=45278065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:49:51:28:29:0.3625:21:7:24:25:21:8:26:25 chr22 45278187 . A T 446.24 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.23;QD=57.5791;RBI=0.0186053;REFB=0;REVB=0.0108476;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11621e-05;OID=.;OPOS=45278187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr22 45566843 . A G 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00842516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.687;QD=16.4806;RBI=0.00898653;REFB=-0.00204874;REVB=0.00312642;RO=24;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00322473;STB=0.524449;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00241921;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:15:4:5:19:15:4:6:19 chr22 45566912 . C A 181.45 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.014731;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.338;QD=15.4421;RBI=0.0208438;REFB=0.00272642;REVB=-0.0147465;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671307;STB=0.503872;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00460259;OID=.;OPOS=45566912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:13:6:9:19:13:6:9:19 chr22 45577231 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0372215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.793;QD=14.2618;RBI=0.0382407;REFB=0.00267066;REVB=0.00877006;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648571;STB=0.537688;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00217425;OID=.;OPOS=45577231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:12:12:7:9:12:12 chr22 45580789 . C A 136.27 PASS AF=0.296875;AO=20;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0243559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3787;QD=8.51688;RBI=0.0520404;REFB=-0.0198264;REVB=-0.0459891;RO=44;SAF=16;SAR=4;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506057;STB=0.841745;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0373844;OID=.;OPOS=45580789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:45:20:19:0.296875:4:16:16:28:3:16:16:29 chr22 45583898 . A G 170.53 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00275083;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.91;QD=40.1248;RBI=0.0230091;REFB=-0.0680386;REVB=0.0228441;RO=2;SAF=4;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615517;STB=0.555483;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00163792;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:18:17:2:1:15:16:0.941176:11:4:1:1:12:4:1:0 chr22 45599054 . G A 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00912126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.541;QD=14.3336;RBI=0.012481;REFB=-0.0118296;REVB=-0.00851925;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50325;STB=0.794818;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0273655;OID=.;OPOS=45599054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:2:8:2:7:2:8 chr22 45603638 . A G 636.03 PASS AF=0.443038;AO=70;DP=158;FAO=70;FDP=158;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.000802985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.259;QD=16.1019;RBI=0.000807545;REFB=-0.00855974;REVB=8.56969e-05;RO=85;SAF=37;SAR=33;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455879;STB=0.534865;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0160309;OID=.;OPOS=45603638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:85:88:70:70:0.443038:33:37:41:44:33:37:41:47 chr22 45608192 . G A 130.62 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0167939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.064;QD=22.7159;RBI=0.016966;REFB=-0.0140971;REVB=0.00241053;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808139;STB=0.565126;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0165154;OID=.;OPOS=45608192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:8:9:14:14:0.608696:7:7:3:5:7:7:3:6 chr22 45683245 . TC T,TT 309.12 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=4,19;DP=24;FAO=1,23;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364498,0.0559599;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.9369,56.6852;QD=51.5198;RBI=0.0427106,0.0892763;REFB=0,0;REVB=0.0425548,0.0695612;RO=0;SAF=3,5;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0447439,0.0204654;OID=.,.;OPOS=45683246,45683246;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0416667,0.958333:4,19:24:1,23:24:0:0,8:1,15:0:0:5:0:3,5:1,14:0:0 chr22 45683304 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.667;QD=40.7629;RBI=0.0177652;REFB=0;REVB=0.0176878;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103137;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr22 45685002 . A G 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00536851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.966;QD=16.0427;RBI=0.0148954;REFB=-0.00088294;REVB=0.0138943;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162409;STB=0.592501;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00116187;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:7:19:11:8:7:19 chr22 45691594 . A G 166.35 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00844977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1311;QD=14.7863;RBI=0.00847357;REFB=-0.00238085;REVB=-0.000634691;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154411;STB=0.578859;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00464086;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:7:11:12:14:7:11:13:14 chr22 45723854 . C G 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=6.70277e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.536;QD=7.8631;RBI=0.00603968;REFB=-0.00554865;REVB=-0.00603931;RO=34;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170085;STB=0.605879;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0226893;OID=.;OPOS=45723854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:4:8:18:16:4:8:18:16 chr22 45723920 . C T 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.019775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.261;QD=7.89785;RBI=0.0253455;REFB=-0.0280541;REVB=0.0158538;RO=30;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536873;STB=0.533273;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0634563;OID=.;OPOS=45723920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:6:5:15:15:6:5:15:15 chr22 45723947 . A G 245.37 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0208141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3596;QD=24.5372;RBI=0.0272678;REFB=-0.00521512;REVB=-0.0176156;RO=16;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217594;STB=0.632145;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0127256;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:9:14:5:11:9:14:5:12 chr22 45736485 . C T 349.39 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.031708;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.048;QD=17.2539;RBI=0.0642745;REFB=-0.0329593;REVB=-0.055909;RO=42;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526191;STB=0.515143;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0360472;OID=.;OPOS=45736485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:44:37:37:0.45679:17:20:25:17:17:20:25:19 chr22 45748339 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0289149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.546;QD=20.8979;RBI=0.0296542;REFB=-0.0697812;REVB=-0.00658021;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144485;STB=0.58313;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0369057;OID=.;OPOS=45748339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:3:1:4:4:3:1 chr22 45749983 . G T 144.96 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00134674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.591;QD=12.8852;RBI=0.0144643;REFB=-0.0238386;REVB=-0.0144014;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127951;STB=0.54994;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0326107;OID=.;OPOS=45749983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:28:16:17:0.377778:11:5:11:15:11:6:12:16 chr22 45767369 . A G 85.96 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0261365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9781;QD=12.2796;RBI=0.0426637;REFB=-0.00814953;REVB=-0.0337205;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271342;STB=0.516099;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0122618;OID=.;OPOS=45767369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:28:17:17:11:11:0.392857:3:8:12:5:3:8:12:5 chr22 45767455 . A G 53.82 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0256178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5911;QD=7.97393;RBI=0.0257608;REFB=0.00191259;REVB=-0.00271074;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171661;STB=0.607206;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0112053;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:9:10:3:5:9:10 chr22 45789642 . A C 400.39 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00457103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.5938;QD=53.3853;RBI=0.0106844;REFB=-0.212552;REVB=0.00965727;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282257;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00589767;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:0:1:16:13:0:1 chr22 45826880 . G A 111.91 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0202932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.343;QD=8.95289;RBI=0.0222706;REFB=-0.0188181;REVB=0.00917413;RO=36;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328152;STB=0.519971;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.04417;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:7:7:17:19:7:7:17:19 chr22 45898117 . T C 179.86 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0118584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0692;QD=11.0684;RBI=0.0529409;REFB=0.00233101;REVB=-0.0515957;RO=42;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109219;STB=0.563288;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00265767;OID=.;OPOS=45898117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:12:11:16:26:12:11:16:26 chr22 45898130 . A T 213.28 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0130265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7135;QD=12.5459;RBI=0.0130266;REFB=-0.0176546;REVB=-5.58225e-05;RO=42;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135061;STB=0.58817;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0187264;OID=.;OPOS=45898130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:42:42:25:26:0.382353:13:12:15:27:13:13:15:27 chr22 45923827 . A G 2024.26 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.431;QD=62.2849;RBI=0.0273022;REFB=0;REVB=0.0265633;RO=0;SAF=79;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51136e-05;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:50:79:0:0:51:79:0:0 chr22 45944497 . C T 177.42 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0259157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7178;QD=21.5051;RBI=0.0294577;REFB=-0.0150101;REVB=0.0140048;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268946;STB=0.515135;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.014882;OID=.;OPOS=45944497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:7:8:9:9:7:8 chr22 46638628 . GCA ACA,GCACA,G 82.44 PASS AF=0.047619,0.190476,0.285714;AO=2,4,5;DP=15;FAO=1,4,6;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=0,1,4;FSAR=1,3,2;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0579419,-0.0464762,-0.0696994;FXX=0.0454339;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,2;MLLD=84.4118,42.6512,62.141;QD=15.7031;RBI=0.145475,0.146806,0.0833826;REFB=-0.000698143,-0.196022,-0.0393217;REVB=0.133438,0.139255,0.0457673;RO=1;SAF=1,1,3;SAR=1,3,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.25849,-0.272709,-0.121807;STB=0.998146,0.91557,0.777232;STBP=0.041,0.376,0.406;TYPE=snp,ins,del;VARB=0.101845,0.164317,0.0976884;OID=.,.,.;OPOS=46638628,46638629,46638629;OREF=G,-,CA;OALT=A,CA,-;OMAPALT=ACA,GCACA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:45:15:21:1:10:2,4,5:1,4,6:0.047619,0.190476,0.285714:1,3,2:1,1,3:1:0:1,3,2:0,1,4:10:0 chr22 46677607 . T C 421.62 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3402;QD=56.2158;RBI=0.0869857;REFB=0;REVB=0.0838588;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270105;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:18:10:0:0:19:11:0:0 chr22 46722400 . T C 542.99 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336094;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.407;QD=60.3323;RBI=0.0516302;REFB=0;REVB=0.0391929;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407933;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr22 46858809 . G A 172.86 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0160851;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.187;QD=14.1111;RBI=0.0441555;REFB=-0.00513002;REVB=0.0411215;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595565;STB=0.541716;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00911768;OID=.;OPOS=46858809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:30:18:19:0.387755:11:7:12:15:12:7:13:17 chr22 46929692 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6554;QD=59.8373;RBI=0.0500914;REFB=0;REVB=-0.0478099;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000717093;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr22 46931077 . G C 272.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.261;QD=51.9049;RBI=0.0180159;REFB=0;REVB=-0.00159186;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.58742e-05;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr22 46931793 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.341;QD=56.7066;RBI=0.0387618;REFB=0;REVB=0.00701143;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123766;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr22 46931838 . G A 344.66 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010081;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.364;QD=55.1448;RBI=0.0142638;REFB=0;REVB=-0.0100911;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7421e-05;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr22 47058992 . T C 3052.1 PASS AF=0.990099;AO=200;DP=204;FAO=200;FDP=202;FR=.;FRO=2;FSAF=131;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00899198;FXX=0.0146334;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4922;QD=60.4377;RBI=0.0575327;REFB=-0.0699689;REVB=-0.0568256;RO=2;SAF=131;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00721578;STB=0.503788;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000251818;OID=.;OPOS=47058992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:204:202:2:2:200:200:0.990099:69:131:2:0:69:131:2:0 chr22 47075462 . C T 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.807;QD=58.417;RBI=0.0756535;REFB=0;REVB=-0.0752026;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249699;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr22 47185265 . G T 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.623;QD=51.912;RBI=0.0717352;REFB=0;REVB=0.0351252;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141206;OID=.;OPOS=47185265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr22 47311404 . A T 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.908;QD=61.536;RBI=0.0784839;REFB=0;REVB=0.0770597;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177629;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr22 47569571 . G C 237.77 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268221;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1541;QD=50.0572;RBI=0.0433497;REFB=0;REVB=0.0340555;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164813;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr22 47857537 . T C 752.18 PASS AF=0.414634;AO=85;DP=207;FAO=85;FDP=205;FR=.;FRO=120;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=0.0191792;FXX=0.00966137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.715;QD=14.6766;RBI=0.0196845;REFB=-0.0112482;REVB=0.00443172;RO=119;SAF=32;SAR=53;SRF=58;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118943;STB=0.564482;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0133674;OID=.;OPOS=47857537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:205:119:120:85:85:0.414634:53:32:58:61:53:32:58:62 chr22 47857551 . T G 741.34 PASS AF=0.413793;AO=84;DP=203;FAO=84;FDP=203;FR=.;FRO=119;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=0.00265978;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6194;QD=14.6077;RBI=0.0251354;REFB=-0.0115578;REVB=0.0249943;RO=119;SAF=30;SAR=54;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132725;STB=0.57445;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0177523;OID=.;OPOS=47857551;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:119:119:84:84:0.413793:54:30:57:62:54:30:57:62 chr22 47857576 . A G 693.93 PASS AF=0.401042;AO=76;DP=192;FAO=77;FDP=192;FR=.;FRO=115;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=-0.0196427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.207;QD=14.4569;RBI=0.0199305;REFB=-0.0121685;REVB=0.00337447;RO=115;SAF=28;SAR=48;SRF=56;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130773;STB=0.57645;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0172318;OID=.;OPOS=47857576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:115:115:76:77:0.401042:48:28:56:59:49:28:56:59 chr22 48023241 . G T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.302;QD=57.3858;RBI=0.0259699;REFB=0;REVB=-0.0189042;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59362e-06;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr22 48940553 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.787;QD=62.982;RBI=0.0140557;REFB=0;REVB=0.00725848;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98075e-06;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr22 48940644 . C T 1062.17 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1571;QD=59.8405;RBI=0.0110942;REFB=0;REVB=-0.00857738;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27537e-05;OID=.;OPOS=48940644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr22 48942315 . T G 151.85 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=59;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0347615;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.9599;QD=10.1236;RBI=0.057159;REFB=-0.0708595;REVB=0.0453739;RO=31;SAF=16;SAR=2;SRF=27;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467624;STB=0.571352;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0622408;OID=.;OPOS=48942315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:40:18:20:0.333333:2:16:27:4:4:16:29:11 chr22 49246723 . A C 831.1 PASS AF=0.509091;AO=82;DP=166;FAO=84;FDP=165;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=70;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.0142578;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1413;QD=20.1478;RBI=0.0219057;REFB=-0.0137359;REVB=-0.0166305;RO=66;SAF=13;SAR=69;SRF=13;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561652;STB=0.630596;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00986436;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:66:81:82:84:0.509091:69:13:13:53:70:14:28:53 chr22 50277835 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.428;QD=45.8054;RBI=0.0369827;REFB=0;REVB=-0.0125009;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000835732;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr22 50277883 . A C,G 295.73 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=2,20;DP=23;FAO=2,21;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360291,0.0627296;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.41,151.358;QD=51.4312;RBI=0.0390922,0.0888553;REFB=0,0;REVB=-0.0151691,0.0629305;RO=0;SAF=2,13;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0508318,0.00167982;OID=.,.;OPOS=50277883,50277883;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:2,20:2,21:0.0869565,0.913043:0,7:2,13:0:0:0,8:2,13:0:0 chr22 50278438 . A G 447.33 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.966;QD=57.7199;RBI=0.0666931;REFB=0;REVB=0.0455279;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374414;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:12:17:0:0:14:17:0:0 chr22 50278568 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.402;QD=51.1841;RBI=0.0317109;REFB=0;REVB=0.0311653;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257395;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:13:7:0:0 chr22 50278642 . C T 188.84 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105845;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2851;QD=47.2087;RBI=0.108043;REFB=0;REVB=-0.0216814;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00163925;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:1:0:15:16:1:8:7:1:0:8:8:0:0 chr22 50280136 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.909;QD=55.6546;RBI=0.0546028;REFB=0;REVB=0.0232381;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310232;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr22 50281344 . G A 163.58 PASS AF=0.4;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7771;QD=14.5405;RBI=0.0781194;REFB=-0.0117054;REVB=-0.0754088;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228353;STB=0.615253;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0162262;OID=.;OPOS=50281344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:17:18:0.4:5:12:13:13:6:12:13:14 chr22 50281917 . A G 536.04 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00544542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.989;QD=54.9784;RBI=0.0074306;REFB=-0.00468365;REVB=-0.0050558;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=2.47498e-06;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:37:37:0.948718:12:25:0:0:12:25:1:1 chr22 50356693 . T C 147.05 PASS AF=0.365385;AO=15;DP=48;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0121418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.331;QD=11.3118;RBI=0.0121581;REFB=-0.0140796;REVB=0.000629678;RO=30;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427208;STB=0.731808;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0274959;OID=.;OPOS=50356693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:30:33:15:19:0.365385:5:10:8:22:6:13:10:23 chr22 50435480 . A G 181.67 PASS AF=0.32;AO=25;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0202395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1524;QD=9.68901;RBI=0.0531127;REFB=-0.0343644;REVB=-0.0491052;RO=48;SAF=20;SAR=5;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361232;STB=0.716785;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0305578;OID=.;OPOS=50435480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:51:25:24:0.32:5:20:25:23:5:19:26:25 chr22 50468907 . C G 324.55 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0137201;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.556;QD=29.5049;RBI=0.0239364;REFB=-0.0194825;REVB=-0.0196141;RO=16;SAF=14;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00992811;OID=.;OPOS=50468907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:16:16:28:28:0.636364:14:14:8:8:14:14:8:8 chr22 50493062 . T C 232.91 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.011383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.107;QD=16.9389;RBI=0.0279702;REFB=-0.0123574;REVB=0.0255491;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680509;STB=0.538431;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0131269;OID=.;OPOS=50493062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:25:26:0.472727:16:9:12:16:17:9:12:17 chr22 50502491 . T C 96.65 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0218605;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.967;QD=7.58014;RBI=0.0553839;REFB=-0.00961362;REVB=-0.0508871;RO=37;SAF=11;SAR=2;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170848;STB=0.628347;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.024993;OID=.;OPOS=50502491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:50:51:37:38:13:13:0.254902:2:11:28:9:2:11:28:10 chr22 50502526 . A G 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0124554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6502;QD=8.88579;RBI=0.0161633;REFB=-0.0134394;REVB=0.0103013;RO=36;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129562;STB=0.592684;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0363095;OID=.;OPOS=50502526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:37:15:15:0.288462:4:11:23:13:4:11:23:14 chr22 50502544 . G A 111.74 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0156961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7854;QD=8.93912;RBI=0.0319077;REFB=-0.0135139;REVB=0.0277801;RO=35;SAF=10;SAR=4;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150183;STB=0.584289;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0701245;OID=.;OPOS=50502544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:36:14:14:0.28:4:10:21:14:4:10:22:14 chr22 50515843 . C A 443.87 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00912994;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.555;QD=17.2375;RBI=0.0153597;REFB=-0.0201806;REVB=0.0123517;RO=55;SAF=18;SAR=30;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19951;STB=0.620388;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0233682;OID=.;OPOS=50515843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:55:55:48:48:0.466019:30:18:32:23:30:18:33:22 chr22 50528623 . C A 88.85 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00331413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4817;QD=27.337;RBI=0.0375494;REFB=-0.0288412;REVB=0.0374028;RO=3;SAF=9;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209237;STB=0.620405;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00422047;OID=.;OPOS=50528623;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:1:9:2:1:1:9:2:1 chr22 50528977 . A C 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0442735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.843;QD=18.4887;RBI=0.0451565;REFB=-0.00783343;REVB=-0.00888642;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137578;STB=0.507805;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.010403;OID=.;OPOS=50528977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:9:13:15:11:9:13:15:11 chr22 50529134 . T C 310.26 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0305535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9317;QD=35.4577;RBI=0.0309372;REFB=0.00568988;REVB=0.0048578;RO=9;SAF=4;SAR=22;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589035;STB=0.532232;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00268807;OID=.;OPOS=50529134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:22:4:2:7:22:4:2:7 chr22 50529146 . C T 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.116463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.9743;QD=30.1489;RBI=0.125132;REFB=-0.00576536;REVB=-0.0457634;RO=8;SAF=2;SAR=17;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282155;STB=0.658713;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000343845;OID=.;OPOS=50529146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:17:2:3:5:17:2:3:5 chr22 50529148 . C G 205.74 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.068055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.962;QD=31.6519;RBI=0.070521;REFB=-0.0427848;REVB=0.0184858;RO=6;SAF=2;SAR=17;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211701;STB=0.607013;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0171708;OID=.;OPOS=50529148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:6:7:19:19:0.730769:17:2:2:4:17:2:2:5 chr22 50529462 . A G 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.010109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.741;QD=15.1959;RBI=0.0351361;REFB=-0.0105026;REVB=-0.0336505;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046632;STB=0.526852;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.011531;OID=.;OPOS=50529462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:17:9:7:11:17:9 chr22 50530501 . A T 290.06 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.010876;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.298;QD=16.3416;RBI=0.0187039;REFB=-0.0296987;REVB=0.0152167;RO=39;SAF=12;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062174;STB=0.535033;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0362578;OID=.;OPOS=50530501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:39:32:32:0.450704:20:12:17:22:20:12:17:22 chr22 50546666 . C T 204.97 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0342678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9394;QD=10.648;RBI=0.0354043;REFB=-0.00447257;REVB=-0.00889846;RO=51;SAF=10;SAR=16;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552039;STB=0.5322;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00700191;OID=.;OPOS=50546666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:16:10:22:29:16:10:22:29 chr22 50547247 . A G 1434.0 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.757;QD=63.0331;RBI=0.021223;REFB=0;REVB=0.0184749;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96728e-05;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:47:43:0:0:47:44:0:0 chr22 50555619 . C T 1643.04 PASS AF=0.990991;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.725;QD=59.2086;RBI=0.0394483;REFB=-0.0720192;REVB=0.0291382;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.504853;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000408161;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:111:0:1:108:110:0.990991:58:50:0:0:59:51:1:0 chr22 50564618 . A AT 33.42 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.193631;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.5654;QD=7.42704;RBI=0.193639;REFB=0.0180528;REVB=-0.00179057;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130818;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=ins;VARB=-0.0601854;OID=.;OPOS=50564619;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:7:18:8:18:10:3:5:3:7:32:10:3:4:3:7 chr22 50572473 . G A 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0359095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.276;QD=15.6257;RBI=0.0370719;REFB=-0.00107838;REVB=-0.00921013;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158338;STB=0.590816;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00122528;OID=.;OPOS=50572473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:10:9:17:10:10:9:17:10 chr22 50581707 . T C 95.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0134131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158;QD=11.1967;RBI=0.0146738;REFB=-0.0114283;REVB=0.00595033;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112953;STB=0.566903;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0208378;OID=.;OPOS=50581707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:7:15:7:5:7:15 chr22 50582550 . C A 331.76 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0116046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1832;QD=21.404;RBI=0.0230658;REFB=-0.00477113;REVB=0.019934;RO=27;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574416;STB=0.545428;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0070363;OID=.;OPOS=50582550;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:28:33:34:0.548387:17:16:15:12:18:16:16:12 chr22 50582626 . A G 399.25 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0216369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.081;QD=21.013;RBI=0.0317307;REFB=-0.026285;REVB=-0.0232096;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370966;STB=0.526303;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0276279;OID=.;OPOS=50582626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:36:36:39:40:0.526316:20:19:16:20:20:20:16:20 chr22 50584201 . A C 146.25 PASS AF=0.307692;AO=19;DP=64;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0295245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8647;QD=8.99994;RBI=0.0298794;REFB=0.00654656;REVB=0.00459154;RO=45;SAF=5;SAR=14;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330584;STB=0.666496;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0183507;OID=.;OPOS=50584201;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:45:45:19:20:0.307692:14:5:24:21:14:6:24:21 chr22 50585528 . G A 89.13 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0240177;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=96.6652;QD=14.8555;RBI=0.0400403;REFB=-0.0340832;REVB=-0.0320371;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160306;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0418398;OID=.;OPOS=50585528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:24:11:13:11:11:0.458333:7:4:6:5:7:4:7:6 chr22 50585595 . G A 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0139682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.587;QD=19.1788;RBI=0.0823406;REFB=-0.0185553;REVB=0.0811472;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017866;STB=0.510188;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0190027;OID=.;OPOS=50585595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:4:7:8:5:4:7 chr22 50618278 . A G 482.0 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00759096;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.526;QD=24.7177;RBI=0.0117828;REFB=-0.00443191;REVB=-0.0090118;RO=33;SAF=15;SAR=30;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239519;STB=0.631519;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00461236;OID=.;OPOS=50618278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:33:33:45:45:0.576923:30:15:21:12:30:15:21:12 chr22 50618641 . C T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0155491;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.778;QD=5.95756;RBI=0.015622;REFB=-0.00279341;REVB=-0.00150701;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0072428;OID=.;OPOS=50618641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:12:6:2:4:12:6 chr22 50637597 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.496;QD=60.23;RBI=0.0185006;REFB=0;REVB=0.00565442;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.02003e-05;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr22 50646936 . G C 88.09 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0254743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9438;QD=14.0942;RBI=0.025526;REFB=0.0357802;REVB=0.00162387;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245576;STB=0.642612;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0510591;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:10:4:6:5:10:4 chr22 50656430 . G A 261.19 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0279813;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.351;QD=24.2965;RBI=0.0496811;REFB=-0.0687615;REVB=0.0410519;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10448;STB=0.558092;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0234236;OID=.;OPOS=50656430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:19:24:24:0.55814:12:12:12:7:12:12:12:7 chr22 50657010 . C G 999.34 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0495842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.833;QD=56.3011;RBI=0.0643936;REFB=-0.0810597;REVB=0.0410846;RO=0;SAF=13;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55885e-08;STB=0.535704;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00105251;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:0:2:69:69:0.971831:56:13:0:0:56:13:2:0 chr22 50664612 . A G 942.62 PASS AF=0.971014;AO=65;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0164897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7544;QD=54.6449;RBI=0.0232803;REFB=-0.116065;REVB=0.0164335;RO=3;SAF=31;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158164;STB=0.500216;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00562449;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:69:3:2:65:67:0.971014:34:31:2:1:34:33:1:1 chr22 50684256 . T C 140.6 PASS AF=0.347826;AO=17;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.130135;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7901;QD=12.226;RBI=0.13107;REFB=-0.00733389;REVB=-0.0156297;RO=29;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147455;STB=0.676835;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00969226;OID=.;OPOS=50684256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:17:16:0.347826:13:4:10:19:13:3:12:18 chr22 50684415 . T C 35.74 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0105891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.792;QD=6.49736;RBI=0.0161578;REFB=-0.0189434;REVB=-0.0122044;RO=16;SAF=2;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251248;STB=0.590616;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0338188;OID=.;OPOS=50684415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:21:22:16:16:5:6:0.272727:3:2:10:6:3:3:10:6 chr22 50684747 . C T 210.39 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00639984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7175;QD=16.5011;RBI=0.0066031;REFB=-0.0238235;REVB=0.00162572;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184073;STB=0.62489;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0343727;OID=.;OPOS=50684747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:28:23:23:0.45098:15:8:14:12:15:8:16:12 chr22 50686830 . G A 178.05 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.011798;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.797;QD=10.6297;RBI=0.0259193;REFB=-0.00419678;REVB=-0.0230785;RO=44;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228758;STB=0.632282;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00685454;OID=.;OPOS=50686830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:11:12:14:30:11:12:14:30 chr22 50687178 . C T 408.08 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0364024;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.255;QD=19.6667;RBI=0.0364798;REFB=-0.0233971;REVB=0.00237621;RO=40;SAF=20;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225014;STB=0.530226;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0252186;OID=.;OPOS=50687178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:40:42:40:41:0.493976:20:20:19:21:20:21:19:23 chr22 50687328 . C A 382.55 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0567474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.237;QD=21.8599;RBI=0.0614674;REFB=-0.025672;REVB=0.0236215;RO=30;SAF=12;SAR=26;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464345;STB=0.526303;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0221796;OID=.;OPOS=50687328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:31:38:39:0.557143:26:12:8:22:27:12:8:23 chr22 50687595 . A G 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0251887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8854;QD=18.6431;RBI=0.03865;REFB=-0.0539713;REVB=-0.0293147;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287029;STB=0.660189;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.028363;OID=.;OPOS=50687595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:1:12:9:5:1:12 chr22 50688348 . A G 877.2 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8015;QD=57.5211;RBI=0.034311;REFB=0;REVB=-0.0205422;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263774;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:34:26:0:0:35:26:0:0 chr22 50693538 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00645602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=379.728;QD=23.2183;RBI=0.00645602;REFB=-0.0289993;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00653773;OID=.;OPOS=50693538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr22 50693554 . A G 73.21 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.709;QD=36.6071;RBI=0.0273691;REFB=0;REVB=-0.00459657;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207265;OID=.;OPOS=50693554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:1:6:0:0:1:7:0:0 chr22 50693558 . C T 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0397049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9719;QD=28.5348;RBI=0.153416;REFB=-0.0189108;REVB=0.148189;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0215964;OID=.;OPOS=50693558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:1:0:1:6:1:0 chr22 50693889 . G A 74.63 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0367788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2325;QD=10.6609;RBI=0.107917;REFB=0.000727155;REVB=0.101457;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487512;STB=0.529352;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00272014;OID=.;OPOS=50693889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:10:8:4:6:10:8 chr22 50694297 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.627;QD=51.1846;RBI=0.0335562;REFB=0;REVB=-0.00647973;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36368e-05;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr22 50695370 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0030296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.017;QD=13.4858;RBI=0.0377731;REFB=-0.0195394;REVB=-0.0376514;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311955;STB=0.518477;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0318486;OID=.;OPOS=50695370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:7:4:3:6:7:4 chr22 50696678 . G A 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0177373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.461;QD=10.8226;RBI=0.0262862;REFB=0.00836251;REVB=0.0193998;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119645;STB=0.571312;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0182568;OID=.;OPOS=50696678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:9:14:6:6:9:14 chr22 50699668 . A G 741.68 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0625138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3909;QD=52.9771;RBI=0.0793922;REFB=-0.0122759;REVB=-0.0489402;RO=2;SAF=16;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163057;STB=0.508658;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000428943;OID=.;OPOS=50699668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:38:16:1:1:38:16:1:1 chr22 50699917 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0169223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.04;QD=21.8421;RBI=0.0169223;REFB=-0.043857;REVB=0;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0144364;OID=.;OPOS=50699917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:0:6:2:0:0:6:2:0 chr22 50704661 . T C 505.4 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135902;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.749;QD=59.4591;RBI=0.0222166;REFB=0;REVB=-0.017575;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114126;OID=.;OPOS=50704661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr22 50705058 . GA G,GC,GG 720.01 PASS AF=0.0188679,0,0.981132;AO=7,2,44;DP=53;FAO=1,0,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,24;FSAR=1,0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145955,-0.0261794,0.0540821;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=76.9376,59.6371,87.437;QD=54.3404;RBI=0.0372239,0.0382736,0.0591819;REFB=0,0,0;REVB=-0.0342431,-0.0279196,-0.024034;RO=0;SAF=6,2,16;SAR=1,0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0472787,0.0637984,0.00892669;OID=.,.,.;OPOS=50705059,50705059,50705059;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0188679,0,0.981132:7,2,44:53:1,0,52:53:0:0,0,24:1,0,28:0:0:6:0:6,2,16:1,0,28:0:0 chr22 50705466 . A G 313.25 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00287347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.306;QD=50.1204;RBI=0.0278757;REFB=-0.134825;REVB=0.0277272;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319244;STB=0.517227;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00117345;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:9:14:1:0:10:14:1:0 chr22 50706381 . G A 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0341346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.594;QD=14.7014;RBI=0.0389171;REFB=-0.00069342;REVB=0.0186914;RO=15;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551328;STB=0.531864;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.000369343;OID=.;OPOS=50706381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:11:1:1:14:11:1:1:14 chr22 50713866 . G C,T 265.98 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=19,2;DP=21;FAO=19,2;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116813,0.109498;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=155.013,10.4317;QD=50.6627;RBI=0.0269696,0.138713;REFB=0,0;REVB=0.0243086,0.085156;RO=0;SAF=13,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.851e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000496928,0.125372;OID=.,.;OPOS=50713866,50713866;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:21:21:0:0:19,2:19,2:0.904762,0.0952381:6,0:13,2:0:0:6,0:13,2:0:0 chr22 50721492 . C T 377.88 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00722581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.7;QD=21.5929;RBI=0.030549;REFB=-0.00563654;REVB=0.0296822;RO=32;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139207;STB=0.507688;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00923621;OID=.;OPOS=50721492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:22:16:14:18:22:16:14:18 chr22 50722408 . T C 37.13 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0108768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.085;QD=8.25053;RBI=0.0134116;REFB=-0.000470234;REVB=-0.00784651;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104655;STB=0.565012;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00115529;OID=.;OPOS=50722408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:3:9:4:2:3:9 chr22 50728062 . T C 237.05 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00847885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.573;QD=19.7544;RBI=0.0126112;REFB=-0.0217813;REVB=-0.00933544;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115482;STB=0.565161;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0347254;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:10:13:11:14:10:13:11:14 chr22 50752133 . C T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.003934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.132;QD=19.44;RBI=0.0123316;REFB=-0.0219211;REVB=-0.0116872;RO=28;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129314;STB=0.581602;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0149701;OID=.;OPOS=50752133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:31:31:0.516667:11:20:14:14:11:20:14:15 chr22 50877164 . GCG CGC,GCC 297.58 PASS AF=0.434783,0.565217;AO=2,14;DP=22;FAO=10,13;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10,4;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.002306,-0.0230193;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=137.524,186.725;QD=51.7528;RBI=0.00370386,0.0244512;REFB=0,0;REVB=0.00289844,0.0082448;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00284181,-0.00164148;OID=.,.;OPOS=50877164,50877166;OREF=GCG,G;OALT=CGC,C;OMAPALT=CGC,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:71:22:23:0:0:2,14:10,13:0.434783,0.565217:0,8:2,6:0:0:0,9:10,4:0:0 chr22 50878196 . G A 382.76 PASS AF=0.513158;AO=37;DP=72;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0767032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8058;QD=20.1454;RBI=0.104358;REFB=-0.0566416;REVB=0.070761;RO=35;SAF=24;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17306;STB=0.592544;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.055278;OID=.;OPOS=50878196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:35:37:37:39:0.513158:13:24:16:19:13:26:18:19 chr22 50879447 . T G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00916789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.922;QD=9.2;RBI=0.0220945;REFB=-0.016815;REVB=-0.0201026;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157892;STB=0.599679;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0426374;OID=.;OPOS=50879447;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:3:10:6:1:3:10 chr22 50885775 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.065;QD=50.4133;RBI=0.0412328;REFB=0;REVB=0.0383142;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330981;OID=.;OPOS=50885775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr22 50923217 . T C 203.38 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0298994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.641;QD=14.272;RBI=0.0306444;REFB=-0.00687453;REVB=-0.00671617;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769306;STB=0.543823;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00666864;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:12:12:14:19:12:12:14:19 chr22 50926366 . G A 287.33 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0149814;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.788;QD=13.2108;RBI=0.0160581;REFB=-0.0112406;REVB=-0.00578098;RO=50;SAF=22;SAR=11;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163131;STB=0.618974;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0152851;OID=.;OPOS=50926366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:50:54:33:33:0.37931:11:22:26:24:11:22:26:28 chr22 50941985 . T C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0259834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6311;QD=10.8846;RBI=0.0386063;REFB=-0.0163467;REVB=-0.0285537;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119127;STB=0.571275;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0214155;OID=.;OPOS=50941985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:5:10:5:4:5:10 chr22 50944128 . G A 192.26 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00971697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.815;QD=24.0322;RBI=0.0155438;REFB=-0.0402849;REVB=0.0121322;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861439;STB=0.548122;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.034967;OID=.;OPOS=50944128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:6:7:8:11:6:7 chr22 50944163 . G A 119.75 PASS AF=0.294118;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00714278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.464;QD=9.39207;RBI=0.00767012;REFB=-0.0078939;REVB=0.00279489;RO=36;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986726;STB=0.535573;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0196634;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:36:36:14:15:0.294118:7:7:15:21:8:7:15:21 chr22 50960682 . C T 252.8 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.000345808;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6909;QD=16.8531;RBI=0.026871;REFB=0.00365412;REVB=-0.0268688;RO=32;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182992;STB=0.510302;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00421344;OID=.;OPOS=50960682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:18:10:12:20:18:10:12:20 chr22 50962208 . T G 253.58 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.0118468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.644;QD=10.566;RBI=0.0208695;REFB=-0.00634373;REVB=-0.0171811;RO=65;SAF=17;SAR=14;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426874;STB=0.524865;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0150335;OID=.;OPOS=50962208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:65:65:31:31:0.322917:14:17:38:27:14:17:38:27 chr22 50962782 . C G 162.28 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.00472442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0667;QD=19.6698;RBI=0.0426163;REFB=-0.00831615;REVB=-0.0423536;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366468;STB=0.703101;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00568677;OID=.;OPOS=50962782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:15:1:8:9:15:1 chr22 50964236 . G A 135.83 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0384637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.164;QD=17.5262;RBI=0.0443264;REFB=-0.0339033;REVB=0.0220313;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139442;STB=0.589634;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0244431;OID=.;OPOS=50964236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:10:5:3:12:10:5:3:13 chr22 50988062 . G T 313.56 PASS AF=0.367347;AO=35;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0230095;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3424;QD=12.7982;RBI=0.0262216;REFB=-0.00879235;REVB=0.0125753;RO=63;SAF=17;SAR=18;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641109;STB=0.550992;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0175646;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:62:35:36:0.367347:18:17:27:36:18:18:26:36 chr22 50988695 . T C 98.95 PASS AF=0.733333;AO=9;DP=14;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00624027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.784;QD=26.3867;RBI=0.0114075;REFB=-0.00988212;REVB=-0.00954929;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162954;STB=0.604744;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00491865;OID=.;OPOS=50988695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:15:4:4:9:11:0.733333:5:4:3:1:7:4:3:1 chr22 50989326 . A G 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00606746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.5733;QD=28.6822;RBI=0.071371;REFB=-0.0708398;REVB=-0.0711126;RO=2;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290717;STB=0.666261;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0173602;OID=.;OPOS=50989326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:7:2:2:0:7:2:2:0 chr22 51009953 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0537533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.028;QD=17.6434;RBI=0.0587096;REFB=-0.00728859;REVB=0.0236092;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121106;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0048101;OID=.;OPOS=51009953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:4:3:4:5:4:3 chr22 51011376 . G C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.522;QD=17.4015;RBI=0.002218;REFB=-0.012063;REVB=0.002218;RO=13;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0159991;OID=.;OPOS=51011376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:13:0:0:13:13:0:0:13 chr22 51012311 . G T 325.8 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0103228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.121;QD=24.5884;RBI=0.0461704;REFB=-0.0209577;REVB=-0.0450016;RO=20;SAF=22;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24626;STB=0.645383;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0121478;OID=.;OPOS=51012311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:21:32:32:0.603774:10:22:7:13:10:22:7:14 chr22 51015838 . T C 203.1 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0620295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0851;QD=21.9566;RBI=0.0746929;REFB=-0.0506814;REVB=-0.0416098;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111828;STB=0.573336;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0392843;OID=.;OPOS=51015838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:9:11:11:5:9:11:12:5 chr22 51043278 . G A 575.57 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.083;QD=60.5867;RBI=0.0379255;REFB=0;REVB=0.0333633;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184572;OID=.;OPOS=51043278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr22 51045190 . C T 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214501;FXX=0.142653;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.264;QD=36.2815;RBI=0.0250254;REFB=0;REVB=0.0128905;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580051;OID=.;OPOS=51045190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr22 51045433 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.06;QD=35.5758;RBI=0.0224652;REFB=0;REVB=-0.00935076;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00070406;OID=.;OPOS=51045433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr22 51048721 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0114639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.419;QD=18.2489;RBI=0.0117723;REFB=-0.0241991;REVB=-0.00267727;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281085;STB=0.516104;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0233412;OID=.;OPOS=51048721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:5:7:8:5:5:7 chr22 51183255 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0503962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9519;QD=11.0912;RBI=0.0547791;REFB=-0.0139162;REVB=-0.0214703;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0364955;OID=.;OPOS=51183255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:2:4:2:3:2:4 chrX 200860 . T C 1225.51 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182619;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.725;QD=59.0608;RBI=0.0525566;REFB=0;REVB=0.0492818;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135843;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:83:0:0:75:83:1:31:44:0:0:39:44:0:0 chrX 207362 . C T 2198.47 PASS AF=0.972603;AO=142;DP=146;FAO=142;FDP=146;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=77;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.023317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.372;QD=60.2321;RBI=0.0328696;REFB=-0.0475914;REVB=0.0231674;RO=4;SAF=65;SAR=77;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283598;STB=0.514923;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000369103;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:146:146:4:4:142:142:0.972603:77:65:4:0:77:65:4:0 chrX 228879 . G C 94.74 PASS AF=0.195122;AO=16;DP=82;FAO=16;FDP=82;FR=.;FRO=66;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=-0.0274354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.654;QD=4.62142;RBI=0.0288901;REFB=-0.0210818;REVB=0.00905199;RO=66;SAF=2;SAR=14;SRF=46;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.656131;STB=0.907669;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0697846;OID=.;OPOS=228879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:82:82:66:66:16:16:0.195122:14:2:46:20:14:2:46:20 chrX 228892 . C A 108.08 PASS AF=0.448276;AO=14;DP=31;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0940888;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3567;QD=14.9076;RBI=0.10347;REFB=-0.0811368;REVB=0.0430507;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322841;STB=0.705281;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0527734;OID=.;OPOS=228892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:15:16:14:13:0.448276:5:9:14:1:5:8:15:1 chrX 228934 . A G 257.8 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0337513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2012;QD=44.8342;RBI=0.0340047;REFB=-0.145822;REVB=0.00414377;RO=2;SAF=17;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759449;STB=0.54136;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00825809;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:23:23:2:2:21:21:0.913043:4:17:1:1:4:17:1:1 chrX 228940 . A G 334.14 PASS AF=0.961538;AO=23;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0395395;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5015;QD=51.4059;RBI=0.06478;REFB=0.0314036;REVB=0.0513135;RO=4;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20376;STB=0.526294;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0212751;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:26:4:1:23:25:0.961538:7:16:0:4:9:16:0:1 chrX 228975 . G C,GC 638.87 PASS AF=0,0.855072;AO=14,8;DP=78;FAO=0,59;FDP=69;FR=.;FRO=10;FSAF=0,13;FSAR=0,46;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0299056,-0.0330752;FXX=0.054787;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=103.323,111.555;QD=37.0357;RBI=0.0299424,0.0344277;REFB=-0.0351688,-0.0466781;REVB=-0.00148347,-0.00955483;RO=53;SAF=0,0;SAR=14,8;SRF=22;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.73024,-0.636351;STB=0.5,0.623491;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0156465;OID=.,.;OPOS=228975,228976;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:78:69:53:10:14,8:0,59:0,0.855072:14,8:0,0:22:31:0,46:0,13:9:1 chrX 228976 . G C 342.39 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=41;FWDB=-0.0105354;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.731;QD=15.7418;RBI=0.075587;REFB=-0.0817899;REVB=0.0748492;RO=48;SAF=13;SAR=23;SRF=9;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20516;STB=0.615385;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0420427;OID=.;OPOS=228976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:50:36:37:0.425287:23:13:9:39:24:13:9:41 chrX 229137 . A G 404.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.792;QD=55.859;RBI=0.0227712;REFB=0;REVB=-0.0188358;RO=0;SAF=25;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242416;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:4:25:0:0:4:25:0:0 chrX 295132 . T C 428.79 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4444;QD=57.1721;RBI=0.0043058;REFB=0;REVB=0.00192037;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76558e-05;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chrX 295231 . A G 632.04 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.904;QD=61.6628;RBI=0.0580013;REFB=0;REVB=-0.00633502;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205566;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:21:17:0:0:21:20:0:0 chrX 299362 . A G 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.021;QD=61.3254;RBI=0.0262692;REFB=0;REVB=-0.00120868;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60075e-05;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:11:29:0:0:11:29:0:0 chrX 299591 . A G 1535.61 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136969;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.882;QD=63.984;RBI=0.0263608;REFB=0;REVB=-0.022523;RO=0;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3873e-06;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:40:56:0:0:40:56:0:0 chrX 305984 . G A 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1855;QD=53.904;RBI=0.0632427;REFB=0;REVB=0.0163703;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195329;OID=.;OPOS=305984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chrX 306056 . G A 224.16 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00876664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9387;QD=42.698;RBI=0.014614;REFB=-0.108222;REVB=0.0116925;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.541624;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00362916;OID=.;OPOS=306056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:19:19:0.904762:8:11:1:0:8:11:2:0 chrX 306152 . T G 168.84 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.272;QD=45.0242;RBI=0.0235654;REFB=0;REVB=0.0134683;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290796;OID=.;OPOS=306152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:15:0:0:13:15:1:10:3:0:0:10:5:0:0 chrX 322161 . A G 2520.89 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.07;QD=61.4851;RBI=0.028565;REFB=0;REVB=-0.0147528;RO=0;SAF=98;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.62803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253295;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:163:164:1:65:98:0:0:65:99:0:0 chrX 322193 . C T 3417.86 PASS AF=0.995536;AO=221;DP=225;FAO=223;FDP=224;FR=.;FRO=1;FSAF=136;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0160031;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4053;QD=61.0333;RBI=0.0178039;REFB=-0.106727;REVB=0.00780242;RO=3;SAF=136;SAR=85;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165158;STB=0.502857;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000690654;OID=.;OPOS=322193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:225:224:3:1:221:223:0.995536:85:136:0:3:87:136:0:1 chrX 610715 . C G 1152.97 PASS AF=0.483333;AO=115;DP=241;FAO=116;FDP=240;FR=.;FRO=124;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=-0.0112232;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.301;QD=19.2161;RBI=0.013124;REFB=-0.0115903;REVB=0.00680276;RO=120;SAF=59;SAR=56;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00437538;STB=0.504454;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0115703;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:120:124:115:116:0.483333:56:59:61:59:57:59:62:62 chrX 1460740 . A G 656.56 PASS AF=0.916667;AO=45;DP=49;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0190918;FXX=0.020404;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.29;QD=54.7134;RBI=0.0229761;REFB=-0.0860048;REVB=0.012783;RO=2;SAF=21;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426715;STB=0.543459;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000348391;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:49:48:2:4:45:44:0.916667:24:21:2:0:23:21:4:0 chrX 1522163 . CA C 228.69 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0129149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.349;QD=13.86;RBI=0.0285079;REFB=-0.0209225;REVB=-0.0254146;RO=34;SAF=23;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435623;STB=0.788678;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0186622;OID=.;OPOS=1522164;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:27:66:27:66:39:23:4:17:22:99:34:23:4:17:17 chrX 1531648 . C T 2574.76 PASS AF=0.994118;AO=167;DP=169;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00204101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9678;QD=60.5826;RBI=0.012761;REFB=-0.0603086;REVB=0.0125967;RO=2;SAF=97;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013401;STB=0.503448;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000362104;OID=.;OPOS=1531648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:169:170:2:1:167:169:0.994118:70:97:0:2:72:97:0:1 chrX 1537002 . C G 1807.97 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0114787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8944;QD=59.7677;RBI=0.0498572;REFB=-0.104573;REVB=-0.0485179;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.503999;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000639585;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:62:58:0:0:62:58:0:1 chrX 1546792 . G A,C 407.07 PASS AF=0.774194,0.225806;AO=23,5;DP=28;FAO=24,7;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14,4;FSAR=10,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185759,0.0163522;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.3073,63.6361;QD=52.5255;RBI=0.0185775,0.0163664;REFB=0,0;REVB=0.000243314,-0.000681365;RO=0;SAF=13,4;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=9.16624e-05,0.18901;OID=.,.;OPOS=1546792,1546792;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:28:31:0:0:23,5:24,7:0.774194,0.225806:10,1:13,4:0:0:10,3:14,4:0:0 chrX 1546876 . A G 709.09 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4047;QD=54.5451;RBI=0.0165421;REFB=0.00987236;REVB=-0.012984;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.506847;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00010827;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:15:36:0:0:15:36:1:0 chrX 1713021 . C T 2055.58 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0939814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2412;QD=62.2902;RBI=0.0968791;REFB=0;REVB=0.0235171;RO=0;SAF=66;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033769;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:65:66:0:0:66:66:0:0 chrX 1718360 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.805;QD=43.4862;RBI=0.0252414;REFB=0;REVB=0.0217161;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276178;OID=.;OPOS=1718360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chrX 1719897 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.481;QD=51.1846;RBI=0.0578953;REFB=0;REVB=0.0508517;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224103;OID=.;OPOS=1719897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chrX 2139186 . C T 1492.06 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272082;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.448;QD=59.6826;RBI=0.0340638;REFB=0;REVB=0.0204952;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112841;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:58:41:0:0:59:41:0:0 chrX 2139200 . T C 1496.27 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000611395;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.307;QD=59.8507;RBI=0.0196324;REFB=0;REVB=-0.0196229;RO=0;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05932e-05;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:100:0:0:100:100:1:60:40:0:0:60:40:0:0 chrX 2609983 . T C 85.08 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0128607;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.899;QD=10.3123;RBI=0.0130168;REFB=-0.0205402;REVB=0.00200983;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157663;STB=0.603603;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00588528;OID=.;OPOS=2609983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:33:21:22:11:11:0.333333:7:4:5:16:7:4:5:17 chrX 2645366 . G C 4737.66 PASS AF=0.993528;AO=306;DP=309;FAO=307;FDP=309;FR=.;FRO=2;FSAF=143;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0221883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.855;QD=61.3289;RBI=0.0222137;REFB=-0.130571;REVB=-0.00106138;RO=3;SAF=142;SAR=164;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00243366;STB=0.50303;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000174729;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:309:309:3:2:306:307:0.993528:164:142:1:2:164:143:0:2 chrX 2715425 . A G 43.34 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00245012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.85;QD=5.77889;RBI=0.00317951;REFB=-0.0115876;REVB=0.00202638;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366489;STB=0.523743;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0358581;OID=.;OPOS=2715425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:2:5:17:6:2:5:17:6 chrX 2724758 . ACT AC,ACC,GAC 668.94 PASS AF=0.0232558,0.976744,0;AO=7,34,2;DP=43;FAO=1,42,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18,0;FSAR=0,24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216446,0.0320179,0.0222855;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=190.169,210.199,169.259;QD=62.2268;RBI=0.0575793,0.075357,0.0584239;REFB=0,0,0;REVB=0.0533562,0.0682168,0.0540066;RO=0;SAF=1,16,2;SAR=6,18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0530473,5.79281e-05,0;OID=.,.,.;OPOS=2724760,2724760,2724758;OREF=T,T,ACT;OALT=-,C,GAC;OMAPALT=AC,ACC,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:43:43:0:0:7,34,2:1,42,0:0.0232558,0.976744,0:6,18,0:1,16,2:0:0:0,24,0:1,18,0:0:0 chrX 2748252 . TG T,TC 1537.47 PASS AF=0.10101,0.89899;AO=10,88;DP=99;FAO=10,89;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=9,48;FSAR=1,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584121,0.0469543;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.969,177.454;QD=62.1201;RBI=0.0674312,0.0697308;REFB=0,0;REVB=0.0336898,0.0515527;RO=0;SAF=9,47;SAR=1,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00751612,0.000365646;OID=.,.;OPOS=2748253,2748253;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.10101,0.89899:10,88:99:10,89:99:0:9,48:1,41:0:0:32:0:9,47:1,41:0:0 chrX 2777985 . C T 3018.41 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9545;QD=63.5455;RBI=0.0165049;REFB=0;REVB=-0.00553393;RO=0;SAF=116;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42881e-05;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:190:190:1:74:116:0:0:74:116:0:0 chrX 2779570 . A G 2395.71 PASS AF=1;AO=156;DP=159;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211546;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4756;QD=61.4283;RBI=0.00866709;REFB=0;REVB=-0.00840496;RO=0;SAF=70;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29666e-05;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:156:0:0:156:156:1:86:70:0:0:86:70:0:0 chrX 2825403 . A G 892.69 PASS AF=0.550633;AO=86;DP=157;FAO=87;FDP=158;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.00453044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.927;QD=22.5996;RBI=0.0485841;REFB=-0.0127669;REVB=-0.0483724;RO=70;SAF=42;SAR=44;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115075;STB=0.567623;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00866907;OID=.;OPOS=2825403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:70:71:86:87:0.550633:44:42:44:26:45:42:45:26 chrX 2832739 . C T 320.74 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0169874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.52;QD=16.6617;RBI=0.0187001;REFB=-0.00918389;REVB=-0.00781811;RO=42;SAF=22;SAR=12;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195371;STB=0.597679;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0156367;OID=.;OPOS=2832739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:34:35:0.454545:12:22:19:23:13:22:19:23 chrX 2832742 . G C 1171.61 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000428803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5872;QD=60.8627;RBI=0.0250818;REFB=0;REVB=0.0250781;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224641;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chrX 2836037 . G C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0340492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5465;QD=14.6497;RBI=0.0346914;REFB=-0.00536078;REVB=0.0066442;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253924;STB=0.526279;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0104165;OID=.;OPOS=2836037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:5:9:12:6:5:9:13:6 chrX 2852951 . G A 2373.1 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.897;QD=63.2826;RBI=0.0254163;REFB=0.00800517;REVB=0.0158862;RO=0;SAF=80;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8194e-08;STB=0.503105;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=2.49982e-05;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:0:1:149:149:0.993333:69:80:0:0:69:80:1:0 chrX 2856155 . C T 1298.29 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=88;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301773;FXX=0.034087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.522;QD=61.096;RBI=0.0301864;REFB=-0.0662368;REVB=0.000737247;RO=0;SAF=53;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17151e-08;STB=0.504672;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000379597;OID=.;OPOS=2856155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:85:0:1:84:84:0.988235:31:53:0:0:31:53:1:0 chrX 2942109 . T C 1548.91 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0321481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1971;QD=62.5823;RBI=0.0477302;REFB=-0.0147772;REVB=-0.0352799;RO=1;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104228;STB=0.505493;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000241151;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:1:1:97:98:0.989899:45:52:0:1:45:53:0:1 chrX 3002687 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9937;QD=46.8472;RBI=0.119428;REFB=0;REVB=-0.117872;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00548101;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chrX 3195109 . C T 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.121;QD=53.2702;RBI=0.0767283;REFB=0;REVB=-0.0125331;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363554;OID=.;OPOS=3195109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chrX 3228144 . C A,G 516.6 PASS AF=0.105263,0.868421;AO=4,33;DP=38;FAO=4,33;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=4,15;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0506298,0.0631749;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=81.1274,102.037;QD=54.3792;RBI=0.0518116,0.0636078;REFB=-0.104361,-0.0133565;REVB=-0.0110029,-0.0074077;RO=0;SAF=4,15;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.64315e-08;STB=0.995941,0.513505;STBP=0.099,0.514;TYPE=snp,snp;VARB=0.19095,-0.00137613;OID=.,.;OPOS=3228144,3228144;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:38:38:0:1:4,33:4,33:0.105263,0.868421:0,18:4,15:0:0:0,18:4,15:0:1 chrX 3228411 . G A 726.5 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0366327;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.116;QD=54.8298;RBI=0.0375883;REFB=-0.132202;REVB=-0.0084219;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000855534;OID=.;OPOS=3228411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:0:1:52:52:0.981132:22:30:0:0:22:30:1:0 chrX 3228891 . A G 1713.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.01;QD=60.646;RBI=0.0152888;REFB=0;REVB=0.005737;RO=0;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.66198e-06;OID=.;OPOS=3228891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:68:45:0:0:68:45:0:0 chrX 3235724 . C T 3535.09 PASS AF=0.987013;AO=226;DP=232;FAO=228;FDP=231;FR=.;FRO=3;FSAF=115;FSAR=113;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00168827;FXX=0.00431016;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.784;QD=61.2137;RBI=0.0288007;REFB=-0.117265;REVB=0.0287511;RO=3;SAF=115;SAR=111;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438199;STB=0.502221;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000175006;OID=.;OPOS=3235724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:232:231:3:3:226:228:0.987013:111:115:1:2:113:115:1:2 chrX 3236028 . C T 735.06 PASS AF=0.493151;AO=72;DP=147;FAO=72;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=0.0104016;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.957;QD=20.1386;RBI=0.0133181;REFB=0.0113199;REVB=-0.00831734;RO=74;SAF=23;SAR=49;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192677;STB=0.510635;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0114945;OID=.;OPOS=3236028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:74:74:72:72:0.493151:49:23:25:49:49:23:25:49 chrX 3238167 . T G 1066.57 PASS AF=0.516908;AO=100;DP=204;FAO=107;FDP=207;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=0.00309669;FXX=0.0189564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.368;QD=20.6101;RBI=0.0220172;REFB=-0.0130267;REVB=0.0217984;RO=103;SAF=40;SAR=60;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00744736;STB=0.506359;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0124352;OID=.;OPOS=3238167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:207:103:100:100:107:0.516908:60:40:42:61:65:42:38:62 chrX 3238733 . G A 594.7 PASS AF=0.428571;AO=63;DP=147;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.0571737;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8347;QD=16.1822;RBI=0.058144;REFB=-0.0296289;REVB=-0.0105778;RO=84;SAF=29;SAR=34;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052765;STB=0.529517;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0404996;OID=.;OPOS=3238733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:84:84:63:63:0.428571:34:29:43:41:34:29:43:41 chrX 3239545 . C T 913.51 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5857;QD=58.0004;RBI=0.089354;REFB=0;REVB=-0.0759236;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278463;OID=.;OPOS=3239545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:32:31:0:0 chrX 3239979 . G A 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00326482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.928;QD=31.6307;RBI=0.0330001;REFB=-0.0247977;REVB=0.0328382;RO=12;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214684;STB=0.605924;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00794371;OID=.;OPOS=3239979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:12:13:27:27:0.675:17:10:9:3:17:10:9:4 chrX 3240343 . G A 358.42 PASS AF=0.438202;AO=37;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.00994623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7127;QD=16.1088;RBI=0.0158826;REFB=-0.00246289;REVB=-0.0123826;RO=48;SAF=13;SAR=24;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434378;STB=0.536723;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00281947;OID=.;OPOS=3240343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:50:37:39:0.438202:24:13:15:33:25:14:15:35 chrX 3241050 . G A 404.11 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0191535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.923;QD=19.4754;RBI=0.0223605;REFB=-0.00151204;REVB=0.0115385;RO=42;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976883;STB=0.554226;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00231498;OID=.;OPOS=3241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:21:20:25:17:21:20:25:17 chrX 3241256 . T C 673.36 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925024;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0548;QD=62.6377;RBI=0.0214376;REFB=0;REVB=-0.0193392;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27429e-05;OID=.;OPOS=3241256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chrX 3241284 . A G 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0136756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.384;QD=18.6422;RBI=0.0202797;REFB=-0.00323918;REVB=0.0149748;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518891;STB=0.529384;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00174926;OID=.;OPOS=3241284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:15:9:9:12:15:9 chrX 3241317 . T C,G 1216.5 PASS AF=0.880952,0.107143;AO=70,8;DP=79;FAO=74,9;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=45,8;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122798,-0.010547;FXX=0.0117633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.243,84.4063;QD=57.9283;RBI=0.0242954,0.0157023;REFB=-0.0120583,0.0262313;REVB=0.0209636,-0.0116329;RO=0;SAF=44,7;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.78849e-08;STB=0.508472,0.666218;STBP=0.275,0.102;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00739881,0.0264317;OID=.,.;OPOS=3241317,3241317;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:79:84:0:1:70,8:74,9:0.880952,0.107143:26,1:44,7:0:0:29,1:45,8:0:1 chrX 3241791 . G A 293.59 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0186899;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.999;QD=14.6794;RBI=0.0399083;REFB=-0.0145618;REVB=-0.0352613;RO=47;SAF=26;SAR=7;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331619;STB=0.690139;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0262409;OID=.;OPOS=3241791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:7:26:24:23:7:26:24:23 chrX 3261847 . G C 34.94 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.00768273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.4353;QD=1.96835;RBI=0.0132139;REFB=0.00148314;REVB=-0.0107509;RO=63;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432673;STB=0.812211;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0581938;OID=.;OPOS=3261847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:71:71:63:63:8:8:0.112676:2:6:23:40:2:6:23:40 chrX 3592725 . G A 1962.52 PASS AF=0.970149;AO=129;DP=134;FAO=130;FDP=134;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0216132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.098;QD=58.5827;RBI=0.039642;REFB=-0.0873447;REVB=0.0332318;RO=4;SAF=68;SAR=61;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301419;STB=0.515623;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00117783;OID=.;OPOS=3592725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:134:134:4:4:129:130:0.970149:61:68:0:4:62:68:0:4 chrX 5810090 . A G 100.32 PASS AF=0.363636;AO=13;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.007042;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2736;QD=12.1601;RBI=0.0508516;REFB=-0.0779816;REVB=-0.0503617;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220785;STB=0.679703;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.112388;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:21:13:12:0.363636:5:8:8:12:4:8:8:13 chrX 6975782 . C G 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0196092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.561;QD=18.7948;RBI=0.0443135;REFB=-0.0122733;REVB=-0.0397387;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25014;STB=0.642208;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0226492;OID=.;OPOS=6975782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:16:7:15:12:16:7:15:12 chrX 6995315 . C T 496.1 PASS AF=0.410448;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.00436943;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.917;QD=14.809;RBI=0.00964506;REFB=-0.00362195;REVB=0.00859857;RO=76;SAF=19;SAR=36;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192315;STB=0.612852;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00644655;OID=.;OPOS=6995315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:76:79:55:55:0.410448:36:19:40:36:36:19:42:37 chrX 6995417 . C T 458.99 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0288719;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.597;QD=15.692;RBI=0.0294778;REFB=-0.0106195;REVB=-0.00594605;RO=65;SAF=16;SAR=35;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190322;STB=0.611799;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.014019;OID=.;OPOS=6995417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:66:51:51:0.435897:35:16:32:33:35:16:33:33 chrX 6995438 . C T 426.51 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.00599644;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.281;QD=15.3698;RBI=0.010749;REFB=-0.0245424;REVB=0.00892091;RO=60;SAF=15;SAR=33;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165046;STB=0.58176;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0313581;OID=.;OPOS=6995438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:60:63:48:48:0.432432:33:15:28:32:33:15:28:35 chrX 7023678 . G A 442.29 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0108701;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.293;QD=19.6574;RBI=0.013628;REFB=-0.0158444;REVB=-0.00821978;RO=46;SAF=29;SAR=15;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153537;STB=0.585507;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0147954;OID=.;OPOS=7023678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:15:29:23:23:15:29:23:23 chrX 7066051 . A C 112.44 PASS AF=0.35;AO=11;DP=38;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0101601;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.426;QD=11.244;RBI=0.010263;REFB=-0.0283106;REVB=0.00144944;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201894;STB=0.549929;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0449492;OID=.;OPOS=7066051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:26:26:11:14:0.35:7:4:14:12:7:7:15:11 chrX 7268179 . G A 683.74 PASS AF=0.424581;AO=74;DP=177;FAO=76;FDP=179;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=-0.0543995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0164;QD=15.279;RBI=0.0555341;REFB=-0.00866997;REVB=0.0111682;RO=101;SAF=37;SAR=37;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357667;STB=0.525133;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0136614;OID=.;OPOS=7268179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:101:103:74:76:0.424581:37:37:54:47:38:38:56:47 chrX 7811747 . T C 76.8 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.030459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.147;QD=13.9645;RBI=0.031504;REFB=-0.0123309;REVB=0.00804703;RO=12;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347481;STB=0.725242;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0282664;OID=.;OPOS=7811747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:21:22:12:12:9:10:0.454545:1:8:8:4:1:9:8:4 chrX 7812017 . C T 45.54 PASS AF=0.150943;AO=6;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.040997;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.923;QD=3.43683;RBI=0.183011;REFB=-0.00554822;REVB=-0.17836;RO=37;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888673;STB=0.502506;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0372653;OID=.;OPOS=7812017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:53:53:37:45:6:8:0.150943:2:4:27:10:3:5:28:17 chrX 7812052 . G A 75.87 PASS AF=0.186667;AO=13;DP=74;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0847897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6492;QD=4.04655;RBI=0.101807;REFB=-0.011315;REVB=-0.0563508;RO=59;SAF=4;SAR=9;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273894;STB=0.697388;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0427536;OID=.;OPOS=7812052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:74:75:59:61:13:14:0.186667:9:4:31:28:10:4:32:29 chrX 8138080 . G C 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00326194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.096;QD=21.5104;RBI=0.0107631;REFB=-0.0126391;REVB=0.0102569;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423572;STB=0.523787;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00735728;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:10:9:11:10:10:9 chrX 8138160 . T C 134.88 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0916126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8028;QD=16.8604;RBI=0.0927907;REFB=-0.0175249;REVB=-0.014739;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156623;STB=0.529373;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0146852;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:32:14:17:15:15:0.46875:8:7:4:10:8:7:7:10 chrX 8138165 . C G 121.5 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0421517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5254;QD=15.1871;RBI=0.042225;REFB=-0.0446562;REVB=0.00248723;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108014;STB=0.562412;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0624159;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:7:11:7:7:7:11 chrX 8138170 . CT GC 100.17 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0379734;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.987;QD=13.3554;RBI=0.0637934;REFB=-0.0989441;REVB=0.0512603;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115907;STB=0.566573;STBP=0.531;TYPE=mnp;VARB=0.108716;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:6:10:7:7:6:10 chrX 8138182 . A G 111.73 PASS AF=0.448276;AO=11;DP=27;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00278277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.202;QD=15.4105;RBI=0.0466323;REFB=-0.0198183;REVB=-0.0465492;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296512;STB=0.548314;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0118331;OID=.;OPOS=8138182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:12:16:11:13:0.448276:7:4:4:8:7:6:6:10 chrX 8434367 . C T 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=-0.00954458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.092;QD=15.2288;RBI=0.0183848;REFB=-0.00473867;REVB=-0.0157131;RO=26;SAF=17;SAR=2;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262821;STB=0.502955;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00879486;OID=.;OPOS=8434367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:28:19:19:0.404255:2:17:23:3:2:17:25:3 chrX 8497510 . C T 1309.29 PASS AF=0.44586;AO=140;DP=315;FAO=140;FDP=314;FR=.;FRO=174;FSAF=55;FSAR=85;FSRF=64;FSRR=110;FWDB=-0.0171801;FXX=0.00946342;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.01;QD=16.6789;RBI=0.0247801;REFB=-0.0238833;REVB=-0.0178577;RO=169;SAF=55;SAR=85;SRF=61;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333638;STB=0.514633;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0195871;OID=.;OPOS=8497510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:314:169:174:140:140:0.44586:85:55:61:108:85:55:64:110 chrX 8504833 . C T 604.89 PASS AF=0.488189;AO=61;DP=126;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0319638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5611;QD=19.0517;RBI=0.0748133;REFB=0.00601188;REVB=-0.0676413;RO=65;SAF=32;SAR=29;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587124;STB=0.536165;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0066047;OID=.;OPOS=8504833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:65:65:61:62:0.488189:29:32:30:35:29:33:30:35 chrX 9369866 . C G 429.16 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.786;QD=57.2217;RBI=0.0835423;REFB=0;REVB=0.0834329;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186322;OID=.;OPOS=9369866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:10:19:0:0:11:19:0:0 chrX 9370299 . A T 302.11 PASS AF=0.30303;AO=40;DP=132;FAO=40;FDP=132;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=67;FSRR=25;FWDB=-0.0114076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.997;QD=9.1548;RBI=0.037357;REFB=-0.018793;REVB=0.0355726;RO=87;SAF=8;SAR=32;SRF=67;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616037;STB=0.840182;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.024486;OID=.;OPOS=9370299;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:87:92:40:40:0.30303:32:8:67:20:32:8:67:25 chrX 9684738 . A G 432.26 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.00436651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.439;QD=13.5081;RBI=0.0133121;REFB=-0.0120366;REVB=0.0125756;RO=78;SAF=16;SAR=34;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120677;STB=0.568572;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0220252;OID=.;OPOS=9684738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:78:50:50:0.390625:34:16:33:45:34:16:33:45 chrX 9687624 . G A 264.77 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0352945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7964;QD=20.7661;RBI=0.0399276;REFB=-0.0092137;REVB=-0.0186685;RO=24;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00807553;STB=0.504501;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00916784;OID=.;OPOS=9687624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:16:11:10:14:16:11:10:14 chrX 9842669 . G A 142.6 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0298991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0313;QD=14.2598;RBI=0.068852;REFB=-0.0389229;REVB=-0.0620213;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172932;STB=0.59988;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0349757;OID=.;OPOS=9842669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:8:16:8:8:8:16 chrX 9859098 . A G 1335.83 PASS AF=0.410959;AO=148;DP=364;FAO=150;FDP=365;FR=.;FRO=215;FSAF=69;FSAR=81;FSRF=130;FSRR=85;FWDB=0.00673645;FXX=0.00815195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6191;QD=14.6392;RBI=0.00710442;REFB=-0.00319457;REVB=-0.00225676;RO=209;SAF=69;SAR=79;SRF=128;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152734;STB=0.584583;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00246838;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:365:209:215:148:150:0.410959:79:69:128:81:81:69:130:85 chrX 9935526 . G T 381.23 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00676664;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7104;QD=14.386;RBI=0.010544;REFB=-0.00775831;REVB=0.00808629;RO=59;SAF=14;SAR=30;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117482;STB=0.584376;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0134094;OID=.;OPOS=9935526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:59:62:44:44:0.415094:30:14:25:34:30:14:28:34 chrX 9935844 . C T 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0297211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.501;QD=10.6665;RBI=0.0345996;REFB=-0.0134055;REVB=-0.017714;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162592;OID=.;OPOS=9935844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:9:9:5:5:9:9 chrX 10085674 . T C 224.85 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423124;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.578;QD=49.9656;RBI=0.0177883;REFB=0;REVB=0.0172778;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64632e-05;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:8:10:0:0 chrX 10112338 . C A 303.99 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0309202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5567;QD=19.9339;RBI=0.0340424;REFB=-0.0101463;REVB=0.0142416;RO=28;SAF=13;SAR=19;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107746;STB=0.548079;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0104717;OID=.;OPOS=10112338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:19:13:8:20:19:13:9:20 chrX 10202343 . C T 194.32 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0472638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.42;QD=24.2903;RBI=0.0571541;REFB=-0.0131227;REVB=-0.032136;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125965;STB=0.507035;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0100963;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:12:7:5:8:12:7:5:8 chrX 10202748 . G T 300.47 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0322219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.657;QD=19.0776;RBI=0.0330741;REFB=-0.0132299;REVB=0.00745951;RO=28;SAF=8;SAR=24;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112026;STB=0.58247;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00896595;OID=.;OPOS=10202748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:31:32:32:0.507937:24:8:10:18:24:8:12:19 chrX 10205581 . C A 192.99 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.012272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.989;QD=13.785;RBI=0.0132029;REFB=-0.00847479;REVB=0.00486978;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678824;STB=0.503885;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0132244;OID=.;OPOS=10205581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:12:11:16:17:12:11:16:17 chrX 12725701 . C G 3725.06 PASS AF=1;AO=236;DP=239;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101379;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.635;QD=62.606;RBI=0.0370759;REFB=-0.0960795;REVB=0.0356629;RO=1;SAF=78;SAR=158;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00607059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255827;OID=.;OPOS=12725701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:239:238:1:0:236:238:1:158:78:1:0:158:80:0:0 chrX 12809661 . G A 205.1 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0134037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.985;QD=22.789;RBI=0.0168347;REFB=-0.0303403;REVB=0.0101857;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517224;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0195202;OID=.;OPOS=12809661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:12:8:6:9:12:8:7:9 chrX 12924826 . A AG,G 1071.37 PASS AF=0.0547945,0.945205;AO=10,65;DP=75;FAO=4,69;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,40;FSAR=4,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610314,0.0101332;FXX=0.0266631;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=30.8018,204.404;QD=58.7051;RBI=0.0659824,0.0102174;REFB=0,0;REVB=0.0250767,-0.00130955;RO=0;SAF=0,40;SAR=10,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0941132,0.00107833;OID=.,.;OPOS=12924827,12924826;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:75:73:0:0:10,65:4,69:0.0547945,0.945205:10,25:0,40:0:0:4,29:0,40:0:0 chrX 12937513 . C T 240.1 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.023412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.033;QD=43.6537;RBI=0.0407751;REFB=-0.0658607;REVB=-0.0333839;RO=2;SAF=13;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272783;STB=0.514836;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00103181;OID=.;OPOS=12937513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:7:13:1:1:7:13:1:1 chrX 12937804 . C T 2295.77 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000352939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.714;QD=62.8979;RBI=0.00410074;REFB=0.0248958;REVB=-0.00408552;RO=0;SAF=83;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-5.85705e-06;OID=.;OPOS=12937804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:0:1:145:145:0.993151:62:83:0:0:62:83:0:1 chrX 12939112 . G C 1870.82 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167331;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8979;QD=61.3384;RBI=0.0482049;REFB=0;REVB=0.0452075;RO=0;SAF=72;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254521;OID=.;OPOS=12939112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:49:72:0:0:50:72:0:0 chrX 12939412 . C A 501.95 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.296;QD=59.0529;RBI=0.0122785;REFB=0;REVB=-0.0121166;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27756e-05;OID=.;OPOS=12939412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:12:21:0:0:13:21:0:0 chrX 12939928 . T C 239.38 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.065;QD=50.396;RBI=0.0181426;REFB=0;REVB=0.0168578;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60369e-05;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chrX 13337059 . C T 1306.11 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0201488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.686;QD=60.7495;RBI=0.0201704;REFB=-0.0735385;REVB=0.000932676;RO=1;SAF=38;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123032;STB=0.506492;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-7.04489e-05;OID=.;OPOS=13337059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:47:38:1:0:47:38:1:0 chrX 13337115 . C T 552.02 PASS AF=0.47541;AO=57;DP=121;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0169887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.978;QD=18.0989;RBI=0.0309225;REFB=-0.0223632;REVB=-0.0258376;RO=63;SAF=17;SAR=40;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198569;STB=0.598621;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.026798;OID=.;OPOS=13337115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:63:64:57:58:0.47541:40:17:31:32:40:18:31:33 chrX 13681115 . C T 162.28 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0357727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.091;QD=12.021;RBI=0.0597966;REFB=-0.0141063;REVB=-0.047916;RO=33;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360895;STB=0.714338;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0386462;OID=.;OPOS=13681115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:34:20:20:0.37037:7:13:10:23:7:13:10:24 chrX 13681638 . C T 348.8 PASS AF=0.371681;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00893455;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.594;QD=12.3468;RBI=0.021286;REFB=-0.00631137;REVB=-0.0193202;RO=71;SAF=16;SAR=26;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794939;STB=0.545433;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0201845;OID=.;OPOS=13681638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:71:71:42:42:0.371681:26:16:32:39:26:16:32:39 chrX 13681679 . G T 276.75 PASS AF=0.34;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0141278;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.974;QD=11.0699;RBI=0.0215392;REFB=0.000204632;REVB=-0.0162586;RO=67;SAF=13;SAR=21;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425379;STB=0.518508;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.000460151;OID=.;OPOS=13681679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:67:66:34:34:0.34:21:13:28:39:21:13:27:39 chrX 13681990 . C T 193.65 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0259229;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.876;QD=22.7819;RBI=0.026692;REFB=-0.00102996;REVB=-0.00636124;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307537;STB=0.67057;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000655235;OID=.;OPOS=13681990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:15:15:19:19:0.558824:9:10:2:13:9:10:2:13 chrX 13682066 . G A 203.29 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0640758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2071;QD=21.9774;RBI=0.0650011;REFB=-0.0300453;REVB=0.0109289;RO=17;SAF=16;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171028;STB=0.596909;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0264876;OID=.;OPOS=13682066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:4:16:11:6:4:16:11:6 chrX 13682577 . G A 128.99 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0544921;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.728;QD=11.9994;RBI=0.0544923;REFB=-0.0122615;REVB=-0.000168428;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149984;STB=0.588666;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0271079;OID=.;OPOS=13682577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:28:28:15:15:0.348837:6:9:13:15:6:9:13:15 chrX 13682715 . G A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.020656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4622;QD=12.0233;RBI=0.07381;REFB=0.0277376;REVB=-0.0708608;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195799;STB=0.511608;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0345153;OID=.;OPOS=13682715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:7:13:8:4:7:13 chrX 13683170 . G A 1269.27 PASS AF=0.40625;AO=143;DP=352;FAO=143;FDP=352;FR=.;FRO=209;FSAF=83;FSAR=60;FSRF=103;FSRR=106;FWDB=-0.0284393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.434;QD=14.4235;RBI=0.0284724;REFB=-0.0145713;REVB=0.00137248;RO=208;SAF=83;SAR=60;SRF=102;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962835;STB=0.552483;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0214413;OID=.;OPOS=13683170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:208:209:143:143:0.40625:60:83:102:106:60:83:103:106 chrX 13684432 . T A 1507.49 PASS AF=0.493506;AO=141;DP=313;FAO=152;FDP=308;FR=.,HEALED;FRO=154;FSAF=89;FSAR=63;FSRF=76;FSRR=78;FWDB=-0.0176822;FXX=0.0159739;HRUN=5;LEN=1;MLLD=119.163;QD=19.5777;RBI=0.0280017;REFB=-0.0254093;REVB=-0.0217125;RO=105;SAF=85;SAR=56;SRF=67;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291682;STB=0.546934;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0197683;OID=.;OPOS=13684432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:308:105:154:141:152:0.493506:56:85:67:38:63:89:76:78 chrX 13758375 . G A 190.26 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.000424843;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.58;QD=15.2211;RBI=0.0157472;REFB=-0.014558;REVB=0.0157414;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301342;STB=0.666518;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0207545;OID=.;OPOS=13758375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:29:21:21:0.42:9:12:7:20:9:12:8:21 chrX 13771576 . A G 136.87 PASS AF=0.208589;AO=43;DP=146;FAO=34;FDP=163;FR=.;FRO=129;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=76;FWDB=-0.223911;FXX=0.0121205;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.5606;QD=3.35871;RBI=0.22457;REFB=-0.036421;REVB=-0.0171907;RO=100;SAF=28;SAR=15;SRF=39;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307332;STB=0.775409;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.140105;OID=.;OPOS=13771576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:163:100:129:43:34:0.208589:15:28:39:61:8:26:53:76 chrX 13789349 . T G 118.8 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.027181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.149;QD=22.6292;RBI=0.033877;REFB=-0.00592918;REVB=0.0202199;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204544;STB=0.637472;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00156332;OID=.;OPOS=13789349;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:7:8:13:13:0.619048:8:5:5:2:8:5:6:2 chrX 14039570 . AT ATA,TA 38.8 PASS AF=0.25,0.0454545;AO=7,2;DP=44;FAO=11,2;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8,2;FSAR=3,0;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0740689,0.00400062;FXX=0;HRUN=5,7;LEN=1,2;MLLD=10.5919,28.0323;QD=3.5277;RBI=0.0920848,0.227942;REFB=-0.0853198,-0.0407726;REVB=-0.054712,-0.227907;RO=24;SAF=5,2;SAR=2,0;SRF=21;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.283118,0.366448;STB=0.513787,0.992516;STBP=0.98,0.348;TYPE=ins,mnp;VARB=0.10947,0.0127338;OID=.,.;OPOS=14039572,14039570;OREF=-,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=ATA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:44:44:24:31:7,2:11,2:0.25,0.0454545:2,0:5,2:21:3:3,0:8,2:23:8 chrX 15339542 . CAAAAA CAAAA,CAAAAC 300.02 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=6,16;DP=23;FAO=1,23;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015377,0.18965;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=15.4506,23.9066;QD=50.0025;RBI=0.162156,0.21137;REFB=0,0;REVB=-0.161426,-0.0933277;RO=0;SAF=5,7;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0817556,0.0161833;OID=.,.;OPOS=15339543,15339547;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CAAAA,CAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0416667,0.958333:6,16:23:1,23:24:0:0,13:1,10:0:0:5:0:5,7:1,9:0:0 chrX 15353615 . G A 348.83 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0132061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8677;QD=20.2223;RBI=0.0288697;REFB=-0.0455424;REVB=0.0256722;RO=33;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333661;STB=0.518508;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0448084;OID=.;OPOS=15353615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:21:15:15:18:21:15:15:18 chrX 15415583 . C T 1005.84 PASS AF=0.495192;AO=103;DP=208;FAO=103;FDP=208;FR=.;FRO=105;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=60;FSRR=45;FWDB=-0.0220422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0201;QD=19.3431;RBI=0.063106;REFB=0.019023;REVB=0.0591313;RO=105;SAF=54;SAR=49;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435131;STB=0.523912;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0189469;OID=.;OPOS=15415583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:105:105:103:103:0.495192:49:54:60:45:49:54:60:45 chrX 15800751 . G A 1084.95 PASS AF=0.573034;AO=98;DP=174;FAO=102;FDP=178;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.000951994;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.771;QD=24.3808;RBI=0.0200309;REFB=-0.0206649;REVB=0.0200083;RO=74;SAF=36;SAR=62;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544397;STB=0.532406;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0173628;OID=.;OPOS=15800751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:178:74:76:98:102:0.573034:62:36:32:42:65:37:33:43 chrX 15838366 . C T 764.48 PASS AF=0.42487;AO=82;DP=192;FAO=82;FDP=193;FR=.;FRO=111;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=68;FWDB=-0.018109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.931;QD=15.8442;RBI=0.0242197;REFB=-0.00432459;REVB=-0.016083;RO=108;SAF=29;SAR=53;SRF=42;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387342;STB=0.52095;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00525147;OID=.;OPOS=15838366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:108:111:82:82:0.42487:53:29:42:66:53:29:43:68 chrX 16859628 . G A 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.058;QD=62.3147;RBI=0.0340142;REFB=0;REVB=0.0283496;RO=0;SAF=71;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.89571e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68469e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:15:71:0:0:15:71:0:0 chrX 17166219 . C T 1510.75 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.855;QD=63.6104;RBI=0.0399673;REFB=0;REVB=0.00199489;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.24037e-05;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:54:41:0:0:54:41:0:0 chrX 17705849 . TC CT,TCT 2649.52 PASS AF=0.00480769,0.995192;AO=9,171;DP=211;FAO=1,207;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=1,111;FSAR=0,96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340014,0.0594349;FXX=0.0142173;HRUN=3,2;LEN=2,1;MLLD=5.16375,18.7872;QD=50.9523;RBI=0.0340803,0.115139;REFB=0,0;REVB=0.00231735,-0.0986122;RO=4;SAF=9,97;SAR=0,74;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.80161,0.00297692;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00101959,-0.000538455;OID=.,.;OPOS=17705849,17705851;OREF=TC,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:12:211:208:4:0:9,171:1,207:0.00480769,0.995192:0,74:9,97:2:2:0,96:1,111:0:0 chrX 17746244 . T C 2029.92 PASS AF=0.488095;AO=202;DP=416;FAO=205;FDP=420;FR=.;FRO=215;FSAF=99;FSAR=106;FSRF=91;FSRR=124;FWDB=0.0196975;FXX=0.00237524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1316;QD=19.3325;RBI=0.0209782;REFB=-0.0121198;REVB=-0.00721761;RO=214;SAF=96;SAR=106;SRF=91;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471348;STB=0.530643;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0134399;OID=.;OPOS=17746244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:420:214:215:202:205:0.488095:106:96:91:123:106:99:91:124 chrX 17772589 . C T 649.41 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.000871359;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.55;QD=18.4228;RBI=0.00226525;REFB=-0.009146;REVB=-0.00209095;RO=74;SAF=37;SAR=29;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198716;STB=0.50688;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0106836;OID=.;OPOS=17772589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:74:75:66:66:0.468085:29:37:43:31:29:37:43:32 chrX 17819377 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8364;QD=53.2755;RBI=0.0463956;REFB=0;REVB=0.0208765;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103831;OID=.;OPOS=17819377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chrX 18230715 . A C 328.8 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0045471;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.847;QD=15.2929;RBI=0.0118313;REFB=-0.0074144;REVB=-0.0109226;RO=48;SAF=15;SAR=21;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127042;STB=0.560513;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0120728;OID=.;OPOS=18230715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:48:50:36:36:0.418605:21:15:26:22:21:15:26:24 chrX 19041592 . C T 856.41 PASS AF=0.586466;AO=78;DP=135;FAO=78;FDP=133;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0145715;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.866;QD=25.7567;RBI=0.014669;REFB=-0.0283756;REVB=0.0016887;RO=55;SAF=35;SAR=43;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517316;STB=0.528114;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0104016;OID=.;OPOS=19041592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:55:55:78:78:0.586466:43:35:21:34:43:35:21:34 chrX 19375782 . A C 618.93 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.00324561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.369;QD=19.3414;RBI=0.0152113;REFB=-0.0119118;REVB=-0.014861;RO=65;SAF=32;SAR=31;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848251;STB=0.546818;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0142751;OID=.;OPOS=19375782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:65:63:63:0.492188:31:32:39:26:31:32:39:26 chrX 19482476 . C T 662.29 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3995;QD=60.2081;RBI=0.161262;REFB=-0.0695558;REVB=-0.0102899;RO=1;SAF=14;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323574;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254025;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:1:0:43:44:1:29:14:1:0:29:15:0:0 chrX 20470345 . C T 1274.5 PASS AF=0.988889;AO=80;DP=85;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219252;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7186;QD=56.6444;RBI=0.0343144;REFB=-0.0843469;REVB=0.0263962;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.507691;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00465148;OID=.;OPOS=20470345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:90:0:1:80:89:0.988889:51:29:0:0:57:32:1:0 chrX 21508666 . A G 302.11 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0272297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7375;QD=19.4906;RBI=0.0272776;REFB=0.0239965;REVB=0.00161646;RO=30;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631941;STB=0.535102;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.0176161;OID=.;OPOS=21508666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:18:14:11:19:18:14:11:19 chrX 21861434 . A G 1224.38 PASS AF=0.492126;AO=125;DP=257;FAO=125;FDP=254;FR=.;FRO=129;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=41;FSRR=88;FWDB=0.00722548;FXX=0.0116727;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.176;QD=19.2816;RBI=0.014646;REFB=0.00177337;REVB=0.0127396;RO=127;SAF=54;SAR=71;SRF=41;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103922;STB=0.560032;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00242522;OID=.;OPOS=21861434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:254:127:129:125:125:0.492126:71:54:41:86:71:54:41:88 chrX 21876112 . A G 239.58 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0231025;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6209;QD=13.8888;RBI=0.0331845;REFB=-0.00552375;REVB=0.0238219;RO=41;SAF=11;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755124;STB=0.5431;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0104159;OID=.;OPOS=21876112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:17:11:19:22:17:11:19:22 chrX 22025268 . C A 493.8 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0338247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0539;QD=14.6311;RBI=0.0342279;REFB=-0.0218753;REVB=-0.00523834;RO=80;SAF=41;SAR=14;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207407;STB=0.617657;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0238618;OID=.;OPOS=22025268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:80:80:55:55:0.407407:14:41:46:34:14:41:46:34 chrX 23398214 . T C 312.85 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00753472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3123;QD=21.9543;RBI=0.0126794;REFB=-0.0178174;REVB=-0.0101978;RO=25;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514371;STB=0.502842;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0193382;OID=.;OPOS=23398214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:19:13:10:15:19:13:10:15 chrX 23858452 . G A 1541.66 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0406238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9254;QD=57.6323;RBI=0.0822967;REFB=-0.0634772;REVB=-0.0715714;RO=2;SAF=50;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186017;STB=0.509802;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00630695;OID=.;OPOS=23858452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:55:50:2:0:55:50:2:0 chrX 23925834 . A T 1302.36 PASS AF=1;AO=81;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425973;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.387;QD=61.2875;RBI=0.0484984;REFB=0;REVB=0.0231855;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60246e-05;OID=.;OPOS=23925834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:81:85:1:41:40:0:0:42:43:0:0 chrX 24232095 . C T 621.28 PASS AF=0.39011;AO=71;DP=183;FAO=71;FDP=182;FR=.;FRO=111;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=-0.000534809;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.972;QD=13.6544;RBI=0.00171278;REFB=-0.0179227;REVB=-0.00162715;RO=108;SAF=24;SAR=47;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199758;STB=0.616212;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0265181;OID=.;OPOS=24232095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:108:111:71:71:0.39011:47:24:56:52:47:24:58:53 chrX 24232160 . G A 926.49 PASS AF=0.601449;AO=83;DP=138;FAO=83;FDP=138;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0684703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.322;QD=26.8546;RBI=0.0686768;REFB=-0.0210391;REVB=-0.00532189;RO=54;SAF=40;SAR=43;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679191;STB=0.532765;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0158565;OID=.;OPOS=24232160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:54:55:83:83:0.601449:43:40:21:33:43:40:22:33 chrX 24381387 . G C 171.77 PASS AF=0.354839;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00406037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.72;QD=11.0816;RBI=0.03106;REFB=-0.00913748;REVB=0.0307934;RO=40;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800362;STB=0.558228;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0153512;OID=.;OPOS=24381387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:21:22:0.354839:8:13:22:18:8:14:22:18 chrX 24383061 . C T 462.34 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00495137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.543;QD=24.3338;RBI=0.00635473;REFB=-0.000297244;REVB=-0.00398328;RO=32;SAF=30;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150697;STB=0.582863;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000242295;OID=.;OPOS=24383061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:14:30:16:16:14:30:16:16 chrX 24576191 . T C 223.01 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0198637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.088;QD=16.5195;RBI=0.0250325;REFB=-0.00306425;REVB=-0.0152335;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833033;STB=0.535686;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00336251;OID=.;OPOS=24576191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:29:24:25:0.462963:12:12:17:12:12:13:17:12 chrX 24578803 . C T 474.64 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0430523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.944;QD=19.1773;RBI=0.0430587;REFB=-0.00666711;REVB=0.00074326;RO=51;SAF=24;SAR=23;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924585;STB=0.545903;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00764;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:51:52:47:47:0.474747:23:24:21:30:23:24:22:30 chrX 24751958 . T C 2884.88 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.805;QD=63.0575;RBI=0.0465541;REFB=0;REVB=0.0450661;RO=1;SAF=77;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00834e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:177:183:1:0:176:183:1:99:77:0:1:106:77:0:0 chrX 26157220 . C T 541.63 PASS AF=0.409722;AO=59;DP=144;FAO=59;FDP=144;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.0158822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.643;QD=15.0452;RBI=0.0158954;REFB=-0.0120384;REVB=-0.000647718;RO=85;SAF=36;SAR=23;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279323;STB=0.51569;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0169383;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:85:85:59:59:0.409722:23:36:54:31:23:36:54:31 chrX 26157792 . C T 321.15 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0217347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0552;QD=16.2606;RBI=0.0348339;REFB=-0.0109798;REVB=-0.0272213;RO=44;SAF=20;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261182;STB=0.514697;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0158163;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:15:20:24:20:15:20:24:20 chrX 26213219 . T C 237.53 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0615768;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1825;QD=13.5734;RBI=0.0628295;REFB=-0.01966;REVB=0.0124841;RO=42;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131546;STB=0.507505;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0289046;OID=.;OPOS=26213219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:42:42:28:28:0.4:17:11:16:26:17:11:16:26 chrX 26213364 . T C,TTTGTC 136.03 PASS AF=0,0.306452;AO=3,16;DP=65;FAO=0,19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=0,8;FSAR=0,11;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.00710275,-0.00738894;FXX=0.0312451;HRUN=4,4;LEN=1,5;MLLD=165.173,176.785;QD=8.77631;RBI=0.0310058,0.0234266;REFB=-0.00768106,-0.0216975;REVB=0.0301813,0.0222308;RO=44;SAF=3,6;SAR=0,10;SRF=30;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.421503,-0.356643;STB=0.5,0.670343;STBP=1,0.065;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0325109;OID=.,.;OPOS=26213364,26213365;OREF=T,-;OALT=C,TTGTC;OMAPALT=C,TTTGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:65:62:44:43:3,16:0,19:0,0.306452:0,10:3,6:30:14:0,11:0,8:29:14 chrX 26808285 . T G 4566.36 PASS AF=0.993127;AO=287;DP=289;FAO=289;FDP=291;FR=.;FRO=2;FSAF=191;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0119503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.764;QD=62.7678;RBI=0.0247366;REFB=-0.163488;REVB=0.0216585;RO=2;SAF=189;SAR=98;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00501945;STB=0.501233;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.000201636;OID=.;OPOS=26808285;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:289:291:2:2:287:289:0.993127:98:189:2:0:98:191:1:1 chrX 27766045 . A G 239.07 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0120185;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.189;QD=16.2081;RBI=0.0233795;REFB=-0.0113943;REVB=-0.0200538;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118826;STB=0.567757;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0149865;OID=.;OPOS=27766045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:32:27:27:0.457627:11:16:14:16:11:16:15:17 chrX 27766776 . G A 212.21 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00925586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7118;QD=20.2108;RBI=0.0899667;REFB=-0.0567908;REVB=-0.0894894;RO=21;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980337;STB=0.555501;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0564519;OID=.;OPOS=27766776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:6:15:13:8:6:15:13:8 chrX 27839572 . T C 565.1 PASS AF=0.421053;AO=64;DP=152;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=-0.0133505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.814;QD=14.871;RBI=0.0324997;REFB=-0.0195738;REVB=-0.0296309;RO=86;SAF=33;SAR=31;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127969;STB=0.570256;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0248147;OID=.;OPOS=27839572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:86:88:64:64:0.421053:31:33:55:31:31:33:56:32 chrX 27839617 . G A 542.96 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.00714391;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.532;QD=16.7064;RBI=0.0129298;REFB=-0.0157017;REVB=-0.0107771;RO=71;SAF=34;SAR=24;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343463;STB=0.522306;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0181374;OID=.;OPOS=27839617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:72:58:58:0.446154:24:34:44:27:24:34:45:27 chrX 30236878 . G A 3929.8 PASS AF=0.992218;AO=256;DP=257;FAO=255;FDP=257;FR=.;FRO=2;FSAF=124;FSAR=131;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00550871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.563;QD=61.1643;RBI=0.00551698;REFB=-0.0375513;REVB=-0.00030202;RO=1;SAF=124;SAR=132;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382906;STB=0.500107;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00119355;OID=.;OPOS=30236878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:257:257:1:2:256:255:0.992218:132:124:1:0:131:124:1:1 chrX 30254361 . G A 1084.44 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154332;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7755;QD=60.2464;RBI=0.0219615;REFB=0;REVB=0.0156245;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304124;OID=.;OPOS=30254361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chrX 30254376 . T C 738.93 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.117;QD=54.7352;RBI=0.0357757;REFB=-0.0996757;REVB=0.0203982;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000820239;OID=.;OPOS=30254376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:38:15:0:0:38:15:0:1 chrX 30254530 . A G 545.1 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00553706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7783;QD=57.3787;RBI=0.062153;REFB=-0.136093;REVB=0.0619058;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00588374;OID=.;OPOS=30254530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:20:17:0:0:20:17:0:1 chrX 30255519 . GC G,GT 2124.24 PASS AF=0.0791367,0.920863;AO=19,114;DP=139;FAO=11,128;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=1,64;FSAR=10,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173916,0.0198007;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.469,201.775;QD=61.1293;RBI=0.0309751,0.0430083;REFB=0,0;REVB=0.0256318,0.0381792;RO=0;SAF=12,52;SAR=7,62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0176392,0.000853686;OID=.,.;OPOS=30255520,30255520;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0791367,0.920863:19,114:139:11,128:139:0:1,64:10,64:0:0:15:0:12,52:7,62:0:0 chrX 30261002 . A G 789.25 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.294;QD=55.3857;RBI=0.0533709;REFB=-0.111101;REVB=0.0456499;RO=1;SAF=20;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229889;STB=0.512191;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00048296;OID=.;OPOS=30261002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:36:20:1:0:36:20:1:0 chrX 30261158 . G C 297.76 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0320624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.594;QD=45.8099;RBI=0.0326397;REFB=-0.0790752;REVB=0.00611138;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076973;STB=0.53843;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0125313;OID=.;OPOS=30261158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:26:2:2:23:24:0.923077:12:11:2:0:12:12:2:0 chrX 30269887 . T A 2012.15 PASS AF=0.984962;AO=130;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0150283;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.536;QD=60.5156;RBI=0.0272798;REFB=-0.0578468;REVB=0.0227671;RO=1;SAF=65;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072558;STB=0.500057;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00103395;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:1:2:130:131:0.984962:65:65:0:1:66:65:1:1 chrX 30323916 . T G 711.13 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0287535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8432;QD=52.6765;RBI=0.101463;REFB=-0.0235943;REVB=0.0973036;RO=1;SAF=19;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241422;STB=0.52499;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00797027;OID=.;OPOS=30323916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:52:52:0.962963:33:19:1:0:33:19:2:0 chrX 30326983 . C T 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0414903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8428;QD=55.0079;RBI=0.198721;REFB=-0.0463442;REVB=0.194341;RO=1;SAF=26;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176253;STB=0.509428;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00465154;OID=.;OPOS=30326983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:6:26:1:0:6:26:1:0 chrX 30577846 . A C 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.37;QD=58.5991;RBI=0.0259151;REFB=0;REVB=0.0251454;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115278;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chrX 30715827 . C T 1842.8 PASS AF=0.968504;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=127;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0165624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.485;QD=58.0409;RBI=0.0543427;REFB=-0.0337217;REVB=0.0517573;RO=2;SAF=65;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143915;STB=0.509061;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00126272;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:124:127:2:4:122:123:0.968504:57:65:2:0:57:66:1:3 chrX 30848956 . G C 207.91 PASS AF=0.714286;AO=17;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0160675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.961;QD=29.7017;RBI=0.0319208;REFB=-0.0327799;REVB=0.0275822;RO=7;SAF=16;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536409;STB=0.654374;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00547054;OID=.;OPOS=30848956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:7:8:17:20:0.714286:1:16:3:4:4:16:3:5 chrX 30849176 . G A 471.49 PASS AF=0.37013;AO=57;DP=154;FAO=57;FDP=154;FR=.;FRO=97;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=71;FWDB=-0.0163838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.236;QD=12.2466;RBI=0.0209739;REFB=-0.0183575;REVB=-0.0130949;RO=90;SAF=22;SAR=35;SRF=24;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142128;STB=0.581229;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0270451;OID=.;OPOS=30849176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:90:97:57:57:0.37013:35:22:24:66:35:22:26:71 chrX 30872602 . A G 1713.12 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8394;QD=60.6415;RBI=0.0318032;REFB=0;REVB=0.0317329;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120116;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:55:58:0:0:55:58:0:0 chrX 31089930 . C T 739.01 PASS AF=0.46988;AO=78;DP=166;FAO=78;FDP=166;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=0.0222852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7903;QD=17.8074;RBI=0.0227888;REFB=-0.0204081;REVB=-0.00476439;RO=86;SAF=37;SAR=41;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867113;STB=0.553085;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0191035;OID=.;OPOS=31089930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:86:88:78:78:0.46988:41:37:33:53:41:37:33:55 chrX 31139555 . G A 84.55 PASS AF=0.164948;AO=15;DP=96;FAO=16;FDP=97;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=18;FWDB=-0.00956695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1771;QD=3.48642;RBI=0.00962295;REFB=-0.0243588;REVB=0.00103661;RO=76;SAF=4;SAR=11;SRF=62;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622648;STB=0.837318;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0625832;OID=.;OPOS=31139555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:96:97:76:81:15:16:0.164948:11:4:62:14:11:5:63:18 chrX 31139563 . G A 147.92 PASS AF=0.220183;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=109;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.0411373;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8797;QD=5.42821;RBI=0.0488535;REFB=-0.0302977;REVB=-0.0263512;RO=85;SAF=23;SAR=1;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.620678;STB=0.908531;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.11897;OID=.;OPOS=31139563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:85:85:24:24:0.220183:1:23:53:32:1:23:53:32 chrX 31496350 . C T 267.54 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.029443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.418;QD=13.7202;RBI=0.0326708;REFB=-0.0109365;REVB=-0.0141596;RO=47;SAF=7;SAR=24;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128604;STB=0.573862;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0157599;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:24:7:15:32:24:7:15:32 chrX 31496426 . T C 154.33 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0119368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.904;QD=10.6435;RBI=0.0134627;REFB=-0.00575282;REVB=-0.00622556;RO=37;SAF=2;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484014;STB=0.788302;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0110461;OID=.;OPOS=31496426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:38:20:20:0.344828:18:2:15:22:18:2:15:23 chrX 31496431 . T A 169.2 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.030519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.187;QD=13.015;RBI=0.0385015;REFB=0.00141867;REVB=0.0234723;RO=32;SAF=3;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351625;STB=0.715538;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00287279;OID=.;OPOS=31496431;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:19:20:0.384615:16:3:13:19:17:3:13:19 chrX 31893307 . T G 344.12 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0236885;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.308;QD=13.904;RBI=0.0245093;REFB=-0.0105702;REVB=-0.00628954;RO=57;SAF=21;SAR=17;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939029;STB=0.502957;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0133442;OID=.;OPOS=31893307;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:57:61:38:38:0.383838:17:21:32:25:17:21:34:27 chrX 32503194 . T C 306.85 PASS AF=0.466667;AO=29;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0102471;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6849;QD=16.3654;RBI=0.0113227;REFB=-0.0765243;REVB=0.00481682;RO=30;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154234;STB=0.549971;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0629969;OID=.;OPOS=32503194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:34:29:35:0.466667:9:20:16:14:15:20:16:18 chrX 32591931 . T C 128.77 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.016316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.652;QD=12.5631;RBI=0.0163696;REFB=-0.01139;REVB=-0.00132346;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18645;STB=0.610019;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0205963;OID=.;OPOS=32591931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:10:5:13:13:10:5:13:13 chrX 34648280 . G A 404.85 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0252392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3889;QD=32.3877;RBI=0.0323073;REFB=-0.0423128;REVB=0.0201679;RO=16;SAF=8;SAR=25;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225891;STB=0.637304;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0160263;OID=.;OPOS=34648280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:17:33:33:0.66:25:8:9:7:25:8:10:7 chrX 34674970 . C G 582.04 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.0093482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.131;QD=17.5049;RBI=0.0457203;REFB=-0.000478023;REVB=-0.0447544;RO=72;SAF=29;SAR=32;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302685;STB=0.516826;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.000364136;OID=.;OPOS=34674970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:72:61:61:0.458647:32:29:32:40:32:29:32:40 chrX 34962909 . A C,T 698.13 PASS AF=0.977778,0.0222222;AO=43,2;DP=45;FAO=44,1;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077022,-0.0437249;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=67.1343,12.0892;QD=62.0557;RBI=0.0884127,0.0663083;REFB=0,0;REVB=0.0434099,-0.049849;RO=0;SAF=17,1;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.75441e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00127735,0.143417;OID=.,.;OPOS=34962909,34962909;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:45:45:0:0:43,2:44,1:0.977778,0.0222222:26,1:17,1:0:0:27,0:17,1:0:0 chrX 35820265 . C T 490.49 PASS AF=0.375796;AO=59;DP=158;FAO=59;FDP=157;FR=.;FRO=98;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=-0.00715098;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.402;QD=12.4965;RBI=0.00768931;REFB=-0.0127487;REVB=-0.00282649;RO=98;SAF=26;SAR=33;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596139;STB=0.533764;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0229834;OID=.;OPOS=35820265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:98:98:59:59:0.375796:33:26:38:60:33:26:38:60 chrX 35820425 . C T 468.98 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0721816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8678;QD=20.6146;RBI=0.0907499;REFB=-0.0347913;REVB=0.0550032;RO=44;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220476;STB=0.517134;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0357567;OID=.;OPOS=35820425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:46:46:0.505495:25:21:19:25:25:21:19:26 chrX 35820696 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0214968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.773;QD=13.7525;RBI=0.0333989;REFB=-0.00926167;REVB=-0.0255612;RO=23;SAF=13;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417141;STB=0.749605;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0166642;OID=.;OPOS=35820696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:2:13:13:10:2:13:13:10 chrX 35820795 . A G 550.39 PASS AF=0.39375;AO=62;DP=160;FAO=63;FDP=160;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.0121626;FXX=0.0419137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.165;QD=13.7598;RBI=0.088597;REFB=-0.00157036;REVB=0.0877582;RO=95;SAF=36;SAR=26;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148463;STB=0.583604;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00370342;OID=.;OPOS=35820795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:95:97:62:63:0.39375:26:36:42:53:27:36:42:55 chrX 35821055 . AT GA 140.8 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0737643;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=2;MLLD=157.609;QD=12.5155;RBI=0.0737722;REFB=-0.00543948;REVB=0.00107971;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152516;STB=0.570469;STBP=0.562;TYPE=mnp;VARB=0.0112625;OID=.;OPOS=35821055;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:29:16:16:0.355556:10:6:7:21:10:6:8:21 chrX 35821127 . C T 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0349462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.074;QD=8.81157;RBI=0.0388018;REFB=-0.00499443;REVB=-0.0168623;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261009;STB=0.670265;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.017547;OID=.;OPOS=35821127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:4:6:8:14:4:6:8:15 chrX 35821302 . C G 253.15 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.000771109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.252;QD=19.1059;RBI=0.000944351;REFB=-0.0169406;REVB=0.000545152;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207967;STB=0.511619;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0188168;OID=.;OPOS=35821302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:16:11:10:16:16:11:10:16 chrX 35821308 . C T 235.64 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0687382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2046;QD=18.4812;RBI=0.0897192;REFB=-0.00551797;REVB=0.0576593;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305958;STB=0.50819;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00468681;OID=.;OPOS=35821308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:26:24:25:0.490196:14:10:10:16:15:10:10:16 chrX 35821464 . A G 144.82 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00482537;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9108;QD=8.64621;RBI=0.0157307;REFB=-0.0225107;REVB=-0.0149724;RO=47;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419103;STB=0.525015;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0434696;OID=.;OPOS=35821464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:47:47:20:20:0.298507:13:7:18:29:13:7:18:29 chrX 35821558 . G A 198.82 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0137127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.773;QD=19.3971;RBI=0.0174838;REFB=-0.0460466;REVB=0.0108464;RO=20;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206463;STB=0.608579;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0196368;OID=.;OPOS=35821558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:15:5:9:11:15:5:9:12 chrX 35821763 . G A 84.25 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0667525;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6853;QD=9.62879;RBI=0.0687398;REFB=0.00548807;REVB=-0.0164095;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164556;STB=0.615182;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0263563;OID=.;OPOS=35821763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:36:35:25:24:11:11:0.314286:5:6:10:15:5:6:9:15 chrX 35821789 . T G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0236047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.27;QD=12.0244;RBI=0.0350699;REFB=-0.0186339;REVB=0.0259368;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0267069;OID=.;OPOS=35821789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:10:10:6:6:10:10 chrX 35938045 . C T 804.83 PASS AF=0.482759;AO=81;DP=171;FAO=84;FDP=174;FR=.;FRO=90;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0152609;FXX=0.0169482;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2586;QD=18.5018;RBI=0.0406202;REFB=-0.0171151;REVB=0.0376445;RO=90;SAF=49;SAR=32;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101888;STB=0.56238;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0175951;OID=.;OPOS=35938045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:174:90:90:81:84:0.482759:32:49:45:45:33:51:44:46 chrX 35969297 . G A 428.21 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0559748;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8646;QD=15.2932;RBI=0.0566382;REFB=-0.0218756;REVB=-0.008643;RO=63;SAF=15;SAR=33;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949795;STB=0.559528;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0251115;OID=.;OPOS=35969297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:112:63:64:48:48:0.428571:33:15:25:38:33:15:26:38 chrX 35988996 . T C 805.53 PASS AF=0.474286;AO=83;DP=177;FAO=83;FDP=175;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.00541609;FXX=0.0112988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.994;QD=18.412;RBI=0.0153173;REFB=-0.0370463;REVB=0.0143278;RO=86;SAF=37;SAR=46;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474191;STB=0.511661;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.028035;OID=.;OPOS=35988996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:86:92:83:83:0.474286:46:37:34:52:46:37:39:53 chrX 35993454 . C T 278.25 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.105974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5968;QD=13.9125;RBI=0.106088;REFB=-0.021238;REVB=0.00491259;RO=47;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198472;STB=0.617395;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.05832;OID=.;OPOS=35993454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:32:32:0.4:15:17:16:31:15:17:16:32 chrX 36007614 . T G 440.96 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0033416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1042;QD=16.0348;RBI=0.0422706;REFB=-0.00746822;REVB=0.0421383;RO=61;SAF=27;SAR=22;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171217;STB=0.59555;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00750791;OID=.;OPOS=36007614;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:22:27:23:38:22:27:23:38 chrX 36057261 . A G 612.05 PASS AF=0.473684;AO=61;DP=131;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0137914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.705;QD=18.4076;RBI=0.0147636;REFB=-0.0210774;REVB=0.00526895;RO=70;SAF=24;SAR=37;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770665;STB=0.531521;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0267464;OID=.;OPOS=36057261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:70:70:61:63:0.473684:37:24:33:37:37:26:33:37 chrX 37518806 . C T 766.99 PASS AF=0.510345;AO=75;DP=145;FAO=74;FDP=145;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0369137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9666;QD=21.1583;RBI=0.0493501;REFB=-0.0127447;REVB=-0.0327537;RO=66;SAF=43;SAR=32;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114703;STB=0.543703;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0130804;OID=.;OPOS=37518806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:66:71:75:74:0.510345:32:43:29:37:32:42:34:37 chrX 37527659 . T C 556.18 PASS AF=0.417722;AO=50;DP=142;FAO=66;FDP=158;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.0297753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.483;QD=14.0804;RBI=0.0671075;REFB=-0.0291769;REVB=0.0601402;RO=91;SAF=18;SAR=32;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119193;STB=0.52778;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.039455;OID=.;OPOS=37527659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:158:91:92:50:66:0.417722:32:18:42:49:32:34:43:49 chrX 37932882 . A T 771.31 PASS AF=0.506757;AO=74;DP=147;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0086519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.525;QD=20.8462;RBI=0.0107914;REFB=-0.0163653;REVB=0.00644979;RO=73;SAF=34;SAR=40;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104256;STB=0.560013;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0139482;OID=.;OPOS=37932882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:73:73:74:75:0.506757:40:34:42:31:41:34:42:31 chrX 38144822 . C T 299.23 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00903065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4211;QD=13.7577;RBI=0.0176479;REFB=-0.0129283;REVB=-0.0151623;RO=53;SAF=15;SAR=19;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21174;STB=0.620185;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0200892;OID=.;OPOS=38144822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:19:15:34:19:19:15:34:19 chrX 38144856 . G A 226.27 PASS AF=0.315217;AO=27;DP=91;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.00293156;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.379;QD=9.83761;RBI=0.016071;REFB=-0.0046437;REVB=-0.0158014;RO=53;SAF=9;SAR=18;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343517;STB=0.680114;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0135909;OID=.;OPOS=38144856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:53:63:27:29:0.315217:18:9:34:19:18:11:41:22 chrX 38158323 . G A 726.17 PASS AF=0.496503;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0127163;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.851;QD=20.3124;RBI=0.023191;REFB=-0.016612;REVB=0.0193937;RO=71;SAF=29;SAR=42;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907676;STB=0.546862;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0170698;OID=.;OPOS=38158323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:71:72:71:71:0.496503:42:29:36:35:42:29:36:36 chrX 38422214 . T A 149.58 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000312658;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.9013;QD=12.2107;RBI=0.00512356;REFB=-0.00644836;REVB=0.00511401;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133593;STB=0.578852;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.012912;OID=.;OPOS=38422214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:11:6:15:17:11:6:15:17 chrX 38425551 . C T 174.66 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.00259509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2313;QD=9.83999;RBI=0.0596156;REFB=-0.00786598;REVB=-0.0595591;RO=46;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176394;STB=0.61329;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.016012;OID=.;OPOS=38425551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:48:23:23:0.323944:12:11:15:31:12:11:15:33 chrX 38482304 . G A 578.26 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0215996;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.578;QD=21.4171;RBI=0.0241491;REFB=-0.00351167;REVB=0.0107998;RO=49;SAF=28;SAR=30;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624913;STB=0.538448;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00281511;OID=.;OPOS=38482304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:49:50:58:58:0.537037:30:28:20:29:30:28:20:30 chrX 38547862 . G A 381.31 PASS AF=0.328671;AO=47;DP=141;FAO=47;FDP=143;FR=.;FRO=96;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0177345;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.917;QD=10.6661;RBI=0.0402167;REFB=-0.0161136;REVB=-0.0360953;RO=92;SAF=12;SAR=35;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336855;STB=0.684432;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0514478;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:92:96:47:47:0.328671:35:12:49:43:35:12:49:47 chrX 39914742 . G A 200.06 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0633417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.829;QD=13.5636;RBI=0.0642007;REFB=-0.00932883;REVB=-0.0104667;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192999;STB=0.575008;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0209694;OID=.;OPOS=39914742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:35:24:24:0.40678:10:14:12:19:10:14:16:19 chrX 39933339 . A G 445.28 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0113211;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.947;QD=25.8134;RBI=0.0175051;REFB=-0.00409743;REVB=-0.0133515;RO=27;SAF=27;SAR=15;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783271;STB=0.542705;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0031054;OID=.;OPOS=39933339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:27:27:42:42:0.608696:15:27:20:7:15:27:20:7 chrX 40506697 . A G 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3491;QD=33.4211;RBI=0.0246228;REFB=0;REVB=-0.0125366;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493254;OID=.;OPOS=40506697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chrX 40541136 . T C 661.01 PASS AF=0.447205;AO=72;DP=161;FAO=72;FDP=161;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.0171368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5846;QD=16.4227;RBI=0.0371206;REFB=-0.00966823;REVB=0.0329282;RO=83;SAF=39;SAR=33;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10397;STB=0.53857;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0106002;OID=.;OPOS=40541136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:83:89:72:72:0.447205:33:39:36:47:33:39:42:47 chrX 40573157 . G A 609.39 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.007888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4214;QD=19.6577;RBI=0.0164294;REFB=-0.0121822;REVB=0.014412;RO=61;SAF=26;SAR=36;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167705;STB=0.596242;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0075291;OID=.;OPOS=40573157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:61:62:62:62:0.5:36:26:37:24:36:26:38:24 chrX 41203676 . T G 108.72 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00449808;FXX=0.0370233;HRUN=7;LEN=1;MLLD=238.981;QD=16.7263;RBI=0.0181317;REFB=-0.0149887;REVB=-0.0175649;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136846;STB=0.599746;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00906511;OID=.;OPOS=41203676;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:10:10:8:9:0.346154:7:1:2:8:8:1:2:8 chrX 41209153 . GTT G,GT,GTTT,TTT 50.89 PASS AF=0.4,0,0.15,0.15;AO=4,3,5,3;DP=21;FAO=8,0,3,3;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=2,0,2,2;FSAR=6,0,1,1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.211612,0.391853,-0.391853,0.0146716;FXX=0.0475964;HRUN=15,15,15,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=6.94875,3.47154,3.11748,176.736;QD=10.1773;RBI=0.211692,0.391991,0.392013,0.0244947;REFB=0.0981809,0.153904,-0.153904,0.00407116;REVB=-0.00583214,-0.0104043,0.0112265,-0.0196147;RO=3;SAF=1,1,4,2;SAR=3,2,1,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.490704,-0.483116,-0.23409,-0.352427;STB=0.799313,0.5,0.798912,0.798912;STBP=0.038,1,0.811,0.811;TYPE=del,del,ins,snp;VARB=0.314325,0.215657,0.191339,-0.0195444;OID=.,.,.,.;OPOS=41209154,41209154,41209154,41209153;OREF=TT,T,-,G;OALT=-,-,T,T;OMAPALT=G,GT,GTTT,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/4:24:21:20:3:6:4,3,5,3:8,0,3,3:0.4,0,0.15,0.15:3,2,1,1:1,1,4,2:3:0:6,0,1,1:2,0,2,2:6:0 chrX 41556195 . A T 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.745;QD=53.2771;RBI=0.0361952;REFB=0;REVB=0.0338567;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010242;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chrX 41587218 . T C 2625.63 PASS AF=1;AO=166;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019756;FXX=0.022726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.028;QD=61.0613;RBI=0.0583619;REFB=-0.0366002;REVB=0.0549164;RO=1;SAF=83;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569936;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275407;OID=.;OPOS=41587218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:172:172:1:0:166:172:1:83:83:0:1:85:87:0:0 chrX 41587569 . C G 1040.66 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7227;QD=59.4662;RBI=0.068544;REFB=0;REVB=0.0630126;RO=0;SAF=20;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032141;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:48:20:0:0:50:20:0:0 chrX 41588169 . T C 2200.84 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00827498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.425;QD=62.4351;RBI=0.0383307;REFB=0.0924016;REVB=0.0374269;RO=0;SAF=71;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36214e-08;STB=0.503496;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-8.70458e-05;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:141:0:1:139:140:0.992908:68:71:0:0:69:71:1:0 chrX 42033560 . A G 245.19 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00655952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9417;QD=13.4348;RBI=0.0141215;REFB=-0.0192853;REVB=-0.0125056;RO=43;SAF=19;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156605;STB=0.583687;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0191797;OID=.;OPOS=42033560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:10:19:22:21:10:19:23:21 chrX 43591036 . G T 1889.69 PASS AF=0.992;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0339828;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.431;QD=60.4702;RBI=0.0342426;REFB=0.157027;REVB=0.00421021;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-4.60688e-05;OID=.;OPOS=43591036;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:125:0:1:123:124:0.992:63:60:0:0:63:61:1:0 chrX 43603391 . T C 937.46 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.592;QD=58.5914;RBI=0.0257537;REFB=0;REVB=0.0231541;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25199e-05;OID=.;OPOS=43603391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chrX 44202890 . G GC 1497.42 PASS AF=1;AO=118;DP=143;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232659;FXX=0.0719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.9463;QD=46.4317;RBI=0.0401213;REFB=0;REVB=0.0326866;RO=19;SAF=33;SAR=85;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770991;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000337855;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:118:143:129:129:0:40:89:0:0:27:19:33:85:10:9 chrX 44632077 . A G 124.28 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0273084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0971;QD=17.7542;RBI=0.0645553;REFB=-0.00459589;REVB=0.0584948;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00393928;OID=.;OPOS=44632077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:7:7:7:7:7:7 chrX 44929077 . C A 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00559602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.725;QD=13.9183;RBI=0.0085531;REFB=-0.010123;REVB=0.00646839;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113489;STB=0.571375;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0140138;OID=.;OPOS=44929077;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:13:13:22:14:13:13:23:14 chrX 45051111 . C T 419.43 PASS AF=0.369565;AO=44;DP=131;FAO=51;FDP=138;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.0141139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.513;QD=12.1575;RBI=0.0233967;REFB=-0.0233919;REVB=0.0186603;RO=87;SAF=19;SAR=25;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326016;STB=0.557074;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0350516;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:138:87:87:44:51:0.369565:25:19:40:47:32:19:40:47 chrX 46472826 . G A 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.222;QD=58.0606;RBI=0.0546233;REFB=0;REVB=0.0288445;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50698e-05;OID=.;OPOS=46472826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chrX 46618321 . C G 1532.73 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.119313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2883;QD=62.5604;RBI=0.119498;REFB=-0.0188933;REVB=-0.00665515;RO=1;SAF=34;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746952;STB=0.503936;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000787701;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:63:34:0:1:63:34:0:1 chrX 46739983 . TTA T,TAA 46.8 PASS AF=0.154762,0;AO=12,5;DP=92;FAO=13,0;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=7,0;FSAR=6,0;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0516059,0.0203642;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.5119,20.3145;QD=2.22846;RBI=0.0533763,0.0371558;REFB=-0.0344536,-0.000659941;REVB=0.0136331,0.0310781;RO=67;SAF=5,5;SAR=7,0;SRF=31;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0578678,0.550731;STB=0.59695,0.5;STBP=0.457,1;TYPE=del,snp;VARB=0.176813,0;OID=.,.;OPOS=46739984,46739984;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.154762,0:12,5:92:13,0:84:71:7,0:6,0:30:41:47:67:5,5:7,0:31:36 chrX 46740032 . G A 1194.21 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000430609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.608;QD=59.7104;RBI=0.00919832;REFB=-0.0526043;REVB=-0.00918823;RO=1;SAF=29;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160428;STB=0.508472;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00136394;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:50:29:1:0:50:29:1:0 chrX 46920599 . C A 1402.04 PASS AF=0.934579;AO=100;DP=108;FAO=100;FDP=107;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=73;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00623251;FXX=0.0092584;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.316;QD=52.4128;RBI=0.007853;REFB=-0.0540181;REVB=0.0047776;RO=7;SAF=27;SAR=73;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880823;STB=0.546621;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000223735;OID=.;OPOS=46920599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:108:107:7:7:100:100:0.934579:73:27:6:1:73:27:6:1 chrX 46946966 . T C 613.09 PASS AF=0.516129;AO=56;DP=118;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0141578;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.14;QD=19.7772;RBI=0.0232765;REFB=-0.030754;REVB=0.0184756;RO=62;SAF=33;SAR=23;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551019;STB=0.521755;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0279468;OID=.;OPOS=46946966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:124:62:60:56:64:0.516129:23:33:33:29:26:38:33:27 chrX 47057647 . A G 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.883;QD=58.4169;RBI=0.0246666;REFB=0;REVB=0.0163694;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59447e-05;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chrX 47062534 . G A 1421.94 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0130007;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5947;QD=61.1585;RBI=0.111675;REFB=-0.1114;REVB=0.110916;RO=0;SAF=60;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44018e-08;STB=0.507691;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00192817;OID=.;OPOS=47062534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:0:1:92:92:0.989247:32:60:0:0:32:60:0:1 chrX 47445940 . C T 1402.94 PASS AF=0.961905;AO=100;DP=104;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0779845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.1813;QD=53.4452;RBI=0.0795661;REFB=-0.176921;REVB=0.0157852;RO=4;SAF=58;SAR=42;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597769;STB=0.507203;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0228764;OID=.;OPOS=47445940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:104:105:4:4:100:101:0.961905:42:58:2:2:44:57:3:1 chrX 47487912 . T TG 731.94 PASS AF=1;AO=61;DP=71;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192333;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.3725;QD=43.0553;RBI=0.0585273;REFB=0;REVB=0.0552768;RO=8;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00155201;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:71:68:68:0:34:34:0:0:14:8:33:28:1:7 chrX 47695547 . T C 1380.09 PASS AF=0.521073;AO=134;DP=259;FAO=136;FDP=261;FR=.;FRO=125;FSAF=75;FSAR=61;FSRF=79;FSRR=46;FWDB=-0.00809667;FXX=0.00760427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.955;QD=21.1507;RBI=0.0282646;REFB=-0.0379351;REVB=0.0270801;RO=120;SAF=74;SAR=60;SRF=77;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790266;STB=0.53929;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0326073;OID=.;OPOS=47695547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:261:120:125:134:136:0.521073:60:74:77:43:61:75:79:46 chrX 47695742 . CT C 39.56 PASS AF=0.243243;AO=7;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0794323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.8185;QD=4.27729;RBI=0.105515;REFB=0.018649;REVB=0.0694537;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211172;STB=0.701321;STBP=0.178;TYPE=del;VARB=-0.0482176;OID=.;OPOS=47695743;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243:7:37:9:37:28:3:6:17:11:39:28:3:4:17:11 chrX 47918205 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.558;QD=37.4884;RBI=0.077868;REFB=0;REVB=-0.077868;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00355728;OID=.;OPOS=47918205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chrX 48049666 . C T 880.33 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.708;QD=57.7264;RBI=0.0742923;REFB=0;REVB=-0.032837;RO=0;SAF=14;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379792;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:47:14:0:0:47:14:0:0 chrX 48054740 . C G 759.69 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188293;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.485;QD=55.2505;RBI=0.0400215;REFB=-0.0969309;REVB=0.0353154;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.509088;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00019864;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:0:1:27:27:0:1 chrX 48125798 . T C 338.97 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0240595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3763;QD=20.5438;RBI=0.0490163;REFB=-0.0185382;REVB=0.0427053;RO=31;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15559;STB=0.586158;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0165772;OID=.;OPOS=48125798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:20:15:19:12:20:15:19:12 chrX 48156264 . G A 149.65 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0073769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.735;QD=11.9716;RBI=0.0105149;REFB=0.00250464;REVB=0.00749297;RO=33;SAF=13;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244952;STB=0.646222;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00545422;OID=.;OPOS=48156264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:4:13:19:14:4:13:19:14 chrX 48161189 . A G 153.41 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0172574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2492;QD=13.9466;RBI=0.0550231;REFB=-0.0083985;REVB=-0.0522468;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107119;STB=0.562091;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0113178;OID=.;OPOS=48161189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:8:9:17:10:8:9:17:10 chrX 48163105 . A G 396.95 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00882831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.731;QD=23.35;RBI=0.00980946;REFB=-0.0365336;REVB=0.00427627;RO=29;SAF=15;SAR=24;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237437;STB=0.513057;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0235198;OID=.;OPOS=48163105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:24:15:12:17:24:15:12:17 chrX 48163717 . C T 487.7 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0100208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.962;QD=21.6755;RBI=0.0283784;REFB=-0.0268824;REVB=0.0265502;RO=41;SAF=21;SAR=26;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116874;STB=0.553169;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0228304;OID=.;OPOS=48163717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:43:47:47:0.522222:26:21:24:17:26:21:24:19 chrX 48382174 . G T 268.59 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0289415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.909;QD=16.7866;RBI=0.0360549;REFB=-0.0131305;REVB=-0.0215023;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356803;STB=0.509797;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0268642;OID=.;OPOS=48382174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:34:30:30:0.46875:18:12:12:21:18:12:13:21 chrX 48418126 . A G 631.47 PASS AF=0.432099;AO=70;DP=163;FAO=70;FDP=162;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=0.00389261;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.048;QD=15.5919;RBI=0.0164347;REFB=-0.030754;REVB=-0.015967;RO=89;SAF=35;SAR=35;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107338;STB=0.55554;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0366056;OID=.;OPOS=48418126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:89:92:70:70:0.432099:35:35:54:35:35:35:55:37 chrX 48418659 . G A 434.49 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0328687;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.114;QD=15.1128;RBI=0.0337765;REFB=-0.029206;REVB=0.00777845;RO=66;SAF=21;SAR=28;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104308;STB=0.55858;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.031247;OID=.;OPOS=48418659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:66:66:49:49:0.426087:28:21:35:31:28:21:35:31 chrX 48435928 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.065;QD=57.1057;RBI=0.0380563;REFB=0;REVB=0.0192079;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150113;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:23:31:0:0:23:32:0:0 chrX 48459102 . C G 392.77 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=38;FWDB=0.00889759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1475;QD=18.2683;RBI=0.0114303;REFB=-0.0201045;REVB=-0.00717526;RO=42;SAF=7;SAR=33;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134187;STB=0.514279;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0445965;OID=.;OPOS=48459102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:45:40:41:0.476744:33:7:7:35:34:7:7:38 chrX 48460314 . A G 1696.16 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242666;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9028;QD=60.5772;RBI=0.0386226;REFB=0;REVB=-0.0300473;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09059e-05;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:56:56:0:0:56:56:0:0 chrX 48751471 . A G 104.37 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0138244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5237;QD=10.4371;RBI=0.0331976;REFB=-0.000360879;REVB=0.0301822;RO=27;SAF=2;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496477;STB=0.802067;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0026111;OID=.;OPOS=48751471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:11:2:15:12:11:2:15:12 chrX 48759204 . C T 196.15 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00771727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5625;QD=12.8624;RBI=0.0343226;REFB=-0.0141838;REVB=0.0334438;RO=36;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312883;STB=0.687428;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0178916;OID=.;OPOS=48759204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:24:24:0.393443:7:17:15:21:7:17:15:22 chrX 48780224 . TGGGGGGC TGGGGGC,TGGGGGCG,TGGGGGGCG 32.81 PASS AF=0,0,0.184211;AO=13,4,4;DP=39;FAO=0,0,7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=0,0,5;FSAR=0,0,2;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.161127,-0.127371,-0.0976353;FXX=0.0499875;HRUN=6,6,0;LEN=1,2,1;MLLD=10.1248,25.0481,22.9424;QD=3.45399;RBI=0.796261,0.430771,0.099796;REFB=-0.0737776,-0.0261468,0.00311437;REVB=-0.779788,-0.41151,0.0206543;RO=13;SAF=2,1,4;SAR=11,3,0;SRF=9;SRR=4;SSEN=0.604167,0,0;SSEP=0.52381,0,0;SSSB=-0.517619,-0.464525,0.632523;STB=0.5,0.5,0.734639;STBP=1,1,0.199;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0,0.0367303,0.0663396;OID=.,.,.;OPOS=48780225,48780230,48780232;OREF=G,GC,-;OALT=-,CG,G;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGGCG,TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.184211:13,4,4:39:0,0,7:38:31:0,0,5:0,0,2:13:18:32:13:2,1,4:11,3,0:9:4 chrX 48847497 . T C 324.98 PASS AF=0.350427;AO=40;DP=118;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.00118744;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4886;QD=11.1103;RBI=0.00678733;REFB=-0.0133378;REVB=-0.00668265;RO=76;SAF=16;SAR=24;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553358;STB=0.529601;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0190598;OID=.;OPOS=48847497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:76:76:40:41:0.350427:24:16:34:42:25:16:33:43 chrX 48888074 . T C 757.54 PASS AF=0.418719;AO=85;DP=204;FAO=85;FDP=203;FR=.;FRO=118;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=75;FWDB=0.000708141;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.871;QD=14.927;RBI=0.0020187;REFB=-0.00796322;REVB=0.00189042;RO=115;SAF=36;SAR=49;SRF=43;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528651;STB=0.535565;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00828624;OID=.;OPOS=48888074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:115:118:85:85:0.418719:49:36:43:72:49:36:43:75 chrX 49021256 . A G 2159.66 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.572;QD=63.0557;RBI=0.0347073;REFB=0;REVB=0.0218821;RO=0;SAF=69;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67078e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:137:0:0:135:137:1:66:69:0:0:66:71:0:0 chrX 49021537 . G C 1489.27 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0239969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.546;QD=57.2796;RBI=0.0344135;REFB=-0.165307;REVB=0.0246665;RO=2;SAF=36;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141599;STB=0.507461;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00336702;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:66:36:0:2:66:36:0:2 chrX 49022700 . T C 718.64 PASS AF=1;AO=43;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236022;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.348;QD=57.4914;RBI=0.018988;REFB=0;REVB=0.0188408;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527375;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:43:50:1:19:24:0:0:26:24:0:0 chrX 49071964 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0194472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.141;QD=15.5715;RBI=0.0494559;REFB=-0.0167926;REVB=0.0454719;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232635;STB=0.513489;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0241725;OID=.;OPOS=49071964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:2:9:10:2:2:9:10:2 chrX 49081291 . G A 433.63 PASS AF=0.52381;AO=42;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.04199;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8035;QD=20.6489;RBI=0.059226;REFB=-0.0377053;REVB=0.0417679;RO=38;SAF=29;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106693;STB=0.568688;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0249372;OID=.;OPOS=49081291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:40:42:44:0.52381:13:29:22:16:14:30:22:18 chrX 49082487 . C T 652.97 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0048529;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.527;QD=20.2473;RBI=0.0212149;REFB=-0.0103882;REVB=-0.0206524;RO=62;SAF=33;SAR=32;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00682023;STB=0.503816;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0168297;OID=.;OPOS=49082487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:129:62:64:65:65:0.503876:32:33:31:31:32:33:32:32 chrX 49103224 . G A 326.73 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0127386;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.122;QD=22.5332;RBI=0.0130495;REFB=-0.0183816;REVB=-0.00283131;RO=26;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118246;STB=0.583285;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0160488;OID=.;OPOS=49103224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:25:32:33:0.568966:13:19:19:7:14:19:19:6 chrX 49179698 . A G 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0410281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2944;QD=4.05001;RBI=0.0423054;REFB=-0.000278662;REVB=-0.010317;RO=34;SAF=4;SAR=3;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174727;STB=0.61734;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00465554;OID=.;OPOS=49179698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:3:4:24:10:3:4:24:10 chrX 49767832 . A G 374.79 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106471;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.774;QD=55.5245;RBI=0.0195535;REFB=0;REVB=0.0164005;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00527e-05;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chrX 49767835 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323249;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=169.41;QD=55.0987;RBI=0.036514;REFB=0;REVB=0.0169816;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201748;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chrX 50121146 . A AG 1051.75 PASS AF=1;AO=85;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165619;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.4152;QD=46.2308;RBI=0.167699;REFB=0;REVB=0.026328;RO=6;SAF=28;SAR=57;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000552945;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00324126;OID=.;OPOS=50121147;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:93:91:91:0:32:59:0:0:20:6:28:57:2:4 chrX 50146570 . C T 194.29 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00262488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1084;QD=24.2858;RBI=0.0211252;REFB=-0.104503;REVB=0.0209615;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564238;STB=0.531565;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0190451;OID=.;OPOS=50146570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:13:6:5:8:13:6:5:8 chrX 50350728 . TTCC T,TTCT 213.66 PASS AF=0.323944,0.056338;AO=16,7;DP=64;FAO=23,4;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=10,3;FSAR=13,1;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00483996,-0.127974;FXX=0.0273935;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=116.381,39.9639;QD=12.0372;RBI=0.0206874,0.134517;REFB=-0.0727393,-0.055962;REVB=-0.0201133,-0.0414455;RO=19;SAF=8,3;SAR=8,4;SRF=3;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.329267,0.352803;STB=0.528154,0.748755;STBP=0.734,0.39;TYPE=del,snp;VARB=0.0992265,0.107256;OID=.,.;OPOS=50350729,50350731;OREF=TCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323944,0.056338:16,7:64:23,4:71:44:10,3:13,1:21:23:99:19:8,3:8,4:3:16 chrX 51075841 . A G 50.79 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=15;FWDB=0.00336195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.447;QD=2.90238;RBI=0.0229958;REFB=-0.00311569;REVB=0.0227487;RO=59;SAF=7;SAR=3;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098405;STB=0.553091;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0245;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:70:70:59:60:10:10:0.142857:3:7:45:14:3:7:45:15 chrX 51644748 . C A 206.89 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0146646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.97;QD=23.644;RBI=0.0154596;REFB=-0.0308189;REVB=0.00489378;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254629;STB=0.592506;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0149707;OID=.;OPOS=51644748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:13:15:20:20:0.571429:8:12:12:1:8:12:12:3 chrX 52825546 . C G 842.54 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4515;QD=57.1214;RBI=0.00306982;REFB=0;REVB=-0.00114122;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4941e-05;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chrX 52891619 . GT G 44.09 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0121919;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.7786;QD=2.41569;RBI=0.121254;REFB=-0.0113693;REVB=0.120639;RO=45;SAF=14;SAR=5;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374813;STB=0.720352;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=0.013791;OID=.;OPOS=52891620;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.260274:19:74:19:73:54:14:5:24:30:44:45:14:5:19:26 chrX 52891645 . A G 230.56 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0134448;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3015;QD=11.3856;RBI=0.0345502;REFB=-0.000806882;REVB=-0.031827;RO=48;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20782;STB=0.624584;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.000120518;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:81:48:53:28:28:0.345679:11:17:20:28:11:17:22:31 chrX 52891653 . C T 286.27 PASS AF=0.383721;AO=34;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00507751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5386;QD=13.3149;RBI=0.0239493;REFB=0.0177249;REVB=0.0234048;RO=52;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225971;STB=0.61704;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0218567;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:53:34:33:0.383721:13:21:21:31:13:20:22:31 chrX 53108953 . T C,TAC 133.69 PASS AF=0.0169492,0.305085;AO=3,14;DP=71;FAO=1,18;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=0,7;FSAR=1,11;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0358786,0.047714;FXX=0.063482;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=87.1212,83.2432;QD=9.06355;RBI=0.0804934,0.0509087;REFB=-0.0551389,-0.0881367;REVB=-0.0720549,-0.01775;RO=48;SAF=0,7;SAR=3,7;SRF=21;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.450036,0.0770356;STB=0.988077,0.508023;STBP=0.479,0.941;TYPE=snp,ins;VARB=0.105088,0.178567;OID=.,.;OPOS=53108953,53108954;OREF=T,-;OALT=C,AC;OMAPALT=C,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:71:59:48:40:3,14:1,18:0.0169492,0.305085:3,7:0,7:21:27:1,11:0,7:16:24 chrX 53223595 . A G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.071;QD=24.3281;RBI=0.0121231;REFB=-0.000269735;REVB=-0.0121231;RO=2;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.17233e-05;OID=.;OPOS=53223595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:7:0:0:2:7:0:0:2 chrX 53457622 . T C 891.48 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038377;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.58;QD=58.4579;RBI=0.038501;REFB=0;REVB=-0.00308723;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01278e-05;OID=.;OPOS=53457622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chrX 53561636 . C T 533.56 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00177146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.644;QD=19.9461;RBI=0.00961856;REFB=-0.0297785;REVB=-0.00945402;RO=50;SAF=10;SAR=45;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237011;STB=0.647272;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0194792;OID=.;OPOS=53561636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:52:55:55:0.514019:45:10:19:31:45:10:21:31 chrX 53563589 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.713;QD=62.9828;RBI=0.0659804;REFB=0;REVB=-0.00222572;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355451;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:35:10:0:0:35:10:0:0 chrX 53577887 . T C 357.33 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.014183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7081;QD=17.4306;RBI=0.020353;REFB=-0.0187246;REVB=0.0145975;RO=43;SAF=20;SAR=18;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23473;STB=0.621844;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0271424;OID=.;OPOS=53577887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:18:20:33:10:18:20:33:11 chrX 53587351 . T TG 49.99 PASS AF=0.236364;AO=16;DP=59;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.00504697;FXX=0.0350816;HRUN=0;LEN=1;MLLD=160.829;QD=3.63586;RBI=0.0186238;REFB=0.000662722;REVB=-0.0179269;RO=42;SAF=14;SAR=2;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26952;STB=0.769512;STBP=0.091;TYPE=ins;VARB=-0.0771755;OID=.;OPOS=53587352;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236364:16:59:13:55:42:12:1:31:11:49:42:14:2:31:11 chrX 53641647 . T C 902.54 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.484;QD=58.2284;RBI=0.039941;REFB=0;REVB=0.0382088;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114362;OID=.;OPOS=53641647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chrX 53652838 . G A 477.56 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00750228;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.695;QD=51.6282;RBI=0.0126629;REFB=-0.0213917;REVB=-0.0102012;RO=3;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756242;STB=0.540517;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000237625;OID=.;OPOS=53652838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:38:37:3:3:34:34:0.918919:17:17:0:3:17:17:0:3 chrX 53652845 . G GT,T 635.31 PASS AF=1,0;AO=6,3;DP=48;FAO=47,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0801419,-0.0626097;FXX=0.020829;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=153.976,141.71;QD=54.0687;RBI=0.0825376,0.0656613;REFB=0,0;REVB=-0.0197415,-0.0197848;RO=38;SAF=0,0;SAR=6,3;SRF=20;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.663155,-0.524495;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00179826,0.0302627;OID=.,.;OPOS=53652846,53652845;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:38:0:6,3:47,0:1,0:6,3:0,0:20:18:27,0:20,0:0:0 chrX 53652846 . G T 507.93 PASS AF=0.77551;AO=38;DP=49;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.000851352;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.862;QD=41.4639;RBI=0.0451013;REFB=-0.123562;REVB=0.0450932;RO=10;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202124;STB=0.616962;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00380969;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:49:49:10:11:38:38:0.77551:18:20:0:10:18:20:0:11 chrX 53652852 . T G 1245.98 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.515;QD=61.5297;RBI=0.035124;REFB=0;REVB=0.0333394;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45165e-05;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:47:33:0:0:48:33:0:0 chrX 53659047 . C A,T 3159.12 PASS AF=0.0288462,0.971154;AO=9,200;DP=209;FAO=6,202;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=3,75;FSAR=3,127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687424,0.0345537;FXX=0.0142173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.5,79.5732;QD=60.7524;RBI=0.00770693,0.0367415;REFB=0.0621744,-0.0233838;REVB=0.00348448,-0.0124892;RO=0;SAF=6,74;SAR=3,126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0494645,-0.00282792;OID=.,.;OPOS=53659047,53659047;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:209:208:0:0:9,200:6,202:0.0288462,0.971154:3,126:6,74:0:0:3,127:3,75:0:0 chrX 54209387 . A G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.068;QD=40.6387;RBI=0.0283033;REFB=-0.0570781;REVB=0.0188216;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060556;STB=0.533286;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0116399;OID=.;OPOS=54209387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:7:7:0:1:7:7:0:1 chrX 54496474 . AGGGGC AGGGC,AGGGCG 51.15 PASS AF=0.152381,0.00952381;AO=30,8;DP=109;FAO=16,1;FDP=105;FR=.;FRO=88;FSAF=12,0;FSAR=4,1;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.297947,-0.0330782;FXX=0.00943307;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.5414,105.748;QD=1.94857;RBI=0.299635,0.0337275;REFB=-0.111726,-0.00758566;REVB=0.0317643,0.00658585;RO=59;SAF=26,0;SAR=4,8;SRF=19;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0.665025,0;SSSB=0.625959,-0.591867;STB=0.7707,0.988572;STBP=0.024,0.491;TYPE=del,mnp;VARB=0.139154,-0.0472622;OID=.,.;OPOS=54496475,54496478;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=AGGGC,AGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152381,0.00952381:30,8:109:16,1:105:88:12,0:4,1:37:51:45:59:26,0:4,8:19:40 chrX 54784843 . T G 45.52 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00876858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5114;QD=2.27608;RBI=0.00969161;REFB=-0.00241043;REVB=0.00412787;RO=69;SAF=1;SAR=9;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560479;STB=0.899201;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0440461;OID=.;OPOS=54784843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:80:80:69:70:10:10:0.125:9:1:39:30:9:1:39:31 chrX 54836361 . A G 311.46 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.0125195;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.334;QD=12.0955;RBI=0.0470978;REFB=-0.0145106;REVB=-0.0454033;RO=62;SAF=27;SAR=11;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221606;STB=0.536404;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0277375;OID=.;OPOS=54836361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:65:38:38:0.368932:11:27:43:19:11:27:43:22 chrX 54836505 . A G 337.26 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0020371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.518;QD=13.0975;RBI=0.0180687;REFB=-0.0224198;REVB=-0.0179535;RO=63;SAF=28;SAR=12;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186762;STB=0.60671;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0265206;OID=.;OPOS=54836505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:63:40:40:0.38835:12:28:34:29:12:28:34:29 chrX 54837340 . C T 582.37 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.00101281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.118;QD=17.5149;RBI=0.0217874;REFB=-0.0134334;REVB=-0.0217638;RO=71;SAF=29;SAR=32;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985254;STB=0.558212;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0116665;OID=.;OPOS=54837340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:72:61:61:0.458647:32:29:41:30:32:29:42:30 chrX 54838077 . C T 371.69 PASS AF=0.453488;AO=40;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00706487;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4194;QD=17.288;RBI=0.0169984;REFB=-0.0237476;REVB=0.0154607;RO=42;SAF=26;SAR=14;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169566;STB=0.542351;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0437262;OID=.;OPOS=54838077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:42:47:40:39:0.453488:14:26:28:14:13:26:28:19 chrX 54956673 . T C 136.78 PASS AF=0.32;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00609654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.119;QD=10.9426;RBI=0.0094201;REFB=-0.0054206;REVB=-0.00718125;RO=34;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171662;STB=0.583236;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0115718;OID=.;OPOS=54956673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:34:34:15:16:0.32:9:6:9:25:10:6:9:25 chrX 55116466 . C G 1658.61 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00522908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2337;QD=59.2362;RBI=0.0618134;REFB=-0.0305952;REVB=0.0615918;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00055206;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:0:1:110:111:0.991071:53:57:0:0:53:58:1:0 chrX 55172537 . G A 1108.94 PASS AF=0.632911;AO=100;DP=158;FAO=100;FDP=158;FR=.;FRO=58;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.00672048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6951;QD=28.0744;RBI=0.0164662;REFB=-0.0134034;REVB=-0.0150323;RO=58;SAF=51;SAR=49;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872355;STB=0.54706;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00744305;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:58:58:100:100:0.632911:49:51:37:21:49:51:37:21 chrX 55172572 . G A 33.45 PASS AF=0.0684211;AO=13;DP=190;FAO=13;FDP=190;FR=.;FRO=177;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=85;FSRR=92;FWDB=-0.00189046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.04;QD=0.704244;RBI=0.00290624;REFB=-0.00564536;REVB=-0.00220735;RO=176;SAF=6;SAR=7;SRF=84;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170521;STB=0.517439;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0582712;OID=.;OPOS=55172572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:190:190:176:177:13:13:0.0684211:7:6:84:92:7:6:85:92 chrX 55172606 . G A 47.78 PASS AF=0.0722433;AO=19;DP=263;FAO=19;FDP=263;FR=.;FRO=244;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=127;FSRR=117;FWDB=-0.0150427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2188;QD=0.726641;RBI=0.0232269;REFB=-0.00384812;REVB=-0.0176975;RO=244;SAF=9;SAR=10;SRF=127;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519016;STB=0.543302;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0472207;OID=.;OPOS=55172606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:263:263:244:244:19:19:0.0722433:10:9:127:117:10:9:127:117 chrX 55172630 . G A 32.49 PASS AF=0.0594796;AO=16;DP=268;FAO=16;FDP=269;FR=.;FRO=253;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=139;FSRR=114;FWDB=-0.00716568;FXX=0.0073798;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.128;QD=0.483094;RBI=0.0646461;REFB=0.00208977;REVB=0.0642478;RO=252;SAF=6;SAR=10;SRF=139;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181697;STB=0.660697;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.028372;OID=.;OPOS=55172630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:268:269:252:253:16:16:0.0594796:10:6:139:113:10:6:139:114 chrX 55172645 . C T 1734.04 PASS AF=0.587361;AO=158;DP=269;FAO=158;FDP=269;FR=.;FRO=111;FSAF=93;FSAR=65;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.0279838;FXX=0.0182475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1595;QD=25.785;RBI=0.0283329;REFB=-0.00852135;REVB=-0.00443406;RO=100;SAF=93;SAR=65;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503535;STB=0.535376;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0155551;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:100:111:158:158:0.587361:65:93:52:48:65:93:56:55 chrX 55172675 . C T 80.97 PASS AF=0.0980392;AO=24;DP=256;FAO=25;FDP=255;FR=.,HEALED;FRO=230;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=128;FSRR=102;FWDB=0.153358;FXX=0.0077818;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8111;QD=1.27007;RBI=0.156164;REFB=0.0103189;REVB=-0.0294731;RO=198;SAF=19;SAR=5;SRF=98;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372273;STB=0.742846;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0738875;OID=.;OPOS=55172675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:256:255:198:230:24:25:0.0980392:5:19:98:100:5:20:128:102 chrX 55172686 . CT CC,TC 1516.87 PASS AF=0.524194,0.0524194;AO=130,13;DP=248;FAO=130,13;FDP=248;FR=.;FRO=105;FSAF=82,6;FSAR=48,7;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.0420623,-0.0266175;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=51.0663,167.204;QD=24.4657;RBI=0.0424397,0.0344085;REFB=-0.0121399,-0.0172028;REVB=-0.0056472,-0.0218048;RO=104;SAF=82,6;SAR=48,7;SRF=51;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118764,-0.0348998;STB=0.567117,0.521535;STBP=0.017,0.833;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00933792,0.0506011;OID=.,.;OPOS=55172687,55172686;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:104:105:130,13:130,13:0.524194,0.0524194:48,7:82,6:51:53:48,7:82,6:51:54 chrX 55172708 . T G 1393.98 PASS AF=0.595349;AO=127;DP=214;FAO=128;FDP=215;FR=.;FRO=87;FSAF=87;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.00536534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.122;QD=25.9346;RBI=0.0128532;REFB=-0.000723836;REVB=-0.0116798;RO=87;SAF=86;SAR=41;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138954;STB=0.576374;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000724906;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:87:87:127:128:0.595349:41:86:44:43:41:87:44:43 chrX 55185568 . A G 162.06 PASS AF=0.226087;AO=25;DP=114;FAO=26;FDP=115;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0123114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.657;QD=5.637;RBI=0.0127287;REFB=-0.00220378;REVB=-0.00323259;RO=89;SAF=11;SAR=14;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166376;STB=0.585593;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00547591;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:89:89:25:26:0.226087:14:11:51:38:14:12:51:38 chrX 55247030 . C G 3218.32 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310069;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.365;QD=61.3014;RBI=0.00382662;REFB=-0.0666038;REVB=-0.0022425;RO=0;SAF=85;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78042e-05;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:210:210:0:0:208:210:1:123:85:0:0:124:86:0:0 chrX 55287031 . T G 2178.82 PASS AF=0.457086;AO=229;DP=503;FAO=229;FDP=501;FR=.;FRO=272;FSAF=118;FSAR=111;FSRF=135;FSRR=137;FWDB=0.0121249;FXX=0.00397606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1581;QD=17.3958;RBI=0.0151726;REFB=-0.0404283;REVB=0.00912113;RO=268;SAF=118;SAR=111;SRF=133;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186104;STB=0.510296;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0393396;OID=.;OPOS=55287031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:503:501:268:272:229:229:0.457086:111:118:133:135:111:118:135:137 chrX 55289774 . T C 1349.37 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.895;QD=62.0398;RBI=0.0142263;REFB=0;REVB=0.0111531;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112602;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:49:37:0:0:49:38:0:0 chrX 55479294 . TGGGGG TGGGGA,TGGGG 985.0 PASS AF=0.548387,0.354839;AO=54,27;DP=126;FAO=68,44;FDP=124;FR=.;FRO=12;FSAF=24,12;FSAR=44,32;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0273213,0.114561;FXX=0.0158718;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=49.3205,8.52271;QD=31.7741;RBI=0.027958,0.137773;REFB=-0.0688631,-0.19825;REVB=-0.00593261,-0.0765319;RO=16;SAF=15,3;SAR=39,24;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0.305556;SSEP=0,0;SSSB=-0.111294,-0.414833;STB=0.503225,0.516122;STBP=0.878,0.684;TYPE=snp,del;VARB=0.0100678,0.132231;OID=.,.;OPOS=55479299,55479295;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGGGGA,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.548387,0.354839:54,27:126:68,44:124:12:24,12:44,32:4:8:99:16:15,3:39,24:8:8 chrX 55514818 . C T 475.03 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.116584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4492;QD=19.1931;RBI=0.117865;REFB=-0.0134228;REVB=0.0173264;RO=52;SAF=24;SAR=23;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811539;STB=0.504514;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0195641;OID=.;OPOS=55514818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:23:24:27:25:23:24:27:25 chrX 55651001 . T C 635.27 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461309;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9649;QD=61.9771;RBI=0.0228048;REFB=0;REVB=0.0223333;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012297;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:22:16:0:0:24:17:0:0 chrX 57313357 . T C 504.37 PASS AF=0.364706;AO=62;DP=169;FAO=62;FDP=170;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=79;FWDB=0.03653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3776;QD=11.8676;RBI=0.0464059;REFB=-0.00152311;REVB=-0.0286194;RO=107;SAF=22;SAR=40;SRF=28;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118471;STB=0.562025;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0032439;OID=.;OPOS=57313357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:107:108:62:62:0.364706:40:22:28:79:40:22:29:79 chrX 57405163 . T C 2121.76 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0676229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.74;QD=61.9493;RBI=0.0727355;REFB=-0.106255;REVB=0.026788;RO=1;SAF=70;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674279;STB=0.503496;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000418335;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:137:137:1:1:135:136:0.992701:65:70:1:0:65:71:1:0 chrX 57475132 . T C 338.88 PASS AF=0.486842;AO=33;DP=71;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0227966;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.6366;QD=17.8356;RBI=0.0365805;REFB=-0.0309615;REVB=0.0286085;RO=38;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224828;STB=0.51612;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0331074;OID=.;OPOS=57475132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:76:38:39:33:37:0.486842:19:14:17:21:22:15:17:22 chrX 57619648 . G T 1257.67 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.659;QD=60.6106;RBI=0.044259;REFB=0;REVB=0.00867681;RO=1;SAF=33;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141336;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187258;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:83:1:0:82:83:1:49:33:1:0:49:34:0:0 chrX 57622607 . G A 521.62 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.015628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.928;QD=23.4435;RBI=0.0163372;REFB=-0.000810045;REVB=0.00476129;RO=39;SAF=21;SAR=28;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364483;STB=0.524742;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000775289;OID=.;OPOS=57622607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:40:49:49:0.550562:28:21:15:24:28:21:15:25 chrX 57623460 . A G 305.71 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0263442;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5405;QD=14.5574;RBI=0.0505742;REFB=-0.0301322;REVB=0.0431709;RO=50;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146493;STB=0.583284;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0353999;OID=.;OPOS=57623460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:50:50:34:34:0.404762:13:21:24:26:13:21:24:26 chrX 65382685 . T A,C 883.1 PASS AF=0.03125,0.953125;AO=3,59;DP=64;FAO=2,61;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=2,8;FSAR=0,53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00406056,0.0136174;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.3499,58.019;QD=55.1936;RBI=0.0040778,0.0364187;REFB=-0.055571,-0.0201873;REVB=-0.000374596,-0.0337771;RO=2;SAF=3,6;SAR=0,53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.133889;STB=0.5,0.529402;STBP=1,0.056;TYPE=snp,snp;VARB=0.00925783,0.00406585;OID=.,.;OPOS=65382685,65382685;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:64:64:2:1:3,59:2,61:0.03125,0.953125:0,53:3,6:2:0:0,53:2,8:1:0 chrX 65390979 . ATG TGA 33.69 PASS AF=0.0895522;AO=12;DP=136;FAO=12;FDP=134;FR=.;FRO=122;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=83;FWDB=-0.0238034;FXX=0.0147048;HRUN=4;LEN=3;MLLD=133.609;QD=1.00579;RBI=0.0249648;REFB=-0.00265831;REVB=0.00752594;RO=119;SAF=11;SAR=1;SRF=36;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635949;STB=0.948089;STBP=0.01;TYPE=mnp;VARB=0.136066;OID=.;OPOS=65390979;OREF=ATG;OALT=TGA;OMAPALT=TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:136:134:119:122:12:12:0.0895522:1:11:36:83:1:11:39:83 chrX 65819398 . C A 90.54 PASS AF=0.130435;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0647409;FXX=0.0212743;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.3409;QD=3.93655;RBI=0.134051;REFB=-0.0636593;REVB=0.117381;RO=55;SAF=4;SAR=8;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241989;STB=0.671846;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.133328;OID=.;OPOS=65819398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:89:92:55:69:12:12:0.130435:8:4:29:26:8:4:37:32 chrX 65822607 . T C 2818.09 PASS AF=0.994505;AO=180;DP=181;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00128556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.083;QD=61.936;RBI=0.00362688;REFB=-0.080359;REVB=-0.0033914;RO=0;SAF=69;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502222;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00041792;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:181:182:0:1:180:181:0.994505:111:69:0:0:112:69:0:1 chrX 65824986 . C T 1896.41 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.608;QD=61.672;RBI=0.0376817;REFB=0;REVB=0.0351918;RO=0;SAF=70;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.66488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99224e-06;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:53:70:0:0:53:70:0:0 chrX 67321920 . C T 336.71 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0210943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5345;QD=17.2671;RBI=0.0235201;REFB=-0.00739916;REVB=0.0104032;RO=41;SAF=12;SAR=24;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443029;STB=0.529396;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0233534;OID=.;OPOS=67321920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:42:36:36:0.461538:24:12:12:29:24:12:12:30 chrX 67674209 . A T 39.44 PASS AF=0.106383;AO=7;DP=90;FAO=10;FDP=94;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=69;FWDB=-0.0220711;FXX=0.0105252;HRUN=7;LEN=1;MLLD=137.563;QD=1.67822;RBI=0.0343;REFB=-0.000215069;REVB=-0.0262557;RO=80;SAF=7;SAR=0;SRF=14;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.752696;STB=0.883756;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0024481;OID=.;OPOS=67674209;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:90:94:80:84:7:10:0.106383:0:7:14:66:3:7:15:69 chrX 68060416 . G C 66.26 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0126403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8904;QD=12.0479;RBI=0.016734;REFB=0.0060471;REVB=-0.0109658;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170594;STB=0.510181;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0109297;OID=.;OPOS=68060416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:7:6:4:5:7:6 chrX 69258515 . T G 1216.76 PASS AF=0.932584;AO=83;DP=89;FAO=83;FDP=89;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0232494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6812;QD=54.6859;RBI=0.0237973;REFB=-0.10536;REVB=-0.00507704;RO=3;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333971;STB=0.522863;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0165709;OID=.;OPOS=69258515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:89:89:3:6:83:83:0.932584:41:42:0:3:41:42:1:5 chrX 69478421 . G T 363.25 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00816978;FXX=0.0090082;HRUN=6;LEN=1;MLLD=227.896;QD=13.209;RBI=0.00977576;REFB=-0.0103891;REVB=-0.00536844;RO=65;SAF=20;SAR=23;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452837;STB=0.534867;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0149625;OID=.;OPOS=69478421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:65:67:43:43:0.390909:23:20:33:32:23:20:35:32 chrX 69478736 . T C 241.65 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0304381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.114;QD=14.6457;RBI=0.035073;REFB=-0.0251759;REVB=-0.0174251;RO=37;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504252;STB=0.507037;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0296828;OID=.;OPOS=69478736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:37:38:27:28:0.424242:18:9:14:23:18:10:14:24 chrX 69478942 . T G 455.06 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0263756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1574;QD=18.0222;RBI=0.0478822;REFB=-0.0108498;REVB=0.0399629;RO=53;SAF=28;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00152604;STB=0.500849;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0130604;OID=.;OPOS=69478942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:20:28:31:22:20:28:31:22 chrX 69510335 . C T 1540.71 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00646481;FXX=0.019998;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.51;QD=62.8861;RBI=0.0151207;REFB=-0.18434;REVB=0.013669;RO=1;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939136;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000157494;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:98:1:1:97:97:0.989796:50:47:0:1:50:47:0:1 chrX 69652762 . A G 1192.71 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0602634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9436;QD=59.6353;RBI=0.0695252;REFB=0.0265871;REVB=-0.0346709;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.506328;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.000999461;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:0:1:79:79:0.9875:39:40:0:0:40:39:1:0 chrX 69668463 . A G 529.79 PASS AF=0.467213;AO=55;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0379258;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.718;QD=17.37;RBI=0.0407619;REFB=-0.0202369;REVB=-0.0149388;RO=64;SAF=13;SAR=42;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230583;STB=0.603773;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0194449;OID=.;OPOS=69668463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:65:55:57:0.467213:42:13:28:36:42:15:28:37 chrX 69772000 . A G 456.15 PASS AF=0.390977;AO=52;DP=135;FAO=52;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.00080213;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.328;QD=13.7189;RBI=0.0533973;REFB=-0.00844212;REVB=0.0533912;RO=77;SAF=18;SAR=34;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188772;STB=0.622516;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0273873;OID=.;OPOS=69772000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:77:81:52:52:0.390977:34:18:40:37:34:18:44:37 chrX 69774517 . A T 909.79 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0164926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.7154;QD=52.7415;RBI=0.0168631;REFB=-0.224568;REVB=0.00351549;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.509088;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00361677;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:0:4:65:65:0.942029:26:39:0:0:26:39:3:1 chrX 69890301 . C T 383.42 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00312016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4313;QD=17.6287;RBI=0.0107655;REFB=-0.00872479;REVB=-0.0103034;RO=47;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850202;STB=0.553555;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00860503;OID=.;OPOS=69890301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:47:39:40:0.45977:19:20:20:27:19:21:20:27 chrX 70066017 . ACAT A 347.65 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.013348;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=3;MLLD=249.763;QD=22.0733;RBI=0.0134132;REFB=-0.020509;REVB=-0.00132091;RO=28;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212366;STB=0.601027;STBP=0.089;TYPE=del;VARB=0.0136912;OID=.;OPOS=70066018;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:35:65:35:63:28:17:18:20:8:99:28:17:18:21:7 chrX 70073159 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0107505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.793;QD=17.6173;RBI=0.0213873;REFB=-0.0177203;REVB=-0.018489;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333349;STB=0.687056;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0167772;OID=.;OPOS=70073159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:9:15:7:20:9:15:7:20 chrX 70146398 . A G 2494.31 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.174;QD=60.8367;RBI=0.0508896;REFB=-0.0760051;REVB=0.038941;RO=1;SAF=82;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583864;STB=0.503067;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0001845;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:81:82:0:1:81:82:0:1 chrX 70146475 . G C 403.75 PASS AF=0.425926;AO=45;DP=107;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.015577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.914;QD=14.9536;RBI=0.0175375;REFB=-0.00337232;REVB=0.00805744;RO=61;SAF=13;SAR=32;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157306;STB=0.589245;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00407298;OID=.;OPOS=70146475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:61:62:45:46:0.425926:32:13:26:35:33:13:26:36 chrX 71349774 . T C 284.11 PASS AF=0.293103;AO=15;DP=59;FAO=17;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0223644;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.615;QD=19.594;RBI=0.0249802;REFB=-0.0139152;REVB=0.0111285;RO=28;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410348;STB=0.667352;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00224692;OID=.;OPOS=71349774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:28:27:15:17:0.293103:4:11:10:18:6:11:10:17 chrX 71351443 . A G 111.98 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0710904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.783;QD=8.95833;RBI=0.0710984;REFB=-0.00583891;REVB=-0.00106897;RO=36;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847792;STB=0.55165;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0215131;OID=.;OPOS=71351443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:8:6:18:18:8:6:18:18 chrX 71363415 . C T 418.1 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.139;QD=53.9488;RBI=0.0166353;REFB=-0.0539465;REVB=-0.00957477;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526298;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000251765;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:21:9:0:0:21:9:1:0 chrX 71379881 . G A 1508.77 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.231;QD=63.5271;RBI=0.0320237;REFB=0;REVB=0.0311492;RO=0;SAF=62;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32302e-05;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:33:62:0:0:33:62:0:0 chrX 71401607 . G A 552.65 PASS AF=0.402516;AO=64;DP=159;FAO=64;FDP=159;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.0279114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.659;QD=13.9032;RBI=0.0282605;REFB=-0.0129506;REVB=-0.00442795;RO=95;SAF=28;SAR=36;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10553;STB=0.559383;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0280976;OID=.;OPOS=71401607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:95:95:64:64:0.402516:36:28:51:44:36:28:51:44 chrX 71401614 . C A 516.42 PASS AF=0.388535;AO=61;DP=157;FAO=61;FDP=157;FR=.;FRO=96;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.00355259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.53;QD=13.1572;RBI=0.0254575;REFB=-0.0183566;REVB=-0.0252084;RO=96;SAF=26;SAR=35;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124993;STB=0.570629;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0321103;OID=.;OPOS=71401614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:96:96:61:61:0.388535:35:26:52:44:35:26:52:44 chrX 71406301 . T C 2204.43 PASS AF=0.986014;AO=139;DP=142;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0347386;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0566;QD=61.6624;RBI=0.0767921;REFB=-0.141027;REVB=0.0684854;RO=2;SAF=66;SAR=73;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141876;STB=0.507352;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00324696;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:142:143:2:2:139:141:0.986014:73:66:2:0:74:67:2:0 chrX 71416721 . C T 600.07 PASS AF=0.392045;AO=69;DP=177;FAO=69;FDP=176;FR=.;FRO=107;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=0.00413251;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.875;QD=13.6379;RBI=0.0331945;REFB=-0.014502;REVB=-0.0329363;RO=106;SAF=32;SAR=37;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323033;STB=0.520751;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0244068;OID=.;OPOS=71416721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:106:107:69:69:0.392045:37:32:46:60:37:32:46:61 chrX 71418669 . C A 109.07 PASS AF=0.916667;AO=9;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0189547;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.575;QD=36.3549;RBI=0.0463223;REFB=-0.028428;REVB=0.0422667;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.000648108;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:9:11:0.916667:1:8:0:0:3:8:1:0 chrX 71521867 . G C 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0408062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.296;QD=14.1185;RBI=0.0431528;REFB=-0.0119773;REVB=-0.0140363;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572927;STB=0.532622;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0178913;OID=.;OPOS=71521867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:15:12:19:19:15:12:19:19 chrX 71549512 . G C 942.3 PASS AF=0.531792;AO=92;DP=173;FAO=92;FDP=173;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=-0.0141872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.148;QD=21.7872;RBI=0.0233824;REFB=-0.00931232;REVB=-0.0185865;RO=81;SAF=42;SAR=50;SRF=54;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178443;STB=0.59744;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00871739;OID=.;OPOS=71549512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:81:81:92:92:0.531792:50:42:54:27:50:42:54:27 chrX 71791912 . C T 582.14 PASS AF=0.421769;AO=61;DP=146;FAO=62;FDP=147;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.00292621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.559;QD=15.8405;RBI=0.0307908;REFB=-0.0132188;REVB=0.0306514;RO=84;SAF=36;SAR=25;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142834;STB=0.577304;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0146103;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:84:85:61:62:0.421769:25:36:38:46:26:36:38:47 chrX 71819691 . A G 461.77 PASS AF=0.47;AO=46;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.010224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.994;QD=18.4709;RBI=0.0102241;REFB=-0.00670225;REVB=3.74788e-05;RO=54;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848136;STB=0.558736;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00824809;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:53:46:47:0.47:25:21:20:34:25:22:19:34 chrX 71904407 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0212476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.193;QD=14.6506;RBI=0.0213206;REFB=-0.0234916;REVB=-0.00176198;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830272;STB=0.547223;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0311525;OID=.;OPOS=71904407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:11:20:13:10:11:20 chrX 73043817 . T C 255.63 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0133499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.756;QD=19.2929;RBI=0.0203308;REFB=-0.0265081;REVB=0.0153336;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136111;STB=0.584084;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0295566;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:14:13:16:9:14:13:17:9 chrX 73066439 . T C 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.00722449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.384;QD=10.8322;RBI=0.01006;REFB=-0.00739287;REVB=0.0070008;RO=41;SAF=12;SAR=10;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187419;STB=0.608217;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0101809;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:10:12:29:12:10:12:29:12 chrX 73462520 . T C 1115.82 PASS AF=0.987805;AO=72;DP=78;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00271108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9157;QD=54.4302;RBI=0.104041;REFB=-0.155859;REVB=0.104006;RO=3;SAF=26;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248311;STB=0.50877;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00298847;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:82:3:1:72:81:0.987805:46:26:2:1:53:28:1:0 chrX 73641569 . T C 118.53 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0746499;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.111;QD=12.157;RBI=0.083564;REFB=-0.019378;REVB=-0.0375546;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201609;STB=0.634719;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.028486;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:25:14:14:0.358974:10:4:11:13:10:4:12:13 chrX 74494470 . T G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.405;QD=62.0082;RBI=0.0216806;REFB=0;REVB=0.00269116;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27053e-05;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:52:32:0:0:52:32:0:0 chrX 74511202 . G C 1673.78 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292905;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8321;QD=60.3164;RBI=0.037761;REFB=0;REVB=0.0238319;RO=0;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016054;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:112:111:0:0:110:111:1:47:63:0:0:48:63:0:0 chrX 74649806 . T A 33.91 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.118316;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.3984;QD=2.2235;RBI=0.118436;REFB=-0.0253765;REVB=0.0053275;RO=43;SAF=3;SAR=4;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236514;STB=0.716952;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.167404;OID=.;OPOS=74649806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:58:61:43:54:7:7:0.114754:4:3:27:16:4:3:37:17 chrX 74649808 . A T 33.45 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0369737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6949;QD=2.15807;RBI=0.0389736;REFB=-0.00199243;REVB=0.012324;RO=53;SAF=3;SAR=4;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318351;STB=0.721923;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0458956;OID=.;OPOS=74649808;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:62:62:53:55:7:7:0.112903:4:3:37:16:4:3:38:17 chrX 75107229 . A G 431.9 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=30;FWDB=0.00312912;FXX=0.0129853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.554;QD=22.7316;RBI=0.0115675;REFB=-0.024312;REVB=0.0111362;RO=33;SAF=19;SAR=23;SRF=4;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277935;STB=0.655534;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0176018;OID=.;OPOS=75107229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:33:34:42:42:0.552632:23:19:4:29:23:19:4:30 chrX 75394713 . A G 201.88 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0368871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6996;QD=12.0522;RBI=0.0579403;REFB=-0.0213525;REVB=-0.0446813;RO=42;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844265;STB=0.548741;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.042966;OID=.;OPOS=75394713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:10:15:22:20:10:15:22:20 chrX 75648551 . A C 213.56 PASS AF=0.419355;AO=24;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0145491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9504;QD=13.7779;RBI=0.0352674;REFB=-0.0152734;REVB=-0.0321266;RO=38;SAF=2;SAR=22;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410115;STB=0.670246;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0233041;OID=.;OPOS=75648551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:36:24:26:0.419355:22:2:11:27:23:3:10:26 chrX 75648898 . CT CTC,TC 83.92 PASS AF=0.270833,0;AO=14,3;DP=49;FAO=13,0;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=1,0;FSAR=12,0;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.254113,-0.226883;FXX=0.020404;HRUN=0,4;LEN=1,2;MLLD=70.3464,72.2265;QD=6.99374;RBI=0.255951,0.230163;REFB=-0.00266515,0.00240369;REVB=-0.0306161,-0.0387206;RO=31;SAF=3,2;SAR=11,1;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.276772,0.249832;STB=0.877357,0.5;STBP=0.005,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0567839,0.0326337;OID=.,.;OPOS=75648900,75648898;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:48:31:35:14,3:13,0:0.270833,0:11,1:3,2:13:18:12,0:1,0:17:18 chrX 75649340 . G C 332.89 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0109991;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0028;QD=32.4774;RBI=0.0267379;REFB=-0.0428505;REVB=-0.0243708;RO=12;SAF=20;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843262;STB=0.537163;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0125644;OID=.;OPOS=75649340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:12:13:28:28:0.682927:8:20:7:5:8:20:8:5 chrX 76937963 . G C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.261;QD=59.143;RBI=0.0104775;REFB=0;REVB=-0.00223444;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43561e-06;OID=.;OPOS=76937963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chrX 77268502 . G C 1552.52 PASS AF=1;AO=98;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4014;QD=59.7122;RBI=0.0823417;REFB=0;REVB=0.0778269;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797844;OID=.;OPOS=77268502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:98:104:1:53:45:0:0:58:46:0:0 chrX 77298857 . G A 1188.86 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.66;QD=60.9673;RBI=0.0502836;REFB=0;REVB=0.0470868;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87012e-05;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:38:37:0:0:41:37:0:0 chrX 77301954 . A G 1478.17 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0872074;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.257;QD=62.2386;RBI=0.0982419;REFB=-0.123116;REVB=0.0452365;RO=1;SAF=33;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01415;STB=0.507461;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00165327;OID=.;OPOS=77301954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:95:1:1:94:94:0.989474:61:33:1:0:61:33:1:0 chrX 78011737 . T C 1157.43 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.615;QD=60.1265;RBI=0.0435562;REFB=0;REVB=0.0385221;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243585;OID=.;OPOS=78011737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:74:77:1:37:37:0:0:40:37:0:0 chrX 78012578 . A AT 352.18 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=93;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0103372;FXX=0.0454477;HRUN=0;LEN=1;MLLD=205.056;QD=22.3609;RBI=0.0759923;REFB=0.0106636;REVB=-0.0752859;RO=81;SAF=9;SAR=3;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443954;STB=0.539661;STBP=0.489;TYPE=ins;VARB=-0.00769049;OID=.;OPOS=78012579;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:12:93:36:63:27:18:18:11:16:99:81:9:3:30:51 chrX 78012579 . A T 164.28 PASS AF=0.261364;AO=25;DP=90;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00140318;FXX=0.0222198;HRUN=12;LEN=1;MLLD=208.349;QD=7.46741;RBI=0.00488997;REFB=0.00216211;REVB=-0.00468432;RO=65;SAF=8;SAR=17;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161854;STB=0.651558;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00526349;OID=.;OPOS=78012579;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:65:65:25:23:0.261364:17:8:29:36:17:6:29:36 chrX 78216024 . A C 238.26 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00296524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.231;QD=16.1533;RBI=0.0842174;REFB=-0.026582;REVB=0.0841652;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835435;STB=0.547135;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0238078;OID=.;OPOS=78216024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:12:15:15:17:12:15:15:17 chrX 79699998 . T A 1353.76 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287112;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7694;QD=62.242;RBI=0.0405377;REFB=0;REVB=0.0286176;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430133;OID=.;OPOS=79699998;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:53:33:0:0:53:34:0:0 chrX 79931831 . CGTGTGTGTGTGTC CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG 629.42 PASS AF=0.744186,0.255814;AO=19,19;DP=40;FAO=32,11;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=17,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567908,0.0104819;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=143.474,102.695;QD=58.5506;RBI=0.0581882,0.0160078;REFB=0,0;REVB=-0.0126753,-0.0120988;RO=0;SAF=6,9;SAR=13,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.851e-08,3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0031968,0.0149433;OID=.,.;OPOS=79931832,79931840;OREF=GTGT,GTGTC;OALT=-,CTGTG;OMAPALT=CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.744186,0.255814:19,19:40:32,11:43:0:15,1:17,10:0:0:91:0:6,9:13,10:0:0 chrX 79943569 . T C 3462.12 PASS AF=0.995556;AO=223;DP=225;FAO=224;FDP=225;FR=.;FRO=1;FSAF=113;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0552759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7278;QD=61.5488;RBI=0.0697146;REFB=-0.015539;REVB=0.0424817;RO=2;SAF=112;SAR=111;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79611e-05;STB=0.502242;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000290789;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:225:225:2:1:223:224:0.995556:111:112:1:1:111:113:0:1 chrX 79989018 . C G 1025.9 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.376;QD=59.4726;RBI=0.00766298;REFB=0;REVB=-0.00287237;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.67388e-06;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:41:27:0:0:41:28:0:0 chrX 84309333 . CCT C,CTT 72.45 PASS AF=0.222222,0;AO=20,10;DP=125;FAO=24,0;FDP=108;FR=.;FRO=84;FSAF=10,0;FSAR=14,0;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.0629577,0.0857429;FXX=0.0357111;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=12.5097,10.1573;QD=2.68322;RBI=0.063421,0.0925334;REFB=-0.0531476,-0.0318569;REVB=0.00765115,-0.0347935;RO=70;SAF=9,7;SAR=11,3;SRF=36;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.080318,0.230179;STB=0.528278,0.5;STBP=0.78,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0598786,0;OID=.,.;OPOS=84309334,84309334;OREF=CT,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0:20,10:125:24,0:108:84:10,0:14,0:38:46:73:70:9,7:11,3:36:34 chrX 84350010 . A G 167.31 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0567953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6416;QD=11.7409;RBI=0.0568748;REFB=-0.0124299;REVB=0.00300781;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346859;STB=0.520115;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0293836;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:11:10:16:20:11:10:16:20 chrX 84358864 . C T 300.38 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00441775;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.776;QD=13.8105;RBI=0.00613461;REFB=-0.00280975;REVB=0.0042564;RO=53;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283883;STB=0.516164;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00542808;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:19:15:22:31:19:15:22:31 chrX 84363140 . A G 541.65 PASS AF=0.401274;AO=63;DP=158;FAO=63;FDP=157;FR=.;FRO=94;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.0132659;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9118;QD=13.8;RBI=0.0235542;REFB=-0.00555034;REVB=0.0194632;RO=93;SAF=29;SAR=34;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364467;STB=0.523812;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00669998;OID=.;OPOS=84363140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:93:94:63:63:0.401274:34:29:46:47:34:29:47:47 chrX 84534382 . A AC 996.12 PASS AF=0.92381;AO=23;DP=100;FAO=97;FDP=105;FR=.;FRO=8;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0429749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.444;QD=37.9473;RBI=0.152011;REFB=-0.0502995;REVB=-0.14581;RO=77;SAF=6;SAR=17;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414053;STB=0.509132;STBP=0.532;TYPE=ins;VARB=0.00664735;OID=.;OPOS=84534383;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.92381:23:100:97:105:8:49:48:5:3:9:77:6:17:46:31 chrX 84534383 . A C 595.02 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0055148;FXX=0.00884877;HRUN=10;LEN=1;MLLD=121.949;QD=21.2508;RBI=0.0442186;REFB=-0.00866189;REVB=0.0438734;RO=51;SAF=31;SAR=29;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106864;STB=0.510134;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00375057;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:51:52:60:60:0.535714:29:31:27:24:29:31:28:24 chrX 84534384 . A C 48.8 PASS AF=0.105263;AO=12;DP=114;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=-0.000974811;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=94.4551;QD=1.71241;RBI=0.00602405;REFB=0.00317748;REVB=-0.00594465;RO=102;SAF=11;SAR=1;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530461;STB=0.904566;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00829243;OID=.;OPOS=84534384;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:114:114:102:102:12:12:0.105263:1:11:50:52:1:11:50:52 chrX 84537206 . T C 260.55 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00816432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.793;QD=20.8436;RBI=0.00819113;REFB=0.00354673;REVB=0.000662188;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239863;STB=0.521423;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00356873;OID=.;OPOS=84537206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:24:25:0.5:9:15:15:10:9:16:15:10 chrX 84563135 . T A 3236.98 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.444;QD=61.9518;RBI=0.024473;REFB=0;REVB=0.0206859;RO=0;SAF=96;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04923e-05;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:209:0:0:207:209:1:111:96:0:0:112:97:0:0 chrX 85403837 . C T 979.19 PASS AF=0.459821;AO=100;DP=221;FAO=103;FDP=224;FR=.;FRO=121;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=0.0341125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0109;QD=17.4855;RBI=0.0370658;REFB=-0.0277688;REVB=0.0144987;RO=120;SAF=46;SAR=54;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230669;STB=0.50722;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.032757;OID=.;OPOS=85403837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:224:120:121:100:103:0.459821:54:46:58:62:55:48:58:63 chrX 86082784 . C T 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.00828771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.536;QD=12.0701;RBI=0.0228066;REFB=-0.0094761;REVB=-0.0212475;RO=43;SAF=15;SAR=11;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165659;STB=0.599696;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0158723;OID=.;OPOS=86082784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:44:26:26:0.371429:11:15:31:12:11:15:32:12 chrX 86887244 . C T 334.33 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0206568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.197;QD=16.7166;RBI=0.0210108;REFB=-0.0244122;REVB=0.00384044;RO=44;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307167;STB=0.517232;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0242042;OID=.;OPOS=86887244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:21:15:17:27:21:15:17:27 chrX 88008423 . A C 1703.94 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347904;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9126;QD=59.2676;RBI=0.091886;REFB=0;REVB=0.0850451;RO=2;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200972;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:116:115:2:0:113:115:1:49:64:0:2:51:64:0:0 chrX 88008807 . G A 52.35 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0340107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.956;QD=9.97065;RBI=0.041285;REFB=0.00140353;REVB=-0.0234035;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308108;STB=0.71791;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000269029;OID=.;OPOS=88008807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:20:21:12:13:7:8:0.380952:5:2:1:11:5:3:1:12 chrX 88009322 . A G 1510.28 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0134343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.228;QD=56.4589;RBI=0.0137118;REFB=-0.0879252;REVB=-0.00274497;RO=1;SAF=41;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747338;STB=0.501788;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.000234901;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:1:3:104:104:0.971963:63:41:0:1:63:41:1:2 chrX 88009687 . CCAGA C 77.25 PASS AF=0.21875;AO=20;DP=103;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.00381192;FXX=0.0495;HRUN=2;LEN=4;MLLD=285.807;QD=3.21873;RBI=0.00382874;REFB=-0.00305171;REVB=-0.000358585;RO=79;SAF=10;SAR=10;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880228;STB=0.59597;STBP=0.35;TYPE=del;VARB=0.0102058;OID=.;OPOS=88009688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875:20:103:21:96:75:11:10:30:45:77:79:10:10:34:45 chrX 88009700 . T C 155.95 PASS AF=0.225225;AO=25;DP=110;FAO=25;FDP=111;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.0063137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.079;QD=5.61991;RBI=0.0381708;REFB=-0.00379606;REVB=-0.037645;RO=85;SAF=12;SAR=13;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863119;STB=0.556881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.015116;OID=.;OPOS=88009700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:85:86:25:25:0.225225:13:12:35:50:13:12:35:51 chrX 90693458 . A T 2299.38 PASS AF=1;AO=122;DP=160;FAO=158;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=71;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270347;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.5422;QD=58.2121;RBI=0.161517;REFB=0;REVB=0.159239;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00422577;OID=.;OPOS=90693458;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:158:0:0:122:158:1:64:58:0:0:87:71:0:0 chrX 91578936 . G T 84.63 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00863049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.825;QD=10.5786;RBI=0.0119424;REFB=-0.025868;REVB=0.00825442;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795232;STB=0.51721;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0403413;OID=.;OPOS=91578936;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:21:21:10:11:0.34375:5:5:12:9:5:6:12:9 chrX 91585410 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00863374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.75;QD=51.1846;RBI=0.0168755;REFB=0;REVB=0.0144997;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19048e-05;OID=.;OPOS=91585410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chrX 91874939 . G A 220.4 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.00380934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.344;QD=24.4892;RBI=0.00979278;REFB=-0.0127566;REVB=0.0090215;RO=15;SAF=5;SAR=16;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116063;STB=0.564146;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00935388;OID=.;OPOS=91874939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:16:5:2:13:16:5:2:13 chrX 92927634 . G C 299.01 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0150273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.668;QD=16.1629;RBI=0.0150461;REFB=-0.014939;REVB=0.000751804;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157949;STB=0.588853;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0239768;OID=.;OPOS=92927634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:14:19:17:24:14:19:17:24 chrX 99355146 . C T 631.3 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.653;QD=61.5899;RBI=0.0532823;REFB=0;REVB=0.0235976;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.74718e-05;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chrX 99663194 . G T 212.11 PASS AF=0.325301;AO=28;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0543098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9834;QD=10.222;RBI=0.0613339;REFB=-0.0162292;REVB=0.0285007;RO=53;SAF=9;SAR=19;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199603;STB=0.633834;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.041128;OID=.;OPOS=99663194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:56:28:27:0.325301:19:9:26:27:19:8:27:29 chrX 99849017 . G A 255.67 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0623875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.123;QD=17.9419;RBI=0.0664609;REFB=-0.00744338;REVB=-0.0229096;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787366;STB=0.544011;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0123964;OID=.;OPOS=99849017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:16:12:10:19:16:12:10:19 chrX 99941705 . T C 434.78 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298128;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4039;QD=57.9709;RBI=0.0870694;REFB=0;REVB=0.0818063;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170858;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chrX 100098355 . TAAG T,TAAT 2336.88 PASS AF=0.925,0.075;AO=135,13;DP=157;FAO=148,12;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=62,7;FSAR=86,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117836,-0.0662476;FXX=0.0857094;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=161.537,83.3716;QD=58.422;RBI=0.0219467,0.06822;REFB=0,0;REVB=-0.018515,-0.0162857;RO=0;SAF=57,8;SAR=78,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00656999,-0.00831799;OID=.,.;OPOS=100098356,100098358;OREF=AAG,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925,0.075:135,13:157:148,12:160:0:62,7:86,5:0:0:36:0:57,8:78,5:0:0 chrX 100243459 . G T 1227.38 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.616;QD=61.3688;RBI=0.0516344;REFB=0;REVB=0.018227;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.82181e-05;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chrX 100245606 . A G 570.52 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719142;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2176;QD=57.0519;RBI=0.0807086;REFB=-0.128842;REVB=0.0366365;RO=2;SAF=25;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019078;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0048371;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:40:40:2:0:37:40:1:12:25:1:1:13:27:0:0 chrX 100375370 . TA T,TT 68.61 PASS AF=0.36,0;AO=7,3;DP=26;FAO=9,0;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00570163,-0.00632104;FXX=0.107105;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=245.417,245.164;QD=10.978;RBI=0.00666664,0.0102554;REFB=-0.00106477,-0.00110007;REVB=0.00345479,0.00807569;RO=14;SAF=1,1;SAR=6,2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.448782,-0.184841;STB=0.817349,0.5;STBP=0.039,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00361236,0.0088018;OID=.,.;OPOS=100375371,100375371;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36,0:7,3:26:9,0:25:16:1,0:8,0:8:8:52:14:1,1:6,2:7:7 chrX 100395663 . G T 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0149057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.763;QD=9.6005;RBI=0.0167026;REFB=-0.0225407;REVB=0.00753644;RO=37;SAF=12;SAR=5;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439292;STB=0.502615;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0350146;OID=.;OPOS=100395663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:5:12:26:11:5:12:26:11 chrX 100517135 . T C 527.44 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.00941312;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.662;QD=16.2289;RBI=0.00973072;REFB=-0.0153079;REVB=0.00246579;RO=72;SAF=27;SAR=30;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573678;STB=0.527678;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0182652;OID=.;OPOS=100517135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:73:57:57:0.438462:30:27:30:42:30:27:31:42 chrX 100518165 . T C 363.9 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0152354;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.638;QD=17.5374;RBI=0.0286134;REFB=-0.0026833;REVB=0.0242201;RO=44;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659806;STB=0.522643;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00550162;OID=.;OPOS=100518165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:44:45:37:38:0.457831:21:16:22:22:21:17:22:23 chrX 100532621 . T C 401.56 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00530175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.747;QD=16.5592;RBI=0.0600628;REFB=-0.0318097;REVB=0.0598283;RO=54;SAF=19;SAR=23;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157987;STB=0.593144;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0574409;OID=.;OPOS=100532621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:55:42:42:0.43299:23:19:33:21:23:19:34:21 chrX 100547933 . A G 1970.56 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2467;QD=62.0649;RBI=0.0377804;REFB=0;REVB=0.000344387;RO=0;SAF=46;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143611;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:81:46:0:0:81:46:0:0 chrX 100608191 . G A 466.06 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0401192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.462;QD=15.2805;RBI=0.0510308;REFB=-0.00816453;REVB=-0.0315372;RO=69;SAF=21;SAR=31;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623705;STB=0.539636;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00904705;OID=.;OPOS=100608191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:69:70:52:52:0.42623:31:21:32:37:31:21:33:37 chrX 100645467 . T C 317.08 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0083774;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.208;QD=15.0992;RBI=0.00868658;REFB=-0.00834367;REVB=0.00229692;RO=50;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148318;STB=0.502381;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0107911;OID=.;OPOS=100645467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:50:49:35:35:0.416667:17:18:25:25:17:18:25:24 chrX 100668489 . T G 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0310068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.33;QD=24.2744;RBI=0.031457;REFB=-0.0302381;REVB=0.00530315;RO=20;SAF=7;SAR=24;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267661;STB=0.520858;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0193991;OID=.;OPOS=100668489;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:24:7:4:16:24:7:4:17 chrX 100743037 . C T 246.73 PASS AF=0.317308;AO=30;DP=101;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0194574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.525;QD=9.48955;RBI=0.0243078;REFB=-0.0204814;REVB=-0.0145697;RO=70;SAF=20;SAR=10;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679116;STB=0.512188;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0398332;OID=.;OPOS=100743037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:70:71:30:33:0.317308:10:20:43:27:12:21:44:27 chrX 100743546 . C T 636.21 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00509561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.908;QD=21.7507;RBI=0.0144196;REFB=-0.0164224;REVB=0.0134892;RO=54;SAF=25;SAR=38;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233789;STB=0.512816;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.016166;OID=.;OPOS=100743546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:54:54:63:63:0.538462:38:25:20:34:38:25:20:34 chrX 100743826 . A G 154.04 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0206742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.945;QD=15.0279;RBI=0.0211611;REFB=-0.0136432;REVB=-0.00451357;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578709;STB=0.554389;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.024341;OID=.;OPOS=100743826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:24:16:17:0.414634:11:5:8:14:12:5:9:15 chrX 100745825 . T C 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0339748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.222;QD=12.2759;RBI=0.036165;REFB=-0.0126396;REVB=-0.0123943;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124217;STB=0.599886;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0229214;OID=.;OPOS=100745825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:32:17:17:0.346939:9:8:17:12:9:8:20:12 chrX 100748078 . A G 519.85 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6469;QD=59.4119;RBI=0.00396053;REFB=0;REVB=-0.00117203;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28817e-05;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chrX 100749127 . A G 71.06 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=28;FSRR=0;FWDB=-0.0161911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.357;QD=7.48006;RBI=0.0161911;REFB=-0.000528864;REVB=0;RO=28;SAF=10;SAR=0;SRF=28;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000915833;OID=.;OPOS=100749127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:0:10:28:0:0:10:28:0 chrX 100880857 . G A 427.12 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0321801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4937;QD=19.1964;RBI=0.0343014;REFB=-0.00255175;REVB=0.0118753;RO=45;SAF=20;SAR=23;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813567;STB=0.538525;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00227773;OID=.;OPOS=100880857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:46:43:43:0.483146:23:20:17:28:23:20:18:28 chrX 100911066 . C T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2995;QD=62.9811;RBI=0.0493424;REFB=0;REVB=-0.000771484;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398409;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chrX 100946613 . T C 1459.23 PASS AF=0.453216;AO=139;DP=326;FAO=155;FDP=342;FR=.;FRO=187;FSAF=79;FSAR=76;FSRF=73;FSRR=114;FWDB=0.0232538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.721;QD=17.067;RBI=0.0244259;REFB=-0.021274;REVB=-0.00747578;RO=187;SAF=63;SAR=76;SRF=73;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659259;STB=0.565085;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.02686;OID=.;OPOS=100946613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:342:187:187:139:155:0.453216:76:63:73:114:76:79:73:114 chrX 101091164 . T C 390.01 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0192296;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.359;QD=18.3535;RBI=0.0318977;REFB=-0.0272654;REVB=-0.0254497;RO=45;SAF=17;SAR=23;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187943;STB=0.510493;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0305487;OID=.;OPOS=101091164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:45:45:40:40:0.470588:23:17:20:25:23:17:20:25 chrX 101138792 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.216;QD=58.5872;RBI=0.0432451;REFB=0;REVB=0.0432305;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245723;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chrX 101911337 . C T 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0135018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.041;QD=14.8514;RBI=0.0222689;REFB=-0.0179944;REVB=0.0177089;RO=26;SAF=3;SAR=16;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583668;STB=0.830342;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0211255;OID=.;OPOS=101911337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:29:19:19:0.395833:16:3:19:7:16:3:20:9 chrX 101970316 . A C 717.24 PASS AF=0.450292;AO=77;DP=171;FAO=77;FDP=171;FR=.;FRO=94;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.00108808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.103;QD=16.7775;RBI=0.0209643;REFB=-0.0134134;REVB=-0.020936;RO=94;SAF=49;SAR=28;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118327;STB=0.565874;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0169683;OID=.;OPOS=101970316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:94:94:77:77:0.450292:28:49:49:45:28:49:49:45 chrX 102471531 . G T 1810.87 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000198015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.689;QD=59.3727;RBI=0.0010247;REFB=0.0331475;REVB=-0.00100538;RO=2;SAF=86;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00827305;STB=0.504356;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.000589081;OID=.;OPOS=102471531;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:2:2:120:120:0.983607:34:86:1:1:34:86:1:1 chrX 102564583 . A G 1105.03 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.139;QD=58.9347;RBI=0.0241844;REFB=-0.12488;REVB=-0.00020278;RO=1;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406901;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:75:1:0:74:75:1:40:34:0:1:41:34:0:0 chrX 102979486 . T C 1511.18 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.707;QD=63.6287;RBI=0.0433662;REFB=0;REVB=0.0310841;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192167;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:44:49:0:0:46:49:0:0 chrX 103042882 . T C 666.17 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00501284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.352;QD=22.5819;RBI=0.00551626;REFB=-0.0262779;REVB=0.00230231;RO=53;SAF=15;SAR=50;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153069;STB=0.584279;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0295992;OID=.;OPOS=103042882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:53:65:65:0.550847:50:15:20:33:50:15:20:33 chrX 103046526 . TG T 574.32 PASS AF=0.984127;AO=54;DP=65;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.122422;FXX=0.0307645;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.5232;QD=36.4644;RBI=0.126233;REFB=-0.0160537;REVB=0.030784;RO=3;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183527;STB=0.508769;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=0.00246325;OID=.;OPOS=103046527;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.984127:54:65:62:63:1:34:28:0:1:6:3:28:26:1:2 chrX 103267865 . C T 545.33 PASS AF=0.5;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0497915;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5708;QD=19.1342;RBI=0.0499514;REFB=-0.0360649;REVB=-0.0039932;RO=57;SAF=30;SAR=27;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110801;STB=0.561156;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0393988;OID=.;OPOS=103267865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:57:57:57:57:0.5:27:30:23:34:27:30:23:34 chrX 103268333 . G A 151.18 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0239094;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.489;QD=8.17199;RBI=0.0239305;REFB=-0.0025862;REVB=-0.00100487;RO=51;SAF=6;SAR=15;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234386;STB=0.655583;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00461044;OID=.;OPOS=103268333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:53:21:21:0.283784:15:6:24:27:15:6:26:27 chrX 104464276 . CA C,CC 204.36 PASS AF=1,0;AO=15,2;DP=18;FAO=17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436962,-0.125069;FXX=0.0555247;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.2014,7.12468;QD=48.0845;RBI=0.068528,0.164841;REFB=0,0;REVB=-0.0683886,-0.10738;RO=0;SAF=4,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33019e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00529301,0;OID=.,.;OPOS=104464277,104464277;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:15,2:18:17,0:17:0:5,0:12,0:0:0:4:0:4,1:11,1:0:0 chrX 104464281 . TC T 215.79 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.215236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.0194;QD=45.4298;RBI=0.219355;REFB=0;REVB=0.042309;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.30137;SSEP=0;SSSB=-0.0704612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0171012;OID=.;OPOS=104464282;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:19:19:19:0:7:12:0:0:4:1:6:12:1:0 chrX 104992963 . T C 296.33 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00307904;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.866;QD=14.8167;RBI=0.078342;REFB=0.00540501;REVB=0.0782815;RO=44;SAF=17;SAR=16;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769463;STB=0.5475;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00803228;OID=.;OPOS=104992963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:44:47:33:33:0.4125:16:17:26:18:16:17:28:19 chrX 105150510 . A T 67.39 PASS AF=0.0952381;AO=10;DP=105;FAO=10;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.00109396;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=238.152;QD=2.56714;RBI=0.0171459;REFB=-0.00344573;REVB=-0.017111;RO=69;SAF=1;SAR=9;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560479;STB=0.910153;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0376194;OID=.;OPOS=105150510;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:105:105:69:84:10:10:0.0952381:9:1:39:30:9:1:49:35 chrX 105152282 . G A 711.06 PASS AF=0.4375;AO=77;DP=176;FAO=77;FDP=176;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=64;FWDB=-0.00624401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.79;QD=16.1604;RBI=0.0253002;REFB=-0.0176611;REVB=-0.0245176;RO=99;SAF=33;SAR=44;SRF=35;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784432;STB=0.543613;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0172911;OID=.;OPOS=105152282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:99:99:77:77:0.4375:44:33:35:64:44:33:35:64 chrX 105153001 . A G 675.49 PASS AF=0.927273;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0540176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2237;QD=49.1267;RBI=0.0550306;REFB=-0.124743;REVB=0.0105106;RO=2;SAF=18;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494652;STB=0.511623;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00913484;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:54:55:2:4:50:51:0.927273:32:18:2:0:33:18:2:2 chrX 105278361 . C A 224.35 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.003577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.324;QD=11.9654;RBI=0.00574054;REFB=-0.0110944;REVB=0.00448987;RO=45;SAF=7;SAR=20;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212232;STB=0.504422;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0168989;OID=.;OPOS=105278361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:45:47:27:28:0.373333:20:7:11:34:21:7:12:35 chrX 106200202 . G A 2943.39 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268079;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0724;QD=62.9603;RBI=0.0268634;REFB=0.0482411;REVB=0.00172559;RO=0;SAF=93;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56266e-05;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:188:187:0:0:187:187:1:94:93:0:0:94:93:0:0 chrX 106893529 . TCA CAT,TCAT 63.24 PASS AF=0,0.245614;AO=3,17;DP=60;FAO=0,14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=0,4;FSAR=0,10;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0518646,-0.0483103;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=3,1;MLLD=52.0151,42.4718;QD=4.4379;RBI=0.086765,0.0703448;REFB=-0.00512865,-0.0220952;REVB=-0.0695574,-0.0511322;RO=38;SAF=0,6;SAR=3,11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.501772,-0.144637;STB=0.5,0.628223;STBP=1,0.299;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.133388;OID=.,.;OPOS=106893529,106893532;OREF=TCA,-;OALT=CAT,T;OMAPALT=CAT,TCAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:63:60:57:38:43:3,17:0,14:0,0.245614:3,11:0,6:18:20:0,10:0,4:19:24 chrX 107037795 . C A 348.01 PASS AF=0.355372;AO=42;DP=120;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00611538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8795;QD=11.5045;RBI=0.0806367;REFB=-0.0168669;REVB=-0.0804045;RO=75;SAF=22;SAR=20;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106859;STB=0.517313;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0174858;OID=.;OPOS=107037795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:75:78:42:43:0.355372:20:22:40:35:21:22:42:36 chrX 107084075 . A C 357.08 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0010498;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5676;QD=19.566;RBI=0.065494;REFB=-0.0405025;REVB=-0.0654856;RO=36;SAF=8;SAR=28;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216552;STB=0.603713;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0381755;OID=.;OPOS=107084075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:36:36:37:0.506849:28:8:15:21:28:9:15:21 chrX 107224660 . C T 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.039407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.946;QD=14.0966;RBI=0.0549399;REFB=-0.00360643;REVB=0.0382817;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279998;STB=0.691964;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00479445;OID=.;OPOS=107224660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:11:2:6:11:11:2:7:11 chrX 107417730 . G A 629.45 PASS AF=0.452055;AO=63;DP=144;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.0167422;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.78;QD=17.2453;RBI=0.0167732;REFB=-0.00808845;REVB=-0.00101836;RO=77;SAF=30;SAR=33;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731969;STB=0.530294;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0108451;OID=.;OPOS=107417730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:77:80:63:66:0.452055:33:30:31:46:36:30:32:48 chrX 107418906 . A G 1677.23 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.133;QD=60.4406;RBI=0.0719189;REFB=0;REVB=0.0644228;RO=0;SAF=41;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65433e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258271;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:70:41:0:0:70:41:0:0 chrX 107431903 . G A 1362.91 PASS AF=0.528455;AO=129;DP=244;FAO=130;FDP=246;FR=.;FRO=116;FSAF=37;FSAR=93;FSRF=37;FSRR=79;FWDB=-0.0158782;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.301;QD=22.1611;RBI=0.0175695;REFB=-0.0202142;REVB=-0.0075215;RO=112;SAF=36;SAR=93;SRF=34;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025586;STB=0.51955;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0198429;OID=.;OPOS=107431903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:246:112:116:129:130:0.528455:93:36:34:78:93:37:37:79 chrX 107433688 . A G 1053.14 PASS AF=0.519608;AO=104;DP=203;FAO=106;FDP=204;FR=.;FRO=98;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=34;FSRR=64;FWDB=0.00679626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.232;QD=20.6498;RBI=0.0067977;REFB=0.00473481;REVB=0.000139828;RO=96;SAF=44;SAR=60;SRF=32;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818271;STB=0.53858;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00477856;OID=.;OPOS=107433688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:96:98:104:106:0.519608:60:44:32:64:61:45:34:64 chrX 107449592 . G A 311.47 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0251901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.342;QD=19.1674;RBI=0.0295382;REFB=-0.0489309;REVB=-0.0154261;RO=32;SAF=23;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131995;STB=0.573758;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0345145;OID=.;OPOS=107449592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:10:23:18:14:10:23:18:14 chrX 107457351 . G A 977.5 PASS AF=0.614286;AO=86;DP=140;FAO=86;FDP=140;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00599251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5655;QD=27.9285;RBI=0.0581019;REFB=-0.00269162;REVB=0.057792;RO=54;SAF=37;SAR=49;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102798;STB=0.555691;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00236892;OID=.;OPOS=107457351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:54:54:86:86:0.614286:49:37:31:23:49:37:31:23 chrX 107464388 . G C 197.75 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.0281605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0133;QD=14.6479;RBI=0.0303064;REFB=-0.033625;REVB=0.011201;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223452;STB=0.625958;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0510571;OID=.;OPOS=107464388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:24:7:10:13:24:7 chrX 107827780 . G A 1436.29 PASS AF=0.485149;AO=147;DP=303;FAO=147;FDP=303;FR=.;FRO=156;FSAF=48;FSAR=99;FSRF=48;FSRR=108;FWDB=-0.0161335;FXX=0.0130289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.199;QD=18.9609;RBI=0.0204229;REFB=-0.0132111;REVB=-0.0125222;RO=147;SAF=48;SAR=99;SRF=47;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00707366;STB=0.51111;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0100032;OID=.;OPOS=107827780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:147:156:147:147:0.485149:99:48:47:100:99:48:48:108 chrX 107829907 . G C 1128.46 PASS AF=0.45283;AO=120;DP=266;FAO=120;FDP=265;FR=.;FRO=145;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=85;FSRR=60;FWDB=0.00445804;FXX=0.00749036;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.735;QD=17.0333;RBI=0.0101704;REFB=-0.00310912;REVB=0.0091413;RO=143;SAF=64;SAR=56;SRF=84;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053637;STB=0.529168;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00381682;OID=.;OPOS=107829907;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:143:145:120:120:0.45283:56:64:84:59:56:64:85:60 chrX 107834453 . T G 635.13 PASS AF=0.538462;AO=61;DP=115;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0267158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5016;QD=21.714;RBI=0.031984;REFB=-0.0267277;REVB=0.0175852;RO=54;SAF=33;SAR=28;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981328;STB=0.55238;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0214704;OID=.;OPOS=107834453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:54:54:61:63:0.538462:28:33:23:31:29:34:23:31 chrX 107845128 . T C 2333.14 PASS AF=0.496829;AO=234;DP=472;FAO=235;FDP=473;FR=.;FRO=238;FSAF=113;FSAR=122;FSRF=118;FSRR=120;FWDB=-0.00355553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1406;QD=19.7306;RBI=0.0469517;REFB=-0.0123697;REVB=-0.0468169;RO=232;SAF=113;SAR=121;SRF=118;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234099;STB=0.507527;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0145358;OID=.;OPOS=107845128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:473:232:238:234:235:0.496829:121:113:118:114:122:113:118:120 chrX 107850076 . G A 339.72 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0028072;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.73;QD=17.4213;RBI=0.0212744;REFB=-0.0133772;REVB=-0.0210884;RO=36;SAF=18;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249528;STB=0.512813;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0134795;OID=.;OPOS=107850076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:78:36:42:36:36:0.461538:18:18:19:17:18:18:20:22 chrX 107909784 . A G 829.15 PASS AF=0.423963;AO=92;DP=217;FAO=92;FDP=217;FR=.;FRO=125;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=49;FSRR=76;FWDB=-0.0482548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1806;QD=15.2839;RBI=0.0544589;REFB=-0.0134853;REVB=0.0252437;RO=125;SAF=33;SAR=59;SRF=49;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368873;STB=0.520602;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0180459;OID=.;OPOS=107909784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:125:125:92:92:0.423963:59:33:49:76:59:33:49:76 chrX 107913935 . A G 389.86 PASS AF=0.44086;AO=40;DP=96;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0289267;FXX=0.0510152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0693;QD=16.7682;RBI=0.0311427;REFB=-0.00574632;REVB=0.0115376;RO=49;SAF=25;SAR=15;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960313;STB=0.555893;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00958561;OID=.;OPOS=107913935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:49:52:40:41:0.44086:15:25:26:23:15:26:28:24 chrX 107976940 . G C 128.82 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0233002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5643;QD=12.568;RBI=0.023421;REFB=-0.00255292;REVB=0.00237603;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257259;STB=0.515131;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00290346;OID=.;OPOS=107976940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:6:9:15:11:6:9:15:11 chrX 107979512 . C T 676.37 PASS AF=0.43787;AO=74;DP=169;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=61;FWDB=0.0146143;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.609;QD=16.0088;RBI=0.0265175;REFB=-0.037166;REVB=-0.0221269;RO=93;SAF=30;SAR=44;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531153;STB=0.527984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0514647;OID=.;OPOS=107979512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:93:95:74:74:0.43787:44:30:33:60:44:30:34:61 chrX 108297375 . T C 2785.65 PASS AF=0.958115;AO=183;DP=192;FAO=183;FDP=191;FR=.;FRO=8;FSAF=56;FSAR=127;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00608413;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.615;QD=58.3382;RBI=0.0245699;REFB=-0.0578119;REVB=-0.0238047;RO=8;SAF=56;SAR=127;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526273;STB=0.502767;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0020845;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:192:191:8:8:183:183:0.958115:127:56:2:6:127:56:2:6 chrX 108297445 . A G 4828.27 PASS AF=0.975309;AO=311;DP=320;FAO=316;FDP=324;FR=.;FRO=8;FSAF=120;FSAR=196;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00152145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.841;QD=59.6082;RBI=0.010277;REFB=-0.0287976;REVB=0.0101638;RO=8;SAF=120;SAR=191;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00686284;STB=0.503406;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.000653019;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:320:324:8:8:311:316:0.975309:191:120:2:6:196:120:2:6 chrX 108297500 . G C 3019.89 PASS AF=0.962085;AO=201;DP=209;FAO=203;FDP=211;FR=.;FRO=8;FSAF=71;FSAR=132;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.034515;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.295;QD=57.2491;RBI=0.0366345;REFB=-0.0152007;REVB=0.01228;RO=8;SAF=71;SAR=130;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00173344;STB=0.501051;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.000325334;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:209:211:8:8:201:203:0.962085:130:71:3:5:132:71:3:5 chrX 108297573 . A G 506.01 PASS AF=0.883721;AO=36;DP=42;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0304665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8923;QD=47.0705;RBI=0.0363813;REFB=-0.0279001;REVB=-0.0198844;RO=6;SAF=6;SAR=30;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9943e-08;STB=0.509086;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00886994;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:42:43:6:5:36:38:0.883721:30:6:1:5:32:6:1:4 chrX 108297602 . T C 647.19 PASS AF=0.955556;AO=41;DP=44;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00421069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.29;QD=57.5281;RBI=0.00462357;REFB=0.00231479;REVB=-0.00190985;RO=2;SAF=4;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246963;STB=0.512494;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.000157823;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:45:2:2:41:43:0.955556:37:4:0:2:39:4:0:2 chrX 108297641 . G A 671.75 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0911401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5399;QD=52.6859;RBI=0.0959435;REFB=-0.0683097;REVB=0.0299771;RO=2;SAF=3;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123572;STB=0.566124;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00409877;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:46:3:1:1:46:3:1:1 chrX 108297675 . G GC,GCC 276.48 PASS AF=0.918367,0.0816327;AO=23,20;DP=52;FAO=45,4;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=4,1;FSAR=41,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570217,0.0236502;FXX=0.0576812;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.90963,9.32918;QD=22.5697;RBI=0.222998,0.109904;REFB=0.0613489,0.0826541;REVB=-0.215584,-0.107329;RO=6;SAF=2,1;SAR=21,19;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.229025,-0.376217;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0719365,0.0395646;OID=.,.;OPOS=108297676,108297676;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.918367,0.0816327:23,20:52:45,4:49:0:4,1:41,3:0:0:7:6:2,1:21,19:2:4 chrX 108297699 . T C 298.6 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0135395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.661;QD=45.9391;RBI=0.0187092;REFB=-0.00606498;REVB=-0.0129119;RO=2;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317672;STB=0.517226;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000192355;OID=.;OPOS=108297699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:26:26:2:2:22:22:0.846154:15:7:1:1:15:7:1:1 chrX 108297702 . A G 266.63 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0339774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.401;QD=44.439;RBI=0.0362714;REFB=-0.0278285;REVB=-0.0126945;RO=2;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272783;STB=0.514836;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00225175;OID=.;OPOS=108297702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:24:24:2:2:20:20:0.833333:13:7:1:1:13:7:1:1 chrX 108297713 . T C 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00834533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.468;QD=37.8929;RBI=0.0113327;REFB=-0.0478769;REVB=0.00766722;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0126571;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:0:1:5:7:0:1 chrX 108297793 . CT C,CC 87.34 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=4,5;DP=9;FAO=6,3;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427756,0.00918314;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.163,204.634;QD=38.8193;RBI=0.0427762,0.0091862;REFB=0,0;REVB=0.00023158,0.000236956;RO=0;SAF=0,4;SAR=4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00335222,-0.0574862;OID=.,.;OPOS=108297794,108297794;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.666667,0.333333:4,5:9:6,3:9:0:2,2:4,1:0:0:13:0:0,4:4,1:0:0 chrX 108297832 . A G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.07;QD=34.6647;RBI=0.0447554;REFB=-0.0310826;REVB=-0.0409586;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0133814;OID=.;OPOS=108297832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:1:0:4:6:1:0 chrX 108708516 . C T 1802.96 PASS AF=0.991803;AO=118;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018854;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.897;QD=59.1133;RBI=0.0234213;REFB=-0.118679;REVB=-0.0138955;RO=0;SAF=47;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14664e-08;STB=0.50495;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000256295;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:122:0:1:118:121:0.991803:71:47:0:0:71:50:1:0 chrX 108867302 . A T 225.94 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0334827;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.409;QD=17.0521;RBI=0.0345238;REFB=-0.0166649;REVB=-0.00841431;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00136784;STB=0.508314;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0178736;OID=.;OPOS=108867302;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:13:12:13:14:13:12:13:15 chrX 112099286 . G A 1632.86 PASS AF=0.957265;AO=110;DP=115;FAO=112;FDP=117;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=78;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00744844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.722;QD=55.8244;RBI=0.0240862;REFB=-0.0251191;REVB=0.0229056;RO=5;SAF=33;SAR=77;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480248;STB=0.524597;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00199802;OID=.;OPOS=112099286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:115:117:5:5:110:112:0.957265:77:33:4:1:78:34:4:1 chrX 113193211 . A T 271.65 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0054791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.798;QD=20.8963;RBI=0.0371756;REFB=-0.0197814;REVB=-0.0367696;RO=24;SAF=22;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297262;STB=0.640301;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.011657;OID=.;OPOS=113193211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:27:28:0.538462:5:22:13:11:6:22:13:11 chrX 113219823 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0257257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.314;QD=9.09983;RBI=0.0329187;REFB=-0.000392258;REVB=-0.0205384;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319811;STB=0.691927;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00112015;OID=.;OPOS=113219823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:14:5:5:4:14:5 chrX 114425196 . G A 120.58 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.00187871;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.259;QD=20.9708;RBI=0.0241092;REFB=-0.0241739;REVB=-0.0240359;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.534741;STB=0.777401;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00521061;OID=.;OPOS=114425196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:25:23:12:10:13:13:0.565217:4:9:0:12:4:9:0:10 chrX 114425210 . G A 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0259592;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.532;QD=5.57583;RBI=0.0285806;REFB=-0.00735315;REVB=-0.0119571;RO=24;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.644707;STB=0.903817;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0297581;OID=.;OPOS=114425210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:1:6:6:18:1:6:6:18 chrX 114425400 . G A 239.27 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8562;QD=50.3716;RBI=0.0402496;REFB=0;REVB=-0.0098115;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660204;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chrX 114426171 . C T 88.81 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0625827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.289;QD=27.3275;RBI=0.135607;REFB=-0.0789742;REVB=0.120303;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29369;STB=0.666324;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0181208;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:7:3:3:0:7:3:3:0 chrX 114426917 . C T 692.67 PASS AF=0.978723;AO=43;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0492378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5076;QD=58.9506;RBI=0.143088;REFB=-0.0865124;REVB=0.13435;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240734;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00225967;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:47:1:1:43:46:0.978723:24:19:1:0:26:20:1:0 chrX 115590299 . C G 644.74 PASS AF=0.591837;AO=56;DP=98;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0149278;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2704;QD=26.3158;RBI=0.0229707;REFB=-0.0610867;REVB=0.0174589;RO=38;SAF=34;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618343;STB=0.525512;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0465696;OID=.;OPOS=115590299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:38:40:56:58:0.591837:22:34:20:18:24:34:21:19 chrX 117700140 . C CG 563.09 PASS AF=1;AO=7;DP=61;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133113;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=18.1486;QD=41.7104;RBI=0.141331;REFB=0;REVB=0.0474908;RO=54;SAF=5;SAR=2;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00385408;OID=.;OPOS=117700141;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:61:54:54:0:24:30:0:0:4:54:5:2:24:30 chrX 117700141 . A G 606.68 PASS AF=0.962963;AO=46;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.195456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8955;QD=44.9393;RBI=0.205533;REFB=-0.135863;REVB=0.0635671;RO=8;SAF=18;SAR=28;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101634;STB=0.502164;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0194515;OID=.;OPOS=117700141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:8:2:46:52:0.962963:28:18:6:2:29:23:1:1 chrX 117819773 . A C 559.69 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.00272309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.217;QD=19.1346;RBI=0.00504433;REFB=-0.00635989;REVB=0.00424618;RO=59;SAF=26;SAR=32;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150817;STB=0.583003;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00665222;OID=.;OPOS=117819773;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:58:58:0.495726:32:26:17:42:32:26:17:42 chrX 117819902 . A G 457.62 PASS AF=0.494624;AO=45;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0358622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.366;QD=19.6826;RBI=0.0358908;REFB=-0.0174527;REVB=0.00143235;RO=47;SAF=20;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00220076;STB=0.50617;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0176705;OID=.;OPOS=117819902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:45:46:0.494624:25:20:21:26:26:20:21:26 chrX 117904433 . T C 263.39 PASS AF=0.407895;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0119775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.666;QD=13.8624;RBI=0.0249862;REFB=-0.0350188;REVB=-0.0219282;RO=45;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151298;STB=0.593347;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0375801;OID=.;OPOS=117904433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:45:45:30:31:0.407895:13:17:19:26:13:18:19:26 chrX 117938928 . G A 497.71 PASS AF=0.413534;AO=55;DP=133;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.00712729;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.148;QD=14.9689;RBI=0.0427408;REFB=-0.0194437;REVB=-0.0421424;RO=78;SAF=27;SAR=28;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574892;STB=0.532299;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0270439;OID=.;OPOS=117938928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:78:78:55:55:0.413534:28:27:34:44:28:27:34:44 chrX 118108785 . T C 694.78 PASS AF=0.492857;AO=69;DP=140;FAO=69;FDP=140;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0324504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.982;QD=19.8509;RBI=0.037034;REFB=-0.0234953;REVB=-0.0178462;RO=71;SAF=37;SAR=32;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382142;STB=0.521079;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0243225;OID=.;OPOS=118108785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:71:71:69:69:0.492857:32:37:41:30:32:37:41:30 chrX 118146810 . C T 444.96 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.0120127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.38;QD=17.9781;RBI=0.0165817;REFB=0.00532972;REVB=-0.0114302;RO=51;SAF=21;SAR=24;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187566;STB=0.594481;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00700552;OID=.;OPOS=118146810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:54:45:45:0.454545:24:21:14:37:24:21:16:38 chrX 118148229 . A G 401.12 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00835144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.662;QD=24.3104;RBI=0.0278124;REFB=-0.010602;REVB=0.0265289;RO=27;SAF=18;SAR=21;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128342;STB=0.507039;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0057068;OID=.;OPOS=118148229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:21:18:12:15:21:18:12:15 chrX 118219347 . T C 365.52 PASS AF=0.567164;AO=35;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0155647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.746;QD=21.8219;RBI=0.0357383;REFB=-0.0116166;REVB=0.0321709;RO=28;SAF=25;SAR=10;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358594;STB=0.502731;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00836668;OID=.;OPOS=118219347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:29:35:38:0.567164:10:25:21:7:12:26:20:9 chrX 118220720 . A G 85.7 PASS AF=0.22807;AO=12;DP=56;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0228601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8509;QD=6.01382;RBI=0.0230713;REFB=-0.00977243;REVB=-0.00311498;RO=44;SAF=9;SAR=3;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219993;STB=0.585662;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.031276;OID=.;OPOS=118220720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:56:57:44:44:12:13:0.22807:3:9:26:18:4:9:26:18 chrX 118222360 . T A 256.98 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0465509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.699;QD=16.0615;RBI=0.046553;REFB=-0.0330184;REVB=0.000438676;RO=34;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13724;STB=0.571378;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0472099;OID=.;OPOS=118222360;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:20:9:15:19:20:9:15:20 chrX 118281538 . C A 1172.02 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4317;QD=60.884;RBI=0.052539;REFB=0;REVB=0.0503381;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363039;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:46:30:0:0:47:30:0:0 chrX 118557712 . A C 171.87 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0245633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5563;QD=11.0886;RBI=0.0278971;REFB=-0.0211224;REVB=-0.0132247;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069001;STB=0.575153;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0528508;OID=.;OPOS=118557712;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:40:22:22:0.354839:9:13:19:17:9:13:19:21 chrX 118587003 . C T 99.35 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00783574;FXX=0.0605877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.934;QD=12.8194;RBI=0.0209173;REFB=0.00213587;REVB=0.0193942;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24777;STB=0.622422;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0033394;OID=.;OPOS=118587003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:17:19:12:12:0.387097:9:3:8:9:9:3:8:11 chrX 118587321 . A G 147.91 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0340008;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9154;QD=16.904;RBI=0.0408403;REFB=-0.0271448;REVB=0.0226247;RO=20;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314878;STB=0.664884;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0184702;OID=.;OPOS=118587321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:19:16:16:0.457143:13:3:9:11:13:3:8:11 chrX 118602583 . G C 986.35 PASS AF=0.427451;AO=109;DP=255;FAO=109;FDP=255;FR=.;FRO=146;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=84;FSRR=62;FWDB=0.0107562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.174;QD=15.4722;RBI=0.0151478;REFB=-0.0147687;REVB=0.0106658;RO=146;SAF=45;SAR=64;SRF=84;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16675;STB=0.592831;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0213745;OID=.;OPOS=118602583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:146:146:109:109:0.427451:64:45:84:62:64:45:84:62 chrX 118603844 . T G 1559.05 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00896501;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.692;QD=58.8322;RBI=0.0293166;REFB=-0.129871;REVB=-0.0279122;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.504424;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000267838;OID=.;OPOS=118603844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:0:1:105:105:0.990566:49:56:0:0:49:56:1:0 chrX 118604436 . T A,C 714.18 PASS AF=0.0545455,0.909091;AO=3,51;DP=56;FAO=3,50;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=1,29;FSAR=2,21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0332112,0.0331846;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=32.1984,88.3616;QD=51.9401;RBI=0.0333023,0.0366908;REFB=-0.129913,-0.134035;REVB=-0.0024617,-0.0156525;RO=2;SAF=1,29;SAR=2,22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.39997,-0.0313711;STB=0.74849,0.51666;STBP=0.297,0.302;TYPE=snp,snp;VARB=0.00756869,-0.00173029;OID=.,.;OPOS=118604436,118604436;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:56:55:2:2:3,51:3,50:0.0545455,0.909091:2,22:1,29:2:0:2,21:1,29:2:0 chrX 118678364 . G A 441.12 PASS AF=0.465347;AO=46;DP=100;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00167659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.561;QD=17.47;RBI=0.00174916;REFB=-0.00819916;REVB=0.000498591;RO=50;SAF=15;SAR=31;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134756;STB=0.579662;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0068697;OID=.;OPOS=118678364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:50:54:46:47:0.465347:31:15:23:27:31:16:26:28 chrX 118699320 . A G 2149.01 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424611;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.619;QD=63.2061;RBI=0.0138717;REFB=0;REVB=0.0132059;RO=0;SAF=62;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500941;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:136:0:0:136:136:1:74:62:0:0:74:62:0:0 chrX 118892888 . G C 59.08 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4908;QD=33.7619;RBI=0.232074;REFB=0;REVB=-0.0672954;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0143536;OID=.;OPOS=118892888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:1:0:6:7:1:3:3:1:0:3:4:0:0 chrX 118893054 . C A 202.75 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0707789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7809;QD=42.685;RBI=0.0708098;REFB=-0.0956347;REVB=-0.00209305;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.529379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0268259;OID=.;OPOS=118893054;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:19:1:1:17:18:0.947368:7:10:0:1:8:10:0:1 chrX 118893137 . T C 124.7 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000720615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.7545;QD=41.5675;RBI=0.0699135;REFB=0;REVB=-0.0699098;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331218;OID=.;OPOS=118893137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:8:4:0:0 chrX 118893413 . T C 1530.46 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.763;QD=59.4354;RBI=0.0353289;REFB=0;REVB=0.00621846;RO=0;SAF=39;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116513;OID=.;OPOS=118893413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:63:39:0:0:63:40:0:0 chrX 119005705 . C G 484.34 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0481064;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.244;QD=53.8155;RBI=0.0541955;REFB=-0.122267;REVB=0.0249584;RO=2;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549101;STB=0.529394;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00342699;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:36:2:2:34:34:0.944444:16:18:0:2:16:18:0:2 chrX 119387832 . TC GA,TCTGA 299.48 PASS AF=0,0.888889;AO=3,21;DP=30;FAO=0,24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=0,14;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0033117,0.02506;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,3;MLLD=106.096,188.828;QD=44.3675;RBI=0.00342566,0.0381568;REFB=-0.0329363,-0.0402079;REVB=0.000876216,0.0287739;RO=4;SAF=3,12;SAR=0,9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.729277,0.0948042;STB=0.5,0.565163;STBP=1,0.069;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.000271099;OID=.,.;OPOS=119387832,119387834;OREF=TC,-;OALT=GA,TGA;OMAPALT=GA,TCTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:30:27:4:3:3,21:0,24:0,0.888889:0,9:3,12:1:3:0,10:0,14:0:3 chrX 119389966 . C T 387.42 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.797;QD=53.437;RBI=0.0747939;REFB=0;REVB=0.0548474;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176219;OID=.;OPOS=119389966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:16:11:0:0:17:12:0:0 chrX 119390465 . A G 390.54 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.122;QD=55.7916;RBI=0.0475;REFB=0;REVB=-0.00567297;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200918;OID=.;OPOS=119390465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:24:28:1:12:12:0:0:13:15:0:0 chrX 119391880 . G A 358.31 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7184;QD=55.1249;RBI=0.0253194;REFB=0;REVB=-0.0196602;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65923e-05;OID=.;OPOS=119391880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:14:12:0:0 chrX 119576455 . G C 393.67 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0207995;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7259;QD=20.188;RBI=0.0225332;REFB=-0.0338816;REVB=-0.00866752;RO=37;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607824;STB=0.538442;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0259117;OID=.;OPOS=119576455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:37:38:40:40:0.512821:19:21:22:15:20:20:22:16 chrX 119590533 . T A 1808.54 PASS AF=0.46798;AO=185;DP=400;FAO=190;FDP=406;FR=.;FRO=216;FSAF=117;FSAR=73;FSRF=132;FSRR=84;FWDB=0.00862529;FXX=0.00245694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8405;QD=17.8182;RBI=0.0379424;REFB=-0.0161984;REVB=0.036949;RO=211;SAF=114;SAR=71;SRF=130;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000104788;STB=0.502627;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0204464;OID=.;OPOS=119590533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:406:211:216:185:190:0.46798:71:114:130:81:73:117:132:84 chrX 120008979 . T C 645.61 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.641;QD=57.3872;RBI=0.187859;REFB=-0.0774036;REVB=0.186277;RO=0;SAF=37;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970072;OID=.;OPOS=120008979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:45:0:0:40:45:1:3:37:0:0:5:40:0:0 chrX 122250996 . G T 1340.7 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.865;QD=61.6412;RBI=0.0549754;REFB=0;REVB=0.00716631;RO=0;SAF=30;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300235;OID=.;OPOS=122250996;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:55:30:0:0:55:32:0:0 chrX 122318386 . A AG 2528.1 PASS AF=1;AO=159;DP=170;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256254;FXX=0.0238081;HRUN=0;LEN=1;MLLD=225.917;QD=61.661;RBI=0.0263119;REFB=0;REVB=0.00597105;RO=4;SAF=81;SAR=78;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229122;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.74778e-06;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:159:170:164:164:0:84:80:0:0:14:4:81:78:4:0 chrX 122336600 . T TG 772.94 PASS AF=1;AO=75;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.9124;QD=33.6059;RBI=0.0928416;REFB=-0.0270225;REVB=0.0842189;RO=16;SAF=30;SAR=45;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00860767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00632125;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:94:92:92:0:39:53:0:0:11:16:30:45:6:10 chrX 122338337 . A G 894.04 PASS AF=0.546584;AO=86;DP=159;FAO=88;FDP=161;FR=.;FRO=73;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0248366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.287;QD=22.212;RBI=0.0272021;REFB=-0.025338;REVB=-0.011095;RO=73;SAF=45;SAR=41;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059741;STB=0.537172;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0177282;OID=.;OPOS=122338337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:73:73:86:88:0.546584:41:45:33:40:41:47:33:40 chrX 122537277 . T C 1111.12 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.623;QD=60.0605;RBI=0.0369381;REFB=0;REVB=0.0362803;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160335;OID=.;OPOS=122537277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:34:38:0:0:35:39:0:0 chrX 123041043 . A G 194.45 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0117977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.254;QD=17.2848;RBI=0.0129149;REFB=-0.0390916;REVB=-0.00525431;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827652;STB=0.57136;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0388669;OID=.;OPOS=123041043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:25:19:20:0.444444:12:7:7:17:12:8:7:18 chrX 123042424 . G A 676.5 PASS AF=0.536585;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=123;FR=.;FRO=57;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00550314;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.226;QD=22.0001;RBI=0.00550348;REFB=-0.00870632;REVB=-6.08447e-05;RO=57;SAF=44;SAR=22;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228702;STB=0.625659;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00895627;OID=.;OPOS=123042424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:57:57:66:66:0.536585:22:44:23:34:22:44:23:34 chrX 123042707 . T C 1510.9 PASS AF=0.461538;AO=154;DP=337;FAO=156;FDP=338;FR=.;FRO=182;FSAF=79;FSAR=77;FSRF=90;FSRR=92;FWDB=0.0263972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.966;QD=17.8804;RBI=0.0280332;REFB=-0.00546802;REVB=0.00943656;RO=181;SAF=77;SAR=77;SRF=90;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00270335;STB=0.506409;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00656789;OID=.;OPOS=123042707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:338:181:182:154:156:0.461538:77:77:90:91:77:79:90:92 chrX 123043324 . TGTATA T,TGTCTA 325.56 PASS AF=0.298246,0.0701754;AO=33,8;DP=119;FAO=34,8;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=10,5;FSAR=24,3;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.00149971,0.0850687;FXX=0.0256388;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=203.271,49.2846;QD=11.423;RBI=0.00996951,0.0851027;REFB=-0.0180651,-0.00810476;REVB=0.00985607,-0.00240474;RO=73;SAF=9,5;SAR=24,3;SRF=28;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.149981,0.273992;STB=0.57282,0.703121;STBP=0.339,0.287;TYPE=del,snp;VARB=0.0325865,0.0189411;OID=.,.;OPOS=123043325,123043327;OREF=GTATA,A;OALT=-,C;OMAPALT=T,TGTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298246,0.0701754:33,8:119:34,8:114:72:10,5:24,3:28:44:99:73:9,5:24,3:28:45 chrX 124456399 . A G 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0401117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.155;QD=7.04843;RBI=0.0427123;REFB=-0.0131007;REVB=-0.0146761;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326529;STB=0.69958;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.047395;OID=.;OPOS=124456399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:5:17:4:4:5:17 chrX 124456694 . T C 66.88 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0224282;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.417;QD=10.701;RBI=0.023847;REFB=-0.00896124;REVB=-0.00810276;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145075;STB=0.586972;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.01633;OID=.;OPOS=124456694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:5:11:5:4:5:11 chrX 125298690 . G A 2277.8 PASS AF=1;AO=150;DP=153;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268228;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.166;QD=60.3392;RBI=0.117801;REFB=-0.0535762;REVB=0.114707;RO=0;SAF=84;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286397;OID=.;OPOS=125298690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:153:151:0:0:150:151:1:66:84:0:0:66:85:0:0 chrX 125299188 . T G 782.68 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.778;QD=56.9219;RBI=0.00892764;REFB=0;REVB=0.00124087;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19448e-05;OID=.;OPOS=125299188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:37:17:0:0:38:17:0:0 chrX 125299467 . G T 2224.72 PASS AF=0.967949;AO=151;DP=156;FAO=151;FDP=156;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0182734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7714;QD=57.044;RBI=0.018317;REFB=-0.0434074;REVB=-0.00126326;RO=2;SAF=76;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125139;STB=0.509719;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0042601;OID=.;OPOS=125299467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:156:156:2:5:151:151:0.967949:75:76:0:2:75:76:1:4 chrX 125954900 . C T 410.58 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00549081;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.648;QD=19.7871;RBI=0.0073704;REFB=0.0222143;REVB=-0.00491669;RO=41;SAF=23;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088084;STB=0.555005;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0223265;OID=.;OPOS=125954900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:41:42:41:41:0.493976:18:23:19:22:18:23:19:23 chrX 125955199 . T C 527.53 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00542961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.882;QD=20.8924;RBI=0.00781396;REFB=-0.014314;REVB=-0.00561937;RO=48;SAF=25;SAR=28;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102534;STB=0.556373;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0117079;OID=.;OPOS=125955199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:48:53:53:0.524752:28:25:17:31:28:25:17:31 chrX 125955428 . G A 1222.26 PASS AF=0.482759;AO=125;DP=262;FAO=126;FDP=261;FR=.;FRO=135;FSAF=84;FSAR=42;FSRF=84;FSRR=51;FWDB=-0.00239073;FXX=0.00760427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.878;QD=18.732;RBI=0.0612408;REFB=-0.0196713;REVB=0.0611941;RO=134;SAF=84;SAR=41;SRF=82;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624097;STB=0.52542;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0218719;OID=.;OPOS=125955428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:134:135:125:126:0.482759:41:84:82:52:42:84:84:51 chrX 128633813 . T A 61.15 PASS AF=0.145455;AO=7;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=37;FWDB=-0.00823794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.134;QD=4.44759;RBI=0.044279;REFB=-0.0115757;REVB=-0.0435059;RO=41;SAF=7;SAR=0;SRF=6;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.81271;STB=0.949342;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00622387;OID=.;OPOS=128633813;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:55:55:41:44:7:8:0.145455:0:7:6:35:1:7:7:37 chrX 128682521 . CTTTTTTTTC CTTTTTTT,CTTTTTTTC 65.86 PASS AF=0,0.44;AO=7,12;DP=52;FAO=0,22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=0,8;FSAR=0,14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.207096,-0.0363863;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=17.9646,7.73704;QD=5.26856;RBI=0.212366,0.149537;REFB=0.000828277,-0.0951857;REVB=0.0470203,0.145043;RO=26;SAF=7,1;SAR=0,11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.737547,-0.531819;STB=0.5,0.503933;STBP=1,0.977;TYPE=del,del;VARB=0,0.118381;OID=.,.;OPOS=128682529,128682522;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTTTTT,CTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.44:7,12:52:0,22:50:28:0,8:0,14:10:18:65:26:7,1:0,11:11:15 chrX 128781864 . C A 200.09 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0198447;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5724;QD=11.4336;RBI=0.036366;REFB=-0.0125805;REVB=-0.0304741;RO=45;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139724;STB=0.580583;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0217498;OID=.;OPOS=128781864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:45:45:25:25:0.357143:13:12:16:29:13:12:16:29 chrX 128880614 . T C 2178.86 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221368;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.162;QD=63.1553;RBI=0.0221689;REFB=0;REVB=0.00119129;RO=0;SAF=62;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00195e-05;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:75:62:0:0:76:62:0:0 chrX 129147079 . T C 487.56 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0464618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6499;QD=52.7094;RBI=0.0491348;REFB=-0.0221404;REVB=0.0159851;RO=2;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666239;STB=0.535694;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00705807;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:37:2:2:34:35:0.945946:13:21:0:2:13:22:0:2 chrX 129200301 . C G 194.96 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0484275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.255;QD=19.0208;RBI=0.0581247;REFB=-0.0239554;REVB=-0.0321444;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194188;STB=0.609532;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0275593;OID=.;OPOS=129200301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:9:11:7:14:9:11:7:14 chrX 129283520 . A G 485.15 PASS AF=0.489583;AO=46;DP=99;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0189832;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.874;QD=20.2146;RBI=0.0219097;REFB=-0.0287176;REVB=-0.0109395;RO=47;SAF=19;SAR=27;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315106;STB=0.534045;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0221042;OID=.;OPOS=129283520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:47:49:46:47:0.489583:27:19:21:26:28:19:23:26 chrX 129338766 . G A 817.63 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8511;QD=57.3778;RBI=0.0265208;REFB=0;REVB=-0.0244659;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.17682e-05;OID=.;OPOS=129338766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chrX 129349295 . T G 962.7 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00493015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.972;QD=53.4834;RBI=0.0160103;REFB=-0.0431912;REVB=0.0152323;RO=4;SAF=20;SAR=48;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00558315;STB=0.502958;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00156701;OID=.;OPOS=129349295;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:72:4:4:68:68:0.944444:48:20:1:3:48:20:1:3 chrX 130223137 . G A 1203.45 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.147;QD=60.9341;RBI=0.020583;REFB=0;REVB=0.00796303;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0139e-05;OID=.;OPOS=130223137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:39:37:0:0:42:37:0:0 chrX 130416958 . C T 2275.66 PASS AF=0.935294;AO=154;DP=165;FAO=159;FDP=170;FR=.;FRO=11;FSAF=110;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0691264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.083;QD=53.5451;RBI=0.0692782;REFB=-0.0928869;REVB=-0.00458317;RO=11;SAF=107;SAR=47;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740811;STB=0.537575;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00405105;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:165:170:11:11:154:159:0.935294:47:107:2:9:49:110:2:9 chrX 130420006 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.509;QD=58.2396;RBI=0.0245281;REFB=0;REVB=-0.000877764;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73317e-05;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chrX 130420415 . T C 803.25 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0611747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9669;QD=55.3965;RBI=0.0680525;REFB=-0.0857586;REVB=0.0298127;RO=1;SAF=31;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149715;STB=0.507934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00123526;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:26:31:1:0:26:31:1:0 chrX 130678467 . A G 2089.49 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.865;QD=62.3729;RBI=0.0544964;REFB=0;REVB=0.0170197;RO=0;SAF=58;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92719e-05;OID=.;OPOS=130678467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:75:58:0:0:75:59:0:0 chrX 130678596 . C G 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.271;QD=16.8211;RBI=0.0288327;REFB=-0.0113687;REVB=0.0288327;RO=5;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101219;OID=.;OPOS=130678596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:7:0:0:5:7:0:0:5 chrX 130678844 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.525;QD=52.6132;RBI=0.0707343;REFB=0;REVB=-0.000407742;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279066;OID=.;OPOS=130678844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:20:2:0:0:20:2:0:0 chrX 131072890 . AG AC,A 50.23 PASS AF=0,0.433333;AO=4,9;DP=29;FAO=0,13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=0,12;FSAR=0,1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0604758,-0.0789495;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=90.9019,10.3024;QD=6.69756;RBI=0.0609822,0.0811303;REFB=-0.0276329,-0.140815;REVB=-0.00784303,0.0186843;RO=14;SAF=4,8;SAR=0,1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0.368794;SSEP=0,0;SSSB=0.741485,0.62918;STB=0.5,0.873481;STBP=1,0.001;TYPE=snp,del;VARB=0.093056,0.160758;OID=.,.;OPOS=131072891,131072891;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.433333:4,9:29:0,13:30:17:0,12:0,1:7:10:45:14:4,8:0,1:4:10 chrX 132161673 . C T 188.59 PASS AF=0.415094;AO=20;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.091939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4619;QD=14.2331;RBI=0.0919558;REFB=-0.0148306;REVB=0.00175817;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00171319;STB=0.501729;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0134067;OID=.;OPOS=132161673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:31:20:22:0.415094:11:9:14:17:12:10:14:17 chrX 132437337 . G A 1830.54 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.359;QD=61.018;RBI=0.0398682;REFB=0;REVB=0.000275463;RO=0;SAF=51;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30577e-05;OID=.;OPOS=132437337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:119:120:1:68:51:0:0:68:52:0:0 chrX 132438872 . C A 722.79 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4669;QD=62.8509;RBI=0.0686307;REFB=0;REVB=0.053651;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145175;OID=.;OPOS=132438872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:22:24:0:0 chrX 133379551 . C T 1313.62 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00654621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.192;QD=59.7101;RBI=0.00664067;REFB=-0.021562;REVB=0.0011161;RO=1;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111471;STB=0.511625;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00016657;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:88:1:2:86:86:0.977273:42:44:0:1:42:44:0:2 chrX 133380034 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC 646.63 PASS AF=0.122449,0,0.77551,0.0816327;AO=6,5,19,8;DP=47;FAO=6,0,38,4;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=3,0,20,0;FSAR=3,0,18,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0425338,-0.0112677,0.0316463,0.0320573;FXX=0.0576812;HRUN=1,1,1,1;LEN=4,3,2,2;MLLD=73.377,71.0897,101.005,131.109;QD=52.7859;RBI=0.0454348,0.0112775,0.0994629,0.0457084;REFB=-0.0919888,-0.103362,-0.172547,-0.00923154;REVB=-0.0159748,0.00047077,0.0942941,-0.0325819;RO=1;SAF=3,5,8,4;SAR=3,0,11,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.123249,0.767767,0.0399998,0.0978599;STB=0.571194,0.5,0.513506,0.5;STBP=0.508,1,0.328,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0.0555542,0.0174471,0.0215791,0.0549683;OID=.,.,.,.;OPOS=133380035,133380062,133380035,133380063;OREF=GTGT,TGT,GT,GT;OALT=-,-,-,AC;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.122449,0,0.77551,0.0816327:6,5,19,8:47:6,0,38,4:49:1:3,0,20,0:3,0,18,4:0:1:33:1:3,5,8,4:3,0,11,4:0:1 chrX 133923158 . G A 175.09 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0156175;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.682;QD=17.9576;RBI=0.0345484;REFB=-0.0173055;REVB=-0.030817;RO=21;SAF=14;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137043;STB=0.578853;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0296188;OID=.;OPOS=133923158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:21:21:18:18:0.461538:4:14:14:7:4:14:14:7 chrX 133927657 . AAT A,ATT 48.34 PASS AF=0.157303,0;AO=11,4;DP=98;FAO=14,0;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=9,0;FSAR=5,0;FSRF=57;FSRR=18;FWDB=-0.0137572,-0.0550926;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=18.8668,16.3797;QD=2.17275;RBI=0.0312383,0.0863059;REFB=-0.0289284,-0.00532754;REVB=0.0280459,0.0664343;RO=65;SAF=9,4;SAR=2,0;SRF=48;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.140236,0.402374;STB=0.61438,0.5;STBP=0.45,1;TYPE=del,snp;VARB=0.102604,0;OID=.,.;OPOS=133927658,133927658;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157303,0:11,4:98:14,0:89:75:9,0:5,0:57:18:49:65:9,4:2,0:48:17 chrX 134125475 . C G 400.25 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=0.00679848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.711;QD=14.5544;RBI=0.00869569;REFB=-0.0170667;REVB=-0.00542179;RO=62;SAF=18;SAR=28;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752153;STB=0.529399;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0234642;OID=.;OPOS=134125475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:64:46:46:0.418182:28:18:20:42:28:18:22:42 chrX 134126394 . G A 657.78 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.392;QD=59.7984;RBI=0.0342066;REFB=-0.0173868;REVB=0.00170671;RO=1;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302739;STB=0.516121;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000208117;OID=.;OPOS=134126394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:15:28:0:1:15:28:0:1 chrX 134156121 . G C 323.25 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8678;QD=53.8742;RBI=0.143812;REFB=0;REVB=-0.0453109;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271673;OID=.;OPOS=134156121;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:18:24:1:8:10:0:0:9:15:0:0 chrX 134185997 . T A 2963.22 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158831;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.851;QD=63.3843;RBI=0.0565696;REFB=0;REVB=0.054294;RO=0;SAF=103;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25571e-05;OID=.;OPOS=134185997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:187:0:0:187:187:1:84:103:0:0:84:103:0:0 chrX 134421655 . C T 38.28 PASS AF=0.120482;AO=12;DP=79;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=20;FWDB=-0.00593263;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.314;QD=1.84502;RBI=0.015749;REFB=-0.0051723;REVB=-0.0145889;RO=67;SAF=1;SAR=11;SRF=51;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.721518;STB=0.943039;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.115162;OID=.;OPOS=134421655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:79:83:67:73:12:10:0.120482:11:1:51:16:9:1:53:20 chrX 134465799 . G A 169.77 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0184381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.064;QD=15.0908;RBI=0.0184382;REFB=-0.0462331;REVB=4.16792e-05;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234981;STB=0.599893;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0498389;OID=.;OPOS=134465799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:26:18:19:0.422222:6:12:12:15:7:12:12:14 chrX 134807790 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.529;QD=39.2067;RBI=0.049425;REFB=0;REVB=0.0225925;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190328;OID=.;OPOS=134807790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chrX 134948034 . A G 574.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.777;QD=60.4914;RBI=0.063503;REFB=0;REVB=-0.0594448;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100413;OID=.;OPOS=134948034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chrX 135307049 . G A 216.48 PASS AF=0.44898;AO=23;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.057251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7122;QD=17.6717;RBI=0.0601722;REFB=0.00251127;REVB=-0.0185209;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210832;STB=0.610593;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0127047;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:27:23:22:0.44898:12:11:6:18:12:10:7:20 chrX 135310785 . T C 712.91 PASS AF=0.417112;AO=78;DP=187;FAO=78;FDP=187;FR=.;FRO=109;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=69;FSRR=40;FWDB=-0.0201225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.029;QD=15.2493;RBI=0.0210525;REFB=-0.0147525;REVB=-0.00618826;RO=109;SAF=41;SAR=37;SRF=69;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113119;STB=0.56315;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0173433;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:109:109:78:78:0.417112:37:41:69:40:37:41:69:40 chrX 135313034 . T G 389.25 PASS AF=0.43;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.000148285;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.431;QD=15.5702;RBI=0.000555366;REFB=-0.0129935;REVB=-0.000535204;RO=55;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521339;STB=0.538444;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.017564;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:55:57:43:43:0.43:22:21:24:31:22:21:24:33 chrX 135474420 . C A 1219.53 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00873424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.742;QD=60.9766;RBI=0.030981;REFB=0;REVB=0.0297243;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90157e-05;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chrX 135474444 . AGAT A 1129.66 PASS AF=0.974026;AO=72;DP=83;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00476102;FXX=0.0941066;HRUN=1;LEN=3;MLLD=227.158;QD=58.6836;RBI=0.030778;REFB=-0.00512465;REVB=0.0304075;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.514702;STBP=0.153;TYPE=del;VARB=0.000158767;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.974026:72:83:75:77:2:33:42:2:0:5:0:32:40:0:0 chrX 135480126 . T C 721.4 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259253;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.2314;QD=54.4455;RBI=0.074267;REFB=-0.0774268;REVB=-0.069595;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=9.23719e-05;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:30:22:0:0:30:22:0:1 chrX 135496398 . G A 1678.01 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0106017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.081;QD=58.3655;RBI=0.0332944;REFB=-0.0402691;REVB=-0.0315613;RO=2;SAF=40;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517232;STB=0.502771;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00051445;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:115:2:2:112:113:0.982609:72:40:1:1:73:40:1:1 chrX 135961585 . ATG A,AT,ATT 773.25 PASS AF=0.236364,0,0.763636;AO=14,12,24;DP=57;FAO=13,0,42;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0,30;FSAR=6,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297217,-0.00302465,-0.00307218;FXX=0.0350816;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=171.23,172.75,172.01;QD=56.2361;RBI=0.0717699,0.136334,0.156236;REFB=0,0,0;REVB=0.0717083,0.1363,0.156206;RO=0;SAF=5,10,17;SAR=9,2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0133789,-0.00314936,0.00541651;OID=.,.,.;OPOS=135961586,135961587,135961587;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.236364,0,0.763636:14,12,24:57:13,0,42:55:0:7,0,30:6,0,12:0:0:28:0:5,10,17:9,2,7:0:0 chrX 138067202 . A G 1970.29 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4703;QD=62.0565;RBI=0.036937;REFB=0;REVB=0.00300983;RO=0;SAF=61;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188991;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:66:61:0:0:66:61:0:0 chrX 138774209 . C T 2942.09 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.584;QD=63.2707;RBI=0.0209695;REFB=0;REVB=0.0114809;RO=0;SAF=67;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67297e-06;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:186:0:0:185:186:1:118:67:0:0:118:68:0:0 chrX 138811003 . G A 1190.21 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0664;QD=61.0366;RBI=0.0338123;REFB=0;REVB=0.0237155;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.78082e-06;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chrX 138897130 . A C 1700.43 PASS AF=1;AO=95;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1497;QD=60.7295;RBI=0.12858;REFB=0;REVB=0.0262371;RO=0;SAF=30;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623252;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:95:112:1:65:30:0:0:66:46:0:0 chrX 139099828 . T A 867.83 PASS AF=0.878378;AO=62;DP=74;FAO=65;FDP=74;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0147844;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0448;QD=46.9099;RBI=0.0181607;REFB=-0.00751554;REVB=-0.0105467;RO=8;SAF=25;SAR=37;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214914;STB=0.503633;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00213168;OID=.;OPOS=139099828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:8:9:62:65:0.878378:37:25:4:4:38:27:4:5 chrX 139858438 . TCGG T 1002.94 PASS AF=1;AO=64;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021815;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=3;MLLD=287.013;QD=58.9966;RBI=0.030321;REFB=0;REVB=0.0210587;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.16135e-05;OID=.;OPOS=139858439;OREF=CGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:70:68:68:0:32:36:0:0:5:0:30:34:0:0 chrX 139865862 . G A 200.89 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0155485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.694;QD=15.1614;RBI=0.0187268;REFB=-0.012876;REVB=-0.0104373;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385733;STB=0.718915;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0222975;OID=.;OPOS=139865862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:7:16:9:21:7:16:9:21 chrX 140008385 . G T 981.49 PASS AF=0.383562;AO=112;DP=290;FAO=112;FDP=292;FR=.;FRO=180;FSAF=37;FSAR=75;FSRF=75;FSRR=105;FWDB=-0.00303385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.446;QD=13.4451;RBI=0.0142261;REFB=-0.0160813;REVB=-0.0138988;RO=178;SAF=37;SAR=75;SRF=74;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100908;STB=0.557758;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0254262;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:292:178:180:112:112:0.383562:75:37:74:104:75:37:75:105 chrX 140270418 . T C 636.11 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025269;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.975;QD=62.0594;RBI=0.0554258;REFB=0;REVB=0.0553682;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181721;OID=.;OPOS=140270418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chrX 140271268 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8048;QD=39.2062;RBI=0.0775394;REFB=0;REVB=0.0775394;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00475204;OID=.;OPOS=140271268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chrX 140967121 . A T 801.41 PASS AF=0.466292;AO=82;DP=181;FAO=83;FDP=178;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=0.0869852;FXX=0.0219768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5472;QD=18.0092;RBI=0.0873825;REFB=-0.018024;REVB=-0.0083237;RO=94;SAF=26;SAR=56;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711062;STB=0.537967;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.015283;OID=.;OPOS=140967121;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:178:94:95:82:83:0.466292:56:26:36:58:56:27:37:58 chrX 140967165 . T C 1768.1 PASS AF=0.953488;AO=121;DP=129;FAO=123;FDP=129;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0339198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1055;QD=54.8248;RBI=0.0523845;REFB=0.0128696;REVB=-0.0399197;RO=8;SAF=46;SAR=75;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000644296;STB=0.502405;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.000642826;OID=.;OPOS=140967165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:129:129:8:6:121:123:0.953488:75:46:3:5:76:47:2:4 chrX 140967195 . T A 1195.08 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169251;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.711;QD=60.5102;RBI=0.0175072;REFB=0;REVB=-0.00447694;RO=0;SAF=26;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21514e-05;OID=.;OPOS=140967195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:51:26:0:0:53:26:0:0 chrX 140968628 . G T 159.97 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00185586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.771;QD=8.53158;RBI=0.0108261;REFB=-0.00115159;REVB=0.0106658;RO=53;SAF=11;SAR=11;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111894;STB=0.506661;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00417939;OID=.;OPOS=140968628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:53:22:22:0.293333:11:11:27:26:11:11:27:26 chrX 140968664 . C T 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00914482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.1;QD=11.677;RBI=0.0163725;REFB=-0.0283272;REVB=-0.0135805;RO=47;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554503;STB=0.525154;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0302482;OID=.;OPOS=140968664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:13:14:22:25:13:14:23:25 chrX 140985098 . C T 741.78 PASS AF=0.4;AO=85;DP=215;FAO=86;FDP=215;FR=.;FRO=129;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=79;FWDB=-0.0426763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.012;QD=13.8005;RBI=0.0430011;REFB=-0.00725461;REVB=0.00527495;RO=128;SAF=43;SAR=42;SRF=49;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131731;STB=0.567426;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0111994;OID=.;OPOS=140985098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:128:129:85:86:0.4:42:43:49:79:43:43:50:79 chrX 140993821 . T G 188.94 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0335692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.661;QD=14.2596;RBI=0.041392;REFB=-0.0376117;REVB=-0.0242158;RO=31;SAF=5;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385888;STB=0.722521;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0249006;OID=.;OPOS=140993821;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:17:5:18:13:17:5:18:13 chrX 140993912 . C T 94.9 PASS AF=0.240506;AO=21;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0472275;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.0562;QD=4.80511;RBI=0.0912861;REFB=-0.0800251;REVB=-0.0781199;RO=57;SAF=10;SAR=11;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102951;STB=0.557709;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.234955;OID=.;OPOS=140993912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:79:79:57:60:21:19:0.240506:11:10:32:25:10:9:33:27 chrX 140994008 . GCCCCT GCCCT,GCCCTC,GCCGCT 48.03 PASS AF=0.263158,0.0263158,0.0526316;AO=10,2,2;DP=38;FAO=10,1,2;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=3,0,1;FSAR=7,1,1;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0182957,-0.0697789,-0.00686739;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=14.044,22.3269,181.783;QD=5.05527;RBI=0.0658657,0.0860589,0.0142544;REFB=-0.0886162,-0.0516724,-0.0166064;REVB=-0.0632737,-0.0503691,-0.0124911;RO=23;SAF=4,0,1;SAR=6,2,1;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0.246835,0,0;SSSB=0.11734,-0.421418,0.196736;STB=0.548919,0.987222,0.628429;STBP=0.734,0.477,0.756;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.115961,0.157723,0.0943651;OID=.,.,.;OPOS=140994009,140994012,140994011;OREF=C,CT,C;OALT=-,TC,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTC,GCCGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158,0.0263158,0.0526316:10,2,2:38:10,1,2:38:25:3,0,1:7,1,1:9:16:32:23:4,0,1:6,2,1:7:16 chrX 140994171 . C G 45.1 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.000564903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4137;QD=7.84308;RBI=0.0578018;REFB=-0.0302944;REVB=-0.0577991;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214682;STB=0.633776;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0574246;OID=.;OPOS=140994171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:10:6:4:3:10:6 chrX 140994280 . A G 45.36 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=28;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00936602;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.449;QD=6.71984;RBI=0.0112639;REFB=-0.0136858;REVB=0.00625726;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161893;STB=0.698348;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0382883;OID=.;OPOS=140994280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:27:17:20:6:7:0.259259:4:2:8:9:5:2:11:9 chrX 141290865 . C T 1609.84 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221763;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8267;QD=59.6236;RBI=0.024785;REFB=0;REVB=-0.0110685;RO=1;SAF=50;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939754;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121678;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:1:0:106:108:1:56:50:1:0:56:52:0:0 chrX 142716114 . G A 1743.26 PASS AF=0.952;AO=116;DP=126;FAO=119;FDP=125;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00389067;FXX=0.00793588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.83;QD=55.7843;RBI=0.00567652;REFB=-0.0698649;REVB=0.00413347;RO=5;SAF=53;SAR=63;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270243;STB=0.510285;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00103252;OID=.;OPOS=142716114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:126:125:5:6:116:119:0.952:63:53:4:1:65:54:4:2 chrX 142967468 . T G 676.79 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00284333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.5203;QD=60.1589;RBI=0.00844226;REFB=-0.0810666;REVB=-0.00794904;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000168583;OID=.;OPOS=142967468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:16:28:0:0:16:28:0:1 chrX 142968007 . CTTTATTTTAT CTTTA,CTTTAT,CTTTTAT 280.86 PASS AF=0.714286,0.047619,0.238095;AO=7,8,3;DP=21;FAO=15,1,5;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1,3;FSAR=7,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123832,0.00550966,0.00647797;FXX=0.159936;HRUN=4,4,1;LEN=6,5,4;MLLD=194.721,193.82,183.891;QD=53.4978;RBI=0.0243037,0.00894552,0.0138346;REFB=0,0,0;REVB=0.0209124,0.0070474,0.0122242;RO=0;SAF=4,4,1;SAR=3,4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.00285889,0.0267195,0.0140488;OID=.,.,.;OPOS=142968012,142968008,142968008;OREF=TTTTAT,TTTAT,TTTA;OALT=-,-,-;OMAPALT=CTTTA,CTTTAT,CTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.714286,0.047619,0.238095:7,8,3:21:15,1,5:21:0:8,1,3:7,0,2:0:0:29:0:4,4,1:3,4,2:0:0 chrX 142968082 . A C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.343;QD=58.2396;RBI=0.0119868;REFB=0;REVB=0.0072809;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18317e-05;OID=.;OPOS=142968082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chrX 144337289 . A G 620.33 PASS AF=0.444444;AO=68;DP=153;FAO=68;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=0.00268818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5168;QD=16.2177;RBI=0.0161759;REFB=-0.00416174;REVB=-0.0159509;RO=84;SAF=25;SAR=43;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149407;STB=0.501758;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00662425;OID=.;OPOS=144337289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:84:85:68:68:0.444444:43:25:31:53:43:25:31:54 chrX 144904882 . T C 358.87 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.037;QD=55.2101;RBI=0.0279115;REFB=0;REVB=0.0209974;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62576e-05;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:12:12:0:0:14:12:0:0 chrX 144905438 . C T 398.45 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.015908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.896;QD=20.9713;RBI=0.0227369;REFB=-0.0057248;REVB=0.016245;RO=36;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147097;STB=0.581078;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0043707;OID=.;OPOS=144905438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:19:21:25:11:19:21:25:11 chrX 144905744 . T C 916.79 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4978;QD=58.209;RBI=0.0347794;REFB=0;REVB=0.0119202;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173905;OID=.;OPOS=144905744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:29:34:0:0 chrX 144909301 . T G 1873.31 PASS AF=0.984127;AO=121;DP=124;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0241923;FXX=0.0526276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.586;QD=59.4702;RBI=0.063056;REFB=-0.172188;REVB=0.0582305;RO=1;SAF=47;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999959;STB=0.509802;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00155143;OID=.;OPOS=144909301;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:126:1:2:121:124:0.984127:74:47:1:0:74:50:2:0 chrX 144909302 . C G 30.85 PASS AF=0.075188;AO=10;DP=133;FAO=10;FDP=133;FR=.;FRO=123;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=48;FSRR=75;FWDB=0.020061;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.2297;QD=0.92783;RBI=0.0209314;REFB=0.0213205;REVB=0.0059732;RO=123;SAF=9;SAR=1;SRF=48;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527809;STB=0.922334;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0265787;OID=.;OPOS=144909302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:133:133:123:123:10:10:0.075188:1:9:48:75:1:9:48:75 chrX 144910692 . CA AC,C 132.0 PASS AF=0.139344,0.204918;AO=21,34;DP=120;FAO=17,25;FDP=122;FR=.;FRO=80;FSAF=0,9;FSAR=17,16;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.0291622,-0.13359;FXX=0.00812942;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=113.826,9.37782;QD=4.32786;RBI=0.0609016,0.177167;REFB=-0.0190391,-0.171901;REVB=-0.0534656,-0.11637;RO=60;SAF=0,13;SAR=21,21;SRF=40;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.82206,-0.308342;STB=0.999418,0.686755;STBP=0,0.039;TYPE=mnp,del;VARB=0.182002,0.132649;OID=.,.;OPOS=144910692,144910693;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:120:122:60:80:21,34:17,25:0.139344,0.204918:21,21:0,13:40:20:17,16:0,9:49:31 chrX 144910936 . C T 670.53 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.048947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.116;QD=59.6023;RBI=0.0494417;REFB=-0.0185552;REVB=0.00697644;RO=1;SAF=14;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323574;STB=0.516122;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000556077;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:29:14:1:0:29:15:1:0 chrX 146340338 . CT C 145.47 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.616;QD=44.7588;RBI=0.0719968;REFB=0;REVB=0.0423441;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00120578;OID=.;OPOS=146340339;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:13:13:13:0:3:10:0:0:4:0:3:10:0:0 chrX 147014960 . C T 2484.03 PASS AF=0.929348;AO=169;DP=184;FAO=171;FDP=184;FR=.;FRO=13;FSAF=69;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0171558;FXX=0.0107521;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8201;QD=54.0007;RBI=0.0195237;REFB=-0.0580599;REVB=-0.00931959;RO=14;SAF=68;SAR=101;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504952;STB=0.524188;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00339833;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:184:184:14:13:169:171:0.929348:101:68:1:13:102:69:1:12 chrX 147903704 . C T 2529.29 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9564;QD=61.6901;RBI=0.0283585;REFB=0;REVB=-0.021435;RO=0;SAF=86;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.29459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70341e-05;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:78:86:0:0:78:86:0:0 chrX 147903927 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.817;QD=62.6689;RBI=0.0356603;REFB=0;REVB=-0.0026181;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23582e-05;OID=.;OPOS=147903927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:29:14:0:0:30:14:0:0 chrX 148628490 . A T 175.25 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.597;QD=41.2363;RBI=0.0868645;REFB=-0.0378627;REVB=-0.0804856;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545396;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000731826;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:0:1:15:16:0.941176:5:10:0:0:5:11:0:1 chrX 149013727 . A G 632.17 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.54;QD=61.6748;RBI=0.0188421;REFB=0;REVB=-0.00816725;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03309e-05;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chrX 149826503 . G A 61.0 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0100372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.249;QD=6.59494;RBI=0.0292626;REFB=-0.0323651;REVB=-0.0274874;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999731;STB=0.564364;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0781229;OID=.;OPOS=149826503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:7:2:8:20:7:2:8:20 chrX 149931106 . C T 306.25 PASS AF=0.425;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0159819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.78;QD=15.3125;RBI=0.0159899;REFB=-0.0125567;REVB=-0.000503012;RO=44;SAF=7;SAR=27;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179793;STB=0.622997;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0258935;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:46:34:34:0.425:27:7:15:29:27:7:17:29 chrX 149933317 . TTA T,TTT 30.88 PASS AF=0.108696,0;AO=15,4;DP=99;FAO=10,0;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=4,0;FSAR=6,0;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.176806,0.0396491;FXX=0.0315756;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=25.5893,22.4279;QD=1.34266;RBI=0.238221,0.0396725;REFB=-0.0254325,0.0014402;REVB=-0.159652,-0.00136255;RO=71;SAF=7,2;SAR=8,2;SRF=29;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0742056,0.0857096;STB=0.513486,0.5;STBP=0.954,1;TYPE=del,snp;VARB=0.127532,0;OID=.,.;OPOS=149933318,149933319;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.108696,0:15,4:99:10,0:92:82:4,0:6,0:34:48:31:71:7,2:8,2:29:42 chrX 149933341 . T C 406.88 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0216636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.94;QD=15.9559;RBI=0.0307506;REFB=-0.0334407;REVB=-0.021824;RO=57;SAF=16;SAR=29;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509808;STB=0.502856;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.049186;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:29:16:20:37:29:16:20:37 chrX 149937404 . T C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00660866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.836;QD=9.56961;RBI=0.0157271;REFB=-0.0300879;REVB=0.0142712;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43557;STB=0.765308;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0535386;OID=.;OPOS=149937404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:5:10:2:6:5:10 chrX 149999696 . C T 416.85 PASS AF=0.443396;AO=46;DP=105;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00600015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.054;QD=15.7303;RBI=0.00606921;REFB=-0.0154267;REVB=0.000912962;RO=59;SAF=27;SAR=19;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456307;STB=0.530465;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0180476;OID=.;OPOS=149999696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:59:59:46:47:0.443396:19:27:32:27:19:28:32:27 chrX 150840185 . T C 1556.32 PASS AF=0.947368;AO=107;DP=113;FAO=108;FDP=114;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00262044;FXX=0.0172399;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.143;QD=54.6079;RBI=0.0197313;REFB=-0.196544;REVB=0.0195565;RO=4;SAF=49;SAR=58;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289339;STB=0.506866;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00140616;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:113:114:4:6:107:108:0.947368:58:49:2:2:58:50:2:4 chrX 150869267 . A G 1633.75 PASS AF=0.982301;AO=109;DP=115;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.035927;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.255;QD=57.832;RBI=0.0420335;REFB=-0.0143119;REVB=0.021819;RO=1;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088725;STB=0.50008;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00081489;OID=.;OPOS=150869267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:113:1:2:109:111:0.982301:53:56:0:1:55:56:1:1 chrX 150909307 . G T 781.52 PASS AF=0.95;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0843442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1288;QD=52.1011;RBI=0.0969471;REFB=-0.109149;REVB=-0.0477994;RO=3;SAF=19;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688106;STB=0.534871;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00430979;OID=.;OPOS=150909307;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:60:3:3:56:57:0.95:37:19:3:0:37:20:3:0 chrX 151122772 . A G 542.14 PASS AF=0.412587;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0437633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.71;QD=15.1646;RBI=0.0440852;REFB=-0.0185797;REVB=-0.00531768;RO=84;SAF=34;SAR=25;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555701;STB=0.531239;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0291453;OID=.;OPOS=151122772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:84:84:59:59:0.412587:25:34:44:40:25:34:44:40 chrX 151138179 . A C 1919.43 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6539;QD=60.9342;RBI=0.0648487;REFB=-0.0459323;REVB=0.0535667;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891964;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:126:126:0:0:125:126:1:63:62:0:0:64:62:0:0 chrX 151303393 . C T 538.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.101;QD=59.8878;RBI=0.0217617;REFB=0;REVB=0.0190849;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116531;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:22:14:0:0 chrX 151303596 . C T 220.7 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.635;QD=49.0448;RBI=0.0122085;REFB=0;REVB=-0.0119209;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91305e-05;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chrX 151899913 . T C 740.84 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.43;QD=56.9873;RBI=0.0306986;REFB=0;REVB=0.00450917;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106524;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:29:22:0:0:29:23:0:0 chrX 151904488 . C A 1445.15 PASS AF=0.944444;AO=102;DP=108;FAO=102;FDP=108;FR=.;FRO=6;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00365911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.541;QD=53.524;RBI=0.0129987;REFB=-0.0322808;REVB=0.0124731;RO=6;SAF=55;SAR=47;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00414992;STB=0.502191;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00326443;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:108:108:6:6:102:102:0.944444:47:55:3:3:47:55:3:3 chrX 152018832 . T G 747.72 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.295;QD=63.6361;RBI=0.0467761;REFB=0;REVB=0.0444637;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9249e-05;OID=.;OPOS=152018832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:43:47:1:23:20:0:0:25:22:0:0 chrX 152226542 . T C 708.19 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7862;QD=62.9502;RBI=0.0372195;REFB=0;REVB=0.0323238;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414967;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chrX 152227132 . C T 552.75 PASS AF=0.402516;AO=63;DP=158;FAO=64;FDP=159;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=67;FWDB=0.00665815;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8814;QD=13.9056;RBI=0.00666347;REFB=-0.0047582;REVB=0.000266266;RO=95;SAF=17;SAR=46;SRF=28;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033068;STB=0.509876;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00879511;OID=.;OPOS=152227132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:95:95:63:64:0.402516:46:17:28:67:46:18:28:67 chrX 152227338 . C T 326.27 PASS AF=0.37037;AO=39;DP=109;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0372783;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8508;QD=12.0842;RBI=0.0373065;REFB=0.00167118;REVB=0.00145073;RO=67;SAF=28;SAR=11;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168518;STB=0.607909;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00687467;OID=.;OPOS=152227338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:67:68:39:40:0.37037:11:28:39:28:11:29:39:29 chrX 152228332 . A G 291.32 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0326417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5978;QD=14.3859;RBI=0.039644;REFB=-0.0295893;REVB=-0.022498;RO=47;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926803;STB=0.545902;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.026625;OID=.;OPOS=152228332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:48:33:33:0.407407:16:17:20:27:16:17:21:27 chrX 152228523 . T C 49.67 PASS AF=0.275862;AO=6;DP=27;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0364823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1377;QD=6.85088;RBI=0.0367723;REFB=-0.0353666;REVB=-0.00460863;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604803;STB=0.585998;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0386002;OID=.;OPOS=152228523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:27:29:21:21:6:8:0.275862:4:2:8:13:4:4:8:13 chrX 152228776 . C T 275.97 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0818092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.92;QD=13.2997;RBI=0.0819389;REFB=-0.00324443;REVB=-0.0046095;RO=50;SAF=7;SAR=25;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279613;STB=0.66893;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00296548;OID=.;OPOS=152228776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:51:32:32:0.385542:25:7:22:28:25:7:23:28 chrX 152228778 . T G 240.58 PASS AF=0.3625;AO=30;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.022885;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3529;QD=12.0289;RBI=0.0404537;REFB=0.0011172;REVB=-0.0333583;RO=49;SAF=6;SAR=24;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321893;STB=0.685368;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00806102;OID=.;OPOS=152228778;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:51:30:29:0.3625:24:6:22:27:23:6:23:28 chrX 152482198 . G A 165.74 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00876057;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.236;QD=9.47094;RBI=0.0101653;REFB=-0.0140213;REVB=-0.00515621;RO=47;SAF=9;SAR=13;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213431;STB=0.631596;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0366684;OID=.;OPOS=152482198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:48:22:22:0.314286:13:9:28:19:13:9:29:19 chrX 152482917 . T C 115.14 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0296605;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8067;QD=10.012;RBI=0.0552274;REFB=-0.00722572;REVB=-0.0465867;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468902;STB=0.528261;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0188507;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:8:6:15:17:8:6:15:17 chrX 152609668 . T C 1010.33 PASS AF=0.527174;AO=91;DP=179;FAO=97;FDP=184;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.0340926;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.36;QD=21.9636;RBI=0.0452093;REFB=-0.0355569;REVB=0.0296913;RO=87;SAF=46;SAR=45;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309465;STB=0.531184;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0279899;OID=.;OPOS=152609668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:184:87:87:91:97:0.527174:45:46:47:40:51:46:47:40 chrX 152610224 . CGTGACCTCT C 251.0 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0171795;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=9;MLLD=328.161;QD=16.7332;RBI=0.0181742;REFB=-0.0153993;REVB=-0.00593007;RO=27;SAF=5;SAR=23;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367626;STB=0.712218;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0150295;OID=.;OPOS=152610225;OREF=GTGACCTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:28:61:28:60:32:5:23:16:16:99:27:5:23:14:13 chrX 152613112 . C T 240.96 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0800989;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.023;QD=14.3856;RBI=0.0801497;REFB=-0.023139;REVB=-0.00285384;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109615;STB=0.562119;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0356126;OID=.;OPOS=152613112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:15:13:14:25:15:13:14:25 chrX 152613702 . A G 607.84 PASS AF=0.362245;AO=71;DP=196;FAO=71;FDP=196;FR=.;FRO=125;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=74;FSRR=51;FWDB=0.00231436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.313;QD=12.4048;RBI=0.0119178;REFB=-0.0108949;REVB=-0.0116909;RO=125;SAF=30;SAR=41;SRF=74;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188619;STB=0.607032;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.020636;OID=.;OPOS=152613702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:125:125:71:71:0.362245:41:30:74:51:41:30:74:51 chrX 152613826 . G A 480.1 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.00588798;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.504;QD=15.6131;RBI=0.0288362;REFB=-0.0101066;REVB=-0.0282287;RO=71;SAF=16;SAR=37;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151454;STB=0.580064;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0122344;OID=.;OPOS=152613826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:71:70:53:53:0.430894:37:16:31:40:37:16:30:40 chrX 152616741 . A T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00160276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.4;QD=19.0001;RBI=0.0266445;REFB=-0.000936892;REVB=-0.0265962;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527849;STB=0.53;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.000267853;OID=.;OPOS=152616741;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:9:8:7:10:9:8 chrX 152616952 . A G 599.76 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.00927426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.436;QD=18.3132;RBI=0.0126925;REFB=-0.0198803;REVB=0.00866537;RO=68;SAF=33;SAR=29;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443651;STB=0.520832;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0208413;OID=.;OPOS=152616952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:69:62:62:0.473282:29:33:33:35:29:33:34:35 chrX 152616983 . G C 511.73 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0651953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7188;QD=19.6819;RBI=0.0656075;REFB=-0.0220638;REVB=-0.00734304;RO=51;SAF=28;SAR=25;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859121;STB=0.547412;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0178782;OID=.;OPOS=152616983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:25:28:22:29:25:28:22:29 chrX 152770230 . G A 1359.36 PASS AF=0.464286;AO=142;DP=306;FAO=143;FDP=308;FR=.;FRO=165;FSAF=63;FSAR=80;FSRF=55;FSRR=110;FWDB=0.0116824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.858;QD=17.6541;RBI=0.0169141;REFB=-0.0149573;REVB=0.0122314;RO=163;SAF=63;SAR=79;SRF=54;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112087;STB=0.559076;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0162347;OID=.;OPOS=152770230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:308:163:165:142:143:0.464286:79:63:54:109:80:63:55:110 chrX 152771509 . C T 609.02 PASS AF=0.466667;AO=62;DP=134;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0198275;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.094;QD=18.0452;RBI=0.0289837;REFB=-0.0326458;REVB=0.0211405;RO=70;SAF=25;SAR=37;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00320485;STB=0.505466;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.034062;OID=.;OPOS=152771509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:70:72:62:63:0.466667:37:25:28:42:37:26:29:43 chrX 152815089 . A G 739.29 PASS AF=1;AO=30;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.245;QD=64.2864;RBI=0.103425;REFB=0;REVB=0.0255677;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371024;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:30:46:1:25:5:0:0:25:21:0:0 chrX 152823728 . G C 1066.62 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0605154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8611;QD=58.4451;RBI=0.0663027;REFB=-0.0755541;REVB=0.0270914;RO=1;SAF=29;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160282;STB=0.508472;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00207319;OID=.;OPOS=152823728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:43:29:1:0:43:29:1:0 chrX 152846545 . T G 94.28 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.000514612;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=155.04;QD=10.4754;RBI=0.00611497;REFB=-0.0119813;REVB=-0.00609327;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287716;STB=0.546792;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00608729;OID=.;OPOS=152846545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:22:24:12:12:0.333333:10:2:4:18:10:2:5:19 chrX 152960337 . TG T 39.67 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.141587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.4976;QD=8.35108;RBI=0.17622;REFB=-0.102848;REVB=0.104912;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.508475;SSSB=-0.0594079;STB=0.580431;STBP=0.634;TYPE=del;VARB=0.126864;OID=.;OPOS=152960338;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:8:19:8:19:11:2:6:4:7:39:10:2:6:3:7 chrX 152994687 . G GC 101.19 PASS AF=0.201342;AO=35;DP=156;FAO=30;FDP=149;FR=.;FRO=119;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=67;FSRR=52;FWDB=-0.0481226;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.5851;QD=2.71644;RBI=0.049071;REFB=-0.00494268;REVB=0.00960098;RO=118;SAF=9;SAR=26;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401771;STB=0.888304;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0895584;OID=.;OPOS=152994688;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.201342:35:156:30:149:119:3:27:67:52:99:118:9:26:68:50 chrX 152994914 . CAT ATC,CATC 88.89 PASS AF=0.118421,0.157895;AO=8,12;DP=78;FAO=9,12;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=9,9;FSAR=0,3;FSRF=8;FSRR=47;FWDB=0.0388204,0.0055096;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=3,1;MLLD=93.2155,90.5683;QD=4.67841;RBI=0.0392411,0.00840634;REFB=-0.00281317,-0.00192324;REVB=-0.00573055,-0.00634908;RO=43;SAF=8,3;SAR=0,9;SRF=6;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.823819,0.212148;STB=0.999409,0.8978;STBP=0,0.03;TYPE=mnp,ins;VARB=0.135444,0.0294988;OID=.,.;OPOS=152994914,152994917;OREF=CAT,-;OALT=ATC,C;OMAPALT=ATC,CATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:78:76:43:55:8,12:9,12:0.118421,0.157895:0,9:8,3:6:37:0,3:9,9:8:47 chrX 153010014 . C T 69.58 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0194379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.104;QD=4.28159;RBI=0.0206623;REFB=-0.0139499;REVB=0.00700691;RO=53;SAF=1;SAR=11;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489711;STB=0.839298;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0464015;OID=.;OPOS=153010014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:53:53:12:12:0.184615:11:1:20:33:11:1:20:33 chrX 153010019 . AG GT 70.5 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0155264;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.849;QD=4.2725;RBI=0.0244236;REFB=-0.00711588;REVB=-0.0188532;RO=52;SAF=2;SAR=10;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309405;STB=0.713878;STBP=0.155;TYPE=mnp;VARB=0.0263663;OID=.;OPOS=153010019;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:67:66:52:54:12:12:0.181818:10:2:19:33:10:2:20:34 chrX 153010059 . G T 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0129415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.959;QD=5.26467;RBI=0.0176167;REFB=-0.0141944;REVB=-0.0119526;RO=55;SAF=4;SAR=11;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902031;STB=0.557524;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0410201;OID=.;OPOS=153010059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:55:55:15:15:0.214286:11:4:18:37:11:4:18:37 chrX 153010066 . C T 213.25 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0289959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1737;QD=12.5442;RBI=0.0444716;REFB=0.0143404;REVB=0.0337188;RO=42;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00230654;STB=0.501325;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0223343;OID=.;OPOS=153010066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:18:8:13:29:18:8:13:29 chrX 153010083 . G A 178.86 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0212604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.132;QD=10.8398;RBI=0.0260098;REFB=-0.00924893;REVB=0.0149835;RO=43;SAF=5;SAR=18;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157365;STB=0.592634;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0240176;OID=.;OPOS=153010083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:18:5:14:29:18:5:14:29 chrX 153010090 . G A 97.86 PASS AF=0.245902;AO=14;DP=60;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00979884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.562;QD=6.417;RBI=0.011415;REFB=-0.018203;REVB=-0.00585528;RO=45;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682211;STB=0.554301;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0346066;OID=.;OPOS=153010090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:60:61:45:46:14:15:0.245902:10:4:15:30:11:4:15:31 chrX 153010092 . G A 96.47 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.00608611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0928;QD=6.02952;RBI=0.0155781;REFB=-0.0123749;REVB=0.01434;RO=44;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636638;STB=0.537224;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0358013;OID=.;OPOS=153010092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:44:49:15:15:0.234375:11:4:10:34:11:4:15:34 chrX 153039502 . G C 620.22 PASS AF=0.914894;AO=41;DP=46;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.010151;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.1708;QD=52.785;RBI=0.0102641;REFB=-0.0950066;REVB=0.00151966;RO=4;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693719;STB=0.53702;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00510804;OID=.;OPOS=153039502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:46:47:4:4:41:43:0.914894:25:16:0:4:25:18:0:4 chrX 153041544 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.631;QD=60.9784;RBI=0.0691425;REFB=0;REVB=0.0624029;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479298;OID=.;OPOS=153041544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chrX 153045812 . C T 1861.37 PASS AF=0.96875;AO=123;DP=127;FAO=124;FDP=128;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0505534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.064;QD=58.1679;RBI=0.0568131;REFB=-0.0750963;REVB=0.0259246;RO=4;SAF=56;SAR=67;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00269437;STB=0.501268;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.000555825;OID=.;OPOS=153045812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:127:128:4:4:123:124:0.96875:67:56:2:2:67:57:2:2 chrX 153048655 . CCA C,CC,CCC 281.37 PASS AF=0.0454545,0,0.954545;AO=3,10,11;DP=24;FAO=1,0,21;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=1,0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0;FXX=0;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=289.122,296.226,297.769;QD=51.1586;RBI=0.0247091,0.0245839,0.0240868;REFB=0,0,0;REVB=0.0247091,0.0245839,0.0240868;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=3,10,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0192894,-0.00154435,0.00258016;OID=.,.,.;OPOS=153048656,153048657,153048657;OREF=CA,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0454545,0,0.954545:3,10,11:24:1,0,21:22:0:0,0,0:1,0,21:0:0:5:0:0,0,2:3,10,9:0:0 chrX 153049535 . A G 680.69 PASS AF=0.980769;AO=43;DP=46;FAO=51;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0077131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.856;QD=52.3606;RBI=0.00815371;REFB=-0.000825274;REVB=-0.00264406;RO=1;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159212;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000297468;OID=.;OPOS=153049535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:52:1:1:43:51:0.980769:29:14:0:1:30:21:0:1 chrX 153050563 . TGGGGG TGGGG,TGGGGC,TGGGGGG 39.18 PASS AF=0.180328,0.0327869,0;AO=11,3,7;DP=61;FAO=11,2,0;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=8,0,0;FSAR=3,2,0;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.242779,-0.0309423,0.252573;FXX=0.031741;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=12.5917,191.446,10.9239;QD=2.56921;RBI=0.277379,0.0324051,0.290827;REFB=0.0234144,0.00413547,-0.023936;REVB=0.134154,0.00962608,-0.144178;RO=34;SAF=8,0,0;SAR=3,3,7;SRF=9;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0.303571,0,0;SSSB=0.516297,-0.445249,-0.628114;STB=0.827854,0.992694,0.5;STBP=0.039,0.32,1;TYPE=del,snp,ins;VARB=0.0254352,0.0747768,0.0410642;OID=.,.,.;OPOS=153050564,153050568,153050564;OREF=G,G,-;OALT=-,C,G;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC,TGGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180328,0.0327869,0:11,3,7:61:11,2,0:61:48:8,0,0:3,2,0:13:35:34:34:8,0,0:3,3,7:9:25 chrX 153050984 . G A,C 2463.6 PASS AF=0.963636,0.030303;AO=157,7;DP=165;FAO=159,5;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=68,5;FSAR=91,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0455747,0.00418687;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.2789,12.1815;QD=59.7236;RBI=0.0458244,0.0521398;REFB=-0.0789181,-0.0792577;REVB=-0.00477729,-0.0519715;RO=1;SAF=66,7;SAR=91,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00715397,0;STB=0.503649,0.5;STBP=0.306,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00216769,0.113685;OID=.,.;OPOS=153050984,153050984;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:165:165:1:1:157,7:159,5:0.963636,0.030303:91,0:66,7:1:0:91,0:68,5:1:0 chrX 153051907 . G A 767.6 PASS AF=0.919355;AO=56;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00971941;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.285;QD=49.5224;RBI=0.0267721;REFB=-0.0794615;REVB=0.0249455;RO=3;SAF=28;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159568;STB=0.507359;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00157622;OID=.;OPOS=153051907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:62:3:5:56:57:0.919355:28:28:2:1:29:28:2:3 chrX 153063113 . G A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0219972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.387;QD=14.8514;RBI=0.0228184;REFB=-0.0261148;REVB=-0.00606647;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454997;STB=0.526288;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0347597;OID=.;OPOS=153063113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:15:14:10:9:15:14 chrX 153073319 . G A 3660.66 PASS AF=0.983806;AO=239;DP=251;FAO=243;FDP=247;FR=.;FRO=4;FSAF=122;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0133255;FXX=0.038909;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.506;QD=59.282;RBI=0.0311386;REFB=-0.0105133;REVB=0.0281433;RO=5;SAF=119;SAR=120;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116306;STB=0.504081;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.000620681;OID=.;OPOS=153073319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:251:247:5:4:239:243:0.983806:120:119:1:4:121:122:1:3 chrX 153149708 . G GC 1205.16 PASS AF=1;AO=86;DP=109;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164446;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=225.147;QD=46.8022;RBI=0.025037;REFB=0;REVB=0.0188793;RO=11;SAF=36;SAR=50;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000183072;OID=.;OPOS=153149709;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:86:109:103:103:0:39:64:0:0:22:11:36:50:6:5 chrX 153149715 . C G 1443.36 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00566615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.7;QD=60.773;RBI=0.00569922;REFB=-0.0428677;REVB=-0.000613054;RO=1;SAF=37;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126406;STB=0.513155;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00209512;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:93:93:0.978947:56:37:1:0:56:37:2:0 chrX 153171993 . A G 55.76 PASS AF=0.4;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0932505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.242;QD=11.1521;RBI=0.0976043;REFB=-0.0379474;REVB=-0.0288261;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184599;STB=0.576728;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0612442;OID=.;OPOS=153171993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:19:20:11:12:7:8:0.4:2:5:6:5:3:5:6:6 chrX 153176254 . A G 343.9 PASS AF=0.371681;AO=41;DP=113;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0117183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.848;QD=12.1735;RBI=0.0261632;REFB=-0.0274076;REVB=0.0233922;RO=68;SAF=18;SAR=23;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023887;STB=0.501063;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0352193;OID=.;OPOS=153176254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:71:41:42:0.371681:23:18:30:38:23:19:32:39 chrX 153178459 . G GC 927.68 PASS AF=0.989474;AO=77;DP=97;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0284211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.6533;QD=39.06;RBI=0.278273;REFB=-0.0155064;REVB=0.276817;RO=17;SAF=35;SAR=42;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348895;STB=0.504672;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=0.00781716;OID=.;OPOS=153178460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989474:77:97:94:95:1:41:53:0:1:12:17:35:42:6:11 chrX 153215085 . G C 441.54 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.018488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.483;QD=22.643;RBI=0.0214054;REFB=-0.0288676;REVB=0.0107882;RO=35;SAF=17;SAR=26;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147743;STB=0.58088;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0244042;OID=.;OPOS=153215085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:26:17:8:27:26:17:8:27 chrX 153218365 . C A 1546.01 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830884;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8234;QD=63.7528;RBI=0.0905768;REFB=0;REVB=0.036062;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044537;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:50:46:0:0:50:47:0:0 chrX 153219665 . C T 317.26 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00460016;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4231;QD=50.7612;RBI=0.0102361;REFB=-0.0354039;REVB=0.00914418;RO=1;SAF=5;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839257;STB=0.545415;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00312905;OID=.;OPOS=153219665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:1:1:24:24:0.96:19:5:1:0:19:5:1:0 chrX 153221657 . T C 123.15 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.782;QD=41.0491;RBI=0.0364649;REFB=0;REVB=-0.0202836;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262623;OID=.;OPOS=153221657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:8:4:0:0 chrX 153222835 . G C 661.19 PASS AF=0.868852;AO=52;DP=61;FAO=53;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0153779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.642;QD=43.3566;RBI=0.043372;REFB=-0.136681;REVB=0.0405543;RO=7;SAF=31;SAR=21;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274449;STB=0.505422;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00369342;OID=.;OPOS=153222835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:7:8:52:53:0.868852:21:31:5:2:22:31:5:3 chrX 153247720 . G GT 269.43 PASS AF=1;AO=8;DP=59;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14853;FXX=0.107124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.06928;QD=21.5544;RBI=0.175111;REFB=0;REVB=0.0927507;RO=51;SAF=7;SAR=1;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.586172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0148053;OID=.;OPOS=153247721;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:59:50:50:0:22:28:0:0:7:51:7:1:18:33 chrX 153247722 . C T 747.98 PASS AF=0.982143;AO=45;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.211638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6757;QD=53.4269;RBI=0.21936;REFB=-0.0887778;REVB=0.057688;RO=1;SAF=12;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03755;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00607274;OID=.;OPOS=153247722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:56:1:1:45:55:0.982143:33:12:1:0:34:21:1:0 chrX 153247745 . A G 648.62 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.764;QD=61.7737;RBI=0.0192203;REFB=0;REVB=0.000734491;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37078e-05;OID=.;OPOS=153247745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:27:14:0:0:28:14:0:0 chrX 153247954 . C T 1687.24 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.585;QD=58.1806;RBI=0.059685;REFB=-0.100896;REVB=0.0298341;RO=3;SAF=41;SAR=72;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722002;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:3:0:113:116:1:72:41:3:0:72:44:0:0 chrX 153248248 . G A 5627.78 PASS AF=0.99726;AO=361;DP=368;FAO=364;FDP=365;FR=.;FRO=1;FSAF=201;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163278;FXX=0.0108398;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.522;QD=61.6743;RBI=0.0718693;REFB=-0.172768;REVB=0.06999;RO=3;SAF=200;SAR=161;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351021;STB=0.501529;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000819598;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:368:365:3:1:361:364:0.99726:161:200:1:2:163:201:0:1 chrX 153418514 . G A,T 1655.39 PASS AF=0.875969,0.0542636;AO=111,7;DP=130;FAO=113,7;FDP=129;FR=.;FRO=9;FSAF=31,1;FSAR=82,6;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0347912,0.13014;FXX=0.00769172;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.46,124.866;QD=51.3299;RBI=0.0389285,0.131623;REFB=-0.0779173,-0.156185;REVB=0.0174642,-0.0197076;RO=4;SAF=29,1;SAR=82,6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0610995,-0.563426;STB=0.55414,0.88425;STBP=0.001,0.02;TYPE=snp,snp;VARB=0.00173824,0.0433512;OID=.,.;OPOS=153418514,153418514;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:130:129:4:9:111,7:113,7:0.875969,0.0542636:82,6:29,1:4:0:82,6:31,1:8:1 chrX 153418516 . G T 1810.43 PASS AF=0.976;AO=115;DP=120;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0965084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3788;QD=57.9336;RBI=0.106006;REFB=0.0799289;REVB=-0.043857;RO=4;SAF=32;SAR=83;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00224605;STB=0.510623;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00239378;OID=.;OPOS=153418516;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:120:125:4:3:115:122:0.976:83:32:1:3:86:36:2:1 chrX 153609616 . GC CT 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00805108;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.814;QD=24.3902;RBI=0.00819993;REFB=-0.0131431;REVB=0.0015553;RO=14;SAF=2;SAR=18;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808366;STB=0.545406;STBP=0.712;TYPE=mnp;VARB=0.00957748;OID=.;OPOS=153609616;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:18:2:2:12:18:2:2:12 chrX 153629155 . A G 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1067;QD=59.1403;RBI=0.0374861;REFB=0;REVB=-0.0144956;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112237;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chrX 153633359 . G C 1240.97 PASS AF=0.913978;AO=85;DP=93;FAO=85;FDP=93;FR=.;FRO=8;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0292662;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.746;QD=53.3752;RBI=0.0336345;REFB=-0.197901;REVB=0.0165762;RO=8;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741024;STB=0.539207;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0023544;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:93:93:8:8:85:85:0.913978:47:38:0:8:47:38:0:8 chrX 153657083 . A G 174.57 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.685;QD=46.5513;RBI=0.0530261;REFB=0;REVB=0.0341498;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075531;OID=.;OPOS=153657083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:10:5:0:0 chrX 153671356 . TCCCCCCCA TCCCCCCA,TCCCCCCAC 61.46 PASS AF=0.55,0;AO=7,2;DP=20;FAO=11,0;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5,0;FSAR=6,0;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0157306,0.00275103;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=14.182,16.5553;QD=12.291;RBI=0.100774,0.100431;REFB=-0.0310789,-0.0292771;REVB=0.0995382,-0.100393;RO=7;SAF=4,1;SAR=3,1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119504,0.0720733;STB=0.555457,0.5;STBP=0.636,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.036856,0.0495206;OID=.,.;OPOS=153671357,153671363;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=TCCCCCCA,TCCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55,0:7,2:20:11,0:20:9:5,0:6,0:3:6:53:7:4,1:3,1:3:4 chrX 153691815 . C G 249.83 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00315771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.187;QD=18.506;RBI=0.0168568;REFB=-0.0190309;REVB=-0.0165584;RO=27;SAF=5;SAR=22;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226698;STB=0.628465;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0157632;OID=.;OPOS=153691815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:22:5:10:17:22:5:10:17 chrX 153925409 . AG A,CA 1232.46 PASS AF=0.932692,0.0673077;AO=26,7;DP=100;FAO=97,7;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60,0;FSAR=37,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.751955,0.128286;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=17.9353,192.305;QD=47.4024;RBI=0.791432,0.140363;REFB=-0.0235081,-0.100661;REVB=0.246837,-0.0569603;RO=61;SAF=4,0;SAR=22,7;SRF=54;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.617143,0;SSSB=-0.735942,-0.813558;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0274333,0.0243968;OID=.,.;OPOS=153925410,153925409;OREF=G,AG;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:100:104:61:0:26,7:97,7:0.932692,0.0673077:22,7:4,0:54:7:37,7:60,0:0:0 chrX 153994596 . G T 1641.1 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.148;QD=60.224;RBI=0.0424406;REFB=0;REVB=0.0388677;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4514e-05;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:62:46:0:0:63:46:0:0 chrX 154020114 . C A 893.23 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0205427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.583;QD=55.8271;RBI=0.0228205;REFB=-0.0534108;REVB=-0.00993847;RO=1;SAF=17;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103783;STB=0.505375;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000613543;OID=.;OPOS=154020114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:45:17:0:1:46:17:0:1 chrX 154279977 . C T 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0012606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7162;QD=18.4811;RBI=0.0404692;REFB=-0.0385007;REVB=-0.0404496;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221153;STB=0.624875;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.038352;OID=.;OPOS=154279977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:6:15:9:10:6:15 chrX 154456747 . A G 899.69 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.165;QD=57.1233;RBI=0.0393899;REFB=0;REVB=0.00953595;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112006;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:31:31:1:0:31:32:0:0 chrX 155004437 . G T 100.21 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0539367;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8237;QD=14.3156;RBI=0.0566793;REFB=0.0208865;REVB=-0.0174176;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738293;STB=0.513491;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.0391026;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:16:12:12:0.428571:4:8:11:4:4:8:11:5 chrX 155005254 . C T 1098.47 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.57;QD=60.1901;RBI=0.0407803;REFB=0;REVB=0.0301229;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224771;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:47:25:0:0:48:25:0:0 chrX 155006050 . C T 296.37 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0259676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8942;QD=49.3945;RBI=0.0311422;REFB=0.0674099;REVB=-0.0171908;RO=1;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298695;STB=0.516115;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00584228;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:8:15:1:0:8:15:1:0 chrX 155006982 . A T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0933397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2956;QD=51.1826;RBI=0.093865;REFB=0;REVB=0.00991595;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00311726;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chrX 155008583 . G A 277.05 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319992;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.613;QD=52.7707;RBI=0.039441;REFB=0;REVB=0.0230573;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895623;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chrX 155008671 . G A 572.24 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134736;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.974;QD=60.2362;RBI=0.0432862;REFB=0;REVB=0.0432652;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407622;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:24:13:0:0:25:13:0:0 chrX 155009102 . G A 752.94 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.656;QD=56.8253;RBI=0.060532;REFB=0;REVB=0.0155587;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012337;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:34:18:0:0:34:19:0:0 chrX 155009225 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.4;QD=55.653;RBI=0.0205186;REFB=0;REVB=-0.0191996;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180099;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chrX 155009829 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.022;QD=55.6561;RBI=0.0208221;REFB=0;REVB=0.0196583;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0145e-05;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chrX 155009948 . G A 219.65 PASS AF=0.448276;AO=24;DP=56;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0201644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.792;QD=15.1485;RBI=0.0227854;REFB=-0.0228717;REVB=-0.0106101;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419086;STB=0.52126;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0299647;OID=.;OPOS=155009948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:32:32:24:26:0.448276:13:11:16:16:14:12:16:16 chrX 155010062 . G A 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.66;QD=63.8701;RBI=0.0562237;REFB=0;REVB=0.0218832;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118203;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chrX 155010077 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.022;QD=60.9786;RBI=0.0350191;REFB=0;REVB=0.0123492;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78211e-05;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chrX 155010230 . A C 182.42 PASS AF=0.5;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0101056;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4938;QD=20.2691;RBI=0.0250541;REFB=-0.0183179;REVB=-0.0229256;RO=18;SAF=15;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324886;STB=0.687261;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0306458;OID=.;OPOS=155010230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:36:18:18:18:18:0.5:3:15:10:8:3:15:10:8 chrX 155010308 . G A 805.54 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0118544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8204;QD=55.5542;RBI=0.050872;REFB=-0.143914;REVB=-0.0494715;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00181606;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:29:28:0:0:29:28:0:1 chrX 155011216 . T A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.441;QD=50.4097;RBI=0.0519196;REFB=0;REVB=-0.0167073;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314543;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chrX 155011276 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447458;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.534;QD=48.7373;RBI=0.0168152;REFB=0;REVB=0.0162089;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23049e-05;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chrX 155011472 . T A 475.67 PASS AF=1;AO=22;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.492;QD=57.6573;RBI=0.0179862;REFB=0;REVB=0.00256822;RO=2;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384615;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:2:0:22:33:1:5:17:0:2:15:18:0:0 chrX 155252868 . T A 161.99 PASS AF=0.142857;AO=35;DP=245;FAO=35;FDP=245;FR=.;FRO=210;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=124;FSRR=86;FWDB=-0.0425747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.062;QD=2.64474;RBI=0.0628037;REFB=-0.00847662;REVB=-0.0461703;RO=206;SAF=13;SAR=22;SRF=121;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271252;STB=0.68211;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0585739;OID=.;OPOS=155252868;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:206:210:35:35:0.142857:22:13:121:85:22:13:124:86 chrX 155253904 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.489;QD=33.4285;RBI=0.0202504;REFB=0;REVB=0.00650712;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221102;OID=.;OPOS=155253904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chrX 155254962 . G A 703.06 PASS AF=0.479452;AO=70;DP=146;FAO=70;FDP=146;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00480484;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4259;QD=19.2619;RBI=0.00540519;REFB=-0.02177;REVB=-0.00247581;RO=76;SAF=38;SAR=32;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343362;STB=0.518982;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0236057;OID=.;OPOS=155254962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:76:76:70:70:0.479452:32:38:44:32:32:38:44:32 chrY 10034887 . CC CG,TG 65.14 PASS AF=0.5,0.3;AO=5,3;DP=10;FAO=5,3;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4,1;FSAR=1,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0145805,-0.0127939;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=75.3855,169.603;QD=26.0562;RBI=0.0389857,0.0157993;REFB=-0.039442,-0.0466199;REVB=0.0361565,0.00927015;RO=2;SAF=4,1;SAR=1,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.190062,-0.111102;STB=0.614874,0.570936;STBP=0.589,0.906;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0401273,0.0266722;OID=.,.;OPOS=10034888,10034887;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:10:10:2:2:5,3:5,3:0.5,0.3:1,2:4,1:1:1:1,2:4,1:1:1 chrY 10034941 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.079;QD=33.4284;RBI=0.0200524;REFB=0;REVB=-0.0154092;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21317e-05;OID=.;OPOS=10034941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chrY 10035449 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.259;QD=33.4285;RBI=0.092906;REFB=0;REVB=0.0805728;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135323;OID=.;OPOS=10035449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chrY 10036057 . GT AC 85.7 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613022;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=2;MLLD=171.709;QD=38.0875;RBI=0.0513577;REFB=0;REVB=0.0509906;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00503778;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:9:0:0:8:9:1:0:8:0:0:1:8:0:0 chrY 10036088 . A G 2582.24 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.995;QD=61.8501;RBI=0.0219715;REFB=0;REVB=-0.0157979;RO=0;SAF=93;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11026e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12969e-05;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:167:0:0:166:167:1:73:93:0:0:74:93:0:0 chrY 10036105 . T C 3638.58 PASS AF=0.988417;AO=241;DP=259;FAO=256;FDP=259;FR=.;FRO=3;FSAF=183;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00602388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.041;QD=56.1943;RBI=0.111122;REFB=-0.122535;REVB=0.110959;RO=4;SAF=183;SAR=58;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214125;STB=0.505394;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00275664;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:259:259:4:3:241:256:0.988417:58:183:1:3:73:183:1:2 chrY 10036107 . T C 4097.45 PASS AF=1;AO=260;DP=269;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110809;FXX=0.0332091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.286;QD=62.5565;RBI=0.0399772;REFB=0;REVB=0.0384108;RO=0;SAF=187;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10883e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39994e-05;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:269:262:0:0:260:262:1:73:187:0:0:73:189:0:0 chrY 10036132 . T C 5070.24 PASS AF=1;AO=321;DP=325;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=249;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128388;FXX=0.00615366;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.305;QD=62.7893;RBI=0.0298473;REFB=-0.0558301;REVB=0.0269449;RO=0;SAF=247;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219703;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:325:323:0:0:321:323:1:74:247:0:0:74:249:0:0 chrY 10036156 . G C 4970.17 PASS AF=1;AO=316;DP=319;FAO=317;FDP=317;FR=.;FRO=0;FSAF=246;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174258;FXX=0.0062694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.497;QD=62.7151;RBI=0.0362679;REFB=-0.0455906;REVB=0.0318073;RO=1;SAF=245;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0019431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7944e-06;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:319:317:1:0:316:317:1:71:245:1:0:71:246:0:0 chrY 10036164 . T C 4897.87 PASS AF=0.990566;AO=314;DP=317;FAO=315;FDP=318;FR=.;FRO=3;FSAF=244;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00839732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.997;QD=61.6084;RBI=0.0105953;REFB=-0.0413347;REVB=0.00646104;RO=0;SAF=244;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501456;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-1.76673e-05;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:317:318:0:3:314:315:0.990566:70:244:0:0:71:244:2:1 chrY 10036171 . A G 4923.79 PASS AF=1;AO=313;DP=315;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=246;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403564;FXX=0.00630895;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.308;QD=62.5243;RBI=0.0411288;REFB=-0.0668567;REVB=0.00793359;RO=0;SAF=244;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37103e-05;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:315:315:0:0:313:315:1:69:244:0:0:69:246:0:0 chrY 10036189 . C CCGTT 4714.82 PASS AF=1;AO=282;DP=309;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=238;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207005;FXX=0.0166661;HRUN=2;LEN=4;MLLD=203.443;QD=63.9297;RBI=0.0221447;REFB=0;REVB=-0.00786629;RO=12;SAF=227;SAR=55;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.65669e-05;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:282:309:295:295:0:238:57:0:0:25:12:227:55:6:6 chrY 10036204 . T C 4465.84 PASS AF=1;AO=283;DP=286;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=239;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443179;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3971;QD=62.6784;RBI=0.0574908;REFB=-0.064953;REVB=0.0366211;RO=2;SAF=237;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00400717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089836;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:286:285:2:0:283:285:1:46:237:2:0:46:239:0:0 chrY 10036229 . T C 3116.45 PASS AF=1;AO=195;DP=199;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=188;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209018;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.682;QD=63.6011;RBI=0.00412067;REFB=-0.113509;REVB=0.0035512;RO=0;SAF=187;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.07153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413524;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:196:0:0:195:196:1:8:187:0:0:8:188:0:0 chrY 10036233 . G C 2839.21 PASS AF=0.989247;AO=182;DP=185;FAO=184;FDP=186;FR=.;FRO=2;FSAF=180;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0322934;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.41;QD=61.0582;RBI=0.102102;REFB=-0.126604;REVB=-0.0968601;RO=3;SAF=178;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795637;STB=0.502762;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000401717;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:186:3:2:182:184:0.989247:4:178:3:0:4:180:2:0 chrY 10036269 . A G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0339306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.156;QD=56.4874;RBI=0.0339428;REFB=-0.0457786;REVB=-0.000909111;RO=1;SAF=34;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30588;STB=0.666542;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000730142;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:1:34:0:1:1:34:0:1 chrY 10036277 . A G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00570232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.085;QD=28.5377;RBI=0.0414348;REFB=-0.0515817;REVB=-0.0410405;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000701883;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:0:1:1:6:0:1 chrY 10036280 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.552;QD=35.575;RBI=0.0291116;REFB=0;REVB=-0.025721;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01769e-05;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:0:6:0:0:1:6:0:0 chrY 10036483 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.776;QD=45.8052;RBI=0.00837469;REFB=0;REVB=0.0045252;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98868e-05;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chrY 10036486 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.159;QD=45.8049;RBI=0.010029;REFB=0;REVB=0.00308947;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185721;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chrY 10036503 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0602554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.099;QD=11.0198;RBI=0.0605132;REFB=-0.0270879;REVB=0.00558055;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12327;STB=0.576643;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0464229;OID=.;OPOS=10036503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:2:6:5:1:2:6 chrY 10036518 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0689183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.947;QD=13.2053;RBI=0.0719451;REFB=-0.0481872;REVB=0.0206487;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0342157;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:1:5:5:1:1:5 chrY 10036519 . G A,GTTGA 38.5 PASS AF=0.166667,0.333333;AO=2,4;DP=12;FAO=2,4;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=0,1;FSAR=2,3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0220501,0.00707357;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=123.963,169.096;QD=12.8328;RBI=0.0459743,0.00761335;REFB=-0.0225102,-0.0419375;REVB=-0.0403414,-0.00281561;RO=6;SAF=0,1;SAR=2,3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.524163,0.113038;STB=0.991203,0.5711;STBP=0.461,0.838;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0283561,0.042374;OID=.,.;OPOS=10036519,10036520;OREF=G,-;OALT=A,TTGA;OMAPALT=A,GTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:12:12:6:6:2,4:2,4:0.166667,0.333333:2,3:0,1:1:5:2,3:0,1:1:5 chrY 10036530 . A G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00491018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.784;QD=21.0137;RBI=0.0225682;REFB=-0.0188673;REVB=0.0220276;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108456;STB=0.562378;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0146209;OID=.;OPOS=10036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:9:2:2:5:9:2:2:5 chrY 10036544 . CT CC,TC 257.43 PASS AF=0.863636,0.0909091;AO=17,2;DP=22;FAO=19,2;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=6,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0160042,-0.0193726;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=177.714,135.712;QD=46.8052;RBI=0.0353625,0.0313424;REFB=-0.00662959,0.00674478;REVB=0.0315337,0.0246383;RO=1;SAF=6,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0398535,0;STB=0.518499,0.5;STBP=0.62,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000559632,0.0193392;OID=.,.;OPOS=10036545,10036544;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:22:22:1:1:17,2:19,2:0.863636,0.0909091:11,2:6,0:0:1:13,2:6,0:0:1 chrY 10036549 . A C 142.37 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.000265041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.138;QD=22.7787;RBI=0.0311503;REFB=-0.046232;REVB=-0.0311492;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520923;STB=0.529372;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0389713;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:4:6:10:5:4:6 chrY 10036552 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0462326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.392;QD=8.69118;RBI=0.0514506;REFB=-0.00937777;REVB=-0.0225768;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22957;STB=0.639677;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0137387;OID=.;OPOS=10036552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:5:12:4:4:5:12 chrY 10036561 . T C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=6.97908e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.804;QD=21.7444;RBI=0.0196477;REFB=0.000495385;REVB=-0.0196476;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753894;STB=0.516108;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.000450247;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:10:11:15:15:0.576923:9:6:3:7:9:6:4:7 chrY 10036586 . TG CA,CG 242.49 PASS AF=0.333333,0.541667;AO=8,13;DP=24;FAO=8,13;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=4,5;FSAR=4,8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0177672,0.0118534;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=195.016,76.1681;QD=40.4149;RBI=0.018037,0.0196766;REFB=0.0246274,0.042112;REVB=0.00310793,-0.0157055;RO=3;SAF=4,5;SAR=4,8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0790568,-0.097715;STB=0.545342,0.55437;STBP=0.71,0.488;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00910032,-0.0586006;OID=.,.;OPOS=10036586,10036586;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:59:24:24:3:3:8,13:8,13:0.333333,0.541667:4,8:4,5:2:1:4,8:4,5:2:1 chrY 10036590 . T G 54.7 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00462728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.611;QD=9.11619;RBI=0.00980018;REFB=-0.00906674;REVB=-0.00863897;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677072;STB=0.541563;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0157106;OID=.;OPOS=10036590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:7:9:4:4:7:9 chrY 10036600 . C CG 73.71 PASS AF=0.55;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0158814;FXX=0.130378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.9513;QD=14.7411;RBI=0.116594;REFB=-0.035595;REVB=0.115507;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603878;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0567913;OID=.;OPOS=10036601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:10:24:11:20:9:5:6:4:5:51:13:4:6:6:7 chrY 10036606 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00605492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.046;QD=15.5715;RBI=0.0345256;REFB=-0.0401699;REVB=0.0339905;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523766;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00875709;OID=.;OPOS=10036606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:10:11:0.478261:5:5:6:6:6:5:6:6 chrY 10036613 . T G 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0185942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.16;QD=17.3766;RBI=0.0240326;REFB=-0.00397287;REVB=-0.0152257;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0280509;OID=.;OPOS=10036613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:4:6:6:5:4:6 chrY 10036617 . C G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00970901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.47;QD=6.92892;RBI=0.020227;REFB=-0.00104317;REVB=-0.0177444;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154555;STB=0.599657;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0015824;OID=.;OPOS=10036617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:7:8:4:2:7:8 chrY 10036621 . TG CC,CG 258.32 PASS AF=0.285714,0.571429;AO=6,11;DP=20;FAO=6,12;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2,5;FSAR=4,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109884,-0.0222527;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=50.9553,66.4787;QD=49.2031;RBI=0.0111013,0.0231092;REFB=0,0;REVB=-0.00157964,0.00623316;RO=0;SAF=2,5;SAR=4,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00565875,-0.0196777;OID=.,.;OPOS=10036621,10036621;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:20:21:0:0:6,11:6,12:0.285714,0.571429:4,6:2,5:0:0:4,7:2,5:0:0 chrY 10036627 . A G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0167699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.92;QD=17.3782;RBI=0.0169577;REFB=-0.0257549;REVB=-0.00251696;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0153899;OID=.;OPOS=10036627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:4:6:6:5:4:6 chrY 10036638 . A G 76.52 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0211286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.771;QD=16.1096;RBI=0.0397375;REFB=-0.0260653;REVB=0.0336548;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946172;STB=0.526263;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0296287;OID=.;OPOS=10036638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:9:9:10:0.526316:4:5:4:5:5:5:4:5 chrY 10037768 . T C 1854.69 PASS AF=0.828402;AO=140;DP=169;FAO=140;FDP=169;FR=.;FRO=29;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00539403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.068;QD=43.8981;RBI=0.0144746;REFB=-0.00433857;REVB=0.0134319;RO=29;SAF=73;SAR=67;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210196;STB=0.511145;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00068678;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:29:29:140:140:0.828402:67:73:17:12:67:73:17:12 chrY 10037786 . G A 176.69 PASS AF=0.157895;AO=36;DP=222;FAO=36;FDP=228;FR=.;FRO=192;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=106;FSRR=86;FWDB=-0.0025405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.152;QD=3.09983;RBI=0.018067;REFB=-0.00519011;REVB=-0.0178874;RO=186;SAF=16;SAR=20;SRF=106;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16033;STB=0.589893;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0248761;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:228:186:192:36:36:0.157895:20:16:106:80:20:16:106:86 chrY 10037791 . C G 2691.49 PASS AF=0.838298;AO=197;DP=235;FAO=197;FDP=235;FR=.;FRO=38;FSAF=112;FSAR=85;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0126956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.807;QD=45.8126;RBI=0.0316302;REFB=-0.0382813;REVB=0.0289705;RO=36;SAF=112;SAR=85;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044902;STB=0.519856;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00551199;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:36:38:197:197:0.838298:85:112:15:21:85:112:17:21 chrY 10037797 . T C 2693.75 PASS AF=0.816327;AO=199;DP=245;FAO=200;FDP=245;FR=.;FRO=45;FSAF=116;FSAR=84;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00392665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.982;QD=43.9795;RBI=0.00404891;REFB=-0.0183034;REVB=0.00098749;RO=45;SAF=116;SAR=83;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569097;STB=0.529458;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00462478;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:45:45:199:200:0.816327:83:116:19:26:84:116:19:26 chrY 10037807 . T C 3090.3 PASS AF=0.847015;AO=223;DP=264;FAO=227;FDP=268;FR=.;FRO=41;FSAF=133;FSAR=94;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0329766;FXX=0.00371733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.905;QD=46.1239;RBI=0.0546704;REFB=-0.0390292;REVB=0.0436051;RO=41;SAF=129;SAR=94;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489234;STB=0.526748;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00855342;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:268:41:41:223:227:0.847015:94:129:17:24:94:133:17:24 chrY 10037819 . T C 3500.35 PASS AF=0.859589;AO=250;DP=296;FAO=251;FDP=292;FR=.;FRO=41;FSAF=150;FSAR=101;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0357915;FXX=0.0135131;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1492;QD=47.95;RBI=0.0912452;REFB=-0.0878132;REVB=0.0839324;RO=42;SAF=150;SAR=100;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414919;STB=0.519439;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0124563;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:292:42:41:250:251:0.859589:100:150:19:23:101:150:19:22 chrY 10037842 . A G 32.28 PASS AF=0.0573248;AO=17;DP=312;FAO=18;FDP=314;FR=.;FRO=296;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=171;FSRR=125;FWDB=0.00239049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4448;QD=0.411264;RBI=0.0142445;REFB=-0.0037169;REVB=-0.0140425;RO=293;SAF=8;SAR=9;SRF=169;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107479;STB=0.623561;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0676113;OID=.;OPOS=10037842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:312:314:293:296:17:18:0.0573248:9:8:169:124:10:8:171:125 chrY 10037877 . G GC 1902.0 PASS AF=0.963964;AO=183;DP=257;FAO=214;FDP=222;FR=.;FRO=8;FSAF=137;FSAR=77;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0407586;FXX=0.0512799;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.6073;QD=34.2703;RBI=0.193636;REFB=-0.0293541;REVB=0.189297;RO=68;SAF=117;SAR=66;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119029;STB=0.500594;STBP=0.963;TYPE=ins;VARB=0.018568;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.963964:183:257:214:222:8:137:77:5:3:8:68:117:66:42:26 chrY 10037892 . A G 2594.44 PASS AF=0.926316;AO=95;DP=198;FAO=176;FDP=190;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=113;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0749172;FXX=0.0306107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.431;QD=54.6197;RBI=0.0785683;REFB=-0.0183444;REVB=-0.0236727;RO=17;SAF=40;SAR=55;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144826;STB=0.528102;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00188734;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:198:190:17:14:95:176:0.926316:55:40:8:9:63:113:4:10 chrY 10037899 . T C 2284.39 PASS AF=0.899441;AO=161;DP=179;FAO=161;FDP=179;FR=.;FRO=18;FSAF=110;FSAR=51;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0162962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7804;QD=51.0478;RBI=0.0177733;REFB=-0.00888486;REVB=0.00709403;RO=17;SAF=110;SAR=51;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671823;STB=0.53335;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0011947;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:179:179:17:18:161:161:0.899441:51:110:6:11:51:110:7:11 chrY 10037912 . T G 1324.83 PASS AF=0.988506;AO=83;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00762173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.8775;QD=60.9116;RBI=0.0189265;REFB=-0.143847;REVB=-0.017324;RO=1;SAF=49;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956859;STB=0.504949;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00395606;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:87:1:1:83:86:0.988506:34:49:1:0:36:50:1:0 chrY 10037914 . T C 1305.95 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0619017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.218;QD=60.7419;RBI=0.0678471;REFB=0.174099;REVB=0.0277741;RO=1;SAF=48;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976579;STB=0.505049;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000793796;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:83:85:0.988372:35:48:1:0:36:49:1:0 chrY 13262908 . C G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0465469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.724;QD=23.2183;RBI=0.0465469;REFB=0.0320257;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00744713;OID=.;OPOS=13262908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chrY 13263066 . TA T 783.81 PASS AF=1;AO=6;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195702;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.885;QD=57.0046;RBI=0.0369722;REFB=0;REVB=0.0313681;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.31387e-05;OID=.;OPOS=13263067;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:56:55:55:0:28:27:0:0:4:0:5:1:0:0 chrY 13263091 . G A 841.86 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.55;QD=57.0753;RBI=0.0621771;REFB=0;REVB=0.0552264;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155031;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:35:24:0:0 chrY 21152662 . CAA C 327.24 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123932;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=2;MLLD=39.4783;QD=46.7487;RBI=0.0512135;REFB=0;REVB=-0.0511985;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000571527;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:28:28:28:0:14:14:0:0:6:0:14:13:0:0 chrY 21152701 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.525;QD=53.9111;RBI=0.0420447;REFB=0;REVB=-0.0378874;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136202;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chrY 21152719 . T C 223.51 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.287;QD=49.6693;RBI=0.0828754;REFB=0;REVB=0.00234785;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397593;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:11:7:0:0 chrY 21153609 . T C 822.39 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475324;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3089;QD=57.7117;RBI=0.0650731;REFB=0;REVB=0.0444429;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126964;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chrY 21154426 . G A 701.06 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105261;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.453;QD=53.9273;RBI=0.0137768;REFB=-0.161186;REVB=0.00888827;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165215;STB=0.508768;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000427233;OID=.;OPOS=21154426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:52:1:1:51:51:0.980769:23:28:1:0:23:28:1:0 chrY 21154466 . T A 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2315;QD=57.1006;RBI=0.0370511;REFB=0;REVB=0.00714089;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010962;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chrY 21154529 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.497;QD=33.4285;RBI=0.00786872;REFB=0;REVB=0.00786872;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142222;OID=.;OPOS=21154529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chrY 21154531 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.109;QD=33.4285;RBI=0.0033404;REFB=0;REVB=-0.0033404;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0525e-05;OID=.;OPOS=21154531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0